Doğu Karadeniz'deki kara midye ve deniz salyangozundan izole edilen Escherichia colilerde antibiyotik direnç genlerinin belirlenmesi
Determination of antibiotic resistance genes in Escherichia coli isolated from Mediterranean mussel and sea snail in Eastern Black Sea
Yazar: HASAN İŞLER
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ERTUĞRUL TERZİ
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products

Özet:
Bu çalışmada Doğu Karadeniz'den toplanan deniz salyangozu (Rapana venosa) ve kara midyeden (Mytilus galloprovincialis) izole edilen Escherichia coli'lerde antibiyotik direnç seviyesi, direnç geni bulundurma durumları ve direncin aktarılabilir boyutu geleneksel ve moleküler yöntemlerle araştırılmıştır. Bakterilerde test edilen antibiyotiklere karşı en yüksek direnç sulfametaksazol antibiyotiğine karşı tespit edilirken en düşük direnç florfenikole karşı belirlenmiştir. Bakterilerin çoğul antibiyotik direnç (MAR) indeksi tüm izolatlar için ortalama 0,28 olarak hesaplanmıştır. İstasyonlar arasında en yüksek MAR değeri 0,34 ile Trabzon istasyonlarında tespit edilirken en düşük 0,18 ile Artvin istasyonlarından izole edilen bakterilerde tespit edilmiştir. İzole edilen toplam 54 izolatta test edilen genlerden en yüksek % 98,1 oranında ampC geni tespit edilirken en düşük sul3 geni % 3,7 oranında tespit edilmiştir. Yapılan konjugasyon deneyleri kapsamında plazmit içeren toplam 24 bakterinin 10 tanesi plazmitlerini alıcı suşa aktarabilme yeteneğine sahip olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen transkonjugant bakterilerde orjinal suşta bulunan direnç genlerinin varlığı araştırılmıştır. Tespit edilen bazı genler DNA dizi analizi ile doğrulanmıştır. Bakterilerde antibiyotiklere karşı direnç durumu dünya çapında ekolojik öneme sahiptir. Bu direnç geni bulunduran bakterilerin patojen ve/veya patojen olmayan bakteriler arasında direnç genlerinin yayılmasında önemli rol oynadığı bilinmektedir.

Abstract:
In this study, antibiotic resistance level, resistance gene presence and transferable of resistance in Escherichia coli isolated from sea snail (Rapana venosa) and Mediterranean mussel (Mytilus galloprovincialis) collected from Eastern Black Sea were investigated by conventional and molecular methods. The highest resistance in bacteria to tested antibiotics was determined as sulfamethoxazole and the lowest resistance to florfenicol. The multiple antibiotic resistance (MAR) index of bacteria was calculated as 0.28 for all isolates. The highest MAR value was calculated in Trabzon stations with 0.34 and the lowest value was 0.18 with bacteria isolated from Artvin stations. While 98.1% ampC gene was detected in 54 isolates, the lowest sul3 gene was found to be 3.7% among tested genes. Conjugation experiments have shown that 10 of 24 plasmid-containing bacteria are capable of transferring their plasmids to the recipient strain. The presence of resistance genes in the original strain was investigated in the obtained transconjugant bacteria. Some of the detected genes were confirmed by DNA sequence analysis. Resistance to antibiotics in bacteria is of ecological importance worldwide. It is known that bacteria containing this resistance gene play an important role in spreading resistance genes between pathogen and/or non-pathogenic bacteria.