hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Kollektif makine öğrenmesi metodları ile göğüs kanseri teşhisi
Breast cancer diagnosis using ensemble machine learning methods
Yazar: FULYA AKCAN
Danışman: PROF. DR. AHMET SERTBAŞ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Günümüzde, birçok insan göğüs kanserinden etkilenmektedir. Göğüs kanseri, erken evrelerde tespit edildiğinde tedavi edilebilmekte ve bu sayede göğüs kanseri hastalığına bağlı ölümler önlenebilmektedir. Son yıllarda, makine öğrenmesi yöntemleri ile göğüs kanseri teşhisinde, geleneksel yöntemlerle hastalığın tespitine göre daha yüksek performans elde edilmektedir. Öte yandan, Topluluk Öğrenme yöntemlerinin klasik makine öğrenme yöntemlerinin performansını artırdığı bilinmektedir. Bu çalışmada, topluluk öğrenmesine dayalı göğüs kanseri hastalığı tespit sistemi önerilmiştir. Tezde; Rassal Orman, Oylama, Torbalama, Yükseltme, Yığma ve Ekstra Ağaçlar Topluluk Öğrenme yöntemleri uygulanarak hastalığın teşhisinde kullanılan klasik sınıflandırma yöntemlerinin (Destek Vektör Makinesi, K-En Yakın Komşu, Saf Bayes ve Karar Ağacı algoritmaları) sınıflandırma performanslarını artırdığı gösterilmiştir. Ayrıca, kullanılan Topluluk Yöntemlerinin karşılaştırmalı performans analizleri yapılmıştır. Modellerin eğitim ve test aşaması için Wisconsin Diagnostic Breast Cancer veri kümesi kullanılmıştır. En yüksek doğruluk, Stacking topluluk yöntemi ile %95.80 oranında elde edilmiştir.

Abstract:
Today, many people are affected by breast cancer disease. Breast cancer can be treated when it is detected in the early stages, and as a result deaths due to breast cancer can be prevented. In recent years, higher performance has been achieved by using machine learning methods compared to traditional methods in the diagnosis of breast
cancer disease. On the other hand, it is known that Ensemble Learning methods increase the performance of classical machine learning methods. In this study, a breast cancer disease detection system is proposed based on ensemble learning. In the thesis; it has been shown that classical classification methods' (Support Vector Machine, K-Nearest Neighbor, Naive Bayes and Decision Tree algorithms) classification performances which have been used in the
diagnosis of the disease are increased by applying Random Forest, Voting, Bagging, Boosting, Stacking and Extra Trees ensemble learning methods. In addition, comparative performance analysis of the ensemble methods was made. Wisconsin Diagnostic Breast Cancer dataset was used for the training and testing phase of the models. Highest accuracy was achieved with a rate of 95.80 % by using Stacking ensemble method.
Fotopletismografi  sinyalleri kullanılarak kalp hızı ve kan basıncı tespiti
Detection of heart rate and blood pressure using photoplethysmography signals
Yazar: FATMA SEVDE KÖKLÜKAYA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MAHMUT ÖZTÜRK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Elektrik Elektronik Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği = Electrical and Electronics Engineering

Özet:
Bu tez çalışmasında Photoplethysmography (PPG) sinyalleri kullanılarak sistolik ve diastolik kan basınçları ile kalp atış hızı değişimlerinin tahmin edilmesi amaçlanmıştır. PPG sinyalleri ile kan basıncı ve kalp hızı bilgileri, 219 kişiye ait sinyal ve bilgileri içeren bir açık veri tabanından elde edilmiştir. PPG sinyallerine, Ayarlanabilir Q-faktör Dalgacık Dönüşümü (TQWT) ve Çift Ağaçlı Karmaşık Dalgacık Dönüşümü (DT-CWT) yöntemleri ayrı ayrı uygulanmış ve MATLAB 2019 yardımıyla her bir alt bandın katsayılarının ortalama gücü, mutlak değer ortalaması, çarpıklığı, basıklığı ve katsayıların standart sapması gibi özellikleri tespit edilmiştir.  Özellikleri çıkartılan PPG sinyallerine, Weka yazılım programında Yapay Sinir Ağları (YSA), Rasgele Orman (RO) ve Destek Vektör Makinaları (DVM) algoritmaları uygulanarak regresyon analizi yapılmış ve kan basıncı seviyeleri ile kalp atış hızları tahmin edilmiştir. Regresyon analizi sonucunda korelasyon katsayısı daha yüksek ve ortalama hata payı daha düşük olan kan basıncı ve kalp atış hızı tahminleri, TQWT yöntemine RO algoritması uygulandığında elde edilmiştir. Bu nedenle TQWT yöntemine RO algoritması uygulanarak PPG sinyallerinden kan basıncı seviyeleri ile kalp atış hızları tahmini yapılmasının daha uygun olduğu görülmüştür.

