Meme kanserli olgularda miR-125a ve miR-34a mikroRNA'larının genomik dizilerinin dizileme yöntemiyle incelenmesi
Analyzing genomic sequence of miR-125a and miR-34a microRNAs in Breast cancer samples with sequencing
Yazar: ÜMMÜHAN DEMİR
Danışman: DOÇ. DR. M. HAMZA MÜSLÜMANOĞLU
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: DNA analizi = DNA analysis ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms

Özet:
Meme kanseri dünyada kadınlar arasında en sık görülen kanser türüdür. Son yıllarda mikroRNAların işlevlerinin ve kanserdeki rollerinin anlaşılmaya başlanması hem kanserin moleküler patolojisinin anlaşılmasında hem de yeni moleküler hedefe yönelik tedaviler geliştirilmesinde umut olmuştur.Çalışmamızda 28 meme kanserli hastanın kan ve doku örnekleri ve 50 meme kanseri açısından sağlıklı bireyin kan örneklerinde miR-34a ve miR-125a mikroRNAlarının genomik dizileri dizileme yöntemi ile incelenmiştir. miR-34a'nın genomik bölgesinde herhangi bir polimorfizm veya mutasyon saptanmamıştır. miR-125a'nın transkribe olmayan bölgesinde bilinen bir polimorfizm kontrol ve hasta örneklerinde belirlenmiştir. Bu polimorfizmin hastalara ait örneklerdeki genotip dağılımı; %50,0 TT,%32,1 CT, %17,9 CC şeklindedir. Kontrol örneklerindeki dağılımı ise % 56,0 TT,% 36,0 TC, %8,0 CC' dir. Kontroller ve meme kanserli örnekler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05).Polimorfizmin bulunduğu bölge, internet tabanlı bir programla transkripsiyon faktörleri için bağlanma bölgesi taşıyıp taşımadığı yönünde incelenmiştir. Bu polimorfizmin bulunduğu bölgeye TT genotipi için Gata-1 transkripsiyon faktörü bağlanırken, CC genotipi için Sp-1 transkripsiyon faktörü bağlanmaktadır. Sp-1 ER için koaktivatör görevi gördüğü için meme kanseri gelişiminde rol oynadığı bilinmektedir.Çalışmamızda meme kanserinde miRNA mutasyonlarının seyrek görüldüğü sonucuna varılmış olsa da, net sonuca varmak için bu konuda daha çok çalışma yapılması gerekmektedir. Çalışmamız miR-125a'nın meme kanserindeki önemini ortaya koymuştur ve miR-125a'nın hücresel yolaklarla bağlantısının kurulması için fonksiyonel analizler yapılması gerekliliğini vurgulamıştır.Anahtar kelimeler: Meme kanseri, miR-34a, miR-125a, dizileme.

Abstract:
Breast cancer is the type of cancer most frequently seen among women in the world. Recently understanding the functions of microRNAs and their roles in cancer progression has been providing expectations for understanding the molecular pathology of breast cancer and developing new molecular targeted therapies.In our study, genomic sequences of miR-34a and miR-125a were studied in tissue and blood samples from 28 patients with breast cancer and 50 healthy controls with respect to breast cancer by DNA sequencing. Any mutation or polymorphisms were not detected in genomic sequence of miR-34a. A known polymorphism in non-transcribed region of miR-125a was found in patients and control cases. The genotype frequencies of this polymorphism in patient group are 50.0 % TT, 17.9 % CC, 32.1 % CT. The frequencies in control group are 56.0% TT, 8.0 %CC, 36.0 % TC. The genotype frequency difference between patient and control group is statically not significant (p>0.05).The region containing this polymorphism was analyzed whether it contains a binding site for a transcription factor or not. While Gata-1 transcription factor binds this region for TT genotype, Sp-1 transcription factor binds this region for CC genotype. Because Sp-1 is a coactivator for ER, it is known that Sp-1 takes part in breast cancer progression.In our study, although it was concluded that miRNA mutations in breast cancer is a rare event more studies are needed to perform to drive an exact conclusion. Our study showed the importance of miR-125a in breast cancer and it emphasized the necessity of performing functional analysis to associate miR-125a with cellular pathways in breast cancer.Key words: Breast cancer, miR-34a, miR-125a, DNA sequencing.