Kanatlı kümeslerindeki mikrobiyal biyoaerosol çeşitliliğinin araştırılması
Investigation of microbial bioaerosol diversity in poultry houses
Yazar: TANSU TANIR
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ KIRKAN
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Bu tez çalışmasında, broyler kümeslerinden alınacak biyoaerosol örneklerinin MALDI-TOF ve NGS yöntemleri ile mikrobiyal çeşitliliğinin belirlenmesi ile elde edilecek veriler ışığında, hem hayvan sağlığı hem de insan sağlığı açısından risk oluşturabilecek biyoaerosoller ile ilgili önlem ve tedbirlerin alınması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Araştırmamızda İzmir ili ve çevresinde bulunan 3 farklı üreticiye ait 15 adet  kümesten hem  MALDI-TOF hem de  NGS yöntemleri için ayrı ayrı biyoaerosol numuneleri alınmıştır. MALDI-TOF yöntemi için aktif hava örneklemesi sonrasında izolasyon ve saflaştırma aşamaları gerçekleştirilmiş ve identifikasyon işlemi yapılmıştır. NGS için alınan numunelerden önce DNA ekstraksiyonları yapılmış ve sonrasında izole edilen DNA'daki hedef bölgeler seçilerek enzimatik reaksiyonla kesilmesi sonucunda DNA kütüphanesi oluşturulmuştur. Kütüphaneyi oluşturan DNA parçalarının çoğaltılması sonrasında DNA Parçalarının yeni nesil sekans sistemi ile dizilenmesi gerçekleştirilmiştir.  
Bulgular: Konvansiyonel metotlarla kültüre ettiğimiz 35 adet mikrobiyal etkenden 32 adet etken (%91) MALDI-TOF yöntemi ile identifiye edilmiş ve identifiye edilen etkenlerden 23'ü (%71.9) Staphylococcus sp. olarak belirlenmiştir. NGS yöntemi ile yapılan çalışmamız ile 4 filum, 6 sınıf, 10 takım, 16 familya, 35 cins ve 125 tür identifiye edilmiş olup identifikasyonu yapılan türler arasında Staphylococcus sp. (n:24) %19 ile  baskın tür konumunda olduğu belirlenmiştir..  Örnek gruplarımızda dominant olan filumlar ise Bacillota (AT1 %61; AT2 %99; AS2 %78) ve Pseudomonadota (AS1 %54; BS1 %87; BS2 %76) olarak belirlenmiştir. 
Sonuç: Çalışma sonucunda, Staphylococcus sp hem MALDI-TOF (%72) hem de NGS (%19) yöntemleri ile identifiye edilen etkenler arasında baskın olan tür konumunda olduğu tespit edilmiştir ve bu durumun antibiyotik direnç genlerinin kazanımı ve aktarılması konsunda getirdiği riskleri ortaya çıkarmıştır.

Abstract:
Objective: The objective of this study was to assess the microbial diversity of bioaerosol samples collected from broiler poultry houses using MALDI-TOF and NGS methods. The data obtained from this analysis is intended to guide the implementation of preventive measures concerning bioaerosols that may pose risks to both animal and human health..
Material and Methods: Bioaerosol samples were collected separately for MALDI-TOF and NGS methods from 15 poultry houses belonging to three different producers in and around Izmir province. For the MALDI-TOF method, after active air sampling, isolation and purification processes were carried out, followed by the identification process bioaerosol samples were collected separately for MALDI-TOF and NGS methods from 15 poultry houses belonging to three different producers in district of Izmir. For the MALDI-TOF method, after active air sampling, isolation and purification processes were carried out, followed by the identification process. For NGS, DNA extractions were performed on the collected samples, and the target regions in the isolated DNA were enzymatically cut to create a DNA library. After amplifying the DNA fragments constituting the library, next-generation sequencing was performed..
Results: Out of the 35 microbial agents cultured using conventional methods, 32 agents (91%) were identified using the MALDI-TOF method, with 23 of them (71.9%) determined as Staphylococcus sp. In our study using the NGS method, 4 phyla, 6 classes, 10 orders, 16 families, 35 genera, and 125 species were identified, with Staphylococcus sp. (n:24) representing the dominant species at 19%. The dominant phyla in our sample groups were determined as Bacillota (AT1 61%; AT2 99%; AS2 78%) and Pseudomonadota (AS1 54%; BS1 87%; BS2 76%). 
Conclusion: The study revealed that Staphylococcus sp. is the dominant species identified by both MALDI-TOF (72%) and NGS (19%) methods, highlighting the potential risks associated with the acquisition and transfer of antibiotic resistance genes.