Klinik örneklerden izole edilen acınetobacter baumannıı izolatlarının epidemiyolojik özelliklerinin değerlendirilmesi
Evaluation of epidemiologic features of acinetobacter baumannii isolated from clinical samples
Yazar: HAKAN KESKİN
Danışman: PROF. DR. F. ALPER TEKELİ
Ankara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Elektroforez = Electrophoresis ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Karbapenemler = Carbapenems ; İntegronlar = Integrons

Özet:
Klinik Örneklerden İzole Edilen Acinetobacter baumannii İzolatlarının Epidemiyolojik Özelliklerinin DeğerlendirilmesiAcinetobacter baumannii hastanelerde özellikle de yoğun bakım ünitelerinde mortalite ve morbiditeyi arttıran, hastane kaynaklı enfeksiyonların önemli bir nedenidir. Bu non-fermentatif, oksidaz negatif, gram negatif, aerobik kokobasil pnömoni, bakteriyemi, idrar yolu enfeksiyonu, yara enfeksiyonu ve menenjit gibi çeşitli fırsatçı enfeksiyondan izole edilebilir.Bu çalışmanın amacı Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İbn-i Sina Hastanesi Merkez Bakteriyoloji laboratuvarına Nisan 2010-Aralık 2011 tarihleri arasında gönderilen kültür örneklerinde üreyen 160 hastaya ait 201 örnekten izole edilen Acinetobacter izolatlarının, klonal ilişkilerini ve epidemiyolojik özelliklerini değerlendirmektir.A. baumannii izolatlarının tanımlanması ve antibiyotik paternleri Vitek 2 (bioMérieux.S.A.Fransa) ve BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD) sistemi ile yapıldı. Çalışmada antimikrobiyal ajan olarak amikasin, siprofloksasin, tetrasiklin, sulbaktam/ampisilin, trimetoprim/sülfametaksazol, seftazidim, gentamisin, imipenem, levofloksasin, meropenem, piperasilin/tazobaktam, sefaperazon/sulbaktam, sefepim, kolistin kullanıldı. A. baumannii antimikrobiyallerin çoğuna dirençli olarak bulundu, kolistin en duyarlı ajan olarak saptandı ve çalışma periyodu sırasında toplanan 201 izolatın 189 tanesi kolistin duyarlı bulundu. Bununla birlikte, A. baumannii izolatlarının beta-laktam antibiyotiklere dirençli oldukları belirlendi. Çalışmamızda Acinetobacter suşlarının ampisilin-sulbaktamla karşılaştırıldığında sefaperazon-sulbaktama daha duyarlı olduğu görüldü. Levofloksasin, siprofloksasin, amikasin ve gentamisine duyarlılık test edilen izolatlarda sırasıyla %2,5, %3, %32 ve %7,5 olarak saptandı.Karbapenem direncine neden olan enzimatik mekanizmalar ve integron taşıyıcılığı PZR yöntemiyle araştırıldı. MBL üretimine neden olan genlere ait sonuçlar negatif bulunurken OXA genleri değişik oranlarda (OXA-51 %100; OXA-23 %91,5; OXA-58 %7; OXA-24 %2) pozitif olduğu görüldü. Türkiye'de sık görülmesi nedeniyle PER-1 taşıyıcılığına bakıldı. Dirence neden olan genlerin gösterilmesi ve izolatlar arasında yayılımını sağlayabildiği için sınıf 1 integron varlığına bakıldı, %55,7 oranında pozitif bulundu.Acinetobacter izolatlarının klonal ilişkisi epidemiyolojik tiplendirmenin altın standardı olarak tanımlanan PFGE yöntemi ile araştırıldı. Acinetobacter baumannii izolatlarının ApaI ile kesilen genomik DNA'sına yapılan PFGE analizi ile dört farklı ana klon görüldü. Ortak bir salgın izolatı saptanmadı. Genotip A'da izolatlarda % 93 (n=27) diğer ana genotiplerde %100 oranında OXA-23 saptandı.Bu çalışma ile A. baumannii karbapenem direncinde OXA-51 ile birlikte bulunan OXA genlerinin önemli bir rol oynadığı gösterildi; çoklu antibiyotik direncinin bu bakteri ile olan enfeksiyonlarda hala önemli bir problem olduğu, dirence neden olan genler ve bu genlerin transferinde rol alan integronlara ilişkin epidemiyolojik veriler sunuldu. Beta-laktam direncine neden olan çeşitli enzimatik mekanizmalar ve izolatlar arasındaki epidemiyolojik ilişkiler araştırıldı.Sonuç olarak çoklu ilaç dirençli A. baumannii izolatlarının hastanemizde de oldukça yaygın olduğu görüldü, bu bakterinin sahip olduğu direnç mekanizmalarına yönelik saptayabildiğimiz epidemiyolojik verilerin hastanemizde ileriye yönelik araştırmalar ve tedavi yöntemleri açısından yararlı olabileceği düşünüldü. Hastanemizde bu çalışmanın devamı olarak enzimatik olmayan direnç mekanizmaları da araştırılıp hastalara ilişkin risk faktörleri de belirlenerek beta laktam ve karbapenem direncinden sorumlu izolatlara ilişkin epidemiyolojik veriler daha da kapsamlı bir şekilde ortaya konabilir.Anahtar Sözcükler: Acinetobacter baumannii, karbapenemaz, moleküler epidemiyoloji, PFGE, sınıf 1 integron

