Kanatlılardan izole edilen termofilik kampilobakter türlerinde kinolon direncinin fenotipik ve genotipik olarak belirlenmesi /
Yazar: MEHMET CEMAL ADIGÜZEL
Danışman: PROF. DR. NACİYE YAKUT ÖZGÜR
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu çalışmada, farklı üretim sistemlerinde yetiştirilen tavuklardan termofilik kampilobakter izolasyonu yapılması, minimum inhibisyon konsantrasyon (MİK) değerlerinin belirlenmesi (nalidiksik asit ve siprofloksasin) ve dirençle ilişkili genin PCR ile araştırılması amaçlandı. İstanbul (Çatalca, Arnavutköy, Çerkezköy, Avcılar), Sakarya ve İzmir illerinde bulunan yetiştiricilerden, Ekim 2014 – Mayıs 2015 tarihleri arasında tesadüfi örnekleme ile toplam 220 örnek (kloakal svap ya da bağırsak örnekleri) alındı. Bu örneklerin 70'i köy tipi tavuk (kloakal svap), 71'i organik yetiştiricilik (kloakal svap) ve 79'u yer tipi yetiştiricilik (bağırsak içeriği) yapılan broylerlere aitti. Alınan örnekler charcoal cephoperazone desoxycholate (mCCD) agarda kültüre edildi. Multipleks PCR (mPCR) ile 181 Campylobacter spp. izolatı saptandı. C. jejuni (n=98) ve C. coli (n=83) izolatlarının nalidiksik asit ve siprofloksasin için, EUCAST standartlarına göre sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle MİK değerlerini belirlendi. İzolatların nalidiksik asit MİK değerlerine göre (2-128 µg/ml); köy tipi tavuklarda 17, organik broylerlerde 63 ve yer tipi broylerlerde 51 dirençli (MİK>16) izolat saptandı. Siprofloksasin MİK değerlerine göre (0,032-16 µg/ml); köy tipi tavuklarda 24, organik broylerlerde 65 ve yer tipi broylerlere 79 dirençli (MİK>0,5) izolat saptandı. Fenotipik olarak dirençli olan izolatlara gyrA genindeki C257T (Thr-86-Ile) mutasyonunu belirlemek amacıyla Mismatch amplification mutation assay PCR (MAMA-PCR) yapıldı. Tüm izolatların gyrA geninde mutasyon saptandı. Bu bulgular farklı yöntemlerle yetiştirilen tavuklardaki kampilobakter izolatlarında yaygın nalidiksik asit ve siprofloksasin direnci olduğunu ve bu dirençli kampilobakter izolatlarının yaygınlığını azaltmak için kanatlı üretiminde antibiyotik kullanımının sınırlandırılması gerektiği kanısına varıldı.

Abstract:
This study was aimed to the isolation of thermophilic campylobacter from different rearing systems, determination of minimum inhibitory concentrations (MICs) values and, investigation of resistance gene by PCR. Totally 220 dropping samples (cloacal swabs and intestinal contents) by random sampling were collected between October 2014 and May 2015 from village-type, organic and conventional broiler farms which have been found in Istanbul (Catalca, Arnavutkoy, Cerkezkoy, Avcilar), Sakarya and Izmir provinces, respectively. These samples of 70 village-type (cloacal swabs), 71 organic type (cloacal swabs) and 79 conventional type (intestinal swabs) of breeding belonged to broilers. The samples were cultured in modified charcoal cephoperazone desoxycholate (mCCD) agar and 181 isolates were identified with multiplex PCR (mPCR). The MICs values of C. jejuni (n=98) and C. coli (n=83) isolates were determinated with a micro broth dilution method which was recommended by the European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). According to nalidixic acid (2-128 mg / ml) and ciprofloxacin (0,032-16 µg/ml) MICs of the isolates, 17, 63 and 51, and 24, 65 and 79 resistance isolates were determinated in village-type, organic-type and conventional type of breeding respectively. Mismatch amplification mutation assay polymerase chain reaction protocol was performed in order to detect this gyrA mutation. The gyrA mutation was observed in all of ciprofloxacin resistance isolates. These findings showed that the widespread nalidixic acid and ciprofloxacin resistance was found in Campylobacter isolates of chickens different rearing systems and use of antibiotics should be restricted to reduce the prevalence of resistant Campylobacter isolates in poultry production.