Tek Tek dağları bölgesinde yetiştirilen İvesi koyunlarında mitokondriyal ND1 (NADH dehidrogenaz altünite 1) ve ND2 (NADH dehidrogenaz altünite 2) genlerinin moleküler genetik analizi
Molecular genetic analysis of mitochondrial ND1 (nadh dehydrogenase subunite 1) and ND2 (NADH dehydrogenase subunite 2) genes of Awassi sheep in Tek Tek mountains region
Yazar: MAHMUT CANAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SELAHADDİN KİRAZ
Harran Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Filogenetik = Phylogenetic ; Moleküler genetik = Molecular genetic

Özet:
Bu çalışmada, Şanlıurfa yöresi Tek Tek dağlarında yetiştirilen ve akrabalık ilişkisi bulunmayan İvesi ırkı koyunlarda mitokondriyal ND1 (NADH dehidrogenaz altünite 1) ve ND2 (NADH dehidrogenaz altünite 2) genlerinde moleküler analizler yapılmıştır. ND1 ve ND2 proteinleri, NADH'den elektron transferini katalize eden mitokondriyal membran solunum zinciri NADH dehidrogenazın (Kompleks I) çekirdek alt birimleridir. ND1 proteini ND1 geni, ND2 proteini ND2 geni tarafından kodlanır. Koyunlarda mitokondriyal ND1 proteini (NP_008406) 318 amino asitten, ND2 proteini (NP_008407) 347 amino asitten oluşmaktadır. Koyun ND1 geni 954 bp, ND2 geni 1041 bp uzunluğundadır (ND1 Gen ID: 808249, Lokasyon: 2745-3699; ND2 Gen ID: 808250, Lokasyon: 3910-4951). Koyunlardan alınan kan örneklerinin DNA izolasyonu, genomik DNA izolasyon kiti kullanılarak yapılmıştır. Yapılan PCR çalışmalarında ND1 ve ND2 genlerinde sırasıyla, 512 bp ve 931 bp uzunluğundaki ürünler elde edilmiştir. Mitokondriyal ND1 ve ND2 geninde DNA sekans analizi yapılmıştır. DNA dizi analizine göre, İvesi koyun ırkında ND1 ve ND2 genlerinin polimorfik olduğu ve bu gen üzerinde sırasıyla; G474A, G687A ve T273C, C519T, C558T mutasyonları tespit edilmiştir. Koyun mitokondriyal ND1 ve ND2 protein modellleri incelendiğinde, mutasyonların (silent) proteinin yapısı ve özelliğinde önemli değişimlere neden olmadığı tespit edilmiştir. Koyunlarda ilgili genomik bölgelere yönelik çalışmalarda mutasyonların araştırılmasının yararlı olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
In this study, molecular analyzes of mitochondrial ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) and ND2 (NADH dehydrogenase subunit 2) genes were performed in Awassi sheep bred in Tek Tek mountains of Şanlıurfa region. The ND1 and ND2 proteins are core subunits of the mitochondrial membrane respiratory chain NADH dehydrogenase (Complex I), which catalyzes electron transfer from NADH. The ND1 protein is encoded by the ND1 gene, and the ND2 protein is encoded by the ND2 gene. In sheep, mitochondrial ND1 protein (NP_008406) consists of 318 amino acids, ND2 protein (NP_008407) consists of 347 amino acids. The sheep ND1 gene is 954 bp and the ND2 gene is 1041 bp long (ND1 Gen ID: 808249, Location: 2745-3699; ND2 Gen ID: 808250, Location: 3910-4951). DNA isolation of blood samples from sheep was performed using a genomic DNA isolation kit. In the PCR studies, 512 bp and 931 bp long products were obtained in the ND1 and ND2 genes, respectively. DNA sequence analysis was performed in the mitochondrial ND1 and ND2 gene. According to DNA sequence analysis, ND1 and ND2 genes are polymorphic in Awassi sheep breed and on this gene, respectively; G474A, G687A and T273C, C519T, C558T mutations have been 
detected. When sheep mitochondrial ND1 and ND2 protein models were examined, it was determined that mutations (silent) did not cause significant changes in the structure and properties of the protein. It is thought that it would be useful to investigate mutations in studies on relevant genomic regions in sheep.