Triple negatif meme kanserinde çoklu ilaç direncinde rol alan miRNA ve hedeflediği genlerin terapötik etkisinin araştırılması
The investigation of therapeutic effect of miRNA and targeted genes involved in multidrug resistance in triple negative breast cancer
Yazar: SERCAN KENANOĞLU
Danışman: PROF. DR. MUNİS DÜNDAR
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA ; Taşıyıcı proteinler = Carrier proteins ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple

Özet:
Triple Negatif Meme Kanseri (TNMK), tüm meme kanserleri arasında %12-17'lik bir paya sahiptir ve diğer tip meme kanserlerinin aksine hormon reseptörlerinin ekspresyonunun olmamasıyla karakterizedir. Yüksek proliferasyon indeksine sahip olması mevcut tedavilerden alınan yanıttaki etkinliği düşürerek çoklu ilaç direncinin gelişmesine ve hastalığın prognozunun zayıflayarak agresif bir seyir kazanmasına neden olmaktadır. Çoklu ilaç direncinin gelişmesinde primer rol oynayan genlerden ABCB1, ABCC1, ABCG2 ve ABCC9 genlerinin ve bu genleri hedefleyen miRNA'lardan miR-466, miR-4539, miR-659-3p, miR-3123, miR-3133 ve miR-655-3p'nin RT-qPCR yöntemi (2-ΔΔCt) ile ekspresyon düzeylerinin belirlenmesinin amaçlandığı bu çalışmada; tümör dokularındaki ABCB1 (p=0,433), ABCC1 (p<0,05) ve ABCG2 (p<0,05) ekspresyon düzeylerinin kontrol grubuna göre arttığı görülmekle birlikte, ABCC9 (p=0,587) geninin ekspresyon düzeylerinde ise belirgin bir fark görülmemiştir. miR-466 (p=0,802), miR-4539 (p=0,732), miR-659-3p (p=0,807) ve miR-3123 (p=0,980)'ün ekspresyon düzeylerinin tümör dokularında kontrol grubuna göre arttığı, miR-3133 (p<0,05) ve miR-655-3p (p=0,190)'nin ise azaldığı görülmüştür. 61 TNMK hastasının dahil edildiği çalışmada hastaların klinik parametrelerinin sağ kalımları üzerine olan etkileri değerlendirildiğinde, bu parametreler arasında tümör boyutu, evre ve neoadjuvan tedavi alıp almama durumunun PFS ve OS üzerinde anlamlı bir etki yaratığı, ikili grup karşılaştırmalarında ise metastatik olmayan hastalar ile uzak organlardan herhangi birinde metastaz olanlar arasında hem PFS hem de OS arasında anlamlı bir fark olduğu tespit edilmiştir. Kemoterapötik ilaçların bu çalışmada sağ kalım üzerine herhangi bir etkisi olmadığı görülmüştür. Potansiyel terapötik hedef olabileceğini düşündüğümüz miRNA'ların ortalama sağ kalım sürelerine olan etkisinin incelenmesinde, miR-3133 ekspresyon düzeyi yüksek olan hastalarda düşük eksprese olanlara göre daha kısa PFS ve OS süresi gözlenirken, miR-655-3p ekspresyon düzeyi düşük olan hastalarda yüksek eksprese olan hastalara göre daha uzun PFS ve OS süresi gözlenmiştir. Sonuç olarak, ilgili miRNA'ların hastaların gen ve miRNA ekspresyon düzeylerine göre ilaç yanıtının öngörülmesinde prediktif bir biyobelirteç olarak kullanılabileceği ve miRNA-hedefli alternatif gen tedavi stratejilerinin geliştirilmesi mümkün olabilecektir.

Abstract:
Triple Negative Breast Cancer (TNBC) accounts for 12-17% of breast cancers and is characterized by the lack of hormone receptors expression, unlike other types of breast cancer. Along with the accompanying high proliferation index, it causes the development of multi-drug resistance with decrease in the effectiveness of the response from treatments, thereby the prognosis of the disease is weakened, and aggressive course. In this study, we aimed to determine the expression levels of ABCB1, ABCC1, ABCG2, and ABCC9 genes, which play a primary role in the development of multidrug resistance, and miRNAs targeting these genes, miR-466, miR-4539, miR-659-3p, miR-3123, miR-3133, and miR-655-3p. Although ABCB1 (p=0.433), ABCC1 (p<0.05), and ABCG2 (p<0.05) gene expression levels in tumor tissues were increased compared to the control group, there was no significant difference in the expression of ABCC9 (p=0.587) gene. The expression levels of miR-466 (p=0.802), miR-4539 (p=0.732), miR-659-3p (p=0.807), and miR-3123 (p=0.980) were increased in tumor tissues than the control group; whilst miR-3133 (p<0.05) and miR-655-3p (p=0.190) are found to be decreased. When the implications of the patients' clinical parameters on their survivals were evaluated, tumor size, stage, and neoadjuvant treatment had a significant effect on PFS and OS. In paired group comparisons, it was determined that there was a significant difference between PFS and OS in metastatic and non-metastatic groups. Chemotherapeutic drugs were found to not affect survival. Evaluating the effect of miRNAs, which we consider as potential therapeutic targets on average survival: Patients with higher miR-3133 expression levels had a shorter PFS and OS than those with lower expression. Longer PFS and OS were observed in patients with lower expression of miR-655-3p than those with higher expression. In conclusion, the relevant miRNAs may be used as biomarkers in predicting drug response and might be possible to develop miRNA-targeted alternative gene therapy strategies.