Karacadağ bölgesi zom koyunlarının mitokondriyal ND1 (nadh dehidrogenaz altunite 1) ve ND2 (NADH dehidrogenaz altunite 2) genlerinin moleküler genetik analizi''
Karacadağ Bölgesi Zom Koyunlarının Mitokondriyal ND1 (Nadh Dehidrogenaz Altunite 1) ve ND2 (NADH Dehidrogenaz Altunite 2) Genlerinin Moleküler Genetik Analizi''
Yazar: ZAHİDE TEKEŞ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SELAHADDİN KİRAZ
Harran Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada, Diyarbakır Karacadağ yöresinde yetiştirilen ve akrabalık ilişkisi bulunmayan Zom ırkı koyunlarda mitokondriyal ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) ve ND2  (NADH dehydrogenase subunit 2) genlerinde moleküler analizler yapılmıştır. ND1 ve ND2 proteinleri, NADH'den elektron transferini katalize eden mitokondriyal membran solunum zinciri NADH dehidrojenazın (Kompleks I) çekirdek alt birimdir. ND1 proteini ND1 geni, ND2 proteini ND2 geni tarafından kodlanır. Koyunlarda mitokondriyal ND1 proteini (NP_008406) 318 amino asitten, ND2 proteini (NP_008407) 347 amino asitten oluşmaktadır. Koyun ND1 geni 954 bp, ND2 geni 1041 bp uzunluğundadır (ND1 Gen ID: 808249, Lokasyon: 2745-3699; ND2 Gen ID: 808250, Lokasyon: 3910-4951). Koyunlardan, kan genomik DNA izolasyon kiti kullanılarak DNA izolasyonu yapılmıştır. ND1 ve ND2 geninin PCR çalışmasında sırasıyla, 512 bp ve 931 bp uzunluğunda PCR ürünleri elde edilmiştir. Mitokondriyal ND1 ve ND2 geninde DNA sekans analizi yapılmıştır. DNA dizi analizine göre, Zom koyun ırkında ND1 ve ND2 genlerinin polimorfik olduğunu ve bu gen üzerinde sırasıyla; G474A, T594C, G687A ve T273C, A315G, C519T, C558T mutasyonları tespit edilmiştir. Koyun mitokondriyal ND1 ve ND2 protein modellleri incelendiğinde, mutasyonların (silent) proteinin yapısı ve özelliğinde önemli değişimlere neden olmadığı tespit edilmiştir. Koyunlarda ilgili genomik bölgelere yönelik çalışmalarda mutayonların araştırılmasının yararlı olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
In this study, molecular analyzes of mitochondrial ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) and ND2 (NADH dehydrogenase subunit 2) genes were performed in non-related Zom sheep breed in Diyarbakır Karacadağ region. The ND1 and ND2 proteins are the core subunit of the mitochondrial membrane respiratory chain NADH dehydrogenase (Complex I), which catalyzes electron transfer from NADH. The ND1 protein is encoded by the ND1 gene, and the ND2 protein is encoded by the ND2 gene. In sheep, mitochondrial ND1 protein (NP_008406) consists of 318 amino acids, ND2 protein (NP_008407) consists of 347 amino acids. The sheep ND1 gene is 954 bp and the ND2 gene is 1041 bp (ND1 Gen ID: 808249, location: 2745-3699; ND2 Gen ID: 808250, location: 3910-4951). DNA was isolated from sheep using a blood genomic DNA isolation kit. In the PCR study of the ND1 and ND2 genes, 550 bp and 950 bp PCR fragments were generated, respectively. DNA sequence analysis was performed in the mitochondrial ND1 and ND2 gene. According to DNA sequence analysis, ND1 and ND2 genes were polymorphic in Zom sheep breed and on this gene respectively; G474A, T594C, G687A and T273C, A315G, C519T, C558T mutations have been detected. When sheep mitochondrial ND1 and ND2 protein models were examined, it was determined that mutations (silent) did not cause significant changes in the structure and properties of the protein. It is thought that it would be useful to investigate mutations in studies on relevant genomic regions in sheep.