Karbapenem dirençli acinetobacter SPP. kökenlerinde direnç genlerinin polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle araştırılması
Investigation of resistance genes in carbapenem resistant acinetobacter SPP. strains by polymerase chain reaction
Yazar: AYDAN AYDIN HİZEL
Danışman: PROF. DR. METE EYİGÖR
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Genler = Genes ; Karbapenemler = Carbapenems ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Acinetobacter spp. çoklu antimikrobiyal direnç gösterebilen ve hastaneden kazanılmış enfeksiyonlarda önemli olan bir patojendir. Çoklu ilaca dirençli Acinetobacter spp. suşlarının tedavisinde karbapenemler önemli bir seçenektir. Çalışmamızda, karbapenem dirençli Acinetobacter spp. suşlarında karbapenem direncine neden olan genlerin PCR yöntemiyle araştırma amaçlanmıştır.
Yöntem: Özel Antalya Medical Park Hastane Kompleksinde Merkez Laboratuvarı Mikrobiyoloji bölümünde değerlendirilen kültür sonuçlarında üremesi olan izolatlar Vitek 2 (Biomerioux) otomatize sistemde karbapenem dirençli Acinetobacter baumanni olarak tanımlanan, 48 adet köken çalışmaya dahil edildi. İmipenem ve meropenem direnci için ayrıca E-test yapıldı ve MİK değerleri belirlendi. Örnekler    -20°C'de saklandı. DNA eksraksiyonu kaynatma yöntemi ile yapıldı. In-house PCR yöntemi ile karbapenem direnç genleri araştırıldı.
Bulgular: Hastaların 16 sı kadın (% 33,3), 32 si erkektir (% 66,7). Yaş ortalaması 51,83'tür. Çalışmaya dahil edilen hasta numunelerinde altı trakeal aspirat ( % 33,33), on dört kan (% 29,17), bir plevra (% 2,08), altı katater (% 10,42), üç yara yeri (%6,25), iki dren (% 4,17), iki balgam (% 4,17),) , üç idrar (% 6,25), bir bos kültürü  (%2,08) vardır. OXA- 23 ve OXA-51 genine 48 hastanın hepsi sahiptir. IsabA1 genine sahip otuz iki köken, VIM direnç genine sahip sekiz köken (% 16,6) ,OXA-58 genine sahip iki köken (% 4,16), GIM genine sahip iki köken (% 4,16), SIM genine sahip iki köken (% 4,16) tespit edilmiştir. OXA-24, NDM-1, SPM-1 genine sahip hiçbir köken bulunmamıştır.
Sonuç: Acinetobacter baumanni direnci giderek artmaktadır. Direncin moleküler epidemiyolojisinin saptanması gerekli izolasyon önlemlerinin kesintisiz bir şekilde uygulanması bu bakterinin sebep olduğu enfekesiyonların önlenmesinde etkili olur. Her hastanenin direnç profili değişiklik gösterdiğinden benzer çalışmaların ülke çapında yapılması faydalı olacaktır.

Abstract:
Objective: Acinetobacter spp. is an important pathogen for hospital acquired infection known for its resistance for multiple antimicrobial agents. Carbapenem is an important option in the treatment of infection caused by multidrug resistant Acinetobacter spp. In our study, genes causing carbapenem resistance of Acinetobacter spp. strains were investigated by a PCR method.
Method: The isolates with culture results evaluated in Microbiology Department of Private Antalya Medical Park Hospital Complex Central Laboratory were included in 48 Vitek 2 (Biomerioux) automated system identified as carbapenem resistant Acinetobacter baumanni.E-test was also performed for imipenem and meropenem resistance and MIC values were determined. Samples were stored at -20°C. DNA extraction was performed by boiling. Carbapenem resistance genes were investigated by in-house PCR method.
Results: Sixteen patients were female (33.3%) and 32 were male (66.7%). The mean age is 51.83 years. Six tracheal aspirate (33.33%), fourteen blood (29.17%), one pleura (2.08%), six catheter (10.42%), three wound (6.25%), two drain (4.17%), two sputum (4.17%), three urine (6.25%), one CSF culture (2.08%) were included in the study. All 48 patients had the OXA-23 and OXA-51 genes. Thirty-two strains had ISAbA1 gene, 8 strains had VIM resistance gene (16.6%), two strains had OXA-58 gene (4.16%), two strains had GIM gene (4.16%), two strains had SIM gene (4.16%). OXA-24, NDM-1, and SPM-1 genes were not found im any strain.
Conclusion: Acinetobacter baumanni resistance is gradually increasing. Continuous application of isolation measures required to determine the molecular epidemiology of resistance is effective in preventing infections caused by this bacterium. As each hospital's resistance profile varies, it would be beneficial to conduct similar studies throughout the country.