Yoğun bakım ünitesinde COVİD-19 tanısı ile takip edilen hastalarda gelişen ventilatör ilişkili pnömoni için risk faktörleri, mikrobiyolojik etkenler ve prognozun değerlendirilmesi
Risk factors, microbiological agents, and prognosis assessment for ventilator-associated pneumonia in patients monitored with COVİD-19 diagnosis in the intensive care unit
Yazar: HİLAL IRCI
Danışman: PROF. DR. İLHAMİ ÇELİK
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Kayseri Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology

Özet:
Giriş ve Amaç: Çin'in Wuhan şehrinde, 2019 yılı sonlarına doğru pnömoni vakalarında artış görülmesi üzerine yapılan araştırmalarda hastalık etkeninin daha önce insanlarda saptanmamış yeni bir koronavirüs (2019 novel Corona Virus; 2019-nCoV) türü olduğu saptanmıştır. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından 11 Mart 2020'de ise pandemi ilan edilmiştir.
Literatürde COVID-19'da ARDS gelişimi ve mekanik ventilatör ihtiyacı ile ilgili birçok çalışma mevcuttur. Yoğun bakımda yatan hastalarda risk faktörlerini saptamak ve verilen immunsüpresif tedavi ventilatör ilişkili pnömoniyi (VİP) ön görmede yol göstericidir. Yerel epidemiyolojinin saptanması VİP tedavisinde önemli bir basamaktır.
COVID-19 tanılı yoğun bakımda mekanik ventilatörde takipli 311 hastada VİP gelişimi için risk faktörlerini belirlemek, VİP gelişen hastalarda mortalite için risk faktörlerini belirlemek ve izole edilen etkenlerin direnç oranlarını belirlemek üzere 01.07.2021-30.07.2022 tarihleri arasında retrospektif gözlemsel kohort bir çalışma olarak gerçekleştirildi.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya nazo-orofarengeal örnekte SARS CoV-2 polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) pozitifliği saptanan 18 yaş ve üzeri hastalar dahil edildi.  Hastaların demografik bilgileri, risk faktörleri ve altta yatan ek hastalıkları, yatış süreleri, laboratuvar değerleri, aldıkları immunsüpresif ve antimikrobiyal tedaviler değerlendirildi. Hastalar yoğun bakım yatışının 14. gününde ölenler ve sağ kalanlar olarak iki gruba ayrılarak risk faktörleri değerlendirildi. VİP gelişen ve gelişmeyen hastalar arasında risk faktörleri değerlendirildi. Etkenler ve antimikrobiyal direnç oranları saptandı.
Bulgular: Hastaların yaş ortalaması 72,6±11,9 yıl ve %62,7'si erkek (195/311) idi. Hastaların çoğunun 60-75 yaş grubu %43,7 (136/311) grubunda olduğu gözlenmiştir. En sık tespit edilen komorbid durumlar; hipertansiyon %48,6 (151/311) ve diabetes mellitus %33,1 (103/311) olmuştur.
Yoğun bakım ünitesine yatışın 14.gününde sağ kalan grupta metilprednizolon kullanımı 36/50 kişi ile daha fazla (p= 0,019), kullanılanım günü ortalama 11,3±8,7 gün ile daha uzun (p <0,001) ve toplam doz 620,8±591,3 mg daha fazla (p <0,001) bulunmuştur. Yine ölen hastaların %13'ü (34/261), sağ kalanların %28'ine (14/50) pulse steroid verilmişti (p=0,007).
VİP gelişen hastaların %26,9'unda (28/104) KOAH vardı ve VİP gelişmeyenlere (%14,5, 30/207) göre anlamlı derecede yüksek saptandı (p=0,008). VİP gelişen hastaların metilprednizolon kullanım günü ortalama 8,5±7,9 gün (p <0,001) ve toplamda 495,4±560 mg dozunda (p <0,001) daha yüksek bulunmuştu. 
VİP gelişen hastaların hastane yatışının 14. günündeki laboratuvar bulguları incelendiğinde sağ kalan grupta kreatinin değeri ortalama 1,0±1,1 mg/dL ile daha düşük bulunmuştur (p=0,021). Yine bu gruptakilerin C-reaktif protein değeri 69,2±67,4 mg/dl ile daha düşük saptanmıştır (p=0,024).
