Akut gastroenteritlerde C. jejuni ve C. coli dışındaki campylobacter türlerinin araştırılması
Investigation of campylobacter species other than C. jejuni and C. coli in acute gastroenteritis
Yazar: NERMİN TEKSOY
Danışman: PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Gastroenterit = Gastroenteritis ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Kampilobakter = Campylobacter ; Kampilobakter enfeksiyonları = Campylobacter infections ; Kampilobakter jejuni = Campylobacter jejuni ; Kampilobakter koli = Campylobacter coli ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Campylobacter enfeksiyonları Avrupa ve Amerika'da en sık saptanan besin kaynaklı bakteriyel enfeksiyonlardır. Campylobacter enfeksiyonlarının %95'inden C. jejuni ve C. coli sorumlu olmakla birlikte birlikte son yıllarda C. jejuni/coli dışı diğer Campylobacter türlerinin bildiriminde artmış gözlenmektedir.
Bu çalışmada, C. jejuni/coli dışındaki Campylobacter türlerinin farklı konvansiyonel kültür yöntemleri ile izolasyonu ve ayrıca biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle identifikasyonu amaçlanmıştır. 	
Çalışmada, Aralık 2016-Ocak 2018 tarihleri arasında akut gastroenterit ön tanısı alan 500 hasta ve 100 sağlıklı bireye ait dışkı örnekleri hem seçici besiyerlerinin hem de filtrasyon tekniğinin uygulandığı kültür yöntemleri kullanılarak Campylobacter spp. varlığı açısından incelenmiştir. İzole edilen bakteriler fenotipik testler ve PCR yöntemiyle cins düzeyinde ve multipleks PCR yöntemi ile tür düzeyinde identifiye edilmiştir. 
Çalışmamızda, tamamı hasta bireylerden olmak üzere toplam 31 (%6,2) Campylobacter cinsi bakteri izole edilmiştir. Bu bakterilerin 21 (%67,8)'i C. jejuni, 9 (%29)'u C. coli, biri (%3,2) C. concisus olarak belirlenmiştir. Hippurat hidrolizi deneyi ile C. jejuni suşları pozitif; C. coli suşları ise negatif sonuç vermiştir. Ancak, mPCR yöntemiyle C. concisus olduğu belirlenen suşun hippurat testi ile yalancı pozitif sonuç verdiği saptanmıştır. Bu bulgu, hippurat geni (hipO) açısından spesifik olan PCR yöntemi ile doğrulanmıştır. Genel olarak Campylobacter'in tür düzeyinde identifikasyonunda moleküler yöntemlerin kullanılmasının daha güvenilir olduğu görülmüştür.
C. concisus ile infekte olan hastada karın ağrısı ve kusmanın eşlik ettiği yedi günde sonlanan akut kanlı ishal gelişmiştir. Dışkının mikroskopik incelemesinde polimorf nüveli lökositler saptanmış ve dışkıda Salmonella, Shigella, Aeromonas, Yersinia ve Vibrio spp. ürememiştir. C. concisus suşunun ishal ile ilişkili olduğu düşünülmüştür.
Bu çalışma, ülkemizde insanda C. jejuni/coli dışı diğer Campylobacter türlerin araştırıldığı ve C. concisus'un saptandığı ilk çalışmadır.

Abstract:
Campylobacter infections are the most commonly detected food-borne bacterial infections in Europe and America. Although C. jejuni and C. coli are responsible for 95% of Campylobacter infections, reports of non-jejuni/coli Campylobacter species have been increasing recently.
In this study, it was aimed to isolate Campylobacter species other than C. jejuni/coli by different conventional culture methods and also identify the strains by biochemical and molecular methods.
In this study, fecal samples of 500 patients admitted to the hospital with acute gastroenteritis between December 2016 -January 2018 and those of 100 healthy individuals were evaluated for the presence of Campylobacter spp.  by culture method both using a selective medium and membrane filter method. Bacteria were identified to genus level by conventional methods and PCR and to species level by multiplex PCR. 
In our study 31 (6.2%) Campylobacter spp. were isolated all from ill individuals. Of these bacteria, 21 (67.8%) were C. jejuni, 9 (29%) were C. coli and one (3.2%) as C. concisus. C. jejuni strains gave positive result by hippurate hydrolysis test whereas C. coli strains gave negative. However, the strain which was determined to be C. consicus by mPCR gave false positive result. This finding was confirmed by PCR method specific for hippuricase (hipO) gene. In generally, the use of molecular methods for identification of Campylobacter at species level was found to be more reliable.
The patient infected by with C. concisus developed acute bloody diarrhea with abdominal pain and vomiting that ended in seven days. Microscopical analysis of the stool revealed polymorphonuclear leukocytes and Salmonella, Shigella, Aeromonas, Yersinia and Vibrio were negative in the culture. C. concisus strain was thought to be associated with diarrhea.
The study was the first study carried out among humans in which Campylobacter species other than C. jejuni/C.coli were investigated and C. concisus was isolated.