Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Hastanesi'nde yatan hastalardan izole edilen acinetobacter baumannii izolatlarının klonal ilişkilerinin değerlendirilmesi
Evaluation of clinical relationships of the acinetobacter baumanni isolates isolated from inpatiens in Sivas Cumhuriyet University Hospital
Yazar: SEHER DURUKAN
Danışman: DOÇ. DR. CEM ÇELİK
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Hastaneler-üniversite = Hospitals-university ; Sivas = Sivas ; Yatan hastalar = Inpatients ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Hastanede yatan hastaların kolonizasyon ve enfeksiyonunda Acinetobacter türlerinin önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. Özellikle Acinetobacter baumannii hastane ortamında ve genellikle yoğun bakım ünitelerinde mortalite ve morbidite artışına sebep olan, hastane kökenli enfeksiyonların en önemli nedenlerindendir. Gram negatif, non-fermentatif, oksidaz negatif, aerobik kokobasil özellikte olan Acinetobacter baumannii,  bakteriyemi, pnömoni, idrar yolu enfeksiyonu, yara enfeksiyonu ve menenjit gibi çeşitli fırsatçı enfeksiyonlardan izole edilmektedir. Günümüzde nozokomiyal Acinetobacter baumannii nedeniyle oluşan enfeksiyonlarındaki en önemli problem, mevcut tüm antibiyotiklere direnç suşlarının bulunması ve bu direnç oranlarının giderek artış eğilimde olmasıdır.
             Bu çalışmada Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Hastanesi'nde Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na 2012-2018 tarihleri içerisinde hastanenin farklı servis ve yoğun bakımlarından gönderilen ve kültürlerinde Acinetobacter üreyen 179 hastaya ait çeşitli klinik örnekten elde edilen izolatların, klonal ilişkilerinin ve antimikrobiyallere direnç durumlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. 
            Çalışmaya dâhil edilen A. baumannii izolatlarının tanımlanması, Mikrobiyoloji laboratuvarınca Microflex LT MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics, Almanya) cihazı kullanılarak matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi yöntemi ile yapılmıştır. Tanımlanan suşların antimikrobiyal duyarlılık testleri ise Phoenix 100® (Becton Dickinson, ABD) cihazı kullanılarak, Gram negatif test panelleri (NMIC/ID-82® ve UNMIC/ID-83®, Becton Dickinson, ABD) kullanılarak Mikrobiyoloji laboratuarında yapılmıştır. Bu sonuçlar laboratuvar veri kayıt sisteminden geriye dönük olarak elde edilmiştir. Acinetobacter izolatlarının klonal ilişkisi ve epidemiyolojik tiplendirmeleri ise repetitive extragenic palindromic (REP)-PCR  yöntemi kullanılarak  yapılmıştır.
               Çalışmada kullanılan antimikrobiyal ajanlar trimetoprim/sülfametaksazol, amikasin, gentamisin, imipenem, meropenem, siprofloksasin, sefepim ve kolistin antibiyotikleridir. 2012-2018 yılları içerisinde direnç durumlarını değerlendirdiğimizde Kolistin için % 4.4, Trimetoprim-sülfametoksazol için % 88.2, Amikasin için % 88.8, Gentamisin için % 97.7,  Sefepim için % 98.3 ve İmipenem, Meropenem ve Siprofloksasin için ise % 100 direnç oranları tespit edilmiştir. 179 A. baumannii izolatından, kalite ve kantite tayinleri uygun olduğu görülen toplam 132 DNA örneği rep-PZR uygulamaları için seçilmiş, bunlar içerisinde A. baumannii'ye ait 24 Cluster (Küme) tespit edilmiştir. Gruplar içerisinde Cluster 8, Cluster 15 ve Cluster 24 baskın gruplar olarak tespit edilmiştir.
            Sonuç olarak çalışmamızda klonal ilişkileri değerlendirilen ve çoklu ilaç direncine sahip A. baumannii izolatlarının hastanemizde de yaygın olarak görüldüğü tespit edilmiştir. Bu bakterinin sahip olduğu direnç profillerine ve klonal ilişkilerine yönelik elde ettiğimiz verilerin Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Hastanesi'nde ileriye yönelik araştırmalar ve enfeksiyon tedavi yöntemleri açısından faydalı olabileceği düşünülmektedir. Ayrıca hastanemizde bu çalışmanın devamı olarak direnç mekanizmalarının araştırılması, hastalara yönelik risk faktörlerinin belirlenmesi ve epidemiyolojik verilerin daha kapsamlı bir şekilde ortaya konmasının da mortalite ve morbiditeyi azaltması açısından yararlı olacağını düşünüyoruz.
	
