Hayvansal orijinli salmonella typhimurium ve salmonella kentucky serotiplerinde antibiyotik direncinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle saptanması
Determination of antibiotic resistance in salmonella typhimurium and salmonella kentucky serotypes of animal origin using conventional and molecular methods
Yazar: ZEYNEP ŞIK
Danışman: PROF. DR. MEHMET AKAN
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Hayvan hastalıkları = Animal diseases ; Salmonella = Salmonella ; Salmonella kentucky = Salmonella kentucky ; Salmonella typhimurium = Salmonella typhimurium ; Serolojik testler = Serological tests ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine ; Zoonoz = Zoonoses ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de antimikrobiyal direnç, üzerinde önemle durulan konular arasında yerini almaktadır. Antibakteriyel ilaçlara karşı direnç hem insan hem de çiftlik hayvanlarında ciddi bir sorun haline gelmiştir. Bu tez çalışmasının amacı; S. Typhimurium ve S. Kentucky serovarlarında antibiyotik dirençliliğinin konvansiyonel ve mokeküler yöntemler ile belirlenmesi amaçlandı. 
Bu tez çalışmasında Türkiye'de farklı hayvansal orijinli 60 adet Salmonella Typhimurium ve 90 adet Salmonella Kentucky serovarlarının sefotaksim, seftazidim, kloramfenikol, tetrasiklin, gentamisin, nalidiksik asit, siprofloksasin, sülfonamid, trimetoprim/sülfametoksazol, streptomisin, sefoksitin, meropenem karşı antimikrobiyal duyarlılık testi Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Salmonella suşlarında sul1, sul2, tetA, tetB, strA, strB, aadA1, aadA2 ve flo antimikrobiyal direnç genleri konvansiyonel PCR yöntemleri ile araştırıldı.
S. Kentucky suşları %82,2 streptomisin, %71,1 nalidiksik asit, %67,8 siprofloksasin, %60 ampisilin, %57,8 gentamisin, %56,7 sulfanamid, %50 tetrasikline dirençli olduğu tespit edildi. Buzağı ve süt ineğinden izole edilen S. Kentucky suşlarının hepsi %100 siproflaksine ve nalidiksik asite, %95,8 streptomisin, %95 sulfanamid, %91,6 ampisilin, tetrasiklin ve gentamisine dirençli olduğu tespit edildi. Kanatlı hayvanlarda %78,7 streptomisin, %60,6 nalidiksik asit, %56 siprofloksasin, %48,8 ampisilin, %45 gentamisin, %42 sulfanamid, %34 tetrasikline dirençli olduğu tespit edildi. S. Kentucky suşlarının %62,2'si çoklu antibiyotiğe dirençli olduğu belirlendi. Bu sonuçlar çoklu ilaç direnç profilleri sergileyen ve siprofloksasine dirençli S. Kentucky suşlarının, gıda güvenliği ve halk sağlığı için önemli bir risk oluşturan S. Kentucky ST198-X1 klonuna ait olabileceğini göstermiştir. 
S. Typhimurium suşlarının antibitiklere direç oranları sırasıyla %33,3 sulfanamid, %25 ampisilin, %20 streptomisin, %11,7 tetrasiklin, %8,3 nalidiksik asit, %6,7 gentamisin, %5 kloramfenikole direnç oranları tespit edildi. S. Typhimurium suşlarında %66,7 oranında siprofloksasine orta derecede duyarlı olduğu belirlendi. Siprofloksasine karşı orta düzeyde duyarlılık oranının yüksek düzeyde olaması, gelecekte bu antibiyotiğe karşı direnç oranının artacağının göstergesi olması bakımından endişe vericidir. 
S. Kentucky suşlarında direnç genlerinin prevalansı %37,8 sul1, %7,8 sul2, %45,6 tetA, %35,6 strA, %20 strB, %1,1 flo geni tespit edildi ve aadA1, aadA2 ve tetB geni tespit edilmedi. S. Typhimurium suşlarında %6,7 sul2, %5 sul1, %5 flo, %5 aadA2, %3,3 tetB, %3,3 strB, %1,7 strA geni tespit edilirken aadA1 geni tespit edilmedi.
