Türkiye'de broiler yetiştiriciliğinde coccidiosise neden olan eimeria türlerinin saptanması
Determination of Eimeria spp. causing coccidiosis in broiler breeding in Turkey
Yazar: ESİN GÜVEN
Danışman: PROF. DR. KADRİ ZAFER KARAER
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Eimeria = Eimeria ; Hayvancılık = Animal husbandry ; Koksidiyozis = Coccidiosis ; Kümes hayvanları = Poultry ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tavukçuluk = Chicken farming ; Türkiye = Türkiye

Özet:
Çalışmada, Türkiye broiler yetiştiriciliğinde coccidiosise neden olan Eimeria türlerinin belirlenmesi hedeflendi. Bu amaçla, Türkiye'deki broiler kümeslerinin tamamını temsil edecek şekilde, Türkiye'nin 6 bölgesinde (Akdeniz Bölgesi, Doğu Anadolu Bölgesi, Ege Bölgesi, İç Anadolu Bölgesi, Karadeniz Bölgesi ve Marmara Bölgesi) yer alan, Türkiye broiler kümeslerinin yoğunlukla bulunduğu 19 ilde (Adana, Adapazarı, Ankara, Balıkesir, Bolu, Bursa, Çanakkale, Düzce, Elazığ, Eskişehir, İzmir, İzmit, Kayseri, Konya, Manisa, Mersin, Samsun, Uşak ve Zonguldak), illerdeki kümes yoğunluğuna göre sayıları istatiksel analizle belirlenen, toplam 1200 kümesten altlık ve dışkı örnekleri toplanarak çalışma materyali oluşturuldu.Toplanan numuneler arındırma protokolünden geçirildikten sonra, uygun şekilde bir araya getirilerek Türkiye inokulumu hazırlandı. Bu inokulumdan oocyst elde edildikten sonra, ilk etapta oocystlerin morfolojik kriterleri değerlendirilerek varlığı muhtemel türler kaydedildi. Daha sonra, oocystlerden DNA izolasyonu yapıldı. Türkiye'de ilk kez PCR tekniği kullanılarak bu DNA'lar çoğaltıldı. İnokulum içindeki, az sayıda oocyste sahip türlerin belirlenememesi ihtimaline karşı Klasik ve Nested PCR olmak üzere iki tür amplikasyon tekniği uygulandı. PCR ürünlerinin agaroz jelde görüntülenerek teyit edilmesinin ardından, klonlama prosedürü ile spesifik DNA'lar çoğaltılarak sekans analizine gönderildi. Sekans sonuçları ile referans suşların nükleotid dizileri Mega 4.1 programı ile analiz edilerek filogenetik ağaç oluşturuldu.Türkiye'de, broilerlerde coccidiosise neden olan 7 Eimeria türünün (E. tenella, E. maxima, E. brunetti, E. necatrix, E. praecox, E. acervulina ve E. mitis) varlığının araştırıldığı çalışma sonucunda E. tenella, E. maxima, E. brunetti, E. praecox, E. acervulina ve E. mitis türlerinin Türkiye oocyst inokulumunda bulunduğu saptandı. Morfolojik tanıda, inokulumda E. tenella, E. maxima, E. brunetti, E. necatrix, E. praecox, E. acervulina ve E. mitis'e benzer oocyst bulunduğu gözlemlenmesine rağmen PCR'da E. necatrix türü belirlenmedi. Türkiye Eimeria türlerinin referans suşlarla karşılaştırılarak akrabalık dereceleri araştırıldı ve Türkiye Eimeria türlerine ait sekans verilerinin GenBank'a kaydedilmesi için prosedür başlatıldı.

Abstract:
In this study, we aimed to determine Eimeria species causing coccidiosis in broilers raising in Turkey. We selected 6 region of Turkey (Mediterranean Region, Eastern Anatolia Region, Aegean Region, Central Anatolia Region, Black Sea Region and Marmara Region) that included 19 cities (Adana, Adapazarı, Ankara, Balıkesir, Bolu, Bursa, Çanakkale, Düzce, Elazığ, Eskişehir, İzmir, İzmit, Kayseri, Konya, Manisa, Mersin, Samsun, Uşak and Zonguldak) where the broiler poultry houses are common. We collected 1200 stool and litter samples which constituted study material. Sample collections were based on the number of flock in cities determined by statistical analysis.After collections, samples were subjected to cleaning procedure. Cleaned samples were then prepared for Turkey inoculum. Using this inoculum, oocysts were collected. Later, by assessing oocysts morphologic criterias, probable species were enlisted and then, DNA isolation of the oocysts were made. These DNAs were subjected to PCR to increase the amount of DNA for subsequent studies. In order to define species with low numbers of oocyst, two types of amplification techniques called Classical and Nested PCR were employed. After confirming PCR products in agarose gel electrophoresis, PCR fragments were isolated, cloned and sent for sequence analysis. Phylogenetic analysis of our sequence results and reference nucleotide sequences was conducted by using the MEGA software package v4.1.Of the 7 Eimeria species (E. tenella, E. maxima, E. brunetti, E. necatrix, E. praecox, E. acervulina and E. mitis) that cause coccidiosis in broilers , we found that 6 species (E. tenella, E. maxima, E. brunetti, E. praecox, E. acervulina and E. mitis) were detected in Turkey oocyst inoculum. Although it was observed that some oocysts are similar to E. tenella, E. maxima, E. brunetti, E. necatrix, E. praecox, E. acervulina and E. mitis in morphologic diagnosis, E. necatrix specie was not detected by PCR. We also subjected the DNA sequences of Eimeria species found in our studies to phylogenetic analysis to determine their degree of philogenic similarities and we are also in the process of depositing the sequence data of Turkey Eimeria species to GenBank.