Patojen Bacteroides fragilis grubu bakterilerin karbapenemlere direncinin fenotipik ve genotipik yönden araştırılması
Phenotypic and genotypic investigation of the resistance of pathogenic Bacteroides fragilis group bacteria to carbapenems
Yazar: ALEYNA ÖZKAR
Danışman: PROF. DR. NURVER ÜLGER
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Bağırsak mikrobiyotasında baskın olarak bulunan Bacteroides fragilis, en sık izole edilen anaerop patojenlerden biridir ve birçok antimikrobiyale direnç gösterir. Karbapeneme dirençli B. fragilis (CR-BF) izolatlarının son zamanlarda birçok ülkede bildirildiği ve küresel ilginin arttığı görülmektedir. Hastanemizde yatan hastalarda görülen yüksek CR-BF sıklığı önemli bir sorun haline gelmiştir. Bu nedenle hastanemizde izole edilen B. fragilis'in karbapenem direnci açısından yakından takip edilmesi gerekmektedir. Çalışmamızın amacı, klinik örneklerden izole edilen B. fragilis izolatlarındaki karbapenem direncini ve karbapenemaz enzimi kodlayan cfiA geninin varlığını araştırmaktır. 
Gereç ve Yöntem: Hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarında, 1 Ocak 2018 ile 31 Aralık 2022 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve MALDI-TOF MS ile tanımlanmış ve -80o'de saklanmış 89 B. fragilis izolatlarının imipenem ve meropeneme duyarlılıkları agarda dilüsyon yöntemiyle, cfiA geni PCR ile belirlenmiştir.  
Bulgular: Çoğunluğu karın içi apselerinden %31 ve %27'si kan kültürlerinden izole edilen toplam 89 B. fragilis suşu çalışılmıştır. Meropenem ve imipeneme duyarlılık oranları sırasıyla %85,4 ve %89 bulunmuştur. cfiA geni pozitif saptanan 13 izolattan 12'sinin meropeneme dirençli olması, bu genin karbapenem direnci için bir belirteç olduğunu göstermektedir. Ancak cfiA geni negatif bir izolattaki direnç, alternatif direnç mekanizmalarının varlığını düşündürmektedir. 
Sonuç: Rutinde anaerop kültürün yapılması, izolatların antibiyotik duyarlılık profillerinin belirlenmesi ve yakından takip edilmesi, enfeksiyonların yönetilmesi açısından çok önemlidir. Düzenli antimikrobiyal duyarlılık testi, karbapenem direnci gelişme riskinin tahmin edilmesine ve klinisyenlerin ampirik tedavide uygun antibiyotik seçimine yardımcı olacaktır. Bu da tedavi başarı oranlarını artıracaktır.

Abstract:
Objective: Bacteroides fragilis, predominantly found in the intestinal microbiota, is one of the 
most frequently encountered anaerobic pathogens and exhibits resistance to many antimicrobials. The carbapenem-resistant B. fragilis (CR-BF) isolates have been reported in several countries recently with increasing global attention. The high frequency of CR-BF in our hospitalized patients has become an important problem. For this reason, B. fragilis isolated in our hospital need to be closely monitored for carbapenem resistance. Therefore, we aimed to determine carbapenem resistance in B. fragilis isolated from clinical samples and the presence of the cfiA gene, which encodes for carbapenemase. 
Materials and Methods: B. fragilis strains isolated from various clinical samples collected between January 2018 and December 2022 were included in the study. Identification of the isolates was performed using MALDI-TOF MS. The susceptibility testing for meropenem and imipenem was determined by the agar dilution method. The cfiA gene was detected by PCR. 
Results: A total 89 B. fragilis strains were studied, mostly from intra-abdominal abscesses (31%) and blood cultures (27%). Susceptibility rates for meropenem and imipenem were 85,4% and 89%, respectively. Notably, 12 out of 13 cfiA gene-positive isolates were resistant to meropenem, suggesting this gene as a marker for carbapenem resistance. However, resistance in one cfiA-negative isolates implies alternative resistance mechanisms. 
Conclusion: Routine anaerobic culture, determination of antibiotic susceptibility profiles of isolates, and close monitoring are crucial for managing infections. Regular antimicrobial susceptibility testing helps predict the risk of developing carbapenem resistance, assists clinicians in selecting appropriate antibiotics for empirical therapy, and improves treatment 
success rates.