Farklı staphylococcus suşlarının fenotipik yöntemler, RAPD-PCR ve REP-PCR tiplendirilmesi
Typing of different staphylococcus strains by phenotypic methods, RAPD-PCR and REP-PCR
Yazar: NESLİHAN SÜRÜCÜ
Danışman: PROF. DR. NİLÜFER AKSÖZ
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Antibakteriyel aktivite = Antibacterial activity ; Antibiyotikler = Antibiotics ; RAPD-PCR = RAPD-PCR ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Staphylococcus aureus tüm dünyada en önemli hastane kökenli enfeksiyon etkenlerinden biridir. Günümüzde nozokomiyal patojenler arasında öneminin giderek artması, epidemilere yol açabilmesi ve çoklu antibiyotik direncine bağlı tedavi seçeneklerinin kısıtlı olması nedeniyle dünya tıp gündeminin başlarında yer almaktadır. S.aureus suşlarının antibiyotiklere karşı çok kısa zamanda direnç geliştirmesi, Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus-MRSA) görülme sıklığındaki artışa ve vankomisin dirençliliğinin ortaya çıkmasına neden olmuştur. Bu nedenle tanımlamanın en kısa sürede, hızlı ve güvenilir bir şekilde yapılması gerekmektedir.Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden izole edilen Staphylococcus aureus suşları ile koagülaz negatif Staphylococcus suşlarının RAPD-PCR (Random Amplified Polimorphic DNA-PCR) ve REP-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic-PCR) yöntemi ile tiplendirilmeleri amaçlanmaktadır. Bu amaçla fenotipik yöntemlerle tanımlanan Staphylococcus suşların antibiyotik duyarlılıkları incelenerek antibiyotip grupları oluşturuldu. 46 Staphylococcus suşunda (26 Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus, 15 Metisiline Duyarlı Staphylococcus aureus ve 5 Koagülaz Negatif Staphylococcus) 8 farklı antibiyotip grubu belirlendi. Antibiyotiplemenin ardından, bu suşlar RAPD-PCR ve REP-PCR yöntemi kullanılarak tiplendirildi ve elde edilen dendogramlar incelendiğinde, RAPD-PCR ile 10 farklı genotip, REP-PCR ile 16 farklı genotip belirlendi.Anahtar Kelimeler: Staphylococcus aureus, antibiyotipleme, RAPD-PCR, REP-PCR.

Abstract:
Staphylococcus aureus is one of the most important nosocomial pathogens all over the world. Nowadays, the increase in the importance of S.aureus among nosocomial pathogens, leading to epidemies and limited antimicrobial treatment makes its place at the top of the world medical agenda. Developing resistance against various antimicrobial agents contributes to wide range in the prevalance of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus-MRSA and the emergence of the vancomycin resistance. Hence, rapid and reliable identification of these microorganisms in short term is required.The aim of this study is to identify Staphylococcus aureus and CNS (Coagulase Negative Staphylococcus) isolates isolated from various clinical specimens by using RAPD-PCR (Random Amplified Polimorphic DNA-PCR) and REP-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic-PCR). For this purpose, antibiotype groups were generated by the examination of antibiotic susceptibilities of Staphylococcus strains which were identified by using phenotypic methods. Eight different antibiotype groups were assigned in forty-six Staphylococcus strains (twenty-six Methicillin Resistant Staphylococcus aureus, fifteen Methicillin Sensitive Staphylococcus aureus ve five Coagulase Negative Staphylococcus). After antibiotyping, these strains were identified by using RAPD-PCR and REP-PCR methods. When dendograms were analyzed, ten different genotypes were assigned by RAPD-PCR and sixteen different genotypes were assigned by REP-PCR.Key Words: Staphylococcus aureus, antibiotyping, RAPD-PCR, REP-PCR.