Plasenta gelişiminde rol alan genlerin promoter DNA metilasyon profilleri
Promoter DNA methylation profiles of genes effective in placental developmental process
Yazar: FATMA SELCEN ÖNDER
Danışman: PROF. DR. HİLMİ BAHA ORAL
Süleyman Demirel Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Kadın Hastalıkları ve Doğum = Obstetrics and Gynecology
Dizin: DNA = DNA ; Diabet-gebelik sırasında = Diabetes-gestational ; Fetal gelişme geriliği = Fetal growth retardation ; Genler = Genes ; Metilasyon = Methylation ; Plasenta = Placenta ; Plasenta hormonları = Placental hormones ; Preeklampsi = Pre-eclampsia ; Vasküler endotel büyüme faktörleri = Vascular endothelial growth factors

Özet:
Plasenta Gelişiminde Rol Alan Genlerin Promoter DNA Metilasyon Profilleri
Gebelik komplikasyonlarından korunma yolları ve erken tedavi
modalitelerinin geliştirilememesinin nedeni etiyopatofizyolojilerinin tam
aydınlatılamamış olması ve yüksek riskli gebeleri saptayabilecek etkili bir tarama
metodunun olmayışıdır. Global kantitatif değerlendirmeyi sağlayabilecek
biyomarkerların bulunması ile patolojinin sınırları ve hastanın tedavi yanıtı
öngörülebilir ve düzenlenebilir.
AMAÇ: Oksijen ve besin transportu, plasentanın morfolojik karakteri,
salgılanan faktörler ve epigenetik etkilere göre düzenlenmektedir. Epigenetik
mekanizmalardan son dönemde önem kazanan DNA metilasyonunun değiştirilebilir
olduğu gösterilmiştir ve günümüzde tanı ve tedavide kullanılmaktadır. Bizim bu
çalışmadaki amacımız plasentasyonda rol alan genlerden VEGF, PIGF ve sFLT-1'in
IUGR, Preeklampsi ve GDM gibi yaygın obstetrik komplikasyonlarda plasental DNA
metilasyon değişikliklerini değerlendirmektir.
Çalışmamızın hedefi, sık karşılaşılan komplikasyonların ortak patogenezi olan
plasental anjiogenezde rol alan genlerdeki metilasyon profillerinin marker adayı
olarak değerlendirilmesi, erken taramalar yapılabilmesi ve geri dönüşümlü olduğu
bilinen bu epigenetik durumların tedavi yönetiminde kullanılabilmesine katkı
sağlamaktır.
YÖNTEM VE HASTALAR: Ocak 2016 - Şubat 2017 tarihleri arasında
Isparta Süleyman Demirel Üniversitesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Bölümünden
rutin takipli 35-40 gebelik haftasında sezaryen ile doğumu gerçeklesen ve çalışma
kriterlerine uygun 15 PE, 15 GDM, 15 IUGR tanısı almış 15'i de tamamen sağlıklı
gebeden plasental örnekler alındı. Gebelerin antropometrik ölçümleri ve demografik
verileri kayıt edildi. VEGF, sFLT-1, PIGF genlerinin DNA metilasyon düzeyleri 'Yeni
Nesil Sekanslama' işlemi ile belirlendi. Veriler SPSS 23 programı aracılığıyla analiz
edilmiştir. Verilerin dağılım özelliklerinden dolay ortalamalar için ANOVA ve
TUKEY çoklu karşılaştırma testlerinden faydalanılmış; veriler arasındaki ilişkileri
ortaya çıkarmak için Spearman korelasyon analizi kullanılmıştır.
BULGULAR: Gönüllüler, demografik verileri benzer aralıkta olacak şekilde
seçilmiştir. Demografik verilerle metilasyon profilleri arasında anlamlı ilişki
bulunmamıştır.
