Covid-19 hastalarında toraks BT (bilgisayarlı tomografi) bulguları ile RT-PCR (revers transkriptaz - polimeraz zincir reaksiyonu) sonuçlarının kıyaslanması
Comparison of thoracic CT (computerized tomography) findings and RT-PCR (reverse transcri̇pti̇on - polymerase chai̇n reacti̇on) results in Covid-19 patients
Yazar: SEZEN YÜKSEL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FİLİZ SARIKAYA PEKACAR
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Covid-19 tanı ve takibi, revers transkriptaz - polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) testi ve toraks bilgisayarlı tomografi (BT) ile mümkündür. Bu çalışmada, Covid-19 şüphesi ile benzer zamanlarda RT-PCR testi yapılan ve Toraks BT'si çekilen hastaların sonuçlarının karşılaştırılması amaçlanmıştır.
 
1 Mart 2022 – 31 Ağustos 2022 tarihleri arasında Çankırı Devlet Hastanesi'ne başvurarak RT-PCR testi yapılan ve Toraks BT'si çekilen hastalar hastane veri tabanından retrospektif olarak tarandı. Çalışmaya hastanemizde RT-PCR testi yapılan ve Toraks BT'si çekilen 100 hasta dâhil edildi. 

Hastaların 41'i (%41,0) kadın, 59'u (%59,0) erkek ve yaş ortalamasının 75,4 (SS 15,1) olduğu görüldü. 45 (%45,0) hastada RT-PCR pozitif, 55 (%55,0) hastada ise RT-PCR negatifti. RT-PCR pozitif olan 45 hastanın 19'unda (%42,2) CO-RADS pozitif iken 26'sında (%57,8) CO-RADS negatifti. RT-PCR negatif olan 55 hastanın 23'ünde (%41,8) CO-RADS pozitif, 32'sinde (%58,2) CO-RADS negatifti. CO-RADS kategori 1-3 olan 58 (%58,0) hasta CO-RADS negatif, CO-RADS kategori 4-5 olan 42 (%42,0) hasta pozitif kabul edildi.  Duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif olabilirlik oranları, prevalans, pozitif ve negatif prediktif değerler ve doğruluk oranları sırasıyla; %42,22 (%95 GA 27,66-57,85), %58,18 (%95 GA 44,11 – 71,35), 1,01 (%95 GA 0,64– 1,60), 0,99 (%95 GA 0,71 – 1,39),  %45,0, %45,24 (%95 GA 34,22 – 56,75), %55,17 (%95 GA 46,81 – 63,26) ve %51,00 (%95 GA 40,80 – 61,14) saptandı.

Sonuç olarak yaş, cinsiyet ve CO-RADS sınıflamasının (1-5) kullanılarak RT-PCR pozitifliğini modellemek için logistik regresyon modeli kullanıldığında modelin istatistiksel olarak anlamlı olmadığı (χ2(1)=0,997, p=0,318), üç bağımsız değişkeninde anlamlı olmadığı görülmüştür. Toraks BT taramalarını yorumlamak için standartlaştırılmış kriterlerin kullanılması, BT bulgularına dayalı olarak Covid-19 teşhisinin doğruluğunu ve tutarlılığını artırabilir. Bununla birlikte, kapsamlı bir teşhis yaklaşımında hem BT taramalarını hem de RT-PCR sonuçlarını dikkate almak önemlidir.

Abstract:
Covid-19 diagnosis and monitoring are possible through reverse transcription - polymerase chain reaction (RT-PCR) testing and thoracic computed tomography (CT). In this study, it was aimed to compare the results of patients who pass on RT-PCR test and Thorax CT simultaneously with the unsureness of Covid-19.

Patients who applied to Çankırı State Hospital between March 1, 2022 and June 1, 2022, who pass on RT-PCR test and had Thorax CT scanned retrospectively from the hospital database. The hundred patients who swipe RT-PCR and Thorax CT in our hospital were included in the study.

Of the patients, 41 (41.0%) were female, 59 (59.0%) were male, and the mean age was 75.4 (SD 15.1). RT-PCR was positive in 45 (45.0%) patients and RT-PCR was negative in 55 (55.0%) patients.19 of 45 patients with positive (42.2%) RT-PCR were CO-RADS positive, while 26 were negative (57.8%) for CO-RADS. Of 55 patients with negative RT-PCR, 23 were CO-RADS (41.8%) positive and 32 CO-RADS negative (58.2%). 58 (58.0%) patients with CO-RADS category 1-3 were considered CO-RADS negative and 42 (42.0%) patients with CO-RADS category 4-5 were considered positive. Sensitivity, specificity, positive and negative possibility ratios, widespread, positive and negative predictive values and accuracy rates, respectively; 42.22% (95% GA 27.66-57.85), 58.18% (95% GA 44.11 – 71.35), 1.01 (95% GA 0.64 – 1.60), 0.99 (95% GA 0.71 – 1.39), 45.0%, 45.24% (95% GA 34.22 – 56.75), 55.17% (95% GA 46.81 – 63.26) and 51.00% (95% GA 40.80 – 61.14).

Consequencely, when logistic backsliding model was used to model RT-PCR positivity by using age, gender and CO-RADS classification (1-5), it was seen that the model was not statistically significant (χ2(1)=0.997, p=0.318) and three individualistic variables were not important.  Make use of standardized criteria to explain thoracic CT examine can upgrade the rightness and stability of Covid-19 diagnosis based on CT detectıon. But, it is important to contemplate both CT scans and RT-PCR results in a detailed diagnostic approach.