BAC tabanlı array CGH uygulamalarının dismorfik olgulardaki tanısal değeri
Diagnostic value of BAC based array CGH applications in dysmorphic cases
Yazar: DENİZ SÜNNETÇİ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Kromozomal aberasyonlar multipl konjenital anomali, dismorfizm, gelişim geriliği/ mental retardasyon ve diğer nörolojik bozukluklara sebep olmaktadır. Rutin kromozom analizi, 5 Mb'dan büyük olan anöploidi ve yapısal düzensizlikleri saptayabilmekte ancak telomer bölgelerindeki aberasyonları, mikro-delesyon ve mikro-duplikasyonları tespit edememektedir. Floresans in situ hibridizasyon (FISH) ise fenotipe bağlı olarak belirlenen lokuslar hakkında bilgi verebilmektedir. Bu sınırları aşmak için yeni moleküler sitogenetik teknikler geliştirilmiştir. BAC tabanlı array CGH, kromozom çalışmalarının rezolüsyonunu artırarak kapsamlı bir analiz imkanı tanımaktadır.
        Bu çalışmada, 0-18 yaş arası 77 dismorfik olguda yapılmış BAC tabanlı array CGH sonuçları retrospektif olarak yeniden değerlendirilmiş ve bu sonuçlar kromozom ve FISH analizi çıktılarıyla karşılaştırılmıştır. Elde edilen veriler ışığında  BAC tabanlı array CGH'in dismorfik olgu tanısındaki önemi teknik açıdan tartışılmıştır. 
        Yapılan array CGH deneyleri sonucunda 77 hastanın 18'inde (%24.4), 19 farklı aberasyon saptanmıştır. Bu 77 hastanın 32'sine kromozom analizi yapılmıştır.  Kromozom analizi yapılan 32 hastanın 13?ünde (% 40,6) aberasyonlar bulunmuş, 19'unda (%59,4) ise normal karyotipe rastlanmıştır. Array CGH ile, kromozom analizi yapılan 32 hastanın 3'ünde (%9.4) kromozom analizinin saptayamadığı aberasyonlar bulunmuştur. Kromozom analizleri ile saptanan dengeli insersiyon ve inversiyonlar array CGH ile saptanamamıştır.
       Array CGH tabanlı metodlar, konvansiyonel sitogenetik metodlarıyla elde edilen verileri zenginleştirmektedir. Ancak array CGH metodları hastalıkların mekanizmalarının detaylı araştırılmasında moleküler sitogenetik, konvansiyonel sitogenetik, post-genomik ve biyoinformatik teknolojilerle kombine çalışılmalıdır.

Abstract:
Chromosomal aberations are the major cause patients with multiple congenital anomalies, dysmorphism, developmental delay/mental retadation, and other neurological disorders. Routine chromosome analysis identifies aneuploidy and structurel rearrangements greater than 5Mb but can not identify abnormalities of the telomeric regions, micro-deletions and micro-duplications. Fluorescence in situ hybridization (FISH) was developed, however, FISH can usually only be performed in a limited manner based on phenotype. Molecular cytogenetic techniques were developed to overcome these limitations. BAC based array CGH was developed to analyze increasing the resolution.
        In this study, BAC-based array CGH results of 77 dysmorphic patients between the ages of 0-18 were re-evaluated retrospectively and the results were compared with the data from routine chromosome and FISH analysis. Given these data, importance of BAC-based array CGH was discussed from technological aspects for the diagnosis of dysmorphic cases.
        As a result of array CGH 19 different aberrations were found in 18 of 77 patients (24.4%).  Chromosomal analysis was performed in 32 of 77 patients. Chromosome analysis showed aberrations in 13 patients (40.6%) and normal karyotype in  19 patients (59.4%). By array CGH, chromosomal aberrations  that couldn't be detected by chromosome analysis were found in 3 patients (9.4%). Balanced insertions and inversions that were identified by chromosome analysis couldn't be detected by array CGH.
        Array CGH-based methods, enrich the data obtained by conventional cytogenetic methods. However, for a detailed investigation of the mechanisms of diseases, molecular cytogenetic methods, array CGH, conventional cytogenetics, post-genomics and bioinformatics technologies should be studied  combined.