Sığırlarda geniş spektrumlu beta-laktamaz sentezleyen Escherichia coli prevalansının belirlenmesi
Determination of the prevalence of extended spectrum beta-lactamase producing escherichia coli in cattle
Yazar: SİBEL ELMACIOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. ÖZKAN ASLANTAŞ
Mustafa Kemal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Sağlık Bilimleri Bölümü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Prevalans = Prevalence ; Sığırlar = Cattles

Özet:
Sığırlarda Geni?lemi? Spektrumlu Beta-laktamaz Sentezleyen Escherichia coli Prevalansının Belirlenmesi
Bu çalı?mada, Hatay?da yetiştirilen sığırlarda geniş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) sentezleyen Escherichia coli prevalansının belirlenmesi amaçlandı. Rektal svab örneklerinden 2 mg/L sefotaksim içeren Eosine Methylene Blue (EMB) agara ekimleri yapıldı. Pozitif izolatlar fenotipik doğrulama testleri ile konfirme edildi ve GSBL tipi polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve sekans analizi ile araştırıldı. GSBL pozitif izolatların antimikrobiyal duyarlılıkları disk difüzyon testi ile filogenetik dağılımları ise PZR ile belirlendi. GSBL sentezleyen E. coli rektal svab örneklerinin %8.3?ünden (26/312) izole edildi. İzolatlarda en yaygın GSBL genleri sırasıyla blaTEM-1b (n=21), blaCTX-M-15 (n=12), blaCTX-M-1 (n=1), blaCTX-M-3 (n=2) ve blaOXA (n=1) olarak tespit edildi. Fakat izolatlarda blaSHV geni tespit edilmedi. GSBL pozitif izolatların tamamı sefotetan ve imipeneme duyarlı bulunurken; ampisilin (%100), seftriakson (%100), sefalotin (%96.2), sefaperozon (%88.5), streptomisin (%80.8), sulfametoksazol/trimetoprim (%76.9), tetrasiklin (%73.1), kloramfenikol ve kanamisin (%50), nalidiksik asit ve amoksisilin/klavulanik asit (%46.2), aztreonam (%38.5), siprofloksasin (%34.6), gentamisin (%11.5) ve sefoksitine (%3.8) değişen oranlarda direnç saptandı. Filogenetik analizler GSBL pozitif izolatların B1 (n=1, %50), A (n=9, %34.6) ve D1 (n=1, %3.8) olmak üzere 3 grupta yer aldığını gösterdi. Bu çalışma ile Türkiye?de ilk kez sığırlarda CTX-M-15, CTX-M-11, CTX-M-3 ve OXA-1 üreten fekal E. coli taşıyıcılığı tespit edilmiştir. Ayrıca, mevcut çalışmanın sonuçları Hatay ilinde yetiştirilen gerek süt ve gerekse de besi sığırlarının GSBL sentezleyen E. coli yönünden potansiyel rezervuar olduğunu göstermektedir. Bu nedenle, GSBL sentezleyen bakteriler dahil antimikrobiyal dirençli bakteriler hayvanlarda sürekli olarak izlenmeli ve GSBL pozitif bakterilerin klonal yayılımının önlenmesi için antibiyotikler bilinçli olarak kullanılmalıdır. 
Anahtar Kelimeler: Geni?lemi? spektrumlu beta-laktamaz, Escherichia coli, sığır

Abstract:
Determination of the Prevalence of Extended Spectrum Beta-lactamase Producing Escherichia coli in Cattle
In this study, it was aimed to determine the prevalence of extended-spectrum beta-lactamase (ESBLs) producing Escherichia coli in cattle in Hatay. Rectal swab samples were spread on the Eosin Methylen Blue (EMB) agar containing cefotaxime (2 mg/L). Isolates were confirmed using ESBL confirmatory tests. ESBL types were investigated by polymerase chain reaction (PCR) and sequencing. Antimicrobial susceptibility of the isolates was determined by disk diffussion method and distribution of phylogenetic groups was also determined by PCR. ESBL producing E. coli was isolated from 8.3% (26/312) of rectal swab samples. The most common ESBL gene was blaTEM-1b (n=21), followed by blaCTX-M-15 (n=12), blaCTX-M-1 (n=1), blaCTX-M-3 (n=2), and blaOXA (n=1). Howevwe, blaSHV gene was not detected. All ESBL positive isolates were found to be sensitive to cefotetan and imipenem, while variable rates of resistance were determined against other antimicrobials including ampicillin (100%), ceftriaxone (100%), cefalothin (96.2%), cefaperozone (88.5%), streptomycin (80.8%), trimethoprim-sulfamethoxazole (76.9%), tetracycline (73.1%), chloramphenicol and kanamycin (50%), nalidixic acid, amoxicillin/clavulanic acid (46.2%), aztreonam (38.5%), ciprofloxacin (34.6%), gentamycin (11.5%) ve cefoxitin (3.8%). Phylogenetic analysis revealed three groups being B1 (n=13, 50%), A (n=9, 34.6%), and D1 (n=4, 15.4%). For the first time, faecal carriage of CTX-M-15, CTX-M-11, CTX-M-3 and OXA-1 producing E. coli was detected in cattle in Turkey. In addition, results of the present study showed that both dairy cattle and beef cattle are potential reservoir of ESBL producing E. coli in Hatay. Therefore, continuous monitoring for antimicrobial resistant bacteria including ESBL producing bacteria in animals and prudent use of antimicrobials is necessary to prevent their clonal spread.
Key Words: Extended spectrum beta-lactamase, Escherichia coli, cattle