Avokado (Persea Americana mill.) genotiplerinin SSR markörleri ile moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of avocado (Persea Americana mill.) genotypes using SSR markers
Yazar: MÜGE ÖZEREN
Danışman: PROF. DR. YAŞAR KARAKURT
Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Avokado = Avocado ; Genotip = Genotype ; Moleküler özellikler = Molecular properties ; Moleküller = Molecules

Özet:
Bu tez çalışmasında moleküler markörlerden SSR tekniği kullanılarak avokado genotipleri arasındaki farklılıkları ortaya koymak amaçlanmıştır. Avokadonun Lauraceae familyasına ait Persea cinsi içerisinde yer aldığı bilinmektedir. Çalışma kapsamında Akdeniz Bölgesinde yetiştirilen Antalya ilinin dahil olduğu Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü'nden 5 çeşit avokado ve Japonya'dan getirtilen 7 çeşit avokado moleküler analizler için kullanılmıştır. Bu amaçla avokado türünde yer alan genotiplere ait numuneler uygun koşullarda alındıktan sonra Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi Tarımsal Biyoteknoloji Laboratuvarında moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir.

SSR markörleri ile yapılan analizler sonucunda UPGMA metoduna göre avokado çeşitleri arasında iki ana grup ortaya çıkmış ve %60 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Çalışmada JP4 ve JP6, JP5 ve JP7 arasında yakın korelasyon olduğu gözlemlenmiştir. Zutano ve Hass çeşitlerini birbirlerinden ayırt edecek polimorfizmler üretilememiş ve bu iki çeşit bir arada gruplanmıştır. JP1, JP2, JP3, Bacon çeşitleri tek başına bir alt grup oluşturmuştur. Toplam allel sayısının 152, spesifik allel sayısının 53 adet olduğu ve bant büyüklüğünün ise 179 ile 283 bç arasında değiştiği belirlenmiştir. Polimorfik bilgi içeriği (PBİ) 0,03 ile 0,85 arasında değişim göstermiştir.  

Türkiye'de avokado türüne ait SSR bulguları, bölgede bundan sonraki ıslah çalışmalarına ebeveyn seçiminde bir basamak oluştururken, avokado genotiplerinin yayılma alanlarının belirlenmesinde, genetik koleksiyonların karşılaştırılmasında, avokado genotiplerinin karakterizasyonunda kullanılabilir.

Abstract:
The aim of the study is to determine the differences among avocado genotypes using SSR technique. Avocado is known as Persea in Lauraceae family. Within the scope of the study, five types of avocado from the Western Mediterranean Agricultural Research Institute, which includes the province of Antalya grown in the Mediterranean Region, have been used for molecular analysis. For this purpose, samples of genotypes in avocado species were taken under suitable conditions and molecular analyzes were carried out in Isparta University of Applied Sciences Faculty of Agricultural Sciences and Technologies at Agricultural Biotechnology Laboratory.

As a result of analysis with SSR markers, according to UPGMA method, two main groups emerged between avocado varieties and it was determined that they were similar in 60%. In the study, close correlation was observed between JP4 and JP6, JP5 and JP7. Polymorphisms that can distinguish between Zutano and Hass varieties could not be produced and these two types were grouped together. JP1, JP2, JP3, Bacon varieties formed a single subgroup. The total number of alleles was determined as 152, the specific allele number was 53, and the band size was determined to be between 179 and 283 bp. Polymorphic information content (PBI) ranged between 0.03 and 0.85.

The result showed that SSR findings of avocado can be used in the characterization of the genotype, creating a step in parent choice and the comparison of the genetic collection in avocado.