Corynebacterium striatum izolatlarının antimikrobiyal duyarlılıklarının, biyofilm üretimlerinin ve klonal analizlerinin değerlendirilmesi
Evaluation of antimicrobial susceptibility, biofilm production and clonal analysis of corynebacterium striatum isolates
Yazar: FATMA YAŞAR
Danışman: DOÇ. DR. İPEK MUMCUOĞLU
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Biyofilmler = Biofilms ; Corynebacterium striatum = Corynebacterium striatum ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Bu çalışmada tıbbi mikrobiyoloji laboratuvarına gelen örneklerden izole edilen ve etken ya da kontaminant olarak değerlendirilen C. striatum izolatlarının antimikrobiyal duyarlılık testleri, biyofilm üretme kabiliyetleri, genotipleri karşılaştırılmış,  hastaların demografik özellikleri incelenmiş ve C.striatum'un klinik önemini etkileyen faktörlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. 
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına 1 Kasım 2018 - 30 Nisan 2019 tarihleri arasında gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 58 C. striatum izolatı dahil edilmiştir. Klinisyen tarafından bu izolatların 29'u enfeksiyon etkeni olarak, diğer 29'u kontaminasyon-kolonizasyon olarak değerlendirilmiştir. Hastaların kültür alındığı anda hastanede yatış günü, altta yatan hastalık varlığı (diabetes mellitus, nörolojik hastalık, iskemik kalp hastalığı, kronik böbrek hastalığı, solid tümör), son bir ay içerisinde geçirilen cerrahi, daha önceki antimikrobiyal kullanımı incelenmiştir. Çalışmaya dahil edilen 58 C. striatum izolatından 13 tanesi etken gruptan, 13 tanesi kontaminasyon-kolonizasyon grubundan seçilerek 26 izolatın antimikrobiyal duyarlılık testleri yapılmıştır. Antimikrobiyal duyarlılık testleri, gradiyent strip yöntemiyle yapılmıştır ve EUCAST standartlarına göre değerlendirilmiştir. Çalışmaya alınan tüm suşlarda biyofilm oluşumu negatif yüklü polistren yüzeylerde 96 kuyucuklu mikrotitre plaklarında belirlenmiştir. Klonal analiz için izolatlar PFGE yöntemiyle Xba1 enzimi kullanılarak değerlendirilmiştir.
Bulgular: Çalışmaya alınan iki hasta grubunda demografik özellikler açısından fark olmadığı izlenmiştir. Nörolojik hastalığı olanlarda C.striatum etken olarak daha sık izlenirken (p=0,025), diğer komorbiditelerin iki grup arasında farklı olmadığı görülmüştür. Poliklinik hastalarından izole edilen suşların kontaminasyon veya kolonizasyon kabul edilme oranının daha yüksek olduğu anlaşılmıştır (p=0,034). Antimikrobiyal duyarlılık testlerinde her iki grupta da yaygın çoklu ilaç direnci olduğu izlenmiştir. Gruplar arasında antimikrobiyal duyarlılık açısından anlamlı bir fark olmadığı görülmüştür. Biyofilm üretiminin etken grupta anlamlı şekilde daha yüksek olduğu tespit edilmiştir (p=0,015). Genotipik değerlendirmede, izolatların çok farklı PFGE paternleri gösterdiği ve klonal olarak birbiriyle ilişkili olmadığı belirlenmiştir. 
Sonuç: C. striatum cilt ve mukoz membranların normal florasında bulunmakla birlikte, son yıllarda artan sıklıkta enfeksiyon etkeni olarak da bildirilmektedir. Kültürde C. striatum izole edildiğinde, enfeksiyon etkeni, kontaminasyon veya kolonizasyon olduğunu belirlemek sıklıkla çoklu ilaç direnci olan bu mikroorganizmanın tedavisinde çok önemlidir. Bu çalışmada, enfeksiyon oluşumunda C.striatum izolatlarının genotipleri ve direnç paternlerinden ziyade, bakteriye ait virulans faktörlerinin ve hastaya özgül değişkenlerin önemli olduğu belirlenmiştir.
 
Anahtar kelimeler: C. striatum, antimikrobiyal direnç, biyofilm

Abstract:
Aim: In this study, antimicrobial susceptibility tests, biofilm production ability, genotypes of C. striatum strains isolated from medical microbiology laboratory samples were compared, demographic characteristics of patients were investigated and the aim of this study was to determine the factors that affect the clinical importance of C.srtiatum.
Material and Methods: Fifty eight C. striatum isolates isolated from various clinical samples sent to Ankara Numune Training and Research Hospital Medical Microbiology Laboratory between November 1, 2018 and April 30, 2019 were included in the study. The clinician evaluated 29 of these isolates as infectious agents and 29 of them as contamination-colonization. Patient's hospitalization day, presence of underlying disease (diabetes mellitus, neurological disease, ischemic heart disease, chronic kidney disease, solid tumor), surgery in the last month and previous antibiotic use were examined. Antimicrobial susceptibility tests were performed for 26 isolates, 13 of which were selected from the infection agent group and 13 from the contamination-colonization group. Antimicrobial susceptibility tests were performed by gradient strip method and evaluated according to EUCAST standards. 
Biofilm formation in all strains included in the study was determined on 96-well microtiter plates on negatively charged polystyrene surfaces. For clonal analysis, isolates were evaluated by PFGE method using Xba1 enzyme.
Results: There was no difference in demographic characteristics in the two patient groups included in the study. While C.striatum was observed more frequently as a causative agent in patients with neurological disease (p=0.025), it was observed that other comorbidities were not different between the two groups. 
It was found that strains isolated from outpatient setting were more frequently accepted as contamination or colonization (p=0.034). Antimicrobial susceptibility testing showed widespread multidrug resistance in both groups. There was no significant difference between the groups in antimicrobial susceptibility. Biofilm production was found to be significantly higher in the infection agent group (p=0.015). In our study, it was found that the strains showed very different PFGE patterns and were not clonally related to each other. 
Conclusion: Although C. striatum is found in normal flora of skin and mucous membranes, it has been reported to be an increasing cause of infection in recent years. When C. striatum is isolated in culture, it is often important to determine whether there is an infection agent, contamination or colonization for the treatment of this multidrug-resistant microorganism. In this study, it was determined that bacterial virulence factors and patient specific variables were important for infection rather than genotypes and resistance patterns of C.striatum  isolates.

Key words: C. striatum, antimicrobial resistance, biofilm