Phellinus hartigii ve Fomes fomentarius mantarlarından elde edilen ekstraktların çoklu ilaç dirençli bazı suşlarda efflux pompası inhibitör potansiyelinin incelenmesi
Investigation of the efflux pump inhibition potential of extracts obtained from Phellinus hartigii and Fomes fomentarius mushrooms in some multi drug resistant strains
Yazar: EDA ALTINÖZ
Danışman: PROF. DR. ERGİN MURAT ALTUNER
Kastamonu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Antibiyotik direnci günden güne hız kazanmaya devam ederken, buna yönelik yapılan 
çalışmalar da aynı oranda devam etmektedir. Yeni antimikrobiyal ajanların günümüze 
kazandırılması da avantaj olabilmekle beraber, ne yazık ki her antibiyotiğin bir gün etkisini 
kaybedip, yeni direnç mekanizmalarının olacağı bir gerçektir. Etkisi azalan ya da yitirilen 
antibiyotiklerin geri kazanılması efflux (dışa atım) pompaları mekanizmasının inhibisyonu ile 
mümkün olabilmektedir. Ancak, toksisiteden dolayı sınırlı klinik kullanımı olması sebebiyle 
bilimsel çalışmalar dünya genelinde devam etmektedir. Bu tez çalışmasında, efflux pompası 
aktif olarak çalışan çoklu ilaç dirençli Escherichia coli, Acinetobacter baumannii, Proteus 
mirabilis ve Klebsiella pneumoniae suşlarına karşı Fomes fomentarius ve Phellinus hartigii
makromantarlarının aseton, etil asetat, metanol ekstraktlarının in vitro çalışması ile potansiyel 
inhibitör olarak etkisi araştırılmıştır. Buradan elde edilen sonuçlara göre, ekstraktların GS/MS 
analizinde belirlenen majör bileşenlerin (>%10) analizi yapılarak AcrB efflux pompasına karşı 
protein-ligand uyum ilişkisine bakılmıştır. Protein-ligand bağlanma ilişkisine göre en iyi 
bağlanmanın Phellinus hartigii aseton ekstraktındaki octacosane bileşeni (%13,03) -4,71
kcal/mol ve nonadecane (%28,22) bileşeni -4,70 kcal/mol bağlanma enerjisiyle 4DX5 proteini 
ile uyumlu olduğu görülmüştür. MST test sonucuna göre ise; F. fomentarius aseton ve P. 
hartigii metanol ekstraktlarının AcrB proteinine bağlandığı, ancak bağlanma etkisinin F. 
fomentarius aseton ekstraktında daha iyi olduğu görülmüştür. Ekstrakt olarak en güçlü etkinin 
F. fomentarius metanol, aseton ve P. hartigii metanol olduğu sonucuna varılmıştır. Sonuçlar, 
kullanılan makromantarların potansiyel birer efflux pompası inhibitörü olabileceğini 
göstermektedir. Ancak, bu bulguların klinik kullanıma uygun potansiyel efflux pompası 
inhibitörleri elde etmek için gen ekspresyon çalışmaları ve in vivo deneysel çalışmalar ile daha 
ileriye götürülmesi gerekmektedir.

Abstract:
While antibiotic resistance continues to gain momentum day by day, studies on this issue 
continue at the same rate. Although it may be an advantage to introduce new antimicrobial 
agents to the present day, unfortunately it is a fact that every antibiotic will one day lose its 
effectiveness and acquire new resistance. Recovery of antibiotics whose effectiveness has 
decreased or has been lost is possible by inhibiting the efflux pump mechanism. However, due 
to its limited clinical use due to toxic reasons, scientific studies continue worldwide. In this 
thesis study, the potential inhibitory effect of acetone, ethyl acetate and methanol extracts of 
the macrofungi Fomes fomentarius and Phellinus hartigii against multidrug-resistant 
Escherichia coli, Acinetobacter baumannii, Proteus mirabilis and Klebsiella pneumoniae
strains with active efflux pumps was investigated by in vitro study. According to the results 
obtained here, the protein-ligand compatibility relationship against the AcrB efflux pump was 
examined by analyzing the major components (>10%) determined in the GS/MS analysis of 
the extracts. According to the protein-ligand binding relationship, the best binding is with the 
4DX5 protein in the Phellinus hartigii acetone extract, with the octacosane component 
(13.03%) having a binding energy of -4.71 kcal/mol and the nonadecane (28.22%) component 
having a binding energy of -4.70 kcal/mol has been observed. According to the MST test 
result; F. fomentarius acetone and P. hartigii methanol extracts were observed to bind to AcrB 
protein. However, it was observed that the binding effect was better in FF acetone extract. It 
was concluded that the strongest effect as an extract was FF methanol, acetone and PH
metanol. The results show that the macrofungi used may be potential efflux pump inhibitors. 
However, these findings need to be taken further with gene expression studies and in vivo
experimental studies to obtain potential efflux pump inhibitors suitable for clinical use.