İmprinting defekti ile giden beckwith-wiedemann ve silver-russell sendromlarında metilasyon spesifik analiz yöntemlerinin rutin tanıda kullanılması /
Yazar: ASUMAN KOPARIR
Danışman: DOÇ. DR. HAKAN ULUCAN
İstanbul Üniversitesi / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2015
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Beckwith-Wiedemann sendromu ve Silver-Russell sendromu büyüme hızı açısından birbirinin zıt bulguları ile karakterize olan sendromlardır. BWS'nin başlıca bulguları pre-post natal makrozomi, dil büyüklüğü, kulakta çizgilenme veya pitler, visseromegali, hemihiperplazi ve artmış embriyonel tümör riskidir. SRS ise pre-post natal gelişim geriliği ile karakterizedir.
BWS ve SRS'nin çoğunluğu kromozom 11p15.5 deki epigenetik değişiklikler ile ilişkilidir. Fetal ve post-natal büyümede rol oynayan iki adet farklı metile bölge (FMB) H19-FMB ve LIT1-FMB bu bölgede yer almaktadır. Ayrıca SRS hastalarının %10 unda kromozom 7'de maternal UPD görülmektedir.
BWS hastalarının ancak  %80 i, SRS hastalarının %50 si moleküler ve sitogenetik testlerle tanı almaktadır. Genetik tanı amacı ile etkin olan Metilasyon Spesifik-Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MS-MLPA) az sayıda laboratuarda kullanılmaktadır. Son çalışmalarda BWS ve SRS hastaları için metilasyon spesifik pirosekanslama (MS-Pirosekanslama) yapılmış ve BWS için genetik tanı koyma yüzdesinin % 95, SRS için genetik tanı koyma yüzdesinin %70'e yükseldiği gösterilmiştir. 
Çalışmamızda hastalarımızın genomik DNA örneklerinden MS-MLPA analizi yapıldı ve BWS klinik tanılı hastalarımızın %80'ine, SRS hastalarımızın ise %33.3'üne genetik tanı konuldu. Aynı gDNA'ler MS-Pirosekanslama yöntemi ile analiz edildi ve genetik tanı koyma yüzdesi BWS hastalarımızda %90'a yükseldi. SRS hastalarımızda ise, ikisinde sonuç doğrulandı, bir hastamızda MS-MLPA ile gösterdiğimiz metilasyon değişikliğinin yanlış olduğu ortaya konuldu ve  yanlış pozitif sonuç düzeltilerek SRS hastalarımızın %22.2'sinin genetik tanısı doğrulandı. Bu çalışmada BWS ve SRS klinik tanılı hastalar için MS-Pirosekanslama yönteminin MS-MLPA'ya göre üstün olduğunu ortaya koymak ve rutin genetik laboratuarlarında kullanılabilirliğini göstermek, genotip-fenotip ilişkisinden yola çıkarak prognoz hakkında bilgi vermek ve hastalar ile ailelerine daha sağlıklı genetik danışma hizmeti vermek amaçlanmıştır.

Abstract:
The syndromes of Beckwith-Wiedemann (BWS) and  Silver-Russell (SRS) are characterized by opposite clinical findings. Main features of BWS are pre-postnatal macrosomia, macrogglossia, ear crease and/or pits, visceromegaly, abdominal wall defects, hemihyperplasia and increased risk for embryonal tumors. In contrast to these findings, SRS is characterized by prenatal and postnatal growth retardation.
BWS and SRS are both associated with epigenetic alterations of chromosome 11p15.5. H19-DMR ve LIT1-DMR are two differntially metilated regions(DMR) which have crucial role in fetal and post natal development, exist in this region. 
Only 80% of BWS and 50% of SRS patients can be genetically diagnosed. Methylation-spesific  Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MS-MLPA) is been used efficiently in a few laboratory. 
In current study, we utilized MS-MLPA in genomic DNAs of the our BWS and SRS patients. 80% of our BWS and 33.3 % of SRS patients were diagnosed genetically. Later we performed MS-Pyrosequencing in the same gDNAs and  90% of our BWS and 33 % of SRS patients were diagnosed genetically. 
 In conclusion, we observed that the diagnostic value of Methylation Spesific-Pyrosequencing  comparing with MS-MLPA was better and we demonsrated  the MS-Pyrosequencing availability as routine genetic test as routine studies. In addition these process provide us giving appropriate genetic counselling to our patients.