Aritmojenik sağ ventrikül kardiyomiyopatisi (ARVC) hastalarında yeni nesil dizileme ve çoklu ligasyona bağlı prob amplifikasyonu yöntemleri ile mutasyonların saptanması ve olası fenotip ilişkisi
Targeted next generation sequencing and multiplex ligation-dependent probe amplification analysis results in patients with arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) and the possible link with phenotype
Yazar: AYÇA YILDIZ BULUT
Danışman: PROF. DR. MURAT DERYA ERÇAL
Dokuz Eylül Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Aritmi-kardiyak = Arrhythmia-cardiac ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Kardiyomiyopatiler = Cardiomyopathies ; Mutasyon = Mutation ; Ventriküler fonksiyon = Ventricular function ; Ventriküler fonksiyon-sağ = Ventricular function-right

Özet:
Aritmojenik sağ ventrikül kardiyomiyopatisi (ARVC), iyi karakterize edilmiş kalıtsal bir hastalıktır. Erişkin popülasyondaki prevelansı 1/2000-1/5000'dir. Hastalarda en sık PKP2, DSP ve DSG2 gen mutasyonları tespit edilmektedir. Ancak klinik tanı kriterini karşılayan hastaların yaklaşık %40-50'sinda genetik neden tespit edilememektedir. Mutasyon saptanmayan hastalarda, ARVC'den kopya sayısı değişikliklerinin veya henüz bilinmeyen gen mutasyonlarının sorumlu olabileceği düşünülmektedir. ARVC hastalarının ülkemizdeki durumu hakkındaki veriler ise çok kısıtlıdır. 
Bu tez çalışmasına ARVC tanısı ile yönlendirilen 24 hasta ve 10 aile yakını dahil edilmiştir. Hastaların 54 geni içeren Kardiyomiyopati Yeni Nesil Dizileme (YND) panel ve PKP2, DSG2, DSC2, JUP, DSP, TGFB3 ve RYR2 genleri çoklu ligasyona bağlı prob amplifikasyonu (MLPA) sonuçları ile klinik özellikleri retrospektif olarak incelenmiştir. 
Çalışma popülasyonunda YND analizi ile 3 patojenik, 6 olası patojenik ve 86 klinik önemi bilinmeyen değişiklik saptanmıştır. Buna göre 54 genden oluşan Kardiyomiyopati YND panel analizinin ARVC olgularında tanısal değeri %37,5 olarak bulunmuştur. En sık mutasyon saptanan gen PKP2 genidir. Varyantlardan PKP2 geni c.939delC ve c.713del ile DSP geni c.803del değişimleri daha önce bildirilmemiş yeni değişimlerdir. Saptanan PKP2 c.939delC değişimi birbiri ile ilişkisiz 3 olguda saptanmıştır ve bölgemiz için kurucu mutasyon olabileceği düşünülmüştür. Bu amaçla ileri tetkiklere ihtiyaç vardır. Olgularda MLPA analizi sonucunda delesyon ya da duplikasyon saptanmamıştır.
Bu çalışma ülkemizde yapılmış YND ve MLPA yöntemlerini kullanan ilk ARVC olgu serisidir. ARVC'de genetik testler, saptanan patojenik sonuç ile aile taraması yapılmasına ve risk altındaki aile bireylerinin tespit edilebilmesine olanak sağlamaktadır. Çalışmalar arttıkça ARVC'nin genotip-fenotip ilişkisi daha iyi anlaşılacak ve klinikte kişiselleştirilmiş yaklaşımlar mümkün olacaktır.

Abstract:
Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) is a well-defined hereditary disorder. Its prevalence in the adult population is 1/2000-1/5000. The most common disease causing mutations related to ARVC phenotype are reported in PKP2, DSP and DSG2 genes. However, approximately 40-50% of cases that meet the diagnostic criteria, the genetic cause cannot be identified. It has being suggested that copy number variations or yet unknown gene mutations may be responsible for these patients. Furthermore, genetic status of patients with ARVC in our country is very limited.
The study cohort consists of 24 ARVC index patients and their 10 relatives. Cardiomyopathy Next Generation Sequencing (NGS) panel containing 54 genes and PKP2, DSG2, DSC2, JUP, DSP, TGFB3, and RYR2 genes' multiple ligation-induced probe amplification (MLPA) results and clinical features of the patients were analyzed retrospectively.
Three pathogenic (P), six likely pathogenic (LP) and eighty six VUS (variant of unknown significance) changes were found in the study cohort with 37,5% (P, OP) detection rate. PKP2 gene mutations were found to be the most frequent pathogenic changes. PKP2 gene c.939delC, c.713del and, DSP gene c.803del mutations were novel. The PKP2 c.939delC mutation was detected in 3 unrelated cases and it was thought that it might be a founder mutation effect for our region. For this purpose, further studies are needed. No deletion or duplication was found in the MLPA analysis of index patients. 
This study is the first ARVC case series in our country using the NGS and MLPA methods. Genetic testing in ARVC allows family screening and to identify family members at risk. As studies increase, the genotype-phenotype correlation of ARVC will be understood better and personalized approaches in the medical practice will be possible.