Ölüm zamanı tahmininde iskelet kasında mRNA analizi
MRNA analysis in skeletal muscle for postmortem interval estimation
Yazar: ZARİF ASUCAN ŞENBAŞ
Danışman: PROF. DR. NADİR ARICAN
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Adli Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine
Dizin: Adli = Adli ; Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Otopsi = Autopsy ; mRNA = mRNA

Özet:
Amaç: Günümüzde, ölüm zamanı tahmininde kullanılan çok sayıda yöntem bulunmasına rağmen yapılan değerlendirmelerde standart sapma oldukça yüksek, dolayısıyla tahmin aralıkları oldukça geniştir. Çalışmada postmortem iskelet kası dokularında yapılacak mRNA (mesajcı RNA) ekspresyon analizinin postmortem intervali (PMI) mevcut yöntemlerden daha kısa standart sapma ile tahmin edebilmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: Adli Tıp Kurumu Morg İhtisas Dairesi'ne adli otopsi için gönderilen ve ölüm zamanı bilinen olgulardan alınmış psoas majör kası örneklerinde total RNA (ribonükleik asit) RT-PZR (gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu) tekniği ile HIF1A (Hipoksi ile indüklenen faktör 1 alfa), ACTB (Beta-aktin), B2M (Beta-2-mikroglobulin), PPIA (Peptidil izomeraz A) ve GAPDH (Gliseraldehid 3-Fosfat Dehidrogenaz) mRNA ekspresyon düzeyleri ölçülmüştür.
Bulgular: Total RNA değerleri ile PMI arasında istatistiksel olarak anlamlı bir korelasyon tespit edilememiştir. B2M Ct (döngü eşik) değerleri ile PMI grupları arasında zayıf negatif korelasyon bulunmaktadır (r = -0,210, p = 0,045). Bununla birlikte aynı genin Ct değerleri ile PMI saat sayıları arasında da zayıf negatif korelasyon bulunmaktadır (r = -0,232, p = 0,027). Normalizasyon amacıyla HIF1A, B2M ve ACTB genleri için elde edilen Ct değerleri RefFinder yazılımı ile sıralanmış ve bu üç gen arasından ACTB'nin en kararlı gen olduğu belirlenmiştir.
Sonuç: Adli otopsi şartlarında postmortem ilk 24 saat içerisinde iskelet kasından RNA izole edilebileceği, PMI tahmininde total RNA düzeyinin tek başına güvenilir bir belirteç olmadığı, B2M'nin mutlak değer analizi ile ölçülen mRNA ekspresyon seviyesinin bu amaçla faydalı olabileceği, ACTB'nin postmortem iskelet kası dokusunda referans gen olarak normalizasyon amacıyla kullanılabileceği saptanmıştır.
Anahtar Kelimeler: Postmortem interval, mRNA, gen degradasyonu, otopsi.

Abstract:
Objective: Although there are many methods used to estimate the time of death, the standard deviation in the evaluations is quite high, so the estimation intervals are quite wide. In this study, it was aimed to predict the postmortem interval (PMI) with shorter standard deviations than the existing methods by mRNA (messenger RNA) expression analysis in postmortem skeletal muscle tissues.
Method: HIF1A (Hipoxy-induced factor 1 alpha), ACTB (Beta- actin), B2M (Beta-2-microglobulin), PPIA (Peptidyl isomerase A) and GAPDH (Glyceraldehyde 3-Phosphate Dehydrogenase) mRNA expression levels were measured by RT-PCR (real-time polymerase chain reaction) technique along with total RNA levels. For this purpose, psoas major muscle samples were collected from cases sent to the Morgue Specialization Department of the Forensic Medicine Institute for forensic autopsy and whose time of death is known.
Results: There was no statistically significant correlation between total RNA (ribonucleic acid) values and PMI. There was a weak negative correlation between B2M Ct (cycle of threshold) values and PMI groups (r = -0.210, p = 0.045). With this, there is a weak negative correlation between Ct values of the same gene and PMI hour numbers (r = -0.232, p = 0.027). For normalization, Ct values obtained for HIF1A, B2M and ACTB genes were sorted with RefFinder software and it was determined that ACTB was the most stable gene among those three genes.
Conclusion: It has been determined that RNA can be isolated from skeletal muscle in the first 24 hours postmortem under forensic autopsy conditions, total RNA level alone is not a reliable marker in the estimation of PMI, and mRNA expression level measured by absolute value analysis of B2M may be useful for this purpose. It has been determined that ACTB can be used as a reference gene in postmortem skeletal muscle tissue for normalization purposes.
Keywords: Postmortem interval, mRNA, gene degradation, autopsy.