PCR-RFLP yöntemi ile meme kanseri olgularına ait parafin blok doku kesitlerinde HER-2/NEU gen polimorfizminin belirlenmesi
Detecting HER-2/NEU gene polymorphism with PCR-RFLP method on the paraffin tissue section of breast cancer cases
Yazar: EZGİ SEZGİN
Danışman: PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN
Başkent Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Genler = Genes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Meme kanseri kadınlarda en sık görülen kanserdir ve kanser nedenli ölümler arasında akciğer kanserinden sonra ikinci sırada gelmektedir. Meme kanseri hücre büyümesi ve gelişmesine katılan önemli hücresel yolları etkileyen genetik değişimler ile çok adımlı işlemler sonucu ortaya çıkmaktadır. Rutin uygulamada meme kanserinde pratikte kullanılan en güçlü prognostik faktörler: Lenf nodu metastazı, tümör çapı, histolojik grade ve histolojik tiptir. Steroid hormon reseptör durumu ve moleküler belirteçler diğer önemli prognostik faktörlerdir. HER-2/neu kromozom 17q21'de lokalize olmuş bir proto-onkogen olup tirozin kinaz aktivitesine sahip bir transmembran glikoproteini (p185) kodlamaktadır. Bu protein epidermal büyüme faktör reseptör ailesinin bir üyesidir. HER-2/neu amplifikasyonu ve/veya aşırı ifadelenmesi kötü prognoz ile ilişkilendirilmiştir. HER-2/neu geninin 655. kodonundaki transmembran parçayı kodlayan bölgesindeki tek nükleotid polimorfizmi (SNP) adeninin guanine dönüşümü (A?G, Ile?Val) sonucunda oluşmaktadır. HER-2/neu geninin 655. kodonundaki bu SNP'nin (rs1136201), ya izolösin (Ile:ATC) ya da valin (Val:GTC) kodladığı tanımlanmıştır. Yapılan çalışmalarda Ile/Val SNP'nin artmış meme kanseri riski ile ilişkili olduğu bildirilmiştir. Ancak, pek çok çalışmada bu ilişkinin tartışmalı olduğu gösterilmiştir.Biz bu çalışmada HER-2/neu kodon 655 polimorfizmini 58 meme kanseri hastasından ve kontrol grubuna dahil edilen 55 bireyden elde edilen parafin blok doku kesitlerinde analiz ettik ve polimorfik allellerin meme kanseri ile ilişkisini değerlendirdik. DNA izolasyonunu takiben PCR-RFLP (Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Restriksiyon Fragmenti Uzunluk Polimorfizmi) yöntemi uygulandı. Çalışılan 58 hasta ve 55 kontrol grubu bireyinde polimorfik Val alleli sıklığı %12.1 ve %17.3 olarak saptandı. Çalışmanın sonuçları değerlendirildiğinde HER-2/neu kodon 655 polimorfizmi ile meme kanseri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir birliktelik görülmedi.Anahtar kelimeler: Meme kanseri, HER-2/neu, PCR-RFLP, Tek nükleotid polimorfizmi

Abstract:
Breast cancer is the most common type of cancer in women being the second common cause of cancer related deaths. Breast cancer occurs as a result of multistep carcinogenesis affecting important cellular pathways acting role in cellular growth and development. The most important prognoctic factors in routine practice are lympth node metastasis, tumor size, histological grade and type. Steroid hormone receptor status and molecular markers are other important prognostic factor. HER-2/neu is a proto-oncogene encoding a transmembrane glycoprotein (p185) with a tyrosine kinase activity, Her-2/neu amplification and/or overexpression has been releated with poor prognosis, at chromosome region 17q21. This protein is a member of the epidermal growth factor receptor family. Amplification and/or overexpression of HER-2/neu has been reported to be associated with poor prognosis. One single-nucleotide polymorphism (SNP) at codon 655 indicates a guanine-to-adenine substitution (Ile655Val) in the transmembrane domain-coding region of the HER2 gene. This single nucleotide polymorphism (SNP) of HER-2/neu gene at codon 655 (rs1136201), encoding either isoleucine (Ile: ATC) or valine (Val: GTC), has been identified. It has been reported that this Ile/Val SNP is associated with increased risk of breast cancer. However, several studies have shown that this association is controversial.In this study, we analyzed the HER2 codon 655 polymorphisms in parafin block sections from 58 breast cancer patients and 55 control subjects and evaluated the association of the polymorphic alleles with breast cancer. PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) method was carried out, following DNA isolation. The frequency of the polymorphic Val allele was detected 12.1% in the patients and 17.3% in the control subjects. When the results of the study were evaluated, no statistically significant correlation was found between Her-2/neu codon 655 polymorphism and breast cancer.Key words: Breast cancer, HER-2/neu, PCR-RFLP, Single nucleotide polymorphism