KANSL1 gen delesyonunun saptanmasında ACGH ve MLPA yönteminin karşılaştırılması
Comparison of ACGH and MLPA method for detection of KANSL1 gene deletion
Yazar: SELİN AKAD
Danışman: PROF. DR. ZERRİN ÇELİK
Başkent Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA ; FISH = FISH ; Genler = Genes ; Genom = Genome ; Kromozom delesyonu = Chromosome deletion ; Kromozomlar = Chromosomes ; Mikrodelesyon = Microdeletion ; Nükleik asid hibridizasyonu = Nucleic acid hybridization ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Kromozomlarda belirlenen mikrodelesyon ve mikroduplikasyonlar, DNA' daki kopya sayısı değişikliklerinin (CNV) patolojik bir alt grubudur. Bir kilobazdan birkaç megabaza kadar büyüklükleri değişebilmektedir. Dizin karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (aCGH) teknolojisinin kullanılmaya başlamasından sonra bu tür kromozom dengesizliklerinin belirlenmesi kolaylaşmıştır. Bunlardan biri de 17q21.31 mikrodelesyon ve mikroduplikasyon sendromudur.
17q21.31 bölgesinde bulunan 500-650 kb büyüklüğündeki kopya kayıpları, Koolen-de Vries Sendromu (KdVS) olarak tanımlanır, zihinsel kısıtlılık, hipotoni ve belirgin yüz özellikleriyle birliktedir. Daha sonraki çalışmalar, bu bölgede yerleşik KANSL1 geninin haplo-yetersizliğinin, 17q21.31 mikrodelesyon sendromu bulgularının oluşması için yeterli olduğunu göstermiştir.
Bu çalışma ile aCGH sonucunda 17q21.31 mikrodelesyon bölgesinde KANSL1 genini içeren kopya sayısı kaybı saptanan 30 hasta, MLPA yöntemi ile yeniden incelenmiştir. Bu karşılaştırma sonucunda 30 hastadan sadece 3' ünde KANSL1 geninin delesyonu bulunurken, 1 hastada duplikasyon saptanmıştır. Bir hastanın sonucu ise yönteme bağlı nedenlerden dolayı değerlendirilememiştir.
Yapılan bu çalışma ile aCGH ile KANSL1 genini içeren kopya kaybı saptanması durumunda, klinik değerlendirme ve başka bir yöntemle doğrulama yapılmadan rapor verilmesinin yanlış olacağı görülmüştür.

Abstract:
Microdeletion and microduplications are detected on chromosomes as a pathological subgroup of copy number variants (CNV) of DNA. Sizes can change from one kilobase to several megabases. It has become easier to identify such chromosomal syndromes after use of array-based comparative genomic hybridization (aCGH) technology. One of them is 17q21.31 microdeletion and microduplication syndrome.
Copy loss in size of 500-650 kb in the regions 17q21.31 which is describe as Koolen-de Vries Syndrome (KdVS) includes mental retardation, epilepsia, hypotonia and characteristic facial features. Novodays, we know that haplo-insufficiency of KANSL1 gene in this region is sufficient for occure of theses 17q21.31 microdeletion syndrome findings.
In this study, 30 patients with a loss of copy number including the KANSL1 gene in 17q21.31 microdeletion region as a result of aCGH were examined by MLPA method again. As a result of this comparison, only three of the 30 patients had a deletion of the KANSL1 gene and duplication was found in one patient. The outcome of a patient can not be assessed due to procedural reasons.
This study was show that if KANSL1 gene loss were detected by aCGH, it would be wrong to report it without being validated by clinical evaluation and another method.