Türkiye'de yetişen ekşi kara (Morus nigra) dutların basit dizi tekrarları (simple sequence repeat- SSR) ile moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of ekşi kara mulberry (Morus nigra) with single sequence repeats (SSR) in Turkey region
Yazar: İLYAS KILINÇER
Danışman: DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Analiz = Analysis ; Basit dizi tekrarları (SSR) = Simple sequence repeats (SSR) ; Filogenetik = Phylogenetic ; Floresan = Fluorescence ; Karadut = Black mullberry ; Morus nigra L. = Morus nigra L.

Özet:
Ekşi karadut (Morus nigra), Moraceae familyasının, Morus cinsinde yer almaktadır. Önemli ekonomik potansiyele sahip tıbbi aromatik bir bitki türü olmasına rağmen modern bahçeciliğe entegre edilememiştir. Ekşi karadutun anavatanı tam olarak bilinmemekle beraber Anadolu ve İran bölgesi olduğu ileri sürülmektedir. Bu tez çalışmasında Türkiye ve İran'dan yetişen ve çoğunluğu tarihi ağaçlardan oluşan 344 ekşi karadut örneğinin ve diğer dut türlerine ait 18 adet genotipin SSR (Basit Dizi Tekrarları) primeri kullanılarak genetik karakterizasyonu yapılmıştır. Örneklerin DNA'ları 15 adet floresan işaretli primer kullanılarak amplifiye edilmiştir. PCR reaksiyonlarının amplifikasyon başarısı agaroz jel de kontrol edilmiş daha sonra floresan işaretli PCR ürünleri kapilar elektoforez cihazı kullanılarak fragmant analizine tabi tutulmuştur. 15 lokusta 132 allel tespit edilmiştir. Alleler skorlanmış, beklenen heterozigotluk (He= 0,92), gözlenen heterozigotluk (Ho= 0.51) ve PIC (Polymophisim information content = 0,41) değerleri hesaplanmıştır. UPGM (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) kümeleme analizinde 2 ayrı grup oluşmuştur. Ekşi karadut genotipleri birbirleri ile aynı bulunurken, diğer Morus örnekleri  grup içi genetik varyasyon göstermiştir. Sonuçlar ekşi karadutun kültüre alınmış odunsu meyve türleri arasında özgün bir popülasyon genetiğini sergilediğini, diğer meyve türlerinin aksine genetiç çeşitlilik taşımadığı ve Türkiye ve Anadolu'nun ekşi karadutun anavatanı olamayacağına işaret etmektedir.

Anahtar Kelimeler: Ekşi karadut, SSR, Filogenetik Analiz, Floresan İşaretli Primer, Morus nigra, Fragmant Analizi

Abstract:
Sour black mulberry (Morus nigra) is in the Morus genus of the Moraceae family. Although it is a medicinal aromatic plant species with significant economic potential, it has not been integrated into modern horticulture. Although the origin of black mulberry is not known exactly, Turkey and Iran is considered as center of origion. In this thesis study, genetic characterization of 344 sour black mulberry and 18 Morus mulberries grown in Türkiye was carried out with 15 SSR (Simple Sequence Repeats) primers. The DNAs of the samples were amplified using 15 fluorescently labeled primers. The amplification success of the PCR reactions was checked on agarose gel, then fluorescently labeled PCR products were subjected to fragment analysis using a capillary electrophoresis device. All the black mulberry accession were found to be identical for 15 loci. Considering the entire population, 132 alleles were detected at 15 loci. Expected heterozygosity (He = 0.92), observed heterozygosity (Ho = 0.51) and PIC (Polymophisim information content = 0.41) values were calculated. For entire population. The UPGM (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) cluster analysis distinguished accessions of different Morus species. Unlike other fruit species, black mulberry does not have genetic diversity in the region and Turkey and Anatolia cannot be the homeland of sour black mulberry. The results also indicate that sour black mulberry exhibits a unique genetic structure among cultivated woody fruit species.

Keywords: Sour black mulberry, SSR, Phylogenetic Analysis, Fluorescently Labelled Primer, Morus nigra, Fragment Analysis