Türkiye'deki relikt endemik sığla ağacı (Liquidambar orientalis mill. var. orientalis ve L. orientalis mill. var. integriloba fiori) populasyonlarındaki genetik çeşitliliğin RAPD (rastgele üretilen polimorfik DNA) belirteçleri yardımıyla belirlenmesi
Determination of genetic variation in relict endemic Liquidambar orientalis mill. var. orientalis and L. orientalis mill. var. integriloba fiori populations in Turkey by RAPD (random amplified polymorphic DNA) markers
Yazar: ERSİN DOĞAÇ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. KÖKSAL KÜÇÜKAKYÜZ
Muğla Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Koruma yöntemleri = Conservation methods ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Liquidambar L., Hamamelidaceae familyasındaki tek cinstir. Bu odunsu cinsin günümüzde bilinen dört türünden birisi olan L. orientalis, Türkiye'nin güney-batısında yayılış gösteren relikt endemic bir türdür. L. orientalis Mill. var. orientalis ve L. orientalis Mill. var. integriloba Fiori, L. orientalis'in aynı lokasyonlarda birlikte bulunan iki varyetesidir.Ekolojik ve biyocoğrafik öneminin yanı sıra, ?sığla yağı? adı verilen bir balzamın eldesi, bu türü ekonomik açıdan da önemli kılmaktadır. Ne yazık ki, 20. yüzyılın başlarından bu yana türün doğal yayılış gösterdiği alan ~ % 80 oranında daralmıştır.Türün genetik çeşitliliğine ilişkin çalışmalar, türün korunması açısınan önemlidir. Bu tez çalışmasında 6 L. orientalis Mill. var. orientalis ve 8 L. orientalis Mill. var. integriloba Fiori. populasyonunda, populasyon içi ve populasyonlar arası genetik çeşitliliği değerlendirmek için RAPD (rastgele üretilen polimorfik DNA) analizi uygulanmıştır.14 L. orientalis populasyonunun 320 bireyi arasından seçilen 12 bireylik bir alt populasyonda A(OPA)'dan R(OPR)'ye kadar OPERON Technologies'e ait toplam 180 adet 10 bazlık oligonükleotid taranmıştır. Taranan 180 primerin 171 tanesinin en az bir polimorfik bant ürettiği ve buna göre çalışılan tür için polimorfik RAPD primerlerinin bulunma oranının % 95 olduğu saptanmıştır. Taranan 180 primer arasından en polimorfik, tekrarlanabilirliği en yüksek ve en net bant üreten 30 primer seçilmiş ve tüm populasyonlara uygulanmıştır. Verilerin değerlendirilmesi POPGENE Version 1.31 bilgisayar programı kullanılarak yapılmıştır.30 primerin analizi sonucu toplam 453 lokus saptanmıştır. Bunlardan yalnızca 6 tanesi bütün populasyonlar için monomorfik'tir. Ortalama gözlenen allel sayısı (A) ve ortalama etkili allel sayısı (Ae) bütün lokuslar için 1.99 ± 0.14 ve 1.47 ± 0.33 iken bütün populasyonlar için sırasıyla 1.48 ± 0.42, 1.28 ± 0.33 olarak bulunmuştur. Bütün populasyonlar için polimorfik lokus oranı %30.68 ile %70.64 ve Nei'nin genetik çeşitlilik değeri de 0.11 ± 0.18 ile 0.25 ± 0.20 arasındadır. Nesil başına gen akışı (Nm) 0.70'tir. Çalışılan populasyon çiftleri için Nei'nin Standart Genetik Uzaklık (DN) değerleri 0.006 ile 0.230 arasında değişmektedir. Populasyonlar arası genetik varyasyon oranı ( 57 %) çok yüksek değildir.Anahtar Kelimeler: Liquidambar orientalis, relikt endemik, genetik varyasyon, RAPD polimorfizmi, koruma stratejisi

Abstract:
Liquidambar L. is the only genus in the family of Hamamelidaceae. One of the four species currently recognized in this woody genus is L. orientalis which is a relict endemic to southwest of Turkey. L. orientalis Mill. var. orientalis and L. orientalis Mill. var. integriloba Fiori are the two varieties of L. orientalis found in the same locations, together.Production of the balsam, ?liquid storax?, by wounding the bark, makes this species economically important besides its ecological and biogeographical importance. Unfortunately, its natural distribution area has decreased ~80 % since the beginning of 20th century.Studies of genetic diversity in this species are important for conservation purposes. In this thesis, RAPD (random amplified polymorphic DNA) analysis was employed to assess the genetic variability within and among six L. orientalis Mill. var. orientalis and eight L. orientalis Mill. var. integriloba Fiori. populations.A total of 180 random ten-mer oligonucleotide primers from OPERON Technologies including kits from A (OPA) to R (OPR) were tested on DNAs of a subset of twelve individuals randomly selected among the total 333 individuals of fourteen L. orientalis populations. Of these 180 RAPD primers, 171 revealed at least one polymorphic locus. So, frequency of finding a polymorphic RAPD primer for L. orientalis was found as 95 % in this study. Among 171 primers, the most polymorphic, highly reproducible and clear band producing 30 primers were selected and screened with the DNAs of all individuals of the studied populations. Processing of data was carried out by POPGENE Version 1.31 software program.Thirty primers resulted in a total number of 453 loci. Only 6 of them were monomorphic in all populations. For all populations mean number of observed alleles (Na) was found as 1.48 ± 0.42 and mean number of effective alleles (Ne) was found as 1.28 ± 0.33 while these values were 1.99 ± 0.14 and 1.47 ± 0.33, respectively for all loci detected. The proportion of polymorphic loci for all populations ranged from 30.68 % to 70.64 % and Nei?s gene diversity (h) value ranged from 0.11 ± 0.18 to 0.25 ± 0.20. The level of gene flow (Nm) was 0.70 per generation. Nei?s genetic distance coefficient (DN) changed between 0.006 and 0.230 among all possible population pairs. A slightly high proportion ( 57 %) of genetic variation was within populations.Key Words: Liquidambar orientalis, relict endemic, genetic variation, RAPD polymorphism, conservation strategies.