Türk toplumunda prostat kanseri proteom profillerinin ve androjen reseptör, PSA, RNASEL gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Investigation of proteome profiles and androgen receptor, PSA, RNASEL gene polymorphisms related to prostate cancer in Turkish population
Yazar: MELTEM YALINAY ÇIRAK
Danışman: PROF. DR. ABDULLAH EKMEKÇİ
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Prostat = Prostate ; Prostat hiperplazisi = Prostatic hyperplasia ; Prostat neoplazmları = Prostatic neoplasms ; Prostat spesifik antijeni = Prostate specific antigen ; Reseptörler-androjen = Receptors-androgens ; Testosteron = Testosterone ; Türk toplumu = Turkish society

Özet:
Kanserin erken tanısı, kontrol ve önlenmesinde en önem taşıyan basamaktır. Proteom ve genom çalışmaları, kanser tanısı, prognoz takibi ve tedavi planlanmasını aydınlatacak veriler sağlamaktadır. Kanserin proteomik analizi aday biyobelirleyicilerin saptanması konusunda yeni fırsatlar sunmaktadır.Bu çalışmanın amacı Türk toplumunda prostat kanseri protein profillerinin proteomiklerle belirlenmesi, Türk toplumuna ait prostat kanseri serum çoklu biyobelirleyicilerin tanımlanması ve prostat kanseri ile ilişkili sıklıkla üzerinde çalışılan gen polimorfizmlerinin incelenmesidir.Proteom profilleri 47 prostat kanseri, 50 benign prostat hiperplazisi, 20 PSA 0 prostatektomi sonrası hasta ve 20 sağlıklı kişi serumlarında surface enhanced laser desorption/ionization time-of-flight (SELDI-TOF) kütle spektrometresi ile analiz edildi. Moleküler genetik analiz Androjen Reseptör (AR) CAG tekrarları, Prostat Spesifik Antijen (PSA) promoter bölge ve RNASEL gen polimorfizmlerine yönelik yapıldı.Proteom analizi sonucunda kontrol gruplarıyla karşılaştırıldığında prostat kanseri olan grupta 7 farklı serum proteini belirlendi (p<0.01). Prostat kanseri grubunda normal serum seviyesinden düşük olan 4 ve yüksek olan 3 tane protein bulundu. 6628 Da ağırlığındaki protein ayrıcalıklı olarak değerlendirildi (p<0.001). Yapılan moleküler genetik analizler sonucunda ise AR geni ekson 1 bölgesinde (CAG)n tekrarları PSA -158, PSA -252, ve RNASEL D541E polimorfizmleri prostat kanseri ve benign prostat hiperplazisi kontrol grubunda istatistiki olarak anlamlı bulunmadı.Proteom çalışmaları ile prostat kanseri için farklı biyobelirleyiciler tanımlanması mümkün olabilmektedir. Türk toplumu için kesitsel de olsa özellikle prostat kanserinde yeni bir biyobelirleyici (6628 Da) dikkat çekmektedir. AR geni CAG kısa tekrarları, PSA promoter bölge ve RNASEL D541E polimorfizmlerinin prostat kanser riski ile ilişkisi konusunda anlamlı bir sonuç elde edilememiştir. Proteom ve genotip ilişkisinin ortaya konulabilmesi için daha ileri çalışmalara gerek duyulmaktadır. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar proteomik çalışmaların kanser erken tanısında oldukça doğru ve yeni bir yaklaşım yaratabileceğini ortaya koymaktadır.

Abstract:
The early detection of cancer is crucial for its ultimate control and prevention. Proteome and genome studies provide data and new insights into cancer diagnosis, following the prognosis and treatment plans. Proteomic analysis of cancer provides new opportunities to identification of candidate biomarkers.The aim of this study is to determine protein profilles of prostate cancer patients in Turkish population, identify multiple biomarkers in serum and investigate related frequent gen polymorphisms in prostate cancer.Proteom profilles were analyzed for 47 prostate cancer, 50 benign prostate hiperplazi and 20 post prostatectomy PSA value 0 patients and 20 healthy control group by surface enhanced laser desorption/ionization time-of-flight (SELDI-TOF) mass spectrometry. Molecular genetic analysis were carried out towards the polymorphisms of Androgen Receptor (AR) CAG repeats, Prostate Specific Antigen (PSA) promoter region and RNASEL gene.Seven serum differential proteins were identified in the PCa group compared with the control groups (P < 0.01) in proteome analysis. There were 4 proteins at the lower serum level and 3 proteins at the higher serum level in the PCa group. 6628 Da was evaluated as special and privileged for prostate cancer (p<0.001). According to the molecular genetic analysis there were no statistical difference between prostate cancer and benign prostate hyperplasia groups due to the polymorphisms of (CAG)n repeats in AR gene ekson 1 region. PSA -158, PSA -252 and RNASEL D541E.It is possible to identify different biomarkers for prostate cancer by means of proteomic studies. In this sectional study, a new serum biomarker (6628 Da) of PCa for Turkish population is remarkable. The results show that there is no significant relationship between AR gene short repeats and polymorphisms of promoter region of PSA gene and RNASEL D541E. Further studies should be performed to clarify the proteome and genotype association. Results obtained from this study show that proteomic researches will provide a highly accurate and innovative approach for the early diagnosis of cancer.