Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten escherichia coli ve klebsiella SPP. izolatlarının ertapenem, meropenem, imipenem, kolistin, fosfomisin ve temosilin'e fenotipik duyarlılığının belirlenmesi ve direnç genlerinin in house PCR yöntemiyle araştırılması
Determination of phenotypic susceptibility to ertapenem, meropenem, imipenem, colistin, fosfomycin and temocillin in which producing extended spectrum beta-lactamase isolates of eschericha coli and klebsiella spp. and investigation of resistance genes by in house pcr method
Yazar: ARZU TANRIVERDİ
Danışman: PROF. DR. GÜLNUR TARHAN
Adıyaman Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Ertapenem = Ertapenem ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Fenotip = Phenotype ; Fosfomisin = Fosfomycin ; Klebsiella = Klebsiella ; Kolistin = Colistin ; Meropenem = Meropenem ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İmipenem = Imipenem

Özet:
Amaç: Antibiyotik direnci tüm dünyada ciddi bir problem teşkil etmekte ve önemi giderek daha çok anlaşılmaktadır. Escherichia coli, Klebsiella spp. gibi direnç gelişiminin fazla görüldüğü Enterobakterilerde direncin sık görülen sebeplerinden biri Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üretimidir. Yeni antibiyotiklerin keşfinin zor ve maliyetli olması, yeni gelişen antibiyotiklere hızlı bir şekilde direnç gelişimi gibi sebepler, dikkatleri direnç saptanmayan veya direncin daha yavaş görüldüğü ertapenem, meropenem, imipenem, kolistin, fosfomisin ve temosilin gibi antibiyotiklere çevirmiştir. Bu çalışma, Adıyaman ilinde izole edilen GSBL pozitif E. coli ve Klebsiella spp. izolatlarının ertapenem, merpenem, imipenem, kolistin, fosfomisin ve temosiline olan in vitro duyarlılığının ve  direnç genlerinin in house PCR yöntemi ile belirlenmesi amacı ile yapılmıştır. 
Materyal ve metod: Bu çalışmada, Adıyaman Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuvarında 10/2018-01/2019 tarihleri arasında çeşitli poliklinik ve yatan hastalardan alınan klinik örneklerden izole edilen GSBL pozitif 82 adet E. coli ve 37 adet Klebsiella spp. izolatı değerlendirildi. Bu izolatların ertapenem, meropenem, imipenem, kolistin ve fosfomisin duyarlılığı BD Phoenix® otomatize sistemi ile belirlendi. Karbapenem türevlerine dirençli izolatlarda OXA-48 geni ve kolistine direnç saptanan izolatlarda mcr-1 gen varlığı in house PCR yöntemi ile araştırıldı.
Bulgular: Çalışmamıza katılan toplam 119 GSBL pozitif E. coli ve Klebsiella spp. izolatının % 28.5'i ertapeneme, % 9.2'si meropenem, imipenem ve kolistine, % 26.8'i temosiline, 101 GSBL pozitif suşun % 2.9'u ise fosfomisine dirençli bulunmuştur. PCR testi sonucuna göre kolistin dirençli suşlarda mcr-1 genine rastlanmamıştır. Karbapenem dirençli GSBL pozitif E. coli izolatlarının % 23.5'i, K. pneumoniae izolatlarının % 47'sinde OXA-48 genine rastlanırken, K. oxytoca izolatlarında ise OXA-48 geni tespit edilememiştir. 
 Sonuç: Çalışmamıza katılan izolatlardaki ertapenem direnci diğer karbapenemlere göre daha yüksek çıkmıştır. Temosilin ülkemizde kullanılmamasına rağmen, temosiline karşı yüksek direnç saptanmıştır. mcr-1 geni sıklığı dünyada nadiren görülmekle beraber, çalışmamızda mcr-1 genine rastlanmamıştır. OXA-48 geni imipenem dirençli suşlarda ertapenem ve meropenem dirençli suşlara göre daha az saptanmıştır, ayrıca E. coli suşlarında K. pneumoniae suşlarına oranla daha az görülmüştür.

Abstract:
Aim: Antibiotic resistance continues to be a serious problem all over the world its importance is increasingly understood. Escherichia coli and Klebsiella spp. one of the common causes of resistance in Enterobacteria, where resistance development is high, is the production of expanded spectrum beta-lactamase (ESBL). The discovery of new antibiotics is difficult and costly, and the rapid development of resistance to newly developed antibiotics has turned attention to antibiotics such as ertapenem, meropenem, imipenem, colistin and temocillin, where resistance is not detected or resistance is seen more slowly. The aim of this study was to determine the in vitro susceptibility of the isolates to ertapenem, meropenem, imipenem, colistin, fosfomycin and temosilin and to identify resistance genes by in house PCR method of ESBL positive E. coli and Klebsiella spp. isolated in Adıyaman.
Material and Methods: In this study, 82 E. coli and 37 Klebsiella spp. isolated from clinical samples taken from various outpatient and inpatients between 10/2018-01/2019 in Adıyaman University Training and Research Hospital Microbiology Laboratory was evaluated. The susceptibility of these isolates to ertapenem, meropenem, imipenem, colistin and fosfomycin was determined with the BD Phoenix® automated system. Temocillin susceptibility test was performed by disk diffusion method in all ESBL positive isolates. The presence of OXA-48 and mcr-1 genes in isolates with carbapenem derivatives and colistin resistance were investigated by in house PCR method.
Results: In our study, the resistance rates of ertapenem and meropenem, imipenem and colistin of 119 ESBL positive E. coli and Klebsiella spp. were found as  28.5 % and 9.2 %, respectively. Temocillin resistance was found as 26.8% in these isolates. 3 (2.9 %) of 101 ESBL strains examined in the study were found resistant to fosfomycin. According to the results of the PCR test, no mcr-1 gene was found in colistin resistant strains. While the OXA-48 gene was found in 23.5 % of carbapenem resistant ESBL positive E. coli isolates and 47 % of K. pneumoniae isolates, OXA-48 gene was not detected in K. oxytoca isolates. 
Conclusions: The ertapenem resistance in the isolates included in our study was higher than other carbapenems. Although temocillin is not used in our country, high resistance to temocillin has been found.  Although the frequency of mcr-1 gene is rarely seen in the world, the mcr-1 gene was not found in our study.  The OXA-48 gene was less detected in imipenem resistant strains compared to ertapenem and meropenem resistant strains.