Sağ ve sol kolon tümörlerinde GALNT5 ve ZDHHC9 genlerinin ifade düzeylerinin araştırılması
Investigation of the expression levels of GALNT5 and ZDHHC9 genes in right and left colon tumors
Yazar: ASLIHAN BAKIR
Danışman: PROF. DR. ETEM AKBAŞ
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Kolorektal kanserler her iki cinsiyette görülme sıklığı bakımından üçüncü sırada yer 
almaktadır. Kolon kanserinde ilkin tümörün sağ ya da sol kolonda bulunmasına göre klinik, 
patolojik ve genetik farklılıklar meydana gelmektedir. Bu durum hastalığın seyrini ve 
uygulanacak olan tedavi yöntemini değiştirebilmektedir. Yaptığımız çalışmada sağ ve sol kolon 
yerleşimli tümöral dokularda ZDHHC9 ve GALNT5 genlerinin ekspresyonlarını inceledik. 
Örneklemimiz; Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim dalında 42'si sağ kolon, 47'si 
sol kolon olmak üzere 89 tümörlü doku örneği ve aynı bireylerin tümörlü dokuya komşu sağlıklı 
doku örneğinden oluşmuştur. Çalışmamız; kolorektal kanserin en yaygın türü olan 
adenokarsinomlu dokulardan hazırlanmış parafin bloğa gömülü arşiv materyallerinde 
gerçekleştirildi. Doku örneklerinden önce RNA izolasyonu arkasından cDNA sentezi 
gerçekleştirildi. ZDHHC9 ve GALNT5 genlerinin ekspresyonu Real Time PCR'de karşılaştırmalı CT 
(ΔΔCT) yöntemiyle analiz edildi. Bulguların istatistiksel değerlendirmesi Wilcoxon T-testi, 
Student T-testi ve Mann-Whitney U-testi ile yapıldı. Kolorektal kanser erkeklerde kadınlara göre 
daha sık görülmektedir (p<0,05). Sağ ve sol kolon tümörleri genel olarak ve ayrı ayrı 
değerlendirildiğinde: ZDHHC9 ve GALNT5 genlerinin her ikisinin de ekspresyon seviyelerinde 
artış söz konusudur (p<0,001). Bu artış her iki cinsiyette de benzer oranlarda olup farklılık 
göstermemektedir. Her iki genin sağ ve sol kolon tümörlerindeki ekspresyonunu 
karşılaştırdığımızda ise sol kolon GALNT5 geni ekspresyonu sağ kolona göre daha yüksektir
(p<0,048). ZDHHC9 ve GALNT5 genleri ekspresyonlarının hem sağ hem sol kolon tümörlerinde 
daha yüksek olması kolon kanserine yakalanmada biyobelirteç olabileceklerini göstermektedir. 
Sol kolon GALNT5 geni ekspresyonunun sağ kolona göre daha yüksek olması ise sol kolon 
kanserlerinin sağ kolon kanserlerinden daha sık rastlandığı gerçeğini açıklamada önemli bir 
belirteç olabilir. Mersin örneklemi temelinde gerçekleştirdiğimiz bu çalışma ZDHHC9 ve GALNT5 
genlerinin kolorektal kanserli doku ve kontrol grubundaki ekspresyon değerlerine dair 
ülkemizdeki ilk çalışma olma özelliği taşımaktadır.

Abstract:
Colorectal cancers are in the third place in terms of incidence in both genders. In colon cancer, 
clinical, pathological and genetic differences occur depending on whether the tumor is located in 
the right or left colon. This situation can change the course of the disease and the treatment 
method to be applied. In our study, we examined the expressions of ZDHHC9 and GALNT5 genes 
in tumoral tissues located in the right and left colon. Our sample; It consisted of 89 tumor tissue 
samples, 42 of which were right colon and 47 left colon, and healthy tissue samples of the same 
individuals adjacent to the tumor tissue in Mersin University Faculty of Medicine, Department of 
Pathology. Our work; performed on archival materials embedded in a paraffin block prepared 
from tissues with adenocarcinoma, the most common type of colorectal cancer. Before the RNA 
isolation from the tissue samples, cDNA synthesis was performed. Expression of ZDHHC9 and 
GALNT5 genes was analyzed in Real Time PCR by comparative CT (ΔΔCT) method. Statistical 
evaluation of the results was done with Wilcoxon T-test, Student's T-test and Mann-Whitney Utest. Colorectal cancer is more common in males than females (p<0.05). In general, when 
evaluated separately as right and left colon tumors: There is an increase in the expression levels 
of both ZDHHC9 and GALNT5 genes (p<0.001). When we compared the expression of both genes 
in right and left colon tumors, GALNT5 gene expression in the left colon was found to be higher 
than in the right colon (p<0.048). The fact that the expression of ZDHHC9 and GALNT5 genes is 
higher in both right and left colon tumors indicates that they may be risk factors for developing 
colon cancer. The fact that the left colon GALNT5 gene expression is higher than the right colon 
can be an important indicator in explaining the fact that left colon cancers are more common than 
right colon cancers. This study, which we conducted on the basis of Mersin sample, is the first 
study in our country on the expression values of ZDHHC9 and GALNT5 genes in colorectal cancer 
tissue and control groups.