Konjonktivitli olgularda adenovirus sıklığının araştırılması
Investigation of adenovirus fluctuation in conjunctivitis cases
Yazar: ASLIHAN BEKCİ
Danışman: DOÇ. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Adenovirüs enfeksiyonları = Adenoviridae infections ; Adenovirüsler = Adenoviridae ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Genotip = Genotype ; Konjonktivit = Conjunctivitis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prevalans = Prevalence

Özet:
Adenoviruslar, hemen hemen tüm yaş gruplarında üst ve alt solunum yolu (AST) enfeksiyonu, konjonktivit, keratokonjonktivit, hemorajik sistit ve gastroenterit gibi çeşitli hastalıklara neden olan zarfsız DNA viruslarıdır. Virusun patojenitesi virus genotipine göre değişkenlik göstermektedir. Özellikle yenidoğan, çocuk ve bağışıklık sistemi baskılanmış olan hastalarda daha ciddi, hatta bazen ölümcül enfeksiyonlar ortaya çıkabilir. Okuler hADV (Human Adenovirus) enfeksiyonları ise epidemik keratokonjonktivit, faringokonjonktival ateş ve non-spesifik foliküler konjonktivit gibi çeşitli klinik görünüme sahiptir. Konjonktivite sebep olan hADV genotipleri ise coğrafi dağılıma göre değişkenlik göstermektedir. Ülkemizde ise okuler adenovirus enfeksiyonları ve genotip dağılımı ile ilgili oldukça sınırlı veriler bulunmaktadır. Şimdiye kadar da Mersin bölgesinde konjonktivitli olgularda hADV'lerin epidemiyolojik olarak gösterilmesine yönelik bir çalışma yapılmamıştır. Çalışmada, Mersin Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi Göz Polikliniğine gelen klinik olarak viral konjonktivit tanısı konulan hastalardan alınan konjonktival sürüntü örneklerinde, hADV varlığının moleküler olarak araştırılarak sıklığının belirlenmesi ve filogenetik analizi yapılarak genotiplerinin belirlenmesi amaçlandı. 
Bunun için Eylül 2014 - Aralık 2015 tarihleri arasında adenoviral konjonktivit düşünülen 60 hastadan konjonktival sürüntü örneği alındı. Sürüntü örneklerinden High Pure Viral Nukleic Acid Kit (Roche Diagnostics Gmbit Manheim, Almanya) ile DNA izolasyonunu takiben hADV DNA'sının tespiti için, hADV genomununun hekzogen bölgesini hedefleyen spesifik primer dizileri kullanılarak PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) amplifikasyonu gerçekleştirildi. hADV genotiplerinin belirlenmesi için ise hekzogen ürünlerinin direkt DNA dizi analizi "ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer" (Applied Biosystems, Foster City, CA, ABD) cihazında gerçekleştirildi. Elde edilen hADV DNA dizilerinin BLAST analiziyle genotiplendirilmesi yapıldı ve belirlenen genotipler NCBI (National Center for Biotechnology Information) referans hADV dizileri ile filogenetik olarak karşılaştırıldı.
Çalışma sonunda toplam 60 örnekten 26'sı (%43) hADV DNA pozitif bulundu. Toplam 5 hADV genotipi belirlendi ve en sık görülen hADV genotipi %58,3 oran ile hADV-8 olup, bunu hADV-53 (%16,7), hADV-4 (%16,7), hADV-37 (%4,2) ve hADV-7 (%4,2) izlemektededir. 
Sonuç olarak, çalışma populasyonunda hekzogeni PZR'ı ile belirlenen adenoviral konjuntivitin prevalansı dünyanın diğer bölgelerinde bildirilen prevalans oranına benzerdir. Çalışma sonunda predominant genotip %58,3'lük oran ile hADV-8 olarak belirlendi. Adenoviral konjonktivit aşırı bulaşıcı olan bir hastalık olduğu için tedavide temel yaklaşım bulaşmayı önlemeye yönelik olmalı ve kişisel hijyene dikkat edilmesine dikkat çekilmiştir. Elde ettiğimiz bu sonuçlar konjuntivitli olgularda hADV genotiplerinin moleküler epidemiyolojisine büyük katkı sağlayacaktır.

Anahtar Kelimeler: Adenovirus, Konjonktivit, Epidemiyoloji, PZR, DNA Dizi Analizi, Prevalans, Genotip

Abstract:
Human adenoviruses are non-enveloped DNA viruses causing various infections such as, upper and lower respiratory tract infections, conjunctivitis, keratoconjunctivitis, hemorrhagiccystitis, andgastroenteritis. Their pathogenicity varies dependent on virus species and type. Sometimes fatal infections may have been emerged especially in newborns, children and immune compromised patients. Ocular hADV infections are sectioned epidemic keratoconjunctivitis, faringokonjonktival fever and non-specific follicular conjunctivitis has various clinical manifestations. hADV genotypes that cause conjunctivities vary according to geographical distribution. In our country, there are very limited data on the ocular adenovirus infection and genotype distribution. Up to now, no study has been conducted on the epidemiological demonstration of hADV in conjunctivitis in the Mersin region.
In the study, it was aimed to determine the genotypes of the conjunctival swab specimens taken from patients diagnosed with viral conjunctivitis from Mersin University Health Research and Practice Hospital Eye Polyclinic by molecular investigation of the presence of hADV and phylogenetic analysis.
A sample of 60 conjunctival swabs adenoviral conjunctivitis was taken between September 2014 and December 2015 for this. Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification was performed using specific primer sequences targeting the hexogen region of the hADV genome for the detection of hADV DNA following DNA isolation with the High Pure Viral Nucleic Acid Kit (Roche Diagnostics Gmbit Manheim, Germany) from swab samples. For the identification of AdV genotypes, direct DNA sequence analysis of the hexon gene products was performed on the "ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer" (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). The resulting hADV DNA sequences were genotyped by BLAST analysis and the determined genotypes were phylogenetically compared to NCBI (National Center for Biotechnology Information) reference hADV sequences.
At the end of the study, 26 (43%) of 60 samples were positive for hADV DNA. A total of 5 hADV genotypes were identified and the most frequent hADV genotype was hADV-8 with a rate of 58,3%, which was followed by hADV-53 (16,7%), hADV-4 (16,7%), hADV- 37 (4,2%) and hADV-7 (4,2%).
In conclusion, the prevalence of adenoviral conjunctivitis determined by hexon gene PCR in the study population is similar to the prevalence rate reported in other parts of the world. At the end of the study, the predominant genotype was determined as hADV-8 with a ratio of 58,3%. Because adenoviral conjunctivitis is a highly contagious disease, the main approach in treatment should be to prevent contamination and to pay attention to personal hygiene. These results will contribute greatly to the molecular epidemiology of hADV genotypes in conjunctival cases.

Keywords: Adenoviruses, Conjunctivitis, Epidemiology, PCR, DNA Sequencing, Prevalance, Genotype