Baş boyun kanserlerinde kromozom 11Q13 bölgesinin araştırılması
Investigation of chromosome 11Q13 region in head and neck cancer
Yazar: ORKUN GÜRBÜZ
Danışman: PROF. DR. FATMA VİLDAN YASASEVER
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Onkolojik Biyoloji ve İmmünoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Onkoloji = Oncology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen amplifikasyonu = Gene amplification ; Genler = Genes ; Kafa ve boyun neoplazmları = Head and neck neoplasms ; Kromozomlar = Chromosomes ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Baş boyun kanserleri, dünyada görülme sıklığı bakımından tüm kanserler arasında 6. sırada yer alan heterojen bir malignite grubunu oluşturur. Baş boyun tümörlerinin gelişiminde, diğer kanser türlerinde olduğu gibi, genetik değişiklikler önemli yer tutar. İnsan tümörlerinde bazı genomik bölgelerin sıklıkla amplifiye olduğu bilinmektedir. Bunun bir örneği 11. kromozomun uzun kolunun 13. bandıdır (11q13). 7 mega bazlık  genomik bir alanı kaplayan bu bölgenin meme, akciğer ve mesane gibi tümörlerde sıklıkla amplifiye olduğu bildirilmektedir. Kromozom 11q13 bölgesinin en sık amplifiye olan genlerinden biri siklin D1 genidir ve birçok kanser ile ilişkilendirilmiştir. Yine bu bölgede yer alan EMSY geni  baş ve boyun kanserlerinde çok fazla çalışılmamış ve tümör oluşumunda 'driver' olabileceği düşünülen onkogenik özellikte bir gendir. Tez çalışmasında, siklin D1 ve EMSY genlerinin kopya değişim ve gen anlatımlarının baş ve boyun kanserleri ile olan ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, 50 baş ve boyun kanseri tanısı almış hastanın tümör ve normal dokusu değerlendirilmiştir. Kopya değişim analizi, MLPA yöntemi ile, gen ifade analizi gerçek-zamanlı PZR ve protein düzeyinde ELIZA yaklaşımı ile gerçekleştirilmiştir.  Elde ettiğimiz bulgular, kopsa sayısı artışının siklin D1 geninde örneklerin %24'ünde,  EMSY geninde %12'sinde gerçekleştiğini göstermektedir. Gen ifade analizinde, her iki gen ifadesinin de, tümörlü dokularda normal dokulara göre artmış olduğu gözlemlenmiş, EMSY geninde elde edilen değerler istatistiksel olarak anlamlı iken, Siklin D1 geninde anlamlı bulunamamıştır. EMSY gen anlatımının protein düzeyinde de tümör dokularında normal dokulara göre daha yüksek  olduğu belirlendi. Tez çalışmasında elde edilen bulgular, kromozom 11q13 bölgesinde bulunan, EMSY geninin baş ve boyun kanserlerinde patogenezinde önemli olabileceğini göstermektedir.

Abstract:
Head and neck cancers are a heterogeneous group of malignancies and are ranked 6th among all cancers in terms of incidence in the World. Genetic alterations play significant role in the development of head and neck tumors. Some genomic regions are known to be frequently amplified in human tumors. An example is 13th band of the long arm of chromosome 11 (11q13). This region, covering a 7 mega bases genomic region, has been reported to be often amplified in human cancer including breast, lung and bladder tumors. Cyclin D1 gene is one of the most often amplified gene of chromosome 11q13 and has been associated with many cancers. Another gene located at 11q13 is EMYS that has not been much studied in head and neck cancer. Accumulated data has led to conclusion that EMYS displays oncogenic properties and  is thus considered to be a 'driver' in tumor formation. In this thesis, we aimed to investigate copy number variations and gene expressions of the cyclin D1 and EMSY genes in head and neck cancer. For this purpose, tumor and normal tissue samples of 50 patients with head and neck cancer were evaluated. Copy number changes were detected by multiple ligation-dependent probe amplification (MLPA) method while gene expression levels were investigated by real time quantitative PCR. Furhermore, EMSY gene expression was also measured at protein level using ELISA approach.  Our findings revealed that an increase of copy numbers was detected in 24% of the samples in the cyclin D1 gene and in 12% in EMSY gene. Compared to normal tissues, expression levels of both genes were elavated in tumor tissues. The values obtained at  EMSY gene was statistically significant, but not significant at the cyclin D1. In addition, EMSY protein expression was also significantly higher in tumor tissue than in normal tissue. The findings of the thesis reveals tthat EMSY gene at chromosome 11q13 region may be important in the pathogenesis of head and neck cancer.