Klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik yöntemler ile araştırılması
Detection of the carbapenem resistance of klebsiella pneumoniae with genotypic and fenotypic methods
Yazar: MEHMET AKİF DURMUŞ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA DERYA AYDIN
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada 1353 yataklı İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesi'nde 2015-2017 yılları arasında serviste yatan veya taburcu olduktan sonra polikliniğe gelmiş hastalardan izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem direncinin genotipik ve fenotipik yöntemler ile saptanması amaçlanmıştır.
Karbapenemaz üreten mikroorganizmaların karbapenem minimum inhibitor konsantrasyon (MİK) değerleri karbapenemaz enzim tipine, düzeyine ve bakterinin türüne göre değişiklik gösterebilir. Bu sebeple karbapenemaz üreten bakterilerin hızlı ve doğru tespiti, buna göre uygun antimikrobiyal tedavi seçimi enfeksiyon kontrol önlemleri açısından kritik öneme sahiptir.
İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesi'nde  yatmakta olan hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen ve disk difüzyon yöntemi ile karbapeneme dirençli bulunan 87 Klebsiella pneumoniae suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Kombine disk yöntemi ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile karbapenemaz araştırılmıştır.
Çalışmamızda PCR  sonuçları değerlendirildiğinde 87 klinik örnekten 60'ında    (% 68,9 ) OXA, 20'sinde (% 22,9) NDM, beşinde (%5,75 ) OXA+NDM  ve bir (% 1,1) örnekte KPC saptanmıştır. Bir örnekte ise PCR ile karbapenemaz bulunamamıştır. PCR ile tek başına OXA, NDM ve KPC tipi karbapenemaz saptanan izolatların tamamı kombine disk testi ile uyumlu sonuç vermiştir. PCR'da NDM ve OXA tipi karbapenemazın birlikte olduğu 5 (% 5,7) örnekte  ise kombine disk yönteminde sonuç OXA tipi karbapenemaz olarak  bulunmuştur. Kombine disk yöntemi enzim tiplerinin birlikte görüldüğü durumlarda yetersiz kalmaktadır. Ayrıca temosilin direnci OXA-48 tipi karbapenemazlara özgül değildir. 
Kombine disk yöntemi; hastanemizde aynı anda birden fazla karbapenemaz bulunduran suşların bulunması ve en sık saptanan karbapenemazın OXA olması nedeni ile yetersiz kalmaktadır. Kombine disk yöntemi ile bulunan sonuçlar genotipik yöntemler ile doğrulanmalıdır. 
OXA'nın en sık görülen karbapenemaz olmaya devam etmesi ile birlikte yıllara göre azaldığını görmekteyiz. NDM'nin artmakta olduğu, birden fazla karbapenemazı taşıyan suşların görülmeye başlaması ve ilk defa KPC bulunması dikkat çekicidir. Bu suşların hastanede yayılımının takip edilmesi enfeksiyon kontrolleri için önemli olacaktır. 	

Anahtar Kelimeler:  Klebsiella pneumoniae, karbapenem direnci, karbapenemaz 

Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 24626

Abstract:
The aim of this research is to detect the carbapenem resistance of the Klebsiella pneumoniae strains, isolated from clinical specimens of in-patient or out-patient department (apply the clinic after being discharged) in 1353-bed Istanbul University Istanbul Medical Faculty Hospital between the years 2015-2017, with genotypic and phenotypic methods.
The minimum inhibitor concentration (MIC) of carbapenems of carbapenemase-producing microorganisms varies according to enzyme type of carbapenemase, level of carbepenemase and the species of the bacteria. Therefore, rapid and accurate detection of carbapenemase-producing bacteria, accordingly, selection of appropriate antimicrobial treatment has a significant importance for infection control precautions.
87 Klebsiella pneumonia strains were detected  carbapenem resistant with disk diffusion methods, isolated from various clinical specimens of hospitalized patients in Istanbul Medical Faculty Hospital, were included the study. Carbapenemase was detected with the combined disk method and polymerase chain reaction (PCR).
In the evaluation of the PCR results, OXA was detected in the 60 (68.9%), NDM in 20 (22.9%), OXA + NDM in 5 (5,75%) and KPC in 1(1.1%) out of 87 clinical specimens. In one specimen carbapenemase was not detected. All of the isolates that detected OXA, NDM and KPC type of carbapenemases singly by PCR were compatible with the combined disc test results. Both NDM and OXA type carbapenemase detected in 5 (5.7%) strains with PCR but the result of combined disc method was OXA type carbapenemase. Combined disc method is insufficient in the presence of more than one enzyme type at the same time. In addition the temocilin resistance is not specific to OXA-48 type carbapenemases.
Combined disk method is insufficient because of the presence of strains that have more than one carbapenemase and being the most detected carbapenemase is OXA in our hospital. Combined disk method results should be confirmed with genotypic methods.
OXA is the still most common carbapenemase with the decline with the years. The increasement of the NDM, presence of strains that have more than one carbapenemase and detection of KPC at the first time are remarkable results. Monitoring the spread of these strains in the hospital will be important for infection control.

Key Words: Klebsiella pneumoniae, karbapenem resistance, carbapenemase