Türkiye Epilobium L. and Chamerion (Rafinesque) Rafinesque ex Holub (Onagraceae) taksonlarının nrDNA its dizilerine dayalı akrabalık ilişkileri
Relationships among Turkish Epilobium L. and Chamerion (Rafinesque) Rafinesque ex Holub (Onagraceae) taxa inferred from its profile
Yazar: SUZAN KUNDAKÇI
Danışman: DOÇ. DR. SERDAR MAKBUL
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Botanik = Botany
Dizin: Bitki sistematiği = Plant systematic ; DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; Moleküler analiz = Moleküler analysis ; RNA = RNA

Özet:
Bu çalışma ile ülkemizde yayılış gösteren 4 Chamerion (Rafinesque) Rafinesque ex Holub.ve 22 Epilobium L. taksonu nrDNA ITS bölgesi nükleotit dizileri incelenerek taksonomik açıdan değerlendirilmiştir. Çalışmada kullanılan bitki materyalleri 2014-2015 yılları arasında taksonların doğal yayılış alanlarından toplanmıştır. Toplanan taksonlara ait herbaryum örnekleri Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Biyoloji Bölümü Herbaryumunda (RUB) depolanmıştır. Polimeraz Zincir Reaksiyonları (PZR) uygulamaları ile çalışılan taksonların total genomik DNA'ları, herbaryum örneklerinden ya da silika jel içerisinde kurutulmuş olan sağlıklı, olgun ve taze yapraklardan elde edilmiştir. Stok materyallerden DNA'ların elde edilmesinde CTAB yöntemi modifiye edilerek kullanılmıştır. PZR ile elde edilen nrDNA ITS bölgesinin nükleotit dizin analizleri gerçekleştirilmiştir. MEGA versiyon 5.05 programı kullanılarak taksonlar arasındaki akrabalık ilişkilerini gösteren ağaç topolojileri elde edilmiştir. Bu çalışma ile ülkemizde yayılış gösterenChamerion ve Epilobium taksonları moleküler yönden ilk kez değerlendirilmiştir. Çalışılan Chamerion taksonlarının nrDNA ITS bölgelerinin nükleotit uzunluklarının 616 bç olduğu, % G-C içeriğinin 53,4-54,1 arasında değiştiği tespit edilmiştir. Epilobium taksonlarına ait nrDNA ITS bölgelerinin nükleotit uzunluklarının 616-620 bç olduğu, % G-C içeriklerinin 55,3-56,8 arasında değiştiği belirlenmiştir. ITS verilerine göre Chamerion ve Epilobiumcinslerine ait taksonların elde edilen filogenetik ağaçlarda farklı kollarda gruplandıklarını ve dış grup taksonlardan net olarak ayrıldığını ortaya koymaktadır. Yapılan analizler Chamerion ve Epilobium cinslerinin monofiletik olduğu görüşünü desteklemektedir.

Abstract:
In this study, nrDNA ITS regions of4 Chamerion (Rafinesque) Rafinesque ex Holub.and 22 Epilobium L. taxa which are widespread in our country were firstly investigated in detail and assessed in a taxonomic stand point according to nucleotide sequences. The plant materials used in the study were collected between 2014-2015 from natural habitats of the taxa. The plant materials were pressed and deposited as herbarium specimens in Recep Tayyip Erdoğan University Department of Biology Herbarium. The total genomic DNAs of the taxa which are used for Polymerase Chain Reactions (PCR) were obtained from herbarium samples or healthy, mature and fresh leaves that were dried in silica gel. CTAB method was modified and used in obtaining of genomic DNA from stored materials. Relationships of the examined Chamerion and Epilobium were determined using analyses with MEGA version 5.05 software. In this study, molecular features of Chamerion and Epilobium taxa which are spreading in our country were investigated in detail for the first time. It was determined that the nrDNA ITS region of the studied Chameriontaxa is 616 base pairs in length. Besides, the rate of % G-C was found to vary between 53,4-54,1. It was defined that the nrDNA ITS region of the studiedEpilobium taxa is 616-620 base pairs in length. In addition, the rate of % G-C wasfound to vary between 55,3-56,8. According to ITS data, it was revealed that members of the Chamerion and Epilobium are grouped into different branches inphylogenetic trees and these taxa are sharply different from the out-group. The analyses also support the views that Chamerion and Epilobiumis monophyletic.