Mersin ilinde izole edilen streptomisin dirençli mycobacterium tuberculosis kompleksi izolatların rpsl ve rrs gen bölgesi mutasyonlarının dna dizi analizi ile gösterilmesi
Characterization of rpsl and rrs gene region mutations in streptomycin resistance mycobacterium tuberculosis complex isolates with dna sequence analyses in mersin province
Yazar: MAHMUT ÜLGER
Danışman: PROF.DR. GÜROL EMEKDAŞ
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Streptomisin = Streptomycin ; Tüberküloz = Tuberculosis

Özet:
Streptomisin (SM) bakterilerde protein sentezini etkileyerek antimikrobiyaletki gösteren ve tüberküloz (TB) tedavisinde kullanılan major antitüberkülozilaçlardan biridir. Bu çalışmada bölgemizdeki fenotipik ilaç duyarlılık testi ile SMdirenci belirlenen izolatlarda, SM direncinden sorumlu rpsL ve rrs genbölgelerindeki mutasyon varlığının ve mutasyon paternlerinin DNA dizi analizi ilearaştırılması amaçlanmıştır. Laboratuvarımızda 2003-2007 tarihleri arasındaBACTEC 460 TB ile tanımlanan 304 izolattan SM dirençli 10 izolat ve SM'eduyarlı 10 izolat çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışmamıza dahil edilen suşlarınidentifikasyonu ?-nitrobenzoik asit ile, ilaç duyarlılıkları farklıkonsantrasyonlardaki (SM 2 ?g/ml ve 10 ?g/ml) agar proporsiyon yöntemi ileyeniden test edilmiştir. Genotipik analiz için spesifik primerler kullanarakpolimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile ilaca karşı direnç ile ilişkili olduğu bilinenrpsL gen bölgesi ile rrs gen bölgesinin oldukça iyi korunmuş 530. ilmeği ve 912.bölgesindeki direnç ile ilişkili olabilecek nükleotid değişikliklerinin varlığı GümüşBoyama DNA Dizi Analizi yöntemi ile araştırılmıştır. SM dirençli 8 izolatın rpsLgen bölgesinin 43. kodonunda AAG?AGG'ye dönüşüm şeklinde tek noktamutasyonu belirlenmiştir. BACTEC 460 TB ile SM dirençli olarak belirlenen 2izolat agar proporsiyon yöntemi ile SM2 ilaç konsantrasyonunda dirençli ikenSM10 ilaç konsantrasyonunda duyarlı olarak tespit edilmiştir. Duyarlı 10 izolat veSM10 ilaç konsantrasyonunda duyarlı 2 izolatta mutasyonla ilişkili olabilecekherhangi bir nükleotid değişikliği belirlenememiştir. Çalışmamamıza dahilettiğimiz SM dirençli M. tuberculosis kompleksi izolatlarının tümünde sadece rpsLgen bölgesinde mutasyon saptanmıştır.

Abstract:
Streptomycin (SM) displays antimicrobial activity via inhibition of proteinsynthesis in bacteria and it is one of the major antituberculosis drugs used inchemotherapies of tuberculosis (TB). We aimed to investigate SM resistanceisolates detected by phenotypic drug susceptibility assay, the presence of mutationin rpsL and rrs gene regions responsible for SM resistance and the mutationpatterns with DNA sequencing system in our region. In our laboratory, between2003-2007, in 304 isolates identified by BACTEC 460 TB 10 SM resistant and 10SM sensitive isolates were included our study. Identification and the drugsusceptibility of the isolates included the study were retested by p-nitrobenzoicacid and agar proportion method in different concentration of SM (SM 2 ?g/mland 10 ?g/ml), respectively. For genotypic analysis using specific primers inPolymerase Chain Reaction (PCR) the presence of nucleotide changes, known tobe associated with the resistance to the drug in the rpsL gene region and rrs generegion of highly conserved 530 loop and 912 region, were analyzed by SilverSequence DNA Sequencing System. In 8 SM resistant isolates, single nucleotidepoint mutation AAG?AGG substitution was determined at codon 43 in rpsL generegion. 2 isolates identified by BACTEC 460 TB as SM resistant, with agarproportion method, while they were resistant to the drug concentration of SM2; inSM10 drug concentration they were determined as sensitive. In 10 sensitive isolatesand in SM10 drug concentration, 2 isolates determined as sensitive none ofnucleotide changes was determined associated with the mutation. All of the SMresistant M. tuberculosis complex isolates included in this study, the nucleotidemutation was determined only in the rpsL gene region.