Potansiyel probiyotik adayı enterococcus faecium bakterilerinin güvenliği
The safety of potential probiotic enterococcus faecium bacteria
Yazar: NUR SEDA AHLATCI
Danışman: PROF. DR. ZEHRANUR YÜKSEKDAĞ
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Çevresel bir epidemiyolojiye sahip olan Enterococcus faecium suşları, insanlarda nozokomiyal enfeksiyonlarda çok önemli bir problem olarak görülmelerinden dolayı probiyotik olarak önerilebilmeleri için virülans ve direnç genleri içermemeleri gerekmektedir. Tez çalışmasında Türkiye ve İran' ın farklı bölgelerinde üretilen beyaz peynirlerden izole edilen toplam 20 Enterococcus faecium suşlarının probiyotik olarak kullanılabilme güvenilirliğinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla, bakterilerin disk difüzyon yöntemiyle 10 antibiyotiğe duyarlılıkları, jelatinaz ve sitolizin üretim yetenekleri ve biyofilm oluşturma yetenekleri belirlenmiştir. Ayrıca, vankomisin direnç genleri (van A ve van B) ve virülans faktörlere (gelE, cylA, cylB, esp, agg ve asa1, efaAfm, cob, ccf, hyl)  ait genler Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile araştırılmış ve genlerin varlığı sekans analizi ile doğrulanmıştır. Son olarak vankomisin direnç ve virülans genlerin plazmid aracılığı ile aktarılabilme olasılığından dolayı bakterilerin plazmid DNA'ları araştırılmıştır. Bakterilerin disk difüzyon yöntemiyle belirlenen antibiyotik duyarlılıkları sonucunda vankomisin, penisilin-G, ampisilin, kloramfenikol'e %100 duyarlı, gentamisin ve polimiksin B antibiyotiklerine %100 dirençli olduğu tespit edilmiştir. Bunun yanı sıra tetrasiklin'e %95, eritromisin'e %61 duyarlı, ofloksasin'e %81 ve rifampisin'e %52 dirençli olduğu görülmüştür. Fenotipik olarak suşların hiçbirisinde jelatinaz, hemolitik aktiviteye bağlı β hemoliz ve biyofilm yapısı gözlenmemiştir. Bakterilerde direnç genlerini bulundurma oranı van A geninde %5, van B geninde %60 olarak tespit edilmiştir. Virülans genler ise efaAfm %95, cob %85, ccf %45, gelE %40, asa1 %20, esp %20, hyl %10 ve agg %5 olarak belirlenmiştir. Suşların hiçbirisinde cob ve ccf genlerine ve plazmid varlığına  rastlanmamıştır. Enterokokların probiyotik olarak önerilebilmeleri için virülans genlere sahip olup olmadığının belirlenmesi gerektiği kanısına varılmıştır

Abstract:
Enterococcus faecium strains, which have an environmental epidemiology, should not contain virulence and resistance genes in order to be probiotic as they are seen as a very important problem in human nosocomial infections. In this thesis, it is aimed to determine the reliability of 20 Enterococcus faecium strains isolated from feta produced in different regions where Turkey and Iran can be used as probiotics. For this purpose, the susceptibility of bacteria to 10 antibiotics by disc diffusion method, the production capabilities of gelatinase and cytolysin and their ability to form biofilms were determined. In addition, vancomycin resistance genes (van A and van B) and virulence factors (gelE, cylA, cylB, esp, agg and asa1, efaAfm, cob, ccf, hyl) genes were investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) and the presence of genes sequence analysis. Finally, plasmid DNAs of bacteria were investigated due to the possibility of vancomycin resistance and virulence genes to be transferred by plasmid. As a result of antibiotic susceptibility determined by disc diffusion method, bacteria were found to be 100% sensitive to vancomycin, penicillin-G, ampicillin, chloramphenicol and 100% resistant to gentamicin and polymyxin B antibiotics. In addition, it was found to be 95% sensitive to tetracycline, 61% sensitive to erythromycin, 81% resistant to ofloxacin and 52% resistant to rifampicin. Phenotypically, none of the strains showed gelatinase, β hemolysis and biofilm structure due to hemolytic activity. Resistance genes were found to be 5% in the van A gene and 60% in the van B gene bacterias. Virulence genes were determined 95%, cob 85%, ccf 45%, gelE 40%, asa1 20%, esp 20%, hyl 10% and agg 5%. Cob and ccf genes and plasmids were not detected in any of the strains. İt is necessary to determine whether there are virulence genes for enterococci to be recommended as probiotics.