Matriks destekli lazer dezorpsiyon/iyonizasyon-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile tüberküloz dışı mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanması
Identification of nontuberculous mycobacteria at species level by matrix assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry
Yazar: MERT MANYASLI
Danışman: PROF. DR. NURAN ESEN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Mycobacterium = Mycobacterium

Özet:
Tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM), genelde çevresel kaynaklarla bulaşan, kronik enfeksiyonlara yol açan mikroorganizmalardır. Günümüzde 190'dan fazla mikobakteri türü tanımlanmıştır. Bunların çoğunluğu henüz enfeksiyon etkeni olarak gösterilmemiştir. TDM'lerin tedavisi türe göre değişkenlik göstermektedir. Tür düzeyinde tanımlama yapmak için uygulaması kolay, ucuz ve hızlı bir yönteme ihtiyaç duyulmaktadır. Son yıllarda kullanılan matriks destekli lazer dezorpsiyon/iyonizasyon-uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) bu özelliklere sahiptir.
 Bu amaçla, çalışmada Dokuz Eylül Üniversitesi Merkez Laboratuvarı'na 2013-2019 yılları arasında gönderilen hasta örneklerinden yapılan kültürlerde üremiş ve nükleik asit hibridizasyon yöntemiyle tür düzeyinde tanımlanmış olan 22 Mycobacterium abscessus, 4 Mycobacterium chelonae, 37 Mycobacterium fortuitum, 5 Mycobacterium gordonae, 9 Mycobacterium intracellulare, 4 Mycobacterium kansasii, 1 Mycobacterium lentiflavum, 3 Mycobacterium szulgai izolatı MALDI-TOF MS yöntemi ile çalışıldı. 83/85 (%97.6) izolat MALDI-TOF MS ile tür düzeyinde tanımlandı. 81/85 (%95.2) izolat için iki testin sonuçları uyumlu kabul edildi.
Gerek doğru epidemiyolojik veri elde etmek, gerekse uygun antimikrobiyal yönetimi sağlamak için TDM'lerin tür düzeyinde tanımlaması büyük önem taşımaktadır. MALDI-TOF MS, TDM tür tayini için kullanılması uygun bir yöntem olarak görünmektedir. Çalışmamızda moleküler bir yöntemle yüksek uyum gösterdiği saptanmıştır. Uygulaması kolay, maliyet etkin ve yaklaşık 90 dakikada sonuç veren bir yöntemdir. Bununla beraber kütüphanesinde bazı iyileştirmelerin yapılmasıyla daha iyi sonuçlar alınacağı düşünülmüştür. 

Anahtar kelimeler: Tüberküloz dışı mikobakteri, tür düzeyinde tanımlama, kütle spektrometresi, MALDI-TOF MS

Abstract:
Nontuberculous mycobacteria (NTM) are the microorganisms that is transmitted from environmental sources and leads to chronic infections. Nowadays more than 190 mycobacteria species are identified. Most of them have not been shown as an agent of infection yet. Treatment protocols of NTM  show difference according to species. It is needed that an easy to perform, cheap and fast method for identification at species level. Matrix assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) used in recent years have this features.
With this aim, 22 Mycobacterium abscessus, 4 Mycobacterium chelonae, 37 Mycobacterium fortuitum, 5 Mycobacterium gordonae, 9 Mycobacterium intracellulare, 4 Mycobacterium kansasii, 1 Mycobacterium lentiflavum, 3 Mycobacterium szulgai isolates that are grown by cultures of patient samples sent to Dokuz Eylül University Central Laboratory between 2013-2019 and identified at species level by nucleic acid hybridization method are studied with MALDI-TOF MS in the study. 83/85 (%97.6) isolates are identified at species level by MALDI-TOF MS. The results of two tests are accepted as concordant for 81/85 (%95.2) isolates.
 Identification of NTM carries great importance for both acquiring true epidemiologic data and provide suitable antimicrobial management. MALDI-TOF MS appears as a suitable method for species identification of NTM. It is detected that it has high concordance with a molecular method in our study. It is a method that is easy to use, cost effective and gives result about 90 minutes. All of that, it is considered that better results will be taken by doing some improvements in its library.         
        
Key words: Nontuberculous mycobacteria, identification at species level, mass spectrometry, MALDI-TOF MS