Sepsisin mikrobiyolojik tanısında farklı yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of different methods in the microbiological diagnosis of sepsis
Yazar: AYSUN GÖRKEM
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA ALTAY ATALAY
Erciyes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Kan testleri = Hematologic tests ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Sepsis = Sepsis ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
Amaç: Sepsis ciddi seyirli enfeksiyonlardan biri olup, yüksek mortalite ve morbidite sebebidir. Tanının hızla konarak tedaviye başlanması önemlidir. Bu çalışmada sepsisin tanısında mikroarray tabanlı bir yöntem ile rutin kan kültürü yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanelerinde servis ve yoğun bakım ünitelerinde yatmakta olan hastalardan gelen, tekniğine uygun olarak alınmış kan kültürleri BacT/Alert3D (bioMerieux, Fransa) otomatize kan kültürü sisteminde inkübe edildi. Üreme olduğu saptanan 52 kan kültürü şişesinden uygun besiyerlerine alt kültürler yapıldı ve rutin tanımlama testleri uygulandı. Üreme olan şişelerden aynı anda mikroarray yöntemi ile çalışılması amacıyla 1ml kan alındı ve saati not edilerek Verigene sisteme ( Nanosphere, Inc., Northbrook, IL, USA ) yerleştirildi. On iki Gram-pozitif bakteri ve 3 direnç genini tespit eden Verigene Gram-pozitif kan kültürü ( BC-GP ) testi ve 9 Gram-negatif bakteri cins/türü ve 6 antibiyotik direnç genini tespit eden Verigene Gram-negatif kan kültürü ( BC-GN) testi kullanılarak sonuçlar değerlendirildi.
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 31'i kadın (% 59,6), 21'i erkek (% 40,4) hastanın yaş ortalaması 45.78 (0-89) idi. Hastaların % 74'ü nozokomiyal % 26'sı toplum kaynaklı sepsis tanısı aldı. Sepsis atağı sırasında laboratuvara gönderilen kan kültürlerinin rutin sonuçları mikroarray yöntemi sonuçları ile karşılaştırıldığında, iki yöntem arasında istatistiksel olarak yüksek oranda (%96) uyum olduğu görüldü. Aynı zamanda sonuçlanma süreleri ortalamaları bakımından karşılaştırıldığında, iki yöntem arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark olduğu görüldü ( p< 0.001 ).
Sonuç: Verigene kan kültürü testlerinin sık karşılaşılan patojenler için uygun ve doğru bir yöntem olduğu belirlendi. Ayrıca bu yöntemin hastaların tedavi sürelerini azaltma potansiyeline sahip olduğu sonucuna varıldı. Sepsis tanısının sık konulduğu, antibiyotik kullanımının yaygın olduğu bölümlerde klinisyene hızlı sonuç verebilmesi büyük avantajdır. Rutinde bu sistemin kullanımının önündeki en büyük engel yüksek maliyeti olarak görülmektedir.

Anahtar kelimeler: Kan kültürü, mikroarray yöntemi, sepsis

Abstract:
Aim: Sepsis, is one of the severe infectious diseases and is the cause of high mortality and morbidity. It is important to diagnose rapidly and start therapy. In this study, we aimed to compare results of routine blood tests and a method which is microarray based in diagnosis of sepsis.
Materials and Methods: We incubated blood cultures with BacT/Alert3D (bioMerieux, Fransa) automated blood culture system which are taken technically correct from patients who are taking medical care services and intensive care units in Erciyes University Medical School. Subcultures were made to appropriate media from 52 growth-detected blood cultures and routine identification tests were applied. At the same time we took 1 ml blood sample from growth-detected blood cultures and studied with Verigene system ( Nanosphere, Inc., Northbrook, IL, USA ) by recording time.  We evalutued the results using Verigene Gram-positive bacteria blood culture tests        ( BC-GP ) which can detect 12 Gram-positive bacteria and 3 drug resistance gene and Verigene Gram-negative bacteria blood culture tests ( BC-GN ) which can detect 9 Gram-negative bacteria and 6 drug resistance gene. 
Results: Thirty-one female patients (59.6 %) and 21 male patients (40.4%) were included in this study and the mean age was 45.78 (0-89)  years. 74% of patients were diagnosed with nosocomial sepsis and 26% were diagnosed with community acquired sepsis. When we compared the routine blood culture test results taken in the sepsis attack with the microarray method results, statistically high rate (96%) of coherence was found. Meanwhile when we compared the average completion time between these tests we found a statistically significant difference ( p< 0.001 ).
Conclusion: We determined that Verigene blood culture tests are convenient and accurate for the commonly encountered pathogens. Also concluded that this method have the potential for reducing the duration of the treatment of patients. It is an important advantage of this test can provide fast results to clinicians in the departments where sepsis is diagnosed and antibiotic theraphy is used commonly. The biggest challenge of this method is its high cost for using routinely.

Key Words: Blood culture, microarray method, sepsis