Gıda kaynaklı Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium suşlarında virülans faktörlerin belirlenmesi
Determination of virülence factors in food originated Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium strains
Yazar: FATMA NESLİHAN YÜKSEL
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; Enterococcus faecium = Enterococcus faecium ; Konjugasyon = Conjugation ; Virülans = Virulence ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Enterokoklar insan ve hayvanların bağırsak florasında ve ayrıca gıdalarda bulunan Gram pozitif bakterilerdir. Gıdalarda probiyotik ve starter kültürler olarak kullanılmaktadır. Çalışmamızda, Türkiye' deki peynirlerden izole edilen 48 Enterococcus cinsi üyesinde virülans faktörler ve antibiyotik direnç determinantlarının sıklıkları araştırılmıştır. E. faecium ve E. faecalis suşlarında 11 antibiyotik için duyarlılık testleri, disk difüzyon ve mikrodilüsyon yöntemleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Suşlardaki direnç yüzdeleri; ampisilin için % 16.6, streptomisin için % 97.91, nalidiksik asit için % 100, kanamisin için % 100, gentamisin için % 14.58, kloramfenikol için % 22.91, tetrasiklin için % 25, rifampisin için % 79.16, vankomisin için % 79,16, eritromisin için % 97.91, siprofloksasin için % 62.5 olarak belirlenmiştir. Antibiyotik direncinden sorumlu genler belirlemek amacıyla polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi kullanılmıştır. tetM ve vanB genleri için tüm suşlar negatif bulunmuştur. PZR ürünleri dizi analizi ile doğrulanmıştır. PZR yöntemi ile enterokokların virülanslığı ile ilişkili agregasyon faktör (AS) geni, yüzey proteini esp, kollojen bağlayıcı adhezin ace, E. faecalis endokardit antijen efaA, jelatinaz gelE, fsr lokusu, sitolizin genleri (cylM, cylA, cylB) ve seks feromonları (cpd, cob, ccf) araştırılmıştır. Virülans determinantların E. faecalis suşlarında E. faecium suşlarına oranla daha fazla oldukları saptanmıştır. Antibiyotik direnç genlerinin konjugasyon yolu ile aktarımı araştırılmış ancak bu çalışmalarda konjugant elde edilememiştir.

Abstract:
Enterococci are Gram-positive bacteria which present in the gut of humans and animals and can also be food products. They are used as starter and probiotic cultures in foods. In this study, we investigated the incidence of virulence factors and antibiotic resistance determinants of 48 Enterococcus isolates originated from cheese in Turkey. Susceptibility testing for 11 antibiotics were analyzed with disc diffusion and microdilution methods in E. faecalis and E. faecium strains. Resistance levels of strains was determined as for ampicillin (% 16.6), streptomycin (% 97.91), nalidixic acid (% 100), kanamycin (% 100), gentamicin (% 14.58), chloramphenicol (% 22.91), tetracycline (% 25), rifampicin (% 79.16), vancomycin (% 79.16), erythromycin (% 97.91), ciprofloxacin (% 62.5). To identify genes responsible from antibiotic resistance, polymerase chain reaction (PCR) method was used. All strains were found negative in respect of tetL and vanB genes. Sizes of amplicons were verified by sequence analysis. The presence of the aggregation substance (AS) gene, the surface protein gene esp, the accessory colonisation factor ace, the E. faecalis endocarditis antigen efaA and the gelatinase gelE gene, fsr locus, cytolysin genes (cylM, cylA, cylB), sex pheromones (cpd, cob, ccf) which are involved in the virulence of enterococci, were also tested by PCR. Virulence determinants in E. faecalis strains determined greater numbers compared to E. faecium strains. Conjugation mechanisms was investigated for acquire antibiotic resistance genes but any transconjugant was determined.