Engelli bireylerde K. pneumoniae ve E. coli izolatlarının karbapenem direncinin analizi
Analysis of carbapenem resistance of K. pneumoniae and E. coli isolates in people with disabilities
Yazar: MEHMET SALİH CEYLAN
Danışman: DOÇ. DR. GÜLHAN BORA
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Eczacılık Bilimleri Ana Bilim Dalı / Farmasötik Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology ; Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Sürüntü maddesi = Sediment ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
CEYLAN S, Enterobacterıaceae Familyası Ve Antibiyotik Direnci, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Eczacılık Fakültesi, Temel Eczacılık Bilimleri, Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi, Van, 2022. Bakterileri tanımlamak için belirlenmiş klasik kıstaslar vardır; boyutu, morfolojisi, kültürlenme özelliği, hareket özelliği gibi. Enterobakteriler, genel olarak; gram(-) özellikli, spor oluşturmayan, çomak(basil) şekilli, boyları 1-5 μm civarında, kolay 
kültürlenebilen, fakültatif anaerob, glikoz fermentasyonu yapabilen ve flagellaya sahip oldukları için (genellikle) hareket özelliğine sahip bakterilerdir. Aynı zamanda oksidaz negatif ve genelde katalaz pozitif olup nitral redüktaz pozitiftir. Bu kıstaslar dışında cins ve türleri daha ayrıntılı belirlemek için de fermentasyon tipi, bazı şekerlerin fermente edilmesi, kükürtlü bileşiklerin üretilebilmesi ve bazı metabolik enzimlerin varlığı gibi yöntemler de kullanılır. Bu çalışmada 2021 yılında, Rehabilitasyon merkezinde bulunan70 öğrencinin boğaz, burun ve el bölgelerinden sürüntü örnekleri toplandı. Sürüntü örnekleri soğuk zincir altında Eczacılık Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarına getirildi. Sürüntü örneklerinden %5 koyun kanlı agar (Acumedia, USA), McConkeyAgar (Oxoid, UK) ve Eosin Methylen Blue (EMB, Oxoid, UK) agara ekimler yapıldı. Petri kapları, 24-48 saat 37̊C'de inkubasyona bırakıldı. Kültürlerin koloni morfolojileri değerlendirildi. Katalaz, oksidaz, indol, H2S ve Gram boyama gibi biyokimyasal testleri yapıldı. Bakterilerin identifikasyonu ve antibiyogram testi değerlendirmesi için Vitek 2 Compact (Biomerieux, USA) cihazı kullanıldı. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik mikrobiyoloji laboratuvarında bakterilerin DNA ekstraksiyonu yapıldı. Trypton Soy Agara (Acumedia, USA) bakterilerin ekimi yapıldı ve 37̊C'de 24 saat inkube edildi. Sonra, çoklu ilaç direncine sahip karbapenem dirençli K. pneumoniae suşlarına ait DNA'lar, EcoSpin Bacterial Genomic DNA kit (Echotech Biotechnology, TURKEY) protokolü kullanılarak elde edildi. Bakterilere ait DNA örnekleri -20̊C'de stoklandı. Mikrobiyolojik analiz sonucunda 210 sürüntü örneğinden 28 K. pneumoniae ve 17 E. coli suşu izole edildi. K. pneumoniae suşlarının izolasyon dağılımlarına bakıldığında boğaz sürüntü örneklerinden 21 suş, burun sürüntü örneklerinden 5 suş ve el sürüntü örneklerinden 2 suş olduğu belirlendi. E. coli suşlarının izolasyon dağılımlarına bakıldığında boğaz sürüntü örneklerinden 6 suş, burun sürüntü örneklerinden 4 suş ve el sürüntü örneklerinden 7 suş olduğu belirlendi. Antibiyotik duyarlılık analizi sonucunda 5 K. pneumoniae ve 2 E. coli suşunun çoklu ilaç direnci profili gösterdiği belirlendi. Diğer izolatların ise test edilen antibiyotiklerin neredeyse tamamına duyarlı olduğu görüldü. Çoklu ilaç direnci gösteren K. pneumoniae suşlarının yapılan antibiyotik duyarlılık analizleri sonucu en yüksek direnci AM, AMC, CAZ ve CRO'ya karşı gösterdikleri belirlendi. Ayrıca, ETP, IPM ve MEM dirençlilik dağılım oranlarının aynı olduğu görüldü. K.pneumoniae izolatlarının tamamının CT'e duyarlı olduğu ortaya konuldu. Çoklu ilaç direnci gösteren E. coli suşlarının yapılan antibiyotik duyarlılık analizleri sonucu en yüksek direnci AM, CZ, CXM, CXA, CAZ, CRO, FEP, SPX ve SXT'ye karşı gösterdikleri belirlendi. Ayrıca, IPM dirençliliğinin aynı olduğu görüldü. E.coli izolatlarının tamamının CT'e duyarlı olduğu ortaya konuldu. Test edilen diğer antibiyotiklere ise E. coli izolatlarının duyarlı olduğu belirlendi.

