Miyelodisplastik sendromlu olguların kan ve kemik iliği materyallerinin konvansiyonel sitogenetik, 5 ve 7. kromozom anomalilerinin de fluoresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemiyle incelenmesi
Investigation of chromosome abnormalities in blood and bone marrow materials of myelodysplastic syndrome patients BY conventional cytogenetics; chromosome 5 and 7 abnormalities BY fluorescence in situ hybridization (FİSH)
Yazar: SELİN COŞKUN
Danışman: PROF. DR. SENİHA HACİHANİFİOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: FISH = FISH ; Kan = Blood ; Kemik iliği = Bone marrow ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Miyelodisplastik sendromlar = Myelodysplastic syndromes ; Sitogenetik = Cytogenetics ; Sitogenetik analiz = Cytogenetic analysis

Özet:
Miyelodisplastik sendrom (MDS), kemik iliğinde yapılan kan hücrelerinin olgunlaşamamasının yanı sıra normal hücrelerden farklı bir gelişimin söz konusu olduğu ve akut miyeloid lösemiye (AML) dönüşme riskiyle karakterize bir hematolojik hastalık grubudur. MDS hastalarının %30-50'sinde kromozom anomalileri gözlenir. Bu anomalilerin belirlenmesinde konvansiyonel sitogenetik ve interfaz FISH yöntemleri kullanılmaktadır. Bu iki yöntemde en sık kullanılan materyal kemik iliğidir fakat perifer kanın kullanılmasının uygunluğu da araştırılmaktadır. Çalışmamızda MDS öntanısı almış 20 hastanın kan ve kemik iliği, konvansiyonel sitogenetik ve bu olgularda prognostik öneme sahip 5q ve 7q bölgeleri de FISH ile incelenmiş ve verilerin materyallere ve yöntemlere göre karşılaştırılması amaçlanmıştır. Kontrol grubunu oluşturan 20 sağlıklı bireyin kanı da aynı yöntemlerle incelenmiştir. 
Konvansiyonel sitogenetiğin başarılı olduğu olgularda kan ve kemik iliği sonuçları karşılaştırıldığında 5 olguda uyumluluk gözlenmekle birlikte olgu sayısının azlığından dolayı  istatistiksel olarak uyum bulunamamıştır (ĸ=0,029, p=0,893). 5q ve 7q bölgelerinin değerlendirildiği FISH sonucunda, kan ve kemik iliği bulguları arasında istatistiksel olarak bağıntı bulunamamıştır (rs=0,032, p=0,89). Kemik iliğinde yeterli sayıda ve kalitede metafaz elde edilemeyen 3 olgu  sadece FISH ile incelenebilmiştir. 
Olgularımızda konvansiyonel sitogenetik yöntemiyle gözlenen kromozom anomalileri sıklık sırasına göre; kanda %20 oranında –X, -18, %15 oranında -19, -21, %10 oranında del(6)(q11q14), -22, %5 oranında –Y, del(2)(p21p23)?, add(4)(q35), del(4)(q31q35)?, add(5)(q31), -7, -12, -17, -20; kemik iliğinde %10 oranında –Y, del(6)(q11q14), %5 oranında –X, idic(X), add(4)(q35), add(5)(q31), del(5)(q31), del(7)(q22), +8, del(15)(q31), -17, -18, del(18)(p11.2), del(20)(q11)'dir. Çalışmamız FISH'in klinik uygulamalarda konvansiyonel sitogenetiğe ek olarak ve /veya konvansiyonel sitogenetiğin başarısız olduğu durumlarda kullanılabileceğini göstermiştir. Sonuçlarımız ve literatürdeki veriler değerlendirildiğinde, kan örneğinin kullanımının uygunluğunun belirlenebilmesi için yüksek sayılı hasta gruplarıyla daha fazla çalışma yapılması gerektiği düşünülmektedir.

Abstract:
Myelodysplastic syndromes (MDS) are  a hematological disease group charactherized by immature and abnormal blood cells produced by bone marrow and transformation to acute myeloid leukemia (AML). Cytogenetic abnormalities are observed in %30-50 of MDS patients. Conventional cytogenetic and interphase FISH methods are routinely used for determining these abnormalities. The most common material used in these methods is bone marrow but the compatibility of using peripheral blood instead of bone marrow is investigated. In this study, we aim to analyze peripheral blood and bone marrow materials of 20 MDS patients by conventional cytogenetics; and by FISH using 5q and 7q deletion probes to determine the deletions that are prognostically important and to compare the results. Peripheral blood of 20 healty individuals are also analyzed with these methods.
In the cases where conventional cytogenetics are successful, 5 cases have concordance between peripheral blood and bone marrow findings but due to the limited number of cases, there aren't any statistical concordance (ĸ=0,029, p=0,893). Based on FISH method results used 5q and 7q deletion probes, there aren't any statistical correlation between peripheral blood and bone marrow findings (rs=0,032, p=0,89). In 3 cases, karyotyping was unsuccessful due to limited quality and number of metaphases, these cases were only analyzed by FISH technique.
In this study, the most common abnormalities observed in conventional cytogenetic method are; in peripheral blood –X, -18 as %20, -19, -21 as %15, del(6)(q11q14), -22 as %10, -Y, del(2)(p21p23)?, add(4)(q35), del(4)(q31q25)?, add(5)(q31), -7, -12, -20 as %5; in bone marrow –Y, del(6)q11q14) as %10, -X, ,d,c(X), add(4)(q35), add(5)(q31), del(5)(q31), del(7)(q22), +8, del(15)(q31), -17, -18, del(18)(p11.2) and del(20)(q11) as %5. These findings show that in clinical practice, FISH technique can be used in addition to conventional cytogenetics or when conventional cytogenetics failed. According to this study and compared with the data previously reported in the literature, to determine the compatibility of using peripheral blood and to determine which technique is more useful in determinig cytogenetic abnormalities, there should be more research with bigger patient groups.