Klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis izolasyonunda polimeraz zincir reaksiyonu ve kültür yönteminin (MGIT) karşılaştırılması
Comprasion of PCR and culture methods isolation Mycobacterium tuberculosis from the clincal samples
Yazar: EBRU ÖKSÜN
Danışman: PROF.DR. AKGÜN YAMAN
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
ÖZET KLİNİK ÖRNEKLERDEN MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS İZOLASYONUNDA POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU ve KÜLTÜR YÖNTEMİNİN (MGIT) KARŞILAŞTIRILMASI Tüberküloz tanısında kullanılmaya başlanan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR); materyalde bulunan M. tuberculosis DNA'sının çoğaltılmasına dayalı hızlı, duyarlı ve özgül bir testtir. Aynı gün içinde tüberküloz tanısının konması ve aynı zamanda tedaviye geçilmesini sağlar. Bundan dolayı çalışmamızda tüberküloz tanısı için MGIT kültür ile Ehrlich Ziehl-Neelsen yöntemi ve PCR yönteminin rutin tanıdaki yerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Bu amaçla Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarına tüberküloz şüphesiyle gelen yaşları bir ile seksensekiz arasında değişen elli hastaya ait balgam, otuz hastaya ait BOS, on hastaya ait plevra ve on hastaya ait asit örneklen olmak üzere toplam yüz örnek değerlendirildi. Çalışmaya alınan elli balgam örneğinin otuzdördü Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde pozitif, otuz'u hem kültür hem PCR'da pozitif bulundu. Çalışılan BOS örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulunurken beşi kültürde pozitif, onu PCR'da pozitif bulundu. On hastaya ait plevra örneğinde örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulundu bunların ikisi kültürde pozitif, üçü PCR'da pozitif bulundu. Asit örneklerinde BOS ve plevrada olduğu gibi örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulunurken, kültürde bir örnekte pozitif, PCR'da iki örnek pozitif bulundu. Tüberküloz tanısında kesin tanı metodu olan kültür sonuçları PCR ile karşılaştırıldığında, PCR'nın sensivitesi %100, spesifitesi %86.9, pozitif prediktif değeri %88.2 negatif prediktif değeri %100 olarak bulundu. Kültür sonuçları ile direkt mikroskopinin karşılaştırılmasında ise sensitivite %78.9 spesifitivite %93.4, pozitif prediktif %88.2, negatif prediktif %87.7 olarak bulundu. VIISteril vücut sıvılarında (BOS, plevra, asit mayi) çok az sayıda tüberküloz basilinin bulunması nedeniyle, boyama yöntemleri yetersiz kalmakta. Bu nedenle daha ileri tanı metotlarına gereksinim vardır. Kültürün uzun süre sonuç verdiği düşünülecek olursa PCR'nın kültür metodları ile birlikte kullanılmasının erken tanı ve tedavi açısından faydalı olacağı tespit edilmiştir. Anahtar sözcük: PCR, kültür, M.tuberculosis, Ehrlich Ziehl-Neelsen MGIT VIII

Abstract:
SUMMARY COMPRASION OF PCR and CULTURE METHODS ISOLATION MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FROM THE CLINICAL SAMPLES Polymerase chain reaction (PCR) that has begun to utilize at the diagnosis of tuberculosis is a rapid, sensitive and specific test, which is based on amplification of M.tuberculosis DNA in clinical samples.This method provides an opportunity to diagnose and begin the specific treatment within same day. However the primary objective of this study was to compare amplification techniques of their ability to detect M.tuberculosis in specimens. A total of 100 specimens, 50 sputum, 30 cerebral spinal fluid, ten pleura and sterile body fluid samples have been evaluated. The specimens of one 100 patients have been examined in Central Laboratory of Balcali Hospital. Out of 100, 38 specimens were MGIT culture positive for M.tuberculosis 34 specimens were microscopy positive and 47 specimens were PCR positive. The clinical data were resulted in the following outcomes when culture results were compared to PCR. The sensitivity of PCR was 100 %, specificities of each system were 86.9 % and positive predictive value was 88.2 % and negative predictive value was 100 %. When culture results were compared to direct microscopy; the outcomes were found as 78.9 % sensitivity, 93.4 % specificities of each system, 88.2 % positive predictive and 87.7 % negative predictive. Since there are too few numbers of tuberculous bacilli in the Sterile body fluids (cerebral spinal fluid, pleura) bacteriological methods are unreliable for early diagnosis of tuberculos. Because of this reason, there are some requirement to use new rapid diagnostic methods. The data presented represent a considerable number of specimens evaluated within a considerable number of patients. Since culture results take a IXconsiderable length of time, the study was thought to be conducted together with PCR culture methods. Key words: PCR, culture, M.tuberculosis, Ehrllch Ziehl-Neelsen, MGIT X