COVID-19 pandemisi öncesinde ve pandemi süresinde yoğun bakım ünitesinde yatan ve kandidemi gelişen hastaların epidemiyolojik, klinik ve laboratuvar özellikler açısından karşılaştırılması /
Yazar: BURAK KIZILÇAY
Danışman: DOÇ. DR. ZUHAL YEŞİLBAĞ
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Enfeksiyon ve Klinik Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology

Özet:
ÖZET

Amaç: Candida türleri, hastane kaynaklı kan dolaşımı enfeksiyonlarının önemli bir nedeni olup uzun süreli hastanede kalış ve yüksek ölüm oranlarına neden olabilir. Bu çalışmada, geniş bir hasta serisinde pandemi öncesi ve pandemi dönemlerinde yoğun bakım ünitesinde yatan ve kandidemi gelişen hastalarda Candida türlerinin dağılımını, antifungal direnç oranlarını, hastaların epidemiyolojik ve klinik özelliklerini, prognoz ile ilişkili risk faktörlerini ve COVID-19'un kandidemiye etkisini araştırmayı amaçladık.

Materyal ve Metod:  Retrospektif kesitsel bir çalışma niteliğinde olan çalışmamıza hastanemiz Anestezi ve Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesinde (YBÜ) Ocak 2018-Ocak 2022 arasında yatarak takip edilen 250 kandidemi hastası dahil edildi. Pandemi öncesi dönem olarak adlandırılan Ocak 2018-Ocak 2020 arasında toplam 80 hasta, pandemi dönemi olarak adlandırılan Ocak 2020-Ocak 2022 arasında 105'i COVID-19 tanısı ile izlenen toplam 170 hasta çalışmaya alındı. Hastaların yaş, cinsiyet, altta yatan hastalıkları yoğun bakım ünitesine yatışındaki ve kandidemi gelişimindeki laboratuvar bulguları, kandida kolonizasyon indeksi, kandida skoru, tür dağılımı, hastaların antifungal tedavi alma durumu, azol ve ekinokandin direnci, kandidemi öncesi antibiyotik, steroid kullanımı ve mortalite oranlarına bakıldı. Pandemi öncesi ve pandemi dönemindeki epidemiyolojik, klinik ve laboratuvar bulguları ile mortalite oranları karşılaştırıldı. Pandemi dönemindeki hastalar ise COVID-19 tanısı olma ve olmama durumlarına göre kendi aralarında karşılaştırıldı. Her iki dönemdeki hastalar mortaliteye etki eden faktörler açısından da değerlendirildi. İstatistiksel analizde p değeri 0,05 ten küçük olması anlamlı kabul edildi.

