Bingöl ili bal arılarında (Apis mellifera L.) siyah kraliçe hücre virüsü, tulumsu yavru çürüklüğü virüsü ve akut arı felç virüsü'nün yaygınlığını RT-PCR yöntemi ile belirlenmesi ve tespit edilen izolatların moleküler karakterizasyonu
The prevalence of black queen cell virus, sacbrood virus and acute bee paralysis virus in honey bees (Apis mellifera L.) using RT-PCR method in honey bees in bi̇ngöl province and genomic characterizations of identified isolates
Yazar: ZEYNELABİDİN KURT
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDULLAH GÜLLER
Bingöl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Arı ve Arı Ürünleri Anabilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Arıcılık = Beekeeping

Özet:
Yürütülen bu çalışmada Bingöl ili Bal arılarındaki Siyah Kraliçe Hücre Virüsü (BQCV), Tulumsu Yavru Çürüklüğü Virüsü (SBV) ve Akut Arı Felci Virüsü (ABPV) infeksiyonları ve yaygınlıkları her virüse özgü primerler kullanılarak RT-PCR metodu ile araştırılmıştır. Buna göre 128 farklı arılıktan rastgele şekilde toplam 384 canlı işçi arı örneği toplanmış ve laboratuvara getirilmiştir. 

Araştırması yapılan virüslerden SBV virüsü 128 arılıktan 9'inde %7,03 infeksiyon oranıyla belirlenirken BQCV virüsü ise 128 arılıktan 15'inde %11,7 infeksiyon oranıyla belirlenmiş, ABPV ise belirlenememiştir. Moleküler teşhis çalışmasında aynı zamanda bir örnekte %0,78 oranında ikili infeksiyon da tespit edilmiştir. Tespiti yapılan her bir virüsten rastgele seçilen bir izolatın kısmi poliprotein gen bölgesi moleküler olarak pGEM T-Easy vektörüne Klonlandı ve nükleotit dizi sırası ortaya çıkarıldı.

SBV için 342 nükleotitlik iki dizi ve BQCV için 700 nükleotit içeren bir dizi sırasıyla MZ357971, MZ357972 ve MZ357974 erişim numaraları ile gen bankasına (NCBI)  kaydedilmiştir. Her iki viral genoma ait dizilerin filogenetik ilişkisi gen bankasında yer alan dünya çapındaki diğer izolatlar kullanılarak araştırılmıştır. BQCV- Bingöl izolatı (MZ357974) %96,58 oranında en yüksek nükleotit benzerliği ile Brezilya izolatına, en düşük %75,71 oranda ise İsveç izolatı (KY363519) ile benzerlik gösterdiği saptanmıştır. SBV-Bingöl dizileri ise (MZ357971 ve MZ357972) kendi arasında %100 oranında benzerlik göstermiş olup, her iki dizinin nükleotit benzerliği diğer izolatlar ile %85,96-%92,98 arasında değişmiştir. Ayrıca yapılan filogenetik analizler, her iki izolatın en fazla Türkiye (MH251274) izolatı ile en az ise Çin (JX679488) izolatı ile filogenetik yakınlık içerisinde olduğunu ortaya çıkardı. Bu çalışmada tespiti yapılan SBV ve BQCV virüslerinin varlığı Bingöl ili için ilk kayıt niteliğindedir.

Abstract:
In this study, Black queen cell virus (BQCV), Sacbrood virus (SBV), and Acute bee paralysis virus (ABPV) infections and their prevalence were investigated by RT-PCR method using primers specific to each virus in honey bees in Bingöl province. Accordingly, a total of 384 alive worker bee samples were randomly collected from 128 different apiaries and brought to the laboratory.

Among the viruses studied, SBV and BQCV were identifified in 9 with an infection rate of 7.03% and 15 with an infection rate of 11.7% of 128 apiaries, respectively, but ABPV could not be detected in apiaries. In molecular tests, double infection was also detected in a sample with a infection rate of 0.78%. Partial polyprotein gene region of a randomly selected isolate from each detected virus were molecularly cloned into the pGEM T-Easy vector and the nucleotide sequence sequence was revealed.

Two sequences of 342 nucleotides for SBV and a sequence of 700 nucleotides for BQCV were registered in the GenBank (NCBI) under the accession numbers MZ357971, MZ357972 and MZ357974, respectively. The phylogenetic relationship of the sequences of both viral genomes was investigated using other worldwide isolates from the gene bank. BQCV-Bingöl isolate (MZ357974) was found to be similar to the Brazilian isolate with the highest nucleotide similarity of 96.58%, and to the Sweden isolate (KY363519) at the lowest rate of 75.71%. The SBV-Bingöl sequences (MZ357971 and MZ357972) showed 100% similarity among themselves, and the nucleotide similarity of both sequences varied between 85.96% and 92.98% with other isolates. In addition, the phylogenetic analysis showed that both isolates showed the highest phylogenetic affinity with the Turkish isolate (MH251274), while the least phylogenetic affinity with the Chinese (JX679488) isolate. The presence of SBV and BQCV viruses detected in this study is the first record for Bingöl province.