BK ve jc virüslerinin klinik örneklerden tespitinde küçük T geni ve büyük t geni bazlı real-tıme pcr metotlarının karşılaştırmalı değerlendirilmesi
Comparative evaluation of small T gene and large T gene based real-time pcr methods for the detection of the BK and JC viruses in clinical samples
Yazar: UĞUR TÜZÜNER
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET ÖZDEMİR
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Meram Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Polyomavirüs = Polyomavirus

Özet:
Amaç: Çalışmamızın amacı, BK ve JC virüslerinin viral genomunda meydana gelen polimorfizmler de dikkate alınarak, viral genomdaki küçük t ve büyük T gen bölgelerini hedef alan real-time PCR metotları ile etkenlerin tespiti ve elde edilen sonuçların karşılaştırılıp değerlendirilmesidir.
Yöntem: Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Moleküler Mikrobioloji laboratuvarına, BKV ve JCV şüphesi ile gönderilen 18 yaş üstü 82 hastaya ait idrar örneği çalışmaya alındı. Küçük t geni varlığı ticari bir kit (LightMix, Roche, USA) ile real-time PCR yöntemi kullanılarak araştırıldı. Büyük T genine spesifik nükleik asit varlığı ise Dumoulin ve Hirsch (2011) tarafından tarif edilen primer ve probe kullanılarak, optimize edilen in-house real-time PCR yöntemi ile araştırıldı. PCR sonuçları arasında farklılık bulunan 19 örneğin VP1 bölgesinin sekans analizi, Sanger metodu kullanılarak yapıldı.
Bulgular: Küçük t gen bölgesine spesifik real-time PCR yöntemi ile 9 örnekte BKV pozitifliği, 61 örnekte JCV pozitifliği; büyük T gen bölgesine spesifik real-time PCR yöntemi ile 21 örnekte BKV pozitifliği, 67 örnekte JCV pozitifliği saptandı. İstatiksel olarak iki yöntem arasında; BKV için anlamlı farklılık bulundu, JCV için anlamlı farklılık bulunmadı. Dizi analizi standart yöntem olarak kabul edilerek, tasarladığımız primer ve problarla yaptığımız in-house yöntemin; BKV için duyarlılığı %100, özgüllüğü %81.3, pozitif prediktif değeri %33.3, negatif prediktif değeri %100, JCV için duyarlılığı %98.5, özgüllüğü %100, pozitif prediktif değeri %100, negatif prediktif değeri %93.3 olarak bulundu.
Sonuç: Çalışmamız sonunda elde edilen farklı sonuçlardan, hedef alınan farklı gen bölgesindeki polimorfizmlerin sorumlu olduğu düşünüldü. Yöntemimiz bu duyarlılık ve özgüllük oranlarıyla, rutin teşhiste kullanılmaya aday bir yöntemdir. 

Anahtar Kelimeler: BK Virüs, JC Virüs, Real-time PCR, Polimorfizm

Abstract:
Objective: The aim of our study is to compare and evaluate the results of real-time PCR methods targeting the small and large T gene regions of the viral genome, taking into account polymorphisms occurring in the viral genome of BK and JC viruses.
Method: Urinary specimen of 82 patients over 18 years old who were sent with suspicion of BKV and JCV to Molecular Microbiology laboratory of Necmettin Erbakan University, Meram Medical Faculty were taken into study. The small t gene was investigated using a commercial kit (LightMix, Roche, USA) and real-time PCR method. Large T gene-specific nucleic acid probes were investigated using the optimized in house real-time PCR method using primers and probes as described by Dumoulin and Hirsch (2011). Sequence analysis of the VP1 region was also performed using the Sanger method in 19 samples that has different PCR results.
Results: BKV positivity in 9 samples and JCV positivity in 61 samples by real-time PCR method specific to small t gene region; BKV positivity in 21 samples and JCV positivity in 67 samples were determined by real-time PCR method specific to the large T gene region. Statistically, there are two methods; There was a significant difference for BKV, no significant difference for JCV. Sequence analysis is accepted as the standard method and the in-house method we designed with primers and probes; Sensitivity for BKV was 100%, specificity was 81.3%, positive predictive value was 33.3%, negative predictive value was 100%, sensitivity for JCV was 98.5%, specificity was 100%, positive predictive value was 100% and negative predictive value was 93.3%.
Conclusion: It was thought that polymorphisms in the different gene regions targeted were responsible for the different outcomes obtained at the end of our study. With this sensitivity and specificity, our method is a candidate for routine diagnosis. 

Key Words: BK Virus, JC Virus, Real-time PCR, Polymorphism