Bazı yazlık ekmeklik buğday çeşitlerinde genetik farklılığın ssr markörleriyle belirlenmesi
Determination of genetic diversity of summer bread wheat varieties using ssr markers
Yazar: MERVE DİLEK GEBOLOĞLU
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MEHMET ALP FURAN
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Tahıllar içerisinde buğday, ilk çağlardan beri kültürü yapılan ve stratejik önemi yüksek olan besin kaynağıdır. Dünya nüfusunun yaklaşık %35'inin temel besin kaynağı olarak da buğday kullanılmaktadır. Dünya'da nüfusun artmasıyla birlikte birim alandan alınan verimi arttırma ihtiyacı doğmuştur. Buğdayda birim alandan alınan verimi arttırmak çeşitli ıslah yöntemleri ile mümkün olabilir. Gen kaynaklarının genetik benzerlik-farklılıklarının bilinmesi bitki ıslahı açısından oldukça önemlidir. Bitkilerin genetik yapılarının tanımlanmasında protein markörleri, morfolojik markörler ve DNA markörleri kullanılmaktadır. Son yıllarda buğdayda yapılan çalışmalarda moleküler markör yöntemleri sıklıkla tercih edilmektedir. Bu çalışmada, Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan 23 adet yerel ekmeklik buğday çeşidi arasındaki farklılığın moleküler analizler ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 103 SSR (mikrosatelit) primeri denenmiş bunlar arasından ayırt edilir bant veren 32 si seçilerek kullanılmıştır. 32 adet SSR primeri kullanılmıştır. 23 adet ekmeklik buğday çeşidinin DNA'ları izole edilmiş.ve Polimeraz Zincir.Reaksiyonu.(PZR).işlemiyle mikrosatelit belirleyicileri kullanılarak spesifik DNA bölgelerinin çoğaltılması sağlanmıştır. Reaksiyon sonucu elde edilen PZR ürünleri kapiler jel elektroforezinde görüntülenmiştir. DNA fragmentlerinin değerlendirilmesi, PCR ürünlerinden elde edilen bantların baz uzunluklarının belirlenmesi işlemi Qiaxcell Screengel yazılımı ile elde edilmiştir. Var olan bantların allel bölgelerine göre binomial veriler bantların baz uzunluklarından elde edilmiştir. Sonuçlara göre 179 allel, 5 polimorfik bant elde edilmiştir. NTSYS-pc istatistik paket programı aracılığıyla genotiplere ait dendrogram oluşturulmuştur. Elde.edilen dendograma göre çalışmada kullanılan ekmeklik buğday çeşitleri 2 ana gruba ayrılırken, bu ana gruplar da kendi aralarında alt gruplara ayrılmıştır. Matriks değerleri hesaplanarak çeşitler arasındaki farklılık değerlendirildiğinde, genetik olarak birbirine en yakın akraba çeşitler
GAP Uluslararası Tarımsal Araştırma ve Eğitim Merkezinden ıslah edilen Nurkent çeşidi ile Çukurova Tarımsal Araştırma Enstitüsünden ıslah edilen Yüreğir89 olarak belirlenmiştir. Sonuçlar, SSR primerlerinin ekmeklik buğdayda genetik farklılığın belirlenmesinde kullanılabileceğini göstermektedir.

Abstract:
Wheat in grain, is a food source with high strategic importance and it has been cultured since ancient times. Wheat is used for food source of approximately %35 in the world populations. With the increase of population in the world, it was necessary to increase the yield per unit area. Increasing yield per unit area of wheat, can be possible by various breeding methods. Knowing the genetic similarities - differences of plant genetic resources is very important for breeding. Morphological, protein and DNA markers have been used to characterize plant genomes. In recent years, molecular marker methods are often preferred in wheats. This study, aimed to determine the differences among 23 local bread wheat varities collected from the various part of Turkey by molecular analysis. For this purpose, 103 SSR primers (microsatellite) were tested and 32 primers have been selected. DNA of 23 bread wheats were isolated and specific DNA regions were amplified by PCR using each microsatellit markers. PCR products were illustrated in capillary gel electrophoresis. Evaluation of DNA fragments, an operation of determining the base length of the tape obtained from the PCR product obtained with the software Qiaxcell Screengel. Binomial data were obtained from the band according to the base length of alleles of existing tape. According to the results, 179 alleles and 5 polymorphic bands were obtained. Dendogram of genotypes were obtained via statistical NTSYS-pc software package. According to the dendogram, bread wheats were grouped into two main sections, and these main sections were separated into several sub-groups. Based on matrix values, the most similar genotypes of varieties were Nurkent, improved from GAP International Agricultural Research Institute, and Yüregir89, improved from Çukurova Agricultural Research Institute.
These results indicate that SSR markers could be used in genetic diversity of bread wheat.