Deneysel sepsis modellerinde gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile etkenlerin saptanması
Using real-time Polymerase Chain Reaction (PCR) for detection of agents in the eprimental sepsis models
Yazar: ALİ A. FOUAD
Danışman: DOÇ. DR. AYŞE KALKANCI
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Moleküller = Molecules ; Sepsis = Sepsis

Özet:
Sepsis, tedavide ciddi problemler oluşturan ve yüksek mortaliteye neden olan bir hastalıktır. Sepsisin erken tanısı için araştırma yapmak hızlı tanısı için değerlidir. Sepsisin erken ve çabuk tanısını için PZR yöntemi kullanılmaktadır.Çalışmamızda, enfeksiyon etkenlerini tek tek veya polimikrobiyal şeklinde saptamak için gerçek zamanlı PZR kullanılmıştır.Bu çalışmada toplam 14 tavşan kullanılmış ve A, B, C ve sağlıklı kontrol grubu S olarak dört gruba ayrılmıştır. C. albicans ATCC 10231 ve A. fumigatus ATCC 204305 A grubu tavşanlara, E. coli ATCC 10536 ve S. aureus ATCC 6538 B grubu tavşanlara, kulak veni yolu ile enjekte edilmiştir. C grubu tavşanlara ise eşit oranlarda mantar ve bakteri süspansiyonları enjekte edilmiştir. Sağlıklı kontrollere ise hiçbir mikroorganizma enjekte edilmemiştir.Kan ve doku örnekleri kültüre edilmiş ve tüm çalışma gruplarında pozitif bulunmuştur. Tavşanların kan ve doku örneklerinden DNA'lar elde edilmiştir.Özgül primer ve problar kullanarak, fungal ve bakteriyel sepsisin varlığı PZR yöntemi ile doğrulanmıştır.Ayrıca SYBR green ve erime eğirisi (Melting curve) kullanılarak çok hedefli PZR yöntemi gerçekleştirilmiştir.Örneklerin çoğunda patojenler saptanmış, kontrol gruplarında ise negatif bulunmuştur.sepsisin tanısında kullanılan moleküler yöntemler, kan kültürü ile kıyaslandığında daha hızlı sonuç verebilen, özgüllük ve duyarlılığı yüksek testlerdir.Anahtar Sözcükler: Bakteri, Gerçek zamanlı PZR, Mantar, Sepsis, SYBR green, TaqMan

Abstract:
Sepsis is a disease that cause serious problems in the treatment and thus it has high mortality rates. Early diagnosis of sepsis is worth of research, in order to provide rapid diagnosis. PCR methodology is used for early and prompt diagnosis of sepsis.In our study, Real-Time PCR was used for the detection of infectious agents individually or in polymicrobial form.In this study 14 rabbits were used and divided into four groups, as; A, B, C and healthy control groups. C. albicans ATCC 10231 and A. fumigatus ATCC 204305 were injected into A group rabbits, while E. coli ATCC 10536 and S. aureus ATCC 6538 were injected into B group rabbits. Injections were performed by the ear ven. Equal proportion of fungi and bacteria suspension was injected into C group of rabbits. None of the microorganism injected into healthy controls.Blood and tissue samples were cultured and were found positive in all working groups. DNA samples were extracted from blood and tissue samples of the rabbits.Using specific primers and probes, the presence of fungal and bacterial sepsis was confirmed by TaqMan PCR. An additional multiplex PCR assay was performed using SYBR green and melting curve analysis.Pathogens were detected in most of the samples, while control groups were found negative.Molecular methods that used in the diagnosis of sepsis when compared with blood culture, can be provide more rapid results, specificity and sensitivity of these tests are high.Keywords: Bacteria, Fungi, Sepsis, Real-Time PCR, SYBR green, TaqMan