İdiyopatik pulmoner fibrozisli hastaların bağırsak mikrobiyota profillerinin araştırılması
Investigation of the gut microbiota profiles of patients with idiopatic pulmonary fibrosis
Yazar: KERİM GÖKTÜRK
Danışman: PROF. DR. BAYKAL TÜLEK
Selçuk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Göğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Göğüs Hastalıkları = Chest Diseases

Özet:
İdiyopatik pulmoner fibrozis (İPF) en sık görülen idiyopatik interstisyel pnömonidir. Etyolojisinde multipl genetik faktörler, çevresel maruziyetler, gastroözefageal reflüye
sekonder mikro aspirasyonlar, yaş, cinsiyet, sigara, enfeksiyon gibi unsurlar suçlanmakta olup
patogenezi hala belirsizliğini korumaktadır. Son zamanlarda bağırsak mikrobiyotadisbiyozisinin pulmoner fibrozis üzerine etkisi bildirilmiştir. Bu çalışmanın amacı, İPF'li
hastalarda bağırsak mikrobiyotasını karakterize etmek ve sağlıklı kontrollerle farkını
incelemektir. Ayrıca antifibrotik ilaçların, bağırsak disbiyozisine olan etkisini
değerlendirmektir.
Çalışmaya antifibrotik ilaç tedavisi alan 12 İPF hastası, antifibrotik ilaç tedavisi
kullanmayan 12 İPF hastası ve 8 sağlıklı kontrol dahil edildi. Hastaların klinik parametreleri
kaydedildi. Dışkı örnekleri toplandı. DNA ekstraksiyonları gerçekleştirildi ve V1-V9
hiperdeğişken bölgelerinde Illumina Novaseq üzerinde 16S Ribozomal RNA gen dizilimine
tabi tutuldu.
Hasta ve sağlıklı kontrol grupları karşılaştırıldığında çeşitli bakteri grupları arasında
anlamlı fark bulundu. Campylobacterota, hasta grubunda varken kontrol grubunda hiç
saptanmadı (p=0,025). İPF tanılı hasta grubunda Staphylococcales (p=0,042), Gemellaceae(p=0,008) hiç saptanmazken kontrol grubunda istatiksel anlamlı şekilde saptandı. İPF tanılı
hasta grubunda kontrol grubuna göre; Actinobacteria (p=0,08); Bifidobacteriales (p=0,009), Burkholderiales (p=0,046); Bacteroidaceae (p=0,009); Dorea (p=0,010), Fusicatenibacter
(p=0,048), Ruminococcus gauvreauii group (p=0,004), CAG 56 (p=0,014) istatiksel olarak
anlamlı azalma saptandı. İPF tanılı hasta grubunda kontrol grubuna göre; Enterobacterales
(p=0,033); Erysipelotrichaceae (p=0,018); Holdemanella (p=0,017), Alloprevotella (p=0,017)istatiksel olarak anlamlı artış saptandı. Antifibrotik ilaç kullanan ve antifibrotik ilaç
kullanmayan İPF tanılı hasta grupları karşılaştırıldığında ise; sadece Level-6 düzeyinde
antifibrotik ilaç kullanan hasta grubunda Lachnospiraceae UCG(p=0,04) istatiksel olarak
anlamlı düzeyde azalma saptandı.
Çalışmamızın neticesinde; İPF'li hastalarda bağırsak mikrobiyata disbiyozisi olduğunu
göstermektedir. Bağırsak mikrobiyata disbiyozisi, hastalığın patogenezinde ve tedavisinde
yeni bakış açıları sağlayabilir. Ayrıca tedavi sürecinde bağırsak mikrobiyotasında
değişikliklerin olabileceği gösterilmiş olup yan etkilere yaklaşımda yol gösterici olabilir.

Abstract:
Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is the most common idiopathic interstitial
pneumonia. Multiple genetic factors, environmental exposures, micro aspirations secondary to
gastroesophageal reflux, age, gender, smoking, infection are blamed in its etiology and its
pathogenesis is still unclear. Recently, the effect of gut microbiota dysbiosis on pulmonary
fibrosis has been reported. The aim of this study was to characterize the gut microbiota in
patients with IPF and to examine its difference with healthy controls. Further, it is to evaluate
the effect of antifibrotic drugs on gut dysbiosis.
Twelve patients with IPF using antifibrotic drug therapy, 12 patients with IPF not
using antifibrotic drug therapy and 8 healthy controls were included in the study. Clinical
parameters of the patients were recorded. Stool samples were collected. DNA extractions
were performed and subjected to 16S Ribosomal RNA gene sequencing on the Illumina
Novaseq at V1-V9 hypervariable regions.
When the patient and healthy control groups were compared, a significant difference
was found between the various bacterial groups. While Campylobacterota was found in the
patient group, it wasn't determined in the control group (p=0,025). Whereas Staphylococcales
(p=0,042), and Gemellaceae (p=0,008) were not determined in the patient group diagnosed
with IPF, a statistically significant relationship was found in the control group. Compared to
the control group in the patient group diagnosed with IPF, Actinobacteria (p=0,08);
Bifidobacteriales (p=0,009), Burkholderiales (p=0,046); Bacteroidaceae (p=0,009); Dorea
(p=0,010), Fusicatenibacter (p=0,048), Ruminococcus gauvreauii group (p=0,004), Firmicutes bacterium CAG 56 (p=0,014) a statistically significant decrease was determined.
Compared to the control group in the patient group diagnosed with IPF, Enterobacterales
(p=0,033); Erysipelotrichaceae (p=0,018); Holdemanella (p=0,017), Alloprevotella (p=0,017)
a statistically significant increase was determined.
When the patient groups diagnosed with IPF using antifibrotic drugs and not using
antifibrotic drugs are compared; A statistically significant decrease in Lachnospiraceae UCG
004 (p=0.04) was found in the patient group using only Level-6 antifibrotic drugs.
The results of the study show that the patients with IPF have gut microbiota dysbiosis.
Gut microbiota dysbiosis provides new perspectives on the pathogenesis of illness and
treatment. In addition, it has been shown that there may be changes in the intestinal
microbiota during the treatment process which may guide the approach to side effects.