Batı akdeniz bölgesindeki gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) çiftliklerinden izole edilen bakteriyel hastalık etkenlerinin, antibiyotik direnç genlerinin ve bazı endemik mercan köşk (Origanum spp.) yağlarının etkenlere karşı antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
Determination of isolated bacterial disease causes,antibiotic resistance genes and the antimicrobial effects of some endemic marjoram (Origanum spp.) species oils against agents in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) farm operating from the west mediterranean region
Yazar: YUSUF AKTOP
Danışman: DOÇ. DR. İFAKAT TÜLAY ÇAĞATAY
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products

Özet:
Bu tez çalışmasında Batı Akdeniz Bölgesi'nde faaliyet gösteren gökkuşağı 
alabalığı (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) çiftliklerinde sık görülen ve ekonomik 
kayıplara sebep olan bazı bakteriler izole edilerek ilk olarak bu bakterilerde bulunan 
çeşitli antibiyotiklere karşı oluşan direnç genlerinin floR, ermA, ermB, tetA, tetE, tetM, 
sulI, sulII ve sulIII tespiti ve ikinci olarakda bu bakterilere karşı ülkemize endemik 
Origanum türlerinden olan O. minutiflorum, O. saccatum ve O. bilgeri'nin uçucu 
bitkisel yağlarına karşı antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 
Batı Akdeniz Bölgesi illerinden toplanan 108 adet hastalık belirtisi gösteren 
gökkuşağı alabalığından alınan bakteri örneklerinden mikrobiyolojik ekimler yapılarak
ekonomik kayıplara sebebiyet veren yersiniosis, lactococcosis ve motil aeromonas 
septisemisi gibi hastalıkların gökkuşağı alabalıklarında etkeni olan Aeromonas 
hydrophila, Lactococcus garvieae ve Yersinia ruckeri bakteri türleri moleküler biyolojik 
yöntemlerden biri olan PCR yöntemi ile teşhis edilmiştir. Ayrıca matriks aracılı lazer 
dezorbsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi MALDI TOF (Bruker 
Microflex) olan bakteryal protein analiz yöntemi ile bu bulgular doğrulanmıştır. İzole
edilen ve tanımlanan bakterilerin antibiyotiklerine duyarlılıkları disk difüzyon 
yöntemiyle eritromisin (15 µg), florfenikol (30 µg), tetrasiklin (30 µg), sulfametakzasol 
(100 µg) ve sulfametakzasol-trimetoprim (25 µg) antibiyotikleri kullanılarak 
belirlenmiştir. Ayrıca tanımlanan bu üç bakteri türünün bu çalışmada elde edilen 
endemik O. minutiflorum, O. saccatum ve O. bilgeri'nin uçucu yağlarına karşı 
antimikrobiyal etkileri ve minimum inhibisyon konsantrasyon (MİK) değerleri 
çalışılmıştır.
Sonuç olarak, bu bakteri türlerinin eritromisin (15 µg), florfenikol (30 µg), 
tetrasiklin (30 µg), sulfametakzasol (100 µg) ve sulfametakzasol-trimetoprim (25 µg) 
antibiyotiklere duyarlı oldukları belirlenirken en etkin antibiyotiğin florfenikol (30 µg) 
olduğu gözlemlenmiştir. Aeromonas hydrophila, Lactococcus garvieae ve Yersinia 
ruckeri bakterileri için florfenikol (30 µg) antibiyotik zon çapları ortalaması sıra ile 31,0 
mm, 23,0 mm ve 30,0 mm olarak tespit edilmiştir. Bakterilerden Y. ruckeri (tetA, sulI,ile sulII) L. garvieae (floR, ermA, ermB, tetA, tetE, tetM, sulI, sulII ile sulIII) ve
Aeromonas hydrophila (sulII) antibiyotik direnç geni taşıdıkları spesifik primer ve PCR
ile tespit edilmiştir. Ayrıca çalışılan bakteriler üzerine endemik O. minutiflorum, O. 
