Benign ve malign tiroid nodüllerinin proteomik profil farklılıklarının belirlenmesi
Distinguishing proteomic profile differences of benign and malignant thyroid nodules
Yazar: YASEMİN UÇAL
Danışman: PROF. DR. AYSEL ÖZPINAR
Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Kromatografi-sıvı = Chromatography-liquid ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Proteomikler = Proteomics ; Tiroid hastalıkları = Thyroid diseases ; Tiroid neoplazmları = Thyroid neoplasms ; Tiroid nodülleri = Thyroid nodule

Özet:
Günümüzde çok sık rastlanan tiroid nodüllerinin histopatolojik tanısının konulmasını sağlayan en güvenilir ve ucuz yöntem İnce İğne Aspirasyon Biyopsisi'dir (İİAB). Ancak, ayırıcı tanıda ayrım kriterlerinin yeterli olmayışı bazı nodüllerin histopatolojik tanısını zorlaştırmaktadır. Papiller Tiroid Kanseri (PTK) en yaygın endokrin malignitedir ve farklı histolojik varyantları mevcuttur. Özellikle, Foliküler Varyant Papiller Tiroid Kanseri'nin (FV-PTK) İİAB yöntemi ile histopatolojik olarak tanı konulmasında zorluklar yaşanmaktadır. Bu nedenle, ayırıcı tanının ya da ayrım yapacak tekniklerin geliştirilmesi tiroid patolojisi için büyük önem arz etmektedir. 
Bu çalışmada, klinikte en sık görülen varyantlardan klasik (CV-PTK) ve FV-PTK taze dondurulmuş dokuları 2 boyutlu jel elektroforezi ve LC-MS/MS ile analiz edilmiş ve protein profilleri belirlenmiştir. Ayırıcı tanıya katkısı olabilecek proteinler imünohistokimya ile valide edilmiştir. Aynı zamanda, bu vakaların formaline sabitlenmiş parafine gömülü (FFPE) dokuları MALDI-Görüntüleme kütle spektrometresi ile analiz edilip ayırıcı tanıya katkı sağlayabilecek anlamlı farklı peptidler belirlenmiştir. Çalışma grubundaki BRAF V600E mutasyonu FFPE örneklerin tümör bölgelerinden kesitler alınarak tespit edilmiştir. 
BRAF V600E mutasyon taraması sonucunda mutasyon görülen vakaların çoğunluğunun (%69) CV-PTK vakası olduğu tespit edilmiştir.Protein profillerine göre, özellikle benign ve FV-PTK örneklerinin çok sayıda ortak protein içerdiği ve aktin iskelet proteinlerinin ve hücre iskeletinin düzenlenmesinde sorumlu olan proteinlerin tiroid patolojisinde önemli rol oynadığı gösterilmiştir.

Abstract:
Nowadays, the most reliable and inexpensive method for establishing the histopathological diagnosis of thyroid nodules is Fine Needle Aspiration Biopsy (FNAB). However, the lack of discrimination criteria in differential diagnosis leads to the failure of the successful diagnosis of some nodules. Papillary Thyroid Cancer (PTC) is the most common endocrine malignancy and has different histological variants. Especially, Follicular Variant Papillary Thyroid Cancer (FV-PTC) is solely characterized by nuclear features and the diagnosis of these nodules can be challenging. For this reason, the development of differential diagnosis or differentiation techniques is of great importance in thyroid pathology.
In our study, classical (CV-PTC) and FV-PTC fresh frozen tissues were analyzed by 2-D gel electrophoresis and LC-MS/MS in order to determine the protein profiles. Proteins that may be contributing to differential diagnosis have been validated by immunohistochemistry. Additionally, statistically significant peptides were identified by matrix-assisted laser desorption / ionization (MALDI) Mass spectrometry imaging from formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissues. The BRAF V600E mutation in the study group was determined by cross-sectioning the tumor regions of the FFPE samples.
It has been determined that CV-PTC is the majority (69%) of cases with BRAF V600E mutation. Especially benign and FV-PTC cases were found to contain a large number of common proteins according to their protein profiles. It has also been shown that actin cytoskeletal proteins and proteins responsible for the regulation of the cytoskeleton play an important role in thyroid pathology.