Türkiye ve İran yerli koyun ırklarında prion geni analizi
Analysis of the prion gene of native turkish and Iranian sheep breeds
Yazar: FATEME FROOTAN
Danışman: DOÇ. DR. CEMAL ÜN ; YRD. DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Scrapie, bulaşıcı süngerimsi ensefalopati hastalık grubunun prototipi olup koyun ve keçileri etkilemektedir. Bu nörodejeneratif ölümcül hastalığın etkeni olan prionlar, normal organizmalarda da bulunan bir makromolekülün dejenere şeklidir. Söz konusu bu patojen diğer viral ve bakteriyel ajanların vital kalitesini değiştiren işlemlerden etkilenmemektedir. Koyun prion geninde izlenilen polimorfizmlerin hastalığa yakalanma riski üzerindeki etkisi bilinmektedir. Bu amaca uygun olarak birçok ülkede scrapie bakımından genotipleme çalışmaları ve seçici hayvan yetiştirme programları düzenlenmiştir. Hayvan yetiştiriciliğin büyük bir ekonomik, kültürel ve tarihi öneme sahip olduğu Türkiye ve İran'ın yerli koyun ırkları için yapılan genotipleme çalışmaları ise, yetersizdir.Bu tezin amacı İran ve Türkiye'de yetiştirilen yerli koyun ırklarından Lori-Bakhtiari, Shal, Zandi, İvesi ve Morkaraman koyun örneklerinin hastalık bakımından değerlendirilmesi ve risk gruplarının bulunmasıdır. Bu sebeple adı geçen ırkların PrP alelleri bakımından genotiplerini belirlemek amacıyla PCR ve dizin analizi yöntemleri kullanılmıştır.Çalışmamızda dokuz farklı polimorfik alel izlenmiştir. Bunlar; ARQ, ARK, ARH, ARL, ARR, SRQ, TRQ, VRR ve VRQ alelleridir. İzlenilen genotipler ise, ARQ/ARQ, ARQ/ARK, ARQ/ARH, ARQ/ARL, ARQ/ARR, ARQ/TRQ, ARH/ARH, ARH/ARR, ARH/VRR, ARR/VRQ, TRQ/SRQ, TRQ/TRQ ve VRQ/VRQ şeklindedir. Ayrıca PrP geninde M112T, G127S, G127V, H143R, G145V ve N146S ek polimorfizmleri tanımlanmıştır. Analiz sonucunda elde edilen veriler bu iki ülkenin yerli koyunlarının dirençlilik açısından 2, 3, 4 ve 5 risk gruplarına dâhil olduklarını göstermiştir.

Abstract:
Scrapie is the prototype of the group of transmissible spongiform encephalopathy diseases affecting sheep and goats. Being the agent of the neurodegenerative fatal illness, prions are degenerative form of a normal macromolecule found in the normal organisms. Above mentioned pathogen is not impressed from processes which change vital quality of viral and bacterial agents. Influence of polymorphisms shown among the sheep prion gene on the risk of the disease is known. Convenient with the target, genotyping studies with regard to scrapie and selective animal husbandry program were arranged in Europe and other parts of the world. In Turkey and Iran where stock farming has a big economic, cultural and historical importance, genotyping labors in native sheep breed is insufficient.The objective of the thesis was to evaluate the specimens of the sheep and find out the risk groups among Iranian and Turkish native breeds including Lori-Bakhtiari, Shal, Zandi, İvesi and Morkaraman. Hence, PCR and sequencing were used for determining the genotypes of the mentioned breeds.Nine different polymorphic alleles were seen in our study. These alleles are ARQ, ARK, ARH, ARL, ARR, SRQ, TRQ, VRR and VRQ. Revealed genotypes were ARQ/ARQ, ARQ/ARK, ARQ/ARH, ARQ/ARL, ARQ/ARR, ARQ/TRQ, ARH/ARH, ARH/ARR, ARH/VRR, ARR/VRQ, TRQ/SRQ, TRQ/TRQ and VRQ/VRQ. Furthermore, M112T, G127S, G127V, H143R, G145V and N146S additional polymorphisms were identified among the PrP gene. Data obtained from the analysis were shown that the native sheep of these two countries belong to 2, 3, 4 and 5 risk groups according to their resistance to scrapie.