Polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon enzim analizi yöntemi ile mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanması
Identification of mycobacteria to the species level by polymerase chain reaction and restriction enzyme analysis
Yazar: M. ALPER ERGİN
Danışman: DOÇ.DR. A. DÜRDAL US
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 1999
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mycobacterium = Mycobacterium ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Restriksiyon haritası = Restriction mapping

Özet:
ÖZET Mikobakterileri enfeksiyonlarının laboratuvar tanısında kullanılan kültür yöntemleri ve biyokimyasal testler uzun sürede sonuç vermekte ve özellikle tüberküloz dışı türlerin kesin olarak tanımlanması çoğu zaman mümkün olamamaktadır. Mikobakterilerin tür düzeyinde hızlı ve doğru olarak tanımlanması, gerek epidemiyolojik verilerin toplanması gerekse uygun tedavi protokollerinin oluşturulması açısından önem taşımaktadır. Bu çalışmada, Hacettepe Üniversitesi Hastanesi Klinik Patoloji Laboratuvar ı nda klinik örneklerden izole edilen 102 mikobakteri susu, ortak bir antijen olan 65 kDa'luk ısı şok proteinini (hsp65) kodlayan genin restriksiyon enzimleri ile kesilmesi prensibine dayanan polimeraz zincir reaksiyonu - restriksiyon enzim analizi (PRA) yöntemi ile tiplendirilmiştir. Suşların 80'i (%78.4) Mycobacterium tuberculosis, 22'si (%21.5) ise tüberküloz dışı mikobakteri olarak tanımlanmıştır. Tüberküloz dışı mikobakterilerin 4'ü (%18.2) M.gordonae I, 3'ü (%13.6) M.chelonae, 2'şer adedi (%9.1) M.gordonae III, M.gordonae IV, M.avium, M.pereghnum ve 1'er adedi (%4.5) M.fortuitum, M.fiavescens, M.malmoense, M.mucogenicum olarak tiplendirilmiştir. Ayrıca literatürde bildirilen tür saptama cetvellerinde yer almayan, farklı restriksiyon paterni gösteren 3 farklı tür belirlenmiştir. Tüberküloz dışı mikobakterilerin izole edildiği hastalardan çoğunun altta yatan başka bir hastalığı mevcuttur. Sonuç olarak, PRA yöntemi klinik örneklerden izole edilen mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanmasında hızlı, pratik ve güvenilir bir yöntem olarak görünmektedir. Anahtar sözcükler: Mikobakteriler, PRA, hsp65. iv T.fi. YÜK-:; ^ü ?.'..? :?-.'.?' r -?=>? öOKtiiiVsKNTASV'öiıl icMİEIİ

Abstract:
ABSTRACT Classical laboratory methods based on culture and biochemical tests for the diagnosis of mycobacterial infections, take a long time and frequently fail to produce a precise identification especially for non- tuberculous mycobacteria. Mycobacterial identification to the species level is important for both collecting epidemiologic data and selecting a proper treatment regimen. In this study, a total of 102 mycobacterial strains isolated from clinical specimens in Hacettepe University Hospital Clinical Pathology Laboratories, were evaluated by polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism analysis (PRA) method, which detects common mycobacterial heat shock protein (hsp65). Eighty of 1 02 strains (78.4% ) were identified as Mycobacterium tuberculosis, and 22 (21.5% ) were identified as non-tuberculous mycobacteria (NTM). Most of the NTM strains have been isolated from patients who have underlying disorders and 4 (18.2%) of them were M.gordonae 1, 3 (13.6%) were M.chelonae, 2 of each (9.1%) were M.gordonae III, M.gordonae IV, M.avium, M.peregrinum and one of each (4.5%) were M.fortuitum, M.flavescens, M.malmoense, M.mucogenicum. Three strains of NTM that show different restriction patterns from earlier algorithms described in literature, could not be identified. As a result, PRA seems to be a rapid, practical and safe method for the species level identification of mycobacteria isolated from clinical specimens. Keywords:Mycobacteria,PRA, hsp65.