Laktik asit bakterilerine (LAB) ait bazı türlerin aflp (çoğaltılan parça boy farklılaşması) yöntemi ile parmak izi analizleri
Analysis of some species belonging to lactic acid bacteria (lab) by ampflified fragment length polymorphisms (aflp) fingerprinting
Yazar: TÜLİZ YILDIRIM
Danışman: DOÇ.DR. ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: AFLP = AFLP ; Laktik asit bakterileri = Lactic acid bacteria

Özet:
Laktik asit bakterileri gıda endüstrisinde starter kültür olarak kullanılmaları, pilazmit tarafındankodlanan bakteriyosin üretim özelliklerinden dolayı gıdalarda raf ömrünü uzatmak içinpotansiyel biyolojik koruyucu rolüne sahip olmaları, probiyotik ürünlerin içeriğindebulunmaları ile birlikte bazı LAB'lerinin gıdalarda bozulmaya sebep olmaları bu bakterigrubunu hem endüstriyel açıdan hem de bilimsel arenada üzerinde yoğun çalışmaların yapıldığıoldukça önemli bir grup haline getirmiştir. LAB lerinin endüstriyel uygulamalarıdüşünüldüğünde, suş bazında güvenilir tiplendirme metotları hem LAB starter kültürlerinperformanslarının incelenmesinde hem de fonksiyonel gıda ürünlerinde katkı maddesi olarakkullanılacak olan kültürlerin incelenmesinde önem kazanmaktadır.Çalışmamızda, LAB grubuna ait 86 adet suşun tür/tür içi ayrımında AFLP tekniğinintaksonomik potansiyeli belirlenmiştir. Bu amaçla mikroorganizmalar için INVITROGEN AFLPanaliz sistem kiti kullanılmış, elde edilen amplifikasyon ürünleri denatüre poliakrilamit jeldekoşturulmuştur. Jellerdeki bantların var/yok şeklinde değerlendirilmesi ile elde edilen sonuçlaruygun bilgisayar proğramları ile analiz edilmiştir. Jaccard benzerlik indeksine göre UPGMAdendogramı oluşturulmuş ve incelenen suşların genetik ilişkileri ortaya konulmuştur.Dendogramdaki kümelenmeler, bazı istisnalar dışında büyük ölçüde fenotipik tanımlamalarıdoğrulamıştır.Anahtar kelimeler: Laktik asit bakterisi, AFLP, filogenetik ilişki

Abstract:
Lactic acid bacteria are widely used as starter cultures in the food industry. Because of theirplasmid-coded bacteriocin production speciality, they make expire date of the food longer andthought to be potential biopreservativies. This group of bacteria become very important bothindustrially and scientificaly in terms of their usage in probiotic products and some of themcauses food spoilage. In terms of the industial applications of LAB, reliable strain typingmethods will become increasingly important in the study of the performance of LAB startercultures and cultures used as additives in functional food type products.It is the aim of this study to determine the taxonomic potential of AFLP in discrimination of 86strains belonging to LAB at the species and the intra-species level. For this purpose,INVITROGEN AFLP Analysis System for Microorganism kit was used. Products from theselective amplification, were separated on denaturing polyacrilamide gel. The results of bandpatterns were scored (0/1) and analyzed with computer programmes of Jaccard similarity indexfor UPGMA dendogram to demonstrated phylogentic relationship.The result of this study clearly demonstrated the superior discriminative power of AFLPtowards the differentiation of highly related LAB strains that belong to the same species,highligting this novel fingerprinting method in epidemiological and evolutionary studies.Key words: Lactic acid bacteria, AFLP, phylogenetic relationship