Farklı DNA markörleri kullanarak amasya elmasının doymuş genetik haritasının oluşturulması
Construction of high density genetic linkage map of amasya apple using different DNA markers
Yazar: MURAT GÜNEY
Danışman: PROF. DR. SALİH KAFKAS
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Amasya elması kendine özgü hoş kokusu, aroması ve uzun süre bozulmadan depolanabilme özellikleri yönünden önemli bir yerel çeşidimizdir. Bu çalışmada, 'Kaşel-37' x 'Delbarestivale' melezlemesinden elde edilen 180 F1 bitkisi ile farklı DNA markör sistemleri kullanılarak Amasya elmasında doymuş bir genetik haritanın oluşturulması amaçlanmıştır. 'Kaşel-37' ve 'Delbarestivale' çeşitlerine ait iki ayrı genetik bağlantı haritaları SNP ve SilicoDArT, SSR, AFLP, E-STS, RGA ve diğer markörler ile 'double pseudo testcross' haritalama metodu kullanılarak oluşturulmuştur. 'Kaşel-37' çeşidinin genetik haritasında 17 bağlantı grubu üzerinde, 3,903 SNP ve SilicoDArT, 342 SSR, 210 AFLP, 8 adet E-STS, 1 RGA ve 4 adet farklı özellikler ile ilişkili markör olmak üzere toplam 4,468 markör yer almıştır. Ortalama markör sayısı 262.8 ve markörler arası ortalama uzaklık 0.51 cM olarak hesaplanmıştır. Toplam harita uzunluğu 2,284.7 cM, ortalama bağlantı grubu uzunluğu ise 134.4 cM olarak hesaplanmıştır. 'Delbarestivale' çeşidinin genetik haritasında 17 bağlantı grubu üzerinde, 3,527 SNP ve SilicoDArT, 340 SSR, 185 AFLP, 5 adet E-STS, 1 RGA ve 6 adet farklı özellikler ile ilişkili markör olmak üzere toplam 4,064 markör yer almıştır. Ortalama markör sayısı 239.1 ve markörler arası ortalama uzaklık 0.60 cM olarak hesaplanmıştır. Toplam harita uzunluğu 2,438.6 cM, ortalama bağlantı grubu uzunluğu ise 143.5 cM olarak hesaplanmıştır. Her iki çeşide ait doymuş genetik haritaların oluşturulması ve markörlerin kromozom üzerinde yerlerinin belirlenmiş olması, ileride bu F1 bitkilerden elde edilen fenotipik verilerin kullanılması ile birlikte QTL (Quantitative Trait Loci) analizleri gerçekleştirilecek ve yeni markörler de geliştirilebilecektir.

Anahtar Kelimeler: Elma, Genetik harita, SNP, SSR, AFLP

Abstract:
Amasya is one of the most important local apple cultivars in Turkey due to its nice smelling, highly aromatic and long storable fruits. In this study, it was aimed to construct a high genetic linkage map of Amasya cultivar by using different molecular marker systems and 180 F1 plants from 'Kaşel-37' (female parent) and 'Delbarestivale' (male parent) cross. Genetic linkage maps of 'Kaşel-37' and 'Delbarestivale' cultivars were constructed using SNP, SilicoDArT, SSR, AFLP, E-STS, RGA and other markers by applying 'double pseudo testcross' strategy. The genetic map of 'Kaşel-37' cultivar had a total of 4,468 markers on 17 linkage groups (LGs): 3,903 SNP and SilicoDArT, 342 SSR, 210 AFLP, 8 E-STS, 1 RGA and 4 markers linked to specific characters. The average number of marker per LG was 262.8 and the average marker density was 0.51 cM. The total map length was 2,284.7 cM and an average of LG length was 134.4 cM. The genetic linkage map of 'Delbarestivale cultivar had a total of 4,064 markers on 17 linkage groups: 3,527 SNP and SilicoDArT, 340 SSR, 185 AFLP, 5 E-STS, 1 RGA and 6 markers linked to specific characters. The average number of marker per LG was 239.1 and the average marker density was 0.60 cM. The total map length was 2,438.6 cM, and the average LG length was 143.5 cM. The constructed two high density genetic linkage maps in this study may allow QTL (Quantitative Trait Loci) analysis after phenotyping the F1 individuals and finally novel markers linked to phenotypic traits can be developed in the future. 

Key Words: Apple, Genetic map, SNP, SSR, AFLP