İnsan baş ve boyun skuamöz hücreli karsinomlarında miR-363-3p ve miR-200c-3p'nin rollerinin belirlenmesi
Identification of the roles of miR-363-3p and miR-200c-3p in human head and neck squamous cell carcinomas
Yazar: FATMA ŞANLI
Danışman: DOÇ. DR. ÖMER FARUK KARATAŞ
Erzurum Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology

Özet:
Baş ve boyun kanserleri (BBK) en yaygın görülen altıncı malignitedir. Tanı ve tedavisinde önemli ilerlemeler olmasına rağmen, BBK'ler hala kansere bağlı önemli ölüm nedenlerinden biri olarak karşımıza çıkmaktadır. Tüm dünyada BBK'nin mortalite ve insidansının artacağı beklentisi yeni tedavi yaklaşımlarının gerekliliğini ortaya çıkarmıştır. Yeni tedavi yöntemlerinin gelişimini ön ayak olmak amacıyla da önemli biyolojik belirteçler keşfetmek bir zorunluluk haline gelmiştir. Bu tez kapsamında, miR-200c-3p/miR-363-3p'nin BBK patogenezindeki in vitro rollerinin daha iyi anlaşılması, olası yeni hedef genlerinin belirlenmesi ve bu hedef gen aracılığıyla kanser oluşum ve gelişim süreçlerindeki katkı mekanizmalarının aydınlatılması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda, BBK tümör dokularında normal doku örneklerine göre miR-200c-3p ifadesinin azaldığı belirlenmesine karşın, miR-363-3p ifadesinin tümör örneklerinde normal doku örneklerine göre değişmediği tespit edildi. Bu nedenle, sonraki çalışmalarda miR-200c-3p'nin olası tümör süpresör potansiyeli araştırıldı. MiR-200c-3p'nin ektopik olarak arttırıldığı BBK hücrelerinde hücre canlılığı, hücre göçü, hücre invazyonu ve hücre apoptozu gibi kanser ilişkili fenotipler üzerindeki etkileri bir takım in vitro testlerle incelenerek ortaya çıkarıldı. Ayrıca, in siliko analizler yardımıyla aday hedef gen olarak belirlenen SSFA2'nin, ilk kez bu tez kapsamında miR-200c-3p'nin doğrudan hedefi olduğu lusiferaz raportör testi ile doğrulandı. Ek olarak, SSFA2'nin BBK patogenezinde onkogenik potansiyele sahip olduğu bir takım in vitro testlerle ortaya çıkarıldı. Ayrıca, SSFA2'nin taksol dirençli hücrelerde aşırı ifade edildiği ve SSFA2 ifade artışına paralel Ca2+ salınım kanalı olan IP3R1'in hücrelerde zamanla azaldığı ve BBK'de taksol direncinin ortaya çıkmasına neden olduğu ilk kez bu tez kapsamında ortaya konuldu. Elde ettiğimiz bu veriler, BBK gelişimi ve taksol direncinin oluşumunda miR-200c-3p/SSFA2/IP3R1 aksisinin rol aldığı ve BBK'lerde taksol direncinin üstesinden gelmek için SSFA2'nin terapötik olarak hedeflenebileceği ortaya çıkarıldı.

Abstract:
Head and neck cancers (HNC) are the sixth most common malignancy. Despite significant advances in the diagnosis and treatment, HNCs are still one of the major causes of cancer-related deaths. The expectation that the mortality and incidence of HNC will increase worldwide has revealed the necessity for development of new treatment approaches. It has become a necessity to discover important biomarkers in order to advance the development of new treatment methods. In this thesis, it is aimed to better understand the in vitro roles of miR-200c-3p/miR-363-3p in the pathogenesis of HNC, to identify possible new target genes and to understand the contribution of this target to the HNC pathogenesis Although miR-200c-3p expression was found to be decreased in HNC tumor tissues compared to normal tissue samples, it was determined that miR-363-3p expression did not change in tumor samples compared to normal tissue samples. Considering these findings, the possible tumor suppressor potential of miR-200c-3p was investigated in subsequent functional studies. The effects of ectopic overexpression of miR-200c-3p on cancer-related phenotypes of HNC cells, such as cell viability, cell migration, cell invasion and cell apoptosis were investigated by a number of in vitro tests. In addition, SSFA2 which was identified as a candidate target gene with the help of in silico analyzes, was confirmed as a direct target of miR-200c-3p for the first time in this thesis. In addition, a number of in vitro tests revealed that SSFA2 has oncogenic potential in the pathogenesis of HNC. In addition, we demonstrated that SSFA2 is overexpressed in taxol resistant cells and along with downregulation of IP3R1, the Ca2+ release channel. Our findings revealed that miR-200c-3p/SSFA2/IP3R1 axis may contribute to HNC pathogenesis and development of taxol resistance and SSFA2 may serve as an important therapeutic target to overcome taxol resistance in HNCs.