Mlpa tekniği ile meme kanserli hastalarda, BRCA1 ve BRCA2 genlerinde delesyon ve duplikasyonların belirlenmesi
Determination of BRCA1 and BRCA2 mutations for patients with breast cancer by MLPA (Multiplex ligation depent probe amplification) technique
Yazar: İBRAHİM TURAN
Danışman: PROF. DR. ORHAN DEĞER
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Meme kanseri ülkemizde ve batı toplumlarında, kadınlarda görülen en yaygın kanser tipidir ve gelişiminde pek çok genetik ve çevresel faktör rol oynamaktadır. Kalıtsal meme kanserleri tüm kanser vakalarının yaklaşık % 10'nu oluşturmaktadır. Kanser genetiğinde BRCA1 ve BRCA2 genlerinin rolü büyüktür. Çok sayıda ekzon içeren bu genlerde meydana gelen mutasyonların çoğu meme kanserine yol açmaktadır. BRCA genleri mutasyonlarının % 10-15'ini büyük genomik yeniden düzenlenmeler (Large Genomic Rearrangement, LGR) oluşturmaktadır. Bu çalışmada LGR'lerin tespiti için yeni bir metod olan MLPA tekniği ile DNA dizi analizi kombinasyonu kullanıldıÇalışma grubu meme kanseri teşhisi konmuş ve aile hikayesi pozitif olan 30 kadın hastadan oluşturulmuştur. Bu hastalarda BRCA1 ve BRCA2 genlerinde Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) ve DNA dizi analizi ile mutasyon analizi yapıldıMLPA analizi ile 2 hastanın BRCA1 geninde farklı ekzonlarda delesyon tespit edildi. 2 hastanın BRCA2 geninde farklı ekzonlarda delesyon ve duplikasyonlar tespit edildi. 1 hastada ise MLPA analizi sonrası BRCA1 geninde delesyon BRCA2 geninde ise duplikasyon tespit edildi. Bu sonuçlar DNA dizi analizi ile kontrol edildi ve BRCA1 geninde 18. ekzonda bir adet tek nükleotid delesyonu bulundu. 19. ekzonda ise herhangi bir mutasyona rastlanmadı. BRCA2 geninde 14. ekzonda bir adet tek nükleotid polimorfizmi bulundu. 27. ekzonun dizi analizinde ise herhangi bir mutasyona rastlanmadıBütün bu verilere dayanarak BRCA genlerinde ki LGR'lerin tespitinde MLPA tekniğinin tek başına kullanılması yeterli görülmemektedir. MLPA' daki pozitif sonuçların DNA dizi analizi ile teyit edilerek bu sonuçların LGR'lerden mi yoksa küçük mutasyonlardan mı kaynaklandığının gösterilmesi gerekmektedir.

Abstract:
Breast cancer is one of the most seen cancers in women in western society and also in our country. Many genetic and environmental factors act in its progress. Hereditary breast cancer is consist of 10 % of whole breast cancer cases. BRCA1 and BRCA2 genes play a major role in cancer genetics. Mutations in these genes which have a lot of exons cause breast cancer. The 10-15% of mutations in BRCA genes are constituted of large genomic rearrangements. In this study DNA sequence analysis combined with MLPA technique, a new method for determination of LGR?s, was usedThe patients were women with breast cancer diagnosis and have positive family history. The mutations in BRCA1 and BRCA2 genes were investigated with Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) combined DNA sequence analysisDeletion was detected in different exons of BRCA1 genes of two patients with MLPA. Deletions and duplications were obtained in different exons of two individuals. A deletion in BRCA1 and a duplication in BRCA2 gene were determined in one subject with MLPA analysis. These results were controlled with DNA sequence analysis and a nucleotide deletion was found in the 18th exon of the BRCA1. No duplication was in the 19th exon of the gene. A single nucleotide polymorphism was detected in the 14th exon of BRCA2 gene. Any mutation was not obtained in sequence analaysis of the 27 th exonIt was concluded that MLPA is not efficient enough to determine the mutations in BRCA genes. The positive results obtained with MLPA should be confirmed by DNA sequence analysis if those are arised from LGRs or other small mutations.