Kutanöz malign melanomda bazı onkogen ve tümör baskılayıcı genlerin ekspresyon düzeylerinin araştırılması
Investigation of expression levels of some oncogen and tumor suppressive genes i̇ncutaneous malignant melanoma
Yazar: ÖZNUR BUCAK
Danışman: PROF. DR. MEHMET EMİN ERDAL
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Kutanöz malign melanom (KMM), epidermal melanositlerden meydana gelen cilt kanserinin agresif bir şeklidir ve insidansı dünya çapında artmaktadır. Diğer kanser türlerinde olduğu gibi, KMM'ler de çeşitli protoonkogenlere ek fonksiyon kazandıran mutasyonlar ya da tümör baskılayıcı genlerin işlev kaybetmesine sebep olan değişimler nedeniyle gelişir. Melanomagenezde onkogenlerinin aktivasyonlarıve tümör baskılayıcı genlerinin inaktivasyonlarının yanı sıra, tümör baskılayıcı genlerin hipermetilasyonu ya da onkogenlerin hipometilasyonu gibi epigenetik değişimler de etkili olabilmektedir. Bu çalışmada kutanöz malign melanom yolağında rol aldığı düşünülen tümör baskılayıcı ve onkogenlerin (NOTCH2, ABCB5, HAGE (DDX43), NRAS, CDKN2A, CTNNB1, MYC, BCL-2) ekspresyon düzeyleri araştırılmıştır. Çalışma grubunu, KMM tanısı almış 50 hasta ile bu tanıyı almamış 50 sağlıklı birey olmak üzere toplamda 100 birey oluşturdu. Bu bireylere ait parafin blok doku örnekleri Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı arşivinden temin edildi. Hasta ve sağlıklı bireylerden alınan parafin blok doku cilt materyallerinden 10 mikron kalınlığında kesitler alınarak total RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirildi ve seçilen genler, qPCR yöntemiyle analiz edildi. Bu genlerin ekspresyon düzeyleri arasındaki ilişki için Pearson korelasyon katsayısından yararlanıldı. İstatistik anlamlılık olarak p<0.05 baz alındı.
Çalışmada gen ekspresyonlarının hasta ve kontrol grupları bakımından farklılıkları incelendiğinde CTNNB1, NOTCH2 ve MYC (p<0.05). Gen ekspresyonlarında gruplar arası farklılıklar istatistiksel olarak anlamlı bulundu. ABCB5, HAGE (DDX43), NRAS, CDKN2A, BCL-2 genlerinin ise ekspresyon düzeyi bakımından gruplar arasında bir farklılık göstermediği tespit edildi. Genlerin ekspresyon düzeylerinin birbiri ile korelasyonu incelendiğinde, CTNNB1gen ekspresyon düzeyinin artışına bağlıolarak CDKN2A, ABCB5 ve NRAS gen ekspresyon değerleri de artmaktadır (sırasıyla r ve p değerleri; r=0.264, p<0.05; r=0.261, p<0.05 ve r=0.253, p<0.05). Benzer şekilde BCL-2 ile HAGE-DDX43 geni arasında(r=0.230, p<0.05) ve ABCB5 ile NRAS geni arasında aynı yönlü doğrusal ilişki olduğu bulunmuştur (r=0.212, p<0.05). Hasta grubunda gen ekspresyonları ile metastaz olma durumu arasındaki farklılıklar incelenmiş sadece NOTCH2 gen ekspresyonundaki farklılık istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0.05).
Sonuç olarak, bu çalışmada bahsedilen onkogen ve tümör baskılayıcı genlerdeki düzensizliklerin hücre döngüsünü ve sinyal yolaklarını etkilediği, bu durumun melanom gelişimine ve ilerlemesine katkı sağladığı düşünülmektedir. Bu sebeple yapılacak olan moleküler analizlerin, KMM' deki biyolojik davranış ve moleküler etyopatogenezi daha iyi aydınlatılması ile histoloji ile biyolojik davranış profillerini ortaya çıkarmada yol göstericiolacaktır.

Abstract:
A dangerous type of skin cancer that develops from epidermal melanocytes, cutaneous malignant melanoma is becoming more common all over the world. Similar to other cancers, CMMs arise as a result of mutations that give additional functions to various protooncogenes or changes that cause tumorsuppressor genes to lose function. In addition to oncogene activation and tumor suppressor gene inactivation, epigenetical terations like hypermethylation of tumor suppressor genes or hypomethylation of oncogenes may also be effective in melanomagenesis. This study looked into the expression levels of oncogenes and tumor suppressors (NOTCH2, ABCB5, HAGE (DDX43), NRAS, CDKN2A, CTNNB1, MYC, BCL-2) known to be involved in the KMM pathway.The study group consisted of a total of 100 individuals, 50 patients diagnosed with cutaneous malignant melanoma and 50 healthy individuals who did not receive this diagnosis. Paraffin block tissue samples of these individuals were obtained from the archive of Mersin University Faculty of Medicine, Department of Pathology. Total RNA isolation and Cdna synthesis were carried out by taking 10 micron thick sections from parafin block tissue skin materials taken from patients and healthy individuals, and selected genes were then examined using the qPCR method. The Pearson correlation coefficient was used for the relationship between the expression levels of these genes. p<0.05 was considered a statistically significant difference. The expression levels of CTNNB1, NOTCH2 and MYC gene were found to be statistically significant between patient and control group (p<0.05). The expression levels of the genes ABCB5, HAGE (DDX43), NRAS, CDKN2A, and BCL-2 were found to be same between two groups. In accordance with the rise in CTNNB1 gene expression level, CDKN2A, ABCB5, and NRAS gene expression values also rise when the correlation between gene expression levels is analyzed (r=0.264, p<0.05; r=0.261, p<0.05 ve r=0.253, p<0.05, respectively). Similarly, a linear correlation was found between BCL-2 and HAGE-DDX43 gene (r=0.230, p<0.05) and between ABCB5 and NRAS gene (r=0.212, p<0.05). Only the difference in NOTCH2 gene expression was found to be statistically significant (p<0.05) when differences between gene expressions and metastasis were investigated in the patient group.
As a result, it is assumed that the abnormalities in the oncogene and tumor suppressor gene sstated in this study have an impact on the cellcycle and signaling pathways, which aids in the onset and progression of melanoma. In order to beter understand the biological behavior and molecular etiopathogenesis in KMM, the molecular analyses that will be performed will serve as a guide in identifying the reasons for the histology and biological behavior's in compatibility.