Çilek üretim alanlarındaki Rhizoctonia spp. izolatlarının karakterizasyonu ve hastalığa karşı Trichoderma spp. ile biyolojik mücadele olanaklarının araştırılması
Characterization of Rhizoctonia spp. in strawberry cultivation areas and investigation of biological control possibilities with Trichoderma spp. against  black root rot disease
Yazar: DURMUŞ ERDURMUŞ
Danışman: PROF. DR. HARUN BAYRAKTAR
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı / Fitopatoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Anastomoz = Anastomosis ; Biyolojik mücadele = Biological control ; Rhizoctonia = Rhizoctonia ; Trichoderma = Trichoderma ; Çilek = Strawberry

Özet:
Çilekte önemli bir kök çürüklüğü etmeni olan Rhizoctonia spp.' nin anastomosis gruplarının (AG) ve hastalıkla biyolojik mücadele amacıyla Trichoderma spp.'nin belirlenerek kullanım imkanlarının araştırılması amacıyla bu çalışma yapılmıştır. Çilek üretiminde büyük öneme sahip olan Mersin, Bursa ve Konya illerinde 2020 yılı üretim sezonunda 173 adet bahçeden hastalık belirtisi gösteren bitkiler ve rizosfer bölgesinden toprak örnekleri toplanmıştır. İzolasyon çalışmaları sonucunda 122 adet Rhizoctonia spp. ve 180 adet Trichoderma spp. izolatı elde edilmiştir. Rhizoctonia spp.'nin ITS bölgesi,  ITS1 ve ITS4 primerleri ile çoğaltılarak sekansı yapılmış ve BLAST analizi ile anastomosis grupları belirlenmiştir. Multinükleat Rhizoctonia AG-4 HGI ve binükleat Rhizoctonia AG-A, AG-G, AG-Fa, AG-K, AG-V ve AG-W olmak üzere 7 farklı Rhizoctonia AG grubu bulunmuştur. Binükleat AG-V ile AG-W ülkemiz için ilk kayıt, çilekte dünyada ilk kayıttır. Binükleat Rhizoctonia AG-Fa ve multinükleat AG-4 HGI ülkemizde çilekte ilk kayıttır. Trichoderma spp. tef1, rpb2 ve ITS lokusları çoğaltılarak tür teşhisleri gerçekleştirilmiştir. Trichoderma spp. izolatları T. arundinaceum, T. atroviride, T. gamsii, T. citrinoviride, T. hamatum, T. afroharzianum, T. harzianum, T. koningii, T. koningiopsis, T. virens ve T. spirale olmak üzere 11 farklı türe ayrılmıştır. Çilek üretim alanlarında T. koningii, T. gamsii,  T. atroviride, T. koningiopsis, T. arundinaceum, T. hamatum ve T. spirale ülkemizde ilk defa bu çalışma ile tespit edilmiştir. T. arundinaceum ise ülkemizde tespit edilen ilk kayıttır. Virülensi yüksek ve en yaygın olan, SR43 numaralı binükleat Rhizoctonia AG-A izolatına karşı Petri kaplarında ikili kültür engelleme testleri yapılmıştır. Trichoderma spp. izolatlarının %39-100 arasında engelleme oranlarına sahip oldukları bulunmuştur. Engelleme testinde en yüksek etkiyi gösteren T. gamsii, T. spirale, T. harzianum, T. atroviride ve T. koningii türlerine ait birer izolat ile saksı etkinlik testleri yapılmıştır. Kontrolde %85 hastalık şiddeti oluşmuştur. T. harzianum ve T. spirale uygulamaları hastalığa karşı %82.35 etki göstererek en etkili izolatlar olmuştur. Çalışma sonucunda yerel Trichoderma spp. türlerinin çilekte siyah kök çürüklük hastalığı binükleat Rhizoctonia AG-A' ya karşı biyolojik mücadele amacıyla kullanılabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
This study was carried out to investigate the anastomosis groups (AG) of Rhizoctonia spp., an important root rot agent in strawberry, and the possibilities of using Trichoderma spp. for biological control of the disease. In Mersin, Bursa and Konya provinces, which are of great importance in strawberry production, plants showing disease symptoms and soil samples from the rhizosphere were collected from 173 gardens in the 2020 production season. As a result of isolation studies, 122 Rhizoctonia spp. and 180 Trichoderma spp. isolates were obtained. ITS region of Rhizoctonia spp. was amplified and sequenced with ITS1 and ITS4 primers and anastomosis groups were determined by BLAST analysis. Seven different Rhizoctonia AG groups were found; multinucleate Rhizoctonia AG-4 HGI and binucleate Rhizoctonia AG-A, AG-Fa, AG-G, AG-K, AG-V and AG-W. Binucleate AG-V and AG-W are the first records for Turkey and the first in the world in strawberry. Binucleate Rhizoctonia AG-Fa and multinucleate AG-4 HGI are the first records in strawberry in Turkey. Tef1, rpb2 and ITS loci of Trichoderma spp. were amplified and species identification was performed by sequencing analysis. Isolates of Trichoderma spp. were classified into 11 different species as T. atroviride, T. arundinaceum, T. gamsii, T. citrinoviride, T. hamatum, T. afroharzianum, T. harzianum, T. koningii, T. koningiopsis, T. spirale and T. virens. In this study, T. koningii, T. gamsii, T. atroviride, T. koningiopsis, T. arundinaceum, T. hamatum and T. spirale were detected in strawberry production areas for the first time in Turkey. T. arundinaceum is the first record detected in our country. Binucleate Rhizoctonia AG-A isolate SR43, which is the most common and highly virulent isolate, was subjected to dual culture inhibition tests in Petri dishes. Trichoderma spp. isolates were found to have inhibition rates between 39-100%. Pot efficacy tests were carried out with one isolate each of T. gamsii, T. spirale, T. harzianum, T. atroviride and T. koningii which showed the highest effect in the inhibition test. In the control, 85% disease severity occurred. T. harzianum and T. spirale treatments were the most effective isolates against the disease with 82.35% effect. As a result of the study, it is thought that local Trichoderma spp. species can be used for biological control against the black root rot disease caused by binucleate Rhizoctonia AG-A in strawberry.