Eritropoetinin SHSY5Y hücre hattında mikroRNA ekspresyonu üzerine etkisi
Effect of erythropoietin on the microRNA expression levels of SH-SY5Y cell line
Yazar: DOĞAN TUNALI
Danışman: DOÇ. DR. ŞERMİN GENÇ
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Nörolojik Bilimler Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Nöroloji = Neurology
Dizin: Eritropoietin = Erythropoietin ; Merkez sinir sistemi = Central nervous system ; RNA = RNA

Özet:
Eritropoetin (EPO), eritropoezi uyaran hematopoietik büyüme faktörü ve sitokindir. Son yıllarda beyindeki nöronal ve glial hücrelerde kendisinin ve reseptörünün varlığı ortaya konmuştur. EPO; sinir sisteminin gelişiminde, nöronal canlılığın devamında nöronal hasarın tamirinde kritik roller üstlenir. EPO'nun nöroprotektif etkisinin olası bir mekanizması transkripsiyonel düzeyde gen regülasyonudur. Transkripsiyonel gen regülasyonunda önemli role sahip molekül grubundan birisi mikroRNA'lar (miRNA), küçük, kodlama yapmayan RNA'lardır. Gen ekspresyonunu mRNA parçalanması ya da translasyon inhibisyonu yoluyla düzenlerler. miRNA'ların sinir sisteminin gelişiminde, plastisitesinde, nörodejenerasyonunda rol oynadıkları saptanmıştır. Bu çalışmada amacımız EPO'nun SH-SY5Y nöroblastoma hücre hattında miRNA ekspresyonunda yaptığı değişikliklerin incelenmesidir. Bu amaçla nöronal bir hücre hattı olan SH-SY5Y hücre hattına EPO indüksiyonu uygulanıp bunun sonucunda ekspresyonu değişen mikroRNA'lar mikroarray ve kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (kPCR) yöntemleriyle incelenmiştir. EPO uyarımı ile ekspresyonu değişen mikroRNA'ların hedef genleri biyoinformatik analizle saptanmıştır. Araştırmamızın sonuçlarına göre EPO uyarımı ile miR-885-5p, miR-1236, miR-451 miR-640 ve miR-4303 ekspresyon değişimi anlamlı olduğu bulundu. Target analizinde miR-885-5p ve miR-451'in hedef genlerinin EPO'nun etki mekanizmasında rol oynama ihtimali yüksek moleküller olduğu saptandı. Çalışmamız EPO uyarımının nöronal hücrelerde miRNA ekspresyon değişimine neden olduğunu gösteren ilk çalışma olmakla birlikte, ekspresyon değişimi saptanan miRNA'lar için hedef gen analizlerinin doğrulamasının yapılması gereklidir.

Abstract:
Erythropoietin (EPO) is a hematopoietic growth factor and cytokine which stimulates erythropoiesis. In recent years it?s been shown that EPO and its receptor is expressed in the brain, neurons and the glial cells. Epo has a critical role in the development, maintenance, protection and repairment of the nervous system. A possible mechanism of Epo is gene regulation at the transcriptional level. MicroRNAs(miRNAs) which are small, non-coding RNAs have an important role in this process. miRNAs regulate gene expression through mRNA degradation or translational inhibition. It?s thought that miRNAs have a role in development, plasticity and neurodegeneration of the nervous system. In this study our goal is to observe the effect of EPO on the miRNA expression in SH-SY5Y neuroblastoma cell line. For this purpose neuronal cell line SH-SY5Y has been induced by EPO and any miRNA expression changes that occured has been detected by miRNA microarray and Quantitative Polymerase Chain Reaction (QPCR) methods both. Target genes of miRNAs whose expression has changed has been predicted by bioinformatics analysis. According to our results expression changes of miR-885-5p, miR-1236, miR-451 miR-640 and miR-4303 are found significant. targets of miR-885-5p and miR-451 has a high probability of playing a role in EPO?s action mechanism. Although our study is the first one to show that EPO induction stimulates miRNA expression change in neuronal cells further research like target validation for determined miRNAs should be conducted.