Fetal lenfatik displazilere algoritmik yaklaşım; konvansiyonel ve moleküler karyotip normal saptandığında yeni nesil dizi analizi ile rasopati genlerinin araştırılması
Algorithmic approach to fetal lymphatic dysplasia; investigating rasopathy genes by next generation sequence analysis when both conventional and molecular karyotypes are detected normally
Yazar: LALE YILMAZ ÇELİK
Danışman: PROF. DR. ESRA TUĞ ; PROF. DR. MERAL YİRMİBEŞ KARAOĞUZ
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Sıklıkla anöploidiler ve kromozomlarda kayıp/kazançlar ile ilişkilendirilen fetal lenfatik displazilerde, prenatal dönemde rasopati gen analizleri önceliklidir. Rasopatiler, Ras-MAPK sinyal yolağında görev alan proteinleri kodlayan genlerin germ hattı mutasyonlarının neden olduğu bir gelişimsel hastalık sınıfıdır. Bu çalışmaya 2022 ve 2023 yıllarında prenatal ultrasonografide lenfatik displazi lehine değerlendirilen kistik higroma ve/veya artmış NT  (≥ 3,5 mm)  ve/veya artmış NF  (≥ 6 mm) saptanan, konvansiyonel ve moleküler karyotipleme ile normal karyotip saptanan 20 fetüs dahil edilmiştir. Bu fetüslere ait 10 koryonik villüs örnekleme materyali,  9 amniyon sıvısı ve bir eksitus sonrası postmortem cilt materyalinin direkt ve/veya kültürlerinden elde edilen DNA'larından rasopati ile ilişkili BRAF, CBL, HRAS, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, NRAS, PTPN11, RAF1, RIT1, SHOC2, SOS1 ve SPRED1 genleri yeni nesil dizi analizi yöntemi ile çalışılmıştır. Üç fetüste HRAS geninde c.182A>G p.(Gln61Arg), PTPN11 geninde c.211T>C p.(Phe71Leu) ve RIT1 geninde c.270G>A p.(Met90Ile) olmak üzere heterozigot patojen varyant, dört fetüste ise farklı genlerde klinik önemi belirsiz heterozigot varyantlar belirlenmiştir. Noonan sendromu 1 ile ilişkilendirilen PTPN11 geni, prenatal rasopatilerde en sık bildirilen gendir. Olgularımızın prenatal bulguları ile uyumlu olarak literatürde, RIT1 geni mutasyonları kardiyak etkilenim ile HRAS geni mutasyonları ise kas tutulumu ile ön plandadır. Sonuçlarımız, rasopati genlerinde güçlü aktivasyona neden olan mutasyonların somatik olduğunda kanserlere, germ hattında ve heterozigot olduğunda ise ciddi fetal fenotiplere neden olabileceği teorisini desteklemektedir. Özetle bu çalışma, fetüslerinde lenfatik displazi saptanan ailelerin gebeliğin prognozuna karar verebilmesi açısından, fetal kromozom analizi normal olduğunda öncelikli olarak rasopati panel analizinin yapılmasını göstermesi açısından değerlidir.

Abstract:
In fetal lymphatic dysplasia which are frequently related with aneuploidies and chromosomal losses/gains, the prenatal analysis of rasopathy genes are of first priority. Rasopathies are a class of developmental disorders caused by germline mutations of genes encoding proteins of Ras-MAPK signaling pathway. This study consisted 20 normal karyotyped fetuses (via conventional and molecular karyotyping) with cystic hygroma / increased NT (≥3.5 mm) / increased NF (≥6 mm) detected on prenatal ultrasonography in 2022 and 2023. After obtaining fetal direct/postcultured DNA from ten chorionic villus, nine amniotic fluid, and one postmortem skin samples, rasopathy related genes BRAF, CBL, HRAS, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, NRAS, PTPN11, RAF1, RIT1, SHOC2, SOS1 and SPRED1 were analyzed via next-generation sequencing. The analysis ended with three heterozygous pathogenic variants consisting c.182A>G p.(Gln61Arg) in HRAS gene, c.211T>C p.(Phe71Leu) in PTPN11 gene and c.270G>A p.(Met90Ile) in RIT1 gene, and also four fetuses analysis ended with heterozygous variants of uncertain clinical significance. The PTPN11 gene associated with Noonan syndrome 1 is the most frequently reported one in prenatal period. Concordant with our findings the mutation of RIT1 gene is related with cardiac involvement, while HRAS gene is associated with muscle involvement on the reports. Our results verified the relationship between the heterozygote germline mutations of the rasopathy genes with severe fetal abnormalities, while the somatic mutations are related with cancers. In sum for parent decison of the prognosis of pregnancies, this study has value to point out the necessity of prenatal rasopathy gene analysis to the fetuses with normal karyotypes.