Rasopati tanısı alan olgularda moleküler analiz sonuçlarının retrospektif olarak incelenmesi
Retrospective study of molecular analysis results in cases diagnosed with rasopathy
Yazar: KÜBRA ATEŞ
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM TEKEDERELİ
İnönü Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Genler-RAS = Genes-RAS ; Genler-nörofibromatoz 1 = Genes-neurofibromatosis 1 ; Nörofibromatozis = Neurofibromatoses ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; Turner sendromu = Turner syndrome

Özet:
Amaç: Rasopati grubu hastalıklar en sık rastlanan genetik sendrom gruplarından biridir. Klinik bulgular bazı durumlarda iç içe geçmiş şekilde olabilmektedir ve moleküler tanı bu amaçla büyük öneme sahiptir. Bu amaçla oluşturulmuş hedefli gen panelleri hızlı ve ucuz tanı yöntemi olarak oldukça önem arz etmektedir. Bu tez çalışmasında Rasopati grubu sendromların hedefli yeni nesil dizi analizi verilerine göre retrospektif olarak araştırılarak, sendrom sıklıkları ile mutasyon türlerinin belirlenmesi ve sonuçların genotip-fenotip korelasyonuyla yorumlanması amaçlanmıştır.
Materyal ve Metot: Bu tez çalışması için 2016-2021 yılları arasında İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik polikliniğine başvuran ve Rasopati moleküler tanısı alan 61 olgu retrospektif olarak incelenmiş, klinik bulguları, olgulara ait demografik bilgiler ve laboratuvar sonuçları taranarak saptanan mutasyonlar ile olguların klinikleri karşılaştırılmıştır. Çalışma verileri için tanımlayıcı istatistiksel metodlar kullanılmıştır. 
Bulgular: Çalışma kapsamında ACMG kriterlerine göre 41 patojenik, 17 muhtemel patojenik ve 3 VUS varyant saptanmıştır. 20 tane daha önce literatürde bildirilmemiş yeni varyant saptanmış, bunların 19 tanesi NF1 geninde bulunmuştur. Toplamda 41 varyant ise daha önce literatürde bildirilmiştir. İndeks olguların 42 tanesinde NF1 geninde varyant saptanırken 9 olguda PTPN11, 3 olguda RAF1, 3 olguda SOS1 ve birer olguda KRAS, NRAS, SOS2 ve RIT1 genlerinde klinik ile ilişkili varyant 
mevcuttu.
Sonuç: Çalışmamızda Rasopati moleküler tanısı almış olgular retrospektif olarak incelenmiş ve klinik korelasyonları açısından değerlendirilmiştir. Rasopati sendromlarının kendi içinde dağılım oranları açısından en sık NF1, 2. sıklıkla Noonan sendromu büyük çoğunluğu oluşturmuştur. Klinik olarak Rasopati sendromları arasında ayırıcı tanı yapılamayan durumlarda moleküler analiz oldukça önemlidir. Tasarlanmış hedefli Rasopati panel genleri zamansal ve maddi açıdan kazanç sağlanmakta olup tanıyı kolaylaştırmaktadır.

Abstract:
Aim: Rasopathies are one of the most common genetic syndrome groups. Clinical findings may be overlapped in some cases and molecular diagnosis has a great importance for this purpose. Targeted gene panels are very important as a fast and cost-effective diagnostic method. In this thesis, it is aimed to determine the frequency of syndromes and mutation types and to associate them with the clinical findings, to interpret the results with genotype-phenotype correlations by retrospectively investigating Rasopathies according to targeted next-generation sequence analysis data.
Material and method: For this thesis study, 61 cases who applied to İnönü University Faculty of Medicine Medical Genetics Polyclinic between the years 2016-2021 and were diagnosed with Rasopathy molecularly were analyzed retrospectively. Descriptive statistical methods were used for the study data.
Results: In the study, 41 pathogenic, 17 likely pathogenic and 3 VUS variants were detected according to ACMG criteria. 20 novel variants were detected, 19 of which were found in the NF1 gene. Totally, 41 variants have been previously reported in the literature. A variant in NF1 gene was detected in 42 of the index cases. Clinically related variants were found in PTPN11 gene in 9 cases, RAF1 in 3 cases, SOS1 in 3 cases, KRAS in a case, NRAS in a case, SOS2 in a case and RIT1 in a case.
Conclusion: In our study, cases with a molecular diagnosis of Rasopathy were investigated retrospectively and evaluated in terms of clinical correlations. In terms of distribution rates of rasopathies, NF1 was the most common and Noonan syndrome was the second most common. Molecular analysis is very important, especially in cases that clinical differential diagnosis among Rasopathies cannot be made. Designed targeted Rasopathy panel tests save time and money and facilitate diagnosis.