Türkiye'deki bazı yerli keçi ırklarında mikrosatellit polimorfizminin belirlenmesi
Determination of microsatellite polymorphism in some native turkish goat breeds
Yazar: ÖZGECAN KORKMAZ AĞAOĞLU
Danışman: PROF. DR. OKAN ERTUĞRUL
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Genetik = Genetics ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine ; Zooloji = Zoology
Dizin: Mikrosatelitler = Microsatellites

Özet:
Bu çalışmada; Türkiye'ye özgü 5 yerli keçi ırkının (Ankara Keçisi (n=50), Kilis Keçisi (n=51), Honamlı Keçisi (n=49), Kıl Keçisi (n=52) ve Norduz Keçisi (n=49) 20 mikrosatellit belirteci ile genetik çeşitliliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Bu çalışmada kullanılan yerli keçi ırklarında 20 mikrosatellit belirtecine ait yapılan analizler sonucunda; lokus başına düşen ortalama allel sayısının (15.65 allel / lokus) ve heterozigotluk düzeylerinin (0.5192 ile 0.9400 arasında) oldukça yüksek olduğu belirlenmiştir.İncelenen ırklara ait Fıs değerlerinin; 0.01621 ile 0.04951 arasında değiştiği saptanmıştır ve bu değerler tüm populasyonlarda sıfıra oldukça yakın bulunmuştur. Ancak bu değerler sadece Ankara ve Kilis Keçisinde istatistiki olarak önemli bulunmuştur ki bu ırklarda düşük düzeyde heterozigot azlığı olduğu söylenebilir. Tüm populasyonlar için hesaplanan genel Fıs değeri 0.03656'dır. Çalışılan populasyonlardan elde edilen genel Fıs değeri sıfıra yakın olduğu için populasyonların Hardy Weinberg dengesinde olduğu belirlenmiştir. Fst değerlerine göre; Ankara Keçisi ile diğer ırklar arasında orta düzeyde bir farklılaşma varken, diğer ırkların birbirleri arasında az bir genetik farklılaşmanın olduğu belirlenmiştir ve bu farklılaşma istatistiki olarak önemli bulunmuştur.Bu araştırmada; allelik varyasyon analizi ve heterozigotluk analizi, F istatistikleri, AMOVA, Genetik Yapı Testi, Faktöriyel Benzerlik Analizi, Allel Paylaşım Uzunluklarının Ölçümü gibi analiz metodlarının sonuçlarına göre; Ankara Keçisi ırkının diğer ırklardan ayrı gruplandığı, fakat diğer yerli keçi ırklarının (Kilis Keçisi, Honamlı Keçisi, Kıl keçisi ve Norduz Keçisi) birbirlerinden kesin olarak ayrılamadığı ve bu ırklara ait örneklerin birbirleri ile genel olarak aynı yerde gruplandığı görülmüştür. Bu çalışmada kullanılan hiçbir ırkın yok olma tehlikesi ile karşı karşıya kalmadığı belirlenmiştir.Çalışmada kullanılan belirteçlerin genel anlamda oldukça polimorfik oldukları belirlenmiştir. Bu nedenle; çalışmada kullanılan belirteçler genetik karakterizasyon çalışmalarında oldukça kullanışlıdır ve genetik çeşitliliğin belirlenmesinde tercih edilebilirler.Elde edilen tüm sonuçlar birlikte değerlendirildiğinde; 20 mikrosatellit lokusundan elde edilen verilerle yapılan analiz sonuçlarına göre; Ankara Keçisi hariç; fenotipik olarak o ırka ait olan yerli ırklar, genetik olarak birbirlerinden kesin olarak ayrılamamıştır.

Abstract:
The aim of the present study was to determine genetic diversity for five native goat breeds (Angora, Kilis, Honamlı, Hair and Norduz) in Turkey, by using 20 microsatellite markers.As a result of 20 microsatellite loci analyses, average number of alleles in per locus (15.65 allele/locus) and heterozygosity (0.5192-0.9400) levels were fairly high.Investigated FIS values of goat breeds were defined between 0.01621 and 0.04951. These values were found close to zero in all populations and they were significant in only Angora and Kilis goats where heterozygote deficiency was observed. Calculated overall FIS value for all populations was 0.03656. Because of FIS value close to zero, all of the populations were in the Hardy-Weinberg equilibrium. According to FST values; medium level of genetic diversity was found between Angora Goats and other breeds. Among the other breeds, genetic diversity was low and this diversity was statistically significant. Results of various analysis, such as allelic variation analysis, heterozigosity analysis, F statistics, AMOVA, structure test, factorial correspondence analysis, allele sharing distance were illustrated that Angora Goat breed different from other goat breeds. But other native goat breeds couldn?t be separated from each other; these breeds were grouped in the same place. According to acquired results, none of the analyzed breeds in the study was in danger of extinction.The markers used in this study were determined to be highly polymorphic in the general aspect. Therefore, these markers are useful in the studies of genetic characterization and determining genetic diversity.According to all obtained results from the analysis of 20 microsatellite loci, goat breeds except Angora can not be genetically separated from each other.