Ege ve Akdeniz bölgelerinden örneklenen Akdeniz meyve sineği [Ceratitis capitata Wiedemann. (Diptera:Tephritidae)] popülasyonlarındaki genetik çeşitliliğin sitokrom oksidaz I (COI) geninin kısmi baz dizi analizi yardımı ile belirlenmesi
Determination of genetic diversity in mediterranean fruit fly [Ceratitis capitata Wiedemann. (Diptera:Tephritidae)] populations, which are sampled from the Aegean and Mediterranean regions with the help of base sequence analysis of the cytochrome oxidase I gene
Yazar: ABUZER GÜLER
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ERSİN DOĞAÇ
Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Akdeniz Meyve Sineği (Ceratitis capitata) başta turunçgil olmak üzere ekonomikdeğeri yüksek olan birçok bitkide zarar oluşturan önemli bir karantina zararlısıdır. Ülkemizde en fazla üretilen meyve grubu olan turunçgilde yıllık %5-80 arasında kayıplara neden olmaktadır. Bu çalışma ile ülkemiz için ekonomik kayıplara yol açan Akdeniz Meyve Sineği'nin genetik yapısı, filogenetik ilişkileri ve kolonizasyon sürecinin anlaşılması hedeflenmiştir. Bu amaçla ülkemizden 6 farklı lokasyondan (Yalova, İzmir, Aydın, Muğla, Antalya ve Mersin) toplanan örneklerde mitokondriyal DNA sitokrom oksidaz I geninin yüksek polimorfizim gösteren bölgesinin kısmi baz dizi analizi yapılmıştır. Sonuçlar, Akdeniz Meyve Sineği popülasyonlarında nispeten yüksek genetik çeşitlilik bulunduğunu, ancak bölgesel bir farklılaşma olmadığını ortaya koymuştur. Çalışma sonucunda toplam 18 haplotip elde edilmiş ve bunlardan yanlızca ülkemize özgü olan 6 tanesi MG764535-MG764540 erişim numaraları ile Gen Bankasına kaydedilmişlerdir. Üretimin fazla olduğu Akdeniz Bölgesi örneklerinin (Mersin ve Antalya) genetik çeşitliliğin diğer bölgelere göre daha fazla olduğu bulunmuştur. Çalışılan tüm popülasyonlara ilişkin ortalama haplotip çeşitliliği 0,451003 ve ortalama nükleotid çeşitliliği 0,00098 olarak bulunmuştur. Örnek sayıları eşit olmamakla beraber haplotip sayısı en fazla Mersin (8) popülasyonunda gözlemlenirken, en az ise ikişer haplotiple Yalova ve Muğla popülasyonlarında gözlenmiştir. En fazla haplotip çeşitliliği Antalya (0,82857) en az ise Muğla (0,13333) popülasyonlarında gözlenmiştir. Popülasyonlar arasındaki genetik farklılaşma 0,15150 ile en fazla Antalya ve Yalova popülasyonları arasında gözlemlenirken, en az farklılaşma ise Muğla ve Yalova (-0,00391)popülasyonları arasında gözlenmiştir. Popülasyonlar arasındaki gen akış seviyesi ise 4.49 olarak bulunmuştur. Daha önceden Gen bankasında yayınlanmış baz dizileri ile beraber çalışmamızdan elde edilen mitokondriyal haplotipler kullanılmıştır. Network analizi 
sonucunda ülkemiz Akdeniz Havzası ülkeleriyle ortak kümelenme göstermiştir. Ülkeler bazında FST değerlerine bakıldığında Türkiye en fazla Ganaile (0,85292),en az iseAvustralya ile (-0.01195) genetik farkılaşma göstermiştir. Elde edilen sonuçlar, Avustralya istilalarının muhtemel kaynağının Doğu Akdeniz Havzasıolabileceğini desteklemektedir.
Bu tez çalışmasıyla ülkemizde bulunan Akdeniz Meyve Sineği popülasyonlarınıngenetik yapısı ve göç yolları ortaya konmuştur. Bu önemli zararlı ile daha etkin mücadele stratejilerinin geliştirilmesine olanak sağlaması bakımından daha farklı markör sistemleri ile daha fazla lokasyondan daha fazla örnek ile yapılacak çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Böylece elde edilecek sonuçlar ile Akdeniz Meyve Sineği popülasyonlarının genetik yapısının, filogenetik ilişkilerinin ve kolonizasyon sürecinin daha iyi anlaşılması mümkün olabilecektir.

Anahtar kelimeler: Ceratitis capitata, Sitokrom Oksidaz I Geni, mtDNA Dizi Analizi, Genetik Çeşitlilik,

Abstract:
The Mediterranean Fruit fly (Ceratitis capitata) a quarantine pest woldwide, is an economically significant pest of many fruit species, especially on citrus. Turkey is one of the leading citrus producer in the world and the damage caused by the medfly can reach up to %5-80. The main aim of this study is to understand the genetic structures, phylogenetic relationships and colonization process of medfly populations. In order to reach this goal we partially sequenced and anallzed the highly polymorphic region of mtDNA cytochrome oxidase I gene in medfly populations which were collected from 6 different provinces (Yalova, İzmir, Aydın, Muğla, Antalya and Mersin) of Turkey. Our results indicated the presence of moderate level of genetic polymorphism, with no regional differentiation in these populations. We obtained 18 different haplotypes and 6 of them were specific for Turkey (they were deposited in Genbank with the accession numbers MG764535-MG764540). The higher genetic diversty were recorded in Mersin-Antalya populations. The haplotype and nucleotide diversity values were 0,451003 and 0,00098 respectively. The number of haplotypes observed in medfly populations ranged from 2 (Yalova and Muğla) to 8 (Mersin). The haplotype diversities in populations ranged from 0,13333 (Muğla) to 0,82857 (Antalya). The genetic differentiation values changed between 0,15150 (Antalya and Yalova) and -0,00391 (Muğla and Yalova). The Nm value was 4.49. When we analyze our data with previously published sequences, the Network analysis indicated that the Turkish populations were grouped with the populations from Mediterranean Basin. Based on worldwide data, we observed the highest genetic differentiation between Ghana and Turkey (FST: 0,85292) and the lowest between Australia and Turkey (FST: -0.01195). Our results also indicated that the Australian samples were originated from Eastren Mediterranean Basin. 
 
In this thesis, we studied the genetic structure and colonization route of Medfly populations. However, in order to design more effictive pest management strategies against this organism, more samples should be used from different parts of the World. The information gained from these studies will help us to understand phylogenetic relationships and colonization route of this organism.

Keywords: Ceratitis capitata, Cytochrome Oxidase I Gene, mtDNA Sequence, Genetic Variations