β-Talasemi Moleküler Tanısında Klasik Yöntemlerle Mikroarray Yönteminin Karşılaştırılması
Comparing of Microarray Techniques with Classical Techniques for Molecular Diagnosis of β-Thalassemia
Yazar: ELÇİN ÖZKARALI
Danışman: DOÇ. DR. ABDULLAH TULİ
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
Talasemi, otozomal resesif olarak kalıtılan hematolojik bir hastalıktır.Çesitli ülkelerde ve aynı ülkenin farklı bölgelerinde dagılım bakımındanheterojenite göstermektedir. talasemide, geni üstünde veya etrafında meydanagelen mutasyonlar, beta globin zincir yapımının azalmasına ya da hiç sentezedilmemesine neden olur. zincir yapımına göre 0 ve + olmak üzere iki tipibulunmaktadır. 0 talasemide hiç beta zinciri yapılmamaktadır. + talasemi de ise azmiktarda beta zinciri yapımı vardır. Türkiye'de en sıklıkla rastlanan -talasemimutasyonu IVS I-110'dur.Bu çalısmada -talasemi mutasyon tanısında kullanılan klasik yöntemlerlemikroarray yönteminin karsılastırılması ve mikroarray teknolojisinin -talasemiprenatal tanısında kullanımına yönelik bir ön çalısma yapılması amaçlanmıstır.Tasıyıcı ve hastalarda talasemi mutasyon tiplerinin saptanmasında ARMS ve DNAmikroarray yöntemleri kullanılmıstır. Örnekler toplam 52 kisiden saglanmıstır. Tümörnekler hem ARMS hem de mikroarray yöntemleri için ayrı ayrı çalısılmıs vemutasyon taraması sonucunda her iki yöntemle de aynı sonuçlar elde edilmistir.Çalısma sonucunda; 23 allelin IVS I-110, 13 allelin IVS I-1, 9 allelin IVS I-6, 9allelin IVS II-1, 8 allelin Cd39 ve 6 allelin IVS II-745 mutasyonunu içerdigigözlenmistir. Ayrıca 13 olgunun homozigot, 3 olgunun da çift heterozigot özellikgösterdigi belirlenmistir. Hiçbir olguda Cd6 ve -87 mutasyonları tespitedilememistir.Sonuç olarak DNA mikroarray yönteminin kullanılması ile klasik yöntemlereoranla daha hızlı sonuç elde edilmis ve tek seferde çok sayıda örnegi çalısma imkanısaglanmıstır. Bu durum prenatal tanı için de kolaylık saglayacaktır.

Abstract:
Thalassemia is an hereditary hematological disorder inherited autosomalrecessively. The distribution of thalassemia shows heterogenity not only in variouscountries but also different regions of the same country. In -thalassemia,mutations located in or around of beta gene cause a decrease in the production ofbeta globin chain or lack of synthesis. There are two types of -thalassemia, 0 and+, according to the production of beta globin chain. In 0 thalassemia, no betachain is produced. In + thalassemia, a small amount of beta chain production ispresent. In Turkey the most common thalassemia mutation is IVS I-110.With this study, we aimed to compare microarray techniques with classicaltechniques and to establish a method for the use of microarray technologies inprenatal diagnosis of thalassemia. ARMS and DNA microarray methods are usedfor the detection of thalassemia mutations in carriers and patients. Our sampleswere obtained from total 52 individuals. All samples were separately studied withboth ARMS and microarray methods and the same results were also obtained in bothmethods after the mutation detection. At the end of this study, it is observed thatallelle numbers of IVS I-110, IVS I-1, IVS I-6, IVS II-1, Cd39 and IVS II-745mutations were 23, 13, 9, 9, 8 and 6, respectively. Moreover, it is determined that 13and 3 of cases were homozygote and double heterozygote, respectively. Cd6 and -87mutations couldn?t be determined in any cases.In conclusion, more rapid results were obtained by using DNA microarrayaccording to conventional methods and prenatal diagnosis is not only simplified bythis method but also an opportunity is given for studying much more samples in asingle experiment.