Domates genotiplerinde farklı besi ortamlarında kallus gelişimi ve genetik farklılığın RAPD markörleri ile belirlenmesi
Identification of callus development in different nutrient medias and genetic diversity in tomato genotypes with RAPD markers
Yazar: ZAFER SEÇGİN
Danışman: PROF. DR. AHMET OKUMUŞ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Domates = Tomato ; Genetik farklılıklar = Genetic diversities ; Kallus oluşumu = Callus formation

Özet:
Bu çalışmada, 6 adet ümitvar bazı domates genotiplerinin doku kültürü metodu ile üç farklı besi ortamındaki (MS, WH ve Gamborg B5) kallus gelişimini belirlemek ve moleküler markör yöntemlerinden RAPD markörü ile genetik farklılığı belirlemektir. Elde edilen kallus ağırlıkları baz alınarak genetik farklılıklar incelenmiş ve sonuçlar RAPD analizi ile karşılaştırılmıştır.  Tohumlar yarı kuvvette (½) Murashige-Skoog (MS) ortamında çimlendirilmiş ve 10 günlük steril fidelerin kotiledon yaprakları (5x5 mm) ve hipokotilleri (5 mm) her biri iki farklı bitki büyüme düzenleyicisi içeren (1 mg/ml NAA ve 1 mg/ml BAP) yarı-katı MS, Gamborg B5 ve WH besi ortamlarında kültüre alınmıştır. Farklı besi ortamlarında oluşan kallus ağırlıkları belirlenmiş ve çeşit ve farklı besi ortamları arasındaki farklılıklar istatiksel olarak hesaplanmıştır. Kallus oluşumu ve gelişimi bakımından en iyi sonucu, her iki eksplantta (kotiledon ve hipokotil) 1 mg/L BAP+1 mg/L NAA + MS içeren besi ortamı vermiştir (%100 kallus oluşumu). Bir  mg/L BAP+1 mg/L NAA +  Gamborg B5 ve 1 mg/L BAP+1 mg/L NAA + WH  besi ortamlarında kotiledon eksplantaları kallus oluşturmazken hipokotil eksplantları az miktarda kallus oluşturmuşturlar. RAPD markör analizi için seçilen 16  primerden 15'i polimorfik bant üretmiştir. Polimorfik primer başına ortalama 7.4 (111/15) bant elde edilmiştir ve polimorfik primer başına elde edilen ortalama polimorfik bant sayısı 3.06 (46/15) olarak tespit edilmiştir. Primerlerin meydana getirdiği PCR ürünlerinin uzunluğu 100-1200 bp arasında değişmiştir. Genotipler arasında filogenetik analiz yapılarak dendogram oluşturulmuştur. İncelenen domates genotipleri arasındaki genetik yakınlık 0.823-0.949 arasında değişmektedir. Bu çalışma sonucunda farklı besi ortmalarında genotiplerin kallus oluşumları farklı bulunmuş ve en iyi kallus oluşumu MS besi ortamında gerçekleşmiştir.

Abstract:
Purpose of this study is to identify six different tomato genotypes' callus development in three different nutrient media with tissue culture method and genetic diversity with RAPD marker of moleculer marker methods. Genetic diversities were analyzed based on obtained  callus weights and results were comparisoned with RAPD analyze. Seeds were germinated on moderate strenght in Murashige-Skoog (MS) media and cotyledon (5x5 mm) leaves and hypocotyles (5 mm) of ten days old sterile seedlings cultivated in semi-solid MS, Gamborg B5 and WH nutrient medias that contains 2 different plant growth regulators for each one. Callus weights that were formed in different nutrient medias were determinated and differences between varieties and different nutrient medias calculated as statistically. Nutrient media that contains 1 mg/L BAP+1 mg/L NAA + MS was given the best result (100% callus formation) for both explants (cotyledon and hypocotyles) in terms of callus formation and development . In 1  mg/L BAP + 1 mg/L NAA + Gamborg B5 and 1 mg/L BAP+1 mg/L NAA + WH nutrient medias, hypocotyls formed bit callus  while cotyledons didn't form callus. 15 of 16 primers that were chosen for RAPD marker analyse were formed polymorphic bands. 7.4 (111/15) bands were obtained for each polymorphic primers and average number of  polymorphic band that were obtained per each primer was determined as 3.06 (46/15). Lenghts of PCR products that were formed by primers vary between 100-1200 bp. Dendrogram was created between genotypes by phylogenetic analyze. Genetic similarity between tomato genotypes that were inspected varies between  0.823-0.949. In conclusion of this study, Callus formation of genotypes in different nutrient medias were determined as different and the best callus formation was occured in MS nutrient media.