Klinik örneklerden izole edilen Cytomegalovırus (CMV) suşlarının genotiplerinin araştırılması
Investigation of genotypes of Cytomegalovirus (CMV) strains isolated in clinical samples.
Yazar: AYTEKİN KILINÇ
Danışman: PROF. DR. SELMA GÖKAHMETOĞLU
Erciyes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genotip = Genotype ; Glikoproteinler = Glycoproteins ; Sitomegalovirüs = Cytomegalovirus

Özet:
Amaç: CMV gB genotipleme açısından en çok üstünde çalışılan proteindir. Doğada bulunmakta olan CMV suşlarında bugüne kadar dört farklı gB genotipi (gBl-4) tarif edilmiştir. Bu çalışmada klinik örneklerden izole edilen CMV suşlarının genotiplerinin araştırılması amaçlandı.Materyal ve Metod: Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanelerinin poliklinik ve servislerinde takip edilen hastalara ait örneklerden CMV DNA'sı pozitif bulunanlar çalışmaya alındı. Çalışmaya 53 farklı hastadan elde edilen toplam 74 örnek dahil edildi. Örnekler plazma, nazotrakeal aspirat (NTA), bronkoalvoeler lavaj (BAL) idi. CMV genotiplerinin araştırılması pyrosekans yöntemi ile (Pyromark Qiagen-Almanya) yapıldı.Bulgular: CMV genotiplerinin dağılımı ; 33/74'ünde gB1 (%45), 7/74'ünde gB2 (%9), 14/74'ünde gB3 (%19), 2/74'ünde gB4 (%4), 18/74'ünde miks genotip (%24) olarak bulundu. Miks genotip bulunan 17 hastanın 18 klinik örneğinin 10 (%55)'unda gB1+gB3, 4 (%22)'ünde gB2+gB3 , 2 (%11)'sinde gB1+gB2, 1 (%6) 'inde gB1+gB4 , 1 (%6) 'indede gB2+gB4 olarak bulundu.Sonuç: Sonuç olarak çalışmaya dahil edilen hastalarda en sık CMV genotip gB1 bulundu. CMV gB1'den sonra en sık görülen genotip miks genotip idi. Bir hastada birden fazla CMV genotip analizinin yapılmasının miks genotip bulunma oranını artıracağı kanaatine varıldı.Anahtar kelimeler: Sitomegalovirus, genotip, pyrosekans, glikoprotein B

Abstract:
Aim: CMV glycoproteins B is the most studied protein in terms of genotype. So far four different gB genotypes (gB1-4) have been identified in CMV strains found in nature. In this study, it was aimed to investigate genotypes of Cytomegalovirus (CMV) strains isolated in clinical samples.Materials and Method: CMV DNA positive samples that have been taken from patients who treated in Erciyes University Faculty of Medicine polyclinics and services were included in the study. A total of 74 samples obtained from 53 different patients were used in the study. Samples were plasma, nasotracheal aspirat (NTA), bronchoalveolar lavage (BAL). CMV genotypes of samples were investigated by pyrosequencing (Pyromark Qiagen-Germany).Results: The distribution of CMV genotypes was: In 33/74 gB1 (45%), in 7/74 gB2 (9%), in 14/74 gB3 (19%), in 2/74 gB4 (4%) and in 18/74 mix genotypes (24%). Mix genotypes were found in 18 clinical samples obtained from 17 patients , distribution of mix genotypes was; 10 gB1+gB3 (55%), 4 (22%) gB2+gB3, 2 (11%) gB1+gB2, 1 (6%) gB1+gB4 and 1 (6%) gB2+gB4.Conclusion: As a result, CMV genotype gB1 was detected most frequently in the patients included in the study. Following CMV gB1, the most frequently observed genotype was mix genotype. It is conclued that CMV genotype analysis more than once in one patient can increase the ratio of mix genotypesKey words: Cytomegalovirus, genotypes, pyrosequencing, glycoprotein B