Aydın ilinde Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum'un pamukta çökerten patojeni olarak rolü ve yaygınlığı
The role and prevalence of Fusarium oxysporum f.sp. vasinfectum as a damping-off pathogen in cotton in Aydın province
Yazar: SELMAN ADIYAMAN
Danışman: PROF. DR. ÖMER ERİNCİK
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı / Bitki Koruma Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Amaç: Bu çalışmada Aydın pamuk ekim alanlarında çökerten hastalığı etmenlerinden birisi olan Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum'un fide dönemindeki rolü ve bulunma sıklığının ilçe bazında belirlenmesi amaçlanmıştır.
Materyal ve yöntem: Hastalık etmenlerinin elde edilmesi amacıyla 2022 ve 2023 yıllarında Aydın ili Koçarlı, İncirliova, Germencik, Nazilli, Köşk ve Söke ilçeleri pamuk ekim alanlarından çökerten belirtisi gösteren hastalıklı fide örneklemeleri yapılmıştır. Elde edilen örneklerin izolasyon işlemleri gerçekleştirilerek izolatlar saflaştırılmış ve tek spor izolasyonları yapılmıştır.  İzolatların öncelikle cins düzeyinde teşhisi yapılmış ve Fusarium cinsi içerisinde yer alan izolatlardan F. oxysporum f. sp. vasinfectum olanlar morfolojik olarak tanılanmıştır. Kesin tanılamanın sağlanması amacıyla izolatların DNA izolasyonları yapılarak PCR'da moleküler olarak teşhisleri yapılmıştır. Kesin tanısı yapılan F. oxysporum f. sp. vasinfectum izolatlarının  patojen olup olmadığının belirlenmesi amacıyla rastgele seçilen temsili izolatlar ile 'Fiona' ticari pamuk çeşidinde patojenisite testleri yürütülmüştür. 
Bulgular: Aydın ili Koçarlı, İncirliova, Germencik, Nazilli, Köşk ve Söke ilçelerinden 2022 yılında 36 ekim alanından 218 adet izolat, 2023 yılında ise 37 ekim alanından 322 adet izolat elde edilmiştir. 2022 yılında elde edilen izolatlardan Aydın ili genelinde 40 Rhizoctonia spp., 3 Aspergillus spp., 1 Macrophomina spp., 2 Alternaria spp. ve 191 adet Fusarium spp.; 2023 yılında elde edilen izolatlardan ise 71 Rhizoctonia spp., 25 Alternaria spp., 217 Fusarium spp. tanılanmıştır. F. oxysporum f. sp. vasinfectum'un kesin tanısı için 2022 sezonundan elde edilen 191 Fusarium spp. izolatından 135'i için moleküler çalışmalar yürütülmüş ve 111'inden pozitif sonuç elde edilmiştir; 2023 sezonundan elde edilen 227 Fusarium spp. izolatından rastgele seçilen 50 adeti ile yürütülen çalışmalardan ise 49 izolat pozitif bulunmuştur.  Patojenisite testine tabi tutulan 45 F. oxysporum f. sp. vasinfectum izolatından biri hariç hepsi patojenik bulunmuştur. İzolatlara ait hastalık şiddeti değerleri  %0,00 ile %100 arasında değişkenlik göstermiştir.
Sonuç: Elde edilen bulgulara göre Aydın ili pamuk alanlarında çökertene neden olan ana patojenin Fusarium spp. olduğu saptanmıştır. Ayrıca çalışmanın ana konusu olan F. oxysporum f. sp. vasinfectum'un pamukta fide kayıplarındaki rolünün oldukça önemli olduğu ortaya konulmuştur. Pamuk tarlalarında yapılan surveyler doğrultusunda ilçe ve arazilere göre değişmekle beraber Aydın ili pamuk ekim alanlarında çökerten dolayısıyla meydana gelen fide kayıplarının %3.62 olduğu saptanmıştır. Yapılan patojenite testlerinde de elde edilen F. oxysporum f. sp. vasinfectum izolatlarının  pamukta 'Fiona' çeşidinde patojenik karaktere sahip oldukları belirlenmiştir.

Abstract:
Objective: This study aimed to determine the role of Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum, one of the agents of damping-off disease, during the seedling stage of cotton and its prevalance in the cotton growing areas on a district basis in Aydın Province.
Material and method: In order to collect disease agents, diseased seedling samples showing damping-off symptoms were taken from cotton fields in Koçarlı, İncirliova, Germencik, Nazilli, Köşk and Söke districts of Aydın Province in 2022 and 2023. Isolates were recovered from the collected samples and were purified.  Single spore isolations were made from the purified isolates. First of all, the isolates were identified at the genus level and among the isolates in the Fusarium genus, F. oxysporum f. sp. vasinfectum were morphologically identified. In order to verify identification, DNA isolation of the isolates was done and molecular identification was performade by PCR.  In order to determine whether F. oxysporum f. sp. vasinfectum isolates were pathogenic, pathogenicity tests were conducted on the commercial cotton variety 'Fiona' with randomly selected representative isolates.
Results: In 2022, 218 isolates were obtained from 36 fields in Koçarlı, İncirliova, Germencik, Nazilli, Köşk and Söke districts of Aydın province, and 322 isolates were obtained from 37 fields in 2023. Among the isolates obtained in 2022, 40 Rhizoctonia spp., 3 Aspergillus spp., 1 Macrophomina spp., 2 Alternaria spp. and 191 Fusarium spp. were identified in Aydın province; and among the isolates obtained in 2023, 71 Rhizoctonia spp., 25 Alternaria spp., 217 Fusarium spp. were identified. For the verification of the diagnosis of F. oxysporum f. sp. vasinfectum, molecular studies were conducted for 135 of 191 Fusarium spp. isolates obtained from the 2022 growing season and positive results were obtained from 111; 49 isolates were found positive among 50 which were randomly selected from 227 Fusarium spp. isolates collected  from the 2023 season.  Among 45 F. oxysporum f. sp. vasinfectum isolates subjected to pathogenicity, all but except one were found to be pathogenic. The disease severity values of the isolates varied between 0,00% and 100%.
Conclusion: According to the results,  the main pathogen causing damping-off in cotton fields of Aydın province was Fusarium spp. In addition, it was revealed that the role of F. oxysporum f. sp. vasinfectum, which is main subject of this study, in seedling death in cotton was found to be significant. According to field surveys, the mean of the seedling losses due to damping-off in cotton fields of Aydın province were 3.62%, but it varied according to districts and fields. In the pathogenicity tests, F. oxysporum f. sp. vasinfectum isolates had pathogenic characteristics on cotton variety 'Fiona'.