Miyeloproliferatif neoplazilerde gen ekspresyon değişimleri
Gene expression changes in myeloproliferative neoplasms
Yazar: İLDENİZ USLU
Danışman: YRD. DOÇ. DR. SELÇUK SÖZER TOKDEMİR
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; JAK 2 = JAK 2 ; Kök hücreler = Stem cells ; Miyeloproliferatif hastalıklar = Myeloproliferative disorders ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Amaç. Miyeloproliferatif Neoplaziler (MPN), BCR-ABL negatif olan, kemik iliğinde bir veya birden fazla kan hücresinin yüksek oranda proliferasyonuna sebep olan klonal kök hücre hastalığıdır. JAK2V617F mutasyonunun varlığı MPN tanı kriterlerinden biridir. Bu çalışmada amaç, MPN'de sık görülen JAK2V617F'in primitif kök hücre kompartmanlarındaki karakterinin belirlenip mutasyonun başladığı ilk hücrelerin CD133 ve CD34 yüzey markerları aracılığıyla immünofenotipini belirlemek, MYC ve F2R genlerinin  belirlenen hücre kompartmanlarındaki durumunu tespit etmektir. 
Yöntem. 11 hasta ve 4 kontrol kordon kanı mononükleer hücrelerinden (MNH), CD133 ve CD34 antikorları kullanarak hücre ayırıcı yardımıyla CD133+CD34-, CD133-CD34+, CD133+CD34+, CD133-CD34- kompartmanları izole edildi. MNH ve izole edilmiş kompartmanların DNA'larında JAK2V617F allel durumunun belirlenmesi amacıyla allel spesifik nested PZR, RNA'larında ise, MYC ve F2R genlerinin anlatım düzeylerinin belirlenmesi amacıyla kantitatif PZR yapıldı.
Bulgu. Kök hücre kompartmanları ve MNH'lerinde JAK2V617F karakterinin belirlenmesi için yapılan nested PZR sonucunda MNH'lerinde mutasyon taşıyan hastaların kök hücre kompartmanlarında farklı karakterde mutasyon taşıyabildiği görülmüştür. MNH'lerinde mutasyon taşımayan hastaların ise kök hücre kompartmanlarında mutasyon olmadığı görülmüştür. MNH'ler ve kök hücre kompartmanlarında F2R gen ekspresyon analizi sonucunda primitif özellikte olan CD133+CD34-, CD133-CD34- kompartmanında artmış gen anlatımı görülmektedir. MYC gen ekspresyon analizi sonucunda ise primitif özellikte olan CD133+ CD34- ve  CD133+CD34+ kompartmanında artmış gen anlatımı olduğu belirlenmiştir.
Sonuç. Kök hücre kompartmanlarında mutasyon karakterinin belirlenmesi ile elde edilen bulgular MPN'in kök hücre kaynaklı olduğunu destekler niteliktedir. Özellikle F2R geninin primitif özellikte olan kök hücre grubunda ekspresyon artışı olduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlar bize MPN 'nin CD34+ den daha primitif hücre grubundan kaynaklandığını ve F2R 'in  kanserogenez oluşumunda ve trombotik komplikasyonların gelişmesinde etkili olabileceğini düşündürmektedir.

Anahtar Kelimeler: Miyeloproliferatif Neoplazi (MPN), JAK2, Polisitemia Vera, Kök Hücre, CD133, CD34

Abstract:
Objective. Myeloproliferative Neoplasm (MPN) is clonal disease which causes proliferation of one or several types of BCR-ABL negative bone marrow cell. The presence of JAK2V617F is one of the criterias of MPN diagnosis. The aim of this study is to determine the presence of JAK2V617F and the expression levels of MYC and F2R genes in primitive stem cells compartments isolated according to CD133 and CD34 cell surface markers.
Method. CD133+CD34-, CD133-CD34+, CD133+CD34+, CD133-CD34-  compartments of mononulear cells (MNCs) from 4 cord blood and 11 patient samples  were obtained with cell sorter using CD133 and CD34 antibodies. MNCs and respective compartments were used for DNA to assess JAK2V617F by allel spesific nested PCR and RNA to the assess the MYC and F2R's expression levels by quantitavie real time PCR.
Findings. Nested PCR results indicate that JAK2V617F positive MNC exhibit different genotype characteristics in stem cell compartments. The analysis of F2R gene expression in CD133-CD34- and CD133+ compartments were found to have elevated F2R gene expression. MYC  gene expression analyses revealed that this gene was elevated in CD133+ and  CD133+CD34+ cells which are primitive stem cell compartments.
Result. Characterization of genotypes of stem cell compartments indicate that MPN is originating from primitive stem cells. In particular, expression of F2R was found to be elevated in primitive stem cell compartments. These results are indicating that MPN is originating from primitive stem cells in a developmental stage preceding CD34+ and that F2R may have critical role in carsenogenesis and trombic complication formations.

Key words: Myeloproliferative neoplasms (MPN), JAK2, Polistemia Vera (PV), Stem cell, CD133, CD34