Biberde domates lekeli solgunluk virüsüne (TSWV) dayanıklılık lokusunun scar işaretleyicisine (markırına) çevrilmesi
Converting the resistance locus of tomato spotted wilt virus (TSWV) in pepper to scar marker
Yazar: SELCAN SEVİNÇ SOLAK
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HATİCE İKTEN
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (TSWV) Dünya'da ve ülkemizde biber üretimini sınırlandıran önemli bitki virüs hastalıklarından bir tanesidir. Bu çalışmada, TSWV'ye dayanıklı çeşit geliştirmek için yapılan ıslah çalışmalarında kullanılan mevcut moleküler testleme yönteminin dezavantajlarını ortadan kaldırılmak amacı ile yeni markır(lar)ın geliştirilmesi hedeflenmiştir. 
Patojenin baskısı altında kaldığı gözlemlenen F4 kademesindeki biber bitkileri arazi koşullarında izlenerek, bunlardan 96 tanesi yeni markır(lar)ın geliştirilmesi için yapılan çalışmalarda çalışma materyali olarak kullanılmıştır. Moury vd (2000) tarafından geliştirilen SCAR markırı kullanılarak ilgili gen bölgesi çoğaltılmış ve iki ayrı CAPS aşamasından sonra genotiplerin kodominant seviyede (RR, Rr, rr) TSWV'ye dayanımları belirlenmiştir. Yeni markır(lar) geliştirilmesi için yapılan çalışmaların birinci kısımında SCAC568 primerinin SRAP primerleri ile kombinasyonları oluşturularak toplamda 58 primer kombinasyonu denenmiştir. Çalışmanın ikinci kısımında ise biber için geliştirilmiş ve çoğu haritalanmış 29 adet SSR primeri kullanılmıştır. Bulk Segregasyon Analizi yöntemi ile polimorfik olduğu belirlenen primerler markır adayı olarak değerlendirilmiştir. 
Hpmse031 SSR primerinden (Yi vd. 2006) elde edilen sonuçların TSWV'nin mevcut moleküler testlenmesinden elde edilen sonuçlar ile tutarlılık gösterdiği belirlenerek; ilgili primerin PCR amplifikasyon ürünleri agaroz jel ve Fragment Analyzer® sistemi kullanılarak görüntülenmiştir. 96 adet F4 kademesindeki biber bitkisinin dışında, farklı genetik altyapıda 381 adet biber genotipinde markır test edilmiştir. TSWV'ye dayanıklılığın moleküler testlenmesinde yeni geliştirilen markır enzim kesim basamaklarını ortadan kaldırdığı için işgücü, zaman ve maliyet açısından avantaj sağlayacaktır.

Abstract:
Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV) is one of the important plant virus diseases which limitates the pepper production in our country and the world. In this study, the development of the new marker(s) has been aimed in order to remove the disadvantages of the present molecular testing method which is used in breeding works to improve a type resistant to TSWV.
Totally 96 pepper plants on F4 rank have been used as study materials. By using SCAR marker developed by Moury et. al (2000), related gene spot has been multiplied and genotypes' resistance to TSWV at codominant level (RR, Rr, rr) after two seperate CAPS phase has been determined. In the first part of the study to develop new markers, totally 58 primer combinations have been tried by generating SCAC568 primer combinations with SRAP primers. In the second part of the study, 29 SSR primers most of which are mapped, and developed for pepper, have been used. The primers determined as polymorphic with Bulk Segregation Analysis method has been evaluated as marker candidates. 
Stating that the results obtained from Hpmse031 SSR primer show consistency with the results from the present molecular testing of TSWV, PCR amplification products of the related primer have been viewed by using agarose gel and Fragment Analyzer system. Apart from 96 pepper plants on F4 rank, the trial of the marker has been practiced on 381 pepper genotypes at different genetic substructure. The marker newly developed at molecular testing of the resistance to TSWV will provide advantages in terms of work force, time and finance as it removes enzyme fraction steps.