Bolu-Gölcük Tabiat Parkının aktinobakteri biyoçeşitliliğinin belirlenmesi
Determination of actinobacteria biodiversity of Bolu-Gölcük Natural Park
Yazar: CENGİZ NİGİZ
Danışman: PROF. DR. NEVZAT ŞAHİN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mikrobiyolojik aktivite = Microbiological activity ; Mikrobiyolojik analiz = Microbiological analysis ; Mikrobiyolojik teknikler = Microbiological techniques ; Moleküler biyoloji = Molecular biology

Özet:
Bu çalışmada, Bolu-Gölcük Tabiat Parkının Aktinobakteri biyoçeşitliliğinin belirlenmesi ve olası yeni türlerin literatüre kazandırılması hedeflendi. Bolu-Gölcük Tabiat Parkından alınan sediment örneklerinden aktinomiset izolasyonu dilüsyon plak yöntemi ile gerçekleştirildi. Seçici izolasyon besiyeri olarak SM1, SM2, SM3, Marine, M1, HV, Nocardia, NBRC, R2A ve Nişasta-Kazein agar kullanıldı. Farklı koloni morfolojileri dikkate alınarak seçilen izolatlar numaralandırılıp saflaştırılarak stoklandı. Genomik DNA'ları izole edilen 50 izolatın 16S rRNA gen bölgesi PCR amplifikasyonları 27f ve 1525r evrensel primerleri ile gerçekleştirildi. Filogenetik ağaçlar MEGA 7.0 yazılımı kullanılarak Neighbour-Joining algoritması ile gerçekleştirildi. Filogenetik verilere göre 21 izolat Streptomyces, 9 izolat Nocardia, 7 izolat Micromonospora, 5 izolat Actinomadura, 4 izolat Nonomuraea, 1 izolat Saccharopolyspora, 1 izolat Mycobacterium, 1 izolat Pseudonocardia ve 1 izolat ise Proteobacteria filumunun ait Enhydrobacter cinsinin üyesi olarak belirlendi. 16S rRNA gen bölgesi nükleotit dizi analizlerine göre nükleotit farklılığı yüksek olan izolatların ilgili tip türleri ile DNA-DNA hibridizasyon testi yapılarak yeni bir tür oldukları kesinleştirildikten sonra fenotipik ve kemotaksonomik karakterizasyonları sonucunda literatüre kazandırılabilmesi oldukça mümkündür.
Anahtar Kelimeler: 16S rRNA geni; Actinobacteria; Biyoçeşitlilik; Gölcük

Abstract:
The purpose of this study was to identify the biodiversity of actinobacteria at Bolu-Gölcük natural park and to add possible novel species to the literature. Dilution plate assay was used for isolation of Actinomycetes from sediments collected from different locations of Bolu-Gölcük natural park. SM1, SM2, SM3, Marine, M1, HV, Nocardia, NBRC, R2A and Starch-Casein agar were used to prepare selective isolation media. Based on colony morphologies, 50 isolates were selected from isolation plates, which were then purified and stored. PCR-mediated amplification of the 16S rRNA gene locus of the isolates were done using 27F and 1525R universal primers. Phylogenetic trees were generated by Neighbour-Joining Algorithm using MEGA 7 software. Regarding phylogenetic data, 21 Streptomyces, 9 Nocardia, 7 Micromonospora, 5 Actinomadura, 4 Nonomuraea, 1 Saccharopolyspora, 1 Mycobacterium 1 Pseudonocardia and 1 was identified as the genus Enhydrobacter of the Proteobacteria phylum were identified from those isolates. It is quite possible that the isolates with high nucleotide differences according to the 16S rRNA gene sequence analysis can be integrated into the literature as a result of phenotypic and chemotaxonomic characterization after being confirmed as a new species by carrying out DNA-DNA hybridization tests with related species of isolates.
Key Words: 16S rRNA gene; Actinobacteria; Biodiversity; Gölcük