NFKB1 ile özgül mikroRNA genlerindeki varyasyonların aterosklerozla ilişkisinin incelenmesi
Investigation of relationship between variations in atherosclerosis nfkb1 specific microrna genes
Yazar: TUBA ÖNER
Danışman: PROF. DR. GÖNÜL KANIGÜR
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Ateroskleroz = Atherosclerosis ; Mikro RNA = Micro RNA ; Nükleer faktör-kappa B = Nuclear factor-kappa B ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi = Restriction fragment length polymorphisms

Özet:
Ateroskleroz, yaygın görülen ve kompleks olan, arteriyal duvarda yeni damar oluşumu, yangı ve bağışıklığın etkinleştirilmesi, damar duvarı yeniden modellenmesi, anormal vasküler düzenleme, lipid birikimi ile karakterize olan kronik immuno-inflamatuvar bir hastalıktır. mikroRNA'lar ve NF-KB immün yanıt ve inflamasyon gibi çeşitli biyolojik süreçlerde yer almaktadır. Çalışmamızda NFKB1, NFKBIA, miRNA146 ve miRNA499 polimorfizmlerinin Türk popülasyonundaki riskini ve buna bağlı olarak IL-1β plazma seviyelerinin hastalığa olan yatkınlığına katkısını araştırmak hedeflenmiştir. NFKB1(rs28362491), NFKBIA(rs696), miRNA146a(rs2910164) ve miRNA499(rs3746444) polimorfizmleri PZR-RFLP metoduyla 150 hasta ve 145 kontrolde çalışılmıştır. Plazma IL-1β seviyeleri ELISA yöntemiyle ölçüldü. NFKB1 rs28362491 genotip ve allel dağılımında anlamlı bir fark olmamasına rağmen, NFKBIA AA genotipinin ateroskleroz için yüksek risk taşıdığı belirlendi (OR=2.082, %95CI:1.093-3.963, p=0.0364). rs3746444 TT genotipi ise ateroskleroz riskini arttırmasına rağmen (OR=4.000, 95%CI: 1.690-9.468, p=0.0025;dominant model,OR=5.010, 95%CI: 2.518-9.970, p<0.0001), miRNA146a rs2910164 dominant modelde koruyucu etkisi olduğu saptandı (OR= 0.3643, %95CI: 0.2274-0.5838, p<0.0001). rs28362491 ve rs3746444 kombine genotip analizine yapıldığında, ins/ins/TT genotipinin ateroskleroz üzerine koruyucu etkisi gösterildi. IL-1β seviyeleri kontrolle kıyaslandığında ateroskleroz hastalarında yüksek bulundu. (p<0.05). IL-1β seviyeleri polimorfizmlere (rs28362491, rs696, rs2910164, rs3746444) ve kombine genotip analizlerine (rs28362491/rs696, rs28362491/rs2910164, rs28362491/rs3746444) göre kıyaslandığında hastalıkla ilişkisi bulunmamıştır.

Abstract:
Atherosclerosis, a common and complex disease, is a chronic immuno-inflammatory disease characterized by inflammatory mediators and immune activation in arterial wall. MicroRNAs and NF-KB are involved in the regulation of a variety of biological processes, such as inflammation and immune responses. The aim of the present study was to investigate the polymorphisms NFKB1, NFKBIA, miRNA146 and miRNA499 the risk of in a Turkish Population in the context of IL- 1β plasma levels which may contribute to susceptibility to the disease. We analyzed the distribution of NFKB1(rs28362491), NFKBIA(rs696), miRNA146a(rs2910164) and miRNA499 (rs3746444) genetic polymorphisms using PCR-RFLP method in 150 atherosclerosis patients and 145 healthy controls in Turkish population. Plasma IL-1β levels were detected by ELISA. Although, this study determined that no statiscally significant difference in distribution of the genotype and alleles of NFKB1 rs28362491, a significant association of NFKBIA with AA genotype had a higher risk (OR=2.082, 95%CI:1.093-3.963, p=0.0364) of atherosclerosis. While the TT genotype of rs3746444 significantly increased the risk of atherosclerosis (OR=4.000,95%CI:1.690-9.468, p=0.0025;dominant model, OR=5.010, 95%CI: 2.518-9.970, p<0.0001), miRNA146a rs2910164 had protective effect on the disease under dominant model (OR= 0.3643, 95%CI: 0.2274-0.5838, p<0.0001). According to the combined genotype analysis of rs28362491 and rs3746444, ins/ins/TT revealed significant protective effect on atherosclerosis. In addition, IL-1β levels were significantly elevated in atherosclerosis patient compared with the controls (p<0.05). Our results suggest that plasma IL-1β levels are not associated with polymorphisms (rs28362491,rs696,rs2910164, rs3746444) and combined genotype analysis (rs28362491/rs696, rs28362491/rs2910164, rs28362491/rs3746444).