KSÜ Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde hastane enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen Acinetobacter baumannii izolatlarının hızlı moleküler epidemiyolojik tanısı
Rapid molecular epidemiologic diagnosis of Acinetobacter baumannii isolates isolated as hospital infection agent in KSU Research and Practice Hospital
Yazar: ARZU KAYIŞ
Danışman: PROF. DR. MURAT ARAL
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Hastanede yatan hastalarda morbidite ve mortalitesi yüksek enfeksiyonlara yol açan Acinetobacter baumannii, önemli bir hastane kökenli patojendir. Bu bakteri, pnömoni, bakteriyemi, idrar yolu enfeksiyonu, yara enfeksiyonu ve menenjit gibi çeşitli enfeksiyonlardan izole edilebilir. Birçok antibiyotik sınıfına, özellikle de karbapenemlere direnç geliştirmesi nedeniyle Acinetobacter baumannii ciddi bir klinik problem haline gelmiştir. Bu çalışmada, hastane kökenli Acinetobacter baumannii izolatlarının klonal ilişkilerinin rep-PCR yöntemiyle belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada Haziran 2014-Ekim 2016 tarihleri arasında Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına çeşitli kliniklerden gönderilen örneklerden, standart bakteriyolojik yöntemlerle izole edilen ve BD Phoenix otomatik mikrobiyoloji sistemi ile tanımlanan hastane kökenli 70 Acinetobacter baumannii izolatı kullanılmıştır. Acinetobacter baumannii izolatlarının farklı antibiyotiklere duyarlılıkları BD phoenix otomatik mikrobiyoloji sistemi ile belirlenmiştir. Acinetobacter baumannii izolatlarındaki antibiyotik direnç oranları BD phoenix yöntemi ile sırasıyla; ertapenem %100, amoksisilin/klavulanat, ampisilin, seftriakson, sefuroksim %98.6, aztreonam, seftazidim, siprofloksasin, imipenem, piperasilin ve piperasilin-tazobaktam %97.1, sefepim, gentamisin, meropenem ve netilmisin %95.7, amikasin %91.4, trimetoprim-sulfametoksazol %88.5, tigesiklin %45.7, kolistin %4.3 olarak bulunmuştur. Rep-PCR ile yapılan klonal ilişki analizi sonucunda; biri baskın klon olmak üzere 10 klon tespit edilmiştir. İzolatlar arasındaki benzerlik oranı %95.8 olarak saptanmıştır. 1. klon baskın klon olarak belirlenmiştir. 70 Acinetobacter baumannii izolatının %68.6  (n= 48/70)'sının 1. klona ait olduğu tespit edilmiş; 4. klona ait 8 izolat, 6. ve 2. klona ait 3'er izolat, 3. ve 5. klona ait 2'şer izolat, diğer klonlarda (7., 8., 9., 10.) ise birer izolat saptanmıştır. Baskın klondaki (1. klon) izolatların  33'ü (%68.7) yoğun bakım ünitelerinden, 15'i (%31.3) kliniklerden elde edilmiştir. Baskın klondaki ilk ve son izolatın izolasyon tarihleri arasında 18 aylık süre olduğu belirlenmiştir. Hastanemiz yoğun bakım ünitelerinde ve diğer servislerde hakim olduğu görülmüştür. Acinetobacter baumannii izolatlarının servisler arası transfer edilen hastalar ve çapraz bulaşlar sonucu yayıldığı düşünülmüştür. Çalışmada kullanılan rep-PCR diversilab yönteminin epidemiyolojik çalışmalarda ve enfeksiyon kontrolünde kullanılabilecek kolay uygulanabilen, hızlı ve başarılı bir yöntem olduğu kanısına varılmıştır. Dirençli izolatların hastane ortamındaki dağılımının klonal ilişki göstermesi, enfeksiyon kontrol önlemlerinin önemini bir kez daha göstermiştir.

Anahtar sözcükler: Acinetobacter baumannii, antibiyotik direnci, klonal ilişki, rep-PCR, hastane enfeksiyonu.

Abstract:
Acinetobacter baumannii is a major nosocomial pathogen which can cause infections with high morbidity and mortality in hospitalized patients. Acinetobacter baumannii may be isolated from various infections such as pneumonia, bacteremia, urinary track infections, wound infections and meningitis. In recent years Acinetobacter baumannii has become a serious clinical problem because of the development of resistance to many antibiotics, especially to carbapenems. The aim of this study was to determine the clonal relationship between isolates of nosocomial Acinetobacter baumannii by using rep-PCR method. 70 nosocomial Acinetobacter baumannii isolates identified by BD Phoenix automated microbiology system and isolated by standard bacteriologic methods from various  clinical samples that sent to Medical Microbiology Laboratory of Kahramanmaras Sutcu Imam University Research and Practice Hospital at the period of June 2014-October 2016 were used in this study. The sensitivity of Acinetobacter baumannii isolates to different antibiotics is determined by BD Phoenix automated microbiology system. Antibiotic resistance rates obtained from isolates of Acinetobacter baumannii by BD Phoenix method; ertapenem 100%; amoxicillin-clavulanate, ampicillin, ceftriaxon, cefuroxime 98.6%; aztreonam, ceftazidime, ciprofloxacin, imipenem, piperacillin and piperacillin-tazobactam 97.1%; cefepime, gentamicin, meropenem and netilmicine 95.7%; amikacine 91.4%; trimethoprim-sulfamethoxazole 88.5%; tigecycline 75.7%; colistine 4.3% respectively. As a result of the clonal correlation analysis with Rep-PCR; 10 clones were identified, one being the main clone. The similarity rate between isolates was 95.8%. Clone 1 was found to be the dominant type.  Forty eight (68.6%) of the 70 Acinetobacter baumannii isolates  belonged to clone 1, 8 isolates  (11.4%) to clone 4, 3 isolates to clone 6 and 2, 2  isolates to clone 3 and 5, one of each to the other clones (7., 8., 9., 10.). Dominant clone (clone 1 ) was isolated from 68.75% (33/48), 31.25% (15/48) intensive care unit and clinics, respectively. The time interval between the first and last isolate was eighteen months in dominant clone. Isolates of the clone 1 were found to be dominant at the intensive care and other clinics in our hospital. It is concluded that Acinetobacter baumannii isolates were scattered as a result of cross transmission and patient transfer among clinics in the hospital. It has been concluded that the rep-PCR diversilab method used in the study is an easy, fast and successful method that can be used in epidemiological studies and infection control. The clonal relationship of resistant isolates in the hospital environment has once again shown the importance of infection control measures.

Key words: Acinetobacter baumannii, antibiotic resistance, clonal relationship, rep-PCR, nosocomial infection.