Nohutlarda kök çürüklüğüne sebep olan funguslar arasındaki genetik farklılığın moleküler yöntemlerle incelenmesi
Investigation of genetic diversity between the fungi causing root rot in chickpea by molecular techniques
Yazar: HARUN BAYRAKTAR
Danışman: PROF.DR. SARA DOLAR
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture

Özet:
ÖZETDoktora TeziNOHUTLARDA KÖK ÇÜRÜKLÜĞÜNE SEBEP OLAN FUNGUSLAR ARASINDAKGENET K FARKLILIĞIN MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE NCELENMESHarun BAYRAKTARAnkara ÜniversitesiFen Bilimleri EnstitüsüBitki Koruma Anabilim DalıDanışman: Prof. Dr. F. Sara DOLARÜlkemizdeki nohut üretimi farklı biotik ve abiotik streslerden dolayı istenilen düzeydeolmamaktadır. Biotik hastalık etmenleri arasında ise basta Fusarium oxysporum f. sp.ciceris' in sebep olduğu Fusarium solgunluğu olmak üzere diğer kök patojenleri önemli biryer tutmaktadır. Bu sebeple Türkiye'nin 15 farklı ilinde 2001-2002 yıllarında yapılansurvey sonucunda, nohutlarda solgunluk ve kök çürüklüğüne sebep olduğu tespit edilenfungus izolatları patojenisite testi, Random amplified polymorphic DNA (RAPD) ve Intersimple sequence repeats (ISSR) yöntemleri kullanılarak karakterize edilmiştir. Yapılansurvey sonucunda Fusarium oxysporum, F. solani, F. equiseti, F. semitectum,F. acuminatum, Macrophomina phaseolina ve Rhizoctonia solani nohutlarda solgunluk vekök çürüklüğüne neden olan hastalık etmenleri olarak saptanmıştır. Elde edilen kökpatojenleri arasında en yaygın patojenin F. oxysporum olduğu ve bunu F. solani veM. phaseolina' nın takip ettiği görülmüştür. Hassas nohut çeşitleri kullanılarak toplam 144izolatın virulenslikleri belirlenmiş ve bu fungus türlerindeki intra ve inter spesifikpolimorfizimler 30 RAPD ve 20 ISSR primeri kullanılarak incelenmiştir. Elde edilenverilerin Dice' ın benzerlik katsayısı kullanılarak yapılan UPGMA (Unweighed PairgroupMethod with Arithmetic Average) cluster analizi sonucunda 74 F. oxysporum izolatıarasında genel olarak 3 ana grubun bulunduğu 25 F. solani izolatının ise 2 farklı grubaayrıldığı tespit edilmiştir. Ayrıca nohutlarda hastalığa sebep olan diğer patojenlerarasındaki genetik varyasyon her iki yöntem kullanılarak araştırılmış ve cluster analizi ilebirbirlerinden ayrı olarak gruplandırılmışlardır. Moleküler yöntemler kullanılarak yapılananalizler sonucunda morfolojik kriterler kullanılarak ayırt edilemeyen izolatlardendogramdaki dağılımlarına göre yeniden sınıflandırılmışlardır. RAPD, ISSR veRAPD+ISSR verilerinin kombine edilmesiyle elde edilen dendogramlar arasında iseyüksek bir korelasyonun olduğu ve her iki yöntemin fungus populasyonları arasındakigenetik varyasyonu incelemek için oldukça faydalı olduğu tespit edilmiştir.2006, 90 sayfaAnahtar Kelimeler: Nohut, genetik farklılık, kök çürüklüğü, RAPD, ISSRi

Abstract:
ABSTRACTPh.D. ThesisINVESTIGATION OF GENETIC DIVERSITY BETWEEN THE FUNGI CAUSINGROOT ROT IN CHICKPEA BY MOLECULAR TECHNIQUESHarun BAYRAKTARAnkara UniversityGraduate School of Natural and Applied SciencesDepartment of Plant ProtectionSupervisor: Prof. Dr. F. Sara DOLARChickpea production is not at the desired level because of biotic and abiotic factors inTurkey. Fusarium wilt, caused by Fusarium oxysporum f. sp. ciceris and other root rotpathogens are important biotic disease agents. In this study, fifteen provinces of Turkeywere surveyed for fungal pathogens, causing wilt and root rot on chickpea in 2001 and2002. The fungal species obtained were characterized with pathogenicity test, Randomamplified polymorphic DNA (RAPD) and Inter simple sequence repeats (ISSR) assays. Asa result of the survey, Fusarium oxysporum, F. solani, F. semitectum, F. acuminatum,F. equiseti, Macrophomina phaseolina and Rhizoctonia solani were detected as pathogens,causing wilt and root rot on chickpea. F. oxysporum was the most widespread pathogenamong root rot pathogens, followed by F. solani and M. phaseolina. The virulencespectrum of a total 144 isolates was determined on susceptible chickpea cultivars, and intraand inter specific polymorphisms among these fungal species were investigated using 30RAPD and 20 ISSR primers. UPGMA (Unweighed Pairgroup Method with ArithmeticAverage) cluster analysis of the data from DNA amplification of RAPD and ISSR usingDice?s coefficient showed 3 major groups among 74 isolates of F. oxysporum and also,clustered 25 isolates of F. solani into 2 different groups. In addition, genetic variationamong other pathogens causing disease on chickpea plants was analyzed using bothtechniques and grouped separately from each other with cluster analysis. The isolates thatwere not easily separable using morphological characteristics were classified againaccording to their branching in dendrograms. The results showed that there was a highcorrelation between dendrograms obtained from the data of RAPD, ISSR and combinedRAPD+ISSR and both techniques were useful to study genetic variation among fungalpopulations.2006, 90 pagesKey Words: Chickpea, genetic diversity, root rot, RAPD, ISSRii