Vulvovajinal kandidozlu hastalardan izole edilen candida albicans suşlarının genotiplendirilmesi ve antifungal maddelere duyarlılıklarının araştırılması
Genotyping of candida albicans strains isolated from patients with vulvovaginal candidiasis and investigation of antifungal susceptibilities
Yazar: ESRA YILDIRIM SERVİ
Danışman: PROF. DR. MELTEM UZUN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Candida albicans = Candida albicans ; Genotip = Genotype ; Kandidiyaz = Candidiasis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Vajinal hastalıklar = Vaginal disease

Özet:
C.albicans, vulvovajinal kandidozda (VVK) en sık izole edilen türdür. Bu türün genotiplerinin belirlenmesi ve antifungal duyarlılık deneylerinin yapılması epidemiyolojik açıdan büyük önem taşımaktadır. Bu nedenle çalışmamızda VVK'lu hastalardan ve sağlıklı kontrol grubundan alınan örneklerden izole edilen C.albicans suşlarının genotiplendirilmesi ve genotiplerin flukonazol, vorikonazol ve ketokonazole karşı direnç profillerinin araştırılması amaçlanmıştır. Vulvovajinal kandidozlu hastalardan toplanan vajina sürüntüsü örneklerinden konvansiyonel kültür yöntemleriyle 26, kontrol grubundan 21 C.albicans suşu izole edilmiş; API Candida ve rDNA geninin ITS ve D1/D2 bölgelerinin sekansı ile suşlar tanımlanmış ve 25S rDNA intron dizi analizi ile genotiplerine ayrılmıştır. Genotiplerin flukonazol, vorikonazol ve ketokonazole duyarlılığı E-test yöntemiyle saptanmıştır.  Kırk yedi C.albicans suşunun %62(29 suş)'si genotip A, %23(11 suş)'ü genotip C ve %15(7 suş)'i genotip B olarak tanımlanmıştır. Genotip A suşlarının %89,7'sinin flukonazole ve vorikonazole duyarlı, %6,9'unun doza bağlı duyarlı, %3,4'ünün dirençli olduğu saptanmıştır.  Genotip B ve C suşlarının tamamı flukonazol ve vorikonazole duyarlı bulunmuştur. Genotiplerde ketokonazolün MİK değerlerinin düşük olduğu belirlenmiştir. Çalışma sonuçları değerlendirildiğinde, genotip sıralamasının A/C/B olduğu görülmüştür. Sağlıklı kontrol grubunda da VVK'lu gruptakine benzer sonuçlar alınmış, baskın genotipin A olduğu görülmüştür. Çalışmada genotip epidemiyolojisinin diğer ülkelere göre farklılık gösterdiği saptanmış ancak antifungallere duyarlılıkları arasında dikkat çeken bir farklılık bulunmamıştır. Ancak genotip epidemiyolojisi ve duyarlılığın ülke bazında belirlenmesi için yapılacak çalışmaların daha fazla sayıdaki suş ve çeşitli kriterler göz önünde bulundurularak gerçekleştirilmesi gerektiği düşünülmüştür.

Abstract:
C.albicans is most frequently isolated species in vulvovaginal candidiasis (VVC). Determining genotypes and antifungal susceptibility of strains have great epidemiological importance. In this study, it was aimed to genotype C.albicans strains isolated from vaginal samples taken from VVC patients and healthy control group and investigate resistance profiles against fluconazole, voriconazole and ketoconazole. Twenty six C.albicans strains were isolated from patients with VVC and 21 C.albicans strains from control group by conventional culture methods; strains were identified by sequencing of ITS and D1/D2 regions, API Candida and rDNA gene and separated into genotypes by 25S rDNA intron sequence analysis. The sensitivity to antifungals was determined by E-test method. Of the 47 C.albicans strains, 62%(29 strains) were identified as genotype A, 23%(11 strains) as genotype C, and 15%(7 strains) as genotype B. It was determined that 89.7% of genotype A strains were sensitive to fluconazole and voriconazole, 6.9% were susceptible-dose dependent, 3.4% were resistant. All B and C genotypes were susceptible to fluconazole and voriconazole. Minimal inhibitory concentrations of ketoconazole were low in all genotypes. When study results were evaluated, it was concluded that genotype rank was A/C/B in both group, dominant genotype was A. In this study, genotype epidemiology was found to be different from other countries, but no remarkable difference was found in their antifungal susceptibilities. However, it was thought that studies to be carried out to determine genotype epidemiology and susceptibility on a country basis should be carried out by considering a larger number of strains and various criteria.