Yumuşak doku tümörlerinde tam genom mikroarray analizleri ile hastalıkla ilişkili gen ağı ve alt yollarının tanımlanması /
Yazar: TUĞBA DEMİRCİOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Adenomlar = Adenoma ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genom = Genome ; Hipofiz hastalıkları = Pituitary diseases ; Hipofiz neoplazmları = Pituitary neoplasms ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Yumuşak doku = Soft tissue ; Yumuşak doku neoplazmları = Soft tissue neoplasms

Özet:
Amaç: Hipofiz adenomları, gliomlar ve menenjiomlardan sonra en sık rastlanan beyin tümörleridir ve primer beyin tümörlerinin %10-15'ini oluşturur. Bu tümörler, hormonal, proliferatif ve gen ekspresyonu aktiviteleri açısından çok çeşitli biyolojik davranış gösterirler ve monoklonal orjinli, çoğu yavaş ilerleyen iyi huylu neoplazmlardır. Ancak şuan ki literatürde, hipofiz adenomlarının gen ekspresyonlarında rolü ile ilgili hala belirlenmemiş genler ve yolaklar mevcuttur. Bu çalışmada, adenom invazivliği ile ilgili mekanizmaları anlamak için invaziv ve non-invaziv adenomlarda farklı olarak ifade edilen genler belirlenmeye çalışılmıştır. 

Yöntem: Hipofiz tümörleri boyut (makro ve mikro) ve invazyon özelliğine göre sınıflandırılarak normal hipofiz dokuları ile karşılaştırılıp DNA mikroarray yöntemi ile gen ifadelerindeki değişikliklerin analizi yapılmıştır. 

Bulgular: Çalışmanın sonuçlarına göre, invaziv, makro ve mikro adenomlarda sırasıyla 59, 51 ve 42 genin ekspresyon düzeyinde artış saptanırken; 40, 40 ve 41 genin ekspresyon düzeyinde azalma saptanmıştır. İnvaziv hipofiz adenomlarında ifade edilen gen ağlarından BIRC3 ve BNIP2 sadece invaziv hipofiz adenomlarına spesifik olarak upregüle olmuştur. Hipofiz adenomlarında upregüle olan diğer önemli genler ise GATA3, SSX2IP, ABCA12, RACGAP1'dir. 

Sonuç: Bu çalışma, literatürde hipofiz adenomlarının gelişiminde daha önce tanımlanmamış gen ağları ortaya koyması açısından önemlidir.

Abstract:
Objective: Pituitary adenomas are the most common brain tumors after gliomas and meningiomas and constitute 10-15% of primary brain tumors. These tumors show a wide range of biological behavior in terms of hormonal, proliferative and gene expression activities and they are benign neoplasms of monoclonal origin, most of them are slowly progressing. However, there are still undetermined genes and pathways related to the role of pituitary adenomas in gene expression in the current literature. In this study, we tried to identify genes that are expressed differently in invasive and non-invasive adenomas in order to understand the mechanisms related to adenoma invasiveness. 

Method: The pituitary tumors were classified according to size (macro and micro) and invasion characteristics, compared with normal pituitary tissues, and analysis of changes in gene expressions was conducted by DNA microarray method. 

Results: According to the results of the study, while the expression level of 59, 51 and 42 genes increased in invasive, macro and micro adenomas, respectively; the expression level of 40, 40 and 41 genes decreased. Among the gene networks expressed in invasive pituitary adenomas, BIRC3 and BNIP2 were specifically upregulated only to invasive pituitary adenomas. Other important genes upregulated in pituitary adenomas are GATA3, SSX2IP, ABCA12 and RACGAP1 

Conclusion: This study acts important aspects in terms of revealing gene networks not previously defined in the current literature regarding development of pituitary adenomas.