Pseudomonas aureofaciens'de mcl-polihidroksialkanoatların hücre içi yıkım ürünü organik asitlerin belirlenmesi
Determination of intracellular mcl-polyhyroxyalkanoate degradation products which are organic acids in Pseudomonas aureofaciens
Yazar: GÖZDE ODABAŞ
Danışman: PROF. DR. ŞENAY ŞANLIER
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Biyopolimerler = Biopolymers ; Polihidroksialkanoatlar = Polyhydroxyalkanoates

Özet:
Plastiklerin sahip olduğu fiziksel ve kimyasal özelliklere sahip olan, biyolojik olarak parçalanabilen biyobozunur plastiklere örnek olarak polihidroksialkanoatlar (PHA) verilebilir.
Polihidroksialkanoatlar (PHA); hidroksialkanoatların (HA) poliesterleridir. Birçok bakteri tarafından karbon ve enerji kaynağı olarak karbon kaynağının aşırısının bulunduğu fakat esansiyel (N, P, S, O ve Mg gibi) elementlerin sınırlandırıldığı koşullarda üretilen PHA'ların ekstrasellüler yıkımları üzerine çalışmalara rastlanılmakla birlikte PHA'ların hücre içi yıkım yolaklarının belirlenmesi üzerine yapılmış araştırmalara rastlanılmamıştır.
Bu tez kapsamında, model organizma olarak Pseudomonas aureofaciens seçilmiştir. C/N oranları değiştirilerek organizmada önce PHA biyosentez ve ardından yıkım yolakları teşvik edilerek hücre içi PHA yıkım ürünü olan organik asitler belirlenmiştir ve çalışılan PHA üretiminin teşvik edildiği, açlık ve PHA üretiminin teşvik edilmediği koşullarda belirli periyotlarla örnek alınarak bu örneklerdeki PHA profilleri çıkartılmıştır. 
Yapılan analizler sonucunda formik asit konsantrasyonun özellikle açlık ve PHA üretiminin teşvik edilmediği koşullarda farklanması, üretiminin teşvik edildiği, yıkımın teşvik edildiği ve PHA üretiminin teşvik edilmediği koşullarda valerik asit konsantrasyonun çalışılan diğer organik asit konsantrasyonlarından daha yüksek olması, izobütirik asitin ise sadece mcl-PHA üretiminin teşvik edildiği koşullarda tespit edilmesi, glutamik asit, treonin ve valin amino asit konsantrasyonlarının da çalışılan diğer amino asit konsantrasyonlarından farklılık göstermesi bu organik asitlerin PHA metabolizması ile ilişkili olduğunu göstermektedir.
Tüm bu sonuçlar, hücre içi mcl-PHA yıkım yolağının aydınlatılması ile ilgili yapılacak çalışmaların öncüsü niteliğinde olup, yapılacak yeni çalışmalara ışık tutacaktır.

Abstract:
Polyhydroxyalcanoates (PHA) might be cite to biodegradable plastics which have same physical and chemical feature with plastics.
Polyhydroxyalcanoates (PHA) are polyesters of hydroxyalcanoates (HA). Although there is enough knowledge extracellular degradation of PHA which is produced under the extreme amount of carbon source and limitted amount of essential nutrient (like N, P, S, O ve Mg)  condition by microorganism, there is not enough knowledge about determination of intracellular degradation pathways.
Within the scope of the thesis, Pseudomonas aureofaciens is selected as a model. By altering the C/N ratios of culture medium the microorganism is primarily induced for PHA synthesis and degradation pathways and then organic acids which are intracellular PHA degradation are determined. PHA profiles  are estimated in induced PHA producing, starving and non-induce PHA producing conditions.
As result of analysis following findings were determined: formic acid concentration differs expecially in starving and non-induce PHA producing conditions, valeric acid concentration is higher than other organic acid in induced PHA producing, starving and non-induce PHA producing conditions, isobutyric acid only is determined in induced PHA producing and glutamic acid, threonin, valine amino acids concentrations differs from other amino acid concentrations farklılık göstermesi bu organik asitlerin PHA metabolizması ile ilişkili olduğunu göstermektedir. All of them show that these organic acids can be related with PHA metabolism.
All of these results which will be precursor of new research related with PHA degradation metabolic pathway, will shed light on this researches.