Jeneralize tonik klonik nöbetli epilepsi ile SCN1A, SCN2A ve KCNQ2 genleri arasındaki ilişki
The association between generalized tonic-clonic seizures and SCN1A, SCN2A and KCNQ2 genes
Yazar: ZEYNEP AYTAÇ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. BERRİN TUĞRUL
Celal Bayar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Jeneralize tonik-klonik nöbet (JTKN) tipli epilepsi idiyopatik jeneralize epilepsiler (IJE) arasında %14 civarında görülen bir hastalıktır. Yapılmış bazı in vivo çalışmalarda iyon kanal genlerinden SCN1A, SCN2A ve KCNQ2'deki polimorfizmlerin ve bu polimorfizmlerle ilgili genetik etkileşimin JTKN ile ilişki olduğu belirtilmektedir.

Bu çalışmada IJE'nin alt tiplerinden, JTKN nöbet tipli epilepsi hastalarında SCN1A (R1648H), SCN2A (GAL879-881QQQ) ve KCNQ2 (V182M) genlerindeki polimorfizmler ve bu polimorfizmler arasındaki genetik etkileşimin epilepsi nöbet tipi ile ilişkisinin olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır.

Çalışmamıza JTKN nöbet tipi epilepsili 75 hasta ve 75 sağlıklı kişi dahil edilmiştir. Hasta ve kontrol grubundaki kişilerin kanlarından izole edilen DNA'lardan SCN1A geninin 26. eksonu, SCN2A geninin 19. eksonu, KCNQ2 geninin 9. eksonu polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltıldı. PZR ürünlerine DNA dizi analizi yapıldı. Dizi analiz sonuçları MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) programında analiz edildi. MEGA dizi analiz sonuçları istatistiksel olarak SHEsis programı ile değerlendirildi.

SCN1A geninde R1648H, SCN2A geninde GAL879-881QQQ, KCNQ2 geninde V182M polimorfizmlerini ne hasta grubunda ne de kontrol grubunda taşıyan kişiye rastlanılmadı. SCN1A geninde yeni bir polimorfizm olan R1648P polimorfizmini hasta grubunda 1, kontrol grubunda 3 kişinin heterozigot olarak taşıdığı belirlendi. Ayrıca kontrol grubunda, SCN1A geninde 134272. nükleotitte A>G polimorfizmini 1 kişinin ve 134347. nükleotitte G>A polimorfizmini 1 kişinin heterozigot taşıdığı, hasta grubunda bu polimorfizmlerin olmadığı belirlendi.

SCN2A geninde kontrol grubunda 105649. nükleotitte G>A polimorfizminin 1 kişide ve KCNQ2 geninde 28704. nükleotitte T>G polimorfizminin 1 kişide olduğu, hasta grubunda bu polimorfizmlerin olmadığı belirlendi.

SCN1A geninde R1648H, SCN2A geninde GAL879-881QQQ, KCNQ2 geninde V182M polimorfizmlerinin ve çalışmamızda bulunmuş diğer polimorfizmlerin JTKN ile ilişkisinin olmadığı sonucuna varıldı.

Abstract:
Generalized tonic clonic seizure (GTCS) epilepsy is a type of disease that constitute 14 % of idiopathic generalized epilepsy (IGE). Previous in vivo studies with generalized tonic clonic seizure (GTCS) epilepsy showed that there is relation between GTCS type of epilepsy and polymorphisms of SCN1A, SCN2A, KCNQ2 ion channel genes.

In this study it was aimed to investigate the relation between the genetic mutations of ion channel genes, SCN1A (R1648H), SCN2A (GAL879-881QQQ), KCNQ2 (V182M), and GTCS epilepsy the subtype of IGE. Besides, the relation in between these genes were also investigated. 

In this study, 75 GTCN epilepsy patients and 75 healthy people as control were included. DNA's of patients and controls were isolated and 26. exon of SCN1A, 19. exon of SCN2A, 9. exon of KCNQ2 genes were amplified by polymerase chain reaction (PCR). PCR products were sequenced and results were analyzed with MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) program. These analysis were statistically evaluated by SHEsis software program.

SCN1A (R1648H), SCN2A (GAL879-881QQQ) and KCNQ2 (V182M) polymorphisms were not determined neither in patient nor in control group. R1648P was determined as a new polymorphism of SCN1A gene that found at 1 person in patient group and 3 people in control group as heterozygous. Also in SCN1A gene 134272 A>G polymorphism was determined at 1 person and 134347 G>A polymorphism was determined at another person as heterozygous in control group. 

Also 105649 G>A polymorphism of SCN2A gene was determined at 1 person in control group and 28704 T>G polymorphism of KCNQ2 gene was determined at 1 person in control group

According to our findings, there was no any relationship of GTCS epilepsy with SCN1A (R1648H), SCN2A (GAL879-881QQQ) and KCNQ2 (V182M) polymorphisms and polymorphisms determined in this study.