Bölgemizdeki ailevi akdeniz ateşi (fmf) hastalarında mutasyon noktalarının arms, rflp ve strip yöntemiyle taranması
Screening of mutations with arms, rflp and strip methods in familial mediterranean patients in our area
Yazar: SERBÜLENT YİĞİT
Danışman: PROF.DR. HASAN BAĞCI
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
ÖZETBÖLGEMİZDEKİ AİLEVİ AKDENİZ ATEŞİ (FMF)HASTALARINDA MUTASYON NOKTALARININ ARMS,RFLP VE STRİP YÖNTEMİYLE TARANMASISerbülent YİĞİT, Doktora TeziOndokuz Mayıs Üniversitesi Samsun, Ocak 2006Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA), kısa aralıklarla tekrarlayan ateş, peritonit, plevrit veartrit ile karakterize otozomal resesif geçişli bir hastalıktır. En ağır komplikasyonu ilerleyenyaşlarda ortaya çıkan böbrek amiloidozudur. AAA yaygın olarak Non-AskenaziYahudileri, Ermeni, Türk ve Arap'larda görülür.AAA'dan sorumlu gen MEFV olarak adlandırılır, pyrin/marenostrin proteinini kodlarve kromozom 16'da (16p 13.3) lokalizedir. AAA hastalığının ağırlığı MEFV geni mutasyonspektrumuyla ilişkilidir. Günümüze kadar MEFV geninde çoğunluğu yanlış anlamlı olan 75farklı mutasyon saptanmıştır. MEFV geni bulunana kadar AAA tanısı yalnızca kliniksemptomlara bakılarak yapılmaktaydı. AAA, Türk popülasyonunda sıklığı 1/1000 civarındaolan yaygın bir genetik hastalıktır. MEFV mutasyonlarından her hangi birini taşıma sıklığı ise1/5'e kadar çıkabilmektedir.Biz 625 AAA hastası, 165 akraba ve 100 kontrolden oluşan üç grup çalıştık.Değerlendirilen bireylerin büyük çoğunluğu Samsun ve çevresindeki yerleşim birimlerindeyaşamaktadır.Mutasyon analizi üç farklı metotla (ARMS, PCR/RFLP ve FMF StripAssay) yapıldı.Bu tekniklerin kendi aralarında kıyaslanması sonucu, genetik tanı aracı olarak en pratik veetkilisinin FMF StripAssay olduğu gözlendi. Genotip sonuçları ile Tel-Hashomer Kriterlerinide kapsayan verileri içeren fenotipler ile genotipler arası ilişki SPSS paket program(versiyon12.0) yardımıyla değerlendirildi.Sonuçlarımız Tel-Hashomer Kriterlerine göre kesin tanılı grubun % 70,6'sında, olasıtanılı grubun % 21,5'inde en az iki MEFV mutasyonu bulunduğunu göstermektedir.Hastalarda Tel-Hashomer Kriterleri dışında gözlemlediğimiz verilerden atak sıklığı,ilk semptom yaşı ve apandisit operasyonu geçirme açısından en az iki mutasyonlu grup ile birmutasyonlu grup arasında istatistiksel açıdan önemli farklar bulundu. Olasılık, atak sıklığı veilk semptom yaşı için p < 0,01; apandisit operasyonu geçirme için p < 0,05 olarak bulundu.AAA hastalarında ölçümlenen amiloidoz (% 5,4) ve M694V (% 33,76) sıklıklarıliteratürde daha önce rapor edilen sıklıklardan daha düşük olarak bulundu. Benzer şekildeerkek: kadın oranı da (0,80) daha önce bildirilenlerden düşük bulundu.Hasta grubumuzda baktığımız MEFV mutasyonları sıklığı bağımsız allellerde %60,96, akraba grubumuzda % 42 ve kontrol grubumuzda % 13,5 olarak bulundu. En sıkgözlenen mutasyon M694V'dir (% 33,76). Kontrol grubunda taşıyıcı frekansı 1/3,7 olarakhesaplandı.Sonuç olarak Samsun ve civar yerleşim birimlerini kapsayan bu çalışmada taşıyıcıfrekansı Türkiye'nin diğer bölgelerinde rapor edilenlerden daha yüksek bulundu. Diğertaraftan M694V mutasyonu ve amiloidoz ülkemizin diğer bölgelerine göre daha düşükbulundu. Bunlara ilave olarak, cinsiyetler açısından değerlendirildiğinde, kadın hasta oranıdaha yüksek çıktı.

