Türkiye'de bulunan bazı kedi ırklarının D-Loop polimorfizminin araştırılması
Investigation of genetic structure of various cat breds by using D-Loop polimorphism in Turkey
Yazar: ELİF YILMAZ ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. VAHDETTİN ALTUNOK
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: DNA = DNA ; Kediler = Cats ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Türkiye = Turkey

Özet:
Bu çalışmada bazı kedi ırklarının mtDNA D-Loop bölgesinde bulunan polimorfizmlerin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla 25 Van kedisi, 3 Tekir kedisi, 3 İran kedisi, 1 Ankara kedisi ve 7 Siyam kedisi kullanılmıştır.Bu amaçla, Türkiye'de bulunan bazı kedi ırklarının D-Loop bölgesinin 99 bç'lik alanının dizi analizi yapılmıştır. Yapılan analiz sonucu haplotip sayısı tüm kedilerde 10, Türkiye'de yaşayan diğer kediler (Siyam, İran, Ankara ve Tekir) arasında 9, Van kedileri arasında 8 olarak bulunmuştur. Haplotip farklılaşmaları Tsushima adası kedilerinde 0,723±0,034, diğer kedilerde 0.675±0.105, Van kedilerinde ise 0.649±0.067 olarak hesaplanmıştır. Nükleotit farklılaşması Tsushima adası kedilerinde 0,02210, diğer kedilerde 0,02642, Van kedislerinde 0,02564 olarak gözlenmiştir. Nükleotit farklılaşmasının ortalamaları incelendiğinde Tsushima adası kedilerinde 2,055, diğer kedilerde 2,457, Van kedilerinde 2.314 olarak bulunmuştur. Belirtilen değerler incelendiğinde değerlerin birbirine yakın olduğu gözlenmiştir. Türkiye'de yaşayan ırkların birbirine daha yakın olduğu belirlenmiştir.Çalışmadaki polimorfizm görülen bölgeler değerlendirildiğinde, 16429. nükleotidi görülen A nükleotidi çalışmada G, 16430. nükleotidi görülen C nükleotidi T, 16489. nükleotidi görülen G nükleotidi T olarak gözlenmiştir. Bu veriler Tsushima adasındaki kedilerinin çalışması ile karşılaştırdığında onların haplogruplarında da çalışmada gözlenenlere benzer olduğu tespit edilmiştir.Yapılan tüm istatistikler değerlendirildiğinde Van kedilerinde yüksek polimorfizm gözlenmiş, tek gözlülük/ çift gözlülük durumlarına göre yapılan ?2testi sonucunda yüksek istatistiki farklılık (P<0,022) tespit edilmiştir. Yeşil-Mavi gözlü bir kedide A insersiyonu ilk kez belirlenmiştir.

Abstract:
Objective of this study was to investigate mtDNA D-Loop polymorphism of some cat breeds. Animal material included 25 Van cats, 3 Mullet cats, 3 Persian cats, 8 Siamese cats and a Ankara cat.Fort his purpose, a 99 bp part of the mtDNA D-loop region was sequenced for some cat breeds in Turkey. Total haplotype number was obtained as 10 in all studied cats. Haplotype numbers were 9 for Siamese, Persian, Angora and Mullet cats and 8 for Van catsHaplotype variations were observed as 0,723±0,034 in the Tsushima Island cats, 0.649±0.067 in the Van cats and 0.675±0.105 in the other cat breeds.. Nucleotide differentation values were determined as 0,02210, 0,02588 and 0,02642 for Tsushima Island cats, Van cats and the other studied cats, respectively. Average number of nucleotide differentations were calculated for Tsushima Island cats, Van cats and the other studied cats, 2,055, 2.314 and 2,457, respectively. These values were found to be generally close to each other. However, these values were more closer between the local cat breeds of Turkey.Polymorphism in the regions of the study were evaluated and A at the 16429 bp were G, C at the 16430 bp was T and G at the 16489 was nucleotide T. These findings were similar to the hablogrops of Tsushima Island cats.When resuls of statistical analyses were evaluated higher polymorphism was observed in Van cats. In order to test one or two eye color, X2 test was accomplished to and higher statistical difference (P<0,022) was observed. This is the first time an A insertion was observed in a cat with green-blue eye color.