Alzheimer hastalığında Kreatin kinaz BB enzimine ait rolün moleküler kenetlenme yöntemi kullanılarak in silico yöntemle belirlenmesi
Determination of the role of creatine kinase BB enzyme on Alzheimer's disease by using in silico molecular docking method.
Yazar: PINAR TEVETOĞLU
Danışman: PROF. DR. MUHSİN KONUK
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Alzheimer hastalığı günümüzde yaşlı bireylerde sıkça görülen nörodejeneratif bir hastalıktır. AD, demansın başlıca nedenlerinden biri olarak görülmektedir. Temel yaşamsal aktivitelerini gerçekleştirmede sorun yaratan, hafıza, kişilik ve davranış dahil olmak üzere birçok beyin bölgesini etkileyerek bireylerin yaşam kalitesini düşürmekle kalmayıp sonucu ölüme gidebilen bir hastalıktır. AD hastalığı için kullanılan mevcut tedavi yöntemleri hastalığın temel sorununu ortadan kaldırmak yerine daha çok hastalığın engellenmesi ya da semptomlarının etkisinin azaltılması yönündedir. Beyin tipi kreatin kinaz (CK-BB) ve Alzheimer hastalığının arasındaki ilişkiden birçok kaynakta bahsedilmiştir. 
       Bu tez çalışmasında beyin tipi kreatin kinazın (CK-BB) Alzheimer hastalığı üzerindeki etkisi araştırılıp bu konu ile alakalı in silico bir çalışma yapılmıştır. CK-BB' nin kristal yapısına protein data bank (pdb) veri tabanından ulaşılmıştır. Alzheimer hastalığına etki eden bitkilerin, 3200 etken molekülüne Dr. Duke veri tabanı üzerinden erişim sağlanmıştır. Lipinski kurallarına uyan ve kan beyin bariyerini (BBB) geçen moleküller seçilerek çalışmaya 720 molekül ile devam edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen 720 molekülün önce SPARTAN yazılımı ile konformer taramaları yapılarak, aynı programda geometri optimizasyonları gerçekleştirilmiştir. Kantitatif yapı- aktivite ilişkisi (QSAR) parametre değerleri Spartan programı üzerinden hesaplanmıştır. Moleküllerin kenetlenme çalışmaları AutodockVina yazılımı ile gerçekleştirilmiştir. Görüntüleme işlemleri ve etkileşim haritaları için BIOVIA Discovery Studio yazılımı kullanılmıştır. Lineer regresyon (LR) analizi ile en iyi korelasyon gösteren moleküller belirlenmiştir. Sonuç olarak seçilen aday bitki etken molekülleri ile referans gösterilen ilaçlar karşılaştırılmıştır.
Anahtar Kelimeler: Alzheimer hastalığı, CK-BB, Moleküler Kenetlenme, QSAR

Abstract:
ABSTRACT
       Alzheimer's disease is a neurodegenerative disease frequently seen in elderly people today. Alzheimer's disease is considered a major cause of dementia. It is a disease that causes problems with basic activities of daily living, affects many areas of the brain, including memory, personality and behavior, and not only reduces the quality of life of those affected, but can also lead to death. Current treatments for Alzheimer's disease focus on preventing the disease or reducing the impact of its symptoms, rather than addressing the underlying problem of the disease. The relationship between brain-type creatine kinase (CK-BB) and Alzheimer's disease has been mentioned in many sources.
       In this thesis, the effect of brain-type creatine kinase (CK-BB) on Alzheimer's disease was investigated and an in silico study was carried out. The crystal structure of CK-BB was obtained from the protein data bank (pdb) database. Access to 3200 active molecules of plants that affect Alzheimer's disease has been provided through the Dr Duke database. The study was continued with 720 molecules by selecting molecules that met the Lipinski rules and crossed the blood-brain barrier (BBB). Conformer scans of 720 molecules included in the study were the first performed with SPARTAN software and geometry optimization was also performed in the same program. The Quantitative structure-activity relationship (QSAR) parameter values were calculated using Spartan program. Molecular docking studies were performed using AutodockVina software. BIOVIA Discovery Studio software was used for the imaging and interaction maps. The best correlated molecules were identified by Linear regression (LR) analysis. The selected candidate Phyto-active molecules were then compared with the reference drugs.
Keywords: Alzheimer's disease, CK-BB, Molecular Docking, QSAR