Bazı endemik Sideritis L. türlerinin matK ve rcbL sekans dizilerine dayalı filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of some endemic Sideritis L. species based on matK and rbcL sequences
Yazar: ERENGÜL SOFYALIOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. EMRE SEVİNDİK
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Bitkisel Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Kloroplast DNA = Chloroplast DNA ; Lamiaceae = Lamiaceae

Özet:
Bu çalışma da endemik Sideritis brevidens, Sideritis congesta, Sideritis
erythrantha var. cedretorum, Sideritis libanotica subsp. violascens, Sideritis rubriflora ve Sideritis vuralii türlerinin filogenetik analizi ve DNA barkod analizleri kloroplast
matK ve rbcL sekansları ile gerçekleştirilmiştir. Sideritis türleri laboratuvara getirilip
genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. PZR reaksiyonu matK ve rbcL primerleri
kullanılarak gerçekleştirilmiştir. PZR ürünleri %1 lik jel elektroforezinde
görüntülendikten sonra dizileme analizi gerçekleştirilmiştir. Hem forward hem de
reverse diziler Sequencher 5.4 programı ile elle düzeltilmiş ve kontig diziler
oluşturulmuştur. Kontig diziler NCBI'da blast yapılmış ve benzerlik oranları tespit
edilmiştir. NCBI'dan Stachys, Salvia, Lamium, Nepeta ve Satureja türlerinin matK ve
rbcL dizileri alınarak NJ filogenetik ağacı oluşturulup, türler arasındaki ilişkiler ortaya
çıkarılmıştır. Çalışma sonucunda, matK analizleri Sideritis türlerinin kendi içinde
çözümlenmesin de etkili olmamıştır. Diğer türler ile olan filogenetik ilişkide, Stachys
türleri ile aynı grup içinde çıkmıştır. rbcL analizlerinde Sideritis rubriflora ve Sideritis
vuralli türleri bir arada çıkarken diğer Sideritis türleri politomi çıkmıştır. Diğer türler
ile olan filogenetik ilişkide, Stachys türleri ile aynı grup içinde çıkmıştır. Hem matK
hem de rbcL sonuçları birbiri ile uyumlu çıkmıştır.

Abstract:
In this study, phylogenetic analyses and DNA barcode analyses of the endemic
species Sideritis brevidens, Sideritis congesta, Sideritis erythrantha var. cedretorum,
Sideritis libanotica subsp. violascens, Sideritis rubriflora and Sideritis vuralii with
chloroplast matK and rbcL sequences were carried out. Sideritis species were brought to
the laboratory and genomic DNA was isolated. PCR was performed using matK and
rbcL primers. Sequencing analysis was performed after visualisation of PCR products
on 1% gel electrophoresis. Both forward and reverse sequences were corrected
manually using Sequencher 5.4 and contig sequences were generated. Contig
sequences were blasted at NCBI and similarity ratios were determined. The NJ
phylogenetic tree was constructed using the matK and rbcL sequences of Stachys,
Salvia, Lamium, Nepeta and Satureja species from NCBI and the relationships between
species were revealed. As a result of the study, matK analyses were not effective in
analysing Sideritis species within themselves. In its phylogenetic relationship with other
species, it appeared in the same group as Stachys species. In rbcL analysis, Sideritis
rubriflora and Sideritis vuralli species were found together, while other Sideritis species
were found in a polytomy. In its phylogenetic relationship with other species it appeared
in the same group as Stachys species. Both matK and rbcL results were compatible.