Multiple miyelom hücrelerinde lentiviral yöntemle DEK geni ifadesinin susturulması
Silencing of DEK gene expression by using lentiral method in multiple myeloma cells
Yazar: EMRAH ÖZÇELİK
Danışman: DOÇ. DR. AYTEN KANDİLCİ
Gebze Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Multipl miyelom = Multiple myeloma

Özet:
Multiple Miyelom (MM), plazma hücrelerinin klonal olarak anormal
çoğalmasıyla oluşan, 6. kromozomun 6p22.3 bölgesinin amplifikasyonunu da içeren
çok sayıda kromozomal anomalinin görüldüğü bir kanser türüdür. 6p22.3 bölgesinde
yerleşim gösteren DEK onkogeni, bu kromozom bölgesinin amplifikasyonu
sonucunda bazı solid kanser türlerinde aşırı miktarda ifade edilmektedir. Daha önceki
çalışmalarımızda, analiz ettiğimiz MM hastalarının CD138pozitif MM hücrelerinde
DEK ifadesinin 2-30 kat arasında azaldığı tespit edildi [Çakar T., 2014]. İlave olarak,
analiz edilen MM hastalarının yaklaşık %10'unda DEK geninin amplifiye olmasına
karşın DEK ifadesinin bu amplifikasyondan etkilenmediği ve bu hastalarda da DEK
ifadesinin azaldığı belirlendi [Çakar T., 2014]. Bu tez çalışmasında, DEK geni
ifadesinin lentiviral yöntemle kalıcı olarak baskılanmasının U266 MM hücre hattının
morfolojisine, canlılığına, çoğalmasına ve kemoterapi ilacı Melphalan'a olan
hassasiyetine etkileri analiz edildi.
Elde edilen sonuçlar, iki farklı lentiviral shRNA ile DEK ifadesi baskılanan
hücrelerde, kontrol grubu hücrelerine göre bölünme süresinin yavaşladığını ve
kontrol hücreleri (sh-negatif) bölünmelerini 43 saatte tamamlarken, bu sürenin
shDEK-B hücrelerinde 45 saate, shDEK-C hücrelerindeyse 51 saate uzadığını
gösterdi. Sadece shDEK-C hücrelerinde gözlenen bölünme süresindeki bu uzamanın
istatistiksel olarak anlamlı olduğu belirlendi (P0.05). Giemsa ile boyanmış
hücrelerin ışık mikroskobu analizleri hücrelerin benzer morfolojiye sahip olduklarını
gösterdi. Kontrol hücreleri ve DEK ifadesi baskılanmış hücrelerde, MM hastalarının
tedavisinde kullanılan Melphalan'a hassasiyetin değişmediği ve hücrelerin
Melphalan varlığında çoğalmalarını durdurdukları tespit edildi. Bu veriler
doğrultusunda, DEK ifadesinin U266 MM hücre hattında baskılanmasının, zaten
yavaş olan hücre bölünme süresini biraz daha yavaşlattığı ancak hücre morfolojisi ve
Melphalan hassasiyetini etkilemediği sonucuna varıldı. Bu tez çalışması Tübitak
tarafından KBAG 212T108 no'lu 1001 projesi ile desteklenmiştir.

Abstract:
Multiple myeloma (MM) is characterized by abnormal expansion of malignant
plasma cells, representing several chromosomal abnormalities including the
amplification of 6p22.3 chromosome region. DEK oncogene, located on
chromosome 6p22.3, is overexpressed in several solid tumors due to amplification of
chromosome 6 or 6p region. We previously showed that DEK expression is
downregulated by 2-30 fold in CD138positive MM cells in our cohort of MM patients,
without being affected by the amplification of DEK gene, which is observed in about
10 % of our cohort [Çakar T., 2014].
In this thesis, we aimed to analyze the affect of DEK knock-down on the
biology of U266 MM cell line. Silencing of DEK expression by two different
lentiviral sh-RNA contracts (shDEK-B and shDEK-C) resulted in about 2 hours
(shDEK-B) to 8 hours (shDEK-C) increase in the doubling time, the later increase
was statistically significant (P0.05). Light microscopy analysis of Giemsa stained
cells did not show any difference in morpghology of shDEK-B or shDEK-C cells
compared with control sh-Negative cells. Melphalan treatment resulted in a similar
response in the control and sh-DEK cells and induced growth arrest in all treated
cells. In summary, our results suggest that the down regulation of DEK expression in
U266 MM cells slightly increase the dobling time of the cells whereas it does not
affect their morphology and Melphalan response. This work was supported by the
Scientific and Technological Research Council of Turkey (TÜBİTAK) 1001 Grant
(KBAG 212T108).