Fallot tetralojisinin NOTCH sinyal yolağı ile iliskisinin araştırılması
Investigation of the relationship with NOTCH  signaling pathway of tetralogy of fallot
Yazar: SYERIKGUL BOLAT
Danışman: DOÇ. DR. ENDER MEHMET ÇOŞKUNPINAR
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: DNA mutasyon analizi = DNA mutational analysis ; Ekspresyon = Expression ; Fallot tetralojisi = Tetralogy of fallot ; Gen ifadesi = Gene expression ; RNA = RNA ; Sinyal nakli = Signal transduction ; Çentik = Notch

Özet:
Amaç: Fallot Tetralojisi (FT) en sık görülen siyanotik kalp defektidir. FT tüm konjenital kalp hastalığın (KKH) 7-10'nu oluşturan multifaktöryel bir hastalıktır. FT hastaların en az %50-60'ıyla ilişkili genetik faktörlerin tespit edilemediği konjenital patolojilerinden biridir. Non-sendromik vakaların çoğu sporadiktir. NOTCH sinyal yolağında yer alan genlerin kalbin gelişiminde ve farklılaşmasında önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. Çalışmamızda FT tanısı almış hastaların NOTCH sinyal yolağı ile ilişkisini belirlemek amacıyla bu yolakta yer alan, hastalıkla ilişkili olabileceği öngörülen NOTCH1 ve NOTCH2 genlerin ekspresyon seviyelerinin tespit edilerek, hem FT patofizyolojisi hem de prognoza yönelik moleküler mekanizmaların ortaya konması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, İstanbul Kartal Koşuyolu Yüksek İhtisas Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Çocuk Kalp ve Damar Cerrahisi Polikliniğine başvurmuş, ebeveynlerinden yazılı bilgilendirilmiş onam formu imzalatılan, FT tanısı almış 8 gönüllü dahil edilmiştir. Cerrahi işlem sırasında alınan doku örnekleri çalışma yapılana kadar -80° derin dondurucuda bekletildi. Homojenizasyon sonrası total RNA izolasyonu yapıldı. cDNA sentezi ve cDNA kontrol PZR'ı yapıldıktan sonra ilgili genlere ait dizayn edilen primerlerle Real Time PCR metodu ile optimize kondüsyonlarda mRNA ekpresyon seviyeleri tespit edildi. Gönüllülerin klinik ve demografik verileriyle eşleştirilen ekpresyon sonuçları kategorik özelliklerin karşılaştırılmasında kikare, ekspresyon datasının analizinde 2ΔΔCT metodu kullanılarak elde edilen tüm veriler SPSS 20.0 Version ile değerlendirildi.
Bulgular: NOTCH1 ve NOTCH2 genleri mRNA ekpresyon seviyesi bakımından FT'li hastaların kontrol grubu ile kıyaslandığında 66 ve 12 kat değişim değerine sahip ve en az 2 kat upregüle olarak tespit edilmiştir.
Sonuç: Gen ekspresyon artışı tespit edilen NOTCH1 ve NOTCH2 genleri istatistiksel olarak analiz edildiğinde p=0.000006 ve p=0.000414 olarak anlamlı farklılık gösterdikleri bulunmuştur.
Anahtar Kelimeler: Fallot Tetralojisi, mRNA Ekspresyonu, NOTCH Sinyal Yolağı, NOTCH1, NOTCH2

Abstract:
Aim: Tetralogy of Fallot (TOF) is the most common cyanotic congenital heart defect. TOF is a multifactorial disease that constitutes 7-10 of all congenital heart disease (CHD). TOF is one of the congenital pathologies in which genetic factors associated with at least 50-60% of patients cannot be detected. Most non-syndromic cases are sporadic. NOTCH signaling pathway genes are known to play an important role in the development and differentiation of the heart. The aim of this study was to determine the expression levels of NOTCH1 and NOTCH2 genes, which were predicted to be related to the disease in this pathway and to determine the molecular mechanisms of TOF pathophysiology and prognosis.
Materials and Methods: The study included 8 volunteers who had applied to the Pediatric Cardiovascular Surgery Policlinic of İstanbul Kartal Koşuyolu Yüksek İhtisas Training and Research Hospital and whose parents had signed a written informed consent form. Tissue samples taken during the surgical procedure were kept in -80° freezer until the study was performed. After homogenization, total RNA isolation was performed. After cDNA synthesis and cDNA control PCR, mRNA expression levels were determined with optimized primers by Real Time PCR method. SPSS 20.0 Version was used to compare the categorical features of expression and clinical and demographic data of volunteers, and 2ΔΔCT method was used for the analysis of expression data.
Results: The NOTCH1 and NOTCH2 genes were found to have at least 2-fold upregulation of 66 and 12 fold change values compared to the control group of patients with FT in terms of mRNA expression level.
Conclusion: When the gene expression increase NOTCH1 and NOTCH2 genes were analyzed statistically, it was found that p=0.000006 and p=0.000414 showed significant difference.
Keywords: Tetralogy of Fallot, mRNA expression, Notch signaling pathway, NOTCH1, NOTCH2.