Berberin ve piperinin SH-SY5Y hücrelerinde in silico ve in vitro olarak sitoroksik etkilerinin incelenmesi
Investigation of cytotoxic effect of berberine and piperine in SH-SY5Y cells in silico and in vitro
Yazar: ŞEYMA ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. MUHSİN KONUK
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
BERBERİN VE PİPERİNİN SH-SY5Y HÜCRELERİNDE IN SILICO VE IN VITRO OLARAK SİTOTOKSİK ETKİLERİNİN İNCELENMESİ
Bu tez çalışması berberin ve piperinin tek başına ya da birlikte verildiğinde kanser hücre hattı olan SH-SY5Y hücrelerinde in silico ve in vitro olarak sitotoksik etkileri incelenmek için yapılmıştır. 
Kanser, Latince yengeç anlamına gelen "cancer'' kelimesinden türemiştir ve anormal hücre büyümesi ile karakterize bir hastalıktır. İnsan vücudunu etkilediği bilinen 100' den fazla kanser türü bulunmaktadır. 
Şimdiye kadar kullanılan kanser ilaçlarının %47 si doğal bileşiklerden elde edilmiştir. Bu bileşikler yapısal ve fonksiyonel anlamda belirgin farklılıklar gösterir. Aslında kesin olarak ayrıştırılması zordur ama yine de terpenoidler, steroidler, alkaloidler, yağ asidi türevleri, fenilpropanoidler, poliketidler olarak sınıflandırılmıştır. Doğal bileşikler sadece tümör hücresine etki etmeyip tümör mikroçevresinin de değişmesine neden olmaktadır. 
Bu çalışmada nöroblastoma (SH-SY5Y) hücrelerinde alkaloid sınıfından olan berberin ve piperinin hem tek etken madde olarak hem de beraber kullanımında hücre canlılığına etkisi araştırılmıştır. Karşılaştırma için sağlıklı hücre hattı olarak ECV 304 kullanılmıştır. Ayrıca berberin ve piperinin hem tek başına hem de beraber kullanımında apoptotik etkisini görmek için MDM2 proteini inhibitörü olan 3EQS ve 3LBK proteinlerine kenetlenme çalışması yapılmıştır. 
Hücre canlılığına etkisini gözlemlemek için in vitro olarak MTT yöntemi kullanılmış olup, in silico çalışma için Swiss ADME, Spartan' 14, Discovery Studio, Auto Dock Tolls 1.5.7, AutoDock Vina programları kullanılmıştır. 
Yapılan MTT analizi sonucunda sağlıklı ve kanser hücreleri kendi içlerinde farklı konsantrasyonlarda (5, 10, 25, 50 µM) verilen dozlar için istatistiksel olarak anlamlı bir sonuç ifade etmez iken; sağlıklı hücreler ile kanser hücreleri karşılaştırıldığında kanser hücrelerinde canlılık oranı anlamlı derecede düşük çıkmıştır.

Abstract:
INVESTIGATION OF CYTOTOXIC EFFECT OF BERBERINE AND PIPERINE IN SH-SY5Y CELLS IN SILICO AND IN VITRO 
This thesis study was carried out to examine the cytotoxic effects of berberine and piperine in SH-SY5Y cells, which is a cancer cell line, in silico and in vitro when given alone or together. 
Cancer is derived from the Latin Word "cancer" which comes from the crab and it is characterized by abnormal cell growth. More than 100 types of cancer are known to affect the human body. 
47% of the cancer drugs used so far have been obtained from natural compounds. These compounds show significant structural and functional differences. In fact, it is difficult to distinguish precisely but still classified as terpenoids, steroids, alkaloids, fatty acid derivates, phenylpropanoids, and polyketides. Natural compounds affect the tumor cell and cause the tumor environment to change. 
In this study, the effect of berberine and piperine, which are alkaloids, on cell viability in neuroblastoma (SH-SY5Y) cells, both as a single active substance and when used together were investigated. ECV 304 was used as the healthy cell line for comparison. In addition, in order to see the apoptotic effect of berberine and piperine, both alone and in combination, a docking study was performed on MDM2 protein inhibitor 3EQS and 3LBK protein structure. 
In vitro MTT method was used to observe its effect on cell viability, and Swiss ADME, Spartan'14, Discovery Studio, Auto Dock Tolls 1.5.7, and AutoDock Vina programs were used for in silico study. 
As a result of the MTT analysis, while healthy and cancer cells do not show statistically significant results for doses given at different concentrations (5, 10, 25, 50 µM); when healthy cells and cancer cells were compared, the survival rate in cancer cells was found to be significantly lower.