30 insersiyon/delesyon (INDEL) lokusunun Türkiye'deki polimorfizmi
Polymorphisms of 30 indels loci in Turkey
Yazar: ARZU DÜVENCİ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
İstanbul Üniversitesi / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine
Dizin: Adli tıp = Forensic medicine ; Akrabalık = Relatives ; Babalık belirleme = Paternity ; DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; DNA parmak izi = DNA fingerprinting ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Türk popülasyonu = Turkish population

Özet:
Moleküler genetik alanındaki gelişmeler, insanların DNA düzeyinde kimliklendirilerek karşılaştırılmasına ve adli olayların aydınlatılmasına olanak sağlamaktadır. İnsan genomunda bazların insersiyonuna (katılması) veya delesyonuna (eksilmesi) dayanan insersiyon-delesyon polimorfizmi de günümüzde DNA kimliklendirilmesinde yaygın olarak kullanılan SNP ve STR tiplendirmelerine alternatif oluşturmaktadır. Bu çalışmada, Otozomal kromozomlar üzerinde bulunan 30 INDEL (Amelogenin X, Amelogenin Y  ve  HLD77, HLD45, HLD131, HLD70, HLD6, HLD111, HLD58, HLD56, HLD118, HLD92, HLD93, HLD99, HLD88, HLD101, HLD67, HLD83, HLD114, HLD48, HLD124, HLD122, HLD125, HLD64, HLD81, HLD136, HLD133, HLD97, HLD40, HLD128, HLD39, HLD84) lokusunun Türkiye'deki polimorfizmi belirlenmesi amaçlanmıştır.
DNA analizi için Türkiye'nin tüm bölgelerini yansıtacak şekilde, aralarında akraba olmayan ve sağlıklı 250 gönüllüden kan örneği alındı. DNA izolasyonu, QIAmp DNA Mini Kit (Qiagen) kit protokolüne göre gerçekleştirildi. 30 INDEL lokusu Investigator® DIPplex kit prosedürüne göre çoğaltıldı. PCR ürünleri, ABI 3130 Genetik Analizörde (Life Technologies) yürütüldü ve GeneMapper IDX yazılım programında analiz edildi. 30 INDEL lokusunun adli ve popülasyon istatistik parametreleri Promega Powerstats  excel dosyası ile hesaplandı. Alel frekansları, Hardy-Weinberg dengesi, popülasyonlar arası (Türkiye ile Güney Kore, İtalya, Finlandiya, Polonya, Somali ve Tayvan popülasyonları arasında)  lokus bazındaki farklılığı ve Fst (Popülasyonlar Arası Genetik Uzaklık) test etmek için p değerleri Arlequin ver. 3.5. yazılım programı kullanılarak hesaplandı. Bonferonni düzeltmesinden sonra DIPplex genotip dağılımı istatistiksel olarak Hardy-Weinberg kuralına göre beklenenden farklı anlamlı bir sapma göstermemiştir. Fisher's exact test ile Türk popülasyonu ile Güney Kore popülasyonu arasında 16 lokusta, Somali popülasyonu arasında 14 lokusta, Tayvan popülasyonu arasında 11 lokusta, Finlandiya popülasyonu arasında 4 lokusta, Polonya popülasyonu arasında 1 lokusta istatistiksel olarak anlamlı farklılık bulundu. İtalya popülasyonu istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlenmedi. Bulunan FST değerleri ile Mega 5.1 programında "komşu birleştirme" yöntemi kullanılarak filogenetik ağaç çizildi. 
Bu çalışma bulgularına göre Türk Toplumu'nun Avrupa Toplumu'na genetik olarak daha yakın olduğu söylenebilir. Bu çalışma verileri babalık- akrabalık testlerinde ve degrade DNA örneklerinin analizinde de yararlı olacaktır.

Abstract:
Advancement in molecular genetics allows to compare a human level of DNA identification and clarify a criminal cases. Based on the insertion or deletion of bases in the human genome, insertion-deletion polymorphism, is an alternative for the widely used DNA identification method of SNP and STR typing. This study aimed to determine Turkish polymorphism on 30 INDEL locus on autosomal chromosomes (Amelogenin X Amelogenin Y and HLD77, HLD45, HLD131, HLD70, HLD6, HLD111, HLD58, HLD56, HLD118, HLD92, HLD93, HLD99, HLD88, HLD101, HLD67, HLD83, HLD114, HLD48, HLD124, HLD122, HLD125, HLD64, HLD81, HLD136, HLD133, HLD97, HLD40, HLD128, HLD39, HLD84).	
To reflect all regions of Turkey's DNA analysis, 250 blood samples from non-relative  healthy volunteers were taken. DNA was extracted using QIAmp DNA Mini Kit (Qiagen) following manufacturer's recommendations. The 30 insertion-deletion loci and amelogenin were amplified according to Investigator® DIPplex kit manual (Qiagen). The PCR products were separated with ABI 3130 Genetic Analyzer (Life Technologies) and analyzed with GeneMapper IDX software (Life Technologies). Forensic and population parameters of the 30 Indels were estimated with Promega PowerStats excelsheet, p-values of exact tests for Hardy–Weinberg equilibrium, exact test of population differentiation (Turkey between Korea, Italy, Finland, Poland, Somali and Taiwan populations) and Fst (Fixation Index) were calculated with Arlequin ver. 3.5. After Bonferonni correction the DIPplex genotype distributions showed no significant deviation from Hardy–Weinberg rule expectations. Exact test indicated that statistically significant differences were found between Turkish population and Korean population at 16 indel loci,  Somalian population at 12 indel loci and Taiwanian population at 12 indel loci. There is no statistically significant observed between Turkish and Italian populations. To draw the phylogenetic tree for founded Fst value "neighboring merge" function is used in Mega 5.1 software program. 
According to the findings of this study, Turkish society is genetically closer to the European community. The data set in this study will be useful in analyzing a paternity-kinship test and in a degraded DNA sample.