Berrak hücreli renal karsinoma hastalarında e-kaderin (ECAD) ve ölüm aracılı protein kinaz (DAPK) genlerinde metilasyon araştırması
DNA methylation study of e-cadherin (ECAD) and death-associated protein kinase (DAPK)gene at clear cell renal carsinoma
Yazar: AYTÜL KİTAPCI
Danışman: PROF. DR. ŞİFA TÜRKOĞLU
Cumhuriyet Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bilim ve teknolojide hızlı ilerlemelere rağmen halen tam olarak aydınlatılamamış bir hastalık olan kanser için dünya genelinde çok geniş miktarda bütçeler ayırılarak çalışmalar yapılmaktadır. Ancak günümüzde bu hastalık çok sayıda insanın ölümüne sebep olmaya devam etmektedir. Böbrek kanserleri ürogenital kanserler arasında prostat ve mesane kanserlerinden sonra 3. sırada bulunmaktadır. Berrak hücreli karsinom ise renal hücreli kanserlerin (RHK) histopatolojik olarak en sık görülen alt tipidir. Çevresel faktörlerinde etki ettiği kanser, genetik ve epigenetik değişiklikler sonucu oluşan bir süreçtir. Bu epigenetik değişikliklerin başında metilasyon gelmektedir. Yapılan pek çok çalışma, çok sayıda kanser türünün oluşumunda bazı genlerin hipermetilasyonlarının etkili olduğu vurgusunu yapmaktadır. Çalışmamızda berrak hücreli renal kanser (BHRK) hastalarında ECAD ve DAPK genlerindeki epigenetik değişikliklerden olan DNA metilasyonunun analiz edilmesi ve mevcut epigenetik özelliklerinin kliniko-patolojik parametrelerle karşılaştırılarak ilişkilerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bunun için her iki genin promotor bölgelerinde metilasyon analizi yapılmıştır. Elde edilen veriler yardımıyla ECAD ve DAPK' daki değişikliklerle, klinik parametreler arasındaki potansiyel ilişkileri ortaya çıkarmak için istatistiki analizler yapılmıştır. Bu amaç doğrultusunda RHK hastalarından kan örnekleri yerel etik kurulun onayı alındıktan sonra 2010-2013 arasında toplanmıştır. 153 birey kontrol grubu, 113 birey hasta grubu olmak üzere 2 grup halinde çalışmalar düzenlenmiştir. Alınan kan örnekleri DNA izolasyonu ve metilasyon spesifik PCR (MSP) aşamalarından sonra jelde görüntülenerek metilasyon durumları belirlenmiştir. SPSS paket programında tanımlayıcı istatistikleri yapılarak wilcoxon, korelasyon ve lojistik regresyon analizlerine tabi tutulmuştur. Bu analizler sonucunda ECAD geninde metilasyon bulunan kişilerde hastalığın görülme olasılığının bulunmayanlara göre 5 kat fazla olduğu ve istatistiki açıdan anlamlı bir ilişkinin bulunduğu sonucuna varılmıştır. DAPK geninde de metilasyon ve hastalık arasında istatiki açıdan anlamlı bir ilişki bulunarak metilasyon bulunan kişilerde hastalığın görülme olasılığının bulunmayanlara göre 1,5 kat fazla olduğu sonucuna ulaşılmıştır.

Abstract:
In every part of the world, many high-budget researches have been made for cancer, a disease can not be totally enlightened despite great advancements in science and technology. However, this disease still causes deaths of many people nowadays. The nephritic cancer is accounted as the third genitourinary cancer subsequent to prostate and bladder cancer. And clear cell renal carsinoma is one of the most common sub-type of renal celled cancer. Cancer, affected by environmental factors, is a process formed by the results of genetic and epigenetic changes. Methylation is the leading type of these epigenetic changes. Many researches in the field emphasized that some genes hypermetylation are efficient on the formation of many cancer types. In this study, the aim is to analyze the DNA methylation, one of the epigenetic changes on ECAD and DAPK genes of renal cell carsinoma (RCC) patients, and to determine the relations by comparing the present epigenetic features with clinic-pathologic parameters. To do so, the methylation analyses of both genes were made in promotor regions. With the help of gained data, statistical analyses were made to explore the potential relations between clinical parameters and the changes in ECAD and DAPK. In this direction, the blood samples of RCC patients were gathered between 2010 and 2013, after the approval of the local ethical committee. Studies were organized in two groups; a control group with 153 individuals and a patient group with 113 individuals. The methylation of blood samples were determined by displaying in the gel after DNA isolation and methylation specific PCR (MSP) steps. Some descriptive statistics and Wilcoxon, Corelation and Lojistic Regression analyses were made with SPSS. As the result of this analyis, a statistically significant relationship has been determined and it is also found that the probability of occurance of this disease was 5 times more likely for the people who have methylation in their ECAD genes then those have not. Also there is relationship between the disease and methylation in DAPK genes, it is found that the probability of occurance of this disease was 1,5 times more likely for the people who have methylation then those have not.