Sepsis ön tanısı olan hastalarda multipleks real-time polimeraz zincir reaksiyonu testinin etkeni saptamadaki yeri
Detectıon of pathogens ın patıents wıth the predıagnosıs of sepsıs usıng multıplex real-tıme polymerase chaın reactıon system
Yazar: VECİHE DURSUN
Danışman: PROF. DR. AYŞE YÜCE
Dokuz Eylül Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Kan bileşenlerini ayırma = Blood component removal ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sepsis = Sepsis ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
Sepsis, tanı ve tedavisi güç olan, yüksek mortaliteye yol açan bir hastalıktır. Patolojik etkenin hızlı tanısı için, gelişmiş laboratuvar teknikleri gereklidir. Sepsis tanısında altın standart olan kan kültürünün duyarlılığının düşük olması ve geç sonuçlanması nedeniyle sepsis kuşkusu olan hastaların çoğunda etken mikroorganizmalar izole edilememektedir; bu nedenle yeni yöntemler geliştirilmiştir. Patojenlerin nükleik asitlerinin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile izolasyonu sepsiste tanı konulma süresini kısaltmaktadır. Klasik PZR yöntemlerine göre daha yeni bir tetkik olan multipleks real-time polimeraz zincir reaksiyonu testinin sensitivitesi daha yüksektir.
Bu çalışmanın amacı, sepsis ön tanısı olan hastalarda multipleks real-time PZR yönteminin tanısal gücünü saptamak ve tedaviye olası etkilerini değerlendirmektir.
Çalışmamız, 8 Nisan - 9 Haziran 2014 tarihleri arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi'nde yatarak izlenen ve sepsis tanısı alan 76 hastanın toplam 96 sepsis atağına ait örneklerini kapsayan prospektif bir araştırmadır. Kan kültürleri Bactec (BD, Sparks, MD, ABD) tam otomatik kan kültürü sistemine alındı. Bakteriyel DNA ve fungal genom multipleks real-time PZR (LightCyler SeptiFast, Roche Diagnostics) yöntemi ile araştırıldı.
Çalışmaya alınan 76 (43 erkek) hastanın yaş ortalaması 71.95 ± 15.62 (30-100 yaş) idi. Sepsis ataklarında kan kültürü ve PZR yöntemi ile etken mikroorganizmayı saptama oranı sırasıyla %27.1 ve %35.4 olarak bulundu. Doksan altı sepsis atağında kan kültürü ve PZR yöntemi ile toplam 67 mikroorganizma saptandı. Aynı ataklarda, kan kültürü ve PZR yöntemi birlikte 14 mikroorganizma izole edildi. Kan kültürü ile, PZR yönteminin saptayamadığı 16'sı etken, 8'i kontaminasyon olarak değerlendirilen toplam 24 mikroorganizma türü izole edildi. Diğer taraftan PZR yöntemi ile kan kültürünün saptayamadığı 28'i etken, 1'i kontaminasyon olarak değerlendirilen toplam 29 mikroorganizma saptandı.
Sepsis ataklarıda kan kültürü ile PZR sonuçları arasında istatistiksel olarak zayıf derecede uyum olduğu izlendi (Kappa değeri: 0.34).
Polimeraz zincir reaksiyonu sonuçları ile retrospektif olarak değerlendirme yapıldığında toplam 96 sepsis atağında tedavi değişikliği yapılabilecek 17 atak (%17.7) olduğuna karar verildi.
Sonuç olarak, yoğun bakım ünitelerinde sepsis erken tanı ve tedavisinde kan kültürüne ek olarak multipleks real-time PZR yönteminin kullanılmasının faydalı olabileceğini düşünmekteyiz.

Abstract:
Sepsis which has difficulties in diagnosis and treatment, is a serious clinical condition with a high mortality rate. For the rapid diagnosis of the pathologic agent advanced labarotory techniques are crucial. Causative microorganisms can not be isolated in most of sepsis suspected patients because of the low sensitivity and long turnaround time of the gold standard blood culture, so new techniques have been developed. Isolation of nucleic acids of pathogens through polymerase chain reaction (PCR) shortens the time of diagnosis of sepsis. Regarding the classical PCR techniques a new multiplex real-time PCR analysis has higher sensitivity.
The aim of this study is to evaluate the diagnostic performance and the possible effects on treatment of multiplex real-time PCR (LightCycler SeptiFast) analysis in patients with the prediagnosis of sepsis.
This prospective study covered a total of 96 sepsis attacks from 76 patients hospitalized in Dokuz  Eylul University Hospital with sepsis between 8 April - 9 June 2014. Blood cultures were taken into fully automatic blood culture system, Bactec (BD, Sparks, MD, USA). Isolation of nucleic acids of bacteria and fungal genome done with multiplex real-time PCR (LightCyler SeptiFast, Roche Diagnostics).
The mean age of the 76 (43 male) patients was 71.95 ± 15.62 (30-100 years). The rates of detecting microorganism in sepsis attacks by blood culture and PCR analysis were 27.1% and 35.4% respectively. Total of 67 microorganisms were isolated by both methods during 96 sepsis attacks. Fourteen of these microorganisms were isolated by both blood culture and PCR analysis at the same sepsis attacks. Sixteen of  24  strains considered as causative and 8 as contaminant, were isolated by blood culture, but not by PCR method. On the other hand PCR analysis detected a total of 29 microorganisms, 1 of them was considered as contamination, which can not be isolated from blood culture.
We found a weak concordance between blood culture and PCR results for sepsis attacks statistically (Kappa value: 0.34).
When the PCR results retrospectively evaluated in 17 attacks (%17.7) the treatment modality could be changed.
In conclusion we think that multiplex real-time PCR method can be useful for the early diagnosis and treatment of sepsis in addition to blood culture in intensive care units.