Hepatosellüler karsinomada TGF-β'nın PSMD4 geni üzerinde etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of TGF-β on PSMD4 gene in hepatocellular carcinoma
Yazar: BURCU DONÇ
Danışman: PROF. DR. FERAY KÖÇKAR
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Hücrede yıkımı gerçekleştirilemeyen proteinler proteolitik yollar ile gerçekleştirlirler. 
Proteolitik yıkım yollarından biri olan protezomlar ile yıkım ökaryot ve prokaryot hücreler 
için önemli bir görevi üstlenmektedir. 26S proteazomu ATPaz olmayan alt birim 4 olarak 
isimlendirilen PSMD4 geni 26S proteazomunun bir bileşenidir. PSMD4 geni pek çok farklı 
dokuda ifade edilmiştir. PSMD4 geninin hepatosellüler karsinomada yukarı regüle edildiği 
kanıtlanmıştır. Aynı zamanda kolon kanserinde yapılan çalışmalar ise sınırlı sayıdadır. 
Literatürde sınırlı olan bilgiler dahilinde Transforme Edici Büyüme Faktörü olarak bilinen 
TGF-β sitokininin Kolon Kanseri hücre hattı olan SW480 ve Hepatosellüler Karsinoma 
hücre hattı olan Hep3B hücrelerinde PSMD4 gen ifadesine olan etkileri incelenmiştir. TGF-β sitokini hem SW480 ve hemde hücre hattı olan Hep3B hücrelerinde PSMD4 gen ifadesini 
mRNA ve protein düzeyinde arttırmıştır. Sinyal yolaklarının belirlenmesi için MEKI 
(MAP2K1), PD169316 (p38 MAPK İnhibitör), Wortmannin (PI3K İnhibitör), NFkB 
İnhibitör, SP600125 (JNK İnh.), SIS3 (SMAD3) inhibitörleri TGF-β ile uygulanmıştır. Buna 
göre TGF-β uygulaması Hep3B hücrelerinde PSMD4 gen ifadesini arttırmaktadır. Ancak 
incelenen MAPK, PI3K NFkB ve smad yolaklarını hiç birisinin bu artıştan sorumlu olmadığı 
anlaşılmaktadır. Çünkü TGF-β sitokinin oluşturduğu aktivasyon sadece MEK1 inhibitörü 
ile geri dönmüştür. Bu durumda TGF-β'nın PSMD4 gen ekspresyonu üzerine oluşturduğu 
cevap MAP kinaz yolu üzerinden ilerlediği anlaşılmaktadır.

Abstract:
Proteins that cannot be degraded in the cell are realized by proteolytic pathways. 
Prosthetic destruction, one of the proteolytic destruction pathways, plays an important role 
in eukaryotic and prokaryotic cells. The PSMD4 gene, called 26S proteasome non-ATPase 
subunit 4, is a component of the 26S proteasome. The PSMD4 gene has been expressed in 
many different tissues. The PSMD4 gene has been proven to be upregulated in hepatocellular 
carcinoma. At the same time, studies on colon cancer are limited. Within the limited 
information in the literature, the effects of TGF-β cytokine, known as Transforming Growth 
Factor, on PSMD4 gene expression in Colon Cancer cell line SW480 and Hepatocellular 
Carcinoma cell line Hep3B cells were investigated. TGF-β cytokine increased PSMD4 gene 
expression at mRNA and protein levels in both SW480 and cell line Hep3B cells.
In order to determine the signaling pathways, MEKI (MAP2K1), PD169316 (p38b 
MAPK Inhibitor), Wortmannin (PI3K Inhibitor), NFkB Inhibitor, SP600125 (JNK Inh.), 
SIS3 (SMAD3) inhibitors were administered with TGF-β. Accordingly, TGF-β 
administration increases PSMD4 gene expression in Hep3B cells. However, it is understood 
that none of the examined MAPK, PI3K NFkB and smad pathways are responsible for this 
increase. Because the activation induced by TGF-β cytokine was reversed only with MEK1 
inhibitor. In this case, it is understood that the response of TGF-B on PSMD4 gene 
expression proceeds through the MAP kinase pathwa