Ankara Tavukçuluk Araştırma İstasyonunda bulunan kahverengi yumurtacı saf hatlarda genetik varyasyonun mikrosatellit markerler kullanılarak belirlenmesi
Determination of genetic diversity of brown layer pure lines in the Ankara Poultry Research Station by using microsatellite markes
Yazar: TAKİ KARSLI
Danışman: PROF. DR. MURAT SONER BALCIOĞLU
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Genetik varyasyon = Genetic variation ; Tavukçuluk = Chicken farming ; Tavukçuluk işletmeleri = Poultry enterprises

Özet:
Bu çalışmada, Ankara Tavukçuluk Araştırma İstasyonu'ndaki altı farklı kahverengi yumurtacı saf hatta (RIRI, RIRII, BARI, BARII, L-54, COL) genetik varyasyon araştırılmıştır. RIRI (n=30), RIRII (n=30), BARI (n=30), BARII (n=30), L-54 (n=30), COL (n=30) hatlarına ait toplam 180 tavuk 22 mikrosatellit marker kullanılarak genotiplenmiştir.

Lokus başına ortalama allel sayısı (Na), etkili allel sayısı (Ne) ve polimorfizm bilgi içeriği (PIC) sırasıyla RIRI hattında 5.45, 3.11, 0.58; RIRII hattında 4.95, 2.44, 0.49; BARI hattında 5.00, 2.85, 0.55; BARII hattında 4.41, 2.62, 0.53; L-54 hattında 4.86, 2.64, 0,51 ve COL hattında 4.73, 2.47, 0.50 olarak hesaplanmıştır. Gözlenen heterozigotluk (Ho), beklenen heterozigotluk (He) ve akrabalı yetiştirme katsayısı (Fis) değerleri sırasıyla RIRI hattında 0.48, 0.64, 0.28; RIRII hattında 0.31, 0.54, 0.46; BARI hattında 0.44, 0.61, 0.27, BARII hattında 0.50, 0.59, 0.18; L-54 hattında 0.47, 0.56, 0.16 ve COL hattında 0.37, 0.56, 0.35 olarak tespit edilmiştir. 

Altı saf tavuk hattında F ististikleri (FIS, FIT, FST ) sırasıyla 0.273, 0.493, 0.295 olarak belirlenmiştir. Hatlar arasındaki ikişerli FST değerleri ortalaması 0.294 (p < 0.01), genetik farklılaşma katsayısı (GST) 0.274 olarak tespit edilmiştir. Moleküler varyans analizi (AMOVA) testi sonuçlarına göre toplam genetik varyasyonun %29.52'sinin populasyonlar arasındaki farklılıktan, %17.09'unun populasyonları oluşturan bireyler arasındaki farklılıktan kaynaklandığı saptanmıştır. NJ (neighbor joining- en yakın komşu) ağacı, faktöriyel uygunluk (FCA) ve genetik yapı (Structure) analizleri sonuçlarına göre hatlar genetik kökenlerine ve yetiştirilme geçmişlerine uygun olarak kümelenmiştir.

Sonuç olarak çalışmada elde edilen bulgular; populasyonlarda orta seviyede genetik çeşitliliği ve yüksek seviyede akrabalığı işaret etmektedir. Ayrıca populasyonlar arasındaki genetik farklılaşmanın da yüksek seviyelerde olduğu görülmüştür. Ankara Tavukçuluk Araştırma İstasyonu'nda yürütülen çalışmaların sürekliliği açısından özellikle populasyonlardaki akrabalığı azaltmak için çeşitli önlemler alınması önerilmektedir.

Abstract:
In this study, genetic diversity was investigated in different six brown layer lines (RIRI, RIRII, BARI, BARII, L-54, COL) in the Ankara Poultry Research Station. A total of 180 chickens belonging to six lines RIRI (n=30), RIRII (n=30), BARI (n=30), BARII (n=30), L-54 (n=30), COL (n=30) were genotyped using 22 microsatellite markers.

Mean number of alleles per locus (Na), effective number of alleles (Ne), polymorphic information content (PIC) were calculated at RIRI line 5.45, 3.11, 0.58; RIRII line 4.95, 2.44, 0.49; BARI line 5.00, 2.85, 0.55; BARII line 4.41, 2.62, 0.53; L-54 line 4.86, 2.64, 0,51 and COL line 4.73, 2.47, 0.50 respectively. Observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He) and inbreeding coefficient (Fis) values were detected at RIRI line 0.48, 0.64, 0.28; RIRII line 0.31, 0.54, 0.46; BARI line 0.44, 0.61, 0.27, BARII line 0.50, 0.59, 0.18; L-54 line 0.47, 0.56, 0.16 and COL line 0.37, 0.56, 0.35, respectively.

F-statistics (FIS, FIT, FST) were determined as 0.273, 0.493, 0.295, respectively across six chicken lines. Across lines mean pairwise FST value was 0.294 (p < 0.01), and coefficient of gene differentiation (GST) was found to be 0.274. According to results of Analyses of Molecular Variance (AMOVA), the total genetic variation arises from 29.5% differences among population and 17.09 % being within individuals among population. According to NJ tree, Factorial Correspondence Analysis (FCA) and Structure analysis, lines were clustered in accordance with genetic origins and breeding history.

As a result, findings obtained in this study have showed that populations had intermediate levels of polymorphism and high levels of inbreeding. Genetic differentiation was also determined to be high levels between populations. In terms of sustainability of the studies at Ankara Poultry Research Station would be useful to take various measures, particularly to reduce inbreeding level in populations.