Preeklampsili hastaların plasenta ve ilgili dokularından elde edilen RNA dizilerinden yolak analizi
Pathway analysis from RNA sequencing obtained from placenta and related tissues of patients with preeclampsia
Yazar: FADİME ARIK
Danışman: PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoistatistik = Biostatistics ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Anne ve bebeği olumsuz etkileyerek çeşitli hastalıklara hatta ölüme bile neden
olabilen preeklampsi, %2-5 oranında insidans sergilemektedir. Anjiyojenik
faktörlerin moleküler düzeyde düzensizliğine dayanan bu hastalık, endotelyal
hasar ve koagülopati sergiler. Böbrekteki endotel hasarı proteinüriye neden
olurken, damarlarda vazokonstriksiyon disfonksiyonuna; maternal
kardiyovasküler sistemi istila ederek kaçınılmaz hipertansiyona neden olur.
Bu çalışmada, normal doğum yapan ve preeklampsi hastalarınIN plasental doku,
kordon, plasenta yatağı, plasenta kendisinden izole edilen RNA örneklerinden,
Yeni Nesil Dizileme yöntemi ile gerçekleştirilen RNA-seq ile gen ekspresyon
profilinin çıkarılması, genlerin ilişkili oldukları biyolojik yolaklar ve ağ
analizlerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Önceki çalışmada, Yeni Nesil Dizileme
yöntemi ile dizilenen RNA-seq verilerinin analizleri ve farklı ifade edilen genlerin
tespiti Tuxedo Protokolü ile gerçekleştirildi. Tez kapsamında, farklı ifade edilen
genlerin ileri analizi için 0.05 p_value seviyesinde inceleme yapılarak, anlamlı
olarak ifadesi değişmiş genler tespit edildi. Genlerin protein-protein
xii
etkileşimleri, RStudio kullanılarak KPM 4.0 aracılığıyla belirlendi. Yukarı ve
aşağı düzenlenen ilgili genleri belirledikten sonra yolak analizi için g: PROFILER
veritabanına ayrı ayrı girildi. Sonuçların GO terimleri ve genlerin hangi yollarda
zenginleştirildiği saptanmıştır. CYTOSCAPE 3.8.2, ilgili genlerin düğümlerini ve
bağlantılarını görselleştirmek ve KPM şablonuna göre ağ analizi yapmak için
kullanıldı.
Analiz sonuçlarına göre, aşağı düzenlenen 130, yukarı düzenlenen 256 tane gen
bulunmuştur. Hem yukarı regülasyonda hem de aşağı regülasyonda en çok
etkileşime sahip gen APP genidir. Aşağı düzenlenen genlerin zenginleştiği
yolaklar, kanserde liganda duyarlı EGFR varyantları ile sinyalleşme yolağı, CBL
tarafından sinyallemenin düzenlenmesi, Beyin Türevli Nörotrofik Faktör (BDNF)
sinyal yolu, Kit reseptör sinyalleme yolağı, Koronavirüs hastalığı-Covid-19, Fc
epsilon RI signalleme yolağı, Nörotrofin sinyalleme yolaklarıdır. Yukarı
düzenlenen genler ise Östrojen sinyal yolağı, Hücre-hücre iletişimi, Beyin türevli
nörotrofik Faktör (BTNF) sinyal yolağı, Kornifiye zarfın oluşumu, Gelişimsel
biyoloji, Gastrin sinyalleme yolağında zenginleşmiştir.

Abstract:
Preeclampsia causing various diseases and even death by affecting the mother
and baby, has an incidence of 2-5% with based on the dysregulation of
angiogenic factors, exhibits endothelial damage and coagulopathy. While
endothelial damage in the kidney causes proteinuria, vasoconstriction
dysfunction in vessels; It invades the maternal cardiovascular system, causing
inevitable hypertension.
In this study, it was aimed to determine the gene expression profile by RNA-seq
performed by the Next Generation Sequencing method and to determine the
biological pathways and network analyzes to which genes are related, from RNA
samples isolated from placenta and related tissues in normal delivery and
preeclamptic patients. The previous study analyzed RNA-seq data sequenced by
xiv
Next Generation Sequencing and detection of differentially expressed genes by
the Tuxedo Protocol. In this thesis, for the further analysis of the differentially
expressed genes examining the 0.05 p_value level, and the genes with
significantly changed expression were detected. KPM 4.0 using RStudio
determined protein-protein interactions. After identifying the genes of
upregulated and downregulated, they were separately entered into the g:Profiler
database for pathway analysis. The GO terms of the results and how the genes
were enriched were determined. CYTOSCAPE 3.8.2 was used to visualize nodes
and interaction of genes and perform network analysis according to the KPM
template.
As a result, 130 genes exhibited downregulation and 256 upregulations. The
gene with the most interaction in both up-regulation and down-regulation was
the APP gene. Pathways in which downregulated genes are enriched in the
Signaling by ligand-responsive EGFR variant in cancer, Regulation of signaling
by CBL, Brain-derived neurotrophic factor (BDNF) signaling, Kit receptor
signaling pathway, Coronavirus disease-Covid-19, Fc epsilon RI signaling
pathway, Neurotrophin signaling pathway. Upregulated genes were enriched in
the Estrogen signaling pathway, Cell-cell communication, Brain-derived
neurotrophic factor (BDNF) signaling, Formation of the cornified envelope,
Developmental biology, Gastrin signaling pathway.