Sodyum florürün (NAF) böbrek hücre serilerindeki sitotoksik etkisinin araştırılması
The investigation of cytotoxic effect of sodium fluoride (NAF) in renal cell line
Yazar: FERİT URUT
Danışman: PROF. DR. SEMİHA DEDE
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Böbrek = Kidney ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Hücre dizisi = Cell line ; Hücre kültürü = Cell culture ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sitotoksisite = Cytotoxicity ; Sodyum florür = Sodium fluoride

Özet:
Bu çalışma, farklı dozlarda ve zamanlarda alınan hücre örneklerinde, NaF uygulanması ile belirli düzeylerde sitotoksisite oluştuğu belirlenen NRK-52 böbrek hücre serisinde, sitotoksisitenin meydana gelmesinde, apoptotik, otofajik ve nekrotik mekanizmaların olası rollerinin araştırılması amacıyla planlandı. Hücreler, in vitro koşullarda düzenli geçişlerde çoğaltıldı. NaF'nin IC50 değeri MTT ile belirlendi. Hücre numuneleri, hücrelerin IC50 değerlerine göre hazırlanan örneklerden 3, 12 ve 24 saat sonra alındı. Biyokimyasal analizler için, hücreler tripsinizasyon ile toplandı ve donma / çözme metodu ile lize edildi. MRNA manuel yöntemle izole edildi. Apoptotik, otofajik ve nekrotik genler için cDNA elde edildi ve hedef gen DNA, gerçek zamanlı PCR yöntemi ile amplifiye edildi. Bu seçilmiş genlerin ekspresyonu değerlendirilmiş ve NaF kaynaklı moleküler yollarda zamana bağlı olarak önemli değişiklikler tespit edilmiştir. Üçüncü saatte hücrelerin apoptotoik yolağı kullanarak apoptoza girdikleri, 12. saatteki ölümlerin tamamen otofajik yolak kaynaklı olduğu ve 24. saatte ise, otofajide duramayan hücrelerde nekrotik sinyal ve apoptozis yolaklarındaki genler vasıtasıyla, hücre ölümünün tamamlandığı tespit edildi. Sonuç olarak, NRK-52 böbrek hücre serisinde NaF bağımlı hücre ölümlerinde, moleküler mekanizmaların zamana bağlı olarak aktivite gösterdiği belirlendi. NaF eklendikten sonraki 3. Saatten itibaren sitotoksik etki mekanizmalrının harekete geçtiği ve 12 ve 24. Saatlerde farklı mekanizmaların hücre ölümlerini hızlandırdığı kanısına varıldı.

Anahtar kelimeler: NaF, böbrek, sitotoksisite, hücre kültürü

Abstract:
This study was planned to investigate the possible roles of apoptotic, autophagic and necrotic mechanisms for cytotoxicity by NaF administration in the NRK-52 renal cell line, at different doses and times. Cells were replicated in regular passages in vitro conditions. The IC50 value of NaF was determined with MTT. Cell samples were taken at 3, 12 and 24 hours from samples prepared according to the IC50 values of the cells. For biochemical assays, cells were harvested by trypsinization and lysed by freeze / thaw method. MRNA was isolated by manual method. cDNA was obtained for apoptotic, autophagic and necrotic genes and the target gene DNA was amplified by real time-PCR method. These selected genes' expression were evaluated and determined important changes of depends on time in NaF induced molecular pathways. Apoptosis was induced by using apoptotic pathway of cells at 3 h, complete death of autophagic pathway at At the 3rd hour, cells were seen to enter apoptosis using apoptosis. The 12th hour deaths were completely autophagic. At the 24th hour, cell death was found to be complete by means of genes in the necrotic signal and apoptosis pathways in non-autophagous cells. As a result, it was determined that the molecular mechanisms of the NRF-52 renal cell lineage showed activity in NaF dependent cell deaths. It was concluded that the mechanisms of cytotoxic action were activated from the 3rd hour after the addition of NaF and different mechanisms accelerated cell death at 12th and 24th hours.

Key words: NaF, kidney, cytotoxicity, cell culture