Klinik örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks türlerinin gyrB PCR-RFLP Yöntemi ile belirlenmesi
Identification of Mycobacterium tuberculosis complex strains isolated from clinical specimens via gyrB PCR-RFLP method
Yazar: ALPER TOGAY
Danışman: PROF. DR. BANU BAYRAKTAR
Sağlık Bakanlığı / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Togay A. (2014). Klinik örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks türlerinin gyrB PCR-RFLP Yöntemi ile belirlenmesi. Sağlık Bakanlığı Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı. Tıpta Uzmanlık Tezi. İstanbul.
Mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanması, patojen olan türlerin patojen olmayanlardan ayrımı, uygun tedavi rejiminin seçimi ve epidemiyolojik verilerin toplanması için önemlidir. Geleneksel yöntemler ile laboratuar tanısı zaman alıcı ve zahmetli olan mikobakterilerin identifikasyonu için daha hızlı, duyarlı ve güvenilir yöntemlere gereksinim duyulmaktadır. Bu çalışmanın amacı Mycobacterium tuberculosis kompleks suşlarının tür düzeyinde tayini ve türlere özgü risk faktörlerinin irdelenmesidir.
Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda Ocak 2011-Nisan 2013 tarihleri arasında TB şüphesi ile laboratuvarımıza gönderilen 1896 hastaya ait klinik örnekten 136'sında MGIT kültür sistemi ile mikobakteri izole edilmiştir. Bu örneklerden elde edilen 117 MTBC suşu çalışma kapsamına alınmıştır.
Mikobakteri kültürü yapılması istenen klinik örnekler MGIT ve LJ besiyerlerine ekilmiş ve 136 hastadan mikobakteri üretilmiştir. MGIT kültür yöntemi ile izole edilen 136 suşun ancak 117' si (%86) LJ besiyerinde üretilebilmiştir. LJ'de üremeyen suşların 13'ü NTM, 6'sı MTBC'dır. Kültüründe üreme saptanan 136 örneğin 55'inde (%40) Ehrlich- Ziehl-Neelsen (EZN) ve Auromine-Rhodamine yöntemleri ile aside dirençli basil saptanmıştır.
Kültürde üreyen Mycobacterium tuberculosis kompleks türlerinin identifikasyonu amacıyla gyrB PCR-RFLP yöntemi uygulanarak 113 suş M. tuberculosis, 4 suş M. bovis olarak saptanmıştır. 
Gelişen teknoloji ile biyokimyasal deneylere göre daha hızlı ve daha doğru tanımlama sağlayabilen, maliyeti diğer yöntemlere oranla oldukça düşük olan gyrB PCR-RFLP yönteminin  mikobakteriyoloji laboratuvarlarında kullanılması fayda sağlayacaktır.

Abstract:
Mycobacterial identification to the species level is important for, discrimination of a nonpathogenic species from pathogenic species, selecting proper treatment regimen and collecting epidemiological data. Because the conventional methods for mycobacterial identification are time consuming and labor intensive, there is a need for rapid, sensitive, and reliable methods. The aim of this study was to determine whether species identification of M.tuberculosis complex strains and analyze risk factors of species.

A total of 136 mycobacterial isolates were obtained from 1896 patients submitted to the Şişli Etfal Training and Research Hospital, Microbiology and Clinical Microbiology Laboratory between January 2011 and April 2013. 117 strains which were covered in the study, were identified as MTBC.
Mycobacterial culture requested clinical samples were inoculated MGIT and LJ medium and of them 136 mycobacteria were isolated. 117 (86%) out of strains were also showed growth in LJ medium. 13of NTM and six of MTBC weren't showed growth LJ medium. Acid-fast bacilli was detected in 40 % of the mycobacterial culture positive samples with Ehrlich-Ziehl-Neelsen (EZN) and Auromine-Rhodamine stains. 
Mycobacterium tuberculosis complex isolates obtained from clinical specimens were identified as 113 M. tuberculosis and four as M. bovis by using the gyrB PCR-RFLP.
In our study, it has been showed that gyrB PCR-RFLP method enable the identification of the MTBC. Moreover, it is a cheap, easy, and convenient method for routine use in clinical microbiology laboratories.