Mide kanserinin erken tanı ve takibinde yeni bir hedef olarak gankyrin ve CDO genleri promoter metilasyon değişikliklerinin değerlendirilmesi
Evaluation of gankyrin and CDO genes promoter methylation changes AS A NEW target for early diagnosis and follow-up of gastric cancer
Yazar: SELİN KANKAYA
Danışman: PROF. DR. YILDIZ DİNÇER
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyokimya (Tıp) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: DNA = DNA ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Epigenetik = Epigenetic ; Erken teşhis = Early diagnosis ; Mide hastalıkları = Stomach diseases ; Mide kanseri =   ; Mide neoplazmları = Stomach neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İmmünohistokimya = Immunohistochemistry

Özet:
Anormal DNA metilasyonu tümör baskılayıcı genler ve onkogenlerin ekspresyonlarını değiştirmek yoluyla karsinogenezde önemli rol oynayan bir faktördür. DNA metilasyonun geri dönüşümlü olması,  promoter hipermetilasyonu nedeniyle susturulmuş olan tümör baskılayıcı genlerin tekrar aktive edilmesine olanak sağlar. Bu nedenle DNA metilasyonunu modifiye eden ajanlar epigenetik tedavi yaklaşımında ön planda yer almaktadır. Kronik gastrit nedeniyle oluşan prekanseröz lezyonların gastrik kanser için risk faktörü olduğu bilinse de bu lezyonlar DNA metilasyon statüsü açısından mide tümörleri ile karşılaştırmalı olarak incelenmemiştir. CDO1 ve gankyrin hücre içi karsinojenik yolakları etkileyen ve ekspresyonları temel olarak DNA metilasyonu ile düzenlenen genlerdir. Bu tez çalışmasında kronik gastrit dokuları ve primer mide tümörlerinde gankyrin ve CDO1 genlerinin ekspresyonlarının promoter bölgelerinin metilasyon statüleri ile birlikte incelenmesi, gen ekspresyonları ve promotör metilasyon statülerinin klinik evre, tümör boyutu, lenf nodu tutulumu gibi klinikopatolojik verilerle ilişkisi belirlenerek, mide kanserinde gankyrin ve/veya CDO1'in erken tanı, prognoz ve terapötik hedef olarak potansiyelinin değerlendirilmesi amaçlandı. gankyrin ve CDO1 ekspresyonları immünohistokimyasal olarak, promoter bölge metilasyon statüleri bisülfit dönüşümü sonrasında DNA dizileme yöntemi ile belirlendi. Elde edilen verilerin istatistiksel analizi IBM SPSS Statistics 22  programı ile yapıldı. Gruplar arasında gankyrin ekspresyonu ve promoter metilasyon statüleri açısından anlamlı fark saptanmazken, CDO1 promoter metilasyon düzeyleri mide tümörü grubunda kronik gastrit grubuna göre anlamlı olarak yüksek bulundu. Klinik evre, tümör büyüklüğü ve lenf nodu tutulumu arttıkça CDO1 promoter metilasyon düzeylerinin anlamlı olarak arttığı belirlendi. Çalışma gruplarında CDO1 ekspresyon düzeyleri ve metilasyon statüleri arasında anlamlı bir ilişki saptanmadı. Mide kanserli hastalarda gankyrin ekspresyonu ve promoter metilasyon statüsü arasında istatistiksel olarak anlamlı düzeyde bir ilişki bulunmadığı gibi, bu parametreler ve klinikopatolojik veriler arasında da herhangi bir ilişki belirlenmedi. CDO1 promoter metilasyon statüsünün mide kanseri için prediktif ve prognostik potansiyele sahip olduğu ve mide karsinomunda epigenetik tedavi hedefi olabileceği sonucuna varıldı.

Abstract:
Abnormal DNA methylation is a factor that plays an important role in carcinogenesis by altering the expression of tumor suppressor genes and oncogenes. Reversibility of DNA methylation allows for the re-activation of tumor suppressor genes that are silenced by promoter hypermethylation. Therefore, agents that modify DNA methylation are at the foreground of epigenetic therapy. Although it is known that precancerous lesions caused by chronic gastritis are risk factors for gastric cancer, these lesions have not been compared with gastric tumors in terms of DNA methylation status so far. CDO1 and gankyrin are genes that affect intracellular carcinogenic pathways and their expressions are mainly regulated by DNA methylation. In this thesis study, the expressions of gankyrin and CDO1 genes in chronic gastritis tissues and primary gastric tumors were examined together with the methylation status of their promoter regions, it was aimed to evaluate the potential of gankyrin and CDO1 genes as a marker of early diagnosis, prognosis, and therapeutic target by investigating the relationship between gene expressions and promoter methylation status and clinicopathological data such as clinical stage, tumor size, lymph node involvement. gankyrin and CDO1 expressions were determined immunohistochemically, promoter region methylation statuses were determined by DNA sequencing after bisulfite conversion. Statistical analysis of the obtained data was done with IBM SPSS Statistics 22 program. While there was no significant difference between the groups in terms of gankyrin expression and promoter methylation status, CDO1 promoter methylation levels were found to be significantly higher in the gastric tumor group than in the chronic gastritis group. It was determined that CDO1 promoter methylation levels are significantly increased depending on the increase in clinical stage, tumor size and lymph node involvement. There was no significant relationship between CDO1 expression levels and methylation status in the study groups. There was no statistically significant relationship between gankyrin expression and promoter methylation status in patients with gastric cancer, and no relationship was found between these parameters and clinicopathological data. It was concluded that CDO1 promoter methylation status has a predictive and prognostic potential for gastric cancer and may be a target for epigenetic treatment of gastric tumors.