Santral venöz kateterlerden izole edilen koagülaz negatif stafilokokların antimikrobiyal direnç profilleri ve biyofilm oluşturma özelliklerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of antimicrobial resistance patterns and biofilm generation properties of coagulase negative staphylococci that were isolated from central venous catheters by conventional and molecular methods
Yazar: DUYGU ÖCAL
Danışman: PROF. DR. İŞTAR DOLAPÇI
Ankara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Biyofilmler = Biofilms ; Genler-mecA = Genes-mecA ; Kateterizasyon = Catheterization ; Kateterizasyon-periferik = Catheterization-peripheral ; Metisilin = Methicillin ; Staphylococcus = Staphylococcus ; Vankomisin = Vancomycin ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Kateter ile ilişkili kan dolaşımı enfeksiyonları (KİKDE), hayatı tehdit edici durumlara yol açabilmeleri nedeniyle önem taşırlar. Koagülaz negatif stafilokoklar (KNS), KİKDE etkenleri arasında ilk sıralarda yer alırlar. Bu enfeksiyonlarda, bakterilerin biyofilm oluşturabilme potansiyelleri kateter üzerindeki kolonizasyonlarını sağlayarak önemli bir virülans faktörü olarak karşımıza çıkmakta ve tedaviyi güçleştirmektedir. 
Çalışmamızda 30'u sağlıklı hastane çalışanı olmayan bireylerin ellerinden, 26'sı sağlıklı hastane çalışanı gönüllülerin burunlarından, 35'i kateter kolonizasyonu etkeni, 15'i KİKDE etkeni (15 santral venöz kateterden + 15 bu hastaların periferik kan kültürlerinden izole), 89 kateter takılı olmayan hastaların periferik kan kültürlerinden izole edilen toplam 210 KNS suşu kullanılmıştır. 
Tüm suşların antimikrobiyal direnç profilleri Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile çalışılmış ve hiçbirisinin teikoplanin ve linezolide dirençli olmadıkları saptanmıştır. Suşların vankomisin için minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri CLSI (2014) verilerine göre değerlendirilmiş, hepsi < 4 µg/ml olarak bulunmuş ve duyarlı kabul edilmiştir. Suşların metisilin direncine mecA geni araştırılarak PZR yöntemiyle bakılmıştır. mecA geni pozitif bulunan 159 olan suşa SCCmec tiplendirimi amacıyla M-PZR protokolü uygulanmıştır. 
Suşların biyofilm oluşturma yetenekleri mikroplak yöntemi ile kantitatif olarak gösterilirken, slime faktör oluşumlarına da Kongo red agar (KRA) yöntemi ile fenotipik olarak bakılmıştır. Çalışmadaki tüm suşlarda icaA, icaD ve IS256 genleri araştırılmış, pozitiflik saptanan suş sayıları sırasıyla; 47 (%22.38), 75 (%35.71) ve 100 (%47.62) olarak bulunmuştur. Suşların vankomisin için minimum biyofilm eradike edici konsantrasyon (MBEK) değerleri hesaplanmıştır. Ayrıca KİKDE etkeni olan suşlara, kateterden izole edilen suşlar ile olan benzerliklerini ortaya koymak amacıyla Değişken Alanlı Jel Elektroforezi (Pulsed Field Gel Electrophoresis-PFGE) uygulanmıştır. 
Çalışmamızda hastanemizdeki kateter ile ilişkili kan dolaşımı etkenlerinin epidemiyolojik özellikleri ve antimikrobiyal direnç profilleri hakkında bilgi edinilmesini sağlayarak, tedavi protokollerine ışık tutulması hedeflenmiştir.

Abstract:
Catheter related blood stream infections (CRBSI) are important because they may cause life threatening situations. Coagulase negative staphylococci (CoNS) are one of the first factors of CRBSI. In these infections, biofilm generation potential of the bacteria appears as an important virulence factor and makes the treatment harder by facilitating their colonization on the catheters. 
In our study, a total of 210 CoNS strains, 30 of them were obtained from the hands of individuals who do not work at the hospital, 26 of them were obtained from the noses of healthy volunteer hospital workers, 35 of them are catheter colonization factors, 15 of them are CRBSI factors (15 isolated from the central venous catheter + 15 isolated from these patients' peripheral blood culture), 89 of them were isolated from peripheral blood cultures of patients who do not have catheters, were used. 
Antimicrobial resistance profiles of all strains was studied by Kirby-Bauer disc diffusion method and it was determined that none of them is resistant to teicoplanin and linezolid. Minimum inhibitor concentrations (MIC) of the strains for vancomycin were evaluated according to the CLSI (2014) data, all of them were found as <4 µg/ml and were accepted sensitive. Methicilline resistance of the strains was investigated with PCR method by searching mecA gene. M-PCR protocol was applied to 159 strains which have mecA gene for identification of SCCmec. 
While the ability of biofilm generation of the strains was shown quantitatively by microplate method, the formation of slime factor was observed phenotypically by Congo Red Agar (CRA) method. In all the strains in the study, icaA, icaD and IS256 genes were investigated, positivity rates were found as 47 (22.38%), 75 (35.71%) and 100 (47.62%) respectively. Strains were tested to calculate the minimum biofilm eradication concentrations (MBEC). Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was applied to CRBSI strains to show their similarities with the strains that were isolated from catheters.
Our aim is to get information about the epidemiological properties and antimicrobial resistance profiles of CRBSI strains isolated from our hospital and by this way to guide the treatment protocols.