Sepsis etkenlerinin saptanmasında, kültür yöntemine göre real ?time PZR ( polimeraz zincir reaksiyon)?nin tanı değerinin araştırılması
Research on diagnostic value of real-time PCR (polymerase chain reaction) in comparison with culture method to detect agents for sepsis  özlem ögüç şanli
Yazar: ÖZLEM ÖGÜÇ ŞANLI
Danışman: PROF. DR. MAHMUT BAYKAN
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Meram Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
ÖZET
SEPSİS ETKENLERİNİN SAPTANMASINDA, KÜLTÜR YÖNTEMİNE GÖRE
REAL ?TİME PZR( POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYON)?NİN TANI
DEĞERİNİN ARAŞTIRILMASI
ÖZLEM ÖGÜÇ ŞANLI
UZMANLIK TEZİ
KONYA-2013
Amaç: Sepsis etkenlerinin saptanmasında, kültür yöntemine göre Real?time PZR
(Polimeraz zincir reaksiyon)?nin tanı değerinin kıyaslanarak araştırılmasıdır.
Yönetim: Çalışma Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi
Mikrobiyoloji Laboratuvarı?na sepsis ön tanısıyla takip edilen hastaların gönderilen kan
örnekleri ile prospektif olarak yapıldı. Kasım 2012-Mart 2013 tarihleri arasında kan
kültürü istenen hastalardan eş zamanlı olarak sepsis paneli çalışılarak sonuçları
değerlendirildi. Belirtilen süre içerisinde çalışmaya 100 hastaya ait örnek alındı. Kan
kültürü BacT-Alert (Biomerieux) tam otomatik kan kültürü sistemine alındı. Bakterilerin
tanımlanmasında Vitek2 (Biomerieux) tam otomatik bakteri tanımlama sistemi kullanıldı.
Moleküler olarak bakteriyel DNA varlığı multiplex real-time PZR (LightCyler SeptiFast,
Roche Diagnostics, Mannheim, Germany) ile hazır bir kit kullanarak araştırıldı.
Bulgular: Sonuçta çalışmamızda Real-time PZR yönteminin kan kültürüne göre
duyarlılığı (sensivite) %44,7, özgüllüğü (spesifite) %77, pozitif prediktif değeri (PPV)
%53,1 negatif prediktif değeri (NPV) %75 olarak tespit edilmiştir.
Sonuç: Moleküler testler hızlı ve duyarlı sonuç alınabilen testler olmasına rağmen,
antimikrobiyal direnç verilerinin sağlanamaması, PZR analizi kapsamında olan hedef
patojen sayısının sınırlılığına bağlı olarak ve maliyetinin yüksek olmasından dolayı
yöntemin kullanılabilirliği sınırlanmaktadır. Sonuç olarak, konvansiyonel ve moleküler
yöntemler beraber uygulandığında, hızlı ve uygun antimikrobiyal tedavi sağlanarak,
antibiyotik direncinde azalma ve daha iyi klinik yanıt elde edilecektir.
Anahtar kelimeler: Sepsis, kan kültürü, real-time PCR, tanı

Abstract:
ABSTRACT
RESEARCH ON DIAGNOSTIC VALUE OF REAL-TIME PCR (POLYMERASE
CHAIN REACTION) IN COMPARISON WITH CULTURE METHOD TO
DETECT AGENTS FOR SEPSIS
ÖZLEM ÖGÜÇ ŞANLI
KONYA-2013
Objective: To search diagnostic value of Real-time PCR (Polymerase chain reaction) in
comparison with culture method to detect agents for sepsis.
Method: The study was carried out with samples which have been sent to Microbiology
Laboratory of Necmettin Erbakan University, Meram Faculty of Medicine prospectively.
Sepsis panel was studied from the patients whom blood culture has been ordered between
November, 2012 and March, 2013 simultaneously and results were assessed. Samples
belonging to 100 patients were included into the study within specified period. Blood
culture was taken into BacT-Alert (Biomerieux) full automated blood culture system.
Vitek2 (biomerieux) full automated bacteria identification system was used to identify the
bacteria. Presence of bacterial DNA molecularly was analyzed by using a ready-to-use kit
with multiplex real-time PCR (LightCyler SeptiFast, Roche Diagnostics, Mannheim,
Germany).
Findings: In our study, sensitivity of Real-time PCR method was detected as 44,7%,
specificity was detected as 77%, positive predictive value (PPV) was detected as 53.1%,
negative predictive value (NPV) was detected as 75% when compared with blood culture.
Result: Although molecular tests are rapid and sensitive results may be obtained by these,
they would not replace with conventional blood culture due to lack of antimicrobial
resistance data, limitation of number of target pathogens and high costs. Therefore, when
combined with blood culture, molecular analysis will provide an urgent and appropriate
antimicrobial treatment, decrease antibiotic resistance and cause better patient outcomes.
Key Words: Sepsis, blood culture, real-time PCR, diagnosis