Pankreas kanser hücre hattında pankreas duktal adenokarsinomda erken teşhis ve tedaviye yönelik prospektif biyobelirteç saptanmas
Prospective biomarker detection for early diagnosis and treatment of pancreatic ductal adenocarcinoma in pancreatic cancer cell line
Yazar: NARMIN BAKHSHALIYEVA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHVEŞ PODA
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Pankreas adenokarsinomu, kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedenlerinden biri olup, spesifik prognostik ve tedavi öngördürücü biyobelirteçlere acilen ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma kapsamında, TNC, COL18A1 ve ULBP1 gelecek vaat eden biyo-belirteçler olarak seçilmiştir. Bu moleküler hedeflerle ilgili çalışmalar, farklı gemcitabine dozlarına (2,5, 5, 15 μM) farklı inkübasyon sürelerine (48,72,96 saat) maruz bırakılan PANC1 hücreleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
Hedef gen ifadeleri, qRT-PCR (TNC, ULBP1, COL18A1, ZEB1) ile analiz edilmiştir. Hücre lizatları ve hücre dışı medyumdan alınan örnekler, LUMINEX (TNC, ULBP1, COL18A1) ve ELISA (CA19-9 ve ZEB1) aracılığıyla incelenmiştir. Ayrıca, ULBP1 proteininin, PANC1 hücrelerindeki yerleşimi konfokal mikroskopi ile gösterilmiştir.
72 saatlik inkübasyon için IC50 değeri 5 μM olarak belirlenmiştir.
Hücre lizat örneklerinde TNC proteini sadece kontrol grubunda pozitif olarak tespit edilmiştir.
Hücre dışı medyumdan elde edilen örnekler, tüm şartlarda (saat: 48, 72, 96 ve doz: 2,5, 5, 15 μM) analiz edilmiş ve kontrol grubu ile karşılaştırılmıştır. ZEB1 ve ULBP1 protein konsantrasyonları kontrol grubuna göre tüm deney koşullarında anlamlı olarak artmıştır (p<0,05). TNC protein konsantrasyonları ise 72 saatlik inkübasyondan sonra azalmıştır (p<0,05). CA19-9 ise, 5 μM dozun 72 saat inkübasyonu hariç, diğer tüm deney koşullarında anlamlı şekilde arttığı (p<0.05) görülmüştür. COL18A1 protein seviyelerinde de gemcitabine uygulaması sonrası artış gözlenmiş olup, 2,5 μM-48 saat ve 15 μM-72 saat inkübasyonlarında istatistiksel olarak anlamlılık saptanmıştır (p<0,05).
Konfokal mikroskopide ULBP1 proteininden PANC1 hücrelerinin membranında aktine kolokalize şekilde pozitif sinyal alınmışıtr. Bu temel sonuçlar, TNC, ULBP1 ve COL18A1'in pankreas kanseri araştırmaları için umut verici biyobelirteçler olduklarıını düşündürmektedir.

Abstract:
Pancreatic adenocarcinoma is one of the leading causes of cancer-related deaths and specific prognostic and treatment-predictive biomarkers are urgently needed for decision-making. We selected TNC, COL18A1, and ULBP1 as promising prospective bio-markers. Concerning these targets, PANC1 cells under basal conditions were compared to different gemcitabine exposure conditions (duration: 48,72,96 hours and doses: 2,5, 5, 15 μM).
Target gene expressions were analyzed using qRT-PCR (TNC, ULBP1, COL18A1, ZEB1). Cell lysates and cell-free medium samples were compared via LUMINEX (TNC, ULBP1, COL18A1) and ELISA (CA19-9 and ZEB1). ULBP1 protein was
demonstrated through confocal microscopy in cultured cells. IC50 value was determined as 5 μM for 72-hour incubation.
In the cell lysate samples, TNC protein was detected only at basal conditions.
After administration of gemcitabine, cell-free medium samples were also analyzed and compared to basal conditions as controls. As for ZEB1 and ULBP1 the protein concentrations in the cell-free medium were increased under all of the experimental conditions when compared to controls (p<0,05). On the other hand, TNC protein concentrations were diminished after 72 hours of incubation (p<0,05). CA19-9 was shown to be increased (p<0.05) in cell-free medium except at 72 hours at 5 μM dosage. COL18A1 protein levels were also increased upon gemcitabine administration, but only being statistically significant for 2,5 μM at 48 hours and 15 μM at 72 hours (p<0,05).
ULBP1 protein was demonstrated in PANC1 cells under these experimental conditions in confocal microscopy. These preliminary results indicate that TNC, ULBP1, and COL18A1 are promising biomarkers for pancreatic cancer research.