Hatay ilinde beta talasemi mutasyonları dağılımının DNA dizi analizi yöntemiyle araştırılması
Investigation of beta thalassemia mutations in hatay region by dna sequencing technique
Yazar: NACİYE ERYILMAZ
Danışman: DOÇ. DR. NİZAMİ DURAN ; DOÇ. DR. RAMAZAN GÜNEŞAÇAR
Mustafa Kemal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA mutasyon analizi = DNA mutational analysis ; Hatay = Hatay ; Mutasyon = Mutation ; Talasemi = Thalassemia

Özet:
ÖZETBeta talasemi beta globin zincir sentezinin azalması veya yokluğu ile karakterize yaygın bir genetik hastalıktır. Beta talasemi Türkiye'de en yaygın kalıtsal hastalıklardan biridir. Bu çalışma Türkiye'nin Hatay bölgesindeki mutasyonları ve mutasyonların frekanslarını tespit etmek için planlanmıştır. Çalışmaya 30 beta talasemi majör, 65 beta talasemi intermedia ve 42 beta talasemi minör hastasını kapsayan toplam 137 hasta dahil edilmiştir. Hematolojik parametreler ölçülmüş ve mutasyonlar günümüzün en hassas yöntemi olan DNA dizi analizi yöntemiyle tespit edilmiştir. Çalışmamızda Türkiye'de ilk kez gösterilen, Kodon 98 G>A (Hb Köln) ve Kodon 126 T>C (Hb Beirut) isimli 2 mutasyonun da dahil olduğu 19 mutasyon tanımlanmıştır: IVS-I-110 (G>A, %22.63), IVS-I-1 (G>A, %13.14), IVS-II-745 (C>G,10.58), IVS-I-6 (T>C, %10.22), Kodon 8 (-AA, %6.93), Kodon 39 (C>T, %4.74), Kodon 5 (-CT, %3.28), Kodon 44 (-C, %2.92), IVS-II-1 (G>A, %2.19), IVS-II-848 (C>A, %2.19), IVS-I-5 (G>C, %1.46), IVS-I-130 (G>C, %0.73), Kodon 17 (A>T, %0.73), Kodon 22/23/24 (-AAGTTGG, %0.73), Kodon 126 (Hb Beirut, %0.73), Kodon 98 (GTG->ATG, Hb Köln, %0.36), Kodon 90 (G>T, %0.36). Sonuçlarımızdan da anlaşılacağı üzere, Türkiye beta talasemi mutasyonları açısından heterojen olduğu için sınırlı sayıda mutasyon tarayan moleküler yöntemler ülkemiz için uygun değildir. Bu nedenle gerek prenatal gerekse postnatal beta talasemi tanısında DNA dizi analizi yönteminin uygulanmasını önermekteyiz. Ülkemizde nadir görülen ve hemoglobinopatiye neden olan mutasyonların tespiti henüz yetersiz olan ulusal hemoglobinopati varyantları veri tabanının oluşturulmasına katkı sağlayabilir ve genetik danışmada karar verme sürecinde yol gösterici olabilir. Bu tez çalışması ile, Hatay bölgesinde beta talasemi mutasyon sıklığı ilk kez DNA dizi analizi yöntemiyle tespit edilmiştir. Bölgemizdeki beta talasemi mutasyonlarının tespitinin Türkiye'nin mutasyon haritasının oluşturulmasına yardımcı olabileceğini düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Beta talasemi, mutasyon, DNA sekans analizi tekniği, Hatay.

Abstract:
ABSTRACTBeta thalassemia is a common genetic disorder characterized by reduced or absent of beta globin chain synthesis. Beta thalassemia is one of the most common hereditary disorder in Turkey. This study was planned to determine the frequency of beta thalassemia mutations in Hatay region of Turkey. A total of 30 beta thalassemia major, 65 beta thalassemia intermedia and 42 beta thalassemia minör patients were included to the study. Hematological parameters of all patients were analyzed. To determine the mutations in thalassemia were evaluated by DNA sequencing technique. In this study, a total of 19 different mutations were identified. Among these mutations, Codon 98 G>A (Hb Koln) and Codon 126 T>C (Hb Beirut) have been reported for the first time with this study in Turkey: IVS-I-110 (G>A, %22.63), IVS-I-1 (G>A, %13.14), IVS-II-745 (C>G,10.58), IVS-I-6 (T>C, %10.22), Codon 8 (-AA, %6.93), Codon 39 (C>T, %4.74), Codon 5 (-CT, %3.28), Codon 44 (-C, %2.92), IVS-II-1 (G>A, %2.19), IVS-II-848 (C>A, %2.19), IVS-I-5 (G>C, %1.46), IVS-I-130 (G>C, %0.73), Codon 17 (A>T, %0.73), Codon 22/23/24 (-AAGTTGG, %0.73), Codon 126 (Hb Beirut, %0.73), Codon 98 (GTG->ATG, Hb Koln, %0.36), Codon 90 (G>T, %0.36). As seen in our results, Turkey has shown to be heterogeneity in terms of beta thalasemia mutations. For this reason, to determined the beta thalassemia mutations in Turkey should not be used the techniques which can be scan the limited numbers of mutations. Therefore, the DNA sequencing technique is suggested for both prenatal and postnatal diagnosis of the beta thalassemia. The determination of rarely mutations leading to haemoglobinopathy can be supported to a data base of hemoglobinopathy variants in Turkey. Also, it can be useful for the genetic counseling. In this study, the frequency of beta thalassemia mutations in Hatay region was determined by DNA sequencing analysis method. We think that the determination of the these kinds of new mutations in beta thalassemia can be helpful to generate the mutation map of Turkey.Key words: Beta thalassemia, mutation, DNA sequencing technique, Hatay.