Prematür ovaryum yetmezliği (POY) tanısına yönelik mikrodizin bazlı karşılaştırmalı genomik hibridizasyon kiti (mikroarray CGH) geliştirilmesi
Development of CGH based microarray kit intended for diagnosis of premature ovarian failure (POF)
Yazar: CANDAN EKER
Danışman: DR. S. HAKKI KUMUŞOĞLU ; PROF. DR. AYŞEGÜL TOPAL SARIKAYA
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Prematür ovaryum yetmezliği (POY), 40 yaş altı kadınlarda altı aydan uzun süreli, serumda artmış gonadotropin ve 40 U/L'den yüksek folikül uyarıcı hormon (FSH) varlığında ortaya çıkan erken adet kesilmesi şeklinde tanımlanır. POY'un sonucu olan dişi kısırlığı (infertilitesi) günümüzde düzeltilemez bir durumdur. POY ve uzun süreli östrojen eksikliği osteoporozun erken ortaya çıkmasına yol açabilir. Ailesel POY'un erken tanısı menopozun önceden tahmin edilmesine fırsat verip, embriyoların dondurulması ya da daha önceden çocuk sahibi olma gibi üremeyle ilgili seçeneklere olanak tanıyacaktır. POY sendromu, insanda folikül oluşumunu kontrol eden birden fazla genin etkili olduğu kompleks heterojenik klinik bir hastalıktır. Deneysel çalışmalardan elde edilen bilgilere göre bu genlerin dişi eşey kromozomunda POF1 (Xq26.2-q28) ve POF2 (Xq13.3-q22) lokuslarında kümelenmiş olabileceği tahmin edilmektedir. POF1 lokusunda FMR1, HS6ST2, TFDP3, GPC3 ile POF2 lokusunda DIAPH2, DACH2, POF1B genleri POY aday genleri olarak tanımlanmıştır. Bunun yanı sıra AIRE, DAZL, FOXL2, FSHR, GALT ve TGF-ß gen ailesi üyelerinden GDF9, INH? gibi otozomal kromozomlarda taşınan genlerdeki mutasyonların da POY'da rolü olduğu düşünülmektedir. Günümüzde hem daha hızlı sonuç alınabilen, hem de analiz aşamasının tam otomatik olarak gerçekleştirilebildiği ?MicroArray? CGH yöntemi araştırmacıların çalışmalarını yoğunlaştırdıkları bir yöntem olarak ortaya çıkmıştır. Bu yöntem ile tüm genom düzeyinde kromozomal kayıp ya da artışların yüksek çözünürlükte, kısa bir sürede analizi mümkün kılınmaktadır.Bu tez çalışmasında, POY'a neden olan aday genlerin bulunduğu X ve otozomal kromozomlar üzerindeki lokusları çoklu kopyalar şeklinde içeren ?microarray? CGH geliştirerek POY'a özgün ve mevcut teknolojilere nazaran daha hassas, kolay uygulanabilir, hızlı ve düşük maliyetli bu yöntemin, yaygın olarak uygulanabilmesine katkıda bulunulması amaçlanmıştır. Bu kapsamda, 393 ?Bakteriyal Yapay Kromozom? (BAC) ve 20 ?P1 fajı türevli Yapay Kromozom? (PAC) olmak üzere toplam 413 klona ait DNA bölgesini dörtlü kopya içerecek şekilde tasarlanmış, kontrol bölgeleriyle birlikte toplam 1824 spot içeren POY'a özgü mikroarray lamlarının üretimi gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
Premature ovarian failure (POF) is defined as amenorrhoea for more than six months in the presence of elevated gonadotropins and FSH serum level higher than 40 U/L, occurring before the age of 40. Female infertility is presently an irreversible consequence of POF. POF and prolonged estrogen deficiency may lead to the early onset of osteoporosis. The early diagnosis of familial POF will provide the opportunity to predict the likelihood of early menopause, and allow other reproductive choices to be made, such as freezing embryos or having children earlier. Premature Ovarian Failure (POF) syndrome is a very heterogeneous clinical disorder due probably to complex genetic networks controlling human folliculogenesis. Some experimental evidence suggests that these genes might be clustered on the female sex chromosome in the POF1 (Xq26.2-q28) and POF2 (Xq13.3-q22) loci. The genes such FMR1, HS6ST2, TDPF3, GPC3 in POF1 locus and DIAPH2, DACH2, POF1B in POF2 locus were identified as POF candidate genes. However, mutations on some autosomal genes like AIRE, DAZL, FOXL2, FSHR, GALT and GDF9, INH? members of TGF-ß gene family are also estimated to play a role in POF pathology. Currently, ?Microarray? CGH appears as a current method of investigation for mutation analysis of genes. Also, the results can be taken more rapidly and analysis phase can be performed full automatically with this method. ?Microarray? CGH approach enables the analysis of whole genome range chromosomal losses or gains in a short time and with high-resolution.In the current study, it is aimed to develop a ?microarray? CGH including multiple copies of POF candidate genes that exist on the X and autosomal chromosomes. Thus, it can be contributed prevalent applicability of this method which is more sensitive, simple applied, fast and low cost according to the existing technologies. For this purpose, we have designed a POF-specific microarray kit which consists of 413 genomic clones (393 ?Bacterial Artificial Chromosomes? (BACs) and 20 ?P1 derived Artificial Chromosomes? (PACs) ) spotted in four copies that contains totally 1824 spots with control regions for the each array slide.