Irak'ın Nasriye ilinde idar yolu enfeksiyonlarına neden olan Escherichia coli bakterilerinin identifikasyonu ve antibiyotik dirençlerinin incelenmesi
Identification of Escherichia coli bacteria causing urinary tract infections and investigation of their resistance to antibiotics in the Nasria province of Iraq
Yazar: HADEEL ADIL MAHDI AL-HAMADANI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ ADEM BAHAR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ BURHAN AHMED MOHAMED ALİ
Kütahya Dumlupınar Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Mikrobiyolojik analiz = Microbiological analysis

Özet:
İdrar Yolu Enfeksiyonları (İYE) yetişkinlerde yaygın görülen, dünya çapında her yıl 150 milyona yakın insanı etkileyen, tedavi edilmez ise ürosepsise neden olarak ölümcül olabilen bir hastalıktır. Tedavisinde uygulanan antibiyotiklerin halen bazı ülkelerde bilinçsiz ve kontrolsüz kullanılmaları nedeni ile dünyadaki dirençli bakteri sayısındaki artış ve yayılış hızla devam etmektedir. Bu çalışmanın amacı gelişmekte olan bir ülke olarak Irak'ın Nasriye ilinde İYE'li hastalardan izole edilen Escherichia coli bakterileri üzerinde antibiyotik direnç mekanizmalarının konvansiyonel ve moleküler olarak araştırılmasıdır. Bu amaçla 2023 yılının Temmuz ayında yaklaşık bir hafta süre ile Bint Al-Huda hastanesine İYE belirtileri içeren şikâyetlerle başvuran hastalardan toplanan idrar örneklerinden patojen bakteriler izole edildi. Tür teşhisleri için 16S rRNA genleri ve direnç oluşumuna katkı sağlayan acrA ve acrB genlerinin varlığı PCR tekniği ile incelendi. İzolatlar üzerinde İYE'lerde yaygın olarak kullanılan antibiyotiklerle duyarlılık testleri gerçekleştirildi. Sonuç olarak tüm E. coli izolatlarının çoklu antibiyotik direncine sahip olduğu belirlendi. En yaygından başlayarak %100, %98, %94, %88, %76, %74, %66, %52, %30 ve %4 ile sırası ile karbenisilin, eritromisin, rifampisin, seftazidime, sefotaksim, novobiyosin, tetrasiklin, siproflaksasin, gentamisin ve nitrofurantoine karşı direnç oluşumu tespit edildi. Ayrıca izolatların virülanslarına katkı sağlayabilecek bir parametre olarak biyofilm üretme kabiliyetleri değerlendirildi ve %90'ının  farklı derecelerde biyofilm oluşturduğu belirlendi. Antibiyotik dirençleri ile ilgili genler incendiğinde ise İYE'li hastalardan elde edilen tüm E. coli izolatlarının hem acrA hemde acrB genlerini taşıdığı tespit edildi.
 
Anahtar Kelimeler: acrA, acrB, Antibiyotik Direnci, Biyofilm, Escherichia coli, İdrar Yolu Enfeksiyonları

Abstract:
Urinary tract infections (UTI) are a common disease among adults, affecting approximately 150 million people worldwide each year, and can be fatal by causing urinary sepsis if left untreated. The number of resistant bacteria continues to increase rapidly worldwide due to the uninformed and uncontrolled use of antibiotics in antibiotic treatment in some countries. The aim of this study is to investigate the mechanisms of antibiotic resistance in Escherichia coli bacteria isolated from patients with UTI in Nasriye province of Iraq, a developing country, using conventional and molecular methods. For this purpose, pathogenic bacteria were isolated from urine samples collected from patients who presented to Bint Al-Huda Hospital with complaints including symptoms of UTI for approximately one week in July 2023. To identify the species, the presence of 16S rRNA genes and acrA and acrB genes, which contribute to the formation of resistance, were examined by PCR technique. Susceptibility tests were performed on the isolates to antibiotics commonly used in UTIs. As a result, all E. coli isolates were found to have multiple antibiotic resistance. Starting from the most common, 100%, 98%, 94%, 88%, 76%, 74%, 66%, 52%, 30% and 4%, respectively, to carbenicillin, erythromycin, rifampicin, ceftazidime, cefotaxime, novobiocin, tetracycline and ciprofloxacin, to gentamicin and nitrofurantoin, were detected. In addition, the ability of the isolates to form biofilms as a factor that could contribute to their virulence was evaluated, and 90% of them were found to form biofilms to varying degrees. All E. coli isolates obtained from UTI patients were found to carry acrA and acrB genes.

Keywords: acrA, acrB, Antibiotic Resistance, Biofilm, Escherichia coli, Urinary Tract Infections