Mitokondriyel DNA PCR-RFLP (restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi) markerleri kullanılarak Türkiye'nin farklı yörelerine ait bal arılarının tanımlanması
The identification of honey bees from different locations of Turkey by using mitochondrial DNA PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism) markers
Yazar: FULYA ÖZDİL
Danışman: DOÇ.DR. MEHMET ALİ YILDIZ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2007
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu arastırmada, Türkiye bal arısı populasyonları 18 farklı mitokondriyel DNA (mtDNA)markeri bakımından tanımlanmıstır. Türkiye'nin 20 farklı yöresinden toplam 244 isçi arıörnegi materyal olarak kullanılmıstır. Bal arısı populasyonlarının tanımlanmasındarestriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) ve DNA dizi analizi yöntemlerindenyararlanılmıstır.Mitokondriyel genomda anonim, sitokrom b (cyt b), sitokrom C oksidaz I (COI), ribozomunbüyük alt birimi (lrRNA), sitokrom C oksidaz I ile sitokrom C oksidaz II arasındaki bölge(COI-COII arası) ve sitokrom C oksidaz I ile sitokrom C oksidaz II intergenik bölge (COICOIIintergenik bölge) dikkate alınmıstır. Çalısmada anonim lokus PCR ile çogaltılmıstır. Cytb lokusu BglII enzimi, COI lokusu HincII ve HinfI enzimleri, lrRNA lokusu EcoRI enzimi,COI-COII arasındaki bölge XbaI enzimi ve COI-COII intergenik bölge DraI enzimleriylemuamele sonucu olusan 6 adet RFLP markeri ile anonim lokus ve COI-COII intergenikbölgenin dizi analizi sonucunda tespit edilen 11 adet nükleotid farklılıgı olmak üzere toplam18 farklı mtDNA markeri üzerinde durulmustur.Türkiye bal arısı populasyonları 6 farklı RFLP markeri ve anonim lokus bakımından DoguAvrupa ve Akdeniz (C) genetik soyu içerisinde degerlendirilmistir. Ayrıca COI-COIIintergenik bölgenin DNA dizi analizi sonucunda C1a, C1b, C1c, C1d, C1e, C1f, C1g ile C2a,C2e, C2f ve C2g olmak üzere toplam 11 haplotip belirlenmistir. Bu haplotiplerden C1b, C1c,C1d, C1e, C1f, C1g ve C2f ile ifade edilen toplam 7 haplotip ilk defa bu arastırma sonucundatespit edilmistir.Anahtar Kelimeler: Apis mellifera L., mtDNA, PCR-RFLP, DNA dizi analizi, haplotip

Abstract:
In this research, the identification of Turkish honeybee populations was investigated using 18different mitochondrial DNA markers. A total of 244 worker bees from 20 different locationsin Turkey were used. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) and DNA sequencedata were utilized to identify the honeybee populations.The mitochondrial regions including anonymous locus, cytochrome b (cyt b) gene,cytochrome C oxidase subunit I (COI), large subunit ribosomal RNA (lrRNA), intercytochrome C oxidase subunit I and cytochrome C oxidase subunit II region (inter COI-COII)and cytochrome C oxidase subunit I and cytochrome C oxidase subunit II intergenic region(COI-COII intergenic region) were analysed in this study.BglII restriction profile of the cyt b gene, HincII and HinfI restriction profile of COI subunit,EcoRI restriction profile of lrRNA, XbaI restriction profile of inter COI-COII region and DraIrestriction profile of the COI-COII intergenic region revealed 6 RFLP markers. Also thenucleotide sequence of the COI-COII intergenic region gave 11 nucleotide sequence variation(haplotype). As a result anonymous locus, 6 RFLP markers and 11 nucleotide sequencevariation in the COI-COII intergenic region revealed a total of 18 different mtDNA markers.According to the anonymous locus and 6 RFLP markers Turkish honeybees belong to the EastEuropean and Mediterranean (C) lineage. Also, the nucleotide variation in the COI-COIIintergenic region revealed 11 different haplotypes designated as C1a, C1b, C1c, C1d, C1e,C1f and C1g in C1 haplotype group and C2a, C2e, C2f and C2g in C2 haplotype group. TheC1b, C1c, C1d, C1e, C1f and C1g haplotypes in C1 haplotype group and C2f haplotype in C2haplotype group were firstly reported in this study.Key Words: Apis mellifera L., mtDNA, PCR-RFLP, DNA sequence analysis, haplotype