Malign melanoma hücre hattı ve malign melanoma kanser kök hücre hattında asetilasyon mekanizmasının karşılaştırmalı incelenmesi
Comparative investigation of acetylation mechanism in malignant melanoma cell line and malignant melanoma cancer stem cell line
Yazar: MERVE ÖZDEMİR
Danışman: PROF. DR. HÜSEYİN AKTUĞ
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Histoloji ve Embriyoloji = Histology and Embryology
Dizin: Asetilasyon = Acetylation ; Gen ifadesi = Gene expression ; Hücre dizisi = Cell line ; Kök hücreler = Stem cells ; Melanom = Melanoma ; Neoplazm metastazları = Neoplasm metastasis ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Melanom, metastatik fazda artış gösteren ve kötü prognoz oluşturaran agresif bir tümördür. Sağlıklı kök hücrelerin kendi kendini yenileme, doku onarımı ve diferansiye olmasını düzenleyen epigenetik programların bozulmaktadır. Bozulan epigenetik mekanizma sonucunda hücrelerde küçük bir kanser alt kümeleri olan kanser kök hücreleri (KKH) oluşmaktadır. Melanomda artan tümör, malignitenin oluşumunda ve diğer dokulara yayılımında etkilidir. Malign melanom (MM), mortalitesi yüksek bir kanser türü olduğu için, KKH'nin genetik yapısında oluşturulabilecek değişiklikler hastalığın ilerleyişinde etkili olabilir. 
Çalışmamızda malign melanom hücre hattı (CHL-1) kullanılmıştır. Bu hücre hattından  izole ederek elde ettiğimiz malign melanom kanser kök hücre grubu (CD133+) ve kök hücre olmayan malign melanom hücre grubu (CD133-) kullanılmıştır. Hücreler 4, 6 ve 24. saatlerde fikse edilerek kullanılmıştır. Bu hücre hatlarında, histon asetilasyonu için P300, deasetilasyonu için HDAC9 proteinlerinin ekspresyon seviyeleri bakılmıştır. Hücre içi iskelet yapılarını incelemek için F-aktin proteini incelenmiştir. Hücrelerin migrasyon özelliklerini incelemek için Scratch assay (migrasyon) ve hücre bölünme hızı bakılmıştır. 
Hücreler 4. 6. ve 24. saatlerde sabitlenmiş ve protein ekspresyonları karşılaştırılmıştır. P300 protein seviyesi artan süre zarfında, CHL-1 ve CD133+ hücre grubunda neredeyse aynı seviyede eksprese olurken (p>0.05). CD133- hücre grubunda artan ekspresyon seviyesi görülmüştür (p>0.05). HDAC9 protein seviyesinde artan süre zarfında, CHL-1 ve CD133+ hücre grubunda istatistiksel bir azalma gözlenmiş olup (p<0.001), CD133- hücre grubunda artış göstermektedir (p<0.001). F-aktin protein seviyesinde ise tüm hücre gruplarında ekspresyon seviyesi artmış olup (p>0.05) en fazla artış CHL-1 de gözlenmiştir.
Bu çalışmadaki amacımız; malign melanom kanser  hücre grubu ve malign melanom kanser kök hücre grubunda, epigenetik açıdan önemli olan histon asetilasyon ve deasetilasyon mekanizmasında kullanılan HDAC9 ve P300 protein seviyelerini belirlemek ve arasında karşılaştırma yapmaktır. Aynı zamanda gruplar, hücre dinamiğinin farklarınının belirlenmesi için F-aktin hucre iskelet elemanı odaklı incelenmiştir.

Abstract:
Melanoma is an aggressive tumor that increases in the metastatic phase and has a poor prognosis. Epigenetic programs that regulate the self-renewal, tissue repair and differentiation of healthy stem cells are disrupted. As a result of the disrupted epigenetic mechanism, cancer stem cells (CSC's), a small cancer subset, are formed in the cells. Increasing tumor in melanoma is effective in the formation of malignancy and its spread to other tissues. Since malignant melanoma (MM) is a cancer type with a high mortality, changes in the genetic structure of CSC's may be effective in the progression of the disease.
The malignant melanoma cell line (CHL-1) was used in our study. Malignant melanoma cancer stem cell group (CD133+) and non-stem cell malignant melanoma cell group (CD133-), which we isolated from this cell line, were used. Cells were fixed at 4, 6 and 24 hours and used. In these cell lines, expression levels of P300 for histone acetylation and HDAC9 for deacetylation were examined. The F-actin protein was examined to examine the intracellular skeletal structures. Scratch assay (migration) and cell division rate were examined to examine the migration properties of cells.
Cells were fixed at 4, 6 and 24 hours and protein expressions were compared. P300 protein level was expressed almost at the same level in the CHL-1 and CD133+ cell group during the increasing time (p>0.05). An increased expression level was observed in the CD133- cell group (p>0.05). During the increased time in HDAC9 protein level, a statistical decrease was observed in the CHL-1 and CD133+ cell group (p<0.001), while it increased in the CD133- cell group (p<0.001). In the F-actin protein level, the expression level increased in all cell groups (p>0.05), and the highest increase was observed in CHL-1.
Our aim in this study; The aim of this study is to determine the HDAC9 and P300 protein levels used in the epigenetically important histone acetylation and deacetylation mechanism in the malignant melanoma cancer cell group and malignant melanoma cancer stem cell group and to make a comparison between them. At the same time, the groups were studied with a focus on the F-actin cytoskeleton element to determine the differences in cell dynamics.