Çeşitli evcil ve yabani kanatlılardan arcobacter SPP. izolasyonu ve izolatların multipleks pzr ile genotiplendirilmesi
Isolation of arcobacter spp. and genotyping  of isolates by multiplex PCR from various poultry and wild avian animals
Yazar: ELİF ÇELİK
Danışman: PROF. DR. SALİH OTLU
Kafkas Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Arcobacter spp. = Arcobacter spp. ; Genotip = Genotype ; Kümes hayvanları = Poultry ; Kümes hayvanları hastalıkları = Poultry diseases ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tavuk gübresi = Poultry manure

Özet:
Arkobakterler insanlardan, çeşitli evcil ve yabani hayvanlardan, gıda, su ve çevresel orjinli birçok örnekten izole edilmektedirler. Potansiyel zoonotik karakterleriyle önem kazanan bu mikroorganizmalar hayvanlarda abort, enterit, mastit, insanlarda gastroenterit, ishal, bakteriyemi, septisemi gibi birçok hastalığın etkeni olarak dikkat çekmektedir. Gıda ve su kökenli olarak ifade edilen bu mikroorganizmaların en çok belirlendikleri kaynaklar içerisinde kanatlı hayvanlar ve bunlara ait ürünler yer almaktadır. Bu çalışmada Kars yöresinde aile işletmelerinde yetiştirilen tavuk, kaz, ördek, hindi ve bıldırcınlardan alınan 1089 kloakal sıvap, tavuk, kaz ve hindilerden alınan 182 dışkı ile yörede serbest yaşayan yabani güvercin, karga ve baykuşlardan alınan toplam 299 dışkı olmak üzere toplam 1570 örnek Arcobacter varlığı yönünden kültürel olarak değerlendirilmiştir. Evcil kanatlılara ait 1089 adet kloakal sıvap örneğinin %11,11'inden (121/1089) ve 182 dışkı örneğinin %10,44'ünden (19/182), yabani kanatlılardan elde edilen dışkı örneklerinin ise %8'inden (24/299) Arcobacter spp. izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Evcil kanatlılardan alınan kloakal sıvap örneklerinde izolasyon oranı tavuklarda % 3,07 (11/358); kazlarda %17,43 (57/327); ördeklerde %35,77 (44/123), hindilerde %6,87 (9/131) ve bıldırcınlarda %3,33 (5/150) olarak; dışkı örneklerinde tavuklarda %9,62 (5/52), kazlarda %12,38 (13/105) ve hindilerde %4 (1/25) olarak, yabani kanatlılardan alınan dışkı örneklerinde ise yabani güvercinlerde %6,6 (11/167), kargalarda %12,15 (13/107) ve baykuşlarda %0 (0/25) olarak belirlenmiştir. Evcil kanatlılardan izole edilen toplam 145 Arcobacter izolatı tür spesifik multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu (m-PZR) ile A. cryaerophilus (82), A. butzleri (56) ve A. skirrowii (7) olarak, yabani kanatlılardan izole edilen 24 suş ise A. butzleri (22) ve A. cryaerophilus (2) olarak tiplendirilmiştir.  Sonuç olarak bu araştırmada gerek evcil kanatlıların (tavuk, kaz, ördek, hindi, bıldırcın) gerekse bazı yabani kanatlıların (yabani güvercin, karga, baykuş) büyük kısmının değişen oranlarda Arcobacter taşıdığı ortaya konulmuştur. Sağlıklı evcil ya da yabani kanatlı hayvanların sindirim sistemlerinde Arcobacter türlerini barındırmaları bu etkenlerin çevreye, diğer hayvanlara ve insanlara bulaşmasında kanatlıların önemli potansiyel rezervuar olabileceğini ortaya koymaktadır.
Anahtar Sözcükler: A. butzleri, A. cryaerophilus, A. skirrowii, dışkı, evcil kanatlı,  kloakal sıvap, yabani kanatlı.

Abstract:
Arcobacter spp. are isolated from a lot of samples of various domestic and wild animal, food, water and environmental origin. These microorganisms that have gained importance with zoonotic potential characters take attention as agent of many diseases such as abortion, enteritis, mastitis in animals and gastroenteritis, diarrhea, bacteremia, septicemia in humans.  These microorganisms called as food and water borne are determined in poultry and their products mostly. In this study,  a total of 1570 samples including 182 stool samples from chicken, goose, and turkeys and 1089 cloacal swab samples taken from chicken, goose, duck, turkey and quails bred in family managements in Kars district with 299 stool samples taken from wild pigeon, crow and owls free living in this region were examined as cultural methods in terms of presence of Arcobacter spp. Arcobacter spp. were isolated from 8 % (24/299) of stool samples of wild avians, from 11,11% (121/1089) of 1089 cloacal swab samples and 10,44% (19/182) of stool samples belong to poultry. According to poultry species isolation rate of Arcobacter spp. was found as 3,07% (11/358) in cloacal swab samples taken from chickens, 17,43% (57/327) in geese, 35,77 % (44/123) in ducks, 6,87% (9/131) in turkeys and 3,33% (5/150) in quails; also in stool samples these rates were 9,62% (5/52) in chickens, 12,38% (13/105) in geese, and 4% (1/25) in turkeys. In wild avian species isolation rate of Arcobacter spp. was determined as 6,6% (11/167) in stool samples of wild pigeons, 12,15% (13/107) in crows, and 0% (0/25) in owls. Using m-PCR out of 145 Arcobacter spp. isolates 82, 56 and 7 were identified as A cryaerophilus, A. butzleri and A. skirrowii, respectively. Out of 24 strains that isolated from wild avians 22 and 2 were  typed as A. butzleri and A. cryaerophilus, respectively. Consequently, in this study it was revealed that both of poultry (chicken, goose, duck, turkey, quail) and some wild avian species (wild pigeon, crow, owl) carry arcobacters in variable rates. The results present that healthy poultry or wild avians harboured Arcobacter species in their digestive tract could be important potantial reservoirs for transmission of these agents to environment, another animals and humans.  
Key words: A. butzleri, A. craerophilus, A. skirrowii, cloacal swab, poultry, stool, 
wild avian.