FISH ve standart mikrobiyolojik yöntemlerle gıda ve sulardaki önemli bakterilerin belirlenmesi
Determination of important bacteria in food and water by FISH and standard microbiological methods
Yazar: BURCU İŞMAN ÇOKAY
Danışman: DOÇ. DR. HALİL BIYIK
Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışma, gıda ve su örneklerindeki E.coli, Salmonella, S.aureus ve Legionella' nın `Floresans in situ Hibridizasyonu' ve FDA tarafından onaylı `Kültürel Mikrobiyolojik Yöntemler' ile sayımı ve belirlenmesinin araştırılması amacıyla yürütülmüştür. Gıda örnekleri Aydın İli' ndeki büyük bir alışveriş marketinden ve halk pazarlarından, su örnekleri ise Aydın İli' ne kullanım suyu sağlayan su depolarından toplanmıştır. 100 et ve 100 su örneği çalışılarak iki tekrarlı 1000 analiz yapılmıştır. FISH ve kültürel yöntemlerle belirlenen bakteri sayıları eşleştirilmiş t-testi ile karşılaştırılmış ve metotlar arasında önemli derecede fark (p<0,01) bulunmuştur. Araştırmamızda, 12 farklı hibridizasyon sıcaklığı, 6 farklı oligonükleotid prob için denenerek, hibridizasyon sıcaklıkları EUB338, NonEUB338 ve Sau için 43°C; ECO1167 için 47°C, Sal3 için 37°C ve Leg705 için 45°C olarak belirlenmiştir. 84 et örneğinin Türk Gıda Kodeksi limitlerinden fazla sayıda E.coli içerdiği bulunmuştur ve bu 84 örnekten 42 tanesinin halk pazarlarından alındığı gözlenmiştir. 100 et örneğindeki S.aureus sayılarının kodeks limitlerinin altında olduğu bulunmuştur. Diğer taraftan, 100 et örneğinin 18 tanesinin Salmonella pozitif olduğu ve 18 pozitif örnekten sadece 3 tanesinin marketten alındığı gözlenmiştir. Bunların yanında, kültürel metotla analiz edilen 12 Salmonella negatif örnekten FISH yöntemi ile Salmonella izole edilmiştir. 100 su örneği FISH ve kültürel yöntemlerle analiz edilmiş ve her iki yöntemle de E.coli ve Salmonella saptanmamıştır. Bu çalışma ile, E.coli, S.aureus, Salmonella ve Legionella sayımının tek bir gün içerisinde yapılabildiği bir FISH metodu geliştirilmiş ve ECO1167 probu ile FISH analizi 8 saate düşürülmüştür.

Abstract:
This study has been conducted to investigate the determination and enumeration of E.coli, Salmonella, S.aureus and Legionella sp. in food and water samples by `Fluorescence in situ Hybridization? and FDA approved `Cultural Microbiological Methods?. The food samples were collected from a big supermarket and public bazaars in Aydın city; the water samples were collected from the water tanks which supplies potable water to Aydın city. 100 meat and 100 water samples were studied and 1000 analyses were applied with 2 repetitives. Bacterial counts which were determined by FISH and cultural methods were compared statistically by paired t-test and a significant difference (p<0.01) between the methods is obtained. 12 different hybridization temperature is experimented for 6 different oligonucleotide probes and hybridization temperatures are specified as 43°C for EUB338, NonEUB338 and Sau; 47°C for ECO1167, 37°C for Sal3 and 45°C for Leg705. E.coli cell counts in 84 meat samples have been found higher than Turkish Food Codex limits and 42 of 84 have been observed that were collected from public bazaars. S.aureus counts in 100 meat samples were found below codex limits for all meat samples. On the other hand, 18 of 100 meat samples were found Salmonella positive and it has been observed that only 3 of 18 positive samples were collected from the supermarket. Besides, Salmonella was isolated by FISH from 12 of 82 Salmonella negative samples analysed by culture method. 100 water samples were analysed by FISH and cultural methods and E.coli and Salmonella were not detected by both of the methods. By this study, a FISH method capable of enumerating E.coli, S.aureus, Salmonella and Legionella in food within a single day was developed and the total time for FISH analyse with probe ECO1167 was reduced to 8h.