Hematolojik malignitelerde mitokondriyal polimorfizmlerin araştırılması
The investigation of mitochondrial polymorphisms on hemetologic malignities
Yazar: NESLİHAN DÜZKALE
Danışman: DOÇ. DR. ABDULGANİ TATAR
Atatürk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2012
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: DNA-mitokondrial = DNA-mitochondrial ; Genler = Genes ; Lösemi = Leukemia ; Mitokondriler = Mitochondria ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Bu çalışmanın amacı; hematolojik malignite tanısı almış olan hastalarda, muhtemel mtDNA polimorfizmlerinin varlığının araştırılarak, bu kanser türüne olan yatkınlıktaki mevcut öneminin belirlenmesidir.Bu çalışma Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı ve Hematoloji Anabilim Dalı'nın ortak çalışması ile gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmaya hematolojik malignite tanısı almış 80 hasta ve kontrol grubu olarak 80 sağlıklı birey olmak üzere toplam 160 kişi dahil edilmiş ve mitokondriyal genomun 6 bölgesine ait 13 tek nükleotid polimorfizmi (single nucleotide polymorphism; SNP) araştırılmıştır. Bu hastaların kanlarından mtDNA izolasyonu yapılarak mtDNA polimorfizmleri incelenmesi PCR-RFLP yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Verilerin değerlendirilmesinde, hastalık tipi ile mtDNA polimorfizm sonuçları ki-kare ile test edilip, istatistiksel önemlilik düzeyi p< 0,05 alınmıştır. Çalışmamızda değerlendirilen SNP'ler ve bulundukları gen bölgeleri: Sitokrom b-15315 (C>T), NADH dehidrojenaz subunit 5- 13704 (C>T), 12S rRNA -740 (G>A), 12S rRNA -680 (T>C), Sitokrom c oksidaz I- 7319 (T>C), Sitokrom c oksidaz I- 7444 (G/A), Sitokrom c oksidaz II- 7660 (G>A), Sitokrom c oksidaz II- 7975 (A>G), tRNAlizin- 8310 (T>C), Sitokrom c oksidaz II- 8014 (A>G, A>T), Sitokrom c oksidaz II- 8252 (C>G, C>T), Sitokrom c oksidaz II- 8113 (C>A) ve Sitokrom c oksidaz II- 8152 (G>A) şeklindedir.12 hastada ND5- 13704 bölgesinde polimorfik yapı tespit edilmiş olup, bu bölgenin polimorfizmleri hasta grubunda, kontrollere göre istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p= 0.001). Sitokrom c oksidaz II- 8252 bölgesinde hasta ve kontrol grubunun her ikisinde de polimorfizm ve heteroplazmik polimorfizmlere rastlanmış fakat bu bölgedeki polimorfizmleri istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır (p= 0,895).Tüm bu bulgular baz alındığında mtDNA ND5- 13704 (C>T) polimorfizminin hematolojik malignitelere olan yatkınlıkta potansiyel bir risk markırı olabileceğini düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Mitokondriyal DNA polimorfizmi, NADH dehidrojenaz 5, hematolojik maligniteler, PCR-RFLP

Abstract:
The aim of this study was to investigate possible polymorphisms of mitochondrial DNA in the patients diagnosed as hematologic malignancy and to determine the importance of this polymorphisms on tendency to these malignancies.This study was carried out between Hematology Department and Medical Genetics Departments of Medical Faculty of Atatürk University. Totally 160 subjects; 80 patients diagnosed as hematologic malignancy and 80 healthy control group were recruited in this study and 13 SNPs on 6 regions of the mitochondrial DNA were studied. Mitochondrial DNA isolation was performed from these subjects blood and polymorphisms were identified by the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis. Chi-square test was used for the evaluation the mtDNA polymorphism and the disease type. The statistical significant level was accepted as p<0,05.SNPs studied and their gene locations: cytochrome b-15315 (C>T), NADH dehydrogenase subunit 5- 13704 (C>T), 12S rRNA -740 (G>A), 12S rRNA -680 (T>C), cytochrome c oxidase I- 7319 (T>C), cytochrome c oxidase I- 7444 (G>A), cytochrome c oxidase II- 7660 (G>A), cytochrome c oxidase II- 7975 (A>G), tRNAlysine- 8310 (T>C), cytochrome c oxidase II- 8014 (A>G, A>T), cytochrome c oxidase II- 8252 (C>G, C>T), cytochrome c oxidase II- 8113 (C>A) ve cytochrome c oxidase II- 8152 (G>A).Polymorphisms were identified in the region of ND5- 13704 in 12 patients and these polymorhisms were statistically significant when compared to control group (p= 0.001). Polymorphisms and heterozigot polymorphisms were identified in both patient and control groups in the cytochrome c oxidase II- 8252 region but these polymorphisms were not evaluated as statistically significant (p= 0.895).Based on these findings, we propose which mtDNA 13704 polymorphism may be a potential risk marker towards hematologic malignancies susceptibility.Key Words: Mitochondrial DNA polymorphism, NADH dehydrogenase 5, hematologic malignancy, PCR-RFLP