Tümör nekroz faktörü reseptör 1'in (NTFR1) sinyal iletim mekanizmasının araştırılması
Investigation of the signal transduction mechanism of tumor necrosis factor receptor 1 (TNFR1)
Yazar: FATMA ZEHRA HAPİL
Danışman: PROF. DR. OSMAN NİDAİ ÖZEŞ
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: JAK 2 = JAK 2 ; Protein kinazlar = Protein kinases ; Reseptörler = Receptors ; Sinyal nakli = Signal transduction ; Tümör nekroz faktörleri = Tumor necrosis factors

Özet:
Amaç: TNF-α, birçok farklı etki gösteren bir sitokin olup, etkilerinin çoğunu TNFR1 sayesinde sağlamaktadır. TNF-α aracılı NF-κB aktivasyonu, kaspaz aktivasyonu ve nekroptoz indüksüyonu üzerinde pek çok çalışma yapılmış olduğu halde TNFR1 aracılı ERK, Akt ve Stat3 aktivasyonları henüz tam olarak aydınlatılmamıştır. TNFR1'in c-Src ve JAK2 gibi tirozin kinazlara bağlandığı bilinmekte fakat tirozin fosforilasyonu hakkında bir veri bulunmamaktadır. Tez çalışmamızda, TNFR1-JAK2 arasındaki ilişkinin TNFR1 tirozin fosforilasyonuna yol açıp açmadığını, eğer TNFR1 tirozin fosforilasyonuna uğruyorsa bunun TNF-α aracılı ERK, Akt, p38, JNK, Stat3 ve CREB aktivasyonlarını nasıl etkilediğini belirlemeyi amaçladık.
Yöntem: TNFR1'in JAK2 ve PKA tarafından fosforile edildiği in vitro kinaz reaksiyonu ile gösterildikten sonra, potansiyel JAK2 ve PKA fosforilasyon motifleri site directed mutagenesis ile A ve D aminoasitlerine dönüştürüldü. Bu mutantların ERK, p38, JNK, Akt, Stat3, CREB, IRS-1 aktivasyon fosforilasyonlarına etkileri western blot ile; Grb2, p85, Stat3 bağlanmasına olan etkileri co-immunopresipitasyonla; NF-κB aktivasyonuna etkileri NF-Luc lusiferaz reporter sistemi ile, apoptotik sürece etkisi kolorimetrik kaspaz aktivasyon ölçümü ile, hücre sağkalımına etkisi MTT ve TNFR1 salınımına etkisi ELISA ile belirlendi. 
Bulgular: TNFR1, JAK2 ve PKA tarafından fosforile edilmekte, PKA fosforilasyonu JAK2 aracılı tirozin fosforilasyonunu baskılamaktadır. TNFR1'in Y401'den tirozin fosforilasyonu TNFR1 sinyalzomunda Grb2, p85 ve Stat3 bağlantısını kuvvetlendirmekte; ERK ve Akt aktivasyon fosforilasyonlarını arttırmakta, Stat3'ün ise DNA bağlanmasını kuvvetlendirmektedir. TNFR1'in Y360 noktasından fosforilasyonu, CREB ve Stat3 fosforilasyonunu arttırmakta, Y360A mutantı ise JNK ve p38 aktivasyonuna yol açmaktadır. Y401D mutantı ile transfekte hücrelerde, kaspaz aktivasyonu, NF-κB indüksüyon kapasitesi ve hücre sağkalımı düşük bulunmuştur. IRS-1 tirozin fosforilasyonu, TNFR1'in tirozin fosforilasyonundan da, PKA tarafından fosforilasyonundan da negatif etkilenmektedir.   
Sonuç: TNFR1, PKA ve JAK2 tarafından fosforile edilmekte; PKA fosforilasyonu tirozin fosforilasyonunu baskılayıcı etki göstermektedir. TNFR1 fosforilasyonları, TNF-α aracılı ERK, Akt, Stat3, p38, JNK, CREB aktivasyonları ve IRS-1 tirozin fosforilasyonunu farklı şekillerde düzenlemektedir.

Abstract:
Objective: TNF-α, which is a pleiotropic cytokine, exerts most of its effects through its receptor TNFR1. Although there are numerous studies on TNF-α-mediated inductions of NF-κB pathway, apoptosis and necroptosis; the mechanisms of TNFR1-mediated ERK, Akt and Stat3 activation pathways have not clearly been described yet. TNFR1 is known to interact with tyrosine kinases c-Src and JAK2, however, whether TNFR1 is phosphorylated on tyrosine residues by one of these kinases was  not known. In this study, we aimed to reveal whether TNFR1-JAK2 interaction leads to tyrosine phosphorylation of TNFR1, and if so, to elucidate its effect on TNF-α mediated ERK, Akt, p38, JNK, Stat3 and CREB activations. 
Method: Following in vitro kinase reactions which revealed phosphorylation of TNFR1 by JAK2 and PKA; corresponding Y and T residues on putative phosphorylation motifs were substituted with phosphorylation-mimicking D and non-phosphorylatable A residues. The influence of these mutations on ERK, p38, JNK, Akt, Stat3, CREB and IRS-1 activation phosphorylations were explored by western blot and the impact on physical interactions between TNFR1 and Grb2, p85 and Stat3 were investigated by co-immunoprecipitation. NF-κB activation was measured by NF-Luc luciferase reporter system, influence on apoptosis was measured by colorimetric caspase-3 and caspase-8 activation assays, and impact on cell survival and TNFR1 shedding were determined by MTT and ELISA, respectively. 
Results: Our results indicate that TNFR1 is phosphorylated by JAK2 and PKA. However, PKA-mediated phosphorylation inhibits JAK2-mediated tyrosine phosphorylation. Y401 phosphorylation of TNFR1 strengthens Grb2, p85, and Stat3 binding; increases both ERK and Akt activation phosphorylations and DNA binding of Stat3. Y360 phosphorylation of TNFR1 increases CREB and Stat3 phosphorylations, while Y360A mutation leads to JNK and p38 activation. In cells transfected with Y401D mutants; caspase activation, NF-κB induction, and cell survival were found to be diminished. IRS-1 tyrosine phosphorylation was found to be negatively affected by both tyrosine and PKA phosphorylation of TNFR1. 
Conclusion: TNFR1 is phosphorylated by both JAK2 and PKA, and PKA phosphorylation attenuates TNFR1 tyrosine phosphorylation. TNFR1 phosphorylations differentially regulate TNF-α mediated ERK, Akt, Stat3, p38, JNK and CREB activations, as well as IRS-1 tyrosine phosphorylation.