Eskişehir ili domates ve biber ekim alanlarında görülen bazı virüs hastalıklarının belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonları
Determination and molecular characterization of some virus diseases on tomato and pepper plants in Eskişehir province
Yazar: FARUK ÖNCÜ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN YEŞİL
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Biber = Pepper ; Bitki koruma = Plant protection ; Bitki virüsleri = Plant viruses ; DNA analizi = DNA analysis ; Domates = Tomato ; Domates lekeli solgunluk virüsü = Tomato spotted wilt virus ; ELISA =   ; Eskişehir = Eskişehir ; Hıyar mozaik virüsü = Cucumber mosaic virus ; PCR =

Özet:
Bitki virüs hastalıkları sürdürülebilir tarımsal üretimi etkileyen unsurlar arasında yer almaktadır. Bu çalışma, sebze üretiminde önemli bir potansiyele sahip olan Eskişehir ilinde 2019 yılında açık alan ve örtü altı üretim alanlarında, 107 domates (Solanum lycopersicum L.) ve 63 biber (Capsicum annuum L.) bitkisinden toplanan 170 yaprak ve meyve örneklerindeki virüs hastalıklarının belirlenmesi amacıyla yapılmıştır.DAS-ELISA yöntemi ile serolojik olarak %60,7'sinin enfekteli olduğu saptanan domates örneklerinde enfeksiyon oranına göre sırasıyla, %30,8 oranında Tomato spotted wilt virus (TSWV), %16,8 oranında Cucumber mosaic virus (CMV), %8,4 oranında Potato virus Y (PVY), %2,8 oranında Tomato mosaic virus (ToMV) ve %1,9 oranında Tobacco mosaic virus (TMV) enfeksiyonu tespit edilmiştir. Biber örneklerinin enfeksiyon oranına göre sırasıyla %50,8 oranında TSWV, %28,6 oranında CMV, %6,3 oranında PVY ve %3,2 oranında TMV virüslerinin enfeksiyonu sonucunda, %92'sinin enfekteli olduğu saptanmıştır. Pepino mosaic virus (PepMV), Tomato chlorosis virus (ToCV) ve Tobacco necrosis virus (TNV) virüsleri her iki bitki türüne ait örneklerde de DAS-ELISA yöntemi ile tespit edilememiştir. Seçilen 40 örnekte RT-PCR yöntemi ile, nükleokapsid protein (N) tam gen bölgesi ile TSWV'nin ve kılıf protein (CP) kısmi gen bölgesi ile CMV'nin, moleküler tespiti yapılarak DAS-ELISA sonuçları doğrulanmıştır. 5 TSWV (MW767714, MW767715, MW767716, MW767717, MW767718) ve 2 CMV (MW775034,MW775035) izolatının nükleik asit sekansları belirlenip filogenetik analizler yapılmıştır ve sekans bilgileri NCBI Genbank veritabanına kaydedilmiştir. Kendi aralarında %99, ile %99,9 (amino asit: %98,6 ile %100) oranında benzer olan ve filogenetik ağaçta hep birlikte gruplanan TSWV izolatlarının Avrupa izolatları ile yakın ilişki içinde olduğu saptanmıştır. CMV izolatlarından domates izolatının dünya genelinde yaygın olduğu kabul edilen alt grup IA'da, biber izolatının ise Asya kökenli olduğu bilinen alt grup IB'de yer aldığı belirlenmiştir.

Abstract:
Plant virus diseases are one of the factors affecting sustainable agricultural production. This study was conducted to determine the virus diseases in 170 samples collected from 107 tomato (Solanum lycopersicum L.) and 63 pepper (Capsicum annuum L.) plants grown in open field and greenhouses in 2019 in Eskişehir, which has an important potential in vegetable production. It was determined that 60.7% of tomato samples were infected by the serologically based DAS-ELISA method. According to the results, the detected viruses and their infection rates are as follows; 30.8% Tomato spotted wilt virus (TSWV), 16.8% Cucumber mosaic virus (CMV), 8.4% Potato virus Y (PVY), 2.8% Tomato mosaic virus (ToMV), 1.9% Tobacco mosaic virus (TMV). It was determined that 92% of the pepper samples were infected as a result of the infection of 50.8% TSWV, 28.6% CMV, 6.3% PVY and 3.2% TMV viruses, respectively, according to the infection rate. Pepino mosaic virus (PepMV), Tomato chlorosis virus (ToCV) and Tobacco necrosis virus (TNV) viruses could not be detected in both plant species by DAS-ELISA method. DAS-ELISA results were confirmed by molecular determination of the nucleocapsid protein (N) full gene region of TSWV and the coat protein (CP) partial gene region of CMV by RT-PCR method in the selected 40 samples. Nucleic acid sequences of 5 TSWV (MW767714, MW767715, MW767716, MW767717, MW767718) and 2 CMV (MW775034,MW775035) isolates were determined, recorded in the NCBI Genbank database, and phylogenetic analyzes were performed. It has been determined that TSWV isolates, which are 99% to 99.9% (amino acide: 98,6% to 100%) similar among themselves and grouped together in phylogenetic tree, are in close relationship with European isolates. Among the CMV isolates, it has been determined that tomato isolate is in the subgroup IA, which is accepted to be widespread worldwide, and the pepper isolate is in the subgroup IB, which is known to be of Asian origin.