Urtica dioica L. türü ekstresinin antioksidan özelliklerinin belirlenmesi ve anti-obezite etkilerinin in siliko incelenmesi
Determination of antioxidant properties of Urtica dioica L. species extract and in silico investigation of anti-obesity effects
Yazar: KÜBRA SAĞLAM
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ TURGUT ŞEKERLER
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya (Ecz) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology
Dizin: Antioksidan aktivite = Antioxidant activity ; Biyoinformatik = Bioinformatics ; Biyokimya = Biochemistry ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Eczacılık = Pharmacy ; Moleküler kenetleme = Molecular docking

Özet:
Amaç: Bu çalışmanın temel amacı, obeziteye yönelik bir tedavi stratejisi olarak potansiyel ilaç adaylarını belirlemek üzere Urtica dioica L. türü bitkisinin ekstresinin in vitro çalışamalar ie laboratuvarda antioksidan özelliklerinin belirlenmesi ve ekstratlarındaki belirlenen hedef proteinlerin moleküler etkileşimlerini in silico düzeyde değerlendirmektir. Bu, obezite sorununa yönelik farmakolojik ajanların keşfinde in vitro ve in siliko bilgisayar destekli bir yaklaşımın uygulanmasını içermektedir.

Gereç ve Yöntem: Urtica dioica L. türü bitkisinin ekstraktlarındaki bileşenler in vitro olarak antioksidan aktivite testi ile belirlenerek, ekstratlarından elde edilen Caffeic acid, Chlorogenic acid ve Malic acid gibi moleküler bileşenler ile obezite ile ilişkilendirilen FTO, PPAR, LİPAZ ve GLP1 gibi proteinlerin yapısal özellikleri, moleküler docking yöntemi kullanılarak Chem in silico olarak analiz edilmiştir. Bu süreç, ligandların (moleküler bileşenler) hedef proteinlerle etkileşimlerini ve bu etkileşimlerin energetik özelliklerini değerlendirmeyi içermektedir.

Bulgular: Elde edilen sonuçlar, Orlistat gibi farmakolojik ajanların PPAR üzerinde -7,3 kcal/mol'lık bir bağlanma enerjisi sergilediğini göstermiştir. Aynı zamanda, doğal ürün kökenli Chlorogenic acid'in GLP1 proteinine olan bağlanma enerjisinin -8,5 kcal/mol daha yüksek olduğu belirlenmiştir.

Sonuç: Bu in silico çalışma, Urtica dioica L. türü bitkisi ekstratlarının içerdikleri bileşenlerin obezite ile ilişkilendirilen proteinlerle etkileşimlerini değerlendirerek potansiyel terapötik ajanlar olarak değerlendirilebileceği hipotezini desteklemektedir. Ancak, bu bulguların laboratuvar koşullarında doğrulanması ve klinik uygulamalara yönelik olarak daha fazla araştırma yapılması gerekmektedir.

Abstract:
Objective: The main purpose of this study is to determine the antioxidant properties of the extract of the plant Urtica dioica L. in the laboratory through in vitro studies and to evaluate the molecular interactions of the target proteins in the extracts at the in silico level in order to identify potential drug candidates as a treatment strategy for obesity. This involves the application of an in vitro and in silico computer-assisted approach in the discovery of pharmacological agents to address the problem of obesity.

Materials and Methods: The components in the extracts of the Urtica dioica L. plant were determined by in vitro antioxidant activity testing, and the molecular components obtained from the extracts such as Caffeic acid, Chlorogenic acid and Malic acid and the structural properties of proteins such as FTO, PPAR, LIPAZ and GLP1, which are associated with obesity. was analyzed in silico using the molecular docking method. This process involves evaluating the interactions of ligands (molecular components) with target proteins and the energetic properties of these interactions.

Results: The results showed that pharmacological agents such as Orlistat exhibited a binding energy of -7.3 kcal/mol on PPAR. At the same time, it was determined that the binding energy of natural product-derived Chlorogenic acid to GLP1 protein was -8.5 kcal/mol higher.

Conclusion: This in silico study supports the hypothesis that Urtica dioica L. plant extracts can be evaluated as potential therapeutic agents by evaluating the interactions of the components they contain with obesity-associated proteins. However, these findings need to be confirmed under laboratory conditions and further research needs to be conducted for clinical applications.