Sığır karkaslarında Arcobacter Spp. varlığı izolatların antibiyotik duyarlılıkları ve moloküler tiplendirilmesi
Presence of Arcobacter Spp. in cattle carcasses, antibiotic susceptibility and molecular typing of isolates
Yazar: KÜBRA TANK
Danışman: DOÇ. DR. HARUN HIZLISOY
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Arcobacter spp.' lerin varlığı insanlarda gastroenterit ve ekstra intestinal hastalıklardan izole edilmeleri sebebiyle halk sağlığı açısından önem arz etmektedir. Bu çalışmada; Kayseri'de çeşitli kesimhanelerden sığır karkaslarından izole edilen Arcobacter spp. varlığı, izolatların belirlenen antibiyotiklere duyarlılıkları ve izolatların moleküler tiplendirilmesi amaçlanmıştır. 
Çalışmada Kayseri ilindeki kesimhanelerden kesim sonrası karkas yüzeyinden alınan toplam 100 adet sığır swap örneği toplanarak materyal olarak kullanılmıştır. Swap örneklerinde Arcobacter spp.'lerin izolasyonu amacıyla önzenginleştirme ve membran filtrasyon işlemleri yapılmıştır. Arcobacter spp.'lerin identifikasyonu fenotipik testler ve multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (mPCR) ile gerçekleştirilmiştir. Arcobacter spp.'lerin çeşitli antibiyotiklere karşı direnç durumunun ortaya konması amacıyla disk difüzyon testi yapılmıştır. İzolatlar arasındaki genetik ilişkilerin araştırılması için Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR)'den yararlanılmıştır. 
Yaptığımız çalışmada izolasyon sonucu toplam 22 şüpheli izolat elde edilmiştir ve şüpheli izolatların 22'si (%22) fenotipik identifikasyon testleri sonucu Arcobacter spp. yönünden pozitif bulunmuştur. Fenotip olarak Arcobacter spp. olduğu düşünülen 22 izolatın tamamı PCR ile doğrulanmıştır. Türlerin belirlenmesi amacıyla yapılan PCR testleri sonucunda 22 izolattan 13'ü A. cryaerophilus, 6 izolat ise A. butzleri ve 3'ü de A. skirrowi pozitif olarak tespit edilmiştir. Bu pozitif örneklerin yapılan ERIC-PCR sonucuna göre izolatların benzerlik derecesi >80% olarak belirlenmiştir. İzolatların bant sayıları 2-11 arasında değişmektedir.  Elde edilen Arcobacter spp. izolatları 8 ana grup (A, B, C, D, E, F, G ve H) oluştururken, bir adet (h1) alt grup oluşturmuştur. 
Disk difüzyon testi sonuçlarına göre sırasıyla enrofloksasin 6(%27.27), gentamisin 7(%31.81), streptomisin 5 (%22.72), rifampin 18(%81.81), sefuroksim sodyum 11(%50), danaflosasin 10(%45.45), azitromisin 10(%45.45), neomisin 9(%40.9), eritromisin 8(%36.36), amoxicillin/klavulanik asit 11(%50), ampisilin 15(%68.18) ve tetrasiklin 7(%31.81)' ine dirençli olduğu tespit edilmiştir.
Sonuç olarak, insanlarda hastalık etmeni olarak bilinen Arcobacte spp.  sığır karkaslarına kontaminasyonun önlenmesi ve gıdaların üretimi, işlenmesi, depolanması ve satışı hakkında personelin eğitilmesinin, sığır eti kaynaklanan hastalıkları engellemesinde önemli rol oynayacağı düşüncesindeyiz.
Anahtar Kelimeler:	Antibiyotik duyarlılık, Arcobacter spp., Sığır Karkası, Tiplendirme

Abstract:
The presence of Arcobacter spp. is important for public health because they are isolated from gastroenteritis and extra-intestinal diseases in humans.
In this study; Arcobacter spp. isolated from cattle carcasses from various slaughterhouses in Kayseri. The presence of Arcobacte spp.'nin cattle carcasses, antibiyotic susceptibility and molecular typing of the isolates were aimed.
In the study, a total of 100 cattle swap samples taken from the carcass surface after slaughter from slaughterhouses in Kayseri were collected and used as material. Pre-enrichment and membrane filtration processes were performed for the isolation of Arcobacter spp. in swap samples. Identification of Arcobacter spp. was performed by phenotypic tests and multiplex polymerase chain reaction (mPCR). Disk diffusion test was performed to determine the resistance of Arcobacter spp. to various antibiotics. Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) was used to investigate genetic relationships between isolates.
In our study, Arcobacter spp. existence was investigated. A total of 22 suspected isolates were obtained as a result of the isolation, and 22 (22%) of the suspected isolates were Arcobacter spp. as a result of phenotypic identification tests was found to be positive. As phenotype, all of the 22 isolates were confirmed by PCR. As a result of the PCR as Arcobacter spp. tests performed to determine the species, 13 of 22 isolates were positive for A. cryaerophilus, and 6 isolates for A. butzleri and 3. A. skirrowi. According to the ERIC-PCR results of these positive samples, the degree of similarity of the isolates was determined as >80%. The band numbers of the isolates vary between 2-11. The isolates formed 8 main groups (A, B, C, D, E, F, G and H) and one (h1) subgroup.
Disk diffusion test was performed and accordingly enrofloxacin 6 (27.27%), gentamicin 7 (31.81%), streptomycin 5 (22.72%), rifampin 18 (81.81%), cefuroxim sodium 11 (50%), danafloxasin 10 (45.45%), azithromycin 10 (45.45%), neomycin 9 (40.9%), erythromycin 8 (36.36%), amoxicillin/clavulanic acid 11 (50%), ampicillin 15 (68.18%) and tetracycline 7 (31.81%) were found to be resistant.
As a result, Arcobacte spp., which is known as a disease agent in humans, We believe that the prevention of contamination of beef carcasses with the causative agent and the training of staff about the production, processing, storage and sale of foods will play an important role in preventing diseases caused by beef meat.
Keywords: Antibiotic susceptibility, Arcobacter spp., Beef Carcass, Typing