Multiple skleroz hastalığı ile ıl7R geni -504 (T/C), -1085 (G/T) ve -449 (A/G) promoter polimorfizmleri arasındaki ilişkinin moleküler düzeyde incelenmesi
Investigation of relationship between il7r gene -504 (T/C), -1085 (G/T) and -449 (A/G) promoter polymorphisms and multiple sclerosis at the molecular level
Yazar: HASAN ŞİMŞEK
Danışman: PROF. DR. AHMET ARMAN
Marmara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Genetik = Genetics ; Nöroloji = Neurology
Dizin: Merkez sinir sistemi hastalıkları = Central nervous system diseases ; Multipl skleroz = Multiple sclerosis ; Nörodejeneratif hastalıklar = Neurodegenerative diseases ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; İnterlökin 17 = Interleukin 17

Özet:
Giriş ve Amaç: Multiple Skleroz, santral sinir sistemini (SSS) etkileyen myelin hasarı ve buna bağlı nörolojik bozukluklarla seyreden kronik, progresif, nörodejeneratif bir hastalıktır. Hastalığın etiyolojisi tam olarak bilinmemekle birlikte genetik ve çevresel faktörlerin etkileşimi sonucu ortaya çıktığı düşünülmektedir. Daha önce yapılan GWAS çalışmalarında MS ilişkili olabilecek bu genetik faktörlerden birisi olarak IL7R geni polimorfizmleri öne çıkmaktadır. Ayrıca IL7R geni polimorfizmleri daha önce farklı otoimmün hastalıklarla da ilişkilendirilmiştir. Buna dayanarak yaptığımız çalışmamızda Türk popülasyonunda IL7R geni -504 (T/C), -1085 (G/T) ve -449 (A/G) promoter polimorfizmleri ile Multiple Skleroz hastalığı arasındaki ilişki araştırılmıştır.
Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya 364 hasta ve 191 sağlıklı birey katılmıştır. IL7R geni promoter bölgesi biyoinformatik analizleri yapılmıştır. Üç polimorfizm bölgesi bulunmuş ve uygun primer dizayn edilip bu bölgeler PCR ile çoğaltılmıştır. -504 (T/C) polimorfizm bölgesi PCR ürünü PstI enzimi, -449 (G/A) ve -1085 (G/T) polimorfizm bölgesi PCR ürünleri ise HphI enzimi ile kesilmiş ve daha sonra da agaroz jel elektroforezi ile genotiplemesi yapılmıştır. Elde edilen veriler SPSS 17.0 programı yardımıyla Ki-Kare, Fisher Exact ve Fisher Freeman Halton testleri kullanılarak analiz edilmiştir. Hastalık ve polimorfizmler arasındaki ilişki Odds Ratio ve %95 güven aralığı ile ifade edilmiştir. p<0.05 (2 yönlü) değeri anlamlı olarak kabul edilmiştir.
Bulgular ve Sonuç: Çalışmamıza katılan hastaların 249'u kadın ve 113'ü erkek idi. Ortalama başlangıç yaşı 28,99 olarak bulundu. Hastaların %90,6'sı yetişkin başlangıçlı MS hastası idi. %67,8 sıklıkta RRMS ve %31,4 sıklıkta SPMS alt tipleri mevcuttu ve SPMS subgrubu sıklığı diğer popülasyonlara göre artmış olarak saptandı. -449 polimorfizmi genotipleri (p=0,120) ve allel frekansları (p=0,490) ile MS arasında doğrudan anlamlı bir ilişki saptanmamıştır. Ancak başlangıç yaşı ile -449 polimorfizmi arasında anlamlı bir ilişki saptanmıştır (p=0.002, OR=4.021, %95 GA=1.642-9.845) ve GA genotipi AOMS için ve AA genotipi EOMS için risk oluşturmaktadır. Benzer şekilde -449 A alleli EOMS için risk oluşturmaktadır (p=0.011, OR=1.3, %95 GA=1.107-1.527). -504 polimorfizmi TC heterozigot genotipi MS için risk oluşturmaktadır (p=0.02, OR=1.702, %95 GA=1.169-2.478). -1085 GT polimorfizmi ile MS arasında anlamlı bir ilişki saptanmamıştır. Ayrıca erkek hastalarda SPMS sıklığında anlamlı bir artış tespit edilmiştir (p=0.033, OR=1.667, %95 GA=1.036-2.682).

Abstract:
Introduction and Aim: Multiple Sclerosis is a chronic progressive neurodegenerative disease which affects the central nervous system and has neurological impairment caused by damaging myelin fibers. Although etiology of disease is not known exactly, it is thought that environmental and genetic factors cause it together. Previously, some genetic factors have come prominence after GWAS studies and one of them is IL7R gene polymorphisms. Furthermore, IL7R gene polymorphisms have been associated with some autoimmune disease previously. In this study, we investigated the association between MS and IL7R gene -504 (T/C), -1085 (G/T) and -449 (A/G) promoter polymorphisms in Turkish population.
Material and Methods: 364 patients and 191 healthy controls joined this study and bioinformatic analysis of IL7R gene promoter region was assessed. Three polymorphic regions were identified and appropriate primers were designed and then these regions were amplified. We used PstI enzyme for -504 (T/C) SNP and HphI enzyme for -1085 (G/T) and -449 (A/G) SNPs and then genotyped the products with agarose gel electrophoresis. For statistical analysis, Chi-Square, Fisher Exact and Fisher Freeman Halton tests were used via SPSS 17.0 statistic programme. The association between disease and genotypes was shown by Odds Ratio (OR) and 95% Confidence Interval (CI). Statistical significance was set at a value of p<0.05 (2-sided).
Results and Conclusion: There were 249 female and 113 male patients in our study. Mean age of onset was 28,99. Adult onset MS covered 90,6 % of patient. Genotype distributions (p=0,120) and allele frequencies (p=0,490) of -449 polymorphism did not show a significant association with MS directly. But, in according to age onset -449 GA genotype was a risk factor for AOMS and AA genotype for EOMS (p=0.002, OR=4.021, 95% CI=1.642-9.845 ). Similarly, -449 A allele was a risk factor for EOMS (p=0.011, OR=1.3, 95% CI=1.107-1.527). -504 TC heterozygote genotype was a risk factor for MS (p=0.02, OR=1.702, 95% CI=1.169-2.478). There was not a signficant association between -1085 GT polymorphism and MS. RRMS had a persentage of 67,8 and SPMS 31,4 %. According to other populations, RRMS frequency in Turkish population was decreased and SPMS frequency was increased clearly. Furthermore, male patients had an increased frequency of SPMS significiantly (p=0.033, OR=1.667, 95% CI=1.036-2.682).