Romatoid artrit'li hastalarda, bağırsak mikrobiyotasındaki bacteroides fragilis, prevotella copri, bifidobacterium bifidum ve lactobacillus salivarius türlerinin, tedaviye bağlı olarak değişiminin kantitatif olarak araştırılması
Quantitative investigation of treatment-related changes of bacteroides fragilis, prevotella copri, bifidobacterium bifidum and lactobacillus salivarius species in gut microbiota in patients with rheumatoid arthritis
Yazar: MELİKE DEMİR
Danışman: PROF. DR. FETİYE KOLAYLI
Kocaeli Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Artrit-romatoid = Arthritis-rheumatoid ; Bacteroides fragilis = Bacteroides fragilis ; Bağırsak florası = Intestinal flora ; Bifidobacterium bifidum = Bifidobacterium bifidum ; Lactobacillus salivarius = Lactobacillus salivarius ; Mikrobiyota = Microbiota ; Prevotella = Prevotella

Özet:
Giriş ve amaç
Bağırsak mikrobiyotası ve DMARD'lar arasında etkileşim bildirilmiştir, ancak bu konuda sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı, yeni tanı almış ve tedavi edilmemiş RA hastalarının dışkı örneklerindeki belirli bakteri türlerinin tedaviye bağlı kantitatif değişimlerini araştırmaktır.
Gereç ve yöntem
Bu çalışma Aralık 2018- Haziran 2020 tarihleri arasında Kocaeli Üniversitesi Hastanesinde gerçekleştirilmiştir. Çalışmaya Romatoloji Bölümü'ne başvuran, yeni tanı almış RA hastaları ve sağlıklı kontroller dahil edilmiştir. Hastaların 9/12 ay boyunca tedavi takipleri yapılmış ve DAS28 düzeyleri kaydedilmiştir. Takibi yapılan hastalardan belirlenen aylarda 3 kez, sağlıklı kontrollerden 1 kez dışkı örneği alınmıştır. Dışkı örneklerinden DNA izole edilerek kGZ-PZR yöntemi ile B.fragilis, P.copri, B.bifidum, L.salivarius'un kopya sayıları belirlenmiştir. Hem yeni tanı almış hastaların ve sağlıklı kontrollerin bakteri kopya sayıları karşılaştırılmış hem de takip edilen hastaların tedaviye bağlı olarak bakteri kopya sayılarındaki değişimler araştırılmıştır.
Bulgular
Yeni tanı almış 15 RA hastası ile 14 sağlıklı kontrol çalışmaya dahil edilmiş ve sekiz RA hastasının 9/12 ay boyunca tedavi takibi yapılmıştır. Yeni tanı almış hastalar, sağlıklı kontrollerle karşılaştırıldığında P.copri'nin hastalarda, L.salivarius'un sağlıklı kontrollerde istatistiksel olarak anlamlı düzeyde fazla olduğu belirlenmiştir (sırasıyla p=0,046, p=0,047). B.fragilis ve B.bifidum kopya sayılarında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamıştır (p≥0.05). Takip edilen hastaların 6. ayda büyük çoğunluğunda, 9/12. ayda tamamında tedavi başarısı elde edilmiştir. Tedavisi takip edilen hastalarda P. copri sayısında düzenli bir azalma olmasına rağmen, istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır. Ayrıca B. fragilis, B. bifidum, L. salivarius'un kopya sayılarında da anlamlı bir değişiklik tespit edilememiştir.
Sonuç
Çalışmadan elde edilen bulgular P.copri'nin RA etiyolojisinde rol oynama potansiyenin yüksek olduğunu destekler niteliktedir. Tedavi takibi sürecinde P.copri kopya sayısının azalması tedavi başarısını gösteren bir belirteç olarak kullanılabilir. Probiyotik bakterilerin RA hastalığına karşı koruyucu olabileceği belirlenmiş olup, probiyotik bakteriler içerisinde yer alan B.bifidum'un tedavi takibinde belirteç olarak kullanılabileceği ve terapötik amaçlı uygulanabileceği düşünülmüştür.  Sonuç olarak; bağırsak mikrobiyotası ve RA tedavileri arasındaki olası etkileşim mekanizmalarının daha fazla araştırılması, RA'nın etkili ve uzun vadeli yönetimi için umut vaat edebilir.

Abstract:
Introduction and purpose
Interaction between gut microbiota and disease modifying antirheumatic drugs (DMARDs) have been reported. But there are limited study in this subject. The aim of present study was to evaluate the treatment-related quantitative changes of certain bacterial species in stool samples for new onset and untreated patients with RA.
Material and method
This study was carried out between December 2018-June 2020 at the Kocaeli University Hospital. New onset patients with RA who applied the rheumatology department and healthy controls were included in the study. For 9/12 months, the patients' treatments followed-up and DAS28 scores were recorded. Stool samples were taken from the patients three times in the specified months and one time from the healthy controls. DNA was isolated from stool samples and copy numbers of B.fragilis, P.copri, B.bifidum, L.salivarius were determined by qPCR method. Bacterial copy numbers of both new onset patients and healthy controls were compared and changes in bacterial copy numbers depending on the treatment of the followed-up patients were evaluated. 
Results
Fifteen new onset patients with RA and 14 healthy controls were included in this study. Eight of fifteen patients were followed up for 9/12 months. In comparison to healthy controls, new onset patients with RA had significantly abundant P.copri (p=0,046). It was determined that L.salivarius was significantly higher in healthy controls (p = 0.047). There was no significant difference in the copy numbers of B.fragilis and B.bifidum between the two groups (p>0.05).Treatment success was achieved in the majority of the patients who were followed in the sixth month and in all of them in the ninth/twelve month. Although there was a decrease in the copy numbers of P.copri in the patients who were followed up no statistically significant difference was found. Also there was no significant change determined in the copy numbers of B.fragilis, B.bifidum, L.salivarius. 
Conclusions
These findings from the study support that P.copri to play a role in RA etiology. During the treatment follow up, decrease in the abundance of P.copri can be used as a marker of treatment success. It has been determined that probiotic bacteria can be protective against RA disease.  In the treated patients, the increase in B.bifidum, a probiotic bacterium, supports that it can be used as a marker in the follow-up of treatment of disease. It was also thought that this bacterium could be applied for therapeutic purposes. As a result, further investigation of possible mechanisms of the microbiome may hold promise for effective and long-term management of RA.