İskelet displazileri nadir subtiplerinde primer fibroblast kültüründe microrna profili
Microrna profile in primary fibroblast culture in rare subtypes of skeletal dysplasias
Yazar: HAMİDE BETÜL GERİK ÇELEBİ
Danışman: PROF. DR. HAFİZE SEDA VATANSEVER
Manisa Celal Bayar Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Histoloji ve Embriyoloji = Histology and Embryology

Özet:
Osteogenezis İmperfekta (OI) değişken derecelerde tekrarlayan kemik fraktürleri, azalmış kemik mineral dansitesi ve mavi sklera ile karakterize bir iskelet displazisidir. FKBP10- ilişkili osteogenezis imperfekta ilerleyici deformize tip (Sillence tip 3) (NOS 26- 0160) ise kısa boy, osteopeni, ılımlı/şiddetli kemik frajilitesi, kifoskolyoz, ekstremite deformiteleri ve normal zekâ klinik bulgularıyla seyredebilir.
MikroRNA (miRNA)'lar, çeşitli fizyolojik ve patolojik süreçlerdeki gen ifadesi düzenleyici unsurları olarak bilinirler. MikroRNA dizileme, yeni miRNA'ları keşfetmek, varyasyonları karakterize etmek ve tüm miRNA'ların ifade seviyelerini incelemek için kullanılır.
Bu çalışmada dünyada oldukça nadir görülen FKBP10 geni: NM_021939.4: c.831dupC (p.Gly278ArgfsTer95) homozigot patojenik varyantı taşıyan aynı aileden 4 farklı bireyin fibroblast kültürlerinden miRNA dizileme ile miRNA ifade profilleri tanımlanmış ve kontrol örneği ile kıyaslanarak sunulmuştur.
FKBP10- ilişkili ilerleyici deformize tip osteogenezis imperfekta ile ilişkili deri fibroblast kültürlerinden miRNA ekspresyon analizinin yapıldığı ilk rapor olan çalışmamızda hsa-miR-320b, hsa-miR-320a-3p ve hsa-miR-129-5p hastalarda baskılanmış olarak gözlenmiştir. Tüm hastalarda hsa-let-7d-5p'nın ise hastalığın klinik progresyonuyla orantılı yüksek ifade profiline sahip olduğu görülmüştür.
Bu çalışmamızda tespit edilen hsa-miR-320b, hsa-miR-320a-3p ve hsa-miR-129-5p miRNA'lar literatürde daha önce osteogenezis imperfekta ile ilişkilendirilmemiş yeni miRNA'lardır. Aynı zamanda bu çalışma hastalığın etyopatogenezini anlamaya yardımcı olacak ilişkili yolakların ve tedavisinde kullanılabilecek ajanların belirlenmesi çalışmalarına da temel oluşturacaktır.

Abstract:
Osteogenesis imperfecta (OI) is a skeletal dysplasia characterized by variable degrees of recurrent bone fractures, decreased bone mineral density and blue sclera. FKBP10-associated osteogenesis imperfecta progressive deforming type (Sillence type 3) (NOS 26-0160) may present with clinical signs of short stature, osteopenia,moderate to severe bone fragility, kyphoscoliosis, extremity deformities and normal intelligence.
MicroRNAs (miRNA) are known to regulate gene expression in various physiological and pathological processes. MicroRNA sequencing is used to discover novel miRNAs, characterize variations and examine the expression levels of all miRNAs.
In this study, miRNA expression profiles were identified by miRNA sequencing from fibroblast cultures of 4 different individuals from the same family who carried the homozygous pathogenic variant of FKBP10 gene: NM_021939.4:c.831dupC (p.Gly278ArgfsTer95), which is extremely rare in the world, and presented in comparison with the control sample.
In our study, which is the first report of miRNA expression analysis from skin fibroblast cultures associated with FKBP10-associated progressive deforming type osteogenesis imperfecta, hsa-miR-320b, hsa-miR-320a-3p and hsa-miR-129-5p were suppressed in patients. In all patients, hsa-let-7d-5p was found to have a high expression profile proportional to the clinical progression of the disease.
The hsa-miR-320b, hsa-miR-320a-3p and hsa-miR-129-5p miRNAs identified in this study are novel miRNAs that have not been previously associated with osteogenesis imperfecta in the literature. At the same time, this study will contribute to the understanding of the etiopathogenesis of the disease and will form the basis for the identification of related pathways and agents that can be used in the treatment of osteogenesis imperfecta.