Mycobacterium tuberculosis izolasyonu öncesinde uygulanan iki farklı dekontaminasyon, homojenizasyon işleminin  karşılaştırılması
Comparison of two different dectontamination procedures applied before the mycobacterium tuberculosis isolation
Yazar: MELTEM ÖZDEN
Danışman: PROF. DR. YAKUT AKYÖN YILMAZ
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dekontaminasyon = Decontamination ; Homojenleştirme = Homogenization ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; N-asetilsistein = N-acetylcysteine ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sodyum hidroksit = Sodium hydroxide

Özet:
Özden, M., Mycobacterium tuberculosis İzolasyonu Öncesinde Uygulanan İki Farklı Dekontaminasyon İşleminin Karşılaştırılması, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Mikrobiyoloji Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2019. Bu çalışmanın amacı, iki farklı dekontaminasyon yöntemi olan, N-asetil-L-sistein-sodyum hidroksit (NALC-NaOH) ve Decomics homojenizasyon-dekontaminasyon kitinin etkinliğini, Mycobacterium tuberculosis H37Ra suşu eklenerek hazırlanan balgam örneklerinde boyama, kültür ve polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile değerlendirmektir. M. tuberculosis H37Ra suşu kullanılarak içerisinde 108-101/ml yoğunluğunda bakteri süspansiyonları hazırlanmıştır. Bu süspansiyonlardan üç ml balgam bulunan 50 ml'lik steril tüpün içerisine 0,5 ml eklenmiştir. Otuzyedi defa İki set şeklinde hazırlanan örnekler NALC-NaOH yöntemi ve Decomics kiti kullanılarak homojenize-dekontamine edilmiştir. Dekontaminasyon sonrası sıvılardan aside dirençli boyama (ARB)  yapılarak mikroskopta incelenmiş, Löwenstein – Jensen (LJ) ve Middlebrook (MB) 7H10 besiyerlerine ekilmiş ve PZR yapılmıştır. ARB ve PZR incelemelerinde 10⁸, 10⁷, 10⁶, 10³, 10² ve 10¹/ml yoğunluklarda NALC-NaOH yöntemi ve Decomics kitinin sonuçları arasında anlamlı bir fark yokken; 105, 10⁴/ml oranında bakteri bulunan örneklerin ARB boyama ve PZR'larında NALC-NaOH yöntemi, Decomics kitine göre daha başarılı bulunmuştur. İstatistiksel olarak anlamlı bir fark vardır, [ARB boyama (10⁵/ml) p=0,016 ve PZR (10⁵/ml) p=0,5;  ARB boyama (10⁴/ml) p=0,012 ve PZR (10⁴/ml) p=0,016]. MB ve LJ besiyerlerinde yapılan kültür sonunda, 10⁸, 10⁷, 10⁶, 10⁵, 10³, 10² ve 10¹/ml'de iki yöntem arasında fark bulunmamıştır. Ancak 10⁴/ml oranında bakteri bulunan örneğin ekimlerinde iki yöntem arasında farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak Decomics kiti balgamı etkin olarak dekontamine edebilmekte ve 105-108/ml yoğunlukta bakteri içeren örneklerde izolasyon başarılı olmaktadır. Decomics kitinin özellikle balgamında yoğun bir şekilde tüberküloz basili bulunan hastalarda, çok fazla ekipman ve santrifüj gerektirmediği için, kısıtlı olanakları olan laboratuvarlarda kullanılabileceğini söyleyebilmekteyiz. 

Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis kompleks, homojenizasyon dekontaminasyon, izolasyon

Abstract:
The aim of this study is to compare the homogenization and decontamination efficiency of two methods, namely n-acetyl-l-cysteine-sodium hydroxide (nalc-naoh) decontamination method and decomics decontamination kit, in sputum samples spiked with Mycobacterium tuberculosis H37 Ra, by using staining, culture and pcr methods. Two series of spiked bacterial suspensions were prepared from M. tuberculosis H37Ra strain. Serial dilutions were made in three ml sputum containing sterile tubes, by adding 0.5 ml bacteria to the concentrations of 10¹/ml-10⁸/ml. One of the series was used for decontamination with NALC-NaOH method and the other for Decomics decontamination kit. The study was carried out 37 times. After decontamination, samples were stained; inoculated in Löwenstein Jensen (LJ) medium and Middlebrook (MB) 7H10 medium and PCR was performed. There was no significant difference between the results of the NALC-NaOH method and Decomics method in acid-fast bacilli (AFB) staining and PCR examinations at 10⁸, 10⁷, 10⁶, 10³, 10² and 10¹/ml. However, in the rest of the concentrations, significant differences were found between the NALC-NaOH method and the Decomics method. (AFB staining (10⁵/ml) p=0.016 and PCR (10⁵/ml) p=0.5, AFB staining (10⁴/ml) p=0.012 and PCR (10⁴/ml) p=0.016). There was no significant difference between the results of NALC-NaOH method and Decomics method at 10⁸, 10⁷, 10⁶, 10⁵,10³, 10² and 10¹/ml in cultures on MB and LJ media. However, a significant difference was found between the NALC-NaOH method and the Decomics method in cultures with 10⁴/ml bacteria. As a result, it can be said that, Decomics efficiently decontaminates sputum and bacilli can be detected in the concentrations of approximately 105-108/ml.  Usage of Decomics decontamination kit can be helpful where tuberculosis is endemic and in areas where the laboratory facilities are inadequate since Decomics kit does not require centrifugation. 

Keywords: Mycobacterium tuberculosis complex, homogenization decontamination, isolation