Karbapenem dirençli enterobacteriaceae ile rektal kolonizasyon oluşumuna antibiyotik kullanımının etkisi ve karbapenemaz varlığının araştırılması
The effect of antibiotic usage in rectal colonization with carbapenem resistant enterobacteriaceae and the investigation of the carbapenemas
Yazar: ŞİRİN HEKİMOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. GÜNAY TUNCER ERTEM
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Enterobacteriaceae enfeksiyonları = Enterobacteriaceae infections ; Karbapenemaz = Carbapenemase ; Karbapenemler = Carbapenems ; Rektum = Rectum ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Enterobacteriaceae ailesi tıbbi önemi olan çok sayıda bakterinin bir araya geldiği, en heterojen ve en geniş bakteri topluluğudur. Karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae (KDE) çok yaygınlaşmıştır ve günümüzde yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) kazanılan en yaygın patojenler arasında yer almaktadır. Yoğun bakım veya hastanede uzun süre kalma, immün sistem yetersizliği¬, invaziv araç kullanımı ve çoklu antibi¬yotik kullanılmasının dirençli suşların oluşmasını kolaylaştıran faktörler olduğu bilin¬mektedir. Tedavi için kısıtlı antibiyotik seçeneği olan ciddi mortalite oluşturan enfeksiyonlarla 21. yüzyılda yeniden karşı karşıya kalınmıştır. 
Bu çalışma, Sağlık Bilimleri Üniversitesi Ankara Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezinde prospektif gözlemsel olarak tasarlandı. Çalışma, 3. Basamak YBÜ olan Anesteziyoloji ve Reanimasyon YBÜ'de, Eylül 2017 ile Mayıs 2018 tarihleri arasında yürütüldü. Bu sürede YBÜ'ne yatan 18 yaş üstü hastalar, enfeksiyon hastalığı tanısı almış olmalarına bakılmaksızın çalışmaya dahil edildi. Yatan her hastadan yatış sırasında ve sonrasında haftalık olarak rektal sürüntü örnekleri alındı. Rektal sürüntülerden KÜE kolonizasyonu saptanan 65 hasta olgu grubu olarak, KÜE kolonizasyonu saptanmayan 65 hasta ise kontrol grubu olarak çalışmaya dahil edildi. Rektal sürüntülerden karbapenem dirençli veya karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae tespiti için CDC tarafından önerilen laboratuvar protokolü temel alındı. Cins ve tür düzeyindeki tanımlama ve antibiyotik duyarlılık tespiti için VITEK 2 Compact 60 (bioMérieux, Fransa) otomatize bakteri tanımlama sistemi kullanıldı. VITEK 2 otomatize sistemi ile karbapenem direnci saptanan suşlara Rapidec Carba NP (bioMérieux, Fransa) testi kullanılarak karbapenemaz üretimi değerlendirildi. 
Olguların %51'i erkek ve %49'u kadındır. Tüm olguların yaş ortalaması 69,1±17,6 ve ortancası 73 (22-94 yaş). Kontrol grubunun yaş ortalaması 68,5±18,2 ve ortancası 73 (22-94 yaş) iken vaka grubunun yaş ortalaması 69,8±17 ve ortancası 73 (22-94 yaş)'tür. Rektal sürüntülerde üreyen bakterilerin çoğunluğunu K. pneumoniae (43-%58,1) ve E. coli (16-%21,6) oluşturmaktadır. Kontrol grubunda yoğun bakımda yatış süresi ortalaması 19,6±15,8 iken vaka grubunda yoğun bakımda yatış süresi ortalaması 48,5±38,2'dir. Rektal sürüntü kültüründe KDE üreyen hastalar üremeyenlere göre yoğun bakımda daha uzun süre yatmışlardır (p<0,001). Hastaların cinsiyeti, YBÜ yatışının sonucu, YBÜ'ne nereden geldiği, mekanik ventilasyon durumu, TPN alımı, APACHE 2 skoru, cerrahi öyküsü ve dekübit yarası bakımından vaka ve kontrolller arasında anlamlı fark saptanmadı. SVK ve trakeostomi varlığı gruplar arasında anlamlı farklılık gösterdi (p<0,05). Vakaların 19'unda (%29,2) YBÜ'ne gelişinde rektal sürüntüde KDE pozitifliği mevcuttu. Bu hastaların 18'inin başka bir servisten veya hastaneden geldiği görüldü (p<0,005). Kontrol grubunda karbapenem ortalama 11,9±9,9 gün ve vaka grubunda ortalama 16,3±8,5 gün kullanılmıştır ve bu istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulundu (p=0,002). Çok değişkenli analizde risk faktörleri karşılaştırıldı ve rektal kültürde KDE üreme riskini YBÜ'de yatış süresi OR=1,038 ( %95 GA 1,005-1,072 P=0,024)  kat daha fazla artırmaktadır.
