Yoğun bakımda yatan COVID olan ve olmayan hastalarda candida kolonizasyonunun karşılaştırılması
Comparison of Candida colonization in intensive care unit patients with and without COVID-19: First prospective cohort study from Turkey
Yazar: İLVANA ÇAKLOVİCA KÜÇÜKKAYA
Danışman: PROF. DR. ZAYRE ERTURAN
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Kandida = Candida ; Risk faktörleri = Risk factors ; Yoğun bakım = Intensive care ; Yoğun bakım üniteleri = Intensive care units

Özet:
Bu araştırma, COVID-19 olan ve olmayan yoğun bakım hastalarını; Candida türlerinin zamanla değişen kolonizasyon özellikleri açısından karşılaştıran ilk prospektif kohort çalışmasıdır. 
Çalışmada Candida kolonizasyonunu belirlemek ve karşılaştırmak için 62 COVID ve 60 COVID olmayan YBÜ hastasından 1464 örnek alındı. Tüm örnekler CHROMagar Candida ve CHROMagar Candida Plus besiyerlerine inoküle edildi ve izole edilen tüm suşlar MALDI-TOF MS kullanılarak tür düzeyinde tanımlandı. Hasta grupları; izole Candida türleri, bölgelere göre dağılımları ve risk faktörleri açısından istatistiksel olarak karşılaştırıldı.
COVID-19 pozitif hastalar, negatiflere göre oral, rektal ve üriner örneklerde anlamlı olarak daha yüksek kolonize bulundu (p<0,05). Üreyen toplamda 471 suş en sık C.albicans (%42,25) ve C. glabrata (%24,2) olarak tanımlandı. C. auris izole edilmedi. Albicans-dışı Candida suşları, COVID-19 pozitiflerde diğer hastalara göre oral (p<0,001) ve rektal bölgelerde anlamlı olarak daha sık bulundu (p<0,05). Mikst Candida türleri ile kolonizasyon da yine COVID-19 hastalarında ve orofaringeal bölgede anlamlı olarak yüksek saptandı (p<0,05). Risk faktörlerinden mekanik ventilasyon ve kortikosteroid kullanımı COVID'li hastalarda olmayanlara göre anlamlı olarak yüksek bulundu (p<0,05). Bu hastalarda yüksek kolonizasyon oranına rağmen kandidoz gelişim oranı düşük (%9,67) ve COVID olmayanlarla benzer (%6,67) bulundu. Bununla birlikte, COVID pozitiflerde kolonizasyon indeksinin ilk haftadaki artışı, COVID negatif kişilere göre anlamlı olarak daha yüksek bulundu (p<0,05). 
Sonuç olarak hastanemiz YBÜ'deki COVID-19 hastalarında yüksek kolonizasyon oranlarına rağmen kandidemi gelişiminin düşük olduğu belirlenmiştir. Bununla birlikte, profilaktik veya ampirik antifungal tedavi planlanırken intrensek dirençli olabilen albicans-dışı suşlar göz önünde tutulmalıdır. Yine bu hastalarda saptanan yüksek mikst kolonizasyon oranı rutin değerlendirme için kromojenik besiyerinin kullanılmasının önemini vurgulamaktadır.

Abstract:
This is the first prospective cohort study comparing the time-varying colonization features of Candida species in ICU patients with and without COVID-19. 
In this study,1464 samples were taken from 62 COVID and 60 non-COVID ICU patients in order to determine and compare Candida colonization. All specimens were inoculated on CHROMagar Candida and CHROMagar Candida Plus media and all strains identified to the species level using MALDI-TOF MS. Patient groups were compared statistically in terms of isolated Candida species, distribution according to regions and risk factors. 
Patients with COVID-19 compared to non-COVID-19 patients  were found more frequently colonized in oral, rectal  and urine samples (p<0.05). A total of 471 strains were identified most commonly as C.albicans (42.25%) and C. glabrata (24.2%). C. auris was not isolated. Non-albicans Candida strains was found significantly more frequent in patients with COVID-19 in oral (p<0.001) and rectal regions (p<0.05). Colonization with mixed Candida species was also found to be significantly higher in the oropharyngeal region in COVID-19 patients (p<0.05). Mechanical ventilation and using corticosteroid were found  higher in COVID-19 patients (p<0.05) as risk factors. Despite the high colonization rates, patients with and without COVID-19 had a low and similar rate of candidosis 9,67% and 6.67% respectively. The increase in the colonization index in COVID positives in the first week was found to be significantly higher than in COVID negative individuals (p<0.05).
As a result, it was determined that despite high colonization rates, the development of candidemia was low in COVID-19 patients in the ICU of our hospital. However, non-albicans strains that may be intrinsically resistant should be considered when planning prophylactic or empirical antifungal therapy. Also, the high mixed colonization rate detected in these patients emphasizes the importance of using chromogenic media for routine evaluation.