Isparta ili çevresindeki su kaynaklarında E. coli düzeyinin ve patotiplerinin belirlenmesi
Determination of E. coli levels and pathotypes in water sources around Isparta province
Yazar: EBRU SEDEF KAPLAN
Danışman: PROF. DR. AYNUR GÜL KARAHAN
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu tez çalışmasında Isparta ili çevresinde bulunan su kaynaklarından farklı aylarda toplam 57 adet su örneği alınmıştır. Alınan su örneklerinin toplam ve fekal koliform düzeyleri belirlenmiştir. Analiz sonucuna göre numune alınan su kaynaklarının tamamının toplam koliform sayısına göre 2. sınıf su kalitesine sahip oldukları belirlenmiştir. Yine aynı su kaynaklarının fekal koliform sayısına göre 2. ve 3. sınıf su kaynakları oldukları belirlenmiştir. 

Toplam ve fekal koliform sayımından sonra seçilen tipik Escherichia coli kolonileri ile doğrulama testleri yapılmıştır. Alınan su örneklerinden izole edilen 397 adet tipik koloninin 55 adedi E. coli olarak doğrulanmıştır. Bunların 151 adedi ise koliform grubu bakteri olarak belirlenmiştir. 

E. coli olduğu saptanan suşlara gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu yapılarak patojenik genleri belirlenmiştir. Yapılan gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu analizi çalışmalarının sonucunda izole edilen E. coli suşların %29,2'sinin enteropatojenik E. coli patotipi olduğu, %14,5'inin verotoksijenik E. coli patotipi olduğu, %1,8'inin enteroinvazif E. coli patotipi olduğu belirlenmiştir. Analizi yapılan suşlardan %54,5'inde incelenen gen bölgelerinden hiçbirine rastlanmamıştır. E. coli suşlarının patotipleri belirlendikten sonra sınırlayıcı enzim parça uzunluk çeşitliliği (RFLP) yöntemi ile suşlar arasındaki moleküler farklılıklar belirlenmiştir.

Gerçek zamanlı PZR analizi sonrası yapılan RFLP analizi sonucunda izolatların suş düzeyinde karşılaştırılmaları yapılmıştır. Buna göre patotipler arasında suş düzeyinde benzerlik gösteren izolatların oranı %7,4 olarak bulunmuştur. Patotip olmayan diğer suşlar arasında ise suş düzeyindeki benzerlik oranı %53,6 olarak tespit edilmiştir.

Abstract:
In this thesis totally 57 water samples around Isparta region were collected in different months. Levels of total and fecal coliform in these water samples were determined. According to analysis results, water resources were determined as 2nd class quality depending on total coliform counts and 2nd or 3rd class quality depending on fecal coliform counts.

After total and fecal coliform counts were determined, typical Escherichia coli colonies were chosen and confirmation tests were performed. Totally 397 typical colonies were isolated from water samples and 55 strains out of them were confirmed as E. coli strain. Also 151 strains were determined as coliform group.

E. coli strains were studied by real-time PCR method to determine some virulance genes. Analyse results showed that 29,2% of E. coli strains contained enteropathogenic E. coli virulance genes. 14,5% of isolated E. coli strains contained verotoxigenic E. coli virulance factors. 1,8% of E. coli strains contained enteroinvasive E. coli virulance genes. 54,5% of isolated E. coli strains were determined that they contained none of the investigated gene regions. After pathotypes of E. coli strains were determined, restriction fragment length polymorphism (RFLP) analyse were performed to study molecular differences between isolated E. coli strains.

After RFLP analysis, it was found out that 7,4% of pathotypes showed resemblance on molecular level. It was also found out that 53,6% of non-pathogenic strains showed resemblance on molecular level.