Türkiye'deki yerli tavuk ırkları ve ticari tavuk tipleri arasındaki, MHC gen bölgesindeki, genetik farklılıkların belirlenmesi
Determination of genetic diversity in MHC gene region between commercial chicken types and indigenous chicken breeds in turkey
Yazar: ÖMER FARUK LENGER
Danışman: YRD. DOÇ. DR. METİN ERDOĞAN
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Medikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Genetik nüfus = Genetics population ; Genler = Genes ; Major histokompatibilite kompleksi = Major histocompatibility complex ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Tavuklar = Chickens

Özet:
Bu çalışmada 30 Denizli, 30 Gerze, 10 Lohmann-LSL beyaz yumurtacı, 10 Brown nick kahverengi yumurtacı ve 10 broiler tavuğuna ait, TAP 1 gen bölgesi için 6. ekzondan 7.ekzona, TAP 2 gen bölgesi için 4. ekzondan 6. ekzona ve Tapasin gen bölgesi için ise 5. ekzondan 6. ekzona kadar olan bölge incelenmiştir. İncelenen tüm ırklarda TAP 1 431 bp, TAP 2 399 bp ve Tapasin' in 448 bp uzunluğunda olduğu belirlenmiştir. Ancak, Tapasin gen bölgesinin dizileme analizlerinde baz dizilimlerinde kesin sonuçlar elde edilememiştir. TAP 1 gen bölgesinde Denizli'de 15, Gerze'de 7, kahverengi yumurtacılarda 8, beyaz yumurtacılarda 8 ve broilerlerde 10; TAP 2 gen bölgesinde ise Denizli'de 16, Gerze'de 14, kahverengi yumurtacılarda 5, beyaz yumurtacılarda 9 ve broilerlerde 13 polimorfik bölge belirlenmiştir.İncelenen tüm gruplar arasında, popülasyon içi genetik uzaklık değeri en yüksek TAP 1 bölgesi için 0,0087, TAP 2 bölgesi için 0,0175, TAP 1 + TAP 2 bölgesi için 0,0123 ile Denizli ırkında bulunmuştur. Popülasyon içi en düşük genetik uzaklık değeri TAP 1 bölgesi için 0,0056 ile Gerze ırkında, TAP 2 ve TAP 1 + TAP 2 gen bölgeleri için sırasıyla 0,0048 ve 0,0063 ile kahverengi yumurtacılarda bulunmuştur. Bu sonuçlar, TAP 1 Gen bölgesi bakımından Gerze ırkının, TAP 2, TAP 1 + TAP 2 gen bölgeleri bakımından kahverengi yumurtacıların diğer ırklara oranla daha homojen yapıda olduğunu, dar bir bölgede yetiştirilmiş ve yakın akraba olabileceklerini, TAP 1, TAP 2, TAP 1 + TAP 2 gen bölgeleri bakımından Denizli ırkının ise diğerlerine oranla daha heterojen yapıda olduğunu ve popülasyon içerisindeki örneklerin yakın akraba olma olasılığının düşük olabileceğini düşündürmektedir.TAP 1 gen bölgesi bakımından popülasyonlar arası genetik uzaklık değerleri en düşük Gerze ve broiler arasında (0,0069 ± 0,0025), en yüksek ise Denizli ile broiler arasında (0,0137 ± 0,0039) tahmin edilmiştir. TAP 2 gen bölgesi bakımından popülasyonlar arası genetik uzaklık değerleri en düşük kahverengi yumurtacı ve broiler popülasyonları arasında (0,0132 ± 0,0039), en yüksek ise Denizli ile beyaz yumurtacı popülasyonları arasında (0,0248 ± 0,0062) tahmin edilmiştir. TAP 1 + TAP 2 gen bölgesi bakımından popülasyonlar arası genetik uzaklık değerleri en düşük Gerze ve broiler popülasyonları arasında (0,0108 ± 0,0023), en yüksek ise Denizli ile beyaz yumurtacı popülasyonları arasında (0,0175 ± 0,0033) tahmin edilmiştir.Neighbor-Joining ağaç yöntemi kullanılarak çizilen İnterior-Branch Test ve Bootstrap Test filogenik ağaçlara göre, iki büyük küme görülmektedir ve bu büyük kümelerden birini Gerze ırkı ve broilerler, diğer büyük kümeyi ise Denizli ırkı ve yumurtacı tavuklar oluşturmaktadır. Tajima Nötraliti Test sonuçlarına göre TAP 1, TAP 2, TAP 1 + TAP 2 gen bölgelerine ait değerler sırasıyla, ? değeri için 0,0097, 0,0183, 0,0136; ? değeri için 0,0065, 0,0106, 0,0084; D değeri için 1,3913, 2,1317, 1,9558 bulunmuştur.Gerze ve Denizli ırklarının genetik uzaklık değerleri ve filogenik ağaç sonuçları bu iki ırkın birbirinden farklı ırklar olabileceği ve farklı bölgelerden köken alma ihtimalini akla getirmektedir.Bu çalışma Denizli ve Gerze yerli tavuk ırklarındaki MHC bölgesindeki TAP 1, TAP 2 ve Tapasin gen bölgelerindeki polimorfizmleri belirlemek, yerli tavuk ırkları ve bu ırklar ile ticari tavuk tipleri arasındaki MHC gen bölgesindeki farklılıkları ortaya koymak amacıyla yapılmıştır. Ayrıca, yerli tavuk ırklarının MHC gen bölgesinde yapılacak diğer genetik çalışmalara alt yapı oluşturacaktır. Sonuçlar, tavuk TAP genleri ve bu genlerin polimorfizm seviyeleri hakkında yapısal bilgileri sağlamaktadır.Anahtar Kelimeler: MHC, Polimorfizm, TAP, Tapasin, Tavuk, Denizli ırkı, Gerze ırkı.

