Fermente Türk sucuğundan izole edilen laktik asit bakterilerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle karakterizasyonu
Phenotypic and genotypic characterization of lactic acid bacteria isolated from fermented Turkey sausage
Yazar: GÜLŞAH ADIGÜZEL
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA ATASEVER
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2008
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Araştırmada, piyasadan temin edilen 15 adet fermente sucuk örneğinden izole edilen laktik asit bakterilerinin morfolojik, biyokimyasal, fizyolojik ve fenotipik yöntemlerle analizleri yapılmış ve elde edilen veriler 16S-23S rRNA PCR, BOX PCR metodları ile desteklenerek mikroorganizmaların karakterizayonu gerçekleştirilmiştir.Araştırma sonucunda, MIS yönteminin laktik asit bakterilerinin tanımlanmasında yüzde olarak düşük tanı sonucu verdiği görülmüş ve elde edilen sonuçlar bir metabolik profilleme yöntemi olan API ile desteklenmeye çalışılmıştır. API verilerine göre 10 izolat Lactobacillus plantarum, 8 izolat Pediococcus pentosaceus, 6 izolat Lactococcus lactis subsp. lactis, 5 izolat L. curvatus subsp. curvatus, 5 izolat L. brevis, 3 izolat L. fermentum, 3 izolat Weisella viridescens, 2 izolat L. delbrueckii subsp. delbrueckii, 2 izolat W. confusa, 1 izolat L. collinoides ve 1 izolat ise Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides/ dextranicum olarak tanımlanmıştır. Bu sonuçlara göre sucukta baskın florayı Lactobacillus türlerinin oluşturduğu ve dominant türünde L. plantarum olduğu tespit edilmiştir.Elde edilen bu sonuçların genotipik verilerle desteklenip desteklenmediği araştırılmıştır. rRNA PCR yönteminin izolatlar arasındaki ayrım açısından yetersiz olduğu, BOX-PCR yönteminin ise bu ayrımı başarılı bir şekilde ortaya koyduğu belirlenmiştir. BOX PCR sonuçlarıyla API verileri mukayese edildiğinde API'ye göre, Pediococcus pentosaceus olarak isimlendirilen 41 nolu izolatın cluster analiz verileri incelendiğinde Lactococcus lactis subsp. lactis türüne ait, Weisella viridescens olarak isimlendirelen 4 kod numaralı izolatın ise BOX-PCR verileri dikkate alınarak hazırlanan cluster analiz sonuçları incelendiğinde aslında Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides/ dextranicum türüne ait bir izolat olduğu tespit edilmiştir.Elde edilen tüm sonuçlar bir araya getirildiğinde klasik yöntemlerin fenotipik yöntemlerle, fenotipik yöntemlerin ise mutlaka genotipik yöntemlerle desteklenmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
In the research, lactic acid bacteria isolated from 15 fermented sausage samples which have been obtained from the market, has been analyzed from morphologic, biochemical, physiologic and phenotypic methods, and the data from this research, supported with 16S-23S rRNA PCR, BOX PCR methods, has been developed by the characterization of microorganisms.In the result of the research, it has been seen that MIS methods is insufficient, with low liability, in defining lactic acid bacteria and the results have been supported by API method which is a kind of metabolic profile. According to the API data, 10 isolate Lactobacillus plantarum, 8 isolate Pediococcus pentosaceus, 6 isolate Lactococcus lactis subsp. lactis, 5 isolate L. curvatus subsp. curvatus, 5 isolate L. brevis, 3 isolate L. fermentum, 3 isolate Weisella viridescens, 2 isolate L. delbrueckii subsp. delbrueckii, 2 isolate W. confusa, 1 isolate L. collinoides and 1 isolate Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides/ dextranicum.According to these results, dominant species, in sausage, have been stated as Lactobacilus species and the most dominant is L. plantarum.According to the latest consequence, it has been searched whether these results have been supported by genotypic data or not. Then it has been determined that rRNA PCR methods is not expressly state the discrimination among the isolates very well, however BOX-PCR methods are very successful about this process. In comparison with BOX PCR results and API data, it has been determined according to the API data that an isolate called as Pediococcus pentosaceus (number 41) actually belongs to Lactococcus lactis subsp. lactis class, however, at the same time, an isolate called as Weisella viridescens (number 4) actually belongs to Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides/ dextranicum class when BOX-PCR data and cluster analysis? results have been take into consideration.When gathering all the results, it has been finally noticed that classical methods have to be supported by the phenotypic methods, but at the same time, phenotypic methods have to be supported by genotypic methods.