Endemik Gypsophila eriocalyx bitkisinden aktivite yönlendirmeli olarak anti-kanser bileşiklerin elde edilmesi ve anti-kanser aktivite çalışmaları
Bioactivity-guided isolation of anti-cancer compounds from endemic Gypsophila eriocalyx extracts and anti-cancer activity studies
Yazar: BÜŞRA GÜNDOĞDU
Danışman: PROF. DR. MUHAMMED HAMZA MÜSLÜMANOĞLU ; DR. ÖĞR. ÜYESİ ÜMMÜHAN DEMİR
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Ülkemizde endemik olarak yetişen Gypsophila eriocalyx bitkisinin etil asetat (EA) ekstresinde bulunan potansiyel etken madde/maddelerin tespiti amacı ile yaptığımız çalışmada; öncelikle EA ekstresi ile PC3'lerde canlılık çalışması yapıldı, IC50 değeri 106,8 μg/mL olarak tespit edildi. EA ekstresinden kolon kromatografiyle elde edilen yedi alt fraksiyonla PC3 ve RWPE-1'lerde yapılan canlılık çalışmaları sonucunda anti-proliferatif etkisi en yüksek ekstreler SF3 (51,73 μg/mL) ve SF4 (49,63 μg/mL) olarak tespit edildi. Bu ekstrelerin moleküler elek kromatografi yöntemi ile ayrıştırılmasıyla elde edilen alt fraksiyonlar SF3.2 ve SF4.2 ile yapılan canlılık testi sonucunda IC50 değerleri sırasıyla 29,5 μg/mL ve 8,451 μg/mL olarak bulundu. Ulusal Kanser Enstitüsü'ne (NCI) göre ham ekstrede <30 μg/mL IC50 değerine sahip bitkiler potansiyel olarak aktif değerlendirildiğinden sonuçlar olumlu değerlendirildi. Ekstreler LNCaP (SF3.2-27,95 μg/mL, SF4.2-26,61 μg/mL) ve CCD1072Sk (SF3.2-98,61 μg/mL, SF4.2-39,26 μg/mL) hücre hatlarında da denendi. PC3 ve LNCaP hücre hatlarındaki IC50 değerlerinin CCD1072Sk'dan düşük olduğu görüldü. SF3.2 ve SF4.2 ile yapılan koloni oluşturma deneyinde %Koloni sayısı değerleri kontrole oranla sırasıyla %53 ve %59 bulundu. SF3.2 çalışmanın devamı için seçildi. SF3 ile PC3 hücreleri kullanılarak yapılan 3D sferoid oluşturma deneyinde %Canlılık değeri %54,33 olarak bulundu. SF3.1, SF4.1, SF5.1 ve SF5.2 ekstrelerinin ortak maddeler bulundurmaları ve potansiyel madde kaybını önlemek amacı ile çalışmaya dahil edildi ve preperatif ince tabaka kromatografisi uygulandı. Elde edilen ekstrelerden her grupta PC3'de düşük IC50' ye sahip ekstreler ile LNCaP ve CCD1072Sk hücre hattlarında da canlılık testi yapıldı. Seçilen SF3.1.2, SF3.2.2, SF4.2.3, SF5.1.2 ve SF5.2.2 ekstreleri preperatif ince tabaka kromatografisi yöntemi ile tekrar ayrıştırıldı. Tek madde içerdiği görülenler NMR ile yapı tayinine gönderildi. Elde edilen SF3.1.2.2.4, SF3.1.2.4.2, SF3.2.2.2, SF4.2.3.3 ve SF5.1.2.2 ekstreleri PC3, LNCaP ve CCD1072Sk hücre hatlarinda denendi. Alınan NMR ve GC-MS sonuçlarına göre SF3.2.2.2 ekstresinde 2,4-di tert bütilfenol maddesi tespit edildi. Yapılan literatür taramasında bu bileşik ile prostat kanserinde yapılan bir aktivite çalışması olmadığı görüldü.

Abstract:
In our study we conducted to determine the potential active substance(s) found in the ethyl acetate (EA) extract of the Gypsophila eriocalyx plant, which grows endemic in our country; First, a viability study was conducted on PC3 with EA extract, and the IC50 value was found to be 106.8 μg/mL. As a result of viability studies conducted on PC3 and RWPE- 1 with seven subfractions obtained from EA extract by column chromatography, the extracts with the highest antiproliferative effect were determined to be SF3 (51.73 μg/mL) and SF4 (49.63 μg/mL). As a result of the viability test performed with the subfractions SF3.2 and SF4.2 obtained by separating these extracts by molecular sieve chromatography method, IC50 values were found to be 29.5 μg/mL and 8.451 μg/mL, respectively. According to National Cancer Institute (NCI), the results were evaluated positively because plants with an IC50 value of <30 μg/mL in the crude extract were considered potentially active. The extracts were also tested on LNCaP and CCD1072Sk cell lines, and IC50 values in cancerous cell lines (SF3.2-27.95 μg/mL, SF4.2-26.61 μg/mL) were higher than CCD1072Sk (SF3.2-98,61 μg/mL, SF4.2-39,26 μg/mL) was found to be low. In the colony formation experiment performed with SF3.2 and SF4.2, the %Colony number values were found to be 53% and 59%, respectively. SF3.2 was selected for the rest of the experiment. In the 3D spheroid formation experiment with this extract, the %Viability number were found to be %54,33. SF3.1, SF4.1, SF5.1, and SF5.2 extracts were included in the study because they contain common substances and to prevent potential substance loss, preparative thin layer chromatography was applied. Among the extracts obtained, viability tests were performed on LNCaP and CCD1072Sk cell lines with extracts with low IC50 in PC3 in each group. The selected extracts of SF3.1.2, SF3.2.2, SF4.2.3, SF5.1.2, and SF5.2.2 were separated again by the preparative thin layer chromatography method. Those found to contain a single substance were sent for structure determination by NMR. The obtained SF3.1.2.2.4, SF3.1.2.4.2, SF3.2.2.2, SF4.2.3.3, and SF5.1.2.2 extracts were tested on PC3, LNCaP, and CCD1072Sk cell lines. According to the NMR and GC-MS results, 2,4-di tert butylphenol detected in SF3.2.2.2. In the literature review, it was seen that there was no activity study with this compound in prostate cancer.