Çocukluk çağı aritmilerinde yeni nesil dizileme teknikleri kullanılarak nokta mutasyonların analizi
Analysis of point mutations using a next generation of sequencing technics in juvenile arrythmia
Yazar: ERDAL FIRAT ÇARALAN
Danışman: DOÇ. DR. TÜRKAN YİĞİTBAŞI
İstanbul Medipol Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Aritmi-kardiyak = Arrhythmia-cardiac ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Kalp = Heart ; Kalp hastalıkları = Heart diseases ; Mutasyon = Mutation ; Çocuklar = Children ; İyon kanalları = Ion channels

Özet:
ÇOCUKLUK ÇAĞI ARİTMİLERİNDE YENİ NESİL DİZİLEME TEKNİKLERİ KULLANILARAK NOKTA MUTASYONLARIN ANALİZİ

Normal kalp ritmindeki bozulmalar Uzun QT, Kısa QT, Brugada, Katekolaminerjik Polimorfik Ventriküler Taşikardi (KPVT) ve Aritmogenik Sağ Ventriküler Taşikardi (ASVT) gibi hastalıklara sebep olmaktadır. Yeni nesil dizileme (YND) teknikleri kullanılarak bakılan genetik mutasyonlar ve elde edilen büyük dataların biyoinformatik araçlarla incelenmesi tanı konmasına katkı sağlamaktadır. Bu çalışmada YND ile elde edilen verilerin  analizinde  kullanılan ACMG, HGMD, ClinVar gibi klinik veri tabanlarının sonuçlarının kıyaslanması amaçlanmıştır. 
Bu amaçla, Mart 2016 - Eylül 2017 tarihleri arasında İstanbul Medipol Üniversitesi Genetik Tanı Merkezi'ne kalpte ritim bozukluğu test istemiyle gelen ≤ 16 yaşında 42 erkek, 30 kadın toplamda 72 kişi çalışma kapsamına alındı. 
Patojenik ve muhtemel patojenik olarak raporlanan 18 varyantdan , ACMG HGMD ve ClinVar sınıflandırmalarında sırasıyla 6, 5 ve 7 tanesi uyumlu bulundu .
Klinik anlamı kesin olmayan varyant (VUS) olarak raporlanan 29 varyantdan, ACMG, ClinVar sınıflandırmasına göre sırasıyla 27 ve 12 tanesi uyumlu bulundu . HGMD veri tabanında VUS sınıflaması yapılmamıştır. 
HGMD ve Clin Var veri tabanlarında bulunmayan 15 varyant ACMG kriterlerine göre 13 tanesi VUS, 1 patojenik ve 1 tanesi muhtemel patojenik olarak değerlendirilmiş ve raporlanmıştır. ACMG den farklı olarak raporlanan 15 varyantın 4 tanesi farklı tanımlanmıştır.
Sonuç olarak; HGMD, Clin Var, ACMG veri tabanları birbirini tamamlamaktadır. Hasta kliniği, hekimin deneyimi, güncel makalelerin henüz veri tabanları tarafından değerlendirilmemiş olması sonuçları değiştirebilmektedir. Laboratuvarın kendi veri bankası sonuçların artması laboratuvar  güvenilirliğini arttıracaktır. 

Anahtar Kelimeler: Ritim bozukluğu, iyon kanalları, yeni nesil dizileme

Abstract:
ANALYSIS OF POINT MUTATIONS USING A NEXT GENERATION OF SEQUENCING TECHNICS IN JUVENILE ARRYTHMIA

Disturbances in normal heart rhythm cause Long QT, Short QT, Brugada, Catecholaminergic Polymorphic Ventricular Tachycardia (CPVT) and Arrhythmogenic Right Ventricular Tachycardia (ARVT). Examination of genetic mutations observed and large data obtained with next generation sequencing (NGS) technics, using bioinformatics tools greatly contribute to the ability to establish diagnoses.The aim of this study is to compare the results of clinic databases such as ACMG, HGMD and ClinVar which are used for analyzing data obtained with NGS. 
For this aim, a total of 72 individuals, consisting of 42 male individuals and 30 female individuals, requesting cardiac arrythmia tests in Istanbul Medipol University's Genetic Diagnostics Center were included in the study. These individuals are at or below 16 years old. 
Among the 18 variants reported as "pathogenic" and "possible pathogenic", six, five and seven individuals respectively were found to be in line with ACMG, HGMD and ClinVar classifications.
Of the 29 variants which were reported as variant of uncertain significance (VUS), 27 and 12 respectively were found to be in line with ACMG and ClinVar classifications. HGMD database does not include a VUS classification. 
15 variants who are not included in HGMD and ClinVar databases were evaluated according to ACMG criteria. 13 of these variants were evaluated and reported as VUS, one as pathogenic and one as possible pathogenic. Four of the 15 variants, which weren't reported in line with ACMG, were defined differently.
As a result, the HGMD, ClinVar and ACMG databases complement each other. The results of this study might be subject to variances in patient clinics, physician's level of experience and the fact that current articles are not yet evaluated using databases. Gradual accumulation of the laboratory's own database results will increase laboratory reliability. 
Key Words: Arrythmia, ion channels, new generation sequencing