Türkiye'den yerli evcil koyunlarda, anadolu yaban koyunu (ovis gmelinii anatolica valenciennes, 1856) ve bandırma merinosunda polimorfizm çalışması /
Yazar: ARİF PARMAKSIZ
Danışman: DOÇ. DR. SEYİT AHMET OYMAK ; PROF. DR. İNCİ ZEHRA TOGAN
Harran Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Çalışmamızın birinci kısmında örnekleri TÜRKHAYGEN-1 projesine ait olan 13 Anadolu yerli koyun ırkı (Gökçeada, Kıvırcık, Sakız, Karayaka, Dağlıç, Norduz, Akkaraman, Morkaraman, Hemşin, İvesi, Çineçaparı, Herik, Karagül),  kökeni Avrupa?dan Merinos?tan alan bir evcil koyun ve Anadolu Yaban Koyun alttürüne (Ovis gmelinii anatolica) ait erkek bireyler materyal olarak kullanılmıştır. Y kromozomunda bulunan SRY 5?promotor bölgesi ve Y kromozomuna özel bir mikrosatellit olan SRYM18 bölgeleri DNA dizi analizi yöntemleriyle incelenmiştir. Evcil koyun ırklarına ait 166 ve Anadolu Yaban Koyununa ait 16, toplam 182 birey SRY ve SRYM18 bölgeleri dizi analizi (sekans) yöntemiyle incelenmiştir. Sonuçları birlikte değerlendirilip Meadows ve arkadaşlarının (2009) çalışmasına göre bireylerin haplotipleri belirlenmiştir. Anadolu koyun ırklarına ait 120 bireyde H6 haplotipi, 17 bireyde H4 haplotipi, 14 bireyde H8 haplotipi, 3 bireyde ise H12 haplotipi gözlenmiştir. H4 ve H8 haplotiplerinin yayılım biçiminde Türkiye?de doğudan batıya doğru bir azalış gözlenmektedir. Merinos ırkına ait 12 birey ve Anadolu Yaban Koyunu alttürüne ait 16 bireyin tamamında da H6 haplotipi tespit edilmiştir. Ovis gmelinii anatolica alt türüne ait 16 bireyinde H6 haplotipinde olması evcil koyunların atasının olduğu fikrini doğrulamaktadır. 

Çalışmamızın ikinci kısmında Merinos ırkına ait 19 bireyde mtDNA D-Loop gen bölgesine ait elde edilen 144 bç?lik bölge DNA dizi analizi (sekans) yöntemiyle incelenmiştir. Sonuç olarak, 15 bireyin haplogrup B olduğu ve 4 bireyin ise haplogrup A olduğu tespit edilmiştir. Merinos koyun ırkı Türkiye?ye Avrupa?dan getirildiği bilindiği için normalde tüm bireylerin haplogrup B olması beklenirdi. Fakat 4 bireyin haplogrup A çıkması, Merinos ırkının Türk yerli koyun ırklarından bir olasılıkla Sakız ve Gökçeada ırklarıyla karıştığı ihtimalini ön plana çıkarmaktadır.

Çalışmamızın üçüncü kısmında Otozomal kromozomlardaki mikrosatellit belirteçleri ile 10 yerli Türk koyun ırkına (Gökçeada, Kıvırcık, Sakız, Karayaka, Dağlıç, Norduz, Akkaraman, Morkaraman, Hemşin, İvesi) ait 199 örnekte örnekte 2 lokus (OarVH72 ve OarFCB226) genotiplenmiş ve toplam 8 mikrosatellit lokusunun analizleri yapılmıştır. Mikrosatellit lokuslarının allel sayıları bakımından en çok polimorfizmi gösteren lokusun 23 allel sayısıyla OarFCB304, en az polimorfizm gösteren lokusun ise 8 allel sayısıyla OarCP34 olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlarının Yapı (Structure) Analizinde K=2 den itibaren K=12 ye kadar Sakız ve Gökçeada ırkları daha az olmakla beraber tüm ırklarımızın melezlik gösterdikleri gözlenmiştir. Temel Koordinat Analizinde 1. eksende Sakız ırkı diğer ırklardan ayrılmakta olup 2. Eksende ise Karayaka, Kıvırcık, Gökçeada ve Sakız ırklarını diğer ırklardan ayrılmakta olduğu tespit edilmiştir.  Komşu Birleştirme Ağacında ise genel olarak Sakız ile diğer ırklar arasındaki uzaklığın (ağaçtaki dal uzunluğunun)  diğer ikili dal uzunluklarından daha fazla olduğu tespit edilmiştir.  Sonuç olarak, mikrosatellit belirteç sonuçları ışığında, Sakız ırkının diğer ırklardan daha izole olup bu nedenle daha saf olduğu diğer ırkların ise birbirleri ile çok melezlendiği anlaşılmaktadır.

