İstanbul Üniversitesi Nadir Eserler Kütüphanesi yazma eserlerinin mikrobiyolojik kontaminasyon bakımından araştırılması
Research of manuscripts of Istanbul University Virtual Library in terms of the microbiological contamination
Yazar: İREM MUTLU
Danışman: DOÇ. DR. DUYGU KADAİFÇİLER
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: El yazması =   ; Mikrobiyal kontaminasyon =

Özet:
Kültür tarihinin birinci elden kaynakları olma özelliğine sahip yazma eserleri, özenle muhafaza etmek ve gelecek nesillere aktarmak her ülke için büyük önem arz eder. Geçmiş ile gelecek arasında köprü görevi gören bu eserleri gelecek nesillere aktarmak ve doğru-güvenilir şekilde erişilmesini sağlamak amacıyla eserlerin uğradığı tahribatı önlemek için araştırmalar yapılmaktadır. Bu çalışmaların en önemli odak noktası ise eserlerin uğradığı mikrobiyal tahribattır. Bu bağlamda mikrobiyolojik tahribatın altında yatan nedenlerin doğru bir biçimde saptanması, yeterli derecede korunması ve kontrolleri için eserlerdeki mikrobiyolojik tahribattan sorumlu türlerin belirlenmesi ve eserlerdeki mikrobiyal yükün belirlenmesi önem arz eder.
Bu tez çalışmasında İstanbul Üniversitesi Kütüphane ve Dokümantasyon Daire Başkanlığı'na bağlı Nadir Eserler Kütüphanesinde farklı şekillerde (lekelenme, pamuklaşma) tahribata uğramış 25 el yazması eser, klasik kültür yöntemleri kullanılarak aerobik heterotrofik bakteri (AHB) ve mikrofungus kontaminasyonu açısından değerlendirilmiştir. Bu kapsamda hem yazma eserlerin zarar görmemesi hem de daha fazla sayıda mikroorganizmaya ulaşabilmek amacıyla örnek alma işlemi, membran filtre ve eküvyon olmak üzere 2 farklı yöntem kullanılarak yapılmıştır. Mikrofungus izolasyonunda daha fazla metabolik çeşitlilikte izolat elde edebilmek için Dikloran gliserol 18 agar (DG18) ve Malt ekstrakt agar (MEA) besiyerleri kullanılmıştır. Eserlerdeki mikroorganizma sayıları tespit edilmiştir. İzole edilen bakteri kültürlerinin Gram dahil birçok özellikleri ile birlikte, eserlerin tahribatında etkili olabilen selülaz sentezleyebilme yetenekleri belirlenmiştir. Mikrofungus izolatlarının da selülaz sentezleyebilme yetenekleri belirlenmiş ve morfolojik yöntemler (makro ve mikromorfolojik özellikleri incelenerek) kullanılarak cins ve tür düzeyinde tanımlamaları yapılmıştır. Buna göre 25 yazma eserin tamamında mikroorganizma tespit edilmiştir. Farklı örnek alma yöntemleri sonucu elde edilen AHB sayıları arasında istatistiksel olarak anlamlı fark tespit edilmemiştir.  Bununla birlikte AHB varlığının saptanmasına yönelik çalışmalarda membran filtre yönteminin, AHB sayısının belirlenmesine dair çalışmalarda ise membran filtre yöntemine ek olarak eküvyon yönteminin de kullanılması önerilir. Eküvyon yöntemi ile saptanan mikrofungus sayılarının, membran filtre yöntemi ile tespit edilen mikrofungus sayılarından daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. Mikrofungus izolasyonunda kullanılan 2 farklı besiyeri arasında ise istatistiksel anlamda fark olmadığı saptanmıştır. Bununla birlikte mikrofungus varlığının tespitinde membran filtre yönteminin DG18 besiyeri ile, mikrofungus sayısının saptamasında ise eküvyon yönteminin DG18 ve/veya MEA ile kullanılması tavsiye edilir. AHB izolatlarının %27.2'sinin, mikrofungusların ise %93.46'sının selülolitik olduğu tespit edilmiştir. Yazma eserlerde en çok saptanan AHB'ler Gram pozitif kok, en çok saptanan mikrofunguslar sırasıyla Penicillium, Aspergillus ve Cladosporium idi. En yüksek selülaz indeks değerine sahip bakteri Gram pozitif basil morfolojisindeydi. En yüksek selülaz indeksine sahip mikrofungus Acremonium idi.  Yazma eserlerde en çok tespit edilen türler sırasıyla Penicillium chrysogenum, Aspergillus fumigatus ve Penicillium expansum'du.   Penicilllium solitum, Aspergillus glaucus, Aspergillus puulaauensis, Aspergillus fischeri, Aspergillus westerdijkiae, Cladosporium oxysporum, Cladosporium variabile, Alternara citri ve Microascus chartarum türlerinin yazma eserlerde varlığı ilk kez bu çalışmada tespit edilmiştir. Ayrıca fırsatçı patojen özelliğe sahip olduğu bilinen birçok mikrofungus da tanımlanmıştır. 
