Bazı patojen bakterilerin moleküler yöntemler ile tanımlanması
Some pathogenic bacteria with identification of molecular methods
Yazar: SEDA GÜVENÇ
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA GÜL
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; Streptococcus pyogenes = Streptococcus pyogenes

Özet:
ÖZETTıpta tüm tanı laboratuarı disiplinlerinde amaç, en uygun testi uygulamaktır. Özellikle enfeksiyon hastalıklarının tanısında etkenin kısa sürede tespit edilmesi, bir defada çok sayıda mikroorganizmanın saptanabilmesi,birden fazla hastanın aynı anda çalışılabilmesi ve tedavisine olabildiğince erken başlanılabilmesi gittikçe daha fazla önem kazanmaktadır. Bu etkenlerin kısa sürede tanımlanması, hem mortaliteyi ve bulaş riskini azaltmakta, hemde kontrolsüz ilaç kullanımını azaltarak maliyeti düşürmektedir. Bu çalışmada moleküler yöntemlerden biri olan multiplex PCR kullanılarak Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli ve Pseudomonas aeruginosa bakterilerinin kısa süre de tanımlanmaları amaçlanmıştır.PCR ile birden fazla hedef dizinin birlikte çoğaltılması çoklu (multipleks) PCR olarak adlandırılır. Multiplex PCR Klasik PCR ile aynı basamaklarda gerçekleşir.Fakat her reaksiyonda çoklu primer setleri kullanılır. Çalışmamızda laboratuvarımızda Vitek II cihazıyla tanımladığımız Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli ve Pseudomonas aeruginosa bakterileri kullanılmıştır. Multipleks PCR'da bu bakterilerin 16 S RNA gen bölgesinden büyüklüğü sırasıyla 407,400, 254 ve 249 bp arasında değişen parçaları amplifiye eden spy1258, mecA, aggR ve oprI spesifik primerleri kullanılmıştır.Bu bölgedeki genler amplifiye edildikten sonra görüntülenmiştir. Bunun sonucunda konvansiyonel yöntemlerle laboratuar tanısı zaman alıcı ve zahmetli olan Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli ve Pseudomonas aeruginosa gibi mikroorganizmaların çeşitli biyolojik sıvılardan kısa sürede tanımlamak için elverişli olduğu gösterilmiştir. Gelecekte maliyetlerin azaltılması ve teknolojinin gelişmesiyle birlikte, moleküler yöntemlerin kullanım alanlarının artacağını ve konvansiyonel yöntemlerin birçoğunun yerini alacağını düşünüyoruz.Anahtar Kelimeler: Moleküler metotlar, Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa,Multipleks PCR

Abstract:
SUMMARYIn purposes of all disciplines diagnostic laboratory medicine, the most appropriate test to apply. Especially, factor in the diagnosis of infectious diseases to be detected as soon as possible, at a time, detection of a large number of microorganisms, can be run more than one patient at the same time and begin treatment as early as possible is becoming more and more important. Identification of these factors, the short period of time, both mortality and reducing the risk of transmission and by reducing the uncontrolled use of drugs lowers costs. In this study, which is one of the molecular methods using multiplex PCR of Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa bacteria in a short period of time is intended to describe.With the reproduction of more than one target sequence by PCR, multiplex PCR is called. Multiplex PCR with conventional PCR performed the same steps However, multiple primer sets used in each reaction. In our study we were used, defined to Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa bacteria by Vitek II device in our laboratory. For Multiplex PCR, respectively, the size of these bacteria 407.400 16 S RNA gene region, which amplified fragments of 254 and 249 bp, spy1258, mecA, and oprI AggR specific primers were usedAfter amplification of the genes in this region is viewed. As a result, laboratory diagnosis of conventional methods which are time-consuming and laborious, microorganisms such as Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa, from various biological fluids, aimed to demonstrate that convenient to define in a short period of time. with the reduction of costs and the development of technology in the future, we think, will increase of uses areas of molecular methods and take replace of the many conventional methods.Key words: Molecular methods, Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa,Multiplex PCR