Klinik bacteroides fragilis grubu ı̇zolatlarda enterotoksin ve antibiyotik direnç genlerinin prevalansı ve moleküler tiplendirme
Prevalence of enterotoxin and antibiotic resistance genes and molecular typing of clinical bacteroides fragilis group isolates
Yazar: MERVENUR DEMİR
Danışman: DOÇ. DR. GÜLŞEN HAZIROLAN
Hacettepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bacteroides fragilis grubu (BFG) izolatları ile gelişen enfeksiyonların tedavisinde kullanılan antibiyotiklere dünya çapında artan direnç oranları bildirilmektedir. Direnç profilleri ülkeler, bölgeler ve hatta hastaneler arasında değiştiği için sürveyans önem arz etmektedir. Bu çalışmada hastanemizde BFG izolatlarında antibiyotik direnç prevalansının, direncin genetik mekanizmalarının belirlenmesi ve bu izolatların moleküler epidemiyolojisinin saptanması amaçlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri agar dilüsyon yöntemiyle, direnç genleri tespiti gerçek zamanlı PZR yöntemiyle, moleküler tiplendirme AP-PCR yöntemiyle yapılmıştır. BFG izolatlarının ampisilin, sefoksitin, piperasilin/tazobaktam, imipenem, meropenem, klindamisin, metronidazol ve tigesikline karşı direnç oranları sırasıyla %97.8, %28.3, %11.6, %7.9, %5.1, %47.8, %0 ve %4.3'tür. Tüm izolatlar içinde cepA, cfxA, cfiA, ermF, ermG, ermB, nim, linA, mefA, msrSA, tetQ, tetX, tetX1 ve bft geni sırasıyla %42.8, %44.9, %8.7, %44.2, %10.9, %2.2, %0.7, %29, %17.4, %7.2, %76.1, %8, %37.7 ve %16.7 oranlarında saptanmıştır. Klindamisin direnç genlerinin (ermF, ermG, ermB, mefA, msrSA, linA) BFG izolatlarında yaygın olduğu belirlenmiştir. Karbapenem direnç geni (cfiA) taşıyan 12 B. fragilis izolatının beşinde upstream bölgesinde IS [IS1187(n=3), ISBf6(n=1), IS612B(n=1)] saptanmıştır. Bu izolatlarda yüksek imipenemaz aktivitesi olduğu gözlenmiştir. Metronidazole azalmış duyarlılık saptanan bir izolatta nimE geni saptanmıştır. AP-PCR ile 101 farklı genotip saptanmış, BFG'de yüksek düzeyde genetik farklılık olduğu gözlenmiştir. Bu çalışmada, BFG izolatlarının antibiyotiklere direnç durumları ve direnç gelişiminde önemli role sahip direnç genlerine ait veri sağlanmıştır.

Abstract:
Increasing rates of resistance to antibiotics used in the treatment of infections caused by Bacteroides fragilis group (BFG) isolates are reported worldwide. Surveillance is important as resistance profiles vary among countries, regions, and even hospitals. In this study, it was aimed to determine the prevalence of antibiotic resistance, and genetic mechanisms of resistance in BFG isolates, and to determine the molecular epidemiology of these isolates in our hospital. Antibiotic susceptibility tests were performed using the agar dilution method, resistance genes were determined using the real-time PCR method and molecular typing was performed using the AP-PCR method. The resistance rates of BFG isolates against ampicillin, cefoxitin, piperacillin/tazobactam, imipenem, meropenem, clindamycin, metronidazole, and tigecycline were 97.8%, 28.3%, 11.6%, 7.9%, 5.1%, 47.8%, 0%, and 4.3%, respectively. Among all isolates, cepA, cfxA, cfiA, ermF, ermG, ermB, nim, linA, mefA, msrSA, tetQ, tetX, tetX1 and bft genes were 42.8%, 44.9%, 8.7%, 44.2%, 10.9%, 2.2%, 0.7%, 29%, 17.4%, 7.2%, 76.1%, 8%, 37.7% and 16.7%, respectively. Clindamycin resistance genes (ermF, ermG, ermB, mefA, msrSA, linA) were determined to be common in BFG isolates. ISs [IS1187(n=3), ISBf6(n=1), IS612B(n=1)] were detected in the upstream region of five out of 12 B. fragilis isolates carrying the carbapenem resistance gene (cfiA). High imipenemase activity was observed in these isolates. The nimE gene was detected in one isolate with decreased susceptibility to metronidazole. A total of 101 different genotypes were detected by AP-PCR, indicating high genetic diversity within BFG. In this study, data related to the antibiotic resistance of BFG isolates and the resistance genes that play an important role in the development of resistance are provided.