Renal hücre karsinomunun maldı kütle spektrometresi ile glikan düzeyinde incelenmesi
Investigation of renal cell carcinoma by maldi mass spectrometers at the glican level
Yazar: AHMET ÇALIŞKAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ HACI MEHMET KAYILI
Karabük Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyomühendislik = Bioengineering ; Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Biyobelirteçler = Biomarkers ; Böbrek neoplazmları = Kidney neoplasms ; Karsinoma = Carcinoma ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry

Özet:
Renal hücreli böbrek kanseri, böbrek kanseri tipleri içerisinde görülen en yaygın türdür. Renal hücreli karsinomda kanser dokuları üzerinde N-glikozilasyon profillerinin incelendiği çalışma sayısı çok azdır. Bu tez kapsamında, böbrek kanseri glikan profillerinin MALDI kütle spektrometresi ile incelenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda, parafilm ile kaplanmış ve formalin ile sabitlenmiş dokular çalışmada kullanılmıştır. İlk olarak, dokulardan parafilm uzaklaştırılmıştır ve dokulardan proteinlerin ekstraksiyonu, kloroform/methanol yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Ekstrakte edilen glikoproteinlerden N-glikanlarının salınımı sonrası glikanlar, 2-amino benzoik asit (2-AA) ile etiketlendi. Son olarak sırasıyla selüloz ve gözenekli grafitize karbon içeren malzemeler ile saflaştırma işlemlerinden geçirildi.  2-AA etiketli N-glikanların analizleri MALDI-MS ile gerçekleştirildi. Analizler sonucunda toplam 33 adet N-glikan tespit edildi. Tespit edilen N-glikanların yapısal doğrulamaları tandem MS/MS analizleri ile gerçekleştirilmiştir ve N-glikanlar yapısal özelliklerine göre gruplandırılmıştır. Bu analizler sonucunda tespit edilen N-glikanların göreceli bollukları, toplam alan normalizasyon yaklaşımı kullanılarak hesaplanmıştır. İstatiksel analizler nötr N-glikanlara ve bu glikanlardan türetilen N-glikan gruplarına uygulanmıştır. Çoklu T testi ve Mann Whitney U testi ile yapılan istatiksel analizler (p<0,05 anlamlı ve p<0,001 çok anlamlı) bisektik N-glikan tipinde kanserli ve kanser içermeyen dokular arasında anlamlı farklılık olduğunu göstermiştir. ROC analizi sonucuna göre de anlamlı değişimler gösteren N-glikanların renal hücreli karsinomda kanser tespiti için biyobelirteç olarak kullanılmasında etkili olabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Renal cell kidney carcinoma is the most common type of kidney cancer. The number of studies examining N-glycosylation profiles on cancer tissues in renal cell carcinoma is very few. In this thesis, it is aimed to investigate kidney cancer N-glycan profiles with MALDI mass spectrometry. In this context, tissues covered with parafilm and fixed with formalin were used in the study. First, the parafilm was removed from the tissues and the extraction of the proteins was performed by the chloroform/methanol method. After the release of N-glycans from the extracted glycoproteins, the glycans were labeled with 2-amino benzoic acid (2-AA). Finally, they were purified with materials containing cellulose and porous graphitized carbon, respectively. Analyzes of 2-AA-labeled N-glycans were performed by MALDI-MS. As a result of the analyses, a total of 33 N-glycans were detected. Structural confirmations of detected N-glycans were performed by tandem MS/MS analyzes and N-glycans were grouped according to their structural features. The relative abundances of N-glycans detected as a result of these analyzes were calculated using the total area normalization approach. Statistical analyzes were applied to neutral N-glycans and N-glycan groups derived from these glycans. Statistical analyzes with multiple T test and Mann Whitney U test (p<0.05 significant and p<0.001 very significant) showed that there was a significant difference between cancerous and healthy tissues in bisecting N-glycan type. It has been found that N-glycans, which show significant changes according to the ROC analysis result, could be effective in using as a biomarker for cancer detection in renal cell carcinoma.