Trail gen varyantlari ve gen anlatim düzeylerinin küçük hücreli dişi akciğer kanserli hastalarda i̇ncelenmesi
Investigation of trail gene variants and gene expression levels in the NON-small cell lung cancer patients
Yazar: ÖNCÜ KOÇ ERBAŞOĞLU
Danışman: PROF. DR. İLHAN YAYLIM
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Apoptozis = Apoptosis ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Kansere bağlı ölümlerin en önde gelen nedeni olan akciğer kanseri multifaktöriyel bir hastalıktır. Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) tüm akciğer kanserlerinin %80-85'ini oluşturmaktadır. Akciğer kanserini de içeren birçok kanser tipinin patogenezinde apoptozun düzenlenmesi ya da inhibe edilmesindeki bozukluklar rol oynamaktadır. Apoptoz mekanizmasında önemli bir molekül olan tümör nekroz faktör ile ilişkili apoptoz uyarıcı ligand (TRAIL) birçok tümör hücre tipinde apoptozu uyarır fakat normal hücreler TRAIL aracılı apoptoza duyarlı değildir. Bizim bu çalışmadaki amacımız, KHDAK'li hastalarda TRAIL moleküler yolağındaki gen polimorfizmlerinin ve TRAIL gen anlatım düzeylerinin araştırılması ve bu değerlerin aralarındaki olası bir ilişkinin hastalığın etyopatogenezi ve prognozu üzerine etkili olup olmadığına açıklık getirilmesidir. Çalışmada, TRAIL geninde 5. ekzonun 3'-kodlanmayan bölge (3'-UTR) C1595T pozisyonundaki tek nükleotid polimorfizmleri PZR-RFLP teknikleri kullanılarak belirlenmiştir. TRAIL gen anlatım düzeylerinin saptanması için, tümörlü doku ve tümörün çevre doku örneklerinden izole edilen RNA'lardan cDNA elde edilmiş ve gerçek zamanlı PZR tekniği uygulanmıştır. TRAIL genotipleriyle KHDAK yatkınlığı ve KHDAK'nin prognostik parametreleri arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır. Ancak, hastalarda TRAIL geni C1595T varyantının CT genotipi sıklığının diğer genotiplere göre düşük olduğu gözlemlenmiş ve fark istatistiksel anlamlılığa oldukça yakın bulunmuştur (p=0,07). KHDAK hastalarının TRAIL gen anlatım düzeylerinin tümör dokusu grubunda kontrol grubuna oranla anlamlı olarak 28,8 kat azaldığı belirlenmiştir (p=0,026). Hastalar tümör evresine göre karşılaştırıldığında, ileri tümör evresinde TRAIL gen anlatımının erken tümör evresine göre anlamlı olarak 7,86 kat daha yüksek olduğu belirlenmiştir (p=0,028). TRAIL gen anlatım düzeyleriyle TRAIL geni C1595T varyantının genotipleri arasında anlamlı bir farklılık saptanmamıştır.
Bu sonuçlar, TRAIL'in KHDAK gelişiminde önemli bir rol oynayabileceğini ve tümör gidişatında etkili potansiyel bir prognostik faktör olabileceğini öne sürmektedir.

Abstract:
Lung cancer is a multifactorial disease that is the leading cause of cancer-related deaths. Non-small cell lung cancer (NSCLC) accounts for 80-85% of all lung cancers. Disorders in regulation or inhibition of apoptosis have been played role in the pathogenesis of many of cancer types including lung cancer. The tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL), an important molecule in the apoptosis mechanism, induces apoptosis in many tumor cell types, but normal cells are not susceptible to TRAIL-mediated apoptosis. Our purpose in this study is to investigate the critical gene polymorphisms in TRAIL molecular pathway and TRAIL gene expression levels in non-small cell lung cancer patients and to clarify whether the effect on the pathogenesis and prognosis of disease of a possible relationship between these values. In the study, single nucleotide polymorphisms at position C1595T of the 3'-untranslated region (3'-UTR) of exon 5 in the TRAIL gene were determined using PCR-RFLP techniques. To determine TRAIL gene expression levels, cDNA from RNAs isolated from tumor tissue and tumor surrounding tissue samples was obtained and real time PCR technique was applied. No significant relationship was found between NSCLC predisposition and prognostic parameters of NSCLC with TRAIL genotypes. On the other hand, the frequency of TRAIL gene 1595 CT genotype was observed to be lower in the patients compared to the other genotypes, and the difference was found to be very close to statistical significance (p=0.07). TRAIL gene expression levels of NSCLC patients were detected significantly 28.8 fold decrease in the tumor tissue group compared to the control group (p=0.026). When patients were compared to tumor stage, expression of TRAIL gene in advanced tumor stage was found to be significantly 7.86 fold higher than early tumor stage (p=0.028). Furthermore, no significant difference was determined between TRAIL gene expression levels and genotypes of the TRAIL gene C1595T variant.
These results suggest that TRAIL may play an important role in the development of NSCLC and may be a potential prognostic factor in tumor progression.