Acinetobacter baumannii izolatlarının genotiplerinin saptanması ve biyofilm oluşumu ile karşılaştırılması
Determination of genotypes of acinetobacter baumannii isolates and comparison with biofilm formation
Yazar: FATMA ZEHRA DUYMAZ
Danışman: PROF. DR. FATMA BUDAK
Kocaeli Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Biyofilmler = Biofilms ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Acinetobacter baumannii izolatlarının genotiplerinin saptanmasıve biyofilm oluşumu ile karşılaştırılması
Giriş ve Amaç
 ÇİD Acinetobacter baumannii, tüm dünyada yaygın görülen ciddi bir nozokomiyal enfeksiyon etkenidir. Bu çalışmada; Ekim 2016 ile Aralık 2017 tarihleri arasında Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilmiş A.baumannii izolatları arasındaki klonal ilişkisinin ortaya konması, epidemik ve sporadik ÇİD izolatların sekans tipinin belirlenmesi, biyofilm aktivitesinin ve biyofilm ile ilgili genlerinin varlığının araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve yöntem
YBÜ ve servis hastalarının örneklerinden izole edilen 60 ÇİD izolat ve 30 ÇİD olmayan A. baumanii izolatı çalışmaya alınmıştır. İzolatlar arasındaki klonal ilişkinin ve hastanemizdeki genotiplerin belirlenmesi amacıyla REP-PZR yöntemi kullanılmıştır. XTT redüksiyon analizi kullanılarak izolatların biyofilm aktivitesi belirlenmiş ve biyofilm ile ilişkili bap, abaI, ompA, bfmR, csuE gen bölgeleri PZR yöntemi ile araştırılmıştır. Endemik genotip ve diğer ÇİD izolatların olduğu sporadik genotiplerden temsilci izolatların MLST ile sekans tipi belirlenmiştir. 
Bulgular
İzolatların % 59'unda, hastanemiz endemik genotipi (Genotip A) saptanmış olup, bu genotipi temsilen iki izolatın MLST ile ST-2 klonuna ait olduğu bulunmuştur. Ayrıca kolistin dirençli bir izolat ST-604, sporadik genotiplerden ST-695 ve ST-157 klonları tespit edilmiştir. Hastanemizdeki A. baumannii izolatlarının çoğunun biyofilm ilişkili genleri taşıdığı ve bununla uyumlu olarak güçlü biyofilm aktivitesine sahip olduğu saptanmıştır. ÇİD izolatlarda, ÇİD olmayanlara göre ompA ve csuE gen pozitifliği anlamlı oranda yüksek bulunmuştur (p=0,003,p=0,001). CsuE geni pozitif olanların, negatif olanlara göre anlamlı olarak daha güçlü biyofilm aktivitesine sahip olduğu tespit edilmiştir (p=0,009).
Sonuç
Hastanemiz YBÜ ve çeşitli servislerinde, ST-2 klonuna ait güçlü biyofilm aktivitesine sahip ÇİD A. baumannii izolatları endemik olarak bulunmaktadır. Bunun yanı sıra ST-604, ST-695 ve ST-157 klonları da zaman zaman tespit edilmiştir. İzolatlar arasındaki klonal ilişkilerin belirlenmesi ve biyofilmin fenotipik ve genotipik olarak araştırılması; A. baumannii enfeksiyonlarının önlenmesi, kontrolü ve tedavisinde yardımcı olacaktır. 
Anahtar Sözcükler: A. baumannii, Biyofilm, REP-PZR, MLST.

Abstract:
Determination of Genotypes of Acinetobacter baumannii Isolates and Comparison with Biofilm Formation
Introduction and Purpose
MDR A. baumanii is serious nosocomial infection agent seen common in all of the world. The aim of this study is to investigate biofilm activity and the presence of biofilm related genes, to determine the clonal relationship between A.baumannii isolates and to investigate the sequence type in epidemic and sporadic MDR isolates. Strains isolated from clinical samples sent to the Microbiology Laboratory of Kocaeli University Medical Faculty Hospital between October 2016 and December 2017.
Materials and methods
It was included 60 MDR and 30 non-MDR A. baumannii strains isolated from ICU and service patients'samples. In order to determine clonal relationship between isolates and genotypes in our hospital, REP-PZR method was used.  The strains' biofilm activity was determined using XTT reduction analysis and  biofilm related bap, abaI, ompA, bfmR, csuE gene regions were investigated by PCR method. MLST was used to determine sequence type of representative isolates from endemic genotype and other MDR isolates of sporadic genotypes. 
Results
The endemic genotype (Genotype A) was determined in 59% of the isolates and two isolates representing this genotype were belong to ST-2 clones. Also ST-604 clone in a colistin-resistant isolate, ST-695 and ST-157 clones from sporadic genotypes were determined. Most of the A. baumannii isolates in our hospital have biofilm-related genes and have strong biofilm activity. In MDR isolates, ompA and csuE gene positivity were significantly higher than those non-MDR isolates (p=0,003, p=0,001). CsuE gene positive isolates were found to have significantly stronger biofilm activity than negative ones (p=0,009).
Conclusion
MDR A. baumannii isolates with strong biofilm activity are belong to ST-2 clone and endemic in ICU and various services of our hospital. In addition, ST-604, ST-695 and ST-157 clones were also detected. To determine of clonal relationship between isolates and investigate of phenotypic and genotypic biofilm will help prevention, control and treatment of A. baumannii infections.
Key Words: A. baumannii, Biofilm, REP-PCR, MLST.