Beyin tümörlerinde uzun kodlamayan rna' ların fonksiyonlarının araştırılması
Investigation of long non-coding rnas functions in brain tumours
Yazar: TUĞÇE BALCI
Danışman: PROF. DR. CUMHUR GÜNDÜZ
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Primer beyin tümörleri, çocukluk çağında görülme sıklığı yüksek olup kansere bağlı ölümler arasında yer almaktadır. Uzun kodlamayan RNA' lar (lncRNA), ncRNA'  ların yeni bir sınıfıdır. LncRNA' lar, imprinting, epigenetik regülasyon, apoptoz, hücre döngüsü kontrolü, transkripsiyonel ve translasyonel regülasyon, splicing, hücre gelişimi, farklılaşması ve yaşlanması gibi çeşitli biyolojik rollerle ilişkilendirilmiştir. LncRNA' ların hatalı ifade edilenlerinin kanseri de içeren çeşitli hastalıkların progresyonu ve gelişiminde kritik rol oynadığı düşünülmektedir.
Bu çalışmada; uzun kodlamayan RNA ekspresyon değişimlerine bağlı olarak farklı beyin tümörü hücre hatlarının moleküler patogenezindeki rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda, beyin tümörü hücreleri ve beyin tümörü kök hücre hatlarının; insan lncRNA ve hastalıkla ilişkilendirilmiş insan lncRNA aray plakları ile ekspresyon profilleri belirlenmiştir.
Bu amaçla hücre hatlarından U118MG-U87MG; glioblastoma; astrositoma (grade IV), LN18; glioblastoma; glioma (grade IV), Daoy; medullablastom, SW 1088; astrositoma ve insan parental beyin kanseri kök hücresi kullanılmıştır. Kontrol grubu olarak da insan nöronal kök hücre (korteks) ve Normal İnsan Astrosit hücre hatları kullanılmıştır.
 Total RNA izolasyonu RNeasy Plus Mini Kit ile izole edilmiştir. Reverz transkriptaz prosüdürü LncProfiler cDNA sentez kit kullanılarak cDNA sentezi yapılmıştır. Hastalıkla ilişkilendirilmiş lncRNA ve insan lncRNA ekspresyonları lncRNA ekspresyonları LightCycler ® 480 real-time PCR ile çalışılmıştır. LncRNA genlerinin ekspresyon profilleri kontrol hücreleri ile karşılaştırıldığında anlamlı azalış ya da artış göstermişlerdir.
Sonuç olarak;  insan lncRNA profilleri ve hastalıkla ilişkilendirilmiş lncRNA aray plakları ile anti-kanser gen ekspresyon değişimleri belirlendi. Bu bulguların tümörogenez sürecinde etkili olabileceği ve beyin tümörü tedavisi için ek bir tedavi protokolü gerçekleştirilebileceğini düşündürmektedir.

Anahtar kelimeler: Uzun kodlamayan RNA; Beyin tümörü; Beyin tümörü kök hücre

Abstract:
Primary brain tumors are the leading cause of cancer-related deaths with the high incidence rate in childhood. Long noncoding RNAs (IncRNA) are being described as a new class for ncRNA. lncRNAs are associated with various biological roles such as imprinting, epigenetic regulation, apoptosis, cell cycle control, transcriptional and translational regulation, splicing, cell growth, differentiation, and aging. Aberrant expression of lncRNAs are thought to play a critical role in progression of various diseases and development including cancer.
In this study; due to the long non-coding RNA expression changes, difference of brain tumor cell lines was aim to determine the role of the molecular pathogenesis. In this context, the expression profiles with human lncRNA and disease related human lncRNA array plate was determined in brain cancer cells and brain cancer stem cell line.
U118MG-U87MG; glioblastoma; astrositoma (grade IV), LN18; glioblastoma; glioma (grade IV), Daoy; medullablastoma, SW 1088; astrositoma and human parental brain cancer stem were used. As a control group; human neural stem cells (cortex) and normal human astrocyte cell lines were used.
Total RNA was isolated from the cells RNeasy Plus Mini Kit. Reverse transcription procedure was performed for cDNA synthesis by using LncProfiler cDNA synthesis kit. the expressions of disease related human lncRNA and human lncRNA profiles were studied by LightCycler ® 480 real-time PCR. expression profiles of lncRNA genes showed a significant decrease or increase, compared to the control Cells. 
As a result, fold changes for anti-cancer gene expressions were detected with human lncRNA and disease-related human lncRNA array plates. Data from our experiments indicate that expression profiles of lncRNA may influence tumorigenesis process and that may be useful for additional treatment protocols of human brain tumors. 

Keywords: Long non-coding RNA; Brain tumors; Brain tumour stem cell