Yeni sentezlenen bazı organik moleküllerin anti-kanser özelliklerinin incelenerek ilaç olma potansiyellerinin araştırılması
Investigation of the potential of being a drug candidate by examining the anti-cancer properties of some newly synthesized organic molecules
Yazar: EMİNE ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. YAKUP KOLCUOĞLU
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı / Biyokimya Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
118Z187 nolu TÜBİTAK projesi kapsamında, bu tez çalışmasında kullanılmak
üzere, in silico yöntemlerle yapılan çalışmalarla hEGFR üzerinde etkili olabilecek 1,2,4-
triazol iskeleti ve substituentler tasarlanarak moleküller sentezlenmiştir. Tez kapsamında,
öncelikle ticari olarak satın alınan enzimin optimum reaksiyon şartları belirlenmiştir.
Enzimin optimum protein ve substrat konsabtrasyonları sırasıyla 0,01 µg/mL ve 0,5 mM
olarak hesaplandı. Kinetik çalışmalarla, her bir inhibitör molekülün IC50 değeri
bulunmuştur. En iyi IC50 değerine sahip moleküllerin, 31 (0,0004 mM) ve 9, 27, 30 (0,0008
mM) numaralı moleküller olduğu belirlendi. İnhibitör moleküllerin inhibisyon türü
araştırıldı ve en iyi Ki değerleri 0,00232 µM (31) ve 0,0889 µM (9) olarak hesaplandı. En
iyi inhibisyon etkisine sahip moleküllerin (9, 27, 30, 31) biyouyumluluk testleri için A549,
NCI-H358, WI-38, OVCAR-3 ve SKOV-3 hücreleri kullanıldı. 9 ve 27 numaralı
bileşiklerin en iyi sitotoksisite özelliğine sahip olduğu tespit edildi. Gefitinib ve dört
molekülün OVCAR-3 hücre hattına karşı, 9 numaralı molekülün ise WI-38 hücre hattına
karşı aktivitesi belirlenememiştir. ADME çalışmalarında, moleküllerin hiçbirinin tahmini
kan-beyin bariyer geçiş özelliği olmadığı, çoğu molekülün ise pasif gastrointestinal emilim
özelliğinin olduğu görülmüştür.
Anahtar Kelimeler: hEGFR, Enzim inhibisyonu, ELISA, 1,2,4-triazol, Sitotoksisite,
 ADME

Abstract:
Within the scope of the TUBITAK project numbered 118Z187, 1,2,4-triazole
skeleton and substituents that could be effective on hEGFR were designed by in-silico
methods, and molecules were synthesized to be used in this thesis. Within the scope of the
thesis, first of all, the optimum reaction conditions of the commercially purchased enzyme
were determined. The optimum protein and substrate concentrations of the enzyme were
calculate as 0,01 µg/mL and 0,5 mM, respectively. The IC50 value of each molecule was
found by kinetic studies. Molecules with the best IC50 values were determined as 31
(0,0004 mM) and 9, 27, 30 (0,0008 mM). The inhibition types of molecules were
investigated and the best Ki values of these molecules were calculated as 0,00232 µM (31)
and 0,0889 µM (9). A549, NCI-H358, WI-38, OVCAR-3, SKOV-3 cells were used for
biocompatibility tests of molecules (9, 27, 30, 31) with the best inhibitory effect.
Molecules with the best cytotoxicity were found as 9 and 27. The activity of gefitinib and
four molecules against the OVCAR-3 cell, and the activity of molecule 9 against the WI38 cell could not be determined. In ADME studies, it was predicted that none of the
synthesized molecules had blood-brain barrier crossing properties, and most of them had
passive gastrointestinal absorbtion properties.
Keywords: hEGFR, Enzyme inhibition, ELISA, 1,2,4-triazole, Cytotoxicity, ADME