Nörofibromatozis tip 1 tanılı hastalarda klinik bulgular ve moleküler analiz sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of clinical findings and molecular analysis results inpatients diagnosed with neurofibromatosis type 1
Yazar: YASEMİN ÜNAL
Danışman: DOÇ. DR. ESRA KILIÇ
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Bilkent Şehir Hastanesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Mutasyon = Mutation ; Nörofibromatozis = Neurofibromatoses

Özet:
Giriş ve Amaç: Nörofibromatozis Tip 1 (NF 1) otozomal dominant geçiĢ
gösteren, cilt ve santral sinir sistemi baĢta olmak üzere pek çok sistemi etkileyen
nörokutanöz bir hastalıktır. Prevalansı 1/2500-3000'dir. NF 1, kromozom 17q11.2
üzerinde yer alan NF1 genindeki inaktive edici mutasyonlar sonucu oluĢur.
ÇalıĢmamızda Nörofibromatozis Tip 1 hastalığı nedeni ile takip edilen çocukların
klinik ve moleküler bulgularının değerlendirilmesi amaçlanmıĢtır.
Gereç ve Yöntem: Bu çalıĢmada Sağlık Bilimleri Üniversitesi Ankara Çocuk
Sağlığı ve Hastalıkları Hematoloji Onkoloji Eğitim AraĢtırma Hastanesi ve Ankara
ġehir Hastanesi'nde izlenen Nörofibromatozis Tip 1 klinik tanı kriterlerini karĢılayan
veya klinik Ģüphe ve aile öyküsü nedeniyle moleküler analizi yapılmıĢ 61 hastanın
bulguları retrospektif olarak incelenmiĢtir.
Bulgular: Hastaların ortanca tanı yaĢı 4 yaĢ (1ay-17 yaĢ), E:K oranı 0.74
bulundu. Tanı kriterlerinin sıklığı cafe-au-lait lekeleri %100, çillenme %34,4,
kutanöz nörofibrom görülme sıklığı %8,2, pleksiform nörofibrom görülme sıklığı
%6,5 idi. Lisch nodülleri %31,4 (17/54), optik yol gliomları %8,2, skolyoz %13,1,
birinci derece aile bireylerinde NF 1 öyküsü ise %62,5 (20/32) oranında saptandı. NF
1 ile iliĢkili diğer klinik durumlardan %21,8 (7/32) oranında boy kısalığı, %3,1
(1/32) oranında makrosefali, %18 oranında öğrenme güçlüğü, %13,1 oranında tümör
geliĢimi, %1,6 oranında hipertansiyon saptandı. 1 hastada Moyamoya hastalığı
mevcuttu. Ekokardiyografik değerlendirmede hastaların %34.4'ünde kardiyak
patoloji saptandı. Kranial manyetik rezonans görüntülemede fokal artmıĢ sinyal
intensitesi %61,1 (33/54), hamartom dıĢı radyolojik bulgular ise %40,7 (22/54)
oranında saptandı. Spinal manyetik rezonans görüntülemede NF 1 ile iliĢkili
olabilecek anormallik 9/17 hastada (%52,9) saptandı. 5 hastada NF-Noonan
sendromu fenotipi mevcuttu. Hastalarımızın 52'sinde (%85,2) NF1 geninde yeni
nesil dizileme yöntemi ile mutasyon saptandı. 52 hastada NF1 geninde toplam 54 
ix
mutasyon saptandı. Saptanan mutasyonların 20'si nonsense (%37), 13'ü missense
(%24), 10'u frameshift (%18,5), 10'u splicing (%18,5), 1'i start loss (%1,8)
mutasyon idi. Frameshift mutasyonlardan 8'i delesyon, 2 tanesi ise insersiyon tipinde
idi. 1 hastada ise MLPA analizi ile tüm NF1 geninde delesyon saptandı.
ÇalıĢmamızda NF 1 kliniği olan hastaların 3 tanesinde (%4,9) SPRED1 gen
mutasyonu saptandı. SPRED1 geninde saptanan mutasyonlardan 2 tanesi (%66,7)
nonsense ve 1 tanesi (%33,3) ise frameshift mutasyon idi. Mutasyonların %71,9'u
patojenik, %21,1'i muhtemel patojenik ve %7'si ise klinik önemi bilinmeyen
değiĢiklik olarak saptandı. ÇalıĢma grubumuzda saptanan toplam mutasyon oranı
%90,1 idi. Bu çalıĢmada daha önce literatürde bildirilmemiĢ NF1 geninde 7 ve
SPRED1 geninde 1 yeni mutasyon saptanmıĢtır.