Abstract:
ABSTRACTSCREENING OF MUTATIONS WITH ARMS, RFLP AND STRIP METHODS INFAMILIAL MEDITERRANEAN PATIENTS IN OUR AREASerbülent YİĞİT, PhD DissertationOndokuz Mayıs University SAMSUN, January 2006Familial Mediterranean fever (FMF) is an autosomal recessive and inherited diseaseclinically characterized by recurrent short, self-limited attacks of fever accompanied byperitonitis, pleurisy, and arthritis. The most severe complication is amyloidosis and renal failure,which may develop in later years. It is prevalent mainly in non Ashkenazi Jews, Armenians,Turks, and Arabs.The FMF gene, called MEFV, is located on the short arm of chromosome 16 (16p13.3)and encodes a protein named pyrin/marenostrin. Sequence alterations of the marenostrin proteinare responsible for the FMF disease. The disease severity is related to the spectrum of MEFVmutations. Up to now 75 different mutations have been detected on the MEFV gene. Most ofthese mutations are missense mutations. The diagnosis of familial Mediterranean fever (FMF)has until recently been based on clinical symptoms alone. Discovery of the MEFV gene hasenabled a molecular approach to diagnosis, which is already well established. FMF disease is acommon genetic disorder, and affects around 0,1 % of the population of Turkey. One person inevery five carry the defective gene (The carrier state for FMF in populations in which the diseaseis most commonly seen may be as high as 1 out of 5).The study was carried out with three groups. The first group consisted of 625 FMFpatients The second group comprised 165 relatives of the patients. The third group included 100healty controls. Great majority of the subjects were residing in the Samsun province and itsenvirons.Mutation analysis was done by three different methods: ARMS, PCR plus RFLP andFMF StripAssay. Comparison of the methods indicated that the FMF StripAssay was the mosteffective and practical method of the three. The SPSS software (version 12) package was used totest the correlations between the genotypes obtained by molecular analysis and the phenotypes ofthe patients who met the Tel-Hashomer criteria for diagnosis.Our analysis showed that 70,6 % of the patients meeting the Tel-Hashomer criteriacarried at least two mutations in the MEFV gene, while 21,5 % of the patients classified asprobable FMF patients had two mutaions.Besides the Tel-Hashomer criteria, there were statistically significant differencesbetween those with at least two mutations and those with only one mutation with regard to thefrequency of the attacks, the first symptom age, and having appendectomy. The significancelevels were p < 0.01 for frequency of attacks and first symptom age and p < 0.05 forappendectomy.In FMF patients, amyloidosis (5.4 %) and M694V (33,76 %) frequencies were lowerthan those previously reported in the literature. Similarly, male:female ratio was 0.80, againlower than those reported before.The frequencies of the independent alleles in the patients, relatives and the control groupswere % 60,96 %, 42 % and 13,5% , respectively. The most frequently observed mutation wasM694V (33,76 %). In the control group, the carriers frequency was 10/37In conclusion this data suggests that the carrier frequency is the highest in Samsun and itsenvirons than the so far reported frequencies from the other regions of Turkey. On the otherhand, the frequencies of the M694V mutation and amyloidosis are significantly lower in Samsunregion than those reported previously from other regions of Turkey. Also, the FMF disease sexratio (female:male ratio) in Samsun population is higher than those reported earlier for otherregions.