Yozgat ilinde yetişen elma (Malus domestica) genotipleri ile bazı yerel ve yabancı çeşitlerin SSR markörlerle karakterizasyonu
Characterization of local apple (Malus domestica) genotypes from Yozgat province along with some local and foreign cultivars using SSR markers
Yazar: İLTERİŞ KUTLUĞ ÖNAL
Danışman: DOÇ. DR. MURAT GÜNEY
Yozgat Bozok Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı / Bahçe Bitkileri Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Elma (Malus domestica), önemli yumuşak çekirdekli meyvelerden biridir. Elma
genotipleri, ıslah çalışmaları için vazgeçilmez bir genetik materyaldir. Moleküler
markörler, bitki popülasyonundaki çeşitlilik veya popülasyon içindeki bitki genotipleri
arasındaki ilişkilerin tespitinde oldukça güvenilir tekniklerdir. SSR (Basit Dizi Tekrarları)
markör tekniği kullanılarak daha kısa sürede ve daha güvenilir sonuçlarla genetik
çeşitlilikler belirlenmektedir. Analizler sonucunda her bir SSR lokusu için 2 ile 16 arasında
değişen toplam 187 allel tespit edilmiş ve ortalama allel sayısı 8 olarak belirlenmiştir. En
yüksek allel sayısına BC226-SCAR lokusunda ulaşılmıştır. Genetik çeşitlilik sonucunda
etkili allelerin sayısı (Ne) 1.17 (MD-EXP7SSR) ile 9.11 (CH02C06) arasında
değişmektedir, ortalama değeri ise 4.67'dir. Gözlemlenen heterozigotluk (Ho), genotipler
arasında 0.16 ile 1.00 arasında değişirken, ortalama değeri 0.70 olarak bulunmuştur. En
yüksek heterozigotluk değeri (1.00), CH01H10, EMPC116, HI02D04 lokuslarında
belirlenmiştir. Beklenen heterozigotluk (He), CH02C06 ve BC226-SCAR lokuslarında en
yüksektir ve ortalama 0.72'dir. Lokusların polimorfizm bilgi içeriği (PIC) değerleri genetik
çeşitliliği ve markörlerin ayırım gücünü gösterir. Bu çalışmada, PIC değerleri 0.14 (MDEXP7SSR) ile 0.88 (CH02C06, BC226-SCAR) arasında değişmektedir. UPGMA yöntemi
ile elde edilen dendogram ve PCoA grafiği birlikte incelendiğinde elma çeşitlerinin ve
genotiplerinin iki farklı kümeye ayrıldığı daha sonra dört farklı alt kümelere bölündüğü
saptanmıştır. Genetik benzerlik katsayıları, 0.14 ile 0.88 arasında değişmektedir.
Dendrogram ile STRUCTURE sonuçları birbine çok benzemektedir. UPGMA, yapı analizi
ve PCoA kullanılarak incelenen genel genetik farklılaşma modelleri birbiriyle uyumludur.
Bu çalışma, Yozgat bölgesindeki elma genotiplerinin ve çeşitlerinin genetik çeşitliliğini ve
ilişkilerini başarılı bir şekilde karakterize etmiştir. Bu çeşitlilik, bölgenin elma genetik
kaynakları açısından zengin olduğunu ve ıslah çalışmaları için potansiyel teşkil ettiğini
işaret etmektedir.
2024, 40 Sayfa
Anahtar Kelimeler: : Elma, Malus domestica, SSR

Abstract:
Apple (Malus domestica) is a significant pome fruit, and its genotypes are essential for
breeding programs. Molecular markers, particularly the SSR (Simple Sequence Repeats)
technique, are highly reliable for identifying genetic diversity and relationships among
plant genotypes within a population. This study utilized SSR markers to quickly and
reliably determine genetic diversity in apple genotypes. The analyses identified a total of
187 alleles across SSR loci, with allele numbers per locus ranging from 2 to 16 and an
average of 8. The BC226-SCAR locus had the highest number of alleles. The number of
effective alleles (Ne) varied between 1.17 (MD-EXP7SSR) and 9.11 (CH02C06), with an
average of 4.67. Observed heterozygosity (Ho) among genotypes ranged from 0.16 to 1.00,
with an average of 0.70, and the highest values (1.00) were found at the CH01H10,
EMPC116, and HI02D04 loci. Expected heterozygosity (He) was highest at the CH02C06
and BC226-SCAR loci, with an average of 0.72. Polymorphism Information Content (PIC)
values, indicating genetic diversity and marker discrimination power, ranged from 0.14
(MD-EXP7SSR) to 0.88 (CH02C06, BC226-SCAR). The UPGMA dendrogram and PCoA
graph indicated that apple varieties and genotypes clustered into two main groups, further
divided into four subclusters. Genetic similarity coefficients ranged from 0.14 to 0.88. The
results of the dendrogram and STRUCTURE analysis were very similar, showing
consistent genetic differentiation patterns across UPGMA, structure analysis, and PCoA.
This study effectively characterized the genetic diversity and relationships of apple
genotypes in the Yozgat region, highlighting the richness of apple genetic resources in the
area and the potential for breeding programs.
2024, 40 Pages
Keywords: Apple, Malus domestica, SSR