Ankara çevresinde yetiştirilen yeşil yapraklı sebzelerde Salmonella spp. varlığının moleküler tekniklerle belirlenmesi
Determination of the incidence of Salmonella spp. on vegetables with green leaves grown around Ankara by using molecular techniques
Yazar: ULYA BEN
Danışman: PROF. DR. S. AYKUT AYTAÇ
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Bölümü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Salmonella, insanlarda salmonellozis, ince bağırsak iltihabı, mide-bağırsak hastalıkları ve septisemi gibi gıda kaynaklı hastalıklara neden olan önemli bir gıda patojenidir. Salmonella enfeksiyonlarına yol açan önemli gıda kaynakları arasında kanatlı etleri, taze sebze ve meyveler, peynirler, süt, et ve et ürünleri bulunmaktadır. Sebzelerin çiğ olarak tüketilmesindeki artış, beraberinde salmonellozis salgınlarının sayısının da artmasına neden olmuştur.Mikroorganizmaların gıdalardan izolasyonu ve daha sonrasında bu izolatların moleküler olarak tanımlanması veya doğrulanması amacı ile son yıllarda pek çok özgün ve duyarlı moleküler yöntem geliştirilmiştir. İmmünomanyetik ayırma (İMA) ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) da bu yeni yöntemlerden bazılarıdır.Bu çalışmada, Ankara ve çevresinden toplanan 164 adet yeşil yapraklı çiğ tüketilen sebze örneğinde Salmonella spp. patojeninin varlığı araştırılmıştır. Bu amaçla Salmonellalar, yeşil yapraklı sebze örneklerinden İMA yöntemi ile ayrılarak konsantre edilmiş, ISO 6579 referans metodunun önerdiği katı besiyerlerine ekim yapılmış, her petriden alınan şüpheli izolatların DNA izolasyonu ve saflaştırılması işlemi gerçekleştirilmiştir. Bu patojene özgü invA geninin 284 baz çifti uzunluğundaki hedef gen bölgesi, PZR yöntemi ile enzimatik olarak çoğaltılmış ve şüpheli Salmonella kolonilerinin doğrulanması işlemi gerçekleştirilmiştir. PZR ürünleri agaroz jel elektroforezi ile incelenmiş ve UV ışığı altında değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, incelenen 164 adet gıda örneğinin 23 adedinde Salmonellalara özgü hedef gen bölgesi gözlenmiş ve dolayısıyla sebze örneklerindeki Salmonella varlığı moleküler bir yöntem kullanılarak doğrulanmıştır.

Abstract:
Salmonella is an important foodborne pathogen causes salmonellosis, enteritis, gastrointestinal diseases and septicemia in human beings. A variety of food products; especially poultry, fresh vegetables and fruits, cheeses, milk, meat and meat products are the most important sources of Salmonella infection. Consumption of fresh product has come with an increased frequency of outbreaks of salmonellosis associated with fresh vegetables. In the last years, specific and sensitive techniques are improved for the isolation of microorganisms from foods and then for the confirmation of these isolates by using molecular techniques as Immunomagnetic Separation (IMS) and Polymerase Chain Reaction (PCR).At this study, 164 vegetables with green leaves which harvested around Ankara have been investigated for incidence of Salmonella spp. For this purpose, Salmonellae have been concentrated from vegetables with green leaves by using IMS method and then inoculated on to plates which are suggested by ISO 6579 method and then suspected colonies were picked from each plate and the isolates? DNAs were extracted. The part of the target gene with the length of 284 base pair was amplified by using PCR technique. So it was determined whether the suspected colonies contain this gene by the evaluation of the bands, regarding to this amplified gene part. PCR had been used for the confirmation of the suspected colonies of Salmonella. The PCR products were detected by agarose gel electrophoresis and visualized under UV illumination. As a result, 23 of 164 vegetables with green leaves had positive result according to presence of Salmonella spp.