Tavuk etinde yüksek seviyede aminoglikozid dirençli Enterococcus spp. yaygınlığı ve aminoglikozid-modifiye edici enzim (AME) genlerinin belirlenmesi
Prevalence of high level aminoglycoside resistant (HLAR) Enterococcus spp. in chicken meat and detection of their aminoglycoside-modifying enzyme (AME) genes
Yazar: MELTEM YALÇIN
Danışman: PROF. DR. YASİN TUNCER
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering

Özet:
Bu çalışmada, Antalya ve Isparta illerinden temin edilen 112 tavuk eti örneğinde yüksek seviyede aminoglikozid dirençli (YSAD) Enterococcus yaygınlığı ve aminoglikozid-modifiye edici enzim (AME) geni varlığı araştırılmıştır. Ayrıca izolatların antibiyotik direnç profilleri ile gentamisin ve streptomisin minimum inhibisyon konsantrasyonları (MİK) da belirlenmiştir. Bu çalışmada toplam 32 YSAD Enterococcus suşu izole edilmiştir. 32 YSAD izolatının 7'si yüksek seviyede gentamisin dirençli (YSGD) ve 25'i yüksek seviyede streptomisin dirençli (YSSD)'dir. İzolatlar türe özgü polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve 16S rDNA dizi analizi ile E. faecium (18, % 56.25), E. faecalis (5, % 15.63), E. durans (5, % 15.63), E. avium (3, % 9.37) ve E. casseliflavus (1, % 3.12) olarak tanımlanmıştır. Disk difüzyon testi sonucu, YSAD Enterococcus izolatlarının en duyarlı olduğu antibiyotiklerin ampisilin (% 93.75), linezolid (% 93.75), penisilin G (% 90.62), teikoplanin (% 90.62), nitrofurantoin (% 78.12), vankomisin (% 75) ve kloramfenikol (% 68.75) olduğu saptanmıştır. İzolatlarının en dirençli olduğu antibiyotiklerin eritromisin (% 96.87), minosiklin (% 96.87), streptomisin (% 96.87) ve tetrasiklin (% 96.87) olduğu belirlenmiştir. İzolatların tamamı çoklu antibiyotik direncine sahip bulunmuştur. YSAD Enterococcus izolatlarının gentamisin ve streptomisin MİK değerlerinin sırasıyla 16 ile >4096 ve 64 ile >4096 μg/mL arasında değiştiği belirlenmiştir. 32 YSAD Enterococcus izolatının 18'inin (% 56.25) hem YSSD hem de YSGD oldukları tespit edilmiştir. PZR denemeleri sonucu YSAD Enterococcus izolatlarının 1 ile 5 arasında değişen sayıda AME geni içerdiği tespit edilmiştir. YSAD Enterococcus izolatlarında en sık rastlanan AME genlerinin ant(6ʹ)-Ia (% 87.5, 28/32), aph(3ʹ)-IIIa (% 78.13, 25/32),) ant(4ʹ)-Ia (% 68.75, 22/32), aph(2ʹʹ)-Ib (% 62.5, 20/32), aac(6ʹ)-Ie-aph(2ʹʹ)-Ia (% 21.88, 7/32) ve aph(2ʹʹ)-Ic (% 9.38, 3/32) olduğu tespit edilmiştir. İzolatlarının hiçbirinde aph(2ʹʹ)-Id genine rastlanılmamıştır. Sonuç olarak bu çalışma, tavuk eti örneklerinde YSAD Enterococcus varlığını göstermiştir. YSAD Enterococcus izolatları tüketici sağlığı açısından risk teşkil edebilir. Ayrıca, bu suşlar yüksek seviyede aminoglikozid direnci ile ilişkili genlerin yayılmasında rezevuar görevi görebilir.

Abstract:
In this study, the prevalence of high level aminoglycoside resistant (HLAR) Enterococcus in chicken meat obtained from Antalya and Isparta provinces and presence of aminoglycoside-modifying enzyme genes (AMEs) were investigated. Antibiotic resistance profiles and minimum inhibition concentration (MIC) values were also determined. A total of 32 HLAR Enterococcus strains were isolated in this study. Seven out of 32 HLAR isolates are high level of gentamicin resistant (HLGR) and 25 out of 32 HALR isolates are high level streptomycin resistant (HLSR). Isolates were identified as E. faecium (18, 56.25%), E. faecalis (5, 15.63%), E. durans (5, 15.63%), E. avium (3, 9.37%) ve E. casseliflavus (1, 3.12%) by species-specific polymerase chain reaction (PCR) and 16S rDNA sequence analysis. As a result of the disc diffusion test, HLAR Enterococcus isolates were found to be most susceptible to ampicillin (93.75%), linezolide (93.75%), penicillin G (90.62%), teikoplanine (90.62%), nitrofurantoin (78.12%), vancomycin (75%) and chloramphenicol (68.75%). All isolates were found to have multiple antibiotic resistance. Gentamicin and streptomycin minimum inhibitory concentration (MIC) values of HLAR isolates were detected chancing in the ranged from 16 to >4096 and 64 to >4096 μg/mL, respectively. Eighteen out of 32 HLAR isolates were identified as both HLGR and HLSR. PCR results showed that HLAR Enterococcus isolates contain AME genes ranging of number from one to five. The most common AME genes in HLAR Enterococcus isolates were ant(6ʹ)-Ia (87.5%, 28/32), aph(3ʹ)-IIIa (78.13%, 25/32),) ant(4ʹ)-Ia (68.75%, 22/32), aph(2ʹʹ)-Ib (62.5%, 20/32), aac(6ʹ)-Ie-aph(2ʹʹ)-Ia (21.88%, 7/32) ve aph(2ʹʹ)-Ic (9.38%, 3/32). The aph(2ʹʹ)-Id gene was not detected in any of the isolates. In conclusion, this study showed the presence of HLAR Enterococcus in chicken meat samples. In addition, these isolates can act as a reservoir in the dissemination of genes associated with high levels of aminoglycoside resistance. HLAR Enterococcus isolates may pose a risk to consumer health. In addition, these strains can act as a reservoir for the dissemination of genes associated with a high level of aminoglycoside resistance.