İzole konkomitan şaşılıkta genetik analiz
Genome wide analysis for concomittant strabismus
Yazar: SAİM ÜSTÜNEL
Danışman: PROF. DR. ALİ ŞEFİK SANAÇ ; PROF. DR. EMİN CUMHUR ŞENER ; PROF. DR. NURTEN AKARSU
Hacettepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2009
Konu: Göz Hastalıkları = Eye Diseases
Dizin: Genetik analiz = Genetic analysis ; Genetik haritalama = Genetic mapping ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Şaşılık = Strabismus

Özet:
Osmaniye bölgesinden altı kuşakta 33 kişinin konkomitan ekzotropya gösterdiği 104 kişilik bir aile çalışıldı. Ailede 30 bireyin oftalmolojik muayeneleri tamamlandı, 17 bireyde konkomittan ekzotrpoya saptandı. Pedirgi analizi eksik penetrans gösteren otozomal dominant kalıtım kalıbını destekledi. Literatürde daha önce bildirilen 7p telomerik bölgesinden (7ptel) seçilen markırlar (D7S1808, D7S1802, D7S3047, D7S3051) kullanılarak bölgeye özgü PCR amplifikasyonu, poliakrilamid jel elektroforezi, gümüş nitrat boyama ve genotipleme yapıldı. Genom-boyu analiz Affymetrix firmasının üretmiş olduğu ve 250.000 tek nükleotid değişikliğini saptamaya yönelik olan SNP çip teknolojisi (250K SNP array) kullanılarak tamamlandı. Lod skor analizleri LINKAGE ve MERLIN programları ile elde edildi. Bağlantı ve haplotip analizi sonucunda 7 numaralı kromozom, kısa kol telomerik kısımda yer alan bölge dışlandı. Genom boyu analiz verileri otozomal resesif ve otozomal dominant kalıtım kalıbı varsayımları altında değerlendirildi. Pedigri verileri ile uyumlu olarak resesif kalıtım dışlandı. Dominant kalıtım eksik penetrans varsayımı altında üç farklı kromozomda pozitif lod skorlar saptandı. Çok noktalı bağlantı analizinde (multipoint lod score) elde edilen maksimum lod skor 2.902 idi. Herediter konkomitan şaşılık eksik penetrans gösteren otozomal dominant kalıtım kalıbı ile uyumlu olarak kalıtılmaktadır. Bağlantı analizleri 7ptel bölgesini dışlayarak bu hastalıkta genetik heterojenite olduğunu kanıtlamıştır. Çalışma DNA çip teknolojisi kullanılarak genom boyu analiz sonuçlarının elde edildiği ilk çalışma niteliğindedir.

Abstract:
A large family having 3 generations and 30 members of which 17 members having exotropia were studied. Region specific PCR amplification, gel electrophoreesis, silver nitrate staining and genotyping was done using four markırs (D7S1808, D7S1802, D7S3047, D7S3051) from 7p region which was previously reported. For genome wide analysis 250K SNP array (Affymetrix Co.) was used. Lod scores were calculated using MERLIN and LINKAGE computer software. Pedigree analysis supported autosomal dominant inheritance with incomplete penetrance. As a result of linkage and haplotype analysis 7p region was excluded. Positive lod scores were obtained on 3 chromosomes under autosomal dominant inheritance with incomplete penetrance. Multipoint linkage analysis revelaed a maksimum lod score, 2.902. Hereditary strabismus fits a model with autosomal dominant with incomplete penetrance inheritance. Linkage analysis supported genetic heterogenicity of the disease by excluding the 7p region. To our knowledge this is the first study to use SNP chip analysis for genome wide anlaysis of strabismus.