hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Kozan (Adana) kuzeyinde Emirgazi grubunda gözlenen sedimanter ve magmatik kayaçların kökeni
Origin of sedimentary and igneous rocks within the Emirgazi group in the north of Kozan (Adana)
Yazar: AYLİN BAŞUSTA
Danışman: PROF. DR. OSMAN PARLAK
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Jeoloji Mühendisliği = Geological Engineering
Dizin: Adana-Kozan = Adana-Kozan ; Kambriyen kayaçlar = Cambrian rocks ; Konya-Emirgazi = Konya-Emirgazi ; Magmatik kayaçlar = Igneous rocks ; Toros dağları = Taurus mountains

Özet:
Doğu Toroslarda, Kozan (Adana) bölgesinde yüzlekler sunan Geyikdağ Otoktonunun temelini oluşturan Emirgazi Grubuna ait Kozan Formasyonu Oruçlu Üyesi'ne ait kumtaşlarında ve bunları kesen magmatik kayaçlarda jeokimyasal ve  jeokronolojik çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Kumtaşlarında kırıntılı zirkon U-Pb tarihlendirmesi ile 524±12 My ile 595.5±7.6 My arasında değişen maksimum depolanma yaşları [Geç Neoproterozoyik (Ediyakaran) – Erken Kambriyen (Terrenöviyen)] elde edilmiştir. Gabroyik kayaçlardan ise 588±23 My ve 524.27±1.46 My kristallenme yaşları elde edilmiş olup, Geç Neoproterozoyik (Ediyakaran) - Erken Kambriyen (Terrenöviyen) dönemini işaret etmektedir. Elde edilen jeokronolojik ve jeokimyasal veriler; Geyikdağ Otoktonu ile temsil edilen Doğu Toroslar'daki Kadomiyen (Geç Neoproterozoyik - Erken Kambriyen) temelin (Emirgazi Grubu, Kozan Formasyonu), Gondwana'nın kuzey kenarına bitişik bir yay-gerisi havzada gelişen bir dizi sedimanter ve magmatik süreçlerle şekillendiği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Geochemical and geochronological studies were carried out on the sandstones and intruding magmatics from the Kozan Formation Oruçlu Member of the Emirgazi Group, which forms the basement of the Geyikdağ autochthon, outcropping in the Kozan (Adana) region in the Eastern Taurides. Maximum depositional ages for the sandstones ranging from 524±12 Ma to 595.5±7.6 Ma were obtained, indicating Late Neoproterozoic (Ediacaran) - Early Cambrian (Terrenovian) based on the detrital zircon U-Pb dating. The U-Pb dating of the gabbroic rocks yielded 588±23 Ma and 524.27±1.46 Ma crystallization ages, indicating the Late Neoproterozoic (Ediacaran) - Early Cambrian (Terrenovian) period. All the geochronological and geochemical data suggest that the Cadomian (Late Neoproterozoic - Early Cambrian) basement (Emirgazi Group, Kozan Formation) in the Eastern Taurides, represented by the Geyikdağ autochthon, was evolved by a series of sedimentary and magmatic processes that developed in a back-arc basin adjacent to the northern margin of Gondwana.
Atkı-çözgü elastan dokuma kumaşlarda çift katlı kumaş yapılarının fiziksel ve mekanik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of the physical and mechanical characteristics of double-layer fabric structures in weft-warm elastic woven fabrics
Yazar: NAİM ALICI
Danışman: DOÇ. DR. YILMAZ ERBİL
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Tekstil ve Tekstil Mühendisliği = Textile and Textile Engineering
Dizin: Dokuma kumaşlar = Woven fabrics ; Elastan = Elastane ; Fiziksel özellikler = Physical properties ; Mekansal özellikler = Space characteristics ; Çift katlı kumaşlar = Double cloths

