Gökçeada toprak izolatı aktinobakterilerin 16s rRNA gen bölgesine göre moleküler tiplendirilmeleri
Molecular identification of  actinobacteria isolated from Gökçeada soil samples by 16s rRNA gene region
Yazar: AHMET RIDVAN TOPKARA
Danışman: PROF. DR. KAMİL IŞIK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, Ege Bölgesi'nde bulunan Gökçeada'nın 6 farklı lokalitesinden alınan toprak örneklerinden aktinomiset izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzolatların 16S rRNA gen bölgesine ait nükleotit dizileri elde edilmiş ve filogenetik analizlerle moleküler tiplendirilmeleri yapılmıştır.
Toprak örneklerine dilüsyon plaka yöntemi uygulanarak sekiz farklı besiyeri ortamı kullanılmış ve test suşlarının izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzole edilen 150 organizma içerisinden 40 organizmanın 16S rRNA gen bölgesinin PZR çalışmaları tamamlanmıştır. 16S rRNA gen bölgesi nükleotit dizi analizi sonuçlarına göre, izolatların Actinomadura, Amycolatopsis, Microbispora, Nocardia, Nonomuraea, Saccharopolyspora ve Strepromyces olmak üzere 7 farklı aktinomiset cinsinin üyesi oldukları belirlenmiştir. MEGA 6 paket programı kullanılarak bu izolatlar içerisinden 40 tanesinin en yakın tip türleri ile filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. PHYDIT 3.1 programı kullanılarak izolatların en yakın tip türleri ile yüzde benzerlik ve nükleotit farklılık tabloları oluşturulmuştur.
MEGA 6 programı kullanılarak oluşturulan dendogramlar ve PHYDIT 3.1  programı ile oluşturulan tabloların verileri birlikte yorumlanarak yeni tür olma ihtimali yüksek olan izolatlar belirlenmiştir.
16S rRNA gen bölgesi filogenetik analizlerine göre; AI238, AI239, AS21, AYDS4 (Actinomadura sp.), ZIZ37, AYDS25 (Nonomuraea sp.), AZ5, EZ3 (Microbispora sp.) ve  ZEYZ1 (Strepromyces sp.) izolatlarının olası yeni türler olarak ülkemiz adasından literatüre girecekleri tahmin edilmektedir.
 
Anahtar Kelimeler: Actinomycetes; 16S rRNA; Moleküler Karakterizasyon.

Abstract:
In this study, actinomycetes isolation from soil samples taken from six different localities of Gökçeada in Ege Regıon was carried out. 16S rRNA gene sequence data of isolates was obtained and molecular typing by phylogenetic analyses was performed.
Isolation of test strains was performed by applying dilution plate to soil samples using eight different media. Out of 150 isolates, PCR amplification of 16S rRNA gene regıon of 40 isolates was completed. With respect to 16S rRNA gene sequence analyses, the isolates were determined to belong to the genera of Actinomadura, Amycolatopsis Microbispora, Nocardia, Nonomuraea, Saccharopolyspora and Streptomyces. Phylogenetic analyses of 40 isolates with the closest type species were performed by using MEGA 6 pocket programme. Similarity indices and nucleotide differences tables of isolates compared to the closest type species were constructed by using PHYDIT 3.1 programme.    
The isolates probably new for the literature were determined by interpreting data obtained from dendrograms constructed by MEGA 6 and tables composed by PHYDIT. 
According to the phylogenetic analyses of 16S rRNA gene regıon, the isolates of AI238, AS21, AI239, AYDS4 (Actinomadura sp.), ZIZ37, AYDS25 (Nonomuraea sp.), ZEYZ1 (Streptomyces sp.) and AZ5, EZ3 (Microbispora sp.) from our country's island are estimated to have potential to be novel for the literature. 

Key Words: Actinomycetes, 16S rRNA, Molecular Identification.