Yarasa viromlarının metagenomik analizi
Metagenomic analysis of bat viromes
Yazar: GİZEM GEÇGİL
Danışman: PROF. DR. EMRE KESKİN ; DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜGE FIRAT
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
İnsanlarda ve hayvanlarda şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirusu (SARS- CoV), Orta Doğu solunum sendromu ile ilişkili koronavirus (MERS-CoV), Ebola virusu, Nipah virusu ve Hendra virusu gibi ciddi hastalıklara yol açan çeşitli zoonotik virusların doğal rezervuarları yarasalardır. Son yıllarda başta koronaviruslar olmak üzere bazı virusların çeşitli ara konak başka hayvanları kullanarak rezervuar konak olan yarasalardan insanlara sıçramış olabileceğinin deneyimlenmiş olması, bu memeli grubuna olan ilgiyi gün geçtikçe artırmaktadır. Türler arası bulaşma riskini aydınlatmak amacıyla farklı coğrafi bölgelerde yaşayan yarasaların barındırdıkları virusların karakterizasyonu büyük önem taşımaktadır. Son yıllarda gittikçe hız kazanan metagenomik çalışmalar bize sadece organizmaların kendilerinden değil, çevresel örneklerden de kümülatif çeşitliliği ortaya çıkarabileceğimizi göstermiştir. Yüksek Verimli Dizileme (HTS) yüksek verim ve hız sunan bir dizileme teknolojisidir; bu teknolojinin metagenomik çalışmalara adapte edilmesi ise elde edilen veriyi astronomik sayılara ulaştırmış, bu verilerin işlenmesi için de biyoinformatik araçlar gün geçtikçe gelişmeye başlamıştır. Viral metagenomik çalışmaların HTS teknolojisiyle birlikte ürettiği veri, biyoinformatik araçların ulaşılabilirliği, kullanılabilirliği ve doğrulanabilirliği gerekliliğini doğurmaktadır. Bu tez çalışmasında yerleşim yeri itibariyle insanla ilişkisi muhtemel yarasa türlerinden alınan orofarengeal sürüntü, rektal sürüntü ve dışkı örnekleri nükleik asit izolasyonuna tabi tutulmuş, tüm genom amplifikasyonu uygulanarak zenginleştirilmiş, Shotgun dizileme teknolojisi ile dizilenmiş ve pratik bir biyoinformatik iş akışına dahil edilmiştir.

Abstract:
Bats are the natural host of various zoonotic viruses, such as coronavirus, Ebola, Nipah, and Hendra, that can cause serious illnesses like acute respiratory syndrome in humans and domestic animals. In recent years, it is believed that coronaviruses such as SARS-CoV-2 may have jumped from bats to humans through intermediate hosts, leading to increasing interest in this mammal group. To understand the risk of interspecies transmission, it is important to study the viruses hosted by bats in different geographical regions. Metagenomic studies, which are becoming more popular, can reveal the cumulative diversity of organisms and environmental samples. High-Throughput Sequencing (HTS) is a technology that offers high yield and speed compared to traditional sequencing techniques and its application in metagenomic studies generates large amount of data. The data generated by viral metagenomic studies using HTS technology requires bioinformatics tools for accessibility, usability, and validation of the data. In this thesis study, oropharyngeal swab, rectal swab and fecal samples taken from bat species likely to be related to humans due to their location were subjected to nucleic acid isolation, enriched by applying whole genome amplification, sequenced with Shotgun sequencing technology and included in a practical bioinformatics workflow.