Pozitif kan kültürlerinde MALDI-TOF yöntemi kullanılarak hızlı bakteri maya identifikasyonu
Identification of bacteria-yeast / positive blood cultures using MALDI-TOF methodology
Yazar: CENNET TUĞÇE BİLGİN
Danışman: PROF. DR. NEVRİYE GÖNÜLLÜ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
MALDI TOF MS' in patojen mikroorganizmaların hızlı tanımlanabilmesi için ortaya çıkması mikrobiyoloji alanında önemli bir gelişmedir. Yöntem sonraları doğrudan pozitif kan kültüründen patojenler için ekstraksiyon yöntemleriyle birleştirildi ve bu kan kültür şişelerinde güvenilir bir tür tanımlama imkanı sağladı. Pozitif kan kültürü, patojenin gram boyanma özelliğine bakılarak agar plaklara ekilir ve 24-48 saatlik inkübasyon sonrası geleneksel tanımlama ve biyokimyasal testler yapılarak ya da Phoenix gibi otomatize sistemler kullanılarak ki bu sistemler de 6-8 saate gereksinim duyarlar tanımlama işlemi gerçekleştirilirdi. Ancak rutin mikrobiyoloji laboratuarlarına MALDI TOF MS sisteminin gelmesiyle tanımlama işlemi daha da kısalmış, bu ise hastaya erken tedavi ve uygun antibiyotik kullanımını kolaylaştırmıştır.MALDİ TOF MS sistemi ile tanımlama, mikroorganizmaya ait ribozomal proteinler ile gerçekleşmektedir. Dolayısıyla kullanılacak matriks solüsyonu ribozomal proteinleri iyonize edebilmelidir. Ribozomal proteinlerin iyonize olması ise analiz yapılırken pik yoğunluğunu artıracak ve daha güvenilir tanımlama yapabilmeye olanak sağlayacaktır.
Moleküler biyoloji ve konvansiyonel yöntemlerle kıyaslandığında oldukça hassas, hızlı ve düşük maliyetli olması sebebiyle MALDI TOF MS  sistemi rutin laboratuvarlarda yerini hemen almıştır. 
Çalışmamızda Aralık 2015- Mart 2016 tarihleri arasında 108 hastaya ait pozitif kan kültürleri MALDI TOF MS sistemi ile tanımlanmış olup gram boyanma özellikleri ve Phoenix otomatize sistemleri ile sonuçlar karşılaştırılmıştır.

Anahtar Kelimeler: Kan kültürü, MALDI-TOF, Phoenix, Gram boyama, hızlı tanı

Abstract:
The development of MALDI TOF MS for the rapid identification of pathogenic microorganisms is an important step in microbiology. The method was combined with extraction methods for pathogens directly from positive blood culture sand this blood allowed the identification of a reliablespecies in blood culture flasks. Positive blood culture is seeded on agar plaques according to the gram staining feature of the pathogen, and after 24-48 hours of incubation, identification process is performed with traditional identification and biochemical tests or using automated systems such as Phoenix which requires 6-8 hours. However, with the introduction of the MALDI TOF MS system in totheroutine microbiology laboratories, the identification process has become shorter time and this has facilitated early treatment and appropriate antibiotic use for the patient. Identification by MALDI TOF MS system is carried out with ribosomal proteins of belonging to microorganism. There fore, the matrix solution to be used should be capable of ionizing ribosomal proteins. Ionization of ribosomal proteins will in crease peak density and allow for more reliable identification when analyzed.
In our study, positive blood cultures of 108 patients between December 2015 and March 2016 were identified by MALDI TOF MS system and the results were compared to gram staining properties and Phoenix automated systems were compared.

KeyWords: Blood culture, MALDI TOF, Phoenix, gram staining, fastdiagnosis.