Boğaz sürüntü örneklerinde a grubu beta-hemolitik streptokokların tespitinde hızlı antijen testi ve matriks aracılı lazer desorpsiyon iyonizasyon-uçuş zamanlı-kütle spektrometresinin (maldı-tof ms) kullanımı
The use of rapid antigen test and matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry in the diagnosis of group a beta-hemolytic streptococci in throat swab samples
Yazar: RIDVAN DENİZ
Danışman: DOÇ. DR. ELİF AKTAŞ
Sağlık Bakanlığı / İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Farenjitin en sık etkenleri viral mikroorganizmalar olup bakteriyel etken saptanmadığı halde uygulanan ilaç tedavisi gereksiz antibakteriyel kullanımına neden olmaktadır. Öte yandan, etken A grubu beta-hemolitik streptokok (GAS,Streptococcus pyogenes) olduğunda, etkenin kısa süre içerisinde tespit edilip hastanın uygun antibiyotiklerle tedavi edilmesi çok önemlidir. Yüksek duyarlılığa sahip hızlı testlerin kullanımı erken tanı ve uygun tedaviye önemli katkı sağlayacakır. Bu çalışmada amaç; boğaz sürüntü örneklerinde GAS tespitinde hızlı antijen testinin etkinliğini değerlendirmek ve boğaz kültürlerinde üreyen GAS'ların identifikasyonunda MALDI-TOF MS yöntemiyle geleneksel yöntemlerin etkinliğini karşılaştırmaktır.
Bu amaca yönelik olarak Kasım 2014-Haziran 2015 tarihleri arasında Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarına farenjit ön tanısıyla rutin olarak gönderilen 3668 boğaz sürüntü örneği değerlendirilmiştir. Örneklere hızlı QuickVue+Strep A Antijen testi (Quidel Corporation, USA) ile eş zamanlı olarak kültür yapılmıştır. İdentifikasyon için basitrasin duyarlılığı, PYR testi, ve lateks aglütinasyon yöntemine ek olarak MALDI-TOF MS kullanılmıştır. Kültürde üreyen GAS yoğunluğu ve her bir test için sonuç verme süresi kaydedilmiştir.
Çalışma, 1615'i kadın (%44), 2053'ü erkek (%56) olmak üzere toplam 3668 çocuk ve yetişkinde yapılmıştır. Olguların yaşları 0-72 arasında değişmekte olup ortalaması 7.9 ± 7.14'tür. Örneklerin 567'sinde (%15.5) GAS kültür sonucu pozitif, 536'sında (%14.6) hızlı antijen testi pozitif bulunmuştur. Kültür pozitiflik oranı 5-15 yaş arasındaki olgularda %20.5 olarak bulunmuştur. Cinsiyetlere göre pozitiflik oranlarında farklılık bulunmamıştır (p>0.05). Hızlı antijen testinin kültüre göre, duyarlılığı %89.07, özgüllüğü %99, pozitif kestirim değeri %94.22, negatif kestirim değeri %98.02, testin doğruluğu %97.46 olarak saptanmıştır. Üreme varlığında MALDI-TOF MS ile tanı koyma süresi, PYR, lateks aglütinasyon ve basitrasin duyarlılığı testlerinden anlamlı düzeyde düşüktür (p<0.01). Basitrasin testinin tanı koyma süresi, PYR ve lateks aglütinasyon testlerinden anlamlı düzeyde yüksektir (p<0.05). Sonuçlar, üreme yoğunluğu az, orta ve çok olan kültürler için benzerdir.
Sonuç olarak; çalışmada kullanılan hızlı antijen testinin duyarlılığı ve özgüllüğü oldukça yüksek bulunmuş, tanıya önemli katkı sağlayacağı görülmüştür. Kültürde şüpheli üreme olduğunda MALDI-TOF MS ile geleneksel yöntemlere göre daha kısa sürede sonuç verilerek uygun tedavinin düzenlemesi mümkün olabilmektedir.
Anahtar Kelimeler: GAS, MALDI-TOF MS, Hızlı Antijen Testi

Abstract:
Pharyngitis in most cases is due to viral microorganisms however drug therapy without the detection of the etiological agent leads to unnecessary use of antibacterials. On the other hand when the etiologic agent is group A beta-hemolytic streptococci (GAS, Streptococcus pyogenes), it is important to identify the etiologic agent in a short time and treat the patient with appropriate antibiotics. The use of the highly sensitive rapid tests will contribute significantly to the early diagnosis and the appropriate therapy. The aim of this study is to evaluate the efficacy of a rapid antigen test in detecting GAS in throat swab samples and to compare the efficiency of MALDI-TOF MS and the traditional methods in identifying GAS isolated in throat cultures.
 
In accordance with this aim, 3668 throat swab samples submitted to Sisli Hamidiye Etfal Education and Research Hospital Clinical Microbiology Laboratory with a pre-diagnosis of pharyngitis were assessed between November 2014 and June 2015. The samples were simultaneously cultured and tested by the rapid QuickVue+Strep A antigen test (Quidel Corporation, USA). For identification,  bacitracin sensitivity, PYR test and latex agglutination test in addition to MALDI-TOF MS were used. The density of GAS growth in the culture and the time to conclusion for each test were noted.
 
The study was performed in 3668 children and adults with 44% (1615) being female and 56%(2053)  being male. The age of the patients ranged between 0-72 years having a mean value of 7.9±7.40. 567 (15.5% ) and 536 (14.6%) of the samples were positive for GAS culture and the rapid antigen test, respectively. The culture positivity rate in patients between 5-15 years was found to be 20.5%. There was no significant difference in relation to positivity ratios when gender was considered (p>0.05). The sensitivity of the rapid antigen test with respect to culture was 89.07%, specificity 99%, positive predictive value 94.22%, negative predictive value 98.02% and the accuracy of the test was identified as 97.46%. In the presence of growth in culture,  the time to diagnosis with MALDI-TOF MS was significantly lower than PYR, lateks agglutination and bacitracin sensitivity tests. The time to diagnosis with the bacitracin test was significantly higher than PYR and the latex agglutination tests (p<0.01). The results were comparable for cultures having low, medium and high growth density.

In conclusion, the sensitivity and the specificity of the rapid antigen test used in the study was found quite high and the test was found to contribute significantly to the diagnosis. When there is a suspicious growth in culture, MALDI-TOF MS will give rise to results in a shorter period of time than the traditional methods resulting in the administration of appropriate therapy. 

Keywords: GAS, MALDI-TOF MS, Rapid Antigen Test