Gebelik yaşına göre düşük doğum ağırlığı (SGA) çocuklarda metilasyon değişikliklerinin araştırılması /
Yazar: AYŞE TEKİN
Danışman: DOÇ. DR. GÜVEN TOKSOY
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
SGA (Small for Gestastional Age, Gebelik Haftasına Göre Düşük Doğum Ağırlığı), etiyolojisinde birçok faktörü barındıran ve büyüme hormonu eksikliğiyle ilgili karmaşık klinik bir antitedir. Maternal ve plasental ve genetik-epigenetik faktörler SGA sebepleri içerisinde yer almaktadır. Bu tez çalışmasında genetik etiyolojisi aydınlatılamamış non-sendromik düşük doğum ağırlıklı olgularda, DNA metilasyonun ve Transkripsiyon Faktörü (TF) Bağlanma bölgelerindeki değişimlerin etkisinin incelenmesi amaçlandı. Daha önce bölümüzde yürütülen bir proje kapsamında yapılan sitogenetik ve moleküler testlerle tanı konulamayan 51 olgu retrospektif olarak dosya bilgilerinden değerlendirildi. Epigenetik mekanizmaların etkisine bağlı olarak klinik bulguların gelişebileceği düşünülen seçim kriterlerine göre yedi olgu seçildi. Olgulardan birine çalışma öncesi UPD7 tanısı konuldu. Seçim kriterlerine uygun olarak belirlenen altı olgu ile referans epigenomu oluşturmak için belirlenen olguların yaş ve cinsiyetleriyle uyumlu yedi kontrol (sağlıklı) birey seçilerek büyüme hormonu-insülin benzeri büyüme faktörü-I (BH-IGF-I) aksında belirlen 13 hedef genin metilasyon ve TF bağlanma bölgelerinin amplikon bazlı yeni nesil dizileme (YND) tekniği ile araştılamasına yönelik optimizasyon çalışmaları yapıldı. Sonuç olarak bu çalışma, bisülfit dizileme yönteminin bölümüzde uygulanabileceğini gösteren ve bu yöntemin uygulanmasındaki zorlukların değerlendirildiği ilk araştırma olmuştur. TF faktörü bağlanma bölgelerinde yer alan ve ayrı ayrı olmasa da kombinasyonlarının önemli olabileceğini düşündüren bu çalışma ayrıca, CpG bölgelerinin bisülfit modifikasyondan sonraki dizilemelerinde, GHRHR geninin 22. CpG adasında veritabanlarında bildirilen metilasyon noktalarının yanı sıra, daha önce bildirilmemiş yeni birçok metilasyon noktasının da varlığını göstermiştir.

Abstract:
SGA (Small for Gestational Age) is a complex clinical entity involving multiple etiological factors and associated with growth hormone deficiency. Maternal, placental, genetic, and epigenetic factors are among the primary causes of SGA. This thesis aimed to investigate the effects of DNA methylation and changes in Transcription Factor (TF) binding sites in non-syndromic small for gestational age cases with unexplained genetic etiology. A total of 51 cases, previously undiagnosed through cytogenetic and molecular tests conducted in a departmental project, were retrospectively reviewed based on medical records. Seven cases were selected according to specific criteria suggesting that epigenetic mechanisms could influence the development of clinical findings, and one of these cases was diagnosed with UPD7 prior to the study. Six selected cases and seven age and sex matched healthy controls were analyzed to establish a reference epigenome. The study focused on the methylation and TF binding regions of 13 target genes in the growth hormone-insulin-like growth factor-I (GH-IGF-I) axis, utilizing an amplicon-based next-generation sequencing (NGS) technique optimized for this purpose. In conclusion, this study represents the first attempt in our department to evaluate the applicability of bisulfite sequencing and address the challenges associated with this method. The results demonstrated the presence of CpG regions that may be significant not individually but in combination, particularly in TF binding sites. Furthermore, bisulfite sequencing revealed previously unreported methylation sites in the 22nd CpG region of the GHRHR gene, in addition to those already documented in databases.