Çeşitli klinik örneklerden elde edilen klebsiella pneumoniae'de karbapenemaz üretimi ve tiplendirilmesinde fenotipik ve genotipik yöntemlerin değerlendirilmesi
Evaluation of phenotypic and genotypic methods in carbapenemaseproduction and typing in klebsiella pneumoniae obtained from various clinical samples
Yazar: ŞURA BAŞDAĞ
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET BURAK AKSU
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae kaynaklı enfeksiyonlar dünyada ve ülkemizde halk sağlığını tehdit eden güncel sağlık sorunlarındandır. Enfeksiyon kontrolü ve halk sağlığı açısından etken bakteride karbapenemaz varlığını hızlı belirlemek önemlidir. Karbapenemaz tespitinde kullanılan hızlı tanı testlerinin seçiminde dikkat edilen öncelikli konu yöntemin duyarlılık ve özgüllüğüdür. Çalışmamızda, karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae'de karbapenemaz varlığını enzim-substrat ilişkisine dayalı reaksiyon temelli kolormatik hızlı tanı yöntemi kullanılarak ve PZR ile karşılaştırılarak yöntemin duyarlılığı ve özgüllüğünün araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Hastanemiz Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2018-2023 döneminde, çeşitli klinik örneklerden elde edilmiş rutin laboratuvar testleriyle karbapenem duyarlılığı belirlenmiş; 100 dirençli, 25 duyarlı K. pneumoniae izolatı çalışmamıza dahil edilmiştir. İzolatların tümünde enzim-substrat ilişkisine dayalı reaksiyon temelli yöntem ile karbapenemaz varlığı araştırılmıştır. Ayrıca izolatlarda 5 karbapenemaz geni (oxa-48, ndm, kpc, imp ve vim) PZR ile araştırılmıştır.
Bulgular: Karbapenem dirençli 100 izolatın 94'ü enzim-substrat ilişkisine dayalı reaksiyon temelli yöntem ile karbapenemaz pozitif sonuç saptanmıştır. PZR ile karbapenem dirençli izolatların 97'sinde karbapenemaz geni tespit edilmiştir. Karbapenemaz genlerinin dağılımı; 58 izolatta oxa-48, 16 izolatta ndm, 15 izolatta oxa-48+ ndm ve 8 izolatta kpc şeklinde bulunmuştur. Hızlı tanı yönteminin duyarlılığı %96,9, özgüllüğü %100 olarak hesaplanmıştır.
Sonuç: Karbapenemaz üretiminin hızlı tespiti için kullanılan testlerde maliyet, zaman ve uzman personel gereksinimi gibi birtakım sorunlar bulunmaktadır. Çalışmamızda test ettiğimiz yöntem uygun maliyetli, kolay uygulanabilir ve ortalama 1 saat sürede karbapenemaz varlığını yüksek duyarlılık ve özgüllükte tespit etmektedir. Kısa sürede doğru ve güvenilir sonuç veren bu yöntemin rutin laboratuvarlarda kullanımı değerlendirilmelidir.
Anahtar kelimeler: Klebsiella pneumoniae, karbapenem direnci, karbapenemaz, hızlı tanı testi

Abstract:
Objective: Infections caused by carbapenemase-producing Enterobacteriaceae are among the current health problems that threaten public health in the world and in our country. It is important to determine the presence of carbapenemase rapidly in causative pathogen in order to control infection and protect public health. The primary consideration in choosing rapid diagnostic tests used to detect carbapenemase is the sensitivity and specificity of the method. In our study, we aimed to investigate the sensitivity and specificity of the method by demonstrating the presence of carbapenemase in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae with the reaction-based colormatic rapid diagnostic method and PCR based on enzyme-substrate relationship.
Material and Methods:, Between 2018 and 2023, 100 resistant and 25 susceptible K. pneumoniae isolated from various clinical samples in microbiology laboratory of our hospital, which carbapenem susceptibility was determined by routine laboratory tests were included in our study. The presence of carbapenemase was investigated in all isolates with a reaction-based method based on enzyme-substrate reaction. Additionally, 5 carbapenemase genes (oxa-48, ndm, kpc, imp and vim) were investigated in the isolates by PCR.
Results: Ninety-four of 100 carbapenem-resistant isolates were found to be carbapenemase positive by the reaction-based method based on enzyme-substrate reaction. The carbapenemase gene was detected in 97 of the carbapenem-resistant isolates by PCR. Distribution of carbapenemase genes; oxa-48 was found in 58 isolates, ndm in 16 isolates, oxa-48+ ndm in 15 isolates and kpc in 8 isolates. The sensitivity and the specificity of the rapid diagnosis method was calculated as 96.9% and 100%, respectively.
Conclusion: There are some problems in the tests used for the rapid detection of carbapenemase production, such as cost, time and the need for expert personnel. The method we tested in our study is cost-effective, easily applicable, and detects the presence of carbapenemase with high sensitivity and specificity in an average of 1 hour. The use of this method, which provides accurate and reliable results in a short time, in routine laboratories should be evaluated.
Keywords: Klebsiella pneumoniae, carbapenem resistance, carbapenemase, rapid diagnostic test