Otozomal resesif limb-girdle kas distrofisi tanısı alan ailelerde yeni gen araştırılması
Genetic study of families diagnosed with autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy
Yazar: GÜLSÜM KAYMAN KÜREKÇİ
Danışman: PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA mutasyon analizi = DNA mutational analysis ; Genetik haritalama = Genetic mapping ; Genler = Genes ; Kas distrofileri = Muscular dystrophies ; Mutasyon = Mutation

Özet:
Limb-girdle kas distrofileri (LGMD) proksimal kaslarda simetrik olarak ilerleyen kas güçsüzlüğünün görüldüğü, klinik ve genetik heterojenite ile karakterize olan kalıtsal kas hastalığı grubudur. Bu tezde, otozomal resesif LGMD (LGMD2) klinik tanısı alan ve bilinen LGMD2 lokuslarına bağlantı göstermeyen, ebeveynlerin akraba olduğu dört farklı aile çalışılmıştır. Tez çalışmasında, 250K NspI çipleri ile yapılan genom boyu SNP (tek nükleotid polimorfizmi) genotipleme verileri kullanılarak homozigotluk haritalaması yaklaşımı ile LGMD2'den sorumlu yeni bir mutant genin kromozomdaki lokalizasyonunun saptanması amaçlanmıştır. Üç hasta bireyin bulunduğu bir ailede, 1q25 kromozom bölgesinde kısa bir homozigot haplotip tespit edilmiştir. DNA dizi analizi sonucunda, LAP1B (lamina-associated polypeptide 1B) proteinini kodlayan TOR1AIP1 (torsin A-interacting protein 1) geninde hastalarda homozigot c.186delG mutasyonu (p.E62fsTer25) saptanmıştır. Kantitatif gerçek zamanlı PZR ile hasta çizgili kas dokusunda TOR1AIP1 mRNA ifadesinin 5,88 kat azaldığı tespit edilmiştir. Western blot ve immünfloresan boyama çalışmaları ile hastada 66,3kDa büyüklüğündeki LAP1B izoformunun kas hücrelerinde ifade olmadığı saptanmıştır. Kas liflerinin çekirdeklerinde, çekirdek membranı parçalanması ve anormal kromatin yoğunlaşması gibi yapısal bozukluklar gözlenmiştir. LAP1B çekirdek iç membranında yerleşim gösteren, A ve B laminlere bağlanan ve torsin A ATPazının regülasyonunda görevli bir integral membran proteinidir. Bu tez çalışması, çekirdek zarfı hastalıklarına neden olan mutant gen spektrumunu genişletmiş ve LAP1B'nin çizgili kasta kritik bir role sahip olduğunu göstermiştir.

Abstract:
Limb-girdle muscular dystrophies (LGMD) are a clinically and genetically heterogeneous group of hereditary muscle disorders characterized by symmetric, proximal and progressive muscular weakness. In this thesis, four consanguineous families diagnosed with autosomal recessive LGMD (LGMD2) which are not linked to any of the known LGMD2 loci were studied. The aim of this thesis was to identify the chromosomal localization of a novel mutant gene responsible for LGMD2 by performing genome-wide homozygosity mapping using 250K NspI SNP array data. In one family, the disease was mapped to a homozygous haplotype in chromosomal region 1q25. DNA sequencing of TOR1AIP1 encoding LAP1B (lamina-associated polypeptide 1B) in this critical chromosomal region showed a homozygous c.186delG mutation (p.E62fsTer25) in the three affected individuals. Relative quantitation of TOR1AIP1 mRNA by quantitative real-time PCR showed that the level of expression in the skeletal muscle of the patient was 5,88-fold lower than in the control sample. Western blot and immunofluorescent staining demonstrated that LAP1B was absent in the patient's skeletal muscle fibres. Ultrastructural examination showed alterations of the nuclear envelope including nuclear fragmentation and altered chromatin condensation. LAP1B is an integral protein of the inner nuclear membrane that binds to both A-type and B-type lamins, and is involved in the regulation of torsin A ATPase. This thesis expands the spectrum of genes associated with nuclear envelopathies and underlies a critical role for LAP1B in striated muscle.