Türkiye'de X kromozomuna bağlı 12 STR lokusunun genetik analizi
Genetic analysis of 12STR loci chromosome X-linked in Turkey
Yazar: ARZU EROĞLU
Danışman: PROF. DR. BERRİN İMGE ERGÜDER
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Disiplinlerarası Adli Bilimler Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Adli bilimler = Forensic sciences ; Adli tıp = Forensic medicine ; Babalık belirleme = Paternity ; Genetik = Genetics ; Kimlik tespiti = Identity establishing ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; X kromozomu = X chromosome

Özet:
Adli bilimlerde olay yerinden toplanan biyolojik deliller, suçu aydınlatma ve suçluyu tespit etmede büyük öneme sahiptir. Biyolojik delilleri incelemede en önemli yöntem DNA analizidir. Olay yerinden alınan biyolojik deliller ve şüpheli şahıstan alınan biyolojik numuneler DNA analiziyle kıyaslanır. Ayrıca babalık ve akrabalık testi de bu yöntemle yapılmaktadır. DNA molekülünün tümü protein üretiminden sorumlu değildir. Protein kodlayan kısım tüm genomun %3'ü kadardır. Protein kodlamayan kısım ise tekrarlardan oluşmaktadır. Yapısal olmayan DNA bölgelerinde, özellikle farklı uzunluklarda nükleotid dizilerinin değişik sayıda ard arda tekrarlanmasıyla oluşan diziler satellit olarak adlandırılır. Bunların en kısa olanına mikrosatellit (STR=Short Tandem Repeat) adı verilir. Bu diziler yüksek oranda polimorfizm gösterir. Kimliklendirmede, otozomal-STR ve Y-STR'lar kullanıldığı gibi X-STR'lardan da faydalanılabilmektedir. Daha karmaşık akrabalık ilişkilerini çözümlemek ve özellikle babaanneden yola çıkarak babalık testi (kız torun için) yapabilmek için X-STR'lardan yararlanılır. 
Bu çalışmada X kromozomu üzerinde bulunan 12 STR lokusunun (DXS10103, DXS8378, DXS7132,  DXS10134, DXS10074,  DXS10101, DXS10135,  DXS7423, DXS10146,  DXS10079, HPRTB, DXS10148, Amelogenin X ve Amelogenin Y) Türkiye'deki polimorfizmi belirlenmiştir. Bu amaca yönelik olarak Türkiye'nin bütün bölgelerini temsil edecek şekilde 425 kişiden alınan kan örnekleri kullanılarak, DNA izolasyonu, PCR ve kapiller elektroforez işlemleri yapılmıştır. Daha sonra, ilgili lokusların Türkiye populasyonundaki alel sıklıkları belirlenmiştir. PCR aşamasında kitin optimizasyonu sağlanmıştır. Ayrıca erkek ve kadın karışık örnekler çalışılarak, bu tür örneklerdeki lokusların ayrım gücü belirlenmiştir. Aile çalışmaları ile de X-STR'ların babaanne, anneanne, baba, anne ve kız çocuklar arasındaki kalıtımı gösterilmiştir.  Bu lokusların rutin vakalarda (kimliklendirme ve babalık tayini) kullanılabilmesi için her bir lokusun Türkiye'deki alel sıklığını belirlemek gerekir. PIC, Het, PE, PI, PD ve MEC istatistik değerleri adli X kromozomu araştırma grubu (The Forensic ChrX Research Group) tarafından geliştirilen web sitesindeki programla, alel sıklıkları girilerek hesaplanmıştır. Daha sonra Türkiye populasyonuna ait veriler bu kiti daha önceden kullanmış Hindistan, Malay, Tayvan populasyonları başta olmak üzere diğer populasyonlarla karşılaştırılmıştır. Populasyonlar arasındaki karşılaştırmada Türkiye populasyonun Avrupa ve Akdeniz populasyonlarına daha fazla benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Lokusların PIC, Het, PE, PD ve MEC değerleri bakımından yüksekten düşüğe sıralaması DXS10135, DXS10101, DXS10146, DXS10148, DXS10134, DXS10074, DXS10079, DXS7132, HPRTB, DXS10103, DXS7423 ve DXS8378 şeklinde bulunmuştur. İlk defa çalışılan lokusların istatistiksel değerleri bakımından sıralaması ise DXS10146, DXS10148, DXS10079 ve DXS10103 şeklinde bulunmuştur. Sonuç olarak 12 X STR lokusunun adli bilimlerde kullanılabilir olduğu tespit edilmiştir.

Abstract:
In Forensic sciences, biological evidence collected from the crime scene, is of great importance in lighting the crime and determining the perpetrator. The most important examination method of biological evidence is DNA analysis. Biological evidence collected from the crime scene and biological samples taken from suspected persons are compared with DNA analysis. In addition, paternity and kinship tests are also performed with this method. All of the DNA molecule is not responsible for protein production. Protein-coding part, is about 3% of the entire genome. Non protein-coding part consists of duplication. In non-structural DNA regions, sequences which are especially produced by the repetition of different numbers of nucleotide sequences in different lengths and which are called as satellites. The shortest one of these is called as microsatellite (STR = Short Tandem Repeat). These sequences show polymorphism in high rates. In identification, X-STR could be benefical as well as autosomal-STR and Y-STR. X-STR can be benefited so as to solve much more complicated kinship such as paternity test (for granddaughter) in particular starting from paternal grandmother. 
In this study, the polymorphism of 12 STR loci which exist on the X chromosome (DXS10103, DXS8378, DXS7132,  DXS10134, DXS10074,  DXS10101, DXS10135,  DXS7423, DXS10146,  DXS10079, HPRTB, DXS10148, Amelogenin X and Amelogenin Y), in Turkey were determined. For this purpose by using blood samples had been taken from 425 people to represent all the regions of Turkey, DNA isolation, PCR and capillary electrophoresis were performed. And then, allele frequencies of related loci in Turkish population were determined. Optimization of the kit was ensured during the PCR stage. In addition, by working mixed samples of men/women, discrimination power of loci in such examples were determined. Inheritance of X-STRs among grandmothers, father, mother and daughters were shown via family studies. To use this loci in routine analysis (identification and paternity determination) the frequency of alleles of each loci in Turkey should be determined. PIC, Het, PE, PI, PD, MEC statistical values were calculated automaticly by entering allele frequencies, using the software in the web page that has been developed by forensic chromosome X research group (ChrX The Forensic Research Group). Then, data from the population of Turkey was compared to the data from the populations on which the kit had been applied previously; particularly Indian, Malay and Taiwanese populations. The comparison studies confirmed that the population of Turkey mainly resembles European and Mediterranean populations. The descending order of loci according to PIC, Het, PE, PD and MEC values was found as DXS10135, DXS10101, DXS10146, DXS10148, DXS10134, DXS10074, DXS10079, DXS7132, HPRTB, DXS10103, DXS7423 and DXS8378. Loci that were studied for the first time were found to be sorted as DXS10146, DXS10148, DXS10079 and DXS10103 according to their statistical values. To conclude, 12 X- STR loci were confirmed to be applicable to forensic sciences.