Kronik granülomatöz hastalık moleküler tanısında fragment analizinin uygulanması
Application of fragment analysis in the molecular diagnosis of chronic granulomatous di̇sease
Yazar: ZEYNEP AKİDAĞI
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA YAVUZ KÖKER
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / İmmünoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Allerji ve İmmünoloji = Allergy and Immunology
Dizin: Genler = Genes ; Granülomatöz hastalık-kronik = Granulamatous disease-chronic ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Parçalanma = Fragmentation ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
Kronik granülomatöz hastalık (KGH), fagositlerde bulunan nikotinamid adenin dinükleotid fosfat (NADPH) oksidaz enziminin fonksiyon görememesi ile karakterize olanX'e bağlı ya da otozomalresesifkalıtsal geçiş gösteren primer immün yetmezlik hastalığıdır. NADPH enzimi,gp91phox, p22phox, p67phox, p40phox ve p47phox protein alt birimlerinden oluşur ve bu protein alt birimlerinin herhangi birinin eksikliğinde fagositler patojen mikroorganizmaları öldürme yeteneğini kaybeder ve KGH meydana gelir.
Çalışmada, ERÜ Tıp Fakültesi İmmünoloji Anabilim Dalı immün yetmezlik laboratuvarında KGH tanısı almış 24KGH hastası ile41 aile bireyi(sağlıklı ve taşıyıcılar) ve sağlıklı gönüllü bireyden oluşan 20 kontrol örneği ile çalışıldı. Ayrıca daha önceden homozigot GT delesyonu (∆GT) mutasyonu bulunan 15 KGH hastası pozitif kontrol olarak çalışmaya dahil edildi. Bütün örneklerde NCF1 geni exon 2 bölgesinde psödogen/ gen (ΨNCF1/ NCF1) oranı araştırıldı. Bu amaçla ilgili bölgedeki ∆GTdurumu fragment analizi ile hesaplanarak kontrol edildi. Çalışmamızda, fragment analizi kullanarak 24 KGH hastası (gp91, p22 ya da p67-phox protein eksikliği olan) ile 41 aile bireyinde ve 20 kontrol örneğinde heterozigot ∆GT taşıyıcılığı araştırıldı. gp91, p22 ya da p67-phox protein eksikliği olan KGH hastalarında %10 oranında heterozigot ∆GT taşıyıcılığının olabileceği gösterildi. Kontrol grubunudaki sağlıklı bireylerin de çalışmaya dahil edilmesiyle heterozigot ∆GT taşıyıcılığının, normal popülasyonda %12 olduğu gösterildi.
Bu çalışma, özellikle heterozigot ∆GT taşıyıcılığın toplumda yaygınlığının bilinmesine ışık tutmuştur. Ayrıca bu çalışma ile KGH tanısal çalışmalarında, heterozigot ∆GT taşıyıcılığının göz önünde bulundurulması gerektiği anlaşıldı. KGH homozigot ∆GT bulunan hastalar ile heterozigot ∆GT taşıyıcısı olan bireylerin ayrımında fragment analizinin ideal bir yöntem olarak kullanılabildiği anlaşıldı.

Anahtar Kelimler: Kronik Granülomatöz Hastalık, NCF1, Fragment Analizi.

Abstract:
Chronic granulomatous disease (CGD) is a primary immune deficiency disease with X- linked or aoutosomal resessive inherited characterized by the failure of nicotinamide adenine dinucleotid phosphate (NADPH) oxidase enzyme in phagocytes. NADPH oxidase consist of the gp91phox, p22 phox, p67 phox, p40 phox, p47 phox protein supunits, and in the absence of any of these protein supunits, phagocytes lose the ability to kill phatogenic microorganisms and CGD occurs.
In this study, 24 patients diagnosed with CGD and 41 family members (healty and carries) and 20 healty volunteer individuals were studied in the Immune Deficiency Laboratory in Erciyes University Faculty of Medicine Immunology Department. In addition, 15 CGD patients who previously had homozygous GT deletion (∆GT) mutation included in the study as positive control. 
 In all samples pseudogene/gene (ΨNCF1/ NCF1) ratios investigated in the NCF1 gene exon 2 region.  For this purpose, the status of region was calculated and controlled by fragment analysis. Using fragment analysis, heterozygous ∆GT carrying was investigated in 24 CGD patients, (gp91, p22 or p67-phox protein deficent) 41 family members and 20 control samples. It has been shown that %10 heterozygous ∆GT carrying may be present in CGD patients with gp91, p22 or p67-phox protein deficent. The study also included healty individuals in the control group and showed that heterozygous ∆GTcarrying %12 in the normal population. 
In particular, this study shed light on the prevalence of heterozygous ∆GT carrying in the society. In addition, this study showed that heterozygous ∆GT carrying should be considered in diagnostic studies of CGD. It is understood that fragment analysis can be used as an ideal method to distinguish between patients with CGD homozygous ∆GT and individuals with heterozygous ∆GT carries

Key Words: Chronic Granulomatous Disease, NCF1, Fragment Analysis