Bazı yerli ve yabancı badem çeşitlerinin SSR markör teknikleri ile karakterizasyonu
Characterization of some domestic and foreign almond cultivars by SSR molecular markers
Yazar: FARHAD ESGANDARIPIRMORAD
Danışman: PROF. DR. SALİH KAFKAS
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Badem, Prunus L. cinsi içerisinde yer alan sert kabuklu ılıman iklim meyve türüdür. Karakterizasyon çalışmalarda en sık kullanılan markör yöntemlerinden biri SSR (Simple Sequence Repeats) moleküler yöntemidir. Bu çalışma bazı yerli ve yabancı badem çeşitleri arasındaki genetik ilişkileri ve varyasyonu belirlemek amacıyla yapılmıştır. Bu çalışmada toplam 22 adet badem çeşidi kullanılarak 28 adet SSR primer çifti ile moleküler karakterizasyon yapılmıştır.  Toplamda 28 adet SSR lokusundan ortalama allel sayısı 9.46 olan, allel sayısı 2 ile 14 arasında değişen toplam 265 adet allel elde edilmiştir. Ayrıca toplam 22 adet badem çeşidinde alleller 94 bç ile 273 bç aralığında değişmiştir. Genetik çeşitlilik sonucunda ortalama etkili allel sayısı (Ne) 5.85, ortalama gözlenen heterozigotluk (Ho) 0.75 ve beklenen heterozigotluk (He) ise 0.76 olarak hesaplanmıştır. En yüksek allel sayısı 14 adet allel ile CPDCT042 lokusunda tespit edilmiştir. Bununla birlikte, en yüksek He değeri 0.90 ile CPDCT042 ve UDAp-439 primerlerinde belirlenirken, en yüksek polimorfizm bilgi içeriği 0.89 ile CPDCT042 primerinde belirlenmiştir. Elde edilen toplam 265 allel kullanılarak 22 adet badem çeşidinin UPGMA analizi yapılarak soyağacı oluşturulmuştur. Soyağacına göre çeşitler 'Türk' ve 'Yabancı' olmak üzere iki ana gruba ayrılmıştır. Çeşitler arasında genetik benzerlik katsayısına göre birbirine en uzak çeşitler 'Akbadem' yerli badem çeşidi ile 'Nikitsky' yabancı badem çeşidi arasında belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmadan elde dilen sonuçlar bundan sonra bademde yapılacak ıslah ve genetik çalışmaların alt yapısını oluşturacaktır. 

Anahtar Kelimeler: Badem, SSR, Prunus, genetik benzerlik, karakterizasyon

Abstract:
Almond is a hard-shelled and temperate climate fruit within Prunus L. species. Simple sequence repeats (SSR) are one of the most useful marker systems in the molecular characterization studies. This study was performed to determine genetic relationship and variation between some domestic and foreign almond cultivars. Totally 22 almond cultivars were used for molecular characterization by using 28 SSR loci. Totally, 265 alleles were generated from 28 SSR loci ranging from 2 to 14 alleles with an average of 9.46 per locus. All amplified alleles varied between 94 bp and 273 bp sizes. According to genetic diversity analysis, the mean of effective number of allele, observed heterozygosity and expected heterozygosity were calculated as 5.85, 0.75 and 0.76, respectively. The highest number of allele was detected in CPDCT042 with 14 alleles. On the other hands, while the highest expected heterozygosity was detected as 0.90 in CPDCT042 and UDAp-439 primers, the highest polymorphism information content were determined as 0.89 in CPDCT042 primer. UPGMA analysis was done in 22 almond cultivars using 265 alleles. The cultivars separated into two main clusters as "Turkish' and 'Foreign'. The highest distance between cultivars was identified between 'Akbadem' and 'Nikitsky' cultivars based on their similarity coefficient. As a result, the results in this study will provide useful information for future breeding and genetic studies in almond. 

Key Words: Almond, SSR, Prunus, genetic similarity, characterization