Lokalize prostat kanserinde epigenetik biyobelirteç meta analizi
Epigenetics biomarker meta analysis in localized prostate cancer
Yazar: MELİS TUNCER
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FİLİZ KISAAYAK ÇOLLAK ; DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ
İstanbul Medeniyet Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyolojik Veri Bilimi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoistatistik = Biostatistics ; Genetik = Genetics
Dizin: Biyobelirteçler = Biomarkers ; Epigenetik = Epigenetic ; Gen ifadesi = Gene expression ; Prostat neoplazmları = Prostatic neoplasms

Özet:
Prostat kanseri, prostatın anormal büyümesi sonucu histoloji ve anatomide ciddi değişimlerle tanımlanır ve erkeklerde en sık görülen ikinci kanser türüdür. Prostat kanserinin teşhisinde kullanılan taramalar erken evrelerde yeterli duyarlılığa sahip değillerdir. Hastalıkta geç tanı ve teşhis, kanserin ileri seviyelere ulaşmasına ve iyileşme sürecinin uzamasına neden olmaktadır. Prostat kanserinin erken evrelerinde mevcut taramalara karşılık daha etkin biyobelirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. 
Bu tez çalışmasında, lokalize prostat kanseri içeren yayınlanmış mikrodizin çalışmalarındaki veriler kullanılmış ve tümöre komşu normal dokular ile kıyaslanarak ifade değişimleri analiz edilmiştir. Prostat kanseri doku örneklerinde değişen miRNA ve metilasyon ifadelerinin kanserde değişen gen ifadeleri ile ilişkisi gözlemlenmiştir. İstatistiksel olarak prostat kanserinde ifadesi anlamlı (q<0,05) değişen miRNA ve hedef genlerinin doğrulanması eş zamanlı PZR ile gerçekleştirilmiştir. Meta analiz sonucunda lokalize prostat kanserinde, normal dokulara kıyasla miR-7-5p'nin ifadesinin yukarı yönde düzenlendiği ve prostat kanser doku verilerinde ifadesi yukarı değişen CAMKK2, TMEM97 ve ifadesi aşağı değişen CLIP1 genleri ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Bununla birlikte, CAMKK2, CLIP1, TMEM97 genlerinin prostat kanserinde hipermetile durumda olduğu bildirilmiştir. Doğrulama için eş zamanlı PZR, 22RV1 prostat kanseri hücre dizisi ve normal prostat hücre dizisi RWPE1 kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Eş zamanlı PZR sonucunda miR-7-5p, CAMKK2, CLIP1 ve TMEM97 ifadelerinde anlamlı (p<0.05) bir değişiklik görülmedi.
Araştırmada elde edilen meta analiz sonuçları, prostat kanserinin erken tanısının hastalığın ilerlemesinde önemli olmasından dolayı lokalize prostat kanserinde değişen anlatımların kritik olabileceğini ve lokalize prostat kanseri doku verilerinde ifadesi değişen genleri hedef alan miRNA ve ifade seviyelerini etkileyen metilasyonun prostat kanserinde biyobelirteç potansiyeli olabileceğini göstermektedir.

Abstract:
Changes in anatomy and histology of prostate as a result of uncontrolled enlargement of the prostate cause prostate cancer. Prostate cancer is the most common type of cancer in men and ranks second in cancer-related deaths. Current screenings used in the diagnosis of prostate cancer do not have sufficient sensitivity in the early stages. Late diagnosis and diagnosis in the disease cause the cancer to reach advanced levels and prolong the recovery process. In the early stages of prostate cancer, more effective biomarkers are needed compared to current screenings. 
In this thesis study, using the published microarray data from the database, different expression of mRNA, miRNA and methylation states between localized prostate tissue and prostate tissues adjacent to the tumor (benign prostatic hyperplasia or normal) were determined as a result of meta-analysis. The association of altered miRNA and methylation expressions with altered gene expressions was observed in prostate cancer samples. Statistically significant (q<0.05) changes in expression of miRNA and target genes in prostate cancer were confirmed by real-time PCR.The results of the meta analysis showed that miRNA, mRNA and methylation expressions were significantly altered in localized prostate cancer compared to prostate tissues adjacent to the tumor (benign prostatic hyperplasia or normal). miR-7-5p is upregulated in localized prostate cancer, which is significantly upregulated compared to normal tissues, and is associated with upregulated CAMKK2, TMEM97, and downregulated CLIP1 genes in prostate cancer tissue data. However, CAMKK2, CLIP1, TMEM97 genes have been reported to be hypermethylated in prostate cancer. Real-time PCR for validation was performed using the prostate cancer cell line 22RV1 and the normal prostate cell line RWPE1. Result of real-time PCR was observed no significant (p<0.05) change in the expressions of miR-7-5p, CAMKK2, CLIP1 and TMEM97.
Meta analysis results shows that miRNA targeting genes with altered expression in localized prostate cancer tissue data and methylation affecting expression levels may have prostate cancer biomarker potential.