Organik ve konvansiyonel tavuk etlerinde genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten bazı enterobacterıaceae'ların karakterizasyonu
Characterization of extended spectrum beta-lactamase (ESBL) producing enterobacteriaceae in organic and conventional chicken meat
Yazar: TOLGA UYANIK
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ALİŞARLI ; PROF. DR. GÖKNUR TERZİ GÜLEL
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tavuk eti = Chicken meat ; Tavuklar = Chickens

Özet:
Amaç: Bu çalışmada Samsun ilindeki çeşitli market ve şarküterilerde satışa sunulan konvansiyonel ve organik tavuk parça etlerinde GSBL üreten Enterobacteriaceae'ların izolasyonu, identifikasyonu, GSBL üretiminin fenotipik ve genotipik yöntemlerle tespiti ve izolatların çeşitli antibiyotiklere karşı MİK değerlerinin saptanması amaçlandı.
Materyal ve Metot: Ekim 2015 - Şubat 2017 tarihleri arasında 100 konvansiyonel ve 100 organik çiğ tavuk eti olmak üzere toplamda 200 tavuk eti materyal olarak kullanıldı. Enterobacteriaceae'ların izolasyonu kromojenik besiyeri kullanılarak klasik kültür tekniği ile identifikasyonu ise VITEK MS sistem kullanılarak yapıldı. Elde edilen izolatlarda fenotipik olarak GSBL üretimi kombine disk difüzyon yöntemi ile, GSBL üretiminden sorumlu gen bölgelerinin tespiti ise PZR ile belirlendi. Son olarak izolatların MİK değerlerinin saptanmasında VITEK 2 sistemi kullanıldı.
Bulgular: İncelenen 100 konvansiyonel tavuk eti örneğinin 46 (%46)'sında, 100 organik tavuk eti örneğinin ise 22 (%22)'sinde fenotipik olarak GSBL üreten Enterobacteriaceae'lar tespit edildi. Elde edilen 115 izolatın 97'si (%84) E. coli, 12'si (%10) K. pneumonia, 4'ü (%3,48) S. fonticola, 1'i (%0,87) Rah. aquatilis, 1'i (%0,87), S. liquefaciens olarak identifiye edildi. Genotipik olarak, GSBL üretiminden sorumlu genlerin PZR ile analizi sonucunda 115 izolatın 109'unun (%94,78) blaCTX-M, blaTEM ve blaSHV genlerinden en az birini içerdiği, 6 izolatın ise analiz edilen gen bölgelerinden hiçbirini içermediği tespit edildi. GSBL üreten 115 izolatın 103'ünün (%89,57) β-laktam grubu hariç en az bir antibiyotiğe karşı dirençli olduğu gözlemlendi.
Sonuç: GSBL üreten Enterobacteriaceae'larla kontaminasyon oranı, konvansiyonel yöntemlerle elde edilen tavuk etlerinde organik yönteme kıyasla daha yüksek bulundu (p<0,001). Kanatlı etlerinde özellikle GSBL üreten E.coli'nin yüksek düzeyde bulunması halk sağlığı açısından önemli bir problem olup üreticilerin iyi üretim tekniklerine dikkat etmesi önerilmektedir. 
Anahtar kelimeler: Enterobacteriaceae; GSBL; konvansiyonel; organik; PZR; tavuk eti

Abstract:
Aim: In this study, it was aimed to isolate and identificate ESBL-producing Enterobacteriaceae in conventional and organic chicken meats which were offered to sale in various markets and retail shops in Samsun province and to detect ESBL production by both phenotypic and genotypic methods and to specify MIC values of ESBL-producing isolates against various antibiotics.
Material and Method: A total of 200 raw chicken meat including 100 conventional and 100 organic collected between October 2015 and February 2017. Classic culture technique based on chromogenic method were used for isolation of Enterobacteriaceae and identification of isolates were performed with VITEK MS. Phenotypic ESBL production were detected by combined disk diffusion method. Gene regions responsible for ESBL production were determined by PCR. MIC values of isolates were detected by VITEK 2.
Results: Phenotypic ESBL producing Enterobacteriaceae were detected in 46 (%46) of 100 conventional meats and in 22 (%22) of 100 organic meats. Of the 115 isolates obtained; 97 (84%) were E. coli, 12 (10%) were K. pneumonia, 4 (3.48%) were S. fonticola, 1 (0.87%) were Rah. aquatilis, 1 (0.87%), S. liquefaciens. PZR analysis revealed that 109 of 115 isolates (94.78%) contained at least one of the blaCTX-M, blaTEM and blaSHV genes, while 6 isolates contained none of these gene regions. Of the 115 ESBL-producing isolates, 103 (89.57%) were found to be resistant to at least one antibiotic except for the β-lactam group.
Conclusion: The contamination level of ESBL-producing Enterobacteriaceae was higher in conventional meats than in organic meats (p<0,001). Especially, high level of ESBL-producing E. coli in poultry meat is an important problem in terms of public health and it is suggested to producers to pay attention to good manufacturing practices.
Keywords: Chicken meat; conventional; Enterobacteriaceae; ESBL; organic; PCR