Amasya elmasında SSR markörleri ile genetik haritalama
Genetic mapping in Amasya apple by SSR markers
Yazar: NERGİZ ASLAN
Danışman: PROF. DR. SALİH KAFKAS
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Amasya elması güzel koku ve aroması nedeniyle ülkemizin en önemli yerel elma çeşitlerinden biridir. Bu çalışmada ileride elmada yapılacak ıslah çalışmalarında erken seleksiyon sağlaması için Amasya elmasının genetik haritasının oluşturulması amaçlanmıştır. `Kaşel-37' x `Delbarestivale' melezlemesinden elde edilen 180 F1 bitkisi ile SSR markörleri genetik haritalamada kullanılmıştır. Double pseudo testcross stratejisi uygulanarak evebeynler için ayrı ayrı iki genetik harita oluşturulmuştur. Ayrıca ortak SSR markörleri ile ortak referans haritada da oluşturulmuştur. Bu araştırmada açılım gösteren 363 SSR primer çiftinden 388 markör haritalanmıştır. `Kaşel-37'çeşidi genetik haritası %93'ü kodominant ve %7'si dominant olmak üzere toplamda 299 SSR markörü içermiş ve her bir bağlantı grubu başına düşen ortalama markör sayısı 17.58 olmuştur. `Delbarestivale'çeşidi genetik haritası %93'ü kodominant ve %7'si dominant olmak üzere toplamda 273 SSR markörü içermiş ve her bir bağlantı grubu başına düşen ortalama markör sayısı 16.05 olmuştur. Referans harita ise 196 adet ortak SSR markörü içermiş ve her bir bağlantı grubu başına düşen ortalama markör sayısı 11.52 olmuştur. `Kaşel-37' genetik haritası toplamda 17 bağlantı grubunda 1397.9 cM uzunluğa ve 4.68 cM ortalama markör yoğunluğuna sahip olurken, `Delbarestivale' genetik haritası isetoplamda 1346.0 cM uzunluğa ve 4.93 cM ortalama markör yoğunluğuna sahip olmuştur. Referans genetik haritası ise 1269.5 cM uzunluğa ve 6.48 cM ortalama markör yoğunluğuna sahip olmuştur. Sonuç olarak, elmada SSR markörleri ile yapılan en yoğun haritalardan biri bu çalışmada oluşturulmuştur. Bundan sonraki genetik haritalama çalışmalarında farklı markör yöntemlerinden elde edilecek markörler haritaya yerleştirilerek Amasya elmasında daha yoğun bir genetik harita elde edilmelidir.

Abstract:
`Amasya? apple is one of the most important local apple cultivars of Turkey due to its favorite flavor and aroma. This study aimed to construct genetic map of Amasya apple cultivar for the marker assisted breeding in the future breeding programs in apple. The 180 F1 plants from `Kaşel-37? x `Delbarestivale? cross and SSR markers were used to construct the genetic map. Two separate genetic linkage maps for parents were constructed by applying the strategy of `double pseudo-testcross?. In addition, the reference map was also created by common SSR makers. In this research, 388 SSR markers were mapped from 363 segregated SSR primer pairs. In `Kaşel-37? genetic map, a total of 299 SSR markers were mapped of which 93% were codominant and 7% were dominant markers, and average marker number per linkage group was 17.58. A total of 273 markers were mapped in the genetic map of `Delbarestivale? cultivar, of which 93% were codominant and 7% were dominant markers, and average marker number per linkage group was 16.05. In the reference map, 196 common SSR markers were mapped and average marker number per linkage group was 11.52. `Kaşel-37? genetic map had 17 linkage groups spanning 1397.9 cM length with a mean marker density of 4.68 cM, whereas `Delbarestivale? genetic map had 1346 cM length with a mean marker density of 4.93. Reference genetic map had 1269.5 cM length with a mean marker density of 6.48. As a result, one of the most dense genetic map of apple by SSR markers was consrtucted in this study. In the future genetic mapping studies, mapping of new markers from different marker methods will be useful to obtain high density map in Amasya apple.