Kolorektal kanser hastalarının tükürük örneklerinde non invaziv biyobelirteçler olarak Circular RNA'lar
circRNA's as noninvasive biomarkers in saliva samples of colorectal cancer patients
Yazar: AFET SATTAROVA
Danışman: DOÇ. DR. AYŞE CANER
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Kanser Biyolojisi ve İmmünolojisi Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Onkoloji = Oncology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Amaç: Kolorektal kanser(CRC)'in tedavisinde erken ve doğru teşhis önemli faktörlerdir. Bu nedenle, CRC hastalarında yeni, güvenilir ve invaziv olmayan biyobelirteçlerin keşfi, kanser araştırmalarında dikkat çekici bir konu haline gelmektedir. Halkasal RNA'lar (circRNA), yüksek stabiliteye sahip ve dokuya özgü olabilen RNA'lardır. Bu genler, tükürük ve serum gibi çeşitli invaziv olmayan örneklerde bulunmakta ve diger moleküllere göre daha stabil yapı taşımaktadırlar. Bu özelliklerini baz alarak günümüzde tüm kanserler için umut verici biyobelirteçler olarak araştırılan  circRNA moleküllerinin, CRC hastalarının tükürük örneklerinde ekspresyon seviyelerini belirleyerek non invaziv biyobelirteç kapasitelerinin araştırılması amaçlandı.
Gereç ve yöntemler: Bu çalışmada literatürde kanserle ilgili 22 circRNA tespit edildi ve ilk kez tükürük örneklerinde değerlendirildi. Bu amaçla 24 CRC hastasının ve 23 sağlıklı bireylerin tükürük örneklerinde 22 circRNA'nın ekspresyon düzeyi RT-qPCR ile araştırıldı. Biyobelirteç adayı olarak düşünülen circRNA'nın ilişkili oldugu protein/miRNA'lar ve hastalıklar biyoinformatik yöntemler ile belirlendi.
Bulgular:  RT-qPCR analizi yapılan circRNA'nın ekspresyon seviyesinin iki grup arasında önemli ölçüde değiştiğini bulduk. 22 adet circRNA genlerinden 13'ünün ifade düzeyinin CRC hastalarında arttığı saptanmıştır. Bunlardan hsa_circ_0001742, hsa_circ_0004771 ve hsa_circ_0078767, hsa_circ_0000218 ve hsa_circ_0044518 genlerinin ekspresyon düzeylerinde anlamlı seviyede artış saptanmıştır. circRNA genlerinden 8'inin CRC hastalarda ifade düzeyinin azaldığı görülmüştür. Bunlardan hsa_circ_0005158, hsa_circ_0007142, hsa_circ_0005035, hsa_circ_0001900 ve hsa_circ_0049557 genlerinin ekspresyon düzeyinde anlamlı seviyede azalma belirlenmiştir.
Sonuç: Çalışma, circRNA'lardan, özellikle hsa_circ_0001742 'nin, CRC'de invaziv olmayan bir biyobelirteç olma potansiyelini gösterdi, ancak bu sonuçları doğrulamak için daha fazla hasta içeren çalışmalara ihtiyaç var.

Abstract:
Objective: Early and accurate diagnosis is an important factor in the treatment of colorectal cancer (CRC). Therefore, the discovery of new, reliable and non-invasive biomarkers in CRC patients is becoming a hot topic in cancer research. Circular RNAs (circRNA) are RNAs that have high stability and can be tissue specific. These genes are found in various non-invasive samples such as saliva and serum and have a more stable structure than other molecules. Based on these features, it was aimed to investigate the non-invasive biomarker capacities of circRNA molecules, which are currently being investigated as promising biomarkers for all cancers, by determining the expression levels in saliva samples of CRC patients.
Material and methods: In this study, 22 cancer-related circRNAs were identified in the literature and evaluated in saliva samples for the first time. For this purpose, expression levels of 22 circRNAs in saliva samples of 24 CRC patients and 23 healthy individuals were investigated by RT-qPCR. Proteins/miRNAs and diseases associated with circRNA, which is considered as a biomarker candidate, were determined by bioinformatics methods.
Results: We found that the expression level of circular RNA analyzed by RT-qPCR varied significantly between the two groups. It was determined that the expression level of 13 of 22 circRNA genes was increased in patients with colorectal cancer. According to the results obtained, there was a significant increase in the expression levels of hsa_circ_0001742, hsa_circ_0004771 and hsa_circ_0078767, hsa_circ_0000218 and hsa_circ_0044518 genes. The expression level of 8 of the circRNA genes was decreased in patients with colorectal cancer. Of these, a significant decrease in the expression level of hsa_circ_0005158, hsa_circ_0007142, hsa_circ_0005035, hsa_circ_0001900 and hsa_circ_0049557 genes was determined.
Conclusion: The study showed the potential for circRNAs, particularly hsa_circ_0001742, to be a noninvasive biomarker in CRC, but further studies with more subjects are needed to confirm these results.