Aspergillus Niger LC3  izolatından antibakteriyel polipeptit izolasyonu
Isolation  of antibacterial polypeptide from Aspergillus Niger LC3 isolate
Yazar: AYŞE ÜSTÜN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN ÖRTÜCÜ
Erzurum Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bakteriler, funguslar, virüsler ve parazitler halihazırda kullanılan en güçlü antibiyotiklere direnç geliştirmiş ya da geliştirmektedirler. Buna paralel olarak günümüzde antimikrobiyal ilaçlara dirençli enfeksiyonlarda artışlar rapor edilmektedir. Bu nedenlerden dolayı yeni antimikrobiyal ajanların keşfi, zorunlu ve aynı zamanda da süreklilik arz etmesi gereken bir durum halini almıştır. Antimikrobiyal ajanlar olarak; çeşitli mikroorganizmaların sekonder metabolitleri ve bazı bitkilerin organik ekstraktları ön plana çıkmaktadır. Ancak, son yıllarda araştırmacılar, mikroorganizmalarla mücadelede; daha spesifik ve daha etkili yeni bir antimikrobiyal grubu olan doğal polipeptitler (AMP'ler) üzerine odaklanmıştır. Bu tez çalışmasında,  Aspergillus cinsine ait LC3 izolatından ekstraselüler proteinlerin izolasyonu yapılarak, Staphylococcus aureus (ATCC 25923) ve Metisilin dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) patojenlerine karşı antimikrobiyal etkinliği test edilmiştir. Antimikrobiyal aktivitenin protein kaynaklı olduğu tripsin/proteinaz K testi ile belirlenmiş ve bu proteinin jel kapatma testi ile 11 kDa'luk bir protein olduğu saptanmıştır. Ardından saflaştırılan bu proteinin S. aureus'a karşı minimum inhibisyon konsantrasyon (MIC) değeri 8 µg/ µl, MRSA'ya karşı ise 32 µg/ µl olarak belirlemiş ve AMP molekülü olduğu doğrulanmıştır. LC3 izolatı yapılan ITS sekans analizi sonucu Aspergillus niger olarak tanımlanmış ve MK332597 erişim numarası ile GenBank'a kaydedilmiştir. Sonuç olarak saflaştırılan AMP molekülünün, S. aureus'dan kaynaklı enfeksiyonlarda kullanılabilecek potansiyele sahip olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
Bacteria, fungi, viruses and parasites developed or have developed resistance to the most potent antibiotics available used.  Parallel to this, increases in against antimicrobial drug resistant infections are now reported. Therefore, the discovery of new antimicrobial agents has become compulsory and at the same time a situation that should be continuous. As antimicrobial agents; secondary metabolites of various microorganisms and organic extracts of some plants come to the fore. However, in the last decade, researchers have been in the combat against microorganisms; more specifically and more effectively focused on natural peptides (AMPs), a new antimicrobial group. In this thesis, the extracellular proteins were isolated from isolate LC3 beloning to Aspergillus and then tested for antimicrobial activity against Staphylococcus aureus (ATCC 25923) and Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Antimicrobial activity was determined by the trypsin / proteinase K test, which was protein-related to, and it was determined that this protein was a protein of 11 kDa by gel overlay assay. Then minimum inhibiyory concentration of purified AMP molecules against S. aureus and MRSA was 8 µg/µl and 32 µg/µl, respectively and the AMP molecule was confirmed. ITS sequence analysis showed that LC3 isolate was identified as Aspergillus niger and recorded in GenBank with access number MK332597. As a result, the purified AMP molecule has the potential to be used in infections caused by S. aureus.