hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Rekombinant lizozim enziminin Pichia pastoris organizmasından sekresyonla üretilmesi
Expression of recombinant lysozyme as a secretion in Pichia pastoris
Yazar: SEVGİ ULUSOY
Danışman: PROF. DR. İSA GÖKÇE
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyomühendislik = Bioengineering ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Yeni bin yılın en önemli bilim dallarından biri olan biyoteknoloji genel anlamda, teknolojinin biyolojiye uygulanması, yani canlı teknolojisidir. Biyoteknoloji modern teknikler (özellikle moleküler biyoloji, genetik mühendisliği ve rekombinant DNA teknolojisi) kullanarak ziraat, hayvancılık, tıp ve çevre için faydalı ve karlı biyolojik sistemler ve ürünler geliştirilmesidir. Biyoteknoloji ürünlerinin çoğu rekombinant proteinlerdir. Bazı proteinler terapötik amaçlı, bazıları ise endüstriyel amaçlı olarak üretilebilirler ancak birçok protein ise sadece bilimsel araştırma amaçlı olarak üretilmektedir. Bu çalışmada öncelikle lizozim geni, PCR ile çoğaltıldı; sonrasında pIB4? plazmitine aktarılarak pIB4?Lys vektör sistemi elde edilmiştir. Böylelikle biyoteknolojide ve moleküler biyolojide mikrobiyal protein fabrikası olarak kullanılan Pichia pastoris organizmasında lizozim enzimini üretmek için pIB4?Lys bir vektör sistemi elde edilmiştir. Bu sistemle pIB4?Lys vektörüyle lizozim enzimini sistemin içerisindeki ? mating faktör sinyal dizisi sayesinde hücre dışına salgılanması sağlanabilecektir.
Anahtar Kelimeler: Pichia pastoris, Rekombinant protein, Lizozim, Maya

Abstract:
Biotechnology which is one of the most important branch of science in millennium means that application of technology to the biology in other words it is technology of livingt hings. Biotechnology is developing beneficent and profitable biologic systems and products for agriculture, medicine, animal breeding and environment, using modern techniques such as molecular biology, genetic engineering and recombinant DNA technology. Products of recombinant biotechnology are mostly recombinant proteins. Some proteins are produced forth europathic and forin dustrialusage and some of them are produced foronly scientific research. Lysozyme gene fragment is firstly amplified by PCR then cloned into the pIB4? secretion plasmid vector and pIB4?Lys vector plasmid DNA obtained.  We have achieved to produce pIB4?Lys plasmids vector for Express and produce lysozyme in Pichia pastoris that is used for microbial protein factory in biotechnology and molecular biology. With this system, the enzyme lysozyme pIB4?Lys vector out of the cell through the system in the secretion of ? mating factor signal sequence will be provided.
Keywords: Pichia pastoris, Recombinant protein, Lysozyme, Yeast
Sayısal görüntüleme destekli red chief elma rekolte tahmini
Digital imaging aided red chief apple harvest estimation
Yazar: ONUR CÖMERT
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MAHMUT HEKİM ; YRD. DOÇ. DR. UMUT ORHAN
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Mekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control
Dizin: Sayısal görüntü işleme = Digital image processing

Özet:
Bu çalışmada görüntü işleme teknikleri kullanılarak elma ağaçlarında rekolte tahmini yapılmıştır. Materyal olarak hem Türkiye hem de dünya elma üretiminde önemli yere sahip Red Chief elma türü seçilmiştir. Görüntü verisi, içerisinde Red Chief elma ağaçlarının da yer aldığı Tokat Kazova?da bulunan bir meyve bahçesinden toplanmıştır. Çalışmada kullanılan elma ağacı görüntüleri, yüksek çözünürlüklü bir kamera vasıtasıyla elde edilmiştir. Çeşitli görüntü işleme tekniklerinden yararlanılarak renk tabanlı bir bölütleme yazılımı geliştirilmiştir. Yazılımın geliştirilmesi aşamasında RGB, CIE Lab, HSV ve CIE Luv renk uzaylarına taşınan görüntü verisi üzerinde deneyler yapılmıştır. Öznitelik olarak seçilen görünür elma alanları verisi ile doğrusal regresyon, ÇKA, RBF ve Elman sinir ağı modeli kullanılarak tahminleme yapılmıştır. CIE Luv renk uzayında yapılan bölütleme işlemi ile elde edilen özellikler, ÇKA sinir ağı modeline verilerek tahminleme yapılmış, OKHK değeri 4,36 kg olarak bulunmuştur. Ortalama elma rekoltesi 58,37 kg iken 4,36 kg gibi düşük bir hata oranı ile Red Chief elmasının rekoltesi tahmin edilebilmiştir.
Anahtar Kelimeler: Hassas tarım, red chief elma, rekolte tahmini, sayısal görüntü işleme.

