B hücreli akut lenfoblastik lösemilerde PAX5 geninin araştırılması
Analysis of PAX5 gene in B-lineage acute lymphoblastic leukemia
Yazar: SİNEM ÖZDEMİRLİ
Danışman: PROF. DR. UĞUR ÖZBEK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / İmmünoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: B lenfositleri = B lymphocytes ; Delesyon = Deletion ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma = Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma

Özet:
B-hücreli akut lenfoblastik lösemi (B-ALL), B lenfosit gelişiminin erken safhasında meydana gelen somatik genetik değişiklikler sonucu aşırı çoğalma ile ortaya çıkan ve çocukluk çağında yaygın olarak görülen bir lösemi tipidir. PAX5; B hücre gelişim ve farklılaşmasında önemli bir rol oynar. Bu çalışmada, eş zamanlı kantitatif PZR kullanılarak çocukluk çağı B-ALL hastaları (n=134) ve sağlıklı kemik iliği (n=10) örnekleri PAX5 mRNA düzeyleri açısından analiz edilmiş ve hastaların kontollere göre anlamlı şekilde artış gösterdiği bulunmuştur (p<0,0001). Hastalar immünfenotiplerine göre 5 alt gruba (pro B, pre B, pre B büyük, Pre B küçük, olgunlaşmamış B) ayrılarak mRNA düzeyleri karşılaştırıldığında erken dönemde PAX5 mRNA düzeyinin fazla olduğu daha sonra giderek azaldığı gözlemlenmiştir. Çalışmamızda akan hücre ölçer ile sağlıklı pro B, pre B ve olgunlaşmamış B hücreleri ayrıştırılmış ve PAX5'in normal B hücre gelişimindeki anlatımı incelenmiştir. Hastalar özgün dönem hücreleri ile karşılaştırıldığında pro B (p = 0,009) ve pre B hastalarında (p=0,04) PAX5 anlatımı anlamlı bir şekilde artmışken, olgunlaşmamış B hastalarındaki anlatım farklılığının anlamlı olmadığı görülmüştür (p=1,00). Hastalarda PZR yöntemi ile PAX5'in delesyonları incelendiğinde, hastaların %41'in de ekzon 7,8 ve 9'u kapsayan büyük delesyonlar tespit edilmiştir. B-ALL Hastaları (n=15) ve B-ALL,T-ALL ve AML hücre serileri PAX5 protein varlığı yönünden incelenmiş, anormal PAX5 anlatımının ve bazı delesyonların proteine dönüştüğü gösterilmiştir. Hastalarda TA bölgesini kapsayan gen mutasyonları direk dizileme ile tarandığında, hastalarda herhangi bir mutasyon saptanmazken, %90'ında rs3780135, %3,8'inde ise rs35469494 polimorfizmi tespit edilmiştir. Yüksek PAX5 anlatımı ya da bu gende bulunan delesyon/mutasyonlar hastalık alt guruplarının moleküler ayrımı ve özellikle pre B-ALL patogenezi ve prognozu için önemli bir belirteç olarak kullanılabilir.

Abstract:
B-lineage acute lymphoblastic leukemia (B-ALL), is a common subtype of acute leukemia in children. PAX5, plays a central role in B-cell development and differentiation. In this study, we analyzed PAX5 mRNA expression levels in B-ALL patients (n=134) and healthy bone marrow samples (n=10). Relative PAX5 mRNA levels were significantly increased in B-ALL patients, compared to controls (p<0,0001). PAX5 expression was also evaluated in five different B-ALL subgroups (pro, pre B, pre B II large, Pre B II small, immature) and showed stage specific expression levels. We have sorted pro B, pre B and immature B cells from healthy bone marrow samples by flow cytometry and patients subgroups were compared with their specific controls. We found that pro B (p=0,009) and pre B (p=0,004) patients have significantly high PAX5 mRNA levels. Relative PAX5 mRNA levels of immature B ALL patients were also high, but not significantly different from healthy controls (p=1,00). We analyzed spliced variants of PAX5 and %41 of B-ALL patients showed several multiple variants while none of healthy controls showed deletions. Ectopic expressions of PAX5 in B-ALL patients and cell lines, also confirmed by western blot analyses. Mutations in 5?UTR and transactivator domain of PAX5 were analyzed and none of our patients showed PAX5 mutations, but two previously identified SNPs were detected. %90 of patients had rs3780135 and %3,8 had rs35469494 SNPs in protein coding parts of PAX5. Our results supported the abnormal PAX5 expression or deletions/mutations can be used both for molecular analyses of B-ALL sup-groups and a characteristic marker for pathogenesis and prognosis of pre B-ALL patients.