PTPN11 gen mutasyonlarının noonan sendromlu hastalarda taranması
Screening for mutations in the PTPN11 gene in patients with noonan syndrome
Yazar: FİLİZ BAŞAK CENGİZ
Danışman: DOÇ.DR. MUSTAFA TEKİN
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Noonan sendromu (NS) otozomal dominant olarak kalıtılan yüzde sendroma özgüdegisiklikler, boy kısalıgı, konjenital kalp defektleri, kriptorsidizm, lenfatik displazi, ögrenmegüçlükleri ile tanı konulan bir hastalıktır. NS 1/1500-1/2500 dogumda görülür. NS'luolguların yaklasık %50'sinde PTPN11 geninde mutasyonlar bulunmaktadır. PTPN11 genitarafından kodlanan SHP-2 proteini bir ?non reseptör protein tirozin fosfataz? (PTP)proteinidir ve amino uçta N-SH2 ve C-SH2, karboksi uçta ise PTP bölgeleri olmak üzere üçbölgeden meydana gelmektedir. PTPN11'de meydana gelen mutasyonların çogu N-SH2 vePTP bölgelerinde yer almaktadır, bu bölgeler proteinin aktif ve inaktif konformasyonlarıarasındaki degisimi düzenlemektedirler.Bu çalısmada klinik olarak NS tanısı alan 20 olguda daha önce içinde mutasyon tanımlanmısPTPN11 geninin 8 eksonu taranmıstır. Bu 8 ekson PCR-SSCP, PCR-DHPLC ve PCR-DNAdizi analizi metodları ile taranmıstır. DNA dizi analizi sonucu üç olguda 8. eksondap.Asn308Asp degisimi, bir olguda 3. eksonda p.Ala72Ser degisimi, bir olguda 3. eksondap.Tyr63Cys degisimi ve bir olguda 3. eksonda p.Asn58Asp degisimi heterozigot olaraksaptanmıstır. PCR-DHPLC ile bu dört mutasyon gösterilmistir. PCR-SSCP ile yalnızcap.Tyr63Cys ve p.Ala72Ser mutasyonları gösterilmistir. Daha sonra p.Asn308Asp degisimiPCR-RFLP (EcoRV enzimi) ile dogrulanmıstır.Arastırma sonuçları PTPN11 geninde NS'lu hastalarda 3. ve 8. eksonların PCR-DHPLC iletaranmasının baslangıçta olguların önemli bir kısmında mutasyon saptanmasını saglayacagınıgöstermektedir.Anahtar Sözcükler: DHPLC, DNA dizi analizi, Noonan sendromu, PTPN11, PCR, SSCP

Abstract:
Noonan syndrome (NS) is an autosomal dominant disorder characterized by distinctive facialfeatures, short stature, congenital heart disease, cryptorchidism, and lymphatic dysplasia. Thissyndrome is estimated to be seen in 1/1500-1/2500 live births. Mutations in the PTPN11 geneare detected in nearly 50% of affected individuals. The PTPN11 gene encodes for a nonreceptorprotein tyrosine phosphatase, SHP-2, which contains N-SH2 and C-SH2 domains inthe amino terminal and a PTP domain in the carboxy terminal. PTPN11 missense mutationscluster in the N-SH2 and PTP domains, which are involved in switching the protein betweenits inactive and active conformations.In this study, 20 patients, clinically diagnosed with NS, were screened for mutations in 8exons of the PTPN11 gene. These exons were screened with PCR-SSCP, PCR-DHPLC, andPCR-DNA sequence analysis protocols. Mutation analysis revealed the p.Asn308Aspalteration in three patients in exon 8, p.Ala72Ser alteration in a patient in exon 3, p.Tyr63Cysalteration in a patient in exon3, and p.Asn58Asp alteration in a patient in exon 3. Allmutations were detected with DHPLC. However, only p.Tyr63Cys and p.Ala72Ser mutationswere found with SSCP. The p.Asn308Asp mutation was confirmed with a PCR-RFLPprotocol.Our results show that it will be practical to first screen exons 3 and 8 of PTPN11 with PCRDHPLCin patients with NS.Key Words: DHPLC, DNA sequence analysis, Noonan syndrome, PTPN11, PCR, SSCP