Siirt fıstığı (Pistacia vera L.) fidanlarında RAPD-SCAR tekniği ile cinsiyet tayini
Gender determination of Siirt pistachio (Pistacia vera L.) saplings by RAPD-SCAR technique
Yazar: NACİ SEZGİN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ YUSUF ERSALI ; DOÇ. DR. BEHCET İNAL
Hakkari Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Cinsiyet analizi = Gender analysis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; RAPD = RAPD ; Siirt fıstığı = Siirt pistachio

Özet:
Pistacia cinsi Kuzey Afrika, Orta Doğu, Akdenizin Güney Avrupa Bölgesi, Batı ve Orta Asya'nın eğimli, taşlı veya kayalık arazileri ile kurak, yarı- kurak bölgelerinde yaygın olarak yayılış göstermektedir. Bu cinsin üyeleri doğada iki evcikli olarak yaşarlar. Antep fıstığı türlerinde cinsiyet tespitinin uzun süren (5-10 yıl) gençlik kısırlığı döneminin bilinmemesi, mahsul üretimini ve ekonomik kazançları geciktirmesi nedeniyle Antep fıstığı üreticileri için ekonomik açıdan önemlidir. Bu türün gençlik kısırlığı döneminde cinsiyetini belirlemenin güvenilir yöntemlerinden birisi DNA temelli moleküler belirteç tekniklerini kullanmaktır. Bu amaçla çalışmamızda, dört farklı primer (OPL11, BC156, BC360 ve OPAK09) kullanılarak rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA (RAPD) tekniği uygulanmıştır. Ancak bu primerlerden sadece OPL11 primeri Siirt fıstığı dişi bireylerinde yaklaşık 261 baz çifti boyutunda tekrarlanabilir farklı bantlar üretmiş ve Siirt fıstığı erkek bireylerinde ise üretmemiştir. Dişi bireylerden elde edilen bu farklı DNA parçacıkları saflaştırılarak pGEM-T Easy vektörüne yerleştirilmiştir. Vektör,  DH5α Escherichia coli kompetant bakterisine aktarılarak DNA parçacığı klonlanmıştır.  Klonlama ürünlerinden dizisi karakterize edilen çoğaltılmış bölgeler (SCAR) tekniği ile uygun primer tasarlanmıştır. Söz konusu primer ile dişi ve erkek bireylerde yapılan polimeraz zincir reaksiyonunda (PCR) sadece dişi bireylerde beklenen bant uzunluğunda (261 bç) bantlar oluşturmuştur. Daha sonra 16 adet Pistacia vera L. cv. Siirt fidanında ALT primeri ile yapılan PCR çalışmasında bazı bireylerde beklenen bant uzunluğuna (261 bç) sahip bantlar oluştuğu ancak bazı bireylerde de ise hiç bant oluşmadığı tespit edilmiştir.

Abstract:
Pistacia genus is widely distributed on sloped, stony or rocky land and arid- semi arid regions of Northern Africa, Meddle East, Mediterranean of Southern Europe, West and Central Asia. The member of this genus is dioecious plant in the nature. Gender identification in Pistacia species is economically important for pistachio producers because its long juvenile period delay crop production and gains. Since there is not any easy method to identify gender at juvenile period of this plant, the methods of molecular markers are expected to enable method that helps in gender identification at juvenile stage. Fragments that were obtained from randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) were cloned and improved firmly distinguishing sequence-characterized amplified region (SCAR) markers. In current study, four primers (OPL11, BC156, BC360 and OPAK09) tested but only the OPL11 primer formed reproducible band (about 261 bp) in female pistachios. The distinguishing RAPD band of OPL11 primer was purified from gel then cloned and sequenced for female pistachios. The specific primers were synthesized for amplification of about 261 bp fragment in female pistachio plants. The designed SCAR markers were conducted to female male and saplings of pistachio plant but the specific bands with expected sizes were found only in female and some saplings of pistachio plants.