Zostera spp. ekstraktı uygulanan artemia larvalarına ait baskın bakteri türlerinin DNA barkodlama tekniği ile analizi
Analysis of dominant bacterial species from artemia nauplii treated with Zostera spp. extract using DNA barcoding
Yazar: SEVGİ KAYNAR
Danışman: PROF. DR. HİJRAN YAVUZCAN
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: Artemia salina = Artemia salina ; Bakteriyolojik analiz = Bacteriological analysis ; DNA analizi = DNA analysis ; Ekstrakt =   ; Genetik = Genetics ; PCR =

Özet:
Çalışma kapsamında, kıyıya vurmuş Zostera spp. deniz çayırlarından elde edilen ekstraktların, Artemia larvaları üzerindeki baskın bakteri türlerine olan etkileri moleküler teknikler kullanılarak analiz edilmiştir. 
Ege Denizi kıyılarından toplanan Zostera spp. yapraklarından maserasyon yapılarak metanol, hekzan ve etil asetat içerikli 3 farklı ekstrakt elde edilmiştir. Hazırlanan 3 ekstraktın antimikrobiyal etkisinin ölçümü için rutin olarak kullanılan bakteri suşları ile ekstraktların MIC (en düşük önleyici konsantrasyon) değerleri hesaplanmıştır. Ticari olarak temin edilen Artemia kistleri hazırlanan yapay steril deniz suyunda (YSDS) 48 saatlik inkübasyona bırakılmıştır. Tespit edilen ekstrakt değerleri kistlerden çıkan Artemia larvalarına uygulanmış ve canlıların yaşama oranı hesaplanmıştır. Mortalite deneyleri, metanol ve etil asetat ile çözdürülmüş 2 ekstraktın Artemia larva çalışmalarına uygun olduğunu göstermiştir.  Analizler doğrultusunda 2 ekstraktın ayrı ayrı uygulandığı ve herhangi bir maddeye maruz bırakılmayan larvaların bulunduğu 3 farklı deney düzeneği oluşturulmuştur. Deney sistemi 24 saatlik inkübasyona bırakılmış ve larvalardan direkt olarak DNA izolasyonu yapılmıştır. Aynı zamanda kontrol amaçlı olarak, hazırlanan YSDS filtre edilmiş ve kontaminasyon tespiti için filtreden DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. DNA izolatlarından bakteriyel 16S rRNA geni ve içerdiği V4 bölgesi nested PCR tekniği ile çoğaltılmış ve dizi analizinden tür teşhisine gidilmiştir.
Uygulamalar sonunda gerçekleştirilen moleküler analizler sonucunda, YSDS'nin kontamine olmadığı, kontrol grubundaki larvaların mikrobiyotasındaki baskın bakteri türü Bacillus litoralis iken metanol ile çözdürülen Zostera spp. ekstrakt uygulamaları sonrasında ise kültüre edilemeyen Bacteroides sp. türü olduğu tespit edilmiştir.

Abstract:
The aim of this study was analyse to the dominant bacterial species from Artemia nauplii treated with extracts from seagrass (Zostera spp.) detritus.
leaves of Zostera spp. were collected from coastal area of Aegen sea and three different extract was prepared using organic solvents (methanol, ethyl acetate and hexane). Extract's MIC (Minimal Inhibitory Concentration ) values was calculted using the standart bacterial strains. Artemia cycts were obtained commercially and hatched in artifical streril sea water (ASSW). After the 48 h nauplii were harvested exposure to extracts then lethality of Artemia nauplii were assessed. Mortality experiment indicate that methanol and ethyl acetate extracts were suitable for Artemia nauplii study.  In the direction of analysis two extracts was applied Artemia nauplii. After the 24 h incubation DNA was isolated from Artemia nauplii of natural culture and teo axtract application. As contamination analyses of ASSW water was filtered and DNA was isolated from filter membran. 16S rRNA and V4 region of DNA extract were amplified with nested PCR using bacteria specific primers and squence analyses were performed.
Molecular analysis indicated that Bacillus litoralis is the dominant bacterial species in natural microbiota of Artemia naupliii and uncultured Bacteroides sp. was identified as the dominant bacteria strain of methanol applied group.