Farklı klinik örneklerden izole edilen çoklu ilaca dirençli Pseudomonas aerugınosa izolatlarının beta-laktamaz profilleri
Beta-lactamases profile among multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa isolate from different clinical samples
Yazar: DHULFIQAR HAMID HAMZAH AL-JANABI
Danışman: DOÇ. DR. ŞİNASİ AŞKAR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ HUSSEİN OLEİOWİ MUTTALAB AL-DAHMOSHI
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Kombinasyon = Combination ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple

Özet:
Bu çalışmada, Aralık 2021 ve Şubat 2022 tarihleri arasında Irak'ta bulunan Babil şehrindeki hastanelerin farklı kliniklerinden toplam 112 mikrobiyolojik sürüntü örneği elde edilmiştir. Bu örneklerin 100 (%89,2) tanesinde pozitif bakteri üremesi görülürken, 12`sinde (%10,8) bakteri üremesi görülmemiştir. Kliniklere göre yara sürüntüsü 12 (%24), yanık sürüntüsü 28 (%56), kulak sürüntüsü 3 (%6) ve diyabet hastalarının ayaklarından 7 (%14) olmak üzere toplam 50 izolatta Pseudomonas aeruginosa tanımlanmıştır. Tüm izolatlar, P. aeruginosa için setrimid agar seçici besiyeri ile araştırılmış ve P.aeruginosa 16S rRNA amplikonu saptamak için PZR ile doğrulanmıştır. Antibiyogram test sonucuna göre 50 Pseudomonas aeruginosa izolatında, direnç fenotiplerinin sonuçları, izolatların %50 oranında MDR olduğunu göstermiştir. β-laktamazın fenotipik araştırılması kombinasyon disk testi (β-laktam/β-laktam+β-laktamaz inhibitörü) ile üç sistem (Piperacilin/Piperacilin - Tazobaktam; Seftazidim/Seftazidim - Tazobaktam ve Tikarcilin/Tikarsilin - Klavulanat) kullanılarak yapılmıştır. Elde edilen 50 P.aeruginosa izolatında β-laktamaz varlığı üç farklı antibiyotik disk kombinasyonuna göre sırasıyla %78, %40 ve %72 olarak bulunmuştur. Üç farklı β-laktamaz gen varlığını araştırmak için PZR kullanılmıştır. PZR sonucuna göre 50 P.aeruginosa izolatında blaTEM %98, blaCTX-M-1 %50 ve blaSHIV %38 oranında tespit edilmiştir. P.aeruginosa β-Laktamaz üreten 50 izolatının fenotipik ve genotipik tespiti karşılaştırıldığında, Fenotipik pozitif/ Genotipik pozitif 43 izolat (%86), Fenotipik pozitif/Genotipik negatif 1 izolat (%2) ve Fenotipik negatif/Genotipik pozitif 6 izolat (%12) olarak tespit edilmiştir. Hem MDR hem de MDR olmayan P. aeruginosa yanık izolatları arasındaki direnç genlerinin dağılımı incelendiğinde; fenotipik incelemenin direnç genlerinin varlığını yansıtmayabileceği bununla beraber blaTEM ve blaCTX-M-1'in farklı antibiyotik sınıflarına karşı var olan dirençten birlikte sorumlu olabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
In this study, a total of 112 microbiological swab samples were obtained from different clinics of hospitals in the city of Babylon, between December 2021 and February 2022. Positive bacterial growth was observed in 100 (89.2%) of these samples, while bacterial growth was not observed in 12 (10.8%) samples. According to clinics, Pseudomonas aeruginosa was identified in a total of 50 isolates, 12 (24%) on wound swab, 28 (56% on burn swab), ear swab 3 (6%), and 7 (14%) isolates from the feet of diabetic patients. All isolates were investigated with cetrimid agar selective medium for P. aeruginosa and validated by PCR to detect the P. aeruginosa 16S rRNA amplicon. According to the antibiogram test results, in 50 P. aeruginosa isolates, the results of the Resistance phenotypes showed that 50% of the isolates were MDR. Phenotypic investigation of β-lactamase was performed using the Combination Disc Test (β-lactam/β-lactam+β-lactamase inhibitor) using three systems (Piperacilin/Piperacillin-Tazobactam; Ceftazidime / Ceftazidime - Tazobactam and Ticarcillin / Ticarcillin-Clavulanate). The presence of β-lactamase in 50 P.aeruginosa isolates obtained was 78%, 40% and 72%, respectively, compared to three different antibiotic disc combinations. PCR was used to investigate the presence of three different β-lactamase genes. According to the PCR results, blaTEM was detected in 98%, blaCTX-M-1 50% and blaSHIV 38% in 50 P.aeruginosa isolates. When the phenotypic and genotypic detection of 50 isolates producing P. aeruginosa β-Lactypic were compared, 43 isolates were Phenotypic positive/Genotypic positive (86%), Phenotypic positive/Genotypic negative 1 isolate (2%), and Phenotypic negative/Genotypic positive 6 isolates (12%). detected. When the distribution of resistance genes between both MDR and non-MDR P. aeruginosa burn isolates was examined; It can be concluded that phenotypic analysis may not reflect the presence of resistance genes, however, it can be concluded that blaTEM and blaCTX-M-1 may be responsible for the existing resistance against different antibiotic classes.