Konvansiyonel renal hücreli kanser oluşumunda etkili olan genlerin metilasyon durumunun araştırılması
Investigating the methylation status of genes which are responsible for the formation of conventional renal cell carcinoma
Yazar: HÜSEYİN ONAY
Danışman: PROF. DR. FERDA ÖZKINAY
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology ; Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases

Özet:
KONVANS YONEL RENAL HÜCREL KANSER OLU UMUNDA ETK L OLANGENLER N MET LASYON DURUMUNUN ARA TIRILMASIDr.Hüseyin ONAYDoktora Tezi, Çocuk Sa lı ı ve Hastalıkları ADTez Yöneticisi: Prof.Dr.Ferda ÖZKINAYubat 2006, 87 SayfaRenal hücreli karsinom (RCC) böbre in en sık gözlenen malign tümörüdür. RCC tanısıkonuldu u anda hastaların yakla ık %30' unda metastaz geli mi durumdadır. Bu dahastaların önemli bölümünün hastalı ın ba langıç a amasından itibaren kötü bir sa kalımoranına sahip olmasına neden olmaktadır. Bu nedenle hastalı ın erken tanısı büyük önemkazanmaktadır. Tümör baskılayıcı genlerdeki promotor bölge metilasyon de i ikliklerininkanserlerin olu umunda önemli oldu u ve klinik olarak hastalık ortaya çıkmadan yıllarca önceba ladı ı bilinmektedir. Metilasyon spesifik PCR (MSP) hızlı, sensitivitesi yüksek ve çoksayıda hastanın aynı anda analiz edilebildi i bir yöntem oldu u için metilasyon çalı malarındasıklıkla kullanılmaktadır.Bu çalı mada RCC olu umunda etkili oldu u dü ünülen 7 tümör baskılayıcı genin(RASSF1A, ECAD, TIMP3, APC, MGMT, p16, RARÎ²2) promotor bölge metilasyondurumunun 21 konvansiyonel RCC hastasına ait normal, premalign ve malign dokularda ayrıayrı ara tırılması ve bunun sonunda RCC' nin erken tanısında kullanılabilecek olan bir genpaneli olu turulması amaçlanmı tır.Metilasyon spesifik PCR ile yapılan metilasyon çalı ması sonucunda, en az bir dokuörne inde metilasyon gözlenen hastaların yüzdesi RASSF1A geni için %76 (16/21), ECADgeni için %42 (9/21), TIMP3 geni için %33 (7/21), APC geni için %14 (3/21), MGMT geniiçin %33 (7/21), p16 geni için %80 (17/21) ve RARÎ²2 geni için %19 (4/21) olaraksaptanmı tır.Sonuç olarak RASSF1A, ECAD, TIMP3, MGMT ve p16' dan olu acak bir genpanelinin RCC olgularında %100 kapsayıcı olabilece i ortaya konmu tur. Böylece bu panelinRCC' nin erken tanısı için bir hipermetilasyon gen paneli olarak kullanılabilece i kanısınavarılmı tır.Anahtar sözcükler: Metilasyon, renal hücreli kanser, MSP, erken tanıE-mail: huseyin.onay@ege.edu.tr, onayhuseyin@gmail.com

Abstract:
INVESTIGATING THE METHYLATION STATUS OF GENES WHICHARE RESPONSIBLE FOR THE FORMATION OF CONVENTIONAL RENALCELL CARCINOMADr.Hüseyin ONAYPhD Thesis in Department of PediatricsSupervisor: Prof.Dr.Ferda ÖZKINAYFebruary 2006, 87 PagesRenal cell carcinoma (RCC) is the most common malignancy of the kidney. At initialdiagnosis of RCC 30% of patients have metastatic disease. Metastatic disease does notrespond to most treatment regimes and median survival rate for such patients is less than oneyear. For this reason early diagnosis of RCC is crucial.Changes in the methylation pattern of the promotor region of tumor supressor genes areimportant in the development of the cancer. These changes may occur before the clinicalmanifestations of the disease are recognised. Methylation Specific Polymerase ChainReaction (MSP) which is frequently used in methylation studies is a sensitive and rapidtechnique and has a high throughput.In this study, 7 tumor suppressor genes (RASSF1A, ECAD, TIMP3, APC, MGMT, p16,RARÎ²2) which are thouhgt to have a role in the development of RCC were investigated forthe methylation status in their promoter region in three different tissue samples (normal,premalign and malign) of 21 conventional RCC patients using MSP technique. The aim of thestudy was to form a methylation based early detection test comprising of the genes which aredetected to be important in the development of RCC.High methylation rates for the genes RASSF1A (76%), p16 (80%), ECAD (42%),TIMP3 (33%) and MGMT (33%) were observed in the patients with RCC. The APC (14%)and RARÎ²2 (19%) genes showed respectively low methylation rates.In conclusion a methylation based early diagnosis gene test which consists of the tumorsuppressor genes RASSF1A, ECAD, TIMP3, MGMT and p16 may be used in patients withRCC.Key words: Methylation, renal cell carcinoma, MSP, early diagnosisE-mail: huseyin.onay@ege.edu.tr, onayhuseyin@gmail.com