Endometriozisde ailesel kalıtımda gen polimorfizminin önemi
The importance of gene polymorphism in familial inheritance in endometriosis
Yazar: HALE GÖKSEVER ÇELİK
Danışman: PROF. DR. TUBA GÜNEL
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Endometriumun glandüler ve stromal dokusuna ait hücrelerin uterin kavite dışında herhangi bir anatomik bölgeye yerleşmesi ile karakterize endometriozisin toplumda sıklığını net olarak belirlemek asemptomatik olabilmesi nedeniyle mümkün olamamaktadır. Ancak genel olarak üreme çağı kadınlarda %5-10, infertilite sorunu yaşayan popülasyonda ise %35 prevalansında olduğu öngörülmektedir. Endometriozis gelişimi tek bir patofizyolojik mekanizma açıklanamadığı için altta yatan pek çok olası mekanizma öne sürülmüştür. Son zamanlarda birçok hastalığın da temelinde olduğu düşünülen genetik aktarım, endometriozis gelişiminde de sorumlu tutulan hipotezlerden en güncelidir. Genetik, epigenetik ve çevresel faktörlerin birarada sorumlu tutulduğu endometriozis kompleks kronik enflamatuar bir hastalıktır. Bazı ailelerde kümelenme göstermesi; kızkardeşlerde ve özellikle monozigotik (tek yumurta) ikizlerde aynı yaşlarda benzer klinik prezentasyonla tanı konulması; sistemik lupus eritematozus, Crohn hastalığı gibi immünolojik hastalıklarla birliktelik göstermesi genetik aktarımı destekler nitelikte olsa da, endometriozise spesifik genetik faktörlerin netleşmesi henüz mümkün olamamıştır. Ancak dünya çapında bu konuyla ilgili yapılan çalışmalar göstermiştir ki, endometriozis gelişiminin sorumlusunun tek bir gen değil, pek çok genin kendi arasında etkileşimi olduğudur. 
Tezi çalışmasında Sağlık Bilimleri Üniversitesi İstanbul Kanuni Sultan Süleyman Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde histopatolojik olarak endometriozis tanısı konfirme edilmiş 18-45 yaş aralığında multipar 22 adet kadın hasta, endometriozis tanısı konulup konulmamış olmasına bakılmaksızın bu hastaların kız çocukları ve anneleri olmak üzere 3 kuşak çalışmaya dahil edildi. Kontrol grubu ise endometriozis tanısı konulmamış benzer yaşlarda 25 adet kadın hastadan oluşturuldu.  Toplam 66 çalışma grubuna ait ve 25 kontrol grubuna ait periferal kan örneği en geç 24 saat içerisinde soğuk zincir yöntemi ile İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümüne aktarılacaktır. Literatür taraması ile seçilmiş hedef genlerdeki tek nükleotid polimorfizmleri (SNP) belirlenip özgün bir SNP arrayi oluşturulacaktır. Araştırmanın sonucunda tespit edilen ailesel geçişli SNPler, invaziv olmayan belirteçler olarak endometriozis tanısı koyulmuş kadınların sonraki kuşaklarında hastalığın erken tanısına olanak sağlayacaktır. Bu çalışmada elde edilen veriler ışığında yeni çalışmaların yapılması planlanmaktadır.
Bu çalışmada amaçlanan endometriozisli hastalardan elde edilen DNA'da tek nükleotid polimorfizmi farklılığı gösteren genleri içeren bir SNP array oluşturarak hastalarda ailesel geçişin olup olmadığını belirlemektir. Çalışma kapsamında izlenecek yöntemin ilk basamağı, literatürde endometriozis alanındaki meta-analizler ile SNP ile ilişkili genlerin belirlenmesidir. İkinci aşama; seçilen hedef genlerdeki SNP'leri belirleyerek özgün bir SNP arrayinin oluşturulmasıdır.
