Karaciğer hastalıklarında DNA diziliminin biyoenformatik hesaplamalarla irdelenmesi
Analyzing DNA sequence in liver diseases by using bioinformatic computations
Yazar: SALİHA ACAR
Danışman: DOÇ. DR. EYYÜP GÜLBANDILAR
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics

Özet:
Ülkemizde en çok siroz zemininde oluşan karaciğer kanseri, dünyada en sık rastlanan
ilk 5 kanser türü arasında ve aynı zamanda ölüme sebep olan kanserler içinde 3. sıradadır.
Toplumda yaygın olarak görülmesinin yanı sıra en sık karşılaşılan türü olan Hepatosellüler
Karsinoma (HCC) hastalarının organ nakli dışında hayatta kalma olasılıklarının çok düşük
olması HCC hastalığının ortaya çıkması ve ilerlemesinde rol oynayan moleküler yapıların
ve protein etkileşimlerinin belirlenmesi ve analizi için yapılan araştırmaların önemini
arttırmıştır. Bu çalışmada, 10 HCC hastası ve 10 sağlıklı bireyin karaciğer doku örneklerinden
elde edilen mikrodizi verileri ile 17 HCC hastası ve 20 sirozlu karaciğere sahip bireyden
alınan toplam 37 doku örneğinden elde edilen mikrodizi verileri kullanılarak gen ifade
değişimlerinin tespiti için Differentially Expressed Genes (DEGs) Analizi, ifadesi sağlıklı
birey genlerine göre artmış ve azalmış genlerin hücresel bileşen, moleküler işlev ve biyolojik
süreç bağlamında sınıflandırılması için Gene Ontology (GO) Analizi ve anahtar genlerin
birbirleriyle olan etkileşimlerinin tayini için de Protein-Protein Interaction (PPI) Network
Analizi yapılmıştır. Yapılan biyoenformatik analizler sonucunda önemli karaciğer hastalıklarının
oluşumu ve gelişiminde anahtar rol oynadığı tespit edilen 12 genin ifade seviyelerinde
sağlıklı birey genlerine göre anlamlı değişim olduğu görülmüştür. Bu durum; hücre
bölünmesi, proteoliz, nükleer bölünme, DNA hasar yanıtı ve lipid metabolizması
regülasyonu gibi süreçlerde görevli olan bu genlerin kodladığı proteinlerin işlevlerini yerine
getirmelerinin zorlaştığını göstermektedir.

Abstract:
Liver cancer that appeared on cirrhosis level in our country, is among the top five
most common cancer types in the world and also it is the third in the cancers causing death.
In addition to being widely seen in society, because of its the most common type
Hepatocellular Carcinoma (HCC) patients have very low survival probabilities except for
organ transplant, importance of researches conducted to determination and analysis of
molecular structures and protein interactions involved in the initiation and progression of
HCC, has increased. In this study; differentially expressed genes were analyzed to determine rates of the gene expressions, using microarray data obtained from 10 HCC patients' with 10 normal
individuals' liver tissue samples and 17 HCC patients' with 20 cirrhosis patients' liver tissue
samples. Then, Gene Ontology (GO) Analysis was performed to classify the genes those'
expressions have increased or have decreased compared to normal individual's genes in
context of cellular component, biological process and molecular function. Protein-protein
interaction (PPI) network analysis was executed to determine interactions between the key
genes. As a result of bioinformatics analysis done, meaningful changes at the level of
expressions of the 12 genes which detected to play a key role in the initiation and progression
of significant liver diseases. This situtation shows that it is becoming more difficult to fulfill
the functions of the proteins encoded by these genes involved in processes such as cell
division, proteolysis, nuclear division, DNA damage response and lipid metabolism
regulation.