Polikistik böbrek hastalarında pkd1 ve pkd2 geni patojen dizi varyantlarının miRNA'larla ilişkisinin araştırılması
Investigation of the relationship between pkd1 and pkd2 gene pathogenic sequence variants and miRNA's in polycystic kidney disease
Yazar: RUSLAN BAYRAMOV
Danışman: PROF. DR. ÇETİN SAATÇİ
Erciyes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Dizi analizi-RNA = Sequence analysis-RNA ; Gen ifadesi profili = Gene expression profiling ; Genler = Genes ; Mikro RNA = Micro RNA ; Polikistik böbrek hastalıkları = Polycystic kidney diseases ; Sistin = Cystine

Özet:
Otozomal dominant polikistik böbrek hastalığı (ODPBH) en sık görülen polikistik böbrek hastalığıdır. Klasik olarak ODPBH, hastalığa neden olan gene ve klinik bulgulardaki bazı farklara göre 2 tipe ayrılmıştır; tip 1 PKD1 genindeki değişim nedeni ile olup vakaların %85'ini ve tip 2 PKD2 genindeki değişim nedeni ile olup vakaların %15'ini oluşturmaktadır.
Bu çalışmanın amacı, ODPBH tanılı hastalarda hastalıkla ilişkisi bilinen PKD1 ve PKD2 genlerinin yeni nesil dizileme sonuçlarının incelenmesi, patojen varyant saptanan hasta grubu ile sağlıklı kontrol grubu arasındaki serumda dolaşan mikroRNA'larda ekspresyon farkının olup olmadığının, patojen varyant saptanan hasta grubu ile sağlıklı kontrol grubu arasındaki PKD1, PKD2, THRA, WNT9B, NTN1, ITPRIP, ERBB4 genlerinin ekspresyon farkının olup olmadığının ve istatistiksel anlamlı fark bulunan genlerin hastalığın klinik tablosundaki farklılıkları açıklayabilecek yolakların, patojen varyant saptanan hasta grubu ile kontrol grubu arasında serum polisistin-1 ve polisistin-2 protein düzeyleri arasında farkın olup olmadığının araştırılmasıdır.
PKD1 ve PKD2 genleri periferik kandan izole edilen DNA'dan yeni nesil dizileme yöntemiyle tarandı. Seçilmiş genlerin tam kandan, miRNA'ların ise serumdan izole edilen total RNA'larından real-time PCR yöntemiyle ekspresyonlarına bakılmıştır. Proteinlerin serumdaki konsantrasyonları ELİSA yöntemi ile tespit edilmiştir.
Çalışmamızda PKD1 geni nonsens/frameshift patojenik varyant taşıyan hastalarda miR-150-5p, miR-1260a, miR-126-5p, miR-92a-3p, miR-3907 miRNA'larının ve THRA, NTN1, WNT9B genlerinin istatistiksel anlamlı ekspresyon artışı saptanmıştır. Aynı grup hastalarda polisistin-1'in serumda konsantrasyonunun istatistiksel anlamlı olarak azaldığı, ancak PKD2 geni nonsens/frameshift patojenik varyant taşıyan hastalarda polisistin-2 konsantrasyonunun arttığı gözlemlenmiştir.

Abstract:
Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is the most common polycystic kidney disease. Classically, ADPKD is divided into 2 types according to the differences in the disease-causing gene and clinical findings; type 1 is caused by the alterations in the PKD1 gene, accounting for 85% and type 2 caused by alterations in PKD2 gene, accounting for 15% of cases.
The aim of this study was to investigate the NGS results of PKD1 and PKD2, which are known to be related to the disease in patients with ADPKD, to determine whether there is a difference in expression in miRNA's circulating in the serum between the pathogenic variant detected patient and healthy control group. Serum PC1 and PC2 protein levels between the pathogen variant detected patient group and the control group also were investigated. And the expression levels of PKD1, PKD2, THRA, WNT9B, NTN1, ITPRIP and ERBB4 which thought to be role players in the disease-related pathways compared between the groups. 
PKD1 and PKD2 genes were screened by DNA sequencing from peripheral blood samples. RNAs of selected genes were extracted from whole blood and miRNAs were extracted from serum and analysed by real-time PCR. The concentration of proteins in serum was determined by ELISA method.
In our study, statistically significant expression increases of miR-150-5p, miR-1260a, miR-126-5p, miR-92a-3p, miR-3907 and THRA, NTN1, WNT9B genes were detected in patients carrying the PKD1 nonsense/ frameshift pathogenic variant. In the same group of patients, the concentration of PC1 in the serum was statistically significantly reduced, but PC2 in patients with the nonsense/ frameshift pathogenic variant of PKD2 was observed to be increased.