Bulgular: Pandemi öncesi dönemde YBÜ'de yatan  toplam 4200 hastanın 80'inde (%1,9) kandidemi gelişmiş olup kandidemi insidansı binde 4,32 idi. Pandemi dönemindeyse  takip edilen toplam 7900 hastanın 170'inde (%2,15) kandidemi gelişti ve bu dönemde kandidemi insidansı binde 3,10 olarak saptandı. Candida türlerinin dağılımında pandemi döneminde pandemi öncesi döneme göre non-albicans Candida spp. oranında artış saptandı. Daha önceki yıllarda saptamadığımız oldukça dirençli olan C.auris suşu ilk defa pandemi döneminde izole edildi. Pandemi öncesi ve pandemi dönemindeki kandidemi olgularında cinsiyet, yaş ortalaması, altta yatan hastalıklar ve antifungal direnç oranları açısından anlamlı fark görülmedi. Kandida skoru ve ampirik antifungal başlanma oranı pandemi döneminde daha düşük bulundu (sırasıyla p=0,001, p=0,013). Pandemi döneminde santral venöz kateter kullanımı önceki döneme göre daha fazla iken kateterle ilişkili kandidemi oranı pandemi öncesi döneme göre daha düşüktü (p=0,000). Pandemi döneminde kandidemi öncesinde tüm hastalarda antibiyotik kullanımı mevcuttu ve pandemi öncesi döneme göre anlamlı olarak daha yüksekti (p=0,003). Dönemler arasında hem genel mortalite hem de kandidemi sonrası 14 ve 28 günlük mortalite oranları arasında istatistiksel fark gözlenmedi. Pandemi dönemindeki COVID-19 tanısı olan ve olmayan hastalar karşılaştırıldığında COVID-19 hastaları daha ileri yaştaydı (p=0,019). Candida türlerinin dağılımı, kolonizasyon indeksi ve kandida skoru açısından gruplar arasında fark yoktu. COVID-19 hastalarına göre diğer hastalarda antifungal kullanım oranı istatistiksel olarak daha yüksekti (p=0,015). Mortalite oranları açısından bakıldığında COVID-19 hastalarının hem genel mortalite hem de kandidemi sonrası 14 ve 28 günlük mortalite oranları diğer hastalara göre anlamlı olarak daha yüksekti (sırasıyla p=0,000, p=0,003, p=0,000). Pandemi öncesi dönemde kandidemi geliştikten sonraki 28 günlük mortaliteye etki eden risk faktörleri değerlendirildiğinde yaş, kandidemi gelişme günü, kandidemi anında bakılan prokalsitonin değeri, yatışta bakılan  laktat düzeyi ve idrarda Candida spp varlığı bağımsız risk faktörleri olarak bulundu (sırasıyla p=0,008, p=0,000, p=0,001, p=0,01, p=0,001). Pandemi döneminde ise 28 günlük mortaliteye etki eden bağımsız risk faktörleri yaşın ileri olması ve antifungal tedavide değişim yapılması olarak saptandı (sırasıyla p=0,027, p=0,011). Pandemi öncesi dönemde hastane içi genel mortaliteyi bağımsız olarak etkileyen tek faktör SOFA skoru iken (p=0,006), pandemi dönemindeki hastalarda genel mortaliteyi etkileyen faktörler COVID-19, kandida skoru ve yatış anındaki laktat ile üre düzeyleri olarak saptandı (sırasıyla p=0,001, p=0,003, p=0,007, p=0,029).
 Sonuç: Çalışmamız verilerine göre pandemi döneminde kandidemi insidansı ve kateterle ilişkili kandidemi sıklığı pandemi öncesi döneme göre daha düşük bulunmuş olup, Candida türlerinin dağılımı pandemi döneminde non-albicans Candida spp. yönünde artış göstermiştir. Her iki dönem arasında mortalite oranlarında anlamlı fark gözlenmezken, pandemi döneminde COVID-19 tanısı olan kandidemi hastalarında diğer hastalara göre mortalite daha yüksek bulunmuştur. YBÜ yatışı gereken ağır COVID-19 hastaları kandidemi gelişme ihtimali olan hastalarla aynı risk faktörlerine sahiptir ve kandidemide gecikmiş tanı ve tedavi mortalitede belirgin rol oynamaktadır. Çalışmamızda da pandemi dönemindeki kandidemili hastalarda ampirik antifungal tedavi başlama oranlarının daha düşük bulunduğu ve COVID-19 tanılı olup kandidemi gelişen hastalarda mortalitenin daha yüksek olduğu göz önüne alındığında COVID-19 hastalarında kandideminin akla getirilmesi, uygun ve erken tedavi başlanması prognozu olumlu yönde etkileyecektir. Yerel epidemiyolojik veriler de yüksek riskli hastalarda erken antifungal tedavi açısından oldukça önemli olup COVID-19 ilişkili kandidemi üzerine geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır

Anahtar Kelimeler: COVID-19, kandidemi, mortalite, antifungal tedavi

Abstract:
ABSTRACT

Objective: Candida species are a significant cause of hospital-acquired bloodstream infections, leading to prolonged hospitalization and high mortality rates. In this study, we aimed to investigate the distribution of Candida species, antifungal resistance rates, epidemiological and clinical characteristics of patients, risk factors associated with prognosis, and the effect of COVID-19 on candidemia in a large series of patients who were hospitalised in the intensive care unit before and during the pandemic.

