Hepatosellüler kanser olgularında mısmatch repaır genlerine ait metilasyon profilinin ms-mlpa yöntemi ile belirlenmesi
Methylation profile analysis of dna repair genes in hepatocellular carcinoma with ms-mlpa
Yazar: ÖZGE ÖZER KAYA
Danışman: PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN
Başkent Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Hepatosellüler Karsinom (HCC) major risk faktörlerinin iyi tanımlandığı nadir tümörlerden biridir. Viral hepatitler, alkol, aflatoksin gibi çevresel ajanlar ve diğer etiyolojik faktörler HCC olgularında sıklıkla rastlanmaktadır. Hepatosellüler karsinomun çok faktörlü etiyolojisi karmaşık moleküler patogenezi ile açıklanabilmektedir.  Gen ifadelenmesi, mutasyonlar, heterozigotluk kaybı ve promotor hipermetilasyonu gibi geniş bir grup moleküler değişiklik HCC olgularında bildirilmiştir.
Çalışmamızda; HCC tanısı almış hastalara ait karaciğer dokusu örneklerinde DNA onarım sistemlerinde görev yapan MLH1, PMS2, MSH6, MSH2, MGMT, MSH3 ve MLH3 genlerine ait promotor metilasyon durumları MS-MLPA yöntemi kullanılarak incelenmiş ve mevcut klinik bulgularla karşılaştırılmıştır. İncelen olgularda en sık etiyolojik neden tek başına HBV infeksiyonu varlığı (%47,2) olarak tespit edilmiştir. Değerlendirilen 56 olgunun 27'sinde (%48,2) çalışılan genlerden en az birine ait metilasyon, 13 (%23,2) tanesinde sadece tek bir gene ait metilasyon ve 14 (%25) olguda da birden fazla gene ait metilasyon saptanırken, sadece 1 hastada (% 1,8) tüm genlere ait metilasyon saptanmıştır.
Çalışılan yedi gen içerisinde en fazla metilasyon saptanan gen 14 (% 25,0) olgu ile MSH3 olarak bulunmuştur. Tek tümörü olan bireylerde incelenen genlerden en az birinde artmış metilasyon, multifokal tümörleri olanlara göre anlamlı olarak daha sık görülmüştür. PMS2 metilasyonu saptanan örneklerde HBV pozitifliği, CHILD sınıfı, tümör sayısı, Grade ve TNM evresi açısından anlamlı farklılık saptanmıştır. 
Bu sonuçlardan yola çıkarak,  MMR sisteminde yer alan genlerin metilasyonunun HCC patogenezinde sorumlu olabileceği ve bu tür çalışmalarda aynı yolakta görevli birden fazla gene ait değişikliğin bir arada değerlendirilmesinin daha fazla bilgi vereceği düşünülmüştür. MS-MLPA uygulaması basit ve maliyeti düşük bir yöntem olmakla birlikte veri analizinde karşılaşılan güçlüklerin ortadan kaldırılması ile yöntemin kullanım alanı genişleyecektir.

Abstract:
Hepatocellular carcinoma (HCC) is one of the rare tumours with well-defined major risk factors. Frequently seen factors include environmental agents like Hepatitis B and C, alcohol, aflatoxins and other etiological agents. The multifactorial etiology of HCC can be explained by its complex molecular pathogenesis. A wide range of genetic changes; including gene expression changes, mutations, and loss of heterozygosity and promoter hypermethylation; has been reported in HCC.
In the current study, the methylation status of seven genes involved in DNA repair mechanisms, namely MLH1, PMS2, MSH6, MSH2, MGMT, MSH3 and MLH3, was investigated in tumour samples from HCC patients, using the methylation specific – multiplex ligation dependent probe amplification (MS-MLPA) method and the results were correlated with clinical findings. The most common etiological factor in these cases was the presence of hepatitis B alone (47.2%). Among the 56 cases that were studied, promoter methylation was detected in at least one of the genes in 27 (48.2%) cases, only in one gene in 13 (23.2%) cases and in more than one gene in 14 (25%) cases.  Only in one (1.8%) patient, methylation was detected in all of the genes studied. 
Of the seven genes investigated, methylation was most frequently observed in MSH3, with 14 (25%) cases. Methylation of at least one gene was significantly more frequent in patients with single tumours than multifocal tumours. There were significant differences regarding hepatitis B status, Child class, tumour number, grade and TNM stage in cases where PMS2 methylation was detected.
These results suggest that methylation of genes involved in mismatch repair may be responsible in the pathogenesis of HCC and evaluating changes in multiple genes in these pathways simultaneously would be more informative. Despite being a robust and relatively inexpensive method, the MS-MLPA assay could be more extensively applied with improvements in the currently intricate data analysis component.