Periodontitisli hastalarda matriks metalloproteinaz-9 ve tümör nekrozis faktör-reseptör 2 gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Investigation of matrix metalloproteinase-9 and tumor necrosis factor-receptor 2 gene polymorphisms in periodontitis patients
Yazar: GÜLCAN KUYUCUKLU
Danışman: PROF. DR. EMİNE SİBEL SÜMER
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Periodontitis, dişeti iltihabı ve diş çevresi dokularının yıkımı ile sonuçlanan dişeti hastalığıdır. Kompleks bir hastalık olan periodontitis, çeşitli popülasyonlarda saptanmış diş kayıplarının %10-15`inden sorumludur. Yapılan araştırmalarda periodontitis ve gen polimorfizmi arasındaki ilişki gösterilmiştir. Periodontitisin patogenezinde önemli role sahip gen polimorfizmlerinden bir tanesi, TNF-? gen polimorfizmidir. TNF-?`nın hücre yüzey reseptörleri, TNF reseptör 1, (TNF-R1, p55 TNF-R) ve TNF reseptör 2?dir (TNF-R2, p75 TNF-R). TNF-R2 (+587) T/G polimorfizminin, yapılan araştırmalarda periodontitis ile ilişkili olduğu belirtilmiştir. Periodontitisle ilgili genetik polimorfizmlerden bir diğeri de matriks metalloproteinaz (MMPs) genlerine ait polimorfizmlerdir. Matriks metalloproteinazlar, hücreler arası matriksi sindiren yaklaşık 25 enzimli bir ailedir. Yapılan araştırmalarda, MMP-9 geninin -1562 pozisyonunda T alleli bulunduran bireylerin, kronik periodontitis bakımından daha az risk taşıdığı gösterilmiştir. Bu çalışmada, Türk popülasyonunu tanımlayan bir örneklemde, TNF-R2 geninin +587 T/G pozisyonunda ve MMP-9 geninin promotor bölgesinde -1562 C/T pozisyonunda yer alan polimorfizmler ile periodontitis arasındaki ilişki araştırılmıştır. Bu araştırmada üç çalışma grubu bulunmaktadır. Bunlar, agresif periodontitis (AP), kronik periodontitis (KP) ve kontrol grubudur (K). Çalışmamızda, bu gruplardaki kişilerden kan örnekleri alınmış ve bu örneklerden genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. Bu DNA örneklerinden, belirtilen gen bölgelerindeki SNP lokalizasyonlarını kapsayan ilgili bölgeler PCR ile çoğaltılmış ve çoğaltılan fragmentler, seçilen uygun restriksiyon enzimleriyle kesilerek her bireyin tek nükleotit polimorfizmleri tespit edilmiştir. TNF-R2 (+587) T/G polimorfizminde; TT, TG ve GG genotipleri ve allel frekansları incelenmiş ve istatistiksel değerlendirmeler sonucu, kontrol ve periodontitis grupları arasında anlamlı farklar gözlenmiştir (p<0,001). Gruplar arasında G alleli taşıma oranları, kontrol için %29,6; AP için %66; KP için %63 bulunmuştur. MMP-9 (-1562) C/T polimorfizminde de; CC, CT ve TT genotipleri ve allel frekansları incelenmiş ve yapılan istatistiksel çalışmada, kontrol ve periodontitis grupları arasında anlamlı farklar gözlenmiştir (p <0,001). T alleli taşıma oranı kontrol grubunda %3,3; AP grubunda %19; KP grubunda ise %16,2 olarak belirlenmiştir.

Anahtar kelimeler: Periodontitis, genetik polimorfizm, TNF-R2, MMP-9, PCRRFLP

Abstract:
Periodontitis is a gingival disease resulting in destruction of tissue around the tooth. As a complex disease, periodontitis is responsible of 10 to 15 percent of tooth loss detected in various populations. Recent studies have suggested that periodontitis is associated with gene polymorphism. TNF-? gene polymorphism is one of them which have an important role in periodontitis pathogenesis. Cell surface receptors of TNF-? are TNF receptor 1 (TNF-R1, p55 TNF-R) and TNF receptor 2 (TNF-R2, p75 TNF-R). Recent studies have shown that TNF-R2 (+587) T/G gene polymorphism is associated with periodontitis. Matrix metalloproteinases (MMPs) polymorphisms are also related to periodontitis. Matrix metalloproteinases (MMPs) are a family of about 25 enzymes and are involved in periodontal tissue remodeling and degradation. In some studies, individuals carrying MMP-9, -1562 T allele shown to have less risk for chronic periodontitis. The aim of this study was to analyze TNFR-2 (+587) T/G and MMP-9 (-1562) C/T polymorphisms in chronic periodontitis and agressive periodontitis patients and healthy controls in Turkish population. This study included three groups: Agressive periodontitis (AP), chronic periodontitis (CP) and periodontally healthy individuals (C). Blood samples were taken from groups and genomic DNA was isolated from these samples. Single nucleotide polymorphisms (SNP) were analyzed by PCR (Polymerase Chain Reaction) and RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) methods in DNA samples. For TNF-R2 (+587) T/G polymorphism; TT, TG and GG genotype and allele frequencies were analyzed and the differences in genotype and allele frequencies were found significant between the groups (p<0,001). Between the groups G allele carriage rates were found 29,6% for control; 66% for AP and 63% for CP groups. For MMP-9 (-1562) C/T polymorphism; CC, CT and TT genotype and allele frequencies were analyzed and the differences in genotype and allele frequencies were found meaningful between the groups (p<0,001). Between the groups; T allele carriage rates were found 3.3% for control; 19% for AP and 16,2% for KP groups.

Keywords: Periodontitis, genetic polymorphism, TNF-R2, MMP-9, PCR-RFLP