Klinik örneklerden izole edilen E. coli izolatlarının genotiplendirmesi
Genotyping of E. coli strains which were isolated from clinical specimens
Yazar: ÇETİN KILINÇ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MELEK İNCİ
Mustafa Kemal Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Bu çalışmada idrar örneklerinden izole edilen genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten ve kinolona dirençli E. coli kökenlerinin epidemiyolojisinin ve risk faktörlerinin araştırılması, bunun yanı sıra rep-PCR (repetitive-sequence-based polymerase chain reaction) yöntemiyle izolatlar arasındaki klonal ilişkinin belirlenmesi amaçlandı.Gereç ve yöntem: Çalışmaya idrar örneklerinden izole edilen ve etken olarak kabul edilen, GSBL üreten ve kinolona dirençli 96 E. coli kökeni çalışmaya dâhil edildi. İzolatlarda GSBL varlığı çift disk sinerji testiyle, kinolon direnci siprofloksasin diski kullanılarak Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile araştırıldı. GSBL üreten E. coli ile enfeksiyon geçirmek için hastalarda mevcut olan risk faktörleri belirlendi. Hastaya ait kayıtların incelenmesi sonucu, CDC kriterleri esas alınarak enfeksiyonun toplum veya hastane kökenli olduğu belirlendi. İzolatların klonal yakınlıkları rep-PCR yöntemiyle saptandı.Bulgular: Çalışmaya alınan 96 suşun 52'sinin (%54.2) hastane kaynaklı, 44'ünün (%45.8) ise toplum kaynaklı enfeksiyonlardan izole edildiği belirlendi. Hastaların GSBL pozitif E. coli ile enfeksiyon geçirmek için ortalama 3 risk faktörüne sahip olduğu ve en sık karşılaşılan risk faktörünün son 6 ayda hastanede yatış olduğu saptandı. Rep-PCR ile 9'u ana klonları ve 20 si sporadik olmak üzere toplam 29 farklı klon belirlendi.Sonuç: Toplum kökenli enfeksiyonlara sebep olan izolatlar hastane ile ilişkili olabilir. Bu kökenler uzun süre hastanede kolonize olarak değişik ünitelerde enfeksiyonlara neden olabilir. Çoklu ilaca dirençli üriner system enfeksiyonlarına neden olan E. coli kökenlerinin epidemiyolojisinin belirlenebilmesi için klonal ilişkinin araştırılması faydalıdır.Anahtar kelimeler: Escherichia Coli, GSBL, Kinolon direnci, Klonal yakınlık, Rep-PCR

Abstract:
In this study, it was aimed to investigate the epidemiology and risk factors in Expended Spectrum Beta Lactamase (ESBL) positive and quinolone resistant Escherichia coli strains isolated from urinary tract infections. In addition, the clonal relationships among Escherichia coli strains was aimed to determine by repetitive-sequence-based Polymerase Chain Reaction (rep-PCR) method.Materials & methods: A total of 96 E. coli strains isolated from urine samples and identified as the infection agent were included. All of strains were ESBL posive and quinolone resistant. ESBL production and quinolone resistance in E. coli isolates were tested by the Kirby-Bauer disk diffusion method according to the Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI). ESBL production was evaluated by the double disc synergy test. Risk factors for infection by ESBL-producing E. coli in patients. Based on the Centers for Disease Control criteria, whether community hospital acquired infections were identified. The clonal proximity of the isolates was determined rep-PCR method.Results: It was found that 52 of 96 isolates (54.2%) were isolated from nosocomial infections wheras totally 44 (45.8%) isolates were isolated from community acquired infections. Usually the three risk factors in patients with regard to ESBL-positive E. coli infections were identified. The most common risk factors in patients assessed as the hospitalization in the last 6 months. It was shown to be a total of 29 clones including 9 major clones and 20 sporadic clones by Rep-PCR technique.Conclusion: Community-acquired isolates that cause infections may be associated with the hospitalization.These strains colonized in hospital for along time can cause infections in various departmants. It is usefull to investigate the clonal relationship to determine multi-drug resistant E. coli epidemiology which causes urinary tract infections.Key words: Escherichia coli, ESBL, Quinolone resistance, Clonal proximity, Rep-PCR