COVID-19 şüpheli hastalarda acil serviste çekilen bilgisayarlı tomografi ile polimeraz zincir reaksiyonu testi bulgularının karşılaştırılması
Comparison of the polymerase chain reaction and computed tomography performed in the emergency department in patients with suspected COVID-19
Yazar: SALTUK BUĞRA KARACA
Danışman: PROF. DR. BETÜL GÜLALP
Başkent Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Acil Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: İlk ve Acil Yardım = Emergency and First Aid
Dizin: Acil servis-hastane = Emergency service-hospital ; Acil tıp = Emergency medicine ; COVID 19 = COVID 19 ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; SARS virüsü = SARS virus ; Tomografi-x ışınlı-bilgisayarlı = Tomography-x ray-computed ; Ölçekler = Scales

Özet:
SARS-CoV-2 enfekte hastaların tanınması etkin bir hastalık kontrolü için çok önemlidir, fakat klinik prezantasyon özgül değildir ve hastaların büyük kısmı asemptomatik veya hafif semptomlar gösterebilmektedir. Tanıda altın standart RT-PCR olmakla beraber acil servislerde gerek uzamış test sonucuna erişme zamanı gerekse de yüksek yanlış negatiflik oranı nedeniyle zaman zaman tek başına izolasyon kararı vermede yeterli olmayabilir. Bu araştırmada acil serviste Kuzey Amerika Radyoloji Derneği (RSNA) önerilerine göre kategorize edilerek raporlanmış olan toraks bilgisayarlı tomografisi (TBT)'nin tanısal performansının standart test RT-PCR ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. 01.03-2020 ve 30.09.2020 tarihleri arasında acil servis başvurusunda Covid-19 şüpheli olarak değerlendirilmiş, RT-PCR testi çalışılmış ve çeşitli endikasyonlar nedeniyle TBT görüntülemesi yapılmış hastalardan TBT'sinde infiltrasyon saptanan 324 hasta araştırmaya dahil edilmiştir. Bu hastaların TBT'leri RSNA önerilerine göre iki kör radyolog tarafından 4 farklı gruba kategorize edilerek gruplandırılmış ve farklı eşik kategorilere göre RT-PCR referans test kabul edilerek TBT'nin tanısal performansı hesaplanmıştır. Gözlemciler arası uyum kappa analizi ile hesaplanmış olup, radyologlar arası uyumsuz olan hastaların nihai TBT sonucu Latent Cluster analizi ile belirlenmiştir. Çalışmaya dahil edilen 324 hastanın (ortanca yaş, 66; IQR, 29) 112'si (%35) Covid-19 pozitif idi. 2 kör radyoloğun gözlemciler arası uyumu iyi (κ=0,76) olarak bulundu. Nihai TBT kategorilerinde %35 hasta tipik kategoride yer almakta iken, %6 hasta pnömoni yok olarak değerlendirildi. Covid-19 pozitif hastaların 89'unun (%80) TBT sonucu tipik kategoride yer almaktaydı ve TBT sonucu tipik kategoride yer alan hastalarda, diğer kategorilere göre RT-PCR pozitiflik oranı anlamlı olarak daha fazla idi. TBT'nin tanısal performans analizlerinde; tipik kategori eşik kabul edildiğinde duyarlılık, seçicilik, pozitif öngörme değeri, negatif öngörme değeri ve doğruluk %66, %81, %65, %82 ve %75,6 olarak hesaplandı. İndetermine ve atipik kategoriler eşik olarak belirlendiğinde ise duyarlılık artmakla beraber diğer test sonuçları azalmaktaydı. İlk RT-PCR'da negatif kabul edilmiş olan ancak tekrarlayan testler neticesinde Covid-19 pozitif olduğu ortaya çıkan 20 hasta (%13) mevcuttu. Bu hastalar dikkate alınarak ilk RT-PCR'ın tanısal performansı hesaplandı. Yanlış pozitif olmadığı varsayılarak yapılan bu hesaplamalarda ilk RT-PCR'ın duyarlılık ve negatif öngörme değeri %69 ve %87 olarak hesaplandı. Yanlış negatif olarak değerlendirilen hastaların %60'ının TBT'si tipik kategoride yer almaktaydı. Düşük seçiciliği nedeniyle TBT Covid-19 tanı ve tarama için elverişli olmasa da hali hazırda TBT çekilmiş hastaların tanısında TBT bulgularının kullanımı acil servislerde makul bir seçenek gibi görünmektedir. RSNA sınıflamasının kullanımı tekrarlanabilir ve güvenlidir.

Abstract:
Accurate diagnosing SARS-CoV-2 infected patients is crucial for effective disease control. However, the clinical presentation of Covid-19 is often unspecific, and the majority of patients are asymptomatic or have mild symptoms. Although RT-PCR is the gold standard in diagnosis, RT-PCR sometimes may not be sufficient to decide in isolation, due to the prolonged time to get the test result and the high false-negative rate in emergency departments. This study aimed to find out the diagnostic performance of CT, which was categorized according to RSNA recommendations in the emergency department, compared to the standard test RT-PCR. Between 01.03-2020 and 30.09.2020, 324 patients were admitted to the emergency department and were evaluated as suspicious for Covid-19, and to whom both RT-PCR test and chest CT imaging were performed for various indications were included. All chest CT scans were grouped into four different categories according to RSNA recommendations by two blinded radiologists. Considering the RT-PCR test result as a gold standard, the diagnostic performance of CT was calculated according to different threshold categories. The observers' agreement was compared using Kappa analysis, and the final CT category of the patients that radiologists evaluated differently was determined by Latent Cluster analysis. Of the 324 patients (Median age, 66; IQR, 29), 112 (35%) were RT-PCR positive. There was a good agreement (κ: 0.76) according to the RSNA classification between the two radiologists. The final CT category was typical for 35% of the patients. Eighty-nine patients (%80) with confirmed Covid-19 had typical CT category, and the rate of RT-PCR positivity was significantly higher in patients whose CT was regarded as typical category, compared to other categories. The sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, and accuracy were calculated as 66%, 81%, 65%, 82%, and 76% when the typical category threshold was accepted. When indeterminate and atypical categories were set as the threshold, sensitivity increased, but other test results decreased. There were 20 (13%) patients who were considered negative in the first RT-PCR however were found to be positive for Covid-19 on repeated tests. Considering this result, the first RT-PCR's sensitivity and negative predictive value were calculated as 69% and 87%. CT of 60% of the patients evaluated as false negative was in the typical category. Although CT is not a suitable tool for the diagnosis and screening of Covid-19 due to its low specificity, the use of CT in the diagnosis of patients who have already scanned with CT seems to be a reasonable option in emergency departments. The use of the RSNA classification is reproducible and safe.