Klinik örneklerden izole edilen Albicans dışı Candida türlerinin tanımlanmasında konvansiyonel yöntemler, MALDI-TOF-MS ve dizi analizi yöntemlerinin araştırılması
The investigation of MALDI-TOF-MS, sequence analysis and conventional methods for the identification of non-Albicans candida species isolated from clinical samples
Yazar: AYŞE BARIŞ
Danışman: PROF. DR. NURİ KİRAZ
İstanbul Üniversitesi / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Candida albicans = Candida albicans ; Kandida = Candida ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Mantarlar = Fungi ; Taksonomi = Taxonomy

Özet:
Mantar enfeksiyonları, bir yandan yüzeyel tutulumlarıyla yaşam kalitesini etkilemeyi sürdürürken, öte yandan bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda oluşturduğu hayatı tehdit eden sistemik fırsatçı enfeksiyonlar nedeniyle de giderek önem kazanmaktadır. 
Erken ve kesin tanı ile başlanan uygun bir antifungal tedavi, invaziv Candida enfeksiyonlarının başarılı şekilde tedavisi  için şarttır. Bu yüzden patojenik türlerin hızlı ve güvenilir identifikasyonu, özellikle de antifungal ajanlara duyarlılığın türe bağlı olarak değişebilmesi nedeniyle kritik öneme sahiptir. Çalışmamızda son dönemlerde geliştirilen MALDİ-TOF kütle spektrometri yönteminin ve konvansiyonel yöntemlerin, standart olarak kabul ettiğimiz dizi analizi yöntemiyle karşılaştırılmasını amaçladık. 
Çalışmamızda incelediğimiz 100 adet albicans dışı Candida kökeninin ITS gen bölgesinin dizi analizi yapılarak tanımlanması sonucunda; 38 C. parapsilosis, 23 C. glabrata, 19 C. tropicalis, beş C. krusei, beş C. lusitaniae, beş C. kefyr , dört C. orthopsilosis, bir C. guillermondii olarak belirlenmiştir. CHROMagar ile tanımlamada albicans dışı türlerden C. krusei ve C. tropicalis için yüksek duyarlılık ve özgüllük bulunmuştur.  MALDİ-TOF yöntemi ile %98, konvansiyonel yöntemlerle %95 oranında doğru tanımlama yapılmıştır.
Yakın zamanda yapılan moleküler çalışmalar sonucunda alt gruplarına ayrılan C. parapsilosis (C. metapsilosis/C. orthopsilosis) alt türleri konvansiyonel yöntemlerle tanımlanamamaktadır. Bunların güvenilir olarak ayrımlarının yapılabilmesi için moleküler yöntemlere ihtiyaç vardır. Çalışmamızda bulunan 4 C. orthopsilosis izolatı konvansiyonel yöntemlerle tanımlanamazken, MALDİ-TOF yöntemiyle 2' si tanımlanabilmiştir.
Günümüzde moleküler yöntemler henüz klasik yöntemlerin yerini alabilecek durumda değildir. Ancak geleneksel yöntemlerin yetersiz kaldığı durumlarda bu yöntemlerden yararlanılabilir. MALDİ-TOF yöntemi zaman açısından değerlendirilmesinde, konvansiyonel  yöntemlere ve  dizi analizi yöntemine kıyasla en avantajlı yöntem olduğu belirlenmiştir ayrıca veri tabanlarının gün geçtikçe gelişmesi ile gelecekte konvansiyonel yöntemlerin yerini alabileceği muhtemel görünmektedir.

Abstract:
Fungi infections are becoming more of an important issue by reason of affecting quality of life because of the superficial retention; on the other hand, in the number of cases with suppressed immune system, being in the form of life-threatening systemic opportunistic fungal infections. Early and accurate diagnosis and appropriate antifungal therapy is essential for a successful treatment in patients with invasive Candida infections. Therefore, fast and reliable identification of pathogenic species is critical, since the sensitivity to antifungal agents varies depending on the species. 
In our study, it is aimed to compare the recently developed MALDI-TOF method with the commonly used conventional methods and the accepted standart method, Sequence Analysis. In this study, 100 non-albicans Candida species are analyzed with internal transcribed spacer (ITS) Sequence Analysis and 38 C. parapsilosis, 23 C. glabrata, 19, C. tropicalis, five C. kruse, five C. lusitaniae, five C. kefyr , five C. orthopsilosis, and one C. guillermondii are identified. With CHROMagar identification, the sensitivity and specificity for two non-albicans Candida species, namely C. krusei, C. tropicalis are found to be high. Compared to Sequence analysis, identification accuracy is found to be 98% by MALDI-TOF and 95% by conventional methods. C. parapsilosis (C.metapsilosis/C. othopsilosis) which are allocated to sub-type in recent molecular studies, cannot be identified with conventional methods. There is still a need of reliable molecular methods to identify these species. Two of four C. orthopsilosis isolates, which cannot be identified with conventional methods, are able to be identified with MALDI-TOF analysis.
Currently, molecular methods are not yet to be ready to take the place of the conventional methods. However, in situations where traditional methods are not sufficient, they may be utuilized as complementary methods.
MALDI-TOF is determined to be the most advantageous method in terms of identification time, when compared to Sequence Analysis and conventional methods. The substitution of conventional methods by MALDI-TOF seems possible with the improvements of databases  in the future.