Mide kanserli dokularda genetik markerlerın FISH (Floresan in Situ Hibridizasyon) analizi ile incelenmesi
Assesment of genetic markers in gastric cancer tissue by FISH (Fluorescence in Situ Hybridization) analysis
Yazar: HANDE SAYGILI
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MUHSİN ÖZDEMİR
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Mide neoplazmları = Stomach neoplasms

Özet:
Çalışmamız; öncelikle, mide kanserli dokularda EGFR, HER-2/neu ve TOP2A onkogenlerinin FISH tekniği için dizayn edilmiş sentromer ve lokus spesifik gen bölgelerinin incelenerek saptanan yeniden düzenlenmelerle hastalığın evresi arasında ilişki kurabilmek, ikinci olarak hastalarımıza ait demografik ve histopatolojik bilgilerle bulduğumuz sonuçlar arasında ilişki saptayabilmek ve son olarak da Türk toplumunda farklı gelişim aşamalarında bulunan mide kanserli hastaların EGFR, HER-2/neu ve TOP2A genlerindeki amplifikasyonları, 7. ve 17. kromozomlardaki sayısal anomalileri, saptayarak mide kanseri için geliştirilecek tedavi yöntemlerine ışık tutmak amacıyla yapılmıştır.Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı Gastroenteroloji Bilim Dalı'ndan ve Genel Cerrahi Anabilim Dalı'dan gelen mide kanseri tanısı almış 15 olgudan alınan doku örneklerine direk doku preparasyonu yapıldıktan sonra FISH analizi yapılmıştır. EGFR, HER-2/neu ve TOP2A genleri için dizayn edilmiş problarla tümörlü dokularda kopya sayısı değişikliklerini belirlemede ?altın standart? olarak kullanılan Floresan In Situ Hibridizasyon (FISH) yöntemi uygulanmıştır. Analiz edilen 15 olgunun hepsinden sonuç alınmıştır.Yaptığımız çalışmada tespit ettiğimiz gen amplifikasyonu oranları, literatürlere göre yüksek tespit edilmiştir. Oranın bu şekilde çıkmasını olgu sayısının azlığı, tümör heterojenitesi ve evreleri ile ilişkilendirilmiştir. Yapılan çalışmalarda HER-2/neu ile klinik evre arasında genellikle herhangi bir ilişki kurulamamıştır. Çalışmamızda HER- 2/neu gen amlifikasyonuna sahip yedi olgunun evre IV'e ait olduğu tespit edilmiştir. Ancak evre IV ile HER-2/neu gen amplifikasyonu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir sonuç bulunamamıştır. Çalışmamızda HER-2/neu gen amplifikasyonu görülen yedi hastanın altısında TOP2A gen amplifikasyonu da (%85,7) görülmüştür. Bu sonuç literatürlerle uyum göstermektedir.EGFR, HER-2/neu ve TOP2A genlerinin hastanın yaşı, cinsiyeti, tümör tipi, sigara kullanımı, aile öyküsü ve hastalığın klinik evresi ve diğer genlerle arasında istatistiksel olarak herhangi bir ilişki kurulamamıştır.Çalışmamız, Türk populasyonunda mide kanserinde gen amplifikasyonlarının araştırıldığı ilk çalışma olma özelliğini taşımaktadır.Çalışmamız ve bu yönde yapılacak çalışmalar, mide kanserlerinin etiyolojisine, yeni tedavi protokollerin geliştirilmesine, bu protokollerin klinikte kullanımlarına ışık tutacaktır.

Abstract:
Our study firstly aims at revealing the relation between two issues: The rearrangements determined by studying centromere and locus specific gene regions designed for the FISH technique of the EGFR, HER-2/neu and TOP2A oncogenes in gastric cancer tissues; and the stages of the disease. Secondly, it carries the purpose of building a link between the patients? demographic and histopathological data and the results achieved. Finally, the study tries to find out the treatment methods of the gastric cancer was carried out to keep the light by determining the amplifications at EGFR, HER-2/neu and TOP2A of the Turkish population at various stages of the disease and numerical anomalies at 7th and 17th chromosomes.After the samples of 15 patients, acquired from Gastroenterology and General Surgery Department of Eskisehir Osmangazi University, have been applied direct tissue preparations, Fluorescent In Situ Hibridizasyon (FISH) analysis is implemented on them. Fluorescent In Situ Hybridization (FISH) is a `golden standard? in determining the copy number changes in tissues with tumors by utilizing probs designed for EGFR, HER-2/neu and TOP2A genes. Following the application of FISH, all analyses have produced results.The gene amplification ratios determined in the study conducted came out to be higher than the literatures. The reason of this outcome could be linked to low number experiment subjects as well as tumor heterogenenity and stages. Generally, no relation has been found between HER-2/neu and clinical stage. It has been determined that the seven patients with HER- 2/neu gene amplification belonged to stage IV. However, no meaningful statistical result has been seen between stage IV and HER-2/neu gene amplification. The study has understood that six patients out of the seven with HER2 gene amplification also have TOP2A gene amplification (%85.7). This outcome is in line with the literature.No statistical relationship could be established between EGFR, HER-2/neu and TOP2A genes, and the patient's age, gender, tumor type, smoking, family history and clinical stage of disease.Our study is important due to being the first study analyzing the amplification of these genes in gastric cancer in Turkish population.Our study and the studies like this will shed light on etiology of gastric cancer, developing new treatment strategies and applications of these strategies in clinic.