Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen enterokoklarda yüksek düzey aminoglikozid direncinin araştırılması ve moleküler analizi
İnvestigation and molecular analysis of high level aminoglycoside resistant enterococci isolated from Medical Faculty Hospital of Gaziantep University
Yazar: ASEF BOZKUŞ
Danışman: PROF. DR. YASEMİN ZER
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Aminoglikozitler = Aminoglycosides ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Enterococcus = Enterococcus ; Enzimler = Enzymes ; Gaziantep = Gaziantep ; Genler = Genes ; Moleküler yapı = Molecular structure ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Enterokoklar son yıllarda hastanelerde en sıklıkla izole edilen patojenler olup, sahip oldukları doğal direnç mekenizmaları yanı sıra, kazanılmış direnç genleri ile de en dirençli bakterilerden biridir.  
Aminoglikozid grubu antibiyotiklerin enterokok enfeksiyonlarında tek başına kullanımı bakterinin metabolik aktivitesine uygun olmadığından, genellikle bir hücre duvar sentezini inhibe eden antibiyotikle kullanımı gereklidir. Bununla birlikte eğer bakteride yüksek düzey aminoglikozid direnci de bulunuyorsa bu sinerjik etkili kombinasyon  tedavide kullanılamamaktadır.
Yüksek düzey aminoglikozid direnci kazanılmış bir direnç olup, genellikle aminoglikozid modifiye edici enzimler ile oluşmaktadır. Bu çalışma bir moleküler epidemiyolojik çalışma olarak, hastanemizde izole edilen enterokoklarda rastlanan aminoglikozid modifiye edici enzimlerin, yada bunları sentezleten genlerin neler olduğunun saptanması amacıyla yapılmıştır.
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına sürveyans amacıyla gönderilen rektal sürüntü örneklerinden izole edilen vankomisin dirençli enterokoklar (VRE) ile bu çalışma yapıldı.  Sürveyans için gönderilen örnekler vankomisin selektif agar besiyerine ekildi. Üreme olan enterokok izolatlarının vankomisin için MİK değeri E test ile belirlendi. Bakterilerin tanımlaması, Bruker (BD, ABD) ile yapıldı. İzolatların 120 µg gentamisin içeren disk kullanılarak yüksek düzey aminoglikozid direnci belirlendi. Yüksek düzey aminoglikozid direnci saptanan izolatların multiplex PCR ile; [aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia, aph(2_)-Ib1, aph(2_)-Ic, aph(2_)-Id, aph(3_)-IIIa] gen bölgeleri çalışıldı. Gen dizaynı için literatür kullanıldı. Dizayn edilen bölgeler, Light Cycler (Roche) cihazı ile çalışıldı.
Çalışmaya alınan, vankomisine ve, yüksek düzey aminoglikozid direçli 100 enterokok suşunun 82'si (% 82) E. feacium, 11'i (%11) E. faecalis, 7'si E. gallinarum olarak tanımlandı. 
Suşların 67'sinde (% 67) aph(3_)-IIIa gen bölgesi, 2'sinde (% 2) aph(2_)-Id gen bölgesi ve 1 izolatta aph(2_)-Ib1 bölgesinde pozitiflik bulundu. aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia ve aph(2_)-Ic bölgeleri hiçbir izolatta saptanmadı. İzolatların % 30'unda hiçbir gen bölgesinde pozitiflik saptanmadı.
Enterokoklardaki aminoglikozid direncinden hastanemizde de çoğunlukla aminoglikozid modifiye edici enzimlerin sorumlu olduğu bulunmuştur. Bakteriler arasında bu enzimleri taşıyan ve kodlayan genler aktarılabileceğinden direnç gelişiminin kontrol altında tutulabilmesi için rasyonel antibiyotik kullanımı önemli olduğu görülmüştür.

Abstract:
Enterococci are the most common nosocomial pathogens that encountered currently in surveillance cultures as colonization agent, increased ratios in clinical samples as factor. As well as having natural resistance mechanisms enterococcus are the most resistant bacteria with gained resistance genes.
Since the use of aminoglycoside group antibodies in enterococ infections alone is not suitable to the metabolic activity of the bacteria, generally they have to use with a antibody that inhibits cell wall synthesis. However, if there is a high level of aminoglycoside resistant in the bacteria this synergistic combination also has not been used in treatment. 
High level of aminoglycoside resistance is a gained resistance that arises with aminoglycoside modifying enzymes. This study has been conducted to determine the aminoglycoside modifying enzymes that encountered in enterocuccus isolated from our hospital, or to determine the genes that make the synthesizing of these.  
This study was conducted with vancomycin resistant enteroccus (VRE) isolated from rectal swap samples sent to the Gaziantep University Faculty of Medicine, Microbiology laboratory for surveillance. The samples sent for the surveillance are incubated to vancomycin selective agar. The MIC value for the vancomycin of the enterecoc isolates that reproduce was calculated with E test. The identification of the bacteria has been made by Bruker (BD, USA). High level of aminoglycoside resistance of the isolates has been determined with the disk that contains 120 µg gentamycin. The following areas of the isolates that have high level of aminoglycoside resistance have been studied with multiplex PCR; [aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia, aph(2_)-Ib1, aph(2_)-Ic, aph(2_)-Id, aph(3_)-III]. The literature has been used for gene design. The designed areas have been studied with Light Cycler (Roche). 
82 (82 %) of the enterococ strains included in the study has been determined as E. feacium, 11 (11 %) as E. facealis, 7 (7 %) as E. gallinarum. Positivity has been found in 67 (67 %) of the strains aph(3_)-IIIa gene region, in 2 (2 %) of the strains aph(2_)-Id gene region and in 1 isolate aph(2_)-Ib1 region. aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia and aph(2_)-Ic regions have not been determined in any isolate. Positivity has not been determined in any gene region of 30 of the isolates. 
It has been found that aminoglycoside modifying enzymes are responsible for aminoglycoside resistance in entercoccus in our hospital too. Since these genes may be transferred, rational antibody usage is important for the control of resistance development.