Buzağılarda enterik calicivirus (BEC) enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi
Molecular epidemiology of BEC infections in calves
Yazar: İLKE KARAYEL
Danışman: PROF. DR. FERAY ALKAN
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Bovin diyare virüsü = Bovine diarrhea virus ; Buzağılar = Calves ; Diyare = Diarrhea ; Enfeksiyon = Infection ; Kalisivirüsler = Caliciviridae ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Sığırlar = Cattles ; Virüsler = Viruses ; İnekler = Cows

Özet:
Buzağılarda BEC Enfeksiyonlarının Moleküler Epidemiyolojisi
Bu çalışmada, farklı illerde (Aksaray, Amasya, Ankara, Bursa, Çankırı, Denizli, Eskişehir, İzmir, Kırklareli ve Şanlıurfa) yerleşik entansif sığır yetiştiriciliği işletmeleri ya da küçük aile işletmelerinde gözlenen ishal olguları sırasında 167 ishalli buzağılardan temin edilen gaita örneklerinde BEC'lerin (BoNoV ve Nebovirus) varlığının yanı sıra diğer bazı enteropatojenler (BRV, BCV, vb) de sorgulanmıştır. Bu amaçla BEC RdRp gen bölgesini hedef alan Onestep-RT-PCR sonrasında Nested-PCR uygulanmış, test edilen gaita örneklerinin 76'sı BEC yönünden pozitif bulunmuştur. Saptanan BEC pozitif materyaller, BoNoV ve Nebovirus yönünden incelendiğinde 56'sında BoNoV, 37'sinde Nebovirus varlığı saptanmış ve 17 gaita örneği söz konusu her iki etken yönünden de pozitif bulunmuştur. Ayrıca BEC tespiti verileri örneklenen hayvanların yaşı, örneklemenin yapıldığı mevsim ve diğer enteropatojenler ile çoklu enfeksiyonlar yönünden de incelenmiştir. 
 RdRp gen bölgesi dizin analizi bilgileri 34 BoNoV için elde edilmiş olup, filogenetik analiz sonucunda, 25 BoNoV daha önce de Türkiye'de ishalli buzağılardan saptanmış olan GIII.2 genotipinde, 9 BoNoV ise ilk kez bu çalışma bildirilen GIII.1 genotipinde olarak tanımlanmıştır. Nebovirusların tümünün Nebraska-benzeri olduğu tespit edilmiştir. RdRp gen bölgesi dizin bilgilerine sahip olunan BoNoV suşlarından kapsit gen bölgesi dizin bilgileri de elde edilebilen ikisinin rekombinant suş (GIII.P1/GIII.2) olduğu, diğerlerinin RdRp gen bölgeleri ile uyumlu kapsit yapısına sahip olduğu saptanmıştır.  Kapsit gen bölgesi dizin analizi yapılabilen iki Nebovirus suşunun filogenetik ağaçta farklı Lineage'larda (Lineage 3 ve 4) yer aldığı görülmüştür. 
Sonuç olarak bu çalışmada hem entansif işletmelerde hem de küçük aile işletmelerinde görülen buzağı ishallerinin oluşumunda BEC'lerin tek başına ya da diğer enteropatojenlerle birlikte önemli rol oynadığı saptanmıştır. Ayrıca bu çalışmada Türkiye'de Nebovirus ve GIII.1 genotipli  BoNoV'ların tespitinin yanısıra bu virusların rekombinant suşlarının varlığı da ilk kez tanımlanmıştır.

Abstract:
Molecular Epidemiology of BEC Infections in Calves
In this study, we tested fecal samples of 167 diarrheic calves from small and inbred herds of different provinces (Aksaray, Amasya, Ankara, Bursa, Çankırı, Denizli, Eskişehir, İzmir, Kırklareli ve Şanlıurfa) for presence of BECs (BoNoV and Nebovirus) along with other enteric pathogens (BRV, BCV etc). For this purpose we used Nested-PCR after Onestep-RT-PCR targeting RdRp region. Out of 167 samples 76 found positive for BEC and of these positives 56 were identified as BoNoV and 37 were identified as Nebovirus and 17 of the samples were found positive for both agents. Along with BEC positivity, age distribution of calves, season of samplings and contribution of other enteric agents are also investigated.
Sequencing data of RdRp gene region is obtained for 34 BoNoV and their phylogenetic analysis showed that 25 BonoVs have GIII.2 genotype which is similar to those previously reported from Turkey and 9 BoNoVs have GIII.1 genotype which is firstly reported in this study. All Neboviruses were found Nebraska-like. BEC strains having sequenced for RdRp were also investigated for capside gene region. Of these samples two BoNoV strains were identified as recombinant strain (GIII.P1/GIII.2) while the capside sequence data of other samples were found consistent with their RdRp gene region. Two Nebovirus strains which were able to be sequenced, were observed on different lineages (lineage 3 and 4) in phylogenetic tree.
As a result BECs were designated having an important role on newborn diarrhea alone or along with other enteric pathogens for both small and inbred herds. Also this study is the first to reveal presence of Neboviruses and GIII.1 genotyped BonoV along with the recombinant strains of these viruses in Turkey.