Meme kanseri dokusunda MED13 ve SRP9 gen ifade düzeylerinin araştırılması
Analysing of MED13 and SRP9 gene expression levels in breast cancer tissue
Yazar: SARE BURCU KAYA
Danışman: PROF. DR. MEHMET GÜVEN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Adenozin deaminaz = Adenosine deaminase ; Deaminasyon = Deamination ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Kanser oluşum sürecinde hücresel genomda meydana gelen mutasyonlara ilave olarak, gen ifadesini düzenleyen (transkripsiyon-sonrası ve/veya translasyon-sonrası) mekanizmalardaki değişimler de karsinogenez sürecinde etkili olmaktadır.
Yüksek ökaryotlarda görülen post-transkripsiyonel modifikasyonlarından biri de Adenozinin İnosine Deaminasyonu (AİD) olup, invaziv lobular meme kanseri üzerine yapılan karşılaştırmalı genome ve transkriptome çalışmaları, AİD ile ilişkili pre-mRNA modifikasyonlarında genel bir artış oldu tespit edilmiştir. Çalışmamızda, AİD modifikasyonuna maruz kalan, meme kanseri oluşumuyla ilişkilendirilmiş ve hücre içinde oldukça kritik süreçlerde görev alan, SRP9 ve MED13 mRNA ifade düzeyleri meme kanser hastalarda analiz edilmiş olup, elde edilen veriler hastalara ait klinopatolojik bulgular ile karşılaştırarak, tümör dokusu fenotipi üzerine olası etkilerini araştırmıştır.
Çalışma kapsamında 49 meme kanseri hastasından alınan tümörlü ve sağlıklı meme dokularında SRP9 ve MED13 gen (mRNA) ifade düzeyleri, QRT-PCR analiz yöntemi ile saptanmıştır. SRP9 gen ifade sonuçlarımıza göre; 17 (%34,7) hastaya ait tümör dokusunda normal dokuya göre ifade düzeyinin azaldığı, 23 (%46,9) hastada arttığı ve 9 (%18,4) hastada değişmediği tespit edilmiştir. MED13 gen ifade sonuçlarımıza göre; 20 (%40,8) hastaya ait tümör dokusunda ifade düzeyinin normal dokuya göre azaldığı, 15 (%30,6) hastada arttığı ve 14 (%28,6) hastada değişmediği tespit edilmiştir. Ayrıca MED13 mRNA ifadesinde azalma ile lenf nodu metastazı olan hastalarda kapsül dışı yayılım (p=0,001) arasında anlamlı bir ilişki olduğu saptanmıştır. SRP9 gen ifadesinde artma ile ER ekspresyonu (p<0,001), PR ekspresyonu (p=0,006) ve Perinöral invazyon arasında anlamlı bir (p=0,045) ilişki olduğu saptanmıştır.
Bulgular ve literatür verileri göz önüne alındığında, MED13 geninin literatürde belirtilen fonksiyonlarına ilave olarak, meme kanserinde tümör baskılayıcı gen olma potansiyeli taşıdığı, SRP9'nin ise meme kanser hücrelerinin salgı ve zar proteinlerinin ifadesini düzenleme mekanizmaları aracılığıyla, metastaz ve tedaviye direnç geliştirmesinde önemli rol oynayabileceği ifade edilebilir.

Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, SRP9, MED13, Adenozinin İnosine Deaminasyonu, gen ifadesi
Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 34625

Abstract:
It has been revealed that mutations alone that occur in cellular genome are not responsible for cancer formation, but also changes in post-transcriptional and post-translational modifications are also effective.
One of post-transcriptional modification events, occuring in higher eucaryotes such as, Adenosine into Inosine Deamination (AID) analysis, comparing genome and transcriptome sequencing, revealed a generalized increase of A-to-I editing events in a case of metastatic lobular breast cancer. In our study, MED13 and SRP9 gene expression levels whose have important roles in regulating many cellular mechanisms, have been analysed in breast cancer tissue, related to A-to-I (AID) editing events and show its possible effect on tumor tissue phenotype development by investigating its relation with clinical findings related to breast cancer patients.
In our study, gene expression analysis of MED13 and SRP9, in 49 normal and tumor tissiues obtained from breast cancer patients, were performed by QRT-PCR analysing method. According to our SRP9 gene expression analysis, we found decrease in expression levels of SRP9 gene in 17 (%34,7) of the patients, increase in 23 (%46,9) and there was no change in 9 (%18,4) of the patients in tumor tissue samples. According to our MED13 gene expression analysis, we found decrease in expression levels of MED13 gene in 20 (%40,8) of the patients, increase in 15 (%30,6) and there was no change in 14 (%28,6) of the patients in tumor tissue samples. When we compared these changes with clinical parameters, we found an association between the decrease of MED13 gene expression and extracapsular diffusion in patients with lymph node metastasis (p=0,001). Also, we found an association between the increase of SRP9 gene expression and ER expression (p<0,001), PR expression (p=0,006) ve perineural invasion (p=0,045).
Besides its specified functions in litreature, according to our findings; MED13 gene has a potential to be a tumor suppressor gene in breast cancer. SRP9 gene may play an important role in breast cancer metastasis and treatment resistance development by affecting the regulation of secratuar and cell membrane protein expression mechanisms in breast cancer cells.

Key Words: Breast cancer, SRP9, MED13, Adenosine into Inosine Deamination, gene expression
The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No: 34625