Sendromik olmayan otozomal resesif işitme kayıplı ve MYO15A genine bağlantı bulunan ailelerde mutasyon analizi
Mutation analysis of families with autosomal recessive nonsyndromic hearing loss linked to the MYO15A gene
Yazar: FİLİZ BAŞAK CENGİZ
Danışman: PROF. DR. NEJAT AKAR
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics

Özet:
Doğuştan veya dil gelişimi öncesi gelişen işitme kaybı yaklaşık 1000 canlı doğumda bir görülmektedir. İşitme kaybına birçok çevresel ve genetik faktör sebep olabilmektedir. Genetik nedenler doğuştan işitme kayıplarının yaklaşık %50-60'ını oluşturmaktadır. Genetik işitme kayıplarının %70-80'i sendromik olmayan işitme kaybıdır. Sendromik olmayan işitme kayıplarının %80'ini otozomal resesif işitme kayıpları oluşturmaktadır.Birçok toplumda genetik işitme kayıplarının önemli bir kısmı GJB2 geni mutasyonlarıyla açıklanmaktadır. GJB2 geni dışında bugüne kadar otozomal resesif sendromik olmayan işitme kaybı yapan 30 gen tanımlanmıştır. Bu nedenle işitme kaybı olan bir ailede sorumlu genetik değişikliğin saptanması oldukça zordur. Bu genlerden bir tanesi olan MYO15A 1998 yılında bulunmuştur.MYO15A geni tüy hücrelerinde aktin moleküllerinin organizasyonu için gerekli konvansiyonel olmayan Miyozin XVa proteinini kodlar. Bu gen 17. kromozomun p11.2 bölgesinde DFNB3 lokusunda bulunmaktadır ve 71 kb'lık bir alanda 66 ekzondan oluşmaktadır. En uzun MYO15A mRNA transkripti 3,530 amino asit içermektedir. MYO15A mutasyonları konjenital otozomal resesif işitme kaybına neden olmaktadır.Anne baba arasında akrabalık olan ve en az iki etkilenmiş bireyde sendromik olmayan doğuştan veya dil gelişimi öncesi ortaya çıkan ileri ve çok ileri sensorinöral işitme kaybı bulunan 104 aile araştırmaya dahil edimiştir. Bu ailelerin fenotipik/odyolojik özellikleri belirlenmiş ve sendromik bulgulara veya çevresel işitme kaybı nedenlerine rastlanmamıştır. Çalışmaya dahil edilen ailelerin hiç birinde GJB2 geninde mutasyon olmadığı gösterilmiştir. Bu ailelerde otozigozite haritalaması ile ilgili gene bağlantı olan ailelerde mutasyon taraması yapılmıştır.Bu çalışma ile iki ailede c.5807_5813delCCCGTGG (p. R1937TfsX10), bir ailede c.4441T>C (p.S1481P), bir ailede c.4198G>A (p.V1400M), bir ailede c.867C>G (p.Y289X) ve üç ailede c.10002_10003dupCCGGCCC (p.S3335TfsX119) değişimleri saptanmıştır. MYO15A geninde 8 ailede bulduğumuz 5 değişiklik de ilk defa bu çalışma ile gösterilmiş ve bu ailelerde sendromik olmayan işitme kaybından MYO15A genindeki mutasyonların sorumlu olduğu gösterilmiştir.Daha önceki çalışmalarda Türkiye'deki ailelerde GJB2 genindeki mutasyon sıklığı 0.189 olarak gösterilmiştir. Bu çalışmada ise Türkiye'deki otozomal resesif sendromik olmayan işitme kayıplarında MYO15A genindeki mutasyon sıklığı 0.062 (%95 güvenlik aralığı 0.020-0.105) olarak bulunmuştur ve bu çalışma ile bulunan mutasyonlar Türk toplumu için önem taşımaktadır.

Abstract:
Congenital or prelingual hearing loss occurs approximately in one case per 1000 live births. Genetic causes are responsible in 50% of cases. Additional findings are present in 30% of cases, which are referred to as having syndromic deafness. Autosomal recessive transmission occurs in 80% of hereditary deafness.Mutations in GJB2 are the most common cause of hereditary hearing loss in many countries. In addition to GJB2, mutations in 30 genes have been identified for autosomal recessive non-syndromic sensorineural hearing loss. It is difficult to determine the genetic cause in a hearing loss family due to extensive genetic heterogeneity.The MYO15A gene is located on chromosome 17p11.2, has 66 exons, and encodes for unconventional myosin XVa. The longest isoform of myosin XVa has 3,530 amino acid residues. In the inner ear, myosin XVa is necessary for the development of hair cell stereocilia, which are actin-filled projections on the apical surface. Recessive mutations of MYO15A are associated with profound nonsyndromic hering loss.In order to reveal the frequency and spectrum of MYO15A mutations, we screened 104 unrelated multiplex and consanguineous Turkish families with autosomal recessive non-syndromic sensorineural hearing loss using autozygosity mapping with SNP and microsatellite markers. Mutations in GJB2 were excluded in each family. Autozygosity mapping showed that the locus containing the MYO15A gene (DFNB3) co-segregated with autosomal recessive deafness in 10 families.Screening of 66 exons and flanking intronic regions of the MYO15A gene in families mapped to the DFNB3 locus revealed five previously unreported mutations, c.867C>G (p.Y289X) (1 family), c.4198G>A (p.V1400M) (1 family), c.4441T>C (p.S1481P) (1 family), c.5807_5813delCCCGTGG (p.R1937TfsX10) (3 families), and c.10002_10003dupCCGGCCC (p.S3335TfsX119) (2 families). Each homozygous mutation co-segregated with deafness in each family and was absent in Turkish hearing controls.Biallelic GJB2 mutations are present in 0.189 of comparable families in Turkey. We estimate the prevalence of homozygous MYO15A mutations in autosomal recessive non-syndromic deafness in Turkey as 0.062 (95% CI is 0.020-0.105).