Ağrı yöresinde insan ve buzağılardan elde edilen dışkı örneklerinde cryptosporidium türlerinin mikroskopi ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of cryptosporidium species in stool samples obtained from humans and calves by microscopy and molecular methods in ağri province
Yazar: FETHİ BARLIK
Danışman: PROF. DR. HASAN YILMAZ
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Ağrı = Ağrı ; Cryptosporidium = Cryptosporidium ; Dışkı = Feces ; Hayvanlar = Animals ; Kromatografi = Chromatography ; Mikroskopi = Microscopy ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İnsan = Human

Özet:
Bu çalışmanın amacı, Ağrı yöresinde insanlarda ve buzağılarda Cryptosporidium türlerinin yaygınlığını, modifiye asit-fast boyama (mAF), immünokromatografik kaset test (İKT) ve nested PCR yöntemleriyle araştırmaktır. Çalışmaya başlamadan önce, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Hayvan Deneyleri Yerel Etik Kurulu ve Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Girişimsel Olmayan Klinik Araştırmaları Etik Kurulundan çalışma onayı alındı. Çalışma, 01.02.2022- 01.12.2022 tarihleri arasında ishalli 100 gönüllü hasta ve 193 adet buzağı üzerinde yürütüldü. Sindirim sistemi şikayetleri ile Patnos Devlet Hastanesinin çeşitli polikliniklerine başvuran 18-85 yaş aralığındaki ishalli hastalardan dışkı örnekleri alındı. Ağrı iline bağlı ve rastgele seçilen 14 farklı köye gidilerek, burada bulunan ve rastgele seçilen 193 buzağının direkt olarak rektumundan dışkı örnekleri alındı. Elde edilen tüm dışkı örnekleri, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazitoloji Anabilim Dalı Araştırma Laboratuvarına ulaştırıldı. Laboratuvarda bütün dışkı örnekleri, modifiye asitfast boyama (mAF), immünokromatografik kaset test (İKT) ve moleküler yöntemler ile incelendi. İnsanlardan alınan dışkı örneklerinin beşinde (%5), buzağılardan alınan dışkı örneklerinin ise 59'unda (%30,56) Cryptosporidium parvum saptandı. Modifiye asit-fast boyama yöntemi ile Cryptosporidium spp. görülen örneklerde, İKT ve nested-PCR yöntemi ile de parazit belirlendi. Ancak mAF boyama yöntemi ile parazit görülmeyen yedi örnekte, İKT ve nested-PCR yöntemi ile parazit saptandı. NestedPCR yöntemi ile parazit saptanan bütün örneklerde, İKT yöntemi ile de parazit belirlendi. Sonuç olarak,  Ağrı ili ve yöresinde buzağılarda C. Parvum'un yüksek oranda saptanması, buzağıların ve bölge sakinlerinin cryptosporidiosis açısından risk altında olduğunu ortaya koymuştur. Ayrıca hastanelerde Cryptosporidium spp. teşhisinde mAF boyama yöntemine ilave olarak nested PCR veya İKT yönteminin de rutin tanıda kullanılması gerektiği kanaatine varıldı.

Abstract:
The aim of this study is to investigate the prevalence of Cryptosporidium species in humans and calves in Ağrı province by using modified acid-fast staining (mAF), immunochromatographic cassette test (ICT) and nested PCR methods. Before starting the study, study approval was obtained from Van Yüzüncü Yıl University Animal Researches Local Ethic Committee and Van Yüzüncü Yıl University Non-Invasive Clinical Research Ethics Committee. The study was carried out on 100 volunteer patients with diarrhea and 193 calves between 01.02.2022 and 01.12.2022. Stool samples were taken from patients aged 18-85 years with diarrhea, who applied to various polyclinics of Patnos State Hospital with digestive system complaints. Stool samples were taken directly from the rectum of 193 randomly selected calves in 14 
different villages in Ağrı province. All stool samples were delivered to Research Laboratory of Parasitology Department, Faculty of Medicine, Van Yüzüncü Yıl University. In the laboratory, all stool samples were examined by modified acid-fast staining (mAF), immunochromatographic cassette test (ICT) and molecular methods. Cryptosporidium parvum was detected in five (5%) stool samples from humans and 59 (30.56%) stool samples from calves. Parasites were also detected by IKT and nested-PCR methods in the samples with Cryptosporidium spp. seen by the modified acid-fast staining method. However, in seven samples that did not show parasites by mAF staining method, parasites were detected by ICT and nested-PCR method. Parasites were also detected by the IKT method in all samples in which parasites were detected by the Nested-PCR method. In conclusion, in the high rate detection of C. parvum in calves in Ağrı province revealed that calves and residents of the region are at risk for cryptosporidiosis. In addition, it was concluded that in addition to the mAF staining method, nested PCR or ICT method should be used in routine studies in the diagnosis of Cryptosporidium spp. in hospitals.