Abstract:
In the first part of our study, male individuals of the samples of 13 Anatolian domestic sheep breeds (Gökçeada, Kıvırcık, Sakız, Karayaka, Dağlıç, Norduz, Akkaraman, Morkaraman, Hemşin, İvesi, Çineçaparı, Herik, Karagül) which were collected for TURKHAYGEN-I project, Merino domestic sheep breed that are originated from Europe and Anatolian Wild Sheep (Ovis gmelinii anatolica) were used as the study material. 5? promoter region of SRY on Y chromosome and  SRYM18 which is a microsatellite region on Y chromosome regions were examined by DNA sequence analysis. SRY and SRYM18 regions were investigated by using DNA sequence techniques in 166 individuals of domestic sheep breeds and 16 individuals of Anatolian Wild Sheep,  as a total of 182 individuals.  The results are evaluated together and haplotypes of individuals were identified of individuals according to Meadows et. al. (2009) study Individuals of Anatolian native breeds have been identified as: 120 individuals haplotype H6, 17 individuals haplotype H4, 14 individuals haplotype H8 and 3 individuals haplotype H12. A decrease has been observed for the H4 and H8 haplotypes distribution from east to west Turkey. 12 individuals of Merino breed and 16 individuals of Anatolian Wild Sheep have been identified as H6 haplotype. All the individuals of Ovis gmelinii anatolica were determined as H6 haplotype too because of this, the idea confirms the ancestor of domestic sheep. 

In the second part of our study, mtDNA D-Loop 144 bp long region was examined by DNA sequence analysis in 19 individuals of Merino sheep breeds. According DNA sequences 15 individulas were identified as haplogroup B and 4 individuals were identified as Haplogroup A. Merino sheep breed were brought from Europe to Turkey is known and normally all individuals expected to be haplogroup B But the emergence of four as haplogrup A, gives an idea of probably Merino sheep breeds were hybridized with Sakız and Gökçeada.

In the third part of our study, the  genotypes of 2 autosomal microsatellites loci (OarVH72 ve OarFCB226) in 10 Turkish sheep breeds (Gökçeada, Kıvırcık, Sakız, Karayaka, Dağlıç, Norduz, Akkaraman, Morkaraman, Hemşin, İvesi; in total represented by 199 individuals) were determined  and totally 8 microsatellites were analyzed. OarFCB304 (23 alleles) and OarCP34 (8 alleles) have been determined as the most polymorphic and least polymorphic microsatellite loci respectively, in terms of allele number. 

Structure analysis has been applied ranging from K=2 to K=13. When the studied Turkish breeds are considered, structure results are very blended which indicates that these breeds are highly admixed. For all of the K values (2-13) Sakız breed is separated from the other breeds and it is the least admixed breed. Principal Coordinates Analysis showed that In the 1st axis only Sakız, and in the 2nd axis Karayaka, Kıvırcık, Gökçeada and Sakız breeds are significantly separated from other breeds. In general Neighbor Joining (NJ) tree analysis shows that the distances between Sakız and other breeds are significantly longer than the other dual  branches. As a result, In the light of the reults that were obtained by microsatellite markers, Sakız seems to be a more isolated breed than other breeds and therefore is more pure, other breeds are admixed with each other.