Kıl, tiftik, honamlı ve kilis keçi ırklarında miyojenik faktör 5 ve 6 genlerinin ekspresyon seviyelerinin belirlenmesi
Determination of expression levels of myogenic factor 5 and 6 genes in hair, angora, honamli and kilis goat breeds
Yazar: BÜŞRA BAYRAK
Danışman: DOÇ. DR. UĞUR ŞEN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Hayvansal Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Ankara keçisi = Angora goat ; Hayvanlar = Animals ; Honamlı keçisi = Honamli goat ; Kilis keçisi = Kilis goat ; Kıl keçisi = Hair goat ; Tiftik keçisi = Angora goat

Özet:
Miyojenik düzenleyici faktörler (MDF) ailesinden olan miyojenik faktör 5 (Myf5) ve miyojenik faktör 6 (Myf6) genleri, iskelet kası miyogenezinin ana düzenleyicisi olarak görev yapmakta olup kas lifi gelişimini ve farklılaşmasını düzenleyen genler arasında yer almaktadır. Dolayısıyla bu çalışmanın amacı, 90 günlük sütten kesim yaşındaki Honamlı (n=6), Kıl (n=6), Kilis (n=6) ve Tiftik (n=6) oğlaklarının longissimus dorsi (LD) ve semitendinosus (ST) iskelet kaslarındaki Myf5 ve Myf6 genlerinin ekspresyon seviyesinin belirlenmesidir. Kas örneklerinden ticari RNA saflaştırma kiti ile RNA izole edilmiştir. RNA'nın saflığı ve miktarı NanoDrop™ 2000/2000c spektrofotometre kullanılarak ölçüldü ve RNA kalitesi %1'lik agaroz jel ile kontrol edilmiştir. RNA, Thermal Cycler cihazında ticari cDNA kiti kullanılarak cDNA'ya dönüştürülmüştür. LD ve ST iskelet kaslarındaki Myf5 ve Myf6 gen ekspresyon seviyesi, gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu ile belirlendi. LD kasında Honamlı oğlakları daha fazla (P < 0.05) Myf5 gen ifade düzeyine (159,8 ± 14,6 kat değişim) sahipken, Kıl oğlakları en düşük (P < 0.05) Myf5 gen düzeyine (42,0 ± 14,9 kat değişiklik) sahipdi. Benzer şekilde ST kasında Myf 5 geninin ekspresyon seviyeleri Kıl oğlaklarında (57,2 ± 6,6 kat değişim), Tiftik oğlakları hariç, Honamlı (98,4 ± 9,2 kat değişim) ve Kilis ırkına (80,7 ± 6,8 kat değişim) göre daha düşük (P < 0.05) gen ekspresyon seviyesine sahip oldukları tespit edilmiştir. Çalışmada LD kasında Myf 6 geninin ekspresyon seviyesi Kilis oğlaklarında (12,0 ± 2,9 kat değişim), Honamlı (44,5 ± 11,3 kat değişim), Kıl (34,2 ± 7,5 kat değişim) ve Tiftik (39,8 ± 10,1 kat değişim) oğlaklarına göre daha düşük (P < 0.05) olduğu tespit edilmiştir. Çalışmada ST kasında Myf 6 geninin ekspresyon seviyesi bakımında ırklar arasında istatistiki olarak önemli farklılıklar olup, en yüksek (P < 0.05) Myf 6 gen ekspresyon seviyesi Honamlı ve Tiftik oğlaklarında, en düşük (P < 0.05) gen ekspresyon seviyesi ise Kıl ve Kilis oğlaklarında tespit edilmiştir. Bu çalışmanın sonuçları, Honamlı oğlaklarının Myf5 ve Myf6 gen ekspresyon seviyesinin daha yüksek olması nedeniyle daha yüksek kas büyümesine sahip olabileceğini ve bu ırkın daha verimli bir besi uygulaması için önerilebileceğini göstermiştir. Ayrıca, Kilis oğlak ırklarının Myf6 gen ekspresyon seviyelerinin düşük olması nedeniyle daha düşük kas büyümesine sahip olabileceğini göstermiştir. Sonuç olarak, Türk yerli keçi ırklarının Myf5 ve Myf6 gen ekspresyon seviyelerine sahip olduğu ve bu farklılıkların besi uygulamaları için daha verimli ırklar seçmek için kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.

Anahtar Sözcükler: Yerli ırklar, MDF gen ailesi, İskelet kası, Et üretimi, Oğlak

Abstract:
Myogenic factor 5 (Myf5) and myogenic factor 6 (Myf6) genes, which are member of myogenic regulatory factors (MRFs) family, serve as the main regulators of skeletal muscle myogenesis and these genes that regulate muscle fiber development and differentiation. Therefore, the aim of this study was to investigate the expression level of Myf5 and Myf6 genes in longissimus dorsi (LD) and semitendinosus (ST) skeletal muscles of 90-day weaning age Honamlı (n=6), Hair (n=6), Kilis (n=6) and Angora (n=6) kids. RNA was isolated from muscle samples with a commercial RNA purification kit. The purity and amount of RNA was measured using the NanoDrop™ 2000/2000c spectrophotometer and the RNA quality was checked with a 1% agarose gel. RNA was converted to cDNA using a commercial cDNA kit in a Thermal Cycler device. The Myf5 and Myf6 gene expression level in LD and ST skeletal muscles was determined by real-time quantitative polymerase chain reaction. Honamli kids had higher (P < 0.05) Myf5 gene expression level (159.8 ± 14.6 fold change) in LD muscle, while Hair kids had the lowest (P < 0.05) Myf5 gene level (42.0 ± 14.9 fold change) in LD muscle. Similarly, expression levels of Myf 5 gene in ST muscle were lower (P < 0.05) in Hair kids (57.2 ± 6.6 fold), except for Angora, than those of Honamlı (98.4 ± 9.2 fold change) and Kilis breeds (80.7 ± 6.8 fold change). In the study, the expression level of Myf 6 gene in LD muscle of Kilis kids (12.0 ± 2.9 fold change) were found lower (P < 0.05) compared to Honamlı (44.5 ± 11.3 fold), Hair (34.2 ± 7.5 fold change) and Angora ( 39.8 ± 10.1 fold change) kids. In the study, there were statistically significant differences between breed in terms of the expression level of Myf 6 gene in ST muscle, the highest (P < 0.05) Myf 6 gene expression levels were found in Honamlı and Angora kids, and the lowest (P < 0.05) gene expression levels were found in Hair and Kilis kids. The results of this study showed that Honamli kids can have higher muscle growth due to higher Myf5 and Myf6 genes expression level and this breed can be recommended for a more efficient fattening application. It also showed that Kilis kid breeds may have lower muscle growth due to low Myf6 gene expression levels. As a result, it was concluded that Turkish domestic goat breeds have Myf5 and Myf6 gene expression levels and these differences can be used to select more productive breeds for fattening practices.

Keywords: Native breeds, MDF gene family, Skeletal muscle, Meat production, Kid