hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Meme kanserli hastalarda VGLL3 geninin araştırılması
İnvestigation of VGLL3 gene expression in breast cancer patients.
Yazar: İDİL TURGUT
Danışman: PROF. DR. AYŞE NUR BUYRU
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
VGLL3 (Vestigal-like family member 3) geni, kromozomun 3p12.1 bölgesinde yer alır ve VİTO-2 olarak da adlandırılır. 4 ekzondan oluşan VGLL3, 326 aminoasitlik bir protein kodlar. VGLL3 geni bir transkripsiyon ko-faktör olarak görev alır. VGLL3 geni, heterozigotluk kaybı sonucu, özellikle over kanserine bir tümör baskılayıcı katkıda bulunur ve miyojenezde görev alır. VGLL3 geninin, adipoz farklılaşmasında görev aldığı bilinmektedir. VGLL3 geni ağırlıklı olarak plasentada ifade edilir. Bunun dışında iskelet kasları, böbrek, beyin ve karaciğerde de ifade edildiği görülmüştür.
Bu çalışmada, meme kanseri ile VGLL3 geni arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçladık. Çalışmaya dahil edilen 50 hastada meme kanseri dokularında VGLL3 geninin ifade analizi gerçek zamanlı PZR ile yapılmış ve kontrol olarak normal  dokularla karşılaştırılmıştır. 
Tümör dokularının %66'sında VGLL3 ifadesinin azaldığı buna karşın %34'ünde ifadenin arttığı saptanmıştır. Bu değişimler klinik parametrelerle karşılaştırıldığında ise, ifadenin azalması ile progesteron (p=0,019), histolojik derece (p=0,036), lenfovasküler tutulum (p=0,042) arasında anlamlı bir ilişki olduğu bulunmuştur. Bu bilgilere dayanarak VGLL3 geni literatürde belirtilen kanser türlerine ek olarak meme kanserinde de tümör baskılayıcı gen olma potansiyeli taşımaktadır. 
Anahtar Kelimeler : meme, kanser, VGLL3, genetik, ifade

Abstract:
The gene encoding VGLL3 (Vestigal-like family member 3) (VITO-2) maps to human chromosome 3p12.1. VGLL3 has 4 exons and it encodes a protein consisting of 326 amino acids, and acts as a transcription co-factor. VGLL3 gene contributes to ovarian cancer especially as a tumor suppressor as a result of loss of heterozygosity and it also has a function in myogenesis. VGLL3 gene is involved in the differentiation of adipose. VGLL3 is mainly expressed in placenta besides skeletal muscle, kidney, brain and liver tissues.
In this study, we aimed to investigate the possible role of VGLL3 gene in breast cancer. The expression levels of VGLL3 gene in tumor and adjacent normal tissue samples obtained from 50 breast cancer patients were analyzed by Real-Time PCR and statistically evaluated.
We found decrease in expression levels of VGLL3 gene in 66% of the patients, increase in 34% of the patients in tumor tissue samples. When we compared these changes with clinical parameters, we found an association between the decrease of VGLL3 gene with progesterone (p=0,019), lymphovascular invasion (p=0,042) and histological grade (p=0,036). VGLL3 gene has a potential to be a tumor suppressor gene in breast cancer according to our findings.
Key Words: breast, cancer, VGLL3, genetic, expression
İskeletsel sınıf III yapıya sahip çift çene cerrahisi geçirmiş olgulardaki nasolabiyal yumuşak doku değişikliklerinin retrospektif olarak incelenmesi
Retrospective evaluation of nasolabiyal soft tissue changes in patients undergone class III double jaw orthognathic surgery
Yazar: CEREN ÇETİNKAYA
Danışman: PROF. DR. NİL CURA
İstanbul Üniversitesi / Diş Hekimliği Fakültesi / Ortodonti Ana Bilim Dalı
Derece: Diş Hekimliği Uzmanlık, 2016
Konu: Diş Hekimliği = Dentistry
Dizin: Cerrahi-oral = Surgery-oral ; Maloklüzyon-angle sınıf III = Malocclusion-angle class III ; Ortodonti = Orthodontics ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; Yumuşak doku = Soft tissue ; Yumuşak doku = Soft tissue

