Anne sütünde izole edilen laktik asit bakterilerinin 16S rRNA dizi analizi ile tanımlanması, antibiyotik dirençlilik ve antibakteriyal aktivitelerinin belirlenmesi
The identification of lactic acid bacteria isolated in mother's milk with 16S rRNA sequence analysis and determination of antibiotic resistance and antibacterial activities
Yazar: MEHMET SÖNMEZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ YUSUF ALAN
Muş Alparslan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada Sağlık Bilimleri Üniversitesi Van Eğitim ve Araştırma Hastanesi Süt Çocuğu Servisinden toplanan 30 anne sütü örneğinden toplamda 48 şüpheli laktik asit bakterilerisi izole edilmiştir. Belirlenen şüpheli izolatların 16S rRNA PCR analizi sonucunda 24 izolatın 1465 bç bölgesinde bant verdiği gözlemlenmiştir. Bu izolatların evrensel 16S rRNA primeri ile hazırlanan PCR ürünlerinin sekans analizi yapılarak elde edilen sonuçlar BLAST' landığında izolatların beş'i Lactobacillus, beş'i Pediococcus ve bir'i ise Enterococcus cinsine yüksek oranda benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Laktik asit bakteri suşlarından izole edilen plazmit sayıları bir ile beş arasında değişmektedir. Plazmitler büyüklükleri yönünden değerlendirildiğinde, en büyük plazmitin yaklaşık 10000 bç'nin üzerinde olduğu belirlenmiştir. Antibiyotiklere karşı dirençliliğin belirlenmesi için yapılan çalışmada LAB suşları en yüksek duyarlılığı kloramfenikol'e karşı (% 100) gösterirken, en düşük duyarlılık ise Rifampisin'e (% 36.4) karşı gösterdiği tespit edilmiştir. İzolatlar en yüksek orta dereceli duyarlılığı Rifampisin'e (% 54.6) karşı gösterirken, en düşük orta dereceli duyarlılığı ise penisilin G' ye (% 18.2) gösterdiği belirlenmiştir. Suşlar en yüksek direnci vankomisin, gentamisin, nalidiksik asit ve polimiksin antibiyotiklerine karşı (%100) gösterirken, en düşük direnci ise Rifampisin'e (% 9.0) karşı gösterdiği tespit edilmiştir. Penisilin'e karşı dokuz izolat direçli iken geriye kalan iki izolat  (6 ve 7) ise orta dereceli duyarlılık göstermiştir. İzole edilen 11 adet  laktik asit bakterisinin diğer bakteriler üzerindeki etkileri  incelendiğinde test bakterileri üzerinde hiç bir etkisi olmadığı  gözlemlenmiştir.

Abstract:
In this study, a total of 48 suspected lactic acid bacteria were isolated from the sample of 30 mother's milk from University of Health Sciences Van Education and Research Hospital Dairy Child Service. The 16S rRNA PCR analysis of the suspected isolates revealed that 14 isolates gave a band at 1465 bp. Sequence analysis of PCR products prepared with universal 16S rRNA primer of these isolates revealed that the isolates showed high similarity to following species Lactobacillus (5), Pediococcus (5) and Enterococcus (1) when they were BLAST. Plasmid counts isolated from lactic acid bacteria strains range from 1 to 5. When the plasmids were evaluated for their size, it was determined that the largest plasmid was above about 10,000 bp. LAB strains showed the highest sensitivity to chloramphenicol (100%) and the lowest sensitivity to rifampisin (36.4%) in the study to determine resistance to antibiotics. The isolates showed the highest moderate sensitivity to rifampisin (54.6%) while the lowest moderate sensitivity to penicillin G (18.2%). The strains showed the highest resistance to vancomycin, gentamicin, nalidixic acid and polymyxin antibiotics (100%) while the lowest resistance to rifampisin (9.0%). While 9 isolates were resistant against penicillin, the remaining 2 isolates (6 and 7) showed moderate susceptibility. When the antimicrobial effects of 11 isolated lactic acid bacteria on other bacteria were examined, it was observed that they had no effect on test bacteria.