Bacıllus halodurans c-125 alkalin serin proteazının üretimi, karakterizasyonu ve deterjan katkı maddesi olarak kullanımının araştırılması
Production and characterization of bacillus halodurans c-125 alkaline serine protease and investigation of using as detergent additive
Yazar: AŞKIN TEKİN
Danışman: PROF. DR. KAZIM SEZEN
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Mikrobiyal proteazlar en önemli hidrolitik enzimler arasındadır, ticari değere sahiptirler ve çeşitli endüstrilerde uygulama alanları vardır. Dünya genelinde ticari proteazların üçte ikilik kısmı mikroorganizma kaynaklıdır. Alkalin proteazların önemli üreticileri bakteriler, özellikle de Bacillus türleridir. Bu çalışmanın amacı B. halodurans C-125 suşunda bulunan bir alkalin serin proteaz kodlayan BH0855 genini klonlamak, hücre dışı sekiz proteaz geni silinmiş B. subtilis WB800 konak hücresinde üretimini artırmak ve fiziko-kimyasal özelliklerini karakterize etmektir. BH0855 geni 1083 nükleotit olup, 361 amino asit uzunluğunda bir pre-pro-protein enzimi (24-aa sinyal peptit, 69-aa propeptit ve 268-aa olgun peptit) kodlamaktadır. Tahmini moleküler ağırlığı 27,67 kDa ve izoelektrik noktası 9.47'dir. Rekombinant gen bölgesi cat promotoru ve lipA sinyal peptidi içeren pMA0911 mekik vektörüne başarılı şekilde klonlandı ve Bacillus subtilis WB800 suşunda hücre dışı olarak ekspres edildi. Çalışılan gene ait amino asit sekansının en fazla %65,4 oranı ile B. lentus proteazına (PDB ID: 1GCI) benzediği belirlendi. Enzim pH 12 ve 60 °C'de optimum aktivite gösterdi ve geniş bir pH ve sıcaklık aralığında aktifti. Enzim, 60 ° C'de 1 saat ön inkübasyondan sonra başlangıç aktivitesinin yaklaşık %60'ını korudu. Enzim, pH 12'de, 37 °C'de 24 saat'lik ön inkübasyondan sonra başlangıç aktivitesinin %93'ünden fazlasını koruyarak yüksek pH'ta iyi bir stabilite gösterdi. Enzimin Km ve Vm değerleri sırasıyla 0,2899 mg/mL ve 76,12 U/ml olarak hesaplandı. Üretilen proteazın sahip olduğu ekstrem özellikler sebebiyle çeşitli alanlarda özellikle de deterjan endüstrisinde kullanılabilirliği gösterildi.

Abstract:
Microbial proteases are among the most important hydrolytic enzymes and have commercial value and multiple applications in various industries. Two-thirds of commercial proteases worldwide originate from microorganisms. The major producers of commercial alkaline proteases are bacteria, especially Bacillus species. The purpose of this study was to clone BH0855 gene encoding alkaline serine protease (BHASP) from B. halodurans C-125 strain, to enhance its production in B. subtilis WB800, which is deficient in eight extracellular proteases, and characterize its physicochemical properties. BH0855 gene is 1083 nucleotides, encoding a 361 amino acid pre-pro-protein enzyme (24-aa pre-signal peptide, 69-aa pro-peptide and 268-aa mature protein). It has a predicted molecular mass of 27.67 kDa and pI 9.47). The recombinant gene was successfully cloned into a shuttle vector PMA091 under the control of cat promoter and signal peptide LipA and extracellularly expressed in Bacillus subtilis WB800 strain. The deduced amino acid sequence has the highest homology of 65.4% with B. lentus protease (PDB ID:1GCI). The enzyme showed activity in a broad range of pH values and temperatures, with an optimum pH of 12 and a temperature of 60 °C. This enzyme retained nearly 60% of its initial activity after preincubation for 1h at 60 °C. The enzyme showed good stability at high pH, maintaining more than 93% of the initial activity after 24 hours pre-incubation at 37 ° C and pH 12. The Km and Vm values of the enzyme were calculated as 0,2899 mg/mL and 76.12 U/ml, respectively. Due to the extreme properties of the protease, its usability has been demonstrated in various fields, especially in the detergent industry.