Küçük hücreli dışı akciğer kanseri tanılı hastalara ait parafin blok kesitlerinde EGFR, KRAS, BRAF, PIK3ca, her2 ve NRAS gen mutasyonlarının araştırılması
Determination of EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA, HER2 and NRAS gene mutations in parafin block sections from patients diagnosed with non-small cell lung cancer
Yazar: METİN ÇALIŞKAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. NUR SELVİ ; PROF. DR. GÖKAY BOZKURT
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Günümüzde kalp damar hastalıklarından sonra en fazla mortaliteye sahip olan hastalık kanserdir. Kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedeni ise Akciğer kanseridir ve bu kanser tipinin yaklaşık % 85'ini Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanseri (KHDAK) oluşturmaktadır. Akciğer kanserinin sessiz seyretmesi sebebiyle hastaların büyük çoğunluğu ileri evrelerde fark edilebilmektedir. İleri evrelerde cerrahi müdahele seçeneği azaldığı gibi kemoterapi ve radyoterapi başarısıda son derece düşük olmaktadır ve aynı kemoterapotik ilaç uygulanmasına rağmen olguların farklı yanıtlar vermesi klinisyeni tedavi seçenekleri açısından zorlamaktadır. Son yıllarda tümör dokusundaki genetik değişikliklerin tespit edilmesi ve bu değişiklikler sonucu oluşan onkoproteinlere karşı baskılayıcı moleküllerin kullanılmasıyla tedavide ilerlemeler kaydedilmiştir. Olgulardaki genetik değişikliklerin belirlenmesi ve kişiye özel tedavinin oluşturulması son derece önemli hale gelmiştir. Ülkemizde Akciğer kanseri tanı ve tedavisi batı toplumları baz alınarak düzenlenmektedir. Türkiye toplumunda genetik değişikliklerin belirlenmesi, oranlarının saptanması ve korelasyonlarının ortaya konması klinisyene tedavide yol gösterici olacağı gibi tanıda öncelikleri belirleme noktasında önemli katkı sağlayacaktır. Çalışmamızda KHDAK tanılı hastaların tümör parafin bloklarından alınan kesitlerde EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA, HER2 ve NRAS gen mutasyonlarının, sıklıklarının ve korelasyonlarının belirlenmesi amaçlanmıştır.
KHDAK tanılı hastalara ait parafin blok kesitlerinden "AmoyDx FFPE DNA Kit" ticari kiti kullanılarak genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. AmoyDx ticari mutasyon kitleri kullanılarak Cobas z (Roche) Gerçek Zamanlı PCR cihazında mutasyonlar belirlenmiştir.
KHDAK tanısı almış toplam 80 olgu çalışma kapsamına alınmıştır. Ogularda Epidermal Büyüme Faktörü Reseptörü (EGFR), Kirsten sıçan sarkoma viral onkogen homoloğu (KRAS), v-Ras Nöroblastom viral onkogen homoloğu (NRAS), v-Raf Murine sarkoma viral onkogen homoloğu (BRAF), Fosfatidil inozitol-3-kinaz katalitik alfa polipertid (PIK3CA), İnsan Epidermal Büyüme Faktör Reseptörü 2 (HER2) mutasyonları bakımından araştırılmıştır. Olguların 37(%46,2) sında en az bir mutasyon saptanmıştır. Sırasıyla EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA, HER2 ve NRAS gen mutasyonları 7(%8,7), 23(%28,7), 1(%1,2), 6(%7,5), 0(%0), 1(%1,2) olarak tespit edilmiştir. HER2 geninde mutasyon saptanmamıştır ayrıca 1(%1,2) olguda KRAS ve PIK3CA gen mutasyonu birlikteliği gözlenmiştir. Bu sonuçlar Türkiye toplumunun literatürde belirtilen batı toplumlarında araştırılan mutasyonlar açısından benzer bir mutasyon profiline sahip olduğunu göstermektedir. Sadece PIK3CA gen mutasyon oranı literatürde belirtilen değerlerin üzerinde tespit edilmiştir. Elde ettiğimiz sonuçlar doğrultusunda, ülkemizde KHDAK tanı ve tedavisinde PIK3CA gen mutasyonlarının daha fazla dikkate alınması gerektiğini düşünmekteyiz. Ayrıca olguların 43(%53,7) ünde araştırılan mutasyonlara rastlanmamıştır. Bu olgulardaki tümör gelişimini tetikleyen moleküler etkenlerin belirlenmesi için daha fazla araştırmaya ihtiyaç duyulmaktadır

Abstract:
Nowadays, cancer is a disease with the highest mortality rate after cardiovascular diseases. The leading cause of cancer deaths is lung cancer and %85 of this type of cancer forms of Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC). The majority of patients can be detected in advanced stages because of the silent course of lung cancer. In advanced stages surgical intervention options are reduced as well as chemotherapy and radiotherapy fail is extremely low, furthermore cases which gives different answers despite the implementation of same chemotherapeutic drugs is forced the clinician in terms of treatment options. Improvements have been recorded in cancer treatment with the identification of genetic changes in tumor tissue and with the use of repressor molecule against onco-proteins resulting from these changes in recent years. The identification of genetic changes in cases and the generation of special personalized treatment have become extremely important. Diagnosis and treatment of lung cancer in our country are organized on the basis of Western society. Determining of genetic changes, detecting of ratio and revealing the correlations in Turkey's society will guide clinicians in treatment as it would be important in determining the priorities in diagnosis. In our study, we aimed to determine EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA, HER2 and NRAS gene mutations as well as the ratio and correlation of these mutations in sections which were taken from the paraffin blocks of tumor of patients with NSCLC.
DNA was isolated from paraffin block sections of patients with NSCLC by use of commercial "AmoyDx FFPE DNA Kit". Mutations were determined using AmoyDx commercial mutation kit with Cobas z (Roche) Real Time PCR instrument.
Total of 80 patients with a diagnosis of NSCLC were included in this study. Cases were investigated for Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR), V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog (KRAS), neuroblastoma RAS viral (v-ras) oncogene homolog (NRAS), v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B (BRAF), phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, catalytic subunit alpha (PIK3CA), human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) mutations. In 46,2% of patients had at least one mutation. Mutations in EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA, HER2 ve NRAS genes were detected as 7(8,7%), 23(28,7%), 1(1,2%), 6(7,5%), 0(%), 1(1,2%) respectively, but no mutation was found in HER2 gene. In addition, mutations in KRAS and PIK3CA genes were determined in 1,2% of cases. These results showed that Turkish people has similarity in terms of mutations in Caucasian people. Only mutations in PIK3CA gene were detected over given result. We think that mutations in PIK3CA gene must be well considered in diagnosis and treatment of NSCLC. Also, no mutation was found in 43(53,7%) of cases. There is a need to investigate molecular factors in these cases which stimulate tumor development.