Keratokonjonktivit ön tanılı hastalardan izole edilen adenovirüs suşlarının alt tiplendirilmesi
Subtyping of adenovirus strains isolated from patients pre-diagnosed with keratoconjunctivitis
Yazar: AYFER GÜNER
Danışman: PROF. DR. AYŞEGÜL KARAHASAN
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Adenovirüs enfeksiyonları = Adenoviridae infections ; Adenovirüsler = Adenoviridae ; Genotip = Genotype ; Keratokonjunktivit = Keratoconjunctivitis

Özet:
AMAÇ: Bu çalışmanın amacı klinik olarak keratokonjonktivit ön tanılı hastalardan alınan konjonktival sürüntü örneklerinde insan adenovirüsü (hAdV) varlığını araştırmak ve alt tiplerini belirlemektir. 
GEREÇ ve YÖNTEM: Ocak 2018 ve Kasım 2019 tarihleri arasında, AdenoPlus ™ (Rapid Pathogen Screening Inc., ABD) hızlı tanı kiti ile pozitif sonuç veren keratokonjonktivit ön tanılı 82 hasta çalışmaya dahil edildi. Nükleik asit ekstraksiyonu ve kantitasyonu, kantitatif gerçek zamanlı PCR yöntemi kullanılarak ELITe InGenius (ELITechGroup, İtalya) cihazı ile gerçekleştirildi. DNA dizi analizi ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA) cihazı ile yapıldı. Elde edilen hADV DNA dizileri BLAST analizi ile tiplendirildi ve genotipler NCBI'nin referans hADV dizileri kullanılarak tanımlandı. 
Oftalmoloji polikliniğinde uygulanan dezenfeksiyon etkinliğini değerlendirmek ve farkındalığı arttırmak amacıyla çevresel sürüntü örnekleri alarak adenovirüsün varlığı araştırıldı. 
BULGULAR: Keratokonjonktivit ön tanılı 82 hastada hADV pozitifliği doğrulandı. Hekzon geni pozitif 72 örnekte üç genotip tanımlandı: hAdV-8 (n: 69, %95.8), hAdV-4 (n: 2, % 2.8), hAdV-19 (n: 1, % 1.4). Viral yük ortanca değeri 7,1 log 10 kopya / mL (4,7-7,4) saptandı. Filogenetik ağaçta baskın genetik yakınlık gözlemlenmedi. Çevresel örneklerde dezenfeksiyon sonrasında dahi hADV pozitifliği saptandı. 
SONUÇLAR: Çalışmamız oküler enfeksiyonlarda adenovirüslerin genotiplendirilmesine yönelik ilimiz ve bölgemizde yapılan ilk çalışmadır ve bulgularımız ilgili ulusal moleküler epidemiyolojik verilere katkıda bulunacaktır.

Abstract:
AIM: The aim of this study was to investigate the presence and determine the subtypes of human adenovirus (hAdV) in conjunctival swab samples taken from patients clinically pre-diagnosed as keratoconjunctivitis.
MATERIALS/METHODS: Between January 2018 and November 2019, 82 patients with pre-diagnosed keratoconjunctivitis who had positive results with the AdenoPlus ™ (Rapid Pathogen Screening Inc., USA) rapid diagnostic kit were included in the study. The nucleic acid extraction and quantitation were performed by ELITe InGenius® (ELITechGroup, Italy) instrument using quantitative real-time PCR method. DNA sequence analysis was performed with ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA). The obtained hAdV DNA sequences were typed by BLAST analysis and the genotypes were identified by using the reference hAdV sequences of the NCBI.
In order to evaluate the disinfection effectiveness applied in the ophthalmology outpatient clinic and to raise awareness, we investigated the presence of adenovirus by taking environmental swab samples.
RESULTS: hADV positivity was confirmed in 82 patients with pre-diagnosis of keratoconjunctivitis. Three genotypes were identified from 72 hexon gene positive samples: hAdV-8 (n: 69, 95.8%), hAdV-4 (n: 2, 2.8%), hAdV-19 (n: 1, 1.4%). The median viral load was 7,1 log 10 copies/mL (4,7- 7,4). No predominant genetic relation  was observed from the phylogenetic tree. hADV positivity was detected  even after disinfection procedures in environmental samples.
CONCLUSIONS: Our study is the first study in our province and region for the genotyping of adenoviruses in ocular infections, and our findings will contribute to relevant national molecular epidemiological data.