Alt solunum yolu infeksiyonu olan çocuklarda İnsan Metapnömovirüs prevalansının saptanması
Detection of Human Metapneumovirus prevalance in acute respiratory tract infection children.
Yazar: AYŞEGÜL AKSOY GÖKMEN
Danışman: DOÇ. DR. CANDAN ÇİÇEK
Ege Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Hücre kültürü = Cell culture ; Pnömoni = Pneumonia ; Pnömoni-viral = Pneumonia-viral ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; Solunum yolları hastalıkları = Respiratory tract diseases ; Çocuklar = Children

Özet:
Giriş ve Amaç: Alt solunum yolu infeksiyonları tüm dünyada infeksiyon hastalıklarına bağlı mortalite ve morbiditenin en önemli nedenidir. Özellikle 5 yaş altı çocuklarda en önemli ölüm nedenlerinden biridir. Çocukluk çağında solunum yolu infeksiyonlarında sıklıkla viral etkenler sorumludur. Ancak solunum yolu infeksiyonu klinik tablosu ile başvuran hastaların önemli bir kısmında etkenin saptanması zordur. Günümüzde, pediatrik yaş grubunda bronşiyolit ve pnömonilerin %15-35'inin etkeni hala saptanamamaktadır. Son yıllarda solunum yolu infeksiyonu etkenlerinin saptanmasına yönelik çalışmalar yoğunlaşmış, influenza ve insan solunum sinsityal virüsü gibi klasik solunum virüslerinin dışında insan metapneumovirüsü gibi yeni viral ajanlar saptanmaya başlamıştır (2). İlk kez 2001 yılında keşfedilen insan metapnömovirüsü özellikle 10 yaş altı çocuklarda alt solunum yolu infeksiyonu etkenidir. Bugüne kadar farklı yöntemler kullanılarak yapılan yayınlarda, virüsün alt solunum yolu infeksiyonlarında %5-20 oranında etken olarak saptandığı bildirilmiştir.Bu çalışmada, bölgemizde alt solunum yolu infeksiyonu olan çocuklarda insan metapnömovirüsü prevalansını araştırmak amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Ocak 2009- Aralık 2009 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı ve Çocuk Acil Servisi'ne alt solunum yolu infeksiyonu tanısıyla başvuran 0-10 yaş arası 100 hastadan semptomlarının ilk üç gününde nazofarengeal sürüntü örnekleri alındı. İnsan metapnömovirüsü'nü saptamak amacıyla klinik örneklere, HEp-2 hücre dizilerinin kullanıldığı ?shell vial? hücre kültürü yöntemi ve rRT-PCR testi uygulandı. Her iki yöntemde pozitif kontrol olarak, Erasmus Üniversitesi'nden sağlanan standart insan metapnömovirüs kökenleri, dış kalite kontrol amacıyla QCMD-2009 insan metapnömovirüs paneli kullanıldı.Bulgular: Alt solunum yolu infeksiyonu olan hastaların klinik örneklerinde ?shell vial? hücre kültürü yöntemi ile 11 örnek pozitif, 89 örnek negatif bulundu. Real time RT-PZR testi ile iki örnek pozitif, 98 örnek negatif bulundu. Hücre kültürü ile pozitif bulunan 11 örneğin ikisi rRT-PZR yöntemi ile de pozitif bulundu. Diğer dokuz örnek ise sadece ?shell vial? hücre kültürü yöntemi ile pozitif bulundu. Uyumsuz sonuçları gidermek amacıyla her iki yöntem tekrarlandı. Bu çalışmada kullanılan rRT-PZR testi ile QCMD-2009 panelinin beş standart örneğinde benzer sonuçlar bulunurken, pozitif olan bir standart örnek (hMPV A alt tipi, Ct değeri:37.31) ise negatif bulundu.Sonuç: Bu çalışmada, alt solunum yolu infeksiyonu olan, daha çok bronşiyolit tanısı alan ve sıklıkla kış aylarında pediyatrik hasta grubunda etken olarak izole edilen insan metapnömovirüsünün prevalansı shell vial hücre kültürü yöntemiyle % 11.0 oranında bulundu. Real time RT-PZR testinin düşük viral yüke sahip insan metapnömovirüs A alt tipini içeren örneklerde virüsü saptamada yetersiz olduğu düşünüldü. Bu nedenle tanıda kullanılacak yeni geliştirilen moleküler yöntemlerin yanında hücre kültürü yönteminin de kullanılması gerektiği sonucuna varıldı.

Abstract:
Introduction and aim: Lower respiratory infections are the major causes of mortality and morbidity due to infection diseases in worldwide. It is one of the major causes especially among younger than five years old children. Viral agents are frequently responsible for respiratory tract infections in childhood. The clinical status of patients admitted with respiratory tract infection, however, is an important part of the agent is difficult to determine. Today, agent of 15-35% pediatric patients with bronchiolitis and pneumonia has not been determined yet. In recent years, studies focused on identifying the causes of respiratory tract infection and new viral agents such as human metapnuemovirus started to be determined besides classical respiratory viruses such as influenza and human respiratory syncytial virus (2). Human metapneumovirus that was found in 2001 for the first time is the agent of lower respiratory infections especially in children under 10 years of age. To date, in the publications using different methods, the virus was detected as a factor in the lower respiratory tract infections have been reported 5-20%.In this study, it was aimed to investigate the prevalence of human metapneumovirus in children with lower respiratory tract infection in our region.Materials and Method: Nasopharyngeal swab samples were taken from 100 patients admitted between the ages of 0-10 years old with lower respiratory tract infection during the first three days of their symptoms in Ege University Medical Faculty Pediatric Department and Pediatric Emergency Service between January and December 2009. To determine human metapneumovirus, shell vial cell culture method using HEp-2 cell series and rRT-PCR tests were performed to the clinical samples. In both methods, as a positive control, provided by the Erasmus University metapneumovirus standard of human origins, the purpose of external quality control panel QCMD-2009 human metapneumovirus was used.Results: Eleven samples were found as positive, 89 samples were found as negative in clinical samples of lower respiratory tract infection by ?shell vial? cell culture method. Two samples were found as positive and 98 samples were found negative by real time RT-PCR. Two of 11 samples that were found as positive by cell culture were also found as positive by rRT-PCR method. The other nine samples were found as positive by only ?shell vial? cell culture. The two methods were reduplicated to remove unsuitable results. Similar results were found in five samples of QCMD-2009 panel and a positive standard sample (hMPV A subtype, Ct value: 37.31) was found as negative by rRT-PCR test in this study.Conclusion: In this study, the lower respiratory tract infection and more often during the winter months with the diagnosis of pediatric patients with bronchiolitis in the active group, the prevalence of isolated human metapneumovirus was found as 11.0% by shell vial cell culture method. Real-time RT-PCR assay with a low viral load samples, including human metapneumovirus A subtype virus was thought to be insufficient to detect. For this reason, it was concluded that the cell culture method should be used in addition to the new developing molecular methods that will be used for the detection.