Akciğer kanserli hastalarda periferik kandan ctDNA'nın metilasyon değişikliklerinin dijital PCR ile incelenmesi
Investigation of methylation changes of ctDNA from peripheral blood in patients with lung cancer by digital PCR
Yazar: ZEHRA CENGİSİZ
Danışman: DOÇ. DR. ASUDE DURMAZ
Ege Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; DNA = DNA ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Amaç: Akciğer kanseri, dünya genelinde en sık görülen ve her iki cinsiyette de en sık ölüme
sebep olan malignitelerden biridir. En sık sebebi sigara dumanı olan akciğer kanserinin erken
tanısında, sigara içenlerde düşük doz bilgisayarlı tomografi ile tarama önerilmiştir. Bu
taramanın yanlış tanı, maliyet, zaman kaybı gibi dezavantajları nedeniyle akciğer kanserinin
erken tanısında non invaziv, sensitif biyomarkerların kullanılmasına ihtiyaç duyulmuştur. Bu
çalışmada, ileri evre-küçük hücre dışı (non-small cell) akciğer kanseri tanısı konulmuş
hastaların plazmasından elde edilen cfDNA'da (cell-free DNA) literatür taraması ile
belirlenmiş akciğer kanseri ile ilişkisi bilinen 6 gene ait (RASSF1A, p16, SHOX2, RARβ2, APC,
DAPK1) droplet dijital PCR (ddPCR) ölçümü ile saptanan metilasyon değişikliklerinin sağlıklı
kişilerdeki değerleri ile karşılaştırarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya alınan 10 hasta ve 10 kontrolün periferik kan plazma
örneklerinden cfDNA elde edildi. Literatür taraması ile 6 hedef gen promotor bölgesi belirlendi.
cfDNA'da hedef gen bölgelerinin bisülfit dönüşümü sonrasında ddPCR ile metilasyon analizi
yapıldı. Çıkan sonuçlar istatistiksel olarak analiz edildi.
Bulgular: Çalışmada DAPK1 geninin promotor bölgesindeki metilasyon seviyelerinde, hasta
ve kontrol grubu arasında anlamlı farklılık saptanmıştır (p<0,05). Çalışmaya alınan 10 hastanın
8'inde DAPK1 geninde anlamlı metilasyon yüksekliği saptanmıştır. DAPK1 genindeki
hipermetilasyon literatür ile uyumlu bulunmuştur.
Sonuç: Çalışmamız ddPCR ile akciğer kanserinde cfDNA'dan metilasyon analizi yapan
ülkemizdeki öncü çalışmalardan biri olmuştur. Küçük hücre dışı akciğer kanserinde DAPK1
geninde hipermetilasyon saptanması ile literatüre katkıda bulunmuştur. Çalışmamız, bu alanda
daha fazla sayıda hastalarla yapılacak sonraki çalışmalar için ön çalışma niteliğindedir.

Abstract:
Objective: Lung cancer is one of the most common malignancies worldwide and the most
common cause of death in both sexes. The most common cause of lung cancer is cigarette
smoke. In the early diagnosis of lung cancer in smokers, screening with low-dose computed
tomography has been proposed. Due to the disadvantages of this screening such as misdiagnosis,
cost and time loss; non-invasive and sensitive biomarkers were needed for early diagnosis of
lung cancer. In this study, it was aimed to evaluate the methylation changes detected by droplet
digital PCR (ddPCR) measurement of 6 genes (RASSF1A, p16, SHOX2, RARβ2, APC, DAPK1)
known to be associated with lung cancer determined by the literature scan in cfDNA (cell-free
DNA) obtained from the plasma of patients diagnosed with advanced-non-small cell lung
cancer.
Materials and Methods: cfDNA was obtained from peripheral blood plasma samples of 10
patients and 10 controls included in the study. With the literature review, 6 target gene promoter
regions were determined. After bisulfite transformation of target gene regions in cfDNA,
methylation analysis was performed with ddPCR. The results were analyzed statistically.
Results: In the study, a significant difference was found between the patient and control groups
in the methylation levels of the DAPK1 gene in the promoter region (p <0,05). In 8 of 10 patients
included in the study, significant methylation height in the DAPK1 gene was detected.
Hypermethylation in the DAPK1 gene has been found to be compatible with the literature.
Conclusion: Our study has been one of the leading studies in our country that perform
methylation analysis from cfDNA in lung cancer with ddPCR. It contributed to the literature
with the detection of hypermethylation in the DAPK1 gene in non-small cell lung cancer. Our
study is a preliminary study for further studies in this field with more patients.