Karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile araştırılması ve Pulsed Field Gel Electrophoresis yöntemi ile genotip tayini
The investigation of resistance genes of carbapenem resistant Acinetobacter baumannii isolates with Pulsed Field Gel Electrophoresis
Yazar: SİBEL GÖRDEBİL
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Enzimler = Enzymes ; Genler-P53 = Genes-P53 ; Genler-blaOXA = Genes-blaOXA ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Acinetobacter baumannii özellikle yoğun bakım ünitelerinde nozokomiyal infeksiyonlara ve salgınlara yol açan önemli bir patojendir. Karbapenem grubu antibiyotikler de dahil, çoklu ilaç direnci göstermesi bu patojenle olan infeksiyonların tedavisinde ciddi problemlere sebep olmaktadır. Karbapenem direnci sıklıkla OXA tipi karbapenemazlar ile oluşmaktadır. OXA tipi enzimler 4 subgrupta (OXA-51, OXA-58, OXA-23, OXA-24) toplanır. Acinetobacter izolatlarında OXA-51 subgrubundaki enzimler intrinsik olarak bulunurken, mobil elementler ile horizontal olarak kazanılan genlerle kodlanan OXA-58, OXA-23 ve OXA-24 subgrup enzimlerde beraberinde bulunabilmektedir. Ayrıca blaOXA-51 geninin upstream bölgesinde yerleşen ISAba 1 segmenti de transkripsiyonel bir promotor olarak ß-laktamaz gen ekspresyonunu indüklemektedir.Bu çalışmada hastanemizde hastane enfeksiyonlarndan izole edilen karbapenem dirençli A. baumannii izolatlarında karbapenemaz enzimini kodlayan blaOXA genlerinin subgruplarının Multipleks PCR, ISAba1 segmentinin tek tüp PCR yöntemi ile araştırılması ve klonal ilişkilerinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır.İncelenen 55 izolatın tamamında(%100) OXA 51 ve ISAba1 geni tespit edilmiştir. İzolatların 4(%7.27)ünde OXA 58, OXA 51 ve ISAba1, 3(%5.45)ünde OXA24, OXA51 ve ISAba1 geni belirlenmişken OXA 23 geni hiç bir izolatta bulunamamıştır. PFGE ile klonal ilişkilerinin incelenmesi sonucu, 55 izolatın 29(%52.72)'unun yakın ilişkili olduğu ve aynı klondan köken aldığı görülmüştür.Anahtar sözcük: Anahtar Sözcük: Acinetobacter baumannii, blaOXA21, blaOXA23, blaOXA51, blaOXA58, PFGE

Abstract:
Acinetobacter is a pathogen which can cause seriousnosocomial outbreaks especially in intensive care units. Carbapenemases of OXA are the mostly cause of carbapenem resistance.OXA type enzymes divide into 4 subgroups. (OXA51, OXA24, OXA58, OXA23) OXA 51 subgroup of genes are intrinsic in Acinetobacter strains. Genes gained horizontally with mobile elements which codes the subgroup enzymes like OXA 58,23 and 24 can be together with OXA 51 gene.As being a transcriptional promotor ISAbaI; which localized at the upstream location of blaOXA 51 gene can induce beta-lactamase gene expression.In this work we aimed to investigate the subgroups of blaOXA genes with multiplex PCR, ISAbaI segment with in-house PCR and clonal relations of isolates with PFGE between carbapenem resistant A.baumanii strains isolated from nosocomial infections in our hospital.OXA-51 and ISAbaI genes identified from whole (%100) of the 55 isolates. We identified OXA 58, OXA 51 and ISAbaI genes in 4 of the isolates, OXA 24, 51 and ISAbaI genes in 3 of isolates but OXA 23 gene had been identified in none of the isolates. As a result of PFGE, 29 of 55 isolates found to be closely related and also thought to be in the same clone.Key Words: Acinetobacter baumannii, blaOXA21, blaOXA23, blaOXA51, blaOXA58, PFGE