MMP3 (RS679620) ve VDR (RS731236) genlerinde oluşan polimorfizmlerin gen-çevre etkileşimleri ile çürük risk değerlendirmesi üzerine olan etkileri
The effects of polymorphysms in MMP3 (RS679620) and VDR (RS731236) genes on gene-environment interactions and caries risk assessment
Yazar: SEDA ÖZMEN
Danışman: DOÇ. DR. PINAR YILMAZ ATALI ; DOÇ. DR. ÖMER BİRKAN AĞRALI
Marmara Üniversitesi / Diş Hekimliği Fakültesi / Restoratif Diş Tedavisi Ana Bilim Dalı
Derece: Diş Hekimliği Uzmanlık, 2022
Konu: Diş Hekimliği = Dentistry ; Genetik = Genetics
Dizin: Diş çürükleri = Dental caries ; Genler = Genes ; Matriks metalloproteinaz 3 = Matrix metalloproteinase 3 ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Amaç: Günümüzde yapılan çürük risk modellerinde çoklu değişkenler eklenmiş ve 
özellikle gen-çevre etkileşimi incelenmiştir. Çalışmamızın amacı; VDR ve MMP3
genlerinde meydana gelen gen polimorfizmlerin etkilerinin değerlendirilip çürük risk 
modellemesi üzerine olan etkilerinin incelenmesidir.
Gereç ve Yöntem: Fakülte hastanesine başvuran 20-44 yaş aralığındaki erkek 
bireylerde rutin ağız içi muayenesi sonrasında çürük, eksik ve restorasyonlu dişler 
(DMFT) indeksine göre tanı konulan; deney grubunun, "yüksek çürük risk" (DMFT ≥ 
14); kontrol grubunun ise 'düşük çürük risk' (DMFT £5) oranına sahip kişiden 
oluşmuştur (n=160). Detaylı anamnez alınan katılımcılardan plak indeksi, gingival 
indeks, sondalamada kanama, sondalama derinliği, klinik ataşman seviyesi ve tükürük 
tamponlama kapasitesi, tükürük Streptokok Mutans (SM) ve Laktobasil (LB) sayısı
ölçülmüştür. Katılımcılardan alınan kan örneklerinden DNA izolasyonları sonrasında, 
MMP3 (rs679620) ve VDR (rs731236) genotiplemesi ise Real-time PZR tekniği 
kullanılarak belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar istatistiksel yöntemler kullanılarak 
anlamlılık düzeyi p<0,05'te değerlendirilmiştir.
Bulgular: Gruplar arası plak indeksi, gingival indeks, sondalama derinliği, klinik 
ataşman seviyesi, sondalamada kanama, tükürük akış hızı, tükürük tamponlama 
kapasitesi ve tükürük LB sayısı faktörleri arasında anlamlı düzeyde fark bulunmuştur 
(p<0,001). Çevresel risk faktörlerinde sosyoekonomik durum, diş fırçalama sıklığı, 
koruyucu diş tedavisine yönelik uygulama durumları açısından gruplar arasında 
anlamlı düzeyde fark tespit edilmiştir (p<0,001). MMP3 rs679620 polimorfizminin de 
çürük risk belirlemesinde etkili olduğu (p<0,001); VDR polimorfizminin ise etkili 
olmadığı (p=0,862) tespit edilmiştir. DMFT' ye etki eden değişkenlerin 
incelenmesinde Adımsal Regresyon Analizi yapılarak model 8 adımda incelenmiştir 
ve modeller istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,001). Çevresel risk faktörü 
olarak plak indeksi, sondalamada kanama, tükürük laktobasil sayısı, şekerli ara öğün 
tüketim sıklığı, tükürük tamponlaması, MMP3 rs679620 ve VDR rs731236 gen 
polimorfizmlerini içeren Model 8 DMFT' nin %61,1'ini açıklamıştır.
Sonuç: Çürük risk modelinde; plak indeksi, sondalamada kanama, şekerli ara öğün 
tüketim sıklığı, tükürük tamponlaması, tükürük laktobasil sayısı, MMP3 rs679620 gen 
polimorfizminin çevresel risk faktörü olarak modelde yer alması, bireylerin risk 
gruplarının belirlenmesinde etkili olacaktır.
Anahtar Kelimeler: Çürük risk değerlendirmesi, gen-çevre etkileşimi, MMP3, 
Polimorfizm, VDR.

Abstract:
Objective: In today's caries risk models, multiple variables have been added and 
especially the gene-environment interaction has been examined. The aim of our study; 
evaluating the effects of gene polymorphisms occurring in VDR and MMP3 genes and 
examining their effects on caries risk assessment model.
Materials and Methods: After routine oral examination in male individuals aged 
between 20-44, the diagnosis was made according to the decayed, missing and filled 
teeth (DMFT) index; experimental group as 'high caries risk' (DMFT ≥ 14); the 
control group as 'low caries risk' (DMFT£5), (n=160). Plaque index, gingival index, 
bleeding on probing, probing depth, clinical attachment level, and saliva buffering 
capacity, salivary quantity of Streptococcus mutans (SM) and Lactobacillus spp (LB)
were measured from the participants whose detailed anamnesis was recorded. After 
DNA isolations from blood samples taken from the participants, MMP3 (rs679620) 
and VDR (rs731236) genotyping were determined using Real-time PCR technique. 
The results were evaluated under p<0.05 significance level.
Results: There was a significant difference between the groups in terms of plaque 
index, gingival index, probing depth, clinical attachment level, bleeding on probing, 
salivary flow rate, saliva buffering capacity and salivary quantity of LB (p<0.001). 
There was a significant difference between the groups in terms of environmental risk 
factors, socioeconomic status, frequency of tooth brushing, and application of 
preventive dental treatment (p<0.001). MMP3 rs679620 polymorphism is also 
effective in determining caries risk (p<0.001); it was determined that the VDR 
polymorphism was not effective (p=0.862). Stepwise Regression Analysis was 
performed to examine the variables affecting the DMFT, and the model was examined 
in 8 steps and the models were found to be statistically significant. Model 8, which 
includes plaque index, bleeding on probing, salivary quantity of LB, frequency of 
consumption of sugary snacks, saliva buffering, MMP3 rs679620 and VDR rs731236 
gene polymorphism as environmental risk factors, explained 61,1% of DMFT.
Conclusion: Plaque index, bleeding on probing, frequency of consumption of sugary 
snacks, saliva buffering, salivary quantity of LB, MMP3 rs679620 gene polymorphism 
as an environmental risk factor in the caries risk model will be effective in determining 
the risk groups of individuals.
Keywords: Caries risk assessment, gene-environment interaction, MMP3, 
Polymorphism, VDR