Halofillerin adaptasyonunda ekstrasellüler veziküllerin rolü
The role of extracellular vesicles in the adaptation of halophiles
Yazar: DİLAN BARUT
Danışman: DOÇ. DR. PINAR AYTAR ÇELİK ; DOÇ. DR. BURAK DERKUŞ
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Halofilik bakteriler = Halophilic bacteria ; Uyum = Adaptation ; Vezikül = Blister

Özet:
Ekstrasellüler veziküller, farklı hücre tiplerinden salgılanan lipit çift katmanlı nanometrik yapılardır. Veziküllerin salgılandıkları bakteri hücrelerinin patogenezi ve çevreye adaptasyonu ile ilgili işlevlerde rolleri olduğu bilinmektedir. Bunun yanında veziküllerin biyoteknolojik kullanımları da hız kazanmıştır. Ekstremofilik mikroorganizmaların ürettikleri metabolitler ve adaptasyon mekanizmaları da biyoteknolojik öneme sahiptir. Bu tez çalışmasında sunulan araştırma, halofilik bakterilerin vezikül karakterizasyonuna ve adaptasyondaki rolüne odaklanmıştır.
Halomonas caseinilytica farklı tuz konsantrasyonlarında geliştirilip her bir gruptan vezikül izolasyonu yapılmıştır. Aynı zamanda kontrol grubu olarak mezofilik bakteri olan Escherichia coli'den de vezikül izolasyonu yapılmıştır. Veziküllerin morfolojik yapıları karakterize edilmiştir ve protein bileşimleri tespit edilip adaptasyon mekanizmasına dair bir farklılık taranmıştır. 
Yapılan analizler sonucunda farklı tuz konsantrasyonlarına ait veziküllerde genel olarak benzer protein profilleri olduğu bulunmuştur ancak temel bileşen analizi sonucunda farklı kümelenen protein profilleri olarak OmpA-OmpF porinleri, Uzama faktörü Tu, şaperonin ve TolB tespit edilmiştir. Bu proteinlerin vezikül oluşumu ve adaptasyon mekanizmasında rolleri olabileceği düşünülmektedir.

Anahtar Kelimeler: Ekstrasellüler vezikül, Halofilik mikroorganizma, Adaptasyon

Abstract:
Extracellular vesicles are nanometric lipid bilayer particles released by several cell types. The vesicles are known to have a function in the pathogenicity and adaptability of the bacterial cells they produce to the environment. Furthermore, the biotechnological use of vesicles has gained traction. Extremophilic bacteria metabolites and adaption processes are also important in biotechnology. The research presented in this thesis study focused on the vesicle characterisation of halophilic bacteria and its involvement in adaptation.
Halomonas caseinilytica was cultivated at various salt concentrations, and vesicles from each group were isolated. Simultaneously, vesicle isolation from Escherichia coli, a mesophilic bacteria, was performed as a control group. The morphological features of the vesicles were studied, their protein composition was identified, and several adaption mechanisms were investigated.
The investigation showed that there were usually comparable protein profiles in the vesicles of different salt concentrations, however the main component analysis revealed that OmpA-OmpF porins, Elongation factor Tu, chaperonin, and TolB were distinct aggregating protein profiles. These proteins are hypothesized to play roles in vesicle production and adaption mechanisms.

Keywords: Extracellular vesicles, Halophilic microorganism, Adaptation