Türkiye'deki Cıchorıum L. (Asteraceae) türlerinin sistematiği
Systematics of Cichorium L. (Asteraceae) species distributed in türki̇ye
Yazar: NİLAY ŞEN
Danışman: DOÇ. DR. ASLI KOCA
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Botanik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Botanik = Botany

Özet:
Cichorium L. (Asteraceae) cinsi, dünyada yedi türle yayılış göstermektedir. Bunlardan C. 
intybus L., C. spinosum L., C. pumilum Jacq., C. glandulosum Boiss. & A.Huet türleri 
ülkemizde doğal olarak yetişmektedir. C. endivia L. ise İstanbul'dan yetiştirme olarak 
kaydedilmiştir. Literatürdeki bazı araştırmalarda Cichorium türlerine ait ITS 1, 5.8S 
rRNA, ITS 2 ve trnL-trnF markırlarının DNA dizisi birçok popülasyon ile, psbA-trnH, 
ndhF, rbcL, matK markırlarının DNA dizileri ise 1-3 popülasyon ile çalışılmış ancak 
hesaplanan soyağaçlarında türlere ait popülasyonların monofiletik soylarda yer almadığı 
görülmüştür. Bu araştırmada, Türkiye'de doğal yayılış gösteren Cichorium türlerinin, 
ribozomal ITS 1, 5.8S rRNA ve ITS2 genler arası bölge ile birlikte kloroplasttaki trnL, 
trnL-trnF, psbA-trnH, rpl32, rpl16, matK, ndhF, rpoC1, rbcL, rps16, trnK, trnQ
markırlarının DNA dizileri elde edilmiştir. Elde edilen bu multilokular veri seti ile hem 
'maximum olasılık' ve hem de 'Bayesian' yaklaşımlarla hesaplanan soyağaçları 
sonucunda türlerin evrimsel akrabalıkları ortaya koyulmuştur. Ayrıca, bu türlerin ayrıntılı 
makro ve mikro-morfolojik incelemeleri yapılmıştır. Türlerin filogenetik pozisyonları ile 
morfolojik özellikleri karşılaştırmalı olarak tartışılmıştır. Elde edilen morfolojik veri 
fenetik olarak da analiz edilerek temel koordinatlar grafiği verilmiştir. Cichorium cinsinin 
monofiletik olduğu ortaya konmuştur. C. intybus ile C. spinosum türlerinin ve C. pumilum
ile C. endivia türlerinin yakın akraba olduğu ortaya çıkmıştır. ITS ve birleştirilmiş 
kloroplast veri setleri ile yapılan filogenetik analizlerde benzemeyen topolojilere sahip 
ağaçlar elde edilmiştir. Bu durum iki organelin farklı evrimsel hikayelere sahip olduğu 
şeklinde yorumlanmıştır. C. glandulosum moleküler olarak ilk defa çalışılmıştır. Cins 
içindeki yeri ilk defa ortaya konmuştur. Literatürde birçok kaynakta C. pumilum'un 
sinonimi olarak kabul edilen C. glandulosum'un gerçek bir tür olduğu hem ribozomal 
hem de kloroplast veri seti bakımından filogenetik olarak desteklenmektedir. C. 
glandulosum'un ülkemize endemik bir tür olduğu ortaya çıkmıştır. Literatür taramasında 
lektotipifikasyonunun yapılmadığı görülmüş ve Kotschy'nin Diyarbakır toplaması olan 
örneği lektotip olarak belirlenmiştir. Bu analizlerdeki politomik topoloji ile ITS veri 
setlerinin C. intybus-C. spinosum ile C. pumilum-C. endivia komplekslerini birbirinden 
ayırmada çok başarılı olmadığı, kloroplast veri setlerinin ise C. intybus-C. spinosum 
kompleksini birbirinden ayıramazken C. pumilum-C. endivia kompleksini birbirinden 
ayırmada başarılı olduğu görülmektedir.

Abstract:
The genus Cichorium L. (Asteraceae) is distributed worldwide with seven species. Of 
these, C. intybus L., C. spinosum L., C. pumilum Jacq., C. glandulosum Boiss. & A.Huet 
species naturally grow in our country. On the other hand, it is recorded that C. endivia L. 
is cultivated in Istanbul. In some studies, in the literature, while the DNA sequence of 
ITS 1, 5.8S rRNA, ITS 2 ve trnL-trnF markers which belong to Cichorium species has 
been studied with more than one population, the DNA sequence of psbA-trnH, ndhF,
rbcL, matK marker has been studied with 1-3 populations. However, according to 
calculated evolutionary trees, it is observed that the species don't generate monophyletic 
clades. In this study, DNA sequences of trnL, trnL-trnF, psbA-trnH, rpl32, rpl16, matK, 
ndhF, rpoC1, rbcL, rps16, trnK, trnQ markers in the chloroplast along with the ribosomal 
ITS 1, 5.8S rRNA ve ITS2 intergenic region of Cichorium species naturally distributed 
in Türkiye were studied. With this multilocular dataset obtained, evolutionary trees were 
calculated in both the 'maximum likelihood' and the 'Bayesian' approaches, and as a
result, it revealed the evolutionary relationships of the species. Furthermore, detailed 
macro and micro-morphological studies of these species were made. The phylogenetic 
positions and morphological characteristics of the species were discussed comparatively.
It has been revealed that the genus Cichorium is monophyletic. It also has been revealed 
that C. intybus and C. spinosum species are closely related to each other and C. pumilum
and C. endivia species are closely related to each other. Trees with dissimilar topologies 
were obtained in phylogenetic analyzes with ITS and combined chloroplast datasets. This 
has been interpreted as the two organelles having different evolutionary stories. C.
glandulosum was studied molecularly for the first time. Its phylogenetic placement in the 
genus was revealed for the first time. It is phylogenetically supported in terms of both 
ribosomal and chloroplast datasets that C. glandulosum, which is given as a synonym of 
C. pumilum in many sources of literature, is an accepted species. It has been revealed that 
C. glandulosum is an endemic species to our country. In the literature review, it was seen 
that lectotype treatment of C. glandulosum was not done and the sample of Kotschy, 
which was collected from Diyarbakır, was determined as lectotype. It is seen that the 
polytomic topology and ITS datasets in these analyzes were not very successful in 
distinguishing between C. intybus-C. spinosum and C. pumilum-C. endivia complexes, 
while chloroplast datasets could not separate the C. intybus-C. spinosum complex from 
each other, but were successful in distinguishing the C. pumilum-C. endivia complex from 
each other.