Bazı entomopatojen Bacillus türlerinin izolasyonu ve karakrerizasyonu
Isolation and characterization of some entomopathogenic Bacillus species
Yazar: ÜZEYİR SÖYLEMEZ
Danışman: DOÇ. DR. NECİBE CANAN USTA
Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bacillus = Bacillus ; Bacillus thuringiensis = Bacillus thuringiensis ; Bakteri izolasyonu = Bacterial isolation ; Bakteri kültürü = Bacteria culture ; Biyolojik mücadele = Biological control ; Entomopatojenler = Entomopathogens ; Kristal protein = Crystal protein ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler analiz = Moleküler analysis ; Pestisitler = Pesticides

Özet:
Bu çalışmada; entomopatojen özelliğe sahip Bacillus türü bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu için Amasya ilinde 5 farklı mevkide meyve bahçelerinden ve topraklarından örnekler elde edildi. Toplanan örneklerden Nutrient Agar ortamında sporlanma özelliği olan 29 Gram-pozitif bakteri izolasyonları yapıldı. Kolorimetrik ve mikroskopik identifikasyon neticesinde morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri (Gram +/-, hemoliz, indol, katalaz, oksidaz vb.) tanımlanarak Bacillus cinsine ait izolatlar belirlendi. Sonra, genetik tanımlama amaçlı 16s rDNA izolasyonları yapılarak türe spesifik gen analizleri ile beş Bacillus thuringiensis (Bt) türü tanımlandı (%97-99). Pestisit geni varlığının araştırılması amaçlı, önceki aşamada tanımlanan Bt izolatlarının DNA izolasyonu sonrası takiben Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) analizi ve standard Bt pestisit suşu ile birlikte agaroz jel elektroforezi (AGE) yürütmeleri yapıldı. Moleküler tanımlama sonunda cry gen varlığı jel elektroforezinde bantlarla gözlemlenerek belirlenen iki Bt izolatımızın (US19 ve US20) biyolojik mücadelede kullanılabilir entomopatojen Bacillus türü izolatlar olabileceği gözlendi.

Abstract:
In this study, for the isolation and characterization of the entomopathogenic Bacillus bacterial species, samples were collected from the fruit garden soils and diseased fruit trees from five different localities in Amasya. From the samples, 29 sporulating Gram- positive bacteria were isolated on Nutrient Agar culture media. Morphological, physıological and biochemical charactheristics of them were identified (Gram+ , spores, hemolysis, indole, oxidase etc.). Later the Bacillus spp. were determined by using the standardized  colorimetric identification system utilizing conventional biochemical tests. Later, 16s rDNA-based genetical identification of the Bacillus thuringiensis (Bt). Were performed for reasons including its universal distribution among bacteria and the presence of species-specific variable regions in five isolates (%97-99 probabilities). PCR and agarose gel electrophoresis were applied to the identified B. thuringiensis isolates for determination of the presence of the pesticidal cry gene in the newly identified Bt isolates. The PCR product profiles showed the presence of pesiticidal cry genes in two of the Bt isolates by comparision with our Standard Bt pesticide strain. After this molecular identification of the presence of cry genes as observed on the electrophoretic gel slabs, eventually, two new possible entomopathogenic Bt isolates (US19 and US20) to be used in a biological control, were obtained.