Vajinitli hastalardan izole edilen Enterococcus faecalis suşlarının bazı virülans ve antibiyotik direnç genlerinin moleküler tespiti
Molecular detection of some virulence and antibiotic resistance genes of Enterococcus faecalis strains isolated from patients with vaginitis
Yazar: INAS THAMER AHMED
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMAGÜL BAHAR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ YASİR HAMAD HAMDİ
Kütahya Dumlupınar Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Moleküler biyoloji = Molecular biology

Özet:
Dünya genelinde kadınların yaklaşık %75'i hayatında en az bir kere vajinal enfeksiyona yakalanmaktadır. Hastalık, vajinal florada kommensal durumda yaşayan Enterococcus faecalis'inde içinde bulunduğu birçok patojen bakteriye bağlı olarak gelişebilir. E. faecalis bakterilerinde virülans ve antibiyotik direnç oluşumuna katkı sağlayan genlerin farklı coğrafik bölgelerde takip edilmesi vajinit ile mücadelede sağlık sistemine katkı sağlayacaktır. Bu amaçla, 2023 yılının Mart-Temmuz döneminde Azadi Eğitim Hastanesi Kadın Hastalıkları Ünitesi'ne vajinal enfeksiyon belirtileriyle başvuran kadın hastalardan alınan 150 vajinal sürüntü örneği toplanmıştır. Örneklerden elde edilen izolatların teşhisine yönelik olarak morfolojik ve biyokimyasal testlerin yanısıra, Vitek II sistemi kullanıldı. Moleküler olarak ise 16S rRNA dizin analizi yöntemi ile tür teşhisleri teyit edildi. Antibiyotik duyarlılık testleri standart disk difüzyon testleri kullanılarak yapıldı. Ayrıca, virülans jelatinaz genin ve antibiyotik direnç oluşumuna katkı sağlayan vanB genin belirlenmesi için genomik ve plazmid DNA ekstraksiyonu ile hedef genlerin PCR amplifikasyonu yapıldı. Hastaların %30.97'sinin 31-35 yaş aralığında olduğu, %54.87'nin kentsel alanlarda ikamet ettiği, %49.56'sında enfeksiyon süresi 4-7 gün sürdüğü belirlendi. Sürüntü örneklerinden yapılan ekimler sonucunda izolatların %18.58'i (21) E. faecalis olarak tanımlandı. E. faecalis için yapılan antibiyotik duyarlılık testinde izolatların %33.33'ünün vankomisine dirençli olduğu saptandı. Mikrobiyolojik testlerle, E. faecalis olarak tespit edilen 21 suşun hepsinde 16S rRNA geni doğrulandı ve %61.90'ında jelatinaz geni, %33.3'ünde vanB geni tespit edildi. Özetlemek gerekirse, E. faecalis, jelatinaz ve vankomisin direnç genleri de dahil olmak üzere virülans genlerine sahip olması nedeniyle antibiyotik etkisine direnç gösterme ve vajinite neden olma yeteneği göstermiştir.

Anahtar Kelimeler: Vajinit, Enterococcus faecalis, Antibiyotik Direnci, vanB, Jelatinaz, 16S rRNA

Abstract:
Approximately 75% of women worldwide have at least one vaginal infection in their lives. The disease can develop due to many pathogenic bacteria, including Enterococcus faecalis, which lives as a commensal in the vaginal flora. Monitoring the genes that contribute to the formation of virulence and antibiotic resistance in E. faecalis bacteria in different geographical regions will contribute to the health system in the fight against vaginitis. For this purpose, 150 vaginal swab samples were collected from female patients who applied to the Gynecology and Pediatrics Unit of Azadi Training Hospital with symptoms of vaginal infection between March and July 2023. In addition to morphological and biochemical tests, the Vitek II system was used to diagnose the isolates obtained from the samples. Molecular identifications were confirmed by 16S rRNA sequence analysis. Antibiotic susceptibility tests were performed using standard disk diffusion tests. In addition, PCR amplification of target genes was performed by genomic and plasmid DNA extraction to determine the virulence gelatinase gene and the vanB gene that contributes to antibiotic resistance. It was determined that 30.97% of the patients were between the ages of 31-35, 54.87% lived in urban areas, and 49.56% had an infection period of 4-7 days. As a result of the cultivation of swab samples, 18.58% of the isolates (21) were identified as E. faecalis. In the antibiotic susceptibility test performed for E. faecalis, 33.33% of the isolates were found to be resistant to vancomycin. In microbiological tests, the 16S rRNA gene was confirmed in all 21 strains identified as E. faecalis, and the gelatinase gene was detected in 61.90% and the vanB gene in 33.3%. To summarize, E. faecalis has shown the ability to resist antibiotic effects and cause vaginitis due to its virulence genes, including gelatinase and vancomycin resistance genes.

Keywords: Vaginitis, Enterococcus faecalis, Antibiotic Resistance, vanB, Gelatinase, 16S rRNA