Çalışmamızda KDE rektal kolonizasyonunu etkileyen veriler sonucunda,  hastalara uygulanacak invazif girişimlerin endikasyonunun sorgulanması ve gereksiz kullanımlardan mümkün olduğunca kaçınılmasının önemli olduğu söylenebilir. Hastaların YBÜ takip ve tedavi endikasyonları sonlandığında servis takibine alınması ve karbapenem tedavi sürelerinin kısa tutulması gerektiği kanaatindeyiz. Sonuç olarak hızla yaygınlaşmakta olan karbapeneme dirençli suşların tespitinin ve kontrolünün sağlanması için YBÜ'lerinde rektal sürveyans kültürlerinin alınması akıllıca olacaktır.

Abstract:
The Enterobacteriaceae family is the most heterogeneous and comprehensive bacterial community in which a large number of bacteria with medical significance come together. The Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) is very common and is now among the most common pathogens acquired in intensive care units (ICU). It is known that factors such as prolonged stay in ICU or hospital, immunosuppression, invasive use of the medical instruments and use of multiple antibiotics make it easy to produce resistant strains. In the 21st century, we faced infections that had a limited antibiotic option for treatment and had severe mortality. 
This study was designed as prospective observational study at the Ankara Healthcare Application and Research Center of the University of Health Sciences. The study was conducted between September 2017 and May 2018 in the tertiary Anesthesiology and Reanimation ICU. Patients over 18 years of age who were admitted to ICU during this period were included in the study regardless of whether they had acquired an infectious disease diagnosis. Rectal swab specimens were taken weekly, during the hospitalization from each patient. Sixty-five patients with Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae (CPE) colonization from rectal swabs were included in the study as the study group and the 65 patients without CPE colonies from rectal swabs were included in the study as the control group. Detection of carbapenem-resistant or carbapenemase-producing Enterobacteriaceae from rectal swabs was made by the laboratory protocol recommended by CDC. The VITEK 2 Compact 60 (bioMérieux, France) automated bacterial identification system was used to identify species and detect antibiotic susceptibility. The carbapenemase production was evaluated using the Rapidec Carba NP (bioMérieux, France) test in which carbapenem-resistant strains detected by the VITEK 2 automated system. 
The 51% of the cases are male and 49% are females. The mean age of all cases was 69.1 ± 17.6 and the median age was 73 (22-94 years). The mean age of the control group was 68.5 ± 18.2 and the median age was 73 (22-94 years), while the mean age of the study group was 69.8 ± 17 and the median age was 73 (22-94 years). The majority of bacteria grown in rectal swabs are constituted by K.pneumoniae (43- 58.1%) and E. coli (16- 21.6%). In the control group, duration of hospitalization in ICU was 19.6 ± 15.8 while duration of hospitalization in ICU in the study group was 48.5 ± 38.2. Duration of hospitalization in CRE-infected patients were longer than non-infected patients (p<0.001). There was no significant difference between the study and the control groups in terms of patient gender, how and which condition end of ICU hospitalization, where did the ICU come from, mechanical ventilation status, TPN intake, APACHE 2 score, surgical history and decubitus ulcer. The use of a central venous catheter and tracheostomy showed a statistically significant difference between the groups (p<0,05).  In the 19 of the cases (29.2%), there was a CRE positivity in rectal swab in the admission to the ICU. It was seen that 8 of these patients came from another clinical service or hospital (p<0.005). In the control group, carbapenem was used in a mean of 11.9 ± 9.9 days and in the study group a mean of 16.3 ± 8.5 days and this difference was statistically significant (p = 0.002). The risk factors were compared in multivariate analysis and as a result of this comparison, the risk of CRE positivity in rectal culture duration of hospitalization in the ICU increases OR=1,038 ( 95% GA, 1,005-1,072, P=0,024)  times more. 
In our study, it can be said that it is important to question the indications of invasive procedures to be applied to the patients and to avoid as much as possible from unnecessary use, as a result of the data affecting KDE rectal colonization. We recommend that patients should be admitted to service follow-up when the ICU follow-up and treatment indications are terminated and carbapenem treatment times should be shortened. As a result, it would be wise to take rectal surveillance cultures in the ICUs to ensure the detection and control of rapidly growing carbapenem resistant strains.