2018-2022 yılları arasında COVID-19 öncesi dönem ile COVID-19 dönemindeki kan kültür isteklerinin ve saptanan üremelerin çeşitli parametreler yönünden irdelenmesi
Investigation of blood culture samples and their yields according to several parameters submitted to microbiology laboratory of A training hospital between 2018 and 2022
Yazar: BEKİR ÇOKER
Danışman: PROF. DR. ŞİNASİ TANER YILDIRAN
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Gülhane Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; COVID 19 = COVID 19 ; Enterococcus = Enterococcus ; Kan kültürü = Blood culture ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; Sepsis = Sepsis ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: 2019 yılında ortaya çıkan SARS CoV-2 virüsünün meydana getirdiği pandemi tüm dünyayı etkisi altına almıştır. Pandeminin hastane enfeksiyonlarını ve antimikrobiyal direnci ne yönde etkilediği merak konusudur. Bu tez çalışmasında, salgın öncesi dönemde ve salgın döneminde kan kültürü isteklerinin ve saptanan üremelerin çeşitli parametreler yönünden incelenmesi ve COVID-19 salgınının kan dolaşımı enfeksiyonunda tespit edilen mikroorganizma profilini nasıl etkilediği amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya 1 Ocak 2018 – 31 Aralık 2021 tarihleri arasında Sağlık Bilimleri Üniversitesi Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilmiş kan kültürü örnekleri ile pozitif üreme sinyali veren kan kültürü örneklerine ait sonuçlar dahil edildi. Hastalara ait veriler incelenirken 1 Ocak 2018 – 31 Mart 2020 tarihleri arası dönem COVID-19 salgını öncesi dönem (SÖD), 1 Nisan 2020 – 31 Aralık 2021 COVID-19 salgın dönemi (SD) olmak üzere iki gruba ayrıldı. Salgın döneminde kan kültüründe anlamlı üreme saptanan hastalara ait veriler ise COVID-19 (+) hastalar ve COVID-19 (-) hastalar olmak üzere iki gruba ayrılarak irdelendi. 
Bulgular: Çalışmaya 1 Ocak 2018 - 31 Aralık 2021 tarihleri arasında 4 (dört) yıllık dönemde Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen toplam 75808 kan kültürü örneği dahil edilmiş olup kan kültürü pozitiflik oranı %19,2 bulunmuştur. Dört yıllık dönem içinde kontaminasyon oranı %7 olarak saptanmıştır. COVID-19 salgınına göre kontaminasyon oranları değerlendirildiğinde ise salgın öncesi dönemde kontaminasyon oranı %8 iken salgın döneminde %6,3 olarak bulunmuştur. Salgın döneminde kontaminasyon oranı COVID-19 (-) hastalarda %5 iken COVID-19 (+) hastalarda %9,2 olarak saptanmıştır. Kontaminasyon oranının COVID-19 (+) hastalarda anlamlı düzeyde daha yüksek olduğu görülmüştür (p<0,05). 2018-2022 yılları arası 4 yıllık dönemde en sık izole edilen beş mikroorganizma sırasıyla KNS (%39,2),  Klebsiella pneumoniae (%10,7), Acinetobacter baumannii (%9,2), Escherichia coli (%7,8) ve maya mantarlarıdır (%4,4). SÖD'de en sık izole edilen beş mikroorganizmanın sıralaması KNS (%46,1), K. pneumoniae (%9,6), E. coli (%8), A. baumannii (%5,9) ve mantarlar (%3,7) şeklindeyken; SD'de ise sırasıyla KNS (%31,4), A. baumannii (%13,8), K. pneumoniae (%12), E. coli (%7,5) ve E. faecium (%5,3) şeklinde bulunmuştur. Dört yıllık dönemde tür düzeyinde en çok tanımlanan maya türlerine baktığımızda ilk sırada C. albicans (%37,5) saptanmıştır. Sonrasında sırasıyla C. parapsilosis (%19,8),           C. glabrata (%18,5) ve C. tropicalis (%8,4) olacak şekilde kandidemi etkenlerinin yaklaşık %85'ini bu dört türün oluşturduğu gözlenmiştir. MRSA oranlarını incelediğimizde dört yıllık dönemde toplam MRSA oranı %34,3 olarak saptanmıştır. Salgın öncesi dönem ile salgın dönemi arasında anlamlı bir değişiklik gözlenmemiştir. Fakat salgın döneminde COVID-19 (+) hastalardan gelen kan kültürü örneklerinde izole edilen MRSA (%22,2) oranı, COVID-19 (-) hastalarından (%40,1) anlamlı düzeyde daha düşük bulunmuştur (p=0,047). Dört yıllık dönemde VRE oranı %10,8 bulunmuştur. Salgın öncesi dönem ile salgın dönemi arasında VRE oranlarında anlamlı bir fark saptanmamıştır. Salgın döneminde COVID-19 (+) hastalardan gelen kan kültürü örneklerinde izole edilen VRE (%22,3) oranı, COVID-19 (-) hastalarından (%4,2) anlamlı düzeyde daha yüksek bulunmuştur (p=0,031). 
