Levrek ve çipuralardan izole edilen photobacterium damselae suşlarının moleküler karakterizasyonlarının ve antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi
Detection of molecular characterization and antimicrobial susceptibility of photobacterium damselae strains in sea bass and sea bream
Yazar: SEMA MİDİLLİ
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ KIRKAN
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Su Ürünleri = Aquatic Products ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Balıklar = Fishes ; Levrek balığı = Sea bass ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Photobacterium damselae = Photobacterium damselae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Amaç: Bu çalışmada çipura ve levrek yetiştiriciliği için önemli bir tehdit olan Photobacterium damselae ve alt türlerinin moleküler yöntemlerle teşhisi ve antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının ortaya koyulması amaçlanmıştır. 
Gereç ve Yöntem: Araştırma materyalini Photobacterium damselae şüpheli 100'er adet ölü çipura (Sparus aurata) ve levrek (Dicentrarchus labrax) oluşturmuştur. Balık örneklerinin iç organlarından konvansiyonel, hızlı teşhis ve moleküler yöntemlerle P. damselae izolasyonu yapılmış ve izolatların antibiyotiklere karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır.
Bulgular: Çipura örneklerinin iç organlarından 26 (%26) Photobacterium damselae izolatı izole edilirken, levrek örneklerinden izolasyon yapılamamıştır. Çipura örneklerinden izole edilen 26 (%26) P. damselae izolatı BD-Phoenix tanı cihazı ile identifiye edilmiştir. İdentife edilen 26 (%26) P. damselae izolatı 16S rRNA PCR ile doğrulanmış ve CPS ile URE C genleri kullanılarak yapılan PCR ile alt tür ayrımına gidilmiştir. Sonuçta P. damselae suşlarından 18 adedi (%69,23) P. damselae subsp. piscicida ve geri kalan 8 adedi (%30,77) de P. damselae subsp. damselae olarak tiplendirilmiştir. P. damselae subsp. piscicida izolatlarının tamamı gentamisine (10 µg) karşı %100 oranında, diğer yandan hem P. damselae subsp. piscicida hem de P. damselae subsp. damselae izolatları siprofloksasine (5 µg) karşı %100 duyarlı bulunmuştur. 
Sonuç: Bu araştırma ile deniz akuakültüründe çipura ve levrek için önemli hastalık etkeni olan P. damselae subsp. piscicida ve P. damselae subsp. damselae'nın tür spesifik genler ile moleküler teşhisi ve bazı antibiyotiklere karşı duyarlılığı ortaya koyulmuştur.

Abstract:
Objective: In this study, it was aimed that declaring of diagnosing of Photobacterium damselae and its subspecies, which are significant threat for gilthead sea bream and European sea bass aquaculture, with molecular technique and sensitivity to antibiotics. 
Material and Methods: The study materials were 100 dead gilthead sea bream (Sparus aurata) and European sea bass (Dicentrarchus labrax) which were suspected as Photobacterium damselae. P. damselae isolation was performed by using conventional, rapid diagnostic and molecular methods from internal organs of fish specimens, and antibiotic susceptibility was investigated by disk diffusion method. 
Results: While 26 (26%) Photobacterium damselae were isolated from the internal organs of gilthead sea bream specimens, any isolation from European sea bass specimens not performed. Total 26 (26%) P. damselae isolates were isolated by gilthead sea bream were identified by BD Phoenix diagnosis device. Isolated 26 (26%) P. damselae was confirmed by 16S rRNA PCR and subspecies seperation was performed by PCR using CPS and URE C genes. As result, 18 (69.23%) of the P. damselae strains were typified as P. damselae subsp. piscicida and the remaining 8 (30.77%) were as P. damselae subsp. damselae. All P. damselae subsp. piscicida isolates were 100% sensitive to gentamicin (10 µg), while both P. damselae subsp. piscicida and P. damselae subsp. damselae isolates were found to be 100% sensitive to ciprofloxacin (5 µg). 
Conclusion: With this research, Photobacterium damselae subsp. piscicida and Photobacterium damselae subsp. damselae which are important disease agents for both gilthead sea bream and European sea bass were diagnosed by molecular with species specific genes and their susceptibilities to some antibiotics were declared.