Ankara keçilerinde tiftik gelişimini etkileyen genlerin RNA dizileme yöntemiyle belirlenmesi
Determination of the genes affecting mohair development in angora goats by RNA sequencing
Yazar: SENEM ESİN SELÇUK
Danışman: PROF. DR. REYHAN ÇOLAK ; DOÇ. DR. ÖZGE ÖZMEN
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Ankara keçisinden önemli bir lif kaynağı olan tiftik elde edilmektedir. Geçmiş yıllarda
tiftik üretiminde dünyada birinci sırada olan ülkemiz günümüzde bu özelliğini yitirmiş
durumdadır. Yapılan bazı çalışmalarda tiftik verimi özelliği bakımından da Ankara
keçisi Lalahan ve Eskişehir varyetesinin birbirinden farklı olduğu belirtilmektedir.
Tiftiğin ekonomik değerini belirleyen en önemli özellikler tiftiğin lif çapı ve miktarıdır.
Tiftik üretimi yapılan ülkelerde bu özelliklerin iyileştirilmesine çalışılmaktadır.
Hayvansal lifleri oluşturan kıl folikülü özelliklerinin ve/veya genetik düzenleme
mekanizmalarının lif üretimini ve kalitesini doğrudan etkilediği belirtilmektedir. Yapılan
bu çalışmayla Ankara keçisine ait iki varyetede tiftik gelişimine etki eden genlerin ve bu
genlere etki eden moleküler mekanizmaların belirlenmesi hedeflenmiştir. Tiftik-
mikroçevre arasında meydana gelen olayların incelenmesinin kaliteyi artırmada yol
gösterici olabileceği düşünülerek anagen (Eylül ayı), katagen (Ocak ayı) ve telogen
(Mart ayı) fazında omuz bölgesinden biyopsi örneği alınmıştır. Bu biyopsi örneklerinin
RNA izolasyonu yapılmış ve RNA dizileme yöntemi kullanılarak farklı eksprese edilen
genler ve bu genlerin etkili olduğu yolaklar belirlenmiştir / analiz edilmiştir. Dişi
Eskişehir varyetesinde katagen ve telogen fazının karşılaştırıldığı grupta KRTAP8-1,
KRTAP16.4 ve KRTAP21-1 genlerinin ekspresyonunun oldukça yüksek olduğu
görülmüştür. İlginç olarak KRTAP21-1 geninin dört farklı protein izoformu halinde
eksprese edildiği belirlenmiştir. Eskişehir varyetesinde Lalahan varyetesinin aksine
erkeklerde anagen-katagen karşılaştırılmasında belirlenen DEG'lerin keratinizasyon
yolağında önemli ölçüde fonksiyonel olduğu ve bu genlerin düşük ekspresyon
seviyesine sahip olduğu belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, KRT ve KRTAP genlerinin
oldukça fonksiyonel olduğunu, dişiler ve erkekler arasında farklı ekspresyon
modellerine sahip olduğunu, ayrıca Eskişehir ve Lalahan varyeteleri arasında farklı
olduğunu göstermiştir.

Abstract:
Mohair, an important source of fiber, is obtained from Angora goats. Our country, which
ranked first in the world in mohair production in the past years, has lost this feature
today. In some studies, it is stated that Lalahan and Eskisehir varieties of Angora goats
are different from each other in terms of mohair yield as well as some other
characteristics. The important characteristics that determine the economic value of
mohair are fiber diameter and quantity. In countries where mohair is produced, efforts
are made to improve these characteristics. It is stated that hair follicle characteristics
and/or genetic regulations mechanisms that form animal fibers directly affect fiber
production and quality. In this study, it was aimed to determine the genes affecting
mohair development in two varieties of Angora goat and the molecular mechanisms
affecting these genes. Biopsy samples were taken from the shoulder region anagen
(September), catagen (January) and telogen (March) phases, considering that examining
that the events occurring between lint and the microenvironment may be instructive in
improving quality. RNA was isolated from these biopsy samples and differentially
expressed genes and the pathways affected by these genes were evaluated using RNA
sequencing method. It has been observed that the expression of KRTAP8-1, KRTAP16.4
and KRTAP21-1 genes was quite high in the group which catagen and telogen phases
were compared in Eskisehir variety females. Interestingly, KRTAP21-1 gene was found
to be expressed in four different protein isoforms. In Eskisehir variety, unlike Lalahan
variety, DEGs identified in anagen-catagen comparison in males were significantly
enriched in the Reactome mediated keratinization pathway and these genes were down
regulated. The results showed that KRT and KRTAP genes are highly functional and
have different expression patterns between males and females in addition to being
different between Eskisehir and Lalahan varieties.