Bacillus thuringiensis izolatlarinda parasporin (ps) genlerinin beli̇rlenmesi̇
Determination of Parasporin (ps) genes in Bacillus thuringiensis isolates
Yazar: ENFAL ÇÖMLEKÇİ
Danışman: DOÇ. DR. SEMİH YILMAZ
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bacillus thuringiensis (Bt) Cry ve Cyt gibi entomopatojen özellikte proteinler üreten spor oluşturabilen gram pozitif bir toprak bakterisidir. Bu özelliği nedeniyle zararlı böcekler ile mücadelede uzun yıllardır kullanılmaktadır. Entomopatojen özelliğinin yanı sıra antifungal bileşikler ve bitki gelişimi teşvik edici metabolitler üreten Bt suşlarının bulunması bu bakteriyi tarımda en çok tercih edilen mikroorganizma haline getirmiştir. Son yıllarda Bt'nin keşfedilen bir diğer özelliği ise tercihen kanser hücrelerini öldüren sağlıklı normal hücrelere karşı hiçbir sitosidal aktivite göstermeyen parasporin proteinlerini üretmesidir. 
Bu çalışma 155 adet Bt izolatının parasporin genlerini (ps1, ps2, ps3 ps4, ps5 ve ps6) taşıyıp taşımadığının belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Yapılan bu çalışmada 155 adet Bt izolatından 12 tanesinde ps1 geni, 1 tanesinde ps2 geni, 4 tanesinde ps3 geni, 1 tanesinde ps4 geni, 9 tanesinde ps5 geni ve 7 tanesinde ps6 geni tespit edilmiştir. Bt SY62.1.A bütün parasporin genlerini taşırken, Bt SY39.2, Bt SY46.1.3 ve Bt SY24.2.2'nin üç farklı parasporin genini taşıdığı belirlenmiştir. Bt SY53.2, Bt SY18.4, Bt SY79B ve Bt SY29.2'nin ise iki farklı parasporin genini taşıdığı gözlenmiştir. Gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) yöntemi kullanılarak Bt SY62.1.A izolatında ps6 gen ifadesinde inkübasyon süresine bağlı olan değişimler gözlenmiştir. Bu izolatlara dizi analizleri yapılarak ps genlerinin detaylı analizinin yapılması ve parasporin proteinlerinin saflaştırılarak çeşitli kanser hücre hatlarına denenmesi önerilmektedir. 

Anahtar Kelimeler: Bacillus thuringiensis, Parasporin, ps, Cry, cry

Abstract:
Bacillus thuringiensis (Bt) is a gram-positive soil bacterium capable of spore forming and producing entomopathogenic proteins such as Cry and Cyt. Because of this feature it has been used for many years in biocontrol studies against harmful insects. The presence of Bt strains producing antifungal and plant growth-promoting metabolites as well as their entomopathogenic properties made this bacterium the most preferred microorganism in agriculture. Another feature of Bt that has been discovered in recent years is that it produces parasporin proteins that show no cytocidal activity, preferably against healthy normal cells that kill cancer cells. This study was carried out to determine the parasporin genes (ps1, ps2, ps3, ps4, ps5 and ps6) of 155 Bt isolates. In this study, we identified ps1 gene in 12, ps2 gene in 1, ps3 gene in 4, ps4 gene in 9, ps5 gene in 9 and ps6 gene in 7 of 155 Bt isolates. While Bt SY62.1.A carries all parasporin genes, Bt SY39.2, Bt SY46.1.3 and Bt SY24.2.2 were found to carry three different parasporin genes. Bt SY53.2, Bt SY18.4, Bt SY79B and Bt SY29.2 were found to carry two different parasporin genes. Changes in expression of the ps6 gene were determined by the incubation time of Bt SY62.1.A using the real-time quantitative polymerase chain reaction (qRT-PCR) method. It is recommended that these strains carry the ps genes by sequence analysis and that the parasporin proteins are purified and tested in various cancer cell lines.
Keywords: Bacillus thuringiensis, Parasporin, ps, Cry, cry