Özet:
Çift katlı kumaşlar sağlamlık, fonksiyonellik ve her iki yüzde farklı desenlerle kullanılabilme avantajlarına sahiptirler. Bu gibi avantajları nedeniyle tüketiciler tarafından tercih edilmektedirler. Bu şekilde tercih ediliyor olsa da literatürde bu konuda yeterli araştırma bulunmamaktadır. Bu çalışmada çift katlı kumaş yapıları olarak; 3 farklı bağlantı tipi (Atkı bağlantılı, Çözgü bağlantılı, Atkı ek bağlantılı), 3 farklı doku tipi (Bezayağı, Dimi, Değişen yüzlü), 3 farklı atkı ipliği (Ne 28/2 PES/VIS/EL %63/34/3, Ne 30/1 PA/EL %97/3, Ne 40/2 PES/VIS/EL %64/34/2), bezayağı deseni için 4 farklı çözgü ipliği tipi, dimi ve değişen yüz desenleri için ise 2 farklı çözgü ipliği ile toplamda 72 farklı kumaş numunesi üretilmiştir. Bu şekilde elde edilen numune kumaşlarda incelenecek özellikler; kumaş gramajı, kopma ve yırtılma mukavemeti, kumaş elastikiyeti, kalıcı uzama olarak belirlenmiştir. Tez çalışması içerisinde incelenen değişkenlerin çift katlı dokuma yapıların fiziksel ve mekanik özelliklerine etkisi irdelenmiştir.

Anahtar Kelimeler: Çift katlı, Kumaş, Fiziksel ve Mekanik özellikler

Abstract:
Although double-layered fabrics are preferred by consumers due to their advantages such as durability, functionality and being able to be used with different patterns on both sides, there is not enough research on this subject in the literature. In this study, as double-layered fabric structures; 3 different connection types (Weft joint, Warp joint, Weft joint connection), 3 different texture types (Plain, Twill, Altered face), 3 different weft threads (Ne 28/2 PES/VIS/EL %63/34/3, Ne 30/1 PA/EL %97/3, Ne 40/2 PES/VIS/EL %64/34/2), 4 different warp thread types for plain pattern, 2 different warp threads for twill and changing face patterns, a total of 72 different fabric sample was produced. The properties of the fabrics to be examined; fabric weight, tensile and tear strength, fabric elasticity, permanent elongation. The effect of cxamined variables in the thesis study on the physical and mechanical properties of double-layered woven structures was examined.

Keywords: Double layer, Fabric, Physical and Mechanical properties
Computer simulation of rollover test of a category M3 vehicle superstructure using dynamic analysis software according to UNECE regulation no 66.02
UNECE R66.02 regülasyonuna göre dinamik analiz yazılımını kullanarak yapılan M3 kategori araç üst yapısının devrilme testinin bilgisayar simülasyonu
Yazar: DENİZ GÖYDENİZ
Danışman: DOÇ. DR. HASAN SERİN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Otomotiv Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Otomotiv Mühendisliği = Automotive Engineering
Dizin: Benzetim = Simulation ; Dinamik analiz = Dynamic analysis ; Ekonomik komisyonlar = Economical commissions ; Kazalar = Accidents ; Sonlu elemanlar analizi = Finite element analysis

Özet:
Devrilme en tehlikeli ve ölümcül araç kazalarındandır. Bu nedenle araç üreticileri, yolcu güvenliğini garanti altına almak için ürettikleri araçların üst yapısının sağlamlığından emin olmalıdır. Bu nedenlerden dolayı UNECE R66 yönetmeliği ilk olarak 1997 yılında yayınlanmıştır. 
Bu çalışmada, aracın üst yapısının direncini ve yolcu yaralanma risklerini değerlendirmek için M3 kategorisindeki bir otobüsün devrilme kazasında mukavemeti ve yapısal davranışı simüle edilmiştir. Söz konusu sanal devrilme simülasyonu analizi, UNECE (Birleşmiş Milletler Avrupa Ekonomik Komisyonu) 66.02 numaralı yönetmeliğinin güvenlik yönetmeliğine göre yapılmıştır.

Anahtar Kelimeler: Araç Devrilmesi, UNECE R66, Araç Üst Yapısının Dayanma Gücü, Sanal Araç Devrilme Analizi, Kategori M3 Araç Devrilmesi, Otobüs Devrilmesi, Sonlu Eleman Analizi

Abstract:
Rollover is one of the most dangerous and fatal vehicle accident. Therefore, vehicle manufacturers must be sure about the strength of the superstructure of vehicles they produce to guarantee passenger safety. Because of these reasons the regulation UNECE R66 was first released in 1997.
In this study, the strength and structural behavior of a M3 category bus in a rollover accident was simulated to appraise the vehicle superstructure resistance and passenger injury risks. Aforementioned virtual rollover simulation analysis was carried out according to safety regulation of UNECE (The United Nations Economic Commission for Europe) Regulation number 66.02.

