Orak hücre hastalarında hbf düzeyini etkileyen HMIP-2 lokusu rs9399137, rs9402685 ve rs11759553 polimorfizmlerinin araştırılması
Investigation of HMIP-2 loci polymorphisms: rs9399137, rs9402685 and rs11759553 affect hbf levels in sickle cell patients
Yazar: ÖZGÜN TARANCI
Danışman: PROF. DR. YASEMİN KAÇAR
Mersin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoloji = Biology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Ülkemizde OHH'sı bireylerde HbF polimorfizmleri ile ilgili çalışma yapılmamış olması ve Mersin bölgesinde çok sayıda orak hücre hastasının bulunması burada yaşayan bireylerde fötal hemoglobin (HbF) düzeyini etkileyen tek nükleotit polimorfizmlerinin (SNP) araştırılmasına neden olmuştur. MEÜ. Tıp Fakültesi Çocuk Hematoloji AD'nda takip edilen orak hücre hastası olan 91 çocuk ile Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları AD'nda takip edilen hemoglobinopatisi olmayan 79 sağlıklı çocukta toplamda 170 çocuk popülasyonunda HMIP-2 lokusu rs9399137, rs9402685 ve rs11759553 kodlu üç SNP'nin, TaqMan testi ve RT-RCR ve DNA dizileme yöntemleri kullanarak belirlenmiş ve HbF düzeyi ile ilişkilendirilmiştir. Orak hücre hastası çocukların HMIP-2 lokusu rs9399137 SNP sonuçlarına göre 69 (%76)'u ''T/T'', 17 (%18.6)'si ''T/C'' ve 5 (%5.4)'i ''C/C'' alelli taşıdığı belirlenmiştir. Hemoglobinopatisi olmayan çocuk grubunda yapılan rs9399137 SNP sonuçlarına göre ise 26 (%63.4)'sının ''T/T'', 2 (%4.8)'sinde ''C/C'' homozigotu ve 13 (%31.7)'ünde ''C/T'' heterozigotu olduğu belirlenmiştir. Sanger dizileme yöntemi uygulanan OHH'sı çocukların rs9402685 SNP sonucuna göre 65 (%69.2)'inin ''T/T'', 20 (%21.9)'sinin ''T/C'' ve 6 (%8.7)'sının ''C/C'' alellerini taşıdığı belirlenmiştir. Hemoglobinopatisi olmayan kontrol çocuk grubunda yapılan rs9402685 SNP için alel dağılımında 44 (%55,7)'nün ''T/T'', 3 (%3,8)'nün ''C/C'' homozigotunu ve 26 (%32,91)'sının ''C/T' heterozigotu olduğu belirlenmiştir. OHH'sı çocukların rs11759553 SNP sonuçlarına göre ise 63 (%69.2)'ünün ''A/A'', 20 (%21.9)'sinin ''A/T'' ve 8 (%8.7)'inin ''T/T'' alellerini taşıdığı belirlenmiştir. Hemoglobinopatisi olmayan kontrol çocuk grubunda yapılan rs11759553 SNP sonuçlarına göre 43 ('%54,43)'ünün ''A/A'', 32 (%40,5)'sinin ''A/T'' ve 4 (%5.06)'ünün de ''T/T'' alellerine sahip olduğu belirlenmiştir. Orak hücre hastası bireylerde taranan üç SNP'nin de ayrı ayrı HbF düzeyi ile arasındaki ilişki Mann-Whitney U testi yardımı ile değerlendirilmiştir. Değerlendirme sırasında üç polimorfizm de HbF düzeyi ile arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır. OHH'sı ile hemolobinopatisi olmayan kontrol grubunun HbF düzeyi bakımından aralarında anlamlı farklılıklar bulunmuştur. Mersin bölgesinde yaşayan OHH'sı ve hemoglobinopatisi olmayan 170 bireyden oluşan popülasyonda üç polimorfik noktanın SNP'nin analizi (rs9399137, rs9402685 ve rs11759553) sonucunda popülasyonun T-T-A majör ve C-C-T minör alellere sahip olduğu bulunmuştur.

Abstract:
The lack of studies on HbF polymorphisms in individuals in our country and the presence of multiple sickle cell patients in the Mersin region have led to the search for single nucleotide polymorphisms (SNPs) affecting the level of fetal hemoglobin (HbF) in the individuals living here. HMIP-2 loci polymorphisms of rs9399137, rs9402685 and rs11759553 investigated on ninetyone (91) SCA patients of age between 5-19 and 79 healthy children without hemoglobinopathies who were followed up in the Pediatric Hematology Department and Pediatry Department of the Mersin University Medical Faculty respectively. DNA polymorphisms was determined using RT-PCR and DNA sequencing methods. According to the results of rs9399137 SNP of HMIP-2 locus of SCA patients, 69 of them(76%) have ''T/T'', 17 (18.6%) ''T/C'' and 5 (5.4%) carries ''C/C'' wherease in the contol group without hemoglobinopaties, 26 (63.4%) have ''T/T'', 2 (4.8%) ''C/C'' and 13 (31.7%) ''C/T'' respectively.. Results obtained with rs9402685 SNP found as follows: 65 of SCA patients (69.2%) show 'T/T'', 20 (21.9%) ''T/C'' and 6 (8.7) ''C/C'' genotypes, respectively. Control group allelic distribution for the same SNP were, 44 (% 55,7) have ''T/T'', 3 (% 3,8) ''C/C'' and 26, ''C/T''. SNP results obtained for rs11759553 in SCA patients show 69.2% A/A, 21.9% ''A/T'' and 8.7% ''T/T'' alleles. Similarly in the control group 43 of them have A/A, 32 ''A/T'' and 4 ''T/T'' alleles respectively. No corelation were found between the individual HbF levels of the three SNPs screened in both SCA patients and Control group without hemoglobinopathies separately by using the Mann-Whitney U test. But there were significant differences in the HbF level between the control group and SCA patients. Analysis of three polymorphic SNPs (rs9399137, rs9402685, and rs11759553) of 170 individuals of Mersin region of Turkey resulted in T-T-A major and C-C-T minor haplotypes.