Sepsis tanısında moleküler yöntemlerin konvansiyonel yöntemler ile karşılaştırılması
Comparison with conventional methods in molecular methods in the sepsis diagnosis
Yazar: AYŞE ÜNAL EŞİYOK
Danışman: PROF. DR. SERKAN ÖNCÜ
Adnan Menderes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Kan kimyasal analizi = Blood chemical analysis ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sepsis = Sepsis ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
Sepsis Tanısında Moleküler Yöntemlerin Konvansiyonel Yöntemlerle Karşılaştırılması 
Sepsis, birçok sistemi tutan, özellikle hemodinamik değişikliklere yol açabilen, şok, organ fonksiyon bozukluğu ve yetmezliğine kadar gidebilen öldürücü bir enfeksiyon hastalığıdır. Tüm tıbbi gelişmelere karşın sepsis halen yüksek mortalite ile seyreden bir klinik tablodur.Erken tanı ve tedavi prognozu olumlu yönde belirleyen en önemli etmendir. Etkeni belirleme konusunda günümüzde en sık kullanılan test kan kültürüdür; ancaketkinliği istenilen düzeylerde değildir. Moleküler tetkikler bu konuda geleceği olan uygulamalardır. Bu çalışmada moleküler yöntemlerden polimeraz zincir  reaksiyonuyönteminin, sepsis tanısındaki etkinliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 
Çalışmamıza sepsis tanısı konulan 116 hasta dahil edilip, toplamda 232 kan örneği incelenmiştir.  Hastaların 74 (%64)'ü erkek, 42 (%36)'si kadın idi. Hastaların yaşları 17- 90 (60,74 ±16.263) arasında değişmekte idi.  Çalışmamızda sepsis ataklarındaetken mikroorganizmayı saptama oranı kan kültürü ile %47,4 iken PCR ile pozitif sonuç alınamadı. Tüm hastalardan alınan toplam 232 şişe kan kültürünün 90 (%38,79)'ında üreme saptanmıştır. 
Kan kültüründe üreyen mikroorganizmaların dağılımı yapıldığında en çok Gram pozitif bakteri üremesi (n:49, %54,44) saptanmış olup, bunları Gram negatif bakteriler (n:32, %35,56) ve Candida spp.(n:9, %9)türleri izlemiştir. En fazla üreyen mikroorganizmalar sırasıyla KNS (%43,3), E.coli(%10) ve Candida spp. (%10) idi.
 Çalışmamızda hiç bir örnekte PCR pozitifliğine rastlanmamasının nedeni olarak, daha önce yapılmış diğer çalışmalardan farklı bir PCR yöntemi olan klasik PCR yönteminin kullanılmış olmasını düşünmekteyiz. Çalışmamızda kullanılan klasik PCR yöntemi ile örneklerden 16S rRNA geninin çoğaltılamaması ise yeterli bakteri DNAsı bulunmamasına bağlı olabilir. Amplikonlardan nested PCR ile 16S rRNA geninin daha küçük fragmanlarının elde edilebilmesi mümkün olabilir ya da daha önceki çalışmalarda kullanılan Multipleks real time PCR temelli yöntemlerle PCR çalışılması uygun olacaktır

Abstract:
Comparison With Conventional Methods In Molecular Methods In The Sepsis Diagnosis 
Sepsis is a multisystem disease, typically leading to hemodynamic changes, shock, organ dysfunction and organ failure and can be life threatening.Despite all medical advances, sepsis is still a clinical entity associated with high mortality.Early diagnosis and treatment is the most important factor in determining prognosis in a positive way. The most widely used test to identify the etiology is blood culture; but efficiency is not at the desired level.Molecular tests are the future applications in this regard.In this study, the efficacy of the molecular polymerase chain reaction was investigated in comparison to blood culture for to identify the causative microorganism of sepsis. 
116 patients diagnosed as sepsis were included in the study and a total number of 232 blood samples were examined. 74 of the patients were male(64%) and the other 42 were female(36%).Age of the patients ranged between 17 to 90 ( 60.74 ± 16,26).While the ratio of blood culture positivity was 47.4%, there was no positive results with PCR. A total of 232 blood cultures were collected and positivity was detected in 90 (38.79%) bottles. Gram positive isolates were the most isolated microorganisms followed by Gram negative bacteria and Candida spp.  The most commonly isolated microorganisms were coagulase negative staphylococci (43.3%), E.coli (10%) and Candida spp. (10%). 
The negative results of PCR detected in the study is thought to be the the result of the used PCR method. The low DNA levels in samples is the probabl reason for the negative results of  classical PCR.  Nested PCR or multiplex real time PCR methods which may detect small fragments of 16S rRNA would be more suitable for molecular detection of microorgansims.