Mycobacterıum tuberculosıs bakterisinin rifampine karşı geliştirdiği direnç mutasyonlarının elektrokimyasal dna biyosensörü ile saptanması
The detection of mycobacterium tuberculosis resistance mutations to rifampin treatment with electrochemical dna biosensor
Yazar: SEDA ÇAVDAR
Danışman: PROF. DR. M. E.  ŞENGÜN ÖZSÖZ
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Analitik Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology

Özet:
Bu çalışmada, biotin?avidin etkileşimine dayalı elektrokimyasal bir genosensör tasarımı yapıldı. Yapılan genosensörün gerçek hasta örneklerine uygulanabildiği gösterildi.Çalışamada tek kullanımlık kalem grafit elektrotlar kullanıldı. 5' ucunda amino-hekzil işaretli prob diziler elektrot yüzeyine kovalent olarak bağlandı. Prob dizi ile kaplı elektrotların, biotinli olarak çoğaltılmış ve denatüre edilerek tek iplikli hale getirilmiş PCR ürünü hedef dizi ile hibridizasyona tabi tutulup ExtrAvidin?Alkalen Fosfataz ve 1?Naftil Fosfat çözeltilerinde bekletilmesinin ardından oluşan naftolün yükseltgenme sinyalleri değerlendirildi. PCR ürünü hedef dizilerin mutasyon içeren ve içermeyen bölgelerine karşılık gelen prob diziler ile hibridizasyonu sonucu alınan naftol yükseltgenme sinyalleri arasındaki farklılıklar, tasarlanan genosensörün seçimliliğini gösterdi.Çalışmadaki Mycobacterium tuberculosis bakterisinin tayini basamağını desteklemek için yüzey plazmon rezonans (SPR) yardımıyla geliştirilen optik genosensör ile de bir çalışma yapıldı. Bu çalışmada ise sentetik prob dizi ile sentetik hedef dizi hibridizasyona tabi tutularak Mycobacterium tuberculosis bakterisinin tayini gerçekleştirildi.Çalışmada altın sensör yüzeyine tiyol işaretli prob dizi tuturuldu ve prob dizilerin yüzeyde dik konumda kalması için aradaki boşluklar 6?merkapto 1?hekzanol ile dolduruldu. Daha sonra rasgele hedef dizi ve prob dizinin karşılığı olan sentetik hedef dizi ile hibridizasyon gerçekleştirildi. Bağlanma ve yıkama sonrası kırılma indisi değerlerindeki farklılanmalar analizin gerçekleşmesini sağladı.Anahtar sözcükler: Elektrokimya, biyosensör, kalem grafit elektrot, biotin-avidin etkileşimi, diferansiyel puls voltametri, yüzey plazmon rezonans.e-mail: seda_cavdar@yahoo.com.tr

Abstract:
In this study, an electrochemical genosensor was designed based on biotin?avidin interaction. The applicability of this genosensor on real samples from patients was showed.Disposable pencil graphite electrodes (PGE) were used in the study. 5? aminohexyl labeled probe sequences were covalently immobilized on to PGE surfaces. The oxidation signals of naphtol that formed after the hybridization between probe and denaturated and biotinylated PCR product and waiting in ExtrAvidin?Alkaline Phosphatase and 1?Naphthyl Phosphate solutions were considered. The differences between responses obtained after hybridization with complementary and mutation reigons proved the selectivity of the genosensor.For supporting the step of detection of Mycobacterium tuberculosis bacterium, an other study was made with surface plasmon resonance (SPR). In this study, the detection of Mycobacterium tuberculosis bacterium was realized with hybridization between synthetic prob and target oligonucleotides.In the study, the thiolated probe is insisted onto the Au surface and the holes between probes were filled with 6?mercapto?1?hexanol for holding probes perpendicular. After that, hybridization was performed between probe and complementary target and non?complementary target. The differences between responses of refractive indexes after binding and washing processes provided the realization the analysis.Key words: Electrochemistry, biosensor, pencil graphite electrode, biotin-avidin interaction, differential pulse voltammetry, surface plasmon resonancee-mail: seda_cavdar@yahoo.com.tr