Türkiye'nin farklı illerinde izole edilen Vibrio anguillarum suşlarının PCR ve sekans analizi ile tanımlanması ve serotiplendirilmesi
Serotype and identification with sequence analysis and PCR of strains Vibrio anguillarum isolated in different provinces Turkey
Yazar: MEHMET ÇALI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MİKAİL ÖZCAN
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: Fenotipik parametreler = Phenotypic parameters ; Genotip = Genotype ; Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Oncorhynchus mykiss = Oncorhynchus mykiss ; Vibrio anguillarum = Vibrio anguillarum

Özet:
Bu çalışma, Türkiye'nin farklı bölgelerindeki Gökkuşağı Alabalığı (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) kafes işletmelerinde Vibrio anguillarum suşlarının izole edilmesini, fenotipik ve genotipik özelliklerine göre tanımlanması ve serotiplendirilmesini amaçlanmaktadır. Bu amaçla 8 farklı alabalık işletmesinden Gökkuşağı alabalıklarından örnekler alınmıştır. 
Vibrio anguillarum izolasyonu için; Brain Heart (Infusion) Agar (BHIA), Triptik Soy Agar (TSA) Triptik Soy Broth (TSB), ve kanlı agar kullanılmıştır. Bu besiyerleri hazırlanırken %  1.5-3.5 tuz eklenmiştir.
Gökkuşağı alabalıklarından karaciğer, dalak, böbrek ve bağırsaklardan elde edilen saf suşların fenotipik özelliklerinin incelenmesi için biyokimyasal tanımlama testleri ve Biolog Sistemi (The biolog GENIII micro plate) uygulanmıştır.
Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR)'nda Vibrio anguillarum suşuna ait spesifik primer kullanılmıştır. Bu primer yardımıyla 8 adet suşun tamamının moleküler olarak Vibrio anguillarum olduğu teyit edilmiştir.
Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile doğrulanan suşların sekans analizi yapılmış ve sekans analizi sonucunda Vibrio anguillarum olduğu tespit edilen suşların tümüne ATCC-43305 SEROTİP-O1 ve ATCC-43306 SEROTİP-O2 standart suşlar ile oluşturulan hyperimmune serumlara lam aglütünasyon testleri yapılmıştır.  Bu testin sonucunda toplam 8 adet suştan 5 tanesi ATCC-43305 SEROTİP-O1, 2 tanesi ATCC-43306 SEROTİP-O2 ve bir tanesi serotip tanımsız çıkmıştır.

Abstract:
This study aimed to serotype and identify according to their phenotypic and genotypic characteristics, isolation of Vibrio anguillarum strains in Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) cage farms in different regions of Turkey. For this purpose, rainbow trout samples were taken from 8 different trout farms.
For Vibrio anguillarum isolation; Brain Heart (Infusion) Agar (BHIA), Tryptic Soy Agar (TSA) Tryptic Soy Broth (TSB) and blood agar were used. While preparing these media, 1.5-3.5% salt was added.
For the investigation of phenotypic properties of pure strains obtained from liver, spleen, kidney and intestines of rainbow trout were applied Biolog System (The biolog GENIII micro plate) and biochemical identification tests.
Polymerase Chain Reaction (PCR) was used in specific primer belonging to Vibrio anguillarum strain. With the help of this primer, all 8 strains were molecularly confirmed as Vibrio anguillarum.
Sequence analysis of the strains confirmed by Polymerase Chain Reaction (PCR) was performed and the information obtained as a result of the analysis was interpreted.
Sequence analysis of the strains confirmed by Polymerase Chain Reaction (PCR) was performed and as a result of sequence analysis were performed lam agglutination tests on hyperimmune sera created with ATCC-43305 SEROTIP-O1 and ATCC-43306 SEROTIP-O2 standard strains for all strains found to be Vibrio anguillarum. As a result of this test, 5 of 8 strains were found ATCC-43305 SEROTIP-O1, 2 of them ATCC-43306 SEROTIP-O2 and one of them serotype undefined.