Non-sendromik (primer) otizm hastalarında CGH-array çalışması
CGH-array study in non-syndromic (primary) autism patients
Yazar: KUDRET ESEN GÜMÜŞLÜ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. NACİ ÇİNE ; DOÇ. DR. BÜLENT KARA
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: DNA = DNA ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genetik = Genetics ; Genom = Genome ; Otistik bozukluklar = Autistic disorder

Özet:
Otistik spektrum bozukluğu, önemli genetik etyolojisi olan nörogelişimsel bir bozukluktur. Otizmli hastaların %5-10 da sitogenetik anomaliler saptanmıştır. Kromozomal anomaliler, bir geni bozarak ya da genom dışında, mutasyon için uygun genetik koşulu sağlayarak otizme neden olabilirler. Otizm ile ilgili tek bir biyolojik veya klinik bulgu olmadığı gibi ortaya çıkmasında da tek bir gen sorumlu değildir; patogenezinde onbeşten fazla tanımlanmış gen rol oynamaktadır.Array CGH teknolojisi insanda genetik bozukluklara neden olan DNA kopya sayısı değişikliklerinin analizi için kullanılan bir yöntemdir. Bu teknolojiyle bir hastanın bünyesine bulunan tüm genomu birkaç saat içinde tek bir deney ile taramak mümkündür. Yaptığımız çalışmada primer otizmli hastaları yeni bir teknoloji olan array CGH yöntemi ile değerlendirdik. Bu sayede, söz konusu hastalığı moleküler sitogenetik düzeyinde var olan en duyarlı yaklaşımla taramayı amaçladık. Daha önce başka ekiplerce otistik hastalarda izlenmiş bir bölge olan (16p13.11,8p23.1) çalışmamızda da izlenmiştir. Ayrıca , gözlemlerimiz, oniki hastada 16p11.2, on hastada 1q21, sekiz hastada 2q21.1, yedi hastada 2p21, dört hastada 10q11.22 bölgelerinin delesyona uğradığını işaret etmektedir ve bu bulgular literatüre sunmak istediğimiz ilk verilerdendir. Tüm bu veriler ışığında, 16p13.11 bölgesi ve ilgili genlerinin bizim hasta grubumuzda da otizme yatkınlığı temsil ettiğini söyleyebiliriz. Çalışmamızda ayrıca izlenen 8p23.1 ve 16p11.2 bölgelerine ait genler de olası başka yatkınlık bölgeleri olarak işaret edilebilir. Çalışmamız otistik hastalarda yapılan ilk tam genom array CGH analizlerinden biridir ve daha geniş gruplara yayılması hastalığın oluş ve tedavi mekanizmlarında vereceği ipuçları açısından önemlidir.Verilerin verifikasyonu ve aynı bölgeye ait, gen anlatım ve proteomiks çalışmaları hastalığın patogenez mekanizması ve tedavi stratejileri açısından önemli ipuçları sağlayabilir.Anahtar kelimeler: nonsendromik (primer) otizm, CGH-array

Abstract:
Autism spectrum disorders are a group of neurodevelopmental disorders with a strong genetic etiology. Cytogenetic abnormalities have been detected in 5-10% of the patients with autism.Chromosomal abnormalities may cause autism by disrupting a gene or by providing a permissive genetic environment for mutations elsewhere in the genom. As there is no specific biological or clinical finding for autism, also there is no specific gene responsible for it. Over than 15 genes plays role in the etiology of the autism.Technology of array CGH is a method which analysis DNA copy number variations that cause genetic deformities in human. By this method its possible to scan whole genom in one experiment in a few hours. In our clinic we evaluate primary autism patients by using array CGH. In this way, we aimed to scan these diseases by the most sensitive molecular cytogenetic approach. Autistic patients previously monitored by other teams, some defined regions (16p13.11, 8p23.1) was also seen in our study. In addition, our observations pointed out in twelve patients 16p11.2 deletion,in ten patients 1q21 deletion, in eight patients 2q21.1 deletion, in seven patients 2p21 deletion, four patients 10q11.22 deletion regions, and these findings are the first data that we offer to the literature. In light of all this data, we can say that 16p13.11 region and related genes also represents a predisposition to autism in our group of patients. Our study is one of the first whole genome array CGH analysis study in patients with autism, and in wider group studies of the disease, it will give important tips about treatment and mechanisims of the disease. Analysis of gene expression in patients with the same data support to analyse molecular pathogenesis of the disease will lead to significant gains achieved.Verification of data belonging to the same region, gene expression and proteomics studies of mechanisms of disease pathogenesis and treatment strategies may provide important clues.Keywords: non-syndromic (primer) autism, array-CGH