Küçük hücre dışı akciğer kanserinde (NSCLC) yer alan bazı tümör baskılayıcı genlerin tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP'ler) in siliko olarak değerlendirilmesi
In siliko evaluation of single nucleotide polymorphisms (SNPs) of some tumor suppressor genes involved in non-small cell lung cancer (NSCLC)
Yazar: EDA TEKİN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA KAMAN ; DOÇ. DR. MESUT KARAHAN
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Araştırmamız Küçük Hücre Dışı Akciğer Kanserinin (KHDAK) metabolik yolağında rol oynayan tümör baskılayıcı FHIT ve RASSF1 genlerine ait Tek Hücre Polimorfizmlerinin (SNP) değerlendirilmesini konu ediniyor. Bu araştırmada FHIT ve RASSF1 genlerine ait Tek Nükleotid Polimorfizmlerinin yanlış anlamlı varyantlarının hastalıkla ilişkili veya zararlı olanlarının in siliko analizlerle belirlenmesini hedefliyoruz.
Öncelikle NCBI, NCBI dbSNP ve UniProt yazılım araçları kullanılarak FHIT ve RASSF1 genlerine ait yanlış anlamlı SNP'ler belirlenmiştir. Yanlış anlamlı SNP'lerin olası zararlı etkilerini tahmin etmek için; SIFT, PolyPhen-2, SNPs&GO, SNAP2, PhD-SNP, Panther, MetaSNP yazılım araçları kullanılmıştır. Daha sonra tüm bu yazılım araçlarına göre ortak zarar verici olanlar filtrelenmiştir. Akabinde protein stabilizasyonuna etkisi I-Mutant 3.0, MUpro yazılım araçları kullanılarak tanımlanmıştır. Ve HOPE yazılım aracıyla bu ortak zarar verici olarak filtrenen varyantlara ait üç boyutlu modellemeler değerlendirilmiştir.
NCBI veri tabanında FHIT genine ait 629 367 adet SNP taranmıştır. Bu SNP'lerden 173 adet yanlış anlamlı SNP bulunmuştur. Yapılan in siliko analizlerin sonucunda ortak zarar verici polimorfizmler; rs138978230 (P33A), rs372629322 (P40L), rs373501097 (G89R) ve rs377163083 (R273W) olarak belirlenmiştir. RASSF1 genine ait ise 5262 adet SNP taranmıştır. Bu SNP'lerden 575 adet yanlış anlamlı SNP bulunmuştur. Yapılan in siliko analizlerin sonucunda ortak zarar verici polimorfizm rs376489934 (R273W) olarak belirlenmiştir.
Bu çalışma ile sağladığımız verilerin, Küçük Hücre Dışı Akciğer Kanseri ile ilgili ileride yapılabilecek tanısal ve deneysel stratejilere rehberlik etmek amacıyla faydalı bilgiler sunabileceği düşünülmektedir.

Anahtar Kelimeler: FHIT, In siliko, Küçük Hücre Dışı Akciğer Kanseri (KHDAK), RASSF1, Tek Nükleotid Polimorfizmleri (SNP'ler)

Abstract:
Our research is about the evaluation of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) of the tumor suppressor FHIT and RASSF1 genes, which play a role in the metabolic pathway of Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC). In this study, we aim to determine the missense variants of the Single Nucleotide Polymorphisms of the FHIT and RASSF1 genes, which are disease-related or deleterious, by in silico analysis.
Firstly, missense SNPs belonging to FHIT and RASSF1 genes were determined using NCBI, NCBI dbSNP and UniProt software tools. To predict the possible harmful effects of missense SNPs; SIFT, PolyPhen-2, SNPs&GO, SNAP2, PhD-SNP, Panther, MetaSNP software tools were used. Then, consociate damaging ones were filtered out according to all these software tools. Subsequently, its effect on protein stabilization was defined using I-Mutant 3.0, MUpro software tools. And three-dimensional models of variants filtered as co-damaging by the HOPE software tool were evaluated.
629 367 SNPs of the FHIT gene were scanned in the NCBI database. Of these SNPs, 173 missense SNPs were found. As a result of in silico analysis, consociate damaging polymorphisms; Designated as rs138978230 (P33A), rs372629322 (P40L), rs373501097 (G89R), and rs377163083 (R273W). 5262 SNPs belonging to the RASSF1 gene were scanned. Of these SNPs, 575 missense SNPs were found. As a result of in silico analysis, the consociate damaging polymorphism was determined as rs376489934 (R273W).
It is thought that the data we have provided with this study may provide useful information to guide future diagnostic and experimental strategies for Non-Small Cell Lung Cancer.

Keywords: FHIT, In silico, Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC), RASSF1, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)