Sendromik olmayan otozomal resesif işitme kaybı olan beş ailede genom boyunca genotipleme analizi
Genomewide genotyping analysis in five families with nonsyndromic autosomal recessive deafness
Yazar: ASLI SIRMACI
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA TEKİN
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Mikrosatelitler = Microsatellites ; İşitme kaybı-fonksiyonel = Hearing loss-functional

Özet:
Doğuştan veya dil gelişimi öncesi gelişen işitme kaybı yaklaşık 1000 doğumda bir görülmektedir. Bu olguların yarısına yakın bir bölümünde genetik faktörlerin etkili olduğu düşünülmektedir. Genetik nedenli işitme kayıplarının yaklaşık %30'una başka klinik bulgular eşlik etmektedir ve sendromik işitme kaybı olarak adlandırılır. Olguların yaklaşık %80'inde otozomal resesif kalıtım bulunmaktadır. Sendromik olmayan işitme kaybı yapan 27 tane gen bulunmaktadır.Bu çalışmaya anne baba arasında akrabalık olan ve en az üç etkilenmiş bireyde sendromik olmayan doğuştan veya dil gelişimi öncesi ortaya çıkan ileri ve çok ileri sensorinöral işitme kaybı bulunan beş aile alınmıştır. Bu aileler benzer özellikteki daha çok sayıda aile içinden bilinen bir işitme kaybı geninin sorumlu olduğu tahmin edilerek seçilmiştir. GJB2 geni mutasyonları daha önce taranmış ve negatif bulunmuştur. Ailelerden elde edilen DNA örneklerinde önce etkilenmiş bireylerde mikrodizin analizi yapılarak bilinen işitme kaybı genlerinin genomik bölgelerini çevreleyen homozigot genotip blokları olup olmadığına bakılmıştır. Ardından mikrosatelit belirteçleri yardımıyla bu bölgelerde fenotiple birlikte segregasyon olup olmadığına bakılmıştır. Beş aileden 1 tanesi CDH23, 1 tanesi TMIE ve 3 tanesi TMC1 genine bağlantı göstermiştir. CDH23 geni Ca++'a bağlı hücre-hücre tutunma glikoproteinini kodlamaktadır ve protein hücre-hücre adezyonunda, hücre sıralanmasında ve göçünde önemli rol oynadığı gösterilmiştir. Ayrıca bu protein sterosiliaların bağlantı bölgelerinde görev almaktadır. TMC1 geni bir iyon taşıyıcı proteini kodlamaktadır. Bu proteinin tam işlevi gösterilememiştir, ancak farelerde yapılan çalışmalarda TMC1 m-RNA'sının doğum sonrası kohleadaki tüy hücrelerinde ve vestibular organlarda ifade olduğu ve kohleadaki tüy hücrelerinin normal işlevi için gerekli olduğu belirtilmiştir. TMIE'nin görevi henüz tam olarak aydınlatılamamasına rağmen işitme için önemli rol oynadığı yapılan çalışmalarda gösterilmiştir.TMC1 ve CDH23 genlerine PCR-SSCP tekniği kullanılarak mutasyon analizi yapılmıştır. SSCP sonrası bant farklılığı gösteren örneklere direkt DNA dizi yöntemi analizi uygulanmıştır. Yapılan mutasyon taraması sonucunda TMC1 geninde bir ailede yanlış anlamlı c.1333C>T (p.R445C), bir ailede kırpılma bölgesinde IVS6+2 T>A mutasyonu ve bir ailede de 19. ve 24. ekzonu da içine alan büyük bir delesyon homozigot olarak saptanmıştır. CDH23 geninde c.3595-13C>T intronik değişimi saptanmıştır. Bu değişikliklerin hiçbirisi daha önce tanımlanmamıştır. TMIE geninde ise c.250C>T (p.R84W) mutasyonu homozigot olarak bulunmuştur. Bu mutasyon daha önce bildirilmiştir.Bu çalışma sonucunda sendromik olmayan otozomal resesif beş işitme engelli ailede işitme kaybı sebebi olan genler ve mutasyonları saptanmıştır.

Abstract:
Congenital or prelingual hearing loss occurs approximately in one case per 1000 live births. Genetic causes are responsible in 50% of cases. Additional findings are present in 30% of cases, which are referred to as having syndromic deafness. Autosomal recessive transmission occurs in 80% of hereditary deafness. To date, 27 genes, in which mutations are responsible for autosomal recessive deafness have been identified. Five families with parental consanguinity segregating autosomal recessive deafness, which have at least 3 affected individuals by profound prelingual deafness were included in this study. These families were ascertained among a larger number of families with initial findings suggesting the presence of a causative DNA change in a known deafness gene. Mutations in GJB2 were screened and found to be negative. Genomic DNA extracted by using standard phenol-chloroform method was used to genotype genomewide SNPs with microarray. Homozygous blocks flanking a known deafness gene in affected family members were considered to be evidence for the presence of a causative change in a given deafness gene. All family members were later included for microsatellite marker genotyping to determine co-segregation with the phenotype.Initial screening with genomewide SNPs suggested the presence of responsible changes in genes CDH23 (1 family), TMIE (1 family), and TMC1 (3 families). CDH23, encodes calcium dependent cell-cell adhesion glycoproteins, which is expressed in the neurosensory epithelium. The protein is thought to be involved in stereocilia organization and hair bundle formation. TMC1 encodes an ion-transport protein. The specific function of this gene is unknown but as demonstrated in the mouse, Tmc1 mRNA is expressed in hair cells of the postnatal cochlea and vestibular organs and is required for normal function of cochlear hair cells. The specific function of TMIE is unknown but Tmie is required for normal postnatal maturation of sensory hair cells in the cochlea. Mutations were screened using PCR- SSCP methods for TMC1 and CDH23 genes followed by direct sequencing. Direct DNA sequencing was performed for the TMIE gene. A missense mutation, c.1333C>T (p.R445C), was found in one family and a splice side mutation, IVS6+2 T>A, was identified in the another. In the third family, a deletion was identified which includes exons 19 and 24. In the CDH23 gene, an intronic c.3595-13C>T change was found. None of these mutations has been previously reported. The c.250C>T (p.R84W) mutation was detected in the TMIE gene in one family. This mutation has been previously described.In our study we identified causative DNA changes in five families segregating nonsyndromic autosomal recessive deafness.