SU.86.86 metastatik ve BxPC-3 metastatik olmayan pankreas kanser hücre hatlarında keratin 19 (KRT 19) ve transmembran serin proteaz 4 (TMPRSS4) genlerinin ifade düzeylerinin karşılaştırılması
Comparison of expression levels of keratin 19 (KRT 19) and transmembrane serine protease 4 (TMPRSS4) genes in SU.86.86 metastatic and BxPC-3 non-metastatic pancreatic cancer cell lines.
Yazar: SEDA YAVUZARSLAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜREYYA BOZKURT
İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Hücre dizisi = Cell line ; Kreatin = Creatine ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Pankreas hastalıkları = Pancreatic diseases ; Pankreas neoplazmları = Pancreatic neoplasms

Özet:
Bu tez çalışmasında metastatik pankreas kanser hücre hattı SU.86.86 ile metastatik olmayan pankreas kanser hücre hattı BxPC3 hücrelerinde Keratin 19 (KRT 19) ve transmembran serin proteaz 4 (TMPRSS4) genlerinin ifade düzeyleri, transkripsiyonel aşamada belirlenecek ve olası farklılıklar ortaya çıkarılacaktır. Buradan bu iki genin pankreas kanserinde metastatik biyobelirteç olabilme kapasiteleri değerlendirilecektir. Araştırmanın amacı doğrultusunda hücre kültürü teknikleri, RNA izolasyonu, cDNA sentezi ve real time PCR yöntemleri kullanılmıştır. Pankreas hücre hatları kültüre edildikten sonra total RNA izolasyonu yapılıp komplementer DNA'lara dönüştürülmüştür. Kontrol grubu olarak insan bronşiyal epitel hücre hattı BEAS-2B kullanılmıştır. KRT19 ve TMPRSS4 genlerine özgü primerler tasarlanarak real time PCR yapılmıştır.
Araştırmada elde edilen gerçek zamanlı PCR sonuçlarının ∆∆Ct hesaplaması sonucunda SU8686 hücre hattında BEAS-2B kontrol hücre hattına göre,  TMPRSS4 geninin ifadesinde 1,31 kat azalış olduğu; KRT19 geninin ifadesinde ise 1234 kat artış olduğu saptanmıştır. Değerlendirilen diğer hücre hattı olan BxPC3 hücre hattında yapılan gerçek zamanlı PCR sonuçlarının ∆∆Ct hesaplaması sonucunda BEAS-2B kontrol hücre hattına göre, TMPRSS4 geninin ifadesinde 2,38 kat azalış, KRT19 geninin ifadesinde 183 kat artış saptanmıştır.

Abstract:
In this thesis study, expression levels of Keratin 19 (KRT 19) and transmembrane serine protease 4 (TMPRSS4) genes in metastatic pancreatic cancer cell line SU.86.86 and nonmetastatic pancreatic cancer cell line BxPC3 cells will be determined at the transcriptional stage and possible differences will be revealed. Here, the capacity of these two genes to be metastatic biomarkers in pancreatic cancer will be evaluated. Cell culture techniques, RNA isolation, cDNA synthesis and real time PCR methods were used for the purpose of the study. After pancreatic cell lines were cultured, total RNA was isolated and transformed into complementary DNAs. Human bronchial epithelial cell line BEAS-2B was used as a control group. Real time PCR was performed by designing primers specific to KRT19 and TMPRSS4 genes.
As a result of the Ct calculation of the real-time PCR results obtained in the study, it was found that the expression of TMPRSS4 gene decreased by 1.31 times in the SU8686 cell line compared to the BEAS-2B control cell line; A 1234-fold increase in expression of the KRT19 gene was found. As a result of the real-time PCR calculation of the BxPC3 cell line, which was the other cell line evaluated, a 2.38-fold decrease in the expression of the TMPRSS4 gene and an 183-fold increase in the expression of the KRT19 gene were found compared to the BEAS-2B control cell line.