Türkiye Apodemus flavicollis (Melchior, 1834) (Mammalia: Rodentia)  populasyonlarında genetik varyasyonların belirlenmesi
Determination of genetic variations of Apodemus flavicollis (Melchior, 1834) (Mammalia: Rodentia) populations in Turkey
Yazar: DİLEK BETEŞ
Danışman: PROF. DR. REYHAN ÇOLAK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Türkiye = Turkey

Özet:
Sarı yakalı orman faresi olarak bilinen Apodemus flavicollis Batı Palearktik'te yayılış gösteren bir kemirici türüdür. Bu tez çalışması kapsamında Anadolu ve Trakya'dan toplam 17 lokaliteden A. flavicollis populasyonlarında genetik varyasyon seviyesi mitokondriyal (sitokrom b) ve çekirdek DNA (mikrosatellit) belirteçleri kullanılarak belirlenmiştir. A. flavicollis'in gruplar (Trakya-Anadolu), populasyonlar ve bireyler arası genetik çeşitlilik ve farklılaşma seviyeleri ile filogenetik ilişkileri belirlenmiş, bu farklılaşmaya yol açan evrimsel süreçler değerlendirilmiştir. Her iki belirteç ile ayrı ayrı yapılan analiz sonuçlarına göre; genetik varyasyonun populasyon içinde ve populasyonlar arasında yüksek olduğu, A. flavicollis populasyonlarının Anadolu ve Trakya olarak iki gruba ayrıldığı, Anadolu populasyonlarına ait örneklerin ise karmaşık bir gruplanma sergilediği belirlenmiştir. Genetik varyasyonun yüksek bulunmasında Anadolu'nun Kuvaterner buzul dönemlerinde sığınak olarak görev yapması etkili olmuş olabilir. A. flavicollis populasyonlarının Trakya ve Anadolu şeklindeki yapılanması ise Kuvaterner buzul dönemleri süresince Trakya ve Anadolu A. flavicollis gruplarının biri Anadolu diğeri İtalya-Balkan olmak üzere iki farklı sığınakta hayatta kalmış olmasıyla açıklanabilir. Biyocoğrafik bariyer olarak Karadeniz ve Kafkas Dağları ile İstanbul ve Çanakkale Boğazları'nın, iki kıta arasında kolonizasyonu engellemesiyle populasyonlar arasındaki gen akışının kesilmesine bağlı olarak farklılaşma gerçekleşmiş olabilir. Türkiye'de daha önce morfolojik çalışmalar ışığında yapılan alttür tanımları yeniden değerlendirildiğinde, yapılan genetik analizlerin sonuçlarına dayanarak Trakya populasyonlarının A. f. brauneri, Anadolu populasyonlarının ise A. f. saturatus olarak değerlendirilebileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
The yellow-necked fieldmouse, Apodemus flavicollis is a Rodent species distributed across the Western Palearctic region. In the present study, genetic variations of A. flavicollis populations from 17 locations in Anatolia and Thrace were determined using mitochondrial (cytochrome b) and nuclear DNA (microsatellites) markers. Within- and among-population and among-group (Thrace-Anatolia) genetic diversity and genetic differentiation levels and phylogenetic relationships of populations were evaluated to develop a better understanding of the evolutionary processes leading to the observed genetic differentiation. Results of the study pointed to a high genetic diversity within and among populations; indicating two distinct genetic groups in Thrace and Anatolia whose samples of A. flavicollis populations exhibited an admixture grouping. High genetic variation is thought to be attributable to the refuge position of Anatolia in Quaternary ice ages.  Further, the Anatolian and Thracian grouping of A. flavicollis populations can be explained by isolation of two groups in two different refugia (one in Anatolia and the other one in Italo-Balkan region) during the Quaternary ice ages. Likewise, genetic differentiation may be due to the restricted gene flow resulting from hindering the colonization between two continents by the biogeographic barrier effect of the Black Sea, the Caucasus, the Bosphorus and Dardanelles. Also taking into consideration previously identified subspecies of A. flavicollis by morphological studies in Turkey, together with the genetic analysis results here, we conclude that Thrace populations can be described as A. f. brauneri and Anatolian populations as A. f. saturatus.