COVİD 19 pandemi döneminde diğer solunum yolu patojenlerinin araştırılması
Investigation of other respiratory tract pathogens in the COVİD 19 pandemic period
Yazar: MERVE DEMİR ÇEVİK
Danışman: PROF. DR. BANU BAYRAKTAR
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Korona virüs enfeksiyonları = Coronavirus enfections ; Korona virüsler = Coronaviridae ; Pandemiler = Pandemics ; Patojenler = Pathogens ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Solunum sistemi = Respiratory system

Özet:
Giriş: Solunum yolu enfeksiyonları (SYE) dünya çapında morbidite ve mortalitenin en önemli nedenleri arasındadır.VirüslerÜSYE'nin yaygın patojenleridir ve birçok virüs SARS CoV-2 (Ağır akut solunum yolu yetersizliği sendromukoronavirüsü 2) gibi hem üst hem de alt solunum yollarını etkileyerek ciddi morbidite ve mortaliteye neden olabilir. ViralSYE'lerin teşhisi genellikle spesifik olmayan semptomlara ve klinik bulgulara dayanır.SARS-CoV-2'ninpandemiye neden olması ve olumsuz klinik tablolara yol açması nedeniyle diğer solunum yolu virüslerinin tespiti hem klinik hem de epidemiyolojik açıdan önem kazanmıştır. Bu çalışmada pandeminin ikinci yılında,prospektif olarak, multipleks PCR solunum paneli(MPSP) ile SARS-CoV-2 dışındaki solunum yolu viral patojenlerin saptanması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem:Bu çalışmaya Ağustos 2021- Aralık 2021 tarihleri arasında İstanbul Sağlık Bilimleri Üniversitesi Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Acil Servisine solunum yolu semptomlarıyla ayaktan başvurmuş olan 173 erişkin hasta dahil edilmiştir. Hasta popülasyonu, hafta içi her gün saat 11.00-15.00 arasında gözlem yapılarak ateş, halsizlik, öksürük, burun tıkanıklığı /akıntısı, vücut ağrısı, kas-eklem ağrısı, tat/koku kaybı, baş ağrısı gibi semptomlardan en az 3 tanesi ile başvurmuş, rutinde kullanılan SARS-CoV-2 PCR testi negatif 5 hasta arasından 1 veya 2'sine ait nazofarengealsürüntü (NFS) örneği random seçilerek oluşturulmuştur. Örnekler toplanırken hastaların demografik bilgilerinin yanı sıra örnek toplama tarihi, kullandığı ilaçlar, aşılanma durumu, varsa komorbid durumları gibi bilgiler kaydedilmiştir.
İlk olarak numuneler, üreticinin talimatlarındaki solunum yolu numuneleri prosedürüne göre RINATM-M14 Nükleik Asit İzolasyon Robotu (Bioeksen R&D Technologies, Türkiye) ile ekstrakte edilip ardından Bio-Rad CFX96 Touch RT-PCR cihazında amplifiye edilmiştir. 
Bulgular:Araştırmaya dahil edilen 173 hastanın 114'ünde solunum yolu paneli ile etken saptanmış olup, bu hastaların 112'sinde tek enfeksiyon etkeni, 2'sinde ise Human CoronavirusOC43 ve Human Coronavirus229E koinfeksiyonu olmak üzere toplam 116 etken tespit edilmiştir. En sık saptanan viral patojenler sırasıyla, Rhinovirus/Enterovirus, insan koronavirüsleri ve İnfluenza A olarak belirlenmiştir. Ağustos ve eylül aylarında Human Coronavirus OC43 sık saptanırken, ekim ayında Rhinovirus/Enterovirus piki oluştuğu, kasım ayından itibaren dolaşıma tekrar katılan İnfluenza A'nın ise aralık ayında en baskın mevsimsel viral etken haline geldiği saptanmıştır. Hastalarda en sık görülen semptomlar öksürük, burun akıntısı/tıkanıklığı ve halsizlik olarak dikkat çekmiştir.Üst solunum yollarında kolonize olabilen mikroorganizmalar olmaları ve kullandığımız örnek türünün NFS olması nedeniyle H. influenzae tespit edilen 9 hasta ile ve S. pneumoniae tespit edilen 12 hastanın sonucu değerlendirme dışı bırakılmıştır.
