Türkiye'nin bazı yerli koyun ırklarında genetik polimorfizmin mikrosatelit yöntemi ile analizi
Analysis of genetic polymorphism by microsatellite method in some local sheep breeds of turkey
Yazar: F. AZİZE BUDAK YILDIRAN
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRAN ÇAKIR ARICA
Kırıkkale Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA ; Koyunlar = Sheep ; Mikrosatelitler = Microsatellites ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Türkiye = Turkey

Özet:
Bu çalışmada, Türkiye'nin Bafra, İvesi, Karayaka, Morkaraman, Sakız ve Türk Merinosu olarak adlandırılan 6 yerli koyun ırkında ırk içi ve ırklar arasındaki genetik polimorfizm mikrosatellit analizi ile belirlendi. Bu ırklardan Morkaraman ve Türk Merinosu JMP29 ve JMP58 mikrosatellit lokusu için gümüş nitrat ve otoradyografi yöntemi kullanılarak analiz edildi. Ayrıca tüm ırklar MAF209, MAF65, OarCP34, DYMS1 lokusları için otomatik DNA dizi analiz cihazı kullanılarak tarandı. Elde edilen bütün veriler ?Genetix 4.05? ve ?Populations 1.0? istatistik programları kullanılarak değerlendirildi. En yüksek heterozigotluk değerlerinin (0.596-0.961) MAF209 lokusunda, en düşük heterozigotluk değerlerinin (0.178-0.256) ise OarCP34 lokusunda olduğu gözlendi. Tüm ırklar içinde en yüksek heterozigotluğa sahip ırkın Türk Merinosu olduğu belirlendi. MAF209, MAF65, OarCP34, DYMS1 lokusları için ırklar arasında genetik mesafe 0.0347 ile 0.3021 değerleri arasında bulundu. Bu değerlere göre en kısa mesafe Sakız ve Morkaraman ırkları arasında gözlendi ve en uzak mesafe ise Türk Merinosu ve İvesi ırkları arasında gözlendi. Tüm lokuslar için 9 özgün allelin 6'sının Türk Merinosu ırkında, 3'ünün ise Bafra ırkında olduğu gözlendi. Ancak bu allellerin sıklıkları 0.2'den küçük bulundu.Bu çalışma Türkiye'nin yerli koyun ırklarında mikrosatellit belirleyicileri ile yapılan sayılı çalışmalardan birisi olması nedeni ile önem taşımaktadır. Türkiye'nin koyun ırklarının mikrosatellit belirleyiciler kullanılarak moleküler genetik karakterizasyonu için daha fazla bireylerin ve lokusların dahil olduğu çalışmalardan elde edilen verilere ihtiyaç vardır.

Abstract:
In this study, genetic polymorphism within and between the sheep breeds of Turkey called Bafra, İvesi, Karayaka, Morkaraman, Sakız and Turkish Merino was determined by microsatellite method. Morkaraman and Turkish Merino were analysed for JMP29 and JMP58 microsatellite loci by using autoradiography method and all breeds were screened for MAF209, MAF65, OarCP34, DYMS1 loci by using DNA sequence analyzer device. All data obtained were evaluated by using ?Genetix 4.05? and ? Populations 1.0? statistic programs. The highest heterozygosity values (0.596-0.961) were observed for MAF209 and the lowest heterozygosity values were observed for OarCP34 locus. It was determined that the Turkish Merino breed had the highest heterozygosity value. Genetic distance between breeds for MAF209, MAF65. OaCP34, DYMS1 loci was found between 0.0347-0.3021. The shortest distance was observed between Sakız and Morkaraman breeds and the longest distance was observed between Turkish Merinos and İvesi according to these values. For all loci, 6 of 9 private alleles were observed in Turkish Merino breed and 3 of them were observed in Bafra breed. But the frequency of these alelles was found less than 0.2.This study is important because it is one of the few studies on analysis of sheep breeds of Turkey by using microsatellite markers. There is need data from studies employing higher number of loci and higher number of individuals from each breed for molecular genetic characterisation of sheep breeds by using microsatellite markers in Turkey.