Yoğun bakımda takip edilen pnömoni hastalarının endotrakeal aspirasyon örneklerinde atipik etkenlerin multipleks-pcr yöntemi ile araştırılması
Investigation of atypical pathogens by multiplex-pcr method in endotraceal aspiration samples of pneumonia patients followed in intensive care units
Yazar: TALİHA KARAKÖK
Danışman: DOÇ. DR. SALİH CESUR
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Aspirasyon = Aspiration ; Pnömoni = Pneumonia ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Virüs hastalıkları = Virus diseases ; Yoğun bakım = Intensive care ; Yoğun bakım üniteleri = Intensive care units ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Giriş ve Amaç: Pnömoniler, hem toplum kaynaklı hem de hastane kaynaklı enfeksiyonlar içerisinde önemli bir mortalite ve morbidite nedenidir. Diğer birçok enfeksiyon hastalığına göre pnömonide mikrobiyal etiyolojinin daha az bilinmesi, etiyolojiye yönelik altın standart bir yöntemin belirlenememiş olması ve bu nedenle amprik antibiyotik kullanımı, antibiyotik direnci ve antibiyotiğe bağlı yan etkiler açısından risk oluşturmaktadır.  Pnömoniler, etken mikroorganizmalara göre bakteriyel, viral, fungal pnömoniler şeklinde sınıflandırılabilir. Pnömoniler, klinik tabloya göre ise tipik ve atipik pnömoniler olmak üzere iki gruba ayrılır. Atipik pnömoni etkenleri içerisinde başlıca; bakteriler, virüsler ve mantarlar yer almaktadır. Atipik pnömoni etkeni olan bakterilerin tanısına yönelik laboratuvar testlerinin kısıtlı olması, bu etkenlere karşı beta-laktam grubu antibiyotiklerin etkisiz olması, viral etkenlerle gelişen atipik pnömonilerde ise tanısal zorluklar nedeniyle antiviral tedavinin sıklıkla kullanılmaması  nedeniyle hem tanı hem de tedavide sorunlar yaşanmaktadır. Bu durum ise yüksek morbidite ve mortalite gibi istenmeyen klinik sonuçlara neden olabilmektedir. Bu çalışmada, ağır seyirli toplum kökenli pnömoni (TKP) ve hastane kökenli pnömoni (HKP) hastalarının endotrakeal aspirasyon örneklerinde atipik pnömoni etkeni olan mikroorganizmaların multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araştırılması amaçlandı.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya prospektif olarak Aralık 2019 ile Ekim 2020 arasında hastanemiz yoğun bakım ünitelerinde takip edilen, 18 yaş ve üzeri toplum kökenli ve hastane kökenli pnömoni tanısı alan ve mekanik ventilatörde takip edilen Coronavirüs-19 Hastalığı (COVİD-19) dışı hastalar dahil edildi. Pnömoni tanısı alan ve tanı aldığı anda ya da tanının ilk 48 saatinde entübe olan hastalardan iki adet endotrakeal aspirasyon (ETA) örneği alındı. Bir örnekte solunum yolu viral-bakteriyel multipleks PCR yöntemi ile atipik etkenler araştırılırken diğer örnek ile kültür çalışıldı. Hastaların nötrofil-lenfosit oranı (NLO), C-reaktif protein (CRP), prokalsitonin (PCT) değerleri gruplar arasında karşılaştırıldı. 
Bulgular: Çalışmaya 74 hasta dahil edildi. Hastaların %44,6'sı ventilatör ilişkili pnömoni (VİP), %37,8'i TKP, %17,6'ı HKP idi. Katılımcıların 11 (%14,9)'inde atipik pnömoni etkeni saptandı. TKP hastalarının 8 (%28,5)'inde, HKP hastalarının 3 (%23,1)'ünde atipik etken belirlendi. HKP hastalarında saptanan atipik etkenlerin tamamını virüsler oluşturmaktaydı. VİP tanılı hastaların hiçbirinde atipik etken saptanmadı. Multipleks-PCR yöntemi ile 74 hastanın 65'inde (%87,8) etken saptandı. ETA örneği kültürlerinin %58,1'inde üreme oldu. Hastalardan alınan ETA örneklerinde, 28 (%37,8) hastanın PCR testi sonuçları polimikrobiyal olarak raporlandı. Örneklerin hiçbirinde Mycoplasma pneumoniae saptanmadı. VİP, TKP ve HKP hastalarında NLO ve lökosit sayısı farklılık göstermezken, CRP düzeyi VİP tanılı hastalarda istatistiksel olarak anlamlı oranda yüksek saptandı (p:0,036). Prokalsitonin değeri atipik etken saptanan grupta saptanmayan gruba göre anlamlı olarak yüksek bulundu (p:0,002). Altta yatan herhangi bir hastalık atipik pnömoni ile ilişkili bulunmadı. 
