Servikal smear örneklerinde HPV pozitifliğinin araştırılması, virusun moleküler karakterizasyonu ve filogenetik analizi
Investigation of HPV positivity in cervical smear samples, molecular characteristics and phylogenetic analysis of the virus
Yazar: AYŞE ERDEM YAYLA
Danışman: PROF. DR. OSMAN AKTAŞ
Atatürk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Erzurum = Erzurum ; Papillomavirüsler = Papillomaviridae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Vajinal smirler = Vaginal smears

Özet:
Başlık (Tezin adı): Servikal Smear Örneklerinde HPV Pozitifliğinin Araştırılması, Virusun Moleküler Karakterizasyonu ve Filogenetik Analizi
Amaç: İnsan papilloma virüsleri dünya çapında yaygın virüslerdir. Bu virüsler insanda cilt ve mukoz membranların enfeksiyon ve kanserlerinden sorumlu ajanlardandır. Ancak, insan sağlığını tehdit eden bu virüsün yöremizdeki prevalansı ve genotiplerini bildiren bir epidemiyolojik veriye rastlanmamıştır. Bu çalışmanın amacı hastaneye çeşitli jinekolojik şikâyetlerle başvuran kadınlarda HPV sıklığını ve genotiplerini araştırmaktır.
Yöntem: Bu çalışmada, pap smear ile alınan 263 servikal sürüntü örneği HPV pozitifliği yönünden araştırıldı. Örnekler 2016 Nisan-Aralık aylarında toplanıp HPV'nin L1 gen bölgesi moleküler yöntemlerle araştırıldı. Bu amaçla PCR testi ve pozitif örneklerin sekans analizleri yapıldı. Sekanslama sonrası bioinformatik testler kullanılarak filogenetik analizleri gerçekleştirildi.
Bulgular: Çalışmaya dâhil edilen örneklerin 17(%6.5)'sinde HPV DNA tespit edildi. Çalışma popülasyonu oluşturan kadınların yaş ortalamaları 39 (18-80yaş) idi. Yaş gruplarına göre dağılımlarına bakıldığında HPV DNA pozitifliği en yüksek % 9.2 ile 35-44 yaş grubundaydı. Bunu % 7.7 ile 60 yaş üstü grup takip etti. Pozitif örneklerin sekans analizi sonrası üç örneğin sekansı gerçekleşmediğinden, 14 örneğin sekansı filogenetik analize dâhil edildi. Buna göre 6'sının HPV-70, 4'ünün HPV-16, geri kalanlarında HPV-54, 72, 81 ve 114 olduğu görüldü. Genotip verileri risk grubuna göre değerlendirildiğinde, 14 örneğin % 28.6'sının HR-HPV % 71.4'ünün LR-HPV olduğu tespit edildi. 
Sonuç: Papillomavirus enfeksiyonları insanlarda özellikle yüksek riskli tiplerin varlığında çeşitli sağlık sorunlarına yol açarak hayat kalitesini düşürmekte ve hatta hayati risk oluşturabilmektedir. Erzurum'daki kadınlarda düşük ve yüksek riskli HPV prevalansı belirlenmiştir. Bu sonuçlar, Erzurum için HPV prevalansına ilişkin epidemiyolojik verilere katkıda bulunmaktadır. Doğu illerine yönelik kapsamlı çalışmaların olmadığı göz önüne alınırsa, epidemiyolojik veriler açısından daha çok çalışmanın yapılması gerekmektedir.
Anahtar kelimeler: İnsan Papilloma Virusu, servikal sürüntü, PCR, Erzurum

Abstract:
ABSTRACT
Investigation of HPV Positivity in Cervical Smear Samples, Molecular Characteristics and Phylogenetic Analysis of the Virus
Aim: Human papilloma viruses are a group of viruses that are widespread worldwide. These viruses are among the agents that are responsible for the infection and cancer of the skin and mucous membranes in the human body. But, there was no epidemiological data reporting from our region on the prevalence and genotypes of this virus that threatened human health. The aim of this study was to investigate the frequency and type distribution of Human papilloma viruses in the woman patients with gynaecological complaints who applied to the hospital.
Methods: In this study, 263 cervical swab samples taken with pap-smear were investigated for HPV positivity. Samples were collected from April-December 2016 and the L1 gene region of HPV was investigated by molecular methods. For this purpose, PCR assays and sequence analysis of positive samples were performed. Phylogenetic analyses were performed using bioinformatics tests after sequencing.
Results: It was seen that the average age of women taken to work was 39 (18-80years). HPV DNA positivity was highest in the age group of 35-44 years with 9.2%. This was followed by a group over 60 with 7.7%. HPV DNA was detected in 17 (6.5%) of the samples. Since the sequence of three samples did not occur after sequence analysis of positive samples, the sequence of 14 samples was included in the phylogenetic analysis. It was seen that 6 samples were HPV-70, 4 were HPV-16, and the rest were HPV-54, 72, 81 and 114. When genotype data were evaluated according to the risk group, it was determined that 28.6% of 14 samples were LR-HPV with 71.4% of HR-HPV.
Conclusions: Papillomavirus infections can lead to various health problems in humans, especially in the presence of high-risk types, reducing their quality of life and even creating a life-threatening risk. The prevalence of low and high risk HPV was determined in women in Erzurum. These results contribute to epidemiological data on HPV prevalence for Erzurum. Given that there are no comprehensive studies of the eastern providences, more work needs to be done in terms of epidemiological data.
Keywords: Human Papilloma Virus, Cervical samples, PCR, Erzurum