Plexın C1'in hepatokarsinogenezdeki rolünün araştırılması
Investigation of the role of plexin C1 on hepatocarcinogenesis
Yazar: GÖRKEM ODABAŞ
Danışman: PROF. DR. TAMER YAĞCI
Gebze Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Hepatoselüler karsinom (HCC) karaciğer kanserinin en sık görülen alt tipi olup, dünya çapında kansere bağlı ölümler arasında 3. sıradadır. İlk olarak sinir sisteminde özellikle akson-klavuzluğunu sağlayan bir molekül olarak keşfedilen Plexin C1'in henüz HCC gelişimindeki rolleri araştırılmamıştır.
In silico taramalar sonucunda PLXNC1 transkript seviyesinin normal karaciğer dokusuna kıyasla HCC'de daha yüksek seviyede ifadelendiğini tespit ettik. Ayrıca, Plexin C1'in epitel fenotipli HCC hücre hatlarında mezenkim karakterli olanlara göre daha yüksek seviyede ifade edildiğini gözlemledik. RT-qPCR analizleri ile PLXNC1'in epitel fenotipli hücrelerde çok daha yüksek seviyelerde ifade edildiğini doğruladık.
Plexin C1'e özgül bir monoklonal antikorun (PE4) üretimi hibridoma teknolojisi ile gerçekleştirildi ve spesifikliği western blotlama, immünfloresan görüntüleme ve immün-çöktürme deneyleri ile kanıtlandı. HCC hücre hatlarında gerçekleştirilen western blotlama çalışması ile epitel fenotipli hücrelerde mezenkim karakterli olanlara göre çok daha yüksek seviyede Plexin C1 proteini ifade edildiği ortaya konuldu. Ticari doku mikrodizinlerinde PE4 antikoru ile gerçekleştirilen immünhistokimya çalışması ile Plexin C1 proteininin HCC dokularında normal eşlenik tümörsüz bölgelere kıyasla çok yüksek seviyede ifade edildiği fakat ileri evre HCC vakarında ifadesinin azaldığı görüldü.
PLXNC1'in baskılandığı HCC hücre hatlarında epitel belirteçlerin azalıp mezenkim belirteçlerin arttığı western blotlama ve akım sitometresi ile gösterildi. Ayrıca devam eden fonksiyonel testler ile Plexin C1'in hücre proliferasyonunu ve doxorubisine dirençliliği teşvik ettiği anlaşıldı.
Plexin C1'in HCC'de epitel bir belirteç olduğu ve EMT'yi negatif yönde düzenlediği düşünüldüğünde, HCC'de ilaç uygulamalarının Plexin C1 zemininde değerlendirildiği gelecek çalışmaların HCC'nin klinik yönetimine ışık tutması beklenmektedir.
Bu tez çalışması TÜBİTAK SBAG 119S412 projesi ve Türk Onkoloji Grubu Derneğinin TOG_2014-1 nolu yardımı ile desteklenmiştir.

Abstract:
Hepatocellular Carcinoma (HCC) is the most common type of liver cancers and is the third deathliest cancer among other types. PlexinC1, initially discovered in nervous system as an axon-guidance molecule, has not been investigated in hepatocarcinogenesis.
Insilico analyses showed PLXNC1 transcripts were much higher in HCC when compared to normal liver tissues. Additionaly, higher PLXNC1 levels were observed in epithelial HCC cells compared to mesenchymal ones. These observations were confirmed with RTqPCR assays carried on HCC cells.
Anti-Plexin C1 monoclonal antibody was generated with hybridoma technology and specificity was assessed by western blotting, immunofluorescence and immunprecipitation assays. Western blotting carried out with HCC cells indicated that PlexinC1 protein was abundant in cells with epithelial phenotype while its expression was restricted in cells with mesenchymal characteristics. Immunohistochemical studies were carried out on tissue microarrays using PE4 and found that PlexinC1 was overexpressed in HCC tumors when compared to normal adjacent tissues and that its expression was inversely correlated with the tumor grade.
Western blotting and flow cytometry analyses showed that epithelial markers were decreased while mesenchymal markers were upregulated in PLXNC1 knocked-down HCC clones. Functional tests in these clones confirmed that Plexin C1 supports both the proliferation and doxorubicin resistance.
Because PlexinC1 acts as an epithelial marker and that it negatively regulates EMT, drug efficacy studies in HCC to be carried out on PlexinC1 background can shed light on clinical management of this cancer.
This thesis is supported by TUBITAK SBAG 119S412 and Turkish Association of Oncology Group [TOG_2014-1].