Non-fermantatif gram negatif bakterilerde biyofilm oluşumu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Biofilm formation of non fermantative gram negative bacteria and determination of antibiotic sensitivity
Yazar: MUHAMMED FATİH TURSUN
Danışman: PROF. DR. ZÜLAL AŞÇI TORAMAN
Fırat Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Bakteriler = Bacteria ; Biyofilmler = Biofilms ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Nonfermentatif Gram-negatif bakteriler (NFGNB) immün sistemi baskılanmış ve özellikle ilaç tedavisi alan hastalarda, artan oranlarda, fırsatçı patojenler olarak infeksiyonlara neden olmaktadırlar. NFGNB'den Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Stenotrophomonas maltophilia ve Burkholderia cepacia önemli hastane infeksiyonlarına yol açmaktadırlar. Mikroorganizmaların virulans özelliklerinden olan biyofilmler, kateterler, eklem ve kalp protezleri gibi kalıcı ya da kalıcı olmayan tıbbi araçları veya kistik fibrozis gibi bazı hastalıklarda solunum yollarını kolonize eden bakterilerin bakteri yüzeylerinde glikokaliks özellikte mukoid bir yapı olup, bakteriyi antibakteriyel ajanlar ile konak bağışıklık sisteminden koruyarak kronik infeksiyonlara zemin hazırlayabilirler. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa), Acinetobacter baumanii (A.baumanii), Stenotrophomonas maltophilia (S.maltophilia) ve Burkholderia cepacia (B.cepacia)  izolatlarının biyofilm üretimi ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Biyofilm oluşumunun belirlenmesinde Kongo Kırmızılı Agar (KKA), Standart Tüp (ST) Yöntemi ve Mikropleyt (MP) Yöntemi kullanıldı. 150 adet non-fermentatif Gram-negatif bakteri izolatının CRA yöntemine göre izolatların 71'i(%47,33) biyofilm pozitif iken 79'u(%52,67) biyofilm negatif olarak tespit edildi. Kristal viole boyar madde kullanılarak yapılan ST yöntemine göre izolatların 57'si(%38), biyofilm pozitif iken 'u(%52,67) biyofilm negatif olarak tespit edildi. Safranin boyar madde kullanılarak yapılan ST yöntemine göre ise 65'i(%43,33) biyofilm pozitif olarak tespit edilirken 85'i(%56,67) biyofilm negatif olarak belirlendi. Kristal viole boyar madde kullanılarak yapılan MP yöntemine göre izolatların 61'i(%40,66), biyofilm pozitif iken 89'u(%59,34) biyofilm negatif olarak tespit edildi. Safranin boyar madde kullanılarak yapılan MP yöntemine göre ise 83'ü(%55,33) biyofilm pozitif olarak tespit edilirken 67'si(44,67) biyofilm negatif olarak belirlendi. Farklı klinik örneklerden izole edilen mikroorganizmalarda biyofilm varlığı oranı konu ile ilgili yapılan diğer çalışmalarla uyumlu bulunmuştur. Biyofilm oluşumunun belirlenmesine yönelik yapılan test yöntemleri arasında gold test olarak ifade edilen mikropleyt yöntemi, yaptığımız çalışmada da en yüksek biyofilm pozitiflik oranına sahip olarak bu durumu desteklemiştir. Biyofilm pozitif olan Acinetobacter baumanii (A.baumanii)'suşlarının disk diffüzyon yöntemine göre belirlenen antimikrobiyal duyarlılık sonuçlarına göre en çok direnç Amoksisilin-Klavunat(AMC) ve Trimetroprim- Sülfometoksazol(SXT)'e iken bu durum Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa)'da ciprofloxasin(CİP) ve Trimetroprim- Sülfometoksazol(SXT) şeklinde gerçekleşti.