Abstract:
In this study, the region which belongs to 30 Denizli, 30 Gerze, 10 Lohmann?LSL white egg layer, 10 Brown nick layer and 10 Broiler chicken, was investigated for TAP 1 gene region from exon 6 till exon 7, for TAP 2 gene region from exon 4 till exon 6 and for Tapasin gene region from exon 5 till exon 6. In all strains that were examined, TAP 1, TAP 2 and Tapasin lengths were determined respectively 431 bp, 399 bp and 448 bp. However, In the sequence analyses of Tapasin gene region, in base sequences, the exact result could not be obtained. In TAP 1 gene region, polymorphic regions were identified as below numbers; In Denizli 15, Gerze 7, Brown egg layer 8, white egg layer 8 and broilers 10 and in TAP 2 gene region in Denizli 16, Gerze 14, Brown Egg Layer 5, White Egg Layer 9 and Broilers 13.In all groups that were investigated, in population the highest value of genetic distance was recorded in Denizli race, as stated respectively for TAP 1 region 0,0087, for TAP 2 region 0,0175, for TAP 1 + TAP 2 region 0,0123. Intra population the lowest value of genetic distance for TAP 1 region was in Gerze race as with 0,0056, and for TAP 2 and TAP 1 + TAP 2 regions was found in Brown egg layer respectively 0,0048 and 0,0063. These results shows that for TAP 1 gen region Gerze race, and for TAP 2, TAP 1 + TAP 2 gen regions, Brown egg layers have more homogeneous structure than other races and this suggest that they were brought up in a narrow region and they can be related closely, in TAP 1, TAP 2, TAP 1 + TAP 2 gen regions Denizli race have more heterogenic structure than other races and this suggest that near relation probability for these samples in intrapopulation is very low.In TAP 1 gene region, genetic distance values between populations were (0,0069 ± 0,0025) the lowest between Gerze and broiler, however the highest was (0,0137 ± 0,0039) estimated between Denizli and broiler. In TAP 2 gene rejion,the lowest values of genetic distance was estimated between Brown egg layer and broiler population (0,0132 ± 0,0039), the highest value of genetic distance was estimated between Denizli and White Egg Layer population (0,0248 ± 0,0062). In TAP 1 + TAP 2 gen region, the lowest values of genetic distance between populations estimated between Gerze and Broiler (0,0108 ± 0,0023 ), and the highest value estimated between Denizli and White Egg Layer populations (0,0175 ± 0,0033).According to the İnterior-Branch Test and Bootstrap Test phylogenetic trees that were crossed by using Neighbor- Joining tree method, two big cluster were visible, Gerze race and broilers are one of these big cluster, and the other big cluster is constituted with Denizli race and egg layer chickens. According to the Tajima Neutrality Test results, values which are belong to the TAP 1, TAP 2, TAP 1 + TAP 2 gen regions are found respectively, for ? value 0,0097, 0,0183, 0,0136; for ? value 0,0065, 0,0106, 0,0084; for D value 1,3913, 2,1317, 1,9558.The values of genetic distance for Gerze and Denizli races and their phylogenetic tree results suggest that these two races are probably different races and results connote the possibility of having their origins from different regions .The present study is aimed to identify polymorphism in TAP 1, TAP 2, Tapasin gene regions of MHC region in Denizli and Gerze indigenous chicken races, and also aimed to demonstrate the differences of MHC gene region between indigenous chicken races and commercial chicken species. Moreover, this study can be an initial guide for the future genetic studies and investigations that will be in Mhc gene region of indigenous chicken races. Results provide structural informations about chicken TAP genes and their polymorphism levelsKey Words: MHC, Polymorphism, TAP, Tapasin, Chicken, Denizli race, Gerze race .