Şizofreni etyolojisinde 22Q11.2 (Chr22: 18,900,294-18,924,066) bölgesindeki düşük kopyalı tekrar dizileri içinde yerleşik PRODH/POX geninin RS372055 tagSNP ile genotiplenmesi ve ekspresyon analizi ile araştırılması
In the etiology of schizophrenia, genotyping PRODH/POX gene embedded in the low-copy number repeat sequences in the 22Q11.2 (Chr22: 18,900,294-18,924,066) region with TagSNP RS372055 and the investigation of using the expression analysis
Yazar: BERK ÜSEKES
Danışman: PROF. DR. ALİ NUR TURGUT ULUTİN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Deneysel Tıp Araştırma Bölümü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Prolin = Proline ; Şizofreni = Schizophrenia

Özet:
Şizofreni genel toplumun yaklaşık olarak %1'ini etkileyen, ağır seyirli ve psikotik bir hastalıktır. Etiyolojisi hakkındaki bilgimiz halen yetersiz olup, sıklıkla multifaktöriyel/kompleks bir hastalık olarak görülmektedir. Bugüne kadar, çalışmalar göstermiştir ki 22q11.2 bölgesinde görülen mikrodelesyon şizofreni riskini tetiklemektedir. 22q11.2 bölgesinde mikrodelesyona sahip bireylerde şizofreni görülme oranı 25%'tir. 22q11.2 bölgesi 8 düşük kopyalı tekrar (LCR A-H) ve 4 komşu DKT bölgesi içerir (LCR A-D). PRODH geni 1997 yılında haritalanmış olup 14 ekzon içerir ve POX enzimini kodlar. POX prolin metabolizmasında görev alır. PRODH geninde görülen genetik varyasyonların POX enzim etkinliğini bozarak, şizofreniye yatkınlık sağlamaktadır. Üç TNF'dan oluşan bir yatkınlık haplotipi belirlenmiştir. Bu haplotip rs372055 (1945T>C), rs450046 (1766A>G) ve rs385440 (1852G>A)'den oluşup, yatkınlık allelleri, sırasıyla, 1945C, 1766G and 1852A'dır. Literatürdeki bu bilgilerden yola çıkarak, genotipleme için RFLP analizi yapıldı, (n=84 hastalar ve n=77 sağlıklı bireyler) ve ifade analizi (n=29 hastalar ve n=10 sağlıklı bireyler). rs372055 için genotip dağılımları ve gen ifadesi araştırıldı. İstatistiksel anlamlılık sınırı p<0.05 olup ve allel sıklıkları Hardy-Weinberg Dengesi ile uyumlu bulunmuştur ve 'C' alleli sağlıklı bireylerde hasta bireylere oranla daha fazla görülmektedir (%6,32 sağlıklı bireyler (p= 0,597), %2,38 hasta bireyler (p= 0,824)) ve. Her iki grupta da PRODH gen ifadesi gözlenmedi.

Abstract:
Schizophrenia affects nearly 1% of the general population and has severe course and psychotic properties. Our current knowledge about its etiology is still insufficient and it is often seen as a multifactorial/complex disorder. Up to date, studies have shown that the microdeletion in the 22q11.2 region triggers susceptibility to schizophrenia. The incidence of schizophrenia in people with the 22q11.2 microdeletion is 25%. 22q11.2 region have 8 low-copy repeat regions (LCR A-H) and 4 adjacent LCR regions (LCR A-D) take part in this. PRODH gene was mapped in 1997 and consists of 14 exons, and encodes POX enzyme. POX takes role in the proline metabolism. It is reported that genetic variations in the PRODH gene affects POX's activity, therefore predisposing people to the schizophrenia. A three-SNP susceptibility haplotype has been identified. This haplotype's, consisting of rs372055 (1945T>C), rs450046 (1766A>G) and rs385440 (1852G>A), susceptibility alleles are reported as , in order, 1945C, 1766G and 1852A. On the basis of this information in the literature, we did RFLP analyses for genotyping (n=84 for patients and n=77 for controls) and expression analyses (n=29 for schizophrenia patients and n=10 for controls). We investigated rs372055 genotype distribution and differences in the PRODH gene expression. We found that the allele frequencies are in concordance with Hardy-Weinberg Equilibrium and the "C" allele is more represented in control samples compared to patients (%6,32 in controls (p= 0,597) vs %2,38 in patients (p= 0,824)), statistical cut-off value is p<0.05. No PRODH gene expression is observed in both groups.