Kilis keçilerinde pou1f1, prlr, β-lg, gh gen polimorfizmleri ve süt verim özellikleri ile ilişkisi
Pou1f1, prlr, β-lg, gh gene polymorphisms in Ki̇li̇s goats and its relationship with milk yield traits
Yazar: ZÜHAL GÜNDÜZ
Danışman: PROF. DR. OSMAN BİÇER
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada Kilis keçilerinde POU1F1, PRLR, β-LG ve GH gen polimorfizmlerinin belirlenmesi ve genotipler ile laktasyon süt verimi, laktasyon süresi ve ortalama günlük süt verimleri arasındaki ilişkinin ortaya konulması amaçlanmıştır.  Çalışmanın hayvan materyalini T.C. Tarım ve Orman Bakanlığı, Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü tarafından yürütülen "Kilis Keçilerinin Halk Elinde Islahı" projesi kapsamında yetiştirilen dört farklı elit sürüdeki hayvanlar oluşturmuştur. Bu doğrultuda toplamda 227 baş dişi keçiden kan örneği alınmış ve PCR-RFLP yöntemi kullanılarak genotipler belirlenmiştir.
POU1F1 intron 5, ekzon 6 ve 3' flanking bölgesinde AluI restriksiyon endonükleaz enzim kesimi sonucu T ve C allel frekansları sırasıyla %67.08 ve %32.92, TT, TC ve CC genotip frekansları ise %40.83, %52.50 ve %6.67; PRLR 3' UTR bölgesinde RsaI lokusu için C ve T allel frekansları sırasıyla %86.80 ve %13.20; CC, CT ve TT genotip frekansları ise %75.42, %22.35 ve %2.23; β-LG ekzon 7 ve 3' UTR bölgesinde SacII lokusu için A ve B allel frekansları sırasıyla %59.04 ve %40.96, AA, AB ve BB genotip frekansları ise %30.34, %57.86 ve %11.80; GH1 ekzon 2, intron 2 ve ekzon 3 bölgesinde HaeII lokusu için A ve B allel frekansları sırasıyla %55.08 ve %44.92, AA, AB, BB genotip frekansları ise %10.17 ve %89.83, %0.00; GH2 ekzon 4 bölgesinde HaeIII lokusu için C ve D allel frekansları sırasıyla %0.83 ve %99.17, CC, CD ve DD genotip frekanslarının ise %0.00,  %1.66 ve %98.34 olduğu tespit edilmiştir. POU1F1, β-LG ve GH1 genleri için popülasyonun Hardy Weinberg dengesinden sapma gösterdiği (P<0.05, P<0.01, P<0.001), ancak PRLR lokusu bakımından popülasyon dengede olup, GH2 lokusunda homozigotluğun arttığı saptanmıştır.
Laktasyon süt verimi üzerine POU1F1, PRLR ve β-LG gen bölgelerinde elde edilen genotipler arasındaki farklılığın önemli olduğu ve sırasıyla TC, TT ve AB genotiplerine sahip hayvanların süt verimlerinin diğer genotiplere göre yüksek olduğu tespit edilmiş (P<0.05, P≤0.05, P≤0.001) ancak GH1'in herhangi bir etkisinin olmadığı belirlenmiştir. Laktasyon süresi incelendiğinde ise POU1F1 lokusu üzerinde elde edilen genotipler arasındaki farklılığın önemli ve TC genotipine sahip hayvanların laktasyon süresinin diğer genotiplere göre uzun olduğu (P<0.05) ve PRLR, β-LG ve GH1 lokuslarının herhangi bir etkisinin olmadığı tespit edilmiştir. Ortalama günlük süt verimleri incelendiğinde POU1F1, PRLR ve β-LG genleri için elde edilen genotipler arasındaki farklılık istatistiksel anlamda önemli ve TC, TT ve AB genotiplerine sahip hayvanların süt verimlerinin yüksek olduğu tespit edilmiş (P<0.05, P≤0.05, P≤0.001) ancak GH1 in herhangi bir etkisinin olmadığı belirlenmiştir.
Yapılan bu çalışma ile Kilis keçi popülasyonlarında POU1F1, PRLR ve β-LG genlerinin çalışmada üzerinde durulan özellikler bakımından Markör Destekli Seleksiyon için kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
The aim of this study was to determine POU1F1, PRLR, β-LG and GH gene polymorphisms in Kilis goats and to reveal the relationship between genotypes and lactation milk yield, lactation lenght and average daily milk yields. Totally four elite flocks were obtained for animal material in "The National Breeding Project of Kilis Goats under Farm Conditions" which was supported by General Directory of Agricultural Research and Policy, Republic of Turkey Ministry of Agriculture and Forestry. Accordingly, blood samples were taken from 227 head goats in total and genotypes were determined using PCR-RFLP method.
T and C allele frequencies were 67.08% and 32.92%, TT, TC and CC genotype frequencies were 40.83%, 52.50% and 6.67% as a result of restriction endonuclease enzyme AluI for intron 5, exon 6 and 3 'flanking region in POU1F1; C and T allele frequncies were 86.80 % and 13.20%, TT, TC and CC genotype frequncies were 75.42%, 22.35% and 2.23% for RsaI loci 3'UTR region in PRLR; A and B allele frequncies were 59.04% and 40.96%, AA, AB and BB genotype frequncies were 30.34%, 57.86% and 11.80% for SacII loci ekzon 7 and 3'UTR region in β-LG; A and B allele frequncies were 55.08% and 44.92%, AA, AB and BB genotype frequncies were 10.17%, 89.83% and 0.00% for HaeIII loci ekzon 2, intron 2 and ekzon 3 region in GH1; C and D allele frequency were 0.83% and 99.17%, CC, CD and DD genotype frequencies were 0.00%, 1.66% and 98.34% for HaeIII loci ekzon 4 in GH2, respectively. In terms of POU1F1, β-LG and GH1 loci, flocks were not found in Hardy-Weinberg equilibrium (P<0.05), but PRLR loci were found in Hardy-Weinberg equilibrium and the homozigoty icreased in GH2 loci.
Differences between genotypes obtained in POU1F1, PRLR and β-LG gene regions on lactation milk yield were significant and milk yields of TC, TT and AB genotypes were higher than other genotypes, respectively (P<0.05, P≤0.05, P≤0.001), but GH1 had no effect on lactation milk yield. When the lactation lenght was examined, it was found that the differences between the genotypes on POU1F1 locus were significant and the lactation lenght of the TC genotype was longer than the other genotypes (P <0.05) and PRLR, β-LG and GH1 loci had no effect on lactation lenght. The difference between the genotypes obtained for POU1F1, PRLR and β-LG genes was statistically significant and the milk yield of TC, TT and AB genotypes were found to be high (P <0.05, P≤0.05, P≤0.001), but GH1 had no effect on average daily milk yield.
In this study, it is concluded that POU1F1, PRLR and β-LG genes can be used for Marker Assisted Selection in Kilis goat populations.