Bursa, Bilecik ve Bolu illerinde şeftali üretim alanlarında görülen bazı viral hastalıkların serolojik ve moleküler karakterizasyonu
Serological and molecular characterization of some viral diseases in peach production areas of Bursa, Bilecik and Bolu provinces
Yazar: ALİ ÇELİK
Danışman: PROF. DR. FİLİZ ERTUNÇ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışma ile Türkiye'nin yoğun şeftali üretiminin yapıldığı bir bölgede sert çekirdekli meyve ağaçlarının önemli viral hastalıklarından olan Plum pox virus (PPV), Prune dwarf virus (PDV) ve Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) etmenlerinin serolojik ve moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Serolojik çalışmalar sonucunda survey bölgesinden toplanan 486 örneğin 286'sında (%58,84) virüslerden en az bir tanesi tespit edilmiştir. Bölgedeki en yüksek enfeksiyon oranı PPV (%52,05) için belirlenmiş ve bu virüsü sırasıyla PDV (%3,90) ve PNRSV (%2,88) takip etmiştir. Yapılan moleküler karakterizasyon çalışmaları sonucunda 24 PPV, 11 PDV ve 8 PNRSV izolatına ait toplamda 43 kısmi nükleotid dizisi elde edilmiş ve GenBank'ta kayıtlı referans izolatlar ile karşılaştırılmıştır. GenBank veri tabanında kayıtlı referans izolatlara ait nükleotid dizileri ile yapılan karşılaştırmalar sonucuna elde edilen PPV izolatlarının %97-99, PDV izolatlarının %87-97 PNRSV izolatlarının ise %96-100 düzeyinde sekans benzerliği gösterdiği tespit edilmiştir. Referans izolatlar ile yapılan filogenetik analiz çalışmaları sonucunda PPV, PDV ve PNRSV izolatları filogenetik ağaç üzerinde referans izolatlar ile uyumlu bir dağılım göstermiştir. Çalışma sonucunda Türkiye'de şeftali PDV izolatlarına ait ilk kısmi nükleotid dizileri elde edilmiştir.  PPV ırk tespiti çalışmaları bölgede PPV-M ve PPV-D ırklarının yaygın olduğunu ortaya çıkarmıştır. Ticari değeri yüksek ve yeni kurulan bahçelerde PPV-M ırkı yaygın iken, eski ve geleneksel ev tipi bahçelerde tespit edilen PPV izolatlarının tamamı PPV-D olarak tespit edilmiştir. Bursa ilindeki fidanlık kapasitesinin yüksek oluşu ve PPV-M enfeksiyonunun fidanlıklardaki yaygınlığı, virüsün ülkenin farklı üretim bölgelerine yayılma ihtimalini güçlendirmektedir. Elde edilen sonuçlara göre bölgede karantina tedbirlerinin daha sıkı uygulanması virüsün yayılımını önlemek açısından önemlidir.

Abstract:
In this study, serological and molecular characterization of PPV (Plum pox virus), PDV (Prune dwarf virus) and PNRSV (Prunus necrotic ringspot virus) were carried out, which are important viral diseases of stone fruit trees. Serological studies showed that at least one of the viruses was detected in 286 (58,84%) of 486 samples collected from the survey area. The highest infection rate in the region was determined as PPV (52,05%), followed by PDV (3,90%) and PNRSV (2,88%), respectively. As a result of molecular characterization studies, a total of 43 partial nucleotide sequences belonging to 24 PPV, 11 PDV and 8 PNRSV isolates were obtained and compared with reference isolates registered in GenBank. In the comparative studies, PPV, PDV and PNRSV isolates showed 97-99%, 87-97, %96-100 similarity with GenBank reference isolates at nucletide level respectively. As a result of phylogenetic analysis studies conducted with reference isolates, PPV, PDV and PNRSV isolates were distributed on the phylogenetic trees as expected. One of the most important outputs of the study is obtaining the first partial nucleotide sequences of peach PDV Turkey isolates. PPV strain identification studies indicated that PPV-M and PPV-D widespread in the region. While  PPV-M strain is widespread in newly established gardens with high commercial value, all of the PPV isolates detected in old and traditional home gardens have been identified as PPV-D. Both the nursery capacity in Bursa province and the prevalence of PPV-M infection in seedlings strengthen the possibility of the virus spreading to different regions of the country. Therefore, it is recommended that absolute quarantine measures should be implemented in the region.