Endodontik infeksiyonların yeni nesil sekanslama metoduyla analizi
Next generation sequencing analysis of endodontic infections
Yazar: CANGÜL KESKİN
Danışman: DOÇ. DR. EBRU ÖZSEZER DEMİRYÜREK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Endodonti Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Diş Hekimliği = Dentistry
Dizin: Ağız hastalıkları = Mouth diseases ; Bakteriler = Bacteria ; Diziler = Sequences ; Diş hekimleri = Dentists ; Endodonti = Endodontics ; Enfeksiyon = Infection ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Pülverizasyon = Pulverization

Özet:
Amaç: Bu tez çalışmasının amacı primer ve sekonder/persistan endodontik infeksiyonlarda kanal içindeki mikrobiyotanın yeni nesil sekanslama tekniği ile bakteriyel komünite profilini araştırmaktır. Çalışmanın sıfır hipotezi, primer ve sekonder/persistan endodontik infeksiyonlar arasında mikrobiyal komünite profilleri açısından fark olmadığıdır.
Materyal ve Metot: Çalışmaya 20 primer endodontik ve 20 sekonder/persistan endodontik infeksiyonlu 40 diş dahil edildi. Dişler atravmatik şekilde çekildikten sonra kriyojenik pulverizasyonla toz haline getirildi. Toz haline getirilen örneklerden mikrobiyal DNA ekstrakte edildi. 16S rRNA geninin V4 bölgesinde 454 GS FLX pirosekanslama analizi uygulandı. 
Bulgular: 40 örnekten toplam 2.606.128 dizi okuması, örnek başına 64.700 adet kaliteli okuma gerçekleştirildi. Çalışmada toplam 14 filum, 29 sınıf, 47 takım, 85 aile, 160 cins ve 368 tür saptandı. Her iki grupta en sık saptanan filum Proteobacteria oldu. İki grup arasında filum, cins ve tür sayısı açısından anlamlı fark saptanmadı (P>0,005). 4 primer endodontik infeksiyon örneğinde Methanibrevibacter oralis ve Candidatus nitrosoarchaeum limnia arkeaları saptandı.
Sonuç: Sekonder/persistan endodontik infeksiyonların mikrobiyal komünitelerinin primer endodontik infeksiyonlar kadar çeşitli ve zengin olduğu gösterilmiştir. Primer endodontik infeksiyonlardan ilk defa Thaumaracheata filumuna ait Candidatus nitrosoarchaeum limnia türü saptanmıştır.


Anahtar Kelimeler: Endodontik infeksiyonlar; endodontik mikrobiyoloji; pirosekanslama; pulverizasyon

Abstract:
Aim: This thesis study aims to investigate the intracanal microbial profiles of primary and secondary/persistent endodontic infections using next generation pyrosequencing method. The null hypothesis was that there is no difference in diversity of overall bacterial community profiles of primary and secondary/persistent endodontic infections.
Material and Method: The study included a total of 40 teeth, which 20 of them with primary endodontic infection and 20 with secondary/persistent endodontic infections. Following atraumatic extraction, the specimens were cryogenically pulverized. Microbial DNA was extracted from tooth powders. 454 GS FLX pyrosequencing analysis was performed to V4 region of 16S rRNA gene.
Results: Pyrosequencing analysis resulted a total of 2.606.128 sequences from 40 specimens and 64.700 high quality sequences per specimen. 14 phylum, 29 class, 47 order, 85 family, 160 genera and 368 species were detected in all specimens. There was no statistically significant difference regarding diversty and richness of phylum, genera and species (P>0.005). Methanibrevibacter oralis and Candidatus nitrosoarchaeum limnia archaeas were identified from 4 samples.
Conclusion: The present pyrosequencing study demonstrates that persistent infections have as diverse bacterial community as primary infections. The archaea Candidatus nitrosoarchaeum limnia was detected in root canal of a tooth with endodontic infection for the first time.


Keywords: Endodontic infections; endodontic microbiology; pulverization; pyrosequencing