Orta Anadolu kökenli mor havuç genotiplerinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of purple carrot originated from Central Anatolia
Yazar: HİLMİYE ERİŞDİ
Danışman: PROF. DR. ÖNDER TÜRKMEN
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Havuç = Carrot ; Moleküler markerler = Molecular markers

Özet:
Mor havucun meyve suyu ve doğal gıda boyası olarak kullanımının artması ile dünya endüstriyel pazarındaki önemi artmaktadır. Ülkemizde de yetiştiriciliği gün geçtikçe artmakta olan mor havuç başta Konya ili Ereğli ilçesi olmak üzere son dönemde özellikle İç Anadolu'da yaygınlaşan bir sebze türüdür. Ülkemizde mor havuç üzerinde bu güne kadar önemli bir ıslah çalışması gerçekleşmemiştir. Bu kapsamda  Hatay, Konya-Merkez, Konya-Çumra, Konya-Ereğli bölgelerinden temin edilen mor havuç genotipleri ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats) yöntemiyle tanımlanmaya çalışılmıştır. Bu çalışmadan elde edilen çıktılar, mor havuç populasyonlarının kendi aralarındaki zenginliğini göstermek için ve ileride yürütülecek kapsamlı ıslah çalışmalarında yol gösterici olacaktır.
Çalışmada 23 adet mor havuç genotipi kullanılmıştır. Bu genotiplerin oluşturduğu havuzun moleküler karakterizasyonunu gerçekleştirmek için PCR temelli bir markör sistemi olan ISSR yöntemine başvurulmuştur. Bu kapsamda 24 adet ISSR primeri test edilmiş ve polimorfik band sonucu veren 12 ISSR primeri ile polimorfizm oranına bakılmıştır. Moleküler karakterizasyon için mor havuç genotiplerinin her birinden rastgele seçilen (bir birey) aynı bireyinde içinde yer aldığı bir bulk grubu oluşturulup çalışma ayrı ayrı gerçekleştirilmiştir. Bulk gruplarında 7 farklı bireyin DNA örnekleri eşit miktarda karıştırılmıştır. ISSR markörleri ile yapılan tarama sonucunda elde edilen polimorfik bantlar var-yok esasına göre skorlanmış ve bu skorlardan basit eşleştirme (simple matching coefficient) katsayısına göre elde edilen matriksten NTSYS PC 2.1 paket programı ile dendogram üretilmiştir. Buna göre, bireysel gruplar arasında toplam polimorfizm oranı %92.00 bulk grupları arasında toplam polimorfizm oranı ise %73.88 olmuştur.

Abstract:
Due to the increase in the usage of purple carrot in the juice industry and in food coloring area, demand of World food industry on this material keeps increasing. In Turkey, the purple carrot and the cultivation of this vegetable keeps gaining ground especially in Ereğli town of Konya region in Central Anatolia, up to date, no important breeding study is available. In this respect, the current study focused on molecular characterization of genotypes collected from the regions of intensive cultivation of the crop, including Hatay, Konya-Center, Konya-Çumra and Konya-Ereğli. Results of this study will shed light on the genetic diversity between populations guiding comprehensive future breeding processes.
Twenty three purple carrot genotypes were utilized in the molecular characterization of the pool using a PCR based marker system, namely ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats). In total, 24 ISSR primers were tested, 12 of which were found polymorphic. One random individual from each population (Individual Group) and a set of 7 individuals, including the random sample of the Individual Group, comprising another group with equal DNA contribution from every sample (Bulk Group) were arranged for molecular characterization. The polymorphic bands were scored according to the presence and absence of a specific size fragment and simple matching coefficient was used for the matrix to dendrogram using NTSYS PC 2.1 software. According to the result obtained, the total polymorphism of the Individual group was 92%, while that of the Bulk group was found to be 73.88%.