Bakteriyel gastroenterit etkenlerinin araştırılması
Investigation of the agents of bacterial gastroenteritis
Yazar: HATİCE İŞİM
Danışman: PROF. DR. YASEMİN ZER
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Diyare = Diarrhea ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Gaziantep = Gaziantep ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Gastroenterit tüm dünyada, özellikle az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde önde gelen morbidite ve mortalite nedenlerindendir.  Birçok etken gastroenterite yol açabilir. Bu etkenlerin tümünün rutin testlerle araştırılması hem pratik hem de ekonomik değildir. Genellikle epidemiyolojik amaçlı ya da tarama amaçlı elde edilen sonuçlarla tedavi yaklaşımı uygulanmaktadır. Tedavinin doğru yönlendirilmesi, mortalite ve morbiditeyi azaltmakla beraber gereksiz antibiyotik kullanımına engel olması açısından da önemlidir.
Bu çalışma hastanemize başvuran hastalarda bakteriyel gastroenterit etkelerinin saptanması ve gastroenteritlerin tanısında kullanılan tanı yöntemlerinin irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına 15.02.-31.05.2015 tarihleri arasında, gaita kültürü yapılması amacıyla gönderilen 115 örnek çalışmaya dahil edildi. Gaita örneklerinde direk mikroskobi, kültür ve PCR testleri ile etken patojenler araştırıldı. Kültür için eosin metilen blue agar ve xsiloz lysin deoksicolat agar kullanıldı. Üreyen bakterilerin tanımlaması Phoenix (Becton Dickinson, USA) cihazı ile yapıldı. PCR testi BD Max Enterik Bakteriyel Paneli ile multipleks olarak yapıldı ve Salmonella spp., Campylobacter spp. (jejuni ve coli), Shigella spp./Enteroinvaziv E. coli (EİEC), Shiga toksin 1 (stx 1)/ Shiga toksin 2 (stx 2) varlığı araştırıldı. Örneklerin 35'inde (% 30.4) her sahada 3 ve üzerinde lökosit saptandı. Kültür ile 10   (% 8.7) hastada enterik bir patojen saptandı. Kültürde 7 örnekte (% 6.1), Salmonella group, 3 örnekte (% 2.6) Shigella spp. saptandı. PCR ile örneklerin 7'sinde (% 6.1)  Salmonella spp., 4'ünde (% 3.5) Shigella spp. ve 4'ünde (% 3.5)   Campylobacter spp. olmak üzere 15'inde (% 13.1) bir etken patojen saptandı. 
Gastroenteritlerde tüm etkenlerin aynı anda saptanması zor olduğundan bölgesel olarak saptanacak olan verilerin sık rastlanılan bu tür hastalıklarda tanı ve tedaviyi yönlendirmede faydası olacağı sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Gastroenteritis is a leading morbidity and mortality reason in all over the world esperially in developing and under developed countries. Large variety factors cause the gastroenteritis. Searching all these factors by routine tests is not practical and not suitable for economic reasons. Generally, treatment is applied by the results obtained from epidemiological or scanning purposes. Correct treatment process decreases mortality and morbidity and also it is important to prevent unnecessary antibiotic utilization.
Purposes of this study are to determine the bacterial gastroenteritis factors and semtinize the identification methods of gastroenteritis diagnosis on the patients.
115 samples which sent to University of Gaziantep Medical Faculty Hospital Microbiology Laboratory between the dates 15.02-31.05.2015 for stool analysis were attached to the study. Effective pathogenes were investigated by direct microscopy, culture and PCR tests of stool samples. Eosin methylene blue agar and xsiloz lysine deoxycholate agar were used for culture. Growing bacteria were identified by Phoenix (Becton Dickinson, USA) device. PCR test was performed as multiplex by BD Max Enteric Bacterial Panel, Salmonella spp., Campylobacter spp. (jejuni and coli), Shigella spp./Enteroinvasive E. coli (EİEC), Shiga toxin 1 (stx 1)/ Shiga toxin 2 (stx 2) were researched.
In each field 3 and more leucocyte were determined in 35 samples (30.4 %). An enteric pathogen was identified in 10 patients (8.7 %) with culture. In 7 samples (6.1 %) Salmonella group, in 3 samples (2.6 %) Shigella spp. were identified in the culture. In 15 samples (13.1 %) an effective pathogen which includes Salmonella spp. in 7 sample  (6.1 %), in 4 samples (3.5 %) Shigella spp. and Campylobacter spp. in 4 sample (3.5 %) was detected by PCR.
In gastroenteritis, it is difficult to detect all agents at the same time, consequently, it was concluded that the data to determine territarially help to orientation of diagnosis and treatment for this type of diseases.