Poliaromatik hidrokarbonları parçalayan mayaların konvansiyonel ve moleküler biyolojik yöntemlerle tanısı
Identification of polyaromatic hydrocarbons degrading yeasts by conventional and molecular biological methods
Yazar: DİĞDEM TUNALI
Danışman: PROF. DR. FUSÜN B.UÇAR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Mersin Limanı'dan petrol ile kontamine olmuş toprak örneklerinin yanı sıra Tüpraş petrol rafinerisinden alınan aktif çamur, toprak ve atık su örneklerinden 100 maya izolatı izole edilmiş ve bu izolatların fenotipik identifikasyonları, Barnett et al. (2000) göre yapılmıştır. Tanılanan izolatların 9 genusa ait 31 farklı tür olduğu saptanmıştır.İzolasyonu yapılan ve fenotipik olarak tanılanan strainlerin iki halkalı naftalen, üç halkalı fenantren, dört halkalı piren olarak seçilen poliaromatik hidrokarbonları ve ham petrolü parçalama yetenekleri mikrotitre plate yöntemi ile belirlenmiştir. Mikrotitre plate yöntemi sonucu 93 strainden 28 tanesinin birden fazla poliaromatik hidrokarbonu parçalama kapasitesine sahip olduğu tespit edilmiştir.Araştırmamızda, hidrokarbonları parçalama kapasitesine sahip fenotipik olarak tanılanan 28 strainin moleküler identifikasyonu için 26S rDNA bölgesi D1/D2 domaininin sekans analizi gerçekleştirilmiştir. Sekans analizi sonucuna göre, 12 numaralı izolat Pichia kudriavzeii, 13 Rhodotorula glutinis, 14 Saccharomyces cerevisiae, 15 ve 80 Rhodosporidium diobovatum, 17, 29, 43, 45, 54, 85, 87, 88, 89, 90 ve 93 Rhodotorula muciloginosa, 22 ve 39 Candida sinolaborantium, 27 Cryptococcus albidus, 40, 66 ve 100 Candida davisiana, 44 Cryptococcus diffluens, 69 Candida parasilopsis ve 67, 79, 82 ile 83 ise Cryptococcus uzbekistanensis olarak tanılanmıştır. Çalışmada, tanılamayı kesinleştirmek için birden fazla moleküler biyolojik yöntem kullanılmıştır. 26S rDNA bölgelerinin sekans analizi sonucuna göre aynı tür olarak tanılanan maya strainleri arasından birer tanesi seçilmiş ve bu strainlerin ITS bölgelerinin dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Dizi analizi sonucunda, toplam 14 adet maya straininden 11 tanesinin moleküler identifikasyonu, ITS bölgelerinin dizi analizi ile doğrulanmıştır. Bunların yanı sıra, 40, 66 ve 100 numaralı maya strainlerinin identifikasyonunda farklılık tespit edilmiştir. 26S rDNA bölgelerinin dizi analizi ile Candida davisiana olarak tanılanan bu maya strainleri, ITS bölgelerinin dizi analizine göre ise Sporobolomyces lactosus olarak tanılanmıştır.

Abstract:
One hundred yeast isolates were isolated from active sludge, soil and waste water samples obtained from Tupras Petroleum Refinery as well as soil samples contaminated with petroleum from Mersin Harbour and phenotypical identification of these isolates were performed by Barnett et al. (2000). The identified isolates represented 31 species belonging to 9 genera.Capabilities of the phenotypically identified strains to degrade two-ringed naphthalene, three-ringed phenanthren, four-ringed pyrene hydrocarbons and crude petroleum were determined by microtiter plate method. As a result of the microtiter method, it was determined that 28 out of 93 strains had degradation capabilities of more than one polyaromatic hydrocarbons.In the research, for the molecular identification of phenotypically identified 28 strains having degradation capability of the hydrocarbons, sequence analysis of D1/D2 domain of 26S rDNA region was performed. As a result of the sequence analysis, isolate no. 12 was identified as Pichia kudriavzeii, 13 as Rhodotorula glutinis, 14 as Saccharomyces cerevisiae, 15 and 80 as Rhodosporidium diobovatum, 17, 29, 43, 45, 54, 85, 87, 88, 89, 90 and 93 as Rhodotorula muciloginosa, 22 and 39 as Candida sinolaborantium, 27 as Cryptococcus albidus, 40, 66 and 100 as Candida davisiana, 44 as Cryptococcus diffluens, 69 as Candida parasilopsis and 67, 79, 82 and 83 as Cryptococcus uzbekistanensis. In the study, multiple molecular biological methods were used to confirm the identification. One each of the yeast strains identified as same species were selected according to the result of sequence analysis of 26S rDNA regions and sequence analysis of ITS regions of these strains were performed. As a result of the sequence analysis, molecular identification of 11 out of 14 yeast strains were confirmed with sequence analysis of the ITS regions. In addition to these, difference was observed in the identification of isolates numbered as 40, 66 and 100. These strains, identified as Candida davisiana by the sequence analysis of 26S rDNA regions, were identified as Sporobolomyces lactosus by the sequence analysis of ITS regions.