Otozomal resesif işitme kayıplı ailelerde otozigozite taraması ile MYO7A mutasyonlarının gösterilmesi
Screening of MYO7A by autozygosity mapping in families with autosomal recessive hearing loss
Yazar: DUYGU DUMAN
Danışman: PROF. DR. NEJAT AKAR
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Miyozin = Myosin ; Usher sendromu = Usher syndrome ; İşitme kaybı = Hearing loss

Özet:
Doğuştan veya dil gelişimi öncesi gelişen işitme kaybı yaklaşık 1000 doğumda bir görülmektedir. Bu olguların yarısına yakın bir bölümünde genetik faktörlerin etkili olduğu düşünülmektedir. Genetik nedenli işitme kayıplarının yaklaşık %30'una başka klinik bulgular eşlik etmektedir ve sendromik işitme kaybı olarak adlandırılır. Sendromik olmayan olguların yaklaşık %80'inde otozomal resesif kalıtım bulunmaktadır. Bugüne kadar sendromik olmayan otozomal resesif işitme kaybı yapan 38 gen bulunmuştur. Genetik nedenler içinde GJB2 mutasyonları beyaz ırkta en önemli yeri tutmaktadır. Türkiye' de otozomal resesif kalıtımın genetik nedenli işitme kayıplarının %90'dan fazlasında etkili olduğu görülmektedir. Bu genetik nedenler arasında GJB2 mutasyonları yaklaşık %20'lik bir payla en büyük yeri tutmaktadır.Ülkemizde akraba evliliğinin yüksek oranda olması ve ailelerin belli bölgelerde izole kalması nedeniyle nadir görülen otozomal resesif işitme kaybı yapıcı gen değişimlerinin Türkiye'de bulunma olasılığı yüksektir. Bu genlerden birisi olan MYO7A geni 11. kromozomun q13.5 bölgesinde bulunmaktadır. Bu genin 48 kodlayan ekzonu bulunmakta ve 2215 amino asitlik bir protein kodlamaktadır. Bu gendeki mutasyonlar tip1B Usher sendromuna, atipik Usher sendromuna, sendromik olmayan resesif (DFNB2) ve sendromik olmayan dominant (DFNA11) işitme kaybına neden olmaktadır.Bu çalışmaya sensorinöral işitme kaybı bulunan, aile ağacı otozomal resesif kalıtım gösteren, işitme kayıplı probandın anne babasının birbiriyle akraba olduğu 55 aile alınmıştır. Bu ailelerin fenotipik/odyolojik özellikleri belirlenmiş ve sendromik bulgulara veya çevresel işitme kaybı nedenlerine rastlanmamıştır. Çalışmaya dahil edilen ailelerin hiç birinde GJB2 geninde mutasyon olmadığı gösterilmiştir. Genom boyunca SNP bazlı otozigozite haritalamasında MYO7A geni çevresinde otozigot bölge bulunan ailelerde mutasyon analizi yapılmıştır. Bu çalışma ile Türkiye`de MYO7A mutasyonlarının dağılımını ortaya çıkararak tanı amaçlı mutasyon analizinin kolaylaştırılması amaçlanmıştır.Mikrodizin analizi ile MYO7A geni çevresinde homozigot blok olduğu gösterilen yedi ailenin beş tanesinde mutasyon bulunmuştur. İki ailede bu gende işitme kaybı ile ilgili olabilecek bir değişim bulunmamıştır. Bir ailede c.5824 G>A (p.G1924R), bir ailede c.5838delT (p.F1946LfsX24), bir ailede c.6487 G>A (p.G2163S), bir ailede c.5581 C>T (p.R1861X), bir ailede c.5660 C>T (p.P1887L) değişimleri işitme engelli bireylerde homozigot olarak bulunmuştur.Bu çalışma MYO7A'nın Türkiye'deki işitme kayıplı hastalar arasındaki yerinin küçümsenemez olduğunu göstermesiyle önemlidir. Türkiye'deki işitme kaybına sebep olan genlerin ortaya çıkarılması işitme kayıplı bireylere genetik testlerle daha hızlı tanı koyabilmeyi ve doğru genetik danışma verilmesini kolaylaştıracaktır .

Abstract:
Hearing loss is the most common sensorial disorder. Congenital or prelingual hearing loss occurs approximately in one case per 1000 live births. Genetic causes account for 50% of cases. Additional findings are present in 30% of cases leading to the diagnosis of a syndrome . Autosomal recessive transmission occurs in 80% of hereditary deafness. To date, 38 genes in which mutations are responsible for autosomal recessive deafness have been identified. Mutations in GJB2, encoding connexin 26, are the most commonly identified cause of sensorineural hearing loss in Caucasians. Our data and the results of other studies show that the autosomal recessive inheritance accounts for more than 90% of genetic cases in Turkey. The GJB2 gene is the most common cause accounting for approximately 20% of cases.Due to the high rate of consanguineous marriages in Turkey as well as the traditional settlements in isolated small villages, rare autosomal recessive deafness alleles are frequently present in affected individuals . One of the previously identified deafness genes, MYO7A , is on the q13.5 region of chromosome 11. This gene consists of 48 coding exon, and codes a protein containing 2215 amino acids. Mutations in this gene cause Usher syndrome type 1B, atypical Usher syndrome, as well as non-syndromic recessive (DFNB2) and dominant (DFNA11) sensorineural hearing loss.This study included 55 unrelated multiplex families with sensorineural hearing loss. Autosomal recessive inheritance was evident with multiple siblings being affected as well as with the presence of parental consanguinity. The phenotypical and audiological characteristics of these families were evaluated and and no syndromic findings or environmental cause for hearing loss were detected. Mutations in GJB2 were negative in all families. Whenever genomewide SNP-based autozygozity mapping showed an autozygous segment flanking MYO7A in a family, mutation analysis was performed. The aim of this study was to reveal the spectrum of MYO7A mutations in Turkey to facilitate molecular diagnosis in clinical setting.MYO7A mutations were detected in 5 out of 7 families, where an autozygotic region demonstrated by microarrays was found to flank the gene. In the remaining two families no change has been identified in this gene.The following homozygous mutations were found in affected individuals : c.5824 G>A (p.G1924R) (one family), in c.5838delT (p.F1946LfsX24) (one family), c.6487 G>A (p.G2163S) (one family), c.5581 C>T (p.R1861X) (one family), c.5660 C>T (p.P1887L) (one family).This study shows that MYO7A mutations have a considerably high frequency in families with hearing loss in Turkey. Identifiying genes that cause hearing loss in Turkey will accelerate the molecular diagnosis and would improve accurate genetic counseling .