Kahramanmaraş ilinde gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) kafes işletmelerinde Vibrio anguillarum suşlarının izolasyonu, biolog gen III, PCR ve sekans analizi ile tanımlanması
Isolation and identification of Vibrio anguillarum strains in rainbow trouts (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) with sequence analysis and PCR, biolog gen III in the province of Kahramanmaraş, Turkey
Yazar: ELİF DONAT
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MİKAİL ÖZCAN
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products

Özet:
Bu çalışma Kahramanmaraş ilindeki Gökkuşağı Alabalığı (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) kafes işletmelerinde Vibrio anguillarum suşlarının izole edilmesini, fenotipik ve genotipik özelliklerinin incelenmesini kapsamaktadır. Bu amaçla Haziran 2014 tarihinde 2 farklı alabalık işletmesinden 250-300 gr ağırlığındaki Gökkuşağı alabalıklarından karaciğer, dalak, böbrek ve bağırsaklardan örnekler alınmıştır.
Vibrio anguillarum izolasyonu için; Tryptic Soy Agar (TSA) ve Brain Heart (Infusion) Agar (BHIA) kullanılmıştır. Bu besiyerleri 24°C'de 24-48 saat süreyle inkübatörde inkübe edilmiştir.
Alabalık işletmelerinden alınan bu örneklerden elde edilen saf suşların fenotipik özelliklerinin incelenmesi için biyokimyasal tanımlama testleri Biolog Sistemi (The biolog GENIII micro plate) uygulanmıştır.
20 adet Vibrio anguillarum suşunun Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) tekniğiyle teyit edilmesinde özel primer kullanılmıştır. Takiben bu suşların tamamının moleküler olarak Vibrio anguillarum olduğu teyit edilmiştir.
Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile doğrulanan suşların genetik özeliklerine bakılmıştır. Elde edilen Vibrio anguillarum örneklerininin sekans analizi yapılmış ve analiz sonucu elde edilen bilgiler yorumlanmıştır.
Sonuç olarak bu çalışmada, Kahramanmaraş ilinde iki farklı işletmesinde Vibrio anguillarum bakterisini görüldüğü tespit edilmiştir. Vibrio anguillarum bakterisinin kültür yöntemiyle identifikasyonu üç hafta sürer iken, Polimeraz Zincir Reaksiyon tekniği ile kısa sürede yapılmıştır.

Abstract:
This study includes the isolation and examining phenotypic and genotypic charecteristics of Vibrio anguillarum strains in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) cultered in cage farms in the province of Kahramanmaras, Turkey. For this purpose,  samples of liver, spleen, kidney and intestinal from different rainbow trouts that were weighing around 250-300 g, were taken from different rainbow trout cage farms in June 2014. 	
Tryptic Soy Agar (TSA) and Brain Heart (Infusion) Agars (BHIA) were used to isolate Vibrio anguillarum. Mediums were incubated in the incubator for 24 - 48 hours in 24⁰C.
In order to examining phenotypic characteristics of Vibrio anguillarum, biochemical identification test; Biolog System (The Biolog GENIII Micro Plate) were applied to the pure strains obtained from samples that were taken from rainbow trouts. 
PCR (Polymerase Chain Reaction) technique with specific primer was used to verify 20 Vibrio anguillarum strains, that were determined according to phenotypic and biochemical characteristics of bacteria. Subsequently, it was confirmed that all of these are Vibrio anguillarum.
Genotypic charecteristics of Vibrio anguillarum strains that were verified with PCR were examined. Sequence analysis of the resulting Vibrio anguillarum from the obtained samples were performed and then these data were interpreted. 
As a result of this study, the bacteria Vibrio anguillarum were identified in two different rainbow trout cage farms in the province of Kahramanmaras, Turkey. While the identification period of Vibrio anguillarum took three weeks with culture method, it was performed in a short time with PCR technique.