SARS-COV-2 virüsünün neden olduğu COVID-19 pandemisi döneminde servisimizde takip edilen hastaların epidemiyolojik, klinik, laboratuvar ve tedavi yanıtlarının değerlendirilmesi
Evaluation of epidemiological, clinical, laboratory and treatment responses of patients followed in our service during the period of COVID-19 pandemic caused by SARS-cov-2 virus
Yazar: FERAY AYCAN YILMAZ
Danışman: PROF. DR. ALİ ACAR
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Pandemiler = Pandemics ; SARS virüsü = SARS virus ; Tedavi = Treatment

Özet:
Amaç: 2019 yılı sonu itibariyle ortaya çıkan yeni bir virüs olan "SARS-CoV-2" (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) ve bu virüsün sebep olduğu COVID-19 hastalığı tüm dünyayı etkisine alarak pandemiye yol açmıştır. Hastalığın ortaya çıkmasının ardından 1 yıldan fazla zaman geçmesine rağmen hastalık halen tüm dünyada insanları enfekte etmeye ve ölüme sebep olmaya devam etmektedir. Çalışmamızda COVID-19 hastalarının epidemiyolojik, klinik, laboratuvar özellikleri ve tedavi yanıtlarını değerlendirerek, hastalığın dinamiklerinin anlaşılmasını ve böylece pandemi halen devam ederken COVID-19 hastalarının takibine ve tedavisine katkıda bulunmayı amaçladık. 
Yöntem: Mart 2020-Ağustos 2020 tarihleri arasında T. C. Sağlık Bakanlığı Dışkapı Eğitim Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği'nde serviste yatarak ya da ayaktan takip edilen olası ya da kesin 500 COVID-19 hastası retrospektif olarak incelendi. Hastaların tanı ve tedavileri T.C. Sağlık Bakanlığı COVID-19 tanı ve tedavi rehberleri esas alınarak düzenlendi. Hastalar asemptomatik, hafif-orta ve ağır hasta grubu olarak 3 grupta incelendi. Hastaların demografik ve epidemiyolojik özellikleri, eşlik eden kronik hastalıkları, COVID-19 PCR sonuçları, sigara öyküleri, temas öyküleri, klinik özellikleri, hastaneye ilk başvuru sırasındaki laboratuvar bulguları, hastaneye ilk başvuru sırasındaki görüntüleme tetkikleri, yoğun bakım ünitesi (YBÜ) ihtiyacı, tedavi bilgileri, ağır hastalık geçirme ve mortalite gelişmesindeki olası risk faktörleri değerlendirildi. Verilere hastane veri tabanı ve hasta dosyaları incelenerek ulaşıldı.
Bulgular: Çalışmamızda 500 hastadan %53,8'i erkekti ve tüm hastaların genel yaş ortalaması 48,2±18,3 olarak bulundu. En büyük grubu %44,8 oran ile         18-45 yaş aralığındaki hastaların oluşturduğu görüldü. Hastalar arasında en sık görülen kronik hastalıklar %24,2 ile HT, ikinci sırada %15,9 ile DM ve üçüncü sırada ise %9,1 ile KAH idi. Hastaların %49,2'sinde COVID-19 PCR pozitifliği saptandı, %50,8'inin ise COVID-19 PCR'ı negatif bulundu ancak bu hastalar görüntüleme bulgusu ya da klinik semptomlarına göre COVID-19 olarak kabul edildi. Hastaların semptom başladıktan sonra hastaneye başvurma süresi ortalama 4,4±3,3 gündü. Bunun ağır hasta grubunda 5,0±3,5 gün olup daha yüksek olduğu görüldü. Hastalar arasında en sık öksürük (%63,8), ikinci sırada ateş (%44,2) ve üçüncü sırada halsizlik/yorgunluk (%36) şikayeti vardı. Laboratuvar değerlerinden mutlak nötrofil sayısı, mutlak lenfosit sayısı, lenfosit yüzdesi, AST, LDH, CRP, prokalsitonin, ferritin, fibrinojen, PRO-BNP ve D-Dimer değerleri hasta grupları arasında istatistiksel olarak da anlamlı olacak şekilde farklı bulundu. Hastaların %94,8'ine akciğer grafisi ya da toraks BT ile görüntüleme yapıldı. Tüm hastaların %44'ünde iki taraflı toraks BT bulgusu saptanırken, %61,9'unda buzlu cam görüntüsü vardı. Ayrıca mortalite gelişen 10 hastanın 9 (%90)'unda toraks BT'de iki taraflı buzlu cam görüntüsü olduğu görüldü. Hastaların %5,4'ünde takibi sırasında YBÜ ihtiyacı gelişti. Ağır hasta grubunda en sık kullanılan antiviral tedavi %63,5 ile favipravir olurken merkezimizde en sık kullanılan antibakteriyel ajan levofloksasin (%15,6) idi. Hastaların %33,8'inde oksijen tedavisi ihtiyacı olduğu görüldü. Hafif-orta hasta grubunda 1 kişi, ağır hasta grubunda 11 kişi ve toplamda 12 kişi entübe edildi. Toplam hasta grubundaki entübasyon oranı %2,4 idi. Entübasyona gidiş süresi ise ortalama 5,25±4,5 gün bulundu ve çalışmamızdaki toplam ölüm oranı %2 idi. Hastalık şiddetinin, yaşın ve ek hastalık sayısının artması ile ölüm riskinde artış olduğu görüldü. 
