Türk toplumunda meme kanserli hastaların sağlıklı meme dokusu ve tümör dokusunda mdr-1(multi drug resistance-1) geninde cC1236T, G2677T/A veC3435T Aallellerinin sıklığının araştırılması
Prevalence of mdr1 (multi drug resistance-1) gene C1236T, G2677T/A  
and C3435T Aalleles in healthy breast tissue and tumor tissue of patients with breast cancer in turkish population
Yazar: FERAH ÇAKIR
Danışman: PROF. DR. SANCAR  BAYAR
Ankara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Genel Cerrahi = General Surgery
Dizin: Alleller = Alleles ; Genler = Genes ; Genler-MDR 1 = Genes-MDR 1 ; Meme = Breast ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Türk toplumu = Turkish society ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Türk toplumunda meme kanserli hastaların sağlıklı meme dokusu ve tümör dokusunda MDR1(Multi Drug Resistance-1) geninde C1236T, G2677T/A ve C3435T allellerinin sıklığının araştırılması 
Meme kanseri kadınlarda en sık görülen kanserdir. Kanser tedavisinde başarıya ulaşmak için genellikle birden fazla antineoplastik ilaç uygulanmaktadır. Ancak, çoklu ilaç direnci kanser kemoterapisinde başarıya ulaşmayı büyük ölçüde engellemektedir.   Çoklu ilaç dirençliliği birden çok ve birbirinden farklı ilaca direnç gelişimidir. Hücre içi yetersiz ilaç konsantrasyonunun nedeni membran geçirgenliğinin bozulmasıdır ve bundan sorumlu faktörün p-glikoprotein olduğu gösterilmiştir. Human P-glikoprotein hücre içine giren toksik maddeler, kemoterapötikler gibi bir takım kimyasalların hücre dışına ATP enerjisi ile atılmasını sağlamaktadır.
P glikoproteini 7.kromozomdaki 28 ekzon içeren MDR1 geni kodlamaktadır. Bu bölgede en yaygın çalışılan alleller C1236T, G2677T=A ve C3435T allelleridir.Bu üç allel genomda lokus olarak birbirine yakın olarak yerleştiğinden alleller aynı anda kodlanmaktadır. Bu nedenle tüm geni incelemek yerine 3 allelinde olduğu haplotipler analiz edilerek Türk toplumunda meme kanserli hastaların sağlıklı meme dokusu ve tümörlü meme dokusunda C1236T, G2677T=A ve C3435T allellerindeki polimorfizm sıklığını araştırdık. 
50 hastaya ait tümörlü meme dokusu ve normal meme dokusu örnekleri incelenerek elde edilen veriler daha önce 107 hastadan oluşan normal populasyondan elde edilen veriler ile karşılaştırıldı. DNA izolasyonu High Pure PCR Template Preparation Kiti kullanılarak gerçekleştirildi. Kantitatif gerçek zamanlı PCR, Roche LightCycler FastStart DNA Master HybProbe cihazında gerçekleştirildi.
Çalışmanın istatistiksel analizi Gaziosmanpaşa Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalında gerçekleştirildi. Tümörlü meme dokusu grubu ile normal populasyonun oluşturduğu grup karşılaştırıldığında haplotip sıklığı açısından gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı. Normal meme dokusu grubu ile normal populasyon grubu karşılaştırıldığında haplotip sıklığı açısından gruplar arasında anlamlı fark saptandı. Allel sıklığı açısından 1236-2677 ve 3435 lokusları karşılaştırıldığında 1236 ve 2677 lokuslarında allel sıklığı açısından istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı. Tümörlü hastalarda tümör boyutu, tümör grade?i, lenf nodu tutulumu durumu, östrojen, progesteron ve c-erb durumu haplotip sıklığı açısından değerlendirildiğinde istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmadı.
Sonuç olarak çalışmamız Türkiye?den yapılan ilk haplotip temelli çalışma olup Türk toplumunda meme kanseri gibi çeşitli hastalıkların oluşmasında MDR1 geninin araştırılması için ve gelecekte yapılacak farmakogenetik çalışmalar için yeni bir çerçeve oluşturmaktadır. Bu konuda daha geniş populasyonlarda yapılacak yeni çalışmalara ihtiyaç vardır. 
Anahtar kelimeler: meme kanseri, ilaç direnç geni, polimorfizm

Abstract:
Prevalence of MDR1 (Multi Drug Resistance-1) gene C1236T, G2677T/A and C3435T alleles in healthy breast tissue and tumor tissue of patients with breast cancer in Turkish population 
Breast cancer is the most common cancer in women. For a successful cancer treatment usually more than one anti-neoplastic drugs are used. However multi-drug resistance prevents success in the cancer chemotherapy. Multi-drug resistance is development of resistance to different drugs. The cause of low drug concentrations in the cell is the deterioration of membrane permeability and it was shown that p-glycoprotein is the responsible factor. Human p-glycoprotein provides discharge of several chemicals such as toxic substances, chemotherapeutic agents out of the cell by consuming ATP. 
P-glycoprotein is encoded by the MDR1 gene which contains 28 exons. MDR1 gene is located on the 7th chromosome. The most common studied alleles on this region are C1236T, G2677T=A, and C3435T. These alleles are located on adjacent loci on genome so they are encoded simultaneously. Therefore instead of studying a whole gene, the haplotypes that contains these three alleles were analyzed and we have studied the polymorphism frequency on C1236T, G2677T=A, and C3435T alleles in healthy and cancerous breast tissue of breast cancer patients repectively in Turkish population. 
Healthy and cancerous breast tissue samples of 50 patients were examined and were compared with previously collected datas of 102 healthy individuals. DNAs were isolated by High Pure PCR Template Preparation Kit. Quantitative real-time PCR was performed in Roche LightCycler FastStart DNA Master HybProbe device. 
The statistical analysis of the research was performed by the Gaziosmanpaşa University, Department of Medical Biology. When cancerous breast tissue group and healthy population group were compared, there were statistically significant difference in haplotype frequency. When 1236, 2677, and 3435 loci were compared for allele frequency, statistical significant difference were determined in 1236 and 2677 loci. Haplotype frequency of the cancerous breast tissue group were compared with tumor size and grade, lymph node involvement, estrogen and progesteron receptors, C-erb presence and there were no statistically significant difference. 
In conclusion, our research, which is the first haplotype based analysis from Turkey,  contributes to the study of the role of MDR1 gene in several diseases such as breast cancer in Turkish population and to the future pharmacogenetic studies. However there is a need of large population studies.
Keywords: breast cancer, multi-drug resistance gene, polymorphism 

?