Siyah Alaca sığırlarda süt veriminin genetik parametre tahmininde kullanılan istatistik yaklaşımların karşılaştırmalı analizi
Comparison of different methods to estimate genetic parameters of milk yields in Holsteins
Yazar: ÇİĞDEM TAKMA
Danışman: PROF. DR. YAVUZ AKBAŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2005
Konu: Zooloji = Zoology

Özet:
Bu çalışma, Siyah Alaca sığırlarda süt veriminin genetik parametre tahmininde kullanılan farklı yaklaşımların incelenmesi amacıyla yürütülmüştür. Genetik parametre tahminleri üzerine söz konusu yöntemlerin etkisi araştırılmış ve tartışılmıştır. Bu amaçla, tek özellikli (TEK, 305HYS, TDHYS2), tekrarlamalı (TDHYS4, TDHYS5, TDHTD5), çok özellikli (MTHYS5 ve MTHTD5), şansa bağlı regresyon (RRHTD5) ve kovaryans fonksiyonu (CF) modelleri kullanılmıştır. Araştırmada, Tahirova, Dalaman ve Türkgeldi Tarım işletmesi ile Sarımsaklı Çiftliği'nde yetiştirilen Siyah Alaca ırkı sığırların denetim günü kayıtlan değerlendirilmiştir. Buzağılama tarihi 1987 ve 1993 yılları arasında olan toplam 612 ineğin 5918 adet ilk laktasyon denetim günü kaydı kullanılmıştır. TEK modeli ile Sarmısaklı işletmesindeki 100, 200 ve 305 günlük süt veriminin kalıtım derecesi tahminleri, diğer işletmelere göre yüksek bulunmuştur. 305HYS modeli ile 305 günlük süt veriminin kalıtım derecesi 0.26 olarak tahminlenmiştir.VI TDHYS2 modeli ile denetim günü süt verimlerinin bağımsız analizi sonucunda, varyasyon katsayıları 305HYS modeline göre yüksek tahminlenmiştir. TDHYS2 modelinde denetim günü süt verimlerinin kalıtım derecesi ise 0.01 ile 0.39 arasında tahminlenmiştir. Ayrıca, yedi, sekiz ve dokuzuncu denetim günü süt verimlerine ait kalıtım dereceleri, 305 günlük süt veriminin kalıtım derecesi tahmininden yüksek bulunmuştur. Tekrarlamak TDHYS4, TDHYS5 ve TDHTD5 modellerinden elde edilen varyasyon katsayıları sırasıyla 19.39, 19.50 ve 19.62 ve kalıtım dereceleri 0.12, 0.19 ve 0.20 olarak tahminlenmiştir. Hata varyansları ise TDHYS4 ve TDHYS5 modellerinde aynı düzeyde (8.40), TDHTD5 modelinde 7.36 olarak tahminlenmiştir. Çok özellikli MTHYS5 ve MTHTD5 modellerinde denetim günlerine ait varyasyon katsayıları sırasıyla 20.48 ile 37.14; 14.10 ile 21.22 arasında ve hata varyansları 8.08 ile 1.32 ve 0.14 ile 7.94 arasında tahminlenmiştir. MTHYS5 ve MTHTD5 modelleri ile denetim günleri arasındaki genetik korelasyonlar sırasıyla 0.20 ile 0.97 ve 0.08 ile 0.95 arasında, fenotipik korelasyonlar 0.14 ile 0.77 ve 0.05 ile 0.76 arasında ve kalıtım dereceleri ise 0.59 ile 0.89 ve 0.52 ile 0.98 arasında tahminlenmiştir. RRHTD5 modelinde hata varyansı tüm yaşlar boyunca sabit varsayılmış ve 1.91 olarak tahminlenmiştir. Denetim günleri arasındaki eklemeli genetik korelasyonlar -0.02 ile 0.96 arasında, fenotipik korelasyonlar 0.14 ile 0.79 arasında ve kalıtım dereceleri ise 0.35 ile 0.55 arasında tahminlenmiştir. CF modelinde ilk üç özdeğerin, genetik varyansın büyük bir bölümünü açıklaması nedeniyle, ilk üç özfonksiyon daha büyük birVII öneme sahiptir. Diğer yandan, ilk yedi özfonksiyon, denetim günleri boyunca sabit, sekiz, dokuz ve onuncu özfonksiyonlar dalgalı bir seyir izlemiştir. Bu nedenle, özdeğerler ve özfonksiyonların seyri dikkate alındığında, herhangi bir denetim günündeki süt verimine göre yapılacak seleksiyonun diğer denetim günlerindeki süt verimlerini de artıracağı anlaşılmaktadır. Modellerin karşılaştırılmasında her modelin maksimum log olabilirlik değeri (log L) ile Akaike Bilgi Kriterinden (AIC) yararlanılmıştır. Bu iki kriter bakımından modeller iyiden kötü uyuma doğru sıralandığında, 305HYS, TDHYS2, MTHYS5, MTHTD5, RRHTD5, TDHYS4, TDHYS5 ve TDHTD5 sıralaması elde edilmiştir. Sonuç olarak, düşük hata varyansına sahip olması, veri setine iyi uyum sağlaması ve bireysel laktasyon eğrilerinin genetik değerlendirilmesine imkan tanıması nedeni ile, denetim günü süt verimlerinin genetik değerlendirilmesinde RRHTD5 modelinin kullanımı önerilmiştir. Anahtar sözcükler: Denetim günü süt verimi, kalıtım derecesi, genetik korelasyon, tek özellikli model, tekrarfamalı model, çok özellikli model, şansa bağlı regresyon modeli, kovaryans fonksiyonu modeli