VİP gelişen hastalarda 14. günde verilen antibiyoterapi irdelendiğinde başta makrolid %59,6 (62/104), üçüncü kuşak sefalosporinler %36,5 (38/104), beta laktam/beta laktamaz inhibitörü %33,7 (35/104) kullanımı tespit edilmiştir
İzole edilen bakterilerin %96,3'ünü Gram-negatif bakteriler oluştururken, %3,7'sini Gram-pozitif bakteriler oluşturmaktadır. En sık izole edilen Gram-negatif patojen Acinetobacter baumannii %62,5 (n=35), Gram-pozitif patojen ise Enterococcus spp. %3,7 (n=2) idi.  Üçüncü kuşak sefalosporinlere karşı Acinetobacter spp. suşlarında %100 ve K. pneumoniae suşlarında %83,3 oranında direnç saptanmıştır. Acinetobacter baumannii, K. pneumoniae ve E. coli suşlarının tümü karbapenemlere dirençliydi
Sonuç: Çalışmaya dahil edilen hastalarda 14. günde sağ kalan hastaların daha fazla kortikosteroid tedavi almış olduğu deksametazon kullanılan gün, günlük doz ve total dozun da daha yüksek olduğu tespit edildi. Hipertansiyon ve KOAH varlığı VİP gelişimi için risk faktörü olarak tespit edilmiştir. Metilprednizolon kullanım günü ile toplam dozu, tosilizumab ve pulse steroid kullanımı VİP gelişen grupta daha fazla tespit edilmiştir. VİP gelişen hastaların 14. günde sağ kalan hasta grubunda deksametazon ve metilprednizolon kullanım günü daha uzun bulunmuştur. COVID 19 pnömonisi ile MV'de takip edilen hastalarda VİP gelişimi ve mortalite açısından komorbid hastalıklar iyi değerlendirilmelidir. İmmünsüpresif tedavinin VİP gelişimine neden olabileceği akılda tutularak hasta bazlı tedaviler seçilmelidir. YBÜ'lerinde görülen enfeksiyon etkenleri arasında artan Acinetobacter baumannii oranı ve karbapenem direnci göz önüne alınarak antibiyotik seçimi yapılmalıdır.
Anahtar Kelimeler: COVID-19, VİP, YBÜ

Abstract:
Introduction and Purpose: In the late 2019, an increase in pneumonia cases in the city of Wuhan, China led to research revealing a novel coronavirus, previously unrecognized in humans, known as the 2019 novel Coronavirus (2019-nCoV). The World Health Organization (WHO) declared it a pandemic on March 11 at 2020.
In the literature, there are many studies on the development of ARDS and the need for mechanical ventilation in COVID-19. Identifying risk factors in critically ill patients and providing immunosuppressive treatment can be instructive in predicting ventilator-associated pneumonia (VAP). Determining local epidemiology is a crucial step in VAP treatment.
A retrospective observational cohort study was conducted between July 1, 2021, and July 30, 2022, to identify risk factors for the development of VAP in COVID-19-diagnosed patients in the intensive care unit, determine risk factors for mortality in patients with VAP, and assess the resistance rates of isolated pathogens.
Materials and Methods: The study included patients aged 18 and over who tested positive for SARS-CoV-2 polymerase chain reaction (PCR) in naso-oropharyngeal samples. Demographic information, risk factors, underlying comorbidities, length of stay, laboratory values, immunosuppressive, and antimicrobial treatments were evaluated. Patients were divided into two groups: those who survived at the 14th day of ICU admission and those who died. Risk factors were assessed between patients who developed VAP and those who did not. Isolated pathogens and antimicrobial resistance rates were determined.
Results: The average age of the patients was 72.6 ± 11.9 years, and 62.7% were male (195/311). Most patients were in the 60-75 age group, accounting for 43.7% (136/311). The most commonly identified comorbidities were hypertension (48.6%) and diabetes mellitus (33.1%).
In the group of patients who survived at the 14th day of ICU admission, the use of methylprednisolone was higher (36/50) (p=0.019), and the duration of use (average 11.3 ± 8.7 days) and total dose (620.8 ± 591.3 mg) were longer (p<0.001). Additionally, 13% of the deceased patients (34/261) were given pulse steroids, compared to 28% of the survivors (14/50) (p=0.007).
Among patients who developed VAP, 26.9% had COPD, which was significantly higher than the non-VAP group (14.5%, 30/207) (p=0.008). The mean duration of methylprednisolone use (8.5 ± 7.9 days) and total dose (495.4 ± 560 mg) was higher in patients who developed VAP (p<0.001).
When the 14th-day laboratory findings of patients who developed VAP were examined, the group that survived had lower creatinine values (average 1.0 ± 1.1 mg/dL) (p=0.021). Additionally, their C-reactive protein value was lower (69.2 ± 67.4 mg/dL) (p=0.024).
Regarding antibiotic therapy given on the 14th day in patients who developed VAP, macrolides were the most commonly used (59.6%), followed by third generation cephalosporins (36.5%) and beta-lactam/beta-lactamase inhibitors (33.7%).
Gram-negative bacteria accounted for 96.3% of isolated bacteria, while Gram-positive bacteria made up 3.7%. The most commonly isolated Gram-negative pathogen was Acinetobacter baumannii (62.5%), and the Gram-positive pathogen was Enterococcus spp. (3.7%). Resistance to third-generation cephalosporins was observed in 100% of Acinetobacter spp. strains and 83.3% of K. pneumoniae strains. All Acinetobacter baumannii, K. pneumoniae, and E. coli strains were resistant to carbapenems.
Conclusion: In the patients included in the study, it was found that patients who survived on the 14th day received more corticosteroid treatment, with higher dexamethasone use days, daily doses, and total doses. Hypertension and COPD were identified as risk factors for VAP development. Longer duration of methylprednisolone use, total dose, tocilizumab, and pulse steroid use were observed in the VAP group. Patients with VAP had longer dexamethasone and methylprednisolone use days on the 14th day. Comorbid diseases should be well evaluated in terms of VAP development and mortality in patients with COVID-19 pneumonia monitored with MV. Individualized patient-based treatments should be selected, considering the potential of immunosuppressive treatment to cause VAP. Given the increasing prevalence of Acinetobacter baumannii strains and carbapenem resistance in ICUs, antibiotic selection should be made carefully.
Keywords: COVID-19, VAP, ICU