Trichosporon asahii'de sentezlenen enzimlerin biyofilm oluşumuna etkisinin belirlenmesi ve antifungal duyarlılıklarının karşılaştırılması
Determination of the effect of enzymes synthesized in Trichosporon asahii on biofilm formation and comparison of their antifungal susceptibility
Yazar: SİNEM AYAZ
Danışman: PROF. DR. SEVGİ ERGİN
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyofilm = Antibiofilm ; Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Antifungal aktivite = Antifungal activity ; Antifungal duyarlılık testleri = Antifungal sensitivity tests ; Antijenler-fungal = Antigens-fungal ; Hibrit maya = Hybrid yeast ; Sporlar-mantar = Spores-fungal

Özet:
Giriş ve Amaç: Son yıllarda, özellikle bağışıklığı baskılanmış hastalarda, invaziv trikosporonozun en sık nedeni olarak karşımıza çıkan Trichosporon asahii'nin en önemli virülans faktörlerinden biri biyofilm oluşumu olup, antifungallere ve çevreye karşı direnç oluşturmaktadır. Bu çalışmada amacımız T. asahii'de biyofilm oluşumunun mekanizmasını aydınlatmak, biyofilm oluşumu sürecinde sentezlediği enzimlerden gliseraldehit-3-fosfat dehidrogenaz enziminin biyofilm oluşumuna katkısını belirlemek ve biyofilm ile antifungal duyarlılık profilleri arasında ilişki olup olmadığını saptamaktır.
Yöntem ve Bulgular: Çalışmaya 30 adet hasta kökeni dahil edildi. Biyofilm oluşumunu belirlemek için kristal viyole yöntemi kullanıldı ve öncelikle yöntem optimize edildi, daha sonra kökenlerin biyofilm düzeyleri düşük, orta ve yüksek biyofilm oluşturanlar şeklinde gruplandırıldı. Kökenlerin sentezlediği GAPDH miktarları Western-Blot yöntemi ile belirlendi. Kökenlerin amfoterisin B, flukonazol ve posakonazole karşı antifungal duyarlılık profilleri, planktonik hücreler için CLSI-M27-A3 rehberine göre, biyofilm oluşumunda ise XTT redüksiyon yöntemiyle belirlendi. Biyofilm oluşumu, GAPDH üretimi ve antifungal duyarlılık profilleri arasında Mann-Witney U, Kruskal Wallis, tek yönlü ANOVA testleri ve Pearson Korelasyon analizi kullanılarak yapılan istatistiksel analizlerle korelasyon varlığı araştırıldı. 
Sonuçlar: Çalışmamızda kökenlerin biyofilm düzeyleri arttıkça, GAPDH düzeylerinin arttığı ve kökenlerin düşük, orta ve yüksek düzey biyofilm oluşumlarının GAPDH miktarları arasındaki farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu görüldü. Antifungal duyarlılık testlerinde biyofilm oluşturan hücrelerin, planktonik hücrelere göre daha yüksek MİK değerleri (MİK50, MİK90 ve GM) olduğu belirlendi. Literatürde incelediğimiz kadarıyla T. asahii'de, biyofilm oluşumunda, posakonazol MİK sonuçlarını inceleyen herhangi bir çalışmaya rastlayamadık ve dolayısıyla gerçekleştirdiğimiz çalışma dünyada ve Türkiyede ilk çalışmadır. Kökenlerin %73,33'ünde POS MİK'inde logaritmik artışın 14≥log2≥10 olduğu görüldü. Ayrıca yüksek POS MİK sonuçları biyofilm oluşturan T. asahii enfeksiyonlarının tedavisinde POS'un kullanımının kısıtlandığını göstermekteydi. Planktonik hücre ve biyofilm oluşturan hücre arasındaki antifungal MİK log2 değerleri ile biyofilm düzeyleri ve GAPDH miktarları arasında anlamlı bir korelasyon olmadığı belirlendi. Bu durum, biyofilm oluşumundaki MİK değerlerindeki artışın sadece GAPDH enzimindeki artıştan kaynaklanmadığını ve başka etkenler de olabileceğini göstermekteydi. Ayrıca numune türünün biyofilm oluşumuna etkisinin olmadığı da görüldü. İnceleyebildiğimiz kadarıyla bu çalışma sırasında ilk kez belirlediğimiz optimize T. asahii biyofilm oluşumu yönteminin de ülkemizde yapılacak olan daha sonraki çalışmalara ışık tutacağı kanaatindeyiz.

Abstract:
Introduction and Aim: In recent years, Trichosporon asahii has emerged as the most common cause of invasive trichosporonosis, especially in immunocompromised patients. One of the most important virulence factors of Trichosporon asahii is biofilm formation, which creates resistance to antifungals and the environment. In this study, we aimed to elucidate the mechanism of biofilm formation in T. asahii, to determine the contribution of the glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase enzyme, one of the enzymes synthesized during the biofilm formation process, to biofilm formation, and to determine whether there is a relationship between biofilm and antifungal susceptibility profiles.
Material and Methods: Thirty patient isolates were included in the study. Crystal violet method was used to determine biofilm formation and firstly the method was optimized, then the biofilm levels of the isolates were grouped as low, medium and high biofilm forming. The amounts of GAPDH synthesized by the isolates were determined by Western-Blot method. Antifungal susceptibility profiles of the isolates against amphotericin B, fluconazole and posaconazole were determined according to CLSI-M27-A3 guideline for planktonic cells and by XTT reduction method for biofilm formation. The existence of correlation between biofilm formation, GAPDH production and antifungal susceptibility profiles was investigated by statistical analyses using Mann-Witney U, Kruskal Wallis, one-way ANOVA tests and Pearson Correlation analysis.
Conclusions: In our study, it was observed that as the biofilm levels of the strains increased, the GAPDH levels increased and the difference between the GAPDH amounts of the low, medium and high level biofilm formations of the strains was statistically significant. In antifungal susceptibility tests, it was determined that the biofilm-forming cells had higher MIC values (MIC50, MIC90 and GM) than the planktonic cells. As far as we examined in the literature, we could not find any study examining the MIC results of posaconazole in biofilm formation in T. asahii and therefore our study is the first study in the world and in Turkey. It was seen that the logarithmic increase in POS MIC was 14≥log2≥10 in 73.33% of the strains. In addition, high POS MIC results showed that the use of POS in the treatment of biofilm-forming T. asahii infections was narrowed. It was determined that there was no significant correlation between the antifungal MIC log2 values between planktonic and biofilm-forming cells and biofilm levels and GAPDH amounts. This situation showed that the increase in MIC values in biofilm formation was not only due to the increase in GAPDH enzyme and there may be other factors. It was also seen that the sample type had no effect on biofilm formation. As far as we could examine, we believe that the optimized T. asahii biofilm formation method that we determined for the first time in our country during this study will also shed light on future studies.