Kanserli dokularda ındel instabilitesi ve adli bilimler açısından önemi
Indel instability in cancerous tissues and its significance for forensic sciences
Yazar: İPEK GÜREL
Danışman: PROF. DR. FARUK AŞICIOĞLU
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa /  Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Genetik = Genetics
Dizin: Adli genetik = Forensic genetics ; Kimliklendirme = Identification ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Adli DNA profilleme çalışmaları için malign tümör örneklerinin kullanılabileceği durumlar söz konusu olabilmektedir. Örneğin kayıp kişi ya da felaket kurbanının kimliklendirilmesi durumunda, yaşam boyunca o kişilerden toplanan arşivlenmiş biyopsi örnekleri, ölen kişi ile doğrudan karşılaştırma yapılabilen tek biyolojik materyal olabilir. 
Ayrıca babalık davalarında varsayılan babanın gaip olması, ölmüş olup mezarının bilinmemesi veya yurt dışında olması gibi herhangi bir gerekçe ile mezarının açılamaması ya da cesedin yakılmış olması gibi haller başka örnekler olarak verilebilir. Bu durumda varsayılan babaya ait arşivlenmiş doku örnekleri kullanılabilir. Ayrıca doktor tarafından kanser tanısının yanlış koyulup, organın çıkarıldığı vakalarda hekim hatası sorgulandığında parafin bloğun ameliyat edilen kişiye ait olup olmadığı incelenmektedir. STR'ler kimliklendirme amaçlı adli bilimler laboratuvarlarında tercih edilen ilk sistemlerdir. Ancak kanserli dokularda meydana gelen genetik instabiliteler STR polimorfizminin değişmesine sebep olarak hatalı sonuçların ortaya çıkmasına yol açmaktadır. Öte yandan STR ve SNP'lerin her ikisinin de tercih edilmelerini sağlayan özelliklerini bir arada taşıdığı için InDel'ler, adli bilimlerde genetik bir markır olarak büyük bir potansiyele sahiptir.  STR instabilitesinin birçok farklı tümörde gözlenen çok yaygın bir olay olduğu yapılan çalışmalarda görülmüştür.
Ancak literatür incelendiğinde şimdiye kadar parafin blok hazırlanmış kanserli dokulardan InDel stabilitesinin incelendiği bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu amaçla formalin ile fikse edilmiş parafinli meme ve tiroit örneklerinin hem kanserli doku hem de normal doku içeren kısmından DNA izolasyonu yapılmıştır. Örneklere miktar tayini yapıldıktan sonra Filoğlu tarafından geliştirilen 36-InDelplex panelin lokusları PCR işlemi ile çoğaltılmıştır. Genemapper® v.5.0 (Thermo Fisher Scientific) analiz programı kullanılarak PCR ürünlerinin elektroforezi sonrası örneklerden elde edilen verilerin görüntülenmesi ve değerlendirilmesi yapılmıştır. Meme dokularında 26 dokudan 5 örnek hariç hepsinde değişiklik görülmüştür. Örneklerin %80,8'inde mutasyonel değişiklik saptanmıştır. Tiroit dokularında ise 21 dokudan 5'i hariç diğer örnekler değişmeden kalmıştır. Dolayısı ile tiroit dokularının %76,2'si aynı kalmıştır. Her iki dokuda da en çok görülen değişiklik heterozigosite kaybı olmuştur. InDel'ler STR'lerden daha az mutasyon oranına sahip olmasına rağmen bu tez çalışmasında kanserli dokular ve normal dokuların profilleri arasında farklılıklar saptanmıştır. Bu durum elde edilen profil sonuçlarının yanlış yorumlanmasına yol açabileceğinden referans örnek olarak sadece tümörlü dokuların kullanıldığı vakalarda dikkatli olunması gerekmektedir.

Abstract:
There may be cases where malignant tumor samples can be used for forensic DNA profiling studies. For example, if the missing person or disaster victim is identified, archived biopsy specimens collected from those individuals throughout life may be the only biological material that can be directly compared to the deceased. Cases such as the presumed father being absent in paternity cases, his deceased grave is unknown, or his grave cannot be opened due to any reason such as being abroad or the corpse being cremated can be given as other examples. In this case, archived tissue samples belonging to the assumed father can be used. In addition, in cases where the diagnosis of cancer is made incorrectly by the doctor and the organ is removed, when the physician's error is questioned, it is examined whether the paraffin block belongs to the person who was operated on. STRs are the first systems preferred in forensic science laboratories for identification purposes, However, genetic instability in cancerous tissues causes STR polymorphism to change, leading to erroneous results. On the other hand, InDels have great potential as a genetic marker in forensic science, as they have features that make both STR and SNPs preferable. It has been seen in studies that STR instability is a very common event observed in many different tumors, but when the literature was examined, there is no study was found that examined the stability of InDel in parafinized cancerous tissues before. For this purpose, DNA isolation was made from both the cancerous tissue and normal tissue samples of formalin-fixed paraffinized breast and thyroid samples. After quantification of the samples, the loci of the 36-InDelplex panel developed by Filoğlu were amplified by PCR. Visualization and evaluation of the data obtained from the samples after electrophoresis of PCR products were performed using the Genemapper® v.5.0 (Thermo Fisher Scientific) analysis program. Changes were observed in all but 5 samples from 26 tissues in breast tissues. Mutational changes were detected in %80,8 of the samples. In thyroid tissues, except 5 out of 21 tissues remained unchanged. Therefore, %76,2 of the thyroid tissues remained the same. The most common change in both tissues was loss of heterozygosity. Although InDels have a lower mutation rate than STRs, differences were found between the profiles of cancerous tissues and normal tissues in this thesis study. Since this may lead to misinterpretation of the profile results obtained, care should be taken in cases where only tumor tissues are used as reference samples.