Ror-alfa'nın potansiyel hedef genlerinin hücre kültüründe fonksiyonel analizi
Functional analysis of potential target genes of ror-alpha in cell culture
Yazar: ÖZLEM YILDIRIM
Danışman: PROF. DR. NİHAN ÜNALTUNA
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Genetik = Genetics ; Kardiyoloji = Cardiology
Dizin: Ateroskleroz = Atherosclerosis ; Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Hücre kültürü = Cell culture ; Monositler = Monocytes ; İnflamasyon = Inflammation

Özet:
Ateroskleroz üzerine günümüze kadar yapılan çalışmalar hastalık patogenezi üzerinde genetik ve çevresel faktörlerin birlikte etki ettiğini ortaya koymuştur. Bu nedenle, ateroskleroz patogenezindeki genetik mekanizmaların anlaşılması; ateroskleroz tedavisi açısından önem taşımaktadır. Ateroskleroz gibi kalp-damar hastalıkları için önemi bilinen melatonin ve kolesterol molekülleri ROR alfa'nın tanımlanan iki doğal ligandıdır. Bu nedenle, ROR-alfa'nın ateroskleroz ya da diğer kalp hastalıklarının patogenezinde rol oynadığı düşünülmektedir. 
Monositte tanımlanmış olan potansiyel ROR-alfa hedef genlerinden, literatür araştırması sonucu ateroskleroz gelişiminde önemli olduğu düşünülen 13 genin ROR-alfa ile fonksiyonel ilişkisi monosit hücre kültüründe ROR–alfa ligandları olan CGP52608 ve SR1001 varlığında, kantitatif PZR metodu kullanılarak RNA düzeyinde test edilmesi amaçlandı. RNA düzeyindeki analizler sonrasında seçilen TNFAIP3 ve CCR1 genlerinin ekspresyon düzeyinde belirlenen ilişkilerinin protein düzeyinde de olup olmadığını belirlemek amacıyla ELISA ve konfokal mikroskopta görüntüleme yöntemleri kullanılarak incelenmiştir.
13 hedef genin ROR-alfa ligandları varlığındaki ekspresyon düzeyleri kontrolle karşılaştırıldığında 9 hedef gen artış gösterirken 3 hedef gen azalma göstermiştir. Bir hedef gen ise anlamlı bir değişiklik göstermemiştir. TNFAIP3'ün protein düzeyinde incelenmesi amacıyla yapılan ELISA sonucunda hücre içeriğinden elde edilen örneklerde veya medyumdan elde edilen örneklerde TNFAIP3 proteini saptanamadı.

Abstract:
Recent atherosclerosis studies have proved that environmental factors and genetic factors affect the pathogenesis of the disease together. Therefore, understanding of genetic mechanisms about pathogenesis of atherosclerosis is important in terms of treatment. Melatonin and cholesterol which are known as important molecules to hearth-artery diseases like atherosclerosis are natural ligands of ROR alpha. On this basis it is thought that ROR-alpha might play a role in pathogenesis of atherosclerosis or other hearth diseases.
After reviewing the literature, it is aimed to investigate the functional relationship between ROR-alpha and 13 genes thought to be crucial in pathogenesis ofatherosclerosis out of potential target genes for ROR-alpha which are identified in monocyte in the presence of ROR-alpha ligands in cell culture (CGP52608 and SR1001) by using quantitative PCR method at RNA level. TNFAIP3 and CCR1 have been chosen after RNA level based analysis and it is found that TNFAIP3 and CCR1 have a relationship in the level of expression. To be able to test if they have the same relationship in the level of protein, ELISA and confocal microscopy techniques are used.
At the end of experiments, expression levels of 13 target genes with and without ligands are compared with each other and it is found that expression of 9 genes is increased and the other ones are decreased. For one target gene no changes are observed. At the end of ELISA which is applied for TPFAIP3 to be examined in the level of protein, no protein is determined neither in serum samples nor in cell culture samples.