Canik Tuzlası'ndan (Van) izole edilen ve karakterize edilenhalofilik bakteriler tarafından üretilen ksilanaz enziminin optimizasyonu üzerine ortam şartlarının etkisi
Isolated and characterized from cani̇k salt (Van) effect of environmental conditions on optimization of xylanase enzyme produced by halophilic bacteria
Yazar: FATMA KAYA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ERDAL ÖĞÜN
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu araştırmada, Canik Tuzlası'ndan toplanan tuzlu su örneklerinden izole edilen halofilik bakteri izolatlarının, ksilanaz enzimini üretme kabiliyetleri ve ksilanaz enziminin aktivitesi üzerine ortam bileşiminin etkisinin araştırılması amaçlandı. Ayrıca, ksilanaz enzimi yönünden pozitif izolatların, fenotipik ve 16S rDNA diziliş analizine dayalı olarak bakteriyel taksonomideki yerlerinin belirlenmesi hedeflendi.
Tuzlu su örneklerinden bakterilerin izolasyonunda ve kültüre alınmasında Sehgal ve Gibbons tarafından önerilen Complex Medium (CM) kullanıldı. Ksilanaz enzimi üreten izolatların taranmasında içerisinde % 1 oranında ksilan bulunan CM ortamı kullanıldı. Pozitif izolatlar tarafından üretilen, ksilanaz enzimin aktivitesi 490nm'de spektrofotometrik yöntemle belirlendi 
Toplam üç izolat arasında sadece birinin ksilan ve kongo kırmızısı içeren CM ortamında, ksilanaz enzimi yönünden pozitif olduğu gözlendi. Bu izolatın ürettiği ksilanaz enziminin 56 saatlik inkübasyon aralığında 1,1656IU/mL, 45 ºC sıcaklıkta 1,1783IU/mL, pH 5.0 değerinde 1,1595IU/mL, karbon kaynağı olarak ksiloz varlığında 1,1782IU/mL, organik azot kaynağı olarak pepton varlığında 1,1669IU/mL ve glutamin amino asitinin varlığında 1,1691IU/mL en yüksek aktiviteyi oluşturduğu tespit edildi. Ayrıca bu izolatın endospora sahip Gram pozitif boyandığı gözlendi. İlave olarak ksilanaz pozitif izolatın, 16S rDNA diziliş analizine göre Bacillus flexus F1 suşuna mensup olduğu tespit edilerek bakteriyel taksonomideki durumu belirlendi. 
Başta kağıt endüstrisi olmak üzere, birçok endüstride kullanılan ksilanaz enziminin, halofilik Bacillus flexus F1 suşu, tarafından üretilmesi, milli gen kaynaklarımız açısından son derece önemlidir

Abstract:
In this study, it was aimed to investigate the effect of media composition on the ability of halophilic bacteria isolates to produce xylanase enzyme and the activity of xylanase enzyme isolated from brine samples collected from Canik Saltern. In addition, it was aimed to determine the place of xylanase positive isolates in bacterial taxonomy based on phenotypic and 16S rDNA sequence analysis.
Complex Medium (CM) recommended by Sehgal and Gibbons was used for isolation and culturing of bacteria from saline samples. CM medium containing 1% xylan was used to screen isolates producing xylanase enzyme. The activity of the xylanase enzyme produced by the positive isolates was determined by spectrophotometric method at 490nm.
Only one of the three isolates was found to be positive for xylanase enzyme in CM medium containing xylan and Congo red. The xylanase enzyme produced by this isolate is 1.1656IU/mL, 1.1783IU/mL at 45 °C temperature, 1.1595IU/mL at pH 5.0, 1.1782IU/mL in the presence of xylose as carbon source, peptone as organic nitrogen source 1.1669IU/mL in the presence of the amino acid and 1.1691IU/mL in the presence of glutamine. It was also observed that this isolate stained Gram positive with endospora. In addition, the xylanase positive isolate was determined to belong to the Bacillus flexus F1 strain according to 16S rDNA sequence analysis and its status in bacterial taxonomy was determined.
The production of the xylanase enzyme, which is used in many industries, especially in the paper industry, by the halophilic Bacillus flexus F1 strain is extremely important for our national gene resources.