Hastaneden izole edilen patojen bakterilere karşı bitki yağlarının antimikrobiyal aktivitesinin belirlenmesi
Determination of the antimicrobial activities of vegetable oils against pathogenic bacteria isolated from a hospital
Yazar: AYŞE ÇOLAK
Danışman: DOÇ. DR. BİNNUR MERİÇLİ YAPICI
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada enfeksiyonlara neden olan bazı patojen bakterilere karşı ticari esansiyel yağların antibakteriyel aktivitesi araştırılmıştır.
Öncelikle hastane laboratuvarlarından temin edilen izolatlardan 19 tanesi 16S rRNA dizi analizi ile tanımlanmış ve tanımlanan türlere karşı bazı ticari esansiyel yağların antibakteriyel aktivitesi agar disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir. Etkin çıkan esansiyel yağların Minimum İnhibitör Konsantrasyonları (MİK) mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak tespit edilmiştir. 
Araştırma bulgularına göre en yüksek inhibisyon zon çapları çörekotu esansiyel yağı Staphylococcus epidermidis NBRC 100911 suşuna karşı 49,33 mm, Bacillus cereus ATCC 14579 ve Bacillus cereus JCM 2152 suşlarına karşı 39,92 mm olarak belirlenmiştir. Çörekotu esansiyel yağından sonra sırasıyla Escherichia coli NBRC 102203 suşuna nane esansiyel yağı 23,33 mm, Staphylococcus hominis DM 122 suşuna karşı okaliptüs–2 esansiyel yağı 20,16 mm, Staphylococcus epidermidis NBRC 100911 suşuna karanfil esansiyel yağı 19,67 mm, Staphylococcus epidermidis NBRC 100911 suşuna karşı adaçayı esansiyel yağının 19,50 mm, Staphylococcus epidermidis NBRC 100911 suşuna  okaliptüs–1 esansiyel yağı 15,67 mm, Staphylococcus lugdunensis ATCC 43809 suşuna defne esansiyel yağı 14,67 mm inhibisyon zon çapları ile etkili olduğu belirlenmiştir. 
Agar disk difüzyon sonuçları dikkate alınarak her bakteri için en etkin iki yağ tespit edilmiş ve bu yağların MİK değerleri belirlenmiştir. En düşük MİK değerleri çörekotu ve kekik–2 esansiyel yağından elde edilmiş olup; çörekotu yağının Staphylococcus epidermidis NBRC 100911 suşuna karşı MİK değeri % 0,05 (v/v), kekik–2 esansiyel yağının Bacillus cereus ATCC 14579, Escherichia fergusonii ATCC 35469, Escherichia coli NBRC 102203, Shigella boydii P288 suşlarına karşı MİK değeri % 0,12 (v/v) olarak belirlenmiştir. 
Hastane patojeni Staphylococcus suşlarının hemen hepsi methicillin antibiyotiğine karşı dirençli bulunurken Staphylococcus epidermidis NBRC 100911 suşuna çörekotu yağı 49,33 mm, kekik–2 yağı sırasıyla Staphylococcus caprae ATCC 13313 suşuna 34,67 mm, Staphylococcus haemolyticus JCM 2416 suşuna 33,67mm, Staphylococcus lugdunensis ATCC 43809 suşuna 33,25 mm, Staphylococcus aureus ATCC 12600 suşuna 33,00 mm, Staphylococcus hominis DM122 suşuna 28,67 mm inhibisyon zon çapları ile önemli derecede duyarlı bulunmuştur.

Abstract:
This study is intended to investigate the antibacterial activity of commercial essential oils against some infecting pathogenic bacteria.
The first 19 of the isolates from hospital laboratories were identified with 16S rRNA sequencing analysis, and the antimicrobial activities of some commercial essential oils against the identified species were determined by agar disc diffusion. The Minimum Inhibitory Concentrations (MIC) of the active essential oils were determined by microdilution. 
The research revealed that the highest inhibition zone diameters were obtained from the measurements concerning black cumin essential oil, which are 49,33 mm against the NBRC 100911 strain of Staphylococcus epidermidis, 39,92 mm against the ATCC 14579 strain of Bacillus cereus and the JCM 2152 strain of Bacillus cereus. Following the black cumin oil, mint essential oil was found to be active against the NBRC 102203 strain of Escherichia coli producing an inhibition zone diameter of 23,33 mm, eucalyptus–2 essential oil against the DM 122 strain of Staphylococcus hominis producing an inhibition zone diameter of 20,16 mm, carnation essential oil against the NBRC 100911 strain of Staphylococcus epidermidis NBRC 100911 producing an inhibition zone diameter of    19,67 mm, sage essential oil against the NBRC 100911 strain of Staphylococcus epidermidis producing an inhibition zone of 19,50 mm, eucalyptus-1 essential oil to the NBRC 100911 strain of Staphylococcus epidermidis producing an inhibition zone diameter of 15,67 mm and daphne essential oil against the ATCC 43809 strain of Staphylococcus lugdunensis producing an inhibition zone diameter of 14,67 mm. 
In consideration of agar disc diffusion, the most active two oils were identified against each bacterium and the MIC values of these oils were determined. The lowest MIC values were elicited from the black cumin and the thyme–2 essential oils. The MIC value of the black cumin oil was found to be % 0,05 (v/v) against the NBRC 100911 strain of Staphylococcus epidermidis and of thyme-2 essential oil to be % 0,12 (v/v) against ATCC 14579 strain of Bacillus cereus, ATCC 35469 strain of Escherichia fergusonii, NBRC 102203 strain of Escherichia coli and P288 strain of Shigella boydii. 
While almost all of the strains of hospital pathogen Staphylococcus were discovered to be resistant to methicillin antibiotic, the black cumin oil was found highly susceptible to the NBRC 100911 strain of Staphylococcus epidermidis producing an inhibition zone diameter of 49,33 mm and thyme–2 to the ATCC 13313 strain of Staphylococcus caprae, the JCM 2416 strain of Staphylococcus haemolyticus, ATCC 43809 strain of Staphylococcus lugdunensis, the ATCC 12600 strain of Staphylococcus aureus, the DM122 strain of Staphylococcus hominis producing inhibition zone diameters of         34,67 mm, 33,67 mm, 33,25 mm, 33,00 mm and 28,67 mm respectively.