Kırıkkale Üniversitesi Hayvan Hastanesine getirilen neonatal ishalli buzağılarda majör enteropatojenlerin prevalansının araştırılması
Investigation of the prevalence of major enteropathogens in calves with neonatal diarrhea brought to Kırıkkale University Animal Hospital
Yazar: ZEKİ GÜRELİ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ERDAL KARA
Kırıkkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Buzağılar = Calves ; Diyare = Diarrhea ; Kromatografi = Chromatography ; Kırıkkale = Kırıkkale ; Patojenler = Pathogens ; Prevalans = Prevalence ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Bu çalışmanın amacı; Kırıkkale Üniversitesi Hayvan Hastanesine neonatal ishal şikayetiyle getirilen 0-28 günlük buzağılarda ishal etiyolojisinde rol oynayan E.coli K-99, Coronavirüs, Rotavirüs, Cryptosporidium ve Giardia lamblia enteropatojenlerin yaygınlığını tespit etmektir. Çalışmanın materyalini Kırıkkale Üniversitesi Hayvan Hastanesi Kliniklerine; 38' i Kırıkkale, 17'si Ankara, 11' i Kırşehir, 7'si Çankırı, 5' i Yozgat ve 2'si Çorum olmak üzere ishal şikayetiyle getirilen neonatal buzağıların 0-28 günlük yaş aralığındaki 60'ı Simental ırkı, 12'si Holstein ırkı, 7'si Montofon ırkı, 1'i Limuzin ırkı olup 52'si erkek, 28'i dişi 80 buzağı oluşturmuştur. Çalışmaya alınan ishalli buzağıların rutin klinik muayeneleri yapıldıktan sonra steril kaplarda dışkı örneği toplanmıştır. Dışkı analizi için E.coli K-99, Rotavirüs, Coronavirüs, Cryptosporidium ve Giardia enteropatojenleri immunokromatografik hızlı tanı kiti kullanılarak test edilmiştir. Çalışmaya alınan neonatal ishalli 80 buzağıdan 10'unda araştırılan herhangi bir enteropatojen tespit edilmemiştir. Çalışmadaki diğer 70 buzağının 51'inde tek enteropatojen, 19'unda ise birden fazla enteropatojen tespit edilmiştir. Bu araştırma sonucuna göre neonatal ishalli buzağılarda tespit edilen enteropatojenlerin mono ve miks enfeksiyon olarak toplam etiyolojide yer alma oranları; 18'inde (%22.50) E.coli K-99, 24'ünde (%30) Rotavirüs, 34'ünde (%42.25) Coronavirüs, 18'inde (%22.50) Cryptosporidium ve 3'ünde (%3.75) Giardia olarak belirlenmiştir. Çalışmada tespit edilen majör enteropatojenlerin ilk 0-28 günlük periyotta görülme yaş aralığı sı incelendiğinde; E.coli K-99 enfeksiyonu 2-12 günlük yaştaki buzağılarda ortalama 5.5 gün, Rotavirüs enfeksiyonu 4-28 günlük yaştaki buzağılarda ortalama 9 gün, Coronavirüs enfeksiyonu 4-28 günlük yaştaki buzağılarda ortalama 10.8 gün, Cryptosporidium enfeksiyonu 5-28 günlük yaştaki buzağılarda 11.3 gün ve Giardia enfeksiyonu 10-28 günlük yaştaki buzağılarda ise ortalama 22 gün olarak görülmüştür. Neonatal ishalli buzağıların haftalık yaş gruplarına göre dağılımlarında tespit edilen enteropatojenler incelendiğinde; 1. haftada 11'inde (%13.75) E.coli K-99, 5'inde (%6.25) Rotavirüs, 7'sinde (%8.75) Coronavirüs, 4'ünde (%5) Cryptosporidium, 11'inde (%13.75) miks enteropatojenler, 4'ünde (%5) diğer nedenlere bağlı ishaller saptanmışken ilk haftada ishalli buzağıların hiçbirinde Giardia tespit edilememiştir. 2. haftada 1'inde (%1.25) E.coli K-99, 3'ünde (%3.75) Rotavirüs, 8'inde (%10) Coronavirüs, 3'ünde (%3.75) Cryptosporidium, 1'inde (%1.25) Giardia, 5'inde (%6.25) miks enteropatojenler, 4'ünde (%5) diğer nedenlere bağlı ishaller saptanmıştır. 3. haftada 3'ünde (%3.75) Coronavirüs, 2'sinde (%2.5) miks enteropatojenler, 2'sinde (%2.50) diğer nedenlere bağlı ishaller saptanmışken E.coli, Rotavirüs, Cryptosporidium ve Giardia entoropatojeni saptanmamıştır. 4. haftada 2'sinde (%2.50) Coronavirüs, 1'inde (%1.25) Cryptosporidium, 2'sinde (%2.50) Giardia, 1'inde (%1.25) miks enteropatojenler saptanmışken diğer enteropatojenler saptanmamıştır. Bu veriler doğrultusunda ishal olgularının 42'si (%52.50) 1. haftada, 25'i (%31.25) 2. haftada, 7'si (%8.75) 3. haftada ve 6'sinin (%7.50) 4. haftada gerçekleştiği tespit edilmiştir. Sonuç olarak; Kırıkkale ve civar illerden hastanemize getirilen neonatal buzağı ishalleri etiyolojisinde majör enteropatojen olan E.coli K-99, Coronavirüs, Rotavirüs ve Cryptosporidium önemli rol oynadığını görülmüştür. Bunların tek başına olduğu gibi miks enfeksiyonlar olarak da bölgede 0-7 gün yaş aralığındaki buzağılarda E.coli K-99; 0-14 gün yaş aralığında ise viral enteropatojen olan Coronavirüs ve Rotavirüs oranlarının diğer enteropatojenlere göre daha fazla görüldüğü belirlenmiştir. Crytosporidium diğer majör enteropatojenlere göre tek başına düşük iken diğer etkenlerle birlikte miks enfeksiyon olarak görülmesi yüksek olduğu belirlenmiştir. Bu çalışmada elde edilen bulgular ışığında neonatal buzağı ishallerinde etiyolojinin erken belirlenmesinde kullanılan hızlı tanı kitlerinin koruma, kontrol ve tedavi önlemlerinin alınmasında çok önemli bir yere sahip olduğu kanısına varılmıştır.

