Ankara ili soğan ekim alanlarındaki virüslerin tesbiti ve en yaygın virüse karşı soğan çeşitlerinin reaksiyonunun belirlenmesi
Detection of onion viruses in Ankara province and reaction of onion varieties to the most common vi̇rus
Yazar: ADYATMA IRAWAN SANTOSA
Danışman: PROF. DR. FİLİZ ERTUNÇ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bitki virüsleri = Plant viruses ; ELISA =   ; PCR =

Özet:
Ankara ili, yılda 500.000 ton civarındaki üretimi ile Türkiye'nin en büyük soğan (Allium cepa L.) üretim alanıdır. 2018'de Beypazarı, Ayaş, Polatlı, Haymana ve Sincan (Temelli) ilçelerindeki tarlalardan virüs enfeksiyonu belirtileri gösteren ve göstermeyen toplam 210 soğan ve 15 yabancı ot örneği toplanmıştır. Örnekler DAS-ELISA ve RT-PCR ile Leek yellow stripe virus (LYSV), Onion yellow dwarf virus (OYDV), Garlic common latent virus (GarCLV) ve Cucumber mosaic virus (CMV) ve sadece RT-PCR ile Shallot latent virus (SLV)'ye karşı test edilmiştir. DAS-ELISA sonuçlarına göre sadece soğan örneklerinde %5.24 oranında virüs enfeksiyonu tespit edilmiştir. Moleküler testlemeler de ise soğan örneklerinin %12.38 oranında LYSV, OYDV, GarCLV ve CMV etmenleri ile enfekteli olduğu saptanmıştır. Testlenen hiçbir soğan örneğinde SLV tespit edilmemiştir. Yabancı ot örneklerinde ise test edilen virüslere rastlanılmamıştır. Filogenetik, nükleotid ve amino asit sekans benzerliği analizleri sonuçlarına göre, Türk izolatları, hem coğrafi olarak Türkiye'ye yakın hem de uzak ülkelerdeki izolatlar ile kümelenmiş ve yüksek benzerlik oranları göstermişlerdir. Elde edilen Türk izolatlar dizileri herhangi bir rekombinantlık tespit edilmemiştir. Türkiye'de yaygın olarak yetiştirilen 15 soğan çeşidinin LYSV enfeksiyonlarına karşı reaksiyonlarının belirlenmesi amacıyla LYSV-12.6Po izolatı seçilmiş ve mekanik inokulasyon çalışmalarında bu izolat kullanılmıştır. Çeşitlerin göstereceği reaksiyonların istatistiksel olarak belirlenmesi amacıyla tesadüf parselleri deneme deseninde, 3 tekerrür ve her tekerrürde 30 bitki ve kontrol bitkileri kullanılarak deneme planı yapılmıştır. İnokule edilmiş bitkilerde yaprak malformasyonu ve gelişme geriliği gibi simptomlar gözlenmiştir. İnokulasyondan 12 hafta sonra bitkilerin virüse karşı reaksiyonlarının belirlenmesi için sökülmüş ve beş gelişme parametresi (bitki ağırlığı, bitki uzunluğu, kök uzunluğu, soğan yumru çapı ve yaprak sayısı) kullanılarak ölçümler yapılmış ve t-testi ve Duncan çoklu alan testi, (DMRT) istatistik test metodları ile analizler tamamlanmıştır. Şampiyon ve Perama LYSV-12.6Po'ya en tolerans çeşitler olarak belirlenmiştir. Yapılan analiz sonuçlarına göre, bu çeşitler, ele alınan parametrelerin üçünde, diğer çeşitlerden, daha iyi performans göstermişlerdir.

Abstract:
Ankara province which produces around 500,000 tons yield per year is the biggest onion (Allium cepa L.) cultivation area in Turkey. In 2018, symptomatic and asymptomatic 210 onion and 15 weed samples were collected from fields in Beypazarı, Ayaş, Polatlı, Haymana and Sincan (Temelli) districts. The samples were tested using DAS-ELISA and RT-PCR against Leek yellow stripe virus (LYSV), Onion yellow dwarf virus (OYDV), Garlic common latent virus (GarCLV) and Cucumber mosaic virus (CMV), and also against Shallot latent virus (SLV) by RT-PCR only. Virus infections were detected in 5.24% of onion samples by DAS-ELISA, while RT-PCR showed that 12.38% of onion samples were infected with LYSV, OYDV, GarCLV, or CMV. SLV was not detected in onion samples. All weed samples were negative for the tested viruses. Phylogenetic, nucleotide and amino acid sequence identity analyses showed that Turkish isolates of onion viruses were clustered together with and highly similar to isolates from neighboring countries as well as isolates from countries that are geographically distant from Turkey. Recombinant event was not detected on part of genome of Turkish onion isolates that were sequenced. Fifteen onion cultivars commonly cultivated in Turkey were mechanically inoculated with LYSV-12.6Po and examined for their reactions to the isolate under greenhouse conditions. The screening experiment was in completely randomized design with 3 replicates, containing 30 plants in each. One replicate was also planted as control. Inoculated plants showed leaf malformation and dwarfing symptoms. Twelve weeks after inoculation, LYSV infection on tested varieties were detected by serological and molecular methods, and obtained data on five growth parameters (plant weight, plant height, root length, bulb diameter, and no. of leaves) were statistically analyzed using t-test and DMRT (Duncan Multiple Range Test). Based on this study findings, Sampiyon and Perama were considered as the most tolerant cultivars to LYSV-12.6Po since the isolate infection on them was only detected by sensitive RT-PCR, they had low means reduction in all growth parameters, and t-test and DMRT results showed that they performed better than most other cultivars in three growth parameters.