N. benthamiana bitkisinin kurutulmuş yapraklarında Bacillus anthracis'in koruyucu antijeni'nin (PA83) deglikosile edilmiş ve mutant formunun stabilite ve fonksiyon aktivite değerlendirilmesi
Evaluation of stability and functional activity of deglycosylated and mutant forms of protective antigen (PA83) of Bacillus anthracis in dried leaves of Nicotiana benthamiana
Yazar: SONER AKBURU
Danışman: PROF. DR. TARLAN MAMMEDOV
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Blotting-western = Blotting-western ; DNA-rekombinant = DNA-recombinant ; Glikoproteinler = Glycoproteins ; Rekombinant protein üretimi = Recombinant protein production

Özet:
Şarbon, hem insanları hem de hayvanları etkileyen Bacillus anthracis bakterisinin kaynaklanan akut bir hastalıktır. B. Anthracis sporlarının üretimi ve salımı nispeten kolaydır. Gram pozitif bir bakteri olan Bacillus anthracis'den kaynaklanan bir zoonotik bir hastalıktır. Rekombinant protein üretimi için birçok farklı sistem vardır. Bunlardan bazıları maya, bitki, böcek, bakteri ve memeli hücre kültürleridir. Bitki ekspresyon sistemi diğer ekspresyon sistemlerine göre birçok avantaja sahiptir. Ökaryotik translasyon sonrası modifikasyon mekanizmasına sahip oldukları için geçici gen ifadesi metodu kullanılır ve istenilen protein çok kısa bir sürede üretilebilmektedir. Bu yaklaşımdan yola çıkılarak PA koruyucu antijeninin deglikozile çalışması yapılmıştır. Bu çalışmada N. benthamiana da deglikozile dPA83-E ve pGR-MQ2 ile infiltre edilen kurutulmuş yapraklar kullanıldı. Ve elde edilen dPA83-E ve pGR-MQ2 deglikozile edilmiş mutantının özelliklerini, N. benthamiana bitkilerinde eksprese kurutulmuş dPA83-E ve pGR-MQ2 birçok yönde stabilizasyon ve karakterizasyon çalışmaların da kullanılma ihtimalleri üzerinde çalışılmıştır. Bu çalışmalar; in vivo deglikozile edilmiş PA83-E ve mutasyona uğramış versiyonlarının N. benthamiana bitkisinde yapılan çalışmada, kurutulmuş örneklerinin western blot ile ekspresyon kontrolü ve kurutulmuş yapraktan proteini çözündürme ve ezme yöntemiyle elde edilmesidir. Bu sonuçların SDS-PAGE ve WESTERN BLOT analizi yapılmıştır. Bu çalışmanın sonunda elde edilen bulgularla stabilizasyon değerlendirmesi, birçok yönde stabilizasyon ve karakterizasyon çalışmaların da kullanılma ihtimalleri üzerinde çalışılmıştır. Tüm sonuçlar incelendiğinde, kurutulmuş yapraklarda protein değerlerinin yaklaşık 1 yıldan fazla stabil kaldığı gösterilmiştir.

Abstract:
Anthrax is an acute disease caused by Bacillus anthracis , which affects both people and animals. The production and release of B. Anthracis spores is relatively easy. It is a zoonotic disease originating from Bacillus anthracis, a gram-positive bacterium. There are many different systems for recombinant protein production. Some of these are plant, insect, bacteria, yeast and mammalian cell cultures. The plant expression system has many advantages over other expression systems. The transient gene expression method is used because they have a modification mechanism after eukaryotic translation, and the desired protein can be produced in a very short time. Based on this approach, deglycosylation of PA protective antigen was performed. Dried leaves infiltrated with deglycosylated dPA83- -E and pGR-MQ2 in N. benthamiana were used in this studies. And the properties of obtained the dPA83- -E and pGR-MQ2 deglycosylated mutant, the possibilities of using stabilization and characterization studies in many directions in N. benthamiana plants were also studied. These studies are; the production of the in vivo deglycosylated PA83 and mutated versions in N. benthamiana plant, expression control of their dried samples by western blot and obtaining of dried leaf protein by dissolution and crushing method. SDS-PAGE and WESTERN BLOT analysis of these results were done. With the findings obtained at the end of this study, the evaluation of stabilization, the possibilities of using stabilization and characterization studies in many directions were also studied. When all results are examined, it has been shown that the protein values of dried leaves have been stable for approximately more than 1 year.