Endometrium kanserinde fosfataz ve tensin homolog (PTEN) geni promotör metilasyonu
Promotor methylation of the phophatase and tensin homolog (PTEN) gene in endometrium cancers
Yazar: KEZBAN KORKMAZ
Danışman: DOÇ. DR. ÇETİN SAATÇİ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA ; Endometrial neoplazmlar = Endometrial neoplasms ; Endometriyum = Endometrium ; Fosforik monoester hidrolazlar = Phosphoric monoester hydrolases ; Genler = Genes ; Metilasyon = Methylation ; Metiltransferaz = Methyltransferase ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Sülfit = Sulfite

Özet:
Endometrium kanseri kadın genital sisteminin dünyada en sık rastlanan kanseridir. Endometrium kanseri çok görülmesine rağmen moleküler mekanizması ile ilgili bilgi çok azdır. Günümüzde endometrium kanseri için rutin klinik kullanımda olan moleküler bir belirteç yoktur. Son yıllarda kanserin genetik bir hastalık olduğunun daha iyi anlaşılmış olması ile birlikte kanser genetiği ile ilgili çalışmalar hız kazanmıştır. Bununla birlikte, Endometrium kanser gelişiminde çeşitli genetik faktörler rol oynamaktadır.
Bu faktörlerin başında, tümör baskılayıcı bir gen olan fosfataz ve tensin homolog  (PTEN) gelmektedir. Bu gen hücre döngüsünde, sinyal iletim yolunda, DNA tamiri ve apoptozisde görev alır. PTEN; tümörogenezis boyunca epigenetik mekanizmalardan DNA metilasyonu seviyesinin transkripsiyon düzeyinde sessizleşmesinde etkin rol alan bir gendir. DNA metilasyonunun, kanserin başlangıcı ve gelişimi ile ilişkili önemli bir moleküler belirteç olduğu bildirilmektedir. Endometrium karsinogenezisinde PTEN inaktivasyonunun erken dönemde karşımıza çıkabilecek bir durum olduğu düşünülmektedir.
DNA Metiltransferaz (DNMT) enzimleri tarafından katalizlenmektedir. DNMT?ler genellikle CpG adacıklarındaki sitozinin beşinci karbon atomuna bir metil grubu bağlamaktadır. CpG adacıkları genlerin özellikle promotör bölgelerinde bulunan korunmuş dizilerdir. Tümör baskılayıcı genlerin promotör bölgelerindeki DNA dizilerinin hipermetilasyonu ile genlerin ifadesi baskılanmaktadır. Bu nedenle PTEN geni promotör metilasyonu ve Endometrium kanseri arasında herhangi bir ilişki olup olmadığını belirlemek için bu çalışma planlanmıştır.
Çalışmamızda PTEN geninin promotör bölgesindeki beş CpG adacığının metilasyonunun tespiti için Endometrium kanserli hastaların tümör dokularından elde edilen DNA örneklerine bisülfit modifikasyonu yapıldıktan sonra, Pyrosekans metodu kullanılmıştır.
PTEN geninin endometrium kanserinin prognozundaki önemini vurgulamak için farklı evrelerdeki endometrium kanserli hastalar ve sağlıklı kontroller seçilerek; aralarındaki PTEN geni promotör bölgesi metilasyon farklılığı araştırılmak istenmiştir. Ancak hasta ve kontrol grubunda PTEN geni promotörundaki beş CpG adasında metilasyon tespit edilmemiştir. Bakılan bölgedeki metilasyon açısından hem Endometrium kanseri evreleri arasında hem de hasta ve kontrol grubu arasında anlamlı fark görülmemiştir.

Anahtar Kelimeler: Endometrium Kanseri, PTEN, DNA Metilasyonu, CpG Adacıkları, Bisülfit Modifikasyonu

Abstract:
Endometrium cancer is the most common type of female genital system cancers throughout the world. Nevertheless, despite its frequency, little information is available regarding its molecular mechanism. Currently, there exists no molecular marker routinely in use in clinical practice for endometrium cancer. With the recent understanding and realization that cancer is a genetic disease, studies in this field have gained impetus. With that, the role of genetic factors in the development of endimetrium cancer have also come under scrutiny.
Chief among these factors, a tumor suppressor gene PTEN, active in in cell transformation, signal communication trails, DNA reparation and apostosis plays a role. PTEN is a gene that actively participates in silencing the DNA methylation levels in epigenetic mechanisms, at the transcription level during tumorgenesis. It is reported that DNA methylation is an important molecular marker of the onset and development of cancer. It is considered here that PTEN inactivation is a situation that can be observed in the early stages  endofometrium carsinogenesis. 
DNA metilation is catalyzed by DNA methyl transferasis (DNMT) enzymes. DNA DNMT?s usually connect a methyl group to the fifth carbon atom of the cytosis in the CpG islets. CpG islets are protected series found particularly in the promotor regions of genes.
The expression of genes is suppressed through the hypermetilation of DNA series in the promotor regions of tumor suppressor genes. Thus, this study was planned to investigate whether any relationship can be established between the promotor methylation of the  PTEN gene and endometrium cancer.
In our study, bisulfite modification was applied on DNA samples obtained from the tissues of patients with endometrium cancer previous to testing by Pyrosequencing method in order to determine the methylation of the five CpG islets in the promotor region of the PTEN gene.
In order to emphasize the importance of the PTEN gene in the prognosis of endometrium cancer, patients at differing stages of the disease were selected, along with healthy controls, to study the methylation difference in the PTEN gene promotor region
However, no methylation was found either in the patient or the control groups, in the five CpG islets of the PTEN gene promotor. No significant difference could be discerned regarding the various stages of endometrium cancer or among patients and controls as far as methylation in the region under study is concerned.

Keywords: Endometrium cancer, PTEN, DNA Methylation, CpG Islets, Bisulfide Modification