Sert çekirdeklilerde bakteriyel kansere neden olan Pseudomonas syringae pathovarlarının klasik ve moleküler yöntemlerle tanısı
Classical and molecular diagnosis of Pseudomonas syringae pathovars causing bacterial canker on stone fruits
Yazar: DAMLA ERTİMURTAŞ
Danışman: PROF. DR. HATİCE ÖZAKTAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu tez çalışmasında; Ege Üniversitesi Bitki Koruma Bölümü Bakteriyoloji laboratuarı stoklarında bulunan, daha önce şeftali ve kiraz gibi sert çekirdekli meyve ağaçlarında bakteriyel kanser belirtilerinden izole edilmiş Pseudomonas syringae pathovarlarının, LOPAT (levan oluşumu, oxidase, patateste pektolitik aktivite, arginin dehidrolaz, tütünde aşırı duyarlılık reaksiyonu testi), GATTa testleri (jelatinin hidrolizi, aesculinin hidrolizi, tyrosin aktivitesi, tartaric acid), karbon kaynaklarında asit oluşumu testi (mannitol, sorbitol, inositol, erythritol, tartaric acid, lactic acid, tyrosin) gibi klasik yöntemlerin yanı sıra; patojenisite ve patolojik temelli fitotoksinlerinin dikkate alındığı in vitro' da syringomycin üretiminin ve buz çekirdeği oluşturma aktivitesinin (INA) saptanması gibi tanılama yöntemleri ile tanısı yapılmıştır. Bu testleri geçen Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) ve Pseudomonas syringae pv. morsprunorum (Psm) izolatlarının, ayrıca, moleküler yöntemlerle de kesin tanısı gerçekleştirilmiştir. Pss' nin syringomycin sentezinden sorumlu syrB geni ve Psm' nin coronatine sentezinden sorumlu cfl geninin moleküler tanısı, klasik PCR testi ile yapılmıştır. P. syringae pathovarlarının ayırt edilmesinde kullanılan cts, gapA, gyrB ve rpoD genlerinin sekans analizleri de A.B.D. Oregon State Üniversitesi Biyolojik Bilimler Fakültesi Moleküler Biyoloji laboratuarında yapılmıştır. Klasik ve moleküler tanılama testleri sonucunda, testlenen 15 P. syringae pathovarının 9' unun Pss olduğu sonucuna varılmıştır.

Abstract:
In this thesis; Pseudomonas syingae pathovars which previously were isolated from the bacterial canker simptoms on stone fruits, such as peach, cherry, and kept in Bacteriology lab stocks in Department of Plant Protection of Ege University, were identified based on in addition to some classical methods such as LOPAT (levan, oxidase, potato rot pectolytic activity, arginin dihydrolase, hypersensitive reaction on tobacco leaves), GATTa tests (gelatin liquefaction, aesculin hydrolysis, tyrosinase activity, utilization of tartaric acid), utilization of carbon sources (mannitol, sorbitol, inositol, erythritol, tartaric acid, lactic acid, tyrosin), pathogenicity and taken into account based on pathological phytotoxin that which was production of syringomycin, ice nucleation activity (INA) were used for the identification. Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) and Pseudomonas syringae pv. morsprunorum (Psm) isolates were also identified by molecular methods. After conventional and pathogenicity tests resulted, molecular diagnosis of Pss strains were based on syrB gene which is responsible for synthesis of syringomycin and Psm strains were based on cfl gene which is responsible for synthesis of coronatine, were performed using PCR test. Also, cts, gapA, gyrB ve rpoD genes sequence analysis which were performed in Molecular Biology lab of Faculty of Biological Science, Oregon State University, U.S.A. were used to distinguish for P. syringae pathovars. As a result of classical and molecular diagnostic methods; were identified out 9 of 15 P. syringae pathovars as Pss.