Antepfıstığında mikrosatellit primerlerin geliştirilmesi ve diğer Pistacia türlerinde kullanılma durumlarının belirlenmesi
Development of microsatellite markers in pistachio and their transferability to other Pistacia species
Yazar: SIDIKA NEZİHE ZALOĞLU
Danışman: PROF. DR. SALİH KAFKAS
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Antep fıstığı = Pistachio ; Mikrosatelitler = Microsatellites ; Pistacia = Pistacia

Özet:
Bu çalışmada Siirt çeşidi DNA'sı kullanılarak `CA', `GA', `AAC' ve `AAG' motifleri ile zenginleştirilmiş genomik kütüphaneler oluşturulmuştur. Her bir kütüphaneden 57 klon olmak üzere toplam 228 klonun sekansı yaptırılmıştır. Sekansı yapılan 228 klondan 68 adedinin duplike klonlar olduğu, geriye kalan 160 klondan da 94 adedinin tekrar dizisi içerdiği, bunlardan 5 adedinin ise 2 tekrar dizisi içerdiği saptanmıştır. Böylece 99 tekrar dizisinin bulunduğu bölgeler için primer dizaynı yapılmaya çalışılmış ve sonuçta 84 çift primer dizayn edilmiştir. Sonuç olarak sekansı yapılan 228 klonun %36.8'inin primere dönüştüğü tespit edilmiştir. Bant üretme bakımından test edilen 84 primerden de 59 adet primer çiftinin (%70.2) bant verdiği saptanmıştır. Geliştirilen 59 primer arasından 13 primer çifti 12 Pistacia türüne ait olan 46 genotipin karakterizasyonunda kullanılmıştır. Toplam 169 adet allel elde edilmiş ve bunların 165 adedi polimorfik bulunmuştur. Primer başına düşen toplam allel sayısı ortalaması 13.0, primer başına düşen polimorfik allel sayısı ortalaması ise 12.7 olarak bulunmuştur. 13 SSR primerinin ortalama polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) 0.905, toplam ayırma gücü (AG) ise 5.39 olarak bulunmuştur. Pistacia genotipleri arasındaki Jaccard indeksine göre, antepfıstığı genotipleri arasındaki genetik benzerlik indeksi 0.08?0.98 arasında değişmiştir. 46 adet genotip arasında genetik benzerlik açısından birbirine en yakın çeşitlerin Ketengömlek ile Kırmızı (0.98) ve Hacireşo ile Siirt (0.98), en uzak genotiplerin ise PM-0104 ile Uzun (0.08), PM-0104 ile Ashoury (0.08) ve PTX-0292 ile Ashoury (0.08) olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
In this study, genomic libraries enriched with the repeats of `CA?, `GA?, `AAC? and `AAG? were developed by using DNA of pistachio cultivar `Siirt?. Selecting 57 clones from each library, a total of 228 clones were sequenced. Sixty-eight of these were duplicates, while 94 contained repeatative sequences and five contained duplicate sequences. Thus, primer development studies were attempted for the regions containing 99 repeatative sequences. Finally, eighty-four primer combinations were successfully designed. Among the sequenced clones, 36.8% of them generated primers. Among 84 primers tested, 59 generated (70.2%) bands. Among 59 primers generated, 13 primers were used to characterize 46 Pistacia genotypes belong to the 12 species. A total of 169 allelles were generated of which 165 were polymorphic. Average allel number per primer was 13.0, while average polymorphic allel number per primer was 12.7. Mean polymorphism information content of 13 primers were 0.905, while total resolving power was 5.39. According to Jaccard index beween 46 Pistacia genotypes changed from 0.08 to 0.98. The closest genotypes were `Ketengömlek? ? `Kırmızı? (0.98), and `Hacıreşo?- `Siirt? (0.98), while `PM-0104?- `Uzun? (0.08), `PM-0104?- `Ashoury? (0.08) and `PTX-0292?- `Ashoury? (0.08) were the most distant ones.