Sparıdae (Perciformes, actinopterygii) türlerinde mitokondriyal genom evrimi
Mitochondrial genome evolution in sparidae (Perciformes, actinopterygii) species
Yazar: DENİZ KANCA
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MEHMET BAKİ YOKEŞ
Haliç Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology ; Deniz Bilimleri = Marine Science ; Genetik = Genetics

Özet:
Populasyon çalışmaları ve filogenetik analizler, türler içindeki ve türler arasındaki bağlantıları ortaya koymanın yanı sıra bireylerin kendi aralarındaki ve çevre ile etkileşimlerini de açıklamaya yarar. Farklı coğrafi ve iklimsel koşullara uyum sağlamaya çalışan türlerin gen havuzlarında olan değişimler evrimin temel mekanizmasını oluşturur. Bireylerin genetik yapısındaki değişime sebep olan mutasyonlar, bu mekanizmanın temel direğidir.Tür içinde ve türler arasındaki evrimsel ilişkileri açıklamak için belirli genler kullanılırlar. Bu genler sahip oldukları korunmuşluk derecesi veya hızlı değişim özellikleri ile populasyon çalışmalarının özelleşmesini sağlarlar. Mitokondrinin büyük çoğunlukla anasal kalıtım göstermesi, genomunun küçük olması, mutasyon hızının yüksek olması, aşırı değişken bölgelerdeki kodlayıcı veya düzenleyici bölgelerin eksikliği ve rekombinasyona uğramaması mitokondriyal genlerin markör olarak tercih edilme sebeplerindendir. Evrimsel olarak korunmuş 16S rRNA ve COI genleri türler arası filogenetik analizler ve tür-spesifik çalışmalar için uygundur.Bu çalışmada, Akdeniz'de yaşayan Sparidae (Perciformes, Actinopterygii) türlerinde tür içi ve türler arası evrimsel ilişkileri açıklamak için mitokondriyal 16S rRNA ve COI genleri MrBayes ve PAUP platformlarında incelenmiştir. Spicara cinsi kök atanarak çizilen soy ağaçları Diplodus cinsinin monofiletik olduğunu ve Oblada melanura türünün Diplodus cinsine dahil edilmesi gerektiğini, Dentex ve Pagellus cinslerinin parafiletik kökenlere sahip olduğunu göstermiştir.

Abstract:
Population studies and phylogenetic analyses exhibit interspecific and intraspecific relations while explaining inter individuals and environmental interactions.The changes in the gene pool of the species which endeavour the adaptation to the different geographical and climatological conditions constitute the fundamental mechanism of evolution. The mutations which cause the changes in the genetic structure of individuals are essential for this mechanism.Certain genes are used to describe interspecific and intraspecific evolutionary relations. These genes provide the specificity of population studies with their conservation degree or rapid change properties. Since mitochondria are generally maternally inherited, have a rapid mutation rate and a small genome along with the lack of coding and noncoding sites in hypervariable regions and nonoccurrence of recombination, mitochondrial genes are preferred markers. Evolutionary conserved 16S rRNA and COI genes are suitable for intraspecific phylogenetic analyses and species specific studies.In this study, mitochondrial 16S rRNA and COI genes have been investigated on MrBayes and PAUP platforms in order to explain interspesific and intraspecific relations in Sparidae (Perciformes, Actinopterygii) members native to Mediterranean Sea. It has been shown that genus Dentex and Pagellus have paraphyletic origin while genus Diplodus has monophyletic origin and that Oblada melanura should be included in Diplodus genus, when genus Spicara are assigned as outgroup on the phylogenetic tree.