Major histokompatibilite antijen bölgesini temsil ettiği düşünülen (TAG) single nükleotid polimorfizmlerinin HLA-B27'i tanımlamadaki geçerliliğinin değerlendirilmesi
Evaluating  validity of (TAG) single nucleotide polymorphism,which thougt represents major histocompatibility gene area in defining HLA-B27
Yazar: MEHMET NEDİM TAŞ
Danışman: PROF. DR. SERVET AKAR
Dokuz Eylül Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Dahili Tıp Bilimleri Bölümü / Dahiliye Ana Bilim Dalı / Romatoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Romatoloji = Rheumatology
Dizin: Doku uygunluğu = Histocompatibility ; HLA B27 antijeni = HLA B27 antigen ; Nükleotid = Nucleotide ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Spondilit-ankilozan = Spondylitis-ankylosing

Özet:
Arkaplan: Ankilozan spondilit (AS) HLA-B27 ile güçlü bir ilişki göstermektedir. Bu etkileşimin en iyi bilinen hastalık ilişkisi olması ve 1973?den beri biliniyor olmasına rağmen HLA-B27 tiplendirmesi teknik olarak bazı güçlükler göstermektedir. Daha önce yapılan çalışmalarda Avrupalı ve Asyalı AS?li hastalarda, rs4349859 ve rs13202464 no?lu tek nükleotid polimorfizmlerinin (single nucleotide polymorphisms; SNPs)  major histokompatibilite kompleksi ile (MHC) tag olduğu ve HLA-B27 tespitinde kullanılabileceği gösterilmiştir. 
Amaç: Bu çalışmanın amacı HLA-27 tespitinde daha önce bahsedilen SNP?lerin sensitivite ve spesifisitesini değerlendirmektir. 
Yöntem: Polimeraz zincir reaksiyonu restriksiyon fragmanı uzunluk polimorfizmi (polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism;(PCR-RFLP) yöntemi kullanılarak iki SNP (rs13202464 and rs4349859) genotiplendirildi. Bu genotiplendirme için gerekli primerler primer-BLAST arayüzü kullanılarak Primer3 algoritması ile dizayn edildi. PCR ürünleri BmrI ve Taq?I restriksiyon enzimleri ile sindirime uğratıldı. Gentiplerin kalite kontrolü için random seçilen bazı örnekler aynı zamanda ABI 3130 automated DNA sequencer cihazı kullanılarak sekanslandı. HLA-B27 analizi ticari olarak bulunan SSP-typing kit kullanılarak genotiplendirildi. SSP-tiplendirme sonuçları %2 agarose jel üzerinde gösterildi
Sonuçlar: Çalışmaya toplamda modifiye New York kriterlerine göre AS olarak izlenen 207 hasta (%72 erkek, ortalama yaş 42.3 ± 10.8 ve 146 [%71] HLA-B27 pozitif) ve 32 sağlıklı kontrol (%78 erkek, ortalama yaş 52.7 ± 10.8 ve 2 [%6] HLA-B27 pozitif) dahil edildi. rs4349859 no?lu SNP için efekt alleli (A) yüksek spesifiteye sahipti (1.000) ancak sensitivite değeri 0.469 idi. rs13202464 no?lu SNP için efekt alleli (G) için spesifite 0.967 ve sensitivite 0.530 olarak hesaplandı.      
Yorum: Bu çalışmanın sonuçları daha önce HLA-B27 için oldukça güçlü tag olduğu bildirilen SNP?lerin, Türk popülasyonunda, klasik HLA-B27 tayin yöntemlerine göre avantajı olmadığını düşündürmektedir. Bizim toplumumuzda HLA-B27 ile daha güçlü ilişki gösteren SNP?lerin saptanabilmesi için başka çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.

Abstract:
ABSTRACT
Background: Ankylosing spondylitis (AS) is strongly associated with HLA-B27. Although AS and HLA-B27 interaction is one of the best known disease association and has been recognized since 1973, accurate HLA-B27 typing is technically challenging. Previously major histocompatibility complex (MHC) tag single nucleotide polymorphisms (SNPs) rs4349859 and rs13202464 were shown to be able to identify HLA-B27 in European and Asian AS patients. 
Objectives: Therefore the objective of this study was to evaluate the sensitivity and specificity of these SNPs in identifying HLA-B27 allele. 
Methods: We genotyped two SNPs (rs13202464 and rs4349859) by using polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). The primers were designed using Primer3 algorithm via primer-BLAST interface. PCR products were digested by using BmrI, and Taq?I restriction endonuclease enzymes. Some of the samples were also sequenced by using ABI 3130 automated DNA sequencer in order to prevent misleading results. HLA-B*27 analysis for patient group was performed by using commercially used SSP-typing kit. SSP-typing results were visualized on 2% agarose gel electrophoresis.
Results: In total 207 patients (72% male, mean age 42.3 ± 10.8 years and 146 [71%] was HLA-B27 positive) with AS according to the modified New York criteria and 32 healthy controls (78%male, mean age 52.7 ± 10.8 years and 2 [6%] was HLA-B27 positive) were included in the study. The effect alleles of SNPs rs4349859 (A) showed a high specificity (1.000). However sensitivity figure for HLA-B27 were 0.469. The effect allele of SNP rs13202464 (G) has a specificity of 0.967 and a sensitivity of 0.530.      
Conclusion: Our results suggest that the SNPs which previously reported as strongly tagged to HLA-B27 do not have any advantage over the HLA-B27 typing in Turkish population. Further research is needed to identify SNPs that may have stronger association with HLA-B27 in our population.