Bazı dünya pamuk genotiplerinin iPBS (primer arası bağlanma yeri) retrotranspozon markırları ile genetik farklılığının belirlenmesi
Determining the genetic difference of some world cotton genotypes using iPBS (inter-primer binding sequences) retrotransposon markers
Yazar: MUHAMMED EBRAR ÇAYIR
Danışman: DOÇ. DR. EMRE SEVİNDİK
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Dünya = World ; Genetik farklılıklar = Genetic diversities ; Pamuk = Cotton ; Retrotranspozon = Retrotransposon

Özet:
Amaç: Bu araştırma 14 ülkeye ait 30 pamuk çeşidinin iPBS-retrotranspozon markır yöntemi ile genetik farklılıklarının ortaya çıkarılması amacı ile yapılmıştır. Materyal ve Yöntem: Çalışmada Nazilli Pamuk Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü genetik stoğundan tedarik edilen 30 adet pamuk çeşidi yer almıştır. DNA izolasyonu, sera koşullarında yetiştirilen bitkilerin taze yapraklarından elde edilmiştir. 30 adet pamuk çeşidi için PZR'da 30 adet iPBS markır yöntemi kullanılarak genetik farklılıklar tespit edilmiştir. Bulgular: NTSYS-pc 2.10e programında elde edilen genetik uzaklık matrisine göre birbirine en yakın genotiplerin AzGR-11468 (Azerbaycan) ile Maydos Yerlisi (Hindistan) arasında olduğu belirlenmiş ve aralarındaki benzerlik değeri 0,0318 olarak bulunmuştur. En uzak genotiplerin ise Hill Cotton 3 (Bangladeş) ile Shazbaz (Pakistan) arasında olduğu belirlenmiş ve aralarındaki benzerlik değeri 0,7572 olarak bulunmuştur. UPGMA metoduna göre oluşturulan dendogram incelendiğinde genotipler arasındaki benzerlik oranının 0,03 ile 0,69 arasında değiştiği gözlemlenmiştir. 30 pamuk çeşidi 2 dala ayrılmıştır. 1. dal kendi içinde 2 alt dala, 1. alt dal da kendi içinde 2 gruba ayrılmıştır. 1. grup 20 genotipten, 2. grupta 6 genotipten oluşmuştur. 2. alt dal 3 genotipten oluşurken, 2. dal ise sadece Hill Cotton 3 çeşidinden oluşmuştur. JMP programında yapılan Temel Bileşenler Analizine göre iki boyutlu düzlem üzerinde elde edilen grafik sonuçları ve eigen değerleride bu sonuçları destekler niteliktedir. İlk 3 eigen değeri popülasyonda var olan toplam varyansın %85'ini açıklamıştır. Sonuç: Çalışmanın sonucunda elde edilen veriler, 30 pamuk genotipi içinde en uzak akraba olan Hill Cotton 3 (Bangladeş) (Gossypium arboreum) ile Shazbaz (Pakistan) (Gossypium hirsutum) çeşidinin ileriki pamuk ıslah çalışmalarında ıslah materyali olarak kullanılabileceğini göstermiştir. Aynı zamanda iPBS markırların, pamuğun genetik ayrımlarında etkili bir yöntem olduğu da ortaya konulmuştur.

Abstract:
Objective: This research was carried out with the aim of revealing the genetic differences of 30 cotton varieties from 14 countries using the iPBS-retrotransposon marker method. Material and Methods: The research was carried out as a result of growing 30 cotton varieties procured from the genetic stock of Nazilli Cotton Research Institute, under greenhouse conditions, and DNA isolation from fresh leaves. Genetic differences were determined by using iPBS marker method in PZR for 30 cotton varieties. Results: According to the genetic distance matrix obtained in the NTSYS-pc 2.10e program, the closest genotypes were determined to be between AzGR-11468 (Azerbaijan) and Maydos Yerlisi (India), and the similarity value between them was found to be 0.0318. The most distant genotypes were determined to be between Hill Cotton 3 (Bangladesh) and Shazbaz (Pakistan), and the similarity value between them was found to be 0.7572. When the dendogram created according to the UPGMA method was examined, it was observed that the similarity ratio between the genotypes varied between 0.03 and 0.69. 30 cotton varieties are divided into 2 groups. 30 cotton varieties are divided into 2 clades. The 1st clade is divided into 2 subclades. The 1st subclade is also divided into 2 groups within itself. 1st group consisted of 20 genotypes, 2nd group consisted of 6 genotypes. Subclade 2 consisted of 3 genotypes, while clade 2 consisted of only Hill Cotton 3 cultivars.. According to the Principal Components Analysis made in the JMP program, the graphic results and eigen values obtained on the two-dimensional plane also support these results. The first 3 eigenvalues explained 85% of the total variance in the population. Conclusion: The data obtained as a result of the research showed that Hill Cotton 3 (Bangladesh) (Gossypium arboreum) and Shazbaz (Pakistan) (Gossypium hirsutum) cultivars, in future cotton breeding studies which are the most distant relatives among 30 cotton genotypes, can be used as breeding material. It has also been demonstrated that iPBS markers are an effective method for genetic distinction of cotton.