MDR ve XDR acinetobacter izolatlarında  
OXA gen varlığının gösterilmesi ve suşlar arasındaki klonalitenin araştırılması
MDR ve XDR aci̇netobacter i̇zolatlarinda  
OXE gen varliğinin gösteri̇lmesi̇ ve suşlar arasindaki̇ klonali̇teni̇n araştirilmasi
Yazar: TUĞBA KULA ATİK
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ÖZYURT
GATA / Haydarpaşa Eğitim Hastanesi  / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Acinetobacter baumannii özellikle yoğun bakım ünitelerinde uzun süre canlılığını koruyabilen, kolaylıkla çapraz bulaşa yol açıp fırsatçı enfeksiyonlara ve salgınlara sebep olabilen önemli bir patojendir. Geniş spektrumlu bir β-laktam antibiyotik grubu olan karbapenemlerin de dahil olduğu çoklu ilaca direnç göstermesi, bu patojenle olan enfeksiyonların tedavisinde ciddi problemlerin yaşanmasına neden olmaktadır. Karbapenem direnci, sıklıkla OXA-tipi karbapenemazlar ile oluşmaktadır. Acinetobacter izolatlarında OXA-51 benzeri gen bölgesi intrensek olarak saptanırken, OXA-23, OXA-24 ve OXA-58 benzeri gen bölgeleri de buna eşlik edebilmektedir. Hastane enfeksiyonları (HE)'nın yönetiminde epidemiyolojik ilişkilerin ortaya konulması çok önemlidir. Bu amaçla klonal ilişkinin tespitinde kullanılan "Değişimli Alan Jel Elektroforezi (PFGE)", moleküler epidemiyolojik tiplendirme yöntemleri içinde altın standart olarak kabul edilmiştir.  
Bu çalışmada, Gülhane Askeri Tıp Akademisi Haydarpaşa Eğitim Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Servisi Bakteriyoloji Laboratuvarı'na Ocak 2012-Aralık 2014 tarihleri arasında, Anestezi ve Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi (AYBÜ)'nden ve Dahiliye Yoğun Bakım Ünitesi (DYBÜ)'nden gönderilen farklı klinik örneklerden HE etkeni olarak izole edilen 100 A. baumannii izolatının, dirençten sorumlu olduğu bilinen gen bölgelerini hedef alan primerlerin kullanıldığı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile OXA-tipi β-laktamazlar açısından taranması ve PFGE yöntemi ile de klonal ilişkinin ortaya konulması amaçlanmıştır. 
Çalışmaya dahil edilen izolatların 31 (%31)'i AYBÜ'den, 69 (%69)'u ise DYBÜ'den gönderilen klinik örneklerden HE etkeni olarak izole edilmiştir. İzolatların %57'si solunum sistemi örneklerinden elde edilmiştir. Test edilen tüm antibiyotikler içinde en etkili ajanlar %100 duyarlılık oranı ile kolistin; %93 duyarlılık oranı ile tigesiklin olarak saptanmıştır. 
İncelenen 100 izolatın tamamında OXA-51 geni, 92 (%92)'sinde OXA-23 geni belirlenmişken; OXA-24 ve OXA-58 genleri ise hiç bir izolatta bulunmamıştır. 
Çalışmamızda PFGE genotiplerini belirlemek için benzerlik katsayısının sınır değeri %80 olarak belirlenmiş ve çalışılan 100 izolatın 19 farklı küme içinde olduğu saptanmıştır. Alt tip sayısını belirlemek için ise, benzerlik katsayısının sınır değeri %100 olarak belirlenmiş ve izolatların 92 alt tip içinde olduğu görülmüştür.  Toplam 19 küme içinde 'J' kümesi, 25 üyesi ve 24 alt tipi ile (J1-J24) en çok saptanan küme olmuştur. Hastanemizde 2012 yılında 'J' klonunun baskın olduğu, 'G' klonunun 2012'nin son aylarında hastanemize girip 2013 yılında baskın hale geldiği, 'A' ve 'R' klonlarının ise çalışmamız kapsamına dahil her üç yılda da (2012-2014) izlendiği ve 'A' klonunun baskın klon olduğu anlaşılmıştır. 'S' ve 'E' klonları ise sadece 2014 yılında DYBÜ'de saptanmıştır.

Abstract:
Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen, which can stay alive especially at intensive care units (ICU) for prolonged periods, easily causing cross contamination and epidemics. Developing multidrug resistance to the antibiotics, including carbapenems, a wide-spectrum β-lactam antibiotic group, causes serious problems in treatment of its infections. Carbapenem resistance generally caused by OXA-type carbapenemases. OXA-51 like gene area are intrinsic while OXA-23, OXA-24 and OXA-58 like gene areas can accompany within Acinetobacter isolates. Demonstration of epidemiological relation in managing hospital infections (HI) is crucial. Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) method, used in determination of clonal relation, is accepted as the gold standard among molecular epidemiological characterization methods.
In this study, we aimed to scan OXA-type β-lactameses via multiplex polymerase chain reaction (PCR) method and determine clonal relation via PFGE method on 100 A. baumannii samples, isolated at Gulhane Military Medical Academy, Haydarpasa Training Hospital, Medical Microbiology Service, Bacteriology Laboratory, from 100 different inpatients in Anesthesiology and Reanimation ICU (ARICU) and Internal Medicine ICU (IMICU) between January 2012 to December 2014. 
Thirty-one samples were isolated from ARICU as HI while remaining 69 sample were from IMICU. 57% of the samples were respiratory system samples. Colistin was the most effective antibiotic with 100% efficiency, followed by tigecyclin with 93% efficiency among tested antibiotics.
All isolates possessed OXA-51 gene while 92% had OXA-23 gene. However OXA-24 and OXA-58 genes couldn't detected in any samples. 
During PFGE genotyping analyses, similarity coefficient was set as 80% and 19 different clusters were determined for 100 samples. In order to determine sub-clusters, similarity coefficient was set as 100% and 92 sub-clusters were detected. Among the clusters, J cluster was the most crowded one with 25 member and 24 sub-cluster (J1-J24). According to our results, J cluster was found as the dominant genotype during 2012 which is replaced with G cluster at the end of 2012 and became dominant at 2013. A and R clones were present during our study's time period (2012-2014) and A cluster was the dominant one among these. S and E clusters were only found at IMICU and only at 2014.