Candida albicans'ın eşey tipi gen bölgesi karakterizasyonunun belirlenmesi
Investigation characterization of the sexual reproduction of candida albicans
Yazar: MÜGE ARIBAL ÇELİK
Danışman: DOÇ. DR. AYLİN DÖĞEN
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology
Dizin: Candida albicans = Candida albicans ; Cinsiyet analizi = Gender analysis ; Eşeyli üreme = Sexual reproduction ; Genler = Genes ; Virülans = Virulence

Özet:
Candida türleri, insanda cilt ve mukoza yüzeylerinde normal flora elemanı olarak bulunur. İnsanlarda, ağız ve gastrointestinal sistem florasının %30-50'sini, sağlıklı kadınların genital sistem florasının %20'sini Candida türleri oluşturur. Askomiset funguslarda çiftleşme, MAT lokus adı verilen bir eşey tipi gen bölgesi ile yönetilir. MAT lokus, zıt iki eşey tipinde birbirine benzemeyen hatta tamamen farklı olan ve bu nedenle alelden ziyade idiomorf olarak adlandırılan dizilimler içerir. Pezizomycotina alt şubesine dâhil olan funguslarda her bir MAT idiomorfu, bir alfa domain, bir de HMG domain transkripsiyon faktörünü kodlar. Alfa domain ve HMG domain transkripsiyon faktör genleri MAT lokusun olmazsa olmaz parçaları olsa da, her bir fungusun MAT lokus yapısı, yani, uzunluğu, gen içeriği ve genlerin transkripsiyon yönleri kendilerine özgüdür. Mayamantarlarının virülans ile eşey tipi gen bölgesinin (MATlokus) karakterizasyonunun ilişkilendirebilmesi için geniş bir popülasyonda moleküler temelli testler ile çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Bu çalışmada, laboratuvarlarımızın kültür kolleksiyonunda bulunan Candida albicans'ın eşey tipi gen bölgesinin (MAT lokus) karakterizasyonunun belirlenmesini amaçlanmıştır. Candida albicans genomunda yer alan MTLa ve MTLα primerlerinin 485 bp ve 515 bp' lik DNA bölgesi multiplex PZR tekniği ile kullanılarak belirlendi. 156 C. albicans suşunun 155(%99,36)'nin MTL a/α, 1(%0,64) suş MTLα/α olarak bulundu.
Ülkemizde MTL lokusu karakterize edilen ilk patojen C.albicans suşlarında olacaktır. Ayrıca diğer Askomisetlerin MAT lokus dizilimleriyle karşılaştırılarak, bu lokusun evrimiyle ilgili ipuçlarına ulaşılmaya çalışılacaktır. Bu çalışmalar, hem moleküler genetik çalışmalarının daha kolay ve çabuk yapılabilmesi, hem de bu patojen fungusun doğasını anlamamız bakımından önemlidir.

Abstract:
Candida species are found as normal flora elements on human skin and mucosal surfaces. In humans, 30-50% of the mouth and gastrointestinal tract flora and 20% of the genital system flora of healthy women are Candida species. The MAT locus involves two unlike, in fact, completely different sequences in the two mating types, and because of that, they are called idiomorphs rather than alleles. In fungi beloning to Pezizomycotina subphyllum, each MAT idiomorph encodes an alpha doman and an HMG domain transcription factor. Although the alpha domain and the HMG domain transcription factor genes are indispensable components, the structure of the MAT locus, that is, the length, the gene content and the transcriptional directions of the genes differ from fungus to fungus. In order for yeast fungi to relate virulence to the characterization of the sex-type gene locus (MAT locus), a large population of molecular-based tests and studies are needed. 
In this study, it was aimed to evaluate the characterization, of Candida albicans (MATlocus) in our culture collection of laboratories. 486 bp and 515 bp DNA region of MTLa and MTLα primers in Candida albicans genome were determined using multiplex PCR technique. 156 C.albicans isolates were found 155 (%99,36) MTLa/α  and 1(%0,64)MTLα/α.
This way, the first pathogenic fungus whose MAT locus has been characterized will be C. albicans in our country. Furthermore, the MAT locus of C.albicans will be compared with MAT loci of other Ascomycetous fungi to get clues on the evolution of this locus. This work is important both for making molecular genetic studies easier and faster, and for understanding the nature of this pathogenic fungus.