Peynirden izole edilen çeşitli Bacillus türlerinin 16S sRNA yöntemi ile tanılanması
Identification of various Bacillus species isolated from cheese by 16S sRNA method
Yazar: EMRE DAVARCI
Danışman: DOÇ. DR. NESLİHAN DİKBAŞ
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bacillus = Bacillus ; Bakteri izolasyonu = Bacterial isolation ; Beyaz peynir = White cheese

Özet:
Farklı ekosistemlerden endüstriyel enzim üreticisi olan mikroorganizmaların taranması, izolasyonu ve konvensiyonel yöntemlerle tanılanması mikrobiyal biyoteknolojinin temel konularından biridir. Mikroorganizmalar tanılanırken morfolojik ve biyokimyasal verilerin moleküler veriler ile desteklenmesi gerekmektedir. Bakteriyel moleküler taksonomide en çok kullanılan moleküler yöntem 16S rRNA sekans analizidir. 
Çalışmada, peynirden endüstriyel öneme sahip olan Bacillus türlerinin izole edilerek tanılanması amaçlanmıştır. Bu amaçla morfolojik ve biyokimyasal testlerin yanı sıra 16S rRNA'ya dayalı moleküler tanılamadan yararlanılmıştır.
16S rRNA bölgeleri PCR ile çoğaltılarak sekans analizi gerçekleştirilmiştir. Analiz sonucunda elde edilen profil, gen bankasındaki verilerle karşılaştırılarak tanılama yapılmıştır. 16S rRNA bölgeleri sekans sonuçları gen bankasındaki verilerle %99-100 oranında homoloji göstermiştir. Buna göre çalışmada tanılanan bakteriler; Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus pumilus, Bacillus safensis, Enterococcus faecalis,  Lactobacillus casei,  Lactobacillus coryniformis, Lactobacillus curvatus, Lactobacillus rhamnosus ve Raoultella ornithinolytica olarak tespit edilmiştir.
Çalışmanın sonucunda, Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus pumilus ve Bacillus safensis bakteri türleri değerlendirilmeye alınmıştır ve filogenetik analizle tespit edilen diğer bakteri türleri ile olan ilişkileri ortaya konulmuştur.

Abstract:
Screening, isolation and identification industrial enzyme producer microorganisms by conventional methods from different ecosystems is one of the main aspects of microbial biotechnology. In the identification of microorganisms, morphological and biochemical data should be supported with molecular data. The most commonly used molecular method in bacterial molecular taxonomy is 16S rRNA sequence analysis. 
The aim of this study was to isolate and identify the Bacillus species that has an industrial importance. Accordingly, in addition to morphological and biochemical tests, molecular identification based on 16S rRNA was used.
16S rRNA regions were amplified by PCR and sequence analysis was performed. The profile obtained as a result of the analysis was compared with the data in the gene bank. The 16S rRNA region sequence results showed 99-100% homology with the data in the gene bank. The bacteria identified in this study are determined as Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus pumilus, Bacillus safensis, Enterococcus faecalis, Lactobacillus casei, Lactobacillus coryniformis, Lactobacillus curvatus, Lactobacillus rhamnosus and Raoultella ornithinolytica.
As a result of the study, Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus pumilus and Bacillus safensis bacterial strains were evaluated and their relationship with other bacterial species detected by phylogenetic analysis were presented.