Çukurova bölgesindeki klinik örneklerde tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) tür dağılımı ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Determination of distribution and antibiotic susceptibility of nontuberculous mycobacteria (NTM) species in clinical samples from the cukurova region
Yazar: FARHAD KOHANSAL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Agar = Agar ; DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; Mycobacterium = Mycobacterium ; Çukurova bölgesi = Çukurova region ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlar = Drugs ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Dünyada tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM), özellikle immün sistemi zayıflamış kişilerde çevreden doğrudan bulaş yolu ile veya kolonizasyon sonucu ciddi enfeksiyonlara sebep olan mikroorganizmalardır. TDM'ler Mycobacterium tuberculosis kompleksinden ayrımındaki zorluklar sebebi ile yanlış tanı ve tedavilere yol açmaktadırlar. Son yıllarda AIDS gibi immun sistemi zayıflatan hastalıkların insidansındaki artış ile TDM enfeksiyonlarının önemini giderek artırmaktadır.
Yapılan çalışmalarda şimdiye kadar tanımlanmış olan 140'dan fazla TDM türünden en az 25'i hastalık etkeni olduğu, geri kalanının çevresel olduğu ve nadiren klinik örneklerden izole edildiği bildirilmiştir. Bu mikroorganizmaların üretilmesi ve fenotipik açıdan tür ayrımının yapılması oldukça zor ve zaman alıcıdır. Bu sebeple, günümüzde TDM'lerin tür ayrımında revers hibridizasyon, PCR-RFLP, DNA dizi analizi gibi moleküler yöntemler önem kazanmışlardır. Ancak, mikobakteri türleri arasında genetik yapıdaki büyük benzerlik, her geçen gün yeni bir türün keşfedilmesi ve tür içinde alt türlerin tanımlanması gibi sebepler moleküler tanıyı da büyük oranda sınırlandırmaktadır. Son çalışmalar atipik mikobakterilerin iyi korunmuş olan Hsp65, 16S rRNA ve 16S–23S rRNA gen bölgelerinin dizi analizinin tür tanımlanmasında fenotipik testlerden daha duyarlı olduğunu göstermiştir. Bütün mikobakterilerde mevcut olan hsp65 geni 16S rRNA'ya göre daha değişken yapıya sahip olduğu için genetik olarak yakın olan türlerin tanımlanmasında daha kullanışlıdır.
Bu çalışmanın amacı Çukurova bölgesindeki TDM tür dağılımı ve antibiyotik duyarlılıkları belirlemek, ayrıca, kullanılan yöntemlerin avantaj ve dezavantajları da irdelemektir.
Bu araştırmada Kasım 2012 – Eylül 2014 tarihlerinde Adana ve çevre illerde pulmoner tüberküloz klinik tanısı almış ve/veya şüpheli temas öyküsü olan kişilerden alınan ve M. tuberculosis tanısı için değerlendirilmek üzere ÇÜ THAUM ve Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen 21918 klinik örnekten izole edilen 96 TDM suşu spesifik hsp65 gen bölgesini hedef alan DNA dizi analizi yöntemi ile tür düzeyinde tanımlandı. Klinik izolatların antibiyotik duyarlılıkları Löwenstein Jensen - Agar Proporsiyon Duyarlılık (LJ-APD) testi ile araştırılıldı.
Bölgemizde en sık izole edilen TDM türünün % 24,7 ile M. abscessus (23/93) olduğu, TDM suşlarında en çok antimikrobiyal direncin % 17,2 ile Doxycycline ve Moxifloxacin'e (her ikisinde de 16/93) karşı geliştiği görülmüşken, en az direnç oranı Clarithromycin için % 5,4 (5/93) olarak bulundu.
Sonuç olarak, incelenen bol miktarda örnek sayısı da göz önüne alındığında, Çukurova bölgesindeki TDM tür dağılımı ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesinin yanında, bölgede bilinen türlerin toplum içerisindeki hareketleri de izlenmiş oldu.

Abstract:
Nontuberculous mycobacteria (NTM) cause serious infections especially in immunosuppressed patients by direct transmission from the environment or after colonization aruond the world. Difficulties in identification of these species from Mycobacterium tuberculosis complex may lead false diagnosis and treatments. In recent years, increased incidence of immunosuppressing diseases as Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) have further increased the prevalence and importance of nontuberculous mycobacteria (NTM) infections.
Of the more than 140 NTM species reported in the literature, at least 25 species have been strongly associated with NTM diseases; the remainder are environmental organisms rarely encountered in clinical samples. The culturing and phenotypic identification of these bacteria at the species level is complex and time consuming. Therefore, nowadays molecular methods such as reverse hybridization, PCR-RFLP, DNA sequence analysis have gained importance. However, reasons such as great similarity of the genetic structure and identification of novel species and subspecies highly limit molecular diagnosis as well. Recent studies have exhibited, that sequence analysis of well protected gen regions such as hsp65, 16S rRNA, 16S–23S rRNA intergenic spacer region is more sensitive than phenotypic tests fort he species identification. The hsp65 gene, which is present in all mycobacteria, is more variable than the 16S rRNA gene sequence and is therefore potentially useful for the identification of genetically related species.
The aim of this study to determine distribution and antibiotic susceptibility of TDM species in the Çukurova region. Also advantages and disadvantages of the methods will be examined.
In this study, 96 NTM strains isolated from 21918 clinical materials of patients that have pulmoner tuberculosis and/or suspected contact from Adana and the neighboring provinces have been identified to species level by DNA sequence analysis method targeting the specific hsp65 gene region in the CU THAUM and Regional Laboratory for Tuberculosis from November 2012 to September 2014. Antibiotic resistance paterns have been evaluated by Lowenstein Jensen - Agar Proportion tests.
It was observed that the most prevalent NTM isolate was M. abscessus with ratio of 24,7% (23/93), and antimicrobial resistance were frequently emerged against Doxycycline and Moxifloxacin with same ratio of 17,2% (16/93), whereas lowest resistance rate was detected against Clarithromycin as % 5,4 (5/93).
In conclusion, considering the great number of the examined samples, besides determining the distribution and antibiotic susceptibility of NTM species in the Çukurova region, the movement of the known species in the population have been also monitored.