Yeni tanılı multipl miyeloma hastalarında sitogenetik anomalilerin optik genom haritalama yöntemiyle araştırılması
Investigation of cytogenetic abnormalities in newly diagnosed multiple myeloma patients by optical genome mapping
Yazar: DENİZ KARDELEN GÜNEY
Danışman: PROF. DR. KIVANÇ ÇEFLE ; DR. AYŞE GÜL BAYRAK TOKAÇ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Multipl Miyelom (MM), malign plazma hücrelerinin kemik iliğinde klonal proliferasyonuyla
karakterize heterojen hematolojik bir malignitedir.Önemi bilinmeyen monoklonal gamopatiden
(MGUS) gelişir, sonra Smoldering MM'ya (SMM) ve ardından tedavi gerektiren MM'ye
ilerler.MM'in tanısı Uluslarası Miyeloma Çalışma Grubu tarafından belirlenen, birçok
laboratuvar testini içeren kriterlere göre konulur.Tanıda kullanılan en önemli testler genetik
testlerdir.Saptanan genetik anomaliler, MM'da tanısal ve prognostik biyobelirteçler olarak
kullanılır. Bu amaçla kullanılan genetik testlerden kromozom analizi, kemik iliği örneklerinde
plazma hücrelerinin düşük proliferatif aktivitesi dolayısıyla, anomali tespitinde yetersiz
kalır.İnterfaz Floresan In Situ Hibridizasyon (FISH) çalışması ise plazma hücresinin proliferatif
aktivitesinden bağımsız olduğu için değerlidir.Ancak hedefe yönelik olduğundan, MM'nın
heterojenliğini tanımlayamaz.Son yıllarda geliştirilen Optik genom haritalama (OGM) ise,
çözünürlük sınırının üzerindeki tüm yapısal ve kopya sayısı varyantlarını tespit edebilen yeni
nesil bir sitogenetik yaklaşım olarak MM gibi heterojen hastalıkların genetik yapısını
aydınlatmada kullanılmaya başlamıştır.OGM, nativ DNA'nın doğrudan analiz edilebilmesine ve
düşük oranda mozaikliklerin tanımlanabilmesine olanak sağlar.Teorik olarak; karyotipleme,
FISH ve mikroarray yöntemlerinin kombinasyonundan elde edilen bilgileri tek çalışmada
birleştiren bir yöntemdir.Farklı hematolojik malignitelerin sitogenomik değerlendirmesinde
OGM, standart yöntemlerle rapor edilen klinik olarak önemli anomalilerin yanı sıra yeni
sitogenomik bilgiler de sağlamıştır.Bu tez çalışmasında, dünyada da yeni bir teknik olan OGM
yöntemi ile heterojen bir hastalık olan MM'nın sitogenomik karakterizasyonunun, interfaz FISH
yöntem sonuçları ile karşılaştırılarak analiz edilmesi amaçlanmıştır.MM'da saptanan genetik
anomaliler hastalığın klinik durumunu, ilaç duyarlılığını etkileyen faktörlerdir.OGM'nin tüm
genom hakkında bilgi vermesi ve FISH gibi hedefe spesifik olmaması, MM için prognoz ve
sınıflandırma açısından önemlidir.Sonuçta, MM'deki sitogenetik anomalilere dair yeni
bulguların ve hastalık patogenezine ışık tutacak verilerin elde edilmesi amaçlanmaktadır.

Abstract:
Multiple Myeloma(MM) is a haematological malignancy characterised by clonal proliferation of
plasma cells in the bone marrow.It progresses from monoclonal gammopathy of unknown
significance(MGUS) to Smoldering MM(SMM) and then to MM. Genetic abnormalities detected
by various tests are important diagnostic and prognostic biomarkers. Chromosome analysis is
inadequate due to low proliferative activity of plasma cells. Interphase Fluorescence In Situ
Hybridisation(FISH) is independent of the proliferative activity of plasma cells, but it cannot
define the heterogeneity of MM.Optical genome mapping(OGM), which has been developed in
recent years, has been used to elucidate the genetic structure of heterogeneous diseases. Its
advantage is to detect all structural and copy number variants above the resolution limit of
FISH.OGM allows native DNA to be directly analysed. Theoretically it can combine information
obtained from karyotyping, FISH and microarray methods in a single study. In the cytogenomic
evaluation of haematological malignancies, OGM has provided new cytogenomic information in
addition to abnormalities reported by standard methods. In this study, we aimed to characterize
cytogenomic abnormalities in MM, and compare the results of interphase FISH method with
OGM method, which is a new technique.Genetic anomalies detected in MM affect the clinical
status and drug sensitivity of the disease.Since OGM provides information about the whole
genome and is not target-specific like FISH, it is promising in terms of better prognostication
and classification for MM. In conclusion, it is aimed to obtain new findings on cytogenetic
anomalies in MM and data that will shed light on the pathogenesis of the disease.