Sonuç olarak, non-fermentatif Gram negatif suşlarında biyofilm üretiminin belirlenmesinde kullanılan yöntemler arasında biyofilm poziflik oranı en fazla safranin boyası kullanılarak yapılan MP yöntemi olmuştur. Bunun yanısıra antimikrobiyallere karşı direnç gelişiminde biyofilm oluşumunun önemli rol oynadığı sonucuna ulaşıldı.

Abstract:
Biofilm Formation of Non Fermantative Gram Negative Bacteria and Determination of Antibiotic Sensitivity
It is known that nonfermantative Gram-negative bacteria can cause infections increasingly, as opportunistic pathogens, in patients having supressed  the immunological system and  receiving drug treatment. NFGNB which are Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Stenotrophomonas maltophiha and Burkholderia cepacia cause important nasocominal infections. The virulance features of microorganisms that are mucoid structures in glycocalic in the bacterial surfaces  that colonize respiratory tracts in certain cases such as biofilms, catheters, joints and cardiac protheses or in certain diseases such as cystic fibrosis and they protect against host infectious system by bacterial antibacterial agents, they can prepare the ground.  The aim of this study was to determine the biofilm production and antibiotic susceptibilities of isolates of Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa) Acinetobacter baumanii (A.baumanii) Stenotrophomonas maltophiha (S.maltophilia) and Burkholderia cepacia (B.cepacia) isolated from various clinical specimens. Determination of biofilm formation was carried out by using congo red agar (CRA), standart tube (ST) method and mikroplate (MP) were used. It was found that 71(%47.33) of the isolates of nonfermantative Gram-negative bacterial isolate were 79(%52,67) biofilm was negative and 57(%38) of the isolates were positive 93(%52,67) compared to the ST method using crystal viole stain, whereas biofilm was negative (%52,67) compared to ST 65(43.33) were found to be positive and 85 (%56.67) biofilms were negative. 61(%40.66) of the isolates and 89 (%59.34) of the biofilms were negative according to the MP method used safran stain. Biofilm which is one of microorganizms virulenca features and also it has characteristic that is mucoid structures in glycocalic on surface of bacteria colonizing on catheters, joints and cardiac protheses or in case of respiratory tract diseases such as cystic fibrosis.  can cause chronicle infections by protecting them against host's immune system.  It was aimed to determine susceptibilities of and biofilm production of isolates from various samples,  which are Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa), Acinetobacter baumanii (A.baumanii), Stenotrophomonas maltophilia (S.maltophilia) and Burkholderia cepacia (B.cepacia). Standart tube (ST) method and miktoplate (MP) was used in determining of biofilm production used Congo red agar. It was found that while among 150 samples 71(47.33%) of the isotopes of nonfermantative Gram-negative bacterial isolate were pozitive, the rest of samples, which means 79 (%52,67) biofilm were. Percent 38 (%57) of the isolates were positive, percent %52,67 were negative, according to ST method. And also according to the same method , percent % 65 (43.33) were found to be positive and 85 (%56.67) biofilms were negative. According to principles of cristal violent method, it was found that isolates 61 (%40,66) were pozitive and 89 (%59,34) were negative. Existence of biofilm on Microorganizms Isolated from various samples are in accordance with resultes of other studies at the same topic. It was found out that the test in microplate method called as Gold Test among tests used to determine of biofilm production has the highest biofilm positive rate and this has supported the result found through thıs study. Biofilm positive Acinetobacter baumanii (A.baumanii)'s strains were resistant to amoksisilin-klavunat(AMC) and trimetroprim-sülfometoksazol(SXT)  but Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa) was resistant to amoksisilin-klavunat(AMC) ve trimetroprim- sülfometoksazol(SXT). 
As result amongs methods used to determine biofilm production pozitiveness rate of nonfermantative gram-negative bacteria strain the most used method is the MP prepared by using bile paint  which  is used , to most extent,  in the MP  .  In addition it was found that biofilm production has key role in antimicrobial resistance shaping.