Hastanemizde 2012-2014 yılları arasında izole edilen Clostridium difficile kökenlerinin antibiyotik duyarlılık paternleri ve genotipik dağılımları
The antimicrobial susceptibility patterns and genotypes of clostridium difficile strains isolated at Marmara University Hospital between 2012 and 2014
Yazar: ELVAN SAYIN
Danışman: PROF. DR. NURVER ÜLGER
Marmara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
AMAÇ: Marmara Üniversitesi Hastanesi'nde izole edilmiş toksijenik Clostridium difficile kökenlerinin antibiyotiklere duyarlılık durumlarının ve klonal ilişkilerinin belirlenmesidir.
GEREÇ VE YÖNTEM: Mikrobiyoloji laboratuvarına dışkıda toksin varlığını araştırmak için gönderilen, ayrıca rutin kültür istemi yapılmış ve mikroskopik incelemesinde lökosit bulunan örneklerden soyutlanan 100 toksijenik C. difficile izolatı çalışmaya alınmıştır. İzolatların 12 farklı antibiyotiğe (metronidazol, vankomisin, meropenem, seftriakson, ampisilin-sulbaktam, klindamisin, eritromisin, moksifloksasin, tetrasiklin, doksisiklin, tigesiklin, linezolid) duyarlılıkları CLSI' nın (M11-A7) önerdiği agarda dilüsyon yöntemiyle çalışılmıştır. CLSI'da sınır değeri bildirilmeyen  antibiyotikler için EUCAST ECOFF değerleri kullanılmıştır. İzolatlar arasındaki klonal ilişkinin saptanması için rep-PCR (Repetitive Extragenic Palindrom, tekrarlayan palindromlara bağlı polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemi (Diversilab, bioMeriéux, Fransa) kullanılmıştır. Sonuçlar internet tabanlı DiversiLab yazılım programı (version3.6) ile analiz edilmiştir.
BULGULAR VE SONUÇLAR: Tüm kökenler metronidazol, vankomisin, ampisilin-sulbaktam, tetrasiklin ve meropeneme duyarlı bulunmuştur. İzolatların %59'u seftriaksona, %35'i klindamisine, %20'si moksifloksasine duyarlı bulunmuştur. EUCAST' te (v6.0) ECOFF değeri  0.5 µg/mL olarak bildirilen  tigesiklinin  MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla 0.125 ve 0.25 µg/mL olarak bulunurken; ECOFF değerini  2 µg/mL olarak bildirilen  eritromisin için MİK50 değeri 1 µg/mL  ve  MİK90 değeri 2 µg/mL bulunmuştur. Linezolid için MİK50 ve MİK90 değerleri 2 µg/mL, doksisiklin için ise MİK50 değeri 0.062 µg/mL, MİK90 değeri 0.125 µg/mL olarak saptanmıştır. İzolatları 68'i 19 grup içinde bulunmaktadır. Kalan 32 izolat arasında anlamlı benzerlik saptanmamıştır. İzolatların soyutlandığı tarih ve ilgili klinikler göz önüne alındığında hastanemizde salgını düşündürecek bir veri elde edilememiştir.

Abstract:
Objective: This study was designed to investigate antimicrobial resistance patterns and moleculer type of toxigenic Clostridium difficile strains isolated from Marmara University Hospital
Material and Methods: The stool specimens ordered for detection of Clostridium difficile toxin and specimens that positive for leukocyte ordered for routine culture at the Microbiology Laboratory, were cultured anaerobically. The antimicrobial susceptibility patterns of the 100 toxigenic Clostridium difficile strains isolated from stool samples with leucocytes were determined by using agar dilution method according to the CLSI (M11-A7). The investigated antibiotics were metronidazole, vancomycin, meropenem, ceftriaxone, ampicillin-sulbactam, clindamycin, erythromycin, moxifloxacin, tetracycline, doxycyclin, tigecycline and linezolid. EUCAST ECOFF values for Clostridium difficile were applied to antimicrobial agents were not recommended by CLSI. Moleculer typing was performed by rep-PCR (Diversilab, bioMeriéux, France). Analysis was performed with the web-based Diversilab software (version 3.4).
Results: All isolates were susceptible to metronidazole, vancomycin, ampicillin-sulbactam, tetracycline and meropenem. Fifty-eight percent of isolates were susceptible to ceftriaxone. The rates of resistance and decreased susceptibility to clindamycin and moxifloxacin were 64% and 80%, respectively. MIC50 and MIC90 values of tigecycline (ECOFF: 0.5 µg/mL), erythromycin (ECOFF: 2 µg/mL), linezolid, doxycycline were 0.125-0.25 µg/mL, 1-2 µg/mL, 2-2 µg/mL, 0.062-0.125 µg/mL, respectively. Rep-PCR analysis has shown the presence of a total 19 groups. When the isolation date and related clinics of  bacteria are  taken into consideration, we could not reveal any data suggesting an outbreak in our hospital