Irak'ta bazı genetik ve bağışıklık sinyalleri kullanılarak SARS-CoV-2 hastalarının bakteriyolojik ve immünolojik çalışması
Bacteriological and immunological study of SARS-CoV-2 patients in Iraq using some genetic and immune signals
Yazar: SAHAR ABDULWAHHAB ABDULWAHID ALSAMARAI
Danışman: DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN ; DR. ÖĞR. ÜYESİ WAQAS SAADİ MAHMOOD
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmanın amacı, COVID-19 hastalarında akciğer enfeksiyonuna neden olan ikincil 
bakterileri değerlendirmek ve SARS hastalarında ikincil bakteriyel enfeksiyonla ilişkili 
bağışıklık faktörlerinin yanı sıra, gen ekspresyonunu ve incelenen bağışıklık 
göstergeleriyle ilişkisi ile reaksiyonların duyarlılığını ve özgüllüğünü tespit ederek 
moleküler immünolojik testler için en uygun yöntemi belirlemektir. Bu amaçla, bu 
araştırmaya COVID-19 ile enfekte 236 Iraklı hasta katılmıştır. Tüm hastaların SARS
COV-2 ile enfekte olduğu, nazofarengeal sürüntüden elde edilen polimeraz zincir 
reaksiyonu kullanılarak doğrulanmıştır. Daha ileri analizler için katılımcılardan kan 
örnekleri ve nazofarengeal sürüntü örnekleri tıp uzmanının rehberliğinde toplanmıştır. 
Çalışma grupları hafif enfeksiyonu olan SARS hastaları, ağır ve orta derecede viral 
enfeksiyona bağlı primer akciğer hasarı olan bir grup hasta ve sağlıklı birey olarak 
ayrılmıştır. Daha önce aşılanmış farklı yaşlardaki enfekte hastalardan, demografik veriler, 
semptomlar, komorbidite öyküsü, beslenme alışkanlıkları, ilaç öyküsü, biyokimyasal 
raporlar ve SARS-CoV-2'nin klinik öyküsü, hasta yaşı, cinsiyeti, enfeksiyon süresi ve 
varsa kronik hastalık türü gibi bilgiler elde edilmiştir. Ayrıca, incelenen değişkenleri bu 
türlere göre karşılaştırmak amacıyla, daha önce enfekte olmuş ve aşılanmamış hastaların 
aldıkları aşı türlerini de ayrı bir grup olarak ele alınmıştır. Araştırmaya hamile ve emziren 
kadınların yanı sıra katılmaya istekli olmadığını ifade eden hastalar dahil edilmemiştir. 
Çalışmaya katılanların yaşları 17 ile 89 arasında değişmektedir. Örnekler, enfeksiyon 
varlığını doğrulayan ikincil bakteriyel pnömoni açısından incelenmiştir. Ayrıca bu 
enfeksiyonla ilişkili risk faktörleri belirlenmiş ve bazı immünolojik ve genetik belirteçleri 
değerlendirilmiştir. Farklı bakteri türlerini izole etmek ve tanımlamak için balgam 
örnekleri, nazofarengeal sürüntüler ve oral sürüntüler kullanılmıştır. Erkeklerde sekonder 
bakteriyel pnömoni prevalansının (%67) kadınlara (%35,6) kıyasla daha yüksek olduğu 
görülmüştür. Antimikrobiyal ilaç duyarlılığını değerlendirmek için Kirby-Bauer yöntemi 
kullanılmış ve Mueller-Hinton agara 11 antibiyotik enjekte edilmiştir. TLR-2, ACE-2, 
FASL, RBD, IgG ve IgM seviyelerinin yanı sıra bazı genetik ve immünolojik belirteçleri 
kontrol etmek için enzime bağlı immünosorbent testi (ELISA) tekniği kullanılmıştır. Bu 
belirteçler birbirleriyle ve sekonder enfeksiyonla ilişkili bakterilerle anlamlı ilişkiler 
göstererek aralarında pozitif bir ilişki olduğunu ortaya koymuştur. Çalışmamız 
enfeksiyonla ilişkili bakteri türleri, patojen bakteriler ve mikrobiyom arasında çeşitlilik 
göstermiştir. Bakterilerin direnç ve virülans oranları da kantitatif ve kalitatif yöntemler 
kullanılarak biyofilm testi yoluyla değiştirilmiştir. Moleküler düzeyde, SARS-CoV-2 
genlerinin viral yük ve döngü eşik değerleri değişmiştir. Birkaç gen üzerinde çalışılmıştır. 
Enfekte çalışma örneklerindeki ana banka geninin ekspresyon seviyelerinin yanı sıra, 
başka önemli bir ilişki olmaması koşuluyla, bu moleküler belirteçler ile çalışma 
gruplarındaki immünolojik ölçümler arasındaki ilişki incelenmiştir.

Abstract:
The aim of this study was to evaluate the secondary bacteria causing lung infection in 
COVID-19 patients and to determine the most appropriate method for molecular 
immunoassays by detecting the sensitivity and specificity of the reactions by detecting 
gene expression and its relationship with the immune indicators studied, as well as 
immune factors associated with secondary bacterial infection in SARS patients. To this 
end, 236 Iraqi patients infected with COVID-19 participated in this study. All patients 
were confirmed to be infected with SARS-COV-2 using polymerase chain reaction from 
nasopharyngeal swab. Blood samples and nasopharyngeal swab samples were collected 
from participants for further analysis under the guidance of a medical professional. The 
study groups were divided into SARS patients with mild infection, a group of patients 
with primary lung damage due to severe and moderate viral infection, and healthy 
individuals. From previously vaccinated infected patients of different ages, demographic 
data, symptoms, history of comorbidities, dietary habits, medication history, biochemical 
reports and clinical history of SARS-CoV-2, patient age, gender, duration of infection 
and type of chronic disease, if any, were obtained. In addition, the types of vaccines 
received by previously infected and unvaccinated patients were also considered as a 
separate group in order to compare the variables examined according to these types. 
Pregnant and breastfeeding women, as well as patients who expressed unwillingness to 
participate, were excluded. The ages of the study participants ranged from 17 to 89 years. 
Samples were examined for secondary bacterial pneumonia confirming the presence of 
infection. Risk factors associated with this infection were also identified and some 
immunologic and genetic markers were evaluated. Sputum samples, nasopharyngeal 
swabs and oral swabs were used to isolate and identify different bacterial species. A 
higher prevalence of secondary bacterial pneumonia was observed in males (67%) 
compared to females (35.6%). The Kirby-Bauer method was used to assess antimicrobial 
drug susceptibility and 11 antibiotics were injected into Mueller-Hinton agar. Enzyme
linked immunosorbent assay (ELISA) technique was used to check TLR-2, ACE-2, 
FASL, RBD, IgG and IgM levels as well as some genetic and immunological markers. 
These markers showed significant associations with each other and with bacteria 
study showed diversity among infection-associated bacterial species, pathogenic bacteria 
and the microbiome. Bacterial resistance and virulence rates were also modified through 
biofilm testing using quantitative and qualitative methods. At the molecular level, viral 
load and cycle thresholds of SARS-CoV-2 genes were altered. Several genes were 
studied. The expression levels of the main bank gene in the infected study samples, as 
well as the relationship between these molecular markers and immunological 
measurements in the study groups were examined, provided there were no other 
significant associations.