Çankırı Çankaya Tuz Madeni'nden halofilik arkelerin izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of halophilic archaea from Çankırı Çankaya Salt Mine
Yazar: EVRİM YILDIZ
Danışman: PROF. DR. MAHMUT ÇALIŞKAN ; YRD. DOÇ. DR. BİRGÜL ÖZCAN
Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Halofilik archaea = Halophilic archaea ; Karakterizasyon = Characterization ; PAGE analizleri = PAGE analysis

Özet:
Çankaya tuz madeninden alınan ve pH'ı 6.61-7.06 ve Na+ miktarı 18600-102300 ppm olarak belirlenen tuzlu su örneklerinden, %25 NaCl içeren kompleks besiyeri kullanılarak halofilik arkeler izole edilmiştir. Toplam 15 izolat arasından koloni morfolojisi, hücre morfolojisi ve tüm hücre protein profillerine göre farklılık gösterdiği tespit edilen 7 izolat, Gram reaksiyonu, hareketlilik, minimum optimum ve hücre lizizini önleyen NaCl konsantrasyonları, çeşitli biyokimyasal özellikleri, farklı antibiyotiklere duyarlılıkları ve membran polar lipit içerikleri yönünden incelenmiştir. Buna göre izolatlardan 6 tanesinin Gram(-) ve hareketli bir tanesinin Gram değişken ve hareketsiz olduğu belirlenmiştir. Kırmızı-pembe tonlarında koloni rengine sahip izolatlardan üçünün çubuk, üçünün pleomorfik ve birinin kok şekilli oldukları gözlenmiştir. İzolatların optimum tuz konsantrasyonlarının 4-4.5 M ve hücre lizisini önleyen tuz konsantrasyonlarının ise kok şekilli izolat hariç %10 ve 12,5 olduğu bulunmuştur. Tüm halofilik arke izolatlarının oksidaz ve katalaz aktivitesine sahip oldukları, sadece bir izolatın nitrat varlığında anaerobik üreyebildiği, L-arjinin ve TMAO varlığında anaerobik üreyemedikleri ve bazı şekerleri fermente edebildikleri ancak gaz üretmedikleri tespit edilmiştir. Antibiyotik duyarlılık testleri sonucunda tüm arkeal izolatların Basitrasin ve novobiyosin antibiyotiklerine karşı duyarlı oldukları belirlenmiştir. İnce tabaka polar lipit profillerine göre, izolatların tümünde fosfatidilgliserol (PG), fosfatidil gliserofosfat metil esteri (PGP-Me) ve 2 izolat hariç fosfatidil gliserosülfat (PGS) fosfolipitleri bulunmuştur. Kromatografi sonucunda triglikozil dieter (TGD-2) içeren pleomorfik iki izolatın Haloarcula cinsine ve sülfatlı glikozil dieter (S-DGD-3) içeren çubuk şekilli üç izolatın Halorubrum cinsine ait olabileceği belirlenmiştir. Ayrıca kok şekilli izolatın bir adet ve pleomorfik şekilli diğer izolatın ise iki adet tanımlanmamış glikolipit içerdikleri tespit edilmiştir.Anahtar Kelimeler: Halofilik arke, Çankırı tuz madeni, izolasyon, karakterizasyon, PAGE, polar lipit.

Abstract:
Making use of complex medium with 25% NaCl content halophilic archaea were isolated from brine samples from Çankaya salt mine (Çankırı), with pH value 6.61-7.06 and Na+ 18600-102300 ppm. Out of totally 15 isolates, 7 of them varying in colony morphology, cell morphology and whole cellular protein profiles were studied in the view of Gram reaction, motility, both minimum, optimum NaCl concentration and that preventing cellular lyse, certain biochemical properties, sensitivity to varies antibiotics and membran polar lipid content. According to results, 6 of the isolates were found to be Gram (-) and motile while one isolate was Gram variable and nonmotile. It was found out that among the isolates having red-pink colony pigmentation, three were rod shaped, three were pleomorphic and one was in coc cell morphology. It was observed that optimum salt concentrations of isolates ranged between 4-4.5 M while cellular lyse preventing salt concentrations ranged between 10% and 12.5% excluding that of coc cellular isolate. The results indicated that all halophilic archaea isolates exhibited oxidase and catalase activity, that only one of the isolates could reproduce anaerobic in the presence of nitrate while none had anaerobic reproduction in the presence of L-arginine and TMAO and that they could ferment certain carbohydrates but they didn?t produce any gases. It was found that all archaeal isolates were sensitive to bacitracine and novobiocine antibiotics. According to thin layer polar lipid profiles, all isolates contained phosphatidyl glycerol (PG), phosphatidyl glycerophosphate methyled ester (PGP-Me) and phosphatidyl glycerosulphate (PGS) excluding two isolates. On the basis of chromatography it was considered that two of pleomorphic isolates containing three sulfated triglycosyl glycolipid (TGD-2) should be belong to Haloarcula genus and three rod shaped isolates containing sulphated glycosyl diether (S-DGD-3) should be belong to Halorubrum genus. It was also found that one coc and one pleomorphic shaped isolate contained some unidentified glycolipid.Key Words: Halophilic archaea, Çankırı salt mine, isolation, characterization, PAGE, polar lipid.