İnsan ve hayvanlardan izole edilen salmonella'ların antibiyotik duyarlılıkları,serotipleri ve pzr ile tiplendirilmeleri
Ant5imicrobial susceptibility , serotypes and molecular typing of salmonella isolated from human and animals
Yazar: HUDA JIH AD GATAA AL-SHATTRAWI
Danışman: PROF. DR. OSMAN ERGANİŞ
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; Seroloji = Serology ; Stereotip = Stereotyping

Özet:
İnsan ve hayvanlarda ishal başta olmak üzere değişik hastalıklara ve son yıllarda insanlarda özellikle besin zehirlenmelerine/toksienfeksiyonlara sebep olan Salmonella'ların önemi giderek artmaktadır. Bu sebeplerle, insanlardan ve süt inekçiliği yapılan işletmelerdeki Salmonella etkenlerinin; izolasyon, identifikasyon, serotiplendirme, moleküler serotiplendirme ve antibiyotik dirençlilikleri gibi özellikleri araştırılan bu çalışmada, Irak ve Türkiye Hastanelerinden temin edilen toplam 30 Salmonella izolatı ile Türkiye'nin farklı bölgelerden 5 büyük sığırcılık işletmesinden temin edilen 242 dışkı örneğinden izole ve identifiye edilen toplam105 Salmonella spp ile çalışıldı. Ayrıca, 8 farklı işletmeden (3'ü aynı işletmeden farklı özelliklerde olmak üzere) temin edilen toplam 237 kan serumu, çalışmada izole edilen Salmonella serotiplerinden hazırlanan ELİSA ile antikor varlığı yönünden araştırıldı. 
Ön zenginleştirmeden sonra XLT-4 besiyerinde üreyen (109)  kültürler, biyokimyasal testlerle identifiye edildikten (105) sonra, Polivalan Salmonella kiti ile pozitif verenler (insan 22, sığır 100) Salmonella spp olarak ayrıldı ve serotiplendirilmeleri (insan 12, sığır 30) için referans Enstititü'de (Etlik VKMAE-Ankara) yaptırıldı. Tüm Salmonella spp'ler, virülens genleri olarak seçilen fimA, hilA ve invA primerleri kullanılarak  PZR ile incelendi. Suşların (n=122) %100'ü fimA, %69,67 si hilA ve %77,86'sı invA ile pozitif bulundu. 
Serotiplendirilen 12 insan kaynaklı Salmonella spp'nin %41,66 sı S. Enteritidis (5), %25,00'i S. Typhimurium (3) ,  % 16,66'sı S. Kentucky (2) ; % 8,33'ü S. Montevideo(1) ve % 8,33'ü S. Glostrup (1) olarak bulundu.  Serotiplendirilen 30 sığır kökenli Salmonella spp'nin % 80'i (24) S. Montevideo, % 10'u S. Corvallis (3) , %6,66'sı S.Typhimurium (2) ve %3,33'ü S.Anatum (1) olarak rapor edildi. S. Corvallis'in sığırlardan Türkiye'de ilk kez izole edildiği sanılmaktadır.  Ayrıca sığırlardan çok yüksek oranda (%80) S.Montevideo bulunması epidemiyolojik olarak S. Montevideo'nun daha iyi izlenmesi gerektiğini göstermektedir. 
Moleküler serotiplendirme için seçilen SET1, SET2 ve SET3 primer setleri ile serogruplandırılan 42 Salmonella suşunun incelendiği multipleks PZR çalışmaları serotip/serogrup (B, D1, E1, C1 ve C2)  ile karşılaştırıldığında; SET1 primerleri ile  S.Typhimurium (%100) , S. Enteritidis (%100) , S. Kentucky (%100 );SET2 primerleri ile S. Typhimurium %100 (5/5) ve S. Kentucky %100 (2/2) (%100 ) ve SET3 primerleri ile sadece S. Typhimurium (5/5) (%100)  ile uyumlu sonuç verdiği belirlenmiştir. 
Antibiyotik Duyarlılık test verileri Salmonella'ların çeşitli antibiyotiklere karşı Çoklu Direnç geliştirmiş olduklarını, özellikle sığır orijinlilerde ampisiline (%75) ve amoksisilin+klavulonik asite (%55) yüksek oranlarda direnç gelişmiş olması insan ve hayvan sağlığı açısından önemli bir risk olarak değerlendirilmiştir.  
ELISA ile Süt ineklerinde Salmonella geçmişleri bilinen (kısmen izolasyonu yapılan ve Salmonella (S.Anatum, Kentucky, S. Muenchen) aşıları aşılanan veya aşılanmayan veya yeni ithal edilmiş) 8 sığırcılık işletmesinden temin edilen serum örneklerinin, çalışmada izole edilen Salmonella'lardan 4'ü ile gerçekleştirilen ELISA sonuçlarına göre; S.Typhmurium, S. Corvallis, S. Montevideo ve S. Anatum yönünden sırasıyla % 8,01;  %22,36 ,  % 2,53 ve % 88,61 pozitiflik bulunmuştur. Seroepidemiyolojik olarak en yaygın türün S.Anatum olduğu belirlenmiştir. Etken izolasyonu yapılmamış, aşılanmamış ve ithal düvelerden oluşan yeni bazı işletmelerde de yüksek oranda seropozitiflik bulunması, epidemiyolojik olarak S.Anatum'un daha iyi izlenmesi gerektiğini göstermektedir.  

