Çok sübsitüe estradiol türevlerinin göreceli bağlanma eğilimlerinin CoMCET yöntemi ile 3D QSAR incelenmesi
3D QSAR studies with CoMCET method on relative binding affinities of multisubstituted estradiol derivates
Yazar: NAZMİYE GECEN
Danışman: PROF.DR. YAHYA GÜZEL
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2005
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
IIIÇOK SÜBSTİTÜE ESTRADİOL TÜREVLERİNİN GÖRECELİ BAĞLANMAEĞİLİMLERİNİN CoMCET YÖNTEMİ İLE 3D QSAR İNCELEMESİNazmiye GEÇENErciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri EnstitüsüYüksek Lisans Tezi, Temmuz 2005Tez Danışmanı: Prof. Dr. Yahya GÜZELÖZETBu çalışmada; ?Karşılaştırmalı Moleküler Konformer Elektron Topolojik?(Comperative Molecular Conformer Electron Topological; CoMCET) metodu ilebiyolojik aktivite tahmininin yapılması, Pha, AG ve APS' ye ait ana özelliklerinçıkartılması amaçlanmıştır. Yapı düzenlemelerini tahmin ederek aktiviteyi optimizeetmek ve üç boyutlu yapı-aktivite ilişkisini tanımlamak için CoMCET metodukullanılmış ve başarısı çoklu sübstitüentlenmiş estradiol türevlerinin bazı serisindekanıtlanmıştır. Bu metot moleküllerin aktivitelerini tahmin etmek kadar onlarınbiyolojik etkileşim modellerinin anlaşılmasında da önemli bir ilerleme sağlar.Estradiol bileşiklerinin konformerlerini süperimpoz yaparak (aynı fonksiyonelatomları çoklukla birbiri üzerinde çakıştırarak) moleküllerin tüm çiftleri arasındakibenzerlik indisleri matrisinden Pha O1, C5 ve H5 atomları olarak belirlenmiştir. Phaatomları üst üste çakıştırıldıktan sonra AG (auxiliary groups) ve APS (anti-pharmacophore shielding) grupları için hipotez yürütülür. Estradiol bileşikleri içinbiyoaktivitenin nicel formülündeki kimyasal fonksiyonların geometrik birdüzenlemesi olarak AG, C4, C16 ve C10 atomlarından ve APS ise C7, C8, O2 veO3 atomlarından oluşmaktadır. Bu seri için R2= 0,64; se (standart hata) = 0,30olarak bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: İlaç tasarımı, nicel yapı-aktivite ilişkisi; QSAR, elektrontopolojik metot, farmakofor, Pha.

Abstract:
IV3D QSAR STUDIES WITH CoMCET METHOD ON RELATIVE BINDINGAFFINITIES OF MULTISUBSTITUTED ESTRADIOL DERIVATESNazmiye GEÇENErciyes University, Graduate School of Natural and Applied SciencesPh. D. Thesis, July 2005Thesis Supervisor: Prof. Dr. Yahya GÜZELABSTRACTIn this study, it is aimed that predicting the biological activity for a series ofmultisubstituted estradiol derivates using the Comparative Molecular ConformerElectron Topological (CoMCET ) Method and revealing main properties of Pha, AGand APS. The success and the acceptance of CoMCET are attested to in this series usingthe procedure to describe three-dimensional structure-activity relationships and topredict structural modifications for optimizing activities. This method offers asignificant advance both in the understanding of the model of biological interaction ofthe estradiols as well as modeling and predicting their activity. From a matrix of thesimilarity indices between all pairs by superimposing the conformers of the estradiolcompounds the pharmacophere (Pha) is defined as a group of specific atoms (O1, C5and H5) in a given geometric arrangement that is deemed to exert the activity. After Phais aligned, hypothesis are generated for the auxiliary groups (AG) and anti-pharmacophore shielding (APS) groups. AG consists of C4, C16 and C10, and APS C7,C8, O2, and O3 as a geometric arrangement of chemical functions in a quantitativeformula of bioactivity for estradiol compounds. It is found that R2= 0,64 and se(standart error) = 0,30 for this series.Keywords: drug design, quantitative structure-activity relationship; QSAR, electrontopologic method, pharmacohore, Pha