Orta ve Doğu Karadeniz bölgesi doğal florasındaki böğürtlen genotipleri arasındaki biyoçeşitliliğin moleküler belirteçlerle saptanması
Determination of bio-diversity among blackberry genotypes in natural ecosystem of Middle and Eastern Blacksea region by molecular markers
Yazar: DERYA KARAKOÇ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ÇETİN ÇEKİÇ
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Ziraat Bölümü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada Orta ve Doğu Karadeniz bölgesinde sekiz ili (Sinop, Samsun, Ordu, Giresun, Trabzon, Rize, Artvin ve Tokat) kapsayan survey çalışmaları sonucunda toplanan 55 yabani böğürtlen genotipi kullanılmıştır. Genotiplerden Mini-CTAB yöntemi kullanılarak izole edilen DNA'larla ISSR-PCR çalışmaları yürütülmüştür. Çalışmada UBC-ISSR primeri kullanılarak genotipler arası polimorfizm düzeyleri incelenmiştir. Kullanılan 15 adet primer böğürtlen genotiplerinde toplam 85 adet band oluşturmuştur. 85 banttan 77'sinin polimorfik olduğu belirlenmiştir. Primer başına elde edilen band sayısı 4 ile 9 arasında değişirken, ortalama band sayısı 5,67 olarak belirlenmiştir. Primer başına ortalama polimorfik bant sayısı ise 5,13 olarak bulunmuştur.İstatistiki analizlerde kullanılacak veriler, ISSR bantlarının değerlendirilmesi ile elde edilmiştir. Genotipler arası benzerlik ve farklılıklar moleküler düzeyde çalışılmış, benzerlik katsayısı kullanılarak Temel Koordinatlar Analizi yapılmış ve UPGMA dendrogram elde edilmiştir. Elde edilen dendrograma göre genotipler biri küçük ve diğeri büyük olan iki ana grup altında toplanmıştır. Küçük ana grup özellikle bitkisel özellikler bakımından araştırıldığında morfolojik yönden diğer genotiplerden farklı olduğu kaydedilmiştir. Bu grup 1000 m rakım üzeri alınan genotiplerden oluşmakta, özellikle tüysü yapıda yumuşak ince dikenleri ile diğerlerinden ayrılmaktadır. Yine büyük ana grup incelendiğinde bunların da istisnalar olmakla birlikte bitkilerin orijini olan coğrafik bölgelere göre, Karadeniz kıyı şeridi ve iç kesimler olarak ikiye ayrıldığı belirlenmiştir.

Abstract:
In this study, 55 wild blackberries genotypes collected from eight provinces in central and eastern Black Sea (Sinop, Samsun, Ordu, Giresun, Trabzon, Rize, Artvin and Tokat), were used. ISSR-PCR analyses were carried on the DNA of genotypes isolated using mini-CTAB extraction method. The levels of polymorphism between genotypes were determined using the UBC-ISSR primers. A total of 85 bands were obtained from 15 UBC ISSR primers. Out of 85 bands, 77 bands were polymorphic. The number of bands obtained from per primer ranged between 4 and 9, the average number of bands were determined as 5.67. The average number of polymorphic bands per primer was 5.13.Similarities and differences between genotypes studied at the molecular level. The data for statistical analysis used were obtained by the evaluation of ISSR bands Similarity coefficient and UPGMA dendrogram were built using the Basic Coordinates Analysis. According to the dendrogram, the genotypes divided in two main groups, one small and space other large group. The small group, especially in terms of plant characteristics in morphology, was different from the other genotypes. This group consist amit of genotypes obtained from over 1000 m altitude, especially in soft plumose structure with fine spines separated from others. On the other hand, the main group with exceptions, were divided into two groups one is consist of the genotypes obtained from the Black Sea coastline and other form interior Black sea region.