Antiepileptik ilaç etken maddelerinin yapı-aktivite ilişkilerinin moleküler kenetleme yöntemi ile araştırılması
Investigation of structure-activity relationship of antiepileptic drug agents with molecular docking method
Yazar: ESRA NUR KÖMÜRCÜ
Danışman: PROF. DR. BAYRAM KIRAN ; DOÇ. DR. MAHMUT GÜR
Kastamonu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyomühendislik = Bioengineering ; Genetik = Genetics

Özet:
Bu tez çalışmasında epilepsi hastalığında nöbetleri konvülze edebilme özelliği olan 19 adet ilaç etken maddeleri üzerinde ve 5 adet pdb (4KFM, 4PA6, 5UN1, 6HUJ, 6KZP) dosyasıyla çalışılmıştır. Ligandlar belirlenirken epilepsi nöbetinde konvülzant etkisine göre seçilmiştir. Çalışılan 5 adet pdb dosyası nörötransmitter görevi görmektedir. Ve makromoleküller seçilirken eksitatör ve inhibitör etkilere göre belirlenmiştir. Etken maddelerimizle nörotiransmitterlere, moleküler kenetleme (docking) yöntemi ile kenetlenme çalışması yapılmıştır. Tez çalışmasında Autodock Vina programının arayüzü Autodock Tolls programı kullanılmıştır Discovery Studio programı ile optimize edilen yapılar gerekli formatlara dönüştürülmüş ve Autodock  Tolls programı ile grid çalışmaları yapılarak afiniteleri belirlenmiştir ve ligandlara herbir reseptör için ayrı ayrı kenetleme işlemi uygulanmıştır. Bulunan sonuçlara göre; vigabatrin, lokosamidin, zonisamid, levetiresetam, trimethadion için en iyi moleküler kenetleme sonucunu 6HUJ makromolekülü vermiştir. Tiagabin, topiramat, felbamat, valproik asit için en iyi değeri 5UN1 makromolekülü vermiştir. Okskarbazepin için en iyi değeri 5UN1 VE 6KZP makromolekülü vermiştir. Lamotrigin için en iyi değeri 5UN1 VE 6HUJ makromolekülü vermiştir. Ethosuximide çin en iyi değeri 4PA6 ve 5UN1 makromolekülü vermiştir. Gabapentin, mesuximide, ethotoin, fenitoin, remasemid, mephenytoin için 4PA6 makromolekülü en iyi değeri vermiştir. Primidon için en iyi bağlanma değerini 6KZP makromolekülü vermiştir. Reseptörler için ise; 4KFM makromolekülü için en iyi  değeri fenitoin, 4PA6 makromolekülü için en iyi değeri fenitoin, 5UN1 makromolekülü için tiagabin, 6HUJ makromolekülü için tiagabin ve 6KZP makromolekülü için okskarbazepin makromolekülü göstermiştir. Uygulanan çalışmanın verilerine bakıldığında anlamlı sonuçlar bulunduğunu söyleyebiliriz ancak epilepsi tedavisi için daha çok çalışılması gerekmektedir.

Abstract:
In this thesis study, 19 drug active substances with the ability to convulsive seizures in epilepsy disease and 5 pdb (4KFM, 4PA6, 5UN1, 6HUJ, 6KZP) files were studied. While determining the ligands, they were chosen according to the convulsant effect in epileptic seizures. The 5 pdb files that were studied act as neutransmitter. And while macromolecules were selected, they were determined according to their excitatory and inhibitory effects. A study of interlocking neurotransmitters with our active ingredients by molecular docking method has been performed. In the thesis study, the interface of Autodock Vina program, Autodock Tolls program was used. The structures optimized with the Discovery Studio program were transformed into the required formats and their affinities were determined by grid studies with the Autodock Tolls program, and the ligands were docked separately for each receptor. According to the results found; 6HUJ macromolecule gave the best molecular coupling result for vigabatrin, locosamidine, zonisamide, levetiresetam, trimethadion. The 5UN1 macromolecule gave the best value for tiagabin, topiramate, felbamate, valproic acid. The 5UN1 AND 6KZP macromolecules gave the best value for oxcarbazepine. The 5UN1 AND 6HUJ macromolecules gave the best value for lamotrigine. 4PA6 and 5UN1 macromolecules gave the best value for ethosuximide. 4PA6 macromolecule gave the best value for gabapentin, mesuximide, ethotoin, phenytoin, remasemid, mephenytoin 6KZP macromolecule gave the best binding value for primidone. For the receptors; The best value for the 4KFM macromolecule was phenytoin, the best value for the 4PA6 macromolecule, phenytoin, the 5UN1 macromolecule, tiagabin for the 6HUJ macromolecule, and the oxcarbazepine macromolecule for the 6KZP macromolecule. When we look at the data of the applied study, we can say that there are significant results, but more studies are needed for epilepsy treatment.