Brusellozis tanısında polimeraz zincir reaksiyonunun etkinliğinin serolojik yöntemlerle karşılaştırılması ve virülans genlerinin saptanması
Comparison of the efficacy of polymerase chain reaction in the diagnosis of brucellosis by serological methods and detection of virulence genes
Yazar: ENGİN VEDAT SEYHAN
Danışman: PROF. DR. YUSUF YAKUPOĞULLARI
İnönü Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bruselloz = Brucellosis ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Seroloji = Serology ; Virülans = Virulence

Özet:
Amaç: Bruselloz, çoklu organ tutulumu ile ilerleyen zoonotik bir enfeksiyondur.
Klasik tanıda kullanılan kültür ve serolojik testler uzun süre gerektirmekte ve yanlışnegatif olarak sonuçlanabilmektedir. Bu çalışmada, hızla gelişen ve birkaç saatte
sonuçlanabilen bir tanı yöntemi olan PCR'ın bruselloz tanısındaki etkinliği araştırılmıştır.
Materyal ve Metot: Çalışmaya, hastanemizde 01 Ocak 2018 ile 31 Temmuz 2018
tarihleri arasında saptanan 60 hasta ve 60 kontrol numunesi dahil edildi. Numunelerde
real-time PCR yöntemi ile Brucella spp. DNA'sı araştırıldı ve pozitif örneklerde PCR
yöntemi ile tür ayrımı ve virülans genleri çalışıldı. PCR yönteminin tanı etkinlik değerleri
hesaplandı.
Bulgular: Hasta numunelerinin sekizinin kan kültüründe Brucella spp. üremesi
oldu. Serolojik yöntemlerle antikor saptanan 60 hastanın 50'sinde akut hastalık göstergesi
olan ≥1/160 titre değeri mevcuttu ve bu hastaların 32'si akut hasta, geri kalan 18'i ise
tedavi altındaki hastalardı. Yapılan real-time PCR testi ile hasta grubunda 19 örnekte
Brucella spp. DNA'sı saptanırken, bu türlerin hepsi Brucella melitensis olarak belirlendi
Pozitif örneklerin hepsinde omp19, wbkA, manA, mviN, ure ve perA virülans genleri
pozitif bulundu. PCR'ın hasta grubu ve akut hastalar için saptanan duyarlılığı sırasıyla
%31.6 ve %59.3; özgüllük ve Pozitif Prediktif Değeri %100 ve akut hastalar için Negatif
Prediktif Değeri ise %87.1 olarak hesaplandı.
Sonuç: Çalışmamızda, Brucella PCR testi ile akut hastaların yaklaşık %60'ının
tanısının yapılabildiği, bu testin özgüllüğünün mükemmel düzeyde olduğu, olgularının
hepsine B. melitensis'in neden olduğu ve suşların tüm önemli virülans genlerini taşıdığı
saptanmıştır. Daha hassas saptama limiti olan PCR kitlerinin geliştirilmesi ve hastadan
uygun dönemde numune alınması ile PCR'ın bruselloz tanısındaki etkinliği artacaktır.
Anahtar Kelimeler: Brucella spp., Bruselloz, Serolojik Testler, PCR, Virülans.

Abstract:
Aim: Brucellosis is a zoonotic infection that progress with multiorgan
involvement. The classical diagnostic methods, including culture and serological tests,
require long time to be completed and may yield false negative results. In this study, the
performance of PCR, as a rapidly-developing method that is able to give results within
hours, was aimed to be evaluated on the diagnosis of brucellosis.
Material and Method: A total 60 patients and 60 control patients' samples which
were assessed between January 1st, 2018 and July 31th, 2018 in our hospital were included.
Brucella spp. DNA was investigated in the clinical samples with real-time PCR method,
and species typing and virulence genes were studied with PCR. The diagnostic efficacy
of PCR method was analyzed.
Results: Brucella spp. growth occurred in eight of the patients' blood cultures.
Fifty out of 60 patient samples which were found positive for antibody were determined
as having ≥1/160 serum titer, and 32 of them having acute disease. Resting 18 patients
were accepted as the patients who were currently under treatment. In the real-time PCR
analysis, DNA of Brucella spp. were found positive in 19 samples in the patient group.
Brucella melitensis were identified in all PCR-positive samples, and all these samples
were also found positive for all the studied virulence genes including omp19, wbkA,
manA, mviN, ure and perA. Of the PCR method, the sensitivity for patients group and
acute patients were found as 31.6% and 59.3%, respectively; specificity and Positive
Predictive values were determined as 100%, and Negative Predictive Value for acute
patients was found as 87.1%.
Conclusion: In this study, it was determined that Brucella PCR could diagnose
almost 60% of acute patients, the specificity of this test was excellent, B. melitensis was
the causative agent in all patients and all these strains were carrying all substantial
virulence genes. It is concluded that more sensitive PCR kits having lower detection limit
are required, and sampling from the patients in appropriate time will increase the efficacy
of PCR in the diagnosis of brucellosis.
Key Words: Brucella spp., Brucellosis, Serological Tests, PCR, Virulence.