Bazı pamuk çeşitlerinde genetik farklılığın RAPD tekniği ile belirlenmesi
Determination of genetic diversity among some cotton cultivars using the RAPD technique
Yazar: YONCA SURGUN
Danışman: PROF. DR. BETÜL BÜRÜN
Muğla Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA ; Pamuk = Cotton ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; RAPD = RAPD

Özet:
Bu çalışmada, kültürü yapılan dokuz pamuk çeşidi (Gossypium hirsutum L.) arasındaki genetik ilişkinin RAPD-PZR yöntemi kullanılarak belirlenmesi hedeflenmiştir. 9 farklı pamuk çeşidinde (Nazilli 84, Nazilli 84-S, Şahin 2000, Carmen, Flora, BAmig 119, 72D4/F1, 608D4/F1, 608D1/F1) polimorfizmin belirlenmesi amacıyla 42 adet RAPD primeri kullanılmıştır. Primerlerin 34 tanesinden başarılı sonuç alınmış ve toplam 319 adet RAPD-PZR bantı elde edilmiştir. Elde edilen RAPD-PZR bantlarından 261 tanesinin monomorfik, 58 tanesinin polimorfik olduğu saptanmıştır. Çalışılan 9 pamuk çeşidinin 34 primer ile taranması sonucu polimorfizm oranı %18.18 olarak bulunmuştur. RAPD-PZR bantlarının varlık / yokluk durumlarının değerlendirilmesi sonucu genotipler arasında genetik benzerlik ve farklılıklar saptanmış ayrıca, dendogram oluşturulmuştur. Çalışılan çeşitler içinde birbirine en uzak çeşitler, 72D4/F1 ile Nazilli 84-S (0.0988) ve Flora ile 608D4/F1 (0.988)'dir. Birbirine en benzer çeşitler ise Nazilli 84 ile Nazilli 84-S (0.0318) olarak tespit edilmiştir. Oluşturulan dendogramda çeşitler iki ana kümeye ayrılmıştır. Yapılan çalışmada ilk olarak; 34 primer ile taranan 9 farklı pamuk çeşidinin birbirlerinden genotipik olarak farklı olmaları sonucunun yanı sıra, 9 çeşit arasında genetik polimorfizm ortaya koyulmuştur. İkinci olarak; RAPD markörleri yardımıyla çeşitler moleküler düzeyde birbirinden ayrılabilmişlerdir ve çeşitlere özgü markörler tespit edilmiştir.Anahtar Kelimeler : RAPD-PZR, Pamuk (Gossypium hirsutum L.), Genetik farklılık.

Abstract:
This study aims to analyze the genetic difference between nine cultivated cotton genotypes (Gossypium hirsutum L.) using RAPD-PCR method. A total of 42 RAPD primers are used to determine the polymorphism between nine different cotton genotypes (Nazilli 84, Nazilli 84-S, Şahin 2000, Carmen, Flora, BAmig 119, 72D4/F1, 608D4/F1, 608D1/F1). The result is successfull in 34 of these primers and 319 RAPD-PCR bands are obtained. It has been determined that out of all the bands, 261 are monomorphic and 58 are polymorphic. As a result of analyzing the 9 cotton genotypes with 34 primers, the rate of polymorphism is found to be 18,18 %. As a result of existence/non-existence evaluation of the RAPD-PCR bands, it is obtained that there are similarities and differences between genotypes and a dendogram is created. Among the studied genotypes of cotton, 72D4/F1 and Nazilli 84-S (0.0988) and Flora and 608D4/F1 (0.988) are the most distant genotypes. The closest genotypes are Nazilli 84 and Nazilli 84-S (0.0318). The genotypes are separated into two main groups on the dendogram. In this study, first it is shown that 9 cotton genotypes are different from each other and there?s polymorphism between the genotypes. Secondly, the genotypes are separated from each other at the molecular level by using the RAPD markers and specific markers for each genotype are obtained.Key Words : RAPD-PCR, Cotton (Gossypium hirsutum L.), Genetic diversity.