Klinik örneklerden izole edilen mantarların tür dağılımlarının ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Determination of species distribution and antifungal susceptibility of fungi isolated from clinical specimens
Yazar: ESRA TAŞ
Danışman: DOÇ. DR. MERYEM ÇOLAK
Karabük Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Mantarlar bağışıklık sistemi baskılanmış veya uzun süreli hastanede yatışı yapılan hastalarda önemli infeksiyon etkenlerindendir. Günümüzde yaşam süresinin uzaması, yoğun bakım servislerinde uzun süre kalış, cerrahi girişimler, intravenöz kateterler, yanıklar, cerrahi girişimler, antibiyotiklerin bilinçsiz ve uzun süreli kullanımı, nötropeni, diabetes mellitus, hücresel immün yetmezlik ve AIDS gibi durumlara bağlı olarak mantar infeksiyonlarının, özellikle de kandidemi, insidansında artış gözlenmektedir. Bu tez çalışmasında, çeşitli klinik servisler ve yoğun bakım ünitelerinden gönderilen klinik örneklerde mantar varlığının araştırılması, tespit edilen mantarların tür tanımlaması ve antifungal duyarlılıklarının tespit edilerek uygulanacak tedavilere ve epidemiyolojik çalışmalara katkıda bulunulması amaçlanmıştır. Karabük Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne Ocak-Ekim 2023 tarihleri arasında başvuran ve klinik örneklerinde mantar varlığı saptanan 54 erkek, 46 kadın olmak üzere 100 hastaya ait klinik örnekler çalışmaya dahil edilmiştir. Kan kültür örneklerinde tür tanımlaması ve antifungal duyarlılık testi BD BACTEC FX otomatize kan kültür sistemi kullanılarak çalışılmış; kan dışı klinik örneklerin tür tayini için BD Phoenix™ M50 otomatize sistemi, antifungal duyarlılık profili için ATB Fungus 3 kiti kullanılmıştır. Çalışmaya dahil edilen hastaların yaş aralığı 10-95 yaş (ort:72,44) olarak saptanmıştır. Mantar pozitifliği tespit edilen klinik örneklerin %50'si kan, %40'ı idrar, %2'si ETA, %2'si apse, %2'si BAL, %2'si balgam, %1'i kulak ve %1'i vajen sürüntü örnekleridir. Klinik örneklerin %66'tısı yoğun bakımdan %34'ü ise çeşitli servislerden gönderilmiştir. İncelenen klinik örneklerde en yaygın tür %33 oranıyla C.albicans olarak tespit edilmiş olup, %22 oran ile ikinci en yaygın tür C.tropicalis ve üçüncü sırada %17 ile C.glabrata olmuştur. Tanımlanan türlerde amfoterisin B, flusitozin, itrakonazol, vorikonazol ve flukonazol test sonuçları duyarlı, doza bağlı duyarlı ve dirençli olarak değerlendirilerek; amfoterisin B için %14, flusitozin için %7, itrakonazol için %30, vorikonazol için %23 ve flukonazol için %18 oranında direnç saptanmıştır. Çalışmada C.albicans'ın en sık karşılaşılan mantar türü olduğu ancak albicans dışı Candida türlerinde de oransal olarak yükseliş görüldüğü, itrakonazol ve vorikonazol direncinin artış gösterdiği tespit edilmiştir. Hastanelerin servis ve klinik örneklere göre izole edilen mantar türlerinin ve antifungal duyarlılık profillerinin belirlemesi ve periyodik takibi mantar infeksiyonlarının tedavi ve yönetiminde yol gösterici olacaktır.

Abstract:
Fungi are important infectious agents in patients with suppressed immune systems or in long-term hospitalizations. Today, due to the prolongation of life expectancy, long-term stay in intensive care units, surgical interventions, intravenous catheters, burns, surgical interventions, unconscious and long-term use of antibiotics, neutropenia, diabetes mellitus, cellular immune deficiency and AIDS, there is an increase in the incidence of fungal infections, especially candidemia. In this thesis, it was aimed to investigate the presence of fungi in clinical samples sent from various clinical services and intensive care units, to identify the species of the detected fungi and to determine their antifungal susceptibilities, and to contribute to the treatments and epidemiological studies. Clinical samples of 100 patients, 54 male and 46 female, who applied to Karabük Education and Research Hospital between January and October 2023 and in whom fungal presence was detected in their clinical samples were included in the study. Species identification and antifungal susceptibility testing in blood culture samples were studied using the BD BACTEC FX automated blood culture system; BD Phoenix™ M50 automated system was used for species identification of non-blood clinical samples, and ATB Fungus 3 kit was used for antifungal susceptibility profile. The age range of the patients included in the study was determined as 10-95 years (mean: 72.44). Of the clinical samples in which fungal positivity was detected, 50% were blood, 40% were urine, 2% were ETA, 2% were abscess, 2% were BAL, 2% were sputum, 1% were ear and 1% were vaginal swab samples. 66% of the clinical samples were sent from the intensive care unit and 34% were sent from various wards. The most common species detected in the examined clinical samples was C. albicans with a rate of 33%, the second most common species was C.tropicalis with a rate of 22%, and the third most common species was C.glabrata with a rate of 17%. In the identified species, amphotericin B, flucytosine, itraconazole, voriconazole and fluconazole test results were evaluated as susceptible, dose-dependent susceptible and resistant; 14% resistance was detected for amphotericin B, 7% for flucytosine, 30% for itraconazole, 23% for voriconazole and 18% for fluconazole. In the study, it was determined that C.albicans was the most frequently encountered fungal species, but a proportional increase was also seen in non-albicans Candida species and resistance to itraconazole and voriconazole increased. Determination and periodic monitoring of fungal species isolated from hospital ward and clinical samples and their antifungal susceptibility profiles will guide the treatment and management of fungal infections.