Bazı Anadolu antik kentlerindeki kazılardan çıkarılan kemiklerin DNA analizi
DNA analysis of excavated bones in some antique Anatolian cities
Yazar: EVRİM TEKELİ
Danışman: PROF. DR. TİMUR GÜLTEKİN
Ankara Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Antropoloji Ana Bilim Dalı / Paleoantropoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Antropoloji = Anthropology ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Antropolojik analiz = Anthropological analysis ; Arkeolojik kazılar = Archaeological excavations ; Arkeolojik yerleşim = Archaeological settlement ; DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; Kemik aletler = Bone tools ; Kemik ve kemikler = Bone and bones ; Kemik yaşı ölçülmesi = Age determination by skeleton ; Paleoantropoloji = Paleoanthropology

Özet:
Binlerce yıldır birçok uygarlığı içinde barındıran Anadolu'da birçok arkeolojik ve antropolojik kazılar yapılmıştır ve yapılmaya devam etmektedir. Kazılardan çıkartılan iskeletlerde yapılan incelemeler sonucunda bireylerin boy uzunluğu, cinsiyeti, geçirmiş olduğu hastalıklar, beslenme şekilleri belirlenmektedir. İskelet buluntularından DNA elde edilmesi ve moleküler antropolojinin ortaya çıkması ile birlikte antropoloji alanında yapılan çalışmaların alanı genişlemiş ve tarih öncesi dönemlerde yaşayan insanlar hakkında akla gelen sorular cevaplanmaya başlamıştır. Antropoloji alanında biyolojik profilin belirlenmesi, adli bilimlerde de iskelet üzerinde yapılan kimliklendirme önemlidir ve iskelet üzerinde cinsiyet tespiti yapılamadığı durumda DNA analizi oldukça önemli olmaktadır. 
Bu çalışmada İzmir Teos Antik Kenti Kazısından (Helenestik-Roma), Aydın Nysa Kazısından (Bizans), Muğla Beybağ Kazısından (Geç Bizans), Giresun Adası Kazısından (Orta Bizans) ve Van Kalecik Köyü Urartu Nekropolü (Erken Demir Çağ) ile Eski Van Şehri Kalesi ve Höyüğü (Orta Çağ) Kazılarından çıkartılmış olan diş, femur ve timpanik kemiklerinden DNA elde edilerek cinsiyetin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada kullanılan örnekler Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesi Anatropoloji Bölümü'ne getirilmiştir ve moleküler çalışmalar Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi, Adli Tıp Anabilim Dalı DNA Laboratuvarında yapılmıştır. Antik DNA çalışmalarında kontaminasyonun oluşması sonuçları etkilediği için, bu problemin oluşmaması için dekontaminasyon işlemleri örneklerin durumu göz önünde bulundurularak yapılmıştır. Farklı iklimsel özelliklere ve farklı çevresel şartlara maruz kalmış olan 16 adet kemik (femur,  fibula, timpanik) ve 21 adet diş örneğine iki farklı DNA izolasyon yöntemi (fenol kloroform/ticari kit) uygulanmıştır. DNA elde edildikten sonra cinsiyetinin belirlenmesi amacıyla X-STR kiti kullanılarak PZR yapılmıştır. Çalışılan 10 adet femur kemiğinin 9'unda, 5 adet timpanik kemiğinin 4'ünde, 1 adet fibula kemiğinde ve 21 diş örneğinin 12'sinde amelogenin bölgesinde amplifikasyon oluşmuştur. Toplamda 37 örnekten DNA izolasyonu yapılmıştır ve bunlardan 27'sinden sonuç alınarak % 72,9 oranında bir başarı sağlanmıştır. İskeletler üzerinde yapılan morfolojik cinsiyet sonuçları ile moleküler sonuçlar karşılaştırılmıştır ve %56 oranında bir uyum olduğu görülmüştür. Bu çalışma ile morfolojik yöntemlerle cinsiyetin belirlenemediği durumlarda DNA analizlerinin oldukça önemli ve gerekli olduğu bu çalışma ile ortaya koyulmuştur.

Abstract:
Many archeological and anthropological excavations have been done in Anatolia which has included many civilisations for thousand of years and it has been gone on.  As a result of examinations which are done on skeletons which are taken out of the excavations,  the individuals' tall stature, gender,  disease that they had,  their nutrition ways are determined. The field of studies which are done in the field of anthropology expanded as DNA was obtained from the findings of skeleton and the molecular anthropology occurred, and the questions which came into the mind on people who lived in the prehistory periods started to be answered. The identification which was done on the skeleton in the field of anthropology and in the legal sciences are important and the analysis of DNA is very important in the case that the gender determination on skeleton couldn't be done.
 It was aimed in this study that DNA was obtained from the femur and thympanic bones with the teeth which were taken from the excavations on Izmir Teos Ancient City (Hellenistic-Roma),Aydin Nysa (Byzantine), Mugla Beybag (The Late Byzantine ), Giresun Island  (Middle Byzantine ), and Van Kalecik Town Urartu Necropolis,  Old Van City Towel and Mound  (Middle Age). The samples which were used in the study were brought to The Department of Anthropology,  The Faculty of Language and History,  Ankara University and the molecular studies were done in the DNA laboratory, in The Department of Legal Medicine, Medical Faculty, Ankara University. As the occurrence of contaminations in ancient DNA studies affected the results,  the works on decontamination were done in consideration with the samples' status as the problem wasn't seen.  DNA was obtained from the use of two different DNA isolation methods ( phenol chloroform / commercial kit)  from 16 cortical bones (femur, fibula and tympanic) and 21 the sample of tooth which were exposed to the different climatic properties and different environmental conditions. After DNA was obtained, PCR was done with the use of X-STR kit to determine the sex. The amplification occurred in the area of amelogenesis in 9 of 10 femur bones,  4 of 5 thympanic bones, 1 fibula bone and 11 of 21 tooth samples which were worked. A total of 37 samples were isolated from DNA and taking the results of 27 of these samples and 72.9% success rate was achieved. The morphological gender results on skeletons were compared with the molecular results and it was found that  there was  conformity at % 56 The results which were obtained as a result of molecular works with the data which were obtained as a result of the morphological examinations which were done on the skeleton were compared and interpreted.  It provides a great contribution to the legal sciences and anthropology that DNA would be obtained from the skeleton findings which are in the group embedding and in a case that the gender determination will not be done with the working in different disciplinaries' together with the ancient DNA studies. . In this study, DNA analysis is very important and necessary in cases where sex can not be determined by morphological methods.