Yenidoğan sepsisinin erken tanısında 16S rRNA geni ve eş zamanlı (Real-tıme) polimeraz zincir reaksiyonunun rolü
The role of 16S rRNA gene and real time polymerase chain reaction in early diagnosis of neonatal sepsis
Yazar: KENAN İSTANBULLU
Danışman: PROF. DR. FATMA NİLGÜN KÖKSAL
Uludağ Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2012
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Bebek-yenidoğmuş = Infant-newborn ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; RNA = RNA ; Sepsis = Sepsis

Özet:
Yenidoğan dönemindeki mortalite ve morbiditenin en önemli nedenlerinden birisi yenidoğan sepsisidir. Yenidoğan sepsisi tanısında altın standart kan kültürüdür ve kan kültürünün duyarlılığı düşüktür. Bu nedenle yenidoğan sepsisinin erken tanısının konulması ve tedavisine erken dönemde başlanılması çok önemlidir. Bakteriyel 16S rRNA geni ve PCR gibi moleküler tetkikler, yenidoğan sepsis erken tanısında kullanılacak muhtemel yeni tanısal araçlardır. Çalışmamızda yenidoğanda bakteriyel sepsisin erken tanısı için 16S rRNA geni ve eş zamanlı PCR yöntemi ile BACTEC 9240 sistemi arasındaki ilişki araştırıldı.Çalışmaya sepsis grubunda 59 erkek, 41 kız toplam 100 hasta; kontrol grubunda 25 erkek 25 kız olmak üzere toplam 50 hasta alındı. Olguların ortalama doğum ağırlığı sepsis grubunda 2063 ± 942 gram, kontrol grubunda ise 2776 ± 668 gram olarak saptandı. Olguların ortalama gestasyonel yaşları sepsis grubunda 34 ± 4.5 hafta, kontrol grubunda 37 ± 1.6 hafta olarak bulundu.Sepsis grubunda kan kültürü pozitif 7 hasta, negatif 93 hasta vardı. PCR sonucu pozitif 3 hasta vardı. PCR kiti, kan kültürü pozitif 7 mikroorganizmanın sadece ikisini tespit edebiliyordu. Hem kan kültürü pozitif hem de PCR sonucu pozitif sadece 1 hasta vardı. Kan kültürü kontrol alınarak hesaplanan PCR sensitivitesi % 50, spesifitesi % 97.8, pozitif prediktif değeri % 33.3, negatif prediktif değeri ise % 98.9 olarak hesaplandı.Sonuç olarak bu çalışmada sepsis açısından değerlendirilen bebeklerin örneklerinde eş zamanlı PCR incelemesinin performansı ile ilgili sınırlı bilgi sağlamaktadır. Eş zamanlı PCR incelemesinin klinik duyarlılığı ile pozitif belirleyici değerin uygun şekilde değerlendirilmesi için kullanılan eş zamanlı PCR kitinde tanımlanan bakterilerin tür ve sayısının arttırılması gerekmektedir ve daha fazla sayıda, iyi tanımlanmış bebek topluluğuna sahip prospektif çalışmalara ihtiyaç vardır.

Abstract:
Neonatal sepsis is one of the main causes of morbidity and mortality during neonatal period. Blood culture is gold standard for diagnosis and its sensitivity is low. As before the result of blood culture, clinical deterioration may occur, early diagnosis and treatment is crucial. Molecular techniques like Bacterial 16S rRNA gene and PCR are possible new diagnostic tools to be used for the diagnosis of neonatal sepsis. In our study the relationship between 16S rRNA gene, PCR and BACTEC9240 system for the diagnosis of neonatal sepsis was evaluated.In the study, sepsis group consisted of 100 patients (59 males and 41 females) and control group consisted of 50 patients (25 males and 25 females). Mean birth weight was 2063 ± 942 gram at the sepsis group and 2776 ± 668 at the control group. Mean gestational age was 34 ± 4.5 weeks at the sepsis group and 37.1 ± 1.6 at the control group.There were 7 positive and 93 negative in sepsis group. Three patients had positive PCR results. There was only 1 patient which had both positive blood culture and PCR amplification. Only 2 of the 7 microorganisms in blood culture results could be detected by PCR?s kit. Using blood culture as control, PCR sensitivity was 50%, specifity was 97.8%, positive predictive value was 33.3% and negative predictive value was 98.8%.As a result, this study shows limited evidence about performance of PCR study for evaluating neonates for sepsis. In order to evaluate the performance of synchronized PCR study in neonates with suspected neonatal sepsis, the number of identified bacteria in the PCR kit should be more and prospective studies with larger, well defined study groups should be made.