Akciğer kanseri patogenezinde Sirtuin'in rolü
The role of the Sirtuin in the pathogenesis of Lung Cancer
Yazar: İLKE ULU
Danışman: DOÇ. DR. SEVİM KARAKAŞ ÇELİK
Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi = Restriction fragment length polymorphisms ; Sirtuin = Sirtuin ; Sirtuin-1 = Sirtuin-1

Özet:
GLOBOCAN 2018 verilerine göre, akciğer kanseri, en sık rastlanan kanser türlerinden biri olmakla birlikte, kanserden ölümlerin yaklaşık beşte birinden sorumludur. Akciğer kanserinde, SIRT1 ekspresyonunun arttığı ve kötü prognozla ilişkili olduğu, SIRT2 ekspresyonunun ise azaldığı bulunmuştur.
Akciğer adenokarsinomlarında çoğunlukla KRAS proto-onkogen mutasyonları görülürken, küçük hücreli akciğer karsinomunda tümör baskılayıcı gen p53 mutasyonu ile EGFR amplifikasyon ve mutasyonu daha sık görülür. SIRT1 ekspresyonunun ve/veya aktivitesinin artmasının, p53'ü ve potansiyel olarak başka tümör baskılayıcı genleri inhibe ederek kanser riskini arttırabileceği öngörülmektedir. Genel olarak, SIRT2 aşırı ifadesinin ise, hücre proliferasyonunu azalttığı ve DNA hasar stresine cevap olarak hücre ölümünü düzenlediği bulunmuştur. Ayrıca, SIRT2'nin akciğer adenokarsinomlarında sıklıkla görülen KRAS proto-onkogenini deasetile ettiği ve aktivitesini düzenlediği bilinmektedir. 
Memeli sirtuinleri hücrenin strese karşı direncinde ve hücre ölümünün düzenlenmesinde önemli rol oynar. Sirtuinlerin, NAD+ bağımlı deasetilaz ya da mono-ADP-ribozil-transferaz aktiviteleri bilinmektedir. Çeşitli transkripsiyon faktörlerinin ve enzimlerin deasetilasyonu ile birçok hücresel mekanizmayı düzenlemektedir. Memelilerde Sirtuin ailesinin farklı hücresel bölmelerde lokalize olan ve çeşitli etkilere sahip yedi üyesi bulunmaktadır  (SIRT 1-7). 
Bu çalışmada Sirtuin ailesi üyelerinden sırasıyla SIRT1 ve SIRT2'ye ait iki polimorfizmi (rs11596401 C/T ve rs2015 A/C) araştırdık. Çalışma popülasyonu 100 akciğer kanserli hasta ve 100 sağlıklı kontrolden oluşmaktaydı. EDTA içeren tüplere kanlar toplandıktan sonra genomik DNA izolasyonu yapıldı. Genetik polimorfizmler; polimeraz zincir reaksiyonu- restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PCR- RFLP) yöntemiyle tespit edilmiş olup sonuçlar ki-kare testi ve lojistik regresyon ile analiz edildi.
Yaptığımız analizler sonucunda SIRT1 rs11596401 (C/T) gen polimorfizmi için genotip dağılımı (p=0.593) ve alel dağılımı (p=0.617) arasında istatiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunamadı. SIRT2 rs2015 (A/C) gen polimorfizmi için elde ettiğimiz verilere göre genotip (p=0.306) ve alel dağılımı (p=1.0) arasında da anlamlı bir farklılık bulunamadı.
Sirtuin gen polimorfizmleri ile akciğer kanseri arasındaki ilşkiyi araştırdığımız bu çalışmanın sonucunda SIRT1 rs11596401 (C/T) ve SIRT2 rs2015 (A/C) gen polimorfizmleri ile insan akciğer kanseri arasında anlamlı bir ilişki saptanamamıştır.

Abstract:
According to data of GLOBOCAN 2018, lung cancer is one of the most common types of cancer, it is also responsible for about one out of five of cancer deaths. It was discovered that in lung cancer, SIRT1 expression increased and correlated with poor prognosis and SIRT2 expression was decreased.
While KRAS proto-oncogen mutations are mostly seen in lung adenocarcinomas, tumor suppressor gene p53 mutation and EGFR amplification and mutation are more common in small cell lung carcinoma. It is contemplated that increased expression and/or activity of SIRT1 may increase cancer risk by inhibiting p53 and potentially other tumor suppressor genes. In general, ıt was discovered tahat SIRT2 overexpression reduces cell proliferation and regulate cell death in response to DNA damage stress. In addition, it is known that SIRT2 deacetylate and regulate activity of KRAS proto-oncogene, which is common in lung adenocarcinomas.
Mammalian sirtuins play an important role in cell resistance to stress and regulation of cell death. NAD + dependent deacetylase or mono-ADP-ribosyl-transferase activities of sirtuins are known. It regulates many cellular mechanisms by deacetylation of various transcription factors and enzymes. In mammals, the Sirtuin family has seven members that are localized in different cellular compartments and have various effects (SIRT 1-7).
In this study, we investigated two polymorphisms (rs11596401 C / T, A and rs2015 A / C) in respectively SIRT1 and SIRT2, from Sirtuin family members. The study population composed of 100 patients with lung cancer and 100 healthy controls. Blood was collected into EDTA-containing tubes and genomic DNA was extracted. Genetic polymorphisms were detected by using polymerase chain reaction- based restriction fragment length polymorphism (PCR- RFLP) and the results were analyzed by chi-square test and logistic regression analysis.
As a result of our analyzes, no statistically significant difference was found between genotype distribution (p=0.593) and allele distribution (p=0.617) for SIRT1 rs11596401 (C / T) gene polymorphism. According to our data for SIRT2 rs rs2015 (A / C) gene polymorphism, no significant difference was found between genotype (p=0.306) and allele distribution (p=1.0).
As a result of our study, which investigated the relation between Sirtuin gene polymorphisms and lung cancer, no significant relation was found between SIRT1 rs11596401 (C/T) and SIRT2 rs2015 (A/C) gene polymorphisms and human lung cancer.