Teksel ve ramliç ırkı koyunlarda teksel tipi kaslanma lokusunun (TM-QTl) belirlenmesi
Investigation of TM-QTL locus in texel and ramliç SHEEP
Yazar: ZEYNEP NUR ÇİNKAYA
Danışman: PROF. DR. METİN ERDOĞAN
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Medikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Koyun eti = Mutton ; Koyunlar = Sheep ; Kromozomlar = Chromosomes ; Mikrosatelitler = Microsatellites ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Koyunlarda kaslanma ile ilişkilendirilen 18. kromozomda TM-QTL, Callipyge, Carwell, LoinMAX ve 2. kromozomda bulanan miyostatin QTL'leri bulunmaktadır. TM-QTL'in tek bir kopyası babadan miras alındığında, bel bölgesindeki kas derinliğini % 4 – 11 oranında artırdığı, karkas ve et kalitesi üzerine olumsuz bir etkisinin olmadığı belirlenmiştir. TM-QTL'in bel kası ve büyüme üzerine olan doğrudan etkileri koyunlar üzerinde yapılan ıslah çalışmalarında et miktarını artırması açısından önemli bir etkiye sahip olabileceği düşünülmektedir.
Bu araştırmada, Afyon Kocatepe Üniversitesi Veteriner Fakültesi Medikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı Laboratuvarı'nda bulunan 32 baş Teksel ırkı, 32 baş Ramlıç ırkı ve 48 baş Teksel X Ramlıç F1 melezi koyunların DNA'ları kullanılmıştır. Çalışmada 18. kromozom üzerinde bulunan ve longissimus dorsi kasının derinliği üzerine etkileri bulunan Teksel tipi kaslanma lokusu (TM-QTL) araştırılmıştır.
Teksel, Ramlıç ve F1 popülasyonlarında CSSM18, OY3 ve MULGE6 bölgelerindeki allel, allel frekansları, genotip frekansları, polimorfizm bilgi içeriği ve Hardy – Weinberg değerleri incelenmiştir. Yapılan analizler sonucunda CSSM18 lokusunda 8 allel gözlenmiştir. CSSM18 lokusunda en yüksek allel frekansı 120 bç'lik allelde bulunmuş ve frekansı Teksel popülasyonunda 0,75, Ramlıç popülasyonunda 0,56 ve F1 popülasyonunda 0,79 olarak belirlenmiştir. OY3 lokusunda 11 allel saptanmış ve en yüksek allel frekansı 166 bç'lik allelde Teksel popülasyonunda 0,56, Ramlıç popülasyonunda 0,39 ve F1 popülasyonunda ise 0,71 düzeyinde gözlenmiştir. MULGE6 lokusunda 8 allel belirlenmiştir. MULGE 6 lokusunda Teksel ırkı koyunlarda en yüksek allel frekansı 189 bç'lik allelde ve 0,41 oranında gözlenmiştir. MULGE6 lokusu için Ramlıç ve F1 popülasyonlarında en yüksek allel frekansı 187 bç'lik allelde sırasıyla 0,47 ve 0,33 olarak saptanmıştır.
Elde edilen bulgular, CSSM18 lokusunda 120, OY3 lokusunda 166, ve MULGE6 lokusunda 189 allellerinin incelenen Teksel ve F1 genotiplerinde yüksek frekansta, Ramlıç ırkında ise düşük frekansta bulunması seleksiyonda bu lokusların kullanılabileceğini göstermektedir. Bu fenotiple ilişkili olduğu belirlenmiş diğer mikrosatellit lokuslarının veya SNP'lerin daha kapsamlı araştırılması, TM-QTL lokusu ile ilişkili lokus ve allellerin belirlenmesi ve ıslah çalışmalarında kullanılması bakımından önemlidir.

Abstract:
TM-QTL, Callipyge, Carwell, loinMAX are located on chromosome 18, and myostatin QTL located on chromosome 2, which are associated with increase in muscle mass in sheep. It was determined that when a single copy of TM-QTL was inherited from the paternal, it increased muscle depth in the loin region by 4-11% and had no negative effect on carcass and meat quality. It is thought that the direct effects of TM-QTL on loin muscle and growth may have an important effect in increasing the amount of meat in breeding studies on sheep.
In this study, DNAs from 32 Texel breed, 32 Ramlic breed and 48 Texel X Ramlic BC1 sheep in Afyon Kocatepe University Faculty of Veterinary Medicine Department of Medical Biology and Genetics Laboratory were used. Texel muscling quantitative trait locus (TM-QTL) were investigated, which is located on the 18th chromosome and has effects on the depth of the longissimus dorsi muscle.
Allele, allele frequencies, genotype frequencies, polymorphism information content and Hardy – Weinberg values at CSSM18, OY3 and MULGE6 regions of Texel, Ramlic and BC1 were examined. As a result of the analysis, 8 alleles were observed in the CSSM18 locus. The highest allele frequency in the CSSM18 locus was 0.75 in the Texel, 0.56 in the Ramlıç, and 0.79 in the BC1 in the 120 bp allele. Eleven alleles were detected in the OY3 locus and the highest allele frequency was observed in the 166 bp allele at the level of 0.56 in the Texel, 0.39 in the Ramlıç and 0.71 in the BC1. Eight alleles were identified at the MULGE6 locus. In MULGE 6 locus, the highest allele frequency in Texel sheep was observed at a rate of 0.41 in the 189 bp allele. For the MULGE6 locus, the highest allele frequency was found to be 0.47 and 0.33 in the 187 bp allele in Ramlıç and BC1, respectively.
The findings show that 120 alleles in CSSM18, 166 in OY3 and 189 alleles in MULGE6 locus are found at high frequency in Texel and BC1 genotypes and at low frequencies in Ramlıç breed, indicating that these loci can be used in selection. Further investigation of other microsatellite loci or SNPs determined to be associated with this phenotype is important in terms of identifying loci and alleles associated with the TM-QTL locus and their use in breeding studies.