Akciğer adenokarsinomunda rassf1a ve sparcl1 geni metilasyon düzeylerinin belirlenmesi
Determination of rassfa1 and sparcl1 gene methylation levels in lung adenocarcinoma
Yazar: GÜLZADE EKER
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ASUMAN ÖZGÖZ
Kastamonu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Akciğer = Lung ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung

Özet:
DNA metilasyonu yoluyla transkripsiyonel sessizleşme ile, hücre siklusu kontrolü, hücre farklılaşması, sinyalizasyon ve apopitoz gibi hücre fonksiyonlarının kontrolü sağlanır. Normal hücrelerde, spesifik genlerde promotör CpG adaları genellikle unmetile durumda olmasına karşın, genom global olarak metiledir. Kanserde tümör supresör genlerin promotör metilasyonu, erken meydana gelen bir olaydır ve global hipometilasyon mevcuttur. Yapılan çalışmalarda, tümör supresör genlerin metilasyon durumu ile akciğer adenokarsinomu prognozunun ilişki olduğu ve bu genlerin hipermetilasyonunun, prognoz için biyomarker olarak kullanılabileceği ileri sürülmektedir. Bu çalışmanın amacı; küçük hücre dışı akciğer karsinomunun en sık görülen tipi olan akciğer adenokarsinomunda, RASSF1A ve SPARCL1 genlerinin metilasyon durumlarının belirlenmesidir. Çalışmaya akciğer adenokarsinomlu kırk hastaya ait, 40 tümör ve 40 normal kontrol dokusu dahil edildi ve parafine gömülü doku örneklerinde, DNA izolasyonu gerçekleştirildikten sonra, bisülfit uygulamasını takiben, RASSF1A ve SPARCL1 geni metilasyonu, real-time PCR yöntemi ile analiz edildi. Çalışmamızda RASSF1A metilasyon frekansı % 42,5, SPARCL1 metilasyon frekansı % 32,5 olarak tespit edilmiş olup, metilasyon durumu, akciğer adenokarsinomu tümör dokularında, kontrol dokularından anlamlı derecede yüksek bulundu (p=0,000), ancak klinopatolojik parametrelerle, metilasyon durumu arasında bir ilişki saptanmadı. Türk hastalara ait adenokarsinom tümör dokularında, RASSF1A ve SPARCL1 geni metilasyon durumlarını ilk defa birlikte değerlendiren çalışma sonuçlarımız, benzer çalışmaların sonuçlarıyla paralellik gösterdi

Abstract:
Cell functions; including cell cycle control, cellular differentiation, signaling, and apoptosis, can be controlled with transcriptional silencing via DNA methylation process. In normal cells, the promotor CpG islands in specific genes are usually in the unmethylated state, although the genome is globally methylated. In cancer, the promotor methylation in the tumor suppressor genes, is a prematurely emerging event besides global hypomethylation. Studies in the literature suggest an association between the status of methylation in the tumor suppressor genes and the prognosis of lung adenocarcinoma; proposing that these genes can be used as biomarkers to predict the prognosis. The aim of this study is to determine the methylation status of RASSF1A and SPARCL1 genes in lung adenocarcinoma, the most common type of non-small cell lung carcinomas. 40 tumor tissues and 40 normal tissues from 40 patients with lung adenocarcinoma, were included in the study. Following DNA isolation from the paraffin embedded tissue samples, bisulfite application was performed and then, the methylation in the RASSF1A and SPARCL1 genes were analyzed with the real-time PCR method. In our study, the frequency of methylation in RASSF1A and SPARCL1 were found to be 42,5% and 32,5%, respectively. The status of methylation was significantly higher in the lung adenocarcinoma tissues compared to the control tissues (p=0.000), however; there were no associations between the clinicopathological parameters and the status of methylation. Our study is the first one that evaluates the status of methylation in the RASSF1A and SPARCL1 genes together, at the same time in the adenocarcinomatous tumor tissues of Turkish patients. It is found that the results of the current study are parallel with the results of other similarly designed studies.