Bacteroides fragilis grubu bakterilerde antibiyotiklere direncin araştırılması
Investigation on antimicrobial  resistance of bacteroides fragilis grup bacteria
Yazar: ACHILLE AIME KANGABA
Danışman: PROF. DR. MÜZEYYEN MAMAL TORUN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Bacteroides fragilis = Bacteroides fragilis ; Bakteriler = Bacteria ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Bacteroides fragilis Gubu Bacterilerde Antibiyotiklere Direncin araştırılması. İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji ABD. Yüksek Lisans Tezi. İstanbul 2013.     
	Bacteroides fragilis başta olmak üzere Bacteroides fragilis gubu(BFG) bakteriler, insanda normal kolon florasının yaklaşık %1-2?sini oluşturmasına rağmen birtakım virülans faktörlerine sahip olması ve diğer Gam negatif anaeroplara göre antibiyotiklere daha dirençli olması nedeniyle anaerop patojenler arasında birinci sırada yer almaktadır. Türkiye?de BFG bakterilerinde antibiyotik direncinin araştırıldığı çalışmalar sınırlı sayıdadır. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi?nde BFG bakterilerdeki antibiyotik direncinin araştırılması için planlanan bu çalışmada klinik örneklerden ve gaitadan izole edilen toplam 50 BFG bakteride antibiyotik direnci E-testi ile, Beta-laktamaz üretimi nitrosefin testi ile, antibiyotik direnç genleri ve enterotoksin üretimi geninin araştırılması multipleks PZR yöntemi ile yapılmıştır.
	Klinik örneklerden izole edilen 25 BFG kökeninde antibiyotiklere direnç; ampisilin %68, amoksisilin+ klavulonat %12, sefoksitin %28, imipenem %4, klindamisin %56, metronidazol % 4, tetrasiklin %56 olarak saptanmış, beta-laktamaz üretimi %84 olarak bulunmuştur. 25 intestinal izolatta antibiyotiklere direnç ampisilin %64, amoksilin + klavulonat %16, sefoksitin %36, imipenem %4, klindamisin %75, metronidazol %4, tetrasiklin %80 olarak saptanmış, beta-laktamaz üretimi %80 olarak bulunmuştur. Klinik ve intestinal izolatlar arasında antibiyotik direnci yönünden istatistiksel olarak anlamlı bir fark ( p?0,05) saptanmamıştır. Antibiyotilere direnç genleri erm, cfiA, nim, tetQ ve beta-laktamaz üretimi geni ( cepA), sırası ile %60, %8, %8, %60, beta-laktamaz geni cepA %8 oranında; intestinal izolatlarda ise sırası ile %75, %16, %4, %80 ve beta-laktamaz üretim geni cepA %4 oranında saptanmıştır. Klinik ve intestinal izolatlarda saptanan fenotipik antibiyotik direnci ile antibiyotik direnç genlerinin dağılım arasında tam bir uyum saptanmamıştır. Enterotoksin üretim geni bft geni klinik izolatlarda %16, intestinal izolatlarda %25 olarak saptanmıştır.
	Bu çalışmaların sonucu hem klinik hem de intestinal izolatlardaki antibiyotik direnç durumlarına bakıldığında anaerop enfeksiyonların empirik tedavisinde imipenem, metronidazol ve amoksisilin+ klavulonat?ın ilk seçenek olarak düşünülmesi gerektiğini göstermektedir. Çoklu antibiyotik direnç genlerini taşıyan kökenler klinik örneklerde %52, intestinal örneklerde ise %76 olarak bulunmuştur. Plazmidler ve transpozonlar gibi hareketli genetik elemanlarla bakteriler arasında kolayca direnç yayılımı gerçekleşebileceğinden belirli aralıklarla direnç artışının izlenmesi gerekliliği ortaya çıkmaktadır.
Anahtar Kelimeler: Bacteroides fragilis Gubu, Direnç genleri, Antibiyotik, E-test, Multipleks PZR
Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 18433

Abstract:
Investigation on Antimicrobial  Resistance of Bacteroides fragilis Grup Bacteria. Istanbul University, Institute of Health Science, Department of Medical Microbiology. Master Thesis. Istanbul. 2013.
Bacteroides fragilis, in spite of forming 1-2% of human normal colon flora, due to its various virulence factors and its antimicrobial resistance higher than other anaerobic Gam negative rods, ranges primarily between the anaerobic pathogenic bacteria. Survey on antimicrobial resistance of Bacteroides fragilis in Turkey is limited.  This study aim to detect the resistance of BFG to antibiotics using 50 strains isolated from clinical and fecal specimens by E-test, the production of beta-laktamase by nitrocefin-test, research of genes of resistance and the gene responsible of enterotoxin production by Multiplexe PCR methods. 
Among 25 BFG strains isolated from clinical specimens the resistance to antibiotics  68% ampicilline; 12% amoxiciline clavulanic acid, 28% cefoxitin, 4% imipenem, 56% clindamycine, 4% metronidazole, 56% tetramisin  was determined  and 84% of beta-lactamase was found; In 25 intestinal isolates  64% ampicilline; 16% amoxiciline clavulanic acid, 36% cefoxitin , 4% Imipenem, 75% clindamycine, 4% metronidazol, 8% tetracycline were determined and 80% beta-lactamase production was found. Statistically significant difference between clinical and intestinal isolates was not found (p ? 0,05). The percentages  of genes of resistance to antibiotics  erm, cfiA, nim, tetQ and beta-lactamase production gene (cepA) were found respectivelly  60%, 8%, 8%, 60%, 8% in clinical isolates and 75%, 16%, 4%, 80%, 8% in  intestinal isolates. There has not been any convenience between the ratio of antibiotic resistance genes and phenotypic antibiotic resistance in the fixed clinical and intestine isolates. 16% of Beta-lactamase production gene bft was found in clinical isolates while 25% was found in intestinal ones.
The result of this study according to the situation of antibiotic resistance in both clinical and intestinal isolates showed the necessity of selection as first choice of antibiotics like imipenem, metronidazole, amoxilin clavulanic acid in the empirical treatment of anaerobic infections.  
In the strains carrying multiple antibiotic resistance genes 52% was found in clinical strains and 76% in intestinal strains. However it was shown that with some moving genetic elements like plasmids and transpozons among bacteria the propagation of resistance can occur easily at regular intervalls. 

Key Words: Bacteroides fragilis gup, Resistance genes, Antibiotics, E-test, Multiplexe PCR 
The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. 18433