Mersin ili Silifke ilçesi örtü altı domates yetiştiriciliğinde görülen bakteriyel hastalık etmenlerinin tanısı ve yaygınlık durumlarının belirlenmesi
Determination of prevalence and identification of tomato bacterial disease agents under greenhouses in Silifke district of Mersin
Yazar: MEHMET SERİN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜMER HORUZ
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada Mersin ili Silifke ilçesi merkez ve sekiz farklı mahallesinde örtü altında domates üretimi yapılan 130 serada bakteriyel hastalık surveyi gerçekleştirilmiş ve hastalıkların bölgede yaygınlık durumları tespit edilmiştir. Ayrıca, örtü altında domates üretimi yapan üreticilere anket çalışması yapılarak bitki koruma ve bakteriyel hastalıklar konusundaki bilinçleri analiz edilmiştir. İncelemeler esnasında seralarda yapraklarda kloroz, nekroz, bitkide solgunluk, gövdede yumuşama ve nekrozlar gibi hastalık belirtisi gösteren 39 farklı seradan örnekler alınmıştır. Çalışmada 31 farklı seradan 317 adet bakteriyel izolat elde edilmiştir. İzole edilen bakterilerden 109 tanesi seçilerek LOPAT, çeşitli fizyolojik ve biyokimyasal testler, MALDI-TOF MS, PCR ve sekans analizi ile tanıları yapılmıştır. Ankete göre üreticilerin daha çok zararlılarla karşılaştığı, hastalık belirtilerini tanıdıkları, ancak hastalığa bakterinin neden olduğunu bilmedikleri gözlenmiştir. Silifke ilçesinde örtü altında domates üretimi yapılan alanlarda bakteriyel etmenlerin yaygınlık oranı %23.8 olarak bulunmuştur. Bölgede domates üretiminde en fazla sorun oluşturan bakteriyel hastalık %17.7 yaygınlık oranı ile Pseudomonas syringae pv. tomato iken, bunu %4.6 yaygınlık oranıyla Stenotrophomonas spp., %1.5 yaygınlık oranlarıyla Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis ve Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum izlemiştir. Öz nekrozu etmenlerinden Pseudomonas corrugata, Paenibacillus amylolyticus, Paenibacillus polymyxa, Microbacterium sp. ve Arthrobacter sulfonivorans %0.8 yaygınlık oranlarıyla bölgede en az saptanan türler olmuştur. Mersin ilinde ilk defa domateste fırsatçı patojen olabilecekleri düşünülen Stenotrophomonas, Paenibacillus, Microbacterium ve Arthrobacter cinsinde yer alan bakteriler izole edilmiştir. Bu izolatların domateste patojen olma durumlarının daha fazla çalışma ile ortaya konması önerilmektedir. 

Anahtar Kelimeler: Silifke, Lycopersicum, bitki patojeni bakteriler, sörvey

Abstract:
In this study, tomato bacterial disease surveys were conducted in 130 greenhouses located in the center and eight neighborhoods of Silifke and prevalence of the bacterial diseases were evaluated. Moreover, a questionnaire was carried out to analyze the awareness of the farmers about plant protection and plant bacterial diseases. Among surveyed greenhouses, a collection of disease infected plant samples showing chlorosis and necrosis on leaves, wilt, stem rot and pith necrosis were obtained from 39 individual greenhouses. Totaly, 31 out of 39 greenhouses, 317 bacterial strains were isolated from diseased plants. Among them, 109 bacterial strains were identified using LOPAT, physiological and biochemical tests, MALDI-TOF MS, PCR and sequencing tools. It is concluded from the questionnaire that farmers are commonly faced to plant pests, familiar with disease symptoms, however, they are aware of the the causal agent as bacterium in greenhouses. The prevalence of bacterial diseases in tomato growing greenhouses in Silifke, Mersin was recorded as 23.8%. The pathogenic bacterium, Pseudomonas syringae pv. tomato, was widespread by 17.7% in the region followed by a prevalence 4.6% of Stenotrophomonas spp. and 1.5% prevalence of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis and Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, respectively. The low prevalences of pith necrosis caused by Pseudomonas corrugata, Paenibacillus amylolyticus, Paenibacillus polymyxa, Microbacterium sp. and Arthrobacter sulfonivorans were 0.8% in the region. The assuming plant opportunistic bacteria Stenotrophomonas Paenibacillus, Microbacterium and Arthrobacter spp. were rarely isolated for the first time in Silifke, Mersin. The study suggests that further tests should be conducted to verify their pathogenicity on tomatoes. 

Keywords: Silifke, Lycopersicum, phytopathogenic bacteria, survey