CNTNAP2 ve SETBP1 varyantlarının gelişimsel dil bozukluğuna olası etkisinin araştırılması
Investigation of the potential impact of CNTNAP2 and SETBP1 variants on developmental language disorder
Yazar: BETÜL TURAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE GÖKTAŞ ; PROF. DR. AYŞE GÜL ZAMANİ
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Anlatım dili = Expression language ; Gecikmiş konuşma = Delayed speech ; Genotip çevre etkileşimi = Genotype environment interaction ; Moleküler genetik = Molecular genetic

Özet:
Amaç: Gelişimsel dil bozukluğu (GDB), çocukların  iletişim kurmalarını zorlaştıran en yaygın gelişimsel engellilik olup, normal dil gelişimindeki bozulmanın, işitme kaybı, nörolojik/psikiyatrik hastalıklar ve çevresel uyaranlardan yoksunluk ile açıklanamaması ile karakterizedir. GDB patogenezinde çevrenin yanı sıra, güçlü genetik faktörlerin de etkili olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada SETBP1 ve CNTNAP2 genlerindeki dizi varyasyonları ve suçlanan çevresel değişkenlerin GDB etiyolojisindeki rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır. 
Yöntem: Eylül 2022-Mart 2023 tarihleri arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi (NEUTFH) Çocuk Ruh Sağlığı polikliniklerine başvuran, DSM-V ölçütlerine göre dil bozukluğu tanısı konulan, gelişim düzeyleri AGTE ile değerlendirilmiş olan, 2 - 7 yaş arasındaki otuz çocuk, etiyolojiden sorumlu olabilecek aday genler ve çevresel etmenler açısından incelenmiştir. NEUTFH Tıbbi Genetik polikliniklerine başvuran, vaka grubundakiler ile yaş ve cinsiyet bakımından benzer, altta yatan bir hastalığı olmayan otuz sağlıklı çocuk kontrol grubu olarak çalışmaya dahil edilmiştir. Her iki grubun periferik kanından izole edilen DNA örneklerinde SETBP1 ve CNTNAP2 genleri yeni nesil dizileme yöntemi ile analiz edilmiştir. Saptanan varyantların klinik önemini değerlendirilmiş ve gerekli vakalarda varyant doğrulama ve segregasyon analizleri Sanger dizileme ile yapılmıştır. Elde edilen veriler uygun istatiksel yöntemlerle karşılaştırılmıştır.
Bulgular: En sık varyant türü, CNTNAP2 geninde intronik (%75), SETBP1 geninde missense varyantlar (%60) olmuştur. 29 SNV vaka ve kontrol gruplarında ortak izlenirken üç SNV (rs186624619, rs17170742, rs373599564) ve iki önemi bilinmeyen (CNTNAP2: c.973C>G:p.P325A ve CNTNAP2: c.2236G>A:p.D746N) varyant yalnızca vaka grubunda izlenmiştir. Nadir varyantlardan biri novel olup, her ikisinin in siliko analizleri çelişkili sonuçlar vermiştir.Yapılan segregasyon çalışmasında etkilenmemiş ebeveynden paternal kalıtıldıkları gösterilmiştir. Polimorfizmlerin vaka ve kontrol gruplarındaki sıklıkları kıyaslanmıştır. SETBP1 rs11082414 (G/C) varyantı için homozigot CC genotip sıklığı hastalarda kontrollere kıyasla anlamlı derecede daha yüksek bulunmuştur (p=0,024). Nongenetik faktörler incelendiğinde ise vaka grubunda ortalama doğum kilosu daha yüksek (p=0,043), ortalama laktasyon süresi daha düşük (p=0,044) bulunmuştur.
Sonuç: Çalışmamızda aile öyküsü, erkek cinsiyet, 15 aydan az laktasyon süresi ve SETBP1 rs11082414-CC varyantının GDB için risk faktörü olabileceği sonucuna varılmıştır. Risk faktörlerini belirlemek, yüksek riskli aileler için önleyici ve tedavi stratejileri oluşturmaya yardımcı olabilir.

Abstract:
Objective: Developmental Language Disorder (DLD) is the most common developmental disability that hinders children's ability to communicate. It is characterized by a disruption in normal language development that cannot be explained by factors such as hearing loss, neurological/psychiatric disorders, or environmental deprivation. In addition to environmental factors, strong genetic factors are known to be involved in the pathomechanism of DLD. This study aimed to determine the role of sequence variations in the SETBP1 and CNTNAP2 genes, as well as the suspected environmental variables, in the etiology of DLD.
Methods: Between September 2022 and March 2023, thirty children aged 2-7 years who presented to the Pediatric Psychiatry Clinics of the Necmettin Erbakan University Faculty of Medicine (NEUFM) and were diagnosed with language disorders according to DSM-V criteria, and whose developmental levels were assessed using the AGTE, were examined for genetic and environmental factors that could be responsible for etiology. Thirty healthy children with no underlying diseases, matched for age and gender with the case group, who presented to the Medical Genetics Clinics of NEUFM, were included as a control group. DNA samples isolated from peripheral blood of both groups were analyzed for SETBP1 and CNTNAP2 genes (custom design panel) using next-generation sequencing. The clinical significance of the identified variants was evaluated, and variant verification and segregation analyses were performed by Sanger sequencing. The obtained data were compared using appropriate statistical methods.
Results: The most common type of variant was deep intronic in the CNTNAP2 gene (75%), and missense variants in the SETBP1 gene (60%). 29 SNVs were observed in both case and control groups, whereas three SNVs (rs186624619, rs17170742, rs373599564) and two variants of unknown significance (CNTNAP2: c.973C>G:p.P325A and CNTNAP2: c.2236G>A:p.D746N) were observed only in the case group. One of the rare variants was novel, and in silico analyses of both yielded conflicting results. The segregation study showed that they were paternally inherited from unaffected parents. The frequencies of polymorphisms were compared between the case and control groups. The SETBP1 rs11082414-CC genotype frequency was significantly higher in patients compared to the controls. (p=0.024). Among non-genetic factors, the case group had a higher average birth weight (p=0.043), and a lower average lactation duration (p=0.044).
Conclusion: The family history, male gender, lactation duration of less than 15 months, and the SETBP1 rs11082414-CC variant may be risk factors for DLD. Identifying risk factors can help create preventive and treatment strategies for high-risk families.