Acidithiobacillus ferrooxidans M1 yaban tip ve mutant (Q9F ve S21Y/V22D) demir oksidazlarının biyokimyasal karakterizasyonu
Biochemical characterization of wild type and mutant (Q9F and S21Y/V22D) iron oxidases isolated from acidithiobacillus ferrooxidans M1
Yazar: DİLŞAT NİGAR ÇOLAK
Danışman: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, Espiye, Murgul ve Gümüşhane'de bulunan asidik su kaynaklarından su örnekleri alındı. Bu su örneklerinde asidofilik bakterilerin varlığı incelendi. Bu bölgelerden elde edilen 12 farklı izolatın 16S rRNA genlerine göre tür düzeyinde tanımlanması yapıldı. Buna göre izolatlardan beşinin Acidithiobacillus, üçünün Acidiphilium ve dördünün de Acidocella cinsine ait olduğu belirlendi. 
Murgul bakır madeninden izole edilen Acidithiobacillus ferrooxidans M1 suşunun demir oksidaz proteinini kodlayan iro geni klonlanarak izole edildi ve baz dizilimi belirlendi. İzole edilen gen, pET-28a(+) ekspresyon vektörüne klonlanarak E. coli BL21(DE3) suşu içerisinde yüksek miktarlarda üretildi. Demir oksidaz proteinine ait korunmuş bölgeler incelenerek, bölge özgün mutasyon yöntemiyle, klonlanan demir oksidaz üzerinde Q9F ve S21Y/V22D mutasyonları yapıldı. Yaban tip ve mutant enzimler saflaştırıldı ve karakterize edildi. Mutant enzimler yaban tip enzim ile biyokimyasal özellikleri ve kinetik parametreleri bakımından karşılaştırıldı. Yaban tip enzimin optimum pH'sı 4,0, optimum sıcaklığı 25°C, Km'si 0,27 ± 0,09 mM ve Vmax'ı ise 0,083 ± 0,01 μmol/dk/mg protein olarak belirlendi. Yapılan mutasyonlar enzimin kinetik parametrelerinde önemli bir değişiklik meydana getirmezken, her iki mutantın optimum pH'sı da 3,5 olarak belirlendi. Ayrıca S21Y/V22D mutantında pH kararlılığının arttığı görüldü.

Abstract:
Acidophilic bacteria from Espiye, Murgul and Zigana has been isolated. Systematical analyses of twelve different isolates were carried out based on 16S rDNA gene sequences. According to 16S rDNA gene sequences, five of the isolates belong to the genus Acidithiobacillus, three of them belong to the genus Acidiphilium and four of them belong to the genus Acidocella. 
iro gene coding the iron oxidase of Acidithiobacillus ferrooxidans M1 strain isolated from Murgul cupper mine has been cloned and complete nucleotide sequence was revealed. The gene has been cloned into expression vector pET28(a)+ and overexpressed in E. coli BL21 (DE3). Highly conserved amino acids are determined in iron oxidase and Q9F and S21Y/V22D mutations were performed with site directed mutagenesis technigues at cloned iron oxidase. Wild type and mutant enzymes are purified with HisLink Protein Purification Resin and characterized. Biochemical properties and kinetic parameters of the wild type and mutant enzymes were determined and compared. The wild type optimal temperature was 25°C and maximal activity was observed in pH 4.0. Its Km and Vmax value was calculated as 0,27 ± 0,09 mM and 0,083 ± 0,01 μmol/min/mg protein respectively. The kinetic parameters of the mutant enzymes stayed unchanged. Nonetheless, the maximal activity of the mutant enzymes were moved to pH 3.5 and the pH stability of the S21Y/V22D have increased.