hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Evrişimsel sinir ağları ile meme kanseri moleküler alt tip sınıflandırması
Classification of breast cancer molecular subtypes using convolutional neural networks
Yazar: KADİR ÇIRAY
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET HAŞİM YURTTAKAL
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Meme kanseri ölüm oranı ve yaygınlığı açısından en tehlikeli hastalıklardan birisidir. Heterojen bir hastalık olduğundan doğru sınıflandırılması son derece önem taşımaktadır. Histolojik, morfolojik sınıflandırmanın yanında, son yıllarda moleküler alt-tiplere sınıflandırma çalışmaları da yapılmaya başlamıştır. Moleküler alt tipler hastalığın seyrini etkilediğinden kişiye özgü tedaviler uygulanmaya çalışılmaktadır. Moleküler alt-tiplerinden özellikle üçlü negatif en agresif ve tehlikeli olanıdır. Diğer kanser türlerinde olduğu gibi meme kanserinde de erken teşhis son derece önemlidir. Bu tez çalışmasında DenseNET, XCeption ve GoogleNet ön eğitimli evrişimsel sinir ağları modelleri (CNN) veri artırma ile birlikte kullanılarak yalnızca MR görüntülerinin piksel bilgileri üzerinden moleküler alt-tip sınıflandırma yapılmıştır. Önerilen yöntem kullanıcıdan bağımsız, hızlı ve otomatik olup MR görüntülerini yüksek başarı oranı ile sınıflandırmaktadır. Hastalığın erken teşhisine imkan sağlayıp, gereksiz biyopsi uygulamalarını azaltarak onkologlara karar destek süreçlerinde fikir vermeyi amaçlamaktadır. Elde edilen sonuçlar ümit vadetmektedir.

Abstract:
Breast cancer is one of the most dangerous diseases due to its prevalence and mortality rate. Correct classification of the disease is crucial because its heterogeneous nature. In addition to histological and morphological classification; molecular sub-type classification studies have been gaining momentum in recent years. Since the molecular subtypes affect the course of the disease, personalized treatments are being preferred. Among the molecular subtypes Triple Negative is the most aggressive and dangerous. Early diagnosis is incredibly crucial as in other cancer types. In this study DenseNET, XCeption and GoogleNet pre-trained Convolutional neural network (CNN) models have been used to classify molecular subtypes using only MRI images pixel data. Proposed method is independent of user, fast, automated and has produced significant success rate. Study aims to assist oncologists with decision support system, enable early diagnosis and reduce unnecessary biopsies. Obtained results are encouraging
Yenilenebilir enerji ve ekonomik faktörlerin çevresel etkilerinin ekonometrik analizi
Renewable energy and economic environmental impacts of factors econometric analysis
Yazar: NAZLICAN DESTE ÖZKAMÇI
Danışman: DOÇ. DR. MÜNEVVERE YILDIZ
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / İşletme Ana Bilim Dalı / Muhasebe Finansman Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Enerji = Energy ; İşletme = Business Administration

Özet:
Dünya nüfusunun artması, sanayileşme ve şehirleşme gibi faktörler insanların enerji kaynaklarına olan talebinin hızla artmasına neden olmaktadır. Enerji ihtiyacının karşılanması için fosil yakıtların kullanımı, atmosferde karbon gazı salınımına sebep olarak çevresel bozulmalara neden olmaktadır. Karbon emisyonunun artışı çevre kirliliği, küresel ısınma, iklim değişikliği ve yenilenemeyen enerji kaynaklarının tükenmesi gibi geleceğimizi olumsuz yönde etkileyebilecek sonuçlar doğurmaktadır. Çalışmada Türkiye'de yenilenebilir enerji ve ekonomik faktörlerin (ekonomik büyüme, finansal gelişme, doğrudan yabancı yatırımlar) karbon emisyonu üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. 1990-2021 dönemi yıllık verileri kullanılarak değişkenlerin durağanlığını tespit etmek amacıyla ADF ve PP Birim Kök testleri uygulanmıştır. Çalışma sonucunda, ekonomik faktörlerdeki artışların, çevresel etki göstergesi olarak ele alınan karbon emisyonunu arttırdığı gözlemlenmiştir.
Anahtar Kelimeler: Karbon Salınımı, Yenilenebilir Enerji, Ekonomik Faktörler, Eşbütünleşme Regresyonları.

