Meme kanserinde IGFBP-5 geni CpG adacıkları metilasyonunun protein ekspresyonuna etkisi
Impact of IGFBP5 gene CpG island methylation on protein expression in breast cancer
Yazar: SEVGİ KARABULUT
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA AKKİPRİK
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA = DNA ; Epigenetik = Epigenetic ; Genler = Genes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; İnsülin benzeri büyüme faktörü I = Insulin like growth factor I ; İnsülin benzeri büyüme faktörü II = Insulin like growth factor II

Özet:
Amaç: Bu çalışmanın amacı insan meme kanserinde IGFBP5 geni promotor ve ekzon-I bölgelerinin metilasyon düzeyini belirlemek ve bunun IGFBP5 ekspresyonuna ve klinik faktörlere etkisini araştırmaktır.
Gereç ve Yöntem: Bu çalışma için 58 meme kanseri örneği (kanser ve komşu sağlıklı dokusu) kullanıldı. Dokulara ait metilasyon analizi için MSP ve metilasyonun gen ekspresyonu üzerine etkili olup olmadığını belirlemek için gerçek zamanlı PZR (polimeraz zincir reaksiyonu) ve western blot yöntemleri kullanıldı. IGFRBP5 geni promotor ve ekzon-I bölge metilasyonunun klinik veriler üzerine etkisi istatistiksel olarak incelendi.
Bulgular: IGFBP5 promotor ve ekzon-I metilasyonu meme kanseri dokularında sırasıyla %96,5 ve %41 iken sağlıklı komşu dokularında sırasıyla %94,5 ve %29 olarak bulunmuştur. Meme kanseri tümör ve sağlıklı komşu dokularının protein veya mRNA ekspresyonlarında metilasyona bağımlı önemli bir farklılık bulunmadı (n=24 ve n=25). Meme kanseri dokularında IGFBP5 ekzon-I metilasyonu ile östrojen reseptör (+) (ER (+)) statüsü arasında anlamlı bir ilişki söz konusudur (p=0,0146). Ayrıca ekzon-I bölgesi metilasyonunun menopoz sonrası dönemdeki hastalardan alınan tümör dokularında anlamlı bir şekilde arttığı görülmüştür (p=0,0326).
Sonuçlar: Bu çalışma IGFBP5 geni promotor ve ekzon –I bölge metilasyonu araştıran ilk çalışmadır ve tümör ve sağlıklı komşu dokular arasında IGFBP5 metilasyon kalıbı açısından anlamlı bir farklılık olmadığı göstermiştir. Metilasyon ile klinik verilerin değerledirilmesinde daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.

Abstract:
AIM: The aim of the present study was to assess the precise methylation levels of IGFBP5 gene promoter and exon I and ıt's impact on IGFBP5 gene expression and clinical factors. 
METHODS: For this study 58 breast cancer samples (cancerous and adjacent tissues) were utilized. Methylation specific PCR (polymerase chain reaciton) was used to detect DNA methylation patterns and real time PCR and western blot was preferred to determine whether methylation affect gene expression. Effet of IGFBP5 gene methylation on clinical factors were analyzed statistically.
RESULTS: IGFBP5 promoter and exon-I methylation were detected in 96,5%  and 41% of breast cancer tissues and 94,5% and 29% of adjacent tissues respectively. There has been no significant difference  for mRNA or protein expression in tumor and adjacent tissues dependent on methylation level. There is relation between IGFBP5 exon-I methylation and estrogen receptor (+) (ER(+) status in breast cancer tissues  (p=0,0146). Beside that, exon-I methylation has been shown to be increased in post-menopausal women tumor tissues. (p=0,0326). 
CONCLUSION: This study is the first to provide methylation profiles of the IGFBP5 gene promotor and exon-I and showed that methylation pattern of IGFBP5 have no discrepancy between tumor tissues and adjacent tissues. Wide-ranging studies are neded to evaluate methylation and clinical factors.