İnsan PSMD4 promotorunun klonlanması ve karakterizasyonu
Cloning and characterization of the human PSMD4 promotor
Yazar: GİZEM GÜLER
Danışman: YRD. DOÇ. DR. SÜMEYYE AYDOGAN TÜRKOĞLU ; PROF. DR. FERAY KÖÇKAR
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
26S proteazom işlevini yitirmiş proteinlerin yıkımında görevli hücresel bir yapıdır. PSMD4 geni 26S proteazomun yapı birimi olan 19S düzenleyici yapı biriminde görev yapmaktadır. PSMD4 geni (26S proteazom non ATPase subunit S5A) 3 protein kodlamaktadır. Bunlardan S5A; yapısında bulunan poliubikitin bağlanma domaini sayesinde hücresel işlevini yitirmiş proteinlerin yıkımından sorumludur. ASF intestinal sıvı taşıma düzenlenmesinde işlevli kolera toksini ile indüklenen bir salgılanmış proteindir. Angiosidin proteini ise birçok tümör ve endotel hücrelerde yüksek düzeyde ifade olmaktadır. Bu protein anjiogenez ve tümör büyümesini engellemektedir.
Literatürde çok işlevli protein ifadesi sağlayan bir gen olan PSMD4 hakkındaki bilgiler oldukça sınırlıdır. Tez çalışması kapsamında PSMD4 geninin transkripsiyonel düzeydeki regülasyonu ve hipoksik ile koşul ilişkisi aydınlatılmaya çalışılmıştır. 
Çalışma kapsamında ilk olarak Hep3B, PC-3, DU-145, MCF7, HT-29, HUVEC, MG-63, Saos-2, PANC, HeLa hücre hatlarında PSMD4'ün mRNA ve PC-3, HUVEC, Saos-2 ve Hep3B hücre hatlarında protein ifadesi belirlenmiştir. Daha sonra PSMD4 -617/+65, 261/+65 ve -85/+65 promotor bölgeleri pMetLuc lusiferaz haberci vektör sistemine klonlanmıştır. Bazal aktiviteleri geçici transfeksiyon analizleri ile belirlenmiştir. Bazal aktivitesi en yüksek promotor parçası -85/+65 bç olduğu görülmüştür. Hipoksik koşullar altında tüm promotor parçalarının aktif olduğu gözlenmiştir. Ancak en aktif yine en küçük ( -85/+65) promotor parçasının olduğu görülmüştür. Hipoksik koşullardaki değişimler mRNA, protein ve transkripsiyonel aktivite düzeyinde PC-3 ve HUVEC hücre hattında belirlenmiştir.

Abstract:
26S proteasome is a cellular structure employed in degradation of the proteins that lost their functions. PSMD4 gene serve in 26S proteasome structure which 19S regulatory subunit. PSMD4 (26S proteazom non ATPase subunit S5A) encodes 3 proteins. One of these, S5a is the polyubiquitin binding subunit of the 26S proteasome and destroy protein. ASF; is a plasma-bound protein known to inhibit cholera toxin-induced intestinal fluid secretion in rats. Angiocidin is a protein over-expressed in many different solid tumors. This protein inhibits angiogenesis and tumor growth.
PSMD4 gene is a multifunctionally expressed protein but there is a limited information about the regulation of this gene in the literature. The main focus of our study is transcriptional regulation of PSMD4 gene and explaining its relationship with the hypoxic conditions. 
By this study, firstly; mRNA and protein exspressions of PSMD4 gene were determined in Hep3B, PC-3, DU-145, MCF7, HT-29, HUVEC, MG-63, Saos-2, PANC, HeLa cell lines. 
Different PSMD4 promoter contructs (-617/+65, 261/+65 and -85/+65) were cloned in pMetLuc lusiferase vector. Basal transcriptional activity was determined by transient transfection assays. -85/+65 bp PSMD4 promoter contruct had high basal activity. All promoter fragments were active under hypoxic conditions. The most active fragment was -85/+65 bp PSMD4 promoter in hypoxic conditions. PSMD4 protein, mRNA and transcriptional activity levels were determined under hypoxic and normal conditions in HUVEC and PC-3 cell line.