Türkiye yerli keçi ırklarında mikrosatellit DNA belirteçleri kullanılarak genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
The identification of genetic diversity in turkish native goat breeds by using microsatellite DNA markers
Yazar: NİMET GÜMÜŞ
Danışman: DOÇ. DR. FULYA ÖZDİL
Namık Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Bu çalışmada; Türkiye'de yetiştirilen 4 yerli keçi ırkında (Ankara, Kilis, Honamlı ve Kıl Keçisi) 9 mikrosatellit belirteci kullanılarak genetik çeşitliliğin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışılan mikrosatellit belirteçlerine ait veriler ile yapılan istatistik analizler sonucunda; lokus başına düşen ortalama allel sayısının 13.66 allel / lokus ve heterozigotluk düzeylerinin 0.4878 ile 0.9600 arasında olduğu belirlenmiştir. Irklar kapsamında hesaplanan ortalama gözlenen ve beklenen heterozigotluk değerlerinin ise sırasıyla 0.7552 ve 0.7964 olduğu belirlenmiştir. Çalışma kapsamında incelenen ırklara ait FIS değerlerinin; -0.016 ile 0.105 arasında değiştiği saptanmıştır. Elde edilen FIS değerleri incelendiğinde; çalışılan tüm populasyonlarda değerlerin sıfıra yakın olduğu ve sadece Ankara ve Kıl keçisi ırklarında istatistiki olarak önemli olduğu bulunmuştur. Ankara ve Kıl keçisi ırklarında FIS değerlerinde gözlemlenen bu sapmanın homozigot fazlalığı nedeni ile olabileceği düşünülmektedir. Çalışma kapsamında hesaplanan FST değerleri incelendiğinde; tüm ırklarda değerlerin (0.0223 ila 0.0456) arasında değiştiği ve ırklar arasında az bir genetik farklılaşmanın olduğu belirlenmiştir. Hesaplanan FST değerlerinin ikili karşılaştırılması sonucunda tüm değerlerin (P <0.001'e göre) istatistiki olarak önemli olduğu bulunmuştur. 
Türkiye yerli keçi ırklarında 9 mikrosatellit belirteci kullanılarak yapılan faktöriyel benzerlik analizi ve temel bileşenler analizi sonuçları incelendiğinde; Honamlı keçi ırkına ait bireylerin diğer ırklar ile nispeten daha karışmış olarak gruplandığı, fakat diğer yerli keçi ırklarının birçok bireyinin (Kilis, Kıl ve Ankara Keçisi) birbirlerinden daha net olarak ayrıldığı ve bu ırklara ait bireylerin birbirleri ile genel olarak farklı eksenlerde gruplandığı görülmüştür.
Çalışmada kullanılan belirteçlerin Türkiye yerli keçi ırklarında tümünün polimorfik yapıda oldukları belirlenmiştir. Bu nedenle; Türkiye yerli keçi ırklarının genetik karakterizasyon çalışmalarında öncelikli olarak kullanımları önerilebilmektedir. Elde edilen tüm sonuçlar birlikte değerlendirildiğinde; 9 mikrosatellit belirtecinden elde edilen veriler ile yapılan istatistik analiz sonuçlarına göre; Honamlı keçi ırkına ait bireyler hariç, diğer ırklara ait bireylerin genetik olarak birbirlerinden daha net olarak ayrıldığı gözlemlenmektedir. Bu çalışma kapsamında elde edilen sonuçlar, "Halk Elinde Ülkesel Küçükbaş Hayvan Islahı Projesine" dahil olan işletmelerdeki populasyonların genetik yapılarının belirlenmesine ve mevcut durumlarının incelenmesine olanak sağlamaktadır.

Abstract:
In this study; 4 native goat breeds reared in Turkey (Ankara, Kilis, Honamlı and Hair Goat) were used to determine the genetic diversity by using 9 microsatellite markers. The average number of alleles per locus was determined to be 13.66 alleles / locus and the heterozygosity levels ranged from 0.4878 to 0.9600. The mean observed and expected heterozygosity values were calculated as 0.7552 and 0.7964 respectively. FIS values of four local breeds were found between -0.016 to 0.105. When the FIS values were examined; it was found that the values were close to zero in all the studied populations except that it is statistically significant only in Ankara and Hair Goat breeds. This may be due to the excess of homozygotes. The FST values were calculated between 0.023 to 0.0456 in all the studied breeds indicating that small genetic differentiation was found among breeds. When the results of the factorial correspondence and the principal component analysis in Turkish native goat breeds were investigated, the Honamlı goat individuals were grouped relatively more close with the other breeds, but the other native goat breeds (Kilis, Hair and Ankara Goat) were more clearly separated from each other and the individuals belonging to these breeds were grouped in different axis. All the studied microsatellite markers used in this study were found to be polymorphic in Turkish native goat breeds. Therefore; these markers can be recommended to use for the genetic characterization studies of Turkish native goat breeds. When all the results were evaluated together, except for the Honamlı goat breed, all the other goat breeds of Turkey, were genetically separated from each other. The results of this study will allow to determine the genetic structure and current situation of the goat populations reared in the farms which are included in the "Publicly-Enrolled National Sheep and Goat Breeding Project of Turkey".