Abstract:
Factors such as the increase in the world population, industrialization and urbanization cause the demand of people for energy resources to increase rapidly. The use of fossil fuels to meet energy needs causes environmental degradation by causing carbon gas emissions in the atmosphere. The increase in carbon emissions has consequences that may adversely affect our future, such as environmental pollution, global warming, climate change and depletion of non-renewable energy resources.In this study, it is aimed to investigate the impact of renewable energy and economic factors (economic growth, financial development, foreign direct investments) on carbon emissions in Turkey. Using the annual data for the period 1990-2021, ADF and PP Unit Root tests were applied to determine the stationarity of the variables. As a result of the study, it has been observed that increases in economic factors increase carbon emissions, which are considered as an environmental impact indicator.
Keywords: Carbon emission, renewable energy, economic factors, cointegration regressions.
Azerbaycan Türkçesinde iklim ve hava olayları adlandırmalarıyla yapılan atasözü ve deyimler
Names of climate and weather events in Azerbaijan Turkish proverbs and idioms
Yazar: YUSUF YILMAZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLŞAH YILMAZ
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Çağdaş Türk Lehçeleri ve Edebiyatları Ana Bilim Dalı / Çağdaş Türk Lehçeleri ve Edebiyatları Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Türk Dili ve Edebiyatı = Turkish Language and Literature

Özet:
Bu çalışmada, Azerbaycan Türkçesinde iklim ve hava olayları adlandırmalarıyla yapılan atasözü ve deyimlerin incelenmesi amaçlanmaktadır. İklim ve hava olayları, insanların günlük hayatında önemli bir yere sahiptir. Bu nedenle dilde, atasözü ve deyim özelinde, çeşitli sözcük ve tümceler sıklıkla kullanılmaktadır. Bu tezde, bu ifadelerin anlambilimsel ve kültürel bağlamlarını incelemeyi hedeflemektedir. Tezin ilk bölümünde, Azerbaycan Türkçesi, atasözü, deyim, deyim bilimi ile atasözü ve deyim farkı hakkında genel bilgiler verilecektir. İkinci bölümde, iklim ve hava olayları adlandırmaları ile yapılan atasözü ve deyimler, adlandırmalarına göre tasnif edilerek incelenecektir. Üçüncü bölümünde ise Azerbaycan Türkçesinde yer alan iklim ve hava olayları adlandırmalarıyla yapılan atasözü ve deyimler, Türkiye Türkçesinde aynı anlama gelen atasözü ve deyimlerle karşılaştırılacaktır. Sonuç bölümünde ise Azerbaycan Türkçesinde iklim ve hava olayları adlandırmaları ile yapılan atasözü ve deyimler ile ilgili elde edilen sonuçlar yer alacaktır. Bu tezde, Azerbaycan Türkçesinde atasözü ve deyim çalışmalarına katkı sağlamak hedeflenmektedir.

Abstract:
In this study, it is aimed to analyze the proverbs and idioms made with the names of climate and weather events in Azerbaijan Turkish. Climate and weather events have an important place in people's daily life. For this reason, various words and phrases are frequently used in the language, especially proverbs and idioms. This thesis aims to analyze the semantic and cultural contexts of these expressions. In the first part of the thesis, general information about Azerbaijani Turkish, proverb, idiom, idiomology and the difference between proverb and idiom will be given. In the second part, proverbs and idioms made with the names of climate and weather events will be classified and analyzed according to their names. In the third part, the proverbs and idioms made with the names of climate and weather events in Azerbaijan Turkish will be compared with the proverbs and idioms with the same meaning in Turkey Turkish. In the conclusion section, the results obtained about the proverbs and idioms made with the names of climate and weather events in Azerbaijan Turkish will be included. In this thesis, it is aimed to contribute to the studies of proverbs and idioms in Azerbaijan Turkish.
Spor Bilimleri Fakültesi öğrencilerinin, çevresel duyarlılıklarının ve rekreasyon alan tercihlerinin incelenmesi (Afyon Kocatepe Üniversitesi örneği)
Investigation of environmental sensitivity and recreation area preferences of students of the Faculty of Sports Sciences (example of Afyon Kocatepe University)
Yazar: GÜLAY ELİTOK
Danışman: DOÇ. DR. RIFAT YAĞMUR
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Beden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı / Beden Eğitimi ve Spor Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Spor = Sports

