Orta anadolu'da doğal olarak yetişen zerdali (Prunus armeniaca L.) genotiplerinde biyoçeşitliliğin S allel kompozisyonu ile belirlenmesi
Determination of biodiversity in zerdali (Prunus armeniaca L.) genotypes naturally growing in Central Anatolia by S allelle composition
Yazar: ZEHRA REFAYELİ
Danışman: PROF. DR. SEZAİ ERCİŞLİ
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Amaç: Bu çalışmada Orta Anadolu'da (Niğde ve Nevşehir) bulunan tohumdan yetişmiş (aşısız) ve birbirlerinden farklı morfolojik özellik taşıyan 28 Zerdali genotipinin moleküler düzeyde S allel kompozisyonları belirlenmeye çalışılmıştır.
Yöntem: Genomik DNA, zerdali örneklerinden alınan genç yapraklardan DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen, Hilden, Almanya) kullanılarak elde edilmiştir. DNA'nın miktarı ve kalitesi NanoDrop ND-1000 spektrofotometre (Bio-Science, Budapeşte, Macaristan) ile belirlenmiştir. PCR işlemi, Sutherland metoduna göre, S-RNase geninin ikinci intron bölgesinin amplifikasyonu için kullanılan EM-PC2consFD ve EM-PC3consRD primerleri (belirteçleri) ile gerçekleştirilmiştir. 
Bulgular: Zerdali genotipleri S allel kompozisyonu bakımından oldukça zengin bir çeşitlilik görülmüştür. Genotiplerde ayrıca 10 adet S allel (S2, S3, S6, S7, S8, S9, S11, S12, S13 ve S19) belirlenmiş olup bunların görülme sıklıkları S8 (%17.86), S2 (%14.19), S19 (%12.50), S6 ve S9 (%10.71), S7 ve S12 (%8.92) ve S3, S11 ve S13 (%5.40) şeklinde sıralanmışlar.
Sonuç: Çalışmada Niğde ve Nevşehir illerinden örneklenen 28 zerdali genotipi S-genotipleme ile değerlendirilmiş ve S-lokusunda yüksek oranda çeşitlilik ortaya çıkmıştır. Çalışmada elde edilen fazla sayıdaki S alleler İran-Kafkasya bölgesinde bulunan alanın zerdalilerde uyuşmazlığı hala koruduğu ve Sc genotiplerin bulunmaması zerdalilerin bu alanlarda izole ortamlarda bulunmadığı için kendileme baskısını yaşamadığını da ifade etmektedir. Çalışmada %100 ve %50 uyuşmaz grupların varlığı ileride kurulacak zerdali bahçelerinde mutlaka dikimden önce genotiplerin S allel kompozisyonlarının belirlenmesi gerçeğini ortaya koymaktadır. Yetiştiricilerin sürekli kendi kendine uyumluluk baskısı olmadığı için, ciddi bir genetik çeşitlilik kaybı bölgede henüz görülmemektedir. Sonuçlarımız zerdali de genetik yapıyla bilgiye de önemli katkı sağlamaktadır. Çalışma ayrıca Prunus armeniaca'daki eşeyli üreme stratejisinin genom şekillendirme gücünü vurgulamaktadır.

Abstract:
Purpose: In this study, the S allele compositions of was determined by molecular level 28 Zerdali genotypes, which were datained from seed (ungrafted) and had different morphological characteristics from each other in Central Anatolia (Niğde and Nevşehir).
Method: Genomic DNA was obtained from young leaves from apricot specimens using the DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany). The amount and quality of DNA was determined with the NanoDrop ND-1000 spectrophotometer (Bio-Science, Budapest, Hungary). PCR was performed by Sutherland method with EM-PC2consFD and EM-PC3consRD primers (markers) used for amplification of the second intron region of the S-RNase gene. 
Findings: Wild apricot genotypes showed a rich diversity in S allele composition. In addition, 10 S alleles (S2, S3, S6, S7, S8, S9, S11, S12, S13 and S19) were determined in genotypes, and their incidence was S8 (17.86%), S2 (14.19%), S19 (12.50%), S6 and S9 (10.71%), S7 and S12 (8.92%), and S3, S11 and S13 (5.40%), respectively.
Results: In the study, 28 zerdali genotypes sampled from Niğde and Nevşehir provinces were evaluated by S-genotyping and a high level of variation was revealed at the S-locus. The large number of S alles obtained in the study also indicates that the area in the Iran-Caucasus region still maintains the incompatibility in zerdalies, and the absence of Sc genotypes also indicates that the do not experience selfing pressure because they are not found in isolated environments in these areas. The presence of 100% and 50% incompatible groups in the study reveals the fact that the S allele compositions of the genotypes must be determined before planting in the future orchards planning. Because breeders do not have constant self-compatibility pressure, a serious loss of genetic diversity is not yet seen in the region. Our results also make a significant contribution to the knowledge of the genetic structure of Zerdali. The study also highlights the genome-shaping power of the sexual strategy in Prunus armeniaca.