Sonuç: SARS CoV-2 ile mücadelede alınan halk sağlığı tedbirleri ve viralinterferansın diğer solunum yolu virüslerinin mevsimsel dolaşım modellerini değiştirdiğini, pandeminin ilk yılında dolaşımdan silinmiş olan başta İFV olmak üzere mevsimsel viral etkenlerin alınan tedbirlerin hafifletilmesiyle pandeminin 2.yılında yeniden ortaya çıktığını göstermektedir. Solunum yolu virüsleri ve SARS CoV-2 ile enfekte hastaların semptomlarının büyük oranda benzediği gözlemlenmiştir. Solunum yolu patojenlerinin kısa sürede ve doğru tespit edilmesi ile uygun olmayan antimikrobiyal tedaviyi önlemek, zamanında antiviral tedaviye başlamak, toplumsal bulaşı en aza indirmek ve tedavi maliyetlerini azaltmak mümkün olabilmektedir. Tüm bunlar göz önüne alındığında kısa sürede yüksek duyarlılık ve özgüllük ile çok sayıda viral etkeni eş zamanlı saptayabilen, MPSP salgın döneminde kullanımının hasta yönetimi ve toplum sağlığı açısından etkin bir uygulama olabileceği düşünülmüştür

Abstract:
Introduction: Respiratory tract infections (RTIs) are among the most important causes of morbidity and mortality worldwide. Viruses are common pathogens of URTI, and many viruses, such as SARS CoV-2, can cause both upper and lower respiratory tract infections resulting in significant morbidity and mortality. Diagnosis of viral RTIs often based on non-specific symptoms and clinical findings. Due to pandemic occurrence and poor outcomes of SARS-CoV-2 infections, detection of the other respiratory viruses gained importance for clinical and epidemiologic purposes. This study aimed to detect respiratory tract viral pathogens other than SARS-CoV-2 prospectively with multiplex PCR respiratory panel (MPRP) in the second year of the pandemic.
Methods: In this study, 173 adult patients who applied to the Emergency Department of Istanbul Health Sciences University Şişli Hamidiye Etfal Training and Research Hospital with respiratory symptoms between August 2021 and December 2021 were included. The patient population was selected with the presence of at least 3 of the following symptoms, such as fever, weakness, cough, nasal congestion/discharge, body pain, muscle joint pain, loss of taste/smell, and headache presenting to the emergency department between 11.00-15.00 on weekdays, The nasopharyngeal swab (NFS) sample of 1 or 2 out of the 5 patients with negative SARS-CoV-2 PCR test randomly selected. During the collection of samples, besides demographic information of the patients, the date of sample collection, the drugs used, vaccination status, and comorbid conditions, if any, were recorded.
Initially, the samples were extracted with the RINATM-M14 Nucleic Acid Isolation Robot (Bioeksen R&D Technologies, Turkey) according to the respiratory tract samples procedure in the manufacturer's instructions and then amplified in the Bio-Rad CFX96 Touch RT-PCR instrument. 
Results: We detected a pathogen in 114 of 173 patients included in the study by MPRP, and a total of 116 agents were detected, including a single infectious agent in 112 of these patients, and coinfection of Human Coronavirus OC43 and Human Coronavirus 229E in 2 of them. The most frequently detected viral pathogens were Rhinovirus/Enterovirus, human coronaviruses and Influenza A. While Human Coronavirus OC43 was frequent in August and September, Rhinovirus/Enterovirus peak occurred in October, and Influenza A, which re-entered the circulation as of November, became the most dominant seasonal viral agent in December. The most common symptoms in the patients were cough, nasal discharge/congestion and fatigue. Since they are the microorganisms that can colonize the upper respiratory tract and the sample type we used was NFS, nine patients with H. influenzae and 12 with S. pneumoniae positive results were excluded from the study.
Conclusions It is seen that the public health measures taken in the fight against SARS CoV-2 and viral interference changed the seasonal circulation patterns of other respiratory tract viruses, and seasonal viral agents, especially influenza virus, which were deleted from the circulation in the first year of the pandemic, reappeared in the second year with the easing of the public health measures taken. It has been observed that the symptoms of patients infected with respiratory viruses and SARS CoV-2 are largely similar. By detecting respiratory pathogens in a short time and accurately, it is possible to prevent inappropriate antimicrobial therapy, initiate antiviral therapy on time, minimize social transmission, and reduce treatment costs. Considering all these, it was thought that the use of MPRP during the epidemic period, which can detect many viral agents simultaneously with high sensitivity and specificity in a short time, maybe an effective application in terms of patient management and public health.