MEFV geninde allelik ifadenin kantitasyonu
Quantitation of the allelic expression for MEFV gene
Yazar: MELEK EMİNE UÇAR
Danışman: PROF. DR. ENGİN YILMAZ
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA), otozomal resesif kalıtılan otoinflamatuar bir hastalıktır. AAA hastalığı MEFV (MEditerranean FeVer) genindeki mutasyonlar sonucunda görülmektedir. AAA, otozomal resssif kalıtım gösteren monogenik bir hastalık olarak tanımlanmışsa da, tek allelde mutasyon taşıyan ve AAA fenotipi gösteren hastalar bulunmaktadır. Bu tez çalışmasının amacı, bu bireylerde görülen AAA fenotipinin nedeninin araştırılmasıdırTek allelinde mutasyon taşıyan 24 AAA hastası DNA dizi analizi ile incelendiğinde 4 hastada ikinci allelerdeki mutasyonlar saptandı ve bu hastalar çalışma grubundan çıkartıldı. Geriye kalan 20 hasta, MLPA ile analiz edildiğinde hiç bir örnekte delesyon ve/veya insersiyon saptanmadı. Bu hastalarda AAA fenotipini açıklayabilmek için, M694V mutasyonu taşıyan 9 hasta bireyde ve 3 sağlıklı heterezigot bireyde allelik gen ifadesi moleküler beacon problar kullanarak kantitatif gerçek zamanlı PZR ile analiz edildi. Bu bireylerde normal allel ile mutant allel arasında allelik ifade bakımından bir farklılık gözlenmedi.Affymetrix 250K SNPs GeneChip'ler kullanılarak; tek allelinde mutasyon taşıayn ve her iki allelinde de mutasyon taşımayan AAA hastaları, aileleri ile birlikde analiz edildi. Deney sonucu, VIGENOS programı kullanılarak değerlendirildiğinde, tek allelinde mutasyon taşıyan AAA hastaları için aday bir kromozomal bölge saptanamazken, her iki allelinde de mutasyon taşımayan aileler için 7. kromozomda 10 cM luk bir aday bölge saptandı. Bu bölgedeki aday genlerde AAA fenotipi ile ilişkilendirilebilecek mutasyonları tespit etme çalışması devam etmektedir.

Abstract:
Familial Mediterranean Fever (FMF), is an autoinflammatory disease which is transmitted in an autosomal recessive manner. FMF is caused by mutations in MEFV (MEditerranean FeVer) gene. FMF is described as an autosomal recessive monogenic disorder, although some patients, with FMF phenotype, have only one mutant allele in MEFV gene. Aim of this study is to investigate the cause of FMF phenotype in these patients.We analyzed 24 FMF patients? samples by sequencing, who have only one mutant allele and found the second mutant allele in 4 patients. These patients were excluded from our study. When samples of the remaining 20 patients were analyzed to investigate deletion or insertion by using the MLPA system, we couldn?t observe any deletion or insertion in these samples. To explain the FMF phenotype in these patients, we performed Quantative Real time-PCR by using molecular beacon probes, which are specific to the M694V mutation. 9 FMF patients? samples (M694V heterozygote) and 3 healthy M694V heterozygote individuals? samples were used in this study. We found no difference between mutant and wild-type alleles? expression levels in heterozygote FMF patients.Then we performed Affymetrix 250K SNPs Genechips Array to investigate a new chromosomal locus which may be associated with the FMF phenotype. In this study, we used patients? samples, who have only one mutant allele or no mutant allele, and their families? samples. When the chip datawere analyze by using VIGENOS software, we couldn?t find any candidate chromosomal location, in heterozygote patients. While we observe a candidate chromosomal location in chromosome 7 (10cM) in patients with no mutant allele. We will continue our study to find mutation(s) in these candidate gene(s) which may be associated with the FMF phenotype.