Viridans grubu streptokokların tanısında kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması ve antibiyotik direncinin araştırılması
Comparison of methods used to diagnose viridans group streptococci and analysis of antibiotic resistance
Yazar: ÖZBEN ÖZDEN
Danışman: PROF. DR. DENİZ GÜR
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Streptococcus = Streptococcus ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Viridans grubu streptokoklar, koyun kanlı agarda alfa-hemolitik veya non-hemolitik koloniler oluşturan, gram-pozitif kok şeklinde mikroorganizmalardır. Oral kavitede, üst solunum yollarında, gastrointestinal sistemde, ürogenital bölgede ve deride normal flora olarak yer alırlar. Dental işlemlerden sonra bakteriyemi, endokardit, menenjit ve septisemi yapabilirler. Bakterilerin hızlı ve doğru olarak tanımlanmaları tedavi başarısı için gereklidir. Taksonomik sınıflandırmaları ve tür isimlerinin değişmesi nedeniyle tanıda zorluklar yaşanmaktadır. Günümüzde otomatize sistemler ve moleküler yöntemlerin kullanımı ile bu sorun aşılmaya çalışılmaktadır. Bakterilerin en az mutasyona uğrayan bölgesi olan 16S rRNA bölgesi, bakterilerin filogenetik ilişkisinin ve genetik şifresinin değişmeyen bir bölgesidir. Taksonomik amaç için kullanılan 16S rRNA dizi analizi en doğru sonuç veren moleküler yöntemdir.
Viridans grubu streptokokların sebep olduğu endokardit ve bakteriyeminin tedavisinde penisilinin tercih edilen bir ilaç olmasına karşın, son yıllarda çeşitli antibiyotiklere karşı direnç ortaya çıkmaktadır. Viridans grubu streptokokların antibiyotik duyarlılıklarının bilinmesi, ampirik tedavinin belirlenmesinde önemlidir.
Bu çalışmada Hacettepe Üniversitesi merkez laboratuvarında, 2005-2013 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve otomatize sistem (Phoenix (Becton Dickinson, New Jersey, ABD) ile tanımlanmış olan 122 viridans grup streptokok suşu MALDI-TOF MS (BioMerieux, Fransa) yöntemi ile yeniden tanımlanmış ve tanımlamalar 16S rRNA dizi analiziyle doğrulanmıştır.
Bunun yanısıra, European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) standartları esas alınarak penisilin, klindamisin, sefazolin, sefotaksim ve vankomisin için direnç oranları mikrodilüsyon yöntemi ile araştırılmıştır. Sonuç olarak, antibiyotik direnç oranları sırası ile; penisilin, klindamisin, sefazolin, sefotaksim ve vankomisin için sırası ile %52, %22,9, %33, %18, %0 bulundu. Phoenix sisteminin doğru tanımlaması %56,5 iken, VITEK MS ile viridans streptokok izolatları %86 doğru tanımlanıldı. VITEK MS viridans streptokokların tanımlanması için hızlı, güvenilir ve kolay yöntem olarak önerilebilir.

Abstract:
Viridans group streptococci are gram positive cocci which produce alfa-hemolytic and non-hemolytic colonies in sheep blood agar. They are also members of normal flora in oral cavity, upper airways, gastrointestinal and urogenital systems. They may cause bacteremia, endocarditis, meningitis and septicemia after dental procedures. Rapid and correct identification of bacteria are necessary for treatment success. They constitute diagnostic difficulties due to the changes in their taxonomic classification and species names.  Problems faced are being solved with current development of new molecular methods and automated systems. The most mutation-resistant sequence of bacteria is 16S rRNA area which constitutes an unchanged area for phyloenetic relationship between bacteria and their genetic code as well. Sequence analysis of 16S rRNA is used for taxonomic purposes and it is a molecular method with most accurate results. 
Although penicillin is a drug of choice for endocarditis and bacteremia caused by viridans group streptococci, resistance against alternative antibiotics suggest in recent years. Knowing antibiotic sensitivity profile of viridans streptococci is important to coordinate empirical therapy.
In this study, 122 viridans streptococci species isolated from various clinical specimens in Hacettepe University central laboratory between 2005 and 2013 and automatized Phoenix system (Becton Dickinson, New Jersey, ABD)  and VITEK MS (BioMerieux, France) methods are compared both of which are used to identify viridans streptococci and identification was confirmed with 16S rDNA sequence analysis.
The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) with reference gudielines, resistance ratios was investigated by minimum inhibitory concentration method for penicillin, clindamycin, cefazoline, cefotaxime, and vancomycin. As a result, the rates of resistance was detected by microdilution; 52%, 22.9%, 33%, 18%, 0%, respectively. 86% viridans group streptococci isolates were correctly identified by VITEK MS ,whereas correct identification of phoenix system was 56.5%. VITEK MS can be recommended as an easy, fast and reliable method for viridans group streptocci  identification.