Hastanemizde izole edilen Karbapenem dirençli Enterobacterales suşlarında Karbapenemaz üretiminin fenotipik yöntemlerle tespiti
Determination of carbapenemase production by phenotypic methods in carbapenem resistant Enterobacterales strains isolated in our hospital
Yazar: FATİH ALKOÇ
Danışman: DOÇ. DR. IRMAK BARAN
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterobacter = Enterobacter ; Fenotip = Phenotype ; Karbapenemler = Carbapenems

Özet:
Alkoç F. Hastanemizde izole edilen karbapenem dirençli Enterobacterales suşlarında karbapenemaz üretiminin fenotipik yöntemlerle tespiti. Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, Ankara, 2018.
Amaç: Bu çalışmada karbapenem dirençli Enterobacterales türleri üzerinde çeşitli fenotipik yöntemler denenerek hızlı ve duyarlı bir şekilde karbapenemaz tespitinin yapılması ve enfeksiyon kontrolünün başarılı bir şekilde sağlanmasına yardımcı olacak yeni veriler elde edilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına 31 Ocak 2013 - 14 Şubat 2014 tarihleri arasında gönderilen klinik örneklerde, karbapenemlerden bir veya daha fazlasına azalmış duyarlılık saptanan Enterobacterales üyeleri rutin hastane enfeksiyonları surveyansı çerçevesinde izole edildi ve genleri tespit edilerek muhafaza edildi. Çalışmaya 69 karbapenemaz geni pozitif (62 blaOXA-48, 5 blaNDM-1, 2 blaOXA-48+NDM-1), 31 karbapenemaz geni negatif 100 izolat dahil edildi. İzolatların karbapenem MİK'leri E-test (ertapenem, meropenem: Ezy MIC™, HIMEDIA, Hindistan, imipenem: MIC Test Strip, Liofilchem, İtalya) yöntemi ile araştırıldı. İzolatlar üzerinde Karbapenem İnaktivasyon Metodu, β CARBA Test (Bio-Rad, ABD), Blue-Carba Test, RESIST-3 O.K.N. K-SeT (CORIS BioConcept, Belçika) ve MASTDISCS™ ID Carbapenemase Activity Test (CAT) discs (MAST Group, ABD) olmak üzere beş farklı fenotipik yöntem test edilerek, PZR ile karbapenemaz geni saptanması altın standart yöntem kabul edilip duyarlılık ve özgüllükleri hesaplandı.
Bulgular: Çalışmamızda ERT ve MEM E-test yönteminin duyarlılıkları EUCAST sınır değerleri baz alındığında sırasıyla %78 ve %72; cut-off değerleri baz alındığında her ise ikisi de %80 bulundu. Yöntemin özgüllüğü yine EUCAST sınır değerleri baz alındığında %65 ve %94; cut-off değerleri baz alındığında ise %58 ve %71 olarak bulundu. IPM E-test yönteminin duyarlılığı EUCAST sınır değerleri baz alındığında %58, özgüllüğü ise %100 bulundu. İzolatlar üzerinde test edilen Karbapenem İnaktivasyon Metodu, β CARBA Test, Blue-Carba Test, RESIST-3 O.K.N. K-SeT ve MASTDISCS™ ID Carbapenemase Activity Test (CAT) discs fenotipik yöntemlerinin duyarlılıkları sırasıyla %72, %72, %74, %72 ve %81 özgüllükleri ise sırasıyla %100, %100, %100, %100 ve %87 olarak bulundu.
Sonuç: Karbapenemaz üreticilerinin hızlı ve doğru tespiti zamanında temas izolasyonu ve antibiyotik tedavi kararlarının uygulanması için kritik öneme sahiptir. Genotipik testler karbapenemaz tespiti için altın standart olmaya devam etse de fenotipik testler basit, ucuz, rutin laboratuvar koşullarında ulaşılabilir yöntemler olarak karbapenemaz tespitinde kolaylıklar sunmakta, duyarlı ve özgül sonuçlar alınabilmektedir.
Anahtar kelimeler: Enterobacterales, karbapenemaz, fenotipik metot

Abstract:
Alkoç F. Determination of carbapenemase production by phenotypic methods in carbapenem resistant Enterobacterales strains isolated in our hospital. Ankara Numune Training and Research Hospital Medical Microbiology Clinic, Ankara, 2018.
Aim: In this study, we aimed to obtain new data which will help to make carbapenemase detection and infection control in a rapid and sensitive way by using various phenotypic methods on carbapenem resistant Enterobacterales species.
Material and Methods: In clinical samples submitted to the Ankara Numune Training and Research Hospital Medical Microbiology laboratory between January 31, 2013 and February 14, 2014, Enterobacterales members who were found to have reduced sensitivity to one or more of the carbapenems were isolated and maintained in the framework of routine hospital infection surveillance. A total 100 isolates that of 69 were carbapenemase gene positive (blaOXA-48, blaNDM-1), and 31 were carbapenemase negative, were included in the study. Carbapenem MIC values of isolates were investigated by E-Test method. The isolates were tested by five different phenotypic methods; such as Carbapanem Inactivation Method, β CARBA Test (Bio-Rad, USA), Blue-Carba Test, RESIST-3 O.K.N. K-SeT (CORIS BioConcept, Belgium) ve MASTDISCS™ ID Carbapenemase Activity Test (CAT) discs (MAST Group, USA) PCR was accepted as the gold standard method for carbapenemase gene detection and other method's sensitivities and specificities were calculated according to PCR.
Results: In our study, the sensitivity of ERT and MEM E-test was %78 and %72 respectively, based on EUCAST limit values; based on the cut-off values, each was %80. The specificity of the method was %65 and %94 respectively, based on EUCAST limit values; %58 and %71 based on cut-off values. The sensitivity of the IPM E-test method was %58 and the specificity was %100 based on EUCAST limit values. Sensitivities of the Carbapenem Inactivation Method, β CARBA Test, Blue-Carba Test, RESIST-3 O.K.N K-SeT and MASTDISCS™ ID Carbapenemase Activity Test (CAT) discs phenotypic tests on isolates were %72, %72, %74, %72 and %81 specificity were found as %100, %100, %100, %100 and %87 respectively.
Conclusion: The rapid and accurate detection of carbapenemase producers have a critical importance for the timely application of contact isolation and antibiotic treatment decisions. Although genotyping tests continue to be the gold standard methods for determining carbapenemase, phenotyping tests are easy, cheap, accessible in the routine laboratory conditions and they provide convinence for carbapenemase determining and provide sensitive and specific results.
Key words: Enterobacterales, carbapenemase, phenotypic method