Meme kanserinde CD40 geni kozak dizisi (-1) tek nükleotid polimorfizmi analizi
Analysis of CD40 gene kozak sequence (-1) single nucleotide polymorphism in breast cancer
Yazar: YUSUF DÖLEN
Danışman: PROF. DR. DİCLE GÜÇ
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Tümör Biyolojisi ve İmmünolojisi Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology

Özet:
Bir TNF-reseptör ailesi üyesi olan CD40 proteini, normalde antijen sunan hücrelerde eksprese olmaktadır. CD40, bulunduğu hücrelere aktivasyon ve çoğalma sinyalleri iletir. Birçok kanserli hücre tipinde varlığı tespit edilen CD40, normal meme epitelinde tespit edilmezken, meme tümör hücrelerinde yüksek düzeylerde bulunmaktadır. Bu çalışmada CD40 ekspresyon seviyesini etkileyen kozak dizisi (-1, C/T) tek nükleotid polimorfizminin meme kanseri hastalarındaki dağılımı araştırılmıştır. Bu amaçla, meme kanseri teşhisi konmuş olan 143, meme epitel neoplazisi olan 29 ve sağlıklı 93 bireyin periferik kan (88 hasta, 93 kontrol) ve parafin dokudan (55 karsinom, 29 neoplazi) izole edilmiş DNA örnekleri kullanılmıştır. CD40 geninin Kozak dizisi StyI enzimatik kesimini içeren PCR-RFLP tekniği ile analiz edilmiştir. Çapraz tablo istatistikleri için Ki-Kare testi uygulanmıştır. Sonuçta, CD40 Kozak dizisi polimorfizmi ile sporadik meme kanserleri ve neoplaziler arasında herhangi bir ilişki tespit edilmemişken (P=0.988) ailevi meme kanserlerinde CD40 kozak dizisi polimorfizmi diğer genetik faktörlerle birlikte potansiyel bir etkiye sahip görünmektedir (P =0.019). Araştırmamızın devamında, doku örneklerindeki CD40 ekspresyon seviyeleri belirlenecektir. Bu şekilde meme tümör dokusundan izole ettiğimiz DNA'lardaki CD40 Kozak dizisi polimorfizmi ile ekspresyon seviyeleri arasındaki ilişkinin varlığı, meme tümörlerindeki CD40 ekspresyon seviyeleri ile hastalığın kllinik bulguları ve ailesel yatkınlık arasındaki ilişki sorgulanacaktır

Abstract:
A TNF receptor family member protein, CD40 is normally expressed on antigen presenting cells. CD40 delivers activation and proliferation signals to the cells it is present on. As detected on many types of cancer cells, CD40 is available with high levels on breast cancer tissues but absent in normal mammary epithelium. In this study we identified the CD40 gene kozak sequence (-1, C/T) polymorphism distrubution of breast cancer patients which effects the CD40 expression levels. In order to achive that aim we have analysed DNA?s isolated from peripheral blood and paraffin embedded tissues of 143 breast cancer patients (88, 55 respectively), paraffin embedded tissues of 29 mammary epithelium neoplasia bearing subjects? and peripheral blood of 93 healty donors. An approach employing PCR-RFLP method incorporating StyI enzymatic digestion of CD40 gene kozak sequence has been carried out. Following the Chi-Square tests applied for cross table statistics we identified a significant decrease of CC genotype on familial breast cancer patients (P =0.019), but no means of difference within sporadic breast cancer patients, neoplasias or controls (P=0.988). These results suggest that CD40 kozak sequence polymorphism may have a potential effect on familial breast cancer with other hereditary factors. Ongoing studies will reveal CD40 expression levels on breast cancer tissue specimens according to CD40 kozak sequence polymorpisms and prognostic features which will provide valuable data compromising CD40 end product levels and breast cancer association.