Özofagus kanseri tedavisinde hedefe yönelik yeni nesil dizileme çoklu gen panelinin prognostik önemi
Prognostic significance of actionable next-generation-sequencing multigene panel in esophageal cancer treatment
Yazar: ZAFER TEKE
Danışman: PROF. DR. SEVGİ KALKALI TAŞ
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Onkoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: DNA dizileme = DNA sequencing ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Özofagus = Esophagus

Özet:
Amaç: Yeni nesil dizileme (YND), özofagus kanseri için bireyselleştirilmiş tedaviye rehberlik edebilecek bir genomik profil oluşturma aracı olarak önerilmiştir. Biz bu çalışmada, özofagus kanseri tedavisinde klinikopatolojik özelliklerle ilişkili olarak hedeflenebilir mutasyon panelinin potansiyel faydalarını incelemeyi amaçladı.
	Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada endoskopik biyopsiyle ya da özofagus cerrahisi uygulanmak suretiyle histopatolojik olarak özofagus karsinomu tanısı almış 85 hastanın formalinle sabitlenmiş, parafine gömülü tümör dokularında YND aracılığıyla AKT1, ALK, BRAF, DDR, ERBB2, ESR1, KIT, KRAS, MAP2K1, NRAS, NTRK, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, ROS1, RICTOR, EGFR, MET, FGFR1 ve ERBB2 olmak üzere toplam 20 gende hedeflenebilir varyantlar analiz edildi. Patojenik somatik ve germ hücre varyantlarının tespitini ölçtük. Gruplarda olgulara ait demografik, klinik ve patolojik veriler incelendi.
	Bulgular: Hastaların 47'si (%55,3) erkek, 38'i (%44,7) ise kadındı ve 25 olguda (%29,4) örnekleme yöntemi cerrahi spesimenden, 60 olguda (%70,6) ise endoskopik biyopsiyle yapıldı. Hastaların yaş ortalaması 58,01±11,45 idi. Özofagus primer tümörlerinin çoğu alt torasik (n=23; %27) yerleşimli idi. YND yapılan vakalardan 17'sinde PIK3CA mutasyonu, 7'sinde KRAS mutasyonu, 5'inde EGFR mutasyonu, 5'inde EGFR VUS mutasyonu, 4'ünde ERBB2 mutasyonu, 3'ünde MET mutasyonu, 3'ünde FGFR1 mutasyonu ve 3'ünde NRAS mutasyonu tanımlandı. Mutasyon sayılarının 2 ve üzerinde görüldüğü artışlar özellikle alt torasik bölge grubunda yoğunlaştı.
		Sonuç: Hedeflenebilir çoklu multigen panelinin kullanımı, prognoz tahminine ek olarak terapötik ajanlara yanıt verme veya yeni tedavi yöntemlerine yönelik endikasyonların öngörülmesi yoluyla klinik sonuçların pratik kullanımında iyi tasarlanmış bir yeni nesil dizileme iş akışının değerini göstermiştir.

Abstract:
Aim: Next-generation sequencing (NGS) has been proposed as a genomic profiling tool to guide individualized treatment for esophageal cancer. In this study, we aimed to examine the potential benefits of a targeted mutation panel in relation to clinicopathological features in the treatment of esophageal cancer.
	Materials and Methods: In this study, a total of 20 genes of AKT1, ALK, BRAF, DDR, ERBB2, ESR1, KIT, KRAS, MAP2K1, NRAS, NTRK, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, ROS1, RICTOR, EGFR, MET, FGFR1 and ERBB2 were analyzed via NGS for actionable variants in formalin-fixed, paraffin-embedded tumor tissues of 85 patients whose diagnosis of esophageal carcinoma was confirmed histopathologically by endoscopic biopsy or esophageal surgery. We measured detection of pathogenic somatic and germ-line variants. Demographic, clinical and pathological data of the cases were examined in the groups.
	Results: Of 85 patients, 47 patients (55.3%) were male and 38 (44.7%) were female, and the sampling method was from surgical specimen in 25 cases (29.4%) and by endoscopic biopsy in 60 cases (70.6%). The mean age of the patients was 58.01±11.45 years. Most of the esophageal primary tumors were located in the lower thoracic segment (n=23; 27%). Among the cases in which NGS was performed, PIK3CA mutation was identified in 17 patients, KRAS mutation in 7, EGFR mutation in 5, EGFR variants of unknown clinical significance (VUS) in 5, ERBB2 mutation in 4, MET mutation in 3, FGFR1 mutation in 3 and NRAS mutation in 3 The increases in mutation numbers of 2 and above were especially concentrated in the lower thoracic region group.
	Conclusion: The use of actionable multigene panel has demonstrated the value of a well-designed next-generation sequencing workflow in the practical use of clinical outcomes through predicting response to therapeutic agents or indications for new treatment modalities, in addition to prediction of prognosis.