Komor adaları Tephritidae (Diptera) familyasının biyoçeşitliliği ve moleküler filogenetik analizi
The biodiversity and molecular phylogenetic analysis of Tephritidae (Diptera) family in the comoro islands
Yazar: BAKAR KASSIM
Danışman: PROF. DR. TURGAY ÜSTÜNER
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Biyoçeşitlilik = Biodiversity ; Filogeni = Phylogeny ; Komor Adaları = Komor Islands ; Mitokondriyal DNA = Mitochondrial DNA ; Taksonomi = Taxonomy ; Tephritidae = Tephritidae

Özet:
Bu çalışma Komor Adaları'ndaki orman, step, yüksek dağ stepi, tarım alanları gibi farklı habitatlarda Tephritidae familyasının biyoeşitliliğinin ve moleküler filogenetik analizlerinin yapılarak soy ağacının belirlenmesi için yapılmıştır. Komor Adaları'ndan 2019-2020 yılları arasında toplanan örneklerin morfolojik, morfometrik ve moleküler analiz verilerinin değerlendirilmesi sonucunda Tephritidae familyasının Dacinae altfamilyasından Ceratidini tribusuna ait Ceratitis, Neoceratitis, Trirhithrum cinsleri ile Dacini tribusuna ait Bactrocera, Dacus cinsleri olmak üzere toplam 5 cinse ait on üç tür [Bactrocera carambola Drew & Hancock, 1994; Bactrocera dorsalis (Hendel, 1912); Bactrocera invadens Drew, Tsuruta & White, 2005; Bactrocera kandiensis Drew & Hancock, 1994; Bactrocera papayae Drew & Hancock, 1994; Bactrocera sp.; Ceratitis capitata (Wiedemann, 1824) ; Dacus bivittatus (Bigot, 1858); Dacus ciliatus Bezzi, 1908; Dacus vertebratus Bezzi, 1908; Dacus sp.; Neoceratitis cyanescens (Bezzi, 1923); Trirhithrum nigerrimum (Bezzi, 1913)] tespit edilmiştir.
Bu çalışmada tephritid örneklerinin teşhisi için kullanılan üç metottan biri olan vücut kısımlarının (baş, thorax, abdomen, bacaklar ve kanatlar, genital yapıları) morfolojik karakterlerinin incelenmesine göre yapılmıştır. İkinci yöntemde kanatların prepararasyonu yapılarak morfometrik ölçümlerine göre türlerin teşhisleri karşılaştırılmıştır. Üçüncü yöntemde ise DNA ekstraksiyonu için QIAGEN-Kit (DNeasyBlood & Tissue Kit (50)) kullanılmiştır. DNA yönteminde mitokondriyel (COI), tek bireyden elde edilen DNA'lar ile ilgili gen bölgeleri PCR yöntemi ile çoğaltılmıştır. Bütün genom amplifikasyonu ve yeni sekanslama metotları kullanılarak tüm mitokondriyal (mt) genom dizisi sekanslanmıştır. Kanat morfometrik indis hesapları MorphoJ uygulamasına göre yapılmıştır. DNA analizi sonucunda filogenetik ağaç ise PAUP*/MrBayes (Filogeninin Bayes çıkarımı) ve UPGMA metoduna göre yapılmıştır. Çalışmada Bactrocera carambola, Bactrocera papayae ve Bactrocera kandiensis türleri Komor Adaları faunası için ilk kez kaydedilmişitir. On üç türden Bactrocera sp. ve Dacus sp. türlerinin yeni tür olduğu düşünülmektedir.

Abstract:
This study was carried out to determine the biodiversity and molecular phylogenetic analyses of the family Tephritidae in different habitats such as forest, steppe, high mountain steppe and agricultural areas in Comoros Islands. As a result the evaluation of morphological and morphometric data and molecular analyses of specimens collected in Comoros between 2019 and 2020, thirteen species of Tephritidae of the subfamily Dacinae belonging to a total of 5 genera, including the genera Ceratitis, Neoceratitis, Trirhithrum belonging to the tribe Ceratidini, and the genera Bactrocera, Dacus belonging to the tribe Dacini [Bactrocera carambola Drew & Hancock, 1994; Bactrocera dorsalis (Hendel, 1912); Bactrocera invadens Drew, Tsuruta & White, 2005; Bactrocera kandiensis Drew & Hancock, 1994; Bactrocera papayae Drew & Hancock, 1994; Bactrocera sp.; Ceratitis capitata (Wiedemann, 1824); Dacus bivittatus (Bigot, 1858); Dacus ciliatus Bezzi, 1908; Dacus vertebratus Bezzi, 1908; Dacus sp.; Neoceratitis cyanescens (Bezzi, 1923); Trirhithrum nigerrimum (Bezzi, 1913)] were identified. 
One of the three methods used in this study for the identification of tephritid specimens was based on the morphological characters of the body parts (head, thorax, abdomen, legs and wings, genitalia). In the second method, the identification of the species was compared according to morphometric measurements by preparing the wings. In the third method, QIAGEN-Kit (DNeasyBlood & Tissue Kit (50)) was used for DNA extraction. In the DNA method, mitochondrial (COI) gene regions were amplified by PCR with DNA extracted from a single individual. The whole mitochondrial (mt) genome sequence was sequenced using whole genome amplification and new sequencing methods. Wing morphometric index calculations were made according to MorphoJ application. As a result of DNA analysis, phylogenetic tree was constructed according to PAUP*/MrBayes (Bayesian inference of phylogeny) and UPGMA method. In this study, Bactrocera carambola, Bactrocera papayae and Bactrocera candiensis were recorded for the first time for the fauna of Comoros Islands. In the thirteen species, Bactrocera sp. and Dacus sp. are considered news species.