Enterococcus faecalıs biyofilm yapısında eDNA'nın rolü vebiyofilm ile mücadelede enzim ve antibiyotik uygulamasıyoluyla biyofilm yapılarının zayıflatılması
The role of eDNA on biofilm structures of enterococcus faecalis and combat with biofilm structure via enzyme and antibiotic treatment to weakening of the biofilm structure
Yazar: BURAK GÜNEŞ
Danışman: DOÇ. DR. NEFİSE AKÇELİK
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu tez çalışmasında, Gram pozitif fırsatçı bir patojen olan Enterococcus faecalis'e ait 4 suşta
(74, 114, ATCC 29212 ve ATCC OG1RF) eDNA'nın biyofilm üretimindeki rolünün
tanımlanması ve bu patojenle abiyotik yüzeylerde mücadelede enzimler ve antibiyotiklerin
kullanım olanaklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Denemelerde kullanılan tüm suşlarda en
yüksek düzeyde eDNA üretiminin, 24 saat inkübasyon sonunda gerçekleştiği belirlenmiştir.
Öncelikle; 20, 50 ve 100 ng/μl eDNA (hücre dışı DNA) ve gDNA (genomik DNA) ilave
edilmiş ortamlarda 24 ve 48 saat süresince geliştirilen biyofilmlerin miktarsal tayinleri
yapılarak her iki tip DNA'nın biyofilm oluşumu üzerindeki etkinliği saptanmıştır. Daha
sonra ise aynı ortamlara eDNA ve gDNA'nın yanında çeşitli enzimler de ilave edilerek, bu
ajanların biyofilm yapıları üzerine kombine etkileri tanımlanmıştır. Çalışmalar sonucunda,
eDNA'nın ve gDNA'nın Enterokok biyofilmleri üzerine, suştan suşa ve inkübasyon süresine
bağlı olarak değişen bir etkinlik gösterdiği tespit edilmiştir. Antibiyotik ve enzim
çalışmalarında, kanamisin uygulamasının biyofilm miktarını artırdığı, nalidiksik asit
uygulamasının herhangi bir etkinlik göstermediği, tetrasiklin ve ampisilin uygulamalarının
ise biyofilm yapıları üzerinde düşük inhibisyon etkisine sahip olduğu belirlenmiştir. DNaz I
ve Benzonaz® enzimlerinin antibiyotiklerle birlikte kombine edilerek kullanımı,
antibiyotiklerin genel etkinlik biçiminde önemli bir değişime yol açmamıştır.

Abstract:
In this thesis, it was aimed to define the role of eDNA (extracellular DNA) in the production
of biofilms of 4 strains belong to Enterococcus faecalis (74, 114, ATCC 29212 and ATCC
OG1RF), a Gram positive opportunistic pathogen and to determine the possibilities of using
enzymes and antibiotics in combating with this pathogen on abiotic surfaces. It was
determined that the highest level of eDNA production, in all the strains used in the
experiments, was performed after 24 hours incubation. Firstly; quantitative determination of
the biofilms developed in 24 and 48 hours in media supplemented with 20, 50 and 100 ng
/μl eDNA and gDNA (genomic DNA) was performed to determine the activity of both types
of DNA on biofilm formation. Then, various enzymes were added to the same media along
with eDNA and gDNA, and the combined effects of these agents on biofilm structures were
defined. The results of the study indicated that eDNA and gDNA showed an altered activity
on enterococci biofilms depending on strain diversity and incubation time. In antibiotic and
enzyme studies, it was determined that the application of kanamycin increased the amount
of biofilm, nalidixic acid application did not show any activity, while tetracycline and
ampicillin had a low inhibitory effect on biofilm structures. The combined use of DNaz I
and Benzonase® enzymes with antibiotics did not cause a significant change in the overall
effectiveness of antibiotics.