Köprüçay, Manavgat Çayı ve geçiş sularından temin edilen plastiferlerde bulunan bakterilerin teşhisi
Diagnosis of bacteria in plastisphere obtained from Köprüçay, Manavgat Stream and estuaries
Yazar: KEREM GÖKDAĞ
Danışman: DOÇ. DR. İFAKAT TÜLAY ÇAĞATAY
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Temel Bilimler Ana Bilim Dalı / Su Ürünleri Temel Bilimler Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Deniz Bilimleri = Marine Science ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibakteriyel etkiler = Antibacterial effects ; Antibiyotik dirençliliği =   ; Biyofilmler = Biofilms ; Deniz kirliliği = Marine pollution ; Mikroplastik = Mikroplastic ; Mikroplastik kirliliği = Microplastic pollution ; PCR =

Özet:
Bu tez çalışmasında Köprü (Serik/Antalya) ve Manavgat (Manavgat/Antalya) çayları ve deniz kenarında (0-5 m derinliklerinde) elde edilen plastiklerin üzerinde biyofilm formu oluşturan bazı bakteriler izole edilerek, bakteriler hem moleküler biyolojik yötemlerden biri olan PZR yöntemiyle hemde proteomik bazlı matriks aracılı lazer dezorbsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) (Bruker Microflex)  yöntemi ile tanımlanması ve ardından bu bakterilerde bulunan çeşitli antibiyotiklere erm(B), tet(S), strA karşı oluşan direnç genlerinin tespiti amaçlanmıştır.
Köprü (Serik/Antalya) ve Manavgat (Manavgat/Antalya) çayları ve deniz kenarında (0-5 m derinliklerinde) plastiferde bulunan bakteri örneklerinden mikrobiyolojik ekimler yapılarak insanlarda ve su ürünleri yetiştiriciliğinde hastalıklara yol açan ve ekonomik kayıplara neden olan Vibrio alginoticus ve Vibrio parahaemoliticus bakteri türleri moleküler biyolojik yöntemlerden biri olan PZR yöntemi ve gen dizilemesi ile teşhis edilmiştir. Ayrıca MALDI-TOF MS bakteriyal protein analiz yöntemi ile bu bulgular doğrulanmıştır. İzole edilen ve tanımlanan bakterilerin antibiyotiklerine duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle ampisilin (10µg), tetrasiklin (30 µg), trimetoprim-sulfametoksazol (1.25µg/23.75 µg), kloramfenikol (30µg), nalidiksik asit (30 µg), siprofloksasin (5µg), seftazidim (30µg), gentamisin (10 µg), ve sefotaksim (30µg) antibiyotikleri kullanılarak belirlenmiştir.
Bu çalışmada kullanılan bakterilerin tetrasiklin (30 µg), trimetoprim-sulfametoksazol (1.25µg/23.75 µg), kloramfenikol (30µg), nalidiksik asit (30 µg), siprofloksasin (5µg), seftazidim (30µg), gentamisin (10 µg), ve sefotaksim (30µg)  antibiyotiklere duyarlı ve ampisilin (10µg) antibiyotiğine dirençli olduğu tespit edilmiştir. Kullanılan izolatların herhangi birinde antibiyotik direnç genine rastlanılmamıştır.

Abstract:
Aim of this thesis study was to test for both antimicrobial susceptibility and molecular identification of pathogenic bacteria forming biofilm on plastics obtained from Köprü (Serik/Antalya) and Manavgat (Manavgat/Antalya) streams and sea (0-5 m depths), and presence of various antibiotic resistance genes (erm(B), tet(S), strA).
	Vibrio alginoticus and Vibrio parahaemoliticus bacterial species, which cause diseases in many economically valuable aquaculture products and humans, were identified by PCR, which is one of the molecular biological methods, by inoculation from bacteria samples in Plastisphere obtained from Köprü (Serik / Antalya) and Manavgat (Manavgat / Antalya) streams and seaside (0-5 m depths). In addition, these findings were confirmed by bacterial protein analysis by matrix-mediated laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry MALDI-TOF (Bruker Microflex). Antibiotic susceptibilities of the isolated and identified bacteria were determined by disk diffusion method using ampicillin (10µg), tetracycline (30 µg), trimethoprim-sulfamethoxazole (1.25µg/23. 75µg), chloramphenicol (30µg), nalidixic acid (30µg), ciprofloxacin (5µg), ceftazidime (30µg), gentamicin (10µg), and cefotaxime (30µg) antibiotics.
	The bacteria used in this study were susceptible to tetracycline (30µg), trimethoprim-sulfamethoxazole (1.25µg/23.75µg), chloramphenicol (30µg), nalidixic acid (30µg), ciprofloxacin (5µg), ceftazidime (30µg), gentamicin (10µg), and cefotaxime (30µg) antibiotics and resistant to ampicillin (10µg) antibiotic. It is observed that antibiotic resistance genes were not detected among isolated Vibrio alginoticus and Vibrio parahaemoliticus strains.