Biyomedikal kavramların ilaç araştırmaları için kullanılması
Using biomedical concepts for drug discovery
Yazar: TAHİR BIÇAKCI
Danışman: PROF. DR. HAYRİ SEVER
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Araştırmacılar kendi alanlarında ortaya çıkan ilerlemeleri yakalamak amacıyla bilimsel yayınları içeren sayısal kütüphaneleri yakından takip etmek zorundadır. Biyomedikal alanda bilimsel yayınların büyük hacimlerde olması, yeni çalışmaların takip edilmesini zorlaştırmaktadır. Bu bilgi yığını içerisinde aranan bilgiye daha kolay erişimi sağlayan araçlar sunulmuştur. Bu araçların yanında, alan uzmanlıklarına göre özelleşmiş ve akıllı kararlar verebilen ek araçlara her geçen gün ihtiyaç artmaktadır.Literatür Tabanlı Bilgi Keşfi Araçları (LTB), büyük metin tabanlı bilgi kaynakları üzerinde, sahip olduğu alan bilgisi ile yeni hipotezler üretmeyi hedeflemektedir. LTB, biyomedikal alanda hazırlanmış bilimsel makaleler üzerinde kavramlar arası ilişkilerin kurulmasını ve kurulan bu ilişkilerin incelenmesi ile yeni hipotezlerin üretilmesini sağlamaktadır.Tezde LTB alanında yapılan bir çok çalışmanın önemli görülen yönleri bir araya getirilerek bütünleşik bir LTB aracı üretilmesi sağlanmıştır. Biomedikal alanda genel kabul görmüş Medline yayın veri tabanını bilimsel bilgi kaynağı olarak kullanılmıştır. Bu kaynaktan elde edilen metinsel verilerden biyomedikal terimler tespit edilmiş ve metinlerde bir arada bulunmaları gözetilerek terimler arası ilişkiler kurulması sağlanmıştır.LTB araçlarının başarımı, bilgi erişimi alanında kullanılan duyarlık ve hatırlama değeri ile ölçülmektedir. Tezde geliştirilen araç, yüksek duyarlık ve hatırlama değerleri ile benzeri araçlardan ayrılmaktadır.

Abstract:
Researchers are required to follow digital libraries containing scientific publications to capture emerging advancements in their fields. Large volumes of scientific publications in biomedical field makes it difficult to keep track of new studies. Tools that provides easy access to sought information clustered in the large volumes are already presented. Beside to these tools, demand to additional tools, which are specialized according to the field of expertise and in ability to make intelligent decision, is increasing with every passing day.Literature Based Discovery Tools (LBD), aims to produce new hypotheses over large text-based information sources with previously acquired domain knowledge. LBD provides establishment of relations between concepts through papers prepared in the field of biomedical research and production of new hypotheses by examining those relations.In this study, by assembling the important common aspects of previous studies, a new LBD tool production has been achieved. Medline, the generally accepted as the most important academical paper data base in the biomedical field is maintained as the basic scientific knowledge source. Biomedical terms have been determined from textual data in this knowledge source and relationships between these terms are established by considering coexistance of them in this textual data.The performance of LBD tools are measured by using the information retrieval parameters, precision and recall. Tool compiled in this study exhibit difference from the similar tools with high precision and recall values.