Miyeloid malignensilerde, KLF-4, NANOG, SALL4, OCT3/4, C-MYC ve GATA2 ekspresyon düzeylerinin araştırılması
Investigation of KLF-4, NANOG, SALL4, OCT3/4, C-MYC AND GATA2  expression levels in myeloid malignancies
Yazar: MEHMET KORAY ÖZKAN
Danışman: DOÇ. DR. ÖZLEM İZCİ AY
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Gen ifadesi = Gene expression ; Hematopoetik kök hücre transplantasyonu = Hematopoietic stem cell transplantation ; Hematopoetik kök hücreler = Hematopoietic stem cells ; Lösemi-miyeloid = Leukemia-myeloid ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Miyeloid malignensiler hematopoetik kök hücrelerin proliferasyon, farklılaşma ve kendini yenileme gibi aktivitelerinde meydana gelen değişiklikler sonucu ortaya çıkan klonal hastalıklardır. Miyeloid malignensilerle ilişkilendirilmiş birçok gen mutasyonu tanımlanmıştır, ancak tanı ve tedavide yeterli değildir. Bu durumun en büyük nedeni tanımlanan mutasyonların hastalar arasında oldukça değişkenlik göstermesidir. Miyeloid malignensiler genellikle rutin taramalarda tespit edilmektedir ve tanıda kullanılabilecek moleküler tanı belirteçleri oldukça sınırlıdır. Mevcut moleküler tanı belirteçleri tek başına kesin tanıda yeterli olamamaktadır. Tanı belirteçlerinin belirlenmesi kesin tanıyı kolaylaştırıp tedavinin daha etkili yapılmasını sağlayacaktır. Çalışmamızda, miyeloid malignensi tanısı almış 102 hasta (28 AML, 19 KML, 34 MDS, 11 PV, 10 ET) ve sağlıklı 13 kontrol olmak üzere toplam 115 bireyin kemik iliği örneğini kullandık. Miyeloid malignensilerde, ifade seviyelerindeki değişimi araştırdığımız KLF-4, NANOG, SALL4, OCT3/4, c-MYC ve GATA2 genleri hematopoetik kök hücrelerin yaşamsal faaliyetlerinin düzenlenmesinde ve hematopoezde görev almaktadır. Tüm hastalık gruplarında genlerin ifade seviyesindeki değişimi hem kontrol grubuna göre hem de hastalık grupları arasında kıyasladık. Ayrıca genlerin ifade seviyelerinin değişimindeki korelasyonları her hastalık grubunda araştırdık. Genlerin ifade seviyelerindeki değişim tüm gruplarda topluca kıyaslandığında, GATA2 (p=0,012), KLF4 (p<0,001) ve c-MYC (p<0,001) genlerinin ifade seviyesindeki değişim istatistiksel olarak anlamlı bulunurken; NANOG (p=0,270), OCT3/4 (p=0,532) ve SALL4 (p=0,483) genlerinin ifade seviyesindeki değişim istatistiksel olarak anlamsız bulundu. Genlerin ifade seviyesi arasındaki korelasyon incelendiğinde KLF4-SALL4(r=0,238;p=0,010), KLF4-NANOG(r=0,350;p=0,000), KLF4-cMYC(r=0,376;p=0,000), SALL4-NANOG(r=0,249;p=0,007), SALL4-cMYC(r=0,185;p=0,048), NANOG-OCT3/4(r=0,314;p=0,001), NANOG-cMYC(r=0,235;p=0,011) ve OCT3/4-cMYC(r=0,185;p=0,047) genleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulundu. Sonuç olarak, elde ettiğimiz bulgulardan istatistiksel olarak anlamlı bulunan genlerin tanı belirteci ve ilaç hedefi adayı olarak değerlendirilip, gelecekte bu alanda yapılacak çalışmalara ön veri sunabileceğini düşünmekteyiz.

Abstract:
Myeloid malignancies are clonal diseases that occur as a result of changes in the activities of hematopoietic stem cells such as proliferation, differentiation and self-renewal. Many gene mutations associated with myeloid malignancies have been described, but they are not sufficient for diagnosis and treatment. The biggest reason for this situation is that the identified mutations vary widely among patients. Myeloid malignancies are usually detected in routine screening and molecular diagnostic markers that can be used in diagnosis are very limited. Existing molecular diagnostic markers alone are not sufficient for definitive diagnosis. Determination of diagnostic markers will facilitate the definitive diagnosis and provide more effective treatment. In our study, we used bone marrow samples of a total of 115 individuals, including 102 patients (28 AML, 19 CML, 34 MDS, 11 PV, 10 ET) diagnosed with myeloid malignancy and 13 healthy controls. KLF-4, NANOG, SALL4, OCT3/4, c-MYC and GATA2 genes, whose expression levels we investigated in myeloid malignancies, are involved in the regulation of the vital activities of hematopoietic stem cells and in hematopoiesis. We compared the change in the expression level of genes in all disease groups, both compared to the control group and between the disease groups. We also investigated correlations in the variation of expression levels of genes in each disease group. When the changes in the expression levels of the genes were compared in all groups, the change in the expression level of the GATA2 (p=0.012), KLF4 (p<0.001) and c-MYC (p<0.001) genes was found to be statistically significant; The change in the expression level of NANOG (p=0.270), OCT3/4 (p=0.532) and SALL4 (p=0.483) genes was found to be statistically insignificant. When the correlation between the expression levels of the genes was examined, a statistically significant correlation was found between the KLF4-SALL4 (r=0,238;p=0,010), KLF4-NANOG (r=0,350;p=0,000), KLF4-cMYC (r=0,376;p=0,000), SALL4-NANOG (r=0,249;p=0,007), SALL4-cMYC (r=0,185;p=0,048), NANOG-OCT3/4 (r=0,314;p=0,001), NANOG-cMYC (r=0,235;p=0,011) and OCT3/4-cMYC (r=0,185;p=0,047) genes. As a result, we think that the genes that are statistically significant from the findings we have obtained can be evaluated as diagnostic markers and drug target candidates and can provide preliminary data for future studies in this field.