Ty2 retrotranspozonu transkripsiyonunun düzenlenmesine kromatin modifiye edici faktörlerin etkilerinin analizi
Analysis of the effects of chromatin modifying factors on the regulation of retrotransposon Ty2 transcription
Yazar: BÜKAY YENİCE
Danışman: PROF.DR. SEZAİ TÜRKEL
Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2005
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
ÖZET:Ty2 Retrotranspozonu Transkripsiyonunun düzenlenmesine kromatin modifiyeedici faktörlerin etkilerinin analiziEukaryotlarda kromatin yapısı genlerin ifadesinin kontrolüne çok fazla etki eder.Nükleozomlar ve non-histon proteinler oldukça düzenli kromatin yapısı oluşturan başlıcafaktörlerdir. Kromatin yapısını değiştiren kompleksler spesifik transkripsiyon faktörlerineetki ederek veya hedef genlerin kontrol bölgelerindeki kromatin yapısını değiştirerek genifadesini değiştirebilirler.Bu çalışmada Ty2-lacZ gen füzyonları ve özel mutant S. cerevisiae suşlarıkullanılarak kromatin yapısını değiştiren komplekslerin retrotranspozon Ty2-917transkripsiyonuna etkileri araştırıldı. Retrotranspozonlar herhangi bir hastalığa nedenolmazlar fakat patojenik retrovirüslere genetik olarak benzerlik gösterirler. Bundan dolayıretrotranspozon Ty2-917 retrovirüslerde gen ifadesinin kontrol mekanizmalarını analizetmek için iyi bir model sistem olarak çok yoğun olarak kullanılmaktadır.Bu tez araştırmalarının sonuçları Ty2 transkripsiyonunun da kromatin yapısınıdeğiştiren kompleksler tarafından düzenlendiğini göstermektedir. Non-histon proteinleri vehiston asetil transferaz aktivitesinin yokluğu Ty2-917 transkripsiyonun da birkaç katazalma ile sonuçlandı. Fakat elde ettiğimiz sonuçlar histon deasetilazların Ty2-917transkripsiyonuna herhangi bir etkisinin olmadığını da gösterdi. Bunlara ek olarak, buaraştırmada elde edilen diğer sonuçlar da Ty2-917 transkripsiyonun düzenlenmesi içinMed2p gibi bazı transkripsiyon mediatörlerinin de gerekli olduğunu gösterdi.Anahtar Kelimeler: Transkripsiyon, Kromatin, Ty elementleri, S. cerevisiae,Retrotranspozon.

Abstract:
IIABSTRACTAnalysis of the Effects of chromatin modifying factors on the regulation ofRetrotransposon Ty2 transcriptionChromatin structure has the large effects on the regulation of gene expression ineukaryotes. Nucleosomes and non-histone proteins are the major factors that form highlyordered chromatin structures. Chromatin modifying complexes can alter the geneexpression either by acting on the specific transcription factors or by changing thechromatin structure over the control regions of the target genes.In this study, the effects of chromatin modifying complexes on the transcription ofretrotransposon Ty2-917 were investigated using Ty2-lacZ gene fusions and the specificmutant S. cerevisiae strains. Retrotransposons do not cause any disease but they havegenetic similarities to pathogenic retroviruses. Hence, retrotransposon Ty2-917 has beenextensively used as a good model system to analyze the control mechanisms of geneexpression in retroviruses.Results of this thesis research indicated that the transcription of Ty2 is also regulatedby chromatin modifying complexes. Lack of non-histone proteins and histone acetyltransferase activity resulted in several fold decrease in the transcription of Ty2-917.However, our results also showed that histone deacetylases have no effects on the Ty2-917transcription. In addition, results of this study also indicated that the some of thetranscription mediators such as Med2p are essential for the transcriptional regulation ofTy2-917.Key Words: Transcription, Chromatin, Ty elements, S. cerevisiae, Retrotransposon.