Türkiye'de yayılış gösteren Bornmuellera hausskn. (Brassicaceae) türlerinin kloroplast DNA (cpDNA) trnL-intron, trnL-F, trnQ-rps16,  rbcL bölgelerine dayalı filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of bornmuelera hausskn. (brassicaceae) species growing in Turkey using chloroplast DNA (cpDNA) trnL-intron, trnL-F, trnQ-rps16,  rbcL regions
Yazar: KEMALCAN OKAN
Danışman: DOÇ. DR. EMRE SEVİNDİK
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Bitkisel Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Brassicaceae = Brassicaceae ; Farmakoloji = Pharmacology ; Kloroplast DNA = Chloroplast DNA ; Turpgiller = Crucifers

Özet:
Amaç: Bu çalışmada Anadolu'da yetişen Bornmuellera türlerinin trnL-F, trnL intron, trnQ-rps16 ve rbcL bölgeleri baz alınarak filogenetik analizi yapılmıştır. 
Materyal ve Yöntem: Çalışma materyalleri Bornmuellera cappadocia, Bornmuellera glabrescens, Bornmuellera kiyakii, Bornmuellera angustifolia türlerinin örneklerini içermektedir. Toplanan örnekler, Flora of Turkey'den teşhis anahtarına bakılarak Doç. Dr. Mehmet Yavuz PAKSOY tarafından teşhis edilmiştir. Bornmuellera türleri laboratuvara getirilmiş, bir kısmı genomik DNA izolasyonu için kullanılmış ve bir kısmı da herbaryum örneği olarak muhafaza edilmiştir.
Bulgular: MEGA 6.0 programı hem filogenetik analizlerde hem de genetik uzaklıkların tespitinde kullanılmıştır. trnL-F bölgesi için ortalama nükleotid bileşimi %73.4 (A+T), %26 (G+C) olarak belirlendi. trnL intron için %62,9 (A+T), %37 (G+C), trnQ-rps16 için %70.1 (A+T), %70,1 %29,9 (G+C) ve rbcL için %55.6 (A + T), %44.4 (G+C) içeriği belirlendi. trnL intron bölgesi için en düşük mesafe 0.003, en yüksek mesafe 0.029 olarak bulundu. trnL-F bölgesi için en düşük mesafe 0.012, en yüksek mesafe 0.038 olarak bulundu. trnQ-rps16 bölgesi için en düşük mesafe 0.022, en yüksek mesafe 0.052 olarak bulundu. rbcL bölgesi için en düşük mesafe 0,002, en yüksek mesafe ise 0,005 olarak bulundu. 
Sonuç: Çalışmadan elde edilen veriler sonucunda Bornmuellera türleri bir grup halinde toplanmıştır. trnL-F ağacında hem 4 Anadolu Bornmuellera türü hem de 4 Balkan Bornmuellera türü aynı grup bulunmuştur. Geçmiş yıllarda yapılan çeşitli filogenetik çalışmalarda Bornmuellera türlerinin tek grup halinde ortaya çıkması çalışmamızı desteklemiştir.

Abstract:
Objective: In this study, phylogenetic analysis of Bornmuellera  species grown in Anatolia  was conducted based on trnL-F, trnL intron, trnQ-rps16 and rbcL regions..
Material and Methods: The study materials included the specimens of Bornmuellera cappadocia, Bornmuellera glabrescens, Bornmuellera kiyakii, Bornmuellera angustifolia species. The collected specimens, by looking at the identification key from Flora of Turkey were identified by Assoc. Dr. Mehmet Yavuz PAKSOY. Bornmuellera species were brought to the laboratory, some of them were used for genomic DNA isolation and some of them were preserved as herbarium specimens.
Results: MEGA 6.0 program was used both phylogenetic analyzis and the detection of genetic distances. For the trnL-F region, the mean nucleotide composition was determined as 73.4% (A+T), 26% (G+C). For the trnL intron, 62.9% (A+T), 37% (G+C),   for trnQ-rps16, 70.1% (A+T),  70.1% 29.9% (G+C) and for rbcL 55.6% (A + T), %44.4% (G + C) content were determined. The lowest distance for the trnL intron region was found 0.003 while the highest distance was 0.029. The lowest distance for the trnL-F region was found 0.012 while the highest distance was 0.038 The lowest distance for the trnQ-rps16 region was found 0.022 while the highest distance was 0.052. The lowest distance for the rbcL region was found 0.002 while the highest distance was 0.005. 
Conclusion: As a result of the data obtained of the study, Bornmuellera species were collected in a group.  In the trnL-F tree, both 4 Anatolian Bornmuellera species and  4 Balkan Bornmuellera species a same group were found. The emergence of Bornmuellera species in a single group in various phylogenetic studies conducted in the past years supported our study.