Ekstraintestinel enfeksiyonlardan izole edilen ve virulans faktörleri tanımlanan E.coli suşlarının filogenetik ilişkilerinin tespitinde rapd yönteminin önemi
Significance of rapd method for the detection of filogenetic relation between virulance factors identified  E.coli strains  isolated from extraintestinal infections
Yazar: BAŞAK BEDİR
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Bakteri toksinleri = Bacterial toxins ; Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Gastrointestinal mikrobiyom = Gastrointestinal microbiome ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Kalın bağırsak =   ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Toksinler = Toxins

Özet:
İntestinal ekosistemin kommensal üyesi olmakla birlikte her türlü çevre şartına karşı yüksek rekombinasyon-mutasyon yeteneği ile büyük bir uyum gösteren E. coli suşları, yüksek GC oranına sahip olmakla birlikte ilginç şekilde genomik plastisite özelliğine sahiptir. Diğer taraftan bu özelliklerinin yanı sıra klasik besiyerlerinde hızlı üreme yeteneğini koruyan E. coli, prokaryotlardaki spontan DNA transfer olaylarının açıklanması için iyi bir modeldir. Genomda kodlanan yapısal genlerin yanı sıra, patojenite adaları (PI), plazmidler, bakteriyofajlar ve transpozonlar gibi mobil genetik elemanlarda kodlanan, esasen mikroorganizmaların içinde bulundukları mikro çevre şartlarına uyum sağlamasında rol oynayan ancak bazen mikroorganizmaya farklı virülans özellikler de kazandıran proteinlerin kodlandığı, genlerin transferi ile kendilerinde olmayan yeni virülans özellikler de kazanabilirler.
İntestinal kaynaklı ExPEC suşlarının özel genotiplerin mutasyonu sonucumu oluştuğu yoksa rastgele mutasyonlarınmı ExPEC suşlarını oluşturduklarının bilinmesi bu suşların toplumdaki hareketlerinin izlenmesi ve enfeksiyon kontrol protokollerinin oluşturulabilmesine imkan sağlayacaktır. Bu amaçla yapılacak epidemiyolojik sürveyans da klinik ile ilişkisine dayalı patotipleme, fizyolojik özellikler, (MLEE) veya antibiyotik duyarlılık kalıplarının tespiti gibi düşük ayırım gücüne sahip fenotipik yöntemlerin yerine veya yanında genomdaki spesifik dizileri tanıyan nükleik asit amplifikasyon bazlı ve/veya restriksiyon enzimlerinin de kullanıldığı, filotipleme, PCR, PCR-RFLP, PFGE ve (MLST) gibi sekanslama yöntemlerine ihtiyaç bulunmaktadır.
 Bu çalışmada extra intestinal sistemden izole edilen ve bazı virülans genleri gösterilmiş ExPEC izolatlarının muhtemel klonal ilişkilerini tespit amacı ile, üç farklı kısa oligonükleotid dizisinin kullanıldığı RAPD ve XbaI-PFGE yöntemlerinin ayırım güçlerini tespiti amaçladık. Çalışmada farklı klinik örneklerden izole edilen 155 ExPEC suşu kullanılmıştır.

Anahtar Kelimeler:	ExPEC, CDT, CNF, PFGE ve RAPD

Abstract:
The importance of RAPD method in the investigation of filogenetic relation of E.coli strains isolated from Extraintestinal infections and virulence factors of which are determined. E. coli strains which are the commensal members of intestinal ecosystem and which are adapted to any environmental condition due to its great recombination mutation ability have not only high potential of GC but also an interesting genomic plasticity feature. In addition to these features, E. coli which can rapidly grow in classic medium is a good model accounting for DNA transfer cases. In fact, they may gain new virulence features which do no exist in them with the gene transfer in which proteins playing a role in the adaption of microorganism to any micro environment, yet providing microorganism with different virulence are coded. 
Whether intestinal ExPEC strains are developed as a result of special genotype mutation or random mutation developed ExPEC strains is of great importance for the tracking the signs of these strains in the society and for the infections control protocols. Thus instead of together of with fenotypic methods which have a low level of differenciation such as clinical patotypes, physiological features multilocus enzyme electrophoresis phylotypic, such methods as PCR, PCR-RFLP, PFGE and Multilocus Sequence Typing (MLST) sequencing which are based on nucleic acid amplification and can determine specific sequence and/or in which restriction enzymes are used are needed.
In this study; We aimed at investigating the determination power of RAPD and XbaI-PFGE in which three different short oligonucleotide sequences were used in order to determine the possible clonal relation ExPEC isoates some virulence genes of which were shown in the the strains isolated from extra intestinal system. In the study, 155 ExPEC strains isolated from various clinical samples were used. 

Key words ExPEC, CDT, CNF, PFGE and RAPD