Bazı Alkanna türlerinin ekstre ve fraksiyonlarının DNA topoizomeraz I inhibisyonu üzerindeki etkilerinin araştırılması
Investigation on DNA topoisomerase I inhibition effects of the extracts and fractions of some Alkanna species
Yazar: SİNEM MELEK NALBANTOĞLU
Danışman: DOÇ.DR. ERDAL BEDİR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering ; Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Bu çalı mada, Alkanna türleri metanolik ekstrelerinin (A. tubulosa, A.cordifolia, A. tinctoria, A. hirsutissima, A. orientalis), MTT testi kullanılarak 5 kanser(K-562, MCF-7, HL-60, SaOs-2, Hep-3B) ve 2 normal hücre hattına kar ı (L929,Vero) sitotoksik etki taramaları yapılmı tır. Yüksek sitotoksisite gösteren Alkannatürleri, süper sarmal plazmid DNA gev eme testi ile DNA Topoizomeraz I inhibisyonpotansiyelleri de erlendirilmi tir. Türler arasında A. cordifolia 8 ÂµG/mL'den 32ÂµG/mL'ye kadar artan dozlarda kültüre hücre hatlarına kar ı inhibisyon etkisigöstermi tir. Önemli sitotoksisite ve DNA topoizomeraz I inhibisyonu gösteren A.cordifolia, ileri izolasyon için seçilmi tir. Ön fraksiyonlamada A. cordifolia metanolikekstresi, optimum fraksiyonlama sistemini belirlemek amacıyla farklı stasyoner fazlarda(Silika jel, Kar ıt faz-C18 and Sephadex LH-20) Açık Kolon Kromatografisi veVakum Sıvı Kromatografisi'ne uygulanmı tır. Silika jel kolondan S2, S9, S10 ve Kar ıtfaz-C18'den RP5, RP6, RP7, RP8 fraksiyonları, 10 ng/mL konsantrasyonda güçlü DNAtopoizomeraz I inhibisyonu gösterirken, Sephadex LH-20'den elde edilen SF2fraksiyonu inhibitör aktivite sergilememi tir.Büyük ölçekli fraksiyonlama, normal faz silika jel kullanılarak, Biotage SP-2Yüksek Performans Fla Kromatografi'de gerçekle tirilmi tir. Çünkü aktif fraksiyonlar,silika jel ile iyi bir da ılım göstermi tir. Biotage Fla Kromatografi'den .T.K.profillerine göre 27 alt fraksiyona ayrılan 536 fraksiyon toplanmı tır. 69-80; 81-91; 92-110 arası fraksiyonlar ve hekzan ekstresi, 10 ng/mL konsantrasyonda aktif bulunmuiken, 1 ng/mL seviyesinde DNA topoizomeraz I inhibisyonu gözlenmemi tir.Anahtar sözcükler: Alkanna, Boraginaceae, Biyoaktivite Rehberli Fraksiyonlama,DNA Topoizomeraz I nhibisyonu, Sitotoksisite, MTT.

Abstract:
In this study, methanolic extracts of the Alkanna species (A. tubulosa, A.cordifolia, A. tinctoria, A. hirsutissima, A. orientalis) were screened for cytotoxicactivity against 5 cancer cell lines (K-562, MCF-7, HL-60, SaOs-2, Hep-3B) togetherwith 2 normal cell lines (L929, Vero) by using MTT Test. Alkanna species whichexhibited promising cytotoxicity were evaluated for their DNA topoisomerase Iinhibition potentials by means of Supercoil Plasmid DNA Relaxation Assay. Among thespecies, A. cordifolia has shown inhibition effect against cultured cell lines at the dosesranging from 8 ÂµG/mL to 32 ÂµG/mL. A. cordifolia exerting significant cytotoxicityand DNA topoisomerase I inhibition was selected for further purification. Inpreliminary fractionation, methanolic extract of A. cordifolia was subjected to differentstationary phases (Silica gel, RP-C18 and Sephadex LH-20) by using Open ColumnChromatography and Vacuum Liquid Chromatography (VLC) to determine optimumfractionation system. Fractions S2, S9, S10 from silica gel column and RP5, RP6, RP7,RP8 obtained from RP-C18 exhibited strong DNA topoisomerase I inhibition at 10ng/mL concentration, whereas SF2 obtained from Sephadex LH-20 showed noinhibitory activity.Since the active fractions were spread out well by silica gel, scale-upfractionation was performed on Biotage SP-2 High Performance Flash Chromatographyby using normal phase silica gel. Biotage Flash Chromatography yielded total of 536fractions which were pooled into 27 subfractions based on their Thin LayerChromatography profiles. Fractions 69-80; 81-91; 92-110 and hexane extract wereactive at 10 ng/mL while no DNA topoisomerase I inhibition was observed at 1 ng/mL.Key words: Alkanna, Boraginaceae, Bioassay Guided Fractionation, DNATopoisomerase I nhibition, Cytotoxicity, MTT.