Kayseri ilinde üretilen pastırmalardan elde edilen lactobacillus SPP. bakterilerinin izolasyonu, identifikasyonu ve bakteriyosin sentezleme potansiyellerinin belirlenmesi
Isolation, identification and determination of bacteriocin synthesis potentials of lactobacillus SPP. bacteria obtained from pastrami manufactured in Kayseri
Yazar: HÜSEYİN BURAK DİŞLİ
Danışman: PROF. DR. ZAFER GÖNÜLALAN
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Bakteriyosin faktörleri = Bacteriocin factors ; Et ürünleri = Meat products ; Kayseri = Kayseri ; Lactobacillus = Lactobacillus ; Laktik asit bakterileri = Lactic acid bacteria ; Pastırma = Pastrami ; Probiyotikler = Probiotics

Özet:
Bu tez çalışmasında Kayseri ilinde üretilmiş pastırmaların, mikrobiyolojik kalitesi, laktik asit bakteri profili, Lactobacillus spp. filogenetiği ve izolatların bakteriyosin sentezleme potansiyellerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Tezin ikinci aşamasında ise bakteriyosinojen suşların probiyotik özellikleri incelenmek istenmiştir. İzolatların identifikasyonu için MALDI-TOF MS ve 16S rRNA sekans analiz metotları tercih edilmiştir. Suşların potansiyel bakteriyosinojen özellikleri, önce fenotipik açıdan kuyu difüzyon metodu ile değerlendirilmiş daha sonra gen düzeyinde konvansiyonel ve RT-PCR ile araştırılmıştır. Bakteriyosinojen suşlara ait hücresiz süpernatantların stabilite kontrolü için enzim, sıcaklık ve pH tolerans testleri gerçekleştirilmiştir. Suşların probiyotik özelliklerinin değerlendirilebilmesi adına mide sıvısı ve safta tuzuna karşı tolerans, antibiyotik duyarlılık ve ekzopolisakkarit sentez yetenekleri incelenmiştir. Çalışmanın son basamağında ise Lactobacillus sakei suşlarının et ortamına adaptasyonu açısından önemli olduğu düşünülen iki genin (asnA2 ve pgm) ekspresyon seviyesi, qPCR metoduyla belirlenmiştir. İdentifikasyon işlemleri sonucunda, pastırmalarda mevcut baskın türün Lactobacillus sakei olduğu belirlenmiştir. Gerçekleştirilen analizler ışığında, 15 suşun (%14.56) seçilen indikatör bakterilerden en az birine karşı fenotipik antimikrobiyal aktivite gösterdiği belirlenmiştir. Moleküler analizler sonucunda beş adet suşun, sakacin P ve sakacin Q sentez genlerinden en az biri yönünden pozitif olduğu tespit edilmiş ve bu genler sekans analizi ile doğrulanmıştır. Bakteriyosinojen suşlara ait hücresiz süpernatantların, düşük pH ve farklı sıcaklık koşullarına tolerans gösterdiği belirlenmiştir. Sonuç olarak, Lactobacillus sakei 2 ve Lactobacillus curvatus 48 suşlarının probiyotik ve starter kültür özellikleri açısından önemli bir potansiyel taşıdığı tespit edilmiştir.

Anahtar Kelimeleler:  Bakteriyosin; Latilactobacillus sakei; Laktik Asit Bakterisi; Probiyotik; Sakasin

Abstract:
In this thesis, it was aimed to determine the microbiological quality, lactic acid bacteria profile, Lactobacillus spp. phylogenetics and bacteriocin synthesis potential of the isolates of the pastrami produced in Kayseri province. In the second stage of the thesis, the probiotic properties of bacteriocinogen strains were investigated. MALDI-TOF MS and 16S rRNA sequence analysis methods were preferred for the identification of the isolates. The potential bacteriocinogenic properties of the strains were first evaluated phenotypically by the well diffusion method and then investigated at the gene level by conventional and RT-PCR. To control the stability of cell-free supernatants of bacteriocinogen strains, tolerance tests for enzyme, temperature and pH were performed. In order to evaluate the probiotic properties of the strains, gastric juice and bile salt tolerance, antibiotic susceptibility and exopolysaccharide synthesis abilities were investigated. In the last step of the study, the expression levels of two genes (asnA2 and pgm), which are thought to be important for the adaptation of Lactobacillus sakei strains to the meat environment, were determined by qPCR method. Identification processes revealed that the dominant species in pastrami was Lactobacillus sakei. In the light of the analyzes performed, it was determined that 15 strains (14.56%) showed phenotypic antimicrobial activity against at least one of the selected indicator bacteria. On molecular analyzes, five strains were found to be positive for at least one of the sakacin P and sakacin Q synthesis genes and these genes were confirmed by sequence analysis. Cell-free supernatants of bacteriocinogen strains were found to be tolerant of low pH and different temperature conditions. In conclusion, it has been determined that Lactobacillus sakei 2 and Lactobacillus curvatus 48 strains have an important potential in terms of probiotic and starter culture properties.

Keywords: Bacteriocin; Lactic acid bacteria; Latilactobacillus sakei; Probiotic; Sakacin