Entomopatojenik nematodlarla (Steinernema ve Heterorhabditis) simbiyotik yaşayan Xenorhabdus ve Photorhabdus bakterilerinin tanımlanması
Identification of symbiotic bacteria Xenorhabdus and Photorhabdus associated with entomopathogenic nematodes (Steinernema and Heterorhabditis)
Yazar: ŞEBNEM HAZAL GÜLŞEN
Danışman: DOÇ. DR. HATİCE KATI
Giresun Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu tez çalışması kapsamında Güney Afrika Cumhuriyeti topraklarından izole edilmiş olan 123 entomopatojenik nematod izolatıyla mutualistik ilişkili olan bakterilerin izolasyonu ve moleküler olarak tanımlanması yapılmıştır. Tüm bakteri izolatlarının tür teşhislerinde ve filogenetik ağaçların çiziminde RecA gen bölgesi sekansları kullanılmıştır. Toplam 890 baz çiftinden oluşan RecA gen bölgesi, recA-F (5´-GCTATTGATGAAAATAAACA-3´) ve recA-R (5´-RATTTTRTCWCCRTTRTAGCT-3´) primerleri kullanılarak PCR yöntemiyle çoğaltılmıştır. Yapılan RecA gen bölgesi analiz sonuçlarına göre Steinernema cinsi nematodlardan izole edilen Xenorhabdus bakterilerinin 53 suşunun birbirlerine oldukça yakın gruplar olduğu, ancak bunların daha önce tanımlanmış Xenorhabdus türlerinden ise oldukça farklı bir grubu temsil ettiği belirlenmiştir. Elde edilen veriler SGI-145 izolat numarasıyla gösterilen bakteri suşunun X. miraniensis türüne, 16 suşun ise X. khoisanae türüne ait olduklarını göstermiştir. Ayrıca 5 izolatın (SGI-220, SGI-226, SGI-221, SGI-238 ve SGI-249) X. indica,  3 suşun (NWGA-7, NWGA-33 ve SGI-145-b) ise X. bovienii türüne ait oldukları belirlenmiştir.
Oluşturulan Photorhabdus cinsine ait filogenetik ağaç bakteri suşlarının büyük bölümünün Photorhabdus luminescens türüne ait olduklarını ancak bu suşların P. luminescens türünün farklı alttürleri olabileceğini göstermiştir. Bunun yanı sıra sadece bir adet izolatın (SGI-193) P. luminescens subsp. thracensis türüne ait olduğu belirlenmiştir.
Sonuç olarak elde edilen moleküler veriler Güney Afrika izolatları arasında en azından bir tane yeni Xenorhabdus türünün ve Photorhabdus luminescens türüne bağlı yeni birkaç alttürün olduğunu ortaya koymuştur.

Abstract:
Isolation and molecular identification of 123 mutualistic bacterial isolate associated with entomopathogenic nematodes recovered from The Republic of South Africa soil samples were carried out. Species identification and phylogenetic analysis of all bacterial isolates were subsequently performed on the basis of RecA sequences. A 890 bp region of the recA gene was amplified by PCR using the following primers: recA-F (5´-GCTATTGATGAAAATAAACA-3´) and recA-R (5´-RATTTTRTCWCCRTTRTAGCT-3´). RecA analyses showed that 53 of Xenorhabdus bacterial strains isolated from the genus Steinernema were all closely related to each other and most distantly related to known species. SGI-145 was similar to X. miraniensis and 16 strains were belong to  X. khoisanae species. It was determined that 5 of the strains (SGI-220, SGI-226, SGI-221, SGI-238 and SGI-249) were similar to X. indica and 3of the strains (NWGA-7, NWGA-33 and SGI-145-b) were  closely related to X. bovienii species.
Rec A sequences resolved all Photorhabdus species. Most of the novel strains was belong to P. luminescens species but might represent novel subspecies. Only one isolate (SGI-193) was identified as P. luminescens subsp. thracensis. 
As a result, the data obtained from molecular analyses showed that there are at least one new Xenorhabdus species and several new subspecies belong to Photorhabdus luminescens species in South African bacterial isolates.