RAD51c ve BRIP1 genlerindeki yanlış anlamlı SNP'lerin in silico analizi
In silico analysis of missense SNPs in RAD51c and BRIP1 genes
Yazar: KAMRAN MAMMADLI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoinformatik Ana Bilim Dalı (Disiplinlerarası)  / Biyoenformatik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics

Özet:
Meme kanseri meme bezlerinin kanalları ve lobüllerinin epitel hücrelerinde meydana gelmektedir. Hormonal dengesizlikler, radyasyona maruziyet, sağlıksız beslenme, çevre koşulları vb. olmak üzeri birçok etken DNA sarmalında bozulmalara neden olmaktadır. RAD51C ve BRIP1 genleri ise DNA tamir mekanizmasında görev almaktadır. Bu genlerdeki yanlış anlamlı SNP'ler proteinlerin yapı, fonksiyonu ve stabilizasyonu üzerinde zararlı etkilere sahip olabilmektedir. Yanlış anlamlı SNP'lerin olası zararlı etkilerini tahmin etmek için SNAP2, SIFT, PolyPhen-2, SNPs&GO, PhD-SNP, PANTHER, Meta-SNP, I-Mutant 2.0, MUpro ve HOPE yazılım araçları kullanılmıştır. RAD51C ve BRIP1 genlerinin gen-gen etkileşimlerini incelemek için GeneMANIA, protein-protein etkileşimlerini değerlendirmek için ise STRING yazılım aracı kullanılmıştır.
RAD51C geninde 880   missense SNP'nin analizi sonucunda; rs28363311 (R249C), rs35151472 (G162E), rs137947462 (R212C), rs142058115 (G125S), rs143026267 (L297P), rs200857129 (R212H), rs267606997 (R258H), rs267606998 (G125V) varyantın zararlı olabileceği tespit edilmiştir. BRIP1 geninde ise 2881   missense SNP'nin analizi sonucunda; rs4988345 (R173C), rs28903098 (P47A), rs28997569 (R264W), rs45479297 (R823M), rs45572934 (R848C), rs146031731 (R855C), rs147755155 (P696L), rs149364097 (A349P), rs200894063 (R855H), rs200960251 (R762H), rs369631413 (R403W), rs371484780 (G763D), rs374334794 (R848H) ve rs4988355 (C832Y) varyantlarının zararlı olabileceği tespit edilmiştir.
Olası zararlı etkiye sahip olduğu tespit edilen varyantların gelecekte meme kanseri ile ilgili yapılacak olan hem deneysel hem de in silico çalışmalara önemli katkı sağlayacağını düşünüyoruz.

Abstract:
Breast cancer occurs in the epithelial cells of the ducts and lobules of the breast glands. Various factors, including hormonal imbalances, exposure to radiation, unhealthy eating, environmental conditions and others, can lead to disruptions in the DNA spiral. The RAD51C and BRIP1 genes play a role in DNA repair mechanisms. However, missense SNPs in these genes can have harmful effects on the structure, function and stabilization of proteins. To predict the potential harmful effects of missense SNPs, software tools such as SNAP2, SIFT, PolyPhen-2, SNPs&GO, PhD-SNP, PANTHER, Meta-SNP, I-Mutant 2.0, MUpro and HOPE were used. To examine gene-gene interactions of RAD51C and BRIP1 genes, GeneMANIA was employed and to assess protein-protein interactions the STRING software tool was used.
As a result of the analysis of 880 missense SNPs in the RAD51C gene, it was determined that variants such as rs28363311 (R249C), rs35151472 (G162E), rs137947462 (R212C), rs142058115 (G125S), rs143026267 (L297P), rs200857129 (R212H), rs267606997 (R258H), rs267606998 (G125V) may be harmful. İn the BRIP1 gene, analysis of 2881 missense SNPs revealed variants such as rs4988345 (R173C), rs28903098 (P47A), rs28997569 (R264W), rs45479297 (R823M), rs45572934 (R848C), rs146031731 (R855C), rs147755155 (P696L), rs149364097 (A349P), rs200894063 (R855H), rs200960251 (R762H), rs369631413 (R403W), rs371484780 (G763D), rs374334794 (R848H) and rs4988355 (C832Y) may be harmful.
We think that the variants identified as potentially harmful effect will make a significant contributions to future experimental and in silico studies related to breast cancer.