Salmonella enterica Serovar Typhimurium' da histidin operonu inaktive edilmiş bir mutant suşun proteomik analizi
Proteomic analysis of a histidine operon inactivated mutant strain of Salmonella enterica Serovar Typhimurium
Yazar: İBRAHİM ERDOĞAN
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Histidin = Histidine ; Salmonella = Salmonella

Özet:
Bu çalışmada, transpozon mutasyonu yolu ile histidin operonu inaktive edilmiş bir S. Typhimurium mutantı (S. Typhimurium ?his 87) ile kontrol suş olarak kullanılan S. Typhimurium LT2 suşu arasındaki proteomik düzeyde değişimler incelenmiş, söz konusu mutasyon koşullarında mutantta (Salmonella Typhimurium ?his 87' de) ifadesi olmayan protein spotları tanımlanmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda, S. Typhimurium LT2' de ifade edilen ancak S. Typhimurium ?his 87' de ifadesi olmayan 4 adet protein saptanmıştır. Bu proteinler; arjinin biyosentezi, amino asit açlığı, midenin düşük asidik koşulları ve anoksik koşullarda üretilmesi zorunlu olan arjinin--tRNA ligaz proteini, Salmonella' nın konakçı hücre içerisinde replikasyonu için uygun niş oluşumunu sağlayan SifA efektör proteini, konakçı hücre içerisinde hayatta kalma ve bakteriyel metabolizmada önemli görevleri olan GMP (guanozin monofosfat) sentaz proteini, ve konakçı hücrede gerçekleşen membran katlanmaları için gerekli olan guanin nükleotidi değişim faktörü sopE proteinleridir. Salmonella Typhimurium LT2 suşunda histidin operonu inaktive edilmiş mutant suşta, söz konusu mutasyonun polar etkileri sonucu üretimi engellenen proteinlerin, literatür verileri dikkate alınarak değerlendirildiğinde konak hücrede bakterinin sistemik enfeksiyonu başarılı bir şekilde gerçekleştirebilmesi için önemli proteinler oldukları belirlenmiştir.

Abstract:
In this study, it has been analysed that the changes at the proteomic level between a Salmonella mutant (S. Typhimurium ?his 87) which its histidine operon was inactivated by transposon mutation technic and S. Typhimurium LT2 strain that has been used as a control strain. In this mutation conditions, it has been described that protein spots which have been non-expressed in mutant (S. Typhimurium ?his 87). As a result of the experiments, we have detected 4 proteins which is expressed in S. Typhimurium LT2 but non-expressed in mutant S. Typhimurium ?his 87. These proteins are; arginine--tRNA ligase which is very important and obligatory for arginine biosynthesis, amino acid starving, surviving in the low acidic and anoxic conditions in stomach, the second one is that Salmonella effector protein SifA which is essential for replication in the host, the third one is that GMP synthase (glutamine hydrolysing) which is very important for surviving in the host and bacterial metabolism, the fourth one is that guanine nucleotide exchange factor SopE which is very substantial for membrane rufflings in the host. When considered the literature datas, the proteins that are expressed in S. Typhimurium LT2 but as a result of polar effects of histidine operon mutation non-expressed S. Typhimurium ?his 87 very essential for successfully systemic infection in the host.