İmmün sistemi baskılanmış hastalarda pneumocystis jirovecii'nin çeşitli yöntemlerle araştırılması
Investigation of pneumocystis jirovecii in immunosuppressed patients by different methods
Yazar: HARUN GÜLBUDAK
Danışman: PROF. DR. CANDAN ÖZTÜRK
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genotip = Genotype ; Mutasyon = Mutation ; Pnömoni = Pneumonia ; Pnömosistis jirovecii = Pneumocystis jirovecii ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İmmün sistem = Immune system ; İmmünosüpresyon = Immunosuppression

Özet:
Pneumocystis jirovecii, önceki adıyla Pneumocystis carinii, HIV/AIDS ve immün sistemi baskılanmış hastalarda Pneumocystis pnömonisine (PCP) neden olan atipik bir mantardır. Günümüzde, P. jirovecii immün sistemi baskılayıcı tedaviler sonucu HIV-negatif immünsupresif hastalarda artış göstermiştir. Bu çalışmada immün sistemi baskılanmış hastalarda P. jirovecii prevalansının belirlenmesi ve pozitif örneklerde DHPS mutasyon analizi ve mtLSU-rRNA genotip karakterizasyonu yapılması amaçlanmıştır. Ağustos 2016 - Şubat 2018 tarihleri arasında, atipik pnömoni bulgusu olan, %75'i mmünsupresif tedavi alan 96 hastanın solunum yolu örneğinde nested PCR ve mikroskobik yöntemler ile P. jirovecii araştırılmıştır. DHPS mutasyon analizi PCR-RFLP ile ve mtLSU-rRNA genotiplendirme sekans analizi ile yapılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 96 hasta örneğinin 16 (%16,7)'sında PCR ile, 5 (%5,2)'inde IFA ile, 3 (%3.1)'ünde TBO ile ve 2 (%2.1)'sinde Giemsa yöntemi ile P. jirovecii tespit edilmiştir.  Çalışmada IFA referans alındığında; Giemsa için duyarlılık %40, özgüllük %100; TBO için duyarlılık %60, özgüllük %100; PCR için duyarlılık %100, özgüllük %87.9 bulunmuştur.  P.jirovecii pozitif 16 hastanın 5'i (IFA pozitif) kesin PCP (3 HIV/AIDS, 1 akciğer kanseri, 1 interstisyel akciğer hastalığı), 3'ü olası PCP (1 Multipl myelom, 1 interstisyel akciğer hastalığı, 1 kolanjiosellüler karsinom) ve diğer 8'i kolonizasyon olarak tanımlanmıştır. DHPS mutasyon analizinde 4/16 (%25) mutant tip (M165/W171) tespit edilmiştir. Çalışmada profilaksi öyküsü olan hasta 3/16 (%19)'dır. Mutant tiplerin 2'si HIV/AIDS pozitif PCP'li ve profilaksi öyküsü olan; diğer 2'si kolonizasyon tespit edilen hastalardır. mtLSU-rRNA sekans analizine göre 3 farklı genotip elde edilmiştir; en sık G2 %43.75 (n=7),  ikinci sıklıkta G1 %37,5 (n=6) ve en az G3 %18.75 (n=3;) tespit edilmiştir. DHPS ve mtLSU-rRNA multilokus değerlendirildiğinde 5 genotip gözlenmiş ve 3 olası nozokomiyal bulaş (1 mutant, 2 wild tip) tespit edilmiştir. Bulaş sonucu bu hastaların 2'sinde olası PCP ve birinde kolonizasyon görülmüştür. Sonuç olarak bu bulgular bölgemizde önemli oranda P. jirovecii prevalansı olduğunu ve ilaç dirençli suşların immünsupresif hastalarda nozokomiyal bulaş ile yayılma riski taşıdığını göstermiştir.

Abstract:
Pneumocystis jirovecii, previously known as Pneunocystis carinii, is an atypical fungus causing Pneumocystis pneumonia (PCP) primarily in HIV/AIDS and immunosuppressed patients. Currently, P. jirovecii has increased in HIV-negative immunosuppressive patients as a result of immunosuppressive therapies. This study aimed to determine the prevalence of P. jirovecii in immunocompromised patients and to determine DHPS mutation analysis and mtLSU-rRNA genotype characterization in positive samples. Between August 2016 and February 2018, nested PCR and microscopic methods of P. jirovecii were investigated in 96 patients with atypical pneumonia, 75% of whom received immunosuppressive therapy. DHPS mutation analysis was performed by PCR-RFLP and mtLSU-rRNA genotyping by sequence analysis. P. jirovecii was detected in 16 (16.7%) samples by PCR, in 5 (5.2%) samples by IFA, in 3 (3.1%) samples by TBO and in 2 (2.1%) samples by Giemsa method of 96 patients samples. When IFA is taken as a reference in the study; Sensitivity for Giemsa was 40%, specificity was 100%; for TBO, sensitivity was 60%, specificity was 100%; the sensitivity and specificity for PCR were 100% and 87.9%, respectively. 5 out of 16 P. jirovecii positive patients (IFA positive) definite PCP (3 HIV/AIDS, 1 lung cancer, 1 interstitial lung disease), 3 possible PCP (1 Multiple myeloma, 1 interstitial lung disease, 1 cholangiocellular carcinoma) and the other 8 were identified as colonization. In the DHPS mutation analysis, 4/16 (25%) mutant type (M165 / W171) was detected. In the study, the patient with a prophylaxis history was 3/16 (19%). Two mutant types belonged to HIV/AIDS positive patients with PCP and had a history of prophylaxis; the other 2 patients had colonization. According to the mtLSU-rRNA sequence analysis, 3 different genotypes were obtained; the most common G2 was 43.75% (n = 7), the second was G1 37.5% (n = 6) and the least G3 was 18.75% (n = 3). When DHPS and mtLSU-rRNA multilocus were evaluated, 5 genotypes were observed and 3 possible nosocomial transmission  (1 mutant, 2 wild type) were detected. nosocomial transmission resulted in possible PCP in 2 of these patients and colonization in one. In conclusion, these findings showed that there is a significant prevalence of P. jirovecii in our region and that drug resistant strains carry the risk of spread by nosocomial transmission in immunosuppressive patients.