Kıyma, et, tavuk ve peynir örneklerinden izole edilen Escherichia coli'nin bazı antimikrobiyal direnç ve virülans genlerinin PCR ile tespiti
Dedection of some antimicrobial resistance and virulence genes of Escherichia coli isolated from ground meat, meat, chicken, cheese samples by PCR
Yazar: HADİYE KESKİN
Danışman: PROF. DR. AYTEN ÇELEBİ KESKİN
Kırıkkale Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli

Özet:
E. coli insanların ve sıcakkanlı hayvanların bağırsağındaki yaygın bakterilerden biridir. E. coli suşları dünya çapında çeşitli gıda kaynaklı hastalıklara neden olur ve halk sağlığını tehdit ederler. E. coli'nin bazı suşları virülans genler ve antimikrobiyal direnç genlerine sahiptir. E. coli suşlarının virülans genleri adezinleri, demir kazanım sistemlerini, lipoproteinleri, kapsüler polisakkaritleri kodlarlar. Bunlar insanlarda E. coli'nin hastalık yapmasına neden olurlar. Bazı E.coli suşları hastalıkların tedavisinde kullanılan trimetoprim, beta-laktam, makrolid ve kinolon gibi önemli antimikrobiyallere direnç gösterirler. 
Bu çalışmanın amacı, Bolu ilindeki çeşitli marketlerden toplanan et, tavuk, kıyma, peynir örneklerinden izole edilen 283 E. coli izolatının fimH, fyuA, papG II, traT, kpsMT II virülans genleri ve gyrA, dhfrV, ereA, blaTEM, blaCTX-M antimikrobiyal direnç genlerinin bulunma sıklığını Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile tespit etmektir. PCR hızlı, kolay, doğru ve ekonomik olduğundan tercih edilmiştir. 
Çalışmamızda varlığını araştırdığımız virülans genleri ve antimikrobiyal direnç genleri farklı oranlarda tespit edilmiştir. Antimikrobiyal direnç genlerinden blaCTX-M hiçbir izolatta tespitedilemezken, gyrAgeni tüm izolatlardatespit edilmiştir. ereA geni ise sadece 2(%1,48) izolatta tespit edilmiştir. Çalışmamızdaki izolatlardan 2 (T42, T43)'sinde 4 (gyrA, dhfrV, ereA, blaTEM) antimikrobiyal direnç geni tespit edilmiştir. 39 izolatta hiçbir virülans gen tespit edilememiştir. Çalışılan izolatlarda en çok fimH (%61) virülans geni tespit edilirken, en az papG II (%13,4) ve kpsMT II (%13,1)genleri tespit edilmiştir.
Çalışmamızın sonuçları; tükettiğimiz hayvansal gıdalarda virülans genlerin ve antimikrobiyal direnç genlerinin oldukça yaygın olduğunu moleküler yöntemlerle ortaya koymuştur ve hayvanlardan insanlara antimikrobiyal direncinin geçmesi için potansiyel bir kaynak olduğunu göstermiştir.

Abstract:
Escherichia coli is one of the most common bacteria of human and warm-blooded animals intestinal. E. coli strains cause various foodborne  diseases worldwide and threat public health. Some strains of E. coli have virulance genes and antimicrobial resistance genes. Virulence genes of E.coli strains encode adhesins, iron acquistion systems, lipoproteins, capsular polysaccharides.Some strains of E. coli are resistant to important antimicrobials such as trimethoprim, beta-lactam, macrolide and quinolone used in the treatment of diseases.
The aim of this study was to determine the frequencyoffimH, fyuA, papG II, traT,kpsMT II virulence genes andthe frequency of gyrA, dhfrV, ereA, blaTEM, blaCTX-M antimicrobial resistance of 283 E. coli strains isolated from meat, chicken, minced meat and cheese samples collected from various markets of Bolu provinceby Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR is preferred because it is fast, easy, accurate and economical. 
The virulence genes and antimicrobial resistance genes that we investigated in our study were dedected at different rates. blaCTX-M, one of the antimicrobial resistance genes, was not detected in any of the isolates, whereas the gyrA gene was detected in all isolates.ereAgene wasdedected in only 2 (1.48%)isolates. 4 antimicrobial resistance genes(gyrA, dhfrV, ereA, blaTEM) were detected in 2 of the isolates(T42, T43) in our study. No virulence genes were detected in 39 isolates. While the most virulence gene was dedected to be fimH (61%), at least papG II (13.4%) and kpsMT II (13.1%)genes were dedected in the isolates.
The results of our study; It has been demonstrated by molecular methods that virulence genes and antimicrobial resistance genes are very common in animal foods we consume and have shown that it is a potential source for passing antimicrobial resistance from animals to humans.