Beydağları'nda yayılım gösteren ötücü kuşların (Aves:Passeriformes) DNA barkodlaması (mtDNA-COI) ve bunun mt-ND2 geni ile oluşturulan evrimsel filogenetik ağaçlarla karşılaştırılması
The mtDNA-COI barcoding of songbirds (Aves:Passeriformes) of Beydaglari and its comparison with evolutionary phylogenetic trees formed by the mtDNA-ND2 gene
Yazar: PINAR ÖĞE
Danışman: DOÇ. DR. TAMER ALBAYRAK
Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, Antalya Beydağları' nda yayılım gösteren ötücü kuşların (Aves: Passeriformes) DNA barkodlaması (mitokondrial COI geni) yapılmış ve elde edilen sonuçlar mitokondrial ND2 geni ile oluşturulan filogenetik ağaç ile karşılaştırılmıştır. Çalışmada Beydağları bölgesinde 11 familya ait 17 türden 67 birey japon ağlar ile yakalanmıştır. Örneklerin DNA izolasyonu yapılarak PCR amplifikasyonu ile COI ve ND2 gen bölgeleri çoğaltılmıştır. Elde edilen PCR ürünlerinin dizi analizi MACROGEN firmasında yapılmıştır. COI ve ND2 gen bölgeleri kullanılarak Neighbor-joining metoduna dayalı Kimura-2-parameter yöntemi ile çizilen ağaçlar ve türler arası genetik uzaklık birbirleriyle tam olarak uyumlu bulunmamıştır. COI geni için türler arası genetik uzaklık %19,61 - %22,08 arasında, tür içi  genetik uzaklık ise %0,00 - %0,22 arasında bulunmuştur. ND2 geni için türler arası genetik uzaklık %11,26 - %31,78 arasında, tür içi  genetik uzaklık ise %0,00 - %0,43 arasında bulunmuştur. Çalışmada COI geni için tespit edilen 28 farklı haplotipin %32,1 (9 haplotip)' i Beydağlarına özgü gen kaynağı olarak ilk kez bulunmuştur. ND2 geni için ise 35 haplotipin %77,1'i (27 haplotip)  Beydağlarına özgü gen kaynağı olarak ilk kez tespit edilmiştir. Türler arası genetik uzaklıkları bakımından COI ve ND2 gen bölgeleri karşılaştırıldığında türlerin % 48' inin en yakın akraba türünün farklı olduğu, en yakın ve en uzak akraba türlerin birlikte değerlendirildiğinde ise %77' sinin farklı olduğu bulunmuş olması ve türler arası genetik uzaklık bakımından CO1 ve ND2 arasında pozitif bir korelasyon (r=0,621; p<0,01) bulunmuş olmasına rağmen birbirlerinden istasitatistiksel olarak farklı olması (p<0,05 ) tezin hipotezini desteklenmiştir. Sonuç olarak, türlerin evrimsel akrabalık ilişkilerinin daha doğru ve daha gerçeğe yakın olarak açıklanabilmesi için sadece yaygın olarak kullanılan DNA barkodlama (COI) geni tek başına yeterli olmayıp, bu genin yanında farklı genler kullanılarak birlikte değerlendirilmesi daha uygun olacaktır.

Abstract:
In this study, DNA barcoding (mtDNA-COI) of songbirds (Aves: Passeriformes) spread out in Beydagları, Antalya and its comparison with evolutionary phylogenetic tree formed with the mtDNA-ND2 gene were investigated. Sixtyseven individuals from 11 family and 17 species were captured using mist nets in Beydaglar region . The samples' DNA were isolated and COI and ND2 gene regions amplified through PCR. The sequencing of PCR amplification were carried out by MACROGEN. Using the COI and ND2 gene regions, the constructed trees based on Kimura 2 parameter distance model (K2P) of Neighbor-joining (NJ) method were incongruent with genetic distances between some species. Interspecific genetic distances of COI gene were found between 19,61% and 22,08% and intraspecific genetic distance of COI were found between 0,00% and 0,22%, whereas these were between 19,61% and 22,08% for interspecies, and between 0,00% and 0,22% intraspecific for ND2 gene. Out of 28 different haplotypes detected for the COI gene, 32,1% (9 haplotypes) were found to be a special gene resource for Beydagları region first time. Moreover, the 35 different haplotypes detected for the ND2 gene and 77,1% of these (27 haplotypes) were found to be a special gene resource for Beydağları region as well. Comparisons of the intrespecific genetic distances between the COI and ND2 gene regions show that 48% of the species closest relatives were found different from each others, and when the closest and distant relatives were evaluated together 77% were found different and founded positive corelation of interspescieal genetic distances between COI and ND2 genes (r=0,621; p<0,01), while being statistically different from each other (p<0,05 ) supports the hypotesis of thesis. As a result, in order to explain evolutionary relations of species more certainly and accurately using only commonly used DNA barcoding (COI) gene alone is might not be sufficient and it should be more appropriate to evaluate this gene in conjunction with the other genes.