Material and Methods: In this retrospective cross-sectional study, 250 candidemia patients who were followed up as inpatients in the Anaesthesia and Reanimation Intensive Care Unit (ICU) of our hospital between January 2018 and January 2022 were included. A total of 80 patients between January 2018 and January 2020, which is called the pre-pandemic period, and a total of 170 patients, 105 of whom were followed up with a diagnosis of COVID-19 between January 2020 and January 2022, which is called the pandemic period, were included in the study. The patients' age, gender, underlying diseases, laboratory findings during admission to the intensive care unit and development of candidemia, candida colonisation index, candida score, species distribution, antifungal treatment status, azole and echinocandin resistance, antibiotic and prior use of antibiotics and steroids before candidemia, and mortality rates were evaluated.epidemiological, clinical, and laboratory findings along with mortality rates were compared between the pre-pandemic and pandemic periods. Patients during the pandemic period were compared among themselves according to whether they were diagnosed with COVID-19 or not. Patients in both periods were as well evaluated in terms of factors affecting mortality. In statistical analysis, a p value less than 0.05 was considered significant.

Results: In the pre-pandemic period, 80 (1.9%) of a total of 4200 patients hospitalised in ICU developed candidemia and the incidence of candidemia was 4.32 per thousand. During the pandemic period, 170 (2.15%) of a total of 7900 patients followed up developed candidemia and the incidence of candidemia was found to be 3.10 per thousand in this period. An increase in the incidence of non-albicans Candida species was observed in the distribution of Candida species during the pandemic period compared to the pre-pandemic period. The C.auris strain, which is highly resistant and has not been detected in previous years, was isolated for the first time during the pandemic period. No significant difference was observed in terms of gender, mean age, underlying diseases and antifungal resistance rates between the pre-pandemic and pandemic periods. The candida score and the rate of empirical antifungal initiation were lower during the pandemic period (p=0.001, p=0.013, respectively).  Although central venous catheter use was higher during the pandemic period, the rate of catheter-related candidemia was lower compared to the pre-pandemic period (p=0.000). The use of antibiotics was present in all patients before candidemia during the pandemic period and was significantly higher compared to the pre-pandemic period (p=0.003). There was no statistically significant difference between the periods in terms of overall mortality and 14- and 28-day mortality rates after candidemia. When COVID-19 patients and non-COVID-19 patients during the pandemic period were compared, COVID-19 patients were older (p=0.019). There was no difference between the groups in terms of distribution of Candida species, colonization index, and candida score. The rate of antifungal use in non-COVID-19 patients was statistically higher compared to COVID-19 patients (p=0.015). In terms of mortality rates, COVID-19 patients had significantly higher overall mortality and 14- and 28-day mortality rates after candidemia compared to non-COVID-19 patients (p=0.000, p=0.003, p=0.000, respectively). When factors affecting 28-day mortality after developing candidemia were evaluated in the pre-pandemic period, age, day of candidemia development, procalcitonin level at the time of candidemia, lactate level at admission, and presence of Candida spp. in urine were found to be independent risk factors (p=0.008, p=0.000, p=0.001, p=0.01, p=0.001). During the pandemic period, independent risk factors affecting 28-day mortality were found to be older age and change in antifungal treatment (p=0.027, p=0.011, respectively).  While SOFA score was the only factor independently affecting in-hospital mortality in the pre-pandemic period (p=0.006), the factors affecting overall mortality in patients during the pandemic period were COVID-19, candida score and lactate and urea levels at the time of hospitalization (p=0.001, p=0.003, p=0.007, p=0.029, respectively).

Conclusion: According to our study data, the incidence of candidemia and the frequency of catheter-related candidemia were found to be lower during the pandemic period compared to the pre-pandemic period, and the distribution of Candida species showed an increase in non-albicans Candida spp. during the pandemic period. Although there was no significant difference in mortality rates between the both periods, mortality was found to be higher in COVID-19 patients with candidemia during the pandemic period compared to non-COVID-19 patients. Severe COVID-19 patients requiring ICU admission share the same risk factors as patients at risk of developing candidemia, and delayed diagnosis and treatment play a significant role in mortality in candidemia. Considering that the rate of initiation of empirical antifungal treatment was lower in candidemia patients during the pandemic period, and the mortality was higher in patients diagnosed with COVID-19 and developing candidemia, bringing candidemia to mind in COVID-19 patients and initiating appropriate and early treatment will positively affect the prognosis. Local epidemiological data are as crucial for early antifungal treatment in high-risk patients, and comprehensive studies on COVID-19-associated candidemia are warranted.

Keywords: COVID-19, candidemia, mortality, antifungal therapy