Neoadjuvan kemoterapi almış meme kanserli hastalarda serbest ve mitokondriyal DNA değişiklikleri ile dolaşımdaki tümör hücreleri ve epitelyal mezenkimal geçiş ilişkisi
Free and mitochondrial DNA changes and their relation with circulating tumor cells and epithelial-mesenchymal transition in breast cancer patients receiving who neoadjuvant chemotherapy
Yazar: BETÜL ÇELİK
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA AKKİPRİK
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Meme hastalıkları = Breast diseases ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Mitokondriler = Mitochondria ; Mitokondriyal DNA = Mitochondrial DNA ; Neoadjuvan tedavi = Neoadjuvant therapy ; Neoplazm hücreleri = Neoplastic cells ; Neoplazm hücreleri-dolaşan = Neoplastic cells-circulating ; Neoplazmlar = Neoplasms ; İlaç tedavisi = Drug therapy

Özet:
Amaç: İnvaziv olmayan bir yöntemle kan biyobelirteçlerinin kullanılması tedavi seçimi için kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada, meme kanserli hastalarda NACT öncesi ve sonrası alınan periferik kan örneklerinde plazma ccfDNA, mtDNA kopya sayısı (mtDNAcn) ve bütünlüğündeki değişiklikleri tespit etmek, daha önce aynı hastalardan elde edilen CTC verileri ile karşılaştırıp, bu biyobelirteçlerin EMT ile ilişkisini incelemek amaçlanmıştır. 
Gereç ve Yöntem: Hasta ve kontrol grubunun plazmalarından DNA izolasyonu yapılmıştır. ND1, ND4, ALU115, ALU247 ve GAPDH seviyeleri qPCR kullanılarak tespit edilmiştir. ccfDNA, mtDNA kopya sayısı ve bütünlüğündeki değişiklikleri hesaplanmıştır. 
Bulgular: Aynı hasta grubunun tedavi öncesi ve sonrası sonuçları karşılaştırıldığında ccfDNA seviyesi tedavi sonrası daha düşükken mtDNA kopya sayısı daha yüksektir. Bu sonuçlar istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Tedavi sonrası hastalarda ccfDNA ve mtDNA bütünlüğünde artış olmasına rağmen bu farklılıklar istatiksel olarak anlamlı bulunmamıştır.
Bütün gruplar incelendiğinde, ALU115 ve ALU247 seviyeleri kontrole kıyasla hastalarda daha yüksektir. Tedavi sonrası hastaların ccfDNA bütünlüğü kontrollere göre daha düşüktür ve istatiksel olarak anlamlıdır. Tedavi sonrası hastalarda ccfDNA seviyerinde anlamlı artış ve mtDNA kopya sayısında anlamlı azalma belirlenmiştir. Ayrıca, tedavi sonrası hastalarda ccfDNA bütünlüğü ve mtDNA bütünlüğünde azalma olmasına rağmen bu farklılıklar istatiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. ccfDNA seviyesi, mtDNA  kopya sayısı, CTC ve EMT arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır.
Sonuç: ALU247, ALU115, mtDNAcn, mtDNA ve ccfDNA integritesi, meme kanserinin erken teşhisi için ideal biyobelirteçlerdir. Dolayısıyla tümörün erken aşamasında kanser taraması için plazma CTC'leriyle birlikte kullanılabilirler. Bu parametrelerin klinik faydasını belirlemek için çok sayıda sıralı örnek ve uzun takip süresi kullanılarak büyük ölçekli prospektif çalışmalar önerilmektedir.

Abstract:
Objective: Using of blood biomarkers with non-invasive method is critical for treatment selection. In this study, we were aimed to detect changes in plasma ccfDNA, mtDNA copy number (mtDNAcn) and integrity in peripheral blood samples before and after NACT in patients with breast cancer, compare them with CTC data obtained from the same patients, and examine relationship with EMT. 
Material and Methods: DNA was extracted from the plasmas of patient and control grup. ND1, ND4, ALU115, ALU247 and GAPDH levels were detected by qPCR. Changes in ccfDNA, mtDNAcn and integrity were calculated.
Results: When the results of the same patient group before and after treatment are compared, ccfDNA level was lower after treatment, while mtDNAcn was higher. These results were found to significant. There wasn't significance increase in ccfDNA and mtDNA integrity in patients after treatment.
When all groups were examined, ALU115 and ALU247 levels were higher in patients compared to controls. After treatment, patients were significantly lower ccfDNA integrity than controls. A significant increase in ccfDNA levels and a  significant decrease in mtDNAcn were determined in patients after treatment. Furthermore, there wasn't significantly a decrease integrity in patients after treatment. No significant correlation was found between ccfDNA level, mtDNAcn, CTC and EMT.
Conclusion: ALU247, ALU115, mtDNAcn and integrity are ideal biomarkers for early detection of breast cancer. Therefore, they can be used with plasma CTCs for cancer screening at early stage of tumor. Large-scale prospective studies using large numbers of sequential samples and long follow-up are recommended to determine clinical utility of these parameters.