Doğu Anadolu Bölgesinde patatesteki önemli virüs hastalıklarının multipleks rt-pcr yöntemi ile araştırılması ve virüs izolatlarının karakterizasyonu
Determination of important potatoes virus diseases in the Eastern Anatolia by multiplex rt-pcr and characterization of virus isolates
Yazar: GÜLÜSTAN KORKMAZ
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA USTA
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı / Fitopatoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada Doğu Anadolu Bölgesi'ndeki tarlalardan toplanan 1130 adet patates bitkisi yaprak örneğinde; multipleks RT-PCR yöntemi ile önemli 5 viral etmenin yaygınlığı araştırılmıştır. Yapılan multipleks RT-PCR testi sonuçlarına göre; araştırılan viral etmenlerin Doğu Anadolu Bölgesindeki yaygınlığı sırasıyla (PVY) %35, (PVS) %8,5, (PVX) %1,8 ve (PLRV) %1 olarak teşhis edilmekle birlikte PVA varlığı tespit edilememiştir. Test edilen 1130 örnekten 419'unun araştırılan virüslerden en az bir tanesi ile bulaşık olduğu ve 74 PVY+PVS, 13 PVY+PVX, 2 PVY+PLRV, 8 PVY+PVS+PVX ve 1 PVY+PVS+PLRV olmak üzere 98'inde karışık infeksiyonlar oluştuğu tespit edilmiştir. PVY pozitif sonuç veren 396 örnekte bazı PVY ırkları multipleks RT-PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Yapılan multipleks RT-PCR test sonuçlarına göre; örneklerin %45.2'sinde PVYN:O, %34.59'unda PVYNTN, 10.35'inde PVYNTN+PVYN:O ve %0.25'inde PVYO+PVYNTN ırklarının varlığı tespit edilmiştir. 
Tespit edilen virüs izolatlarının her birinden 2 adet seçilerek kılıf protein gen bölgelerinin karakterizasyonu sağlanmıştır. PLRV; Bitlis 534 (erişim no: MZ543310) ve Bitlis 581 (erişim no: MZ543311), "PVS; Erzurum 388 (erişim no: MZ543314) ve Bitlis 694 (erişim no: MZ543315)", "PVX; Erzurum 291 (erişim no: MZ543312) ve Erzurum 297 (erişim no: MZ543313)", "PVY; Erzurum 391 (erişim no: OK554546) ve Bitlis 693 (erişim no: OL332045)" izolatlarının kılıf protein gen bölgelerinin tamamı klonlanmış ve genom dizilemeleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen kılıf protein gen dizileri dünyadaki diğer izolatlara ait gen dizileriyle karşılaştırılarak filogenetik ilişkileri ortaya konulmuştur. Tüm izolatların kendi aralarında ve dünyadaki diğer izolatlarla yapılan ikili baz çifti karşılaştırmalarında; aralarında yüksek oranda tutarlılık olduğu, aralarındaki bu benzerliğin konukçularına ya da belirli bölgelere özelleşmediği ortaya konulmuştur.

Abstract:
In this study, the prevalence of 5 important viral factors was investigated by multiplex RT-PCR method in 1130 potato plant leaf samples collected from fields in the Eastern Anatolia Region. According to the results of the multiplex RT-PCR test, the prevalence of the investigated viral factors in the Eastern Anatolia Region was diagnosed as (PVY) 35%, (PVS) 8.5%, (PVX) 1.8% and (PLRV) 1%, respectively, and the presence of PVA could not be detected. It was found that 419 out of 1130 samples tested were contaminated with at least one of the investigated viruses and mixed infections occurred in 98 of them, including 74 PVY+PVS, 13 PVY+PVX, 2 PVY+PLRV, 8 PVY+PVS+PVX and 1 PVY+PVS+PLRV. In 396 samples with positive PVY results, some PVY strain were investigated by multiplex RT-PCR method. According to the multiplex RT-PCR test results, the presence of PVYN:O in 45.2%, PVYNTN in 34.59%, PVYNTN+PVYN:O in 10.35% and PVYO+PVYNTN in 0.25% of the samples was detected. 
Characterization of capsid protein gene regions was achieved by selecting 2 pieces from each of the detected virus isolates. PLRV; Bitlis 534 (access no: MZ543310) and Bitlis 581 (access no: MZ543311), "PVS; 388 Erzurum (access no: MZ543314) and Bitlis 694 (access no: MZ543315)", "PVX; 291 Erzurum (access no: MZ543312) and Erzurum 297 (access no: MZ543313)", "PVY; 391 Erzurum (access no: OK554546) and Bitlis 693 (access no: OL332045)" genome sequencing of the cloned gene is used in the capsid protein isolates. The obtained capsid protein gene sequences were compared with the gene sequences of other isolates in the world and their phylogenetic relationships were revealed. Pairwaise comparisons of all isolates among themselves and with other isolates in the world; it has been revealed that there is a high degree of between them is not specific to their hosts or to do certain regions