Domates ve biber bitkilerinde görülen tomato brown rugose fruıt virus (ToBRFV), tomato spotted wilt virus (TSWV) ve pepıno mosaıc virus (PepMV) hastalık etmenlerine karşı multipleks primer ve prob geliştirilmesi
Development of multiplex primer and probe against tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV), tomato spotted wilt virus (TSWV) and pepino mosaic virus (PepMV) disease factors in tomato and pepper plants
Yazar: HAVVA NUR CAYAK
Danışman: DOÇ. DR. HAKAN FİDAN
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Domates (Solanum lycopersicum) ve biber (Capsicum annuum), dünyada olduğu gibi ülkemizde de insan gıdası olarak çok farklı kullanımları olan ve ülke ekonomisine katkı sağlayan vazgeçilmez sebze türleridir. Virüs hastalıkları domates üretimindeki en önemli sorunlardan biridir. Virüslere karşı kullanılan kimyasal savaş yönteminin uygulanamaması ve diğer kontrol yöntemlerinin üretici firma tarafından bilinmemesi virüs kaynaklı kayıpların artmasına neden olmaktadır. Bu çalışmada, üç önemli bitki virüsünün eş zamanlı tespiti için üç farklı primer-prob çiftine sahip Taqman® prob tabanlı Real-time multiplex PCR yöntemi geliştirilmiştir. Domates ve biberde çok fazla verim kaybına neden olan bu virüsler, Tomato Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV), Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV) ve Pepino Mosaic Virus (PepMV)' dir. Yukarıda bahsedilen üç virüsün kılıf protein dizileri, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nden (NCBI) elde edildi ve BLAST gerçekleştirildi. Daha sonra ortak bölgeler belirlenerek Primer3 programı kullanılarak primer ve prob tasarımları yapılmıştır. Yoğun optimizasyon süreçleri gerektiren bir yöntem olan Multiplex qRT-PCR çalışmamızın temel amacı hassas, hızlı ve ekonomik bir yöntem sağlamak olduğu için PCR yönteminin istenilen noktaya ulaşmasını sağlayacak optimum koşullar belirlenerek dilüsyon serileri hazırlanmıştır. Bu hedefler ToBRFV için FAM kanalı, Tswv için HEX kanalı ve Pepmv için Cy5 kanalı seçildi. Multipleks qRT-PCR deneyi, sırasıyla 19.09, 21.89 ve 21.63 Ct değerleriyle başarılı olmuştur.

Abstract:
Tomato (Solanum lycopersicum) and pepper (Capsicum annuum) are indispensable vegetable species that have many different uses as human food in our country as well as in the world and contribute to the national economy. Virus diseases are one of the most important problems in tomato production. The inability to apply the chemical warfare method used against viruses and the fact that other control methods are not known by the manufacturer cause virus-related losses to increase. In this study, a Taqman® probe-based Real-time multiplex PCR method with three different primer-probe pairs was developed for the simultaneous detection of three important plant viruses. These viruses that cause a lot of yield loss in tomatoes and peppers are Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV), Tomato spotted wilt virus (TSWV) and Pepino mosaic virus (PepMV). The coat protein sequences of the three viruses mentioned above were obtained from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and BLAST was performed. Then, the common regions were determined and primer and probe designs were made using the Primer3 program. Since the main purpose of our Multiplex qRT-PCR study, which is a method that requires intensive optimization processes, is to provide a sensitive, fast and economical method, dilution series were prepared by determining the optimum conditions that will enable the PCR method to reach these goals. The FAM-channel was selected for ToBRFV, the HEX-channel for Tswv, and the Cy5-channel for Pepmv. The multiplex qRT-PCR experiment was successful with Ct values of 19.09, 21.89 and 21.63, respectively