Kodlama yapmayan uzun RNA'ların kolon tümörlerinde prognoz açısından öneminin araştırılması
Invastigation of the long non coding rnas for prognostic implications in the  colon tumors
Yazar: SEÇİL AKSOY
Danışman: PROF. DR. BERRİN TUNCA
Uludağ Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Epitel = Epithelium ; Kolon neoplazmları = Colonic neoplasms ; Neoplazm evreleri = Neoplasm staging ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Prognoz = Prognosis ; RNA = RNA ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Kodlama Yapmayan Uzun RNA' ların Kolon Tümörlerinde Prognoz Açısından
Öneminin Araştırılması
Erken evre kolon kanserlerinde (KK) tedavi protokollerini belirlemede ve nüksü
öngörmede mevcut parametreler yetersiz kalmaktadır. Ayrıca kötü prognostik
faktörleri olmayan ancak nüks potansiyeli belirlenen erken evre KK'ların standart
tedavilere verecekleri yanıt da bilinmemektedir. Mevcut tez çalışmasında kötü
prognostik faktörleri bulunmayan erken evre KK'larda prognozu belirlemede
kullanılabilecek parametrelerin tanımlanması ve belirlenmesi öngörülen
parametrelerden yararlanılarak adjuvan tedavi planlanacak tümörlerde, ilaç direnç
durumunun değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Mevcut tez çalışmasında, 2005-2013
yılları arasında erken evre (T1-3N0M0), herhangi bir kötü prognostik faktörü
bulunmayan, KK tanısı alan 126 hasta değerlendirildi. Nüks potansiyeli belirlenen
hastaların tedaviye verecekleri yanıtı öngörmek için 5FU'ya dirençli HT29FUR
hücreleri oluşturularak, bu hücrelerin metastatik özellikleri ve tümör dokularda
incelenen parametreler değerlendirildi. İlaç direnç gelişimi ve metastaz arasındaki
olası sinerji, fonksiyonel analizler (yara iyileştirmesi ve koloni oluşumu) ile incelendi.
126 hastanın takip sırasında 21'inde nüks gelişimi belirlendi. MACC1'in ve
MALAT1'in yüksek, PTENP1'in ve NM23-H1'in ise düşük ekspresyonları ve tümör
tomurcuklanması varlığı, erken evre KK tümörlerinin nüks gelişimi ile ilişkili olarak
belirledi (p<0.05). İlaç direncini öngörmek için oluşturulan HT-29FUR hücrelerinde
de MALAT1'in yüksek, PTENP1'in düşük ekspresyonu tanımlandı. Bununla birlikte
fonksiyonel analizler ile ilaç direnci oluşumu sırasında hücrelerin metastaz yetenekleri
de kazandıkları kanıtlandı. Sonuç olarak, MALAT1 ve PTENP1'in erken evre
KK'larda nüks potansiyelini belirlemede ideal birer biyobelirteç adayı oldukları ve bu
tip tümörlerde yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesinde bu LncRNA'ların hücre
içinde hedeflenerek tedavi sürecine katkı sağlayabileceklerinin mümkün olabileceği
belirlendi.
Anahtar Kelimeler: Erken Evre, Kolon Kanseri (KK), Kodlama Yapmayan Uzun
RNA'lar (LncRNA), İlaç Dirençliliği, Epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT)

Abstract:
In early stage colon cancer (CC), current parameters are insufficient to determine the
treatment protocols and to predict recurrence. In addition, the response to early
treatment of early stage CBCs with poor prognostic factors but with a potential for
recurrence is unknown. In the present study, it was aimed to define the parameters that
can be used to determine the prognosis in early stage CCI without bad prognostic
factors and to evaluate the drug resistance status in tumors that will be planned
adjuvant treatment by using the parameters that are intended to be determined. In the
present study, 126 patients with early stage (T1-3N0M0) who did not have any poor
prognostic factors were evaluated. 5FU-resistant HT29FUR cells were formed to
predict the response of patients to whom recurrence potential was determined and the
metastatic characteristics of these cells and the parameters examined in tumor tissues
were evaluated. The possible synergy between drug resistance development and
metastasis was examined by functional analysis (wound healing and colony
formation). Recurrence was detected in 21 of 126 patients during follow-up. The
presence of high expression of MACC1 and MALAT1, low expression of PTENP1
and NM23-H1 and tumor budding were found to be associated with the recurrence of
early stage tumors (p <0.05). High expression of MALAT1 and low expression of
PTENP1 were determined in HT-29FUR cells which were established to predict drug
resistance. However, functional analysis showed that the cells gained metastasis ability
during drug resistance formation. As a result, it was determined that MALAT1 and
PTENP1 are ideal biomarker candidates to determine the recurrence potential in early
stage CC and these LncRNAs will be targeted in the cell and contribute to the treatment
process in the development of new treatment strategies for such tumors.
.Keywords: Early stage, Colon cancer (CC), Long non-coding RNA (LncRNA), Drug
resistance, Epithelial mesenchymal transition (EMT)