Hindi kuşbaşı örneklerinde vankomisin dirençli enterokokların varlığı ve moleküler karakterizasyonu
Presence and molecular characterization of vancomycin resistant enterococci in Turkey meat
Yazar: AZAM AZIMI MAHALLEH
Danışman: PROF. DR. MUAMMER GÖNCÜOĞLU
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Gıda Hijyeni ve Teknolojisi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Enterococcus = Enterococcus ; Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; Enterococcus faecium = Enterococcus faecium ; Hindi eti = Turkey meat ; Hindiler = Turkeys ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Vankomisin = Vancomycin ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Çalışmada, Ankara'daki marketlerde taze olarak satışa sunulan hindi kuşbaşı örneklerinden klasik kültür yöntemiyle Enterococcus spp. izolasyonu ve biyokimyasal testler kullanılarak identifikasyonu, izolatların PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) analizi ile doğrulanması, pozitif bulunan izolatların multipleks PCR ile tür düzeyinde identifikasyonu, Enterococcus spp. izolatlarının eritromisin, kloramfenikol, gentamisin, penisilin, streptomisin, vankomisin, linezolid, kinupristin-dalfopristin olmak üzere 8 farklı antibiyotik diski kullanılarak antibiyotik direnç profillerinin CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute) standartlarına göre saptanması, E. faecalis ve E. faecium olarak identifiye edilen serotiplerin van A ve van B direnç fenotipleri yönünden multipleks PCR analizi yapılarak moleküler karakterizasyonlarının belirlenmesi, vankomisine direnç gösteren tüm suşlarda E test yapılarak MİK (Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu) değerlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 
Bu kapsamda toplam 100 hindi kuşbaşı örnek analiz edilmiş, 50'si (% 50) Enterococcus spp. pozitif olarak tespit edilmiştir. Serotiplendirme sonuçlarına göre 50 örneğin 21'i (% 42) E. faecalis, 19'u (% 38) E. faecium, 5'i (% 10) E. gallinarum, 1'i (% 2) E. durans, 1'i (% 2) E. hirae, 3'ü (% 6) ise E. casseliflavus olarak identifiye edilmiştir. Enterococcus spp. olarak belirlenen 50 izolatın 7'sinin (% 14) van A, 18'inin (% 36) van B geni yönünden pozitif olduğu saptanmıştır. Antibiyotik direnç profillerine göre 50 izolatın 6'sının (% 12) 2 antibiyotiğe, 15'inin (% 30) 3 antibiyotiğe, 17'sinin (% 34) 4 antibiyotiğe, 8'inin (% 16) 5 antibiyotiğe, 3'ünün (% 6) 6 antibiyotiğe birden dirençli oldukları, bir E. faecalis (% 2) izolatı bir antibiyotiğe dirençli olduğu saptanmıştır.

Anahtar Kelimeler: Vankomisin dirençli enterokok (VRE), multipleks PCR, antibiyotik direnç, E. faecalis, E. faecium, van A, van B

Abstract:
The objectives of this study were to isolate and identify Enterococcus spp. from turkey retail meat samples collected from Ankara markets by classical culture method and using biochemical tests, to verify the isolates by PCR (Polymerase Chain Reaction), to evaluate the antibiotic resistance profiles of the verified Enterococcus spp. isolates with 8 different antibiotics including erythromycin, chloramphenicol, gentamicin, penicillin, streptomycin, vancomycin, linezolid, quinupristin-dalfopristin according to CLSI Clinical and Laboratory Standards Institute) standards, to determine the molecular characterization of the serotypes identified as E. faecalis and E. faecium for van A and van B resistance phenotypes with multiplex PCR, to verify of positive isolates' species with multiplex PCR, to determine MIC (Minimum Inhibitory Concentration) values of all the isolates determined as vancomicin resistant by E test. 
For this purpose, 100 turkey retail meat samples were analyzed, fifty (% 50) of the samples were detected as Enterococcus spp. positive.  According to serotyping results 21 (% 42) were isolated as E. faecalis, 19 (% 38) were isolated as E. faecium, 5 (% 10) were isolated as E. gallinarum, 1 (% 2) was isolated as E. durans, 1 was isolated as (% 2) E. hirae, 3 (% 6) were isolated as E. casseliflavus. Among 50 isolates confirmed as Enterococcus spp., 7 isolates (% 14) were detected as van A positive, 18 isolates (% 36) were detected as van B positive. According to antibiotic resistance profiles, 6 isolates (% 12) were resistant to 2, 15 isolates (% 30) were resistant to 3, 17 isolates (% 34) were resistant to 4, 8 isolates (% 16) were resistant to 5, 1 E. faecalis isolate (% 2) were resistant to one of the 8 antibiotics out of 50 isolates.

Keywords: Vancomycin resistant Enterococci (VRE), multiplex PCR, antibiotic resistance, E. faecalis, E. faecium, van A, van B