Elma içkurdu, Cydia pomonella (L.)' ya karşı in siliko metodla aday insektisitlerin belirlenmesi
Determination of candidate insecticides aganist apple borer, Cydia pomonella (L.) by in silico method
Yazar: NURCAN ERSAN ŞEKER
Danışman: DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Elma içkurdu, cydia pomonella (L.) zararlısının yönetimi,  elma, armut, ayva, ceviz gibi meyve üretiminde ciddi kayıplara sebep olan ve tarım endüstrisi için önemli bir sorun haline gelen bir konu olmuştur. Bu tez elma içkurdu zararlısı ile mücadelede modern bir yaklaşım olan in siliko yöntemiyle etkili ve doğal aday ilaç moleküllerinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. Bu çalışmada hedef protein ve bitki aktif molekülleri belirlemek amacıyla Protein Data Bank veri tabanı ve Dr. Duke veri tabanından yararlanılmıştır. Seçilen bitki aktif moleküllerin Spartan 14.V1.14 programıyla konformer taramaları, geometri optimizasyonları ve yapı-aktivite ilişki (SAR) analizleri gerçekleştirilmiştir. Moleküler kenetlenme çalışmalarında Autodock Tools 1.5.6, Aotodock Vina programları kullanılmış, ayrıca protein-ligand etkileşimi ve görselleştirme için BIOVIA Discovery Studio Visualizer programı kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar, bağlanma enerjileri, lineer regresyon grafikleri ve aminoasit etkileşim haritaları üzerinden değerlendirilmiştir. Analiz sonucunda iyi korelasyon sağlayan 11 adet (L-1, L-4, L-7, L-9, L-11, L-12, L-13, L-14, L-16, L-18, L-19) aday ilaç molekülü tespit edilmiştir. Belirlenen 11 aday ilaç molekülünden 7 adet molekülün ilaç olma potansiyeline sahip olduğu saptanmıştır. Bu çalışma sonucunda iyi korelasyon sağlayan, ilaç olma potansiyeline sahip L-7, L-9, L-13, L-14, L-16, L-18, L-19 aday molekülleri öne çıkmaktadır. Bu moleküllerin in vivo deneysel olarak incelenmesi önerilmektedir.

Abstract:
The management of the apple borer, cydia pomonella (L.) pest has become an important issue for the agricultural industry, causing serious losses in fruit production such as apple, pear, quince, and walnut. In this thesis, it is aimed to determine effective and natural candidate drug molecules with the in silico method, which is a modern approach in the fight against the apple borer pest. In this study, Protein Data Bank database and Dr. Duke database wered used to identify targets proteins and plant active molecules. Conformer scans, geometry optimizations and structure-activity relationship (SAR) analyzes of selected plant active molecules were performed with Spartan 14.V1.14 program. Autodock Tools 1.5.6 and Aotodock Vina programs were used in molecular docking studies, and BIOVIA Discovery Studio Visualizer program was used for protein-ligand interaction and visualization. The results obtained were evaluated on binding energies, linear regression graphs and amino acid interaction maps. As a result of the analyses, 11 candidate drug molecules (L-1, L-4, L-7, L-9, L-11, L-12, L-13, L-14, L-16, L-18, L19) providing good correlation were identified. Of the 11 candidate drug molecules identified, 7 molecules were found to have the potential. As a result of this study, candidate molecules L-7, L-9, L-13, L-14, L-16, L-18, L-19, which provide good correlation and have drug potential to be drugs, stand out. İn vivo experimental investigation of these molecules is recommended.