Momordica charantia bitkisinin içerdiği triterpenlerin vaskülarizasyonda görevli proteinlerle etkileşimlerinin in silico ortamda değerlendirilmesi
Evaluation of interactions of triterpenes in Momordica charantia with proteins involved in vascularization in in silico
Yazar: BÜŞRA SEVİM
Danışman: DOÇ. DR. ONUR EROĞLU
Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Anjiyogenez; tümör oluşum sürecinde yer alan oldukça önemli bir süreçtir. Bu süreçte yer alan ve tirozin kinaz reseptör ailesinin bir üyesi olan VEGFR1, tümör hücrelerinde VEGFA, VEGFB gibi ligandların reseptörü olarak bilinmektedir. SPARC proteini ise son zamanlarda çeşitli kanser türlerindeki metastazın etkeni olarak gösterilmektedir ve ayrıca anjiyogenezde de VEGF ligandlarının reseptörü olabileceği de gösterilmiştir. Agresif tümörlerde bu iki proteinin ekspresyonunun yüksek olduğu bilinmektedir. Momordica charantia; geleneksel tıpta oldukça sık kullanılan değerli bir bitkidir. Bitkinin çeşitli bölgelerinden elde edilen triterpenlerin, in vitro kanser çalışmalarında ümit vaad ettiği görülmektedir. Çalışmamızda; bu bitkideki olası triterpenlerin belirlenmesi adına literatür taraması yapılmış; meyve ve çekirdekte bulunan triterpenler seçilmiştir. Bu triterpenlerin 3D yapı dosyaları PubChem'den elde edilmiştir. Ligandların yapı dosyaları çeşitli programlar ile (Molecular Operating Environment, Chimera) hazırlanmış ve uygun dosya formatına çevrilmiştir. VEGFR1 ve SPARC proteinlerinin X-ray Difraksiyon ile oluşturulmuş yapı dosyaları RCSB Protein Data Bank'ten elde edilmiştir. Bu yapı dosyaları uygun programlar kullanılarak (Chimera, AutoDock Tools, Discovery Studio Visualizer) moleküler doking çalışmasına uygun hale getirilmiştir. AutoDock Tool ile doking işlemi gerçekleştirilmiş ve AutoDock Vina programı kullanarak sonuçlar skorlanmış, uygun pozlar seçilmiştir. In silico analizler sonucunda ortaya çıkan verilere göre; M.charantia bitkisinden elde edilebilecek çeşitli triterpenlerin, VEGFR1 ve SPARC proteinlerini ortak olarak inhibe edebileceği görülmüştür.

Abstract:
Angiogenesis is important process that play active role in tumorigenesis. VEGFR1, a member of the tyrosine kinase receptor family involved in this process, is known as the receptor for VEGF ligands in tumor cells. SPARC protein has recently been shown to play a role in metastasis in various types of cancer. Momordica charantia; is a valuable plant used quite often in traditional medicine. Triterpenes from various regions of that plant appear to be promising in in vitro cancer studies. In our study; literature was searched to identify possible triterpenes in this plant; triterpenes in fruit and seed were selected. The 2D and 3D structure files of these triterpenes were obtained from PubChem. The structure files of the ligands were prepared with various programs (Molecular Operating Environment, Chimera) and converted to the appropriate file format. X-ray diffraction structure files of proteins were obtained from RCSB PDB. These structure files were made suitable for molecular doking studies. Doking was performed with the AutoDock Tool and the results were scored using the Vina program to select the appropriate poses. According to the in silico analysis; It has been found that various triterpenes which can be obtained from M. charantia plant can co-inhibit VEGFR1 and SPARC proteins. These results show that these triterpenes are promising in terms of new therapeutic routes for aggressive cancer therapy.