Alt solunum yolu enfeksiyonu şüpheli hastalarda enfeksiyon etkenlerinin multipleks-PCR yöntemiyle değerlendirilmesi
Evaluation of infection agents by multiplex-PCR method in patients with lower respiratory infection
Yazar: İBRAHİM AYHAN
Danışman: PROF. DR. YASEMİN BAYRAM
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; Solunum yolları hastalıkları = Respiratory tract diseases ; Virüs hastalıkları = Virus diseases ; Virüsler = Viruses

Özet:
Alt solunum yolu enfeksiyonları (ASYE), tüm yaş gruplarında önemli morbidite ve mortalite nedenir. ASYE'ye bağlı mortalite ve morbididite oranlarını azaltmak için izlenecek en iyi yaklaşım, tanının erken konulması ve ampirik tedaviler yerine spesifik tedavinin başlanmasıdır. Çalışmada, hastanemizde çeşitli nedenlerle yatan hastalardan alt solunum yolu enfeksiyonu şüphesiyle laboratuvarımıza gönderilen solunum sistemi örneklerinde, 11 farklı viral ve bakteriyel etkenin multipleks-PCR yöntemi ile sıklığının belirlenmesi ve tanıda bu etkenlerin atlanma durumunun belirlenmesi amaçlanmıştır.
Kasım 2021 - Kasım 2022 tarihleri arasında, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi servis ve yoğunbakım ünitelerinde yatan 50 hasta dâhil edilmiştir. Bu hastalardan alt solunum yolu enfeksiyonu şüphesi ile laboratuvarımıza gönderilen balgam, bronkoalveolar lavaj ve trakeal aspirat gibi alt solunum yolu örnekleri işleme alınmıştır. Akut solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan patojenlerin tanımlanması için Solunum Doğrudan Akış Çipi (Vitro Master Diagnostica, İspanya) kiti kullanılmıştır.
Yaşları 2-89 arasında değişen 50 hastadan, toplam 36 (%72) balgam, 11 (%22) BAL ve 3 (%6) trakeal aspirat örneği gönderilmiştir. Hastaların 37'si (%74) erkek ve 13'ü (%26) kadınlardan oluşmaktadır. Hastaların 25'i (%50) yoğun bakımda takip edilmekteydi. Toplam 50 hastanın 4'ünde (%8) araştırılan etkenlerden birisi tespit edilmiştir. Toplam dört hastada saptanan etkenler; Coronavirus SARS-CoV-2, Adenovirüs, Human Coronavirus HKU1 ve Bocavirus olarak bulunmuştur.
Pozitiflik oranlarımız literatürde bildirilen birçok çalışmaya göre düşük bulunmuştur. ASYE tanılı hasta gruplarında ve kullanılan kitin etken saptama profilinin yüksekliğine göre de pozitiflik oranı artış gösterebilecektir. Çalışma sonucuna göre hastalarda tanıda viral etkenlerin atlanabileceği ve bu gibi tanı testlerinin rutin kullanımının yarar sağlayacağı düşünülmüştür.

Abstract:
Lower respiratory tract infections (LRTI) are important causes of morbidity and mortality in all age groups. Best approaches to reduce mortality and morbidity rates due to LRTI; early diagnosis and giving specific treatment instead of empirical treatments. In this study, we aimed to determine the frequency of 11 different viral and bacterial agents by multiplex-PCR method in respiratory system samples in which sent to our laboratory with suspicion of lower respiratory tract infection from patients in our hospital.
A total of 50 hospitalized patients were included the study in the service and intensive care units of Van Yüzüncü Yıl University Dursun Odabaş Medical Center between November 2021 and November 2022. Lower respiratory tract samples such as sputum, bronchoalveolar lavage and tracheal aspirate were sent to our laboratory with the suspicion of lower respiratory tract infection. The Respiratory Direct Flow Chip (Vitro Master Diagnostica, Spain) was used to identify pathogens causing acute respiratory infections.
A total of 36 (72%) sputum, 11 (22%) BAL and 3 (6%) tracheal aspirates were sent from 50 patients who aged between 2-89 years. The patients consisted of 37 (74%) men and 13 (26%) women. Twenty-five (50%) of the patients were being followed up in the intensive care unit. At least one of the causative agents was identified in 4 (8%) of a total of 50 patients. The causative agents detected in a total of four patients are Coronavirus SARS-CoV-2, Adenovirus, Human Coronavirus HKU1 and Bocavirus.
Our positivity rates were found to be lower than many studies reported in the literature. The positivity rate will increase when the study was performed in patient with LRTI and using kits with a high agent detection count. According to the results of the study, it was thought that viral agents could be missed in the diagnosis of the disease and the routine use of this diagnostic tests would be beneficial.