Keçilerde Caprine Arthritis-Encephalitis Virus (CAEV) enfeksiyonunun kan ve süt örneklerinde ELISA ve PCR teknikleri ile tanısı ve yerel virusların moleküler karakterizasyonu
The diagnosis of Caprine Arthritis-Encephalitis Virus (CAEV) infection in blood and milk samples from goats by ELISA and PCR and, moleculer characterization of local viruses
Yazar: ZEYNEP BAŞARAN KARAPINAR
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM BURGU
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; DNA replikasyonu = DNA replication

Özet:
Bu çalışmada, Türkiye'nin farklı bölgelerinde bulunan keçilerde, kan ve süt örneklerinde ELISA ve PCR teknikleri kullanılarak CAEV enfeksiyonunun varlığının belirlenmesi ve yerel virusların moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlandı. İç Anadolu, Ege, Akdeniz ve Marmara bölgelerinde yer alan 6 ilde (Ankara, Eskişehir, Kütahya, Antalya, Burdur, Kırklareli) bulunan 8 adet keçi yetiştiriciliği işletmesinden klinik olarak enfeksiyon belirtisi göstermeyen keçilerden 435 adet kan örneği ve aynı hayvanların 285 adedinden aynı zamanda süt örneği temin edilerek, tez materyali olarak kullanıldı. Elde edilen kan ve süt serumlarının tümü ELISA ile CAE virusuna karşı oluşan antikorlar yönünden incelendi. 70 adet kan örneği ve 16 adet süt örneğine CAE virusu nükleik asit tespiti amacıyla gag bölgesine spesifik primerler kullanılarak nested PCR testi uygulandı.Araştırmada örneklenen 435 adet kan serumu örneğinden 37(% 8,5) adedi, 285 adet süt serumu örneğinden 14 (% 4,9) adedi ELISA ile pozitif olarak belirlendi. Seçilen 70 adet lökosit örneğinden 14 adedi, 16 adet süt örneğinden 8 adedi nested PCR tekniği ile pozitif olarak belirlendi. PCR testleri ile pozitif olarak belirlenen saha örneklerinden 2 adet kan örneği ve 3 adet süt örneği plazmid içinde klonlanarak virusun gag gen bölgesi dizinleri analiz edildi. Elde edilen dizin analizi sonuçları kendi aralarında benzerlik gösterirken, ülkemizin bulunduğu coğrafyada bildirilen diğer CAEV ve SRLV viruslarına kısmi gag geni düzeyinde filogenetik olarak yakın bulundu.Çalışmada CAEV enfeksiyonunun tespit edilebilirliğinde ELISA tekniklerinin düzenli aralıklarla kullanılması, PCR testinin enfeksiyonun tespiti yerine sirküle olan virusun moleküler karakterizasyonunun belirlenmesi amacıyla kullanılması gerektiği sonucuna varıldı. CAEV enfeksiyonunun tanısında süt örneklerinin önemli olduğu ve enfeksiyonun teşhisinde kullanılabileceği belirlendi.

Abstract:
In this study, it was aimed to determine the presence of CAEV infection in the blood and milk samples of goats collected from various regions of Turkey using ELISA and PCR techniques and molecular characterization of local viruses. By collecting 435 blood samples and 285 milk samples from the goats from 8 goat products company in 6 provinces (Ankara, Eskişehir, Kütahya, Antalya, Burdur, Kırklareli) in Middle Anatolia, Aegean, Mediterranean and Marmama Regions of Turkey, they were used as thesis material. All of the blood and serum samples collected were examined in terms of antibodies against ELISA and CAE viruses. 70 pieces of blood samples and 16 milk samples were applied nested PCR test using specific primaries in gag region to detect CAE virus nucleic asid.37 (% 8,5) of the 435 blood samples used in the study and 14 (% 4.9) of the 285 milk samples were determined to be positive by ELISA. 14 of the selected 70 leucoside samples and 8 of he selected 16 milk samples were determined to be positive by PCR technique. 2 blood samples and 3 milk samples determined to be positive with PCR tests in the field were clonned in plasmide and gag gene region sequence of the virus was analysed. The results of the sequence analysis were similar among themselves, they were found to be similar philogenetically to CAEV and SRLV viruses in terms of partial gag gene level declared in the geography of our country.In the study, in the determinability of CAEV infection using the ELISA techniques with certain intervals has been determined to be necessary for the determination of the moleculat characterization of the virus circulated instead of detecting PCR test infection. It has been concluded that milk samples are important for the detection of CAEV infection and can be used in the diagnosis of the infection.