Poli (adp-riboz) polimeraz-1 (parp-1) ve nükleer faktör-kappa b1 (NF-KB1) polimorfizmleri ile hashımoto tiroiditi arasındaki ilişkinin incelenmesi
The investigation of the relationship among poly (adp-ribose) polymerase-1 (parp-1) and nuclear factor kappa-b1 (NF-KB1) polymorphisms and hashimoto thyroiditis
Yazar: ARZUHAN KOÇ
Danışman: PROF. DR. GÖNÜL KANIGÜR
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Hashimoto hastalığı = Hashimoto disease ; Nükleer faktör-kappa B = Nuclear factor-kappa B ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi = Restriction fragment length polymorphisms ; Tiroid hastalıkları = Thyroid diseases ; İnterlökin 6 = Interleukin 6

Özet:
Hashimoto Tiroiditi (HT), hipotiroidiye sebep olan otoimmün ve inflamatuar bir hastalıktır. Son senelerde PARP-1 geni, NF-kB1 geni ve bu genin inhibitörü olarak görev alan NF-kBIA geninin polimorfizmleri (sırasıyla, Val762Ala, -94 ins/del ATTG ve 3'UTR A->G ) bazı otoimmün/inflamatuar hastalıklarda araştırılmış ve bu polimorfizmlerin hastalık riskine katkıda bulunabileceği ortaya konmuştur. Bu nedenle amacımız, inflamasyonun yüksek oranda görüldüğü HT hastalığının, bu polimorfizmler ve proinflamatuar sitokin İnterlökin-6 (IL-6) ile ilişkisini araştırmak olmuştur.
Çalışmamızda 120 Hashimoto Tiroditili hasta ve 190 sağlıklı kontrolden elde edilen DNA örnekleri söz konusu (PARP-1, NF-kB1, NF-kBIA) gen polimorfizmleri, Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (PZR-RFLP) metodu ile çalışıldı. Ayrıca İnterlökin-6 seviyeleri, hasta ve kontrollerden elde edilen serum örneklerinden ELISA yöntemi ile tespit edildi.
Yapılan polimorfizm istatistiği sonucunda; NF-kB1  -94 ins/del ATTG ve NF-kBIA 3!UTR A->G  polimorfizmleri açısından hasta ve kontrol gruplarında anlamlı bir farklılık bulunmadı. PARP-1 geni Val762Ala polimorfizminin Val/Val genotipinin Val/Ala genotipine göre 3,3 kat risk faktörü özelliği taşıdığı (p<0,001; OR:3,327 %95 CI: 1,98-5,58), allel sıklığı dağılımına bakıldığında ise Val allelinin Ala alleline göre 2,1 kat risk faktörü olduğu bulundu (p<0,001; OR: 2,175 %95 CI: 1,47-3,20).
Polimorfizmleri kendi aralarında kombine olarak değerlendirdiğimizde ise, Val762Ala ile -94 ins/del ATTG polimorfizlerinin kombine gen analizinde istatistiksel bir anlamlılık tespit edilmedi. NF-kB1 -94 ins/del ATTG ile NF-kBIA 3'UTR A->G polimorfizmlerinin kombine analiz sonuçlarına göre; ins/ins/AG genotipine sahip olan kişilerde ins/ins/AA genotipli kişilere göre anlamlı bir koruyuculuk tespit edildi (p=0,049; OR:0,325 %95 CI: 0,09-0,97). Bu koruyuculuğun G allelinden kaynaklandığını öngörmekteyiz. Bunun dışında, diğer genotiplerin kombine analizinde istatistiksel bir anlamlılık tespit edilmedi.
IL-6 sitokinin ortalama düzeylerini hasta ve kontrol gruplarında karşılaştırdığımızda ise, hastaların IL-6 seviyeleri kontrollere göre anlamlı bir şekilde yüksek bulundu (p=0,013). Ayrıca hasta grubunun IL-6 seviyelerini NF-kB1 -94 ins/del ATTG polimorfizmi genotip gruplarına göre karşılaştırdğımızda IL-6 seviyeleri, gruplar arası anlamlı farklılık gösterdi (p=0,0007). del/del genotipli hastaların IL-6 seviyeleri, del/ins genotiplilere kıyasla yüksek değerlerde gözlenirken (p<0,001) IL-6 seviyelerinin insersiyon ve delesyon allelleri ile ilişkisine bakıldığında ise anlamlı bir sonuç bulunamadı.
NF-kB1 -94 ins/del ATTG ile 3'UTR A->G polimorfizmlerinin kombine genotip gruplarının IL-6 seviyeleri arasında anlamlı bir farklılık vardır (p=0,007). del/del ve AG kombine genotipli hasta bireylerin ortalama IL-6 seviyeleri, del/ins ve AG kombine genotipine sahip bireylere göre yüksek bulundu (p=0,011). Ayrıca, del/ins ve AG+GG kombine genotipine sahip bireylerin, del/del ve AG+GG kombine genotipli bireylerle karşılaştırılmasında del/del genotipine sahip olan grupta IL-6 serum seviyelerinin yüksek olduğu tespit edildi (p=0,017).