Anahtar Kelimeler: Sivas,  A. baumannii, Hastane Enfeksiyonu, Antibiyotik Direnci, Klonal İlişki

Abstract:
Acinetobacter species are known to play an important role in colonization and infection of hospitalized patients. Especially, Acinetobacter baumannii is one of the most important causes of hospital-acquired infections that cause increased mortality and morbidity in the hospital environment and usually in intensive care units. Acinetobacter baumannii which has the feature of gram negative, non-fermentative, oxidase negative, aerobic cocobasil is isolated from various opportunistic infections such as bacteremia, pneumonia, urinary tract infection, wound infection and meningitis. Today, the most important problem in infections caused by nosocomial Acinetobacter baumannii is the presence of resistance strains to all available antibiotics and the increasing tendency of these resistance rates. 
            In this study, in Sivas Cumhuriyet University Hospital, evaluation of clonal relations and resistance to antimicrobials of the isolates sent to the Microbiology Laboratory between 2012 and 2018 from different service and intensive care units of the hospital and obtained from various clinical samples belonging to 179 patients who produce Acinetobacter in their cultures is aimed. 
            Identification of A. baumannii isolates included in the study, a matrix-assisted laser using the device Microflex LT MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics, Germany) by Microbiology Laboratory was made by desorption / ionization flight time mass spectrometry method. Antimicrobial susceptibility testing of identified strains using the device of Phoenix 100® (Becton Dickinson, USA) and using Gram negative test panels (NMIC / ID-82® and UNMIC / ID-83®, Becton Dickinson, USA) was made in Microbiology Laboratory. These results were obtained retrospectively from laboratory data recording system. The clonal relationship and epidemiological typing of Acinetobacter isolates were performed using the repetitive extragenic palindromic (REP) -PCR method. 
           Antimicrobial agents used in the study are trimethoprim / sulfamethoxazole, amikacin, gentamicin, imipenem, meropenem, ciprofloxacin, cefepime and colistin antibiotics. When we evaluate the resistance status in 2012-2018, the rates of resistance were determined 4.4% for colistin, 88.2% for trimethoprim-sulfamethoxazole, 88.8% for Amikacin, 97.7% for Gentamicin, 98.3% for Cefepime and 100% for Imipenem, Meropenem and Ciprofloxacin. A total of 132 DNA samples from A. baumannii isolate, which were found to be suitable for quality and quantification, were selected for rep-PCR applications and 24 clusters belonging to A. baumannii  were identified . Cluster 8, Cluster 15 and Cluster 24 were determined as predominant groups in these groups.
In conclusion, in our study, A. baumannii isolates evaluated clonal relationships and with multiple drug resistance were found commonly in our hospital. It is thought that the data obtained for the resistance profiles and clonal relationships of this bacterium may be useful for future research and infection treatment methods at Sivas Cumhuriyet University Hospital. In addition, we believe that investigating mechanisms of resistance as a continuation of this study in our hospital, determining risk factors for patients and revealing epidemiological data more extensively will reduce mortality and morbidity.

Keywords: Sivas, A. baumannii, Hospital Infection, Antibiotic Resistance, Clonal Relationship