Batı Akdeniz Bölgesi'nde bulunan Tetranychidae türlerinin morfolojik ve moleküler tanılanması, Tetranychus urticae Koch, 1836 popülasyonları arasındaki genetik farklılıklarile endosimbiyontların belirlenmesi
Morphological and molecular identification of Tetranychidae species found in the West Mediterranean Region and determination of genetic differences between the populations of Tetranychus urticae Koch 1836 and endosymbionts
Yazar: HİLAL ŞULE TOSUN
Danışman: DOÇ. DR. CENGİZ İKTEN
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Antalya, Burdur ve Isparta illerinden 2017-2019 yılları arasında toplanan Tetranychidae familyası türlerinin morfolojik ve moleküler teşhis çalışmaları yapılmıştır. Türkiye'nin çeşitli illerinden toplanan Tetranychus urticae Koch popülasyonlarında genetik polimorfizm ve endosimbiyontların varlığı araştırılmıştır. Morfolojik sistematikte, türlerin Hoyer yöntemiyle preparatları hazırlanmış ve teşhiste kullanılan morfolojik karakterleri fotoğraflandıktan sonra teşhisleri klasik yöntemlerle yapılmıştır. Moleküler sistematik çalışmalarında ise hem tek bireyden hem de popülasyon bazlı çoklu bireylerden elde edilen DNA'lar tüm genom anplifikasyonu aracılığı ile çoğaltılmıştır. Ayrıca, tüm mitokondriyi elde etmek için spesifik primerleri kullanılarak PCR yöntemi ile çoğaltma ve yeni nesil sekanslama kütüphaneleri hazırlanarak genom dizileri elde edilmiştir. Clustal analizde ve filogenetik ağaçta kullanılan ek GenBank dizileri, yine türlerin sekanslarından oluşan BLAST analiz sonuçlarına göre seçilmiştir. COI ve ITS gen bölgesi için MEGA 7 programında sekans temelli filogenetik ağaçlar UPGMA metodu ve ilgili parametreler kullanılarak oluşturulmuştur. Galaxy, MITOS Blastn, MFannot, GeSeq arayüz programlarından ham veri üzerindeki gen noktalarını belirlerken yararlanılmıştır.
Çalışma sonucunda, Tetranychidae familyasından, Amphitetranychus viennensis (Zacher, 1920), Eutetranychus orientalis (Klein, 1936), Oligonychus sp., Petrobia harti (Ewing, 1909), Tetranychus urticae (Koch, 1836) ve teşhis edilemeyen diğer Tetranychidae sp. türleri farklı konukçu bitkilerde ve farklı lokasyonlarda tespit edilmiştir. Ek olarak, hem filogenetik ilişkileri çözmek hem de teşhis için etkili bir yöntem olan tüm mitokondriyal genomların sekanslanması (yeni nesil dizileme yöntemi, spesifisik primerlerle PCR ve tüm genom amplifikasyonuyla) ile bulunan bu türlerin tüm mitokondriyal gen bölgesini içeren bilgiler başarılı bir şekilde elde edilmiştir. E. orientalis ve P. harti türlerinde ilk kez tüm mitokondriyal genom dizilim bilgisi elde edilmiştir. Ayrıca, cins düzeyinde teşhisi yapılan Oligonychus cinsine ait bir türün ve Tetranychidae familyasına ait bir diğer türün tüm mitokondrial genom bilgileri derlenmiştir. Tespit edilen bu türlerde üç ayrı program kullanılarak genom anotasyon yapılmıştır. Genom anotasyon sonucunda, E. orientalis türünde ilk defa diğer Tetranychidae familyası türlerinden farklı olan bir gen düzeni bulunmuştur. Toplanılan popülasyonlarda endosimbiyontlardan ise Wolbachia, Cardinium ve Spiroplasma'nın varlığı tespit edilmiştir.

Abstract:
The morphological and molecular diagnostic studies were carried out on the family Tetranychidae species collected from Antalya, Isparta, and Burdur provinces between 2017-2019 years. The presence of genetic polymorphism and endosymbionts in Tetranychus urticae Koch populations collected from different provinces of Turkey were investigated. In the morphological systematic studies, the preparations of the species were prepared using the Hoyer method and important taxonomic characters using in diagnosis were then used after photographed. In molecular systematic studies, DNAs obtained from both a single individual and pool individuals due to attain whole mitochondria as whole genome amplification was replicated using specific primers with PCR method, and by using next-generation sequencing method their genome sequences were obtained with helping of service contract.  Additional GenBank sequences used in the Cluster analysis and phylogenetic tree were selected based on the results of BLAST analysis, which also consists of sequences of species from MEGA 7 program, sequence-based phylogenetic trees were created using NJ and UPGMA method and related parameters. Galaxy, MITOS Blastn, MFannot and GeSeq interface programs were used to determine the gene points on the raw data. 
As a result of this study, Amphitetranychus viennensis (Zacher, 1920), Eutetranychus orientalis (Klein, 1936), Oligonychus sp., Petrobia harti (Ewing, 1909), Tetranychus urticae (Koch, 1836) and Tetranychidae sp. species were detected in different host plants and locations. Additionally, to figure out on both diagnoses and phylogenetic relationships with effective method of whole mitochondrial genome sequencing (next-generation sequencing method using specific primers with PCR and whole genome amplification) information containing the entire mitochondrial gene region was successfully obtained. For the first time whole mitochondrial sequence information of E. orientalis and P. harti was obtained. Genome annotation on these three identified species was preformed using three separate programs. In the collected populations, the presence of Wolbachia, Cardinium and Spiroplasma from endosymbionts was detected.