Kronik myelositer lösemide kromozom (1-9 nolu kromozomlar) düzensizliklerinin MLPA yöntemi ile araştırılması
Investigation of the chromosomal aberrations (chr. 1-9) in chronic myeloid leukemia by MLPA technique
Yazar: CAN KILINÇARSLAN
Danışman: DOÇ. DR. SACİDE PEHLİVAN
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA ; Genler = Genes ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Kromozomlar = Chromosomes ; Lösemi = Leukemia ; Lösemi-miyeloid = Leukemia-myeloid ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Bu çalışmada; Kronik Myelositer Lösemi'deki (KML) kromozomal düzensizliklerin MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) yöntemi ile özellikle onkogen (MYB, MYC, NRAS vb.), transkripsiyon faktörü (RENT2, NFKBIA vb.), sinyal iletimi (PIK3CA, IMPDH1, PTPRD vb.), sitokin (IL1, TANK, IL13 vb.), immün sistem (TGFBR1, PTP4A3) ve apoptoz (MOAP1, BAX, PDCD8 vb.) ile ilgili yaklaşık 33 genin yeraldığı kromozom bölgelerindeki düzensizliklerin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada BCR-ABL pozitif (p210 kimerik proteini) 48 hasta ile 15 sağlıklı kontrol yer almış ve 33 genin bulunduğu 9 kromozoma ait farklı bölgelerdeki düzensizlikler araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlar hem kendi içinde hem de klinik parametrelerle karşılaştırılarak analiz edilmiştir.MLPA analizleri sonucunda; 2 KML hastasının Fibroblast Büyüme Faktörü Reseptörü 1 (FGFR1) geninde, 4 KML hastasının İnozin 5' Monofosfat Dehidrogenaz 1 (IMPDH1) geninde ve 1 KML hastasının Postmayotik Artmış Segregasyon, S. Cerevisiae, 2 (PMS2) geninde duplikasyon saptanmıştır. Klinik parametrelerle (Sokol risk derecelendirmesi; periferik eosinofil; kemik iliği retiküler lif derecesi; hemoglobin, lökosit ve trombosit sayıları; 7 yıllık ilerlemesiz sağkalım ve imatinib tedavisine yanıt) yapılan karşılaştırma sonucunda duplikasyonların 7 yıllık ilerlemesiz sağ kalım olasılığını düşürdüğü anlaşılmış ve hasta grubumuzda duplikasyon ile imatinib tedavisine yanıt arasında anlamlı bir ilişki bulunmuştur. Bu tez çalışmasında; KML'de, 7 ve 8. kromozomda yer alan 3 gendeki duplikasyonlar ilk kez saptanmış olup 7 ve 8 nolu kromozomların daha ayrıntılı çalışmaların merkezi olması gerektiğini ortaya çıkarmıştır.

Abstract:
In this study, it is aimed at investigating chromosomal aberrations in Chronic Myeloid Leukemia (CML) and particularly the aberrations on chromosome regions of nearly 33 genes related with oncogenes (MYB, MYC, NRAS and etc.), transcription factor (RENT2, NFKBIA and etc.), signal transmission (PIK3CA, IMPDH1, PTPRD and etc.), cytokines (IL1, TANK, IL13 and etc.), immune system (TGFBR1, PTP4A3) and apoptosis (MOAP1, BAX, PDCD8 and etc.) by the method of MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification. 48 BCR-ABL positive (p210 chimeric protein) patients and 15 healthy individuals as control were included in the study. The aberrations on different regions of 9 chromosomes, which carried 33 genes, were investigated. Results were analyzed by comparing both among each other and with clinical parameters.As a result of MLPA analyses, duplication was detected in Fibroblast Growth Factor Receptor 1 (FGFR1) gene in 2 CML patients, in Inosine 5? Monophosphate Dehydrogenase 1 (IMPDH1) gene in 4 CML patients and in Postmeiotic Segregation Increased, S. Cerevisiae, 2 (PMS2) gene in 1 CML patient. As a result of comparison with clinical parameters (Sokol risk score; pheripheral eosinophile; bone marrow reticular fibrous score; hemoglobine, leucocyte and thrombocyte counts; survival without progression for 7 years and response to imatinib therapy), it is understood that presence of duplications reduce percentage of survival without progression for 7 years and a significant relationship is found between duplication and the response to imatinib therapy in our patient group. In this thesis study, the duplications of 3 genes in chromosome 7 and 8 were detected for the first time in CML and it is shown that chromosomes 7 and 8 should be the center of more detailed studies.