Ege Üniversitesi Hastanesi yeni doğan yoğun bakım ünitesinden izole edilen potansiyel patojen Aspergillus fumigatus Fresen.'nin bir virulans faktörü olan proteaz enzim aktivitelerinin araştırılması ve karakterizasyonu
Investigation and characterization of protease enzyme activities that is one of the virulence factors of potential pathogen Aspergillus fumigatus Fresen. isolated from hospital neonatal intensive care unıt at Ege University
Yazar: ELİF KOCAÖĞÜT
Danışman: DOÇ. DR. ALEV UZTAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Hava mikrobiyolojisi = Air microbiology ; Küf mantarları = Mould fungus ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections

Özet:
Bu çalışmada, bir yenidoğan yoğun bakım ünitesinin havasal florasından izole edilmiş potansiyel patojen fungal türlerden biri olan Aspergillus fumigatus adlı küfün moleküler tanılanması ve virülans faktörlerinden biri olan proteaz enziminin belirlenip karakterize edilmesi amaçlanmıştır. 
Morfolojik olarak klasik yöntemlerle tanımlanmış bu türe ait 29 farklı A.fumigatus izolatının iki farklı ülkede ve iki farklı araştırma merkezinde hem klasik DNA izolasyon yöntemleri kullanılarak, hem de standart kit prosedüründen yararlanılarak moleküler tanılaması yapılmıştır. Sekans işlemi sonucunda elde edilen baz dizileri NCBI gen bankasına yollanıp, sonuçları alınmıştır. 
Bu sonuçlar doğrultusunda, suşların %99,9 Aspergillus fumigatus olduğu kanıtlanmıştır. Proteaz taraması için içeriğinde Skim-milk bulunan besiyerleri kullanılmış ve bu suşların sütteki kazeini parçalamasından yararlanılmıştır. Kazeini parçalayıp, açık zon oluşturmaları sayesinde, enzim aktivitesi olduğu tespit edilmiştir. En iyi aktivitenin hangi Aspergillus fumigatus izolatına ait olduğunu belirlemek için ise; (Solid State Fermentation) SSF'de üretim yapılarak 3., 5. ve 7. günlerde alınan sıvılardan spektrofotometrik yöntemlerle ölçüm yapılmış ve en yüksek aktiviteye sahip olan izolat belirlenmiştir. eAP27 kodunu taşıyan bu suş için fermantasyon şartları optimize edildi. Optimum fermantasyon şartları 37ºC ve 5 gündür. Bu suşun optimum çalışma koşulları incelendiğinde ise; inkübasyon pH: 7,5-8; en iyi aktivite gözlenen substrat: Casein olarak bulunmuş ve inhibitör maddeler ile metal iyonlarının enzim üretimi üzerinde etkileri olduğu gösterilmiştir.

Abstract:
This study aimed to identify Aspergillus fumigatus, one of the widely pathogen fungal species with molecular diagnosis methods and characterize protease enzymes, which is the virulence factors of Aspergillus fumigatus is isolated from airborne flora in intensive care units. 
This species morphologically defined by using conventional methods. Molecular identification of these 29 different isolates of Aspergillus fumigatus, is completed by both conventional DNA isolation methods and molecular diagnostic kit utilizing standard procedures in two different countries and in two different research center. The sequences obtained from the Sequence PCR processing, are send to NCBI gene bank and the results were received. 
These results have proved that, our all species are 99.9% Aspergillus fumigatus. Skim-milk media is used for scanning protease enzymes, and it is benefited fragmentation of casein molecules in the milk media of these strains. With the fragmentation casein molecules, it was appeared a clear zone and this has been a proof for enzyme activity. To determine which Aspergillus fumigatus isolate has the best enzyme activity is used Solid State Fermentation (SSF), fermentation liquid as a enzyme was collected on 3th, 5th and 7th and measurements were scanned with spectrophotometric methods. This isolate has been tagging as a eAP27 and optimized fermentation conditions for this strain. The optimum fermentation conditions are 37ºC and 5 days. When these strain investigated for optimum process conditions; incubation pH 7.5-8; the substrat is observed for best activity: Casein; and it has been shown that the inhibitory agents and the metal ions are effective on enzyme production.