Ham derilerden izole edilen arke izolatlarının filogenetik olarak tanımlanması ve ekstraselüler proteaz aktivitelerinin incelenmesi
Phylogenetic identification of halophilic archaea isolated from raw hide and investigation of their proteolitic activities
Yazar: FEVZİYE IŞIL MEYDANİ
Danışman: DOÇ. DR. BİNNUR MERİÇLİ YAPICI
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Bu çalışmada tuzla konservelenmiş ham derilerden izole edilmiş, fenotipik ve filogenetik olarak tanımlanmış iki farklı ekstrem halofilik arke izolatının ekstraselüler proteaz enzim kapasitelerinin ve optimum aktivite koşullarının belirlenmesi amaçlanmıştır. 16S rDNA dizi analizi sonuçlarına göre; 1 numaralı izolatın Halococcus morrhuae JCM 8876, 2 numaralı izolatın ise Natrinema pallidum 153 strainleri ile benzerlik gösterdikleri saptanmıştır. Nitel enzim aktivite bulguları pozitif olan strainlerin her ikisi de Gram negatif reaksiyon göstermiş olup Basitrasin ve Novobiosin antibiyotiklerine karşı duyarlı oldukları belirlenmiştir.
Strainlerin nicel proteaz aktivitelerinin belirlenmesinde substrat olarak azokazein kullanılmış ve aktiviteler günlük olarak ölçülmüştür. Günlere bağlı proteaz aktivitelerinin belirlenmesinin ardından farklı sıcaklık (4-70 °C), tuz (1-5 M) ve pH (4,0-11,0) koşullarında optimum proteaz aktiviteleri tespit edilmeye çalışılmıştır. 
Halococcus morrhuae JCM 8876 ve Natrinema pallidum 153 strainlerinin günlük maksimum aktiviteleri sırasıyla 6. gün ve 4. gün olarak belirlenmiştir. Halococcus morrhuae JCM 8876 straininin pH 9,5, 2 M NaCl ve 50 °C, Natrinema pallidum 153 straininin ise pH 9,0, 2 M NaCl ve 40 °C reaksiyon koşullarında optimum aktivite gösterdiği tespit edilmiştir.
  
Anahtar sözcükler: Tuzlanmış Ham Deri, Ekstrem Halofilik Arke, Ekstraselüler proteaz enzimi, 16S rDNA dizi analizi.

Abstract:
In this study we aimed to determine the extracellular proteolytic enzyme capacities and the optimum activity conditions of two different extrem halophilic archaea which were isolated from salted raw hide, identified with using phenotypic and molecular methods. According to the result of 16S rDNA molecular identification, isolate 1 identified as Halococcus morrhuae JCM 8876 and isolate 2 identified as Natrinema pallidum 153. The strains which had positive qualitative activity, showed Gram negative reaction and were found to be susceptible to Bacitracin and Novobiocin. 
The quantitative protease activities were determined with using azocasein substrate and activities were measured daily. After we determined the protease acitivites day by day, tried to find the optimum protease activities under the conditions of different temperature (4-70 °C), salinity (1-5 M) and pH (4,0-11,0).
Halococcus morrhuae JCM 8876 and Natrinema pallidum 153 showed daily maximum activity on 6. and 4. days, respectively. H. morrhuae JCM 8876 showed the maximum activity at pH 9,5; 2 M NaCl concentration and 50 °C temperature and Natrinema pallidum 153 displayed the optimum activity at pH 9,0; 2 M salinity and 40 °C temperature.

Keywords: Salted Raw Hide, Extreme Halophilic Archaea, Extracellular Protease Enzyme, 16S rDNA sequence analysis.