Bolu Yeniçağa Gölü actinobacteria biyoçeşitliliğinin belirlenmesi
Determinaion of actinobacteria biodiversity of the Bolu Yenicaga Lake
Yazar: ALİ TOKATLI
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ÖNDER İDİL
Amasya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Yeniçağa Gölü Aktinobakteri biyoçeşitliliğinin belirlenmesi ve olası yeni türlerin literatüre kazandırılması bu çalışmanın temel amacıdır. Bu çalışma kapsamın da 10 farklı besiyerinden dilüsyon plak tekniğine göre Aktinobakteri izolasyonu yapıldı. İzolasyon sonucunda 92 izolat elde edildi. 92 izolatın 6 tanesi SM2 agar, 25 tanesi nişasta-kazein agar, 12 tanesi SM3 medium, 9 tanesi Marine agar, 4 tanesi Humik asit vitamin agar, 17 tanesi M1 agar, 11 tanesi Nocardia agar, 8 tanesi ise R2A agardan izole edildi. 76 izolatın 16S rRNA gen bölgesi sekans analizleri gerçekleştirilerek cins düzeyinde belirlendi. Filogenetik analizleri MEGA 7.0 ve PHYDIT programları kullanılarak yapıldı. Çalışmada sonucunda Streptomyces cinsine ait 37, Nocardia cinsine ait 18, Nonomuraea cinsine ait 6, Micromonospora cinsine ait 5, Actinomadura cinsine ait 4 ve Amycolatopsis, Cellulosimicrobium, Glycomyces, Oerskovia cinslerine ait 1'er organizma tespit edildi. Cinslerin 16S rRNA gen bölgeleri dizi analizlerine dayalı filogenetik dendogramlar incelenerek 10 tane izolatın yeni tür olabileceği belirlendi. Bu izolatlardan 9 tanesi Streptomyces cinsine, 1 taneside Amycolatopsis cinsine aittir. Bunlardan 9 tane Streptomyces izolatının MLSA analizleri gerçekleştirildi. Elde edilen sonuçlarla izolatların filogenetik uzaklıklarının 0.007'nin üzerinde olduğu tespit edildi. MLSA ve 16S rRNA gen bölgesi verilerine göre muhtemel yeni tür olan izolatların nümerik çalışmaları yapılarak, izolatlar ve tip türleri arasındaki farklar belirlendi. Ayrıca Streptomyces sp. YC419 ve Streptomyces sp. YC504 izolatlarının tip türleriyle DNA:DNA hibridizasyon deneyleri yapılarak izolatların yeni tür oldukları doğrulandı. İzolatlar ve tip türlerinin 10 farklı besiyerine inokülasyonları yapılarak morfolojik ve kültürel özellikleri tanımlandı.

Abstract:
The identification of the biodiversity of Actinobacteria in Yeniçağa Lake and addition of possible novel species to the literature is purpose in this study. In this study, Actinobacteria were isolated from 10 different media according to dilution plate technique. As a result of the isolation, 92 isolates were obtained. 92 isolates were isolated 6 from SM2 agar, 25 from starch-casein agar, 12 from SM3 medium, 9 from Marine agar, 4 from Humic acid vitamin agar, 17 from M1 agar, 11 from Nocardia agar and 8 from R2A agar. 76 isolates were identified at the genus level by performing 16S rRNA gene region sequence analysis. Phylogenetic analyzes were performed using MEGA 7.0 and PHYDIT programs. As a result of this study 37 isolates belong to Streptomyces, 18 isolates belong to Nocardia, 6 isolates belong to Nonomuraea, 5 isolates belong to Micromonospora, 4 isolates belong to Actinomadura, and 1 isolates belong to Amycolatopsis, Cellulosimicrobium, Glycomyces and Oerskovia. Phylogenetic dendograms based on sequence analysis of 16S rRNA gene regions of the genus were examined and it was determined that 10 isolates could be novel species. 9 of these isolates belong to the genus Streptomyces and 1 belong to the genus Amycolatopsis. MLSA analyzes of 9 Streptomyces isolates were performed. It was determined that the phylogenetic distances of the isolates were higher than 0.007 with the obtained results. Differences between isolates and type strains were determined by performing numerical studies of possible novel species according to the MLSA and 16S rRNA gene region data. Streptomyces sp. YC419 and Streptomyces sp. DNA:DNA hybridization experiments were carried out with the type strain of YC504 isolates to assure that the isolates were the novel species. The morphological and cultural characteristics of isolates and the type strain were defined by inoculation to 10 different media.