Papiller tiroid karsinomlarında braf V600E mutasyonunun realtime PZR analizi
Realtime PCR analysis of braf V600E mutation in papillary thyroid carcinomas
Yazar: SERPİL ÇAKIR
Danışman: PROF. DR. LEYLA AÇIK
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Papiller tiroid karsinomları (PTK) çoğunlukla, genlerdeki BRAF ve RAS mutasyonlarından kaynaklı MAPK aktivasyonuyla hücre bölünmelerinde artışa neden olur. BRAF V600E 'nin PTK'de kötü prognozla ilişkisi olduğu bilinmektedir. Literatürde, PTK hastalarında BRAF V600E mutasyonuyla ilgili yapılmış az sayıda çalışma bulunmakta ve bu çalışmalardan elde edilen bulgular arasında farklılıklar yer almaktadır. Bu çalışmada PTK'de BRAF V600E mutasyonunun realtime PZR (gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu) tekniği kullanılarak tespiti ve toplumdaki sıklığının ortaya konulması ile bugüne kadar elde edilmiş bulgulara yeni bulgular ekleyerek bu alanda var olan literatüre katkı sağlanması hedeflenmiştir. Bu çalışma klasik varyant, folliküler varyant ya da tall cell (uzun hücre) varyant PTK tanısı almış 100 olgudan alınan formalinle fikse edilmiş ve parafine gömülmüş (FFPE) tiroid dokularıyla yapılmıştır. Tümörlü dokuyu örnekleyen kesitlerden yeteri miktarda DNA içeren örneklerden BRAF V600E mutasyon tespit kiti kullanılarak realtime PZR tekniği ile BRAF V600E mutasyonu varlığı araştırılmıştır. Sonuçta, yedi örnekten analiz için yeterli DNA elde edilememiş, geriye kalan 88 örneğin 30'unun (%34,1) BRAF V600E negatif, 58'inin (%65,9) pozitif olduğu tespit edilmiştir. Bu mutasyonun pozitifliğinin PTK varyantlarındaki dağılımı, klasik varyantta %90,4, folliküler varyantta % 11,5 ve uzun hücre varyantta % 80,0 olarak bulunmuştur. Örneklerin BRAF V600E pozitifliği ile yaş, tümör kapsül varlığı, lenf nodu metastazı, yumuşak doku invazyonu ve tiroid kapsül invazyonu değişkeni arasında istatistiksel açıdan anlamlı ilişki tespit edilmiştir (p<0,05). Bu verilerden hareketle PTK'li olguların takibinde ve hastalığın tedavisinde kullanılan yöntemi belirlemede daha büyük olgu grupları ile yapılacak çalışmaların ve BRAF'ın diğer mutasyonlarının analizinin de katkı sunacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Papillary thyroid carcinomas (PTC) often cause increased cell divisions through MAPK activation caused by BRAF and RAS mutations in the genes. BRAF V600E is associated with poor prognosis in PTC. There are few studies in the literature on BRAF V600E mutation in PTC patients, and the findings from these studies are different. This study aims to contribute to the existing literature in this field by detecting the BRAF V600E mutation in PTC using the realtime PCR technique and determining its frequency in the population. This study was conducted with formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) thyroid tissues taken from 100 cases diagnosed with classical, follicular or tall cell variant PTC. DNA was isolated from sections sampling tumor tissue, and the presence of mutation was investigated with realtime PCR in samples containing sufficient DNA. However, sufficient DNA could not be obtained for analysis from 5 samples, in the realtime PCR study performed with 95 samples, no results were obtained in 7 samples, BRAF V600E was negative in 30 of the remaining 88 samples (34.1%), and positive in 58 (65.9%). has been detected. The distribution of the positivity of this mutation in PTK variants was found to be 90.4% in the classical variant, 11.5% in the follicular variant and 80.0% in the tall cell variant. A statistically significant relationship was detected between BRAF V600E positivity of the samples and age, presence of tumor capsule, lymph node metastasis, soft tissue invasion and thyroid capsule invasion variables (p<0.05). Based on this data, it is thought that studies with larger case groups and analysis of other mutations of BRAF will contribute to determining the method used in the follow-up and treatment of PTC.