Koyun ve keçilerde ayak çürüğü vakalarından dichelobacter nodosus izolasyonu ve karakterizasyonu
The isolation and characterisation of dichelobacter nodosus from footrot cases
Yazar: İLHAN ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. ALPER ÇİFTCİ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Ayak çürüme hastalığı = Foot rot ; Dichelobacter nodosus = Dichelobacter nodosus ; Hayvan hastalıkları = Animal diseases ; Keçiler = Goats ; Koyunlar = Sheep ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Ayak çürüğü, koyun ve keçilerde anaerobik bir bakteri olan Dichelobacter
nodosus'un neden olduğu bulaşıcı bir hastalıktır. Bu çalışma, Samsun İli ve çevresinde
koyun ve keçilerdeki ayak çürüğü vakalarından aşı çalışmalarında kullanılmak üzere
D. nodosus'un izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu amacıyla yapılmıştır.
Bu amaçla Samsun İli'ne bağlı 5 ilçede 27 çiftlik örnekleme için ziyaret edildi.
Ayak problemi olan toplam 84 koyun ve 4 keçinin interdigital bölgesinden ve özellikle
lezyonlu kısımlarından svaplar alındı. Toplanan materyaller, %10 koyun kanlı Eugon
agara ekildi ve anaerobik ortamda 37°C'de en az 4-7 gün inkübe edildi. İdentifikasyon
amacıyla tipik D. nodosus kolonileri seçildi. Seçilen izolatların identifikasyonu, D.
nodosus'a özgü 16S rRNA genini hedefleyen PCR ile gerçekleştirildi. PCR ile tür
düzeyinde identifikasyon sonucunda 10 adet bakteri D. nodosus olarak tanımlandı. D.
nodosus izolatları multipleks PCR yöntemi ile serogruplandırıldı.
Yedi izolat serogrup D, iki izolat serogrup H olarak tanımlandı. Bir izolat
serogruplandırılamadı. D. nodosus izolatlarının virülensi, virülanta spesifik klon
pV470-13 (Vf1/Vr1, Vf2/Vr2), benign spesifik klon pB645-335 (Bf/Br), intA,
aprV2/B2, aprV5/B5, bprV/B genlerinin varlığı ile genotipik olarak belirlendi. PCR
sonuçlarına göre dokuz izolatın intA genini içerdiği belirlendi. Aynı üç izolat
aprV2/B2, aprV5/B5, bprV/B için pozitif sonuç verdi. Ayrıca, virülent spesifik klon
pV470-13'te bulunan Vf1/Vr1 primerleri ile beş izolatın pozitif olduğu saptandı.
İzolatların filogenetik yakınlıkları RAPD-PCR ile %70-91 olarak belirlendi.
Sonuç olarak Samsun'da footrot olgularından D. nodosus serogrup D ve H'nin
baskın olduğu ve olası aşı çalışmalarında bu serogrupların hedeflenmesi gerektiği
kanısına varıldı.

Anahtar Sözcükler: Aşı, Dichelobacter nodosus, karakterizasyon, piyeten

Abstract:
Foot rot is a contagious disease of sheep and goats caused by the anaerobic
bacterium Dichelobacter nodosus. This study has been conducted for the isolation and
molecular characterization of D. nodosus to be used in the selection of vaccine strains
from footrot cases of sheep in Samsun province.
For this purpose, 27 farms in 5 districts of Samsun were visited for sampling.
Swabs were taken from the interdigital region and especially from the lesioned parts
of a total of 84 sheep and 4 goats with foot problems. The collected materials were
inoculated on eugon agar with 10% sheep blood and incubated in anaerobic jars at
37°C for at least 4-7 days. Typical D. nodosus colonies were selected for identification.
Identification of selected isolates was carried out by identification of the D. nodosus
specific 16S rRNA gene. The bacterium isolated from 10 samples as a result of the
identification at the species level by PCR was defined as D. nodosus. D. nodosus
isolates were serogrouped by multiplex PCR method. Seven isolates were defined as
serogroup D, and two isolates as serogroup H. One isolate could not be serogrouped.
The virulence of D. nodosus isolates was determined genotypically by the presence of
the genes of virulent-specific clon pV470-13 (Vf1/Vr1, Vf2/Vr2), benign-specific clon
pB645-335 (Bf/Br), intA, aprV2/B2, aprV5/B5, bprV/B. According to the PCR results
for virulence determination, nine isolates contained intA gene. Same three isolates
were positive for aprV2/B2, aprV5/B5, bprV/B. Also, five isolates were found as
positive with the primers of Vf1/Vr1 found in virulent-specific clon pV470-13. The
phylogenetic relations of the isolates were determined as 70-91% by RAPD-PCR.
In conclusion, it was determined that D. nodosus group D and group H from
footrot cases were dominant in Samsun, and these serogroups should be targeted in
possible vaccine studies.

Keywords: Characterization, Dichelobacter nodosus, Foot-rot, Vaccine