Anaerop bakterilerin tanımlanmasında çeşitli yöntemlerin karşılaştırılması ve bazı antibiyotiklere karşı duyarlılıkların araştırılması
Comparison of various methods for identification of anaerobic bacteria and investigation of sensitivities to some antibiotics
Yazar: SELİN UĞRAKLI
Danışman: PROF. DR. METİN DOĞAN
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Meram Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Anaerobik bakteriler = Anaerobic bacteria ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Bakteriler = Bacteria ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Amaç: Bu çalışmada hastanemizin değişik kliniklerinden anaerop enfeksiyon şüphesiyle laboratuvara kabul edilen klinik örneklerde anaerop bakterilerin izolasyonu, çeşitli yöntemlerle tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık profillerinin belirlenmesi hedeflenmiştir.
Gereç ve Yöntem: Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi, Merkez Mikrobiyoloji laboratuvarına anaerop enfeksiyon şüphesi ile kabul edilen 197 klinik örnek çalışmaya dahil edilmiştir. Numunelerin hem aerop hem de anaerop ortam şartlarında ekimi yapılmıştır. Anaerop kültür için numunelerin  %5 defibrine koyun kanı ve vitamin K1 eklenmiş Scheadler besiyeri ve tiyoglikolatlı besiyerine ekimi yapılmıştır. Kan örnekleri Bactec Plus Anaerobic F şişelerine inoküle edilmiş ve otomatize sistemde inkübe edilmştir. İzole edilen anaerop bakteriler konvansiyonel yöntemler, AnIdent Discs testleri, API 20A ve VITEK 2 ANC testleri kullanılarak identifiye edilmiştir. İzolatların penisilin G, sefoksitin, klindamisin, metronidazol, piperasilin / tazobaktam, imipenem, seftolozan / tazobaktam duyarlılıkları gradient difüzyon test metodu ile belirlenmiştir.
Bulgular: Çalışmaya alınan 197 klinik örnekten 46 anaerop bakteri izole edilmiştir. Bu çalışmada soyutlanan 46 anaerop izolatın %69.6' sını Gram pozitif anaeroplar, %30,4 ünü Gram negatif anaerop bakteriler oluşturmaktaydı. Gram negatif anaeroplardan en fazla Prevotella spp. (7) ve B. fragilis grup (5) izole edilmiştir. Gram pozitif anaeroplardan ise en sık Clostridium spp. (n=9) ve Peptostreptococcus spp. (n=8) izole edilmiştir. İzolatların 43'ünde her iki sistemden en az biri ile identifikasyon sağlanmıştır. API 20A ile VITEK 2 ANC arası cins düzeyinde uyumluluk 35/44 (%79.5) oranında saptanırken; tür düzeyinde uyum %43.2 (19/44) olarak tespit edilmiştir. En yüksek direnç penisiline (%38.6) karşı bulunurken; sefoksitin, klindamisin, metronidazol, piperasilin/ tazobaktam ve imipenem duyarlılık oranları ise sırasıyla %93.2; % 65.9; % 84.1; % 93.2 ve %100 olarak bulunmuştur. Seftolozan tazobaktamın MİK değerinin bakteri türüne göre geniş bir aralıkta (0.032-12 mg /L) değişim gösterdiği tespit edilmiştir. MİK50 değeri 2 mg / L olarak bulunmuştur. 
Sonuç: Bu çalışmada API 20A panel ve VITEK 2 ANC yarı otomatize ticari sistemlerinin anaerop bakteri identifikasyonu konusundaki performansları ve konvansiyonel yöntemlerle uyumunun değerlendirilmesi hedeflenmiştir. API 20A'nın Gram negatif anaerop basillerin tanımlanmasında VITEK 2 ANC karta göre konvansiyonel yöntemlerle daha fazla uyum gösterdiği tespit edilmiştir. Öte yandan Vitek 2 ANC yarı otomatize sistemi ise rutin laboratuvar iş akışı içinde uygulayabilme ve pratiklik imkanları sağlamaktadır. Çalışmamızda yüksek oranda penisilin ve klindamisin direnci görüldüğünden ampirik tedavide bu antibiyotikler tercih edilmemelidir. Sonuçlarımıza göre sefoksitin ve metranidazol ampirik tedavide tercih edilebilir ancak antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılması daha uygun olacaktır. Bu çalışmada yeni antibiyotiklerden seftolozan tazobaktamın anaerop bakteriler üzerindeki etkinliğinin saptanması hedeflenmiştir. Seftolozan tazobaktamın MİK değerinin bakteri türlerine göre değişkenlik göstermesi sebebiyle; bu antibiyotiğin anaerop bakteriler üzerindeki etkisini belirleyebilmek için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.

Abstract:
Objective: In this study, it was aimed to isolate, identify and determine antibiotics susceptibility profiles of anaerobic bacteria by handling 197 clinical samples from our clinics with suspicion of anaerobe infection.
Materials and metods: 46 anaerobic bacteria were isolated from 197 clinical samples included in the study. In this study, 69.9% of 46 isolated anaerobic isolates were Gram positive anaerobes and 30,4% were Gram negative anaerobes. Of Gram  negative anaerobes, most Prevotella spp. (7) and B.fragilis group (5) were isolated. The most common of Gram  positive anaerobes is Clostridium spp. (9) and  Peptostreptococcus spp. (8) isolated. Identification was provided with at least one of both systems in 43 of the isolates. Genus  level compatibility between API 20A and VITEK 2 ANC was determined as 35/44 (79.5%); species level compliance was determined as 43.2 % (19/44).
While the highest resistance is found against penicillin; The sensitivity rates of cefoxitin, clindamycin, metronidazole, piperacillin / tazobactam and imipenem were 93.2%, 65.9%, 84.1%, 93.2% and 100%  respectively. We found that the MIC value of ceftolosing tazobactam varies widely in a wide range (0.032-12 mg / L) depending on the bacterial species. The MIC50 value was determined as 2 mg / L.
Conclusion: In this study, it is aimed to evaluate the performance of API 20A panel and VITEK 2 ANC semi-automated commercial systems on anaerobic bacteria identification and their compatibility with conventional methods. It has been determined that API 20A is more compatible with VITEK 2 ANC card than conventional methods in determining Gram negative anaerobic bacilli. On the other hand, Vitek 2 ANC semi-automated systems provide practical and practical possibilities in routine laboratory workflow. In our study, these antibiotics should not be preferred in empirical treatment since high rate of penicillin and clindamycin resistance are seen. According to our results, cefoxitin and metranidazole may be preferred in empirical treatment, but antibiotic susceptibility tests will be more appropriate. In this study, it was aimed to determine the effectiveness of ceftolosan tazobactam, which is one of the new antibiotics, on anaerobic bacteria. Since the MIC value of ceftolozane tazobactam varies according to bacterial species; more studies are needed to determine the effect of this antibiotic on anaerobic bacteria.