Mercimekte SSR (simple sequence repeat) markörlerinin geliştirilmesi
Development of SSR (simple sequence repeat) markers in lentil
Yazar: ENVER ERSOY ANDEDEN
Danışman: PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Bu çalışmada Karacadağ mercimek genotipinin genomik DNA'sı kullanılarak 4 farklı nükleotid motifi (CA, GA, AAC, ATG) ile zenginleştirilmiş genomik kütüphaneler oluşturulmuştur. Oluşturulan genomik kütüphanelerden 432 klon elde edilmiş ve bu klonların sekansı yapılarak, tekrar bölgesi içermeyen ve aynı DNA dizilimine sahip olan klonlar elemine edildikten sonra geriye kalan 322 klonda paket programlar aracılığıyla SSR tekrarları aranmıştır. Bunun sonucunda, 322 klonda 360 SSR bölgesi saptanmış ve bu tekrar bölgelerinin hepsi için primer dizaynı yapılmıştır. Sentezlenen 360 primerden, 220'sinin DNA'ya bağlanma sıcaklığı belirlenmiş ve bağlanma sıcaklığı bilinen 220 primerden 149'u, Türkiye'de yetiştirilen 15 mercimek çeşidinde genetik çeşitlilik analizi yapmak için kullanılmıştır. Kullanılan 149 primerden 78'i mercimek çeşitlerinde birden fazla allel üretmiş, geri kalan 71 primer ise tek allel üretmiştir. Polimorfizm gösteren 78 primer toplam 400 allel üretmiş ve lokus başına düşen ortalama allel sayısı 5.1 olarak bulunmuştur. Primerlerin polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) değerleri 0.06 ile 0.89 arasında değişirken, ortalama PBİ değeri 0.58 olarak saptanmıştır. UPGMA tabanlı dendogramda bütün genotipler 2 gruba ayrılmıştır. Elde edilen dendogram analizleri kullanılarak, haritalama populasyonu oluşturmak ve yeni çeşit geliştirmek için kullanılması gereken genotiplerin seçimi mümkün olabilecektir. Geliştirilen SSR markörleri mercimekte mevcut genetik haritaların genişletilmesinde, QTL, MAS ve genetik çeşitlilik gibi çalışmalarda etkin bir şekilde kullanılabilecektir.

Abstract:
In this study, genomic libraries that were enriched with four different microsatellite motifs (CA, GA, AAC, and ATG) were developed by using genomic DNA of Karacadağ genotype. From these genomic libraries, total 432 clones were sequenced. Out of the 432 clones, 110 clones eliminated because some of these didn?t contain SSR repeats or had same duplicated sequences. Total 360 SSR regions were detected and primer pairs were designed for these SSR regions, from the remaining 322 clones. Optimum annealing temperature was determined for 220 out of 360 primer pairs. 149 primers pairs, which have a known optimum annealing temperature, were used for genetic diversity analysis in Turkish lentil cultivars. Out of the 149 primers, 71 primer pairs amplified monomorphic fragments and 78 primer pairs produced 400 polymorphic alleles in 15 lentil cultivars. The average number of allele per locus was 5.1 and the polymorphism information content (PIC) of primers ranged from 0.06 to 0.89 with an average of 0.58. The UPGMA based dendogram separated all lentil cultivars into two main groups. Using dendogram analysis, it will be possible to select genotypes which should be used for constructing map population and development of new cultivars for lentil. This developed SSR markers can be used in the studies such as development of present genetic maps in QTL, MAS and genetic diversity in lentil.