Benzer klinik bulgular gösteren birden fazla etkilenmiş olgu bulunan ailelerde genetik etiyolojinin tüm ekzom dizileme yöntemi ile araştırılması
Investigation of genetic etiology in families with multiple affected cases with similar clinical findings by the whole exome sequencing method
Yazar: GÜLNİHAL BULUT
Danışman: PROF. DR. BİRSEN KARAMAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Aile = Family ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Ekzom dizileme = Exome sequencing ; Etyoloji = Etiology ; Genetik = Genetics ; Genetik hastalıklar-doğuştan = Genetic diseases-inborn

Özet:
Genetik hastalıklar, Mendel ve non-Mendel hastalıklar olarak iki büyük grup altında incelenir. Nadir hastalıkların yaklaşık %80'inin genetik kökenli olduğu düşünülmekte olup birçoğunun monogenik Mendel kalıtım modeli ile uyumlu olduğu bildirilir. Klinik bulgular genetik etiyolojisi bilinen bir sendroma yönlendirirse, bu olgularda hedefe yönelik genetik testler uygulanarak tanıya katkı sağlanmaktadır. Klinik bulgularla tanısal bir yaklaşım kurulamayan olgularda ise klasik genetik testler uygulanmakta ancak tüm bu uygulamalara karşın olguların yaklaşık yarısı tanı alabilmektedir. Böyle durumlarda 'reverse tanı' olarak nitelendirilen testten tanıya ulaşım sağlayan yeni nesil dizi teknolojilerinden yararlanılmaktadır. Bu tip teknolojilerin pratikte en sık kullanılanı tüm ekzom dizileme (TED)dir. Tez kapsamında, aynı ailede benzer klinik bulgulara sahip en az iki etkilenmiş olgu bulunan, klinik bulguları bilinen bir sendromla uyumlu olmayan, mikroskobik ve submikroskobik herhangi bir kromozomal değişim saptanmayan üç aileden üç indeks olgu ile beş aile bireyine TED uygulanarak etiyolojide rol oynayan olası değişimler araştırıldı. Yapılan analizler sonucunda indeks olgularda klinik bulgularıyla olası ilişkili dört farklı gende (CCDC88C, FLNA, RP1L1, NUP188) varyantlar saptandı. Sanger dizileme yöntemiyle doğrulanan ve aile çalışmaları yapılan bu varyantlardan ikisi herhangi bir hastalık ilişkisi daha önce bildirilmeyen yeni değişimlerdi (FLNA'da c.1829-1G>T (p.(?)) ve NUP188'de c.124C>T (p.Arg42Ter), ikisi ise daha önce bildirilmiş olan (CCDC88C'de c.1915C>T (p.Arg639Ter) ve RP1L1'de c.455G>A (p.Arg152Gln) varyantlardı. Çalışmaya dahil edilen olguların tümünde bir değişim saptanmış olsa da, örnek sayısının azlığı ve seçim kriterleri nedeniyle TED tekniğinin her olguda benzer tanı katkısı sağlayacağını iddia etmek fazla iyimser olacaktır, ancak çalışmamız 'yöntemden tanıya' giden yolda yaklaşımsal aşamaları sunması bakımından, tanıları kesinleşen ailelere genetik danışma verilmesi ve hastalığı önleyici stratejiler konusunda bilgilendirilmeleri bakımından önemli olmuştur. Sonuç olarak çalışmamız TED'in hastalık ilişkili bilinen genlerde olduğu kadar, yeni varyasyonları tespit etmek ve hastalık ilişkili yeni genleri araştırmaya yönelik katkısını da göstermektedir.

Abstract:
Genetic diseases are examined under two large groups as Mendelian and non-Mendelian diseases. Approximately 80% of rare diseases are thought to be of genetic origin, and many of them are reported to be compatible with the monogenic Mendelian inheritance model. If clinical findings lead to a syndrome with known genetic etiology, targeted genetic tests can be applied in these cases to contribute to the diagnosis or confirm the diagnosis. In cases where a diagnostic approach cannot be established with clinical findings, classical genetic tests are applied, but despite all these applications, approximately half of the cases can be diagnosed. In such cases, new generation sequencing technologies are used that provide access to diagnosis from the test described as "reverse diagnosis". The most commonly used type of these technologies is whole-exome sequencing (WES). In this thesis, 3 index cases and 5 individuals from three families with at least two affected cases with similar clinical findings, incompatible clinical findings with a known syndrome, and no microscopic and submicroscopic changes were investigated. Changes that may play a role in the etiology in these individuals were investigated using the WES method. As a result of the analyzes performed, variants in four different genes (CCDC88C, FLNA, RP1L1, NUP188) possibly related to clinical findings were detected in index cases. Two of these variants, which were confirmed by Sanger sequencing and family studies were conducted, were new changes whose association was not previously reported (FLNA c.1829-1G>T (p.(?)) and NUP188 c.124C>T (p.Arg42Ter), two of them were previously reported variants (CCDC88C c.1915C>T (p.Arg639Ter) and RP1L1 c.455G>A (p.Arg152Gln). Although a change was detected in all cases included in the study, it would be too optimistic to claim that the WES technique will provide a similar diagnostic contribution in each case due to the small number of patients and selection criteria. Our study shows the contribution of WES to identifying new variations and searching for new disease-related genes as well as in known disease-related genes.