Farklı konukçu bitkilerden izole edilen Agrobacterium tumefaciens izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu
Phenotypic and genotypic characterization of Agrobacterium tumefaciens isolated from different host plant
Yazar: EDA GEYLANİ YÜZBAŞIOĞLU
Danışman: PROF. DR. YEŞİM AYSAN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada, 2008-2011 yılları boyunca 4 farklı ilde 10 farklı konukçu bitkiden tipik ur belirtisi gösteren enfekteli bitki örnekleri toplanmıştır. Toplanan enfekteli bitki dokularından toplam 174 bakteri izolatı elde edilmiştir. Elde edilen izolatların patojenite testlemeleri havuç (Daucus carota L.) dilimi, kalonşe (Kalanchoe daigremontiana), domates (Solanum lycopersicum L.) ve ayçiçeği (Helianthus annus L.) fideleri üzerinde yapılmıştır. Patonite testleri sonucunda 414 re-izolat elde edilmiş olup, bu izolatlar arasından 138 re-izolat detaylı çalışmalarda kullanılmak üzere seçilmiştir. Seçilmiş olan tüm izolatlar klasik ve moleküler yöntemlerin sonuçlarına göre Agrobacterium tumefaciens olarak teşhis edilmiştir. Test edilen 138 izolat ve 6 referans izolatın tamamı kalonşe bitkisi ve havuç dilimi üzerinde tipik ur belirtilerine neden olurken, bu izolatlar arasından 67 izolat domates bitkisinde, 61 izolat ise ayçiçeği bitkisi üzerinde tipik ur belirtisi oluşturamamıştır. Yapılan morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testlere göre, test edilen izolatlardan 3 tanesi dışında, izolatlar arasında önemli farklılık gözlenmemiştir. Test edilen 138 izolat arasından 48 izolat detaylı çalışmalar için seçilmiş, genetik profilleri REP PCR, ERIC PCR, BOX PCR ve RFLP teknikleri kullanılarak analiz edilmiştir. Bildiğimiz kadarıyla, şeftali, erik, kiraz, armut, trabzon hurması, meşe ve kalonşe bitkilerinden bu etmenin ülkemizdeki varlığı ilk kez bu çalışmayla ortaya konmuştur. Elde edilen sonuçlar farklı konukçulardan elde edilen Agrobacterium. tumefaciens izolatlarının benzerlik ve farklılıklarını ortaya koymuştur. Sonuç olarak, 5 ana grupta, 8 farklı küme ve 26 özgün profile sahip 34 genotip belirlenmiştir. İzolatlar ile konukçu bitki ve coğrafik bölge arasında ilişki kurulamamıştır.

Abstract:
During 2008-2011 growing season, 148 infected plant samples, showing tumor (gall) symptom, were collected from ten different host plants in 4 different province of Turkey. Total of 174 bacterial isolates were obtained from infected samples. Pathogenicity tests were conducted on carrot (Daucus carota L.) slice, kalonche (Kalanchoe daigremontiana), tomato (Solanum lycopersicum L.) and sunflower (Helianthus annus L.) seedlings. From pathogenicity tests, 414 isolates were re-isolated and total of 138 bacterial re-isolates were selected and used in further studies. All these selected isolates were identified as Agrobacterium tumefaciens according to classical and molecular identification tests. Although all 138 isolates caused typical galls on kalonche and carrot slices, 67 isolates on tomato and 61 isolates on sunflower seedlings were failed to cause typical gall symptoms. Apart from three isolates, no major differences were observed among the bacterial isolates tested according to morphological, physiological and biochemical tests. Among 138 isolates, 48 bacterial isolates were selected and their genetic profiles were analyzed by using REP PCR, ERIC PCR, BOX PCR and RFLP techniques. As far as we know, peach, plum, cherry, pear, persimmon, oak and kalonchoe from the plants in our country, the presence of these factors has been demonstrated in this study for the first time. This study clearly showed the differences and similarities of the bacterial isolates of grobacterium tumefaciens obtained from different host plants. As a result, 34 genotypes in 5 main group and 8 different clusters, 26 unique profiles were determined. With isolates of different host plants and geographic areas can be concluded that the relationship between the genotyped.