Sonuçta, birden fazla örnekleme yöntemi ve besiyeri kullanılması mikrobiyal çeşitliliğin belirlenmesi, mikroorganizma sayısının tespiti ve mikroorganizmaların hücre dışı enzim aktivitelerinin taranması deneylerinin bir arada gerçekleştirildiği çalışmalar için önem arz etmektedir.  Çalışmanın bulguları yazma eserlerin tahribatını önleme ve koruma yöntemlerini geliştirmek için literatüre veri sağlamaktadır.

Abstract:
Historical manuscripts, which are first-hand cultural sources, are of great importance for every country in being meticulously preserved and passed on to future generations. In order to transfer these manuscripts, which serve as a bridge between the past and the future, to future generations and to ensure accurate and reliable access, prevent deterioration are being investigated. The most important focus of these studies is the microbial deterioration suffered by the manuscripts. In this context, it is important to determine the species responsible for microbiological deterioration in artifacts in order to accurately determine the underlying causes of microbiological deterioration and to adequately protect and control them.
In this thesis study, it was aimed to evaluate the Aerobic heterotrophic bacteria (AHB) and microfungal flora of 25 historical manuscripts considered to have been deteriorated in the Virtual Library of Istanbul University Library and Documentation Department by using classical cultural methods. In this context, sampling will be done using two different methods, namely swabs and membrane filters, in order not to damage manuscripts and to reach more microorganisms. In order to obtain more metabolically diverse isolates in microfungus isolation, Dichloran glycerol 18 agar (DG18) and Malt extract agar (MEA) media were used.
The number of microorganisms in historical manuscripts was determined. Many characteristics of the isolated bacterial cultures, including Gram, as well as their ability to synthesize cellulase, which can be effective in the deterioration of, manuscripts were determined. The ability of microfungal isolates to synthesize cellulase was determined and their identification was made at genus and species level using morphological methods (by examining macro and micromorphological features).
Accordingly, microorganisms were detected in all 25 manuscripts. No statistically significant difference was detected between the AHB numbers obtained as a result of different sampling methods. However, it is recommended to use the membrane filter method in studies aimed at detecting the presence of AHB, and the swab method in addition to the membrane filter method in studies on determining the number of AHB. It was determined that the microfungi numbers detected by the swab method were higher than the microfungi numbers detected by the membrane filter method. It was determined that there was no statistical difference between the 2 different media used in microfungal isolation. However, it is recommended to use the membrane filter method with DG18 medium to detect the presence of microfungi, and the swab method with DG18 and/or MEA to detect the number of microfungi. It was determined that 27.2% of AHB isolates and 93.46% of microfungi were cellulolytic.The most frequently detected AHB's in manuscripts were Gram-positive cocci, and the most frequently detected microfungi were Penicillium, Aspergillus and Cladosporium, respectively. The bacteria with the highest cellulase index structure had the Gram-positive bacillus morphology. The microfungi with the highest cellulase index was Acremonium. The most frequently detected species in manuscripts were Penicillium chrysogenum, Aspergillus fumigatus and Penicillium expansum, respectively. The presence of Penicillium solitum, Aspergillus glaucus, Aspergillus puulaauensis, Aspergillus fischeri, Aspergillus westerdijkiae, Cladosporium oxysporum, Cladosporium variabile, Alternara citri and Microascus chartarum species in manuscripts was detected for the first time in this study. Many microfungi known to have opportunistic pathogenic properties have also been identified. 
As a result, the use of more than one sampling method and medium is important for studies where determination of microbial diversity, determination of the number of microorganisms and screening of extracellular enzyme activities of microorganisms are carried out together. The findings of the study provide data to the literature to develop methods to prevent and preserve the destruction of manuscripts.