Kanatlı hayvan işletmelerinde salmonella serotiplerine özgü litik faj izolasyonu ve karakterizasyonu
Lytic phage isolation and characterization specific to salmonella serotypes in poultry enterprise
Yazar: AYŞEGÜL ÜNVERDİ
Danışman: DOÇ. DR. BANU KAŞKATEPE
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections ; Bakteriyofajlar = Bacteriophages ; Genom = Genome ; Kümes hayvanları = Poultry ; Salmonella = Salmonella ; Serolojik testler = Serological tests ; Tavukçuluk işletmeleri = Poultry enterprises

Özet:
Salmonella, özellikle kuşlar olmak üzere çeşitli hayvanların dışkılarıyla kontamine olan su ve gıdaların tüketilmesiyle enfeksiyona sebebiyet veren çomak şeklinde, gram-negatif, aerop-fakültatif anaerop bir bakteridir. Patojenik Salmonella serovarlarının oluşturduğu enfeksiyon hem insan ve hayvan sağlığına hem de üretimde ciddi ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Bu nedenle Salmonella enfeksiyonu ile mücadelede antibiyotikler önemli bir tedavi yöntemidir ancak artan antibiyotik kullanımı dirençli bakterilerin oluşmasına ve enfeksiyonunun kontrolünde zorluğa neden olmaktadır. Antibiyotiklere alternatif olarak bakteriyofajların konağa spesifik, duyarlı ve ucuz olmaları nedeniyle son zamanlarda faj çalışmaları ve uygulamaları üzerine çalışmalar artmıştır. Bu tez çalışmasında kanatlı hayvan (kaz ve tavuk) dışkılarından Salmonella'ya özgü 8 adet litik bakteriyofaj izole edilmiştir. Faj izolasyonu esnasında kaz dışkılarından faj elde edilememiştir. İzole edilen fajlardan 2 tanesi (A fajı ve C fajı) daha geniş konak aralığına sahip olmasından dolayı morfolojik ve genomik karakterizasyonlarının yapılması için seçilmiştir. Fajların çevresel dayanıklılıkları değerlendirildiğinde her ikisinin de tavukların sindirim sistemindeki ortama sıcaklık ve pH değerleri bakımından dayanıklılık gösterebileceği ön görülmüştür. Bununla birlikte titre yoğunluğu bakımında A fajının, C fajına göre daha stabil kaldığı tespit edilmiştir. Her iki fajın bakteriyi enfekte edebilmesi için latent süresinin uygun olduğu görülmüştür. Morfolojik ve genomik analizlere göre A fajının Enterobacteria fajı CC31 (Myoviridae)'e, C fajının ise Salmonella phage vB_Sen_I1 (Siphoviridae (son taksonomiye göre Demerecviridae))'e benzer olduğu tespit edilmiştir.

Abstract:
Salmonella is a rod-shaped, gram-negative, aerobic-facultative anaerobic bacterium that causes infection by consuming water and food contaminated with the feces of various animals, especially birds. Infection caused by pathogenic Salmonella serovars causes serious economic losses in both human and animal health and producers. For this reason, antibiotics are an important method of treatment in the struggle against Salmonella infection but increased use of of antibiotics causes the formation of resistant bacteria and difficulties in controlling the infection. As an alternative to antibiotics, phage studies and applications have increased recently due to the fact that bacteriophages are host-specific, sensitive, and inexpensive. In this thesis, 8 lytic bacteriophages specific to Salmonella were isolated by using poultry feces (chicken and goose). Phages could not be isolated from fecal samples of geese. Two of the isolated phages (phage A and phage C) were selected for their morphological and genomic characterization due to their wider host range. When the environmental resistance of these phages was evaluated, it was determined that both of them could be resistant to the environment in the digestive system of chickens in terms of temperature and pH values. However, in terms of titer density, it was determined that the phage A remained more stable than the C phage. It has been seen that the latent period is suitable for both phages to infect the bacteria. According to morphological and genomic analyzes, the phage A was found to be similar to Enterobacteria phage CC31 (Myoviridae) and the phage C to Salmonella phage vB_Sen_I1 (Demerecviridae (Siphoviridae according to the old taxonomy).