Vankomisine dirençli enterokoların MALDİ-TOF ile tür tayini ve klonalitelerinin incelenmesi
İdentifications  of the vancomycine resistant enterococci species by the MALDİ-TOF and the evaluation of their clonalities
Yazar: ULVİYE GÜVENDİ AKÇINAR
Danışman: PROF. DR. GÖKHAN AYGÜN
İstanbul Üniversitesi / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Elektroforez = Electrophoresis ; Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Enterococcus = Enterococcus ; Genotip = Genotype ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Vankomisin = Vancomycin ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Vankomisin dirençli enterokoklar nozokomiyal enfeksiyon sebebi olan patojenler arasında artan sıklıkta izole edilmektedir. Enfeksiyonların yayılımının önlenmesinde ve kontrolünde, intestinal kolonizasyonu olan hastaların erken tespiti ve nozokomiyal enfeksiyon salgını ile ilişkilerinin gösterilmesi gereklidir. Vankomisin dirençli enterokok izolatları ile salgın arasındaki ilişkinin gösterilmesinde moleküler epidemiyolojik yöntemlerle klonal ilişkinin tespiti gereklidir. Bu amaçla çok sayıda moleküler genotiplendirme yöntemi kullanılmıştır. Bu yöntemlerden PFGE;  nozokomiyal salgınların sürveyansında, salgın izolatlarının ilişkilendirilmesi ve salgın kaynağının tespit edilmesinde, ayrım gücü en yüksek olan ve ?altın standart? olarak kabul edilen bir yöntemdir. Bu çalışmada İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalımızdan 40 adet (2012-2013), Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalından 33 adet (2009-2012) ve İstanbul Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuarlarından elde ettiğimiz 7 adet (2012)  toplamda 80 adet; 32?si rektal sürüntüden, 48?i çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş olan; vankomisine dirençli enterekok suşu değerlendirilmiştir; Maldi-Tof ile tür tanımı yapılan izolatların %96?sının  E. faecium ve baskın genetik direnç yapısının Van A olduğu, yapılan PFGE sonucunda bazı E. faecium klonlarının birçok farklı merkezde yayıldığı, çok merkezli yayılan klonların bu özelliklerinin nedenini araştırmak için ileri çalışmalara ihtiyaç duyulduğu sonucuna varılmıştır.

Anahtar Sözcükler: Genotipleme, PFGE, MALDİ-TOF, VRE

Abstract:
Vancomycin resistant Enterococci are isolated in increasing frequency among the pathogens that cause nosocomial infections. Early detection of patients with intestinal Vancomycin resistant Enterococci colonization and the demonstration of their relationship with the hospital infection outbreaks are necessary in controlling and preventing the spread of these infection. In order to show, the relationship between Vancomycine resistant Enterococci  isolates and the outbreak, the detection  between molecular epidemiological methods and clonal connection is needed.  For this purposes, a large number of molecular-based genotyping methods have been used. Among these methods, PFGE is considered as the `gold standard? with the highest discriminatory power in the surveillance of nosocomial outbreaks, and the detection of the outbreak origin and the association between outbreak isolates. In this study, a total of 80  VRE strains. whose 32  isolated from rectal swabs and 48 from different clinical  samples were included in this sudy. 40 VRE  strains were obtained from the Microbiology Department of  Cerrahpaşa Medical Faculty in İstanbul University (2012-2013), 33 VRE  strains from the Microbiology Department of Medical Faculty in Gazi University (2009-2012), and 7 VRE strains from the Microbiology laboratory of Samatya Education and Research Hospital (2012) were evaluated. The identifications of the species by Maldi-Tof resulted  as   %96 of  E. faecium. The predominant genetical  resistance structure of VRE was detected as Van A. As PFGE results,there have been a dissemination of some of dominant E. faecium clones in most of the different centers .It was conluded that to evaluate the cause of  this dissemination of these dominant clones needs to be evaluated by  further studies  in  future.

Keywords: Molecular typging, PFGE, MALDİ-TOF, VRE