Gastroenterit etkeni olabilen patojen Escherichia Coli'lerin araştırılması
Investigation of the pathogen Escherichia Coli strains as a causative agent of gastroenteritis
Yazar: GÜLTEN AYDIN TUTAK
Danışman: PROF. DR. H. MURAT TUĞRUL
Trakya Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Diyare = Diarrhea ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Stereotip = Stereotyping

Özet:
Escherichia coli' nin bazı serogrup ve serotiplerinin gastroenterit etiyolojisindeki rolü her geçen gün daha iyi anlaşılmaktadır. Bu çalışmada ishal etkeni oldukları bilinen bazı patojen Escherichia coli serogruplarının yöremizde ishal etyolojisinde hangi derecede rol oynadıklarının belirlenmesi amaçlandı. Bunun için ishalli hastalardan izole edilen Escherichia coli kökenleri antiserumlarla serogrup düzeyinde tanımlandı, polimeraz zincir reaksiyonu ile de virülans genleri incelendi.İki yüz iki Escherichia coli kökeninden 29 (% 14,3)' u lam aglutinasyonu ile serogruplandırıldı. Bunların 13'ü (%6.43) Enteropatojenik Escherichia coli, 5'i (%2.47) Enterotoksijenik Escherichia coli, 11'i (%5.44) de Enteroinvazif Escherichia coli olarak tanımlandı. Enterotoksijenik Escherichia coli oranı Enteropatojenik ve Enteroinvazif Escherichia coli'ye göre anlamlı şekilde düşük tespit edildi. Monovalan antiserumlar ile Enteropatojenik Escherichia coli serogrubundaki 5 bakterinin serogruplandırılması yapılabildi ve bu bakterilerin O1 serogrubunda olduğu belirlendi.Seogruplandırılan 29 patojen Escherichia coli' den 3'ünde (%10,3) ishal yapan Escherichia coli'lere ait virulans genleri saptandı. Bir örnek Enteropatojenik Escherichia coli' ye ait effacingve attaching geni pozitif bulunduğundan, binding forming pilus ve shiga toksin geni içermediğinden atipik Enteropatojenik Escherichia coli olarak tanımlandı. Diğer iki örnekten birinde Enterotoksijenik Escherichia coli'ye ait stabil toksin geni, bir diğer örnekte de Enteroinvazif Escherichia coli' ye ait invazyon geni pozitif bulundu. Enteropatojenik Escherichia coli olarak serogruplandırılan bir kökenin polimeraz zincir reaksiyonu ile Enterotoksijenik Escherichia coli' ye ait stabil toksin genini taşıdığı gösterildi. Patojen Escherichi coli' lerin tanımanmasında serogruplandırma ve moleküler inceleme yöntemlerinin benzer sonuçları vermediği belirlendi. Duyarlılık ve özgüllüğünün yüksekliği ve rutin çalışmalara uygunluğu nedeniyle yeni çalışmalarda multipleks polimeraz zincir reaksiyonu' nun tercih edilmesi önerilebilirAnahtar kelimeler: Gastroenterit, patojen Escherichia coli, serogruplandırma, polimeraz zincir reaksiyonu

Abstract:
The role of certain serogroups and serotypes of Escherichia coli in the etiology of gastroenteritis is increasingly well appreciated. The aim of this study was to investigate the role of the Escherichia coli serogroups that were defined as the causative agents of gastroenteritis in the etiology of diarrhea in our region. For this purpose Escherichia coli strains isolated from patient at serogroup level were determined by using various commercial antisera and virulence genes were detected by using Polimerase chain reaction.Out of the 202 strains detected, only 29 (14,3 %) of them were agglutinated by polyvalent antisera. Of these 29 strains, 13 (6.43 %) of them were identified as enteropathogenic Escherichia coli, 5 (2.47 %) as enterotoxigenic Escherichia coli and 11 (5.44 %) as Enteroinvasive Escherichia coli. Enterotoxigenic Escherichia coli ratio was detected significantly lower than enteropathogenic Escherichia coli and Enteroinvasive Escherichia coli 5 bacteria belonging to the enteropathogenic Escherichia coli serogroup could be defined by monovalan antiserum and they were all of the O1 serogroup.Out of 29 pathogen Escherichia coli having been subjected to serotyping, 3 of them (10.3%) were seen to carry the virulence genes of Escherichia coli as causative agent of diarrhea. One sample which was positive for eaeA gene belonging to enteropathogenic Escherichia coli, but did not carry binding forming pilus and shiga toxin gene was defined as atypical enteropathogenic Escherichia coli. Out of other 2 samples, one was positive for stabil toxin gene pertaining to enterotoxigenic Escherichia coli and the other one for invazyon associated locus gene of enteroinvasive Escherichia coli. One strain serotyped as enteropathogenic Escherichia coli was seen to carry stabil toxin gene of enterotoxigenic Escherichia coli by means of polymerase chain reaction. It was concluded that serotyping and methods of molecular analysis did not reveal similar findings in defining pathogenic Escherichia coli. It may be recommended to employ multiplex polymerase chain reaction in the coming studies for its high sensitivity and specificity.Keywords: Gastroenteritis, pathogen Escherichia coli, serotyping, polymerase chain reaction