Türk toplumunda mitokondriyal DNA'da (8389-8865 baz çifti) mutasyon taraması
Mitochondrial dna (8389-8865 base pairs)mutation search in Turkish population
Yazar: ÖMER KARATAŞ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HAVVA ALTUNÇUL
İstanbul Üniversitesi / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine
Dizin: DNA mutasyon analizi = DNA mutational analysis ; DNA-mitokondrial = DNA-mitochondrial ; Mitokondriler = Mitochondria ; Mutasyon = Mutation ; Türk toplumu = Turkish society

Özet:
Mitokondriyal DNA genelikle düşük miktarda DNA içeren ve degrede örneklerde kullanılmaktadır. Her bir hücrede tek bir nükleer DNA bulunmasına rağmen yüksek mitokondri kopyası nedeniyle mitokondriyal DNA'nın çok sayıda kopyası mevcuttur. Bu sebeple degrede örneklerde mtDNA ile çalışmak avantaj sağlamaktadır. Adli bilimlerde rutin olarak HV1 HVII ve HVIII bölgeleri kimliklendirme amacıyla kullanılmaktadır. Fakat bu bölgelerin ayrım gücü sınırlıdır. Bu bölgelerle beraber alternatif olarak, kodlanan bölgenin de çalışılması ayrım gücünü yükseltecektir.Türkiye popülasyonuna ait aralarında akrabalık ilişkisi bulunmayan 150 kişiden alınan örneklerle kodlanan bölgenin 8389-8865 baz çiftleri arasındaki bölüm çalışıldı. DNA izolasyonu, silika tabanlı İnvitrogen Purelink Genomic DNA Mini Kit®'i kullanılarak yapıldı. Söz konusu bölgenin PCR Tzen ve arkadaşlarının yöntemine uygun şekilde çoğaltıldı. PCR ürünlerinin dizin analizi ABI PRISM BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit ile yapıldı. Görüntülenen diziler Cambrige Reference Sequence ile karşılaştırıldı. En yaygın polimorfizmlerin 8860G, 8697A, 8847delC, 8691delA olduğu tespit edildi. Çalışılan bölgenin ayrım gücü 0.923641, rastgele eşleşme olasılığı 0.076359 ve genetik çeşitlilik 0.9303827 olarak hesaplandı. Farklı ülkelerde yapılan benzer çalışmalar ile sonuçlar karşılaştırıldı.Bu verilerin doğrultusunda incelediğimiz bölge ile kişiler arası ayrım yapabileceğimiz ve HVI, HVII, HVIII bölgeleri ile beraber çalışılarak ayrım gücünü artırılabileceği saptandı.

Abstract:
Mitochondrial DNA can be used for forensic casework especially when biological samples are degraded and contained a low amount of DNA. Despite the presence of a nuclear DNA in each cell there are high copy number of mitochondria and mtDNA per cell. For this reason, to study with mtDNA is more advantageous on degrade samples. The hypervariable region I, II and III are currently used for mtDNA to identify peoples profiles or compare with each other in forensic cases. Therefore, the coding region of mitochondrial DNA is an alternative test region to increase the power of discrimination.We studied nucleotide of 8389-8865 on coding region in 150 unrelated individuals from Turkish population. DNA was isolated from blood samples by using a silica based İnvitrogen Purelink Genomic DNA Mini Kit®. Amplification of the coding region encompassing position 8389 to 8865 PCR performed according to Tzen at al. The PCR products were sequenced using the ABI PRISM BigDye Terminator v3.1 Cycle sequencing kit (Applied Biosystems). Sequences were aligned and compared to the revised Cambridge Reference Sequence (rCRS) using SeqScape1 Version 2.7 (Applied Biosystems).The sequence polymorphisms have been found the most common 8860G and the others mutations are 8697A, 8485A, 8388 delT, 8847 delC, 8691delA. Random match probability, genetic diversity and the power of discrimination were calculated 0.076359, 0.9303827, 0.923641 respectively. The results were compared with the similar results which were studied in other countries.According to these results the polymorphic sites within coding region can be useful in combination with control region (HVI, HVII, HVIII) in order to increase discrimination power for forensic application.