Trakya bölgesinde kesime sevk edilen sığırların ileum lenf yumrularında mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis varlığının PCR ile araştırılması
Investigation on presence of mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis by PCR in ileal lymph nodes of slaughtered cattle in thrace district
Yazar: ERHAN YALÇIN
Danışman: PROF. DR. SERKAN İKİZ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Lenf nodları = Lymph nodes ; Mycobacterium = Mycobacterium ; Mycobacterium avium = Mycobacterium avium ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Trakya bölgesi = Thrace region

Özet:
Bu çalışmada, Trakya yöresinde yetiştirilen sığırlarda paratuberküloz prevalansının belirlenmesi amaçlanmıştır.
Bu amaçla yöredeki farklı kesimhanelerde kesilen erişkin sığırlardan ileum lenf yumruları alındı. DNA ekstraksiyonu için her lenf yumrusundan 20 mg doku örneği kullanıldı. Tüm DNA numuneleri, Roche LightCycler 480 real time PCR kullanılarak Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis'in varlığını belirlemek için amplifiye edildi.
Çalışmada 200 örneğin 3'ünün (%1,5) real time PCR ile pozitif olduğu tespit edildi.
Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis tespit edilen hayvanların, ırk, yaş, cinsiyet, genel kondisyon ve kaşeksi varlığı, yetiştirildiği bölge ve kesim yeri gibi parametrelerinin istatiksel açıdan değerlendirilmesinde, anlamlı bir fark saptanmamıştır.
Sonuç olarak, Trakya yöresinde yetişen sığırların ileum lenf yumrularında spesifik DNA'nın düşük prevalansı (%1,5) umut vericidir. Halk sağlığı açısından ve ekonomik önemi nedeniyle, Johne's hastalığı hakkında Trakya yöresinde ve Türkiye'nin diğer yerlerinde farklı iklim ve yönetim koşullarına sahip çiftliklerin de dahil olduğu çalışmalara ihtiyaç vardır.

Anahtar Kelimeler: Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis, Johne's Disease, Sığır paratüberkülozu, Real-time PCR, ileal lenf yumrusu,


Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 23295

Abstract:
In this study, determination of prevalence of paratuberculosis in cattle raised in Thrace district of Turkey was aimed.
For this purpose, ileum lymph nodes were taken from adult cattle slaughtered in different slaughterhouses of the district. 20 mg of tissue sample from each lymph node was used for DNA extraction. All the DNA samples were amplified to determine presence of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis by Roche LightCycler 480 real time PCR.
As a result, 3 (1.5%) of 200 samples were found to be positive by real time PCR.
In statistical evaluation, there is no significant difference in Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis detected animals according to race, age, gender, general condition, breeding area, location of slaughterhouse and existence of cachexia. 
In conclusion, low prevalence (1.5%) of specific DNA in the ileum lymph nodes of cattle raised in Thrace district is hopeful. Because of the economic significance and importance in terms of public health of the disease, further studies on John's disease including farm-based researches that have different climate and management conditions in Thrace district and other districts of Turkey are needed.

Key Words: Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis, Johne's Disease, bovine paratuberculosis, Real-time PCR, ileal lymph node.

The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University-Cerrahpasa. Project No. 23295