Irak'in al-anbar şehri'nde ıdrar örneklerinden izole edilen geniş spektrumlu β-laktamaz (ESBL) üreten E. coli suşlarının antibiyotiğe direnç özelliklerinin fenotiplendirilmesi ve genotiplenmesi
Study the phenotyping and genotyping of antibiotic resistance of the extended-spectrum β-lactamase (ESBL) of E.coli isolated from urine samples in al-anbar province/Iraq.
Yazar: EESEE ABDULJABBAR SAEED SAEED
Danışman: DOÇ. DR. ÖZGÜR KUZUKIRAN
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Bu çalışma, geniş spektrumlu beta-laktamaz (ESBL) üreten üropatojenik Escherichia coli'de (blaCTX-M, blaTEM ve blaOXA) genlerinin görülme sıklığını ve Al-Anbar/Irak Hastaneleri arasında antibiyotik direnç modellerini belirlemek için tasarlanmıştır. Analiz edilen 65 üropatojenik E. coli izolatından 52 izolatın, kombinasyon disk testi ve VITEK sistemi kullanılarak ESBL üreticisi olduğu belirlendi. E. coli içerisinde beta-laktamaz (bla) genlerinin (TEM, CTX-M ve OXA) frekansı, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) Tekniği ile genetik olarak belirlendi. Bunlardan 29 (%55,76) ESBL üreten üropatojenik E. coli'den tamamı blaTEM ve, blaCTX-M yönünden pozitif, blaOXA geni yönünden  negatif çıkmıştır. Aynı örneklerin hem blaTEM hem de blaCTX-M genlerini barındırdığı görülmüştür. TEM ve CTX-M genlerinin en yaygın genler olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada izolatlar, Ticarcillin'e (%91), Piperacillin'e (%91), Seftazidime (%91), Cefepime'ye ve (%12.13) Imipenem'e direnç göstermiştir. İzole edilen E. coli, Piperacillin / tazobactam'a duyarlılık gösterirken (%69.69). Bu çalışma, Al-Anbar eyaleti / Irak'ta üropatojenik E. coli suşlarında CTX-M ve TEM genlerinin görülme sıklığını gösterirken, Irak'ta ilk kez blaOXA geni (%0) negatif sonuç ile karşılaşıldı.

Abstract:
The present study was designed to determine the occurrence frequency of (blaCTX-M, blaTEM and blaOXA) genes in extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing uropathogenic Escherichia coli, and their antibiotic resistance patterns among the Hospitals of Al-Anbar province/Iraq. Out of the 65 uropathogenic E.coli isolates analyzed, 52 isolates were identified to be ESBL producers by using combination disc test and VITEK system. The frequency of beta-lactamase (bla) genes (TEM, CTX-M and OXA) among E. coli was genetically determined by Polymerase Chain Reaction (PCR) Technique. Out of 29 (55.76%) ESBL-producing uropathogenic E. coli, 29 (100%) were positive for blaTEM, 29 (100%) were positive for blaCTX-M while recorded 29/29 (0%) negative result of blaOXA gene. And well 29 (100%) harbored both blaTEM and blaCTX-M genes. TEM and CTX-M genes were the most prevalent gene. In this study Isolates were resistance (91%) toward Ticarcillin, (91%) to Piperacillin, (91%) to Ceftazidime, (91%) to Cefepime, and (12.13%) to Imipenem. While the isolated E. coli showed susceptibility to Piperacillin/ tazobactam (69.69%). This study demonstrated the occurrence frequency of CTX-M and TEM genes in uropathogenic E. coli strains in Al-Anbar province/Iraq. while blaOXA gene first time studied in Iraq with (0%) negative result. Even though molecular techniques are more reliable in the detection of ESBL production, routine clinical screening for ESBL-producing uropathogens using phenotypic method should be introduced and encouraged in clinical settings as they are less expensive.