Amerikan yavru çürüklüğü şüpheli arı (apis mellifera) ve arı ürünlerinden izole edilen gram pozitif bakterilerin karakterizasyonu, antibiyotik duyarlılıkları ve paenibacillus larvae izolatlarının genetik çeşitliliği
Characterization and antibiotic sensitiveness of gram positive bacteri̇a isolated from American foulbrood suspect bee (apis mellifera) and bee products, with genetic di̇versity of paenibacillus larvae isolates
Yazar: MÜBERRA PINARBAŞ
Danışman: PROF. DR. ŞENGÜL ALPAY KARAOĞLU ; DOÇ. DR. ELİF SEVİM
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Oksitetrasiklin = Oxytetracycline

Özet:
Bu çalışmada, Amerikan Yavru Çürüklüğü hastalığı şüpheli arı ve arı ürünlerinden izolen edilen Gram-pozitif bakterilerin karakterizasyonu, antibiyotik duyarlılıkları ve Paenibacillus larvae izolatlarının genetik çeşitliliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 64 izolatın fiziksel ve biyokimyasal özelliklerinin yanında moleküler tanımlama için 16S rRNA gen bölgesi sekans analizi metodu kullanıldı ve mikroorganizmaların tür tayini yapıldı. İzolatların18'i Paenibacillus larvae, 15'i P. dentriformis, 1'i P. alvei, 8'i Bacillus subtilis, 3'ü B. pumilus, 2'si B. licheniformis, 1'i B. amyloliquefaciens, 3'ü Staphylococcus warneri olarak tür düzeyinde tanımlandı. İzolatların 10'u Bacillus sp., 2'si Kocuria sp. olarak sadece cins seviyesinde tanımlandı. Çalışmada izole edilen 63 izolatın 54'ünün (%86) kullanılan antibiyotiklerden en az birine dirençli olduğu tespit edildi. İzolatların 38'i (%60) kullanılan iki ve daha fazla antibiyotiğe karşı dirençli olduğu ve çoklu direnç taşıdıkları tespit edildi. Diğer yandan tanımlanan Paenibacillus larvae izolatlarının genetik çeşitliliğini belirlemek için BOX A1R ve MBO REP1 primerleri vasıtasıyla rep-PZR DNA parmak izi yöntemi kullanıldı. Yapılan rep-PZR sonuçlarına göre 18 izolatın 8'i (%53) Ab genotipinde iken, 7'si (%39) Aβ, 2'si (%11) AB ve 1'i (%6) ab genotipinde olduğu tespit edildi. Çalışmada izole edilen 18 P. larvae izolatının her birinin 1 adet plazmit DNA içerdiği tespit edildi. Aynı zamanda tetrasiklin ve oksitetrasiklin dirençli olan 8 P. larvae izolatında tet(K), tet(L), tet(M) ve tet(W) genleri, plazmit DNA'lar kalıp olarak kullanılarak tarandı. Yapılan çalışmada 7 izolatın tet(W) geni yönünden pozitif olduğu tespit edilirken, 8 izolatın tet(M) geni yönünden pozitif olduğu tespit edildi.

2017, 101 sayfa 
Anahtar Kelimeler: Amerikan Yavru Çürüklüğü (AYÇ), Paenebacillus larvae, rep-PZR DNA parmak izi, tetrasiklin direnç genleri.

Abstract:
In this study, it was aimed to determine the characterization of Gram-positive bacteria which were isolated from bee and bee products suspected the American Foulbrood disease, their susceptibility to antibiotics and the genetic diversity of Paenibacillus larvae isolates. In addition to the physical and biochemical properties of 64 isolates, the 16S rRNA gene sequences were used for molecular identification and species identification of the isolates were performed. The isolates were identified at species level as Paenibacillus larvae (18 isolates), P. dentriformis (15 isolates), P. alvei (1 isolate), Bacillus subtilis (8 isolates), B. pumilus (3 isolates), B. licheniformis (2 isolates), B. amyloliquefaciens (1 isolate) and Staphylococcus warneri (3 isolates). Ten isolates were identified Bacillus sp. and two isolates were identified as Kocuria sp. at genus level. It was determined that 54 of the 63 isolates (86%) used in this study were found to be resistant to at least one of the antibiotics used. It was found that 38 isolates (60%) were resistant to two or more antibiotics used and had multiple resistance. On the other hand, the rep-PCR DNA fingerprinting method was used to determine the genetic diversity of the identified Paenibacillus larvae isolates via BOX A1R and MBO REP1 primers. According to the rep-PCR results, it was determined that  8 of 18 isolates (53%) were Ab genotype, 7 (39%) were Ab, 2 (11%) were AB and 1 (6%) was ab genotype. It was determined that each of 18 P. larvae isolates used in the study contained 1 plasmid DNA. At the same time, tet(K), tet(L), tet(M) and tet(W) genes were screened using plasmid DNAs as templete DNA in 8 P. larvae isolates which were resistant to tetracycline and oxytetracycline and the tet(W) gene was detected in 7 isolates while tet(M) gene was detected in 8 isolates.

2017, 101 pages
Keywords: American Foulbrood, Paenibacillus larvae, rep-PCR DNA fingerprinting, tetracycline resistance genes.