Kanserli hücrelerin mikroarray gen ifadelerinin incelenmesi ve veri madenciliği yöntemleri kullanarak sınıflandırılması
Investigation of microarray gen expression of cancered cells and classification by using data mining methods
Yazar: MURAT AKIN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HASAN ŞAKİR BİLGE
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Biyoinformatik, bilgisayar bilimleri, matematik ve istatistiğin entegrasyonu sonucundan ortaya çıkan, biyolojik sistem ve olaylar hakkındaki bilgilerin derlenmesi ve değerlendirilmesini amaçlayan disiplinler arası bir bilimdir. Biyoinformatik bilim dalının hedefi biyolojik olaylardan doğan bilgileri elde etmek ve bu bilgilerin saklanması için veritabanları oluşturmak ve bilişim teknolojilerinin yardımıyla biyolojik olayların moleküler düzeyde açıklanmasına olanak sağlamaktır.Veri madenciliği, çok büyük veri tabanlarındaki ya da veri ambarlarındaki veriler arasında bulunan ilişkiler, örüntüler, değişiklikler, sapma ve eğilimler, belirli yapılar gibi ilginç bilgilerin ortaya çıkarılması ve keşfi işlemidir. Daha basit bir tanım yapmak gerekirse, büyük ölçekli veriler arasından ?değerli bilgiyi? elde etmektir. Bu sayede, veriler arasındaki ilişkileri ortaya koymak ve gerektiğinde ileriye yönelik tahminlerde de bulunmak mümkündür. Veri madenciliğinde sınıflandırma yöntemleri ise kurulan modele göre verilerin daha önceden nitelikleri bilinen gruplara dağılımına olanak tanımaktadır.Bu çalışmada, biyoinformatik alanında mikroarray verilerine sınıflandırma yöntemleri uygulanmıştır. Kanserli olma ihtimali olan hücrelerden alınan verilere uygulanan algoritmalar sonucunda, örneklerin doğru bir şekilde sınıflandırılması amaçlanmıştır. Burada farklı kanser çeşitleri için analizler yapılmıştır. Sınıflandırma yöntemleri olarak Destek Vektör Makineleri, Naive Bayes, K-En Yakın Komşuluk ve Doğrusal Ayırma Analizi sınıflandırıcı kullanılmıştır.

Abstract:
Bioinformatics is an inter-disciplinary science that resulting from intersection of computer science, mathematics and statistics, which aims and evaluates collecting of information about biological system and events. The aim of bioinformatics is to obtain information supplied from biological events and to create databases for storing this information and to provide description of biological events at molecular level by means of informatics technologies.Data mining is a process of finding out and discovering of interesting information such as patterns, changes, deviations, tendencies, specific structures and relationships between data in huge databases or data warehouses. In a simpler definition, data mining is to obtain ?valuable information? among the large-scale data. By this way, it is possible to find out relationships among the data and if necessary, to predict forward projection. Classification methods in data mining allow the distribution of data into groups with previously known attributes according to the established model.In this study, classification methods have been applied to microarray data in the bioinformatics field. As a result of applied algorithms, data taken from being potentially cancered cells has been aimed to classify samples correctly. Here, it has been carried out analyses for various cancer types. Support Vector Machines, Naive Bayes, K-Nearest Neighbour and Linear Discriminant Analysis classifiers are used as classification methods.