Nar'da (Punica granatum) yumuşak-sert çekirdek oluşum mekanizmasının moleküler, histolojik ve biyokimyasal yöntemlerle araştırılması
Investigation of soft-hard seeds formation mechanism by molecular, histological and biochemical methods in pomegranate (Punica granatum)
Yazar: MEHMET AKGÖL
Danışman: PROF. DR. YILDIZ AKA KAÇAR
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Nar, dünyada ve ülkemizde geniş yayılım gösteren ve tüketilen bir bitkidir. Nar meyvesinin tüketiminde meyve rengi ve yumuşak-sert çekirdeklilik durumu oldukça önemlidir. Renk ve yumuşak çekirdeklilik karakterlerine ek olarak, nar tüketimini etkileyen en önemli faktör, asitlik durumudur. Narda yapılan klasik ıslah çalışmaları sonucunda bahsedilen bu kriterlerin poligenler tarafından kontrol edildiği belirtilmiştir. Tez kapsamında nar meyvelerinde tohum sertliği-yumuşaklığının oluşmasından sorumlu aday genler RNA sekanslama yöntemi ile araştırılmıştır. Bu amaçla daha önce yapılmış çalışmalarda yumuşak çekirdekli olduğu belirlenen "33N26" ve sert çekirdekli olan "Hicaznar" çeşitleri kullanılmıştır. Çalışmada her iki çeşitten de meyveler, tozlanma ve döllenmenin ardından, meyve tutumunu takiben belirli zaman aralıklarıyla alınmış ve meyveler açılarak ilgili çeşitlere ait tohumlar çalışmada kullanılmıştır. Toplanan tüm örneklerde çekirdek oluşum mekanizmasının histolojik olarak belirlenebilmesi için mikroskobik gözlemler yapılmıştır. Bu gözlemler sonucunda belirlenen dönemlere ait örnekler, RNA sekanslama analizlerinde kullanılmıştır. Moleküler analizler için seçilen örneklerden ilk olarak toplam RNA izolasyonu, ardından RNA dizileme işlemleri gerçekleştirilmiştir. Tüm dizilemeler sonucunda toplam olarak 59.264 unigen tespit edilmiştir. GO analizleri sonucunda, 12.328 unigenin fonksiyonu belirlenmiştir. KEGG analizleri sonucunda ise 27.698 unigenin hangi yolaklarda görev aldığı tespit edilmiştir.

Abstract:
Pomegranate is widely spread and consumed in the world and our country. Fruit color and soft-hard seeds are very important two factors in the consumption of pomegranate. The most important factor affecting consumption of pomegranate is the acidity after fruit color and soft-seed. The criteria already mentioned are controlled by polygenic characters in view of breeding studies on pomegranate. In this study, candidate genes responsible for the formation of soft-hard seeds in pomegranate fruits were investigated with RNA-transcriptome sequencing method. For this purpose, soft-seed "33N26", and the hard-seed "Hicaznar" varieties defined previously conducted studies were used. In the study, fruits from the two defined varieties were taken at intervals after pollination and fertilization. The fruits were opened and seeds taken and used in RNA-Seq analysis. Histological analyses were performed to understand histological mechanism of soft-hard seed formation. After histological analysis, the correct stages were determined to start molecular analysis. Total RNA isolation and isolation were performed after choosing all samples for molecular analysis. Amount 59264 unigenes were identified as a result of all sequences. After GO analysis 12328 unigenes functions were determined. 27698 unigenes pathways were determined by the KEGG analysis. In the result of the project, candidate genes associated with lignificaiton on pomegranate have been identified.