Organik ve konvansiyonel fasulye (Phaseolus vulgaris L.) yetiştiriciliğinde tuz stresi uygulamasında aktivasyonu artan DREB2A geninin ekspresyonunun karşılaştırılması
The comparison between DREB2A gene expression of conventional and organic bean (Phaseolus vulgaris L.) farming which has increasing activity under salt stress application
Yazar: NESLİHAN ŞİMŞEK KIZIL
Danışman: DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK ; YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Önemli bir protein kaynağı olan fasulye bitkisi yemeklik tane baklagiller içerisinde 614.948 ton üretim miktarı ile birinci sırada gelmektedir.  Ekilebilir tarım alanlarımızdaki en önemli problemlerden olan tuzluluk fasulye tarımını da olumsuz etkilemektedir. 
Çalışmada organik ve konvansiyonel fasulye yetiştiriciliğinde tuzluluk stresi uygulamasında aktivasyonu artması beklenen DREB2A geninin analizi için örneklerden RNA izolasyonu yapılırken eş zamanlı olarak 20. saatte stres verilmiş yaprak örneğinden de genomik DNA izolasyonu yapıldı. DREB2A `ya göre ileri ve geri primerler tasarlanarak PCR yapıldı. PCR ürünleri agaroz jelden pürifiye edilerek pGEM-T Easy vektörüne klonlanıp dizin analizine gönderildi. Plazmit izolasyonunun ardından çoklu klonlama bölgesinde bulunan kesim bölgeleri uygun bir enzimle kesilip doğrusal hale getirildi ve miktarı belirlenerek dizin analizine gönderildi. Elde edilen 702 bp uzunluğundaki DNA dizininin GenBank veritabanında kaydedilmiş dizilere benzerliklerinin ve olası fonksiyonlarının belirlenmesinde BLASTN ve BLASTP analizleri yapıldı. Analizler sonucunda klonlanan gen bölgesinin soya fasulyesi DREB1 geni ile benzerlik gösterdiği görüldü. Klonlanan gen bölgesinden Real Time PCR de kullanılacak DREB2A ileri ve geri primerleri tasarlandı. Housekeeping gen olarak fasulye aktin geni kullanıldı. İzole edilen RNA?ların saflık ölçümlerinin ardından cDNA sentezi yapılarak Real Time PCR için melting curve analizleri yapıldı. Fasulye aktin ve DREB2A için yapılan melting curve analizlerinde amplifikasyon gözlendi.

Abstract:
Bean, as an important source of protein, has the leading position among leguminous seeds with 614,948 tons of production. 
Salinity, which is one of the most important problems in our arable areas, is also affect bean farming negatively.
In this study, for the analysis of increasing activity of DREB2A gene by salinity stress application in organic and conventional bean farming while RNA isolation was performing at the same time at 20th hour to stress applied leaf sample genomic DNA isolation was done.
PCR was done by designing reverse and forward primers according to DREB2A. PCR products were purified by agarose gel and sent to index analyses by cloning into pGEM-T Easy vector. After plasmid isolation, cutting sites in multiple cloning area were cut by an appropriate enzyme and linearized; then the amount was determined and sent to index analyses. BLASTN and BLASTP analysis were done, to determine the similarities and possible functions between sequences that are recorded in the database directory of the GenBank and the resulting 702 bp long DNA index.
As a result of analysis; similarity between cloned gene area and soybean DREB1 gene was observed. To use in Real Time PCR, DREB2A forward and reverse primers were designed from the cloned gene area .Bean actin gene was used as a housekeeping gene. After measuring the purity of the isolated RNA, melting curve analysis were performed for Real Time PCR by synthessing cDNA. Amplification was observed in the melting curve analysis which are done for the bean actin and DREB2A.