Primer immün yetmezlik tanısında genetik yöntemlerin yeri ve önemi
Genetic methods' importance and place in the diagnosis of primary immune deficiency
Yazar: DOĞAN KAYMAZ
Danışman: PROF. DR. KAMİLE AYDAN İKİNCİOĞULLARI
Ankara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Allerji ve İmmünoloji = Allergy and Immunology ; Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Genetik = Genetics ; Moleküler yapı = Molecular structure ; İmmün yetmezlik = Immun deficiency ; İmmün yetmezlik sendromları = Immunologic deficiency syndromes

Özet:
Amaç: Primer İmmün Yetmezlik (PİY)'ler, immün sistemin farklı bileşenlerinin sayı ve/veya fonksiyonlarında bozukluk sonucu ortaya çıkan; klinik, immünolojik ve genetik olarak çeşitlilik gösteren bir grup kalıtsal hastalıktır. Klinik bulgular ve fizik muayene, PİY şüphesi uyandırdığında yapılan temel laboratuvar değerlendirme ve ileri immünolojik testler, hastalığı tanımlamada her zaman yeterli olmayabilir. Gelinen noktada, klinik özellikleri ve/veya immün testleri sonucu PİY düşünülerek izleme alınan tüm hastalarda; tanının net ve doğru olarak belirlenmesi, hastalığa ve hastaya özgü etkin tedavinin planlanabilmesi için genetik tanı vazgeçilmez olmuştur. Bu çalışmanın amacı genetik testlerin klinikte kullanımının yaygınlaştığı son 10 yıllık süreçte, kliniğimizde tanı alan ve/veya takip edilen PİY hastalarının moleküler özelliklerini, tanı için kullanılan genetik testleri ve bu testlerin tanı ve tedavideki etkilerini değerlendirmektir.
Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada, Ocak 2010 ve Ocak 2020 tarihleri arasında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Çocuk İmmünolojisi ve Allerji Hastalıkları Bilim Dalı'nda PİY tanısı alarak izlenmiş ve/veya izlenmekte olan; dosya, bölüm ve/veya hastane kayıt sistemleri taranarak ulaşılan 1407 hastanın verileri retrospektif olarak değerlendirildi. Hastaların 417'sine; Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Moleküler Genetik Laboratuvarı, Can Sucak Translasyonel İmmünoloji Araştırma Laboratuvarı, Ludwig Boltzmann Institute/Viyana, National Institues of Health/Amerika ve İntergen Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi laboratuarlarında genetik inceleme yapıldı. İncelemeler yapılırken Kromozomal Mikrodizi Analizi (KMA), Sanger Sekanslama (SS), Hedeflenmiş Gen Panelleri (Targeted Gene Panels-TGP) ve Tüm Ekzom Dizileme (Whole Exome Sequencing- WES) genetik yöntemleri kullanıldı.
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 1407 hastada en sık saptanan PİY alt grubu 954 (%67,8) hasta ile antikor eksiklikleri bulundu. Bunu sırasıyla 171 hasta (%12,2) ile kombine T ve B hücre yetmezlikleri, 106 hasta (%7,5) ile sendromik özellik gösteren kombine immün yetmezlikler izledi. En sık görülen başvuru yakınması %85,6 ile enfeksiyoz bulgular ve ikinci sırada %24,2 ile alerjik bulgular iken büyüme gelişme geriliği başvuru yakınmaları içinde %21,4 ile üçüncü sırada bulundu. Genetik inceleme yapılan 417 hastanın 325'inde (% 77,9) hastalıktan sorumlu gen ve mutasyonun tanımlandı. Tüm hastaların semptom başlama yaşı ortanca değeri 8 ay, klinik tanı yaşı ortanca değeri 4,3yıl olup mutasyon saptanan hastalarda genetik tanı yaşı ortanca değeri 6,2 yıl ve klinik tanıdan genetik tanıya ulaşılana kadar geçen süre ortanca değeri 2,8 yıl bulundu. PİY hastalarımızda TGP ile tanı konma oranı %66,8, WES ile tanı konma oranı %68,4 olarak saptandı. Genetik analizler sonrasında hastaların %20,6'sında klinik tanıdan farklı bir tanıya ulaşıldı veya tedavi değişiklikleri yapıldı.
