Çoklu dirençli Escherıchıa colı izolatlarında CTX-M, SHV ve TEM tiplerindeki beta-laktamaz direnç genlerinin moleküler yöntemlerle saptanması
Molecular detection of CTX-M, SHV and TEM types of betalactamase resistance genes in multiple resistant Escherichia coli isolates
Yazar: MÜNEVVER GÜNAYDIN
Danışman: DOÇ. DR. EMEL BANU BÜYÜKÜNAL BAL
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; PCR =

Özet:
Antibiyotiklerin yoğun ve kontrolsüz kullanımları, bakterilerde antibiyotiklere karşı
dirençten sorumlu genlerin yayılma özellikleri ile bir araya geldiğinde bakterilerde
antibiyotiklere direnç gibi önemli bir problemin yaygın hale gelmesini sağlamaktadır.
Günümüzde çok farklı tipteki ß-laktamazlara direnç gelişiminden sorumlu Geniş
Spektrumlu ß-laktamazlar (GSBL)-Extended-Spectrum ß-lactamases, ESBL) özellikle
Enterobacteriaceae üyeleri arasında hızla artmaktadır.
Önemli bir hastane enfeksiyon etkeni olan E. coli Enterobacteriaceae üyesidir. Bu
türde çok sayıda GSBL üreten suş saptanmıştır. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden
izole edilen 109 adet E. coli suşu kullanılmıştır. Çift disk sinerji ve kombine disk testleriyle
fenotipik olarak GSBL pozitif olduğu belirlenen bu suşlardaki, üç önemli grubu oluşturan
CTX-M, TEM ve SHV tiplerindeki ß-laktamazlara özgü genlerin varlığı Polimeraz Zincir
Reaksiyonu (PCR) ile incelenmiştir. PCR analizleri sonuçları, CTX-M tipindeki ß-
laktamaz geninin 101 izolatta (%93), SHV tipindeki genin 79 izolatta (%73) ve TEM
tipindeki genin ise 55 izolatta (%50) bulunduğunu göstermiştir.
Ayrıca izolatların genetik ilişkisini ortaya koyabilmek amacıyla, 42 izolata
Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus (ERIC) bölgeleri kullanılarak ERIC-PCR
uygulanmıştır. ERIC-PCR iki farklı primer ile gerçekleştirilmiştir. İzolatlara ait ERIC-PCR
profillerinden elde edilen Dice benzerlik katsayısı değerlerinden Unweighted Pair Group
Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dendogramları elde edilmiştir. Çalışma sonuçları
izolatların çeşitli klonal gruplara sahip olduğunu göstermiştir. Çalışma sonucunda, iki
farklı primer ile elde edilen ana grup sayısının benzer olduğu saptanmıştır. Her iki
dendogramda birbirine uygun şekilde yerleşim gösteren izolatlar ile birlikte farklı
yerleşimlere sahip izolatlar da tespit edilmiştir.
GSBL üreten mikroorganizmalar, aminoglikozidler ve florokinolonlar gibi diğer
antibiyotiklere dirençlidirler. Bu nedenle, GSBL üreten mikroorganizmaların doğru tespiti,
bu tip organizmalardan kaynaklanan enfeksiyonların tedavisinde ve kontrolünde büyük önem taşımaktadır

Abstract:
When extensive and uncontrolled use of antibiotics has been collaborating together
with dispersal feature of antibiotic resistance genes, they cause an important problem as an
antibiotic resistance in bacteria. Recently, various types of Extended Spectrum of Beta-
Lactamases (ESBL) responsible for resistance against ß-lactam antibiotics have been
drastically increased among members of Enterobacteriaceae.
As an important infectious agent, E. coli is a member of Enterobacteriaceae. Many
E. coli strains producing ESBLs have been identified. In the present study, 109 E. coli
strains have been isolated from various clinical samples. All strains, which have been
determined as phenotypically ESBL positive according to double disk synergy method,
were analyzed with PCR for the presence of genes coding the three main types of ß-
lactamase (CTX-M, TEM and SHV). The PCR results showed that CTX-M, SHV, and
TEM types of ß-lactamase genes were present in 101 (93%), 79 (73%), and 55 isolates
(50%), respectively.
Moreover, genetic relationship among 42 isolates was investigated by
Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus (ERIC) regions of ERIC-PCR analysis.
Two different primers were used in ERIC-PCR. Dice similarity coefficients estimated from
ERIC-PCR profiles of isolates were used to construct Unweighted Pair Group Method with
Arithmetic Mean (UPGMA) based dendograms. Results indicated that several clonal
groups among isolates were present. Numbers of main groups detected with two different
primers were the same. In two dendograms, some isolates have been replaced in
accordance, whereas some isolates were positioned far apart.
ESBL producing isolates are also resistant to other groups of antibiotics such as
aminoglycosides and fluoroquinolones. Therefore, accurate detection of ESBL producing
organisms is great importance for treatment and control of infections.