Genç çiftlik hayvanlarının ishal vakalarından, clostridium difficile'in izolasyonu, identifikasyonu ve antimikrobiyal duyarlılığının belirlenmesi
Isolation, identification and antimicrobial susceptibility determination of clostridium difficile from cases of diarrhea in young farm animals
Yazar: EDİZ KAĞAN ÖZGEN
Danışman: PROF. DR. MURAT YILDIRIM
Kırıkkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Buzağılar = Calves ; Clostridium difficile = Clostridium difficile ; Diyare = Diarrhea ; Erzurum = Erzurum ; Hayvancılık = Animal husbandry ; Hayvanlar = Animals ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Clostridium difficile (Bacillus difficile) ilk olarak 1935 yılında bebek gaita örneklerinden izole edilmiş ve patojen olduğu düşünülmemiştir. Ancak 1978 yılından itibaren antibiyotik ilişkili diyare ve psödomembranöz kolitise neden olduğu ortaya konularak patojen olarak kabul edilmiştir. Bu çalışma ile ishalli buzağı, kuzu, oğlak ve işletme içinde yetiştirilen tavuklarda C. difficile'nin tespit edilmesi, bu izolatların toksijenik olarak karakterize edilmesi, toksin üretebilen izolatların PCR ribotiplendirmelerinin yapılması ve mikrobroth dilüsyon metodu ile antimikrobiyal duyarlılıklarının araştırılması amaçlanmıştır. 
Çalışma kapsamında 2015 yılında neonatal dönemdeki ishalli 50 adet buzağı, 50 adet kuzu ve 50 adet oğlak gaita örnekleri numunesi ile 50 adet tavuk kloakal svap örneği olmak üzere toplam 200 adet gaita örneği alınarak incelendi. Araştırma boyunca toplanan gaita örneklerinin 58 (% 29.0)'inden Clostridium difficile izole edildi. Buzağılardan alınan gaita örneklerinin 35 (% 70.0)'inden, kuzu örneklerinin 15           (% 30.0)'inden, oğlak numunelerinin 7 (% 14.0)'ünden ve tavuk gaita örneklerinin 1        (% 2.0)'sinden Clostridium difficile tespit edildi. Tür identifikasyonu ve toksin karakterizasyonu ile izolatların 28 (% 48.2)'inin toksijenik karaktere sahip olduğu belirlendi. Toksijenik olan 28 izolatın PCR ribotiplendirmesinde 078, 012 ve 033 ribotipleri tespit edildi.
Toplam 24 adet toksijenik suşun mikrobroth dilüsyon metodu ile antimikrobiyal duyarlılık testleri yapıldı. Toksijenik olan izolatların tamamında, ampisilin/sulbaktam, amoksisilin/klavulanik asit, sefotetan, kloramfenikol, imipenem, meropenem, metronidazol, mezlosilin, piperasilin ve piperasilin/tazobaktam antibiyotiklerine duyarlı, ampisilin, sefoksitin, klindamisin, penisilin ve tetrasikline dirençli oldukları tespit edilmiştir. 
Sonuç olarak yürütülen araştırma ile neonatal buzağı ve kuzu ishal vakalarında toksijenik C. difficile varlığı ilk kez ülkemizde tespit edilmiş olup bölgemizdeki ishalli neonatal buzağı ve kuzularda görülen ishal vakalarında C. difficile'nin de dikkate alınması gerektiği ortaya konulmuştur.

Abstract:
Clostridium difficile (Bacillus difficile) was first isolated from baby gaita specimens in 1935 and was not thought to be pathogenic, but since 1978 it has been accepted as pathogen by proving to be caused by antibiotic-associated diarrhea and pseudomembranous colitis. In this study, it was aimed to detection C. difficile in diarrheal calves, lambs, goats and in chickens grown in the farm and toxigenic characterization of these isolates and investigation of PCR ribotyping and antimicrobial susceptibility by microbroth method on toxin producing isolates. 
In the scope of the study, a total of 200 gaita samples including in the neonatal period 50 calves, 50 lambs and 50 goat feces samples and 50 chicken cloacal swab samples in 2015 were examined. Clostridium difficile was isolated by 58 (29.0 %) of the gaita samples collected during the study. Clostridium difficile was detected as 35                    (70.0 %) of the gaita samples taken from the calves, 15 (30.0 %) of the lamb samples, 7 (14.0 %) of the goat specimens and 1 (2.0 %) of the chicken stool specimens. Identification and toxin characterization revealed that 28 (48.2 %) isolates had toxigenic character. The PCR ribotypes of the 28 toxigenic isolates identified PCR ribotypes 078, 012 and 033.
A total of 24 toxigenic strains were tested for antimicrobial susceptibility by microbial dilution method. isolates were found to be resistant to ampicillin, clindamycin, cefoxitin, penicillin and tetracycline, susceptible to ampicillin/sulbactam, amoxicillin/clavulanic acid, cefotetan, cefoxitin, chloramphenicol, imipenem, meropenem, metronidazole, mezlosiline, piperacillin and piperacillin/tazobactam antimicrobial agents.
As a result of this research, toxigenic C. difficile presence in neonatal calf and lamb diarrhea cases was detected for the first time in our country and C. difficile should be taken into account in case of diarrhea in diarrheal neonatal calves and lambs.