Çeşitli su örnekleri ve su örneklerinden izole edilen Acanthamoeba türlerinde Francisella tularensis araştırılması
The investigation of Francisella tularensis in the water samples and in Acanthamoeba species isolated from the water samples
Yazar: MEHMET ATAŞ
Danışman: PROF. DR. ÖMER POYRAZ
Cumhuriyet Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acanthamoeba = Acanthamoeba ; Amipler = Amoeba ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Su = Water ; Tularemi = Tularemia

Özet:
Bu çalışmada, su örneklerinde Francisella tularensis ve Acanthamoeba cinsi amiplerin varlığının ve bu amiplerin F. tularensis taşıyıcılığındaki rollerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, Sivas ilinde tularemi olgusu görülen bölgelerden 200, olgu görülmeyen bölgelerden 100 olmak üzere toplam 300 şebeke ve kaynak suyundan örnek toplanmıştır.Su örnekleri 0.20 µm por çaplı membran filtrelerden süzülmüştür. Membran filtreler F. tularensis kültürü, Acanthamoeba kültürü ve DNA elde edilmesinde kullanılmıştır. Su örneklerinde F. tularensis ve Acanthamoeba cinsi amiplerin ve bu amiplerin F.tularensis taşıyıcılığındaki rollerinin araştırılmasında kültür ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) kullanılmıştır. Kültür çalışmalarında, F.tularensis için Glucose Cystein Blood Agar (GCBA), Acanthamoeba cinsi amiplerin üretilmesi için Besleyici Değeri Olmayan Agar (BDOA) kullanılmıştır. Acanthamoeba cinsi amiplerdeki F.tularensis taşıyıcılığının araştırılmasında, Buffered Charcoal Yeast Extract Agar (BCYE) besiyerinden yararlanılmıştır. Polimeraz Zincir Reaksiyonunda F.tularensis'in Tul4, Acanthamoeba cinsi amiplerin 18S rDNA gen bölgesine özgül primerler kullanılmıştır. F.tularensis alt tür analizinde ise RD1 gen bölgesine özgül primerler kullanılmıştır.Tularemi olgusu görülen bölgelerden alınan 200 su örneğinin 30'undan (%15) kültür yöntemi ile F.tularensis izolasyonu yapılırken, tularemi olgusu görülmeyen bölgelerden alınan 100 su örneğinin hiç birisinden F.tularensis izole edilmemiştir. Tür ve alt türe özgü primerler ile yapılan PZR deneyi sonucunda 30 F.tularensis izolatının tümünün F.tularensis subsp. holarctica olduğu bulunmuştur.Tularemi olgusu görülen bölgelerden alınan 200 su örneğinin 16'sından (%8), tularemi olgusu görülmeyen bölgelerden alınan 100 su örneğinin 12'sinden (%12) Acanthamoeba cinsi amip izole edilmiştir. Elde edilen toplam 28 Acanthamoeba izolatının hiçbirinde kültür ve PZR deneyleriyle F.tularensis taşıyıcılığı saptanmamıştır.Alınan su örneklerinin tamamında konvansiyonel PZR yöntemi ile F.tularensis DNA'sının varlığı araştırılmış olup, su örneklerinin hiç birisinde F.tularensis DNA'sının varlığı saptanmamıştır.Sonuç olarak bu çalışmada Sivas ilindeki şebeke ve kaynak sularında F.tularensis ve Acanthamoeba cinsi amiplerin varlığı saptanırken, amipler ile F.tularensis varlığı arasında anlamlı bir ilişki bulunmamıştır.

Abstract:
In this study was aimed to investigation of the presence of Francisella tularensis and Acanthamoeba sp. in the water samples and the carrier role of Acanthamoeba sp. for F.tularensis. For this purpose, a total of 300 the drinking water supply and spring water 200 from tularemia appeared regions and 100 from tularemia not appeared regions were collected in Sivas.The water samples were filtered through a 0,20 µ pore size membran filters. The membran filters were used for F. tularensis culture, Acanthamoeba culture and DNA extraction. In the study, culture and Polymerase Chain Reaction (PCR) methods were used to investigation of the presence of F. tularensis and Acanthamoeba sp. in the water and carrier role of Acanthamoeba sp. for F. tularensis. Glucose Cystein Blood Agar (GCBA) and the Non Nutrient Agar (NNA) were used for F.tularensis and Acanthamoeba sp. in the culture, respectively. On the other hand, Buffered Charcoal Yeast Extract Agar (BCYE) medium were used to investigate of carrier role of Acanthamoeba sp. for F.tularensis. Tul4 and 18S rDNA genes spesific primers were used for F.tularensis and Acanthamoeba sp. in the PCR, respectivly. After that, RD1 gene spesific primers were used for F.tularensis subspecies analysing.F.tularensis was isolated in 30 (15%) of 200 water samples which are from tularemia appeared regions, while was not been isolated in 100 water samples which are from tularemia not appeared regions with the culture method. As a result of the PCR assay with made by species and sub-species-specific primers, the all 30 isolates of F.tularensis were identified as F.tularensis subsp. holarctica.Acanthamoeba sp. were isolated in 16 (8%) of 200 water samples from tularemia appeared regions, while 12 (12%) of 100 water samples from tularemia not appeared regions. F.tularensis was not detected with culture and PCR method in the Acanthamoeba isolates (28 isolates) obtained in the study.All of the water samples were analyzed for the precence of F.tularensis with PCR method but the species was not detected in any samples.As a result of the study, the presence of F.tularensis and Acanthamoeba sp. were detected in drinking water supply and spring water in Sivas. However, there was not a significant relationship between the presence of F.tularensis with Acanthamoeba sp.