Aydın ilinde çilekteki fungal kontaminasyonun moleküler tanısı ve Botrytis cinerea türünün genetik yapısı
Genetic structure of the population of Botrytis cinerea and molecular diagnosis of the fungal contamination in strawbery in Aydin province
Yazar: ZEYNEP ÜN
Danışman: DOÇ. DR. HACI HALİL BIYIK
Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Çilek hem sanayiye elverişli hem de taze olarak tüketilebilen çok lezzetli ve hoş kokulu bir meyve türüdür. Ayrıca bol miktarda A,B,C vitaminleri, kalsiyum, demir ve fosfor gibi mineral maddeler içerir. Son verilere göre ülkemiz 353,173 ton ile dünya çilek üretiminde üçüncü sırada yer almaktadır. Çilek bitkisi çok fazla fungal hastalığa maruz kalmaktadır. Bu fungal hastalıklar başlıca yaprak, meyve gibi kısımları hastalandıran toprak üstü hastalıklar ve kök ile kök boğazını hastalandıran toprak kaynaklı hastalıklar olarak sınıflandırılmaktadır. Aydın ilinde çilek bitkisinde fungal kontaminasyonun moleküler olarak tanımlanması ve Botrytis cinerea türünün populasyonlarının yapısını belirlenmesine yönelik bir çalışma mevcut değildir. Bu nedenle beş (Umurlu, Köşk, Sultanhisar, Atça ve Yenipazar)  lokaliteden toplanan hastalıklı bitkilerden 347 küf şuşu elde edilmiştir. Bu küf şuşlarından morfolojik olarak 11 farklı cins tanımlanmıştır. Moleküler tanımlama için 78 örneğin rDNA ITS gen bölgesi çoğaltılmış ve GENEBANK verileri ile kıyaslanması sonucunda da 11 cinse ait 20 farklı tür tanımlanmıştır. Botrytis cinerea türünün populasyonlarının yapısını belirlenmesi içinde dokuz mikrosatellit bölgesi çalışılmıştır. Çalışılan beş lokalite de yapılan analizler sonucunda genetik bir yapılanma olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak çilekte kontamine olan fungusların hem morfolojik hem de moleküler tanılanması bir birini desteklemiştir. Beş Botrytis cinerea populasyonun iki gruba ayrıldığı tespit edilmiştir.

Anahtar Sözcükler: Çilek, Moleküler Tanımlama, rDNA ITS, Botrytis cinerea, Mikrosatellit, Aydın

Abstract:
Strawberry is a kind of delicious and aromatic fruit which can be consumed as fresh and also is suitable for industry.  Besides, it contains A, B, C vitamins, calcium, iron and phosphorus in rich amounts. According to last data, our country is in the third place of strawberry production with 353.173 tons. However, strawberry is exposed to many fungal diseases. These fungal diseases are mainly classified as the diseases over the soil which is affective to parts like leaves and fruits and the diseases under the soil which makes the roots and the neck rots sick. In Aydın province, there isn't a study for molecular identification of fungal contamination in strawberry and for determination of population structure of Botrytis cinerea. For this reason,  347 strains are obtained from the sick plants which are collected from five different areas. From these strains, 11 morfologically different kinds are identified. For molecular identification, rDNA ITS gene part of 78 examples are multipled and as a result of the compare with GENEBANK data, 20 different kind that belong to 11 species are determined.  Nine microsatellite area are studied to determine the population structure of Botryris cineara species. As a result of analysis in five areas, it is determined that there is a genetical structure. As a consequence of this study, both molecular and morfological identification results of the contaminated fungus in strawberry supported each other. It is determined that five Botrytis cineara populations are separated to two groups.

Keywords: Strawberry, Molecular Identification, rDNA ITS, Botrytis cinerea, Microsatellite, Aydın