MİR-638-5P ve akut myeloid lösemi ilişkisinin araştırılması
The relationship between MİR-638-5P and acute myeloid leukemia
Yazar: SİMGE ÖZBAKIŞ
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ ÖZTÜRK ; DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKNUR SUER
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: HL60 = HL60 ; Lösemi = Leukemia ; Lösemi-miyeloid-akut = Leukemia-myeloid-acute ; Mikro RNA = Micro RNA ; RNA = RNA

Özet:
Akut Myeloid Lösemi (AML), yetişkinlerde en sık görülen lösemi çeşididir, çocuklarda ise lösemilerin %20'sinden sorumludur. MikroRNA (miRNA) molekülleri küçük, protein kodlamayan RNA'lardır fakat hedefledikleri mRNA translasyonunu baskılarlar. Bu sayede biyobelirteç olma potansiyeli taşımaktadırlar. Son çalışmalarda miRNA'ların birden fazla hedef gen üzerinden işlev gördüğü ve birçok hastalıkla ilişkili oldukları gözlemlenmiştir. miR-638-5p, çeşitli kanser türlerinde tümör boyutu, prognoz gibi kanserin klinik özellikleriyle ilişkilendirilen önemli bir tümör supresör miRNA'dır. Kanser hücrelerinde azalan miR-638-5p ekspresyonunun, azalan sağkalım oranı ve kötü prognozla ilişkilendirildiği düşünüldüğünde, hedef genlerinin aydınlatılması önem taşımaktadır. Bu tez projesinde insan AML hücre hatlarına (HL-60 ve NB4) miR-638-5p mimiği Lipofektamin yardımıyla transfekte edildikten sonra miR-638-5p'nin hücre canlılığına etkisi WST-8, hücre ölümüne etkisi Kaspaz-3 yöntemi aracılığıyla incelenmiştir. miR-638-5p'nin olası hedef genleri miRWalk, miRDB, Targetscan, miRTarBase gibi in-silico araçlar kullanılarak, literatürde AML dışında çeşitli kanser türleriyle yapılan çalışmalarda miR-638-5p'nin hedeflediği gözlemlenen fakat AML için araştırılmamış genlerden seçilmiştir. Seçilen PGK1, HOXA9, PIM1, MECP2, MEF2C, SP1 ve SPAG1 genlerinin ifade düzeylerinin miR-638-5p ve non-targeting miRNA transfekte edilen AML hücrelerinde qRT-PZR tekniğiyle araştırılmıştır. miR-638-5p transfekte edilen hücre hatlarının ikisinde de kontrol hücrelere kıyasla PGK1 ve PIM1 ifadelerinin istatistiksel olarak anlamlı seviyede baskılandığı tespit edilmiştir. Buna karşın MECP2, MEF2C ve SPAG1 genlerinin ekspresyonlarında anlamlı bir istatistiksel değişim saptanmamıştır.
Sonuçta, HL-60 ve NB4 hücrelerinde hücre canlılığını ve hücre ölümünü etkileyebildiği tespit edilen miR-638-5p'nin PGK1 ve PIM1 genlerini hedefleyerek AML kanser patogenezinde rol oynayabileceğine dair ön bulgular elde edilmiştir. AML olgularının yönetiminde faydalı olabilecek mRNA düzeyinde tespit ettiğimiz bulguların, in-vitro ve in-vivo ileri çalışmalarının yapılması önem arz etmektedir.

Abstract:
Acute Myeloid Leukemia is the most common type of leukemia in adults, and is responsible for 20% of children leukemia. Recent studies shows that miRNAs function through multiple genes and are associated with many diseases. miR-638-5p is an important tumor suppressor and associated with clinical features of cancer like tumor size and prognosis. Because decreased miR-638-5p expression is associated with decreased survival rate and poor prognosis in cancer, it is important to clarify target genes. In this project, the effect of miR-638-5p on cell viability was investigated by WST-8 method and its effect on cell death by Caspase-3 method after miR-638-5p mimic was transfected to human AML cell lines by using Lipofectamine. Using in-silico tools like miRWalk, miRDB, Targetscan, miRTarBase, the possible target genes of miR-638-5p were selected from target genes of miR-638-5p in studies with other cancer types, but were not investigated for AML. Expression levels of selected genes (PGK1,HOXA9,PIM1,MECP2,MEF2C,SP1,SPAG1) were investigated by qRT-PCR in miR-638-5p transfected and control cells. Statistically significant suppression of PGK1 and PIM1 was found in both miR-638-5p transfected cell lines compared to control cells. Otherwise, no statistically significant change was detected in the expressions of MECP2, MEF2C and SPAG1.
As a result, preliminary findings show that miR-638-5p affect cell viability and cell death in AML cells, may play a role in the pathogenesis of AML by targeting PGK1 and PIM1. It is important to conduct further in-vitro and in-vivo studies at the mRNA level, which may be useful in the management of AML cases.