Flukonazol ilacının flora bakteriler üzerine etkisinin araştırılması, DNA'ya bağlanmasının in vitro ve in siliko metot ile analizi
Investigation of the effect of fluconazole on flora bacteria, in vitro and in silico analysis of  its binding to DNA
Yazar: SÜMEYYE ZARF
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRAHİM VALİPOUR
Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Bağırsak florası = Intestinal flora ; Serum bakır = Serum copper ; İn vitro = In vitro

Özet:
Flukonazol, antifungal bir ilaç olarak dünya çapında özellikle ülkemizde yaygın olarak kullanılmaktadır. İlacın toksik etkileri hakkında bazı çalışmalar olmasına rağmen, çalışmamıza göre Flu-DNA etkileşimleri ve antibakteriyel etkisi ile ilgili bir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada, Flukonazol'un oksidatif ve antioksidatif etkileri, Flukonazol-DNA etkileşimi; UV-Vis spektrofotometresi, agaroz jel elektroforezi ve in-siliko metodu kullanılarak incelenmiştir. Ek olarak, ilacın bazı insan flora bakteri suşları üzerindeki etkisi disk difüzyon ve sıvı besiyerinde seyreltme yöntemleri ile incelenmiştir. İlaç, süpersarmal plazmid DNA üzerinde hidroksil radikallerinin kırma etkisine karşı bir miktar koruyucu etki gösterirken; demir, bakır, askorbik asit ve bakır artı askorbik asit varlığında DNA üzerinde herhangi bir etki göstermedi. Flukonazol-DNA etkileşiminin UV Titrasyon metodu ile analizinde, absorbanstaki artış, ilacın DNA ile bazı etkileşimlere sahip olduğunu göstermiştir. Bu yöntemde ilacın DNA ile bağlanma sabiti 179 M-1 olarak elde edildi. In-siliko analizi, -3.09 bağlanma enerjisi ile 3 hidrojen bağı ve hidrofobik bağlar yaparak ilacın süpersarmal DNA'nın minör oluğuna tutunduğunu göstererek UV Titrasyon yönteminin sonucunu doğruladı. İlacın 24 mM konsantrasyonu, Enterococcus faecalis, Proteus mirabilis,  Enterobacter cloacae ve Escherichia coli suşlarının büyümesini sırasıyla %35, %22, %20 ve %20 olarak inhibe etti.

Abstract:
Fluconazole is widely used as an antifungal drug worldwide, especially in our country. Although there are some studies about the toxic effects of the drug, according to our study, there is no study about the fluconazole-DNA interactions and its antibacterial effect. In this study, oxidative and anti-oxidative effects of fluconazole, fluconazole-DNA interaction were investigated using UV-Vis spectrophotometer, agarose gel electrophoresis and in-silico method. In addition, effect of the drug on some human flora bacterial strains were studied by disc diffusion and broth dilution methods. The drug showed some protective effect on supercoiled plasmid DNA against breaking effect of hydroxyl radicals, while it did not exhibited any effect on the DNA at presence of iron, cupper, cupper plus ascorbic acid and ascorbic acid. In the analysis of the fluconazole-DNA interaction by UV Titration method, the increase in absorbance indicated that the compound had some interactions with the DNA. In this method binding constant of the drug with DNA was obtained as 179 M-1. In-silico analysis confirmed the result of UV Titration method by showing the bonding of the drug on a minor groove of double helix DNA by the binding energy of -3.09, making 3 hydrogen bonds and hydrophobic bonds. 24 mM of the drug inhibited the growth of Enterococcus faecalis, Proteus mirabilis, Enterobacter cloacae and Escherichia coli strains as 35%, 22%, 20% and 20% respectively.