Özet:
Çalışmada iki farklı cerrahi yöntemle tedavi edilen iskeletsel sınıf III anomaliye sahip olguların nasolabiyal bölgedeki operasyona bağlı meydana gelen değişikliklerin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada iskeletsel sınıf III tedavisi İstanbul Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi Ortodonti A.D.'na yapılmış olan 51 olgu yer almıştır. Olgular uygulanacak olan operasyon yöntemine göre 2 gruba ayrılmıştır; 1. grup alt çenenin geriye hareketiyle birlikte üst çenenin öne hareket ettirildiği 26 olgudan (ÜÇİ) oluşmuştur. 2. grup ise, alt çenin geriye hareketiyle birlikte üst çenenin hem öne hem de yukarıya (gömme) hareket ettirildiği 25 olgudan (ÜÇİG) oluşmuştur. Cerrahi Operasyon öncesinde (T1) ve tedavi sonrasında (T2) alınan lateral sefalometrik röntgenlerde ölçümler yapılarak, tedavi sonrasında oluşan nasolabiyal doku değişiklikleri incelenmiştir. Bu incelemeler sonucunda olgularda; cerrahi operasyon sonrasında burun ucunun, her iki grupta da öne ve yukarı yönde hareket ettiği ve burun sırtı görece olarak düzleştiği sonucuna ulaşılmıştır. İki tedavi grubu arasında burun değişimleri açısından önemli bir fark saptanmamıştır.

Abstract:
The aim of this study is to evaluate the differences caused by orthognathic surgery in nasolabiyal area, in patients treated with two different operation techniques. 51 skeletal Class III patients treated in Istanbul University Faculty of Dentistry are included in the study. Cases are divided into two groups according to the operation technique to be used. Group 1 consisted of 26 patients in which maxilla is moved forward along with the backward movement of the mandible. Group 2 consisted of 21 patients in which maxilla is moved forward and upward (impaction) along with the backward movement of the mandible. Nasolabiyal soft tissue changes are evaluated in lateral cephalograms taken before surgery (T1), and after treatment (T2). As a result, nose showed upward and forward movement in both groups, and nasal dorsum is flattened accordingly. No significant differences are established between two groups in nasal soft tissue.
Yabancı dil olarak Türkçe öğretiminde Türk kültürüne ait değerlerin aktarılması amacına yönelik yazma ve okuma becerilerine dayalı materyal tasarımı
Materials design based on writing and reading skills with the purpose of transferring the values of Turkish culture in teaching Turkish as a foreign language
Yazar: BURCU DEMİRCAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. BİNNUR CANGİL
İstanbul Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı / Yabancı Dil Olarak Türkçe Öğretimi Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Eğitim ve Öğretim = Education and Training
Dizin: Değer aktarımı = Value transfer ; Kültürel değerler = Cultural values ; Okuma becerileri = Reading skills ; Okuma-yazma = Reading-writing ; Türk kültürü = Turkish culture ; Türkçe = Turkish ; Türkçe öğretimi = Turkish teaching ; Yabancı dil eğitimi = Foreign language education ; Yabancı dil öğretimi = Foreign language teaching ; Yazma becerisi = Writing skills

Özet:
Yabancı dil öğrenmek hedef dilin sadece dilbilgisi kurallarını öğrenmek değil aynı zamanda hedef dilin ait olduğu kültürü tanımak ve öğrenmektir. Kültür ve dil birbirinden ayrılmayan iki önemli unsur olduğundan dolayı yabancı dil öğretimi aynı zamanda hedef dilin kültürünün de aktarılma sürecidir. Bu noktadan hareketle yabancı dil olarak Türkçe öğretiminde Türk kültürü ile ilgili unsurların yabancı dil öğrenme sürecine aktarılması gerekmektedir. Bu çalışmanın amacı, Türkçenin yabancı dil olarak öğretiminde kullanmak amacıyla Türk kültürü unsurlarını içeren yazma ve okuma becerilerine dayalı ders materyalleri önermektir. Bu materyaller aracılığıyla Türk kültürüne ait değerlerin aktarılması hedeflenmektedir.

