Mikrosatellitler kullanılarak DNA tipleme yöntemi ile köpeklerde ebeveyn tayini
Parentage determination in dogs with DNA typing by using microsatellites
Yazar: KOZET AVANUS
Danışman: DOÇ.DR. HARUN CERİT
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2007
Konu: Genetik = Genetics ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Ebeveynler = Parents ; Köpekler = Dogs ; Mikrosatelitler = Microsatellites

Özet:
Yetistiricilikte hayvanların ebeveynlerinin bilinmesi ve kayıt altına alınması genetikilerlemenin saglanması, kalıtsal hastalık ve kusurların önüne geçilmesi açısından büyük önemtasımaktadır. Kayıtlarda yapılabilecek hatalar göz önünde tutularak ebeveyn tayinini hatayayer vermeksizin gerçeklestirebilecek tek yöntem DNA tipleme yöntemidir.Bu çalısmada stanbul ili ve çevresinden toplanan kangal ırkı köpeklere ait kan örneklerindenchelex ve fenol kloroform izoamilalkol yöntemleri ile DNA izolasyonu yapılmıstır. GenomikDNA %1'lik agaroz jel elektroforezi ile UV kaynagı altında görüntülenmesini takibenDNA'ların spektrofotometre ile saflıkları belirlenmistir. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)çalısması için fenol kloroform izoamilalkol yöntemi ile elde edilen DNA'ların kullanımısaflıklarından dolayı tercih edilmistir. Mikrosatellit lokusların allel dagılımları %4'lükpoliakrilamid jel üzerinde gümüs boyama ile görünürlestirilmistir.Bir adet trinükleotid (PEZ3) ve bes adet tetranükleotid (PEZ5, PEZ6, PEZ8, PEZ12 vePEZ20) olmak üzere toplam altı adet mikrosatellit markır ile çalısılmıstır. Bu lokusların allelfrekansları, gözlenen ve beklenen heterozigotluk degerleri ile Hardy-Weinberg dengesineuyum olasılıkları tespit edilmistir. Ayrıca bu mikrosatellit lokuslar için uyum olasılıgı, babalıkindeksi, ayrımlama gücü, dıslama gücü, polimorfik bilgi içerigi, kombine ayrımlama gücü,kombine dıslama gücü degerleri de hesaplanmıstır.Arastırma sonunda PEZ3 lokusu dısında Hardy-Weinberg dengesine uyumsuzlukgözlenmemistir. 6 mikrosatellit lokusu içinde en yüksek heterozigotluk degeri %78,4 ile PEZ8lokusunda gözlenirken, en düsük deger %56,8 ile PEZ5 lokusunda gözlenmistir. En yüksekdıslama gücü 0,569 ile PEZ8 lokusunda gözlenirken, en düsük deger 0,254 ile PEZ12lokusunda gözlenmistir. En yüksek ayrımlama gücü 0,953 ile PEZ3 lokusunda gözlenirken,en düsük deger 0,783 ile PEZ5 lokusunda gözlenmistir. En yüksek uyum olasılıgınıngözlendigi lokuslar PEZ12 ve PEZ3 olurken, en düsük degerler PEZ20 ve PEZ5 lokuslarındagözlenmistir. En yüksek polimorfizm bilgi içerigi degerine sahip olan lokuslar PEZ12 vePEZ6 iken en düsük olanlar ise PEZ5 ve PEZ20 olarak saptanmıstır. Bu çalısmada kullanılanlokusların kombine ayrımlama ve dıslama gücü de hesaplanmıstır. Elde edilen verilerinısıgında PEZ6, PEZ8 ve PEZ12 mikrosatellit lokuslarının ebeveyn tayini için kullanılabileceken uygun markırlar oldugu tespit edilmistir.

Abstract:
Parentage verification and registration are very important to make possible progress ingenotypes and to protect from genetic diseases and disorders in animal breeding programs.DNA typing is the only method that enables parentage identification without any mistakes.DNA isolation has been performed with chelex and phenol chlorophorm isoamylalcoholmethods from the blood samples of Kangal dogs inhabit in Istanbul city. After genomic DNAshad been visualized under the UV source, purity of DNAs was determined byspectrophotometer. For PCR amplification, DNA which was isolated by phenol chlorophormisoamylalcohol method, was preferred because of its purity level. Allele patterns ofmicrosatellite loci were visualized by silver staining following polyacrilamide gelelectrophoresis.Six microsatellite loci which contain a trinucleotide (PEZ3) and five tetranucleotide (PEZ5,PEZ6, PEZ8, PEZ12 ve PEZ20) microsatellite markers have been used in this study.Allele frequencies, observed and expected heterozygosity levels and Hardy-Weinbergeqilubrium probability, were determined out of those loci. Furthermore matching probability,paternity index, power of discrimination, power of exclusion, polymorphic informationcontent, combined power of discrimination and combined power of exclusion values werecalculated.At the end of this study except PEZ3 locus, all loci have been observed in Hardy-Weinbergequilibrium. Among 6 microsatellite loci, the highest heterozygosity was observed as 78,4%in PEZ8 locus, the lowest one was observed as 56,8% in PEZ5 locus. The highest power ofexclusion was observed as 0,569 in PEZ8 locus, the lowest one was observed as 0,254 inPEZ12 locus. The highest power of discrimination was observed as 0,953 in PEZ3 locus, thelowest one was observed as 0,783 in PEZ5 locus. The highest matching probability wasobserved in PEZ12 and PEZ3 loci, the lowest ones were observed in PEZ20 and PEZ5 loci.The highest PIC values were observed in PEZ12 and PEZ6 loci, the lowest ones observed inPEZ5 and PEZ20 loci.In conclusion, PEZ6, PEZ8 and PEZ12 loci were determined as the most suitablemicrosatellite markers that can be use for parentage analyses of dogs.