İn siliko araçlar kullanılarak alzheimer hastalığı ile ilişkili bazı genlerdeki SNP'lerin değerlendirilmesi
Evaluation of SNPS in some genes associated with alzheimer's disease using in silico tools
Yazar: NUR DEMİRCİ
Danışman: DOÇ. DR. MESUT KARAHAN ; DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY
Üsküdar Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Nörobilim Ana Bilim Dalı / Nörobilim Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics ; Nöroloji = Neurology
Dizin: Alzheimer hastalığı = Alzheimer disease ; Biyoinformatik = Bioinformatics ; Genler = Genes ; Mikro RNA = Micro RNA ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Nörobilim = Neuroscience ; Nörodejeneratif hastalıklar = Neurodegenerative diseases ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; RNA = RNA

Özet:
Alzheimer hastalığı (AH), gizli başlangıçlı ve yavaş ilerleme gösteren birçok kognitif süreci etkileyen, geri dönüşümsüz nöronal dejenerasyona yol açan nörodejeneratif ve multifaktöriyel bir hastalıktır. Bu tez çalışmasının amacı, AH ile ilişkili olan BID, MAPK10 ve AGER genlerinde bulunan yanlış anlamlı tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP), genlerin kodladığı proteinler üzerindeki olası hasar verici/zararlı etkilerinin çeşitli in siliko araçlar kullanılarak tahmin edilmesi, SNP'lerin mikroRNA'lar (miRNA) üzerindeki etkinliğinin anlaşılması, gen-gen ve protein-protein etkileşimlerinin analiz edilmesidir. Bu amaçla, bir dizi çevrimiçi yazılım aracı kullanılmıştır. 
Analizler sonucunda BID geninde yedi, MAPK10 geninde yirmi yedi ve AGER geninde üç polimorfizmin zararlı etkilerinin olabileceği tahmin edilmiştir. Yapılan miRNA-SNP analizlerinde AGER genine ait bilgi edinilememiştir. BID ve MAPK10 genleri için yapılan analizler sonucunda ise bazı SNP'lerin miRNA-mRNA bağlanma etkinliğini azalttığı, arttırdığı, bozup yeni bağlanma bölgesi oluşturduğu ve/veya miRNA-mRNA bağlanma bölgesini yok edebildiği bilgileri elde edilmiştir.
Bu tez çalışmasında gerçekleştirilen in siliko analizler ile AH ile ilişkili BID, MAPK10 ve AGER genlerinde yer alan ve yüksek riskli olabileceği tahmin edilen SNP'ler gelecekte yapılabilecek genotipleme çalışmaları için veri sağlayabilecektir. Yüksek riskli olduğu tahmin edilen SNP'ler ve miRNA-mRNA etkinliği üzerinde rolü olabilecek SNP'ler AH ile ilişkili deneysel çalışmalarda öncelikli olarak değerlendirilebilecektir. 
Gelecekte, zararlı/ hastalıkla ilişkili missense SNP'lerin ve mRNA- miRNA etkileşimini etkileyen SNP'lerin klinik etkilerinin araştırılması için deneysel çalışmaların yapılması önerilmektedir.

Abstract:
Alzheimer's Disease (AD) is a neurodegenerative and multifactorial associated disease that affects many cognitive processes with a hidden onset and slow progression, leading to irreversible neuronal degeneration. The aim of this thesis study is to estimate the potentially damaging/ harmful effects of missense single nucleotide polymorphisms (SNP) in the BID, MAPK10, and AGER genes associated with AD on the proteins encoded by those genes using various in silico tools, to understand the damaging effect of SNPs on miRNAs, and to analyze gene- gene and protein- protein interactions. For this purpose, a number of online software tools were used.  
As a result of the analyses, it was estimated that there may be the harmful effect of seven polymorphisms in the BID gene, twenty-seven in the MAPK10 gene and three in the AGER gene. In the miRNA-SNP analysis, information about the AGER gene could not be obtained. As a result of the miRNA-SNP analyzes of BID and MAPK10 genes, it was obtained that some SNP reduces the effectiveness of miRNA-mRNA binding, increases it, disrupts and creates a new binding zone or destroy the miRNA-mRNA binding region.
With the in silico analyses carried out in this thesis study, SNPs in the BID, MAPK10 and AGER genes associated with AD, which are estimated to be high- risk, SNPs, will be able to provide data for future genotyping studies. SNPs, which are estimated to be high risk, and SNPs that may have a role in miRNA-mRNA efficacy will be able to primarily considered in experimental studies associated with AD.
In the future, experimental studies are recommended to investigate the clinical effects of damaging/ harmful effects of missense SNPs and SNPs that affect mRNA-miRNA interaction.