Kolorektal kanserlerde kodlanmayan LNC-RNA crnde'nin gen ifade düzeylerinin analizi
Analysis LNC-RNA crnde gene expression levels in colorectal cancer
Yazar: KORAY TOKLU
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ERSİN BORAZAN
Gaziantep Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Genel Cerrahi = General Surgery ; Genetik = Genetics
Dizin: Adenokarsinom = Adenocarcinoma ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Kolon hastalıkları = Colonic diseases ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA ; Rektum = Rectum

Özet:
Amaç: Uzun kodlanmayan RNA (Lnc-RNA)'ların son zamanlarda yapılan çalışmalar ile kanser gelişminin çeşitli aşamalarında etkisi bulunmuştur. Lnc-RNA'ların DNA, RNA ve proteinlerle etkileşerek kromatin organizasyonu, trankripsiyonel ve transkripsiyon sonrası düzenlemelerde önemli düzenleyiciler olduğu keşfedilmiştir. Lnc-RNA'ların bozulmuş gen ifadeleri; kanser başlaması, ilerlemesi ve metastazda rol oynamaktadır. Bu çalışmada kolorektal kanserde bir Lnc-RNA olan CRNDE geninin ifade düzeylerinin analizi ve klinik değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve yöntem: Bu prospektif çalışma için Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulundan 26.09.2018 tarihli 2018/204 karar ile onay alındı. Çalışma Gaziantep Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Projesi (BAP) TF.UT.19.22 no'lu desteğiyle, Gaziantep Üniversitesi Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı'nda 2014-2016 yılları arasında kolorektal adenokarsinom nedeniyle sağ hemikolektomi, sol hemikolektomi, rektum anterior rezeksiyon, low anterior rezekisyon, abdominoperineal rezeksiyon yapılan 52 hastada gerçekleştirildi. Her hastanın tümörlü ve bitişik tümörsüz dokusunda Lnc-RNA CRNDE gen ifadeleri Real Time PCR ile değerlendirildi. Normalize edilen ΔCt değerleri Wilcoxon testi ile karşılaştırıldı. 2-ΔΔCt metodu ile gen ekspresyonları arasındaki katsayı farkı kıyaslandı.
Bulgular: Kolorektal kanser tanısıyla ameliyat edilen 52 hastanın ortalama yaşları 58,1±13,1 idi. Ortalama %80'ini evre 2-3 hastalar oluşturmaktaydı. Real time PCR'da tümörlü dokuda CRNDE ekspresyon seviyesi ΔCt değeri 7, 48± 3, 21 bulundu. Bitişik tümörsüz dokudaki CRNDE ΔCt değeri 5, 57± 0, 95 bulundu. Tümörlü dokuda CRNDE ekspresyon düzeyleri tümörsüz dokuya göre(2-ΔΔCt metodu ile) yaklaşık 5 kat azaldığı tespit edildi. Bu ekspresyon farkı hastalığın evresi arttıkça yükselmekteydi. Yalnızca rektum kanserli hastalar değerlendirildiğinde, tümörlü dokuda gen ekspresyon düzeyinin 8 kat azaldığı görüldü.
Tartışma ve sonuç: Bu çalışma kolorektal adenokarsinom dokularında CRNDE gen ekspresyonunun anlamlı düzeyde azaldığını göstermiştir. Aksine literatürde yapılan birçok çalışmada kolorektal kanserde CRNDE ekspresyonunun yükseldiği belirtilmektedir, sonuçların uyumsuz olması CRNDE ekspresyonunda tanımlanmamış başka gen sinyal yolaklarının olabileceğini akla getirmektedir. Ayrıca hasta gruplarının daha homojen seçilip sayılarının yeterli düzeyde çoğaltılarak ilgili yolaklarla birlikte değerlendirilmesi ve hücre kültürleri ile desteklenmesi gerekmektedir. Henüz tanı ve tedavide klinik olarak tek başına yeterli olmadığı görüşündeyiz.
Anahtar kelimeler: Kolon, Rektum, Adenokarsinom, Lnc-RNA, CRNDE, Gen ekspresyonu.

Abstract:
BACKGROUND: Long non-coding RNA (Lnc-RNA) has been found to be effective at various stages of cancer development with recent studies. Lnc-RNAs have been discovered to be important regulators in chromatin organization, transcriptional and post-transcriptional arrangements by interacting with DNA, RNA and proteins. The degraded gene expression of Lnc-RNAs is involved in cancer initiation, progression and metastasis. The aim of this study is to analyze the expression levels of the CRNDE gene, a Lnc-RNA in colorectal cancer, and to evaluate it clinically.
MATERIALS AND METHODS: For this prospective study, approval was received from Gaziantep University Faculty of Medicine Local Ethics Committee with the decision of 2018/204 dated 26.09.2018. The study was conducted with the support of Gaziantep University Scientific Research Project (BAP) TF.UT.19.22. The study was carried out in 52 patients who underwent right hemicolectomy, left hemicolectomy, rectum anterior resection, low anterior resection, abdominoperineal resection in Gaziantep University General Surgery Department between 2014-2016. Lnc-RNA CRNDE gene expressions in each patient's tumor and adjacent non-tumor tissue were evaluated by Real Time PCR. Normalized ΔCt values were compared with Wilcoxon test. The coefficient difference between the gene expressions was compared with the 2-ΔΔCt method.
RESULTS: The mean age of 52 patients operated on with colorectal cancer was 58, 1 ± 13, 1. On average, 80% of patients were stage 2-3. In real time PCR, CRNDE expression level ΔCt value in tumor tissue was found to be 7, 48 ± 3, 21. CRNDE ΔCt value in adjacent tumor-free tissue was 5, 57 ± 0, 95. It was determined that the expression levels of CRNDE in tumor tissue decreased approximately 5-fold compared to adjacent tumor-free tissue (by 2-ΔΔCt method). This expression difference increased as the stage of the disease increased. When only patients with rectal cancer were evaluated, it was seen that the level of gene expression in tumor tissue decreased by 8 times.
DISCUSSION AND CONCLUSION: This study showed that CRNDE gene expression was significantly reduced in colorectal adenocarcinoma tissues. In contrast, many studies in the literature indicate that CRNDE expression is increased in colorectal cancer. Inconsistent results suggest that there may be other gene signal pathways that are not defined in CRNDE expression. In addition, the patient groups should be selected more homogeneously and their numbers should be increased sufficiently to be evaluated together with the relevant pathways and supported by cell cultures. We are of the opinion that it is not clinically sufficient alone in diagnosis and treatment.
Key words: Colon, Rectum, Adenocarcinoma, Lnc-RNA, CRNDE, Gene expression