Geniş bir konkomitan şaşılık ailesinde gen lokalizasyonunun saptanması
Detection of gene localization in a large concomitant strabismus family
Yazar: KADRİYE ERKAN
Danışman: PROF. DR. E. CUMHUR ŞENER ; PROF. DR. A. NURTEN AKARSU ; PROF. DR. DR. A. ŞEFİK SANAÇ
Hacettepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2010
Konu: Göz Hastalıkları = Eye Diseases
Dizin: Ekzotropi = Exotropia ; Göz hastalıkları = Eye diseases ; Haplotip analizi = Haplotype analysis ; Şaşılık = Strabismus

Özet:
Genom boyu analizi bilinen, 17'sinde ekzotropya, 3'ünde intermitantekzotropya bulunan, 3 kuşakta toplam 31 birey içeren bir aile ile çalışıldı.Dominant kalıtım eksik penetrans varsayımı altında pozitif LOD skorsaptanan, üç farklı kromozomda (kromozom 7, 13, 18) 4 ayrı bölgeye detaylıhaplotip analizi yapıldı. Affymetrix analizinden elde edilen genotipsonuçlarına göre, kritik kromozomlar excel programına aktarıldı. İlgilikromozomlarda pozitif LOD skoru veren bölgelerin fiziksel haritada karşılıkgeldiği bölgeler bulundu. Bu aşama için VIGENOS programı kullanıldı.Haplotip analizi yapılırken anne ve baba alınarak, rastgele seçilen bir hastaçocuk ile karşılaştırıldı ve alelleri belirlendi. Diğer kardeşlerin haplotipi buvaka ile karşılaştırılarak hastaların aynı kromozomu paylaşıp paylaşmadığı,sağlam kardeşlerinde diğer kromozomu alıp almadığı belirlendi. Haplotipanalizi sonucunda 13q13.3 ve 13q14 lokuslarını içeren bölge tam olarakdışlanabildi. 18q21.32 lokusu üzerinde 200.000 baz büyüklüğündeki bir bölgedışlanamadı. 13q21.3 ve 13q22 lokuslarını içeren bölge SNP markerlarıaçısından ailedeki yüksek homozigotluk nedeniyle dışlanamadı. 7p14.1lokusunda 9 Mb'lık bir bölgenin ise tüm aile bireylerinde ortak olarakkalıtıldığı saptandı. 7p14.1 bölgesi, aile bireylerinde gözlenen kalıtım vecrossing-over paterni dikkate alındığında, ailede şaşılığın kalıtımındansorumlu olan en muhtemel bölge olarak görülmektedir. Bu bölge literatürde 7.kromozom üzerinde bildirilen bölgelerden farklı bir yerdedir. Bu yeni birlokustur. Çalışma gerek analize alınan kromozom bölgeleri açısından,gerekse kritik rekombinasyonların tam olarak gözlenebildiği üç kuşağauygulanabilirliği açısından şaşılık alanında bir ilki gerçekleştirmiştir.

Abstract:
A family of 3 generations with known genome wide analysis was studied. Thefamily had 31 members of which 17 members had exotropia and 3 membershad intermittant exotropia. Detailed haplotype analysis of four regions on 3chromosomes (7, 13, 18) which had positive lod scores in prior studies wereobtained. The assumed pattern of inheritance was autosomal dominantinheritance with incomplete penetrance. The marker results on all threechromosomes were transferred to excel software. The chromosome regionswhich had positive LOD scores were identified on the physical map using theVIGENOS computer software. One of the sick children who was selectedrandomly was compared with the mother and father to determine the allelesand create the haplotype. The other children were compared to this child todetect whether they shared the same alleles or not. Following haplotypeanalysis, the region which included 13q13.3, 13q14.1, 13q14.2 and 13q14.3loci was excluded. The region which had 200.000 base on 18q21.32 couldnot be excluded. Two loci at 13q21.3 and 13q22 could not be excludedbecause of the high homozigocity for SNP markers. The region which had 9megabase on 7p14.1 was common to all family members. The 7p14.1 locusidentified in this study is a novel site and different from the regions onchromosome 7 which were reported in prior studies. To our knowledge this isthe initial study demonstrating the presence of critical recombinations acrossthree generations.