HEPT bileşik serisinin HIV-1 inhibitörü olarak elektron konformasyon-genetik algoritma (EC-GA) yöntemi ile QSAR incelenmesi
Qsar studies with electron conformation-genetic algorithm (EC-GA) method on HEPT compounds as HIV-1 inhibitor
Yazar: EBRU KAYA
Danışman: PROF. DR. EMİN SARIPINAR
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: AIDS = AIDS

Özet:
Bu çalışmada 1-[(2-hidroksietoksi)metil]-6-(feniltiyo)timin (HEPT) bileşiklerinin Elektron Konformasyon-Genetik Algoritma (EC-GA) ile kantitatif HIV aktivite hesaplaması ve farmakofor (Pha) grubu tanımlaması yapılmıştır. Serideki bütün bileşikler için Elektron Konformasyonel Uygunluk Matrisleri (ECMC) bileşiklerin elektronik yapı hesaplamaları ve konformasyon analiz bilgilerinden faydalanılarak EMRE 1.2 programı ile hazırlanmıştır. ECMC ler Pha grubu temsil eden ve aktif bileşiklerin hepsinde aynı olan Elektron Konformasyonel Alt Matrisi (ECSA) bulmak için karşılaştırılır. Moleküler parametreler serideki bütün bileşiklerin her bir konformeri için çalışma grubumuz tarafından geliştirilen EMRE 1.2 programı ile hazırlandı ve bu parametreler aktiviteyi hesaplamak için Genetik Algoritma Optimizasyon Tekniğinde kullanıldı. Biyolojik aktivite hesaplaması için 174 parametre hazırlandı. Ancak bu moleküler parametrelerin hepsi aktivite hesaplaması için önemli değildir. Bu parametrelerin önemli olanlarını seçmek ve aktivitelerine karar vermek için genetik algoritma optimizasyon tekniği ve en küçük kareler yöntemi kullanılmıştır. 80 bileşik için deneysel ve hesaplanan aktivite arasındaki korelasyon katsayısı, R2, 0.9153 olarak bulunmuştur. Bu çalışmalara ek olarak bileşik serisi eğitim seti (45 bileşik) ve test seti (35 bileşik) olmak üzere iki gruba ayrılmıştır. Eğitim setinin biyoaktivitesini en iyi parametrelerle hesaplamak için, GA ve lsqnonlin metodları kullanılmıştır. Eğitim setinden elde edilen moleküler parametreler kullanılarak test seti için biyoaktivite belirlenmiştir. R değerleri eğitim ve test seti için sıra ile 0.9460 ve 0.7080 olarak hesaplanmıştır.Anahtar Kelimeler: QSAR,EC-GA, HEPT, HIV-1, Farmakofor

Abstract:
We report here the results of pharmacophore (Pha) identification and quantitative HIV activity prediction for the class of 1-[(2-hydroxyethoxy)methyl]-6-(phenylthio)thymine (HEPT) using the Electron Confomation-Genetic Algorithm (EC-GA) method. The Electron Conformational Matrices of Congruity (ECMCs) are constructed from the data of conformational analysis and electronic structure calculation of each molecules in the compound series by EMRE 1.2 programme. Later, the ECMC is processed by means of a special program of matrix comparisons (ECSP 1.0) in order to reveal the Electron Conformational Submatrix of Activity (ECSA), which represent the Pha, same for all the active compounds. The molecular descriptors of every conformer of the compounds are performed with EMRE 1.2 which is prepared by us and these descriptors are used in Genetic Algorithm Optimization Tecnique (GA) for calculating the activity. Every conformer of each compound is described by 174 are molecular descriptors available for predicting biological activity. Not all of the molecular descriptors are important in determining the biological activity. To select the important variables for describing the inhibition activities, the variable selection method using GA and nonlinear least square regression methods (lsqnonlin) were applied. The correlation coffecient, between estimated activity and experimentally measured activity is found to be 0.9153. In addition to this calculation, the compound series divided into training set and testing set The most important molecular descriptors in determining the biological activity of training set are found by using GA and lsqnonlin calculations. Using the molecular descriptor values found biological activity of the test set are determined. R2 values obtained are 0.9460 and 0.7080 for the training and testing sets, respectively.Keywords: QSAR, EC-GA, HEPT, HIV-1, Pharmacophere