Çukurova bölgesinde domates sarı yaprak kıvırcıklık virüsü (Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV)nün ırklarının araştırılması
Investigation of strains of Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) in Cukurova region
Yazar: ERAY ATALAY
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHARREM ARAP KAMBEROĞLU
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Tomato yellow curl virus (TYLCV) örtüaltı domates yetiştiriciliğinin yapıldığı alanlarda domateste (Lycopersicum esculentum) önemli ekonomik kayıplara neden olan bir viral etmendir. TYLCV ile bulaşık bitkilerde gelişme geriliği ile beraber yapraklarda kıvırcıklık, küçülme ve sararma gibi simptomlar görülmektedir. Birçok ırkı rapor edilen TYLCV'nin ırklarının simptomatolojik olarak ayırt edilmesi mümkün değildir. Bu çalışma, 2017 yılında Adana ve Mersin illerinde TYLCV'nin ırklarının araştırılması amacıyla gerçekleştirilmiş. Yaprak örnekleri TYLCV ile bulaşık bitkilerden toplanmış ve TYLCV'nin varlığı saptanmıştır. Bu çalışmada kullanılan TYLCV ırklarına spesifik primer çiftleri (TYLCV-IL , TYLCV-Mld) ile iki ırkı tespit edilmiştir. Aynı simptomları gösteren fakat ırklara spesifik primer çiftlerine bant vermeyen izolatlar, V1 kılıf protein bölgesini amplifiye eden (777 bp) primer çiftiyle testlenmiştir. Filogenetik analizler sonucunda, TYLCV-IL ve TYLCV-Mild'e bant veren izolatlar farklı ülkelerde rapor edilmiş bu ırklar ile yaklaşık %99 benzerlik göstermiştir. Ancak Mersin'den alınan iki izolatın, 777 bp büyüklüğündeki kılıf proteinin filogenetik analizinin sonucunda, dünya genelinde rapor edilmiş birçok TYLCV ırkı ve izolatıyla benzerliği olduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlar ışığında, TYLCV'nin birçok viral varyantının Akdeniz Bölgesi'nde örtüaltında gerçekleştirilen domates yetiştiriciliğini tehdit ettiği ortaya konmuştur.
  
Anahtar Kelimeler: PCR, Domates, Karakterizasyon, DSYKV, Irk

Abstract:
Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) is a viral agent causes significant economic loss worldwide on tomato (Lycopersicum esculentum) cultivation in greenhouses. The symptoms caused by TYLCV at infected tomato plants are stunting, small chlorotic leaves with upward curling. Many Different strains of TYLCV have been reported from various parts of the World and it's impossible to discriminate the strains by symptoms. This study was carried out for identification and characterization of TYLCV strains in Adana and Mersin provinces (Cukurova region) of Turkey in 2017. With this aim, leaf samples were collected from infected tomato plants and presence of TYLCV was confirmed by PCR. Two different strains of TYLCV (TYLCV-IL, TYLCV-Mld) were identified by using strain specific primers (TYLCV-IL, TYLCV-Mld) in Cukurova region. Similar symptomatic plants were tested with V1 primers amplifying the coat protein (CP) coding gene – 777 bp which had no PCR products for both TYLCV-IL and TYLCV-Mld specific primers. Phylogenetic analysis of TYLCV-IL and TYLCV-Mld proved that these isolates were related to other isolates from several countries. Although, phylogenetic analysis of CP (777 bp) of two isolates from Mersin province had similarities with most of the TYLCV strains and isolates from various countries all around the World. These results showed that TYLCV had many viral variants being a threat for tomato cultivation in greenhouses in the Mediterranean region of Turkey. 

Key Words: TYLCV, PCR, ELISA, Characterization, Tomato