Ceviz (juglans regia l.) için mikrosatellit (ssr)primerlerin geliştirilmesi
Development of microsatellite (ssr) markers inwalnut (j.regia l.)
Yazar: HAYAT TOPÇU
Danışman: PROF. DR. SALİH KAFKAS
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Ceviz = Walnut ; Juglans regia = Juglans regia

Özet:
Bu çalışmada daha önceki bir çalışmada J. nigra DNA'sı kullanılarak
oluşturulan ve 'GA' ile 'AC' tekrar dizileri ile zenginleştirilen genomik
kütüphanelerden dizayn edilen SSR primer çiftlerinin J. regia'da amplifikasyon ve
polimorfizm bakımından test edilmesi amaçlanmıştır. Toplam olarak 'GA' ile
zenginleştirilmiş kütüphanaden 99 adet SSR primer çifti test edilirken, 'AC' ile
zenginleştirilmiş kütüphaneden ise 241 primer çifti test edilmiştir. 'GA' ile
zenginleştirilmiş kütüphaneden geliştirilen SSR primer çiftlerinden 47 (%47.5) tanesi
bant üretmiş ve 19 tanesi (%19.2) polimorfizm gösterirken, 'AC' ile zenginleştirilmiş
genomik kütüphaneden geliştirilen SSR primer çiftlerinden 44 tanesi (%18.3) gradient
PCR sonucu bant vermiş ve bunlardan 13 tanesi (%5.4) polimorfik bulunmuştur. 'GA'
kütüphanesindeki 19 polimorfik SSR primerden 90 adet allel elde edilmiş ve bunların
66 tanesi (%73.4) polimorfizm gösterirken, 'AC' kütüphanesindeki 13 adet polimorfik
SSR primer çifti 81 adet allel üretmiş ve bunlardan 32 tanesi (%39.5) polimorfizm
göstermiştir. Özetle bu çalışmada 32 adet (%9.41) polimorfik SSR primer çifti
geliştirilmiş ve bu primerlerin 20 ceviz çeşi/genotipinde analizinden 98 adet polimorfik
allel elde edilmiştir. Bu polimorfik SSR primerleri açılım gösteren bir populasyonda da
('Maraş-12' X 'Kaplan-86') test edilmiş ve 13 tanesinin kodominant açılım gösterdiği
belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada geliştirilen SSR primer çiftleri bundan sonra
cevizde yapılacak genetik karakterizasyon, populasyon genetiği, genetik haritalama,
çeşitlerin tanımlanması ve genetik kaynakların karakterizasyonu gibi genetik
çalışmalarda kullanılabilir.

Abstract:
In this study, it was aimed to analyze SSR primer pairs based on their
amplification and polymorphism in J. regia, which were designed from J.nigra genomic
libraries enriched with 'GA' and 'AC' repeats in a previous study. Totally, 99 SSR
primer pairs were tested in 'GA' enriched libarary, whereas 241 SSR primer pairs were
tested in 'AC' enriched library. Forty-seven (%47.5) SSR primer pairs gave
amplification product and 19 of them showed polymorphism in 'GA' enriched library,
whereas 44 (%18.3) SSR primer pairs had products after gradient PCR and 13 of them
(%5.4) had polymorphism. Totally, 90 alleles were obtained from 19 polymorphic SSR
primers in 'GA' library and 66 of them were polymorphic, whereas 81 alleles were
amplified from 13 SSR primer pairs in 'AC' library and 32 of them (%39.5) showed
polymorphism. In a summary, 32 (%9.41) polymorphic SSR primer pairs were
developed in this study and they produced 98 polymorphic alleles in 20 walnut
cultivars/genotypes. These polymorphic SSR primers were also tested in a segregating
population (Maras-12 X Kaplan-86) and 13 of them showed codominant segregation. In
conclusion, these polymorphic SSR primer pairs can be used in the future genetic
studies in walnut such as genetic characterization, population genetic, genetic mapping,
cultivar identification and germplasm chracterization.