Popülasyon genetiği veri formatlarının web tabanlı uygulamalarda birbirine dönüştürülmesi
Developing a web-based conversioin tool for common population genetics data formats
Yazar: MAHMUT AYDIN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. IGOR KRYVORUCHKO
Kafkas Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı / Biyomühendislik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
20. yüzyılın ikinci yarısında, biyolojik bilgilerin çok hızlı bir şekilde artış göstermesi sonucunda dünya genelinde yapılan araştırma ve uygulamalar ile çok büyük miktarda genomik bilgi üretilmeye başlanmıştır. Buna paralel olarak, moleküler biyoloji, popülasyon genetiği gibi alanlarda yapılan çalışmalardan elde edilen DNA dizi analizi, protein ve nükleotid dizilimleri gibi genomik bilgilerin açığa çıkması ile bu bilgilerin bir araya getirilmesi, kolay erişilebilir bir ortamda saklanması ve gerektiğinde araştırmacıların kullanımına sunmak amacıyla dünya genelinde çeşitli veri tabanlarının oluşturulması ihtiyacı ortaya çıkmıştır. Araştırmacıların çalışmalar sonucu elde ettikleri çeşitli genomik verileri karşılaştırmak ya da veri tabanlarında saklamak amacıyla bu verileri farklı formatlara çevirmeleri gerekir. 
Birçok genomik veri analiz programı, eldeki moleküler verinin kendine ait özel formatlarda hazırlanmasını gerektirir. Genomik analiz programlarının kendilerine göre düzenledikleri formatlar olduğu gibi veri tabanlarının da kendilerine özgü formatları vardır. Tam bu noktada en çok karşılaşılan problem, farklı programlar ve veri tabanları tarafından farklı formatların kullanılıyor olmasıdır. Bu amaçla bazı programlama dilleri kullanılarak araştırmacılar ya da kurumlar tarafından farklı formatlar arasında dönüşüm gerçekleştirebilen masaüstü programlar geliştirilmiştir. İstediğiniz format dönüşümünü sağlayacak programı arayıp bulma ve masaüstü yazılımların web üzerinden indirilip kullanılması aşamasında çeşitli zorluklar yaşanmaktadır. Başka bir zorluk ise bu programların kurulum aşamasında, araştırmacıların çeşitli komut satırları da kullanmak zorunda kalabilmeleridir. Bu programların yeni versiyonu çıkınca güncelleme problemleri de ek olarak araştırmacıların zamanlarını kaybettirmektedir. Bazı programların lisans şartları da dikkate alınırsa masaüstü yazılımların, araştırmacılara çeşitli zorluklar yaşatması kaçınılmazdır. 
Web tabanlı yazılımlar masaüstü yazılımlar gibi indirme, kurulum, sistem gereksinimleri ya da konsol uygulamaları istemezler ancak genomik veri formatlarının birbirine çevrilmesi için henüz kapsamlı bir platform mevcut değildir. Bu çalışmada, web üzerinden geliştirilen yazılım aracılığı ile program indirme ve sistem gereksinimleri gibi ihtiyaçlara gerek kalmadan araştırmacıların online (çevrimiçi) olarak yaygın kullanılan genomik veri formatlarını birbirine çevirebilmelerine olanak tanıyan bir platformun geliştirilerek hem ülkemizdeki hem de tüm dünyadaki araştırmacıların kullanımına sunulması sağlanmıştır.

Abstract:
In the second half of the 20th century, in aparallel to the rise of biological scienece, genomic information began to be produced in large quantities with research conducted worldwide. The massive amount of genomic information such as protein sequences and nucleotide sequences, markers necessited to store information in an easily accessible environment, and to provide easy access to tresearchers when necessary, and thus the creation of databases has emerged.
Many genomic data analysis programs require that the molecular data be formatted in specific formats. Just as genomic analysis programs are formats that are organized individually, databases also have their own specific formats. Therefore, researchers need to frequently change data into different formats in order to analyze them in various programs or to store them in databases. For this purpose, some programming languages have been developed in the form of standalone software programs that can transform data into different formats. There are various difficulties in identifying the appropriate program that will provide the desired format conversion, and in the process of downloading and using the desktop software from the web. Another difficulty is that, during the installation phase of these programs, researchers may have to use a variety of command lines as well. The new version of these programs become available update problems also can cost the time of the researchers. It is inevitable that desktop software will have various difficulties for the researcher if the license conditions of some programs are also taken into consideration. 
Web-based software does not require downloads, installations, system requirements, or console applications contrary to the standalone software programs, but a comprehensive platform for genomic data format conversion is not yet available. In this study, a web-based platform has been developed for researchers which enable researchers to convert widely used genomic data formats without the need for program downloading and system requirements.