Ülseratif kolit hastalarında gen ifade analizi
Gene expression analysis in ulcerative colitis patients
Yazar: ELİF PALA
Danışman: YRD. DOÇ. DR. YUSUF ZİYA İĞCİ
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Genetik = Genetics
Dizin: Biyobelirteçler = Biomarkers ; Gastrointestinal hastalıklar = Gastrointestinal diseases ; Gen ifadesi = Gene expression ; Kolit = Colitis ; Kolit-ülseratif = Colitis-ulcerative ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Transkripsiyon-genetik = Transcription-genetic

Özet:
Ülseratif Kolit (ÜK), genetik olarak duyarlı kişilerde çevresel faktörlere karşı abartılı bir immün yanıt sonucu oluşan ve etyopatogenezi henüz tam olarak aydınlatılamamış bir hastalıktır.    Bu tez çalışmasında, ÜK hastalarının inflamasyonun en yoğun olduğu bölge ve normal kolonik mukozadan alınan biyopsi materyalleri arasındaki gen ifade farklılıkları ortaya konularak hastalığın ortaya çıkışı, seyri ile ilişkili olabilecek biyobelirteçlerin tespit edilmesi ve hastalığın patogenezinin anlaşılmasına katkıda bulunulması hedeflenmiştir. Bu amaçla, ÜK tanısı almış 16 hastadan alınan inflamasyonlu ve normal mukozaya ait biyopsi materyallerindeki gen ifade farklılıkları bir kısmi transkriptom analiz yöntemi olan Differential Display-PCR (DD-PCR) kullanılarak araştırılmıştır. Farklı seviyede gen ifadesi olduğu tespit edilen ve dizin analizi yapılan aday transkriptler arasından üçünün genomda farklı genlerin intronik bölgelerine yerleşim gösterdiği belirlenmiştir. Bu üç transkript arasından biri için ise daha detaylı analizler gerçekleştirilmiştir. Öncelikle, bu transkriptin cDNA uçlarının dizilimini tespit etmek amacıyla Rapid amplification of cDNA ends (RACE) deneyleri yapılmış ve 5' ucuna ait 920 bç'lik bölgenin dizilimi de tespit edilmiştir. Ardından, bölgeye ait tasarlanan primerler kullanılarak kısmi miktarlara dayalı gen ifade analizi yapılmış ancak inflamasyonlu ve normal kolonik mukozaları arasında gen ifade seviyeleri bakımından anlamlı bir fark bulunamamıştır. Ayrıca, ticari olarak satılan 20 farklı dokunun RNA'sı ve 11 farklı kanser hücre hatlarına ait RNA'lar kullanılarak gen ifade profillemeleri yapılmış ve birçok doku ve kanser hücresinde bu transkriptin ifadesinin olduğu da tespit edilmiştir. Bu çalışma sonucunda, daha önce başka hiçbir grup tarafından tanımlanmamış yeni bir transkript tespit edilmiştir. Bu yeni transkriptin Northern Blot ile tam boyunun analizi ile işlevsel analizlerinin gerçekleştirilmesi ileriki çalışmalarda hedeflenmektedir.

Abstract:
Ulcerative colitis (UC) of which the pathogenesis is not yet fully elucidated is a disease that comes out as a result of an exaggerated immune response against environmental factors in genetically susceptible individuals. In this study, our aim was to identify the biomarkers that may be associated with the emergence and the progression of UC by putting forward the gene expression differences between the most inflamed region and normal colonic mucosa in UC patients. For this purpose, gene expression differences were analyzed between inflamed and normal colonic mucosa of 16 UC patients by using Differential Display-PCR (DD-PCR), a partial transcriptome analysis method. Among the differentially-expressed candidate transcripts, 3 were determined to span intronic regions of different genes. A more detailed analysis was carried out for one transcript among three. Firstly, Rapid amplification of cDNA ends (RACE) was conducted in order to determine the flanking sequences and the 920 bp sequence flanking to 5'-end was determined by this method. A semi-quantitative expression analysis comparing the expression levels between inflamed and normal colonic mucosa was conducted, but there was no difference. Additionally, the expression of this transcript in various tissues and cancer cells was also confirmed by expression profiling by using commercially-available human RNA panel of 20 different tissues and 11 different cancer cell-lines. As a result of this study, a novel transcript which was not previously reported by any others was determined. The determination of the full-length of this transcript by using Northern Blot and the functional analyses is aimed for further studies.