Türkiye'de yetiştirilen bazı sığır ırklarında mastitis, şap ve tüberküloz hastalıklarına dirençle ilişkili genlerdeki polimorfizmlerin belirlenmesi
Determination of polymorphism in genes associated with resistance to mastitis, tuberculosis and foot-and-mouth diseases in some cattle breeds reared in Turkey
Yazar: FERİT KARAYEL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ TAKİ KARSLI
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Mastitis, şap ve tüberküloz sığır yetiştiriciliğinde sık rastlanan ve büyük ekonomik kayıplara yol açan hastalıklardır. Bu çalışmada Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan dört sığır ırkında genotipik yapı mastitis, şap ve tüberküloz hastalıklarına dirençle ilişkili olduğu daha önceki çalışmalarda bildirilen CD14, MBL, ITGB6, SLC11A1 ve TLR2 genleri temelinde araştırılmıştır. Bu bağlamda çalışmanın amacı 1-) Holstein (SA) sığır ırkı ile Türkiye yerli sığır ırkları olan Bozırk (B), Yerli Kara (YK) ve Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) sığırlarında CD14, MBL, ITGB6, SLC11A1 ve TLR2 genleri üzerindeki bazı polimorfizmlerin araştırılması; 2-) Eğer varsa SA, B, YK ve DAK sığır ırklarında mastitis, şap ve tüberküloz hastalıklarına dirençle ilişkili genotiplerin belirlenmesi ve bu genlerin MAS çalışmalarında kullanım olanaklarının tartışılması; 3-) Hastalıklara dirençle ilişkili lokuslar temelinde filogenetik ilişkinin incelenerek, bu lokusların filogenetik analizler için uygun olup olmadığının belirlenmesidir. Yapılan çalışmada CD14 ve MBL1 (Ekzon 2; 2534 G>A ve 2651 G>A ), SLC11A1 (5411G>A ve 7400G>A) ve TLR2 genleri üzerindeki polimorfizmler PCR-RFLP, ITGB6 reseptör (5'UTR bölgesi 29 G>A; 2145 T>C) genindeki polimorfizmler ARMS-PCR ve SLC11A1 genindeki tekrarlı bölgedeki varyasyon mikrosatellit yöntemi ile belirlenmiştir. 
	Çalışmada elde edilen sonuçlar, Türkiye'de yetiştirilen SA, YK, BI ve DAK sığır ırklarında CD14, MBL1 (ekzon 2; 2534 G>A ve 2651 G>A) genlerinin mastitis için, ITGB6 reseptör (5'UTR bölgesi, 29G>A) geninin şap için, SLC11A1 ve TLR2 genlerinin tüberküloz için yapılacak MAS çalışmalarında kullanılabileceğini göstermektedir. ITGB6 reseptör (2145T>C) geni, SLC11A1 (7400G>A) geni ve SLC11A geni üzerindeki mikrosatellit lokusun ise çalışılan sığır ırklarında MAS çalışmaları için uygun olmadığı anlaşılmaktadır. Ayrıca çalışmada incelenen lokuslar üzerinden oluşturulan filogenetik ağaçta ırklar genetik kökenlerine uygun olarak kümelenmiş ve bu lokusların ırk ayrımında kullanılabileceği görülmüştür.

Abstract:
Mastitis, foot-and-mouth disease and tuberculosis are diseases commonly encountered in cattle breeding that lead to gross economic losses. In this study, the genotypic structure of the four cattle breeds raised in Turkey were analyzed on the basis of CD14, MBL, ITGB6, SLC11A1 and TLR2 genes which were previously reported to have been related with resistance to mastitis, foot-and-mouth disease and tuberculosis. In this regard, the study was aimed at 1-) investigating some polymorphisms on the CD14, MBL, ITGB6, SLC11A1 and TLR2 genes in Holstein (SA) cattle breed and the domestic cattle breeds in Turkey, namely Turkish Grey Steppe (TGS), Anatolian Black (AB) and East Anatolian Red (EAR); 2-) identifying the genotypes, if any, related with resistance to mastitis, foot-and-mouth and tuberculosis diseases in the cattle breeds of SA, TGS, AB, and EAR and discussing the possibilities to use these genes in the MAS studies; 3-) identifying the phylogenetic relation based on the loci related with resistance to diseases and determining whether these loci are suitable for phylogenetic analyses. In the study, the polymorphisms on CD14 and MBL1 (Exon 2; 2534 G>A and 2651 G>A), SLC11A1 (5411G>A and 7400G>A) and TLR2 genes were identified by PCR-RFLP, the polymorphisms on ITGB6 receptor (5'UTR region 29 G>A; 2145 T>C) gene by ARMS-PCR and the variation in the repetitive region of the SLC11A1 gene by microsatellite marker method.
	The results of the study indicate that in the cattle breeds of SA, AB, TGS, EAR produced in Turkey, the CD14, MBL1 (exon 2; 2534 G>A and 2651 G>A) genes may be used for the MAS studies for mastitis, ITGB6 receptor gene (5'UTR region, 29G>A) for foot-and-mouth disease, SLC11A1 (5411 G>A)  and TLR2 genes for tuberculosis. On the other hand, it was concluded that the microsatellite locus on ITGB6 receptor (2145T>C) gene, SLC11A1 (7400G>A) gene and SLC11A gene are not suitable for the MAS work related to the said cattle breeds. Also the breeds were grouped according to their genetic origins in the phylogenetic tree that was drawn on the basis of the loci analysed in the study and it has been seen that these loci may be used for breed separation.