Sonuç: Çalışmamızda TKP hastalarında atipik etken sıklığı HKP ye göre daha yüksek bulunmuştur. Bununla birlikte HKP'de viral etkenlerin de rol alabileceği görülmüştür. Bu veriler doğrultusunda; sonuç olarak, ağır seyirli TKP ve HKP olgularında tanıda alt solunum yolu örneklerinde Gram boyama ve kültür dışında multipleks-PCR yöntemi gibi moleküler yöntemler ile etkenin belirlenmesinin tedavi açısından yararlı olabileceği sonucuna varıldı.
Anahtar Kelimeler: atipik pnömoni, multipleks PCR, hastane kaynaklı pnömoni,viral pnömoni

Abstract:
ABSTRACT
Introduction: Pneumonia is an important cause of mortality and morbidity among both community-acquired and hospital-acquired infections. Pneumonia is classified as typical and atypical pneumonia based on the clinical picture. Atypical pneumonia can be caused by bacteria, viruses and fungi. Lower knowledge of microbial etiology in pneumonia compared to many other infectious diseases, the lack of a gold standard method for determining microbial etiology, and consequently the use of empirical antibiotics poses a risk in terms of antibiotic resistance and antibiotic-related side effects. Difficulties in diagnosis of atypical pneumonia because of the limited laboratory tests for detecting atypical microorganisms, the ineffectiveness of beta-lactam antibiotics against these agents, and the infrequent use of antiviral therapy in viral atypical pneumonia due to unknown viral etiology are general problems seen in diagnostic and treatment process of pneumonia patients.These problems may cause undesirable clinical consequences such as high morbidity and mortality rates. In this study, it was aimed to investigate difficult-to-culture agents by polymerase chain reaction (PCR) in patients with severe community acquired pneumonia (CAP) and hospital acquired pneumonia (HAP).
Materials and Methods: Patients over the age of 18 who were followed up in the intensive care units of our hospital between December 2019 and October 2020, diagnosed with community-acquired and hospital acquired pneumonia and followed up on a mechanical ventilator were included in the study. Endotracheal aspiration (ETA) samples were obtained from patients who were intubated at the time of diagnosis or within the first 48 hours of diagnosis. Atypical agents were investigated in these samples by respiratory viral-bacterial multiplex PCR method in conjuction with another sample used for culture methods. Neutrophil-lymphocyte ratio (NLR), C-reactive protein (CRP), procalcitonin (PCT) values of the patients were compared between the groups.
Results: 74 patients were included in the study. 44.6% of the patients had ventilator associated pneumonia (VAP), 37.8% CAP, 17.6% HAP. Atypical etiology was responsible for  11 (14.9%) of the patients. Atypical agents were recovered from 8 (28.5%) of CAP patients and 3 (23.1%) of HAP patients. Viruses constituted all of the atypical agents recovered from HAP patients. No atypical agent was found in any VAP patient. 
While at least one microorganism was detected in 65 (87.8%) of 74 patients by multiplex-PCR, at least one microorganism were identified  in 58.1% of ETA culture. PCR results of 28 (37.8%) ETA samples were polymicrobial. Mycoplasma pneumoniae was not detected in any sample. There was no statistical significant difference in terms of total leukocyte count and neutrophil-lymphocyte ratio between CAP, HAP and VAP patients while CRP was significantly higher in VAP patients according to CAP patients (p:0,036).  Procalcitonin was found to be significantly higher in the group with atypical pneumonia compared to the group with no atypical agent (p: 0.002). No underlying disease was found to be associated with atypical pneumonia.
Conclusion: The frequency of atypical agents was higher in CAP patients compared to HAP patients. However, viral pnemonia may play a role in HAP. According to these data; as a result, determination of microbial etiology by molecular methods such as multiplex-PCR method other than culture and  Gram staining of lower respiratory tract samples for the diagnosis of severe CAP and HAP may be beneficial in terms of treatment.
Keywords: atypical pneumonia, multiplex PCR, hospital acquired pneumonia, viral pneumonia