Trakya bölgesindeki bal arılarında (Apis mellifera L.) mitokondriyel genomda 16s rdna ve nd5 genleri analizi
Analysis of mtdna 16s rdna and nd5 genes in thracen honey bees (Apis mellifera L.)
Yazar: AYŞE GÜDER
Danışman: DOÇ. DR. FULYA ÖZDİL
Namık Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics
Dizin: Ana arı = Queen bee ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Kantitatif genetik = Quantitative genetic ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Bu çalışmada, Türkiye'nin Trakya bölgesinde bulunan bal arısı populasyonları arasındaki genetik varyasyon 16S rDNA ve ND5 bölgeleri kullanılarak araştırılmıştır. PCR-RFLP ve DNA dizi analizi yöntemlerinden yararlanılarak mitokondriyel genomda DraI, MboII ve SwaI restriksiyon enzimleri kullanılarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Trakya bölgesini temsil edebilecek bal arısı populasyonlarından örneklenen Tekirdağ, Gökçeada, Çanakkale, Edirne ve Kırklareli'nin farklı yörelerinden olmak üzere toplam 100 adet işçi arı örneği materyal olarak kullanılmıştır. Bu çalışmada, 16S rDNA ve ND5 gen bölgelerinin DraI ve SwaI restriksiyon enzimleri ile kesiminde iki farklı haplotip belirlenmiştir. 16S rDNA/DraI kesimi bakımından Tip 1 haplotipinde 315, 212, 116, 116, 92, 70 ve 44 bç'lik yedi farklı bant gözlenmiştir. Tip 2 haplotipinde, C → T transizyonu sonucu 705. pozisyonda meydana gelen nokta mutasyonu sonucu bu haplotip 8 bant görüntüsünü vermiştir (215, 212, 116, 116, 100, 92, 70 ve 44 bç). 16S rDNA/SwaI bakımından Tip 1 haplotipinde 359, 324 ve 282 bç'lik 3 farklı banttan oluşan kesim profili belirlenmiştir. 16S rDNA gen bölgesinin 196. nükleotidinde (A→T transversiyonu) meydana gelen nokta mutasyonu sonucu SwaI enziminin yeni bir kesim noktası oluşmuş ve 359, 324, 195 ve 87 bç'lik 4 bant profili elde edilmiştir. Fakat bu bölgenin MboII restriksiyon enzimi kesimi sonucunda tüm örneklerde 16S rDNA/MboII bakımından tek tip haplotip belirlenmiştir. ND5 bölgesinde ise DraI restriksiyon enzimi kesimi sonucunda varyasyon belirlenmiş ve iki haplotip elde edilmiştir. ND5/DraI bakımından Tip 1 haplotipinde 440, 270 ve 112 bç'lik 3 farklı banttan oluşan kesim profili tespit edilmiştir. ND5 gen bölgesinin 383. pozisyonda (T→C transizyonu) tek nükleotid değişimi sonucu DraI restriksiyon enziminin kesim noktası kaybolmuştur. Böylece jelde 112, 270 ve 440 bç'lik 3 bant sayısı 440 bç'lik bantın kaybolması sonucu 552 ve 270 bç'lik 2 bant modeli oluşan kesim profili elde edilmiştir. ND5 bölgesinin MboII ve SwaI restriksiyon enzimleri ile kesiminde varyasyon bulunmamış ve tüm örneklerde tek tip haplotip elde edilmiştir.

Abstract:
In this study, it was aimed to determine the genetic variation among honey bee populations in Thrace region of Turkey using 16S rDNA and ND5 gene regions. DNA sequencing and PCR-RFLP methods was caaried out by DraI, MboII and SwaI restriction enzymes. A total of 100 worker honey bees samples were used from different regions of Tekirdağ, Gökçeada, Çanakkale, Edirne and Kırklareli provinences. In this study, two different haplotypes were identified with DraI and SwaI restriction enzymes in 16S rDNA and ND5 genes. Seven bands; 315, 212, 116, 116, 92, 70 and 44 bp were observed in Type 1 haplotype in terms of 16S rDNA/DraI digestion. In Type 2 haplotype, there is an additional restriction site at position 705 which is a result of C→T transition and this haplotype gives 8 band pattern (215, 212, 116, 116, 100, 92, 70 and 44 bp). 16S rDNA/SwaI digestion revealed 3 different bands; 359, 324 and 282 bp in Type 1 haplotype. On the other hand in Type 2 haplotype, there is an additional restriction site at position 196 which is a result of A→T transversion and this haplotype gives 4 band pattern of 359, 324, 195 and 87. However, 16S rDNA/MboII digestion was found monomorphic and only one haplotype was found in all the samples. ND5/DraI digestion revealed 3 bands; 440, 270 and 112 bp in Type 1 haplotype. In this region, the result of a single nucleotide substitution at position 383 (T → C transition) lacks the DraI recognition site and 2 bands; 552 and 270 were obtained in Type 2 haplotype. No sequence variation were found in ND5 gene region with the restriction enzymes MboII and SwaI.