Tavuk parçalama hattında listeria monocytogenes ile kontaminasyon kaynaklarının belirlenmesi ve genotiplendirilmesi
Identification and genotyping of sources of contamination with listeria monocytogenes in chicken cutting line
Yazar: KADİR EMRE GİRGİN
Danışman: DOÇ. DR. ÖZGÜR ÇADIRCI
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Besin hazırlama ve dağıtma = Food handling ; Besin kirlenmesi = Food contamination ; Elektroforez = Electrophoresis ; Genotip = Genotype ; Listeria monocytogenes = Listeria monocytogenes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tavuk eti = Chicken meat ; Tavuk kesimhaneleri = Poultry slaughterhouses ; Tavukçuluk işletmeleri = Poultry enterprises ; İmmunomanyetik ayırma = Immunomagnetic separation

Özet:
Amaç: Bu çalışma, Samsun bölgesinde faaliyet gösteren tavuk parçalama tesislerindeki alet-ekipman, personel ve ürünlerde Listeria monocytogenes varlığını belirlemek, PCR yöntemi ile serotiplendirmesi, PFGE analiziyle  genotiplendirilmesi amacıyla yapılmıştır.
Materyal ve Metod: Samsun İlinde faaliyet gösteren 4 farklı tavuk parçalama tesisinde üretim hattından, kullanılan alet ekipmanlardan, bütün ve parça tavuklardan her ziyarette toplam 16 örnek alındı. 4 işletme 3'er kez ziyaret edilerek toplamda 192 örnek alındı. L. monocytogenes'in izolasyon ve identifikasyonu için ISO 11290-1 ve Dynal tarafından önerilen İMS bazlı klasik kültür tekniği kullanıldı. L. monocytogenes izolatlarının PCR ile doğrulanması ve serotiplendirilmesi yapıldı. L. monocytogenes izolatlarının antibiyotik dirençlilik profillerinin belirlenmesinde EUCAST ve CLSI  tarafından bildirilen disk difüzyon  yöntemi kullanıldı. Son aşamada PFGE tekniğiyle genotiplerin tespiti gerçekleştirildi.
Bulgular: İncelenen 192 örneğin 25'i (%13) L. monocytogenes pozitif olarak belirlendi ve toplam 51 izolat elde edildi. Serotiplendirmede 51 izolatın 47'sinde (%92,2)  1/2a (3a),  4'ünde (%7,8) 1/2c (3c) olarak tespit edildi.  Testler sonucunda 51 izolatın 26'sının  (%51) en az bir antibiyotiğe, 13'ünün  (%25,5) de birden fazla antibiyotiğe karşı direnç gösterdiği belirlendi. Ayrıca 25 izolatın  (%49) herhangi bir antibiyotiğe karşı dirençli olmadığı saptandı. PFGE değerlendirilmesinde, en az %80 benzerlik esas alınarak yapılan dendrogramında ApaI enzimi ile yapılan restriksiyon işlemi neticesinde izolatların ilişkili 25 farklı küme ile 45 alt kümeye dağıldıkları, AscI enzimi ile yapılan restriksiyon işlemi neticesinde ise 29 farklı küme ile 36 alt kümeye dağıldıkları saptandı.
Sonuç: Parçalama tesislerine gelen tavuklardan L. monocytogenes izole edilmesi, yetiştiricilik ve kesim aşamalarında tavukların kontamine olabildiğini göstermektedir. Parçalama işlemi sırasında alet ekipmanlar, zemin, yüzeyler ve personel vasıtasıyla etken yayılabilmektedir. Hijyen kurallarına uyulması çapraz bulaşma riskini azaltabilecektir.

Abstract:
Aim: In this study the chicken shredding facilities operating in the region of Samsun,
equipment, staff and products to determine the presence of L. monocytogenes, serotyping
by PCR method and genotyping by PFGE analysis.
Material and Method: In this study, a total of 16 samples were collected from the
production line, used instrument equipments, carcasses and cut-up rawchicken at 4
different chicken shredding facilities operating in Samsun province. 4 facilities were
visited 3 times and 192 samples taken in total were used as material. For the isolation and
identification of L. monocytogenes, the IMS-based classical culture technique
recommended by ISO 11290-1 and Dynal was used. After, L. monocytogenes isolates were
confirmed by PCR and serotyped. Disk diffusion method reported by EUCAST and CLSI
was used to determine the antibiotic resistance profiles of L. monocytogenes isolates.
Finally, genotyping was performed by PFGE technique.
Results: Of the 192 samples tested, 25 (13%) were identified as L. monocytogenes
positive and a total of 51 isolates were obtained. In serotyping, 47 isolates (92.2%) were
identified as 1 / 2a (3a) and 4 isolates (7,8%) were identified as 1 / 2c (3c). Twenty-six of
51 isolates (51%) were resistant to at least one antibiotic, and 13 (25.5%) were resistant
to more than one antibiotic. In addition, 25 isolates (49%) were found to be resistant to
any antibiotic. In the evaluation of PFGE, at least 80% similarity was determined in the
dendrogram of the isolates to 45 sub-clusters associated with 25 different clusters and 29
different clusters and 36 sub-clusters as a result of restricting with AscI enzyme.
Conclusion: Isolation of L. monocytogenes from chickens coming to shredding facilities
shows that chickens may be contaminating during the breeding and cutting stages. During
shredding, the tool can be spread by equipment, floor, surfaces and staff. Observing
hygiene rules may reduce the risk of cross-contamination.