COVİD-19 hastalarında viral genom analizi ve insanda hastalığın ağır seyriyle ilişkili literatürde gösterilmiş genetik varyantların genotiplendirilmesi
Viral genome analysis and genotyping of human genetic variants associated with severe disease in COVİD-19 patients
Yazar: AHMET GÖRKEM ER
Danışman: PROF. DR. SERHAT ÜNAL ; DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
Hacettepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology

Özet:
Pandeminin başlangıcından itibaren COVID-19'un yönetiminde klinisyenleri en çok zorlayan faktörlerden biri klinik seyirde görülen farklılıklardır. Ağır klinik seyir ile ilişkili parametrelerin detaylıca araştırılabilmesi için, ileri yaş ve ek komorbiditelerin varlığı gibi bilinen risk faktörlerinin yanı sıra, genetik faktörlerin ve konak-patojen ilişkisinin de incelenmesi gereklidir. Literatürde viral genom ve konak genomundaki farklılıklara bağlı klinik seyrin değişebileceğine dair kanıtlar bulunmaktadır. Bu amaçla COVID- 19 tanısıyla Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesi'nde COVID-19 servislerinde izlenen 86, COVID-19 yoğun bakım ünitelerinde izlenen 63 hastadan klinik bilgilerin yanı sıra viral genom analizi için nazofarengeal ve orofarengeal sürüntü örneği ve insanda ağır hastalıkla ilişkili olabilecek genetik varyantların genotiplendirilmesi için tükürük ya da trakeobronşiyal örnekleme yapılmıştır. Çok değişkenli regresyon analizlerinde klinik faktörlerde ileri yaş ve kronik hastalık varlığı, laboratuvar parametrelerinde laktat dehidrojenaz yüksekliği ve lenfosit düşüklüğü ağır hastalıkla ilişkili bulunmuştur. Seyrek kanonikal korelasyon analizinde farklı klinik fenotipler ortaya konulmuştur. Viral mutasyonlar ve insan genetik varyantları ile ağır hastalık arasında istatistiki olarak anlamlı bulgu saptanmamıştır. Çalışmada kullanılan örneklem sayısının görece düşük olması kısıtlılık olarak kabul edilebilir, bu nedenle elde edilen bulguların daha geniş kohort üzerinde yeniden değerlendilmesi önerilir.

Abstract:
Since the beginning of the pandemic, one of the most challenging factors for clinicians in the management of COVID-19 has been the differences in clinical course. In order to investigate the parameters associated with severe disease in detail, it is necessary to examine genetic factors and host-pathogen relationships in addition to known risk factors such as advanced age and the presence of additional comorbidities. There is evidence in the literature that the clinical course may change due to differences in the viral genome and host genome. For this purpose, in addition to clinical information, nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples for viral genome analysis and saliva or tracheobronchial sampling for genotyping of human genetic variants that may be associated with severe disease were obtained from 86 patients followed up in COVID- 19 services and 63 patients followed up in COVID-19 intensive care units at Hacettepe University Adult Hospital. In multivariate regression analyses, advanced age and the presence of chronic disease were associated as clinical factors and elevated lactate dehydrogenase and low lymphocytes were associated as laboratory parameters with severe disease. Sparse canonical correlation analysis revealed different clinical phenotypes. No statistically significant findings were found between viral mutations and human genetic variants and severe disease. The relatively small sample size used in the study can be considered as a limitation; therefore, it is recommended to reevaluate the findings obtained on a larger cohort.