Karbapeneme dirençli pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam'a karşı in vitro duyarlılık yöntemlerinin karşılaştırılması ve bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması
Comparison of in vitro susceptibility methods against ceftazidime avibactam in carbapenem-resistant pseudomonas aeruginosa strains and investigation of some carbapenemase genes
Yazar: İSMAİL AYTAÇ ACAR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ HANDE AFŞARLAR
Hitit Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Seftazidim avibaktam duyarlılığını güvenilir bir şekilde belirlemek için alternatif yöntemlere ihtiyaç vardır. Bu çalışmada karbapenem dirençli Pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam duyarlılığını değerlendirmek için referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon ile disk difüzyon yöntemlerinin karşılaştırılması ve polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle sık görülen karbapenemaz genlerinin (KPC, IMP, VIM, NDM, OXA-48, GES) araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Mart 2021-Ocak 2023 tarihleri arasında Hitit Üniversitesi Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli 103 P. aeruginosa izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Seftazidim avibaktam duyarlılığının belirlenmesi için disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılmıştır. Karbapenemaz üretiminin fenotipik tayini, karbapenem inaktivasyon yöntemiyle yapılmıştır. Genotipik tayin için DNA izolasyonu yapıldıktan sonra polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi uygulanmış, çoğaltılan gen bölgeleri agaroz jel elektroforezi sayesinde yürütülmüş ve UV ışık altında görüntülenmiştir.
Bulgular: İzolatların %69'u sıvı mikrodilüsyon sonuçlarına göre seftazidim avibaktama duyarlı, %31'i seftazidim avibaktama dirençli bulunmuştur. Disk difüzyon yöntemi uygulanan 98 izolat, sıvı mikrodilüsyon sonuçlarıyla uyumlu sonuç vermiş olup iki izolat teknik belirsizlik alanı içerisinde bulunmuş, üç izolatta uyumsuz sonuç gözlenmiştir. Teknik belirsizlik alanı içinde bulunan izolatlar sıvı mikrodilüsyon ile duyarlı bulunmuştur. İki izolat disk difüzyon ile seftazidim avibaktama dirençli bulunup sıvı mikrodilüsyon ile duyarlı bulunurken, bir izolat disk difüzyon ile seftazidim avibaktama duyarlı bulunup sıvı mikrodilüsyon ile dirençli saptanmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile 2 NDM, 1 VIM ve 8 GES üreten izolat tespit edilmiştir. NDM ve VIM üreten üç izolatta karbapenem inaktivasyon metodu pozitifliği saptanmış, karbapenem inaktivasyon metodu sonucu pozitif olan iki izolatta ise karbapenemaz geni saptanamamıştır.

Abstract:
Objective: Alternative methods are needed to ceftazidime avibactam sensitivity detect reliably. In this study, it was aimed to compare the reference method broth microdilution and disk diffusion methods to evaluate ceftazidime avibactam susceptibility in carbapenem resistant Pseudomonas aeruginosa and to investigate the common carbapenemas genes (KPC, IMP, VIM, NDM, OXA-48, GES) using the polymerase chain reaction method.
Materials and Methods: Between March 2021 and January 2023, 103 carbapenem resistant P. aeruginosa isolates isolated from clinical samples sent to Hitit University Çorum Erol Olçok Education and Research Hospital Medical Microbiology laboratory were included in the study. Disc diffusion and broth microdilution methods were used to determine ceftazidime avibactam susceptibility. Carbapenem inactivation method was used for the phenotypic determination of carbapenemase production. After DNA isolation for genotyping determination, polymerase chain reaction method was applied, the amplified gene regions were move by agarose gel electrophoresis and viewed under UV light.
Results: According to the broth microdilution results of the isolates, 69% were found to be susceptible to ceftazidime avibactam, and 31% were found to be resistant to ceftazidime avibactam. 98 isolates to which the disk diffusion method was applied gave results compatible with broth microdilution results, two isolates were found within the area of technical uncertainty, and three isolates were observed discordant results.