POU1F1 genotiplerinin kıl keçilerinde büyüme özelliklerine etkisi
Effect of POU1F1 genotypes on growth traits in kil goats
Yazar: BETÜL TİN
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM CEMAL
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Büyüme özellikleri = Growth characteristics ; Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Kıl keçisi = Hair goat ; Polimorfizm = Polymorphism

Özet:
Amaç: Kıl keçisi oğlaklarında yapılan bu çalışmada, POU1F1 geninin intron 5'in bir kısmı, ekzon 6 ve 3' flanking bölgesinden oluşan 450 baz çifti uzunluğundaki dizisinde AluI ve PstI polimorfizminin tanımlanması ve yetiştirici koşullarında oğlak büyüme özellikleri bakımından POU1F1 genotipleri arası farklılıkların ortaya konması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışma, Aydın ve Denizli illeri köylerinde bulunan 6 farklı işletmedeki 150 baş Kıl keçisi oğlağında gerçekleştirilmiştir. Oğlakların büyüme özelliklerini belirlemek üzere doğum ağırlığı, yaklaşık 3 ve 6 aylık yaşlardaki canlı ağırlıklar ile doğumdan 3 ve 6 aylık yaşa kadar geçen süredeki ortalama günlük canlı ağırlık artışları belirlenmiştir. POU1F1 gen bölgesine özgü tasarlanan primer çifti ile 150 örneğin 138'inde 450 bç'lik PCR ürünleri başarılı bir şekilde elde edilmiştir. Çoğaltılan hedef DNA bölgesindeki nükleotid polimorfizmini ortaya koymak üzere PCR ürünleri AluI ve PstI restriksiyon enzimleriyle ayrı ayrı kesime tabi tutulmuştur. Enzim kesimi sonrası oluşan PCR-RFLP ürünü DNA fragmanları jel elektroforezinde boyutlarına göre ayrıştırılıp görüntülenmiştir.
Bulgular: Görüntülerden elde edilen genotip verilerinin analizi sonucunda POU1F1/AluI kesimi ile elde edilen TT, TC ve CC genotiplerinin frekansları sırasıyla 0,86, 0,13 ve 0,01 olarak bulunmuş ve bunun sonucunda T ve C alellerinin frekansları sırasıyla 0,93 ve 0,07 olmuştur. POU1F1/PstI kesimi ile belirlenen TT ve TC genotiplerinin frekansları sırasıyla 0,95 ve 0.05 olarak bulunmuş, T ve C alellelerinin frekansları ise 0,97 ve 0,03 olmuştur. PstI enzim kesiminde de CC genotipi gözlenmemiş ve her iki enzim kesiminde de C alelinin frekansı çok düşük gözlenmiştir. Her iki enzim kesimi ile elde edilen genotipler bakımından yapılan ki-kare testleri incelenen popülasyonun Hardy-Weinberg dengesinde olduğunu ortaya koymuştur. Oğlakların doğum ağırlıkları, yaklaşık 3 aylık (ortalama 95, 2 gün) ve 6 aylık (ortalama 172, 7 gün) yaştaki canlı ağırlıkları ve doğumdan 3 ve 6 aylık yaşa kadar geçen süreçteki günlük ortalama canlı ağırlık artışları için en küçük kareler ortalamaları sırasıyla 2,92 kg, 17,91 kg, 26,53 kg, 156,70 g ve 126,91 g bulunmuştur. İncelenen büyüme özellikleri bakımından hem POU1F1/AluI hem de POU1F1/PstI kesimleri ile elde edilen genotiplere ait ortalamalar arasındaki farklar istatistiki olarak önemsiz bulunmuştur (p>0.05). 
Sonuç: POU1F1 geninin incelenen 450 baz çiftlik bölgesinin Kıl keçilerinde AluI restriksiyon enzimi bakımından sergilediği polimorfizm ilk kez bu çalışma ile tanımlanmış, yine ilk kez olarak AluI ve PstI polimorfizmi ile oğlak büyüme özellikleri ilişkilendirilmiştir. Oğlak büyüme özelliklerine yönelik yapılan analizlerde ise incelenen gen bölgesi kapsamındaki iki enzim kesimi için elde edilen genotiplerin büyüme özellikleri bakımından önemli fark yaratmadıkları tespit edilmiştir.

Abstract:
Objective: In this study performed in Kıl goat kids, it was aimed to identify AluI and PstI polymorphisms in the 450 base pair long sequence consisting of intron 5, exon 6 and 3' flanking regions of the POU1F1 gene and to reveal the differences between POU1F1 genotypes in terms of kid growth characteristics under breeder conditions.
Material and Methods: The study was carried out on 150 Kıl goat kids from 6 different farms in the villages of Aydın and Denizli provinces. In order to determine the growth characteristics of the kids, the birth weight, the body weights at the ages of about 3 and 6 months, and the average daily live weight gains from birth to the age of 3 and 6 months were determined. With the primer pair designed specifically for the POU1F1 gene region, 450 bp PCR products were successfully obtained in 138 of 150 samples. In order to reveal the nucleotide polymorphism in the amplified target DNA region, PCR products were cut separately with AluI and PstI restriction enzymes. The PCR-RFLP product DNA fragments formed after enzyme digestion were separated according to their size in gel electrophoresis and visualized.
Results: As a result of the analysis of the genotype data obtained from the images, the frequencies of the TT, TC and CC genotypes obtained by the POU1F1/AluI restriction were found to be 0,86, 0,13 and 0,01, respectively, and as a result, the frequencies of the T and C alleles were 0,93 and 0,07, respectively. The frequencies of the TT and TC genotypes determined by the POU1F1/PstI restriction were found to be 0,95 and 0,05 respectively, while the frequencies of the T and C alleles were 0,97 and 0,03. The CC genotype was not observed in both enzyme cuts and the frequency of the C allele was observed to be very low. Chi-square tests for genotypes obtained by both enzyme cuts revealed that the studied population was in Hardy-Weinberg equilibrium. The least squares means for the birth weights of the kids, their liveweights at the age of about 3 months (average 95,2 days) and 6 months (average 172,7 days), and the average daily body weight gains from birth to 3 and 6 months of age were 2,92 kg, 17,91 kg, 26,53 kg, 156,70 g and 126,91 g, , respectively. The differences between the averages of the genotypes obtained with both POU1F1/AluI and POU1F1/PstI restrictions were found to be statistically insignificant in terms of the growth characteristics examined (p>0.05).
Conclusion: In this study, the polymorphism of the examined 450 base pair region of the POU1F1 gene in terms of AluI restriction enzyme in Kıl goats was defined for the first time, and again for the first time, AluI and PstI polymorphisms were associated with kid growth characteristics. In this study, it was defined for the first time that the examined 450 base pair region of the POU1F1 gene exhibited polymorphism in Kıl goats in terms of AluI and PstI restriction enzymes. In the analyzes performed for the data on growth characteristics of the kids, it was determined that the genotypes obtained for the each of two enzyme cuts within the scope of the examined gene region did not make a significant difference in terms of growth characteristics.