Tümör nekrosis faktör alfa (TNF-?), beta (TNF-ß) ve interferon gama (IFN-?) genlerindeki polimorfizmlerin meme kanseri ile ilişkisi
The assocıatıon of tumor necrosıs factor alpha (TNF-?), beta (TNF-ß) and ınterferon gamma (IFN-Y) gene polymorphısms wıth breast cancer
Yazar: NEVİN KARAKUŞ
Danışman: DOÇ. DR. NURTEN KARA
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Genetik = Genetics ; Genetik teknikler = Genetic technics ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Meme kanseri, kadınlarda en yaygın görülen kanser tipidir ve sıklığı giderek artmaktadır. Anti-tümör immün cevabın oluştuğu kanserlerde, sitokin genlerindeki polimorfizmler, kansere yatkınlığın araştırılmasında önemlidir. Bu çalışmada, çoğunluğu Karadeniz ve bir kısmı İç Anadolu Bölgesi'ne ait populasyonda, TNF-?, TNF-ß ve IFN-? sitokin gen polimorfizmlerinin meme kanseri ile ilişkisini araştırmayı amaçladık. Bu çalışmaya meme kanserli 204 kadın hasta ve 35 yaş üstü 204 sağlıklı kadın kontrol dahil edildi. Yoğun tuz çözeltisinde çöktürme yöntemiyle periferik kandan elde edilen hasta ve kontrol DNA'ları, PCR, ASO PCR ve RFLP yöntemleri uygulanarak değerlendirildi. TNF-? -308 G>A polimorfizmi açısından hasta ve kontrollerin genotip ve allel sıklıklarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmadı (sırasıyla p=0.333 ve p=0.4175). TNF-ß +252 A>G polimorfizmi için, hasta ve kontrollerin genotip dağılımlarında (p=0.016), IFN-? +874 T>A polimorfizmi için ise hem allel hem genotip dağılımlarında istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar olduğu görüldü (sırasıyla p=0.0312 ve p=0.001) ve IFN-? TA+AA genotiplerinin, meme kanseri riskini önemli derecede artırdığı saptandı. Yapılan haplotip ve kompozit genotip analizlerinde TNF-?/ß GAAG haplotipinin (p=0.0424), TNF-?/IFN-? GGTT ve GATT kompozit genotiplerinin (sırasıyla p=0.0296 ve p=0.0129), TNF-ß/IFN-? AGTT kompozit genotipinin (p=0.0003), TNF-?/ß/IFN-? GGAGTT ve GAAGTT kompozit genotiplerinin (sırasıyla p=0.0437 ve p=0.0038) meme kanserine karşı koruyucu etkisi olduğu saptandı. Ancak, TNF-?/IFN-? GGTA kompozit genotipinin meme kanseri için risk oluşturduğu tespit edildi (p=0.0156).Sonuç olarak, TNF-?/ß ve IFN-? genleri polimorfik genotiplerinin tek veya kompozit şeklinde meme kanseri ile ilişkisi olduğu saptanmıştır. Bu çalışmaların genişletilmesi ile daha açıklayıcı ve kesin sonuçların elde edilebileceği kanaatindeyiz.

Abstract:
Breast cancer is the most common malignancy among women and its incidence is increasing gradually. Cytokine genes are important for researching cancer predisposition in cancers that elicit anti-tumor immun response. In this study, we aim to research the association of breast cancer with TNF-?, TNF-ß and IFN-? cytokine genes polymorphisms in a population which is composed of mostly Blacksea and partly Middle Anatolia region. This study involves 204 female breast cancer patients and 204 healthy female controls older than 35. The DNAs isolated from pheripheral bloods of patients and controls by salting-out method, were analysed by the technics of PCR, ASO PCR and RFLP. There was no significant difference in the genotype and allele frequencies of patients and controls for TNF-? -308 G>A polymorphism (p=0.333 and p=0.4175 respectively). There were statistically significant differences between the genotype frequencies of patients and controls for TNF-ß +252 A>G polymorphism (p=0.016) and the allele and genotype frequencies for the IFN-? +874 T>A polymorphism (p=0.0312 and p=0.001 respectively) and IFN-? TA+AA genotypes were estimated to increase the breast cancer risk significantly. In the haplotype and composite genotype analysis, the TNF-?/ß GAAG haplotype (p=0.0424), the TNF-?/IFN-? GGTT and GATT composite genotypes (p=0.0296 and p=0.0129 respectively), the TNF-ß/IFN-? AGTT composite genotype (p=0.0003), the TNF-?/ß/IFN-? GGAGTT and GAAGTT composite genotypes (p=0.0437 and p=0.0038 respectively) were estimated to have protective effect against breast cancer. However, the TNF-?/IFN-? GGTA composite genotype is a risk factor for breast cancer (p=0.0156).In conclusion, the polymorphic genotypes of TNF-?/ß and IFN-? are determined to have association with breast cancer in the form of single or composite. By enlargeing the study we hope that more explanatory and definitive results can be obtained.