Kistik fibrozis hastalarından izole edilen  pseudomonas aeruginasa suşlarının  moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of pseudomonas aeruginosa strains isolated from cystic fibrosis patients
Yazar: MERİÇ YILMAZ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA DERYA AYDIN
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Temel Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Elektroforez = Electrophoresis ; Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Kistik fibroz = Cystic fibrosis ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa

Özet:
P.aeruginosa kistik fibrozis (KF) hastalarının solunum yollarında en sık saptanan patojendir ve  kronik enfeksiyonları solunum fonksiyonlarında bozulma ve mortaliteyle ilişkilidir. Kronik  kolonizasyon/enfeksiyon ortamında  KF hastalarının  bir örneğinde birden fazla farklı fenotipte  P. aeruginosa suşu izole edilebilmektedir. Çalışmamızda kronik kolonize kistik fibrozis hastalarının  solunum yolu örneklerinden izole edilen Pseudomonas aeruginosa suşlarının; (1) yıllar içinde uğradığı genotipik değişimin, (2) bir  genotipin baskın olup olmadığının ve (3) aynı örnekte izole edilen  farklı fenotipte suşlar arasındaki genotipik ilişkinin  anlaşılmasını sağlamak    üzere  Değişken Alanlı Jel Elektroforez  (PFGE - Pulse Field Gel Electrophoresis) ile tiplendirilmesi    hedeflenmiştir.  20.01.06-12.03.2012 tarihleri arasında  incelenmiş olan 11  KF  hastasının 109 suşu çalışmaya alınmıştır. Hastalardan birinin suşları (toplam 10 suş) tiplendirilememiştir. Geri kalan 10 hastanın  solunum yollarından izole  edilen  99 P. aeruginosa suşu PFGE ile tiplendirilme çalışmasına alınmıştır. İzolatların 77'si (%71) tiplendirilmiş ve bunlar   11 farklı kümede yer almıştır. PFGE tipi yıllar içinde değişmeyen dört hastadan ikisinde sadece nonmukoid şuş izole edilmiş olup  diğer ikisinde ve birden fazla (en fazla 4)  PFGE tipi saptanmış hastalarda   mukoid ve nonmukoid suşların birlikte olduğu görülmüştür. Önceleri farklı PFGE tipleri  ile kolonizasyonu olan hastalarda  zamanla farklı veya  önceki suşlardan biriyle kolonizasyonun devam ettiği,  bazen de farklı bir suşun  zaman zaman görülüp kaybolduğu  saptanmıştır.
           P. aeruginosa'ya en etkili antibiyotiğin piperasilin, piperasilin tazobaktam, tobramisin olduğu görülmüştür. 
          Hastalar arasında baskın bir genotip olmamasına rağmen sonuçlarımız aynı merkezden takip edilen hastalar arasında çapraz enfeksiyon olabileceğini göstermektedir.  KF hastalarının epidemiyolojik amaçlı izlemi ve enfeksiyon kontrolünde PFGE tiplendirme çalışmalarının önemli olduğunu düşünmekteyiz.
Anahtar Kelimeler :  Pseudomonas aeruginosa, Kistik fibrozis, kolonizasyon,  pulsed-field jel elektroforez, moleküler tiplendirme.

Abstract:
P. aeruginosa is the most frequently detected pathogen in the respiratory tracts of patients with cystic fibrosis and its chronic infection is associated with the detoriation of lung function and mortality. During the chronic colonization/infection course, more than one Pseudomonas aeruginosa strains with different phenotypical caharcteristics can be isolated from the same specimen of CF patients.   In our study, it was aimed to type Pseudomonas aeruginosa strains isolated from respiratory tract specimens of chronically colonized CF patients by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) in order to determine whether there is  a presence of genotypic variation over years and  a dominant genotype or not; and in order to investigate  the genotypic relationship among strains with different phenotype. 
 109 P. aeruginosa strains isolated from the respiratory tracts of 11 cyctic fibrosis patients between 20.01.06-12.03.2012 were typed by PFGE. 77 (71%) of the isolates could be typed and these strains were grouped into 11 different clusters. From two of four patients whose PFGE type of P. aeruginosa did not change over years, only non-mucoid strains were isolated; where as from the other two patients and from patients whom more than one PFGE type (maximum 4) were detected, both mucoid and non-mucoid strains were isolated.
            For some of the patients who were colonized with different PFGE types earlier, it was found that sometimes colonization goes on with different or one of previous strains. On the other hand, for some of the patients it as found that a different strain could be apparent for some time and then get lost.
Pipperacillin, pipperacillin-tazobactam and tobramycin were found as the most effective antibiotic against  P. aeruginosa. Although no dominant genotype was detected among patients; our results show that there is the possibility of cross infection between patients who are followed up at the same center. 
             We think that  PFGE typing studies are very important for the epidemiological follow up of CF patients and for infection control.

Key Words: Pseudomonas aeruginosa, Cystic Fibrosis , colonization, Pulsed Field Gel  Electrophoresis, molecular typing.