Abstract:
Learning a foreign language means not only learning grammar rules of the target language but also knowing and learning the culture of the target language. Because language and culture are inseparable factors, teaching a foreign language is also the progress of transferring the target culture. From this viewpoint, it is necessary to transfer the factors related to Turkish culture to the process of learning a foreign language in teaching Turkish as a foreign language. The aim of this study is to suggest reading and writing materials that include factors of Turkish culture with the purpose of using in teaching Turkish as a foreign language. It is aimed that values of Turkish culture are transferred through these materials.
Manzûme-i Fî Beyân-ı Tezkiye-i İnsân isimli Mesnevî'nin metin ve tahlili
Text and analysis of the Mesnevi Manzûme-i Fî Beyân-ı Tezkiye-i İnsân
Yazar: EZRAİL KARAKURT
Danışman: DOÇ. DR. ALİ ÖZTÜRK
İstanbul Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / İslam Tarihi ve Sanatları Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Din = Religion ; Türk Dili ve Edebiyatı = Turkish Language and Literature
Dizin: Ayetler = Verses ; Hadis = Hadith ; Manzume-i Fi Beyan-ı Tezkiye-i = Manzume-i Fi Beyan-ı Tezkiye-i ; Mesnevi = Mathnawi ; Tasavvuf = Mystic

Özet:
Bu çalışma, çeşitli dinî ve tasavvufî unsurları içeren ve mesnevî nazım şekliyle kaleme alınmış olan Manzûme-i fî Beyân-ı Tezkiye-i İnsân isimli eserin transkripsiyonlu metni ve muhteva tahlilini ihtiva etmektedir. Bütün araştırmalarımıza rağmen ikinci bir nüshasını tespit edemediğimiz metnin müellifi belli değildir. Milli Kütüphane/26 Hk 899 numarada kayıtlı olan nüshada müstensihe veya istinsah tarihine dair bir bilgi de mevcut değildir
 "Manzûme-i fî Beyân-ı Tezkiye-i İnsân İsimli Mesnevî'nin Metin ve Tahlili" ismini verdiğimiz bu çalışma üç bölümden meydana gelmektedir. Birinci bölümde eserin, âyetlerle, hadîslerle ve bazı din büyüklerinin nasihat ve anılarıyla zengin olan muhtevası hakkında genel bilgi verilmekte ve Türk-İslam Edebiyatı açısından yeri ve önemi değerlendirilmektedir.
İkinci bölümünde metin dinî ve tasavvufî açıdan incelenmiştir. Bu bölümde, metinde geçen dinî ve tasavvufî kavramların açıklanmaya çalışılması yanında, beyitlerin dayandığı âyet ve hadîsler incelemeye dahil edilmiştir. 
Çalışmanın üçüncü bölümünde ise transkripsiyonlu metin sunulmuştur.