Sonuç: Sonuç olarak NF 1 hastalığı tanısı esas olarak klinik kriterlere dayalı
olarak konulsa da hastalık bulgularının yaĢa bağlı değiĢkenlik göstermesi nedeni ile
erken tanı avantajı sağlaması, hastalığın seyri ve komplikasyonlarını takip etmeyi
kolaylaĢtırması, atipik vakaların tanısında yardımcı olması açısından genetik testler
tanıda kullanılmalıdır. NGS yöntemi; hedefe yönelik paneller oluĢturularak birden
fazla genin eĢ zamanlı olarak analiz edilebilmesi, çok büyük boyutlu genlerin hızlı
analizine olanak sağlaması, Sanger dizi analizine göre maliyetinin daha düĢük olması
nedeni ile NF 1 hastalığı tanısında yardımcıdır.
Anahtar Kelimeler: Mutasyon, Nörofibromatozis Tip 1, Yeni Nesil Dizileme

Abstract:
İntroduction: Neurofibromatosis Type 1 (NF 1) is an autosomal dominant
neurocutaneous disease that affects many systems, especially the skin and central
nervous system. Its prevalence is 1/2500-3000. NF 1 is caused by inactivating
mutations in the NF1 gene located on chromosome 17q11.2. In our study, it was
aimed to evaluate the clinical and molecular findings of children followed up for
Neurofibromatosis Type 1 disease.
Materials and Methods: In this study, the findings of 61 patients were
retrospectively analyzed who was followed in University of Health Sciences Ankara
Pediatrics Hematology Oncology Training and Research Hospital and Ankara City
Hospital, which met the clinical diagnostic criteria for Neurofibromatosis Type 1 or
whose molecular analysis were performed due to clinical suspicion and family
history.
Results: The median age of diagnosis of the patients was 4 years (1 month to
17 years), and the M:F ratio was 0.74. The frequency of the diagnostic criteria was
cafe-au-lait spots 100%, freckling 34.4%, cutaneous neurofibroma 8.2%, plexiform
neurofibroma 6.5%. Lisch nodules were found in 31.4% (17/54), optic tract gliomas
in 8.2%, scoliosis 13.1%, and NF 1 history in first-degree family members in 62.5%
(20/32). Among other clinical conditions associated with NF 1, 21.8% (7/32) short
stature, 3.1% (1/32) macrocephaly, 18% learning disability, 13.1% tumor
development and 1.6% hypertension were detected. One patient had Moyamoya
disease. In echocardiographic evaluation, cardiac pathology was detected in 34.4% of
the total patients. In cranial magnetic resonance imaging, focal increased signal
intensity was detected in 61.1% (33/54), and non-hamartoma radiological findings
were detected in 40.7% (22/54). An abnormality that may be associated with NF 1 in
spinal magnetic resonance imaging was detected in 9/17 patients (52.9%). NFNoonan syndrome phenotype was present in 5 patients. Mutation in the NF1 gene 
xi
was detected in 52 of our patients (85.2%) by next generation sequencing. A total of
54 mutations in the NF1 gene were detected in 52 patients. Twenty of the mutations
detected were nonsense (37%), 13 missense (24%), 10 frameshift (18.5%), 10
splicing (18.5%) and one of them was start loss (1.8%) mutation. Of the frameshift
mutations, 8 were deletion and 2 were insertion type. In 1 patient, deletion was
detected in the entire NF1 gene by MLPA analysis. In our study, SPRED1 gene
mutation was detected in 3 (4.9%) of the patients with NF 1 clinic. Of the mutations
detected in the SPRED1 gene, 2 (66.7%) were nonsense and 1 (33.3%) was
frameshift mutation. 71.9% of the mutations were pathogenic, 21.1% were likely
pathogenic, and 7% were unknown clinical significance variant. The total mutation
rate detected in our study group was 90.1%. In this study, 7 new mutations in the
NF1 gene and 1 new mutation in the SPRED1 gene were detected, which were not
previously reported in the literature.
Conclusion: As a result, even though the diagnosis of NF 1 disease is mainly
based on clinical criteria, genetic tests are useful in terms of providing the advantage
of early diagnosis, facilitating the follow-up of the course and complications of the
disease and helping in the diagnosis of atypical cases due to the age-related changes
in the disease findings. NGS method is helpful in the diagnosis of NF 1 disease
because it can analyze more than one gene simultaneously by creating targeted
panels, allows rapid analysis of very large genes, and is less costly than Sanger
sequencing analysis.
Keywords: Mutation, Neurofibromatosis Type 1, Next Generation Sequencing