Multiple myeloma (Plazma Hücre Kanseri)'nın spektrometrik ve spektroskopik yöntemler ile araştırılması
Spectrometric and spectroscopic investigation of multiple myeloma
Yazar: BEYCAN AYHAN
Danışman: DOÇ. DR. FATMA DUYGU ÖZEL DEMİRALP
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: FTIR = FTIR

Özet:
Multipl myelom (MM), kemik iliğinden köken alan ve immün sisteminin önemli bir parçası olan plazma hücrelerinin anormalleşmesi ile meydana gelen bir kanser türüdür. Belirsiz monoklonal gamopati (Monoclonal gammopathy of undetermined significance/MGUS) ve sessiz myelom (Smoldering Multiple Myeloma/SMM) MM?nin öncüsü olarak kabul edilen myelom tipleridir. 
Bu tez kapsamında, Ankara Üniversitesi Hematoloji Bilim Dalı?nda, MGUS, SMM ve MM tanısı konulmuş bireylerden alınmış kemik iliği, serum ve idrar örneklerinden artan materyaller kullanılmıştır.  
Proteomik çalışmalarla plazma hücrelerinden proteinler izole edildikten sonra hastalığa yeni yakalanmış bireyler kemik iliğinden bulunan plazma hücreleri yüzdelerine göre, 0-9, 10-20 ve +20 olarak havuzlanmıştır. 2-D jel elektroforezi kullanılarak grupların protein profilleri çıkarılmış ve PDQuest analiz programı kullanılarak gruplar birbirleri ile karşılaştırılmıştır. Gruplar arasında önemli oranda farlılık gösteren protein kümeleri jellerden kesilip, tripsin ile peptidlerine ayrılmış ve Matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI-TOF) kütle spektrometresi Peptid Kütle Parmakizi (PMF) analizi yapılmıştır. Bu protein kümeleri içinde Mascot yazılım kullanılarak dokuz protein tanımlanmıştır. Kalretikulin,Protein disülfit izomeraz, Endoplazmin, Marginal zone B and B1 cell specific protein (MZB1/pERp1), Aktin sitoplazmik1(ACTB), Miyeloblastin, Thioredoxin domain-containing protein 5 (TXNDC5), Peroksiredoksin-4 ve Apoptosis regulator B-cell lymphoma 2 (Bcl-2) proteinlerinin  gruplara göre önemlik ifade farklılıkları gösterdiği tespit edilmiştir.
Ayrıca Fourier Transform Infrared (FTIR) spektroskopisi ile yapılan çalışmalarda idrar örnekleri genel spektrumlarında beş bölgede, serum örneklerinde ise Amid 1 spektrum bölgesi ikincil protein yapılarında önemli farklılıklar saptanmıştır.

Abstract:
Multiple myeloma (MM) is a type of cancer that is mainly caused by abnormality of bone marrow-derived plasma cells which are important parts of the immune system. Monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS) and Smoldering Multiple Myeloma (SMM) are type of myelom that are known as precursor of MM. 
In this research, residual bone marrow, serum and urine samples were collected from MGUS, SMM and MM patients at Ankara University Hematology Department. 
In the proteomic studies, after the protein extraction was carried out using plasma cells obtained from the individuals who were recently diagnosed, the protein samples were pooled as 0-9, 10-20 and +20, according to percentage of plasma cell in the bone marrow. By using two dimensional gel electrophoresis, protein profiles were obtained from the groups and gel comparisons were performed by PDQuest (Bio-Rad) software. Protein  spots showing significant differences were determined by comparing the groups and  they were excised from gels, digested into their peptides using trypsin and PMF (Peptide Mass Fingerprinting) analyses were carried out in MALDI-TOF mass spectrometer. Among these protein spots, nine proteins were identified by using Mascot. Calreticulin,Protein disulfide isomerase, Endoplasmin, Marginal zone B and B1 cell specific protein, Actin cytoplasmic1, Myeloblastin, Thioredoxin domain-containing protein 5, Peroxiredoxin-4, and Bcl-2 were found to be expressed differentially among the groups.
Additionally, in the studies carried out by using FTIR spectroscopy, the spectrums showed differences at five regions in urine samples, and secondary protein structures showed differences at Amide1 spectrum region in serum.