Oral skuamöz hücreli karsinomda GNG7 geninin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin incelenmesi
Investigation of methylation and expression levels of theGNG7 gene in oral squamous cell carcinoma
Yazar: NADİN BEDİKYAN
Danışman: PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Deneysel ve Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: Ağız hastalıkları = Mouth diseases ; Ağız neoplazmları = Mouth neoplasms ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Metilasyon = Methylation

Özet:
Çalışmamızda, Demokan ve arkadaşlarının 2013 yılında yayınladıkları Kuzey Amerikalı baş boyun kanserli hastalar ile yaptıkları çalışmalarında bu grubun bir alt grubu olan oral kavite kanserli hastalarda (n=9) tümör süpresör bir gen olan GNG7'nin  %88,9 oranında metilasyonuna rastlanmış, söz konusu genin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin daha geniş sayıda oral skuamöz hücreli karsinomlu (OSCC) Türk hasta grubunda incelenmesi amaçlanmıştır. İnvaziv/non-invaziv yöntem geliştirerek OSCC'de tanı/erken teşhiste GNG7'nin biyomarker olarak kullanılabilirliğinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmamızda OSCC tanısı almış 50 hastaya ait ameliyat sonrasında elde edilmiş tümör, eşlenik normal doku örnekleri ve ameliyat öncesi toplanan serum örnekleri ile 10 sağlıklı bireyin normal mukoza ve serum örneklerinden DNA izolasyonu yapılarak GNG7 geninin metilasyon ve ekspresyon seviyeleri incelenip, metilasyona bağımlı/bağımsız ekspresyon analizleri gerçekleştirildi. Metilasyon analizi için QMSP, ekspresyon düzeylerinin analizi için ise QRT-PCR yöntemleri uygulanmıştır. Tümör dokusunda eşlenik normal dokuya oranla hastaların %48'inde (24/50) ekspresyon seviyesinde azalış, %32'sinde (16/50) ekspresyon seviyelerinde artış tespit edilmiştir. Dokuz hastaya (%18) ait tümör dokusunda genin promoter bölgesinde metilasyon gözlenirken, eşlenik normal doku ve serum örneklerinde metilasyona rastlanmadı. Metilasyon saptanan 9 hastanın 7'sinde (%77,8) ekspresyon oranında azalma gözlenirken, 2 hastada ekspresyon artışı bulundu. Tüm hastaların normal doku ve serum örnekleri ile sağlıklıların doku ve serum örneklerinde GNG7metilasyonu tespit edilmedi. Metilasyon gözlenen OSCC hastalarında sağlıklı bireylere oranla 35 kat ekspresyonunda azalma saptandı. Ekspresyon seviyesinde artış ile nüks arasında (p=0,05) ve sigara kullanımına bağlı olarak ekspresyon seviyelerindeki artış ve azalış arasında ileri derecede istatistiksel anlamlılık tespit edilmiştir (p=0,0001).GNG7 geninin OSCC hastalarının alt gruplarında yapılacak daha geniş popülasyon içeren çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. GNG7 geninin, OSCC'nin tanı/erken teşhis ve takibinde biyomarker olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Demokan et al. identified 88.9% methylation of GNG7, a tumor suppressor gene, among patients with oral cavity cancer (n=9), a subgroup of head and neck cancer patients, in their study with North American head and neck cancer patients published in 2013. We hope to define the applicability of GNG7 as a biomarker for diagnosis / early diagnosis of OSCC by establishing an invasive/noninvasive technique. In this investigation, we collected tumor, normal, and serum samples from 50 patients with OSCC who were diagnosed and treated, as well as normal mucosal tissue and serum samples from 10 healthy individuals. The ratio of methylation and expression of the GNG7 gene, as well as the downregulation of the expression ratio due to methylation, were studied after the DNA was isolated. To demonstrate methylation, the QMSP method was utilized, and the QRT-PCR method was used to define expression levels. While decreased expression levels were found in 48%  (24/50) of tumor tissue after the study, increased expression levels were found in 32% (16/50). No significant change in expression levels was observed in 20% (10/50) of the patients. Methylation was identified in the promoter region of the gene in 18% (9/50) of the patients' tumor tissues. Reduced expression levels were seen in 7 of 9 (77.8%) of the patients who had methylation. In matched-normal OSCC tissue and serum samples, as well as normal mucosa and serum samples from healthy people, no methylation was identified. The gene's expression was shown to be 35 fold lower in OSCC patients with methylation than in the general population. After research with larger numbers of OSCC patients, it may be able to use the GNG7 gene, which has no methylation in healthy people, as a biomarker for OSCC early diagnosis and follow-up.