Meme kanserli hastalarda WNR, DOK 1 ve DSP genlerinde metilasyon değişikliklerinin araştırılması
Investigation of  WRN , DOK 1 and DSP  genes methylation status in breast cancer patients
Yazar: HÜSNİYE IŞIN
Danışman: PROF. DR. MEHMET NEJAT DALAY
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Deneysel ve Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Genomda anormal DNA metilasyonu neredeyse tüm kanser tiplerinde gözlenir. Bu olay birçok tümör baskılayıcı genin sessizleştirilmesine neden olarak malin değişikliklere zemin hazırlar. Bu nedenle her tümör türünde DNA metilasyon değişikliklerinin araştırılması, ilgili tümör davranışını daha iyi anlamamızı sağlayarak, klinik tanı ve tedavide yararlı olabilir. 
Çalışmamızda, meme kanserli 103 hastanın tümör ve normal dokuları materyal olarak kullanılarak; WRN, DOK1 ve DSP genlerindeki DNA metilasyon değişiklikleri incelenmiştir. Werner Sendrom (WS) geni genomun bütünlüğünü denetleyen bir tümör baskılayıcı gendir. WS' lu hastalarda WRN geninde mutasyonlar bulunmuştur. WRN mutasyonu taşıyan hastalarda geniş spektrumlu epitelyal ve mezenkimal tümörler gelişir ve hastalar 50 yaşından önce kaybedilir. Downstream of tyrosine kinase 1 (DOK1) geni; aday bir tümör baskılayıcı gendir. DOK1, hücrede MAP kinaz aktivitesini inhibe eder ve anti-proliferatif etki gösterir. DOK1 geninin değişik hücrelerde tümör baskılayıcı olarak işlev gösterdiği düşünülmektedir. Desmoplakin (DSP) ise plakin ailesinin bir üyesi ve desmozomal plakların bir bileşenidir. Birçok çalışma tümör hücrelerinin invazyon davranışlarının desmosomların azalmasıyla ilişkili olduğunu göstermiştir. 
Belirtilen genlerin metilasyonu akciğer kanseri, over kanseri ve kolorektal kanserlerde incelenmiş iken, özellikle meme kanserindeki metilasyon değişiklikleri hakkında literatürde herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır. Çalışmamız bu konudaki bilimsel açığı doldurmak üzere planlanmıştır.
Meme kanserli hastalardan alınan taze tümör dokusu ile normal dokudan elde edilen DNA'ların bisülfit modifikasyonu yapıldıktan sonra örnekler polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılarak genlerin metillenme düzeyi değerlendirilmiştir.
Çalışmamızda, tümör dokusu ile sağlıklı dokular karşılaştırıldığında araştırılan genlerin promotör bölgelerinde metillenme düzeyi açısından, WRN ve DSP genleri için anlamlı fark saptanmamış, ancak DOK1 geninin metillenme düzeyinde anlamlı değişiklik görülmüştür. Ayrıca bütün genlerin metillenme düzeyi ile tümör evresi arasında anlamlı bir ilişki saptanmıştır.

Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, Metilasyon, WRN geni, DOK1 geni, DSP geni.
Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir.

Abstract:
Aberrant DNA methylation in the human genome is observed in all types of cancer. This contributes to malignant transformation by silencing tumor suppressor genes. Therefore, analysis of DNA methylation in distinct tumor types can help in understanding tumor behavior and may provide new treatment and diagnostic options. 
In our study,  promoter methylation of the WRN, DOK1 and DSP genes were analyzed in  tumors and normal tissue samples. Werner syndrome (WS) is an autosomal recessive disease characterized by premature aging, genetic instability and increased cancer incidence. Mutations in the WRN gene are found in patients exhibiting clinical symptoms of WS. The patients with WRN germline mutations develop a wide spectrum of epithelial and mesenchymal tumors which lead to death before the individuals are 50 years old. Downstream of tyrosine kinase 1 (DOK1) gene is a putative tumor suppressor gene. DOK1 inhibits MAP kinase activity and displays an anti-proliferative effect. DOK1 acts as a tumor suppressor gene in different cells. Desmoplakin (DSP) is a member of the plakin family of proteins and a component of the desmosomal plaques. Several studies indicate that the invasive behavior of tumor cells is associated with a decrease of desmosomes.
Although methylation of these genes have been analyzed in lung, ovarian and colorectal cancer, there is no study in the literature investigating methylation of these genes in breast cancer.
DNA was extracted from the normal and tumor tissue samples from  103 patients with breast cancer. Bisulfite- modified DNA was amplified by PCR and the methylation status of the genes was evaluated.
In our study, promoter methylation status of the WRN and DSP genes were analyzed and statistically there is no differences were found between tumor and normal tissue samples, although DOK1 gene methylation status was statistically associated in the tumor and normal tissue samples. Also we analysed tumor stage and methylation status of these genes and our results suggest a corralation exists between the stage and methylation.

Key Words: Breast cancer, Methylation, WRN gene, DOK1 gene, DSP gene.
The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No.30209