Solanaceae familyasındaki bazı kültür bitkilerinde potato virus Y (PVY)'nin ırklarının belirlenmesi ve karakterizasyonu
Identification and characterization of potato virus Y (PVY) strains in some Solanaceous plants
Yazar: AYŞE ÇANDAR
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA GÜMÜŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı / Fitopatoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Solanaceae = Solanaceae ; Virüsler = Viruses

Özet:
Bu çalışmada Solanaceae bitkilerinin yoğun ve polikültür olarak yetiştiriciliğinin yapıldığı İzmir ili Küçük Menderes Havzası'ndan toplanan patates, domates ve biber bitkilerinde PVY ırklarının bulunma durumu, karakterizasyonu, afitlerle taşınma durumunun moleküler olarak belirlenmesi, bölgede yoğun olarak yetiştirilen çeşitlerin bu ırklara verdiği reaksiyonların belirlenmesi ve patates, biber çeşitlerinin bu ırklara dayanıklılık durumlarının markörlerle araştırılması amaçlanmıştır.  Sörveylerden toplanan ve serolojik, moleküler yöntemlerle test edilen, örneklerin %58,78'i çeşitli PVY ırklarıyla enfekteli bulunmuştur. Patateste PVYN:O, domateste PVYNTN ve biberde PVYC en yaygın görülen ırklar olarak belirlenmiştir. PVY ırklarının filogenetik analizi sonucunda birbirine en benzer iki izolat PVYNTN/Patates ve PVYNTN/Domates izolatları olmuştur. PVYNTN/Domates ve PVYN:O/Patates izolatlarının HC-Pro bölgelerinin moleküler açıdan incelenmesi sonucu her iki izolatın da afitlerle taşınma yeteneğinde olduğu belirlenmiştir. Çeşit reaksiyon denemesi sonuçlarına göre patates çeşitlerinden Agria, Marabel, Bahar çeşitleri PVYN:O ve PVYNTN enfeksiyonlarından; domates çeşitlerinden Albeni ve Advance PVYN:O, Albeni, Advance, CXD 263 ve Zeplin çeşitleri PVYNTN enfeksiyonlarından çeşitli oranlarda etkilenmiştir. Ergenekon, Yalova Yağlık 28, Deren ve Alexus biber çeşitleri PVYC enfeksiyona değişik düzeylerde reaksiyon vermiş, Ergenekon çeşidi hastalık şiddetinin en yüksek seyrettiği çeşit olmuştur. PVY dayanıklılığının belirlenmesi için yürütülen çalışmalarda patateste Ryadg genine bağımlı RYSC3 markörü başarılı olamazken, Alexus, Sağanak, Anemon ve Armada biber çeşitlerinin PVYC'ye dayanıklı olduğu saptanmıştır. 

Anahtar sözcükler: Solanaceae familyası, PVY ırkları, marköre dayalı seleksiyon (MAS), çeşit reaksiyonu, HC-Pro

Abstract:
In this study, the status of PVY strains in potato, tomato and pepper plants collected from İzmir Küçük Menderes Basin, where solanaceous plants are cultivated intensively and as polyculture, has been investigated. Also, It was aimed to characterize the PVY strains, determine the transmission status by aphids molecularly, identify the reactions of potato, tomato and pepper varieties which are intensely grown in the basin to these strains and investigate the resistance of potato and pepper varieties to these strains with molecular markers. 58,78% of the plant leaf samples were collected from the surveys and were tested by serological, molecular methods, were found to be infected with various PVY strains. The most common PVY strains were PVYN:O in potato leaf samples, PVYNTN in tomato leaf samples and PVYC in pepper samples. As a result of phylogenetic analysis of PVY strains detected in the solanaceous plants, the two most similar isolates were PVYNTN/Potato and PVYNTN/Tomato isolates. As a result of the analysis of the amino acid sequences of the partially amplified HC-Pro regions of the PVYNTN/Tomato and PVYN:O/Potato isolates, it was determined that both isolates were aphid transmissible. According to results of variety reaction experiments, Agria, Marabel and Bahar potato varieties from PVYN:O and PVYNTN infections; Albeni and Advance tomato varieties from PVYN:O infections; Albeni, Advance, CXD 263 and Zeplin tomato varieties from PVYNTN infections were affected in various rates. Ergenekon, Yalova Yağlık 28, Deren and Alexus pepper varieties have reacted to PVYC infections in different rates, Ergenekon variety has the highest disease severity. In studies which was determined of PVY resistant varieties, Alexus, Sağanak and Armada pepper varieties has been resistant to PVYC strain, while RYSC3 marker dependent on Ryadg resistance gene in patato has not been successful.

Keywords: Solanaceae family, PVY strains, marker associated selection(MAS), variety response, HC-Pro