Denizel kaynaklardan aktinomiset grubu mikroorganizmaların izolasyonu ve antimikrobiyal aktivitelerinin araştırılması
Isolation of actinomycetes group microorganisms from marine sources and investigation of their antimicrobial activities
Yazar: ÖZLEM ÖNER
Danışman: PROF. DR. ERDAL BEDİR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Ekstrem koşullarda yaşayan mikroorganizmaların hayatta kalmak için farklı sınıflara ait bileşikler ürettikleri bilinmektedir. Antibiyotik keşif araştırmaları son yıllarda yeni moleküller elde etmek için bu tür mikroorganizmalara doğru yönelmiştir.Dünya yüzeyinin %70'ini kaplayan okyanuslar, gezegenimizin biyoçeşitliliğinin büyük bir kısmını içermesine rağmen, sahip olduğu mikrobiyal çeşitliliğin büyük kısmı henüz keşfedilmemiş olarak beklemektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar göstermiştir ki nadir karşılaşılan denizel aktinomiset grupları, yeni doğal ürünlerin ortaya çıkarılması konusunda çok iyi birer adaydırlar. Sürekli gelişen ve etkinleşen kültivasyon metotları ve teknolojileri denizlerin derinliklerinde yaşayan organizmalarla çalışma ve bu çok değerli kaynakların kimyasal çeşitlilik açısından değerlendirilebilmesi olanağını tanımaktadır.Bu çalışmada Ege ve Akdeniz Bölgesi'nde farklı derinliklerden (0-35 m) 62 sünger örneği toplanmıştır. Bu sünger örneklerinden 267 tane aktinomiset grubu bakteri izole edilmiş, tüm izolatlar 50 ml deniz suyu ile hazırlanmış besiyerinde erlenler içinde orbital çalkalayıcıda 7 gün boyunca, 28oC'de inkübe edilmiştir. Hücrelerinden ayrılan fermantasyon sıvılarının etil asetat ile ekstraksiyonları yapılmış, ekstrelerin antimikrobiyal aktiviteleri Escherichia coli O157:H7 (RSKK 234) ve metisilin dirençli Staphylococcus aureus (RSKK 95047)' a karşı disk difüzyon metodu ile test edilmiştir. Yüksek aktivite gösteren 19 izolat seçilerek fenotipik özellikleri araştırılmıştır. Ayrıca 16S rDNA sekans ve filogenetik analizleri yapılmış ve tüm izolatların Streptomyces cinsine ait olduğu görülmüştür.

Abstract:
In view of the fact that the microorganisms living in unusual conditions produce different class of molecules to survive, the antibiotic discovery research is headed toward such extraordinary microorganisms in order to obtain novel chemical entities.Although the seas cover 70% of the Earth?s surface and harbor most of the planet?s biodiversity, the microbiological component of this diversity remains relatively unexplored. Recent studies have revealed that unusual groups of marine actinomycetes are good candidates for the discovery of new natural products. The continued development of improved cultivation methods and technologies for accessing deep-sea environments promises to provide access to this significant new source.In this study, 62 sponge samples were collected from defined locations and deepness (0-35 m) of Mediterranean Sea. Two hundred and sixty seven actinomycetes cultures were isolated, and all isolates were inoculated into Erlenmayer flask containing 50 ml nutrient broth in sea water. The cultures were incubated for 7 days at 28 oC in rotary shaker. The supernatants were later extracted with ethyl acetate. The extracts were tested versus pathogenic microorganisms, Staphylococcus aureus (RSKK 95047) and E. coli O157:H7 (RSKK 234) by using agar well diffusion method. Nineteen isolates showing high antimicrobial activity were chosen to investigate their phenotypic properties. Furthermore 16S rDNA sequence and phylogenetic analyses were performed for these isolates. All of the samples were found to be a member of Streptomyces genus.