5 yaş altı hastaların solunum yolu örneklerinde kı polyomavirus ve wu polyomavirus sıklığının araştırılması
Investigation of the frequency of ki polyomavirus and wu polyomavirus in respiratory tract samples of patients under 5 years of age
Yazar: HANİFE TUTAN
Danışman: PROF. DR. KENAN MİDİLLİ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Polyomavirüs = Polyomavirus ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; Solunum yolları hastalıkları = Respiratory tract diseases

Özet:
Amaç: Solunum yolu örneklerinde KI ve WU polyomavirus sıklığını, bu viruslardan
etkilenen grupları ve klinik özelliklerini araştırmayı amaçladık. Viruslar 2007'de
keşfedilmiş olmasına rağmen, patojeniteleri ve virülansları henüz tam olarak
aydınlatılamamıştır.
Yöntem: 2016-2019 yılları arasında 5 yaşından küçük çocuk hastalardan alınan ve
laboratuvarımıza gönderilen 182 nazofarengeal aspirat/sürüntü örneğini inceledik.
Viruslar, kısmi VP1 gen bölgelerini hedefleyen primerler kullanılarak nested-PCR ile
araştırıldı. Pozitif örnekler, doğrulama için Sanger yöntemi kullanılarak dizildi ve
kısmen büyütülmüş gen bölgeleri arasındaki genetik mesafeleri karşılaştırdı.
Bulgular: 182 örneğin 7'sinde (%3,8) KIPyV ve 2'sinde (%1,1) WUPyV saptandı.
Bir KIPyV pozitif hasta dışında, tüm pozitif örnekler 2 yaşından küçük hastalara
aitti. Tüm pozitif hastalar başta rinovirus ve parainfluenzavirus 3 ile olmak üzere
koenfekteydi. KIPyV için pozitif olan hastaların dördünde hematolojik/onkolojik
hastalıklar veya diğer immün yetmezlik durumları vardı. KIPyV izolatlarının tüm
sekansları %100 benzer iken, WUPyV izolatlarının sekansları 4 nükleotid
pozisyonunda farklılık gösterdi.
Sonuç: Çalışmamızın sonuçlarına göre, KIPyV ve WUPyV enfeksiyonlarının sıklığı
düşüktür, diğer viral veya bakteriyel patojenlerin neden olduğu eşzamanlı solunum
yolu enfeksiyonları, immün yetmezlik, KIPyV ve WUPyV enfeksiyonları için
predispozan birer faktör gibi görünmektedir. Kısmen büyütülmüş gen bölgeleri, her
iki virusta da yüksek oranda korunmuştur.

Anahtar Kelimeler: Washington University polyomavirus (WUPyV); Karolinska
Institute polyomavirus (KIPyV); solunum yolu enfeksiyonu

Abstract:
Objective: We aimed to investigate the frequency of KI and WU polyomavirus in
respiratory tract samples, the affected groups by these viruses and their clinical
characteristics. Although the viruses had been discovered in 2007, their
pathogenicity and virulence have not been fully elucidated yet.
Methods: We examined 182 nasopharyngeal aspirate/swab samples obtained
pediatric patients younger then 5 years and sent to our laboratory between 2016-
2019. The viruses were investigated by nested-PCR using primers targeting partial
VP1 gene regions. The positive samples were sequenced using Sanger method for
verification and compare the genetic distances between partially amplified gene
regions.
Results: KIPyV was detected in 7 (3.8%) of 182 samples and WUPyV in 2 (1.1%).
Except one KIPyV positive patient, all positive samples belonged to patients <2
years of age. All positive patients were coinfected mainly by rhinovirus and
parainfluenzavirus 3. Four of the patients positive for KIPyV had
haematologic/oncologic diseases or other immunodeficiency conditions. While all of
the sequences of KIPyV isolates were 100% similar, seuences of WUPyV isolates
differed at 4 nucleotide positions.
Conclusion: According to the results of our study, the frequency of KIPyV and
WUPyV infections is low, simultaneous respiratory tract infections caused by other
viral or bacterial pathogens, immunocomprimisation appear to be a predisposing
factors for the KIPyV and WUPyV infections. The partially amplified gene regions
were highly conserved in both viruses.

Keywords: Washington University polyomavirus (WUPyV); Karolinska Institute
polyomavirus (KIPyV); respiratory tract infection