Elazığ yöresinde pulmoner ve ekstrapulmoner tüberküloz hastalarında CCl1 ve P2x7 gen polimorfizmlerinin araştırılması
The investigation of CCl1 and P2x7 genes polymorphism pulmoner and extrapulmoner tuberculosis patients in Elaziğ region
Yazar: FETHİ AHMET ÖZDEMİR
Danışman: DOÇ. DR. VAHİT KONAR
Fırat Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Tüberküloz, dünya genelinde ölüme neden olan; latent, pulmoner ve ekstrapulmoner tüberküloz olarak farklı klinik formlarla tanımlanan bir hastalıktır. İnsanların %90'ı Mycobacterium tuberculosis ile enfekte olup, Mycobacterium tuberculosis latent durumdadır. Latent enfeksiyonlar da hastalık semptomları görülmemekte ve bağışıklık sistemi ile basile cevap verilmektedir.Tüberküloza yakalanmada konağın genetik yapısının etkili olduğunu birçok kanıt göstermektedir. Aday genler ile ilgili çalışmalar, genlerdeki polimorfizmlerin tüberkülozun gelişmesinde etkili olabileceğini ortaya koymaktadır. Bu çalışmada tüberküloz ile ilgili olduğu bilinen CCL1 genindeki rs159294 T/A ve P2X7 genindeki A1513C polimorfizmlerinin tüberküloz etyopatogenezindeki rolünün aydınlatılması hedeflenmiştir.Çalışmamız da Elazığ ili yöresinde Fırat Üniversitesi tıp fakültesi göğüs hastalıkları polikliniğine başvuran, tüberküloz teşhisi konmuş 160 hasta ve 160 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubuna ait kişilerden periferal kan örnekleri alınarak EDTA içeren tüplere, 2 cc olacak şekilde konuldu. Bu kan örneklerinden DNA izolasyonu gerçekleştirildi. CCL1 rs159294 T/A ve P2X7 A1513C polimorfizmi PCR- RFLP analizi yapılarak belirlendi.CCL1 rs159294 T/A polimorfizmi için 160 tüberkülozlu hastanın 98'inde (%61.25) TT genotipi, 58'inde (%36.25) TA genotipi, 4'ünde de (%2.5) AA genotipi, 71 pulmoner tüberkülozlu hastanın 50'sinde (%70.42) TT genotipi, 20'sinde (%28.16) TA genotipi, 1'inde de (%1.40) AA genotipi, 89 ekstrapulmoner tüberkülozlu hastanın 48'inde (%53.93) TT genotipi, 38'inde (%42.69) TA genotipi, 3'ünde de (%3.37) AA genotipi tespit edildi. Kontrol grubunda ise 160 sağlıklı bireyin 100'ünde (%62.50) TT genotipi, 58'inde (%36.25) TA genotipi, 2'sinde de (%1.25) AA genotipi belirlenmiş olup istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık saptanamamıştır. P2X7 A1513C polimorfizmi için 160 tüberkülozlu hastanın 91'inde (%56.87) AA genotipi, 52'sinde (%32.5) AC genotipi, 17'sinde de (%10.62) CC genotipi, 71 pulmoner tüberkülozlu hastanın 44'ünde (%61.97) AA genotipi, 18'inde (%25.35) AC genotipi, 9'unda da (%12.67) CC genotipi, 89 ekstrapulmoner tüberkülozlu hastanın 47'sinde (%52.80) AA genotipi, 34'ünde (%38.20) AC genotipi, 8'inde de (%8.98) CC genotipi, kontrol grubunda ise 160 sağlıklı bireyin 76'sında (%47.50) AA genotipi, 63'ünde (%39.37) AC genotipi, 21'inde de (%13.12) CC genotipi belirlenmiş olup istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır.Sonuç olarak CCL1 rs159294 T/A polimorfizmi ile P2X7 A1513C polimorfizmi, Elazığ ili yöresi populasyonun da tüberküloz hastalığına yatkınlık oluşturmamaktadır.Anahtar Kelimeler: Tüberküloz, CCL1, P2X7, Polimorfizm

Abstract:
Tuberculosis, a leading cause of death worldwide, is characterized by different clinical forms including latent, localized pulmonary infection and extrapulmonary tuberculosis. %90 of people infected with Mycobacterium tuberculosis have latent infection with no symptoms and an immune response that contains the bacilli.Several evidence suggest that host genetics influences susceptibility to tuberculosis. Candidate gene association studies have implicated common polymophisms in genes that may influence the development of tuberculosis. In this study, we aimed to elucidate the role of CCL1 gene in rs159294 polymorphism and P2X7 gene in A1513C polymorphism the etiopathogenesis of tuberculosis.In our study 2 cc peripheral blood samples from 160 tuberculosis disease and 160 healty controls who consulted to department of bosoms disease where Fırat university medicine school in Elazığ region. Bosoms disease department were collected into EDTA anticoagulated tubes and DNA was extracted. rs159294 T/A polymorphism in CCL1 gene and A1513C polymorphism in P2X7 gene was analyzed with PCR- RFLP method.The rates of TT, TA and AA genotypes CCL1 rs159294 T/A polymorphism in 160 tuberculosis disease were calculated as 98 in 160 (%61.25) TT genotypes, 58 in 160 (%36.25) TA genotypes, 4 in 160 (%2.5) AA genotypes, The rates of TT, TA and AA genotypes 71 pulmonary tuberculosis disease were calculated as 50 in 71 (%70.42) TT genotypes, 20 in 71 (%28.16) TA genotypes, 1 in 71 (%1.40) AA genotypes, The rates of TT, TA and AA genotypes 89 extrapulmonary tuberculosis disease were calculated as 48 in 89 (%53.93) TT genotypes, 38 in 89 (%42.69) TA genotypes, 3 in 89 (%3.37) AA genotypes, The rates of TT, TA and AA genotypes 160 control groups were calculated as 100 in 160 (%62.50) TT genotypes, 58 in 160 (%36.25) TA genotypes, 2 in 160 (%1.25) AA genotypes. There were no statistically significant differences between the patient and control groups with regard to genotypes and allel frequencies.The rates of AA, AC and CC genotypes P2X7 A1513C polymorphism in 160 tuberculosis disease were calculated as 91 in 160 (%56.87) AA genotypes, 52 in 160 (%32.50) AC genotypes, 17 in 160 (%10.62) CC genotypes, The rates of AA, AC and CC genotypes 71 pulmonary tuberculosis disease were calculated as 44 in 71 (%61.97) AA genotypes, 18 in 71 (%25.35) AC genotypes, 9 in 71 (%12.67) CC genotypes, The rates of AA, AC and CC genotypes, 89 extrapulmonary tuberculosis disease were calculated as 47 in 89 (%52.80) AA genotypes, 34 in 89 (%38.20) AC genotypes, 8 in 89 (%8.98) CC genotypes, The rates of AA, AC and CC genotypes 160 control groups were calculated as 76 in 160 (%47.50) AA genotypes, 63 in 160 (%39.37) AC genotypes, 21 in 160 (%13.12) CC genotypes. There were no statistically significant differences between the patient and control groups with regard to genotypes and allel frequencies.In conclusion, according to our data the rs159294 polymorphism of CCL1 gene and A1513C polymorphism of P2X7 gene don?t constitute any susceptibility for tuberculosis disease in Elazığ region population.Key words: Tuberculosis, CCL1, P2X7, Polymorphism