TANK proteininin sinyal iletimindeki fonksiyonel analizi
Functional analyses of the TANK protein in signal transduction
Yazar: AYŞEGÜL DALMIZRAK
Danışman: PROF. DR. M. LİENHARD SCHMITZ ; YRD. DOÇ. DR. BUKET KOSOVA
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
NF- ?B' ler sitokinler, enfeksiyon ajanları ve DNA çift zincir kırıkları gibi uyarıcılarla aktive olabilen ve bunların sonucunda immun cevap, inflamasyon, hücre kurtarımı ve kanserde rol oynayan birçok genin ekspresyonunu düzenleyen transkripsiyon faktörleridir.NF- ?B sinyal yolağı başlıca üç yolla aktive edilebilmektedir. Bunlar geleneksel (canonical), alternatif (non- canonical) ve DNA hasarında devreye giren yollardır. NF- ?B sinyal yolağının aktivasyonu ve inaktivasyonu, bu yolakta görev alan proteinler arasındaki etkileşimlere bağlıdır. Canonical yolakta görev alan ve IKK? ile etkileşerek NF- ?B sinyal yolağını aktive eden proteinlerden biri de TANK' tır.TANK ve IKK? proteinleri arasındaki etkileşimi saptayabilmek amacıyla, TANK proteininin amino asit dizisinde post-translasyonel modifikasyon yoluyla fosforile oldukları düşünülen 10 tane serin ve treonin amino asiti (116, 117, 122, 123, 126, 225, 228, 230, 243 ve 244. amino asitler) alanin amino asitine değiştirilerek mutasyonları oluşturulmuştur. Aynı zamanda, TANK proteininin C- terminal delesyon mutantı da klonlanmıştır (?C 358- 425). Çalışma sonucunda TANK' ın IKK? tarafından fosforile edildiği ve yabanıl tip TANK' taki fosforilasyon miktarının mutant tipe oranla daha fazla olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca, artan IKK? konsantrasyonlarına bağlı olarak yabanıl ve mutant tipteki TANK proteinlerin fosforilasyon miktarlarında da artış saptanmıştır. Bununla birlikte, değiştirilen 10 amino asite ilave olarak C- terminali de kısaltılan ?C TANK' ın düşük de olsa fosforile edildiği gösterilebilmiştir. Elde edilen tüm bu verilere dayanarak, değiştirilen 10 tane serin ve treonin amino asitinin TANK proteini fosforilasyonunda rol oynayabilecekleri düşünülmektedir.TANK ve SUMO1 proteinleri arasındaki ilişkiyi saptamak amacıyla TANK proteininin amino asit dizisindeki 4 lizin amino asiti (146, 231, 235 ve 282. amino asitler) arjinin amino asitlerine değiştirilmiştir. Yapılan çalışmalar sonrasında , TANK' ın IKK tarafından fosforile edildikten sonra SUMO1 ile etkileştiği saptanmıştır. Özellikle 282. pozisyondaki lizinin bu etkileşimde rol oynayabileceği ileri sürülmüştür.Sonuç olarak, TANK proteininin post-translasyonel modifikasyonlarının tanımlanmasıyla, onun NF- ?B sinyal yolağındaki işlevinin daha iyi anlaşılacağı ve hastalıkların patogenezinin çözümlenmesine yardımcı olacağı kanısındayız .

Abstract:
NF- ?Bs are transcription factors that can be activated by cytokines, infection agents and DNA double chain breaks, resulting in the regulation of several genes implicated in immune response, inflammation, survival and cancer.The NF- ?B signaling pathway can be activated in three ways: the canonical, non-canonical and the one involved after DNA damage. Activation and inactivation of the NF- ?B signaling pathway is dependent on the interaction between proteins acting in this pathway. TANK is one of these proteins with a role in the canonical pathway and capable of activating the NF- ?B signaling pathway by interacting with IKK?.In purpose to determine the interaction between the TANK and IKK? proteins 10 serine and threonine amino acids (116, 117, 122, 123, 126, 225, 228, 230, 243 ve 244. amino acids), which were thought to be phosphorylated by post-translational modifications in the TANK protein sequence, were mutated to alanine amino acid. A C-terminal deletion mutant (?C 358- 425) of TANK was also cloned. As a result of these studies, phosphorylation of TANK by IKK? was observed and the wild type TANK was found to be more phosphorylated compared to the mutant type. Depending on increasing IKK? concentrations, elevated phosphorylation levels of wild type and mutant TANK proteins were also detected. Furthermore, the protein which had the10 amino acid changes and was also C-terminally truncated again displayed a slight phosphorylation. According to our results, the 10 serine and threonine amino acids changed in our study might have a role in the phosphorylation of the TANK protein.To understand the relationship between the TANK and SUMO1 proteins, 4 lysine amino acids (146, 231, 235 ve 282. amino acids) in the TANK protein sequence were mutated to arginine amino acids. After phosphorylation by IKK?, TANK was still found to interact with SUMO1. Specifically, the lysine residue at position 282 had been considered to play a role in this interaction.As a conclusion, we think that the identification of post-translational modifications of the TANK protein will help us to further understand the role of this protein in the NF-?B signaling pathway and in the pathogenesis of diseases.