Karides ve midyelerden izole edilen escherichia coli'lerde fenotipik olarak beta-laktam, aminoglikozid ve kinolon dirençliliğinin araştırılması
The investigation of beta-lactam, aminoglycoside and quinolone resistance phenotypically in escherichia coli which are isolated from shrimps and mussels
Yazar: BAHAR ERGÜL
Danışman: PROF. DR. SEYYAL AK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Aminoglikozitler = Aminoglycosides ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Karides = Shrimp ; Kinolonlar = Quinolones ; Midyeler = Mussels

Özet:
Bu çalışmada, Marmara Denizi'nden yakalanan ve ayrıca ülkemize ithal edilen karides ve midyelerin sindirim kanallarından Escherichia coli izolasyonu ve izole edilen E. coli'lerde fenotipik olarak GSBL, aminoglikozit, kinolon ve çoklu antibiyotik dirençliliğinin  araştırılması amaçlandı. 96 karides ve 96 midye örneği kanlı agar, MacConkey agar ve 1 mg/L sefotaksim içeren MacConkey agara ekildi. Şüpheli bulunan kolonilerden konvansiyonel yöntemlerle yapılarak 34 E. coli izolatı elde edildi. 34 izolatın 15'i karides ve 19'u midyeye aitti. GSBL, AmpC, karbapenem beta laktamaz, aminoglikozit, kinolon ve çoklu ilaç dirençliliği CLSI ve EUCAST'da verilen yöntemlere göre yapıldı. %1,04 oranında GSBL ve 34 adet izolatta %32,3 oranında aminoglikozit, %29,4 oranında kinolon ve %14,7 oranında çoklu antibiyotik direnci belirlendi. Bu çalışmada karideslerin sindirim kanalından ilk defa GSBL aktivitesi gösteren ve çoklu ilaç direnci taşıyan E. coli izolatları saptandı. Sonuçta normal mikrobiyotalarında olmayan  E. coli'nin karides ve midye gibi su ürünlerinde saptanması ve değişik oranlarda ilaç dirençliliklerinin belirlenmesi deniz ekosistemine atıklar ve fekal kontaminasyon yoluyla dirençli bakterilerin karıştığını gösterdi ve bu şartların canlılar için önemli bir risk faktörü oluşturduğu düşünüldü.

Abstract:
In this study, it was aimed to investigate the isolation of Escherichia coli from the digestive tracts of shrimps and mussels, which were captured from the Marmara Sea and imported from our country, and detection of ESBL, aminoglycoside, quinolone and multiple antibiotic resistances, phenotypically, in the isolates. 96 shrimp and 96 mussels samples were inoculated onto Blood agar, MacConkey agar and MacConkey agar with 1 mg / L cefotaxime. 34 E. coli isolates were isolated from the suspected colonies by conventional methods. Of the 34 isolates, 15 belonged to shrimp and 19 to the mussel. ESBL, AmpC, carbapenem beta lactamase, aminoglycoside, quinolone and multidrug resistance tests were performed according to CLSI and EUCAST. Out of 34 isolates, ESBL were detected in 1.04%, aminoglycoside resistance in 32.3%, quinolone resistance in 29.4% and multiple antibiotic resistance in 14.7%. In this study, E. coli isolates with both ESBL activity and multidrug resistance were found for the first time in digestive tract of shrimps. As a result, determination of E. coli which is not in normal microbiota in aquatic products such as shrimp and mussel and of drug resistance in different ratios, suggested the possibility of contamination of antibiotic resistant bacteria via fecal contamination and waste into marine ecosystems and those conditions are considered to be a significant risk factor for living organisms.