Plexin C1'in RAS-GAP aktivitesinin ve etkilediği sinyal yolaklarının hepatoselüler karsinomada araştırılması
Investigation of plexin C1's signaling pathways and RAS-GAP activity in hepatocellular carcinoma
Yazar: MAİDE ŞEKER
Danışman: PROF. DR. TAMER YAĞCI
Gebze Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Hepatoselüler karsinom = Hepatocellular carcinoma ; Pleksin = Plexin ; İşaret iletim teknikleri = Signal transmission techniques

Özet:
Hepatoselüler Karsinoma (HCC), en sık görülen ve agresif olan bir primer karaciğer kanseri türüdür. İlk olarak, sinir hücrelerinde akson kılavuzluğunda görevli bir hücre yüzey reseptörü olarak tanımlanan Plexin C1 (PLXNC1) proteininin, sonraki çalışmalarda HCC dokuları dahil farklı doku ve hücrelerdeki ifadesi gösterilmiş, çok çeşitli hücresel süreçlerde yer aldığı görülmüştür. Ancak, Plexin C1'in görev aldığı hücresel süreçlerdeki sinyal mekanizmaları hakkındaki bilgiler sınırlı olup HCC özelinde ise herhangi bir çalışmanın literatürde bulunmadığı tespit edilmiştir. Bu tez çalışmasının amacı, Plexin C1'in etkilediği sinyal yolaklarını HCC'de araştırarak Plexin C1'in kanserdeki rolünü anlamaya yönelik bir adım daha atmak ve literatüre Plexin C1 ile ilgili katkı sağlamaktır.
Plexin C1'in iki farklı HCC hücre hattında etkisini araştırmak için öncelikle PLXNC1 ifadesi baskılanmış hücreler oluşturuldu. Plexin C1'in bilinen ligandı Semaforin 7A (SEMA7A) hücre klonlarına verilerek PLXNC1-SEMA7A etkileşiminin Lim Kinaz/Kofilin yolağı üzerindeki etkisi incelendi ve bu yolağın fosforillenmesini sağlayan olası kinazların belirlenmesine yönelik çalışmalar yapıldı. Plexin C1'in, hücrelerdeki protein tirozin kinazların fosforillenmesi ile ilişkisi ve hücre içi sinyal iletiminde en çok bilinen MAPK, AKT, JAK/STAT, NF-κB, ve TGF-β yolakları ile bağlantısı araştırıldı. Ek olarak, Plexin C1'in Ras-GAP aktivitesi de aynı hücre klonlarında incelendi. Ayrıca, SEMA7A'nın bir diğer reseptörü olan İntegrin β1 ile ilişkisi ve PLXNC1-SEMA7A-İntegrin β1 üçgeni araştırıldı.
Yapılan bu çalışma sonucunda, literatüre Plexin C1 ile ilgili hem HCC özelinde hem de genel anlamda katkı sağlanacağı düşünülmektedir. İşlevi ve önemi yavaş yavaş kavranan bir reseptör olan PLXNC1'in tam olarak anlaşılmasının kansere yaklaşım açısından önemli olacağı öngörülmektedir.

Abstract:
Hepatocellular Carcinoma (HCC) is the most common and aggressive type of primary liver cancer. Plexin C1 (PLXNC1) protein, which was first identified as a cell surface receptor responsible for axon guidance in nerve cells, is expressed in different tissues, including HCC, and is involved in numerous cellular processes. However, the information about the signalling mechanisms in the cellular processes in which Plexin C1 is involved is limited, and it has been determined that there is no study in the literature regarding HCC. This thesis study aims to take another step toward understanding the role of Plexin C1 in HCC by investigating the signalling pathways affected by it and contributing to the literature about it.
To investigate the effect of Plexin C1 on two different HCC cell lines, cells with suppressed PLXNC1 expression were first created. The known ligand of Plexin C1, Semaphorin 7A (SEMA7A), was given to cell clones and the effect of PLXNC1-SEMA7A interaction on the Lim Kinase/Kofilin pathway was examined. Studies were carried out to determine possible kinases that phosphorylate this pathway. The relationship of Plexin C1 with phosphorylation of protein tyrosine kinases in cells and its connection with the most well-known MAPK, AKT, JAK/STAT, NF-κB, and TGF-β pathways in intracellular signal transduction were investigated. In addition, the Ras-GAP activity of Plexin C1 was examined in the same cell clones. Also, the relationship of SEMA7A with its other receptor, Integrin β1, and the PLXNC1-SEMA7A-Integrin β1 triangle was investigated.
It is thought that the results of this study will contribute to the literature about Plexin C1 both specific to HCC and in general. It is predicted that a full understanding of PLXNC1, a receptor whose function and importance are gradually being understood, will be important for the approach to cancer.