İncirde (Ficus carica L.) erkek ve dişi genotipler arasındaki genetik çeşitliliğin belirlenmesi ve erkek/dişi bireylere özgü moleküler markır geliştirme
Determination of genetic diversity between male and female genotypes of fig (Ficus carica L.) and development of male/female individual specific molecular markers
Yazar: YELİZ YILMAZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HATİCE İKTEN
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture

Özet:
İncir  (Ficus carica L.) insanlık tarihi boyunca önemli bir besin kaynağı olmuştur, hem kuru hem de taze olarak tüketimi yapılan meyvelerden birisidir. Türkiye incir üretiminde önemli bir yere sahiptir fakat üstün nitelikli incir çeşitlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Yeni incir çeşitleri geliştirmek için yürütülen ıslah çalışmalarında moleküler markırların kullanılması ıslah programının daha hızlı ve etkili ilerlemesine yardımcı olacaktır. Odunsu bitkilerde uzun süren gençlik kısırlığı nedeniyle moleküler markır tespiti ıslah çalışmaları için tek yıllık bitkilerden daha da önemlidir. Ülkemizde meyve türleri gen kaynaklarının tanımlanması ve önemli özellikler için belirteçlerin geliştirilmesi çalışmaları sınırlı sayıdadır. Yapılan bu çalışmada 32 erkek, 32 dişi toplam 64 birey arasındaki genetik çeşitlilik AFLP ve SSR markır sistemleri kullanılarak belirlenmiştir. Çalışmada 42 SSR primer çifti ile elde edilen toplam 138 banttan 113'ü polimorfik bulunmuş ve polimorfizm oranı %  81 olarak hesaplanmıştır, 10 AFLP primer kombinasyonundan ise toplam 905 banttan 374'ü polimorfik olarak elde edilmiştir ve polimorfizm oranı % 41'dir. AFLP ve SSR analizleriyle elde edilen verilerle ayrı ayrı benzerlik indeksleri ve dendogram oluşturulmuş ayrıca AFLP ve SSR verileri birleştirilerek analizler tekrar edilmiştir. AFLP ve SSR analizleri arasındaki korelasyon mantel testine tabi tutulduğunda kabul edilebilir bir sonuç (r=0.58) elde edilmiştir. Dişi ve erkek genotipler arasında polimorfik bantlar veren umut var primerler tespit edilse de cinsiyet ayırımını tam olarak yapabilen bir markır bulunamamıştır. İncirde cinsiyet ayırımı için yakın zamanda geliştirilen CAPS markırı (Mori vd. 2017) ile erkek ve dişi genotipler taranarak markırın farklı genetik kaynaklardaki güvenilirliği hem cinsiyeti önceden bilinen koleksiyondan alınan genotiplerde hem de Bursa Siyahı x Ak İlek melezlemesi sonucu elde edilen F1 popülasyonunda test edilmiştir.

Abstract:
The fig (Ficus carica L.) has been an important food source throughout human history used for both dry and fresh consumption. Turkey has an important place in the world fig production and exportation. To maintain its position in the world market, developing superior varieties is a necessity. The use of molecular markers in breeding studies will help the breeding program to progress more quickly and effectively. In woody plants because of the long-juvenility period, development of molecular marker is even more important than annual plants. The studies on developing molecular markers for important features and identification of genetic resources in fruit crops are limited in our country. In this study, genetic diversity among 64 fig genotypes, 32 males and 32 females was determined using AFLP and SSR markers. A total of 42 SSR primers produced 138 bands of which 113 were polymorphic (81%).  A total of 905 bands were obtained with 10 AFLP primer combinations and 374 of them were found to be polymorphic (41%).  Similarity matrix and dendrogram were generated for each marker systems separately and with combined data as well. A mantel test was performed by using the similarity matrices of two marker systems and an acceptable correlation (r=0.58) was obtained between the AFLP and SSR matrices. Although there are promising polymorphic bands for discrimination of female and male genotypes, no markers have been found to be robust. The reliability of recently developed CAPS marker by Mori et al. 2017  has been tested in both sex-type known  genotypes from the core collection of fig genetic resources and in F1 population obtained from crossing 'Bursa Siyahı'x'Ak İlek' genotypes.