saccatum ve O. bilgeri uçucu bitkisel yağlarının antimikrobiyal etkisinin olduğu, O. 
saccatum yağının O. minutiflorum ve O. bilgeri yağına göre antimikrobiyal etkisinin 
daha az olduğu belirlenirken, O. minutiflorum ve O. bilgeri yağının güçlü 
antimikrobiyal etki gösterdikleri belirlenmiştir. Endemik Origanum uçucu yağlarının 
minimum inhibisyon konsantrasyon değeri ise A. hydrophila, L. garvieae ve Y. ruckeri
bakterileri türleri üzerine O. saccatum yağı için 3,90 µl/mL olarak, O. bilgeri ve O. 
minutiflorum yağları için ise 1,90 µl/mL olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
In this thesis study, some bacteria that are frequently seen and cause economic 
losses in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) farms operating in the 
Western Mediterranean Region were isolated and first the resistance genes against 
various antibiotics found in these bacteria were identified as floR, ermA, ermB, tetA, 
tetE, tetM, sulI, sulII and sulIII and secondly to determine the antimicrobial effects of 
essential oils of O. minutiflorum, O. saccatum and O. bilgeri, which are Origanum 
species endemic to our country, against these bacteria.
Microbiological cultivation was performed on bacterial samples taken from 108 
rainbow trout showing disease symptoms collected from the provinces of the Western 
Mediterranean Region, and the bacterial species Aeromonas hydrophila, Lactococcus 
garvieae and Yersinia ruckeri, which are the causative agents of diseases such as 
yersiniosis, lactococcosis and motile aeromonas septicemia, which cause economic 
losses in rainbow trout, were examined using molecular biological methods. It was 
diagnosed by PCR method. Additionally, these findings were confirmed by the bacterial 
protein analysis method with matrix-mediated laser desorption ionization time-of-flight 
mass spectrometry MALDI TOF (Bruker Microflex). The antibiotic susceptibilities of 
the isolated and identified bacteria were determined by disk diffusion method using the 
antibiotics erythromycin (15 µg), florfenicol (30 µg), tetracycline (30 µg), 
sulfametxasol (100 µg) and sulfamethaxasol-trimethoprim (25 µg). In addition, the 
antimicrobial effects and minimum inhibition concentration (MIC) values of these three 
identified bacterial species against the essential oils of endemic O. minutiflorum, O. 
saccatum and O. bilgeri obtained in this study were studied.
As a result, it was determined that these bacterial species were sensitive to the 
antibiotics erythromycin (15 µg), florfenicol (30 µg), tetracycline (30 µg), 
sulfamethaxsol (100 µg) and sulfamethaxsol-trimethoprim (25 µg), while the most 
effective antibiotic was florfenicol (30 µg). has been observed. The average antibiotic 
zone diameters of florfenicol (30 µg) for Aeromonas hydrophila, Lactococcus garvieae
and Yersinia ruckeri bacteria were determined as 31.0 mm, 23.0 mm and 30.0 mm, 
respectively. Among the bacteria, Y. ruckeri (tetA,sulI and sulII), L. garvieae (floR, 
ermA, ermB, tetA, tetE, tetM, sulI, sulII and sulIII) and Aeromonas hydrophila (sulII) 
were determined to carry antibiotic resistance genes with the help of specific primers and PCR bands has been made. In addition, it was determined that endemic O. 
minutiflorum, O. saccatum and O. bilgeri essential oils had an antimicrobial effect on 
the studied bacteria, and that O. saccatum oil had less antimicrobial effect than O. 
minutiflorum and O. bilgeri oil, while O. minutiflorum and O. bilgeri oils had less 
antimicrobial effects. It has been determined that oil has a strong antimicrobial effect. 
The minimum inhibition concentration value of endemic Origanum essential oils on A. 
hydrophila, L. garvieae ve Y. ruckeri bacteria species were determined to be 3.90 µl/mL 
for O. saccatum oil and 1.90 µl/mL for O. bilgeri and O. minutiflorum oils.