BV-2 mikroglial hücre hattında fibril formdaki alfa-sinüklein uygulanmasının IRRK2 metilasyonu üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of alpha-synuclein fibril administration on IRRK2 methylation in BV-2 microglial cell line
Yazar: MELİHA SÜMEYYE AKAN
Danışman: DOÇ. DR. FATMA NİHAN CANKARA
Süleyman Demirel Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmakoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology
Dizin: Alfa sinüklein = Alpha synuclein ; Alzheimer hastalığı = Alzheimer disease ; Genler = Genes ; Hücre dizisi = Cell line ; Lewy cisimleri = Lewy bodies ; Metilasyon = Methylation ; Mikroglia = Microglia ; Mutasyon = Mutation ; Nörodejeneratif hastalıklar = Neurodegenerative diseases ; Parkinson hastalığı = Parkinson disease

Özet:
Parkinson hastalığı, Alzheimer hastalığından sonra en sık görülen ikinci nörodejeneratif hastalıktır. Parkinson hastalığının en belirgin patolojik özelliği, α-sinüklein içeren Lewy cisimciklerinin ve Lewy nöritlerinin intranöral birikiminin eşlik ettiği, substantia nigra pars compacta'daki dopamin üreten nöronların kaybıdır ve buna bağlı gelişen dopamin eksikliğidir. 
Parkinson hastalığı sporadik ve ailesel formlarda ortaya çıkar. Ailesel Parkinson hastalığının yaygın olarak SNCA, PINK1 ve LRRK2 genindeki mutasyonlardan kaynaklandığı bilinmektedir. Çevresel etkilerin genom düzeyindeki farklılıklara neden olabildiğinin gösterilmesinin ardından epigenetik mekanizmalardan DNA metilasyonunun yaşa bağlı olarak, belli genomik bölgelerde arttığı ya da azalabildiği gözlemlenmiştir. Bu durum Parkinson hastalığının patolojisinin aydınlatılmasında DNA metilasyonu üzerine yapılan çalışmaların önemini artırmıştır. Parkinson hastalığı varlığında SNCA genin CpG-2 adalarında hipometilasyon gözlemlenmiştir. 
Bu tez çalışmasında mikroglial hücre hattı olan BV-2 hücre hattı kullanılmış ve saat kontrollü fibril formdaki α-sinüklein uygulanarak in vitro ortamda Parkinson hastalığı modeli oluşturulmuştur. 6, 12, 18 ve 24. saatlerin sonunda DNA izolasyonu yapılmıştır. İzole DNA'lara Bisülfit modifikasyon kiti ile muamele edilmiştir. PCR ile DNA miktarı artırılmıştır. Agaroz jel elektroforezinde metile olan ve metile olmayan bantlar UV Transilluminatör ile görüntülenmiştir. LRRK2 promotör bölgesinde kontrole kıyasla hiçbir deney grubunun metilasyonunda değişim gözlemlenmemiştir.

Anahtar kelimeler: Alfa-sinüklein, LRRK2, metilasyon, BV-2, mikroglia.

Abstract:
Parkinson's disease is the second most common neurodegenerative disease after Alzheimer's disease. The most prominent pathological feature of Parkinson's disease is the loss of dopamine-producing neurons in the substantia nigra pars compacta, accompanied by intraneural deposition of Lewy bodies and Lewy neurites containing α-synuclein, and the resulting dopamine deficiency.
Parkinson's disease occurs in sporadic and familial forms. It is known that familial Parkinson's disease is commonly caused by mutations in the SNCA, PINK1 and LRRK2 genes. After showing that environmental effects can cause differences at the genome level, it has been observed that DNA methylation, one of the epigenetic mechanisms, may increase or decrease in certain genomic regions depending on age. In the presence of Parkinson's disease, hypomethylation has been observed in the CpG-2 islands of the SNCA gene.
In this thesis study the microglial cell line BV-2 was used and an in vitro Parkinson's disease model was created by applying α-synuclein in the form of clock-controlled fibrils. DNA isolation was performed at the end of 6, 12, 18 and 24 hours. In agarose gel electrophoresis, methylated and unmethylated bands were visualized with a UV Transilluminator No change in methylation was observed in any experimental group compared to the control in the LRRK2 promoter region.

Keys Words: Alpha-synuclein, LRRK2, methylation, BV-2, microglia.