Abstract:
CEYLAN S. Analysis of Carbapenem Resistance of K.pneumoniae and E.coli Isolates in People with Disabilities Van 100. Yıl University Institute of Medical Sciences, Faculty of Pharmacy, Basic Pharmacology, Department of Pharmaceutic Microbiology, Thesis of Post Graduate, Van, 2022. There are classical criteria established to identify bacteria; such as size, morphology, acculturation feature, movement feature. Enterobacteria, in general; They are gram(-) characteristic, non-spore forming, rod (bacilli) shaped, 1-5 μm in length, easy to culture, facultative anaerobe, capable of glucose fermentation and (usually) motile because they have flagella. It is also oxidase negative and generally catalase positive and nitral reductase positive. Apart from these criteria, methods such as fermentation type, fermentation of some sugars, production of sulfur compounds and the presence of some metabolic enzymes are also used to determine the genus and species in more detail. In this study, swab samples were collected from the throat, nose and hand regions of 70 students in the rehabilitation center in 2021. The swab samples were brought to the Faculty of Pharmacy Microbiology laboratory under cold chain. The swab samples were inoculated on 5% sheep blood agar (Acumedia, USA), McConkeyAgar (Oxoid, UK) and Eosin Methylen Blue (EMB, Oxoid, UK) agar. Petri dishes were incubated at 37̊C for 24-48 hours. Colony morphology of the cultures was evaluated. Biochemical tests such as catalase, oxidase, indole, H2S and Gram stain were performed. Vitek 2 Compact (Biomerieux, USA) device was used for identification of bacteria and evaluation of antibiogram test. DNA extraction of bacteria was performed in Van Yüzüncü Yıl University, Faculty of Pharmacy, Pharmaceutical Microbiology laboratory. Bacteria were cultivated in Trypton Soy Agara (Acumedia, USA) and incubated at 37̊C for 24 hours. Then, DNAs of multidrug resistant carbapenem resistant K. pneumoniae strains were obtained using the EcoSpin Bacterial Genomic DNA kit (Echotech Biotechnology, TURKEY) protocol. DNA samples of bacteria were stored at -20̊C. As a result of microbiological analysis, 28 K. pneumoniae and 17 E. coli strains were isolated from 210 swab samples. When the isolation distributions of K. pneumoniae strains were examined, it was determined that there were 21 strains from throat swab samples, 5 strains from nasal swab samples and 2 strains from hand swab samples. When the isolation distributions of E. coli strains were examined, it was determined that there were 6 strains from throat swab samples, 4 strains from nasal swab samples and 7 strains from hand swab samples. As a result of antibiotic susceptibility analysis, it was determined that 5 K. pneumoniae and 2 E. coli strains showed multi-drug resistance profiles. Other 
isolates were found to be susceptible to almost all of the antibiotics tested. As a result of antibiotic susceptibility analysis of K. pneumoniae strains showing multidrug resistance, it was determined that they showed the highest resistance against AM, AMC, CAZ and CRO. In addition, ETP, IPM and MEM resistance distribution ratios were found to be the same. All K. pneumoniae isolates were found to be sensitive to CT. As a result of antibiotic susceptibility analysis of E. coli strains showing multi-drug resistance, it was determined that they showed the highest resistance against AM, CZ, CXM, CXA, CAZ, CRO, FEP, SPX and SXT. Also, the IPM resistivity was found to be the same. All E.coli isolates were found to be sensitive to CT. E. coli isolates were found to be sensitive to other antibiotics tested.