Türk toplumunda sendromsuz dudak damak yarıklı hastalarda bazı gen değişimlerinin araştırılması ve hastalıkla ilişkilendirilmesi
Investigation of some gene variations in patients with nonsyndromic cleft lip and palate in Turkish society and their association with disease
Yazar: DENİZ AŞLAR ÖNER
Danışman: PROF. DR. HAKKI TAŞTAN
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Sendromsuz dudak ve damak yarıkları,  dünya genelinde görülen en yaygın ve önemli doğum anomalilerinden birisidir. Görülme sıklığı, coğrafik köken, ırk, etnik geçmiş ve sosyo-ekonomik duruma göre değişkenlik göstermektedir. Çevresel ve genetik faktörlerin etkileşimi sonucu oluşan sendromsuz dudak ve damak yarıklarının genetik açıdan incelenmesi için birçok aday gen araştırılmıştır. Çalışmamızda bu aday genler arasında yer alan MTR, MTRR, PVRL1 ve TGFβ1 gen bölgelerinin analizleri yapılarak, yarık dudak ve damak oluşumu üzerine etkisinin olup olmadığının ortaya konulması, sendromsuz dudak ve damak yarıklığı ile ilişkilendirilmesi ve daha sonra yapılacak araştırmalara katkı sağlanması amaçlanmıştır. Sendromsuz dudak ve damak yarıklı 80 hasta ve 125 sağlıklı kontrol bireyin dahil edildiği çalışmada, genomik DNA fenol-kloroform yöntemiyle lökositlerden izole edildikten sonra ilgili gen bölgeleri polimeraz zincir reaksiyonuyla (PCR) amplifiye edilmiştir.  MTR ve MTRR gen bölgelerinde yer alan değişimler restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) yöntemiyle, PVRL1 ve TGFβ1 gen bölgelerinde yer alan değişimler ise DNA dizi analizi yöntemiyle incelenmiştir. Çalışma grubumuzda, MTR gen bölgesinde bulunan A2756G (rs1805087), MTRR genine ait A66G (rs1801394), TGFβ1 geninde ise Pro10Leu (rs1800470)  ve Arg25Pro (rs1800471) polimorfizmleri literatürle uyumlu olarak sendromsuz damak yarığı ile beraber olan/olmayan dudak yarıklı Türk hastalarda saptanmıştır. Bunlara ilaveten PVRL1 geni ekzon 3 bölgesinde S174T ve T187N değişimleri ve PVRL1 geni ekzon 6 bölgesinde, c.1311_1313insGGA (g.63736–g.63738) mutasyonu saptanmıştır. GGA insersiyonu 125 sağlıklı bireyin hiçbirinde görülmemiştir. PVRL1 geninde bulunan bu değişimler daha önce rapor edilmemiş ve Human Gene Mutation Database (İnsan Gen Mutasyon Veritabanı, HGMD) veritabanında da henüz tanımlanmamıştır.  Bu tez çalışması Türk popülasyonunda sendromsuz damak yarığı ile beraber olan/olmayan dudak yarıkları ile MTR, MTRR, PVRL1 ve TGFβ1 genleri arasındaki ilişkiyi ortaya koyan ilk çalışma olması ve tanımlanmamış mutasyonların literatüre kazandırılmış olmasından dolayı önemlidir.

Abstract:
Nonsyndromic cleft lip and palate is one of the most common and significant congenital malformations with a global occurrence, although its prevalence rate varies based on geographical origin, sex, racial background, ethnicity, and socioeconomic status. Nonsyndromic cleft lip and palate is caused due to the interaction between environmental and genetic factors; in addition, genetic studies on this disorder have investigated numerous candidate genes. In this study, MTR, MTRR, PVRL1, and TGFβ1 gene regions located among these candidate genes were analyzed with the following aims: to determine whether these gene regions affect the formation of nonsyndromic cleft lip and palate, to determine the association between nonsyndromic cleft lip and palate and these gene regions, and to contribute toward future research.This study included a total of 80 Turkish patients with nonsyndromic cleft lip and palate and 125 healthy individuals. After the isolation of genomic DNA from peripheral blood leukocytes using the phenol–chloroform method, the related gene regions were amplified using polymerase chain reaction. Variants located in the MTR and MTRR gene regions were investigated using the restriction fragment length polymorphism method, and variants located in the PVRL1 and TGFβ1 gene regions were investigated using the DNA sequencing method. Results showed the presence of MTR A2756G (rs1805087), MTR A66G (rs1801394), TGFβ1 Pro10Leu (rs1800470), and Arg25Pro (rs1800471) polymorphisms in patients with nonsyndromic cleft lip and palate, which is in accordance with the literature. In addition, we detected S174T and T187N variants in the exon 3 region and c.1311_1313insGGA (g.63736-g.63738) mutation in the exon 6 region of the PVRL1 gene. GGA insertion was not detected in the 125 healthy individuals. The variants that were detected in the PVRL1 gene have not been reported earlier and also not described in the Human Gene Mutation Database. This thesis is an important work as it describes the first study showing the association between nonsyndromic cleft lip and palate in the Turkish population and MTR, MTRR, PVRL1, and TGFβ1 genes and undefined mutations are added to the literature.