HIV pozitif bireylerde JC polyomavirüs varyantlarının araştırılması
Investigation of the JC polyomavirus variants in hiv-positive individuals
Yazar: OKAN AYDOĞAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM GÜVEN
İstanbul Medipol Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: HIV = HIV

Özet:
Çalışmamızın amacı, HIV pozitif bireylerden ve sağlıklı bireylerden alınan idrar örneklerinde JCPyV-DNA prevalansının saptanması ve HIV/JCPyV pozitif örneklerde PML ile ilişkili olduğu bildirilen JCPyV'nin VP1-BC loop bölgesindeki aminoasit değişimlerinin varlığını saptamaktır. Dizileme sonucu ayrıca JCPyV genotiplerinin belirlenmesi de amaçlanmıştır. Klinik örnekler 107 HIV-pozitif, 1 HIV-negatif PML hastası ve 77 sağlıklı bireyden alınmıştır. PML tanısı alan 3 hasta idrar, plazma ve BOS örnekleriyle çalışmaya dahil edilmiştir. Örnekler JCPyV için kantitatif PCR ile test edilmiştir.  PML hasta örnekleri ayrıca dijital PCR ile test edilmiştir. HIV-pozitif hastaların 46/100'ünde (%46) ve sağlıklı bireylerin 14/77'sinde (%18,18) JCPyV virürisi tespit edildi. HIV pozitif bireylerin 4/107'sinin (%3,73) plazma örneklerinde JCPyV DNA'sı saptandı. HIV pozitifliği ve erkek cinsiyet JCPyV virürisi için risk faktörleri olarak belirlendi (p<0.05). PML tanısı alan hastaların tamamında JCPyV virürisi ve viremisi mevcuttu. PML hastalarının BOS örneklerinde de JCPyV DNA tespit edildi. Sonuçlar, JCPyV'nin HIV pozitif hastalarda daha yaygın olduğunu (p<0.05), ancak virürinin HIV viral yükü ve CD4+ sayısı ile ilişkili olmadığını göstermiştir (p>0.05). 
JCPyV DNA saptanan 16 idrar örneği ile gerçekleştirilen VP1 dizileme çalışmasında 1 örnekte, 74. pozisyonda K, R değişimi; 1 örnekte 92. pozisyonda E, D değişimi; 2 örnekte 116. pozisyonda T, S değişimi; 5 örnekte 127. pozisyonda T, A değişimi; 9 örnekte 133. pozisyonda G, A değişimi saptandı. Literatürde kritik aminoasitler olarak bildirilen 54. pozisyondaki L ve 59. pozisyondaki K aminoasitlerinde bir değişim saptanmadı. Yapılan filogenetik analizde 1 GI.1-e, 4 GI.2-c, 5 GII-a/b, 1 GIV-a, 1 GIV-b ve 4 GIV-f JCPyV genotipi saptanmıştır. Analiz sonucu literatürde bildirilen JCPyV'nin coğrafi dağılım verileriyle uyumludur.

Abstract:
The aim of our study was to determine the prevalence of JCPyV-DNA in urine samples obtained from HIV-positive individuals and healthy individuals and to determine the presence of amino acid changes in the VP1-BC loop region of JCPyV, which has been reported to be associated with PML. The sequencing also aimed to identify JCPyV genotypes. Clinical samples were obtained from 107 HIV-positive, 1 HIV negative, PML patient and 77 healthy individuals. Three patients diagnosed with PML were included in the study with urine, plasma and CSF samples. Samples were tested for JCPyV by quantitative PCR.  PML patient samples were also tested by digital PCR. JCPyV viruria was detected in 46/100 (46%) of HIV-positive patients and 14/77 (18.18%) of healthy individuals. JCPyV DNA was detected in plasma samples of 4/108 (3.73%) of HIV-positive individuals. HIV positivity and male gender were determined as risk factors for JCPyV viruria (p<0.05). JCPyV viruria and viremia were present in all patients diagnosed with PML. JCPyV DNA was also detected in CSF samples of PML patients. The results showed that JCPyV was more prevalent in HIV positive patients (p<0.05), but viremia was not associated with HIV viral load and CD4+ count (p>0.05). 
In the VP1 sequencing study performed with 16 JCPyV positive urine samples, K, R substitution at position 74 in 1 sample; E, D substitution at position 92 in 1 sample; T, S substitution at position 116 in 2 samples; T, A substitution at position 127 in 5 samples; G, A substitution at position 133 in 9 samples were detected. No change was detected in the amino acids L at position 54 and K at position 59, which are reported as critical amino acids in the literature. Phylogenetic analysis revealed 1 GI.1-e, 4 GI.2-c, 5 GII-a/b, 1 GIV-a, 1 GIV-b and 4 GIV-f JCPyV genotypes. The results of the analysis are consistent with the geographical distribution data of JCPyV reported in the literature.