Azometin grubu içeren heterosiklik bileşiklerin nöroblastom hücrelerinde hücre döngüsü ve apoptoz yolağı üzerine etkisinin in vitro ve in siliko incelenmesi
In vitro and in silico investigation of the effect of heterocyclic compounds containing azomethine group on cell cycle and apoptosis pathway in neuroblastoma cells.
Yazar: GÜLCİHAN ÇINAR
Danışman: PROF. DR. YAVUZ SİLİĞ
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Apoptozis = Apoptosis ; Azometinler = Azomethines ; Beyin neoplazmları = Brain neoplasms ; Biyokimyasal analiz = Biochemical analysis ; Gen ifadesi = Gene expression ; Gen ifadesi profili = Gene expression profiling ; Genetik-biyokimyasal = Genetics-biochemical ; Heterosiklik bileşikler = Heterocyclic compounds ; Hücre döngüsü = Cell cycle ; Nöroblastom = Neuroblastoma

Özet:
Bu çalışmada, nöroblastoma hücre hattında (SH-SY5Y) azometin grubu içeren heterosiklik bileşiklerin siliko analiz, antikanser aktivite, hücre döngüsü ve apoptozda görev alan genler ve GLIPR1 geninin ekspresyon profillerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda öncelikle hücre döngüsü ve apoptozda görev alan proteinlerin birbirleriyle ve GLIPR1 ile etkileşimini belirlemek için String v11 programı kullanıldı. Moleküler doking analizinin sonuçlarının deneylerle iyi bir uyum içinde olduğu bulundu. Yeni sentezlenen moleküller SH-SY5Y hücre hattına sekiz farklı konsantrasyonda (1-100µg/ml) 24 saat, 48 saat ve 72 saat süreyle uygulanmış ve antikanser aktiviteleri MTT yöntemi ile belirlenmiştir. IC50 değeri hesaplandı. 48 saatin sonunda belirlenen IC50 değeri hücrelere uygulandı. İnkübasyona bırakıldı ve ardından SH-SY5Y hücre hattından kit protokolüne uygun olarak RNA izole edildi ve elde edilen RNA'lardan cDNA sentezlendi. Deneysel çalışmaların yanı sıra teorik çalışmalar da yapıldı. RT-PCR cihazında ∆∆CT yöntemi kullanılarak hücre döngüsü, apoptoz ve genleri ve GLIPR1 geninin ekspresyon düzeyleri analiz edildi. Sonuç olarak SH-SY5Y hücre hattına uygulanan Molekül 1, Molekül 2 ve Molekül 3'ün 72 saatlik inkübasyon sonrasında en yüksek aktiviteyi gösterdiği belirlendi. Molekül 1, Molekül 2 ve Molekül 3'te GLIPR1, NFKB1 geninin ekspresyonu kontrol grubuna göre artmıştır, molekül 2 ve molekül 3'te MYC geninin ekspresyonu da artış göstermiştir. Ayrıca molekül 3'te MDM2 geninin ekspresyonu da kontrol grubuna göre artış göstermiştir ve TP53, RAD51, BRCA2, CASP2, BAX, CCND1 genlerinin ekspresyonu da kontrol grubuna kıyasla azalmıştır. Bu durumun molekül 1, molekül 2 ve molekül 3'ün bir ilaç adayı olabileceği fikrini ortaya çıkarmıştır.

Abstract:
In this study, it was aimed to examine the genes involved in in silico analysis, anticancer activity, cell cycle and apoptosis, and the expression profiles of the GLIPR1 gene of heterocyclic compounds containing the azomethine group in the neuroblastoma cell line (SH-SY5Y). In our study, firstly, the String v11 program was used to determine the interaction of the proteins involved in the cell cycle and apoptosis with each other and with GLIPR1. The results of the molecular docking analysis were found to be in good agreement with the experiments. The newly synthesized drugs were applied to the SH-SY5Y cell line at eight different concentrations (1-100µg/ml) for 24 hours, 48 hours and 72 hours, and their anticancer activities were determined by MTT method. The IC50 value was calculated. The IC50 value determined at the end of 48 hours was applied to the cells. After incubation, RNA was isolated from the SH-SY5Y cell line according to the kit protocol and cDNA was synthesized from the obtained RNAs. In addition to experimental studies, theoretical studies were also carried out. Cell cycle, apoptosis and genes and expression levels of GLIPR1 gene were analyzed using ∆∆CT method in RT-PCR device. As a result, it was determined that Molecule 1, Molecule 2 and Molecule 3 applied to the SH-SY5Y cell line showed the highest activity after 72 hours of incubation. The expression of GLIPR1, NFKB1 gene in Molecule 1, Molecule 2 and Molecule 3 increased compared to the control group, and the expression of MYC gene in molecule 2 and molecule 3 also increased. In addition, the expression of MDM2 gene in molecule 3 was increased compared to the control group, and the expression of TP53, RAD51, BRCA2, CASP2, BAX, CCND1 genes was also decreased compared to the control group. This situation led to the idea that molecule 1, molecule 2 and molecule 3 could be a drug candidate.