Tavuklarda Mycoplasma gallisepticum aranması için LightCycler (LC) Polymerase Chain Reaction (PCR) Sisteminin Optimizasyonu
Optimization of LightCycler (LC) Polymerase Chain Reaction (PCR) system for detection of Mycoplasma gallisepticum (MG) in chicken
Yazar: SERPİL KAHYA
Danışman: PROF. DR. KAMİL TAYFUN ÇARLI
Uludağ Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada tavuklarda Mycoplasma gallisepticum (MG) aranması için LightCycler (LC) PCR (polymerase chain reaction) (bir gerçek zamanlı PCR sistemi, Roche) sistemi (MG-LC PCR) optimize edildi ve MG-LC PCR'dan alınan sonuçlar, damızlık tavuk kümeslerinden alınan aynı örneklerin bakteriyoloji ve çabuk lam aglutinasyon (ÇLA) testi sonuçlarıyla karşılaştırıldı. Otuz bir damızlık firmanın 646 tavuğuna ait tracheal svablar ve aynı hayvanlara ait kanların serumlarıyla çalışılarak MG-LC PCR, bakteriyoloji ve ÇLA testi ile MG infeksiyonu kontrolü yapıldı. Bu amaçla her tavuktan seroloji için kan bakteriyoloji ve MG-LC PCR için tracheal svab örnekleri alındı. MG-LC PCR'ın saf MG S6 suşu deoksiribonükleik asitini (DNA) tespit limiti 0.1 fg µl-1 (yaklaşık bir MG hücresi) olarak bulundu. Hem MG S6 saf kültürü hem de bu saf kültür ile yapay kontamine edilen svablarda MG-LC PCR ile tespit limiti 100 koloni oluşturma birimi (KOB) ml-1 olarak belirlendi. MG pozitif kümes oranı MG-LC PCR ile % 29.0, bakteriyolojik olarak % 16.1 ve serolojik olarak ise % 48.4 olarak bulundu. Altı yüz kırk altı örnek bireysel olarak değerlendirildiğinde ise 227 MG seropozitif tavuğun, 72'si MG-LC PCR ile 26'sı ise bakteriyolojik olarak MG pozitif bulundu. Tracheal svab örneklerinin, MG-LC PCR ve bakteriyoloji oranı karşılaştırıldığında ise (73/26) % 55,6 oranında aynı sonuçları verdi. Sonuçta MG seropozitif kümeslerdeki tavukların tracheal svablarından MG tespit etmek için MG-LC PCR'ın hızlı ve kesin bir metot olduğuna karar verildi.

Abstract:
In this study LightCycler (LC) PCR (Polymerase Chain Reaction) system (a Real-Time PCR system, Roche) for the detection of Mycoplasma gallisepticum (MG) (MG-LC PCR) in chicken was optimized and the results from MG-LC PCR were compared with those from bacteriology and serology with plate agglutination test (PAT) using clinical samples from chicken breeder flocks. Six hundred fourty six chickens from 31 parent breeder flocks were examined for MG infection by MG-LC PCR, bacteriology and PAT. For this, both tracheal swab and blood samples were taken from each chicken for MG-LC PCR, bacteriology and serology respectively. Detection limit of MG-LC PCR with pure MG S6 strain deoxyribonucleic acid (DNA) was 0.1 fg µl-1 (approximately equal to 1 cell) and was 100 Colony Forming Unit (CFU) ml-1 with both pure culture and with tracheal swabs artificially spiked with the same strain. The MG-LC PCR positive flock rate was 29.0 % while bacteriology and seropositive flock rates were 16.1 % and 48.4 %, respectively. Individual sample-based assessments revealed that 72 and 26 tracheal swab samples from 227 seropositive chickens were positive by MG-LC PCR and bacteriology. MG-LC PCR and bacteriology agreed for (73/26) 55.6 % of the tracheal swabs tested. In conclusion, MG-LC PCR rapidly and accurately detected MG from tracheal swabs of chickens from seropositive flocks.