Meme kanserinde MGMT ve P16INK4A(CDKN2A)genlerinin metilasyonlarının Metilasyon Spesifik PCR(MSP) yöntemiyle belirlenmesi
Methylation of MGMT and P16INK4A (CDKN2A)genes which are associated with breast cancer were investigated by technique of  
methylation-specific PCR (MSP).
Yazar: MUSTAFA YILDIZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ONUR EROĞLU
Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Amaç: Bireysel tedavi yöntemlerinin giderek ön plana çıktığı yeni çağda,  genetik temel üzerinde gelişen kanserin sınıflandırmasının moleküler düzeyde yapılmasının önemi kabul görürken,  hasta tümör örneklerinin epigenetik durumlarının incelenmesi hastalık hakkında tanı, tedavi ve prognoz ile ilişkili detayların bilinmesine yol açacaktır.
Yöntem: İnvazif meme tümörlü dokularda tümör süpresör gen olarak kabul gören P16 (CDKN2A), MGMT genlerinin promotor bölgesinde metilasyon durumlarını inceleyerek,  meme tümörünün histopatolojik prognostik bulguları ve hastaların bazı demografik bilgileri ile ilişkisi değerlendirdik. Epigenetik çalışmalar için ise MSP yöntemini kullandık.
Bulgular: Çalışmada P16 (CDKN2A) geninde olguların % 43,8'inde, MGMT geninde olguların % 34,4'ünde promotor hipermetilasyonu farklı oranlarda gözlenmiştir. Bu sonuçlar ile olguların prognostik faktörlerine bakıldığı zaman P16 (CDKN2A), MGMT genleri tümörün yaş ile anlamsız, ER(+)'liği, PR(+)'liği ve C-erb-B2(+)'liği ile anlamlı bulunmuştur. Sonuç olarak MS-PCR tekniğinin meme kanserinin metilasyon profillerinin taranmasında kullanılabilecek bir teknik olduğu görülmüştür.
Sonuç: Moleküler analizlerin meme kanserinin karakteri hakkında bilgi verici olduğu açıktır. Ancak hiç şüphe yok ki,  daha güçlü istatistiksel sonuçları elde etmek için veri madenciliği olarak isimlendirilen,  kümeleme ve çok değişkenli regresyon hesaplamalarının kombinasyonundan oluşan ileri istatistiksel analizlerin uygulanabileceği geniş hasta grupları ile çalışmalar yapılması son derece önemlidir.  Bu sebeple,  geniş gruplar ile çok değerli çalışmaların hızlı ve güvenilir şekilde yapılmasına imkan sağlayacak tümör biyobankalarının oluşturulması ve devamlılığının sağlanması öncelikli hedeflerden olmalıdır.

Abstract:
Objective: In the era of personalized treatment methods when the molecular classification of the cancer which is developed on genetic basis, investigating the  epigenetic status of tumor samples of patients will lead the details about diagnosis,  treatment and prognosis to be valued.
Method: We investigated the methylation status of promoters of P16 (CDKN2A), MGMT genes which are accepted as tumor suppressors in invasive breast cancer tissue and evaluated with  the histopathologic prognostic findings and demographic informations belongs to the patient. MSP technique were recruited for epigenetic studies.
Results: In this study the promoter hypermethylation status were observed at different rates; P16 (CDKN2A) gene with 43,8% of the cases, MGMT gene with 34,4%  With these results when the prognostic factors of the patients were analyzed, tumor stage and age were found to be meaningless with the hypermethylation of P16 (CDKN2A), MGMT genes but found to be significant with age, P16 (CDKN2A), MGMT, tumor stage and PR positivity, ER positivity, <%30 Ki-67, E-Cadherin positivity and C-erb-B2 positivity were significant. To conclude with, MS- PCR makes this technique reliable for determination of the methylation profiles of breast cancer screening.
Conclusion:  It is obvious that molecular analyses are informative about the character of breast cancer. But without doubt, performing studies in large patient groups where advanced statistical analysis of combination of clustering and multivariate regression calculations, called data mining, can be applied is extremely important. So, it has to be among primary goals to form and maintain tumor biobanks which can enable fast and reliable practicing of precious studies in large groups.