Türkiye'de yetişen Serratula L. (Asteraceae) cinsine ait taksonların ITS nrDNA ve trnl-F cpDNA dizileriyle moleküler sistematik analizi
Molecular systematic analysis of the genus Serratula L. (Asteraceae) distributed in Turkey using ITS nrDNA, trnl-F cpDNA
Yazar: NECLA ŞAHİN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. FATİH COŞKUN
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Yapılan çalışmalar neticesinde Türkiye'de Serratula L. (Asteraceae) cinsine ait 18 takson belirlenmiştir.Serratula L. türleri ile birçok alanda çalışma yapılmış olmasına rağmen, filogenetik ilişkileri için henüz moleküler genetik verilere dayalı bir analiz yapılmamıştır. Bu çalışmada; Türkiye'de yayılış gösteren Serratula cinsinin taksonlarının moleküler sistematik analizi yapılmıştır. Çalışmada çekirdek DNA'sının (nrDNA) ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgesi ve kloroplast DNA'sının trnL-F kullanılmıştır. Herbaryum bitki materyallerinden genomik DNA'lar, fenol-kloroform-izoamilalkol ve SIGMA ticari kiti kullanılarak elde edilmiştir. İzolasyonu yapılan gDNA'ların ITS bölgeleri ITS5A ve ITS4 primerleri kullanılarak trnL-F bölgeleri ise trnL-e ve trnL-Ff primerleri kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır. DNA dizileme reaksiyonları sonucu elde edilen DNA dizilerinin işlenmesinde SEQUENCHER programı kullanılmıştır. DNA dizilerinin hizalanmasında CLUSTAL W programı ve filogenetik analiz için ise PAUP*4.0b10 programı kullanılmıştır.Çalışmaya göre, ITS bölgesinin analizi ile oluşturulan ağaçların trnL-F bölgelerine göre oluşturulan ağaçlardan sistematik açıdan, morfolojik verilerle karşılaştırınca daha güvenilir sonuçlar verdiği ortaya çıkmıştır. Fakat her iki bölge de derin filogenetik ilişkileri çözmekte yetersiz kalmıştır. Sonuç olarak, dış grup olarak kullanılan taksonların yüksek düzeyde botstrap değerleriyle iç gruptan ayrıldığı ve iç grubun monofiletik olduğu görülmüştür. Ayrıca iç gruptan sekiz takson diğer iç grup taksonlarından yakın zamanda net bir şekilde ayrılmıştır.ANAHTAR SÖZCÜKLER: Serratula, nrDNA, ITS, Filogenetik Analiz, PAUP, Asteraceae, trnL-F, cpDNA

Abstract:
Although many investigations hava been done with Serratula species, an analysis based on molecular genetics data has not been done for the phylogenetic relationships yet. For this study; molecular systematic analysis of the Serratula taxa distributing in Turkey was performed. In the study, ITS nrDNA region of the nuclear genome and trnL-F region of the cpDNA used. Genomic DNAs from silica gel dried fresh leaf tissues and from herbarium materials were extracted using phenol-chloroform-isoamyl alcohol metod and SIGMA company?s plant DNA isolation kit. ITS region of the genomic DNAs using ITS5A and ITS4 primers and trnL-F region of the genomic DNAs using trnL-e and trnF-f primers were used to amplify regarding regions. SEQUENCHER software were used to edit DNAs obtained via DNA sequencing reactions. CLUSTAL W software for aligment of DNA sequences and PAUP*4.0b10 software for phylogenetic analysis were utilized.Phylogenetic trees based on ITS region were founded to be more reliable than phylogenetic trees based on trnL-F regions. Nevertheless ITS and trnL-F region datas don?t solve phylogenetic relationships problems for Serratula taxa. In conclusion, outgroup of taxas that used, separated from ingroups with high degree of botstrap outcome and because of this reason in group were found to be monophyletic. Besides, The eight taxas of ingroup separated from the other interior groups recently.KEYWORDS: Serratula, nrDNA, ITS, Phylogenetic Analysis, trnL-F, PAUP, cpDNA, Asteraceae