Abstract:
This study contains the transcripted text and content analysis of Manzûme-i fî Beyân-ı Tezkiye-i İnsân that has various religious and sufistic elements and written in mesnevi form. Despite all our research, the writer of this text that we couldn't establish a second manuscript copy is unknown. The manuscript registered in National Library/26 Hk 899 does not contain any information about the copyist or the copy date.
This study is named "Text and Analysis of the Mesnevi Manzûme-i fî Beyân-ı Tezkiye-i İnsân" and it consists of three chapters. In the first chapter information about verses from Qoran, hadith, advises from religious scholars and their memoirs that  enriched the content of the text is given and the place and importance of this text with regard to Turkish-Islamic literature is evaluated.
In the second chapter, the text is examined in terms of religion and sufism. In this chapter, not only the religious and sufistic terms are tried to be explained but also the verses from Qoran and hadiths that the verses (beyts) are based on are included in the analysis.
In the third chapter of the study, the transcripted text is submitted.
Kültürel miras açısından inanç turizmi Türkiye örneği
Religious tourism in terms of cultural heri̇tage the example of Turkey
Yazar: YETER GÜNDÜZ
Danışman: PROF. DR. AYSEL AZİZ
İstanbul Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Kültürel Miras Yönetimi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Turizm = Tourism
Dizin: Dini turizm = Religious tourism ; Kültür = Culture ; Kültürel miras = Cultural heritage ; Türk turizmi = Turkish tourism ; İnanç turizmi = Faith tourism

Özet:
Günümüz turizm faaliyetleri içerisinde inanç turizmi giderek önem kazanmaktadır. İnsanların yaşam kalitelerinin yükselmesine bağlı olarak ortaya çıkan gezip-görme ve öğrenme ihtiyacı inanç turizmi adıyla turizm faaliyetleri içerisinde kendisini göstermektedir. 
Ülkemiz birçok uygarlığa ev sahipliği yapmış ve her uygarlıktan geriye kültürel mirasları kalmıştır. Günümüzde bu kültürel miraslar özellikle inanç yönüyle turistlerin ilgisini çekmiş ve inanç turizmi giderek yaygınlaşan bir turizm faaliyeti olmuştur. Bu sebeple bu kültürel mirasların korunması ve tanıtılması ön plana çıkmıştır.
Çalışmada kültür, kültürel miras, inanç, inanç turizmi kavramlarına yer verilmiş ve Türkiye'deki inanç merkezlerindeki durum, İstanbul'daki inanç merkezleri üzerinden incelenmiştir. Yapılan yüz yüze görüşmeler ile inanç turizm faaliyetlerinin durumu ifade edilirken bu turizm faaliyetlerinin geliştirilmesi üzerinde durulmuştur.

Abstract:
Religious tourism is becoming increasingly important in today's tourism activities. Sightseeing arise depending on the rise of people's life quality-seeing and learning needs of tourism activities shows itself in the name of religious tourism.
Our country has hosted many civilizations and cultural heritage of every civilization has left behind. Today, this cultural heritage, particularly attracted the attention of tourists and the faith aspect of religious tourism has become an increasingly widespread tourism activities. For this reason, the protection and promotion of the cultural heritage has come to the fore.
In the study, culture, heritage, faith, faith tourism concept and given the situation in the faith centers in Turkey it has tried to expose the sample. Made of face to face interviews with the situation while expressing faith tourism activities focused on the development of the tourism activity.
Osmanlı Hukukunda sulh sözleşmesi: Üsküdar ve Bursa şer'iyye sicillerine göre borç ilişkilerinde sulh sözleşmesi (M.1501-1551/H. 906-958)
Sulh agreement in Ottoman Law: sulh agreement in relation to debts in records of Üsküdar and Bursa courts (A.D. 1501-1551/A.H. 906-958)
Yazar: ESRA ÇETİNKAYA
Danışman: PROF. DR. FETHİ GEDİKLİ
İstanbul Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Kamu Hukuku Ana Bilim Dalı / Kamu Hukuku Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Hukuk = Law ; Tarih = History
Dizin: 16. yüzyıl = 16. century ; Bursa = Bursa ; Osmanlı Devleti = Ottoman State ; Osmanlı hukuku = Ottoman law ; Sulh akdi = Treaty of peace ; Üsküdar Kadılığı = Üsküdar Kadılığı ; İslam hukuku = Islamic law ; İstanbul-Üsküdar = İstanbul-Üsküdar ; Şeriye mahkemeler = Şeriye mahkemeleri ; Şeriye sicilleri = Court registers

