Türkiye yerli tavuk ırklarındaki ALV-E alt tiplerinin belirlenmesi
Determination of ALV-E subtypes of Turkey indigenous chicken breeds
Yazar: ESRA GÜL
Danışman: DOÇ. DR. MUHAMMET KAYA
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Hayvansal Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: DNA analizi = DNA analysis ; DNA dizileme = DNA sequencing ; Retrovirüsler = Retroviridae ; Tavuklar = Chickens

Özet:
Yerli hayvan ırkları, asırlar boyu bulundukları bölgenin her türlü çevre koşuluna uyum sağlamış, birçok hastalığa karşı direnç kazanarak günümüze kadar varlıklarını sürdürmüşlerdir. Denizli ve Gerze (Hacı Kadın) Türkiye'nin önemli yerli tavuk ırklarıdır.
ALV, galliform kuşları enfekte eden bir alfaretrovirüstür ve hem eksojen hem de endojen aktiviteye sahip olarak bilinen tek tavuk (Gallus gallus) retrovirüsüdür. ALV, konakçı aralığı, antikor nötralizasyonu ve reseptör müdahalesi çalışmalarına dayalı olarak, altı alt grupta (A– E ve J) sınıflandırılmıştır. Bu alt gruplardan beşi eksojen (ALVA'dan ALVD' ya kadar ve ALVJ), diğer alt grup olan ALVE ise endojen kuş virüsüdür. Tam endojen retrovirüsler (ERV), konakçı genomundaki entegrasyon noktasında özdeş olan iki uzun terminal tekrarı (LTR) ile çevrelenmiş retroviral proteinlerin (gag, pol ve env) korunmuş bir yapısını oluşturur.
Türkiye yerli tavuk ırkları olan Denizli ve Gerze popülasyonlarından 175 örnek kullanılarak yapılan çalışmada örneklerin ALVE (1, 9, 12, 15, 21, B5, TYR ve NSCA) lokuslarını taşımadıkları, ALVE3 ve ALVE6 lokuslarını ise taşıdıkları belirlenmiştir. ALVE6 lokusu sadece Gerze populasyonuda gözükürken ALVE6 taşıyan Gerze tavuklarının frekansı 0,6154 olarak hesaplanmıştır. ALVE3 lokusu taşıyan tavukların frekansı Denizli popülasyonunda 0,9799 iken Gerze populasyonuda 0,5577 olarak hesaplanmıştır.

Abstract:
Native animal breeds have adapted to all kinds of environmental conditions of the region they are in for centuries, and have survived until today by gaining resistance against many diseases. Denizli and Gerze (Hacı Kadın) are important native chicken breeds of Turkey.
ALV is an alpharetrovirus that infects galliform birds and is the only chicken (Gallus gallus) retrovirus known to have both exogenous and endogenous activity. ALV has been classified into six subgroups (A – E and J) based on studies of host range, antibody neutralization and receptor interference. Five of these subgroups are exogenous (ALVA to ALVD and ALVJ), while the other subgroup, ALVE, is endogenous avian virus. Intact endogenous retroviruses (ERV) form a conserved structure of retroviral proteins (gag, pol and env) flanked by two long terminal repeats (LTRs) that are identical at the point of integration in the host genome.
The study was conducted by using 175 chickens from Denizli and Gerze populations, which are domestic chicken breeds of Turkey. The domestic breeds did not carry ALVE (1, 9, 12, 15, 21, B5, TYR and NSCA) loci, but they carried ALVE3 and ALVE6 loci. While the ALVE6 locus was only seen in the Gerze population, the frequency of Gerze chickens carrying ALVE6 was calculated as 0.6154. While the frequency of chickens carrying ALVE3 locus was 0.9799 in Denizli population, in Gerze population it was calculated as 0.5577.