VEGF, sFLT-1, PIGF genlerine ait tüm noktaların metilasyon değerlerinin
ortalamasının gelişen komplikasyon çeşidine göre farklılaşmasını irdeleyen ANOVA
analizinde anlamlı fark bulunamamıştır. Ardından her bir genin bölgesel analizleri
değerlendirilmiştir.
sFLT 1 genine ait 265., 430. pozisyondaki primer noktası metilasyon
değerlerinde; VEGF genine ait 668., 776., 784., 845., 863 pozisyondaki primer
noktası metilasyon değerlerinde; PIGF genine ait 1600., 1620. pozisyondaki primer
noktası metilasyon değerlerinde anlamlı fark görülmüştür.
80
SONUÇ: Çalışmamızın bulguları VEGF, sFLT-1, PIGF genlerinin bazı
noktalarındaki DNA metilasyon değişimlerinin yaygın obstetrik komplikasyonların
patogenezinde, klinik oluşumunda ve şiddetinde önemli rol oynayabileceğini
göstermiştir. Ancak prediktif değere ulaşabilmesi için öncelikle daha geniş hasta
grupları ile standardize edilmiş tüm genom çalışmaları niceleyici uygulamalarla
yapılarak ilgili gen bölgelerinin netleştirilmesi gerekmektedir. Bunun için Yeni nesil
DNA sekanslama işlemi gibi net metotların kulla niminin artacağını düşünmekteyiz.
Anahtar Kelimeler: DNA Metilasyonu, VEGF, PlGF, FLT1, Preeklampsi,
 Gestasyonel Diyabetes, İntrauterin Gelişme Geriliği, Plasenta

Abstract:
Promoter DNA Methylation Profiles of Genes Effective in Placental Developmental
Process The cause of absence preventive processes from complications of pregnancy
and early treatment modalities is unsettled ethiopathophysiologies of these
complications and diagnostic interventions can define higher risky pregnancies. If the
biomarkers that evaluates the global genom countitatively are defined, confines of the
pathology and patient response to treatment can be predicted and arranged.
PURPOSE: Oxygen and nutrients transport are regulated due to plasental
morphology, secreted factors and effects of epigenetics. DNA methylation which is an
epigenetic mechanism gains importance recently, is modifiable and utiziable for
diagnosis and treatment. The aim of this study is evaluation of DNA methylation
changes according to great obstetric complications like PE, IUGR, GDM of VEGF,
sFLT-1, PIGF genes have roles on placentation.
The goal of our study is evaluation of methylation profiles of genes have role
on common pathogenesis of great obstetric syndromes due to placental angiogenesis,
the possiblty of early screening and utilty for management via reversibilty of DNA
methylation.
MATERIAL and METHOD: All placental samples had taken from totaly 60
pregnants who routinely followed at Suleyman Demirel University Gynecology and
Obstetrics Department, compatible with study criteria and diagnosed as PE, GDM,
IUGR and 15 healthy pregnants after birth at 35- 40 gestational week. Antropometric
measurements and demographic informations of pregnants are noted. DNA
Methylation levels of VEGF, sFLT-1 and PIGF genes are analysed by 'New
Generation DNA Sequencing' method. Data collections analysed via SPSS 23
programme. Because of data distrubution ANOVA and TUKEY comparised tests are
used for means; PEARSON correlation analysis is used to reveal relationbetween
datas.
RESULT: Pregnants are choiced according to similar demographic
characteristics. The methylation levels were not changed significantly due to
demographic characteristics. The ANOVA analyses that examine differences in mean
methylation levels of all points of VEGF, sFLT-1, PIGF genes due to types of
complication, seen no statistically significant difference. Then regional analyses of
each genes was evaluated. There was statistically significant difference is established
in levels of methylation at the position 265. and 430. primer points of sFLT-1 gene; at
the position 668., 776., 784., 845. and 863. primer points of VEGF gene and at the
position 1600. and 1620. primer points of PIGF gene.
CONCLUSION: The findings of our study indicate changes of DNA
methylation in some regions of VEGF, sFLT-1, PIGF genes may have role on
pathogenesis, clinical symptoms and severity. But clarifying of related regions of
genes via whole genom studies with a large population and standardized cantitative 
82
processes is necessary to reach predictive values. We think that sharper methods like
new generation DNA sequencing utility may incrase.