Erwinia amylovora'nın farklı konukçulardan izole edilen plazmit DNA'ların patojenisiteleri açısından değerlendirilmesi
Evaluation of plasmid DNA from Erwinia amylovora isolated fromdifferent hosts in terms of their pathogenicity
Yazar: ESMA NİLGÜN BAYUK
Danışman: PROF. DR. KUBİLAY KURTULUŞ BAŞTAŞ
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışma, Erwinia amylovora'nın neden olduğu ateş yanıklığı hastalığının moleküler düzeyde anlaşılmasına katkıda bulunmayı amaçlamaktadır. Erwinia amylovora, Rosaceae familyasına ait yaklaşık 200 türde enfeksiyon yapabilen ve dünya çapında yumuşak çekirdekli meyve yetiştiriciliği için büyük bir tehdit oluşturan polifag bir patojendir. Bu patojen, farklı konukçular ve antibiyotik direncine bağlı olarak çeşitlilik gösterebilen birçok strain içermektedir.  Erwinia amylovora hücrelerinde bulunan plazmidler, küçük, dairesel ve çift zincirli DNA molekülleri olarak tanımlanır. Bu plazmidler genellikle bakteriler için antibiyotik ve bakır direnci gibi genetik avantajlar sağlayan genleri taşır. Son araştırmalar, E. amylovora'nın plazmid DNA içeriğinin çeşitlilik gösterebildiğini ortaya koymuştur. Plazmidler, bakterinin ek fonksiyonlar kazanmasına yardımcı olur ve bu fonksiyonların belirlenmesi, hastalıkla mücadele stratejilerinin geliştirilmesinde kritik bir rol oynayabilir. Bu çalışmanın amacı, farklı konukçulardan izole edilen E. amylovora izolatlarının çeşitli plazmidlerin varlığını belirlemekti. Ancak, gerçekleştirilen patojenite testleri ve plazmid izolasyonları sonucunda, tüm izolatlarda yalnızca pEA29 plazmidine rastlanmıştır. Ayrıca, pEA29 plazmidinin kesilmesinde kullanılan BamHI ve HindIII restriksiyon enzimleriyle yapılan analizler de benzer şekilde pEA29 plazmidinin varlığını doğrulamıştır. Bu bulgular, E. amylovora'nın patojenitesinin altında yatan mekanizmaların anlaşılmasına ve bu patojene karşı daha etkili mücadele stratejilerinin geliştirilmesine katkıda bulunacaktır.

Abstract:
This study aims to contribute to the molecular understanding of the fire blight disease caused by Erwinia amylovora. Erwinia amylovora is a polyphagous pathogen that can infect approximately 200 species in the Rosaceae family and poses a significant threat to soft-skinned fruit cultivation worldwide. This pathogen contains many strains that can vary based on different hosts and antibiotic resistance. The plasmids found in E. amylovora cells are small, circular, and double-stranded DNA molecules. These plasmids typically carry genes that provide genetic advantages such as antibiotic and copper resistance to the bacteria. Recent research has revealed that the plasmid DNA content of E. amylovora can be diverse. Plasmids help the bacterium acquire additional functions, and identifying these functions can play a critical role in developing disease control strategies. The goal of this study was to identify the presence of various plasmids in E. amylovora isolates obtained from different hosts. However, pathogen tests and plasmid isolations conducted during the study revealed that only the pEA29 plasmid was present in all isolates. Additionally, analyses using the restriction enzymes BamHI and HindIII, which were employed to cut the pEA29 plasmid, similarly confirmed the presence of the pEA29 plasmid. These findings will contribute to understanding the mechanisms underlying E. amylovora's pathogenicity and developing more effective control strategies against this pathogen.