Ege denizi'ndeki caulerpa racemosa (Forsskål) j. Agardh populasyonlarının filogenetik ilişkilerinin DNA barkodlama ile belirlenmesi
Determination of phylogenetic relationship among caulerpa racemosa (Forsskål) j. Agardh populations in aegean sea using DNA barcoding
Yazar: ESRA MİNE ÜNAL
Danışman: PROF. DR. HASAN HÜSEYİN ATAR
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Genetik = Genetics ; Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; Filogenetik = Phylogenetic

Özet:
Bu çalışmada Ege Denizi'nde dağılım gösteren ve istilacı tür olarak öneme sahip olan Caulerpa racemosa türünün genetik karakterizasyonunun gerçekleştirilmesinde DNA barkodlama yöntemi kullanılmıştır. Çalışma kapsamında C. racemosa'dan elde edilen doku örneklerinden ITS ve rbcL lokuslarının izole edilerek DNA dizilerinin tür teşhisindeki başarısı, populasyonlar arası uzaklıkların tespiti ve türün diğer ülkelerden örneklerle karşılaştırılarak filocoğrafik ilişkisi araştırılmıştır. Aynı zamanda çalışmada DNA barkodlamanın tür içi genetik uzaklıkları ortaya koymadaki etkinliği araştırılmış, ortaya çıkan bu genetik uzaklıklar kullanılarak evrimsel ilişki ağaçları oluşturulmuştur.
Çalışma sonunda Ege Denizi'ndeki 12 istasyondan örneklenen C. racemosa türüne ait elde edilen sonuçlar, DNA barkodlama yönteminin C. racemosa'yı tür seviyesinde tanımlanmasında ≥%99 doğrulukla sonuç verdiğini ortaya koymuştur. Farklı C. racemosa populasyonlarının ayrımında ise uzak coğrafik konumlardan elde edilen örnekler arasındaki tür içi genetik farklılığı ortaya koymada başarılı olduğu ancak yakın coğrafik konumlarda yeterli çözünürlüğü veremediği belirlenmiştir. Ancak bu yetersizliğin, birbirine yakın populasyonların tek bir genetik kaynaktan çoğalan örnekler olması veya sınırlı bir genetik havuzdan yayılım göstermelerinden kaynaklandığı düşünülmektedir.

Abstract:
In this study, DNA barcoding is used in genetic characterization of Caulerpa racemosa distribution in the Aegean Sea as an important invasive species.  For this purpose, ITS and rbcL loci were isolated from tissue samples of C. racemosa specimens and analyzed for the efficiency of DNA sequences in species identification, calculating distance among populations and comparison with other specimens from different countries were conducted in order to determine the phylogeographic relationship. Efficiency of DNA barcoding in terms of detecting intraspecific genetic distance was also investigated and these intraspecific distances were used to construct evolutionary relationship trees.
At the end of the study, results were pointing out that DNA barcoding was successfully identified C. racemosa specimens sampled from 12 different stations in the Aegean Sea with an identification rate of ≥99%. Calculation of intraspecific distance among different C. racemosa populations using DNA barcoding was found to be successful among geographically distant locations but resolution was found lower among geographically closer locations. This sufficiency could be related with diversification of close populations from a single genetic source or being spread from a limited genetic pool.