Kutanöz leishmaniasis hastalarında sitokin gen polimorfizmi ve genetik yatkınlık
Cytokine gene polymorphisms and genetic susceptibility to cutaneous leishmaniasis patients
Yazar: FATMA ESİN AYDIN
Danışman: PROF. DR. GÖNÜL ASLAN
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Parazitoloji = Parasitology

Özet:
Kutanöz Leishmaniasis Hastalarında Sitokin Gen Polimorfizmi ve Genetik Yatkınlık

Kutanöz Leishmaniasis (KL) tüm dünyada yayılım gösteren paraziter bir enfeksiyon hastalığıdır. KL enfeksiyonlarına yakalanmada konağın genetik yatkınlığı önemli rol oynamaktadır. Bu çalışmanın amacı bazı sitokin gen bölgelerinde görülen tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP'ler)  KL'ye genetik yatkınlıkla ilişkisini belirlemektir.
	
Çalışmaya Şanlıurfa ilinde yaşayan 55 KL hastası ve 110 sağlıklı kontrol dahil edilmiştir.  TNF-α promoter - 308 G/A, IFN-γ +874 T/A, IL-12B p40 1188 A/C, IL-10 promoter -1082 G/A and IL-4 promoter -590 C/T gen bölgelerindeki SNP'leri saptamak için periferik kan örneklerinden ekstrakte edilen genomik DNA 'Polimerase Chain Reaction- Restriction Fragment Length Polymorphism- (PCR-RFLP)' ve 'Amplification Refractory Mutational System-PCR (ARMS-PCR)' yöntemleri ile genotiplendirilmiştir.  

Hasta ve sağlıklı kontrol grubu arasında,  TNF-α promoter -308 G/A ve IL-4 promoter -590 C/T SNP'leri allel (TNF-α: p<0.001, IL-4: p: 0.004) ve genotip (TNF-α: p=0.001, IL-4: p: 0.001) dağılımlarında anlamlı bir farklılık saptanırken IFN-γ +874 A/T, IL-12B p40 1188 A/C ve IL-10 promoter -1082 G/A SNP'leri allel (IFN-γ: p= 0.414,  IL12: p= 0.93, IL-10: p=0.148) ve genotip (IFN-γ: p= 0.133, IL12: p=0.86, IL-10: p<0.001) dağılımlarında anlamlı bir farklılık saptanmamıştır.

Sonuç olarak bu çalışmaya göre TNF-α 308 G/A ve IL-4-590 C/T SNP'leri istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde KL'ye genetik yatkınlıkla ilişkili bulunmuştur. Sitokin gen polimorfizmlerinin KL' ye genetik yatkınlıkla ilişkisi ile ilgili Türkiye'de herhangi bir yayının bulunmaması ve diğer ülkelerde de çok az sayıda yayın yapılmış olması nedeniyle daha geniş popülasyonlarla yapılmış daha fazla sayıda çalışma önerilmektedir.

Anahtar Kelimeler: Kutanöz leishmaniasis, TNF-α, IFN-γ, IL-4, IL-10, IL-12, Polimorfizm, SNP

Abstract:
Cutaneous Leishmaniasis (CL) is a global parasitic infectious disease. The host's genetic suceptibility play an important role in CL. The aim of this study is to determine the association of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in certain cytokine genes and genetic suceptibility to CL.
A total 55 CL patients and 110 healthy controls living in Sanliurfa provinence were included in this study. Genomic DNA extracted from peeripheral blood samples were gentoyped by 'Polimerase Chain Reaction- Restriction Fragment Length Polymorphism- (PCR-RFLP)' and 'Amplification Refractory Mutational System- PCR (ARMS-PCR)' methods for detection of SNPs at TNF-α promoter - 308 G/A, IFN-γ +874 T/A, IL-12B p40 1188 A/C, IL-10 promoter -1082 G/A and  IL-4 promoter -590 C/T gene loccus. 
A significant diffference was noted in the allele (TNF-α: p<0.001, IL-4: p=0.004) and genotype (TNF-α: p=0.001, IL-4: p: 0.001) frequencies of the TNF-α promoter -308 G/A and IL-4 promoter -590 C/T SNPs between patients and controls. However, no significant diffference was noted  in the allele (IFN-γ: p= 0.414,  IL12: p= 0.93, IL-10: p=0.148) or genotype (IFN-γ: p= 0.133, IL12: p=0.86, IL-10: p<0.001)  frenquencies of the IFN-γ +874 A/T, IL-12B p40 1188 A/C and IL-10 promoter -1082 G/A SNPs between patients and controls. 
In conclusion, this study indicates that SNPs at TNF-α 308 G/A and IL-4-590 C/T are significantly associated with susceptibilty to CL. As there is no published data in Turkey and only a few publications from other countries on association of cytokine gene polymorphisms and genetic susceptiblity to CL further investigations with larger populations are recommended.