Denizli ve Gerze yerli tavuk ırkları tvb lokusundaki yeni polimorfizmlerin araştırılması
Investigation of the new polymorphisms at the tvb locus in Denizli and Gerze native chicken breeds
Yazar: DİLAN DENİZ İLHAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMET KAYA
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Hayvansal Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics

Özet:
Avian leukosis virusleri (ALV), tavuklarda tümör oluşturan retrovirüslerdir ve bu virüslere karşı henüz bir aşı geliştirilememiştir. Tümor viral B (TVB) lokusu ALV üç alt grubunun viral girişine ortam sağlayan, engelleyen veya aracı olan gruplara özgü yüzey reseptörlerini kodlar. Bu lokusun 172. ve 184. bazlarındaki iki adet tek nükleotit polimorfizmleri TVB*S1, TVB*S3 ve TVB*R allelerinin ayırt edilmesine imkân sağlar. TVB*S1 üç alt viral girişini destekleyen ALVB, ALVD ve ALVE reseptörlerini kodlar. TVB*S3, ALVB ve ALVD alt gruplarının hücreye viral girişini sağlayan reseptörleri kodlar. TVB*R'nin kodladığı reseptör herhangi bir ALV alt grubunun hücreye viral girişini engeller. 

Yapılan bu çalışma ile Türkiye yerli tavuk ırkları olan Denizli ve Gerze tavuklarında TVB*S' ve TVB*R' genotiplerinin varlığı araştırılmıştır. Tarım ve Orman Bakanlığı (TOB) Denizli İli Denizli Horozu Üretme İstasyonu'nda yetiştirilen Denizli ırkına ait dört varyete ve Gerze İlçe Müdürlüğü'ne ait kümeste yetiştirilen Gerze tavuklarına ait toplam 175 tavuğa ait kan örnekleri materyal olarak kullanılmıştır. gDNA izolasyonu tavuklardan alınan kan örneklerinden yapılmıştır. TVB*S' ve TVB*R' genotiplerinin varlığı ve mutasyonlar DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. 175 örnek içinden iki örneğin TVB*S1/R, üç örneğin TVB*S1/S3, dört örneğin ise TVB*S1/S'genotipte olduğu, diğerlerinin TVB*S1/S1 genotipinde olduğu tespit edilmiştir. Türkiye yerli tavuk ırkları Denizli ve Gerze populasyonlarında tespit edilen allelerin frekansları sırasıyla TVB*S1 için 0.9730, 0.9815; TVB*S3 için 0.0101, 0.0000; TVB*S' için 0.0135, 0.0000 ve TVB*R için 0.0034, 0.0185 olarak hesaplanmıştır.

Anahtar Kelimeler: Denizli horozu, DNA Sekanslama, Gerze tavuğu, Tümor viral B lokus

Abstract:
Avian leukosis viruses (ALV) are tumor-forming retroviruses in chickens and no vaccine has yet been developed against these viruses. The Tumor viral B (TVB) locus encodes the surface receptors specific to groups that inhibit or mediate the viral input of the three subgroups of ALV. Two single nucleotide polymorphisms on bases 172 and 184 of this locus allow the differentiation of TVB*S1, TVB*S3 and TVB*R alleles. TVB*S1 encodes the ALVB, ALVD and ALVE receptors that support three sub-viral inputs. TVB*S3 encodes receptors that provide the viral input of the ALVB and ALVD subgroups into the cell. The receptor encoded by TVB*R inhibits the viral introduction of any ALV subgroup into the cell. 

In this study, TVB*S' and TVB*R'alleles were investigated using the DNA sequence analysis method in indigenous chicken breeds that Denizli and Gerze chicken in Turkey. A total of 175 Denizli and Gerze chicken samples reared in Gerze District Agriculture Directorate and Denizli Rooster Production Station of Denizli Provincial Directorate of Agriculture and Forest Ministry. gDNA was isolated from blood samples taken from chickens. Among the 175 chickens, only two hens were typed as TVB*S1/R genotype, three chickens were typed as TVB*S1/S3, four chicken were typed as TVB*S1/S' and others were homozygous for TVB*S1/*S1. Allele frequencies of TVB*S1, TVB*S3, TVB*S' and TVB*R in Denizli and Gerze chicken breeds were estimated as 0.9730, 0.9815; 0.0101, 0.0000; 0.0135, 0.0000 and 0.0034, 0.0185, respectively.


Key Words: Denizli cocks, DNA sequencing, Gerze fowls, Tumor virus B locus