Çevre, gıda ve insan kaynaklı metisilin dirençli staphylococcus aureus suşlarının klonal ilişkilerinin araştırılması
Analysis of clonal relationships between environment, food and human related methicillin resistant staphylococcus aureus strains
Yazar: YUNUS KILIÇOĞLU
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ALİŞARLI
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Elektroforez = Electrophoresis ; Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Genetik = Genetics ; Metisilin = Methicillin ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Bu çalışmada; çevre, gıda ve insan kaynaklı metisilin dirençli Staphylococcus aureus'ların farklı kaynaklardan izolasyonu ve identifikasyonunun ardından, metisilin dirençleri, stafilokokkal enterotoksin üretme yeteneklerinin belirlenmesi, çalışmada elde edilen izolatlara, hastane ve toplum kökenli MRSA izolatlarının da ilave edilmesiyle, farklı kaynaklardan elde edilen MRSA suşlarının aralarındaki genetik ve klonal ilişkilerin ortaya konulması amaçlanmıştır.
Materyal ve Metot: Mart 2016 – Eylül 2017 tarihleri arasında Samsun ve çevresindeki dört gıda işletmesinden temin edilen 500 gıda (çiğ süt, peynir, kuşbaşı et, kıyma, köfte), 184 personele ait el yıkantısı ve burun sıvabı, 60 çevresel sıvap örneği (tezgah, tekne, bıçak, zemin, duvar) ile hastane/toplum kaynaklı 53 MRSA izolatı materyal olarak kullanıldı. Örneklerde S. aureus'ların izolasyon ve identifikasyonu ISO 6888-2 metodu ile, nuc, coa, sspA ve mecA genleri (metisilin direnç) varlığı PCR ile belirlendi. Daha sonra elde edilen izolatlarda enterotoksin genlerinin (sea, seb, sec, sed ve see) varlığı PCR ile belirlenirken, toksin oluşturma yetenekleri ise ELISA testi ile belirlendi. Son olarak da tüm izolatların klonal ve genetiksel ilişkileri PFGE ile araştırıldı.
Bulgular: Gıda örneklerinin 99'undan (%19,8), personel örneklerinin 46'sından (%25) ve çevresel örneklerin 7'sinden (%11,6) toplam 173 S. aureus izolatı izole edildi. İzolatların 54'ünün (%31,2) mecA geni taşıdığı, 50'sinin (%28,9) sea, seb, sec, sed, see genlerinden bir veya daha fazlasını içerdiği, 61'inin (%35,2) toksinlerden en az birini üretebildiği belirlendi. Çalışmaya hastane/toplum kaynaklı 53 MRSA izolatının da eklenmesi sonucu tüm izolatlar arasındaki klonal ve genetiksel ilişkiler PFGE ile araştırıldı. Bir gıda personeli burun izolatı ile bir hastane aspirat izolatının %100, başka bir gıda personeli burun izolatı ile bir hastane yara akıntısı izolatının %90,9, bir el yıkantısı izolatı ile bir peynir izolatının %100, iki çiğ süt izolatı ile bir hastane kan kültürü izolatı arasında da %83,3 oranında benzerlik bulundu.
Sonuç: İncelenen gıda, çevre ve personel örneklerinde metisilin dirençli ve enterotoksijenik S. aureus'ların yüksek oranda bulunması, hastane ve gıda kaynaklı MRSA izolatlarının büyük oranda klonal benzerlik göstermesi halk sağlığı açısından ciddi risk oluşturduğu görülmüştür.

Anahtar Kelimeler: Çevre, gıda, insan kaynaklı MRSA; klonal ilişki; PFGE; S. aureus.

Abstract:
Aim: The purpose of this study is to isolate and identify environment, food and human related MRSAs; to determine their methicillin resistance and their ability to reproduce staphylococcal enterotoxin and to present the genetic and clonal relationship between MRSA strains obtained from different sources after adding hospital and society-based MRSA isolates to the isolates obtained in the study.
Material and Method: Between March 2016 and September 2017, 500 food (raw milk, cheese, meat cubes, minced meat and meatball), 184 staff handwash/nasal swab and 60 business environmental (counter, basin, knife, floor, wall) swab samples were taken from four food establishments in and around Samsun. Following the isolation and identification of S. aureus from the samples, nuc, coa, sspA genes were analyzed. ELISA test was applied for enterotoxin genes sea, seb, sec, sed, see and methicillin resistance gene mecA analysis and toxin reproducing ability. 53 hospital/society-based MRSA isolates were included in the MRSAs obtained and clonal and genetic relationships of all isolates were researched with PFGE.
Results: A total of 173 S. aureus, 99 (19,8%) from food, 46 (25%) from staff and 7 (11,6%) from environmental samples, were isolated. It was found that 54 (31,2%) of the isolates carried mecA gene, 50 (28,9%) included one or more of sea, seb, sec, sed, see genes and 61 (35,2%) could reproduce at least one of the toxins. 53 hospital/society-based MRSA isolates were added in the study and clonal and genetic relationships were researched with PFGE. One food staff nasal isolate and one hospital aspiration isolate showed 100% clonal similarity, while another food staff nasal isolate and one hospital wound discharge isolate showed 90,9% clonal similarity and one handwash isolate and one cheese isolate and one floor isolate and one raw milk isolate showed 100% clonal similarity. Two raw milk isolates and one hospital blood culture isolate were found to be 83,3% similar.
Conclusion: It was concluded that the results that staff working in food production and the food they produced with their hands had high rates of methicillin resistant and enterotoxigenic S. aureus, and that human, food and business environment related MRSA strains were clonally similar in high rates pose a serious risk in the field of public health.

Key Words: Clonal relationship; environment, food, human related MRSA; PFGE; S. aureus.