Karbapenem dirençli enterik bakterilere yeni antibiyotiklerin in vitro etkinliği
İn vitro effectiveness of new antibiotics against carbapenem-resistant enteric bacteria
Yazar: BETÜL KARS
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
Sakarya Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: Karbapenem dirençli Enterobacterales tedavisinde yeni ve etkili antibiyotiklere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada yeni bir siderofor sefalosporin olan sefiderokolün Klebsiella pneumoniae (K.pneumoniae) ve Escherichia coli (E.coli) suşlarına in vitro etkinliği araştırılmıştır.
GEREÇ VE YÖNTEM: Daha önce klinik örneklerden izole edilmiş, Karbapenemazlardan OXA-48, NMD, KPC, VIM, IMP, (genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL)'lardan CTX-M-1, CTX-M2, CTX-M9, CTX-M8/25, TEM, SHV, OXA-1-benzeri, PER, VEB, GES ve AmpC'lerden FOX, MOX, DHA, CIT, EBC, DHA enzimlerinin varlığı multipleks ve monopleks PZR temelli yöntemlerle, efluks-aracılı direnç ise karbonil siyanid m-klorofenil hidrazon (CCCP) yöntemiyle fenotipik olarak araştırılmıs, 50 E. coli ve 50 K. pneumoniae izolatı ve Gene-Xpert yapılarak karbapenem direnç genlerine (VIM, NDM, OXA-48, KPC, IMP) bakılmış ve boncuklu besiyerinde saklanmış 21 K. pneumoniae olmak üzere toplamda 121 suş çalışmaya dahil edilmiştir. Sefiderokol antimikrobiyal duyarlılık testinin sınuçları, EUCAST kılavuzuna göre değerlendirilmiştir. Antimikrobiyal duyarlılık testinin gerçekleştirildiği demir uzaklaştırılmış katyon ayarlı Mueller Hinton Broth besiyeri, CLSI önerileri doğrultusunda şelatlayıcı reçine ile manyetik karıştırıcıda 6 saat inkübe edilerek hazırlanmıştır.                     
BULGULAR: Tüm izolatlarda karbapenemaz genleri mevcuttur. Çalışmaya dahil edilen toplam 121 izolatın 51'inde (% 42) sefiderokole direnç belirlenmiş olup karbapenem dirençli (KD) E. coli izolatlarının 25'i (% 50), KD K. pneumoniae izolatlarının ise 26'sı (% 36,61) sefiderokole dirençli bulunmuştur. Sefiderokol direnci E. coli izolatlarında K. pneumoniae izolatlarına göre daha yüksek saptanmıştır. 
SONUÇ: Sefiderokol, K. pneumoniae ve E. coli'ye tüm suşlar için toplamda % 57 (121/70) oranında etkilidir. Ancak CLSI kılavuzuna göre değerlendirildiğinde bu oran % 74'e yükselmektedir. Çalışmamızda bulunan suşlar birçok β- laktamaz genini de birlikte taşımaktadır. Bu nedenle KD suşların neden olduğu ciddi enfeksiyon durumlarında sefiderokolün önemli bir antimikrobiyal tedavi olabileceği yorumu yapılmıştır.
Anahtar Kelimeler: Sefiderokol, K. pneumoniae, E. coli, Antibiyotik direnci, Siderofor

Abstract:
INTRODUCTION AND PURPOSE: New and effective antibiotics are needed for the treatment of carbapenem-resistant Enterobacterales. In this study, the in vitro activity of cefiderocol, a new siderophore cephalosporin, against Klebsiella pneumoniae (K.pneumoniae) and Escherichia coli (E.coli) strains was investigated.
MATERIALS AND METHODS: Previously isolated from clinical samples, carbapenemases OXA-48, NMD, KPC, VIM, IMP, extended spectrum beta lactamase (ESBL) CTX-M-1, CTX-M2, CTX-M9, CTX-M8/25, TEM, SHV, OXA-1-like, PER, VEB, GES enzymes from and AmpCs FOX, MOX, DHA, CIT, EBC, DHA 50 E. coli and 50 K. pneumoniae isolates whose presence was determined by multiplex and monoplex PCR-based methods and flow-mediated resistance was determined by the carbonyl cyanide m-chlorophenyl hydrazone (CCCP) method and carbapenem resistance genes (VIM, NDM, OXA-48). , KPC, IMP) were examined with Gene-Xpert and a total of 121 strains were included in the study, including 21 K. pneumoniae strains. Cefiderocol antimicrobial susceptibility test was performed according to EUCAST recommendations. Iron-free cation-adjusted Mueller Hinton Broth medium, in which the antimicrobial susceptibility test was performed, was prepared by incubating with chelating resin in a magnetic stirrer for 6 hours in accordance with CLSI recommendations.
RESULTS: Carbapenemase genes are present in all isolates. Resistance to cefiderocol was determined in 51 of the 121 isolates included in the study (42.14%), and 25 (50%) of the carbapenem resistance (KD) E. coli isolates and 26 (36.61%) of the KD K. pneumoniae isolates were found to be resistant to cefiderocol. Cefiderocol resistance was found to be higher in E. coli isolates than in K. pneumoniae isolates.
CONCLUSION: Cefiderocol is effective against K. pneumoniae and E. coli with a total effectiveness of 57% (121/70) for all strains. However, when evaluated according to the CLSI guideline, this rate increases to 74%. The strains found in our study also carry many β-lactamase genes. Therefore, CR ıt has been commented that cefiderocol may be an important antimicrobial treatment in cases of serious infection caused by strains.
Key Words: Cefiderocol, K. pneumoniae, E. coli, Antibiotic resistance, Siderophore