Bu çalışmanın sonuçları, halk sağlığı risklerini en aza indirmek için hayvanlarda antimikrobiyal kullanımının etkilerinin izlenmesinin önemini göstermektedir. Antibiyotik kullanımının gıda üreten hayvanlarda daha dikkatli ve bilinçli olunması gerektiği ortaya kondu. Bu çalışmanın bulguları, Türkiye'de Salmonella serovarlarının antimikrobiyal direnç profillerinin izlenmesinin önemini vurgulamaktadır.

Abstract:
Antimicrobial resistance is one of the most important issues in Turkey, similar to other parts of the world. Resistance to antibacterial drugs has become a serious problem in both humans and farm animals. The aim of this thesis study was to determine the antimicrobial resistance profiles of Salmonella Typhimurium and Salmonella Kentucky serovars using the conventional and molecular method.
In this thesis, 60 S. Typhimurium and 90 S. Kentucky serovars of different animal origin in Turkey were evaluated in terms of their antimicrobial susceptibility to cefotaxime, ceftazidime, chloramphenicol, tetracycline, gentamicin, nalidixic acid, ciprofloxacin, sulfonamide, trimethoprim/sulfamethoxazole, streptomycin, cefoxitin, and meropenem using the Kirby-Bauer disk diffusion method. 
In the Salmonella strains, antimicrobial resistance genes sul1, sul2, tetA, tetB, strA, strB, aadA1, aadA2, and flo were investigated with conventional polymerase chain reaction methods. The S. Kentucky strains were found to be resistant to streptomycin at a rate of 85%, nalidixic acid at 73%, ciprofloxacin at 70.1%, ampicillin at 62%, gentamicin at 59.7%, sulfonamide at 58.6%, and tetracycline at 51.7%. All the S. Kentucky strains isolated from calves and dairy cows were resistant to ciprofloxacin and nalidixic acid, 95.8% were resistant to streptomycin, 95% to sulfonamide, and 91.6% to ampicillin, tetracycline, and gentamicin. In poultry animals, the rate of antimicrobial resistance was determined as 78.7% for streptomycin, 60.6% for nalidixic acid, 56% for ciprofloxacin, 48.8% for ampicillin, 45% for gentamicin, 42% for sulfonamide, and 34% for tetracycline. Of the S. Kentucky strains, 63.3% were resistant to multiple antibiotics. These strains exhibiting multi-drug resistance profiles and resistance to ciprofloxacin suggesting that they may belong to the S. Kentucky ST198-X1 clone, which poses a significant risk to food safety and public health. 
The resistance rates of the S. Typhimurium strains to antibiotics were determined as follows: 33.3% for sulfonamide, 25% for ampicillin, 20% for streptomycin, 11.6% for tetracycline, 8.3% for nalidixic acid, 6.6% for gentamicin, and 5% for chloramphenicol. S. S. It was determined that 66.6% of the S. Typhimurium strains were moderately susceptible to ciprofloxacin. The high level of moderate susceptibility to ciprofloxacin is a concern since it suggests that the resistance rate against this antibiotic may increase in future. 
The prevalence of the resistance genes in the S. Kentucky strains was as follows: 37.8% for sul1, 7.8% for sul2, 45.6% for tetA, 35.6% for strA, 20% for strB, and 1.1% for flo. The aadA1, aadA2, and tetB genes were not detected in these strains. Among the S. Typhimurium strains, the prevalence of the sul2, sul1, flo, aadA2, tetB, strB, and strA genes was determined as 6.7%, 5%, 5%, 5%, 3.3%, 3.3%, and 1.7%, respectively, while the aadA1 gene was not detected.
The results of this study demonstrate the importance of determining the effects of antimicrobial use in animals to minimize public health risks. It was revealed that antibiotics should be used more carefully and consciously in food producing animals. The findings of this study also highlight the necessity of monitoring the antimicrobial resistance profiles of Salmonella serovars in Turkey.