Rifampisin ve izoniazid dirençli tüberküloz tespiti için antibiyotik duyarlılık testi ve pirosekans analizi karşılaştırılması
Comparison between antibiotic susceptibility testing and pyrosequencing analysis for the detection of rifampicin and isoniazid resistant tuberculosis
Yazar: WALEED AL SHLASH
Danışman: PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Rifamisinler = Rifamycins ; Tüberkülin testi = Tuberculin test ; Tüberküloz = Tuberculosis ; Tüberküloz = Tuberculosis ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial ; İsoniazid = Isoniazid

Özet:
Tüberküloz küresel bir halk sağlığı sorunudur. Çok ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis sıklığındaki artış sorunu daha da kötü hale getirmiştir. Tedavi etkinliğinin artırılması ve dirençli tüberkülozun yayılmasının azaltılması, hızlı, etkili ve güvenilir tanı yöntemlerini gerektirmektedir. Moleküler yöntemler M.tuberculosis ilaç direncinin hızlı tespiti için umut vericidir. Çalışmamızda Ocak 2013-Nisan 2014 arasında Gaziantep Üniversitesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarına çeşitli kliniklerden gönderilen ve MGIT 960 sistemi ile M.tuberculosis üremiş 49 izolatta rifampisin (RIF) ve izoniazid (INH) direncini "pyrosequencing" yöntemi ile araştırdık. Aynı zamanda yapılmış MGIT duyarlılık testi ile karşılaştırdık. MGIT 960 duyarlılık yöntemi ile 49 izolattın 37 si hem INH hem de RIF'e duyarlı, 11 izolat mono-dirençli (1 tanesi RIF'e ve 10 tanesi de INH'e dirençli) ve bir izolat da hem RIF hem de INH'e dirençli bulunmuştur. MGIT 960 ile dirençli bulunan iki izolat, Pyrosequencing yöntemi ile duyarlı (rpoB geninde Rifampicin Resistance Determining Region =PRDR bölgesinde herhangi bir mutasyon saptanmamıştır), öte yandan MGIT ile RIF duyarlı bulunan üç izolatta PRDR bölgesinde mutasyonlar saptanmıştır. MGIT 960 sistemi kullanılarak INH direnci saptanan 11 izolattan yalnızca birinde Pyrosequencing yöntemi ile katG geninde mutasyon tespit edilmiş diğerleri duyarlı bulunmuştur. MGIT 960 sistemi ile INH duyarlı saptanan 38 izoların birinde katG geninde mutasyon saptanmıştır. Pyrosequencing yöntemi, RIF ve INH dirençli M.tuberculosis izolatlarının sonuçlarını kısa bir sürede sağlama avantajına sahiptir. Ancak yöntemin henüz fenotipik yöntemlerle korele olduğu söylenemez. Öte yandan pahalı olması, bir direnç kararının verilebilmesi için, ilaç direnciyle ilişkili birkaç genin çalışılmasını gerektirmesi gibi dezavantajları vardır. Ancak, bu dezavantajlarına rağmen moleküler yöntemlerin hızlı tanıda gelecek vaat ettiği söylenebilir.

Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, Rifampisin, İzoniazid, Pyrosequencing

Abstract:
Tuberculosis is a global public health problem. The development of drug-resistant tuberculosis had made the problem even worse. The increase in the frequency of drug resistant Mycobacterium tuberculosis requires an early, efficient and reliable detecting analysis to improve the treatment and reduce the spread of resistant tuberculosis. Molecular methods are promising for the rapid detection of Mycobacterium tuberculosis drug resistance. We investigated the role of pyrosequencing for the detection of rifampicin and isoniazid resistance in 49 Mycobacterium tuberculosis isolates in mycobacterial lab of Gaziantep University for the period between January 2013 and April 2014. MGIT system showed that 37 isolates were susceptible to both INH and RIF, 11 isolates were mono-resistant (one resistant to only RIF and 10 resistant to only INH), and one isolate was resistant to both RIF and INH. By pyrosequencing, 2 rifampicin resistant isolates by MGIT had no mutation in the rifampicin resistance determining gene (RRDR) of the rpoB gene, and 3 of the rifampicin-susceptible isolates had mutations at the RRDR. Regarding isoniazid, pyrosequencing had found that only one of the 11 isoniazid-resistant isolates by MGIT system had mutation in the katG gene, and one of the phenotypically isoniazid-susceptible isolate had mutation in the katG gene. Pyrosequencing technique has the advantage of providing the results of rifampicin and isoniazid resistant Mycobacterium tuberculosis isolates within a short time, but on the other hand, it is expensive, and in order to give a resistance decision, several genes that are associated with the drug resistance must be studied.

Key Words: Mycobacterium tuberculosis, rifampicin, isoniazid, pyrosequencing.