Escherichia coli 'nin O25B -ST131 klonunun ve CTX-M-15 benzeri  genişlemiş spektrumlu beta laktamazın PCR ile belirlenmesi
Detection of O25B -ST131 clone of escherichia coli and CTX-M-15-like extended spectrum beta lactamase by PCR
Yazar: ÖZLEM GÜLLER
Danışman: PROF. DR. AKGÜN YAMAN
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Enzimler = Enzymes ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections

Özet:
Genişlemiş spektrumlu beta laktamazlar (GSBL) Enterobacteriaceae'de sık görülmektedir. Özellikle E.coli serotip O25b: H4, filogenetik grup B2 ve sekans tipi 131 (ST131) GSBL tipi CTX-M-15 ile karakterize edilen küresel olarak yayılan uluslararası bir klon grubu çoklu ilaç direnciyle (MDR) gelişen enfeksiyonların tedavisini de güçleştirmektedir.
Çalışmamızda 17.4.2019-21.7.2019 tarihleri arasında çeşitli servis ve poliklinik hastalarından alınan idrar örneklerinin GSBL pozitif 85 E. coli izolatının ST131 klonu ve blaCTX-M-15 β-laktamaz geninin prevalansı ayrıca antibiyotik duyarlılık durumunun belirlemesi amaçlandı. Bakterinin tanımlanması, GSBL varlığı ve antibiyotik duyarlılıkları VITEK2 otomatize sistemiyle (bioMérieux, Fransa) tanımlandı. Duyarlılık sonuçları EUCAST kriterleri esas alınarak belirlendi. GSBL üretimi çift disk sinerji testiyle doğrulandı. Ardından GSBL kodlayan blaCTX-M-15 ve blaCTX-M-3 genler Real time PCR ile analiz edildi. Toplam 85 GSBL pozitif E coli izolatının 59'u (%69.4) bla CTX-M genleri için pozitifti, bunun 25(%29.4)'inde CTX-M-15, 34(% 40)'ünde CTX-M-3 pozitif olup, 26(%30.5)'sında CTX-M-3 ve CTX-M-15 β-laktamaza sahip değildi. 
CTX-M-3 ve CTX-M-15 pozitif 59(%69.4) suşlar için en hassas (%100) karbapenem (ertapenem ve imipenem) ve en dirençli (%100) ampisilin ile sefalosporin grubu antibiyotiklerdi.
GSBL pozitif 85 E. coli suşunun 23(%27.1)'ünde Real time PCR ile ST131 klonunu tespit ettik, 62(%72.9)'si ise negatifti. Bu grupta da en hassas antibiyotikler %100 karbapenem (imipenem ve ertapenem) olup en dirençliler ise (%100) sefalosporinler (sefiksim, seftazidim, seftriakson, sefuroksim), ampisilin ve AMC idi. 
Anahtar Kelimeler: 	CTX-M enzim türleri, Escherichia coli, ExPEC, Polimeraz zincir reaksiyonu,  ST131,

Abstract:
Extended spectrum beta lactamases (GSBL)are common in Enterobacteriaceae, especially Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. a globally spreading international clone group multidrug resistance (MDR) especially characterized by E. coli serotype O25b:H4, phylogenetic group B2 and sequence type 131 (ST131)GSBL type CTX-M-15, making it difficult also provides the fluoroquinolone and aminoglycoside resistance infections developed multidrug  
In our study, it was aimed to determine the prevalence of ESBL positive 85 E. coli isolate ST131 clone and blaCTX-M-15 β-lactamase gene, as well as the antibiotic susceptibility status of urine samples taken from various service and outpatient clinic patients between 17.4.2019 and 21.7.2019. Bacterial identification, presence of ESBL and antibiotic susceptibility were defined with the VITEK2 automated system (bioMérieux, France). Sensitivity results were determined based on EUCAST criteria. ESBL production verified by double disc synergy test. Then, blaCTX-M-15 and blaCTX-M-3 genes encoding ESBL were analyzed by Real time PCR. Of a total of 85 ESBL positive E coli isolates, 59 (69.4%) were positive for the bla CTX-M genes, of which 25 (29.4%) were positive for CTX-M-15 and 34 (40%) were positive for CTX-M-3. , 26 (30.5%) of CTX-M-3 and CTX-M-15 did not have β-lactamase.
For CTX-M-3 and CTX-M-15 positive 59 (69.4%) strains, the most sensitive (100%) carbapenem (ertapenem and imipenem) and the most resistant (100%) ampicillin and cephalosporin antibiotics were antibiotics.
We detected ST131 clone by Real time PCR in 23 (27.1%) of 85 ESBL positive E. coli strains, while 62 (72.9%) were negative. In this group, the most sensitive antibiotics were 100% carbapenem (imipenem and ertapenem), while the most resistant (100%) were cephalosporins (cefixime, ceftazidime, ceftriaxone, cefuroxime), ampicillin and AMC.
Key Words:	CTX-M enzyme types, Escherichia coli, ExPEC, Polimerase chain reaction, ST131,