Mide kanserinde polimorfik Helicobacter pylori genotiplerinde miR-98 ve miR-16-5P miRNA'larının ekspresyon analizi
Expression analysis of miR-98 and miR-16-5P miRNA in polymorphic Helicobacter pylori genotypes in gastric cancer
Yazar: ŞAFAK ŞENER
Danışman: DOÇ. DR. MELİHA BURCU IRMAK YAZICIOĞLU
Haliç Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology

Özet:
Mide kanseri, dünya genelinde görülme sıklığı açısından dördüncü; kanser kaynaklı ölümler açısından ise ikinci sıradadır. Yüksek görülme sıklığının yanında geç anlaşılabilmesi, mide kanseri hastalarının birkaç sene içinde hayatlarını kaybetmelerine yol açmaktadır. En çok bilinen risk faktörleri, tütün ürünleri kullanımı, beslenme tarzı ve Helicobacter pylori enfeksiyonudur. Bakteri enfeksiyonunun, genetik yatkınlıkla birleştiğinde mide kanseri riskini önemli ölçüde arttırdığı bilinmektedir. Helicobacter pylori kanser oluşumunda rol oynayan ve polimorfik özellik gösteren CagA ve VacA olarak isimlendirilen iki önemli gen taşımaktadır. MikroRNA'lar küçük, kodlamayan RNA molekülleridir. Yaklaşık 20-25 nükleotid uzunluğundaki bu moleküller, post-transkripsiyonel evrede gen ekspresyonunu negatif yönde düzenler. Kanser mekanizmalarında önemli görevler üstlendikleri bilinmektedir. Hem tümörü tetikleyici hem de tümör baskılayıcı özellikleri vardır. 
Bu çalışmada, Helicobacter pylori genlerinden VacA ve CagA polimorfizmleri, Türk popülasyonunda çalışılmış ve bu polimorfizmler ile mide kanseri arasındaki ilişki araştırılmıştır. Ayrıca MiR-98 ve MiR-16-5p miRNA'larının tümörlü dokulardaki ekspresyon seviyelerindeki değişimler de incelenmiştir. İncelenen CagA ve VacA polimorfizmlerinin hastalıkla ilişkili olduğu görülmüş, tümör baskılayıcı ve pro-apoptotik etki gösteren miRNA'ların ise ekspresyon seviyelerinde, AGS kontrol hücre hattına göre azalma olduğu bulunmuştur.

Abstract:
Gastric cancer is the fourth most common cancer in the world; and second in terms of cancer-related deaths. Besides the high rates of incidence, stomach cancer cause deaths within a few years because of its late diagnosis. The most well known risk factors are the use of tobacco products, diet and Helicobacter pylori infection. It is known that bacterial infection, when combined with genetic predisposition, significantly increases gastric cancer risk. Helicobacter pylori carries two important genes which play a role in cancer formation and show polymorphic characteristics, called CagA and VacA. MicroRNAs are small, non-coding RNA molecules. These molecules are about 20-25 nucleotides and regulate gene expression in the negative direction in the post-transcriptional stage. It is known that they have important roles in cancer mechanisms. They can both trigger and suppress tumor.
In this study, VacA and CagA polymorphisms of Helicobacter pylori genes were studied in Turkish population and the relationship between these polymorphisms and gastric cancer was investigated. Also, miR-98 and miR-16-5p miRNAs have been examined for changes in expression levels in tumor tissues. CagA and VacA polymorphisms have been found to be associated with disease, while tumor suppressor and pro-apoptotic miRNAs have been found to be reduced in expression levels relative to AGS control cell line.