Prostat kanseri hücre dizisinde prostaglandin endopreoksit sentaz-2, transmembran serin proteaz-4 ve mage ailesi A3 üyesi genlerinin transkripsiyon aşamasındaki gen anlatımlarının karşılaştırılmalı olarak incelenmesi
Comperative analysis of the expression on transcription stage of the prostaglandi̇n endoperoxide synthase-2, TMPRRS4 and mage family member-a3 in porstat canser cell line
Yazar: CEREN AYNACI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FİLİZ SAĞLAM
İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Hücre dizisi = Cell line ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Peptid hidrolazlar = Peptide hydrolases ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prostaglandin-endoperoksit sentazlar = Prostaglandin-endoperoxide synthases ; Prostat = Prostate ; Prostat hastalıkları = Prostatic diseases ; Prostat neoplazmları = Prostatic neoplasms

Özet:
Bu çalışmadaki amaç; PC3 Prostat kanseri hücre dizisinde Prostaglandin Endoperoksit Sentaz-2 (PTGS2), Transmembran Serin Proteaz-4 (TMPRSS4) ve MAGE Ailesi A3 Üyesi (MAGE-A3) genlerinin transkripsiyon düzeyindeki gen anlatımlarının karşılaştırmalı olarak incelenmesidir. Odaklanılan nokta, sağlıklı duruma göre kanserdeki değişimi aydınlatmaktır.
Çalışmada biyogüvenlik kabininde geleneksel hücre kültürü teknikleri, yarı manuel kit ile RNA izolasyonu, termal döngü cihazında sırasıyla cDNA sentezi ve eş zamanlı kantitatif PCR yöntemleri uygulanmıştır. Kültürlenen kanserli hücre hatları hasat edilerek total RNA'ları ayrıştırılıp enzimatik olarak tamamlayıcı DNA'lara dönüştürülmüştür. PTGS2, TMPRSS4 ve MAGE-A3 genlerine özel olarak tasarlanmış olan primerler yardımıyla eş zamanlı PCR uygulanmıştır.
Çalışmanın sonuçlarında 3 kez tekrarlı eş zamanlı PCR sonuçlarının delta delta Ct hesaplaması ile PC3 Prostat kanseri hücre hattına kıyasla PTGS2 geninin anlatımında 50 kat azalış; TMPRSS4 geninin anlatımında 0,47 kat; MAGE-A3 geninin ifadesinde ise 0,16 kat artış saptanmıştır. Bu üç genin kanserde hücre bölünmesi, apoptoz direnci, invazyon, anjiyogenez gibi olaylarda rol alabildiği bilinmektedir. Bu çalışma sonucunda, bu üç genin sinyal yolağında ortak bir etkisi olduğu ve bu üç gen için protein düzeyinde araştırma yapmanın faydalı olabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
The aim of this study was to investigate the expression levels of PTGS2, TMPRSS4 and MAGE-A3 genes in the Prostat cancer cell line which is modeling healthy bronchial epithelium. The focal point is cancerous alteration compared to healthy.
In this study, conventional cell culture techniques in biosafety cabinet, total RNA isolation with semi-manual kit, both cDNA synthesis and real-time quantitative PCR in thermal cycler were applied. Cultured cancerous cell lines were harvested and their RNAs were separated. Total RNAs were enzymatically converted into cDNAs. The real-time PCR was performed with the specific primers have designed for PTGS2, TMPRSS4 and MAGE-A3 genes.
In the results of the study, the delta delta Ct calculation in a Prostat cancer cell line, 50 fold increase in PTGS2 gene; 0,47 fold increase in TMPRSS4 gene; 0,16 fold increase in MAGE-A3 gene was observed. These three genes are known to play role in cancer cell division, apoptosis resistance, invasion and angiogenesis. As a result of this study, these three genes are thought to have jointly effect on the signaling pathway. It may be beneficial to investigate on protein level for these three genes to illuminate at this point.