Kedilerin (feline) calicivirus enfeksiyonunun moleküler epidemiyolojisinin araştırılması
Investigation of the molecular epidemiology of feline calicivirus infection
Yazar: GÜLİZAR ACAR
Danışman: PROF. DR. SEVAL BİLGE DAĞALP
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı / Viroloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Feline Calicivirus (FCV) kedi populasyonlarında yaygın olarak tespit edilen
kedilerin önemli üst solunum sistemi etkenlerinden biridir. Genetik olarak çeşitlilik
gösteren FCV bunun yanı sıra pneumoni, oral lezyonlar, konjunktivitis, artritis gibi farklı
bulgulara da neden olabilmektedir. Bu bilgiler ışığında planlanan bu çalışmada,
özel/fakülte kliniklerine getirilen Calicivirus şüpheli (solunum sistemi problemi, stomatitis,
dilde ülser vb. bulgulu) ile sağlıklı görünümlü kedilerde Calicivirus enfeksiyonunun
varlığı/yaygınlığı, aşılı/aşısız, yaş, cinsiyet, barınma koşulları, FeHV-1 enfeksiyonunun
varlığı gibi parametrelerin klinik enfeksiyona yansımaları, klinik bulgulu ve sağlıklı
görünümlü hayvanlarda enfeksiyonun varlığının karşılaştırmalı değerlendirilmesi
sonrasında taşıyıcı hayvanların enfeksiyonun epidemiyolojisinde rollerinin sorgulanması,
filogenetik analizler ile farklı izolatların genetik ilişkileri, coğrafik orijinleri ve
epidemiyolojilerinin izlenmesi, aşı virusu ile farklı saha izolatlarının filogenetik ağaçta
yakınlıklarının belirlenmesi, PCR tekniğinde kullanılan bölge ve primerler ile virus
izolasyon tekniklerinin tanıda avantaj/dezavantajlarının sorgulanması ve saha izolatlarının
elde edilmesi amaçlanmış ve bu çalışmanın uzantısında yapılabilecek çalışmalara da (daha
hızlı tanı teknikleri, saha suşları ve aşı suşları arası farklılıkların antijeniteye etkisinin
sorgulanması, aşı geliştirilmesi, patogenez vb. gibi) ışık tutularak FCV enfeksiyonuna ilgili
bilimsel bilgi birikimine ve koruyucu hekimliğe katkıda bulunulabilmesi hedeflenmiştir.
Bu amaçla çalışmada toplam 107 kediden, 107 konjunktival swap, 105 nazal swap
ve 104 orofarengeal swap ile 15 EDTA içeren kan örneği olmak üzere toplam 331 tanı
materyali alınmıştır (Çizelge 2.2). Ayrıca, 107 kedinin 9'undan farklı zamanlarda ikinci
kez örnekleme yapılarak, 9 konjunktival swap, 9 nazal swap ve 9 orofarengeal swap olmak
üzere 27 örnek daha alınmış ve toplam 358 tanı materyali PCR ve VI teknikleri ile kontrol
edilmiş; örneklenen kedilerin %33,6'sı (36/107) direkt nested RT-PCR ile, %6,5'i (7/107)
VI/nested RT-PCR ile pozitif olarak değerlendirirken, %1,9'u (2/107) ortak pozitif olarak
bulunmuştur. Her iki test birlikte değerlendirilerek örneklenen kedilerin %40,2'si (43/107)
ve alınan örneklerin %18,4'ü (66/358) FCV enfeksiyonu yönünden pozitif olarak
belirlenmiştir. Özellikle FCV enfeksiyonunun epidemiyolojisinin araştırılmasında
moleküler tekniklerin çok avantajlı olduğu görülse de, her iki testin birlikte
değerlendirilmesinin FCV enfeksiyonunun tanısında yanlış negatifliklerin önüne geçmede
yararlı olacağı düşünülmüştür. VI çalışması sonrasında izole edilen viruslardan (20 kediye
ait 32 örnek) 5 (%25) kediye ait 6 (%18,8) örnek yalnızca FCV olarak identifiye edilmiş
ve söz konusu izolatlar daha sonra planlanacak ileri çalışmalar için stoklanmıştır. Bu
çalışmada elde edilen pozitiflik oranı daha önce ülkemizde yapılan çalışmalardan daha
yüksek bulunmuş ve aşılamaya rağmen enfeksiyonun tamamen engellenemediği bir kez
daha ortaya konmuştur. Örneklenen hayvanların sahip olduğu parametrelere göre elde
edilen epidemiyolojik parametrelerin istatistiki değerlendirmesi sonrasında klinik bulgulu
ve aşısız hayvanlarda tespit edilen pozitifliğin önemli olduğu belirlenmiştir. Ayrıca sağlıklı
görünümlü hayvanlarda virus saçılımının yüksek olduğu görülmüştür. FCV
enfeksiyonunun epidemiyolojisine etki eden faktörlerden biri olarak FeHV-1 enfeksiyonun
varlığı da araştırılmış özellikle klinik semptomlu hayvanlarda her iki enfeksiyonun oranı
çok yüksek (% 81,3) bulunmuştur. Kapsid proteininin A-B bölgesi ve E bölgesi hedef
alınarak yapılan filogenide örnekler çeşitlilik göstermiş, bu çalışmada elde edilen saha
virusları Genogrup I'e yakın bulunmuştur. VP1 E bölgesine göre yapılan filogenide
örneklerin ikisi dışında (ANK111 -OSW ve ANK113-OSW) tamamı Genogrup I'e daha
yakın bulunmuş tur. Aynı hayvanın farklı örneklerinde saptanan genetik farklılıklar, aynı
anda hayvanların birden fazla suşla enfekte olduğunu ortaya koymaktadır.