Özet:
Açık alan rekreatif etkinliklerini tercih eden bireyler doğanın ve ya kuruluşlar tarafından imkân sağlanmış alanlarda vakitlerini geçirmektedir. Açık alan faaliyetlerinde bireylerin çevresel alan duyarlılıkları ve rekreasyon alan tercihlerini etkileyen çeşitli değişkenleri belirmek önem arz etmektedir. Dolayısıyla bu çalışmada, Spor bilimler Fakültesi Öğrencilerinin rekreasyon alan tercihleri ve çevresel duyarlılıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Araştırma grubunu 2022-2023 akademik yılında Afyon Kocatepe Üniversitesi Spor Bilimleri Fakültesinde öğrenim gören kolayda yöntemi ile seçilecek 250 öğrencinin oluşturması beklenmektedir. Araştırmada nicel araştırma yöntemlerinden Anket tekniği kullanılacaktır. Araştırmada veri toplama aracı olarak Rekreasyon Alan Tercihleri Ölçeği ve Çevresel Duyarlılık Ölçeği kullanılacaktır.

Abstract:
Individuals who prefer outdoor recreational activities spend their time in areas provided by nature or organizations. It is important to identify various variables that affect individuals' environmental sensitivity and recreation area preferences in outdoor activities. Therefore, in this study, it was aimed to investigate the recreation area preferences and environmental sensitivities of the students of the Faculty of Sports Sciences. It is expected that the research group will be composed of 250 students who will be selected by the kolayda method studying at the Faculty of Sports Sciences of Afyon Kocatepe University in the academic year 2022-2023. The survey technique, one of the quantitative research methods, will be used in the research. Recreation Area Preferences Scale and Environmental Sensitivity Scale will be used as data collection tools in the research.
C-kompakt-açık topolojinin sayılabilirlik özellikleri üzerine
On countability properties of the C-compact-open topology
Yazar: NEFİSE GÜRBÜZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL OSMANOĞLU
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Matematik = Mathematics

Özet:
Altı ana bölümden oluşmakta olan bu tez çalışmasında C-kompakt-açık topolojik uzayın topolojik özellikleri incelenmiştir. Birinci bölümde tez konusunun tarihi süreci verilmiştir. İkinci bölümde tez boyunca kullanılan tanımlar ve teoremler verilmiştir. Üçüncü bölümde önce C-kompakt- açık topoloji tanıtılmış ve bazı özellikleri verilmiştir. Sonra C-kompakt-açık topolojinin diğer küme-açık topolojilerle karşılaştırılması verilmiştir. Üçüncü bölümün son kısmında ise C-kompakt-açık topolojinin metriklenebilme özellikleri ele alınmıştır. Dördüncü bölümde C-kompakt-açık topolojinin sayılabilirlik özellikleri verilmiştir. Beşinci bölümde ise çalışmadan elde edilen sonuçlar kısaca özetlenmiş ve yeni çalışmalar için öneriler verilmiştir. Çalışmanın son bölümü olan altıncı bölümde ise tez boyunca yararlanılan kaynaklar sıralanmıştır.

Abstract:
In this thesis study, which consists of six main chapters, the topological properties of C-compact-open topological space are examined. In the first chapter, the historical process of the thesis topic is given. In the second chapter, definitions and theorems used throughout the thesis are given. In the third chapter, C-compact-open topology is first introduced and some of its features are given. Then, a comparison of C-compact-open topology with other set-open topologies is given. In the last part of the third section, the metrizability features of the C-compact-open topology are discussed. In the fourth chapter, the countability properties of C-compact-open topology are given. In the fifth chapter, the results obtained from the study are briefly summa rized and suggestions for new studies are given. In the sixth chapter, which is the last part of the study, the sources used throughout the thesis are listed.
Osteoporotik, osteopenik ve osteoartritik femur başlarının immünohistokimyasal ve biyokimyasal olarak karşılaştırılması
Immunohistochemical and biochemical comparison of osteoporotic, osteopenic and osteoartritic femoral heads
Yazar: MOHAMED SALAH AHMED ALI
Danışman: PROF. DR. GÖKHAN MARALCAN
Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Ortopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Ortopedi ve Travmatoloji = Orthopedics and Traumatology
Dizin: Etyoloji = Etiology ; Osteoartrit = Osteoarthritis ; Osteonekroz = Osteonecrosis ; Osteoporoz = Osteoporosis ; İnflamasyon = Inflammation

