İdrar yolu enfeksiyonu hastalarından Citrobacter spp türlerinin izolasyonu ve tanımlanması
Isolation and identification of Citrobacter spp from urinary tract infection patients
Yazar: RAYA SFOOG NAYEL
Danışman: PROF. DR. ORAL DÜZDEMİR ; PROF. DR. IKRAM ABBAS ABOUD AL-SAMARRAAY
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Anahtar kelime = Keyword

Özet:
Citrobacter freundii, Enterobacteriaceae familyasına ait Gram negatif bir bakteridir. Fakültatif bir anaerob olan bu bakteri hem aerobik hem de anaerobik koşullarda hayatta kalabilmektedir. Citrobacter freundii, insanlarda normal bağırsak mikrobiyotasının bir parçasıdır, ancak fırsatçı hale gelebilmekte, idrar yoluna girerek belirli koşullar altında enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Bu çalışmanın amacı; idrar yolu enfeksiyonu olan hastaların idrar kültürlerinden Citrobacter spp türlerinin izole edilerek, tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesidir. Araştırmada cinsiyet (erkek/kadın) ve yaş gruplarına (18-25, 26-33, 34-41), diyabet olma ya da olmama durumuna göre sınıflandırılan 100 katılımcıdan idrar örnekleri alınmıştır. Hastalar ayrıca böbrek taşı olan ve olmayan olarak ta ikiye ayrılmış, cinsiyet ve yaş grubuna göre de toplam bakteri sayısı bu her iki grup için tanımlayıcı istatistikler (ortalama ve standart sapma) yardımıyla belirlenmiştir. Citrobacter freundii'nin moleküler olarak tanımlanması için de DNA ekstraksiyonu, ERIC-PCR analizi, 16S rRNA gen dizisi analizi ve üreaz geni tespiti gerçekleştirilmiştir. "Yaş" değişkeninin toplam bakteri sayısı üzerinde önemli bir etkisi olduğu tespit edilmiştir (p < 0.015). Bu sonuç yaşın, cinsiyetten bağımsız olarak toplam bakteri sayısı üzerinde etkili olduğunu göstermektedir. "Cinsiyet * yaş" etkileşiminin (p <0,097), geleneksel önem düzeyi olan 0,05'ten büyük olduğu için toplam bakteri sayısı üzerinde istatistiksel olarak anlamlı bir etki göstermediği saptanmıştır. Bu, cinsiyet ve yaşın birleşik etkisinin, bireysel etkilerinin ötesinde bakteri sayısını önemli ölçüde etkilemediğini ifade etmektedir. Skala değerleri 0-1 arasında değişen benzerlik matrislerine göre, 1 değerine sahip olan C1, C2, C3, C7, C8, C12, C14, C16 C20 nolu izolatlar tamamen kendisine benzer olarak bulunmuştur. Yine 0-1 arası skorlara sahip olan C4, C5, C6 ve C8 nolu izolatların da C1, C2, C3, C4, C5 ve C6 nolu izolatlarda farklı benzerlik puanlarından kaynaklanan benzerlik ilişkilerine sahip oldukları saptanmıştır.

ANAHTAR KELİMELER: Anahtar kelime1, Anahtar kelime2, Anahtar kelime3, Anahtar kelime4, Anahtar kelime5

Abstract:
Citrobacter freundii is a Gram-negative bacterium belonging to the Enterobacteriaceae family. This bacterium is a facultative anaerobe. It can survive in both aerobic and anaerobic conditions. Citrobacter freundii is part of the normal gut microbiota in humans, but can become opportunistic, entering the urinary tract and causing infections under certain conditions. The aim of this study is to isolate and identify Citrobacter spp species from urine cultures of patients with urinary tract infection and to determine their antibiotic susceptibility. In this study, urine samples were taken from 100 participants classified according to gender (male/female), age groups (18-25/ 26-33/ 34-41) and whether the patients are diabetic or not. The patients were also divided into two groups: those with and without kidney stones. The total number of bacteria according to gender and age group was determined using descriptive statistics (mean and standard deviation) for both groups. The molecular identification of Citrobacter freundii was carried out using DNA extraction, ERIC-PCR analysis, 16S rRNA gene sequence analysis and urease gene detection. It was found that the variable "age" had a significant effect on the total number of bacteria (p < 0.015). This result shows that age has an effect on the total number of bacteria regardless of gender. It was found that the "gender * age" interaction (p <0.097) did not have a statistically significant effect on the total number of bacteria as it was greater than the traditional significance level of 0.05. This implies that the combined effect of gender and age does not significantly affect bacterial counts beyond their individual effects. According to the similarity matrices with scale values ranging from 0-1. Isolates numbered C1, C2, C3, C7, C8, C12, C14, C16 and C20 with a value of 1 were found to be completely similar to themselves. Additionally, it was determined that the isolates C4, C5, C6 and C8, which had scores between 0-1, also showed similar relationships arising from different similarity scores in isolates C1, C2, C3, C4, C5 and C6.

Keywords: Salmmonella spp, Virülans faktör, Antibiyotik Direnci, PCR