Domates bitkilerinde Tomato Spotted Wilt Virus etmenine karşı SW-5 dayanıklılık geninin Real Time PCR ile belirlenmesi
Determination of SW-5 resistance gene against Tomato Spotted Wilt Virus in tomato plants by Real Time PCR
Yazar: BÜŞRA KAYA
Danışman: DOÇ. DR. İSMAİL CAN PAYLAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı / Fitopatoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bitki virüs hastalıkları, tarımsal üretimde ciddi sorunlara yol açan önemli bir faktördür. Bu tez, özellikle Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV) etmenine karşı dayanıklılık mekanizmalarının belirlenmesine odaklanmaktadır. Çalışmanın temel amacı, TSWV etmenine karşı dayanıklılığı sağlayan Sw-5 geninin hızlı ve güvenilir bir şekilde Real Time PCR ile belirlenmesi ve bu teknikle elde edilen sonuçların klasik PCR ile karşılaştırılmasıdır.
Bu çalışma kapsamında, üretim bölgelerindeki önemli bir sorun olan TSWV etmeninin mücadelesinde kullanılan Sw-5 geninin belirlenmesinde Real Time PCR tekniği kullanılmıştır. Ayrıca, bu yöntemin kullanımında optimize edilen parametrelerin belirlenmesi ve klasik PCR ile karşılaştırılması hedeflenmiştir. Real Time PCR teknolojisi, Sw-5 geninin hızlı bir şekilde belirlenmesinde, duyarlılık, özgüllük ve tekrarlanabilirlik açısından avantajlar sunmaktadır. Amplifikasyon esnasında ürün oluşumunu izleyebilme özelliği, bu teknikle elde edilen verilerin daha güvenilir olmasını sağlamaktadır.
Çalışma kapsamında kullanılan 15 farklı çeşit domates bitkisinden elde edilen 300 örnek, klasik PCR ve Real Time PCR ile analiz edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, 10 dayanıksız ve 5 dayanıklı çeşit arasında önemli farklılıklar olduğunu göstermiştir. Bu çeşitler arasında, özellikle 5 dayanıklı çeşitten birinin beklenmedik şekilde dayanıksız olduğu belirlenmiştir.
Bu tez çalışması, bitki virüs hastalıkları ile mücadelede önemli bir genetik dayanıklılık faktörü olan Sw-5 geninin belirlenmesinde Real Time PCR tekniklerinin etkinliğini vurgulamaktadır. Elde edilen sonuçlar, bu alandaki genetik ıslah çalışmalarına değerli bir katkı sağlayarak, tarımsal üretimde hastalıklara karşı daha dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesine yönelik yol gösterici olabilir.

Abstract:
Plant virus diseases pose significant problems in agricultural production. This thesis focuses on determining resistance mechanisms, particularly against the Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV). The primary aim of the study is to rapidly and reliably determine the Sw-5 gene, providing resistance against TSWV, using Real Time PCR and to compare the results obtained with classical PCR.
In this study, the Real Time PCR technique was employed to determine the Sw-5 gene used in combating the TSWV, a crucial issue in production regions. Additionally, the optimization of parameters used in this method and their comparison with classical PCR were targeted. Real Time PCR technology offers advantages in terms of rapid determination of the Sw-5 gene, sensitivity, specificity, and repeatability. The capability to monitor product formation during amplification ensures more reliable data.
A total of 300 samples obtained from 15 different tomato plant varieties were analyzed using classical PCR and Real Time PCR in the scope of the study. The results revealed significant differences between 10 susceptible and 5 resistant varieties. Particularly, an unexpected susceptibility was identified in one of the 5 resistant varieties.
This thesis emphasizes the effectiveness of Real Time PCR techniques in determining the Sw-5 gene, a significant genetic resistance factor in combating plant virus diseases. The results obtained provide valuable contributions to genetic breeding studies in this field, guiding the development of more resistant varieties against diseases in agricultural production.