Broiler piliçlerden campylobacter izolasyonu ve genotiplendirilmesi
Isolation and genotyping of campylobacter from broiler chickens
Yazar: SEDA TURTAY
Danışman: PROF. DR. HASAN BASRİ ERTAŞ
Fırat Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genotip = Genotype ; Kampilobakter = Campylobacter ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi = Restriction fragment length polymorphisms ; Tavuklar = Chickens ; Tavuklar = Chickens ; Tavukçuluk = Chicken farming

Özet:
Bu çalışmada, mezbahada kesilen Broiler piliçlerin bağırsak ve safralarından alınan örneklerde Campylobacter coli ve Campylobacter jejuni izolasyonu yapılacaktır. İzole edilen etkenler Polymerase Chain Reaction (PCR) yöntemi kullanılarak identifiye edilecek. İzolatlar arasındaki genetik farklılığı ortaya koymak amacıyla da flagellin genine spesifik yapılan Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) yöntemi ile genotiplendirmeleri yapılacaktır.
Campylobacter türleri insanlarda, gıda infeksiyonu ve intoksikasyonlarına, çiftlik hayvanlarında ise abortuslara neden olmaktadır. Campylobacterler tarafından meydana getirilen bu infeksiyonlarla, etkin bir şekilde mücadele edilebilmesi için etkenin doğru ve hızlı bir şekilde tespit edilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada kullanılacak yöntemler yardımıyla, Campylobacterlerin kanatlılardaki kolonizasyonunu belirlemek amaçlanmaktadır.
Çalışmada 100 adet Broiler tavuktan kesim esnasında, 100 safra ve 100 bağırsak olmak üzere 200 örnek toplanmıştır. Laboratuvarda aseptik koşullarda Campylobacter Blood Free Agar Base (CCDA agar) kullanılarak zenginleştirme yapmadan doğrudan ekim yapılmıştır. Campylobacter şüphesiyle izole edilen kültürler Campylobacter jejuni ve Campylobacter coli spesifik PCR yöntemi ile İdentifiye edilecek ve identifiye edilen kültürler, PCR-RFLP yöntemi ile flagenindeki polimorfizm saptanarak tiplendirilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Campylobacter, PCR, Broiler, RFLP.

Abstract:
In this study, Campylobacter coli and Campylobacter jejuni isolation will be made after samples taken from the intestine and galls of Broiler Chickens slaughtered in a slaughterhouse. The factors isolated will be identified by using Polymerase Chain Reaction (PCR) method. In order to reveal the genetic difference between isolates, genotyping will be performed by means of Polymerase chain reaction - Restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method which is specifically applied to flagellin gene.
Campylobacter species cause food infection and intoxication in humans and abortus in livestock. In order to combat effectively with infections generated by Campylobacters, the agent must be detected in a correct and quick way. In this study, the aim is to determine the colonization of Campylobacters in poultry with the help of methods to be used.
In this study, during the slaughter from 100 Broiler Chickens, 200 samples, including 100 bile and 100 intestinal samples, will be collected. Under aseptic conditions in the lab, direct seeding without enrichment will be performed by using Blood Free Campylobacter Agar Base (CCDA agar). Cultures isolated because of Campylobacter suspicion, will be identified with Campylobacter jejuni and Campylobacter coli specific PCR method and cultures identified will be typed after determining polymorphism in the flagellin with PCR-RFLP method.

keywords:Campylobacter, PCR, Broiler, RFLP.