Bacteroides fragilis grubu bakterilerin agarda dilüsyon ve disk difüzyon duyarlılık metodları kullanılarak antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Determination of antibiotic susceptibility of bacteroides fragilis group bacteria using agar dilution and disc diffusion susceptibility methods
Yazar: SEMRA EMİNOĞLU
Danışman: PROF. DR. NURVER ÜLGER
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Agar = Agar ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Bacteroides fragilis = Bacteroides fragilis ; Bakteriler = Bacteria ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial ; İndikatör dilüsyon teknikleri = Indicator dilution techniques

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, yakın zamanda European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) tarafından anaeroplar için geliştirilen disk diffüzyon testi ve Clinical Laboratory Standart Institude (CLSI) tarafından anaerop bakteriler için önerilen standart, agarda dilüsyon yöntemleriyle enfeksiyon etkeni Bacteroides fragilis grubu (BFG) bakterilerin antimikrobiyallere duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmış, iki testin sonuçları arasında uyumluluk araştırılmıştır.
Yöntem: Hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarında, Ocak 2017 ile Aralık 2018 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve MALDI-TOF MS ile tanımlanan 56 BFG izolatlarının ampisilin, ampisilin/sulbaktam, sefoksitin, imipenem, klindamisin, tigesiklin, moksifloksasin ve metronidazole duyarlılıkları koyun kanıyla zenginleştirilmiş Brucella agar kullanılarak agarda dilüsyon yöntemiyle, at kanı ile zenginleştirilmiş Fastidius Anaerobic Agar (FAA) besiyeri kullanılarak disk difüzyon yöntemiyle belirlenmiştir. 
 Bulgular: Batın içi apsesi (n=24), kan (n=10) ve doku biyopsi örneği (n=11) gibi çeşitli klinik materyallerden izole edilen, çoğunluğu Bacteroides fragilis (n=34, %61) ve Bacteroides thetaiotaomicron (n=11, %20) izolatlarından oluşan altı BFG türü tanımlanmıştır. Agarda dilüsyon yöntem sonuçlarına göre izolatlar üzerine en etkili antimikrobiyaller %98.2 duyarlılık oranlarıyla imipenem ve metronidazol olmuş, bunu sırasıyla %89.3 ve %66.1 oranlarıyla tigesiklin ve ampisilin/sulbaktam izlemiştir. Moksifloksasine duyarlı olanların oranı %57.1, klindamisine ise %46.4 bulunmuştur. İki yöntemin, izolatların antimikrobiyallere duyarlılık durumlarını belirleme performansları metronidazol için %100, imipenem ve tigesiklin için %89.8 uyumlu bulunmuştur.Diğer antibiyotikler için kabul edilebilir uyum saptanmamıştır.
Sonuç: BFG bakterilerinin metronidazol, imipenem ve tigesikline duyarlılıklarını belirlemede disk diffüzyon yönteminin; klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında kolaylıkla uygulanabilir, hızlı ve güvenilir bir yöntem olduğunu söyleyebiliriz. Ancak bir satandardın oluşturulması adına, özellikle diğer antimikrobiyaller için daha fazla izolatın ele alındığı, deney koşullarının optimize edildiği çalışmaların gerektiğini düşünüyoruz.

Abstract:
Objective: We aimed to determine the antimicrobial susceptibility of Bacteroides fragilis group (BFG) bacteria by recently developed European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) disc diffusion method and agar dilution method recommended by Clinical Laboratory Standart Institude (CLSI) for anaerobes and to investigate the agreement of the results of these two tests.
Method: In total 56 BFG strains, isolated from different clinical samples at our hospital microbiology laboratory between January 2017 and December 2018 and identified by using MALDI-TOF MS, were tested. MICs of ampicillin, ampicillin/sulbactam, cefoxitin, imipenem, clindamycin, tigecycline, moxifloxacin and metronidazole were determined by agar dilution method using sheep blood supplemented Brucella agar and disk diffusion test using host blood supplemented Fastidius Anaerobic Agar (FAA).
Results: Six different BFG species were identified, Bacteroides fragilis (n = 34, 61%) and Bacteroides thetaiotaomicron (n = 11, 20%) were the most prevalent species, which were isolated from various clinical semples such as intraabdominal abscess (n = 24), blood (n = 10) and tissue biopsy material  (n = 11). According to the agar dilution method, the most effective antimicrobials on isolates were imipenem and metronidazole with 98.2% susceptibilty rates, followed by tigecycline and ampicillin/sulbactam with 89.3% and 66.1%, respectively. The rate of susceptibility to moxifloxacin was 57.1% and 46.4% to clindamycin. Comparison of these two methods shows that the most concordant results were obtained with metronidazole (100%),  imipenem (89.8%) and tigecycline (89.8%). Acceptable compliance was not found for other antibiotics.
Conclusion: Disc diffusion method is fast, easy-to-apply in clinical microbiology laboratories and reliable method to determine the susceptibility of BFG bacteria to metronidazole, imipenem and tigecycline. However, to evolve a standard method, especially for the other antimicrobials, the experimental conditions should be optimized with the studies in which more isolates are included.