Gıda biyoteknolojisinde biyoinformatik uygulamalar
Bioinformatics applications in food biotechnology
Yazar: ZEYNEP AĞIRBAŞLI
Danışman: PROF. DR. LEVENT ÇAVAŞ
Dokuz Eylül Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Biyoinformatik; biyoloji, moleküler biyoloji ve genetik, biyokimya, istatistik, bilgisayar bilimleri ve elektrik elektronik mühendisliği gibi birçok alanın, DNA ve protein veritabanları üzerine odaklanması sonucu ortaya çıkan çok disiplinli bir araştırma alanıdır. Biyoinformatik, genom projesi ile ortaya çıkan verilerin değerlendirilmesine yönelik birçok yazılımın geliştirilmesini sağlamıştır. Günümüze kadar geliştirilen in silico araçların büyük bir kısmı DNA ve protein dizilimleri üzerine olsa da, son yıllarda gıda biyoteknolojisi alanında da biyoinformatik yazılımlar geliştirilmeye başlanmıştır. Sunulan yüksek lisans tez çalışmasında, Akdeniz'de yayılımcı türlerinden dolayı meşhur olan Caulerpa genusunda yer alan biyoaktif peptidlerin saptanması hedeflenmiştir. Bu çalışmada 4 değişik Caulerpa türünün rubisc/o enzimi biyoaktif peptidler yönünden değerlendirilmiştir. Sonuçlara göre C. racemosa var. lamourouxii ve C. racemosa f. occidentalis rubisc/o'ları biyoaktif peptidler açısından en iyi potansiyeli göstermişlerdir. Elde edilen veriler literatürdeki benzer çalışmalarla kıyaslandığında Caulerpa türlerinde dikkate değer oranda biyoaktif peptidin varlığı saptanmıştır. Ülkemiz kıyılarında biyolojik kirlilik unsuru olarak değerlendirilen Caulerpa türlerinin eradikasyonunun araştırılması yerine bu türlerden tıbbi öneme sahip olan biyoaktif peptidlerin izolasyonu ülkemiz ekonomisine katkı sağlayabilecek yeni bir alan olabilir.

Abstract:
Bioinformatics; is a multi disciplinary research area emerged as a result of multiple areas such as biology, molecular biology and genetics, biochemistry, statistics, computer sciences an electrical and electronics engineering through focusing on DNA and protein databases. Bioinformatics has up to date provided many in silico softwares to evaluate date originated through genome project. Although until today a large part of in silico tools focuse on DNA and protein sequences, the development of bioinformatics softwares on food biotechnology area has also started. In this master thesis, it was aimed to identify bioactive peptides present in Caulerpa species which have famous due to their spread type in the Mediterranean Sea. In this study, 4 different rubisc/o enzyme of Caulerpa species were evaluated for bioactive peptides. According to results, rubisc/o of C. racemosa var. lamourouxii and C. racemosa f. occidentalis showed the best potential in terms of bioactive peptides. When the obtained data were compared to similar reseaches in the literature, the presence of considerable amount of bioactive peptides was determined in Caulerpa species. Instead of researching eradication method of Caulerpa species which are considered as biological pollution on the shores of our country, the isolation of bioactive peptides from these species that have medical significance can be a novel area that will contribute to our country's economy.