Akut gastroenteritli hastaların klinik örneklerinde salmonella, shigella ve campylobacter türlerinin kültür ve PCR yöntemi ile tespit edilmesi ve antibiyogram duyarlılığının saptanması
Determination of salmonella, shigella and campylobacter species by culture and PCR method in clinical samples of patients with acute gastroenteritis and determination of antibiotic sensitivity
Yazar: GAMZE AVCİ
Danışman: PROF. DR. NURİ KİRAZ
Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Erken teşhis = Early diagnosis ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Kampilobakter = Campylobacter ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; Shigellalar = Shigella

Özet:
Akut gastroenterit, özellikle gelişmekte olan ülkelerde önemli bir morbidite ve mortalite nedenidir. Beş yaş altı çocuklar daha sık etkilenmekle birlikte, tüm yaş gruplarında görülmekte ve ölüm nedeni olarak bazı ülkelerde kalp damar hastalıklarından sonra ikinci sırada yer almaktadır. Gastroenteritlerde etkenin belirlenmesi tedaviye yön vermesinin yanısıra, mortalite ve morbiditenin azalmasında önem taşımaktadır. Ayrıca bakteriyel enterokolitlerde etkenin belirlenmesi hastalığının yayılımın önlenmesi açısından da önemlidir. Su ve bazen gıda kaynaklı kitlesel salgınlar yapabilen bu bakteri türleri halk sağlığı için kayda değer öneme sahiptir. Salmonella spp., Shigella spp. ve Campylobacter spp. akut gastroenteritlerin bakteriyel etkenleri arasında genellikle ilk üç sırada yer alır. Sağlık bakanlığı laboratuvarlarının verilerine göre Shigella spp.'nin hemen hemen Campylobacter spp. ile benzer sıklıkta görüldüğü ve Salmonella spp.'den sonra ikinci sırada olduğu ve yılda 200 ila 400 arasında vaka bildirildiği bilinmektedir. Buna rağmen verilerin epidemiyolojik tahminlerin çok altında olduğu düşünülmektedir. Laboratuvarların tanımladıkları vakaları bildirmeyi ihmal etmeleri, inceleme yapan laboratuvar sayısının yeterli olmaması ve teknik yetersizlikler verilerin az olmasının nedenleri arasındadır. Buna ek olarak tanı kapasitesinin yetersizliği vakaların tanı alamamasına veya farklı tanılar almasına yol açmaktadır.
Bölgemize ait Campylobacter, Salmonella ve Shigella epidemiyolojik verilerini ortaya çıkarmak için laboratuvarımıza gönderilen gaita kültürlerinden Campylobacter, Salmonella ve Shigella türlerinin üretilmesi ve PCR ile varlığının saptanması amaçlanmıştır. Araştırmamız için ishali olan hastalardan rutin poliklinik hizmeti kapsamında istenen gaita kültürü sonuçlarından yararlanılmıştır. Laboratuvarda rutin uygulamada gelen dışkı örnekleri;
Campylobacter agar, Salmonella-Shigella agara ekim yapıldı. Moleküler çalışmalar için dışkı örneği -20 ˚C'de bekletildi. Salmonella ve Shigella türleri için 48 saat, Campylobacter türleri için 72 saat sonra kültürler değerlendirildi. Şüpheli üremelerden konvansiyonel yöntemler (TSI agar, antiserum, gram boyama, oksidaz vb.) ile tanımlama işlemi sonrası Salmonella, Shigella ve Campylobacter tespit edilen örnekler için EUCAST kriterlerine göre antibiyogram yapıldı. Campylobacter, Salmonella ve Shigella üreyen veya direkt mikroskobik incelemesinde lökosit görülen hastaların dışkı örneklerinden real-time PCR yöntemi ile Salmonella, Shigella ve Campylobacter varlığı araştırıldı. Ülkemizde ve dünyada gastroenterit şüpheli hastaların dışkılarında Campylobacter, Salmonella ve Shigella bulunma sıklığı (yaklaşık %5) baz alındığında 400 gastoenterit şüpheli hastanın dışkı örneğinin çalışılması yeterli bulunmuştur. Kültürde ve PCR'da elde edilen verilerin istatistiksel analizinin yüzde oranları:
•	Kültür sonuçları: Salmonella türü %1, Campylobacter türü %2,5 olarak tespit edildi. Shigella türü bakteri tespit edilmedi.
•	PCR sonuçları: Salmonella türü %1,25, Campylobacter türü %8,25 olarak tespit edildi. Shigella türü bakteri tespit edilmedi.
Uygun programlar yürütülerek, gerçek epidemiyolojik veriler elde edilerek doğru ve güvenilir laboratuvar sonuçları sayesinde bu enfeksiyonların ciddi birer halk sağlığı sorunu olduğu anlaşılacak ve önem kazanacaktır.


