Meme kanseri hastalarında LNCRNA-GAS5 ve hedef geni APOBEC3c ' nin miR-103 yoluyla ifadelenme modelleri
Expression patterns of LNCRNA-GAS5 and its target APOBEC3c gene through miR-103 in breast cancer patients
Yazar: BELAN OTHMAN KANABE KANABE
Danışman: PROF. DR. MEHMET ÖZASLAN
Gaziantep Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Son zamanlarda, LncRNA-GAS5 ve miR-103 arasındaki ilişki çalışılmıştır. Buna ek olarak, miR-103 ve APOBEC3C arasındaki etkileşim sayısal olarak tahmin edilmiştir. Bu sonuçlara göre meme karsinogenezinde ilk kez GAS5' in muhtemel gerekliliğini hesaplamak planlanmıştır ve GAS5, APOBEC3C ve miR-103 molekülleri arasındaki herhangi bir korelasyonun varlığının gösterilmesi planlanmıştır. APOBEC enzimleri immünitede önemli bir role sahiptir ve karsinogeneze katkı sağlayabilir. APOBEC3C sitidini üridine çevirerek DNA ve RNA' yı mutasyona uğratabilen sitidin deaminazlara aittir. Son zamanlarda bazı anahtar biyolojik süreçleri düzenlediği gösterilen kodlanmayan RNA' lar üzerinde büyük ilgi toplanmıştır. Güçlü kanıtlar lncRNA-GAS5 gibi bazı lncRNA' ların ve miR-103' ün anormal ifadelenmesi kanser biyolojisinde önemli işlevsel bir rol oynayabildiğini göstermiştir. Bu çalışmada   hastaların klinik özellikleri ve meme kanserinin türüne göre gruplandırılan 40 tümör dokusu ve normal doku örneği gen ifadelenme analizinde ve APOBEC3C gen dizilenmesinde incelenmiştir. APOBEC3C ve lncRNA-GAS5' in ifadelenme seviyeleri önemli derecede baskılanmıştır. Bununla birlikte, miR-103 ifadelenme seviyesinin ise önemli derecede aşırı düzenlendiği gözlenmiştir. GAS5 ifadelenmesi APOBEC3C ifadelenmesi ile pozitif korelasyon gösterirken miR-103 ifadelenmesi ile negatif korelasyon göstermiştir. APOBEC3C geni taramasının sonucu ise herhangi mutasyon gözlenmemiştir. Sonuç olarak meme kanseri hastalarında APOBEC3C ve LncRNA-GAS5 ifadelenme seviyelerinde azalma ve miR-103 seviyesinde ise artış gözlenmiştir.  Meme tümörleri ve biyobelirteçleri arasındaki ilişkiyi anlamak için daha fazla analiz yapılıp doğrulanması gerekmektedir.

Abstract:
Recently, correlation between lncRNA-GAS5 and miR-103 was studied. In addition, we predicted interaction between miR-103 and APOBEC3C, computationally. On the basis of these results, the first time we planned to evaluate the possible involvement of GAS5 in breast carcinogenesis and to reveal any correlation between GAS5 and APOBEC3C, miR-103 molecules. APOBEC enzymes are important players in immunity and may contribute to carcinogenesis. APOBEC3C belong to cytidine deaminases that able to mutate DNA and RNA by converting cytidine to uridine. Lately, more attention have been focused on non-coding RNAs, which was shown to regulate many key biological processes. Mounting evidence indicated that the aberrant expression of some lncRNAs include; LncRNA-GAS5 and miRNA 103, might play an important functional role in cancer biology. In this study, 40 paired tumor and normal samples that were grouped according to the types of breast cancer and clinical characteristics of patients, were observed with gene expression analysis and APOBEC3C gene sequencing. Expression level of APOBEC3C and lncRNA-GAS5 were significantly down-regulated. However, miRNA expression level significantly up-regulated. The expression of GAS5 was positively correlated with the expression of APOBEC3C and negatively correlated with the expression of miR-103. As a result of APOBEC3C gene screening no mutation was observed. In conclusion, we observed reduced expression levels of APOBEC3C and LncRNA-GAS5, and increased expression level of miRNA 103 in breast cancer patients. In order to understand the relationship between the breast tumors and biomarkers; further analysis is warranted.