Dispeptik Hastalardan Üretilen Helicobacter pylori Kökenlerinde Klaritromisin Direnç Nedeni Yeni Mutasyonlar ve Bunların Fenotipik Dirence Etkileri
New Point Mutation Associated with Clarithromycin Resistance in Helicobacter pylori Strains İsolated From Dyspeptic Patients and Their Effects on Phenotypic Clarithromycin Resistance
Yazar: MERVE SAKLI
Danışman: PROF. DR. BEKİR SAMİ KOCAZEYBEK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Helicobacter = Helicobacter

Özet:
Helicobacter pylori'nin tedavisinde kullanılan antibiyotiklere karşı tüm dünyada ciddi bir direnç artışı gözlenmektedir. Bu çalışmada; H. pylori genomunun 23S rRNA bölgesinde, yeni tanımlanmış üç nokta mutasyonunun (A2115G, A2144T ve G2141A), Türkiye'de izole  edilen H. pylori kökenlerindeki varlığını ve bu mutasyonların klaritromisin direnci üzerine olan etkilerini  araştırmayı amaçladık 
Çalışmada, İ.Ü-Cerrahpaşa, "Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, İç Hastalıkları Gastroenteroloji Anabilim Dalı" ve Genel Cerrahi Anabilim Dalı Poliklinikleri'ne dispeptik yakınmayla başvurmuş ve endoskopi endikasyonu alan 63 hastanın, antrum ve korpuslarından alınan biyopsi örneklerinden üretilmiş H. pylori kökenleri kulanılmıştır.  Çeşitli biyokimyasal testlerle tanımlanan H. pylori kökenlerinin fenotipik klaritromisin dirençleri, E-test ile H. pylori DNA varlığı ise real-time PCR yöntemi tespit edilmiştir. 
Toplam 63 H. pylori kökeninin 39 (% 61,9)'u klaritromisine karşı duyarlı, 24 (% 38,1) köken ise klaritromisine dirençli olarak saptanmıştır. Ayrıca 8 (% 12,7) kökende A2115G nokta mutasyonu, 9 (% 14,3) kökende A2144T mutasyonu, 11 (% 17,5) kökende ise G2141A mutasyonu saptanmıştır. 
Sonuç olarak; 3 gen bölgesinin klaritromisin direncini arttırmak için birbirlerinden bağımsız rollerini saptamak için yaptığımız binary lojistik regresyon analizine göre,  en sık gözlenen A2144T nokta mutasyonunun klaritromisin direncini 37,32 kat, A2115G nokta mutasyonunun 31,99 kat ve G2141A nokta mutasyonunun ise 28.44 kat  indüklemiş olabileceği kanaatindeyiz. Bu 3 nokta mutasyonun varlığının Türkiye'de araştırılmasının H. pylori tedavisinde önemli bir sorun haline gelen klaritromisin direncinin saptanması açısından önem taşıdığını ve H. pylori izoltlarında daha sık görülen, A2143G, A2142G, A2142C gibi klasik nokta mutasyonlarının yanında A2115G, G2141A ve A2144T yeni alternatif nokta mutasyonlarının da taranmasının faydalı olacağını düşünmekteyiz.

Abstract:
A significant resistance increase is observed globally against antibiotics used in the treatment of H. pylori infections. We aimed to evaluate the presence of recently defined new point mutations (A2115G, A2144T and G2141A) in H. pylori genome 23S rRNA region for the H. pylori strains obtained in Turkey and also to evaluate the effects of these mutations for  clarithromycin  resistance of these strains.  
H. pylori strains isolated from gastric biopsy specimens of 63 patients with a dispeptic complaint admitted to the I.U-Cerrahpasa, Cerrahpaşa Medical Faculty, Department of Internal Medicine,  Gastroenterology and General Surgery Department were used in this study.  E-test was used for the detection of phenotypic clarithromycin  resistance and RT-PCR method  was used for the detection of point mutations.  
Thirty-nine of  63 (%61.9)  strains were susceptible to claritomycin and 24 (38.1%) of them were resistant against to clarithromycin. In addition, 8 (12,7%), 9 (14,3%)  and 11 (17,5%)   of H. pylori strains were detected to have A2115G, A2144T and G2141A point mutations, respectively.  
As a result; we suggest that  most frequent A2144T point mutation may induce 37.33 fold increase for the resistance to clarithromycin for the detection of independent roles of each point mutations in binary logistic regression analysis. In addition, A2115G and G2141A point mutations may also increase for the resistance to clarithromycin as 31.99 and 28.44 folds, respectively in this study. We suggest that to scan this new three point mutations is important for the determination of clarithromycin resistance which has become a major problem in H. pylori treatment in Turkey and We also suggest to scan the A2115G, G2141,A2144T and other alternative point mutations together with other commonly scanned A2143G, A2142G, and A2142C point mutations in H. pylori strains.