Translasyonel tıp bakış açısı ile candida albicans ve candida dubliniensis' in tanısı ve ayırıcı tanısında biyolojik gösterge olarak türe özgü yağ asidi metil ester araştırması
Species-specific fatty acid methyl ester research as a biological indicator in the diagnosis and differential diagnosis of candida albicans and candida dubliniensis with the translational medicine perspective
Yazar: CANSU AKGÜL KAYA
Danışman: PROF. DR. ABDURRAHMAN HÜSEYİN BASKIN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Translasyonel Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Candida albicans = Candida albicans ; Candida dubliniensis = Candida dubliniensis ; Yağ asitleri = Fatty acids ; İnhibisyon = Inhibition

Özet:
daha sonra doldurulacaktırGiriş: Candida türleri konak savunma sisteminin zayıflaması durumunda 'fırsatçı
patojen' olarak davranarak 'kandidazis' olarak adlandırılan enfeksiyonlara neden
olurlar. Fenotipik ve genotipik açıdan birbirine oldukça benzer olmasından dolayı
Candida albicans (Calbicans) ve Candida dubliniensis (C.dubliniensis) türlerinin tanı
ve ayırıcı tanılarında zorluklar yaşanır. Candida albicans ve Candida dubliniensis
türlerinin antifungallere karşı direnç – duyarlılık şekilleri farklılık gösterebildiği için,
ayırıcı tanıları özellikle immün yetmezlikli hastalarda önem kazanır. C.dubliniensis' in
birçok izolatının antifungallere karşı duyarlı olmasına rağmen 'multidrug transporter
genleri' eksprese ederek direnç geliştirebilmektedir. MIDI Sherlock Mikrobiyal
tanımlama sistemi, türe özgü olan mikrobiyal yağ asidi metil esterlerini (FAME) gaz
kromatografisi (GC) cihazı ile analiz ederek mikroorganizmaların identifikasyonunu
sağlar.
Amaç: Calbicans ATCC 10231 ve C.dubliniensis CD36 standart suşlarının amfoterisin
B antifungaline karşı 'Mininmum İnhibisyon Konsatrasyonu' (MİK) değerlerinin
belirlenmesi, antifungal etkisinde biyofilm oluşumunun değerlendrilmesi ve yağ asidi
profillerinin belirlenmesidir.
Yöntem: Candida albicans ATCC10231 ve Candida dubliniensis CD36 standart
suşlarından analiz için hazır 'hücresel yağ asitleri' elde edildi. Amfoterisin B
antifungalinin Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MİK) değerlerini belirlemek için
Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi (EUCAST) sıvı mikro dilüsyon yöntemi
kullanıldı. Antifungal etkisindeki suşların biyofilm değerlendirmesi kristal viyole
boyama yöntemi ile yapıldı.
2
Bulgular: C.albicans ATCC 10231 suşu için amfoterisin B MİK yoğunluğu 64 µg/ml
olarak belirlendi. C.dubliniensis CD36 suşu için amfoterisin B MİK yoğunluğu
64 µg/ml olarak belirlendi. Antifungale maruz bırakılmayan C.albicans ATCC 10231 ve
C.dubliniensis CD36 suşlarının biyofilm oluşturduğu saptandı. Suşların amfoterisin B
MİK konsantrasyonlarında da biyofilm oluşturduğu görüldü. C.dubliniensis CD36
suşunun C.albicans ATCC 10231 suşuna göre yüzeye daha güçlü adere olduğu tespit
edildi. Amfoterisin B antifungalinin MİK ve sub-MİK konsantrasyonları C.dubliniensis
CD36 suşunun biyofilm olşumunda inhibisyona yol açarken, MİK yoğunluğu
C.albicans ATCC 10231 suşunda anlamlı bir inhibisyona neden olmadığı belirlendi ve
sub-MİK yoğunluklarında biyofilm oluşumunun istatiksel olarak anlamlı bir şekilde
arttığı belirlendi. C.albicans ATCC 10231 suşuna spesifik iki, C.dubliniensis CD36
suşuna spesifik bir referans pik olduğu belirlendi. Bir tanesi dallanma özelliği farklı
olan toplam altı ortak yağ asidi referans piki elde edildi.
