Helicobacter pylori'nin virulans faktörleri ve ilaç dirençlerinin moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of virulance factors and drug resistance of helicobacter pylori with molecular methods
Yazar: ZEHRA KİPRİTÇİ
Danışman: DOÇ. DR. YEŞİM GÜROL
Yeditepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Helicobacter enfeksiyonları = Helicobacter infections ; Helicobacter pylori = Helicobacter pylori ; Sitotoksinler = Cytotoxins ; Virülans = Virulence ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
H.pylori dünya populasyonunun yaklaşık %50'sini infekte eden insan midesindeki bakteriyel bir patojendir. Tedavi edilmezse kansere kadar giden değişik hastalıklara sebep olabilir. Yapılan çalışmalarla H.pylori suşlarının bazılarının asemptomatik bulunmasına karşın bazılarının daha ağır hastalıklara neden olduğu görülmüştür. Bunun da nedeninin bakterinin virulans faktörlerinden kaynaklandığı bilinmektedir. H.pylori için bilinen en etkin virulans faktörleri cagA ve vacA'dır. VacA'nın da s1, s2, m1 ve m2 allelleri en çok karşılaşılanlardır.
Bu çalışmamızda Yeditepe Üniversitesi Gastroenteroloji bölümüne başvuran ve endoskopi işlemi sırasında biyopsi örneği alınan 140 hastayı değerlendirdik. Kumar S. ve ark.'nın yaptığı çalışma referans alınarak multipleks PCR yöntemi ile H. Pylori varlığı ve cag A ve vacA virulans faktörlerinin varlığı araştırıldı. 69(%49,3) hasta H.pylori pozitif olarak saptanmıştır. Bu hastaların 25(%36,2)'i cagA pozitif olup vacA s1, s2, m1 ve m2 allellerinin bulunma oranı ise sırasıyla 16 (%23,2), 23 (%33,3), 16 (%23,2) ve 10 (%14,5)'dur.

H.pylori enfeksiyonunun tedavisi için standart olarak kullanılan tedavi protokolü, üçlü tedavi şeklindedir. Omeprazol gibi bir proton pompa inhibitörü (PPI) ve genelde amoksisilin, klaritromisin veya metranidazolü içeren iki antibiyotikten oluşur. Fakat son yıllarda antibiyotiklere karşı gelişen direnç nedeniyle tedavide başarı oranı düşmektedir. Bu nedenle çalışmaya aldığımız hastalardan Genotype® HelicoDR (Hain Life Science, Germany) kiti kullanılarak florokinolon ve klaritromisin direnci, realtime PCR yöntemi ile de sadece klaritromisin direnci incelenmiştir. Buna göre 20 (%25,6) hastada florokinolon direnci saptanmıştır. Klaritromisin direncine ise hibridizasyon yöntemi ile 31(%39,7) hastada, realtime PCR yöntemi ile 26(%33,3) hastada rastlanmıştır. Bu sonuçlar istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır.

Abstract:
Helicobacter pylori, a bacterial pathogen of the human stomach, infects an estimated 50% of the population worldwide. Infection by H. pylori causes gastritis initially and, if allowed to persist, can induce a range of pathologies. Although most infected individuals remain asymptomatic, some H. pylori positive individuals develop at least one of the associated diseases at some point in their lives. The clinical outcome of H. pylori infection is determined by multiple factors including H. pylori related virulence factors. The most effective virulence factors of H. pylori is cagA and vacA. VacA also has the most widely encountered alleles are s1, s2, m1 and m2. 
In the present study inverse biopsy specimens which were obtained from the 140 patients at the Gastroenterology Department of Yeditepe University Hospital were studied by multiplex polymerase chain reaction (PCR) assay for detection of vacA and cagA virulance factors with Kumar S. et.al.'s study. 69(49,3%) of patients found H.pylori positive. 25(36,2%) of them were cagA positive and vacA s1, s2, m1 and m2 alleles found respectively 16 (23,2%), 23 (33,3%), 16 (23,2%) ve 10 (14,5%).
Standard treatment protocol used for the treatment of H. pylori infection is triple therapy, which include omeprazole as a proton pump inhibitor (PPI) and two antibiotics usually consist of amoxicillin and clarithromycin or metronidazole. In recent years, however increase rate of antibiotic resistance, eradication rate is decrease. Because of  we analysed floroquinolone and clarithromycin resistance with using GenoType® HelicoDR(Hain Life Science, Germany) test kit, and also we used realtime method for only clarithromycin resistance. For this studies, we found the rate of floroquinolone resistance 20 (25,6%), and clarithromycine resistance 31(39,7%), also in 26(33,3%) patients with realtime PCR method.