Anbar vilayetinde idrar yolu enfeksiyonu ve doğurganlık problemi olan erkeklerden izole edilen E. coli'nin virülans faktör genlerinin karakterizasyonu
Charecterization of the virulence factors genes of E. coli isolated from men suffering from urinary tract infection and fertility problems in Anbar province
Yazar: MOHAMMED NASRI HASAN AL-BAYATI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞENUR KAYABAŞ AVŞAR
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, dünya genelinde yaygın bir morbidite kaynağı olan idrar yolu enfeksiyonu (İYE) incelenmiştir. İYE'ye genellikle üropatojenik Escherichia coli (UPEC) bakterileri neden olmaktadır. Çalışmada erkek hastalardan elde edilen 120 numune kullanılmıştır. E. coli bakterisini, doğurganlık sorunları olan İYE hastalarından izole etmek için Vitek II teknolojisi, geleneksel biyokimyasal ve kültür testleri kullanılmıştır. PCR yöntemiyle virülans faktörlerini (fimH, aer, afa ve hlyA) kodlayan genler tanımlanmıştır. Verilerin analizinde SPSS programı kullanılmıştır. Sonuçlar, 120 numunedeki bakteri üremesinin %25'ini (30 izolat) Escherichia coli'nin oluşturduğunu, diğer bakterilerin ise %75'ini (90 izolat) oluşturduğunu göstermiştir. Vitek II sisteminin E. coli antibiyotik direnci analizine göre izolatların %90'ı (27 izolat) Amoksisilin-Klavulanik Asit, Ampisilin ve Sefotaksim'e dirençliyken, %83,3'ü (25 izolat) Amoksisilin ve Temosilin'e direnç göstermiştir. Ayrıca izolatların %73,3'ünde (22 izolat) Aztreonam, %66,6'sında (20 izolat) İmipenem ve Meropenem/Vaborbaktam, %60'ında (18 izolat) Sefoksitin ve %76,6'sında (23 izolat) Ampisilin/Sulbaktam, Piperasilin ve Piperasilin/Sulbaktam'a dirençli olduğu görülmüştür. E. coli izolatlarının önemli ölçüde biyofilm oluşturma yeteneği olduğu tespit edilmiştir. Bu izolatların %43,3'ü güçlü biyofilm, %40'ı orta derecede biyofilm ve %16,6'sı zayıf biyofilm oluşturmuştur. Sonuçlar sperm konsantrasyonunda, toplam hareketlilikte ve sperm hacminde önemli bir azalma olduğunu göstermektedir. PCR tekniği kullanılarak, sık görülen virülans genlerinin fimH için 17 (%56,6), aer ve afa için 15 (%50), hlyA için ise 12 (%40) olduğu tespit edilmiştir.

Abstract:
In this study, urinary tract infection (UTI), a common source of morbidity worldwide, was analyzed. UTIs are usually caused by uropathogenic Escherichia coli (UPEC) bacteria. A total of 120 samples from male patients were used in the study. Vitek II technology, conventional biochemical and culture tests were used to isolate E. coli bacteria from UTI patients with fertility problems. Genes encoding virulence factors (fimH, aer, afa and hlyA) were identified by PCR. SPSS software was used to analyze the data. The results showed that Escherichia coli accounted for 25% (30 isolates) of the bacterial growth in 120 samples, while other bacteria accounted for 75% (90 isolates). According to the E. coli antibiotic resistance analysis of the Vitek II system, 90% of the isolates (27 isolates) were resistant to Amoxicillin-Clavulanic Acid, Ampicillin and Cefotaxime, while 83.3% (25 isolates) were resistant to Amoxicillin and Temocillin. Furthermore, 73.3% (22 isolates) were resistant to Aztreonam, 66.6% (20 isolates) to Imipenem and Meropenem/Vaborbactam, 60% (18 isolates) to Cefoxitin and 76.6% (23 isolates) to Ampicillin/Sulbactam, Piperacillin and Piperacillin/Sulbactam. E. coli isolates were found to have significant biofilm forming ability. Of these isolates, 43.3% formed strong biofilm, 40% formed moderate biofilm and 16.6% formed weak biofilm. The results revealed a significant decrease in sperm concentration, total motility and sperm volume. Using PCR technique, the most common virulence genes were found to be 17 (56.6%) for fimH, 15 (50%) for aer and afa, and 12 (40%) for hlyA.