Çevresel örneklerden Escherichia coli DH10B suşuna karşı litik bakteriyofaj izolasyonu ve klinik Escherichia coli suşlarına karşı etkinliklerinin belirlenmesi
Çevresel örneklerden Escherichia coli DH10B suşuna karşı litik bakteriyofaj izolasyonu ve klinik Escherichia coli suşlarına karşı etkinliklerinin belirlenmesi
Yazar: ABDULKERİM KARAYNİR
Danışman: PROF. DR. BÜLENT BOZDOĞAN
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotik dirençliliği =   ; Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections ; Bakteriyofajlar = Bacteriophages ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Yara enfeksiyonu = Wound infection

Özet:
Doğada en fazla bulunan biyolojik topluluğu temsil eden bakteriyofajlar bakterileri enfekte eden virüsler olarak tanımlanmaktadırlar. Bakteriyofajların en iyi bilinen özelliklerinden biri tür spesifik olmalarıdır. Yeni antibiyotiklerin üretiminde yaşanan krizler ve Dünya genelinde artan antibiyotik kullanımından dolayı dirençli bakterilere karşı antibiyotik tedavisine alternatif bir yaklaşım arayışı gündeme gelmiştir. Buna paralel olarak, aslında 100 yıldır var olan bakteriyofajların tedavi amaçlı kullanımı (Faj Terapi) günümüzde tekrar bilim ve tıp dünyasının ilgi odağı haline gelmiştir. Dünya sağlık örgütü (DSÖ) tarafından günümüzde hastane ve toplum etkenli tedavisi zor enfeksiyon hastalıklarının en önemli etmenleri arasında patojenik Escherichia coli gösterilmektedir.
Bu tez kapsamında; çevresel örneklerden E. coli DH10B suşuna etkili litik bakteriyofajların izolasyonu ve diyabetik ayak enfeksiyon (DAE) kökenli Escherichia coli izolatlarına karşı etkinliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında plak morfolojileri farklı 15 bakteriyofaj izole edilmiş ve restriksiyon endonükleaz profilleri belirlenmiştir. Kesilen 9 fajdan 4 farklı faj profili saptanmış ve kesilmeyen 6 faj arasında E. coli suşları üzerine etkilerine bakılarak 3 farklı faj biyotipi olduğu belirlenmiştir. Farklı profildeki fajlar KK1'den KK7'e kadar kodlanmış ve çalışmaya dâhil edilen 30 klinik izolata karşı etkinlikleri test edilmiştir. En yüksek litik aktiviteye sahip KK4 fajının izolatların 22'sine (%73) etkili olduğu ve tüm fajların karışımından hazırlanan kokteylin 3 izolat hariç tüm bakterilere etki ettiği belirlenmiştir (%90). İzole ettiğimiz fajlar da dahil olmak üzere fajların tedaviye yanıt vermeyen enfeksiyonlar için antibiyotiklerle birlikte kullanılabilme potansiyeli vardır. Özellikle klinik E. coli izolatlarının %73'üne etkili olduğu tespit edilen KK4 fajının bu amaçla kullanılma potansiyeli yüksektir.

Abstract:
Bacteriophages representing the most abundant biological community in nature are defined as viruses that infect bacteria. One of the most well-known properties of bacteriophages is that they are species specific. Due to the crises in the production of new antibiotics and the increasing use of antibiotics around the world, a search for an alternative approach to antibiotic treatment against resistant bacteria has come. In parallel with this, the therapeutic use of bacteriophages (Phage Therapy), which had actually existed for 100 years, has again become the focus of attention in the scientific and medical world today. Pathogenic Escherichia coli show by World Health Organization (WHO) as one of the most important factors of infectious diseases that are difficult to treat in hospital and community.
Within the scope of this thesis; Isolation of lytic bacteriophages effective against E. coli DH10B strain from environmental samples and determination of the activity of these phages against Escherichia coli isolates originating from diabetic foot infection (DAI) were aimed.
In the study, 15 bacteriophages with different plaque morphologies were isolated and restriction endonuclease profiles were determined. It is determine that there are 4 different cut profiles among the 9 phages that were cut, and 3 different phage biotypes were determined according to their lytic activity on E. coli strains among the 6 uncut phages. Phages with different profiles from KK1 to KK7 were coded and their efficacy against the 30 clinical isolates included in the study was tested. It was determined that KK4 phage with the highest lytic activity was effective on 22 (73%) of the isolates and the cocktail prepared from the mixture of all phages affected all bacteria except 3 isolates (90%). Of phages, including the phages we isolated, have the potential to be used with antibiotics for infections that do not respond to treatment. Especially KK4 phage, which is found to be effective on 73% of clinical E. coli isolates, has a high potential to be used for this purpose.