Kan kültürlerinden izole edilen genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten escherichia coli ve klebsiella spp. izolatlarında plazmid aracılı beta-laktamaz direnç genlerinin araştırılması
Investigation of plasmid-mediated beta-lactamase resistance genes among extended spectrum beta-lactamase (ESBL) producing escherichia coli and klebsiella spp. isolates from blood cultures
Yazar: DİLEK KOCABAŞ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. CELAL KURTULUŞ BURUK
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Kan kimyasal analizi = Blood chemical analysis ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Bakterilerde antibiyotiklere direnç gelişimi ile antibiyotik kullanımı arasında doğrudan bir ilişki vardır. Antibiyotiklerin bilinçsiz ve sık kullanımı nedeniyle son yıllarda antibiyotik direnci giderek artmakta ve bu tüm dünyada önemli bir sorun teşkil etmektedir. Bu direnç artışı özellikle Enterobacteriaceae ailesi üyelerinde etkinliği yüksek olan β-laktam grubu antibiyotiklerde görülmekte ve tedavi başarısızlıkları sonucu morbidite, mortalite ve maliyet artışı ile sonuçlanmaktadır.	
Dünya genelinde Genişlemiş Spektrumlu β-Laktamazlar (GSBL) Gram negatif bakterilerde, özellikle Escherichia coli ve Klebsiella spp.'de, β-laktam direncinin en önemli sebebidir. Bu direnç kromozomal ve plazmid aracılı olabilmekte ve Enterobacteriaceae üyeleri arasında yayılıma neden olan plazmid aracılı aktarılan genlerin sıklığında her geçen yıl artış görülmektedir. 
Bu çalışmanın amacı, Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi Farabi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Hasta Hizmetleri Laboratuvarı Bakteriyoloji Biriminde, Ocak 2012-Ağustos 2013 tarihleri arasında kan örneklerinden izole edilmiş 193 E. coli ve Klebsiella spp. izolatından fenotipik yöntemlerle GSBL pozitif bulanan 80 (%41.5) izolatta plazmid aracılı β-laktamaz direnç genlerinin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile araştırılmasıdır.	
Bu çalışmada, GSBL genlerinden, E. coli'de 25 (%48.1) izolatta blaTEM, 51 (%98.1) izolatta blaCTX-M, 31 (%59.6) izolatta blaOXA varlığı tespit edilmişken blaSHV varlığı tespit edilmemiştir. Klebsiella spp. izolatlarında blaIEM, blaSHV, blaCTX-M ve blaOXA genlerinin varlığı sırasıyla, 22 (%78.6), 26 (%92.8), 26 (%92.8) ve 20 (%71.4) izolatta saptanmıştır. PER ve AmpC tipi β-laktamazları kodladığı bilinen (MOX, FOX, CIT, DHA, EBC, ACC) genler araştırılmış ancak 80 E. coli ve Klebsiella spp. izolatının hiçbirinde bu genlerin varlığı belirlenmemiştir.
Sonuç olarak, GSBL pozitif toplam 80 E. coli ve Klebsiella spp. kan izolatından; 47 (%58.8)'si blaIEM, 26 (%32.5)'sı blaSHV, 77 (%96.3)'si blaCTX-M, 51 (%63.8)'i blaOXA geni olarak saptanmıştır. GSBL pozitif tüm izolatlar içinde, Sınıf 1 integron varlığı 35 (%43.7) ve Sınıf 2 integron varlığı 1 (%1.2) izolatta belirlenmiştir.

Abstract:
There is a direct relationship with the development of antibiotic resistance and the use of antibiotics in bacteria. As a result of unconscious and the frequent use of antibiotics, a growing antibiotic resistance has been seen in recent years and this poses a major problem all over the world. The increase in resistance has especially been detected among the members of the Enterobacteriaceae family in terms of β-lactam antibiotics. Treatment failures as a result of resistance may lead morbidity, mortality, and increase in cost. 
Extended Spectrum Beta Lactamases (ESBL) is the major cause of resistance to β-lactam antibiotics in in Gram negative bacteria especially Escherichia coli and Klebsiella spp. isolates worldwide. This resistance, encoded chromosomally or plasmid mediated, and has been increased gradually among the member of Enterobacteriaceae family via transfer of plasmid encoded genes.
The aim of this study is that investigation of plasmid mediated β-lactamase resistance genes among 80 (%41.5) phenotypically ESBL positive isolates of 193 E. coli and Klebsiella spp. isolates from blood samples between January 2012 and August 2013 in Karadeniz Technical University School of Medicine Farabi Hospital Bacteriology Laboratories in Department of Medical Microbiology with polymerase chain reaction (PCR).
In this study, in E. coli isolates, blaTEM was detected in 25 isolates, blaCTX-M in 51 isolates, and blaOXA in 31 isolates, although no blaSHV gene was seen in.  In Klebsiella spp. isolates blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, and blaOXA were detected in the rate of 22 (78.6%), 26 (92.8%), 26 (92.8%) and 20 (71.4%), respectively. Genes coding for PER and AmpC type β-lactamases (MOX, FOX, CIT, DHA, EBC, and ACC) weren't found in both 80 E. coli and Klebsiella spp. isolates.
As a result, it was detected that blaTEM was present in 47 (96.3%), blaSHV in 26 (32.5%), blaCTX-M in 77 (96.3%), and blaOXA in 51 (63.8%) isolates of 80 E. coli and Klebsiella spp. blood samples that were ESBL positive. Regarding to all ESBL positive isolates, Class 1 integron and Class 2 integron were found in 35 (43.7%) and 1 (1.2%) isolates, respectively.