Tavuklarda Salmonella tanısında kültür ve Real-Time PCR'ın kullanımı
Use of culturel method and real-time PCR in diagnosis of Salmonella in poultry
Yazar: ABDULLAH TEOMAN ÜNLÜ
Danışman: PROF. DR. MÜJGAN İZGÜR
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Diziler = Sequences ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; Tavuk eti = Chicken meat ; Tavuklar = Chickens ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Bu çalışmanın amacı, Marmara ve Karadeniz bölgesindeki kesimhanelerden temin edilen tavuk karkaslarında Salmonella'ların varlığının araştırılması, Salmonella tanısında kültür, Real-Time PCR'ın kullanımı ve Salmonella suşlarının moleküler tiplendirilmesinde sekans analizinin uygulanabilirliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Ankara, Bolu ve Balıkesir'deki kesimhanelerden gelen, 721 tavuk karkas örneğinden, 100 adedinin (% 13,8) Salmonella içerdiği saptandı. 100 Salmonella suşu grup B ve grup D1 antiserumları ile serogruplandırıldı ve 15 adedinin B grubuna, 58 adedinin ise D1 grubuna ait olduğu tespit edilirken; 27 Salmonella suşunun B ve D1 grubunda olmadığı tespit edildi. İzolatlar öncelikle invA gen sekansı esas alınıp Real-Time PCR ile doğrulandı ve sonrasında 10 farklı antibiyotiğe karşı dirençlilikleri araştırıldı. Çalışma sonucunda izolatların tümü vankomisin, metisilin ve novobiosine dirençli bulunurken, bu antibiyotikleri sırasıyla % 85 ile tetrasiklin, % 50 ile gentamisin, % 28 ile amoksisilin+klavulanik asit % 23 ile ampisilin, % 21 ile mezlocillin, % 15 ile enrofloksasin, % 6 ile sülfametoksazol / trimetoprim izledi. Bu çalışmada, tavuk karkaslarından izole edilen Salmonella etkenlerinin doğrulanması amacıyla Real-Time PCR yönteminin kullanılabileceği görülmüştür. Ayrıca 24 saat gibi kısa bir sürede sonuç veren real-time PCR'ın rutin teşhis amacıyla da kullanılabileceği de değerlendirilmektedir. DNA dizi analizi yapılan B serogrubuna ait olan 10 Salmonella, D1 serogrubuna ait olan 10 Salmonella ve B ve D1 serogrubuna ait olmayan 10 Salmonella suşlarının tümünün tür düzeyinde Salmonella enterica subsp. enterica olduğu tespit edilirken, serotiplendirme yapılamadı.

Abstract:
In this study, the presence of Salmonella spp. in chicken carcasses which are supplied from abattoirs situated in Marmara and Black Sea regions, are investigated by real-time PCR and culture method. The usability of molecular typing of isolated Salmonella spp. by sequence analysis is also investigated. In conclusion, 100 (13.8%) Salmonella spp. were detected from 721 chicken carcasses provided from the abattoirs situated in Ankara, Bolu and Balıkesir. 100 Salmonella strains are serogrouped with Group B and Group D1 antisera and 15 Salmonella strains are detected as group B, 58 Salmonella strains are detected as group D1 and 27 Salmonella strains are detected as neither group B nor group D1. Isolates are formerly confirmed by real-time PCR with invA gene sequence and afterwards tested for 10 different antibiotics to detect their resistance. In conclusion of the study; among the isolates, the highest resistance developed against vancomycin, meticilin, novobiocin by 100%, followed by 85% for tetracycline, 50% for gentamicin, 28% for amoxicillin + clavulanic acid, 23% for ampicillin, 21% for mezlocillin, 15% for enrofloxacin, 6% for sulphamethoxazol/trimetoprim.In the study, it is determined that Salmonella isolated from chicken carcasses can be verified by real-time PCR method, which gives results in less than 24 hours, can also be used for routine diagnosis. 10 Salmonella group B strains, 10 Salmonella group D1 strains and 10 neither group B nor group D1 Salmonella strains are sequence analyzed. It is found that all of the strains are Salmonella enterica subsp. enterica. by sequence analysis but none of those isolates can be serotyped.