Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirüsün çeşitli yöntemlerle araştırılması
Investigation of rotavirus in children with acute gastroenteritis by various methods
Yazar: ŞÜKRAN YERKAYA
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA ALTAY ATALAY
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Gastroenterit = Gastroenteritis ; Genotip = Genotype ; Kromatografi = Chromatography ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rotavirüsler = Rotaviruses ; Çocuk hastalıkları = Child diseases ; Çocuklar = Children

Özet:
Amaç: Rotavirüsler, tüm dünyada ve ülkemizde beş yaşın altındaki çocuklarda görülen akut gastroenteritlerin en önemli etkenleridir. Bu çalışmada, tanıda en sık kullanılan immünokromotografik ve ELISA yöntemlerinin, PCR yöntemi ile karşılaştırılması ve bölgemizde yaygın olan rotavirüs genotiplerinin belirlenerek ileride yapılacak aşılama ve sürveyans çalışmalarına katkıda bulunulması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Erciyes Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Merkez Laboratuvarı Seroloji Ünitesi'ne Ekim 2012- Aralık 2013 tarihleri arasında gönderilen,  5 yaş altı akut gastroenteriti olan 254 çocuğa ait taze dışkı örnekleri toplandı. Kanlı olduğu ve parazit görüldüğü rapor edilen dışkı örneklerine ait veriler değerlendirme dışı bırakıldı. Dışkı örneklerinde Rotavirüs antijeni; rutinde farklı zamanlarda kullanılan iki immünokromatografik yöntemle RIDA®QUICK Rotavirus/Adenovirus Combi Test (n=101) (R-Biopharm AG, Germany) ve Genx Rotavirüs Test (n=153)  (Diamed-Lab, Türkiye) ve Grup A rotavirüs antijen tespitine yönelik Rotavirus Ag (Stool) ELISA ( DRG, Germany) kiti ile araştırıldı. RT-PCR ve multipleks semi-nested PCR testi ile rotavirüs G ve P genotiplemesi Türkiye Halk Sağlığı Kurumu (THSK) Ulusal Moleküler Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarında yapıldı.
 Bulgular: İkiyüzellidört dışkı örneğinin 113'ü (%44.5) Genx, 70'i (%27.6) RidaQuick immünokromotografik yöntemleriyle, 169'u (% 66.5) ELISA yöntemiyle ve 165'i (%65) PCR yöntemiyle pozitif olarak saptandı. Genx ve RidaQuick rotavirüs immünokromatografik yöntemlerinin PCR ile karşılaştırıldıklarında duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla %97.1, %100 ve %80.4, %72 olarak bulundu. ELISA yönteminin ise duyarlılığı %95.1, özgüllüğü %86.5 olarak bulundu. En baskın rotavirüs genotipi G9P[8] (n=66) %40 oranında olup bunu G1P[8] (n=31) %18.7, G3P[8] (n=16) %9.6, G2P[4] (n=11) %6.7, G9P[4] (n=9) %5.4, G2P[8] (n=8) % 4.9, G4P[8] (n=5) %3 ve diğerleri (G3P[4], G9P[4]P[8], G2P[4][8], G3P[4][8], G3G2P[4], G1P[4], G8P[4], G4P[4]P[8], G1P[4][8], G2G9P[8], G10G4P[8], G9P[10] ve G9G1P[8]) (n=19) %11.5 oranında bulundu. G9 genotipi (%48.5) en çok görülen G genotipi olup ardından G1 (%20), G2 ve G3 (%13.3), G4(%3.7), G8 ve G10 (%0.6) bulundu. En yaygın P genotipi %77.5 oranla P[8] olup P[4]  %21.8, P[10] %0.6 oranlarında tespit edildi.
Sonuç: Rotavirüs antijeni araştırılmasında kullanılan, kısa sürede sonuç veren ELISA ve immünokromatografik yöntemlerin duyarlılıklarının yüksek, özgüllüklerinin daha düşük olduğu, en baskın rotavirüs genotipinin G9P[8] olduğu, G ve P genotiplerinin dağılımının belirlenmesinin rotavirüse karşı ülkemizde ve dünyada aşı geliştirme stratejilerinin oluşturulmasına katkıda bulunacağı kanaatine varılmıştır.
 
Anahtar Kelimeler: Rotavirüs, genotip, PCR, immünokromatografik yöntem

Abstract:
Purpose: Rotaviruses are the most important agents in acute gastroenteritis seen in children under five years of age all over the world and in our country. The aim of this study is to compare the most commonly used immunochromotographic and ELISA methods with PCR and to determine the common genotypes of rotavirus in our region and to contribute to the future vaccination and surveillance studies. 
Materials and Methods:  Fresh stool samples of 254 children with acute gastroenteritis under age 5 were sent to Erciyes University Health Practice and Research Center, Central Laboratory Serology Unit between October 2012 and December 2013. Data from stool samples reported to be bloody and parasitic were excluded. Rotavirus antigen in stool samples examined with two immunochromotographic methods which are used different times in the routin; RIDA®QUICK Rotavirus/Adenovirus Combi Test (n=101) (R-Biopharm AG, Germany) and Genx Rotavirüs Test (n=153)  (Diamed-Lab, Turkey) and Rotavirus Ag (Stool) ELISA ( DRG, Germany) intended for identification of rotavirus antigen Group A. Genotyping of rotavirus G and P with the RT-PCR and multiplex semi-nested PCR was studied in the National Reference Laboratory for Molecular Microbiology of Public Health Agency of Turkey (PHAT)
Results: %44.5 (113/254) of the stool samples by Genx and %27.6 (70/254) of the samples by RidaQuick immunochromotographic methods and %66.5 (169/254) of the samples by ELISA method and %65 (165/254) of the samples by PCR method were found positive. Sensitivity and specificity of Genx and RidaQuick rotavirus immunochromatographic methods compared with PCR has been found as it follows %97.1, %100 and %80.4, %72. The sensitivity of ELISA method was found %95.1 and the specificity of ELISA method was found %86.5.  It has been determined that the most dominant rotavirus genotype is G9P[8] (n=66) %40 and followed as G1P[8] (n=31) %18.7, G3P[8] (n=16) %9.6, G2P[4] (n=11) %6.7, G9P[4] (n=9) %5.4, G2P[8] (n=8) % 4.9, G4P[8] (n=5) %3 and others (G3P[4], G9P[4]P[8], G2P[4][8], G3P[4][8], G3G2P[4], G1P[4], G8P[4], G4P[4]P[8], G1P[4][8], G2G9P[8], G10G4P[8], G9P[10] and G9G1P[8]) (n=19) %11.5. The most common G genotype has been found G9 (%48.5) and followed as G1 (%20), G2 and G3 (%13.3), G4(%3.7), G8 and G10 (%0.6). The most common P genotype has been found P [8]  %77.5 and followed as P[4]  %21.8, P[10] %0.6. have high sensitivity and lower specificity.
Conclusion: It has been found that the  ELISA and immunochromatographic methods which are resulting in a short time have high sensitivities and low specificities; and the most dominant rotavirus genotype is the G9P[8]. Finally these experiments shows that determining the range of genotypes G and P will make contribution to determine strategies about vaccination against rotavirus in our country and the world.

Keywords: Rotavirus, genotype, PCR, immunochromatographic method