Bazı fitokimyasalların Yersinia ruckeri üzerine etkileri ve antimikrobiyal direnç durumlarının araştırılması
Investigation of antimicrobial resistant and effects of some phytochemicals on Yersinia ruckeri
Yazar: MUSTAFA ÇEVİK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞÜKRÜ ÖNALAN
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Hastalıklar Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products

Özet:
Bu tez çalışmasında, Su ürünlerinde bakteriyel hastalık etkenlerinden Yersinia ruckeri üzerinde Moringa oleifera ve Sorbus domestica bitki ekstratlarının etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, 2 farklı Y. ruckeri izolatının morfolojik ve biyokimyasal özellikleri belirlenmiştir. Ardından, izolatların Real-Time PCR analizleri ve gen dizilimleri belirlenerek identifikasyonları gerçekleştirilmiştir. Fitokimyasallar (M. oleifera ve S. domestica) ile antibiyotikler (oksitetrasiklin ve enrofloksasin) birlikte kullanılarak gerçekleştirilen antibiyogram testinde fitokimyasalların antibiyotiklere göre etki durumları karşılaştırılmıştır. Ayrıca, Fitokimyasalların Y. ruckeri gelişimi üzerine etkileri TSB besiyerinde oluşturulan 10 farklı grup ile bakteri gelişimi yoğunluklarına göre spektrofotometrik olarak 600 nm dalga boyunda her 2 saatte bir ölçüm yapılarak kıyaslamalı olarak incelenmiştir.
Çalışma sonucunda, izolatların Gram negatif, katalaz pozitif, oksidaz negatif, hareketli ve tipik Y. ruckeri kolonileri oluşturdukları gözlenmiştir. GnA+B paneli (Microgen) ile gerçekleştirilen biyokimyasal testler sonrasında %99,85 oranında benzerlik olduğu belirlenmiştir. İzolatların sekans analizi sonrasında 16S rRNA gen bölgesi ile örtüştüğü ve filogenetik analizde izolatların %99 benzer oldukları görülmüştür. Antibiyogram testi sonrasında oksitetrasiklin ve enrofloksasin antibiyotiklerinin Y. ruckeri üzerine dirençli oldukları ancak katı besiyerinde (MHA) fitokimyasalların etkilerinin daha az olduğu gözlenmiştir. Sıvı besiyerinde (TSB) gerçekleştirilen ölçümler neticesinde ise fitokimyasalların %40-50 oranında bakterinin gelişimini inhibe ettiği gözlenmiştir. 
Antibiyotik direncinin öneminin her geçen gün artmakta olduğu günümüzde antibiyotik kullanımına alternatif ve ekonomik yönden daha uygun olan bitkilerin tedavide olumlu sonuçlar vereceği kanaatindeyiz.  
Anahtar kelimeler: Antibiyogram, Balık hastalıkları, Moringa oleifera, Real-Time PCR, Sekans, Sorbus domestica, Yersinia ruckeri.

Abstract:
In this thesis, it is aimed to investigate the effects of Moringa oleifera and Sorbus domestica plant extracts on bacterial disease agents Yersinia ruckeri in aquaculture. For this purpose, morphological and biochemical properties of 2 different Y. ruckeri isolates were determined. Then, real-time PCR analysis and gene sequencing of the isolates were identified and identified. Phytochemicals (M. oleifera and S. domestica) and antibiotics (oxytetracycline and enrofloxacin) were used together in the antibiogram test of antibiotics compared to the effect status of antibiotics. In addition, the effects of phytochemicals on Y. ruckeri growth were examined comparatively by spectrophotometrically measuring at 600 nm wavelength every 2 hours according to bacterial growth densities with 10 different groups formed on TSB medium.
As a result of the study, it was observed that the isolates formed Gram negative, catalase positive, oxidase negative, mobile and typical Y. ruckeri colonies. After the biochemical tests performed with Microgen ID panel, 99.85% similarity was determined. The isolates overlap with the 16S rRNA gene region after sequence analysis, and 99% of the isolates were similar in phylogenetic analysis. After antibiogram test, oxytetracycline and enrofloxacin antibiotics were resistant to Y. ruckeri but the effects of phytochemicals were less on solid medium (MHA). As a result of the measurements carried out in liquid medium (TSB), it was observed that phytochemicals inhibit the growth of bacteria by 40-50%.
As the importance of antibiotic resistance is increasing day by day, we believe that plants that are more alternative and more suitable for antibiotic use today will give positive results in treatment.

Keywords: Antibiogram, Fish diseases, Moringa oleifera, Real-Time PCR, Sequencing, Sorbus domestica, Yersinia ruckeri.