Farklı peynir çeşitlerinden bakteriyosin (Enterosin) üreticisi enterokok suşlarının izolasyonu ve üretilen bakteriyosinlerin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile tanısı
Isolation of bacteriocin (Enterocin) producer enterococci strains from different type cheese and identification of bacteriocins by polymerase chain reaction (PCR)
Yazar: MİNE AVCI
Danışman: YRD. DOÇ. DR. BANU ÖZDEN TUNCER
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Bakteriyosinler = Bacteriocins ; Enterococcus = Enterococcus ; Peynirler = Cheeses ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Bu tez çalışmasının amacı, farklı peynir çeşitlerinden bakteriyosin üretim yeteneğine sahip Enterococcus suşlarının izolasyonu ve moleküler düzeyde tanımlanması, antimikrobiyel aktivite spektrumlarının belirlenmesi ve bakteriyosin yapısal genlerinin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile tespitidir. Çalışma kapsamında 33 adet peynir örneğinden 100 adet muhtemel enterokok suşu izole edilmiştir. Fenotipik olarak Enterococcus cinsi üyesi olarak tanımlanan 100 adet izolattan 11 adedinin antimikrobiyel aktivite denemelerinde farklı aktivite spektrumu gösterdiği belirlenmiş ve çalışmaya bu izolatlar ile devam edilmiştir. Proteolitik enzim uygulaması, bu izolatlar tarafından üretilen antimikrobiyel maddenin protein yapısında olduğunu göstermiştir. 16S rDNA analizine göre 6 adet izolat Enterococcus faecium ve 5 adet izolat Enterococcus faecalis olarak tanımlanmıştır. Enterococcus suşlarının ürettiği bakteriyosinlerin moleküler düzeyde tanımlanması amacı ile yürütülen PZR uygulamaları sonucunda E. faecalis MBE29-1 ve E. faecalis MBE29-3 suşları sadece entX yapısal genine sahip iken; E. faecium MBE16-5 ve E. faecalis MBE31-4 suşları entA ve entX yapısal genlerine; E. faecium MBE15-2 ve E. faecium MBE 27-3 suşları entA, entB ve entX yapısal genlerine; E. faecium MBE12-3 suşu entA ve entB yapısal genlerine; E. faecium MBE22-2 suşu entA, entP, ve entX yapısal genlerine sahip bulunmuştur. E. faecium MBE27-2 suşu ise 4 adet yapısal enterosin geni (entA, entB, entP ve entX) içeren tek üretici suş olarak tanımlanmıştır. E. faecalis MBE1-9 ve E. faecalis MBE20-5 suşları tarafından üretilen enterosinler ise tez kapsamında kullandığımız primerler ile PZR ürünü vermemiştir.  

Anahtar kelimeler: Peynir, Enterokok, Enterosin, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR)

Abstract:
The aim of the thesis is isolation of Enterococcus strains from different kind of cheeses capable of producing bacteriocin, and identification at molecular level, determination of antimicrobial activity spectrum and determination of structural genes of bacteriocin by Polymerase Chain Raection of these bacteria (PCR).  The scope of work ,100 presumptive Enterococcus strains were isolated from 33 different cheese samples. 11 isolates among the 100 isolates phenotypically defined as members of the genus Enterococcus  determined that showed different activity spectrum that in the trial antimicrobial activity and study has continued with these isolates. Proteolytic enzyme study showed that antimicrobial substances produced by these isolates are protein structure. 6 isolates were identified as Enterococcus faecium and 5 isolates were identified as Enterococcus faecalis by 16S rDNA analysis.  PCR treatments for molecular identification bacteriocins produced by Enterococcus strains showed that E. faecalis MBE29-1 and E. faecalis MBE29-3 has only entX, while E. faecium MBE16-5 and E. faecalis MBE31-4 has entA and entX; E. faecium MBE15-2 and E. faecium MBE 27-3 entA, entB and entX; E. faecium MBE12-3 has entA and entB; E. faecium MBE22-2 has entA, entP, and entX structural genes. E. faecium MBE27-2 strain identified as the only one producing strain that has 4 structural enterocin genes (entA, entB, entP and entX). Enterocins produced by E. faecalis MBE1-9 and E. faecalis MBE20-5 strains did not give PCR amplificiation products by the primers used in this study.

Key words: Cheese, Enterococci, enterocin, polymerase chain reaction (PCR)