Tavuklarda enterocytozoon bieneusi ve encephalitozoon türlerinin moleküler prevalansı, genotiplendirilmesi ve insan sağlığı açısından risk potansiyelleri
Molecular prevalence, genotyping and risk potential for human health of enterocytozoon bieneusi and encephalitozoon species in chicken
Yazar: NURİ ERCAN
Danışman: DOÇ. DR. ÖNDER DÜZLÜ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Parazitoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Encephalitozoon intestinalis = Encephalitozoon intestinalis ; Enterocytozoon bieneusi = Enterocytozoon bieneusi ; Genotip = Genotype ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Parazit hastalıkları-hayvan = Parasitic diseases-animal ; Prevalans = Prevalence ; Tavuklar = Chickens ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine ; İnsan = Human ; İnsan sağlığı = Human health

Özet:
Bu çalışmada; Kayseri, Kırşehir ve Nevşehir bölgelerinde zoonotik karakterli E. bieneusi ve Encephalitozoon spp. türlerinin tavuklardaki moleküler prevalansı, genotiplendirilmesi ve insan sağlığı açısından risk potansiyellerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Örnekleme bölgelerinde halk elinde yetiştirilen serbest gezen tavuklardan, yumurtacı tavuk ve etlik piliç (broyler) işletmelerinden toplam 300 adet dışkı örneği toplanmış ve gDNA izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen gDNA izolatları, ITS, SSU rRNA ve LSU rRNA gen bölgelerini amplifiye eden tür spesifik ve microsporidia genel primer çiftleri kullanılarak Nested-PCR yöntemi ile incelenmiştir. Analizler sonucu pozitif belirlenen 24 (%8) örnekten E. bieneusi pozitifliği 22 (%7,3) örnekte, Microsporidia sp. pozitifliği ise 2 (%0,7) örnekte tespit edilmiştir. Sekans analizleri sonucu; E. bieneusi izolatlarının iki ayrı genotipte gruplandığı ve en yaygın genotip olarak 21 örnekte (%95) Dünya'da ilk kez rapor edilen ERUNT1 genotipi, bir (%0,5) örnekte ise daha önce aynı bölgede sığırlarda rapor edilen ERUSS1 genotipi olduğu belirlenmiştir. Filogenetik analizler sonucu ERUSS1 genotipinin farklı ülkelerden bildirilen geniş konak aralığına sahip Grup 2 içerisinde, ERUNT1 genotipinin ise zoonotik karakterli genotiplerin sıklıkla yer aldığı Grup 1 içerisinde olduğu tespit edilmiştir. Sekans karakterizasyonu yapılan ve aynı haplotipi paylaşan diğer iki izolatın ise en yakın identikliği %12 genetik farklılıkla GenBank veritabanında Nosema ceranae türüne gösterdiği belirlenmiş olup, Microsporidia sp. olarak kayıt altına alınmıştır. Sonuç olarak, insanlarda ve farklı konaklarda fırsatçı patojen enfeksiyonlarına yol açan E. bieneusi'nin tavuklarda moleküler prevalansı, filogenetik karakterizasyonu ve insan sağlığı açısından oluşturduğu risk potansiyelleri Türkiye için ilk kez ortaya konmuştur.

Abstract:
In this study, it was aimed to determine molecular prevalence, genotyping and evaluate of risk potentials for human health of Enterocytozoon bieneusi and Encephalitozoon spp. species in chickens from Kayseri, Kırşehir and Nevşehir regions. Within the scope of the study, 300 stool samples were collected from free range chickens cultivated in public, laying hens farms and broiler chick farms in sampling areas and gDNA extractions was performed. The obtained gDNA elutions were examined by Nested-PCR method using species specific and microsporidia common primer pairs that amplified ITS, SSU rRNA and LSU rRNA gene regions. The analysis of results revealed that 24 (8%) of the totally examined chicken stool samples were positive comprised 22 (7.3%) E. bieneusi and two (0.7%) Microsporidia sp. Sequence analyses of positive samples indicated the presence of at two genotypes for E. bieneusi isolates. The most common genotype ERUNT1 was determined in 21 samples (95%) and firstly characterized in the world. The remaining positive isolate (0.5%) belonged to ERUSS1 genotype that was previously reported in cattle in the same region. As a result of phylogenetic analyzes, ERUSS1 genotype was found in Group 2 with a wide host range reported from different countries and ERUNT1 genotype was in Group 1, which included many genotypes associated with zoonotic character. The other two isolates characterized by sequencing and sharing the same haplotype exhibited highest identitiy to Nosema ceranae in GenBank with a 12% genetic difference, and recorded as Microsporidia sp. Consequently, molecular prevalence, phylogenetic characterization and risk potentials for human health of E. bieneusi that cause opportunistic pathogen infections in humans and several hosts, has been documented for the first time in Turkey.