Escherichia coli klinik izolatlarında blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M Genlerinin polimeraz zincir reaksiyon yöntemiyle belirlenmesi
Determination of blaTEM, blaSHV and blaCTX-M genes by polymerase chain reaction method in Escherichia coli clinical isolates
Yazar: ERSİN KAYA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞEGÜL SARAL
Artvin Çoruh Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli

Özet:
Bilinçsiz antibiyotik kullanımı dirençli bakteri prevalansını artırmakta ve tedavi programlarında sorunlar yaşanmasına neden olmaktadır. Direnç gelişimi nedeniyle hasta ölüm oranları artmaktadır. Çoklu ilaç dirençli bakterilerin neden olduğu enfeksiyonlar ekstra sağlık maliyetlerine neden olmaktadır. Escherichia coli (E. coli) Enterobacteriaceae familyasının bir üyesidir. İnsan ve sıcakkanlı hayvanların gastrointestinal sistemlerinde en çok rastlanan önemli patojenlerden birisidir. E. coli infeksiyonlarının en yaygın görülenleri, üropatojenik izolatların neden olduğu idrar yolu infeksiyonları ve enteropatojenik izolatların neden olduğu ishallerdir. Çalışmamızda kullanılan E. coli izolatları Eylül 2018 ile Ocak 2019 tarihleri arasında Trabzon Fatih Devlet Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarından temin edilmiştir.  158 E. coli izolatının 145'i (%92) idrar, 5'i (%3) yara, 3'ü (%2) aspirat, 3'ü (%2) kan ve 2'si (%1) balgam örneklerinden izole edilmiştir. E. coli izolatların tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi için VITEK 2 sistemi kullanılmıştır. Antibiyotik duyarlılık profillerinin değerlendirilmesi Eucast (Eucast Version 9.0) kullanılarak yapılmıştır. E. coli izolatlarının gliserol stokları yapıldı. PZR için kalıp olarak kullanılacak DNA'lar total DNA izolasyonu ile elde edildi. E. coli izolatlarında blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1 ve blaCTX-M9 genleri PZR yöntemi ile tarandı ve sonuçlar jel görüntüleme cihazı ile görüntülendi. 158 E. coli izolatının antibiyotik duyarlılık profilleri incelendiğinde en yüksek direnç oranı %99,4 ile ampisilene, en düşük direnç oranının ise %1,3 ile ertapeneme karşı olduğu görüldü. PZR sonuçlarına göre, 65 izolatta (%41,1) blaTEM, 3 izolatta  (%1,9) blaSHV, 97 izolatta (%61,4) blaCTX-M1 ve 14 izolatta (%8,9) blaCTX-M9 tespit edildi. TEM+CTX-M1 gen kombinasyonu %26 oranı ile izolatlar arasında en yaygın gen kombinasyondur.

Abstract:
Unconscious antibiotic use increases the prevalence of resistant bacteria and causes problems in treatment programs. Patient mortality rates increase due to resistance development. Infections caused by multidrug-resistant bacteria cause extra health costs. Escherichia coli (E. coli) is a member of the family Enterobacteriaceae. It is one of the most common pathogens in the gastrointestinal systems of human and warm-blooded animals. The most common forms of E. coli infections are urinary tract infections caused by uropathogenic isolates and diarrhea caused by enteropathogenic isolates. The isolates of E. coli used in our study were obtained from the Trabzon Fatih State Hospital Microbiology Laboratory between September 2018 and January 2019. Of the 158 E. coli isolates, 145 (%92) were isolated from urine, 5 (%3) from wound, 3 (%2) from aspirate, 3 (%2) from blood and 2 (%1) from sputum samples. VITEK 2 system was used to identify and to determine antibiotic susceptibility of E. coli isolates. Evaluation of antibiotic susceptibility profiles was performed using Eucast (Eucast Version 9.0). Glycerol stocks of E. coli isolates were made. The DNAs to be used as a template for PCR were obtained by total DNA isolation. In E. coli isolates blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1 and blaCTX-M9 genes were screened by PCR method and the results were visualized by gel imaging device. When the antibiotic susceptibility profiles of 158 E. coli isolates were examined, the highest resistance rate was found to be against ampicillin with 99.4% and the lowest resistance rate was against 1.3% with ertapenem. According to PCR results, blaTEM was detected in 65 (%41.1) isolates, blaSHV in 3 (%1.9) isolates, blaCTX-M1 in 97 (%61.4) isolates and blaCTX-M9 in 14 (%8.9) isolates. TEM + CTX-M1 gene combination is the most common gene combination between isolates with 26% ratio.