Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesinde klinik örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleksinde İzoniazid ve Rifampisin direncinin yeni bir reverse blot hibridizasyon yöntemi (REBA MTB-MDR) ile hızlı tanısının araştırılması
Investigation of rapid diagnosis of Isoniazid and Rifampicin resistance in Mycobacterium tuberculosis isolated from clinical specimens in Suleyman Demirel University using a new reverse blot hybridization assay, REBA MTB-MDR
Yazar: TUBA ÖZTÜRK
Danışman: PROF. DR. BUKET ARIDOĞAN
Süleyman Demirel Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Temel Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Laboratuvarlar-hastane = Laboratories-hospital ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Süleyman Demirel Üniversitesi = Süleyman Demirel University ; Testler = Tests ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Dirençli Mycobacterium tuberculosis kompleksi klinik izolatlarının hızlı tespiti, erken ve uygun tedavinin planlanmasında en önemli basamaktır. REBA MTB-MDR (YD Diagnostics, Korea), klinik izolatlarda rpoB, katG, inhA, ahpC gen mutasyonlarının hızlı tespiti için tasarlanan ve ticari olarak temin edilen reverse blot hibridizasyon esaslı bir DNA strip testidir. 
Bu çalışmada, fenotipik ilaç duyarlılık testi olan BACTEC MGIT 960 (Becton Dickinson) ile INH direnci saptanan 7, RIF direnci saptanan 1, INH + RIF direnci (ÇİD) saptanan 3, bu iki ilaca duyarlı 44 olmak üzere toplam 55 M. tuberculosis kompleksi klinik izolatının INH ve RIF direnci ile ilişkili mutasyon tiplerinin REBA MTB-MDR testi ile belirlenmesi ve testin tanısal performansının BACTEC MGIT 960 ile karşılaştırılması amaçlanmıştır.
Çalışılan 55 izolatın fenotipik yöntemle 41'i (%74.6) primer antitüberküloz ilaca duyarlı, 14'ü dirençli (%25.4) bulunmuştur. Her bir ilacın toplam direnç oranları; INH için %18, RIF için %7.3, SM için %10.9, ETB için %7.4 ve ÇİD oranı %5.6 olarak tespit edilmiştir.
REBA MTB-MDR MGIT 960 ile karşılaştırılarak değerlendirildiğinde RIF direncini saptamada duyarlılık %25 (CI 4.12-79.6), özgüllük %100, PPD %100, NPD % 93.7 olarak, INH direncini saptamada ise duyarlılık %22.2 (CI 3.47-59.9), özgüllük %97.5, PPD %66.6, NPD %84.7 olarak belirlendi.
Literatürle birlikte değerlendirildiğinde DNA strip testinin, dirençli M. tuberculosis kompleksi klinik izolatlarında en yaygın görülen mutasyonların hızlı tespitinde faydalı olabileceği ve uygun tedaviye başlamada hız kazandıracağı kanısına varılmıştır. Ancak bu testin sık görülmeyen mutasyonları belirlemedeki kısıtlılığından ve ilaç direncine neden olan başka mekanizmalardan dolayı rutin klinik laboratuvarlarda konvansiyonel duyarlılık testleri ile beraber kullanılması gerekmektedir.

Abstract:
Rapid diagnosis of drug resistant Mycobacterium tuberculosis complex is the most important step in planning of early and appropriate treatment. REBA MTB-MDR (YD Diagnostics, Korea) is a commercially available DNA strip test designed for the rapid detection of rpoB, katG, inhA, ahpC gene mutations in clinical isolates based on reverse blot hybridization. 
The aim of this study was to determine INH and RIF resistance-associated mutation types of 55 M. tuberculosis complex clinical isolates using REBA MTB-MDR test and to compare diagnostic performance of REBA MTB-MDR test with BACTEC MGIT 960. Of the study isolates, 7 were resistant only to INH, one was resistant only to RIF, 3 were resistant to both INH + RIF (MDR), while 44 were sensitive to both drugs as determined by BACTEC MGIT 960 (Becton Dickinson) phenotypic drug susceptibility test. 
Of tested 55 isolates 41 (74.6%) were determined as primary antituberculosis drug-susceptible and 14 were resistant (25.4%) by phenotypic method. The total resistance of each drug ratio was determined as 18% for INH, 7.3% for RIF, 10.9% for SM, 7.4% for ETB and MDR rate was 5.6%. When REBA MTB-MDR was evaluated in comparison with MGIT 960, sensitivity of this method was %25 (CI 4.12-79.6) , specificity was %100, PPV was %100, NPV was % 93.7 for the detection of RIF resistance. For the detection of INH resistance, its sensitivity was 22.2% (CI 3.47 to 59.9), specificity was 97.5%, PPV was 66.6% and NPV was 84.7%.
When considered together with the literature, it is concluded that DNA strip test may be useful in the rapid detection of the most common mutations for resistance in clinical isolates of M. tuberculosis complex and may speed up the start of appropriate treatment. However, the test needs to be used with conventional susceptibility testing in routine clinical laboratories due to limitations in detecting uncommon mutations and other mechanisms leading to drug resistance.