Kadınlarda üriner sistem enfeksiyonlarından üropatojenleri oluşturan biyofilmin izolasyonu, tanımlanması ve moleküler karakterizasyonu
Isolation, identification and molecular characteriation of biofilm forming uropathogens from urinary tract infections in women
Yazar: SUMAYA JABBAR KARIEM ASKAR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKAY ÇORAK ÖCAL ; PROF. DR. ASAL AZİZ TAWFEEQ
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Biyofilmler = Biofilms ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Moleküler özellikler = Molecular properties

Özet:
Çalışma, kadınlarda en yaygın biyofilm oluşturan üropatojenleri izole etmek ve tanımlamak için yapılmıştır. Bu çalışma ırak – kerkük ilinde kadın doğum ve çocuk hastanesinde Ekim 2020 ve Mart 2021 tarihleri arasında farklı yaş gruplardaki ve farklı bölgelerdeki kadınlardan alınan 124 idrar örenği alınarak gerçekleştirilmiştir. İzole edilen bakterilerde biyofilm oluşumu araştırılmıştır. En çok biyofilm üropatojen pervalansı olarak Escherichia coli ve Klebsiella pneumonia de gözlemlendi. Biyofilm oluşturan üropatojen izolatların antibiyotiklere karşı dirençlerini tanımlamak için antibiyotik duyarlılık testi yapılmıştır. İzole edilmiş E. coli ve K. pneumonia suşu, yüksek bir biyofilm aktivitesi gösterdiğinden, ilk önce üropatojenlerin karakterizasyonunu doğrulamak ve daha sonra biyofilm oluşumundan sorumlu genleri saptamak için moleküler analize tabi tutulmuşlardır. İki izole suş, 16SrRNA gen dizisinin (1500 bp) ürün boyutunda iki amplikon göstermiştir. Buna göre, iki suş, NCBI'de E. coli izolatı için MZ647704 ve K. pneumoniae izolatı için MZ647716 erişim numarası altında tescil edilmiştir. Ayrıca iki genin (fimH ve mrkD) analiz edilmesi önerilmiş ve genlerin DNA amplifikasyonu yoluyla gen saptama işlemi gerçekleştirilmiştir. Biyofilm Tedavilerinde Bakteriyofajlarla ilgili yeni çalışmalar ve ileri teknikler yapılmalıdır.

Abstract:
This study was conducted to isolate and identify the most common biofilm-forming uropathogens in women. This study was carried out by collecting 124 urine samples from women in different age groups and regions between October 2020 and March 2021 in a maternity and children's hospital in Iraq - Kirkuk . All isolated bacteria were subjected to biofilm assay and results displayed the prevalence of Escherichia coli and Klebsiella pneumonia as the most biofilm uropathogene in the samples. Then, all of the identified bacterial strains were subjected to antibiotic susceptibility test (AST) in order to determine the impact of biofilm formation on the antibiotic resistant pattern of the uropathogenic isolates. Two isolated strains of E. coli and K. pneumonia showed an increased biofilm activity. Therefore, they were subjected for molecular analysis in order firstly to confirm the characterization of the uropathogenes and secondly to detect the genes responsible for the biofilm formation. The two isolated strains showed two amplicons of product size of (1500 bp) of 16SrRNA gene sequence. In accordance, the two strains were registered in the NCBI under the accession number of MZ647704 for E. coli isolate, and MZ647716 for Klebsiella pneumoniae isolate. More over, two genes (fimH and mrkD) were suggested to be analyzed and gene detection procedure was carried out through DNA amplification of the genes. New trends in Antibiofilm Treatments like studies about Bacteriophages should be applied for further studies about biofilm treatment .