Meme kanseri metastazında serbest DNA'ların rolü
The role of cell-free DNAs breast cancer metastasis
Yazar: AYLİN DAL
Danışman: DOÇ. DR. DİDEM TURGUT COŞAN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Meme kanseri kadınlar arasında en sık görülen kanser türüdür. Hayati önem taşıyan organlarda gelişen sekonder tümörler, meme kanserinden kaynaklı ölümün en önemli nedenini oluşturmaktadır. Bu yüzden, metastaz gelişiminin önlenmesinin ölüm oranını büyük ölçüde düşüreceği düşünülmektedir. Günümüzde meme kanseri tanısında ve takibinde birçok biyobelirteç kullanılmasına karşın, metastaz gelişiminin belirlenmesinde yeni biyobelirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu belirteç, invaziv olmayan yollardan kolaylıkla elde edilmeli, hastanın prognozu hakkında bilgi vermesinin yanında, tümör dokusuna spesifik mutasyonlar hakkında yorum yapılmasına olanak sağlamalıdır.
Serbest DNA'lar, plazma ve serumda bulunan tümör hücrelerine ait DNA fragmentleridir. Yapılan çalışmalar serbest DNA'ların kanser hastalarında prognostik ve diagnostik açıdan değere sahip olduğunu göstermektedir. Serbest DNA'ların, hassas hücreleri etkileyerek, metastaza neden olabileceği çeşitli hayvan modeli çalışmalarında gösterilmiştir. Gen transferi ile gerçekleştiği düşünülen bu olay, daha sonra "Horizontal Gen transferi" olarak adlandırılmış olup "Genometastaz Hipotezi" olarak terminolojiye geçirilmiştir. 
Yapılan bu çalışmada, ko-kültür sisteminde MDA-MB-231 meme kanser hücreleri ile sağlıklı osteoblast hFOB 1.19 hücrelerindeki APC, RASSF1 ve p53 genleri için horizontal gen transferi MSP/PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca DNaz I'in gen transfeksiyonu üzerine olan etkileri de incelenmiştir. Muhtemel gen transferi ile hücrelerin canlılık, proliferasyon ve adezyon özellikleri üzerine etkisi Tripan blue ve XTT yöntemleri esas alınarak belirlenmiştir.  
Çalışma sonucunda, metile APC1A, APC1B ve p53 ekson 8 horizontal gen transfeksiyonunun hFOB 1.19 hücrelerine gerçekleştiği belirlenmiştir. Bu transfeksiyon sonucunda, hFOB 1.19 hücrelerinin adeziv özelliklerinde değişim olduğu gözlenmiştir. DNaz I' in hücrelerde transfeksiyonu hızlandırdığı analiz edilmiştir.

Abstract:
Breast cancer is the most common and deadly cancer type in women. The main cause of death the secondary tumor developing to vital organ that appear at the end of the process of metastasis. Therefore, its believed that prevention of metastasis development also significantly reduce the mortality. Today, despite of multiple biomarkers for breast cancer diagnosis, there is a need to develop new biomarkers for metastasis detection for early period. The biomarker must be readily obtained from non-invasive ways and it should allow to comment on specific mutations in the tumor tissue and provide information about the patient's prognosis. 
Cell free DNA's are tumour cell derived DNA fragments which are present in plasma and serum. It has been shown in many studies that cell free DNA may have diagnostic and prognostic value for cancer patients. It has been shown in animal studies that tumour cell derived-cell free DNA may affect sensitive cell and can cause metastasis. This event is thought to occur by gene transfer that named as "Genometastasis Hypothesis"  and this gene transfer termed as " Horizontal Gene Transfer". 
In this study, we cultured with MDA-MB-231 breast cancer cell line and hFOB 1.19 osteoblast cell line in co-culture system and then investigated APC, RASSF1 and p53 gene horizontal gene transfer with MSP/PCR that investigated DNase I affect on gene transfection in the co-culture system. And the determined the cell proliferation, adhesion and viability values with Tripan blue and XTT.
As a result of the study, we identified methylated APC1A, APC1B and p53 exon 8 horizontal gene transfer MDA-MB-231 cells to hFOB 1.19 cells. Result of the transfection, we demonstrated that result of the horizontal gene transfection hFOB 1.19 cells gained malignant cell adhesive properties and the transfection was increased by DNase I.