Sendromsuz dudak damak yarıklı hastalarda MSX1 gen polimorfizminin yarık bölgesindeki etkinliğinin incelenmesi
Investigation of the efficacy of MSX1 gene polymorphism on cleft region in patients with non-syndromic cleft lip and palate
Yazar: RANA KIZILTEKİN
Danışman: PROF. DR. MEHMET İRFAN KARADEDE ; DR. ÖĞR. ÜYESİ BEYZA KARADEDE
İzmir Katip Çelebi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Ortodonti Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Diş Hekimliği = Dentistry
Dizin: DNA = DNA ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Genler = Genes ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Yarık damak = Cleft palate ; Yarık dudak = Cleft lip

Özet:
Bu çalışmada, herhangi bir sendromu bulunmayan yalnızca damak yarıklı (YDA) veya dudak damak yarıklı (DDY) hastalardan alınan tükürük örneklerinin DNA analizinin yapılması, taranan örneklerdeki MSX1 gen varyantları tespit edilip, değişkenlerin yarık bölgesinin fenotipine bir etkisinin olup olmadığını incelenmesi hedeflenmiştir.
Çalışmaya İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi Ortodonti Anabilim Dalı'na başvurmuş, ortodontik tedavi ihtiyacı olan toplam 40 birey dahil edildi. Bireyler dişsel sınıflamaya göre Sınıf 1, Sınıf 2 ve Sınıf 3 fenotipli olmak üzere 3 gruba ayrıldı. Yine aynı bireyler yarık bölgesi sınıflamasına göre YDA, tek taraflı DDY ve çift taraflı DDY fenotipi olmak üzere 3 gruba ayrıldı. Tüm bireylerden çalışma öncesinde gönüllü onam formu alındı. Daha sonra tükürük örnekleri alınarak, örnekler analiz testi için Ege Üniversitesi Moleküler Tıp ve Genetik Tanı Araştırma merkezine götürüldü. MSX1 geni için her ekzona ayrı ayrı Polimeraz Zincir Reaksiyon (PCR) amplifikasyonu uygulanmıştır. Gen çalışması yapılan tüm bireylerin ortodonti tedavilerine kliniğimizde başlanılmıştır.
Çalışmamızda YDA ve DDY fenotipli bireylerde MSX1 gen etkisi değerlendirilmiş ve bu gende saptanan değişiklikler incelenmiştir. Dahil edilen hastalarda tespit edilen MSX1 değişkenlerinin deformasyon alanına etkisinin risk değerlendirilmesi Odds oranı ve güven aralığı ile belirlenmiştir. Araştırma bulgularımıza göre 40 hastanın 36'sında MSX1 geninin 6 ayrı bölgesinde varyantlar (G26E, c.77G>A; A40G, c.119C>G; G116G, c.348C>T; IVS1+35_46delCCGGGTGGGGG; c.452-15delT; c.*6C>T, c.1152 C>T)   saptanmıştır. Tespit ettiğimiz bu 6 varyantın 4'üne ait bulguların, gerek doğrudan gerek transkripsiyonu etkileyen faktörleri dolaylı etkileyerek dudak damak yarıkları ile ilişkili olduğu düşünülmüştür. 
Elde ettiğimiz sonuçlar dudak damak yarıklarının oluşmasına neden olabilecek değişkenlerle ilgili yapılacak gen çalışmaları için yeni bir kaynak oluşturacak niteliktedir. Görüşümüz çalışmamızın dudak damak yarıklarının oluşmasına engel olabilecek yeni araştırmalara ve toplumdaki sıklıklarını azaltacak muhtemel gen tedavilerine ışık tutacağını yönündedir.

Abstract:
Within this study, salivary samples were obtained from the individuals with non-syndromic cleft palate (CP) or cleft lip and palate (CLP). It was aimed to analyse DNA from the samples, to detect MSX1 gene variants in the samples and to investigate whether the variables had an effect on the phenotype of the cleft region.
A total of 40 individuals with non-syndromic cleft lip palate, who applied for treatment to the Orthodontics Department of the Faculty of Dentistry of İzmir Katip Çelebi University and who needed orthodontic treatment were included in this study. Individuals were divided into 3 groups according to dental classification as Class 1, Class 2 and Class 3 phenotypes. The same individuals were divided into three groups according to cleft region classification: cleft palate, unilateral cleft lip and palate and bilateral cleft lip and palate phenotype. Voluntary consent forms were obtained from all individuals before the study. Then, saliva samples were obtained from individuals and samples were taken to Ege University Molecular Medicine and Genetic Diagnosis Research Center for analysis test. Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification was applied one by one to each exons for MSX1 gene. Orthodontic treatments of all individuals who selected for this gene study were started in our clinic. 
In our study, the effect of MSX1 gene was evaluated in individuals with cleft palate and cleft lip and palate phenotype and the changes detected in this gene were examined. In the included patients, the risk assessment of the effect of detected MSX1 variables on the deformation area was determined by the Odds ratio and confidence interval. According to our findings, in 36 patients among 40, variants (G26E, c.77G>A; A40G, c.119C>G; G116G, c.348C>T; IVS1+35_46delCCGGGTGGGGG; c.452-15delT; c.*6C>T, c.1152 C>T) were detected in 6 different regions of MSX1 gene. The findings of four of these six variants were found to be related to cleft lip and palate and it made us thought that the MSX1 gene can directly or indirectly be in relation with the formation of cleft lip and palates by affecting the transcription factors.
These results may provide a new source for gene studies on the variables that may cause cleft lip and palate to occur. We believe that our findings may shed light to the further researches for avoiding the occurence of cleft lip and palates as well as may develop potential gene therapies for reducing the frequency of the celft lip and palates among the population.