COVİD- 19 pandemisi döneminde solunum yolu enfeksiyonuna neden olan etkenlerin araştırılması
Investigation of causing agents of respiratory tract infection during the COVİD-19 pandemic period
Yazar: RAMAZAN KÖKLÜ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMEK TÜRKEKUL ŞEN
Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Pandemiler = Pandemics ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; SARS virüsü = SARS virus ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; İnfluenza = Influenza

Özet:
Solunum yolu enfeksiyonları tüm dünyada önemli bir morbidite ve mortalite nedenidir. Özellikle pandemi potansiyeli olan etkenlerin yakından izlenmesi olası pandemilerin erken tanısı ve kontrolü için önemlidir. 2019 yılının sonunda tanımlanan SARS CoV 2 etkeni ve neden olduğu COVID-19 pandemisinin ilk başlangıcı da ILI sürveyansı sırasında vaka sayısında görülen artış ile ortaya çıkmıştır. Yeni tanımlanan bir virüs olması nedeniyle SARS CoV-2 ve COVID-19 pandemisinin diğer solunum yolu virüsleri ile birlikteliği ve bu virüslerin yıl içindeki aktivitesine olan etkisi araştırılmaktadır. 

Bu çalışmada COVID-19 pandemisi döneminde benzer klinik semptomları olan hastalarda şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS CoV-2) ile solunum yolu enfeksiyonlarının gelişmesine en sık neden olan virüslerden,  İnfluenza A/İnfluenza B; İnfluenza A H1/H3/H5/H7; İnsan MetapneumoVirüs (HMPV), İnsan respiratuar sinsityal virüsü (HRSV) A / B, İnsan rinovirüsü (HRV); İnsan bocavirüsü (HBoV); İnsan enterovirüsü (HEV), İnsan parechoVirüs (HPeV), İnsan adenovirüsü (AV), İnsan koronavirüsü (HCoV) HKU/NL63/OC43/229E; Parainfluenza (PIV) 1/2/3/4 virüslerinin eş zamanlı olarak varlığı araştırıldı.  

Aralık 2020-Nisan 2021 tarihleri arasında Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi klinik ve polikliniklerinde viral solunum yolu infeksiyonu ön tanısı konulan 0-90 yaş arasında 100 hastadan alınan nazofaringeal sürüntü örnekleri multipleks tek basamaklı ters transkripsiyon polimeraz zincir tepkimesi   (Multiplex RT qPZR) yöntemi ile incelendi. Çocuk hastalardan alınan 50 örneğin ikisinde (%1) SARS-CoV-2 ve birinde (HCoV) OC43 pozitif olarak saptandı. Erişkin hasta grubunda 14 örnek (% 28) SARS-CoV-2 pozitif olarak saptanırken  diğer solunum yolu virüsleri saptanmadı.  

Mevsimsel grip sezonu aktivitesinin ve COVID-19 vakalarının yüksek olması beklenen bir dönemde yapılan çalışmada, SARS CoV-2 virüsü ve diğer solunum yolu virüslerinin düşük oranda saptanması, bu sonuçlara COVID-19 pandemisi için alınan kişisel önlemlerin ve karantina önlemlerinin etkili olduğu şeklinde yorumlandı. SARS CoV-2 aktivitesinin ve mevsimsel influenza ile diğer solunum yolu virus aktivitelerine olan etkisinin önümüzdeki yıllarda yakından takip  edilmesi gerektiği düşünüldü.

Abstract:
Respiratory tract infections are an important cause of morbidity and mortality all over the world. In particular, close monitoring of pathogens with pandemic potential is important for early diagnosis and control of possible pandemics. The SARS CoV-2 agent and the first onset of the COVID-19 pandemic it caused were identified  at the end of 2019 has been emerged with the increase in the number of cases during ILI surveillance. Since it is a newly identified virus, the coexistence of SARS CoV-2 and COVID-19 pandemics with other respiratory tract viruses and the effect of these viruses on their activity during the year are being investigated.

In this study, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS CoV-2) and viruses that most commonly cause respiratory tract infections in patients with similar clinical symptoms during the COVID-19 pandemic were examined; Influenza A/Influenza B; influenza A H1/H3/H5/H7; Human MetapneumoVirus (HMPV), Human respiratory syncytial virus (HRSV) A/B, Human rhinovirus (HRV); human bocavirus (HBoV); The simultaneous presence of Human enterovirus (HEV), Human parechoVirus (HPeV), Human adenovirus (AV), Human coronavirus (HCoV) HKU/NL63/OC43/229E and Parainfluenza (PIV) 1/2/3/4 viruses were investigated.

Nasopharyngeal swab samples taken from 100 patients aged 0-90 years, who were prediagnosed with viral respiratory tract infection in Afyonkarahisar Health Sciences University, Faculty of Medicine clinics and polyclinics between December 2020 and April 2021 were analyzed by multiplex single-step reverse transcription polymerase chain reaction (Multiplex RT qPZR) method. SARS-CoV-2 was detected in two (1%) of 50 samples taken from pediatric patients, and Human coronavirus (HCoV) OC43 was positive in one. While 14 samples (28%) were found to be positive for SARS-CoV-2 in the adult patient group, other respiratory tract viruses were not detected.
Although the study has been carried out within the high season of influenza and the other respiratory viral pathogens those were found to be at low numbers and ratio. The reason of the low detection rate of SARS CoV-2 virus and other respiratory tract viruses was interpreted as, taking personal precautions and quarantine measures during the COVID-19 pandemic. It was thought that SARS CoV-2 activity and its effect on seasonal influenza and other respiratory tract virus activities should be followed closely in the coming years.