Salmonella spp. kökenlerinin patogenez determinantları ve salmonellozların moleküler tanısında kullanımları
Determinants of pathogenesis of Salmonella spp. isolates and their utilization in the molecular diagnosis
Yazar: DENİZ AKSOY
Danışman: PROF. DR. ECE ŞEN
Trakya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışma, Edirne ilindeki tavuk karkaslarından izole edilmiş olan Salmonella izolatlarının patojenite fenotiplerinin saptanması ve patogenez determinantlarının belirlenmesi amacı ile yapılmıştır. Toplam 32 izolat bu çalışmaya dahil edilmiştir ve izolatlardan 26'sı Infantis, 4'ü Enteritidis, 1'er tanesi de Telaviv ve Kentucky serotiplerine dahildir. İzolatların tamamında kullandığımız antibiyotiklerden en az bir tanesine karşı direnç ve 26 tanesinde çoklu ilaç dirençliliği gözlemlenmiştir. Plazmid analizi sonuçlarına göre 6 izolatın, büyüklükleri 1.2-42.4 kb arasında değişen 1-3 plazmid taşıdığı saptanmıştır. Infantis serotipinden 6 ve Enteritidis serotipinden 4 tane olmak üzere toplam 10 izolatın Caenorhabditis elegans için patojen olmadığı, Infantis, Kentucky ve Telaviv serotiplerine ait izolatları içeren diğer 22 izolatın ise patojen olduğu belirlenmiştir (p<0.05). BALB/c fare model sisteminde ise, Infantis serotipinden 3 ve Enteritidis serotipinden 1 izolatın patojen olmadığı ve Kentucky, Telaviv ve Enteritidis serotipinden 1'er izolatın patojen olduğu tanımlanmıştır (p<0.05). Plazmid giderme çalışmalarında antibiyotik direnci ile plazmidler arasında bir ilişkiye rastlanamazken plazmid kaybının C. elegans'ta patojenitenin azalmasına yol açtığı bulunmuştur. mRNA analizi çalışmalarında fim ve stn geninin fare ve nematod modelinin her ikisinde de eksprese edilmemiş, patojenite ile ilişkili olduğu bilinen invA geni ise sadece nematod modelinde eksprese edilmiştir. İki hayvan modeli sisteminde Salmonella izolatlarının patojenite fenotipleri ve virülans gen anlatımlarının farklı olduğu tespit edilmiştir. Tıbbi DNA tabanlı tanı kiti geliştirmek için hasta izolatlarının kullanılması gerekmektedir.

Abstract:
This study was performed in order to determine pathogenicity status and pathogenetic determinants of Salmonella isolates obtained from chicken carcasses in Edirne. A total of 32 isolates were included in the study and seotyping revealed that 26 of this isolates belonged to Infantis, 4 to Enteritidis and 1 to Telaviv and 1 to Kentacky serotypes.  All isolates were found to have resistance to at least one of the antibiotics tested and 26 isolates showed multi-drug resistance. 6 isolates possessed 1-3 plasmids of sizes ranging from 1.2 to 42.4 kb. 10 of the isolates (6 of the serotype Infantis and 4 of Enteritidis) showed no pathogenity in Caenorhabditis elegans nematode model whereas the other 22 isolates belonging to Infantis, Kentucky and Telaviv serotypes were pathogenic for nematodes (p<0.05). On the other hand, 3 isolates from Infantis and 1 isolate from Enteritidis serotypes were pathogenic for BALB/c mice model system while 1 isolates of each of Kentucky, Telaviv and Enteritidis were pathogenic. (p<0.05). 3 Infantis and 1 Enteritidis serotype were found to be non-pathogenic but 1 serotype of each of Kentucky, Telaviv and Enteritidis isolates was found to be pathogenic in mice (p<0.05). In plasmid curing experiments, no relationship was found between antibiotic resistance and plasmid loss but plasmid curing led to a decrease in pathogenicity in C. elegans model. mRNA analyses showed that fimA and stn genes were not expressed in mice and nematodes however, invA gene which is related to pathogenicity, was expressed only in nematodes. Pathogenicity phenotypes and virulance gene expressions of Salmonella isolates were found to be different in the two animal model systems. Patient originated isolates are needed for development of DNA based diagnosis kit.