Abstract:
In this research, it was aimed to predict systolic and diastolic blood pressure and heart rate changes by using Photoplethysmography (PPG) signals. PPG signals with blood pressure and heart rate information were obtained from an open database containing signals and information of 219 people. Tunable Q-factor Wavelet Transform (TQWT) and Dual-Tree Complex Wavelet Transform (DT-CWT) methods are applied separately to PPG signals and with the help of MATLAB 2019, the average power, mean absolute deviation, skewness, kurtosis and standard deviation coefficients of each subband were determined. Regression analysis was performed by applying Artificial Neural Networks (ANN), Random Forest (RF) and Support Vector Machines (SVM) algorithms to PPG signals whose characteristics were determined and blood pressure levels and heart rates were estimated. As a result of the regression analysis, blood pressure and heart rate predictions with higher correlation coefficient and lower margin of error were obtained when the RF algorithm was applied to the TQWT method. For this reason, it was found that it is more appropriate to estimate blood pressure levels and heart rate from PPG signals by applying RF algorithm to TQWT method.
Rekabetin ve inovasyonun girişimciliğe etkisinin gelişmiş ve gelişmekte olan ülkeler için değerlendirilmesi: Panel veri analizi
Evaluation of the effect of competition and innovation on entrepreneurship for developed and developing countries: Panel data analysis
Yazar: YELDA SUDEM HARMANCIOĞLU
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FUNDA HATİCE SEZGİN
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Endüstri Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Endüstri ve Endüstri Mühendisliği = Industrial and Industrial Engineering
Dizin: Girişimcilik = Entrepreneurship ; Küresel Rekabet Endeksi = Global Competitiveness Index ; Küresel İnovasyon Endeksi = Global Innovation Index ; Rekabet = Competition ; İnovasyon = Innovation

Özet:
Günümüzde girişimcilik faaliyetlerinin geliştirilmesi, arttırılması ve teşvik edilmesi konuları tüm ülkelerin ekonomik politikalarının vazgeçilmez bir parçası olmuştur. Gelişmiş ekonomiler arasında yer almak isteyen her ülke girişimciliği desteklemek zorundadır. Hayatımızın her alanında yer alan ve etkilerini oldukça yakından hissettiğimiz inovasyon ve rekabet kavramları, girişimcilik faaliyetlerinde de oldukça etkilidir. 
Bu çalışmada, IMF'ye göre gelişmiş ve gelişmekte olarak sınıflandırılan 30 ülke için küresel rekabet edebilirlik, küresel inovasyon ve küresel girişimcilik indeks değerleri kullanılarak panel veri analizi yapılmış ve bu kavramlar arasındaki ilişki araştırılmıştır. Sonuç olarak, rekabetin ve inovasyonun girişimcilik faaliyetlerini pozitif yönde etkilediği bulunmuştur.

Abstract:
Nowadays, development, enhancement and encouragement of entrepreneurship activities has been an indispensable part of the economy policies of all countries. Any country which wish to be among the deleveloped economies must endorse entrepreneurship. Innovation and competition appear in every sphere of like and make impact closely, and this applies to entrepreneurship activities as well.
In this study, a panel data analysis has been made by using global competitiveness, global innovation and global entrepreneurship index values for 30 countries classified as developed and developing according to IMF, and the relationship between these concepts has been investigated. As a result, it has been found that competition and innovation has positive effect on entrepreneurship ectivities.
Etkin gizlilik koruması için rasgele sayı üreticine dayalı veri anonimizasyon modelinin geliştirilmesi
Development of data anonymization model based on random number generator for efficient privacy preserving
Yazar: MERVE KANMAZ
Danışman: PROF. DR. AHMET SERTBAŞ ; DOÇ. DR. MUHAMMED ALİ AYDIN
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Teknolojinin hızlı gelişimi ve hayatımızın her alanına girmesi sonucunda verinin hacmi ve değeri oldukça önemli bir çalışma alanı olmuştur. Verinin bu denli kıymetlenmesi kişilerin bilgileri açısından bazı sonuçlar doğurmuştur. Veri kimliksizleştirme, kişisel verilerin güvenliği açısından bu konulardan en önemlisidir. Bu alanda birçok çalışma yapılmıştır ve yapılmaya devam edilmektedir. Bu çalışmada ise hassas niteliklerin kimliksizleştirilmesi için RSUGP isimli bir yöntem önerilmiştir. Geometrik veri pertürbasyonunda klasik olarak kullanılan gauss gürültüsü ya da rasgele gürültü yöntemlerinin yerine rasgele sayı üreteçlerine bağlı yeni bir gürültü modeli önerilmiştir. Önerilen RSUGP yöntemi Hadoop dosya sistemi HDFS üzerinde tutulan veri setlerinin Apache Spark ile işlenmesi sonrasında sınıflandırma doğruluğu, F- ölçütü, atak dayanıklılığı açısından 6 farklı veri tabanı ve 4 farklı sınıflandırma yöntemi ile test edilmiş, bulgular sonuçlar kısmında paylaşılmıştır. Sonuçlar önerilen yöntemin sınıflandırma doğruluğu, atak dayanıklılığı ve çalışma zamanı açısından kıyaslanan diğer yöntemlere göre daha başarılı olduğunu ortaya koymuştur.

