Pnömonili sığır akciğerlerinden mycoplasma'ların izolasyonu ve 16S RDNA PCR ve DGGE ile identifikasyonu
Isolation and identification of mycoplasmas from pneumonic lungs of cattle by 16S RDNA PCR and DGGE
Yazar: MEHMET ALİ TÜRKYILMAZ
Danışman: DOÇ. DR. ARZU FUNDA BAĞCIGİL
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Mikoplazma = Mycoplasma ; Pnömoni = Pneumonia ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sığır hastalıkları = Cattle diseases ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Sığırların solunum sistemi infeksiyonlarından 9 Mycoplasma türü izole edilmektedir. Bunlardan en önemlileri bulaşıcı sığır plöropnömonisine yol açan Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC (MmmSC) ile pnömoni, mastit, artrit ve otite neden olan Mycoplasma bovis (M. bovis)'tir. Bu tez çalışmasında laboratuvara gönderilen pnömoni lezyonlu 137 sığır akciğeri ve mezbahada kesilen sığırlara ait pnömoni lezyonlu 63 akciğer örneği mikoplazmalar yönünden bakteriyolojik olarak incelendi. İzole edilen suşların 16S rDNA PCR/DGGE ile identifikasyonları yapıldı ve ayrıca M. bovis spesifik PCR ile incelendi. Laboratuvara gönderilen 137 akciğerin 100 (%72,99)'ünden ve mezbahadan toplanan 63 akciğerin 6 (%9,52)'sından Mycoplasma/Acholeplasma izole edildi. PCR/DGGE ile 100 adet M. bovis, 1 adet M. arginini, 1 adet Acholeplasma laidlawii ve karışık kültür halinde 4 adet M. bovis + M. arginini identifiye edilirken, MmmSC saptanmadı. PCR/DGGE sonuçları ile tamamen uyumlu şekilde, M. bovis spesifik PCR ile de toplam 106 izolatın 104 (%98,11) 'ünde M. bovis saptandı. Bu çalışma ile ülkemiz sığır popülasyonunda M. bovis' in yaygın olduğu ve sığır pnömonilerinde göz önünde bulundurulması gereken önemli bir etken ortaya konulmuştur. Ayrıca 106 izolatın tamamının identifikasyonu PCR/DGGE ile başarılı bir şekilde gerçekleştirilmiş, tekniğin M. bovis identifikasyonunda spesifite ve sensitivitesinin yüksek olduğu belirlenmiş ve PCR/DGGE'nin veteriner teşhis laboratuvarlarında sığır akciğerinden izole edilen mikoplazmaların hızlı ve doğru teşhisinde rutin kullanım için uygun olduğu sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Nine species of Mycoplasma are isolated from respiratory tracts of cattle. Among them Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC (MmmSC), the causative agent of contagious bovine pleuropneumonia, and Mycoplasma bovis (M. bovis), the cause of pneumonia, mastitis, arthritis and otitis, are the most significant. In the present study 137 pneumonic lungs of cattle submitted to laboratory and 63 pneumonic lungs of cattle from slaughterhouse were cultivated for mycoplasma. The strains isolated were identified by 16S rDNA PCR/DGGE and also tested by M. bovis specific PCR. Mycoplasma/Acholeplasma were isolated from 100 (%72.99) of clinical samples and 6 (%9.52) of slaughterhouse samples. One hundred M. bovis, 1 M. arginini, 1 Acholeplasma laidlawii and 4 M. bovis + M. arginini as mixed culture were identified by PCR/DGGE. MmmSC was not detected. By specific PCR, 104 of 106 (%98.11) isolates were identified as M. bovis, in full agreement with PCR/DGGE. This study showed that M. bovis was widespread in cattle in Turkey and should be considered in cattle pneumonia. PCR/DGGE technique was successful in identifying all 106 isolates and showed high specificity and sensitivity in M. bovis differentiation. In conclusion PCR/DGGE is a useful tool for rapid identification of mycoplasmas isolated from cattle lungs in veterinary diagnostic laboratories.