ABO kan grubu sisteminin genotipininyeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi
Examining the genotype of the ABO blood group system using next-generation sequencing method
Yazar: ŞEYMA AKTAŞ PASKAL
Danışman: PROF. DR. MUNİS DÜNDAR
Erciyes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Giriş - Amaç: ABO kan grubu sistemi, Landsteiner tarafından 1901'de keşfedilmiştir ve transfüzyon tıbbındaki en önemli kan grubu sistemlerinden birisidir. İnsan ABO geni, 9. Kromozomda 9q34.2 lokusunda bulunur; 18 kilobazdır ve 7 ekzondan oluşur. ABO geni, A ve B antijenlerini üretmek için glikozil transferazlar olarak bilinen enzimleri kodlar. ABO lokusunda üç ana alel bulunur ve bunlar A, B ve O alelleridir. A ve B alelleri O aleline baskınken, birbirlerine eş baskındırlar. Bu durum A, B, O ve AB'den oluşan dört farklı fenotip oluşumuna neden olmaktadır. ABO geninin dizilenmesi ve 
lanması ile üç temel alelin tanımlanmasından sonra bu alellerin varyasyonları da bulunmuştur. ABO kan grubu sistemi, kan transfüzyonu, adli tıp ve hastalık ilişkilerinde özellikle önemlidir ve rutinde serolojik yöntemlerle tespit edilmektedir. Fakat kan grubu uyuşmazlığı gibi karşılaşılan bazı problemlerin giderilmesinde kan grubu genotiplemesi gerekli olmaktadır. 
Bu çalışma, Türk popülasyonunun ABO genotipini yeni nesil dizileme yöntemini kullanarak değerlendiren ilk çalışma olması sebebiyle önem arz etmektedir. Bu çalışmanın amacı Türk popülasyonunda ABO kan grubu genotiplerini ve fenotiplerle korelasyonunu değerlendirmek, tespit edilen alel tiplerinin frekansını belirlemek ve yeni/nadir varyantları tespit etmektir.
Materyal ve metod: 	01.01.2022 - 30.06.2023 tarihleri arasında Erciyes Üniversitesi Tıbbi Genetik bölümünde değerlendirilmiş ve ABO geni yeni nesil dizileme yöntemiyle çalışılmış olan 256 kişi retrospektif olarak incelendi. ABO geninin biyoinformatik analizi yapıldı Güncel veri tabanları kullanılarak ABO kan grubu alel tipleri belirlendi ve alel frekansları hesaplandı.
Bulgular ve sonuç: Çalışmamızda değerlendirilen tüm bireylerin serolojik ve moleküler kan grubu sonuçları %100 uyumlu olarak bulunmuştur. 256 kişinin 98 (% 38,28)'i A kan grubu, 76 (% 29,69)'sı O kan grubu, 58 (% 22,66 )'i B kan grubu ve 24 (% 9,37)'ü AB kan grubu olarak tespit edilmiştir. 256 kişinin ABO genotiplemesinde, mevcut veri tabanında bulunmayan 4 alel de dahil olmak üzere toplamda 22 farklı alel tespit edilmiş ve bu alellerin 56 farklı kombinasyon oluşturduğu belirlenmiştir.
Anahtar kelimeler: ABO geni, kan grubu genotipi, alel frekansı, yeni nesil dizileme

Abstract:
Introduction - Aim: The ABO blood group system, discovered by Landsteiner in 1901, stands as one of the most crucial blood group systems in transfusion medicine. The human ABO gene resides on chromosome 9 at locus 9q34.2, spanning 18 kilobases and consisting of 7 exons. The ABO gene encodes enzymes known as glycosyltransferases that produce A and B antigens. Within the ABO locus, three main alleles exist: A, B, and O. While A and B alleles are dominant over the O allele, they are co-dominant to each other, resulting in the formation of four phenotypes: A, B, O, and AB. Following the sequencing and cloning of the ABO gene, variations in these alleles have also been identified. The ABO blood group system holds particular significance in blood transfusion, forensic medicine, and disease relationships, being routinely determined through serological methods. However, resolving certain issues like blood group incompatibility necessitates blood group genotyping.
This study is of importance as it is the first study evaluating the ABO genotype of the Turkish population using next-generation sequencing. The aim of this study is to assess the ABO blood group genotypes and their correlation with phenotypes among individuals in the Turkish population, determine the frequency of detected allele types, and identify new/rare variants.
Materials and Methods: Between January 1, 2022, and June 30, 2023, a retrospective analysis was conducted on 256 individuals who had been evaluated at the Medical Genetics Department of Erciyes University and underwent next-generation sequencing of the ABO gene. Bioinformatics analysis of the ABO gene was performed Using updated databases, ABO blood group allele types were determined and allele frequencies were calculated.
Results and Conclusion: In our study, all individuals evaluated demonstrated 100% concordance between serological and molecular blood group results. Among the 256 individuals, 98 (38.28%) were found to have the A blood group, 76 (29.69%) had the O blood group, 58 (22.66%) had the B blood group, and 24 (9.37%) had the AB blood group. In the ABO genotyping of 256 individuals, it was found that there are 22 different alleles, including 4 alleles that are not currently present in the database. These alleles combine to form 56 different combinations.
Keywords: ABO gene, blood group genotype, allele frequency, next-generation sequencing