Türkiye denizlerinde yaşayan Scombridae türlerinin DNA barkodlaması
DNA barcoding of Scombrid fish species from Turkish waters
Yazar: CAN ÖNEL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. YILMAZ ÇİFTCİ
Ordu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Deniz Bilimleri = Marine Science ; Genetik = Genetics ; Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Filogenetik = Phylogenetic ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; PCR =

Özet:
Bu çalışmada, Scombridae ailesine ait ve ülkemiz denizlerinden örneklenen Auxis rochei, Euthynnus alletteratus, Sarda sarda, Scomber japonicus, Scomber scombrus, Scomberomorus commerson, Thunnus alalunga türleri incelenmiştir. Türlerin mtDNA üzerinde bulunan Sitokrom b, 12S rRNA ve COI bölgeleri PZR ile çoğaltılmış ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Dizi analizleriyle elde edilen veriler kullanılarak filogenetik analizler gerçekleştirilmiş ve türler arası ilişkiler belirlenmiştir.
Çalışmada COI gen bölgesinde 9 haplotip, 12S rRNA ve sitokrom b gen bölgelerinde 7 haplotip belirlenmiştir. COI, 12S rRNA ve Sitokrom b gen bölgeleri için haplotip çeşitliliği ve nükleotit çeşitliliği sırasıyla Hd:0.912, Pi:0,07854; Hd:0.800, Pi:0.03778; Hd:0.964, Pi:0.07230 olarak bulunmuştur.  Elde edilen matrikslerde baz kompozisyonları COI gen bölgesi için A:0.2382, C:0.2867, G:0.1874 ve T:0.2878, 12S gen bölgesi için A:0.281, C:0.268, G:0.223 ve T:0.228 ve Sitokrom b gen bölgesi için A:0.2510, C:0.3198, G:0.1527 ve T:0.2764 olarak belirlenmiştir.  
Filogenetik analizlerde oluşturulan ağaçlar incelendiğinde S. sarda haplotiplerinin bir grup, A. rochei, E. alletteratus hapolotiplerinin bir grup, S. scomber ve S. japonicus haplotiplerinin ise bir grup oluşturduğu ve ayrım gösterdikleri görülmektedir. T. alalunga haplotipinin ise A. rochei, E. alletteratus haplotiplerine yakın durduğu, S. sarda haplotiplerinin ise diğer haplotiplere uzak durduğu görülmüştür.
Sonuç olarak bu çalışmada, işlenmiş etlerde kullanılan hayvan türlerini belirlemek ve Türkiye pazarlarında ürün etiketleri üzerinde gıda içeriğinin yanlış tanımlanması ile ilgili durumun araştırılabilmesine yardımcı olmak için basit bir DNA testi gösterilmiştir. Ayrıca, bu yöntem son derece esnektir: mitokondriyal genom üzerinde gen bölgelerine ait sekans bilgileri gen bankaları üzerinden araştırmacılara ve laboratuvar çalışanlarına açık olup hızla hedef dizilerin seçimi ve gerekli analizlerin yapılması her geçen gün artmaktadır. Bu genom bilgiler hala sınırlı olduğu için deniz ve iç su ürünleri türlerinin ayrımı için özellikle önemlidir.

Abstract:
In this study, the species belongs to the Scombridae family which sampled from our waters; Auxis rochei, Euthynnus alletteratus, Sarda sarda, Scomber japonicus, Scomber scombrus, Scomberomorus commerson and Thunnus alalunga have been examined. Cytochrome b, 12S rRNA and COI gene regions which found on the mtDNA were amplified by PCR and sequence analysis has been performed. The datas that obtained from sequence analysis has been used to get phylogenetic analysis and relationships among species have been identified.
In the study, 9 haplotypes in 12S gene region, 7 haplotypes in cytochrome b and COI gene regions has been identified. Haplotype diversity and nucleotide diversity has been found for the region COI, 12S rRNA and cytochrome b gene, respectively; Hd:0.912, Pi:0,07854; Hd:0.800, Pi:0.03778; Hd:0.964, Pi:0.07230. On the resulting matrices base compositions for the COI gene region A:0.2382, C:0.2867, G:0.1874, T:0.2878, for the 12S gene region A:0.281, C:0.268, G:0.223, T:0.228 and for the cytochrome b gene region: A:0.2510, C:0.3198, G:0.1527, T:0.2764 has been determined. 
When the trees has been examined which generated by phylogenetic analyzes, S. sarda haplotypes has formed as a group, A. rochei and E. alletteratus haplotypes has formed as a group, S. scomber and S. japonicus haplotypes has formed as a group that seen a distinction. T. alalunga haplotype close to A. rochei and E alletteratus haplotypes and S. sarda hapoltypes away the other haplotypes has been observed.
In conclusion, in this study to determine the types of animals used in processed meats and Turkey markets erroneous identification of food ingredients on the product labels investigate the situation with a simple DNA test can be shown to help. Also, this method is extremely flexible: the mitochondrial gene regions on the genome sequence of the gene banks of information is open to researchers and laboratory staff and the selection of target sequences quickly made the necessary analysis is increasing with each passing day. The genome information is still limited to the types of products for the marine and inland water is especially important for the separation.