Keywords: Vehicle Rollover, UNECE R66, Strength of Vehicle Superstructure, Virtual Rollover Analysis of Vehicle, Category M3 Vehicle Rollover, Bus Rollover, Finite Element Analysis
Domates rizosferindeki fungusların domatesteki solgunluk etmeni Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici'ye karşı antagonistik etkilerinin araştırılması
Investigation of the antagonistic effects of tomato rhizosphere fungi against Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici, causal agent of tomato wilt disease
Yazar: ESRA TUNABAŞ
Danışman: PROF. DR. ALİ ERKILIÇ
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Antagonizm = Antagonism ; Domates = Tomato ; Fusarium oxysporum = Fusarium oxysporum ; Rizosfer = Rhizosphere

Özet:
Domateste FOL'ün hastalık oluşturmasını engellemeye yönelik olarak yürütülen bu çalışmada, domates rizosferinden 29 fungus türü izole edilmiştir. En yüksek popülasyonu Aspergillus türleri oluştururken (%52.0) bunu Mortierella (%14.3) ve Penicillium (%6.1) türleriyle takip etmiştir. Aspergillus ve Penicillium türlerinin hepsi in vitro'da FOL'ün miseliyal gelişmesini değişen oranlarda engellemişlerdir. Bu fungusların hepsi PDA besi yerinde inhibisyon zonu oluştururken bazıları miseliyal gelişme bazıları da uçucu ve uçucu olmayan antibiyotikleriyle ön plana çıkmıştır. Trichoderma türleri çok düşük oranda elde edilmiş olmasına rağmen in vitro'da miseliyal gelişme hızı, uçucu ve uçucu olmayan antibiyotik üretimleriyle FOL'ü baskılama özelliği göstermişlerdir. FOL'ün domates bitkilerinde hastalık oluşturmasını A. flavus, P. griseofulvum ve T. aggressivum sırasıyla %26.3, 31.6 ve 21.1 oranlarında engellemişlerdir. Hastalık oluşumunu en iyi engelleyen fungus %78.9 etki oranıyla T. brevicompactum olmuştur.

Abstract:
In the research on biological control of tomato wilt disease caused Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici (FOL), totally 29 candidate fungal antagonists were isolated from tomato rhizospheres. The highest population consisted of Aspergillus species (52.0%) following Mortierella (14.3%) and Penicillium species respectively. All the Penicillum and Aspergillus species inhibited in vitro mycelial growth of FOL with different grades. While all these fungi produced inhibition zones on PDA medium, some of them preceded with their volatile, non-volatile or mycelial competition. Although Trichoderma species were isolated with low frequency, they exhibited suppressive effect on mycelial growing rate of FOL by both volatile and non-volatile antibiotic production in in vitro. Aspergillus flavus, Penicillium griseofulvum and Trichoderma aggressivum inoculation inhibited disease incidence on plants by 26.3%, 31.6% and 21.1% respectively. T. brevicompactum was the most effective fungus inhibiting disease incidence by 78.9% effect.
Tasavvufta Kurb ve Bu'd anlayışı
Kurb and Bu'd in the thought of sufi
Yazar: RABİA SİPAHİ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER SADIKER
Çukurova Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Din = Religion
Dizin: Kur'an-ı Kerim = Koran ; Kurban = Sacrifice ; Namaz = Prayer ; Oruç = Fasting ; Tasavvuf = Mystic ; Tasavvuf felsefesi = Philosophy of mysticism ; Uzaklık = Distance ; Yakınlık = Intimacy ; İbadet = Worship ; İslamiyet = Islam

Özet:
Bu çalışmamızda tasavvuf literatüründe diğer kavramlara göre daha az yer alan "kurb" ve "bu'd" kavramlarını ele almaya çalıştık.  Ayet ve hadisler ışığında her iki kavramı da analiz edip mutasavvıfların görüşleri doğrultusunda konuyu izah etmeye gayret ettik. Çalışmamızda Yüce Allah'a nasıl yakınlık (kurb) kazanılır? Yüce Allah'tan uzaklaşmanın (bu'd) alametleri nelerdir? Yakınlık ve uzaklığa sebep olan ve buna neden olan yollar nelerdir? gibi birçok sorunun cevabına yer verdik.
Kurb, Hakk'ın emir ve buyruklarını yerine getirerek, nafile ibadetlerle birlikte Yüce Allah'a yakınlaşmadır. Kurbun zıttı olan bu'd ise Cenabı Allah'ın emir ve yasaklarına karşı gelerek bunda ısrarcı bir tavır takınıp Allah'tan uzaklaşmadır.
Allah, kulunun kendine yakınlaşması için birçok imkân yaratmıştır. Kula düşen gerek namaz, oruç, kurban ve hac gibi farzlar, gerekse sabır, şükür, dua yahut zikir gibi nafilelerle Hak Teâlâ'ya yaklaşmaktır. Kalbinden masivayı sıyıramamış bir kişi, Yüce Allah'a olan yakınlık hakkını kaybetmiş demektir. Kalp, masivadan yalnızca tövbe, uzlet ve riyazet gibi nefsin hoşlanmadığı şeylerle uzaklaşmaktadır. Kul ömür sermayesini nefsine uzak Rabbine yakın olma gayreti içinde tüketmelidir. 