Sonuç: Salgın döneminde kan kültüründe etken olarak saptanan mikroorganizmaların dağılımının, salgın öncesi dönem ile karşılaştırıldığında değişiklik sergilediği görülmüştür. Özellikle, birçok antibiyotiğe yüksek direnç gösteren A. baumannii ve artan karbapenem direncine sahip K. pneumoniae görülme oranlarında artış saptanmıştır. 
Bu nedenle, kan kültür isteminin özellikle değişen şartlarda optimal tanı ve tedavi yaklaşımını önemli derecede etkileyeceği ve optimal yararı yanında getireceği görülmektedir.

Abstract:
Aim: The SARS-CoV-2 virus pandemic, which began in 2020, has affected the entire world. It will be interesting to see how the pandemic impacts hospital infections and antimicrobial resistance. The aim of this thesis is to investigate the blood culture requests and growths obtained during the pre-pandemic and pandemic periods in terms of various parameters, as well as how the COVID-19 epidemic affects the microorganism profiles detected in bloodstream infections.
Material and Method: This study included the blood culture samples with positive culture results submitted to Medical Microbiology Laboratory, Gülhane Training and Research Hospital at the University of Health Sciences, between January 1, 2018 and December 31, 2021. The data of the patients were divided into two groups: pre-COVID-19 pandemic period (between 1 January 2018 and 31 March 2020) and COVID-19 pandemic period (from 1 April 2020 to 31 December 2021). Patients with significant blood culture growth during the pandemic period were further divided into two groups for analyzing the data both from COVID-19 (+) and COVID-19 (-) patients. 
Results: A total of 75808 blood culture samples submitted to Medical Microbiology Laboratory at Gülhane Training and Research Hospital in a 4-year period between January 01, 2018 and December 31, 2021 were included in this study. The blood culture positivity rate was found to be 19.2%. The contamination rate in the four-year period was determined as 7%. When the contamination rates were compared for the two main study period, it was found that the contamination rate was 8% in the pre-pandemic period and 6.3% for the pandemic period. While the blood culture contamination rate during the pandemic period was found to be 5% in COVID-19 (-) patients, it was 9.2% in COVID-19 (+) patients. It was observed that the contamination rate was significantly higher in COVID-19 (+) patients (p<0.05). For the overall period (2018-2022), the five most frequently isolated microorganisms were found to be CNS (39.2%), Klebsiella pneumoniae (10.7%), Acinetobacter baumannii (9.2%), Escherichia coli (7.8%) and yeast spp. (4.4%). In pre-pandemic period, the five most frequently isolated microorganisms were found to be CNS (46.1%), K. pneumoniae (9.6%), E. coli (8%), A. baumannii (5.9%), and yeast spp. (3.7%). In pandemic period, the most frequently encountered isolates were CNS (31.4%), A. baumannii (13.8%), K. pneumoniae (12%), E. coli (7.5%) and E. faecium (5.3%). When examining the most isolated yeast spp. in four-year period, it was found that C. albicans was leading by 37.5%. Non-albicans Candida spp. were followed by C. parapsilosis (19.8%),        C. glabrata (18.5%) and C. tropicalis (8.4%). These four species constituted approximately 85% of the causative agents of candidemia. The total MRSA rate was found to be 34.3% for the overall period. No significant change in MRSA rates was observed when compared two main study periods each other. However, the rate of MRSA (22.2%) isolated in blood culture samples from COVID-19 (+) patients was found to be significantly lower than that of COVID-19 (-) patients (40.1%) (p=0.047). The VRE rate was found to be 10.8% in the four-year period. There was no significant difference in VRE rates between the pre-pandemic period and the pandemic period. In the pandemic period, the rate of VRE in blood culture samples from COVID-19 (+) patients (22.3%) was found to be significantly higher than that of COVID-19 (-) patients (4.2%) (p=0.031)
Conclusion: In the pandemic period, it was observed that the distribution of microorganisms detected from positive blood cultures exhibited a difference when compared to those of pre-pandemic period. In particular, an increase was detected in the incidence of A. baumannii, which has high resistance to many of the antibiotics, and K. pneumoniae, which has exhibitied an increased resistance to carbapenems.