Hatay ve Tekirdağ illeri bağ alanlarında odun dokusunda deformasyona (Rugose wood) neden olan virüslerin serolojik ve moleküler yöntemlerle saptanması ve karakterizasyonu
Serological and molecular detection and characterization of viruses, which are causal agents of wood deformation (Rugose wood) in grapevine producing areas in Hatay and Tekirdağ provinces
Yazar: BAHAR TUNÇ
Danışman: PROF. DR. MONA GAZEL
Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bağ yetiştiriciliğinin oldukça önemli olduğu Hatay ve Tekirdağ illerinde yetiştirilen farklı bağ çeşitlerinde odun deformasyonuna neden olan etmenleri araştırmak amacıyla 2015-2016 yıllarında çalışmalar yürütülmüştür. Yerli ve yabancı bağ çeşitlerinden olmak üzere Hatay'dan toplam 100, Tekirdağ'dan 133 örnek alınmıştır. Odun deformasyonuna neden olan etmenlerden Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD) ve Grapevine rupestris stem pitting associated virus (GRSPaV)'leri DAS-ELISA ve/veya RT-PCR yöntemleri ile araştırılmıştır. DAS-ELISA sonuçlarına göre Hatay'da farklı bağ çeşitlerinde GVA %4,77 enfeksiyon oranında bulunurken, Tekirdağ ilinden alınan örneklerin hiçbirisinde GVA saptanamamıştır. Hatay ve Tekirdağ illerinden alınan bağ örneklerinin RT-PCR yöntemiyle testlenmesi sonucu sırası ile en çok GVA (%69 ve %17), ve GRSPaV (RSP48-49 primeri ile %39 ve %40,6; RSP13-14 primeri ile %41 ve %12,96) bulunmuştur. GVD sadece Hatay ilinde %4 enfeksiyon oranıyla saptanırken GVB testlenen örneklerde bulunamamıştır. En çok rastlanan çoklu enfeksiyonlar ise GVA+GRSPaV (Hatay'da %37, Tekirdağ'da %12) olarak belirlenmiştir. Yapılan RT-PCR analizleri sonucunda GVA (429 bp), GVD (852 bp) RSPaV48-49 (330 bp) ve RSPaV13-14 (339 bp) için beklenen düzeyde DNA amplifikasyonları gözlenmiştir. GRSPaV'ünün seçilen 4 izolatının DNA dizilemesi yapılmış ve Gen Bankasında kayıtlı referans izolatlarla % 98-99 oranında benzerlik gösterdiği saptanmıştır.

Abstract:
Causal agents of rugose wood were investigated in different grape cultivars in Hatay and Tekirdağ provinces where grapeevine cultivation is very important in 2015-2016. Totally 100 samples from Hatay and 133 samples from Tekirdağ were collected from foreign and local grape cultivars. Causal agents of rugose wood, Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD) and Grapevine rupestris stem pitting associated virus (GRSPaV) were tested by DAS-ELISA and/or  RT-PCR. According to DAS-ELISA results, GVA was detected with 4,77% infection rate in different grapevine cultivars in Hatay. All tested samples were found negative for GVA in Tekirdağ province. In RT-PCR analysis, the most common virus in Hatay and Tekirdağ provinces was found as GVA (69% and 17%), GRSPaV( with RSP48-49 primer pairs 39% and 40,6%; with RSP13-14 primer pairs 41% and 12,96%). GVD was found only in Hatay province with 4% infection rate and GVB was not found in all tested samples. The most encountered multiple infections were detected GVA+GRSPaV (in Hatay 37%, in Tekirdağ 12%). In RT-PCR analysis of DNA amplification of viruses, GVA (429 bp), GVD (852 bp) RSPaV48-49 (330 bp) ve RSPaV13-14 (339 bp) were obtained. Selected four isolate of GRSPaV were sequenced and they showed 98-99% homology with the reference isolates deposited in GeneBank