Kemokin gen varyantlarının COVID-19 hastalık şiddeti üzerine etkisi
The effect of chemokine gene variants on COVID-19 disease severity
Yazar: ŞEYDANUR DOĞAN
Danışman: DOÇ. DR. SELÇUK DAŞDEMİR
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Genler = Genes ; Hastalık şiddeti indeksi = Severity of illness index ; Korona virüs enfeksiyonları = Coronavirus enfections ; Korona virüsler = Coronaviridae ; MCP = MCP ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Reseptörler-kemokin = Receptors-chemokine

Özet:
Tüm dünyada pandemi olarak ilan edilen COVID-19 hastalığının progresyonu ve tedavisi 
hakkında çok kapsamlı araştırmalar yapılmış ancak özellikle virüsün enfekte bireylerde 
farklı hastalık şiddetine neden olması durumu hala tam olarak açıklığa 
kavuşturulamamıştır. İmmün profilin virüse karşı oluşturulan yanıtta önemli olduğu ve 
özellikle kemokinlerin COVID-19 hastalığının şiddet seyrini belirlemede önemli rol 
oynadığı çalışmalarda gösterilmiştir.
Biz de çalışmamıza 60 hafif, 59 şiddetli, 60 kritik COVID-19 hastası dahil ettik. MCP1-A2518G, SDF-1-3'A, CCR5-delta32, CCR5-A55029G, CXCR4-C138T ve CCR2-
V64I kemokin polimorfizmlerini inceleyerek bireylerde genetik olarak belirlenen immün 
sistem hücrelerinin virüse karşı oluşturduğu yanıtlar ile gelişen hastalık şiddet seyri 
arasında ilişki kurmayı amaçladık. Varyasyonların tespiti için polimeraz zincir 
reaksiyonu (PCR)/Sanger dizileme analizi yapıldı. Çalışmamız sonucunda MCP-1-
A2518G G alleli taşıyıcılarının kritik hasta grubunda oldukça sık gözlendiği, GA 
genotitipi hafif ve kritik hasta gruplarında karşılaştırıldığında kritik hasta grubunda 
önemli derecede yüksek olduğu görülmüştür. Benzer şekilde GA genotipi şiddetli hasta 
grubunda hafif hasta grubuna göre daha sık görüldüğü saptanmıştır. CCR2-V64I wt alleli 
için kritik ve hafif hasta grubu karşılaştırıldığında wt/wt genotipinin kritik hastalarda 
önemli ölçüde düşük olduğu görülmüştür. Benzer şekilde kritik ve şiddetli hasta grubu 
karşılaştırıldığında 64I/64I genotipinin kritik hasta grubunda anlamlı derecede yüksek 
olduğu gözlenmiştir. COVID-19 hastalığı şiddetiyle ilişkilendirdiğimiz diğer kemokin 
polimorfizmlerinde herhangi anlamlı bir sonuca ulaşamadık.
Sonuç olarak çalışma verilerimiz MCP-1-A2518G ve CCR2-V64I polimorfizmlerinin 
COVID-19 hastalık şiddetinin artmasıyla ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Bununla 
birlikte, farklı popülasyonlarda gen ekspresyon seviyelerine odaklanarak yapılan daha 
büyük çalışmalar, bu mekanizma rolünün daha iyi anlaşılmasına yardımcı olacaktır.

Abstract:
Comprehensive research has been carried out on the progression and treatment of the 
COVID-19 disease, which has been declared a pandemic all over the world, but the fact 
that the virus causes different disease severity in infected individuals has still not been 
fully clarified. It has been shown in studies that the immune profile is important in the 
response to the virus and especially chemokines play an important role in determining the
severity of the COVID-19 disease.
We included 60 mild, 59 severe and 60 critical COVID-19 patients in our study. By 
examining the chemokine polymorphisms of MCP-1-A2518G, SDF-1-3'A, CCR5-
delta32, CCR5-A55029G, CXCR4-C138T and CCR2-V64I, the relationship between the 
responses of immune system cells against the virus and the severity of the disease that 
develops in individuals. We aimed to establish Polymerase chain reaction (PCR)/Sanger 
sequencing analysis was performed to detect variations. As a result of our study, it was 
observed that carriers of the MCP-1-A2518G G allele were observed quite frequently in 
the critically ill group, and the GA genotype was significantly higher in the critically ill 
group when compared in mild and critically ill groups. Similarly, GA genotype was found 
to be more common in the severe patient group than in the mild patient group. Comparing 
the critical and mild patient groups for the CCR2-V64I wt allele, the wt/wt genotype was 
found to be significantly lower in critically ill patients. Similarly, when the critical and 
severe patient groups were compared, it was observed that the 64I/64I genotype was 
significantly higher in the critically ill group. We did not find any significant results in 
other chemokine polymorphisms that we associate with COVID-19 disease severity.
In conclusion, our study data showed that MCP-1-A2518G and CCR2-V64I 
polymorphisms are associated with increased severity of COVID-19 disease. However, 
larger studies focusing on gene expression levels in different populations will help to 
better understand this mechanism role.