Meme kanseri hastalarında ; Likit Biyopsi yönteminin hastalık tanısı üzerine etkinliğinin araştırılması
In breast cancer patients; investigation of the effect of Liquid Biopsy on disease diagnosis
Yazar: ŞEBNEM ÖZDEMİR
Danışman: DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Biyopsi-sıvı = Biopsy-liquid ; DNA = DNA ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazm hücreleri-dolaşan = Neoplastic cells-circulating ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis teknikleri ve prosedürleri = Diagnostic techniques and procedures

Özet:
Amaç : Meme kanseri ülkemizde ve dünyada kadınlarda en sık görülen kanser türüdür. Kanserli dokuda meydana gelen genetik değişiklikler farklı yöntemlerle belirlenebilmektedir. Meme kanserinde meydana gelen değişiklikler kanserli dokudan yapılan biyopsilerle saptanabilmektedir. Bu çalışmanın amacı, tedaviyle eş zamanlı olarak genetik değişikliğin takibinin yapılabilmesi ve tedaviye yardımcı olabilmesidir. Yöntem : Çalışmamızda, meme kanseri hastalarından alınan periferik kandan cell-free DNA izolasyonu yapılmıştır. İzolasyonu yapılan hastaların her biri farklı bir barkod ile işaretlenmiş ve hastalara ait kütüphane oluşturulmuştur. Bu kütüphanenin emülsiyon PCR yöntemi ile çok sayıda kopyası oluşturulmuştur. Elde edilen DNA kopyaları Ion-530 Chip'e yüklenerek Yeni Nesil Dizi Analizi ( Next Generation Sequencing- NGS ) yöntemiyle PIK3CA, TP53, KRAS, EGFR, ESR1, AKT1, FBXW7, SF3B1, ERBB2 ve ERBB3 genleri dizilenmiştir. Cihazdan alınan veriler TorrentSuite TM Software v5.2.1 ve IonReporter TM Software v5.2 programları ile analiz edilmiştir. Bulgular : Hastaların % 78,26'sında varyasyon saptanırken % 21.74'ünde varyasyon saptanmamıştır. Varyasyon saptanan hastaların % 83'ünün PIK3CA geninde, % 44'ünün TP53 geninde, % 38,89'unun KRAS geninde, % 33,33'ünün ESR1 geninde, % 27,78'inin EGFR geninde, % 11,11'inin FBXW7 geninde, % 5,55'inin ERBB2 ve % 5,55'inin ERBB3 geninde varyasyon saptanmıştır. AKT1 ve SF3B1 genlerinde varyasyon saptanmamıştır. Sonuç : Yapılan analizler sonucunda hastalarda saptanan varyasyonlardan bazısı ilaç ilişkili varyant olarak saptanmıştır. Bu hastalara akıllı ilaç tedavisi uygulandığında tedaviye yardımcı olduğu ve prognozda iyileşme olduğu görülmüştür.

Abstract:
Objective : Breast cancer is the most common type of cancer among women in our country and the world. Genetic changes in cancerous tissue can be determined by different methods. Changes in breast cancer can be detected by biopsies from cancerous tissue. The aim of this study is to monitor the genetic changes simultaneously with treatment and to help the treatment. Method : In our study, cell-free DNA was isolated from peripheral blood from breast cancer patients. Each of the patients who were isolated was marked with a different barcode and the library of the patients was formed. Numerous copies of this library were prepared by the emulsion PCR method. The resulting DNA copies were loaded into the Ion-530 Chip and PIK3CA, TP53, KRAS, EGFR, ESR1, AKT1, FBXW7, SF3B1, ERBB2 and ERBB3 genes were sequenced by Next Generation Sequencing (NGS) method. Data from the device were analyzed with TorrentSuite TM Software v5.2.1 and IonReporter TM Software v5.2. Results : While 78.26% of the patients had variations, 21.74% did not have any variation. 
Variation was found in 83%  in the PIK3CA gene, in 44% in the TP53 gene, in 38,89% in the KRAS gene, in 33,33% in the ESR1 gene, in 27,78% in the EGFR gene,  in 11,11% in FBXW7 gene, in  5.55% in the ERBB2 gene and in 5.55% in the ERBB3 gene of the patients with variant. No variation was found in the AKT1 and SF3B1 genes. Conclusion : As a result of the analyzes, some of the variations in patients were determined as drug-related variants. When smart medication is applied to these patients It was found that it helped treatment and improved prognosis.