Klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin konvansiyonel yöntem ve maldi-TOF Ms ile tiplendirilmesi ve antibiyotik duyarlılıkları
Laboratoary identification of anaerobic bacteria isolated from clinical specimens by maldi-TOF MS and conventional methods and determination of their antibiotic susceptibilities
Yazar: NERİMAN SAAT
Danışman: PROF. DR. SELAHATTİN ATMACA
Dicle Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Bakteriler-anaerobik = Bacteria-anaerobic ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests

Özet:
Bu çalışmada hastanemizde değişik kliniklerden anaerop enfeksiyon şüphesiyle
gelen 359 klinik örnek işleme alınarak, anaerop bakterilerin izolasyonu, identifikasyonu
ve antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu 359 klinik örneğin
2'si laboratuvar reddetme kriterlerine göre işleme alınmamış, geri kalan 357 klinik
örnekten 95 anaerop bakteri izole edilmiştir. Çalışmamızda 95 anaerop bakterinin
94'ünün cins veya tür düzeyinde identifikasyonu yapılmıştır. 1 anaerop bakterinin
tanımlanması ise Gram boyama düzeyinde yapılarak kliniğe bildirilmiştir. Bakterilerin
identifikasyonunda klinik örneğin makroskopik ve mikroskopik incelemesinin yanı sıra,
identifikasyon diskleri ve MALDI-TOF MS (Matrix aracılı lazer desorpsiyon-kütle
spektrofotometrisi) kullanılmıştır. 95 anaerop bakterinin 36'sı pasaj ve antibiyogram
aşamasında tekrar üretilememiştir. Bu yüzden kalan 59 anaerop bakteri için
antibiyogram yapılabilmiştir. İzolatların antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi
için E-test yöntemi kullanılmış, antibiyogram sonuçları sefoksitin için CLSI'a göre,
diğer antibiyotikler için EUCAST'e göre değerlendirme yapılmıştır. İzolasyon oranı
düşük bulunduğundan istatistiksel değerlendirme yapılmamıştır.
Anahtar Sözcükler: Anaerop, E-test, MIK, MALDI-TOF MS, Konvansiyonel

Abstract:
In this study, it was aimed to isolate and identify the anaerobic bacteria from different clinical specimens (n: 359) submitted to our laboratory when an anaerobic infection was suspected in patiens. In addition, the determination of antimicrobial susceptibilities of isolated organisms was also planned. Of 359 clinical samples, the 2 samples were rejected when rejection criteria were applied. A total of 95 anaerobic bacteria was isolated from the samples (n: 357) handled. Of these 95 isolates, 94 were identified to genus or species level. The identity of the remaining isolate (n: 1) was limited to their Gram stained characteristic and they were reported to the related clinic only with this information. In identification process, both macroscopic and microscopic examinations along with the use of a identification discs and MALDI-TOF MS (Matrix assisted laser desorption mass spectrometry) system, were performed. Of the 95 anaerobic bacteria, 36 were not reproduced during the passage and antimicrobial susceptibility testing phase. Thus, the antimicrobial susceptibility testing was made for the remaining 59 anaerop bacteria. E-test method was used to determine antimicrobial susceptibilities of isolates, antibiogram results were evaluated according to CLSI for cefoxitin and EUCAST for other antibiotics. Statistical analysis could not be performed due to low rate of isolation. 

Key Words: Anaerobe, E-test, MIC, MALDI-TOF MS, Conventional