Ailevi akdeniz ateşi hastalığından sorumlu olduğu düşünülen (MEFV) genin 3' kodlanmayan bölgesindeki (3'-UTR) varyasyonların mRNA yıkımı üzerindeki etkisi
The effect of the variations on 3?-UTR of MEFV gene on mRNA degredation in Familial Mediterranean Fever.
Yazar: ZELİHA EMRENCE
Danışman: DOÇ. DR. DURAN ÜSTEK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Ailesel akdeniz ateşi = Familial mediterranean fever ; Genler = Genes ; Mutasyon = Mutation ; RNA-haberci = RNA-messenger

Özet:
Giriş: Pirin proteinini kodlayan MEFV genindeki mutasyonlar, otozomal resesif geçiş gösteren Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA) ile ilişkili bulunmuştur. MEFV genindeki mutasyonlar AAA hastalığında patolojiyi tam olarak açıklayamamaktadır. Ayrıca, AAA hastalarının önemli bir kısmında MEFV geninde ya tek bir kodlayan bölge mutasyonu ya da hiç mutasyon bulunmamaktadır. MEFV geninin 3'UTR bölgesinde iki adet Alu tekrar bölgesi içermektedir (AluSx ve AluSq). Alu tekrar bölgelerinin ekspresyon üzerine olan etkisi ile ilgili yayınlar bulunmaktadır. Mutasyon negatif AAA hastalarının MEFV geninin 3'UTR bölgesindeki gen değişimlerinin pirin ekspresyonu üzerine etkili olabileceği bildirilmiştir.Amaç: MEFV geninin 3'-UTR' da bulunan Alu-tekrarlarının delesyonunun gen ekspresyonu üzerindeki etkisini araştırmayı hedefledik.Metod: 3'-UTR sekanslarının gen ekspresyonu üzerindeki etkisini pGL3-kontrol vektör aracılığıyla, Alu dizilerini delesyona uğratarak inceledik. MEFV geninin 3'-UTR'ında bulunan, Alu-Sx, Alu-Sq delesyonlu ve 3'-UTR delesyonsuz varyasyonları çalışmamızda kullandık. Varyasyonlar pGL3-kontrol vektör sistemine yerleştirildi ve lusiferaz aktivitesi, 293T hücre soyuna transfekte edildikten sonra ölçüldü.Sonuçlar: Lusiferaz aktivitesi Alu-Sx ve Alu-Sq delesyonlu varyasyonlarda full 3'-UTR varyasyonuna göre daha yüksek bulundu (p=0.009) ve bu artış Alu-Sq delesyonunda daha belirgindi. Ancak, Alu-Sq ve Alu-Sx delesyonları arasındaki lusiferaz aktivitesi farkı istatistiksel olarak önem kazanacak büyüklükte değildi.Tartışma: ?Lusiferaz Reporter Assay? sonuçları, MEFV geninin 3'-UTR bölgesindeki sekansların gen ekspresyonu üzerinde etkisi olabileceğini ve MEFV 3'-UTR blgesinde bulanan Alu-Sx, Alu-Sq dizilerindeki varyasyonların düşük mRNA stabilitesi ile ilişkisi olabileceğini göstermektedir.Anahtar Kelimeler: Ailevi Akdeniz Ateşi, MEFV geni, Alu tekrar dizileri, 3'-UTR, Lusiferaz

Abstract:
Introduction: Mutations in the MEFV gene, which encodes the pyrin protein, have been associated with the autosomal recessively inherited Familial Mediterranean Fever (FMF). However, an important proportion of FMF patients have been identified with a single or no coding region mutation in the MEFV gene. Also, the MEFV mutations does not completely explain the molecular pathology of FMF disease. The MEFVgene includes two Alu repeats (AluSx and AluSq) in its 3?-UTR region. It has been reported that Alu repeats has effect on the its gene expression. Furthermore, the correlation between 3?-UTR of MEFV variations and classical mutations became an attractive topic in the FMF disease.Aim: We aimed To investigate the effect of the 3?-UTR in MEFV gene and Alu-repeat deletions on the gene expression.Method: We analyzed the effect of 3'-UTR sequences on the gene expression by a pGL3-luciferase reporter assay using specific constructs. We prepared the full length, Alu-Sx deleted, and Alu-Sq deleted 3?-UTR constructs. The constructs were inserted to the pGL3-luciferase vector system, and luciferase activity was measured in transfected 293T cell line.Results: Luciferase activity was found to be higher in Alu-Sx and Alu-Sq deleted constructs compared to the full-length 3?-UTR construct (p=0.009), and it was more prominent with the Alu-Sq deletion. However, the difference between Alu-Sq and Alu-Sx deletion constructs did not reach to statistical significance.Conclusions: Luciferase reporter assay results suggest that MEFV gene 3?-UTR sequences may have an effect on the gene expression, and Alu-mediated modulation of MEFV 3?-UTR may be associated with reduced mRNA stability.Key Words: Familial Mediterranean Fever, MEFV gene, Alu repeat squence, 3?-UTR, Luciferase.