Akciğer kanserinde, hücre çoğalmasına MALAT1'in (Uzun kodlamayan RNA) etkisinin araştırılması
Investigation of cell proliferation of MALAT1 (Long non coding RNA) in lung cancer
Yazar: HASAN DAĞLI
Danışman: DOÇ. DR. SERDAR ÖZTUZCU
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Apoptozis = Apoptosis ; Hücreler = Cells ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazm metastazları = Neoplasm metastasis ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Akciğer kanseri dünyada en sık görülen ikinci kanser türü olup, erkeklerde kanser ölümlerinin en önde gelen nedenlerinden biridir. Akciğer kanserine neden olan birçok çevresel faktörler olduğu gibi, kodlamayan RNA'larında (ncRNAs) etkisi tartışmasızdır. MALAT1 (metastazla ilişkili akciğer adenokarsinom transkirip1), akciğer kanserinde metastaz ve hücre çoğalmasına bir biyobelirteç ve uzun kodlamayan RNA'dır. Bir lncRNA ailesi olan MALAT1'in, gen ifadesinin araştırılması, hücre çoğalmasına etkisinin belirlenmesi, erken tanıda biyobelirteç olarak katkıda bulunacağından bu çalışmanın yapılmasına karar verildi. miRNA'larla MALAT1'i hedefleyerek yazılım sonrası B-MYB geninin, gen ifadesini yeniden düzenleyerek akciğer kanser hücrelerinin hücre çoğalmasını kontrol altına alınabileceğini düşünmekteyiz. Bu amaçla akciğer kanser hücre hattına (A549) hücre kültür ortamında MALAT1'i hedefleyen miRNA'lara maruz bırakıldı. Bu hücre soyunda total RNA elde edilip, cDNA'ya çevrildi. Real-Time PCR kullanarak MALAT1 ve B-MYB gen ifade düzeyine bakıldı. MiRNA'lara maruz bırakılan A549 hücre soyunun hücre döngüsü ve apoptosiz düzeyini belirlemek için flow sitometri cihazı kullanıldı. Yapılan çalışmada elde edilen bulgulara göre, MiR-503'e maruz bırakılmış hücre hattı, negatif kontrol miRNA, miR-150 ve miR-15a'ya maruz bırakılmış hücre hattına göre MALAT1 ve B-MYB gen ifadesi anlamlı bir şekilde düşük bulunmuştur. Hücre döngüsü ve apoptozis seviyesine bakıldığında miR-503'e maruz bırakılmış hücre soyu diğer miRNA maruz bırakılmış hücre soyuna göre apoptozise giden hücrelerin oranından yüksek, G2/M hücre döngüsüne giren hücrelerin sayısı ve oranından daha düşük bulunmuştur. Sonuç olarak; miR-503 ve miR-150, MALAT1'i hedefleyerek akciğer kanser hücrelerin hücre çoğalmasına baskılayacak ve apoptozise artıracak şekilde etkisi olduğunu MALAT1'in ifade seviyesi, hücre dögüsü ve apoptozis düzeyleri üzerinden yorum yapılabileceği söylenebilir.

Abstract:
Lung cancer is the second most frequently observed cancer type and is mostly responsible for cancer deaths in males. Many environmental factors that can cause lung cancer such as non-coding RNAs (lncRNAs) whıch are undısputed ın lung cancers. Long noncoding RNAs have been studied in many cancers and have been found to be responsible for metastasis, cell proliferation and invasion in several cancer types. The long noncoding RNA MALAT1 (metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1), is a highly conserved nuclear noncoding RNA (ncRNA) and a predictive marker for metastasis and cell proliferation development in lung cancer. Therefore a lncRNA, MALAT1 has been selected for their gene expression studies and for the investigation of MALAT1 as a possible biomarker in diagnosis. It is to be thought that after the downregulation of MALAT1 expression, the alternative splice variant factors of B-MYB control cell proliferation in lung cancer via rearrangement. Taking these in considerations we used Real-Time PCR in order to find out the expression level of MALAT1 and B-MYB in lung cancer cell line (A549). We used flow cytometry to determine the effect in cell proliferation and the level of apoptosis in G2/M. There was a significant decrease in gene expression of MALAT1 and B-MYB in cell line using miR-503 as compared to cell line with negatif kontrol miRNA, miR-150 and miR-15a. When we analysed cell proliferation and apoptosis, there was an increase in the number of cells undergoing apoptosis while there was decrease in the number of cells entering G2/M phase of cell cycle in cells with miR-503 as compared to cells with other miRNAs. As a result it can be concluded that miR-503 and miR-150 has a role in MALAT1 expression, cell proliferation and apoptosis by targeting MALAT1 and has been found to decrease cell proliferation and increase apoptosis of lung cancer cell line.