Çukurova bölgesinde bazı kültür bitkilerinde sorun olan alternaria türlerinin izolasyonları, morfolojik ve moleküler karakterizasyonları
Isolation, morphological and molecular characterization of alternaria species affecting some crops grown in Çukurova region
Yazar: PINAR POLAT
Danışman: PROF. DR. MUKADDES KAYIN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Çukurova Bölgesi'nde yetiştiriciliği yapılan bazı kültür bitkilerinde meyve çürüklüğü ve kahverengi lekelere, yapraklarda ise konsantrik halkalar şeklinde genişleyen koyu siyah ve kahverengi lekelere neden olan Alternaria türlerinin karakterizasyonlarını belirlemek amacı ile 2010-2012 yılları arasında farklı bölgelerden Alternaria ile infekteli olduğundan şüphe edilen bitki örnekleri toplanmıştır. Biber, domates, patlıcan, hıyar, turunçgil ve nar bitkilerinin infekteli dokularından Alternaria izolatları in vitro koşullarında 100 mg/l streptomisin içeren PDA ortamı üzerinde saflaştırılmıştır. Alternaria izolatları PDA besi ortamında alt kültüre alınarak zeytuni yeşil, grimsi miselli koloni gelişimleri göstermiş ve mikroskobik yapıları incelenmiştir. Alternaria spp. izolatlarının sıvı kültür filtratı toksinleri in vitro koşullarında farklı bitki yapraklarında testlenmiş ve en şiddetli toksin etkisi, sırasıyla domates ve Fremont meyvelerinden saflaştırılan A. solani ve A. alternata f.sp. citri izolatlarında gözlenmiştir. Toksine karşı en duyarlı konukçu bitki ise patlıcan yaprağı olmuştur. Alternaria izolatlarının genomik DNA'larından rDNA'ya ait ITS/5.8S bölgelerinin DNA fragmenti PCR ile yaklaşık 620 bç büyüklüğünde çoğaltılmış ve MspI ve HaeIII restriksiyon endonükleaz enzimi ile kesilerek tüm izolatlarda iki farklı uzunlukta (480 ve 140 bç) DNA polimorfizmi elde edilmiştir. ITS/5.8S dizi analizleri izolatlar arasında % 98 ve % 99 oranında homoloji göstermiştir.Anahtar Kelimeler: Alternaria spp., ITS/5.8S, PCR, RFLP, Toksin

Abstract:
In this study, during 2010-2012 suspicious plant samples infected with Alternaria spp. showing fruit rot with dark black and brown leaf spot, and concentric lesion with brown and black spot from different infected crops in Çukurova region were collected. Alternaria spp. were isolated from infected leaf tissues and fruits of pepper, tomato, eggplant, cucumber, citrus and pomegranate and sub-cultured on PDA medium with supplemented 100 mg/l streptomycin. Micelle was grown with dark olive green and grey color. Morphology of micelle and spores were checked under a light microscope with different magnitude. Liquid culture of Alternaria spp. isolates and toxins were tested on different plant leaves and all tested plants have been shown severe lesions to toxins of A. solani and A. alternate f.sp. citri isolated from tomato fruit and ?Fremont? mandarin. The most sensitive host plant to toxins was eggplant leaf. ITS/5.8S DNA region was amplified approximately 620 bp from all Alternaria spp. isolates and 2 different DNA bands (480 and 140 bp) were obtained from all ITS/5.8S region by digestion of MspI and HaeIII RE. ITS/5.8S DNA sequences were homogenous in all isolates with 98 and 99 % ratio.Key Words: Alternaria spp., ITS/5.8S, PCR, RFLP, Tox