Mercimekte (Lens culinaris) SSR ve SNP  markörleri kullanarak doymuş genetik harita oluşturulması ve bazı agromorfolojik özellikler ile ilişkili kantitatif özellik bölgelerinin belirlenmesi
Construction of saturated genetic linkage map based on ssr and SNP markers and mapping of quantitative traits loci for some important agronomical traits in lentil (Lens culinaris)
Yazar: MUSTAFA TOPU
Danışman: PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Bu araştırma, mercimek bitkisinde SNP/DaRT ve SSR DNA markörlerini kullanarak doymuş genetik harita elde etmek ve mercimekte bazı bitkisel özellikleri kontrol eden kantitatif özellik bölgelerini belirlemek amacıyla yürütülmüştür. Araştırmada, Karacadağ x Silvan kırmızı mercimek melezlemesinden geliştirilen 144 adet rekombinant kendilenmiş hat ve anaçlar kullanılarak 2014-2015 yetiştirme sezonunda Adana, 2015-2016 yetiştirme sezonunda ise Adana (taban ve kıraç) ve Sivas çevresinde tesadüf parselleri deneme desenine göre denemeler kurulmuştur. 
Bağlantı haritası elde etmek için yapılan moleküler analizler sonucunda 24 adet SSR ve 2287 SNP ve DArT DNA markörüne (toplam 2311 DNA markörü) sahip, markörler arası uzunluğu 0.40 cM/Markör, toplam uzunluğu ise 1041.3 cM olan ve 7 adet bağlantı grubu içeren genetik bağlantı haritası elde edilmiştir. Dört farklı çevrede incelenen agro-morfolojik karakterler ve elde edilen genetik bağlantı haritası kullanılarak yapılan kantitatif özellik bölgeleri (QTLs) belirleme analizleri sonucunda, incelenen agro-morfolojik özellikler için toplam 57 adet QTL bölgesi belirlenmiştir.
Bu araştırmada saptanan QTL bölgelerinin mercimek ıslahında Marköre Dayalı Seleksiyon ıslahında etkin olarak kullanılabilmesi için önce doğrulamanın yapılması, doğrulama yapıldıktan sonra ise bu QTL bölgelerinin doğrudan mercimek ıslahında kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
The aim of this study was to construct a saturated genetic linkage map in lentil by using SNP, DArT and SSR markers, and to determine also the quantitative trait regions which control some of lentil characteristics. In the study, 144 recombinant inbred lines derived from a cross between Karacadağ x Silvan red lentil were used as plant material. The field trials were conducted under lowland conditions at Adana during the growing season of 2014-2015, and under both rainfed and lowland conditions at Adana, and under rainfed conditions at Sivas during the growing season of 2015-2016, In the experiments, RILs along with two parents were sown according to randomized plots design.
Linkage analysis resulted in a final linkage map comprised 2311 polymorphic marker loci, 24 SSRs and 2287 SNP and DArT DNA markers, spanning 1041.3 cM, which spread on 7 genetic linkage groups. The overall average marker density was 0.40 cM/marker. In four different environments, 57 regions of QTLs were detected and linked with agro-morphological traits.
From the results of the study, it was concluded that after validation of the determined QTL regions, the markers linked with these QTLs can be used effectively in marker-assisted selection in the lentil breeding programs.