Neodiprion sertifer (Hymenoptera:Diprionidae) türünün total mitokondri genomu üzerine araştırmalar
Investigation on the complete mitogenome of Neodiprion sertifer (Hymenoptera:Diprionidae)
Yazar: MERVE NUR ÖRDEK
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ERTAN MAHİR KORKMAZ
Cumhuriyet Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Hymenoptera takımı böcek takımları arasında, biyolojik yaşam çeşitliliği ve tür zenginliği açısından ilk sırada yer alan takımlardan biridir. Birçok evrimsel ve biyocoğrafik örüntünün saptanmasına yönelik çalışmalarda model bir grup olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmalarda moleküler yöntemler önemli oranda kullanılmakta ve belirteç olarak da birçok avantajlı özelliğinden dolayı mitokondriyal DNA'ya başvurulmaktadır. Moleküler ekoloji çalışmalarında mtDNA'nın popüleritesi, mtDNA'nın birkaç temel özelliğine bağlıdır. Bunların başında, mitogenomun nispeten küçük olması, bol miktarda bulunması, izolasyonunun kolay olması ve anasal kalıtım sergilemesi sayılabilir. 
Bu çalışma kapsamında Neodiprion sertifer (Hymenoptera: Diprionidae) türünün total mitogenom verisi elde edilerek karakterize edilmiştir. N. sertifer mitogenomunda fazladan bir tRNA geni (trnM) içermesi ve iki gen yeniden düzenlenmesi (trnQ ve trnM) sergilemesi dışında korunmuş gen düzenlenmesine sahiptir. Ayrıca atasal pancrustacea mitogenomuna göre düzensizleşme eğilimi ve genom genelinde sergilediği AC eğilimi ilgili türde mitogenomun yüksek evrimleşme hızı sergilediğine işaret etmektedir. Bunun yanında ilgili genom, özellikle yapısal fonksiyonu olan sekonder yapı kazanan RNA elemanlarını koruma eğilimi sergilemektedir. Ayrıca replikasyon ve transkripsiyonda fonksiyonel olan genetik elemanlar da oldukça korunmuştur. Türün total mitogenom verisinin elde edilmesiyle takım içerisinde, özellikle de Symphyta alttakımında mitogenom evriminin anlaşılmasında önemli veriler sağlar.

Abstract:
Hymenoptera is one of the most important insect orders in terms of its diversity of life history strategies and species richness. This order is potentially useful as a model group in determination of the numerous evolutionary and biogeographical patterns. Researchers are increasingly applied to the molecular techniques to study evolution and molecular ecology. Mitochondrial DNA is also used as a molecular marker in these studies because of its several advantageous: relatively small genome size, abundance in a cell, relatively easy to isolate from tissue and mode of maternal inheritance.
Here, a complete mitogenome of Neodiprion sertifer (Hymenoptera: Diprionidae) was sequenced, for the first time, and characterised. The gene orders are mostly conserved, except for a more tRNA gene (trnM) and two gene rearrangements (trnQ ve trnM). It is thought that the mitogenome of N. sertifer has a higher evolution rate due to the presence of irregularity compared to the hypothetical ancestral pancrustacean mitogenome and the AC-bias across its all mitogenome. The predicted secondary structures of the rRNA genes are also particularly conserved in most of the functional elements. It is also found the presence of conserved functional elements in replication and transcription of the mitogenome. A detailed comparison with the previously reported hymenopteran mitogenomes has provided important insights for understanding the mitogenome evolution in Hymenoptera, and particularly in sawflies.