Abstract:
In this study, the harvest for apple trees was estimated by using the image processing techniques. The Red Chief apple that has an important place in apple production of both Turkey and the world was chosen as the material. The image data was collected from an orchard in which there are Red Chief apple trees in Tokat Kazova.  The apple tree images used in the study were obtained with a high resolution camera. A color-based segmentation software was developed by making use of various image processing techniques. During the process of developing software, experiments were carried out on the image data having been transmitted to color spaces of RGB, CIE Lab, HSV, and CIE Luv. Estimation was carried out by using visible apple fields data that was chosen as a feature and linear regression, ÇKA, RBF, and Elman neural network model. The features obtained with the segmentation process that was carried out on CIE Luv color space was given to the CKA neural network model, so that estimation was carried out and OKHK value was found to be 4.36 kg. While the average apple harvest is 58,37,  Red Chief apple harvest could be estimated with a low error rate of 4,36.
Keywords: Digital image processing, harvest estimation, Precision agriculture, red chief apple.
Işkolikliğin tükenmişlik üzerindeki etkisi (Giresun Üniversitesi akademik personeli üzerinde bir uygulama)
The effect of workaholism on burnuot (An application on academicians of Giresun University)
Yazar: MURAT BAŞARAN
Danışman: PROF. DR. KADİR ARDIÇ
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / İşletme Ana Bilim Dalı / Yönetim ve Organizasyon Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: İşletme = Business Administration

Özet:
İşkoliklik ve tükenmişlik sendromu günümüzde çalışma hayatını olumsuz yönde etkileyen unsurlar arasında yer almaktadır. Bu çalışma, Giresun Üniversitesi?nde görev yapan akademisyenlerin işkoliklik ile tükenmişlik düzeylerini ve işkolikliğin tükenmişliğe etkisini belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Araştırmaya 205 akademisyen katılmış ve katılımcılara; Spence ve Robbins (1992) tarafından geliştirilen ve 2005 yılında Müge Ersoy Kart tarafından Tükrçe?ye uyarlanan İşkoliklik Envanteri Türkçe Formu ile 1981 yılında Maslach ve Jackson (1981) tarafından geliştirilen ve 1992 yılında Canan Ergin tarafından Türkçe?ye uyarlanan Maslach Tükenmişlik Ölçeği uygulanmıştır.
Yapılan analizler sonucunda, akademisyenlerin işkoliklik ve tükenmişlik alt boyutlarının seviyesi orta düzeyde çıkmıştır ve işkolikliğin tükenmişlik üzerinde etkisi tespit edilmiştir. Bunun yanında, işkoliklik ve tükenmişliğin bağımsız değişkenlere (yaş, medeni durum, idari göreve sahip olma, çalışma süresi ve başka üniversitede çalışma isteği) göre farklılıkları test edilmiştir.
Anahtar Kelimeler: İşkoliklik, Tükenmişlik Sendromu, Akademik Personel

Abstract:
Workaholism and burnout syndrome are today one of the elements which affect the working life negatively. This study has been carried out in order to identify the levels of workaholism and burnout syndrome of Giresun Universty staff and how workaholism affects their burnout syndrome level. 205 academicians enrolled to the survey and Workaholic Inventory Form which was developed by Spence and Robbins (1992) and adapted to Turkish by Muge Ersoy Kart in 2005, and Maslach Burnout Scale which was developed by Maslach and Jackson (1981) in 1981 was adapted to Turkish by Canan Ergin in 1992 were carried out on the participants. 
In conclusion of this survey, minimum level of the academicians? workaholism and burnout syndrome has been found as average and the affect of workaholism over burnout syndrome has been identified. In addition, differences of workaholism and burnout syndrome upon independent variables (age, marital status, administrative task of having, duration of study, willingness to work at the other university) have been tested.
Keywords: Workaholism, Burnout Syndrome, Academic Staff.
Kriptolojide bazı şifreleme yöntemlerinde cebirsel yaklaşımlar
Algebraic approximations on some encryption methods in cryptology
Yazar: FATMA KÜLEN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. KENAN KAYGISIZ
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Matematik = Mathematics ; Savunma ve Savunma Teknolojileri = Defense and Defense Technologies
Dizin: Açık anahtarlı kripto sistemler = Public key cryptosystems ; Gizli anahtarlı kripto sistemler = Secret key crypto systems ; Kriptografi = Cryptography ; Kriptoloji = Cryptology ; Kriptosistem = Cryptosystem

