Kronik lenfositik lösemide kromozomal aberasyonlar ve p53 yolağındaki gen ekspresyonları arasındaki ilişki
Relationship between chromosomal aberrations and gene expressions in the P53 pathway in chronic lymphocytic leukemia
Yazar: GÖZDE ÖZTAN
Danışman: PROF. DR. KIVANÇ ÇEFLE
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: B lenfositleri = B lymphocytes ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genetik = Genetics ; Genler-Bax = Genes-Bax ; Genler-Bcl-2 = Genes-Bcl-2 ; Genler-P53 = Genes-P53 ; Lösemi-lenfoid = Leukemia-lymphoid ; Lösemi-lenfositik-kronik-B hücreli = Leukemia-lymphocytic-chronic-B-Cell ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; ROC analizi = ROC analysis

Özet:
Kronik lenfositik lösemi, çeşitli lenfoid dokularda, kemik iliği ve kanda küçük, bölünmeyen B lenfositlerin birikimiyle tanımlanan Batı dünyasındaki en yaygın lösemidir.
Çalışmanın amacı, KLL'de p53 yolağında yer alan 22 genin ekspresyonlarındaki artış ve azalışı araştırmaktır. Ayrıca, KLL hastalarında rutin olarak yapılan FISH tekniğiyle tespit edilen 13q, 17p delesyonu ve trizomi 12(+) ile bu genlerin ekspresyonu arasındaki ilişki RT² Profiler PCR Array tekniği ile incelenmiştir.
30 KLL hastasında ve 15 sağlıklı gönüllüde yapılan Qiagen RT² Profiler PCR Array Data Analiz sonuçlarına göre KLL'de ATM, ATR, BAX, CASP9, CDK4, CDKN1A, CDKN2A, CHEK1, CHEK2, E2F1, GADD45A, MDM2, MDM4, PCNA, RB1, P53 BCL2 genlerinin yukarı regülasyonu, APAF1, E2F3, MCL1, PTEN, PTX3 genlerinin ise aşağı regülasyonu gözlenmiştir. APAF1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, E2F3, MCL1, PTEN, PTX3, BCL2 genlerinde diferansiyel ekspresyonu saptanmış ve hastalıkla ilişkili bulunmuştur. FISH yöntemiyle iyi [13q(-) ve kromozom anomalisi olmayanlar] ve kötü prognozlu [17p(-) ve trizomi 12(+)] olarak ayrılan hastalar ile tedavi alan ve almayan hastalarda, 22 gende istatistiksel olarak anlamlı farklılık bulunmamıştır.
ROC Analizinde APAF1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, E2F3, MCL1, PTEN, PTX3, BCL2 genlerin ekspresyonları cut-off değerine göre istatistiksel olarak anlamlı bulunmuş olup, hastalık tanısında önemli değere sahiptirler. Lojistik regresyon analizinde, modele alınan 9 genden PTX3 ve CDNK2A genleri anlamlı olarak modelde yer almıştır. PTX3 geninde sınır değerinin üzerindeki ekspresyon artmış KLL riski ile ilişkilidir (OR: 22,113; %95 CI 1,13-432,583). CDKN2A geninde ise sınır değerinin üzerindeki ekspresyon azalmış KLL riski ile ilişkili olarak değerlendirilmiştir (OR: 0,01; %95 CI: 0,001-0,164).

Abstract:
Chronic lymphocytic leukemia is the most common leukemia in the Western world, characterized by the accumulation of small, non-dividing B lymphocytes in various lymphoid tissues, bone marrow and blood.
The aim of the study is to investigate alterations in the expression of 22 genes in the p53 pathway in CLL. The relation between chromosomal deletions detected with FISH in chromosomes 13q, 17p and trisomy 12(+) and the expression of these genes were evaluated by RT² Profiler PCR Array technique.
The results of Qiagen RT² Profiler PCR Array Data Analysis showed that of the 22 genes, ATM, ATR, BAX, CASP9, CDK4, CDKN1A, CDKN2A, CHEK1, CHEK2, E2F1, GADD45A, MDM2, MDM4, PCNA, RB1, P53, BCL2 were upregulated, while, APAF-1, E2F3, MCL1, PTEN, PTX3 genes were downregulated. Differential expressions of 9 genes (APAF1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, E2F3, MCL1, PTEN, PTX3, BCL2) were observed and found to be related to the disease. There was no statistically significant difference between patients with good [patients with 13q(-) and patients with a normal karyotype] and bad [17p(-) and trisomy 12(+)] prognosis and those with or without treatment.
As a result of ROC analysis, APAF1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, E2F3, MCL1, PTEN, PTX3, BCL2 genes were found to be statistically significant (p<0.001) with respect to the cut-off value and regarded to have daignostic value. In logistic regression analysis, of these 9 genes, PTX3 and CDNK2A remained in the model. PTX3 expression above the cut-off value was associated with increased CLL risk (OR: 22.113; %95 CI: 1.13-432.583) and was identified as a marker associated with CLL. On the other hand, CDKN2A expression above the cut-off value was associated with decreased CLL risk (OR: 0.01; %95 CI: 0.001-0.164).