İdrar örneklerinden izole edilen genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) pozitif Escherichia coli suşlarındaki GSBL enzim tiplerinin İzoelektrik odaklama ve PCR yöntemleri ile araştırılması
Determination of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) enzyme types in ESBL positive E. coli strains which were isolated from urine samples, by using Isoelectric focusing method and Polymerase chain reaction
Yazar: DUYGU DAĞLAR
Danışman: DOÇ. DR. GÖZDE ÖNGÜT
Akdeniz Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2007
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) enzimlerinin klinik izolatlarda yaygın olmaları, plazmid aracılığı ile yayılmaları, sağaltım başarısızlığı, mortalite artması gibi ciddi klinik problemlere neden olmaları ve rutin duyarlılık testleri ile tanımlanmalarının güç olması nedeni  ile doğru saptanmaları gerekmektedir.
Çalışmamızda Nisan 2004-Mart 2005 tarihleri arasında Akdeniz Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikrobiyoloji  Birimi'nde  idrar örneklerinden izole edilen ve fenotipik tarama-doğrulama testleri ile GSBL pozitif olduğu saptanan 56 E. coli suşunda, GSBL  enzim tipleri izoelektrik odaklama ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ile araştırılmıştır. 
İzoelektrik odaklama yöntemine göre, izolatların 1-3 ayrı bant içerdiği; bunların arasında pI değeri 8.0-8.4  (%78.5) ve 5.0-5.4 (%50)  olan bandın en sık olduğu görülmüştür. Onbir suşta (%19.6) herhangi bir bant oluşumu gözlenmemiştir. PCR yöntemi ile suşların 52'sinde (%92.8) CTX-M; 36'sında (%64.2) TEM; 6'sında (%10.7) SHV, 29'unda (%51.7) CTX-M ve TEM enzimleri birlikte saptanmıştır. IEF yönteminde, CTX-M, TEM ve SHV enzimleri ile uyumlu bant oluşumu gözlenen 43 suşun tümünde ve bant oluşumu görülmeyen 11 suşta PCR yöntemi ile bu enzim genlerinin bir veya birden fazlası pozitif olarak bulunmuştur.
GSBL enzimlerini kodlayan plazmidlerin aynı zamanda beta-laktam antibiyotikler dışında pek çok antibiyotiğe ait direnç genlerini de taşımalarından dolayı GSBL üreten bakterilerde enzim tiplerinin doğru olarak saptanması, tedavide     uygun      antimikrobiyal      seçimine  yön vermesi  açısından  önemlidir.

Abstract:
Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) enzymes are increasing through the world, commonly found in clinical isolates, easily spread out by plasmids,  cause serious clinical problems and difficult to determine by routine antimicrobial susceptibility tests; these enzymes must be detected by the special tests.
The aim of this study is to determine ESBL enzyme types during the period of April 2004-March 2005 at Akdeniz University Hospital Central Laboratory by using isoelectric focusing method and polymerase chain reaction (PCR) in 56 E. coli strains which were isolated from urine samples and determined as GSBL positive with the phenotypic screening tests.
By the isoelectric focusing results, the transconjugant enzyme extracts produced 1 to 3 different bands, mostly at the isoelectric points of 8.0-8.4  (78.5%) and 5.0-5.4 (50%). Using PCR, it is found that of the isolates 92.8% included CTX-M, 64.2% included TEM, 10.7% included SHV and 51.7% both of the CTX-M and TEM genes.  By using   IEF method,  43 isolates having CTX-M, TEM and SHV enzyme bands  and 11 isolates having no enzyme bands, include one or more enzyme genes with PCR methods. 
Genes encoding ESBL's are usually located on transferable plasmids that may also carry other resistance determinants. Therefore; detection of beta-lactamase enzyme types in ESBL positive bacteria, is important for choosing the appropriate antimicrobial agents.