Nörogelişimsel bozukluklar ile ilişkilendirilen gabra1, gabrb1 ve gabrb3 genlerindeki yanlış anlamlı snp'lerin biyoinformatik araçlar kullanılarak değerlendirilmesi
Evaluation of missense snps in gabra1, gabrb1 and gabrb3 genes associated with neurodevelopmental disorders using bioinformatics tools
Yazar: MEHMET MANAZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL ; DOÇ. DR. MESUT KARAHAN
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Nörogelişimsel bozukluklar = Neurodevelopmental disorders ; Tek nükleotid polimorfizmi = Single nucleotide polymorphism ; İn siliko = In silico

Özet:
Nörogelişimsel bozukluklar özellikle bireyin erken gelişim döneminde ortaya çıkan bir hastalıktır. Bu bozukluk içerisinde bazı epileptik rahatsızlıklar, zekâ geriliği, otizm, hiperaktivite, iletişim bozukluklar, motor becerilerde aksama gibi hastalıklar örnek verilebilmektedir. Gelişimin erken döneminde ortaya çıksa da kişinin günlük hayatını etkilemektedir. Özellikle kişi de psikolojik, sosyal, motor becerilerde aksama, zihinsel gibi becerilerde aksamalar ile kendini belli etmektedir. Bu aksamalar neticesinde kişinin günlük yaşamında sorunlar ortaya çıkmaktadır. Bu tez çalışmasında nörogelişimsel bozukluklar ile ilişkilendirilen GABRA1, GABRB1 ve GABRB3 geninde yer alan yanlış anlamlı polimorfizm (SNP)'ler in siliko yöntemler ile çevrimiçi yazılım araçları kullanılarak olası zararlı etkileri tahmin edilmiştir. Daha sonrasında bu genlerin protein-protein etkileşimleri, gen-gen etkileşimleri, protein stabilizasyonu üzerinde etkileri ve üç boyutlu modelleme örnekleri çevrimiçi yazılım araçları kullanılarak belirlenmiştir. Yazılım araçları kullanılarak elde edilen sonuçlara göre GABRA1 geninde rs121434579, rs139163545 ve rs267600530 olmak üzere 3 varyant tespit edilmiştir. GABRB1 geninde rs74608570, rs75612351 ve rs78815529 olmak üzere 3 varyant tespit edilmiştir. GABRB3 geninde ise rs78196007, rs78196007, rs17850679, rs72708067, rs111596597 ve rs149963014 olmak üzere 6 tane varyant tespit edilmiştir. Bu çalışma sonucunda gelecekte yapılacak olan deneysel çalışmalarda çevrimiçi yazılım araçları kullanılarak elde edilen sonuçlar neticesinde bu varyantların yapılacak olan çalışmalarda yararlı olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Neurodevelopmental disorders are a disease that occurs especially in the early developmental period of the individual. Examples of this disorder include some epileptic disorders, mental retardation, autism, hyperactivity, communication disorders, and disruption in motor skills. Although it occurs early in development, it affects a person's daily life. In particular, the person manifests itself with disruptions in psychological, social, motor skills, and mental skills. As a result of these disruptions, problems arise in the daily life of the person. In this thesis, the possible harmful effects of missense polymorphisms (SNPs) in the GABRA1, GABRB1 and GABRB3 genes, which are associated with neurodevelopmental disorders, were predicted using in silico methods and online software tools. Afterwards, the effects of these genes on protein-protein interactions, gene-gene interactions, protein stabilization and three-dimensional modeling examples were determined using online software tools. According to the results obtained by using software tools, 3 variants, rs121434579, rs139163545 and rs267600530, were identified in the GABRA1 gene. Three variants, rs74608570, rs75612351 and rs78815529, have been identified in the GABRB1 gene. In the GABRB3 gene, 6 variants were identified, namely rs78196007, rs78196007, rs17850679, rs72708067, rs111596597 and rs149963014. As a result of this study, it is thought that these variants will be useful in future studies as a result of the results obtained by using online software tools in future experimental studies.