Kangal Akkaraman koyunlarında mitokondriyal dna COX1 gen polimorfizmlerinin belirlenmesi
Determination of mitochondrial dna COX1 gene polymorphysm in Kangal Akkaraman sheep
Yazar: TURAN KÜRŞAD BÜYÜK
Danışman: DOÇ. DR. SEVGİ DURNA DAŞTAN
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Genetik yöntemlerin, çiftlik hayvanlarının karakterlerinin tanımlanmasında, çeşitlilik ve farklılıklarının belirlenmesinde kullanımının yanında en büyük avantajı canlıda büyüme gelişmeyle ortaya çıkacak verim özelliklerinin erken dönemde belirlenmesi ve uygun sürü yönetiminin sağlanmasıdır. Ayrıca genetik analizlerin taşınan hastalık veya direnç özelliklerinin de canlı bireyde embriyonik dönemde veya yavrunun çok erken dönemlerinden itibaren belirlenmesine fırsat vermesi çok önemlidir. Genetik araştırmalar, canlının çekirdek DNA'sı ve organel DNA'larından yararlanılarak yapılmaktadır. Akkaraman koyun ırkı Türkiye'de en fazla bulunan ve Tarım ve Orman Bakanlığı tarafından "Yerli gen kaynaklarının korunması ve halk elinde hayvan ıslahı projeleri" kapsamında bulunan önemli küçükbaş hayvan ırklarımızdandır. Kangal Akkaraman koyun ırkı ise 2012 yılından beri ayrı bir ırk olarak kabul edilen ve gen merkezinin, Sivas ilinin Kangal ilçesi olduğu söylenen, çeşitli verim özellikleri bakımından değerli bulunan bir ırk olup Sivas'ın önemli biyolojik zenginliklerinden birisidir. Bu çalışmanın amacı Sivas ilinde yetiştirilen Kangal Akkaraman koyun ırkında mitokondriyal DNA gen polimorfizmlerinin, PCR ve dizileme yöntemleri ile belirlenmesidir. Kangal Akkaraman koyun örneklerinin mitokondriyal COXI bölgesi çoğaltılarak, tüm bireylerde barkod bölgesini içine alan 675 bp'lik bölge sekanslanmış ve oluşturulan bu sekanslar için GenBank accession numaralarının alınması için müracaat edilmiştir. COXI bölgesine ait bu diziler 648 bplik barkod bölgesini içermektedir, çoğu identiktir ve korunmuştur. Neighbour Joining ağacına göre dalların ayrım gücü oldukça

yüksektir. Her bir dizi için elde edilen barkod verisine BOLD System Public Data Portal üzerinden ulaşılabilir. Kangal Akkaraman ırkında mitokondriyal DNA COX1 gen polimorfizmleri daha önce çalışılmamıştır ve varyasyonlarının karşılaştırılması da bir ilk niteliğindedir.

Abstract:
In addition to the use of genetic methods to define the characteristics of farm animals, to determine their diversity and differences, the biggest advantage is to determine the yield characteristics that will emerge with growth and development in the livestock in the early period and to provide appropriate herd management. In addition, it is very important that genetic analyzes allow the determination of the transmitted disease or resistance characteristics in the livestock individual during the embryonic period or from the very early stages of the offspring. Genetic research is carried out by making use of the nuclear DNA and organelle DNA of the animals. Akkaraman sheep breed is one of the important breeds, which is the most abundant in Turkey and covered by the Ministry of Agriculture and Forestry within the scope of "Protection of local gene resources and animal breeding projects in the hands of the public". Kangal Akkaraman sheep breed, on the other hand, is a breed that has been accepted as a separate breed since 2012 and whose gene center is said to be the Kangal province of Sivas city, and is one of the important biological wealth of Sivas. The aim of this study is to determine mitochondrial DNA gene polymorphisms in Kangal Akkaraman sheep breed in Sivas city by Polymerase Chain Reaction (PCR) and sequencing methods. Mitochondrial COI region of Kangal Akkaraman sheep samples was amplified, 675 bp region including the barcode region was sequenced in all individuals and GenBank accession numbers were applied for these sequences. These sequences of the COI region contain the 648 bp barcode region, most of which are identical and conserved. According to the Neighbor Joining tree, the discriminating power of the branches is quite high. The barcode data obtained for each series can be

accessed through the BOLD System Public Data Portal. Mitochondrial DNA COX1 gene polymorphisms have not been studied in the Kangal Akkaraman breed before, and the comparison of variations is also a first.