Neonatal sepsis tanılı hastalardan alınan kültür materyallerinde mikroorganizmaların genetik profillenmesi
Genetic profiling of microorganisms in culture materials from patients with neonatal sepsis
Yazar: BURCU KESMEZ
Danışman: PROF. DR. NEJAT NARLI
Çukurova Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Bebek-yenidoğmuş = Infant-newborn ; Bebek-yenidoğmuş hastalıkları = Infant-newborn diseases ; Bebekler = Infant ; Kan kültürü = Blood culture ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sepsis = Sepsis

Özet:
Amaç: Neonatal sepsis, yaşamın ilk ayında enfeksiyona ait sistemik belirti ve bulguların olduğu ve kan kültüründe özgül bir etkenin ürediği bir klinik sendromdur. Neonatoloji alanında yaşanan gelişmelere rağmen hala önemli bir morbidite ve mortalite nedenidir. Sepsise ait özgül bulguların olmaması ve yenidoğan döneminde sık karşılaşılan enfeksiyon dışı klinik durumların da benzer bulgulara sahip olması tanının erken konularak tedaviye başlanmasını zorlaştırmaktadır. Sepsis tanısı klinik ve laboratuar bulgularının birlikte değerlendirilmesi ile konulur. Neonatal sepsis tanısını koymada sensitivitesi ve spesifitesi yüksek olan mükemmel bir belirteç bulunmamaktadır. Kan kültünde etkenin üretilmesi neonatal sepsis tanısında altın standart olmakla birlikte, düşük sensitivitesinin olması ve 24-72 saatte sonuç vermesi dezavantajları arasında yer almaktadır. Neonatal sepsis tanısında ilişkili gen ve/veya patojene yönelik moleküler çalışmalar hız kazanmıştır. Son dönemlerde özellikle patojenin tanımlanmasında kültürün yanısıra PCR temelli yöntemlerden de yararlanılmaya başlanmıştır. Direkt hasta örneklerinden birkaç saat içerisinde bu metotlar ile patojenler tespit edilebilmektedir. 
	Yöntem: Çalışmada etkene özgü genomik RNA ve DNA bölgelerini hedefleyen, ters transkripsiyon (RT) ve gerçek zamanlı PCR (qPCR) (RT-qPCR) , nazofarengeal sürüntü ve periferik kan numunelerinden elde edilen nükleik asit izolatlarına uygulanmıştır.  
	Bulgular: Çalışmaya neonatal sepsis tanısı konulmuş 45 hasta dahil edildi. Neonatal sepsis tanısı koymada moleküler yöntemlerin yerini belirlemek için yaptığımız çalışmamızda hastaların %55,6'sında RSV, %42,2'sinde S.pneumoniae, %40'ında C.pneumoniae, %37,8'inde Rhinovirus, %35,6'sında Adenovirus, %28,9'unda Bocavirus, %20'sinde L.pneumophila, %13,3'ünde H.influenzae, %3,4'ünde M.pneumoniae saptandı. Kan kültürü ve PCR sonuçlarında korelasyon görülmedi. 
	Sonuç: Çalışmada sepsis açısından değerlendirilen bebeklerin örneklerinde eş zamanlı PCR incelemesi, sınırlı bilgi sağlamaktadır. Eş zamanlı PCR incelemesinin klinik duyarlılığı ile pozitif belirleyici değerin uygun şekilde değerlendirilmesi için kullanılan PCR kitinde tanımlanan mikroorganizmaların tür ve sayısının arttırılması gerekmektedir ve daha fazla sayıda, iyi tanımlanmış prospektif çalışmalara ihtiyaç vardır. 

Anahtar Kelimeler: Neonatal sepsis, Polimeraz zincir reaksiyonu

Abstract:
Aim: Neonatal sepsis is a clinic sendrom which has systemic signs and symptoms of infection are present and a specific agent is detected in blood culture in the first month of life. Despite the developments in the field of neonatology, it is still an important cause of morbidity and mortality. Absence of specific signs of sepsis and the fact that non-infectious clinical conditions frequently encountered in the neonatal period have similar findings makes it difficult to diagnose and start treatment early. The diagnosis of sepsis is made by evaluating the clinical and laboratory findings together. There is no perfect marker with high sensitivity and specificity in diagnosing Neonatal sepsis. Although the detection of the agent in the blood culture is the gold standard in the diagnosis of neonatal sepsis, it has low sensitivity and getting results in 24-72 hours are among its disadvantages. Molecular studies on related genes and/or pathogens in the diagnosis of neonatal sepsis have gained momentum. Recently, PCR-based methods have started to be used in addition to culture, especially in the identification of the pathogen. Pathogens can be detected directly from patient samples within a few hours with these methods. 

	Method: In the study, reverse transcription (RT) and real-time PCR (qPCR) (RT-qPCR) targeting agent-specific genomic RNA and DNA regions were applied to nucleic acid isolates obtained from nasopharyngeal swab and peripheral blood samples. 

	Results: Forty-five patients diagnosed with neonatal sepsis were included in the study. In our study to determine the place of molecular methods in diagnosing neonatal sepsis, RSV was detected in %55.6 of the patients. S.pneumoniae in %42.2, C.pneumoniae in %40, Rhinovirus in %37.8, Adenovirus in %35.6, Bocavirus in %28.9, L.pneumophila in %20, H. influenzae in %13.3 and M. pneumoniae were detected in %3.4 of the patients. There was no correlation in blood culture and PCR results.

	Conclusion: PCR analysis in the samples of infants evaluated for sepsis in the study provides limited information. The species and number of microorganisms identified in the simultaneous PCR kit used should be increased in order to properly evaluate the clinical sensitivity and positive predictive value of the PCR examination. More, well-defined prospective studies are needed.

Keywords: Neonatal sepsis, Polymerase chain reaction