Kolorektal kanserle ilişkili olabilecek FADS1, BDNF ve NPY gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Investigation of FADS1, BDNF and NPY gene polymophisms that may be related to colorectal cancer
Yazar: ABDULLAH GÜMÜŞ
Danışman: PROF. DR. ŞAKİR ÜMİT ZEYBEK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Kolon hastalıkları = Colonic diseases ; Kolon neoplazmları = Colonic neoplasms ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Nöropeptidler = Neuropeptides ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Sinir büyüme faktörleri = Nerve growth factors ; Yağ asitleri = Fatty acids

Özet:
Kolorektal kanser, akciğer ve meme/prostat kanserlerinden sonra dünyada en yaygın görülen üçüncü kanser türüdür ayrıca kansere bağlı ölümlerde en çok görülenler arasında ikinci sıradadır.  Hastalık süreci boyunca hem fizyolojik hem de morfolojik zorluklara maruz kalmalarından dolayı kolorektal kanserli hastaların % 50'sinin metastazdan öldüğü tahmin edilmektedir. Literatürde en çok karaciğer metastazı yaptığı bilinse de moleküler mekanizmaları hakkında hala tam olarak bir bilgi bulunmamaktadır. Kolorektal kansere yatkınlık ve bunun genetik ile ilişkisi araştırıldığında birçok genin sorumlu olduğu ortaya çıkmıştır. 
Çalışmamızda oluşturulan iki gruptan 84 örnek bulunduran kolorektal kanserli hasta grubu ve 81 örnek bulunduran sağlıklı kontrol grubu numunelerinde FADS1, BDNF ve NPY genlerinin polimorfizm açısından ilişkisinin incelenmesi hedeflenmiştir.  Hasta ve kontrol gruplarındaki gen polimorfizmi, DNA izolasyonu ve PCR yöntemiyle yapılmış olup, sonuçlarımız SPSS ile değerlendirilmiştir. Araştırma sonucunda; BDNF geninin genotip dağılımı hasta grubunda %5,1 GG, %89,7 GA, %5,1 AA ve kontrol grubunda %3,9 GG, %93,5 GA, %2,6 AA bulunmuştur. Yapılan istatistik göre gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık görülememiştir. (p>0,05)  NPY geninin genotip dağılımı hasta grubunda %3,8 AA, %93,8 AG, %2,5 GG ve kontrol grubunda %7,8 AA, %84,4 AG, %7,8 GG olarak saptanmıştır. Yapılan istatistiki analiz sonucuna göre gruplar arasında istatistiksel olarak bir anlam görülmemektedir. (p>0,05)  FADS1 geninin genotip dağılımı ise hasta grubunda %7,8 TT, %90,6 GT, %1,6 GG ve kontrol grubunda %3,9 TT, %78,9 GT, %17,1 GG şeklinde belirlenmiştir. Hasta ve kontrol grubunun karşılaştırılması gerçekleştrildiğinde GG genotipi bakımından (p<0,003) anlamlı farklılık olduğu gözlenmiştir. 
Çalışmamızda incelenen FADS1, BDNF ve NPY genlerinin kolorektal kanser ile ilişkili literatürde polimorfizm çalışması bulunmadığından bu projenin verileri literatüre katkı sağlayan öncü veri olma özelliği göstermektedir. Çalışılan genlerden FADS1 geninin, varlığının koruyucu özellikte olabileceği ifade edilebilir. İstatistiksel olarak anlamlı olan bu genin ve ilgili genotipinin kolorektal kanser ile ilişkisi bulunmasına rağmen detaylı ve net sonuçlara ulaşabilmek için daha fazla sayıda örnekle detaylı çalışmaların yapılması önerilmektedir.

Abstract:
Colorectal cancer is the third most common type of cancer in the world after lung and breast/prostate cancers, and it is the second most common cancer-related death. It is estimated that 50% of patients with colorectal cancer die from metastasis because they are exposed to both physiological and morphological challenges throughout the disease process. Although it is known in the literature that it mostly causes liver metastases, there is still no complete information about its molecular mechanisms. When the susceptibility to colorectal cancer and its relationship with genetics were investigated, many genes were found to be responsible.

It was aimed to examine the relationship of FADS1, BDNF and NPY genes in terms of polymorphism in the colorectal cancer patient group with 84 samples and the healthy control group with 81 samples from the two groups formed in our study. Gene polymorphism, DNA isolation and Real-Time PCR method were performed in the patient and control groups, and our results were evaluated with SPSS. As a result of the research; the genotype distribution of the BDNF gene was 5.1% GG, 89.7% GA, 5.1% AA in the patient group and 3.9% GG, 93.5% GA, 2.6% AA in the control group. According to the statistical results, no statistically significant difference was found between the two groups. (p>0.05) The genotype distribution of the NPY gene was 3.8% AA, 93.8% AG, 2.5% GG in the patient group and 7.8% AA, 84.4% AG, 7.8% GG in the control group was detected. According to the results of the statistical analysis, there is no statistically significant difference between the two groups. (p>0.05) The genotype distribution of the FADS1 gene was 7.8% TT, 90.6% GT, 1.6% GG in the patient group and 3.9% TT, 78.9% GT, 17.1% in the control group. It is designated as GG. When the patient and control groups were compared, it was observed that there was a significant difference (p<0.003) in terms of GG genotype.

Since there is no polymorphism study of the FADS1, BDNF and NPY genes examined in our study related to colorectal cancer in the literature, the data of this project show the feature of being a pioneering data that contributes to the literature. It can be stated that the presence of the FADS1 gene, one of the studied genes, may be protective. Although this statistically significant gene and its related genotype are associated with colorectal cancer, it is recommended to conduct different studies with more samples in order to reach detailed and clear results.