Anahtar Kelimeler: Tasavvuf, kurb, bu'd, oruç, namaz, kurban, hac

Abstract:
We studied the concepts of "kurb" and " bu'd" that are less common in sûfî literatüre. We analyzed  the both concepts in the light of verses and hadiths and tried to explain the subject in the line with Sufi's opinions our study contains that; How can we closed to Allah?, What are the sings of falling apart from Allah?, What are the ways of feeling close and distant to Allah ? and the reansons of this. We tried to answer these questions like that.
Kurb ise the way of closing Allah by following the anders of Allah and worshipping in vain Allah. Bu'd is the way of distanting from Allah by going againot the arders and prohibitions of Allah. 
Allah created lots of ways the people. These ways ensure close to Allah. The obligatory worships such or going to pilgrimage, sacrificing, fasting, praying and patience thanks prayer, dhikr the other vain worship are the waysof closing to Allah. The person   who loves only mortal life loses the right of being close to Allah. The heart of people can avoid the fobding of mortal life by fastig, apologizing, prayer. The servants of Allah should spend their lives by trying to be close to Allah and not to be close to  mortal life issues.  
 
Keywords: Sufism, kurb, bu'd, fasting, prayer, sacrifice, pilgrimage
Seçilmiş ayakkabı imalathanelerininiş sağlığı ve güvenliği açısından değerlendirilmesi
Evaluation of selected shoe workshops in terms of occupational health and safety
Yazar: İSMAİL SEYFİOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. FÜSUN DOBA KADEM
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / İş Sağlığı ve Güvenliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mühendislik Bilimleri = Engineering Sciences
Dizin: Ayakkabı endüstrisi = Shoe industry ; Ayakkabı sektörü = Shoe sector ; Ayakkabılar = Shoes ; Risk analizi = Risk analysis ; İş güvenliği = Work safety ; İş sağlığı = Occupational health

Özet:
Bu tez çalıĢması ile Adana ilinde faaliyet gösteren 3 orta ölçekli iĢletmede
saha çalıĢmaları yürütülmüĢ, ĠSG açısından değerlendirilmiĢtir. ÇalıĢmada
ayakkabı imalathanelerindeki çalıĢanlara anket çalıĢması yapılmıĢtır. Bu anket
çalıĢmasında iĢçilere demografik özellikleri ve iĢyeri öyküsünden oluĢan sorular ile
ĠSG uygulamaları hakkında sorular sorulmuĢtur. Elde edilen sonuçlar ile
imalathanelerin durumu değerlendirilmiĢtir. Bu bağlamda çalıĢanların iĢ sağlığı ve
güvenliği tedbirlerine farkındalıkları kazandırılmaya çalıĢılmıĢ, ayakkabıcılık
sektörü çalıĢanlarının profilleri saptanmıĢ, alınması gereken önlemler ve çözüm
önerilerinin uygulanmasındaki engellerin ortadan kaldırılması amaçlanmıĢtır.
ÇalıĢmanın bir diğer kısmında seçilmiĢ bir ayakkabı iĢletmesinde ĠSG riskleri tespit
edilmiĢ, Fine-Kinney metodu kullanılarak risk analizi gerçekleĢtirilmiĢ ve risk
sınıfları belirlenmiĢtir. Risk analizi sonuçları değerlendirilerek riskleri önemsiz
riskler haline getirmek için önerilerde bulunulmuĢtur.
Anahtar Kelimeler: Ayakkabı, iĢ sağlığı ve güvenliği, risk analizi, ĠSG

