Van ilindeki Frontonia türleri (Protista, Ciliophora) üzerinde moleküler taksonomik araştırmalar
Molecular taxonomic investigations on Frontonia species (Protista, Ciliophora) in Van
Yazar: SİBEL KIZILDAĞ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. İSMAİL YILDIZ
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Morfoloji = Morphology
Dizin: DNA analizi = DNA analysis ; Filogeni = Phylogeny ; Moleküler sistematik = Molecular systematic ; Morfoloji = Morphology ; Morfolojik yapı = Morphological structure ; Siliyat faunası = Ciliate fauna

Özet:
Bu çalışma ile Van ili sucul habitatlarındaki Frontonia türlerinin izolasyonu, morfolojik ve morfometrik karakterizasyonu ile moleküler filogeni tahmininin yapılması amaçlandı. Çalışma sahasındaki 4 farklı istasyondan F. leucas, F. acuminata, F. angusta angusta ve F. anatolica türlerine ait 6 popülasyon izole edildi. Bu popülasyonların morfolojik ve morfometrik karakterleri canlı gözlemler ve gümüş impregnasyon yöntemleri ile belirlendi. İzole edilen popülasyonların 18S rDNA nükleotid dizileri elde edildi. Frontonia cinsinin filogeni tahmini Bayesiyan yaklaşımı ve maksimum olasılık çıkarsaması yöntemleri kullanılarak yapıldı.
Elde edilen popülasyonlar morfolojik ve morfometrik karakterler bakımından literatür bilgileri ile uyumludur. Fakat F. angusta angusta popülasyonu için vestibular kineti sayısı 3-4 olarak bildirilirken bu çalışmada elde edilen popülasyonun tamamında bu sayı 3 olarak belirlenmiştir. Bu çalışmada izole edilen F. acuminata Türkiye siliyat faunası için ilk kayıttır. Ayrıca F. angusta angusta, F. acuminata ve F. anatolica'nın 18S rDNA nükleotid dizileri küresel anlamda ilk kez bu çalışma ile ortaya çıkarılmıştır. 
Moleküler filogenetik ağaçlar incelendiğinde Frontonia cinsinin monofiletik bir takson olmadığı, iki farklı soy hattını izlediği anlaşılmaktadır. Bu soy hatlarından birini sadece Frontonia üyeleri oluştururken, diğer soy hattında Frontonia üyeleri Apofrontonia ve Paramecium türleri ile ilişkili olması Frontonia cinsini monofiletik bir takson olmaktan uzaklaştırmıştır. Filogenetik kökenleri farklı olan organizma grubunun morfolojik benzerliklerine göre aynı takson altında bir arada değerlendirilmesi, bu taksonun tanımında kullanılan karakterlerin homolojisininin sorgulanması gerektiğini düşündürmektedir. Fakat diğer siliyat türlerinde olduğu gibi pek çok Frontonia türünün halen moleküler verilerinin mevcut olmaması morfolojik homoloji konusunda kesin yargıya varmayı güçleştirmektedir.

Abstract:
In this study, it was aimed the isolation and the determination of the morphological characterization and the estimate of the molecular phylogeny of Frontonia species isolated from aquatic habitats in Van. Six populations belonging to F. leucas, F. acuminata, F. angusta angusta and F. anatolica species were isolated in four different stations at working area. Morphological and morphometrical characterizations were investigated both live observations and silver impregnation methods. 18S rDNA nucleotide sequences of the isolated populations were obtained. Phylogenetic predictions of genus Frontonia were made using Bayesian interference and maximum likelihood methods.
The morphological and morphometrical characteristics of our populations are similar to literature. But, despite being reported to have 3-4 vestibular kineties in F. angusta angusta populations, only 3 vestibular kineties were counted in all members of F. angusta angusta isolated in present study. F. acuminata isolated in this study was the first record for ciliate fauna of Turkey. In addition, the nucleotide sequences of F. angusta angusta, F. acuminata and F. anatolica species were revealed globally for the first time in this study.
When molecular phylogenetic trees are examined, it is understood that genus Frontonia is not a monophyletic taxon and follows two different ancestral lines. While one of these lines constituted only the Frontonia members, in the other line Frontonia members were associated with Apofrontonia and Paramecium species, thus removing the genus Frontonia from being a monophyletic taxon. The evaluation of the morphologic similarities of the organism group with different phylogenetic origins together under the same taxon suggests that the homology of the characters used in the definition of this taxon should be questioned. However, as it is the case with other ciliate species, many Frontonia species still lacks the molecular data, thus it makes difficult to come to a definite conclusion about the morphological homology.