SARS-COV-2 kantitatif tanısında kullanılan farklı real-time PCR cihazlarının ve kitlerin karşılaştırılması
Comparison of different real-time PCR devices and kits for SARS-COV-2 quantitative diagnosis
Yazar: HATİCE ALBAYRAK
Danışman: PROF. DR. FADİLE YILDIZ ZEYREK
Harran Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; SARS virüsü = SARS virus ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis testleri = Diagnostic tests

Özet:
Amaç: COVID-19, etkin bir tedavisi olmaması ve yüksek bulaştırıcılığı sebebiyle dünya
genelinde sağlık sistemlerini zorlamış bir enfeksiyondur. Virüsün bulaştırıcılığının yüksek olması
morbidite ve mortaliteyi arttırmaktadır. Bulaşı önlemek ve erken tedaviyi sağlayabilmek için enfekte
kişilerin erken ve doğru tespiti, dolayısıyla güvenilir bir tanı yönteminin belirlenmesi önem arz
etmektedir. Real-time RT-PCR, Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından COVID-19 tanısında
önerilen tanı yöntemidir. Ancak PCR, uygulandığı koşullara göre verimliliği etkilenebilen bir testtir.
Biz bu çalışmamızda, SARS-CoV-2 genomunu saptayan farklı ticari kitlerin, farklı Real-time PCR
sistemlerindeki performanslarını incelemeyi ve laboratuvar uzmanlarına bu konuda bir fikir vermeyi
amaçladık. Bu araştırmanın yanısıra, çalışmamızda hasta numunelerinde elde ettiğimiz viral yükleri
ve hastaların bazı kan değerlerini inceleyerek, bu verilerin birbirleriyle olan ilişkilerini inceledik.
Yöntem: Çalışmamızda 46 nazofarengeal sürüntü örneği Bio-Speedy SARS-CoV-2 Double
Gene RT-qPCR kiti (Bioeksen Ltd, Istanbul, Turkey), DS Coronex COVID-19 multiplex RT-qPCR
tanı kiti (DS Bio and Nano Technology, Ankara, Türkiye) ve Diagnovital HS SARS-CoV-2 multiplex
Real time PCR kiti (RTA, Türkiye) kitleri kullanılarak Rotor-Gene Q (Qiagen GmBH, Hilden,
Almanya), Bio-Rad CFX96 Real Time PCR cihazı ve Abbott m2000rt Real-time PCR sistemlerine
yüklendi. Bu kit ve cihazların performansları incelendi. Bio-Speedy kiti kullanılarak Rotor-Gene
cihazında elde edilen lineer standart eğrisi, hasta numunelerindeki SARS-CoV-2 viral yükünü
saptamada kullanıldı.
Bulgular: Çalışmamızda SARS-CoV-2 tespitinde, denediğimiz kit ve cihazlar arasında en
yüksek Ct değeri veren kit-cihaz ikilisi Diagnovital kiti – Abbott cihazı, en düşük veren ikili ise Rotor-
Gene – Bio-Speedy idi. Virüs genom tespitinde Bio-Speedy kitinin, Diagnovital ve Coronex kitlerine
göre daha düşük Ct değerleri verdiğini saptadık. Yüksek viral yük ile lökositoz, kan D-dimer düzeyi
yüksekliği ve ölümün ilişkili olduğunu gördük. Çalışmamızda yaş, cinsiyet, kan CRP, D-dimer,
lökosit, lenfosit ve nötrofil değerlerini inceledik. Hastalarda ileri yaş, hastanın klinik durumu ve kan
nötrofil yüzdesinin yüksekliğinin, ölüm riskini öngörmede kullanılabileceğini saptadık.
Sonuç: Real-time PCR cihazı farklı hedef genlerde, farklı numune tiplerinde, farklı cihaz ve
kitlerde farklı sonuçlar verebilmektedir. Her yeni çalışma protokolünde denemeler yapılmalı, kitler
ve cihazlar performans açısından test edilmelidir. Ayrıca izolasyon önlemlerinin asemptomatik
hastalarda da sıkı bir şekilde alınması, bu hasta grubunda görülen yüksek viral yük nedeniyle,
bulaştırıcılığın önlenmesinde oldukça kritiktir.
Anahtar Kelimeler: SARS-CoV-2, Viral yük, PZR, COVID-19

Abstract:
Objective: COVID-19 is an infection that has challenged health systems all around the
world due to its high contagiousness and the lack of an effective treatment. The high contagiousness
of the virus increases morbidity and mortality. To prevent transmission and provide early treatment,
early and accurate detection of infected people is needed. Therefore, it is important to determine a
reliable diagnostic method. Real-time RT-PCR is the diagnostic method recommended by the World
Health Organization (WHO) in the diagnosis of COVID-19. However, PCR is a test whose efficiency
can be affected by the conditions under which it is applied. In our study, we aimed to examine the
performance of different commercial kits that detect the SARS-CoV-2 genome in different Real-time
PCR systems and to give an idea to the laboratory experts on this subject. In addition to this research,
we examined the viral loads obtained in the patient samples and some blood values of the patients in
our study and the correlations of these data with each other.
Method: In our study, 46 nasopharyngeal swab samples were used with Bio-Speedy SARSCoV-
2 Double Gene RT-qPCR kit (Bioeksen Ltd, Istanbul, Turkey), DS Coronex COVID-19
multiplex RT-qPCR diagnostic kit (DS Bio and Nano Technology, Ankara, Turkey) and Diagnovital
HS SARS-CoV-2 multiplex Real-time PCR kit (RTA, Turkey) to detect SARS-CoV-2 genome.
Samples were loaded into Rotor-Gene Q (Qiagen GmBH, Hilden, Germany), Bio-Rad CFX96 and
Abbott m2000rt Real-time PCR systems. The performances of these kits and devices were examined.
Standard curve obtained on the Rotor-Gene device using the Bio-Speedy kit were used to detect
SARS-CoV-2 viral load in patient samples.
Findings: With the findings we obtained in our study, we saw using Diagnovital kit into
Abbott device gave the highest Ct values as a kit-device pair in the detection of SARS-CoV-2. Rotor-
Gene – Bio-Speedy had the lowest Ct values as a kit-device pair. We found that Bio-Speedy kit gave
lower Ct values than Diagnovital and Coronex kits in virus genome detection. We found that high
viral load was associated with leukocytosis, high blood D-dimer levels and death. In our study, we
examined age, gender, blood CRP, D-dimer, leukocyte, lymphocyte and neutrophil values. We found
that advanced age, clinical status of the patient and high blood neutrophil percentage could be used
to predict the risk of death.
Results: Real-time PCR device can give different results in different target genes, sample
types, devices and kits. Trials should be made in each new study protocol and commercial kits or
devices should be tested for performance before being used in diagnosis. In addition, strict
implementation of isolation precautions in asymptomatic patients is very critical in preventing
contagiousness due to the high viral load seen in this patient group.
Keywords: SARS-CoV-2, Viral Load, PCR, COVID-19