Örgüsel frekans analizi ve hayvancılık araştırmalarında kullanılması
Configural frequency analysis and application to animal science researches
Yazar: MEHMET İLKER BEK
Danışman: PROF. DR. ERCAN EFE
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Ziraat = Agriculture ; İstatistik = Statistics

Özet:
Örgüsel frekans analizi (Configural Frequency Analysis - CFA) çok boyutlu tablo analizleri için kullanılan parametrik olmayan bir yöntemdir. CFA analizinde olağanlık tablolarındaki hücrelerin kategori bileşenlerinin her biri örgü (configuration) olarak isimlendirilir. Kategorik özelliklerin kombinasyonlarını araştırmak, özellikle tıp ve psikolojide veya risklerin kombinasyonlarını araştırmak olarak tanımlanır. Psikiyatri de de bu tip yaklaşım değişken analizli değil, kişi analizli yaklaşım olarak bilinir. Çapraz tablolardaki ilişkinin yapısal durumunu ortaya çıkarmak için kullanılan örgüsel frekansların analizi bu tip yerel ilişki tanımlamaları için önem kazanmıştır. Örgüsel frekans analizinin hem açıklayıcı hem de teyit edici yönü vardır. Beklenenden daha fazla frekansla ortaya çıkan örgülerin (tipik) belirlenmesi ilk olarak Lienert (1969) tarafından ortaya konmuştur. Başlangıçta CFA analizi loglineer modellerde rezidüyel analizi gibi görünse de, Lehmarcher (1980) çalışmasından sonra bunun farklı bir istatistik yaklaşım olduğu kabul edilmiştir. Çapraz tablo hücrelerindeki yerel (local) bağımsızlık hipotezlerini test eden bir yaklaşımdır.
Hayvan yetiştiriciliği ve ıslahı araştırmalarında büyük bir çoğunlukla kategorik veriler, tek tek frekans oranlarının verilmesi şeklinde veya değişkenler arası ilişkilerin iki boyutlu tablolarla analizi şeklinde olmaktadır. Üç veya daha fazla kategorik değişkenin, değişken boyutunda değil de hücresel boyutta yani örgüsel düzeyde ki yerel (lokal) ilişkilerinin değerlendirmesi amacıyla yeni yöntemlerin geliştirilmesi ve uygulanması gerekmektedir.  
Bu çalışmanın amacı hayvansal araştırmalarda çok sayıda ve farklı şekillerde elde edilen kategorik hayvansal verilerin oluşturduğu çok boyutlu tabloların yerel örgülerine ait ilişkisel yapıların açıklanmasını sağlayabilecek CFA yaklaşımının kullanılabilirliğini göstermek, çok amaçlı uygulanabilecek bu örgüsel frekans analiz modellerini irdeleyerek, hayvan yetiştiriciliği ve ıslahında örgüsel frekans analiz modellerinin fayda ve sakıncalarını karşılaştırmalı olarak ortaya koymaktır.
Bu çalışmada kullanılan veri, buzağı ölümlerinde risk faktörü olarak gösterilen faktörlerin belirli olasılıklar içerisinde simüle edilmesi ile elde edilmiştir. Elde edilen bu veriler farklı CFA modelleri ile analiz edilerek sonuçlar karşılaştırmalı olarak tartışılmıştır. 
Sonuç olarak bu çalışmada CFA modellerinin mutlaka hayvansal kategorik verilerin çok boyutlu tablolarındaki yerel ilişkilerin ortaya çıkarılması için kullanılması gerekliği belirlenmiştir. Bundan sonraki çalışmalarda Bayesian CFA yaklaşımlarının hayvansal araştırmalardaki kategorik verilerdeki yaklaşımı irdelenmelidir.

Abstract:
Most applications of quantitative genetics theory to animal breeding and animal researces have been made with repect to characters showing a continuous distribution on phenotypic scale. There is no application in animal research data for multiway cross tabulations of frequencies to evaluate local associations for categories of all variables by using an analysis such as configural frequency analysis.
In many animal researches mostly two way cross-tabulated data were evaluated by calculating a simple chi-squared test to see if the whole table deviated from the expected pattern. Such approaches to multiway frequency tables are pretty dissatisfying.  Configural frequency analysis a general multipurpose tool and revolutionizes how we examine the cross-tabulation of two or more count variables. CFA is a useful and potent inferential tool used to evaluate the expected configural patterns in two-way to multiway cross tabulations of frequencies. The results are possible types/antitypes depending on whether the observed cell frequencies are significantly lower/higher with respect to the base model. 
One of the goals of this study is to put into practice the application of configural frequency analysis technique to investigate local associations for animal research count data which was exemplified by cause of mortality of calves. The mortality data were not very vell recorded in in Turkish cattle farming systems. Because of the difficulties of obtaining such risk data for calves' mortality, we used simulated data to to evaluate the implamentation of configural frequency analysis in calves mortality.
In our application we saw that configural frequency analysis is not one analysis method, but it is collection of methods for cathegorical data obtained from many different experimental designs. We have seen that it is very powerfull technique to investigate local configural associtions, and must be used to analyse count data in animal research. The Bayesian CFA analysis approaches must also be evaluated for animal researches in the future researches.