Tavuk trakelerinde Mycoplasma gallsepticum'un real-time PCR tekniği ile saptanması ve istatistik analizi
Real-time pcr techniques for detection Mycoplasma gallisepticum in chicken trachea and statistical analysis
Yazar: MURAT ÖZMEN
Danışman: PROF. DR. G. TAMER KAYAALP
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Tüm dünyada ve ülkemizde tavukçuluk endüstrisinde ciddi ekonomik kayıplara yol açan ve tavuklarda yaygın olarak kronik solunum yolu hastalığına (CRD) sebep olan Mycoplasma gallisepticum' un tavuk trakelerinde Real-time PCR yöntemi ile kesin ve hızlı tanıları gerçekleştirilmiştir. Real-time PCR yöntemiyle saf Mycoplasma gallisepticum' un moleküler düzeyde tespit limiti 10 CFU/ml'den daha az ve yapay kontamine edilmiş örneklerde ise tespit limiti 1.0x103 CFU/ml olarak belirlendi.Canlı tavuklardan alınan 110 (5'li pasajlar halinde) trakeal svab örneği incelendi. Mikrobiyolojik yöntemlerle 8 (% 7.2) svab örneğinde Mycoplasma spp. izolasyonu yapıldı. Real-time PCR yöntemi ile 32 (%29.1) örnekte Mycoplasma gallisepticum DNA' sı tespit edildi. Çalışmada Mycoplasma gallisepticum DNA düzeyleri 6.39x104 kopya/ml ile 2 kopya/ml arasında değişim gösterdiği saptandı. Mycoplasma gallisepticum genomik DNA kopya sayıları ile bu örneklere ait crossing point değerleri arasında önemli bir ilişki olduğu doğrusal regresyon analizi ile test edildi (R2 = %96.6, p<0.01). Bu sonuçlar Real-time PCR yöntemiyle Mycoplasma gallisepticum infekte sürülerin belirlenmesinde, enfeksiyonun şiddetinin belirlenmesinde ve rutin çalışmalarda kullanılabilecek hızlı ( 40- 45 dakika) ve güvenilir bir yöntem olduğu kanaatine varılmıştır.Anahtar Kelimeler: Tavuk, Mycoplasma gallisepticum, mgc2 geni, Real-time PCR,Doğrusal Regresyon Analizi

Abstract:
All over the world and in Turkey the poultry industry in our country and causing serious economic losses in chickens as a common chronic respiratory disease (CRD) caused by Mycoplasma gallisepticum's chicken trachea Real-time PCR method was accurate by and rapidly diagnosesed. Real-time PCR of Mycoplasma gallisepticum pure molecular level detection limit of 10 CFU / ml less than the detection limit and the samples were artificially contaminated with 1.0x103 CFU / ml respectively.Live chickens received 110 units (5 swabs per sample) swab tracheal samples were analyzed. Microbiological methods, 8 (7.2%) swab case of Mycoplasma spp. isolation was performed. Real-time PCR method was detected 32 (29.9%) samples of Mycoplasma gallisepticum DNA . Mycoplasma gallisepticum DNA levels in the study 6.39x104 copies/ml and 2 copies/ml was found to change. Mycoplasma gallisepticum genomic DNA copy numbers of these examples is an important relationship between crossing point values were tested with linear regression analysis (R2 = 96.6%, p <0.01). These results suggest that the determination of the real-time PCR of Mycoplasma gallisepticum infected flocks, and routine studies to determine the severity of infection a rapid (40 to 45 minutes) and that it was concluded that a reliable method.Key Words: Chicken, Mycoplasma gallisepticum, mgc2 gene, Real-time PCR,Linear Regression Analysis