Üriner sistem enfeksiyonlarında idrar kültürlerinden izole edilen gram negatif bakterilerde fosfomisin duyarlılığının saptanmasında otomatize sıvı mikrodilüsyon sistemi(vitek-2) ile agar dilüsyon yönteminin karşılaştırılması
Gram negative bacteria isolated from urine cultures in urinarytract infections to determinig fosfomycin sensitivity comparisonof broth microdilution automated system (vitek-2) against the agar dilution method
Yazar: EZGİ AKPINAR
Danışman: PROF. DR. SEBAHAT AKSARAY
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İstanbul Haydarpaşa Numune Eğt. ve Arş. Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Agar = Agar ; Fosfomisin = Fosfomycin ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Üriner sistem = Urinary tract ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections ; İdrar tahlili = Urinalysis ; İndikatör dilüsyon teknikleri = Indicator dilution techniques

Özet:
AMAÇ
Gram negatif bakterilerde fosfomisin duyarlılığının saptanması için Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri Komitesi (EUCAST) ve Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) tarafından önerilen referans yöntem agar dilüsyondur. Ancak bu yöntemin mikrobiyoloji laboratuvarlarında rutin olarak uygulanması zordur. Otomatize sistemlerde daha kolay ve pratik bir şekilde antibiyotik duyarlılığı saptanmaktadır. Çalışmamızda fosfomisin duyarlılığını saptamada kullanılan otomatize sıvı mikrodilüsyon sistemi altın standart agar dilüsyon yöntemi ile karşılaştırılarak rutin çalışmalarda kullanılabilirliğinin irdelenmesi amaçlanmıştır.
GEREÇ VE YÖNTEM
Çalışmamıza Haydarpaşa Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına 01.06.2019 – 31.12.2019 tarihleri arasında çeşitli kliniklerden gönderilen idrar örneklerinden üriner sistem enfeksiyon etkeni olarak izole edilen toplam 100 adet E.coli ve Klebsiella pneumoniae suşu dahil edilmiştir. MALDI-TOF MS ( bioMerieux, Fransa) ile tanımlanmış ve otomatize sıvı mikrodilüsyon sistemi (Vitek-2, bioMerieux, Fransa) ile antibiyotik duyarlılık testleri yapılmış suşların agar dilüsyon yöntemiyle fosfomisin duyarlılığı çalışılmıştır.
İki yöntemin karşılaştırılması amacıyla yapılan değerlendirmede yöntemler arasında, kategorik uyum(KU), temel uyum(TU), çok büyük hata(ÇBH), büyük hata(BH) değerleri hesaplanmıştır.
BULGULAR
İki yöntemin verileri karşılaştırıldığında KU; E.coli suşları için %100, K.pneumoniae suşları için %95,5 olarak saptanmıştır. E.coli suşları için BH ve ÇBH saptanmamıştır. K.pneumoniae suşlarında ise ÇBH saptanmazken, %18 oranında BH saptanmıştır.
SONUÇ
Çalışmamızda kategorik uyum oranlarının yüksek olmasına dayanarak Vitek-2 sisteminin rutin laboratuvarda kullanımının uygun olacağı düşünülmüştür. Ancak özellikle K.pneumoniae suşlarındaki yüksek hata oranları nedeniyle özellikle dirençli sonuçlar alınan izolatlarda referans yöntemle konfirme edilmeden sonuçların raporlanmaması gerektiği kanaati oluşmuştur.
	
	ANAHTAR KELİMELER: Fosfomisin, agar dilüsyon, otomatize sıvı mikrodilüsyon yöntemi, Vitek-2, gram negatif bakteri

Abstract:
Agar dilution is the reference method recommended by the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) and the Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI) for the detection of fosfomycin sensitivity in gram negative bacteria. However, this method is difficult to apply routinely in microbiology laboratories. Antibiotic sensitivity is determined more easily and practically in automated systems. The aim of our study was to compare the automated broth microdilution system used with the gold standard agar dilution method to detect fosfomycin sensitivity, and to examine its usability in routine studies.
MATERIALS AND METHODS
A total of 100 strains of E.coli and Klebsiella pneumoniae isolated as urinary tract infection agents from urine samples sent to Haydarpaşa Numune Training and Research Hospital Medical Microbiology Laboratory between 01.06.2019 and 31.12.2019 were included in our study. The susceptibility of the strains that were identified with MALDI-TOF MS (bioMerieux, France) and tested for antibiotic susceptibility with the automated broth microdilution system (Vitek-2, bioMerieux, France) were studied with the agar dilution method for fosfomycin susceptibility.
In the evaluation is made for comparing the two methods, categorical agreement, essential agreement, very major error, and major error values were calculated among the methods.
RESULTS
The datas of the two methods were compared, the categorical agreement was found 100% for E.coli strains and 95,5% for K.pneumoniae strains. No major error or very major error was detected for E. coli strains. While no very major error was detected in K.pneumoniae strains, 18% major error was detected.
CONCLUSION
Based on the high categorical agreement rates in our study, it was thought that the VITEK-2 system would be suitable for routine laboratory use. However, due to the high error rates in K.pneumoniae strains, it has been concluded that the results should not be reported unless confirmed with the reference method, especially in resistant isolates.

	KEYWORDS: Fosfomycin, agar dilution, automated broth microdilution method, Vitek-2, gram negative bacteria