Kronik myelositer lösemide (KML) endotelyal nitrik oksit sentaz gen polimorfizmlerinin sıklığı ve KML'de kromozom düzensizliklerinin (10-22 no'lu kromozomlar ve cinsiyet kromozomları) MLPA yöntemi ile araştırılması
Research of nitric oxide synthase gene polymorphisms and chromosomal (chromosome no: 10-22 and gender x/y) abberrations by MLPA method in chronic myeloid leukemia
Yazar: TUĞÇE SEVER
Danışman: DOÇ. DR. SACİDE PEHLİVAN
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Nitrik oksit = Nitric oxide

Özet:
Bu çalışmada; Kronik Myelositer Lösemi'deki (KML) kromozomal düzensizliklerin MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) yöntemi ile özellikle onkogen (EMS1, CRK, ERBB2, HRAS vb.), transkripsiyon faktörü (RENT2, NFKBIA, RELA vb.), sinyal iletimi (CDKN1B, SPG3A vb.), sitokin (TNFRSF7 vb.), tümör süpresör (BRCA1, MDM2, BRCA2, RB1) ve apoptozis regülasyonu (MOAP1, BAX, PDCD8 vb.) ile ilgili 34 genin yeraldığı kromozom bölgelerindeki düzensizliklerin araştırılması (BCR-ABL pozitif 48 hasta ve 15 sağlıklı kontrol) amaçlanmıştır. Ayrıca BCR-ABL pozitif 60 hasta ve 60 kontrol ile NOS3 geni -894 ve intron 4 VNTR polimorfizmleri çalışılmıştır. Elde edilen sonuçlar hem kendi içinde hem de klinik parametrelerle karşılaştırılarak analiz edilmiştir. MLPA analizleri sonucunda; 5 KML hastasının Nükleer Faktör Kappa B (NFKBI) geninde ve 1 KML hastasının T-Hücre Translokasyon Geni 2 (LMO2) geninde duplikasyon saptanmıştır. Değerlendirmeye alınan tek değişkenli analizde 7 yıllık olaysız sağkalımı etkileyen ve p değeri< 0,010 bulunan yaş, sokal risk sınıflaması, splenomegali, lökositoz (>50000) ve NOS3 gen polimorfizmi çok değişkenli analizde değerlendirildiğinde parametrelerin tümü anlamını kaybetmiş fakat NOS3 (-894) p= 0,084 olarak değerlendirmeye alınan diğer prognostik parametrelerin içinde anlama en yakın olarak bulunmuştur. Sokal risk sınıflandırması ve ELN kriterlerine göre GT/TT ve GG alel dağılımları arasında sıklık bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmuştur. NOS3 polimorfizmleri analizinde; Hardy-Weinberg Eşitsizliği (HWE) için kontrol ve KML hasta grubu karşılaştırıldığında KML grubunda HWE'den sapma gözlenirken kontrol grubunda sapmanın olmadığı belirlenmiştir. Sonuç olarak; bu tez KML'de, 11. ve 14. kromozomda saptanan duplikasyonlar ile NOS3 gen polimorfizmlerinin klinik parametrelerle karşılaştırıldığı ilk çalışma olup NOS3 polimorfizmleri ile KML arasında anlamlı bir ilişkinin olduğu gösterilmiştir.

Abstract:
In this study, the aim is to investigate the chromosomal aberrations in Chronic Myeloid Leukemia (CML) in particular, aberrations on chromosome regions of 34 genes related to oncogenes (EMS1, CRK, ERBB2, HRAS etc.), transcription factor (RENT2, NFKBI, RELA etc.), signal transmission (CDKN1B, SPG3A etc.), cytokines (TNFRSF7 etc.), tumor suppressors (BRCA1, MDM2, BRCA2, RB1), and apoptosis regulation (MOAP1, BAX, PDCD8 etc.) using the Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) method. Fort his, 48 BCR-ABL positive patients and 15 healthy individuals as control were included. The aberration in 34 genes on different regions of 14 chromosomes were investigated. Moreover 60 BCR-ABL positive patients and 60 individuals as control were used to investigate NOS3 (-894) and NOS3 VNTR gene polymorphisms. Results were analyzed by comparing both among each other and with clinical parameters. Consequently MLPA analyses revealed duplications in Nuclear Factor Kappa B (NFKBI) gene in 5 CML patients and in T-Cell Translocation Gene 2 (LMO2) in 1 CML patient. When age, sokol risk score, splenomegaly, leukocytosis (>50000), and NOS3 gene polymorphism which were all found to affect event-free survival time(p<0.010) in univariate analyses were analyzed in multivariate analyses, all the parameters lost their significance. However, NOS3 (-894) polymorphism was found to be conspicuous among all the other prognostic parameters analyzed (p=0.084) but was not significant. A statistically significant relationship in terms of frequency was observed between GT/TT and GG genotypes in NOS3 (-894) gene according to the sokol risk score and ELN criteria. The control and CML patient groups were compared in the Hardy-Weinberg Equilibrium of NOS3 (-894/VNTR) polymorphism, a deviation from HWE was observed in the patient group but not in the control group. This thesis study is the first study to compare the duplications detected in the 11th and 14th chromosomes in CML and clinical parameters. Nevertheless, NOS3 gene polymorphisms appeared to be significantly related to CML while NFKB dublication was not.