Staphylococcus aureus izolatlarında metisilin direncinin belirlenmesinde sefoksitin disk difüzyon ve phoenix otomatize sisteminin meca/mecc pzr yöntemi ile karşılaştırılması ve pvl gen varlığının araştırılması
Comparison of cefoxitin disc diffusion, phoenix automated system and meca/mecc pcr for detection of methicillin resistance in s.aureus isolates and investigation the presence of pvl genes.
Yazar: NESLİHAN ARICI
Danışman: PROF. DR. BANU BAYRAKTAR
Sağlık Bakanlığı / İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada, S. aureus suşlarında mecA ve mecC genlerinin belirlenmesine dayalı PZR yöntemi altın standart kabul edilerek, sefoksitin disk diffüzyon ve Phoenix (BD, ABD) otomatize sisteminin duyarlılık ve özgüllüklerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca tüm suşlarda mecC ve PVL varlığı araştırılmıştır. Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş 179 S. aureus suşu çalışmaya dahil edildi. İzolatların tamamının S. aureus oldukları koloni morfolojisi, Gram boyama, katalaz, koagülaz testleri, Phoenix otomatize sistem kitleri ve multipleks PZR ile spa geninin gösterilmesi ile doğrulandı. Bütün suşlara sefoksitin disk diffüzyon, otomatize sistem ile sefoksitin MİK belirlenmesi ve multipleks PZR uygulandı. Metisilin direncinin belirlenmesinde mecA ve mecC PZR referans metot alınarak sefoksitin disk diffüzyon ve otomatize sistemin duyarlılık ve özgüllüğü değerlendirildi. Aynı zamanda bu izolatlarda PVL toksin geni varlığı araştırıldı. 
Çalışmaya alınan suşların 91'i mecA geni saptanarak MRSA olarak tanımlandı. MecC geni içeren hiçbir izolat saptanmadı. Sefoksitin disk diffüzyon yöntemi ve otomatize sistemin MRSA tespitindeki duyarlılıkları referans metoda göre sırasıyla % 100, % 100; özgüllükleri % 100, % 93.2 olarak tespit edildi. MRSA'lar içinde PVL pozitiflik oranı  % 6.5, MSSA'lar içinde ise % 7.4 olarak bulundu. Çalışmamızdaki verilere dayanarak S. aureus'larda metisilinin direncinin belirlenmesinde sefoksitin disk diffüzyon yönteminin güvenilir bir metot olduğu, aynı zamanda maliyet etkinlik göz önüne alındığında rutin laboratuvar kullanımı için daha uygun olduğu düşünülmüştür. Phoenix otomatize sistemi ile MRSA bulunan izolatlarda ise yanlış pozitif sonuçtan kaçınmak için sefoksitin disk difüzyon yöntemi de beraberinde kullanılmalıdır. İmkân olduğu koşulda üremenin olduğu gün PZR ile mecA ve mecC genin varlığının gösterilmesi metisilin direncinin erken saptanması açısından önerilir.

Abstract:
The aim of this study was to compare the specificity and sensitivity of the cefoxitin disk diffusion and Phoenix (BD, ABD) automated system with PCR for the mecA and mecC genes used as the gold standard assay. 179 S. aureus strains isolated from various clinical specimens in Sisli Hamidiye Etfal Research and Training Hospital Microbiology Laboratory were included in the study. All of isolates were verified as Staphylococcus aureus using colony morphology, Gram staining, catalase and coagulase tests, Phoenix kits and spa gene detection by multiplex PCR. Cefoxitin disc diffusion, the automated system and multiplex PCR were applied to all isolates. The specificity and sensitivity of the cefoxitin disk diffusion and Phoenix automated system were evaluated with multiplex PCR for the mecA and mecC genes used as the gold standard assay. These isolates were also tested for presence of PVL. Of the species included in the study, 91 were determined as MRSA since they were mecA positive. The sensitivity of cefoxitin disc diffusion and the automatized system in determining MRSA were 100% and 100% respectively; the specifity of cefoxitin disc diffusion and the automatized system in determining MRSA were 100% and 93.2% respectively. The rate of PVL positivity among MRSA and MSSA strains were found as 6.5% and 7.4 %, respectively. No isolates having mecC gene were detected.
Based on data from our study, it was considered that cefoxitin disc diffüsion test is a reliable method in determining of methicillin resistance in S. aureus and more appropriate to perform at routine laboratories in terms of cost and efficiency.  Also, the isolates identified as MRSA by the automatized Phoenix system should be detected by cefoxitin disc difüssion test to avoid from false positivity. If possible, the day when the bacterial growth observed, showing the presence of mecA and mecC genes is recommended for early detection of methicillin resistance.