İnvaziv örneklerden izole edilen klebsiella pneumoniae suşlarının aminoglikozid antibiyotiklere direncinin araştırılması
A research of aminoglycoside antibiotics resistance on klebsiella pneumoniae strains isolated from invasive samples
Yazar: TUĞÇE PULAT
Danışman: PROF. DR. NURVER ÜLGER
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Aminoglikozitler = Aminoglycosides ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Antibiyotikler-aminoglikozid = Antibiotics-aminoglycoside ; Klebsiella = Klebsiella ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Metiltransferaz = Methyltransferase ; Metiltransferaz = Methyltransferase ; Ribozomlar = Ribosomes ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Hastanemizde izole edilen invaziv Klebsiella pneumoniae izolatlarında aminoglikozid direncinden sorumlu mekanizmaları ortaya koymaktır.
Gereç ve Yöntem: Marmara Üniversitesi Hastanesi'nde Ocak-Aralık 2016 tarihleri arasında izole edilen 125 invaziv K. pneumoniae izolatı çalışmaya alınmıştır. VİTEK® 2 (BioMérieux, Fransa) ile amikasin veya gentamisinden en az birine dirençli saptanan 50 izolatta; amikasin, gentamisin, tobramisin, netilmisin, apramisin ve kanamisin minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK), standart sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlenmiştir. Elli izolatta ayrıca aminoglikozid modifikasyon enzimlerini kodlayan genler, aac(3)-II, aac(3)-I, aac(6')-Ib ve ant(2'')-I, PZR yöntemiyle araştırılmıştır. Yüksek düzey aminoglikozid direnci gösteren izolatlarda ayrıca ribozomal metiltransferazları (RMT) kodlayan genler, armA, rmtA, rmtB, rmtC, rmtD, rmtE, rmtF, rmtG, rmtH, npmA araştırılmıştır. 
Bulgular ve Sonuçlar: Çalışmamızda 125 K. pneumoniae izolatının %82'si amikasine, %64'ü gentamisine duyarlı bulunmuştur. Amikasin veya gentamisinden birine dirençli bulunan elli izolatta en sıklıkla rastlanan aminoglikozit modifikasyon genleri, aac(3)-II (%86) ve aac(6')-Ib (%78) olup bu genler izolatların %64'ünde birlikte saptanmıştır. Amikasin, gentamisin, tobramisin ve netilmisinin hepsine birden yüksek düzey dirençli bulunan 13 izolatta ise en sıklıkla rmtC ardından armA RMT genleri saptanmıştır. 
Anahtar Sözcükler: Aminoglikozid antibiyotik direnci, Klebsiella pneumoniae, Ribozomal metiltransferazlar, rmtC, armA

Abstract:
Aim: The aim of this study is to determine the aminoglycoside resistance mechanisms in invasive Klebsiella pneumoniae isolates in our Hospital.  
Material and Methods: A total of 125 invasive K. pneumoniae isolates collected in 2016 in Marmara Üniversitesi Hospital were included. In 50 out of 125 K. pneumoniae isolates exhibiting resistance to amikacin or gentamicin in VITEK® 2 (BioMérieux, France) were run to standard broth microdilution assay to determine amikacin, gentamicin, tobramycin, netilmicin, apramycin and kanamycin MICs. Aminoglycoside modifying enzyme genes, aac(3)-II, aac(3)-I, aac(6')-Ib and ant(2'')-I, were also investigated by PCR in 50 isolates. In addition the isolates presenting high level aminoglycoside resistance in broth microdilution test were run to PCR for detection of genes encoding ribosomal methyltransferases, armA, rmtA, rmtB, rmtC, rmtD, rmtE, rmtF, rmtG, rmtH, npmA. 
Results and Conclusion: In our study we found that 82% and 64% of total isolates (n:125) were susceptibile to amikacin and gentamicin, respectively. The most common aminoglycoside modifying enzyme genes were aac(3)-II (%86) and aac(6')-Ib (%78) in our collection. These two genes were found together in 64% of the isolates. High level aminoglycoside resistance was detected in 13 isoletes. rmtC and armA genes were found as responsible genetic determinants of high level resistance in these isolates.  
Keywords: Aminoglycoside resistance mechanisms, Klebsiella pneumoniae ribosomal methyltransferases, rmtC, armA