Hepatit C virüsünün Türkiye'de dağılımı ve NS5b, E1 ve 5'UTR bölgelerine göre filogenetik analiz ile genotiplerinin belirlenmesi
Molecular epidemiology and genotype distribution of hepatitis C virus of Turkey as reflected by phylogenetic analysis of the NS5b region, E1 region and 5'UTR region
Yazar: SALİHA GÖKÇE KABAKCI
Danışman: PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYI
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Genotip = Genotype

Özet:
Hepatit C Virüsünün Türkiye'de Dağılımı ve NS5B, E1 VE 5'UTR Bölgelerine Göre Filogenetik Analiz ile Genotiplerinin BelirlenmesiHepatit C virüs (HCV) enfeksiyonu hem dünyada hem de Türkiye'de en önemli karaciğer hastalıklarından biridir. HCV enfeksiyonunun süresi ve tedaviye verilen yanıt HCV genotipleri ile yakından ilişkilidir. Bu virüsün 6 genotipi arasından kötü prognozla ilişkili tip 1b Türkiye'de en baskın genotiptir. Bu çalışmada Türkiye'de HCV genotip ve subtiplerinin dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmaya Şubat 2007 ? Eylül 2010 tarihleri arasında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji bilim Dalı Polikliniği'ne başvuran HCV enfeksiyonu varlığı kanıtlanmış 500 hasta (274 kadın, 226 erkek; yaş ortalaması: 57,2 ± 11,1) dahil edilmiştir. Hastaların kantitatif HCV-RNA düzeyleri 103-107 kopya/ml arasında değişmektedir. Genotiplendirmede ?High Pure RNA Izolation Kit? ile izole edilen HCV-RNA'lardan elde edilen RNA'lardan cDNA elde edilmiş ve bölgeye özgü primerler (NS5B bölgesi için, E1 bölgesi için ve 5'UTR bölgesi için) kullanılarak RT-PZR ile edilen ürünler silika kullanılarak saflaştırılmış ?BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit? ile dizi analizi (ABI Prism 310 Genetic Analyzer) yapılmıştır. Bu çalışmada 500 hastanın HCV-RNA'sına ait NS5B bölgesine göre 450 hastada (%90) genotip 1b, 36 hastada (%7,2) genotip 1a, 3 hastada genotip 2a, 1 hastada ise genotip 4 saptanmıştır.E1 bölgesine göre; 468 hastada (%93,6) genotip 1b, 27 hastada (%5,4) genotip 1a, 1 hastada genotip 2a, 2 hastada genotip 4 ve 2 hastada da genotip 3a saptanmıştır.5'UTR bölgesine göre; 450 hastanın (%90) genotipi 1b, 43 hastanın (%8,6) genotipi 1a, 3 hastanın genotipi 2a, 2 hastanın genotipi 4a ve 2 hastanın genotipi 3a olarak belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Hepatit C Virüsü, HCV genotipleri, HCV-RNA

Abstract:
Molecular Epidemiology and Genotype Distribution of Hepatitis C Virus of Turkey as Reflected by Phylogenetic Analysis of the NS5B Region, E1 Region and 5?UTR RegionHepatitis C Virus (HCV) infection is one of the most important liver diseases in Turkey and worldwide. The duration of hepatitis C virus infection and the response to the standard therapy is strongly related to the HCV genotypes. Among the at least six well identified genotype of HCV, genotype 1b is the most prevalent one in Turkey, which is associated with poorer prognosis. The aim of this study was to investigate the distribution of HCV genotypes in Turkey. A total of 500 HCV-RNA positive patients (274 female, 226 male; mean age: 57,2 ± 11,1) who were admitted to Hepatology laboratory, department of Gastroenterology Ankara University Medical School between February 2007 ? September 2010, were included in the study. Quantitative HCV-RNA levels of the patients were between 103-107 copy/ml. HCV-RNAs were isolated using ?High Pure RNA Izolation Kit? and cDNA was obtained from HCV-RNAs using reverse transcription and genotyping was done by sequencing with suitable primers (for NS5B region, for E1 region and for 5?UTR region). The RT-PCR products were purified with silica and sequenced by?BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit?in ABI Prism 310 Genetic Analyzer. The phylogenetic analysis of NS5B region revealed that 450 (90%) of the patients were genotyped as 1b, 36 (72%) as genotype 1a, 3 as genotype 2a as genotype 4. The phylogenetic analysis based on the E1 region sequences showed that 468 (93,6%) of the patients were genotyped as 1b, 27 (5,4%) as genotype 1a, one as genotype 2a, 2 as genotype 4 and 2 as genotype 3a. While the same analysis with 5'UTR region revealed that 450 (90%) of the patients were genotyped as 1b, 43 (8,6%) of the patients were genotypes as 1a, 3 of the patients were genotypes as 2a, 2 as genotype 4 and 2 as genotyped 3a.Key Words: Hepatitis C virus, HCV genotypes, HCV-RNA