Doğuştan immün kusuru olan hastaların genetik analiz sonuçlarının retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of the genetic analysis results of the patients with inborn errors of immunity
Yazar: MEHMET GÖKCÜ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPER HAN ÇEBİ
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Allerji ve İmmünoloji = Allergy and Immunology ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Birincil immün yetmezlik hastalıkları = Primary immunodeficiency diseases ; Genetik = Genetics ; Genetik analiz = Genetic analysis ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; İmmün sistem = Immune system ; İmmün yetmezlik = Immun deficiency

Özet:
AMAÇ: İmmün sistem doğuştan kusuru (İSDK) ön tanısıyla başvuran hastalarda
uygulanan genetik tetkik sonuçlarını inceleyerek, gelişen teknolojilerle birlikte genetik
test yöntemlerinin hastaların teşhisinde sağladığı somut katkısını belirlemeyi ve yeni
nesil dizileme yöntemlerinin, özellikle Tüm Ekzom Sekanslamanın (Whole Exome
Sequencing,WES) hedef bir hastalık / gen tespit edilemediği durumlarda etkinliğini
değerlendirmeyi amaçladık.
YÖNTEM: 2015 başı ve 2020 yılı sonuna kadar İSDK ön tanısıyla başvuran
hastalardan genetik testler yapılan toplam 255 hastaya ait analiz sonuçları geriye
dönük olarak ve literatür verileriyle kıyaslanarak incelendi.
BULGULAR: Genetik analizleri yapılan 255 hastanın 155'i erkek (%60), 100'ü kız
(%40) hastaydı. Klinik olarak DiGeorge Sendromu (DGS) düşünülen 9 hastada
yapılan FISH analizi sonucunda 3 hastada 22q11 bölgesinde delesyon tespit edilerek
DGS tanı koyuldu. Klinik özellikleriyle hedef genler belirlenen 206 hastada tek gen
analizleri yapılarak 29 hastada kliniği açıkladığı düşünülen sonuçlara ulaşılmıştı. Tek
gen analizi yapılan 9 hastada nokta mutasyon saptanmazken eş zamanlı FANCA geni
MLPA analizi yapılarak 4 hastada delesyon tespit edilerek Fankoni anemisi tanısı
koyuldu. Tek gen analizleri sonucunda tanı koyulamayan hastalardan şartları sağlayan
hasta ve doğrudan WES analizi yapılan 40 hasta olmak üzere toplam 71 hastada
uygulanan WES analizi sonucunda 22 hastaya tanı koyulabilmişti.
SONUÇ: Klinik ve genetik heterojenitesi dikkate alındığında, İSDK'lı hastaların
doğru takibi ve tedavisi için moleküler tanı koymak vazgeçilmezdir. Klinik
özellikleriyle iyi tanımlanabilen hastalarda hedef genlerin belirlenebilmesiyle kısa
sürede tanı koyulabilirken fenotip ve genotip heterojenitesinden dolayı hastaların
büyük çoğunluğunda İSDK ile ilişkili tüm genleri kapsayan çalışmaların yapılması
gerekmektedir. Bilinen ve yeni tüm genlerdeki varyantlarının değerlendirilmesini, elde
edilen panogromik bakış açısı ile varyantların kümülatif yorumlanmasını,
güncellenmiş bilgilerle yeniden analiz yapılabilmesini ve biyoinformatik araçların
entegre edilmesiyle hastalıkla ilişkili genlerdeki yapısal varyasyonların tahmin
edilmesini sağlayan özellikleri göz önüne alındığında tüm ekzom dizilime, İSDK
kuşkusu olan hastaların teşhisinde etkili bir araçtır.
Anahtar Kelimeler: immün yetmezlik, yeni nesil dizileme, WES

Abstract:
Aim: Evaluating the results of the genetic tests performed on patients with inborn
errors of immunity (IEI), we aimed to determine the tangible contribution of genetic
methods evolving with the devoloping technology, to diagnosis of IEI patients and to
evaluate the effectiveness of new generation sequencing methods, especially Whole
Exome Sequencing (WES), in the diagnosis of the cases where a target disease / gene
could not be detected.
Method: The genetic test results of a total of 255 patients who were admitted with a
pre-diagnosis of IEI until the beginning of 2015 and the end of 2020 were examined
retrospectively by comparing them with the literature data.
Results: Of the 255 patients whose genetic analyzes were made, 154 were male (60%)
and 101 were female (40%). As a result of the FISH analysis performed in 9 patients
with clinical suspicion of DiGeorge Syndrome (DGS), deletion in the 22q11 region
was detected in 3 patients and DGS was diagnosed. By performing single gene
analyzes in 206 patients whose target genes were determined with their clinical
features, results that were thought to explain the clinic in 29 patients were obtained.
While no SNV was detected in 9 patients who underwent single gene analysis, FANCA
gene MLPA analysis was performed simultaneously and deletion was detected in 4
patients and a diagnosis of Fanconi anemia was made. A total of 71 patients, including
31 patients who met the conditions from patients who could not be diagnosed via single
gene analysis, and 40 patients who had direct WES analysis, were able to diagnose 22
patients as a result of WES analysis.
Conclusion: Considering the clinical and genetic heterogeneity, it is necessary to
establish a molecular diagnosis for the correct follow-up and treatment of patients with
IEI. Whole exome sequencing, in particular, is an effective tool in the diagnosis of
patients with IEI, as enabling the evaluation of variants in all known and new genes,
the cumulative interpretation of variants with the panogromic perspective obtained and
the re-analysis with updated information. Integrating the bioinformatics tools with
WES analysis could also provide a prediction of structural variations in disease-related
genes.
Key Words: immunodeficiency, next generation sequencing, WES