İstanbul ilinde satılan kıyma örneklerinde Listeria monocytogenes varlığının araştırılması
Investigation of the presence of Listeria monocytogenes in minced meat samples sold in Istanbul province
Yazar: ARDA ALARA ULUDAĞ
Danışman: PROF. DR. AYTEN KİMİRAN
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotik dirençliliği =   ; Bakteri izolasyonu = Bacterial isolation ; Biyokimyasal analiz = Biochemical analysis ; Genler-bakteriyal = Genes-bacterial ; Gram pozitif bakteriler = Gram positive bacteria ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Temel gıda ürünleri = Basic food products ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Listeria cinsi bakteriler Gram pozitif, sporsuz ve fakültatif anaerop olan, toprak, dışkı, su, atık su, bitkiler, besin maddeleri, insan, hayvan ve hayvan yemleri gibi çok çeşitli ortamlarda bulunabilen mikroorganizmalardır. Listeria cinsinin 21 farklı türü içinde insanlarda en sık rastlanan ve listeriozis etkeni olan tür Listeria monocytogenes'tir. Gıda kaynaklı enfeksiyonlarda et ve et ürünlerinin oldukça önemli bir rolü vardır. L. monocytogenes tüm gıda kaynaklı enfeksiyonlar arasında yüksek ölüm oranına sahiptir ve bu ölüm oranı Salmonella Enteritidis, Campylobacter ve Vibrio türleri gibi diğer yaygın gıda kaynaklı patojenlerin ölüm oranlarından daha yüksektir.
Bu bağlamda, tez çalışmamızda halk sağlığı açısından tehlikeli olan L. monocytogenes bakterisinin İstanbul ilinde satılan kıyma örneklerindeki varlığının saptanması amaçlanmıştır. Bu çalışmada, Aralık 2018-Kasım 2019 tarihleri arasında İstanbul' un 11 ilçesindeki farklı kasaplardan alınan 100 kıyma örneği L. monocytogenes varlığı açısından incelenmiştir.
Çalışmamızda kıyma örneklerinden L. monocytogenes'in izolasyonu için United States Department of Agriculture-Food Safety and Inspection Service (USDA-FSIS) kültür metodu kullanılmıştır. Geleneksel kültür yöntemi ile izole edilen ve biyokimyasal testler ile L. monocytogenes olarak tanımlaması yapılan bakterilerin antibiyotik direnç profilleri 13 farklı antibiyotik kullanılarak disk difüzyon yöntemiyle belirlenmiştir. Biyokimyasal testler ile L. monocytogenes olarak tanımlanan bakterilerin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile iap ve hlyA gen bölgelerinin varlığı açısından incelenerek moleküler olarak da doğrulaması yapılmıştır.
Klasik kültür yöntemleri ile elde edilen 186 şüpheli izolatın biyokimyasal testler sonucunda 21' inin L. monocytogenes olduğu tespit edilmiştir. L. monocytogenes olarak tanımlanan 21 suşun antibiyotik duyarlılık testleri değerlendirildiğinde, izolatların amoksisilin/klavulanik asit (%14.28), penisilin (%9.52), sefaklor (%9.52), vankomisin (%9.52), siprofloksasin (%9.52) ve trimetoprim-sulfametoksazol (%9.52)' a karşı dirençli, ampisilin (% 100) ve tetrasiklin (% 100)' e karşı ise duyarlı olduğu tespit edilmiştir.
Klasik kültür yöntemi ile izole edilen ve biyokimyasal testler sonucunda L. monocytogenes olarak tanımlanan 21 izolat, iap ve hlyA gen bölgeleri açısından incelendiğinde sadece 16' sının L. monocytogenes olduğu tespit edilmiştir. L. monocytogenes olarak doğrulanan 16 suşun, sekans analizi sonucunda elde edilen 16S rRNA dizileri NCBI BLAST programı ile GenBank veritabanına dayalı olarak tanımlanmıştır.
