Klinik izole sendrom'dan multipl skleroza dönüşümde kompleman sistem ile ilişkili aday genlerin ve mirna'ların incelenmesi
Investigation of candidate genes and mirnas associated with the complement system in conversion from clinically isolated syndrome to multiple sclerosis
Yazar: AYŞEGÜL TÜRK
Danışman: PROF. DR. ÖZLEM TİMİRCİ KAHRAMAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Multipl skleroz (MS), merkezi sinir sisteminde inflamasyon ve dejenerasyon ile karakterize kronik bir otoimmün hastalıktır. MS tanısı günümüzde nörolojik muayene, MRG ve BOS analizi ile desteklenen hastalık öyküsüne dayanmaktadır. Tanı konulduğunda MS, hastalık durumuna göre klinik izole sendrom (KİS), tekrarlayan-düzelen MS (RRMS), birincil ilerleyici MS (PPMS) ve ikincil ilerleyici MS (SPMS) olmak üzere dört tipte sınıflandırılır. KİS hastalarının büyük bir oranı RRMS'e dönüşmektedir. Kompleman sistem, doğuştan gelen bağışıklık sisteminin önemli bir parçası olup klasik kompleman yolu moleküllerinden C1qA'nın anormal ekspresyon seviyesi MS patolojisine katkıda bulunmaktadır. Kısa kodlamayan RNA'lardan biri olan miR-335-5p'nin MS'de ekspresyonu değiştiği gösterilmiş olup C1qA molekülü bu miRNA için potansiyel bir hedeftir. MS'in farklı hastalık evrelerinde miRNA'lar farklı paternlerde gözlenebildiği için biyobelirteç olarak umut vaat etmektedir. Çalışma kapsamında amacımız C1qA geninin ve bu geni hedefleyen miR-335-5p ekspresyonunun KİS, RRMS ve sağlıklı kontrol grupları arasındaki ilişkisini inceleyerek hastalık seyrindeki biyobelirteç olma potansiyelini değerlendirmektir. 
C1qA geninin ve hedef miR-335-5p'nin ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi için 18 KİS, 32 RRMS ve 16 kontrol kan örneğinden PBMC hücreleri elde edilmiş, RNA izolasyonu ve kantitatif Real-Time PCR (qPCR) gerçekleştirilmiştir. Elde edilen verilerin KİS, RRMS ve kontrol grupları arasındaki değişikliklerin istatistiksel anlamlılığı parametrik olmayan "Mann Whitney" testi ile değerlendirilmiş olup çalışma grupları arasındaki C1qA ve miR-335-5p duyarlılığı ve özgüllüğü ROC eğrisi analizi ile kontrol edilmiştir. Çalışma gruplarına ait serum örneklerinde C1qA protein seviyesinin belirlenmesi için sandviç ELİSA yöntemi uygulanmıştır. 
Elde edilen veriler doğrultusunda kontrole göre KİS hastalarında hem C1qA gen anlatımında (p=0,0291) hem de miR-335-5p ekspresyonunda (p=0,0196) anlamlı düzeyde artış saptanmıştır. Kontrole göre RRMS hastalarında da bu iki parametre doğrultusunda ekspresyon düzeyi açısından artış gözlenmiş fakat istatistiksel olarak anlamlılık tespit edilememiştir. KİS ve RRMS hastaları arasında hem C1qA hem de miR-335-5p ekspresyon seviyesinde azalma gözlenmiştir. Ek olarak, miRNA'da istatistiksel olarak anlamlılık elde edilmiştir (p= 0,0442). Çalışma grupları arasında C1qA protein seviyesinde anlamlı bir fark bulunamamıştır (p>0.05). 
Sonuç olarak bu çalışma hem kontrole göre KİS'te hem de KİS'e göre RRMS grubundaki miR-335-5p'nin istatistiksel olarak anlamlı ekspresyonun MS prognozu için önemini vurgulamaktadır. Bu doğrultuda tez projemiz, MS'de C1qA ve miR-335-5p üzerine yapılan ilk çalışma olması sebebiyle literatüre katkı sunacak yeni terapötik yaklaşımların geliştirilmesine öncülük edebilecek nitelikler taşımaktadır.
Anahtar Kelimeler :  KİS, RRMS, C1qA, miR-335-5p, Ekspresyon
Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 38372

Abstract:
Multiple sclerosis (MS) is a chronic autoimmune disease characterized by inflammation and degeneration in the central nervous system. The diagnosis of MS is currently based on neurological examination, MRI, and cerebrospinal fluid (CSF) analysis, supported by the patient's medical history. When diagnosed, MS is classified into four types depending on the disease's condition: clinically isolated syndrome (CIS), relapsing-remitting MS (RRMS), primary progressive MS (PPMS), and secondary progressive MS (SPMS). A significant proportion of CIS patients progress to RRMS. The complement system, an essential component of the innate immune system, contributes to MS pathology through abnormal expression levels of C1qA, a molecule of the classical complement pathway. It has been shown that the expression of miR-335-5p, a short non-coding RNA, is altered in MS, and C1qA may be a potential target for this miRNA. MiRNAs have promising potential as biomarkers because they can exhibit different patterns in different stages of MS. The aim of this study is to evaluate the potential of C1qA gene expression and its targeting miR-335-5p expression as biomarkers for disease progression by examining their relationship among CIS, RRMS, and healthy control groups.
For the determination of C1qA gene and target miR-335-5p expression levels, PBMC (peripheral blood mononuclear cells) were obtained from 18 CIS, 32 RRMS, and 16 control blood samples. RNA isolation and quantitative Real-Time PCR (qPCR) were performed. The changes in the obtained data among the CIS, RRMS, and control groups were evaluated for statistical significance using the non-parametric "Mann-Whitney" test. The sensitivity and specificity of C1qA and miR-335-5p between the study groups were verified through ROC curve analysis. In addition, sandwich ELISA method was applied to determine the C1qA protein levels in serum samples from the study groups.
According to the obtained data, significant increases were observed in both C1qA gene expression (p=0.0291) and miR-335-5p expression (p=0.0196) in CIS patients compared to controls. In RRMS patients as well, an increase in expression levels was observed for these two parameters compared to controls, but statistical significance was not detected. Both CIS and RRMS patients showed a decrease in both C1qA and miR-335-5p expression levels. Additionally, statistical significance was achieved for miRNA (p=0.0442). There was no significant difference in C1qA protein levels among the study groups (p>0.05).
In conclusion, this study emphasizes the statistical significance of miR-335-5p expression both in CIS compared to controls and in RRMS compared to CIS, underscoring its importance for the prognosis of MS. In this regard, our thesis project, being the first study conducted on C1qA and miR-335-5p in MS, holds the potential to contribute to the development of new therapeutic approaches and can pave the way for advancements in the literature.
Key Words: CIS, RRMS, C1qA, miR-335-5p, Expression
The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. 38372