Türkiye'nin Akdeniz (Antalya, Mersin, Adana, Osmaniye ve Hatay) ve İç Anadolu bölgelerindeki (Konya, Aksaray, Niğde, Karaman) bazı illerde yaşayan Apodemus spp., Microtus spp., Rattus spp. ve Talpa davidiana türlerinde Hantavirus varlığının ve dağılımının araştırılması
Investigation of Hantavirus existence and distribution in Apodemus spp., Microtus spp., Rattus spp. ve Talpa davidiana species in some provinces in Mediterranean (Antalya, Mersin, Adana, Osmaniye and Hatay) and Central Anatolia (Konya, Aksaray, Niğde, Karaman) regions of Turkey
Yazar: CEYLAN POLAT
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM MEHMET ALİ ÖKTEM
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Akdeniz bölgesi = Mediterranean region ; Apodemus = Apodemus ; Kemiriciler = Rodentia ; Microtus = Microtus ; Rattus = Rattus ; Talpa = Talpa ; Türkiye = Turkey ; İç Anadolu bölgesi = Central Anatolia region

Özet:
Amaç: Orthohantavirüsler, renal sendromlu kanamalı ateş ve hantavirüs pulmoner sendrom gibi klinik tablolar oluşturması nedeniyle tüm dünyada önemli bir halk sağlığı sorunudur. Orthohantavirus enfeksiyonlarında virüse karşı etkili bir antiviral ajanın bulunmaması nedeniyle, enfeksiyondan korunma önem taşımaktadır. Saha çalışmaları, kemirici populasyonlarında enfeksiyonun takibinin sağlanması, alandaki Orthohantavirus prevalansının belirlenmesi ve olası salgın bölgelerinin öngörülebilmesi konusunda önemli veriler sağlamaktadır.
Akdeniz ve İç Anadolu Bölgeleri'nin, Akdeniz Havzası'nda bulunan bazı buzul dönem sığınaklarını barındırması, farklı vejetasyon tiplerinin görülmesi ve bazı endemik türlerin yayılım alanları olması nedeniyle bu bölgelerde olası yeni Orthohantavirus türlerinin görülebileceği düşünülmüştür. Ayrıca Akdeniz ve İç Anadolu Bölgeleri'ndeki kemirici populasyonları bilinen Orthohantavirus türlerinin varlığı açısından şimdiye kadar taranmamıştır. 
Bu çalışma ile Akdeniz ve İç Anadolu'nun Akdeniz'e komşu bölgelerindeki Orthohantavirus prevalansının, kemirici populasyonları arasında dolaşmakta olan Orthohantavirus tür/türlerinin ve taşıyıcı kemirici türlerinin saptanması amaçlanmıştır.
Yöntem: Antalya, Mersin, Adana, Osmaniye, Hatay, Konya, Aksaray, Niğde ve Karaman illerinde Nisan 2015- Kasım 2017 tarihleri arasında yapılan saha çalışmaları ile Orthohantavirus taşıyıcısı olarak bilinen Apodemus spp., Microtus spp. ve Rattus spp. türlerinden kemiriciler yakalandı. Örneklem, saha temsiliyeti göz önünde bulundurularak yapıldı. Yakalanan kemiricilere ait serum ve doku örnekleri, Orthohantavirus enfeksiyonları açısından serolojik ve moleküler yöntemler ile tarandı.
Bulgular: Hedef türlerden 429 kemirici yakalandı. Bu kemiricilere ait akciğer dokuları Orthohantavirus varlığı açısından PZT ile tarandı ve virüse rastlanmadı. Kemiricilerden 175 tanesine ait serum örnekleri orthohantavirüse karşı antikor varlığı açısından ELISA ve immünoblot yöntemleri ile tarandı ve hiçbir kemiricide seropozitiflik saptanmadı. 
Sonuç: Çalışma kapsamında, uzun süreli ve mevsimlere göre dağılmış şekilde örneklem yapılmasına rağmen Orthohantavirus varlığına rastlanmadı. Türkiye'nin güneyinde yer alan buzul dönem sığınaklarının bulunduğu yerler ve bitki örtüsü ile Orthohantavirus varlığı arasında doğrudan bir bağıntı da tespit edilemedi. Türkiye'nin kuzeyi ile güneyi arasında coğrafi bariyerlerin bulunması ve virüsün doğadaki canlılığını etkileyen iklim özelliklerinin iki bölge arasında farklılık göstermesi, virüsün Türkiye'nin güney bölgelerinde saptanamaması ile ilişkilendirildi.

Abstract:
Objective: Orthohantaviruses causes hemorrhagic fever with renal syndrome and hantavirus pulmonary syndrome which are major public health problems all over the world. Prevention from the infection is important, because of the lack of effective antiviral agents against Orthohantavirus infections. Therefore field works offer important data about the monitoring of the infection in rodent populations, the determination of Orthohantavirus prevalence and the prediction of possible outbreak regions. 
Possible new Orthohantavirus species could be detected in the Mediterranean and Central Anatolia Regions due to the presence of some glacial period shelters in the Mediterranean Basin, the appearance of different vegetation types and the distribution of some endemic species. Mediterranean and Central Anatolia Regions are not screened in terms of Orthohantavirus infections until now.   
This study aimed to determine Orthohantavirus prevalence, Orthohantavirus species circulating in rodent populations and carrier rodent species in Mediterranean region and some provinces of Central Anatolia which neighboring with Mediterranean region.
Method: Apodemus spp., Microtus spp. and Rattus spp. rodents known as Orthohantavirus carriers were trapped with the field works in Antalya, Mersin, Adana, Osmaniye, Hatay, Konya, Aksaray, Niğde ve Karaman provinces between April 2015 and November 2017. Sampling was done considering the field representation. The serum and tissue samples of trapped rodents were screened for Orthohantavirus infections with serological and molecular methods.
Results: 429 rodents were trapped from the target species. Lung tissue samples collected from the trapped rodents were screened by PCR for the presence of Orthohantavirus and no virus was detected. The serum samples of 175 rodents were screened by ELISA and immunoblot for the detection of antibody presence against Orthohantavirus and all of them were seronegative. 
Conclusion: Despite the long-term and seasonal sampling, the presence of Orthohantavirus was not found in this study. A direct correlation between Orthohantavirus presence and glacial period shelters which is located south of Turkey and its vegetation could not be detected. The presence of geographic barriers between Turkey's north and south and the differences of climate characteristics which affects the viability of the virus in nature could be related with the absence of the Orthohantavirus in Turkey's southern regions.