Mersin ilinde çocukluk ve erişkin çağında campylobacter görülme sıklığı, antibiyotik direncinin belirlenmesi ve virulans faktörlerinin saptanması
Frequency of campylobacter occurrence in childhood and adulthood, determination of antibiotic resistance and determination of virulence factors in mersin province
Yazar: YUSUF GÖRGÜLÜ
Danışman: PROF. DR. GÖNÜL ASLAN
Mersin Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Gastroenterit = Gastroenteritis ; Gastrointestinal hastalıklar = Gastrointestinal diseases ; Kampilobakter = Campylobacter ; Mersin = Mersin ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Virülans = Virulence

Özet:
Tüm dünyada en çok ölüme neden olan hastalıklardan biri akut gastroenteritlerdir. Özellikle gelişmemiş ülkelerde çocuk ölümlerine ve büyük miktarlarda ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Campylobacter türleri de yetişkin ve pediatrik hastalarda gastroenterit etkenleri arasında en yaygın türlerden biri olarak bilinmektedir. Genellikle hayatı tehdit etmeyen bir ishal şeklinde başlayıp kendini sınırlasa da, bazen ciddi morbiditelere neden olabilen ve mortaliteye doğru giden bir tablo ile karşımıza çıkabilir.  Bu çalışmada, Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi Hastanesi polikliniklerinden ve yatan hastalardan, akut gastroenterit ön tanısıyla Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen dışkı örneklerinden, hastanemizde rutin kültürü yapılmayan Campylobacter türlerinin sıklığının belirlenmesi amaçlanmış 401 hasta örneği dahil edilmiştir. Öncelikle mikroskobik olarak incelenen dışkı örnekleri seçici besiyeri olan mCCDA (Modifiye Charcoal Cephoperazone Deoxycholate Agar) ekilmiş ve konvansiyonel yöntemlerle Campylobacter spp. olarak tanımlanmıştır. Tür tayini, direnç ve virulans gen bölgeleri de Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile belirlenmiştir. İncelenen 401 dışkı örneğinin 44'ünde Campylobacter (%10.9) türü bakteri üremesi saptanmıştır. Bunların 36'sı Campylobacter jejuni, 6'sı Campylobacter coli ve 2'si de Campylobacter spp. olarak tanımlanmıştır. İzolatların eritromisin, tetrasiklin ve siprofloksasin antibiyotik duyarlılık testi disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir. 44 izolatın tamamı siprofloksasine dirençli bulunmuştur. Tetrasiklin direnci 43 izolatta saptanırken sadece 1 C.jejuni izolatı tetrasikline duyarlı tespit edilmiştir. Eritromisin direnci ise 4 izolatta görülmüştür ve bu izolatların 3'ü C.coli, 1'i C.jejuni olarak tanımlanmıştır. 44 Campylobacter izolatının 40'ında (% 90,9) 23S rRNA bulunurken, 21 izolatta (% 47,7) da gyrA genleri tespit edilmiştir. Diğer yandan; 44 izolatın 34'ünde (% 77,3) cadF geni bulunurken, 24'ünde (% 54,5) cdtABC genine rastlanmıştır.

Abstract:
One of the most fatal diseases in the world is acute gastroenteritis. It causes child mortality and large amounts of economic losses, especially in undeveloped countries. Campylobacter species are also known as one of the most common types of gastroenteritis agents in adult and pediatric patients. Although it usually starts as a non-life-threatening diarrhea, it can sometimes be confronted with a picture that can cause serious morbidities and go towards mortality. In this study, it was aimed to determine the frequency of Campylobacter species that are not routinely cultured in our hospital, from the outpatient samples sent from Mersin University Medical Faculty Health Research and Application Center Hospital polyclinics and inpatients with the pre-diagnosis of acute gastroenteritis, and 401 patient samples were included. First of all, stool samples that were examined microscopically were planted with selective medium mCCDA (Modified Charcoal Cephoperazone Deoxycholate Agar) and Campylobacter spp. defined as. Species identification, resistance and virulence gene regions are also determined by Polymerase Chain Reaction (PCR). In 44 of the 401 stool samples examined, Campylobacter (10.9%) bacterial growth was detected. 36 of them are Campylobacter jejuni, 6 of them are Campylobacter coli and 2 of them are Campylobacter spp. defined as. Erythromycin, tetracycline and ciprofloxacin antibiotic susceptibility test of isolates was determined by disc diffusion method. All 44 isolates were found resistant to ciprofloxacin. While tetracycline resistance was detected in 43 isolates, only 1 C.jejuni isolate was detected sensitive to tetracycline. Erythromycin resistance was seen in 4 isolates and 3 of these isolates were identified as C.coli and 1 as C.jejuni. While 40 (90.9%) of 44 Campylobacter isolates had 23S rRNA, gyrA genes were detected in 21 isolates (47.7%). On the other hand; While 34 (77.3%) of 44 isolates had cadF gene, 24 (54.5%) of cdtABC gene was found.