Kronik lenfositik lösemi (KLL) - kücük lenfositik lenfoma (CLL/SLL) de immunglobulin geni varyant suptipleri, subklonları, mutasyonlar ve hastalık biyolojisi ile ilişkisine biyoinformatik yaklaşım
Bioinformatics approach to the relationship between immunoglobulin gene variant subtypes, subclones, mutations and disease biology in chronic lymphocytic leukemia - small lymphocytic lymphoma (CLL/SLL)
Yazar: RAHMİ ŞİNASİ AYGÜN
Danışman: PROF. DR. IŞINSU KUZU
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Hematoloji = Hematology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Kronik Lenfositik Lösemi (KLL) ve Küçük Lenfositik Lenfoma %30' a varan görülme sıklığı ile batı ülkelerinde en yaygın görülen yetişkin lösemidir. KLL klinik olarak fazlasıyla heterojenite gösteren bir hastalıktır. Bu nedenle KLL hastalarının bir kısmı tedavisiz uzun yıllar yaşarken bir kısmı ise tedaviye rağmen hastalığa yenik düşmektedir. KLL'de görülen bu heterojenitede; antijen uyarımı, IGHV genlerindeki somatik hipermutasyon durumu, B lenfositlerin mikroçevresindeki değişimler, genetik mutasyonlar ve epigenetik faktörlerin rol oynadığı düşünülmektedir. Dünya çapında pek çok çalışma, bu faktörlerden antijen uyarımı ile kuvvetli bir ilişkisi olan ve ''Stereotipik Subset'' olarak adlandırılan B lenfosit klonları üzerinde yapılmaktadır. Bu çalışmalar, KLL'nin heterojenliğini ve subsetlerin prediktif ve prognostik özelliklerini anlamak açısından önemlidir.
Bu tez çalışmasında AÜTF Patoloji Anabilim Dalında, 2006-2021 yılları arasında Kronik Lenfositik Lösemi ve Küçük Lenfositik Lenfoma tanısı almış, 112 hastanın, Yeni Nesil Sekans teknolojisi ile IGHV gen bölgesi somatik hipermutasyon açısından incelenmiştir. Hastalar ile ilişkili olarak bulunan subsetler, IGHV veri tabanları başta olmak üzere del(11q), del(17p), Trizomi 12 ve del(13q) sitogenetik anomalileri ile karşılaştırılmıştır.
Bu çalışmamızda ortaya konan bulguların büyük bir kısmının literatür ile benzer olduğunu saptadık. Bazı verilerin farklı olması, hastaların farklı coğrafik ve etnik kökenden olması ile ilişkilendirilebilir. Bu çalışmada Türkiye coğrafyasındaki bir grup KLL/SLL hastasının IGHV genlerinin dağılımı, somatik hipermutasyon durumu, subsetlerin belirlenmesi ve bunların sitogenetik anomaliler ile birlikteliğini ortaya konmuştur.  Ülkemizde KLL hastalığının daha iyi anlaşılması açısından bu tip çalışmaların artması ve uluslararası veri tabanları ile karşılaştırılması yüksek önem içermektedir.

Abstract:
Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) and Small Lymphocytic lymphoma is the most common adult leukemia in western countries, with an incidence of up to 30%. CLL is a highly heterogeneous disease clinically. For this reason, some CLL patients live for many years without treatment, while others succumb to the disease despite treatment. Antigen stimulation, SHM status in IGHV genes, changes in the microenvironment of B lymphocytes, genetic mutations and epigenetic factors are thought to play a role in this heterogeneity seen in CLL. Many studies around the world are carried out on B lymphocyte clones, which have a strong relationship with antigen stimulation from these factors and are called "Stereotypic Subset". These studies are important in terms of understanding the heterogeneity of CLL and the predictive and prognostic properties of subsets.
In this thesis, 112 patients diagnosed with Chronic Lymphocytic Leukemia and Small Lymphocytic Lymphoma in the Pathology Department of AUTF between 2006-2021 were examined for somatic hypermutation of the IGHV gene region with the New Generation Sequence technology. Subsets associated with patients were compared with del(11q), del(17p), trisomy 12 and del(13q) cytogenetic anomalies, especially in IGHV databases.
We found that most of the findings in our study were similar to the literature. The difference in some data may be associated with the different geographic and ethnic origins of the patients. In this study, the distribution of IGHV genes, somatic hypermutation status, determination of subsets and their association with cytogenetic anomalies in a group of CLL/SLL patients in the geography of Turkey were revealed. In order to better understand CLL disease in our country, the increase of such studies and their comparison with international databases are of high importance.