Sivas yöresinde sağlıklı sığırlarda enterocytozoon bieneusi'nin moleküler prevalansı ve filogenetik karakterizasyonu
Molecular prevalence and phylogenetic characterization of enterocytozoon bieneusi in healty cattle in Sivas region
Yazar: TUĞBA BİLGİN
Danışman: PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Enterocytozoon bieneusi = Enterocytozoon bieneusi ; Filogenetik = Phylogenetic ; Hayvan hastalıkları = Animal diseases ; Paraziter hastalıklar = Parasitic diseases ; Prevalans = Prevalence ; Sivas = Sivas ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Bu çalışmada Sivas yöresindeki sağlıklı sığırlarda Enteroytozoon bieneusi'nin moleküler prevalansının ve genotiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada, Ekim 2017 ve Mart 2018 tarihleri arasında araştırma bölgesindeki 150 sığırdan dışkı örnekleri toplanmış ve genomik DNA (gDNA) izolasyonları yapılmıştır. gDNA izolatları E. bieneusi identifikasyonu amacıyla ITS rRNA gen bölgesini amplifiye eden Nested PCR ve SSU rRNA gen bölgesini amplifiye eden sybergreen real time PCR yöntemleri ile işlenmiştir. İncelemesi yapılan örneklerden 29'u (%19,3) Nested PCR ile pozitif belirlenirken real time PCR ile 20 örnek (%13,3) pozitif bulunmuştur. E. bieneusi pozitif 29 izolatın ITS rRNA gen bölgesi amplikonları genotiplendirme ve filogenetik analizler için sekanslanmıştır. Sekans analizleri sonucu beş ayrı genotip belirlenmiştir. En yaygın genotip olarak bulunan ERUSS1 genotipi ile ERUSS2-4 genotipleri yakın genotipler olarak karakterize edilmiş ve dünyadan ilk kez rapor edilmiştir. İki izolatın ise Almanya'da bir sığırdan rapor edilmiş olan N genotipinde olduğu belirlenmiş ve diğer genotiplerden daha farklı olduğu görülmüştür. Filogenetik analizler çalışmada karakterize edilen tüm genotiplerin genogrup 2'de yer aldığını ortaya koymuştur. 
Sonuç olarak bu çalışma ile Türkiye'de sığırlarda E. bieneusi enfeksiyonları üzerine ilk moleküler epidemiyolojik veriler elde edilmiştir.

Anahtar kelimeler: Enteroytozoon bieneusi, moleküler prevalans, filogenetik karakterizasyon, sağlıklı sığır, Sivas

Abstract:
In this study, it was aimed to determine the molecular prevalence and genotypes of Enteroytozoon bieneusi in healthy cattle from Sivas province. Fecal samples were collected from totally 150 cattle in the research area between October 2017 and March 2018 and genomic DNA (gDNA) isolations were utilized. In order to identify E. bieneusi gDNA isolates were processed by Nested PCR amplifying ITS rRNA and sybergreen real time PCR amplifying SSU rRNA gene regions. 29 (19.3%) out of totally examined samples were found positive with Nested PCR while 20 (13.3%) samples were positive in real time PCR assay. ITS rRNA region of the 29 E. bieneusi positive isolates were sequenced in order to genotyping and phylogenetic analyzes. As a result of the sequence analyses five distinct genotypes were determined. The widest genotype ERUSS1 and the other ERUSS2-4 genotypes were characterized as close to each other and reported for the first time in the World. Two isolates were determined in N genotype that was reported from a cattle in Germany and were more distant from the other genotypes. Phylogenetic analysis revealed that all the genotypes characterized in the study were belonging to the genogroup 2.      
Consequently, first molecular epidemiological data on E. bieneusi in cattle from Turkey were obtained with this study.

Key words: Enteroytozoon bieneusi, molecular prevalence, phylogenetic characterization, healty cattle, Sivas