Mycobacterium tuberculosis izolatlarında  pirazinamid  direncinin hızlı tespitinde kolorimetrik yöntemlerin etkinliğinin araştırılması
Investigation of the efficacy of colorimetric methods in quick determination of pyrazinamid resistance in mycobacterium tuberculosis isolates
Yazar: AHMET UĞUR AKBAL
Danışman: PROF. DR. BELMA DURUPINAR
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genler = Genes ; Kolorimetri = Colorimetry ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Mutasyon = Mutation ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Pirazinamid = Pyrazinamide ; Tüberküloz = Tuberculosis

Özet:
MYCOBACTERİUM TUBERCULOSİS İZOLATLARINDA  PİRAZİNAMİD  DİRENCİNİN HIZLI TESPİTİNDE KOLORİMETRİK YÖNTEMLERİN ETKİNLİĞİNİN ARAŞTIRILMASI

Amaç: Pirazinamid (PZA), tüberküloz(TB) tedavisinde çok önemli yeri olan primer ilaçlardandır. PZA'nın, M. tuberculosis'e sadece asit pH'da etkili olması sebebiyle, duyarılılık testlerinin yapılması diğer antiTB ilaçlara göre daha zordur. Bu nedenle çalışmamızda amacımız kolorimetrik yöntemlerin PZA duyarlılık tespitindeki etkinliklerinin araştırılması ve dirençli izolatlarda pncA gen mutasyonlarının tespiti olarak belirlenmiştir. 
Materyal ve Metot: Çalışmada 15'i PZA'ya dirençli olmak üzere 30 klinik izolat ve iki referans izolat kullanılmıştır. Bütün izolatların PZA duyarlılıkları BACTEC MGIT 960 referans yöntemi ile tespit edilmiştir. Kolorimetrik yöntemler olarak REMA (Rezasurin Mikroplate Assay), NRA (Nitrat Redüktaz Assay), MYRT (Malaşit Yeşili Renksizleştirme Testi) ve KVRT (Kristal Viyole Renksizleştirme Testi) yöntemleri çalışmaya dahil edilmiştir. Ayrıca PZA dirençli izolatlarda sekans analiziyle pncA genindeki mutasyonlar araştırılmıştır.
Bulgular: Çalışmamızda kolorimetrik yöntemlerin referans yöntemle karşılaştırılmaları sonucunda uyum REMA ve NRA'da %93,3, MYRT'de % 90 ve KVRT'de % 93,3 olarak tespit edilmiştir. Dirençli olan 15 izolatın 13'ünde sekans analiziyle pncA gen mutasyonu tespit edilmiştir.
Sonuç: Çalışmanın sonucunda, kolorimetrik yöntemlerden alınan sonuçların referans yönteminkilerle yüksek seviyede uyumlu olduğu görülmüştür. Ayrıca ucuz ve kolay uygulanabilir yöntemlerdir. Bu sonuçlar, kolorimetrik yöntemlerin PZA duyarlılık tespitinde önemli alternatifler olabileceğini göstermiştir.

Abstract:
INVESTIGATION OF THE EFFICACY OF COLORIMETRIC METHODS IN QUICK DETERMINATION OF PYRAZINAMID RESISTANCE IN MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS ISOLATES

Aim: Pyrazinamide (PZA)  is a primary drug with an important role in the treatment of tuberculosis (TB). Because of PZA is effective only at acid pH for M. tuberculosis, susceptibility tests are more difficult to perform than other anti-TB drugs. For this reason, the purpose of our work was to investigate the effectiveness of  colorimetric methods to detect PZA susceptibility and to detect pncA gene mutations in resistant isolates.
Material and Method: In the study, 30 clinical isolates and 2 reference isolates were used, 15 of which were resistant to PZA. PZA susceptibility of all isolates were determined by the BACTEC MGIT 960 reference method. As the colorimetric methods, REMA (Resazurin Microplate Assay), NRA (Nitrate Reductase Assay), MGDA (Malachite Green Decolorisation Assay) and CVRT (Crystal Violet Decolorisation Assay) methods were included in the study. Also, mutations in the pncA gene were investigated by sequence analysis in PZA resistant isolates.
Results: As a result of comparison of colorimetric methods with the reference method, compliance was determined as 93,3% in REMA and NRA, 90% in MGDA and 93,3% in CVDA. In 13 of 15 resistant isolates pncA gene mutation was detected by sequence analysis.
Conclusion: As a result of the work, results from colorimetric methods were found to be at a high level of compliance with the reference method. They are also cheap and easily applicable methods. These results have shown that colorimetric methods can be important alternatives in detecting PZA sensitization.
Keywords: Colorimetric; Drug susceptibility; pncA; Pyrazinamide; Tuberculosis