Sucuktan enterokokların izolasyonu ve antibiyotik duyarlılık profillerinin belirlenmesi
Isolation of enterococci from traditional fermented Turkish sausage (sucuk) and determination of their antibiotic susceptibility patterns
Yazar: FURKAN DEMİRGÜL
Danışman: DOÇ. DR. YASİN TUNCER
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Enterococcus = Enterococcus ; Fermente gıdalar = Fermented foods ; Sucuk = Sausage

Özet:
Bu çalışmanın amacı, farklı üreticiler tarafından starter kültür kullanılmadan üretilen fermente Türk sucuğundan Enterococcus suşlarının izolasyonu ve bu izolatların antibiyotik duyarlılık profillerinin ve antibiyotik direnç yapısal genlerinin varlığının tespit edilmesidir. Sucuktan toplam 60 adet Enterococcus suşu izole edildi. 60 adet enterokok suşu 16S rDNA sekans analizi ile tür düzeyinde E. faecium (44 suş), E. faecalis (7 suş), E. hirae (5 suş), E. durans (2 suş), E. mundtii (1 suş) ve E. thailandicus (1 suş) olarak tanımlandı. Enterokok suşlarının antibiyotik duyarlılıkları 18 adet antibiyotiğe karşı disk difüzyon yöntemi kullanılarak test edildi. Enterokok suşlarının tamamı ampisilin antibiyotiğine duyarlı bulundu. Enterokok suşları denemelerde kullanılan diğer antibiyotiklere farklı duyarlılık profili gösterdi. Enterokok suşlarının çoğu rifampin (% 51.67), siprofloksasin (% 38.33) ve nitrofurantoine (% 33.33) dirençli bulundu. Yalnız 2 E. faecium (FYE4 ve FYE60) suşu test edilen bütün antibiyotiklere duyarlı bulundu. Enterokok suşları arasında E. faecalis suşunun diğer türlere göre daha yüksek antibiyotik dirençlilik gösterdiği belirlendi.  Enterokok suşlarının % 61.67' si çoklu antibiyotik direnç özelliği gösterdi. Enterokok suşlarında eritromisin (ermA, ermB ve ermC), kloramfenikol (cat), siprofloksasin (gyrA), tetrasiklin (tetM, tetL, tetS, tetK ve tetO) ve vankomisin (vanA, vanB ve vanC) antibiyotik direnç genlerinin varlığı spesifik primerler kullanılarak PZR çalışmaları ile araştırıldı. Bu araştırma sonucunda ermA, cat, tetS, tetK, tetO, vanB ve vanC genleri için tüm izolatlar negatif bulundu. Enterokok suşları arasında en sık saptanan antibiyotik direnç geninin ermC olduğu belirlendi.

Abstract:
The aim of this study was to isolate Enterococcus strains from Turkish dry fermented sausage (sucuk) produced by different manufacturers without using starter culture and to detect their antibiotic susceptibility patterns and antibiotic resistance genes. A total of 60 Enterococcus strains were isolated from sucuk. The sixty enterococcal strains were identified at species levels as E. faecium (44 strains), E. faecalis (7 strains), E. hirae (5 strains), E. durans (2 strains), E. mundtii (1 strain) and E. thailandicus (1 strain) by 16S rDNA sequence analysis. The antibiotic susceptibility patterns of the enterococcal strains were tested against eighteen antibiotics by the disc diffusion method. All enterococcal strains were found susceptible to ampicillin. Enterococcal strains showed different susceptibility patterns to the other antibiotics used in this study. Most of enterococcal strains were found resistant to rifampin (51.67%), ciprofloxacin (38.33%) and nitrofurantoin (33.33%). Only two E. faecium strains (FYE4 and FYE60) were found sensitive to all of the antibiotics. The E. faecalis strains were found higher resistant to antibiotics than other species. 61.67% of enterococcal strains showed multiple antibiotic resistance patterns. Presence of erytromycin (ermA, ermB and ermC), chloramphenicol (cat), ciprofloxacin (gyrA), tetracycline (tetM, tetL, tetS, tetK and tetO) and vancomycin (vanA, vanB and vanC) antibiotic structural resistance genes in enterococcal strains were investigated with PCR by using spesific primers. All enterococcal strains were found negative to ermA, cat, tetS, tetK, tetO, vanB and vanC genes. The ermC gene was detected as the most frequent antibiotic resistance gene among enterococcal strains.