Abstract:
With this thesis, field studies were carried out in 3 medium-sized
enterprises operating in Adana. In the study, a survey was conducted with the
employees in the shoe factories. In this survey study, questions consisting of
demographic characteristics and workplace history and questions about OHS
practices were asked to the workers. With the results obtained, the situation of the
workshops was evaluated. In this context, it has been tried to raise awareness of the
employees on occupational health and safety measures, the profiles of the
employees of the shoemaking sector have been determined, and it has been aimed
to eliminate the obstacles in the implementation of the measures to be taken and the
solution proposals. In another part of the study, OHS risks were determined in a
selected shoe business, risk analysis was carried out using the Fine-Kinney method
and risk classes were determined. The results of the risk analysis were evaluated
and suggestions were made to turn the risks into insignificant risks.
Key Words: Shoe, Occupational Health and Safety, Risk Analysis, OHS
Mersin ilinde depolanmış buğday ve mısırlardaki zararlıların belirlenmesi
Determination of pests in stored wheats and corns in Mersin province, Turkey
Yazar: MUSTAFA SAMET YETKİN
Danışman: PROF. DR. EKREM ATAKAN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Buğday = Wheat ; Böcekler = Insects ; Depolar = Warehouses ; Mersin = Mersin ; Mısır = Maize ; Zarar = Damage ; Zararlı böcekler = Insect pests

Özet:
Bu çalışma Mersin ilinde Mayıs 2019-Şubat 2020 döneminde ticari silo ve adi depolarda bulunan buğday ve mısırda zararlı böcek türlerini belirlemek amacıyla yapılmıştır.
Depolanmış buğday ürününden 47 adet örnekleme yapılmış olup; Insecta sınıfından 3 takım ve 8 familyaya bağlı toplam 10 zararlı tür saptanmıştır. Böcek türlerinin Tribolium confusum Jaquelin du Val., Tribolium castaneum (Herb.), Sitophilus oryzae (L.), Sitophilus granarius (L.), Cryptolestes turcicus (Grouv.), Oryzaephilus surinamensis (L.), Rhyzopertha dominica (F.), Lasioderma serricorne (F.), Sitotroga cerealella (Oliver.), Liposcelis entomophila (Ender.) olduğu belirlenmiştir. 
Depolanmış mısır ürününden 28 adet örnekleme yapılmış olup; Insecta sınıfından 2 takım ve 6 familyaya bağlı toplam 7 zararlı tür saptanmıştır. Böcek türlerinin Tribolium castaneum (Herb.), Sitophilus oryzae (L.), Sitophilus granarius (L.), Cryptolestes turcicus (Grouv.), Oryzaephilus surinamensis (L.), Liposcelis entomophila (Ender.), Carpophilus sp. olduğu belirlenmiştir. 
Adi ve silo depolarda buğday ürününde böcek beslenmesi sonucu zarara uğramış danelerin en yüksek oranı, adi depolarda depolanmış mısır ürünündekine benzer olarak, %2 olmuştur.

Abstract:
This study was carried out to determine harmful insect species in wheat and corn in commercial silo and ordinary warehouses in Mersin province during the period of May 2019-February 2020.
47 samples of stored wheat products were sampled; A total of 10 harmful species belonging to 3 orders and 8 families from the Insecta class were identified. Insect species Tribolium confusum Jaquelin du Val., Tribolium castaneum (Herb.), Sitophilus oryzae (L.), Sitophilus granarius (L.), Cryptolestes turcicus (Grouv.), Oryzaephilus surinamensis (L.), Rhyzopertha dominica (F.), Lasioderma serricorne (F.), Sitotroga cerealella (Oliver.), Liposcelis entomophila (Ender.).
28 samples were taken from the stored corn product; A total of 7 harmful species belonging to 2 orders and 6 families from the Insecta class were determined. Insect species Tribolium castaneum (Herb.), Sitophilus oryzae (L.), Sitophilus granarius (L.), Cryptolestes turcicus (Grouv.), Oryzaephilus surinamensis (L.), Liposcelis entomophila (Ender.), Carpophilus sp. has been determined.
The highest rate of grains damaged as a result of insect feeding in wheat product in ordinary and silo warehouses was 2%, similar to corn product stored in ordinary warehouses.
Küçük alan radyterapi tedavilerinde implant malzemelerin doza etkisini nanoDot OSLD  kullanılarak belirlenmesi ve Monte Carlo yöntemiyle karşılaştırılması
Comparison of the dosage effect of implant materials in small field radytherapy treatments using nanoDot OSLDs and Monte Carlo method
Yazar: EMİNE BURÇİN İSPİR AYDINLIOĞLU
Danışman: PROF. DR. ZEHRA YEĞİNGİL
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering
Dizin: Algoritmalar = Algorithms ; Anizotropi = Anisotropy ; Monte Carlo Yöntemi = Monte Carlo Method ; Protezler ve implantlar = Prostheses and implants ; Radyometri = Radiometry ; Radyoterapi = Radiotherapy