Abstract:
Evaluation of epidemiologic features of Acinetobacter baumannii isolated from clinical samplesAcinetobacter baumannii is a significant cause of hospital acquired infections which raises the rate of mortality and morbidity in health care settings, especially in Intensive Care Units. This non-fermantative, oxidase-negative, gram-negative aerobic cocobacillus may be isolated from various opportunistic infections such as pneumonia, bacteremia, urinary track infection, wound infection and meningitis.The aim of this study was to evaluate the clonal relationship and epidemiologic features of 201 Acinetobacter strains, isolated from various specimens of hospitalized patients between April 2010 and December 2011, at the clinical microbiology laboratuary of Ankara University Medical Faculty of İbn-i Sina Hospital.Identification of isolated A. baumannii and antibiotic susceptibility patterns were performed by Vitek 2 (bioMérieux.S.A,France) and BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD) systems. In this study, amikacin, ciprofloxacin, tetracycline, sulbactam/ampiciline, trimethoprim/sulfamethoxazole, ceftazidime, gentamicin, imipenem, levofloxacin, meropenem, piperacillin/tazobactam, cefoperazone/sulbactam, cefepime and colistin were used as antimicrobial agents. It was seen that A. baumannii was resistant to many of the antimicrobials however colistin was the most susceptible agent against Acinetobacter isolates and 189 of 201 collected samples during the study period were found susceptible to colistin. In addition, it was determined that A. baumannii isolates were resistant to beta-lactam antibiotics. In our study when we compared ampicilin-sulbactam and cefoperazon-sulbactam , it was seen that cefoperazon-sulbactam was more susceptible. The susceptibilities of levofloxacin, ciprofloxacin, amicasin and gentamicin found as %2,5, %3, %32 and %7,5 respectively.Enzymatic mechanisms and integron carrier elements causing carbapenem resistance were searched by the PCR method. The genes encoding metallo beta-lactamases (MBL) production were absent, while OXA genes were present in different rates (OXA-51 %100; OXA-23 %91,5; OXA-58 %7; OXA-24 %2). Because PER-1 is common in Turkey, its presence was analysed. Class 1 integrons were examined based on the ability to capture genes causing resistance, it was found present at the rate of %55,7.The clonal relationship of Acinetobacter isolates was analysed by the pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) method, which is defined as the gold standard of epidemiological typing. In the PFGE analysis of A. baumannii isolates four different major clons were found. No common epidemic isolates were found. OXA-23 was determined in Genotype A isolates at a rate of %93? (n=27) and in other genotypes %100.With this study, it is shown that OXA genes especially together with OXA-51 has a significant role in A. baumannii carbapenem resistance; the multi-drug antibiotic resistance is still a major problem in infections with this bacteria. Genes causing resistance and epidemiological data relevant to integrons having a role in the transfer those genes were presented. Various enzymatic mchanisms causing beta-lactam resistance and epidemiological relationship between isolates have been observed.As a result, it is obvious that multidrug resistant A. baumannii isolates also quite common in our hospital. The epidemiologic data relevant to resistance mechanisms caused by this bacteria is supposed to be helpful for the prospective studies and treatment methods of our hospital. As a continue of this study, in our hospital, non enzymatic mechanisms may be researched and risk factors of patients can be determined to evaculate their relationship with Acinetobacter clones, thus a comprehensive epidemiologic data relevant to those isolates with beta-lactam and carbapenem resistance can be presented.Key Words: Acinetobacter baumannii, carbapenemase, molecular epidemiology, PFGE, class 1 integron