Sivas yöresinden izole edilen francisella tularensis subspecies holarctica izolatlarının antibiyotik duyarlılık ve MLVA profillerinin araştırılması
Investigation of antibiotic susceptibility and MLVA profiles of francisella tularensis subspecies holarctica which isolated from sivas
Yazar: ELİF TUTMAÇ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ATAŞ
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Francisella tularensis = Francisella tularensis ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sivas = Sivas ; Tularemi = Tularemia

Özet:
Tularemi, Francisella tularensis'in etken olduğu zoonotik bir enfeksiyondur. Francisella tularensis subsp. tularensis (Tip A) Kuzey Amerika'da bulunmakta olup başlıca kene, yabani tavşan ve sinekler ile ilişkilidir. Francisella tularensis subsp. holarctica (Tip B) ise kuzey yarımkürede bulunmakta olup su kaynaklı tularemi salgınlarından sorumludur.
Ülkemizde gözlenen su kaynaklı tularemi vakalarında etkenin F.tularensis subsp. holarctica olduğu kültür ve moleküler yöntemlerle ortaya konmuştur. Bu çalışmada Sivas ilinde 2011 ve 2012 yıllarında su örneklerinden izole edilen sekiz F.tularensis subsp. holarctica izolatının antibiyotik duyarlılıkları ve altı lokusa (Ft-M3, Ft-M6, Ft-M20, Ft-M21, Ft-M22 ve Ft-M24) yönelik Multiple-Locus Variable-Number Tandem Repeat analizi (MLVA) ile tekrar dizilerinin varlığı araştırılmıştır. Antibiyotik duyarlılık testinde disk difüzyon (Kirby-Bauer) yöntemi kullanılmıştır. 
Çalışma sonucunda tüm izolatların doxycycline, chloramphenicol, streptomycin, gentamicin, tetracycline, ciprofloxacin, levofloxacin, rifampin, tobramycin ve amikacine duyarlı iken erythromycin ve aztreonama ise dirençli oldukları bulunmuştur. MLVA analizinde en fazla değişkenlik Ft-M3 (3 allel), Ft-M6 (3 allel) ve Ft-M21 (3 allel) lokusunda gözlenir iken Ft-M20, Ft-M22 ve Ft-M24 lokuslarında ise tek bir allel olduğu tespit edilmiştir. 
Altı lokus açısından; Belkent2012 ile Döllük izolatlarının, Karaören ile Bahçeiçi izolatlarının kendi aralarında benzer olduğu tespit edilmiştir. Beş lokus açısından (Ft-M3, Ft-M6, Ft-M20, Ft-M22, Ft-M24) Maksutlu ve Hüyük izolatlarının benzer olduğu, dört lokus açısından ise (Ft-M3, Ft-M20, Ft-M22, Ft-M24) Belkent2012, Döllük, Belkent2013, Maksutlu, Hüyük izolatlarının benzer olduğu saptanmıştır.

Abstract:
Tularemia is a zoonotic disease caused by Francisella tularensis. Francisella tularensis subsp. tularensis (Type A) is found in North America, mainly associated with ticks, hares and flies. Francisella tularensis subsp. holarctica (Type B) is found in the northern hemisphere and is responsible for the outbreaks of water-borne tularemia.
In the cases of water-borne tularemia observed in our country, the causative agent F.tularensis subsp. holarctica is revealed by culture and molecular methods. In this study, eight F.tularensis subsp. holarctica strain that isolated from water samples in Sivas province in 2011 and 2012 years were investigated in terms of antibiotic susceptibilities and the presence of repeat numbers with six loci (Ft-M3, Ft-M6, Ft-M20, Ft-M21, Ft-M22 ve Ft-M24) Multiple-locus variable-number tandem repeat  analysis (MLVA). Disc diffusion (Kirby-Bauer) method was used in the antibiotic susceptibility test.
At the end of the study, it was found that all isolates were susceptible to doxycycline, chloramphenicol, streptomycin, gentamicin, tetracycline, ciprofloxacin, levofloxacin, rifampin, tobramycin and amikacine while erythromycin and aztreonama were resistant. In MLVA analysis, the highest variability was observed in Ft-M3 (3 allel), Ft-M6 (3 allel) and Ft-M21 (3 allele) loci, whereas it was found to be a single allele in Ft-M20, Ft-M22 and Ft-M24 loci. 
In terms of six loci; Belkent2012 and Döllük isolates, Karaören and Bahçeiçi isolates were found to be similar among themselves. In terms of five loci (Ft-M3, Ft-M6, Ft-M20, Ft-M22, Ft-M24), the Maksutlu and Hüyük isolates were similar, in terms of four loci (Ft-M3, Ft-M20, Ft-M22, Ft- M24) Belkent2012, Dolluk, Belkent2013, Maksutlu, Hüyük isolates were found to be similar.