İnterferon gama ilişkili Protein-10 (IP-10) genindeki promoter bölge polimorfizmlerinin kronik Hepatit B hastalarında Hepatit B yüzey antijen kaybı üzerine etkisi
Effect of promoter region polymorphisms in the interferon gamma-i̇nducible Protein-10 (IP-10) gene on Hepatitis B surface antigen loss in chronic Hepatitis b patients
Yazar: MELEK TUTKU KAÇAR ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. ASLIHAN CANDEVİR ; DOÇ. DR. YASEMİN SAYGIDEĞER
Çukurova Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology

Özet:
Giriş ve Amaç: Kronik hepatit B enfeksiyonu aşı ile önlenebilir bir hastalık olmasına rağmen günümüzde hala önemli bir karaciğer hastalığıyla ilişkili morbidite ve mortalite nedeni olmaya devam etmektedir. Mevcut tedaviler ile ulaşılabilecek ideal sonlanım noktası hepatit B yüzey antijen (HBsAg) kaybıdır. HBsAg kaybının siroz, hepatosellüler karsinom (HCC) gibi komplikasyonları dolayısı ile karaciğer kaynaklı mortalite ihtimalini önemli ölçüde azalttığı gösterilmiştir. HBsAg kaybını etkileyen faktörler daha önceki hepatit B ile ilgili çalışmaların odak noktalarından biri olmuştur. Bu doğrultuda çalışmamızda HBsAg kaybı üzerine etkisi olabilecek önemli bir proinflamatuvar kemokin olan, IP-10 (CXCL10) molekülünün promoter bölge polimorfizmlerinin bakılması amaçlanmıştır. 
Gereç ve Yöntem: Çalışma 2005-2022 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji polikliniğine başvuran, 1950 kronik hepatit B hastası içinden retrospektif şekilde taranarak bulunan ve dahil edilme kriterlerine uyan HBsAg kaybı olmuş 60 hasta ile HBsAg pozitifliği devam eden 60 kontrol grubu hastası üzerinde yapılmıştır. Hastaların laboratuvar sonuçlarına hastane otomasyon sistemi üzerinden ulaşılmıştır. Daha sonrasında hastalar çağırılarak periferik kan örnekleri alınmış, IP-10 polimorfizmleri bakılması amacıyla deoksiribonükleik asit (DNA) izolasyonu yapılmış ve ilgili gen bölgesi Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemiyle çoğaltılmıştır. Sanger sekanslama yapılmıştır. Sekanslanan IP-10 (GRCh38/hg38'e göre chr4:76,022,698-76,023,698 arasında kalan bölge) promoter, exon 1, intron 1 ve exon 2'yi içeren bölgede; GWAS veritabanı ve literatür taranarak 3 varyant belirlenmiştir. Elde edilen sekans dataları (ab1) CLC Genomic Workbench 24 programında analiz edilmiştir.
Bulgular: IP-10 promoter ve exon 2 bölgelerinde c.-135C>T(rs56061981), c.85C>T(rs11548618), c.83T>G polimorfizmleri olduğu görüldü. Vaka ve kontrol grubu arasında bu 3 polimorfizmin genotip ve allel sıklıkları açısından anlamlı fark saptanmadı (p>0,05). 2005-2022 yılları arasındaki HBsAg kaybı oranı % 5,33 olarak bulundu. Başlangıçtaki yaş ortalaması HBsAg kaybı olan grupta 38,1±12,0 yıl, HBsAg pozitif devam eden grupta 34,9±14,5 yıldı fakat bu fark istatistiksel olarak anlamlı değildi (p=0,105). Vaka grubunda HBsAg kaybı yaş ortalaması 53,2±11,3 yıl idi.  Bazal ve maksimum HBsAg düzeyi, maksimum hepatit B virüs (HBV) DNA düzeyi, bazal hepatit B e antijen (HBeAg) serolojisi, antiviral tedavi kullanımı bu 2 grupta birbirinden farklıydı. Bazal ve maksimum HBsAg (p<0,001), maksimum HBV DNA (p=0,002) vaka grubunda daha düşük iken, bazal HBeAg negatiflik oranı (p=0,015), antiviral kullanmama oranı (p<0,001) vaka grubunda daha yüksekti. İnterferon (IFN) ve nükleozid/nükleotid analogları (NA) kullanımı (p=0,042), sadece NA kullanımı (p<0,001), IFN ve NA kullanım süresi (p=0,011), sadece NA kullanım süresi (p=0,01) kontrol grubunda anlamlı düzeyde daha yüksekti. Bazal HBsAg nin HBsAg kaybını öngörebilecek cut-off değeri <1559 S/CO (% 77,2 AUC, % 58,33 duyarlılık, % 86,67 özgüllük, p<0,001) olarak belirlendi.
Sonuç: Çalışmamızdan elde edilen sonuçlarla c.-135C>T, c.85C>T, c.83T>C polimorfizmlerinin HBsAg kaybı üzerinde etkisi olmadığını söyleyebiliriz. Bazal ve takipteki maksimum HBsAg seviyesinin düşük olmasının, takipteki maksimum HBV DNA'nın düşük olmasının, bazal HBeAg seronegatifliğinin ve antiviral tedavi kullanmamanın HBsAg kaybını öngörebileceğini öne sürebiliriz.

