Hatay ilinde doğal olarak yetişen adaçayı (salvia spp.) populasyonlarının ssr markörleri ile moleküler karakterizasyonu ve sitogenetik analizleri
Ssr marker-based molecular characterization and cytogenetic analysis of wild sage (salvia spp.) populations native to Hatay province
Yazar: NADİRE PELİN BAHADIRLI
Danışman: PROF. DR. FİLİZ AYANOĞLU
Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Hatay ili Salvia cinsi gen kaynakları açısından çok zengin bir çeşitliliğine sahiptir. Türkiye'de bulunan Salvia türlerinin yaklaşık % 20'si bölgede doğal olarak bulunmaktadır. Yapılan çalışmalarda türler arasında ve lokasyonlara bağlı olarak yetişen ekotipler arasında oldukça büyük varyasyonlar gözlemlenmiştir. Çalışmada, bölgede bulunan bu zengin Salvia populasyonunun genetik yapısını ortaya koymak, ekotipler arasındaki varyasyonları moleküler düzeyde belirleyerek ileride yapılacak ıslah çalışmalarına temel oluşturmak amaçlanmıştır. 
Bu çalışma 91 lokasyondan toplanan, Salvia cinsinin 19 tür ve 2 alttüre ait bitki örnekleri üzerinde yürütülmüş olup, SSR tanımlamaları ile genotiplere özgün DNA bölgeleri (allel, kimlik tanıları), populasyon içi genetik benzerlikler belirlenmiş ve Flow sitometri analizleri ile tür ve alt türlerin genom büyüklüklükleri ortaya konulmuştur. SSR analizlerinde SoUZ022, SoUZ024, SoUZ025, SoUZ026, SoUZ027 ve SoUZ028 primerleri kullanılmıştır.
Lokuslardan elde edilen allel sayıları en düşük 18 adet ve en yüksek 34 adet olarak belirlenmiştir. En yüksek allel büyüklüğü SoUZ028 lokusunda ve en az allel büyüklüğü SoUZ023 lokusunda gözlenmiştir. Allel büyüklükleri 96 bç ve 247 bç arasında değişiklik göstermiştir. Genetik analizler sonucu elde edilen dendogram incelendiği zaman 91 lokasyondan toplanan örneklerin 5 ana alt gruba ayrıldığı görülmektedir. Dendogram içerisinde KN216a (S. aramiensis) diğer bütün genotiplerden ayrılarak tek başına bir grup oluşturmuştur. Genetik benzerlik tablosu incelendiğinde en yüksek benzerlik değeri 0.67 ile KN76 (Salvia tomentosa) ve KN 213 (Salvia pilifera) arasında tespit edilmiştir. Genom büyüklüğü belirleme çalışmalarında 49 bitki flow sitometri yöntemi kullanılarak analiz edilmiştir. Genom büyüklükleri 6.5118 pg ve 2.1923 pg arasında değişiklik göstermiştir. En büyük genom boyutuna KN61 (S. tomentosa) ve en düşük genom boyutuna KN32 (S. aramiensis) kayıtlarında rastlanmıştır. 
Çalışmada farklı lokasyonlardan temin edilen aynı türün bitki örnekleri arasında bile genetik farklılığın çok zengin olduğu belirlenmiştir. Bu durum seçilen genotiplerin bulunduğu alanlarda tohumdan çoğaldıklarının bir göstergesi olarak kabul edilebilir.

Abstract:
The province of Hatay has a very rich genetic diversity of Salvia genus. Approximately 20% of Salvia species in Turkey are grown naturally in the region. By the studies conducted in the region quite large variations were observed among the species and the ecotypes grown in the locations. The study aimed to reveal the genetic structure of that genetically divers population of Salvia in the region, as well as to determine the characterization of the genus Salvia at the molecular level in order to provide the basis for future breeding efforts.
The study was conducted on 19 species and 2 subspecies of Salvia genus that had been collected from 91 locations. Specific DNA regions of genotypes (alleles, identity diagnosis), genetic similarities in the population was determined with the SSR identification, and genome size of species and subspecieswere revealed with the flow cytometry analysis.
Primers SoUZ022, SoUZ024, SoUZ025, SoUZ026, SoUZ027 and SoUZ028 were used for the analizes of Salvia types with SSR. The allel numbers which were observed from the loci range between 18 to 34. The highest allel number was observed from SoUZ028 loci and the lowest allel number was observed from SoUZ023 loci. Allel size ranged between 96 bp and 247 bp. When we look through the dendogram tree, all the plant samples collected from 91 locations are clustered into 5 main groups. The genotype KN216-a (Salvia aramiensis) formed a group of its own at the first level of dendogram seperating itself from the rest of genotypes that were collected. As a result of the genetic smilarity index examination, the highest smilarity with the value of 0.67 was recorded between KN76 (Salvia tomentosa) and KN213 (Salvia pilifera). 49 Salvia, collected from different locations, were analized by the use of flow cytometry method on genome size studies. Genome size values ranged between 6.5118 to 2.1923. Highest genome size value was observed from KN61 (S. tomentosa) and the lowest genome size value was observed from KN32 (S. aramiensis).
 In the study, it was determined that very rich genetic diversity existed even among the plants of the same species that were sampled from different locations. This can be regarded as an indicator that the plants of these genotypes propagated from the seeds at the locations they were sampled.