Pastırma üretim sürecindeki bakteri çeşitliliğinin moleküler yöntemlerle tayini
Determination of the bacterial diversity during production process of pastirma
Yazar: ALYA TOY
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ BANU METİN
İstanbul Sabahattin Zaim Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Pastırma, Türkiye'nin tüm sığır eti veya manda sığır kaslarından üretilen geleneksel kuru kürlenmiş bir et ürünüdür. Bu çalışmada, üretim süreci sırasında 2. tuzlanmadan sonra (aşama 1), soğuk presleme (aşama 2), çemen kaplama (aşama 3) ve son ürün (aşama 4) olmak üzere dört farklı zamanda bakteriyel profilinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Mikrobiyal analizlere ek olarak, her numune için su aktivitesi ve pH ölçülmüştür. Üretim sırasında, pH 5,6'dan 5,8'e hafif bir artış göstermiştir; su aktivitesi aşama 3'e kadar 0,92'den 0,86'ya düşmüştür ve çemen ilavesinden sonra 0,89'e yükselmiştir. PCA'da sayılan toplam mezofilik aerobik bakteri 4,9-7,2 log kob/g bulunmuştur. MRS agar sonuçları 4,2-6,8 log kob/g laktik asit bakteri sayımını gösterirken, M17 agarda sonuçlar 4,6 ila 7,3 log kob/g arasında bulunmuştur. Enterobacteriaceae üyeleri VRBD agar tarafından sadece aşama 1'de tespit edilmiştir. MRS agar'dan 86 ve M17 agar'dan 80 ve VRBD agar'dan 30 bakteri tanımlanmak üzere saflaştırılmış ve DNA izolasyonuna tabi tutulmuştur. Rep-PCR (GTG5) ile gruplandırıldıktan sonra 62 MRS, 47 M17 ve 23 VRBD izolatının 16S rDNA dizilimi belirlenmiştir. MRS izolatları arasında tüm aşamalar için en baskın türün %38-76 nispi bolluğu olan Lactobacillus sakei olduğu ve en çok gözlenen ikinci türün ilk üç aşama için nispi bolluğu %22-29 olan Weissella viridescens olduğu bulunmuştur. Tanımlanan diğer türler arasında Weissella confusa, Weissella halotolerans, Weissella cibaria, Weissella helenica, Lactobacillus curvatus ve Leuconostoc citreum yer almaktadır. M17 agarda MRS agar ile de tespit edilen L. sakei ve L. citreum'a ilaveten Weissella jogaejeotgali ve Carnobacterium divergens gibi laktik asit bakterileri tespit edilmiştir. Bunun yanında katalaz pozitif türlerden Brochothrix thermosphacta aşama 1'deki en baskın tür olarak ve Staphylococcus saprophyticus ise takip eden aşamalarda en baskın tür olarak tanımlamıştır. VRBD agarda bakteri varlığı sadece 1. aşamada gözlemlenmiştir. Pseudomonas fragi grubu %76,66 oranla en baskın mikroorganizma olarak karşımıza çıkmaktadır. İkinci baskın tür olarak ise Serratia liquefaciens (%13) bulunmuştur. Bu türleri Pseudomonas poae (%3,33), Pseudomonastaetrolens(%3,33) ve Pseudomonas gessardi (%3,33) takip etmektedir Sonuçlar, üretim sürecinde pastırmanın bakteriyel çeşitliliği hakkında bilgi vermektedir.

Abstract:
Pastırma is a traditional dry-cured meat product of Turkey, produced from whole beef or muscles of water buffalo. In this study, it was aimed to determine the microbial profile during the manufacturing process at four different time points, after the second salting (stage 1), after cold-pressing (stage 2), before çemen coating (stage 3) and the final product (stage 4). In addition to the microbial analyses, water activity and pH were measured for each sample. During the production, pH showed a slight increase from 5,6 to 5,8; while the water activity decreased from 0,92 to 0,86 until stage 3, and then increased to 0,89 after çemen addition. Total mesophilic aerobic bacteria counted on PCA was 4,9-7,2 log kob/g. MRS agar results indicated lactic acid bacteria counts of 4,2-6,8 log kob/g, while M17 agar counts were between 4,6 and 7,3 log kob/g.Enterobacteriaceae members were only detected in stage 1 by VRBD agar. Among the bacteria enumerated, 86 from MRS agar and 80 from M17 agar and 30 from VRBD agar were purified and subjected to DNA isolation for identification. After grouping by rep-PCR (GTG5), 16S rDNA sequences of 62 MRS, 47 M17 and 23 VRBD isolates were determined. Among the MRS isolates, the most dominant species for all stages was Lactobacillus sakei with a relative abundance of 38%-76% and the second mostly observed species was Weissella viridescens with a relative abundance of 22%-29% for the first three stages. Other species identified include Weissella confusa, Weissella halotolerans, Weissella cibaria, Weissella helenica, Lactobacillus curvatus and Leuconostoc citreum. Using M17 agar, lactic acit bacteria, such as Weissella jogaejeotgali and Carnobacterium divergens were detected in addition to L. sakei and L. citreum, that were also detected using MRS agar. Moreover, catalase positive species, such as Brochothrix thermosphacta as the most dominant species in stage 1 and Staphylococcus saprophyticus as the most predominant one in the following stages were identified. The presence of bacteria in VRBD agar was observed only in stage 1. Pseudomonas fragi group was the dominant species with a relative abundance rate of 76.66%. Serratia liquefaciens (13%) was found as the second dominant species. These species were followed by Pseudomonas poae (3.33%), Pseudomonas taetrolens (3.33%) and Pseudomonas gessardi (3.33%). The results give information on the bacterial diversity of pastırma during the manufacturing process.