Gastrointestinal şikayetleri olan hastalarda dientamoeba fragilis'in kültür, RT-PCR yöntemleriyle araştırılması ve genotiplendirilmesi
Investigation and genotyping of dientamoeba fragilis by culture, RT-PCR methods in patients with gastrointestinal complaints
Yazar: FİLİZ AYRANGÖL
Danışman: PROF. DR. ÖZDEN BORAL
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Dientamoeba fragilis = Dientamoeba fragilis ; Diyare = Diarrhea ; Gastrointestinal hastalıklar = Gastrointestinal diseases ; Gastrointestinal sistem = Gastrointestinal system ; Genotip = Genotype ; Paraziter hastalıklar = Parasitic diseases ; Parazitler = Parasites ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Dientamoeba fragilis (D. fragilis), insan gastrointestinal sistem hastalıklarının bir nedeni olarak tıpta yıllardır göz ardı edilmiş, 5- 15 μm çapında, tek veya çift nükleuslu tek hücreli bir trikomonad parazittir. D. fragilis başta ishal ve karın ağrısı olmak üzere bulantı-kusma, şişkinlik ve kilo kaybı gibi gastrointestinal şikayetlerle ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmada amacımız D. fragilis'in çeşitli gastrointestinal şikayetlerle ilişkisini araştırmak, tanıda belirli kültür yöntemleriyle moleküler yöntemleri karşılaştırmak ve D. fragilis genotiplerinin, görülen klinik belirtilerle ilişkisini ortaya çıkarmaktır. Bu amaçla toplanan 116 dışkı örneği BD ve LE besiyerlerine inoküle edilmiş, 48 saat sonra kültürler incelemeye alınmıştır. Kültürle 7 örnekte D. fragilis üretilmiştir (%6,03). Klasik PCR ve RT-PCR yöntemleriyle toplamda 18 hastada D. fragilis saptanmıştır (%15,52). Moleküler yöntemler ile kültür yöntemleri arasında anlamlı bir farklılık gözlenmiştir (p<0,001). 18 D. fragilis örneğinin genotiplendirilmesi yapılmış, tüm örnekler Genotip 1'e ait bulunmuştur. Klinik belirtiler ile D. fragilis genotipleri arasında anlamlı bir ilişki bulunmamıştır. Klinik belirtilerde en çok ishal ve karın ağrısı görülmüş, ancak anlamlı bir ilişki saptanmamıştır (p<0,75 ve p<0,37). Sonuçlarımız, D. fragilis tanısı için en iyi yöntemin RT-PCR olduğunu kanıtlamasıyla beraber, D. fragilis genotiplerinin hastalarda görülen farklı klinik belirtilerle ilişkisi olmadığını göstermiştir.

Abstract:
Dientamoeba fragilis (D. fragilis) is a trichomonad parasite, 5-15 μm in diameter, with a single or two nucleuses, which has been ignored in medicine for years as a cause of human gastrointestinal diseases. D. fragilis has been associated with gastrointestinal complaints such as diarrhea and abdominal pain, nausea-vomiting, bloating and weight loss. Our aim in this study is to investigate the relationship of D. fragilis with various gastrointestinal complaints, to compare certain culture methods and molecular methods in diagnosis, and to reveal the relationship between D. fragilis genotypes and clinical symptoms. For this purpose, 116 stool samples collected were inoculated into BD and LE media, and the cultures were analyzed after 48 hours. D. fragilis was cultured in 7 samples (6.03%). D. fragilis was detected in 18 patients (15.52%) by classical PCR and RT-PCR methods. A significant difference was observed between molecular methods and culture methods (p<0.001). Genotyping of 18 D. fragilis samples was analyzed and all samples were found to belong to Genotype 1. No significant relationship was found between clinical symptoms and genotypes. Diarrhea and abdominal pain were the most common clinical symptoms, but no significant relationship was found (p<0.75 and p<0.37). Our results, while proving that RT-PCR is the best method for the diagnosis of D. fragilis, indicate that D. fragilis genotypes are not associated with different clinical symptoms in patients.