Rizosferden izole edilen antimikrobiyal aktiviteli streptomyces'lerin nümerik taksonomisi
Numerical taxonomy of streptomyces with antimicrobial activity which isolated from rhizosphere
Yazar: DERYA GÜREL
Danışman: DOÇ.DR. NEVZAT ŞAHİN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
iR ZOSFERDEN ZOLE ED LEN ANT M KROB YAL AKT V TELSTREPTOMYCES'LER N NÜMER K TAKSONOM SÖZETBu çalışmada; ağaç ve çalı formundaki Acasia dealbata, Albizia distachya,Colutea arborescens, Gladitsia triancanthos, Medicago arborea, Sophora japonica,Spartium junceum, Tipuana tipu ve Wisteria sinensis baklagillerin rizosferlerinden,antimikrobiyal aktiviteli Streptomyces'lerin izolasyonu ve nümerik taksonomisiyapılmıştır.Dilüsyon plak tekniği ile seyreltilen toprak örneklerinden 0.2 ml alınarak,cycloheximide (50 Âµg/ml), nystatin (50 Âµg/ml) ve rifampicin (0.5 Âµg/ml) ilaveli nişasta-kazein agar üzerine transfer edilen izolasyon plakları, 25oC'de 14 gün süreyle inkübeedilmiştir. Test izolatlarının seçimi, antimikrobiyal aktivite testine göre yapılmış olup,izolasyon sonrası saflaştırılan ve morfolojik olarak Streptomyces violaceusniger cladedışında kalan 85 rizosfer izolatı ile Doğramacı (2005)'nın çalışmasında kullandığı S.violaceusniger kümesi üyelerinden rastgele seçilmiş 12 rizosfer izolatından oluşantoplam 97 izolat, Gram (+) Bacillus subtilis ve Staphylococcus aureus; Gram (-)Pseudomonas aeruginosa ve Escherichia coli; Candida albicans ve filametli fungusAspergillus niger olmak üzere 6 test organizmanın gelişmelerini inhibe etmekabiliyetlerine göre yayma plak tekniği kullanılarak incelenmiştir. Antimikrobiyalaktivite gösteren 42 rizosfer izolatı, oatmeal agar üzerinde renk gruplaması testine tabitutulmuş ve oluşan renk gruplarından seçilen 37 rizosfer izolatı, test izolatları olarakbelirlenmiştir.Nümerik analizler için, 37 test izolatı, 7 S. violaceusniger clade üyesi ve 25nötrofilik-mezofilik tip örneği ile bunlardan rastgele seçilmiş 7 duplike suştan oluşantoplam 76 test suşu, 126 birim karakter içeren morfolojik, besinsel, biyokimyasal,degredasyon, fizyolojik ve antimikrobiyal aktivite testlerine tabi tutulmuştur. Testsonuçlarının X-Taxon programında analiziyle elde edilen son veri matriksi, SSM-UPGMA algoritmine göre NTSys-pc programıyla kümelendirilmiştir. % 85 benzerlikseviyesinde gerçekleşen bu kümelenmeye göre, 3 büyük (6-7 suş), 5 küçük (2-4 suş) ve35 tek üyeli küme (SMC) oluşmuştur.Anahtar kelimeler: Streptomyces, Rizosfer, Antimikrobiyal Aktivite, Nümerik Taksonomi

Abstract:
iiNUMERICAL TAXONOMY OF STREPTOMYCES WITH ANTIMICROBIALACTIVITY WHICH ISOLATED FROM RHIZOSPHEREABSTRACTIn this study; isolation and numerical taxonomy of Streptomyces withantimicrobial activity from the rhizosphere of legume of Acasia dealbata, Albiziadistachya, Colutea arborescens, Gladitsia triancanthos, Medicago arborea, Sophorajaponica, Spartium junceum, Tipuana tipu and Wisteria sinensis in the form of tree orshrub, have been made.Soil samples have been diluted by dilution plate method, and isolation plates,which were transfered 0.2 ml soil dilution from each of soil sample on starch-caseinagar supplemented cycloheximide (50 Âµg/ml), nystatin (50 Âµg/ml) and rifampicin (0.5Âµg/ml), were incubated at 25oC for 14 days. Selection of test isolates have been madeaccording to antimicrobial activity test. Total 97 isolates, which consist of 85rhizosphere isolates, which were subcultured after isolation and morphologically do notbelong to Streptomyces violaceusniger clade, and 12 rhizosphere isolates, which wererandomly choosen from members of S. violaceusniger clade, which belong to study ofDoğramacı (2005), have been tested for their ability to inhibit the growth of six testorganisms, which consist of Gram (+) Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus;Gram (-) Pseudomonas aeruginosa and Escherichia coli; Candida albicans andfilamentous fungi Aspergillus niger using overlay method. Colour grouping of 42rhizosphere isolates which shown antimicrobial activity, have been made on oatmealagar, and selected 37 isolates from colour groups have been determined as test isolates.For numerical analysis, total 76 test organisms consisting of 37 test isolates, 7type strains which belong to S. violaceusniger clade, 25 neutrophilic-mesophilic typestrains and randomly selected 7 duplicated organisms, were examined for 126 unitcharacters including morphological, nutrient, biochemical, degredation, physiologicaland antimicrobial activity tests. Final data matrix, which has been obtained by analysisof the test results on the X-Taxon program, has been clustered according to SSM-UPGMA algorithm by NTSys-pc program. According to clustering with % 85 similaritylevels, 3 major (6-7 strains), 5 minor (2-4 strains) and 35 SMC were formed.Key words: Streptomyces, Rhizosphere, Antimicrobial Activity, Numerical Taksonomy