Alt solunum yolu enfeksiyonlarında bakteriyel etkenlerin ve bazı direnç genlerinin polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırılması
The investigation of bacterial pathogens and resistance genes in the lower respiratory tract infections BY polymerase chain reaction
Yazar: ÖZLEM AYDEMİR
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET ÖZDEMİR
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Meram Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; Solunum yolları hastalıkları = Respiratory tract diseases ; Solunum yolları hastalıkları = Respiratory tract diseases ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Alt solunum yolu enfeksiyonu olan hastaların solunum yolu örneklerinde, multipleks PZR ile bakteriyel etkenlerin saptanması, CTX-M, NDM ve mecA direnç genlerinin tespiti ve multipleks PZR'ın etkinliğinin değerlendirilmesi amaçlandı.
Yöntem: Eylül 2011-Nisan 2013 tarihleri arasında akut alt solunum yolu enfeksiyonu belirtileri ile Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi ve Konya Numune Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniklerine başvuran, toplum kaynaklı pnömoni, KOAH alevlenmesi ve bronşiektazi akut alevlenmesi tanısı konulan, ayaktan veya yatırılarak tedavi edilen, 197 hasta çalışmaya alındı. Hastalardan alınan örnekler, eş zamanlı olarak koyun kanlı agar, çikolata agar ve EMB agara ekilerek kültür işlemine alındı. Bakteri tip tanımlaması, Vitek2 (Biomerieux) tam otomatik tanımlama sistemi ile yapıldı. Moleküler olarak bakterilerin amplifikasyonu,  deteksiyonu ve direnç genlerinin tespiti moleküler mikrobiyoloji labaratuvarında CAP-Bac-PN Mix (Gen ID®; Autoimmun Diagnostika GmbH, Almanya) kiti kullanılarak yapıldı.
Bulgular:  Kültür yöntemi ile tüm olguların 62'sinde (% 31,5) en az bir bakteri üremesi saptanırken bu sayı multipleks PZR ile 125'e (%63,5) yükseldi. PZR de en çok saptanan bakteriler sırasıyla; S.pneumoniae (%32), H.influenzae (% 31) oldu.  Çoklu etken saptama oranları açısından PZR ile kültür arasında anlamlı farklılık vardı. (p<0.005) Kültürde sadece 2 olguda çoklu bakteri saptanırken, PZR'da 47 olguda çoklu etken saptandı. PZR yöntemi ile CTX-M, NDM ve mecA direnç geni saptanamadı. 
Sonuç: Alt solunum yolu enfeksiyonlarında; kültür, seroloji gibi konvansiyonel yöntemler etkeni saptamada her zaman yeterli olamamaktadır. Bu nedenle yeni tanı yöntemlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Moleküler testlerin hızlı sonuç alınabilen duyarlı testler olması nedeniyle acil ve uygun antimikrobiyal tedavi sağlayarak, antibiyotik direncinde azalmaya katkıda bulunacağı ve daha iyi tedavi yanıtına neden olacağı kanaatine varılmıştır.

Anahtar kelimeler: Alt solunum yolu,enfeksiyon, multipleks PZR, kültür

Abstract:
Objective: It was aimed to determine the bacterial pathogens and CTX-M, NDM, mecA resistance genes by multiplex PCR in the respiratory tract samples of the patients in community acquired lower respiratory tract infections and evaluate the efficiency of multiplex PCR.
Results: At least one bacterial growth was determined in 62 (31.5%) of all patients with culture method. This number increased to 125 (63.5%) with multiplex PCR. The bacterie which were most commonly identified by PCR were S. pneumoniae (32%) and H. influenzae (31%). There was a significant difference between PCR and bacterial culture system in terms of multi-factor detection rates (p<0.005). Multiple bacteria were detected only 2 cases in culture method but multiple pathogens were detected in 47 cases with PCR method. CTX-M, NDM and mecA genes were not detected with PCR. 
Conclusion: Conventional methods, such as culture and serology are not always adequate to detect in lower respiratory tract the pathogens. For this reason, new diagnostic methods such as molecular tests were necessary. Multiplex PCR tests are sensitive and rapid tests. Use of PCR, provide rapid identification of bacteriae and diagnosis of infection. Use of combination of diagnostic tests will be resulted rapid diagnosis and contribute to a reduction in antibiotic resistance.
 
Key Words: Lower respiratory tract, infection, multipleks PCR, culture