İshalli hastalardan soyutlanan rotavirüslerin genotiplerinin incelenmesi ve G9 genotip varlığının araştırılması
Investigation of the genotypes of rotavirus from artistic patients and investigation of G9 genotyp
Yazar: KATREN ALBAKKOUR
Danışman: PROF. DR. AYŞE KALKANCI
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Diyare = Diarrhea ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Proteinler = Proteins ; Rotavirüs enfeksiyonları = Rotavirus infections ; Rotavirüsler = Rotaviruses

Özet:
Rotavirus, çocuk çağında görülen gastroenteritlerinin sebeplerindendir. Gelişmekte olan ülkelerde mortalite ve morbiditenin en yaygın nedenlerindendir.  Bu çalışmanın amacı, Ankara'da üçüncü basamak bir hastaneye başvuran, 0-65 yaş arasında, akut gastroenteritli, rota virüs hızlı antijen testi pozitif hastaların dışkı örneklerinde rotavirüsün genotiplerinin RT PZR yöntemi ile belirlenmesidir.  Bu çalışma Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'na Ocak 2013 ile Nisan 2018 tarihleri arasında gastroenterit şikayeti ile başvuran ve dışkıları Mikrobiyoloji laboratuvarına yollanan ve immünokromatografik yöntem ile pozitif bulunan, 0-65 yaş arasındaki 87 (40 kız, 47 erkek) hastanın dışkı örnekleri toplanarak gerçekleştirilmiştir. Rotavirus VP-7 amplifikasyonu Beg9 ve End9 primerleri kullanılarak, G genotiplendirme G1-G4 ve G9 için özgül primerler kullanılarak gerçekleştirilmiştir. VP-4 amplifikasyonu con-2 ve con-3 primerleri kullanılarak yapılmıştır. P genotipleri P[8], P[4], P[6] ve P[9] için özgül primerler ile belirlenmiştir. VP4 ve VP7 gen amplifikasyonu için AccessQuick RT-PZR (Promega Corporation, Madison, WI), genotiplendirme için de PZR Mastermix (Promega, Madison, WI) kullanılmıştır. Rotavirus antijen pozitifliği saptanan olguların cinsiyetler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır. Rotavirus enfeksiyonu en sık 12-23 aylık çocuklarda saptanmıştır. Antijen pozitifliğinin en sık kış ve sonbahar mevsiminde yoğunlaştığı izlenmiştir. Tiplendirme sonucunda G1 (% 25,80), G2 (% 3,22), G3 (% 4,30), G4 (% 6,45), G9 (% 60,21) G tipi olarak belirlenmiştir. P4 (% 1,14), P8 (% 93,10), P6 (% 5,74) P tipi olarak belirlenmiştir. Hem G hem de P tipleri birlikte tespit edilmiştir. En sık görülen tipi G9P[8] (% 56,98) ve G1P[8] (% 22,58) olduğu saptanmıştır. Tüm dünyada olduğu gibi bizim çalışmamız'daki Rotavirüs enfeksiyonu olan olgularda da G9 ve P[8]'in en sık genotipler olduğu görülmüştür. Benzer çalışmalar en sık G9P[8] tespit edilmiştir. Ancak yıldan yıla G9 genotipinin Ankara 'da arttığı görülmüştür.

Abstract:
Rota virus is the most common cause of gastroenteritis in children and is one of the most common cause of mortality and morbidity in developing countries. The aim of this study was to determine the genotypes of rotavirus rapid test antigen positive patients between 0-65 years old with acute gastroenteritis attended to a tertiary care hospital in Ankara. This study was conducted between January 2013 and April 2018 at Gazi University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Stool samples were collected from 87 (40 female, 47 male) patients aged between 0-65 years who presented with gastroenteritis and were sent to microbiology laboratory. Rotavirus VP-7 amplification was performed using specific primers for G typing G1-G4 and G9 using Beg9 and End9 primers. VP-4 amplification was performed using con-2 and con-3 primers. P types were determined by specific primers for P [8], P [4] and P [6]. Access Quick RT-PZR (Promega Corporation, Madison, WI) was used for VP4 and VP7 gene amplification, and PZR Mastermix (Promega, Madison, WI) was used for serotyping. No statistically significant difference was found between the sexes of patients with positivity of rotavirus antigen. Rotavirus infection was most common in children aged 12-23 months. Antigen positivity was most common in winter and autumn. Genotypes G1 (25,80 %), G2 (3,22 %), G3 (4,30 %), G4 (6,45 %), G9 (60,21 %) constituted G types. P4 (1,14 %), P8 (93,10 %), P6 (5,74 %) constituted P types. The combination of G and P types was most prevalent for G9P [8] (56,98 %) and G1P[8] (22,58 %). According to these results, G9 and P8 were the most common genotypes in our study. Similar to various studies in Turkey, serotype G9P[8] had the highest ratio in the present study and G9 increased year by year significantly in Ankara, probably due to a new circulating clone of G9.