Rutenyum(II) aren komplekslerinin elektron konformasyonel-genetik algoritma (EC-GA) metodu ile farmakofor modellemesi ve 4D QSAR analizi
Pharmacophore modelling and 4D-QSAR analysis of ruthenium(II) arene complexes by electron conformational-genetic algorithm method (EC-GA)
Yazar: SEVTAP ÇAĞLAR
Danışman: PROF. DR. EMİN SARIPINAR
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Bölümü / Organik Kimya Ana Bilim Dalı / Organik Kimya Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Kimya = Chemistry
Dizin: Genetik algoritmalar = Genetic algorithms

Özet:
Bu çalışmada, rutenyum(II) aren komplekslerinin türevlerine ait molekül serisi için sorumlu farmakofor grubunun belirlenmesi ve bileşik serisinin nicel biyoaktivite tahmini tarafımızdan geliştirilen Elektron Konformasyonel-Genetik Algoritma  (EC-GA) 4D-QSAR metodu kullanılarak yapılmıştır. Kuantum kimyasal hesaplamalar HF 3-21 G* metodu kullanılarak (sulu ortamda) yapıldıktan sonra yük, bağ derecesi, kartezyen koordinatları ve konformasyon analiz bilgilerinden faydalanılarak serideki bileşiklerin bütün konformerleri için Elektron Konformasyonel Uygunluk Matrisleri  (ECMC) hazırlanmıştır. EMRE programı kullanılarak ECMC?ler belirli tolerans değerleri içerisinde karşılaştırılıp rutenyum(II) aren kompleksleri için aktiviteden sorumlu farmakofor grubu bulunmuştur. Seride aktivitiye en fazla etkisi olan alt parametre setini seçmek ve teorik aktivite değerlerini hesaplamak için EMRE yazılımı içinde olan genetik algoritma ve doğrusal olmayan en küçük kareler  (Isqnonlin) yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca bileşikler eğitim ve test seti olarak sınıflandırılarak modellerin doğruluğu çapraz doğrulama ve istatistiksel olarak yapılmıştır. Bu çalışmada iki farklı set ile hesaplamalar yapılmıştır. Model 1 için R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 ve con3 değerleri sırasıyla 0.817, 0.868, 0.718, 0.867, 0.849, 0.895, 0.895, 0.930, 0.905; model 2 için R2eğitim, q2, con1 ve con3 değerleri sırasıyla 0.880, 0.839, 0.935, 0.935tir.

Anahtar Kelimeler: QSAR; rutenyum(II) aren kompleksleri; ilaç tasarımı; farmakofor; 
elektron konformasyonel metot; genetik algoritma.

Abstract:
In this study, the electron conformational genetic algorithm  (EC-GA) method had been employed as a 4D-QSAR approach to reveal the pharmacophore (Pha) and to predict anticancer activity of the ruthenium(II) arene complexes derivatives. After quantum chemical calculations were made by using the HF 3-21 G * method  (aqueous medium), the Electron Conformational Matrices of Congruity  (ECMC) were prepared by means of the charge, bond order, the cartesian coordinates conformational analysis information for all conformers of compounds in the series. 
ECMC?s were compared within a certain tolerance values by using the program EMRE and responsible pharmacophore group for ruthenium(II) arene complexes was found. For selecting of sub-parameter which had the most effect on activity in serial and calculation of theoretical activity values non-linear least square method and genetic algorithm which was taken part in EMRE program was used. In addition, compounds were classified as the training and test set and accuracy of the models was made as cross-validation and the statistical. In this study, calculations were made by two different sets. For model 1 R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 and con3 values were 0.817, 0.868, 0.718, 0.867, 0.849, 0.895, 0.895, 0.930, 0.905 respectively, and for model 1 R2eğitim, q2, con1 and con3 values were 0.880, 0.839, 0.935, 0.935 respectively.

Keywords: QSAR; ruthenium(II) arene complexes; drug design; pharmacophore; 
electron conformational method; genetic algorithm