Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten Escherichia coli ve Klebsiella spp.'nin toplum taşıyıcılığı sıklığının ve enzim tiplerinin araştırılması
Prevelance of the carriage of Extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella spp.in the community and investigating the types of enzymes
Yazar: DERYA ÇAKIR ERDOĞAN
Danışman: PROF. DR. FÜSUN CÖMERT ; DOÇ. DR. ELİF AKTAŞ ; DOÇ. DR. CANAN KÜLAH
Bülent Ecevit Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Temel Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Enzimler = Enzymes ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Dirençli bakterilerin transferi insanda insana ya da çevreden insana olabilmekte ve toplumda dirençli bakterilerle kolonize kişilerin oranı giderek artmaktadır. Bu çalışmada amaç, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten bakterilerin fekal taşıyıcılık oranlarının, enzim tiplerinin ve taşıyıcılığı etkilemesi beklenen risk faktörlerin belirlenerek, yayılımını kontrol altına alma stratejilerine ve epidemiyolojik verilere katkı sağlanmasıdır.
Yöntem: 15/11/2012-15/05/2013 tarihleri arasında polikliniğe başvuran hastalardan rutin inceleme amaçlı gönderilen dışkı örnekleri incelenmiş ve anket formunu (Yaş, cinsiyet, eğitim durumu, kronik hastalık varlığı, son 3 ayda antibiyotik kullanımı, son 6 ayda idrar yolu enfeksiyonu geçirme, hastaneye yatış, ameliyat olma öyküsü, proton pompa inhibitörü (PPI) ya da antiasit kullanımı, eğitim durumu, evdeki birey ve oda sayısı, evde ya da bahçede hayvan besleyip beslemediği ve haftada kaç kez tavuk eti yediği) doldurmaları istenmiştir. Hasta örnekleri 2 µg/ml sefotaksim ve 2 µg/ml seftazidim + 2 µg/ml sefotaksim içeren EMB agarlara ekilmiştir. Bakteriler konvansiyonel yöntemler ile tanımlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri CLSI önerilerince yapılmıştır. GSBL varlığı çift disk sinerji testi ile araştırılmış, gerekli durumlarda E test yöntemi kullanılmıştır. İzole edilen bakterilerde enzim tipleri PCR ile gösterilmiştir.
Bulgular: Belirtilen sürede laboratuvarımızda 576 hasta (% 52 erkek, % 48 kadın) değerlendirilmiştir. GSBL üreten bakteri taşıyıcılık oranı % 30 (173/576) olarak bulunmuştur. Değerlendirilen 173 hastadan GSBL üreten 192 bakteri izole edilmiştir. GSBL üreten bakterilerin 173'ü (% 90.1) E. coli, 18'i (% 9.3) K. pneumoniae, 1'i (% 0.5) K. oxytoca olarak tanımlanmıştır. Son 3 ayda antibiyotik kullanımı, son 6 ayda idrar yolu enfeksiyonu geçirme, hastaneye yatış ya da ameliyat olma öyküsü, diyabeti olan ve 60 yaş üzeri hastalar ile ev nüfusunun 3 kişiden fazla olduğu kişilerde taşıyıcılık oranı anlamlı olarak yüksek, üniversite mezunu olan kişilerde taşıyıcılık oranı anlamlı olarak daha düşük bulunmuştur. GSBL üreten 192 bakterinin 168'i (% 87.5) CTX-M grup enzimi pozitif olarak saptanmıştır. CTX-M-1 grup enzimi pozitif olarak saptanan 160 bakterinin 130'unda (%67.7) CTX-M-15, 158'inde (%82,2) CTX-M-3 pozitif bulunmuştur. Yüzyirmi (%62.5) bakteride ise CTX-M-3 ve CTX-M-15 birlikteliği belirlenmiştir. GSBL üreten 192 bakterinin 144'ünde (% 75) TEM grup enzimi, 11'inde (% 5.7) SHV grup enzimi tespit edilmiştir.
Sonuç: Çalışmamızda erişkin yaş grubunda toplumda fekal taşıyıcılık oranı yüksek (% 30) bulunmuştur. GSBL enfeksiyonu için daha önce bildirilmiş olan risk faktörlerinin erişkin taşıyıcılığı üzerine anlamlı biçimde arttırıcı etki oluşturduğu belirlenmiştir. Taşıyıcılarda CTX-M enzimi en sık belirlenen enzim tipi olup CTX-M-3 grup dominant enzim grubu olarak belirlenmiştir.

Abstract:
Background: Transmission routes of these resistant bacteria in humans are person to person or from environment to human, and consequently, rate of colonized people with these bacteria in community increases. In this study the aim is to determine prevelance of the fecal carriage of these multiple antibiotic resistant bacteria, enzyme types and the risk factors affecting the colonization, to find strategies to control spreading and to contribute epidemiological data.
Methods: Stool samples from outpatient are examined from October 2012 to May 2013. The following data were recorded for each participant; age, gender, education status, having any cronic disease, receipt of antimicrobial therapy during previous 3 months, previous healthcare contact (admission any hospital or have any operation) during previous 6 months, using proton pump inhibitors or other antacids, receipt of antimicrobial therapy for urinary infection in recent 6 months, the number of the room in the house and household members, any animal contact or having pets, eating chicken meat. Two different EMB agar are used (2μg/ml cefotaxime and 2μg/ml ceftazidime 2μg/ml + 2μg/ml cefotaxime ). Bacteria were identified by conventional methods. Antibiotic susceptibility tests were performed by CLSI recommendations. ESBL were detected by double-disk synergy test, E test method is used when it is necessary. Enzymes types of isolated bacteria were determined by PCR.
Results: 576 patients (52% male, 48% female) were admitted to the laboratory within the time specified. The prevelance of the fecal carriage is 30% (173/576). 192 ESBL-producing bacteria were isolated from173 outpatients. ESBL-producing bacteria identified as 90.1 % (n=173) E. coli, 9.3 % (n=18) K. pneumoniae, 0.5 % (n=1) K. oxytoca. Receipt of antimicrobial therapy during previous 3 months, stayed in hospital in the last 6 months, recent operation during previous 6 months, having more than 3 household members, diabetes and being over the age of 60 are the risk factors of carriage and high rates for ESBL producing bacteria. Education status (graduated from university) is associated with decreased risk of carriage. 168 of 192 ESBL-producing bacteria (87.5%) were positive for CTX-M group enzymes. 160 bacteria  were positive for CTX-M-1 group, 130 bacteria (67.7%) for CTX-M-15, 158 bacteria (82.2%) were positive for CTX-M-3. 120 bacteria (62.5%) were both positive for CTX-M-3 and CTX-M-15. One of the these eight bacteria was none of the five major ESBL groups. 144 of 192 ESBL- producing bacteria (75%) were positive for TEM enzyme group and 11 of them (5.7%) were identified as SHV group enzymes.
Conclusions: In our study the faecal carriage rate in the community in adults is high (30%). Risk factors of ESBL infection that have been reported previously have found enhancing effects on adult carriage significantly. CTX-M enzymes has been the most frequent ESBL type in carriers. CTX-M-3 was the dominant enzyme in CTX-M group enzymes.