Yeni nesil dizileme yaklaşımı ile NRP-1 ve SCOS-1 gen polimorfizmleri ve COVID-19 hastalık seyri arasındaki olası ilişkinin araştırılması
Investigation of possible association between next generation sequencing approach and NRP-1 and SCOS-1 gene polymorphisms and COVID-19 disease
Yazar: MAYA AHMADOVA
Danışman: PROF. DR. ERTAN MAHİR KORKMAZ ; PROF. DR. ERGÜN PINARBAŞI
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Halk Sağlığı = Public Health

Özet:
COVID-19, küresel bir endişe kaynağı oluşturarak 2020 yılında Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından pandemi ilan edilmiştir. Bu virüs, yakın temas yoluyla hızlı bir şekilde yayılma potansiyeline sahip olup, semptomlar genellikle hafif seyretse de, şiddetli durumlar da gözlemlenebilmektedir. Enfekte olan bireylerde görülen kuru öksürük, ateş ve yorgunluk gibi yaygın semptomlarla birlikte, ölümcül ARDS ve septik şok gibi ciddi klinik sonuçlar ortaya çıkabilmektedir. Virüsün S glikoproteini, konak reseptörlerine bağlanma ve membran füzyonu süreçlerinde kilit bir rol oynamaktadır. COVID-19 enfeksiyonunun yaş, diyabet, obezite, kardiyovasküler ve serebrovasküler hastalıklar gibi faktörlerle ilişkilendirilerek enfeksiyon riskini arttırabildiği bilinmektedir. Bu hastalığın patojenik mekanizması genellikle sitokin fırtınası olarak adlandırılan aşırı inflamasyon ve doku hasarı ile bağlantılıdır. Son dönemde yapılan araştırmalar, genetik faktörlerin COVID-19 enfeksiyonunun ciddiyetini ve sonuçlarını etkileyebileceğini göstermektedir. Bu bağlamda, Nöropilin-1 (NRP-1) ve Sitokin Sinyali Baskılayıcısı (SOCS-1) proteinlerinin ifade seviyelerinin önemli bir rol oynadığı belirlenmiştir. Bu tez, daha önce NRP-1 ve SOCS-1 genlerinde tanımlanmış olan rs2228638, rs10080 ve -1478CA>del polimorfizmleri ile COVID-19 arasında potansiyel risk faktörleri olup olmadığını araştırmayı amaçlamıştır. Yapılan araştırmada, özellikle NRP-1 genine ait olan rs1044210, rs10827206, rs10080 ve SOCS-1 gen bölgesine ait olan -1478CA>del polimorfizmleri arasında gruplar arasında anlamlı istatistiksel farklılıklar tespit edilmiş ve bu bulgular titiz bir şekilde değerlendirilmiştir. Bu anlamlı farklılıkların, söz konusu genetik varyasyonların COVID-19 enfeksiyonunun şiddeti ve seyri üzerinde potansiyel bir etkiye sahip olabileceğini düşündürmektedir. Özellikle, bu polimorfizmlerin bireylerin enfeksiyon duyarlılığı, hastalık süreci ve sonuçları üzerindeki etkileri konusundaki bulgular, genetik faktörlerin hastalık heterojenliği üzerindeki rolünü daha iyi anlamamıza yardımcı olabilir. Bu önemli bulgular, genetik temelli tedavi ve müdahale stratejilerinin geliştirilmesine yönelik gelecekteki çalışmaların kapılarını aralamaktadır.

Abstract:
COVID-19 was declared a pandemic by the World Health Organization (WHO) in 2020, creating a global concern. This virus has the potential to spread quickly through close contact, although symptoms are usually mild, severe conditions can also be observed. Along with common symptoms such as dry cough, fever and fatigue seen in infected individuals, serious clinical consequences such as fatal ARDS and septic shock can occur. The S glycoprotein of the virus plays a key role in the processes of binding to host receptors and membrane fusion. COVID-19 infection is known to increase the risk of infection by being associated with factors such as age, diabetes, obesity, cardiovascular and cerebrovascular diseases. The pathogenic mechanism of this disease is often linked to excessive inflammation and tissue damage, called cytokine storms. Recent research shows that genetic factors can influence the severity and consequences of COVID-19 infection. In this context, it has been determined that the expression levels of the Neuropilin-1 (NRP-1) and Cytokine Signal Suppressor (SOCS-1) proteins play an important role. This thesis aims to investigate whether there are potential risk factors between rs2228638, rs10080 and -1478CA>del polymorphisms and COVID-19, which have previously been identified in the NRP-1 and SOCS-1 genes. In the study, rs1044210, rs10827206, which belongs to the NRP-1 gene in particular, significant statistical differences between the rs10080 and SOCS-1 gene region-1478CA>del polymorphisms were identified and these findings were evaluated meticulously. These significant differences suggest that the genetic variations in question may have a potential impact on the severity and course of COVID-19 infection. In particular, findings on the effects of these polymorphisms on individuals' susceptibility to infection, disease process and outcomes may help us better understand the role of genetic factors in disease heterogeneity. These important findings open the door to future studies for the development of genetic-based treatment and intervention strategies.