Fetal kromozom anomalilerinin tanısında multiplex ligation-dependent probe amplification tekniğinin etkinliğinin araştırılması
The efficiancy of multiplex ligation-dependent probe amplification technique in the diagnosis of fetal chromosomal anomalies
Yazar: GÜVEN TOKSOY
Danışman: PROF. DR. SEHER BAŞARAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Amplifikasyon = Amplification ; Fetal monitoring = Fetal monitoring ; Fetüs = Fetus ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Ultrasonografi = Ultrasonography

Özet:
Kromozom anomalileri MKA/MR olgularının %15-20' sinde saptanan önemli etiyolojik faktörlerden biridir. Klasik sitogenetik tekniklerle gösterilemeyen <5 Mb anomalilerin tanısında moleküler genetik teknikler kullanılmaktadır. Subtelomerik FISH çalışmaları ile MKA/MR olgularında tanıya ilaveten %4-8 oranında katkı sağlanmaktadır. Postnatal olgularda klinik bulguların yönlendirmesi ile özgün problar kullanılarak FISH ile tanıya gidilmekte oysa prenatal olgularda bu mümkün olamamaktadır. Fetal ultrasonografide anomali saptanan ancak kromozom anomalisi saptanmayan olgularda moleküler tekniklerin tanıya önemli katkılar sağlaması beklenmektedir.Moleküler tekniklerden biri olan MLPA ile farklı anomalilerin tanısına yönelik çeşitli prob setleri kullanılmaktadır. P070 prob seti subtelomerik bölgelerin, P245 ise bilinen mikrodelesyon / duplikasyon sendromlarının araştırılmasına yönelik hazırlanmıştır.Bu çalışmada, prenatal USG de majör anomali saptanan ancak herhangi bir kromozom anomalisi gösterilemeyen olgularda subtelomerik yeniden düzenlenmelerin ve bilinen mikrodelesyon/duplikasyon sendromlarının MLPA tekniği ile araştırılması amaçlandı.Prenatal süreçte elde edilen 66 doku örneği (amniotik sıvı, fetal kordon kanı ve korionik villus örneği) P070 ve P245 prob setleri kullanılarak MLPA tekniği ile incelendi.Bu olgulardan 3 ünde (%4,5) submikroskobik kromozom anomalisi saptandı. Anomalilerden del 18p ve del 7q11.2 FISH tekniği ile doğrulanırken dup18q olgusu mikrodizin tekniği ile incelendi ve polimorfizm olup olmadığı belirlenemeyen ~75kb lık tetra allelik bir değişim gözlendi.Literatürde MLPA tekniği ile yapılmış 4 benzer prenatal çalışmasında bildirilen anomali oranı (%1,3-%6,5) çalışma sonuçlarımızla uyumlu bulunmuştur. MLPA tekniği alternatif tekniklerle karşılaştırıldığında; MLPA çoklu olgu ve lokus inceleyebilme olanağı ile FISH'e göre, mikrodizin tekniği ise tüm genomu inceleme ve öngörülemeyen anomalileri tanıma olanağı ile MLPA'ya göre daha üstün görünmektedir. Buna karşın, mikro dizin tekniğinin maliyet, yoğun biyoinformatik ve parental çalışma gereksinimi değerlendirildiğinde rutin prenatal kullanım için henüz tartışılmalı olduğu düşünülmektedir.Anahtar Kelimeler: MLPA, kromozom anomalisi, patolojik fetal ultrasonografi, mikrodelesyon/duplikasyon, subtelomer

Abstract:
Chromosome abnormalities are found in 15-20% of MCA/MR patients, and FISH studies can unveil subtelomeric aberrations, which constitute an additional 4-8% in MCA/MR etiology. Molecular techniques can be used to identify chromosomal abnormalities smaller than 5 Mb. Postnatally, clinical findings guide the clinician in choosing syndrome-specific FISH probes. This is usually impossible in prenatal cases. Employed molecular techniques provide edge in diagnosis of chromosomal anomalies undetectable by classical methods.MLPA is based upon the utilization of different probe-sets designed for diagnosing different chromosome anomalies. P070 probe-set is used to screen subtelomeric regions and P245 set for known microdeletion / duplication syndromes.In this study, we aimed to search for subtelomeric aberrations and syndrome-related microdeletions/duplications by MLPA, in fetuses with major ultrasonographic abnormalities, where no chromosomal abnormalities could be identified by conventional methods.Tissue samples from 66 fetuses were studied with P070 and P245 probe-sets.In 3 cases (4.5%), a submicroscopic chromosomal aberration was found. Among these, the 18p and 7q11.23 deletions were confirmed by FISH. Another case with a 18q subtelomeric duplication was studied with microarray techniques for confirmation, and the duplication was shown to be a tetra allelic gain of ~75kb. The duplication can be a polymorphism rather than being causative however, the parental status is not investigated.In our study, the frequency of chromosomal aberrations (%0-6.5) revealed by MLPA was compatible with the literature. MLPA is superior to FISH in providing the advantage of multiple patient and loci screening, while microarray techniques are better qualified for whole genome screening since can detect unpredictable anomalies.Key Words: MLPA, Chromosome abnormalities, Subtelomere, Pathological fetal ultrasonography, microdeletion / microduplicationThe present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. 3751 and 1515