Hastanemizdeki bakteri dağılımı, antibakteriyel direnç ve antibiyotik kullanımı salgından nasıl etkilendi?
How were the bacterial distribution, antibacterial resistance, and antibiotic use in our hospital affected by the pandemic?
Yazar: MERVE BÜYÜKÇELİK
Danışman: PROF. DR. FÜSUN ZEYNEP AKÇAM
Süleyman Demirel Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology
Dizin: Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections ; COVID 19 = COVID 19 ; İlaç tedavisi = Drug therapy ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Hastanemizdeki Bakteri Dağılımı, Antibakteriyel Direnç ve Antibiyotik Kullanımı Salgından Nasıl Etkilendi?
Antibakteriyel direnç ve çoklu dirençli bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların sayısındaki artış, tüm dünyada insan sağlığını tehdit etmektedir. COVID-19 pandemisi antibakteriyel dirence olumlu ya da olumsuz etki edebilecek faktörleri birlikte barındırmaktadır. Bu çalışma, COVID-19 salgınının hastanemizdeki bakteri dağılımını, antibakteriyel direnci ve antibiyotik tüketimini nasıl etkilediğini araştırmak amacıyla yapılmıştır.
Çalışmamızda 01.04.2018-31.03.2022 tarihleri arasında Süleyman Demirel Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde yatan hastaların kan, idrar ve alt solunum yolu kültürlerindeki bakteriyel üremelerin dağılımı ve kültürlerde üreyen KNS, S. aureus, E. faecium, E. faecalis, E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa ile A. baumannii izolatlarının pandemi öncesi ve pandemi dönemindeki antibakteriyel duyarlılıkları karşılaştırılmıştır. Ayrıca pandemi öncesinde ve pandemi dönemindeki seftriakson, meropenem, imipenem, vankomisin, teikoplanin ve levofloksasin tüketimi yatarak tedavi gören 1000 gün başına tanımlanan günlük doza göre standardize edilerek değerlendirilmiştir.
Kan, idrar ve alt solunum yolu kültürlerinde en sık izole edilen bakteri türünde pandemi döneminde değişim olmadığı görüldü. Her iki dönemde de kan kültürlerinde KNS, idrar kültürlerinde E. coli, alt solunum yolu kültürlerinde A. baumannii en sık izole edilen bakteri türü idi. Seftriakson tüketimine paralel olarak E. coli ve K. pneumoniae izolatlarının 3. kuşak sefalosporin direnci ve GSBL oranının pandemi döneminde arttığı görüldü. Karbapenem tüketimine paralel olarak E. coli ve K. pneumoniae izolatlarının karbapenem direncinin pandemi döneminde arttığı, ancak A. baumannii izolatlarının karbapenem direncinin azaldığı görüldü. Vankomisin tüketimine paralel olarak E. faecium izolatlarının vankomisin direncinin azaldığı görüldü. Ancak teikoplanin tüketimindeki artışa rağmen KNS ve E. faecium izolatlarının teikoplanin direnci azalmıştı. Kinolon tüketimine paralel olarak pandemi döneminde S. aureus ve K. pneumoniae izolatlarının kinolon direncinin arttığı, ancak E. faecium ve A. baumannii izolatlarının kinolon direncinde azalma olduğu görüldü.
Pandeminin antibakteriyel direnç üzerine gerçek etkisinin anlaşılabilmesi ve daha anlamlı sonuçlara ulaşabilmek için sonuçlarımızın hasta özelliklerinin de değerlendirildiği çalışmalar ile desteklenmesi gerektiği kanaatine vardık.
Anahtar Kelimeler: COVID-19, antimikrobiyal ilaç direnci, antibakteriyel ilaçlar, enfeksiyonlar, terapötik kullanımlar

Abstract:
How Were the Bacterial Distribution, Antibacterial Resistance, and Antibiotic Use in Our Hospital Affected by the Pandemic?
Antibacterial resistance and the increase in the number of infections caused by multidrug-resistant bacteria threaten human health worldwide. The COVID-19 pandemic contains factors that can positively or negatively affect antibacterial resistance. This study was conducted to investigate how the COVID-19 pandemic affected bacterial distribution, antibacterial resistance, and antibiotic consumption in our hospital. 
Our study analyzed the distribution of bacterial growth in blood, urine, and lower respiratory tract cultures of patients hospitalized in Süleyman Demirel University Research and Training Hospital between 01.04.2018 and 31.03.2022. The antibacterial susceptibilities of CoNS, S. aureus, E. faecium, E. faecalis, E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, and A. baumannii isolates grown in the cultures were compared between the pre-pandemic and pandemic periods. In addition, consumption of ceftriaxone, meropenem, imipenem, vancomycin, teicoplanin, and levofloxacin before and during the pandemic was evaluated by standardizing according to the daily dose defined per 1000 days of inpatient treatment. 
The most frequently isolated bacterial species in blood, urine, and lower respiratory tract cultures remained unchanged during the pandemic. In both periods, the most frequently isolated bacterial species were CoNS in blood cultures, E. coli in urine cultures, and A. baumannii in lower respiratory tract cultures. In parallel with ceftriaxone consumption, an increase in the 3rd generation cephalosporin resistance and ESBL rate of E. coli and K. pneumoniae isolates was observed during the pandemic period. In parallel with carbapenem consumption, it was seen that the carbapenem resistance of E. coli and K. pneumoniae isolates increased during the pandemic period, while the carbapenem resistance of A. baumannii isolates decreased. Vancomycin resistance of E. faecium isolates was observed to decrease in parallel with vancomycin consumption. However, despite the increase in teicoplanin consumption, teicoplanin resistance of CoNS and E. faecium isolates decreased. During the pandemic, quinolone resistance increased in S. aureus and K. pneumoniae isolates but decreased in E. faecium and A. baumannii isolates, paralleling quinolone consumption. 
We concluded that studies that also evaluate patient characteristics should be conducted to support our results in order to understand the true impact of the pandemic on antibacterial resistance and to reach more meaningful results.
Keywords: COVID-19, antimicrobial drug resistance, anti-bacterial agents, infections, therapeutic uses