Akut myeloid lösemi (AML) ve myelodisplastik neoplazi (MDS) olfularında yeni nesil dizileme (YND-NGS) yöntemi ile genetik değişikliklerin saptanması, dökümlenmesi ve klinik bulguları ile karşılaştırılması
Detection of genetic changes in acute myeloid leukemia(AML) and myelodysplastic neoplasia (MDS) cases using thenext generation sequencing (NGS) method and comparisonwith clinical findings
Yazar: BERKAY ŞİMŞEK
Danışman: PROF. DR. FERİHA PINAR UYAR GÖÇÜN
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Patoloji = Pathology

Özet:
Başta AML olmak üzere myeloid neoplaziler dünyada kansere bağımlı ölümlerin önde gelen sebepleri arasındadır. Geleneksel kemoterapi yaklaşımlarına direnç gösteren, hızlı seyirli ve kötü prognozlu vakalar; bu hastalıkların patogenezinin incelikle irdelenmesini ve sahip oldukları genetik değişikliklere  göre hedefe yönelik tedavilerin araştırılmasını gerekli kılmıştır. Yeni nesil dizileme (YND) yöntemleri bu bağlamda elimzideki veriyi hızlı ve verimli şekilde arttırmaktadır. Çalışmamızda, akut myeloid lösemi (AML) ve myelodisplastik neoplazi (MDS) tanısı alan hastaların YND yöntemi ile somatik gen değişikliklerini tanımlamak, bu değişikliklerin hastaların klinik özellikleri ile olan ilişkilerini tespit etmek ve kişiselleştirilmiş tedavileri için yol gösterici olmak amaçlanmıştır.
Çalışmamızda 2019-2022 yılları arasında bölümümüzde tanı konulmuş 49 AML ve 24 MDS vakası (toplamda 65 kemik iliği ve 8 periferik kan örneği) QIAGEN GeneReader YND sistemi kullanılarak analiz edildi. 
AML vakalarında en sık değişiklik saptanan 3 gen FLT3 (%16,3), RUNX1 (%14,2) ve IDH2 (%14,2) idiMDS vakalarında en sık değişiklik saptanan 2 gen SF3B1 (%25) ASXL1 (%12,5) idi. En çok görülen mutasyon tipleri arasında yaş, cinsiyet ya da sağ kalım yönünden istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmadı. Çalışmamızda gösterdiğimiz AML olgularında 12, MDS olgularında 9 adet varyant, literatürde ilk defa raporlanmaktadır. Ancak genel olarak baktığımızda sonuç olarak, myeloid neoplazilerin mutasyon profilininin doğru ve hızlı bir şekilde değerlendirilmesini, düşük düzeylerde bile ortaya çıkan gen değişikliklerininin tespit edilmesini ve akılcı tedavi kararları alınmasını sağlayan YND yöntemi ile çalışmamızda, AML ve MDS olgularının mutasyon profilinin ve klinik verilerle olan ilişkisinin literatürdeki diğer çalışmalar ile çoğunlukla benzer olduğu görüldü

Abstract:
Myeloid neoplasms, especially AML, are among the leading causes of cancer-related deaths in the world. Cases that are resistant to traditional chemotherapy approaches, that have a rapid course and poor prognosis has necessitated the detailed examination of the pathogenesis of these diseases and the search for targeted treatments according to the genetic changes they have. In this context, new generation sequencing (NGS) methods increase the data we have quickly and efficiently. In our study, we aimed to identify somatic genetic changes in patients diagnosed with acute myeloid leukemia (AML) and myelodysplastic neoplasia (MDS) using the NGS method, to determine the relationships of these changes with the clinical characteristics of the patients, and to provide guidance for their personalized treatment.
In our study, 49 AML and 24 MDS cases (65 bone marrow and 8 peripheral blood samples in total) diagnosed in our department between 2019 and 2022 were analyzed using the QIAGEN GeneReader NGS system.
The 3 genes with the most frequent changes in AML cases were FLT3 (16.3%), RUNX1 (14.2%) and IDH2 (14.2%). The 2 genes with the most frequent changes in MDS cases were SF3B1 (25%) and ASXL1 (12.5%). ) was. No statistically significant difference was detected between the most common mutation types in terms of age, gender or survival. The 12 variants in AML cases and 9 variants in MDS cases that we showed in our study are reported for the first time in the literature. However, in general, as a result the mutation profile of AML and MDS cases and its relationship with clinical data in our study was found to be mostly similar to other studies. With the NGS method, which enables the accurate and rapid evaluation of the mutation profile of myeloid neoplasias, the detection of gene changes occurring even at low levels should be of great help in determining prognosis and possible treatment options of these patients.