İnfluenza A virus enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi
Molecular epidemiology of influenza A virus infections
Yazar: DENİZ YILDIRIM
Danışman: PROF. DR. FÜGEN YARKIN
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enfeksiyon = Infection ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Floresan antikor tekniği = Fluorescent antibody technic ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Virüsler = Viruses ; İnfluenza = Influenza

Özet:
İnfluenza, influenza viruslarının sebep olduğu akut solunum yolu hastalığıdır. İnfluenza virus enfeksiyonları yüksek morbidite ile ilişkilidir ve pnömoni gibi ciddi komplikasyonlara sebep olabilir. Bu çalışmanın amacı solunum yolu infeksiyonu olan ve hastaneye yatırılan hastalarda influenza tip A ve B virus enfeksiyonlarının insidansı ve influenza A virus alttiplerini real-time RT-PCR test, konvansiyonel RT-PCR test ve direk immunfloresan antikor (DFA) testi ile tespit etmektir. Toplam 476 hastadan 1 Nisan 2012 ve 31 Aralık 2013 tarihleri arasında flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Real-time RT-PCR test (Sacace, Italy) ile influenza A virus vakaların  %20.5 (98/476) ve influenza B virus %3.3'ünde (16/476) tespit edilmiştir. Çalışma süresi boyunca 98 influenza virus izolatının %63.3'ünün A(H1N1)pdm09 ve %36.7'sinin A(H3N2) olduğu bulunmuştur. İnfluenza A(H1N1)pdm09 alttipinin Ocak 2013 (12 vaka) ve A(H3N2) alttipinin (11 vaka) Aralık 2013'de baskın olduğu gözlenmiştir. Real-time RT-PCR test referans alındığında influenza A ve B için DFA testinin (Argene SA, France) ve influenza A için WHO primerlerinin (M30F2/08 ve M264R3/08) kullanıldığı konvansiyonel RT-PCR testinin sensitivitesi sırasıyla %72.4, %75, %96 ve spesifitesi %99.2, %99.5 ve %100 bulunmuştur. Sonuç olarak, çalışma grubunda influenza A virus enfeksiyonu %20.5 oranla oldukça yüksek tespit edilmiştir. İnfluenza virus tipleri ve alttiplerinin izlenmesi, influenza aşı suşlarının dolaşımdaki influenza virusları ile uyumunun değerlendirilmesi ve pandemik potansiyeli olan alttiplerin tanısı için gereklidir. Etkili korunma ve kontrol önlemlerinin zamanında alınması, gereksiz antibiyotik kullanımının azaltılması ve antiviral tedaviye başlamak için influenza virus enfeksiyonlarının erken tanısında real-time RT-PCR testinin kullanımı önerilir.

Abstract:
Influenza is an acute respiratory disease caused by influenza viruses. Influenza virus infections are associated with high morbidity and may lead serious complications such as pneumonia. The aim of this study was to determine the incidence of influenza type A and B virus infections and influenza A virus subtypes in hospitalized patients with respiratory tract infections by real-time RT-PCR test, conventional RT-PCR test and direct immunofluorescence antibody (DFA) test. Nasopharyngeal swab specimens were collected from a total of 476 patients by using flocked swabs (Copan Diagnostics, Italy) between 1 April 2012 and 31 December 2013. Influenza A virus was detected in 20.5% (98/476) of cases and influenza B virus in 3.3% (16/476) by real-time RT-PCR test (Sacace, Italy). During the study period, 63.3% of 98 influenza virus isolates was found to be A(H1N1)pdm09 and 36.7% was A(H3N2). Influenza A (H1N1)pdm09 subtype was observed to be predominant (12 cases) in January 2013 and A(H3N2) (11 cases) in December 2013. Compared to real-time RT-PCR test, the sensitivities of DFA test (Argene SA, France) for influenza A and B and conventional RT-PCR test with WHO primers (M30F2/08 and M264R3/08) for influenza A were 72.4%, 75%, 96% and the specificities were 99.2%, 99.5% and 100%, respectively. In conclusion, influenza A virus infection was detected rather high with a rate of 20.5% in the study group. The monitoring of influenza virus types and subtypes is necessary to evaluate the match between influenza vaccine strains and circulating influenza viruses and to identify subtypes with pandemic potential. It is recommended to use real-time RT-PCR test for the early diagnosis of influenza virus infections to take effective prevention and control measures in time, to reduce unnecessary antibiotic use and to start antiviral treatment.