Akciğer kanserlerinde likid biyopsinin prognostik ve prediktif rolü
Prognostic and predictive role of liquid biopsy in lung cancers
Yazar: TUNCAY GÖKSEL
Danışman: PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Onkoloji Ana Bilim Dalı / Temel Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Biyopsi = Biopsy ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Prognoz = Prognosis

Özet:
Tüm dünyada en çok ölüme yol açan kanser olan akciğer kanserlerinin %80'i küçük hücreli dışı (KHDAK) türünde olup, bunların yaklaşık üçte ikisi ileri evrelerde tanı almaktadır.  Cerrahi tedavi şansının yitirildiği ileri evrelerde hastalara sadece sistemik tedavi seçenekleri uygulanabilmektedir. Son yıllarda kanser tedavisinde yaşanan gelişmeler ileri evrelerde bile etkili tedavi seçeneklerinin ortaya çıkmasına sebep olmuştur. Akciğer kanserinde en uygun tedavi seçeneğinin belirlenebilmesi için, hastalığa neden olan moleküler mutasyonların belirlenme hayati önem taşır hale gelmiştir. Tanı sırasında elde edilen tümör örneklerinden yapılan bu analizler invaziv yöntemlere ihtiyaç duyması nedeniyle genellikle tekrarlanamamaktadır. Bu moleküler analizlerin tekrarlanabilme ve izlenebilmesi için yeni non-invaziv analiz yöntemlerine gereksinim duyulmaktadır. Bu konuda umut vaat eden başlıca yöntem likid biyopsidir. Non-invaziv bir yöntem olan likid biyopsi, hücre dışında serbest dolaşan nükleik asitleri analizlerini içermektedir. Bu projenin primer amacı akciğer kanserine neden olan EGFR yürütücü gen mutasyonlarını saptamada likid biyopsinin etkinliğini belirlemektir. Bu amaç doğrultusunda çalışmaya skuamöz hücreli olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanseri tanısı alan, performans durumu iyi ve ileri evrede (Evre IIIB, IV) 146 hasta alınmıştır. Çalışmaya dahil edilen 146 olgudan tanı anında alınan tümör dokularından EGFR analizleri değerlendirmeye alınmıştır. Solid dokuda mutasyon saptanmayan olgularda ya da uygulanan hedefe yönelik tedavi sonrası progresyon gelişen olgularda rutin prosedür gereği likid biyopsi alınmıştır. Uygulanan tedavi altında progresyon gözlenen 10 hastadan ayrıca ikinci kez likid biyopsi örnekleri alınmıştır. Olgulardan alınan klinik örneklerden DNA izolasyonları gerçekleştirilmiş ve EGFR geninin 18., 20. ve 21. ekzonlardaki mutasyonları ve 19 ekzondaki değişimleri saptamak için dizayn edilmiş gerçek zamanlı PCR testi olan  Cobas® EGFR Mutasyon Testi v2 (Cobas® EGFR Testi) kullanılarak mutasyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Parafin bloklarda mutasyon pozitifliği %21,9 iken likid biyopside %32,2 olmuştur. 16 olguda solid ve likid biyopsinin uyumlu olduğu saptanmıştır. Ayrıca 27 olguda solid dokuda mutasyon saptanmazken likid biyopside saptanmıştır. Seçilmiş olgu grupları da olsa, EGFR mutasyon taramasında, likid biyopsinin doku örnekleriyle karşılaştırıldığında başarılı, tercih edilebilir bir yaklaşım olduğu gözlenmiştir. Sadece tanı anında değil, takip sürecinde alınan likid biyopsi örneklerinde de yeni mutasyonların saptanabildiği ve hedefe yönelik tedaviyi belirlemede yol gösterdiği gözlenmiştir.  Tüm bu sonuçlar; geleneksel biyopsilerin sınırlılıkları göz önüne alındığında, "likid biyopsinin" kansere neden olan yürütücü mutasyonların saptanmasında başarılı ve alternatif bir non-invaziv bir yöntem olduğunu göstermektedir.

Abstract:
Non-small cell lung cancer (NSCLC) is the most common type of lung cancer. It accounts for over 80% of lung cancer cases. About two-thirds of these cases are diagnosed in advanced stages. Only systemic treatment options can be applied to patients in advanced stages where the chance of surgical treatment is lost. Last decade advances in cancer treatment have led to the emergence of effective treatment options even in advanced stages. Advances in cancer treatment in recent years have led to the emergence of effective treatment options even in advanced stages. These analyzes made from tumor samples obtained at the time of diagnosis generally cannot be repeated due to the need for invasive methods. New non-invasive analysis methods are needed for repeatability and monitoring of these molecular analyzes. The main promising method in this regard is liquid biopsy. Liquid biopsy, which is a non-invasive method, includes the analysis of free-circulating nucleic acids outside the cell. The primary aim of this project is to determine the effectiveness of liquid biopsy in detecting driver EGFR gene mutations that cause lung cancer. For this purpose, 146 patients diagnosed with non-squamous cell non-small cell lung cancer with good performance and advanced stage (Stage IIIB, IV) were included in the study. EGFR analyzes of tumor tissues taken at the time of diagnosis from 146 cases included in the study were evaluated. Liquid biopsy was taken as a routine procedure in cases where no mutation was detected in solid tissue or in cases with progression after targeted therapy. Liquid biopsy samples were also taken for the second time from 10 patients who showed progression under the applied treatment. DNA isolations were performed from clinical samples taken from the cases. Mutation analyzes were performed using the Cobas® EGFR Mutation Test v2 (Cobas® EGFR Test), a real-time PCR test designed to detect mutations in exons 18, 20, and 21 and changes in exons 19 of the EGFR gene. While mutation positivity was 21.9% in paraffin blocks, it was 32.2% in liquid biopsy. Results of solid and liquid biopsies were found to be compatible in 16 cases. In addition, while no mutation was detected in solid tissue in 27 cases, it was detected in liquid biopsy. Liquid biopsy has been observed to be a successful and preferable approach when compared to tissue samples in EGFR mutation screening, albeit in selected case groups. It has been observed that new mutations can be detected not only at the time of diagnosis, but also in liquid biopsy samples taken during the follow-up period, leading to the determination of targeted therapy. All these results; Considering the limitations of conventional biopsies, "liquid biopsy" shows that it is a successful and alternative non-invasive method for detecting cancer-causing driver mutations.