Abstract:
This study was conducted to compare different methods for estimation of genetic parameters of milk yields in Holsteins. The effects of the methods on genetic parameters were examined and discussed. Univariate (TEK, 305HYS, TDHYS2), repeatability (TDHYS4, TDHYS5, TDHTD5), multivariate (MTHYS5 ve MTHTD5), random regression (RRHTD5) and covariance function (CF) models were used and compared. The test day milk yields collected from Tahirova, Dalaman, Türkgeldi and Sarmısaklı State Farms were analysed. The data set consisted of 5918 first lactation records of 612 Holstein Friesian cows calving between 1987 and 1993. The heritability estimates for 100, 200 and 305 day milk yields from TEK model were higher in Sarmısaklı State Farm than other farms used in terms of results. The heritability for 305 day milk yields was 0.26 from 305HYS model. The phenotypic coefficients of variation for test day milk yields were higher from TDHYS2 model than those from 305HYS model. The heritabilities of test day milk yields were changedIX between 0.01 and 0.39. Also, the heritabilities of seventh, eighth, ninth test day milk yields were higher than the heritability of 305 day milk yield. The coefficients of variation and heritability estimates from TDHYS4, TDHYS5 and TDHTD5 models were 19.39, 19.50, 19.62 and 0.12, 0.19, 0.20, respectively. The error variances from TDHYS4 and TDHYS5 models were same (8.40) and the error variance of TDHTD5 model was 7.36. The coefficients of variation for test day milk yields from MTHYS5 and MTHTD5 models were changed from 20.48 to 37.14; from 14.10 to 21.22 and error variances from 8.08 to 1.32; from 0.14 to 7.94, respectively. The genetic correlations between test day milk yields from these models were found between 0.20 and 0.97; between 0.08 and 0.95, respectively. The phenotypic correlations between test day milk yields were between 0.14 and 0.77; between 0.05 and 0.76 and the heritabilities were between 0.59 and 0.89; between 0.52 and 0.98, respectively. In RRHTD5 model, the error variance was assumed to be constant for all ages and estimated as 1.91. Additive genetic and phenotypic correlations and heritabilities of test day milk yields at different ages were changed -0.02 and 0.96; 0.14 and 0.79; 0.35 and 0.55, respectively in the same model. In CF model, the first three eigenfunctions are more important because the first three eigenvalues explained major part of the genetic variance. The first seven eigenfunctions, on the otherhand, show a constant tendency troughout all test days. Seventh, ninth and tenth eigenfunctions show wiggly structureX through all test days. Therefore, selection for milk yield at any test day will improve milk yields on all test days. Maximum Log Likelihood values of models and Akaike's Information Criterion (AIC) were used for comparison of models. Models were ordered as 305HYS, TDHYS2, MTHYS5, MTHTD5, RRHTD5, TDHYS4, TDHYS5 and TDHTD5 in terms of these two criterias from good to bad fit. In conclusion, RRHTD5 model was recommended to estimate genetic parameters of test day milk yields because RRHTD5 model has small error variance, good fit to the data and allows genetic evaluation of individual lactation curves. Keywords: Test day milk yield, heritability, genetic correlation, univariate model, repeatability model, multivariate model, random regression model, covariance function model.