Çukurova bölgesinde klinik örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK)suşlarında çoklu ilaç direnci (ÇİD) ile beraber ikinci seçenek anti-tüberküloz ilaçlara da karşı gelişen yaygın ilaç direncinin (YİD) fenotipik ve genotipik olarak incelenmesi
Phenotypic and genotypic investigation of multidrug resistance (MDR) as well as extensively drug resistance (XDR) developing towards second-line anti-tuberculosis drugs in mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) strains isolated from clinical samples in cukurova region
Yazar: EMEL YARAR
Danışman: YRD. DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antitüberküloz ajanlar = Antitubercular agents ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çukurova bölgesi = Çukurova region ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK) suşlarının, ikinci seçenek anti-tüberküloz (anti-TB) ilaçlara da direnç geliştirmesiyle yaygın ilaç dirençli (YİD) suşların ortaya çıkışı en önemli insan sağlığı tehditlerinden birini oluşturmaktadır. Bu sebeple, araştırmamızda bölgemizde izole edilen MTBK suşlarının birinci ve ikinci seçenek ilaç duyarlılık paterninin değerlendirilmesi, ÇİD ve YİD suşların hızlı tanısında mutasyonları tespit etmeye yönelik multipleks Real-Time PCR yönteminin kullanılması, böylece elde edilen fenotipik ve genotipik sonuçların karşılaştırılması amaçlandı.
ÇÜ THAUM ve Bölge Tüberküloz laboratuvarına gönderilen klinik örnekler ÇİD MTBK suşunun izole edildiği 44 kültür örneği ve ARB pozitif 50 balgam örneğinden oluşan iki grup halinde incelendi. Fenotipik olarak, MTBK identifikasyonunu takiben suşların birinci ve ikinci seçenek anti-TB ilaçlara direnç paternleri BACTEC MGIT 960 sistemi ve Lowenstein Jensen agar proporsiyon duyarlılık (APD) yöntemleri ile belirlendi. Genotipik olarak ise, multipleks Real-Time PCR yöntemi ile yeni bir Anyplex™ II MTB/MDR/XDR Detection kit (Seegene) kullanarak bütün örneklerde aynı anda hem MTBK varlığı, hem de ÇİD ve YİD yönünden direnç durumu ortaya çıkarıldı.
Çalışma sonucunda, fenotipik ve genotipik inceleme sonuçlarının çok uyumlu olduğu, ÇİD tespitinde fenotipik yöntemlere göre kullandığımız moleküler yöntemin duyarlılığının %80, özgüllüğünün de % 100 olduğu görüldü. Ayrıca, MTBK suşlarımız içerisinde YİD bulunamazken, her iki yöntemle de, ikisi florokinolonlara, biri de injektabl ilaçlara dirençli olmak üzere toplam üç ön-YİD MTBK tespit edildi.
Sonuç olarak, yeni multipleks Real-Time PCR yönteminin MTBK, ÇİD ve YİD tespitinde kullanılabilir ve güvenilir bir yöntem olduğu kanaatine varıldı.

Anahtar Kelimeler: Agar proporsiyon duyarlılık yöntemi, Çoklu İlaç Direnci (ÇİD), M.tuberculosis kompleks (MTBK), Real-Time PCR, Yaygın İlaç Direnci (YİD)

Abstract:
Occurence of the Extensively Drug-Resistant (XDR) strains by improving resistance also to second-line anti-tuberculosis (anti-TB) drugs of multidrug-resistant (MDR) Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) strains brings about one the of most important human health threats. For this reason, our research aimed to determine the first- and second-line anti-TB drug resistance status of MTBC strains isolated from our region, to use the Multiplex-Real Time PCR assay which determines the mutations for rapid diagnosis of MDR and XDR strains, thus to compare the phenotypic and genotypic results obtained.
Clinical samples sent to the CU THAUM and the Regional Laboratory for Tuberculosis were investigated in two different groups consisting of the 44 MDR-MTBC-positive culture specimens and 50 ARB-positive sputum samples. Phenotypically, subsequent to identification of MTBC the first- and second-line anti-TB drug resistance patterns of the isolates were determined by BACTEC MGIT 960 system and Löwenstein Jensen agar proportion susceptibility methods. Wherease genotypically, both existence of MTBC and resistance patterns in terms of MDR and XDR status were simultaneously revealed by multiplex Real-Time PCR assay using the novel Anyplex™ II MTB/MDR/XDR Detection kit (Seegene).
As a result of the study, it was observed that results of the phenotypic and genotypic investigations were very consistent, and sensitivity and specifity of the Real-Time PCR assay in MDR detection was 80 % and 100 %, respectively comparing with phenotypic methods. In addition, while XDR cannot detected among MTBC strains, three pre-XDR MTBC strains, two fluoroquinolone-resistant and one injectable drug-resistant, were detected by using both these methods.
In conclusion, it was suggested that the new multiplex Real-Time PCR assay is usable and reliable method for detection of MTBK, MDR and XDR.

Key Words: Agar proportion susceptibility method, Extensively Drug Resistance (XDR), Multidrug Resistance (MDR), M.tuberculosis complex (MTBC), Real-Time PCR