Larenks kanserli hastalarda TNFA geninin promoter bölgesindeki polimorfik değişiklikler ile metilasyon ve ekspresyon durumlarının incelenmesi
Investigation of methylation and expression status and polymorphic changes in the promoter region of FTFA gene in laryngeal cancer
Yazar: SEVDE CÖMERT
Danışman: DOÇ. DR. SEMRA DEMOKAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Deneysel ve Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Laringeal hastalıklar = Laryngeal diseases ; Laringeal neoplazmlar = Laryngeal neoplasms ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Larenks kanserleri, baş-boyun kanserleri arasında en yaygın olarak görülen ikinci kanser tipidir. Larenks kanserlerinin etiyolojisinde sigara, alkol gibi fiziksel ve kimyasal karsinojenlerin zararlı etkisine maruz kalmak gibi çevresel etkenler gözlenmekte, bunlar aynı zamanda hücresel immuniteyi de baskılamaktadır. Günümüzde larenks kanserinde erken tanı, prognoz, nüks riski olan hastaları ayırt etmeye yönelik güvenilir biyobelirteçler bulunmamaktadır.
Çalışmamızda 50 larenks kanserli hastanın tümör, eşlenik normal doku ve vücut sıvıları (tükürük, serum) ile 20 sağlıklı bireye ait normal doku ve vücut sıvıları (tükürük, serum) kullanılarak TNFA geninde metilasyona bağlı ekspresyon durumu ile promoter bölgesinde bulunan c.-238G>A, c.-308G>A, c.-806C>T, c.-857C>T, c.-863C>A ve c.-1031T>C polimorfizmleri incelenmiştir. 
Hastaların %84'ünde TNFA geninin promoter bölgesinde metilasyon gözlenirken, %56'sında TNFA gen ekspresyonunda azalma görülmüştür. Metilasyon görülen hastaların %42'sinde metilasyona bağlı ekspresyon durumunda azalma gözlenmiştir. Metilasyon varlığı ile hastaların klinikopatolojik verileri karşılaştırıldığında ileri evre hastalarda (evreIII-IV), erken evre hastalara (evreI-II) göre metilasyon varlığı görülmüştür. TNFA gen polimorfizmleri ile hasta ve sağlıklı gruptaki genotip ve allel frekansları değerlendirildiğinde c.-308G>A ve c.-1031T>C polimorfizmlerinin hastalık riski açısından istatistiksel olarak anlamlı olduğu bulunmuştur. Hasta ve kontrol grupları arasında polimorfik değişikliklerin haplotip frekansları incelendiğinde ise, c.-238G>A/c.-308G>A, c.-238G>A/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-863C>A, c.-308G>A/ c.-1031T>C, c.-857C>T/c.-863C>A, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-857C>T, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-863C>A, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-857C>T/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-863C>A/c.-1031T>C haplotip kombinasyonlarının anlamlı derecede hastalık riski ile ilişkili oldukları gözlenmiştir. 
TNFA geninde gözlenen metilasyona bağlı olarak ekspresyon yokluğunun ve polimorfik farklılıkların larenks karsinogenezi ile ilişkili olduğu düşünülmektedir. Çalışmamıza daha geniş hasta grubunda devam ederek istatistiksel anlamlılığı arttırmayı hedeflemekteyiz.

Abstract:
Larynx cancer is the most common cancer type in the head and neck cancer. In the etiologic factors of larynx cancer, exposure to the harmful effects of physical and chemical carcinogens, such as tobacco usage, alcohol consumption. There is no reliable biomarkers in larynx cancer to predict prognosis and early diagnosis.
In our study, the polymorphic differences (c.-238G>A, c.-308G>A, c.-806C>T, c.-857C>T, c.-863C>A, c.-1031T>C) in the promoter region with the methylation and expression states of the TNFA gene examined in patients with larynx cancer and healthy individuals.
The promoter region of the TNFA gene was methylated in 84% of patients compared to those in matched normal tissue and in the expression status of TNFA gene was not observed 56% of the patients. in the expression status was observed in 42% reduction depending on the methylation. When we analyzed the association of the clinical variables with the methylation status,  observed higher in advanced stage patients (stageIII-IV), compared to early stage patients (stageI-II). When we compared allele and genotyp frequencies, -308 G> A and c.-1031T>C significantly associated with reduced risk of cancer.
We used the SNPalyze test for case–control haplotype analysis and found highly significant association was observed for the c.-238G>A/c.-308G>A, c.-238G>A/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-863C>A, c.-308G>A/ c.-1031T>C, c.-857C>T/c.-863C>A, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-857C>T, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-863C>A, c.-238G>A/c.-308G>A/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-857C>T/c.-1031T>C, c.-308G>A/c.-863C>A/c.-1031T>C haplotypes.
The lack of expression due to methylation observed in the TNFA gene and polymorphic differences are thought to be related to LC. We aim to increase statistical significance in progress to include a larger cohort of patients.