Çerezlik kabak genotiplerinde morfolojik ve moleküler (SSR) yöntemlerle karekterizasyon ve heterotik etkilerin belirlenmesi
Morphological and molecular (SSR) characterization and determination of heterotic effects in confectionary pumpkin genotypes
Yazar: NECİBE KAYAK
Danışman: PROF. DR. ÖNDER TÜRKMEN ; YRD. DOÇ. DR. ALİ TEVFİK UNCU
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışma, ümitvar olarak belirlenmiş S4 kademesindeki çekirdek kabaklarında (Cucurbita pepo L.) morfolojik ve moleküler karekterizasyonu belirlemek amacıyla yapılmıştır. Morfolojik tanımlamada UPOV parametreleri modifiye edilerek hazırlanmış, bitki özellikleri (bitki görünümü, kol atma, kol atma derecesi, gövde rengi), yaprak özellikleri (yaprak ayası rengi, yaprak ayasında dilimlilik, taç dibinde halkanın varlığı, taç dibinde halkanın rengi), meyve özellikleri (meyve boyu, meyve eni, meyve boy çap oranı, meyve benek rengi, benek yoğunluğu, meyve rengi, meyvenin iriliği), tohum özellikleri (tohumlarda renk, tohumlarda çıtlama kolaylığı, meyve başına tohum ağırlığı, tohumların 1000 dane ağırlığı) gözlem ve ölçümleri yapılarak temel bileşenler analizine tabi tutulmuştur. Analiz sonucunda elde edilen dendogramda iki ana grup ortaya çıkmıştır. PCA analizi sonucu elde edilen kümeleme ekseninde genotiplerin 6 gruba ayrıldığı görülmüştür.
Çerezlik kabak genotipleri arasındaki moleküler çeşitlilik ise SSR markörüyle belirlenmiştir. Moleküler çalışmalarda çerezlik kabaklar için tasarlanmış 31çift EST-SSR primeri kullanılmıştır. Çalışma kapsamında kullanılan kabak genotiplerinde toplam 122 adet DNA alleli üretilmiş bunların 107 adeti polimorfik olarak bulunmuştur. SSR markör sonuçları var/yok (1/0) şeklinde skorlanmış olup veri dosyası DARwin programında analiz edilmiştir. Polimorfik SSR markörleri için hesaplanan en yüksek PIC değeri CUTC006209 isimli SSR marköründe 0.42 olarak bulunmuştur. Kabak genotipleri arasındaki moleküler genetik ilişkileri gösteren NJ dendrogramı, kabak genotiplerinin dört grupta toplandığını göstermektedir. Uzaklık matrisi ve NJ dendrogramı arasındaki korelasyon, Mantel testi sonucu ile ortaya konmuştur (r = 0.99).

Abstract:
In this study, some morphological and molecular characteristics of pumpkin lines at S4 level were determined. UPOV parameters as seed yield per fruit and plant, fruit quantity per plant, average fruit weight and size, seed width/length rate and thousand seed weight, seed color and hint easiness, plant appearance, plant branching, branching degree, stem color, leaf color, leaf segmentation, presence case and colour of ring on the basis of crown, seedy fruit spot color, seedy fruit spot density and mature fruit color.  The observed and measured properties were subjected to Principal components analysis (PCA). As a result of the analysis, two main groups emerged in the dendogram obtained. PCA analysis showed that the genotypes were separated by 6 clusters on the clustering axis obtained.
Molecular diversity between edible squash genotypes was determined by thirty-one EST-SSR markers. Thirty-one EST- SSR markers yielded a total of 122 amplified DNA fragments, of which 107 (87.70%) were polymorphic, were used to measure the degree of genetic diversity. The DARwin software was used to generate a Dice coefficient dissimilarity matrix that was then used to construct an unweighted neighbor-joining dendrogram of the accessions. Neighbor-joining dendrogram demonstrated that the germplasm collection is divided into three main groups. The highest PIC value was calculated for the marker CUTC006209 as 0.42. According to the Mantel test results, correlation of the dissimilarity matrix and the dendrogram was 0.99 which is a very high score that indicates a very strong degree of correlation.