Anaerobik bakterilerin tanımlanmasında matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometrisinin (maldi-tof MS) değerlendirilmesi
Evaluation of laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) for identification of anaerobe bacteria
Yazar: MEHMET ÖLMEZ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
Sakarya Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Anaerobik bakteriler = Anaerobic bacteria ; Bakteri izolasyonu = Bacterial isolation ; Bakteriler = Bacteria ; Kan kültürü = Blood culture ; Kan kültürü = Blood culture ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada MALDI-TOF MS yöntemi kullanılarak hem koloniden hem de kan kültürü şişesinden direkt anaerop bakterilerin identifikasyonunun konvansiyonel ve otomatize ticari yöntemlerle karşılaştırılarak araştırılması amaçlanmıştır.

GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmada 67 klinik izolat ve 2 standart suş incelenmiştir. Konvansiyonel yöntemler, Vitek 2 identifikasyon sistemi, üremiş kolonilerden ve direkt olarak kan kültür şişelerinden MALDI-TOF MS ile tanımlanmaları test edilmiştir. MALDI-TOF MS yöntemiyle direkt olarak kan kültürü şişelerinden tarafımızdan optimize edilen yöntemle bakteriler tanımlanmıştır. Bu yöntemde birkaç santrifüj ve ekstraksiyon işleminden sonra elde edilen süpernatant kısımdan alınan örnek MALDI-TOF MS cihazında okutulmuştur.

BULGULAR: Toplam 69 anaerop bakteriden konvansiyonel yöntemlerle 6'sı (%8,7) tür düzeyinde, 49'u (%71) cins düzeyinde; Vitek 2 sistemiyle 36'sı (%52,1) tür düzeyinde, 54'ü (%78,2) ise cins düzeyinde; MALDI-TOF MS kullanılarak koloniden yapılan işlemle bakterilerin tamamı (%100) tür düzeyinde; MALDI-TOF MS kullanılarak direkt kan kültürü şişesinden 43'ü (%62,3) tür düzeyinde, 47'si (%68,1) cins düzeyinde doğru olarak tanımlanmışlardır.

SONUÇ: Bu çalışmada MALDI-TOF MS yönteminin anaerop bakterilerin gerek koloniden gerekse de kan kültür şişesinden direkt olarak identifikasyonunda büyük başarıyla kullanılabileceği ve sonuç verme süresini oldukça kısalttığı tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, daha yüksek oranda gram negatif anaerop bakterilerde olmak üzere, konvansiyonel ve otomatize ticari yöntemlerle büyük ölçüde uyumludur. Ancak yöntem henüz tüm laboratuvarlarda kullanılabilecek şekilde standardize edilememiştir. Bu konuda daha detaylı ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.

Abstract:
Evaluation of Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) for Identification of Anaerobe Bacteria

INTRODUCTION AND AIM: The aim of this study to investigate the identification of anaerobic bacteria from colonies and directly blood culture bottles by using MALDI-TOF MS method by comparing with conventional and automated commercial methods.

MATERIAL AND METHOD: 67 clinical isolates and 2 standard strains were examined in the study. Identification by conventional methods, Vitek 2 identification system, from grown colonies and directly blood culture bottles by MALDI-TOF MS was tested. With the MALDI-TOF MS method, bacteria were identified directly from the blood culture bottles with the method optimized by us. In this method, the sample taken from the supernatant part obtained after a few centrifugation and extraction processes was read in MALDI-TOF MS device.

RESULTS: From a total of 69 anaerobic bacteria; with conventional methods, 6 (%8,7) of them at the species level and 49 (%71) of them at the genus level; with the Vitek 2 system, 36 (%52,1) of them at the species level and 54 (78.2%) of them at the genus level; with MALDI-TOF MS from the bacterial colonies, all of them (%100) at the species level; with MALDI-TOF MS from the direct blood culture bottles, 43 (%62,3) of them at the species level and 47 (68.1%) of them at the genus level were correctly identified.

CONCLUSION: In this study, it was determined that MALDI-TOF MS method can be used with great success for identifying anaerobic bacteria from both colonies and directly blood culture bottles and significantly shorten the result time. The results obtained are broadly consistent with conventional and automated commercial methods, with a higher proportion of gram-negative anaerobic bacteria. However, the method has not yet been standardized to be used in all laboratories. More detailed and comprehensive studies are needed on this subject.