PD-L1 geni susturulmuş mide kanseri hücrelerinde dosetaksel ilacının antikanser aktivitesi ile hücre döngüsü ve apoptozis genleri arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the relationship between anticancer activity of docetaxel and cell cycle and apoptosis genes in gastric cancer cells with silencing PD-L1 gene
Yazar: CEMİLE ZONTUL
Danışman: PROF. DR. YAVUZ SİLİĞ
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya (Tıp) Ana Bilim Dalı / Biyokimya Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Apoptozis = Apoptosis ; Dosetaksel = Docetaxel ; Hücre döngüsü = Cell cycle ; Mide kanseri =

Özet:
Bu çalışmada, PD-L1 geni susturulmuş AGS mide kanseri hücre hatlarında, dosetaksel ilacının sitotoksik aktivitesi ve MYC, CASP2, Tp53, RAD51, BRCA2, MDM2 ve BAX genlerinin ekspresyon düzeyleri, apoptoz üzerine etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda öncelikle hücre döngüsü ve apoptozda görevli proteinlerin birbirleriyle ve PD-L1 geni ile etkileşimini belirlemek için String v11 programı kullanıldı. Analiz sonucunda PD-L1 proteininin MYC, CASP2, Tp53, RAD51, BRCA2, MDM2 ve BAX proteinleri ile etkileşimleri belirlendi. Mide kanseri teşhisi alan ve ameliyat olan hastalardan alınan doku örneklerinde PD-L1, MYC, CASP2, Tp53, RAD51, BRCA2, MDM2 ve BAX genlerinin ekspresyon düzeyleri tespit edildi. Dosetaksel ilacı AGS hücre hattına sekiz farklı konsantrasyonda (1-100 µg/mL) 24, 48 ve 72 saat süreyle uygulanmış ve antikanser aktiviteleri MTT yöntemi ile belirlenerek IC50 değeri hesaplandı ve hücrelere uygulandı, RNA izole edildi ve cDNA sentezlendi.  siRNA havuzu ile PD-L1 geni susturuldu. RT-PCR cihazında ∆∆CT yöntemi kullanılarak hücre döngüsü, apoptoz genleri ve PD-L1 geninin ekspresyon düzeyleri analiz edildi. PD-L1 geni susturulmuş ve dosetaksel uygulanmış hücrelerde apoptotik cisimcikleri belirlemek için DAPi boyama işlemi gerçekleştirildi. Mide kanseri tümör dokularında BRCA2, BAX, RAD51 genlerinin ekspresyonu kontrol grubuna kıyasla azaldığı; PD-L1, MDM2, MYC, CASP2, TP53 genlerinin ise kontrol grubuna kıyasla arttığı tespit edildi. PD-L1 siRNA transfekte edilmiş AGS hücre hattında PD-L1, MDM2, BRCA2, BAX, MYC, CASP2, Tp53 genlerinin ekspresyonunun kontrol grubuna kıyasla azaldığı, RAD51 geninin ise kontrol grubuna kıyasla arttığı tespit edilmiştir. Sonuç olarak mide kanseri tedavisinde PD-L1 genin susturulması ve DTX ile kombine tedavi umut vericidir. Ancak, konuyla ilgili daha kapsamlı in vitro ve in vivo çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.

Abstract:
In this study, it was aimed to investigate the cytotoxic activity of the drug docetaxel, the expression levels of MYC, CASP2, Tp53, RAD51, BRCA2, MDM2 and BAX genes and its effect on apoptosis in AGS gastric cancer cell lines with the PD-L1 gene silenced. In our study, String v11 program was used primarily to determine the interaction of proteins involved in cell cycle and apoptosis with each other and with the PD-L1 gene. As a result of the analysis, the interactions of PD-L1 protein with MYC, CASP2, Tp53, RAD51, BRCA2, MDM2 and BAX proteins were determined. Expression levels of PD-L1, MYC, CASP2, Tp53, RAD51, BRCA2, MDM2 and BAX genes were detected in tissue samples taken from patients diagnosed with stomach cancer and who underwent surgery. Docetaxel drug was applied to the AGS cell line at eight different concentrations (1-100 µg/mL) for 24, 48 and 72 hours, and its anticancer activities were determined by the MTT method, the IC50 value was calculated and applied to the cells, RNA was isolated and cDNA was synthesized. The PD-L1 gene was silenced with the siRNA pool. Expression levels of cell cycle, apoptosis genes and PD-L1 gene were analyzed using the ∆∆CT method on the RT-PCR device. DAPi staining was performed to identify apoptotic bodies in PD-L1 gene silenced and docetaxel-treated cells. The expression of BRCA2, BAX, RAD51 genes in gastric cancer tumor tissues was decreased compared to the control group; PD-L1, MDM2, MYC, CASP2, TP53 genes were found to be increased compared to the control group. It was determined that the expression of PD-L1, MDM2, BRCA2, BAX, MYC, CASP2, Tp53 genes decreased in the PD-L1 siRNA transfected AGS cell line compared to the control group, while the RAD51 gene increased compared to the control group. As a result, PD-L1 gene silencing and combined treatment with DTX are promising in the treatment of gastric cancer. However, more comprehensive in vitro and in vivo studies on the subject are needed.