Farklı çerezlik kabakların (Cucurbita pepo L.) moleküler markörler ile incelenmesi
Investigation of different pumpkin (Cucurbita pepo L.) populations with molecular markers
Yazar: NESLİHAN EL
Danışman: DOÇ. DR. FUNDA ŞENTÜRK AKFIRAT
Gebze Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Cucurbita pepo = Cucurbita pepo ; Kloroplast DNA = Chloroplast DNA ; Moleküler markerler = Molecular markers ; RAPD = RAPD

Özet:
Cucurbita pepo L., dünyanın her yerinde yetiştirilen yaklaşık 130 türden oluşan Cucurbitaceae familyasına aittir. Cucurbita cinsi içerisinde bulunan C. maxima Duch., C. moschata Pour ve C. pepo L. kabak türlerinin tohumlarının çerez olarak tüketilmesi yaygındır. Moleküler markörler; genetik haritalama, yeni geliştirilen çeşitlerin koruma altına alınması, genetik akrabalıkların belirlenmesi ve ıslah programında kullanılacak ebeveynlerin belirlenmesinde kullanılır. Bu çalışmada 14 lokasyondan sağlanan 81 adet çerezlik kabak genotipinde RAPD, kloroplast ve transpozon markörleri ile genetik çeşitlilik incelenmiştir. 10 RAPD, 8 kloroplast, 25 transpozon primerinden lokus büyüklükleri 110-3280 bp arasında değişen 463 alel üretilmiştir. RAPD, kloroplast ve transpozon markörleri için ortalama polimorfizm oranları sırasıyla %75.49, %35 ve %86.26, PBİ ise 0.65-0.94 değerleri arasında bulunmuştur. POPGENE (Nei'nin genetik mesafe hesaplaması) ve XLSTAT (Jaccard's Coefficient Yöntemi) istatistiksel analiz programları ile kabak genotiplerine ait genetik uzaklık ve genetik benzerlik mesafe matriksleri oluşturulmuştur. Nei'nin genetik mesafe hesaplamasına göre genetik benzerlik 0.52-0.85 değerleri arasında, genetik uzaklık ise 0.16-0.65 değerleri arasında iken Jaccard's yöntemine göre genetik benzerlik 0.42-0.79 değerleri arasındadır. NTSYS-pc versiyon 2.02i ile programı kabak genotiplerinin dendrogramı çizilmiştir. Bu yüksek lisans tez çalışması kabak genotiplerinde 25 adet transpozon primer kombinasyonunun bir arada kullanıldığı ilk çalışmadır. Araştırma sonuçlarının, ıslahta kullanılacak ebeveynlerin seçilimi, mevcut çerezlik kabak yetiştiriciliği ve genetik kaynaklarının korunması konularında katkısı olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Cucurbita pepo L. belongs to the Cucurbitaceae family, which consists of about 130 species cultivated all over the world. It is common to consume the seeds of C. maxima Duch., C. moschata Pour and C. pepo L. pumpkin species in the Cucurbita genus as snacks. Molecular markers are used in genetic mapping, protection of newly developed varieties, determination of genetic relatedness and identification of parents to be used in breeding programs. In this study, genetic diversity was investigated with RAPD, chloroplast and transposon markers in 81 pumpkin squash genotypes from 14 locations. From 10 RAPD, 8 chloroplast, 25 transposon primers, 463 alleles with locus sizes ranging from 110-3280 bp were generated. Mean polymorphism rates for RAPD, chloroplast and transposon markers were found to be 75.49%, 35% and 86.26% and PBI values between 0.65-0.94% respectively. Genetic distance and genetic similarity distance matrices of pumpkin genotypes were created with POPGENE (Nei's genetic distance calculation) and XLSTAT (Jaccard's coefficient method) statistical analysis programs. According to Nei's genetic distance calculation, genetic similarity is between 0.52-0.85 values, genetic distance is between 0.16-0.65 values, while genetic similarity is between 0.42-0.79 values according to Jaccard's method. Dendrogram of pumpkin genotypes was drawn with NTSYS-pc version 2.02i. This master's thesis is the first study in which 25 transposon primer combinations were used together in these genotypes. It is thought that the results of the research will contribute to the selection of parents to be used in breeding, the cultivation of existing pumpkin and the protection of genetic resources.