QCM tespit sistemlerinin genetik tespit yönünden kıyaslanması
Comparison of QCM detection systems from genetic inspection
Yazar: ZEYNEP GÜNAYDIN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ÇAĞRI SOYLU
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mühendislik Bilimleri = Engineering Sciences

Özet:
Hastalıkların erken teşhisi tedavide çok önemli rol oynamaktadır. Günümüzde Polimeraz Zincirleme Tepkimesi (Polymerase Chain Reaction) (PCR) genetik olarak hastalıkların teşhisi için kullanılan bir yöntemdir. PCR yerine kullanılabilecek yöntemler araştırılmaktadır. Çünkü PCR işlem süresi uzun, yatırım maliyetleri pahalı ve sadece gelişmiş ülkelerin erişebildiği ve sahip olduğu tam donanımlı laboratuvarlar gerektiren bir teşhis yöntemidir. Tükürük üzerinden genetik tespit yapabilen farklı bir yöntem, daha düşük bir enfeksiyon riskine sahip olur ve hastaya invitro işlem uygulanmadığından dolayı daha çok tercih edilebilir. İşlemi sağlayan sağlık personeline ve diğer hastalara enfeksiyonların bulaşma riski kan örneklerine kıyasla tükürükte çok daha az olmaktadır.

Bu çalışmada, iki farklı Kuvars Kristal Mikrodenge (Quartz Crystal Microbalance) (QCM) cihazı kullanılmıştır. Cihazların sensör yüzeyleri, sensörün kararlılığını artırmak ve yeterli immobilizasyon için uygun yüzey sağlamak için (3-Mercaptopropyl) trimethoxysilane (MPS) kaplama ajanına maruz bırakılmıştır. Sentetik Prob DNA (pDNA), Sentetik Target DNA'yı (tDNA) tespit edebilmek için sensör yüzeyine yerleştirilmiştir. Cihazlar aynı koşullarda aynı deneyler yapılarak kıyaslanmıştır. Sonuçları bir çok parameter göz önüne alınarak değerlendirilmiştir. Kıyaslamaya değer anlamlı veriler elde edilmiştir.İki cihazda da sonuçlar, model tükürükteki genetik materyalin, izolasyon, saflaştırma ve amplifikasyona ihtiyaç duyulmaksızın tespit edildiğini göstermektedir.

Anahtar Kelimeler: Biyosensör; QCM-D; eQCM; DNA Tespiti

Abstract:
Early diagnosis of the disease plays a very important role in the treatment. Today, the Polymerase Chain Reaction (PCR) is a method used genetically to diagnose diseases. Methods that can be used in place of PCR are being investigated. Because the PCR process is long, the investment costs are expensive and only fully developed laboratories, which can only be accessed and developed by developed countries, are a diagnostic method. A different method of detecting genetic susceptibility through saliva has a lower risk of infection and may be preferred because the patient is not invited. The risk of infecting health personnel and other infectious diseases that provide treatment is much less in saliva than in blood samples.

In this study, two different Quartz Crystal Microbalance (QCM) devices were used. The sensor surfaces of the devices were exposed to the (3-Mercaptopropyl) trimethoxysilane (MPS) coating agent to increase the stability of the sensor and provide a suitable surface for adequate immobilization. Synthetic probe DNA (pDNA) is placed on the sensor surface to detect synthetic target DNA (tDNA). The devices were compared under the same conditions with the same experiments. The results have been evaluated by considering several parameters. Significantly comparable results have been obtained. The results also show that the genetic material in the model saliva is detected without the need for isolation, purification and amplification.

Keywords: Biosensor; QCM-D; eQCM; DNA Detection