Solid organ nakillerinde miRNA profilinin meta-analiz yöntemi ile değerlendirilmesi
A meta-analysis of miRNA profiles in solid organ transplantations
Yazar: ERMAN GÜMÜŞLÜ
Danışman: DOÇ. DR. ŞÜKRAN  BURÇAK YOLDAŞ
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Meta analizi = Meta analysis ; Mikro RNA = Micro RNA ; Organ nakli = Organ transplantation

Özet:
Amaç: Solid organ transplantasyonu, uygulama sonrası hassas bir monitörizasyon gerektiren bir tedavi yöntemidir. Bugüne kadar transplantasyon sonrası gelişen olaylardan sorumlu olan hedef moleküllerin ve yolakların araştırılması amacıyla birçok miRNA ekspresyon çalışması yapılmıştır. Fakat bu çalışmaların verilerini bir araya getiren ve potansiyel hedef ve yolakları tanımlayan bir integratif meta-analiz çalışması yoktur. Bu çalışmanın amacı transplantasyon hastalarında yapılmış olan benzer araştırma sonuçlarının bir araya getirilmesiyle transplantasyonda biyobelirteç adayı miRNA'ları belirlemek ve bu miRNA'ların hedeflediği genleri ve bu genlerin ilişkili olduğu yolakları biyoinformatik analizlerle ortaya koymaktır.
Yöntem: Solid organ transplantasyonunda miRNA ekspresyon çalışmalarına ait literatür taraması yapılmıştır. Doku, kan, idrar örneklerinde yapılan çalışmalar, vaka-kontrol grupları kullanılmış çalışmalar dahil edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen yayınlardan tespit edilen anlamlı disregüle miRNA'lara özgü hedef gen ve yolakların belirlenmesi amacıyla KEGG, WebGestalt, miRWalk araçları kullanılarak biyoinformatik analizler yapılmıştır.
Bulgular: Literatür taraması sonucunda farklı organ tiplerini içeren 56 adet yayın çalışmaya dahil edilmiştir. Toplamda 3757 denek sayısını içeren 182'si up regüle 164'ü down regüle olmak üzere organ nakli sonrası olaylarla ilişkili 346 adet disregüle ve 3 adet değişmeyen miRNA profili belirlenmiştir.
Sonuç: Disregüle miRNA'lar arasından biyobelirteç adayı olarak tespit edilen mir-486-5p ve miR-155'in organ nakli sonrası rejeksiyona dair immün sistemle olan ilişkisi ortaya konmuştur.

Anahtar Kelimeler: miRNA, organ nakli, meta-analiz

Abstract:
Objective: Solid organ transplantation is a treatment that requires precise monitoring after administration. To date, many miRNA expression studies have been performed to investigate the target molecules and pathways responsible for post-transplantation events. However, there is no integrative meta-analysis study that brings together the data of these studies and identifies potential targets and pathways. The aim of this study is to determine the biomarker candidate miRNAs in transplantation by combining similar research results in transplant patients and to identify the genes that these miRNAs target and the pathways associated with these genes by bioinformatics analysis.
Method: A literature review of miRNA expression studies was performed in solid organ transplantation. Studies in tissue, blood, urine samples and case-control groups were included. Bioinformatics analyzes were performed using the KEGG, WebGestalt, miRWalk tools to determine the target genes and pathways specific to the miRNAs identified from the publications included in the study.
Results: As a result of literature review, 56 publications including different organ types were included in the study. In total, 346 dysregulated and 3 unchanged miRNA profiles related to post-transplantation events were determined, including 182 up-regulation and 164 down-regulated subjects.
Conclusion: Dysregulated miRNAs miR been identified as a candidate biomarker of miR-486-5p and miR-155 after organ transplants have been revealed about the relationship with the immune system rejection.

Key words: microRNA, Solid organ transplantation, meta-analysis