Küçük hücreli olmayan akciğer kanserlerinde O6-Metilguanin DNA Metiltransferaz geni promoter metilasyon profilinin belirlenmesi
Determination of O6- Methylguanine DNA Methyltransferase promoter methylation pattern in non-small cell lung cancer
Yazar: MEHMET EKİM
Danışman: PROF. DR. GÜLSEREN BAĞCI
Pamukkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; DNA = DNA ; DNA onarımı = DNA repair ; Epigenetik = Epigenetic ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Metilasyon = Methylation ; Metiltransferaz = Methyltransferase ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Promoterdaki CpG adalarının anormal metilasyonunun, tümör baskılayıcı genler, hücre döngüsü kontrol genleri, apopitozu önleyen genler ve DNA tamir genlerinin başlıca en yaygın inaktivasyon mekanizması olduğu bilinmektedir. Bazı yayınlar çeşitli genlerin metilasyon durumu ve küçük hücreli olmayan akciğer kanserinin (NSCLC) prognozu arasında ilişki olduğunu, bu genlerin hipermetilasyonunun prognoz için biyomarker olarak hizmet edebileceğini ileri sürmektedirler.Bu çalışmanın amacı DNA tamir geni olarak O6- metilguanin DNA metiltransferaz (MGMT) geninin metilasyon durumu ile yaş, cinsiyet, histolojik alt tip, TNM sınıflaması ve sigara içme durumlarını içeren klinikopatolojik özellikleri arasındaki ilişkiyi NSCLC hastalarında belirlemektir.Bu çalışmaya NSCLC'li seksen hasta dahil edildi. DNA metilasyon analizi formalinle fiske edilmiş parafine gömülü akciğer doku örneklerinde gerçekleştirildi. DNA izolasyonu ve bisülfit uygulamasını takiben DNA metilasyonu metilasyon özgün gerçek-zamanlı PCR (MSP) ile analiz edildi. Çalışılan grubun DNA metilasyonu frekansı %64 olarak tespit edildi. Metilasyon yüzdesi, unmetile DNA'ya göre incelenen tüm alt gruplar içinde çok yüksek olarak belirlendi. Bu sonuçlar benzer çalışmaların sonuçlarıyla uyumludur.NSCLC'li hastaların parafine gömülü doku örneklerinin metilasyon özgün gerçek-zamanlı PCR ile metilasyon analizinde bu tekniğin kullanışlı bir teknik olduğu görülmektedir. Daha sonraki çalışmalar bu moleküler yaklaşımın gelecekte potansiyel biyomarker olduğunu destekleyecektir.

Abstract:
Aberrant methylation of promoter CpG islands is known to be a major inactivation mechanism of the tumor suppressor genes, cell cycle control genes, apoptosis preventing genes and DNA repair genes. Some published studies suggest a relationship to exist between the methylation status of several genes and the prognosis in non-small cell lung cancer (NSCLC), hypermethylation of the specific genes may be expected to serve as a biomarker for the prognosis.The aim of this study was to determine the relationship between the methylation status of O6- methylguanine DNA methyltransferase (MGMT) gene as a DNA repair gene and the clinicopathological characteristics including the age, gender, histological subtype, TNM stage and smoking in patients with NSCLC.Eighty patients with NSCLC were included in this study. The analysis of DNA methylation was performed on formalin fixed parafin embedded lung tissues samples. Following DNA isolation and bisulfite-treatment, DNA methylation was analyzed by methylation-specific real-time PCR (MSP). DNA methylation was detectable with a frequency of %64 in our group. The percent of the methylation was very high within all examined sub group according to unmethylated DNA. These conclusions were concordant with other similar studies results.The analysis of DNA methylation in parafined-embedded tissue samples of patients with NSCLC by methylation-specific real-time PCR is technically feasible. Further studies are warranted to determine the future potential biomarker of this molecular approach.