Özet:
Yaşadığımız bilgi çağında bilginin aktarılması ve depolanması kadar, bu bilginin güvenliğinin sağlanması da önemlidir. Bilginin korunmasında da şifreleme vazgeçilmez bir araçtır. Geçmişte de benzer ihtiyaçlardan ötürü şifreleme teknikleri kullanılmıştır. Birçok şifreleme yöntemi vardır. Bu yöntemlerin çoğu belirli temel kaideler üzerine üretilmiştir. Şifreleme yöntemlerinin büyük çoğunluğu içerisinde matematiksel argümanları da içeren algoritmalardan oluşmaktadır. Özellikle günümüzde yaygın olarak kullanılan açık anahtarlı şifreleme sistemleri bilgisayarlarla bile çözülmesi zor olan algoritmalar içermektedir. Bu çalışmada geçmişten günümüze bazı şifreleme sistemlerinin algoritmalarındaki cebirsel yaklaşımlar incelenmiş ve bu şifrelerin nasıl kırılabileceği üzerinde durulmuştur.Anahtar Kelimeler: Kriptoloji, Kriptografi, Kriptosistem, Açık anahtarlı ?ifreleme sistemi, Gizli anahtarlı ?ifreleme sistemi.

Abstract:
In the knowledge era we live ensuring the security of information is very crucial, as much as its transferring and storing. Encryption of information is an indispensable tool in the preservation of knowledge. Encryption techniques were used in the past for similar needs. There are several encryption methods. Most of these methods are produced on specific fundamental principles. Majority of these encryption methods consist of algorithms including mathematical arguments. Especially, public-key encryption systems, which are widely used today, include algorithms which are very difficult to be solved even by computers. In this study, algebraic approaches of algorithms in some cryptographic systems from past to present are studied and the point of `how these codes can be broken` focused on.Keywords: Cryptology, Cryptography, Cryptosystem, Public key cryptosystem, Private key cryptosystem
Türkiye-AB  Gümrük Birliği ve Gümrük Birliğindeki güncel sorunlar
Turkey-EU Customs Union and the actual problems in the Customs Union
Yazar: CİHANGİR CENGİZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ÖMER KURTBAĞ
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / İktisat Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Ekonomi = Economics

Özet:
Türkiye-Avrupa Birliği ilişkilerinin dönüm noktalarından biri olan ve hukuki temeli Ankara Anlaşmasına dayanan gümrük birliği (GB), 1/95 sayılı Ortaklık Konseyi Kararı'nın 1 Ocak 1996 tarihinde yürürlüğe girmesiyle tesis edilmiştir. Gümrük Birliği ile Türkiye ekonomisi önemli bir reform sürecine girmiştir. GB'nin, başta Türkiye'nin Avrupa Birliği pazarındaki payının artışı ve Türk sanayisinin GB sonrası geçirdiği değişim olmakla birlikte başka bir takım faydaları da sıklıkla dile getirilmektedir. Ancak imzalandığı dönemde Avrupa Birliği'ne tam üyeliğin kısa sürede gerçekleşeceği düşüncesiyle göz önünde bulundurulmayan fakat günümüzde oldukça önemli yan etkiler meydana getiren bir takım sorunlu uygulamalar Türkiye-AB Gümrük Birliği ilişkisinde kendisini göstermektedir. 
Bu çalışma, gümrük birliğinin, hâlihazırda belirli bir seviyeye ulaşmış Türkiye-AB ekonomik entegrasyonunu daha ileri seviyelere ulaştırması bağlamındaki yüksek beklentileri karşılamadığını ileri sürmektedir. Ayrıca çalışma GB'nin, hem Avrupa Birliği ile hem de üçüncü ülkeler ile gerçekleştirilen ticarette Türkiye ekonomisi aleyhine sonuçlar doğmasına neden olan uygulamaları içerdiğini savunmaktadır. Dolayısıyla söz konusu sorunlu uygulamaların ortadan kaldırılması zorunluluğu çerçevesinde bir takım çözüm önerileri getirmektedir.


Anahtar Kelimeler: Türkiye, Avrupa Birliği, Türkiye-AB İlişkileri, Gümrük Birliği, Gümrük Birliğinde Yaşanan Sorunlar.

