Sudak (sander lucioperca ) ve kerevitte (pontastacus leptodactylus) viral nervöz nekrozis virusunun varlığının araştırılması
Investigation of the presence of viral nervous necrosis virus in pike perch (sander lucioperca) and crayfish (pontastacus leptodactylus)
Yazar: HAKAN EREN
Danışman: PROF. DR. SİBEL YAVRU
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Viral Nervöz Nekrozis (VNN) balık yetiştiriciliğinde, büyük ekonomik kayıplara neden olan önemli bir viral enfeksiyondur. Hem denizlerde hem de tatlı sularda yaşayan su canlılarında etkili olan Viral Nervöz Nekrozis virusu (VNNV) ile Türkiye'deki denizlerde birçok çalışma yapılmıştır. Ancak göl, gölet, akarsu gibi ülke iç sularında yaşayan canlılarda VNNV ile ilgili bir çalışma raporu henüz bildirilmemiştir. Bu çalışma; Türkiye'nin iç sularından olan, göçmen kuşların konaklama durakları arasında bulunan Eğirdir, Beyşehir ve Suğla göllerinde yaşayan, sudak (Sander lucioperca) ve kerevit (Pontastacus leptodactylus)'lerden alınan örneklerde, RNA-1 ve RNA-2 segmentine spesifik Real Real Time RT-PCR ile VNNV'nin genom varlığının araştırılması, genom pozitif örneklerden hücre kültürleri SSN-1 (Striped Snakehead) ve E-11 (SSN-1'den klonlanmış)'de virus izolasyonu ve izolatların kısmi sekans yöntemi ile identifikasyonu amacıyla yapıldı. 
2022 yılında Eğirdir, Beyşehir ve Suğla göllerinden su sıcaklığının 15-20°C, 20-25°C ve 25-30°C olduğu 3 farklı su sıcaklığı döneminde, her bir dönemi temsilen ayrı ayrı 30 adet kerevit ve 30 adet sudak örneklenerek, 270'şer adet sudak ve kerevit olmak üzere toplamda 540 adet örneğin Real time RT-PCR ile VNNV genom varlığı araştırıldı.
Sudak (beyin ve gözleri) ve kerevit (beyin, göz ve hepatopankreaslarından)'lerden örnekler alındı. Bu örnekler, VNNV genom varlığını ortaya koymak amacı ile Real Time RT-PCR ile test edildi. Real Time RT-PCR'da pozitif kontrol olarak, VNNV referans suş (475/198)'u kullanıldı. Real Time RT-PCR ile viral genom varlığı belirlenecek olan örnekler ve referans suş için, SSN-1 ve E-11 devamlı hücre kültürleri hazırlanarak, -80⁰C'da stoklandı. Çalışma sonunda toplanan örneklerin hiçbirinde VNNV genom varlığı tespit edilmedi. Sudak ve kerevit örneklerinden Real Time RT-PCR ile VNNV genom varlığı tespit edilemediği için SSN-1'e virus inokulasyonu yapılmadı. Ancak virusa karşı hassasiyeti yüksek olması nedeniyle E-11'e inokule edilen örnekler 3 kez pasajlandı. 3. pasajın sonunda süpernatatlar sıvılarından Real Time RT-PCR ile viral genom varlığı belirlenemedi.
Çalışma ile Türkiye iç sularındaki yaban hayatta yaşayan su canlılarında VNNV varlığı ilk kez araştırıldı ve örneklenen sudaklar ve kerevitlerde VNNV tespit edilmedi. Buna rağmen, göçmen kuşların göç yolları üzerinde yer alan bu göllerin VNNV yönünden düzenli olarak incelenmesinin önemi arz ettiği ifade edilebilir.

Abstract:
Viral Nervous Necrosis (VNN) is an important viral infection that causes great economic losses in fish farming. Viral Nervous Necrosis Virus (VNNV), which is effective in both marine and freshwater aquatic organisms, has been studied in the seas in Turkey. However, a study report on VNNV in inland waters such as lakes, ponds and rivers has not been reported yet. This study In the samples taken from the lakers (Sander lucioperca) and crayfish (Pontastacus leptodactylus) living in Eğirdir, Beyşehir and Suğla lakes, which are among the accommodation stops of migratory birds in Turkey's inland waters, Real Real Time RT-PCR specific for RNA-1 and RNA-2 segments was performed to investigate the presence of VNNV genome, virus isolation from genome positive samples in cell cultures SSN-1 (Striped Snakehead) and E-11 (cloned from SSN-1) and identification of isolates by partial sequence method. 
	In 2022, 30 crayfish and 30 lobsters were sampled separately from Eğirdir, Beyşehir and Suğla lakes in 3 different water temperature periods of 15-20°C, 20-25°C and 25-30°C, representing each period, and a total of 540 samples (270 lobsters and crayfish) were investigated for the presence of VNNV genome by Real time RT-PCR.
Samples were taken from lingcod (brain and eyes) and crayfish (brain, eyes and hepatopancreas). These samples were tested by Real Time RT-PCR for the presence of VNNV genome. VNNV reference strain (475/198) was used as a positive control in Real Time RT-PCR. SSN-1 and E-11 continuous cell cultures were prepared and stored at -80⁰C for the samples to be tested for viral genome presence by Real Time RT-PCR and the reference strain. At the end of the study, the presence of VNNV genome was not detected in any of the samples collected. Since the presence of VNNV genome could not be detected by Real Time RT-PCR in langoustine and crayfish samples, virus inoculation was not performed in SSN-1. However, the samples inoculated into E-11 were passaged 3 times due to its high sensitivity to the virus. At the end of the 3rd passage, the presence of viral genome could not be determined by Real Time RT-PCR from the supernatants.
In this study, the presence of VNNV was investigated for the first time in wild aquatic organisms living in inland waters of Turkey and VNNV was not detected in the sampled lakers and crayfish. Nevertheless, it can be stated that it is important to regularly examine these lakes, which are located on the migration routes of migratory birds, for VNNV.