Saros Körfezi'nde yaşayan Akdeniz taş mercanı (Cladocora caespitosa linnaeus, 1767)'nın kültüre edilebilir bakteriyel mikrobiyotasının tespiti
Determination of the cultivable bacterial microbiota of the Mediterranean stony coral (Cladocora caespitosa linnaeus, 1767) living in Saros Bay
Yazar: İDİL ELİF YEL
Danışman: DOÇ. DR. REMZİYE EDA YARDIMCI
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Yetiştiriciliği ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Su Ürünleri Hastalıkları Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Deniz Bilimleri = Marine Science ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Su Ürünleri = Aquatic Products

Özet:
Bu çalışmada Akdeniz taş mercanı Cladocora caespitosa kolonilerinin kültüre edilebilir 
bakteriyel mikrobiyotası tespit edilerek patobiyomu araştırılmıştır. Uluslararası Doğayı 
Koruma Birliği (IUCN) "kırmızı liste" altında sınıflandırılan bu türün Saros Körfezi'nde sağlıklı 
ve beyazlaşmış/nekrotik mercan kolonilerinin tespit edildiği istasyonlarda (6 sağlıklı/6 
hastalıklı) toplam 12 koloniden tüplü dalış ile örneklemeler gerçekleştirilmiştir. Toplam aerobik 
mezofilik bakteri (TAMB) yükü standart bakteriyolojik metotlar ile hesaplanmış ve azaltma 
ekimler yapılarak bakteriyel koloniler saflaştırılmıştır. Kültür yöntemi ile elde edilen bakteriyel 
izolatların identifikasyonu konvansiyonel fenotipik tanı testleri ve hızlı identifikasyon kiti API 
20E kullanılarak belirlenmiş ve 16S rRNA gen dizilimi ile doğrulanmıştır. Sağlıklı mercanlarda 
Shewanella waksmanii, S. pealeana, Bacillus velezensis, Metabacillus indicus, Vibrio 
breoganii, V. gigantis, V.o fortis, Vibrio sp.; hastalıklı mercanlarda V. coralliirubri, V. 
campbellii, V. scophthalmi, V. crassostreae, V. comitans, V. gigantis, Vibrio sp., Enterovibrio 
norvegicus, Leisingera metilohalidivorans ve L. aquimarina türleri tespit edilmiştir. Bakteriyel 
türler arasında S. waksmanii  ve V. gigantis hem sağlıklı hem de hastalıklı kolonilerden izole 
edilmiştir. Özellikle hasta mercanlardan elde edilen sonuçlarda, mercanlardaki Vibrio 
popülasyonlarının dinamik olduğu ve toplulukların türler arası rekabetle şekillendiğini ortaya 
koymuştur.

Abstract:
In this study, the culturable bacterial microbiota of the stony coral (Cladocora caespitosa) 
colonies was determined and its pathobiome was investigated. A total of 12 colonies (6 
healthy/6 diseased) of stony coral species, classified as "endangered" in the International Union 
for Conservation of Nature (IUCN) red list, were sampled by scuba diving at stations where 
both healthy and bleached/necrotic colonies were previously determined in Saros Bay. Total 
aerobic mesophilic bacteria (TAMB) was calculated using standard bacteriological methods 
and pure bacterial isolates were obtained by re-streaking. Conventional biochemical and 
physiological tests, rapid identification kit API 20E and 16S rRNA gene sequencing were used 
to identify the isolates. While Shewanella waksmanii, S. pealeana, Bacillus velezensis, 
Metabacillus indicus, V. breoganii, V. gigantis, V. fortis and Vibrio sp. were detected in healthy 
corals; V. coralliirubri, V. campbellii, V. scophthalmi, V. crassostreae, V. comitans, V. gigantis, 
Vibrio sp., Enterovibrio norvegicus, Leisingera metilohalidivorans and L. aquimarina species 
were also been detected in diseased corals. Among these bacterial species, S. waksmanii and V. 
gigantis species were observed in both healthy and diseased colonies, and it was revealed that 
Vibrio populations, especially in diseased corals, were dynamic and the composition of bacterial 
communities was shaped by interspecies competition.