Endotoksinin N9 fare mikroglial hücre hattında mikroRNA ekspresyon profiline olan etkisi
The effect of endotoxin on microRNA expression profile in N9 mouse microglial cell line
Yazar: SERPEN DURNAOĞLU
Danışman: PROF. DR. KEMAL KÜRŞAD GENÇ
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Sinir Bilimi Ana Bilim Dalı / Temel Sinirbilimler Bilim dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Nöroloji = Neurology
Dizin: Endotoksinler = Endotoxins ; Fareler = Mice ; Hücre dizisi = Cell line ; Lipopolisakkaritler = Lipopolysaccharides ; Mikro RNA = Micro RNA

Özet:
Mikroglia, beyin makrofajı olarak tanınan glial hücre tipidir. İmmunofenotipik ve fonksiyonel olarak monosit ve makrofaj hücreleriyle benzerlik göstermektedir. Merkezi sinir sisteminde (MSS) mikroglia inflamatuar süreçlerde önemli bir role sahiptir. Post-transkripsiyonel gen regülasyonunda büyük rol oynayan MikroRNA'lar (miRNA), küçük, kodlama yapmayan RNA'lardır. Bu çalışmada amacımız mikroglial aktivasyonda miRNA'ların rolünü araştırmaktır.Çalışmanın ön aşamasında, N9 fare mikroglial hücreleri lipopolisakkaridin (LPS) 100 ng/ml LPS dozu kullanılarak aktive edildi. Mikrorray yöntemi kullanılarak miRNA ekspresyon değişimleri belirlendi. Bu yöntemle ekspresyon değişimi belirlenen miRNA'lardan miR-191, miR-193 ve miR-431'ün gen ekspresyonu kantitatif PCR (qPCR) yöntemiyle incelendi. Daha sonra bu miRNA'ların hedef genleri biyoinformatik yöntem aracılığıyla belirlendi. Belirlenen hedef genlerin validasyonu Lusiferaz testi ile yapıldı.Mikroarray sonuçlarına göre ekspresyon değişimi en fazla olan 30 adet miRNA belirlendi. qPCR sonuçlarına göre miR-191, miR-193 ve miR-431'in ekspresyonun arttığı gösterildi. Biyoinformatik yöntemle belirlenen hedef genlerin ( IL-6, IL-10 ve IRAK1 ) validasyonu yapıldı. Bu miRNA'lardan miR-191'in IL-6'yı, miR-193'ün IL-10'u ve miR-431'in IRAK1'i hedeflediği gösterildi.

Abstract:
Microglia is a type of glial cell that are known as macrophages of the brain. They are immunophenotypically and functionally similar to monocytes and macrophages. In the central nervous system (CNS), microglia plays an important role in the inflammatory process. MicroRNAs (miRNAs) which are small, non-coding RNAs have a crucial role in gene regulation at the post-transcriptional level. In this study we aimed to search the role of miRNA on microglial activation.In the experiment, N9 cells were treated with 10-1000ng/ml doses of Lipopolysaccharide (LPS). In preliminary study, by using 100 ng/ml LPS, N9 mouse microglial cells were activated. By using microarray method, miRNA expression changes were determined. Among miRNAs which were determined by microarray, the gene expression of miR-191, miR-193 and miR-431 were examined by qPCR. Afterwards, target genes of those miRNAs were determined by bioinformatics analysis. The validation of target genes which were determined before was done by Luciferase assay.According to qPCR data, its shown that the expression of miR-191,miR-193 and miR-431 increased. The validation of target genes (IL-6, IL-10 ve IRAK1 ) which were determined by bioinformatic method, were done. Of these miRNAs, it has shown that miR-191 targets IL-6, miR-193 targets IL-10 and miR-431 targets IRAK1.