Tekrarlayan gebelik kaybı olan olgularda array CGH analizinin yeri ve önemi
The importance and diagnostic value of array CGH analysis in recurrent pregnancy loss couples
Yazar: ONUR YILDIZ
Danışman: PROF. DR. FATMA SILAN
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Abortus = Abortion ; Abortus-spontan = Abortion-spontaneous ; Abortus-tekrarlayan = Abortion-habitual ; Gebelik = Pregnancy ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Genom bilimi = Genomics ; Hibridizasyon-genetik = Hybridization-genetic

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: Gebelik kayıplarının sebebini belirleyebilmek her zaman mümkün olmamaktadır ve günümüzde bile tekrarlayan gebelik kaybı (TGK) öyküsüne sahip olguların %50'sinde hiçbir neden saptanamadığı bildirilmektedir. TGK öyküsüne sahip hastaların %3-8'inde Giemsa Tripsin (GTG) bantlama yöntemi ile analizi kromozom anomalileri saptanabilmektedir. Sitogenetik analizde ortalama 400-550 band düzeyinde analiz yapılabilmekte olup Array CGH (aCGH) yöntemi ile daha yüksek rezolüsyonda analiz yapabilmekte ve submikroskobik delesyon-duplikasyonlar saptanabilmektedir. Bu hedefler doğrultusunda TGK öyküsü olan olgularda aCGH analizi ile tüm genom taranarak ilgili genlerin ve Kopya Sayısı Değişikliklerin (CNV) belirlenmesi amaçlanmaktadır.
YÖNTEM: Çalışmamızda laboratuvarımızda aCGH yapılmış olgular arasından 2 veya daha fazla tekrarlayan gebelik kaybı öyküsü olan 21 çift ve 22 tek olmak üzere, 32 kadın 32 erkek toplam 64 olgunun Agilent® 8x60K platformu kullanılarak yapılan aCGH analizleri retrospektif olarak değerlendirildi. Hasta grubumuzun verileri DGV (Database of Genomic Variants) veri tabanındaki sağlıklı kontrollerle karşılaştırıldı.
BULGULAR: TGK öyküsü olan 40 olguda (%62,5), 56 farklı bölgede toplam 83 CNV tespit edilmiştir. Saptanan bu CNV'ler değerlendirildiğinde; %36'sında (20/56) delesyon, %64'ünde (36/56) duplikasyon gözlenmiştir. 2 CNV bölgesinde patojenik delesyon saptanmıştır. 10q11.22 kromozom bölgesindeki GPRIN2, NPY4R, ANXA8 genlerini içeren heterozigot delesyon ve 1p36.22-p36.21 kromozom bölgesindeki TNFRSF8, TNFRSF1B, DHRS3 genlerini içeren heterozigot delesyon CNV değerlendirme ölçeğine göre patojenik olarak değerlendirilmiştir.
TARTIŞMA VE SONUÇ: CNV saptanan genlerin DGV veritabanındaki toplum oranları ile karşılaştırılması yapılırken 2 ve daha fazla olguda saptanan genler değerlendirilmiş ve hasta gurubumuzdaki LINC01237, LOC102723927,
v
ZRANB2-AS, LINC01566, NEGR1, FRG2DP, CYP2E1, DUSP22, CATSPER2 genleri DGV ye göre istatistiksel olarak anlamlı şekilde farklı bulunmuştur. İstatistiksel olarak anlamlı bulunmayan ancak genlerin fonksiyonu açısından TGK etiyolojisinde anlamlı olabilecek UPK3B, POMZP3, PSG8, PSG1, PSG6, PSG7, PSG11, PSG2, PSG5, PSG4 genlerinin farklı bulunmaması DGV veritabanındaki olguların seçiminden kaynaklanıyor olabilir, bu genleri içeren CNVler için fertil sağlıklı kontrol gurupları ile çalışma yapılması gereklidir.
TGK etiyolojisinde rol oynayabilecek genler çalışmamızda ortaya konmuş ve ileri analizlerin yapılması için yeni aday genler de literatüre kazandırılmıştır. Ayrıca gebelik kayıplarında sadece anneye ait değil, babaya ait genetik faktörlerin de etiyoloji araştırmasının da önemli olduğu görülmüştür.
