Kanatlı orijinli salmonella infantis suşlarında virulens genlerinin moleküler analizi
Moleculer analysis of virulence genes of salmonella infantis isolated from poultry
Yazar: NURDAN KARACAN
Danışman: PROF. DR. MEHMET AKAN
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu tez çalışmasında, Türkiye'de kanatlılardan yaygın olarak izole edilen S. Infantis suşlarının virulens genlerinin varlığı araştırıldı. Ayrıca S. Infantis ile S. Infantis dışındaki diğer yaygın serotiplerin sahip olduğu virulens genlerinin de karşılaştırması yapıldı. 
Çalışmada, farklı yetiştirme tipine sahip kümeslerin (broiler, damızlık, yumurtacı) altlık, toz, çevresel, haşlama suyu ve kemirici örneklerinden izole edilen 200 adet S. Infantis suşu ile hindi kümeslerinden gönderilen altlık, toz, çevresel, haşlama suyu ve kemirici örneklerinden izole ve identifiye edilen 24 adet S. Infantis suşu incelendi. Ayrıca, S. Infantis suşlarıyla karşılaştırma yapmak amacıyla, S. Typhimurium, S. Enteritidis, S. Kentucky ve S. Hadar suşlarının (kanatlı orijinli) her birinden 10'ar adet suş kültür koleksiyonundan temin edildi. Toplamda 224 adet kanatlı orijinli S. Infantis suşu ile S. Infantis dışındaki diğer yaygın serotiplerden 40 adet olmak üzere toplam 264 suşta virulens genleri araştırıldı.
sipA, sipD, sopD, sopB, sopE, sopE2, sitC, ssaR, sifA, spvC ve pefA olmak üzere 11 adet virulens geni, 264 adet S. Infantis suşunda, konvansiyonel PCR yöntemi araştırıldı.
İncelenen S. Infantis suşlarının 209'unun (%93,3) sipA, ssaR ve sopE, 208'inin (%92,85) sipD, 207'sinin (%92,41) sopB, 206'sının (%91,96) sitC, 203'ünün (%90,62) sifA, 198'inin (%88,39) sopD, 166'sının sopE2 (%74,1), 20'sinin (%8,92) spvC ve 1'inin (0,44) pefA virulens genlerini taşıdığı belirlendi. S. Infantis suşlarının %74.55'inin 1 ve 2 no'lu gen paternlerinde dağılım gösterdiği tespit edildi. 
Bu çalışmada sopE2 virulens geni, S. Infantis suşlarında ilk kez araştırıldı. Broiler kümesleri ve karkastan izole edilen S. Infantis suşlarının baskın gen paternlerinde yer alması, damızlık ve yumurtacı kümeslere ait S. Infantis suşlarından hiçbirinin bu paternlerde yer almaması; S. Infantis'in broiler kümeslere damızlık kümesler dışındaki başka çevresel faktörler aracılığıyla girdiğini gösterdi. S. Typhimurium ve S. Enteritidis suşlarıyla karşılaştırıldığında, S. Infantis suşlarındaki sipA, sipD, sopD, ssaR, sopB, sopE, sifA ve sitC genlerinin varlığı benzer bulunurken; sopE2, spvC ve pefA gen varlığında önemli farklılıklar tespit edildi. 
S. Infantis suşlarında virulensle ilişkili genlerin araştırıldığı bu çalışma; tavuklarda Salmonellozis patogenezi üzerine yapılacak araştırmalara detaylı epidemiyolojik veri sunmaktadır.

Abstract:
In this thesis study, virulence genes of S. Infantis strains, which are commonly isolated from poultry in Turkey, were analyzed. In addition to this, virulence genes of S. Infantis and other common serotypes except to S. Infantis were compared. 
In this study, 200 S. Infantis strains isolated from litter, powder, environmental and rodent samples obtained from poultry (broiler, breeder, laying) and 24 S. Infantis strains isolated and identified from litter, powder, environmental and rodent samples obtained from turkey were analyzed. 10 strains of S. Typhimurium, S. Enteritidis, S. Kentucky and S. Hadar strains (poultry origin) were also selected from the collection of strains in order to compare with S. Infantis strains. Virulence genes of 264 strains which consist of 224 S. Infantis strains and 40 strains from the other common serotypes except to S. Infantis were analyzed. 11 genes associated with the virulence (sipA, sipD, sopD, sopB, sopE, sopE2, sitC, ssaR, sifA, spvC ve pefA) were analyzed by conventional PCR in these strains. 
It was determined that in the 209 of S. Infantis strains (%93,3) were found sipA, ssaR and sopE, 208 of (%92,85) sipD, 207 of (%92,41) sopB, 206 of (%91,96) sitC, 203 of (%90,62) sifA, 198 of (%88,39) sopD, 166 of (%74,1) sopE2, 20 of (%8,92) spvC and 1 of (%0,44) pefA virulence genes. It was found that 74.55% of S. Infantis strains were distributed in gene patterns 1 and 2. In this study, sopE2 virulens gene in S. Infantis strains was investigated the first time. Involvement of dominant gene patterns of S. Infantis strains isolated from broiler and carcass and none of S. Infantis strains belonging to breeder and laying hens are included in these patterns indicated that S. Infantis entered to broiler through other environmental factors except to the breeder. The presence of sipA, sipD, sopD, ssaR, sopB, sopE, sifA and sitC virulence genes in S. Infantis strains were found to be similar, but significant differences were found compared with S. Typhimurium and S. Enteritidis strains in the presence of sopE2, spvC and pefA virulence genes. 
This study which examined virulence genes of S. Infantis strains indicates detailed epidemiological data on studies on salmonellosis pathogenesis in chickens.