Zeka geriliğine neden olan delesyon ve duplikasyonların tam genom mikroarray metoduyla belirlenmesi
Detection of deletions and duplications that cause mental retardation by whole genome microarray method
Yazar: DENİZ SÜNNETÇİ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. NACİ ÇİNE ; DOÇ. DR. BÜLENT KARA
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: FISH = FISH ; Genom = Genome ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Kromozomlar = Chromosomes ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Zeka geriliği = Mental retardation

Özet:
Zeka geriliği (Mental retardasyon) en sık görülen gelişimsel bozukluklardan biridir. Mental retardasyonun prevalansı yaklaşık %1-3 olarak kabul edilmektedir. Mental retardasyonun, doğumsal travmalar ve enfeksiyonlar gibi çevresel nedenleri ile 1000'den fazla bilinen genetik nedeni bulunmaktadır. Bunun yanı sıra, mental retarde bireylerin büyük çoğunluğunda spesifik bir neden tanımlanamamaktadır.Bu çalışmada, mental retarde bireylerde tüm genom taranarak kromozom hasarlarını saptamak amaçlanmıştır.Çalışmamızda cinsiyet farkı gözetmeksizin, 0-18 yaş arası 52 mental retarde bireyden alınan periferik kan örnekleri DNA düzeyinde array-CGH yöntemiyle incelenerek, genetik hasarların en çok hangi moleküler bölgelerde yer aldığı taranmıştır. aCGH çalışmaları sonucunda; 38 (% 73) hastada genomun çeşitli bölgelerinde çeşitli boyutlarda aberasyonlar saptanmıştır. 14 (% 27) hastada ise herhangi bir aberasyona rastlanmamıştır. Non-sendromik mental retarde hastaların 7'sinde (% 70), mental retardasyona eşlik eden dismorfik bulguları olan hastaların 22'sinde (% 78.6), mental retardasyona eşlik eden epilepsi hastalarının 7'sinde (% 87.5) ve mental retardasyona eşlik eden epilepsili ve dismorfizmli hastaların 2'sinde (% 33.3) genomun çeşitli yerlerinde farklı boyutlarda aberasyonlara rastlanmıştır. En sık görülen aberasyon hemen hemen her hastada farklı boyutlar sergileyen 16p11.2 bölgesindeki delesyon olmuştur (toplam 52 hasta arasından 15 kişide görülmüştür).Tam genom analizi üzerinde gerçekleştirilen bu çalışma ile mental retardasyon açısından yeni tanısal-genetik ve patognomonik belirteçler elde edilebilir. Verilerin verifikasyonu ve aynı bölgelere ait gen anlatım ve proteomiks çalışmaları, mantal retardasyonun patogenez mekanizması açısından önemli ipuçları sağlayabilir.Anahtar Kelimeler: Mental retardasyon, delesyon, duplikasyon, mikroarray, CGH array

Abstract:
Mental retardation is one of the most common developmental disorder. Prevelance of mental retardation is accepted as %1-3 percent of population. There are environmental factors like birth trauma and infections and over 1000 genetic causes for mental retardation. Besides this, in the majority of mentally retarded individuals a specific cause can not be identified.Aim of this study was to determine chromosomal aberrations in patients with mental retardation by scanning whole genom.In our study, regardless of the gender gap peripheral blood samples were taken from 52 individuals between the ages of 0-18 with mental retardation and the molecular regions of most genetic damages were detected on DNA level using array-CGH method. In aCGH studies, aberrations with various sizes were detected in various regions of the genome on 38 (73%) patients. No aberrations were found in 14 (27%) patients. Aberrations with different sizes were found in different parts of the genome on 7 (70%) of non-syndromic mental retardation patients, 22 (78.6%) of patients with mental retardation associated with dysmorphic findings, 7 (87.5%) of patients with mental retardation accompanied by epilepsy and 2 (33.3%) of patients with mental retardation associated with epilepsy and dismorphism. The most frequent aberration seen in almost all patients (were seen totally in 15 people through 52 patients) was deletion of 16p11.2 with different sizes.By this study performed on whole genome analysis, new diagnostic-genetic and pathognomonic markers can be obtained in terms of mental retardation. Verification of data belonging to the same regions by gene expression and proteomics studies may provide important clues for mental retardation mechanism.Keywords: Mental Retardation, deletion, duplication, microarray, CGH array