Yerel durum buğdayı çeşitlerinde (Triticum durum Desf. ) RAPD PCR tekniği ile genetik çeşitlilik analizi
Analysis of genetic diversity in landraces of macoroni wheat (Triticum durum Desf. ) by RAPD PCR technique
Yazar: MEHMET KARCICIO
Danışman: DOÇ.DR. AFİFE İZBIRAK
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
YEREL DURUM BUĞDAYI ÇEŞİTLERİNDE (Triticum durum Desf.) RAPD-PCRTEKNİĞİ İLE GENETİK ÇEŞİTLİLİK ANALİZİMehmet KarcıcıoÖZMoleküler biyoloji tekniklerindeki son gelişmeler, canlı türleri üzerinde yapılansistematik ve evrimsel çalışmalara büyük bir hız kazandırmıştır. Bu tekniklerdenbirisi olan RAPD (Rasgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA), buğdaylar ve diğertahıllarda genetik çeşitliliğin saptanmasında kullanılan etkin bir metotdur. Genetikçeşitlilik çalışmaları ıslah programlarında olduğu kadar, germplazmların korunmasıve karakterizasyonunda da önemlidir.Bu çalışmanın amacı, tetraploid durum buğdaylarına ait germplazmlarda RAPDbant modellerindeki varyasyonu ve bunlar arasındaki sistematik ilişkileri ortayaçıkarmaktır. Bu amaçla 25 farklı durum buğday çeşidi RAPD tekniği kullanılarakanaliz edilmiştir. Rasgele seçilmiş 42 primerden 26'sı informatif bulunmuştur.Polimorfik primerlerden elde edilen toplam 176 PCR ürününden 81'i polimorfikbulunmuş ve çalışılan durum buğdayı çeşitlerinde polimorfizm oranı % 46.02olarak saptanmıştır. Bütün veriler, Aritmetik Ortalamayı Kullanan Ağırlıksız ÇiftGrup Metodu'yla (UPGMA) değerlendirilmiş ve fenogram bu yöntemle çizilmiştir.Ayrıca durum çeşitleri arasındaki genetik varyasyonun tespit edilmesi için TemelBileşenler Analizi (PCA) kullanılmıştır. UPGMA analizi Kızıltan 91 ve Kunduru1149'un en yakın, Pınar 2001 ve Ankara 98'in ise en uzak çeşitler olduğunugöstermektedir. PCA sonuçları ise, bu çalışmada kullanılan çeşitlerin genetikvaryasyon bakımından dört ana grup oluşturduğuna işaret etmektedir.Anahtar Kelimeler: Durum buğdayı, genetik çeşitlilik, polimorfizm, RAPD-PCR,UPGMA, PCA.Danışman: Doç. Dr. Afife İZBIRAK, Hacettepe Üniversitesi, Fen Fakültesi, BiyolojiBölümü.

Abstract:
ANALYSIS OF GENETIC DIVERSITY IN LANDRACES OF MACORONI WHEAT(Triticum durum Desf.) BY RAPD-PCR TECHNIQUEMehmet KarcıcıoABSTRACTRecent advances in molecular biology have provided a variety of new tools to infersystematic or evolutionary relationships among plant species. RAPD (RandomAmplified Polymorphic DNA) is one of those techniques that used as effectivemethod for detecting genetic variation in wheat and various other crops. The studyof genetic diversity is important in a breeding program for the selection of suitablydiverse parents to obtain hybrids as well as for the conservation andcharacterization of germplasm.The objective of this study is evaluating genetic diversity in a set of germplasm intetraploid durum wheat, to establish variation in RAPD band patterns and itsusefulness in systematic relationship. For this purpose collection of 25 differentdurum wheat landraces were analyzed by using RAPD technique. Randomlyselected 26 primers were informative out of 42. Of the totally amplificationproducts (176 loci) scored in the RAPD analysis, 81 were polymorphic. Durumlandraces showed 46.02 % polymorphic band patterns. All the data wereemployed to construct phenograms using an unweighted pair-group method witharithmetical averages (UPGMA). However, principle component analysis (PCA)were used in order to detect genetic variation among durum landraces. TheUPGMA analysis indicated the highest similarity among Kızıltan 91 and Kunduru1149 cultivars, whereas, the genetic distance between Pınar 2001 and Ankara 98was the highest. Using PCA analysis, four different groups with genetic variationwere detected among the cultivars used in this study.Keywords: Durum wheat, genetic diversity, polymorphism, RAPD-PCR, UPGMA,PCA.Advisor: Assoc. Prof. Afife IZBIRAK, Hacettepe University, Faculty of Science,Biology Department.