Çevresel su örneklerinde Acanthamoeba spp.'nin kültür ve moleküler yöntemler ile araştırılması
Investigation of the Acanthamoeba spp. by culture and molecular methods in environmental water samples
Yazar: ŞEYMA EFE
Danışman: PROF. DR. ÖZDEN BORAL
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Mikoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Parazitoloji = Parasitology

Özet:
Serbest Yaşayan Amiplerden Acanthamoeba spp. çevrede suda, toprakta ve havada bulunabilmektedir. Acanthamoeba spp.'nin yaşam döngüsünde iki formu bulunmaktadır. Bunlar trofozoit ve dirençli kist formudur. Toprakta ve suda genellikle trofozoit formunda çevre koşulları kötüleştiğinde ise kist formunda bulunmaktadır. Trofozoitlerin çapı genellikle 12-35 µm aralığında olup farklı türler/genotipler arasında önemli ölçüde farklılık görülmektedir. Gözün kornea tabakasına yerleşerek Acanthamoeba keratitine (AK) beyne yerleşerek de granülomatöz amebik ensefalit (GAE) sebep olabilmektedir. Bu çalışmada amacımız Acanthamoeba spp.'nin çevresel su örneklerinde varlığını araştırmaktır. Bu amaçla Türkiye'nin farklı bölge ve şehirlerinden havuz, deniz, göl, baraj, nehir, kaplıca suyu olmak üzere toplam 100 su örneği toplamış NNA-E.coli ve BCYE besiyerlerine kültüre edilmiştir. 100 örneğin kültür sonuçları besiyeri ayrımı yapılmaksızın 27 (%27) Acanthamoeba spp. tespit edilmiştir. NNA-E.coli besiyerinde 22 (%22) BCYE besiyerinde 19 (%19) Acanthamoeba spp. üretilmiştir. İki besiyeri arasında anlamlı bir farklılık bulunamamıştır. RT-PCR yöntemi ile toplam 25 Acanthamoeba spp. saptanmıştır (%25). Besiyerlerinin RT-PCR ile uyumu kappa katsayısı hesaplanarak istatiksel olarak (p<0.005) anlamlı ve iki yönlü olarak kabul edilebilir bulunmuştur. Acanthamoeba spp. kisti saptanan örnekler morfolojik kriterlere göre değerlendirilmiştir. Kistlerin büyüklük ve şekilleri baz alınarak yapılan sınıflamada ağırlıklı olarak tespit edilen örneklerin grup II ve grup III'e ait oldukları görülmüştür.

Abstract:
The free-Living Amoeba of Acanthamoeba spp. can be found in water, soil and air in the environment. There are two forms in the life cycle of Acanthamoeba spp. which are the trophozoite and resistant cyst form. They are usually found in the form of trophozoites in soil and water, and in the form of cysts when the environmental conditions deteriorate. The diameter of the trophozoites generally range between 12-35 µm, with significant differences between different species/genotypes. They may cause Acanthamoeba keratitis (AK) by settling in the cornea layer of the eye, and granulomatous amebic encephalitis (GAE) by settling in the brain. The aim of the present study is to investigate the presence of Acanthamoeba spp. in environmental water samples. Therefore, a total of 100 different regions and cities of Türkiye were collected and cultured on NNA-E.coli and BCYE media. After culturing of 100 specimens. 27 (27%) Acanthamoeba spp. were detected 22 (22%) Acanthamoeba spp. were produced in NNA-E.coli medium and 19 (%19) wee produced in BCYE medium. No significant difference was detected between the two media. A total of 25 Acanthamoeba spp. were detected (25%) with the RT-PCR method. The compliance of the media with RT-PCR was found to be statistically significant (p<0.005) and bidirectionally acceptable by calcutaing the kappa coefficient. The samples which were detected to have Acanthamoeba spp. cysts were evaluated in accordance with the morphological criteria. The detected samples mainly belonged to the Group II, and Group III in the classification performed based on the size and shape of the cysts.