Antepfıstığında (Pistacia vera L.) ilişkili haritalama yöntemi kullanılarak bazı meyve kalite özellikleri ile bağlantılı lokusların belirlenmesi
Determination of loci related with some fruit quality traits in pistachio (Pistacia vera L.) using the assocation mapping method
Yazar: LEYLA NUREFŞAN GÜNDÜZ
Danışman: PROF. DR. SALİH KAFKAS
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Biyoinformatik = Bioinformatics ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Antepfıstığı (Pistacia vera L.) Anacardia familyasına ait olan birçok türe sahip olan sert kabuklu meyve türlerinden bir tanesidir. Protein, yağ, yağ asitleri, lif, vitaminler, minareller açısından zengin besin içeriğine sahip olması sebebiyle insan sağlığı üzerinde pozitif etkileri mevcuttur. Antepfıstığının ıslahı esnasında karşılaşılan en önemli problemler peryodisiteye sahip olması, gençlik kısırlığı, dioik karakterde olmasıdır. Moleküler ıslah çalışmaları ile bu problemlerinin üstesinden gelinebilmektedir. Bu sebeple markör destekli seleksiyonun önemi oldukça fazladır. Bu çalışma kapsamında 2018 yılında hasat edilmiş 149 adet ve 2020 yılında hasat edilmiş 136 adet dişi çeşit ve genotipte % yağ içeriği, yağ asit içerikleri (Miristik asit, Palmitik Asit, Stearik asit olmak üzere toplam doymuş yağ asit içerikleri ve palmitoleik asit, oleik asit olmak üzere toplam tekli doymamış yağ asit içerikleri, linoleik asit, alfa linoleik asit olmak üzere toplam çoklu doymamış yağ asit içerikleri) , protein içerikleri ve tokoferol (alfa tokoferol ve gama tokoferol) içerikleri ile bağlantılı lokuslar belirlenmiştir. Toplam 14 adet fenotipik veri ile genotipik veriler arasındaki ilişki R programının GAPIT fonksiyonu kullanılarak MLM (mixed linear model) yaklaşımıyla belirlenmiştir. Çalışılan biyokimyasal özelliklerle bağlantılı lokusların belirlenmesi için Bonferroni testi p=0.01 olarak uygulanmıştır. Yapılan analizlerin neticesinde p=10-4 seviyesinde ilişkili lokuslar seçilmiştir. İlişkili haritalama sonucunda ise 9 adet fenotipik özellik ile ilişkili 2018 yılında 30,441 adet ilişkili markör 2020 yılında ise 11,163 adet ilişkili markör tespit edilmiş ve 2018 ile 2020 yıllarında 65 adet ortak markör belirlenmiştir. Elde edilen SNP lokuslarının validasyonu yapıldıktan sonra biyokimyasal özellikler için antepfıstığı ıslah programlarında kullanılabilecektir.

Abstract:
Pistachio (Pistacia vera L.) is one of the hard-shelled fruit species with many species belonging to the Anacardia family. It has positive effects on human health due to its nutritional content rich in protein, fat, fatty acids, fibre, vitamins and minerals. The most important problems encountered during the breeding of pistachio are its periodicity, youth sterility and dioecious character. These problems can be overcome with molecular breeding studies. For this reason, marker-assisted selection is of great importance. Within the scope of this study, 149 female varieties and genotypes harvested in 2018 and 136 female varieties and genotypes harvested in 2020 were analyzed for % oil content, fatty acid contents (total saturated fatty acid contents including myristic acid, palmitic acid, stearic acid) and total monounsaturated fatty acid content (oleic acid, total monounsaturated fatty acid content, linoleic acid, alpha linoleic acid, total polyunsaturated fatty acid content), protein content and tocopherol (alpha tocopherol and gamma tocopherol) content were determined. Loci associated with fatty acid contents, total polyunsaturated fatty acid contents (including linoleic acid, alpha linoleic acid), protein contents and tocopherol (alpha tocopherol and gamma tocopherol) contents were determined. The relationship between a total of 14 phenotypic data and genotypic data was determined with the MLM (mixed linear model) approach using the GAPIT function of the R program. To determine the loci associated with the studied biochemical properties, the Bonferroni test was applied with p= 0.01. As a result of the analyses, loci associated with the p=10-4 level were selected. As a result of related mapping, 30,441 related markers were detected in 2018, 11,163 related markers were detected in 2020, and 65 common markers were identified in 2018 and 2020, associated with 9 phenotypic features. After validation of the obtained SNP loci, they can be used in pistachio breeding programs for biochemical properties.