Burdur ilindeki buzağıların dışkı örneklerinde genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten Escherichia coli varlığının belirlenmesi
Detection of extended spectrum beta lactamase producing Escherichia coli in fecal samples of calves in Burdur province
Yazar: DURMUŞ YILDIRIM
Danışman: YRD. DOÇ. DR. FARUK PEHLİVANOĞLU
Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Burdur = Burdur ; Buzağılar = Calves ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Gram negatif bakteriler tarafından üretilen genişlemiş spektrumlu beta laktamazlar (GSBL) tüm penisilinlere, 1.-4. kuşak sefalosporinlere ve monobaktamlara dirençten sorumludur. İndikatör bir bakteri olarak kommensal E. coli'nin antibiyotiklere dirençlilik açısından taranması antibiyotik direnç seviyesinin izlenmesi açısından önemlidir. Bu çalışmada Türkiye'nin Burdur ilindeki sağlıklı buzağılarda GSBL üreten E. coli varlığı araştırıldı. Toplam 150 buzağı dışkı örneği Burdur iline bağlı 3 ilçedeki 44 sığır işletmesinden toplandı. Her bir dışkı örneğinden tamponlanmış peptonlu su içinde % 10'luk süspansiyon hazırlandı ve sefotaksim ve seftazidim ilave edilerek hazırlanmış E. coli / koliform selektif agar besiyerlerine eş zamanlı ekildi. Besiyerinde görülen kolonilerden E. coli identifikasyonu standart metotlarla yapıldı ve E. coli 16S rRNA genine spesifik polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile genetik doğrulama yapıldı. Ardından E. coli izolatlarının GSBL üretip üretmediği kombine disk metodu ile belirlendi ve yaygın GSBL genleri (CTX-M, TEM ve SHV) PZR ile araştırıldı. Son olarak izolatların çeşitli beta laktam antibiyotiklere ve diğer sınıftan antibiyotiklere duyarlılığı agar disk difüzyon testi ile araştırıldı. Toplam 44 adet E. coli selektif agardan izole edildi ancak bunların 36'sı GSBL üreten izolat olarak tespit edildi. CTX-M (grup 1) genleri tüm izolatlarda belirlendi. TEM geni 33 izolatta tespit edillirken SHV genine izolatların hiçbirinde rastlanmadı.  GSBL üreten E. coli izolatları beta laktam grubu ve diğer grup antibiyotiklere yüksek oranda dirençli bulundu. Sonuç olarak, bu çalışma ile Türkiye'nin Burdur ilindeki işletmelerdeki sağlıklı buzağılarda GSBL üreten E. coli varlığı gösterilmiş oldu.
Anahtar kelimeler: Burdur, buzağı, GSBL, Escherichia coli.

Abstract:
Extended spectrum beta lactamases (ESBL) produced by Gram negative bacteria are responsible from resistance to all penicillins, 1st-4th generation cephalosporins and monobactams. Screening of commensal E. coli isolates as indicator bacterium for resistance to antimicrobials is important to monitor the antibiotic resistance level. In the present study, existence of ESBL producing E. coli isolates was investigated in the healthy calves in Burdur city of Turkey. Total 150 calf fecal samples were collected from 44 cattle farms in 3 districts of Burdur city. A 10 % suspension was prepared from each feces in pepton buffered water and spread on E. coli/coliform selective agar supplemented with cefotaxime and ceftazidime. The colonies appeared on the media were identified as E. coli by standard methods and genetic confirmation for E. coli was performed by polymerase chain reaction (PCR) specific to E. coli 16S rRNA gene. Then ESBL production of E. coli isolates was confirmed by combined disc method and the common ESBL genes (CTX-M, TEM and SHV) were investigated by PCR. Finally, susceptibilities of the ESBL producing E. coli isolates to several beta lactams and other classes of antibiotics were investigated by agar disc diffusion test. Forty four E. coli isolates were isolated from selective media but 36 of them were confirmed as ESBL producer. CTX-M (group 1) genes were found in all isolates. While TEM gene was detected in 33 isolates, no SHV gene was detected in the isolates. ESBL producing E. coli isolates were found resistant at high rate against to beta lactam group and other groups of antibiotics. Consequently, this study showed the presence of ESBL producing E. coli in the healthy calves in Burdur city of Turkey. 

Key words: Burdur, calf, ESBL, Escherichia coli.