Pankreas kanserli hastalarda PALB2 gen mutasyonlarının Türk popülasyonunda araştırılması
Investigation of PALB2 gene mutations in Turkish pancreatic cancer patients
Yazar: GÖZDE KURU
Danışman: PROF. DR. HÜLYA YAZICI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Kanser Genetiği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology
Dizin: DNA onarımı = DNA repair ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Genler = Genes ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Pankreas neoplazmları = Pancreatic neoplasms ; Türk toplumu = Turkish society

Özet:
PALB2 proteini, çift zincir DNA kırıklarının tamirinde RAD51 ve BRCA2 proteinleri ile birlikte homolog rekombinasyonla DNA tamiri (HR) mekanizmasında kritik role sahiptir. Ailesel pankreatik kanserli kişilerde BRCA2, ATM ya da PALB2 germline mutasyonları, defektif DNA tamiri, hasarlı DNA'nın birikmesi ve genomik instabiliteye yol açarak, sonuçta kanser oluşumuna neden olur. 
Son yıllarda yapılan çalışmalarda ailesel pankreatik kanser vakalarında PALB2 geninin %1-3 oranında mutasyona uğradığı bildirilmiştir. Bu nedenle söz konusu genin  ailesel pankreas  kanserine yatkınlık oluşturabileceği rapor edilmiştir. 
Tez çalışmasında, pankreas kanserli ve  sağlıklı kontrol grubunda PALB2 gen mutasyonlarının Türk populasyonundaki sıklığının belirlenmesi ve hastalığın patogenezindeki rolünün araştırılması amaçlanmıştır.
Çalışmada pankreas kanseri tanısı almış 30 hasta ile bu hastalarla yaş, cinsiyet ve ırk açısından bire bir karşılaştırılmış, ailesinde kanser hikayesi olmayan 30 sağlıklı kişi analiz edildi. Hastaların ve kontrollerin periferik kanlarından elde edilen genomik DNA da PALB2 genine ait ekzom bölgesi Sanger Dizileme metodu ile incelendi. 
Sonuç olarak; çalışmadan elde edilen veriler değerlendirildiğinde c.29G>T, c.2737C>A, c.2773G>C ve c.2840T>G değişikliklerinin sadece hasta grubunda belirlendiği,  c.1676A>G değişikliğinin ise hasta grubundaki ailesel pankreas kanser sendromlu olan bir vakada homozigot formasyonda gözlendiği saptanmıştır. Bu değişikliklerin pankreas kanser patogenezinde ve kalıtımında önemli olabileceği ve daha büyük çalışma gruplarında incelenmesi gerektiği düşünülmektedir.

Abstract:
PALB2 protein has a critical role in the repair of DNA double-strand break with RAD51 and BRCA2 proteins in the homologous recombination DNA repair (HR) mechanism. Germline mutations in PALB2, BRCA2, ATM genes cause to a defective DNA repair, an accumulation of DNA damage, a genomic instability in familial pancreatic cancer patients during carcinogenesis. In recent studies, it was shown that the mutation rate was 1-3% in PALB2 gene in familial pancreatic cancer cases. Therefore, it is thought that PALB2 gene can be responsible for the susceptibility of pancreas carcinoma.
 In our research, we aimed to determine the frequency of PALB2 gene mutations in pancreatic cancer patients and healthy controls in Turkish population and to investigate the role of gene in the pathogenesis of disease.
 In the study, 30 patients diagnosed with pancreatic cancer and 30 healthy people which was adjusted with the patients age, sex and ethnicity without a family history of cancer were analyzed. The exon regions of PALB2 gene were examined with the Sanger sequencing method by using genomic DNA which is obtained from the peripheral blood of the patients and healthy controls.
 As a result; regarding the data obtained from the study, c.29G>T, c.2737C>A, c.2773G>C and c.2840T>G alterations were only detected in the patients' cohort. The alteration c.1676A>G was observed in homozygous formation in a patient with syndrome of familial pancreatic cancer. Therefore, it will be important in the pathogenesis and hereditary of pancreatic cancer and it may be investigated in a large group of study.