Yara ve yanık numunelerinden Pseudomonas aeruginosa izolasyonu, tanımlanması ve toksin üretiminden sorumlu ExoU ve biyofilm geni yönünden araştırılması
Isolation of Pseudomonas aeruginosa from wound and burn samples, identification and investigation of ExoU gene reverse responsible for toxin production
Yazar: MUSTAFA RIYADH SALMAN AL-RUBAYE
Danışman: PROF. DR. EVREN YILDIZTUGAY ; DOÇ. DR. AHMET UYSAL
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Mikrobiyolojik teknikler = Microbiological techniques ; Mikrobiyolojik özellikler = Microbiological properties ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Moleküler genetik = Molecular genetic

Özet:
Çalışmanın amacı doğrultusunda klinik şartlarda yaralardan ve yanıklardan toplam 206 örnek alınmıştır. Bunların 139 yanık ve 67 tanesi yara numunesidir. 1 ila 70 yaş aralığındaki farklı klinik vakalardan Bağdat Eğitim Hastanesi ve tıp hastanelerinden 3 ay süreyle toplanmıştır (Ocak-Mart). Örnekler, fenotipik özelliklerine bağlı olarak Pseudomonas aeruginosa'nın bakteriyel izolatlarını elde etmek için çeşitli kültür ortamlarında (MacConkey agar, Kanlı agar ve Cetrimide agar) kültüre alınmıştır. 206 örnekten toplam 50 Pseudomonas aeruginosa izolatı elde edilmiştir. 31 izolat yanıktan ve 17 izolat yara numunelerinden izole edilmiştir. İzolatlar hem Api 20E teşhis kiti hem de bir dizi biyokimyasal teste tabi tutulmuş olup, Pseudomonas aeruginosa bakterileri için izolasyon veriminin daha fazla teyit edilmesini sağlamıştır. Numunelerden 12'sinin (7 yanık ve 5 yara) Pseudomonas aeruginosa için pozitif olduğu tespit edildi. Suşların disk difüzyon yöntemi ve otomatize sistem olan VİTEK-2 ile çeşitli antibiyotiklere duyarlılıkları araştırıldı. Sonuçlar, izolatların çoğunun (% 92) Amoksisiline dirençli olduğunu gösterdi. Antibiyotiklere karşı direnç oranları sırası ile Amoksisilin (% 89), Gentamisin (% 81), Siprofloksasin (% 79), Tetrasiklin (% 74), Nalidiksik asit, Norfloksasin (% 72) ve İmipenem (% 66) olarak belirlendi. 50 izolatın 12'sinin ExoU geni için pozitif olduğu belirlendi. ExoU geninin polimeraz zincir reaksiyonunun (RT-PCR) sonuçları, NCBI veritabanı ve GenBank kullanılarak değerlendirildi. Sonuçlar, izolatların (% 98-100) lokal izolatlar ve uluslararası standart izolatlar arasında eşleştiğini gösterdi. ExoU geninin polimeraz zincir reaksiyonunun (RT-PCR) sonuçları, Pseudomonas aeruginosa ile ilişkili mutasyonları saptamak için kullanıldı ve transisyon, tüm izolatlarda ExoU geninin 5 mutasyonunun sıklığını gösterdi. Ek olarak, üç tip mutasyon tespit edildi. Bunlar 3 çerçeve kayması mutasyonu, 4 sessiz mutasyon ve 2 uyumsuz mutasyon şeklinde dağlım gösterdi.

Abstract:
For the purpose of the study, 206 samples were taken from wound and burn under clinical conditions. 139 of these are burn and 67 are wound samples. It was collected from Baghdad Education Hospital and medical hospitals for 3 months from different clinical cases between the ages of 1 and 70 (January-March). Samples were cultured in various culture media (MacConkey agar, Bloody agar, and Cetrimide agar) to obtain bacterial isolates of Pseudomonas aeruginosa based on their phenotypic properties. A total of 50 Pseudomonas aeruginosa isolates were obtained from 206 samples. 31 isolates were isolated from burn and 17 isolates from wound samples. The isolates were subjected to both the Api 20E diagnostic kit and a series of biochemical tests provided further confirmation of the isolation efficiency for Pseudomonas aeruginosa bacteria. 12 of the samples (7 burn and 5 wound) were found to be positive for Pseudomonas aeruginosa. The susceptibility of the strains to various antibiotics was investigated by VITEK-2, a disk diffusion method and automated system. The results showed that most of the isolates (92%) were resistant to Amoxicillin. Resistance rates to antibiotics were determined as Amoxicillin (89%), Gentamycin (81%), Ciprofloxacin (79%), Tetracycline (74%), Nalidixic acid and Norfloxacin (72%) and Imipenem (66%). While 12 of 50 isolates were determined to be positive for the ExoU gene. The results of the polymerase chain reaction (RT-PCR) of the ExoU gene were evaluated using the NCBI database and GenBank. The results showed that the isolates (98-100%) matched between local isolates and international standard isolates. The results of the polymerase chain reaction (RT-PCR) of the ExoU gene were used to detect mutations associated with Pseudomonas aeruginosa, and transitions showed the frequency of 5 mutations of the ExoU gene in all isolates. In addition, three types of mutations were detected. These showed dispersion as 3 framework shift mutations, 4 silent mutations, and 2 incompatible mutations.