Üriner ve solunum yolu enfeksiyonlarından izole edilen E.colı ve klebsıella izolatlarında bazı virülans genleri ile antibiyotik direnç genlerinin sıklığı
The frequency of some virulence genes and antibiotic resistance genes in E. coli and klebsiella isolates isolated from urinary and respiratory infections
Yazar: ALİ ATEŞ
Danışman: PROF. DR. NİZAMİ DURAN
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Genler = Genes ; Klebsiella = Klebsiella ; Kolistin = Colistin ; Solunum sistemi = Respiratory system ; Virülans = Virulence ; Üriner sistem = Urinary tract ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: İdrar ve solunum yollarından izole edilen E. coli ve Klebsiella suşlarında mukoidal fenotiple ilişkili virulans genleri (magA, rmpA, wcaG), kinolon direnç genleri (qnrA, qnrB, qnrS), karbepenem (KPC) ve kolistin (mcr-1) direnç genlerinin sıklığını ve fenotipik yöntemlerle elde ettiğimiz antibiyotik direnç profillerinin karşılaştırmasını yapmayı hedefledik. Ayrıca 2011 yılı Suriye savaşından sonra önemli bir mülteci merkezi haline gelen Hatay bölgemizde Suriye kökenli hastalarla Türk hastaların antibiyotik direnç profillerinin karşılaştırılması da planlanmıştır.
Yöntem: Bakterilerin identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık testleri otomatize sistem ile kolistin direnci ise sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. İzolatlardaki direnç ve virulans genleri multipleks PCR ile araştırılmıştır.
Bulgular: İzolatların 127'si idrar, 37'si solunum numuneleriydi. Yetmiş dört E. coli, 68 K. pneomoniae ve 22 K. oxytoca suşlarının ampisilin, amoksisilin/klavulonik asit, sefuroksim aksetil, seftazidim, seftriakson, sefepim, trimetoprim/sulfametoksazol ve siprofloksasin antibiyotiklerine karşı yüksek direnç tespit edilmiştir. Tüm izolat türlerinde en düşük direnç kolistin, ertapenem, meropenem ve amikasine karşı saptanmıştır. E. coli, K. pneomoniae, K. oxytoca kökenlerinde kinolon direnci sırasıyla %66.2, %52.9 ve %59 olarak tespit edilmiştir. Kinolon direnci ile ilişkili qnrA geni E. coli, K. pneomoniae, K. oxytoca kökenlerinde sırasıyla %5.4, %0 ve %9.1, qnrB geni sırasıyla %17.5, %23.5, %22.7, qnrS geni ise sırasıyla %9.4, %16.1, %22.7 oranlarında saptanmıştır. Tüm izolatlar dikkate alındığında ertapanem direncinin %10.3, meropenem direncinin ise %9.7 olduğu saptanmıştır. Ancak karbapenem direnç genlerinden KPC-2 tespit edilmemiştir. Toplam 7 (%4.2) izolatta kolistin direnci saptanırken, kolistin direnci ile ilişkili mcr-1 genine rastlanmamıştır. Tüm izolatlar dikkate alındığında virülans genlerinden rmpA, wcaG ve magA gen oranları sırayla %6.7, %4.2 ve %1.2 olarak bulunmuştur.
Sonuçlar: İdrar ve solunum yolu örneklerinden izole edilen K. pneomoniae, E. coli ve K. oxytoca kökenlerinde ampisilin, amoksisilin klavulonik asit, sefuroksim aksetil, seftazidim, seftriakson, sefepim, trimetoprim sulfametoksazol ve siprofloksasin gibi ajanlara karşı olan yüksek direnç oranları göz önünde bulundurulmalıdır. İzolatlarda yüksek siprofloksasin direnci ile kıyaslandığında daha düşük qnr direnç gen oranlarına rastlanmıştır. Ancak qnr pozitifliği saptanan izolatlarda yüksek siprofloksasin direnç oranları tespit edilmiştir. Karbapenem direnç genlerinden KPC-2'ye ve kolistin direnci ile ilişkili genlerden mcr-1 pozitivitesine rastlanmamıştır. Virulans genleri (wcaG, rmpA, magA) genel olarak düşük oranlarda saptanırken en düşük oranda saptanan gen magA olmuştur.
Anahtar Kelimeler: E. coli, Klebsiella, antibiyotik direnç, kolistin, gen, virülans.

Abstract:
Aim: We aimed to investigate the frequency of virulence genes (magA, rmpA, wcaG) associated with mucoidal phenotype, quinolone resistance genes (qnrA, qnrB, qnrS), carbepenem (KPC) and colistin (mcr-1) resistance genes in E. coli and Klebsiella strains isolated from urinary and respiratory tracts and to compare the antibiotic resistance profiles obtained with phenotypic methods. In addition, it is planned to compare the antibiotic resistance profiles of Syrian patients and Turkish patients in Hatay region which became an important refugee center after the Syrian war of 2011.
Methods: The identification of bacteria and antibiotic susceptibility tests were determined by automated system and colistin resistance was determined by liquid microdilution method. Resistance and virulence genes in the isolates were investigated by multiplex PCR.
Results: 127 of the isolates were urine and 37 were respiratory samples. High resistance to ampicillin, amoxicillin / clavulonic acid, cefuroxime axetil, ceftazidime, ceftriaxone, cefepime, trimethoprim / sulfamethoxazole and ciprofloxacin antibiotics of 74 E. coli, 68 K. pneomoniae and 22 K. oxytoca strains were detected. The lowest resistance was detected against colistin, ertapenem, meropenem and amikacin in all isolate species. The quinolone resistance of E. coli, K. pneomoniae, K. oxytoca strains was 66.2%, 52.9% and 59%, respectively. The qnrA gene associated with quinolone resistance in E. coli, K. pneomoniae, K. oxytoca strains was 5.4%, 0% and 9.1%, respectively, qnrB gene was 17.5%, 23.5%, 22.7%, qnrS gene was 9.4%, 16.1%, 22.7% respectively. When all isolates were considered, it was found that ertapanem resistance was 10.3% and meropenem resistance was 9.7%. However, KPC-2, one of the carbapenem resistance genes, was not detected. While colistin resistance was detected in 7 isolates (%4.2), no mcr-1 gene related to colistin resistance was found. Considering all isolates, rmpA, wcaG and magA gene ratios of virulence genes were found to be 6.7%, 4.2% and 1.2%, respectively.
Conclusion: High resistance rates against agents such as ampicillin, amoxicillin clavulonic acid, cefuroxime axetil, ceftazidime, ceftriaxone, cefepime, trimethoprim sulfamethoxazole and ciprofloxacin should be considered in K. pneomoniae, E. coli and K. oxytoca strains isolated from urine and respiratory samples. Compared to high ciprofloxacin resistance in isolates, lower qnr resistance genes were found. However, high ciprofloxacin resistance rates were detected in isolates with qnr positivity. KPC-2, one of the carbapenem resistance genes, and mcr-1, one of the genes related to colistin resistance, were not detected. Virulence genes were generally detected at a low rates and the lowest rate was magA. 
Key Words: E. coli, Klebsiella, antibiotic resistance, colistin, gene, virulence