Tavuk örneklerinden izole edilen Arcobacter türlerinde sitolethal distending toxin (cdt) varlığının araştırılması
Investigation of cytolethal distending toxin (CDT) presentation in Arcobacter species isolated from chicken samples
Yazar: AYŞEN KARAMAN
Danışman: PROF. DR. TUBA İÇA
Kütahya Dumlupınar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada broyler karkaslarda Arcobacter türlerinin ve sitoletal distending toksin (CDT) geninin varlığı araştırıldı. Ticari olarak tüketime sunulan 34 adet broyler tavuk  örneğinde,  22 adet (%64.7) Arcobacter türü izole edilerek mPZR ile tür düzeyinde identifiye edildi.  Bu etkenler tür bazında değerlendirildiğinde incelenen örneklerde % 55.9 oranında A.butzleri, % 8.8 oranında A.cryoaerophilus varlığı tespit edildi. A.skirrowii ise saptanamadı. 
Aynı tavuk örneklerinin bir kısmındaArcobacter türlerine Campylobacter türlerinin de eşlik ettiği tespit edildi.  A. butzleri izole edilen örneklerden %20.6'sında C.jejuni, %2.9'unda C.coli tespit edilirken örneklerin %32.4'ünde yalnızca A.butzleri saptandı. A.cryoaerophilus izole edilen örneklerden %5.9'unda C.jejuni, %2.9'unda C.coli tespit edilirken örneklerden hiç birisinde yalnızca A.cryoaerophilus saptanamadı.
	İzole edilen Arcobacter türlerinin % 32.3'ünde Campylobacter türlerinin de tespit edilmesi bu türlerin biyofilm şekillendirerek birlikte bir yaşam formu oluşturabilecekleri düşündürdü. Bu nedenle izole edilen suşlar arasından seçilen dokuz adet Campylobacter türü ve dokuz adet Arcobacter türünün biyofilm oluşum yeteneği iki farklı atmosferik koşulda (aerobik ve mikroaerofilik) incelendi. Orta derecede biyofilm oluşumu, mikroaerofilik ortamda sadece bir Arcobacter türünde tespit edildi. Suşların geri kalan kısmı zayıf biyofilm formasyonu şekillendirdi. Campylobacter ve Arcobacter türlerinin biyofilm oluşumunda birincil kolonizer mikroorganizmalar olmadığı, ancak ikincil kolonize ediciler olarak biyofilm ortamında varolabileceği sonucuna varıldı.Bu çalışmada, Arcobacter türlerindecdt gen varlığı moleküler yöntemlerle araştırıldı ve ayrıca  DDL-1 hücre hattı kullanılarak MTT testi ile olası diğer toksinler araştırıldı. Arcobacter türlerinde toksin varlığı tespit edilemedi.

Abstract:
In this study, Arcobacter species and the presence of cytoletal distending toxin (CDT) gene in broiler carcasses were investigated.In 22 commercially available broiler chickens, 22 (64.7%) Arcobacter species were isolated and identified at species level with mPZR. When these factors were evaluated in terms of species, A. butzleri presence was 55.9% and A. cryoaerophilus was % 8.8  in the samples examined. However, A. skirrowii could not be detected.
It is detected that Arcobacter species were also accompanied by Campylobacter speciesin some of the same chicken samples,.C .jejuni in 20.6% and C. coli in 2.9% of A. butzleri isolated samples were detected but only A. butzleri by itself is detected in 32.4% of samples. C .jejuni in 5.9% and C. coli in 2.9% of  A.cryoaerophilus isolated samples were detected but A.cryoaerophilus is always detected with other species in the samples. 
The detection of Campylobacter species in 32.3% of the isolated Arcobacter species suggested that these species could form a life form together to shape the biofilm. For this reason, nine Campylobacter species and nine Arcobacter species, selected from isolated strains, were examined for their biofilm forming capability in two different atmospheric conditions (aerobic and microaerophilic).
Moderate biofilm formation was detected in only one Arcobacter species in the microaerophilic medium. The rest of the strains developed a weak biofilm formation. It was concluded that Campylobacter and Arcobacter species are not primary colonizer microorganisms in biofilm formation, but may exist in biofilm environment  as secondary colonizers. In this study, the presence of cdt gene in Arcobacter species was investigated by molecular methods and also other probable toxin was investigated on DDT-1 cell line by MTT test. The presence of toxin was not detected in Arcobacter species.