Samsun ilinden alınan su örneklerinde Acanthamoeba spp.' nin moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of Acanthamoeba spp. in water samples collected from samsun province by molecular methods
Yazar: İLKNUR KOYUN
Danışman: DOÇ. DR. ZEYNEP KOLÖREN
Ordu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Acanthamoeba türleri toprak, hava ve su ortamlarında yaşar. Granülomatöz Amibik Ensefalit (GAE) ve Acanthamoeba keratiti (AK) gibi önemli hastalıklara sebep olur. Acanthamoeba enfeksiyonuna karşı hala etkili bir tedavi bulunmadığı için önemli bir halk sağlığı sorunu olmaya devam etmektedir.
Çalışmada Samsun ilinden alınan su örneklerinde Acanthamoeba türlerinin genotiplendirilmesi ilk defa yapılmıştır.  Samsun ilinde belirlenen 32 istasyondan (Samsun, Terme, Çarşamba, Tekkeköy, Bafra) alınan 192 su örneğinin 98'inde PCR ile Acanthamoeba spp.'nin varlığı tespit edilmiştir. İstasyonlar arasında Terme ilçesinin en yüksek oranda (% 64.4) Acanthamoeba türlerinin ookistleriyle bulaşlı olduğu gözlenmiştir. Bunu sırasıyla Samsun merkez (% 41.7), Çarşamba (% 40), Tekkeköy (% 38.9) ve Bafra (% 33.3) ilçeleri takip etmiştir. Sekans analizi sonucunda pozitif su örneklerinin 5'i Haplotip I (A. triangularis), 29'u Haplotip II (A. polyphaga), 61'i Haplotip III (Acanthamoeba sp.) ve 3'ü Haplotip IV olarak belirlenmiştir. Tüm istasyonlar değerlendirildiğinde araştırma alanında en yaygın Acanthamoeba genotipinin T4 (Acanthamoeba sp., A. polyphaga, A. triangularis) olduğu ve % 3 oranında olsada T5 genotipine de rastlanıldığı belirlenmiştir.
Çalışmamızda araştırılan sularda en fazla T4 genotipine rastlanması AK'nin bölgede yaşayan ve buradaki sularla temas halinde olan insanlar ve hayvanlar için risk oluşturabileceği ihtimalini düşündürmektedir. Karadeniz Bölgesi'nin yanısıra Türkiye' de daha önce hiç çalışılmayan farklı istasyonlarda daha fazla sayıda su örneklerinde Acanthamoeba suşlarının çeşitliliği, bunların prevalansı, genotiplendirilmesi ve patojenik potansiyeli ile ilgili çalışmaların yapılması gerektiği kanısına varılmıştır.

Abstract:
Acanthamoeba species lives in air, soil and aquatic environments. Granulomatous Amoebic Encephalitis (GAE) and Acanthamoeba keratitis (AK), are caused by Acanthamoeba spp. Acanthamoebiasis is still one of the important public health problem, because it is not an effective treatment against Acanthamoeba infections.
In the study, genotyping of Acanthamoeba species in water samples collected from Samsun province was performed for the first time. The presence of Acanthamoeba spp. was detected by PCR in 98 of 192 water samples collected from 32 sites of Samsun province (Samsun center, Terme, Çarşamba, Tekkeköy, Bafra). Among the investigated sites, it was observed that the highest rate of Terme was found to be contaminated by oocysts of Acanthamoeba species. This contamination was followed by Samsun center (41.7%), Çarşamba (40%), Tekkeköy (38.9%) and Bafra districts (33.3%), respectively. As a result of the sequence analysis, 5, 29, 61 and 3 of the positive water samples, respectively were identified as Haplotip I (A. triangularis), Haplotip II (A. polyphaga), Haplotip III (Acanthamoeba sp.) and Haplotip IV. When all sites were evaluated, it was determined that the most common Acanthamoeba genotype was T4 (Acanthamoeba sp., A. polyphaga, A. triangularis) in the investigated area and T5 genotype was found to be at the rate of 3% as well.
Our study suggests that because the T4 genotype found the most common in the investigated waters, the AK could possible a risk to humans and animals living in the area in contact with the waters. It has been concluded that the diversity of Acanthamoeba strains, their prevalence, genotyping and pathogenic potential studies should be studied in more water samples of both in the Black Sea area and Turkey.