Chandler ceviz çeşidi DNA dizilerini kullanarak polimorfik mikrosatellit markörlerin geliştirilmesi
Development of polymorphic microsatellites markers using DNA sequences of chandler walnut cultivar
Yazar: EMRE ESER
Danışman: PROF. DR. SALİH KAFKAS
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Juglans cinsi içerisinde Juglans regia L. ticari olarak yetiştirilen tek türdür. Bitkilerde genetik haritalama çalışmalarında bağlantı gruplarının oluşturulmasında SSR markörleri kullanılmaktadır. Literatürde cevizde geliştirilen SSR sayısı genetik harita oluşturmak için yeterli değildir. Bu çalışmada Chandler ceviz çeşidi DNA dizileri kullanılarak 800 primer çifti dizayn edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, 551 (%68.9) SSR primeri polimorfik bulunmuştur. Geri kalan primerden 88 (%11) tanesi çalışmamış ve 161 (%20.1) tanesi ise monomorfik bulunmuştur. 16 ceviz çeşidinde (Chandler, Franquette, Hartley, Fernor, Fernette, Serr, Pedro, Midland, Kaplan-86, Maraş-12, Sütyemez-1, Sütyemez-2, Şebin, Kaman-1, Yalova-1 ve Bilecik) 551 SSR markörü test edilerek toplam 2,696 allel elde edilmiştir. Polimorfik 551 SSR primer çifti 2 ile 14 arasında allel sayısı ve lokus başına ortalama 4.89 adet allel elde edilmiştir. Polimorfizim bilgi içeriği (PBİ) değeri 0.21 ile 0.89 arasında değişmiş ve ortalama 0.62 olarak belirlenmiştir. Elde edilen soyağacına göre, yerli ve yabancı ceviz çeşitleri 2 farklı grupta toplanmıştır.  Ceviz çeşitleri arasındaki arasındaki genetik benzerlik katsayıları 0.424 - 0.771  arasında bulunmuştur. Genetik benzerlik katsayısına göre Kaman-1 ve Fernor en uzak, Fernor ve Franquette'nin ise en yakın çeşitler olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalşmada ceviz için çok sayıda polimorfik SSR lokusu geliştirilmiş ve bundan sonra cevizde yapılacak genetik haritalama, ebeveyn belirleme, populasyon genetiği ve filogenetik araştırmaların altyapısı oluşturulmuştur.

Abstract:
Juglans regia L. is the only commercially important species for its nuts in the genus. Simple sequence repeats (SSRs) have been used to construct genetic linkage maps in heterozygous plants. There is no adequate number of SSRs in the literature that can be used to construct a SSR based genetic linkage map in J. regia. In this study, 800 SSR primer pairs were designed from DNA sequences of Chandler walnut cultivar.  Of 800 primer pairs, 551 (%68.9) SSRs were polymorphic, 88 (%11) did not produce bands, and 161 (%20.1) were monomorphic. A total of 551 polymorphic SSRs were used to characterize 16 walnut cultivars (Chandler, Franquette, Hartley, Fernor, Fernette, Serr, Pedro, Midland, Kaplan-86, Maraş-12, Sütyemez-1, Sütyemez-2, Şebin, Kaman-1, Yalova-1 ve Bilecik). A total of 2.696 alleles were produced by 551 polymorphic SSR loci in 16 walnut cultivars, ranging from 2 to 14 alleles per locus with an average number of 4.89. Polymorphism information content (PIC) ranged from 0.21 to 0.89 with an average of 0.62. According to phylogenetic analysis, local and foreign walnut cultivars were in two different groups. Genetic similarity index values were between 0.424-0.771. According to  genetic similarity index values, Fernor and Franquette were the closest cultivars, while Kaman-1 and Fernor were the most distant. As a result, many polymorphic SSRs were developed in this study, and these markers will be useful in constructing genetic linkage maps, parental identification, genetic diversity and population genetic studies in walnut.