Prostat adenokarsinomlarında dijital fotoğraf formatı ve görüntü sıkıştırmanın tanı doğruluğu ve gleason skoru tekrarlanabilirliği üzerine etkisinin araştırılması
Analyzing the effect of digital image format and image compression on the reproducibility and accuracy of diagnosis in prostatic adenocarcinomas
Yazar: FATMA AKSOY KHURAMİ
Danışman: PROF. DR. MURAT ALPER
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim Ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Patoloji = Pathology
Dizin: Adenokarsinom = Adenocarcinoma ; Fotoğraf = Photograph ; Görüntü sıkıştırma = Image compression ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Patoloji = Pathology ; Prostat neoplazmları = Prostatic neoplasms ; Teşhis = Diagnosis ; Ölçekler = Scales

Özet:
ÖZET
Amaç:
Prostat adenokarsinomu erkeklerde en sık kanser türlerinden biri olup 1970'li yıllardan itibaren Donald Gleason'ın geliştirdiği sistem baz alınarak skorlanmaktadır. Literatürde Gleason skorunun gözlemci ici ve gözlemciler arası tekrarlanabilirliğinin incelendiği pek çok çalışma mevcuttur. Bu çalışmanın amacı Gleason skorunun gözlemci içi ve gözlemciler arası tekrarlanabilirliğini farklı fotoğraf formatları kullanarak dijital ortamda test etmektir.
Gereç ve Yöntem: 
Literatürdeki çalışmaların bir kısmında, prostat tümörlerinin farklı merkezlerdeki gözlemcilere ulaştırılması için WSI ve/veya bir alandan çekilmiş fotoğrafları kullanılmıştır. Bizim çalışmamızda 3 farklı gözlemci, 198 vakayı, öncelikle ışık mikroskopunda bireysel olarak değerlendirmişlerdir. Gözlemci 1 inceleme sırasında verdiği skoru temsil eden alanı işaretlemiş olup, diğer gözlemciler bu alanı baz alarak olgulara skor vermişlerdir. Daha sonra gözlemci 2 işaretli alanların fotoğrafını çekerek 5 farklı fotoğraf formatına (TIFF, GIF, BMP, JPEG, PNG) çevirmiştir. Tüm gözlemciler 5 farklı formattaki değerlendirmelerini tamamladıktan gözlemci içi ve gözlemciler arası uyum yüzdelerine bakılmıştır.
Bulgular ve Sonuç:
Değerlendirme tamamlandığında patern 4 nedeniyle uyum yüzdeleri ve kappa değerlerinde belirgin kötüleşme olduğu dikkati çekmiştir. Bu durum metin içinde belirtilen yeni kategorizasyon sistemine geçiş ile elimine edilmiştir. 
Maksimum uyum yüzdesi % 94,3 ve minimum uyum yüzdesi %31,4 olarak hesaplanmıştır. Ayrıca maksimum kappa değeri 0,784 ve minimum kappa değeri 0,624'tür. Yapılan tekrarlı ölçümler arasında anlamlı farklılık tespit edilmiş olup, bu farklılığın Gözlemci 1'in ışık mikroskopunda yaptığı değerlendirme ile BMP formatındaki değerlendirmesi (p=0,029) arasında, Gözlemci 3'ün TIFF formatındaki değerlendirmesi ile JPEG formatındaki değerlendirmesi (p=0,021) arasındaki anlamlı farklılık sebebiyle olduğu gözlenmiştir. Gözlemci 2'nin ışık mikroskopundaki değerlendirmesi ile formatlar arasında anlamlı farklılık yoktur.  Bu skorlamalar dışında gözlemcilerin kendi içlerinde (intraobserver) farklı fotoğraf formatlarındaki değerlendirmeleri arasında anlamlı farklılık bulunmamıştır. Artefakt varlığı ile tanı tekrarlanabilirliği arası ilişkinin test edildiği değerlendirmede p=0,722 olarak hesaplanmıştır. Artefakt varlığının tanı üzerinde anlamlı bir farklılık oluşturmadığı düşünülmüştür. Üç gözlemcide, değişik fotoğraf formatlarında istatistiksel olarak anlamlı düzeyde farklılık tespit edilmiştir. Bu durum gözlemcilerin kişisel farklılıklarından kaynaklanıyor olabilir. Daha geniş gruplarda, WSI görüntüler alınarak, format çeşitliliği arttırılarak yapılacak yeni çalışmalar ile fotoğraf formatlarının Gleason skoru tekrarlanabilirliğindeki etkisi araştırılmalıdır.

Abstract:
ABSTRACT
Aim:
Prostate cancer that is one of the most common cancer sub-types in males, has been scored with Gleason system since 1970's. It is easy to find so many research in the literature which investigate both inter-observer and intra-observer reproducibility of Gleason scores. The aim of this study is "testing the reproducibility of Gleason scores both intra and interobserver with different digital photograph formats".
Materials and Methods:
In some of the papers in the literature, esspecially to convey to different centers, observers have already used the WSI and/or field photographs of slides. 
In the previous study, 3 observers evaluated 198 cases on their own by light microscope. Observer 1 signed the field that represents his score. Other 2 observers gave their score for this area. Then photos of the 198 field was taken by observer 2. The original photograph format was TIFF and converted to GIF, BMP, JPEG, PNG also. When the observers finished their evaluation for 5 different formates, the accordance ratios have been appreciated. 
Results and Conclusion:
The pattern 4 was the cause of low accordance ratios, so that a new categorisation for scoring system that eliminates decrease has been chosen. 
Maximum accordance ratio was 94,3% and minimum was 31,4%. Maximum kappa value was 0.784 and minimum kappa value was 0,624. A statistically significant result has been detected between the repeated measures. Light microscope/BMP format for observer 1 and also TIFF/JPEG formats for observer 3 was meaningful. Except these scores there were no significant difference (intraobserver) between other measures. In addition to this, existence of artefact doesn't have any effect on the reproducibility of diagnosis (p=0,722). The reason of results which shows there are some groups that have statistically significant difference, can be personal variety. The relationship between photograph formats and reproducibility of Gleason score must be assorted via new trials.