İnsan bağışıklık eksikliği virusu (HIV) ile infekte kişilerde insan  pegiviruslarının (HPgV) sıklığının ve genotip çeşitliliğinin araştırılması
Investigation of  frequency and genotype diversity of human pegiviruses (HPgV) in people infected with human immunodeficiency virus (HIV)
Yazar: EBRU YÜCEBAĞ
Danışman: PROF. DR. KENAN MİDİLLİ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genotip = Genotype ; Genotip = Genotype ; HIV = HIV ; HIV = HIV ; HIV I = HIV I ; HIV enfeksiyonları = HIV infections ; Pegivirüs = Pegivirus

Özet:
Flaviviridae ailesi içinde yer alan insan pegivirusları (HPgV) başlangıçta A, B, C dışı hepatiti olan insanlarda tanımlanmasına bağlı olarak hepatotropik olarak düşünülmüş ancak sonraki yıllarda yapılan epidemiyolojik çalışmalarda, akut ya da kronik hepatitle ilişkisi bulunamamıştır. Çeşitli prevalans çalışmalarının sonuçlarına göre sağlıklı kişilerde HPgV-1 sıklığı % 1-20 arasındadır. Bu çalışmada pek çok farklı çalışmada HIV infeksiyonunun gidişatı ve immünolojik yanıtı etkilemesinin belirtilmesi nedeni ile HIV ile infekte kişilerde HPgV sıklığının ve genotip çeşitliliğinin araştırılması amaçlandı.  
Çalışmaya HIV ile infekte, ART deneyimsiz 117 hastanın plazma örnekleri ile 100 kontrol serum örneği dahil edildi. HPgV RNA 5'UTR bölgesinden tasarlanan primerler kullanılarak RT-nested PCR yöntemiyle, genotip tayini ise Sanger Dizi analizi yöntemiyle yapıldı. 
Hasta grubuna ait örneklerin % 24,78'inde (29/117) ve kontrol grubuna ait örneklerin % 18'inde (18/100) HPgV-1 RNA saptandı aradaki fark istatistiksel olarak anlamlı idi (p=0,0148). HPgV-2 RNA ne hasta ne de kontrol grubuna ait örneklerde saptanmadı. Filogenetik analiz sonucu HPgV-1 izole edilen kökenlerinin hepsinin genotip 2, alt grubun yaygın olarak 2a olduğu saptandı. 29'unun sadece 2'si subtip 2b idi. HIV ile infekte grup daha fazla genetik çeşitlilik gösterirken kontrol grubu daha homojen bir yapı sergilemekte idi. HPgV-1 pozitif HIV infekte bireylerde viral yük ortalaması bakımından istatistiksel anlamlı fark yoktu. HPgV-1 pozitifliği <40 bireylerde (32/124, %25,80), >40 bireylere (15/93, %16,12) göre daha yüksekti (p= 0,00044).
Elde edilen sonuçlar dünyada HIV ile infekte hastalardaki HPgV sıklığı ile yapılan çalışmalar ile benzer çıkmıştır. HPgV-1'nin baskın genotpinin 2a bulunması Türkiye ve yakın coğrafyamızdaki diğer çalışmalar ile uyumludur. HPgV-1'in HIV üzerindeki olumlu etkisinin daha iyi anlaşılabilmesi için ileriye dönük çalışmalar gerekmektedir.

Abstract:
Since human pegiviruses (HPgV) belonging to the Flaviviridae family had been originally identified in people with non-A-non-B and non-C hepatitis, they were initially considered as hepatotropic viruses, but later epidemiological studies showed no connection with acute or chronic hepatitis. According to the results of various studies, in general the prevalence of HPV-1 viremia in healthy people varies between 1% and 20%. The aim of this study was to investigate the frequency and genotype diversity of HPgV in HIV-infected individuals, since several effects of the virus on the course and immunological parameters of HIV infections has been described by numereous studies. 
The study included plasma samples of 117 HIV-infected, ARTnaïve, patients and 100 control serum samples. HPgV RNA was invetigated by RT-nested PCR method and  primer sets designed from 5'UTR region were used for amplification and genotyping by Sanger Sequence analysis.
HPgV-1 RNA was detected in 24.78% (29/117) of the patient group and in 18% (18/100) of the control group, and the difference was statistically significant (p = 0.0148). HPgV-2 RNA was detected neither in patients nor in control group. The results of the phylogenetic analysis showed that all HPgV-1 isolates were genotype 2 and the majority of them were assigned to subgroup 2a. Only 2 out of 29 belonged to subtype 2b. The HIV infected group exhibited more genetic diversity compared to the control group. There was no statistically significant difference between HPgV-1 infected and uninfected HIV-1 positive subjects regarding the HIV-1 viral loads. In both groups HPgV-1 positivity rates were higher in those aged < 40 years (32/124, 25,80%) than those aged >40 years (15/93), 16.12% (p = 0.00044).
We obtained results similar to the studies that looked at the frequency of HPgV in HIV-infected patients worldwide. Genotype 2a was identified as the dominant genotype, and this finding is consistent with previous studies reported from Turkey and other countries in the same geographic region. Further studies are needed to better understand the effects of the HPgV-1 virus on HIV infection.