Detection of Klebsiella pneumoniae virulence genes isolated from urinary tract infection patients in Tikrit city, Iraq
Irak, Tikrit şehrindeki idrar yolu enfeksiyon hastalarından izole edilen Kklebsiella pneumoniae virülans genlerinin tespiti
Yazar: MOHAMMED MUNEF SAAB SAAB
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN ; DR. ÖĞR. ÜYESİ ANAS YASEEN MAHMOOD AL-HAYAWI
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Irak-Tikrit = Irak-Tikrit ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections

Özet:
Klebsiella pneumoniae antibiyotiklere dirençli ve doğada her yerde bulunabilen, ciddi enfeksiyonlara neden olan Gram negatif bir bakteridir. İdrar yolu enfeksiyonu en sık görülen bakteriyel enfeksiyon türüdür ve tedavi edilmezse insanlarda ciddi kayıplara neden olabilir. Çalışma, Salah al-Din Devlet Hastanesi denetçilerinden idrar yolu enfeksiyonu olan kadın ve erkeklerden 104 idrar örneğinin toplanmasını içermektedir. Tikrit şehrinde 15.12.2021 tarihinden 15.04.2022 tarihine kadar konsültasyon laboratuvarından idrar örnekleri toplandı ve Tikrit kentindeki bakteriyoloji laboratuvarına aktarıldı. Daha sonra idrar yolu enfeksiyonlarının etiyolojik nedenlerini araştırmak, teşhis etmek ve antibiyotiklere duyarlılıklarını test etmek için inceleme yapıldı. Bakteri kültürü sonuçları 78 idrar örneğinin %75 oranında pozitif üreme sağladığını ve Klebsiella pneumonia bakterisi örneklerinin %55'inde negatif üreme olduğu tespit edildi. İzole edilen bakteriler mikroskobik, kültür ve biyokimyasal yöntemlerle teşhis edildi ve tanı doğrulandı. Vitek kompakt 2 sistemi incelenerek, sonuçlar kadınların erkeklerden daha fazla etkilendiğini gösterdi. Bazılarının çoklu antibiyotik direncine sahip olduğu, bakteri izolatları arasındaki direnç paterninde farklılıklar olan (10) farklı antibiyotik için disk difüzyon yöntemi kullanılarak bir antibiyotik duyarlılık testi yapılmıştır. İzolat bakterilerinin tüm izolatlar gibi en etkili inhibitör yönü bunlara %100 duyarlı iken, sonuçlar çalışmada kullanılan diğer antibiyotiklerin izole edilen bakterilere, yani Tetrasiklin, Cephalexin ve Azitromisin'e karşı orta düzeyde ve %70 oranında duyarlı olduğunu göstermiştir. Sonuçlarla antibiyotik Rifampin'in %20 ile çoğu bakteri izolatına karşı en düşük duyarlılığı gösterdiğine ulaşırken ve çalışmamızın sonuçları, çalışmada kullanılan Amoxicillin, Erythromycin ve Vancomycin antibiyotiklerinin tamamının %100 oranında buna dirençli izolatlar olduğunu gösterdi. Moleküler olarak PCR
amplifikasyon zincir reaksiyonu, rRNA S 16 genlerinin, rmpA genlerinin ve K2wzy genlerinin amplifikasyonu ve ayrıca multipleks zincir amplifikasyon reaksiyonu ve genlerin amplifikasyonu gibi virülans faktörleri genlerinin varlığını tespit etmek için spesifik primerler kullanılarak K Pnömoni izolatları teşhis edildi. Sonuçlar, tüm Klebsiella pneumonia izolatlarının, özel gen primerleri kullanıldığında 200 baz çifti, 500 baz çifti ve 650 baz çiftinden oluşan net bir bant verdiğini gösterdi. İncelenen numunelerin PCR ürünlerinin azotlu bazlarının dizilenmesinin sonuçları, çalışılan bakteri
izolatlarında bakteri direncine neden olan virülans faktörlerinin genlerinin azotlu bazlarının dizisiyle (%80) kadar bir uyum gösterdi. 

Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, İYE, Bakteri

Abstract:
Are bacteria K. pneumonia from the existing natural flora inside Gutwhereit causes many diseases and of which (Urinary tract infections and pneumonia Pneumonia septicemia Septicemia) And increased interest bacteria Klebsiella pneumoniae is an opportunistic pathogen and has several factors that help it cause disease, such as having a capsule that resists phagocytosis and is responsible for the high incidence of acute diseases caused by it. These bacteria are urease-positive and have the ability to form Biofilm. Urinary tract infection is the most common type of bacterial infection and untreated it can lead to serious losses to humans. The study included the collection of 104 urine samples from
women and men with urinary tract infection from the auditors of Salah al-Din General Hospital and the primary health care sector in the city of Tikrit for the period 12/15/2021. Until 15/4/2022, urine samples were collected from the consultative laboratory and transferred to the bacteriological laboratory in the city of Tikrit. Then the investigation
was conducted to investigate the pathogens of urinary tract infections, diagnose them, and test their sensitivity to antibiotics. The results of the bacterial culture showed that 78 urine samples gave positive growth at a rate of 75% and showed bacterial growth. Klebsiella pneumonia is Gram-negative with 55% of samples. The isolated bacteria were diagnosed
by microscopic, culture and biochemical methods, and the diagnosis was confirmed by examination with Vitek compact 2 system. The results showed that women are more infected than men. Get an antibiotic sensitivity test Using the disc spread method For (10) different antibiotics, some of them have multi-antibiotic resistance, with differences in the pattern of resistance between bacterial isolates.The results of the antibody susceptibility test showed that the antibody Cefotaxime, Trimethoprim and Gentamicin are the most effective Inhibitory direction of the isolated bacteria As all isolates were 100% sensitive to them, while The results showed that the rest of the antibiotics used in the study were moderately sensitive The direction of the isolated bacteria, which are antibacterial Tetracycline, Cephalexin, Azythromycin, and 70%. While the results showed that the antagonist Rifampin showed the lowest sensitivity to most bacterial isolates, with a percentage of 20% The results have been shownour study Ban the antidote Amoxicillin and Erythromycin and Vancomycin used in the study were all 100% resistant to it. Bacterial isolates have been identified pneumoniae K molecularly using a PCR amplification chain reactionusing qualitative prefixes (specific primer) to detect the presence of virulence factor genes as the genes amplified rRNA S 16, rmpA genes and K2wzy genes, as well as gene amplification using multiplex chain amplification reaction. The results showed that all isolates of Klebsiella pneumonia gave a clear bundle with a size of200Husbandbasicand volume500 base pairsand size650 base pairs When using specialized primers for genes. The results of sequencing the nitrogenous bases of technical products showed PCR for the samples under study matches up to (80%) with the sequence of nitrogenous bases of the virulence factors genes present in the studied bacterial isolates that cause bacterial resistance.

Keywords: Klebsiella pneumoniae, UTI, Bacteria