Akut gastroenteriti olan 5 yaş altı çocuklarda rotavirüs suşlarının PCR ile tiplendirilmesi ve belirlenen tiplerin klinik ağırlık derecesi ile ilişkisi
Typing of rotavirus strains by PCR in children with acute gastroenteritis under 5 years old and relations between genotypes and clinical severity scores
Yazar: ANIL AKTAŞ TAPISIZ
Danışman: PROF. DR. ÜLKER DOĞRU
Ankara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Çocuk Enfeksiyon Hastalıkları Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2010
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Gastroenterit = Gastroenteritis ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rotavirüs enfeksiyonları = Rotavirus infections ; Rotavirüsler = Rotaviruses ; Çocuk hastalıkları = Child diseases ; Çocuklar = Children

Özet:
Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirüs enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisini araştırmak, belirlenen rotavirüs tiplerinin klinik ağırlık derecesine etkisini belirlemek ve ülkemiz açısından sürveyans ve aşılama çalışmalarına ışık tutmak amacı ile planlanan bu çalışmaya RT-PCR ile G ya da P genotipi belirlenebilen 100 hasta dahil edildi. Rotavirüs gastroenteriti sıklığı %28.1 olup, olguların büyük çoğunluğu 24 ayın altındaki (n=68 %68) bebeklerden oluşuyordu. Rotavirüs enfeksiyonu tüm yıl boyunca görülmekle birlikte sonbahar ve kış aylarında pik yaptığı görüldü. G genotipleri içinde G9 tek başına 30 hastada, P genotipleri içinde de P[8] tek başına 55 örnekte (%55) pozitif olmak üzere en sık izole edilen genotipler oldu. G genotipleri arasında klinik skor puanları açısından anlamlı bir fark saptanmadı. Yüz örneğin 90'ında (%90) her iki G ve P tipleri belirlendi ve 34 farklı rotavirüs G/P kombinasyonu elde edildi. Çalışmamızda en baskın rotavirüs genotipi 19 hastada (%19) G9P[8] olup bunu 7'şer hastada (%7) G1P[8] ve G4P[6] izledi. G2P[4] genotipine hiçbir hastada rastlanmadı. Miks enfeksiyon oranı %26 olarak bulundu. Ülkemizde yapılan çalışmalarda daha önceden tespit edilmeyen G5, G8, P[10], HCR3, PGott ve PUK gibi genotipler tespit edildi. Bu çalışma ile ülkemizde son yıllarda rotavirüslerin genotipik dağılımında belirgin değişiklikler olduğu ortaya kondu. Rotavirüslerin sürekli değişen epidemiyolojisi göz önüne alındığında rotavirüs aşılarının Avrupa'da rotavirüse bağlı mortalitenin en yüksek olduğu ülkelerden biri olan Türkiye'de rutin aşı şemasına konulmasından önce epidemiyolojik çalışmaların devamlılığı çok önem taşımaktadır.Anahtar sözcükler: çocuklar, gastroenterit, genotip, rotavirüs, Türkiye

Abstract:
In this study, which was carried out to determine the molecular epidemiology of rotavirus infections in children with acute gastroenteritis, the effect of rotavirus type on clinical severity scores and highlight the surveillance and rotavirus vaccination strategies for our country, 100 patients were included who could be G or P typed by RT-PCR. The incidence of rotavirus gastroenteritis was 28.1%, most of the patients (n=68 %68) were consisted of children under 24 months old. Rotavirus infection was prevalent throughout the year with a peak incidence in autumn and winter. G9 among G genotypes and P[8] among P genotypes were the most frequent types which were positive in 30 patients (30%) and 55 patients (55%), respectively. There were no difference among G genotypes in terms of clinical score points. Both G and P types were detected in 90 of the 100 samples and 34 different combinations were found. G9P[8] was the most dominant rotavirus genotype detected in 19 patients (19%), followed by G1P[8] and G4P[6] each detected in 7 (7%) patients. No G2P[4] genotype was found. Level of mix infections were found to be 26%. G5, G8, P[10], HCR3, PGott ve PUK genotypes were also detected which were not detected in previous studies from our country. Distribution of rotavirus genotypes exhibited distinctive changes in this study. When the everchanging epidemiology of rotaviruses are taken into account, ongoing surveillance studies are important before the rotavirus vaccines become a part of national vaccination programme in Turkey, one of the countries where the highest mortality rates are seen due to rotavirus in Europe.Key words: children, gastroenteritis, genotype, rotavirus, Turkey