Gevaş'ta (Van) yetiştirilen Phaseolus vulgaris L.'in kök toprağından Streptomyces türlerinin izolasyonu, teşhisi ve karakterizasyonu
Isolation, identification and characterisation of Streptomyces species isolated from root soil of Phaseolus vulgaris Gevaş (Van)
Yazar: ELİF AKSU
Danışman: PROF. DR. EKREM ATALAN
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Çalışmanın amacı Van'ın Gevaş ilçesi köylerinde bolca ekilen fasülye (Phaseolus vulgaris) bitki türünün kök toprağından Streptomyces bakterilerini izole etmek, bilgisayar yardımı ile teşhis yapmak ve karakterize etmektir. Gevaş ilçesinin farklı 10 köyünden toplanan toprak numunelerinin pH, organik madde muhtevası ve nem oranları ölçüldü ve Streptomyces bakterilerini izole etmek için nişasta kazein agar ve rafinoz histidin agar üzerine ekimleri yapıldı. Saflaştırılan 52 Streptomyces izolatı oatmeal ve pepton yeast ektrakt demir agar besi ortamı üzerine ekim yapılarak renk guruplandırması yapıldı ve bilgisayar yardımı ile teşhis edildi. Ayrıca renk gruplarını temsilen seçilen 9 Streptomyces izolatı tüm hücre protein bantları kullanılarak karakterize edildi.En yüksek Streptomyces koloni sayısı Uğurveren Köyü toprak numunesinde 18,8x104 cfu/gr kuru toprak olarak belirlenirken, en düşük sayıda ise Abalı Köyü toprağından 1,6x104 cfu/gr kuru toprak olarak belirlendi. Test organizmaları toplam 11 renk grubuna ayrıldı. Bilgisayar yardımı ile yapılan teşhiste 52 test organizmasından 33'ünün muhtemel teşhisleri yapıldı. 19 tanesi ise teşhis edilemedi. Phaseolus vulgaris bitki kök toprağından izole edilen ve teşhisi yapılan Streptomyces suşlarından 8'i Streptomyces anulatus, 6'sı Streptomyces xanthochromogenes, 3'ü Streptomyces prasinosporus, 2'si Streptomyces alboflavus, 2'si Streptomyces aurantiacus, 2'si S. griseoflaus, 2'si S. langiporoflavus, 2'si S. californicus türleri olarak teşhis edildi. S.roseus, S. tubercidicus, S. glaucescens, S. phaeochromogenes, S. flaveolus ve S. luridus. SDS-PAGE elektroforez yöntemi ile belirlenen tüm hücre protein bantları analizi sonucu oluşturulan dendogram incelendiğinde 9 renk grubunu temsilen test organizmaları 7 gruba ayrıldı.

Abstract:
The aim of this study is to isolate, identifiy and characterise Streptomyces bacteria isolated from root soil samples of Phaseolus vulgaris cultivated abudantly at Gevaş town, Van. pH, organic matter content and humidity of 10 soil samples collected from 10 different villiages of Gevaş were measured and then dilution of soils were inoculated on plates of starch casein agar and raffinose histidine agar to isolate Streptomyces bacteria. 52 Streptomyces strains were purified and colour grouped on after growing on oatmeal and peptone yeast extract iron agar and identified using computer identification program. 9 Streptomyces strains represent colour groups were characterized using whole cell protein profiles.The highest number of Streptomyces colony was counted soil samples of Uğurveren Village as 18,8x104 cfu/gr dried soil and the lowest number of Streptomyces colony was counted in the soil taken from Abalı Village as 1,6 x104 cfu/gr dried soil. Test organisms were assigned into a total of 11 colour group. 33 out of 52 Streptomyces strains were identified presumptively while 19 isolates could not be identified. Identified test strains were 8 S. anulatus, 6 S. xanthochromogenes, 3 S. prasinosporus, 2 S. alboflavus, 2 S. aurantiacus, 2 S. griseoflaus, 2 S. langiporoflavus and 2 S. californicus species. S. roseus, S. tubercidius, S. glaucescens, S. phaeochromogenes, S. flaveolus and S. luridus. 9 test strains were divided into 7 groups on dendogram generated from analysis whole cell protein profiles of test organisms by SDS-PAGE electrophoresis method.