Acınetobacter baumannıı izolatlarının moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of acinetobacter baumannii isolates
Yazar: RABİA ÇALI
Danışman: YRD. DOÇ. DR. AYTEN ÇELEBİ KESKİN
Kırıkkale Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Acinetobacter baumannii hastane infeksiyonlarından sorumlu önemli bir fırsatçı patojendir. Hastalarda antibiyotik ve özellikle solunum yolu kateteri gibi yabancı madde kullanımının artması Acinetobacter türlerinin yoğun bakım ünitelerinde infeksiyon etkeni olarak daha fazla izole edilmesine sebep olmaktadır. Öyle ki, Acinetobacter spp. artık ülkemizde yoğun bakım servislerinde en sık rastlanan gram negatif infeksiyon etkenleri arasında yer almaktadır ve maalesef bu izolatlar antibiyotiklere yüksek oranda dirençli olarak bulunmaktadır.Bu çalışmada Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi' nde 2009-2010 yılları arasında imipenem dirençli A. baumannii izolatlarının, Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD-PZR) yöntemi kullanılarak tiplendirilmesi ve OXA-23 ve OXA-51 türevi enzimlerinin karbapeneme dirençli A. baumannii populasyonlarındaki sıklığının belirlenmesi hedeflenmiştir. Toplam 105 adet izolat çalışmaya alınmıştır.105 izolatın hepsinde OXA-23 enzimi pozitif sonuç verirken, OXA-51 enzimi sadece 42, 87 ve 101 no'lu izolatlarda varlığı tespit edilememiş olup, diğer bütün izolatlarda pozitif sonuç vermiştir. İmipenem dirençli 105 adet A. baumannii izolatı arasındaki genetik uzaklıklar RAPD-PZR yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. A. baumannii izolatlarının RAPD-PZR işlemleri sayıları 2 ila 8 arasında değişen 100-2000 bp büyüklüğünde DNA fragmentleri içeren yedi farklı grup ortaya çıkarmıştır.Bu bulgular, hastane infeksiyonlarından sorumlu imipenem dirençli A. baumannii izolatlarında OXA-23 ve OXA-51 karbapenemazların geniş yayılım gösterdiğini ve RAPD-PZR tekniğinin Acinetobacter infeksiyonlarının epidemiyolojik araştırmalarında, A.baumannii genomik identifikasyonlarında ve bakteriyel taksonomilerinde faydalı bir araç olabileceğini göstermektedir.

Abstract:
Acinetobacter baumannii is an important opportunistic pathogen responsible for nosocomial infections. Usage of antibiotics and foreign materials such as respiratory tract catheters in intensive care units resulted to increased isolation this microorganism as the cause of infections. Accordingly, Acinetobacter are now among the top pathogens in Turkish intensive care units and moreover they are highly resistant to antibiotics.In this study, it was aimed to genotyped the imipenem-resistant A. baumannii isolates by using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD-PCR) method and to determined the prevalence of OXA-23 and OXA-51 types enzymes in the carbapenem-resistant A. baumannii populations between 2009 and 2010 in Ankara Training and Research Hospital. A total of 105 isolates were studied. All of 105 isolates were positive for the presence of OXA-23 enzyme while OXA-51 enzyme were not detected only the number of 42, 87 and 101 isolates. All other isolates gave positive results. In this study, the genetic distances between the isolates of the imipenem-resistant 105 A. baumannii were identified by using RAPD-PCR method. RAPD-PCR assay of A. baumannii isolates revealed seven different groups comprising of 2 to 8 DNA fragments of 100 to 2000 bp. RAPD-PCR fingerprinting technique may be useful tool for epidemiological investigation of Acinetobacter infections and in A. baumannii genomic identification and bacterial taxonomy.