Palandöken dağından alınan rizosferik ve non-rizosferik toprak örneklerinde soğuğa adapte PGPR/PGPB türlerinin araştırılması
Investigation of cold-adapted PGPR/PGPB species in rhizospheric and non-rhiospheric soil samples from Palandöken mountain
Yazar: EMRAH SATICI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET KARADAYI
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bitki büyüme düzenleyicileri = Plant growth regulators ; Erzurum-Palandöken = Erzurum-Palandöken ; Mikroorganizmalar = Microorganisms ; Rizosfer = Rhizosphere ; Toprak = Soil

Özet:
Amaç: Bu çalışmada Erzurum Palandöken dağının belirli lokasyonlarından alınan rizosferik ve non-rizosferik toprak numunelerinin aseptik koşullarda laboratuvar ortamına taşınmaları, bu numunelerden elde edilen bakteriyel izolatların seçilerek saflaştırılması ve bunlar arasından azot fiksasyonu, fosfat çözme ve IAA üretme bakımından PGPR özellik gösteren bakterilerin konvansiyonel yöntemler kullanılarak yerel bir kültür koleksiyonunun hazırlanması amaçlanmıştır.
Yöntem: Bu çalışmada aktif izolatların tanılamasında klasik mikroskobik incelemeler ve moleküler teknikler kullanılmıştır. İzolatların moleküler identifikasyonu evrensel 16S rRNA gen bölgesine spesifik primerlerinin kullanıldığı PCR uygulaması, amplikonların sekans analizleri ve NCBI veri tabanında BLAST analizi uygulanmıştır. 
Bulgular: Çalışma sonucunda 321 soğuğa adapte bakteri izolatı elde edilmiş ve bunlar içerisinden azot bağlama, fosfat çözme, IAA ve siderofor üretme özelliklerinden en az bir tanesini gösteren 21 aktif izolat seçilmiştir. Moleküler tanı verileri bu izolatların Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Enterococcus, Exiguobacterium ve Rhizobium cinslerine ait olduğunu ortaya koymuştur.
Sonuç: Tez çalışması sonucunda soğuk ekosistemlerde doğal yollarla bitki büyümesini teşvik için geliştirilecek preparatların hazırlanabileceği 21 aktif PGPR/PGPB izolatının yerli bir kültür koleksiyonu oluşturulmuştur.

Abstract:
Purpose: In this study, rhizospheric and non-rhizospheric soil samples taken from choosen locations of Erzurum Palandöken Mountain were transported to the laboratory environment under aseptic conditions, the bacterial isolates obtained from these samples were selectively purified and bacteria showing PGPR properties in terms of nitrogen fixation, phosphate dissolution and IAA production were analyzed locally using conventional methods. It is aimed to prepare a cultural collection.
Method: In this study, classical microscopic examinations and molecular techniques were used for the identification of active isolates. Molecular identification of isolates, PCR application using universal 16S rRNA gene region specific primers, sequence analysis of amplicons and BLAST analysis in NCBI database were applied.
Findings: As a result of the study, 321 cold-adapted bacterial isolates were obtained and 21 active isolates showing at least one of the properties of nitrogen binding, phosphate dissolving, IAA and siderophore production were selected. Molecular diagnostic data revealed that these isolates belonged to Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Enterococcus, Exiguobacterium and Rhizobium genera. 
Results: As a result of the thesis study, a native culture collection of 21 active PGPR/PGPB isolates was created, in which preparations to be developed to promote plant growth naturally in cold ecosystems can be prepared.