Marmara Bölgesi'nde bulunan süt işletmelerindeki inekler ve işletme çevresinde E. coli O157:H7 varlığının araştırılması
Detection of E. coli O157:H7 occurrence in dairy cattle and farm environment in the Marmara Region of Turkey
Yazar: ESİN BİRDAL
Danışman: PROF. SEYYAL AK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veteriner Hekimliği Bölümü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Dışkı = Feces ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Marmara bölgesi = Marmara region ; Süt = Milk ; Süt endüstrisi = Dairy industry ; Süt inekleri = Dairy cows ; Çevre = Environment ; İnekler = Cows

Özet:
Bu çalışmada, Marmara Bölgesinde kamu ve özel sektöre ait süt işletmelerinde bulunan çeşitli yaş gruplarındaki sağlıklı ineklerin dışkı ve sütlerinde, çiftlikte bulunan diğer hayvanların (köpek, kedi vs) dışkılarında ayrıca işletmelere ait çevresel örneklerde E. coli O157:H7'nin varlığının saptanması, mevsimsel olarak prevalansının belirlenmesi amaçlandı.Bu amaçla belirlenen 10 süt sığırcılığı işletmesinden sonbahar ve ilkbahar dönemlerinde aynı hayvanlardan (ölüm ve kesim dışında) ve çevresel örneklerden tesadüfî örnekleme ile 96'şar adet dışkı, süt ve çevre örneği toplandı. Birinci dönem 288, ikinci dönem 288 olmak üzere toplam olarak 576 örnek incelendi. Her iki dönemde ölüm ve kesim nedeniyle çalışmaya yeni dâhil edilen inekler ile toplamda 139 ineğe ait örnek incelendi.Örnekler Modifiye Triptic Soy Buyyon'da zenginleştirildi. İmmunomanyetik Seperasyon ve ardından O157 Dynabead ve bakteri kompleksi içeren örneklerden sefiksim ve tellurit ilave edilen Sorbitollü MacConkey agara ekim yapıldı. Sorbitol negatif koloniler yeniden 4-methylumbelliferyl-ß-D-glucuronide Sorbitollu MacConkey agara ekildi. Bu besiyerlerinde üreyen şüpheli koloniler seçildi ve bunlara sırasıyla O157 serogrubunun tanımlanması için tüp ve lateks aglütinasyon testleri, biyokimyasal testler ve H7 antijenlerinin saptanması için tüp aglütinasyon testi uygulandı.Sonuç olarak, sonbahar döneminde toplanan 288 örnekten çevresel kaynaklı bir örnekte E. coli O157, dışkı kaynaklı bir örnekte E. coli O157:H7 izole ve identifiye edildi. İlkbahar döneminde toplanan 288 örneğin dışkı kökenli 10'unda E. coli O157 ve dışkı kökenli birinde E. coli O157:H7 izole ve identifiye edildi. E. coli O157 identifiye edilen örneklerin 7'si aynı çiftliğe ait, ilk örneklemede negatif olarak bulunan ineklerdi. Toplam olarak incelenen 576 örneğin iki (%0.35)'sinde E. coli O157:H7 izole ve identifiye edildi.Sonbahar döneminde E. coli O157:H7 identifiye edilen dışkıdan, ilkbahar döneminde E. coli O157:H7 izole edilmedi. İlkbahar döneminde dışkısından O157:H7 identifiye edilen hayvan, sonbahar döneminde rastgele seçilen hayvanlar arasında yer almaması nedeniyle örnek alınmayan, ikinci örneklemede kesime giden hayvanların yerine rastgele seçilen yeni hayvanlardan biriydi. Yapılan istatistiksel analizler sonucunda sadece dışkıda mevsimsel olarak O157 izolasyon oranı önemli bulundu (p<0.01).

Abstract:
The aims of this study were, to detect the presence and investigate the seasonal prevalence of E. coli O157:H7 from feces and milk of the healthy dairy cattle in various age groups, and from feces of the other animals (dog, cat etc.) present in the farms. Also environmental samples from farms were included which belonged to public or private establishments, in the Marmara Region of Turkey.For that purpose, 96 fecal and milk samples from the same animals taken into account (except death and slaughtering), and 96 environmental samples were collected randomly from the determinate 10 farms, in fall and spring period.In total of 576 (288 samples in the fall period while 288 samples in the spring) samples were examined. The samples were collected totally from 139 animals because of the new animals were added due to death or slaughtering in the spring period.All samples were enriched in modified Tryptic Soya Broth. After the immunomagnetic separation, O157 Dynabeads and bacteria suspension was inoculated onto sorbitol MacConkey agar with cefixime and tellurite. Sorbitol negative colonies were inoculated onto sorbitol MacConkey agar supplemented with 4-methylumbelliferyl-ß-D-glucuronide. Suspected colonies which were chosen from this medium were applied for latex and tube agglutination assays for characterization of O157 serogroup, biochemical tests and tube agglutination assay for detecting H7 antigen respectively.In the fall period, E. coli O157 was isolated from one environmental sample and E.coli O157:H7 from one fecal sample. In the spring period, E. coli O157 was isolated from 10 and E. coli O157:H7 from one fecal sample. Seven of E. coli O157 isolates were from the same farm which tested negative during in the first sampling. In total, 576 samples were examined and two samples were isolated and identified as E. coli O157:H7 (0.35 %).The fecal sample, which was identified as E. coli O157:H7 in the fall period, was not isolated in the spring period. In the spring period the animal from which E. coli O157:H7 was identified as a new animal which was added because of slaughtering or death.