Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan defne (Laurus nobilis L.) genotiplerinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of the laurel (Laurus nobilis L.) genotypes collected from different regions of turkey
Yazar: ABDURRAHİM YILMAZ
Danışman: PROF. DR. VAHDETTİN ÇİFTÇİ
Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Defne = Laurel ; Defne yaprağı = Laurel leaf ; Genetik farklılıklar = Genetic diversities ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Moleküler markerler = Molecular markers ; Tıbbi bitkiler = Plants-medicinal

Özet:
Bu çalışma Türkiye'de defne bitkisinin yaygın olarak görüldüğü 26 ilden 94 adet defne genotipinin moleküler karakterizasyonunu yapmak amacıyla yürütülmüştür. Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi Tarla Bitkileri Bölümü araştırma laboratuvarında yapılan bu çalışmada 16 adet ISSR ve 10 adet SCoT primeri kullanılmıştır. ISSR analizinde elde edilen toplam 373 banttan 348'i polimorfik bulunmuş ve polimorfizm oranı %94.04 olarak belirlenmiştir. ISSR analizi sonuçlarına göre Nei genetik mesafeleri 0,17 ile 0,70 değerleri arasında değişmiş ve ortalama değer 0,39 olarak bulunmuştur. 0,70 değeri ile genetik mesafesi en uzak genotipler 56. (Zonguldak/Ereğli/Gülüç) ve 10. (Antalya/ Gazipaşa/ Demirtaş) genotipler olmuştur. 0,17 değeri ile genetik mesafesi en yakın olan genotipler ise 56. (Zonguldak/ Ereğli/ Gülüç) ve 42. (Sinop/ Türkeli/ Merkez) genotipler olarak tespit edilmiştir. SCoT analizinde ise elde edilen toplam 227 banttan 175'i polimorfik bulunmuş ve polimorfizm oranı %76,07 olarak belirlenmiştir. SCoT analizi sonuçlarına göre Nei genetik mesafeleri 0,12 ile 0,51 arasında değişmiş ve ortalama değer 0,26 olarak bulunmuştur. 0,51 değeri ile genetik mesafesi en uzak genotipler 44. (Kastamonu/ Abana/ Merkez) ve 14. (Antalya/Kumluca/Merkez) genotipler olmuştur. 0,12 değeri ile genetik mesafesi en yakın olan genotipler ise 62. (İstanbul/ Şile/ Merkez) ve 50. (Bartın/ Amasra/ Kaleşah) genotipler olarak tespit edilmiştir. 94 defne genotipinin UPGMA kümeleme analizinde ISSR ve SCoT sonuçları birbirleri ile uyumlu çıkmış olup genotipler 2 ana gruba ayrılmıştır. ISSR ve SCoT analizi sonucunda benzer bir polimorfizm dağılımı görülmüş ve her iki analiz sonucunun doğrusal ilişki boyutunu belirlemek için Nei genetik mesafeleri üzerine yapılan korelasyon analizinde korelasyon katsayısı (r) 0,88 olarak bulunmuştur. Elde edilen bulguların ile ileri ıslah tekniği çalışmalarına kaynak oluşturacağı ve ülke ekonomisi açısından genetik çeşitliliğin korunmasına ve genetik kaynakların yönetimine katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Abstract:
This study was carried out to make molecular characterization of 94 Laurel genotypes from 26 provinces where the Laurel plant is widely grown in Turkey. In this study, 16 ISSR and 10 SCoT primers were used in the research laboratory of Field Crops Department of Abant İzzet Baysal University in Bolu. Of 373 bands obtained in ISSR analysis, 348 were found to be polymorphic and the polymorphism rate was 94.04%. According to ISSR results, Nei genetic distances ranged between 0.17 and 0.70 and the mean value was found to be 0.39, The most distant genotypes were 56th (Zonguldak/Ereğli/Gülüç) and 10th (Antalya/ Gazipaşa/ Demirtaş) genotypes with a value of 0.70. Genotypes with the closest genetic distance with value of 0.10 were identified as 56th (Zonguldak/ Ereğli/ Gülüç) and 42nd (Sinop/ Türkeli/ Center) genotypes. In the SCoT analysis, 175 of the total 227 bands were found to be polymorphic and the polymorphism rate was determined as 76.07%. According to SCoT results, Nei genetic distances ranged between 0.12 and 0.51 and the mean value was found to be 0.26. The most distant genotypes were 44th (Kastamonu/ Abana/ Center) and 14th (Antalya/Kumluca/Center) genotypes with a value of 0.51. The genotypes with the closest genetic distance with a value of 0.12 were identified as 62nd (Istanbul/ Sile/ Center) and 50th (Bartın/ Amasra/ Kaleşah) genotypes. In UPGMA cluster analysis of 94 laurel genotypes, ISSR and SCoT results were compatible with each other and genotypes were divided into 2 main groups. As a result of ISSR and SCoT analysis, a similar polymorphism distribution was observed and the correlation coefficient (r) was found 0,88 in the correlation analysis performed on Nei genetic distances to determine the linear relationship size of both analysis results. It is thought that the findings will compose resources for advanced breeding techniques and contribute to the preservation of genetic diversity and management of genetic resources for the country's economy.