Gibbs örneklemesi ile buzağılama güçlüğü ve ölü doğum eşikli özelliklerine ilişkin genetik parametrelerin tahminlenmesi
Estimation of genetic parameters of calving ease and stillbirth as threshold traits by using gibbs sampling
Yazar: YAKUT GEVREKÇİ
Danışman: PROF. DR. YAVUZ AKBAŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Ziraat = Agriculture ; İstatistik = Statistics

Özet:
Bu çalışmada, Gibbs örneklemesi yöntemi ile eşikli özellikler olan buzağılamagüçlüğü ve ölü doğuma ait genetik parametrelerinin tahminlemesi yapılmıştır.Araştırmada, 2003-2005 yılları arasında Amerika Birleşik Devletleri'ndeki 3980adet Siyah Alaca sürüsünde bulunan 1-6 laktasyondaki 404460 adet bireye ait 4kategorili buzağılama güçlüğü ve 2 kategorili ölü doğum kayıtları kullanılmıştır.Buzağılama güçlüğü, hem dört kategorili, hem de ilk iki ve son iki kategoribirleştirilerek iki kategorili olarak analiz edilmiştir. Buzağılama güçlüğü ve ölüdoğumun tek tek ve bir arada analizleri, baba ve baba+MGS modelleri kullanılarakgerçekleştirilmiştir. Analizlerde Gibbs Örneklemesi metodu kullanılmıştır. Bu metot,özelliklere ait ön dağılımın olabilirlik fonksiyonlarıyla birleştirilmesi sonucu elde edilenson dağımlar üzerinden tahminleme yapmaktadır. Tüm özellikler için baba vebaba+MGS modelleri kullanılarak varyans komponentleri ve bunlara bağlı olarakkalıtım dereceleri tahminlenmiş, özellikler ve genetik komponentler arası genetikkorelasyonlar tahmin edilmiştir.ki ve çok kategorili buzağılama güçlüğünün baba modeli ile ayrı ayrı analizlerisonucu direkt kalıtım dereceleri, sırasıyla 0,08 ve 0,06 olarak tahminlenmiştir. Babamodelinin ölü doğuma uygulandığı durumda ise kalıtım derecesi tahmini 0,04 olarakbulunmuştur.ki ve çok kategorili buzağılama güçlüğünün baba+MGS modeli ile ayrı ayrıanalizlerinde direkt kalıtım derecesi tahminleri ise sırasıyla; 0,08 ve 0,06 olarakbulunurken, ana üzerinden bu iki özelliğin kalıtım dereceleri 0,05 ve 0,04düzeylerinde tahminlenmiştir.Baba modeli kullanılarak buzağılama güçlüğü ve ölü doğumun birlikteanalizinde direkt kalıtım derecesi tahminleri, sırasıyla 0,06 ve 0,04 olarak bulunmuş,baba+MGS modelinde ise bu değerler 0,04 ve 0,07 olarak tahminlenmiştir.Her iki özellik için de direkt ve ana etkileri arasındaki genetik korelasyonlardüşük düzeyde ve negatif bulunurken, buzağılama güçlüğü ve ölü doğum arasındakigenetik korelasyon ise 0,79 düzeyinde tahminlenmiştir.Sonuç olarak, incelenen özellikler için tahmin edilen kalıtım dereceleri,modellere göre büyük oranda değişmemesine rağmen, buzağılama güçlüğü ve ölüdoğum özelliklerinin birbirleriyle ilişkili olması nedeniyle bu iki özelliğin birlikte elealındığı iki özellikli model tavsiye edilmiştir. Diğer taraftan, anaya ait genetik etkilerinmodele katkısı da düşünülerek, bu çalışmada ele alınan modeller içinden iki özelliğinbirlikte baba+MGS modeli ile analizi tavsiye edilmiştir.Anahtar sözcükler: Eşikli özellikler, Gibbs Örneklemesi, buzağılama güçlüğü, ölüdoğum, tek özelliğin analizi, iki özelliğin analizi

Abstract:
This study was conducted to estimate genetic parameters of calving ease andstillbirth as threshold traits by using Gibbs sampling.In this research, calving ease scores with four categories and stillbirth scoreswith two categories obtained from 404460 animals in 1-6 lactations raised between200-2005 years in 3980 Holstein herds in United States.Calving ease, both four categories and two categories as first two and last twocategories are combined, were analyzed. Calving ease and stillbirth were analyzedas univariate and bivariate models with sire and sire+MGS models. In the analysis,Gibbs Sampling method is used. This method uses posterior density combining byprior densities and likelihood for the traits. For all traits, variance components,heritabilities and genetic correlations between traits and between geneticcomponents were estimated by using sire and sire+MGS models.Direct heritability estimates for binary and ordered calving ease by usingunivariate sire model were 0.08 and 0.06, respectively. Also, the heritability estimatefor stillbirth from univariate sire model was 0.04.Direct heritability estimates for binary and ordered calving ease from univariatesire+MGS model were 0.08 and 0.06, respectively, and maternal heritability of thesetwo traits were 0.05 and 0.04.Direct heritability estimates for calving ease and stillbirth from bivariate siremodel were 0.06 and 0.04. However, they were 0.04 and 0.07 from bivariatesire+MGS model.For each trait genetic correlations between direct and maternal effects were lowand negative, however genetic correlation between calving ease and stillbirth was0,79.In conclusion, although there were no big differences between heritability oftraits obtained from different models, bivariate model is recommended because of therelationship between calving ease and stillbirth. Because of contribution of maternalgenetic effects to the models, bivariate sire+MGS model is recommended.Keywords: Threshold traits, Gibbs Sampling, calving difficulty, calving ease,dystocia, stillbirth, univariate analysis, bivariate analysis