Hasta örnekleri Sağlık Bilimleri Üniversitesi İstanbul Kanuni Sultan Süleyman Eğitim ve Araştırma Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalından sağlanmıştır. Endometriozis tanısı almış 22 adet hastanın, bu hastaların kız çocuklarının ve annelerinin kan örnekleri alınarak üç kuşak çalışmaya dahil edildi. 
Araştırmanın sonucunda tespit edilen ailesel geçişli SNPler endometriozis tanısı konulmuş kadınların sonraki kuşaklarında hastalığın erken tanısına olanak sağlayacaktır. Ailede nesiller arasındaki genetik aktarımın tanımlanması hastalığın gelişimsel nedenlerinin açıklanmasına, varsa farklı alttiplerinin belirlenmesine, erken tanı ve dolayısıyla erken tedaviye olanak sağlayacak girişimsel olmayan belirteçlerin oluşturulmasına fırsat verecektir. Çalışmamız sonuçlarından yola çıkarak daha büyük çalışma gruplarında yapılacak genotipleme teknolojileri ve DNA sekanslama yöntemleri üzerine araştırmalar endometriozisin klinik belirtileri henüz oluşmadan tanı konulmasına ve erken tedavi edilerek uzun dönem olumsuz sonuçlarının önlenmesine fırsat sağlayacaktır.

Abstract:
Although it is difficult to determine the prevalence of endometriosis in the general population due to the asymptomatic course of the disease, which is defined by the presence of endometrial glandular and stromal cells outside the uterine cavity, it has been reported that 5-10% of reproductive-aged women and 35% of infertile women have endometriosis. 
Another hypothesis that has recently been put forward for the development of endometriosis and investigated is the genetic basis of endometriosis. Because it is thought that endometriosis is a complex disease with several underlying environmental and genetic factors. Although the familial clustering of endometriosis, diagnosis with similar findings at ages similar to monozygotic twins and association with some autoimmune diseases support that it is a hereditary disease, genetic factors specific to the disease have not been clearly determined yet. As a result of genetic studies about endometriosis, it has been understood that the interaction of many genes, not a single gene, determines the personal risk for endometriosis.
In this doctoral project study, 22 female patients aged 18-45 who were diagnosed histopathologically with endometriosis at the University of Health Sciences Istanbul Kanuni Sultan Suleyman Training and Research Hospital were included. Daughters and mothers of these patients were also included regardless of whether they were diagnosed with endometriosis or not. The control group consisted of 25 female patients of similar ages who were not diagnosed with endometriosis. Collected peripheral blood samples were transferred to Istanbul University Molecular Biology and Genetics Department by cold chain method within 24 hours. With the literature review, single nucleotide polymorphisms (SNP) in selected target genes will be determined and a unique SNP array will be created. The familial inherited SNP detected as a result of the study will allow early diagnosis of the disease in the next generations of women diagnosed with endometriosis as non-invasive markers. New studies will be planned in the light of the data obtained in this study.
The aim of this study is to determine whether there is familial transmission in patients by creating a SNP array containing genes showing single nucleotide polymorphism differences in the DNA obtained from patients with endometriosis. The first step of the method to be followed within the scope of the study is to determine the genes associated with the SNP through meta-analyses in the field of endometriosis in the literature. Second stage is the creation of a unique SNP array by determining the SNP in the selected target genes.
Patient samples were provided from the Department of Gynecology and Obstetrics of the University of Health Sciences Istanbul Kanuni Sultan Suleyman Training and Research Hospital. Blood samples of 22 patients diagnosed with endometriosis, their daughters and their mothers will be taken and three generations were included in the study.
Familially inherited SNP identified as a result of the research will allow early diagnosis of the disease in the next generations of women diagnosed with endometriosis. Identification of genetic variations will contribute to explaine the causal pathways of the disease, identify its subtypes, create non-invasive methods aiding early diagnosis, and develope new treatment strategies. Genotyping technologies and DNA sequencing methods, which are of great importance in elucidating many diseases today, will provide early diagnosis and effective treatment in the management of endometriosis with strong research on well-designed large populations.