Karaciğer spesifik TİP60 nakavt farelerde karbonik anhidraz enzimlerinin (I, III ve VII) ekspresyon analizi
TIP60 liver specific knockout mice carbonic anhydrase enzymes (I, III and VII) of the analysis of expression
Yazar: NURDAN GÖNÜL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HARUN BUDAK
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Karbondioksit, yaşayan tüm canlılar için önemli bir metabolittir. Karbonik anhidrazlar (CAs) ise bu önemli metabolitin bikarbonata dönüşmesini katalizleyen ve biyolojik olarak birçok fonksiyonu olan önemli bir enzim ailesidir. Çinko bağlanma proteini (Zinc finger E box),  TIP60 (histon asetil transferaz) ile ilşkili reseptör bir proteindir. Tip60 geninin çinko sağlayıcı bölgesinin bulunması, karbonik anhidraz enzimininde aktif bölgesinde çinko iyonu içermesinden dolayı bu iki gen arasında bir ilişki olabileceği fikri doğurmuştur. Fakat bu güne kadar bu konu hakkında yayınlanmış bir bilgi bulunmamaktadır. Bu tez kapsamında, karaciğere spesifik Tip60 kontrollü nakavt farelerden ve kontrol grubu farelerden farklı zaman birimlerinde toplanan karaciğer dokularında Ca I, III ve VII genlerinin ekspresyon seviyeleri Real-Time PCR ile kantitatif olarak analiz edildi Tip60 geni silinen karaciğer dokularında Ca I ve Ca III genlerinin ekspresyon seviyesi her bir zaman biriminde önemli ölçüde azalırken, Ca VII geninin ekspresyonunda bir değişiklik görülmedi. Nakavt ve kontrol grubu için CA III enziminin hidrataz aktivitesi ölçüldü. Ayrıca her üç genin gün içerisinde göstermiş olduğu sirkadian ritimde incelendi.
Anahtar Kelimeler: Karbonik anhidraz, Tip60, Çinko bağlanma proteini, Ekspresyon, Hidrataz aktivitesi, Sirkadian ritim.

Abstract:
Carbondioxide is a major metabolite for all living organisms. Carbonic anhydrases (CAs) are a significant enzyme family that catalyse the conversion of CO2 to bicarbonate and has many biological functions. Zinc finger E box is a receptor protein which is related to TIP60 (histone acetyltransferase). This has given rise to the idea may be a relationship between Tip60 (histone acetyltransferase) and carbonic anhydrases due to having zinc supplying domain in Tip60 gene, and the active site of most carbonic anhydrases contains a zinc ion. However, so far there is no published studies about this subject. In this thesis, the expression levels of Ca I, III and VII genes were analyzed by Real-Time PCR in liver tissues which were collected from the liver-specific Tip60 conditional knockout and control group mice in different times points of day. While the expression levels of Ca I and Ca III genes in Tip60 deleted liver significantly decreased in every different time points, it was observed that there is no differences for the gene expression level of Ca VII gene. Hydratase activity was measured to determine CA III enzyme activity for both knockout and control groups. Additionally, circadian rhythms of these three genes were analysed during the days.
Keywords: Carbonic anhydrase, Tip60, Zinc finger E box, Expression, Hydratase activity, Circadian rhythm,