Anahtar Sözcükler:  Salmonella spp. , Seroloji,  Serotiplendirme, PZR(Polimeraz Zincir Reaksiyonu), Antibiyotık Duyarlılık Testi, ELISA, mPZR.(Multipleks PZR).

Abstract:
Salmonella is one of the most important pathogens since it can causes diarrhea in animals and human and recently reported with food poisoning especially in human. Thus, Salmonella was isolated from human and dairy cattle, later identified based on it's serotype, molecular and antimicrobial properties. A total of 105 Salmonella spp. were isolated and identifed from 242 fecal samples obtained from 5 cattle farms at different regions in Turkey and 22 Salmonella isolates were obtained from different hospitals in Iraq and Turkey. In addition, a total of 237 blood sera obtained from 8 different farms (3 with different characteristics from the same farm) were investigated for antibody presence with ELISA by using Salmonella serotypes which isolated in this study.
Salmonella isolates were separated based on pre-enrichment and culturing on XLT-4 media (109 isolates), biochemical tests (105 isolates) and Polivalan Salmonella Latex  kit (22 human, 100 cattle), and then 12 human isolates and 30 cattle isolates were selected and sent to Turkey's national reference Institute (Etlik VKMAE-Ankara) for serotyping. All Salmonella spp. were examined with PZR by using fimA, hilA and invA primers which were selected as virulence genes. 100% of the strains (n = 122) were positive with fimA, 69,67% with hilA and 77,86% with invA.
Out of the 12 human S.isolates which sent for serotyping, 4,66% S. enteritidis (5) ;  25,00% S. Typhimurium (3); 16,66  S. Kentucky (2) ; 8,33% S. Montevideo (1) and 8,33% S. Glostrup (1), and out of the 30 S.isolates of cattle, 80% S. Montevideo (24), 10% S. Corvallis (3); 6,66% S. typhimurium (2) and 3,33% S. anatum (1) were reported.  In addition, S. Corvallis, thought to be isolated for the first time from cattle in Turkey.  Because of  highest isolation rate (80 %) of S. Montevideo from cattles, it suggest that S. Montevideo should be tighly monitor as an epidemiologically 
The serotyping results of the 42 Salmonella strains were compared with molecular serotyping results of the multiplex PCR by using SET1, SET2, and SET3 primer sets according to serotype/serogroup (B, D1, E1,C1 ve C2); SET1 primers set shows  S.Typhimurium (%100), S. Enteritidis, (%100)  , S. Kentucky (%100); SET2 primers set shows  S. Typhimurium 100% (5/5) and S. Kentucky 100% (2/2) and SET3 primers set was determined as compatible only with S. Typhimurium (5/5) (100%).
Antibiotic Susceptibility test results have shown that Salmonella has developed multiple resistance against various antibiotics, especially strains isolated from cattle origin showed high rate of resistance of ampicillin (75%) and amoxicillin + clavulonic acid (55%) and considered as a significant risk for human and animal health.
According to ELISA test by using serum samples obtained from 8 cattle farms known to have Salmonella histories in dairy cattles (partially isolated, vaccinated or non-vaccinated with Salmonella vaccines such as (S.Anatum, S.Kentucky, S. Muenchen) or  newly imported), there were 4 positive Salmonella serotypes; S.Typhmurium, S. Corvallis, S. Montevideo ve S. Anatum % 8,01;  %22,36 ;  % 2,53 ve % 88,61 respectivally. S. Anatum was considered as the most common sero-epidemiological serotype. High level of seropositivity is also found in some new farms, in which agents have not been isolated, non-vaccinated and imported heifers were present, therefore, this study suggests that S. Anatum should be better monitored epidemiologically.

Key Words: Salmonella spp. , Serology, Serotyping, PCR(Polymerase Chain Reaction), Antibiotic Susceptibility Test, ELISA, mPCR(Multiplex PCR).