Erzurum ili ve çevresinde doğal olarak yetişen Origanum vulgare L. ssp. vulgare' den izole edilen endofitik ve rizosferik bakteri ve fungusların bitki gelişimini teşvik edici özelliklerinin araştırılması
Investigation of plant growth promoting properties of endophytic and rhizospheric bacterial and fungal strains isolated from Origanum vulgare L. ssp. vulgare naturally grown in Erzurum
Yazar: YÜKSEL DİL
Danışman: DOÇ. DR. BURAK ALAYLAR
Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Azot fiksasyonu = Nitrogen fixation

Özet:
Bu çalışmada, Erzurum ili ve çevresinden tıbbi ve aromatik bir bitki olan Origanum vulgare L. ssp. vulgare kök kısmı ile birlikte toplanmıştır. Yüzey sterilizasyonları yapılan bitkilerin kök, gövde, yaprak kısımlarında gelişim gösteren endofitik ve rizosferik bakteri ve fungusların bitki gelişimini teşvik eden özellikleri (PGP-plant growth promoter) araştırılmıştır. Bitkilerde kolonize olan bakteri ve funguslar izole edilerek saflaştırılmış ve bu izolatlardan bitki gelişimini teşvik edenleri tespit etmek amacıyla bakterilerde azot fiksasyonu, fosfat çözme, siderofor üretme, indol-3-asetik asit (İAA) üretme ve 1-aminosiklopropan-1-karboksilik asit (ACC) deaminaz üretme, funguslar için ise fosfat çözme, siderofor üretme, İAA üretme gibi PGP yeteneklerini test eden konvansiyonel deneyler yapılmıştır.
Elde edilen 90 bakteri izolatından konvansiyonel testler sonucunda en üstün yetenek gösteren 18 izolat ve 47 fungus izolatından da en üstün yetenek gösteren 19 izolat seçilmiş ve moleküler tanıları yapılmıştır. Bakterilerde 16S rRNA bölgesi, funguslarda ise ITS PCR bölgesine ait evrensel primerler kullanılarak PCR cihazında çoğaltılmıştır. Elde edilen örneklerin sekans analizleri yapılmış ve NCBI veri tabanında BLAST analizi yapılmıştır. Belirlenen tanılama sonuçları NCBI veri tabanına kaydedilmiştir.

Abstract:
In this study, Origanum vulgare L. ssp. vulgare, a medicinal and aromatic plant, was collected from the Erzurum province and its surrounding areas, along with the root portion. The endophytic and rhizospheric bacteria and fungi inhabiting various parts of the plants, including roots, stems, and leaves, were investigated for their plant growth-promoting properties (PGP- plant growth promoter) after surface sterilization of the plants. The bacteria and fungi colonizing the plants were isolated and purified, and conventional experiments were conducted to test their PGP abilities. For bacteria, the tests included nitrogen fixation, phosphate solubilization, siderophore production, indole-3-acetic acid (IAA) production, and 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid (ACC) deaminase production. For fungi, the tests included phosphate solubilization, siderophore production, and IAA production.
Among the 90 bacterial isolates obtained, a subset of 18 isolates exhibiting superior PGP abilities, as well as 19 fungal isolates out of the 47 tested, were selected for further analysis. Molecular identification was performed by amplifying the 16S rRNA region for bacteria and the ITC PCR region for fungi using universal primers in PCR device. Subsequently, the obtained samples were subjected to sequence analysis, and BLAST analysis was performed in the NCBI database. The identified diagnostic results have been submitted and stored in the NCBI database.