Bazı CC kemokin reseptör genlerindeki varyasyon ve dağılımların Türk popülasyonlarında araştırılması
Investigation of variation in some of the CC chemokine receptor genes and their distributions in the Turkish population
Yazar: SEVGİ DURNA DAŞTAN
Danışman: PROF. DR. NACİ DEĞERLİ
Cumhuriyet Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: AIDS = AIDS ; Alel frekansı = Allel frequencies ; CC = CC ; Kemotaksis = Chemotaxis ; Kemotaktik faktörler = Chemotactic factors ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
HIV-1 ve bazı benzer virüsler, hücreleri enfekte edebilmek için CD4 reseptörüne ilaveten bazı koreseptörlere ihtiyaç duymaktadır. Son zamanlarda CCR5, CXCR4, CCR2, CXCR2, CCR1, ve SDF1 genleri gibi bazı spesifik kemokin koreseptörlerini kodlayan ve düzenleyen genlerde yaygın genetik mutasyonların varlığı hızla keşfedilmektedir. Bu genlere ait mutant alellerin sıklıkları, popülasyonlar arasında oldukça değişkenlik göstermektedir. Bu gen dizileri üzerindeki mutasyonlar, çoğunlukla fonksiyonel olmayan farklı bir reseptör üretimine yol açmakta ve bu tür reseptörlerde membran fonksiyonlarını yapamayarak çeşitli hastalıkların ortaya çıkışına ya da ilerleme süreçlerinin değişmesine sebep olmaktadır. Bu yüzden son günlerde çeşitli hastalıkların ilerleyişi ve bulaşmasını araştıran çalışmalarda, kemokin reseptör genleri gibi sınırlayıcı genlerin fonksiyonel ve terapotik etkileri üzerinde durulmakta ve popülasyondaki sıklık dağılımları elde edilmeye çalışılmaktadır. Yaptığımız bu çalışmayla birlikte, Türk popülasyonunda farklı bölgelerde yaşayan sağlıklı bireylerden alınan kan örnekleriyle, bazı CC kemokin genlerindeki bilinen mutant alellerin sıklıklarının ve dağılımlarının belirlenmesini amaçladık. Bunun için kemokin reseptör genlerinin frekans ve dağılımları 1800 bayan ve 1700 erkek olmak üzere 3500 bireyin katılımıyla PCR ve PCR- restriksiyon fragment uzunluk polimorfizmi (PCR-RFLP) yöntemleri kullanılarak belirlendi. Alel sıklıkları ve Hardy-Weinberg Dengesi (HWE) populasyon genetiği üzerine yazılım programları kullanılarak gerçekleştirildi. Sırasıyla CCR5?32, CCR2V64I , CCR1-T885C, SDF1 -3/A ve CCR2-T780C alellerinin sıklıkları %5.7, %18.6, %3.2, %26.8, ve %9.7 olarak tespit edildi. Yaptığımız bu çalışma, Türk popülasyonunda yapılmış ve CCR5, CCR2V64I , CCR1, CXCR4, SDF1 ve CXCR2 gibi çok sayıda farklı kemokin reseptör genlerine ait alellerin frekans ve dağılımlarını belirlemeye çalışan en geniş ölçekli ilk çalışma olması sebebiyle önemli bir araştırmadır.

Abstract:
HIV-1 and related viruses require coreceptors, in addition to CD4, to infect target cells. Recently common genetic mutations were rapidly discovered in coding and regulatory genes specifying some chemokine receptor genes like CCR5, CXCR4, CCR2, CXCR2, CCR1, and SDF-1. The mutant alleles of these genes are present at a different frequencies in different populations. The mutations within these genes generate a non-functional receptors that do not support membrane functions and these kind of allele changes the appearing and progress of some diseases. Currently the functional and therapeutic implications of these chemokine receptor genes for disease progression and intervention are explored. In this study, we aimed to assess frequency and distribution of some CC-chemokine receptor genes? mutant allele in a large group of blood donors from different provinces in healthy Turkish populations living in all part of Anatolia. The distribution and frequencies of the chemokine receptor genes were determined in 3500 individuals (1800 female and 1700 male) by using PCR and PCR Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) assays Allele frequencies and the fit to the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were evaluated by population genetic software. The frequencies of the CCR5?32, CCR2-64I, CCR1-T885C, SDF1-3/A, CCR2 alleles were 5.7%, 18.6%, 3.2%, 26.8%, 9.7%, respectively. This data is the first finding on the frequencies and distributions of the alleles from the six kind of chemokine receptor genes as CCR5, CXCR4, CCR2, CXCR2, CCR1, SDF-1 in healthy Turkish populations.