Tavuklarda nekrotik enteritis infeksiyonlarında bağırsak mikrobiyomu ve tedavi alternatiflerinin karşılaştırılması
Intestinal microbiom in necrotic enteritis infection of broiler and comparison of treatment alternatives
Yazar: ÖZGE YILMAZ ÇAĞIRGAN
Danışman: PROF. DR. KADİR SERDAR DİKER
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterit = Enteritis ; Gastrointestinal mikrobiyom = Gastrointestinal microbiome ; Kümes hayvanları hastalıkları = Poultry diseases ; Tavuklar = Chickens ; Tavukçuluk işletmeleri = Poultry enterprises ; Tedavi = Treatment ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Amaç: Bu çalışma tavuklarda bağırsak mikrobiyomunun belirlenmesi, Nekrotik Enteritis olgularında Bacillus velezensis'in bağırsak mikrobiyomu ve iyileşme üzerindeki etkisinin belirlenerek yapılan bu tedavinin antibiyotik tedavisi ile karşılaştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmada 16'şar tavuktan oluşan beş farklı grup kullanıldı. İlk grup deneme başlangıcındaki 1 günlük civcivlerden oluşan deneme başlangıcı (DB) grubu, ikinci grup deneme sonuna kadar yetiştirilen deneme sonrası kontrol grubu (DS), üçüncü grup C. perfringens verilen grup (NE), dördüncü grup C. perfringens + B. velezensis verilen grup (BV), beşinci grup ise C. perfringens + amoksisilin verilen grup (AB) olarak belirlendi. Deneysel enfeksiyonu takiben tüm gruplara servikal dislokasyon yoluyla ötenazi yapıldı. Alınan sekum içeriğinden 16S rRNA geni sekanslanarak metagenomik analize tabi tutuldu. Elde edilen verilere istatistiksel analiz yapıldı.
Bulgular: Ötenazi sonrası yapılan makroskobik incelemede yalnızca C. perfringens verilen NE grubunda bulunan tavukların bağırsaklarında patolojik değişiklikler olduğu görüldü. Bağırsakların şişkin olduğu, mukozasının ise hafif kanamalı olduğu gözlemlendi. Deneme başlangıcı grubu (DB), deneme sonrası kontrol grubu (DS), C. perfringens + B. velezensis verilen grup (BV) ve C. perfringens + amoksisilin verilen grup (AB) için makroskobik bulguya rastlanmadı. Mikrobiyom analizi sonucunda NE grubu mikrobiyom zenginliğinin azaldığı, normal hayvanların mikrobiyomuna en yakın mikrobiyomun BV grubuna ait olduğu, bunu AB grubunun izlediği görüldü.
Sonuç: Bu çalışmada nekrotik enteritisin mikrobiyom üzerindeki olumsuz etkisinin azaltılması için B. velezensis'in profilaktik antibiyotik kullanımına alternatif olabileceği sonucuna varıldı.
Anahtar Kelimeler: B. velezensis, Mikrobiyom, Deneysel İnfeksiyon, Broyler

Abstract:
Objective: The aim of this study is to determine the intestinal microbiome of chickens and to compare the effect of B. velezensis on intestinal microbiota and healing in cases of Necrotic Enteritis to antibiotic treatment.
Materials and Methods: The study used five different groups of 16 chickens. The first group is the start-of-challenge (DB) group, which consists of 1-day-old chicks; the second group is the post-challenge control group (DS), which is reared until the end of the challenge; the third group is C. perfringens (NE) group; the fourth group is C. perfringens + B. velezensis (BV) group; and the fifth group is C. perfringens+ amoxicillin (AB) group. All groups were euthanized by cervical dislocation after the experimental infection. Following extraction, feces samples from the cecum were subjected to 16S rRNA gene-based metagenomic analysis. The collected data was statistically analyzed.
Results: Pathological changes in the intestines of the chickens in the NE group given only C. perfringens were observed in the macroscopic examination performed after euthanasia. The intestines were found to be swollen and the mucosa to be slightly bleeding. There were no macroscopic findings in the start-of-challenge (DB), post-challenge control group (DS), C. perfringens + B. velezensis group (BV), or C. perfringens + amoxicillin group (AB). The abundance of the NE group microbiome dropped as a result of microbiome analysis; the microbiome that was closest to the microbiome of normal animals belonged to the BV group, followed by the AB group.
Conclusion: It was concluded in this study that B. velezensis could be used instead of prophylactic antibiotics to reduce the negative effects of necrotic enteritis on the microbiome.
Keywords: B. velezensis, Microbiome, Challenge, Broiler