Sahipsiz köpeklerin ağız mikrobiyotasında arcobacter spp., campylobacter spp. ve helıcobacter spp.'nin kültürel ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of arcobacter spp., campylobacterspp. and helicobacter spp. in the oral microbiotaof stray dogs by cultural and molecularmethods
Yazar: AYŞE BİRSEN GÖKALP
Danışman: PROF. DR. FUAT AYDIN
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu çalışmada, Yozgat Belediyesi Geçici Hayvan Barınağı'nda bulunan sahipsiz köpeklerin ağız boşluğundan alınan fırça örneklerinden Arcobacter spp., Campylobacter spp. ve Helicobacter spp.'nin kültürel ve moleküler yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, rastgele olarak seçilen 88 sahipsiz köpekten toplanan ağız fırça örnekleri, materyal olarak kullanıldı. Arcobacter spp.'nin izolasyonu amacıyla, Cephoperazone-Amphotericin-Teicoplanin (CAT) supplement içeren modified charcoal cefoperazone deoxycholate (mCCD) agara, Campylobacter spp. izolasyonu amacıyla, Skirrow supplement içeren %7 koyun kanlı agara, Helicobacter spp.'nin izolasyonu amacıyla da, Dent supplement ve %7 at kanı içeren Columbia Blood Agara (CBA) direkt ekim yapıldı. Ayrıca, anılan her üç bakterinin izolasyonunda ön zenginleştirme amacıyla, Arcobacter spp. için CAT supplement, Campylobacter spp. için Skirrow supplement ilaveli Brucella Broth'a, Helicobacter spp. için ise %7 at kanı ve Dent supplement ilave edilmiş Brain Heart Infusion yarı katı besiyerine ekim yapılıp, inkubasyona bırakıldı. Ön zenginleştirme işlemini takiben membran filtrasyon tekniğinden yararlanıldı. İnkubasyon süresi sonunda, şüpheli kolonilerin saf kültürleri elde edildi ve fenotipik identifikasyon amacıyla, Gram boyama, hareket, oksidaz, katalaz ve hippurat vb. testleri gerçekleştirildi. Hem kültürel analiz sonrası elde edilen Arcobacter spp., Campylobacter spp. ve Helicobacter spp. izolatlarının identifikasyonu hem de ağız fırça örneklerinden bu etkenlerin saptanması amacıyla yapılan Polimeraz Chain Reaction (PCR) analizlerinde kullanılmak üzere DNA ekstraktları, ticari kit eşliğinde elde edildi. Moleküler identifikasyon amacıyla, genus ve tür spesifik PCR yöntemlerinden yararlanıldı. Kültürel yoklamalar sonucunda incelenen 88 ağız fırça örneğinin 15 (%17)'i Campylobacter spp. yönünden pozitif bulunurken, örnekler Arcobacter spp. ve Helicobacter spp. yönünden kültür negatif saptandı. Yine 88 fırça örneğinin direkt PCR analizi sonucu, 4 (%4.5)'ü Arcobacter spp., 80 (%91)'i Campylobacter spp. ve 30 (%34)'u Helicobacter spp. yönünden pozitif saptandı. Sonuç olarak, insanlar ile fiziksel temas halinde olan sahipsiz köpeklerin ağız mikrobiyotasında Arcobacter spp., Campylobacter spp. ve Helicobacter spp. varlığının, halk sağlığı açısından potansiyel bir risk faktörü olabileceğini düşündürmektedir.

Anahtar Kelimeler: Ağız mikrobiyotası, Arcobacter spp., Campylobacter spp., Helicobacter spp., sahipsiz köpek

Abstract:
In this study, it was aimed to investigate Arcobacter spp., Campylobacter spp. and Helicobacter spp. from brush samples taken from the oral cavity of stray dogs in Yozgat Municipality Temporary Animal Shelter by cultural and molecular methods. For this purpose, mouth brush samples collected from 88 randomly selected stray dogs were used as material. For the isolation of Arcobacter spp. direct inoculation was performed on modified charcoal cefoperazone deoxycholate agar (mCCD) containing Cephoperazone-Amphotericin-Teicoplanin (CAT) supplement; for the isolation of Campylobacter spp. direct inoculation was performed on 7% sheep blood agar containing Skirrow supplement, and for the isolation of Helicobacter spp. direct inoculation was performed on Columbia Blood Agar (CBA) containing Dent supplement and 7% horse blood. In addition, in order to pre-enrich the isolation of these three bacteria, the samples were inoculated to Brucella Broth (BB) supplemented with CAT supplement for Arcobacter spp. and BB supplemented with Skirrow for Campylobacter spp.; and were inoculated to Brain Heart Infusion semi-solid medium supplemented with 7% horse blood and Dent supplement for Helicobacter spp. and left to incubation. Following the pre-enrichment process, membrane filtration technique was used. At the end of the incubation period, pure cultures of suspected colonies were obtained and Gram staining, motility, oxidase, catalase and hippurate tests were performed for phenotypic identification. DNA extracts were obtained with a commercial kit for both the identification of Arcobacter spp., Campylobacter spp. and Helicobacter spp. isolates obtained after cultural examination and Polymerase Chain Reaction (PCR) analysis for the detection of these agents from oral brush samples. Genus and species specific PCR methods were used for molecular identification. Genus and species specific PCR methods were used for molecular identification. As a result of cultural examinations, 15 (17%) of 88 oral brush samples were positive for Campylobacter spp. while the samples were culture negative for Arcobacter spp. and Helicobacter spp. Direct PCR analysis of 88 brush samples showed that 4 (4.5%) were positive for Arcobacter spp., 80 (91%) for Campylobacter spp. and 30 (34%) for Helicobacter spp. In conclusion, it is thought that the presence of Arcobacter spp., Campylobacter spp. and Helicobacter spp. in the oral microbiota of stray dogs in physical contact with humans may be a potential risk factor for public health.
Keywords: Arcobacter spp., Campylobacter spp., Helicobacter spp., oral microbiota, stray dog