SSR markörleri kullanılarak mercimek tür ve çeşitlerinde genetik çeşitliliğe dayalı taksonomik ilişkinin araştırılması
Taxonomic relationships based on genetic diversity using SSR markers among lentil species (Lens sp.) and cultivars
Yazar: MUAZZEZ DERYA
Danışman: PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Mercimek = Lentil

Özet:
Bu çalışmada dünyanın farklı coğrafik bölgelerinden toplanan ve mercimeğin kültür türüne (Lens culinaris subsp. culinaris) ait 40 genotip ile yabani türlerine ait 130 genotip kullanılarak tür içi ve türler arası genetik çeşitlilik araştırılmış ve filogenetik analizler yapılmıştır. Bu analizlerde, mercimek için yeni geliştirilmiş olan 20 SSR markörü kullanılmış ve her bir markör için polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) ve genetik çeşitlilik indeksi (GÇİ) değerleri ile heterozigotluk oranı (HtO) ve allel sayıları (AS) hesaplanmıştır. Bütün lokuslardan elde edilen toplam allel sayısı 223 olarak saptanmış olup, bu allellerden 217 tanesinin polimorfik olduğu saptanmıştır. PBİ değeri 0.14 ile 0.94 arasında değişirken ortalama PBİ değeri 0.72 olarak bulunmuştur. Polimorfik markörlerden elde edilen allel sayısının 2 ile 32 arasında değiştiği ve ortalama allel sayısının 15.5 olduğu saptanmıştır. Markörlerin gösterdiği allelik varyasyonun türlere göre değişiklik gösterdiği ve 20 SSR marköründen 13'ünün türlere özgü bazı alleller ürettiği tespit edilmiştir. Mercimeğe özgü SSR markörlerinin aktarılabilirlik oranının L. culinaris subsp. orientalis alt türünde en yüksek (%85.1) ve L. nigricans türünde en düşük (%31.4) olduğu bulunmuştur. Genetik yakınlık değerlerine göre oluşturulan NeighborNet grafiğinde, çalışmada kullanılan mercimek genotiplerinin 6 gruba ayrıldığı, L. culinaris subsp. culinaris ve L. culinaris subsp. orientalis alt türlerine ait genotiplerin aynı grupta yer alırken, diğer türlerin ise ayrı ayrı gruplarda yer aldığı gözlenmiştir. Elde edilen genetik yakınlık değerlerine göre, kültür türüne en yakın türün L. orientalis, en uzak türün ise L. nigricans olduğu tespit edilmiştir. L. orientalis'den sonra kültür türüne en yakın yabani türlerin sırasıyla, L. ervoides, L. odemensis, L. tomentosus ve L. lamottei olduğu gözlenmiştir.

Abstract:
In this study, the genetic diversity within species and between species was investigated and phylogenetic analyses were performed using 40 cultivated (Lens culinaris subsp. culinaris) and 130 wild lentil genotypes which were collected from different geographic regions of the world. In these analyses, lentil-specific 20 SSR markers were used and polymorphism information content (PIC) value, genetic diversity index value, heterozygosity rate and allele numbers were calculated for each SSR marker. Totally 223 alleles were detected among all loci and 217 of them were polymorphic. The average number of allele per locus was 15.5 and polymorphism information content (PIC) of primers ranged from 0.14 to 0.94 with an average of 0.72. It is determined that allelic variation of markers differed according to species and out of the 20 primers, 13 primers produced some species-specific alleles. The highest transferability rate of lentil-specific SSR markers was detected in Lens culinaris subsp. orientalis (%85.1) and the lowest transferability rate was found in L. nigricans (%31.4). All lentil genotypes were separated into six groups in NeighborNet Planar Graph. It is observed that lentil genotypes which belong to L. culinaris subsp. culinaris and L. culinaris subsp. orientalis were clustered together and other species were clustered separately. According to genetic similarity values, L. orientalis was found as the most related species and L. nigricans was found as the least related species to the cultivated lentil.