Jungus acutus'un in-vitro gaz üretim metodu ile sindirilebilirliğinin ve  real-time PCR ile selülolitik rumen bakterileri üzerine etkilerinin incelenmesi
Determination the digestibility of Jungus acutus by in-vitro gas production  and its effect on ruminal cellulolytic bacteria by real-time PCR methods
Yazar: FUNDA ERDEM
Danışman: PROF. DR. NURCAN ÇETİNKAYA
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Hayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Fibrobacter succinogenes = Fibrobacter succinogenes ; Jungus acutus = Jungus acutus ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rumen = Rumen ; Ruminococcus albus = Ruminococcus albus ; Ruminococcus flavefaciens = Ruminococcus flavefaciens ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
JUNCUS ACUTUS'UN İN-VİTRO GAZ ÜRETİM METODU İLE SİNDİRİLEBİLİRLİĞİNİN VE REAL-TİME PCR İLE SELÜLOLİTİK RUMEN BAKTERİLERİ ÜZERİNE ETKİLERİNİN İNCELENMESİ
Amaç : Juncus acutus'un ruminant beslemede alternatif bir kaba yem kaynağı olarak önerilmesi için in-vitro gaz üretim metodu ile sindirilebilirliğinin ve real-time PCR ile rumendeki selülolitik bakteriler üzerine etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır.
Materyal ve Metot: 2014 Yılı Şubat ayında Kızılırmak Deltasından üç farklı istasyondan toplanan Juncus acutus'un ham besin maddeleri analizleri AOAC de belirtilen yöntemlere göre yapıldı (AOAC, 2006). % SOMD ve ME MJ/kg KM in-vitro gaz üretim metodu ile bulunan gaz üretiminden hesaplandı. Juncus acutus'un selülolitik rumen bakterileri F. succinogenes (FS), R. flavefaciens (RF) ve R. albus (RA) üzerine etkileri real-time PCR metodu (Koike ve Kobayashi, 2001) ile belirlendi. 
Bulgular: Juncus acutus'un üç istasyona göre ham besin madde miktarları OM          (% 93.57- 93.89), HP (% 9,77- 10,03), NDF (% 73,76-73,70), ADF (% 46,08-46,58) ve  ADL (% 12,01-12,27) arasında bulundu. Juncus acutus'un üç istasyona ait 24 saatlik inkübasyonlarından hesaplanan SOMD değerleri % 42,64-42,48; MESOMD ve MEGÜ değerleri sırasıyla 6,78-6,82 ve 5,05-5,26 MJ/kg KM arasında değişti. Üç istasyona ait Juncus acutus'un 0, 3, 6, 12, 24, 48, 72 ve 96 saat inkübasyonlarından alınan rumen sıvılarındaki FS, RF ve RA'nın threshold (CT ) değerlerinden hesaplanan ortalama değerleri zamanla artış gösterdi ve artışlar FS>RF>RA şeklinde tespit edildi.
Sonuç: Juncus acutus'un % HP değeri tahıl samanlarından yüksek, düşük kaliteli kuru yonca ve kuru çayır otuna yakın bulundu. Rumen selülolitik bakterileri FS, RF ve RA'nın miktarlarında artışa neden olan Juncus acutus'un % SOMD, MEGÜ ve MESOMD değerleri açısından tahıl samanlarına, % HP yönünden ise orta kaliteli kaba yemlere alternatif bir kaba yem kaynağı olabileceği belirlenmiştir.
Anahtar Kelimeler: Fibrobacter succinogenes; in-vitro gaz üretim metodu; Juncus acutus; real- time PCR; Ruminococcus flavefaciens; Ruminococcus albus

Abstract:
DETERMINATION THE DIGESTIBILITY OF JUNCUS ACUTUS BY IN-VITRO GAS PRODUCTION AND ITS EFFECT ON RUMINAL CELLULOLYTIC BACTERIA BY REAL-TIME PCR METHODS
 
Aim: The aim of this study is to estimate the digestibility of Juncus acutus by in-vitro gas production method and to investigate its effects on rumen cellulolytic bacteria by real-time PCR to recommend Juncus acutus as an alternative feed source of roughage in ruminant nutrition.
Material and Method: In February 2014, Juncus acutus samples were collected from three different stations in Kızılırmak Delta and their proximate analysis was carried out by AOAC (AOAC, 2006). DOMD and ME values of Juncus acutus estimated from gas measured by in-vitro method (Menke and Steingass,1988). The effects of Juncus acutus on rumen cellulolytic rumen bacteria F. succinogenes (FS), R. flavefaciens (RF) and  R.albus (RA) were determined by real-time PCR (Koike and Kobayashi, 2001).
Results: Crude nutrient values of Juncus acutus from three stations were between OM (93.57- 93.89 %), CP (9.77-10.03 %), NDF (73.76-73.70 %), ADF (46.08-46.58 %) and ADL (12.01-12.27 %). DOMD from 24 h incubation time were 42.64-42.48                %, MEDOMD and MEGP values were 6.78-6.82 and 5.05-5.26 MJ/kg DM respectively. FS, RF and RA values calculated from threshold (CT) values in rumen fluids obtained from 0-96 h incubations showed an increases as FS> RF > RA. 
Conclusion: The CP % of Juncus acutus was found higher from cereal straw and close to low quality alfalfa hay and dry meadow grass. It caused an increase on rumen cellulolytic bacteria, FS, RF and RA. Juncus acutus may be considered as an alternative roughage to cereal straw and also in term of CP % to medium-quality roughage. 
Key Words: Fibrobacter succinogenes; in-vitro gas production; Juncus acutus; method, real-time PCR; Ruminococcus albus; Ruminococcus flavefaciens