Yöresel peynirlerden izole edilen laktik asit bakterilerinin real-time PCR yüksek çözünürlüklü erime (RT-PCR-HRM) analizi ile karakterizasyonu
Characterization of lactic acid bacteria isolated from traditional cheeses with real-time PCR high resolution melting (RT-PCR-HRM) analysis
Yazar: ALAEDDİN TÜRKMEN
Danışman: DOÇ. DR. ZÜLAL KESMEN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Gıda Mühendisliği = Food Engineering ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Peynir, dünyada yaygın olarak tüketilen, besin değeri yüksek temel gıda maddelerinden biridir. Dünyada 4000'e yakın ülkemizde ise 200'e yakın peynir çeşidinin olduğu bilinmektedir. Bu peynirlerin birçoğu ait olduğu yörelerde üretilip tüketilmektedir. Laktik asit bakterileri (LAB), endüstriyel öneme sahip birçok süt ürünü başta olmak üzere çeşitli fermente gıdaların üretiminde büyük ölçüde yarar sağlamaktadır. LAB, peynirlerde olgunlaşma başta olmak üzere birçok aşamada görev alarak peynirin karakteristik tat ve aromasının oluşumunda önemli roller almaktadır. Peynirlerin üretim teknolojisine göre sahip olduğu mikrobiyal flora çeşitlilik göstermektedir. Yöresel peynirlerin içerdiği laktik asit bakterilerinin türlerinin doğru bilinmesi arzu edilen özelliklerin peynire kazandırılması için son derece önem taşımaktadır. Ancak günümüzde yaygın olarak LAB'nin tanımlanmasında doğruluğu ve tekrarlanabilirliği oldukça düşük olan fenotipik testlere dayalı tanımlama yöntemleri kullanılmaktadır. Dolayısıyla gıda mikrobiyolojisi ve teknolojisi açısından vazgeçilmez bir rolü olan LAB'nin hızlı ve doğru bir şekilde tespiti için genotipik testlere dayalı alternatif tanımlama yöntemlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu nedenle bu tez çalışmasında LAB türleri arasında değişkenlik gösteren DNA dizilerine ait yüksek çözünürlüklü erime dereceleri (Tm) ve erime eğrilerinin (HRM) analizini temel alan bir karakterizasyon yönteminin geliştirilmesi hedeflenmiştir. 
Bu amaçla çalışmanın ilk aşamasında, yöresel peynirlerden izole edilen LAB'nden DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzole edilen DNA'lar (GTG)5 rep-PCR analizi ile tanımlandıktan sonra 16S rDNA ve 23S rDNA'nın bir kısmı ile ITS bölgesini kapsayan yaklaşık 1600 bç büyüklüğündeki bölgeyi hedef alan dizi analizi ile tanımlanmıştır.

Abstract:
Cheese contains high nutritional values and is a favorite food item consumed in society. It is known that there are close to 200 cheese varieties in nearly 4000 countries in the world. Many of these cheeses are produced and consumed locally. Lactic acid bacteria(LAB) are prokaryotic microorganisms and today provide a great advantage in the production of a variety of fermented foods, especially many dairy products with industrial design. LAB plays an important role in the formation of the characteristic taste and aroma of cheese by taking part in many stages, especially maturing in cheese. The microbial flora that cheese has according to its production technology shows diversity. Proper identification of the species of LAB contained in the regional cheeses is of utmost importance for bringing the desired characteristics to the cheese. Today, however, identification methods based on phenotypic tests are widely used to identify LAB and their reproducibility is very low. Thus the LAB with food microbiology and indispensable role in terms of technology based on genotypic test to identify quickly and accurately is a need for alternative identification method.
Therefore, this thesis high resolution melting temperature of DNA sequences that vary in LAB species study (Tm) and the melting curve (HRM) is based on the aim to develop a manic typing analysis for characterization. For this purpose, DNA isolation was carried out from lactic acid bacteria isolated from local cheeses at the first stage of the study. The isolated DNAs (GTG) 5 rep-PCR having identified by analysis of 16S rDNA and 23S rDNA including the ITS region with a portion were identified with about 1600 of targeting sequence analysis in bp in size.