Karaciğer kanseri kök hücrelerinde SIP1 gen ifadesinin analizi
Evaluation of SIP1 gene expression in liver cancer stem cell
Yazar: METİN ÇETİN
Danışman: PROF. DR. TAMER YAĞCI
Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü / Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Kanser kök hücre (CSC) kavramı, bu hücrelerin tümör oluşumu, tümör kitlesinin devamlılığı, metastaz ve konvansiyonel tedavilerin ardından tümör nüksü ile ilişkili rolünden dolayı tümör biyolojisinde yoğun bir araştırma alanıdır. Metastazı düzenleyen epitel-mezankim dönüşümü (EMT) programının kanser kök hücrelerinde de etkinleştiği yakın zamandaki çalışmalarla ortaya konmuştur. Kanser kök hücrelerinde EMT-indükleyen transkripsiyon faktörlerinin gen ifadelerindeki artış meme kanserlerinde gösterilmiş, ancak diğer kanserler bağlamında böyle bir ilişki henüz net olarak tanımlanmamıştır. Bu çalışmada, hepatoselüler karsinoma (HCC) hücre hatlarındaki CSC?lerinde başta SIP1 olmak üzere, EMT-indükleyicilerinin davranışlarının aydınlatılması planlanmıştır. 
PLC/PRF/5 HCC hücre hattındaki CD133/CD44 ikili pozitif alt-hücre grubunda EMT, kemoterapiye direnç ve karaciğer kök/öncü hücre fenotipini düzenleyen genlerin ifadeleri qRT-PCR ile parental hücre grubuna göre karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. 
CSC?lerinde araştırılan EMT-indükleyici transkripsiyon faktörlerinden SIP1 ve ZEB1?in parental hücrelere göre azalmış gen ifadelerine karşın SNAIL ve TWIST?in artmış gen ifadeleri bulunmuştur. Bu ikili-pozitif hücre alt-grubu, artmış CK19 gen ifadesi ile karaciğer kök/öncü hücre karakteristiği göstermiştir. Kemoterapiye direnç ile ilişkili olan CEACAM6 ve BCRP1 gen ifadelerindeki artış CD133+CD44+ alt-popülasyonunun kök hücre fenotipini desteklemektedir.

Abstract:
The concept of cancer stem cells (CSCs) is an intensive area of research in tumor biology due to the role of these cells in tumorigenesis, maintainance of the tumor mass, metastasis and tumor relapse after conventional therapies. Recent investigations have revealed that epithelial to mesenchymal transition (EMT), which regulates metastasis, also is activated in cancer stem cells. Overexpression of EMT-inducing transcription factors in cancer stem cells was shown in breast cancer, but such a relationship has not been yet clearly defined in the context of other cancers.  This study was  planned to clarify the behavior of EMT-inducers, particularly SIP1, in CSCs from hepatocellular carcinoma (HCC) cell lines.
The expression of genes that regulate EMT, resistance to chemotherapy and liver stem/progenitor cell phenotype was analyzed by qRT-PCR in CD133/CD44 double positive sub-group from PLC/PRF/5 HCC cell line with respect to parental cells.
Among studied EMT-inducing transcription factors SIP1 and ZEB1 were down-regulated, but SNAIL and TWIST were found to be over expressed in cells compared to parental cells. This double-positive sub-group of cells showed liver stem/progenitor cell characteristics as evidenced by the increased expression of CK19. Increased expression of CEACAM6 and BCRP1 genes, which are associated with resistance to chemotherapy, further supported the stemness phenotype of CD133+CD44+ sub-population.