Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı ve yabancı uyruklu pulmoner tüberkülozlu hastalardan izole edilen mycobacterium tuberculosis  kompleks suşlarının  filogenetik ilişkisinin mıru-VNTR ve spoligotipleme ile tespiti
Determining the phylogenetic relationships of  mycobacterium tuberculosis  complex strains isolated from Turkish Republic citizens and foreign patients with pulmonary tuberculosis by miru-;VNTR and spoligotyping
Yazar: GÜLFER YAKICI
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genotip = Genotype ; Mikroküreler = Microspheres ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Prevalans = Prevalence ; Tüberküloz = Tuberculosis ; Tüberküloz-pulmoner = Tuberculosis-pulmonary

Özet:
Pulmoner tüberküloz yaklaşık 70 yılı aşkın süredir uygulanan korunma, kontrol ve ilaç ile tedavi çabalarına rağmen, özellikle gelişmekte olan ülkelerde, halk sağlığını tehdit eden önemli hastalıklar arasında yer almaktadır. Düşük sosyoekonemik seviyeye sahip beslenme ve hijyen şartlarının yetersiz olduğu toplumlarda yüksek insidansa ulaşan tüberküloz, 90'lı yıllardan itibaren tüm dünyada pandemi haline dönüşen HIV enfeksiyonlarından sonra gelişmiş ülkelerdeki refah toplumları için de ciddi tehdit haline gelmiştir. Anti-tüberküloz tedavide kullanılan ilaçların hastalar tarafından tolere edilememesine bağlı olarak irrasyonel kullanılımları, tüberküloz tanısında özellikle endemik gelişmekte olan ülkelerde yaşanan yetersizlikler sebebi ile geç tanı ve tedavi başlangıcı ve nihayet hastanın ilaca ulaşamaması Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK) suşlarında anti-tüberkülozlara karşı ilaç direncini provake etmiştir. Tek ilaca karşı direnç ile başlayan bu gelişim majör ve minör bütün ilaçlara karşı dirençli XDR (Yaygın ilaç dirençli) suşların ortaya çıkmasına yol açmıştır. Günümüzde TB tehditinin yeni adı MDR,  XDR-MTB'dir.
Bölgemizde, özellikle sınırötesi komşu ülkelerde son 7 yıldır yaşanan sıcak gelişmeler bu ülkelerde sefaletin yanı sıra büyük ölçüde insan hareketlerinin yaşanmasına sebep olmuştur. Bu bağlamda en fazla sayıda göç alan ülkemiz ve özellikle Çukurova bölgesi göç hareketlerinin doğuracağı önemli sağlık problemlerine de açıktır. Bu çalışmada savaş, yokluk ve kötü hijyen şartlarında geniş halk kitleleri arasında kolaylıkla yayılan MTBK türlerinin göç hareketleri sonrasında bölgemizde görülen MTBK türleri ve prevelansına etkisi genotip düzeyinde irdelenecektir.
Bölgemizde sürdürmekte olduğumuz tüberküloz korunma ve kontrol programlarının başarısı ve dış kaynaklı insan hareketlerini bölgedeki MTBK suşların klonal çeşitliliğine etkisini gösterebilmek ve tanımlanan klonların hastaların meşei ile muhtemel ilişkilerini ortaya koymak amacı ile T.C. vatandaşı ve Suriye uyruklu pulmoner tüberkülozlu hastalara ait klinik materyallerden izole edilen MTBK suşlarının; MIRU-VNTR ve mikroboncukların kullanıldığı spoligotipleme yöntemleri ile genotip düzeyinde tespitini amaçladık.
Bu çalışmaya Ç.Ü. Rektörlüğü THAUM bünyesinde yer alan T.C. Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Kurumu Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarına bağlı 8 ildeki hastane ve VSD'de pulmoner tüberküloz veya şüpheli temas öyküsü ile  takip edilen 59'u T.C. vatandaşı, 41'ide Suriye uyruklu hastalara ait klinik materyallerden izole edilen 100 MTBK suşunu dahil ettik. Bu klinik izolatları MIRU-VNTR ve mikro boncukların kullanıldığı TB-SPRINT metodları ile klonal ilişki yönünden değerlendirdik.
Çalışmaya dahil izolatlarımızın, 74'ünün (%75.5) birden çok üyeli 8 kümeye dağıldığı ve 24 suşun da unique profil oluşturduğu toplam 32 farklı spoligotip profili gösterdiğini, Türk ve Suriyeli hasta klinik izolatlarında baskın spoligo ailesinin sırası ile 28/59 (%47.5) ve 17/39 (%43.6) üyeli T1 olduğunu bunu yine her iki popülasyonda da sırası ile 17/59 (%28.8) ve 11/39 (%28.2) üyeli TUR ailesinin izlediğini gördük. Diğer taraftan suşlarımızın MIRU-VNTR yöntemi ile birden fazla üyeli  10 küme ye dağıldığı, 71 farklı MIRU-VNTR paterni belirledik.
