Ekzom dizileme verilerinin yeniden analizi
Reanalysis of exome sequencing data
Yazar: DENİZ ESİN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU MARZİOĞLU ÖZDEMİR
Selçuk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Amaç:   Altta yatan genetik bir duruma sahip olduğundan şüphelenilen hastadan alınan genomik bilgilerin yeniden analiz edilmesi, dizileme testinin tanısal verimini artırabilir ve potansiyel olarak hastaya ve sağlık sistemine önemli faydalar sağlayabilir. Dikkate değer sayıda çalışma, yeniden analizin klinik önemini göstermiştir. Bu çalışma neticesinde elde edilecek verilerin ekzom dizileme tetkiklerinin yeniden analizlenmesine dair yeni yaklaşımlar sunacağının gösterilmesi ve yeniden analizin öneminin ortaya konulması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Bu araştırmada, genetik kaynaklı şikayetleri olan 150 hastadan oluşan bir kohortun ekzom dizileme verileri, güncel biyoinformatik şartlarda analiz edilmiştir. Veriler, Seq platformu kullanılarak analiz edilmiş, varyantların belirlenmesi ve filtrelenmesi için belirli kriterler kullanılmıştır. Klinik anotasyon ve değerlendirme aşamalarıyla önemli varyantlar belirlenmiş ve IGV'de görsel olarak değerlendirilmiştir.
Bulgular: Yeniden analizde olguların %95,3'ünde fark saptanmıştır. Farklılık oluşturan nedenler arasında tesadüfi bulgular(%71), raporlanmayan LP/P varyantlar(%68), patojenite sınıflandırmasındaki değişiklikler(%36) bulunmaktadır. Kalite kontrol parametreleri, VUS varyant yorumlama farklılıkları, birincil tanı, bilgi eksikliği de fark oluşturabilecek diğer nedenler olarak değerlendirilmiş fakat anlamlı bulunmamıştır. 
Sonuç: Çalışmamızda, ekzom verilerinin yeniden analizi sonucunda anlamlı farklar tespit edildi. Tesadüfi bulgular, raporlanmamış patojenik varyantlar ve varyant patojenite sınıflandırmasındaki değişiklikler önemli parametrelerdi. Ortalama derinlik değeri, VUS varyantların yorumlanmasındaki farklılıklar, birincil tanı ve bilgi eksikliği parametrelerinin anlamlılığı için daha büyük örneklem ve ileri çalışmalara ihtiyaç olduğu belirtilmiştir. Çalışmamızda yeniden analizin önemi vurgulanmış ve önerilmiştir.

Abstract:
Objective: Reanalyzing genomic information from a patient suspected to have an underlying genetic condition can enhance the diagnostic yield of sequencing tests and potentially provide significant benefits to both the patient and the healthcare system. Numerous studies have demonstrated the clinical significance of reanalysis. The aim of this study is to demonstrate that the data obtained from the reanalysis of exome sequencing tests will present new approaches and underscore the importance of reanalysis in providing valuable insights for the diagnosis of individuals with suspected genetic conditions.
Materials and Methods: In this research, exome sequencing data from a cohort of 150 patients with genetically related complaints were analyzed using current bioinformatics tools. The data were processed using the Seq platform, and specific criteria were applied for variant identification and filtering. Significant variants were determined through clinical annotation and assessment, followed by visual evaluation in the Integrated Genomics Viewer (IGV).
Results: A difference was detected in 95.3% of cases during reanalysis. Reasons for the discrepancies included incidental findings (71%), unreported potentially pathogenic variants (68%), and changes in pathogenicity classifications (36%). Quality control parameters, variant interpretation differences, primary diagnosis, and information gaps were considered as potential contributing factors but were not found to be statistically significant.
Conclusion: Our study revealed substantial differences in the reanalysis of exome data. Incidental findings, unreported pathogenic variants, and changes in variant pathogenicity classifications were identified as crucial parameters. The study suggests the need for larger sample sizes and further research to assess the significance of average depth value, interpretation differences in variants of uncertain significance (VUS), primary diagnosis, and information gaps. The importance of reanalysis was emphasized and recommended in our study.