Diffüz büyük B hücreli lenfomalarda NGS (Yeni nesil dizileme) ile genomik karakterizasyonun önemi
The importance of next generation sequence in patients with diffuse large B cell lymphoma
Yazar: AZİME BAŞ ÖZÇALİMLİ
Danışman: PROF. DR. ALİ ZAHİT BOLAMAN
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Hematoloji = Hematology
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Lenfoma = Lymphoma ; Lenfoma-büyük B-hücreli-yaygın = Lymphoma-large B-cell-diffuse ; Lenfoma-non Hodgkin = Lymphoma-non Hodgkin

Özet:
Diffüz büyük B hücreli lenfoma (DBBHL) non-Hodgkin lenfomaların (NHL) yaklaşık olarak %30–40'ını oluşturmaktadır. Diffüz büyük B hücreli lenfomalar kendi içlerinde heterojeniteye sahiptir. Yeni nesil dizileme (NGS) herhangi bir dokuda gen dizilimini gösteren yakın zamanlarda hematoloji ve onkolojide kullanma alanı bulmuş hastalığa ait gen dizilimini gösteren yöntemdir. Lenfoproliferatif hastalıklarda özellikle DBBHL'da NGS ile elde edilen sonuçlar moleküler heterojenitesini ortaya koymakta; hastalığın prognoz ile ilişkisi yanında hedefe yönelik tedavi için yeni fırsatlar yaratmaktadır.
Ocak 2014-Mayıs 2019 tarihleri arasında Aydın Adnan   Menderes   Üniversitesi   Tıp   Fakültesi Hastanesi Hematoloji Ana Bilim Dalı'nda (ABD) DBBHL tanısı konulan, tedavi edilen, çalışma sırasında hayatta olan 28 hasta alındı. Formalin Fixed Paraffin Embedded (FFPE) doku örnekleri kullanıldı. FFPE dokudan genomik DNA izolasyonu tamamlandıktan sonra NGS çalışması yapıldı. Aydın Adnan   Menderes   Üniversitesi   Tıp   Fakültesi Hastanesi Moleküler Patoloji Bölümünde hematolojik maligniteler için oluşturulmuş 141 geni içeren gen paneli çalışıldı. Hastalardaki gen panelinde elde edilen patolojik sonuçlar irdelendi. Patojenik olmayanlar değerlendirmeye alınmadı. 
Çalışmamızdaki 28 hastanın %57,1'i (n:16) kadın, %42,9'u (n:12) erkek, yaş ortalaması 62,14±16,46, ortanca takip 36±23 ay idi. Çalışmada 141 gen arasından 13 gende mutasyon saptandı. Bu genler; ANKRD26, BRCA1, BRCA2, EZH2, KMT2C, MSH6, MYC, MYD88, NF1, NOTCH1, PMS2, PTEN, WRN genleriydi. BRCA1, EZH2, KMT2C, MSH6, MYC, NF1, PTEN, PMS2, WRN genlerinin mutasyon durumu ile tedavi süreci- prognoz arasındaki ilişki incelendiğinde anlamlı sonuç saptanmadı. Gen mutasyonu -prognoz ilişkisi saptanan genler ANKRD26, BRCA2, MYD88 ve NOTCH1 genleriydi. ANKRD26 gen mutasyonun; daha yüksek relaps, daha düşük remisyon oranı, BRCA2 gen mutasyonu; yüksek IPI, ileri evre ve daha düşük remisyon oranı, MYD88 gen mutasyonu; düşük remisyon oranı ve NOTCH1 gen mutasyonu; daha yüksek relaps oranı ile ilişkili saptandı. ANKRD26, BRCA2, MYD88, NOTCH1 mutasyonu olan hastaları kötü prognostik özelliklere sahip DBBHL hastalar gibi değerlendirilmesi bu hastalara agressif tedavi yaklaşımı yararlı olabilecektir. NOTCH1 ve MYD88 mutasyonu olan KLL ve Waldenstrom makroglobulinemili hastalarda ibrutinib gibi hedefe yönelik tedaviler yararlı olduğu düşüncesinden yola çıkarak ANKRD26, BRCA2, MYD88, NOTCH1 mutasyonunda standart tedaviye cevap vermeyen DBBHL da sinyal yolağı etkileyen ilaçlar yarar sağlayabilir.

Abstract:
Diffuse large B cell lymphoma (DLBCL) accounts for approximately 30–40% of non-Hodgkin lymphomas (NHL). Diffuse large B cell lymphomas show heterogeneity within themselves. Next-generation sequencing (NGS) is a method that has recently found use in hematology and oncology, and shows gene sequencing of disease. It is also employed to show gene sequencing in any tissue. The results obtained with NGS in lymphoproliferative diseases especially DLBCL reveal its molecular heterogeneity; Besides the relationship of the disease with the prognosis, it creates new opportunities for targeted therapy.
Between January 2014 and May 2019, 28 patients who were diagnosed with DLBCL and treated at Aydın Adnan Menderes University Medical Faculty Hospital Hematology Department and were alive during the research were enrolled in the study. Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) tissue samples were used. After genomic DNA isolation from FFPE tissue was completed, an NGS study was performed. A gene panel containing 141 genes created for hematological malignancies was studied in the Department of Molecular Pathology of Aydın Adnan Menderes University Medical Faculty Hospital. Pathological results obtained in the gene panel of the patients were examined. The Non-pathogenic samples were not evaluated.
Out of the 28 patients in our study, 57.1% (n: 16) were female, 42.9% (n: 12) were male, the mean age was 62.14 ± 16.46, and the median follow-up was 36 ± 23 months. In the study, a mutation was detected in 13 genes among 141 genes evaluated. These were; ANKRD26 BRCA1, BRCA2, EZH2, KMT2C, MSH6, MYC, MYD88, NF1, NOTCH1, PMS2, PTEN, WRN genes. When the relationship between the mutation status of the BRCA1, EZH2, KMT2C, MSH6, MYC, NF1, PTEN, PMS2, WRN genes, and the treatment process-prognosis were analyzed, no significant results were found. Genes, where gene mutation-prognosis relationships were found, are ANKRD26, BRCA2, MYD88, and NOTCH1 genes. ANKRD26 gene mutation has a higher relapse and lower remission rate, BRCA2 gene mutation, on the other hand, has a high IPI, advanced stage, and lower remission rate. MYD88 gene mutation is found to be associated with low remission rate and the NOTCH1 gene mutation is associated with higher relapse rate. An aggressive treatment approach may be beneficial for DLBCL patients with ANKRD26, BRCA2, MYD88, NOTCH1 mutation as these are associated with poor prognostic features. Based on the idea that targeted therapies such as ibrutinib are beneficial in patients with NOTCH1 and MYD88 mutations, KLL and Waldenstrom macroglobulinemia, DLBCL, which does not respond to standard treatment in ANKRD26, BRCA2, MYD88, NOTCH1 mutation, may also benefit from signal-affecting drugs.