Malatya ili meyve ağaçlarında şerbetçi otu cücelik ve şeftali latent mozaik viroidlerinin araştırılması ve tespit edilen izolatların moleküler karakterizasyonu
Investigation of hop stunt and peach latent mosaic viroids in fruit trees in Malatya province and the molecular characterization of the identified isolates
Yazar: FEYZA TUNCEL
Danışman: PROF. DR. HİKMET MURAT SİPAHİOĞLU
Malatya Turgut Özal Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Antraknoz = Anthracnose ; Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Malatya = Malatya ; Viroidler = Viroids

Özet:
Şeftali latent mozaik viroidi (PLMVd), Kuzey ve Güney Amerika, Avrupa, Asya ve Avustralya dahil olmak üzere dünya çapında şeftali ve nektarinlerde yüksek enfeksiyon oranları ile görülen bir viroid etmenidir. 
Malatya ilindeki bir ceviz bahçesinden alınan semptomsuz on iki ceviz bitkisine ait yaprak örneklerinden total genomik RNA, ticari bir RNA izolasyon kiti kullanılarak ekstrakte edilmiştir. PLMVd genomunu, uçtan uca çoğaltan spesifik primer çifti kullanılarak ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (reverse transcriptese polymerase chain reaction, RT-PCR) yöntemi ile amplifiye edilmiştir. RT-PCR yöntemi ile test edilen 12 ceviz örneğinin 4'ünde PLMVd infeksiyonu tespit edilmiştir. Yaklaşık 0.34-kb uzunluğunda elde edilen DNA fragmentleri pGEM-T Easy vektörüne klonlanmış ve kompetan hücre Escherichia coli JM109 suşuna transforme edilmiştir. Saflaştırılan plazmidler çift yönlü olarak dizilenmiştir. 
Nükleotid dizisi tespit edilen PLMVd ceviz Malatya 1 (Erişim no: MN857143) ve Malatya 2 (Erişim no: MN857144) izolatlarının ülkemizde ve diğer ülkelerde şeftali, nektarin ve kirazlarda tespit edilen PLMVd izolatları %96.6-98.8 ile %97-98.8 benzerlik (Erişim no: MN857144) gösterdiği tespit edilmiştir. Yürütülen bu çalışma ile dünyada ilk kez cevizde (Juglans regia L.) PLMVd enfeksiyonları tespit edilmiş olup cevizin PLMVd için alternatif bir konakçı olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca bu çalışma ile Malatya ilinde tespit edilen iki farklı PLMVd izolatının moleküler özellikleri de rapor edilmiştir. 

ANAHTAR KELİMELER: Viroid, ceviz hastalığı, RT-PCR, yeni konak

Abstract:
Peach latent mosaic viroid (PLMVd) occurs naturally in peach and nectarines worldwide including North and South America, Europe, Asia and Australia with high infection frequencies.  
Here, our experimental findings revealed PLMVd infectionsin in walnut (Juglans regia L.) for the first time in the world. Twelve walnut leaves, all from symptomless plants, were obtained from a walnut germplasm collection in Malatya (Turkey). Genomic RNAs were extracted using a commercial RNA isolation kit and the complete viroid genome was amplified by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) assay using end to end primer pair. The PCR amplicons of expected size (approx. 0.34-kb DNA fragments) were cloned into pGEM-T Easy vector and transformed into competent Escherichia coli strain JM109. Purified plasmids were sequenced bidirectionally.  
Of the 12 walnut specimens tested by RT-PCR, 4 were found to be infected by PLMVd detected in mid-summer of 2018 and in autumn of 2019. Analysis of nucleotide sequence of two walnut isolates Malatya 1- Malatya 2 (Acces. no: MN857143-MN857144) confirmed the presence of PLMVd and shared 96.6-98.8% similarity (Acces. no: MN857143) and 97-98.8% similarity (Acces. no: MN857144) with peach, nectarine and cherry isolates of the world. By identifying walnut as an alternate host, we confirm that PLMVd potentially may infect other fruit trees cultivated worldwide. 
Here, we also report molecular characteristics of these two distinct PLMVd-walnut isolates detected in Malatya (Turkey). 

KEY WORDS: Viroid, walnut disease, RT-PCR, new host