Kapiler jel elektroforez yöntemiyle Salvia türlerinde DNA tayini
Determination of DNA in Salvia species by capillary gel electrophoresis
Yazar: ELİF MİNE ÖNCÜ KAYA
Danışman: DOÇ. DR. ÜLKÜ DİLEK UYSAL ; DOÇ. DR. NİLGÜN ÖZTÜRK
Anadolu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
Bu çalışmada, Türkiye Florasında geniş yayılış gösteren ve pek çok endemik türe sahip olan Lamiaceae familyasına ait 10 farklı Salvia (adaçayı) türünün agaroz jel elektroforez ve kapiler jel elektroforez yöntemleri ile DNA parçalarının tayini yapılmıştır. Bu amaçla, öncelikle Eskişehir bölgesinden toplanan Salvia L. türlerinin yapraklarından genomik DNA'lar izole edilmiştir. Genomik DNA'ların bazı bölgeleri OPA?03, OPA?04, OPA?05 ve OPA?15 oligonükleotit primerleri kullanılarak RAPD yöntemi ile çoğaltılmıştır. DNA parçaları agaroz jel elektroforezi ile ayrılmış ve bu DNA bantları UV ışık kaynağı kullanılarak görüntülenmiştir. Salvia L. türleri için filogenetik ilişki belirlenmiştir. Bu sonuçlar genetik olarak en uzak türlerin S. fruticosa ve S. dichroantha olduğunu, buna karşın en yakın türlerin ise S. bracteata ve S. fruticosa olduğunu göstermektedir.Kapiler jel elektroforez ile DNA ayırımları için hidroksietil selüloz kullanılarak dinamik kaplama yöntemi geliştirilmiştir. 14 farklı büyüklükteki standart DNA parçası için bu yöntem kullanılarak etkili bir ayırım ve tekrarlanabilir sonuçlar elde edilmiştir. Salvia L. türlerinden seçilen DNA parçaları kapiler jel elektroforez ile tayin edilmiştir. Elde edilen bu sonuçlar agaroz jel elektroforez sonuçlarıyla karşılaştırılmış ve birbiriyle uyumlu olduğu gözlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Kapiler Jel Elektroforez, Agaroz Jel Elektroforez, Bitki DNA?sı, Salvia, RAPD, Filogenetik Ağaç.

Abstract:
In this study, DNA fragments of ten different Salvia (sage) species from Lamiacea family, which have a wide range in Turkey Flora and many of the endemic species, were determined by using agarose gel electrophoresis and capillary gel electrophoresis. For this purpose, the genomic DNAs were firstly isolated from the leaves of Salvia species collected from Eskişehir region. Some parts of genomic DNAs were amplified using OPA-03, OPA-04, OPA-05 and OPA-15 oligonucleotide primers by RAPD method. The DNA fragments were seperated by agarose gel electrophoresis, and these DNA bands were visualized by irradiating with a UV light source. Phylogenetic relation for these Salvia L. species were investigated. The results indicate that the furthest genetically species are S. fruticosa and S. dichroantha, while the most genetically similar species are S. bracteata and S. fruticosa.Dynamic coating method was developed using hydroxyethyl cellulose by capillary gel electrophoresis for DNA separation. An effective separation and reproducible results were obtained for 14 different size of standard DNA fragments by the method. DNA fragments selected from Salvia L. species were determined by capillary gel electrophoresis. The obtained results were also compared with those results by the agarose gel electrophoresis and they were consistent with each other.Keywords: Capillary Gel Electrophoresis, Agarose Gel Electrophoresis, Plant DNA, Salvia,RAPD, Phylogenetic Tree.