Alkalen fosfataz düzeyi düşük olan ve klinik olarak hipofosfatazya düşünülen hastalarda alkalen fosfataz geni dizi analizi ile moleküler tanının araştırılması hipofosfatazya düşünülen hastalarda alkalen fosfataz geni dizi analizi ile moleküler tanının araştırılması
Investigation of molecular diagnosis by alkaline phosphatase gene sequence analysis in patients with low alkaline phosphatase levels and thought to be clinically hypophosphatasia
Yazar: MEHMET BİLAL ARACI
Danışman: PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY
Ege Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Alkalen fosfataz = Alkaline phosphatase ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Genler = Genes ; Hipofosfatazya = Hypophosphatasia

Özet:
AMAÇ: Bu çalışmada, serum alkalen fosfataz (ALP) değeri düşük olan ve klinik
olarak hipofosfatazya düşünülen olgularda moleküler tanının araştırılması amaçlanmıştır.
GEREÇ VE YÖNTEM: Ege Üniversitesi Hastanesi'nde Ocak 2104 – Eylül 2018
yılları arasında, serum alkalen fosfataz seviyeleri 40 U/L ve altında olan, 0-20 yaş arasındaki
olgular kaydedildi. Bu olguların hastanemizin elektronik hasta dosyasında kayıtlı tüm ALP
değerlerine bakıldı ve hastane kayıtları retrospektif olarak incelendi. Daha önceki tetkiklerinde
ALP değerleri normal ve yüksek olan hastalar dışlandı. Kayıtlar değerlendiğinde hipofosfatazya
dışında ALP düşüklüğüne neden olabilecek klinik tablosu, ilaç kullanımı gibi öyküsü olan
olgular çalışma listesinden çıkarıldı. Bu kriterlere göre dışlandıktan sonrası 273 kişi listeye
alındı. İkinci kez bu seçilen olgular değerlendirildi. Bu değerlendirme sonrası 147 olgu çalışma
listesinden çıkarıldı. Geriye kalan 126 olgu, hastane sistemimizdeki kayıtlı telefon numaraları
ile arandı. ALP düşüklüğüne neden olabilecek nedenler detaylı olarak anlatıldı ve kontrol
muayeneye çağrıldı. Çalışmaya 30 hasta alındı. Olguların kontrol bakılarında detaylı
anamnezleri not edildi, soy geçmişleri incelendi, fizik bakıları yapıldı. Kontrolde serum ALP
değerleri, serum kalsiyum, fosfor, idrar kalsiyum/kreatinin tetkükleri çalışıldı. Hipofosfatazya
kesin tanısı açısından ALPL geni dizi analizi incelendi.
BULGULAR: Çalışmaya alınan olan 30 olgunun ortanca yaş 20.35'ti (minimum:6.1,
maksimum 22.5). Çalışma grubundaki hastaların 3'ü erkek, 27'si kızdı. Beş olgunun dizi
analizinde 4 olguda heterozigot patojenik özellikte mutasyon ve 1 olguda tek allelinde delesyon
saptandı. Bu mutasyonlar; heterozigot missense c.657G>T (p.Met219Ile) mutasyonu,
heterozigot c.648+1G>A mutasyonu, heterozigot missense c.542C>T (p.Ser181Leu)
mutasyonu, heterozigot c.862+1G>C mutasyonuydu. Mutasyon/delesyon saptanan grup ile dizi
analizi normal olan grup anamnez, klinik özellikler ve laboratuvar bulguları açısından
karşılaştırıldı. Kontrolde bakılan ALP düzeyleri, mutasyon/delesyon saptanan grupta daha
düşüktü. Kontrol ALP değerleri mutasyon/delesyon grubunda 30 U/L (minimum:23U/L;
maksimum 45U/L), dizi analizi normal sonuçlanan grupta ise 41U/L'ydi (minimum:26U/L;
maksimum:194U/L). Mutasyon/delesyon saptananlarda ALP ortalamasının ortanca değeri 27
U/L (minimum 22.5 U/L; maksimum:39 U/L), diğer grupta ise 37.6 U/L'ydi (minimum:22,5
U/L; maksimum:113,5 U/L). Her iki grubun ALP düzeyleri ve ALP ortalamaları arasındaki fark
anlamlıydı(p:0.036;p.0.028). ACMG (Ameriacn College of Medicine Genetics and Genomics)
2015 kriterlerine göre patojenik mutasyon saptadığımız olguların birinde infantil dönemde 
iv
travmaya bağlı sağ kolda kırık öyküsü mevcuttu. Diğer olgumuzda (olgu 2) göğüs
deformitesinin varlığı göze çarpmaktaydı. Olgu 3'te ise çocukluk çağı döneminde başlamış
olan, fizik bakısında belirgin skolyozu farkedildi. Bu hastamızın kemik dansitometrisinde
kemik yoğunluğu azalmıştı. Olgu 5'te klinik bulgu olarak hipofosfatazya açısından anlamlı
olabilecek, infantil dönemde ortaya çıkan nöbetler, fizik bakısında boy kısalığı, genu valgus,
kemik yoğunluğunda belirgin azalma mevcuttu. Delesyon saptanan olgumuzda çocukluk
çağında 2 kez travmaya bağlı fraktür geliştiği öğrenildi. Fizik bakısında ise boy kısalığı dışında
patolojik bulgu yoktu.