Abstract:
With the technology's rapid development and its involvement in all areas of our lives, the volume and value of data have become a significant field of study. Valuation of the data to this extent has produced some consequences in terms of people's knowledge. Data anonymization is the most important of these issues in terms of the security of personal data. Much work has been done in this area and continues to being done. In this study, we proposed a method called RSUGP for the anonymization of sensitive attributes. A new noise model based on random number generators has been proposed instead of the Gaussian noise or random noise methods, which are being used conventionally in geometric data perturbation. The proposed RSUGP method has been tested with 6 different databases and 4 different classification methods in terms of classification accuracy, F- score, attack resistance, execution time and Friedman rank test. After the data sets kept on the Hadoop file system HDFS are processed with Apache Spark, and the findings are shared in the results section. Experiments show that the proposed method was more successful than the other two classification accuracy, attack resistance, and runtime
Kentsel katı atık içerisindeki geri dönüşebilir atıkların ekonomik      potansiyelinin belirlenmesi
Determining the economic potential of recyclable  wastes in urban solid waste
Yazar: AYTAJ HUMBATOVA
Danışman: DOÇ. DR. EMİNE ELMASLAR ÖZBAŞ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Çevre Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Çevre Mühendisliği = Environmental Engineering

Özet:
Küresel olarak, nüfustaki hızlı artış, toplum üzerinde ciddi sosyo-ekonomik ve çevresel etkilerle birlikte katı atık üretiminde dramatik bir artışa yol açmaktadır. Katı atık yönetimi, konut, ticari, kurumsal, inşaat ve yıkım ve cadde süpürme işlemlerinden sıvı olmayan ve gaz olmayan tüm katı malzemelerin toplanması, taşınması ve bertaraf edilmesidir. Doğru yönetilmesi gereken insan türünün günlük faaliyetlerinin bir sonucudur. Yapılan çalışmada kentsel katı atık konusu kapsamlı şekilde araştırılmış, dünyada ve Türkiye'deki durumu ele alınmıştır. Aynı zamanda Türkiye'nin 7 bölgesinden birer şehir örnek alınarak "Sıfır Atık Yönetimi", "Atık Getirme Merkezleri", "Atık Miktarları" ve "Ambalaj Atıkları" başlıkları altında inceleme yapılmıştır.
Bu çalışmada amaç, kentsel katı atıkların ekonomideki potansiyelinin ortaya çıkarılmasıdır. Bunun için katı atıkla ilgili belli başlıklar incelenerek en son elde edilen bulgulara dayanarak kentsel katı atıkların ekonomideki verimliliği belirlenmiştir. Aynı zamanda kanun ve politikaların sıkı bir şekilde uygulanması, daha sıkı denetim, yetkili kurumlar tarafından teknik destek, atık azaltma, yeniden kullanım ve geri dönüşüm yoluyla katı atık yönetiminin geliştirilmesi, eğitim ve farkındalık artırma programları uygulanmasının gerekliliği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
: Globally, the rapid growth in population is leading to a dramatic increase in solid waste production with serious socio-economic and environmental impacts on society. Solid waste management is the collection, transportation and disposal of all non-liquid and non-gaseous solid materials from residential, commercial, institutional, construction and demolition and street sweeping operations. It is a result of the daily activities of the human species that must be managed correctly. Made of solid waste in urban studies have extensively investigated the situation in the world and Turkey were discussed. At the same time the city by taking a sample from the 7 regions of Turkey "Zero Waste Management", "Waste Bringing Centers", "waste quantity" and "Packaging Waste" examination was carried out under the headings.
The purpose of this study is to reveal the potential of urban solid wastes in the economy. For this, the efficiency of urban solid wastes in the economy was determined based on the latest findings by examining certain topics related to solid waste. At the same time, it has been concluded that the strict implementation of laws and policies, stricter inspection, technical support by the authorized institutions, improvement of solid waste management through waste reduction, reuse and recycling, training and awareness raising programs are required.
Ortaöğretim biyoloji kitaplarında ekosistemin canlı ögelerinin kullanım sıklıklarının analizi
Analysis of frequency of use of live elements of ecosystem in secondary biology books
Yazar: ASLIHAN ÇOBAN
Danışman: PROF. DR. ORHAN SEVGİ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Orman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology ; Ormancılık ve Orman Mühendisliği = Forestry and Forest Engineering
Dizin: Orman ekolojisi = Forest ecology

