Thi-Qar ilindeki bazı bölgelerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa'ya dirençli antibiyotiklerin moleküler ve serolojik tespiti
Molecular and serological detection of antibiotics resistant to Pseudomonas aeruginosa isolated from some loci in Thi-Qar provence
Yazar: HUDA HAYDER ABBAS
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET SEZGİN ; DR. MURTADA HAFEDH HUSSIAN
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; Seroloji = Serology ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Pseudomonas aeruginosa, hastane kaynaklı enfeksiyonlarının en yaygın olanlarındandır. Geniş spektrumlu antibiyotiklere karşı azalan duyarlılık oranları, P. aeruginosa'nın antibiyotiklere direncini ve dirence neden olan genlerin araştırılması, dünya çapında klinisyenler için zorunlu bir hale gelmiştir. Yüz adet örnek üzerinde yürütülen tanımlayıcı çalışma da örnekler, Thi-Qar şehrindeki Al-Hussein Eğitim Hastanesi'ndeki ameliyathanelerden ve bu hastanenin yanık ünitesinden toplanmıştır. İzolatlar, MacConkey agar, CHROM agar üzerinde kültür edilmiş ve ardından teşhisleri yapılmıştır. İzolatlara katalaz testi ve oksidaz testi içeren biyokimyasal testler yapılmıştır. Yapılan çalışmada izole edilen P. aeruginosa'nın, Muller Hinton agar besiyerinde disk difüzyon yöntemi kullanılarak 6 farklı antibiyotiğe karşı duyarlılığı belirlenmiştir. Sonuçlar, Pseudomonas aeruginosa bakterisinin 20'şerli izolatlarından 16'sı piperasiline, 18'i seftazidime, 16'sı tobramisin ve siprofloksasine, 19'u amikasine ve 20'si seftriakson direncine işaret etmiştir. P. aeruginosa 20 izolatının tümü, ticari antiserumlarla slayt aglütinasyon testi ile serotiplendirilmiştir. O1 2 (%10), O2 2(%10), O3 1(%5), O4 2(%10), O6 3(%15), O8 olmak üzere örneklerde 8 serotipte belirlenmiştir. Çalışmada, O1 2(%10), O9 2(%10), O11 6 (%30), O11 6 (%30) bildirilen en yaygın serotipler olmuştur. AlgD geninin dizileme sonucu, P. aeruginosa için sadece bir varyasyon göstermektedir. (Geçiş)A>G kodu ACT/GCT. lasB geninin dizileme sonucu, T>C kodu TGA/CGA olan P. aeruginosa için de bir varyasyon, lasB geninin dizileme sonucu, bir varyasyon T>C kodu TGG/CGG olan P. aeruginosa için göstermektedir. Filogenetik ağacın algD geni (313bp) ve lasB geni (284bp) analiz edildiğinde, bu filogenetik ağacın yalnızca bir tür P. aeruginosa bakterisinden oluştuğu ortaya çıkmıştır.

ANAHTAR KELİMELER: Pseudomonas aeruginosa, Antibiyotik direnci, Seroloji, LasB, AlgD

Abstract:
Pseudomonas aeruginosa, a common cause of hospital-acquired infections, has become challenging for clinicians worldwide because of its decreasing rates of susceptibility to broad-spectrum antibiotics to determine P. aeruginosa resistance to antibiotics and the genes that cause this resistance. The descriptive study conducted on one hundred samples were gathered from the operating rooms and burn ward at Al-Hussein Teaching Hospital in Thi-Qar. The isolates were identified by culturing on MacConkey agar, CHROM agar, performing biochemical tests were done which include catalase test and oxidase test. The sensitivity of P. aeruginosa isolated in the present study to 6 antibiotics, using the diffusion method on the Muller Hinton agar media. The results showed Out of 20 P. aeruginosa bacteria, 16 of the bacteria resistance to piperacillin, 18 resistance to ceftazidime, 16 resistance to tobramycin & ciprofloxacin, 19 resistance to amikacin, & 20 resistance to ceftriaxone. All of 20 P. aeruginosa isolates serotyped by slide agglutination test with commercial antisera. 8 serotypes were recognized in specimens as followed O1 was 2 (10%), O2 was 2(10%), O3 was 1(5%), O4 was 2(10%), O6 was 3(15%), O8 was 2(10%), O9 was 2(10%), O11 was 6 (30%), and O11 is often the most prevalent serotypes reported in the presented study was 6 (30%). The sequencing result of algD gene shows for P. aeruginosa having one variation (Transition) A>G code ACT/GCT. The sequencing result of lasB gene shows for P. aeruginosa having one variation T>C code TGA/CGA. The sequencing result of lasB gene shows for P. aeruginosa having one variation T > C code TGG/CGG. The phylogenetic tree was analyzed the algD gene (313bp) and the lasB gene (284bp), it was found that this Phylogenetic tree consisted of only one type of P. aeruginosa bacteria.

Keywords: Pseudomonas aeruginosa, Antibiotics resistance, Serological lasB, AlgD