Sığır mastitislerine neden olan stafilokok türlerinin maldı-tof ms ile identifikasyonlarının yapılması
Identification of the staphylococcus species which cause cattle mastitis with maldi-tof MS
Yazar: TANSU TANIR
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ KIRKAN
Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Mastit = Mastitis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Staphylococcus = Staphylococcus ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; Sığır hastalıkları = Cattle diseases ; Sığırlar = Cattles

Özet:
Bu çalışmada, mastitisli sütlerden Stafilokok türlerinin izolasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi, izole edilen suşların API, VITEK, MALDI-TOF MS gibi ticari identifikasyon metodlarıyla tiplendirilmeleri ve sonuçların karşılaştırılması, tiplendirmenin ardından 16S rRNA primerleri ile yapılacak olan PCR sonucu Stafilokokal etkenlerin sekans analizi ile birlikte doğrulanması amaçlanmıştır. Aydın ili ve çevresindeki süt sığırcılığı işletmelerinde bulunan hayvanlardan klinik mastitis problemi gösterdiği belirlenen hayvanlara ait sütler steril koşullarda alınan, toplam 100 adet süt örneği Stafilokok varlığı yönünden incelenmiştir. Stafilokok türlerinin identifikasyonları biyokimyasal yöntemlere ilave olarak VITEK 2, VITEK (MALDI-TOF) MS, PCR ve Sekanslama ile yapılmıştır. Süt örneklerinin % 34'ünden Stafilokok izolasyonu yapılmıştır. Yapılan identifikasyon çalışmaları sonucunda, izolatların 7 (% 20,60)'si Staphylococcus aureus, 10 (% 29,40)'u Staphylococcus simulans,  8 (% 23,50)'i Staphylococcus epidermidis, 4 (% 11,80)'ü Staphylococcus saprophyticus, 2 (% 5,90)'si Staphylococcus chromogenes, 2 (% 5,90)'si Staphylococcus hyicus ve 1 (% 2,95) Staphylococcus arlettae olarak tiplendirilmiştir. Yapılan antibiyogram testi sonucunda identifiye edilen 34 Staphylococcus sp. izolatının Cefoxitin, Siprofloksasin, Vankomisin, Tigesiklin ve Fosfomisine % 100 ve Linezolide % 85.2 oranlarında duyarlı; Klindamisine %100 ve Tetrasikline %82.4 oranlarında dirençli olduğu görülmektedir. Sonuç olarak; MALDI-TOF MS proteomik biyokütle spektrofotometri yönteminin güvenilirliği doğrulanmış ve uygulanabilir olduğu ortaya koyulmuştur.

Abstract:
The aim of this study was identification and antibiotic susceptibility of Staphylococcus species from mastitic milk, comparison of results by using commercial identification methods such as API, VITEK, MALDI-TOF MS, PCR and confirmed Staphylococcal agents with sequence analysis. A total of 100 milk samples taken in sterile conditions were investigated for the presence of Staphylococcus, which were found to have clinical mastitis problems in animals in the milk province of Aydın province and surrounding areas. Identification of Staphylococcus species was performed by VITEK 2, VITEK (MALDI-TOF) MS, PCR and sequencing in addition to biochemical methods. Staphylococcus sp. was isolated from 34 % of the milk samples. Seven (20.60 %) of the isolates were Staphylococcus aureus, 10 (29.40 %) were Staphylococcus simulans, 8 (23.50%) were Staphylococcus epidermidis and 4 (11.80 %) Staphylococcus saprophyticus, 2 (5.90 %) were Staphylococcus chromogenes, 2 (5.90 %) were Staphylococcus hyicus and 1 (2.95 %) were Staphylococcus arlettae. As a result of the antibiogram test, 34 Staphylococcus sp. isolates were sensitive to Cefoxitin, Ciprofloxacin, Vancomycin, Tigecycline and Phosphomycin in the ratio of 100 % and resistant to Linezolide, Clindamycin and Tetracycline in the ratio of 85.2%, 100 % and 82.4% respectively. As a result; the reliability of the MALDI-TOF MS proteomic biomass spectrophotometry method has been demonstrated to be verifiable and feasible.