Alzheimer ve demans hastalığı için bitki ekstraktlarından yeni aday ilaç molekülü eldesi
New candidate drug molecule from plant extracts for Alzheimer and dementia
Yazar: SENA VARDARLI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Frontotemporal demans = Frontotemporal demantia ; Makromoleküller = Macromolecules ; Mekanik kenetleme yöntemi = Mechanical bond method ; Modeller-moleküler = Models-molecular ; Semantik demans = Semantic dementia

Özet:
Demans, hafıza, konuşma, dil becerileri, yürütücü ve görsel-uzamsal işlev, psikoloji dahil olmak üzere iki veya daha fazla alanda, günlük hayatımızdaki temel aktiviteleri yerine getirebilme kabiliyetinin kaybına sebep olan klinik bir sendromdur. Alzheimer hastalığı, demansın en yaygın sebebi olarak görülür. Günümüzde Alzheimer ve demans hastalıkları için kesin bir tedavi ve ilaç bulunamamıştır.
Öncelikle; Asetilkolinesteraz inhibitörlü 3 adet Alzheimer hastalığı tedavisinde kullanılan ilaç molekülü; Donepezil, Rivastigmin, Takrin, 3 adet Demans hastalığı tedavisinde kullanılan ilaç molekülü; Donepezil, Rivastigmin, Galantamin molekülleri bulundu.
Ardından Dr.Duke sitesinden Anti-Alzheimer ve Anti-Demans bitki aktif molekküllerinin araştırıldı ve Alzheimer hastalığı için 19 adet bitki aktif molekülü ve Demans hastalığı için 13 adet bitki aktif molekülü bulundu. Bulunan 32 adet Bitki moleküllerinin konformer taramaları için Spartan'14 programında Molecular Mechanics/MMFF metodu kullanıldı. Ardından Semi-Empirical/PM6 metodu ile optimize edilen moleküllerin enerji, logP, polarizability, hacim, dipol momenti ve ağırlık parametreleri elde edildi ve tablo yapıldı. Konforme edilen moleküllerin en kararlı molekül optimizesi Semi-Empirical/PM6 metodu ile bulundu.
Ardından; Asetilkolinesteraz inhibitörüne ait X-Ray kristal yapısı, 2 Å altında çözünürlük ve Homo Sapiens niteliklerine uygun 1DX4 kodlu yapı seçildi, X,Y,Z bağlanma koordinatları belirlendi ve kaydedildi.
Son olarak docking işlemleri gerekli prosesler uygulanarak yapıldıktan sonra elde ettiğimiz veriler tablolar ve şekiller halinde gösterildi.
Sonuç olarak Alzheimer hastalığı için 5 adet yeni aday ilaç molekülü bulundu; Beta Turmerone, Glabridin, Huperzine-A, Huperzine-B, Physostigmine. Demans hastalığı için 3 adet yeni aday ilaç molekülü bulundu; Glabridin, Isorhynchophylline, Rhynchophylline.

Abstract:
Dementia is a clinical syndrome that causes the loss of the ability to perform basic activities in our daily life in two or more areas, including memory, speech, language skills, executive and visual-spatial function, psychology. Alzheimer's disease is seen as the most common cause of dementia. Currently, there is no definitive treatment or medicine for Alzheimer's and dementia diseases.
Firstly; Acetylcholinesterase inhibitor 3 drug molecules used in the treatment of Alzheimer's disease; Donepezil, Rivastigmine, Tacrin, 3 drug molecules used in the treatment of dementia; Donepezil, Rivastigmine, Galantamine molecules were found.
Afterwards, Anti-Alzheimer 's and antidementia active molecules were searched on Dr. Duke site and 19 plant active molecules for Alzheimer's disease and 13 plant active molecules for Dementia were found. For conformer screening of 32 plant molecules found, Molecular Mechanics / MMFF method was used in Spartan'14 program. Then, energy, logP, polarizability, volume, dipole moment and weight parameters of molecules optimized by Semi-Empirical/ PM6 method were obtained and a table was made. The most stable molecule optimization of the comfortable molecules was found with the Semi-Empirical/PM6 method.
Next; X-Ray crystal structure of the acetylcholinesterase inhibitor, resolution below 2 Å and the 1DX4 coded structure suitable for the characteristics of Homo Sapiens was selected, the X, Y, Z binding coordinates were determined and recorded.
Finally, after the docking operations were carried out by applying the necessary processes, the data we obtained were shown in tables and figures.
As a result, 5 new candidate drug molecules for Alzheimer's disease were found; Beta Turmerone, Glabridin, Huperzine-A, Huperzine-B, Physostigmine. 3 new candidate drug molecules were found for dementia; Glabridin, Isorhynchophylline, Rhynchophylline.