Elde edilen verilere göre örneklenen populasyonda FCV enfeksiyonun yaygın
olduğu, aşılamanın tam olarak hayvanları enfeksiyondan koruyamadığı, sağlıklı görünümlü
hayvanlarda virusun saçılabildiği, FCV enfeksiyonunda virusun çeşitliliğine –mutasyon,
rekombinasyon gibi nedenlerle- bağlı olarak moleküler tanı metotlarının her zaman
enfeksiyonun tanısında tek başına yeterli olamayacağı, VI teknikleri ile birlikte
değerlendirilmesinin yanlış negatif sonuçların önüne geçmede yararlı olacağı
düşünülmektedir. Ayrıca klinik semptomlu kedilerde FCV ile birlikte FeHV-1 varlığının
önemli olduğu bir kez daha ortaya konmuştur. Elde edilen izolatlar ile ilerde aşı, patogenez
ve kit geliştirme gibi çalışmalar planlanabilecek, koruyucu hekimliğe ve literatüre katkı
sağlanabilecektir.
Anahtar Sözcükler: Calicivirus, Dizin analizi, Kedi, RT-PCR, Virus izolasyon

Abstract:
Feline Calicivirus (FCV) is one of the important upper respiratory system agents
of cats, which is widely detected in cat populations. In addition to this, FCV, which is
genetically diverse, can cause different findings such as pneumonia, oral lesions,
conjunctivitis, and arthritisIn this study, which was planned in light of this information, the
presence/prevalence of Calicivirus infection, vaccinated/unvaccinated, age, gender,
housing conditions, FeHV- 1 infection on clinical infection, questioning the role of carrier
animals in the epidemiology of infection after the comparative evaluation of the presence
of infection in animals with clinical signs and healthy appearance, monitoring the genetic
relationships, geographic origins and epidemiology of different isolates with phylogenetic
analyzes, determining the closeness of the vaccine virus and different field isolates in the
phylogenetic tree. It was aimed to determine the region and primers used in the PCR
technique, to question the advantages/disadvantages of virus isolation techniques in
diagnosis, and to obtain field isolates pathogenesis, etc. It is aimed to contribute to the
scientific knowledge and preventive medicine related to FCV infection by shedding light
on the disease.
For this purpose, a total of 331 diagnostic materials, including 107 conjunctival
swaps, 105 nasal swaps, 104 oropharyngeal swaps, and 15 EDTA-containing blood
samples, were obtained from 107 cats (Table 2.2). In addition, a second sampling was made
from 9 of 107 cats at different times, and 27 more samples, including 9 conjunctival swaps,
9 nasal swaps, and 9 oropharyngeal swaps, were taken and a total of 358 diagnostic
materials were checked with PCR and VI techniques; While 33.6% (36/107) of the sampled
cats were positive with direct nested RT-PCR, 6.5% (7/107) with VI/nested RT-PCR, 1.9%
(2 /107) was found to be co-positive. Both tests were evaluated together, and 40.2%
(43/107) of the sampled cats and 18.4% (66/358) of the samples were positive for FCV
infection. Although molecular techniques seem to be very advantageous, especially in
investigating the epidemiology of FCV infection, it was thought that evaluating both tests
together would be useful in preventing false negatives in the diagnosis of FCV infection.
Of the viruses isolated after the VI study (32 samples from 20 cats), 6 (18.8%) samples
from 5 (25%) cats were identified as FCV only, and these isolates were stocked for further
studies to be planned. The positivity rate obtained in this study was found to be higher than
in previous studies in our country, and it was demonstrated once again that the infection
could not be completely prevented despite vaccination. After the statistical evaluation of
the epidemiological data obtained according to the parameters of the sampled animals, it
was determined that the positivity detected in animals with and without clinical findings
was important. In addition, it was observed that virus shedding was high in healthy-looking
animals. The presence of FeHV-1 infection as one of the factors affecting the epidemiology
of FCV infection was also investigated, and the rate of both infections was found to be very
high (81.3%), especially in animals with clinical symptoms. Samples varied in the
phylogeny made by targeting the A-B region and E region of the capsid protein, and the
field viruses obtained in this study were found to be close to Genogroup I. In the phylogeny
made according to the VP1 E region, all but two of the samples (ANK111 -OSW and
ANK113-OSW) were found closer to Genogroup I. Genetic differences detected in
different samples of the same animal reveal that animals are infected with more than one
strain at the same time According to the data obtained, FCV infection is common in the sampled
population, vaccination does not fully protect animals from infection, the virus can be
spread in healthy-looking animals, molecular diagnostic methods cannot always be
sufficient alone in the diagnosis of infection, depending on the diversity of the virus in FCV
infection -for reasons such as mutation and recombination, VI It is thought that the
evaluation together with the techniques will be useful in preventing false negative results.
In addition, it has been demonstrated once again that the presence of FeHV-1 together with
FCV is important in cats with clinical symptoms. With the isolates obtained, future studies
such as vaccines, pathogenesis, and kit development can be planned, contributing to
preventive medicine and the literature.
Keywords: Calicivirus, Cat, RT-PCR, Sequence analysis, Virus isolation