Kan kültürlerinden izole edilen koagulaz negatif stafilokoklarda Staphylococcus lugdunensis ve benzeri bakterilerin araştırılması ve antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının saptanması
An investigation of staphylococcus lugdunensis and similar bacteria and their antibiotic susceptibility in coagulase negative staphylococci̇ isolated from blood cultures
Yazar: AYNUR VELİEV
Danışman: DOÇ. DR. YAŞAR NAKİPOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Bakteriler = Bacteria ; Kan kültürü = Blood culture ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Staphylococcus = Staphylococcus

Özet:
Koagulaz negatif stafilokok (KNS) olan S. lugdunensis normal deri florasının bir üyesidir. CLSI kriterlerine göre KNS oldukları halde S. lugdunensis suşlarının metisilin duyarlılıklarının üreme inhibisyon zonları Staphylococcus aureus gibi değerlendirilmelidir. Dolayısıyla S. lugdunensis suşlarının tanımlanması önemlidir. Bu tanımlamada ise PYR (pirolidonil arilamidaz) ve ODC (ornitin dekarboksilaz) testlerinin birlikte pozitif oldukları tek KNS türü S. lugdunensis' tir.
Çalışmamızın amacı kan kültüründen izole edilen KNS'lerde S. lugdunensis ve benzeri bakterilerin araştırılması ve antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının saptanmasıdır. Çalışmamızda kan kültürü örneklerinden izole edilen 250 KNS suşu değerlendirilmeye alınmıştır. KNS suşlarına ODC ve PYR testleri yapılmıştır. Bu iki testten herhangi biri pozitif sonuçlandığında API Staph ile suşun tür tanısı ve disk difüzyon yöntemi ile antibiyotik duyarlılık deneyleri yapılmıştır.
Çalışmamızda ODC pozitif ve PYR negatif olan beş suş (%2) Staphylococcus epidermidis, PYR pozitif ve ODC negatif olan 17 KNS suşundan 14'ü (%5.6) Staphylococcus haemolyticus ve 3'ü (%1.2) Staphylococcus chromogenes olarak tanımlanmıştır. ODC ve PYR testleri birlikte pozitif olan S. lugdunensis suşu saptanmamıştır. KNS'lerin 228'i (%91.2) PYR ve ODC birlikte negatif olarak tanımlanmıştır. Yirmi iki KNS türünden 20'si metisiline dirençli ve ikisi metisiline duyarlı olarak saptanmıştır. En etkili olan antibiyotikler sırasıyla, linezolid (%100), telitromisin (%77.3), gentamisin (%59.0), trimetoprim-sulfametoksazol (%54.5), klindamisin (%27.2), levofloksasin (%22.7) ve eritromisin (%13.6)'dir. Suşların tamamı penisilin dirençlidir.
Sonuç olarak kan kültüründen izole edilen S.epidermidis, S.haemolyticus ve S.chromogenes oranlarımızın beklenenden daha düşük olduğu belirlenmiştir. ODC ve PYR testlerinin S. lugdunensis için rutin tanı laboratuvarında kullanımı çok değerli bulunmuştur. Çalışmamızda metisilin direnç oranımız yüksek bulunmuş olup, dolayısıyla ampirik tedavide beta-laktam antibiyotiklerin seçilmemesi gerekmektedir.
Anahtar kelimeler: Kan kültürü, Koagulaz negatif stafilokok, Staphylococcus lugdunensis, antibiyotik duyarlılık deneyi

Abstract:
Staphylococcus lugdunensis is a coagulase negative staphylococcus (CoNS) and a member of normal skin flora. According to CLSI criteria, although S. lugdunensis strains are CoNS, the growth inhibition zone of methicillin should be evaluated as Staphylococcus aureus. Therefore, identification of S. lugdunensis strains is important. S. lugdunensis is the only CoNS species in which PYR (pyrrolidonyl arylamidase) and ODC (ornithine decarboxylase) tests are both positive.
The aim of this study was to investigate S. lugdunensis and similar bacteria in CoNS isolated from blood culture and to determine their antibiotic susceptibility. In our study, 250 CoNS strains isolated from blood culture samples were evaluated. ODC and PYR tests were performed on CoNS strains. When positive results were obtained in either of these two tests, the strain was identified with API Staph and antibiotic susceptibility tests were performed by disc diffusion method.
In our study, five strains (2%) were identified as Staphylococcus epidermidis being ODC positive and PYR negative, 14 (5.6%) were identified as Staphylococcus haemolyticus and three (1.2%) were Staphylococcus chromogenes a total of 17 CoNS strains were PYR positive and ODC negative. There were no S. lugdunensis strain that was positive for both of ODC and PYR tests. Two hundred and twent eight (91.2%) of CoNS were PYR and ODC negative. Twenty of the 22 CoNS were found to be methicillin-resistant and two were methicillin-sensitive. The most effective antibiotics were linezolid (100%), telithromycin (77.3%), gentamicin (59.0%), trimethoprim-sulfamethoxazole (54.5%), clindamycin (27.2%), levofloxacin (22.7%) and erythromycin (13.6%) respectively. All strains were resistant to penicillin.
As conclusion, it was found that the rates of S. epidermidis, S. haemolyticus and S. chromogenes isolated from blood culture were lower than expected. The use of ODC and PYR tests in the routine diagnostic laboratory was found to be very valuable. In our study, it was thought that beta-lactam antibiotics should not be selected in empirical treatment because of our high methicillin resistance rate.
Key Words: Blood culture, Coagulase negative staphylococci, Staphylococcus lugdunensis, antibiotic susceptibility test