Kolon kanser modelinde TGF-β1'in adamts8 gen ekspresyonuna etkilerinin belirlenmesi
Determination of the effects of TGF-β1 on adamts8 gene expression in a colon cancer model
Yazar: FEYZA NUR SAV
Danışman: PROF. DR. FERAY KÖÇKAR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ MELTEM ALPER
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Gen ifadesi regülasyonu = Gene expression regulation ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Moleküler genetik = Molecular genetic

Özet:
ADAMTS-8, ADAMTS (A Disintegrin-like And Metalloproteinase with Thrombospondin Motifs) adı verilen hücreler arası matriks proteaz ailesinin bir üyesidir. ADAMTS-1 ve ADAMTS-8, Vasküler Endotelyal Büyüme Faktörü (VEGF) ve Fibroblast Büyüme Faktörü-2 (FGF-2) tarafından uyarılan, yeni damar oluşumunu engelleyen güçlü anjiyoinhibitörlerdir. TGF-β sitokini tümör oluşumunun erken fazında, tümör baskılayıcı fonksiyonlara sahipken, tümörün geç evresinde tümörün ilerlemesi ve metastazına öncülük ettiği bilinmektedir. ADAMTS-8'in TGF-β sitümülasyonuyla, kolorektal kanserdeki işlevini ortaya koyan herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu tez çalışması, kolorektal kanser modeli (SW480) üzerinde TGF-β'nın ADAMTS-8'in transkripsiyonel regülasyonuna katkısının belirlenmesini amaçlamaktadır. Bu tez çalışmasının sonucunda, TGF-β'nın 20 ng/mL'lik dozda SW480 kolon kanseri hücrelerinde proliferatif etkiye sahip olduğu MTT testi ile belirlenmiştir. Ardından, TGF-β sitokinin farklı zaman aralıklarında ADAMTS-8'in mRNA ve protein düzeyinde ifadesinde artışa sebep olduğu Real Time PCR ve Western Blot çalışmalarıyla belirlenmiştir. TGF-β aracılı, ADAMTS-8 promotorunun transkripsiyonel aktivitesi beş farklı uzunlukta promotor parçasının SW480 hücrelerine geçici transfeksiyonu ile araştırılmıştır. Transfeksiyon sonucunda en aktif promotor parçalarının pMet_TS-8[-223/+323], pMet_TS-8[-662/+323] ve pMet_TS-8[-851/+323] olduğu tespit edilmiştir. Yolak inhibisyon çalışmaları sonucunda, TGF-β ile uyarılan ADAMTS-8 regülasyonunun mRNA ve protein düzeyinde p38 MAPK, MEK, JNK, PI3K ve SMAD-3 hücre içi sinyal yolları üzerinden olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, transkripsiyonel aktivitedeki artışın p38 MAPK, MEK, JNK, PI3K ve SMAD-3 yolları üzerinden düzenlendiği transfeksiyon çalışması ile belirlenmiştir. SW480 hücrelerinde TGF-β uygulamasıyla birlikte, SMAD2/3 transkripsiyon faktörünün ADAMTS-8 promotorundaki bazı bölgelere fonksiyonel olarak bağlandığı kromatin immünopresipitasyonu (ChIP) analiziyle doğrulanmıştır.

Abstract:
ADAMTS-8 is a member of the family of intercellular matrix proteases called ADAMTS (A Disintegrin-like And Metalloproteinase with Thrombospondin Motifs). ADAMTS-1 and ADAMTS-8 are potent angioinhibitors that inhibit new vessel formation induced by vascular endothelial growth factor (VEGF) and fibroblast growth factor-2 (FGF-2). While TGF-β cytokine has tumor suppressor functions in the early phase of tumorigenesis, it is known to lead to tumor progression and metastasis in the late phase of the tumor. No study has been found that demonstrates the function of ADAMTS-8 in colorectal cancer with TGF-β stimulation. This thesis study aims to determine the contribution of TGF-β to the transcriptional regulation of ADAMTS-8 in a colorectal cancer model (SW480). As a result of this thesis, it was determined by the MTT test that TGF-β had a proliferative effect at a dose of 20 ng/mL on SW480 cells. Then, it was determined by Real Time PCR and Western Blot studies that TGF-β cytokine caused an increase in the expression of ADAMTS-8 at mRNA and protein levels at different time intervals. TGF-β-mediated transcriptional activity of the ADAMTS-8 promoter was investigated by transient- transfection of five different lengths of promoter fragments into SW480 cells. As a result of transfection, it was determined that the most active promoter parts were pMet_TS-8[-223/+323], pMet_TS-8[-662/+323] and pMet_TS-8[-851/+323]. As a result of pathway inhibition studies, it was determined that the regulation of ADAMTS-8 induced by TGF-β was via p38 MAPK, MEK, JNK, PI3K and SMAD-3 intracellular signaling pathways at the mRNA and protein level. It was determined by transfection study that the increase in transcriptional activity was regulated via p38 MAPK, MEK, JNK, PI3K and SMAD-3 pathways. With administration of TGF-β in SW480 cells, the functional binding of the SMAD2/3 transcription factor to certain regions in the ADAMTS-8 promoter was confirmed by Chromatin Immunoprecipitation Assay (ChIP) analysis.