Dünyanın değişik yörelerinden izole edilen Rhizoctonia zeae (Waitea circinata var. zeae) izolatlarının filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi
Determination of phylogenetic relationships of Rhizoctonia zeae (Waitea circinata var. zeae) isolates isolated from the various regions of the world
Yazar: EMİNE BANU KİBAROĞLU
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOÇ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
DÜNYANIN DEĞİŞİK YÖRELERİNDEN İZOLE EDİLEN Rhizoctonia zeae (Waitea circinata var. zeae) İZOLATLARININ FİLOGENETİK İLİŞKİLERİNİN BELİRLENMESİBu çalışmada, dünyanın değişik bölgelerinden izole edilmiş, Waitea circinata var. zeae izolatları (22 adet) kullanılmıştır.Çalışmalar sırasında, elde edilmiş olan izolatların öncelikle kültürel morfolojisi incelenmiş, bu özelliklerin literatürde belirtilen özelliklerle uyumlu olduğu tespit edilmiştir. İzolatların morfolojik olarak değişken olduğu belirlenmiş olsa da, kültürel morfolojiye dayalı olarak Waitea circinata var. zeae içinde altgrup ayrımı yapılamamıştır.Makroskobik anastomoz çalışmaları Waitea circinata türü içindeki izolatlar arasında genetik bir ilişkinin varlığını göstermiş fakat, bu özelliklerle ilişkili grupların ayrımı yapılamamıştır.İzolatlar genetik olarak 2 farklı yöntemle değerlendirilmiştir: rDNA-ITS PCR-RFLP ve rDNA-ITS dizi analizi. Her iki yöntemde de, öncelikle ITS 1 ve ITS 4 primerleri kullanılarak rDNA-ITS gen bölgesi PCR işlemi ile çoğaltılmıştır.PCR-RFLP çalışmasında, elde edilen DNA bölgesi saflaştırıldıktan sonra HhaI, MseI ve Taq?I restriksiyon enzimleri ile kesilmiştir. Enzimatik kesim sonucu oluşan şablonlar kullanılarak UPGMA ağacı elde edilmiştir. Elde edilen ağaç bazı izolatlar hariç grupların ayrılabildiğini ve her grup içindeki farklılıklar olduğunu göstermiştir.rDNA-ITS dizi analizi ile her bir izolatın ilgili DNA bölgesinin dizileri belirlenmiş ve hizalama yapıldıktan sonra 2 farklı filogenetik teknik ile analiz edilmiştir. Bu analizlerin sonucunda, grupların ayrımının rDNA-ITS dizi analiziyle PCR-RFLP'ye göre daha iyi bir şekilde yapılabildiği görülmüş ve özellikle Waitea circinata var. zeae içinde 2 alt grubun olabileceği ilk kez tespit edilmiştir.Anahtar Sözcükler: Waitea circinata var. zeae, Rhizoctonia zeae, PCR-RFLP, rDNA-ITS dizi analizi

Abstract:
DETERMINATION OF PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS OF Rhizoctonia zeae (Waitea circinata var. zeae) ISOLATES ISOLATED FROM THE VARIOUS REGIONS OF THE WORLDIn this study, isolates of Waitea circinata var. zeae (22 piece), isolated from various regions of the world, were used.During studies, cultural morphologies of isolates obtained were examined and determined that these properties was in consonance with the literature. Although it was found out that isolates were different morphologically, subgroup differention in relation with these properties were not made.Macroscopic anastomosis reactions implied presence of genetic relationship among isolates within Waitea circinata var. zeae, but failed to differ the isolates.The isolates were analysed with 2 different genetic methods: rDNA-ITS PCR-RFLP and rDNA-ITS sequence analysis. For these two methods, rDNA-ITS regions were initially amplified by PCR using universal primers ITS1 and ITS 4.For PCR-RFLP analysis, the purified PCR products were digested with restriction enzymes HhaI, MseI and Taq?I. Then UPGMA trees were obtained using the resultant enzyme patterns. The tree revealed that the groups were able to distinguish from each other and differences in groups existed.With rDNA-ITS sequence analysis, phylogenetic relations between isolates were determined with 2 different phylogenetic algoritms (NJ and Parsimoni) after aligning the homolog DNA residues. In results of these analysis, it was determined that differentiation of the group could make better with ITS-sequence anlysis than those of PCR-RFLP and Waitea circinata var. zeae were able to cluster 2 sub-group at first time in the world.Key Words: Waitea circinata var. zeae, Rhizoctonia zeae, PCR-RFLP, rDNA-ITS sequence analysis