İnflamasyon ilişkili kodlama yapmayan uzun RNA (lncRNA) ekspresyon profilinin, kronik viral hepatit ve bu zeminde gelişmiş hepatosellüler karsinomlardaki patogenetik ve prognostik önemi
Pathogenetic and prognostic significance of inflammation associated long non-coding RNA (lncRNA ) expression profile in chronic viral hepatitis and chronic viral hepatitis associated hepatocellular carcinoma
Yazar: BURÇİN PEHLİVANOĞLU
Danışman: PROF. DR. ÖZGÜL SAĞOL
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Patoloji = Pathology

Özet:
Bu çalışmada, kronik viral hepatit (KVH) zemininde gelişmiş siroz ve hepatosellüler karsinomda (KVH-HSK) inflamasyon ilişkili lncRNA ekspresyon profili ve bu profilin klinikopatolojik faktörlerle ve inflamatuar hücrelerin immunohistokimyasal fenotipi ile ilişkisinin aydınlatılması amaçlanmıştır. Analizler için formalinde tespitlenmiş parafine gömülü doku kullanılmıştır. İlk aşamada, sirotik KVH, KVH-HSK, peritümöral parankim ve normal karaciğer doku örneklerinde (n=48) 84 inflamasyon ilişkili lncRNA içeren hazır bir panel kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) array çalışması yapılmıştır. Ardından, RT-PCR array testinde ekspresyon düzeyleri en az üç grupta >2 ya da <-2 kat değişimi gösteren 7 adet lncRNA (DLEU2, HOTAIR, LINC00635, LINC00662, RP11-549J18. 1, SNHG16, XIST) belirlenerek 24 KVH-HSK, 24 peritümöral sirotik parankim ve 24 sirotik KVH örneğinde assay şeklinde RT-PCR ile ekspresyon analizi yapılmıştır. Ayrıca, 39 KVH-HSK, 39 peritümöral sirotik parankim ve 40 sirotik KVH örneğinde immunohistokimyasal olarak CD3, CD4, CD8, CD20, CD25, CD163, CTLA-4 ve PD-1 ekspresyonu araştırılmıştır. Bulgular istatistiksel olarak karşılaştırılmıştır. Kronik inflamasyon sirotik karaciğer parankiminde inflamasyon ilişkili lncRNA ekspresyon düzeylerinde değişikliğe neden olmaktadır. Bulgularımız bu lncRNA'ların hepatokarsinogenezde rolü olabileceğini göstermektedir. DLEU2, SNHG16, XIST ve HOTAIR ekspresyonları ile intratümöral/peritümöral inflamatuvar hücrelerin alt tipleri arasında ve intratümöral/peritümöral inflamatuar hücre immunprofili ile çeşitli klinikopatolojik özellikler arasında anlamlı ilişkiler bulunmuştur. CD3, CD8, CD25, CTLA-4 ve PD-1 eksprese eden intratümöral ve peritümöral inflamatuar hücreler KVH-HSK biyolojik davranışına etki ediyor görünmektedir.

Abstract:
The aim of this study was to explore the association between inflammation associated lncRNA expression profile, clinicopathological factors and immunohistochemical profile of inflammatory cells in cirrhotic chronic viral hepatitis (CVH) and CVH associated hepatocellular carcinoma (CVH-HCC). The analyses were done using formalin fixed paraffin embedded tissue samples. First, expressions of inflammation associated lncRNAs were measured in CVH, CVH-HCC, peritumoral tissue and normal liver samples (n=48) by real time polymerase chain reaction (RT-PCR) using a commercial array of 84 inflammation-associated lncRNAs. Then, 7 lncRNAs (DLEU2, HOTAIR, LINC00635, LINC00662, RP11-549J18. 1, SNHG16, XIST) showing different expression levels with >2 or <-2 fold change in at least 3 group comparisons were further analyzed by assay testing in 24 CVH-HCC, 24 peritumoral cirrhotic parenchyma and 24 CVH samples. In addition, immunohistochemical expressions of CD3, CD4, CD8, CD20, CD25, CD163, CTLA-4 and PD-1 were investigated in 39 CVH-HCC, 39 peritumoral cirrhotic parenchyma and 40 cirrhotic CVH samples. The results were statistically compared. Chronic inflammation causes alterations in expression of inflammation-associated lncRNAs in cirrhotic liver parenchyma. Our findings suggest that these lncRNAs may be involved in hepatocarcinogenesis. Significant associations between expressions of DLEU2, SNHG16, XIST and HOTAIR, several clinicopathological parameters and subtypes of intratumoral/peritumoral inflammatory cells. Intra- and/or peri-tumoral CD3, CD8, CD25, CTLA-4 and/or PD-1 expressing inflammatory cells seem to affect the biological behavior of CVH-HCC.