Baş ve boyun kanserli hastalarda DLEC1 geninin araştırılması
Investigation of DlEC1 gene in head and neck cancer patients
Yazar: ELİF YAVUZ
Danışman: PROF. DR. TURGUT ULUTİN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Genler-tümör baskılayıcı = Genes-suppressor-tumor ; Glükozfosfat dehidrogenaz = Glucosephosphate dehydrogenases ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Baş ve boyun kanserleri dünya sıralamasında, en sık görülen kanserler arasında altıncı sırada yer almaktadır. DLEC1 geni, 3p22-p21.3 bölgesinde yerleşik olup bu kromozomal segment çeşitli kanserlerde sıklıkla kaybolmaktadır. DLEC1 geni, hücre çoğalmasının negatif düzenlenmesinde önemli bir role sahip olup tümör baskılayıcı gen gibi davranabilmektedir.
Bu çalışma, baş ve boyun kanserinde DLEC1 geninin rolünü araştırmak amacıyla planlanmıştır. 51 tümör ve normal doku örneklerinde DLEC1 geninin ifade düzeyleri, Real-Time PCR yöntemi ile araştırıldı ve G6PD geni, internal kontrol olarak kullanıldı. Her bir örnek için DLEC1 geninin ifadesi, Ct farklılıkları baz alınarak göreli kantitasyon hesabı ile bulundu. İstatistiksel analiz, IBM SPSS Statistics 20, USA programında Ki-Kare Testi kullanılarak gerçekleştirildi.
51 hastanın tümör dokusundaki DLEC1 geninin ifadesi normal örnekleri ile bire bir karşılaştırıldığında, tümör dokularının 32 (%62.7) tanesinde DLEC1 geninin ifadesi azalmış, 19 (%37.3) tanesinde ise DLEC1 geninin ifadesi artmış olarak gözlendi (p> 0.05). SCC histolojik tipinin yüksek oranda görülmesinden dolayı (n=44; %86), bu alt grup üzerinden istatistik tekrarlanmıştır. SCC tipli hastaların tümör dokusundaki DLEC1 geninin ifadesi normal örnekleri ile karşılaştırıldığında, tümör dokularının 29 (%65,9) tanesinde DLEC1 geninin ifadesi azalmış, 15 (%34,1) tanesinde ise DLEC1 geninin ifadesi artmış olarak gözlendi. DLEC1 geninin SCC tümör dokularındaki ifadesi anlamlı seviyede azalmış bulundu (p=0.035). Histopatolojik parametreler ile DLEC1 ifade seviyesi arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır (p> 0.05).
Azalan DLEC1 geninin ifadesi, skuamöz hücreli baş ve boyun kanserleri ile ilişkilidir.


Anahtar Kelimeler : DLEC1, Gen, Baş ve Boyun, Kanser, Gen İfade Analizi

Abstract:
Head and neck cancer is the sixth most common type of cancer in the world. Head and neck cancer includes cancers of upper aerodigestive tract, paranasal sinuses, oral cavity and salivary glands. The gene with abbreviation DLEC1 (Deleted in Lung and Esophageal Cancer 1) is located in the 3p22-p21.3, which is a commonly deleted chromosomal segment in various carcinomas. DLEC1 gene plays an essential role in the negative regulation of cell proliferation, thus acts as a tumour suppressor gene.
In this study we aimed to investigate the possible role of DLEC1 gene in head and neck cancers. The expression levels of DLEC1 gene in tumour and normal tissue samples obtained from 51 head and neck cancer patients were analyzed by Real-Time PCR. G6PD gene was used as the housekeeping gene to standardize the quantification of mRNA levels. For each sample, the relative quantitation of DLEC1 gene expression was calculated by the differences in threshold cycles. Statistical analyses were performed by Chi-square Test using IBM SPSS Statistics program version 20, USA.
Expression analyses of 51 patients showed that the expression of DLEC1 has decreased in 32 patients (%62.7). However that was not statistically significant (p> 0.05). The most common histopathological type of our cancer tissue samples was SCC (n=44, 86%), thus statistical analyses were re-performed in this subgroup. Expression analysis showed that expression of the DLEC1 has decreased in 29 of 44 (65,9%) patients with SCC subtype (p=0.035). The level of DLEC1 expression was not associated with any other clinical or pathological parameters (p> 0.05).
Decreased levels of DLEC1 gene expression is associated with head and neck cancers with squamous cell carcinoma subtype.

Key Words: DLEC1, Gene, Head and Neck, Cancer, Gene Expression Analysis