Pamuk genetik stok materyallerinin SSR markörleri ile karakterizasyonu
Charactarization of cotton genetic materials by SSR markers
Yazar: ELİF DAĞGEÇEN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ADEM BARDAK
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Pamuk yaklaşık 70 ülkede ekimi yapılan (Gossypium spp.) ve 180 milyon insanın geçim kaynağını oluşturan bir lif bitkisidir. Gerek doğal lifi ve gerekse tohumundan elde edilen yağı ve diğer yan ürünleri ile ekonomik önemi yüksek olan bir endüstri bitkisidir.  Bu nedenle pamuk bitkisi üzerinde yapılacak moleküler ve klasik ıslah çalışmaları önemlidir. Bu çalışmada, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümüne ait pamuk genetik stok materyallerinde moleküler markörler kullanılarak genetik farklılığın belirlenmesi hedeflenmiştir.  Bu amaçla, 281 adet pamuk genotipi, 37 adet SSR (Simple Sequence Repeats) markörü kullanılarak taranmıştır. SSR verileri, MEGA ve STRUCTURE paket programları kullanılarak analiz edilmiş ve genetik farklılık katsayıları hesaplanmıştır. İncelenen tüm genotipler arasındaki genetik mesafe %6 ile %91 arasında değiştiği ve bu oranın Gossypium hirsutum L. türünde %6 ile %38 arasında, Gossypium barbadense L. türünde ise %29 ile %49 arasında olduğu belirlenmiştir. Ayrıca çalışmada kullanılan yabani pamuk türleri ise %11 ile %91 arasında varyasyon göstermiştir. Hem lif kalitesi hem de agronomik özelliklerinden dolayı seçilecek bu genotipler arasında yapılacak intraspesifik melezlemelerde daha fazla varyasyonun olacağı söylenebilir. Ayrıca varyasyonu artırma yollarından birisi de genetik farklılıkların en fazla olduğu interspesifik melezlemelerdir. Bununla birlikte özellikle BNL1521, BNL3140, BNL448, BNL3492, Nau1070, Nau1014, JESPR65, JESPR127, JESPR153, MGHES46 ve MUCS404 markörlerinin polimorfik bilgi içeriği (PIC) değerlerinin çok yüksek olduğu ve daha çok polimorfik özellik gösterdiği bulunmuştur. Sonuçlar değerlendirildiğinde, SSR markörlerinin genetik çeşitliliği belirlemede önemli olduğu ve ıslah çalışmalarına başlamadan önce moleküler markörlerle yapılacak germplasm taramasının ıslah açısından özellikle uygun ebeveynlerin seçimi konusunda önemli katkı sağlayacağı görülmüştür.

Abstract:
Cotton is a fiber plant cultivated in nearly 70 countries and it is considered to constitute a source of livelihood of 180 million people. Both the natural fiber and oil obtained from seeds and other by-products have economic importance. The aim of this project was to explore the degree of genetic differences among the cotton genotypes that are highly produced in Turkey and to discover the genetic similarity between these genotypes and other distinct germplasm sources. In this study, 281 cotton genotypes sampled from different region of Turkey were descriptioned by the 37 SSR (Simple Sequence Repeats) genetic locus. Using SSR data, filogenetic tree was analyzed using by MEGA and STRUCTURE computer program. Genetic differences were from 0.06 to 0.91 among all the cotton genotypes. This differences were 6% to 38% within G.hirsutum L. and 29% to 49% within G.barbadense L. species. Additionally, wild cotton species are used in this study were showed 11 to 91 % of genetic variation. In this study, W29 and 919 (LIDER) (G.hirsutum)genotypes are located in extreme ends. Cotton genotypes with both fiber quality and agronomic traits will be used in intraspesific hypridization can be concluded that to obtain more variation. Furthermore, one of the ways to increase the variation in interspesific hybridization which has most of the genetic differences. However, polymorphic information content(PIC) values of markers especially BNL1521, BNL3140, BNL448, BNL3492, Nau1070, Nau1014, JESPR65, JESPR127, JESPR153, of MGHES46 and MUCS404 is very high and has been found to show more polymorphic properties. When the results were analyzed, the importance of SSR markers to determine the genetic diversity and molecular marker analyses for germplasm screening has been shown contribution especially in the selection of convenient parents before starting breeding studies.