Elde edilen verilere göre, sadece geleneksel kültür yöntemi ve biyokimyasal test sonuçlarına göre L. monocytogenes tanısının tek başına yetersiz olduğu ve moleküler yöntemlerle de desteklenmesi gerektiği tespit edilmiştir.
İstanbul ilinde satışa sunulan kıymalar ile yapmış olduğumuz çalışmamızda, L. monocytogenes izolasyon oranının (%17) ve izole edilen L. monocytogenes bakterilerinin antibiyotik direnç insidansının düşük olmasına rağmen, gıdalarda L. monocytogenes bakterisinin bulunmasına izin verilmediğinden, kıymaların halk sağlığı açısından bir risk oluşturabileceği sonucuna varılmıştır. Özellikle ısıl işlem görmeden tüketilebilen veya mutfak ortamında çapraz kontaminasyona sebep olabilecek kıyma gibi örneklerin sık sık bu bakteri açısından incelenmesi, kesimhaneler ve kasaplarda hijyen ve sanitasyon uygulamalarına dikkat edilmesi önerilmektedir.

Abstract:
Genus Listeria are Gram positive, non-spore-forming and facultative anaerop microorganisms which can be found in a wide variety of environments such as soil, feces, water, waste water, plants, nutrients, human, animal and animal feed. Among the 21 different species of the Listeria genus, Listeria monocytogenes is the most common and listeriosis agent in humans. Meat and meat products have a very important role in foodborne infections. L. monocytogenes has a high mortality rate among all foodborne infections, and this mortality rate is higher than the mortality rates of other common foodborne pathogens such as Salmonella Enteritidis, Campylobacter and Vibrio species.
In this context, in our thesis, it is aimed to determine the presence of L. monocytogenes bacteria, which are dangerous for public health, in minced meat samples sold in Istanbul province. In this study, 100 minced meat samples purchased from different butchers in 11 districts of Istanbul between December 2018 and November 2019 were examined for the presence of L. monocytogenes.
In our study, the culture method of the United States Department of Agriculture-Food Safety and Inspection Service (USDA-FSIS) was used for the isolation of L. monocytogenes, from the minced meat samples. Antibiotic resistance profiles of bacteria isolated by traditional culture method and identified as L. monocytogenes through biochemical tests were determined by disc diffusion method using 13 different antibiotics. The bacteria identified as L. monocytogenes through biochemical tests were also molecularly verificated according to the presence of iap and hlyA gene regions by the polimerase chain reaction (PCR) method
As a result of biochemical tests, it was determined that 21 of 186 suspect isolates obtained by classical culture methods were L. monocytogenes. When antibiotic susceptibility tests of 21 strains identified as L. monocytogenes are evaluated, it was found to be resistant to Amoxicillin/Clavulanic acid (14.28%), penicillin (9.52%), cefaclor (9.52%), vancomycin (9.52%), ciprofloxacin (9.52%) and trimethoprim-sulfamethoxazole (9.52%) and susceptible to ampicillin (100%) and to tetracycline (100%).
When 21 isolates, isolated by classical culture method and identified as L. monocytogenes as a result of biochemical tests, were examined in terms of iap and hlyA gene regions, only 16 were found to be L. monocytogenes. The 16S rRNA sequences obtained from the sequence analysis of 16 strains confirmed as L. monocytogenes were identified based on the GenBank database with the NCBI BLAST program.
According to the data obtained, it was insufficient to make the diagnosis of L. monocytogenes by using only the traditional culture method and biochemical test, it should be also supported by molecular methods.
In our study with minced meat offered for sale in Istanbul, although, the L. monocytogenes isolation rate (17%) and the incidence of antibiotic resistance of the isolated L. monocytogenes bacteria are low, it was concluded that minced meat may pose a public health risk, since L. monocytogenes bacteria are not allowed in foods. It is recommended to frequently examine the samples such as minced meat that can be consumed without heat treatment or that may cause cross-contamination in the kitchen environment, for this bacteria and to pay attention to hygiene and sanitation practices in slaughterhouses and butchers.