Hindi etlerinde Campylobacter jejuni'nin kültür tekniği ve PCR ile saptanması.
Detection of Campylobacter jejuni from turkey meats using culture technique and PCR.
Yazar: ÖMER ÇAKMAK
Danışman: PROF. DR. İRFAN EROL
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Hindi eti = Turkey meat ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Bu çalışmada hindi etlerinde; i) termofilik Campylobacter türlerinin örneklerden izolasyonu ve identifikasyonu kültür tekniği ile yapıldı, ii) termofilik Campylobacter'lerin örneklerdeki insidensi üzerine mevsimin etkisi belirlendi, iii) kültür tekniği ile C. jejuni olarak identifiye edilen izolatların PCR ile de analizi yapılarak doğrulama oranı belirlendi ve iv) izolatların 7 farklı antibiyotiğe karşı dirençlilik profili saptandı. Bu amaçla, 2007-2008 yılı Kasım-Aralık-Ocak ve Mayıs-Haziran-Temmuz aylarında 3 farklı firma (A, B, C) tarafından paketlenmiş formda taze olarak satılan hindi but, göğüs ve kuşbaşı örnekleri materyal olarak kullanıldı. Bu çerçevede her ay but, göğüs ve kuşbaşı örneklerinden 15'er adet olmak üzere 6 ayda toplam 270 örnekte C. jejuni varlığının belirlenmesi amaçlandı.Kültür tekniği ile analiz edilen 270 hindi eti örneğinin 133'ünden (% 49,3) termofilik Campylobacter türleri, 123'ünden (% 45,5) C. jejuni izole ve identifiye edildi. Hindi göğüs örneklerinin % 61,1'inin (55/90), hindi but örneklerinin % 40,0'ının (36/90) ve hindi kuşbaşı örneklerinin %35,5'inin (32/90) C. jejuni ile kontamine olduğu tespit edildi. Hindi eti örneklerinin ki-kare testiyle yapılan istatistiksel değerlendirme neticesinde sıcak aylarda termofilik Campylobacter türleri ile kontaminasyon düzeyine mevsimsel etkinin önemli (p ? 0,01) olduğu saptandı. Kültür tekniği ile izole edilen C. jejuni izolatların doğrulanması amacıyla hipO gen sekansı kullanılarak yapılan PCR analizinde incelenen 123 örneğin 109'una (%88,6) ait izolatların hipO genine sahip olduğu tespit edildi. PCR ile C. jejuni olarak doğrulanamayan 14 örneğe ait izolatlar ceuE gen sekansına spesifik primerler kullanarak incelenmesi sonucu 11 örneğe ait izolatların C. coli olduğu tespit edildi. Ayrıca 3 örneğe ait izolatlar ise 16S rRNA gen sekansına özgü primerler kullanılarak C. lari yönünden PCR ile araştırıldı ve hiçbirinin C. lari olmadığı saptandı. Çalışmada, PCR ile doğrulanan 109 örneğe ait C. jejuni izolatlarının 7 farklı antibiyotiğe karşı direnç profilleri disk difüzyon metodu ile araştırıldı. Testler neticesinde izolatlardan 104'ünün (% 95,4) azitromisine, 103'ünün (% 94,5) eritromisine, 40'ının (% 36,7) tetrasikline, 19'unun (% 17,4) siprofloksasine, 10'unun (% 9,2) nalidiksik aside dirençli olduğu, ayrıca 2 izolatın azitromisine (% 1,8), 3 izolatın kloramfenikole (% 2,8) ve 2 izolatın (% 1,8) tetrasikline orta düzeyde direnç gösterdiği belirlendi.Elde edilen bulgular sonucunda hindi eti örneklerinin (but, göğüs ve kuşbaşı) özellikle sıcak aylarda C. jejuni ile yüksek oranda kontamine olduğu tespit edilmiştir. Gıda güvenliğinin sağlanması ve halk sağlığının korunması amacıyla, hindi eti üretiminde uygun hijyenik ve teknolojik koşullar sağlanmalıdır. Bunlara ilave olarak elde edilen izolatların antibiyotiklere yüksek oranda direnç gösterdikleri tespit edilmiştir. Bu nedenle ulusal kalıntı izleme programı planlı olarak yürütülmelidir.Ayrıca, yanlış pozitif sonuçların önlenmesi için izolatların PCR ile tespit edilmesinin önemli olduğu sonucuna varılmıştır.

Abstract:
The objectives of this study were: i) to isolate and identify the thermophilic Campylobacter spp. from turkey meats carried out by culture technique, ii) to detect the effect of the season on prevalence, iii) to determine the confirmation rate of C. jejuni isolates from the culture technique with PCR analysis, and iv) to determine the antibiotic resistance profiles for 7 antibiotics using disc diffusion method. For this purpose; a total of 270 packaged and fresh turkey meat samples (including thigh, breast and meat cubes) were purchased from three different firms (A, B, C) in October-November-December and May-June-July between 2007 and 2008.Thermophilic Campylobacter spp. were detected in 133 of 270 (49,3 %) turkey meat samples and 123 of them (45,5 %) were isolated and identified as C. jejuni. Within the turkey meat samples 61,1 % (55/90) of the breast, 40,0 % (36/90) of the thigh, and 35,5 % (32/90) of the meat cube samples were found to be contaminated with C. jejuni. Results of the chi-square analysis revealed that there was an important seasonal effect (p ? 0,01) on contamination rate of thermophilic Campylobacter spp. in warm months. PCR analysis based on hipO gene sequence was carried out to confirm C. jejuni isolated with the culture technique. According to the PCR results hipO gene was determined in 109 of 123 (88,6 %) samples. Isolates of the 14 samples that could not have been identified as C. jejuni with PCR were analyzed for ceuE gene sequence and isolates of the 11 samples were identified as C. coli. Also 3 samples were analyzed for C. lari with PCR using 16S rRNA gene sequence. Neither of them was identified as C. lari. The antibiotic resistance profiles of 109 C. jejuni isolates were investigated by disc diffusion method to 7 different antibiotics. As a result 104 (95,4 %) of the isolates were found to be resistant to azithromycin, 103 (94,5 %) to erythromycin, 40 (36,7 %) to tetracycline, 19 (17,4 %) to ciprofloxacin and 10 (9,2 %) to nalidixic acid. Also, 2 (1,8 %) of the isolates were found to be intermediately resistant to azithromycin, 3 (2,8 %) to chloramphenicol and 2 (1,8 %) to tetracycline.The results of this study showed that turkey meat samples were highly contaminated with C. jejuni. From the point of food safety and public health view turkey meat production have to be held in hygienic and technological conditions. As high antibiotic resistance was determined, national residue programme must be carried out. Also for preventing false positive results, isolates have to be confirmed with PCR.