Apoptoz ve otofaji sinyallerinin Ty1 ve Ty2 pseudovirüslerinde gen anlatımına etkilerinin moleküler analizi
Molecular analysis of the apoptosis and autophagy signals on the gene expressions in Ty1 and Ty2 pseudoviruses
Yazar: CEYDA ÇOLAKOĞLU
Danışman: PROF. DR. SEZAİ TÜRKEL
Bursa Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Saccharomyces cerevisiae = Saccharomyces cerevisiae

Özet:
Sacchoromyces cerevisiae retrotranspozonları incelemek için kullanılan GRAS bir mikroorganizmadır. S. cerevisiae genomunda Ty1-Ty5 olarak adlandırılan 5 çeşit retrotranspozon bulunur. Bu retrotranspozonlar retrovirüslere genomik açıdan benzedikleri için pseudovirüs olarak da bilinirler. Genomda sayıları sabittir ve TYA ve TYB olarak adlandırılan iki adet açık okuma çerçevesini sahiptir. TYA; VLP oluşumunu sağlarken, TYB; reverse transkriptaz, integraz ve proteaz enzimini oluşturmaktadır. TYB'nin translasyonu TYA:TYB füzyon proteini olarak yapılır ve bu translasyon işlemi ribozomal çerçeve kayması ile gerçekleşir. Ty genomlarından hiçbir translasyon ve transkripsiyon faktörü kodlanmaz. Transkripsiyon ve translasyonları için tüm faktörleri virüslere benzer şekilde konak hücresi olan S. cerevisiae'nın faktörlerini kullanırlar. Bu nedenle mayayı etkileyen sinyallerin Ty elementlerini de etkilediği düşünülmektedir. Apoptoz programlı bir hücre ölüm mekanizmasıdır. Otofaji ise protein bozunmasını indükleyen ve hücre dengesini sağlayan bir süreçtir. Üreme ortamında asetik asitle yaratılan apoptoz sinyali ve kafeinle yaratılan otofaji sinyallerinin S. cerevisiae'da çeşitli genlere olan etkisi bilinmektedir. Bu araştırmada; mayada deneysel olarak oluşturulan apoptoz ve otofaji sinyallerinin Ty1 ve Ty2'nin transkripsiyon ve ribozomal çerçeve kayması üzerindeki etkisi incelendi. Yapılan çalışmada; apoptoz ve otofaji sinyallerinin mutant suşlardaki Ty1 ve Ty2 elementlerinin transkripsiyonunu farklı oranlarda etkilendiği görüldü. Ty1 ve Ty2 elementlerinin transkripsiyonunun; apoptoz ve otofaji sinyali ile azaldığı belirlendi. Ty elementlerinde programlı ribozomal çerçeve kaymasının da selektif otofaji türleriyle %50 oranda azaldığı belirlendi.

Abstract:
Sacchoromyces cerevisiae is a GRAS microorganisms used to study retrotranspozons. S. cerevisiae contains 5 different types of retrotransposon, known as Ty1-Ty5, in its genome. These retrotranspozons are also known as pseudoviruses because they are genomically similar to retroviruses. Their numbers are constant in the genome and have two open reading frames, called TYA and TYB. While TYA provides VLP formation, TYB forms reverse transcriptase, integrase and protease enzyme. The translation of TYB is done as TYA:TYB fusion protein, and this translational process occurs by ribosomal frameshift. There is no translation and transcription factors encoded from Ty genomes. All factors for transcription and translation use factors of S. cerevisiae, the host cell, similar to viruses. Therefore, the signals affecting yeast are thought to affect Ty elements as well. Apoptosis is a programmed cell death mechanism. Autophagy is a process that induces protein degradation and ensures cell balance. Apoptosis can be activated by acetic acid in yeast. Moreover, autophagy pathway can be activated by caffeine. Apoptosis and autophagy signals affects many different genes in S. cerevisiae. In this study, the effect of experimentally generated apoptosis and autophagy signals on transcription and ribosomal frameshift of Ty1 and Ty2 was studied in yeast. The study showed that apoptosis and autophagy signals affect the transcription of Ty1 and Ty2 pseudoviruses in mutant strains at different rates. Transcription of the Ty1 and Ty2 was determined to decrease with apoptosis and autophagy signaling. It was determined that ribosomal frameshift in Ty elements decreased by 50% with selective autophagy types.