Soğuk, kuraklık ve tuz gibi abiyotik stres koşulları altındaki domates bitkisinde (Lycopersicum esculentum L. ) süperoksid dismutaz (SOD) gen ekpresyon profilinin real time PCR aracılığı ile araştırılması
Investigation of superoxide dismutase (SOD) gene expression profiles in tomato (Lycopersicum esculentum L.) under abiotic stress conditions such as cold, drought and salt by real time PCR
Yazar: SEMRA SOYDAM AYDIN
Danışman: DOÇ. DR. E. SÜMER ARAS
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Domates = Tomato ; Kuraklık = Drought ; Lycopersicon esculentum = Lycopersicon esculentum ; Soğuk stresi = Cold stress ; Tuz stresi = Salt stress ; Tuzluluk = Salinity

Özet:
Bu çalışmada Falcon çeşidi Lycopersicum esculentum Mill. (domates) tohumları 25 gün süre ile çimlendirilmiş, 100mM ve 150 mM NaCl, NaCl ile eş osmotik basınçları oluşturacak şekilde kuraklık stresi ve soğuk stresi uygulanmıştır. Tuz ve kuraklık stresi uygulamalarında 0., 3., 6., 9., 12., 24., 48. saatlerde örnek alımı yapılırken, soğuk stresi örnekleri 0., 2., 4., 6., 8., 10. günlerde alınmıştır. Alınan örneklerde süperoksid dismutaz (SOD) gen ekpresyon seviyesindeki farklılıklar incelenmiştir. Çalışma sonucunda tüm stres uygulamalarının SOD gen ekpresyon profili üzerinde etkili olduğu görülmüştür.Tuz stresleri aynı osmotik basınca sahip kuraklık streslerine göre antioksidant savunma mekanizmasını geç uyarmıştır. Genel olarak tüm stres uygulamalarında SOD gen ekpresyon seviyesi önce azalmış ve ardından stres ile dereceli olarak artmıştır. Bitki stres ile başa çıkamayacak seviyeye geldiğinde ise ekspresyon seviyesi yeniden düşmüştür. 8. günde elde edilen soğuk stresine ait gen ekpresyon verisinin (0,387) tüm stres koşulları arasında karşılaşılan en düşük seviye olduğu görülmüştür. Soğuk stresi uygulamasının 10. gününde ekpresyon seviyesinde görülen artışlar ise, muhtemelen tüm uygulamalarda görülen dereceli bir artışın başlangıcıdır. Sonuç olarak; kuraklık, tuz ve soğuk stresleri Lycopersicum esculentum Mill. (domates) bitkisinde SOD gen ifadesini farklı düzeylerde etkilemiş ancak benzer ifade profilleri oluşturmuşlardır. Bu durum tuz, kuraklık ve soğuğun aynı yolağı aktive ederek savunma geliştirdikleri hipotezini destekler nitelikledir.Anahtar kelimeler: Abiotik stres, süperoksid dismutaz (SOD), Real Time PCR

Abstract:
In this study; Falcon type Lycopersicum esculentum Mill. (tomato) seedlings were germinated for 25 days, 100 mM and 150 mM NaCl, drought stress which had same osmotic pressure with NaCl and cold stresses were applied. While samples were collected at 0., 3., 6., 9., 12., 24., 48. hours in salt and drought treatments, cold stress samples were collected at 0., 2., 4., 6., 8., 10. days. Differences in superoxide dismutase (SOD) gene expression profiles were investigated in the collected samples. Results showed that; all stress applications are effective on gene expression profile of SOD.Salt stresses were alerted antioxidant defense mechanism later than drought stress which had same osmotic pressure. Generally, SOD gene expression level was declined at first and then gradually recovered. When the plant has reached a level that could not be coped with stress, the expression level was again declined. It was shown that; the gene expression data obtained on 8th day (0,387) of cold stress is the lowest level among all stress conditions. Increases in gene expression level at 10th day of cold stress might be the beginning of a graduall recovery shown in all stress applications. As a result; drought, salt and cold stress affected SOD gene expression in different levels but generated similar expression profilesin Lycopersicum esculentum Mill. (tomato) plant. This circumstance is consistent with the hypothesis of dorught, salt and cold stress developped defence by activating the same patway.Key Words: Abiotic stress, superoxide dismutase (SOD), Real Time PCR