Kan kültürü örneklerinden izole edilen candıda türlerinde antifungal duyarlılığın saptanmasında iki farklı ticari sistemin standart sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile karşılaştırılması
Comparison of two different commercial systems with the standard broth microdilusion method in determining antifungal susceptibility in candida species isolated from blood culture samples
Yazar: NİHAN YILDIZ
Danışman: DOÇ. DR. RIZA ADALETİ ; UZMAN DENİZ TURAN
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İstanbul Haydarpaşa Numune Eğt. ve Arş. Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Antifungal duyarlılık testleri = Antifungal sensitivity tests ; Kan kültürü = Blood culture ; Kandida = Candida ; İndikatör dilüsyon teknikleri = Indicator dilution techniques

Özet:
AMAÇ
Standart antifungal duyarlılık testi (AFDT) olan sıvı mikrodilüsyon (SMD) yönteminin uygulanması klinik laboratuvarlar için zaman alıcı ve uygulanması zordur. Günümüzde manuel, yarı otomatize ve otomatize yöntemler de dahil olmak üzere bulunan bazı yöntemlerin uygulanması daha kolay olup rutin kullanımda Candida spp., Cryptococcus türleri ve filamentöz mantarlara karşı in vitro antifungal ilaçları test etmek için kullanılan alternatif diğer yöntemler bulunmaktadır. Bu çalışmada piyasada bulunan iki farklı ticari yöntemin [SensititreYeastOne (TrekDiagnosticSystem, USA) ve Vitek-2 (bioMérieux,Fransa)] altın standart SMD yöntemiyle karşılaştırılması amaçlanmıştır.
GEREÇ VE YÖNTEM
	Çalışmamıza 01.01.2018-31.12.2018 tarihleri arasında İstanbul Kamu Hizmetleri Başkanlığı 2. hizmet bölgesinde bulunan hastanelerin çeşitli kliniklerinden  mikrobiyoloji laboratuvarlarına gönderilen kan kültürlerinden izole edilen 127 Candida suşu dahil edilmiştir. İzolatların tanımlanması matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi [MALDI TOF-MS (bio-Mérieux, France)],  AFDT  ise kolorimetrik mikrodilüsyon testi [SensititreYeastOne (TREK Diagnostic Systems Inc., Westlake, Ohio)], otomatize Vitek-2 (bioMérieux,Fransa) ve standart SMD testi ile merkez laboratuvarımızda yapılmıştır. 
Her üç yöntemin karşılaştırılması amacıyla yapılan değerlendirmede; veri analizi, Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri (ADT) için Amerikan gıda ve ilaç dairesi (USA Food and Drug Administration) klavuzuna göre yapılmıştır. Buna göre yöntemler arasında ADT'de, esansiyel uyum (EU), kategorik uyum (KU), mod, çok büyük hata (ÇBH), büyük hata (BH) ve küçük hata (KH) değerleri hesaplanmıştır.
BULGULAR
Her üç yöntemin verileri karşılaştırıldığında KU değerlendirilmesinde C.tropicalis'te posakonazol için %80 ve az sayıda izole edilen türleri de içeren toplam değerlendirmede KU posakonazol için %97.6 ve vorikonazol için %96.9 olarak saptanmıştır. Bunların dışında kalan izolatlarda tüm antifungaller için KU %100 olarak saptanmıştır. 
Her iki ticari yöntemde esansiyel uyum %17-100 arasında değişmektedir.  Buna göre C. albicans izolatlarının amfoterisin B ile EU'su hem YeastOne (%34) hem de Vitek-2 (%23) sistemi ile düşük saptanmıştır. Candida albicans izolatlarının vorikonazol için Vitek-2 (%17.1) yöntemi ile EU'su düşük saptanmıştır. Candida glabrata suşlarında özellikle azol grubunda 24. saat uyum oranları 48. saatlik uyum oranlarına göre daha düşük saptanmıştır.
SONUÇ
Kategorik uyum sonuçlarımıza göre, uygulanması ve yorumlanması daha kolay olan aynı zamanda daha kısa sürede sonuç veren bu iki ticari yöntemin standart SMD yöntemi ile uyumlu olduğu ve rutin laboratuvar işleyişinde kullanılabileceği düşünülmüştür. Bu ticari yöntemlerin maliyeti yüksek gibi görünmekle birlikte erken ve doğru antifungal tedavinin hasta sonuçları üzerine yapacağı etkiler ile, yoğun bakım yatış süresini kısaltmak gibi maliyet etkin olacağı düşünülmüştür.
ANAHTAR KELİMELER: Candida spp., antifungal duyarlılık testleri, sıvı mikrodilüsyon  yöntemi,  SensititreYeastOne,  Vitek-2

Abstract:
AİM
The application of the standard broth microdilution method, which is an antifungal susceptibility test, is time consuming and difficult for clinical laboratories. Nowadays some methods including manual, semi-automated and automated methods, are easier to apply, and there are other alternative methods used to test in vitro antifungal drugs against Candida spp., Cryptococcus spp., and filamentous fungi in routine use. In this study, it was aimed to compare two different commercial methods [SensititreYeastOne (Trek Diagnostic System, USA) and Vitek-2 (bioMérieux, France)] with the gold standard broth microdilution method.
MATERIALS AND METHODS
Blood cultures sent to microbiology laboratories from various clinics of hospitals in the 2nd service area of Istanbul Public Services Presidency between 01.01.2018 and 31.12.2018 were included in our study which were isolated 127 Candida strains. Identification of the isolates was done by Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight Mass Spectrometry [MALDI TOF-MS (bio-Mérieux, France)]. Antifungal susceptibility tests were performed in the laboratory with the colorimetric microdilution test [Sensitre YeastOne (TREK Diagnostic Systems Inc., Westlake, Ohio)], automated Vitek-2 (bioMérieux, France) and standard broth microdilution test.
In the evaluation made to compare all three methods; data analysis was performed according to the Food and Drug Administration guidelines for Antimicrobial Susceptibility Tests. According to this, essential agreement, categorical agreement, mode, very major error, major error and minor error were calculated.
RESULTS
The data of all three methods were compared, the categorical agreement was found to be 80% for posaconazole in C. tropicalis and 97.6% for posaconazole and 96.9% for voriconazole in the total evaluation including other less common species. The categorical agreement was 100% for all antifungals in isolates other than these.
Essential agreement varies between 17-100%. According to this, essential agreement of C. albicans isolates with amphotericin B was found to be low with both YeastOne (34%) and Vitek-2 (23%) systems.The essential agreement of C. albicans isolates with the Vitek-2 (17.1%) method for voriconazole was found to be low. In C. glabrata strains, especially in the azole group, the 24-hour agreement rates were lower than the 48-hour agreement rates.
CONCLUSION
	According to our categorical agreement results, it was thought that these two commercial methods, which are easier to apply and interpret, but also give results in a shorter time, are compatible with the standard broth microdilution method and can be used in routine laboratory work. Although the cost of these commercial methods seems to be high, it is thought that the effects of early and correct antifungal treatment on patient outcomes will be cost effective, such as shortening the duration of intensive care stay.
KEYWORDS: Candida spp., antifungal susceptibility tests, broth mikrodilution,  Sensititre YeastOne,  Vitek-2