Pseudomonas aerugınosa izolatlarında virulans genlerinin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile tespiti ve yüksek riskli klonların matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi yöntemi (MALDI-TOF MS) ile araştırılması
Detection of virulance genes in pseudomonas aeruginosa isolates by polymeraze chain reaction (PCR) and matrix assisted laser desorption/ionization time of flight, mass spectrometry (MALDI-TOF MS) of high risk clones
Yazar: GÜLŞAH KARACAN TEMÜR
Danışman: DOÇ. DR. YELİZ TANRIVERDİ ÇAYCI
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genler = Genes ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; Virülans faktörleri = Virulence factors ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: Pseudomonas aeruginosa, nonfermentatif Gram negatif
basildir. P. aeruginosa patogenezinde, birçok virülans faktörü rol oynamaktadır. Bu
çalışmada P.aeruginosa çoklu ilaç direnci ile birlikte artmış salgın yapma
potansiyeli olan yüksek riskli klonları olarak adlandırılan ST111, ST175, ST235,
ST253, ST395'in MALDI-TOF MS yöntemi ile erken tespiti ve P. aeruginosa
virulans faktörlerinin üretiminde rol alan genlerin PZR ile araştırılması
amaçlanmıştır.
GEREÇ VE YÖNTEM: Ondokuz Mayıs Üniversitesi Hastanesi Tıbbi
Mikrobiyoloji laboratuvarına 01.01.2021-07.06.2022 tarihleri arasında çeşitli
kliniklerden gönderilen örneklerden izole edilen P. aeruginosa izolatları (n:100)
kullanılmıştır. P. aeruginosa izolatlarında, toxA tespiti için uniplex; algD, plcN,
lasB, plcH tespiti için multiplex PZR yapılmıştır.Yüksek riskli klonlara özgü
piklerin araştırılması, MALDI-TOF MS yöntemiyle, Vitek- MS (Biomeriux,
France) kullanılarak yapılmıştır.
BULGULAR: PZR işlemi sonuçlarında ToxA %89, LasB %99, PlcH %98, PlcN
%100 ve AlgD %100 oranında pozitif olarak saptanmıştır. MALDI-TOF MS ile
yüksek riskli klonlarının varlığı değerlendirildiğinde en sık saptanan yüksek riskli
klon ST111 (%49) olup bunu, ST253 (%7), ST175 (%6) takip etmektedir. ST235
ile ST395 klonları ise çalışmamızda saptanmamıştır.
TARTIŞMA VE SONUÇ: Virulans faktörleri hem yüksek riskli klonlarda hem de
diğer suşlarda yüksek oranlarda tespit edilmiş olup, yüksek riskli klonlar ile
virulans faktörleri arasında anlamlı bir ilişki tespit edilmemiştir. Bu ilişkiyi
değerlendirmek için daha ileri moleküler çalışmaların yapılmasına ihtiyaç olduğu
düşünülmektedir. Yüksek riskli klonların erken tespiti ve uygun antimikrobiyal
tedavi gibi stratejik tedavi seçeneklerinin geliştirilebilmesi yüksek riskli klonların
dünya çapında yayılımını engellemeye yardımcı olacaktır.
ANAHTAR KELİMELER: Virulans faktörleri, Yüksek riskli klon, MALDI-TOF
MS.

Abstract:
OBJECTİVE: Pseudomonas aeruginosa is a nonfermentative Gram negative
bacillus. Many virulence factors play a role in the pathogenesis of P. aeruginosa. In
this study, early detection of ST111, ST175, ST235, ST253, ST395, which are high-
risk clones with increased epidemic potential with P.aeruginosa by MALDI-TOF
MS method and It was aimed to investigate the genes involved in the production of
virulence factors by PCR.
MATERİALS AND METHODS: P. aeruginosa isolates (n:100) isolated from
samples sent from various clinics to Ondokuz Mayıs University Hospital Medical
Microbiology laboratory between 01.01.2021 and 07.06.2022 were used. Uniplex
PCR for toxA; multiplex PCR was performed for the detection of algD, plcN, lasB,
plcH. Investigation of peaks specific to high-risk clones was performed using
MALDI-TOF MS method using Vitek-MS (Biomeriux, France).
RESULTS: In the PCR results, ToxA 89%, LasB 99%, PlcH 98%, PlcN 100% and
AlgD 100% were positive. When the presence of high-risk clones was evaluated with
MALDI-TOF MS, the most frequently detected high-risk clone was ST111 (49%),
followed by ST253 (7%) and ST175 (6%). ST235 and ST395 clones were not
detected in our study.
CONCLUSİON: Virulence factors were detected at high rates in both high-risk
clones and other strains, and no significant relationship was found between high-risk
clones and virulence factors. It is thought that further molecular studies are needed to
evaluate this relationship. Early detection and appropriate antimicrobial therapy will
help prevent the worldwide spread of high-risk clones.
KEYWORDS: Virulance factors, High-risk clones, MALDI-TOF MS.