İmmün hücrelerin MCF-7 hücre hattı pluripotent alt gruplarına etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of immune cells on MCF7 cell line pluripotent sub-groups
Yazar: AHMET ŞİMŞEK
Danışman: PROF. DR. SERVET ÖZCAN
Erciyes Üniversitesi / Gevher Nesibe Genom ve Kök Hücre Enstitüsü  / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Dünya genelinde önemli bir sağlık sorunu olarak bilinen meme kanseri, birçok kadının hayatını tehdit etmektedir. Meme kanseri için rutin tedaviler, ameliyat, radyoterapi, kemoterapi ve immunoterapi gibi stratejileri kapsamaktadır. Son yıllarda kanser kök hücrelerine yönelik tedavilerde önemli gelişmeler kaydedilmiştir. Bu Tez çalışmasında kanser hücre popülasyonunun heterojen yapısı dikkate alınarak, meme kanseri hücre hattı içerisinde pluripotensi özelliği taşıyan hücreler seçilmiştir. Bu hücre grubunun SSEA4 varlığı ile karakterize edildiği bilinmektedir. SSEA4 ifadesi açısından pozitif ve negatif popülasyonların karakterizasyonu akış sitometrisi ile yapılmış ve pluripotent fazda oldukları Alkalin fosfataz (ALP) boyaması, Koloni oluşturma birimi (CFU) sayımı ve TRA1-60 ifadesi ile fenotiplendirilmiştir. Bu heterojen popülasyonun tüm grupları, -omiks (Proteomiks ve RNA dizileme) yaklaşımlarla incelenmiştir. Devamında Donör Lenfosit İnfüzyonu (DLI) hücreleri ile pluripotent hücreleri içeren ve içermeyen gruplar ko-kültür edilmiştir ve fenotip değerlendirmesi için apoptoz, senesens, hücre çoğalması ve mitokondriyal membran potansiyeli testleri yapılmıştır. Proteomiks ve RNA dizileme analizlerinde SSEA4 pozitif popülasyonun hücre çoğalması, tümör hücre invazyonu ve kanser hücre gelişimiyle ilişkili ontolojiler belirlenmiştir. DLI uygulanmış popülasyonlarda SSEA4 negatif hücrelerin bölünmesi üzerine yavaşlatıcı etkisi olduğu gözlemlenmiştir. Kanser hücre popülasyonu içerisindeki SSEA4 pozitif hücre grubunun varlığı, metastazı tetikleyen ve sürükleyen dinamik bir grup olduğuna işaret edilmektedir. Bu popülasyonun irdelenmesinin kanser tedavileri için yeni hedeflerin belirlenmesinde katkı sağlaycağı düşünülmektedir. 

Anahtar Kelimeler: İmmün Sistem; Kanser; Pluripotensi; Proteomiks; RNA Dizileme

Abstract:
Known as an important health problem worldwide, breast cancer threatens the lives of many women. Routine treatments for breast cancer include methods such as surgery, radiotherapy, chemotherapy and immunotherapy. In recent years, significant advances have been made in treatments for cancer stem cells. In this thesis, considering the heterogeneous nature of the cancer cell population, cells with pluripotency in the breast cancer cell line were selected. It is known that this cell group is characterized by the presence of SSEA4. Characterization of positive and negative populations in terms of SSEA4 expression was made by flow cytometry and phenotype by Alkaline phosphatase (ALP) staining, colony forming unit (CFU) count and TRA1-60 expression in which they were in pluripotent phase. All groups of this heterogeneous population were examined by -omics approaches (proteomics and RNA sequencing). Subsequently, donor Lymphocyte Infusion (DLI) cells and groups with and without pluripotent cells were co-cultured and for phenotype assessment; apoptosis, senescence, cell proliferation and mitochondrial membrane potential were made. In proteomics and RNA sequencing analyzes, ontologies associated with cell proliferation, tumor cell invasion and cancer cell development of the SSEA4 positive population were identified. It has been observed that SSEA4 has a slowing effect on the division of cells in DLI-treated populations. The presence of the SSEA4 positive cell group in the cancer cell population indicates that it is a dynamic group that triggers and drives metastasis. It is thought that examining this population will contribute to the determination of new targets for cancer treatments.

Keywords: Immune System; Cancer; Pluripotency; Proteomics; RNA Sequencing