Miyeloid malignitelerde, TET2 ve DNMT3A genleri ile hsa-miR-29 ifade düzeylerinin araştırılması
Investigation of TET2 and DNMT3a genes and hsa-miR-29 expression levels in myeloid malignancies
Yazar: BESİME DENİZ BABACAN
Danışman: PROF. DR. ÖZLEM İZCİ AY
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Lösemi-miyeloid = Leukemia-myeloid ; Lösemi-miyeloid-akut = Leukemia-myeloid-acute ; Mikro RNA = Micro RNA ; Miyelodisplastik sendromlar = Myelodysplastic syndromes ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; RNA = RNA

Özet:
Hematolojik maligniteler, kemik iliğinde bulunan miyeloid veya lenfoid hücrelerin kontrolsüz ve aşırı çoğalmasına bağlı olarak gelişen hastalıktır. Son on yılda yapılan çalışmalarla hematolojik malignitelerin patobiyolojisi daha iyi anlaşılmakla birlikte prognostik faktörleri de belirlenmeye başlanmıştır. Özellikle genlerdeki ekzon ve onları çevreleyen intron bölgelerinin taranması ile yapılan hedeflenmiş dizi analizlerinin geliştirilmesiyle hastalık hakkında daha fazla bilgi sahibi olmamız sağlanmıştır.
Bu tez çalışmasında, Akut Miyeloid Lösemi (AML), Miyelodisplastik Sendrom (MDS), Kronik Miyeloid Lösemi (KML), Esansiyel Trombositoz (ET) ve Polisitemi Vera (PV) hastalarında, DNA metilasyonunda önemli rol oynayan TET2 ve DNMT3A genlerinin ve hematopoetik farklılaşmalarda etkin rol oynayan miR29'ların ekspresyon düzeyleri, hastalardan alınan kemik iliği örneklerinde real- time kantitatif PCR yöntemi ile araştırıldı.
Çalışma grubumuza, Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi İç Hastalıkları Bölümü Hematoloji Bilim Dalı'na başvuran ve tanı alan, 28 AML, 34 MDS, 19 KML, 10 ET ve 11 PV olmak üzere toplam 102 hasta ve 13 kontrol grubu dâhil edildi. Hasta ve sağlıklı bireylerden alınan kemik iliği örneklerinden total RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirildi. Saptanan ekspresyon düzeyleri; Toplam hasta (AML, MDS, KML, ET, PV)- kontrol, AML-kontrol, MDS-kontrol, KML-kontrol, ET-kontrol, PV-kontrol grupları arasında, SPSS-11.5 Windows veya Statistica 6.1 paket programlar kullanılarak istatistiksel olarak değerlendirildi.
Araştırma sonuçlarına göre DNMT3A (p<0,001), TET2 (p<0,001), miR-29a (p<0,001), miR-29b (p<0,001) ve miR-29c'nin (p<0,001) ifade düzeylerindeki tüm gruplar kıyaslandığında istatistiksel olarak anlamlı bulundu. DNMT3A, TET2, miR-29a, miR-29b ve miR-29c'nin ifadelerinin korelasyonları incelendiğinde; DNMT3A sırasıyla miR-29a,b,c ve TET2 ile korele (r=0,278, p=0,003, r=-0,072, p=0,446, r=0,176, p=0,059, r=0,097, p=0,303) bulundu. TET2 sırasıyla miR-29a,b,c ile korele (r=0,378, p<0,001, r=-0,276, p=0,003, r=0,307, p=0,001) bulundu. miR-29a,b,c kendi aralarında korele (miR-29a,b (r=-0,346, p=0,000), miR-29a,c (r=0,274, p=0,003) ve miR-29b,c (r=-0,437, p=0,000) ) bulundu. Bunun sonucunda, elde ettiğimiz verilerin gelecekte bu alanda yapılacak çalışmalara ön veri sunabileceğini düşünmekteyiz.

Abstract:
Hematological malignancies are a disease that develops due to uncontrolled and excessive proliferation of myeloid and lymphoid  cells in  the bone marrow. Although the pathobiology of hematological malignancies has been better understood with the studies conducted in the last decade, prognostic factors have begun to be determined. With the development of targeted sequence analysis, especially by scanning the exons in the genes and the intron regions surrounding them, we have provided more information about the disease.
In this thesis study, in patients with Acute Myeloid Leukemia (AML), Myelodysplastic Syndrome (MDS), Chronic Myeloid Leukemia (CML), Essential Thrombocytosis (ET) and Polycythemia Vera (PV) patients, the expression levels of TET2 and DNMT3A genes, which play an important role in DNA methylation, and miR29s, which play an  active role in hematopoietic differentiation, were investigated by real-time quantitative PCR method in bone marrow samples taken from patients.
To our working group, a total of 102 patients, 28 AML, 34 MDS, 19 CML, 10 ET and 11 PV, and 13 control groups, who applied and diagnosed to the Department of Hematology, Department of Internal Medicine, Faculty of Medicine, Research and Application Hospital, Mersin University. Total RNA isolation and cDNA synthesis were performed from bone marrow samples taken from patients and healthy individuals. Detected expression levels; Total patients (AML, MDS, KML, ET, PV) - control, AML-control, MDS-control, KML-control, ET-control, PV control groups, statistically using package programs such as SPSS-11.5 Windows or Statistica 6.1. was evaluated.
According to the results of the study, when all groups in expression levels of DNMT3A (p<0.001
), TET2 (p<0.001), miR-29a (p<0.001), miR-29b (p<0.001) and miR-29c (p<0.001) were compared was found to be statistically significant. When the correlations of the expressions of DNMT3A, TET2, miR- 29a, miR-29b and miR-29c were examined; DNMT3A was correlated with miR-29a,b,c and TET2, respectively (r=0.278, p=0.003, r=-0.072, p=0.446, r=0.176, p=0.059, r=0.097, p=0.303). TET2 was
correlated with miR-29a,b,c, respectively (r=0.378, p<0.001, r=-0.276, p=0.003, r=0.307, p=0.001). miR-29a,b,c correlated among themselves (miR-29a,b (r=-0.346, p=0.000), miR-29a,c (r=0.274, p=0.003) and miR-29b,c (r= -0.437, p=0.000) ) were found. As a result, we think that the data we have obtained can provide preliminary data for future studies in this field.