Klonal dağılıma ait genel epidemiyolojik bulguları değerlendirmemiz  sonunda; her iki uyruğa ait hasta izolatlarının benzer klonal özelliklere sahip olduklarını, Suriye uyruklu vatandaşlarda T.C. vatandaşlarında görülmeyen, T.C. vatandaşlarında da Suriye'li hasta izolatları arasında yer almayan az sayıda  farklı klonun olduğunu, ancak bu klonların sayısının azlığı sebebi ile  bölgeye yeni klonların taşındığının söylemenin mümkün olmadığını, indeks çalışma özelliğine sahip olan çalışmamız sonuçlarının periyodik olarak tekrarlanacak benzer çalışmalarda, yani long-term sürveyans ile elde edilecek sonuçlarla kıyaslanması halinde, bölgemizdeki MTBK suşlarının hareketi hakkında daha kesin sonuçlar elde edilebileceği kanaati oluşmuştur.

Abstract:
Pulmonary tuberculosis is one of the major diseases threatening public health, especially in developing countries, despite efforts to prevent, control and treat by medication for more than 70 years.Tuberculosis, which has reached a high incidence in societies with low socioeconemic nutritional and hygienic conditions, has become a serious threat for welfare societies in developed countries after HIV infections, which have turned into a pandemic in the world since the 90's. Irrational use of anti-tuberculosis drugs in treatment, due to the inability to be tolerated by patients, delayed diagnosis and treatment due to insufficiency in the diagnosis of tuberculosis, especially in endemic developing countries and eventually the patient's inaccessibility provoked drug resistance against anti-tuberculosis in Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) strains This development, which started with a single drug resistance, resulted in the emergence of XDR (Extensively Drug Resistant) strains resistant to all major and minor drugs. Today, the new name of the TB threat is MDR, XDR-MTB.
The emerging events experienced in the last 7 years in our region, especially in neighboring countries, have caused human movements to a large extent in these countries as well as misery. In this context, our country which receives the highest number of immigrants, especially the Cukurova region, is also have an important potential for health problems caused by immigration movements. In this study, the effects of migration on strain diversity and prevalence of MTBC, which are easily spread among the masses of people in war, poverty and poor hygiene conditions, were examined at the genotype level.                                                                     
We aimed to determine the genotype level by using microbead based spoligotyping and MIRU-VNTR methods; to be able to show the success of ongoing tuberculosis protection and control programs in our region and the effects of outsourced human movements on clonal diversity of MTBK strains in the region and also to reveal possible relationship between clones and patient origin by MTBK strains isolated from clinical materials belonging to TR citizens and Syrian pulmonary tuberculosis patients.                                                                           
In this study we included 100 MTBC strains, isolated from clinical samples of patients with pulmoner tuberculosis and/or suspected contact cases, which were sent to TR Health Ministery of Publich Health Institution Adana Regional Tuberculosis Laboratory that is affiliated to Çukurova University Tropical Disease Research and Application Center from eight city hospitals and Tuberculosis dispensaries. Included 59 and 41 strains were belong to Turkish republic citizens and Syrian patients, respectively. We evaluated these clinical isolates for clonal relation with MIRU-VNTR and TB-SPRINT methods using micro beads.                                                                                                            Our isolates included in the study showed that a total of 32 different spoligotype profiles, of which 74 (75.5%) were distributed to 8 clusters with multiple members and 24 strains were unique profiles. Among the Turkish and Syrian patients' clinical samples, the major spoligo family was T1 with 28/59 (47.5%) and 17/39 (43.6%) isolates, also we observed that the TUR family with 17/59 (28.8%) and 11/39 (28.2%) members, respectively. On the other hand, we identified 71 different MIRU-VNTR patterns, in which our strains were distributed to 10 clusters with multiple members using the MIRU-VNTR method.
At the end of our evaluation of the general epidemiological findings of the clonal distribution; patient isolates of both nationalities have similar clonal properties. There are a few different clones in Syrian nationals that were not seen among Turkish citizens and also among Syrian patient isolates were not seen in Turkish citizens samples, however, due to the low number of these clones, it is not possible to say that new clones have been moved to the our region. Our research has the index study feature and it is believed that more precise results will be obtained about the movement of MTBC strains in our region, when our results compare with results that will be generated from the periodically repeated long term surveillance studies.