Hastane kaynaklı Pseudomonas aeruginosa Suşlarının SDS- PAGE ve PFGE Yöntemleri ile karakterizasyonu
Characterization of hospital -acquired Pseudomonas aeruginosa strains with SDS-PAGE and PFGE methods
Yazar: TÜLİN GÜVEN
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
P.aeruginosa, gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde özelikle hastane
kökenli infeksiyonlarda en önemli ajanlardan biridir. Hastanede yatış
süresinin uzaması ve tedavi maliyetindeki artış hastane infeksiyonlarını hem
gelişmekte olan hem de gelişmiş ülkelerde önemli hale getirmiştir.
P.aeruginosa enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı, hastane
enfeksiyonlarının en aza indirilmesi ve etkili bir tedavi planının
oluşturulması açısından önemlidir. Ancak, P. aeruginosa enfeksiyonlarının
yüksek prevelansı nedeni ile kökenleri birbirinden ayırabilen yöntemlerle
suşlarının tiplendirilmesi, en az izolasyon ve identifikasyon kadar değerlidir.
Fenotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirlik düzeyinin düşük
olması, suşları ayrım gücünün zayıf olması ve fenotipik olarak aynı ama
genotipik olarak farklı suşları ayırt edememektedir. Bu sebeple son yıllarda
tekrarlanabilirlik düzeyi ve suşları ayrım gücü yüksek, ayrıca fenotitpk
profildeki değişimleri genom düzeyinde inceleyen genotipik yöntemler
kullanılmaktadır.
Bu çalışmada hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının
tiplendirilmesinde, fenotipik yöntemler ile genotipik yöntemlerin yeri ve
değeri araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmaya, Kasım-2006 ile Eylül-2007
tarihleri arasında kalan toplam 10 aylık süre içerisinde P.aeruginosa?nın neden
olduğu hastane enfeksiyonu örneklerinden izole edilen toplam 24 örnek dahil
edilmiştir. İzolatlara Kirby-Bauer yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testi
yapıldı ve oluşan profillere göre antibiyotipleme uygulandı. İzole edilen
suşlar PFGE ve SDS-PAGE yöntemleri ile incelendi. Jel elektroforezinde
gösterdikleri DNA ve protein profiline göre tiplendirme yapıldı.
Çalışma sonunda antibiyotipleme ile 24 izolattan 20 tip, SDS-PAGE
yöntemi ile 13 tip ve PFGE yöntemi ile de 20 tip belirlendi. Sonuç olarak
hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde genotipik
tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirliği, ayrım gücü ve genom
düzeyinde tiplendirme yapabilmesi nedeni ile daha duyarlı olduğu sonucuna
varıldı.
Anahtar Sözcük: P.aeruginosa tiplendirme, fenotipik tiplendirme,
genotipik tiplendirme, SDS-PAGE, PFGE.

Abstract:
P.aeruginosa is one of the most significant agent of hospital-acquired
infections. Because of increased length hospitalization and cost of treatment ,
hospital infections are very important in developing and also in developed
countries.
Microbiologic diagnosis of P.aeruginosa infections is necessary for
decreasing of hospital infections and developing an effective treatment
plan.Because of high prevalance of P.aeruginosa infections, typing of strains with
molecular methods is very important as well as isolation and identification of
P.aeruginosa. Because of low reproducibility and discriminatory ability,
phenotypic identification methods could not distinguish similar phenotypic strains
with different genotypes.Recently, genotypic methods which analysed genom
properties for phenotypic variations have been using for identifications.
In this study, ıt?s aimed to investigate relationship of phenotypic and
genotypic methods for identification of hospital-acquired P.aeruginosa strains. A
total of 24 P. aeruginosa isolates which isolated from hospital-acquired infections
over a ten- month period from November 2006 to September 2007 were included.
Isolates were characterized by antibiotyping as determined by the disk diffusion
method (Kirby-Bauer).
PFGE and SDS-PAGE method were performed with isolated strains PFGE
patterns obtained from twenty four pseudomonal strains were analysed. Typing of
isolates were made according to DNA and protein profile.
Of 24 P.aeruginosa isolates, 20 types were evaluated with antibiotyping, 13
type with SDS-PAGE and 20 type with PFGE methods.
As a result, genotyping methods have more sensitivity because of
reproducibility, discriminatory ability and allowing to typing at the base of genom
properties.
Key words: P.aeruginosa typing, phenotyping, genotyping, SDS-PAGE, PFGE.