Bir üniversite hastanesinde tüberkülozlu hastalardan izole edilen mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarının moleküler yöntemler ile genotiplendirilmesi
Genotyping of mycobacterium tuberculosis complex isolates isolated from tuberculosis patients in A University Hospital by molecular methods
Yazar: NURCİHAN BİLTEKİN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MAHMUT ÜLGER
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genotip = Genotype ; Hastaneler = Hospitals ; Hastaneler-üniversite = Hospitals-university ; Makromoleküler yapı = Macromoleculer structure ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Tüberküloz = Tuberculosis

Özet:
Mycobacterium tuberculosis  kompleks (MTK) üyesinden Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) bakterisinin neden olduğu tüberküloz (TB), ülkemizde ve dünyada halen en sık görülen bulaşıcı ve ölümcül hastalıktan biri olmaya devam etmektedir. Son yıllarda genomik polimorfizmlerin doğrudan analizine dayanan moleküler tipleme yöntemleri artık yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. MTK izolatlarının moleküler epidemiyolojine bakıldığında belirlenen bölgedeki etkin izolatı bulmak ve hastalıkla mücadele etmek farklı coğrafi bölgelerdeki TB salgınlarının kaynağını bulmak için günümüzde Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable Number of Tandem Repeat (MIRU-VNTR) tiplemesi, IS6110 Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Polymerase Chain Reaction (PZR)-Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ve spoligotiplendirme (Spacer oligonucleotide typing) gibi en son moleküler genotiplendirme yöntemleri kullanılmaya başlanmıştır. Bu tez çalışmasında Mersin ilinde TB'li hastalardan izole edilen ve MTK olarak tanımlanan klinik izolatların moleküler genotiplendirilmesinin yapılarak bu mikroorganizma için ilimizde moleküler epidemiyolojik veri elde edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya 01.01.2016 ve 31.12.2017 tarihleri arasında, Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteriyoloji Laboratuvarı'nda klinik materyalinin kültüründe MTK izole edilen ve +4°C'de saklamaya alınan kültür koleksiyonundaki 103 klinik izolat dahil edildi. Çalışmaya dahil edilen izolatların DNA'ları MGIT sıvı besiyerinden Mickle cihazı kullanılarak elde edildi. Bu izolatların moleküler genotiplendirilmesi spoligotiplendirme ve MIRU-VNTR yöntemleri ile yapıldı. 103 izolatın 10 spoligotiplendirme kümesi içerisinde yoğunlaştığı tespit edildi. En büyük kümenin 48 (%46,6) izolat ile T ailesi olduğu, ikinci sırada Haarlem ailesinin 16 (%15,5) izolat içerdiği, TUR ailesinin 13 (%12,6) izolat, S ailesinin 10 (%9,7) izolat, Beijing ailesinin 4 (%3,9) izolat, LAM ailesinin 4 (%3,9) izolat, Bovis ailesinin 3 (%2,9) izolat, NEW-1 ailesinin 3 (%2,9) izolat, Delhi/CAS ailesinin 1 (%1) izolat, H37Rv ailesinin 1 (%1) izolat içerdiği görüldü. Çalışma sonuçlarımıza göre, ülkemizde yapılan diğer çalışmalardan farklı fakat Çukurova bölgesinde yapılan çalışmaya benzer şekilde, T ailesinin (%46,6) en sık görülen aile olduğu tespit edildi. Beijing ailesinin varlığı bu çalışma ile ilimizde de tespit edilmiştir. Sonuç olarak, bu tür moleküler çalışmaların yeni izole edilecek izolatlar ile yapılmasıyla, ilimizdeki bu bakterinin hareketinin izlenmesi suretiyle TB'nin kontrol altına alınmasında yararlı olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Tuberculosis (TB) caused by the bacterium Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), a member of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), is still one of the most common infectious and deadly diseases in our country and in the world. In recent years, molecular typing methods based on direct analysis of genomic polymorphisms have been widely used. When the molecular epidemiology of MTC isolates is examined, the latest molecular genotyping methods such as Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable Number of Tandem Repeat (MIRU-VNTR) typing, IS6110 Polymerase Chain Reaction (PCR)-Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) and spoligotyping have been used to find the effective isolate in the determined region and to find the source of TB outbreaks in different geographical regions. In this study, it was aimed to molecular genotyping of clinical isolates, isolated from TB patients and identified as MTC in Mersin province, and to obtain molecular epidemiological data for this microorganism in our city. Between 01.01.2016 and 31.12.2017, 103 clinical MTC isolates, from culture collection stored at +4°C in the Mycobacteriology Laboratory, Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine, Mersin University, were included in this study. DNAs of the isolates included in the study were obtained from MGIT liquid medium using Mickle device. Molecular genotyping of these isolates was performed by spoligotyping and MIRU-VNTR methods. 103 isolates were clustered in 10 spoligotyping clusters. The largest cluster was the T family with 48 (46,6%) isolates, the Haarlem family contained 16 (15,5%) isolates, TUR family contained 13 (12,6%) isolates, S family contained 10 (9,7%) isolates, Beijing family contained 4 (3,9%) isolates, LAM family contained 4 (3,9%) isolates, Bovis family contained 3 (2,9%) isolates, NEW-1 family contained 3 (2,9%) isolates, Delhi/CAS family contained 1 (1%) isolates, and H37Rv family contained 1 (1%) isolates respectively. According to the our results, T family (46,6%) was found to be the most common family, which is different from other studies in our country but similar to the study in Çukurova region. The presence of the Beijing family was also detected in our province with this study. As a result, it is thought to be useful to control TB by monitoring the movement of this bacterium in our province by conducting such molecular studies with new isolates.