Acinetobacter baumannii `de biyosid duyarlılığında rol oynayan AdeB, AdeJ, QacE efluks genlerinin pyrosekans yöntemi ile araştırılması
Role of acinetobacter baumannii AdeB, AdeJ, QacE efflux genes in mediating decreased susceptibility to biocides by peyrosequencing method
Yazar: SHOHREH AFSHAR YAVARİ
Danışman: PROF. DR. SEYYAL ROTA
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Biyositler = Biocides ; Dezenfektanlar = Disinfectants ; Genler = Genes ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Biyosit ve dezenfektanlar genellikle hastane ve laboratuvar ortamlarında yaygın olarak kullanılmakta olduğu için dirençli patojenlerin seçilerek ortaya çıkmasına neden olabilirler. Nitekim laboratuvar koşullarında, antibiyotiklere direnci artmış Acinetobacter baumanii gibi bakterilerin çoğalmasına neden olan dezenfektanlar gösterilmiştir.Son yıllarda yapılan çalışmalar bu mikroorganizmanın direncinde, aktif ilaç pompa sistemlerinin etkin rol oynadığına dikkat çekmektedir.Bu çalışmada 2009-2011 yılları arasında hastanemizde izole edilen 50 A. baumanii izolatının AdeB, AdeJ ve QacE efluks gen bölgelerinin varlığını ve dezenfektan direncinde bu pompa sisteminin etkinliğini araştırmayı hedefledik.Bu amaçla, izolatlarda 2 dezenfektan maddenin (Klorhekzidin ve Benzalkonyum klorid) minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK), pompa inhibitörleri `phenylalanyl-arginyl-ß-naphtylamide' (PAßN) ve `1-(1-naphythylmethyl)-piperazine' (NMP) varlığında ve yokluğunda sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle araştırılmış ve pompa inhibitörleri varlığında antibiyotik MİK'lerindeki değişimler kaydedilmiştir. Öte yandan, AdeABC, AdeIJK çoklu ilaç direnç pompasının esas transport proteini olan AdeB ve AdeJ'yi kodlayan adeB ve adej geni ve dezenfektan direncinde etkisi olan qacE geni pyrosekans yöntemi ile araştırılmıştır.İzolatların PAßN ve NMP varlığında, klorhekzidin MİK'lerinde sırayla yaklaşık %40 (4-8 kat) ve %78 (4-16 kat) düşüş gözlenmiştir. İzolatların PAßN ve NMP varlığında, Benzalkonium klorid MİK'lerinde ise sırayla yaklaşık %43 (4-8 kat ) ve %68 (4-8 kat) düşüş gözlenmiştir. Bu bulgular izolatlarımızın önemli bir bölümünün dezenfektan direncinde, RND tipi bir aktif ilaç pompasının etkin rol oynadığını göstermektedir.İzolatlarımızın adeB, adeJ ve QacE varlığının saptandığı pyrosekans çalışma sonuçlarında, bu genlerin her 3'üde tüm izolatlarda bulundu ve bu genlerde herhangi bir mutasiyon saptanmadı.Bu sonuçlara bağlı olarak, A.baumannii izolatlarımızın dezenfektan direncinde, RND tipi bir aktif pompanın önemli katkısı olduğuna ve pompa inhibitorlerinin varlığında dezenfektan etkinliğinin artacağı ve bunun da ek tedavi seçeneklerine olanak sağlayacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Biocides and disinfectants are commonly used in hospital and laboratory settings. The frequent use of disinfectants may contribute to the emergence of disinfectant-resistant microorganisms. In the laboratorial conditions various disinfectants and biocides have been shown to result in overgrowth bacteria having increased antibiotic resistance, including Acinetobacter baumanii or that of already-resistant to antibiotics.29Recent studies have shown that active drug efflux pumps are important mechanisms of resistance in this microorganism. In this study we aimed to investigate the AdeB, AdeJ ve QacE efflux genes regions and impact of this efflux mediated resistance in the disinfectants resistance of 50 A. baumanii strains isolated in our hospital during 2009-2011.For this purpose minimum inhibitory concentrations (MICs) of 2 disinfectants (chlorhexzidin ve Benzalkonium chlorid) were investigated by broth microdilution test in the presence and absence of two efflux pump inhibitors, phenylalanyl-arginyl-ß-naphtylamide (PAßN) and 1-(1-naphythylmethyl)-piperazine (NMP) and changes in the disinfectants MICs in the presence of pump inhibitors were recorded. Additionally, adeB and adeJ genes which encode the main transporter proteins of AdeABC and AdeIJK pumps system and qacE resistance gene were investigated in the isolates by pyrosequencing method.In %40 and %78 of the isolates, MICs of Chlorhexidin decreased by in order 4-8 folds and 4-16 folds in the presence of PAßN and NMP pump inhibitors. In %43 and %68 of the isolates, MICs of Benzalkonium chloride decreased by 4-8 folds in the presence of PAßN and NMP pump inhibitors.These results showed that an RND type drug efflux pump seems very likely to contribute the disinfectants resistance in majority of the isolates.In the second part of our study, we investigated adeB, adeJ and qacE efflux genes in the isolates by Pyrosequencing method. Results obtained from studies have shown that these genes found in all isolates. There was no mutation in these genes.As a result, we conclude that there is a significant contribution of an RND type efflux pumps in our A. baumanii isolates and effluks inhibitors increase the effectiveness of the disinfectant. So additional treatment options that will make possible.