Akut lösemi hastalarında "Zinc Finger Protein 384" (ZNF384) geni füzyonlarının tespiti
Determination of  384 Zinc Finger Protein (ZNF384) gene fusions in acute leukemia patients
Yazar: TUĞÇE SUDUTAN
Danışman: PROF. DR. MÜGE SAYİTOĞLU ; DR. YÜCEL ERBİLGİN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Fenotip = Phenotype ; Genler = Genes ; Lösemi = Leukemia ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma = Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma

Özet:
Akut lösemiler kemik iliği kaynaklı olgunlaşmamış kan yapıcı hücrelerin aşırı proliferasyonu sonucu oluşan hastalık grubudur. 2016 yılında Dünya sağlık örgütü akut lösemi sınıflandırmasına göre akut lösemiler akut lenfoblastik lösemi (ALL), akut miyeloid lösemi (AML) ve miks fenotip akut lösemi (MPAL) olarak üç sınıfa ayrılmaktadır.
ALL, B hücreli prekürsör (BCP-ALL) veya daha az yaygın olarak, T hücreli prekürsör soy (T-ALL) şeklinde sınıflandırılmaktadır. Her ikisi de, tanı veya prognoz için yararlı belirteçler olan kromozomal değişikliklerle karakterizedir. ZNF384 geni yeniden düzenlemeleri, çocukluk çağı BCP-ALL vakalarının %1-6'sının ve yetişkin BCP-ALL vakalarının %5-15'inde görülen yeni onkojenik alt tiplerinden biridir. Ayrıca ZNF384 yeniden düzenlemeleri bulunan vakalarda MPAL özelliği gösteren anormal miyeloid belirteç ekspresyonu bulunmaktadır. Klinik etkisi ile ilgili sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır ve ZNF384 füzyonları taşıyan hastalar genel olarak orta risk grubuna sınıflandırılır. Bu füzyona sahip farklı fenotipte hastaların incelenmesi, yeni belirteçlerin klinik etkilerini anlamamıza yardımcı olacaktır. Bu çalışmada BCP-ALL ve MPAL hastalarında ZNF384 ile ilgili füzyon genlerin sıklığı belirlenerek sonuçların klinik açıdan değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, ALL ön tanısı almış toplam n=127 (K:53, E:74) pediatrik hasta (medyan yaş 4 olan) dahil edilmiştir. Hastaların kan ve/veya kemik iliği örneklerinden total RNA elde edilmiştir ve RNA'lar, rastgele heksamerler ve MMLV ters transkriptaz enzimi kullanılarak komplementer DNA'ya (cDNA) çevrilmiştir. Dört farklı kırılma noktası içeren en yaygın füzyonlar (ZNF384-TCF3, ZNF384-EP300 ve ZNF384-TAF15), ters transkriptaz PZR yöntemi kullanılarak varlığı/yokluğu araştırılmıştır. Saptanan translokasyonlar ile hastaların klinik bulguları ile olan ilişkisi araştırılmıştır. Pediatrik ALL hastalarında ZNF384 geninin yeniden düzenlenmesi %7,8 olarak bulunmuştur. ZNF384 füzyonları MPAL'de %8,3 ve BCP-ALL gruplarında ise %7,7 olarak belirlenmiştir. TCF3- ZNF384 füzyonunda beklenilen kırık bölgesi dışında farklı bir noktada yeni bir kırılma noktası tanımlanmıştır.

Abstract:
Acute leukemia is a group of diseases caused by excessive proliferation of immature blood cells from bone marrow. According to the World Health Organization acute leukemia classification in 2016, acute leukemias are divided into three classes as acute lymphoblastic leukemia (ALL), acute myeloid leukemia (AML) and mixed phenotype acute leukemia (MPAL).
ALL consists of B-cell precursor (BCP-ALL), or less commonly, T-cell precursor strain (T-ALL). Both have multiple subtypes, usually defined by structural chromosomal changes. ZNF384 gene rearrangements are one of the new oncogenic subtypes of BCP-ALL. ZNF384 gene rearrangements were reported 1-6% in childhood BCP-ALL, and 5-15% of adult BCP-ALL cases. In addition, cases with ZNF384 rearrangements have an abnormal myeloid marker expression with MPAL. There is limited number of data about the clinical impact of ZNF384 gene rearrangement. Patients carrying ZNF384 fusions are classified into medium risk group need more attention and novel molecular genetic markers are very important for risk adopted treatment strategies. Examinations of different phenotypic ALL subgroups will be help us to understand the clinical impacts of novel markers.
The aim of this study was to determine the frequency of the most common ZNF384 fusions in patients with BCP-ALL and MPAL.
One hundred twenty-seven pediatric ALL patients (53 females, 74 males) were included in this study. Median age of patients was four. Total RNA was isolated from patients' bone marrow at diagnosis and cDNA synthesis was performed by using random hexameres and MMLV reverse transcriptase. The most common fusions (ZNF384-TCF3, ZNF384-EP300 and ZNF384-TAF15) containing five different breakpoints were examined by using RT-PCR. ZNF384 gene rearrangement was found 7,8% in paediatric ALL patients. We identified ZNF384 fusions 8,3% in mixed phenotypic leukemia and 7,7% in BCP-ALL groups. A novel breakpoint was also identified in ZNF384-TCF3 fusion.