Nıck translatıon yöntemiyle işaretlenmiş özgün dna dizilerinin kompleks kromozom anomalilerinin aydınlatılmasında kullanılması
Usage of distinctive dna sequences that labeled by nick transaltion method for identifing complex chromosome abnormalities
Yazar: ZEYNEL DEMİR
Danışman: PROF. DR. SEHER BAŞARAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Bu çalışmada; klasik sitogenetik yöntemlerle ve ticari problarla yapılan FISH çalışmaları ile açıklanamayan kompleks kromozom anomalilerinin aydınlatılmasında, anomaliye özgün BAC klonlarının Nick translasyon tekniği ile işaretlenerek kullanılabilir hale getirilmesi amaçlandı.Bu çalışma kapsamında öncelikle 9., 13. ve 22. kromozomların katıldığı kromozom anomalileri kullanıldı.Çalışmaya alınan anomalilerin kırık noktalarına özgün 31 BAC klonu seçildi. Laboratuarımıza ulaşan 30 BAC klonu öncelikle çoğaltılarak stoklandılar. Daha sonra, stoklanmış 20 kültürden BAC lar izole edildi ve Nick Translasyon yöntemiyle işaretlenerek prob haline getirildiler.Özellikle kırık noktalarının aydınlatılması amacıyla çalışmaya alınan 8 kromozom anomalisinde, özgün problarla FISH çalışmaları uygulandı ve sitogenetik tanıya katkı sağlandı.Çalışmalar sonunda; BAC-FISH tekniğinin1.laboratuar koşullarında uygulanabilir olduğu ancak bakteri klonlarının üretilmesi ve izolasyonu aşamasında uygun laboratuar koşullarının göz önünde bulundurulması gerektiği2.en önemli aşamalarından biri klonların izolasyonu olup probların kalitesini etkilediği ve diğer önemli etmenin preparatların kalitesi olduğu ve hibridizasyonun başarısını etkilediği3.uygun BAC klonlarının kullanımı koşulu ile kompleks kromozom anomalilerinin aydınlatılmasında ek bilgiler sağladığı saptandı.BAC-FISH tekniğinin referans merkezi olarak çalışan ve daha sıklıkla kompleks kromozom anomalilerinin aydınlatılması sorunu ile karşı karşıya kalan laboratuarlar için uygun ve uygulanabilir bir teknik olduğu kararına varıldı.

Abstract:
In this study, we aimed to reveal the use of specific BAC clones labeled by Nick translation in identification of complex chromosome abnormalities, which could not be defined by classical cytogenetic methods and commercial FISH probes.Primarily, abnormalities of chromosome 9, 13 and 22 were used within this study.31 BAC clones peculiar to brake points of abnormalities were chosen and 30 BAC clones were cultured and stocked. 20 BACs were rendered as FISH probes following isolation from stock cultures and labeling by Nick translation method.FISH studies using distinctive probes was performed on 8 chromosome abnormalities, especially selected for identification of break points, and contributed to cytogenetic diagnosis.By this study, the following keypoints were achieved:1.applicability of BAC-FISH needs special laboratory conditions, especially at stage of cloning and isolating of bacterial cultures,2.isolating is one of the most important stage and it affects the probe quality. The other important step is slide preparation and this is effective on the hybridization success,3.using of suitable BAC clones; contribute identification of complex chromosome abnormalities.In conclusion, BAC-FISH technique is suitable and applicable for laboratories that are working as reference center and which usually challenges with complex chromosomal abnormalities