Özet:
Bu çalışmada, yükseköğretime aday bir öğrencinin ekosistemin canlı ögelerinin biyoloji kitaplarında hangilerini ve ne sıklıkta gördüğü, lise türü ve sınıfları açısından ortaya konulması amaçlanmıştır. Canlılar üzerine yükseköğretimde bölüm seçen öğrencinin bu programa ne kadar canlı türü bilerek geldiğinin bilinmesi hem ortaöğretimde yapılacak çalışmalara hem de yükseköğretim ders programları çalışmalarına örnek teşkil edecektir. Ayrıca ekosistem bilgisinin ortaöğretimdeki öğrenilme düzeyi hakkında bilgiler oluşturulmasına katkı sağlayacaktır. Çalışma kapsamında Anadolu ve Fen Lisesinde okutulan toplam 8 adet biyoloji kitabının incelemesi yapılmıştır. İncelemede ekosistem canlı öge isimlerinin/terimlerinin kullanım sıklıkları konu edilmiştir. Her iki okulun dört yıllında toplam Terim sayısı Anadolu Lisesinde 542 ve Fen Lisesinde ise 653 adettir. İki lise türünde de ekosistem canlı öge isimlerinin düşük oranda kullanıldığı bunun yanı sıra iki okul arasında da farklılıklar olduğu görülmektedir.

Abstract:
This study aims to reveal which of the living elements of the ecosystem are taught to a student who is a candidate for post-secondary education, which books are used to transfer this knowledge, and at what frequency, at the secondary level. This study will also measure the amount of knowledge that students who choose to study biology in higher education, have on living species and how many types of living species they are familiar with prior to beginning their education and aim to serve as an example for both studies to be carried out in secondary education and studies in higher education curricula. It will also contribute to the creation of a database regarding the level of learning of ecosystems in secondary education. Within the scope of the study, a total of 8 biology books taught in Anatolian and Science High Schools were examined. In the study, the usage frequencies of living elements belonging to the ecosystem were discussed. The total number of terms in the four years of both types of high schools is 542 in the Anatolian high school and 653 in the science high school. Low rate use of terms related to living elements of the ecosystem has been observed in both types of high schools, moreover, there are differences between the schools.
Yeni nesil kablosuz ağlar için bir yazılım tabanlı radyo tasarımı ve gerçeklemesi
A software-defined radio design and implementation for next generation wireless networks
Yazar: SERHAN YARKAN
Danışman: DOÇ. DR. MUHAMMED ALİ AYDIN ; DR. ÖĞR. ÜYESİ MARWA QARAQE
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Yeni nesil kablosuz haberles ̧me sistemlerinin vadettikleri çözümlerin yanı sıra birkaç temel sorunu da beraberinde getirecekleri öngörülmektedir. Bu sorunların bas ̧ında oldukça fazla sayıda yüksek nitelikli hizmet talep eden mobil kullanıcı gelmektedir. Ayrıca, Nesnelerin Internet'i (NI) kavramının hayata geçmesi ile çok büyük hacimli verilerin kablosuz olarak iletilmesi de yeni nesil kablosuz ağlar (YNKA) için önemli bir sorun olarak gündeme gelmektedir. Tüm bu sorunlara ek olarak, kablosuz olarak tas ̧ınan verilerin türlerinin de farklılığı göz önüne alındığında, YNKA'nın temelde, üç boyutlu bir sorun öbeğini kısıtlı kaynakları (zaman, frekans spektrumu, güç, vb.) en uygun biçimde kullanarak çözmesi beklenmektedir. Kablosuz haberleşme ortamının devingenliği göz önüne alındığında, YNKA'nın bu sorunları çözmesinin yetmeyeceği, daha da ötesine geçip, devingen koşullara ayak uyduracak biçimde hızla güncellenebilecek altyapılarla desteklenmesi gerektiği ortadadır. Tüm bu sorunlar, gereksinimler ve ihtiyaçlar düşünüldüğünde bu tez çalışması kapsamında "katmanlar-arası mimariyi destekleyen bir yazılım-tanımlı kablosuz haberleşme altyapısı tasarımı ve gerçeklemesi" ortaya konmuştur.

