Vezikoüreteral reflüsü olan hastalarda SOX17 geninin yeni nesil dizi analizi ile araştırılması
Investigation of sox17 gene by new generationsequence analysis in children with vesicoureteral reflux
Yazar: NİHAN KALAY DURAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ NADİDE MELİKE SAV
Düzce Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Çocuk Nefrolojisi Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Genler = Genes ; Vezikoüreteral reflü = Vesico ureteral reflux ; Çocuklar = Children

Özet:
Giriş: Çalışmamızın amacı Vezikoüreteral Reflü (VUR) hastalarının ve sağlıklı
kontrollerde SOX17 geninin yeni nesil dizi analizi ile taranarak bu gende tespit edilen
varyasyonların VUR'deki klinik önemini belirlemektir.
Gereç ve Yöntem: Düzce Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Çocuk
Sağlığı ve Hastalıkları Polikliniği'ne başvuran, VUR tanısıyla takip edilen 36 Hasta
Grubu (27 kız, 9 erkek) ve 21 sağlıklı Kontrol Grubu (12 kız, 9 erkek) çalışmaya
dahil edildi. Tam idrar tetkikinde lökosit, eritrosit, protein ve serum üre, kan üre
azotu (BUN), kreatinin, sodyum, potasyum, klor düzeyleri rutin laboratuar
metodlarıyla belirlendi. Hasta ve Kontrol Grubunun DNA'larından SOX17 geni Yeni
Nesil Dizileme Yöntemi ile dizilendi.
Bulgular: Yaş, cinsiyet, boy ve vücut ağırlığı açısından VUR Hasta Grubu ile
Kontrol Grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark yoktu (sırasıyla; p=0,142,
p=0,162, p=0,065, p=0,282). Sistolik ve diastolik ortalama kan basınçları arasında
Hasta ve Kontrol Grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark izlendi (sırasıyla;
p=0,002, p=0,000). Çalışmamızdaki çocuklarda bakılmış olan parametrelerden idrar
eritrosit, lökosit, protein, serum üre, klorür, BUN değerlerinde Hasta ve Kontrol
Grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmazken (sırasıyla; p=0,601,
p=0,291, p=0,897, p=0,313, p=0,166, p=0,325), serum sodyum, potasyum ve
kreatinin açısından Hasta ve Kontrol Grubunda istatistiksel olarak anlamlı fark
saptandı (sırasıyla; p=0,001, p=0,000, p=0,004). Hasta ve Kontrol Grubunu SOX17
gen varyasyon dağılım durumuna göre kıyasladığımızda; Hasta Grubundan 1 olguda
(%4,8) SOX17 NM_022454.3 geni Ekzon 2 Heterozigot c.775T>A p.Tyr259Asn
rs267607083 varyasyonu, 1 olguda (%4,8) SOX 17 geni NM_022454.3 Ekzon 2
Heterozigot c.479C>T p.Ala160Val rs200011294 varyasyonu tespit edildi. Kontrol
Grubunda 1 olguda (%2,8) SOX17 NM_022454.3 geni Ekzon 2 Heterozigot
c.775T>A p.Tyr259Asn rs267607083 varyasyonu, 1 olguda (%2,8) SOX 17 geni
NM_022454.3 Ekzon 2 Heterozigot c.479C>T p.Ala160Val rs200011294
varyasyonu tespit edildi. Hasta ve Kontrol Grubunda SOX17 geni varyasyonu
açısından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmadı (p=0,329)
iii
.
Sonuç: SOX17 genindeki c.479C>T p.Ala160Val varyasyonu literatürde
vezikoüreteral reflülü hastalarda daha önce hiç tanımlanmamış olup, bu
çalışmamızda ilk defa tespit edildi. SOX17 genindeki c.479C>T p.Ala160Val
varyasyonu VUR etiyopatolojisindeki rolünün daha iyi açıklanabilmesi için, bu
konuda daha geniş serileri içeren ilave çalışmaların yapılması önem arz etmektedir.
Bu araştırma, prospektif bir çalışma olup VUR hastalarında SOX17 geninin Yeni
Nesil Dizileme Yöntemi dizilendiği ilk çalışma olmasından dolayı bu bulguyu teyit
edebilmek için çok sayıda olgunun olduğu çok merkezli çalışmalar gereklidir.
Anahtar Sözcükler: Çocuklarda Vezikoüreteral Reflü, SOX17 Geni, Yeni Nesil
Dizileme Yöntemi

Abstract:
Introduction: The aim of our study is to determine the clinical significance of the
variations detected on the SOX17 gene in vesicoureteral reflux (VUR) by screening
patients with VUR and healthy controls via the next generation sequencing analysis.
Material-Method: Thirty-six patients (27 girls, 9 boys) and 21 healthy controls (12
girls, 9 boys) were included in this study. They were selected from patients who
admitted to Düzce University Research and Training Hospital Pediatrics Outpatient
Clinic and they also were followed up by the diagnosis of VUR. The complete
urinalysis leukocytes, erythrocytes, protein and serum urea, blood urea nitrogen,
creatinine, sodium, potassium, chlorine levels were determined by routine laboratory
methods. The SOX17 gene on the DNA of the Patient and Control Groups was
sequenced with the Next Generation Sequencing Method.
Results: There was no statistically significant difference between the VUR patient
group and the healthy control group in terms of age, gender, height and weight
(respectively p=0.142, p=0.162, p=0.065, p=0.282). There was a statistically
significant difference betweensystolic and diastolic mean blood pressures in the
patient and control groups (respectively p=0.002, p=0.000). While there was no
statistically significant difference between in the parameters of urine analysis
erythrocyte, leukocytes, protein, seum urea, serum chloride, and blood urea nitrogen
values in the patient and control groups in our study (respectively p=0.601, p=0.291,
p=0.897, p=0.313, p=0.166, p=0.325), A statistically significant difference was
found between the patient and control groups in terms of serum sodium, potassium
and creatinine (respectively p=0.001, p=0.000, p=0.004). When we compared the
patient and control groups according to the variation distribution status of the SOX17
gene; Heterozygous c.775T>A p.Tyr259Asn rs267607083 variation in exon 2 of
SOX17 NM_022454.3 gene in 1 case (4.8%) from the patient group, heterozygous
c.479C>T p.Ala160Val rs200011294 variation in exon 2 of SOX17 NM_022454.3
gene in 1 case (4.8%) from the patient group were detected.
v
Heterozygous c.775T>A p.Tyr259Asn rs267607083 variation in in exon 2 of SOX17
NM_022454.3 gene in 1 case (2.8%) from the control group and heterozygousc 479C
>T p.Ala160Val rs200011294 variation in exon 2 of SOX17 NM_022454.3 gene in 1
case (2.8%) from the control group were detected. There was no statistically
significant difference in terms of SOX17 gene variation in the patient and control
groups (p=0.329).
Conclusion: The c.479C>T p.Ala160Val variation in the SOX17 gene has never
been described in the literature in patients with vesicoureteral reflux, it was detected
for the first time in our study, and it is important to conduct additional studies with
larger series in order to explain its role in the genetic etiology of VUR. Since this
study is a prospective study and the first study to sequence the SOX17 gene in VUR
patients by Next Generation Sequencing Analysis, multicenter studies with a large
number of cases are required to confirm this finding.
Key Words: Vesicoureteral Reflux in Children, SOX17 Gene, Next Generation
Sequencing Analysis