Tavuklarda vankomisin dirençli enterokokların ve dirençle ilişkili genlerin dağılımının araştırılması
Investigation of vancomycin-resistant enterococci and thedistribution of the genes associated with resistance in chickens
Yazar: HALUK ÇEPOĞLU
Danışman: PROF. DR. SEYYAL AK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
ÇEPOĞLU, H. (2016). Tavuklarda Vankomisin Dirençli Enterokokların ve Dirençle
İlişkili Genlerin Dağılımının Araştırılması.İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri
Enstitüsü, Mikrobiyoloji AbD. Doktora Tezi. İstanbul.
Bu çalışmada, tavuklarda vankomisin dirençli enterokokların saptanması ve
kodlayan direnç genlerinin belirlenmesi amaçlandı. İstanbul ve Balıkesir illerinin merkez
ve çevre ilçelerinde belirlenen 12 yumurtacı ve 6 broyler tavuk kümesinden Kasım 2012
– Mayıs 2013 tarihleri arasında 300 tavuk dışkısı (dışkılı altlık ve kloakal sıvap) toplandı.
Bu örneklerin 220'si yumurtacı tavuklara ait kloakal sıvap, 80'i broylerlere ait dışkılı
altlık örnekleriydi. Alınan örnekler Enterococcosel sıvı besiyeri ve agarda kültüre edildi,
elde edilen 107 adet şüpheli izolatın PCR ile cins düzeyinde identifikasyonları yapıldı.
Enterococcus spp. izolatlarının (n=98) fenotipik vankomisin dirençlerini belirlemek için
vankomisin (30µg) diski ile disk diffüzyon testi yapıldı. Dirençli ve orta duyarlı çıkan
izolatların (n=97) vankomisin Minimum İnhibisyon Konsantrasyon (MİK) değerleri
belirlendi; 5'i dirençli (MİK≥ 64 µg/ml), 83'ü orta duyarlı (MİK=8-16 µg/ml) ve 9'u
duyarlı ( MİK≤4 µg/ml) olarak bulundu. Vankomisin MİK sonucuna göre dirençli ve orta
duyarlı çıkan izolatların (n=88), teikoplanin MİK değerleri belirlendi; 2'si dirençli
(MİK≥32 µg/ml) ve 86'sı duyarlı (MİK≤8µg/ml) olarak bulundu. Fenotipik olarak
vankomisine dirençli ve orta duyarlı olduğu belirlenen enterokok izolatlarının, PCR ile
vankomisinle ilişkili direnç genleri ve tür düzeyinde identifikasyonları yapıldı. PCR
sonucunda izolatların 5'inin vanA taşıyan E. faecium, 29'unun vanC1 taşıyan E.
gallinarum, 54'ünün vanC2/3 taşıyan E. casseliflavus olduğu saptandı.
Sonuç olarak incelenen 300 örnekten %1,67 oranında vanA (E. faecium), %9,67
vanC1 (E. gallinarum) ve %18 vanC2/3 (E. casseliflavus) vankomisin dirençli enterokok
(VRE) saptandı.
Anahtar Kelimeler: Tavuk, Vankomisin Direnci, PCR, Dışkı, Enterococcus Spp.
Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından
desteklenmiştir. Proje No:25611

Abstract:
Cepoglu, H. (2016). Investigation of vancomycin-resistant enterococci and the
distribution of the genes associated with resistance in chickens. Istanbul University,
Institute of Health Science, Microbiology Department. Phd Dissertation. Istanbul.
The aim of this study is detection of vancomycin-resistant enterococci and of
encoding resistance genes in chicken. Three hundred chicken droppings (stools of the
litter and cloacal swabs) were collected from 12 layer and 6 broiler farms, determined in
center and districts of Istanbul and Balıkesir province, between November 2012 and May
2013. Among these samples 80 of them were litter samples mixed with feces from broilers
and 220 were cloacal swabs from laying chickens. The samples were cultured in
Enterococcosel broth and on Enterococcosel agar (supplemented with 6 µl/ml
vancomycin hydrochloride) and species identification of 107 isolates were performed by
PCR. Disk diffusion test with vancomycine disk (30µg) was performed to determine
phenotypic vancomycin resistance of Enterococcus spp. isolates (n=98). Vancomycin
minimum inhibitory concentration (MIC) values of resistant and intermediate resistant
isolates (n=97) were determined; 5 of them were found resistant (MIC≥64 mg / ml), 83
of them intermediate resistant (MIC = 8-16 mg / ml) and while 9 of them sensitive
(MIC≤4 mg / ml). Teicoplanin MIC values of vancomycin resistant and intermediate
resistant isolates (n=88) were examined; two of them found resistant while (MIC≥32 mg
/ ml) and 86 sensitive (MIC≤8μg / ml). PCR for related species identification vancomycin
resistance genes and were performed to all phenotypically vancomycin resistant and
intermediate resistant isolates. As a result of PCR, isolates were identified as vanA
carrying E. faecium (n=5), vanC1 carrying E. gallinarum (n=29) and vanC2/3 carrying
E. casseliflavus (n=54).
Finally, out of the 300 samples, 1.67% vanA (E.faecium), 9.67% vanC1 (E.
gallinarum) and 18% vanC2/3 (E. casseliflavus) vancomycin resistant enterococci
(VRE) were determined.
Keywords: Chicken, Vancomycin resistance, PCR, faeces, Enterococcus spp.
This present work was supported by the Research Fund of Istanbul University.ProjectNo.25611