Sonuç: C.dubliniensis CD36 ve C.albicans ATCC 10231 suşlarının amfoterisin B
antifungali için MİK yoğunlukları aynı olmasına rağmen C.dubliniensis CD36 suşunun
yüzeye daha güçlü adere olduğu tespit edilmiştir. C.dubliniensisCD36 suşu yüzeye
daha güçlü adere olmasına karşın, amfoterisin B antifungalinin inhibisyon etkisinin
C.albicans ATCC 10231 suşuna göre daha fazla olduğu saptanmıştır. Elde edilen
sonuçlar gösteriyor ki, morfolojik ve genotipik olarak birbirine benzer olan suşlarla
yapılan analizlerde elde edilebilinecek türe özgü tanı belirteçleri, enfeksiyonun
tanısının konulmasında ve seyrinin izlenmesinde son derece önemlidir.
Anahtar Sözcükler: Candida albicans, Candida dubliniensis, Minimum İnhibisyon
Konsantrasyonu (MİK), Yağ Asidi Profilleri

Abstract:
Introduction and Purpose: Candida species may act as an opportunistic pathogen
in case of weakening of the host defense system and cause infections called as
candidiasis. Because of the similar phenotypic and genotypic aspects, Candida
albicans (C.albicans) and Candida dubliniensis (C.dubliniensis) have difficulties in the
diagnosis and differential diagnosis. Since Candida albicans and Candida
dubliniensis species differ in their resistance to antifungals, their differential diagnosis
is particularly important in immunodeficient patients. Although many isolates of C.
dubliniensis are sensitive to antifungals, they can develop resistance by expressing
multidrug transporter genes. The MIDI Sherlock Microbial Identification System
provides the identification of microorganisms by analyzing species-specific microbial
fatty acid methyl esters (FAME) with gas chromatography(GC).
Objective: Determination of 'Mininmum Inhibition Concentration' (MIC) values of
fluconazole and amphotericin B antifungals of C.albicans ATCC 10231 and
C.dubliniensis CD36 standard strains, evaluation of biofilm formation under antifungal
effect and determination of fatty acid profiles.
Method: Candida albicans ATCC10231 and Candida dubliniensis CD36 standard
strains were prepared for analysis of cellular fatty acids. To determine the Minimum
Inhibition Concentration (MIC) values of amphotericin B antifungals, European
Antimicrobial Susceptibility Test Committee (EUCAST) liquid micro dilution method
was used. Biofilm evaluation of strains under antifungal effect was performed by
crystal violet staining method.
4
Results: The amphotericin B MIC concentration for C.albicans ATCC 10231 strain was
64 µg / ml. Amphotericin B MIC concentration for C.dubliniensis CD36 strain
64 µg / ml. It was determined that C. albicans ATCC 10231 and C. dubliniensis CD36
strains which were not exposed to antifungal were biofilm. The strains were also found
to produce biofilm at amphotericin B MIC concentrations. C.dubliniensis CD36 was
found to be more potent to the surface than C.albicans ATCC 10231. MIC and subMIC concentrations of amphotericin B antifungalin lead to inhibition of the biofilm
formation of C.dubliniensis CD36 strain, while MIC concentration was determined not
to cause a significant inhibition of C.albicans ATCC 10231 strain, and biofilm formation
was significantly increased at sub-MIC concentrations It was identified that there were
two reference peaks specific for C.albicans ATCC 10231 strain and a specific
reference peak for C.dubliniensis CD36 strain. A total of six common fatty acid
reference peaks were obtained, one of which had different branching properties.
Conclusion:. Although MIC concentrations of C.dubliniensis CD36 and C.albicans
ATCC 10231 were the same for amphotericin B antifungal, C.dubliniensis CD36 was
found to be more potent to the surface. Although C. dubliniensis CD36 was more
strongly adherent to the surface, it was found that the inhibition effect of
amphotericin B antifungalin was higher than that of C.albicans ATCC 10231. The
results show that species-specific diagnostic markers that can be obtained in the
analysis of strains that are morphologically and genotypically similar to each other
are extremely important in diagnosing and monitoring the course of the infection.
Key Words: Candida albicans, Candida dubliniensis, Minimum Inhibitory
Concentration (MIC), Fatty Acid Profiles