Kompleman bileşen C4A ve C4B genlerindeki rodgers ve chido belirleyicilerin PCR, DNA sekans ve rflp teknikleri ile analizi
PCR, DNA sequence and rflp analysis of the rodger and chido determinants of the complement component C4A and C4B genes
Yazar: BURCU AKIN
Danışman: PROF.DR. REYHAN ÖNER
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Kompleman sistemi mikrobiyal ajanlara karşı immün cevapta veimmünokomplekslerin temizlenmesinde rol oynayan önemli bir humoral savunmamekanizmasıdır. İnsan kompleman dördüncü bileşeni C4, 6. kromozomun kısakolunda MHC sınıf III (major histokompabilite kompleksi sınıf III) bölgesinde yeralan iki homolog C4A ve C4B genleri tarafından kodlanır. Kan grup sistemininChido/Rodgers (Ch/Rg) epitopları, kompleman C4'ün, C4A ve C4B olmak üzere ikiizotipik formunu oluştururlar. C4A ve C4B genlerindeki bozukluklar çeşitlihastalıklara neden olabilmektedir. Homozigot ya da heterozigot null alelerin(C4AQ0 ya da C4BQ0) sayısı, bazı otoimmün ve immün kompleks hastalıklardabelirgin oranda artmaktadır. C4 hasarı sonucunda genel olarak viral ve bakteriyelenfeksiyonlara karşı vücudun savunma mekanizması bozulur. Bundan dolayı C4Ave C4B genlerindeki mutasyon ve polimorfizmlerin saptanması hastalıklarlailişkilendirilmeleri açısından son derece önemlidir. Bu çalışmanın amacı,kompleman C4 genlerindeki polimorfizmlerin etkin olarak saptanması için uygunyöntem araştırılması ve geliştirilmesidir. Bu amaçla, Türk toplumundan rastgeleolarak klinik özellikleri dikkate alınmadan seçilen 25 kişide DNA izolasyonuyapılmıştır. C4A ve C4B genleri, literatürdeki referans dizilere göre belirlenen ortakprimerler ile bir arada çoğaltılmışlar ve/veya C4A ve C4B genlerinin her birisi içinözgül olan alel spesifik oligonükleotidler kullanılarak, bu genler ayrı ayrı amplifiyeedilmişlerdir. Elde edilen PCR ürünleri, RFLP (Restriction Fragment LengthPolymorphism-Restriksiyon Parça Boyu Polimorfizmi) ve DNA dizi analizine tabitutulmuştur. Bu çalışmada, C4A ve C4B genlerinin 25, 26 ve 28. ekzonlarındakitüm Rodgers ve Chido belirleyicilerinin saptanabilmesinde DNA dizi analizininetkin bir yöntem olduğu saptanmıştır. Alel'e özgü PCR ve DNA dizi analizleriyle;C4A ve C4B genlerindeki bilinen yaygın polimorfizmlerin yanı sıra, her iki genarasında krossover ile oluşabilecek gen değiş tokuşlarının (genkonversiyonlarının), homozigot delesyonların ve olası yeni mutasyon veyapolimorfizmlerin etkili olarak saptanabileceği gösterilmiştir. Bu çalışma, C4genlerinin moleküler analizleri üzerine yapılacak ileri ve başka çalışmalar içinkullanılabilecek metodlar açısından bir fikir oluşturacaktır.Anahtar Kelimeler: C4A, C4B, Chido/Rodgers, RFLP, DNA dizi analizi,polimorfizm

Abstract:
The complement system is an important humoral defense mechanism that plays arelevant role against microbial agents and immunocomplex clearance. The fourthcomponent of human complement (C4) is coded for by two homologous genes,C4A and C4B, located within the MHC class III region on the short arm ofchromosome 6. The Chido/Rodgers (Ch/Rg) epitopes of the blood group system iscomposed of the two isotopic forms of the complement C4; C4A and C4B. Thedefects of the C4A and C4B genes may cause various diseases. The numbers ofhomozygous or heterozygous null alleles (C4AQ0 or C4BQ0) increase significantlyin some autoimmune and immune complex disorders. As a result of thecomplement C4 deficiency, in general, the mechanism of the body defense againstthe viral and bacterial infections is damaged. Therefore, to determine themutations and polymorphisms of C4A and C4B genes is extremely important forthe associations with related diseases. The aim of this study is to search andimprove an appropriate method to determine the polymorphisms in thecomplement C4 genes. For this purpose, DNA from randomly selected 25individuals (without considering the clinical features) among the Turkish populationwas isolated. C4A and C4B genes were co-amplified by using the commonprimers and/or each C4A and C4B gene was amplified separately with the allelespecific oligonucleotides designed according to the published referencesequences for C4A and C4B. The obtained PCR products were analyzed by RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism) and DNA sequencing. This studydemonstrated that DNA sequence analysis is the most efficient technique fordetermining all the Rodgers and Chido determinants within the exon 25, 26 and 28of C4A and C4B genes. In this study it was shown that; by using the allele specificPCR and DNA sequence analysis, not only common polymorphisms for C4A andC4B genes, but also gene conversions that may be occurred by crossoversbetween two genes, homozygous deletions and possible novel mutations orpolymorphisms could be detected. This study will also provide some insights forthe further and separate investigations on the molecular analysis of C4 genes.Keywords: C4A, C4B, Chido/Rodgers, RFLP, DNA sequencing, polymorphism