Bazı turunçgil anaçlarında demir (Fe) klorozuna dayanıklılıktan sorumlu genlerin SSCP markırlarıyla allelik çeşitliliğinin araştırılması
Determination of allelic diversity of candidate genes responsible for resistance to iron chlorosis by SSCP markers in some citrus rootstocks
Yazar: ÖZHAN ŞİMŞEK
Danışman: DOÇ. DR. YILDIZ AKA KAÇAR
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Bölümü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Turunçgil anaçlarında demir klorozundan sorumlu genlerde allelik çeşitliliği tespit etmek amacıyla SSCP analizleri gerçekleştirilmiştir. İlk olarak turunçgil EST lerinden demir klorozundan sorumlu üç aday gen belirlenmiştir. Turunçgil anaçlarını temsil eden 8 farklı turunçgil genotipi seçilerek, belirlenen aday genlere özgü PCR primerleri kullanılarak genlerin PCR amplifikasyonları gerçekleştirilmiştir ve PCR ürünlerinden direk DNA sekans yapılarak genlerin seçilen 8 genotip açısından DNA sekansları belirlenmiştir. DNA sekans sonuçlarının analizleri bilgisayar paket programları aracılığıyla yapılarak polimorfizmler belirlenmiştir. SSCP analizlerini gerçekleştirmek amacıyla bu mutasyonlu bölgeleri çoğaltacak yeni SSCP primerleri dizayn edilmiştir ve SSCP analizlerine geçilmiştir. Dizayn edilen SSCP primerleri ve tez kapsamında kullanılan toplam 35 farklı turunçgil anacına ait DNA materyalleri kullanılarak PCR reaksiyonları gerçekleştirilmiştir. PCR ürünleri poliakrilamid jel elektroforezinde koşturulmuştur, elde edilen DNA bant profillerinin cluster analizleri yapılarak dendogramlar oluşturulmuştur. Fe-S geni için elde edilen dendogramda demir klorozuna duyarlı oldukları bilinen üç yapraklı genotipleri aynı grup içinde kümelenmişlerdir, üç yapraklı melezleri ise kendi içerisinde aynı alt kollarda yer almışlardır. IRT1 geni için oluşturulan dendogramda ise benzer sonuçlar bulunmuştur, üç yapraklı ve melezleri aynı alt kollarda kümelenmişler ve mandarin genotipleri arasında yüksek bir varyasyon tespit edilmiştir. NRAMP3 geni ile PCR ürünü akrilamid jel içerisinde ayrılamadığından dolayı cluster analizleri yapılamamıştır.Anahtar Kelimeler: SSCP, Demir Klorozu, Turunçgil, Allelik Çeşitlilik

Abstract:
We performed SSCP (Single Stranded Conformation Polimorphism) analysis in order to discover allelic diversity of candidate genes responsible for iron chlorosis in citrus rootstocks. Three Iron chlorosis candidate genes were selected from existing Citrus ESTs databases and Arabidopsis thaliana genome databases. Iron-Sulfur assembly protein, Vacuolar Metal Transporter and root iron transporter candidate genes were used. Eight citrus genotypes were selected to be representative cultivars of the basic taxon of Citrus to analyse the polymorphism. Two primers were used to amplify for each gene with these eight genotypes and directly sequencing of amplified DNA of candidate genes was done from PCR products to design new SSCP primers. We developed new primers for further diversity and routine genotyping by SSCP method from the results of direct sequencing on the basic taxa. Two pair of primers were defined for each genes. SSCP-PCR analysis was performed with thirty-five citrus rootstocks and PCR product were was subjected to electrophoresis in a non-denaturing PAGE and gels were stained with silver nitrate. Neighbour joining method was used to construct dendrograms for cluster analyses. Trifoliata genotypes and their hybrids were clustered together and mandarins showed high diversity for both genes, for Fe-S gene and IRT1 gene. Dendograms could not be constructed, because the DNA profiles could not be separated in acyrlamide gel for NRAMP3 gene.Key Words: SSCP, Iron Chlorosis, Citrus, Allelic diversity