Gastroduodenal patolojilerle Helicobacter Pylori CagL (Sitotoksinle ilişkili Gen L) Polimorfizmi ilişkisi
Relationship between gastroduodenal pathologies and Helicobacter Pylori CagL (Cytotoxin associated Gene L) Polymorphism
Yazar: DOĞUKAN ÖZBEY
Danışman: PROF. DR. BEKİR S. KOCAZEYBEK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dispepsi = Dyspepsia ; Duodenal hastalıklar = Duodenal diseases ; Duodenum = Duodenum ; Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Helicobacter pylori = Helicobacter pylori ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Giriş: Helicobacter pylori'nin (Hp) patogenezinde, cagA onkoproteinin, T4SS ile mide epiteline tutunması, sitotoksinle ilişkili CagL proteini ve konak hücrenin α5β1 integrin reseptörleri arasında gerçekleşir ve cagL proteinin, hiperdeğişken motif (cagLHM)'indeki polimorfizmlerin çeşitli gastroduodenal (GD) patolojilerin gelişim riskini arttırdığı ileri sürülmektedir. Bu çalışmada, gastrik kanser (GK)'li, duodenal ülser (DÜ)'li ve non-ülser dispepsi (NÜD)'li olgulardan elde edilmiş Hp DNA'larında bulunan CagL proteininin amino asit polimorfizmlerinin, GK ve DÜ gibi GD patolojiler ve kontrol grubu NÜD ile ilişkilerinin irdelenmesi ve bu ilişkinin Türkiye'ye özgü karakteristik özelliklerine dönük bir bakış açısının getirilmesi amaçlanmıştır.
Materyal ve Metod: cagL pozitif 19'u GK, 16'sı DÜ ve 26'sı NÜD hastalarının biyopsilerinden izole edilmiş Hp DNA izolatlarında cagL bölgesi Nested-PCR'la tanımlandı. cagL bölgesinin (özellikle CagLHM) nükleotid dizilerinin belirlenmesi Sanger dizi analiziyle, tek sıra a.a. ve kombinasyon tipi polimorfizmlerin saptanması ise MEGA7.0 programıyla yapıldı. 
Bulgular: GK'lilerde en sık D58/K59 iki sıralı a.a polimorfik kombinasyonu (AAPK) saptanmış, farklı iki istatistikte (tek ve çok değişkenli) anlamlı olarak sırasıyla p=0,0001, OR=42 ve p=0,0004, OR=8,9 belirlenmiştir. Toplam çalışma grubunda (GK+DÜ) ise yine aynı AAPK anlamlı olarak p=0,001, OR=6,5 belirlenmiştir. Diğer tek sıra ve AAPK'ler ile cinsiyet ve yaş bağımsız değişkenleriyle ilişkili anlamlı bir veri saptanamamıştır. 
Sonuç: GD patolojiler ve CagLHM bölgesi polimorfizmlerinin ilişkisine dönük Türkiye'den ilk kez bildirilen ve literatürde hiç olmayan bazı verilerin (cinsiyet ve yaş ilişkisi) de olduğu bu çalışmada özellikle D58/K59 AAPK'nin GK'lilerde bağımsız bir risk faktörü olarak saptanması ile birlikte coğrafik bölge olarak Doğu ülkeleri popülasyon özellikli olmasının da bir veri olarak öneminin olduğunu düşünmekteyiz. Ayrıca GK ile ilgili bu verimizin, daha fazla olgulu prospektif çalışmalarla hem ülkemizin hem de yurtdışı farklı coğrafik bölgelerden desteklenmesiyle, olasılıkla optimal tedavi için GK riski yüksek olan Hp(+) olguların tanımlanmasını kolaylaştırabileceği gibi yeni tedavi amaçlı terapötiklerin geliştirilmesine de katkı sunabileceği kanaatindeyiz.

Abstract:
Introduction: In Helicobacter pylori (Hp) pathogenesis, binding of bacterium to the host epithelial cell surface for the translocation of CagA oncoprotein via T4SS, occurs between cyototoxine asociated gene L (cagL) protein and integrin α5β1 receptor of  the host cell and it was suggested that some polymorphisms in hypervariable motif of CagL protein (CagLHM) may increase the risk for the development of the various gastroduodenal pathologies. In this study, we aimed to evaluate the associations of gastroduodenal pathologies like gastric cancer (GC), duodenal ulcer (DU) and non-ulcer dyspepsia (NUD) with the amino acid polymorphisms of CagL protein detected in Hp DNAs isolated from the cases with GC, DU and NUD and also try to give a perspective for Turkey-spesific characteristics of this relationship
Material-Method: cagL regions of Hp DNAs isolated from the biopsies of 19 GC patients, 16 DU patients and 26 NUD patients were identified by Nested PCR. Nucleotide sequences of cagL regions (especially CagLHM) were determined by Sanger Sequencing method, and single row and combination type polymorphisms were determined by using a MEGA7.0 programme.
Results: D58/K59 two-row amino acid polymorphic combination (AAPC) was the most frequently detected AAPC among GC cases and it was detected significantly higher in GC cases by using two different statistical analysis (univariate and multivariate), as, p=0,0001, OR=42 and p=0,004 OR=8,9, respectively. In the total study group (GC+DU), the same AAPC was also detected significantly higher as p=0,001, OR=6,5. No significant difference was detected between the groups when using independent variables such as other single row polymorphisms, AAPCs, gender and age.
Conclusions: We suggest that the detection of D58/K59 two-row AAPC as an independent risk factor among GC cases and considering this as belong to the Eastern population characteristic according to the geographical region is a very important data of this study which is first time ever in Turkey and includes some new data (gender and age association) which are totally absent in the literature. Additionally, we believe that our data which are related to the GC, will support and ameliorate the diagnosis of Hp (+) cases  with high GC risk for optimal treatment and  the development of new therapeutics by the addition of new prospective studies which will be employed in our country and abroad with high number of cases.