Pediatrik obez olgularda mitokondriyal ATPaz Subünite 6 ve Sitokrom B genlerinde SNP (Tek Nükleotid Polimorfizm) analizi
SNP (Single Nucleotide Polymorphism) Analysis of Mitochondrial ATPase Subunit 6 and Cytochrome B genes in pediatric obese cases
Yazar: DURKADIN DEMİR
Danışman: DOÇ. DR. ÖZGÜL ALPER
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Sağlığı bozacak şekilde yağ dokularında anormal ya da aşırı miktarda yağ birikmesi olarak tanımlanan obezite, dünyada prevalansı artarak epidemik bir hastalık halini almıştır. Ülkemizde de toplumun %30'undan fazlasını etkilemektedir. Çocuklarda da prevalansı artan obezite, 2009 yılında yapılmış bir çalışmaya göre 781 çocuğun %5.9'unda görülmüştürBugüne kadar, nüklear genom tarafından kodlanan, kromozom 7q'da yer alan leptin (LEP) (MIM#164160), 1p'de leptin reseptörü (LEPR), 2p'de pro-opiomelanokortin (POMC), 18q'da melanokortin 4 reseptör (MC4-R), 20q'da melanokortin 3 reseptör (MC3-R), 5q'da prohormon konvertaz 1 (PC1), 3p'de yer alan peroksizom proliferatör aktive edici reseptör gama 2 (PPAR) genleri obezite ile ilişkilendirilmiştir. Ayrıca, mitokondrinin enerji üretimi sürecindeki önemli fonksiyonları dolayısıyla, mitokondriyal genomdaki varyasyonlar da, başta obezite olmak üzere enerji ile ilişkili hastalıklar açısından değerlendirilmektedir. Mitokondriyal genomda yer alan ve oldukça polimorfik olan MTATP6 ve MTCYB genlerinde obez olgularda birçok polimorfizm saptanmıştır. MTCYB geninde saptanan bir varyant Japon obez olgular için önem kazanırken, İtalyan obez olguların yalnızca %0.6'sında saptanmıştır. Bulgulardaki farklılıklardan dolayı, mitokondriyal genom varyasyonlarının bireylerin etnik kökenine, yaşadığı coğrafya ve iklim koşullarına göre değişim göstermesi önem kazanmaktadırÇalışmamızda, pediatrik obez olgularda MTATP6 ve MTCYB genlerinin SNP profilini saptayarak, genotip-fenotip ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma grubumuzda yer alan 100 obez ve 100 kontrol olgunun MTATP6 ve MTCYB gen bölgelerinin dizi analizi sonucu, obez olgularda MTATP6 geninde 7 nonsinonim, 13 sinonim, MTCYB geninde 13 nonsinonim, 13 sinonim varyasyon belirlenirken; kontrol olguların MTATP6 geninde 6 nonsinonim, 7 sinonim, MTCYB geninde 9 nonsinomim, 9 sinonim varyasyon saptanmıştır. Obez olguların MTATP6 geninde saptanan 7, MTCYB geninde saptanan 5 varyasyon yeni varyasyonlar olarak belirlenmiştir. Obez olgularda saptanan sinonim, m.8614 T>C ve m.8994 G>A varyasyonları obez olgularda kontrollere göre anlamlı olarak (p<0.05) fazla saptanırken, MTCYB geninde saptanan varyasyonlarda obez ve kontrol olgular arasında anlamlı bir fark bulunmamıştırÇalışmamız, ülkemizde, MTCYB ve MTATP6 genlerinin SNP profilini ?pediatrik obez olgularda? değerlendirerek, obezite ile ilişkisini araştıran bir çalışma olması açısından önem kazanmaktadır. Pediatrik obez olguların yanında, yetişkin ve yaşlı obez bireylerde de mitokondriyal SNP profilinin değerlendirilmesi, toplumumuzda obezitenin genetik veri tabanının oluşmasına katkı sağlayacaktır.

Abstract:
Obesity is characterised by excessive body lipid accumulation which becomes an epidemic disease with increasing prevalance around the world. In Turkey, obesity affects more than 30% of Turkish society. Based on a recent study, 5.9% of 781 children are obese in TurkeyUp to date, several nuclear coded genes were found related with obesity, such as leptin (LEP) gene on chromosome 7q, leptin receptor (LEPR) gene on 1p, pro-opiomelanocortine (POMC) gene on 2p, melanocortine 4 receptor (MC4-R) gene on 18q, melanocortin 3 receptor (MC3-R) gene on 20q, prohormone convertase 1 (PC1) gene on 5q, and peroksisome proliferator activated receptor gama 2 (PPAR) gene on chromosome 3p. Due to the importance of energy metabolism in mitochondria, mitochondrial genome variations are evaluated in energy related diseases, like obesity. A lot of polymorphisms were detected in MTATP6 and MTCYB genes which are highly polymorphic mitochondrial genes. It was shown that a variant of MTCYB gene may be important for Japanese obese cases. On the other hand, Italian researchers detected this variation only in 0.6% of Italian obeses. This condition described as geographic and ethnic differences which influence the mitochondrial genome variationsThe aim of our project is to investigate the SNP profiles in MTATP6 and MTCYB genes in Turkish obese cases and to determine the genotype-phenotype relationship. MTATP6 and MTCYB genes were sequenced in a series of 100 obese and 100 control cases. 7 nonsynonymous, 13 synonymous variations in MTATP6; 9 nonsynonymous, 9 synonymous variations in MTCYB gene were detected in obese cases. On the other hand, 6 nonsynonymous, 7 synonymous variations in MTATP6; 9 nonsynonymous, 9 synonymous variations in MTCYB genes were detected in control cases. 7 novel variations in MTATP6 gene and 5 novel variations in MTCYB gene were detected in obese cases. Synonymous m.8614 T>C, m.8994 G>A variations found in obese cases are significantly higher than in control group (p<0.05). There is not any significant difference between MTCYB variations of obese and control casesOur project is important, because of being investigated the relationship between MTATP6 and MTCYB gene SNP profiles and ?pediatric obesity?. More research should be done for to collect mitochondrial SNP profiles in younger and adult group in Turkey.