Domates bitkisinde Pospiviroid cinsi viroid etmenlerinin varlığının araştırılması ve moleküler karakterizasyonu
Investigation and molecular characterization of viroid agents existance at Pospiviroid genus on tomato plant
Yazar: RUŞEN KIŞLAK
Danışman: PROF. DR. NÜKET ÖNELGE
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışma domates bitkisinde Pospiviroid cinsi viroid etmenlerinin varlığının araştırılması amacı ile yürütülmüştür. Bu amaçla, 2014-2015 yılları arasında toplam      400 adet domates tohum, fide ve yaprak örneği toplanmış ve örneklerin total nükleik asit ekstraktları elde edilmiştir. Pospi1-FW/RE ve Vid-FW/RE yarı-evrensel primer setleri ile yürütülen RT-PCR çalışmalarında, testlenen 398 adet domates örneğinin herhangi bir viroid etmeni ile bulaşık olmadığı tespit edilmiştir. Bunun yanında, saksıda yetiştirilen ''Çeri'' çeşidi iki domates örneğinin Citrus exocortis viroid (CEVd) ile bulaşık olduğu, CEVd etmenine spesifik CEVd-FW/RE primer çifti ile belirlenmiştir. Agaroz jel elektroforezi çalışmalarında bu örneklere ait 371 bp'lik DNA fragmentleri görüntülenmiş ve CEVd ile enfekteli domates izolatları, moleküler açıdan da karakterize edilmiştir. Nükleotid dizilimi analizi sonuçları, NCBI gen bankasına bildirilen bazı domates, turunçgil ve diğer bitki türlerine ait izolatlara % 89-98 oranında sekans benzerliği göstermiştir.
Yürütülen moleküler çalışmalara ek olarak, Citrus exocortis viroid (CEVd) ve Potato spindle tuber viroid (PSTVd) etmenlerinin domates bitkilerinde oluşturabileceği bazı farklı simptomları gözlemlemek için, bir mekanik inokulasyon uygulaması gerçekleştirilmiştir. 
İlk simptomlar inokulasyondan yaklaşık 30-35 gün sonra, her iki viroid etmeni için de; bodurlaşma, yaprak epinastisi, yaprak kıvrılması ve bitki yapısında bozulmalar olarak belirmiştir.

Anahtar Kelimeler: Viroid, Domates, Pospiviroid, RT-PCR, Mekanik İnokulasyon

Abstract:
This study was conducted to investigate viroid agents existance at Pospiviroid genus on tomato plant. For this purpose, between 2014-2015 years totally 400 tomato seeds, seedlings and leaves samples were collected and total nucleic acid extracts of these samples were obtained. In RT-PCR studies which were carried out by Pospi1-FW/RE and Vid-FW/RE semi-universal primer sets, any viroid infection was detected in 398 tomato samples. On the other hand, two tomato samples which were grown in flowerpot on ''Çeri'' cultivar, found infected with Citrus exocortis viroid (CEVd) by CEVd-FW/RE spesific primer pair. In agarose gel electrophoresis studies, 371 bp of DNA fragments were shown belong to these samples. CEVd infected tomato isolates were also characterized molecularly. Analysis of nucleotid aligments results showed % 89-98 sequence similiarity rates to some tomato, citrus and other plant species reported to NCBI Genbank database.
In addition to molecular studies, to observe some different symptoms of Citrus exocortis viroid (CEVd) and Potato spindle tuber viroid (PSTVd) agents on tomato plants, a mechanical inoculation application was performed. First symptoms were pointed out approximately 30-35 days later from inoculation, for both viroid agents; as stunting, leaf epinasty, leaf curling and malformation of plant structure.

Keywords: Viroid, Tomato, Pospiviroid, RT-PCR, Mechanical Inoculation