Erzurum ilindeki kedi ve köpek dışkılarında campylobacter türlerinin prevalansının araştırılması
Investigation of the prevalence of campylobacter species from cat and dog feces in Erzurum province
Yazar: MUSTAFA YILDIZ
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET CEMAL ADIGÜZEL
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Dışkı = Feces ; Erzurum = Erzurum ; Kampilobakter enfeksiyonları = Campylobacter infections ; Kediler = Cats ; Köpekler = Dogs ; Prevalans = Prevalence ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Bu çalışmanın amacı Erzurum ilinde hayvan barınağında bakılan kedi ve köpeklerden kampilobakter prevalansının saptanması, izolatların seçilmiş antibiyotiklere karşı minimum inhibisyon konsantrasyon (MİK) değerlerinin belirlenmesi ve bu antibiyotiklerle ilgili direnç genlerinin PCR ile araştırılması amaçlandı. 
Materyal ve Metot: Bu amaçla 124 kedi ve 126 köpeğe ait toplamda 250 rektal swab örneği (sağlıklı ve ishalli hayvanlardan) alındı. Alınan örnekler supplementli Mueller Hinton agara (MHA-SS) ekilerek mikroaerofilik koşullarda 37°C'de inkübasyona kaldırıldı. İnkübasyon süresi sonunda şüpheli kolonilerden saf kültürler elde edilerek ileri analizlerde kullanılması amacıyla %25 gliserol içeren Mueller Hinton sıvı besiyeri (MHB) içerisinde -80°C'de saklandı. Şüpheli izolatların doğrulaması cins ve tür spesifik primerler kullanılarak PCR ile yapıldı. İzolatların MİK değerleri azitromisin, siproflaksasin, eritromisin, florfenikol, tetrasiklin, gentamisin, nalidiksik asit ve klindamisine karşı sıvı mikrodilüsyon tekniği ile araştırıldı. 
Bulgular: Analiz sonrasında 26 izolatın Campylobacter spp. olduğu belirlenerek bunlardan 25'ini C. jejuni ve birinin ise C. coli olduğu PCR ile doğrulandı. C. jejuni izolatlarının %19.2'si nalidiksik asite, %7.7'si siprofloksasine, %3.8'i tetrasiklin ve gentamisine dirençli olarak bulundu. C. coli izolatı ise test edilen antibiyotiklerin tamamına duyarlı olarak saptandı. Fenotipik antibiyotik dirençli C. jejuni izolatlarının direnç genlerini araştırmak için yapılan PCR analizi sonucunda kinolon grubu (nalidiksik asit ve siprofloksasin) antibiyotiklere dirençli izolatların tamamı gyrA geni (%100), tetrasiklin ve gentamisin dirençli olduğu, birer izolatın ise sırasıyla tetO ve aphA-3 geni taşıdığı saptanmıştır. 
Sonuç: Sonuç olarak bu çalışmada sağlıklı ve ishalli hayvanlardan toplanan örneklerde antibiyotik dirençli termofilik kampilobakter türlerinin varlığına rastlanmıştır. Özellikle tedavide önce bakteriyolojik kültür yapılması sonrasında ise antimikrobiyal duyarlılık testlerine göre tedavi seçeneğinin uygulanması gerektiği düşünülmüştür. Campylobacter türlerinin köpekler ve kedilerdeki varlığını, patojenik rolünü ve bunların zoonotik etkilerini belirlemek için gelişmiş tanı metodolojileri ve uygun deneysel modeller ile daha fazla epidemiyolojik çalışmalara ihtiyaç olduğu düşüncesindeyiz.
Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal direnç, Campylobacter, Dışkı, Kedi, Köpek.

Abstract:
Aim: The aim of this study was to determine the prevalence of Campylobacter from cats and dogs kept in an animal shelter in Erzurum province, to determine the minimum inhibition concentration (MIC) values of the isolates against selected antibiotics and to investigate the resistance genes related to these antibiotics by PCR.
Material and Method: For this purpose, a total of 250 rectal swab samples (from healthy and diarrheic animals) from 124 cats and 126 dogs were collected. The samples were cultured on supplemented Mueller Hinton agar (MHA-SS) and incubated at 37°C under microaerophilic conditions. At the end of the incubation period, pure cultures were obtained from suspected colonies and stored at -80°C in Mueller Hinton liquid medium (MHB) containing 25% glycerol for further analysis. Suspected isolates were confirmed by PCR using genus and species-specific primers. MIC values of the isolates were analyzed against azithromycin, ciprofloxacin, erythromycin, florfenicol, tetracycline, gentamicin, nalidixic acid, and clindamycin by broth microdilution test. 
Results: After the analysis, 26 isolates were identified as Campylobacter spp. 25 of them were confirmed as C. jejuni and one as C. coli by PCR. Of the C. jejuni isolates, 19.2% were resistant to nalidixic acid, 7.7% to ciprofloxacin, 3.8% to tetracycline, and gentamicin. C. coli isolate was susceptible to all antibiotics tested in th,s study. As a result of PCR analysis performed to investigate the resistance genes of phenotypically antibiotic resistant C. jejuni strains, it was found that all isolates resistant to quinolone group antibiotics (nalidixic acid and ciprofloxacin) carried the gyrA gene (100%), while one isolate resistant to tetracycline and gentamicin carried tetO and aphA-3 genes, respectively. 
Conclusion: In conclusion, in this study, antibiotic resistant thermophilic Campylobacter spp. were found in samples collected from healthy and diarrheic animals. It was thought that bacteriologic culture should be performed first and then the treatment option should be applied according to antimicrobial susceptibility tests. We think that more epidemiological studies with advanced diagnostic methodologies and appropriate experimental models are needed to determine the presence, pathogenic role and zoonotic effects of Campylobacter species in dogs and cats.
Key Words: Antimicrobial resistance, Campylobacter, Cat, Dog, Feces.