Obez bireylerde transmembran protein 18 (tmem18) ve sinirsel büyüme regülatorü 1 (NEGR1) gen polimorfizmlerinin vücut kitle endeksi üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of transmembrane protein 18 (TEMEM18) and neuronal growth regulator 1 (NEGR1) gene polymorphisms' effects on body mass index in obese patients
Yazar: KAMURAN AVCI
Danışman: DOÇ. DR. MÜJGAN ÖZDEMİR ERDOĞAN
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Obezite = Obesity ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Protein transportu = Protein transport ; Sinir büyüme faktörleri = Nerve growth factors ; Vücut kitle indeksi = Body mass index

Özet:
Obezite dünyanın birçok bölgesinde epidemik oranlara ulaşmış kompleks bir hastalıktır. Hastalık patogenezinde bireyin genetik altyapısı ve çevresel faktörler birlikte görev alır. Genetik çalışmalar, obezitede kalıtımın etkisi, belirli genlerin ve bunlara ait varyasyonların ırk, coğrafi bölge/ülke orjine bağlı ilişkilerini ortaya koymuştur. Son 10 yılda kullanıma giren Genom Ölçekli İlişkilendirme çalışmalarıyla (Genome Wide Association Studies, GWAS) vücut kütlesi ve obeziteyle ilişkili 50'den fazla aday gen tanımlanmıştır. Ancak söz konusu aday genlerin obeziteye ilişkin fonksiyonel mekanizmaları ve farklı populasyonlardaki verileri yetersizdir. 
Bu çalışmada, GWAS analizlerinde obeziteyle ilişkilendirilen NEGR1 geni rs2815752 ve TMEM18 geni rs6548238 polimorfizmleri ile Afyonkarahisar ilindeki obezite hastaları arasındaki ilişki araştırılmıştır.
Çalışmamız bir vaka-kontrol çalışmasıdır. Polimorfizmler obezite teşhisi konmuş erkek(53)ve kadın (119) toplam 172 obez hastada (VKE ≥ 30 kg/m2, Ortalama VKE: 36,7  5,8) ve erkek(37)ve kadın (40) toplam 77 sağlıklı bireyde (VKE < 25 kg/m2, Ortalama VKE: 21,9  2,2) genotiplenmiştir. Genotiplendirme eş zamanlı PCR yöntemi ile yapılmıştır. Vücut kompozisyonu biyoelektrik impedans analizi ile belirlenmiştir.
Çalışmamızda NEGR1 geni rs2815752 polimorfizmi genotip dağılımı olgu grubunda %53.5 AA, %37.2 AG, %9.3 GG ve kontrol grubunda %49.4 AA, %42.9 AG, %7.8 GG olarak bulundu. Obez olgu grubunda G allel frekansı %27.9 ve A allel frekansı %72.1, kontrol grubunda G alel frekansı %29.2 ve A allel frekansı %70.8 olarak belirlendi. TMEM18 geni rs6548238 polimorfizmi genotip dağılımı obez olgu grubunda %59.9 CC, %35.4 TC, %4.7 TT ve kontrol grubunda %63.6 CC, %31.2 TC, %5.2 TT olarak bulundu. Obez olgu grubunda T allel frekansı %22.4 ve C allel frekansı %77.6, kontrol grubunda T allel frekansı %21.9 ve C allel frekansı %79.2 olarak belirlendi. NEGR1 geni rs2815752 ve TMEM18 geni rs6548238 polimorfizmlerinin allel ve genotip frekansları açısından kontrol ve obez olgu grubu arasında fark bulunmadı. Rs2815752 polimorfizmi için obez olgularda antropometrik ölçüm ve vücut kompozisyon değerleri açısından fark bulunmadı. Rs6548238 polimorfizmi için obez olgularda antropometrik ölçüm ve vücut kompozisyon değerlerinden boy (p=0,020), vücut sıvı toplamı (p=0,017), vücut sıvı oranı (p=0,024), vücut yağ oranı (p=0,006) ve yağsız kitle (p=0,021) parametrelerinde fark bulundu.

Abstract:
Obesity is a complex disorder which has reached epidemic proportions in many parts of the world. It is collectively determined by genes and environmental factors. Genetic studies have demonstrated a high heritability for obesity and established associations of certain candidate genes and their variations with respect to race, geographical location/country of origin. The subsequent application of genome wide association studies (GWAS) in the last decade have identified more than 50 genetic loci associated with body mass and obesity. Hovewer, functional mechanisms and different ethnic backround datas of these loci are almost naive with regard to obesity. 
In this study, previously reported NEGR1 gene rs2815752 and TMEM18 gene rs6548238 GWAS single nucleotide polymorphisms (SNPs) were investigated for association in a sample of obesity patients who reside in Afyonkarahisar province. 
This was a case-control study. Polymorphisms were genotyped in 172 obese patients (men=53 and women=119) with a BMI ≥ 30 kg/m2 (Body Mass Index, mean:36,75,8) and 77 healthy controls (men=37 and women=40) with a BMI < 25 (mean: 21,92,2). Genotyping was performed by real-time polymerase chain reaction. Body composition was established with bio-electrical impedance analysis.
According to obtained results, distribution of rs2815752 genotype frequencies in obese group were 53.5% for AA, 37.2% for AG and 9.3% for GG, in control group were 49.4% for AA, 42.9% for AG and 7.8% for GG. G and A allele frequencies in obese patients were 27.9% and 72.1% respectively, in controls 29.2% and 70.8% respectively. Distribution of rs6548238 genotype frequencies in obese group were 59.9% for CC, 35.4%  for TC and 4.7% for TT, in control group were 63.6% for CC, 31.2% for TC and 5.2%  for TT. T and C allele frequencies in obese patients were 22.4% and 77.6% respectively, in controls 21.9% and 79.2% respectively. There were no significant differences between obese and controls in terms of allele and genotype frequencies of NEGR1 gene rs2815752 and TMEM18 gene rs6548238 polymorphisms. Also there were no significant differences among obese patients with regard to anthropometric measurements and body composition parameters for rs2815752 polymorphism. However, several significant differences were found for rs6548238 polymorphism with regard to anthropometric measurements and body composition. These were height (p=0.020), body fluid amount (p=0.017), body fluid percentage (p=0.024), body fat percentage (p=0.006) and fat-free mass (p=0.021). 
Consequently, there is no association with obesity in our study group for NEGR1 gene rs2815752 and TMEM18 gene rs6548238 polymorphisms.