Bazı sülfa ilaçlarının moleküler doking çalışmaları ve adme özellikleri
Moleculer doking studies and adme properties of some sulfa drugs
Yazar: OKAN AKTAŞ
Danışman: PROF. DR. SALİHA ALYAR
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı / İnorganik Kimya Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Kimya = Chemistry

Özet:
Bu çalışmada, 117Z749 nolu TUBİTAK projesi kapsamında daha önce sentezlenen ve antikanser aktiviteleri incelenen; 3,5-di-t-bütil-2-hidroksibenzaldehit Sülfametoksazol (L1), 3,5-di-t-bütil-2-hidroksibenzaldehit Sülfisoksazol (L2), 2,4-dihidroksibenzaldehit Sülfisoksazol (L3), 2,4-dihidroksibenzaldehit Sülfametoksazol (L4), 2-hidroksi-5-metilbenzaldehit Sülfametoksazol (L5) ve 2-Hidroksi 5-metilbenzaldehit Sülfisoksazol (L6) bileşiklerinin yapıları DFT/B3LYP/6-31G** (d, p) metoduyla optimize edilerek en düşük enerjili yapıları elde edilmiştir. Optimize edilen bileşiklerin MDM2 proteininin (4JSC) aktif bölgesine bağlanma özelliklerini araştırmak için, Molegro Virtual Docker MVD 2019.7.0 programı ve EADock DSS algoritması kullanılarak moleküler doking çalışmaları yapılmıştır. Moleküler doking sonuçlarına göre ligantların antikanser aktivitesi sıralamasıyla bağlanma enerjileri ve MolDock skorları arasında bir paralellik olduğu gözlenmiştir. Yine optimize edilmiş geometrik parametreler kullanılarak bileşiklerin DFT yöntemiyle bileşiklerin elektrostatik potansiyel (MEP) haritaları, HOMO-LUMO moleküler orbital enerjileri ve kimyasal reaktivite tanımlayıcıları incelenmiştir. HOMO-LUMO enerji farkları ligandların proteinlerle etkileşimlerine katkı sağlayabilmesi amacıyla hesaplanmıştır. Son olarak bileşiklerin ADME (Absorpsiyon, Dağılım, Metabolizma ve Atılım) özellikleri hesaplanarak ilaç olarak kullanılma potansiyelleri değerlendirilmiştir.

Abstract:
In this study; 3,5-di-t-butyl-2-hydroxybenzaldehyde Sulfamethoxazole (L1), 3,5-di-t-butyl-2-hydroxybenzaldehyde Sulfisoxazole (L2), 2,4-dihydroxybenzaldehyde Sulfisoxazole (L3), 2,4- The structures of dihydroxybenzaldehyde Sulfamethoxazole (L4), 2-hydroxy-5-methylbenzaldehyde Sulphamethoxazole (L5) and 2-Hydroxy 5-methylbenzaldehyde Sulfisoxazole (L6) compounds were optimized by the DFT/B3LYP/6-31G** (d, p) method, with the lowest energy structures were obtained. To investigate the binding properties of the optimized compounds to the active site of the MDM2 protein (4JSC), molecular docking studies were performed using the Molegro Virtual Docker MVD 2019.7.0 program and the EADock DSS algorithm.
According to the molecular docking results, it was observed that there was a parallelism between the order of the anticancer activity of the ligands and the binding energies and MolDock scores. Electrostatic potential (MEP) maps of compounds, HOMO-LUMO molecular orbital energies and chemical reactivity descriptors were investigated by DFT method of compounds using optimized geometric parameters.
The HOMO-LUMO energy differences have been calculated so that the ligands can contribute to their interaction with the proteins. Finally, the ADME (Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion) properties of the compounds were calculated and their potential for use as drugs was evaluated.