Sonuç: Çalışmamızda ileri yaş ve eşlik eden kronik hastalık sayısının artması, artan hastalık şiddeti ile ilişkili bulundu. En sık görülen ek hastalıklar tüm hasta gruplarında HT, DM ve KAH idi. Semptom başladıktan sonra hastaneye başvuru süresi ortalama 4,4±3,3 gün olup istatistiksel olarak anlamlı bulunmasa da başvuru süresi daha geç olanlarda hastalık şiddetinin de arttığı görüldü. Hastalarda akciğer tutulumu ve iki taraflı buzlu cam bulgusu olmasının mortalite açısından riski artırdığı saptandı. Hastalık şiddeti arttıkça mutlak nötrofil sayısı, AST, LDH, CRP, ferritin, fibrinojen, PRO-BNP ve D-Dimer değeri istatistiksel olarak anlamlı şekilde artarken, mutlak lenfosit sayısı ve lenfosit yüzdesinin ise azaldığı görüldü. 
Anahtar kelimeler: COVID-19, SARS-CoV-2, COVID-19 pandemisi

Abstract:
Aim: "SARS-CoV-2" (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), a new virus that emerged at the end of 2019, and the COVID-19 disease caused by this virus have affected the whole world by causing the pandemic. Although more than 1 year has passed since the emergence of the disease, it still continues to infect people and cause death all over the world. In our study, we aim to evaluate the epidemiological, clinical, laboratory features and treatment responses of COVID-19 patients, in order to understand the dynamics of the disease and thus to contribute to the follow-up and treatment of COVID-19 patients while the pandemic is still ongoing.
Method: Between March 2020 and August 2020, 500 possible or definite COVID-19 patients who were followed up in the service in the Infectious Diseases and Clinical Microbiology Clinic of T. C. Ministry of Health Dışkapı Training and Research Hospital were retrospectively analyzed. The diagnosis and treatment of the patients were arranged on the basis of T. C. Ministry of Health COVID-19 diagnosis and treatment guidelines. The patients were examined in 3 groups as asymptomatic, mild-moderate and severe patient group. Demographic and epidemiological characteristics of the patients, accompanying chronic diseases, COVID-19 PCR results, smoking history, contact history, clinical features, laboratory findings at the first admission to the hospital, imaging findings at the first admission to the hospital, need for intensive care unit (ICU), treatment information and possible risk factors for the development of mortality and severe illness were evaluated. The data were collected by examining the hospital database and patient files.
Results: In our study, 53.8% of 500 patients were male and the general average age of all patients was found to be 48.2 ± 18.3. It was observed that the patients between the ages of 18-45 constituted the largest group with a rate of 44.8%. Among the patients, the most common chronic diseases were HT (24.2%), DM (15.9%) in the second and CAD (9.1%) in the third place. COVID-19 PCR positivity was detected in 49.2% of the patients, and COVID-19 PCR was found to be negative in 50.8% of the patients, but these patients were accepted as COVID-19 according to the imaging findings or clinical symptoms. The mean time for the patients to apply to the hospital after the onset of symptoms was 4.4 ± 3.3 days. It was found to be 5.0 ± 3.5 days and higher in the severe patient group. Among the patients, the most common symptoms were cough (63.8%), the second was fever (44.2%), and the third was weakness/fatigue (36%). Among the laboratory values, absolute neutrophil count, absolute lymphocyte count, lymphocyte percentage, AST, LDH, CRP, procalcitonin, ferritin, fibrinogen, PRO-BNP and D-Dimer values were found to be statistically significant between the patient groups. Imaging with chest radiography or thorax CT was performed in 94.8% of the patients. Bilateral thorax CT findings were detected in 44% of all patients, while 61.9% had a ground-glass image. In addition, it was seen that 9 (90%) of 10 patients who developed mortality had bilateral ground glass images on thoracic CT. The need for ICU developed in 5.4% of the patients during their follow-up. While the most commonly used antiviral treatment in the severe patient group was favipravir with a rate of 63.5%, the most commonly used antibacterial agent in our center was levofloxacin (15.6%). It was observed that 33.8% of the patients needed oxygen therapy. One person in the mild-moderate patient group, 11 people in the severe patient group, and a total of 12 people were intubated. The intubation rate in the total patient group was 2.4%. The mean time to intubation was 5.25 ± 4.5 days, and the total mortality rate in our study was 2%. It was observed that the risk of death increased with the increase in disease severity, age and the number of comorbidities.
Conclusion: In our study, advanced age and increased number of accompanying chronic diseases were found to be associated with increasing disease severity. The most common additional diseases were HT, DM and CAD in all patient groups. The mean duration of admission to the hospital after the onset of symptoms was 4.4 ± 3.3 days, and although it was not statistically significant, it was observed that the severity of the disease also increased in those with a later admission period. It was found that lung involvement and bilateral ground glass findings in patients increased the risk in terms of mortality. As the disease severity increased, the absolute neutrophil count, AST, LDH, CRP, ferritin, fibrinogen, PRO-BNP and D-Dimer values increased statistically, while the absolute lymphocyte count and percentage of lymphocytes decreased.
Keywords: COVID-19, SARS-CoV-2, COVID-19 pandemic.