Diyareli hastalarda campylobacter spp. ve enterohemorajik escherichia coli sıklığının araştırılması
Investigation of campylobacter spp. and enterohemorrhagic escherishia coli prevalence in diarrheal stools
Yazar: HATİCE SANLİ AVCI
Danışman: PROF. DR. ZEYNEP GÜLAY
Dokuz Eylül Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Hemorajiler = Hemorrhage ; Kampilobakter = Campylobacter ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity

Özet:
Amaç: Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi ve Behçet Uz Çocuk Hastalıkları Eğitim ve Araştırma Hastanesi mikrobiyoloji laboratuvarlarına diyare öntanısı ile gönderilen dışkı örneklerinde, Campylobacter spp. ve Enterohemorajik Escherichia coli'nin prevalansını belirlemek ve üreyen izolatların antibiyotik duyarlılıklarını incelemektir.Yöntem: Çalışmamızda, Haziran 2007- Mayıs 2008 tarihleri arasında, 775 dışkı örneğinden m CCDA besiyeri ve hipurat hidrolizi testi kullanılarak 85 adet Campylobacter jejuni ve 12 adet Campylobacter coli izole edildi. Moleküler tanımlama için PZR ile Campylobacter spp. 16S rRNA geni ile hipurikaz geni varlığı araştırıldı. Ayrıca, hipurat negatif izolatlar ile hipurat testi pozitif olan 5 izolatın tür tanımlanması ApiCampy ile de doğrulandı. İzolatların antibiyotik duyarlılıklarının saptanması için; E-Test yöntemi ile meropenem, gentamisin, doksisiklin, eritromisin ve siprofloksasin duyarlılıklarına bakıldı. Çalışmanın EHEC izolasyonunu kapsayan ikinci kısmında, akut ishal yakınması ile başvuran ve yapılan dışkı kültürlerinde herhangi bir patojen bakteri (Salmonella, Shigella, Campylobacter vb.) üremediği halde E. coli üremesi olan toplam 171 örnek işleme alındı.Sonuç: Çalışma süresince toplam 97 Campylobacter spp. üretildi ve tanımlama protokolü rutin laboratuara yerleştirildi. C. jejuni'lerde eritromisin ve doksisikline % 11.8, gentamisine % 4.7, siprofloksasine % 51.8 oranında direnç tespit edildi. İzolatların tümü meropeneme duyarlı idi. C. coli izolatlarında ise, meropenem, gentamisin ve doksisikline direnç saptanmazken, eritromisine % 17 ve siprofloksasine % 50 oranında direnç tespit edildi. EHEC saptanmasında; üreyen 171 E. coli'den beş tanesi O:157-H7 antiserumu ile reaksiyon verdi ve Enterohemorajik Escherichia coli olarak adlandırıldı. Escherichia coli'lerin tamamı stx-1 ve stx-2 genleri açısından PZR ile incelendi ve hiçbir suşta stx-1 ve/veya stx-2 geni saptanamadı. Tartışma: Bu verilere göre bölgemizde Enterohemorajik E. coli O:157-H7 serotip dışında diğer serotiplerin diyare etkeni olması sözkonusu olabilir. Bu nedenle, diğer E. coli`nin serotiplerinin de araştırılması uygun olacaktır. Diyare etkenleri arasında önemli bir ajan olduğu anlaşılan Campylobacter spp.'nin laboratuar tanısı bölgemizdeki sıklığı ve antimikrobiyal duyarlılığının tespiti büyük önem taşımaktadır.

Abstract:
Aim: In this study, it was aimed to determine microbiological procedures that were used in isolation and identification of Campylobacter spp. and Enterohemorrhagic Escherichia coli from the stools of the patients with diarrhea which were send to Microbiology Laboratories of Dokuz Eylül University Medical Faculty Hospital and Behçet Uz Education and Investigation Hospital of Children?s Disease. Detection of 16S rRNA and hippuricase genes of Campylobacter spp. and stx-1 and/or stx-2 genes of Enterohemorrhagic Escherichia coli was also aimed.Method: A total of 775 stool specimens were examined by culture and hippurate hydrolysis during the study period (June 2007- May 2008). Genus and species identification were also confirmed by PCR by determining Campylobacter specific 16 SrRNA and hippuricase genes. Eighty- five Campylobacter jejuni and 12 Campylobacter coli strains which were isolated by phenotypic methods which were confirmed by the molecular methods also. Confirmation of the species identification in 9 hippuricase negative isolates and five hippuricase positive Campylobacter isolates was also performed by using ApiCampy kit. Susceptibilities of the isolates to meropenem, gentamicin, doxycyclin, erythromycin and ciprofloxacin were explored by E-Test method. In the second phase of the study 171 stool specimens which yielded no pathogens except E.coli and which were taken from patients who had applied to the outpatient clinics with a complaint of acute diarrhea that were investigated for the existence of EHEC O157:H7 by stx1/2 PCR.Result: A total of 97 Campylobacter spp were detected by culture and hippurate hydrolysis. The results were confirmed by PCR and API Campy. When antibiotic susceptibilities were studied, no resistance against meropenem had been detected among C. jejuni isolates. The resistance rates for erythromycin, doxycyclin, gentamicin, and ciprofloxacin were 11.8%, 11.8%, 4.7% and 51.8%, respectively. While no resistance against meropenem, gentamicin and doxycyclin had been detected among C. coli isolates, the resistance rates for erythromycin and ciprofloxacin were 17.0% and 50.0%, respectively. Five of 171 E. coli isolates gave agglutination with O:157-H7 antiserum and identified as enterohemorrhagic Escherichia coli. All Escherichia coli isolates were investigated for existence of stx-1 and stx-2 genes by PCR method and the stx-1 and/or stx-2 genes were detected in none of the isolates.Conclusion: The ratio of diarrhea related with Enterohemorrhagic Escherichia coli O:157-H7 is low in our region according to our data. The serotypes other than Enterohemorrhagic E. coli O:157-H7 may be the reason of diarrhea in our region. Therefore it will be appropiate to investigate the other serotypes of E. coli. This study confirmed that Campylobacter spp. are important pathogens among bacteria which cause diarrheae and their laboratory diagnosis, prevalance in our region and detection of antimicrobial succeptibility are important.