Kloroplast DNA analizi ile Phlomis L. (Lamiaceae) cinsine ait türler arasındaki doğal hibridizasyonun incelenmesi
Chloroplast DNA analysis of natural hybridisation between the species of the genus Phlomis L. (Lamiaceae)
Yazar: FADİME ÖZTOPRAK
Danışman: DOÇ. DR. ERTUĞRUL YÜZBAŞIOĞLU ; DOÇ. DR. MEHMET YAŞAR DADANDI
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışma 12 farklı Phlomis L. (Lamiaceae) melezinin moleküler yönden atalarına olan yakınlığı, genomlarındaki moleküler düzenlemelerin araştırılmasını kapsamaktadır. Araştırmada kullanılan 15 Phlomis türü arasındaki genetik ilişkiyi kloroplast DNA dizi analizi ile belirlemek ve türlerin kloroplast DNA'sının nükleotid dizilerine ait parmak izlerini çıkarmak amacıyla yapılmıştır. Çalışmada genomik DNA izolasyonu, kurumuş bitki yapraklarından Rogers ve Bendich'ten modifiye CTAB yöntemiyle, Yüzbaşıoğlu ve Dadandı'da belirtildiği şekilde yapılmıştır. İzole edilen genomik DNA'dan kloroplast DNA'sındaki trnT-trnL bölgesi A ve B primerleri kullanılarak çoğaltılıp dizi analizine gönderilmiştir. Dizi analizi sonucu elde edilen diziler CodonCode Aligner programında kesilip birleştirilmiş, MEGA6 programı içerisindeki MUSCLE ile hizalanmış ve filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. Splitstree4 programı ile de filogenetik network analizi yapılmıştır. Moleküler verileri karşılaştırmak amacıyla örneklerin morfolojik ölçümleri yapılmış, NTYS ve Splitstree4 programlarında değerlendirilmiştir.
Phlomis örneklerinde nükleotid yüzdeleri %36,84 (A), %35,17 (T/U), %13,28 (C) ve %14,71 (G) olarak belirlenmiştir. Nükleotidlerdeki transisyon/transversiyon dönüşüm hız oranı k1=1.581 (pürinler) ve k2=3.289 (pirimidinler) olarak gözlenmiştir. Nükleotidlerdeki toplam transisyon/transversiyon eğilimi ise R=0,958 olarak bulunmuştur
MEGA6 programında yapılan maximum likelihood, maximum parsimony, neighbour-joining ve UPGMA analizleri sonucunda Phlomis cinsi türleri dış gruptan ayrılmış ve üç altseksiyona kısmen uygun şekilde gruplanmıştır. Sonuçlar filogenetik network ve morfolojik veri sonuçları ile desteklenmiştir.

Abstract:
This study has been done to determine molecular proximity of 12 Phlomis hybrids to their ancestors, to analyze the molecular regulations at their genome and genetic relation between 15 Phlomis species by cpDNA sequence analysis and to find out the species' chloroplast DNA nucleotide sequences' fingerprints. In this study, genomic DNA has been extracted from dry leaves with a modified method of Rogers and Bendich as described in Yüzbaşıoğlu and Dadandı. TrnT-trnL region of chloroplast DNA was amplified using the primer couple A and B, then PCR products sent for bidirectional sequence analysis. The ends of the sequences of trnT-trnL region were cut and combined by CodonCode Aligner. The data was aligned by MUSCLE under the MEGA6 and phylogenetic trees were established. Splitstree4 was used for phylogenetic network analysis of the data. The phylogenetic trees obtained from the molecular data were compared with the phylogenetic trees obtained from the morphological data.
Percentage of nucleotide composition at Phlomis species was determined as 36,84% (A), 35,17% (T/U), 13,28% (C) and 14,71% (G). Transisyon/transversion conversion rate ratio was found as k1=1.581 (purine) and k2=3.289 (pyrimidine).
Maximum likelihood, maximum parsimony, neighbour-joining and UPGMA analyses were carried out by MEGA6, the Phlomis species were seperated from the outgroup and were partially divided into three subsection. The results obtained from the phylogenetic analysis were generally in agreement with the results of the morphological and phylogenetic network analyses.