Yüksek çözünürlüklü genomik veri ve numerik taksonomik yöntemlerle Noccaea aucheri (Brassicaceae) tür kompleksi için tür sınırlandırması
Species delimitation of Noccaea aucheri (Brassicaceae) species complex using high-throughput genomic data and numerical taxonomy
Yazar: ILGIN DENİZ CAN
Danışman: DOÇ. DR. BARIŞ ÖZÜDOĞRU
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışma kapsamında Türkiye'nin serpantin bölgelerine endemik ve kısa bir süre önce Pseudosempervivum cinsinden Noccaea cinsine transfer edilmiş üç türü (N. aucheri, N. mummenhoffiana ve N. sempervivum) içeren N. aucheri Tür Kompleksi'nin tür sınırları incelenmiştir. Kompleks içerisindeki türlerin sınırlarını kesin bir şekilde çizebilmek, taksonomik problemleri gidermek, hatalı dağılım verilerini güncellemek için gerçekleştirilen arazi çalışmalarıyla birlikte, yüksek çözünürlüklü genomik veri ve numerik taksonomik yöntemler kullanılmıştır. Çalışma materyalini oluşturan örnekler, çalışma kapsamında gerçekleştirilen arazi çalışmalarından ve çeşitli herbaryumlardan temin edilmiştir. Numerik taksonomik analizler için, literatürde verilen ve bu türlerin ayrımında kullanılan karakterlere ek olarak birçok farklı karakter ölçülmüş ve incelenmiştir. Bunun yanı sıra Restriction site associated DNA markers (RADseq) dizileme yöntemiyle tüm genomun farklı bölgelerinden rastgele dizilenmiş 200 lokusla popülasyon seviyesinde gerçekleştirilen çok türlü koalesent tabanlı filogenomik analizler ve tür sınırlandırma analizlerinin morfolojik, coğrafi ve ekolojik bilgilerle değerlendirilmesi sonucunda bu tür kompleksini oluşturan türlerin tek bir poliformik türü temsil ettiği anlaşılmıştır. Sonuç olarak; N. mummenhoffiana ve N. sempervivum türlerinin öncelik kuralı gereği N. aucheri türünün sinonimi olarak değerlendirilmesi önerilmiş ve bu polimorfik tür için yeni bir betim hazırlanmıştır.

Abstract:
In this study, species limits of N. aucheri species complex which is endemic to serpentine areas of Turkey and transferred from Pseudosempervivum to Noccaea recently were investigated. High-throughput genomic data and numeric taxonomical methods have been used together with the field studies carried out to accurately draw the boundaries of the species in the complex, to solve taxonomic problems, and to update suspiciously distribution data. Study materials were obtained from both field and herbarium studies. For numeric taxonomical analysis, in addition to the characters given in the literature and used to distinguish these species, many different characters have been measured and studied. In addition, coalescent-based phylogenomic analyzes and species delimitation methods were performed at the population level with 200 loci sequenced randomly from different regions of the genome using the restriction site associated DNA markers (RADseq) sequencing method. All results were integrating with morphological, geographic, and also ecological data and eventually, it has been found that the members of this species complex represent a single polymorphic species. As a result, N. mummenhoffiana and N. sempervivum were placed under the name N. aucheri because of the priority rule, and the new description was prepared for this polymorphic species.