Çeşitli klinik örneklerden izole edilen pseudomonas aeruginosa'nınkarbapenemaz üretimi ve tiplendirilmesinde fenotipik ve genotipik yöntemlerin değerlendirilmesi
Evaluation of phenotypi̇c and genotypic methods for carbapenemaseproduction and typing in pseudomonas aeruginosa isolates from various clinical samples
Yazar: HATİCE KARALİ
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET BURAK AKSU
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Son on yılda karbapenem dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarının artışı
enfeksiyon tedavisinde önemli bir sağlık sorunu haline gelmiştir. Rutin laboratuvarda
karbapenem direncinin saptanması için gereken süre yaklaşık 48 saattir. Bu durum, özellikle
kritik hastalarda etkili tedavinin başlatılmasında gecikmeye neden olur. Bu nedenle çalışmalar
antimikrobiyal direncin daha erken tespit edilmesi için yeni yöntemlere odaklanmaktadır. Bu
çalışmada, karbapenem dirençli P. aeruginosa izolatlarında karbapenemaz üretimine bağlı
direncin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarında Ocak 2018 ile Şubat 2023
tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen 120 P. aeruginosa izolatı rutin
antibiyogram sonuçlarına bakılarak çalışmamıza dahil edilmiştir. Karbapenemaz üretimi
fenotipik test olarak enzim-substrat etkileşimine dayalı reaksiyon temelli kolormatik yöntem ve
genotipik test olarak polimeraz zincir reaksiyonu ile tespit edilmiştir.
Bulgular: Bu çalışmada karbapenem dirençli 100 izolatın 46'sında (%46) genotipik yöntemle
karbapenemaz kodlayan genler tespit edilmiştir. Fenotipik test ile karbapenemaz enzimi taşıyan
46 izolatın 31'inde (%67) 1 saat içinde pozitif sonuçlar kaydedilmiştir. Geriye kalan 15 izolat
yanlış negatif olarak; moleküler yöntem ile direnç genlerini taşımadığı belirlenen 2 izolat ise
yanlış pozitif olarak değerlendirilmiştir. Fenotipik testin duyarlılık ve özgüllüğü sırasıyla;
%67,4 ve %97,3 (p<0,0001) olarak bulunmuştur.
Sonuç: Sonuç olarak, karbapenem dirençli P. aeruginosa izolatlarının hızlı ve doğru
tanımlanması, zamanında uygun tedavinin verilmesi ve enfeksiyon kontrol önlemlerinin
başarılı bir şekilde uygulanması açısından oldukça önemlidir. Çalışmamızda kullandığımız
enzim-substrat etkileşimine dayalı reaksiyon temelli kolormatik testin performansının
değerlendirilebilmesi için daha fazla örnek içeren in vitro çalışmalara ihtiyaç vardır.

Abstract:
Objective: The increase in carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates has become
an important health problem in infection treatment in the last decade. The time required to detect
carbapenem resistance in the routine laboratory setting is about 48 hours. So, it causes a delay
in the initiation of effective treatment, especially in critically ill patients. For this reason, studies
focus on new methods to detect antimicrobial resistance earlier. It aimed to investigate
carbapenemase-dependent resistance by phenotypic and genotypic methods in carbapenemresistant clinical P. aeruginosa isolates in this study.
Materials and Methods: A hundred twenty P. aeruginosa isolates obtained from clinical
samples between January 2018 to February 2023 in in our hospital microbiology laboratory,
were included in our study based on routine antibiogram results. Carbapenemase production
was detected by enzyme-substrate reaction-based colorimetric method as a phenotypic test and
polymerase chain reaction as a genotypic test.
Results: In this study, carbapenemase-coding genes were detected in 46 (46%) of 100
carbapenem-resistant isolates by genotypic method. With the phenotypic test, positive results
were recorded within 1 hour in 31 of 46 isolates (67%) carrying the carbapenemase enzyme.
The remaining 15 isolates were false negatives; 2 isolates determined not to carry the resistance
genes by molecular method were evaluated as false positives. The sensitivity and specificity of
the phenotypic test were 67,4% and 97,3%, respectively (p<0,0001).
Conclusion: In conclusion, rapid and accurate identification of carbapenem-resistant P.
aeruginosa isolates is very important for the timely administration of appropriate treatment and
successful implementation of infection control measures. In vitro studies with a larger number
of samples are needed to evaluate the performance of the enzyme-substrate reaction-based
colorimetric test that we used in our study.