Candıda türlerinin tanımlanmasında 26S RDNA dizi analizi temel alınarak 'API ID 32C' ve 'maldı tof ms' yöntemlerinin duyarlılık ve maliyet etkinliklerinin araştırılması
Evaluation of sensitivity and cost effectiveness of 'API id 32C' and 'maldi tof ms' methods on the basis of 26s rdna sequence analysis in identification of candida species
Yazar: EYLEM TURHAN ÖZCAN
Danışman: PROF. DR. NİLGÜN ÇERİKÇİOĞLU
Marmara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: DNA analizi = DNA analysis ; Kandida = Candida

Özet:
Kandidalar özellikle immün sistemi baskılanmış hastalarda yüzeyel, lokal invazif veya mortal seyredebilen yaygın enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Özellikle albicans dışı Candida türlerinde gözlenen antifungal direnci de tedavi başarısızlıklarına neden olarak mortaliteyi artırmaktadır. Bu nedenle etkenlerin tür düzeyinde, hızlı ve doğru tanımlanması, uygun antifungalle erken tedaviye başlayabilmek için mutlaka gereklidir.
Bu çalışmada 4 adet standart köken ve 2002-2012 yılları arasında Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen, fenotipik yöntemlerle ve API ID 32C (bioMérieux, France) ile tanımlanmış; C.albicans, Candida tropicalis, Candida parapsilosis ve Candida glabrata türlerinden oluşan toplam 164 köken çalışmaya alınmıştır. Kökenlerin kütle spektrometresine dayalı bir sistem olan VITEK MS (bioMérieux, France) ile de tanımlaması yapılmış ve sonuçlar API ID 32C ile %100 uyumlu bulunmuştur. Kökenlerin 163/164'ünde, referans olarak kullanılan çift yönlü 26S rDNA D1/D2 dizi analizi diğer yöntemlerle paralel sonuçlar vermiştir. Bir izolat moleküler yöntemle C.orthopsilosis olarak tanımlanırken diğer yöntemlerle C.parapsilosis olarak tanımlanmıştır. Kültürden sonraki tanımlama süreleri API ID 32C ve VITEK MS için sırasıyla '24-48 saat', '3-5 dk' olarak saptanmıştır. 26S rDNA D1/D2 dizi analizi yönteminde gen dizi analizi süresi firmaya bağlı olmakla birlikte PZR ürünlerinin eldesi için yaklaşık 6,5 saat gerekmiştir. Bir kökenin tanımlama maliyeti API ID 32C için 6?, VITEK MS için 1?, 26S rDNA dizi analizi için 25? olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak VITEK MS, maya tanımlamasında kolay, ucuz, hızlı ve güvenilir bir yöntem olarak önerilebilir.
Anahtar kelimeler: Candida türleri, 26SrDNA, MALDI TOF MS, VITEK MS, API ID 32C

Abstract:
Candida organisms can cause superficial, local invasive or mortal disseminated infections especially in immunosupressed patients. The antifungal resistance especially observed in non-albicans Candida species, cause treatment failure which increases mortality. Because of these reasons rapid and correct identification of the causative agents at species level is necessary in order to begin early and appropriate antifungal treatment.
In this study a total of 164 strains includes 4 standart strains and 160 strains which isolated from the clinical samples that have been sent to the Marmara University Medical School Microbiology Laboratory between 2000-2012 and identified by fenotypical methods and API ID 32C (bioMérieux, France), as C.albicans, Candida tropicalis, Candida parapsilosis and Candida glabrata have been studied.
The strains were also identified by a mass spectrometry system called VITEK MS and results found to be 100% compatible with the ones of API ID 32C. In 163/164 of the strains, bi-directional 26S rDNA D1/D2 sequencing analysis used as reference yielded parallel results with the other methods. Molecular analysis of one strain resulted as C.orthopsilosis which identified as C.parapsilosis by the other methods. After culturing of the strains the time for identification was detected as 24-48 hours and 3-5 minutes for API ID 32C and VITEK MS, respectively. Altough the time for the analysis of 26S rDNA sequencing depends on the company, approximately 6,5 hours was required for obtaining PCR products. The identification cost per strain was determined as 6? for API ID 32C, 1? for VITEK MS and 25? for 26S rDNA sequencing. As a result, VITEK MS can be recommended as an easy, cheap, fast and reliable method for yeast identification.
Keywords: Candida species, 26SrDNA, MALDI TOF MS, VITEK MS, API ID 32C