Yöresel bazı peynirlerdeki Enterococcus cinsi bakterilerin MALDI-TOF-TOF-MS yöntemi ile tanımlanması
Identification of Enterococcus genus by MALDI-TOF-TOF-MS in some traditional cheeses
Yazar: FURKAN AYDIN
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ARDIÇ
Aksaray Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Enterococcus = Enterococcus

Özet:
Bu çalışma kapsamında, geleneksel yollarla, çiğ sütten üretilen ve genel olarak sıkma peyniri olarak adlandırılan Antep, Urfa, Malatya ve Maraş peynirlerinden Enterococcus cinsi bakterilerin izolasyonu ve identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. Ön identifikasyonları Gram ve katalaz reaksiyonları ve morfolojik testler ile yapılan izolatlar cins düzeyinde Enterococcus spp. olarak değerlendirilmiştir. Saflık kontrolü yapılan 84 izolat daha sonra -24˚C'de muhafaza edilmiştir. İzolatların tür düzeyinde tanısı Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization - Time of Flight - Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF-TOF-MS) yöntemi ile yapılmıştır. Tanımlama sonucuna göre 84 izolattan 32'si E. faecalis, 31'i E. faecium, 13'ü E. durans, 4'ü E. gallinarum, 3'ü E. casseliflavus ve 1'i de E. thailandicus olarak tanımlanmıştır. Tanımlaması yapılan 84 izolatın 66 tanesi 3,000 ≥ GA ≥ 2,300 güven aralığında bulunurken tür düzeyinde %78,57'lik oranında bir tanımlama sağlanmıştır. Öte yandan, karşılaştırılması yapılan 4 peynir grubundan enterokok sayısı bakımından Antep ve Urfa peynirleri arasında anlamlı fark belirlenirken (p<0,05), Malatya ve Maraş peynirleri arasında istatistiki açıdan bir fark tespit edilememiş ve Antep peynir grubu, Malatya ve Maraş peynir gruplarıyla istatistiki açıdan enterokok sayıları bakımından benzer bulunmuştur. Peynir grupları kimyasal özellikleri bakımından değerlendirildiğinde ise kurumadde içeriği yönünden önemli bir farka rastlanmamış (p>0,05), kül değerlerinde ise Maraş peynirinin diğer üç grup ile önemli derecede farklılık gösterdiği (p<0,05) gözlemlenmiştir. Protein içerikleri incelendiğinde Maraş ve Urfa, yağ değerleri incelendiğinde Antep ve Maraş, tuz içerikleri incelendiğinde Maraş ve Antep, titrasyon asitliği incelendiğinde Antep ve Urfa peynirleri istatistiki açıdan benzerlik gösterirken, pH değerleri bakımından Antep peynirinin diğer 3 peynir grubundan farklılık gösterdiği gözlemlenmiştir. (p<0,05).

Abstract:
Within the scope of this study, isolation and identification of Enterococcus spp. from Antep, Urfa, Malatya and Maras cheeses, which are produced from raw milk by traditional methods and generally called as squeezed cheeses, were studied. Isolates whose pre-identifications made by Gram, katalaz and morphological tests were evaluated to be Enterococcus spp according to specifications. 84 isolates were then stored at -24°C after purity control. Identification on species level was done by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight- Time of Flight-Mass Spectrometry (MALDI-TOF-TOF-MS) method. Out of 84 isolates, 32 E. faecalis, 31 E. faecium, 13 E. durans, 4 E. gallinarum, 3 E. casseliflavus and 1 E. thailandicus were identified. Sixty six of the identified 84 isolates were found at a confidence interval of 3.000 ≥ ID ≥ 2.300, and a correct identification of 78.57% was achieved on species level. On the other hand, there was a statistically significant difference between the Antep and Urfa cheeses in terms of the number of enterococci (p <0.05), whereas, no statistically significant difference was found between Malatya and Maraş cheeses. In addition, Antep cheeses were statistically found similar with Malatya and Maraş cheeses. When the cheese groups were evaluated according to chemical compositions, there was no significant difference in terms of dry matter content (p >0.05), whereas ash values of Maraş cheese group differ significantly from the other three groups (p<0.05). In terms of protein contents, Maraş and Urfa cheeses, in terms of fat content Antep and Maraş cheeses, in terms of salt content Maraş and Antep cheeses, in terms of total acidity Antep and Urfa cheeses were found statistically similar. Lastly, in terms of pH values, Antep cheeses were found to be statistically different from other 3 cheese groups (p<0.05 ).