Abstract:
As one of the turning points of Turkey-European Union (EU) relations, the customs union (CU) between Turkey and the EU was established from 1st January 1996 with the entry of force of the Decision 1/95 of the Association Council on 1st January 1996. With the arrival of the CU, Turkish economy has entered into a period of substantial reform process. The benefits of the CU, including mainly an increase in Turkey's market share in the EU markets and the post-CU changes Turkish industry underwent, have often been voiced. However there still exist some problematic areas in the Turkish-EU customs union, which have significant side-effects not being taken into consideration at the time of signing of CU for the sake of the Turkish hopes of full membership in a short time.
This study argues that the customs union could not meet the high expectations in the context of raising the existing level of economic integration between the EU and Turkey to an upper level. Moreover, it claims that the CU contains some practices and consequences that do not function to Turkey's favour in its trade with both the European Union and the third countries. Thus, given the necessity of the elimination of all these problematic practices, the study seeks to bring a number of solutions.



Key Words: Turkey, the European Union, Turkey-EU Relations, the Customs Union (CU), the CU Related Problems.
Tetra brik aseptik kartonlardaki şerit dikişlerinin sayısal görüntüleme tabanlı kalite kontrolü
Digital image processing based quality control of seams on tetra brik aseptic cartons
Yazar: KEMAL ADEM
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MAHMUT HEKİM ; YRD. DOÇ. DR. UMUT ORHAN
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Mekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control ; Mekatronik Mühendisliği = Mechatronics Engineering

Özet:
Sıvı gıda imalatının gerçekleştirildiği işletmelerde Tetra Brik Aseptik karton paketlerdeki şerit dikişlerin kalite kontrol işlemi uzman işçiler tarafından geleneksel şekillerde yapılmaktadır. Bu denetim süreci insana dayalı olduğu için birçok dezavantaja sahiptir. Bu çalışmada, çeşitli görüntü işleme teknikleri kullanılarak karton paketlerdeki şerit dikişlerin kalite kontrolünün bilgisayar destekli bir sistem aracılığıyla yapılabilmesi amaçlanmıştır. Piksel bazlı görüntü bölütleme, kenar tespit etme yöntemleri ile doğrusal regresyon, çok katmanlı sinir ağı, destek vektör makinesi ve genelleştirilmiş regresyon sinir ağı modelleri bir arada kullanılmıştır. DİMES firmasından sağlanan karton paketlerin görüntüleri üzerinde test işlemleri gerçekleştirilmiştir. Önerilen yöntemlerin doğru sınıflandırma oranları tatmin edici düzeyde bulunmuş ve gelecek çalışmalar için önerilerde bulunulmuştur.
Anahtar Kelimeler: Tetra brik aseptik karton paket, görüntü işleme, piksel bazlı görüntü bölütleme, kenar belirleme, kalite kontrolü.

Abstract:
The quality control process of the seal seams at Tetra Brik Aseptic carton package is traditionally performed by specialized workers in liquid food manufacturing businesses. Because it is based on the people, this control process has many drawbacks. In this study, we focused on performing the quality control of seal seams on carton package by using computer-aided system. Pixel-based image segmentation, edge detection methods,  linear regression, multi layer neural network, support vector machine and general regression neural network methods were used together, and this quality control was tested on the images of carton packages provided by DIMES company. We showed that the proposed method resulted in satisfactory classification accuracy rates and recommendations are made for future studies.
Keywords: Tetra Brik Aseptic carton package, image processing, pixel-based image segmentation, edge detection, quality control.
Yeni bir sınıf (2-(2-stirilsiklopentil)benzo[d]tiyazol)türevlerinin sentezi ve in vitro antikanser (antiproliferatif) aktivitelerinin incelenmesi
Synthesis and investigation in vitro anticancer (antiproliferative) activities of a new class of (2-(2-styrylcyclopentyl) benzo [d]thiazole) derivatives
Yazar: NURAY AKDOĞAN
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA CEYLAN
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
Bu çalışmada, 2-(stirilsiklopentil) grubu içeren yeni bir sınıf benzotiyazol türevleri dört basamakta sentezlendi. Bunun için siklopenten?e diklor keten katılarak 7,7-diklorobisiklo[3.2.0]heptan-6-on elde edildi ve Zn/Asetik asit yardımıyla indirgenerek başlangıç maddesi olan bisiklo[3.2.0]heptan-6-on sentezlendi. Bisiklo[3.2.0]heptan-6-on, ilgili aldehit türevleri ile bazik ortamda muamele edilerek a,ß-doymamış karbonil bileşikleri sentezlendi. a,ß-Doymamış karbonil bileşikleri, 2-aminobenzotiyazol ile etanol içerisinde p-TsOH varlığında reaksiyona sokularak yeni 2-sübstitüe benzotiyazoller hazırlandı. Sentezlenen benzotiyazol türevleri kromatografik yöntemler ile saflaştırıldı ve spektroskopik metotlar (NMR, IR) kullanılarak yapıları aydınlatıldı ve C6 ve HeLa hücrelerine karşı in vitro anti-tümör aktivite testleri yapıldı.
Anahtar Kelimeler: 2-Substitüe Benzotiyazol, Tiyazol, Antikanser, İn vitro, C6, HeLa

