Farklı armut (Pyrus communis) çeşit ve genotiplerinde genetik çeşitliliğin SSR markırları ile belirlenmesi
Determination of genetic diversity in different pear (Pyrus communis) varieties and genotypes with SSR markers
Yazar: SEVAL BAŞAYAN
Danışman: PROF. DR. YASEMİN EVRENOSOĞLU ; PROF. DR. EMEL SÖZEN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı / Meyve Yetiştirme ve Islahı Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Armut = Pear ; Basit dizi tekrarları (SSR) = Simple sequence repeats (SSR) ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; DNA = DNA ; Genetik belirteçler = Genetic markers ; Genetik çeşitlilik = Genetic diversity ; Meyve yetiştiriciliği = Fruit growing ; Polimorfizm = Polymorphism ; Pyrus communis = Pyrus communis

Özet:
Ülkemiz, birçok türde olduğu gibi, armut için de çeşit zenginliği bakımından geniş bir gen kaynağına sahiptir. Genetik kaynak özelliğindeki çeşitlerin, zamanla yok olmasını engellemek amacıyla genetik materyal ya da kontrollü yetiştiriciliğin koruma altına alınması gerekmektedir. Bu çalışmada moleküler markırlardan SSR tekniği kullanılarak 18 farklı armut çeşidini temsil eden 32 armut genotipi arasındaki genetik çeşitlilik ve akrabalık seviyelerinin ortaya koyulması amaçlanmıştır. Fluoresan işaretli 12 farklı SSR primeri ile PCR reaksiyonları gerçekleştirilmiştir. Bu primerlerden 9 tanesinden (CHO4e03-F, CHO5c06-F, EMPc11-F, CHO1D09-F, CHO3G07-F, CHO1d08-F, CHO1f07a-F, CHO2B10-F, EMPc117-F) sonuç alınmış ve agaroz jellerde yürütülerek ürün varlığı teyit edilmiştir. Bu PCR ürünlerinin allel büyüklükleri kapiller elektroforez yoluyla belirlenmiştir. Bu veriler kullanılarak 1 0 veri matrisi oluşturularak ve çeşitler arasındaki genetik benzerlik değerleri NTSYS Pc programında Dice eşitliği kullanılarak analiz edilmiş; yine aynı programda UPGMA analizi ile dendrogram hazırlanmıştır. Ayrıca SSR PCR sonuçlarından elde edilen genotiplere ait allel büyüklükleri de kaydedilerek çeşitleri tanımlayan DNA barkod sistemi oluşturulmuştur. Yapılan analizler sonucunda, en yüksek benzerlik gösteren 2 çeşidin %78 benzerlik oranıyla ile Margarit Marillat ve Kieffer arasında olduğu belirlenmiştir.  Bunu takiben %38,5 benzerlik yüzdesiyle Santa Maria ve Kaiser Alexandre-1, Conference-1 ve Kaiser Alexandre-2 arasında olduğu tespit edilmiştir. 3. en yüksek benzerlik %37 ile Kaiser Alexandre-2 ve Magness-2 iken %35,7 ile Ekşi-2 ve Akça-1 arasında en yüksek 4. benzerlik yüzdesi belirlenmiştir. Elde edilen verilerin ileride yapılacak armut ıslah çalışmalarında yol gösterici olması planlanmaktadır.

Abstract:
Our country has a wide genetic resource for pear, as well as for many species, in terms of variety. Genetic material or controlled breeding should be taken under protection in order to prevent the varieties with genetic source characteristics from disappearing over time. In this study, it was aimed to reveal the genetic diversity and relatedness levels among 32 pear genotypes representing 18 different pear cultivars by using the SSR technique, one of the molecular markers. PCR reactions were performed with 12 different fluorescently labeled SSR primers. Results were obtained from 9 of these primers (CHO4e03-F, CHO5c06-F, EMPc11-F, CHO1D09-F, CHO3G07-F, CHO1d08-F, CHO1f07a-F, CHO2B10-F, EMPc117-F). Allelic sizes of these PCR products were determined by capillary electrophoresis. The peak values read in capillary electrophoresis will give information about whether the relevant PCR product is homozygous or heterozygous and the allele size. Using these data, genetic similarity values between cultivars was analyzed using Dice equation in NTSYS PC program and dendrogram was prepared with UPGMA analysis. It was determined that the 2 cultivars with the highest similarity were between Margarit Marillat and Kieffer with a similarity rate of 78%. Following this, it was found to be between Santa Maria and Kaiser Alexandre-1, Conference-1 and Kaiser Alexandre-2 with 38.5% similarity percentage. Kaiser Alexandre-2 and Magness-2 had the 3rd highest similarity with 37%, while the 4th highest similarity percentage was determined between Ekşi-2 and Akça-1 with 35.7%. It is planned that the data to be obtained will guide the pear breeding studies in the future.