İndüklenerek adacık benzeri hücre kümeleşmeleri (AHK) oluşturan PANC1 hücre hattında sekretogranin (SCG2) gen anlatımının gösterilmesi
Revealing secretogranine (SCG2) gene expression in PANC1 cell line that forms islet like cell aggregates (ISA) by induction
Yazar: ASLIHAN KAYGUSUZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHVEŞ PODA
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Pankreas kaynaklı bir kanser hücre hattı olan PANC-1 hücreleri eksokrin kökenli olup, insüline çoğalarak tepki verirler. Bu hatta ait hücreler, kültür şartları özel biçimde düzenlendiğinde, pankreasa özgü bazı hormonları üretecek şekilde kümeleşirler. Bu tez kapsamında indüklenen PANC-1 hücrelerinde, vesiküler transport proteini kodlayan SCG2 ekpresyonunda oluşan değişimin saptanması amaçlandı. 
Üç boyutlu bir hücresel model olarak kullanılan adacık benzeri hücre kümelerinde (AHK), sekresyon proteini ekspresyonundaki değişime paralel olarak hormon üretiminde  de değişim olabileceği öngörüsüyle, sekretogranin (SCG2) ile birlikte somatostatin (SST) ve glukagon (GCG) gen anlatımları da incelendi.
İndüklenmiş ve bazal koşuldaki hücrelerden elde edilen RNA materyallerinden cDNA sentezlendi ve SCG2 geninin spesifik transkriptini çoğaltacak şekilde kRT-PZR yapıldı. Diğer yandan, PDX1, POU5F1, KLF4, SST, GCG  genlerindeki ekspresyonlar kontrol amaçlı olarak deney modelimizde takip edildi ve array sonuçları valide edildi. Bu hücre tipinde ekspresyonunun daha stabil olması sebebiyle,  "house-keeping" kontrol geni olarak PPIA kullanıldı.
Bu tez çalışmasıyla, önemli bir vesiküler transport proteini olan SCG2'nin gen anlatım düzeylerinde, AHK oluşumunu indükleyen farklılaşma protokolünün 0 ve 14'üncü günleri karşılaştırıldığında, yaklaşık 30,5 kat artış olduğu (p=1.17x10 -5) saptandı. Diğer yandan SCG2 kadar olmamakla birlikte SST ve POU5F1 genlerinde de anlamlı değişim olduğu saptandı.

Abstract:
Pancreas tissue originated cancerous cell line PANC-1 is exocrine derived and shows proliferative response to insulin. This cell line can form aggregates under some specific conditions and it may produce some of the pancreatic hormones. Parallel to the hormonal expression, we aimed to investigate secretogranine (SCG2), somatostatin (SST) and glucagon (GCG) gene expression profiles in these three dimensional islet-like cell aggregates (ICA), in order to test our prediction indicated as they can be used as a cellular model for screening of molecules related to secretion.
Using the RNA from harvested cells under basal and induced conditions, the cDNA was synthesized and RT-qPCR was performed to detect SCG2 specific amplification. In our experimental model, PDX1, POU5F1, KLF4, SST and GCG expressions were tracked as control genes, and array results were validated. As house-keeping control PPIA gene was used because of its preferable expression stability.
In this thesis study; the gene expression levels of SCG2 (an important vesicular transport protein), were found to be increased by 30.5 (p=1.17x10-5) fold when comparing the cells under basal conditions to nascent ICA formations (day 0 and day 14 differentiation protocol samples). Moreover, SST and POU5F1 gene expressions were also significantly increased although not reaching significance levels as of SCG2 gene.