Laktasyondaki ineklerde sütte bulunan bazı miRNA'ların somatik hücre sayısı ve süt kalitesi ile ilişkisi
Relationship of some miRNAs in milk with somatic cell count and milk quality in lactating cows
Yazar: FATMA ÇAĞLA GÜZEL
Danışman: DOÇ. DR. HÜSEYİN ÖZKAN
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
Bu tez çalışmasında, Kayseri İl'inde bulunan özel bir işletmeden orta laktasyon döneminde olan Holştayn ırkı ineklerde sütteki temel kalite parametrelerinin (protein, laktoz, yağ, yağsız kuru madde (YKM), pH, elektrik iletkenliği ve donma noktası) yanı sıra miR-27a-3p, miR-29B-2, miR-142-5p ve miR-148a'nın aktiviteleri somatik hücre sayısına (SHS) bağlı olarak değişimleri ve bunların temel süt kalite parametreleri ile olan ilişkileri araştırılmıştır. 
Güncel çalışmalarda yaygın olarak kullanılan, kodlama yapmayan RNA molekülleri olan miRNA'lar süt verimi ve meme sağlığı ile ilişkilendirilmektedir. Bu çalışmanın hayvan materyalini oluşturan süt örnekleri Kaliforniya Mastitis Test (CMT) ve SHS sonuçlarına göre gruplandırılmış ve örneklerle düşük SHS (DSHS) ve yüksek SHS (YSHS) olmak üzere iki grup oluşturulmuştur. Gruplarda protein, laktoz, yağ, YKM, pH ve donma noktası parametrelerinin benzer seviyelerde olduğu, elektrik iletkenliğinin YSHS grubunda daha yüksek olduğu belirlenmiştir (P<0.001). YSHS grubundaki örneklerde miR-27a-3p ve miR-29B-2 seviyelerinin DSHS grubuna kıyasla yaklaşık 3 kat fazla ifade edildiği tespit edilmiştir (P<0.05). Gruplardaki miR-142-5p ekspresyon seviyeleri benzer bulunurken, miR-148a seviyelerinin YSHS grubunda DSHS grubuna kıyasla 6 kattan fazla upregüle olduğu tespit edilmiştir (P<0.05).Yapılan korelasyon analizlerinde miR-27a-3p ile miR-29B-2 (r: 0.583; P<0.001), miR-148a (r: 0.629; P<0.001) ve elektrik iletkenliği (r:0.316; P<0.05) parametreleri arasında pozitif korelasyon tespit edilmiştir. miR-29B-2 ve miR-148a (r: 0.605; P<0.001), SHS (r: 0.366; P<0.05), yağ (r: 0.319; P<0.05) ve elektrik iletkenliği (r: 0.390; P<0.05) parametreleri arasında pozitif korelasyon olduğu belirlenmiştir. Ayrıca miR-142-5p'nin süt proteini ile negatif korele olduğu (r: -0.311; P<0.05), miR-148a ile SHS'nin ise pozitif korele olduğu tespit edilmiştir (r: 0.441; P<0.01). 
Yapılan bu çalışmada, gruplar arasındaki kat değişimleri ve parametreler arasındaki korelasyon bulguları ile miR-27a-3p, miR29B-2 ve miR148a'nın süt kalitesinin ve meme sağlığının tespitinde biyobelirteç olabilme potansiyellerinin olduğu anlaşılmıştır. Bununla birlikte miR-142-5p'nin SHS ve süt kalitesi ile ilişkisinin daha iyi anlaşılması için SHS aralığının daha geniş tutulacağı yeni çalışmalara ihtiyaç olduğu değerlendirilmiştir.

Abstract:
In this thesis, changes in basic milk quality parameters (protein, lactose, fat, fat-free dry matter (FFDM), pH, electrical conductivity and freezing point) as well as activities of miR-27a-3p, miR-29B-2, miR-142-5p and miR-148a depending on somatic cell count (SCC) and their relationships with basic milk quality parameters were investigated in Holstein cows in the mid-lactation period from a private farm in Kayseri Province.
miRNAs, which are non-coding RNA molecules, have been widely used in studies and are associated with milk yield and udder health. Milk samples constituting the animal material of the study were grouped according to the California Mastitis Test (CMT) and SCC results, and two groups were formed from the samples as low SCC (LSCC) and high SCC (HSCC). It was determined that protein, lactose, fat, FFDM, pH and freezing point parameters were at similar levels in the groups, and electrical conductivity was higher in the HSCC group (P<0.001). It was determined that miR-27a-3p and miR-29B-2 levels were approximately 3 times more expressed in the samples from the HSCC group compared to the LSCC group (P<0.05). It was determined that protein, lactose, fat, FFDM, pH and freezing point parameters were at similar levels in the groups, and electrical conductivity was higher in the HSCC group (P<0.001). It was found that miR-27a-3p and miR-29B-2 levels were expressed approximately 3-fold in the samples from the HSCC group compared to the LSCC group (P<0.05). While miR-142-5p expression levels were similar in the groups, miR-148a levels were found to be more than 6-fold upregulated in the HSCC group compared to the LSCC group (P<0.05). In the correlation analyses, a positive correlation was found between miR-27a-3p and miR-29B-2 (r: 0.583; P<0.001), miR-148a (r: 0629; P<0.001) and electrical conductivity (r: 0.316; P<0.05) parameters. It was determined that there was a positive correlation between miR-29B-2 and miR-148a (r: 0.605; P<0.001), SCC (r: 0.366; P<0.05), fat (r: 0.319; P<0.05) and electrical conductivity (r: 0.390; P<0.05) parameters. In addition, miR-142-5p was negatively correlated with milk protein (r: -0.311; P<0.05), and miR-148a was positively correlated with SCC (r: 0.441; P<0.01). 
In this study, fold changes between groups and correlation findings between parameters showed that miR-27a-3p, miR29B-2 and miR148a have the potential to be biomarkers in determining milk quality and udder health. However, it was evaluated that new studies with a wider SCC range are needed to better understand the relationship between miR-142-5p and SCC and milk quality.