Hb D-Los Angeles örneğinde beta globin gen yapısı ve polimorfizmler
Beta globin gene structure and polymorphisms in model of Hb D-Los Angeles
Yazar: ONUR ÖZTÜRK
Danışman: PROF. DR. EROL ÖMER ATALAY
Pamukkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyofizik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyofizik = Biophysics ; Biyoistatistik = Biostatistics ; Genetik = Genetics
Dizin: Biyofizik = Biophysics ; Gen sıklığı = Gene frequency ; Gen-yeniden düzenlenmesi = Gene rearrangement ; Globin = Globin ; Haplotipler = Haplotypes ; Hemoglobinler = Hemoglobins ; Mutasyon = Mutation

Özet:
D-Punjab, D-Nort Carolina, D-Portugal, D-Chicago, D-Neath ve Oak Ridge isimleri ile de bilinen Hb D-Los Angeles mutasyonu, beta zinciri kodon 121'de G>C baz yer değiştirmesi ile glutamik asit yerine glutamin gelmesi sonucu oluşan amino asit faklılığından kaynaklanmaktadır. Hb D Los Angeles klinik olarak belirti vermeyen bir anormal hemoglobin türüdür ve Denizli yöresinde gözlenen anormal hemoglobin türleri içinde % 57.8 sıklık ile ilk sırada yer almaktadır. Denizli yöresinde anormal hemoglobinler ve beta talasemiler, T.C. Sağlık Bakanlığı Denizli Hemoglobinopati Merkezi verilerine göre % 3.5 oranındadır. Denizli ili, ülkemizde Hemoglobinopati Kontrol Programı uygulanan 33 il merkezinden bir tanesidir. Anormal hemoglobinler yöremizde toplum sağlığı açısından önemli kalıtsal hastalıklar arasında yer almaktadır.Beta globin gen ailesi gibi tüm gen aileleri, ürünleri aynı genel işlevi gören bölgesel gen gruplarıdır. Gen ailesi içinde yer alan genler arasındaki DNA dizi benzerliği, bunların ortak atasal genden geldikleri hipotezinin doğmasına sebep olmuştur. Bu işlergelerin keşfedilmesine yönelik, beta globin gen ailesinin içindeki polimorfizm odakları son 30 yıl içerisinde araştırıcıların ilgisini çekmektedir.Tez çalışmasında; tüm beta geninin dizi analizi yapılarak, model olarak seçtiğimiz Hb D-Los Angeles mutasyonu ile ilişkili olabilecek beta geni 1. ekzonda 2. kodon nt.3 ile 2. intronda nt.16, nt.74, nt.81, nt.666 olmak üzere 5 adet framework polimorfik odağının baz türü belirlenmiştir. Beta globin gen ailesi içerisinde yer alan beta geni üzerindeki framework polimorfik odaklarının belirlenmesi ile bu odakların Hb D-Los Angeles mutasyonu ile olan olası ilişkileri istatistiksel yazılım programı (Arlequin 3.5) ile değerlendirilmiştir. Çalışmada ayrıca, Denizli yöresindeki normal ve Hb D-Los Angeles mutasyonu taşıyıcısı bireylere ait beta globin gen ailesi haplotipleri ile beta geni framework analizi verilerinin istatistiksel olarak karşılaştırılması yapılmıştır. Bu verilerin elde edilerek değerlendirilmesi, ilgili mutasyonların izlenmesinde antropolojik, paleoklimatolojik, arkeolojik ve filocoğrafik yaklaşımlara katkıda bulunmakta olup, ayrıca mutasyonların oluşum işlergelerinin tartışılması, bu işlergelerin modellenmesi ve bu noktadan hareketle olası gen tedavisi yaklaşımlarına da değerli katkılar sağlayabileceği öngörülmektedir.Anahtar Kelimeler: Hb D-Los Angeles, Hb D-Punjab, Beta geni, Framework

Abstract:
Hb D-Los Angeles (also known as D-Punjab, D-North Carolina, D-Portugal, D-Chicago, D-Neath and Oak Ridge) is an abnormal hemoglobin (Hb) with an amino acid substitution of glutamine for glutamic acid at codon 121 of the beta-globin. Hb D-Los Angeles an asymptomatic abnormal type of hemoglobin in clinically. In Denizli province, the most common abnormal hemoglobin variant is Hb D-Los Angeles [ ? 121(GH4)Glu ? Gln] with a frequency of 57% of the total abnormal hemoglobins observed. In Denizli province of Turkey, carrier rate for abnormal hemoglobins and beta-thalassemias is 3.5 % according to the data obtained from Turkish Ministry of Health, Denizli Hemoglobinopathy Center. The city of Denizli is one of the 33 target cities of which Hemoglobinopathy Control Program is applied as premarital screnning in Turkey. In terms of public health, abnormal hemoglobins are one of the major inherited diseases in our region.All genes families such as beta-globin gene families, as a general regional groups of the gene that same functions. DNA sequence similarity between genes within the this gene family, leads to a discussion of their come from a common ancestral gene hypothesis. Loci of polymorphism in the beta globin gene family has drawn the attention of researchers in the last 30 years.In this thesis study, to determine the framework, the ß-globin gene region containing the five SNPs were sequenced. Micro-haplotype polymorphism of the ß- globin gene designated as `framework? (FW) is defined by five single nucleotide polymorphisms (SNPs) (nt.3, nt.16, nt.74, nt.81, nt.666). To examine the possible relationships between Hb D-Los Angeles mutation with these loci was used the statistical software program (Arlequin 3.5). In addition, normal and carriers of Hb D-Los Angeles mutation in Denizli province were compared statistically owned by individuals beta-globin gene cluster haplotypes with the data analysis framework. With evaluation of these data conribute to approaches anthropological, paleoclimatic, archaeological and phylogeographical. In addition, expected to provide valuable contributions discuss the mechanisms of mutations and mechanisms of modeling to the potential of gene therapy approaches.KKeywords: Hb D-Los Angeles, Hb D-Punjab, Beta gene, Framework