Granüler kornea distrofili ailelerde TGFBI (transforme edici büyüme faktörü beta tarafından indüklenen) gen mutasyonların araştırılması
Investigation of TGFBI (transforming growth factor beta induced) gene mutations in Turkish families with granular corneal dystrophy
Yazar: FATMA MALKONDU
Danışman: DOÇ. DR. HİLAL ARIKOĞLU
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Gen analizi = Gene analysis ; Genler = Genes ; Göz hastalıkları-kalıtsal = Eye diseases-hereditary ; Korneal distrofiler-kalıtsal = Corneal dystrophies-hereditary

Özet:
Granüler kornea distrofisi'nin (GCD) karakteristik özellikleri kornea stromasında yerleşim gösteren küçük, ayrık, keskin kenarlı, grimsi beyaz opasitelerdir. GCD'nin gelişiminden sorumlu tutulan genler içinde en kuvvetli ilişkilendirilen gen TGFBI (Transforme edici büyüme faktörü beta tarafından indüklenen) genidir. Yapılan çalışmalar kromozom 5q31.1 lokusunda yer alan TGFBI geninin ekzon 4 ve ekzon 12 bölgelerinde sırasıyla R124H ve R555W değişimlerinin GCD gelişimine yol açan sıcak nokta mutasyonları olduğunu göstermektedir. Ancak farklı etnik gruplarda probandların yaş ve cinsiyetlerindeki farklılıkların yanı sıra distrofilere sebep olan TGFBI mutasyonlarının da farklılık gösterdiği görülmüştür. Bu çalışmada GCD Türk ailelerde TGFBI geninde ekzon 4 ve 12 bölgelerinde yer alan iki sıcak nokta mutasyonunun ve varsa proteinde önemli işlevsel bölgeleri kodlayan bu ekzon bölgelerindeki başka mutasyonların araştırılması ve belirlenen mutasyonların hastalıkla ve ilgili fenotiplerle ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışmamıza, Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Göz Hastalıkları Anabilim Dalına başvuran ve GCD1tanısı alan 16 hasta ile bu bireylerin aile ağaçlarından belirlenen 11 sağlıklı birey ve bu ailelerle akraba olmayan 28 sağlıklı birey dahil edildi. Bireylerin ön segment fotoğraflarında birikintilerin özellikleri ve derinlikleri değerlendirildi. Her bir bireyden alınan periferik kan örneklerinden DNA elde edildi ve PZR (Polimeraz Zincir Yöntemi) tekniği ile hedef gen bölgeleri çoğaltıldı. Genotipleme çalışmaları Dizi Analizi yöntemiyle gerçekleştirildi. Çalışmamızda, GCD1 tanısı alan bireylerde TGFBI geninin ekzon 4 R124S mutasyonu belirlenmedi. Ancak GCD1 tanısı alan tüm bireylerde TGFBI geninin ekzon 12 bölgesinde R555W mutasyonu heterozigot olarak tespit edildi. Ayrıca çalışmamızda sessiz bir mutasyon olan F540F değişimi ve intronik bölgede c.32924G>A değişimi tespit edildi. Bulgularımız, TGFBI geninin ekzon 12 bölgesinde yer alan bir sıcak nokta mutasyonu olan R555W mutasyonunun GCD1 ile literatürde rapor edilen ilişkisini kuvvetli şekilde desteklemektedir.

Anahtar Kelimeler:Granüler kornea distrofisi Tip 1, TGFBI geni, Türk populasyonu

Abstract:
Granular corneal dystrophies (GCD) are characterized by small, discrete, sharp-edged, grayish-white opacities in the corneal stroma. Among the genes responsible for the development of GCD, the most strongly related gene is TGFBI (Transforming growth factor beta induced). Studies show that R124H in exon4 and R555W in exon 12 are hot spot mutations in TGFBI gene, located in the 5q31.1 locus leading to GCD development. However, in the literature there are reports suggesting disease related mutations at different localization TGFBI gene as well as differences in age and gender of probands in different ethnic groups. In this study, we aimed to investigatetwo hot spot mutations in exon 4 and 12 regions and other possible different mutations at the same regions,coding important fuctional regions of the protein, in TGFBI gene in Turkish families with GCD and to determine the relationship between the mutations and disease and related phenotypes. In our study, 16 individuals diagnosed as GCD1 in Selcuk University Faculty of Medicine Department of Ophthalmology with 11 healthy individuals chosen from their family trees and 28 unrelated individuals were included. DNA was obtained from peripheral blood samples taken from each individual and PCR (Polymerase Chain Method) technique was used to amplify target gene regions. Genotyping studies were done by Sequence Analysis. The R124S mutation in exon 4 of TGFBI gene was not determined in individuals diagnosed as GCD1. However, in all individual diagnosed as GCD1,the R555W mutationin exon 12 of TGFBI gene was found as heterozygote genotype.  In addition, we detected silent mutation F540Fin exon 12 and c.32924 G>A substitution in intronic region. Our study strongly supports the association of GCD1 with R555W mutation in exon 12 region of TGFBI gene as reported in the literature.

Keywords: Granular corneal dystrophy type 1, TGFBI gene, Turkish 
population