Çok ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis suşlarının sekonder ilaçlara direnci ve dirençle ilişkili mutasyonların araştırılması
Investigation of resistance of multi-drug resistant Mycobacterium tuberculosis strains to secondary drugs and resistance-associated mutations
Yazar: İHSAN KULAKSIZ
Danışman: PROF. DR. MELTEM UZUN
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Tüberküloz, hala dünya genelinde önemli bir halk sağlığı sorunu olmaya devam etmektedir. Mycobacterium tuberculosis kompleksinin neden olduğu bu enfeksiyon, her yıl milyonlarca insanı etkilemekte, önemli bir morbidite ve mortalite nedeni olmaktadır. Çok ilaca dirençli (ÇİD) ve yaygın ilaca dirençli (YİD) suşların artışı, hastalığın tedavisini daha da zorlaştırmaktadır. Antitüberküloz ilaçların yaygın veya bilinçsiz kullanımı, Covid-19 salgını sürecindeki sağlık sistemi aksaklıkları, göç hareketleri gibi sebeplerle ÇİD suşlarda ikincil ilaçlara karşı direnç tüberkülozun kontrolü ve tedavisi için bir tehdit oluşturmaktadır. Direncin tespitinde moleküler yöntemlerin kullanımı, hızlı ve güvenilir sonuç sağlamaları nedeniyle önerilmektedir. Bu amaçla çalışmada 51 ÇİD Mycobacterium tuberculosis kompleksi suşu öncelikle türlerine ayrılmış (GenoType MTBC, Hain Lifescience, Almanya) ve tüm suşlar Mycobacterium tuberculosis/canettii olarak bulunmuştur. Bu suşların 44 (%86,2)'ünün ÇİD olduğu belirlenmiş (GenoType MTBDRplus) ve ÇİD olduğu belirlenen 44 suş için sekonder ilaçlara direnç ve dirençle ilişkili mutasyon bölgeleri (GenoType MTBDRsl) saptanmıştır. ÇİD olduğu belirlenen suşlarda en sık saptanan mutasyon bölgeleri; rpoB S531L (41/44, %93,2) ve katG S315T (37/44, %84) olarak belirlenmiştir. İkincil ilaçlara dirençli bulunan 14 suşun (14/44, %31,8) sekizinde (%18,2) florokinolonlar için en sık tespit edilen mutasyon bölgeleri gyrA A90V (4/8, %50), kalan altısında (%13,6) parenteral ilaçlar için rrs A1401G (4/6, %66,6) olarak saptanmıştır. Dört suş ÇİD olmadığı halde, ikincil ilaçlara dirençli bulunmuştur. Sonuç olarak, Mycobacterium tuberculosis suşlarında ikincil ilaçlara direnç ve dirence neden olan mutasyonların tanımlanması epidemiyolojik verilere önemli bir katkı sağlamıştır. Yapılan çalışmaların sayısı arttıkça daha farklı mutasyon bölgelerini belirlemek mümkündür. Bu çalışmayla direnç tespitinde moleküler yöntemlerin laboratuvar tanı süreçlerine entegrasyonunun önemli olduğu da ortaya koyulmuştur.

Abstract:
Tuberculosis still remains an important public health problem worldwide, affects millions of people every year and is a significant cause of morbidity and mortality. The increase in multidrug resistant (MDR) and extensively drug resistant (XDR) strains makes the treatment of the disease more difficult. Resistance to second-line drugs in MDR strains presents a major obstacle for the control and treatment of tuberculosis. This resistance can occur due to various factors, such as the widespread or inappropriate use of antituberculosis drugs, disruptions in the healthcare system caused by the Covid-19 pandemic, and population movements and migration. Molecular methods are recommended for determining drug resistance as they provide rapid and reliable results. In this study, species-level identification made for 51 MDR Mycobacterium tuberculosis complex strains (GenoType MTBC, Hain Lifescience, Germany) and all strains were found as Mycobacterium tuberculosis/canettii. Then 44 (86.2%) of these strains were determined to be MDR (GenoType MTBDRplus) and resistance to second-line drugs and mutation sites associated with resistance were detected (GenoType MTBDRsl) for those 44 strains determined to be MDR. The most common mutation sites determined in MDR strains were rpoB S531L (41/44, 93.2%) and katG S315T (37/44, 84%). The most frequently detected mutation sites for fluoroquinolones in eight (18.2%) of 14 strains (14/44, 31.8%) found resistant to second-line drugs were gyrA A90V (4/8, 50%), in the remaining six (13.6%) rrs for parenteral drugs was determined as A1401G (4/6, 66.6%). Despite not being MDR, four strains were determined as resistant to second-line drugs. In conclusion, the detection of resistance to second-line drugs and associated mutation sites in Mycobacterium tuberculosis strains has made an important contribution to epidemiological data. As the number of studies increases, it is possible to identify more different mutation sites. With this study, it has also been demonstrated that the integration of molecular methods into laboratory diagnostic processes is important in the detection of resistance.