SARS-CoV-2 PCR negatif hastalarda diğer solunum yolu viruslarının retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of other respiratory tract viruses in SARS-CoV-2 PCR negative patients
Yazar: AYGÜN MEHDIYEVA
Danışman: PROF. DR. ALİ AĞAÇFİDAN
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Viroloji ve Temel İmmünoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; SARS virüsü = SARS virus ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; Virüsler = Viruses ; İstanbul = Istanbul

Özet:
Amaç: Mart 2020-Mart 2021 tarihleri arasında COVID-19 klinik ön tanısı ile İstanbul Üniversitesi (İÜ), İstanbul Tıp Fakültesi Viroloji ve Temel İmmunoloji Bilim Dalı laboratuvarına gönderilen, SARS-CoV-2 PCR testi negatif çıkan klinik örneklerde moleküler tanı yöntemi  gerçek zamanlı RT-PCR  kullanılarak diğer solunum yolu viruslarının araştırılması amaçlanmıştır.  
Gereç ve yöntemler: COVID-19 tanısı, İstanbul Üniversitesi (İÜ), İstanbul Tıp Fakültesi Viroloji ve Temel İmmunoloji Bilim Dalı COVID-19 laboratuvarında Bio-Speedy Viral Nükleik Asit İzolasyon kiti ve Bio-Speedy COVID-19 RT-qPCR Tespit Kiti kullanılarak konmuştur.
COVID-19 negatif örneklerde diğer solunum yolu virusları, İÜ. İstanbul Tıp Fakültesi Viroloji ve Temel İmmunoloji Bilim Dalı Moleküler Biyoloji Laboratuvarında multipleks gerçek zamanlı  RT-PCR yöntemi ile Fast Track FTD Respiratory pathogens 21 kiti kullanılarak Rotor Gene Q Real-Time PCR (Qiagen, Hilden, Germany)  cihazında yapılmıştır.
Bulgular: SARS-CoV-2 PCR testi negatif 397 hastadan 52'sinde diğer solunum yolu virusları pozitif bulunmuştur. Diğer solunum yolu virusları pozitif 52 hastadan 35'i (%67) rinovirus (RV) pozitif, 6'sı (%11) koronovirus (Cov) OC43, NL63, 229E, HKU1 pozitif, 2'si (%4) adenovirus (AV) pozitif, 2'si (%4) respiratuvar sinsitiyel virus (RSV) pozitif, 1'i (%2) enterovirus (EV) pozitif, 1'i (%2) insan metapnömovirus (İMPV) pozitif, 1'i (%2) parainfluenza-4 (PİV-4) pozitif, 4'ü (%8) koenfeksiyon (RV+RSV, RV+AV, RV+ insan bokavirusu (İBoV), RSV+CoV 229E)  pozitif olarak saptanmıştır. İnfluenza virus (İV), PİV-1, PİV-2, PİV-3, insan parechovirus (İpeV) saptanmamıştır.
Sonuç: Maske, mesafe, el yıkama, izolasyon gibi koruyucu önlemlerin solunum yolu viruslarının yayılımını önemli ölçüde azalttığı sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Objective: It was aimed  to investigate other respiratory tract viruses by molecular diagnosis method real-time RT-PCR in clinical samples with negative SARS-CoV-2 PCR test, which were sent to Istanbul University (IU), Istanbul Medical Faculty, Department of Virology and Basic Immunology laboratory between March 2020 and March 2021 with the clinical pre-diagnosis of COVID-19.
Materials and methods: The diagnosis of COVID-19 was made using the Bio-Speedy Viral Nucleic Acid Isolation kit and the Bio-Speedy COVID-19 RT-qPCR Detection Kit in the COVID-19 laboratory of Istanbul University (IU), Istanbul Medical Faculty, Department of Virology and Basic Immunology.
Other respiratory tract viruses in COVID-19 negative samples were detected in Rotor Gene Q Real-Time PCR (Qiagen, Hilden, Germany) device using Fast Track FTD Respiratory pathogens 21 kit with multiplex real-time RT-PCR method in Istanbul University (IU), Istanbul Medical Faculty, Department of Virology and Basic Immunology,Molecular Biology Laboratory.
Results: Other respiratory tract viruses were detected positive in 52 of 397 patients with negative SARS-CoV-2 PCR test. From 52 patients positive for other respiratory tract viruses, 35 (67%) were rhinovirus (RV) positive, 6 (11%) coronavirus (Cov) OC43, NL63, 229E, HKU1 positive, 2 (4%) adenovirus (AV) positive, 2 (4%) respiratory syncytial virus (RSV) positive, 1 (2%) enterovirus (EV) positive, 1 (2%) human metapneumovirus (HMPV) positive, 1 (2%) parainfluenza virus-4 (PIV-4) positive, 4 (8%) coinfection (RV+RSV, RV+AV, RV + human bocavirus (HboV), RSV+CoV 229E) were positively detected. Influenza (IV), PIV-1, PIV-2, PIV-3,  human parechovirus (HpeV) were not detected.
Conclusion: It was concluded that protective measures such as masks, distance, hand washing and isolation significantly reduced the spread of respiratory viruses.