Kesimhanelerdeki sığır karkaslarında clostridium perfringens'in varlığı ve moleküler tiplendirilmesi
Occurence and molecular typing of clostridium perfringens on cattle carcasses at slaughterhouses level
Yazar: MERİÇ PELİN TUNALI GÖKALP
Danışman: PROF. DR. ÖZLEM KÜPLÜLÜ
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Gıda Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Clostridium perfringens = Clostridium perfringens ; Karkas = Carcass ; Mezbahalar = Abattoirs ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Sığır eti = Beaf

Özet:
Clostridium perfringens, Clostridiaceae ailesinin Clostridium genusunda yer alan Gram pozitif, çubuk şeklinde, sporlu, fakültatif anaerob, hareketsiz ve ubiquiter patojen bir bakteridir. Etkenin patojenitesi insanlar ile evcil ve yabani hayvanların bağırsaklarında ürettiği toksinlerden ileri gelmektedir. C. perfringens'in ürettiği toksinler; major (alfa (α), beta (β), epsilon (ε) ve iota (ι) toksin) ile minör (enterotoksin (cpe) ve beta 2 (β2) toksin vb.) olarak iki farklı sınıfa ayrılmaktadır. Alfa toksin bütün tipler tarafından sentezlendiğinden etkenin doğrulanması amacıyla da kullanılmaktadır. Bu çalışmada Ankara civarındaki bir mezbahadan sığırlarda C. perfringens varlığı ve toksin tiplendirmesi amacıyla 120 karkas svap örneği toplandı. Klasik kültür yöntemiyle mikrobiyolojik ve biyokimyasal analizler sonrasında identifiye edilen izolatlar real-time PCR yöntemi ile C. perfringens α toksin geni (cpa) varlığı ile doğrulandı. İzolatlardan cpa geni içerenler multipleks PCR yöntemi ile diğer toksin genleri (cpb, cpb2, etx, iA, cpe) varlığı yönünden analiz edildi. Daha sonra bu izolatların antibiyotik duyarlılıkları belirlendi. 
Analizler sonucunda 120 sığır karkasından 63'ü (% 52,5) cpa genine sahip olup C. perfringens olarak tespit edilmiştir. Multipleks PCR ile 127 izolatın yalnızca birinde (% 0,78) beta2 geni saptanmıştır. Ayrıca sığır karkaslarında tespit edilen C. perfringens için sülfonamid ve tetrasiklin antibiyotik direnci öne çıkmıştır.

Anahtar Sözcükler: Antibiyotik, Clostridium perfringens, Karkas, PCR, Sığır.

Abstract:
Clostridium perfringens is a Gram positive, rod-shaped, spore-forming, facultative anaerobe, non-motile and ubiquiter pathogen bacterium which belongs to the genus Clostridium of family Clostridiaceae. It can produce some toxins in human, wild and domestic animals intestines and this toxins are considered as pathogenic factor of this bacterium. The toxins are classified to two categories. Major toxins and minor toxins are produced by different Clostridium perfringens types. Alpha (α), beta (β), epsilon (ε) and iota (ι) toxins are classified as major lethal toxins and cpe (Clostridium perfringens enterotoxin) and beta 2 (β2) like toxins are classified as minor lethal toxins. Alpha (α) toxin can be produced by every type of Clostridium perfringens, therefore this toxin can be also used as confirmation of agent. In this study, 120 swap samples were collected each cattle carcasses. The samples processed with classical method and then for identification isolates were analysed with biochemical tests. Positive isolates were confirmed with cpa gene using real-time PCR protocol. After confirmation, isolates were analysed for other toxin (cpb, cpb2, etx, iA, cpe) genes with multiplex PCR.
As a result of the analysis, cpa gene containing isolates were detected from 63 (52,5 %) of 120 cattle carcasses. 127 isolates were analysed by multiplex PCR for their other toxin genes and only 1 (0,78 %) cattle carcass swap isolates contained cpb2 toxin gene. In addition sulphonomid and tetracyclin resistance is strongly noticable for the C. perfringens detected in cattle carcass swaps

Keywords: Antibiotic, Carcass, Cattle, Clostridium perfringens, PCR.