Urtica dioica l. tıbbi bitkisinden elde edilen ekstraktlarla 3T3-L1 fare hücre hattında obezite ve obezite kaynaklı meme kanseriyle ilişkili ın vitro ve ın silico analizler
In vitro and in silico analyzes related to obesity and obesity-assisted breast cancer in 3T3-L1 mouse cell line with extracts from Urtica dioica L. medicinal plant
Yazar: AYLA EREN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FİLİZ ALTAN ; DOÇ. DR. MEHMET VAROL
Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Meme kanseri =   ; Obezite = Obesity

Özet:
Obezite, alınan enerjinin verilen enerjiden fazla olması durumunda vücutta aşırı yağ depolanması ile sonuçlanan ve buna bağlı olarak beraberinde tip 2 diyabet, insülin direnci, kardiyovasküler hastalıklar ve kanser de dahil olmak üzere birçok kronik hastalık riski ile seyreden sağlık sorunudur. Obezite durumunda oluşan mikroçevredeki değişimler meme kanseri riskini artırmaktadır ve obezitedeki artış meme kanseriyle pozitif bir korelasyon içinde oluşum seyretmektedir. Obezite prevelansı ülkemizde ve dünyada giderek artış göstermekte ve bu durum araştırıcıları alternatif tedavi yolları bulmaya yöneltmektedir. Bu alternatif tedavi yollarını büyük oranda tıbbi bitkiler oluşturmaktadır. Urtica dioica L. eski çağlardan beri tıbbi olarak değerli kabul edilen bir bitkidir. Bitkinin içerisinde bulunan etken bileşenler sayesinde anti-inflamatuar ve anti-kanser özelliğinden dolayı literatürde birçok çalışmada yer almaktadır. Bu çalışmada Urtica dioica'nın 3T3-L1 adiposit hücrelerine etkisini gözlemlemek amacıyla farklı dozlarda ve farklı saat aralıklarında bitki ekstraktı uygulanan 3T3-L1 adipositlerive LPS ile indüklenen kontrol grupları kullanılmıştır. LPS inflamasyonun artışını tetikleyen bir etken olarak kullanılmıştır. Transkripsiyonel düzeyde regülasyonu incelemek üzere tüm gruplardan RNA elde edilmiş daha sonra RNA'ların cDNA'ya dönüştürülüp meme kanseri, inflamasyon ve obeziteyle bağlantılı olduğu bilinen ve NCBI üzerinden tasarladığımız BRCA-1, BRCA-2, Her-2, TNF-α, IL-6, IL-2, MCP-1, DGAT, Fasn, LPL primerlerinin transkripsiyonel ekspresyonu incelenmiştir. Analiz etmek için qPCR kullanılmıştır ve genlerin ekspresyonunun normalize edilmesi housekeeping gen olan 18S ile sağlanmıştır. Çalışma sonucunda BRCA-1 BRCA-2, LPL, Fasn, MCP-1 ve DGAT-1 genlerinin ekspresyonlarında azalma gözlemlenmiş ve bu değişimler istatistiksel (güven aralığı %95, %99) olarak anlamlı bulunmuştur. Ardından literatürden bitkinin ethanolde çözünen etken bileşenleri bulunumuştur. Bu etken bileşenlerin pubchem kullanılarak ligandlar hazırlanmıştır. Anlamlı bulunan genlerin translasyonları PDBQT dosya formatında kaydedilmiştir. Ligand ve proteinlerin moleküler doking işlemi gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
Obesity, It is a health problem that results in excessive fat storage in the body if the energy taken is more than the energy given, and accordingly, it is a health problem that progresses with the risk of many chronic diseases, including type 2 diabetes, insulin resistance, cardiovascular diseases and cancer. Changes in the microenvironment in obesity increase the risk of breast cancer, and the increase in obesity is in a positive correlation with breast cancer. The prevalence of obesity is increasing in our country and in the world, and in this case, it leads researchers to find alternative treatment methods. These alternative treatment methods are largely composed of medicinal plants. Urtica dioica L. is a plant that has been considered medicinally valuable since ancient times. Thanks to the active components in the plant, it is included in many studies in the literature due to its anti-inflammatory and anti-cancer properties. In this study, 3T3-L1 adipocytes and LPS-induced control groups were used to observe the effect of Urtica dioica on 3T3-L1 adipocyte cells. LPS has been used as a factor that triggers increased inflammation. In order to examine the regulation at the transcriptional level, RNA was obtained from all groups, and then the RNAs were converted to cDNA and BRCA-1, BRCA-2, Her-2, TNF-α, IL- 6, Transcriptional expression of IL-2, MCP-1, DGAT-1, Fasn, LPL primers was examined. qPCR was used for analysis and normalization of the expression of the genes provided 18S, the housekeeping gene. As a result of the study, a decrease in the expressions of BRCA-1 BRCA-2, LPL and Fasn, MCP-1, DGAT-1 genes was observed and these changes were found to be statistically significant. Then, the active components of the plant dissolved in ethanol were found from the literature. Ligands were prepared using these active ingredients from Pubchem. The proteins of the genes we found significant were found in PDBQT format. Molecular docking of ligands and proteins was performed.