Ayırıcı tanı zorluğu yaşanan pediatrik kanserlerde mikrodizin sistemi ile karşılaştırmalı genomik hibridizasyonla tüm kromozomlarda anomali taranmasının yeri
The place of scanning all chromosomal abnormalities with microrray- based comparative genomic hybridisation in pediatric cancers posing difficulties in differential diagnosis
Yazar: HÜLYA TOSUN YILDIRIM
Danışman: PROF. DR. SAFİYE AKTAŞ
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Genom = Genome ; Hibridizasyon-genetik = Hybridization-genetic ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Pediatri = Pediatrics ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
Amaç: Geleneksel histopatolojik ve immünohistokimyasal yöntemlere karşın pediatrik kanserlerin ayırıcı tanısında, özellikle küçük, yuvarlak hücreli tümör morfolojisinde ve bazen iğ hücreli tümör morfolojisinde zorluklar yaşanabilir. Bu durumlarda, kromozomal anormalliklerin belirlenmesi yararlı olabilir. Tek problu bir örnekte FISH yöntemiyle tek bir translokasyonun veya delesyonun incelenmesi, söz konusu kromozomal anormallik tek bir tip olamayacağından her zaman kesin bir yanıt vermeyebilir. Varyasyonlar bulunabilir ve bu nedenle tanı için birden fazla alanı incelemek gerekebilir. Bu çalışmanın amacı, tüm genom karşılaştırmalı genomik hibridizasyon yönteminin ayırıcı tanıda zorluk yaşayan pediatrik kanserlerde yerini değerlendirmektir.
Yöntem: Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyonda (KGH), tüm genomda 135.000 prob ve gen başına 3 prob olarak tarandı. Parafin blok dokulardan çalışmak mümkündü. Dr. Behçet Uz Çocuk Hastanesi Patoloji Laboratuvarı arşivinden, ayırıcı tanıda güçlük yaşayan 24 olgunun parafin bloklarından DNA ekstraksiyonu yapıldı ve her olguda tüm kromozomlarda saptanan anomalilerin kontrol karşılaştırması yapıldı. Belirlenen kromozomal anomaliler, klinikopatolojik bulgular ile karşılaştırıldı.
Bulgular: Tipik olarak gözlenen kromozomal anomaliler ile birlikte, tartışmalı önemi olan ek değişiklikler tespit edildi. ES / PNET olgularımızda kontrole kıyasla en sık kopya sayısı farklılığı srGAP2, RGPD5, NPHP1, GTF2IRD2, PDXDC1 genlerinde bulunmuştur. Andiferansiye nöroblastom hastalarımızda en sık sayıda kopya sayısı değişikliği; Defensin beta 106A, Defensin beta 103B, RGPD5 geni ve MAGE ailesi üyesi A12, SPANX ailesi üyesi D sarkom antijeni genlerinde tespit edilmiştir. Özellikle küçük yuvarlak hücreli indiferan tümör grubunda en sık sayıda kopya sayısı değişiklikleri immünoglobulin superfamily member 2, kalsiyum / kalmodulin bağımlı protein kinaz II beta, POM121 transmembran nükleoporin, Ankyrin repeat domain 30B, Solute carier family 6 member, Peptidil prorolil izomeraz B, siklofilin A, RLD alanı içeren E3 ubiquitin protein ligaz 2, Tryptophan 2.3-dioxygenase genlerinde tespit edildi.
Sonuç: Tüm genom KGH yöntemi, ayırıcı tanıda zorluk yaşanan pediatrik kanserlerde faydalı olabilir. Ancak, parafin dokusunun incelenmesinde teknik zorluklar olduğundan, tümörlerden taze doku depolanması, genetik ve moleküler incelemeler için yararlı olacaktır. Yöntemin bir kısıtlılığı da, kromozomal anomalilerin belirlenmesine rağmen, in situ hibridizasyon gibi translokasyonun rapor edilememesidir.

Anahtar Kelimeler: Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (KGH), nadir Pediatrik Kanserler, Ayırıcı Tanı

Abstract:
Objective: Despite conventional histopathological and immunohistochemical methods, difficulties may be experienced in the differential diagnosis of pediatric cancers, especially in small, round-cell and sometimes in spindle-cell tumours. In these cases, determination of chromosomal abnormalities may be helpful. Examination of a single translocation or deletion with the FISH method in a sample with a single probe may not always yield a definitive response as the chromosomal abnormality in question may not be a single type. Variations may be found and therefore, it may be necessary to examine more than one domain for diagnosis. The aim of this study was to evaluate the place of the whole genome array comparative genomic hybridization method in pediatric cancers where difficulty is experienced in differential diagnosis.
Method: In Comparative Genomic Hybridization (CGH), 135,000 probes were scanned as 3 probes per gene in all genomes. It was possible to analyze paraffin block tissues obtained from the archive of the Pathology Laboratory of Dr Behcet Uz Children's Hospital. DNA extraction was made from the paraffin blocks of 24 cases where difficulty had been experienced in making the differential diagnosis and in each case, comparisons with control samples were made for all anomalies in all chromosomes with microarray technology. The chromosomal anomalies determined were compared with the clinicopathological findings. 
Results: Together with the typically observed chromosomal anomalies, additional derangements with debatable importance were determined. In our ES/ PNET patient cohort, most frequently the number of copies were altered in genes srGAP2, RGPD5, NPHP1, GTF2IRD2, PDXDC1. In our undifferentiated neuroblastoma patient, most frequently the number copies were determined in genes Defensin beta 106A, Defensin beta 103B, RGPD5 gene and MAGE family member A12, SPANX family member D sarcoma antigen. In indifferentiated malignant tumors especially in the group of small round cell malignant tumors, most frequently the number copies were detected in immunoglobulin superfamily member 2, calcium / calmodulin- dependent protein kinase II beta, POM121 transmembrane nucleoporin, Ankyrin repeat domain 30B, Solute carrier family 6 member, Peptidylprolyl isomerase B, cyclophilin A, RLD domain-containing E3 ubiquitin protein ligase 2, Tryptophan 2.3-dioxygenase.
Conclusion: The whole genome CGH method may be useful in pediatric cancers where difficulties are experienced in making differential diagnosis. Since, technical difficulties are experienced in the examination of paraffin-embedded tissue samples. storing fresh tissue samples from each tumor will be helpful for genetic and molecular examinations. A limitation of the method is that although chromosomal anomalies can be determined, contrary to in situ hybridization translocation of the chromosomal abnormality can not be determined.
Key Words: Comparative Genomic Hybridization (CGH), Rare Pediatric Cancers, Differential Diagnosis