Özet:
Osteoporozgrubundaki NFκB'nın yüksek saptanması bu hastalıktaki inflamatuar osteolizin göstergesi olarak yorumlandı.İnflamasyon süreci İki hastalıkta da bildirilse de, çalışmamızda osteoporozdaki osteoklastik osteolizis istatistiksel olarak daha anlamlı bulundu. Buna göre, osteoporozdaki inflamasyon sürecini yavaşlatarak kemik yıkımının önüne geçilebileceği gösterildi.
 Osteoporozda varlığı saptanan bir başka patoloji anlamlı düzeyde yüksek saptanan kaspaz'in gösterdiği subkondral kemikteki hücre apoptozisidir. 
Dekorinin osteoartritte anlamlı düzeyde daha yüksek olması, hem proinflamatuar etki yaratarak ve subkondral kemikteki osteoblast sayısını etkileyerek osteoartrite neden olduğunu, hem de kondrosit tarafından üretimi attırılarak osteoartritin yarattığı ekstraselüler hasarı onarıp koruyucu etkisinin de olduğunu gösterebilir. Osteoporozda daha düşük saptanması ise kollajen yapısının etkilendiğini göstermiştir. Subkondral bölgedeki osteoporoz, bitişiğindeki eklem kıkırdağı hasarına ve daha sonra osteoartrite neden olabileceğini gösterdi. Bu sonuç ise osteoporozun osteoartrit için zemin hazırladığını gösterdi

Abstract:
The significant higher value of NFκB in the osteoporotic fracture groupindicated the inflamatuar osteolysis in this disorder. The process of inflamation was shwon in both disorders in the literatur, but our study showed that the inflamatuar osteolysis was statistically significantly higherin the osteoporotic fracture group. Based on this, by slowing down the inflamation process shown in the osteoporosis, bone destruction can be avoided.  
The apoptosis shown by the significantly higher caspase values was another pathological process found in osteoporotic fracture group in our study. 
The significantly higher values of decorin in osteoarthritic group showedthe effect of decorin by both the proinflamatuar and by affecting osteoblasts number in subchondral bone, causing osteoarthritis.Decorin's production may be induced by chondrocytes to repair the extracelullar matrix damage caused by osteoarthritis, showing a protective effect.The lower value of decorin in osteoporosis indicated that collagen structure was affected in this disorder. Subchondral bone osteoporosis indicated the cartilage damage adjacent, that may lead to osteoarthritis. This result indicated that osteoporosis may facilitate the arise of osteoarthritis.
Erken tavuk embriyolarında metilprednizolon'un orta hat kapanmasına etkisi
Effect of metilprednisolone on middle line closure in early chicken embryos
Yazar: NECMETTİN ÇOBAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SERHAT YILDIZHAN
Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Beyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Nöroşirürji = Neurosurgery
Dizin: Civcivler = Chicks ; Embriyo = Embryo ; Metilprednizolon = Methylprednisolone ; Nöral tüp defektleri = Neural tube defects ; Tavuk embriyosu = Chick embryo ; Tavuklar = Chickens

Özet:
Amaç: Bu çalışmada nöroşirürji kliniklerinde kortikosteroid bir ajan olarak geniş endikasyon alanı olan metilprednizolon'un farklı dozlarda civciv embriyolarında orta hat kapanmasına etkisini göstermeyi amaçladık.
Yöntem: Bu çalışma Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Hastanesi Anatomi ve Histoloji laboratuvarında yapılmıştır. Afyon Kocatepe Üniversitesi Hayvan Etik Kurulu'nun 06.05.2020 tarihli 49533702/257 sayılı kararı ile gerçekleştirildi. 100 adet White Leghorn cinsi yumurtalar kullanılarak 4 grup oluşturuldu (n=25). Farklı dozlarda  metilprednizolon, subblastodermik alana enjekte edildi. Kontrol grubuna herhangi bir ajan verilmedi. Embriyolar 72 saat tespit solüsyonunda bekletildikten sonra polilizin kaplı lamlara alındı. Uygun prosedürde hazırlanan kesitler AgNOR boyamasına tabi tutuldu. Numuneler, bir görüntü analiz sistemi kullanılarak ışık mikroskobu altında değerlendirildi. Örnek başına 25 nükleer AgNOR protein görüntüsü değerlendirildi. Çıkan sonuçlar istatiksel olarak değerlendirildi.
Bulgular: Gruplar değerlendirildiğinde metilprednizolon'un artan dozlarda uygulanması ile embriyolarda orta hat kapanma defektinin arttığı gözlendi.
Sonuç: Metilprednizolon'un civciv embriyolarında orta hat kusurlarına yol açtığı düşünülmektedir. Ancak ileri araştırma önerilir

