Klinik örneklerden izole edilen Clostridium difficile kökenlerinde toksin genlerinin araştırılması
Research of toxin genes of Clostridium difficile strains isolated from clinical specimens
Yazar: RUKİYE ARIN TABAKCI
Danışman: PROF. DR. NURVER ÜLGER
Marmara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Clostridium difficile = Clostridium difficile ; Enfeksiyon = Infection ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Toksinler = Toxins

Özet:
Son 20 yılda gerek hastane, gerekse toplum kaynaklı Clostridium difficile enfeksiyon insidans ve mortalitesinde belirgin bir artış görülmektedir. Bu çalışmada, hastanede yatanlarda gelişen veya  toplum kaynaklı ishali olan hastalarda toksijenik C. difficile insidansının ve izolatların toksin gen profillerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Marmara Üniversitesi Hastanesinden, Ağustos 2011- Ağustos 2013 tarihleri arasında ishali olan  2740 hastanın dışkı örnekleri dahil edilmiştir. Örneklerden C.difficile toksin varlığı, ticari bir enzim bağlı floresan çalışma (ELFA- VIDAS, Biomerieux, France) kiti ile araştırılmıştır. Dışkı örneklerinin aynı zamanda seçici besiyerinde ve anaerop ortamda kültürü yapılmıştır, İzole edilen organizmalar  MALDI-TOF MS (VITEK MS, BioMerieux, Fransa) ile tanımlanmış, toksinA, toksin B ve binary toksin genleri "in-house" polimeraz zincir reaksiyonu  ile tespit dilmiştir. Seksen dört hastanın dışkı örneğinden C.difficile üretilmiştir. Bu hastaların 76'sında toksin A ve toksin B genleri  (tcdA+/tcdB+)  saptanmıştır, ancak izolatlar arasında varyant kökenlere (tcdA-/tcdB+) veya binary toksin genine sahip olanlara rastlanmamıştır. Toksin A/B gen pozitiflik görülme oranı hastanede yatan hastalarda %6,6, toplum kaynaklı ishali olanlarda ise %1 bulunmuştur. Elde ettiğimiz verilere göre, şu an için varyant kökenler veya binary toksin genine sahip kökenlerle ilgili bir risk mevcut olmamakla birlikte, ileride oluşabilecek salgınların önlenmesinde veya kontrolünde bu tip araştırmaların sürdürülmesi ve izolatların özelliklerinin yakından izlenmesinin önemi büyüktür.

Abstract:
The incidence and mortality rate of hospital and community-acquired Clostridium difficile infection have increased remarkably during the last two decades. This study was designed to investigate the incidence of toxigenic C. difficile and toxin gene profiles of strains isolated from community and hospitalized patients with diarrhea. The stool specimens collected from 2740 patients at Marmara University Hospital, between August 2011- August 2013, were included to the study. The presence of C.difficile toxins in the samples has been screened by a commercial enzyme linked flouroscent assay (ELFA- VIDAS, Biomerieux, France). Stool samples were also cultivated on selective medium at anaerobic conditions, and the isolates were identified by MALDI-TOF MS (VITEK MS, BioMerieux, Fransa) system. In-house polymerase chain reaction was performed to investigate the presence of toxin A, toxin B and binary toxin genes. Stool specimens from 84 patients yielded C.difficile in culture. Clostridium difficile isolates from 76 of these  patients were found positive for toxin A and toxin B genes (tcdA+/tcdB+), however there were neither variant strains (tcdA-/tcdB+) nor binary toxin gene positive isolates among tested bacteria. The incidence of toxinA/B gene positivity  among hospitalized and community acquired patients were  6.6% and 1%, respectively. The current data have indicated that for the time being there were no risk for isolates producing new toxin variants or binary toxin, however, continuous monitorization of such C.difficile strains is of crucial importance in order to detect the emergence of those strains and establish necessary control and preventive measures.