4-[(3-Substitue-5-okso-1,5-dihidro-4H-1,2,4-triazol-4-il)iminometil]-fenil benzoatların Kuantum Kimyasal ve Moleküler Docking Çalışmaları
Quantum Chemical and Molecular Docking Studies of 4-[(3-Substitute-5-oxo-1,5-dihydro-4H-1,2,4-triazol-4-yl)iminomethyl]-phenyl benzoates
Yazar: YASEMİN BAĞIŞ
Danışman: DOÇ. DR. MURAT BEYTUR
Kafkas Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Kimya = Chemistry
Dizin: Schiff bazları = Schiff bases

Özet:
Yapılan tez çalışmasında, literatürde kayıtlı dokuz farklı 4-[(3-substitue-5-okso-1,5-dihidro-4H-1,2,4-triazol-4-il) iminometil]-fenil benzoat bileşiklerinin in silico kuantum kimyasal ve moleküler Docking çalışmaları incelenmiştir. Teorik olarak yapıları incelenen 4-[(3-substitue-5-okso-1,5-dihidro-4H-1,2,4-triazol-4-il) iminometil]-fenil benzoat bileşikleri öncelikle, moleküler mekanik, yarı-deneysel ve ab-initio metotlarını kapsayan, birçok temel set ve teori türleri olan Gaussian 09W paket programı kullanılarak Becke'nin üç parametreli Perdew-Wang (PW91) enerji fonksiyoneli (B3PW91) ve 6-311G(d.p) polarize temel seti yardımıyla optimizasyonu yapılmıştır. Optimize edilen literatürde kayıtlı dokuz bileşiğin elektronik özellikleri (elektron ilgisi, İyonlaşma potansiyeli, elektronegatiflik, kimyasal potansiyel, elektrofilik indeks, Nükleofilik indeks, moleküler yumuşaklık ve moleküler sertlik) hesaplanan en yüksek dolu moleküler orbital enerjileri (HOMO) ve en düşük boş moleküler orbital enerjilerinin (LUMO) belirlenmesiyle hesaplanmıştır. Teorik olarak incelenen bileşiklerin görselleri GaussView çizim programı kullanılarak elde edilmiştir.

Ayrıca, Schiff bazı türevli bileşiklerin absorpsiyon, dağılım, metabolizma, atılım ve toksisite parametreleri (ADMET) olası ilaç özelliklerinin belirlenmesi amacıyla bilgisayar destekli program aracılığıyla incelenmiştir. Son olarak, Asetilkolinesteraz (AChE), Bütirilkolinesteraz (BChE) ve Glutatyon S-transferaz (GST) enzimleri ile Schiff bazı türevli bileşiklerin bağlanma mekanizmasını gösteren moleküler docking çalışmaları yapılmıştır.

Abstract:
In the conducted thesis study, in silico quantum chemical and molecular docking investigations of nine different 4-[(3-substituted-5-oxo-1,5-dihydro-4H-1,2,4-triazol-4-yl)imino methyl]-phenyl benzoate compounds recorded in the literature were examined. The theoretically investigated structures of 4-[(3-substituted-5-oxo-1,5-dihydro-4H-1,2,4-triazol-4-yl)imino methyl]-phenyl benzoate compounds were first optimized using the Gaussian 09W package program, which encompasses molecular mechanics, semi-empirical, and ab initio methods, with various basis sets and theory types, utilizing the Becke's three-parameter Perdew-Wang (PW91) energy functional (B3PW91) and 6-311G(d,p) polarized basis set. The electronic properties of the optimized nine compounds registered in the literature were calculated, including highest occupied molecular orbital (HOMO) and lowest unoccupied molecular orbital (LUMO) energies. The visuals of the theoretically investigated compounds were obtained using the Gauss View drawing program.

Additionally, Schiff-based derivative compounds were examined through computer-aided programs to determine absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity parameters (ADMET) for potential drug properties. Lastly, molecular docking studies were conducted to show the binding mechanism of Schiff-based derivative compounds with Acetylcholinesterase (AChE), Butyrylcholinesterase (BChE), and Glutathione S-transferase (GST) enzymes.