Karadeniz Sahil Şeridi'nde fasulye bitkisi ve rizosfer bölgesinden izole edilen multinükleat Rhizoctonia spp'nin genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
Determination of genetic variation of multinucleate Rhizoctonia spp. isolates from common bean plants and their rhizosphere region in Black Sea Coastal Line
Yazar: MELİKE ÇEBİ KILIÇOĞLU
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOÇ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Patojenite = Pathogenicity ; Rhizoctonia = Rhizoctonia

Özet:
Bu çalışmada, Karadeniz sahil şeridindeki hastalıklı fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkilerinden elde edilen 116 Rhizoctonia izolatı hifal anastomoz reaksiyonlarına göre R. solani AG-4, AG-6 ve R. circinata anastomoz grubuna dahil edildi. İzolatların altgruplarına ayrımında ise rDNA-ITS bölgesinin PCR-RFLP şablonlarından yararlanıldı. Bu amaçla Rhizoctonia izolatlarına ait genomik DNA kullanılarak, polimeraz zincir reaksiyonuyla (PCR) ITS-1 ve ITS-4 evrensel primerleri kullanılarak ITS1-5.8S-ITS2 bölgesinin yaklaşık 700 bp'lik amplifikasyon ürünü elde edildi. PCR ürünü MseI, HincII, AvaII ve MfeI restriksiyon endonükleazları ile reaksiyona tabi tutuldu. Bu çalışmada daha önce AG-4'ün alt grup ayrımında kullanılan enzimler haricinde AvaII restriksiyon endonükleazının da altgrup ayrımında etkili olduğu belirlendi. Böylece anastomoz tiplendirmesiyle AG-4 olarak gruplandırılan izolatların HG-I ve HG-II olarak alt gruplarına ayrılması sağlanmış oldu.Seçilen Rhizoctonia izolatlarının ITS1-5.8S-ITS2 rDNA bölgesindeki dizi varyasyonu incelendi. Amplifikasyon ürünlerinin DNA dizilemesi Macrogen Inc (Korea) tarafından yapıldı. NCBI GenBank'dan alınan Rhizoctonia ITS1-5.8S-ITS2 dizileri ve bu çalışmada elde edilen izolatların ITS1-5.8S-ITS2 dizileri ClustalX programı kullanılarak hizalandı ve filogenetik ağaçları elde etmek için parsimoni ve distance analizi kullanıldı. AG-4 izolatları bilinen AG-4 alt grupları olarak üç ana klada ayrıldı. Diğer izolatlar AG-6 ve R. circinata'ya aitti.Yapılan in vitro patojenite denemeleri sonucunda AG-4 izolatlarının fasulyede en yüksek derecede virülent olduğu belirlendi. Çalışmamızda elde edilen izolatların çoğunu oluşturan AG-4 HG-I Karadeniz Sahil şeridinde fasulye bitkisini en çok enfekte eden grup olarak belirlendi.

Abstract:
In this study, 116 Rhizoctonia solani isolates were obtained from common beans (Phaseolus vulgaris L.) in Black Sea Region. The Rhizoctonia isolates obtained were included into AG4, AG6 and R. circinata anastomosis group in accordance with hyphal anastomosis reactions. In subgrouping of isolates, PCR-RFLP patterns of rDNA-ITS region were used. For this reason, obtaining the genomic DNA belonging to Rhizoctonia, approximately a 700 bp amplification product of ITS1-5.8S-ITS2 region was obtained with PCR using ITS1 and ITS4 universal primers. The PCR products were digested with MseI, HincII, AvaII and MfeI restriction endonucleases. In this study, in addition to the enzymes that were previously used in subgrouping of AG-4, AvaII restriction endonuclease was also determined to be effective in subgrouping. In this way, the isolates that were grouped as AG-4 according to anastomosis reactions were separated into the two subgroups HGI and HGII.Selected Rhizoctonia isolates were examined in the ITS1-5.8S-ITS2 rDNA region in sequence variations. DNA sequencing of amplified products was performed by Macrogen Inc (Korea). ITS1-5.8S-ITS2 sequences of these isolates were aligned with other known Rhizoctonia ITS1-5.8S-ITS2 sequences from the NCBI GenBank by using ClustalX, and distance and parsimony analysis were used to obtain phylogenetic trees. Isolates of AG4 formed three clades from known AG4 subgroups. Other isolates belonged to AG6 and R. circinata.In the results of in vitro pathogenicity analysis, AG-4 isolates were found to be the most virulent ones in common bean plants. The majority of the isolates obtained in our study were found to be AG-4 HG-I, indicating that the common beans in the Black Sea coastal region were infected more frequently by this subgroup.