Fenom-genom-çevre etkileşimi: Felsefi bir analiz
Phenome-genome-environment interaction: A philosophical analysis
Yazar: ÖZLEM YILMAZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYDIN MÜFTÜOĞLU
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Felsefe Ana Bilim Dalı / Felsefe Tarihi Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Felsefe = Philosophy
Dizin: Bilim felsefesi = Science philosophy ; Biyoloji = Biology ; Fenomenoloji = Phenomenology ; Genom = Genome ; Süreç felsefesi = Process philosophy

Özet:
Yakın zamana kadar dominant olan Newtoncu doğa anlayışı doğa bilimlerindeki gelişmelerle ciddi olarak eleştirilmeye başlanmıştır. Hiç kuşku yok ki bu eleştirel dönüşüm sürecinin başlangıcında Einstein ve Schrödinger fiziği vardır. Buna bağlı olarak biyolojide geçtiğimiz yüzyılın başından günümüze kadar gerçekleşen gelişmeler (evrimsel biyoloji, genetik, epigenetik, moleküler biyoloji, gelişim biyolojisi, ekoloji, fizyoloji konularıyla ilgili değişim ve gelişimler) biyolojinin temel kavramları olan fenom, genom ve çevre'deki değişimleri de içermektedir. Yeni bir doğa kavrayışını da beraberinde getiren bu süreçte biyoloji, bize canlıların çevreleriyle sınırları net olmayan ve kompleks etkileşimleri üzerinden kendilerini dinamik bir halde sürekli olarak organize eden sistemler olduğunu söylemektedir. Canlıların, değişimini gözlemleyebileceğimiz kadar hızlı olan özellikleri de uzun süreler boyunca stabil halde gözlemlediğimiz özellikleri de süreçlerden oluşmaktadır. Canlılara ait tüm özellikler (fenomlar ve genomlar) kompleks bir ağ oluşturan diğer akışlarla etkileşimleri içinde akmaktadır. Bu yüzden, bir fenotipik özelliği etraflıca açıklama iddiasıyla yola çıkılıp, buna rağmen araştırmanın ve sonucundaki açıklamanın tek yönlü (sadece tek bir tür parametreyi dikkate alarak ve bir parametreye özellikle yoğun vurgu yaparak) yapılması sorunludur. Çünkü fenom, ancak bütüncül bir yaklaşımla ve fenom oluşumunun kompleksite ve dinamizm özelliklerinin farkında olarak etraflıca açıklanabilir. Bir fenotipik özelliğin etraflıca açıklanması iddiasının olmadığı durumlarda (ki standart bir biyoloji araştırması çoğunlukla bu iddiada değildir), sadece bir parametre dikkate alınabilir ve bu durum son derece anlaşılırdır. Bilim insanları her durumda (fenotipik özelliği hem etraflıca inceleme hem de tek bir parametreyle etkileşimini inceleme durumlarında) fenom oluşumunun kompleksite ve dinamizm özelliklerinin farkında olmalıdırlar ve açıklamaları da araştırma süreçleri de bu farkındalığı içermelidir. Burada araştırmacının zihnini belirleyen soru şudur: doğa bütünsel, stabil ve mekanik nedenselliğin egemen olduğu bir varlıklar alanı mıdır yoksa parçaların birbirleriyle sürekli etkileşerek yeni uyumlar ve ilişkiler geliştirdiği karmaşık ve akışkan varlıklar topluluğu mudur? Bu soruya karmaşıklık, akışkanlık, karşılıklı etkileşim ve uyum üzerinden cevap verilirse üzerine odaklanılacak olan kavram ne varlık ne fenomen, fakat süreçtir. Nitekim süreç felsefesi, biyolojideki felsefi problemler ve kavramsal incelemeler için çok kullanışlıdır. Bu durumun iki temel nedeni: 1) biyolojinin konusu olan şeylerin temel olarak süreçler olması ve 2) bilim insanlarının araştırmaları sırasında süreçler üzerinden akıl yürütmeleri ve bu yolla kavramları kullanmaları, açıklamalara, bilgiye ulaşmalarıdır. Bu çalışma, bu iki temel unsuru göz önünde bulundurarak ortaya çıkan yeni biyolojinin beraberinde getirdiği ve yeni imkanlar sunan yeni bir doğa anlayışına odaklanmıştır. Bu yeni doğa anlayışı, mekanik ve statik olmaktan ziyade kendi içinde stabil ama bütünüyle dinamik doğa anlayışıdır.

Abstract:
The Newtonian understanding of nature, which was dominant until recently, has begun to be seriously criticized in response to developments in natural sciences. No doubt, this critical thinking has begun with Einstein and Schrödinger's theories of physics. Correspondingly, the developments occurring in the field of biology since the beginning of the twentieth century (the changes and developments in evolutionary biology, genetics, epigenetics, molecular biology, developmental biology, ecology and physiology), include changes in the main concepts of biology: phenome, genome and environment. Today, in the process of these developments, which have brought a new perception of nature, biology tells us that living entities are systems that constantly and dynamically organise themselves through their complex interaction with the environment and, moreover, that the boundaries between organisms and their environment are in fact not very clear. All the properties of the living things are processes, whether they be fast ones whose changes we can observe or slow ones that remain stable for long periods of time. All the traits of the organisms that we observe (phenomes and genomes) are flowing in a complex net of interactions with the other processes. Phenotype explanations, that are based on and emphasise single parameter effects, despite claiming to fully explain the subject phenotypic trait occurrence, are problematic. The problem arises because, the explanation of phenome is not possible without an awareness of complexity and dynamicity in the phenome occurrence. When there is no claim of fully explaining subject phenotypic trait (most of the standard biology research is like this), it is very understandable to research on just single parameter effects and to give explanations resulting from that research. Nevertheless, both in researching on all the possible causes of the phenotypic trait and in researching on only one possible cause of the phenotypic trait, the scientists should be aware about the complexity and dynamicity of phenome occurrence and their research and explanations should embody this awareness. Here, the question that determines the mind of the researcher is whether nature is an area of entities where a whole stable and mechanic causation prevails or it is an area of flowing complex entities where all pieces are in constant interaction with each other and they develop new coherences and ways of interaction through their constant change? If we answer this question through complexity, fluidity, interaction and adaptation, the concept that will be focused is not phenomenon or thing, but process. Process philosophy can be very helpful for philosophical problems and conceptual analysis in biology. This is because of two aspects: 1) the subjects of biology are processes and 2) scientists research and investigate those subjects and use the concepts and reach explanations by process thinking. This study is focused on a new perception of nature, which has been brought about by new biology in the light of those two aspects and which offers new possibilities. This new perception of nature is not mechanic or static, but stable inside and wholly dynamic.