LONG RNA CCAT2'nin östrojen hormon duyarlılığı açısından etkisinin meme ve over kanser hücrelerinde incelenmesi
Investigation of the effect of LONG RNA CCAT2 in terms of estrogen hormone sensitivity in breast and ovarian cancer cells
Yazar: İBRAHİM UĞUR ÇALIŞ
Danışman: PROF. DR. DİDEM TURGUT COŞAN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Tıp Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Over hastalıkları = Ovarian diseases ; Over neoplazmları = Ovarian neoplasms ; RNA = RNA ; Reseptörler-östrojen = Receptors-estrogen ; Östrojenler = Estrogens

Özet:
Kanser, hücrelerde zamanla oluşan genetik değişikliklerin birikmesinin neden olduğu kontrolsüz bölünme ile karakterize edilen bir hastalıktır. Meme kanseri kadınlar arasında en sık görülen kanser tipidir ve kansere bağlı ölümler içinde akciğer kanserinden sonra ikinci sırada yer alır. Yumurtalık (over) kanseri tüm jinekolojik kanserleri arasında en kötü prognoz ve en yüksek ölüm oranına sahiptir. Yumurtalık kanserinin asemptomatik olması, gizli büyümesi ve uygun tarama yöntemlerinde eksiklik olmasından dolayı bu kansere sessiz katil adı verilmiştir.
Östrojenin kadınlarda önemli biyolojik ve fizyolojik işlevlere sahip olmasının yanı sıra kanser oluşumu ve gelişiminde etkili olduğu bilinmektedir. Meme kanserlerinin yaklaşık %80'i, yumurtalık kanserlerinin %40-60'ı östrojen reseptörü (ER) pozitiftir ve östrojen bu kanser türleri için risk faktörü oluşturur.
Kanserde önemli rolü olabileceği düşünülen kodlamayan RNA'lar (ncRNA) hücrenin gelişimi, yaşamsal fonksiyonları ve hücresel bağışıklık gibi çeşitli işlevlere sahiptir. Genel olarak, transkript büyüklüğüne göre 200'den az nükleotid (nt) içeren RNA'lar kısa ncRNA'lar, 200'den fazla nükleotid (nt) içeren RNA'lar uzun ncRNA'lar (lncRNA) olarak sınıflandırılır. Meme, prostat, yumurtalık ve tiroid kanserleri gibi çeşitli endokrin kanserler ile lncRNA'lar ilişkilendirilmiştir. Güncel çalışmalarda kolon kanseri ile ilişkili transkript 2 (CCAT2)'nin, meme kanseri ve yumurtalık kanseri oluşumu ve gelişiminde görev alabilecek potansiyele sahip yeni bir lncRNA olarak bildirilmiştir.
Bu çalışmada östrojen uygulaması yapılan ve yapılmayan ER+/ER- meme ve yumurtalık kanseri hücrelerinde siRNA ile susturulan CCAT2'nin proliferasyon, adezyon, canlılık ve apoptoz açısından etkileri belirlenmiştir. Hücrelerde tripan mavisi boyamasıyla canlılık, XTT yöntemi ile adezyon ve proliferasyon, TUNEL yöntemi ile apoptoz, qPCR ile CCAT2 gen ekspresyonu belirlemeleri yapıldı.




CCAT2'ye özgü siRNA uygulamaları MCF-7, MDA-MB-231, OVCAR-3 ve UWB1.289 hücrelerinde çoğalma, canlılık ve tutunmayı azaltırken apoptozu artırdığı belirlendi. ER+ meme ve yumurtalık kanseri hücrelerinde çoğalma, canlılık ve apoptoz açısından siCCAT2'nin gösterdiği etkiler ER- meme ve yumurtalık kanseri hücrelerine göre daha azdı. Östrojen uygulanan ER+ meme ve yumurtalık kanseri hücreleri östrojen uygulanmayan ER+ meme ve yumurtalık kanseri hücrelerine göre siCCAT2'den daha az etkilendi.
Östrojen uygulamasının ER+ meme kanseri ve yumurtalık kanseri hücrelerinde CCAT2 gen ekspresyon seviyelerini, proliferasyonu, canlılık ve adezyonu artırırken hücrelerin apoptozunu azalttığı belirlendi. Çeşitli kanserlerde östrojen ve ER'nin CCAT2 ile moleküler etkileşimleri ve hücre sinyal yolakları üzerine olan etkisinin keşfedilmesi ile yeni bir terapötik ajan olarak değerlendirilmesinin mümkün olabileceğini düşünmekteyiz.

Abstract:
Cancer is a disease characterized by uncontrolled division caused by the accumulation of genetic changes in cells over time. Breast cancer is the most common type of cancer among women and ranks second after lung cancer among cancer related deaths. Ovarian cancer has the worst prognosis and the highest mortality rate among all gynecological cancers. Since ovarian cancer is asymptomatic, latent growth, and lack of appropriate screening methods, this cancer has been called the silent killer.
Estrogen is known to have important biological and physiological functions in women as well as being effective in cancer formation and development. Approximately 80% of breast cancers and 40-60% of ovarian cancers are estrogen receptor (ER) positive and estrogen is a risk factor for these types of cancer.
Non-coding RNAs (ncRNA), which are thought to have an important role in cancer, have various functions such as cell development, vital functions, and cellular immunity. Generally, ncRNAs containing less than 200 nucleotides (nt) are classified as short ncRNAs, RNAs containing more than 200 nucleotides (nt), according to transcript size, as long ncRNAs (lncRNAs). LncRNAs have been associated with various endocrine cancers such as breast, prostate, ovarian, and thyroid cancers. In recent studies, colon cancer-related transcript 2 (CCAT2) has been reported as a new lncRNA that has the potential to be involved in the formation and development of breast cancer and ovarian cancer.
In this study, the effects of CCAT2 silenced by siRNA in terms of proliferation, adhesion, vitality and apoptosis in ER+/ER- breast and ovarian cancer cells with and without estrogen application were determined. Viability of cells by trypan blue staining, adhesion and proliferation by XTT method, apoptosis by TUNEL method, CCAT2 gene expression by qPCR method were determined.
CCAT2 specific siRNA applications were determined to increase apoptosis while decreasing proliferation, viability and adherence in MCF-7, MDA-MB-231, OVCAR-3 and UWB1.289 cells. The effects of siCCAT2 in terms of proliferation, viability and apoptosis in ER + breast and ovarian cancer cells were less than ER- breast and ovarian cancer cells.

It was determined that while estrogen administration increased CCAT2 gene expression levels, proliferation, viability and adhesion in ER+ breast cancer and ovarian cancer cells, it decreased apoptosis of cells. We think that estrogen and ER in various cancers can be evaluated as a new therapeutic agent with the discovery of their molecular interactions with CCAT2 and their effect on cell signaling pathways.