Servikal kanserlerin tanısında ve gelişim sürecinde mirna tabanlı biyobelirteçlerin tanımlanması
Determination of mirna based biomarkers in diagnosis and prognosis of cervical cancers
Yazar: AYŞEGÜL YÜCEL POLAT
Danışman: DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Servikal skuamoz hücreli karsinom (SCC) kadınlar arasında yaygın olarak görülen 
kanserlerdem biridir. Pap Smear ve HPV DNA testi SCC'nin öncül lezyonlarının 
belirlenmesinde kullanılan başlıca yöntemler olmasına rağmen tanı verme sıradında yaşanan 
zorlukların aşılması için spesifik ve sensitif moleküler biyobelirteçlerin bulunmasına ihtiyaç 
duyulmaktadır. MikroRNA (miRNA)'lar hedef genlerinin ifadesini düzenleyerek birçok 
kanser tipinin oluşum ve gelişiminde rol oynayan kodlanmayan RNA molekülleridir. Birçok 
çalışma ile miRNA ve servikal kanser ilişkisi aydınlatılmaya çalışılsa da şimdiye kadar 
servikal lezyonların tanısında biyobelirteç olarak kullanılabilecek güçlü bir miRNA 
bulunamamıştır. Bu tez çalışmasının amacı; biyoinformatik yaklaşımlar ve deneysel 
analizler bir arada kullanılarak servikal kanser oluşum ve gelişiminde rol oynayan miRNA 
ve hedeflerini ortaya çıkarmaktır. Çalışmanın ilk aşamasında, normal, prekanseröz lezyonlar
ve invaziv kanser gruplarını birbirinden ayırabilen miRNA'lar istatistiksel bir meta-analiz 
yöntemi ile mRNA'lar ise karşılaştırma analizleri ile ortaya çıkarılmıştır. Ardından gruplar 
arasında ifade değişikliği gösteren (DE) mRNA'lar miRNA hedefleri ile karşılaştırılmıştır. 
Bu analizler sonucunda öne çıkan miRNA ve hedef mRNA ifadelerinin gruplar arasındaki 
değişimi sitoloji ve doku örnekleri kullanılarak qRT-PCR ile araştırılmıştır. Bu deneyler 
sonucunda miR-25 ve hedefi olan KLF4 in vitro çalışmalar için aday biyobelirteçlerler 
olarak belirlenmiştir. Hem sitoloji ve hem de doku örneklerinde miR-25 ifadesinin 
prekanseröz lezyonlar ve invaziv kanserde arttığı, KLF4 ifadesinin ise azaldığı bulunmuştur. 
HeLa hücreleri ile gerçekleştirilen in vitro deneylerde ise miR-25 inhibisyonu sonrasında 
KLF4 ifadesinin arttığı, hücre proliferasyonu ve motilitesinin ise azaldığı saptanmıştır. Tüm 
bu bulgular sonucunda, miR-25 ve KLF4'ün servikal kanser oluşum ve gelişiminde önemli 
rolleri olan biyobelirteç adayları olduğu düşünülmektedir.

Abstract:
Cervical squamous cell carcinoma (SCC) is one of the common cancer types among women.
Although Pap smear test and HPV DNA testing are the main methods to detect precursor 
lesions of SCC in clinics, there is a need to reveal more specific and sensitive molecular 
biomarkers to provide more precise diagnosis. MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding 
RNAs that play an important role in the formation and development of many cancer types 
by regulating expression of their targets. While many studies have investigated the 
relationship between miRNAs and cervical cancer, no robust miRNA biomarkers have been 
defined yet for diagnosis of cervical lesions. The aim of the study is to reveal the miRNAs 
and their targets, which have a role in the formation and development of cervical carcinoma.
In this study, we performed a statistical meta-analysis to identify miRNAs and a class 
compassion analysis to evaluate mRNAs with the power to discriminate between normal, 
intraepithelial lesions and invasive cancer samples. Differentially expressed (DE) mRNAs 
were compared with the targets of meta-miRNAs. After bioinfomatics analysis and qRTPCR validations with cytology and tissue samples, we defined miR-25 and its target KLF4 
(Kruppel-like factor 4) as candidate biomarkers for in vitro studies. Our results showed that 
miR-25 expression was significantly higher in precancerous lesions and invasive carcinoma 
while presenting consistent expression patterns in both cytological and FFPE tissue samples. 
In line with this, its direct target KLF4 expression decreased in precancerous lesions in 
cytological samples and also in the invasive cancer group in FFPE tissues. Furthermore, in 
vitro studies showed that mir-25 inhibition decreased proliferation and motility of HeLa cells 
and promoted an increase in the protein level of KLF4. We conclude that inhibition of miR25 may upregulate KLF4 expression and regulate cell proliferation and motility in cervical 
cancer.