Psöriazisli olgularda deri kazıntı örneklerinde human papillomavirus (HPV) ve genotiplerinin araştırılması
The investigation of human papillomavi̇rus (HPV) and genotypes in skin scraping samples in psoriasis cases
Yazar: LEYLA ERSOY
Danışman: PROF. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Deri hastalıkları = Skin diseases ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Genotip = Genotype ; Papillom = Papilloma ; Papillomavirüsler = Papillomaviridae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prevalans = Prevalence ; Psoriyazis = Psoriasis

Özet:
Psöriazis, dünyada yaygın olarak görülen keskin sınırlı, kuru, kaşıntılı ve pullu plaklar ile karakterize kronik inflamatuar bir dermatozdur. Hastaların yaşam kalitesine önemli ölçüde zarar veren hastalık her yaşta ve cinsiyet farkı bulunmaksızın ortaya çıkabilmektedir. Psöriazisin etiyolojisi hakkında kesin bilgiler bulunmasa da virüslerin ve değişik mikroorganizmaların hastalığı indüklediği epidemiyolojik çalışmalar ile desteklenmektedir. Özellikle Human papillomavirus (HPV)'un onkojenik tiplerinin melanom dışı deri kanserlerinin gelişimindeki rolü göz ardı edilemez. Bu çalışmada psöriazis hastaları ve sağlıklı kontrol grubunda deri kazıntı örneklerinde HPV varlığının araştırılması ve saptanan HPV'lerin genotiplerinin belirlenmesi amaçlandı. Çalışmada ayrıca psöriazis tedavisinde bir seçenek olan psoralen Ultraviyole A kullanımının HPV varlığı ile ilişkisi de irdelendi. Çalışmaya, Mersin Üniversitesi Dermatoloji polikliniğine başvuran 53 plak tipi psöriazis hastası ve kontrol grubu olarak psöriazis veya cilt kanseri öyküsü olmayan ve viral siğillere dair klinik kanıt bulunmayan 47 sağlıklı birey dahil edildi. Çalışmada deri kazıntı örneklerinden genomik DNA eldesi "Purelink Genomic DNA Mini Kit" kullanılarak gerçekleştirildi.  Psöriazis hastalarının hem lezyonlu (n=53) hem de lezyon bulunmayan (n=39) vücut bölgelerinden (el, dirsek, sırt), kontrol grubunun ise dirsek, kol gibi bölgelerinden deri kazıntı örnekleri alındı. HPV DNA'nın tespiti için ise virüsün L1 gen bölgesi, MY09/11 ve sonrasında GP5+/6+ konsensus primer dizileri kullanılarak nested-PCR tekniği ile amplifiye edildi. Elde edilen PCR ürünleri, işaretli dideoksinükleotidleri içeren "Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit" (Applied Biosystems, ABD) kullanarak, sense zinciri "Cycle Sequence" PCR'ı yapıldı. Reaksiyon ürünlerinin elektroforez işlemi "ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer" (Applied Biosystems, ABD) otomatize DNA dizi analizi cihazında gerçekleştirildi. Dizisi çıkarılan örnekler, NCBI (National Center for Biotechnology Information)-BLAST (the Basic Local Alignment Search Tool) programına yüklendi ve Gen-Bankası veri tabanında yayınlanmış referans HPV dizi verileri ile karşılaştırılarak olası HPV genotiplendirilmesi yapıldı. Çalışmanın sonucunda, hasta grubunda bulunan 53 kişinin lezyonlu örneklerinin 16 (%30,2)'sında, 39 hastaya ait lezyonsuz bölge örneklerinin ise iki (%5,1) tanesinde HPV pozitifliği saptandı. Kontrol grubunda ise 47 örneğin 14 (%29,8)'ünde HPV pozitifliği tespit edildi. Dizi analizi sonrası psöriazis hastalarında HPV-18 %11,1 (2/18) oranında, HPV-31 %38,9 (7/18) ve HPV-81 (9/18) %50 oranında saptandı. Lezyonsuz deri bölgelerinden toplanan örneklerin ikisinde HPV DNA saptanmış olup, genotip dağılımları birinde HPV-31 ve diğerinde ise HPV-81'dir. Kontrol grubunda genotip dağılımı ise yüksek riskli HPV-31 %7,1 (1/14) oranında ve düşük riskli HPV-81 %92,9 (13/14) oranında tespit edildi. Hastaların lezyonsuz bölge örneklerinde ve kontrol grubunda HPV-18 genotipine rastlanmadı. Lezyonlu bölge örneğinde HPV-18 tespit edilen hastaların PUVA ile tedavi gördüğü saptandı. Hasta ve kontrol grubunda HPV ko-enfeksiyonuna rastlanmadı. Beklenenin aksine çalışma gruplarında kutanöz HPV genotipine rastlanılmaması kullanılan primer dizilerinin genital HPV tiplerine/alfa HPV'lere özgü olmasından kaynaklanıyor olabilir. Fakat tespit ettiğimiz yüksek riskli HPV'lerinde onkojenik potansiyeli göz önüne alındığında cilt kanseri gelişimi için risk faktörü olabileceği düşünülmektedir. Ülkemizde daha önce benzer bir prevalans çalışması yapılmadığı için bu bulgular bize ön bilgiler sunmakla beraber çalışmanın özgüllüğünü ve duyarlılığını artırmak için beta HPV'lere özgü primer dizileri kullanılarak geniş ölçekli hasta ve kontrol grubunun dahil edildiği çalışmalara gereksinim olduğunu göstermektedir.

