Hepatosellüler karsinomada peroksizom ilişkili genlerinekspresyon profillerinin incelenmesi
Investigation of the expression profiles of peroxisomerelated genes in hepatocelllular carcinoma
Yazar: SEMA ŞABANÇELEBİ
Danışman: PROF. DR. MATEM TUNÇDEMİR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMA KÜBRA TOMBULTÜRK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Karsinoma-hepatoselüler = Carcinoma-hepatocellular

Özet:
Hepatosellüler karsinom (HCC), karaciğer kanserinin en yaygın türüdür ve dünya çapında
kanserden kaynaklanan ölümlerin önde gelen nedenlerinden biridir. Hücre içindeki metabolik
aktivitelerde gerçekleşen değişiklikler kanserin en karakterize özelliklerindendir.
Peroksizomlar, kanser hücresi büyümesini ve hayatta kalmasını etkileyen organellerdir. Bazı
kanser hücreleri, bir enerji kaynağı olarak peroksizomal lipid yıkımına güvenir.
Ayrıca, peroksizomal lipid sentezi ve redoks dengesi, genellikle besin ve oksijen eksikliği
olan tümör mikroçevresinde kanser hücresinin hayatta kalmasını destekleyebilir. Bu bilgiler
doğrultusunda peroksizom biyogenezi ve metabolizmasının HCC patogenezinde rol
oynayabileceği muhtemeldir. Bu sebeple çalışmada; kanser ile bu denli önemli ilişkisi olan
peroksizom ilişkili genlerin hepatosellüler karsinomda ekspresyon profilleri incelenerek
peroksizom yolağının hepatosellüler karsinom ile olan ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır.
Bu çalışmada, HCC hücre hattı (HEPG2) ve sağlıklı kontrol hücre hattı (HUVEC)
çalışmalarından elde edilen RNA örnekleri kullanılmıştır. cDNA sentezi ardından, RT-PCR
yöntemi ile gen ekspresyon düzeyleri belirlenmiştir. ACTB geni, referans gen olarak
kullanılmıştır. Gen ekspresyon seviyeleri Ct (threshold cycle) değerleri ile belirlenmiş ve 2^-
ΔΔCt yöntemi kullanılarak analiz edilmiştir.PEX ve DHRS genlerinin ACTB genine kıyasla ekspresyon profilleri incelenmesi amacıyla 2^-ΔΔCt yöntemi kullanılarak yapılan analiz
sonucunda; hem PEX16 geninin hem de DHRS4 geninin HCC'de ekspresyonu, kontrol grubuna
kıyasla anlamlı derecede artmıştır.
Bu çalışma, HCC'de peroksizom ilişkili PEX16 ve DHRS4 genlerinin ekspresyon
düzeylerinin önemli ölçüde artmış olduğunu göstermektedir. PEX16 ve DHRS4 genlerinin
ekspresyon profilleri, HCC patogenezinde önemli bir rol oynayabilir ve bu genler, HCC'nin
biyolojik davranışını anlamak ve potansiyel terapötik hedefler geliştirmek için gelecekteki
çalışmalarda araştırılması gereken adaylar olarak değerlendirilebilir.

Abstract:
Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common type of liver cancer and a leading cause
of cancer-related deaths worldwide. Changes in metabolic activities within cells are among the
characterized features of cancer. Peroxisomes are organelles that affect cancer cell growth and
survival. Some cancer cells rely on peroxisomal lipid breakdown as an energy source.
Additionally, peroxisomal lipid synthesis and redox balance can support cancer cell survival in
tumor microenvironments typically lacking nutrients and oxygen. Based on this information, it
is likely that peroxisome biogenesis and metabolism may play a role in HCC pathogenesis.
Therefore, this study aimed to investigate the relationship between peroxisome-associated
genes and HCC by examining expression profiles of these genes in hepatocellular carcinoma.
In this study, RNA samples obtained from HCC cell line (HEPG2) and healthy control cell line
(HUVEC) studies were used. Following cDNA synthesis, gene expression levels were
determined using RT-PCR. The ACTB gene was used as a reference gene. Gene expression
levels were determined using Ct (threshold cycle) values and analyzed using the 2^-ΔΔCt
method.The analysis using the 2^-ΔΔCt method aimed to examine the expression profiles of PEX and
DHRS genes compared to the ACTB gene. As a result, both PEX16 and DHRS4 genes showed
significantly increased expression in HCC compared to the control group.
This study demonstrates that the expression levels of peroxisome-associated genes PEX16 and
DHRS4 are significantly elevated in HCC. The expression profiles of PEX16 and DHRS4 genes
may play an important role in HCC pathogenesis and could be considered as candidates to be
investigated in future studies to understand the biological behavior of HCC and develop
potential therapeutic targets.