Meme kanseri olgularında BRCA1 geni metilasyon paterninin MS-HRM yöntemi ile incelenmesi
Methylation analysis of BRCA1 gene in cases of breast cancer by using MS-HRM assay
Yazar: YASEMİN CANNAZİK
Danışman: PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; DNA = DNA ; Genler = Genes ; Meme = Breast ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Metilasyon = Methylation ; Mutasyon = Mutation

Özet:
Meme kanseri, meme hücrelerinin anormal çoğalma gösterdikleri genetik bir hastalıktır. Çevreyle, yaşam biçimiyle ve kalıtımla ilişkilidir. Ülkemizde kadınlarda görülen kanserlerin %24,1'ini meme kanserlerinin oluşturduğu belirtilmektedir. DNA metilasyonu, kanserlerin gelişiminde rol oynayan epigenetik mekanizmalardan biridir. Özellikle promotor bölgedeki CpG adacıklarının aşırı metilasyonunun farklı kanser tiplerinde tümör baskılayıcı genlerin susturulmasında ana mekanizmalardan biri olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada BRCA1 geni mutasyonu olmayan 30 meme kanseri olgusunun tümör örnekleri ile periferik kan örneklerinde BRCA1 gen metilasyon değişimlerinin incelenmesi, meme kanserinde kullanılan tümörün derecesi, östrojen ve progesteron reseptörleri gibi bazı biyolojik belirteçler ile karşılaştırılarak aralarındaki ilişkilerin ortaya konması hedeflenmiştir. İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Anabilim Dalı'nda meme kanseri tanısı almış 30 hastanın hem periferik kan DNA'ları ve hem de meme kanserli tümör DNA örnekleri ile aile öykülerinde meme kanseri olmayan 30 kontrol bireyin kan örneklerinde BRCA1 geni metilasyon profilleri ?Methylation Sensitive High Resolution Melting? (MS-HRM) yöntemi ile araştırılmıştır. İncelenen 30 kontrol bireyi örneklerinde aşırı BRCA1 metilasyonu gözlenmezken, 30 tümör örneğinde %60, periferik kan örneklerinde ise %16,7 oranlarında BRCA1 promotor aşırı metilasyonu saptanmıştır. Kan dokusunda metilasyon saptanan beş olgudan dördünün ileri evre meme kanseri olması dikkat çekiciydi. Araştırma grubunun periferik kan örneklerinde saptanan aşırı metilasyonun sirkülasyondaki serbest tümör hücrelerinden değil, somatik doku ile ilişkili olabileceği düşüncesindeyiz. Ayrıca olguların yaşları, östrojen ve progesteron reseptör durumları ve tümör dereceleri ile BRCA1 geni aşırı metilasyonu karşılaştırılmıştır. Kullandığımız MS-HRM tekniğinin metilasyon paternlerine ilişkin taramalarda yüksek doğruluk, zaman ve emek tasarrufu açısından uygulanabilir olduğu sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Breast cancer is a type of cancer originating from abnormal proliferation of cells in breast tissue. It occurs because of an interaction between the environment, life style and defective genes. Worldwide, breast cancer comprises 10.4% of all cancers in women and the fifth most common cause of cancer-related death in women. In Turkey, breast cancer constitute of 24,1% of all cancers. DNA methylation is one of the epigenetic mechanisms that plays major role in cancer development and progression. The aberrant methylation of CpG islands of promoters of tumor suppressor genes has been shown to be involved in silencing of the genes in various cancer types.This study was aimed to compare methylation patterns of BRCA1 gene in breast tumor tissues and peripheral blood samples of 30 breast cancer cases and to determine its correlation with clinico-pathological characteristics of the cases. Here, we used the methlyation-sensitive high-resolution melting approach (MS-HRM) to examine the methylation status of the BRCA1, gene in tumor tissues and PBLs of the group of women diagnosed with breast cancer, and a control group with no signs of breast cancer. No aberrant methylation patterns was detected in control individuals whereas 60% and 16.7% of the tumor tissues and PBLs, respectively, had aberrant hypermethylation patterns in varios levels.It was so interesting that four of five cases in whom hypermethylation was detected in their PBLs had advanced stage (GIII) tumors in their histopathological diagnosis.Moreover, the BRCA1 aberrant methylation patterns of each case were compared with age, ER and PR status and tumor grades. This study was also confirmed that the Methlyation-Sensitive High-Resolution Melting approach (MS-HRM) is an usable, time and labour saving technique for methylation screenings.