Over kanserli hastalarda ve sağlıklı bireylerde PRDM6 geninin promotor metilasyonlarının karşılaştırılması
Comparison of promotor methylations of PRDM6 gene in ovarian cancer patients and healthy individuals
Yazar: NUMAN CÖMERT
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEREF BUĞRA TUNÇER ; PROF. DR. HÜLYA YAZICI ÖZBEK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Onkoloji Ana Bilim Dalı / Kanser Genetiği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology

Özet:
Over kanseri, dünyada kadınlarda en sık görülen 8. kanserdir. 2020 yılında kanser ile ilişkili ölümlerin %4,7'sinin sebebidir. Over kanserinde erken teşhis, tedavinin seyrinde ve başarısındaki en önemli faktördür. Epigenetik gelişmeler kanser genetiği alanına büyük katkılar sağlamış olup, bu epigenetik mekanizmalardan biri de DNA metilasyonudur. DNA metilasyonunun, karsinogenezin erken evrelerinde meydana gelmesinden dolayı, erken tanı amacıyla kullanılabilme potansiyeli bulunmaktadır. Bu çalışmada PRDM6 geninin over kanserli hastalar, benign kitlelere sahip kişiler ve sağlıklı kontrol grubunda metilasyon düzeyleri araştırılmıştır. Çalışma İstanbul Üniversitesi Onkoloji Enstitüsü'ne başvuran 93 over kanserli hasta, overin benign kitlelerine sahip 48 kişi ve 54 sağlıklı kontrol grubundan oluşan 195 kişi ile yapılmıştır. Çalışmaya katılan kişilerin periferik kan örneklerinden DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve Real-Time PCR yöntemiyle kantitatif olarak örnekler arasındaki metilasyon düzeyleri karşılaştırılmıştır. Metilasyon analizinde %6 metilasyon bulgusu eşik değeri olarak kabul edilmiş, %6 ve altında olan örneklerde gen unmetile, %6 üzerinde olan örneklerde ise metile olarak değerlendirilmiştir. Bu analiz verilerine göre over kanserli hasta grubunun %78,49'unda PRDM6 geni metile, %21,51'inde ise unmetile bulunmuştur. Overinde benign kitleye sahip olan kişilerin %75'inde PRDM6 geni metile, %25'inde unmetile iken sağlıklı kontrol grubunun %38,88'sinde PRDM6 geni metile, %61,12'sinde unmetile bulunmuştur. Over kanserli hastaların metilasyon düzeyleri, sağlıklı kontrol örneklerinin metilasyon düzeylerinden istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek tespit edilmiştir. Overinde benign kitlelere sahip kişiler ile sağlıklı kontrol örneklerinin metilasyon düzeyleri arasında ise istatistiksel açıdan anlamlı bir fark bulunmamıştır. PRDM6 geninin over kanserinde biyobelirteç olarak kullanılabilme ihtimali, gelecekte PRDM6 metilasyon düzeylerinin over kanseri ile ilişkili mekanizmalardaki rolünün aydınlatılması ile ortaya çıkacaktır.

Abstract:
Over cancer is the eighth most common cancer in women in the world. It is responsible for 4.7% of cancer-related deaths in 2020. In over cancer, early diagnosis is the most important factor in the course of treatment and its success. Epigenetic developments have made major contributions to the field of cancer genetics, and one of these epigenetic mechanisms is DNA methylation. Because DNA methylation occurs in the early stages of carcinogenesis, it has the potential to be used for early diagnosis. In this study, the methylation levels of the PRDM6 gene were studied in over-cancer patients, individuals with benign masses, and healthy control groups. The study was conducted with 93 over-cancer patients, 48 people with over-benign masses, and 195 people from 54 healthy control groups, who applied to the Istanbul University Institute of Oncology. DNA isolation from peripheral blood samples of participants was performed and methylation levels between samples were compared quantitatively using Real-Time PCR. In methylation analysis, 6% of the methyllation findings were considered to be marginal, in samples of 6% and below, the gene was unmethyl, and in those of more than 6%, it was methyle. According to this analysis, 78,49% of patients with over cancer had methylated the PRDM6 gene and 21,51% had unmethyled it. 75 per cent of those with the overall benign mass had the PRDM6 gene methyl, 25 per cent had the unmethyl and 38,88 per cent in the healthy control group had the methyle and 61,12 per cent. The methylation levels of over-cancer patients have been statistically significantly higher than those of healthy control samples. There was no statistically significant difference between the methylation levels of individuals with generally benign masses and those of healthy control samples. The possibility that the PRDM6 gene can be used as a biobudget in over cancer will emerge in the future with the illumination of the role of methylation levels in the mechanisms associated with over cancer.