Özet:
M. 1501-1551/906-958 yılları arasında Üsküdar ve Bursa mahkemelerine ait şer'iyye sicillerine dayanan çalışmada , Osmanlı hukukunda sulh sözleşmesi incelenmiştir. Osmanlı hukukunun İslam hukukuna dayanması sebebiyle, öncelikle İslam hukuku kaynakları çerçevesinde teorik olarak incelenen sulh sözleşmesi, Üsküdar ve Bursa mahkeme sicillerinde tutulan kayıtlar esas alınarak Osmanlı hukuku uygulamasına yansıyan yönleriyle de ele alınmıştır.  İslam hukuku teorik eserlerinin yanı sıra dönemin şeyhülislamlarının fetvaları da kaynak olarak alınmıştır.  Ayrıca sulh sözleşmesinin Roma hukuku, Common Law hukuk sistemi ve Türk hukukundaki görünümleri de incelenerek elde edilen sonuçlar, Osmanlı hukuku uygulaması ile mukayese edilmiştir. Yapılan çalışma neticesinde, teorik İslam hukuku kaynakları ile mahkeme kayıtları arasında bir çelişkiye rastlanmamış olup teori ve uygulama arasında büyük bir uyum gözlenmiştir.

Abstract:
In this dissertation depending on the records of Usküdar and Bursa Courts dated A.D. 1501-1551/A.H. 906-958; sulh agreement, which can be translated as peace agreement or amicable settlement, in Ottoman law has been examined. Due to the Ottoman law based on Islamic law, primarily, sulh agreement has been examined theoretically in the framework of Islamic law sources and then Usküdar and Bursa Court records have been discussed in the reflected direction of the application on the basis of Ottoman law. The fatwas have been taken as the source as well as Islamic theoretical works.  In addition, sulh agreement has been examined in Roman law, Common law and Turkish law and then the results obtained have been compared with Ottoman law practice. As a result of this study, contradiction has not been detected between theoretical sources of Islamic law and the Usküdar and Bursa Court records. In fact, it has been observed a great fit between theory and practice.
Memristör tasarımı ve yeni uygulamaları
Memristor design and its new applications
Yazar: YUNUS BABACAN
Danışman: DOÇ. DR. FIRAT KAÇAR
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği = Electrical and Electronics Engineering
Dizin: Analog tümleşik devreler = Analog integrated circuits

Özet:
Bu çalışma memristör tasarımı ve memristör tabanlı uygulamaları içermektedir. Çalışmanın ilk kısmında, memristörün ticari olarak bulunmaması dolayısıyla memristör gibi davranan devreler gerçekleştirilmiştir. Tez kapsamında, sadece klasik memristör taklit devreleri tasarlanmamış, nöron devresi için de özel bir memristör geliştirilmiştir. 
Geliştirilen memristör kullanılarak basit bir yapıya sahip yeni bir nöron devre tasarımı gerçekleştirilmiştir. Tasarlanan bu nöron devresi, yaygın olarak bilinen spike türlerini üretebilmektedir. Ayrıca tasarlanan nöron devresine ait farklı çıkış sinyallerinin fourier analizleri yapılarak, nöronun da bir devre elemanı gibi özel bir takım uygulamalarda da kullanılabileceği fikri gösterilmiştir. Yine çalışmanın devamında yaygın olarak kullanılan Hodgkin-Huxley (HH) devresinde bulunan sodyum ve potasyum kanalları memristör tabanlı olarak tasarlanmıştır. Yani sodyum ve potasyum kanallarının modellenebilmesi için mevcut memristör denklemleri yeniden düzenlenmiştir.

Son olarak, HH devresinde bulunan sodyum ve potasyum kanalları tezin ilk kısmında tasarlanan memristör devrelerinden biri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Önerilen modeller ve oluşturulan devreler gerek benzetim, gerekse deneysel olarak başarılı bir şekilde doğrulanmıştır.

