Escherichia coli izolatlarında hızlı duyarlılık yöntemi geliştirilmesi
Development of rapid susceptibility method in Escherichia coli isolates
Yazar: MEHMET AKİF GÜN
Danışman: PROF. DR. BELMA DURUPINAR
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Yöntem geliştirme = Method developing

Özet:
Amaç: Bakterilerin etken olduğu enfeksiyonlarda erken mikrobiyolojik tanı ve antibiyotik tedavisine erken başlanması hayati öneme sahiptir. Bu çalışmada, E. coli klinik izolatlarında hızlı sonuç veren yeni bir duyarlılık yönteminin geliştirilerek antibiyotik duyarlılık test sonuçlarının kısa sürede klinisyene raporlanması sağlanması amaçlanmıştır.
Materyal ve Metot: Çalışmada 110 E. coli klinik izolatı test edilmiştir. E. coli izolatlarının duyarlılıklarının test edilmesinde EUCAST tarafından önerilen antibiyotiklerden; amoksisilin-klavulanat, sefiksim, seftriakson, ertapenem, siprofloksasin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazol ve nitrofurantoin test edilmiştir. Kalite kontrol için de E. coli ATCC25922, E. coli ATCC35218, S. aureus ATCC29213 ve E. coli 13846NTCC suşları kullanılmıştır Rereferans yöntem olarak CLSI tarafından önerilen sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılmış, MİK değerleri saptanarak EUCAST kriterlerine göre antimikrobiyal duyarlılıkları belirlenmiştir. Geliştirilen rezasurin mikroplak yöntemiyle referans mikrodilüsyon yöntemi sonuçları karşılaştırılmıştır.
Bulgular: Çalışmamızda geliştirdiğimiz rezasurin mikroplak yönteminin referans yöntemle karşılaştırılması sonucunda test edilen 8 antibiyotik için hesaplanan TU oranlarının %82,72-100, KU oranlarının ise %95,45-100 arasında değiştiği tespit edilmiştir.
Sonuç: Çalışmanın sonucunda, rezasurin mikroplak yönteminin sonuçlarınnın referans yöntem sonuçlarıyla yüksek seviyede uyumlu olduğu görülmüştür. Rezasurin mikroplak yöntemimiz, 5 saat gibi kısa süre içinde antibiyotik duyarlılıklarını saptanma olanağı sunarak, özellikle de kısıtlı imkanlara sahip hastane ve laboratuvarlar için tercih nedeni olabileceğini göstermiştir.
Anahtar Kelimeler: Escherichia coli; duyarlılık yöntemi; rezasurin mikroplak yöntemi

Abstract:
Aim: It is vital to start early microbiological diagnosis and antibiotic treatment early in infections caused by bacteria. In this study, it was aimed to develop a new sensitivity method that provides rapid results in E. coli clinical isolates and to report the antibiotic susceptibility test results to the clinician in a short time.
Material and Method: 110 E. coli clinical isolates were tested in the study. Antibiotics recommended by EUCAST for testing the sensitivity of E. coli isolates; amoxicillin-clavulanate, cefixime, ceftriaxone, ertapenem, ciprofloxacin, gentamicin, trimethoprim-sulfamethoxazole and nitrofurantoin were tested. For quality control, E. coli ATCC25922, E. coli ATCC35218, S. aureus ATCC29213 and E. coli 13846NTCC strains were used. Liquid microdilution method recommended by CLSI was used as reference method. MIC values were determined and antimicrobial susceptibilities were determined according to EUCAST criteria. The result of resazurine microplate method were compared.
Results: As a result of comparing the resazurine microplate method developed in our study with the reference method, it was determined that the calculated TU ratios for 8 antibiotics varied between 82,72-100%, and the KU rates ranged between 95,45-100%.
Conclusion: As a result of the study, it was observed that the results of the resazurine microplate method are highly compatible with the results of the reference method. Our resazurine microplate method has shown the possibility of detecting antibiotic susceptibilities within a short period of time, such as 5 hours, and has shown that it may be preferred for hospitals and laboratories with limited facilities.
Keywords: Escherichia coli; susceptibility method; resazurin microplate metod