Erzurum yöresinden toplanan çiğ süt örneklerinden laktik asit bakterilerinin izolasyonu, identifikasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Isolation identification and molecular charecterization of lactic acid bacteria from raw milk samples collected from Erzurum region
Yazar: SELCAN DOĞAN
Danışman: PROF. GÜLŞAH ÇANAKÇI ADIGÜZEL
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Dizi analizi-RNA = Sequence analysis-RNA ; Erzurum = Erzurum ; Laktik asit = Lactic acid ; Laktik asit bakterileri = Lactic acid bacteria ; Mikro RNA = Micro RNA ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çiğ süt = Raw milk

Özet:
Amaç: Süt, sahip olduğu yüksek su aktivitesi nedeniyle başta laktik asit bakterileri olmak üzere, farklı mikrobiyal içerikler açısından önemli bir kaynaktır. Çiğ sütte bulunan patojen mikroorganizmaların varlığı, insan sağlığı açısında önem arz etmektedir. Bu tez çalışmasında Erzurum ve çevresinden toplanan çiğ süt örneklerinden, laktik asit bakterilerinin belirlenmesi, identifikasyonu ve olası yeni tür veya cinslerin taksonomiye kazandırılması amaçlanmıştır. 
Materyal metot: Bu tez çalışmasında Erzurum ve ilçelerindeki üreticilerden toplanan 50 adet çiğ süt örneği, steril koşullar altında laboratuvar ortamına getirilmiş ve hemen bakteri izolasyon aşamasına geçilmiştir. Stoklanan bakterilerin DNA'ları izole edilmiş, daha sonra rep-PCR [BOX ve (GTG)5-PCR] ile birbirinden farklı olan izolatlar seçilerek, 16S rRNA sekans analizine tabii tutulmuş ve 11 farklı türün varlığı ortaya konulmuştur.
Bulgular: Tanılanan suşlar: TS-1, TS-3, TS-9 ve TS-11'in %99.43 oranında Enterococcus italicus, TS-2 kodlu izolatın %99.50 oranında Leuconostoc lactis, TS-4 kodlu izolatın  %99.50 oranında Streptococcus parauberis, TS-5 kodlu izolatın %99.43 oranında Enterococcus durans, TS-6 kodlu izolatın %99.20 oranında Corynebacterium casei, TS-7 ve TS-8 kodlu izolatların %99 oranında Lactococcus lactis, TS-10 kodlu izolatın %98 oranında Streptococcus uberis, TS-13 kodlu izolatın %99.9 oranında Staphylococcus succinis, TS-17 kodlu suşun %99 oranında Lactococcos lactis subsp. latei, TS-18 kodlu izolatın Lactococcos lactis subsp. hordniae ve TS-19 kodlu izolatın ise %99.60 oranında Lactobacillus paracasei'e benzerlik gösterdiği gözlemlenmiştir.
Sonuç: İncelenen çiğ süt örneklerinden izole edilen laktik asit bakterinin tür ve tür altı düzeyde identifikasyonunda (GTG)5-PCR yönteminin daha başarılı olduğu, %98 oranında Streptococcus uberis'e benzerlik gösteren TS-10 kodlu izolatın yeni tür olabileceği ve ileri tanı teknikleri ile yeniden incelenmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Purpose: Milk is an important source of different microbial contents, especially lactic acid bacteria, due to its high water activity. The presence of pathogenic microorganisms in raw milk is crucial for human health. In this thesis study, isolation and identification of lactic acid bacteria from raw milk samples collected from Erzurum and its surroundings and introducing possible new species or genus into taxonomy were aimed.
Material method: In this thesis study, 50 raw milk samples collected from producers in Erzurum and its districts were brought to the laboratory under sterile conditions and the bacteria isolation phase was immediately started. The DNAs of the stocked bacteria were isolated, then the isolates different from each other were selected by rep-PCR [BOX and (GTG) 5-PCR], subjected to 16S rRNA sequence analysis and the existence of 11 different species was revealed.
Results: It was observed that TS-1, TS-3, TS-9 and TS-11 coded isolates showed similarity to Enterococcus italicus with the rate of 99.43%, TS-2 coded isolate to Leuconostoc lactis with the rate of 99.50% and TS-4 coded isolate to Streptococcus parauberis with the rate of 99.5%, TS-5 coded isolate to Enterococcus durans with the rate of 99.43%, TS-6 coded isolate to Corynebacterium casei with the rate of 99.20%,  TS-7 and TS-8 coded isolates to Lactococcus lactis with the rate of 99%, TS-10 coded isolate to Streptococcus uberis with the rate of 98%, TS-13 coded isolate to Staphylococcus succinis with the rate of 99.9%, TS-17 coded isolate to Lactococcos lactis subsp. latei with the rate of 99%, TS-18 coded isolate to Lactococcos lactis subsp. hordniae with the rate of 99.60% and TS-19 coded isolate to Lactobacillus paracasei with the rate of 99.60%.
Conclusion: It was concluded that (GTG) 5-PCR method was more successful in the identification of lactic acid bacteria isolated from the examined raw milk samples at the species and subspecies level, the isolate coded TS-10, which was 98% similar to Streptococcus uberis, could be a new species and should be re-examined with advanced diagnostic techniques.