Türkiye kanatlı üretim çiftliklerinden alınan çevresel ortam örneklerinden izole edilmiş salmonella suşlarında kolistin direncinin saptanması
Detection of colistin resistance from the salmonella strains isolated from the environmental samples taken from the poultry production farms in Turkey
Yazar: MEHMET ÜVEY
Danışman: PROF. DR. NİLGÜN ÜNAL
Kırıkkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Kolistin = Colistin ; Kümes hayvanları = Poultry ; Kümes hayvanları hastalıkları = Poultry diseases ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Polimiksin B = Polymyxin B ; Salmonella = Salmonella ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Bu araştırmada, Türkiye'deki kanatlı üretim çiftliklerinden alınan çevresel ortam örneklerinden izole edilmiş ve tanımlanmış Salmonella suşlarının kolistin antibiyotiğine direncinin belirlenerek; dirençli suşlarda mcr genlerinin varlığının araştırılması hedeflenip Salmonella suşlarının kolistin direncinin fenotipik ve genotipik varlığının ilk kez ortaya konulması amaçlandı.
Türkiye kanatlı üretim çiftliklerinden 2014-2018 yılları arasında alınan çevresel ortam örneklerinden izole edilen ve tanımlanan Salmonella suşları (n=300) kolistine karşı fenotipik direnç ve duyarlılığının belirlenmesi amacıyla EUCAST kriterlerine göre mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak test edildi.
Fenotipik olarak direnç belirlenen Salmonella izolatlarında Avrupa Birliği Antibiyotik Direnci Referans Laboratuvarı tarafından yayınlanan multipleks PCR protokolüyle mcr genleri araştırıldı. 
Salmonella izolatlarının 72 adedi (72/300) EUCAST kriterlerine göre kolistine fenotipik olarak dirençli ve 228 adet ise duyarlı olarak belirlendi. Fenotipik olarak kolistine dirençli olarak belirlenen izolatların hiçbirinin protokolde yer alan mcr genlerini taşımadığı tespit edildi.
Sonuç olarak Salmonella suşlarında bu araştırmada bakılan mcr genlerinin belirlenmemesi, bu genin plazmitlerde taşınması ve diğer bakterilere aktarılabilmesi nedeniyle gıda güvenliği ve halk sağlığı için olumlu olsa da fenotipik direncin varlığı da önemlidir. Kolistin direnç mekanizmalarının tümüyle anlaşılabilmesi için tüm genom analizlerini de içeren daha kapsamlı çalışmalar yapılması bakterilerde artan antibiyotik direncinin önlenmesinde aydınlatıcı olacaktır.

Abstract:
In this study, the Salmonella strains (n = 300) isolated from environmental swab samples from the poultry farms in Turkey, have been tested to investigate if these are resistant to colistin. The study also aimed to reveal the presence of the phenotypic and genotypic resistance to colistin for the first time in Turkey from the Salmonella strains isolated from the environmental swab samples from the poultry housing environment.
Of all the Salmonella isolates tested (n=300), 72 isolates were considered to be phenotypically resistant and the remaining 228 were susceptible according to the EUCAST criteria with the specified MIC value of the colistin. These 72 resistant Salmonella isolates were then examined by the Multiplex PCR protocol published by the European Union Antibiotic Resistance Reference Laboratory. 
It was determined that none of the strains to carry the mcr genes by using the current PCR protocol mentioned above. 
Although mcr genes were not detected in the tested isolates, it is important to understand the detection of Salmonella strains that is even phenotypically resistant may pose a potential risk to food safety and public health.
Conducting further studies by using the whole genome sequencing analysis and any other new techniques might contribute to a better understanding of the colistin resistance and its transmission in the environment, humans and animals.