Mide, duodenum biyopsi örneklerinden Helicobacter pylori' nin izolasyonu ve antimikrobik direncinin araştırılması
The isolation of Helicobacter pylori from stomach, duodenum biopsy samples and investigation of antimicrobial resistance
Yazar: UMUT (ÇAĞDAŞ) DAĞDARTAN
Danışman: DOÇ. DR. ZEHRA FEZA OTAĞ
Mersin Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Clarithromycin = Clarithromycin ; Gastrit = Gastritis ; Helicobacter = Helicobacter ; Helicobacter enfeksiyonları = Helicobacter infections ; Helicobacter pylori = Helicobacter pylori ; Mide hastalıkları = Stomach diseases ; Mide ülseri = Stomach ulcer ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Üre = Urea ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Helicobacter pylori (H. pylori) insanlarda en sık görülen kronik bakteriyel infeksiyonlardan biridir. H. pylori gastrit, gastrik ve duodenal ülser, gastrik adenokarsinoma ve mukoza-ilişkili lenfoid doku (MALT) lenfoma da major patojen olarak bildirilmektedir. H. pylori`nin tanımlanması için endoskopi gerektirmeyen non-invaziv testler; C13 üre nefes testi, serolojik yöntemler, dışkı kültürü, dışkıda antijen aranması, dışkıdan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile etkenin aranmasıdır. Endoskopi gerektiren invaziv yöntemler ise; kültür, histopatolojik inceleme, hızlı üreaz testi, moleküler yöntemlerdir. İnfeksiyonun eradikasyonunda klaritromisin ve amoksisilin ya da metranidazol ile proton pompa inhibitörü (PPI) veya ranitidin bizmut sitratın kombine kullanıldığı üçlü tedavi protokolü uygulanmaktadır. Ancak günümüzde antibiyotik direnci artmakta ve eradikasyon tedavisinin başarısını azaltmaktadır. Bu çalışmada; dispeptik şikayetlerle Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı Gastroenteroloji Polikliniği'ne başvuran 149 hastanın mide antrum biyopsi örneklerinde kültür, PZR ve üreaz testi; dışkı örneklerinde ise ELISA yöntemiyle H. pylori varlığının araştırılması ve tetrasiklin, amoksisilin, metronidazol, levofloksasin antimikrobik dirençlerinin E-test, klaritromisin direncinin hem E-test, hem PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) yöntemleriyle belirlenmesi amaçlanmıştır. Kültür yöntemiyle 43, üreaz test ile 80, HpSA ile 65, PZR ile 102 olguda H. pylori saptanmıştır. Kültür, PZR, HpSA ve üreaz testi yöntemlerinin duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla %52,44 ve %100,00, %96,34 ve %62,30, %80,28 ve %81,40, %86,59 ve %85,71 olarak saptanmıştır. E-test ile yapılan antibiyotik duyarlılık testinde klaritromisine %18,2, tetrasikline %9,1, amoksisiline %0,0, metronidazole %45,5, levofloksasine %18,2, PCR-RFLP ile klaritromisine %18,1 direnç saptanmıştır. Nükleotid 2144'te %64,7, nükleotid 2143'te %35,3 nokta mutasyonu saptanmıştır. Sonuç olarak H.pylori'nin doğru tanı ve tedavisi oldukça önemlidir. Bakteri varlığını göstermek için non-invaziv bir test olan HpSA kullanılabilir. Tedavi başarısızlığı durumunda kültür yapılarak antibiyotik duyarlılığı araştırılmalıdır.

Abstract:
Helicobacter pylori (H. pylori) is one of the most common infections in human. H. pylori is reported as major pathogen in gastritis, gastric and duodenal ulcer, gastric adenoid carcinoma and mucosa-associated lymphoid tissue (MALT). Non-invasive tests without endoscopy are C13 urea breath test, serological methods, stool culture, stool antigen test, investigation of pathogen from stool by Polimerase Chain Reaction (PCR) for detection of H. pylori. Invasive methods involving endoscopy are culture, histopathology examination, rapid urease test and molecular methods. Triple treatment regime, clarithromycin and amoxicillin or metronidazole with proton pump inhibitor (PPI) or ranitidine bismute citrate comibination are applied for infection eradication. But nowadays, increasing antibiotic resistance is diminishing eradication treatment success. The aim of this study is establishing of H. pylori in 149 patients? stomach antrum biopsy samples, applied Mersin University Faculty of medicine, Department of Internal medicine, Gastroenterology clinic, by culture, PCR and urease test and detection of H. pylori existence in stool samples by ELISA and determining antimicrobial resistance by E test, PCR-RFLP for clarithromycin resistance. H. pylori was detected in 43 samples by culture, 80 samples by urease test, 65 samples by HpSA and 102 samples by PCR. The sensivity and specifity of culture, PCR, HpSA and urease tests were determined as %52,44 and %100,00, %96,34 and %62,30, %80,28 and %81,40, %86,59 and %85,71. The resistance to clarithromycin %18,2, tetracycline %9,1, amoxicillin %0,0, metronidazole %45,5 and levofloxcacine %18,2 were detected by E test. Clarithromycin resistance was established as % 18,1 by PCR-RFLP. The point mutation ratio in nucleotide 2144 was detected %64,7 and %35,3 in nucleotide 2143. Finally, accurate diagnosis and treatment of H. pylori is significant. HpSA non-invasive test could be used for bacteria existence. Antibiotic sensivity should be investigated by culture methods in the state of treatment failure.