Salmonella ile bakteriyofajlarının çeşitli köy kümes folluklarından izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of Salmonella and bacteriophages from various poultry houses
Yazar: MERVE AKPINAR
Danışman: PROF. DR. ABDULKADİR HALKMAN ; DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering

Özet:
Patojenik Salmonella serotiplerinin meydana getirdiği gıda kaynaklı enfeksiyonlar tüm dünyada olduğu gibi Türkiye'de de önemli problemlerden biridir. Kanatlı hayvanlar, görülen Salmonella enfeksiyonları için önemli bir kontaminasyon kaynağınıdır. Zamanla antibiyotik direncinin görülmesi ve mevcut yöntemlerin olumsuz etkilerinden dolayı alternatif antimikrobiyel ajan arayışına girilmiştir. Bu tez çalışması farklı mevsimlerde ve lokasyonlardan toplanan köy kümesi folluklarından muhtemel faj preparatlarının doğada bulunan uygun faj adaylarını belirlemek amacıyla yapılmıştır. Faj izolasyonu için aynı numunelerden elde edilen Salmonella izolatları ve kültür koleksiyonunda bulunan Salmonella serotipleriyle çalışılmıştır. Faj izole edilen hiçbir numuneden konakçısı, konakçı Salmonella izole edilen hiçbir numuneden ise faj izole edilememiştir. Gıda kaynaklı enfeksiyonlarda önemli yere sahip olan Enteriditis, Typhimurium ve Infantis serotiplerine spesik etki gösteren faj izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Her bir faj izolatının gıdalarda antimikrobiyel uygulamalara uygunluğunu belirlemek için ayrı ayrı pH stabilitesi, termal stabilite, latent süresi ve patlama büyüklüğü belirlenmiştir. İzolatların replikasyon kinetiğine bakıldığında latent dönemleri 15-25 dk, patlama boyutları ise 53-106 POB/hücre aralığında belirlenmiştir. İzolatların optimum pH stabiliteleri pH 5-10 arasında değişiklik göstermekle birlikte genel olarak pH 3-11 aralığında aktivite belirlenmiştir. Farklı sıcaklıklarda farklı sürelerde inkübe edildiğinde genel olarak 30-45 ºC'ta optimum stabilite göstermekle birlikte 75 ºC'a kadar aktivite gösterdikleri belirlenmiştir. Böylece izolatların hem gıdalar için tipik pH aralığına hem de pastörizasyon koşullarına uygun olduğu belirlenmiştir.  İzolatların çoğunluğu sadece kendi konakçı serotiplerine karşı büyük spesifiklik göstermiş ve çeşitli çevresel koşullara benzer davranışı gösterdiği belirlenmiştir. Atık suları gibi sirkülasyonun devamlı olduğu ortamlar yerine kuru toprak, saman ve dışkıdan oluşan folluk materyalinden izolasyonun gerçekleştirilmesi ve bu çevreye adaptasyonları bu sınırlı davranışların nedeni olarak düşünülmüştür.

Abstract:
Foodborne infections caused by pathogenic Salmonella serotypes in Turkey as well as all over the world is one of the important problems. Poultry are an important source of contamination for Salmonella infections seen. Due to the emergence of antibiotic resistance over time and the negative effects of existing methods, an alternative antimicrobial agent has been sought. This thesis study was carried out to determine suitable phage candidates in the nature of possible phage preparations from village poultry nests collected from different seasons and locations. For phage isolation, Salmonella isolates obtained from the same samples and Salmonella serotypes in the culture collection were studied. Both Salmonella and phage were not isolated from any same sample. Phage isolations showing specific effects on Enteriditis, Typhimurium and Infantis serotypes, which have an important place in foodborne infections, were performed. To determine the suitability of each phage isolate for antimicrobial applications in foods, pH stability, thermal stability, latent time and burst size were determined separately. Looking at the replication kinetics of the isolates, latent periods were 15-25 minutes and burst sizes were determined in the range of 53-106 POB / cell. Although the optimum pH stability of the isolates varied between pH 5-10, activity was generally determined between pH 3-11. It has been determined that when incubated for different times at different temperatures, they generally show optimum stability at 30-45 ºC, but show activity up to 75 C. Thus, it has been determined that the isolates are suitable for both the typical pH range for foods and pasteurization conditions. The majority of the isolates showed great specificity only against their host serotype and it was determined that they showed similar specificity to various environmental conditions. Isolation from nest material consisting of dry soil, straw and faeces instead of environments with continuous circulation such as wastewater and their adaptation to this environment were determined as the reason for these limited behaviors.