H.pylori (+)
(-) gastrit ve gastrik kanser örneklerinde gen metilasyon paternlerinin değerlendirilmesi / To evaluate the methylatıon profıles of genes ın gastrıtıs and gastrıc cancer
Yazar: MURAT ÖZNUR
Danışman: PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gastrit = Gastritis ; Genler = Genes ; Genler-Bcl-2 = Genes-Bcl-2 ; Helicobacter pylori = Helicobacter pylori ; Metilasyon = Methylation ; Mide neoplazmları = Stomach neoplasms

Özet:
Mide kanseri, diyet ve Helicobacter pylori (Hp) gibi çevresel faktörlerden kaynaklanan genotipik değişimlerin progresif birikimi sonucu oluşmaktadır. Epigenetik mekanizmalardan biri olan promoter CpG adacık hipermetilasyonu, genin sessizleşmesine neden olmaktadır. Mide karsinomu aberan CpG hipermetilasyonun en sık gözlendiği kanser türlerinden biridir. Hp enfeksiyonu mide kanseri, kronik gastrit, tekrarlayan peptik ülser, atrofik gastrit ve intestinal metaplazi gelişiminde bir risk faktörüdür. Hp eradikasyonu sonucu bazı genlerde hipermetilasyon oranı azalmaktadır. Ancak bu oran bazı genlerde aynı kalmakta veya daha da artmaktadır. Bu çalışmada, 23 Hp(+) ve 14 Hp(-) olmak üzere toplam 37 gastrit hasta doku örneğinde ve 30 mide kanseri hasta doku örneğinde CYP1B1, SCGB3A1, MT1G, BCL2, P16, hMSH2 ve hMLH1 genlerinin promoter bölgelerinin metilasyon paternlerinin Metilasyon Sensitif -High Resolution Melting (MS-HRM) tekniği ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca Hp(+) gastrit olgularının medikal eradikasyon tedavisinin genlerin metilasyon paternlerine etkisini de belirlemek amacıyla Hp(+) gastrit örneklerinin tedavi öncesi ve sonrası metilasyon paternleri ve oranları karşılaştırılmıştır. İncelenen mide kanseri hasta grubunda hMLH1, BCL2 ve CYP1B1 genlerine ilişkin metilasyon sıklıklarının gastrit hasta grubuna göre önemli düzeyde arttığı; MT1G, hMSH2 ve hMLH1 genlerinin metilasyon oranlarının Hp(+) gastrit olgularındaki medikal eradikasyon tedavisi sonrası azaldığı belirlenmiştir. Diğer taraftan kanser hasta grubunda hipermetile olan gen sayısının gastrit hasta grubuna göre önemli düzeyde arttığı ortaya konmuştur. Sonuç olarak MS-HRM tekniği metilasyon heterojenitesi gösteren tümör örneklerinde başarıyla uygulanabilecek bir yöntemdir. Daha büyük araştırma gruplarında klinikopatolojik verilerle birlikte değerlendirmelerin yapılmasının, etkin tedavi protokollerinin çok iyi gelişemediği bu kanser tipinin erken tanısı, prognoz değerlendirmesi için çok önemli olacağı sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Gastric cancer is considered to be the result of a progressive accumulation of genotypic changes due to an adverse environment (i.e., diet and Helicobacter pylori infection). CpG island hypermethylation is closely associated with gene inactivation. Gastric carcinoma is one of the tumors with a high frequency of aberrant CpG island hypermethylation. Helicobacter pylori (Hp) infection is a risk factor for the development of gastric cancer, chronic gastritis, recurrent peptic ulcer disease, atrophic gastritis and intestinal metaplasia. By the medical eradication of Hp, the methylation rate of some genes might be reduced but the others remained hypermethylated or increased. This study was aimed to evaluate the promoter methylation status of the genes CYP1B1, SCGB3A1, MT1G, BCL2, P16, hMSH2 and hMLH1 in Hp (+) / (-) gastritis and gastric cancer tissues. Besides, the methylation profiles of these genes were also determined following the medical eradication treatment of Hp (+) in gastric cases. MS-HRM technique was performed in tissue samples of 37 acute gastritis and 30 gastric cancer. Statistical analyses were performed through SPSS 15 software. The frequencies of aberrant methylation profiles of hMLH1, BCL2 and CYP1B1 genes were significantly higher in gastric cancer group. Following the medical eradication treatment, the methylation levels of MT1G, hMSH2 and hMLH1 genes were decreased. When the number of methylated genes in gastritis and gastric cancer groups were compared, the number of methylated genes was significantly higher in gastric cancer group. The MS-HRM was determined as a powerful technique for the analysis of methylation profiles of genes in the heterogenous tumor tissues. Our findings show differential gene methylation in tumoral tissue, which allows us to conclude that hypermethylation is associated with gastric carcinogenesis. Further studies in larger groups with clinicopathological features of the cases should be performed to determine molecular biomarkers for early detection and prognostic evaluation of the cases with gastric cancer.