Pistacia vera L. X Pistacia atlantica Desf. melez populasyonunda genetik haritalama
A genetic linkage map in Pistacia vera L. X Pistacia atlantica Desf. population
Yazar: YÜŞA TÜRKELİ
Danışman: PROF. DR. SALİH KAFKAS
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Bu çalışma ISSR, SRAP ve AFLP teknikleri kullanılarak antepfıstığının ilk genetik bağlantı haritasını oluşturmak amacıyla yapılmıştır. `Siirt' (Pistacia vera L.) çeşidi ile monoik `PA-18' genotipi (Pistacia atlantica Desf.) arasındaki melezlemeye ait 92 F1 bitkisi ile `double pseudo-testcross' haritalama metodu uygulanarak iki ayrı genetik bağlantı haritası oluşturulmuştur. Çalışmada uygulanan 16 ISSR primerinden açılım gösteren 19 markörün 9'u `Siirt' çeşidinde, 10'u ise `PA-18' genotipinde tespit edilmiştir. Ayrıca uygulanan 27 SRAP primer kombinasyonundan 96 markör açılım göstermiş olup bunların 49 adedi `Siirt' çeşidinde, 47 adedi `PA-18' genotipinde belirlenmiştir. Bununla birlikte, 27 AFLP primer kombinasyonuna ait açılım gösteren 206 markörden `Siirt' çeşidinde ve `PA-18' genotipinde sırasıyla 107 ve 99 markör olarak tespit edilmiştir. Bu çalışmada, `Siirt' çeşidinin haritasına ait toplam 165 markörün (9 ISSR, 49 SRAP, 107 AFLP) %87'si 1:1 ve %13'ü ise 3:1 açılım oranlarına sahip olmuş ve ortalama markör yoğunluğu ise 9.70 olarak belirlenmiştir. Diğer taraftan `PA-18' genotipinin haritasını oluşturan toplam 156 markörden (10 ISSR, 47 SRAP, 99 AFLP) %86'sı ve %14'ü sırasıyla 1:1 ve 3:1 açılım göstermiş olup bunlara ait markör yoğunluğu 8.21 olarak tespit edilmiştir. Bunlarla birlikte, 17 bağlantı grubuna sahip `Siirt' haritası toplam 1237.3 cM uzunluğunda olup iki markör arasındaki ortalama uzaklık ise 7.50 cM olarak hesaplanmıştır. `PA-18' genotipinin haritasını oluşturan 19 bağlantı grubunun toplam uzunluğu ise 1337.5 cM ve markörler arası ortalama uzaklık ise 8.57 cM olarak saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışmada antepfıstığının moleküler ıslaha geçiş için temel oluşturacak ilk genetik bağlantı haritası oluşturulmuştur. Gelecekte antepfıstığında yapılacak haritalama çalışmalarında daha fazla genom içeriğine sahip olmak ve daha yüksek yoğunluklu doymuş genetik haritalar elde etmek için daha fazla sayıda bitki analiz edilmeli ve daha fazla sayıda açılım gösteren dominant markörler ile birlikte SSR gibi kodominant markörler kullanılmalıdır.

Abstract:
This study was carried out to construct the first genetic linkage map of pistachio using ISSR, SRAP and AFLP molecular marker techniques. Two separate genetic linkage maps have been constructed by applying the strategy of `double pseudo-testcross? mapping with 92 F1 hybrid individuals of a cross progeny which were derived from crossing between `Siirt? (Pistacia vera L.) cultivar and monoecious `PA-18? (Pistacia atlantica Desf.) genotype. In this research, 19 markers segregated by analysing 16 ISSR primers, 9 of which were identified in `Siirt? cultivar and 10 in `PA-18? genotype. Besides, from 27 SRAP primer combinations, 96 markers segregated, 49 of which were identified in `Siirt? cultivar, and 47 belonged to `PA-18? genotype. In addition to these, 206 markers segregated from 27 AFLP primer combinations, of which were identified in the `Siirt? cultivar and in the `PA-18? genotype as 107 and 99 markers, respectively. In accordance with this study, a total of 165 markers (9 ISSRs, 49 SRAPs, 107 AFLPs) belonged to the map of `Siirt? cultivar, of which 87% 1:1 and 13% 3:1 segregated with an average marker number of 9.70. Besides this, in the map of `PA-18? genotype, of 156 markers (10 ISSRs, 47 SRAPs, 99 AFLPs) with a mean marker number of 8.21, 86% and 14% found to have 1:1 and 3:1 segregation, respectively. In this study, `Siirt? genetic map had 17 linkage groups spannig 1237.3 cM length with a mean marker density of 7.50 cM and `PA-18? genetic map comprised 19 linkage groups covering 1337.5 cM with a mean marker density of 8.57 cM. This study has the first basis of genetic linkage maps of pistachio for molecular breeding. In the future mapping studies, more hybrid progenies should be analyzed and more dominant markers should be used together with co-dominant markers like SSR to obtain better genome coverage for a better saturated high density maps.