Adıyaman ilinden ve çevre illerden toplanan etlerde multiplex PCR kullanılarak Escherichia coli izolasyonu ve karakterizasyonu
Escherichia coli isolation and phenotypic characterization using multiplex PCR in meat samples collected from Adiyaman and surrounding provinces
Yazar: AZİZ CEM BAKIR
Danışman: DOÇ. DR. MUHSİN AYDIN
Adıyaman Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology ; Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli ; Filogenetik = Phylogenetic ; Genetik analiz = Genetic analysis ; Karakterizasyon = Characterization ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Dünya genelinde, kırmızı etlerde ve bu etlerin kullanıldığı gıda ürünlerinde en fazla besin zehirlenmesine sebebiyet veren patojenik bakteri Escherichia coli'dir. E. coli'nin en çok tercih ettiği konak canlının ruminantlar (geviş getirenler) olduğu bildirilmiştir. Bu çalışmada Adıyaman'da ve çevre illerde tüketime sunulan kırmızı (sığır, koyun, keçi, vb.) etlerde ve bu etlerin kullanıldığı gıda mamullerinde E. coli bakterisinin varlıklarının tespiti ve genotipik sınıflandırılması amaçlanmıştır. Bu amaç için E. coli klasik kültür yöntemleri kullanılarak izole edildi ve bakteriyi spesifik olarak tanımlayabilen ve tespit edilmesini sağlayan uspA genini amplifiye edebilen primerler kullanıldı. Bu sayede, PCR testi yardımıyla E. coli genetik materyalinin varlığını tespit edildi. Bu örnekler daha sonra altı set primer (6 F ve 6 R) kullanılarak PCR yardımıyla genotipik olarak karakterize edildi. Çalışmamız dahilinde dört farklı ilden toplam 45 (25 adet büyükbaş ve 20 adet küçükbaş) örnek toplandı. Toplanan bu örneklerde toplam 68 farklı koloni üremesine rastlanmış olup bu kolonilerin DNA'sı uspA gen varlığı tespiti için duplike olarak çalışıldı ve 63 adedi (%92,6) E. coli pozitif sonucu verdi. Bu çalışmanın sonuçlarına göre, uspA pozitif çıkan 63 örneğin, 22 adedi (%34,9) filogrup A, 9 adedi (%14,3) grup B1, 7 adedi (%11,1) grup B2, 3 adedi (%4,8) grup F, 5 adedi (%7,9) grup C, 2 adedi (%3,2) grup D, 2 adedi (%3,2) grup E, 13 adedi (%20,6) de U yani bilinmeyen filogrup olarak sınıflandırılmıştır.
Bilgilerimiz dâhilinde, ülkemizde bu tip besin hijyeni çalışmaları çok az sayıdadır. PCR yöntemi sayesinde patojenik bakteri erken varlık tespitlerinin, kontamine olmuş kırmızı et ve mamullerini tüketen şahısların erken uyarılması ile besin zehirlenmelerinin önüne geçilebileceği öngörülmekte olup halk sağlığının korunması amaçlanmaktadır.

Abstract:
Escherichia coli is a pathogenic bacterium that causes the most food poisoning in red meats and food products using these meats worldwide. It has been reported that the most preferred host organism of E. coli is ruminants. In this study, it was aimed to determine the presence of E. coli bacteria and to classify the genotypic of the red (cattle, sheep, goat, etc.) meats offered for consumption in Adıyaman and the surrounding provinces and in the food products in which these meats are used. For this purpose, E. coli was isolated using classical microbiological culture methods. Previously designed primers that could specifically identify and amplify the uspA gene were used. In this way, the presence of E. coli's genetic material was detected with the help of PCR test. These samples were then genotypically characterized by PCR using six sets of primers (6 F and 6 R). Within the scope of our study, a total of 45 (25 bovine and 20 ovine) samples were collected from four different provinces. A total of 68 different colonies were found in these collected samples, then their DNA were subjected to PCR (studied as duplicates) in order to determine the presence of uspA gene, and 63 (92.6%) of these colonies gave positive results for E. coli. According to the results of this study, of 63 samples that were positive for uspA classified as 22 (34.9%) phylogroup A, 9 (14.3%) group B1, 7 (11.1%) group B2, 3 (4%, 8) group F, 5 (7.9%) group C, 2 (3.2%) group D, 2 (3.2%) group E, 13 (20.6%) group U, unknown phylogroup.
To the best of our knowledge, the number of such food safety studies is low in our country. Thanks to the PCR method, it is predicted that the early presence of pathogenic bacteria can be detected, and food poisoning can be prevented by early warning of people consuming contaminated red meat and products. Therefore, by completing this study protection of the public health was aimed.