Türkiye'de işitme kaybı segregasyonu gösteren ailelerde moleküler genetik çalışmalar
Molecular genetic studies in Turkish families segregating hearing loss
Yazar: NEVRAH NAL
Danışman: PROF.DR. GÜVEN LÜLECİ
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2005
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
ÖZETKalıtsal nonsendromik işitme kaybı bulunan olguların %69'undakonneksin26 proteinini kodlayan GJB2 geninde 100'den fazlamutasyon tanımlandığı için, öncelikle 23 ailenin her birinden 2etkilenmiş birey olmak üzere toplam 50 bireyde GJB2 geninde DNA dizianalizi ile mutasyon taraması yapıldı. 8 ailenin bireylerinde GJB2geninde 35delG ve delE120 olmak üzere 2 değişik mutasyon saptandı.GJB2 geninde mutasyon taşımadıkları saptanan 7 aile, bağlantıanalizine uygunluklarını saptamak ve bir kontrol olması amacı ilebilgisayar simülasyon programı olan SLINK analizine alındı. SLINKanalizi sonuçlarına göre tahmini lod değerleri, 1.97 ile 4 arasındahesaplanan 6 ailenin etkilenmiş ve etkilenmemiş bireylerinde tahminimaksimum lod değeri 1'in altında olan 1 ailenin ise sadece etkilenmişbireylerinde, genom taraması yapıldı. Yaklaşık olarak 10 cM aralıklarlagenoma dağılmış, polimorfik markırlarla genom taramasıgerçekleştirilmiş 7 aileden, SLINK analizi sonuçlarına göre, tahminimaksimum lod değerleri istatistiksel olarak anlamlı bulunan 4 ailebağlantı analiz programına alındı. 4 aileden 1'inde DFNB3 bölgesindelokalize olan D17S1294 markırı için maksimum lod değeri 3.23 olarakhesaplandı. Bazı markırlar için pozitif lod değerleri hesaplanan 3ailede, ek markırlarla yapılan tarama sonucunda, 1 ailede daha DFNB3bölgesinde lokalize olan D17S2196 ve bu bölgedeki MYO15A genininintronik dizisinde lokalize olan D17S2207 markırı için maksimum loddeğeri sırası ile 3.48 ve 3.21 olarak bulundu. Bu 2 ailede MYO15A geniiçin DNA dizi analizi ile mutasyon taraması yapıldığında ailelerden1'inde genin 33 no'lu ekzonunda yanlış anlamlı yeni bir mutasyon(V2266M) bulundu. Ek markırlarla tarama sonucunda ise diğer 2ailede gerçek bir bağlantı saptanmadı. Sadece genom taramasınaalınan 2 ailede, genomun herhangi bir bölgesinde anlamlı birhomozigosite saptanamadı. Bu çalışmada, Türk populasyonundakalıtsal nonsendromik otozomal resesif işitme kaybının MYO15A geniile bağlantılı olduğu ilk defa gösterildi.Anahtar kelimeler: Kalıtsal nonsendromik işitme kaybı, GJB2mutasyon analizi.3

Abstract:
ABSTRACTAs more than 100 mutations have been detected in the GJB2 genewhich encodes connexin 26 protein in 69% of nonsyndromic hearingloss patients, 2 affected individuals from each of 23 families werescreened for mutations in the GJB2 gene by automated sequencing. Wedetected 2 different mutations, 35delG and delE120, in members of 8different families. 7 of the families, who did not have any mutations inthe GJB2 gene, were analyzed by a simulation program called SLINK, todetermine if they were informative enough for a genome wide linkagescan and to be used as controls. As a result of SLINK analysis, genomewide scans were carried out in the affected and unaffected individualsfrom 6 families whose estimated maximum lod scores were between 1.97and 4, and in only the affected individuals from 1 family whoseestimated maximum lod score was less than 1. From these 7 familieswho were genome wide screened using highly polymorphic microsatellitemarkers which are spaced 10 cM apart on average, 4 families whoseestimated maximum lod scores were statistically significant as a resultof SLINK, were analyzed using Linkage software to localize the diseasegene. The maximum lod score for the D17S1294 marker localized in theDFNB3 region was calculated as 3.23 in 1 of these families. As a resultof genome screening with additional markers, the maximum lod scoresfor the D17S2196 marker localized in the DFNB3 region and for theD17S2207 marker localized in the intronic sequence of the MYO15Agene in this region, were calculated as 3.48 and 3.21, respectively, inanother family. In one of these two families who were sequenced to findmutations in the MYO15A gene, a missense mutation (V2266M) wasfound in exon 33 of MYO15A. We didn?t detect linkage in the other 2families. In 2 families to whom only genome wide scan was performed,we didn?t detect any significant homozygosity in any region. In thisstudy it was shown for the first time that nonsyndromic autosomalrecessive hearing loss is associated with MYO15A in Turkish population.Key Words: Hereditary nonsyndromic hearing loss, GJB2 mutationalanalysis.4