ING-3 geninin baş boyun kanserlerinde fonksiyonunun araştırılması
Investigation of the functions of ING3 gene in head and neck cancers
Yazar: GÜLNUR KUŞDEMİR
Danışman: DOÇ. DR. ÖMER FARUK KARATAŞ
Erzurum Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Genler-ING = Genes-ING ; Kafa ve boyun neoplazmları = Head and neck neoplasms ; Larinks = Larynx ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Agresif bir kanser türü olan baş ve boyun kanserleri dünya genelinde en sık tanısı konan kanserler arasındadır. Dünya genelinde baş ve boyun kanserleri 5 yıllık sağkalım oranları %60'lar civarında olmasına rağmen, ülkemizde bu oran dünya ortalamasının oldukça altındadır. Inhibitor of growth protein (ING) ailesi 5 üyeden oluşmaktadır (ING1-5). ING proteinleri çok sayıda hücresel süreçte önemli roller oynamaktadır. Bu nedenle ING genlerinin ifade değişiklikleri tümör oluşumu ile ilişkilendirilebilir. Bu tezde, ING ailesi üyelerinin ifadelerinin analizi ve baş ve boyun kanserlerinden olan larenks kanserinde ING genlerinin prognostik öneminin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu doğrultuda, larenks tümör ve normal doku çiftlerinde rölatif ING gen ailesi ifadesi mRNA seviyesinde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak, rölatif ING3 ifadesi protein seviyesinde Western blot analizi kullanılarak değerlendirildi. ING genlerinin ifade seviyeleri, genetik değişiklikleri ve sağkalım verileri online veritabanları kullanılarak araştırıldı ve ING3'ün protein etkileşim ağı STRING web portalı kullanılarak ortaya koyuldu. Baş ve boyun kanserlerinde ING3'ün genetik değişiklik oranının oldukça yüksek olduğu gösterildi. ING3'ün hem mRNA hem de protein seviyesinde larenks kanseri doku örneklerinde normal doku örneklerine kıyasla artan ifadeye sahip olduğu doğrulandı. Yüksek ING3 ifadesinin, baş ve boyun kanseri hastalarının hastalıksız sağ kalımı ile ilişkili olduğu gösterildi. Ayrıca, birlikte ifade analizi, EPC1'in önemli ölçüde ING3 ile ilişkili kritik bir gen olduğunu ortaya koydu. Tez kapsamında elde edilen bulgular, ileri evre larenks kanseri vakalarında ING3'ün yüksek düzeyde ifade edildiği ve onkogenik potansiyel sergileyerek larenks kanser gelişim sürecine önemli derecede katkıda bulunduğunu gösterdi. ING3'ün ileri evre larenks kanser hastaları için hayati prognostik önemi, biyobelirteç olarak kullanılabilme potansiyelini ortaya koymaktadır.

Abstract:
Among the most often diagnosed tumors worldwide are aggressive cancer forms that affect the head and neck (HNC). The 5-year survival rate for head and neck malignancies in our country is lower than the global average, despite the fact that it is about 60% worldwide. Inhibitor of growth protein (ING) family, is an important class of gene family, which consists of five genes. ING genes play a role in many biological processes. Therefore, altered expression of   genes may be associated with tumorigenesis. In this thesis, we examined the relative mRNA expression of ING genes in laryngeal tumor-normal tissue pairings using quantitative real-time polymerase chain reaction, and the relative protein expression of ING3 using Western Blot analysis. We investigated expressions, genetic alterations, survival data for ING family members using various online tools and established a functional protein interaction network of ING3 using STRING web portal. HNCs have a comparatively higher rate of ING3 genetic alterations. ING3 expression was significantly upregulated in larynx cancer tissue samples at both mRNA and protein level compared with normal tissue samples. Poor disease-free survival in HNC patients was likewise associated with higher expression of ING3. Additionally, co-expression study demonstrated that the important ING3-related gene EPC1 significantly linked with the expression of ING3. The findings show that ING3 is highly expressed in advanced larynx cancer cases and contributes significantly to the laryngeal carcinogenesis by exhibiting oncogenic potential. The crucial predictive importance of ING3 in patients with advanced laryngeal carcinoma demonstrates its potential for application as a biomarker.