Gençlerin erişkin başlangıçlı diyabeti (MODY) hastalığında etkisi kanıtlanan genlerin yeni nesil dizileme(NGS) için "MPZR" optimizasyonu
"MPCR" optimization for the next generation sequencing (NGS) of the genes that have proven effects in maturity-onset diabetes of the young (MODY)
Yazar: DİLARA DÖRTER
Danışman: PROF. DR. MUHAMMED HAMZA MÜSLÜMANOĞLU
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Diabetes mellitus = Diabetes mellitus ; Gençler = Youngs ; Optimizasyon = Optimization ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Gençlerin erişkin başlangıçlı diyabeti (MODY) basitçe ergenlik döneminde veya genç erişkinlik döneminde (25 yaş öncesinde) tanı alan otozomal dominant kalıtılan bir hastalıktır. Muktifaktöriyel olan Diabetes Mellitus'un insüline bağımlı olmayan diyabet formu ile karakterize edilen monogenik diyabet türlerindendir. Tüm diyabet vakalarının %1-2'lik kısmını oluşturan MODY sıklıkla Tip1 ve Tip2 diyabet ile karıştırılarak yanlış teşhis edilmektedir. Kesin moleküler tanı, hastaların optimal tedavisini sağladığı ve asemptomatik aile üyeleri için erken tanıya olanak sağladığı için önemlidir. MODY ile ilişkilendirilen genlerde delesyonlar ve nokta polimorfizmler beta-hücrelerinde fonksiyon kaybına neden olduğu bildirilmiştir. Ülkemizde rutin genetik tanıda kullanılan mevcut ve bilinen konvansiyonel yöntemlerin erişilebilirliği, maliyeti, ithal ürün olması gibi pek çok noktada eksiklik bulunmaktadır. Çalışmanın amacı bu eksikliği gidermeye yönelik olarak pahalı ve kapalı devre çalışan kit'in ithalatını düşürmek ve ilgili kitlerin içeriğini sıfırdan tasarlamaktır. Böylece gelecek benzer çalışmalara da temel oluşturacağı düşülmektedir.
Çalışmanın kapsamı Gençlerin Erişkin Başlangıçlı Diyabeti (MODY, Maturity Onset Diabetes of the Young) genetik tanısında kullanılmak üzere daha düşük maliyet, daha yüksek verim ve daha hızlı süre sağlayan yerli multipleks PZR (çoklu PZR) panel protokolü optimizasyonudur.
Belirlenen amaç doğrultusunda literatürde bildirilen genlere özgü mPZR tasarlamak amacıyla in-siliko ve in-vitro optimizasyon basamakları uygulandı. İn-vitro optimizasyon basamağında hacim, polimeraz, döngü koşulları, ek katkı maddeleri gibi parametrelerin çeşitli kombinasyonları ile uygulamalar ve deneyler yapıldı. 
Uygulamalar sonucunda elde edilen en verimli protokol Poliakrilamid Jel Elektroforezi yöntemi ile görüntülenmiştir. Tüm ekzonlar başarı ile tek bir set mPZR paneli ile sentezlenmiştir.

Abstract:
Maturity Onset Diabetes of the Young (MODY) is an autosomal dominant inherited disease that is diagnosed simply during adolescence or young adulthood (before age 25). MODY is one of the non-insulin-dependent monogenic diabetes types of Diabetes Mellitus. MODY, which accounts for 1-2% of all diabetes cases, is often confused with Type 1 and Type 2 diabetes and misdiagnosed. Definitive molecular diagnosis is important as it provides optimal treatment of patients and allows early diagnosis for asymptomatic family members. Deletions and single nucleotide polymorphisms in genes associated with MODY have been reported to cause loss of function in beta-cells. There are deficiencies in many aspects such as the accessibility, cost, and imported product of the existing and known conventional methods used in routine genetic diagnosis in our country. The study aims to reduce the import of the expensive and closed-circuit operating kits and to design the content of the relevant kits from scratch to eliminate this deficiency. Thus, it is thought that it will form the basis for future similar studies.
The scope of the study is the optimization of the domestic multiplex PCR (mPCR) panel protocol, which provides lower cost, higher efficiency and faster time to be used in the genetic diagnosis of Maturity Onset Diabetes of the Young (MODY).
In line with the determined purpose, in-silico and in-vitro optimization steps were applied to design mPCR specific to the genes reported in the literature. In the in-vitro optimization step, applications and experiments were performed with various combinations of parameters such as volume, polymerase, cycling conditions, and enhancer additives.
The most efficient protocol obtained as a result of the applications was visualized by the Polyacrylamide Gel Electrophoresis method. All exons were successfully synthesized with a single set of mPCR panel.