Olası anti-kanser özellik gösteren bazı farmakolojik bileşiklerin yoğunluk fonksiyoneli teorisi yöntemi ile moleküler özelliklerinin incelenmesi
Investigation of molecular features of some pharmacological compounds with potential anti-cancer property by using density functional theory method
Yazar: ELVAN ÖLÇER
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU KARAYEL
Hitit Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering
Dizin: X ışını = X ray

Özet:
Bu çalışmanın amacı; olası antikanser özellik gösteren N-siklohekzil -5-((2-fenil-1H-benzo[d]imidazol-1-il)metil)-1,3,4-oksadiazol-2-amin (1), 2-(4-klorofenil) (2), 2-(4-metoksifenil) (3), 2-(3,4-dimetoksifenil) (4) ve 2-(3,4-dibenziloksifenil) (5)  moleküllerinin en kararlı durumlarını, konformasyonlarını ve elektronik özelliklerini  yoğunluk fonksiyoneli teorisi yöntemi kullanarak belirlemektir. Beş molekül içerisinden sadece molekül 1'e ait uygun tek kristaller elde edilebildiği için bu molekülün yapısı X-ışını kırınımı yöntemi ile aydınlatılmıştır. Bu molekülün yapı çözümünde kullanılan Bragg yansıma şiddetleri, Bruker APEX-II CCD kırınımmetresi ile toplanmıştır. Toplanan veriler WinGX paket programı içerisinde yer alan SHELXS-97 ve SHELXL-97 programları kullanılarak yapı çözümünde kullanılmıştır. Bu sayede moleküle ait bağ uzunluğu, bağ açısı, torsiyon açısı ve dihedral açısı gibi moleküler geometriyi ilgilendiren parametreler belirlenmiştir. 
Model geometrilerin çizimi için GausView 5.0 programı kullanılırken; kuantum mekaniksel hesaplamaları için ise Gaussian 09W programı kullanılmıştır. Bu programda yoğunluk fonksiyoneli teorisi yöntemlerinden faydalanılarak hesaplamalar yapılmıştır. Enerji optimizasyonları B3LYP/6-31G(d,p) seviyesinde yapılmıştır. Ayrıca moleküllerin potansiyel enerji yüzeyindeki durağan noktalarda tek tek frekans hesapları yapılarak global minimumda olup olmadıkları (negatif frekansa sahip olup olmadıkları) belirlenmiştir. Tüm moleküllerin tekli bağlar etrafındaki bir ve iki boyutlu taramaları yapılarak konformasyonel analizleri yapılmıştır. Bu sayede en kararlı durumları belirlenmiştir.
Moleküllerin, PES üzerindeki sabit noktalarda ayrı ayrı frekans hesaplanarak küresel minimumda olduğu (yani hayali bir frekansta olmadığı) belirlendi.

Abstract:
The purpose of this study is to determine the most stable states, conformations and electronic properties of N-cyclohexyl -5 - ((2-phenyl-1H-benzo [d] imidazol-1-yl) methyl) -1,3,4-oxadiazole-2-amine (1), 2- (4-chlorophenyl) (2), 2- (4-methoxyphenyl) (3), 2- (3,4-dimethoxyphenyl) (4) and 2- (3,4-dibenzyloxyphenyl) (5) molecules with potential anticancer property by using density functional theory method. Since only suitable crystals belonging to molecule 1 can be obtained from five molecules, the structure of this molecule was investigated by X-ray diffraction method. The Bragg reflection intensities used in the structural solution of this molecule were collected by Bruker APEX-II CCD diffractometer. The collected data were used in the structure solution by using SHELXS-97 and SHELXL-97 programs included in the WinGX package program. Thus, parameters related to molecular geometry such as bond length, bond angle, torsion angle and dihedral angle of the molecule were determined.
While using GausView 5.0 program for drawing the model geometries; Gaussian 09W program was used for quantum mechanical calculations. In this program, calculations were made by using density functional theory methods. Energy optimizations were made at B3LYP / 6-31G (d, p) level. In addition, it was determined whether the molecules have been at a global minimum (whether the molecules have no negative frequency) by calculating individually frequencies at the stationary points on potential energy surface. Conformational analysis of all molecules was performed by making one and two dimensional scans around single bonds. In this way, their most stable states were determined.