Karadeniz bölgesi'ndeki sığırlardan elde edilen babesıa bovıs suşlarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of babesia bovis isolates collected from cattle in black sea region
Yazar: ÖNDER DÜZLÜ
Danışman: PROF. DR. ABDULLAH İNCİ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antijenler = Antigens ; Babesia = Babesia ; Babesiosis = Babesiosis ; DNA = DNA ; Genler = Genes ; Karadeniz bölgesi = Black Sea region ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
ÖZETBu çalışma, Karadeniz Bölgesi'ndeki sığırlardan elde edilen Babesia bovis izolatlarının msa-2c gen bölgelerinin moleküler karakterizasyonunun ortaya konulması ve Dünya'daki diğer benzer suşlarla benzerliklerinin kıyaslanması amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla, 2008-2010 tarihleri arasında Karadeniz Bölgesi'ndeki 13 ilde bulunan, meraya çıkmış ve rastgele seçilmiş toplam 542 sığırdan kan örnekleri toplanmıştır. Laboratuarda bir yandan kan örneklerinden mikroskobik muayene için frotiler hazırlanırken bir yandan da kan örneklerinin ekstraksiyonu yapılmış ve elde edilen DNA'lar RLB testiyle Babesia ve Theileria türleri yönünden incelenmiştir. Babesia bovis olduğu tespit edilen 10 örneğin, msa-2c gen bölgesine göre moleküler karakterinin net olarak ortaya konulması amacıyla spesifik primerlerle PCR yapılmıştır. PCR sonucunda elde edilen yaklaşık 798 bp'lik spesifik bantlar jelden ekstrakte edilerek sekansa gönderilmiştir. Sekans sonuçlarına göre 10 örneğin nükleotid dizilimleri ortaya konulmuş ve Dünya'daki diğer benzer suşlarla identiklik dereceleri kıyaslanmıştır. Babesia bovis izolatları GenBank'a kaydettirilerek aksesyon numaraları alınmıştır.Karadeniz Bölgesi'ndeki sığırlardan toplanan kan örneklerinin mikroskobik incelemesinde babesiosis'in %1,7, theileriosis'in ise %9,2 oranında yaygınlık gösterdiği tespit edilmiştir. RLB sonuçlarına göre, Karadeniz Bölgesi'nde B. bovis'in %1,8, B. bigemina'nın %2,2, T. annulata'nın %2, T. buffeli/orientalis'in de %20,6 oranlarında prevalansa sahip olduğu ortaya konmuştur. GenBank'a kayıtları yapılan B. bovis izolatlarının msa-2c gen bölgesine göre kendi aralarındaki identiklik oranının %94-99, Dünya'daki benzer suşlarla yakınlık derecelerinin ise % 89-99 arasında değiştiği saptanmıştır.Sonuç olarak bu çalışma ile, Türkiye'de ilk defa B. bovis'in msa-2c gen bölgesinin moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. Bu çalışma sonucunun, gelecekte Türkiye'ye özgü suşlarla yapılacak aşı çalışmalarına temel teşkil edeceği düşünülmektedir.Anahtar kelimeler: Babesia bovis, Karadeniz Bölgesi, moleküler karakterizasyon, msa-2c, sığır

Abstract:
ABSTRACTThis study was carried out to exhibit the molecular characterization of msa-2c gene region of Babesia bovis isolates collected from the cattle in Black Sea Region and to compare the similarity with the other similar isolates in the world. For this aim, the blood samples were collected from totally 542 cattle which were gone to pasture and selected randomly in different periods between 2008-2010 in 13 provinces of Black Sea Region in Turkey. While the blood smears were being prepared from the blood samples in the laboratory, the samples were extracted and the DNA was investigated for Babesia and Theileria species by RLB at the same time. PCR of 10 samples which were detected as B. bovis was performed with specific primers to exhibit the molecular characterization of msa-2c gene region. Approximately 798 bp bands obtained with PCR were extracted from the gel and sent for the sequencing. According to the sequence results, nucleotide sequences of 10 samples were exhibited and compared the similarity with other similar isolates in the world. Babesia bovis isolates were deposited to GenBank and the accession numbers were taken.In the microscopic examination of the blood samples collected from the cattle in Black Sea Region, the prevalence of babesiosis and theileriosis was determined as 1.7% and 9.2%, respectively. According to RLB results, the prevalence of B. bovis, B. bigemina, T. annulata and T. buffeli/orientalis was detected as 1.8%, 2.2%, 2% and 20.6%, respectively. It was also established that the similarity of B. bovis isolates deposited to GenBank varied between 94-99% in each other and between 89-99% in the other similar isolates in the world.As a result, it was firstly characterized of msa-2c gene region of B. bovis with molecular methods in Turkey. It is thought that the results of this study will provide a basis for the vaccination studies with the characteristic Turkey isolates.Keywords: Babesia bovis, Black Sea Region, molecular characterization, msa-2c, cattle