Topraktan izole edilen Bacillus cinsi bakterilerin bazı metabolik özelliklerinin belirlenmesi, plazmid DNA ve protein profillerinin incelenmesi
Studying of some metabolic activities, plasmid DNA and protein profiles of Bacillus bacteria isolated from the soil
Yazar: MİRAÇ YILMAZ
Danışman: PROF.DR. YAVUZ BEYATLI
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2003
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Antimikrobiyal aktivite = Antimicrobial activity ; Bacillus = Bacillus ; Plazmit DNA = Plasmit DNA ; Protein profili = Protein profile ; Proteolitik aktivite = Proteolytic activity ; Yalıtım = Insulation

Özet:
Araştırmada, Bacillus brevis, Bacillus sphaericus, Bacillus cereus, Bacillus megaterium, Bacillus circulans, Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis ve Bacillus coagulans türlerine ait toplam 32 adet suş kullanılmıştır. Suşların 29 adedi topraktan izole edilmiştir. İzole edilen bu suşlar, çeşitli fizyolojik ve biyokimyasal testlere tabi tutularak tanımlanmışlardır. Bakterilerin toplam hücre protein profillerinin sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile analizi yapılmış ve bunların molekül ağırlıkları 19-160 kD arasında bulunmuştur. SDS-PAGE analizi, aynı türe ait suşların protein profillerinin birbirine benzer ve diğer türlerden farklı olduğunu göstermiştir. Bacillus'lurın poli-p-hidroksibütirat (PHB) üretimleri spektrofotometrik olarak belirlenmiş ve PHB üretimlerinin hücre kuru ağırlığına göre %1,06-%41,67 arasında değiştiği bulunmuştur. En yüksek PHB üretimi gösteren Bacillus brevis M6 (%41,67) susunun farklı karbon, fosfat ve azot kaynakları ile azot ve oksijen sınırlaması gibi şartlar altında PHB üretimi araştırılmıştır. Susun en yüksek PHB verimlerine, karbon kaynağı olarak sitrat içeren besi ortamında (%51,85) ve azot kaynağı olarak sodyum nitrat içeren besiortamında (%60,00) ulaştığı; fosfatlı besiortamındaki en yüksek PHB'ın ise %6,50 olduğu tespitedilmiştir. Azotsuz ve oksijeni sınırlandırılmış besiortamlarındaki PHB üretiminin sırası ile %25,45 ve %7,53 olduğu bulunmuştur. Çalışmada, şeker pancarı melası kullanılarak PHB'ın ekonomik eldesi araştırılmış ve farklı melas konsantrasyonlarının PHB üretimine etkisi incelenmiştir. Bu amaçla, glukoz ve sükroz şeker çeşitlerini kullanabilen ve ikinci derecede en yüksek PHB üreten Bacillus cereus M5 suşu seçilerek, %1- %5 melas konsantrasyonlarında^ PHB üretimi incelenmiştir. Bakterinin en yüksek PHB üretimi olan %73,84 değerine, %1 melas konsantrasyonunda ulaştığı tespit edilmiştir. Melas konsantrasyonundaki artışa bağlı olarak bakterinin PHB veriminde azalma olduğu gözlenmiştir. Araştırmada, Bacillus cinsi bakterilerin bazı patojen ve kontaminant test bakterileri üzerindeki genel inhibisyon etkileri agar difüzyon metodu ile incelenmiştir. B. brevis M6'nın, test bakterilerinden olan Staphylococcus aureus ATCC 25923 ve Bacillus thuringiensis RSKK 380 üzerinde; B. cereus M15'in, Pseudomonas fluorescens RSKK 240, Micrococcus flavus ve Bacillus thuringiensis RSKK 380 üzerinde; B. cereus MlO'un, Bacillus megaterium RSKK 578, Bacillus thuringiensis RSKK 380 ve Bacillus cereus F2 üzerinde; B. brevis M4 ve B. cereus M5'in ise Bacillus cereus F2 üzerinde genel inhibisyon etkilerinin olduğu gözlenmiştir. Bacillus türleri suşlarının birbirlerine karşı olan inhibisyon etkilerinin incelenmesinde de yine agar difüzyon metodu kullanılmış ve bazı izolatlarm birbirlerine karşı inhibisyonlannm olduğu bulunmuştur. Çalışmada, Bacillus cinsi bakterilerin Skim Milk Agar (SMA) besiortamında proteolitik aktiviteleri incelenmiş ve B. sphaericus M3 ile B. sphaericus ATCC 14577 suşları dışındaki tüm suşlarda proteolitik aktivite gözlenmiştir. Bu suşlarda tespit edilen proteolitik aktivite 1,4-8,1 mm zon çapı arasındadır ve zonlarm ortalaması 4,17 mm olarak hesaplanmıştır. En yüksek proteolitik aktivite zon çapı 8,1 mm ile B. circulans M32 suşunda bulunmuştur.Ill Bacillus suşlarının plazmid DNA incelenmesinde, yalnız 6 adet suşun plazmid DNA içerdiği ve bu plazmidlerin moleküler ağırlıklarının 3,9-31,7 kb arasında olduğu tespit edilmiştir. Bilim Kodu : 216 Anahtar Kelimeler : Bacillus, izolasyon, protein profili, biyoplastik (PHB) üretimi, antimikrobiyal aktivite, proteolitik aktivite, plazmid DNA.

