Bağdat hastalarında caga ve vaca virülans ve gyra antibiyotik direnç genlerinin varlığına dayalı olarak helicobacter pylori'nin moleküler tespiti
Molecular detection of helicobacter pylori based on the presence of caga and vaca virulence and gyra antibiotic resistance genes in Baghdad patients
Yazar: NIBRAS SARHAN KHUDHAIR KHUDHAIR
Danışman: DOÇ. DR. TARKAN YORULMAZ
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Helicobacter pylori (H. pylori) dünyada çok sayıda insanı enfekte eden gram-negatif bir 
bakteridir ve insan midesinin epitelini enfekte eder. Bu çalışma Bağdat'ta (Yarmouk 
Eğitim Hastanesi, Al Kindi Hastanesi, Medical City) yürütülmüş ve 100 hasta dahil 
edilmiştir. Tüm hastalara uzman doktor tarafından tanı konulmuş ve hasta örnekleri Eylül 
2022 ile Şubat 2023 tarihleri arasında toplanmıştır. Toplanan gastrik biyopsi 
örneklerinden ekstrakte edilen RNA sonucu, ters transkripsiyon polimeraz zincir 
reaksiyonu kullanılarak cDNA'ya dönüştürülmüştür. cDNA, Gerçek Zamanlı polimeraz 
zincir reaksiyonu (RT-qPCR) ile gen ekspresyonunu ve bu genlerin gastrointestinal 
hastalık gelişimi ile ilişkisini değerlendirmek için VagA, CagA virülans ve GyrA
antibiyotik direnç genleri için spesifik primer setleri kullanılarak çoğaltılmıştır. 16SrRNA
kantifikasyon için referans gen mRNA olarak kullanılmıştır, VagA geni için kat 
değişikliği sonucu 1,9113 iken VagA gen ekspresyon seviyesinin yukarı regülasyonunu 
göstermektedir. Öte yandan, CagA geni için kat değişimi sonucu 4.6144 olup gen 
ekspresyon seviyesinin yukarı regülasyonunu göstermektedir. Ek olarak, GyrA geninin 
kat değişimi sonucu 4.3664 iken, GyrA gen ekspresyon seviyesinin yukarı regülasyonunu 
göstermektedir. Genel olarak, sonuçlar VagA, CagA ve GyrA için gen ekspresyon 
seviyesinin yukarı regülasyonunu ve genler arasında anlamlı bir fark olmadığını 
göstermiştir (p≤0,05). Mevcut çalışmada, VagA, CagA ve GyrA genleri için gen ifadesi 
arasındaki fark Tukey testi ile belirlenmiştir. Bu sonuçlar, RT-qPCR'nin insan mide 
dokusunda H. pylori varlığını ve H. pylori genlerinin ekspresyonunu tespit etmek için 
hassas ve spesifik bir yöntem olduğunu göstermektedir. Bu yaklaşımla H. pylori gen 
ekspresyonunun in vivo olarak saptanması, H. pylori enfeksiyonlarının tanısının 
iyileştirilmesine ve patogenezinin anlaşılmasına katkıda bulunabilir.

Abstract:
Helicobacter pylori (H. pylori) is a gram-negative bacterium that infects large numbers 
of people worldwide and infects the epithelium of the human stomach. This study was 
conducted in Baghdad (Yarmouk Teaching Hospital, Al Kindi Hospital, Medical City) 
and included 100 patients. All patients were diagnosed by the attending physician and 
patient samples were collected between September 2022 and February 2023. RNA 
extracted from the collected gastric biopsy specimens was converted into cDNA using 
reverse transcription polymerase chain reaction. cDNA was amplified by Real Time 
polymerase chain reaction (RT-qPCR) using specific primer sets for VagA, CagA
virulence and GyrA antibiotic resistance genes to assess gene expression and their 
association with gastrointestinal disease development. 16SrRNA was used as the 
reference gene mRNA for quantification, the fold change result for the VagA gene was 
1.9113, indicating up-regulation of VagA gene expression level. On the other hand, the 
fold change result for the CagA gene was 4.6144, indicating up-regulation of the gene 
expression level. In addition, the fold change result for the GyrA gene was 4.3664, 
indicating up-regulation of the GyrA gene expression level. Overall, the results showed 
upregulation of gene expression level for VagA, CagA and GyrA and no significant 
difference between the genes (p ≤0.05). In the present study, the difference between gene 
expression for VagA, CagA and GyrA genes was determined by Tukey test. These results 
indicate that RT-qPCR is a sensitive and specific method to detect the presence of H. 
pylori and the expression of H. pylori genes in human gastric tissue. Detection of H. pylori
gene expression in vivo with this approach may contribute to improving the diagnosis and 
understanding the pathogenesis of H. pylori infections.