Peste des Petits Ruminants virusunun aşı ve saha suşlarının moleküler ayırımı
Molecular differentiation of vaccine and field strains of Peste des Petits Ruminants virus
Yazar: MUSTAFA EMİN ÖZ
Danışman: DOÇ. DR. EMRAH TORLAK
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Koyun ve Keçi Vebası (Peste des Petits Ruminants; PPR) genellikle yüksek ateş, depresyon, göz-burun lezyonları, nekroze-eroziv stomatit, enterit, solunum sistemi semptomları, pis kokulu ishal ve ölüm ile karakterize; yüksek morbidite ve mortalite ile seyreden bulaşıcı bir viral hastalıktır. İlk olarak 1942 yılında Fildişi Sahilleri'nde tanımlanmış ve daha sonraki yıllarda Afrika'nın doğusu, Arap Yarımadası, Orta Doğu ve Güney Doğu Asya'da bildirilmiştir. Hastalık Türkiye'de, ilk kez resmi olarak Eylül 1999'da rapor edilmiştir.
PPR virusu (PPRV), Paramyxoviridae ailesinin Morbillivirus genusunda yer alır. Tek bir serotipi bulunan virusun; füzyon (F) ve nükleokapsid (N) gen sekanslarının referans alındığı filogenetik analizlerinde dört genetik hatta ayrıldığı görülmektedir. Türkiye'nin farklı bölgelerinden izole edilen PPRV suşlarıyla yapılan çalışmalarda, bu suşların IV. genetik hatta yer aldığı tespit edilmiştir. Ülkemizde hastalıkla mücadele kapsamında 2010 yılından beri aşılama kampanyaları yapılmaktadır. Kullanılan aşı suşu (Nigeria75/1) genetik hat I'de yer almaktadır.
PPRV'nin laboratuvar teşhisinde etkin ve hızlı sonuçların elde edildiği Ters Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyon - RT-PZR (Reverse transcriptase polymerase chain reaction) modifikasyonları rutin tanıda diğer teşhis metotlarının yerini almıştır. PZR ürünleri ve denatürasyonlarının incelenmesi; hassas ve özgün sonuçlar verebilen floresan sistemler, teknolojik yenilikler ve moleküler çalışmalar sayesinde gelişim sürecine devam etmektedir. Yüksek kapasiteli, güvenilir ve hızlı bir yöntem olan Yüksek Çözünürlüklü Erime Analizi (High Resolution Melting – HRM), gerçek zamanlı PZR ile kombine uygulanabilen bir yöntemdir. HRM analizleri ile mutasyon taraması ve genotiplendirme başta olmak üzere moleküler düzeyde birçok çalışma yapılmaktadır.
Bu çalışmada, PPRV'nin doğal enfektif saha suşları ile aşı suşunun F gen bazlı moleküler ayrımına yönelik gerçek zamanlı RT-PZR ile kombine HRM analizi geliştirilmiştir. Bu sayede PPRV'nin laboratuvar teşhisinde yeni bir yaklaşımla hastalığın kontrol ve eradikasyonuna katkı sağlanması hedeflenmiştir.

Abstract:
Peste des Petits Ruminants (PPR) usually is a contagious viral disease characterized by high fever, depression, eye and nasal lesions, necrotic erosive stomatitis, enteritis, pneumonia, malodorous diarrhea and death, with high morbidity and mortality. PPR was first described in the Ivory Coast in 1942 and later reported in the east of Africa, the Arabian Peninsula, the Middle East and South East Asia. PPR, first time in Turkey has been officially reported in September 1999.
PPR virus (PPRV) has been classified within the genus Morbillivirus in the family Paramyxoviridae. While PPRV has only one serotype, the phylogenetic analysis of the virus with based on the fusion (F) and nucleocapsid (N) genes sequences indicates that the virus has four distinct genetic lineages. Studies with virus strains isolated from different regions of Turkey indicates that these strains represented lineage IV on PPRV. Vaccination has been carried out against the PPR disease where in Turkey since 2010. And we know this vaccine strain is represented lineage I (Nigeria75/1) on PPRV.
RT-PCR modifications that provides effective and rapid results in laboratory diagnosis for PPRV, are used more frequently than other diagnostic methods in routine diagnosis. The investigation of the denaturation of PCR products continues to develop thanks to fluorescent systems that provide sensitive and specific results, and technological innovations, and molecular studies. The High Resolution Melting (HRM) analysis performed in combination by real-time PCR is a method which rapid, reliable and high capacity. A lot of investigation can be done with by using HRM analysis at the molecular studies. Especially in mutation screening and in genotyping.
In this study, we have developed real-time RT-PCR combination with HRM analysis, which detection F gene based molecular difference of vaccine and natural infective field strains of PPRV. And we have aimed to contribute to the control and eradication of the disease with a new approach in PPRV's laboratory diagnosis.