Klinik örneklerden izole edilen Candida parapsilosis kompleks türlerinin dağılımlarının belirlenmesi, antifungal duyarlılıklarının ve virülans faktörlerinin araştırılması
To determine the distribution of Candida parapsilosis complex species obtained from clinical specimens, to investigate their antifungal susceptibilities and virulence factors
Yazar: NURİ ÇAKIR
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA ALTAY ATALAY
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal duyarlılık testleri = Antifungal sensitivity tests ; Candida parapsilosis = Candida parapsilosis ; Kandida = Candida ; Virülans faktörleri = Virulence factors

Özet:
Amaç: Çeşitli klinik örneklerden izole edilen C.parapsilosis kompleks suşlarının dizi analizi yöntemiyle tanımlanması, türler arasında virülans faktörleri ve antifungal duyarlılık açısından farklarının olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Mikoloji laboratuvarına 2016-2017 yılları arasında gönderilen klinik örneklerin, mantar izolatları standart tanımlama prosedürüne göre ekimi yapıldı. Kromojenik besiyerinde oluşturduğu renge, koloni morfolojilerine ve mısır unu/Tween-80 besiyerindeki mikroskobik görünümlerine göre Candida parapsilosis kompleks olarak tanımlanan 42 izolat, API 20C AUX test sistemi ile doğrulandı. Klinik izolatlarıın DNA dizi analizinde, ITS1/ITS4 primerleri dışında V9G ileri ve LS geri primerleri de kullanıldı. Virülans faktörleri olarak, biyofilm oluşumu, esteraz, fosfolipaz ve proteaz aktiviteleri değerlendirildi. Antifungal duyarlılıkları, kolorometrik mikrodilüsyon yöntemi olan"Sensititre Yeast One Test Panel Y06'' kiti ile araştırıldı. 
Bulgular: Toplam 42 suşun 41 tanesi Candida parapsilosis sensu stricto olarak tanımlanırken sadece bir tanesi C.orthopsilosis olarak tanımlandı. C.parapsilosis sensu stricto suşlarının 31'inde (%75.6) biyofilm oluşumu gözlendi. altısında (%14.6) esteraz, dokuzunda (%21.9) fosfolipaz aktivitesi ve 31'inde (%75.6) proteaz aktivitesi pozitif iken, C.orthopsilosis suşunun tüm virülans faktörleri negatif olarak bulundu. Candida parapsilosis sensu stricto suşlarının hepsi, amfoterisin B'ye, ekinokandinlere ve flusitozine duyarlı olarak bulundu. EUCAST versiyon 9.0'a göre; Candida parapsilosis sensu stricto suşlarının posakonazole 30'u duyarlı ve 11'i dirençli, vorikonazole 34'ü duyarlı ve yedisi dirençli, itrakonazole 32'si duyarlı ve dokuzu dirençli, flukonazole 30'u duyarlı ve 11'i dirençli olarak saptandı. CLSI M27- S4'e göre; 41 Candida parapsilosis sensu stricto suşunun 35'i vorikonazole duyarlı, üçü doza bağlı duyarlı ve üçü dirençli, 29'u flukonazole duyarlı, biri doza bağlı duyarlı ve 11'i dirençli olarak bulundu. CLSI M27- S3'e göre ise; 33'ü itrakonazole duyarlı, sekizi doza bağlı duyarlı bulunurken, itrakonazole dirençli suş saptanmamıştır.
Sonuç: Çalışmamızda, C.parapsilosis kompleks içinden en sık izole edilen türün çok büyük oranlarda C.parapsilosis sensu stricto olması ve türler arasında antifungal duyarlılık açısından anlamlı farkların bulunmaması nedeniyle, bu türlerin tanımlanmasında moleküler yöntemlerin kullanılmasının rutin laboratuvar uygulamalarında etkin olmayacağı kanaatine varılmıştır. 
Anahtar kelimeler: Candida parapsilosis kompleks, C.parapsilosis sensu stricto C.orthopsilosis, C. metapsilosis, virülans, antifungal duyarlılık

Abstract:
Aim: It's aimed to identify isolated C.parapsilosis complex species by sequence analysis method in various clinical specimens, to investigate whether there were differences in virulence factors and antifungal susceptibility between species.
Materials and Methods: Fungal isolates from clinical specimens sent to the mycology laboratory between years 2016-2017 were inoculated by standard identifying procedure. 42 isolates, identified as Candida parapsilosis complex by their colony colour and morphology in chromogenic medium and their microscobical appearance in corn meal agar/Tween 80, confirmed by API 20C AUX test system. In DNA sequence analysis of clinical isolates, except ITS1/ITS4 primers, V9G forward and LS reverse primers were also used. Biofilm formation, esterase, phospholipase and protease activities were evaluated as virulence factors. Antifungal susceptibilities were investigated by "Sensititre Yeast One Test Panel Y06'' kit as a colorimetric microdilution method.
Results: 41 of 42 species were identified as C.parapsilosis sensu stricto, only one of them was C.orthopsilosis. 31 of C.parapsilosis sensu stricto species (75.6%) showed biyofilm formation. 6 of them (14.6 %) were esterase positive, 9 of them (21.9 %) were phospholipase positive and 31 of them (75.6 %) were protease positive but all virulence factors were negative in C.orthopsilosis. Candida parapsilosis sensu stricto species were found sensitive to amphotericin B, echinocandins and flucytosine. Due to EUCAST version 9.0; 30 of the Candida parapsilosis sensu stricto species were sensitive and 11 of them were resistant to fluconazole, 34 of them were sensitive and 7 of them were resistant to voriconazole, 32 of them were sensitive and 9 of them were resistant to itraconazole, 30 of them were sensitive and 11 of them were found resistant to fluconazole. Due to CLSI M27- S4; 35 of  41 Candida parapsilosis sensu stricto species were sensitive, 3 of them were dose-related sensitive and 3 of them were resistant to voriconazole, 29 of them were sensitive, 1 of them was dose-related sensitive and 11 of them were found resistant to fluconazole. Due to CLSI M27- S3; 33 of them were sensitive, 8 of them were dose-related sensitive and no species were found resistant to itraconazole.
Conclusion: In our study the most frequent specy was C.parapsilosis sensu stricto in C.parapsilosis complex and there were no significant differences in terms of antifungal sensitivity between species, so; we conclude that using molecular methods for identifying these species may not be effective in routine laboratory practice.
Key Words: Candida parapsilosis complex, C.parapsilosis sensu stricto C.orthopsilosis, C. metapsilosis, virulence, antifungal susceptibility