Antibiyotik dirençli Staphylococcus aureus suşlarının enfeksiyonlarına karşı bakteriyojfaj litik aktivitesinin araştırılması
Detection of bacteriophage lytic cycle activity against infections of antibiotic resistant Staphylococcus aureus strains
Yazar: MUSTAFA FOUAD ABBAS AL-KADHIMI
Danışman: PROF. DR. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Proteinler = Proteins ; İmmünite = Immunity

Özet:
Son yıllarda antibiyotik dirençli bakteri suşlarındaki artış enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde ciddi bir tehdit haline gelmiştir. Staphylococcus aureus suşlarına karşı ilaç direnci, özellikle gelişmiş ülkelerde hastane enfeksiyon etkeni olarak büyük bir sorun oluşturmaktadır. Bu durum antibiyotiklere alternatif tedavi yöntemleri veya stratejileri geliştirmenin önemini göstermektedir. Bu tez kapsamında fırsatçı bir Gram-pozitif patojen olan çoklu antibiyotik dirençli S. aureus bakterisine özgü litik aktivitesi yüksek bakteriyofajlar izole edilerek, faj dinamiklerinin belirlenmesi hedeflenmiştir.
Çalışmamız Irak–Thi Qar Al-Husseyin Eğitim Ve Araştırma Hastanesi biyokimya laboratuarından antibiyotik dirençli bakteriler seçilerek kültür koleksiyonu stoklarından alınacaktır. Çalışmamızda Antibiyotik dirençli 120 adet S. aureus bakteri izolatı, bir tane referans S. auresus ATCC 29213 bakteri suşu ve negatif kontrol olarak P. aeruginosa ATCC 27853 bakteri suşu kullanılacaktır antibiyotik dirençli 25 S. aureus izolatları LB broth içerisinde 24 saat süre ile 37 °C'de aerobik şartlarda inkübe edilerek canlandırılmıştır.
Araştırmamızda S. aureus–spesifik faj izolasyonu amacıyla 20 adet farklı lokasyonlardan alınan atık su örneği incelenmiş olup; bunlardan 3 adet S. aureus– spesifik faj izole edilmiştir. Daha sonra izole edilen bu fajların litik spektrumu en geniş olan bir adet faj belirlenerek SA/EMEL_001 olarak adlandırılmıştır. Akabinde SA/EMEL_001 fajı saflaştırıldıktan sonra faj dinamikleri (liziz süresi, adsorbsiyon oranı vb.) belirlenmiştir. Toplam 25 adet S. aureus bakteri suşundan 17 (%68) tanesinin SA/EMEL_001'e duyarlı, 7 (%28) tanesinin az duyarlı, 1 (%4) tanesinin ise dirençli olduğu saptanmıştır.
Bu çalışmada izole edilip saflaştırılan S. aureus–spesifik SA/EMEL_001 fajının litik etkinliğinin oldukça yüksek olması (%96) bu fajın gerek tek başına gerekse faj kokteylleri içerisinde terapotik amaçla kullanma potansiyelinin olduğu sonucuna varılmıştır. Ancak, bu fajın terapotik amaçla kullanımından önce tam genom analizleri ve toksisite deneylerinin yapılması gerekmedir.

Abstract:
The increase in antibiotic resistant bacterial strains in recent years has become a serious threat in the treatment of infectious diseases. Drug resistance against Staphylococcus aureus strains poses a major problem as a nosocomial infection agent, especially in developed countries. This shows the importance of developing alternative treatment methods or strategies to antibiotics. In this thesis, it was aimed to determine phage dynamics by isolating bacteriophages with high lytic activity specific to multiple antibiotic resistant S. aureus bacteria, an opportunistic Gram-positive pathogen.
Our study will be taken from the culture collection stocks by selecting antibiotic resistant bacteria from the biochemistry laboratory of the Iraq –Thi Qar Al-Husseyin Training and Research Hospital. Antibiotic resistant 25 S. aureus isolates will be used in LB broth for 24 hours at 37 ° C for 24 hours. It was animated by incubating in aerobic conditions.
In our study, 20 wastewater samples taken from different locations for the purpose of S. aureus-specific phage isolation were examined; from these, 3 S. aureus-specific phages were isolated. Later, one phage with the widest lytic spectrum of these phages isolated was determined and named SA / EMEL_001. Subsequently, phage dynamics (lysis time, adsorption rate etc.) were determined after SA / EMEL_001 phage was purified. It was determined that 17 (68%) of a total of 25 S. aureus strains were sensitive to SA / EMEL_001, 7 (28%) were less sensitive and 1 (4%) was resistant.
The lytic activity of S. aureus-specific SA / EMEL_001 phage isolated and purified in this study is quite high (96%). It has been concluded that this phage has the potential to be used for therapeutic purposes either alone or in phage cocktails. However, full genome analyzes and toxicity experiments are required prior to the therapeutic use of this phage.