Ege Bölgesi bağlarında 
asma yaprak kıvrılma hastalığı 
ile ilişkili virüslerin 
tanılanması ve karakterizasyonu
Detection and characterization of grapevine leafroll-associated viruses (GLRaVs) in Aegean vineyards
Yazar: SERKAN ÖNDER
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA GÜMÜŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Asma = Grapevine ; Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay

Özet:
Bu çalışma 2011-2015 yılları arasında Ege Bölgesi'nde bağcılığın yoğun olarak yapıldığı illerde asma yaprak kıvrılma hastalığı ile ilişkili virüslerin (GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, GLRaV-4, GLRaV-5, GLRaV-6, GLRaV-7, GLRaV-9, GLRaV-Pr ve GLRaV-De) serolojik yöntemlerden DAS-ELISA ve moleküler yöntemlerden Real-time RT-PCR kullanılarak bulunma durumlarının saptanması, seçilen bazı örneklerin biyolojik indeksleme ile otsu ve odunsu indikatörlerde oluşturduğu simptomların belirlenmesi ve elde edilen DNA dizileme verileriyle yerel izolatların birbirleriyle ve dünya izolatlarıyla olan filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. 2011 ve 2012 yıllarında Manisa, Denizli, İzmir, Aydın ve Uşak illerinden toplanan örneklerde gerçekleştirilen DAS-ELISA ve Real-time RT-PCR testleri sonucunda 424 örneğin 133 (%31,4)'ünün asma yaprak kıvrılma hastalığı ile ilişkili virüslerden en az biri ile enfekteli olduğu, enfeksiyon oranlarının Denizli ilinde %34,1; Manisa ilinde %32,2; İzmir ilinde %26,7; Uşak ilinde %20 ve Aydın ilinde ise %18,2 olduğu saptanmıştır. Karışık enfeksiyonlar dikkate alınmadan genel bir değerlendirme yapıldığında GLRaV-Pr'nin %16,8'lik bulunma durumuyla en yaygın virüs olduğu, bunu GLRaV-De (%12), GLRaV-3 (%8,5), GLRaV-2 (%2,8), GLRaV-4 (%2,4), GLRaV-9 (%0,9), GLRaV-1 (%0,5), GLRaV-5 (%0,2) ve GLRaV-7 (%0,2)'nin belirtilen oranlarda izlediği; GLRaV-6 açısından ise enfekteli örneğin tespit edilemediği belirlenmiştir. Testlenen 424 örneğin %22,2'sinin bir, %9,2'sinin ise birden fazla virüsle enfekteli olduğu saptanmıştır. Otsu indikatörlerden sadece U-5 numaralı izolatın inokule edildiği Nicotiana benthamiana'da simptom oluşumu gözlenirken odunsu indikatörlerle yapılan biyolojik indeksleme çalışmalarında ise seçilen tüm izolatların Cabernet Franc, Cabernet Sauvignon ve Pinot Noir indikatörlerinin en az birinde değişen şiddetlerde simptom oluşturduğu tespit edilmiştir. GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, GLRaV-4, GLRaV-5, GLRaV-Pr ve GLRaV-De virüslerine ait dizileme verisi elde edilen yerel izolatların NCBI gen bankasından elde edilen referans izolatlarlarla genel olarak nükleotit ve amino asit düzeyinde yüksek oranda benzerlik gösterdiği belirlenmiş olup yerel izolatlara ait elde edilen 23 dizileme verisi NCBI gen bankasına kayıt edilerek erişim numaraları alınmıştır. Gerçekleştirilen bu çalışma ile ülkemiz bağlarında GLRaV-9, GLRaV-Pr ve GLRaV-De virüslerinin varlığı ilk kez saptanmıştır.

Abstract:
This study was carried out main viticulture production areas of Aegean Region from 2011 to 2015. The aim of this study, was to determine presence and prevalence of Grapevine leafroll-associated viruses (GLRaV-1, GLRaV-2, GLRaV-3, GLRaV-4, GLRaV-5, GLRaV-6, GLRaV-7, GLRaV-9, GLRaV-Pr and GLRaV-De) via serological (DAS-ELISA) and molecular (Real-time RT-PCR) methods; to indicate symptoms development for some isolates of selected samples on herbaceous and woody indicator plants with biological indexing and to examine the isolates of selected samples phylogenetic relationship with each other's and reported world isolates too. Between 2011-2012, samples which collected from Manisa, Denizli, İzmir, Aydın and Uşak provinces were performed DAS-ELISA and Real-time RT-PCR analyses for detection GLRaVs. At the end of DAS-ELISA and Real-time PCR assays 133 out of 424 samples were found infected at least one GLRaVs and the infection rates were 34,1%, 32,2%, 26,7%, 20% and 18,2% for Denizli, Manisa, İzmir, Uşak and Aydın provinces, respectively. Regardless the mixed infections, GLRaV-Pr was found to be the most widespread virus with 12% infection rate that followed by GLRaV-De (12%), GLRaV-3 (8,5%), GLRaV-2 (2,8%), GLRaV-4 (2,4%), GLRaV-9 (0,9%), GLRaV-1 (0,5%), GLRaV-5 (0,2%) and GLRaV-7 (0,2%) respectively. In addition GLRaV-6 was not detected within the collected samples. 133 out of 424 tested samples were found infected by one (22,2%) or more (9,2%) GLRaVs. In biological indexing assays on herbaceous indicators only the isolate of U-5 was indicated symptoms on Nicotiana benthamiana. On the contrary biological indexing on herbaceous indicators, the isolates were indicated various severity GLRaVs like symptoms on at least one woody indicators (Cabernet Franc, Cabernet Sauvignon and Pinot Noir). Phylogenetic analyses were indicated that obtained sequences belong to native virus isolates show high identity at nucleotide and amino acid levels with selected reference isolates. In addition 23 native virus partial genome sequences were recorded to NCBI genbank. GLRaV-9, GLRaV-Pr and GLRaV-De were firstly reported for viticulture areas in Turkey with this study.