Sivas yöresinde mandalarda Theileria, Babesia, Anaplasma ve Ehrlichia türlerinin moleküler yöntemlerle araştırılması
Survey of Theileria, Babesia, Anaplasma, and Ehrlichia species in buffaloes in Sivas region by molecular methods
Yazar: ÖMER FARUK ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. KÜRŞAT ALTAY
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
SİVAS YÖRESİNDE MANDALARDA THEILERIA, BABESIA, ANAPLASMA VE EHRLICHIA TÜRLERİNİN MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE ARAŞTIRILMASI
Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü 
(Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Ortak) 
Veteriner Parazitoloji Anabilim Dalı 
Doktora Tezi, Temmuz 2023
Danışman: Prof. Dr. Kürşat ALTAY
ÖZET
Theileria, Babesia, Anaplasma ve Ehrlichia soylarına ait türler, tropik ve subtopik bölgelerde yaygın olup, konaklarında subklinik ya da klinik hastalık tablosu oluşturabilmektedir. Bu konaklar, hastalık sırasında verim kayıpları yaşamakla birlikte hastalığı atlatanlarda, etkenler uzun süre kalarak vektör keneler için enfeksiyon kaynağı oluşturmaktadır. Hastalıkların, omurgalı konaklardaki yaygınlığının belirlenmesi, hastalıkların önlenmesine yönelik koruma ve kontrol programlarının geliştirilmesine temel oluşturmaktadır. 
Bu çalışmada, Sivas yöresinde mandalarda (Bubalis bubalis) Theileria, Babesia, Anaplasma ve Ehrlichia türlerinin varlığı ve yaygınlığının araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, Sivas yöresinde (merkez, Yıldızeli, Zara, Şarkışla, Ulaş, Suşehri ve Koyulhisar) 364 mandadan kan örneği toplanmış, bu örnekler, total DNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra, Theileria, Babesia, Anaplasma ve Ehrlichia türleri yönünden reverse line blotting (RLB), polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), restriksiyon fragment length polimorfizm (RFLP) yöntemleri ile analiz edilmiştir. Çalışmada belirlenen pozitif örneklerin spesifik genlerinin DNA dizi analizleri yapılmış ve belirlenen türlere ait izolatların filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır. 
Çalışma sonucunda, Sivas yöresinde mandalarda T. orientalis, A. phagocytophilum-like 1 ve A. capra türlerinin varlığı ortaya konulmuştur; T. orientalis, %0,54, A. phagocytophilum-like 1, %1,92 ve A. capra, % 14,28 oranında tespit edilmiştir. Yaş ve cinsiyetin enfeksiyon oranlarını etkilemediği belirlenmiştir (p > 0,05).
Theileria orientalis pozitif sonuç elde edilen örneklerin hedeflenen 18S SSU rRNA ve MPSP gen bölgesi nükleotid dizilimleri GenBankasına sunularak; 18S SSU rRNA geni değişken bölgesi için OR140730 ve OR140731, MPSP gen bölgesi için OR187857 ve OR187858 erişim numaraları alınmıştır. Theileria orientalis izolatlarının, MPSP geni filogenetik analizi sonucunda, T. orientalis Tip 3 izolatlarının arasında yer aldığı belirlenmiştir. Anaplasma phagocytophilum-like 1 izolatlarının 16S SSU rRNA geni DNA dizilimleri GenBankasına sunularak; OP828918 - OP828920 erişim numaraları alınmıştır. Anaplasma phagocytophilum-like 1 izolatları arasında DNA dizi analizine göre insersiyon (insertion) mutasyonu ve tek nükleotid polimorfizmi (single nucleotide polymorphism, SNP) saptanmıştır. Anaplasma capra gltA, groEL ve 16S SSU rRNA genleri DNA dizilimleri GenBankasına sunularak; ON783817 – ON783818 – ON783819 (gltA), ON783820 – ON783821 – ON783822 (groEL), ON763215 – ON763216 – ON763217 (16S SSU rRNA) erişim numaraları alınmıştır. Anaplasma capra, gltA ve groEL genlerinde yüksek nükleotid farklılığı görülmüş ve bu genler temelinde A. capra'nın iki farklı grup oluşturduğu belirlenmiştir.
