Kist hidatikli vakalardan elde edilen izolatlarda echinococcus granulosus'un moleküler karakterizasyonu
Molecular characterisation of echinococcus granulosus obtained from isolates of cystic hydatidosis cases
Yazar: ÖZGE ÖZYALIN
Danışman: PROF. DR. METİN ATAMBAY
İnönü Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Parazitoloji = Parasitology
Dizin: DNA = DNA ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Echinococcus = Echinococcus ; Echinococcus granulosus = Echinococcus granulosus ; Filogenetik = Phylogenetic ; Malatya = Malatya ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Amaç: KE, Türkiye'de endemik olarak görülen bir paraziter enfeksiyondur. Echinococcus granulosus'un farklı suşlarının belirlenmesi, hastalığın eradikasyonu bakımından önemlidir. Bu çalışmada, hastalığı kontrol altına almak ve uygulanacak kontrol programlarına katkı sağlamak amacıyla bölgede hastalığa sebep olan farklı suşları tespit etmek amaçlanmıştır.
Materyal ve Metot: Kasım 2013–Aralık 2015 tarihleri arasında İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi'nde KE ön tanısı ile opere edilen 53 hasta çalışma kapsamına alınmıştır. Hastalardan elde edilen hidatik kist materyalleri direkt mikroskobik bakı ile protoskoleks ve çengel varlığı bakımından incelenmiştir. Mikroskobik tanısı yapılan tüm örnekler çalışılıncaya kadar korunmuştur. Örneklerden genomik DNA ekstraksiyonu yapılmış, mt-CO1 gen bölgesi PZR ile çoğaltılmıştır. 446 bp band görüntüsü elde edilen 33 örneğin tek yönlü DNA dizi analizi yaptırılmıştır.
Bulgular: Direkt mikroskobi sonucu incelenen tüm örneklerde protoskoleks ve çengel yapıları görülmüştür. mt-CO1 gen bölgesinin amplifikasyonu neticesinde 33 örnekte 446 bp band görüntüsü elde edilmiştir. Bu 33 PZR ürünününün tek yönlü DNA dizi analizi sonucu tüm izolatların E. granulosus sensu stricto (G1-G3) olduğu belirlenmiştir.
Sonuç: Echinococcus granulosus'un farklı suşlarını belirlemeye yönelik yapılmış çalışmalarda en yaygın türün E. granulosus sensu stricto olduğu bildirilmiştir. Çalışmamızda incelenen izolatların tümünün E. granulosus sensu stricto olduğu belirlenmiştir. Daha kapsamlı çalışmalarla farklı suşların varlığının araştırılması uygun olacaktır. Malatya'da KE'e karşı kontrol çalışmalarının başarılı şekilde yürütülebilmesi için bu türün biyolojik özelliklerinin iyi bilinmesi gerekmektedir.

Anahtar Sözcükler: DNA dizi analizi,  Echinococcus granulosus, Malatya, PCR

Abstract:
Aim: CE is a parasitic infection that is endemic in Turkey. The identification of different strains of Echinococcus granulosus is important for eradication of the disease. The aim of this study is to determine the different strains that cause the disease in the region because of controlling the infection and to contribute to the control programmes.
Material and Method: Between November 2013 and December 2015, CE pre-diagnosed patients who were operated at Inonu University Turgut Ozal Medical Center were included to the study. 53 samples were obtained from the patients and evaluated with direct microscopic examination for protoscolex and hook presence. All microscopically diagnosed specimens were preserved until studying. Genomic DNA was extracted from the specimens and mt-CO1 gene region was amplified by PCR. One-way DNA sequence analysis was performed on 33 specimens with 446 bp band images.
Results: Protoscoleces and hooks were observed in all specimens examined by direct microscopy. 446 bp of bands were observed in 33 samples as a result of amplification of mt-CO1 gene region. As a result of one-way DNA sequence analysis of 33 PCR products, all isolates were determined as E. granulosus sensu stricto (G1-G3).
Conclusion: Studies for identifying different strains of E. granulosus was reported that the most common type is E. granulosus sensu stricto. In our study, all of the isolates studied were identified as E. granulosus sensu stricto. It would be appropriate to investigate the presence of different strains with more extensive studies. In order to carry out the control studies against CE in Malatya, the biological properties of this type must be well known.

Keywords: DNA sequence analysis, Echinococcus granulosus, Malatya, PCR.