ADA 3 proteininin transkripsiyonel regülasyondaki rolü ve diğer transkripsiyonel aktivatörlerle etkileşimleri
Role of the ADA3 protein in transcriptional regulation and its interactions with other transcriptional regulators
Yazar: SEVİL ZENCİR
Danışman: PROF. DR. ZEKİ TOPÇU
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Ökaryotik hücrelerde DNA, histon proteinleriyle etkileşimler oluşturarak kromatin yapısında paketlenmekte ve bu yapılanma gen ekspresyonunun regülasyonu üzerinde önemli etkiler oluşturmaktadır. Hücrede kromatinin yeniden modelleme/modifikasyon aktiviteleri sonucu değiştirilen kromatin yapısı trankripsiyon mekanizmasının bileşenleri tarafından kolaylıkla tanınabilmektedir. Genellikle `adaptör' adı verilen bir protein ailesi, transkripsiyonel aktivatörlerin genel transkripsiyon mekanizması ile etkileşimlerine yardımcı olarak transkripsiyonu kolaylaştırmaktadır. Bu mekanizma içerisinde yer alan ve temel olarak ADA2, ADA3 ve GCN5 proteinlerinden oluşan ADA transkripsiyonel ko-aktivatör kompleksi gen ekspresyonunun düzenlenmesinde önemli roller üstlenmektedir. Bu çalışma, ADA kompleksinin temel bileşeni olan insan ADA3 (human ADA3: hADA3) proteini ile diğer transkripsiyonel regülatörler arasındaki etkileşimlerin belirlenmesini amaçlamış ve sonuçlarımız ilgilendiğimiz proteinin dört yeni etkileşim partneri olduğunu göstermiştir. In vivo sonuçlar vermesi ile öne çıkan bir yöntem olan maya 2 hibrit (Yeast 2 Hybrid: Y2H) yöntemi ile fetal insan beyin cDNA kütüphanesi tarayarak gerçekleştirdiğimiz bu çalışmamız kapsamında hADA3 proteininin etkileşim bölgeleri belirlenmiş ve biyolojik/biyokimyasal deneylerle etkileşimler teyid edilmiştir. Bu etkileşim partnerlerinin analizi, RNA pol II aracılı transkripsiyon mekanizmasında görev alan transkripsiyon komplekslerinin karakterizasyonu konusunda yeni bilgiler kazandırmış olması bakımından önemlidir.

Abstract:
In eukaryotes, DNA is packaged into chromatin by extensive interactions with histone proteins, a phenomenon known to have significant impacts on the regulation of gene expression. In response to this phenomenon, chromatin remodelling and chromatin modifying activities within the cell give rise to an altered chromatin structure accessible to, and recognized by the components of the transcriptional machinery. One family of these proteins, often referred as adaptors, mediators or co-activators facilitate transcription possibly by promoting the interactions between transcriptional activators and general transcriptional machinery. One of the component of this mechanisims ADA transcriptional co-activator complex, composed of ADA2, ADA3, and GCN5 proteins. The aim of this study was to identify new interaction partners of hADA3 protein, a key component of ADA complex, and our results showed four new interaction partners for the protein of our interest. Unlike the conventional techniques, our study employed Yeast 2 Hybrid (Y2H) methodology that differs from the others by detecting in vivo interactions, for screening a human fetal brain cDNA library; we located the regions of importance for interactions and provided biological biochemical data to verify the detected interactions. The analysis of hADA-interacting partners is important in the sense of characterizing the transcriptional complexes which have a function in RNA pol II mediated transcriptional regulation.