T-hücreli akut lenfoblastik lösemi'de PHF6 proteininin fizyolojik rolünün araştırılması
Investigating physiological role of PHF6 protein in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Yazar: GÖKÇE ERDOĞAN
Danışman: DOÇ. DR. ŞÜKRAN BURÇAK YOLDAŞ ÇELİKTEN
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Genler = Genes ; Lösemi = Leukemia ; Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma = Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma ; T lenfositleri = T lymphocytes

Özet:
Amaç: T-hücreli Akut Lenfoblastik Lösemi, erkeklerde kadınlara göre daha sık görülen, agresif seyirli hematolojik malignensi tipidir. Olgunlaşmamış T hücreleri üzerinde, T-ALL'de tümör baskılayıcı rol oynayarak son yıllarda aday genlerden biri olan PHF6'nın hastalığın oluşumundaki biyolojik aktivitesinin rolü ve sinyal yolağının moleküler mekanizmasının aydınlatılması amaçlanmıştır. T-ALL'de PHF6 proteininin S199 noktasının protein fonksiyonuna olan etkisi ve T-ALL hücrelerinin proliferasyonu, farklılaşması ve migrasyonu üzerindeki etkisini belirlemeyi amaçladık.

Yöntem: İnsan cDNA kütüphanesinden PHF6 cDNA'sı pcDNA3.1A vektörüne PCR klonlama ile klonlanması yapılan plazmide SDM yöntemi uygulanarak S199 bölgesinin A199 ve D199 dizilerine değiştirilmesi deneyi uygulandı. DND-41 hücrelerine transfekte edilen PHF6 protein ifade vektörlerinin; western blotlamayla işaretlemesi yapıldı, hücre proliferasyonuna etkileri MTT ile değerlendirilirken yabanıl tip vektörün T-hücre farklılaşması üzerine etkileri akım sitometriyle, ve hücre migrasyonuna etkisi Transwell hücre migrasyon yöntemiyle değerlendirildi.

Bulgular: Transfekte edilen yabanıl tip PHF6 ifade vektörünün, DND-41 hücrelerinde ektopik ifadesinin; hücrelerin CD4+ yönünde artışı gösterilirken migrasyonu üzerinde etkisi görülmemiştir. S199A+ hücrelerde Notch1 ifadesinin azaldığı gösterildi. S199A+/D+ mutant vektörlerinin yabanıl tip ve kontrol grubuna göre hücrelerde proliferasyonu indüklediği gösterildi.

Sonuç: Çalışmamız PHF6'nın T-ALL hücrelerinde hücre migrasyonunun çalışıldığı literatüre göre ilk çalışma niteliğindedir. Bu çalışmada PHF6'nın ektopik ifadesinin T-ALL hücrelerinde migrasyona etkisinin olmadığı, hücreleri CD4+ yönüne indükleme potansiyeli olduğu ve S199 bölgesinin Notch1 sinyalizasyonu ve hücre proliferasyonu için anlamlı olabileceği gösterilmiştir.

Abstract:
Objective: T-cell Acute Lymphoblastic Leukemia is an aggressive type of hematological malignancy that is more common in men than women. It was aimed to elucidate the role of the biological activity of PHF6 in the formation of the disease and the molecular mechanism of the signalling pathway, and has been one of the candidate genes in recent years by playing a tumor suppressor role in T-ALL on immature T cells. We aimed to determine the effect of PHF6 S199 region on protein function in T-ALL and on proliferation, differentiation and migration of T-ALL cells.
Method: Following PCR clonning method which performed from human cDNA library into pcDNA3.1A expression vector with PHF6 cDNA sequence, the experiment of changing the S199 region to the A199 and D199 sequences was applied by applying the SDM method to the PHF6 plasmid cloned. PHF6 protein expression vectors transfected into DND-41 cells; Protein expressions evaluated by western blotting, while effects on cell proliferation were determined with MTT wild-type vectors' T-cell differentiation effects evaluated by flow cytometry and cell migration were evaluated by Transwell cell migration method.
Results: The ectopic expression of the wild-type PHF6 expression vector transfected in DND-41 cells; expression was increased in the CD4+ direction of the cells, had no effect on the migration of the cells. Reduced Notch1 expression was demonstrated in S199A+ cells. S199A+/D+ mutant vectors have been shown to induced proliferation compared to the PHF6+ cells and control group.

Conclusion: This study is the first for working on the cell migration of PHF6 in T-ALL cells in the literature. It was shown that ectopic expression of PHF6; has no effect on cell migration, has the potential to induce T-ALL cells towards CD4+ and S199 site might be significant for Notch1 signalling and cell proliferation.