Tavuk dışkılarından izole edilen escherichia coli'lerde plazmit aracılı kolistin direnci sağlayan MCR--1 geninin araştırılması
Investigation of the plasmid mediated colistin resistance gene MCR-1 in escherichia coli isolates from chicken feces
Yazar: NİLÜFER ERZAİM
Danışman: PROF. DR. SERKAN İKİZ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu çalışmada, Türkiye'de kesime sevkedilen tavuklardan elde edilen dışkı örneklerinden izole edilen Escherichia coli'lerde, kolistin direnci ve yakın dönemde keşfedilen, plazmit aracılı kolistin direnci sağlayan mcr-1 geni varlığının araştırılması amaçlandı.
Bu amaçla çalışmaya alınan broyler piliçlere ait bağırsak örneklerinden elde edilen dışkılardan 200 adet E.coli izole ve identifiye edildi. Söz konusu izolatlar, fenotipik kolistin direnç profilinin ortaya çıkarılması açısından katyon-ayarlı Broth Mikrodülisyon yöntemi kullanılarak her bir izolat için kolistine ait Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MİK) belirlendi. 7 farklı kesimhaneden elde edilen ve çalışılan toplam 200 adet E.coli den 15 tanesinde (%7,5) fenotipik kolistin direnci gözlemlendi.
İzolatlardan elde edilen plazmit DNA'lar kullanılarak, genotipik kolistin direncinin saptanması amacıyla Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemiyle plazmit aracılı kolistin direnci sağlayan mcr-1 geni varlığı araştırıldı. Fenotipik kolistin direnci gösteren izolatlar dahil olmak üzere çalışılan örneklerin hiçbirinde mcr-1 genine rastlanmadı. Kolistin direnci saptanmasına rağmen plazmit aracılı mcr-1 geninin bulunmaması ve direncin kromozom kaynaklı olması nispeten ümit verici olarak değerlendirilebilir. Ancak, yeni ortaya çıkan plazmit aracılı genlerinin de araştırılacağı gelecek bir çalışma yapılmasının gerekli olduğu düşünülmüştür.

Abstract:
In this study, it was aimed to investigate colistin resistance and recently discovered plasmid-mediated colistin resistance gene, mcr-1, in Escherichia coli isolated from fecal samples obtained from broiler chickens in Turkey.
For this purpose, 200 E.coli was isolated and identified from feces obtained from intestine samples of broiler chickens. In order to reveal the phenotypic colistin resistance profile of the isolates, the minimum inhibition concentration (MIC) of colistin for each isolate was determined using the cation-adjusted Broth Microdulition method. Phenotypic colistin resistance was observed in 15 out of 200 E.coli (7,5%) obtained from seven different slaughterhouses.
The presence of mcr-1 gene that provides plasmid mediated colistin resistance was investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) method for the detection of genotypic colistin resistance by using plasmid DNAs obtained from isolates. Mcr-1 gene was not found in any of the studied samples including isolates showing phenotypic colistin resistance. Despite the detection of colistin resistance, the absence of the plasmid-mediated mcr-1 gene and the fact that the resistance is chromosome originated might be evaluated as relatively auspicious. However, it is considered that a future study to investigate the newly emerged plasmid mediated genes would be necessary.