Küçük hücreli akciğer kanseri (KHAK) hastalarında retinoik asit reseptör beta geni promotör metillenmesinin araştırılması
Analysis of retinoic acid receptor B gene promotor methylation in SCLC patients
Yazar: AYŞE DEMİRKAN
Danışman: PROF. DR. TURGUT ULUTİN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Onkoloji = Oncology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Küçük Hücreli Akciğer Kanseri (KHAK), akciğer kanserlerinin %20' sini oluşturanoldukça agresif nöroendokrin kökenli bir karsinomdur. Tümör dokuları, preneoplastiklezyonlar ve normal respiratör epitel dokuları kullanılarak yapılan allel tiplemesiçalışmaları Kromozom 3p delesyonunun bu malignitede en sık rastlanan genetik anomaliolduğunu göstermiştir. Bu bölgede bulunan aday tümör baskılayıcı genlerden biri olanRetinoik Asit Resptörü Beta (RAR b) geni, retinoik asit sinyalini nükleusa iletmeksuretiyle hücre büyümesi, farklılaşması yolaklarında etki gösteren bir nükleer hormonreseptörüdür. KHAK tümör dokuları ve hücre soylarında yapılan çalışmalar bu genintümör baskılayıcı gen inaktivasyonunda geçerli bir mekanizma olan DNA metillenmesinemaruz kalarak epigenetik yolla susturulduğunu göstermiştir. RAR b gen metillenmesininKHAK etiyolojisinde erken dönemde rol oynadığı düşünülmekte, fakat tanı, takip vetedavide ne gibi roller oynayabileceği henüz netlik kazanmamıştır. 82 KHAK hastası ve37 sağlıklı kontrole ait DNA örnekleri kulllanılarak RAR b gen metillenmesininaraştırıldığı bu tez projesinde amaç: 1. Bir solid tümör hastalığı olan KHAK'nde kandadolaşan tümör hücrelerine ait genetik materyalin metile olmuş formunun ?MetilasyonSpesifik Polimeraz Zincir Reaksiyonu? yöntemi ile tespit edilebilirliğini görmek, 2.Türkiye'de sınırlı uygulaması bulunan bu yöntemi laboratuvarımızda uygulamak, 3. TürkKHAK hastalarında bu yöntem ile RAR b gen metillenmesi ilişkisini araştırmak veböylece daha ileri çalışmalar için referans bilgi oluşturmaktır. Çalışmamız sonucundaKHAK hasta grubunda %60,97 oranında, sağlıklı kontrol grubunda ise %21,62 (p=0,000)oranında metilasyon bulunmuştur. Hasta grubundaki sonuçlar, bu genin metilasyonu ileKHAK arasındaki ilişkiyi kuvvetlendirirken, kontrol grubundaki sonuçlar literatürdençok farklı olmamakla beraber, beklenenden fazladır. DNA metilasyonu mekanizmasınınyaşam tarzı, beslenme gibi faktörlerden oldukça etkilendiği, düzeltilebilir bir olay olduğuve özelllikle KHAK açısından preneoplastik evrede hatta normal dokuda bulunabilirliğigözönüne alındığında çalışmanın sonuçları daha ileri çalışmalar için referans olacakniteliktedir.Anahtar Kelimeler : Küçük Hücreli Akciğer Kanseri, Retinoik Asit Reseptörü,Metilasyon

Abstract:
Small Cell Lung Cancer (SCLC) is the aggressive neuroendocrine derived carcinoma ofthe lung that has an incidence of %20 among all lung cancers. Genetic data on tumoursamples, cell lines, preneoplastic lesions and normal respiratory epithelium suggestchromosome 3p deletions as the most common abnormality in this disease. Retinoic AcidReceptor b gene which encodes a nuclear hormone receptor responsible for retinoic acidmediated signaling that has an influence on cell growth and differentiation is one of thecandidate tumour supressor genes localized at this region. Experimental data on tumoursamples and cell lines indicate that this gene is inactivated through DNA methylationwhich is a valid mechanism in tumour supressor gene inactivation. RAR b genemethylation is thought to be a frequent and early event in SCLC pathogenesis but itsusage in early diagnosis, therapy and follow-up remains unclear. Peripheral bloodsamples of 82 SCLC patients and 37 healthy controls were analysed for RAR b genemethylation, our aim was; 1. to see the avaibility of detecting methylated geneticmaterial derived from occult tumor cells of a solid tumor using peripheral blood samplesby ?methylation spesific polymerase chain reaction? , 2. to try and apply this newtechnic in our own laboratory, 3. to scan Turkish SCLC patients for RAR b genemethylation in order to constitute a referance data for further studies on this area. In thisstudy, we found RAR b gene to be methylated with ratios of 60,97% and 21,62% inpatiens and controls, respectively (p=0,000). Although results in the patients? groupemphasize the relation between the gene methylation and SCLC, methylation frequencyin healthy controls was slightly higher than other studies. DNA methylation is areversable early event that might be seen in preneoplastik lesions and healthyindividuals, and also it can be easily influenced by factors such as life style and foodconsumption, results of this study can be an important reference data for further studies.Key Words: Carcinoma, Small Cell, Receptors, Retinoic Acid, CpG Islands,Methylation