MCF 7 meme kanseri hücrelerindeki mikro RNA üzerinde TGF-β etkisi
TGF-β effect on microRNA in MCF 7 breast cancer cells
Yazar: ABDURRAHMAN SÜHA CENGİZ
Danışman: PROF. DR. ALİ ÜNLÜ
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Hücre dizisi = Cell line ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA ; Transforme edici büyüme faktörü-beta = Transforming growth factor-beta

Özet:
TGF-β   hücrenin proliferasyonu, diferansiasyonu, motilitesi, adhezyonu ve ölümü gibi birçok hücresel süreçleri düzenleme yeteneğine sahiptir. Bu fizyolojilerde oluşabilecek bozukluklar sonucunda aralarında kanser, osteoartrit, diabet gibi birçok hastalıkla da ilintili olduğu bilinmektedir. Bu çalışma,          TGF-β'nın MCF7 insan meme kanseri hücresi miRNA'ları profilleri üzerine uygulamasının etkilerini incelemektedir.
Çalışmamızda, MCF-7 hücreleri TGF-β'nın farklı saatlerde (2, 4, 6, 24 ve 48) ile tek dozda (16 ng/ml) muamele edildi. Daha sonra total RNA, Roche yüksek saf miRNA İzolasyon Kiti  (Roche Diagnostics) kullanarak izole edildi ve hücre lizatlarından cDNA sentezlendi. Gerçek zamanlı qPCR için 84 adet miRNA ekspresyonu, BioMarkTM 96,96 Dynamic Array (Fluidigm Corporation) ile saptanmıştır.  İstatistiksel analiz Biogazelle en qase Plus 2,0 yazılımı kullanılarak yapıldı. Göreceli gen ekspresyonu değerlerinin tayini 2-ΔΔCt yöntemi (numunenin normalize edilmiş Ct (eşik döngüsü ) değeri- kontrolün normalize edilmiş Ct değeri) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. 
İstatistiksel analizler sonucunda, kontrol grubuna kıyasla 84 miRNA'nın 23 tanesi farklı şekilde (fold regulation <2, fold regulation>2, p<0.05) eksprese edilmiştir. 
Bu bulgular, MCF-7 hücrelerinin miRNA profillerine TGF-β'nın etkilerini vurgulamaktadır ve daha ileri çalışmalara yardımcı olabilir.

Abstract:
TGF-β has the ability to reverse many cell processes such as cell proliferation, differentiation, motility, adhesion, and death. As a result of the disorders that may occur in these physiologists, it is known that they are related to many diseases such as cancer, osteoarthritis and diabetes. This study examines the effects of TGF-β on the profiles of MCF7 human breast cancer cell miRNAs.
In our study, MCF-7 cells at different times of TGF-β (2, 4, 6, 24 and 48) with a single dose (16 ng/ml) were treated. Then total RNA was isolated by using Roche High Pure miRNA Isolation Kit (Roche Diagnostics) and cDNA was synthesized from cell lysates. The expressions of 84 miRNAs were determined by The BioMarkTM 96.96 Dynamic Array (Fluidigm Corporation) for real-time qPCR. Statistical analysis was performed using the Biogazelle's qbase PLUS 2.0 software. Determinations of relative gene expression values were carried out by using the 2-∆∆Ct method (normalized threshold cycle (Ct) value of sample minus normalized Ct value of control).
As a result of the statistically analysis, twenty-three of 84 miRNAs have been differentially expressed compared to control group (fold regulation <2, fold regulation>2, p<0.05).
Thesefindings highlight the effects of TGF-β to miRNA profiling of MCF7 cells and may be helpful for further studies.