Anahtar kelimeler: Kronik HBV enfeksiyonu, HBsAg kaybı, IP-10, CXCL10, Polimorfizm

Abstract:
Introduction and Objective: Although chronic hepatitis B infection is a vaccine-preventable disease, it still remains an important cause of liver disease-related morbidity and mortality. The ideal endpoint that can be achieved with current treatments is the loss of hepatitis B surface antigen (HBsAg). It has been shown that the loss of HBsAg significantly reduces the possibility of liver-related mortality due to complications such as cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC). Factors affecting HBsAg loss have been one of the focal points of previous studies on hepatitis B. In this context, our study aimed to investigate the promoter region polymorphisms of the IP-10 (CXCL10) molecule, an important proinflammatory chemokine that may have an effect on HBsAg loss.
Materials and Methods: The study was conducted on 60 patients with HBsAg loss who were retrospectively screened among 1950 chronic hepatitis B patients who applied to the Infectious Diseases and Clinical Microbiology outpatient clinic of Çukurova University Hospital between 2005 and 2022 and who met the inclusion criteria and 60 control group patients who were HBsAg positive. The laboratory results of the patients were accessed through the hospital automation system. Afterwards, patients were called and peripheral blood samples were taken, deoxyribonucleic acid (DNA) was isolated to look for IP-10 polymorphisms and the relevant gene region was amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) method. Sanger sequencing was performed. In the sequenced IP-10 (the region between chr4:76,022,698-76,023,698 according to GRCh38/hg38) promoter, exon 1, intron 1 and exon 2 region; 3 variants were identified by scanning the GWAS database and literature. The obtained sequence data (ab1) were analyzed in the CLC Genomic Workbench 24 program.
Results: It was observed that there were c.-135C>T(rs56061981), c.85C>T(rs11548618), c.83T>G polymorphisms in the IP-10 promoter and exon 2 regions. No significant difference was found between the case and control groups in terms of genotype and allele frequencies of these 3 polymorphisms (p>0,05). The HBsAg loss rate between 2005-2022 was found to be 5,33%. The mean age at the beginning was 38,1±12,0 years in the HBsAg loss group and 34,9±14,5 years in the HBsAg positive group, but this difference was not statistically significant (p=0,105). The mean age of HBsAg loss in the case group was 53,2±11,3 years. Basal and maximum HBsAg levels, maximum hepatitis B virus (HBV) DNA levels, baseline Hepatitis B e antigen (HBeAg) serology, and antiviral treatment use were different in these 2 groups. While basal and maximum HBsAg (p<0,001), and maximum HBV DNA (p=0,002) were lower in the case group, basal HBeAg negativity (p=0,015), and antiviral non-use (p<0,001) rates were higher in the case group. Interferon (IFN) and nucleoside/nucleotide analogs (NA) use (p=0,042), only NA use (p<0,001), duration of IFN and NA use (p=0,011), and only NA use (p=0,01) were significantly higher in the control group. The cut-off value of baseline HBsAg to predict HBsAg loss was determined as <1559 S/CO (77,2% AUC, 58,33% sensitive, 86,67% specificity, p<0,001).
Conclusion: Based on the results obtained from our study, we can say that c.-135C>T, c.85C>T, c.83T>C polymorphisms have no effect on HBsAg loss. We can suggest that low baseline and follow-up maximum HBsAg levels, low follow-up maximum HBV DNA, baseline HBeAg seronegativity, and not using antiviral treatment may predict HBsAg loss.

Keywords: Chronic HBV infection, HBsAg loss, IP-10, CXCL10, Polymorphism