TET2 geni varyantlarının  multiple skleroz ile olası ilişkisi
Possible association of TET2 gene variants with multiple sclerosis
Yazar: BURAK BAŞER
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MALİK EJDER YILDIRIM
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Genetik = Genetics ; Nöroloji = Neurology
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Genetik = Genetics ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Multipl skleroz = Multiple sclerosis ; Multipl skleroz = Multiple sclerosis ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Multipl Skleroz (MS); genetik yatkınlığı bulunan bireylerde otoantijenlere karşı otoimmün yanıt sebebiyle oluşan progresif, nörodejeneratif multifokal demiyelinizan hastalıktır. Son zamanlarda, MS de dahil olmak üzere nörodejeneratif hastalıkların gelişiminde epigenetik değişikliklerin rolü gösterilmiştir. MS hastalarının CD8 + T hücrelerinde belirgin DNA hipermetilasyonu saptanmıştır. MS hastalarının periferik kan mononükleer hücrelerinde TET2 geni ekspresyonu azalmıştır. TET1, TET2 ve TET3 proteinlerinden oluşan ten-eleven-translocation (TET) protein ailesi 5-metilsitozinin (5mC) 5 hidroksimetilsitozine (5hmC) dönüşümünü katalizleyerek DNA demetilasyonunu sağlar. TET2, otoimmünitede IL-6'nın transkripsiyonunu baskılayarak inflamasyonun çözülmesinde rol oynar. MS deneysel modelinde Tet2 ekspresyonunun indüklenmesi ile T hücre proliferasyonu güçlü bir şekilde baskılanmaktadır. 
Bu çalışmada MS tanısı almış bireylerde TET2 geni olası mutasyon profilini çıkarmayı ve 5 gen polimorfizmini (rs2726518, rs3733609, rs2454206, rs34402524, rs17253672) -kontrol grubu ile kıyaslayarak- değerlendirmeyi amaçladık. MS tanısı almış bireylerdeki TET2 geni varyantlarının sıklıkları sağlıklı bireylerle karşılaştırılarak, bu varyantların hastalıkla olası ilişkisi ortaya konulması hedeflenmiştir.
Çalışmaya MS tanılı 50 hasta ve 30 sağlıklı kontrol dahil edildi. Alınan periferik kan örneklerinden DNA izolasyonu yapıldı. TET2 geninin kodlayan ekzon, intron-ekzon bileşkeleri ve bilinen intronik varyant bölgesi PCR ile çoğaltıldı. DNA dizi analizi için yeni nesil dizileme (NGS) yöntemi kullanıldı. 
TET2 genine ait 5 polimorfik varyant (SNP) açısından hasta ve kontrol grubu arasında fark saptanmamıştır (p>0.05). Mutasyon taraması bağlamında bir MS hastasında TET2 c.1572_1580del (p.E524_Q526del) değişimi yeni (novel) varyant olarak tespit edildi.

Abstract:
Multiple Sclerosis (MS); is a progressive, neurodegenerative multifocal demyelinating disease caused by autoimmune response to autoantigens in individuals with genetic predisposition. Recently, the role of epigenetic changes in the development of MS has been shown. TET2 gene expression is decreased in peripheral blood mononuclear cells of MS patients. The ten-eleven-translocation protein family of TET1, TET2 and TET3, catalyzes the conversion of methyl-cytosine to 5-hydroxymethyl-cytosine and provides DNA demethylation. In the experimental model of MS, T cell proliferation is strongly suppressed by the induction of Tet2 expression. 
In this study we aimed to obtain the possible mutation profile of TET2 gene in individuals diagnosed with MS and to evaluate 5 gene polymorphysms by comparing them with the control group (rs2726518, rs3733609, rs2454206, rs34402524, rs17253672). We want to compare the frequencies of TET2 gene variants in individuals diagnosed with MS to those of healthy controls and to investigate the possible association of these variants with the disease.
Fifty patients with MS and thirty healthy controls were included in the study. DNA was isolated from peripheral blood samples. All coding regions, intron-exon junction regions and an intronic variant of the TET2 gene were amplified by PCR. Next generation sequencing method was used for DNA sequence analysis. 
There was no difference between the patient and control groups in terms of single nucleotide polymorphisms, rs2726518, rs3733609, rs2454206, rs34402524, rs17253672 respectively (p>0.05). In the context of mutation screening, the change of TET2 gene, c.1572_1580del (p.E524_Q526del) in an MS patient was detected as a novel mutation.