Marmara bölgesinden toplanan ruminantlardaki pasteurella multocida enfeksiyonlarının real time PZR ile teşhisi ve multilocus sequence typing yöntemi ile filogenetiğinin araştırılması
Investigation of pasteurella multocida infections in ruminants collected from marmara region by real time PCR and determination of phylogeny with multilocus sequence typing
Yazar: ASLI GÖNÜLKIRMAZ
Danışman: PROF. DR. EMİNE YALÇIN
Giresun Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu çalışmada Marmara Bölgesi il ve ilçe teşkilatlarından Pendik Veteriner Kontrol 
Entitüsü'ne bakteriyolojik teşhis amacıyla gelen, 166 adet sığır ve koyuna ait 
pömonili akciğer dokularında P. multocida etkeninin varlığı klasik kültürel 
(konvansiyonel) yöntem ve Real time PZR yöntemiyle eş zamanlı olarak 
çalışılmıştır. Çalışılan dokulardan kültür yöntemiyle 5 (%3,01) tanesi pozitif olarak 
identifiye edilirken, 42 (%25.3) tanesi Real time PZR ile pozitif olarak tespit 
edilmiştir. İki yöntem sonuçları değerlendirildiğinde pozitiflik oranları arasındaki 
farkın kaydadeğer olduğu görülmüştür. Multilocus Sequence Typing metoduyla 
yapılan saha izolatlarının kendi içlerindeki ve Robert type 1 P. multocida (Pendik 
Veteriner Kontrol Entitüsünde üretimi yapılmış olan) aşı suşuyla aralarındaki 
genetik farklılıkların değerlendirilebilmesi amacıyla seçilen 15 pozitif saha izolatı 
ve aşı suşu birlikte sekanslanmıştır. Sonuç olarak P. multocida'nın teşhisinde 
konvansiyonel yöntemlerin birçok değişken faktöre bağlı olarak etken varlığını 
belirlemede yeterli olamadığı gözlendiğinden Real time PZR yöntemiyle 
desteklenmesinin, P. multocida varlığının tespitinde ve enfeksiyonlarıyla mücadelede 
daha verimli olacağı düşünülmüştür.

Abstract:
In this study, the presence of P. multocida agent in the pneumonia lung tissues of 166 
cattle and sheep, which came to Pendik Veterinary Control Institute from the 
provincial and district organizations of the Marmara Region for bacteriological 
diagnosis, was studied simultaneously with the classical cultural (conventional) 
method and the Real-time PCR method. While 5 (3.01%) of the studied tissues were 
identified as positive by culture method, 42 (25.3%) were identified as positive by 
Real time PCR. When the results of the two methods were evaluated, it was seen that 
the difference between the positivity rates was significant. In order to evaluate the 
genetic differences between the field isolates made by the Multilocus Sequence 
Typing method and the Robert type 1 P. multocida (produced at Pendik Veterinary 
Control Institute) vaccine strain, 15 selected positive field isolates and vaccine 
strains were sequenced together. As a result, since it was observed that conventional 
methods in the diagnosis of P. multocida were not sufficient to determine the 
presence of P. multocida due to many variable factors, it was thought that supporting 
it with the Real time PCR method would be more efficient in detecting the presence 
of P. multocida and in combating its infections.