Hastanemizde klinik örneklerden izole edilen fusobacterıum türlerinin antibiyotiklere duyarlılıklarının agarda dilüsyon ve disk difüzyon duyarlılık yöntemleri ile belirlenmesi /
Yazar: BURÇİN ÖZALP
Danışman: PROF. DR. NURVER ÜLGER
Marmara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Agar = Agar ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Fusobacterium = Fusobacterium ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İndikatör dilüsyon teknikleri = Indicator dilution techniques

Özet:
Amaç: Çalışmamızda, Fusobacterium türlerinin ilişkili olduğu klinik tabloların incelenmesi, izolatların antibiyotiklere duyarlılıklarının belirlenmesi, disk difüzyon ve agarda dilüsyon yöntemlerinin kıyaslanması ve iki ayrı besiyeri kullanılarak yapılan agarda dilüsyon testlerinin uyumunun belirlenmesi amaçlanmıştır. 
Gereç ve Yöntem: Ocak 2015-Nisan 2021 tarihleri arasında laboratuvarımızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen Fusobacterium türlerine ait 39 kökenin ampisilin, ampisilin-sulbaktam, klindamisin, meropenem, metronidazol ve moksifloksasin antibiyotiklerine duyarlılıkları, referans yöntem olan Brucella agarda dilüsyon yöntemi ile çalışılmış, fastidious anaerobe agarda yapılan dilüsyon yöntemi ile uyumu araştırılmıştır. Ayrıca, belirtilen antibiyotikler için fastidious anaerobe agarda disk difüzyon yöntemi ile duyarlılık çalışılarak, agarda dilüsyon yöntemindeki verilerle karşılaştırılmıştır.
Bulgular: Kökenlerimizin %46'sı (n=18) Fusobacterium necrophorum, %41'i (n=16) Fusobacterium nucleatum, %8'i (n=3) Fusobacterium periodonticum, %5'i (n=2) ise Fusobacterium varium olarak tanımlanmıştır. Çalışmamızda maligniteler, tüm hasta popülasyonunun %30,8'inde (n=12) gözlenirken, malignite olgularıyla en fazla ilişkili olan tür, F. nucleatum olarak saptanmıştır. Antibiyotik duyarlılıklarının değerlendirilmesinde, moksifloksasin için CLSI (M100-2021), diğer antibiyotikler için ise EUCAST (2021) kriterleri referans olarak alınmıştır. Agarda dilüsyon sonuçlarına göre, ampisilin-sulbaktam, meropenem ve metronidazol antibiyotiklerine direnç saptanmamıştır. İzolatlar ampisiline %91, klindamisine %97, moksifloksasine ise %91 oranında duyarlı bulunmuştur. Fastidious anaerobe agar ve Brucella agarda dilüsyon yöntemlerinin, klindamisin, meropenem ve metronidazol için sonuçlarının uyumlu olduğu gözlenmiştir. Ampisilin, ampisilin-sulbaktam ve moksifloksasin için ise, beklenenin üzerinde temel ve/veya kategorik uyumsuzluklar tespit edilmiştir. Disk difüzyon sonuçlarına göre, 20 saatlik inkübasyon, değerlendirme açısından yeterli bulunmuştur. Fusobacterium türleri için daha önce disk difüzyon inhibisyon zon çapı sınır değerleri belirlenmemiş olduğundan ve çalışmamızda kökenlerimizin çoğu test edilen antibiyotiklere MİK değerlerine göre duyarlı saptandığından, disk difüzyon yöntemiyle yaptığımız çalışmada tahmini sınır değer belirlenememiş ve referans yöntem olan agarda dilüsyon yöntemiyle arasındaki kategorik ve temel uyum oranı değerlendirilememiştir. 

Sonuç: Çalışmamızda ampisilin, klindamisin ve moksifloksasin antibiyotiklerine duyarlılıkta azalma ve direnç gözlenmiştir. Fusobacterium türlerinin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde bu antibiyotikler kullanılırken, tedavi başarısızlığı açısından bu durum göz önünde bulundurulmalıdır. Fastidious anaerobe agarda dilüsyon yönteminin klindamisin, meropenem ve metronidazol antibiyotikleri için Brucella agar'la uyumlu sonuçlar vermesi, sevindiricidir. Diğer antibiyotikler için ise, daha fazla sayıda ve çeşitli direnç profillerine sahip izolatlarla yapılacak çalışmalara ihtiyaç vardır. Verilerimizin ileride yapılacak daha geniş kapsamlı çalışmalar için yol gösterici olacağını düşünüyoruz.
Anahtar kelimeler: Fusobacterium türleri, agarda dilüsyon, disk difüzyon

Abstract:
Objective: The aim of our study is to evaluate the clinical manifestations associated with Fusobacterium species, to determine their antibiotic susceptibility, to compare the disk diffusion and agar dilution methods, and to determine the compatibility of agar dilution tests on different media.
Materials and Methods: We've tested the susceptibility of 39 Fusobacterium strains, isolated from various clinical specimens in our laboratory between January 2015 and April 2021. The strains were tested for their susceptibility to ampicillin, ampicillin-sulbactam, clindamycin, meropenem, metronidazole and moxifloxacin antibiotics by dilution method on Brucella agar and fastidious anaerobe agar. In addition, we've performed disc diffusion on fastidious anaerobe agar and compared the results with  agar dilution method.
Results: 46% (n=18) of our strains were Fusobacterium necrophorum, 41% (n=16) Fusobacterium nucleatum, 8% (n=3) Fusobacterium periodonticum and 5% (n=2) Fusobacterium varium. 30.8% (n=12) of the patients had malignancies, and F. nucleatum was found to be the most related species to malignancy. We've used CLSI (M100-2021) criteria for moxifloxacin and EUCAST (2021) criteria for other antibiotics as reference. According to the agar dilution results, no resistance was found to ampicillin-sulbactam, meropenem and metronidazole. The isolates were 91% sensitive to ampicillin, 97% to clindamycin, and 91% to moxifloxacin. Results of dilution methods on fastidious anaerobe agar and Brucella agar were found to be compatible for clindamycin, meropenem and metronidazole. We've detected essential and/or categorical discrepancies for ampicilin,ampicilin-sulbactam and moxifloxacin. According to the disk diffusion results, 20 hours of incubation was found to be sufficient for evaluation. Since the breakpoints for the zone diameter of disc diffusion have not been determined for Fusobacterium species before, and most of our strains were found to be sensitive to the tested antibiotics according to their MIC values, we couldn't suggest the estimated cut-off values and the essential and categorical aggreement rates fot the disc diffusion method. 
Conclusion: In our study, decreased sensitivity and resistance to ampicillin, clindamycin and moxifloxacin antibiotics were detected. This should be considered in terms of treatment failure while using these antibiotics in Fusobacterium infections, It is pleasing to find out a good correlation between the dilution methods on fastidious anaerobe agar yields Brucella agar for clindamycin, meropenem and metronidazole. For other antibiotics, further studies with more isolates with different resistance profiles are necessary. We think our data will be a guide for further studies to be carried out.
Keywords: Fusobacterium species, agar dilution, disk diffusion