Abstract:
This study consists of memristor design and memristor based applications. In the first part of the study, memristor-like behaving circuits were developed due to the fact that the memristors do not exist commercially. In this thesis, not only classical emulator circuits were designed but also specific memristor was also improved for neuron circuit.
The newly developed memristor was used for designing a new neuron circuit which has a simpler structure than the circuits which already suggested in the literature. This newly designed neuron circuit can produce well known spike types. In addition, the Fourier analyses of various output signals of designed neuron circuit showed the idea of that the neuron can be used as a circuit element in special applications. Moreover, in the study, sodium and potassium channels, which were commonly used in Hodgkin-Huxley (HH) circuit, were designed as a memristor based. This means that, the present memristor equations were modified to model the sodium and potassium channels.

Finally, sodium and potassium channels were implemented using one of the previous memristor emulator circuits which designed the first part of the theses. Presented models and circuits were verified with both simulations and experiment.
Aktif galaksi çekirdeklerinin X ve gama-ışınlarında gözlenen zamansal özellikleri
The observed timing of properties of the X and gamma-rays from active galactic nuclei
Yazar: MUHAMMED DİYADDİN İLHAN
Danışman: DOÇ. DR. TOLGA GÜVER
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Astronomi ve Uzay Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Astronomi ve Uzay Bilimleri = Astronomy and Space Sciences
Dizin: Aktif galaktik çekirdekler = Active galactic nuclei

Özet:
Bu yüksek lisans tez çalışması kapsamında aktif galaksi çekirdeklerine (AGÇ) ait X-ışın ve gama-ışınları arasındaki korelasyonlar ve zaman gecikmeleri üzerine çalışılmıştır. Bunun için, MAXI, Swift/BAT ve Fermi/LAT'ın sürekli gözlediği kaynaklara ait ışık eğrileri kullanılmıştır. X-ışınları (2-20 keV) ile gama-ışınları (0.1-300 GeV) ve X-ışınlarının (2-4 keV, 2-10 keV, 10-20 keV ve 2-20 keV) farklı enerji aralıkları arasındaki korelasyonlar ZDCF programı ile hesaplamıştır. X-ışın ve gama-ışınları arasındaki korelasyon ve zaman gecikmelerinin nedeni senkrotron self-Compton (SSC) saçılması yapmasıdır. SSC modeline göre, senkrotron ışınımı düşük enerjili foton üretilmesinden sorumlu iken, buna neden olan rölativistik elektronlar da ters-Compton mekanizması ile yüksek enerjili fotonların üretilmesine neden olmaktadır. Tez kapsamında kullanılan kaynaklar BL Lac cisimleri, Seyfert I ve Seyfert II galaksilerinden oluşmaktadır. BL Lac cisimlerine ait korelasyon sonuçları literatürdeki çalışmalar ile tutarlılık göstermiştir. Seyfert I ve Seyfert II galaksilerine ilişkin sonuçlar BL Lac cisimleri ile uyumluluk göstermiştir.

Abstract:
In this thesis, the correlaitons and time delays between X-rays and gama-rays of Active Galactic Nuclei (AGN) were studied. In order to analogy the light curves of these sources, observations from MAXI, Swift and Fermi were used. The correlation between X-rays (2-20 keV) and gamma-rays (0.1-300 GeV), and various bands of X-rays (2-4 keV, 2-10 keV, 10-20 keV ve 2-20 keV) were calculated by using Z-transform Discrete Correlation Function (ZDCF). Synchrotron self-Compton (SSC) scattering is tought to be one of the reasons behind the correlations and time delays between X-rays and gamma-rays. According to the SSC model while the synchrotron mechanism is the reason for low energy photons, the relativistic electrons, which are responsible for the synchrotron radiation, creates high energy photons via inverse-Compton scattering. Within the thesis, BL Lac, Seyfert I and Seyfert II galaxies are used. The results from BL Lac are in agreement with that given in literature. Results for Seyfert I and II galaxies are found to be consistent with that obtained for BL Lacs.