Patates (Solanum tuberosum L.) genotiplerinde transpozon hareketlerinin belirlenmesi
Determination of tranposon movements in potato (Solanum tuberosum L.) genotypes
Yazar: MOHAMMED ABED
Danışman: YRD. DOÇ. DR. YILMAZ KAYA
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Solanacae familyasının bir üyesi olan patates, dünyanın en önemli bitkilerinden birisidir ve günümüzde iki yüz civarında tür ile, dört binden fazla çeşit içerdiği bilinmektedir. Transpozonlarca zengin patates bitkisinde transpozon çalışmaları patates genom projesi ile ivme kazanmıştır. Transpozonlar, genom içinde yer değiştirebilme özelliğine sahip hareketli DNA dizileridir. Bu DNA dizileri, transpozisyon vasıtasıyla bir kromozomal bölgeden bir diğerine hareket ederler. Retrotranspozonlar, genom içindeki hareketli genetik elementlerdir ve patates genomunun yüzde 50'sinden fazlasını oluşturur. Bu çalışmada; Sukkula, Nikita, P-Tst-1, P-Tst-3, P-Tst-6 ve Copia like retrotranspozonlarının hareketleri, patates (Solanum tuberosum L.) bitkisinin 19 çeşidinde, IRAP-PCR moleküler marker tekniği kullanılarak incelenmiştir. İncelenen çeşitlerin yumru ve yaprak dokularından örnek alınmıştır. Çeşitler arasındaki polimorfizm Jaccard benzerlik katsayısı formülü kullanılarak tespit edilmiştir. Yaprak örneklerinden elde edilen PCR ürünlerinde Sukkula, Nikita, P-Tst-1, P-Tst-3, P-Tst-6 ve Copia like transpozonları için çeşitler arasındaki polimorfizm oranları sırasıyla % 0-20, % 0-92, % 0-100, % 0-83, % 0-60 ve % 0-88 aralığında; yumru örneklerinden elde edilen PCR ürünlerinde ise Sukkula, Nikita, P-Tst-1, P-Tst-3, P-Tst-6 ve Copia like transpozonları için çeşitler arasındaki polimorfizm oranları sırasıyla % 0-20, % 0-64, % 0-63, % 0-57, % 0-40 ve % 0-20 aralığında tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, patates çeşitlerinin belirlenmesinde bu retrotranspozonların moleküler markır olarak kullanılabileceğini göstermektedir.

Anahtar Kelimeler: Sukkula, Nikita, P-Tst-1, P-Tst-3, P-Tst-6 ve Copia like, Retrotranspozon, IRAP-PCR

Abstract:
Potato is a member of the Solanacae family, one of the most important plants in the world and today it is known that it contains more than two hundred species with more than four thousand cultivars. Transposon studies in transposon rich potato plants have gained momentum with potato genome project. Transposons are moving DNA sequences that are capable of displacement within the genome. These DNA sequences move from one chromosomal region to another by transposition. Retrotransposons are moving genetic elements within the genome and constitute more than 50 percent of the potato genome. In this study; Sukkula, Nikita, P-Tst-1, P-Tst-3, P-Tst-6 and Copia like retrotransposon movements were investigated in 19 potatoes (Solanum tuberosum L.) varieties by using IRAP-PCR molecular marker technique. The samples were obtained from investigated tuber and leaf tissues. Polymorphism among varieties was determined using the Jaccard similarity index formula. The ratio of polymorphisms among varieties in PCR products obtained from leaf samples for Sukkula, Nikita, P-Tst-1, P-Tst-3, P-Tst-6 and Copia like transposons were detected in the range as follows 0-20 %, 0-92 %, 0-100 %, 0-83 %, 0-60 % and 0-88 %, respectively and also the ratio of polymorphisms among varieties in PCR products obtained from tuber samples for Sukkula, Nikita, P-Tst-1, P-Tst-3, P-Tst-6 and Copia like transposons were 0-20 %, 0-64 %, 0-63 %, 0-57 %, 0-40 % and 0-20 %, respectively. Obtaining findings show that these retrotransposons could be used for molecular markers to identify potato variabilities.

Keywords: Sukkula, Nikita, P-Tst-1, P-Tst-3, P-Tst-6 and Copia like, Retrotransposon, IRAP-PCR