Bağlarda yeni saptanan virüslerin Hatay ve Tekirdağ ili bağ alanlarında PCR yöntemiyle saptanması ve moleküler karakterizasyonu
Molecular detection and characterization of  new emerging viruses by PCR analysis in Hatay and Tekirdağ vineyards
Yazar: HAMİDE DENİZ KOCABAĞ
Danışman: PROF. DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN
Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Son yıllarda yeni nesil sekans analiz tekniklerinin yaygın olarak kullanılması bağlarda ve diğer bitki türlerinde bir çok bilinmeyen yeni virüsün saptanmasına neden olmuştur. Bağlarda bu teknoloji ile saptanan yeni virüsler Grapevine pinot gris virus (GPGV), Grapevine syrah virus 1 (GSyV-1), Grapevine red blotch-associated virus (GRBaV) ve Grapevine roditis leaf discoloration associated virus (GRLDaV)'dür. Bu çalışmanın amacı Tekirdağ ve Hatay ili bağ alanlarında bu yeni virüslerin varlığının PCR ve sekans analiz yöntemleriyle saptanması ve karakterizasyonlarının yapılmasıdır.  Virüs simptomuna benzer belirtiler gösteren bağlardan Tekirdağ ilinden 191, Hatay ilinden ise 111 örnek toplanmıştır. Testlenen örneklerden  Tekirdağ ilinden toplanan yerli ve yabancı bağ örneklerinde %43,62 oranında GPGV, %17,07 oranında ise GSyV1 saptanmıştır. Hatay ilinden toplanan örneklerde ise sadece %11 oranında GSyV1 saptanmış ve testlenen örnekler GPGV, GRBaV, GRLDaV açısından temiz bulunmuştur. Tekirdağ örneklerinin RT-PCR analizleri  sonucunda kısmi kılıf protein genini çoğaltan 411 bp, kısmi hareketlilik protein genini çoğaltan 302 bp ve replikaz genini çoğaltan 618 bp  büyüklüğünde PCR amlikonları elde edilmiştir. Bu ürünlere doğrudan iki yönlü sekans analizi uygulandığında her üç gen bölgesinin de nukleotid dizilimlerinin gen bankasında kayıtlı farklı GPGV izolatları ile yüksek oranda homoloji gösterdiği saptanmıştır.

Abstract:
The improvements on the next generation sequencing or high-trough output technologies allowed the discovery of several unknown viruses in plants and also in grapevines. A new emerging grapevine disease identified as Grapevine pinot gris virus (GPGV), Grapevine syrah virus 1 (GSyV-1), Grapevine red blotch-associated virus (GRBaV) and Grapevine roditis leaf discoloration virus (GRLDaV). The aim of the present study was to investigate the occurrence and characterization of these viruses in Tekirdağ and Hatay viticulture production areas by PCR and DNA sequencing analysis. Totally 191 and 111 grapevine samples showing virus-like symptoms were collected from Tekirdağ and Hatay provinces, respectively. Among the tested samples  GPGV and GSyV-1 were detected in both local and imported cultivars by the infection rate of 43,62% and 17,07% in Tekirdağ, respectively. . In Hatay provice, only GSyV-1 was detected by the infection rate of 11%  and  all tested samples were found negative for GPGV, GRBaV, GRLDaV. RT-PCR results showed that DNA fragments of 411 bp, 302 bp and 618 bp corresponding to the part of the coat protein (CP) gene, part of the movement protein gene (MP) and 5' UTR and the N-terminus of the replicase gene of GPGV were successfully amplified in Tekirdağ samples, respectively. All PCR products of GPGV were directly sequenced on both strands. All the nucleotide sequences of CP, MP and 5' UTR and N-terminus of replicase genes shared the highest sequence identity with different GPGV isolates deposited in genbank.