Baş boyun kanserli hastaların (HNC) mikrobiyota profil analizi ve klinik parametrelerle ilişkisi
Microbiota profiling of patients with head and cancer and its link with clinical parameters
Yazar: İREMSU BAKIR
Danışman: PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Deneysel ve Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Onkoloji = Oncology

Özet:
Mikroorganizmaların hastalıkları ve tedavilere yanıtı modüle ettiği bilinmektedir. Gut mikrobiyotasından sonra en yüksek bakteri çeşitliliği oral mikrobiyotaya aittir. Burada bulunan türler HNC ile ilişkili olabilir. Bu ilişkiyi daha net anlayabilmek açısından çalışmamızda sağlıklı bireyler, HNC tanısı almış ancak tedavisine başlanılmamış bireyler ve bu bireylerin tedavi sonrası tükürük örnekleri toplandı. Çalışmada 10 adet sağlıklı ve 10 adet HNC hastası birey gönüllü oldu. Numunelerden mikrobiyal DNA izolasyonu sonrası Oxford Nanopore Teknolojisi kullanılarak (ONT) 16S rRNA amplikon sekanslama yapılmıştır. Elde edilen veriler biyoinformatik olarak analiz edilerek sağlıklı ve hasta bireylerin klinik parametreleriyle değerlendirilmiştir. İstatistiksel veriler için Wilcoxon Singed Rank Test ve Kruskal Wallis hipotez testleri kullanıldı. Alfa çeşitlilik için Shannon, Inverse Simpson indeksleri kullanıldı ve beta çeşitlilik için Bray-Curtis Dissimilarity, Jaccard Distance kullanıldı. Çalışmamızda 2479 bakteri türü tespit edilmiştir. Tedavi öncesi ve tedavi sonrası bireylerin mikrobiyota kompozisyonunda değişimler mevcuttur. Bacillota sağlıklı, tedavi öncesi ve tedavi sonrası bireylerde mikrobiyotada en bol bulunan filumdur. Ayrıca filum düzeyinde gözlemlenen alfa çeşitlilik istatistiksel olarak anlamlı olup (p<0.05) tür bazında anlamlı değildir (p>0.05).

Abstract:
Microorganisms are known to modulate disease and response to treatments. After the gut microbiota, the oral microbiota has the highest bacterial diversity. The species found here may be associated with HNC. To better understand this relationship, our study involved collecting saliva samples from healthy individuals, individuals diagnosed with HNC but not yet undergoing treatment, and individuals after treatment. A total of 10 healthy and 10 HNC patients volunteered for the study. Following microbial DNA isolation from the samples, 16S rRNA amplicon sequencing was performed using Oxford Nanopore Technology (ONT). The obtained data were analyzed bioinformatically and evaluated in relation to the clinical parameters of healthy and diseased individuals. Statistical data were analyzed using the Wilcoxon Signed Rank Test and Kruskal Wallis hypothesis tests. Shannon and Inverse Simpson indices were used for alpha diversity, while Bray-Curtis Dissimilarity and Jaccard Distance were used for beta diversity. In our study, 2479 bacterial species were identified. Changes in the microbiota composition were observed in individuals before and after treatment. Bacillota is the most abundant phylum in the microbiota of healthy, pre-treatment, and post-treatment individuals. Additionally, the observed alpha diversity at the phylum level is statistically significant (p <0.05), but not significant at the species level (p > 0.05).