Klinik klebsiella pneumonıae izolatlarında fenotipik ve genotipik yöntemlerle karbapenemaz araştırılması
Investigation of carbapenemase in clinical klebsiella pneumoniae strains by phenotypic and genotypic methods
Yazar: FATMA NUR YİĞİTOĞLU
Danışman: PROF. DR. AYŞE MELTEM YALINAY
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterobacter = Enterobacter ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Karbapenemaz = Carbapenemase ; Klebsiella = Klebsiella ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests

Özet:
Karbapenemazları eksprese eden Enterobacterales'in dünya çapında yayılması, halk sağlığı açısından önemli bir risk taşımaktadır. Karbapenemazlar küresel dağılım göstermektedir. Kıtasal, ulusal, bölgesel ve hatta merkezden merkeze görülme sıklığında önemli değişiklikler gözlenmektedir. Karbapenemazların saptanmasına yönelik birçok fenotipik ve genotipik test bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı, Klebsiella pneumoniae suşlarındaki karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle duyarlılığının karşılaştırılmasının yanı sıra lokal, ulusal ve uluslararası karbapenemaz epidemiyolojik verilerine katkıda bulunmaktır. 
Çalışmamıza Ocak 2020- Mart 2021 tarihleri arasında, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 76 hastaya ait olan 95 adet Klebsiella pneumoniae izolatı dahil edilmiştir. Karbapenemaz tarama kriterlerine uyan tüm izolatlara, karbapenemaz varlığını fenotipik olarak göstermek amacıyla, karbapenem inaktivasyon yöntemi ve Modifiye Hodge testi uygulanmıştır. Çalışmamızda Modifiye Hodge testinin duyarlılığı %94, karbapenem inaktivasyon yönteminin duyarlılığının %91 olduğu görülmüştür. Genotipik test olan PCR sonuçları değerlendirildiğinde, izolatların %69.2'sinde tek başına OXA-48, %16.7'sinde OXA-48+NDM birlikteliği, %2.6'sında OXA-48+VIM birlikteliği, %1.3'ünde OXA-48+KPC birlikteliği, %5.1'inde tek başına KPC, %3.8'inde KPC+VIM birlikteliği görülmüştür. 1 izolatta OXA-48+KPC+VIM olmak üzere üç gen bölgesi görülmüştür. Genotipik değerlendirmede kullanılan PCR moleküler analiz yönteminin duyarlılığının %100 olduğu gösterilmiştir. 
Karbapenem inaktivasyon yöntemi ve Modifiye Hodge testinin duyarlılıklarının çalışmamızda yüksek çıkması ve PCR testi ile karşılaştırıldıklarında uygulanabilirliklerinin fazla olması nedeniyle rutin laboratuvarlarda daha rahat kullanılabilir. Ancak moleküler testlerdeki duyarlılığın tam olması sebebiyle genotipik yöntemlerle doğrulama direnç sürveyans çalışmaları açısından önem taşımaktadır. 
Anahtar Kelimeler: Karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae, Modifiye Hodge testi, Karbapenem inaktivasyon yöntemi

Abstract:
The worldwide spread of Enterobacterales expressing carbapenemases poses a significant public health risk. Carbapenemases show a global distribution. Continental, national, regional and even from center to center there are significant variations in the incidence. There are many phenotypic and genotypic tests for the detection of carbapenemases. The aim of this study is to contribute to local, national and international carbapenemase epidemiological data, as well as to compare the susceptibility of carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae strains with phenotypic and genotypic methods.
Our study included 95 Klebsiella pneumoniae isolates belonging to 76 patients, isolated from various clinical samples sent to Gazi University Medical Faculty Medical Microbiology Laboratory between January 2020 and March 2021. Carbapenem inactivation method and Modified Hodge test were applied to all isolates that met the carbapenemase screening criteria in order to phenotypically demonstrate the presence of carbapenemase. In our study, the sensitivity of the Modified Hodge test was %94, and the sensitivity of the carbapenem inactivation method was %91.
When the PCR results were evaluated, OXA-48 alone in %69.2 of the isolates, OXA-48+NDM in %16.7, OXA-48+VIM in %2.6, OXA-48+KPC in %1.3 ,KPC alone in %5.1, %3.8 had KPC+VIM together. Three gene regions, OXA-48+KPC+VIM, were seen in 1 isolate. The sensitivity of the PCR molecular analysis method used in genotypic evaluation has been shown to be %100.
Since the sensitivity of the carbapenem inactivation method and the Modified Hodge test was higher in our study and their applicability is higher compared to the PCR test, they can be used more easily in routine laboratories. However, due to the full sensitivity of molecular tests, confirmation by genotypic methods is important for resistance surveillance studies.
Keywords: Carbapenemase producing Klebsiella pneumoniae, Modified Hodge test, Carbapenem inactivation method