Beta talasemi mutasyonları ve beta globin gen ailesi haplotip ilişkileri
Beta thalassemia mutations and associations with beta globin gene cluster haplotypes
Yazar: ANZEL BAHADIR
Danışman: PROF. DR. EROL ÖMER ATALAY
Pamukkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyofizik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Biyofizik = Biophysics ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Kalıtsal kan hastalıkları içerisinde yer alan talasemiler, hemoglobin molekülünün üretimi süresince, alfa (?) ve beta (ß) globin zincir sentezlerindeki düzenlenme dengesizliklerine dayalı, globin zincir sentez bozukluğudur. Beta talasemi mutasyonları molekülsel ve fenotipik açıdan büyük çeşitlilik göstermektedir. Denizli ülkemizde hemoglobinopati kontrol programı uygulanan illerden bir tanesidir. Tezin amacını, Denizli'de gözlenen beta talasemi mutasyonları ile ilişkili beta globin gen ailesi haplotipleri ve Xmn I polimorfizm sıklığının belirlenmesi oluşturmaktadır.Çalışmamızda, beta talasemi majörlü 28, beta talasemi minörlü 210 ve Xmn I polimorfizmi açısından kontrol grubu olarak 100 sağlıklı DNA örneği incelenmiştir. Bu bireylere ait beta globin gen ailesi haplotip yapılarının belirlenmesinde PCR-RFLP yöntemi kullanılmıştır. Bu yöntemde, beta globin gen ailesi içerisinde yer alan, 5'-Epsilon- Hinc II, G gama- Xmn I, G gama, A gama- Hind III, 5' Pseudo beta- Hinc II, 3' Pseudo beta- Hinc II, 5'ß- Ava II, 3'ß- Hinf I olmak üzere, toplam sekiz polimorfik bölge çalışılmıştır. Elde edilen polimorfizm sonuçları, istatistiksel olarak ``Arlequin 3.1 Software'' programı kullanılarak değerlendirilmiştir.Elde edilen veriler doğrultusunda, yöremizde gözlenen beta talasemi mutasyonları ile ilişkili beta globin haplotip sonuçlarına göre, ilimiz beta globin gen ailesi haplotiplerinin Akdeniz türü karakter ortaya koyduğu belirlenmiştir. Bu sonuçlarda, IVS I- 110 (G>A) mutasyonunun haplotip VII (+ - - - - - +), IVS I- 5 (G>C) mutasyonunun haplotip IV (- + - + + - +), Kodon 8/9 (+G) mutasyonunun haplotip I (+ - - - - + +) ile ilişkileri Türkiye'de ilk kez bildirilmektedir. Diğer taraftan; IVS I- 1 (G>A) mutasyonu için ise haplotip VIIa (+ - - - - - -) ile bağlantısı literatürde ilk kez gösterilmektedir. Ayrıca ilimizde Xmn I polimorfizminin düşük oranda saptanması nedeni ile yöremizdeki beta talasemili olgularda uygulanabilecek hidroksiüre tedavisinin, eğer etki Xmn I polimorfizmi üzerinden ise, anlamlı olmayacağı görülmüştür.Anahtar Kelimeler: Beta talasemi, haplotip, Xmn I, polimorfizm, Denizli

Abstract:
Thalassemias are hereditary blood diseases due to unbalanced globin chain synthesis. Unbalanced globin chain synthesis is the major cause of low level hemoglobin production leading to anemia. Main cause of the beta thalassemias is the lower amount of beta globin chain synthesis. Denizli province of Turkey is one of the regions in which hemoglobinopathy control program is applied. The aim of this thesis is to identify the beta globin gene cluster haplotypes linked with the beta thalassemia mutations in our province. On the other hand; the Xmn I polymorphism was also determined to be able to understand the place of this polymorphism in between beta thalassemia mutations and also in normal population.In this study, 28 with beta-thalassemia major, 210 beta-thalassemia minor and as a control group 100 healthy DNA sample for the Xmn I polymorphism have been studied. In the determination of the haplotype structures of beta globin gene cluster belonging to these individuals, the PCR-RFLP method has been used. Hinc II 5? to ?, Xmn I 5? to G gamma, Hind III in the G gamma and A gamma, Hinc II in pseudo beta, Hinc II 3? to pseudo beta, Ava II in ß, Hinf I 3? to ß taking place in the beta globin gene cluster in total eight polymorphic site has been investigated. The results of the polymorphic loci have been evaluated statistically with ``Arlequin 3.1 Software??.According to our results, our region presents Mediterranean character as far as beta globin gene cluster haplotypes are concerned. We determined that IVS I- 110 (G>A) mutation linked with haplotype VII (+ - - - - - +), IVS I- 5 (G>C) mutation with haplotype IV (- + - + + - +), codon 8/9 (+G) linked with haplotype I (+ - - - - + +) for the first time in the Turkish population. On the other hand; linkage of haplotype VIIa (+ - - - - - -) with the IVS I- 1 (G>A) mutation was observed for the first time in the published literature. We also observed that, if Xmn I polymorphism is the major cis-acting element in the hydroxyurea therapy, our region is not suitable locus for such an approach due to the low existence of the effective Xmn I polymorhism both in beta thalassemia mutations and normal population.Keywords: Beta thalassemia, haplotype, Xmn I, polymorphism, Denizli