Flow sitometri yöntemi ile bakterilerin antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Determination of antibiotic sensitivity of bacteria by flow cytometry method
Yazar: HÜSEYİN HATİPOĞLU
Danışman: PROF. DR. MEHMET KÖROĞLU
Sakarya Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Akım sitometrisi = Flow cytometry ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Bakteriler = Bacteria ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İnhibitör = Inhibitor

Özet:
Giriş ve Amaç: Bu çalışmasında gram pozitif ve gram negatif bakterilerin in vitro antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amacıyla flow sitometri yöntemi kullanımı ve sonuç verme süresinin kısaltılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Altı standart suş ile 11 klinik izolat bu çalışmada incelenmiştir. Tüm suşların antibiyotik duyarlılıkları; VITEK 2 otomatize sistemi, sıvı mikrodilüsyon ve flow sitometrik yöntem ile test edilmiştir. Antibiyotik dilüsyonları güncel EUCAST kılavuzuna göre belirlenmiştir. Flow sitometrik analiz öncesi mikroplaktaki bakteri süspansiyonları, 120 rpm ve 35-37°C'de 2 saat inkübe edildikten sonra 100μl okuma tüplerine alınmıştır. Daha sonra her tüpe 10μl Syto 9 ve 10μl Propidium iodid boyası eklenerek karanlık ortamda 15 dk bekletilmiştir. Flow sitometrik analizde, üreme kontrol kuyucuğu ile antibiyotikli kuyucuklar FL1-H grafiğinde üstü üste getirilerek karşılaştırılmış ve antibiyotikli kuyucuklarda en az %55 oranında bakteri sayısında azalma duyarlılık kriteri olarak kabul edilmiştir.
Bulgular: Flow sitometrik yöntemle belirlenen antibiyotik duyarlılık ile BMD ve VITEK 2 sistemi arasında saptanan uyum oranları sırasıyla; iki E. coli suşu için (%92.3, %84.6), dört K. pneumoniae suşu için (%88.7, %81.8), iki P. aeruginosa suşu için (%73, %73), iki A. baumannii complex suşu için (%81.8, %81.8), iki S. aureus suşu için (%86.1, %81.2), üç Enterococcus spp. suşu için (%81.8, %88.8) olarak saptanmıştır.
Sonuç: Flow sitometrik yöntemle yapılan antibiyotik duyarlılık çalışmaları ile BMD ve VITEK 2 sistemi arasında yüksek düzeyde uyum saptanmıştır. Gram negatif bakterilerde gram pozitiflere göre flow sitometri ve diğer yöntemlerin uyumunun daha yüksek oranda olduğu tespit edilmiştir. Antibiyotik duyarlılık testlerinin sonuç verme süresini 12-14 saat kısaltmaktadır. Ancak henüz tüm laboratuvarlarda kullanılabilecek şekilde standardize edilememiştir. Antibiyotik duyarlılıklarının flow sitometri ile belirlenmesi konusunda daha detaylı ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.
Anahtar Kelimeler: Flow sitometri, antimikrobiyal duyarlılık, MİK, EUCAST

Abstract:
Introduction and Aim: The aim of this study was to determine the in vitro antibiotic susceptibility of gram-positive and gram-negative bacteria by using flow cytometry method and to shorten the delivery time.
Material and Method: Six standard strains and 11 clinical isolates were examined in this study. Antibiotic susceptibility of all strains; was tested with VITEK 2 automated system, liquid microdilution and flow cytometric method. Antibiotic dilutions were determined according to the current EUCAST guidelines. Antibiotic dilutions were determined according to the current EUCAST guidelines. Prior to flow cytometric analysis, bacterial suspensions in the microplate were incubated at 120 rpm and 35-37 ° C for 2 hours. The suspension in each well was transferred to 100μl reading tubes. Then, 10 Syl Syto 9 and 10 Propl Propidium iodide dye were added to each tube and incubated for 15 minutes in dark. In flow cytometric analysis, growth control wells and antibiotic wells were compared by overlay on the FL1-H graph and a growth control wells in bacterial count of at least 55% in antibiotic wells was accepted as the sensitivity criterion.
Results: Antibiotic susceptibility determined by flow cytometric method with BMD and VITEK 2 system were found to be as follows; two E. coli strains (92.3%, 84.6%), four K. pneumoniae strains (88.7%, 81.8%), two P. aeruginosa strains (73%, 73%), two A. baumannii complex strains (81.8%, 81.8%), two S. aureus strains (86.1%, 81.2%), three Enterococcus spp. strain (81.8%, 88.8%).
Conclusion Antibiotic susceptibility studies with flow cytometric method showed a high level of agreement between BMD and VITEK 2 system. In gram negative bacteria, flow cytometry and other methods were found to be more compatible than gram positives. Antibiotic susceptibility tests shorten the delivery time of 12-14 hours. However, it has not yet been standardized to be used in all laboratories. More detailed and comprehensive studies are needed to determine antibiotic susceptibility by flow stiometry.
Keywords: Flow cytometri, antimicrobial suscecbility, MIC, EUCAST