Van Gölü'ne dökülen akarsulardan Streptomyces türlerinin izolasyonu teşhisi ve moleküler tanısı
Diagnosis of insulation and molecular diagnosis of Streptomyces which obtained from streams flowing into Van Lake
Yazar: HAMDULLAH SEÇKİN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ KEREM ÖZDEMİR
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada Van Gölü'ne dökülen akarsulardan alınan sediment örneklerinden Streptomyces türlerinin izolasyonu, teşhisi ve moleküler tanısı amaçlanmıştır. Van Gölü'ne dökülen akarsulardan toplamda 24 sediment örneği alınmıştır. Daha sonra örneklerin nem ve pH oranları tespit edilmiştir. Alınan örneklerden Streptomyces bakterilerinin izolasyonu yapılarak, bakterilerin saf kültürleri elde edilmiştir. Bu işlem sonucunda 179 Streptomyces bakterisi izole edilmiştir. Bütün bakterilere başta renk gruplandırması, degredasyon, azot kaynakları, karbon kaynakları, antibiyogram ve antimikrobiyal testler olmak üzere 77 test uygulanmıştır. Elde edilen sonuçlar IDENTAX Bacterial Identifier 1.2 programına aktarılıp bakterilerin benzerlik oranları tespit edilerek bilgisayar yardımı ile teşhis yapılmıştır. Majör testlerin sonuçlarına göre türlerin % 18.43'ü ve minör testlerin sonuçlarına göre türlerin %35.75'i %95 ve üzerinde benzerlik göstermiştir. Test sonuçları MVSP 3.2 bilgisayar programına girilerek benzerlik dendogramları oluşturulmuştur. Bu sonuçlara göre yedi minör, dört majör grup ve 16 tekli üye oluşmuştur. Ayrıca renk grubuna göre tespit edilen 7 türün taramalı elektron mikroskobu ile spor zincir morfolojisi tespit edilmiştir. 11 Streptomyces bakterisinin 16S rDNA gen bölgeleri PCR ve elektroforez işlemine tabii tutulduktan sonra sekans analizi yapılmıştır. Elde edilen diziler NCBI-GENBANK yardımıyla benzer dizilere sahip türler ile kıyaslanmıştır. 16S rDNA bölgeleri kıyaslanan bu türler MEGA 7 programına girilerek Maksimum Likelihood filogenetik ağacı oluşturulmuş ve türlerin filogenetik pozisyonları belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre izolatlar ve benzelik gösterdikleri türler kıyaslandığında % 97.82 ile %100 arasında benzerlik oranlarının olduğu görülmüştür.

Abstract:
In this study, isolation, identification and molecular diagnosis of Streptomyces species were aimed from the sediment samples taken from streams pouring into Van Lake. A total of 24 sediment samples were collected from the streams poured into Van Lake. Streptomyces bacteria were isolated from the samples and pure cultures of bacteria were obtained. This resulted in the isolation of 179 Streptomyces bacteria. A total of 77 tests were applied to all the bacteria, mainly color grouping, degradation, nitrogen sources, carbon sources, antibiotics and antimicrobial tests. The obtained results were transferred to IDENTAX Bacterial Identifier 1.2 program and the similarity ratios of the bacteria were determined and diagnosed with the help of computer. According to the results of the major tests, 18.43 % of the species and 35.75 % of the species according to the results of the minors were 95 % and more similar. Test results were entered into MVSP 3.2 computer program and similarity dendograms were created. According to these results, seven minors, four major groups and 16 single members were formed. In addition, sports chain morphology was detected by scanning electron microscopy, which was determined according to color group. 11 Sequence analysis was performed after PCR and electrophoresis of the 16S rDNA gene regions of Streptomyces bacterium. Obtained sequences were compared with species with similar sequences with the help of NCBI-GENBANK. Compared to the 16S rDNA regions, these species were introduced into the MEGA 7 program and a maximum Likelihood phylogenetic tree was established and the phylogenetic positions of the species were determined. According to the results obtained, it was seen that the similarities between 97.82 % and 100 % were obtained when the isolates and the species that they represent are compared.