SW1353, HEP3B ve HT-29 kanser hücre hatlarında ADAMTS9 gen ekspresyon analizi ve IL-23, IL-33, IL-6, IL-17F, IL-1 alfa 
sitokinleriyle uyarılma mekanizması
ADAMTS9 gene expression analysis and IL-23, IL-33, IL-6, IL-17F, IL-1 alfa cytokine-stimulated induction mechanisms in SW1353, HEP3B and HT-29 cell lines
Yazar: ZAHİDE NUR ÜNAL
Danışman: DOÇ. DR. KADİR DEMİRCAN
Turgut Özal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Karaciğer neoplazmları = Liver neoplasms ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Kondrosarkom = Chondrosarcoma ; İmmünositokinler = Immunocytokines

Özet:
Amaç: Bu çalışmada kondrosarkom, karaciğer kanseri ve kolorektal kansere ait
hücre hatlarında ADAMTS9 gen ekspresyonunun bazı sitokinlerce 2, 6 ve 24.
saatlerde olan değişimleri araştırılmıştır.
Materyal-metod: Kondrosarkom (SW1353), karaciğer kanseri (HEP3B) ve kolon
kanseri (HT-29) hücreleri IL-23, IL-33, IL-6, IL-17F ve IL-1alfa ile 2, 6 ve 24 saat
muamele edildi. Trizolle RNA izolasyonu yapıldıktan sonra komplementer DNA?lar
elde edildi. ADAMTS9 ve ß-Aktin çalışma sıcaklığını tespit etmek için gradient PCR
yapıldı. Real-time PCR standartları için ADAMTS9 ve ß-Aktin PCRı kuruldu ve jel
ekstraksiyonu yapıldı. Elde ettiğimiz DNA belirli oranlarda dilüe edildi. Uygun
çalışma programında ADAMTS9 ve ß-Aktin real-time PCR?ları yapıldı.
Bulgular: HEP3B hücre hattında IL-23 ve IL-33, ADAMTS9 ekspresyonunu süre
bağımlı olarak istatistiksel olarak önemli oranda etkiledi (sırasıyla p=0.031 ve
p=0.015). 6 saatlik IL-23 maruziyeti altında saptanan ADAMTS9 ekspresyonu, 2
saatlik maruziyete göre yüksek bulundu (p=0.029). 24 saatteki değeri ise 6 saat
değerine göre önemli oranda düşüktü (p=0.029). IL-33 maruziyeti altında 24. saatteki
ADAMTS9 ekspresyonu, hem 2 hem de 6 saatteki değerlerden düşük bulundu
(p=0.029). HT29 hücre hattında ADAMTS9 ekspresyonu zamanla hiçbir sitokin
maruziyeti altında önemli olarak artmadı. SW 1353 hücre hattında IL-6 maruziyeti
altındaki 24. saat ADAMTS9 ekspresyonu, kontrol ve 6. saat değerine göre
istatistiksel olarak düşük bulundu (p=0.029). Benzer şekilde kontrol grubundaki
ADAMTS9 değeri, hem 2 saat hem de 24 saat IL-17F maruziyeti değerine göre
sınırda bir önem düzeyinde yüksek bulundu (p=0.057).
Sonuç: Karaciğer kanser hücrelerinde uzun dönemde düşük bulunan ADAMTS9
ekspresyonunun, IL-23 ve IL-33 maruziyeti ile kısa dönemde artmış olarak
bulunması; kondrosarkomda ise IL-6 ve IL-17F ile ADAMTS9 ekspresyonunun
sadece 6 saatlik dönemde artması, böylece tümöral dokuda düşük ekspresyonda
saptanması beklenen ADAMTS9 düzeylerinin zaman bağımlı olarak sitokinlerce
artırılması karşılıklı etkileşimlerin varlığını düşündürmekte ve daha ileri çalışmalarla
ortaya konulması gerekmektedir.

Abstract:
Aim: The changes in ADAMTS9 gene expression in SW1353, HEP3B VE HT-29
cell lines with various cytokines at 2, 6 and 24 hours were investigated.
Material and Methods: Condrosarcoma (SW1353), hepatic (HEP3B) and colorectal
cancer (HT-29) cell lines were treated with IL-23, IL-33, IL-6, IL-17F ve IL-1alpha
for about 2, 6 and 24 hours. Following RNA isolation with Trizol, complemantary
DNAs were obtained, and gradient PCR was performed for determination of ß-Actin
study temperature. ADAMTS9 and ß-Actin PCR were established and gel extraction
was done for real-time PCR standarts. DNA obtained was diluted with a certain
proportions. ADAMTS9 and ß-Actin real-time PCR were performed under the
appropriate study program.
Results: IL-23 ve IL-33 in the HEP3B cell line significantly affected ADAMTS9
expression in a time dependent manner (p=0.031 and p=0.015, respectively).
ADAMTS9 expression found under 6-hour IL-23 exposure was significantly higher
than under 2-hour (p=0.029). The 24-hour value was significantly lower than the 6-
hour value (p=0.029). ADAMTS9 expression under IL-33 exposure at 24th hour was
found as lower than the values at 2nd and 6th hour (p=0.029). ADAMTS9 expression
in HT29 cell line did not significantly increased under cytokines herein during time
period. 24-hour ADAMTS9 expression in SW1353 line under IL-6 exposure was
statistically lower when compared to 6-hour value (p=0.029). Similarly ADAMTS9
value in control group was nearly higher than the values under 2- and 24-hour IL-
17F exposure (p=0.057).
Conclusion: ADAMTS9 expression found as lower in hepatic cancer cells in long
time period was increased under IL-23 and IL-33 exposure in short time period;
ADAMTS9 expression with IL-6 and IL-17F was increased in only 6-hour period in
chondrocarcinoma. Consequently increased ADAMTS9 expression, which would be
expected as decreased in tumoral tissue otherwise, with cytokines as time dependent
can be based on reciprocal interaction and therefore further studies should be done.