Endometrium kanserinde yapılan transkriptom analizlerinin endometrium kanseri patogenezi ile ilişkisinin incelenmesi
An investigation of transcriptome analyzes related to endometrium cancer pathogenesis
Yazar: ELMAS TUNA İSKENDEROĞLU
Danışman: YRD. DOÇ. DR. DENİZ SÜNNETÇİ AKKOYUNLU
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Endometrial neoplazmlar = Endometrial neoplasms ; Gen ifadesi = Gene expression ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Patoloji = Pathology

Özet:
ÖZET
Endometrium Kanserinde Yapılan Transkriptom Analizlerinin Endometrium Kanseri Patogenezi İle İlişkisinin İncelenmesi
         Amaç: Endometriyal kanser (EK), üreme sisteminin en sık görülen kanseridir. Endometriyal kanserlerden yaklaşık % 90'ı sporadik ve geriye kalan% 10'u kalıtsaldır. Bu nedenle, tanısal, prognostik ve terapötik biyolojik belirteç olarak kullanılabilen genetik moleküllerin belirlenmesi esastır. Bu çalışmada, EK örnekleri ile normal kontroller arasında farklı eksprese olan genleri tanımlamayı amaçladık.
         Yöntem: Çalışmamızda  Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı'ndan yönlendirilen hastalardan elde edilen 26 tümör dokusu 11 sağlıklı endometrium dokusu gen ekspresyon mikroarray ile karşılaştırıldı.  EK ile ilişkili sinyal yolaklarını ve PPE(Protein Protein Etkileşimi) ağlarını saptamak amacıyla IPA analizleri gerçekleştirildi. 
         Bulgular: Endometrium kanseri dokularıyla normal endometrium dokuları karşılaştırıldığında 480 genin ekspresyonu artarken, 337 genin ekspresyonunun azaldığı tespit edildi. ALDOB ekspresyonu en fazla artan gen olarak, TMEM63A ise ekspresyonu en fazla azalan gen olarak saptandı. PPE gen ağında merkez genler şunlardı: MYC, SMARCA4, NR3C1, CEBPβ, AXIN2 ve HIF1α. 
         Sonuç: MYC, SMARCA4, NR3C1, CEBPβ, AXİN2, HIF1α  EK için tanısında biyobelirteç olarak kullanılabilir. Verilerimiz EK tanı ve tedavisi için yol gösterici niteliktedir.

        Anahtar Kelimeler: Gen ekspresyon mikroarray, Endometrium Kanseri, Patogenez

Abstract:
ABSTRACT

An Investıgatıon of Transcriptome Analyzes Related To Endometrıum Cancer Pathogenesıs
         Objective: Endometrial cancer (EC) is the most common cancer of the reproductive system. Approximately 90% of endometrial cancers are sporadic, and the remaining 10% are hereditary. Therefore, it is essential to identify genetic molecules that can be used as a diagnostic, prognostic,  therapeutic biomarker.  In this study, we aimed to identify differentially expressed genes (DEGs) between EC samples and normal controls. 

          Metod: In our study, 26 endometrial tumors of  patients who had been diagnosed with endometrium cancer and 11 healthy endometrial tissues by Kocaeli University School of Medicine Department  of Obstetrics and Gynecology  were compared to gene expression microarray. We performed to discover the  signaling pathways associated with PTC and construct protein-protein interaction (PPI) networks to find out key genes for the disease. 

          Results: 480 up-regulated, 337 down-regulated DEGs were identified in EC samples compared to normal endometrium tissues. MYC, SMARCA4, NR3C1, CEBPβ, AXIN2 and HIF1α  were key nodes in the PPI networks.

Conclusions: MYC, SMARCA4, NR3C1, CEBPβ, AXIN2 and HIF1α were found to have potential for use as diagnostic biomarker for EC. Our study may shed light on the diagnosis and treatment of EC.

Key words: Gene ekspression microarray, endometrium cancer, pathogenesis