Türkiye'de önemli kiraz üretim alanlarında cherry virus a (CVA), little cherry virus 1 (LChV-1) ve little cherry virus 2 (LChV-2)'nin moleküler yöntemlerle saptanması ve karakterizasyonu
Detection and characterization of cherry virus a (CVA), little cherry virus 1 (LChV-1) and little cherry virus 2 (LChV-2) by molecular methods in some important cherry production areas in Turkey
Yazar: ERGE İREM NURSAL
Danışman: PROF. DR. MONA GAZEL
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada Osmaniye, Adana ve Kahramanmaraş illerindeki kiraz bahçelerinde son yıllarda saptanan yeni virüslerin RT-PCR analizleriyle saptanması amaçlanmıştır. Kiraz plantasyonlarında en yaygın simptom olarak yapraklarda kırmızı-kahverengi renklenme ve klorotik lekeler gözlenmiştir. Osmaniye ilinden 67, Kahramanmaraş'tan 62 ve Adana'dan 57 (56 kiraz 1 vişne) olmak üzere toplam 185 kiraz ve 1 vişne örneği toplanmış ve örneklerde little cherry virus-1 (LChV-1), little cherry virus-2 (LChV-2) ve cherry virus A (CVA)'nın varlığı RT-PCR analizleriyle testlenmiştir. LChV-1'in kılıf proteinini (CP) çoğaltan 1LC_12776F/1LC_13223R primer çiftiyle yapılan PCR analizleri sonucunda Osmaniye ilinden 4, Kahramanmaraş'tan 18, Adana'dan 11 (10 kiraz ve 1 vişne) olmak üzere toplam 33 örnekte beklenen düzeyde (449 bp) amplifikasyon elde edilmiştir. Testlenen örneklerin hiçbirinde LChV-2 saptanmazken, CVA'nın poliprotein gen bölgesini çoğaltan CVA1/CVA2 primer çiftiyle yapılan PCR analizleri sonucunda Kahramanmaraş'ta 2 örnekte beklenen düzeyde (834bp) amplifikasyon gözlenmiştir. LChV-1 ve CVA izolatlarına ait PCR ürünlerinin iki yönlü sekans analizi sonucunda elde edilen DNA dizileri Gen Bankasına kayıtlı diğer ülkelerin izolatlarıyla karşılaştırılarak filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. LChV-1 izolatlarının filogenetik ağaçta farklı gruplarda yer aldığı, aralarındaki en yüksek benzerlik oranının %100, en düşük benzerlik oranının ise %81 olduğu ve izolatlar arasında coğrafik bir ilişki bulunmadığı tespit edilmiştir. CVA izolatlarının da filogenetik ağaçta aynı grup içerisinde yer aldığı, birbiriyle %99,384 oranında benzer oldukları tespit edilmiştir. Bu çalışma ile CVA kiraz ağaçlarında, LChV-1 ise vişne ağaçlarında ülkemizde ilk kez saptanmıştır.

Abstract:
In this study, it was aimed to detect new emerging viruses in cherry orchards in Osmaniye, Adana and Kahramanmaraş provinces by RT-PCR analysis. As most common symptoms, red-brown discoloration and chlorotic spot symptoms were observed on the cherry leaves. Totally 185 sweet cherries and 1 sour cherry samples, 67 from Osmaniye province, 62 from Kahramanmaraş and 57 from Adana (56 cherries and 1 sour cherry), were collected and tested for little cherry virus-1 (LChV-1), little cherry virus-2 (LChV-2) and cherry virus A (CVA) by RT-PCR analysis. As a result of PCR analysis performed by using 1LC_12776F/1LC_13223R primer pairs that replicates the coat protein (CP) of LChV-1, 33 samples 4 of which were collected from Osmaniye, 18 from Kahramanmaraş and 11 from Adana (10 cherries and 1 cherry) were found positive and amplification (449 bp) was achieved. Among tested samples, 2 samples in Kahramanmaraş found positive for CVA by using CVA1/CVA2 primer pairs amplifying polyprotein gene of CVA, and expected level of amplification (834bp) was observed whereas no LChV-2 was detected in any of the tested samples. Both direction sequence analyses of PCR products of LChV-1 and CVA isolates were compared with isolates from other countries deposited in the GenBank and phylogenetic trees were drawn. It was found that the LChV-1 isolates are grouped together in a different clade in the phylogenetic tree. The highest similarity among Turkish-LChV-1 isolates was 100%, wheras it was, 81% as lowest. Not any geographical relationship between the isolates were observed. It was determined that CVA isolates are in the same group in the phylogenetic tree and they are 99,384% similar to each other. To our knowledge, CVA in sweet cherry and LChV-1 in sour cherry trees was first time detected in Turkey.