Enfeksiyon etkeni olarak izole edilen Candida albicans suşları ile kolonize suşlar arasındaki genotipik farklılıkların pulsed field gel electrophoresis ve arbitrarily primed PCR yöntemi ile araştırılması
The investigation of genotyping differences between infecting and colonizing Candida albicans strains by pulsed field gel electrophoresis and arbitrarily primed PCR methods
Yazar: BARIŞ OTLU
Danışman: PROF.DR. SEMRA KUŞTİMUR
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2004
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
-98- OZET Mantar enfeksiyonlarının klinik önemi bilinmesine rağmen mantar ile kolonizasyon, enfeksiyonun patogenezi, geçiş şekli ve epidemiyolojisi hakkında bilinenler oldukça sınırlıdır. Moleküler tiplendirme yöntemleri Candida enfeksiyonlarının epidemiyoloj isinin değerlendirilmesinde önemlidir. Çalışmamızın amacı; enfeksiyon etkeni olarak izole edilen C. albicans suşlan ve kolonizasyon suşlanndaki genotipik farklılık oranlarını, enfeksiyonun kaynağının endojen mi veya ekzojen mi olduğunu araştırmaktır. Bir diğer amacımız da flukonazol dirençli ve duyarlı suşlar arasında klonal ilişki olup olmadığını araştırmaktır. Bu amaçla Hematoloji-Onkoloji hasatlarından enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 5 1 C. albicans susu ve Yoğun bakım hastalarından izole edilen ve etken kabul edilmeyen 32 kolonizasyon susu çalışmaya alınmıştır. C. albicans'm tiplendirilmesinde AP-PCR ve PFGE-EK analizi metodlan kullanılmıştır. 51 Hematoloji-Onkoloji izolatı AP-PCR ile 24 genotipe, EK ile 45 genotipe ayrılmıştır. Yoğun bakım hastalarından izole edilen 32 kolonizasyon susu AP-PCR ile 16 genotipe, PFGE-EK ile 28 genotipe ayrılmıştır. Sonuçlar karşılaştırıldığında PFGE-EK ve AP-PCR' in ayrlabilirlik indeksleri yüksek bulunmuştur. Ancak PFGE-EK ile daha fazla genotip tanımlanmıştır. Enfeksiyon etkeni suşlarm tiplendirilmesi sonucunda, enfeksiyonların endojen kaynaklı olduğu görülmüştür. Bunun yanında çapraz bulaşla ilgili bulgular da vardır. Çapraz geçişin ve ekzojen kaynaklı bulaşın tespiti-99- için çevre ve sağlık personelinden örnekler alınmış ancak C. albicans üretilememiştir. Kullandığımız tiplendirme yöntemleriyle flukonazol dirençli ve duyarlı suşlar arasında klonal bir ilişki ya da baskın bir genotip bulunamamıştır. Sonuç olarak AP-PCR ve PFGE-EK analizi C. albicans'm tiplendirilmesinde başarılı bulunmuştur. Enfeksiyonların çoğunun endojen flora kaynaklı olduğu görülmüş ancak hastalar arasında yada hastalarla sağlık personeli arasında çapraz geçişin olabileceği düşünülmüştür.

Abstract:
.100- SUMMARY Although the clinical importance of fungal infections is well known there is limited knowledge about the colonization with the fungi, pathogenesis of infection, route of transmission and the epidemiology. Molecular typing methods are important for evaluating of Candida infections. The aim of our study is to search the genotypic relation between C. albicans strains isolated as infection agents and to search the origin of infection is either exogenous and endogenous. Another aim of this study is to search clonal relation between fluconasole resistant and susceptible strains. 51 C. albicans strains isolated from haematology-oncology patients and 32 colonization strains that are not accepted as infecting agents were taken into this study. We used AP-PCR and PFGE-EK analysing methods for molecular typing of C. albicans. 51 strains taken from Haematology-Oncology patients revealed 24 different genotypes by AP-PCR and 45 genotypes by PFGE-EK. 32 colonization strains isolated from intense care units revealed 16 genotypes by AP- PCR and 28 genotypes by PFGE-EK. Discrimination indexes for both of the methods were high, but PFGE-EK identified more genotypes than AP-PCR. After the molecular typing of infecting strains we realized that these infection were endogenous. Besides, findings about cross transmission were noted. We colected environmental materials and materials from health workers in order to detect the origin of exogenous tranmission and cross transmission but any C. albicans strain was not isolated.-101- We could not find any clonaly related or dominant genotype between fluconasole resistant or susceptible strains with the molecular typing methods we used. As a result, AP-PCR and PFGE-EK analysing methods are found successful methods for the molecular typing of C. albicans strains. We determined that most of the infections originated from the endogen flora but cross transmission between patient to patient or health workers to patients could also be possible.