Türkiye'de yetiştirilen bazı siyah alaca sığır populasyonlarında beta-laktoglobulin ve kappa-kazein genotiplerinin PCR-RFLP yöntemi kullanılarak belirlenmesi
Identification of beta-lactoglobulin and kappa-casein genotyping using PCR-RFLP in some holstein cattle breed populations in Turkey
Yazar: YASEMİN GEDİK
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET ALİ YILDIZ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics
Dizin: Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi = Restriction fragment length polymorphisms ; Süt proteinleri = Milk proteins

Özet:
Bu araştırmada, Tarım İşletmeleri Genel Müdürlüğü (TİGEM)'ne bağlı Bala ve Ceylanpınar Tarım İşletmeleri'nde yetiştirilen Siyah Alaca populasyonlarının ß-laktoglobulin (ß-LG) ve ?-kazein (CSN3) polimorfizmi bakımından tanımlanması amaçlanmıştır. Araştırmada, Bala (78 baş) ve Ceylanpınar (89 baş) Tarım İşletmeleri'nde yetiştirilen toplam 167 Siyah Alaca sığırından alınan kan örnekleri materyal olarak kullanılmıştır.ß-laktoglobulin ve ?-kazein genotipleri PCR-RFLP yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Çalışılan örneklerden DNA molekülünün izole edilmesi tuz çöktürme (salting-out) yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Uygun primerler kullanılarak çoğaltılan ß-LG ve CSN3 PCR ürünleri sırasıyla HphI ve HindIII restriksiyon enzimleriyle muamele edilmiştir. Daha sonra örnekler etidyum bromid ilave edilen % 2'lik agaroz jellerinde elektroforez işlemine tabi tutulmuştur. Elektroforez işleminden sonra jel dokümantasyon sistemi yardımıyla bilgisayar ortamına aktarılan bant modellerinden yararlanılarak sığırların ß-LG ve CSN3 lokuslarındaki genotipler belirlenmiştir.ß-LG lokusunda ß-LG A ve ß-LG B olmak üzere iki farklı allel üzerinde çalışılmış olup, ß-LG A allelinin frekansı Bala ve Ceylanpınar populasyonlarında sırasıyla 0.51± 0.040 ve 0.34 ± 0.035 olarak hesaplanmıştır. CSN3 lokusu bakımından CSN3 A ve CSN3 B olmak üzere iki farklı allel tespit edilmiş olup yaygın olan CSN3 A allelinin frekansı Bala ve Ceylanpınar populasyonlarında sırasıyla 0.80 ± 0.032 ve 0.84 ± 0.027 olarak tahmin edilmiştir. ß-LG lokusu bakımından Bala ve Ceylanpınar populasyonlarının Hardy-Weinberg genetik dengesinde olduğu tespit edilmiştir. CSN3 lokusu bakımından Bala populasyonunun Hardy-Weinberg genetik dengesinde olduğu, Ceylanpınar populasyonunun ise Hardy-Weinberg genetik dengesinde olmadığı sonucuna varılmıştır.

Abstract:
The aim of this investigation was determined to ß-lactoglobulin (ß-LG) and ?-casein (CSN3) polymorphism in Holstein cattle populations raised in Bala and Ceylanpınar Agricultural Enterprises which belong to General Directorate of Agricultural Enterprises (TIGEM). In the study total 167 blood samples taken from Holstein cattle raised in Bala (78) and Ceylanpınar (89) Agricultural Enterprises were used as a material.ß-lactoglobulin and ?-casein genotypes were determined by PCR-RFLP method. The isolation of DNA from blood samples were performed with salting-out procedures. The PCR products of ß-LG and CSN3 amplificated by using proper primers were digested with HphI and HindIII respectively. Then samples were analyzed by % 2 agarose gels electrophoresis with ethidium bromide staining. After electrophoresis, cattle?s ß-lactoglobulin and ?-casein genotypes were determined by using band models which transferred to computer by gel documentation system.In the ß-LG locus two different alleles ß-LG A and ß-LG B were determined. ß-LG A allele frequencies were calculated 0.51 ± 0.040 and 0.34 ± 0.035 in Bala and Ceylanpınar populations respectively. In the CSN3 locus two different alleles CSN3 A and CSN3 B were determined and the frequency of CSN3 A allele were estimated 0.80 ± 0.032 and 0.84 ± 0.027 in Bala and Ceylanpınar populations respectively. In point of ß-LG locus Bala and Ceylanpınar populations were in Hardy-Weinberg equilibrium. In point of CSN3 locus Bala population was in Hardy-Weinberg equilibrium while Ceylanpınar was not.