Karbapenem dirençli enterobacteriaceae izolatlarında karbapenem direnç genlerinin Genexpert Carba Paneli ile değerlendirilmesi
Evaluation of carbapenem resistance genes in carbapenem-resistantenterobacteriaceae isolates with Genexpert Carba Panel
Yazar: CANAN DİZİLİ YELGİN
Danışman: PROF. DR. HALİL YAZGI ; DOÇ. DR. BARIŞ GÜLHAN
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Antibiyotiklere direnç tüm dünyanın önde gelen problemlerinden biridir. Direncin önlenmesi için atılacak  en önemli adım direncin  takip edilmesidir. Takibin kentsel, bölgesel, evrensel yapılması direnç yayılımının daha iyi anlaşılmasına olanak sağlayacaktır. Bu çalışma ile global bir sorun haline gelen antibiyotik direncine karşı verilen savaşta bölgesel veriler elde etmek hem literatüre katkı sağlamak hem de bölgemizde aktif olarak faaliyet gösteren sürveyans birimi, enfeksiyon kontrol komitesi birimi ve hekimlerimizin ampirik tedavi seçimlerine yol gösterici sonuçlara ulaşmak hedeflenmektedir.
Materyal Metot: Erzincan Mengücek Gazi Eğitim Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda izole edilen karbapenem dirençli 120 Enterobacteriaceae izolatı çalışmaya dahil edildi. Karbapenem direnci ve tür idendifikasyonu için MALDİ-TOF MS ve VİTEK 2 (bioMeriux, Fransa) otomatize sistemi ile yapıldı. Karbapenem direnç geni tespiti için moleküler yöntem tabanlı Genexpert Carba-R cihazında çalışıdı. Elde edilen sonuçlarla direnç genleri ve antimikrobiyal direnç durumları değerlendirildi. 
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 120 izolatın 44'ü (%36,7) dahili servislerde, 15'i (%12,5) polikliniklerde 51'i (%50,8) yoğun bakımlarda bulunan hastalardan gelen örneklerden izole edilmiştir. Enterobacteriaceae türlerinde karbapenemaz direnç̧ genlerinin dağılımında ise; izolatların 17'sinde (%14,2) tek başına KPC, üç (%2,5) OXA-48+ KPC, beş (%4,2) NDM, iki (%1,7) VIM, bir (%0,8) VIM+KPC, dört (%3,3) VIM+ OXA-48+ KPC, 78' (%65,0) OXA-48 olarak tespit edilmiştir.  
Sonuç: Bu çalışmada elde edilen epidemiyolojik sonuçların hastanemiz ve ülkemiz verilerine katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Karbapenem dirençli Enterobacteriaceae izolatlarında tespit edilen karbapenemaz genleri horizontal yayılımın önlenmesinde, gen profiline bakarak tedavi planlamada aynı zamanda hastane temelli politikaların oluşmasında yol gösterici olacaktır.

Anahtar Kelimeler: Enterobacteriaceae, Genexpert Carba-R cihazı, Karbapenem direnci, Karbapenemazlar

Abstract:
Aim: Resistance to antibiotics is one of the foremost global problems. The most crucial step in preventing resistance is monitoring. Conducting monitoring on urban, regional, and universal scales will provide a better understanding of the spread of resistance. With this study, the aim is to obtain regional data in the battle against antibiotic resistance, which has become a global issue. This effort not only contributes to the literature but also aims to guide the empirical treatment choices of our surveillance units, infection control committees, and physicians actively operating in our region.
Materials and Methods: The study included the isolation of 120 carbapenem-resistant Enterobacteriaceae strains. MALDI-TOF MS and VITEK 2 automated systems were employed for carbapenem resistance and species identification. The Genexpert Carba-R PCR-based system was used for carbapenem resistance gene detection. The obtained results were analyzed to evaluate resistance genes and antimicrobial resistance profiles.
Results: Among the 120 isolates included in the study, 44 (36.7%) were from internal services, 15 (12.5%) from clinics, and 51 (50.8%) from intensive care units. Regarding the distribution of carbapenemase resistance genes in Enterobacteriaceae isolates, 17 (14.2%) were identified with KPC, 3 (2.5%) with OXA-48 and KPC, 5 (4.2%) with NDM, 2 (1.7%) with VIM, 1 (0.8%) with VIM and KPC, and 4 (3.3%) with VIM, OXA-48, KPC. Moreover, 78 (65.0%) isolates were identified with OXA-48 alone.
Conclusion: The epidemiological findings from this study are anticipated to contribute to our hospital and country-specific data. Detection of carbapenemase genes in carbapenem-resistant Enterobacteriaceae isolates can guide treatment planning, prevent horizontal spread, and influence the development of hospital-based policies. This regional approach is essential in the ongoing global battle against antibiotic resistance.

Key Words: Enterobacteriaceae, GeneXpert Carba device, Carbapenem resistance, Carbapenemases