Orta Karadeniz bölgesinde patateste sorun olan Pectobacterium ve Dickeya spp. bakteriyel etmenleri üzerine araştırmalar
Research on bacterial pathogens Pectobacterium and Dickeya spp. causing disease on potato in Middle Black Sea region
Yazar: MURAT ÖZTÜRK
Danışman: DOÇ. DR. HASAN MURAT AKSOY
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Dünya genelinde geniş bir konukçu aralığına sahip olan Pectobacterium ve Dickeya
spp. bakteriyel etmenleri patates bitkisinde karabacak ve yumuşak çürüklük
hastalığına neden olur. 2015 - 2016 yıllarında, Orta Karadeniz Bölgesi patates üretim
alanlarında enfeksiyon oluşturan Pectobacterium ve Dickeya spp. bakteriyel
etmenlerinin belirlenmesi amacıyla 146 patates tarlası incelenmiş ve toplam 242 bitki
örneği toplanmıştır. Birçok ticari patates çeşidinde karabacak ve yumuşak çürüklük
problemi tespit edilmiştir. Bölgede hastalığın yaygınlığı % 9.08, şiddeti ise % 5.36
olarak belirlenmiştir. Elde edilen 90 adet pektinolitik izolat ile biyokimyasal,
fizyolojik, patojenisite ve PCR'a dayalı tanı çalışmaları yapılmıştır. Elde edilen tanı
sonuçları 16S rDNA ve recA genlerine dayalı filogenetik analizlerle kesinleşmiştir.
Elde edilen 90 izolat arasından, 87 izolat Pectobacterium spp., 3 izolat ise Dickeya
spp. olarak belirlenmiştir. Pectobacterium spp. içerisinde yer alan 38 izolat P.
carotovorum subsp. carotovorum, 22 izolat P. carotovorum subsp. brasiliense, 21
izolat P. parmentieri, 6 izolat P. atrosepticum, 3 izolat ise D. solani olarak
tanılanmıştır. İzolatlardan 45 adedi ile yapılan patojenisite testinde P. carotovorum
subsp. brasiliense ve P. carotovorum subsp. carotovorum'a ait oldukça virülent
izolatlar tespit edilmiştir. 27 genotip ve 10 ticari patates çeşidinin yumru ve
bitkilerinde hastalık şiddeti en virülent olduğu belirlenen P. carotovorum subsp.
brasiliense VK22G8 izolatı ile belirlenmiştir. D. solani ve P. carotovorum subsp.
brasilense etmenlerinin varlığı Türkiye'de ilk kez bu çalışmada belirlenmiştir. P.
atrosepticum, P. carotovorum subsp. carotovorum ve P. parmentieri etmenleri Orta
Karadeniz Bölgesinde ilk kez bu çalışma ile tespit edilmiştir.

Abstract:
Pectobacterium and Dickeya spp. have a wide range hosts all over the world, cause
blackleg and soft rot disease on potato plant. A total of 242 plant samples were
collected from 146 potato fields in order to determine species of Pectobacterium and
Dickeya infecting potato production areas of Middle Black Sea Region in 2015 –
2016 years. Blackleg and soft rot disease was observed on many commercial potato
cultivars. In the region, the prevalence and severity of the disease was determined as
9.08 % and 5.36 %, respectively. Maintained 90 pectinolytic bacterial isolates were
subjected to biochemical, physiological, pathogenicity and PCR-based diagnostic
studies. Obtained systematic results were confirmed by phylogenetic analyzes based
on the nucleotide sequences of 16S rDNA and recA genes. Among maintained 90
isolates, 87 of isolates were identified as Pectobacterium spp. and 3 of them were as
Dickeya spp. In Pectobacterium genus, 38 of isolates P. carotovorum subsp.
carotovorum, 22 of isolates P. carotovorum subsp. brasiliense, 21 of isolates P.
parmentieri, 6 of isolates P. atrosepticum and 3 of isolates were identified as D.
solani. Very virulent isolates belonging to P. carotovorum subsp. brasiliense and P.
carotovorum subsp. carotovorum were found among 45 tested isolates in
pathogenicity experiment. Disease severity on tubers and plants of 27 genotypes and
10 commercial potato cultivars was screened with the most virulent isolate P.
carotovorum subsp. brasiliense VK22G8 in pathogenicity test. The presence of D.
solani and P. carotovorum subsp. brasiliense has been identified for the first time in
Turkey. P. atrosepticum, P. carotovorum subsp. carotovorum and P. parmentieri
have been detected for the first time in the Middle Black Sea Region.