Epstein-barr virüs (EBV) genomunun periferik kandan PCR ve real-tıme PCR ile gösterilmesi ve tiplendirilmesi
Epstein-barr virus (EBV)genom typing detecting with real time PCR at the peripheral blood mono-nuclear cells of children with malignant disease
Yazar: DENİZ TAMER
Danışman: PROF.DR. NEJAT AKAR
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Biyoloji = Biology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
44ÖZET?EPSTE N-BARR V RÜS (EBV)? GENOMUNUN PER FER K KANDAN PCR veREAL-TIME PCR LE GÖSTER LMES VE T PLEND R LMESEBV, insan B lenfositlerinde latent enfeksiyona neden olan ve bu hücreleri transformeederek in vitro sınırsız büyüme yeteneği kazanmasına neden olan bir insan herpes virüsüdür.Latent enfeksiyon süresince, viral gen ekspresyonu, (EBV nükleer antijeni) EBNA-1, EBNA-2, EBNA-3A, EBNA-3B, EBNA-3C, EBNA-LP olmak üzere 6 adet nükleer protein ve LMP(latent membran protein) olmak üzere bir integral membran proteini ile sınırlıdır. Buproteinlerin ekspresyonu, EBV genomunun varlığını gösterir. Bu çalışmada; 44 pediatrikmaligniteli olgunun periferik kan örneklerinde EBV genomu gerçek zamanlı PCR ve EBNA3Cgeninin 95 bç'lik delesyon bölgesi PCR yöntemiyle çalışılmıştır ve aynı zamandatiplendirmede de kullanılmıştır.Bu çalışmada, hasta grubumuzda; yaş aralığı 0-18 olan, 3'ü Hodgkin, 18'i Hodgkindışı olmak üzere 21 adet lenfomalı hasta mevcuttur. Çalışma sonucunda; gerçek zamanlıPCR ile EBV (+) olduğu bulunmuştur. Hastalarda delesyon dağılımına bakıldığında, EBNA3CTip1'e sahip 3 (%15,7) EBNA3C Tip2'ye sahip 3 (%15,7) ve her iki EBV Tip'ine de sahip 1(%5,3) birey bulunmuştur. EBNA 3C ile tipi belirlenemeyen örnek sayısı ise 12'dir (%63,2).RT-PCR, EBNA 3C'ye göre daha duyarlı olduğu görülmektedir. EBV (+) olması beklenen BLhasta grubunda beklenenden daha az pozitifliğin olması, diğer çalışmaların aksine buçalışmanın periferik kan örneğinden yapılıyor olmasına bağlı olabilir. Daha spesifik sonuçlariçin, daha geniş bir hasta grubuyla çalışılmalıdır.Anahtar sözcükler: EBV, EBNA-3C, LMP-1, RT-PCR

Abstract:
45SUMMARYEpstein-Barr Virus (EBV)? Genom Typing Detecting With Real Time PCR at thePeripheral Blood Mono-Nuclear Cells of Children With Malignant DiseaseEpstein-Barr virus (EBV) is a human herpes virus that establishes latent infection in human Blymphocytes and growth-transforms these cells so that they can proliferate indefinitely invitro. Viral gene expression during latent infection is limited to six nuclear proteins (EBVnuclear antigen) EBNA-1, EBNA-2, EBNA-3A, EBNA-3B, EBNA-3C, EBNA-LP and oneintegral membrane protein, latent membrane protein (LMP) (Sample and Kieff., 1990). Theexpression of these antigenes show the existence of EBV genome. In this study, Real-timePCR and 95-bp deletion in the EBNA3C gene methods were used for the detection of EBVgenome in peripheral blood cells of 44 children with malignant disease and the datas fromEBNA3C deletion analyze were used to define the types of EBV.In our study of the 44 patients, there was 21 lymphoma patients, with 3 Hodgkin and18 non-Hodgkin?s disease age range was between 0-18. 19 of the samples were EBV(+)with RT-PCR. However only 7 of them were EBV (+) by EBNA-3C PCR. Of these 3 patientswith EBNA3C Type1 (15,7%), 3 patients with EBNA3C Type2 (15,7%) and 1 patients withboth Type 1 and Type 2 (5,3%). EBNA3C PCR method was not able to detect EBV in 12samples (63,2%). RT-PCR seems more spesific than EBNA3C PCR. EBV positivitydifference between previous studies and this study probably lies on the fact that this studyperformed with peripheral blood samples, hence the others with cancer tissue.Key Words: EBV, EBNA-3C, LMP-1, RT-PCR