Escherichia coli fajlarının Mersin-Mezitli sahilinden izolasyonu ve mevsimsel değişimlerinin araştırılması
The isolation of escherichia coli phages from Mersin-Mezitli beach and the investigation of its seasonal changes
Yazar: ŞUAYIP ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. MUTLUNİSA ÜNALDI ÇORAL
Mersin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Denizel ortamlarda virüslerin rollerini anlayabilmek için mevsimsel dağılımlarının ve virüs-konak etkileşimlerinin bilinmesi önemlidir. Bu çalışmada, Mersin Mezitli sahilinden (Halk plajı) alınan deniz suyu örneklerinde Escherichia coli bakterisi ve fajlarının mevsimsel dağılımları belirlenmiştir. Deniz suyu örnekleri her ay düzenli olarak steril polipropilen şişelere alınmış, fiziksel ve kimyasal parametre ölçümleri yapıldıktan sonra bakteri ve faj izolasyonu için kullanılmıştır. Bakteri izolatlarının morfolojik kültürel ve biyokimyasal özellikleri tespit edilerek tanımlaması yapılmıştır. Temmuz-Eylül ayları arasında 28-30 C'lerde seyreden deniz suyu sıcaklığı toplam bakteri, koliform ve Esherichia coli sayısının artmasına neden olmaktadır. Lizogenite testinde yüksek sıcaklık ve Mitomycin-C 1 µgr/ml olacak şekilde kullanılmıştır. İzole edilen Esherichia coli suşlarının  % 44.7'sinin, diğer koliform bakterilerin ise %19.04 oranında temperent faj taşıdığı tespit edilmiştir. Lizogenik bakterilerde yapılan Mitomycin-C uygulamasında bakterilerin %72.5 oranında indüklendiği tespit edilmiştir. Elde edilen bakteriyofajlardan litik özellikte olanların 10 tanesi seçilerek, bu fajlara ilişkin pfu değerleri, plak morfolojileri,  patlama büyüklüğü ve büyüme eğrisi çalışmaları yapılmıştır. Patlama büyüklükleri 15-80 arasında değişmektedir. Virüslerin ve bakterilerin epifloreans mikroskopta incelenmesinde DAPI boyası kullanılmıştır. Deniz suyu bakteriler için 0.2 mm, fajlar için ise 0.02 mm por çapına sahip filtreler kullanılarak filtre edilmiş, filtre kağıtları DAPI ile boyanarak epifloresan mikroskopta incelenmiştir.

Abstract:
In order to understand the role of viruses in marine environments, it's so crucial to recognize their seasonal distributions and virus-host interactions. In this study, in the seawater samples taken from the coast of Mersin Mezitli (from the public beach), Escherichia coli bacteria and the seasonal distributions of its phages have been identified. Seawater samples were regularly collected into sterile polypropylene bottles every month and after their physical and chemical parameters had been measured, they were used for isolation of bacteria and phages. The morphological, cultural and biochemical properties of bacterial isolates were found out and their definitions were determined. The seawater temperature approximately at 28-30 oC during July and September leads the total count of bacteria, coliform and E. coli to increase. In the lizogenit test, high temperature and Mitomycin-C were used in proportion to 1 ugr/ml. % 44.7 per cent of isolated strains of Escherichia coli and other coliform bacteria at a rate of %19.04 were identified to convey temperent phage. In the experiment of Mitomycin-C conducted on lysogenic bacteria, it came out that bacteria were induced at a rate of % 72.5. Out of the resulted bacteriophage, 10 in the properties of lytic were selected and the studies concerning their pfu values, plaque morphology, burst size and growth curves were performed. Brust sizes ranged between 15-80.In the epifluorescence examination of viruses and bacteria, DAPI paint was used. Seawater were filtered by using filters with a per diameter of 0.2 mm for bacteria and of 0.02 for phages, and upon having been painted with DAPI, filter papers were examined in epifluorescence microscope.