Kanatlı eti ve dışkılarından termofilik campylobacter türlerinin izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
İsolation and molecular chatacterization of thermophilic campylobacter species from poultry  meat and feces
Yazar: ONUR TAŞ
Danışman: PROF. DR. ARZU FINDIK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu çalışmada broyler karkas ve dışkılarından termofilik kampilobakterlerin izolasyonu, elde edilen izolatların antimikrobiyal dirençlilik genlerinin ve virülens genlerinin ortaya konulması amaçlandı. Termofilik kampilobakterlerin izolasyonu amacıyla Samsun ilinde bulunan 8 farklı kümesteki 40 günlük broylerlerden 200 adet kloakal svap örneği ve 2 farklı tavuk eti satış mağazasından 60 adet karkas ve et numunesi alındı. 200 adet kloakal svap örneğinin 32 adedinde (%16) termofilik kampilobakter suşu tespit edildi. 60 adet et ve karkas numunesinin 26 tanesinde (%43,33) termofilik kampilobakter tespit edildi.. Tür identifikasyonundan sonra, izolatlarda dnaJ, racR, ciaB, pldA, cadF, virB11 gibi virulens genleri ve blaOXA-61, cmeB, tet(O), aphA-3-1 gibi antibiyotik dirençlilik genlerinin varlığı PCR ile araştırıldı. PCR sonucunda kloakal izolatlarda dnaJ, racR, ciaB, pldA, cadF ve virB11 genlerinin bulunma yüzdeleri sırasıyla; %82,22, %20, %13,33, %17,77, %20 ve %0 olarak tespit edildi. Aynı genlerin tavuk etlerinden elde edilen izolatlarda bulunma yüzdeleri aynı sırayla; %62.07, %34.48, %27.59, %27.59, %17.24 ve %0 olarak tespit edildi. Kloakal izolatlarda tet(O), blaOXA-61, aphA-3-1 ve cmeB genlerinin bulunma yüzdeleri sırasıyla; %22,22, %0, %17,78 ve %37,78 olarak tespit edilirken aynı genlerin tavuk etlerinden elde edilen izolatlarda bulunma yüzdeleri sırasıyla; %10.35, %0, %3.45, %34.48 olarak tespit edildi. Ayrıca izolatların genotiplendirilmesi amacıyla RAPD-PCR kullanıldı. RAPD-PCR analizi sonucunda  %70 benzerlik oranı baz alındığında tavuk eti ve karkas izolatlarında 8 adet benzersiz tip ve CAB, CAJ olmak üzere 2 adet küme, kloakal izolatlarda ise 1 adet benzersiz tip CLC ve CLA, CLB, CLD, CLE olmak üzere 4 adet küme tespit edildi.
Sonuç olarak bu çalışmada kloakal örneklerde termofilik kampilobakter varlığı çok yüksek düzeyde saptanamazken, et örneklerinde daha yüksek seviyede saptanmıştır. Bunun sebebi, bağırsak içeriğinin ete temas ettirilmesi ve çapraz kontaminasyon gibi kesim sırasında ve sonrasında yapılan hatalardan kaynaklanıyor olabilir. Ayrıca çoklu antibiyotik direnç geninin suşlar arasında nispeten yüksek oranda bulunması, dünya çapında önemli sağlık problemlerinden olan antimikrobiyal direnç sorununa işaret ediyor olabilir.

Abstract:
This study aimed to isolate thermophilic campylobacter from broiler carcasses and feces and to reveal the antimicrobial resistance genes and virulence genes of the isolates obtained. For the isolation of thermophilic campylobacters, 200 cloacal swab samples were taken from 40-day-old broilers in 8 different chicken coops in Samsun province and 60 carcass and meat samples were taken from 2 different chicken meat sales stores. Thermophilic campylobacter strain was detected in 32 of 200 cloacal swab samples (16%). Thermophilic campylobacter was detected in 26 of 60 meat and carcass samples (43.33%). After species identification, virulence genes such as dnaJ, racR, ciaB, pldA, cadF, virB11 and blaOXA-61, cmeB, tet(O) were detected in the isolates. The presence of antibiotic resistance genes such as , aphA-3-1 was investigated by PCR. As a result of PCR, the percentages of dnaJ, racR, ciaB, pldA, cadF and virB11 genes in cloacal isolates are respectively; It was determined as 82.22%, 20%, 13.33%, 17.77%, 20% and 0%. The percentages of the same genes in isolates obtained from chicken meat are in the same order; It was determined as 62.07%, 34.48%, 27.59%, 27.59%, 17.24% and 0%. The percentages of presence of tet(O), blaOXA-61, aphA-3-1 and cmeB genes in cloacal isolates are respectively; While they were detected as 22.22%, 0%, 17.78% and 37.78%, the percentages of the same genes in isolates obtained from chicken meat were respectively; It was determined as 10.35%, 0%, 3.45%, 34.48%. Additionally, RAPD-PCR was used to genotype the isolates. Based on the 70% similarity rate as a result of RAPD-PCR analysis, there are 8 unique types and 2 clusters including CAB, CAJ in chicken meat and carcass isolates, and 1 unique type CLC and 4 clusters including CLA, CLB, CLD, CLE in cloacal isolates. cluster detected.
As a result, in this study, while the presence of thermophilic campylobacter was not detected at a very high level in cloacal samples, it was detected at a higher level in meat samples. This may be due to errors made during and after slaughter, such as contact of intestinal contents with meat and cross-contamination. In addition, the relatively high prevalence of multiple antibiotic resistance genes among strains may indicate the problem of antimicrobial resistance, which is one of the important health problems worldwide.