Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde gastroenterit öntanısı alan 0-5 yaş arası çocuklardaki rotavirüs-adenovirüs prevalansı
The prevalence of rotavirus-adenovirus in children between 0-5 years who had gastroenteritis prediagnosis at Şişli Hamidiye Etfal Training and Research Hospital
Yazar: İBRAHİM TUNCER
Danışman: DOÇ. DR. BANU BAYRAKTAR
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Adenovirüs enfeksiyonları = Adenoviridae infections ; Adenovirüsler = Adenoviridae ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Gastrointestinal hastalıklar = Gastrointestinal diseases ; Prevalans = Prevalence ; Rotavirüs enfeksiyonları = Rotavirus infections ; Rotavirüsler = Rotaviruses ; Çocuklar = Children

Özet:
Çalışmamızda gastroenterit öntanısı alan 0-5 yaş arası çocuklardaki rotavirüs ve adenovirüs prevalansını, prevalans değerlerinin cinsiyet, yaş grubu, ayaktan-yatan hasta olma durumu ve aylık-mevsimsel dağılımla olan ilişkisini ve rotavirüs genotip dağılımını saptamayı amaçladık. 1 Ocak 2013 ile 31 aralık 2016 tarihleri arasındaki 48 aylık süreçte hastanemize ishal ve/veya bazı olgularda kusma şikayetiyle başvurup gastroenterit öntanısı olan 0-5 yaş arası 2835 hasta çalışmaya dahil edildi. Beş yaş üstü hastalar çalışma dışı bırakıldı. Hastalardan rutin olarak gönderilen taze dışkı örnekleri rotavirüs ve adenovirüs antijen pozitifliği yönünden değerlendirmeye alındı. Örnekler One Step Rota/Adeno Virus Antigen Test (Standard Diagnostics Bioline, Kore Cumhuriyeti) kitiyle çalışıldı. Testin prensibi rotavirüs ve adenovirüs antijenini kalitatif olarak saptamaya dayanmaktaydı. Rotavirüs pozitif saptanan hasta örneklerinin bir kısmı genotip tayini yapılmak üzere TÜROSA çalışması kapsamında THSK'ye gönderildi. Genotip tayini RT-PCR ve devamında uygulanan semi-nested multipleks PCR ile yapıldı.
Rotavirüs prevalansı %17.5, adenovirüs prevalansı %2.1 ve her iki virüsün birlikte pozitifliği %0.5 olarak bulundu. Genotip dağılımına baktığımızda G genotip dağılımı G9 %46.7, G1 %16, G3 %14.2, G2 %6, G4 %4.7, G12 %1.2, G10 %0.6 ve G1G9 %0.6; P genotip dağılımı P[8] %68.6, P[4] %24.3, P[4][8] %1.8, P[6] %0.6 ve P[9] %0.6 olarak bulunmuştur. Yaygın görülen genotip kombinasyonları ise G9P[8] %35.5, G1P[8] %12.4, G3P[8] %12.4, G2P[4] %4.1, G4P[8] %3.5 ve G2P[8] %1.2 oranında saptanmıştır.
Çalışmamızda prevalans değerlerinin cinsiyet, yaş grubu, ayaktan-yatan hasta olma durumu ve aylık-mevsimsel dağılımla olan ilişkisindeki anlamlı bulgular şu şekilde oluşmuştur:
-Rotavirüs pozitif hastaların yaş ortalaması rotavirüs negatif hastalara kıyasla anlamlı olarak düşük bulunmuştur (p=0.016).
-Rotavirüs pozitiflik oranı 0-3 yaş arası yüksek, üç yaş sonrasında ise düşük bulunmuştur. Yaş gruplarında rotavirüs pozitiflik oranlarında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmıştır (p<0.001).
-Rotavirüs pozitiflik oranları Ocak-Nisan ayları arasında ve kış-ilkbahar mevsimlerinde yüksek, Haziran-Ekim ayları arasında ve yaz-sonbahar mevsimlerinde düşük bulunmuştur. Aylık ve mevsimsel dağılımda rotavirüs pozitiflik oranlarında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmıştır (p<0.001).

Abstract:
We aimed to determine the prevalence of rotavirus and adenovirus in 0-5 years old children who had gastroenteritis prediagnosis in our study and the relationship between prevalence values and gender, age group, distance outpatient/inpatient status and monthly-seasonal distribution and rotavirus genotype distribution. A total of 2835 patients aged 0-5 years who had gastroenteritis prediagnosis with a complaint of diarrhea and/or vomiting in some cases during the 48 months period between 1 January 2013 and 31 December 2016 were included in the study. Patients older than five years were excluded from the study. Fresh stool specimens routinely sent from patients were evaluated for rotavirus and adenovirus antigen positivity. Samples were tested by the One Step Rota/Adeno Virus Antigen Test (Standard Diagnostics Bioline, Korea). The test was based on qualitative detection of rotavirus and adenovirus antigen. Some of the patient samples identified as rotavirus positive were sent to THSK (Public Health Agency of Turkey) under the TÜROSA (Turkey Rotavirus Surveillance Network) study to determine the genotype. The genotype was determined by RT-PCR and followed by semi-nested multiplex PCR.
The prevalence of rotavirus was 17.5%, the prevalence of adenovirus was 2.1% and the positivity of both viruses was 0.5%. We determined the distribution; G9 46.7%, G1 16%, G3 14.2%, G2 6%, G4 4.7%, G12 1.2%, G10 0.6%, G1G9 0.6% for G genotype and P[8] 68.6%, P[4] 24.3%, P[4][8] 1.8%, P[6] 0.6%, P[9] 0.6% for P genotype. The most common genotype combinations were G9P[8] 35.5%, G1P[8] 12.4%, G3P[8] 12.4%, G2P[4] 4.1%, G4P[8] % 3.5% and G2P[8] 1.2%.
Significant findings in relation to gender, age group, outpatient/inpatient status and monthly-seasonal distribution of prevalence values in our study are as follows:
-	The mean age of rotavirus positive patients was significantly lower than that of rotavirus negative patients (p=0.016).
-	The rate of rotavirus positivity was found to be high between 0-3 years and low after three years. A statistically significant difference was found in rotavirus positivity rates in the age groups (p<0.001).
-	Rotavirus positivity rates were found to be high in January-April and high in winter-spring, low in June-October and in summer-fall seasons. There was a statistically significant difference in rotavirus positivity rates between monthly and seasonal distribution (p<0.001).