Solunum yolu örneklerinde rhinovirusların genotiplendirilmesi
Genotyping of rhinoviruses in respiratory tract speci̇mens
Yazar: HİKMET NİLŞEN GÜNEY
Danışman: PROF. DR. KENAN MİDİLLİ
İstanbul Üniversitesi / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases

Özet:
Çalışmamızda hastanemizde saptanan rinovirusların genotip dağılımlarının, bu genotiplerin etkilerinin araştırılması amaçlandı.
Çalışmaya retrospektif olarak 2013-2017 yılları arasında İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi poliklinik ve servislerinden gönderilen, rinovirus pozitif bulunan arşivlenmiş 82 örnek dahil edildi (28 kız, 54 erkek; yaş aralığı 0-86, yaş ortalaması 8,8+16,55). Genotiplendirme işleminde 5'UTR bölgesine ait PCR ürünlerinin DNA dizileri kullanıldı.
Örneklerin 35'inde (% 42,7) RV-A, 12'sinde (% 14,6) RV-B, 35'inde (% 42,7) RV-C saptandı. RV-A'da 28 farklı tip, RV-B'de 7 farklı tip saptandı. RV-C tip dağılımları 13 CA1, 8 CA2, 14 CC şeklinde idi. Sonbahar ve kış aylarında RV-C baskın iken ilkbahar ve yaz aylarında RV-A'nın baskın olduğu gözlemlendi. RV-B oranının düşük olmasından dolayı istatiksel değerlendirme yapılamadı.
Yaş grupları, cinsiyet, solunum yolu infeksiyon bölgesi, örneğin servis ya da poliklinik hastasına ait olmasına göre genotip dağılımları arasında istatistiksel olarak anlamlı fark yoktu. Altta yatan bir hastalığı olmayan grupta RV-A daha fazla görülürken altta yatan hastalığı olan grupta RV-C sıklığı istatistiksel olarak sınrda anlamlı idi (Pearson Ki-Kare p=0,05). RV-B sıklıkları her iki grupta benzerdi. RV dışında bir virüs ile koinfeksiyonu olmayan grupta RV-A daha fazla görülürken koinfeksiyonu olan grupta RV-B ve C sıklığı daha fazla idi. Bu farklılık da istatistiksel sınırda anlamlı idi (Pearson Ki-Kare p=0,05).
Çalışmamız bölgemizdeki RV tür ve genotip dağılımlarını belirlemeye yönelik ilk çalışmadır. RV tür ve genotiplerinin dağılımı diğer çalışmalarda bildirilenlerle benzerlik göstermektedir.

Abstract:
In this study, we aimed to investigate the genotype distributions of rhinoviruses detected in our hospital and their relationship with different clinical manifestations.
Retrospectively 82 rhinovirus RNA positive archived respiratory specimens (28 female, 54 male, aged between 0-86, mean age 8,8+16,55) which had been sent to Molecular Microbiology Laboratory between the years of 2013-2017 were included. Genotyping was based on sequencing of 5' UTR region of the virus.
RV-A was detected in 35 (42,7%), RV-B in 12 (14,6%) and RV-C in 35 (42,7%) of the specimens. 70 different RV types were identified, 28 of which clustered in RV-A, 7 in RV-B, 13 CA1, 8 CA2, and 14 CC. RV-A was predominant in spring and summer, whereas RV-C was predominant in autumn and winter. Statistical analysis could not be performed for RV-B due to small sample size.
There was no statistically significant difference in terms of genotype distributions according to age groups, sex, the involvement site of respiratory tract, and hospitalisation status of the patients. RV-A was more common in patients without underlying disease. RV-C incidance was higher in the patients having a underlying disease (Pearson Chi-Square p=0,05). The incidance of RV-B and RV-C was higher in the patients with coinfection. RV-A was more frequent in patients without a coinfection (Pearson Chi-Square p=0,05).
xiv
Our study is the first study about the distribution of RV species and genotypes in our region. The distribution patterns of RV species and types in our region were similar to other studies.