Nohut yanıklık etmeni Ascochyta rabiei izolatları arasındaki genetik farklılığın iPBS VE SCoT DNA markörleri ile incelenmesi
Investigation of genetic differences between chickpea blight agent ascochyta rabiei isolates with iPBS and SCoT DNA markers
Yazar: MEHMET ALPEREN SERTKAYA
Danışman: PROF. DR. GÖKSEL ÖZER
Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Nohut = Chickpea

Özet:
Nohut yanıklık etmeni Ascochyta rabiei bitkide çok önemli zararlara yol açmaktadır. Bu çalışmada Ankara ve Çankırı ilinde farklı lokasyonlardaki nohut ekim alanlarındaki sörveylerden elde edilmiş hastalıklı nohut bitkileri kullanılmıştır. Toplam 7 farklı lokasyondan alınan hastalıklı bitkilerden yapılan izolasyonlar, etmen sporulasyonu için en uygun ortam olan nohut unu agar ortamına gerçekleştirilmiştir. İzotlatların genomik DNA'sı izolasyonu CTAB tabanlı bir yöntem ile gerçekleştirilmiştir. Elde edilen A. rabiei izolatların arasındaki tür içi genetik çeşitlilik iPBS (inter-Priming Binding Sites) ve SCoT (Start Codon Targeted) DNA markör sistemleri kullanılarak araştırılmıştır. Yapılan ön çalışmalarda gruplarının ayrımı ve grup içindeki genetik farklılıkları değerlendirmede polimorfizm sağlaması beklenen SCoT primerleri (13, 28, 29, 32) seçilmiş ve tüm izolatlar arasındaki tür içi farklılıkları tespit etmek amacıyla kullanılmıştır. iPBS primerleri ile amplifiye edilmiş polimorfik bantların sayısı 11 ile 15 arasında değişirken, SCoT işaretleri ile 7-13 arasında değişmektedir. iPBS ve SCoT işaret sistemleri için ortalama güçlendirilmiş PCR ürünü sayısı sırasıyla 10, 12, 13 ve 11 olarak bulunmuştur. Buna rağmen iPBS ve SCoT markör sistemi ile izolatlar arasında tür içi polimorfizm saptanmamıştır. iPBS ve SCoT markör sistemlerinin A. rabiei izolatlarının tür içi ayrımında iyi bir DNA markör sistemi olmadığı ve daha geniş patojen popülasyonları ile araştırılması gerekliliği kanısına varılmıştır.

Abstract:
The causative agent Ascochyta rabiei causes significant damage to chickpea plants. In this study, diseased chickpea plants obtained from different locations in Ankara and Çankırı provinces were used. Isolations from diseased plants collected from a total of 7 different locations were performed on chickpea flour agar medium, which is the most suitable medium for pathogen sporulation. The genomic DNA of the isolates was extracted using a CTAB-based method. The intra-species genetic diversity among the obtained A. rabiei isolates was investigated using the iPBS (inter-Priming Binding Sites) and SCoT (Start Codon Targeted) DNA marker systems. In preliminary work, the SCoT primers (13, 28, 29, 32) that were expected to provide polymorphism in distinguishing groups and evaluating genetic differences within groups were selected and used to detect intra-species differences among all isolates. The number of polymorphic bands amplified by iPBS primers ranged from 11 to 15, while the number of SCoT markers ranged from 7 to 13. The average number of amplified PCR products for iPBS and SCoT marker systems was found to be 10, 12, 13, and 11, respectively. However, no intra-species polymorphism was detected among the isolates using the iPBS and SCoT marker systems. It was concluded that the iPBS and SCoT marker systems are not suitable DNA marker systems for intra-species differentiation of A. rabiei isolates and further investigation with larger pathogen populations is necessary.