Göller bölgesi KOAH ve akciğer kanser vakalarında tümör nekroz faktör alfa (TNF-Α) ve ATF3 gen polimorfizmlerinin değerlendirilmesi
Evaluation of tumor necrosis factor alpha (TNF-Α) and ATF3 gene polymorphisms in lakes region COPD and lung cancer cases
Yazar: YASEMİN ÇİÇEK
Danışman: DOÇ. DR. PINAR ASLAN KOŞAR
Süleyman Demirel Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Göğüs Hastalıkları = Chest Diseases ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer hastalıkları-obstrüktif = Lung diseases-obstructive ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Göller bölgesi = Lakes region ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Tümör nekroz faktörü-alfa = Tumor necrosis factor-alpha

Özet:
Amaç: KOAH; dünya çapında önemli mortalite ve morbidite sebebi olan kronik enflamatuvar bir hastalıktır. KOAH hastalarının neredeyse tümü bir veya daha fazla komorbid hastalığa sahip olup bunların içerisinde en önemlisi akciğer kanseridir. Akciğer kanseri ve KOAH için en önemli risk faktörü tütün dumanı maruziyeti olmakla birlikte çevresel faktörlerin yanı sıra çoklu genetik faktörlerin ve bunların karmaşık etkileşimlerinin bu iki hastalığın patogenezinde  rol oynadığı bilinmektedir. TNF-α; çeşitli hücresel süreçlerde rol oynayan, KOAH ve akciğer kanserinin gelişim sürecinde de rol oynadığı bilinen enflamatuvar bir faktördür. ATF3 ise birçok genin ekspresyonunu düzenleyerek hücresel stres yanıtına dahil olan adaptif cevap genidir ve akciğerdeki enflamatuvar ve immün yanıtın düzenlenmesinde önemli bir rol oynamaktadır. Bu çalışmada akciğer kanseri ve KOAH hastalarında TNF- α ve ATF3 gen polimorfizmlerini inceledik.

	Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza hepsi 40 yaş üzeri erkek cinsiyette olan KOAH ve yeni tanı akciğer kanseri olan 28 hasta, sadece KOAH tanısı olan 30 hasta ve 20 sağlıklı kontrol olmak üzere 78 birey dahil edildi. Bu üç grupta TNF- α ve ATF3 polimorfizmleri Illumina yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak analiz edildi. Rastgele seçilen 9 hasta üzerinden Sanger Sekanslama yapılarak elde edilen sonuçlar valide edildi. 

	Bulgular: Çalışmamızda tüm gruplarda  TNF- α ve ATF3'e ait analiz ettiğimiz polimorfizmlerde wild tip aleller baskın idi. Genotip frekansları istatistiksel olarak değerlendirildiğinde KOAH ve akciğer kanseri gelişimi ile ilişkilendirilemedi. Her bir varyant sigara içme durumu ile değerlendirildiğinde polimorfizmler ile sigara içme durumu arasında ilişki tespit edilemedi. Akciğer kanserinin histolojik alt tiplerine göre analizinde ise ATF3-204 polimorfizminin KHAK'de adenokarsinom ve SCC'ye göre anlamlı yüksek çıktığı görüldü.

	Sonuç: Çalışmamıza göre TNF- α ve ATF3 genlerinin sekansladığımız bölgelerinde KOAH ve akciğer kanseri ile ilişkilendirilecek genotipik değişikliğe rastlanmadı. Ancak yapılacak daha geniş çaplı bir çalışma ile TNF- α ve ATF3 genlerinin genetik varyantlarının KOAH ve akciğer kanseri gelişimi ve prognozu ile ilişkisinin daha doğru bir şekilde değerlendirilebileceğini düşünmekteyiz. 

Anahtar Kelimeler: Kronik obstrüktif akciğer hastalığı, Akciğer kanseri, Yeni Nesil Dizileme, Polimorfizm, TNF alfa, ATF3

Abstract:
Aim : COPD is a chronic inflammatory disease that causes significant mortality and morbidity worldwide. Almost all COPD patients have one or more comorbid diseases, the most important of which is lung cancer. Although the most important risk factor for lung cancer and COPD is tobacco smoke exposure, it is known that environmental factors as well as multiple genetic factors and their complex interactions play a role in the pathogenesis of these two diseases. TNF-α is an inflammatory factor that plays a role in various cellular processes and also plays a role in the development process of COPD and lung cancer. ATF3 is an adaptive response gene involved in the cellular stress response by regulating the expression of many genes and plays an important role in the regulation of inflammatory and immune response in the lung. In this study, we investigated TNF-α and ATF3 gene polymorphisms in lung cancer and COPD patients.
Material and Method: Our study included 78 individuals, including 28 patients with COPD and newly diagnosed lung cancer, 30 patients with only COPD diagnosis, and 20 healthy controls, all of whom were men over 40 years of age. TNF-α and ATF3 polymorphisms were analyzed in these three groups using Illumina next-generation sequencing. The results obtained were validated by Sanger Sequencing on 9 randomly selected patients.
Results : In our study, wild-type alleles were dominant in all groups in the polymorphisms we analyzed for TNF-α and ATF3. When genotype frequencies were evaluated statistically, they could not be associated with the development of COPD and lung cancer. When each variant was evaluated with smoking status, no relationship could be detected between polymorphisms and smoking status. In the analysis of lung cancer according to histological subtypes, ATF3 c204 C>T polymorphism was found to be significantly higher in SCLC than in adenocarcinoma and SCC. 
Conclusions: According to our study, no genotypic changes that would be associated with COPD and lung cancer were found in the regions of TNF-α and ATF3 genes that we sequenced. However, we think that the relationship of genetic variants of TNF-α and ATF3 genes with the development and prognosis of COPD and lung cancer can be evaluated more accurately with a larger study.
Keywords : Chronic obstructive pulmonary disease, Lung cancer, next generation sequencing, TNF alpha, ATF3