Mikolik asit içerikli aktinomisetlerden Nocardia ve Dietzia izolatlarının 16S rDNA yöntemi ile tiplendirilmesi ve antimikrobiyal aktiviteleri
Identification of Nocardia and Dietzia isolates containing mycolic acids actinomycetes by 16S rDNA method and antimicrobial activity
Yazar: TUĞBA KESKİN
Danışman: DOÇ. DR. KAMİL IŞIK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Nocardia = Nocardia

Özet:
Bu çalışmada mikolik asit içerikli mikroorganizmaları elde etmek amacıyla 7 farklı habitatdan izolasyon çalışması yapılmıştır. İzolasyon çalışmalarında Hayakawa ve Nonomura tarafından 1987 yılında geliştirilen humik asit vitamin agar (HV) kullanılmıştır. Hem HV agar hem de sükroz gradient santrifigasyon yöntemi kullanılarak ilgili şartlarda istenilen grubun çıkma ihtimali arttırılmış ve mikolik asit içerikli aktinomiset grubu bakterilerin izolasyonu gerçekleştirilmiştir.İzolasyon çalışmalarından elde edilen izolatların morfolojilerine öncelik verilerek mikolik asit testleri uygulanmıştır ve sadece pozitif sonuç veren organizmalar tez çalışmaları için seçilmiştir.Mikolik asit testleri sonucu belirlenen 18 test organizmanın olası yeni türler olarak araştırılması amacıyla, moleküler taksonomik yöntemlerden 16S rDNA yöntemi uygulanmıştır. 16S rDNA gen bölgesinin nükleotit dizilimi, farklı 3 oligonükleotit primeri (MG3, MG5 ve 800R) ile MacroGen firması tarafından ABI 3730XL automated sequences cihazıyla okunmuştur. Baz dizi analizleri Sequencer 4.10.1 ve Mega 4.1 (Kumar, 2008) programlarında gerçekleştirilmiştir. Ayrıca Ez Taxon Server 2.1 (Chun ve ark., 2007) kullanılarak test izolatlarına en yakın akraba olan türlerin 16S rDNA gen dizileri ilgili web adreslerinden indirilerek elde edilmişlerdir.16S rDNA nükleotit dizilerinin çoklu hizalanması sonrasında filogenetik ağaçlar neighbor-joining (Saitou ve Nei, 1987) algoritması kullanılarak oluşturulmuştur. Analizlerin sonuçlarına göre 18 organizmanın 16'sı Nocardia cinsine ait, 2'si ise Dietzia cinsine ait olduğu belirlenmiştir. Hem Nocardia hem de Dietzia cinsine ait test organizmalarının literatüre de uyumlu olarak, ilgili cinsin tip kültürleriyle kümelendikleri görülmüştür.

Abstract:
In this study, an isolation practice consist of 7 different habitats was done to obtain microorganisms containing mycolic acids. Humik acid vitamin agar (HV) which was discovered 1987 by Hayakawa and Nonomura has been used in the isolation practices by being used of both HV agar and sucrose gradient centrifugation method, the possibility of occurence of the desired group in the related conditions was increased and the isolation of actinomycetes grouped bacterium containing mycolic acids was achieved.By being prioritized to the morphologies of isolates obtained from isolation practices, mycolic acids tests were applied and only the organisms that resulted positive were chosen for the study of the thesis.On the purpose of researching as the possible new species of the 18 test organisms which were determinated from the results of the mycolic acid tests, 16S rDNA method was applied out of the molecular taxonomic methods. The nucleotide sequencing of 16S rDNA gene region was read by ABI 3730XL automated sequences device by MicroGen firm and different 3 oligonükleotit primary (MG3, MG5, and 800R). The base sequence analyses was achieved in Sequencer 4.10.1 Program and Mega 4.1 Program (Kumar, 2008). Moreover, by being used of Ez Taxon Server2.1 (Chun and ark., 2007), the 16S rDNA gene sequencing of the closest relative species to the test isolates were obtained from the related websites by downloading.The phylogenetic trees were formed by using neighbor-joining (Saitou and Nei, 1987) algorithm after multi alignments of 16S rDNA nucleotide sequences. According to the results of analyses, it is observed that sixteen of eighteen organisms belonging to the genus of Nocardia, two organisms belonging the genus of Dietzia. It is seen that the test organisms which situated in the genus of both Nocardia and Dietzia were in good agreement with literature and also clustered with related genus type cultures.