İdrar ve gaita örneklerinden izole edilen Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium suşlarının biyotiplendirilmesi ve bazı antibiyotiklere duyarlılıklarının araştırılması
Biotyping and antimicrobial susceptibilities of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolated from urine and stool samples
Yazar: GÜLŞAH TOLLU
Danışman: DOÇ. DR. İSMAİL HAKKI EKİN
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Bakteri izolasyonu = Bacterial isolation ; Dışkı = Feces ; Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; Enterococcus faecium = Enterococcus faecium ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Mikrobiyolojik teknikler = Microbiological techniques ; İdrar = Urine ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Bu araştırmada, Van Bölge Eğitim ve Araştırma Hastanesinin mikrobiyoloji laboratuvarına analiz için getirilen idrar ve gaita örneklerinde Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium suşlarının varlığı, yaygınlığı, biyotiplendirilmesi ve bazı antibiyotiklere duyarlılıklarının araştırılması amaçlandı. Çalışmada, hastaların izni ve onayı ile alınan rutin 177 idrar örneğinden 119 (%67.2) adet, 90 gaita örneğinden de 68 (%75.5) adet olmak üzere toplam 187 adet Enterococcus spp. izole edildi. İzolatların multipleks PCR tekniği ile tür spesifik primerler kullanılarak yapılan identifikasyonlarında idrar orijinli enterokok suşlarının 30 (%25.2)'u ve gaita orijinli izolatların da 10 (%14.7)'u E. faecalis olarak identifiye edilirken; idrar orijinli enterokokların 8 (%6.7)'i ve gaita orijinli izolatların 32 (%47)'si de E. faecium olarak belirlendi. Araştırmada, 13 biyokimyasal test baz alınarak yapılan biyotiplendirmede E. faecalis suşlarında tespit edilen profillerden suşların %72.5'i biyotip I, %12.5'i biyotip II ve %15'i de biyotip III olarak belirlenirken, E. faecium suşlarının %10'u biyotip I, %12.5'i biyotip II, %27.5'i biyotip III ve %50'si ise biyotip IV olarak tespit edildi. Yapılan antibiyogram testinde, incelenen E. faecalis suşlarının tamamı penisillin G ve imipeneme duyarlı bulunurken, suşların %95'i klindamisine, %77.5'i tetrasiklin ve trimethoprim / sulfametoksazole, %42.5'i eritromisine, %30'u gentamisine ve %17.5'i de siprofloksasine dirençli bulundu. İncelenen E. faecium suşlarının %37.5'i klindamisine, %32.5'i penisilin G'ye, %27.5'i eritromisin ve imipeneme, %20'si siprofloksasine, %17.5'i tetrasiklin ve trimethoprim / sulfametoksazole, %15'i gentamisine ve %5'i de vankomisine dirençli bulundu. Araştırmada PCR tekniği ile identifiye edilen E. faecalis ve E. faecium suşlarında yapılan biyotiplendirme sonucuna göre enterokok türlerinin biyokimyasal testler ile identifikasyonlarında olası farklı biyotiplerin dikkate alınması gerektiği, antibiyotik duyarlılık test sonuçlarının ise epidemiyolojik ve klinik yaklaşımlara önemli katkılar sağlayacağı kanaatine varıldı.

Abstract:
The aim of this study was to determine the prevalence, biotyping and in vitro antimicrobial susceptibility of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium strains isolated from a total of 267 routine urine and stool samples which were brought to the microbiology laboratory of Regional Training and Research Hospital of Van, with permission of the patients. In presented study, 119 (67.2%) Enterococcus spp. were isolated from 177 urine and 68 (75.5%) from 90 stool samples. The isolates were identified by multiplex PCR by using species-specific primers for E. faecalis and E. faecium. Out of 187 isolates, 30 (25.2%) and 10 (14.7%) were identified to be E. faecalis from urine and stool respectively, whereas 8 (6.7%) of stool and 32 (47%) of urine isolates were identified as E. faecium. Biotyping based on 13 biochemical tests showed that 72.5%, 12.5% and 15% of E. faecalis strains included biotype I, II and III respectively, whereas E. faecium strains could be divided as biotype I (10%), biotype II (12.5%), biotype III (27.5%) and biotype IV (50%). Additionally, all E. faecalis strains were found to be susceptible to penicillin G and imipenem. On the other hand, 95% of E. faecalis strains were found to be resistant to clindamycin, 77.5% to tetracycline and trimethoprim / sulfamethoxazole, 42.5% to erythromycin, 30% to gentamicin and 17.5% to ciprofloxacin. Out of E. faecium strains, 37.5% were found to be resistant to clindamycin, 32.5% to penicillin G, 27.5% to erythromycin and imipenem, 20% to ciprofloxacin, 17.5% to tetracycline and trimethoprim / sulfamethoxazole, 15% to gentamicin and 5% to vancomycin. In conclusion, identification of E. faecalis and E. faecium strains by PCR is reliable and faster than those of biochemical tests. It should also be taken in account that the possible different biotypes can be found within Enterococcus spp. by biochemical tests, which may be important for the epidemiological investigations. Additionally, the results of antimicrobial susceptibility test may provide important contributions to clinical approach.