Çeşitli gıdalardan izole edilen Enterobacter sp. ve Cronobacter sakazakii suşlarının biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle tanımlanması
The biochemical and molecular identification of Enterobacter sp. and Cronobacter sakazakii strains isolated from various foods
Yazar: ESİN ÇETİNKAYA
Danışman: PROF. DR. KAMURAN AYHAN
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering

Özet:
Bu çalışmada evde hazırlanan bebek gıdalarında kullanılan hammaddelerden izole edilen Enterobacter sp. ve Cr. sakazakii suşlarının çeşitli yöntemler ile tanımlanıp, bu yöntemlerin birbirleri ile kıyaslanmaları amaçlanmıştır. Bebek gıdalarının temel içeriğini oluşturan tahıl unları, bitki çayları, sebzeler ve hayvansal gıdalardan izole edilen 54 adet suş; 15 klasik biyokimyasal test, 3 hızlı test kiti (API 20 E, API ZYM ve ID 32 E) ve 5 moleküler yöntem (Darbeli Alan Jel Elektroforezi, Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Çoklu Lokus Dizilim Analizi, 16S rRNA Dizilim Analizi, Matris Destekli Lazer Desorpsiyon/İyonizasyonu-Uçuş Süresi Kütle Spektrometresi) ile tanımlanmıştır.İzole edilen 54 suşa uygulanan 15 klasik biyokimyasal test ile bu suşların %88,9'u tanımlanabilmiştir. Bunlardan %35,1'i E. agglomerans, %24'ü E. cloacae, %3,7'si E. intermedus, %3,7'si E. amnigenus, %1,85'i E. gergoviae, %5,5'i Esc. coli, %5,5'i Cl. amalon, %5,5'i Cl. freundii, %1,85'i Sr. grimes, %1,85'i Sr. fonticola, %1,85'i Kl. pnemoniae olarak tanımlanırken %11,1'i tanımlanamamıştır.Ek olarak, API 20 E ve ID 32 E test kitleri ile tanımlanan 44 izolattan 25'inin (%56,8) birincil tanımlama sonuçları aynıdır. Bunlardan %22,7'si Pantoea spp., %20,5'i Cr. sakazakii, %4,5'i Kl. pnemoniae, %4,5'i Esc. coli, %2,3'ü E. aerogenes, %2,3'ü Esc. vulneris'tir. İzolatlardan %43,2'si iki farklı test kitine de farklı sonuçlar vermiştir.XbaI enziminin kullanıldığı PFGE ile suşların %93,2'sinin filogenetik analizi yapılabilmiştir. Buna göre, filogenetik ağaçta 28 farklı genetik yapı görülmüştür.Cr. sakazakii olduğu düşünülen suşlara uygulanan PZR ve MALDI-TOF MS ile bu izolatların Cr. sakazakii olduğu doğrulanırken; MLST ve 16S rRNA dizilim analizi ile 7 muhtemel Cr. sakazakii suşundan 2'si Cr. malonaticus, 1''i ise Cr. universalis olarak tanımlanmıştır.

Abstract:
The aims of this study are the isolation of Enterobacter sp. and Cr. sakazakii from rawmaterials which are being used for homemade baby food, the identification of the strains with various methods and the comparison of these methods. 54 strains isolated from common baby food ingredients which were grain flours, herbal teas, vegetables and animal products, were identified via 15 biochemical tests, 3 rapid test kits (API 20 E, API ZYM, ID 32E) and 5 molecular methods (Pulsed Field Gel Electrophoresis, Polimerase Chain Reaction, Multi Locus Sequence Typing, 16S rRNA Sequence Typing, Matris Assisted Laser Desorption/Ionisation-Time of Flight Mass Spectrometry).Depending on 15 classical biochemical tests which were done for 54 isolates, 88.9% of these strains could be identified. 35.1% of them were E. agglomerans, 24% of them were E. cloacae, 3.7% of them were E. intermedus, %3.7 of them were E. amnigenus, 1.85% of them were E. gergoviae, 5.5% of them were Esc. coli, 5.5% of them were Cl. amalon, 5.5% of them were Cl. freundii, 1.85% of them were Sr. grimes, 1.85% of them were Sr. fonticola, 1.85% of them were Kl. pnemoniae. On the other hand 11.1% of these isolates could not be identified.Additionally, 56.8% of the primary identifications via both API20E and ID32E were in correspondance. 22.7% of the 44 strains were Pantoea spp., 20.5% of them were Cr. sakazakii, 4.5% of them were Kl. pnemoniae, 4.5% of them were Esc. coli, 2.3% of them were E. aerogenes, 2.3% of them were Esc. vulneris. 43.2% of the results gave different results for the two test kits.XbaI enzyme was used for PFGE and phylogenetic analyses could done for 93.2% of the strains. There were 28 different genetical structure seen on the phylogenetic tree.Isolates which were deemed to be Cr. sakazakii were all confirmed as Cr. sakazakii by PCR and MALDI-TOF MS. On the other hand, 2 of 7 possible Cr. sakazakii strains were identified as Cr. malonaticus while 1 of 7 strains was determined as Cr. universalis via MLST and 16S rRNA sequence typing.