Hayvansal gıdalarda lısteria türlerinin varlığının konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of the presence of listeria species from animal-originated food products by conventional and molecular methods
Yazar: AYLA GENCAN
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM ÇAKIR
Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Listeria = Listeria

Özet:
Listeria türlerinin taşınmasında gıda, enfeksiyon için birincil taşıma aracı olup; et ve et ürünleri, süt ve süt ürünleri, su ürünleri ile sebzeler potansiyel bir kaynaktır. Bu çalışmanın temel amacı hayvansal gıdalarda Listeria türlerinin, özellikle Listeria monocytogenes'in görülme sıklığının karşılaştırılması, L. monocytogenes'in aranmasında ön zenginleştirme ve selektif zenginleştirme sürelerinin kısaltılarak Gerçek Zamanlı PZR esaslı yeni, güvenilir ve hızlı bir yöntem geliştirilmesidir. Çalışmada ayrıca hayvansal gıdalardan izole edilen Listeria türlerinin fenotipik ve genotipik virulans özelliklerinin tespit edilmesi ve izole edilen suşların antibiyotik direnç özelliklerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Elde edilen veriler, çalışılan 200 gıda numunesinden 36'sının Listeria monocytogenes, 33'ünün Listeria welshimeri, 24'ünün Listeria innocua ve ikisinin Listeria seeligeri ile kontamine olduğunu göstermiştir. İzolasyonda kullanılan VIDAS UP LISTERIA ve ISO 11290-1 yöntemleri ile sırasıyla 35 adet ve 12 adet L. monocytogenes izole edilmiş, buna göre hayvansal gıdalarda VIDAS UP LISTERIA yönteminin ISO 11290-1 yöntemine göre daha seçici bir yöntem olduğu tespit edilmiştir. İzole edilen 36 L. monocytogenes suşunun serotiplendirme sonucunda; 20 adedi 1/2a, 3a; 11'i 1/2c, 3c ve beş adedi ise 4b, 4d, 4e serotipi olarak belirlenmiştir. Virulans genlerinin dağılımı türler arasında değişkenlik göstermektedir. Yapılan çalışmada, 16 L. monocytogenes izolatının CAMP testinin negatif olduğu, 31 L. monocytogenes izolatının PI-PLC aktivitesinin pozitif olduğu tespit edilirken, bütün L. monocytogenes suşlarının hemolitik aktiviteye sahip oldukları görülmüştür. İzole edilen Listeria türlerinin %98.94'ünün vankomisine, %88.4'ünün amoksisilin-klavulanik asite, %86.3'ünün gentamisine, %85.2'sinin amikasine, %84.2'sinin ampisiline ve %73.7'sinin penisilin G'ye duyarlı olduğu belirlenmiştir. Gerçek Zamanlı PZR ile gerçekleştirilen yapay kontaminasyon ve geri alma çalışmasında model gıda olarak kullanılan tavuk etinde başlangıçta inoküle edilen 30 kob/mL sayısındaki L. monocytogenes'in altı saatlik bir ön zenginleştirme süresi sonunda, 30 kob/mL düzeyinde tespit edilerek izolasyon süresinin kısaltılabileceği gösterilmiştir.

Abstract:
In the transport of Listeria species, food is the primary transport medium for infection; meat and meat products, milk and dairy products, aquatic products and vegetables are the potential sources. The main purpose of this study was to compare the incidence of Listeria species, especially L. monocytogenes, in animal-originated food products, and to develop a new, reliable and rapid method based on Real-Time PCR by shortening the pre-enrichment and selective enrichment times for the detection of Listeria monocytogenes. In the study, it was also aimed to determine the phenotypic and genotypic virulence characteristics of Listeria species isolated from animal-originated food products, and to determine the antibiotic resistance characteristics of the strains. The obtained data showed that 36 of the 200 food samples studied were contaminated with Listeria monocytogenes, 33 with Listeria welshimeri, 24 with Listeria innocua and two with Listeria seeligeri. With the VIDAS UP LISTERIA and ISO 11290-1 methods used in isolation, 35 and 12 L. monocytogenes were isolated, respectively, and it was determined that VIDAS UP LISTERIA method is more selective method in animal-originated food products than ISO 11290-1 method. As a result of serotyping of 36 isolated L. monocytogenes strains; 20 of them 1/2a, 3a; 11 of them were determined as 1/2c, 3c and five of them as 4b, 4d, 4e serotypes. The distribution of virulence genes varied between species. In our study, it was determined that 16 L. monocytogenes isolates were CAMP negative, 31 L. monocytogenes isolates had positive PI-PLC activity, while all L. monocytogenes strains had hemolysis activity. It was determined that the isolated Listeria species were sensitive to 98.94% vancomycin, 88.4% amoxicillin- clavulanic acid, 86.3% gentamicin, 85.2% amikacin, 84.2% ampicillin and 73.7% penicillin G. In the artificial contamination and retrieval study performed with Real-Time PCR, it has been shown that 30 cfu/mL of L. monocytogenes initially inoculated in chicken meat used as a model food, could be detected at the level of 30 cfu/mL after a six-hour pre-enrichment period, thus shortening the isolation period.