İnsan meme hücreleri MCF-7 ve MDA-MB-435'in mikrorna (MİRRA ) profilleri
Microrna(mirna) profiling of human breast MCF-7  and MDA-MB-435 cells
Yazar: ŞERİFE BUKET BOZKURT
Danışman: PROF. DR. ALİ ÜNLÜ
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı / Biyokimya Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Meme = Breast ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; İnsan = Human

Özet:
Meme kanseri, moleküler profil, biyolojik davranış ve klinik sonuçlar açısından farklı alttiplere sahiptir. Meme kanserinde miRNAların aşırı ekspresyonu onkogenezis, tümör supresör ve metastatik sürece dahil olabilmektedir. Bu çalışmada östrojen reseptör (ER) (+) minimal invaziv MCF-7 ve ER (-) invaziv MDA-MB-435 hücrelerinin miRNA profilleri karşılaştırmalı olarak analiz edildi.
İnsan meme kanseri hücre hatlarının kuantitative 84 adet miRNA ekspresyonları Fludigm Microfluidic Dynamic Array ile incelendi. Meme kanseri hücrelerinden miRNA içeren total RNAlar 2, 4, 6, 12, 24 ve 48. saatlerde elde edildi. cDNA ürünleri Fludigm 96.96 Dynamic Array'e yüklendi.
Araştırma sonucunda farklı sayıda miRNAnın farklı zamanlarda artış ve azalışları tespit edildi. Buna göre MDA-MB-435 hücrelerinde MCF-7 hücrelerine göre, 4. saatte 45 miRNA artış 7 miRNA azalış, 6. saatte 39 miRNA artış 9 miRNA azalış, 12.saatte 30 miRNA artış 9 miRNA azalış, 24.saatte 31 miRNA artış 13 miRNA azalış, 48. Saatte 38 miRNA artış 10 miRNA azalış gösterdiği belirlendi.
Etkin olan miRNA'ların hedef genlerinin Wnt signaling ,PI3K-Akt signaling , mTOR signaling, MAPK signaling , p53 signaling pathways yolaklarında olabileceği düşünüldü. Elde edilen bu karşılaştırmalı sonuçlar farklı miRNA ekspresyonlarının meme kanseri biyopatolojik özellikleriyle ilgili olabileceğini ve bundan sonraki çalışmalar için temel oluşturabileceği düşünüldü.

Abstract:
Breast cancer consists of several different subtypes with different molecular profiles, biological behavior and clinical outcome. miRNA aberrant expression may be involved in oncogenesis, tumor suppression, metastatic process in breast cancer . The present study aimed to compare miRNA profile of oestrogen receptor + (ER+) minimal invasive MCF-7 (ER+) to (ER-) invasive MDA-MB-435 cells.
The quantitative 84 miRNA expressions of MCF-7 and MDA-MB-435 cell lines were investigated by Fluidigm Microfluidic Dynamic Array. Total RNAs including miRNAs were obtained from breast cancer cells at 2nd, 4th, 6th, 12th, 24th and 48th hours. We loaded the resulting cDNA product into the Fluidigm 96.96 Dynamic Array.
Our results demonstrated that different number of miRNA's were either up or down regulated in different time period. miRNA ekspressions were detected 45 miRNAs up versus 7 miRNAs down regulation at 4th hour; 39 miRNAs up versus 9 miRNAs down regulation at 6th hour; 30 miRNAs up versus 9 miRNAs down regulation at 12 th hour; 31 miRNAs up versus 13 miRNAs down regulation at 24 th hour, 38 miRNAs up versus 10 miRNAs down regulation at 48th hour in MDA-MB-435 versus MCF-7.
Effected miRNAs target genes were related with pathways such as Wnt signaling, PI3K-Akt signaling, mTOR signaling, MAPK signaling, p53 signaling pathways at 4th hour. The results of all these analyses provide a comprehensive view of the function of differential expression miRNAs related to breast cancer biopathologic features and can be base for the further studies.