Sığırlardan toplanan kenelerde lyme hastalığının etkeni borrelia burgdorferi (sensu lato) varlığının moleküler tanı yöntemleriyle belirlenmesi
Identification of borrelia burgdorferi (sensu lato), causative agent of lyme disease from ticks collected from cattle using molecular biology techniques
Yazar: EVRİM GENÇ
Danışman: DOÇ. DR. ÖZLEM BÜYÜKTANIR YAŞ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Borrelia burgdorferi = Borrelia burgdorferi ; DNA = DNA ; Ixodes ricinus = Ixodes ricinus ; Keneler = Ticks ; Lyme hastalığı = Lyme disease ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sığırlar = Cattles ; Teşhis teknikleri ve prosedürleri = Diagnostic techniques and procedures ; Teşhis testleri = Diagnostic tests ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, Samsun ve Ordu illerinde yetiştirilen sığırlardan toplanan Ixodes
ricinus türü kenelerde Lyme hastalığı etkeni Borrelia burgdorferi sensu lato kompleksi
türlerinin 16S rDNA ve flaB genlerine dayalı PZR yöntemi ile belirlenmesi hedeflendi.
Materyal ve Metot: Çalışmada, Samsun ve Ordu illerinde yetiştirilen sığırlara tutunan
keneler toplandı ve tanımlandı. I. ricinus türü kenelerin genomik DNA'ları elde edildi. Kene
DNA'larında 16S rDNA ve flaB genleri PZR yöntemiyle çoğaltıldı. Borrelia burgdorferi
sensu lato kompleksi dahilinde, B. burgdorferi, B. afzelii ve B. garinii türleri referans
suşlarına ait DNA'lar pozitif kontrol olarak kullanıldı. PZR koşulları optimize edildi ve PZR
ürünlerini saptama limiti belirlendi. DNA örneklerinin PZR ürünlerine ait bantlar yatay
elektroforezde referans suşlar ve DNA marker'ler ile karşılaştırmalı olarak tanımlandı.
Sonuçları doğrulamak amacıyla, flaB geni pozitif bulunan PZR ürünlerine dizi analizi
yaptırıldı.
Bulgular: Bu çalışmada toplanan 369 kenenin 289'unun (%78) I. ricinus türüne ait olduğu
saptandı. Kene DNA örneklerinin flaB ve 16S rDNA genlerini hedefleyen PZR ile analizleri
sonucunda, Borrelia referans suşlarıyla karşılaştırmalı olarak yatay elektroforezde sırasıyla
150 bç ve 1360 bç civarında bant oluşturan örnekler pozitif olarak değerlendirildi. I. ricinus
türü kenelerde Borrelia prevalansı flaB geni ile %17,24, 16S rDNA ile %15,51 oranlarında
saptandı. flaB genine ait DNA dizi analizi sonuçları homoloji yönünden karşılaştırıldı ve
yalnızca B. burgdorferi sensu lato'ya ait türlerle %87-95 oranında benzerlik gösterdiği
belirlendi.
Sonuç: Samsun ve Ordu illerinde yaygın olduğu saptanan I. ricinus türü kenelerde B.
burgdorferi sensu lato varlığı, flaB ve 16S rDNA genlerine dayalı PZR ile belirlendi. Bu
bölgede, Ixodes cinsi kenelerin Lyme hastalığı etkenini taşıdıklarının belirlenmesi, halk
sağlığı ve hayvan sağlığı yönünden önemli bir risk faktörünü oluşturmaktadır.

Anahtar Kelimeler: Borrelia; Lyme; Ixodes; flaB; 16S rDNA; PZR

Abstract:
Aim: The aim of this study was to determine the Borrelia species within Borrelia burgdorferi
sensu lato complex, causative agent of Lyme disease, from Ixodes ricinus ticks collected from
cattle in various parts of Samsun and Ordu provinces.
Material and Method: In this study, ticks were collected from cattle reared in Samsun and
Ordu and the tick species were identified. Genomic DNA from I. ricinus were obtained. 16S
rDNA and flaB genes from tick DNA's were amplified using PCR. DNA's from reference
strains of B. burgdorferi, B. afzelii and B. garinii were used as positive control. PCR was
optimized and limit of detection in PCR was detected. Electrophoresis bands that belong to
PCR products of the sample DNA's were identified in comparison with the reference DNA's
and the DNA Ladders. DNA sequencing was done for flaB gene-based PCR products so as to
confirm the results.
Results: 289 out of 369 ticks (78%) collected in this study were identified as I. ricinus. As a
result of flaB and16S rDNA based PCR analysis of tick DNA samples, the samples with the
sizes of 150 bp and 1360 bp electrophoresis bands respectively were determined as positive in
comparison with Borrelia reference strains. Borrelia prevalence in I. ricinus ticks based on
flaB and 16S rDNA genes were detected as 17,24 % and 15,51% respectively. Homology
comparison of DNA sequences for flaB gene was done and high similarity with only B.
burgdorferi sensu lato species was determined.
Conclusion: B. burgdorferi sensu lato was detected in I. ricinus ticks that are prevalent in
Samsun and Ordu by using PCR targeting flaB and 16S rDNA genes. Determination of the
causative agent of Lyme disease in Ixodes species in this region is an important risk factor for
human and animal health.

Keywords: Borrelia; Ixodes; Lyme; flaB; 16S rDNA; PCR