Anahtar Kelimeler: Campylobacter, Salmonella, Shigella, EUCAST, Gastroenterit, Real-time PCR

Abstract:
Acute gastroenteritis is a major cause of morbidity and mortality, especially in developing countries. Although children under the age of five are more often affected, it is seen in all age groups and ranks second after cardiovascular diseases in some countries as a cause of death. Determination of the causative agent in gastroenteritis is important in reducing mortality and morbidity, as well as guiding the treatment. In addition, the determination of the agent in bacterial enterocolitis is also important in terms of preventing the spread of the disease. These types of bacteria, which can cause mass outbreaks from water and sometimes food, are of considerable public health importance. Salmonella spp., Shigella spp. and Campylobacter spp. are usually the top three bacterial agents of acute gastroenteritis. 
According to the data of the laboratories of the Ministry of Health, it is known that Shigella spp. is seen with almost the same frequency as Campylobacter spp, and it is in the second place after Salmonella spp, with between 200 and 400 cases reported annually.Despite this, the data is thought to be well below epidemiological estimates.Among the reasons why laboratories neglect to report the cases they identify, the number of laboratories that conduct investigations is not sufficient, and technical deficiencies are insufficient data.In addition, a lack of diagnostic capacity leads to cases not being diagnosed or receiving different diagnoses.It is aimed to produce Campylobacter, Salmonella, Shigella species from gaita cultures sent to our laboratory to reveal epidemiological data of Campylobacter, Salmonella, Shigella belonging to our region and to determine its presence with PCR.For our research, gaita culture results requested from patients with diarrhea within the scope of routine outpatient service were used. Stool samples from routine practice in the laboratory;
Were cultivated on Campylobacter agar, Salmonella Shigella agar. For molecular studies, the stool sample was kept at -20 degrees Celsius.Cultures were evaluated after 48 hours for Salmonella and Shigellaspecies and 72 hours for Campylobacter species. Conventional methods of suspicious reproduction (TSI agar, antiserum, gram staining, oxidase, etc.) after identification with, antibiotics were performed according to EUCAST criteria for Salmonella, Shigella, Campylobacter samples. The presence of Salmonella Shigella and Campylobacter was investigated by real-time PCR method in stool samples of patients with Campylobacter, Salmonella and Shigella growth or with leukocytes in direct microscopic examination.  Basedon the frequency (approximately 5%) of Campylobacter, Salmonella and Shigella in the faeces of patients suspected of gastroenteritis in our country and around the world, it was sufficient to study the stool sample of 400 patients suspected of gastoenteritis. Percentage rates of statistical analysis of data obtained in culture and PCR:
•	Culture results: Salmonella species were identified as 1% and Campylobacter species as 2.5%. The species Shigella has not been identified.  

•	PCR results: Salmonella type was found to be 1.25%, Campylobacter type 
was found to be 8.25%. No Shigella-type bacteria have been identified. 
By carrying out appropriate programs, obtaining real epidemiological data and accurate and reliable laboratory results, it will be understood that these infections are a serious public health problem and will become important.

Key words: Campylobacter, Salmonella, Shigella, EUCAST, Real-time PCR, Gastroenteritis