Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae türlerinin rep PCR yöntemi ile dna parmak izi analizi
Dna fingerprint analysis of different Klebsiella pneumoniae species obtained from various clinical samples with REP -PCR
Yazar: YAKUP TUNCER
Danışman: PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: DNA parmak izi = DNA fingerprinting ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Genotip = Genotype ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama hastanesinde yatan hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarının Diversilab rep-PCR (Biomerieux, Fransa) yöntemi ile DNA parmak izi analizinin yapılması ve böylelikle suşlar arasındaki yakınlık ve epidemiyolojik özelliklerin tespit edilmesi amaçlanmıştır. 
Rep-PCR ile yapılan klonal ilişki analizi sonucunda iki ana klon [A (7 izolat), B (5 izolat)], olmak üzere toplam 36 farklı klon tespit edilmiştir. 49 Klebsiella suşunun 7'sinin (%14) A klonunda; 5'inin (%10) B klonunda kümelendiği saptanmıştır. C, D ve E klonları ikişer suş şeklinde kümelenirken, örneklerin % 63'ü (n=31) tekli suştan oluşan kümeler şeklinde dağılım göstermiştir. A klonu pediatri ünitelerinden gönderilen örneklerden oluşmuş ve pediatri yoğun bakım ünitesi örneklerinin % 83'ü (5/6) A klonunda kümelenmiştir. B klonu erişkin hastalardan izole edilen suşlardan oluşmuştur; dahiliye yoğun bakım ünitesinden 3, genel cerrahi servisinden ve gastroenteroloji polikliniğinden birer suş B klonunda kümelenmiştir. 
Sonuç olarak, bu çalışmada hastanemize ait Klebsiella suşlarının epidemiyolojik dağılımı değerlendirilmiştir. Çalışmadaki suşların % 63'ünün klonal ilişki göstermemesi hastanemizde yaygın bir Klebsiella epidemisi olmadığını göstermektedir.

Anahtar Kelimeler. Klebsiella, Genotiplendirme, rep-PCR

Abstract:
In this study, it was aimed to perform DNA fingerprinting analysis with Diversilab rep-PCR (Biomerieux, France) method and in this context the determination of proximity and epidemiological characteristics between Klebsiella pneumoniae strains obtained from variaus clinical samples in Gaziantep University Medical Faculty Sahinbey Hospital. As a result of the clonal relationship analysis with rep-PCR method, a total of 36 different clones was determined and 2 of them were main clones [A (7 isolates), B (5 isolates)]. It was found that 7 of the 49 Klebsiella strains (14%) were clustered in A clone, 5 were (10%) clustered in B clone. While C, D and E clones clustered in the form of two strains, 63% of the samples showed a single distributed clustering. A clone composed of the samples sent from pediatric units and 83% (5/6) of pediatric intensive care unites samples clustered in A clone. B clone consisted of strains isolated from adult patients; 3 from internal medicine, and one strain from each of general surgery and gastroenterology units. 
As a result, epidemiological distribution of Klebsiella strains belongs to our hospital was evaluated in this study. It was found that 63% of the strains have no clonal relationship that this show that Klebsiella epidemy is not common in our hospital. 

Keywords: Klebsiella, Genotyping, rep-PCR