Erzurum piyasasından toplanan kıyma örneklerindeki bazı patojenik bakterilerin Real Time PCR yöntemi ile tespiti
Detection of some pathogenic bacteria in beef samples collected from Erzurum market by Real Time PCR method
Yazar: BÜŞRA TURANOĞLU
Danışman: PROF. DR. AHMET ADIGÜZEL
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli ; Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Kıyma = Ground meat ; Listeria monocytogenes = Listeria monocytogenes ; Salmonella = Salmonella

Özet:
Amaç: Et; protein bakımından oldukça zengin olması ve bünyesinde bulundurduğu yeterli su aktivitesi gibi özellikleri sayesinde gıda kaynaklı patojenlerin üremeleri için gerekli olan ortamı sağlamaktadır. Bu tez çalışmasında, Erzurum ili merkez ilçelerinde bulunan farklı kasap ve marketlerden temin edilen 100 adet kıyma örneğinde Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7 ve Salmonella spp. patojen bakterilerinin, Real-Time PCR ile ön zenginleştirme ve DNA izolasyonu yapılmadan hızlı, güvenilir ve kolay bir şekilde tespiti amaçlanmıştır.
Yöntem: Erzuruma bağlı ilçelerdeki kasap ve marketlerden temin edilen 100 adet kıyma örneği aseptik koşullar altında laboratuvara getirilmiştir. Daha sonra getirilen bu örneklerde DNA izolasyonu yapılmadan Real-Time PCR yöntemi kullanılarak, aynı örnekte hem Listeria monocytogenes hem de Escherichia coli O157:H7 ve Salmonella spp. patojenlerinin varlığı ve miktarı belirlenmiştir.
Bulgular: Standart patojen bakterilerin Ct değerlerine ait lineer-regresyon grafikleri çizilmiştir. Real-Time PCR analizi sonucu elde edilen kıyma örneklerinin Ct değerleri, standart grafiklerin doğru denklemlerinde yerine konularak, örneklerdeki patojen bakteri miktarları belirlenmiştir. Toplanan 100 adet kıyma örneğinin %45'inde Listeria monocytogenes, %30'unda Escherichia coli O157:H7 ve %29'unda Salmonella spp. patojenlerinin olduğu tespit edilmiştir.
Sonuç: Patojen bakterileri tespit etmek için kullanılan Real-Time PCR metodunun, geleneksel yöntemlere göre daha spesifik, hızlı ve güvenilir olduğu saptanmıştır. Ayrıca, ön zenginleştirme ve DNA izolasyonu yapılmadan da daha az maliyet, daha kısa zaman ve en aza indirilmiş iş yükü ile gıdalar üzerinde gelişen patojen bakterilerin hassas bir şekilde tespit edilebileceği gözlemlenmiştir.

Anahtar Kelimeler: kıyma, Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7, Salmonella spp., Real-Time PCR

Abstract:
Purpose: Meat provides the necessary environment for the growing of foodborne pathogens thanks to its features such as being quite rich in terms of protein and sufficient water activity it contains. In this thesis study, determination of pathogenic bacteria Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7 and Salmonella spp. was aimed by Real-Time PCR without pre-enrichment and DNA isolation in a fast, reliable and easy way.  
Method: 100 minced meat samples obtained from butchers and markets in districts of Erzurum province were brought to the laboratory under aseptic conditions. In these samples, existence and amount of pathogens of Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7 and Salmonella spp. were simultaneously determined by Real-Time PCR method without DNA isolation.
Findings: Linear regression graphs of Ct values of standard pathogenic bacteria were created. The Ct values of minced meat samples obtained as a result of Real-Time PCR analysis were substituted in the straight lines of the standard graphics and the amounts of pathogenic bacteria in the samples were detected. The presence of Listeria monocytogenes at 45%, Escherichia coli O157:H7 at 30% and Salmonella spp. pathogens at 29% of the collected 100 minced meat samples was determined.
Results: Real-Time PCR method used to detect pathogenic bacteria was found to be more specific, fast and reliable than conventional methods. In addition, it was observed that pathogenic bacteria growing on foods can be detected sensitively with less cost, shorter amount of time and minimized workload without pre-enrichment and DNA isolation.

Keywords: beef, Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7, Salmonella spp., Real-Time PCR