OXA-48 direnç geninin  tespitinde temosilin disk testi, chromid oxa-48 agar ekimi, immunokromotografik k-set testinin kıyaslanması
Comparison of temocillin disc diffusion assay, K-SET immunochromatographic assay and inoculation in chromid AXO-48 medium for detecting OXA-48 resistance gene
Yazar: ERKAN SANMAK
Danışman: DOÇ. DR. RIZA ADALETİ
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İstanbul Haydarpaşa Numune Eğt. ve Arş. Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genler = Genes ; Karbapenemler = Carbapenems ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Klebsiella pneumoniae özellikle nozokomiyal enfeksiyonlarda morbidite ve mortaliteye neden olan bir patojendir. Klebsiella pneumoniae'da karbapenemaz direnci her geçen gün artmaktadır.  Ülkemizde görülen karbapenemaz kaynaklı direncin en sık nedeni sınıf D OXA-48  grubundadır. Bu sınıf karbapenemazın saptanmasında  altın standart moleküler yöntem olmakla birlikte bu yöntemin pahalı ve zor ulaşılabilir olmasından dolayı moleküler dışı yöntemler  ön plana çıkmaktadır. Bu tez çalışmasında OXA-48 direnç geninin tespitinde kullanılan moleküler dışı yöntemlerin duyarlılık ve özgüllüklerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Çalışmaya bir yıllık süreçte  klinik örneklerden izole edilen toplam 45 karbapenemaz dirençli Klebsiella pneumoniae suşu dahil edilmiştir. Tüm izolatlarda real time PCR, temosilin disk difüzyon testi, K-SET immunokromotografik yöntem ve ChromID OXA-48 agara ekim yapılmıştır. İstatistiksel Analizler IBM Statististics 20.0 (SPSS) ile yapılmıştır. Test sonuçları duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer, negatif prediktif değer, toplam doğruluk oranı, ROC Curve analizi ile  değerlendirilmiştir.
K-SET testi karbapenemaz dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarının saptanmasında altın standart test PCR ile %100 uyumlu bulunmuştur. ChromID OXA-48 agar yöntemi ile duyarlılık %100, özgüllük %88.8 olarak tespit edilmiştir. Temosilin disk difüzyon yönteminin ise duyarlılığı %100,  özgüllüğü  %77.8 bulunmuştur. 
Test verileri değerlendirildiğinde immunokromotografik K-SET testi en yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahiptir. Diğer testlerin duyarlılıkları %100 olmasına rağmen yanlış pozitifliklerden dolayı özgüllükleri daha düşüktür. K-SET testinin OXA-48'in endemik olarak bulunduğu bölgelerdeki yoğun bakım hastalarının Gram (-) üremelerinde rutine girebileceği kanısındayız. Diğer taraftan ise ChromID OXA-48 agar ve temosilin disk difüzyon testinin KDKP yönünden tarama ve tanı algoritmasında bir basamak olarak kullanılabileceği düşüncesindeyiz. Ancak vaka sayımız kısıtlı olduğundan karbapenem direncindeki diğer mekanizmaları da hızlı ve yüksek doğrulukta ortaya koyacak şekilde geniş kapsamlı çalışmaların yapılması gerekmektedir.

Abstract:
Klebsiella pneumoniae is a pathogen that causes morbidity and mortality, especially in nosocomial infections. Carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae increases day by day. Most common cause of carbapenem resistance in our country is in class D OXA-48 group. This class is currently the gold standard molecular method for identification of carbapanemase but because of its cost and access difficulty, non-molecular methods come into prominence. In this thesis study, we aimed to analyze sensitivity and specificity of non-molecular methods which are used to identify OXA-48 resistance gene.
The study included 45 carbapenem resistant Klebsiella Pneumoniae strains that were isolated from clinical samples within one year period. Real time PCR, temocillin disc diffusion assay, K-SET immunochromatographic assay and inoculation in ChromID OXA-48 medium were performed with all isolates. Statistical analysis was run with Statistical Package IBM Statistics (SPSS) 20.0. Test results were evaluated according to results of sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, total accuracy rate and ROC curve analysis.
K-SET assay was found %100 compatible with gold standard PCR for identification of Klebsiella pneumoniae strains. %100 sensitivity and %88.8 specificity were found with ChromID OXA-48 medium method. Sensitivity and specificity of temocillin disc diffusion assay were found %100 and %77.8, respectively. 
When test data was evaluated, immunochromatographic K-SET assay had the highest sensitivity and specificity. Even though other tests had %100 sensitivity, their specificities were lower due to false positivity. We believe K-SET assay can be used in routine for Gram (-) bacterial growth of intensive care patients in OXA-48 endemic-regions. On the other side, we think ChromID OXA-48 medium and temocillin disc diffusion assay might be used as a step for algorithm of screening and diagnosis for carbapenem resistant Klebsiella Pneumoniae. However, since our sample is small, further larger studies that will reveal other mechanisms of carbapenem resistance in a faster and more accurate manner are required.