SONUÇ: Çalışmamızda dizi analizinde mutasyon ve delesyon saptadığımız olgularda
ALP değerlerinin dizi analizi normal olarak sonuçlanan olgulara kıyasla daha düşük olduğu
görülmektedir. ALP sınır değerini daha düşük belirlememiz, diğer çalışmalara göre daha
yüksek sayıda dizi analizinde patojenik değişimleri olan olguları yakalamamızı sağlamıştır.
Hipofosfatazya ağır formundan hafif formuna kadar çeşitli klinik bulgu verebilir. İskelet sistemi
bulguları (kemik deformiteleri, boy kısalığı, sık fraktürler vb…) başta olmak üzere diğer
bulguları ile birlikte ALP düşüklüğü olan olgularda hipofosfatazya olabileceği aklımızdan
çıkarılmamalıdır.

Abstract:
OBJECTIVE: In this study, we aimed to investigate the molecular diagnosis of
patients with low alkaline phosphatase levels and who were thought to have hypophosphatasia
clinically.
MATERIAL AND METHODS: During a period from January 2104 to October 2018
at Ege University Hospital, patients with serum alkaline phosphatase levels less than 40 U / L
and aged 0-20 years were recorded.. We searched all ALP values recorded in the electronic
patient file of our hospital and hospital records. Patients who had normal and high ALP values
with previous tests were excluded.When the records were evaluated, cases with a history of
clinical situation and drug use, which could lead to decrease ALP levels other than
hypophosphatasia, were excluded from the study list. Following this exclusion, 273 people were
included in the study. The selected cases were evaluated for the second time. After this
evaluation, 147 cases were excluded. The remaining 126 cases were called with the registered
phone numbers in our hospital system. The causes of low ALP levels were explained in details
and they were called for control examination. Thirty patients were included in the study.
Detailed anamnesis of the cases, the family histories were noted, and we performed their
physical examinations. The family tree was drawn. Serum ALP levels were re-studied, and
serum calcium, phosphorus, urine calcium / creatinine levels were examined. For definite
diagnosis of hypophosphatasia, we performed ALPL gene sequence analysis from the blood
samples.
RESULTS: The median age of the 30 patients included in the study was 20.35
(minimum: 6.1, maximum 22.5). In the study group, 3 patients were male and 27 were female.
In five patients, heterozygous pathogenic mutations were detected in 4 cases and the single
allele deletion was detected in one case. These mutations were the heterozygous missense
c.657G>T (p.Met219Ile) mutation, heterozygous c.648 + 1G> A mutation, heterozygous
missense c.542C> T (p.Ser181Leu) mutation, heterozygous c.862 + 1G> C mutation. The group
with mutation / deletion group and the normal group analysis were compared with anamnesis,
clinical features and laboratory findings. Control ALP levels and mean ALP levels were lower
in the mutation / deletion group. Control ALP values were 30 U / L (minimum: 23U / L;
maximum 45 U / L) in the mutation / deletion group, and 41U / L (minimum: 26U / L;
maximum: 194U / L) in the group with normal sequence analysis. There was a significant
difference between ALP levels of both groups (p: 0.036). When the ALP mean values of the 
vi
cases were compared, the difference between the two groups was also significant (p: 0.028).
The median value of ALP was 27 U / L (minimum 22.5 U / L; maximum: 39 U / L) in the
mutation / deletion group and 37.6 U / L (minimum: 22.5 U / L; maximum: 113,5 U / L) in the
other group. In one of the cases with pathogenic mutation detected according to ACMG 2015
criteria, we found right arm fracture due to trauma in infantile period. In our other case (case
2), the presence of chest deformity was prominent. In case 3, significant scoliosis was detected
in childhood. In this patient, Z score was decreased in the bone densitometry. In case 5, there
were seizures occurring in infantile period, which could be significant for hypophosphatasia
and in the physical examination there were short stature, genu valgus, a significant decrease of
bone density. In our case, we learned the history fracture due to trauma for 2 times in childhood.
İn the physical examination we noted short stature.
CONCLUSION: In our study, compared with normal sequence analysed group,
mutation \ deletion detected group had lower ALP values. Compared to other studies ;our lower
ALP limit value helped us to detect more cases with pathogenic changes in sequence analyse.
Hypophosphatase may present a variety of clinical signs ranging from severe to mild. It should
be kept in mind that hypophosphatasia may be present in cases with skeletal system findings
(bone deformities, short stature, frequent fractures, etc.) and other symptoms as well as low
ALP.