Çanakkale popülasyonunda G6PD geni varyantları ve klinik korelasyonu
G6PD gene variants and clinical correlation in the Çanakkale population
Yazar: ONUR RECEP GÜNDÜZ
Danışman: PROF. DR. FATMA SILAN
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
AMAÇ: Bu çalışmada kliniğimizde saptanan G6PD geni varyantlarını ve klinikle olan ilişkilerini derledik. Varyantların hemogram-biyokimya parametrelerine etkisi, hemoliz etyolojisi ve varyantlarla ilişkisini inceledik. Çanakkale yöresinde saptadığımız varyantların literatür verileriyle karşılaştırmasını ve ülkemizde hangi varyantların bulunduğunu saptamayı hedefledik. Sonraki çalışmalarda ülkemizde hangi varyant/ekzonlara dikkat edilmesi gerektiği konusunda yardımcı olmayı amaçladık. GEREÇ ve YÖNTEM: Çalışmamıza 2018 yılından sonraki 5 sene içerisinde G6PD geninde varyant saptanan olgular dahil edilmiştir. Varyantlar yeni nesil dizileme yöntemiyle saptandı ve biyoinformatik araçlarla değerlendirildi. Yaş, cinsiyet, varyant, ekzon numarası, hemogram, biyokimya parametreleri ve klinik etyolojileri sınıflandırıldı. JASP istatistik programı yardımıyla tanımlayıcı istatistik analizleri yapıldı. Sonuçlar literatür ile mukayese edildi. BULGULAR: Çalışmada 59 hastada varyant saptandı. 30'u non-polimorfik, 29'u polimorfik olarak tespit edildi. Non-polimorfizm grubunda 10 farklı varyant saptandı. 16 Akdeniz varyantı, 3 Chatham varyantı, 2 Cairo varyantı, 3 Union varyantı, 1 Gond varyantı, 3 c.774C>T(p.D258D) varyantı, 1 c.1368C>T(p.D456D)varyantı,1  c.120+7A>C varyantı saptanmıştır. Polimorfik grubun tamamında c.1311T>C(p.Y437Y) varyantı saptanmıştır. Non-polimorfik varyantların ekzonları 5,6,8,9,11,12 ve splice-site olarak tespit edildi. En sık(%53,3) exon 6 varyantı (Akdeniz) mevcuttur. SONUÇ: Çalışmamız literatür verileri ile uyumlu olarak klinikle en ilişkili varyantın Akdeniz varyantı olduğunu desteklemektedir. Diğer varyantların da ülkemizde gözlendiği ve hastaların klinik bulgular gösterebileceği saptanmıştır. Bakla tüketiminin fazla, enfeksiyonların mevsimsel olarak sık ve yeni geliştirilen ilaçların oksijen radikalleri oluşturma potansiyellerinin bilinmemesi nedeni ile tanı almamış olgular risk altındadır. Bu nedenle ülkemizde geniş yeni nesil dizileme panelleri ile sekanslanmış G6PD geninde tesadüfi saptanan patojenik varyant saptanan olgulara genetik danışma verilmesi, potansiyel risklerin hastalara anlatılması gerektiğini savunuyoruz.

Abstract:
PURPOSE: We compiled the G6PD gene variants detected in our outpatient clinic and their relationships with the clinic. We examined the effects of the variants on hemogram-biochemistry parameters, the etiology of hemolysis, and their relationship with the variants. We aimed to compare the variants we detected in the Çanakkale region with literature data and to determine which variants are present in our country. We aimed to help in future studies on which variants/exons should be paid attention to in our country. MATERIALS and METHODS: Cases with variants detected in the G6PD gene within 5 years after 2018 were included in our study. Variants were detected by next-generation sequencing and evaluated with bioinformatics tools. Age, gender, variant, exon number, hemogram, biochemistry parameters, and clinical etiologies were classified. Descriptive statistical analyses were performed with the help of the JASP statistical program. The results were compared with the literature. RESULTS: A variant was detected in 59 patients in the study. 30 were detected as non-polymorphic and 29 as polymorphic. 10 different variants were detected in the non-polymorphism group. 16 Mediterranean variants, 3 Chatham variants, 2 Cairo variants, 3 Union variants, 1 Gond variant, 3 c.774C>T(p.D258D) variants, 1 c.1368C>T(p.D456D) variant, 1 c.120+7A>C  variant were detected. c.1311T>C(p.Y437Y) variants were detected in the entire polymorphic group. Exons of non-polymorphic groups were identified as 5,6,8,9,11,12 and splice site. The most common (53.3%) exon 6 type (Mediterranean) is present. CONCLUSION: Our study, consistent with literature data, supports that the most clinically relevant variant is the Mediterranean variant. It has been determined that other variants are also observed in our country and patients may show clinical findings. Undiagnosed cases are at risk due to high broad bean consumption, seasonal frequency of infections, and the unknown potential of newly developed drugs to create oxygen radicals. For this reason, we argue that genetic counseling should be provided to cases with a pathogenic variant detected incidentally in the G6PD gene, which has been sequenced with large next-generation sequencing panels in our country.