Erwinia amylovora enfeksiyonu sonucu farklı elma, armut ve ayva çeşitlerindeki konukçu protein miktarlarının belirlenmesi
Determination of quantities of host protein after infection with erwinia amylovora of different apple, pear and quince varieties
Yazar: ŞERİFE ÇETİN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. KUBİLAY KURTULUŞ BAŞTAŞ
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Ateş yanıklığı hastalığına neden olan Erwinia amylovora, Rosaceae familyasından başta armut, elma ve ayvalarda tahripkar bakteriyel bir patojendir. Bu çalışmada, E. amylovora' nın 2 virülent izolatının (Ea234-1 ve Ea240-3) farklı elma (Braeburn, Fuji, Gala ve Golden), armut (Santa Maria ve Williams) ve ayva (Eşme ve Ekmek) çeşitlerinde zamana bağlı olarak toplam protein miktarlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. E. amylovora (108 hücre ml-1) ile yaprak inokulasyonundan sonraki 24, 36 ve 72. saatlerde örnekler alınmış, Koch postulatları gereği re-izolasyon yapılmış ve elde edilen bakteriler biyokimyasal, fizyolojik ve moleküler metotlarla E. amylovora olarak tanılanmıştır. Toplam protein miktarlarının belirlenmesinde Bradford ve SDS-PAGE analizleri için Laemmli yöntemleri kullanılmış, alınan yaprak örneklerine ait protein ekstraktlarının 595 nm' de absorbans değerleri elde edilmiştir. Elde edilen bulgulara göre, elma çeşitlerinde E. amylovora enfeksiyonu sonrası kontrole kıyasla 24. saatte toplam protein miktarının arttığı, 36. ve 72. saatte miktarın azaldığı, Braeburn çeşidinin en yüksek protein miktarına sahip olduğu belirlenmiştir. Armut çeşitlerinde, 24. ve 36. saatlerde toplam protein miktarı artarken, 72. saatte protein miktarının azaldığı ve Santa Maria çeşidinin en yüksek protein miktarına sahip olduğu tespit edilmiştir. Ayva çeşitlerinde, toplam protein miktarının 72. saatte arttığı ve Eşme çeşidinin en yüksek protein miktarına sahip olduğu belirlenmiştir. SDS-PAGE analizi sonucunda, farklı molekül ağırlıklarına sahip protein fraksiyonları elde edilmiştir. Elma ve ayva çeşitlerinde sırasıyla yaklaşık 55-70 ve 35-55 kDa, armut çeşitlerinde ise yaklaşık 55-70 kDa molekül ağırlığında protein bantları belirlenmiştir.

Abstract:
Fire blight disease caused by Erwinia amylovora is a destructive bacterial pathogen mainly on pears, apples and quinces from Rosaceae family. In this study, it was aimed determination of total protein amounts in different apple cultivars (Braeburn, Fuji, Gala and Golden), different pear cultivars (Santa Maria and Williams) and different quince cultivars (Eşme and Ekmek) of two virulent E. amylovora strains (Ea234-1 and Ea240-3)  according as the time. It was taken samples after leaf inoculation with E. amylovora (108 CFU ml-1) at 24th, 36th and 72nd hours, and according to Koch postulates re-isolation was made and obtaining the bacteria were identified as E. amylovora by biochemical, physiological and molecular tests. In determining the amounts of total protein and in the SDS-PAGE analyses were used Bradford and Laemmli methods, respectively, and absorbance values of protein extracts derived from the leaf samples taken, were obtained at 595 nm wavelength. According to the findings obtained; after infection of E. amylovora in the apple varieties comparing to controls, total protein concentrations at 24th hours increased and a decrease in the amount of 36th to 72nd hours and Braeburn has the highest protein content was determined. In the pear varieties, while total protein concentrations at 24th and 36th hours increased, a decrease in the amount of 72nd hour, and Santa Maria variety has the highest protein content was detected. In the quince varieties, total protein concentrations at 72th hour increased and Eşme variety has the highest protein content was identified. As a result of SDS-PAGE analysis, protein fractions which have different molecular weights were obtained. The protein bands were defined approximately 55-70 kDa and 35-55 kDa molecule weight on apple and quince varieties, respectively and also approx. 55-70 kDa in pear varieties.