Özet:
Bu çalışmada, nanoDot optiksel uyarmalı lüminesans dozimetresinin (OSLD) küçük radyasyon tedavi alanları için homojen ve heterojen ortamlardaki doz okuma doğruluğu analiz edilmiştir. Homojen ortam için, OSLD'nin derin doz eğrileri ile Monte Carlo (MC) hesaplamaları arasındaki fark küçük alan boyutları için %3 istatistiksel belirsizlik içinde bulundu. Heterojen ortam için, paslanmaz çelik (SS), titanyum alaşım (Ti5) ve alüminyum (Al) implant malzemeleri kullanılmıştır. Fantom-implant üst arayüzündeki OSLD sonuçları, MC ile karşılaştırıldığında beklenenden daha düşük doz ölçmüştür. İmplant-fantom alt arayüzünündeki OSLD sonuçlarımız MC ölçümleri ile uyum içerisindeydi. Küçük alanlarda OSLD'ler homojen ortamda radyoterapi dozimetrisi için kullanışlı bir dozimetre olmasına rağmen, heterojen ortamlardaki arayüz doz değerlerini ölçmek için uygun olmadığı sonucu bulunmuştur.

Abstract:
In this study, dose accuracy of optically stimulated luminescence dosimeters (nanoDot OSLDs) for small radiation treatment fields in homogeneous and heterogeneous environments were analyzed. For the homogeneous medium, the difference between the depth dose curves of OSLDs and the Monte Carlo (MC) calculations was found within 3% statistical uncertainty for small field sizes. For the heterogeneous environment, implant materials of stainless steel (SS), titanium alloy (Ti5) and alumina (Al) were used. OSLD results at the phantom-implant upper interface measured a lower-than-expected dose compared to MC. Our OSLD results at the implant-phantom lower interface were in agreement with the MC measurements. Although OSLDs are a useful dosimeter for radiotherapy dosimetry in homogeneous medium in small field sizes, it has been found that it is not suitable for measuring interface dose values in heterogeneous medium.
Python ile CRISPR/Cas nükleaz RNA kılavuzlu genom düzenleme kütüphanesi geliştirilmesi
Development of CRISPR/Cas nuclease RNA guided genome editing library with python
Yazar: SEZER İSLAMBEY
Danışman: PROF. DR. ZEYNEL CEBECİ
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Biyoinformatik = Bioinformatics ; Genom = Genome ; Hedef analizi = Target analysis ; Nükleaz = Nuclease

Özet:
Bu çalışmada Python programlama dili kullanılarak CRISPR/Cas sistemlerinde gRNA'ları tanımlamak için pycrisprcas9 adında bir açık kaynaklı Python kütüphanesi geliştirilmiştir. Geliştirilen yazılımda gRNA verimliliklerini hesaplamak için Doench ve ark (2014) tarafından oluşturulan kural seti 1, Hsu ve ark (2013) tarafından oluşturulan ceza matrisi kulanılmıştır. Geliştirilen kütüphanenin doğruluğu R paketlerinden CRISPRseek paketi (Zhu ve ark., 2014) kullanılarak test edilmiştir. Geliştirilen paket için kullanım rehberleri hazırlanarak GitHub üzerinde https://github.com/sezerislambey adresindeki pycrisprcas9 adlı depodan dağıtıma açılmıştır.

Abstract:
In this study, an open-source Python library named pycrisprcas9 was developed to identify gRNAs in CRISPR/Cas systems using the Python programming language. In the developed software, rule set 1 created by Doench et al (2014) and penalty matrix created by Hsu et al (2013) were used to calculate gRNA efficiencies. The datasets used to test the accuracy of the developed library were tested using the package in the CRISPRseek package (Zhu et al., 2014), one of the R packages previously developed in R. results were compared. The accuracy of the results has been confirmed in the analysis. The user guides for the library are available on the Github repository that can be accessed at https://github.com/sezerislambey