Besin alerjisi patogenezinde kısa ve uzun kodlamayan RNA'ların rolü
The role of short and long non-coding RNAS in food allergy pathogenesis
Yazar: HÜLYA ERBOĞA
Danışman: DOÇ. DR. ESRA BİRBEN
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Allerji ve İmmünoloji = Allergy and Immunology ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Besin alerjisi = Food hypersensitivity ; Epigenetik = Epigenetic ; Gen ifadesi = Gene expression ; Mikro RNA = Micro RNA

Özet:
Zararsız olan bir besin antijenine yönelik uygunsuz bir bağışıklık yanıtı olarak tanımlanan besin alerjisi multifaktöriyel bir hastalıktır. Diğer alerjik hastalıklarda olduğu gibi besin alerjisinin sıklığı da tüm dünyada giderek artmaktadır. Bu artışın sebeplerinden birinin de epigenetik mekanizmalar olduğunu gösteren çalışmalar vardır. Epigenetik mekanizmalardan biri olan miRNA ve IncRNA'ların ifade paterni, farklı hücre tiplerine ve hastalık koşullarına göre değişmektedir. miRNA'lar ve IncRNA'lar stabildir ve serum, idrar ve tükürük gibi farklı vücut sıvılarında tespit edilebildiği için önemli birer biyobelirteç olabilme potansiyeline sahiptirler. Bu çalışmada, seçilen miRNA'lar ve IncRNA'ların besin alerjisi gelişimi ve patogenezindeki etkisinin araştırılması ve besin alerjisi için bir biyobelirteç adayı olabilme potansiyellerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
26 besin alerjisi hastası ve 30 sağlıklı kontrolün serumunda miRNA (miR-19a ve miR-98) ve IncRNA (Inc-MALAT-1 ve lnc-GATA3-AS1) ifadesi gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (GZ-PZR) ile tespit edildi. Serum IL-4, IL-10, IL-13 ve TGF-β seviyeleri ELISA yöntemi kullanılarak ölçüldü.
Çalışmamızın sonucunda miR-98'in besin alerjili çocuklarda, sağlıklı çocuklarla kıyaslandığında anlamlı derecede daha az ifade edildiği görülmüştür (p<0,05). miR-19a ve MALAT1 gen ifade seviyeleri sağlıklı çocuklar ile besin alerjili çocuklar arasında kıyaslandığında fark görülmemiştir (p>0,05). Hasta ve kontrollere ait serum örneklerinde GATA3-AS1 lncRNA tespit edilememiştir.
Örneklerde serum IL-4 ve IL-10 seviyeleri ölçülebilir düzeyde bulunamazken, TGF-β  seviyeleri sağlıklı çocuklarda besin alerjili çocuklarla kıyaslandığında anlamlı derecede daha fazla olduğu görülmüştür (p<0,05). miR-98 ile ilişkili olduğu düşünülen IL-13'ün sağlıklı çocuklara kıyasla besin alerjili çocuklarda serum protein seviyelerinde bir fark görülmemiştir (p>0,05)
Çalışmamızda hastalar ile sağlıklı grup arasında sadece miR-98'nin ifade düzeyleri bakımından fark gözlemlendi. Literatürdeki verilerle beraber değerlendirildiğinde, miR-98'nin besin alerjisi için bir biyobelirteç adayı olabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Food allergy, defined as an inappropriate immune response to a harmless food antigen, is a multifactorial disease. As with other allergic diseases, the frequency of food allergy is increasing all over the world. There are studies showing that one of the reasons for this increase is epigenetic mechanisms. The expression pattern of miRNAs and IncRNAs, one of the epigenetic mechanisms, varies according to different cell types and disease conditions. miRNAs and IncRNAs are stable and have the potential to be important biomarkers as they can be detected in different body fluids such as serum, urine and saliva. In this study, it was aimed to investigate the effect of miRNAs and IncRNAs on the development and pathogenesis of food allergy and to determine their potential as a biomarker candidate for food allergy.
The expression of miRNA (miR-19a and miR-98) and IncRNA (Inc-MALAT-1 and lnc-GATA3-AS1) in the serum of 26 food allergy patients and 30 healthy controls were detected by real time polymerase chain reaction (RT-PCR). Serum IL-4, IL-10, IL-13 and TGF-β levels were measured using ELISA. 
As a result of our study, it was observed that miR-98 was significantly less expressed in children with food allergies compared to healthy children (p<0.05). When the gene expression levels of miR-19a and MALAT1 were compared between children with food allergies and healthy children, there was no difference in gene expression levels (p>0,05). GATA3-AS1 lncRNA could not be detected in serum samples of patients and controls. While serum IL-4 and IL-10 levels were not detectable in the samples, TGF-β levels were found to be significantly higher in healthy children compared to children with food allergies (p<0,05).  There was no difference in serum protein levels of IL-13, which is thought to be related to miR-98, in children with food allergies compared to healthy children (p>0,05). 
In our study, only difference in expression levels of miR-98 was observed between the patients and the healthy group. When evaluated together with the data in the literature, it is thought that miR-98 may be a biomarker candidate for food allergy