Karadeniz bölgesindeki balıklarda viral hemorajik septisemi virüsünün izolasyonu ve patojenitelerinin belirlenmesi
Isolation of viral haemorrhagic septicemiae virus in fish in the black sea region and determination of its pathogenicity
Yazar: HAKAN IŞIDAN
Danışman: PROF. DR. YUSUF BOLAT
Fırat Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mortalite = Mortality

Özet:
Viral hemorajik septisemi hastalığı (VHSH) tüm dünyada, balıklarda yaygın olarak görülen önemli bir viral hastalıktır. Bu tezin amacı Karadeniz bölgesindeki balıklardan viral hemorajik septisemi virüs (VHSV)'ün izolasyonu ve izole edile virüslerin patojenitelerinin belirlenmesidir. Bu amaçla, öncelikle Karadeniz kıyısı boyunca 12 deniz balık türünde 3378 balıktan ve 62 alabalık işletmesinden alınan 2589 adet gökkuşağı alabalığından örnekler toplandı. Bu örneklerden elde edilen RNA'lar kullanılarak VHSV'nin varlığı tersine transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PZR) ile belirlendi. Daha sonra virüs varlığı belirlenen örneklerden, hücre kültüründe virüs izolasyonu gerçekleştirildi. Ayrıca, elde edilen bu virüslerin genomik kimliklendirilmeleri ve patojenik güçleri belirlendi. RT-PZR sonucunda yalnızca beş kalkan balığında VHSV RNA varlığı tespit edildi. Bu kalkan balıklarından izole edilen virüslerin patojenite çalışmaları sonucunda dördünün kalkan balıklarında oldukça patojenik oldukları kaydedildi. Bir izolatın ise patojenik olmadığı görüldü. Alabalıklarda ise kalkan balıklarından izole edilen tüm izolatların patojenik olmadığı belirlendi. Yapılan DNA dizi analizi sonucu tüm izolatların genogrup I içerisinde yer aldığı kaydedilmiştir. Bu çalışma sonucunda VHSV'nin Karadeniz kalkanında endemik olduğu kaydedildi. Bu çalışmanın verilerine göre, bu hastalığın Karadenizde son yıllarda kalkan balığı stoklarındaki azalma ile bir ilişkisi olabileceği ve bu nedenle VHSV ile ilgili daha detaylı ve kapsamlı çalışmaların yapılması gerektiğini önermekteyiz.Anahtar Kelimeler: Viral hemorajik septisemi hastalığı (VHSH), virüs izolasyon, sörvey, DNA dizileme, mortalite.

Abstract:
Viral haemorrhagic septicemiae (VHS) is an important viral disease which is commonly seen in fishes around the world. The aim of this thesis was to isolate viral haemorrhagic septicemiae virus (VHSV) from fish living in the Black Sea region and to determine pathogenicity of the isolates. For this purpose, samples were collected from 3378 fish from 12 species in the Black Sea coast and 2589 rainbow trouts from 62 aquaculture farms in this region. Presence of VHSV was determined by using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) from the RNA samples isolated from fish tissues. Later, the virus isolation from cell culture was performed from the VHSV detected samples by RT-PCR. Additionally, genomic identification and pathogenicity of the viruses were studied. RNA of VHSV was detected from five turbots only. In the pathogenicity tests, four of the virus isolates were found very pathogenic on turbot. On the other hand, one of the isolates was found not pathogenic. All the isolates were seen not to be pathogenic on trouts. According to the DNA sequence analysis, all the isolates were recorded to belong to genogroup I. In conclusion, VHS was found to be endemic in Black sea turbots. We suggest that there may be a relation between VHS and reduce in the turbot stocks in the Black sea in recent years. It is therefore required to conduct detailed studies on VHSV in order to have a better understanding of the epidemiology of the disease.Key Words: Viral Haemorrhagic Septicemiae (VHS), virus isolation, survey, DNA sequencing, mortality.