Meme kanserinde ros1 genindeki değişikliklerin FISH tekniği ile incelenmesi
Analysis of Ros1 Gene Changes in Breast Cancer Using FISH
Yazar: SÜMEYYE ERTUĞRUL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. IŞIN KAYA ; PROF. DR. MEHMET KORKMAZ
Şifa Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA ; FISH = FISH ; Genler = Genes ; Kromozomlar = Chromosomes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Meme kanseri kadınlarda en sık görülen kanser olup, invaziv duktal karsinom en çok görülen patolojik tipidir. Bu kanserin oluşumunda, genetik, epigenetik ve transkriptomik değişikliklerin rol oynadığı bilinmektedir. Meme kanseri yatkınlık genleri olarak bilinen BRCA1 ve BRCA2 genlerinin etkinliği bu kanser türü için bilinse de, moleküler mekanizmanın daha iyi anlaşılması hastalığın tanı ve takibi için önem taşımaktadır. Bu yüzden çalışmamızda, bir proto-onkogen ve trozin kinaz olan ROS1 geni çalışılmıştır. Bu gen, çeşitli hücre hatlarında ifade edilmektedir ve büyüme veya farklılaşma faktörü reseptörü olarak işlev görmektedir. Kanser gelişiminde önemli olan birçok yolağı da aktive etmektedir. Çalışmamızda, invaziv duktal karsinoma tanısı konmuş meme kanserli 30 hastanın ROS1 genindeki değişiklikler FISH tekniği ile incelenmiştir. Hastalardan alınan örnekler ile, floresan DNA probunun hedef DNA sekansına bağlanması sağlanıp; floresan işaretli DNA probunun o bölgeye özgü sinyali analiz edilmiştir. 30 hastadan 17 tanesinde analiz gerçekleştirilebilmiş; 13 tanesinde sinyal gözlenmemiştir. Analiz edilen 17 örneğin 14 tanesinde ROS1 gen lokusuna ait 2 adet sinyal (dizomi) gözlenmiştir; 3 örnekte ROS1 gen lokusuna ait hem 2 adet (Dizomi) sinyal hem de lokusa ait 1 adet (Monozomi) sinyal gözlenmiştir. Çalışmanın sonuçları değerlendirildiğinde; çalışmada kullanılan lokus spesifik prob, sadece ROS1 geni bölgesini göstermekte olup; 6.kromozomla ilgili sentromer bölgesini işaretlemediğinden, daha sonraki çalışmalar için, çok hasta sayısı ve farklı problarla çalışılması ve farklı tipteki meme kanserleri ile çalışmaların desteklenmesi önerilmektedir.


Anahtar Sözcükler: FISH,Meme Kanseri, ROS1 Geni

Abstract:
Breast cancer is the most common cancer in women with invasive ductal carcinoma is the most common pathological type. Genetics, epigenetic and transcriptomic changes are known to play a role in the development of this cancer. The activity of the breast cancer susceptibility genes, BRCA1 and BRCA2 genes, known as may be known for this type of cancer, a better understanding of the molecular mechanisms that are important for the diagnosis and monitoring of disease. So in our study, ROS1, which is a proto-oncogene and tyrosine kinase gene, has been studied. This gene is expressed in various cell line and acts as a receptors factors of growth or differentiation. This gene also activate many pathway which is important in cancer development. In our study, ROS1 gene changes in invasive ductal carcinoma diagnosed with breast cancer were examined with FISH technique in 30 patients. With samples from patients, connecting to the target DNA sequence of fluorescent DNA probes satisfies; fluorescently labeled DNA probe to that of specific signal was analyzed. Analysis were achieved in 17 of 30 patients; signals were not observed in 13 of them. Analyzed 17 samples in 14 of them have 2 signals (Disomy) of ROS1 gene loci. Also, in 3 samples belonging to the ROS1 gene locus, 2 signal (Disomy), and belongs to the loci 1 signals (Monosomy) were observed. In conclusion, locus specific probes used in this study and it is only show of ROS1 gene area; that is not mark the centromeres of related 6th chromosome. For further studies, more number of patients, to work with different probes and support of the study with different types of breast cancer are recommended. 

Key Words: FISH, Breast Cancer, ROS1 Gene