BRCA2 genindeki klinik önemi bilinmeyen varyantların patojenitesinin in silico analizler ile değerlendirilmesi                ve klinik korelasyonu
Evaluation of the pathogenicity of variants of uncertainsignificance i-n the BRCA2 gene through in silico analysesand clinical correlati̇on
Yazar: CANAN CEYLAN KÖSE
Danışman: PROF. DR. FATMA SILAN
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: BRCA2 geni, DNA onarımı ve tümör baskılayıcı özellikleriyle meme ve over kanserleri gibi malignitelerle ilişkilidir. BRCA2'deki klinik önemi bilinmeyen varyantlar (VUS), kanser risk değerlendirmelerinde belirsizliklere yol açmaktadır. Bu çalışmada, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Tıbbi Genetik Polikliniği'nde yeni nesil dizileme ile tespit edilen BRCA2 VUS varyantlarının patojenitesinin in siliko analizlerle değerlendirilmesi ve klinik korelasyonlarının incelenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM: VUS varyantlarının genomik analizleri Franklin, ClinVar ve QCI veritabanlarında incelenirken, protein üzerindeki etkiler SIFT, MutationTester2021, FATHMM, PANTHER ve AlphaMissense gibi in siliko araçlarla değerlendirilmiştir. PHD-SNP ve SNPs&GO, varyantların hastalıkla ilişkisini incelemek için kullanılmış; MUpro ve I-Mutant ise protein stabilizasyonu tahmininde uygulanmıştır. HOPE ve Swiss-Model ile 3D modelleme yapılarak varyantların yapısal etkileri görselleştirilmiştir. İn siliko analiz sonuçları, hastaların kanser öyküleri ve aile geçmişiyle ilişkilendirilmiştir.
BULGULAR: Çalışmada BRCA2 geninde toplam 193 varyant tespit edilmiş; bunların %53'ü benign/muhtemel benign, %21'i patojenik/muhtemel patojenik, %24'ü ise VUS olarak sınıflandırılmıştır. VUS olarak belirlenen 48 varyant in siliko analizler ile incelenmiştir. Hepsi missense türünde olan bu varyantların en sık ekzon 11'de bulunduğu tespit edilmiştir. İn siliko analizlerde, 7 varyant patojenik/muhtemel patojenik, 29 varyant ise benign/muhtemel benign olarak sınıflandırılmıştır. Çelişkili sonuçlar nedeniyle 12 varyant net olarak sınıflandırılamamıştır. Ayrıca, çalışmada 7 novel varyant saptanmıştır.
SONUÇ: İn siliko analizler, BRCA2 VUS varyantlarının patojenitelerini belirlemede etkili olmuştur. Çalışma sonucunda VUS oranı %24'ten %6'ya düşürülmüş, bu da in siliko analizlerin klinik uygulamalar için önemini ortaya koymuştur. Gelecekteki çalışmaların, varyantların işlevsel etkilerine odaklanarak BRCA2'nin kanser riskindeki rolünü daha iyi anlamamıza katkı sağlaması beklenmektedir.
Anahtar Kelimeler: BRCA2, VUS, in siliko, klinik korelasyon

Abstract:
INTRODUCTİON AND AİM: The BRCA2 gene is crucial for DNA repair and tumor suppression and is associated with malignancies such as breast and ovarian cancers. Variants of uncertain significance (VUS) in BRCA2 create challenges in cancer risk assessment. This study aims to evaluate the pathogenicity of BRCA2 VUS detected through next-generation sequencing at the Medical Genetics Clinic of Çanakkale Onsekiz Mart University and to explore their clinical correlations.
METHODS: Genomic analyses of VUS were conducted using Franklin, ClinVar, and QCI databases, while their effects on protein function were evaluated through in silico tools such as SIFT, MutationTester2021, FATHMM, PANTHER, and AlphaMissense. Disease association was assessed using PHD-SNP and SNPs&GO, while MUpro and I-Mutant predicted protein stabilization. Structural impacts of the variants were visualized with 3D modeling tools such as HOPE and Swiss-Model. In silico data were analyzed in correlation with patients' personal and family cancer histories.
RESULTS: A total of 193 variants were identified in the BRCA2 gene, with 53% classified as benign/likely benign, 21% as pathogenic/likely pathogenic, and 24% as VUS. The study focused on 48 VUS, all of which were missense variants, predominantly located in exon 11. In silico analyses classified 7 variants as pathogenic/likely pathogenic and 29 as benign/likely benign. However, 12 variants could not be classified due to conflicting results. Additionally, 7 novel variants were identified.
CONCLUSİON: In silico analyses proved effective in determining the pathogenicity of BRCA2 VUS. The proportion of VUS among all identified variants decreased from 24% to 6%, highlighting the utility of in silico methods in clinical practice. Future research focusing on the functional impact of these variants will contribute to a better understanding of the role of BRCA2 in cancer risk.
Keywords: BRCA2, VUS, in silico, clinic correlation