Klebsiella pneumoniae, pseudomonas aeruginosa,acinetobacter baumannii suşlarında kolistin sıvı disk elüsyon, kolistin agar test, sıvı mikrodilüsyon yöntemlerinin karşılaştırılması ve MCR-1 geninin araştırılması
Comparison of colistin broth disc elution, colistin agar test, broth microdilution methods and investigation of the MCR-1 gene in klebsiella pneumoniae, pseudomonas aeruginosa, acinetobacter baumannii strains
Yazar: BÜŞRA ACAR
Danışman: PROF. DR. ZÜLAL AŞÇI TORAMAN ; DOÇ. DR. ÜNSAL SAVCI
Fırat Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
ÖZET 
Kolistin duyarlılığı tayini için referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon (SMD) yöntemine alternatif olarak kolistin sıvı disk elüsyon (KSDE) ve kolistin agar test (KAT) yöntemleri geliştirilmiştir. Bu çalışmadaki amacımız, Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae), Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa), ve Acinetobacter baumannii (A. baumannii), suşlarında kolistin duyarlılığını belirlemek için SMD, KSDE ve KAT yöntemlerini karşılaştırmak; kolistin dirençli izolatlarda mcr-1 (mobil kolistin direnci) direnç geninin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ile araştırılmasıdır. 
Çalışmaya 62 K. pneumoniae, 52 P. aeruginosa ve 62 A. baumannii olmak üzere toplam 176 izolat dahil edilmiştir. Kolistin duyarlılığı tespitinde SMD, KSDE ve KAT yöntemleri kullanılmış ve herhangi birinde kolistin dirençli bulunan izolatlardan genetik materyal izolasyonu yapılıp PCR uygulanmıştır. 
Veriler değerlendirildiğinde K. pneumoniae'da; KSDE yöntemi için kategorik uyum (KU), temel uyum (TU), büyük hata (BH) ve çok büyük hata (ÇBH) oranları sırasıyla %93.5, %91.9, %13.3 ve %0 bulunurken KAT yöntemi için KU ve TU oranları %96, ÇBH %6.2 saptanmış olup BH gözlenmemiştir. Referans yönteme göre P. aeruginosa'da iki yöntemde de KU, TU, BH ve ÇBH oranları kabul edilebilir sınırlarda bulunmuştur. Son olarak A. baumannii'de; KSDE yöntemi için KU %83.8, TU %80.6, BH %11.7 ve ÇBH %36.3 bulunurken KAT yöntemi için KU ve TU %88, BH %2 ve ÇBH %54 bulunmuştur. Herhangi bir yöntemle kolistin dirençli bulunan 58 izolatta mcr-1 geni saptanmamıştır. 
Kolistin duyarlılık tespiti için KSDE ve KAT yöntemlerinin K. pneumoniae'da ve P. aeruginosa'da SMD yöntemine alternatif olarak kullanılabileceği düşünülürken A. baumannii için bu yöntemlerin kullanılmasının hatalı sonuçlara neden olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
ABSTRACT 
COMPARISON OF COLISTIN BROTH DISC ELUTION, COLISTIN AGAR TEST, BROTH MICRODILUTION METHODS AND INVESTIGATION OF THE MCR-1 GENE IN KLEBSIELLA PNEUMONIAE, PSEUDOMONAS AERUGINOSA, ACINETOBACTER BAUMANNII STRAINS 
As an alternative to the broth microdilution (BMD) method, which is the reference method for colistin sensitivity determination, colistin broth disk elution (CBDE) and colistin agar test (CAT) methods have been developed. Our aim in this study is to compare BMD, CBDE and CAT methods to determine colistin sensitivity in Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae), Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa), and Acinetobacter baumannii (A. baumannii) strains; To investigate the the mcr-1 (mobile colistin resistance) resistance gene in colistin resistant isolates by polymerase chain reaction (PCR) method. 
A total of 176 isolates, including 62 K. pneumoniae, 52 P. aeruginosa and 62 A. baumannii, were included in the study. BMD, CBDE and KAT methods were used to detect colistin sensitivity, and genetic material was isolated from any of the isolates found to be resistant to colistin and PCR was applied. 
When the data are evaluated, in K. pneumoniae; for the CBDE method, the categorical agreement (CA), essential agreement (EA), major error (ME) and very major error (VME) rates were 93.5%, 91.9%, 13.3% and 0%, respectively, while the CA and EA rates for the CAT method were 96%, VME was detected in 6.2% and ME was not observed. Compared to the reference method, the rates of CA, EA, ME and VME in P. aeruginosa were found to be within acceptable limits in both methods. Finally, in A. baumannii; for the CBDE method, CA 83.8%, EA 80.6%, ME 11.7% and VME 36.3% were found to be, while for the CAT method CA and EA were found to be 88%, ME 2% and VME 54%. The mcr-1 gene was not detected in 58 isolates found to be resistant to colistin by any method. 
While it is thought that CBDE and CAT methods can be used as an alternative to the BMD method for colistin sensitivity detection in K. pneumoniae and P. aeruginosa, it is thought that using these methods for A. baumannii will cause erroneous results.