Faktör II, faktör V Leiden ve MTHFR C677T mutasyonlarının tespitine yönelik multipleks real time PCR kit geliştirilmesi
Developing multiplex real time PCR kit for detectoin of mutations of factor II, factor V and MTHFR C677T
Yazar: FUNDA KARATEKE
Danışman: YRD. DOÇ. DR. NURAY ALTINTAŞ
Celal Bayar Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Son yıllarda gelişen teknolojik ilerlemeler ile birlikte özellikle virus-bakteri tanısına yönelik testler başta olmak üzere, Real Time PCR metodu ile birçok mikroorganizma ve genetik hastalık tanıları kantitatif ve tam otomatize cihazlarla yapılabilir olmuştur.Mutasyona yönelik genetik ve mikrobiyolojik Real Time PCR test sistemleri ise genellikle Melting curve analiz temeline dayanan ve spesifik bilinen mutasyonu/mutasyonları hedeflemeyen random (rastlantısal) sistemlerdir. Ancak, bu mutasyon analiz sistemi, spesifik mutasyon/mutasyonlar bulunan gen bölgelerini tespit edemediği gibi, sanki mutasyon varmış gibi başka alanları analiz etmeleri nedeni ile, güvenilir testler sınıfında kabul edilmemektedir.Temeldeki bu dezavantajı sebebi ile melting curve? analizine dayanan mutasyon tespitine yönelik Real Time PCR test sistemi dünyada yaygın kullanım alanı bulamamaktadır. Ayrıca, mutasyon analizi için RFLP ve DNA dizi analizi yönteminden başka güvenilir yöntemler olmaması nedeni ile TaqMan ve Scorpion prob kullanan Real Time PCR sistemindeki yeni uygulamaya sokulacak olan bu yöntem çok önem kazanmaktadır.Test sistemi temel olarak, TaqMan ve/veya Scorpion primer-problarının kullanıldığı ve herhangi bir örnekte bulunan bildiğimiz-hedeflediğimiz spesifik DNA dizisinin/nükleotidinin tespit edilmesini hızlı ve güvenilir bir biçimde multipleks olarak sağlayacaktır.Proje; yukarıda çerçevesi çizilen ana hatlar ile ülkemizde yeni teknolojiler geliştirerek, biyoteknoloji alanında know how kazandıracaktır.

Abstract:
In recent years, diagnosis of several microorganisms and genetic diseases using Real Time PCR method could be performed with fully automated equipments.Real Time PCR test systems to detect genetic and microbial mutations are usually based on melting curve analysis which is not targetting to specific nucletide but only the random mutations. Besides this analysis system is not detecting the target mutation nucleotide, as if it looked to be able to detect the target mutations. Thus, this system could not be approved as a confirmatif test systems.Because of this disadvantages for melting curve analysis based on Real Time PCR test systems to detect single nucleotide mutations are not widely used. Furthermore, according to the literatures other methods except RFLP and DNA Sequencing are not reliable. For these reasons Real Time PCR methods based on/using TaqMan and Scorpion probs will be prominent in near future.Basically the test systems we will develop are going to use TaqMan and/or Scorpion primer-prob combinations. We belive that this combination will be able to detect the single nucleotide polimorphism we are targetting in manner of rapid, confirmative and reproducable.The Project described above will be aquired know-how in biotechnologies in the country via developments of new technologies .