Berrak hücreli renal hücreli karsinom hastalarında BAP1, PBRM1, SETD2 mutasyonlarının varlığının araştırılması ve immünohistokimyasal olarak korelasyonunun değerlendirilmesi
Investigation of the presence of BAP1, PBRM1, SETD2 mutations in patients with clear cell renal cell carcinoma and evaluation of immunohistochemical correlation
Yazar: ŞEYMA EREN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. SERHAT TOPRAK
İnönü Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Patoloji = Pathology
Dizin: Berrak hücre = Clear-cell ; Ekzom dizileme = Exome sequencing ; Karsinoma = Carcinoma ; Karsinoma-renal hücreli = Carcinoma-renal cell ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; İmmünohistokimya = Immunohistochemistry

Özet:
Amaç: Hastaları doğru tedaviye yönlendirmek için tümör örneklerinin moleküler testi giderek önem kazanmaktadır. Bu çalışmanın amacı klinikopatolojik, histomorfolojik özellikler ile BAP1, PBRM1 ve SETD2 genlerindeki mutasyonların etkilerini ve bunların immünohistokimya ile korelasyonunu incelemek ve berrak hücreli renal hücreli karsinom hastalarının tedavisine, prognozuna ve yönetimine rehberlik etmesini araştırmaktır.
Materyal ve Metod: Çalışmaya 2015-2021 yılları arasında nefrektomi uygulanmış, İnönü üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi Tıbbi Patoloji laboratuvarında değerlendirilmiş 80 adet ccRCC olgusu alınmıştır. Bu olgular BAP-1, PBRM-1, SETD-2 immünohistokimyasal boyanmaları ile değerlendirilmiştir. 12 olgu ise tüm ekzom dizileme yöntemiyle moleküler olarak mutasyonlar açısından araştırılmıştır.
Bulgular: 80 olgunun %41'inde PBRM-1, %17,5'inde BAP-1, %47,5'inde SETD-2 ile immünohistokimyasal olarak boyanma kaybı bulundu. PBRM-1 ve BAP-1 ile cinsiyet, yaş, tümör lokalizasyonu, tümör boyutu, evre, grade, metastaz, arasında ilişki saptanmadı. BAP-1 negatifliği kötü genel sağkalım ile ilişkili bulundu. SETD-2 negatifliği ile ileri evre ve tümör boyutu arasında korelasyon saptandı. PBRM-1 ve BAP-1 negatifliğinin birlikteliği anlamlı bulundu; PBRM1/SETD2, BAP1/SETD2 birlikteliği istatistiksel olarak anlamlı değildi. Ekzom sekanslama işlemi ile 12 olgunun hiçbirinde VHL, PBRM-1, BAP-1, SETD-2 için anlamlı mutasyon saptanmadı. 7 olguda ARSD, 9 olguda SLC25A5 geninde SNP mutasyonlar saptanmıştır.
Sonuç: BAP-1 ve PBRM-1 ile immünohistokimyasal olarak boyanma oranları literatür ile benzer oranda saptanırken, SETD-2 ile oran literatüre göre daha yüksek oranda saptandı. Ekzom sekanslama ile 12 olgunun hiçbirinde her 3 gene ait anlamlı mutasyon saptanmazken ARSD ve SLC25A5 genlerinde yüksek oranda mutasyonlar izlenmiştir. Bu genlerle ilgili çalışmalar RCC'nin hem moleküler makanizmasını hem de olası hedefe yönelik tedavileri yönlendirmeye katkı sunacaktır.
Anahtar Kelimeler: BAP-1, ekzom sekanslama, immünohistokimya, PBRM-1, renal hücreli karsinom, SETD-2

Abstract:
Aim: Molecular testing of tumor samples is becoming increasingly important to guide patients to the right treatment. The aim of this study is to examine the effects of clinicopathological, histomorphological features and mutations in BAP1, PBRM1 and SETD2 genes and their correlation with IHC and to guide the treatment, prognosis and management of patients with clear cell renal cell carcinoma.
Materials and Methods: 80 ccRCC cases who underwent nephrectomy between 2015-2021 and evaluated in İnönü University Turgut Özal Medical Center Medical Pathology laboratory were included in the study. These cases were evaluated with BAP-1, PBRM-1, SETD-2 IHC staining. Twelve cases were investigated molecularly by whole exome sequencing.
Results: Immunohistochemical staining loss was found in 41% of 80 cases with PBRM-1, 17.5% with BAP-1, and 47.5% with SETD-2. No relationship was found between PBRM-1 and BAP-1 and gender, age, tumor localization, size, stage, grade, metastasis. BAP-1 negativity was associated with poor overall survival. A correlation was found between SETD-2 negativity and advanced stage and tumor size. The coexistence of PBRM-1 and BAP-1 negativity was significant; the association of PBRM1/SETD2, BAP1/SETD2 was not significant. No significant mutations were detected for VHL, PBRM-1, BAP-1, SETD-2 in any of the 12 cases by exome sequencing. SNP mutations were detected in ARSD in 7 and SLC25A5 gene in 9 cases.
Conclusion: IHC staining rates with BAP-1 and PBRM-1 were the same as in the literature, and the rate with SETD-2 was higher than the literature. Exome sequencing did not detect any significant mutations in all 3 genes in any of the 12 cases, while high rates of mutations were observed in ARSD and SLC25A5 genes. 
Studies on these genes will contribute to directing both the molecular mechanism of RCC and possible targeted therapies.
Keywords: BAP1, exome sequencing, immunohistochemistry, PBRM1, renal cell carcinoma, SETD2