Fare genomunda bulunan glutamat metabolizması genlerinin cDNA'larının üretilmesi ve in situ hibridizasyonu ile gen ekspresyon analizi
cDNA?s production of glutamate metabolism genes in mouse genome and analysis of gen expression by in situ hybridization
Yazar: MURAT ÇANKAYA
Danışman: PROF. DR. HASAN ÖZDEMİR
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2008
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Günümüzde canlıya ait genlerin çoğunluğunun sekanslarının bulunması, birçok soruyu da beraberinde getirmiştir. Bunlardan biri de canlı genomunda bulunan genlerin fonksiyonlarını nasıl gösterdikleridir. Çoklu bileşenleri ihtiva eden düzenleyici metabolik ağın anlaşılması için her bir bileşenin ekspresyon zamanının ayrıntılı bir şekilde bilinmesi ile ileri bir derecede gelişmesine sebep olduğunu göstermiştir. Genlerin ekspresyon yeri ve zamanını belirlenmesi için farklı teknikler geliştirilmiştir. Bunlardan yaygın olarak kullanılanlardan bir tanesi in situ hibridizasyon'dur. İn situ hibridizasyon gen ekspresyonu için güçlü bir tekniktir ve organizma ve organlar bulunan hücreler üzerinde yapılan gen ekspresyonlarında yüksek çözünürlükte bilgi sağlar.Bu çalışmada glutamat metabolizmasında görev alan enzim genlerinden Nagk, Gnpnat1, Gfpt1, Ppat, Nadsyn1, Qars, Cad, Cps1, Gls, Gls2, Glul, Eprs, Ears2, Aldh4a1, Glud1, Got1, Got2, Gpt2, Gpt1, Aldh5a1, Gsr, Gss, Gclm, Gclc, Gad1, Gad2, Abat ve Gmps seçildi. Bu enzim genleri için spesifik primerler yapıldı. Daha sonra bu spesifik primerler kullanılarak spesifik cDNA kalıpları hazırlandı. cDNA kalıpları ile antisens mRNA'lar üretildi. Bu antisens mRNA'lar kullanılarak;12.5, 14.5 ve 15.5 günlük fare embriyoları ve yetişkin fare beyni (P56) üzerinde in situ hibridizasyon yapıldı. Ekspresyon sonuçları otomatik bir mikroskopta incelenerek değerlendirmeler yapıldı ve internet ortamına aktarıldı.

Abstract:
Nowadays, sequences analysis of numerous genes which contain different organism has been identified. These results led to arise various questions. One of these, how genes which expressed living genome exhibits functions. Many examples demonstrate that an understanding of regulatory networks consisting of multiple components is significantly advanced by a detailed knowledge of the spatiotemporal expression pattern of each of the components. Investigation of expression time and place of genes has been developed different techniques. One of the common using techniques is in situ hybridization. In situ hybridization (ISH) is one of the powerful methods for gene expression, and provides high-resolution information on gene expression in cells where is located in the organs and organismsIn this study, gene of enzymes that have function in glutamate metabolism (Nagk, Gnpnat1, Gfpt1, Ppat, Nadsyn1, Qars, Cad, Cps1, Gls, Gls2, Glul, Eprs, Ears2, Aldh4a1, Glud1, Got1, Got2, Gpt2, Gpt1, Aldh5a1, Gsr, Gss, Gclm, Gclc, Gad1, Gad2, Abat and Gmps) was selected. Specific primers were arranged for these enzymes. Then specific cDNA templates were prepared with these specific primers. Antisense mRNAs was produced with specific cDNA templates. In situ hybridization which was used these antisense mRNAs on 12.5, 14.5, 15.5 days mouse embryos and adult mouse brain (P56) was made. Automated microscopic scanning of gene expression data were investigate and these results were transferred in internet