Meme ve karaciğer kanserinin tanısına yönelik bazı biyobelirteçlerin dedeksiyonu için aptasensör geliştirilmesi
Development of aptasensor for detection of some biomarkers for thediagnosis of breast and liver cancer
Yazar: EVRİM DURGUNLU
Danışman: PROF. DR. SUNA TİMUR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE GÜLER ÇELİK
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Kanser, dünya çapında milyonlarca insan için ciddi bir sağlık tehdididir ve bu nedenle kanser biyobelirteçlerinin duyarlı ve güvenilir bir şekilde tespit edilmesi hayati önem taşımaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, biyobelirteçlerin tespiti için hızlı, pratik, kullanımı kolay ve yenilikçi aptasensör sistemelerinin geliştirilmesi hedeflenmiştir. İnsan epidermal büyüme faktörü reseptörü 2 (HER2) ve  Alfa-fetoprotein (AFP) biyobelirteçleri için SELEX metodu ile geliştirilen aptamerler uygun yüzey kimyası ile yüzey baskılı altın elektrot (SPGE) altın-tiyol affinitesinden faydalanılarak immobilize edilmiştir. Yüzey karakterizasyonu aşaması elektrokimyasal yöntemler ile analiz edilmiş ve başarılı bulunmuştur. HER2 biyosensör sistemi için lineer çalışma aralığı 0,1-100 ng/mL olarak, dedeksiyon limiti (LOD) ise 2,154 ng/mL olarak belirlenirken AFP biyosensör sistemi için lineer çalışma aralığı 0,05-100 ng/mL olarak, dedeksiyon limiti (LOD) ise 0,456 ng/mL olarak belirlenmiştir. Geliştirilen biyosensörlerin seçimliliğinin belirlenmesi için AFP, HER2, Anti-Her2, MUC16 (Mucin16), gibi girişimci moleküller kullanılmıştır. Tez çalışması sonucunda, hedef molekül olarak seçilen HER2 ve AFP biyobelirteçlerinin analizine yönelik yenilikçi, kullanımı kolay ve hızlı aptasensör test sistemi elde edilmiştir.
Anahtar kelimeler: Kanser, Elektrokimyasal Biyosensör, Aptasensör, 
Alfa-fetoprotein (AFP), İnsan epidermal büyüme faktörü reseptörü 2 (HER2)

Abstract:
Cancer poses major health threat to millions of people globally, highlighting the crucial need for accurate and dependable detection of cancer biomarkers. This thesis aims to develop rapid, practical, user-friendly, and innovative aptasensor systems for the recognition of biomarkers. Aptamers developed via the SELEX method for Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2) biomarker and alpha-fetoprotein (AFP) biomarker.  Immobilized on screen-printed gold electrodes (SPGE) using appropriate surface chemistry that takes advantage of the gold-thiol affinity. Surface characterization was analyzed using electrochemical methods and found to be successful. For the AFP biosensor system, the working scale was determined 0.05-100 ng/mL, with a detection limit (LOD) of 0.456 ng/mL. For the HER2 biosensor system, the linear working range was 0,1-100 ng/mL, also detection limit (LOD) of 2.154 ng/mL. To determine the selectivity of the developed biosensors, interfering molecules such as AFP, HER2, Anti-HER2, and MUC16 (Mucin16) were used. Due to the findings of this thesis for HER2 and AFP biomarkers, an innovative, user-friendly, and rapid aptasensor test system obtained.

Keywords: Cancer, Electrochemical Biosensor, Human epidermal growth factor receptor 2 (HER2), Aptasensor, Alpha-fetoprotein (AFP),