Gen içermeyen CNV'lerinde interkromozomal etki ile gametogenezi bozabildiği göz önüne alınırsa trombofili yanında aCGH ile CNV analizi, TGK ailelerinde olgularının eşleriyle birlikte analiz edilmesi durumunda %74'üne tanı konulabilmesini sağlayarak sebebi bilinmeyen oranını %50'den %26'ya indirmektedir. Olguların çift olarak değil de bireysel olarak analiz edilmesi durumunda %62'sine tanı konabilmiş ve idiopatik grup %38'e azalmıştır.
Tez çalışmamız literatürde TGK çiftlerinde aday genlerin de analiz edildiği ilk aCGH analizi olup bu konuda daha büyük hasta ve iyi seçilmiş kontrol gruplarıyla yapılacak çalışmalar TGK etiyolojisinin aydınlatılmasına ve tedavi protokollerinin geliştirilmesine katkıda bulunacaktır.
ANAHTAR KELİMELER: aCGH, CNV, Tekrarlayan Gebelik Kaybı

Abstract:
INTRODUCTION AND AIM: It is not always possible to determine the cause of pregnancy losses and even today it is reported that 50% of cases with recurrent pregnancy loss (RPL) have no reason to be detected. Chromosome anomalies can be determined by GTG banded analyse at a 3-8% percantage of the patients with RPL. Cytogenetic analysis can be performed at 550 bands resolution for detection the reason of RPL and higher resolution methods such as arrays can also be done, determining submicroscopic deletions- duplications. In our study; it is aimed to reveal the copy number variations (CNVs) of whole genome structure of RPL cases and the related genes by Array CGH (aCGH) analysis and carry out functional studies in the follow-up.
METHODS: We retrospectively again evaluated the data of 64 cases (32 women and 32 men) who applied to our clinic, 21 couples and 22 individuals, for the history of 2 or more recurrent pregnancy loss. aCGH analyses of all cases were performed with the Agilent® 8x60 K platform. Data from our patient group were compared with healthy controls in the DGV database.
RESULTS: A total of 83 CNVs were detected in 56 different regions in 40 cases (62.5%). When these CNVs are evaluated according to the regions; 36% (20/56) deletion, 64% (36/56) duplication were observed. In two CNV regions, pathogenic deletions were detected. Heterozygosity for a deletion in the chromosome 10q11.22 locus encompassed with GPRIN2, NPY4R, ANXA8 genes and in the chromosome 1p36.22-p36.21 locus flanking by TNFRSF8, TNFRSF1B, DHRS3 genes were evaluated as pathogenic according to CNV evaluation scale.
DISCUSSION AND CONCLUSION: While comparing the genes having CNV with the rates of the society received from DGV database, genes detected in two or more cases are analyzed and LINC01237, LOC102723927, ZRANB2-AS, LINC01566, NEGR1, FRG2DP, CYP2E1, DUSP22, CATSPER2 genes found in our patient group are statistically significantly different compared to
vii
DGV database. UPK3B, POMZP3, PSG8, PSG1, PSG6, PSG7, PSG11, PSG2, PSG5, PSG4 genes that are found statistically insignificant even so might be considerable in RPL etiology in terms of genes' functions and it might be based on the selection of the cases from the DGV database. İt is necessary to study with Fertile Healthy Control Groups for CNVs which include these genes.
Genes that can play a role in the etiology of recurrent pregnancy loss were shown in our study and new genes were added to the literature for further analysis. It was also found that not only maternal factors but also paternal factors are important in the etiology of RPL.
Considering CNV's not including genes may effect the gametogenesis by interchromosomal effect, CNV analysis with ArrayCGH along with trombophilia decreases the rates from 50% down to 26% of unknown reason rate and provides diagnosis of 74% in RPL families when analyzing cases with their mates. Cases when analyzing individually not as couples 62% can be diagnosed and the idiopathic group decreased down to 38%.
Our thesis study is the first aCGH analyze in literature in which the candidate genes are analyzed in RPL couples and studies conducted with greater and specially chosen control groups in this issue will contribute elucidating the RPL etiology and developing treatment protocols.
KEYWORDS: aCGH, CNV, Recurrent Pregnancy Loss