Theileria annulata'nın laktat dehidrogenaz enzimini kodlayan genin ilaç tasarım çalışmalarında kullanılmak üzere izolasyonu, klonlanması ve analizi
Isolation, cloning and analysis of the enyzme encoding lactate dehydrogenase gene from Theileria annulata for drug design studies
Yazar: AYŞEGÜL ERDEMİR
Danışman: DOÇ. DR. DİLEK TURGUT-BALIK
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering
Dizin: Gen klonlama = Gene cloning ; Laktat dehidrogenaz = Lactate dehydrogenase ; Theileria annulata = Theileria annulata ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Theileriosis keneler aracılığı ile bulaşan ciddi bir hayvan hastalığı olup Theileria cinsine ait zorunlu hücre içi parazit türleri aracılığı ile bulaşır. Theileria parazitine ait türlerinin enfeksiyonu hayvanlarda ürün kaybı ve yüksek ölüm oranı ile sonuçlanır. Şu anda var olan antitheilerial ilaçların kullanımda olmasına rağmen, önemli antitheilerial ilaçlardan birisine karşı direnç oluştuğu ilk defa bu yıl rapor edilmiştir.Bu çalışmada hayvanlarda daha geniş etkiye sahip olabilecek yeni bir antiparazitik ilaç tasarımı amacıyla laktat dehidrogenaz enziminin tropikal theileriosis etkeni olan Theileria annulata'dan izolasyonu, klonlanması ve analizinin yapılması hedeflenmiştir.Hedef gen dizisi ilk defa bir Theileria türünün genomik DNA'sından PCR aracılığı ile izole edilmiş ve pGEM-T easy vektör sistemine klonlanmıştır.Tüm gen dizisinin iki yönlü dizileme analizleri sonucunda Theileria annulata laktat dehidrogenaz enziminin 1588 baz çifti içerdiği ve açık okuma çerçevesinin iki intron ile bölündüğü görülmüştür. İntron dizilerinin restriksiyon haritalama analizi sonuçları değerlendirildiğinde bu bölgelerden soy tanısında yararlanılabileceği önerilmiştir.Açık okuma çerçevesi 322 amino asit kodlamaktadır. Bu dizi konaktaki eşdeğeri ile karşılaştırıldığında iki delesyon ve iki insersiyonun bulunduğu tespit edilmiştir. Aktif bölge halkasındaki beş rezidü insersiyonu en önemli insersiyondur. Bu tezde gerçekleştirilen modelleme çalışmaları ile ilgili bölgenin enzim inhibitörleri için cazip bir hedef olabileceği önerilmiştir.

Abstract:
Theileriosis is a serious animal disease that transmitted by ticks. It is caused by obligate intracellular parasitic protozoa of the genus Theileria. Infection by Theileria spp. parasites results in production losses and high mortality in susceptible animals. Although currently available antiparasitic drugs are still in use to threat the disease, resistance to one of the important antitheilerial drug has been reported for the first time in this year. Isolation, cloning and analysis of lactate dehydrogenase from Theileria annulata, which causes tropical theileriosis, has been targetted in the present study with the ultimate aim of designing new antiparasitic drugs that will hopefully have wider mode of action in animals.The target sequence was isolated from the genomic DNA by PCR and cloned into the pGEM-T easy vector system from a Theileria species for the first time in the literature.Sequencing of the whole gene from both directions indicated that Theileria annulata lactate dehydrogenase gene contains 1588 base pairs and open reading frame was interrupted by two introns. Restriction mapping analysis of the intron sequences suggested that these regions could be exploited in the identification of the strains.The open reading frame encodes 322 amino acids. This sequence has two deletions and insertions compared to its equivalent in the host. Most remarkable is a five residue insertion in the active site loop region. Modelling studies performed in this thesis suggested this site beign an atractive target for inhibitors of the enzyme.