Prostat kanseriyle ilişkilendirilmiş tümör baskılayıcı genlerin multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) yöntemi ile metilasyon paternlerinin belirlenmesi
Determination of methylation patterns of tumor suppressor genes associated with prostate cancer by multiplex ligation dependent probe amplification (MLPA) method
Yazar: ESİN ÖZCAN
Danışman: PROF. GÜLSEREN BAĞCI ; DOÇ. DR. EMRE TEPELİ
Pamukkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Amplifikasyon = Amplification ; Genler-tümör baskılayıcı = Genes-suppressor-tumor ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Prostat kanseri 65 yaş üzeri erkekler arasında en yaygın görülen kanserdir.Prostat kanseri multifaktöriyel bir hastalıktır.Yaş, aile hikayesi ve gen mutasyonları kanserin risk faktörleridir.
Kanser, gelişiminde ve ilerlemesinde epigenetik mekanizmalar önemlidir. CpG adalarının hipermetilasyonu transkripsiyonal sessizleşmede ve tümör baskılayıcı genlerin düzenlenmesinde kritik rol oynar. Spesifik tümör baskılayıcı genlerin promotörlerinin DNA metilasyonu en çok çalışılan epigenetik mekanizmadır.
Çalışmada, Methilasyon spesifik-Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MS-MLPA) yöntemi kullanılarak prostat kanserleriyle daha önce ilişkilendirilmiş 25 ayrı tümör baskılayıcı genin promotör bölgelerinin metilasyon paternlerinin incelenmesi amaçlanmıştır.
Bu çalışmaya prostat kanser olan 80 olgu dahil edildi. DNA metilasyon analizi formalinle fikse edilmiş parafine gömülü mesane doku örneklerinde gerçekleştirildi. DNA izolasyonunu takiben, MS-MLPA yöntemi ile 25 ayrı tümör baskılayıcı genin promotör bölgelerinin metilasyon paternleri SALSA MS-MLPA ME002-B1 tumor suppressor probemix kiti kullanılarak analiz edildi.
Çalışmada, prostat doku örneklerinin % 81,6'i metile, % 18,4'i unmetile olarak belirlenmiştir. Metillenmiş genler arasında en yüksek metilasyon oranı MSH6, RARβ, ve GSTP1 genlerinde tespit edildi. Bu üç genin metilasyon durumları ile klinikopatolojik parametreler karşılaştırıldığında RARβ içinaradaki farklar istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur.
Sonuç olarak, MS-MLPA yönteminin prostat kanserinin metilasyon profillerinin taramasında kullanılabilecek, ucuz ve hızlı sonuç verebilen bir teknik olduğu görülmektedir. MS-MLPA yöntemi diğer metilasyon tarama yöntemleriyle karşılaştırılırsa daha hassas ve duyarlıdır. RARβ erken tanısında rutin kullanıma geçirilmesinde daha kapsamlı araştırmalara ihtiyaç olduğu vurgulanmaktadır.

Abstract:
The prostate cancer is most common site of cancer among men older 65years.Prostate cancer is a multifactorial disease. Age, family history and mutations of genes are risk factors for cancer.
Epigenetic mechanisms in cancer are important for cancer development and progression. Hypermethylation of CpG islands plays a critical role in transcriptional silencing and the regulation of tumor suppressor genes. DNA methylation of promoters of specific tumor suppressor genes most studied epigenetic mechanism.
In this study, it was aimed to analyze methylation pattern of 25 tumor suppressor genes in promoter regions associated with prostate cancer using Methylation specific-Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MS-MLPA) technique.
80 patients with prostate cancer were included in this study. The analysis of DNA methylation was performed on formalin fixed parafin embedded prostate tissues samples. After DNA isolation, methylation patterns of 25 different tumor suppressor genes promoter regions with MS-MLPA technique were analyzed using SALSA MS-MLPA ME002-B1 tumor suppressor probemix kit.
In the study,  methylated 81,6% of bladder tissue samples, unmethylated 18,4%. Among the methylated genes were identified the highest rate of methylation in MSH6, RARβ and GSTP1genes. Methylation of these three genes status and clinicopathological parameters were compared, statistically significant differences was  foundto RARβ
As a result, it was determined that MS-MLPA is a technique which can give cheap, fast and reliable results in screening methylation pattern of prostate cancer. MS-MLPA method is more accurate and sensitive compared with other methods of methylation screening. Realising routinely used in the early diagnosis of prostate cancer emphasized the need for more extensive research.