Bingöl ili mezbahalarında kesilen koyunlarda cysticercus tenuicollis'in moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of cysticercus tenuicollis in slaughtered sheep in Bingöl province
Yazar: ŞİRVAN KARAKOÇ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ HARUN KAYA KESİK
Bingöl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Bingöl = Bingöl ; Cysticercus tenuicollis = Cysticercus tenuicollis ; Haplotipler = Haplotypes ; Koyunlar = Sheep ; Mezbahalar = Abattoirs ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Taenia hydatigena, erişkin döneminde çoğunlukla köpeklerde ve yabani karnivorların ince bağırsaklarında yaşayan bir parazittir. Larvası Cysticercus tenuicollis ise daha çok evcil ve yabani geviş getiren hayvanlarda ve domuzlarda karaciğer, periton boşluğu ve mezenterlere yapışık olarak bulunmaktadır. Taenia hydatigena Cysticercosisi, özellikle gelişmekte olan ülkelerde hayvancılık endüstrisinde ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Bu tez çalışmasının amacı, Bingöl ilinde kesimi yapılan koyunlardan elde edilen C. tenuicollis izolatlarının moleküler karakterizasyonun yapılarak tür içi varyasyonların ve haplotiplerin belirlenmesidir. 
Bu amaçla; Bingöl ilindeki mezbahalardan kesimi takiben her bir hayvanın başta omentum, mezenterium ve karaciğer yüzeyi olmak üzere diğer iç organları C. tenuicollis varlığı yönünden muayene edildi ve 50 adet C. tenuicollis kist materyali toplandı. Her bir örnekten ayrı ayrı olmak üzere total genomik DNA izolasyonu yapılıp bütün izolatların mt-CO1 gen bölgesi (866 bp) spesifik primerler kullanılarak PZR ile çoğaltıldı. PZR ürünlerinin hepsinin tek yönlü DNA dizi analizi gerçekleştirildi.  
DNA dizi analizi neticesinde GenBank'da bulunan sekanslar ile karşılaştırıldığında, bütün izolatların %99-100 oranında T. hydatigena ile benzer olduğu gösterildi. İzolatların mt-CO1 gen bölgesinde ana haplotip (Hap02) ile yıldız benzeri bir konfigürasyon içinde düzenlenmiş, 1-27 arasında mutasyona sahip haplotip ağı belirlendi. Toplam izolatların %22,72'sini (10/44) kapsayan 21 farklı haplotip (Hap01-Hap21) tespit edildi ve çoklu nükleotid değişiklikleri belirlendi. mt-CO1 sekansları içinde %38.46 (10/26)'i parsimony informative olan 26 polimorfik alan tespit edildi. Ayrıca mt-CO1 gen bölgesi için yüksek haplotip (hd: 0,921) ve nükleotid çeşitliliği (πd: 0,00380) gözlendi.
Sonuç olarak, bu tez çalışması ile Bingöl ilinde kesimi yapılan koyunlardaki C. tenuicollis izolatları arasındaki tür içi varyasyonlar ve haplotipler belirlendi. Parazitteki genetik çeşitliliğe dikkat çekildi ve T. hydatigena'nın genetik yapısının, bölgedeki sonraki çalışmalara temel olması açısından önem taşıdığı sonucuna varıldı.

Abstract:
Taenia hydatigena is a parasite that the adults live mainly in dogs and the small intestines of wild carnivores. Its larva, Cysticercus tenuicollis, is mostly found in domestic and wild ruminants and pigs, attached to the liver, peritoneal cavity and mesentery. Taenia hydatigena Cysticercosis causes economic losses in the livestock industry, especially in developing countries. The aim of this thesis study was to determine intraspecies variations and haplotypes by molecular characterization of C.  tenuicollis isolates obtained from slaughtered sheep in Bingöl province of Turkey.
For this aim, following the slaughter from the slaughterhouses in Bingöl province, all internal organs of each animal, especially the omentum, mesenterium and liver surface, were examined for the presence of C. tenuicollis and a total of 50 C. tenuicollis cyst materials were collected. Total genomic DNA was isolated from each individual sample separately and the mt-CO1 gene region (866 bp) of all isolates was amplified by PCR using specific primers. One-way DNA sequencing of all PCR products was performed, as well.
As a result of DNA sequencing, all isolates were shown to be 99-100% similar to T. hydatigena when compared with the sequences found in GenBank. A network of haplotypes with 1-27 mutations arranged in a star-like configuration with the main haplotype (Hap02) in the mt-CO1 gene region of the isolates was determined. 21 different haplotypes (Hap01-Hap21) covering 22.72% (10/44) of the total isolates were detected and multiple nucleotide changes were determined. Within the mt-CO1 sequences, 26 polymorphic domains were detected, of which 38.46% (10/26) were parsimony informative. In addition, high haplotype (hd: 0.921) and nucleotide diversities (πd: 0.00380) were observed for the mt-CO1 gene fragment.
As a result, in-species variations and haplotypes among C. tenuicollis isolates in sheep slaughtered in Bingöl province were determined with this thesis study. Attention was drawn to the genetic diversity in the parasite and it was concluded that the genetic structure of T. hydatigena is important in terms of being the basis for further studies in the region.