Go proteini alfa alt biriminin etkileştiği olası efektör proteinlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Determination of  possible effectors of go protein alpha sub-type by bioinformatic tools
Yazar: SİBEL DENİZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyofizik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyofizik = Biophysics
Dizin: Bilgisayar yazılımları = Computer softwares ; G proteinleri = G proteins ; Moleküler dinamik benzetimi = Molecular dynamic simulation ; Proteinler = Proteins

Özet:
Bu çalışmada, hücre sinyal ileti sisteminin en önemli bileşenlerinden biri olan,
insandaki sinyal ileti proteinlerinin yaklaşık üçte birini oluşturan G proteinlerin
efektörleri ile olan etkileşimleri üzerine çalışılmıştır.
Birçok biyolojik işlevde görev alan G protenleri birçok hastalığın doğrudan
nedeni veya etkenlerinden biridir. Go proteini büyük oranda merkezi sinir sisteminde
bulunmakta ve işlevi henüz bilinmemektedir. Ancak Go?nun beyin dokusunda yoğun
olarak bulunması, birçok fizyolojik ve patolojik nörolojik süreçte görevi
olabileceğini düşündürmektedir. Go?nun etkileştiği bazı efektörler bildirilmiş
olmasına karşın bulgular yetersiz ve eksiktir. Yapılan bu çalışma ile Go?nun
etkileştiği düşünülen bu efektörler ile etkileşime geçip geçemeyeceğinin teorik olarak
incelemesi yapılmış ve daha sonra da bunlar dışında etkileşime geçebileceği diğer
efektörler araştırılmıştır.
Çalışma kapsamında öncelikle Go ve efektör proteinlerin amino asit dizilerinden
hareketle olası efektörler belirlenmiştir. Sonraki aşamada Go proteninin ve efektör
proteinlerin üçüncül yapılarından hareketle etkileşimin topografik olarak olası olup
olmadığı docking algoritmaları ile test edilmiştir. Ardından moleküler dinamik ve
kinetik simülasyonlar kullanılarak etkileşimin karakteristiği belirlenmiştir. Böylece,
belirlenen olası efektör proteinlerin Go?nun işlevi hakkında önemli bilgiler sunması,
G proteini ve efektör etkileşiminin daha net olarak anlaşılmasına katkıda bulunması
amaçlanmış ve çalışma bu yönde gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
In this study, the interactions of one of the most important components of the
cell signal transduction system, the G proteins' - that constitute one third of the
human signal transduction proteins- with its effectors is studied.
G proteins that are involved in many biological functions are the directly reason
of many illnesses or one of the factors of illnesses. Go proteins are mostly in nervous
system and their functions are not known yet. However Go is being in brain tissue
densely, it is thought that it has many functions in physiological and pathological
neurological process. Altough some of the effectors that has interacted with Go are
reported, findings are inadequate and incomplete. With this study it is theoretically
researched if Go?s possible effectors can be interacted with Go or not. And then It is
researched that if there are any other effectors that can be interacted with.
In the study firstly potential effectors are determined from the Go and effector
proteins amino acid sequences. In the next stage it is tested if the interactions are
topographicly potential or not with the help of tertiary structures of Go proteins and
effector proteins. Then, characteristic of the interaction is determined by using the
kinetic simulations and molecular dynamics. Thus, determined possible effector
proteins offer important information about the function of Go proteins and increase
understanding of G protein and effector interactions. And the study conducted in this
direction.