Non-alkolik steatohepatit'de mitokondriyal DNA kontrol bölgesi nükleotit varyasyonları ve olası haplotiplerin hastalığın patogeneziyle ilişkisi
The association of mitochondrial DNA control region nucleotide variations and their potential haplotypes with the pathogenesis of non-alcoholic steatohepatitis
Yazar: BURCU HASTÜRK
Danışman: DOÇ. DR. FATİH EREN
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA = DNA ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Haplotipler = Haplotypes ; Karaciğer yağlanması = Fatty liver ; Mitokondriler = Mitochondria ; Mutasyon = Mutation ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, mitokondriyal DNA (mtDNA) kontrol bölgesinde yer alan T16189C gibi yaygın varyantlar ile non-alkolik steatohepatit (NASH) arasındaki ilişki araştırıldı. Gereç ve Yöntem: 150 NASH ve 150 sağlıklı kontrol bireyin yaş ve cinsiyeti eşleştirildi. "Endonükleaz MnlI enzimi" kullanılarak restriksiyon parça uzunluk polimorfizm (RFLP) analizi ile mtDNA 16189 np genotipleri incelendi ve doğrudan dizi analizi ile mtDNA kontrol bölgesi (15911-16540 np) varyasyonları saptandı. Bulgular: T16189C polimorfizmi açısından gruplar arasında anlamlı bir fark yoktu, ancak atipik RFLP bant paternlerine sahip bireyler tespit edildi ve dizi analizi ile sınıflandırıldı. Yeni bir mutasyon (C16053G) ve iki yeni heteroplazmik varyasyon (16234 C-CT; 16256 C-CT) tanımlandı. Ayrıca üç tri-nükleotit polimorfizmi (C16294-C16295-C19296, TTT; C16187-C16188-T16189, TAC; C16187-C16188-T16189, TGC) bulundu. Katılımcıların tümü R makro-haplogrubu, H2a2a1 haplotipi idi. Bu varyasyonlar arasında, NASH grubu içinde, mtDNA kontrol bölgesi nükleotit varyasyonlarından bazıları istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Sonuçlar: mtDNA kontrol bölgesi nükleotit varyasyonlarının NASH patogenezi üzerindeki etkisinin daha geniş çalışma gruplarında araştırılmasının önemi anlaşıldı. Atipik paternlere neden olan nükleotit kombinasyonlarının varlığı nedeniyle, kullanılan MnlI PZR-RFLP analizinin, T16189C polimorfizmini tespit etmekte hassas bir yöntem olmadığı ortaya çıkarıldı. mtDNA T16189C varyantını MnlI PZR-RFLP ile araştıranların, doğru sonuçları bildirmek adına yayınlarını revize etmesi gerektiği anlaşıldı.

Abstract:
Aim: In this study, the relationship between non-alcoholic steatohepatitis (NASH) and common variants such as T16189C in the mitochondrial DNA (mtDNA) control region was investigated. Materials and Methods: We matched 150 NASH and 150 healthy controls for age and sex. We detected mtDNA np 16189 genotypes by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis with MnII enzyme and identified mtDNA control region (np 15911-16540) variations by direct sequencing analysis. Findings: There was no significant difference between groups for T16189C polymorphism, but we individuals with atypical RFLP banding patterns were identified and classified. A novel mutation (C16053G), two new heteroplasmic variations (16234 C-CT; 16256 C-CT) were determined. Also, three trinucleotide polymorphisms (C16294-C16295-C19296, TTT; C16187-C16188-T16189, TAC; C16187-C16188-T16189, TGC) were found. All of the participants were H2a2a1 haplotype. Among these variations, there were statistically significant some of the nucleotide variations in the mtDNA control region in the NASH group. Results: It was understood that the effect of nucleotide variations on the pathogenesis of NASH in the mtDNA control region should be investigated in larger study groups. Due to the presence of nucleotide combinations causing atypical patterns, the MnII PCR-RFLP assay used was found to be non-sensitive to detect T16189C polymorphism. It was understood that those who studied the T16189C variant with MnlI PCR-RFLP should revise their publications to report the correct results.