Abstract:
The aim of this study is to investigate the prevalence of E.coli K-99, Coronavirus, Rotavirus, Cryptosporidium, and Giardia lamblia enteropathogens, which play a significant role in the etiology of diarrhea in 0-28-day-old calves taken to Kırıkkale University Animal Hospital with the symptoms of neonatal diarrhea. The data of this study is collected from the 0-28-day-old 80 (52 male and 28 female) calves taken to Kırıkkale University Animal Hospital Clinics, 38 of which from Kırıkkale, 17 of them from Ankara, 11 of them from Kırşehir, 7 of them from Çankırı, 5 of them from Yozgat and 2 of them from Çorum, including 60 Simental, 12 Holstein, 7 Brown Swiss and 1 Limousin with the symptoms of neonatal diarrhea. Following the routine clinical examination of the calves with diarrhea, stool samples are collected in sterile containers. For stool analysis, it is tested E.coli K-99, Rotavirus, Coronavirus, Cryptosporidium, and Giardia enteropathogens through an immunochromatographic rapid test kit. Ten of 80 calves with neonatal diarrhea in the examined were not diagnosed with enteropathogen. A single enteropathogen is detected in 51 of the 70 calves, and multiple enteropathogens are detected in 19 of them. According to the results of this study, the rates of enteropathogens detected in neonatal diarrheal calves as mono and mixed infections in the total etiology are; E.coli K-99 in 18 (22.50%), Rotavirus in 24 (30%), Coronavirus in 34 (42.25%), Cryptosporidium in 18 (22.50%), and Giardia in 3 (3.75%) of 80 calves. When the age range and average of the major enteropathogens are examined in the first 0-28 day period, it is observed that; E.coli K-99 infection is detected on the 5.5th day in 2-12-day-old calves, Rotavirus infection on the 9th day in 4-28-day-old calves, Coronavirus infection on the 10.8th day in 4-28-day-old calves, Cryptosporidium infection on the 11.3rd day in 5-28-day-old calves, and Giardia infection on the 22nd days in 10-28-day-old calves. The proportion of enteropathogens in the calves with neonatal diarrhea according to weeks shows that, in the first week, 11 (13.75%) E.coli K-99, 5 (6.25%) Rotavirus, 7 (8.75%) Coronavirus, 4 (5%) Cryptosporidium, 11 (13.75 %)  mixed enteropathogens, 4 (5%) diarrhea cases caused by other reasons are found, and no Giardia is detected in any of the calves with diarrhea. In the second week, 1 (1.25%) E.coli K-99, 3 (3.75%) Rotavirus, 8 (10%) Coronavirus, 3 (3.75%) Cryptosporidium, 1 (1.25%) ) Giardia, 5 (6.25%) mixed enteropathogens and 4 (5%) diarrhea cases caused by other reasons are detected. In the third week, 3 (3.75%) Coronaviruses, 2 (2.5%) mixed enteropathogens, 2 (2.50%) diarrhea cases caused by other reasons are detected, and no E.coli, Rotavirus, Cryptosporidium, and Giardia enteropathogen is found. In the fourth week, 2 (2.50%) Coronavirus, 1 (1.25%) Cryptosporidium, 2 (2.50%) Giardia, and 1 (1.25%) mixed enteropathogens are detected, and other enteropathogens are not found. Considering these data, it is observed that diarrhea is detected in 42 (52.50%) of the cases in the 1st week, 25 (31.25%) in the 2nd week, 7 (8.75%) in the 3rd week, and 6 (7.50%) in the 4th week. In conclusion: It is understood that E.coli K-99, Coronavirus, Rotavirus, and Cryptosporidium, which are major enteropathogens, play an important role in the etiology of neonatal calf diarrhea taken to our hospital from Kırıkkale, and its neighboring provinces. It is seen that along with the mono form, these are detected as mixed infections as well in the region; the rates of E.coli K-99 in 0-7-day-old calves and Coronavirus and Rotavirus, which are viral enteropathogens, in 0-14-day-old calves are higher than other enteropathogens. It is concluded that while Cryptosporidium is less common on its own than other major enteropathogens, it is more common in a mixed infection form in combination with other causes. Based on the outcomes of this study, it is indicated that rapid diagnosis kits could protect in the early assessment of the etiology of neonatal calf diarrhea play a critical role in prevention, control, and treatment measures.