Adenokarsinom ve skuamöz hücreli karsinom tanılı akciğer kanseri hastalarında bazı pluripotensi belirteçlerinin ekspresyon düzeylerinin araştırılması
Investigation of expression levels of some pluripotency markers in lung cancer patients diagnosed with adenocarcinoma and squamous cell carcinoma
Yazar: İREM YELESER
Danışman: PROF. DR. MEHMET EMİN ERDAL
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Adenokarsinom = Adenocarcinoma ; Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Gen ifadesi = Gene expression ; Karsinoma = Carcinoma ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Kök hücreler = Stem cells ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Vücuttaki herhangi bir doku ya da organda düzensiz olarak bölünüp çoğalan hücrelerin yol açtığı kanser, en ciddi sağlık sorunlarından biridir. Kanserin en yaygın ve tehlikeli türlerinden biri olan akciğer kanseri küçük hücreli akciğer kanseri ve küçük hücreli dışı akciğer kanseri olmak üzere iki ana gruba ayrılır.
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri tanılı bireylerde (adenokarsinom ve skuamöz hücreli karsinom) SOX2, OCT3/4, NANOG, KLF4 ve c-Myc genlerinin ekspresyon düzeylerini belirlemeyi amaçladığımız çalışmamızın araştırma grubuna, 2008-2019 yılları arasında Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Dâhili Tıp Bilimleri Bölümü Göğüs Hastalıkları Anabilim Dalına başvuru yapmış bireyler dâhil edildi. Bu bireylere ait doku örnekleri ise Cerrahi Tıp Bilimleri Bölümü Patoloji Anabilim Dalının arşivinden alındı. Çalışma grubu 15'i adenokarsinom, 16'sı skuamöz hücreli karsinom tanılı olmak üzere 31 hastadan oluşturuldu. Aynı hastaların tümörlü dokularının yakınlarında yer alan sağlıklı akciğer doku örnekleri de (31 örnek) kontrol grubu içerisine alındı. Doku örneklerinden sırasıyla total RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirildi. Ardından çalışma için seçilen genlerin ekspresyon düzeylerini saptamak amacıyla TaqMan problarının kullanıldığı Real-Time PCR gerçekleştirildi ve karşılaştırmalı CT (ΔΔCT) yöntemi aracılığıyla ilgili genlerin ekspresyon analizi yapıldı. Araştırma sonucunda elde edilen ekspresyon seviyeleri adenokarsinom- adenokarsinom kontrol, skuamöz hücreli karsinom- skuamöz hücreli karsinom kontrol ve adenokarsinom- skuamöz hücreli karsinom gruplarında istatistiksel olarak analiz edildi. Bu analizler Paired t testi, Wilcoxon testi, Student's t testi ile Mann-Whitney U testi kullanılarak yapıldı. 
SOX2, OCT3/4, NANOG, KLF4 ve c-Myc genlerinin ekspresyon düzeyleri, adenokarsinom- adenokarsinom kontrol, skuamöz hücreli karsinom- skuamöz hücreli karsinom kontrol ve adenokarsinom- skuamöz hücreli karsinom gruplarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark olmadığı gözlendi (p>0.05).
Sonuç olarak elde ettiğimiz verilerin akciğer kanseri ve pluripotensi belirteçleri arasındaki ilişkiyi araştıran ve özellikle küçük hücreli dışı akciğer kanseri türlerini biyobelirteçler (pluripotensi faktörleri gibi) aracılığıyla ayırt etmeye yönelik çalışmalar yapacak diğer araştırmacılara ışık olabileceğini düşünüyoruz.

Abstract:
Cancer, caused by irregularly dividing and multiplying cells in any tissue or organ in the body, is one of the most serious health problems. Lung cancer, one of the most common and dangerous types of cancer, is divided into two main groups: small cell lung cancer and non-small cell lung cancer.
We aimed to determine the expression levels of SOX2, OCT3 / 4, NANOG, KLF4 and c-Myc genes in patients diagnosed with non-small cell lung cancer (adenocarcinoma and squamous cell carcinoma) who applied to the Mersin University, Medicine Faculty, Internal Medical Sciences, Department of Chest Diseases in 2008-2019. Tissue samples of these individuals were taken from the archive of the Department of Surgical Medical Sciences, Department of Pathology. The study group consists of 31 patients, 15 of whom were diagnosed with adenocarcinoma and 16 were diagnosed with squamous cell carcinoma. A control group was formed with healthy lung tissue samples (31 samples) located near the tumorous tissues of the same patients. Total RNA isolation and cDNA synthesis were performed from tissue samples, respectively. Then, in order to determine the expression levels of the genes selected for the study, Real-Time PCR was performed where TaqMan probes were used and expression analysis of the relevant genes was performed using the comparative CT (ΔΔCT) method. The expression levels obtained as a result of the study were statistically analyzed in adenocarcinoma-adenocarcinoma control, squamous cell carcinoma-squamous cell carcinoma control and adenocarcinoma-squamous cell carcinoma groups. These analyzes were performed using Paired t test, Wilcoxon test, Student's t test and Mann-Whitney U test.
Expression levels of SOX2, OCT3/4, NANOG, KLF4 and c-Myc genes did not show a statistically significant difference in adenocarcinoma-adenocarcinoma control, squamous cell carcinoma-squamous cell carcinoma control and adenocarcinoma-squamous cell carcinoma groups (p> 0.05).
As a result, we think that the data we have obtained will illuminate to other researchers who will investigate the relationship between lung cancer and pluripotency markers and especially to differentiate non-small cell lung cancer types through biomarkers (such as pluripotency factors).