Schizosaccharomyces pombede endoplazmik retikulum stresi ile apoptoz arasındaki ilişki
The relationship between endoplasmic reticulum stress and apoptosis in Schizosaccharomyces pombe
Yazar: İLAYDA ÖZARABACI
Danışman: PROF. DR. ERCAN ARICAN
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Endoplazmik retikulum = Endoplasmic reticulum ; Schizosaccharomyces pombe = Schizosaccharomyces pombe ; Stresle başetme = Coping with stress

Özet:
Ökaryotik hücrelerde endoplazmik retikulum (ER), protein sentezinin ve taşınımının, protein katlanmasının, lipid ve steroid sentezinin, karbohidrat ve kalsiyum depolanmasının yapıldığı bir organeldir. Çevresel ya da fizyolojik koşullarla tetiklenen katlanmamış ya da yanlış katlanmış proteinlerin ER lümeninde birikmesi, ER stresi olarak adlandırılır. ER'de yanlış katlanan proteinlerin birikimi, yanlış katlanan protein yanıtı (''Unfolded Protein Response'', UPR)'nı indükler. Bu yolak proteinlerin doğru katlanmasına yardımcı olacak mekanizmaları başlatır. Oksidatif stres sonucunda oluşan reaktif oksijen türleri (ROS) de hücre içi proteinler üzerinde geri-dönüşümlü veya geri-dönüşümsüz oksidatif modifikasyona ve neticede oksidatif hasara yol açmaktadır. Ökaryotik hücreler arasında korunan otofaji, yıkımda görev alan bir yolaktır ve hasarlı organeller ile proteinler arasındaki dengeyi kurmadan sorumludur. Bu tez çalışmasında temel olarak ER stresinin maya hücreleri üzerine etkileri araştırıldı. Bu amaçla, hücrelerde N-glikozilasyonu inhibe ederek ER stresine yol açan tunikamisin stres ajanı uygulaması ile hücrelerin stres koşulları altındaki yaşam yetenekleri, hücre morfolojileri incelendi. Bu ajanın hücre içi oksidasyon düzeyine etkisi ve son olarak da UPR, otofaji ve apoptoz yolaklarına ilişkin bazı genlerin transkripsiyon düzeyleri üzerindeki etkileri karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. 
S. pombe'de yapılan ER stresi, otofaji ve apoptoza ilişkin çalışmaların memelilerdeki mekanizmaların aydınlatılmasında önemli göreve sahip olduğu ve bu temel düzeydeki tez çalışmasından elde edilen sonuçların, Alzeimer ve Vici sendromu gibi çeşitli nörodejeneratif hastalıkların moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasına ışık tutacağı düşünülmektedir.

Abstract:
In eukaryotic cells, the endoplasmic reticulum (ER) is an organelle in which protein synthesis and transport, protein folding, lipid and steroid synthesis, carbohydrate and calcium storage are performed. Accumulation of misfolded/unfolded proteins induced by environmental or physiological conditions in the ER lumen is called ER stress. The accumulation of misfolded proteins in ER induces Unfolded Protein Response (UPR). This pathway initiates mechanisms to regulate correct protein folding. Reactive oxygen species (ROS) as a result of oxidative stress also cause oxidative or irreversible oxidative modifications on intracellular proteins and consequently oxidative damage. Autophagy is a degradative pathway conserved among eukaryotic cells and is responsible for the turnover of damaged organelles and proteins. In this study, the effects of ER stress on yeast cells were investigated. For this purpose, the cell viability and cell morphology of the cells under stress conditions was investigated with the application of tunicamycin stress agent which caused ER stress by inhibiting N-glycosylation in the cells. The effect of this agent on intracellular oxidation level and the effects of some genes on the transcription levels of UPR, autophagy and apoptosis pathways were evaluated comparatively.
Studies on ER stress, autophagy and apoptosis in S. pombe are thought to be important in elucidating the mechanisms in mammals. It is thought that the results obtained from this basic level thesis will shed light on the molecular mechanisms of various neurodegenerative diseases such as Alzheimer's disease and Vici syndrome.