Maruldan izole edilen mikroorganizmaların biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle tanılanması, fitaz ve kitinaz aktivitelerinin tayini
Biochemical and molecular identification, chitinase and phytase activity determination of microorganisms isolated from lettuce
Yazar: YUNUS IŞIK
Danışman: DOÇ. DR. NESLİHAN DİKBAŞ
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Biyoteknoloji, günümüzde en popüler ve yeniliklere açık bilimsel alanların başında gelmektedir. Moleküler çalışmalar, mikrobiyal biyoteknoloji çalışmalarında çok önemli boyutlar kazanmıştır. Mikroorganizmalar sınıflandırılırken morfolojik, biyokimyasal ve moleküler yöntemler kullanılmaktadır.
Yerel marketlerden elde edilen bozulmuş endüstriyel öneme sahip marul bitkilerinden mikroorganizmalar izole edildi ve saflaştırıldı.  Tanılamak amacıyla  bakteri izolatlarının yağ asidi metil ester profilleri belirlendi. Bu profiller doğrultusunda tanılamada  MIS yöntemi kullanıldı. 
Hızla gelişen tanı yöntemlerinden biri olan moleküler yöntemler bakteri tanılanmasında en doğru sonuçları veren yöntemdir. Bakterilerin 16S rRNA gen bölgesinin çoğaltılmasını sağlayan evrensel primerler kullanılarak bu genin çoğaltılması ve sekanslanması, filogenetik çalışmalarda standard yöntem olarak kulanılmaya başlanmıştır. Sekans sonuçları BLAST'lama yapılarak kimlik tespitlemesi yapıldı. Sekans dizileri analizi sonucunda Bacillus pumilus,  Bacillus suptilis, Bacillus thuringiensis, Bacilus creus, Chryseobacteriumindoltheticum, Bacillus amyloliquefaciens, Pectobacteriume carotovorum, Bacillus laevolacticus ve Bacillus safensis  türleri tespit edildi. Bu türler filogenetik ağaç oluşturularak akrabalık ilişkilerine bakıldı. Son aşamada da bu bakterilerin kitinaz ve fitaz aktivitelerine bakılarak bozucu etkileri tespit edildi.
Bu çalışmada, ekonomik öneme sahip marul bitkisinin iyi tarım uygulama metodlarına destek vermeye yönelik denemelerin ilk aşaması olan bozucu olduğu düşünülen bakterilerin izolasyonları ve identifikasyonlarının moleküler olarak tanılanması çalışmalarını içermektedir. Tanımlanan mikroorganizmalarda bazı ekstrasellüler ernzimlerin varlığı (Fitaz ve kitinaz) kalitatif olarak incelenmiştir.

Abstract:
Biotechnology is currently the most popular scientific area open to innovations.  Molecular studies have gained considerable importance in microbial biotechnology studies. Morphological, biochemical and molecular methods are used for the classification of microorganisms. 
Microorganisms were isolated and purified from deteriorated lettuce plants  with industrial importance obtained from local markets.   For identification, fatty acid methyl ester profiles of bacterial isolates were determined. The MIS method was used for identification in accordance with these profiles.
Molecular methods, one of the rapidly developing diagnostic methods is the most accırate method used in the identification of bacteria.  Amplification and sequencing of this gene using universal primers that allow the amplification of the bacterial 16S rRNA gene region has begun to be used as a standard method in phylogenetic studies. 
Sequence results were analyzed using BLAST to carry out identification.  As a result of the sequence analysis, Bacillus pumilus, Bacillus suptilis, Bacillus thuringiensis, Bacillus cereus, Chryseo bacterium indoltheticum, Bacillus amyloliquefaciens, Pectobacteriume carotovorum, Bacillus laevolacticus and Bacillus safensis species were identified. Phylogenetic tree was formed by these species and linkage relations were examined. In the last step, destructive effects were determined based on the chitinase and phytase activity of these bacteria.
This study involves the identification of the disruptive organisms which is the first step of the experiment to support the good agricultural practices of the lettuce plant with economic importance, isolation of these microorganisms and the molecular analysis of the identifications. The presence of some extracellular enzymes (phytase and chitinase) in the identified microorganisms has been qualitatively examined.