LC-MS-MS ile prostat kanserinde proteom profillerinin incelenmesi
Investigation of proteom profiles in prostate cancer with LC-MS-MS
Yazar: İHSAN YOZGAT
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA GÜLFEN
Sakarya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı / Analitik Kimya Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
Prostat kanseri (PCa) tüm dünyada erkeklerde en çok görülen kanser türlerinden biri olup büyük oranda ölümle sonuçlanmaktadır.  Prostat kanserinin tanısı, genel olarak parmakla rektal muayeneye (PRM), serum PSA (Prostat spesifik antijen) ölçümüne ve biyopsiye dayanmaktadır. PSA'nın en büyük dezavantajı, yanlış negatif veya yanlış pozitif test sonuçlarına yol açmasıdır. Biyopsi, hastalar tarafından organ ve dokularının hasar görmesine sebep olabilir endişesi ile tercih edilmek istenmemektedir. Bu çalışmada ise LC-MS-MS tekniği kullanılarak invaziv tekniklere alternatif olacak şekilde prostat kanseri tanısında kullanılabilecek biyobelirteçler belirlenmiştir. 

Steril tüplerde uygun şartlarda muhafaza edilen sağlıklı ve prostat kanserli idrar örneklerine aseton çöktürme tekniği uygulanarak proteinlerin saflaştırılma işlemi yapılmıştır. Bu aşamadan sonra filtre yardımlı örnek hazırlama tekniği kullanılarak proteinlerin enzimatik parçalanması gerçekleştirildi. Elde edilen peptitler LC-MS-MS cihazı ile analiz edilerek protein profilleri karşılıklı olarak incelendi. Hastalık ile ilişkili olabilecek up-regüle ve down-regüle olmuş proteinler saptandı. Bulunan anlamlı proteinler için string yolak analizi yapılarak bu proteinlerin birbirleri ile olan ilişkilerinin yanısıra, moleküler fonksiyonları, hücresel, biyolojik ve reaksiyon prosesleri incelendi. Ingenuity Pathways Analysis (IPA) programı ile iki grup arasında anlamlı olarak belirlenen proteinler incelendi ve prostat kanserle ilişkili olan Pyruvate kinase PKM ve Kallikrein-11 proteinleri biyobelireç adayları olarak tespit edildi. Elde edilen bu sonuçlar umut vadedici bir ön çalışma olup, belirlenmiş olan biyobelirteçlerin doğrulanması aşamasından sonra LC-MS-MS tekniğinin klinikte uygulanabilir olabilmesi için çok önemlidir. Bu teknik ile idrardan prostat kanseri teşhisinin kısa sürede ve yüksek doğrulukla yapılabilir duruma gelmesi kanserlerin hızlı bir şekilde teşhis edilerek, başarılı tedavi programlarının oluşturulması açısından önem arz etmektedir.

Abstract:
Prostate cancer (PCa) is one of the most common cancer types observed in males around the worldwide and resulted in death in large proportions. The diagnosis of prostate cancer is based mainly on digital rectal examination, serum PSA (prostate specific antigen) measurement and biopsy. The biggest disadvantage of PSA is that it leads to false negative or false positive test results. Biopsy is not intended to be preferred with concerns that it may cause damage to organs and tissues by patients. In this study, biomarkers were determined to diagnose prostate cancer as an alternative to invasive techniques using LC-MS-MS. 

The proteins obtained from the urines of healthy and prostate cancer specimens were purified by applying acetone precipitation technique which had been kept in sterile tubes.  After this step, by using the filter assisted sample preparation technique, the proteins were firstly broken up into the peptides by enzymatic digestion prior to MS analysis. The obtained peptides were analyzed by using LC-MS-MS and the protein profiles were examined mutually. The up-regulated and down-regulated proteins  which may be associated with the cancer disease were detected. For the detected significant proteins, in addition to the relationship of these proteins to each other, the molecular functions, cellular, biological and reaction processes were investigated by string pathway analysis. Significant proteins between the two groups by Ingenuity Pathways Analysis (IPA) program were examined. Pyruvate kinase PKM and Kallikrein-11 proteins associated with prostate cancer were detected as biomolecular candidates. These results are very promising as a preliminary study, and  LC-MS-MS technique is crucial to be clinically feasible after the validation phase of identified biomarkers. With this technique, the diagnosis of prostate cancer from urine in a short time and with high accuracy is very important in terms of establishing successful treatment programs by rapidly diagnosing cancers.