Şeker hastalığı tedavisinde kullanılan insulin(INS) geninin hayvan türlerindeki gen uyumunun tespiti
Determination of compatibility of animal species' insulin (INS) gene used in diatebes treatment
Yazar: MERVE BAHAR DOĞAN
Danışman: PROF. DR. EMİNE BOLAT
Kocaeli Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering
Dizin: DNA = DNA ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; INS = INS

Özet:
Şeker hastalığı ülkemizde ve dünyada sık rastlanan sürekli devam eden hastalıklar içinde önemli bir yer tutmaktadır. Şeker hastalığı (diabetes mellitus) her yaş grubunda meydana gelmekte ve Dünya Sağlık Örgütü diyabeti, hastalığın giderek artış göstermesi nedeniyle önemli bir sağlık sorunu olarak kabul etmektedir. Midenin hemen arkasında yer alan pankreas insülin üreterek, canlının ihtiyaç duyulması halinde bu insülini kan dolaşımına veren organımızdır. Biyoinformatik bilimi veri çeşidi olarak çoğunlukla genetik veri ve gen ifadesini kullanmaktadır. Genetik veri ise canlının, DNA özelliklerinin kalıtsal ve kalıtsal olmayan ifadeleridir. Bu özellikleri inceleme yöntemleri günümüzde sekanslama teknolojisi ile gerçekleşmektedir. 
Bu çalışmada, BLAST veri tabanı üzerinde INS geni bulunan diğer canlı türleri tespit edilmiştir. NCBI ve Ensembl'dan diziler tespit edilerek erişim numaraları (Accession Number) ile birlikte kaydedilmiştir. İncelenen hayvan türlerindeki genler ile insan geni arasındaki uyum ClustalW (Çoklu Dizi Hizalayıcısı) ile ayrı ayrı FASTA (DNA ve protein sekansları için evrensel yazı formatı) şeklinde kaydettiğimiz DNA ve protein dizileri hizalanmıştır. Ücretsiz bir program olan MEGA X (Moleculer Evolutionary Genetic Analysis) programında modelleme yöntem ve mesafesi (Maximum Likelihood metodu Tamura-Nei modeli (1993), Bootstrap 1000) belirlenerek filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Bu tespit doğrulanmış olup korunan gen bölgelerinin gen dizileri gösterilmiştir. İnsanda bulunan INS geninin diğer hayvanlarla olan gen uyumunun INS gen bölgeleri ile moleküler düzeyde gen uyumunun tespitini yapmak amaçlanmıştır.

Abstract:
Diabetes has an important place in the ongoing diseases that are common in our country and in the world. Diabetes mellitus occurs in all age groups and the World Health Organization considers diabetes as an important health problem due to the increase of disease. The pancreas, located behind the stomach, is our organ that produces insulin and gives this insulin to the bloodstream if needed. Bioinformatics science mostly uses genetic data and gene expression as a data type. Genetic data, on the other hand, are hereditary and non-hereditary expressions of living things' DNA features. Methods for examining these features are realized by sequencing technology today. 
In this study, other species with INS gene on BLAST database were determined. Sequences from NCBI and Ensembl were detected and recorded with their access numbers. The compatibility between genes in the examined animal species and human gene is aligned separately with the ClustalW (Multiple Sequence Aligner) and the DNA and protein sequences we recorded separately as FASTA (the universal font format for DNA and protein sequences). Phylogenetic tree was created by determining the modeling method and distance (Maximum Likelihood method Tamura-Nei Model (1993), Bootstrap 1000) in MEGA X (Molecular Evolutionary Genetic Analysis) program, which is a free program. This finding has been confirmed and gene sequences of protected gene regions are shown. It is aimed to determine the gene compatibility of the INS gene in humans with other animals with the INS gene regions at the molecular level.