Kaz dağı (Çanakkale, Türkiye) endemik bitkilerinden bazılarının dna barkodlaması
Dna barcoding of some endemic Ida mountain (Çanakkale, Turkey) plants
Yazar: MELTEM TEZCAN
Danışman: DOÇ. DR. CÜNEYT AKI
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics
Dizin: Barkod = Barcode ; Biyoinformatik = Bioinformatics ; DNA = DNA ; Digitalis = Digitalis ; Sideritis trojana = Sideritis trojana

Özet:
Bu çalışmada Kazdağı endemik bitkilerinden Sideritis trojana Bornm. (Lamiaceeae) ve Digitalis trojana Ivan. (Scrophulariaceae) türlerinin DNA barkodlaması yapılmıştır. DNA barkodlaması çalışması için matK (Maturase) geni ve trnH- psbA genler arası bölge seçilmiştir. Genç yaprak dokularından DNA ayrıştırılması yapılmış, matK geni ve trnH- psbA genler arası bölgeye özgü primerlerle PCR çoğaltımı sağlanmıştır. İlgili bant Agaroz jel elektroforeziyle UV altında görüntülenmiştir. Bantı veren PCR ürünü için hizmet alımı yapılmıştır. Türlere ait dizilerin eldesinden sonra gerekli programlar kullanılarak hem diziler yoluyla elde edilen sınıflandırma klasik taksonomi ile karşılaştırılmış, hem diziler baz alınarak Kazdağı endemik bitkilerinin diğer bitkiler ile ilişkisi araştırılmış hem de ilgili gen bölgelerinin öz barkod olabilme olasılıkları tartışılmıştır. Türlerin kendi familyalarına ait türlerle sıralamaları CLUSTALW2 ve T-COFFEE ?Multiple Sequence Alignment? programları kullanılarak yapılmış, S. trojana ve D. trojana türleri ile sıralanacak türlerin dizileriyse BLAST programından seçilmiştir. Türlere ait DNA barkod temelli ağacın eldesi için MEGA 4.1 programı kapsamında Neighbor Joining metodu ve Kimura-2-Parametresi kullanılmıştır.Elde edilen sonuçlar doğrultusunda türlere ait diziler kullanılarak elde edilen DNA barkod temelli ağaç sınıflandırılmaları ile türlerin klasik taksonomik sınıflandırılmasının uyumlu olduğu gözlemlenmiştir. Örnekler doğrultusunda matK lokusu, sıralama ve DNA barkod temelli ağaç elde etmedeki kolaylığı, genel olarak yeterli değişkenlik içermesi sebebiyle öz barkod bölgesi olarak kullanılabilir. Ancak tür tanımlamasının temel olduğu çalışmalarda matK geninin yeterli değişkenlik içeren başka genlerle kombinasyon halinde kullanılmasının daha iyi sonuç vereceği önerilebilir.Anahtar sözcükler: Sideritis trojana, Digitalis trojana, matK, trnH- psbA, DNA barkodlaması

Abstract:
In this researh, DNA barcoding of Sideritis trojana Bornm. (Lamiaceeae) and Digitalis trojana Ivan. (Scrophulariaceae) which are endemic plants of Ida Mountain were investigated. DNA barcoding process were realized in the matK (Maturase) gene and trnH- psbA intergenic spacer. DNA extracted from the young leaves of endemic plants, PCR amplifications were performed according to the matK (Maturase) gene and trnH- psbA intergenic spacer regions? primers. Concerned PCR zones were observed with agarose gel under UV. The PCR products were sent to MACROGEN company for sequencing. After the sequences were obtained from MACROGEN company, some bioinformatics programmes were used to to compare the classical taxonomical classifications of species with the molecular classifications of the species gathered by DNA barcode based trees. Possibilities of being core barcode region of matK (Maturase) gene and trnH- psbA intergenic spacer were discussed and the relatives of Ida Mountain endemic plants were evalutated with the other plants taken from BLAST. Multiple Sequence Alignment of sequences were performed by using CLUSTALW2 and T-COFFEE programmes. And totally 43 plant sequences were taken from BLAST programme for aligning of these sequences with Ida Mountain endemic plants for DNA barcoding. Neighbor joining method and Kimura two- parameter was used from MEGA 4.1 for obtaining DNA barcode based trees.According to the DNA barcode based tree classifications, molecular classification of species observed consistent with the classical taxonomic classifications of species. matK was more suitable for the plants used in this investigation because of the easiness of the alignment and gathering the tree. It was generally enough to discriminate the species but combination of matK with more variable region can be suggested in the identification-based DNA barcoding investigations.Keywords: Sideritis trojana, Digitalis trojana, matK, trnH- psbA, DNA barcoding.