Klinik örneklerden izole edilen staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokoklarda dezenfektan/antiseptikler ve antibiyotik direncinin moleküler mekanizmalarının tespiti ve suşlar arasındaki filogenetik ve klonal ilişkinin SPA gen sekans tipleme ve pulse field gel electrophoresis yöntemleri ile araştırılması
Detection of molecular mechanisms of disinfectant/antiseptic and antibiotic resistance in staphylococcus aureus and coagulase negative staphylococci which were isolated from clinical samples and determining the phylogenetic and clonal relationship by using SPA gene sequence typing and pulse field gel electrophoresis method
Yazar: HAMDULLAH SUPHİ BAYRAKTAR
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL ; PROF. DR. NİZAMİ DURAN
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Antiseptikler = Antiseptics ; Dezenfektanlar = Disinfectants ; Elektroforez = Electrophoresis ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Staphylococcus = Staphylococcus ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Dünya genelinde hızla yayılan antibiyotik direnci ve son zamanlarda bu direnç ile ilişkilendirilen antiseptik ve dezenfektan maddelere karşı gelişen direncin epidemiyolojisi ve moleküler mekanizmalarının bilinmesi özellikle hastane kökenli infeksiyonların önlenmesi için oldukça önemlidir. Bölgemizin Suriye ile sınırı olması ve orada yaşanan iç savaş nedeniyle oluşan göç endojen floranın ve mikroorganizmalara ait direnç profillerinin zaman içerisinde değişmesine neden olmuştur. Çalışmamızda hastanemizdeki çeşitli poliklinik ve servislerden izole edilen stafilokok suşlarının antiseptik ve dezenfektan direnç genleri, spa tiplendirmesi ve Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemiyle klonal ve filogenetik ilişkileri araştırılmıştır. Laboratuvarımıza rutin olarak gönderilen materyallerden izole edilen stafilokoklar bakteriyolojik yöntemlerle ve Vitek 2 otomatize sistemle tanımlandıktan sonra tümünde qacA/B ve qacC genleri taranmış olup, MRSA olduğu belirlenen suşların spa tiplendirmeleri ve PFGE analizleri yapılıp Ridom yazılım programıyla değerlendirilmiştir.  İncelenen örneklerin % 41'inde her iki gen grubu pozitif olmak üzere % 76'sının qacA/B geni, % 57'sinin qacC (smr) geni taşıdığı, tespit edilmiştir. PFGE analizi sonucu MRSA izolatlarının  5 büyük küme ve bu kümelere ait 15 alt küme içerisinde yoğunlaştıkları görülmüştür. Epidemiyolojik olarak baskın spa tipinin % 31'lik oranla t223 olduğu ortaya konmuştur. İzolatların genotipik incelemeleri, antibiyotik direnç profilleri ve hastane infeksiyonu olarak tanımlanan olgulardan izole edilme oranları değerlendirilerek t223'ün % 31'lik insidans ile dominant genotip olduğu ve bu gen kümesinin Suriye'li hastalara ait klon olduğu düşünülmüştür. Toplum kökenli olduğu düşünülen spa tiplerinin ise % 10'luk oranlarla t1347 ve t105 oldukları tespit edildi. Kısa dönemli salgın incelemelerinde ve uzun dönemli soy ilişkisi araştırmalarında spa tiplendirme yönteminin ile PFGE'nin birlikte kullanılmasının klonal ilişki tespiti için daha yüksek ayırım gücü vereceği, bu çalışmanın daha uzun süre ve daha fazla örnek kullanılarak toplum ve hastane klonlarının takibinde kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmüştür.

Abstract:
It is crucial to have knowledge about the epidemiology and molecular mechanisms of resistance against the antiseptics and disinfectants beside the growing antibiotic resistance with regard of preventing in particular hospital acquired infections. Borderline of 2 countries, Turkey and Syria, and intensive migration to our region from Syria are the main causatives of change on the endogenous flora and resistance profiles of microorganisms in time. In this study it was observed the antiseptic and disinfectant resistance genes of staphylococcus which were isolated from different polyclinics and services of our hospital, determined clonal and phylogenetical relationships by spa typing and PFGE. Strains which were isolated from different materials routinely in our laboratory are identified by bacteriologic methods and Vitek 2 automatised system and scaned with respect of qacA/B and qacC genes. Specified MRSA strains had been subjected to spa typing and PFGE and evaluated by Ridom software programme. QacA/B genes were existed % 76 of MRSA isolates while qacC rate was % 57. These 2 genes were co-existed on the strains with a range of % 41. According to PFGE findings there were determined 5 big clusters and 15 sub-clusters. t223 spa type was epidemiologically dominant with a range of % 31. It was estimated that the t223 is the dominant spa type with a range of % 31 with respect to genotypic investigations, antibiotic resistance profiles and due to be in the group of nosocomials and also was thought it is the Syrian clon. t1347 and t105 were evaluated as community originated spa types in ratio of % 10 of each. It is thought to be beneficial using spa typing methods with Pulsed Field Gel Electrophoresis in short-term epidemic studies, in the research of long-term clonal relations and also using this study with more examples and for longer time to monitor community and hospital associated clones.