Meme kanseri tanılı hastalarda karsinogenezde yer alan ceRNA HOTAIR yolağının incelenmesi
Investigation of the ceRNA HOTAIR pathway in carcinogenesis in patients with breast cancer
Yazar: PELİN ERCOŞKUN
Danışman: PROF. DR. MEHMET SEVEN ; DOÇ. DR. AYSEL KALAYCI YİĞİN
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; HMGA 2 = HMGA 2 ; Karsinogenez = Carcinogenesis ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA

Özet:
Amaç: Meme kanseri gelişiminde çeşitli epigenetik değişikliklerin rol oynadığı bilinmektedir. Epigenetik mekanizmalardan biri olan, uzun kodlamayan RNA (lncRNA) ifadelerindeki düzensizlikler, kanser başlangıcında ve progresyonunda etkili olabilmektedir. LncRNA HOTAIR'in meme kanseri gelişiminde önemli bir role sahip olduğu bilinmektedir. HOTAIR ile ilişkili olduğu düşünülen HMGA2 proteininin ise gen ifadesini etkilediği belirtilmektedir. Literatürde, lncRNA-HOTAIR'in miR-20a-5p aracılığıyla HMGA2 geninin ifadesini artırabildiği ve bu yolağın meme kanseri oluşumunda önemli bir rol oynadığı düşünülmektedir. Bu çalışmada, hücre hattı ve ksenograftlarda meme kanseriyle ilişkisi bildirilmiş HOTAIR/miR-20a-5p/HMGA2 yolağının incelenmesi ve klinikopatolojik bulgularının değerlendirilmesi, aynı zamanda hedefe yönelik tedavi ve biyobelirteç çalışmalarına moleküler temel sağlanması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: HOTAIR/miR-20a-5p/HMGA2 yolağının incelendiği bu çalışmaya, meme kanseri tanısı konulmuş 40 kadın ve 10 sağlıklı kadın dahil edildi. Plazmadan izole edilen RNA'lardan cDNA sentezi yapıldıktan sonra Real-Time PCR ile hedef genlerin ifade düzeyleri incelendi. Çalışma ve kontrol grupları, HOTAIR, miR-20a-5p ve HMGA2 gen ifadeleri 2-ΔΔCt değerleri kullanılarak karşılaştırıldı. 
Bulgular: HOTAIR ifadesi, çalışma grubunda kontrol grubuna göre, ER negatif grupta ise ER+ gruba göre anlamlı derecede yüksek bulundu. Nüks olan hastalar, nüks olmayanlarla kıyaslandığında ise HMGA2 ifadeleri anlamlı yükseklik saptandı. Premenapozal grupta postmenapozal gruba göre miR-20a-5p ifadesinde anlamlı artış görülürken, HMGA2 ifadesinde ise anlamlı azalma saptandı. Hastaların yaşı ile HMGA2 arasında pozitif korelasyon varken miR-20a-5p ile arasında negatif korelasyon mevcuttu. 
Sonuç: HOTAIR'in özellikle ER negatif meme kanserlerinde, HMGA2'nin ise postmenapozal veya nüks eden hastalarda non-invaziv biyobelirteç olarak kullanılabileceği, HOTAIR/miR-20a-5p/HMGA2 yolağının periferik kanda insan cell-free RNA'sında ilk kez bu çalışmada incelendiği ve bu kapsamda literatüre önemli bilimsel katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Aim: Various epigenetic factors play a role in the development of breast cancer. Irregularities in the expression of long non-coding RNA (lncRNA), which is one of the epigenetic mechanisms, can be effective in cancer initiation and progression. LncRNA HOTAIR has an important role in development of breast cancer. HMGA2 protein, associated with HOTAIR, affects gene expression. LncRNA-HOTAIR increases the expression of HMGA2 gene through miR-20a-5p and this pathway plays an important role in breast cancer development. In this study, we aimed to investigate HOTAIR/miR-20a-5p/HMGA2 pathway, which has been reported to be associated with breast cancer, to evaluate clinicopathological findings from a genetic perspective, and to provide a molecular basis for targeted therapy and biomarker studies.
Material and Methods: Forty women diagnosed with breast cancer and 10 healthy women were included in this study. After cDNA synthesis from isolated RNAs, expression of target genes was analyzed by Real-Time PCR. Study and control groups were compared using 2-ΔΔCt values of HOTAIR, miR-20a-5p and HMGA2 expressions. 
Results: HOTAIR expression was significantly higher in the breast cancer and ER negative group. Also, HMGA2 expressions were found to be significantly higher in patients with relapse and postmenopausal women. While there was a positive correlation between the age of the patients and HMGA2, there was a negative correlation with miR-20a-5p.
Conclusion: HOTAIR can be used as a non-invasive biomarker especially in ER negative breast cancers and HMGA2 in postmenopausal women or relapsed patients. Also, for the first time in this study, HOTAIR/miR-20a-5p/HMGA2 pathway was investigated in breast cancer patients. It is thought that this study will make an important scientific contribution to the literature.