Ege ve Akdeniz bölgesindeki gökkuşağı alabalıklarından izole edilen Flavobacterium psychrophilum şuşlarının fenotipik ve genetik farklılıklarının belirlenmesi
Determinatin of phenotypic and genotypic diversity of Flavobacterium psychrophilum strai̇ns isolated from rainbow trout farms in Eagean and Mediterranean region
Yazar: AHMET TAHİR ERSOY
Danışman: YRD. DOÇ. DR. SEÇİL METİN ; DOÇ. DR. ERTAN EMEK ONUK
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products

Özet:
Bu çalışma ile Ege ve Akdeniz bölgesindeki bulunan 14 ayrı Gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792) işletmesindeki anaç balıkların sperm, yumurta, gözlenmiş yumurta, keseli larva ve 0.2-5 gr ağırlığındaki larvalardan Flavobacterium psychrophilum'un varlığı ile fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla, Kasım 2012-Mart 2013 tarihleri arasında ticari alabalık işletmelerinden örnekler alınmıştır. Örneklerden olası F. pyschrophilum hücrelerinin izolasyonu konvansiyonel mikrobiyolojik metotlar kullanılarak yapılmış ve toplamda 172 adet izolat (enfekte balıkların karaciğerinden 53, dalağından 12 ve böbreklerinden 37, gözlü yumurtalardan 60, spermden 2, gözlü yumurtalardan 6 ve solungaçlardan 2) elde edilmiştir. Elde edilen tüm izolatların enzim aktivitesi API ZYM test sistemine göre tespit edilmiştir. Bu izolatların moleküler olarak doğrulanmasında F. pyschrophilum spesifik Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) metodu kullanılmıştır. Hasta balıklardan izole edilen 17 izolatın  (11 karaciğer, 3 dalak ve 3 böbrek)  ve standart suşun (F. psychrophilum NCIMB 1947T) F. psychrophilum'a özgü 971 bp'lik bant verdiği saptanmıştır. İzolatlar arası klonal ilşkinin belirlenmesi amacıyla RAPD-PCR metodu kullanılmıştır. Bu metoda göre F. psychrophilum izolatlarının beş farklı RAPD bant paterni verdiği saptanmış (F1-F5) ve izolatların % 85 benzerlik katsayısına göre bir "unique" tip (F1 nolu genotip) ve bir küme içerisinde gruplandığı belirlenmiştir. İzolatların, oksitetrasiklin, tobramisin, streptomisin, enoksasin, oksasillin, kloramfenikol, florfenikol, penisilin, klindamisin, tetrasiklin,  enrofloksasin, amoksilin, ampisilin, eritromisin, kanamisin ve sulfametoksazol+trimetoprim antibiyotiklerine karşı direnç durumu, disk diffüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Antibiyotik direnç profilinin değişken olduğu görülmüştür. İzolatların tamamının kloramfenikol, florfenikol, oksitetrasiklin ve enrofloksasin antibiyotiklerine karşı duyarlı olduğu belirlenmiştir.
Anahtar Kelimeler: Oncorhynchus mykiss, F. psychrophilum, identifikasyon, API ZYM, PCR, RAPD PCR 
2014, 69 sayfa

Abstract:
In this study, it was aimed to identify and investigate phenotypic and genotypic charecteristics with Flavobacterium psychrophilum presence in sperm, eyed egg, egg, sac fry and 0,2-5 g fry of broodstock in fourteen rainbow trout farms in Eagean and Mediterranean Region. For this purpose, samples were taken from commercial trout farms between 2012 (November)-2013 (March). Isolation of potential F. psychrophilum cells from samples were made using conventional microbiological methods and a total of 172 obtained strains. Enzyme activity of obtained 172 strains identified according to API ZYM test system.. PCR assay was used in molecular confirming of these strains. Then, 17 strains isolated from diseased fish (11 of them liver, 3 of them spleen, 3 of them kidney) and reference strains (F. psychrophilum NCIMB 1947T) were determined that showing specific 971 bp band to F. psychrophilum. RAPD-PCR assay was used to purpose identifying of clonal relationship between strains. F. psychrophilum isolates was determined that showing five different RAPD band patterns (F1-F5) according to this methods. This strains detected to be grouped into 1 cluster and according to similarity coefficient %85  "unique" type (F1 the genotype). Strains, oxytetracycline, tobramycin, streptomycin, enoxacin, ocsasil, chloramphenicol, florfenicol, penicillin, clindamycin, tetracycline, enrofloxacin, amoxycillin, ampicillin, erythromycin, kanamycin and sulfamethoxazole+ trimethoprim antibiotic resistance to the situation, was investigated by disc diffusion method. Showed that antibiotic resistance is variable. All isolates chloramphenicol, florfenicol, enrofloxacin oxytetracycline and were found to be sensitive to antibiotics.
Keywords: Oncorhynchus mykiss, F. psychrophilum, identification, API ZYM, PCR, RAPD PCR
2014, 69 pages