Laboratuvar yapımı bir PCR yöntemi ile Mycobacterium tuberculosis Kompleks'inin saptanması
Detection of Mycobacterium tuberculosis Complex by a laboratory making PCR Method
Yazar: VELİ TATO
Danışman: PROF. DR. ALPASLAN ALP
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Tato, V. Laboratuvar Yapımı Bir Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) Yöntemi İle Mycobacterıum tuberculosıs Kompleksinin Saptanması. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji Programı, Doktora Tezi, Ankara, 2024. Bu çalışmanın amacı, senX3-regX3 gen sistemi hedef alınarak ve özgün primerler kullanılarak geliştirilen gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (real-time PCR) testinin, MTBK'nin saptanmasındaki etkinliğini ortaya koymaktır. Bu amaçla, MTBK için özgül ve iyi korunmuş bir bölge olan senX3-regX3 gen bölgesini hedef alan iki farklı primer-prob seti tasarlanmıştır. Bu çalışmada Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri Merkez Laboratuvarında TB tanısı konmuş hastaların balgam örneklerinden izole edilen 20 MTBK izolatının saf kültürlerine sekizer adet seri dilüsyon yapılarak elde edilen 160 örnek kullanılmıştır. Yirmi adet negatif kontrol grubu izolatının eklenmesiyle toplam örnek sayısı 180 olmuştur. MTBK senX3 ve regX3 hedef gen bölgeleri için tasarlanmış primer ve prob setleri ile geliştirilmiş olan iki farklı laboratuvar yapımı ('in-house') gerçek zamanlı PCR testi örneklere uygulanmıştır. Örnekler eş zamanlı olarak altın standart kültür yöntemi olarak Löwenstein-Jensen (LJ) besiyerine de ekilmiş ve elde edilen sonuçlar karşılaştırılmıştır. Çalışma sonucunda senX3 gen bölgesinin hedef alındığı laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR testinin duyarlılığı %95,8; özgüllüğü ise %95 olarak saptanmıştır. regX3 gen bölgesinin hedef olarak alındığı laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR testinde ise duyarlılık ve özgüllük sırasıyla %97,5 ve %90 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak bu çalışmada MTBK saptanması amacıyla geliştirilen laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR tanı testi için hedef olarak seçilen senX3-regX3 gen bölgesi ile ümit verici sonuçlar alınmıştır. Bu bölgenin farklı moleküler tanı yöntemlerinin geliştirilmesinde iyi bir hedef bölge olabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Tato, V. Detection of Mycobacterıum tuberculosis Complex by A Laboratory-Made Polymerase Chain Reaction (PCR) Method. Hacettepe University Graduate School of Health Sciences, PhD Thesis in Microbiology, Ankara, 2024. The aim of this study is to demonstrate the effectiveness of the real-time PCR method, developed by targeting the senX3-regX3 gene system and using specific primers, in detecting MTBC pathogen. For this purpose, two different primer-probe sets were designed targeting the senX3-regX3 gene region, which is a specific and well-conserved region for MTBC. In this study, 160 samples obtained by preparing eight serial dilutions of pure cultures of 20 MTBC isolates isolated from sputum samples of patients diagnosed as tuberculosis at Hacettepe University Hospitals Central Laboratory were used. With the addition of twenty negative control group isolates, the total number of samples became 180. Two different laboratory-made real-time PCR tests developed with primer and probe sets designed for MTBC senX3 and regX3 target gene regions were applied to the samples. The samples were simultaneously inoculated on Löwenstein-Jensen (LJ) medium as the gold standard culture method and the results were compared. As a result of the study, the sensitivity of the laboratory-made ('in-house') real-time PCR test targeting the senX3 region was found to be 95.8% and the specificity was found to be 95%. The sensitivity and specificity for the laboratory-made real-time PCR test targeting the regX3 gene region, were found to be 97.5% and 90%, respectively. As a result of this study, promising results were obtained with the senX3-regX3 gene region selected as the target for the laboratory-made real-time PCR diagnostic test developed for the detection of MTBK. It is thought that this region may be a good target region for the development of different molecular diagnostic methods.