Pompe hastalığı tanılı olgularda glukozidaz alfa asit gen mutasyonlarının incelenmesi
Investigation of glucosidase alpha acid gene mutations in patients with pompe disease
Yazar: ÜMMÜ RANA GÖKMEN
Danışman: DOÇ. DR. AYŞE ESRA MANGUOĞLU
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, Pompe hastalığı ön tanılı proksimal kas güçsüzlüğü, egzersiz intoleransı ve solunum güçlüğü bulunan dokuz olguda, Sanger dizileme yöntemi kullanılarak 17. kromozom üzerinde bulunan GAA genindeki, daha önceden bildirilmiş veya yeni (novel) mutasyonların saptanması amaçlanmıştır. Mutasyon bölgelerinin ve çeşitliliğinin saptanmasının, hastalığın tanısı, tedavisi ve ilerideki çalışmalar için faydalı olacağı düşünülmektedir.
Yöntem: Akdeniz Üniversitesi Nöroloji polikliniğine başvuran ve çalışmayı kabul eden Pompe hastalığı ön tanılı dokuz hastadan imzalanmış onam formu ve K3-EDTA'lı tüplere10ml periferal kan örneği alınmıştır. Alınan kan örneklerinden DNA izolasyonu sonrasında primer tasarımı ve Sanger sekanslama ile mutasyon analizi yapılmıştır.
Bulgular: Hastaların biyokimyasal analiz sonuçlarına göre AST, ALT, LDH ve total CK seviyeleri değerlendirilmiştir. Bu sonuçlara göre karaciğer ile ilişki enzimlerden AST, ALT ile total CK seviyelerinde anlamlı bir artış gözlenmiştir. Hastalarda toplamda beş farklı heterozigot patojenik mutasyon saptanmıştır. Hastalardan altısında heterozigot c.-32-13T>G varyantı saptanmıştır. Ayrıca altı hastada da c.2662G>T varyantı saptanmıştır. Hastalarda birinde heterozigot c.1064T>C (p.Leu355Pro) ve bir diğerinde heterozigot c.670C>T (p.Arg224Trp varyantları saptanmıştır. Bir hastada ise yeni (novel) bir patojenik heterozigot c.2417_2418insG (p.Leu807AlafsTer77) varyantı saptanmıştır. Hastalardan birinde herhangi bir patojenik varyant saptanmamıştır.
Sonuç: GAA için dünya genelinde en yüksek prevalansa sahip c.-32-13T>G varyantı dokuz hastadan altısında saptanmıştır. Bu durum, c.-32-13T>G varyantının ülkemizde de yüksek prevalansa sahip olabileceğini düşündürmektedir. Analiz sonucunda klinik önemi bilinmeyen ve oldukça nadir görülen iki varyant saptanmıştır. Bu varyantlardan c.1438G>A (p.Val480Ile)'nin splicing ile ilişkilendirilmesi, patojenik bir varyant olabileceği düşüncesini güçlendirmektedir. 
Anahtar Kelimeler: Asit alfa glukozidaz, otozomal resesif, Pompe hastalığı, Sanger sekanslama

Abstract:
Objective:This study aims to detect known or novel mutations in GAA using Sanger sequencing method in nine patients who were pre-diagnosed with Pompe disease,  having proximal muscle weakness, exercise intolerance and respiratory difficulties. It is thought that the detection of mutation sites and diversity will be beneficial for the diagnosis, treatment and future studies of the disease.
Method: A signed informed consent form were obtained from nine Pompe patients who applied to the Neurology outpatient clinic of Akdeniz University and agreed to participate to the study.  Peripheral blood samples were taken from the patients and DNA isolation, primer design and mutation analysis were performed by using Sanger sequencing technology.  
Results: AST, ALT, LDH and total CK levels of the patients were evaluated. According to these results, a significant increase was observed in the liver-related enzymes AST, ALT and total CK levels. A total of five different heterozygous pathogenic mutations were detected in the patients. The c.-32-13T>G variant was detected in six of the patients in compound heterozygous state. In addition, the c.2662G>T variant was detected in six patients. Heterozygous c.1064T>C variant was found in one of the patients and heterozygous c.670C>T variants were detected in one patient. A novel pathogenic heterozygous c.2417_2418insG variant was detected in patient 8. No pathogenic variant was detected in one patient.
Conclusion: The c.-32-13T>G variant with the highest prevalence worldwide for GAA was detected in six of nine patients. This suggests that the c.-32-13T>G variant may have a high prevalence in our country as well. As a result of the analysis, two variants of unknown clinical significance and extremely rare were detected. One of these two, c.1438G>A variant is estimated have a splicing effect and this supports the possiblity that it may be a pathogenic variant.

Key words: Acid alpha glucosidase, autosomal recessive, Pompe disease, Sanger sequencing