Türk toplumunda benign ve malign tiroit nodüllerinde mitokondriyal dna sık delesyon prevalansının belirlenmesi
Determination of mitochondrial dna common deletion prevalence in benign and malign thyroid nodules in the Turkish population
Yazar: NAZLI APAYDIN
Danışman: PROF. DR. RIFAT BİRCAN
Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
mtDNA mutasyonlarının veya varyasyonlarının birçok multifaktöryel hastalıkta ve yaşlanma süreçlerinde rol oynadığına dair bilgi literatürde yer almaktadır. Literatürde 4977 baz çiftlik bir mtDNA delesyonu olan sık delesyonun tiroit, kolorektal, karaciğer, meme, kanserlerinde rol oynadığına bilgiler yer almaktadır. Yapılan bu çalışmanın amacı, Türk toplumunda, fonksiyonel ve fonksiyonel olmayan tiroit nodülleri ile papiller tiroit karsinomlarında (PTK) mitokondriyal DNA (mtDNA) sık delesyon prevalansının saptanması ve mitokondriyal DNA (mtDNA) sık delesyon varlığının PTK'lerinde ayırıcı tanıda kullanılabilme potansiyeli olup/olmadığının belirlenmesidir. Çalışmaya 105 benign ve 6 PTK hastasına ait toplam 285 dokudan daha önceki çalışmadan fenol-kloroform yöntemiyle elde edilen DNA örneği dahil edilmiştir mtDNA sık delesyon bölgesine ait 8470.-8484. nükleotidler ile  13459.- 13447.  nükleotidler arasındaki  mitokondriyal genom bölgesinin çoğaltılması Yuvalanmış PZR (Nested-PCR) metodu kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Toplam 104 hastadan alınan sıcak ve soğuk nodül dokularının 151'inde (%66,23) sık delesyon tespit edilmiştir. PTK tanısı konulan 6 hastaya ait 11 tümör dokusunun 10'unda (%90,9) sık delesyon tespit edilmiştir. Soğuk nodüller ve sıcak nodüller arasındaki sık delesyon dağılımı incelendiğinde, 107 sıcak nodülün 80'inde (%74,8), 80 soğuk nodülün ise 69'unda (%86,3) sık delesyon saptanmıştır (p 0,053). Sonuç olarak, istatistiksel olarak anlamlı olmamakla beraber sık delesyon prevalansı kanserleşme potansiyeli yüksek olan soğuk nodüllerde sıcak nodüllere göre daha yüksek tespit edilmiştir. Ancak soğuk tiroit nodüllerindeki sık delesyon prevalansının PTK tümör dokularıyla benzer olması nedeniyle PTK'lerinde ayırıcı tanıda kullanılabilme potansiyelinin olmadığı öngörülmektedir.

Abstract:
In literature is mentioned that mitochondrial DNA (mtDNA) mutations/ variations play a role in many multifactorial diseases and aging processes. According to these studies, the common deletion in mtDNA, which is 4977 bp long, play a role in thyroid, colorectal, liver, breast cancer and aging. The aim of this study is to determine the prevalence of mitochondrial DNA (mtDNA) common deletion in functional and non-functional thyroid nodules and papillary thyroid carcinomas in Turkish population and to determine the presence of (mtDNA) common deletion can be used in the differential diagnosis of papillary thyroid cancers (PTC) whether or not. A total of 285 nodular and surrounding tissues of 105 benign and 6 PTC patients were included in the study. Nested PCR methodology were performed to analyze the mitochondrial genome region between 8470.-8484 and 13459.- 13447. nucleotides for detection of the mtDNA common deletion. The DNA samples were obtained by using phenol-chloroform methodology in previous studies. Common deletion was detected in 151 (66.23%) of the hot and cold nodule tissues taken from a total of 104 patients. Common deletion was detected in 10 (90.9%) of 11 tumor tissues of 6 patients diagnosed with PTC. When the distribution of Common deletion was examined between cold nodules and hot nodules, Common deletion was found in 80 (74.8%) of 107 hot nodules and 69 (86.3%) of 80 cold nodules (p 0.053). As a result, although, the prevalence of Common deletions was found to be higher in cold nodules, which has a high cancer potential than the hot nodules, it is not statistically significant. However, since the prevalence of Common deletions in cold thyroid nodules is similar to PTC tumor tissues, it is predicted that it has no potential to be used in the differential diagnosis of PTCs.