GLT-1 (glutamat transporter 1) yıkım yolağının, sırt4 (sırtuın 4) ile düzenlenmesinin, glia ve glioblastoma hücrelerinde araştırılması
Investigation of the regulation of the GLT-1 (glutamate transporter 1) degradation pathway by SİRT4 (sirtuin 4) in glia and gliablastoma cells
Yazar: EMRE YEŞİLÖREN
Danışman: PROF. DR. GİZEM DÖNMEZ YALÇIN
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: GLT-1 =

Özet:
Amaç: Çalışmada glia ve glioblastoma hücrelerindeki Glutamat Taşıyıcı-1 (GLT-1) yıkım yolağının SIRT4 ile düzenlenmesinin aydınlatılması amaçlandı. Bu yolak içerisindeki GLT-1 protein ekspresyon seviyelerindeki değişim, PKC mRNA seviyeleri ve protein ifadesindeki değişim, pNedd4-2 seviyelerindeki değişim, SIRT4-PKC etkileşimi ve GLT-1'in post-translasyonel modifikasyonlardan ubikitinasyon ve asetilasyonunun gösterilmesi amaçlandı.
Gereç ve Yöntem: İlk olarak IHA ve U87 hücrelerinde SIRT4 shRNA lentiviral partiküller kullanılarak SIRT4 susturulmuş gruplar elde edildi. Dört farklı hücre grubundaki PKC mRNA seviyeleri qPCR yöntemi kullanılarak, protein ifadesi miktarları ise Western Blot yöntemi kullanılarak belirlendi. Fosforile olmuş Nedd4-2 seviyelerini hücre grupları arasındaki değişimi Western Blot yöntemi kullanılarak gösterildi. Hücrelerden elde edilen SIRT4 proteini PKC antikoru kullanılarak, PKC proteinleri ise SIRT4 antikoru kullanılarak immünopresipitasyon edildi ve bu yöntem ile SIRT4-PKC etkileşimi gösterildi. Hücre gruplarından elde edilen GLT-1 proteinleri kullanılarak yapılan immünopresipitasyon yönteminde, GLT-1'in ubikitinasyon ve asetilasyon seviyeleri belirlendi. 
Bulgular: Hücrelerdeki SIRT4, shRNA lentiviral partikül ile susturulduktan sonra IHA kontrol hücreleri, SIRT4 susturulmuş IHA hücreleri, U87 kontrol hücreleri ve SIRT4 susturulmuş U87 hücreleri olmak üzere dört grup elde edildi. Bu dört hücre grubunda SIRT4 ekspresyon seviyelerine bakıldı ve susturma işleminin başarıyla gerçekleştirildiği gösterildi. SIRT4 susturulması sonrasında glioblastoma hücrelerinde GLT-1 dimer ve trimer ekspresyonunun azaldığı, monomer ifadesinin değişmediği ve GLT-1 ubikitinasyonunun arttığı bulundu. Glia hücrelerinde ise SIRT4 susturulması sonrasında GLT-1 monomer, dimer, trimer ve ubikitinasyon seviyelerinin değişmediği bulundu. Nedd4-2 fosforilasyonunun ve PKC ekspresyonunun glioblastoma hücrelerinde değişmediği ancak glia hücrelerinde arttığı gösterildi. Ayrıca SIRT4'ün PKC'yi deasetile ettiği bulundu. Tüm bu bulgular ışığında glia ve glioblastoma hücrelerinde GLT-1'in düzenlenmesinin farklı mekanizmalar ile gerçekleştirildiği sonucuna ulaşıldı.
Sonuç: Söz konusu çalışmada, GLT-1'in glia ve glioblastoma hücrelerinde SIRT4 aracılığıyla düzenlenmesinin araştırılması yapılmış ve çeşitli sonuçlar elde edilmiştir. Bu sonuçlara göre hem glia hem de glioblastoma hücrelerinde SIRT4 susturulmasının hücre içinde farklı mekanizmaları etkilediği görülmüştür. Glia hücrelerinde SIRT4 susturulmasının GLT-1 ifadesi üzerinde etkisi görülmemektedir. Ancak glioblastoma hücrelerinde SIRT4 susturulması sonrasında GLT-1 düzenlenmesinde görülen değişiklikler bu yolağın eksitotoksisite için etkili olabileceğini düşündürmüştür.

Abstract:
Objective: In this study, we aimed to elucidate the regulation of Glutamate Transporter-1 (GLT-1) degradation pathway in glia and gliablastoma cells by SIRT4. It was aimed to show the change in GLT-1 protein expression levels, change in PKC mRNA levels and protein expression, change in phosphoNedd4-2 levels, SIRT4-PKC interaction, and ubiquitination and acetylation of GLT-1 posttranslational modifications in this pathway.
Material and Methods: Firstly, SIRT4 silenced groups were obtained by using SIRT4 shRNA lentiviral particles in IHA and U87 cells. PKC mRNA levels in four different cell groups were determined by qPCR and protein expression levels were determined by Western blotting. The change in phosphorylated Nedd4-2 levels between cell groups was demonstrated using Western Blot method. SIRT4 protein obtained from cells was immunoprecipitated using PKC antibody and PKC proteins were immunoprecipitated using SIRT4 antibody and SIRT4-PKC interaction was demonstrated by this method. In the immunoprecipitation method using GLT-1 proteins obtained from cell groups, ubiquitination and acetylation levels were determined.
Results: After SIRT4 shRNA in the cells was silenced with the lentiviral particle, four groups were obtained: IHA control cells, SIRT4 silenced IHA cells, U87 control cells and SIRT4 silenced U87 cells. SIRT4 expression levels were examined in these four cell groups and it was shown that the silencing process was successfully performed. It was found that GLT-1 dimer and trimer expression decreased, monomer expression did not change and GLT-1 ubiquitination increased in glioblastoma cells after SIRT4 silencing. In glia cells, GLT-1 monomer, dimer, trimer and ubiquitination levels did not change after SIRT4 silencing. Nedd4-2 phosphorylation and PKC expression did not change in glioblastoma cells but increased in glia cells. SIRT4 was also found to deacetylate PKC. In the light of all these findings, it was concluded that the regulation of GLT-1 in glia and glioblastoma cells is carried out by different mechanisms.
Conclusion: In this study, we investigated the regulation of GLT-1 through SIRT4 in glia and glioblastoma cells and obtained various results. According to these results, SIRT4 silencing in both glia and gliablastoma cells affects different mechanisms within the cell. SIRT4 silencing in glia cells has no effect on GLT-1 expression. However, changes in GLT-1 regulation after SIRT4 silencing in gliablastoma cells suggest that this pathway may be effective for excitotoxicity.