Abstract:
Next generation wireless communications systems are expected to provide many solutions through the use of many diverse services and applications along with several fundamental issues and problems. One of the most prominent issues is the ever–increasing number of mobile users who demand many high quality services. In addition, tremendous amounts of volumes of data are believed to be transferred over next generation wireless networks as Internet of Things penetrate further into the modern daily life. Considering the diversity and vast variety of the traffic to be carried, next generation wireless networks are expected to operate in an optimized manner under finite resources such as time, frequency spectrum, power, and so on. Combined with the dynamic nature of the wireless propagation environment, next generation wireless communications systems should definitely support highly adaptive and flexible infrastructures and architectures. In this regard, this dissertation focuses on "design and implementation of a software–defined wireless communication infrastructure design which supports cross–layer architecture."
Postmortem dokularda mikrobiyal DNA degredasyonu
Microbial DNA degradation in postmortem tissues
Yazar: ÖZGÜR SEVİM
Danışman: DOÇ. DR. HÜSEYİN ÇAKAN
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa /  Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine

Özet:
Deprem, sel ve tsunami gibi doğal felaketlerle veya başka nedenlerle ölüp, kimliği fiziksel olarak tespit edilemeyen cesetlerin kimliklerinin kesin bir şekilde tespit edilebilmesine olanak sağlayan Otozomal STR DNA analizi tüm dünyada ve ülkemizde yaygın olarak yapılan testtir.  Bu gibi olaylarda bulunan cesetlerdeki DNA genellikle yüksek düzeyde degredasyona ve hasara uğramakta, bu nedenle cesetlerin kimliklendirilmesi ve yakınlarına hızlı bir şekilde teslim edilmesi süreci uzatmaktadır. 
     DNA hasarına en çok neden olan etkenler cesette ve çevrede bulunan mikroorganizmaların salgıladığı enzimlerdir. Mikroorganizmaların çoğaldığı postmortem bir biyolojik örneğe DNA analiz metotları uygulandığında degredasyondan dolayı doğru ve kesin sonuçların alınması zordur.  Mikrobiyal enzimler DNA'nın hasara uğramasına, PCR amplifikasyonunun yetersiz veya hiç olmamasına böylece DNA elekrofereogramındaki pik seviyelerindeki düzensizliklere, anlamsız ve eksik piklerin görülmesine neden olmaktadır.
      MALDI-TOF MS mikroorganizma tanımlanmasında kullanılan hızlı, pratik, ekonomik, doğru sonuç veren yeni bir yöntemdir. MALDI-TOF MS yöntemiyle yaptığımız çalışmalarda DNA profili kısmi olarak tespit edilmiş olan postmortem dokularda Proteus sp. Lactobacillus sp. Streptecocuss sp. Bacillus sp.türü bakterilerin  yüksek miktarlarda olduğu tespit edilmiştir.

Abstract:
Autosomal STR DNA analysis is a common test in the world and in our country, which enables the determination of the exact identity of the bodies that cannot be physically identified due to disasters such as earthquakes, floods, tsunamis, and various other reasons. The DNA in the corpses found in such events is generally highly degraded and damaged, so it becomes difficult to identify the bodies and deliver them quickly to their relatives.
The most common causes of DNA damage are enzymes secreted by microorganisms in the body and the environment. When DNA analysis methods are applied to a postmortem biological sample where microorganisms multiply, it will be difficult to get accurate and precise results due to degradation. Microbial enzymes will cause damage to the DNA, insufficient or no PCR amplification, thus irregularities in the peak levels of the DNA electropherogram, and insignificant and incomplete peaks.
MALDI-TOF MS is a fast, cheap, and accurate method for microorganism identification.  In our studies with MALDI-TOF MS method, in postmortem tissues whose DNA profile was partially determined, Proteus sp. Lactobacillus sp. Streptecoccus sp. Bacillus sp. type bacteria were found to be in high amounts.