Balıkesir/Antandros Antik Kenti kazısı toprak örneklerinin metagenomik analizi
Metagenomic analysis of soil samples of Balıkesir/Antandros Ancient City excavation
Yazar: DİLAN BAL
Danışman: PROF. DR. ERCAN ARICAN
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Arkeoloji = Archeology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Mikroorganizmalar, biyosferde varlığını sürdüren canlıların büyük bir kısmını oluşturmaktadır. Kültürleme koşullarının kısıtlı olmasından dolayı biyosferdeki mikroorganizmaların tespiti ve teşhisi kolaylıkla yapılamamaktadır. Bugüne kadar, biyosferde bulunan mikroorganizmaların çok azı kültürleme metoduyla tespit ya da teşhis edilebilmiştir. Kültürlenmemiş ya da kültürlenemeyen mikroorganizmalar ise, mikrobiyal çeşitliliğin büyük bir bölümünü oluşturmaktadır. Metagenomik analiz, kültürleme yapılmaksızın, çevreden direkt alınan örneklerin DNA izolasyonu sonrasında elde edilen mikroorganizmaların tür tayininin yapılmasına, genetik çeşitliliğinin, popülasyon yapısının ve bu mikroorganizmaların insan yaşantısını da etkileyen ekolojik rollerinin anlaşılmasına olanak vermektedir.
Metagenomik; ilaç, biyoyakıt, biyoteknoloji, tarım, ekoloji gibi birçok farklı çalışma alanında yardımcı disiplin olarak önemli rol oynamaktadır. Paleomikrobiyoloji çalışmalarında da son yıllarda sıkça kullanılmaya başlanan metagenomik, insanlık tarihindeki mikrobiyal evrim araştırmalarına katkı sunar ve bize geçmiş zamanların mikro ekosistemini anlama perspektifi verir.
Bu tez çalışmasında, Balıkesir/Antandros Antik Kenti nekropolünden kültürleme yapılmaksızın direkt alınan toprak örneklerindeki mikroorganizmaların DNA izolasyonu yapıldı ve sonrasında 16S rRNA genlerinin V3-V4 bölgeleri PZR yöntemi ile çoğaltıldı. Çoğaltılan bölgeler Illumina MiSeq sistemi ile dizilendi. Elde edilen dizilerin metagenomik analizi QIIME 1.9.1 kullanılarak yapıldı ve mikrobiyal çeşitlilik belirlendi. 
Bu çalışma, Antandros Antik Kenti kazılarında elde edilen arkeolojik bulguların, metagenomik verilerle desteklenebileceğini, yapılan arkeolojik çalışmalara multidisipliner bakış açısıyla katkı sunulabileceğini, elde edilen verilerle geçmiş döneme dair tahmin ve yorumların yapılabileceğini gösterdi. Bu tez çalışması, Türkiye'de antik kentlerde yapılan ilk metagenomik çalışma olması sebebiyle önem arz etmektedir ve bu çalışmanın bu alanda yapılacak olan yeni çalışmalara katkı sunması beklenmektedir.

Abstract:
Microorganisms comprise the majority of living organisms in the biosphere. Due to limited culturing conditions, detection and diagnosis of microorganisms in biosphere can not be made readily. Until now, very few of these organisms have been detected and defined via cultivation methods. Microorganisms which, can not be cultured or haven't been cultured, make up of significant part of microbial diversity. Metagenomic analysis provides information about genetic diversity, population structure and ecological roles that affect human life of these microorganisms after DNA isolation of environmental samples without culturing. 
Metagenomics plays a significant role discipline auxiliary to various different fields such as medicine, biofuels, biotechnology, agriculture, ecology. Metagenomics, which is started to be widely used in paleomicrobiology studies as well, contributes to microbial evolution studies in human history and gives us a perspective to understand ancient micro ecosystem. 
In this thesis, DNA isolation of microorganisms in culture-independent soil samples taken directly from Balıkesir/Antandros Ancient City Necropolis was performed and afterwards V3-V4 regions of 16S rRNA were multiplied by using PCR method. Replicated regions were sequenced using Illumina MiSeq system. Metagenomic analysis of these sequences was performed using QIIME 1.9.1 and microbial diversity was detected. 
This study showed that the archaeological findings obtained during the excavations in Antandros Ancient City could be supported by metagenomic data, contribution to archaeological studies can be made with a multidisciplinary perspective and the data obtained can be used to predict and interpret the past. 
This thesis is important since it is the first study on the metagenomic study in ancient cities in Turkey and it is expected to contribute to new studies in this area.