Ege bölgesinde virus nedenli arı hastalıklarının multipleks polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırılması
Investigation of virus-induced bee diseases in aegean region with multiplex polymerase chain reaction
Yazar: ABDURRAHMAN ANIL ÇAĞIRGAN
Danışman: PROF. DR. ZAFER YAZICI
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Arılar = Bees ; Bal arısı = Honey bee ; Ege bölgesi = Aegean region ; Filogeni = Phylogeny ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prevalans = Prevalence ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine ; Virüs hastalıkları = Virus diseases ; Virüsler = Viruses

Özet:
Amaç: Bu çalışmanın amacı yedi önemli arı virusuna karşı rutin teşhis laboratuvarlarında daha hızlı sonuç elde etmek için multipleks RT-PCR (mRT-PCR)  testinin geliştirilmesi ve bu testi kullanarak Ege Bölgesinde bu yedi virus kaynaklı arı viral hastalıklarının tespit edilmesidir.
Materyal ve Metot: 
Bu çalışmanın ilk aşamasında İsrail akut arı felci virusu (IAPV), Deforme kanat virusu (DWV), Sacbrood virusu (SBV), Akut arı felci virusu (ABPV), Siyah kraliçe hücre virusu (BQCV), Kaşmir arı virusu (KBV) ve Kronik arı felci virusu (CBPV) teşhisinde kullanılacak mRT-PCR metodu modifiye edilerek optimizasyonu gerçekleştirildi. İkinci aşamada Ege Bölgesi' nin yedi ilindeki arı işletmelerinden çok aşamalı metot kullanılarak toplanan örnekler yedi virusa karşı geliştirilen mRT-PCR ile test edildi ve pozitif bulunan numunelerin dizi ve filogenetik ağaç analizleri yapıldı.
Bulgular:
 Optimize edilen mRT-PCR metodu için log10 tabanlı seri dilüsyonlarda virus kopya sayısı 2500 kopya/µL olarak tespit edildi. Ege Bölgesinde örnekleme yapılan işletmelerde viral etkenlerin prevalansları DWV % 25.2, BQCV % 20.7, ABPV % 3.6, SBV % 2.7 ve CBPV % 1.8 olarak belirlendi. KBV ve IAPV ise tespit edilmedi. Filogenetik analiz sonucunda bazı genetik benzerlikler ve farklıların oluştuğu gözlemlendi.
Sonuç: Multipleks RT-PCR' ın yedi etkeni eş zamanlı olarak tespit etmesi ile ekonomik kazanç ve zaman kazandırdığı, aynı zamanda testin duyarlılığının yüksek olduğu ve rutin analizlerde de bu testin kullanılabileceği sonucuna varıldı. Geliştirilen bu test metodu ile Ege Bölgesi'nde 7 viral etkenin prevalansı belirlendi ve tespit edilen izolatların filogenetik analizi yapılarak akrabalık dereceleri incelendi.

Anahtar Kelimeler: mRT-PCR; Bal arısı virusları; Prevalans; Filogenetik

Abstract:
Objective: 
The aim of this study was to develop a multiplex RT-PCR (mRT-PCR) test to obtain faster results in routine diagnostic laboratories for seven important bee viruses and to determine these seven viral virus diseases in Aegean Region using this test.
Material and Method: In the first stage of this study, the multiplex RT-PCR method was modified and optimised to develop a fast diagnosis method for IAPV, DWV, SBV, ABPV, BQCV, KBV and CBPV. In second stage, the samples collected from apiaries in the seven provinces of the Aegean Region by choosing the Multi-Step Sampling Method were tested by using multiplex RT-PCR and sequencing and phylogenetic tree analysis of the positive samples were performed.
Results:
Virus copy numbers were detected to be 2500 copy/ µl when log10 serial dilutions were performed for the optimized mRT- PCR method. The prevalence rates of viral agents were found to be DWV (25.2%), BQCV (20.7%), ABPV (3.6%), SBV (2.7%) and CBPV (1.8%) in the Aegean Region. KBV and IAPV were not detected. Some genetic similarities and differences were observed at the end of phylogenetic analysis.
Conclusion:
 It is concluded that multiplex RT-PCR test can be used in routine analysis because this method has a high level of sensitivity and achieves economic gain and time due to detecting seven agents simultaneously. The prevalence of 7 viral agents was determined with this test method in Aegean Region and phylogenetic analysis was performed to determine the origin and relatedness of obtained isolates.

Key Words: mRT-PCR; Honey bee viruses; Prevalence; Phylogeny.