Meme kanseri olgularında ilişkili tümör süpresör genlerin metilasyon ve ekspresyon durumlarının karşılaştırılması
Benchmarking of methylation and expression status of relevant tumor suppressor genes in breast cancer
Yazar: YALIN KILIÇ
Danışman: PROF. DR. MERAL SAKIZLI
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Genler = Genes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Metilasyon = Methylation ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Amaç: Bireysel tedavi modalitelerinin giderek ön plana çıktığı yeni çağda, genetik temel üzerinde gelişen kanserin sınıflandırmasının moleküler düzeyde yapılmasının önemi kabul görürken, hasta tümör örneklerinin genetik ve epigenetik durumlarının incelenmesi hastalık hakkında tanı, tedavi ve prognoz ile ilişkili detayların bilinmesine yol açacaktır.Yöntem: Tümör süpresör gen olarak kabul gören 23 genin invazif meme tümörü dokusundaki ekspresyon düzeyleri ile bu genlerin promotor bölgelerinin metilasyon durumlarını inceleyerek, meme tümörünün histopatolojik prognostik bulguları ve hastaların bazı demografik bilgileri ile ilişkisi değerlendirdik. Ekspresyon çalışmaları için qRT-PCR, epigenetik çalışmalar için ise mMLPA yöntemini kullandık.Sonuç: Moleküler analizlerin meme kanserinin karakteri hakkında bilgi verici olduğu açıktır. Ancak hiç şüphe yok ki, daha güçlü istatistiksel sonuçları elde etmek için veri madenciliği olarak isimlendirilen, kümeleme ve çok değişkenli regresyon hesaplamalarının kombinasyonundan oluşan ileri istatistiksel analizlerin uygulanabileceği geniş hasta grupları ile çalışmalar yapılması son derece önemlidir. Bu sebeple, geniş gruplar ile çok değerli çalışmaların hızlı ve güvenilir şekilde yapılmasına imkan sağlayacak tümör biyobankalarının oluşturulması ve devamlılığının sağlanması öncelikli hedeflerden olmalıdır.

Abstract:
Objective: In the era of personalized treatment modalities when the molecular classification of the cancer which is developed on genetic basis, investigating the genetic and epigenetic status of tumor samples of patients will lead the details about diagnosis, treatment and prognosis to be valued.Method: We investigated the expression levels and the methylation status of promoters of 23 genes which are accepted as tumor suppressors in invasive breast cancer tissue and evaluated with the histopathologic prognostic findings and demographic informations belongs to the patient. qRT-PCR and mMLPA techniques were recruited for expression and epigenetic studies, respectively.Results: We found 38% and 47% of the genes to be down and up regulated, respectively, in comparison to healthy normal tissues; the neighbouring normal tissues showed a significant difference from healthy normal tissues, at least 17 of the genes are regulated in either way and 17,1 fold per gene in average. The 14% of the promoter regions belonging to same genes showed hypermethylation. The neighbouring tissues showed a lower rate of methylation while healthy normals showed none. The most prominent changes in expression belonged to ESR1 and TP53 in means of decrease and increase, respectively. The most frequently methylated gene was RASSF1. The downregulation patterns of RASSF1, TIMP3, CDH13 and ESR1 showed similarities, when decrease in level of CDH13 level is related with higher levels of CD44 significantly. The decrease in expression of BRCA1 and increase in CD44 and BRCA2 is related with the distant metastasis; decrease in ESR1, CDH13 and increase in CD44 is related with resistance to hormonal therapy, increased mitotic activity and bad prognosis. ESR1 is found to be decreased while CD44 is increased in ER and HER2 negative tumors. ESR1 expression is also reduced in ductal type, but did not change significantly in mixed tumors. The decrease in expression levels of BRCA1 gene could be associated with the presence of methylation in the respective promotor area. No other such relations with other genes could be addressed.Conclusion: It is obvious that molecular analyses are informative about the character of breast cancer. Moleküler analizlerin meme kanserinin karakteri hakkında bilgi verici olduğu açıktır. But without doubt, performing studies in large patient groups where advanced statistical analysis of combination of clustering and multivariate regression calculations, called data mining, can be applied is extremely important. So, it has to be among primary goals to form and maintain tumor biobanks which can enable fast and reliable practicing of precious studies in large groups.