Hindilerde salmonella tanısında kültür ve real-time pcr kullanımı
The use of real-time pcr and culture in salmonella diagnosis of turkeys
Yazar: ZAFER ATA
Danışman: PROF. DR. K. SERDAR DİKER
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Hindiler = Turkeys ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; Salmonella enfeksiyonları = Salmonella infections ; Teşhis = Diagnosis ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Bu çalışmada, Marmara, Ege ve İç Anadolu bölgesindeki kesimhanelerden temin edilen hindi karkaslarında Salmonella'ların varlığının araştırılması, Salmonella tanısında kültür ve Real-Time PCR'ın kullanımı Salmonella suşlarının sekans analizine tabi tutularak tiplendirilmesi amaçlanmıştır.Çalışma sonucunda Eskişehir, Bolu, Bandırma ve İstanbul'dan gelen, 721 hindi karkas örneği üzerinde yapılan analizler sonucunda, toplam 50 örneğin (%6.9) Salmonella içerdiği saptandı. İzole edilen 50 Salmonella suşu Grup B ve Grup D1 antiserumları ile serogruplandırılmış olup 50 Salmonella suşundan 13 adedi B grubuna, 21 adedinin ise D1 grubuna ait olduğu tespit edilirken; 16 Salmonella suşunun B ve D1 grubunda olmadığı tespit edildi.İzolatlar invA gen sekansı esas alınıp Real-time PCR ile doğrulanarak, 10 farklı antibiyotiğe karşı dirençlilikleri incelenmiştir. Vankomisin, metisilin, novobiosin'e %100, gentamisine %34, tetrasikline %30, polimiksine ve ampisiline %10, Amoksisilin+Klavunik asite %8, Sülfametoksazol-Trimetoprime ise %4 olarak dirençlilik saptandı. İzolatların hiçbirinde Mezlosillin direnci izlenemedi.DNA dizi analizi ile B serogrubuna ait olan 5 Salmonella suşundan beşide Salmonella Typhimurium olarak; D1 serogrubuna ait olan 5 Salmonella suşundan dördü Salmonella Enteritidis ve biri Salmonella Agona olarak; B ve D1 serogrubuna ait olmayan 10 Salmonella suşu ise Salmonella enterica partial 16S rRNA geni olarak tanımlanmıştır.Sonuç olarak, hindi karkaslarında Salmonella bulunmuş olup halk sağlığının korunması amacıyla çiftlikten sofraya kadar her aşamada hijyenik önlemlerin alınması gerektiği düşünülmektedir.Anahtar Sözcükler: Antibiyotik dirençlilik, hindi karkas, Real-time PCR, Salmonella, Sekanslama

Abstract:
In this study, turkey carcasses taken from Marmara, Aegean and Central Anatolia regions were used to detect the presence of Salmonella spp. by Real-time PCR and culture method. Molecular typing of isolated Salmonella spp. by sequence analysis is also performed in this study.As a result of the study Salmonella spp. were found in 50 (6.9%) samples of 721 turkey carcasses taken from Eskişehir, Bolu, Bandırma and İstanbul. Isolated 50 Salmonella strains were serogrouped with Group B and Group D1 antisera. According to serogrouping it is found that 13 Salmonella were belongs to group B, 21 were belongs to group D1 and 16 were not belong to either group B or group D1.Isolates were confirmed by Real-time PCR with invA gene sequence and antibiotic resistances for 10 different antibiotics were found 100% for vancomycin, methicillin, novobiocine; 34% for gentamycin; 30% for tetracycline; 10% for polymiksin and ampycilline; 8% Amoxicillin+clavulanate; 4% for Sulphamethoxazol-Trimethoprime. Mezlocillin resistance was not detected in isolates.Five Salmonella strains belong to B serogroup were found Salmonella typhimurium; 4 of 5 Salmonella strains belong to D1 serogroup were found Salmonella enteritidis and 1 strain belongs to D1 serogroup was found Salmonella agona by DNA sequence analysis. Ten Salmonella strains that were not belong to B and D1 serogroups were defined as Salmonella enterica partial 16S rRNA gene.As a result of the study Salmonella spp. were detected in turkey carcasses and this result indicates the importance of hygienic precautions that must be obeyed from farm to table in order to protect public health.Keywords: Antibiotic resistance, Real-time PCR, Salmonella, sequencing,turkey carcass