İstanbul Tıp Fakültesi hastanesinde izole edilen karbapenemlere dirençli gram-negatif enterik çomaklarda antibiyotik direnç oranları, mekanizmaları ve antibiyotik direnç gelişimine neden olan risk faktörlerinin araştırılması
Evaluation of risk factors leading to development of antibiotic resistance, ratios and mechanisms of antibiotic resistance in carbapenemase-resistant GRAM negative enteric bacilli cultured in İstanbul Medical Faculty
Yazar: ASİYE YİR
Danışman: PROF. DR. ARİF ATAHAN ÇAĞATAY
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Hastaneler-üniversite = Hospitals-university ; Karbapenemler = Carbapenems ; Oksasilin = Oxacillin ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
1 Ocak 2013- 31 Aralık 2015 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi servislerinde en az 48 saat süreyle yatan 18 yaş üstü hastalardan infeksiyon etkeni olarak disk difüzyon yöntemi ile ertapenem ve/veya imipenem, meropeneme dirençli Gram-negatif enterik çomak (GNEÇ) izole edilen 94 hastanın laboratuvar, klinik bilgileri ve risk faktörleri kaydedildi. Hastane infeksiyonları Centers for Diseases Control and Prevention (CDC) tanımlamalarına göre belirlenmiştir.  İzole edilen suşlarda fenotipik yöntemlerden MHT ile karbapenemaz varlığı araştırıldı. Karbapeneme direnç enzimlerinden karbapenemaz ve metallobetalaktamaz varlığını araştırmak için moleküler yöntemlerle karbapenem direncinden sorumlu genler ve klonal ilişki araştırıldı. Dünyada en yaygın olarak saptanan OXA-48, NDM, KPC, IMP ve VIM direnç genlerinin varlığını tespit için klasik Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi kullanıldı. İzole edilen suşlar arasındaki klonal ilişkiyi değerlendirmek için RAPD PCR yöntemi kullanıldı.
Çalışmaya 79 tane Klebsiella pneumoniae, 8 tane Escherichia coli, 6 Enterobacter aerogenes ve 1 adet Serratia marcescens suşu alındı. Çalışmaya alınan 94 suş kan (46, %48.9), endotrakeal aspirat (15, % 15.96), dren (7, % 7.4), balgam (6, % 6.4), yara (5, % 5.3), idrar (4, % 4.25), apse (4, % 4.2), batın sıvısı (4, % 4.2), doku (2, % 2.1), plevral sıvı (1, % 1.06) olmak üzere pek çok klinik örnekten izole edilmiştir. OXA-48 direnç geni pozitifliği 74 (% 78.7) suşta saptanırken, NDM pozitifliği ise sadece 9 (% 9.5) suşta saptanmıştır. 1, 75 ve 107 no' lu suşlarda OXA-48 ve NDM pozitifliği bir arada saptanmıştır. 14 tane suşta PCR yöntemi ile bakılan OXA-48, NDM, KPC, IMP ve VIM genlerinden herhangi birinin pozitifliği saptanmamıştır. PCR deneyleri sonucunda tüm suşlarda beta-laktamaz üretiminden sorumlu KPC, IMP ve VIM gen bölgeleri negatif bulunmuştur.
Hastanemizde karbapeneme dirençli GNEÇ ile infeksiyon etkeni olarak sık karşılaşılmaktadır. Birçok hastada infeksiyon etkeni olarak saptamadan once bu mikroorganizmalarla asemptomatik kolonizasyon gelişmektedir. Çalışmamızda karbapeneme dirençli bakteri üremesi saptanmasından önceki dönemde geniş spektrumlu antibiyotik maruziyetinin olduğu ve çoğunun karbapenem grubu antibiyotik kullandığı tespit edilmiştir. Uygunsuz antibiyotik kullanımı antibiyotik direncini tetikleyen en önemli faktördür. Empirik antibiyotik kullanımından endikasyonlar dışında kaçınılmalı, kültür sonuçlarına göre de-askalasyon yapılmalı, pre-operatif başlanan antibiyotik profilaksilerinin uygun şekilde sonlandırılması ve takibi yapılmalı, gereksiz kombinasyon tedavisinden kaçınılmalı ve antibiyotik tedavisi mümkün olan en kısa sürede kesilmelidir.
Anahtar kelimeler:Karbapenemaz, NDM, OXA-48, Gram-negatif enterik çomak, RAPD PCR

Abstract:
The study recorded the laboratory clinical data and risk factors of 94 patients from whom ertapenem, imipenem and meropenem resistant Gram-negative enteric rods have been cultured. Between 01.01.2013 and 31.12.2015, among the patients older than age 18 who were internalized in Istanbul University, Istanbul Faculty of Medicine clinics for at least 48 hours. Hospital infections were identified by using the definitions of Centers of Diseases Control and Prevention (CDC). Isolated strains were evaluated for the presence of carbapenemeses by using Modified Hodge's Test, a phenotypic technique. To evaluate the presence of carbapenemases and metallo beta-lactamases, the genes responsible for carbapeneme resistance and clonal relationships were researched. Classical polymerase chain reaction method (PCR) was used to evaluate the most globally frequent resistance genes OXA-48, NDM, KPC, IMP and VIM. PAPD PCR technique was used to evaluate the clonal relationships among the isolated strains. 79 Klebsiella pneumoniae, 8 Escherichia coli, 6 Enterobacter aerogenes and 1 Serratia marcescens strains were studied. These total 94 strains in this study were isolated from a wide variety of clinical samples including blood (46, %48.9), endotracheal aspirates (15, &15.96), samples from drainage catheters (7, %7.4), sputum (6, %6.4), samples from wounds (5, %5.3), urine (4, %4.25), samples from abscesses (4, %4.2), peritoneal fluid (4, %4.2), tissue samples (2, %2.1) and pleural fluid (1, %1.06). 74 strains (%78.7) were positive for OXA-48 resistance gene whereas NDM positivity was detected in only 9 strains (%9.5). The strains numbered 1, 75 and 107 were both OXA-48 and NDM positive. 14 strains weren't detected positive for any of OXA-48, NDM, KPC, IMP and VIM, which were evaluated by using PCR. All of the strains were negative for KPC, IMP and VIM gene loci responsible for beta-lactamase production. Carbapeneme-resistant Gram-negative rods are frequently encountered as infectious causes in our hospital. A lot of patients develop colonisation with these microorganisms before they cause infection. In our study, we detected that most patients were exposed to broad spectrum antibiotics, most of them being treated with carbapenems, before a carbapenem-resistant organism could be cultured. Improper antibiotic usage is an important factor that triggers carbapenem resistance. Empirical antibiotic usage should be avoided except its indications, de-escalation process should be done according to the culture results, preoperative antibiotic prophylaxes should be properly followed and terminated, unnecessary antibiotic combinations should be avoided and antibiotic treatment should be stopped as soon as possible.
Key words: Carbapenemase, NDM, OXA-48, Gram-negative enteric rods, RAPD PCR