Türkiye'deki Lacerta trılıneata populasyonları arasındaki genetik farklılıkların mitokondrial genleriyle belirlenmesi
Determination of genetic differences with mitochondrial genes among Lacerta trilineata populations in Turkey
Yazar: NİLGÜN KAYA
Danışman: DOÇ. DR. OYA ÖZULUĞ ; PROF. DR. MURAT TOSUNOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Zooloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Zooloji = Zoology
Dizin: Danford kertenkelesi = Lacerta Danford ; Filogeni = Phylogeny ; Kertenkelegiller = Caecilians ; Sitokrom B = Cytochrome B

Özet:
Lacerta trilineata Bedriaga, 1886 tür adıyla bilinen iri yeşil kertenkele Doğu Avrupa, Türkiye'nin Trakya Bölgesi ile Batı Anadolu'yu da kapsayan oldukça geniş bir alanda yayılım göstermektedir. Ülkemizde yaşayan türe ait alttürlerin populasyonlarını ve dağılım sınırlarını klasik morfometrik yöntemler ile belirlemek son derece zordur. Son yıllarda sıklıkla kullanılan moleküler yöntemler ise populasyonlar arasındaki akrabalık ilişkilerini ortaya çıkarmada ve yayılım alanlarının belirlenmesinde kullanılan etkin bir yöntemdir. Bu çalışmada geniş bir yayılış gösteren L. trilineata türüne ait Türkiye populasyonları moleküler yöntemler kullanılarak incelenmiştir. Bu çalışmada kullanılan örnekler hem arazi çalışmalarından hem de müze koleksiyonlarından temin edilmiştir. Toplam 59 örnek için COI gen bölgesi ve 157 örnek için Cytb gen bölgesi kullanılarak filogenetik analizler yürütülmüştür. Dış grup olarak L. agilis, L. citrovitata, L. media, L. pamphylica ve L. viridis türlerine ait sekanslar NCBI'dan alınmıştır. Filogenetik analizlerde COI gen bölgesi için PhyML istatistik programı ve HKY modeli ile gama oranı, Cytb gen bölgesi için PhyML programı, GTR modeli ve gama oranı kullanılmıştır. StarBeast şablonu ile hem COI hem de Cytb gen bölgeleri için HKY modeli kullanılarak Beast2 programından filogenetik ağaçlar elde edilmiştir.  R version v4.1.3 programı ile COI ve Cytb genleri için haplotipler, haplotip frekansları ve haplotip frekans yüzdeleri hesaplanarak haplotip analizleri yürütülmüştür.
Moleküler düzeydeki kapsamlı çalışmamız devam ederken, başka bir ekip tarafından yayınlanan bir makale sonucunda ülkemizde bilinen alttürlerden biri olan L. trilineata diplochondrodes alttürü Lacerta diplochondrodes olarak tür seviyesine çıkarıldı. Bu nedenle çalışmamızın sonuçları Lacerta diplochondrodes adı altında belirtilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda Türkiye'de yayılış gösteren L. diplochondrodes türünün Trakya ve Batı Anadolu'da yayılış gösteren altı alttürü olduğu belirlenmiştir. Bu alttürler, Batı Karadeniz Bölgesi için L. d. boluensis (ssp. nov.), Kuzey Ege ve Güney Marmara bölümü için L. d. cariensis, Güney Ege Bölgesi için L. d. diplochondrodes, Trakya Bölgesi için L. d. dobrogica, Ankara ile Bursa arasında kalan Batı Anadolu Bölgesi için L. d. galatiensis ve Batı Toroslar'ın kuzey bölümü için L. d. iconium (ssp. nov.) olarak tanımlanmıştır. L. diplochondrodes türü için tanımlanan dört alttürün yayılım alanları güncellenmiştir. Bu alttürlerden farklı olarak L. d. boluensis (ssp. nov.) ve L. d. iconium (ssp. nov.) alttürleri bu çalışma ile ilk kez bildirilmiştir. Ayrıca Haplotip analizlerinde Anadolu populasyonları için COI gen bölgesi 8 haplotip, Cytb gen bölgesi için 14 haplotip tanımlanmıştır. Bu tez çalışmasının sonucu olarak L. diplochondrodes türüne ait Anadolu ve Trakya populasyonların tanımı ve yayılım alanları güncellenerek bu alandaki eksikler giderilmiştir.

Abstract:
The Balkan green lizard known as Lacerta trilineata Bedriaga, 1886 is widespread in a large areas including Eastern Europe, Thrace Region of Turkey and western Anatolia. It is extremely difficult to determine the subspecies' populations and distribution limits of the species living in our country by using classical morphometric methods. Molecular methods, which have been used frequently in recent years, are effective for revealing the kinship relations between populations and to determine their dispersion areas. In this study, populations in Turkey belonging to the widely distributed L. trilineata species were investigated using molecular methods. Samples of this study were obtained from both field works and from museum collections. Phylogenetic analyzes were carried out using the COI gene region for a total of 59 samples and the Cytb gene region for 157 samples. Genetic sequences of L. agilis, L. citrovitata, L. media, L. pamphylica ve L. viridis were downloaded from NCBI database to be used as outgroup for phylogenetic analysis. Furthermore, in PhyML statistical program, HKY model with gamma ratio were used for COI gene region and GTR model with gamma ratio were used for Cytb gene region. Phylogenetic trees were obtained from Beast2 sofware by using the HKY model for both the COI and Cytb gene regions with the StarBeast template. Haplotype analyzes were carried out by calculating haplotypes, haplotype frequencies and haplotype frequency percentages for the COI and Cytb genes with R version v4.1.3 program.
As a result of an article published by another research team, one of the subspecies known in our country, L. trilineata diplochondrodes, was raised to the species level as Lacerta diplochondrodes while our comprehensive study at the molecular level was ongoing. Therefore, the results of our study are indicated under the name Lacerta diplochondrodes. As a result of phylogenetic analysis, it was determined that there are six subspecies of L. diplochondrodes distributed in Turkey which are in Thrace and western Anatolia. These subspecies are L. d. boluensis (ssp. nov) for Western Black Sea region, L. d. cariensis for North Aegean and South Marmara zones, L. d. diplochondrodes for South Aegean zone, L. d. dobrogica for Thrace region, L. d. galatiensis for West Anatolia limited between Ankara and Bursa, L. d. iconium (ssp. nov.) for Nothern part of the Western Taurus, respectively. The distribution areas for the four subspecies of the L. diplochondrodes have also been updated. Apart from these subspecies, L. d. boluensis (ssp. nov.) and L. d. iconium (ssp. nov.) were reported for the first time in this study. In addition, 8 haplotypes for the COI gene region and 14 haplotypes for the Cytb gene region were identified for Anatolian populations in these haplotype anaylzes. As a result of this thesis, definitions and distribution areas of populations of the L. diplochondrodes species in Anatolia and Thrace have been updated and deficiencies have been eliminated.