Ege bölgesinde yetişen Tricholoma cinsine ait bazı mantar örneklerinden dna izolasyonu, aday barkod genlerinin pcr optimizasyonu ve gen sekans analizi
Dna isolation, pcr optimization for candidate barcode genes and gene sequence analyzes of some of the macrogungi samples belonging to Tricholoma genus collected from the aegean region
Yazar: GÖKÇE HAS
Danışman: YRD. DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL
Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Bilim ve Teknoloji = Science and Technology ; Biyoloji = Biology

Özet:
Mantarlar, biyolojik zenginliklerimizden biri olduğu gibi ekosisteminde önemli bir parçasıdır. Doğada birçok habitat çeşitinde karşımıza çıkmakta ve diğer canlıların oluşturduğu organik bileşikler ile beslenmektedir. Bu nedenle doğada saprob, parazit ve mikorizal olarak yetişmektedir. Mantarlar, bu zamana kadar faydalı ve zararlı birçok yönleriyle bilim insanlarının dikkatini çekmiştir. Ancak sadece makroskobik, mikroskobik ve ekolojik özellikler değerlendirilerek yapılan taksonomik sınıflandırmalar, bazı mantar türlerinin teşhisinde güvenilir sonuçlar sunmamaktadır. Bu nedenle aynı taksona ait iki tür, farklı araştırmacılar tarafından farklı isimlendirilebildiği gibi farklı iki türe aynı isim verilebilmektedir. Bu karışıklığın giderilebilmesi için türlerin tanımlanmasında ve akrabalık ilişkilerinin belirlenmesinde moleküler analizler yapılmalıdır ve yapılmaktadır.
DNA barkod teknolojisi, bu anlamda önemli bir moleküler teşhis yaklaşımıdır. Bu teknolojide bir örnekten elde edilen kısa DNA dizilerinin, veritabanlarındaki DNA dizileri ile karşılaştırılması sonucu tür veya cins teşhisi yapılmaktadır. Özellikle son yıllarda yapılan birçok taksonomik çalışmada, klasik sınıflandırma ve moleküler analizler birlikte kullanılmaktadır. Bu çalışmada, Ege bölgesinde yetişen bazı Tricholoma cinsine ait örnekler kullanılmıştır. Yapılan araştırmalar sonucunda, Tricholoma'nın birçok bilim insanı tarafından farklı tanımlanabilen karmaşık bir cins olduğu görülmüştür. Bundan dolayı, morfolojik verilerin ve ITS gen dizilerinin analizi ile tür teşhisinden emin olunan 20 adet Tricholoma örneği kullanılarak, dört adet barkod geni üzerinde çalışmalar yapılmıştır. Bu örnekler için, genomik DNA izolasyonları, barkod aday genleri olan EF-1α, mt-ssu, RPB1 ve Cox-3 gen bölgelerinin PCR optimizasyonları ve gen sekans analizleri gerçekleştirilmiştir. Toplamda, 16 adet Tricholoma örneğinin mitokondriyal küçük altbirim ribozomal DNA (mt-ssu) ve 16 adet translasyon uzama faktörü 1 alfa (EF-1α) gen dizileri başarıyla elde edilmiştir. 
Yapılan bu tez çalışması ile T. bonii, T. focale ve T. cedretorum türlerine ait mt-ssu gen dizileri ve T. bonii, T. triste, T. frondosae ve T. saponaceum türlerine ait EF-1α gen dizileri ilk kez veritabanlarına kazandırılmıştır. Elde edilen barkod sekanslarının tür teşhisinde kullanılabilme durumları, filogenetik analizlerle desteklenerek tartışılmış ve alanındaki bir boşluğu doldurmak üzere bilim dünyasına sunulmuştur.

Abstract:
Mushrooms, being one of our biological richness, possess a significant part in the ecosystem. These organisms are found in numerous habitat types in nature and consume the organic compounds originated by other living things, hence living as saprobes, parasites, and mycorrhiza. Mushrooms have attracted the attention of scientists in many aspects including their beneficial and harmful properties. Taxonomic classifications conducted by evaluating only macroscopic, microscopic and ecological features do sometimes not provide reliable results in the identification of some fungal species. Due to this reason, indeed, two specimens belonging to the same taxa can incorrectly be named differently by different researchers or two different species can be given the same name. In order to resolve this confusion, molecular analyzes should be and are carried out to identify the species and determine the phylogenetic relationships.
DNA barcode technology in that regard is an important molecular diagnostic approach. In this technology, species or genus identification are done as a result of comparing the short DNA sequences obtained from a sample with the corresponding DNA sequences deposited in the databases. Classical identifications and molecular analyzes are concurrently used especially in recent years in many taxonomic studies.
In this study, some samples of Tricholoma genus collected from the Aegean region were used. As a result of the studies, it was interpreted that Tricholoma is a complex genus, in that the species can at times be identified falsely by different scientists. Therefore, the studies were performed on twenty Tricholoma samples, for which species identification was confirmed by both morphological data and ITS gene sequences, in order to conduct analyzes on four barcode genes. For these samples, genomic DNA isolations, PCR optimizations and gene sequence analyzes of the barcode candidate genes EF-1α, mt-ssu, RPB1 and Cox-3 gene regions were performed. In the end, the gene sequences of 16 mitochondrial small subunit ribosomal DNA (mt-ssu) and 16 translational elongation factor 1 alpha (EF-1α) were successfully obtained from the Tricholoma specimens.
As a result of this thesis study, mt-ssu gene sequences belonging to T. bonii, T. focale and T. cedretorum species and EF-1α gene sequences belonging to T. bonii, T. triste, T. frondosae and T. saponaceum species were introduced to the databases for the first time. The possibility of the obtained barcode sequences to be used in species identification has been discussed with the aid of the phylogenetic analyzes and the results were presented to the literature with the goal of filling a gap in the field.