Sonuç: PİY hastalarının değerlendirilmesinin vazgeçilmez bir parçası haline gelen genetik testlere ulaşım kolaylaştırılmalı; doğru ve erken tanı ile etkin tedaviye ulaşmak için genetik analizler erken dönemde planlanmalıdır. Klinisyenler, genetik inceleme yöntemleri ve moleküler yöntemlerdeki güncel gelişmeler hakkında bilgilendirilmeli; genetik-klinik işbirliğinin güçlendirilmesi yönünde çalışmalar yapılmalıdır. Akraba evliliğinin riskleri hakkında toplumumuzun bilinçlendirilmesi önemlidir.

Abstract:
Aim:Primary immunodeficiency (PID) is an inherited disease that varies clinically, immunologically, and genetically. It is caused by a defect in the number and/or function of immune system components. Basic laboratory evaluation and advanced immunological tests may not always be enough for diagnosis PID when clinical findings and physical examination arouse suspicion. At this moment, for all patients who have been followed up considering PID as a results of clinical features and/or immune tests, genetic diagnosis has become essential to determine the diagnosis distinct and accurate which is as important as to plan effective treatments specific to the disease and the patient. The aim of this study is to evaluate at the molecular characteristics of PID patients who were diagnosed and/or followed in our clinic, as well as the genetic tests performed for diagnosis and the effects on diagnosis and treatment.
Materials and Methods:In this study, the data of 1407 patients who were reached by scanning the files, department and/or hospital registry systems that PID diagnosed and/or being followed in the Department of Pediatric Immunology and Allergy between January 2010 and January 2020; were retrospectively studied. Genetic analysis were performed on 417 patients of Ankara University  Molecular Genetics Laboratory, Can Sucak Translational Immunology Research Laboratory, Ludwig Boltzmann Institute/Vienna, National Institutes of Health/America, and Intergen Genetic Diseases Diagnosis Center laboratories. The analysis used genetic methods which including Chromosomal Microarray Analysis (CMA), Sanger Sequencing (SS), Targeted Gene Panels (TGP), and Whole Exome Sequencing (WES).
Result:The study showed that antibody deficiencies were the most common PID subgroup which encountered on 954 (67.8%) of the 1407 patients. Respectively to the antibody deficiency, 171 patients (12.2%) had combined T and B cell deficiencies, and 106 patients (7.5%) had combined immunodeficiencies with syndromic features. While infectious and allergic complaints were the most common upon presentation (85.6% and 24.2%, respectively), growth and developmental retardation placed third with 21.4 percent. In 325 (77.9%) of the 417 patients who underwent genetic analysis, the disease-causing gene were identified. 71.4% of the mutations have been identified were autosomal recessive in character. The mean age of onset of symptoms in all patients was 8 months, the mean age of clinical diagnosis was 4.3 years, and the mean age of genetic diagnosis was 6.2 years and the time from clinical diagnosis to genetic diagnosis was 2.8 years in patients with mutations. The percentage of diagnosis with TGP was 66.8% and with WES was 68.4% in our PID patients. Diagnosis and treatment changes were made after genetic diagnosis in 20,6% of patients with genetic diagnosis.
Conclusion:Genetic testing, which has become an essential part of the evaluation of PID patients, should be made easily accessible. In order to reach successful treatment with an accurate and early diagnosis, genetic analyses should be planned in the early stages. Clinicians need to be informed about genetic examination methods and current developments in molecular methods, and studies to develop genetic-clinical interaction should be performed. It is important for promoting public awareness about the risks of consanguineous marriage in our society.