Abstract:
Objective: In this study, we aimed to show the effect of methylprednisolone, which has a wide indication as a corticosteroid agent in neurosurgery clinics, on midline closure in chick embryos at different doses.
Method: This study was conducted in the Anatomy and Histology Laboratory of Afyonkarahisar Health Sciences University Hospital. It was carried out with the decision of Afyon Kocatepe University Animal Ethics Committee dated 06.05.2020 and numbered 49533702/257. 4 groups were formed by using 100 White Leghorn eggs (n = 25). Different doses of methylprednisolone were injected into the subblastodermic area. No agent was given to the control group. Embryos were kept in fixation solution for 72 hours and then placed on polylysin coated slides. Sections prepared in the appropriate procedure were subjected to AgNOR staining. The samples were evaluated under a light microscope using an image analysis system. 25 nuclear AgNOR protein images were evaluated per sample. The results were evaluated statistically.
Results: When the groups were evaluated, it was observed that the midline closure defect increased in embryos with increasing doses of methylprednisolone.
Conclusion: Methylprednisolone is thought to cause midline defects in chick embryos. However, further research is recommended
Nöral tüp defekti olan hastalarda genetik verilerin araştırılması
Investigation of genetic data in patients with neural tube defects
Yazar: NERMİN AKÇALI
Danışman: PROF. DR. SALİHA HANDAN YILDIZ
Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Genetik = Genetics ; Konjenital anomaliler = Congenital abnormalities ; Nöral tüp defektleri = Neural tube defects ; Spinal disrafizm = Spinal dysraphism

Özet:
Santral sinir sisteminin kompleks ve heterojen anomalilerinden biri olan nöral tüp defektleri (NTD), merkezi sinir sisteminin bozulmuş gelişimi ile karakterize, embriyoda nöral tüpün tam olarak kapanmaması sebebiyle meydana gelen anomalilerdir. Bu çalışmada, NTD tanısı almış dokuz olguda tüm ekzom dizileme (TED) verilerinin analizi ile genetik etiyolojilerinin araştırılması amaçlandı. İncelenen dokuz olguda NTD ve eşlik eden diğer patolojik fenotiplere neden olabileceği düşünülen toplam 30 varyantın fenotip korelasyonu değerlendirildi. Bu çalışma, NTD'nin multifaktöriyel doğası gereği katkılı birden fazla genin nöral tüpün oluşumundaki yolaklardan herhangi birisinde kesinti oluşturmasıyla meydana geldiği yargısını destekledi. 
Çalışmamız NTD'nin, ayırıcı tanısının geniş bir yelpazede değerlendirilmesi gerekliliğini ve WES gibi kapsamlı moleküler analizlerin ayırıcı tanıdaki katkısını gözler önüne sermektedir. NTD'nin etiyolojisini belirlemede WES analizinin etkinliğini değerlendirebilmek için daha büyük hasta gruplarında analizlerin ve fonksiyonel çalışmaların yapılmasına ihtiyaç vardır.

Abstract:
Neural tube defects (NTD), one of the complex and heterogeneous anomalies of the central nervous system, are anomalies that are characterized by impaired development of the central nervous system and occur due to incomplete closure of the neural tube in the embryo. In this study, it was aimed to analyze the genetic etiologies of whole exome sequencing (WES) data in nine cases diagnosed with NTD. The phenotype correlation of a total of 30 variants thought to cause NTD and other accompanying pathological phenotypes was evaluated in nine cases. This study supported the conclusion that due to the multifactorial nature of NTDs, doped genes occur when more than one gene interrupts any of the pathways in neural tube formation. 
Our study reveals the necessity of evaluating the differential diagnosis of NTD in a wide range and the contribution of comprehensive molecular analyzes such as WES in differential diagnosis. In order to evaluate the effectiveness of WES analysis in determining the etiology of NTD, analyzes and functional studies in larger patient groups are needed.