Evaluation the effect of some plant extracts on gene expression of OPRL in Pseudomonas aeruginosa from Iraqi patients
Iraklı hastalardan Pseudomonas aeruginosa'da bazı bitki özütlerinin OPRL'nin gen ekspresyonu üzerine etkisinin değerlendirilmesi
Yazar: MUATAZ MOHAMMED H. AL-MASHHADNI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN ; PROF. DR. SAAD M. SHUKR AL-MSHHADANI
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Bitki özütü = Plant extract ; Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa

Özet:
Bu çalışma, Mart 2022'den Haziran 2022'ye kadar her iki cinsiyette yanık ve yara enfeksiyonu çeken Bağdat / Irak'taki Medical City ve Al-Yarmok hastanesi hastalarından alınan (150) swab koleksiyonunu içermektedir. Örneklerin kesin teşhisinden sonra, 130 pozitif kültür örneğinden sadece %32.3 (42/130) izolat P. aeruginosa'ya ve %67.7 (88/130) izolat diğer bakteri türlerine aitti. Mikroskobik, Biyokimyasal testler, Cetrimide agar, Kliger Iron Agar (KIA) ile yapılmıştır.
Bakteriyel izolatların da antibiyotiğe karşı duyarlılık testi için seçilen 11 antibiyotikle, P. aeruginosa izolatlarının mevcut çalışma sırasında ilgi duyulan antibiyotiğe 42 (%100) ve özellikle Cefazolin, Ceftriaxone ve Trimetoprim/Sulfamethoxazole'e karşı tam direnç gösterdiği  VITIK 2 ile belirlenmiştir. Meropenem, P. aeruginosa izolatlarına karşı en etkili antimikrobiyal ajandı. Çünkü P. aeruginosa bu ajana karşı yüksek oranda duyarlılık göstermiş 36 (%85.71),  onu Ciprofloxacin 28 (%66.66) ve Piperasilin/Tazobaktam 26 (%61.90) izlemişdir.
 Curcuma longa bitki ekstraktının Well agar difüzyon yöntemi ile Antimikrobiyal Aktivitesinin Belirlendiği bu çalışmada, 42 P. aeruginosa izolatının bitki ekstraktına karşı direnç paternini belirlemek için antimikrobiyal kuyu çevresindeki bölgenin çapına göre izolatların direnç paternini belirlemek için çalışılmıştır. Gentamisine ait standart çaplarla karşılaştırıldığında, P. aeruginosa izolatlarının büyük çoğunluğunun zerdeçal ekstraktına %59,5 (25/42) duyarlı olduğu, Curcuma ekstraktına dirençli ve orta dirençli izolatların %19,0 ve %21,4 olduğu görülmüştür. 
Bakteriyel DNA ve RNA, P. aeruginosa izolatlarından ekstrakte edildi. OPRL genini saptamak için spesifik primerler kullanılarak tüm bakteri izolatları için PCR yapılmıştır. Sonuçlar, 25 P. aeruginosa izolatının tüm izolatlardan %59 oranında OPRL genine sahip olduğunu göstermiştir. Sonuçlar ayrıca RT-PCR kullanılarak kat değişimine ilişkin OPRL geninin ekspresyon seviyelerini göstermiştir. Sonuç olarak, Zerdeçal bitkisi ekstraktından önce 1.5243±0.243 ve Zerdeçal bitkisi ekstraktı sonrası için 4.014±30.12421053 ile oldukça önemli bir fark P-değeri 0.01 tespit edilmiştir.

Abstract:
The current study included a collection of (150 ) swabs from patients suffering from burns and wound infections in both genders, for the period from March 2022 to June 2022, from injured patients whom attending to Baghdad Teaching Hospital, Ghazi Hariri Hospital, Central Laboratories in Medical City and Al-Yarmok hospital in Baghdad /Iraq. After final diagnosis of samples, among 130 positive culture samples, only 32.3%% (42/130) isolates belonged to P. aeruginosa, and 67.7% (88/130) isolates belonged to other genera of bacteria, Identification of P. aeruginosa was done by Microscopic ,Biochemical tests ,Cetrimide agar , Kliger Iron Agar (KIA). 
The susceptibility test of bacterial isolates against 11 selected antibiotics was conducted by VITIK 2which indicates that the P. aeruginosa isolates are fully resistance 42 (100%) to 3 of the antibiotics of interest during the current study, particularly Cefazolin, Ceftriaxone and Trimethoprim/Sulfamethoxazole. Meropenem was the most effective antimicrobial agents against P. aeruginosa isolates because P. aeruginosa,  was showed high percentage of sensitivity to it 36 (85.71%), followed by Ciprofloxacin 28(66.66%) and Piperacillin /Tazobactam 26 (61.90%).
 Detection of Antimicrobial Activity of Curcuma longa plant extract by Well agar diffusion method in the present study, of 42 isolates of P. aeruginosa against plant extract was studied to determine the pattern of isolates resistance based on the diameter of the region around the antimicrobial well and compared with the standard diameters of the antibiotic gentamycin, the vast majority of P. aeruginosa isolates were sensitive to turmeric extract by 59.5% (25/42), and  the isolates that had resistant and Intermediate resistant to Curcuma extract they constituted 19.0% and 21.4%, respectively, of the P. aeruginosa total isolates study.
The bacterial DNA, and RNA was extracted from  isolates of P. aeruginosa. PCR was carried out for all bacterial isolates, using specific primers, to detect OPRL gene. The results showed that the 25 P. aeruginosa isolates have the OPRL gene in a percentage 59% from all isolates. The results also showed expression levels of  OPRL gene regarding to the fold change by using RT-PCR, the results showed before Curcuma plant extract 1.5243±0.243, and 4.014±30.12421053 for after Curcuma plant extract with highly significant difference P- value 0.01