Tüberküloz hastalarında SOCS-1 gen polimorfizmlerinin araştırılması
Investigation of SOCS-1 gene polymorphisms in tuberculosis patients
Yazar: LEYLA ERSOY
Danışman: DOÇ. DR. AHMET ATA ÖZÇİMEN ; PROF. DR. GÖNÜL ASLAN
Mersin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Tüberküloz (TB), Mycobacterium tuberculosis compleks (MTBC) olarak bilinen bir grup mikobakterinin yol açtığı bir enfeksiyon hastalığıdır. Konağın biyolojik yapısı, çevresel koşullar, sosyoekonomik faktörler hastalığın gelişmesinde ve ilerlemesinde büyük rol oynamaktadır. Dünya nüfusunun %23'ünün bakteri ile enfekte olması ve enfekte kişilerin yaklaşık %5-10'unda aktif hastalık gelişmesi, bireyin hastalığa genetik olarak yatkınlığının bulunabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışmada Sitokin Sinyal Baskılayıcısı (SOCS) ailesinden olan SOCS-1'de Tek Nükleotit Polimorfizimlerinin (Single Nucleotide Polymorphisms-SNP) varlığının Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ve Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (Restriction Fragment Length Polymorphism-RFLP) yöntemleri ile araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada SOCS-1 geni promotör bölgesinde bulunan -1478 CA/del (rs33989964) ve ekson2'de bulunan 1335 G/C (rs11549428) SNP varlığı incelenmiştir.
Klinik materyalinde MTBC izole edilen 90 hasta çalışmaya dahil edildi. Bunların 69 (%76,6)'u erkek, 21 (%23,3)'i kadındı (yaş ortalamaları=39,38±17,54). Sağlıklı kontrol grubunu oluşturan 90 kişinin 73 (%81,1)'ü erkek, 17 (%18,8)'si kadındı (yaş ortalamaları=31,39±11,90). Hastaların 81 (%90)'i akciğer TB'si iken 9 (%10)'u akciğer dışı TB olarak tespit edildi. Hastaların 85 (%94)'i yeni tanı konmuş TB hastası iken, 5 (%6)'inde daha önceden geçirilmiş TB öyküsü (nüks TB) olduğu belirlendi. Hastaların 58 (%64)'inde asido rezistan basil pozitifliği belirlendi.
SOCS-1 geni promotör bölgesinde bulunan -1478 CA/del SNP için hasta ve sağlıklı konrol grubu Hardy- Weinberg dengesinde bulunurken, gruplar arasında allel sıklığı (p= 0.327) ve genotip dağılımı (p=0,291) bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilememiştir. SOCS-1 geni ekson2'de bulunan 1335G/C SNP analizi sonucunda hasta ve kontrol grubunun tamamında C alleli bulunmuş olup, istatistiksel değerlendirme yapılamamıştır. Sonuç olarak çalışmaya dahil edilen bu grupta sitokin sinyalinin negatif düzenleyicisi olan SOCS-1 gen bölgesinde araştırılan SNP'lerin varlığı ile TB'ye direnç ya da duyarlılık arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır. Bu konunun daha iyi anlaşılabilmesi için hasta grubunun ve kontrol grubunun genişletilerek, SOCS-1 geninde ve hatta SOCS ailesinin diğer üyelerinde tespit edilen ve anlamlı bulunan polimorfizmlerin araştırılması ve SOCS-1 mRNA düzeyinde analiz yapılması önerilmektedir.

Abstract:
Tuberculosis (TB) is an infectious disease caused by a group of mycobacteria known as Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC). The biological structure of the host, environmental conditions, socioeconomic factors play a major role in the development and progression of the disease. The fact that 23% of the world's population is infected with bacteria and about 5-10% of infected people develop active disease suggests that the individual may be genetically susceptible. In this study, it was aimed to investigate the presence of Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) in SOCS-1 which is a family of cytokine signal suppressor (SOCS) by using Polymerase Chain Reaction (PCR) and Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) methods. In this study, single nucleotide polymorphisms of 1335 G/C (rs11549428) found in exon2 and -1478 CA/del (rs rs33989964) in the SOCS-1 gene promoter region were examined.
Ninety patients with isolated MTBC in clinical material were included in the study. The 69 (76.6%) of them were male and 21 (23.3%) were female (mean age = 39.38 ± 17.54). Of the 90 healthy controls, 73 (81.1%) were male and 17 (18.8%) were female (mean age = 31.39 ± 11.90). While 81 (90%) of the patients had pulmonary TB, 9 (10%) had extrapulmonary TB. While 85 (94%) of the patients had newly diagnosed TB, 5 (6%) had a history of previous TB (recurrence TB). Acid-resistant bacilli positivity was determined in 58 (64%) of the patients. In conclusion, no statistically significant correlation was found between the presence of SNPs investigated in the SOCS-1 gene region, which is the negative regulator of cytokine signal, and resistance or susceptibility to TB in this group. 
For the -1478 CA / del SNP located in the promoter region of the SOCS-1 gene, the patient and healthy control group were in hardy-weinberg equilibrium, but there was no statistically significant relationship between alleles frequency (p = 0.327) and genotype distribution (p = 0.291). As a result of 1335G / C SNP analysis found in exon2 of SOCS-1 gene, C allele was found in all patients and control group and no statistical evaluation could be made. As a result, no statistically significant difference was found between the presence of SNPs investigated in the SOCS-1 gene region, which is the negative regulator of cytokine signal, and resistance or susceptibility to TB in this group included in the study. In order to better understand this issue, it is suggested that the patient group and control group should be expanded and the polymorphisms detected in the socs-1 gene and even other members of the SOCS family found to be significant and analyzed at SOCS-1 mRNA level.