Türkiye'de yetişen bazı fiğ (Vicia L.) türlerinin moleküler filogenetik analizi ve dünya'daki türleri ile karşılaştırılması
Molecular phylogenetic analysis of some vetch (Vicia L.) species growing in Turkiye and comparison with the species in the world
Yazar: ZEYNEP ÖZDOKUR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEVLÜDE ALEV ATEŞ
Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Adi fiğ = Vetch ; DNA = DNA

Özet:
Fabaceae familyasının gıda ve yem sanayisinde kullanılan ekonomik öneme sahip en 
önemli cinslerinden birisi olan Vicia L., toplam 102 takson (63 tür, 22 alttür, 17 varyete) ile 
ülkemizde temsil edilmektedir. Tarımı yapılan çok az türü bulunmaktadır. Özellikle bazı türler 
besin değeri açısından önemli yem bitkisi olarak karşımıza çıkmaktadır. Tez kapsamında 
ülkemizde doğal yayılış gösteren ve ticari öneme sahip türler (6 tür, 1 alttür ve çeşitleri)
arasındaki moleküler filogenetik ilişkilerin belirlenmesi amacıyla nükleer ribozomal genlerin 
iç transkribe boşluklarındaki ITS gen bölgesi (ITS1+5.8s +ITS2) kullanılmıştır. Yapılan PZR 
çalışmaları ile elde edilen verilerle cins içerisindeki filogenetik ilişkiler Maksimum Likelihood 
ilişkisindeki GTR (General Time Reversibl Model) parametresinde Gamma dağılımı ile 
çizdirilmiş ve moleküler filogenetik ağaç elde edilmiştir. Aynı familyaya ait Astragalus
mongolicus ve Lupinus luteus türleri ile başka çalışmalarda verileri olan Vicia cinsine ait 
çalışılan türler NCBI veri bankasından alınmış ve analize dahil edilmiştir. Ayrıca ITS2 gen 
bölgesine ait sekonder yapıların çizdirilmesi ile de moleküler veriler 2 boyutlu hale getirilerek 
görselleştirilmesi sağlanmıştır. Gibbs serbest enerji değerleri de çıkartılarak türler arasındaki 
farklılıklar gösterilmiştir. Sonuç olarak Vicia cinsine ait türler filogenetik çalışmalarda yaygın 
olarak kullanılan ITS gen bölgesine dayalı ilişkilendirmelerde birbirleri ile morfolojik verilere 
paralel olarak moleküler filogenetik ağaçta yer almıştır.

Anahtar Kelimeler: Fabaceae , Vicia L., ITS, filogenetik, Gibbs serbest enerji

Abstract:
Vicia L., a very significant genus in the Fabaceae family that has economic importance 
in the food and feed business, is present in our nation with a total of 102 taxa, including 63 
species, 22 subspecies, and 17 variations. Only a limited number of species are farmed. Certain 
species are particularly significant as fodder plants due to their high nutritional content. The 
thesis focused on using the ITS gene region (ITS1+5.8s+ITS2) inside the inner transcribed 
regions of nuclear ribosomal genes to establish the molecular phylogenetic links between 
naturally occurring and economically significant species in Türkiye (6 species, 1 subspecies 
and varieties). The PCR investigations provided data that was used to construct a molecular 
phylogenetic tree, which depicted the evolutionary connections within the genus. The 
Maximum Likelihood method was used, using the Gamma distribution in the GTR parameter, 
to exhibit these relationships. The species Astragalus mongolicus and Lupinus luteus, which 
are both members of the same family, were selected from the NCBI database along with 
additional species from the Vicia genus that have been previously examined. These species 
were included in the study. Furthermore, the molecular data was transformed into a 2-
dimensional representation by illustrating the secondary structures of the ITS2 gene region. The 
Gibbs free energy values were retrieved and the variations between different species were 
shown. Consequently, species from the Vicia genus were included into the molecular 
phylogenetic tree with morphological data, using the ITS gene region, a commonly used tool 
in phylogenetic research.

Keywords: Fabaceae, Vicia L., ITS, phylogeny, Gibbs free energy