Klinik örneklerden izole edilen escherichia coli suşlarında bazı ß-laktam direnç genlerinin araştırılması
Investgation of some β-lactam resistance genes in escherichia coli strains isolated from clinical samples
Yazar: AHMET EJDER
Danışman: DOÇ. DR. DİLEK DÜLGER
Karabük Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışma, 50 klinik örneklerden izole edilen Escherichia coli (E.coli) suşlarında belirli β-laktam direnç genlerinin PCR yöntemi kullanılarak, araştırılması amacıyla yapıldı. E.coli, genellikle sıcakkanlı hayvanların bağırsaklarında bulunan gram negatif, çubuk şeklinde bir bakteri olarak bilinir. Bununla birlikte, bazı türlerinin dış çevrede de yaşayabildiği bilinir. Çeşitli suşları bulunan bu bakterinin bazıları insan sağlığı açısından potansiyel olarak zararlı bir rol oynarken, bazıları ise bağırsaklardaki diğer mikroorganizmalarla birlikte çalışarak gıda sindiriminde önemli bir rol oynar. Patojenik E.coli suşlarının, birçok farklı yolla insanlara bulaşabileceği tespit edildi. Bu suşlar, gastrointestinal sistemin enfeksiyonlarına neden olarak ishal, mide bulantısı, kusma gibi semptomlara yol açabilir. Bu bulaşma, özellikle bağışıklık sistemi zayıf olan kişilerde ciddi komplikasyonlara neden olabilir ve bazen de ölümcül olabilir. E.coli enfeksiyonları genellikle antibiyotiklerle tedavi edilebilir, ancak bazı suşlar antibiyotik direnci geliştirerek tedaviyi zorlaştırır.  
Dolayısıyla, bu sorunun aşılabilmesi adına yapılan bilimsel çalışmalar büyük önem taşır. Bu çalışma kapsamında, E.coli suşlarında yaygın olarak bulunan CTX-Mtipi uzatılmış spektrum β-laktamaz (ESBL )genlerinin incelenmesi için moleküler biyoloji teknikleri kullanıldı. Çalışmamızın 50 İzolatta,%100 beta laktamaz direnç genlerine sahiptir. Yara, idrar, endotrakeal izole edilen E.coli suşları, standart kültür yöntemleri kullanılarak belirlendi ve karakterize edildi. Ardından, Polimeraz zincir reaksiyonu(PZR)yöntemi kullanılarak belirli β-laktam direnç genlerinin varlığı araştırıldı. Bu amaçla, TEM-1, CTX-M-14, CTX-M-3, CTX-M-15 ve CTX-M-25 adet  β-laktam direnç genlerine özgü primer çiftleri kullanıldı. Elde edilen sonuçlar, 50 klinik örnekten izole edilen E.coli suşlarında β-laktam direnç genlerinin yaygınlığını ve çeşitliliğini ortaya koydu. Bu bulgular, klinik uygulamalarda antibiyotik tedavisinin etkinliği ve direnç durumunun izlenmesi açısından önemli bilgiler sağlar. Bu çalışma, E.coli suşlarında β-laktam direncinin moleküler mekanizmalarını anlamak ve antibiyotik direncinin yönetimine katkıda bulunmak için temel bilgi sağlar. Bunun yanı sıra, 50 klinik örnekten izole edilen E.coli suşlarında antibiyotik direncinin izlenmesi ve kontrol edilmesi için moleküler tanı yöntemlerinin önemini de belirginleştirir. Bu çalışma, antibiyotik direncinin yönetilmesi ve stratejiler geliştirilmesine ışık tutar.

Abstract:
In this study, Escherichia coli isolated from 50 clinical samples (e. the aim of this study was to investigate the specific β-lactam resistance genes in coli strains. E.coli is known as a gram-negative, rod-shaped bacterium that is usually found in the intestines of warm-blooded animals. However, it is known that some species can also live in the external environment. Some of these bacteria, which have various strains, play a potentially harmful role in terms of human health, while others play an important role in food digestion by working together with other microorganisms in the intestines. Pathogenic E. it has been found that coli strains can be transmitted to humans in many different ways. For example, it is known that this bacterium can be acquired through contaminated water or food. These strains can cause infections of the gastrointestinal tract, leading to symptoms such as diarrhea, nausea, vomiting. This transmission can cause serious complications, especially in people with a weakened immune system, and sometimes it can be fatal. E.coli infections can usually be treated with antibiotics, but some strains develop antibiotic resistance, making treatment difficult. Therefore, scientific studies conducted in order to overcome this problem are of great importance. Within the scope of this study, E.coli, molecular biology techniques were used to examine the CTX-Mtype extended spectrum β-lactamase (ESBL) genes commonly found in coli strains. E. Isolated from wound, urine, endotracheal. the coli strains were determined and characterized using standard culture methods. Then, the presence of certain β-lactam resistance genes was investigated using Polymerase Chain Reaction (PCR) method. For this purpose, primer pairs specific to certain β-lactam resistance genes such asCTX-M-14, CTX-M-3, CTX-M-15 and CTX-M-2 were used. The results obtained were obtained from E isolated from clinical samples. he revealed the prevalence and diversity of β-lactam resistance genes in coli strains. These findings provide important information in terms of the effectiveness of antibiotic therapy in clinical applications and monitoring the resistance status. This study, E. it provides basic information to understand the molecular mechanisms of β-lactam resistance in coli strains and to contribute to the management of antibiotic resistance. In addition, E isolated from clinical samples. it also highlights the importance of molecular diagnostic methods for monitoring and controlling antibiotic resistance in coli strains. This study sheds light on the development of strategies for managing antibiotic resistance.