Karbapenemlere dirençli Enterobacteriaceae üyesi bakterilerde VIM, IMP, NDM-1, KPC ve OXA 48 enzimlerinin araştırılması
The investigation of the VIM, IMP, NDM-1, KPC and OXA 48 enzymes in bacteria which belong to carbapenem resistant Enterobacteriaceae
Yazar: YELDA DEMİR
Danışman: DOÇ. DR. YASEMİN ZER
Gaziantep Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Antibiyotikler-laktam = Antibiotics-lactam ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Enterobacteriaceae enfeksiyonları = Enterobacteriaceae infections ; Enzimler = Enzymes ; Karbapenemler = Carbapenems ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Enterobacteriaceae ailesine ait bakteriler klinik örneklerden en sık izole edilen bakteriler olup, yüksek direnç oranına da sahip olduklarından tedavi açısından sorun yaşanan bakterilerdir. Bu çalışma geniş etki spektrumlu bir antibiyotik grubu olan karbapenemlere karşı enterobakterlerde rastlanan direnç profillerinin gösterilmesi amacıyla yapılmıştır. Çalışma laboratuvarımıza gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen 95 Enterobacteriaceae suşları ile yapıldı. Suşların 60?ı imipenem,  meropenem ve ertapeneme dirençli, 20?si imipenem veya ertapenem?den birine dirençli ve 15?i karbapenemlerin her üçüne de duyarlı idi.  Karbapenemaz aktivitesi, Modifiye Hodge testi (MHT) ve kromagarla fenotipik olarak ve PCR ile de genotipik olarak araştırıldı. Çalışmaya alınan suşlarının 41?i (%43.2) K.pneumoniae, 27?si (%28.4) E.coli, 13?ü (%13.7) P.mirabilis, 10?u (%10.5) E.cloacae, 1?i (%1.1) S.marcescens, 1?i (%1.1) K.oxytoca, 1?i ( %1.1) P.stuartii, 1?i ( %1.1) E.aerogenes?idi. MHT ile suşların 48?i (%50.5) pozitif, 47 `si (%49.5) negatif olarak saptandı. Kromagar ile 95 suşun 69?u (%72.6 ) pozitif, 26?sı (%27.4) negatif olarak bulundu. MHT?i pozitif olan 48 suşun 45?inde (%65.2) kromagar testi pozitif bulunurken, 3?ünde (%11.5) kromagar negatif olarak bulundu. MHT?nin duyarlılığı %78.95, kromagarın duyarlılığı %100 olarak bulundu. Genotipik olarak KPC(1-10), OXA48, VIM(1-13), IMP(1-22) ve NDM-1 tipi enzim varlığı araştırıldı. Suşların 57?sinde (%60) karbapenemaz geni pozitif bulunmuş olup, en sık olarak OXA48 (50 suş, %87.7) saptandı. İzolatların 6?sında NDM-1 ve 2?sinde VIM saptandı. IMP ve KPC gen bölgesilerine rastlanmadı. Kromagar karbapenemaz aktivitesini saptamada rutinde kullanılabilecek pratik ve faydalı bir yöntem olarak bulunmuştur. MHT ise zaman alıcı ve zahmetli bir yöntem olması ayrıca NDM-1 karbapenemaz enzimi içeren suşlarda duyarlılığının düşük olması nedeniyle dikkatle kullanılmalıdır.

Anahtar kelimeler: Enterobacteriaceae, karbapenem, Modifiye Hodge testi, kromagar, VIM, NDM1, OXA 48

Abstract:
Bacteria belonging to Enterobacteriaceae family are the most frequently isolated bacteria from clinical specimens, and due to their high resistance, there are problems in terms of treatment. This study was carried out to show the resistance profiles in enterobacteria against carbapenems which are a group of antibiotic with wide spectrum. The study was carried out with 95 Enterobacteriaceae strains isolated from various samples sent to our laboratory. Among the isolates, 60 were resistant to imipemen, meropemen and ertapenem, 20 were resistant to imipenem or ertapenem, and 15 were sensitive to all three drugs. The activity of carbapenemase was investigated phenotypically with Modified Hodge test (MHT) and chrome agar, and genotypically with PCR. The study included 41 (43.2%) K.pneumoniae, 27 (28.4%) E.coli, 13 (13.7%) P.mirabilis, 10 (10.5%) E.cloacae, 1 (1.1%) each S.marcescens, K.oxytoca, P.stuartii, and E.aerogenes strains. Out of the strains, 48 (50.5%) were determined positive and 26 (27.4%) negative with MHT. With chrome agar, 69 strains (72.6%) were found positive and 26 (27.4%) negative. Forty-five of 48 MHT positive strains were chrome agar positive and three were chrome agar negative. The sensitivities of the MHT and chrome agar were 78.95% and 100%, respectively. During the study, the presence of KPC (1-10), OXA48, VIM (1-13), IMP (1-22), and NDM-1 enzymes was investigated genotypically. Carbapenemase gene was found positive in 57 (60%) strains and OXA48 (50 strains, 87.7%) was determined as the most frequent gene. NDM-1 was detected in 6 (10.4%) and VIM in 2 (3.5%) of the isolates. IMP and KPC gene regions were not detected. As the result, chrome agar was found to be a practical and useful method in determining the activity of carbapenemase. MHT is a time-consuming and troublesome method and due to its low sensitivity in detecting NDM-1 carbapenemase positive strains, this method should be used carefully.

Key words: Enterobacteriaceae, carbapenem, Modified Hodge test, chrome agar, VIM, NDM1, OXA 48