Kolorektal kanser ve öncü lezyonlarında KRAS ve BRAF mutasyon analizleri yoluyla tanısal yaklaşım ve hedefe yönelik tedavi seçimi
KRAS and BRAF mutation analysis in colorectal carcinoma and its precursor lesions: Diagnostic and targeted therapeutic approach
Yazar: ÖZNUR ERDOĞAN
Danışman: PROF. DR. ARZU ENSARİ
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Genetik = Genetics ; Patoloji = Pathology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Kolorektal karsinomalar (KRK), Batı'da, akciğer ve meme karsinomalarından sonra en sık ölüme neden olan malignite grubunu oluşturmakta ve insidansı son yıllarda artış göstermektedir. KRK tedavisinde, olguların birbirinden ayrımı, öncü lezyonların belirlenmesi ve tedavi seçimini belirleyecek moleküler belirleyicilerin (KRAS ve BRAF onkogenleri gibi) saptanması son derece önemlidir.Bu tez çalışmasında, farklı morfolojik karaktere sahip 87 öncü lezyon ve 40 KRK'da KRAS ve BRAF onkogenlerinin mutasyon analizlerinin yapılması ve elde edilecek moleküler bulgularla morfolojik karakterlerin ilişkilendirilmesi ve KRAS ile BRAF gen mutasyonlarını saptamada kullanılan yöntemlerin güvenilirliğinin test edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla histopatolojik değerlendirmesi yapılan olguların lezyonlu alanlarından DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. KRAS geni için real time PCR ve pirosekanslama, BRAF geni için real time PCR ve direkt sekanslama teknikleri kullanılarak mutasyon analizi gerçekleştirilmiştir.Sonuç olarak, bu tez çalışmasında, kolorektal karsinomlar ve öncü lezyonlarda, KRAS ve BRAF gen mutasyonları, geniş bir olgu serisinde, klinikopatolojik parametrelerle ilişkilendirilerek değerlendirilmiştir. Çalışmamızın sonuçları, literatür eşliğinde, KRAS ile birlikte, BRAF'ın da kolorektal neoplastik süreçte etkin rol oynayan bir onkogen olduğunu ve özellikle serrated neoplazi spektrumunda yer alan lezyonların gelişiminde önemli bir faktör olduğunu ortaya koymuştur. Bu sonuçlar, BRAF'ın yakın gelecekte KRAS ile birlikte, özellikle KRAS mutasyonu göstermeyen olgularda, anti EGFR tedavisinin etkinliğinin öngörülmesinde yararlı bir moleküler test olarak kullanılabileceğini düşündürmektedir.

Abstract:
Colorectal carcinoma is one of the leading causes of cancer death in the Western world and its incidence has been increasing in our country. In order to have a successful therapeutic approach to colorectal carcinoma, both the precursor lesions and also the molecular background of neoplastic progression need to be evalauated. In recent years, it was shown that colorectal carcinomas showing activating mutations in the KRAS gene (30-40% of the cases) are unresponsive to anti-EGFR therapy and that KRAS mutation analysis could predict patients for appropriate targeted therapy.In the present thesis, different precursor lesions of colorectal carcinoma (87 cases) together with the carcinoma cases (40 cases) were evaluated for KRAS and BRAF mutations in an attempt to correlate the morphologic findings with molecular results. Morphologic classificiaton was perfomed on the H&E sections where the lesion was marked with a marker pen to identify the area for DNA extraction. Following manual microdissection of these areas, DNA was isolated. KRAS mutation was assessed for exon 2 codon 12 ve 13, exon 3 codon 61 using pyrosequencing while BRAF mutations were evalauated using allele specific PCR and confirmed with DNA sequencing.Our results showed that, BRAF, together with KRAS, seem to play a significant role in colorectal neoplastic progression and in the development of serrated precursors of colorectal carcinoma, in particular. These findings suggest that BRAF may be used as a predictor in the targeted therapeutic approach to colorectal cancer patients.