Bursa Karacabey yöresinde atlarda Theileria equi ve Babesia caballi'nin real time PCR ile araştırılması ve moleküler karakterizasyonu
Investigation of Theileria equi and Babesia caballi by real time PCR in horses in Karacabey region of Bursa and molecular characterization of the isolates
Yazar: FATİH KIZILASLAN
Danışman: DOÇ. DR. ALPARSLAN YILDIRIM
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Atlar = Horses ; Babesia = Babesia ; Moleküller = Molecules ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Theileria = Theileria

Özet:
Bu çalışmada, Bursa Karacabey yöresinde atlarda Theileria equi ve Babesia caballi'nin Real Time PCR ile moleküler prevalansının belirlenmesi ve elde edilen izolatların moleküler karakterizasyonlarının ortaya konması amaçlanmıştır. Bu amaçla Mayıs - Temmuz 2009 tarihleri arasında Karacabey Tarım İşletmesi Müdürlüğü'ne ait 153 ve Türkiye Jokey Kulübü Karacabey Pansiyonel Harasındaki 50 olmak üzere toplam 203 attan tekniğine uygun olarak kan örnekleri alınmıştır. Kan örneklerinden DNA ekstraksiyonunu takiben, B. caballi ve T. equi'nin 18S rRNA gen bölgesini parsiyel olarak amplifiye eden spesifik primerlerle TaqMan prob bazlı Real Time PCR analizleri gerçekleştirilmiştir. İncelemesi yapılan atlardan 10'u (%4,93) piroplasmosis yönünden pozitif bulunmuştur. Pozitif belirlenen örneklerin merkezlere göre dağılımı incelendiğinde Tarım İşletmesi Müdürlüğünden örneklenen 153 atın 4'ünde T. equi, 3`ünde B. caballi pozitifliği belirlenirken Türkiye Jokey Kulübünden örneklenen 50 atın 2'sinde T. equi, 1`inde ise B. caballi pozitifliği tespit edilmiştir. Araştırma yöresinde T. equi, ve B. caballi'nin prevalansı sırasıyla %2,96 ve %1,97 olarak saptanmıştır. 18S rRNA genini parsiyel olarak amplifiye eden primerler ile konvansiyonel PCR analizleri sonucunda T. equi pozitif 4 ve B. caballi pozitif 1 olamak üzere toplam 5 izolatın jel üzerinde amplifikasyon gösterdiği tespit edilmiştir. Konvansiyonel PCR'ın Real Time PCR tekniği ile kıyaslanması sonucu %50,0 sensitivite ve %100,0 spesifite gösterdiği belirlenmiştir. PCR sonucu pozitif belirlenen 5 izolattan yalnızca T. equi'ye ait olan iki izolat sekans analizleri için uygun konsantrasyonda belirlenmiştir. 18S rRNA sekans analiz sonuçlarına göre Bursa Karacabey yöresinde atlardan elde edilen T. equi BK-1 ve BK-2 izolatlarının kendi aralarında %100 identik oldukları, dünyadaki diğer T. equi izolatlarıyla aralarında ortalama %2,5±0,6 farklılık gösterdikleri ve T. equi Genotip E'de yer aldıkları saptanmıştır.

Abstract:
This study was carried out to determine the molecular prevalence of Theileria equi and Babesia caballi in horses in Karacabey region of Bursa and to designate the molecular characterization of the obtained isolates. For this aim between May and July of 2009, blood samples were techniqually collected from totally 203horses, in which 153 were belong to Agricultural Management Directorate and 50 were belong to the Turkish Jockey Club Karacabey stud farm. Following the genomic DNA extractions from blood samples, TaqMan probe based Real Time PCR analyses were performed with the specific primers which partially amplified the 18S rRNA gene region of B. caballi and T. equi. 10 (4.93%) of the examined horses were found to be infected with piroplasmosis. When examining the distribution of the positive samples over the collection centers, 4 and 3 horses from Agricultural Management Directorate and 2 and 1 horses from Turkish Jockey Club were found to be positive for T. equi and B. caballi, respectively. The prevalence of T. equi and B. caballi in the research area were determined as 2.96% and 1.97%, respectively. According to the conventional PCR which partially amplifies the 18S rRNA gene region, totally 5 isolates, 4 from T. equi positive and 1 from B. caballi, were determined to give amplification on the agarose gel. Conventional PCR showed 50.0% sensitivity and 100.0% specificity when compared with the Real Time PCR. Only two out of 5 PCR positive isolates belong to T. equi were found to have suitable concentration for sequence analyses. BK-1 and BK-2 T. equi isolates obtained from horses of Bursa Karacabey region were determined to be 100.0% identic to each other and showed 2.5±0.6% distance from other T. equi isolates from the world and also they were determined in the T. equi Genotype E.