Küçük hücreli dışı akciğer karsinomlarında "yeni kuşak DNA dizi belirlenimi (next generation sequencing – NGS)" yöntemi ile kanser hücrelerindeki dna değişikliklerinin saptanması, dökümlenmesi ve klinikopatolojik veriler ile karşılaştırılması
Detection and documentation of genetic alterations by the next generation sequencing (NGS) method and their correlation with clinicopathologic parameters in non-small cell lung cancer (NSCLC)
Yazar: AYSU SADİOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. ÖZGÜR EKİNCİ
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Patoloji = Pathology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Neoplazm kök hücreleri = Neoplastic stem cells ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Akciğer kanseri, tüm Dünya'da kansere bağlı mortalitenin önde gelen nedenidir. Akciğer kanserinde 5 yıllık sağ kalım hemen tüm akciğer kanseri evrelerinde %50'nin altındadır. Yeni nesil dizileme (YND) yöntemi, moleküler profile dayanarak hedeflendirilmiş tedavi sunulmasını sağlayabilir. Çalışmamızda, küçük hücreli dışı akciğer karsinomu (KHDAK) tanısı alan hastaların YND yöntemi ile tümörlerindeki gen değişikliklerini tanımlamak, bu değişikliklerin hastaların klinik özellikleri ile olan ilişkilerini tespit etmek ve kişiselleştirilmiş tedavileri için yol gösterici olmak amaçlanmıştır.
Çalışmamızda 2018-2019 yılları arasında başvuran 1500 KHDK tanılı hastalara ait 1364 tümör dokusu ve 136 plazma örneğinin gen değişiklikleri QIAGEN GeneReader YND sistemi kullanılarak analiz edildi.
KHDAK'lerde KRAS %22,5 oranı ile en sık mutasyon görülen gendi. Sık görülen diğer gen değişikliklikleri, EGFR (%16,1), STK11 (%6,8), PIK3CA (%5,7), BRAF (%3,2), SMAD4 (%2,5), ERBB2 (%1,2), NRAS mutasyonu (%1) ve EGFR (%12,1), FGFR1 (%5,6), MET (%6,1), ERBB2 amplifikasyonudur (%3,9). EGFR gen değişikliği kadınlarda, KRAS mutasyonu erkeklerde daha sıktı (p<0,001). PIK3CA mutasyonu, Skuamöz hücreli karsinomda (SHK), adenokarsinoma (ADK)
167
(p=0,001), EGFR ve KRAS mutasyonu ADK'lerde SHK'lere göre daha yüksek oranda saptandı (p<0,001). EGFR amplifikasyonu ile EGFR mutasyonlarının (p<0,001) ve KRAS ile STK11 mutasyonlarının birlikte görülme oranları (p=0,008) istatistiksel olarak anlamlıdır. İnvaziv müsinöz ADK'lerde KRAS mutasyonu diğer KHDAK'lere göre daha sıktı (p<0,001).
Sonuç olarak, tümörlerin mutasyon profilininin doğru ve hızlı bir şekilde değerlendirilmesini, düşük düzeylerde bile ortaya çıkan gen değişikliklerininin tespit edilmesini ve akılcı tedavi kararları alınmasını sağlayan YND yöntemi ile çalışmamızda, KHDAK'lerin mutasyon profilinin ve klinik verilerle olan ilişkisinin literatürdeki diğer çalışmalar ile çoğunlukla benzer olduğu görüldü.

Abstract:
Lung cancer is the leading cause of cancer-related morrality all over the world. Five year survival rates for lung cancer below %50 in almost all stages. NGS method can provide targeted treatment based on the molecular profile. The aim of our study was to identify the gene alternations in tumors of patients diagnosed with NSCLC, determine the relationship of these with the clinical features and guide clinicians for potential personalized treatment options.
In our study gene alternations of 1364 tumor tissue and 136 periferal blood samples from 1500 patients diagnosed with NSCLC between 2018-2019 years were analyzed using the QIAGEN GeneReader NGS system.
In NSCLC, KRAS was the most commonly mutated gene, occurring in 338 (%22,5) patient. Other common genetic changes were EGFR (%16,1), STK11 (%6,8), PIK3CA (%5,7), BRAF (%3,2), SMAD4 (%2,5), ERBB2 (%1,2), NRAS mutations (%1) and EGFR (%12,1), FGFR1 (%5,6), MET (%6,1), ERBB2 amplifications (%3,9). EGFR mutations were more commonly in women, while KRAS mutations were in men (p<0,001). We detected that the association of EGFR amplification and EGFR mutations (p<0,001), KRAS and STK11 mutations (p=0,008) were statistically significant. EGFR and KRAS mutations were more
169
frequent in adenocarcinomas (ADC) than squamous cell carcinoma (SCC) (p<0,001) and vice versa was seen for PIK3CA mutations (p=0,001). KRAS mutations were more common in invasive mucinous ADC's than other NSCLC (p<0,001).
Finally, we detected that the genomic profile of NSCLC and its relationship with clinical data was nearly similar to other studies in the literature.