Değişik çevre koşullarında farklı mikroorganizmalarla kontamine edilen semen örneklerinden insan dna'sının izolasyonu
The isolation of human DNA from semen samples, which are contaminated by different kinds of microorganisms at varied environmental conditions
Yazar: FİLİZ EKİM ÇEVİK
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HÜSEYİN ÇAKAN
İstanbul Üniversitesi / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Adli tıp = Forensic medicine ; Besin kirlenmesi = Food contamination ; DNA = DNA ; Meni = Semen ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Mikroorganizmalar = Microorganisms

Özet:
Adli bilimlerde suç soruşturmasının en önemli bölümünü olay yeri incelemesi ve buradan elde edilen deliller oluşturur. Bu deliller fiziksel, kimyasal ve biyolojik deliller olabilir. Adli araştırmalarda en çok kullanılan biyolojik materyallerden bazıları kan, tükürük ve semendir. Semen özellikle cinsel saldırı, taciz ve babalık tayini davalarında karşımıza çıkar.Çalışmamızın amacı 6 farklı kumaş üzerinde farklı ortam sıcaklıklarında çeşitli sürelerde beklemiş mikroorganizmalarla kontamine ettiğimiz semen örneklerinden; eser miktarda, iyi korunmamış ve uzun süre beklemiş örneklerde dahi bu çalışmanın uygulanabilirliğini göstermektir. Çalışmanın diğer bir amacı da; yapılan tüm aşamalarda elde edilen genetik profillerin insana ait olduğunu göstermek, mikroorganizma kaynaklı kontaminasyonun insan DNA'sı üzerinde inhibitör etki yaratıp yaratmadığını ortaya koyarak bütün şüphelerin yok edilmesini sağlamaktır.Projede etik kurul izni doğrultusunda İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Üroloji Kliniğine gelen 10 hastadan aldığımız örneklerle çalışıldı. Çalışmanın laboratuar kısmı İstanbul Üniversitesi Adli Tıp Enstitüsü Adli Mikrobiyoloji laboratuarı ve Adli Tıp Enstitüsü Moleküler Genetik Öğrenci Laboratuarında yapıldı. Üroloji Kliniğine gelen hastalardan steril kaplara örnekler alındı. Öncelikle mikroorganizmalar yönünden mikrobiyolojik araştırması yapıldı. Daha sonra çeşitli şartlar altında tutulan örneklerin ticari kitlerle DNA izolasyonu, miktar tayini ve amplifikasyonu yapılıp elektroforezle tiplenmesi yapıldı.Çalışmada kullanılan 10 adet farklı semen lekesinin tamamından 9 ay sonunda 16 Y-STR lokusu başarılı şekilde elde edildi. Kantitatif PCR sonuçları örneklerideki DNA miktarının zamana bağlı olarak azaldığını göstermiştir. Farklı ortamlarda tutulan semen lekerindeki DNA miktarının ölçülmesinde literatürlerle uyumlu olarak en fazla DNA azalmasının etüvde bekletilen lekelerde olduğu, sonra oda sıcaklığında bekletilen lekelerde ve en az DNA kaybının ise buzdolabında bekletilen lekelerde olduğu görüldü.

Abstract:
In forensic sciences, crime scene investigation and evidences obtained from aforementioned area make up the major part of a criminal investigation.These evidences could be physical, chemical, and biological evidences. In forensic research, some of the most frequently used biological materials are the following: blood, saliva, and semen.Our studys aim is to show that this study is applicable for semen samples that are contaminated via microorganisms, which have been obtained from six different pieces of clothing under different temperatures and kept at different time periods, even if these semen samples are trace amounts, not protected well and kept for long periods of time.Another aim of our study is to reveal that at any stages of our study, genetical profiles we have acquired belong to human beings. We aim to come up with an exact answer to a question of whether or not contamination caused by a microorganism has an inhibitory effect on human DNA. According to this, any of suspicious thoughts regarding pre-mentioned issue will be able to get eliminated.In this project, under the authorization of the Council of Ethics, we have worked with the samples taken from 10 patients that have applied to Istanbul University, Cerrahpaşa Faculty of Medicine, Department of Urology. In this study, We have worked in Istanbul University, Institiute of Forensic Sciences, Laboratory of Microbiology and Institute of Forensic Sciences, Student Laboratory of Molecular Genetics.We have taken samples from abovementioned patients into sterile cups. First of all, we have made a microbiological examination on the samples about the existence or the non-existence of the microorganisms.Then, the samples that have been kept under different environmental conditions were identified for different types via electrophoresis with the help of kits right after DNA isolation, quantitation of the samples, and amplification have taken place.At the end of the nine months, 16 Y-STR locus has been successfully acquired from all of ten semen stains that have been used in the research. Quantitative PCR results have revealed that DNA amount in the samples have decreased during the measured time. It has been found out that from the semen samples taken from different environmental conditions, the samples that have been kept in an incubator have the highest rate of decrease in the DNA amount, the result being in correlation with the literature. Then followed this the stains that have been kept under room temperature, which has been followed by the stains that have been kept in the refrigerator, with the lowest rate of decrease in the DNA amount.