Sendromsuz dudak-damak yarıklı Türk hastalarda MSX1 gen (SNP5) polimorfizminin belirlenmesi
MSX1 gene (SNP5) polimorphism of the patients with nonsyndromic cleft lip and palate in Turkish population
Yazar: SERKAN SEYRAN
Danışman: PROF. DR. HAKKI TAŞTAN
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Sendromsuz yarık dudak/damak (CL/P) malformasyonu en yaygın doğumsal defektlerden biridir. Hastalığın oluşumunda çevresel ve genetik faktörlerin etkili olduğu literatürde mevcuttur. Daha önceki çalışmalar, MSX1 geni mutasyonlarının sendromsuz dudak ve/veya damak yarığının oluşumuna katkı sağladığını göstermektedir. Bu yüksek lisans tez çalışmasında, sendromsuz dudak damak yarığının ortaya çıkmasında aday gen olan MSX1 geninin SNP5 bölgesinin bazı mutasyon analizleri yapılarak, incelenen genin hastalığın oluşumu üzerindeki riskte etkili olup olmadığının ortaya konulması ve daha sonra yapılacak araştırmalara katkı sağlaması amaçlanmıştır. Bu araştırmada kullanılacak olan kan örnekleri, Ankara Üniversitesi Diş hekimliği Fakültesi'ne başvuran sendromsuz dudak damak yarıklı Türk hastalardan elde edilmiştir. Hastalardan alınan periferal kan örnekleri, Fenol kloroform yöntemi ile genomik DNA izolasyonu yapılarak, PCR metodu uygulanmıştır. Elde edilen ürünlere RFLP metodu uygulanarak mutasyonlar belirlenmiş ve gen ürünlerinin kesimi gerçekleştirilmiştir. Enzim ürünlerinin agaroz jelde elektroforezi yapılarak jel görüntüleme cihazında fotoğrafları çekilmiştir.  Sonuç olarak, MSX1 geninin SNP5 bölgesi belirlenmiştir.  Bu bulgular, MSX1 geninin SNP5 poliformizminin sendromsuz dudak damak yarığındaki rolünü Türk populasyonunda desteklemektedir.

Abstract:
Cleft lip and/or cleft palate is one of the most common congenital malformation. This abnormality arise both with the combination of genetic and environmental factors. Genetic factors are the genes like MSX1, which takes place during embryological development. In this study, we planned to evaluate the effect of the candidate gene and regions on the incidence of nonsyndromic cleft lip-palate by mutation analyses, therefore reveal the risks of the development of the nonsyndromic cleft lip-palate and contribute the oncoming studies. The blood samples used in our study, were obtained with signed voluntary consent forms from Turkish patients with nonsyndromic cleft lip/palate admitted to Ankara University Faculty of Dentistry. Genomic DNA was isolated with phenol-chloroform method from peripheral blood samples from the patients. Polymerase chain reaction method was used to determine SNP5 polymorphism on MSX1 gene. RFLP method was applied to the polymerase chain reaction products. Restriction Endonuclease enzymes were used to cut the gene into fragments to determine SNP5 mutation in the samples. These gene fragments were analyzed with 2% agarose gel electrophoresis and photos were taken in gel imaging device. In patients with nonsyndromic cleft lip/palate received the study group, SNP5 changes in MSX1 gene were revealed by molecular methods and the datas which were obtained were evaluated statistically. For statistical analysis, Pearson chi-square test and Hardy- Weinberg Equilibrium test were used. According to these tests, no significant difference was observed for SNP5 polymorphism in MSX1 gene.