Larenks kanserli hastalarda SETD2 gen ifadesinin araştırılması
Investigation of SETD2 gene expression in patients with laryngeal cancer
Yazar: AHMET TAYFUR EREN
Danışman: PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Onkolojik Biyoloji ve İmmünoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Gen ifadesi = Gene expression ; Gen ifadesi profili = Gene expression profiling ; Genler = Genes ; Laringeal neoplazmlar = Laryngeal neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Tıbbi onkoloji = Medical oncology

Özet:
Larenks kanseri, malign hücrelerin larenkste veya gırtlakta büyüdüğü nadir bir kanserdir. Sigara tütünü ve alkol tüketimi, larenks kanseri için temel risk faktörleridir. Larenks vucütta yerleşim bölgesi nedeniyle kişinin yaşamsal fonksiyonları haricinde, kişinin sosyal hayatı yönünden de önemlilik arz eden bir organdır. Bu nedenle tedavi aşamasında kişinin sağkalım süresinin yanında cerrahi olarak larenksin rezeksiyona karşı korunması da amaçlanmaktadır. Hastalığın tanısının zor yapılması ve çoğunlukla ileri evrelerde hastalığın belirlenmesi, larenks kanserinin erken tanısını sağlayabilecek çalışmaları hızlandırmıştır. Tüm gelişmelere karşın, nüks ve tedaviye direnç halen tedaviyi güçleştirmektedir. Larenks kanseri halen tedavisi zorlu yapılan kanserler grubunda yer almaktadır. Bu sebeple, günümüzde erken teşhiste kullanılabilecek biyomarkerların ve daha efektif tedavi metodlarının geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Larenks kanseri taraması ve erken evrelerde tespitini sağlayacak onaylı yüksek duyarlılığı ve özgüllüğü olan ve malign dokuların tespiti yapan onaylı test bulunmamaktadır. 
Onkolojik çalışmalarda tümör hücreleri ile normal hücreler arasında ekspresyon düzeyinin karşılaştırılabiliyor olması oldukça önemlidir. SETD2 geni, çeşitli tümörlerde kopya sayısı kaybıyla sıklıkla hedeflenen bir bölge olan kromozom 3'ün p21.31 sitogenetik bandında yer almaktadır. SETD2, DNA onarımı, kromozom segregasyonu ve RNA ekleme işleminde rol oynamaktadır. 
Tez çalışmamızda da larenks kanserinde, tanısında ve izlenmesinde marker olarak kullanılabilecek SETD2 geninin ekspresyon düzeylerinin araştırılması hedeflendi. Çalışma sonucunda hasta tümör örnekleri, eşlenik sağlıklı normal dokuları ve cerrahi öncesi toplanan serum örnekleri SETD2 gen ekspresyonu açısından karşılaştırıldı ve değerlendirildi. Hastaların %32'sinde (16/50) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya oranla, ekspresyon seviyesinde artış gözlenirken, hastaların %26'sında (13/50) tümör ekspresyon seviyesinde azalış gözlendi. Ekspresyon durumu ile hastaların klinikopatolojik verileri karşılaştırıldığında sigara ve alkol kullanımı, nüks, anatomik tutulum bölgeleri ve metastaz ile anlamlılık bulunamadı (p>0,05). Sadece SETD2 genindeki ekspresyon artışı ile lenf nodu tutulumu arasında anlamlı bir ilişki gözlemlendi (p=0.048).


Anahtar Kelimeler:Larenks Kanseri, SETD2 geni, tümör dokusu, ekspresyon analizi, biyobelirteç.
Bu çalışma,İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir.Proje No:17190

Abstract:
Laryngeal cancer is a rare type of tumor  in which malignant cells grow in the larynx. Cigarette and alcohol consumption are the main risk factors for laryngeal cancer. Apart from the vital functions of the person  it is also important for the social life of the person due to the location of the larynx in the body. For this reason, it is aimed to protect the laryngeal resection as well as the duration of the patient's survival. The difficulty of diagnosis and the determination of the disease mostly in advanced stages have accelerated the studies that can provide early diagnosis of laryngeal cancer. Despite all developments, recurrence and treatment of the disease resistance still make treatment difficult. Laryngeal cancer is still in the group of cancer patients who are difficult to treat. For these reasons, biomarkers and more effective methods of treatment that can be used in the early stages of aging are needed nowadays. There are no approved tests to detect malignant tissues and confirmed high specificity to detect early stage detection for.laryngeal cancer.
It is very important that oncology studies can compare expression levels between tumor cells and normal cells. The SETD2 gene is located on the cytogenetic band p21.31 of chromosome 3, a region frequently targeted by loss of copy number in various tumors. SETD2 plays a role in DNA repair, chromosome segregation and RNA addition.
 Therefore, we aimed to investigate the expression levels of the SETD2 gene which can be used as a marker in larynx cancer, diagnosis and follow-up in our thesis study. As a result of the study, patient tumor samples, conjugated healthy normal tissues and serum samples collected before surgery were compared and evaluated in terms of SETD2 gene expression. In 32% of patients (16/50) there was an increase in the level of expression compared to the normal tissue in the tumor,26% (13/50) of patients showed a decrease in tumor expression level. When the expression status and the clinicopathological data of the patients were compared, no significant difference was found between smoking and alcohol consumption, recurrence, anatomic involvement zones and metastasis (p> 0.05). Only a significant correlation was observed between expression increase in the SETD2 gene and lymph node involvement (p = 0.048).

Key words: Laryngeal Cancer, gene, tumor tissue, expression analysis, biomarker. This work was
supported by the Istanbul University Scientific Research Projects Unit. Project number:17190