Kronik miyeloid lösemi hastalarında farklı T(9;22) kırıklarının tespiti ve tedavi yanıtı ile ilişkisinin araştırılması
Determination of different T(9;22) transcripts and investigation of their relationship with treatment response in chronic myeloid leukemia patients
Yazar: MERVE ORDU
Danışman: PROF. DR. MÜGE SAYİTOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Hematopoez = Hematopoiesis ; Kromozomlar = Chromosomes ; Kırıklar-kemik = Fractures-bone ; Lösemi = Leukemia ; Lösemi-lenfositik-kronik-B hücreli = Leukemia-lymphocytic-chronic-B-Cell ; Lösemi-miyeloid = Leukemia-myeloid ; Philadelphia kromozomu = Philadelphia chromosome ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; RNA = RNA

Özet:
Kronik miyeloid lösemi (KML), miyeloid hücrelerin anormal olarak çoğalmasıyla oluşan bir kök hücre hastalığıdır. Kronik miyeloid lösemide 9. ve 22. kromozomlar arasında görülen ve 22. kromozomun q11 bandı (BCR geni) ile 9. kromozomun q34 bandının (ABL1 geni) katıldığı translokasyon sonucu Philadelphia kromozomu (Ph) oluşur. Ph pozitif hücre, klonunun çoğalmasına ve lökositoza neden olur. KML'de kromozomların farklı noktalarında kırıklar oluşabilmektedir ve bu değişik kırıkların füzyonları sonucunda farklı onkogenik ürünler ortaya çıkmaktadır. Farklı BCR::ABL1 füzyonları sonucunda oluşan farklı RNA transkriptlerinin translasyonu, hastalığın biyolojik özelliklerini ve tedavi yanıtını etkileyebilecek farklı protein tirozin kinazların (PTKs) üretimi ile sonuçlanır. Bu çalışma ile farklı BCR::ABL1 transkriptlerinin tanı, tedavi, hastalığın seyri ve nüks durumları üzerindeki etkisinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmaya KML tanısı almış n=125 hastaya ait örneklem zamanları bulunan toplam 182 örnek dahil edilmiştir. Bu örneklerin 111 tanesi tanı sonrası Ph (+) olan takip, 72 tanesi ise direnç anı kan örnekleridir. Tüm örnekler p210 (e14a2, e13a2, e14a3, e13a3), p190 (e1a2, e1a3), p230 (e19a2, e19a3) füzyonları açısından ters transkriptaz PZR yöntemiyle taranmıştır. İlk geliş örneklerinde e14a2 %48,6, e13a2 %35,1, e14a2/e13a2 birlikteliği %15,3, e13a2/atipik birlikteliği %0,9 olarak saptanmıştır. Direnç anı örneklerinde e14a2 %59,2, e13a2 %22,5, e14a2/e13a2 %8,4, e14a2/e1a2 %1,4 e13a2/e1a2 %1,4, e14a2/e19a2 %4,2, e14a2/e13a2/e1a2/e19a2 %1,4 ve e13a2/e18a2  %1,4 olarak belirlenmiştir. İlk geliş örnekleri, direnç anı örnekleri ile karşılaştırıldığında; direnç anı örneklerinde e13a2 ve e14a2/e13a2 sıklığının azaldığı, e14a2 füzyonunun sıklığının arttığı ve atipik nadir transkriptlerin varlığı görülmektedir. Buna göre, e14a2 füzyonunun ve atipik nadir transkriptlerin KML'de direnç ve düşük tedavi yanıtı ile ilgili olduğu düşünülmektedir.

Abstract:
Chronic myeloid leukemia (CML) is a stem cell disease which develops with abnormal proliferation of myeloid cells. In CML, Philadelphia chromosome(Ph) is formed by translocation between q11 band of 22nd chromosome (BCR gene) and q34 band of 9th chromosome (ABL1 gene). Ph(+) cell induces clone proliferation and leucocytosis. In CML, fractures maybe occurred at different points of chromosomes and fusions of different fractures conclude different oncogenic products.Translation of each RNA transcripts from different BCR::ABL1 fusions results in different protein tyrosine kinases(PTKs). These PTKs can potentially affect biological features of disease and response to therapy.This study aimed to determine effects of different transcripts on diagnosis, treatment, course of disease and recurrence.Our study involved 182 samples which included different time points samples of 125 patients with CML. 111 of blood/bone marrow samples were Ph(+) diagnosis/follow up samples and 72 of 182 samples were collected during therapy resistance. All samples was evaluted by using RT-PCR in terms of p210(e14a2,e13a2,e14a3,e13a3), p190(e1a2,e1a3) and p230(e19a2,e19a3) fusions. In first admission samples, e14a2 %48,6, e13a2 %35,1, e14a2/e13a2 coexpression %15,3, and e13a2/atypical %0,9 were determined. In resistant samples, e14a2 %59,2, e13a2 %22,5, e14a2/e13a2 %8,4, e14a2/e1a2 %1,4 e13a2/e1a2 %1,4, e14a2/e19a2 %4,2, e14a2/e13a2/e1a2/e19a2 %1,4 ve e13a2/e18a2  %1,4 was detected.When primary samples compared with resistant samples; in resistant samples, the frequency of e13a2 and e14a2/e13a2 decreased, the frequency of e14a2 fusion increased, and the presence of atypical rare transcripts was observed. Accordingly, e14a2 fusion and atypical rare transcripts may be associated with resistance and low treatment response in CML.