Stenotrophomonas maltophilia'da farklı sınıflardaki integronların varlığının araştırılması ve antibakteriyel direnç ile ilişkilerinin belirlenmesi
Investigation of the presence of several integron classes in stenotrophomonas maltophilia and determination of their relationship with antibacterial resistance
Yazar: EGEMEN USTA
Danışman: PROF. DR. CAFER EROĞLU
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Genetik = Genetics ; Genler = Genes ; Plazmitler = Plasmids ; Stenotrophomonas maltophilia = Stenotrophomonas maltophilia ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial ; İntegronlar = Integrons

Özet:
S. maltophilia hastanelerde sık izole edilen fırsatçı patojenlerdendir. Hastane enfeksiyon etkeni olarak giderek artan öneme sahip olan non-fermentatif bir basildir. Pek çok farklı mekanizmayı kullanarak geniş spektrumlu antibiyotiklerin çoğuna direnç gösterir. Bu durum klinikte tedavi seçeneklerini kısıtlamaktadır.İntegronlar antibiyotik direnç genlerinin aktarımında rol alan mobil genetik elemanlardandır. Sınıf 1 integronlar başta olmak üzere, farklı Gram negatif bakterilerde antibiyotik direnci ile olan ilişkisi irdelenmiş olmasına rağmen özellikle S. maltophilia için ülkemizdeki veriler oldukça sınırlıdır.
Çalışmamızda S. maltophilia'larda antibiyotik direnç genlerinin yakalanmasından ve mobilizasyonundan sorumlu integron ve plazmidlerin tespiti ve antibiyotik direnç profili ile ilişkisi araştırılmıştır. Klinik örneklerden izole edilen 100 S. maltophilia suşunun antibiyotik duyarlılık testleri CLSI önerileri doğrultusunda sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile yapıldı. Örneklerin hepsinde uygun primerler kullanılarak sınıf 1, sınıf 2, sınıf 3 integron gen kasetleri ve integron 5'-3' korunmuş gen bölgeleri polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı. Amplifiye edilen ürünlerin nükleotit dizi analizleri yapıldığında suşların %12'sinde integron varlığı gösterilmiştir. Bu işlem sonucunda integron sınıf 1 geni, quaternary ammonium compound resistance protein (suqacL) geni, aminoglycoside adenylyltransferase (aadA) geni ve integron-associated recombination bölgesi (attI1) saptandı.Ayrıca S. maltophilia suşlarında plazmid  varlığı araştırılmıştır. Suşların %9'unda plazmid saptanmıştır. Saptanan plazmidlerin boyutları 17200, 2340, 1350, 2760, 18600, 20000, 3570-2540, 2510 ve 5000-2540 bp idi.
Sonuç olarak S. maltophilia suşlarımızın azımsanmayacak bir kısmında integron (%12) ve plazmid (%9) varlığı hastanemizde ki dirençli suşların yayılımı açısından uyarmalıdır.

Abstract:
S. maltophilia are an opportunistc pathogens, which frequently isolated in hospitals. They are non-fermentative rods and the growing importance of cause of hospital-acquired infections. Using many different mechanisms of resistance to many broad spectrum antibiotics. This situation is limiting treatment. Integrons are mobile genetic elements, which participate to transfer antibiotic resistance genes. Mainly examined Class 1 in different gram-negative bacteria, but they are limited especially at S. maltophilia in our country. 
In our study, we detected integrons and plasmids, which responsible for the capture and mobilization of antibiotic resistance genes and correlated with antibiotic resistance profiles. Antimicrobial susceptibility tests of 100 strains S. maltophilia, that isolated from clinical samples, accordance with there commendations of the CLSI and was determined by the broth microdilution method. In all the samples using the appropriate primers class 1, class 2, class 3 integron gene cassettes and integrons 5'-3 'conserved gene regions were determined by polymerase chain reaction. Nucleotide sequence analysis of the amplified products strains, showed the presence of 12% of integron. When analyzed the nucleotide sequence analysis of the gene cassette, integron class 1 gene, quaternary ammonium compound resistance protein (suqacL) gene, aminoglycoside adenylyltransferase (aadA) gene, integron-associated recombination site (attI1) were determined. In addition, in the S. maltophilia isolates were investigated plasmid. Plasmids were detected in 9% strains. In 9 strains plasmids was detected 2340, 1350, 2760, 18600, 20000, 3570-2540, 2510 ve 5000-2540 bp in size.
As a result, in a substantial portion of our S. maltophilia strains the presence of integron (12%) and plasmid (9%) in terms of the spread of resistant strains in our hospital should be warned.