Sonuç olarak, PARP-1 Val762Ala polimorfizmine ait Val allelinin hastalık açısından risk faktörü olduğu bulundu. NF-kB1'in promoter polimorfizmi -94 ins/del ATTG ile NF-kB1'in inhibitörü NF-kBIA genindeki 3'UTR A->G polimorfizmlerinin genotip sıklıklarının hastalık ile bir bağlantısı bulunamadı. NF-kB1'in aktive ettiği proinflamatuar sitokin IL-6 seviyeleri, hasta grubunda anlamlı bir şekilde yüksek seviyelerde tespit edildi. NF-kB1 ile NF-kBIA gen polimorfizmlerinin kombine analizinde ise, delesyon allelinin IL-6 miktarını arttırdığı gözlendi. Çalışmamız PARP-1, NF-kB1, NF-kBIA gen polimorfizmleri ve İnterlökin-6 sitokin düzeyleri ile Hashimoto Tiroiditi (HT) arasındaki ilişkiyi inceleyen ilk çalışmadır.

Abstract:
Hashimoto Thyroiditis (also called autoimmune or chronic lymphocytic thyroiditis) is the most common inflammatory thyroid disease. The relationship among the polymorphisms of the PARP-1, NF-kB1 and NF-kBIA genes, (Val762Ala (T2444C), -94 ins/del ATTG and 3'UTR A->G, respectively) and the autoimmune / inflammatory diseases has been investigated for many years. These polymorphisms may contribute the risk of inflammatory diseases. We aimed the searching of the relationship between polymorphisms and Hashimoto Thyroditis that shows high prevalence the cellular inflammation. Besides, we intended the studying of the association among the proinflammotry cytokine Interleukin-6 (IL-6) and the disease.
We isolated DNA from the peripheral blood of the patients and healthy people (188 patients and 227 controls). PARP-1 Val762Ala (T2444C), NF-kB1 -94 ins/del ATTG and NF-kBIA 3'UTR A->G polymorphisms were genotyped from DNA samples by PCR-RFLP methods. In addition to, Interleukin-6 serum levels were measured from the samples of patients and healthy controls serums by ELISA method.
In the polymorphisms part of the study, we did not find any statistically difference among the -94 ins/del ATTG and 3'UTR A->G polymorphisms and HT cases. Val762Ala polymorphism was significantly different between patients and controls (p=0.0001). Val/Val genotype and Val allele were higher in patient group compared with Val/Ala genotype and Ala allele (p<0,001 OR: 3.32 95% CI 1.98-5.58 and p<0.001 OR: 2.17 95% CI: 1.47-3.20, respectively).
When we analyzed the combined genotype of NF-kB1 -94 ins/del ATTG and NF-kBIA 3'UTR A->G polymorphisms, we saw that ins/ins / AG combined genotype were statistically higher than ins/ins / AA combined genotype in control group. G allele is a protective factor according to this combine genotype analyse (p=0.049; OR: 0.325 95% CI: 0.09-0.97). Otherwise, the other combined genotypes of the polymorphisms did not show any difference.
IL-6 levels were higher in the patient group than the control group in a meaningful way. The significance difference among the genotypes -94 ins / del ATTG polymorphism of NF-kB1 according to IL-6 levels was detected (p=0.0007). IL-6 levels in patients with del/del genotype were significantly higher than the patients with del/ins genotype (p<0.001)
The combined genotypes of -94 ins/del ATTG and 3'UTR A->G polymorphisms in HT group was significantly difference according to IL-6 serum levels. After the binary comparison test to determine which groups were statistically significant, IL-6 levels in patients with del/del / AG combined genotype were higher than the levels in patients with del/ins / AG combined genotype (p=0,011). Also, when we compared the groups with del/del / AG+GG combine genotypes and del/ins / AG+GG combine genotypes, IL-6 serum levels were also higher in the patient group with del/del genotype (p=0.017).
As a result, the Val allele in the PARP-1 Val762Ala polymorphism is found to be risk factor for the disease. NF-kB1 -94 ins / del ATTG promoter polymorphism and NF-kBIA 3'UTR A->G  polymorphism are not seem any significantly difference in HT. It has been concluded that the proinflammatory cytokine IL-6, that is activated by NF-kB, levels of the patient group are statistically found to be higher than the controls. Besides, there is significantly difference between increased IL-6 levels and del/del genotype of -94 ins/del ATTG polymorphism. The combined genotype analysis also shows that the deletion allele in NF-kB1 -94 ins / del ATTG polymorphism is found to be an increasing factor for IL-6 levels in patients. Our study is the first to examine the relationship among the polymorphisms of PARP-1, NF-kB1, NF-kBIA genes, and IL-6 cytokine levels in Hashimoto Thyroiditis in Turkish Population.