Akut gastroenteritlerde arcobacter türlerinin araştırılması
Investigation of Arcobacter species in acut gastroenterit
Yazar: HATUN AYŞEGÜL ŞAHİN AYDIN
Danışman: PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Şahin, H A (2024). Akut gastroenteritlerde Arcobacter türlerinin araştırılması. İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji ABD. Yüksek Lisans Tezi. İstanbul.
Gıda kaynaklı bir enteropatojen ve potansiyel bir zoonoz etkeni olan Arcobacter cinsi bakteriler son yıllarda giderek artan bir öneme sahip olmuştur. Yapılan çalışmalarda Arcobacter cinsi içersinde yer alan A. butzleri, A. cryaerophilus ve A. skirrowi türleri insanlarda gastrointestinal enfeksiyonlar ile ve nadir olarak da bakteriyemi ile ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmada, Arcobacter türlerinin izolasyonunda farklı kültür yöntemleri ve besiyerlerinin karşılaştırılması, tür tanımlamasında fenotipik ve moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi ve akut gastroenteritlerde Arcobacter türlerinin prevalansının araştırılması amaçlanmıştır.
Çalışmamızda akut gastroenterit ön tanısı ile takip edilen 500 hastaya ve 100 sağlıklı kontrole ait dışkı örneğinde Arcobacter varlığı birden fazla kültür tekniği (ön zenginleştirmeyi takiben filtrasyon tekniği ve Arcobacter selektif besiyerine ekim ile ön zenginleştirme uygulanmadan doğrudan mCCDA ve Butzler besiyerilerinde kültür) ve farklı inkübasyon koşulları kullanılanarak araştırılmıştır. Arcobacter şüpheli izolatların cins ve tür düzeyinde tanımlaması için hem fenotipik hem de PCR/multipleks PCR (mPCR) yöntemleri kullanılmış, ayrıca MALDI-TOF MS ile doğrulama yapılmıştır. Çalışmaya dahil edilen örnekler eş zamanlı olarak selektif besiyerleri kullanılarak Salmonella, Shigella ve Campylobacter; selektif olmayan besiyerleri aracılığıyla Vibrio, Yersinia, Aeromonas ve Plesiomonas cinsi bakteriler açısından da incelenmiştir. 
Hastalara ait 500 dışkı örneğinin altısında Arcobacter spp. izole edilmiş ve Arcobacter prevalansı %1,2 olarak saptanmıştır. İzole edilen suşların tamamı hem mPCR yöntemi hem de MALDI-TOF MS ile A. butzleri olarak tanımlanmıştır. Arcobacter izole edilen örneklerde diğer enteropatojen bakterilerin varlığına rastlanmamıştır. Toplam 500 örneğin 31 (%6,2)'inde Campylobacter spp., 17 (%3,4)'sinde Salmonella spp. ve 2 (%0,4)'sinde Shigella spp. izole edilerek Arcobacter cinsi bakterilerin Campylobacter ve Salmonella'dan sonra en sık saptanan üçüncü enteropatojen bakteri olduğu görülmüştür. Sağlıklı kontrol grubuna dahil edilen 100 sağlıklı bireye ait dışkı örneğinde Arcobacter spp.  saptanmamıştır. 
Arcobacter izolasyonu için kullanılan yöntemler değerlendirildiğinde ön zenginleştirme yöntemi ile 6 (%1,2), filtrasyon yöntemi ile 4 (%0,8), ve doğrudan mCCDA ve Butzler besiyerlerine ekim yöntemi ile 2 (%0,4) Arcobacter spp. suşu izole edilmiştir. En yüksek izolasyon oranı ön zenginleştirme yapıldıktan sonra Arcobacter selektif besiyerine ekim yöntemi ile saptanmış olmakla birlikte kullanılan yöntemler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0.05).
Çalışmamız ülkemizde akut gastroenteritli hastalarda ve sağlıklı kontrol grubunda Arcobacter türlerinin farklı kültür teknikleri kullanılarak araştırıldığı, ayrıca eş zamanlı olarak rutin bakteriyel etkenlerin incelendiği ilk çalışmadır. Kullanılan yöntemler ve elde edilen sonuçlar bu alanda yapılacak olan çalışmalara yol gösterici olacaktır. 

Anahtar Kelimeler: Arcobacter, A. butzleri, kültür, PCR, gastroenterit

Abstract:
Şahin, AH (2024). Investigation of Arcobacter species in acut gastroenterit. . İstanbul University, Institute of Health Science, Medical Microbiology Department. MsC Thesis. İstanbul.
Arcobacter spp., a foodborne enteropathogen and a potential zoonotic agent, have become increasingly important in recent years. In several studies, A. butzleri, A. cryaerophilus and A. skirrowi species belonging to the genus Arcobacter have been associated with gastrointestinal infections and rarely with bacteraemia in humans. The aim of this study was to compare different culture methods and media for the isolation of Arcobacter species, to evaluate phenotypic and molecular methods for species identification and to investigate the prevalence of Arcobacter species in acute gastroenteritis.
In our study, the presence of Arcobacter in the stool samples of 500 patients who were followed up with the diagnosis of acute gastroenteritis and 100 healthy controls was investigated by using multiple culture techniques (filtration technique following pre-enrichment and cultivation on Arcobacter selective media and direct culture on mCCDA and Butzler media without pre-enrichment) and different incubation conditions. Suspected Arcobacter isolates were identified at genus and species level by both phenotypic and multiplex PCR (mPCR) methods and confirmed by MALDI-TOF MS. The samples included in the study were simultaneously analysed for Salmonella, Shigella and Campylobacter using selective media and Vibrio, Yersinia, Aeromonas and Plesiomonas using non-selective media. 
Arcobacter spp. were isolated from six of 500 stool samples of the patients and the prevalence of Arcobacter was found to be 1.2%. All of the isolated strains were identified as A. butzleri by both mPCR method and MALDI-TOF MS. No other enteropathogenic bacterium was found in the samples from which Arcobacter was isolated. Campylobacter spp. was isolated from 31 (6.2%), Salmonella spp. from 17 (3.4%) and Shigella spp. from 2 (0.4%) of the total 500 samples and Arcobacter was the third most common enteropathogenic bacteria following Campylobacter and Salmonella. Arcobacter spp. was not detected in the stool samples of 100 healthy individuals included as the healthy control group. 
		When the methods used for Arcobacter isolation were evaluated, 6 (1.2%) Arcobacter spp. strains were isolated by pre-enrichment method, 4 (0.8%) by filtration method, and 2 (0.4%) by direct cultivation on mCCDA and Butzler media. Although the highest isolation rate was determined by inoculation on Arcobacter selective medium after pre-enrichment, there was no statistically significant difference between the methods used (p>0.05).
Our study is the first study in our country in which Arcobacter species were investigated in patients with acute gastroenteritis and healthy control group by using different culture techniques and also in which routine bacterial agents were examined simultaneously. The methods used and the results obtained will guide future studies in this field. 
Keywords: Arcobacter, A. butzleri, culture, PCR, gastroenteritis