Abstract:
In the study, a total of thirty two strains belonging to Bacillus brevis, Bacillus sphaericus, Bacillus cereus, Bacillus megaterium, Bacillus circulans, Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis and Bacillus coagulans were analysed. Twenty nine of them were isolated from the soil. These strains isolated were physiologically and biochemically tested and described. Total cell protein profiles of bacteries were analysed by sodium dodecyl sulphate poh/acrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). The moleculer weights of proteins were found ranging between 19 and 160 kD. SDS-PAGE analysis showed that those strains belong to the same category had similar protein profiles and that they were different from the others. Poh/~P-hydroxybutyrate (PHB) productions of Bacillus bacteria were determined by spectrophotometry method and it was found that PHB productions ranged from 1,06-41,67% depending on the of dry cell weight. Bacillus brevis M6 strain which has the highest PHB production (41,67%) was analysed in terms of its PHB production under certain conditions such as carbon, phosphate, nitrogen resources and oxygen limitations. It was found that the PHB production increased in the medium with citrat as carbon resource (51,85%) and in the medium with sodium nitrate as nitrogen resource (60,00%).However maximum PHB production was in the medium with phosphate (6,50%). PHB production in the medium without nitrogen and limited oxygen medium were 25,45% and 7,53% respectively. Economical production of PHB was investigated by using sugar beet molasses an the effects of different concentration molasses on PHB production were investigated. For this reason, Bacillus cereus M5 strain were selected and cultivated in l%-5% molasses concentration. It was found that strain was produced higher PHB (73,84%) in 1% molasses concentration. It was also observed that PHB productivity decreased with to the increaseing molasses concentration. The general inhibition of Bacillus isolates on the pathogen and contaminant test bacteria were investigated by using the agar diffusion method. As a result of this study, the following data were found: B. brevis M6 showed inhibition effect on Staphylococus aureus ATCC 25923 and on Bacillus thuringiensis RSKK 380; B. cereus M15 on Pseudomonas fluorescens RSKK 240, on Micrococcus flavus and on Bacillus thuringiensis RSKK 380; B. cereus M10 on Bacillus megaterium RSKK 578, on Bacillus thuringiensis RSKK 380 and on Bacillus cereus F2; B. brevis M4 and B. cereus M5 on Bacillus cereus F2. Also, the inhibition effect of isolates between each others were carried by using agar diffusion method and the inhibition effect some isolates were found. Proteolytic activities of Bacillus isolates were tested in Skim Milk Agar (SMA). It was concluded that all strains had proteolytic activities except for B. sphaericus M3 and B. sphaericus ATCC 14577. Proteolytic activities of the isolates was found between 1,4-8,1 mm zone diameter. The overage of proteolytic activity was found to be 4,17 mm. The highest zone diameter of proteolysis 8,1 mm was found in B. circulans M32 strain. Plasmid DNA profiles of Bacillus strains were determined and their moleculer weights were found. Results indicated that only six strains were carried plasmid DNA and their moleculer weights were ranged from 3,9 to 3,1 kb.VI Science code : 216 Key Words : Bacillus, isolation, protein profile, bioplastic (PHB) production, antimicrobial activity, proteolytic activity, plasmid DNA.