Türkiye yerli koyun ırklarında mitokondriyal DNA çeşitliliği
Mitochondrial DNA diversity in turkish native sheep breeds
Yazar: NEZİH ATA
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM CEMAL
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Çalışmanın amacı, Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan koyun ırklarında mitokondriyal DNA çeşitliliğinin mtDNA kontrol bölgesi 531 bç'lik kısmının DNA dizi analizine dayalı olarak ortaya konulmasıdır. Çalışmanın hayvan materyalini Kangal Akkaraman (n=18), Çine Çaparı (n=20), Dağlıç (n=18), Eşme koyunu (n=20), Gökçeada (n=18), Güney Karaman (n=21), İvesi (n=20), Karacabey Merinosu (n=18), Karakaş (n=14), Karya (n=25), Kıvırcık (n=22), Morkaraman (n=19), Norduz (n=18), Ramlıç (n=25), Sakız (n=20) ırklarından toplam 296 baş koyun oluşturmuştur. Toplam 531bç'lik dizilimde, 78 haplotip, 33'ü parsimonik bilgi verici 53 polimorfik bölge ortaya çıkmıştır. Elde edilen sekans verilerinden, nükleotid çeşitliliği ve haplotip çeşitliliği, nötralite testleri, uyumsuzluk dağılımları analizleri yapılmıştır. Belirlenen en yüksek ve en düşük haplotip çeşitliliği Morkaraman (0.967±0.03) ve Sakız (0.542±0.105) ırklarında bulunmuştur. Filogenetik ağacın doğru topolojisine substitisyon modeli ile karar verilmiş sonrasında Haplogruplar belirlenmiştir. Bu çalışmada daha önce gözlemlenen tüm haplogruplar ortaya çıkmıştır. Altı koyun Haplogrup D'de (HPGD) 10 koyun Haplogrup E' de (HPGE) tespit edilirken 165 koyun Haplogrup B' de (HPGB) belirlenmiş, 69 ve 46 hayvan sırasıyla Haplogrup A (HPGA) ve Haplogrup C'de (HPGC) gözlenmiştir. Uyumsuzluk dağılım analizinden alınan sonuçlara göre ırklarda ve haplogruplarda populasyon genişlemesi gözlenmemiştir. Çalışmada kullanılan örnekler mutasyon birikimlerini iyi gösteren, eski ırklardan oluşmaktadır. Çalışmada incelenen mtDNA bölgesi ve kullanılan yöntemlerin ele alınan ırklarda genetik çeşitliliğin ortaya konulmasında yeterli olabileceği söylenebilir.

Abstract:
The aim of the present study is to demonstrate the mitochondrial DNA diversity in Turkish native sheep breeds using 531 bp DNA sequence of mtDNA control region. Animal material of the study consisted of 296 individual sampled from 15 sheep breeds raised in Türkey including Kangal Akkaraman (n=18), Çine Çaparı (n=20), Dağlıç (n=18), Eşme koyunu (n=20), Gökçeada (n=18), Güney Karaman (n=21), İvesi (n=20), Karacabey Merinosu (n=18), Karakaş (n=14), Karya (n=25), Kıvırcık (n=22), Morkaraman (n=19), Norduz (n=18), Ramlıç (n=25), Sakız (n=20) breeds. A total of 531 bp sequence was revealed a total of 78 haplotypes, 53 polymorphic sites, 33 of which are parsimony informative. Nucleotide diversity and haplotype diversity, neutrality tests, mismatch distribution analyzes were conducted to obtained sequences data. The highest and lowest haplotype diversity was determined in Morkaraman (0.967±0.03) and Chios (0.542±0.105) breeds. The highest and lowest nuclotide diversity was determined in Karya (0.01523±0.00153) and Chios (0.00329±0.00072) breeds. Correct topology of the neighbour joining phylogenetic tree was decided with substitution model and then haplogroups were identified. The present study showed all previously observed haplogroups. While six sheep from rare Haplogroup D (HPGD) and 10 sheep from rare Haplogroup E (HPGE) were detected, a total of 165 animal were detected in Haplogroup B (HPGB), 69 and 46 animals were observed in Haplogroup A (HPGA) and Haplogroup C (HPGC), respectively. According to the results of the mismatch distribution analysis, no population expansion was observed in both of breeds and haplogroups. The samples used in this study consist of old breeds that show good mutation accumulation. As a result, it can be said that the mtDNA region and methods used throughout this study is sufficient to reveal genetic diversity in the studied populations.