Geo veri tabanına kayıtlı mikrodizi verilerinin analizi için yeni bir bilgisayar programının tasarlanması
Designing of a new computer program for analysis of microarray data that deposited in geo database
Yazar: OSMAN VARIŞLI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ CAFER BUDAK
Dicle Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Biyoinformatik = Bioinformatics ; K-Means algoritma = K-Means algorithm ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Veri analizi = Data analysis

Özet:
Gen ekspresyonunun mikrodizi tabanlı analizi, biyomedikal araştırmalar için oldukça önemli deney sistemleridir. Bununla beraber bu deneylerden elde edilen verilerin analizi uygun yazılım araçlarıyla desteklenmediği takdirde ya sonuç elde edilememekte ya da hatalı sonuçlar elde edilmektedir. Bu nedenle, bu verilerin analizini istenilen kalitede yapabilecek ve grafik sistemleri ile bunu görselleştirebilecek programlar bu alanda çalışan araştırmacılar açısından oldukça önemlidir. Güncel olarak kullanılmakta olan yazılımlar incelendiğinde açık kaynak kodlu olmayışları, gerekli raporların indirilmesine izin vermemeleri, yeterli grafik desteği olmayışları, işletim sistemi bağımsız çalışamamaları ya da güncel geliştirilen algoritma ve teknolojileri kullanmamaları gibi bir veya birden fazla eksiklik barındırdıkları görülmektedir.  Bu tür eksiklikleri olmayan yeni bir yazılım geliştirilmesi mikrodizi tabanlı gen ekspresyon analizi yapan veya yapmayı planlayan temel bilim araştırmacıları ve klinik hekimler için önemli olacaktır. 
Bu tez çalışmasında GEO analizi için kullanımı kolay ve ücretsiz bir web aracı olan,  GEOMT(GEO Microarray Tool) tasarlanmıştır. GEOMT, özellikle daha fazla programlama ve algoritma yeterliliği veya biyoinformatik bilgisi olmayan araştırmacılara için değerli bir araç olacaktır.

Abstract:
Microarray-based analysis of gene expression is very important experimental systems for biomedical research. However, if the analysis of the data obtained from these experiments is not supported with appropriate software tools, either no results can be obtained or erroneous results are obtained. For this reason, programs that can analyze these data with the desired quality and visualize it with graphic systems are very important for researchers working in this field. When the software currently being used is examined, it is seen that they have one or more deficiencies such as not being open source, not allowing the download of required reports, not having sufficient graphic support, not working independently of the operating system, or not using up-to-date algorithms and technologies. The development of new software that does not have such shortcomings will be important for basic science researchers and clinicians who are doing or planning to perform microarray-based gene expression analysis.
In this thesis, an easy-to-use and free web tool, GEOMT (GEO Microarray Tool), was designed for GEO analysis. GEOMT will be a valuable tool, especially for researchers without further programming and algorithm proficiency or bioinformatics knowledge.