Mesane kanserli hastalarda uzun kodlamayan rna-pvtı ve mir-l28 ekspresyonlarının incelenmesi
Long non-coding rna-pvti and mir-l28 in bladder cancer conditionsexamination of expressions
Yazar: TAGHI AHMADI RENDI
Danışman: PROF. DR. SEMRA ABBASOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı / Biyokimya Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
Mesane kanseri (MK) dünya genelinde yaygın bir sağlık sorunudur. Tütün kullanımı, çevresel maruziyetler, diyetsel ve genetik faktörlerin yanısıra epigenetik faktörlerin de MK oluşumu ve gelişmesinde rol oynayabileceği ileri sürülmektedir. Son yıllarda, insan genomunun çok sayıda kodlamayan RNA (Non-coding RNA; ncRNA) içerdiği ve bunların çok sayıda transkripsiyonel ve posttranskripsiyonel düzenleyici işlevlere sahip olduğu gösterilmiştir. NcRNA'ların iki ana üyesi olan uzun kodlamayan RNA (lncRNA) ve mikroRNA'ların (miRNA) organizmadaki fizyolojik rollerinin yanısıra çeşitli malignitelerin oluşumunda etkili olabileceği rapor edilmektedir. MK etyopatogenizde birçok lncRNA ve miRNA türü araştırılmış olmakla birlikte, lncRNA PVT1 (Plasmacytoma Variant Translocation 1; PVT1), ve miRNA-128 ile MK ilişkisini inceleyen az sayıda çalışma bulunmaktadır. Bu nedenle çalışmamızda MK'lı hastalarının tümörlü ve bitişik normal dokularında PVT1 ve miR-128'in ekspresyonlarını inceleyerek, bu ncRNA'lar ile hastaların histopatolojik ve klinik özellikleri arasındaki ilişkinin değerlendirilmesini amaçladık. Çalışmamıza İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Üroloji Anabilim Dalı, Ürolojik Onkoloji Bilim Dalı'na Mayıs 2022 ve Nisan 2023 tarihleri arasında başvurarak MK tanısı alan 50 hasta dahil edildi. Kasa invaziv olmayan tümörlü doku ve bitişik normal dokuları transüretral mesane tümörü rezeksiyonu (TUR-MT) işlemi sırasında elde edildi. Doku örneklerinden kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) yöntemi ile PVT1 ve miR-128 ekspresyonları saptandı. Bulgular Wilcoxon, Mann-Whitney U, Spearman testleri ve ROC (Receiver Operating Charecteristic) analizi kullanılarak istatistiksel olarak değerlendirildi. MK'lı hastaların tümör dokularındaki PVT1 ekspresyonları istatistiksel olarak anlamlı bir artış gösterdi. Yüksek tümör derecesine sahip dokularda, düşük dereceli dokulara göre PVT1 daha yüksek olarak bulundu. Tümör dokulardaki MiR-128 ekspresyonunda bitişik normal dokulara kıyasla artış olmakla birlikte, bu artış istatistiksel olarak anlamlı değildi. PVT1'in aksine, yüksek dereceli tümörlerdeki miR-128 ekspresyonları düşük derecelilerle kıyaslandığında anlamlı bir azalma saptandı. Tümörlü dokuyu normal dokudan ayırt etmek için yapılan ROC analizinde PVT1'in %69 duyarlılık ve %80 özgüllüğe, miR-128'in ise %58 duyarlılık ve %60 özgüllüğe sahip olduğu bulundu. Buna ek olarak, tümörlü dokularda, yüksek dereceli tümörleri düşük dereceli olanlardan ayırmak için yapılan miR-128 ROC analizi ise %55 duyarlılık ve %95 özgüllük gösterdi. Çalışmamız kasa invaziv olmayan MK hastaları için PVT1 ve miR-128'in erken bir biyobeliteç olabileceğini düşündürmektedir. Bununla birlikte, her iki parametrenin duyarlılık ve özgüllüklerinin nispeten düşük olması nedeniyle hasta sayısı arttırılarak, kasa invaziv, yakın ve uzak metastazlı hastaların da dahil edildiği daha kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.

Abstract:
The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. TDK-2022-38685.
Bladder cancer (BC) is a prevalent global health issue. Alongside tobacco use, environmental exposures, dietary factors, and genetic elements, epigenetic factors have been implicated in the onset and progression of BC. Recent research has revealed that the human genome harbors a substantial number of non-coding RNAs (ncRNAs) with diverse transcriptional and posttranscriptional regulatory functions. Among these ncRNAs, long non-coding RNA (lncRNA) and microRNA (miRNA) play pivotal roles in both malignancy development and physiological processes. While numerous lncRNA and miRNA species have been investigated in the etiopathogenesis of BC, limited studies have explored the association between lncRNA PVT1 (Plasmacytoma Variant Translocation 1; PVT1) and miRNA-128 in BC. Therefore, in our study, we aimed to evaluate the expression of PVT1 and miR-128 in tumorous and adjacent normal tissues of patients with BC, and to assess their correlation with the histopathological and clinical characteristics. Our research encompassed a cohort of 50 individuals who were treated at the Urological Oncology division of the Department of Urology, Istanbul Faculty of Medicine, Istanbul University, from May 2022 to April 2023, all of whom were confirmed to have BC. Tissues from non-muscle invasive tumors, as well as surrounding healthy tissues, were collected through the process of transurethral resection of bladder tumors (TUR-BT). PVT1 and miR-128 levels were assessed through quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR). The obtained data were statistically analyzed using Wilcoxon, Mann-Whitney U, Spearman tests, and Receiver Operating Characteristic (ROC) analysis. In patients with BC, PVT1 expression exhibited a statistically significant increase in tumor tissues. Specifically, PVT1 levels were higher in tissues with high tumor grade compared to those with low grade. Although miR-128 expression was elevated in tumor tissues relative to adjacent normal tissues, this increase did not reach statistical significance. Unlike PVT1, miR-128 showed a notable reduction in expression levels in high-grade tumors when contrasted with low-grade ones. In the ROC analysis performed to distinguish tumourous tissue from normal tissue, PVT1 was found to have 69% sensitivity and 80% specificity, while miR-128 had 58% sensitivity and 60% specificity. In addition, miR-128 ROC analysis to distinguish high-grade tumours from low-grade tumours in tumourous tissues showed a sensitivity of 55% and a specificity of 95%. Our study suggests that PVT1 and miR-128 may be an early biomarker for non-muscle invasive BC patients. However, given the relatively low sensitivity and specificity of both parameters, further comprehensive studies involving patients with muscle-invasive, near, and distant metastases are necessary.