Afyon bölgesinde saptanan HBV ve HCV etkenlerinde genotip belirlenmesi, mutasyon ve ilaç direncinin araştırılması
Investigation of genotype, mutation and antiviral drug resistance of HBV and HCV agents detected in Afyon region
Yazar: RAİKE KALAYCI
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2008
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Antiviral ajanlar = Antiviral agents ; Genotip = Genotype ; Hepatit B virüsü = Hepatitis B virus ; Hepatit C virüsü = Hepatitis C virus ; Lamivudine = Lamivudine ; Mutasyon = Mutation

Özet:
Bu çalışma, Eylül 2007-Mart 2008 tarihleri arasında, Afyon Kocatepe Üniversitesi Hastanesi polikliniklerine ve Kan Merkezine başvuran ya da rutin taramalarda hepatit saptanan bireylerden, toplam 74 hastada yapılmıştır. Bunların 44'ü HBV (25'i LAM tedavisi hiç almamış) 30'u ise HCV'li hastalardan seçilmiştir. HBV DNA açısından pozitif bulunan 44 serum örneğinde genotipleme, mutasyonel analiz ve antiviral ilaç direnci araştırmaları yapılmıştır. Hepatit B'de DNA Polimeraz geninin 80-260. kodonları arasındaki bölge PCR ile çoğaltılarak dizi analizi yapılmıştır. Hastaların tamamı genotip D olarak belirlenmiştir. Aynı dizilerde yapılan mutasyonel analiz ve ilaç direnci araştırmalarında ise;6 hastada (%13.6) M204I mutasyonu (LAM direnci), 2 hastada (%4.5) Q215S mutasyonu (LAM direnci), birer hastada (%2.3) V214A mutasyonu (ADV direnci), L80I+M204I mutasyonu (LAM direnci), A181T+N236T mutasyonu (ADV direnci), V84M+V173L mutasyonu (ADV ve LAM direnci), L80V+M204I mutasyonu (LAM direnci), Q215S+M204I mutasyonu (LAM direnci), ve M204I+L180M mutasyonu (LAM direnci) saptanmıştır. Geri kalan 29 hastada (%65.9) ise mutasyon ya da ilaç direnci saptanmamıştır. HCV RNA açısından pozitif bulunan 30 serum örneğinde ise dizi analizi yöntemi ile genotipleme yapılmıştır (ABI 310, AB). Genotipleme için HCV genomunun 5'NCR bölgesindeki genotip belirleyici dizileri analiz edilmiştir. HCV RNA'sı pozitif toplam 30 hastanın 19'unda (%63.3) subtip 1b, 6'sında (%20) subtip 1a, 4'ünde (%13.3) subtip 4a, 1'inde (%3.3) subtip 1c bulunmuştur. Toplam 26 hastada (%86.6) genotip 1 baskın olan genotip olarak belirlenmiştir. Sonuçta, HCV'li hastaların çoğunluğunda genotip 1b, HBV'li hastaların da tamamında genotip D saptanmış olup; belirlenen genotip, antiviral ilaç dirençleri ve mutasyonların, bölgemizdeki kronik hepatitli hastaların takip ve tedavisinde yol gösterici olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
This study was performed between September 2007-March 2008 on 74 patients who admitted to Afyon Kocatepe University Hospital policlinics and Blood Bank or indivudials who were detected hepatitis during screening. These were chosen from 44 HBV infected (25 of them never treated with LAM), 30 HCV infected patients. The genotyping, mutational analysis and antiviral drug resistance examinations were performed on 44 serum samples with positive HBV DNA. The region between 80-260 codons in HBV DNA polymerase gene at Hepatitis B, was amplified by PCR and then sequence analysis was performed. It was determined that all the patients were belonging to genotype D. The mutational analysis and antiviral drug resistance tests which were done at the same sequences; 6 patient (13.6%) M204I mutation (LAM resistance), 2 patient (4.5%) Q215S mutation (LAM resistance), in one each patient (2.3%) V214A mutation (ADV resistance), L80I+M204I mutation (LAM resistance), A181T+N236T mutation (ADV resistance), V84M+V173L mutation (ADV and LAM resistance), L80V+M204I mutation (LAM resistance), Q215S+M204I mutation (LAM resistance), and M204I+L180M mutation (LAM resistance) were detected. The mutational analysis and antiviral drug resistance was not showed in the rest of 29(65.9%) patients. The genotyping (ABI 310, AB) was performed by sequencing analysis on 30 serum samples with positive HCV RNA. The sequences which determined genotype in 5'NCR region of HCV genome were analysed for genotyping. It was found on 19 patients (63.3%) subtype 1b, 6 patients (20%) subtype 1a, 4 patients (13.3%) subtype 4a and 1 patient (3.3%) subtype 1c of 30 patients, who was HCV RNA positive. Genotype 1 was determined predominantly in total of 26 (86.6%) patients. In conclusion, genotype 1b was detected in most of the HCV patients, genotype D was detected in all of HBV patients. It is considered that, detected genotype, antiviral drug resistance and mutations will guide us for clinical management and treatment of chronic hepatitis patients.