Aflatoksin B1 kaynaklı hepatosellüler karsinomalarda aday moleküler hedeflerin analizi
Analysis of candidate molecular targets in aflatoxin B1-induced hepatocellular carcinoma
Yazar: ŞİRİN YÜKSEL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. CEMALİYE AKYERLİ BOYLU
Acıbadem Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Genetik = Genetics
Dizin: Aflatoksinler = Aflatoxins ; Genler = Genes ; Genler-P53 = Genes-P53 ; Karsinoma = Carcinoma ; Karsinoma-hepatoselüler = Carcinoma-hepatocellular ; Mutasyon = Mutation

Özet:
Hepatosellüler karsinoma (H.K.) dünyada en sık görülen kanserler arasında 6. sırada, kanserden ölüm nedenleri arasında da 3. sırada yer almaktadır. Hastalığın tanı ve tedavisinde yeni gelişmeler olsa da, sıklığı ve kötü prognozu nedeniyle H.K. hala önemli bir sağlık problemi olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu nedenle, moleküler patogenezinin bilinmesi, tanı ve tedavide kullanılabilecek yöntemlerin geliştirilmesi açısından çok önemlidir. Temel etiyolojik ajanlar olan hepatit B, hepatit C, aflatoksin B1 (AFB1) ve siroz tüm H.K. vakalarının yaklaşık %80?inden sorumludur. Aflatoksinler insan gıdalarında, tahıllarda, yemlerde ve her türlü kuru yiyeceklerde saklama koşullarında rutubetin artmasına ve sıcaklığa bağlı olarak, mantar türleri tarafından üretilen mikotoksinlerdir. Aflatoksinler arasında en bilinen ve genotoksik özelliği nedeniyle mutasyonlara yol açarak kanser gelişiminine neden olan AFB1?dir. AFB1?e maruz kalmış H.K. vakalarında p53 R249S (G>T) mutasyonu olduğu bilinmektedir. Ancak AFB1 kaynaklı H.K. gelişiminde, bu mutasyondan başka p53 yolağına eşlik eden diğer yolaklar ya da genlerin mekanizmaları henüz açığa çıkarılamamıştır. Çalışmamızda, p53 R249S (G>T) mutasyonundan önce ya da sonra oluşmuş olası genetik değişikliklerin tanımlanabilmesi amacıyla R249S mutasyonu taşıdığı bilinen MAHLAVU ve PLC/PRF hücre hatları kullanılmıştır. Karsinogenezde rol oynadığı ve diğer kanser türlerinde mutasyonu bildirilen 115 kanser geni yeni nesil dizi analizi yöntemi ile incelenmiştir. Ayrıca, son zamanlarda yüksek çıktılı genom araştırmalarında, AFB1 dışı faktörlerle oluşan H.K.?larda mutasyonu gösterilen BCORL1 ve ARID2 genleri de Sanger dizi analizi ile taranmıştır. İki hücre hattından elde edilen sonuçlar karşılaştırıldığında, toplam 117 gende AFB1 ile ilişkilendirilebilecek bir genetik değişiklik saptanmamıştır.

Abstract:
Hepatocellular carcinoma (HCC) is the sixth most common cancer and the third leading cause of cancer deaths worldwide. Despite the recent advances in the diagnosis and treatment, HCC still appears to be an important health problem due to the frequency and poor prognosis of the disease. Therefore, understanding its molecular pathogenesis is very important for the development of new diagnostic and therapeutic modalities. Common etiological agents hepatitis B, hepatitis C, aflatoxin B1 (AFB1) and cirrhosis are responsible for about 80% of all HCC cases. Aflatoxins are mycotoxins produced by fungal species in human foods, cereals, feeds and any dried foods at increased humidity and temperature of storage conditions. AFB1 is the best known aflatoxin, which leads to mutations that cause cancer development due to its genotoxic characteristic. The presence of p53 R249S (G>T) mutation is known in AFB1 exposed HCC cases. However, involvement of other pathways or genes accompanying the p53 pathway in the development of AFB1-induced HCC other than this mutation has not been identified yet. In order to define the possible genetic changes taking place before or after the p53 R249S (G>T) mutation, we used two cell lines, MAHLAVU and PLC/PRF both known to carry the R249S mutation. 115 cancer genes previously reported to be involved in carcinogenesis with mutations in different cancer types were analyzed by next generation sequencing technologies. Moreover, BCORL1 and ARID2 genes shown to have mutations in HCC cases resulting from other factors than AFB1 were sequenced by Sanger method. When the results of the two cell lines were compared, no genetic variation possibly associated with AFB1 was detected in the 117 genes.