Abstract:
Psoriasis is a chronic inflammatory dermatosis characterized by sharply demarcated, dry, itchy and scaly plaques that are common in the world. The disease, which significantly harms the quality of life of patients, can occur at any age and regardless of gender. Although there is no definite information about the etiology of psoriasis, it is supported by epidemiological studies that viruses and various microorganisms induce the disease. In particular, the role of oncogenic types of Human papillomavirus (HPV) in the development of non-melanoma skin cancers cannot be ignored. In this study, it was aimed to investigate the presence of HPV in skin scraping samples from psoriasis patients and healthy control groups and to determine the genotypes of the detected HPVs. The study also examined the relationship between the use of psoralen Ultraviolet A, which is an option in the treatment of psoriasis, and the presence of HPV. The study included 53 patients with plaque psoriasis who applied to the Mersin University Dermatology outpatient clinic, and 47 healthy individuals who did not have a history of psoriasis or skin cancer and had no clinical evidence of viral warts as a control group. In the study, genomic DNA was obtained from skin scraping samples using the "Purelink Genomic DNA Mini Kit". Skin scraping samples were taken from both lesioned (n=53) and non-lesioned (n=39) body parts (hand, elbow, back) of the psoriasis patients, and from the elbows and arms of the control group. For the detection of HPV DNA, the L1 gene region of the virus was amplified by nested-PCR technique using MY09/11 and later GP5+/6+ consensus primer sequences. The obtained PCR products were performed sense chain "Cycle Sequence" PCR using the "Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit" (Applied Biosystems, USA) containing labeled dideoxynucleotides. Electrophoresis of the reaction products was performed on the automated DNA sequence analysis device of the "ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer" (Applied Biosystems, USA). The sequenced samples were loaded into the NCBI (National Center for Biotechnology Information)-BLAST (the Basic Local Alignment Search Tool) program and compared with the reference HPV sequence data published in the Gen-Bank database, probable HPV genotyping was performed. As a result of the study, HPV positivity was detected in 16 (30.2%) of the lesioned samples of 53 patients and in two (5.2%) of the 39 patients' lesional free samples. In the control group, HPV positivity was detected in 14 (29.8%) of 47 samples. After sequence analysis, HPV-18 was detected in 11.1% (2/18), HPV-31 38.9% (7/18) and HPV-81 (9/18) 50% in psoriasis patients. HPV DNA was detected in two of the samples collected from lesion-free skin areas, and the genotype distributions were HPV-31 in one and HPV-81 in the other. In the control group, genotype survival was detected at a rate of 7.1% (1/14) for high-risk HPV-31 and 92.9% (13/14) for low-risk HPV-81. HPV-18 genotype was not found in the non-lesional area samples of the patients and the control group. It was determined that the patients with HPV-18 detected in the lesioned area sample were treated with PUVA. HPV co-infection was not found in the patient and control groups. Contrary to expectations, the absence of cutaneous HPV genotype in the study groups may be due to the fact that the primer sequences used are specific to genital HPV types/alpha HPVs. However, considering the oncogenic potential of the high-risk HPVs we detected, it is thought to be a risk factor for the development of skin cancer. Since a similar prevalence study has not been conducted in our country before, these findings provide us with preliminary information, but show that there is a need for studies involving large-scale patient and control groups using primer sequences specific to beta HPVs in order to increase the specificity and sensitivity of the study.