Sonuç olarak bu tez çalışmasında; Türkiye'de mandalarda T. orientalis'in varlığı ilk defa belirlendiği gibi A. phagocytophilum-like 1 ve A. capra'nın varlığı dünyada ilk defa ortaya konulmuştur. Ayrıca, A. capra'nın iki farklı genotipinin bulunduğu belirlenmiştir. Özellikle A. phagocytophlum-like-1 ve A. capra'nın patojenitesi ve vektörlerinin belirlenmesine yönelik çalışmaların yapılmasına ihtiyaç olduğu ortaya çıkmıştır.
Anahtar Kelimeler: Anaplasmosis; babesiosis; ehrlichiosis; manda; theileriosis.

Abstract:
SURVEY OF THEILERIA, BABESIA, ANAPLASMA, AND EHRLICHIA SPECIES IN BUFFALOES IN SIVAS REGION BY MOLECULAR METHODS
Sivas Cumhuriyet University, Graduate School of Health Science 
(Partner with Sivas Cumhuriyet University) 
Department of Veterinary Parasitology 
PhD Thesis, July 2023
Supervisor: Prof. Dr. Kürşat ALTAY
ABSTRACT
Theileria, Babesia, Anaplasma and Ehrlichia species are common in tropical and subtopic climatic zones around the world and can cause subclinical or clinical disease in hosts. Although these hosts experience yield losses during the disease, the disease agents remain for a long time in the hosts that survive the disease, creating a source for vector ticks. Determining the prevalence of diseases in vertebrate hosts will contribute to the creation of protection and control programs for the prevention of diseases. 
In this study, it was aimed to investigate the presence and prevalence of Theileria, Babesia, Anaplasma and Ehrlichia species in buffaloes in the Sivas region. For this aim, blood samples were collected from 364 buffaloes in the Sivas region (centre, Yıldızeli, Zara, Sarkisla, Ulaş, Suşehri and Koyulhisar), and these samples were analyzed by reverse line blotting (RLB), polymerase chain reaction (PCR), restriction fragment length polymorphism (RFLP) methods for Theileria, Babesia, Anaplasma and Ehrlichia species after total DNA extraction. DNA sequence analyzes of the specific genes of the positive samples determined in the study were made and it was aimed to reveal the phylogenetic relationships of the species by using these sequence sequences.
In the study, the presence of T. orientalis, A. phagocytophilum-like 1 and A. capra species was determined in buffaloes in Sivas region. Theileria orientalis, A. phagocytophilum-like 1 and A. capra were detected in 0.54%, 1.92% and 14.28%, respectively. It was determined that age and gender did not affect infection rates (p > 0.05).
18S SSU rRNA gene variable region and MPSP gene region nucleotide sequences of T. orientalis positive samples were submitted to GenBank; Accession numbers OR140730 and OR140731 for the 18S SSU rRNA gene variable region, OR187857 and OR187858 for the MPSP gene region were obtained. As a result of the MPSP gene phylogenetic analysis, T. orientalis isolates were found to be among the T. orientalis Type 3 isolates. 16S SSU rRNA gene DNA sequences of A. phagocytophilum-like 1 isolates were submitted to GenBank; Accession numbers OP828918 – OP828920 have been obtained. According to DNA sequence analysis, insertion mutation and single nucleotide polymorphism (SNP) were detected among A. phagocytophilum-like 1 isolates. Anaplasma capra gltA, groEL and 16S SSU rRNA genes DNA sequences were submitted to GenBank; Accession numbers ON783817 – ON783818 – ON783819 (gltA), ON783820 – ON783821 – ON783822 (groEL), ON763215 – ON763216 – ON763217 (16S SSU rRNA) have been obtained. High nucleotide differences were found in A. capra, gltA and groEL genes, and it was determined that A. capra formed two different groups on the basis of these genes.
As a result, in this thesis study; The presence of T. orientalis in buffaloes in Turkey was determined for the first time, and the presence of A. phagocytophilum-like 1 and A. capra was demonstrated for the first time in the world. In addition, it was determined that there are two different genotypes of A. capra. In particular, it has emerged that there is a need for studies to determine the pathogenicity and vectors of A. phagocytophilum-like-1 and A. capra.
Keywords: Anaplasmosis; babesiosis; buffalo; ehrlichiosis; theileriosis.