Karbapenem dirençli pseudomonas aerugınosa izolatlarında KPC (Klebsıella pneumonıae carbapenemase) geninin araştırılması
Investigation of KPC (Klebsiella pneumoniae carbapenemase) genes in carbapenem resistant pseudomonas aeruginosa isolates
Yazar: İLKNUR BIYIK
Danışman: YRD. DOÇ. DR. YELİZ TANRIVERDİ ÇAYCI
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genler = Genes ; Karbapenemler = Carbapenems ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Çalışmada, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıp Laboratuvarları Tıbbi Mikrobiyoloji Bölümü Bakteriyoloji Laboratuvarına gönderilmiş klinik örneklerden izole edilen 200 Pseudomonas aeruginosa izolatı dahil edildi. Çalışmaya dahil edilen P. aeruginosa izolatlarında karbapenem direncine neden olan karbapenemaz enzimlerinden biri olan KPC enzimini üreten KPC geninin varlığının moleküler olarak ve çalışma izolatlarının karbapenem inaktivasyon metodu (KİM) karbapenemaz üretiminin tespit edilmesi planlandı.
Materyal ve Metot: İzolatların tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve Vitek-MS otomatize sistemi kullanılarak yapıldı. Antibiyotik duyarlılığı Vitek2 Compakt otomatize sistemi ile test edildi. P. aeruginosa izolatları moleküler çalışmaya kadar -20°C'de saklamaya alındı. Karbapenem dirençli izolatların kaynatma yöntemiyle DNA ekstraksiyonu yapıldı. DNA ekstraksiyonundan sonra özgün primer kullanılarak optimizasyon işlemi yapıldı. Optimizasyondan sonra Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemiyle KPC gen varlığı P. aeruginosa izolat araştırıldı. Ayrıca çalışma izolatlarının karbapenemaz üretimi fenotipik bir test olan KİM ile belirlendi.
Bulgular: İzolatların en fazla olarak trakeal aspirat kültüründen (% 34,5) izole edildiği saptandı. P. aeruginosa örneklerinin en büyük bölümü dahiliye servisinden (% 36) izole edildiği belirlendi. PZR ile P. aeruginosa izolatlarının hiç birinde KPC geni belirlenemedi. Çalışma suşlarına uygulanan KİM'nun sonuçlarına göre suşların 22'si pozitif, 178'si negatif olarak saptandı.
Sonuç: Bizim çalışmamızda P. aeruginosa izolatlarında KPC geni tespit edilmemiş ve KİM'na göre karbapenemaz üreten 22 pozitif izolat belirlenmiştir.

Anahtar Kelimeler: Karbapenem direnci; Pseudomonas aeruginosa; KPC geni; KİM

Abstract:
Aim: This study was included 200 Pseudomonas aeruginosa isolates, which isolated from clinical samples and sent to Bacteriology Laboratory of Medical Microbiology Department of Medical Faculty of Ondokuz Mayıs University Medical Faculty. We aimed to investigate the presence of KPC gene producing KPC enzyme, one of the carbapenemase enzymes that cause carbapenem resistance, and carbapenem inactivation method (CIM) of study isolates, in P. aeruginosa isolates which were included in the study.
Material and Method: Identification of isolates was carried out using conventional methods and Vitek-MS automated system. The antibiotic susceptibility was tested with the Vitek2 Compact automated system. P. aeruginosa isolates were stored at -20 ° C until the molecular study. DNA extraction of carbapenem resistant isolates was performed by boiling method. After DNA extraction, optimization was performed using the original primers. After optimization, KPC gene was investigated by polymerase chain reaction (PCR) method. In addition, carbapenemase production of isolates was determined by the CIM a phenotypic test.
Results: The isolates were identified mostly from the tracheal aspirate cultures (34.5 %). The greatest proportion of P. aeruginosa specimens were isolated from internal medicine (36 %). KPC gene was not detected in none of the P. aeruginosa isolates by PCR method. According to the results of CIM, 22 were detected positive and 178 were negative.
Conclusion: In our study, KPC gene was not detected in P. aeruginosa isolates however 22 isolates were identified as carbapenamase producing according to the CIM results.

Keywords: Carbapenem Resistance; Pseudomonas aeruginosa; KPC gene; CIM