Abstract:
In this study, a new class of benzothiazole derivatives containing 2-(styrylcyclopentyl) group was synthesized in four steps. Thus, 7,7-dichlorobicyclo[3.2.0]heptan-6-one was prepared with addition of ketene to cyclopentene. Reduction of 7,7-dichlorobicyclo[3.2.0]heptan-6-one with Zn in acetic acid gave the starting material bicyclo[3.2.0]heptan-6-one. Treatment of bicyclo[3.2.0]heptan-6-one with the corresponding benzaldehyde derivatives in alkaline medium afforded the a,ß-unsaturated carbonyl compounds. a,ß-unsaturated carbonyl compounds was reacted with 2-aminobenzothiazole and in the presence of p-TsOH in ethanol and prepared the novel 2-substituted benzothiazoles. Synthesized benzothiazole derivatives were purified by chromatographic methods and their structures elucidated using spectroscopic methods (NMR, IR). Finally, in vitro antitumor activities of benzothiazole derivatives were tested against C6 and HeLa cell.
Keywords: 2-Substituted Benzothiazole, Thiazole, Anticancer, In vitro, C6, HeLa
Radyoterapide kullanılan Hard Wedge'in doz dağılımına etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of Hard Wedge used in radiotherapy on the dose distribution
Yazar: SÜMEYRA YILDIRIM
Danışman: YRD. DOÇ. İBRAHİM YİĞİTOĞLU
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering

Özet:
Bu çalışmada, d=10cm sabit derinlikte ve 15cm×15cm alan boyutunda 6 MV - 18 MV enerjili  foton  demetleri  için  kullanılan  hardwedge?  in  doz  dağılımına  etkisi  araştırıldı. Ölçümlerde Siemens marka Oncor Impression model lineer hızlandırıcı, 100 cm kaynak cilt mesafesinde (SSD) PTW marka silindirik iyon odası ve katı su fantomu kullanıldı.Ölçümler 150, 300, 450 ve 600 `lik hardwedge? lerin hem 3RW hem de 4RW yönleri için yapıldı. Elde edilen değerler 0 (sıfır) nokrasına göre normalize edildi ve tedavi planlama sistemindeki  veriler  kullanılarak  sapma  miktarı  hesaplandı.  Son  olarak,  kullanılan  alan boyutu,  SSD,  derinlik  (d),  hard  wedgenin  yönü  ve  derecesi  için  XİO  programı kullanılarak  tedavi  planlama  sistemi  için  gerekli  sonuçlar  elde  edildi.  Elde  edilen sonuçlar  tedavi  planlama  sistemindeki  sonuçlarla  karşılaştırıldı  ve  uyum  içinde  olduğu bulundu.
Anahtar Kelimeler: Hardwedge, Doz dağılımı, Radyoterapi

Abstract:
In  this  study,  it  was  investigated  the  effect  of  hard  wedge  on  the  dose  distributions  at d=10 cm depth and the field size of 15cm x 15 cm for 6 MV and 18 MV photon beams. In  the  measurement,  it  was  used  in  a Siemens Oncor  Impression model  linear accelerator, a PTW model cylindrical ion chamber, and a solid water phantom at 100cm source-space distance. The measurements were made for of 150, 300, 450 and 600 hard wedges. The obtained results were normalized as the zero (0)  point,  and  the  amount  of  deviation  were  calculated  using  the  data  in  treatment planning system. Finally, using XIO program for the field size, source-surface distance, depth,  the  direction  and  degree  of  hard  wedge,  the  results  was  obtained  for  treatment planning  system. The  results  obtained  were  compared  with  the  results  in  treatment planning system, and found to be in agreement.both 3RW and 4RW directions
Keywords: Hard wedge, Dose distribution, Radiotherapy