Mycobacterium tuberculosis complex suşlarında pirazinamid direncinin genetik mekanizması ve bedakulin direnci  arasındaki ilişkinin moleküler yöntemlerle sorgulanması
Investigation of the relationship between the genetic mechanism of pyrazinamide resistance and bedaquiline resistance in Mycobacterium tuberculosis complex strains by molecular methods
Yazar: HAMDİ GÖKAHMETOĞLU
Danışman: PROF. DR. IŞIL VAR ÖNGEL
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Tüberküloz (TB), bilinen en eski hastalıklardan birisidir. Günümüzde özellikle çoklu ilaca dirençli (MDR- ÇİD) ve yaygın ilaca dirençli (XDR – YİD) Tüberküloz basilleriyle enfekte olmuş hasta sayısının artması, hastalığın kontrolündeki en büyük problemdir. Ancak ileri moleküler metotlarla direncin moleküler mekanizması tespit edilerek uygun tedavi rejimleri kısa sürede belirlenebilmektedir. Son yıllarda onaylanan ilaçlardan olan Bedakulinin (BDQ) Pirazinamid (PZA)ile birlikte kullanılması tedavi sürecinin etkili olduğunu düşündürmektedir.
Bu çalışmanın amacı, tüberküloz şüphelilerinin klinik örneklerinden izole edilen MDR ve tamamen ilaca duyarlı M. tuberculosis suşları arasında PZA ve BDQ direnci ile ilgili olduğu düşünülen  genlerdeki mutasyonları değerlendirmek ve aralarındaki ilişkiyi sorgulamaktır.
Türkiyenin 7 farklı ilinden tüberküloz ön tanısı ile Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarında gelen klinik materyalden izole edilen  41 MDR ve 30 tamamen duyarlı toplam 71 MTB örneğin için fenotipik ve genotipik yöntemlerle 1'inin (%1.4) M.bovis 70'inin (%98.6) M. tuberculosis olduğu,  ilaç duyarlılık testi (IDT) sonucunda 41 MDR susun 30'unun( %73)PZA dirençli, 11'nin (%27) PZA duyarlı olduğu , %76 'sının izoniazid-rifampisine dirençli olduğu tespit edilmiştir.
Sanger sekans dizi analizi ile 27 pncA, 14 panD mutasyonu bulunurken  hadC ve  Rv0678 genlerinde herhangi bir mutasyon tespit edilmemiştir.

Abstract:
Tuberculosis (TB) is one of the oldest known diseases. Today, the increasing number of patients infected with tuberculosis bacilli, especially multidrug-resistant (MDR-MDR) and extensively drug-resistant (XDR-XDR), is the biggest problem in controlling the disease. However, by detecting the molecular mechanism of resistance with advanced molecular methods, appropriate treatment regimens can be determined in a short time. The use of Bedaquiline (BDQ), one of the drugs approved in recent years, together with Pyrazinamide (PZA) suggests that the treatment process is effective.
The aim of this study is to evaluate mutations in genes thought to be related to PZA and BDQ resistance among MDR and fully drug-sensitive M. tuberculosis strains isolated from clinical samples of tuberculosis suspects and to question the relationship between them.
For a total of 71 MTB samples, 41 MDR and 30 fully sensitive, isolated from clinical material arriving at Adana Regional Tuberculosis Laboratory with a preliminary diagnosis of tuberculosis from 7 different provinces of Turkey, 1 (1.4%) was determined to be M.bovis and 70 (98.6%) were M. tuberculosis, and as a result of the drug sensitivity test (IDT), 30 (73%) of 41 MDR strains were found to be PZA resistant, 11 (27%) were PZA sensitive, and 76% were resistant to isoniazid-rifampicin.
While 27 pncA and 14 panD mutations were found by Sanger sequence analysis, no mutations were detected in the hadC and Rv0678 genes.