Hastanemizde izole edilen karbapenemlere dirençli Klebsielia pneumoniae suşlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin incelenmesi
The genotypic and phenotypic examination of the carbapenem resistant Kiebsiella pneumoniae strains that are isolated from our hospital
Yazar: SEMA ALAÇAM
Danışman: DOÇ. DR. IRMAK BARAN
Sağlık Bakanlığı / Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada hastanemizde izole edilen karbapenem dirençli Klebsielia pneumoniae (KDKP) suşlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması ve karbapenem direncine sebep olan genetik mekanizmaların incelenmesi amaçlanmıştır.
Çalışmaya toplam 62 KDKP suşu alınmıştır. Vitek-2 (bioMerieux, Fransa) cihazı ile isimlendirilmiş ve antibiyotik duyarlılıkları belirlenmiştir. Karbapenem MİK değerleri ayrıca E-test ile de çalışılmıştır. KDKPların klonal analizleri rep-PCR (bioMerieux, Fransa) yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Bu yöntemle 62 suş arasından, 21 suş içeren 6 klon, 4 suş içeren iki benzer grup belirlenmiş, 37 suşun ise hiçbir suşla benzeşmediği görülmüş ve suşlar arasındaki direnç yayılımının klonal yayılım olmadığı düşünülmüştür. Karbapenemaz direnç genlerinden olan IMP, VIM, KPC, NDM-1 ve OXA-48 Multipleks PCR (hyplex® SuperBug ID) ile çalışılmıştır ve 62 suşun 57'sinde sadece OXA-48 geni pozitif bulunmuş, diğerlerinde ise hiç bir gen tespit edilememiştir. PCR sonuçları referans alınarak, fenotipik testlerle PCR uyumu karşılaştın İm ıştır. Imipenem, meropenem ve ertapenem MİK değerleri İstatistiksel analizlerine göre imipenem E-test ve imipenem Vitek-2 sonuçlarının OXA-48 pozitifliğini ayırıcılığı açısından daha belirleyici olduğu bulunmuştur. Hastanemizde izole edilen KDKP suşlarının karbapenem direncinden OXA-48'in IS1999'a bağlı yüksek düzeyde üretimi ve bunlara eşlik eden aminoglikozid modifiye edici ve pompa atım sistemlerini düzenleyen enzimlerde oluşan mutasyonlar, porin defektleri, GSBL ve kinolon direnci varlığının sorumlu olabileceği düşünülmüştür.

Abstract:
İt has been intented to examine the genotypic and phenotypic properties of the carbapenem resistant kiebsiella pneumoniae (CRKP) strains that are isolated from our hospital and the genetic mechanisms that cause the carbapenem resistancy.
A total of 62 CRKP strains have been included in this study. Named and checked for their antibiotic sensitvity vvith Vitek-2 device (bioMerieux, France). Carbapenem MIC values were also studied by E-test. CRKP clonal analyzing were done vvith using rep-PCR method (bioMerieux, France). With this method, out of 62 strains, 6 clones including 21 strains, and two groups including 4 strains were idenditified, while the other 37 strains did not match with any other strains and resistancy radiation in these strains were thuoght to be not clonal. IMP, VIM, KPC, NDM-1 ve OXA-48 being the carbapenemase resistancy genes were studied vvith Multipleks PCR (hyplex® SuperBug İD) and out of 62 strains, OXA-48 gene was found positive in only 57 of them, vvhile on the remaining strains none of the genes were found.
Refering to the PCR results, phenotypic tests and the PCR was matched. According to Imipenem, meropenem ve ertapenem MIC values statical analyzes, imipenem E-test and imipenem Vitek-2 resulrs were more identifying for OXA-48 pozitivity. OXA-48's IS1999 dependent high amount production, porin defects, ESBL and kinolon resistancy, and the mutations on the enzymes regulating the pumping out and aminoglycoside modifying systems accompanying these are tought to be responsible for the CRKP strains1 carbapenem resistancy (that were isolated from our hospital).