Klinik örneklerden izole edilen aspergillus spp. türlerinin tanımlanmasında konvansiyonel yöntemler maldı-tof ms ve dizi analizi yöntemlerinin araştırılması
Investigation of conventional methods, maldi-tof ms and sequence analysis methods for determination of aspergillus spp. species isolated from clinical samples
Yazar: ESMA AKKOYUN BİLGİ
Danışman: PROF. DR. NURİ KİRAZ
İstanbul Üniversitesi / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Aspergillus türü mantar enfeksiyonları immün sistemi baskılanmış hastalarda, primer savunma mekanizmalarının yetersiz kalması sonucu yüksek mortalite ve morbidite ile sonuçlanan invaziv hastalıklara yol açmaktadır. Bu nedenle hızlı ve doğru tanı konularak uygun antifungal tedavi başlanması invazif aspergillozlu hastalar için hayati öneme sahiptir. Günümüzde daha hızlı, kolay uygulanabilir, yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip yeni tanı yöntemlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada çeşitli klinik örneklerden izole edilen Aspergillus spp. türlerinin; konvansiyonel yöntemler, MALDİ-TOF MS sistemi ve DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak tanımlanması ve bu yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 50 Aspergillus spp. suşu çalışmaya dahil edildi. İki Aspergillus spp. suşu kontaminasyondan dolayı çalışma dışı bırakıldı. Çalışmamızda standart tanımlama yöntemi olarak kullandığımız ITS dizi analizi yöntemiyle, suşların 25 tanesi A.fumigatus (%52,08), 17'si A.flavus (%35,42), 3'ü A.niger (%6,25), 2'si A.terreus (%4,17), 1'i A.sydowii (%2,08) olarak tanımlandı. Klasik konvansiyonel yöntem ve DNA dizileme sonuçları karşılaştırıldığında % 100 uyum olduğu gözlendi. İki farklı yazılım kullandığımız MALDI-TOF MS sisteminde ise güncel IVD (invitro diagnostik) VITEK MS V.2.0 yazılımı ile doğru tanımlanan köken 37(%77) iken, SARAMIS 4.12 RUO yazılımı ile doğru tanımlanan köken 42(%87.5) olarak bulundu. Moleküler yöntemler, konvansiyonel yöntemlerin yetersiz kaldığı ve tür tanımına gidilemediği durumlarda tamamlayıcı yöntem olarak kullanılmasının uygun olduğu düşünülmektedir. Zaman açısından değerlendirildiğinde MALDI-TOF yöntemi hızlı ve duyarlı bir yöntem olmasına rağmen veri tabanının geliştirilmesi amacıyla suş sayısının arttırılarak butür çalışmaların tekrarlanması gerektiği kanısına varılmıştır.

Abstract:
Fungal infections associated with Aspergillus species cause invasive diseases leading high mortality and morbidity as a result of deficiency of primary defence systems in immunosuppressive patients. Therefore, starting appropriate antifungal treatment after rapid and accurate diagnosis is critically important for invasive aspergillosis patients. Nowadays, more rapid, easily applicable, having high sensitivity and specifity new diagnostic methods are required. In this study, identification of Aspergillus spp. isolated from various clinical samples by using conventional methods, MALDI-TOF MS system and DNA sequence analysis and comparison of the methods are aimed. Totally 50 Aspergillus spp. strains were included in study. Two Aspergillus spp. strains were excluded due to contamination. 25 strains were identified as A.fumigatus (52.08%), 17 of them were identified as A.flavus (35.42%), 3 of them were identified as A.niger (6.25%), 2 of them were A.terreus (4.17%) and 1 of them was A.sydowii (2.08%) by ITS sequence analysis method used as standard diagnostic method in our study. 100% compliance was observed when compared classical conventional method with DNA sequencing results. Two different software programmes were used for MALDI-TOF MS system. 37 strains (77%) were accurately defined by current IVD (in vitro diagnostic) VITEK MS V.2.0 whereas 42 strains (87.5%) were accurately defined by SARAMIS 4.12 RUO software programme. Molecular methos are thought to be appropriate to be used as complementary method when conventional methods are insufficient for identification at the species level. Although MALDI-TOF MS method is rapid and sensitive method when evaluated in terms of time, it is concluded that such studies should be repeated with more strains to develop database.