Otizm bulgusu gösteren bireylerdeki genetik değişikliklerin array CGH yöntemi ile ortaya konması
Investigating copy number variations in individuals showing autistic features using array comparative genomic hybridization method
Yazar: ZAFER YÜKSEL
Danışman: PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Büyüme bozuklukları = Growth disorders ; Genetik = Genetics ; Genotip = Genotype ; Otistik bozukluklar = Autistic disorder ; Çocuk gelişme bozuklukları = Child development disorders ; Çocuk gelişme bozuklukları-yaygın = Child development disorders-pervasive

Özet:
Otizm sosyal etkileşimde bozulma, iletişimde bozulma ve tekrar eden ve basmakalıp davranışlar ile karakterize bir hastalıktır. Son on yılda otizm spektrum bozukluk/yaygın gelişimsel bozukluk (OSB/YGB) etiyolojisinden sorumlu olduğu düşünülen genetik bileşenlere dair önemli verilere ulaşılmıştır. İnsan genomunun yüksek çözünürlükle taranmasındaki teknolojik ilerlemeler ve genomik varyasyonun kaynağı olarak bilinen kopya sayısı değişikliklerinin (KSD) tanımlanması, klinik olarak anlamlı lokusların tespit edilmesine yol açmıştır. Array karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (aCGH) yöntemi otizmli bireylerde geleneksel sitogenetik yöntemlere göre beş kat daha fazla tanımlama yapabilmektedir. Patojenik genomik değişikliklerin YGB'li olguların %10'undan fazlasında tanımlanması KSD'lerin YGB genetik etiyolojisindeki önemini vurgulamaktadır. Çalışmamıza toplam 37 YGB'li olgu dahil edildi. Tüm olguların dismorfik değerlendirmeleri, karyotip ve Frajil X analizleri ile Agilent® 8x60K platformu kullanılarak aCGH analizleri gerçekleştirildi. Olguların % 5.4'ünde (2/37) kromozom anomalisi, yaklaşık %30'unda (11/37) da KSD'ler tespit edildi. Saptanan KSD'lerin %54'ü (6/11) delesyon, %46'sı (5/11) ise duplikasyon idi. Olguların klinik özellikleri ile KSD'lerinin saptandığı lokuslardaki aday genler arasındaki olası ilişkiler tartışıldı.

Abstract:
Autism is a disorder characterized by impaired social relationships, impaired language and communication, and repetitive behaviors. In the last decade, important evidence has been published about the genetic atiology of autism spectrum disorders (ASD). Technologic advancement in screening human genome at high resolution and recognition of copy number variations (CNVs) as a prevalent source of genomic variation has led to identify clinically relevant loci. Array comparative genomic hybridization (aCGH) has up to fivefold increase in diagnostic yield when compared with conventional cytogenetic methods. Pathogenic genomic variations identified upwards of 10% of ASD cases highlighting an important role for CNVs in the genetic aetiology of ASD. In our study, we analyzed karyotypes and CNVs of 37 cases from Eskisehir region diagnosed as autism spectrum disorder and assesed their clinical effects. All cases were assessed in a clinical genetic setting and karyotype and Fragile-X analysis as well as aCGH using Agilent® 8x60K platform were performed. Chromosomal anomaly was found in 5.4% (2/37) while CNVs were found in approximately 30% (11/37). detected CNVs were distributed as 54% deletion (6/11) and 46% duplication (5/11). Clinical features and the possible responsible genes on the detected CNV loci were discussed.