Karbapenem dirençli pseudomonas suşlarında OXA-23, OXA-40, OXA-58 genlerinin moleküler yöntemle tesbiti
Detection OXA-23, OXA-40, OXA-58 genes with molecular investigation in carbapenem resistant pseudomonas strains
Yazar: FATMA ESENKAYA TAŞBENT
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET ÖZDEMİR
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Meram Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genler = Genes ; Genler-blaOXA = Genes-blaOXA ; Karbapenemler = Carbapenems ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Pseudomonas = Pseudomonas ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç:  Bu çalışmada, karbapenem dirençli 184 Pseudomonas spp. suşunda, OXA tipi karbapenemaz (OXA-23, OXA-40, OXA-58) üretiminin ve karbapenem direncine katkısının irdelenmesi hedeflendi.
Yöntem: Kasım 2011 ile Ekim 2013 tarihleri arasında, Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuarına gönderilen klinik örneklerden izole edilen 184 karbapenem dirençli Pseudomonas spp. suşu çalışmaya alındı. Klinik izolatların tiplendirmesi ve antimikrobial duyarlılıkları otomatize sistem (VITEK 2,  Biomerieux, Fransa)  ve konvansiyonel yöntemler ile yapıldı. Karbapenem direnci saptanan klinik örneklerde, Hyplex CarbOxa ID (Amplex Diagnostics GMBH, Almanya) PZR ticari kiti ile OXA karbapenemazlardan OXA-23, OXA-40 ve OXA-58 varlığı araştırıldı.
Bulgular: 184 örnekten 12'sinde OXA-23 pozitifliği saptanırken, OXA-40 ve OXA-58 genlerinden birer pozitiflik bulundu. 
Sonuç: Bu çalışma bölgemizde ve Türkiyede Pseudomonas suşlarında OXA gurubu karbapenemazları araştıran ve oranlarını ortaya koyan ilk araştırmadır. Karbapenem direncinde en önemli mekanizma,  karbapenemaz aracılı enzimatik hidroliz mekanizmasıdır ve bu mekanizma Acinetobacter baumannii'de olduğu gibi Pseudomonas'larda da bulunurlar. OXA karbapenemazların çoğu zayıf karbapenemaz aktivitesi gösterseler de; karbapenem direnci OXA karbapenemazlar ile ikinci bir direnç mekanizmasının kombinasyonundan kaynaklanabilir. Gelecekte karbapenem direnci hasta tedavisinde ciddi bir sorun haline gelebilir.

Abstract:
Objective: It was aimed to determine OXA type carbapenemases (OXA-23, OXA-40, OXA-58) production in 184 carbapenem resistant Pseudomonas spp. isolates and to evaluate its contribution to carbapenem resistance.
Method: One hundred eighty four carbapenem resistant Pseudomonas spp. isolates were collected from Medical Microbiology Laboratory of Meram Faculty of Medicine, Necmettin Erbakan University between November 2011 and October 2013. Idendification and antimicrobial susceptibilities of clinical isolates were determined by automated system (VITEK 2 Compact, Biomerieux, France) and conventional methods. OXA-23, OXA-40 and OXA-58 of OXA carbapenemases was determineted by a commercial kit Hyplex CarbOxa ID (Amplex Diagnostics GMBH, Germany) PCR in carbapenem resistant clinical samples.
Result: 12 of the 184 isolates have OXA-23 genes, OXA-40 and OXA-58 genes were determined only one isolate. 
Conclusion:  This is first investigation of  OXA type carbapenemases genes in Pseudomonas strains and determine the rates of these genes in our region and Turkey.
The most important mechanism of carbapenem resistance is the enzymatic hydrolysis mediated by carbapenemases. These enzymes are usually OXA type carbapenemases and also found in carbapenem-resistant Pseudomanas. Although most of OXA carbapenemases have weak carbapenemase activity, carbapenem resistance may result from the combination of a second mechanism of resistance. Carbapenem resistance could become a serious problem in the patient treatment in the future.