hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
İzmir ili örümcek çeşitliliğinin DNA barkodlama ile araştırılması
Spider biodiversity in Izmir province based on DNA barcoding
Yazar: ORSA YÜZBAŞ
Danışman: DOÇ. DR. EVREN KOBAN BAŞTANLAR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Zooloji = Zoology
Dizin: Biyolojik çeşitlilik = Biological diversity ; DNA barkodlama = DNA barcoding

Özet:
Biyoçeşitliliğin oldukça fazla olduğu Arachnida sınıfına ait olan örümceklerin sınıflandırılmasında kullanılan yöntemlerin artması ile yapılan çalışmalar sonucu, sınıflandırmalar netleşmeye başlamıştır. Sınıflandırılması sorunlu olan taksonlar moleküler temelli çalışmalar ile desteklenerek daha doğru sonuçlar elde edilmesini sağlamıştır. Bu tezde, İzmir'in çeşitli bölgelerinden toplanan örümceklerin türlerinin belirlenmesi için moleküler veriler kullanılmıştır.
Örümceklerin sınıflandırılmasında morfolojik yöntemlerin kullanılabilmesi için üzerinde çalışılan taksonların ergin bireyler olması gerekmektedir. Çünkü pek çok tür ayrımında eşeysel organların yapısı incelenmektedir. Bununla beraber daha doğru sonuçlar elde edilebilmesi için hem erkek hem de dişi bireylerin incelenmesi gerekmektedir. 
Urla, Çeşme, Karaburun ve Bergama çevresinden yapılan arazi çalışmalarında toplam 53 Örnek el ile toplanmıştır. Toplanan örneklerin türlerini belirlemek için DNA barkodlama tekniği uygulanmıştır. DNA barkodlama; Sitokrom C oksidaz Alti ünite 1 geni bölgesinin PCR teknikleri ile çoğaltılarak standart bir fragmanın dizilenmesini ve tanılanmasını kapsayan taksonomik bir yöntemdir. Elde edilen sonuçlar hem uluslararası gen bank verileri hem de morfolojik veriler ile karşılaştırılmıştır.

Abstract:
As a result of the studies carried out with the increase in the methods used in the classification of spiders belonging to the Arachnida class, where biodiversity is quite high, the classifications have started to become clear. Taxa whose classification is problematic have been supported by molecular-based studies, providing more accurate results. In this thesis, molecular data were used to determine the species of spiders collected from various regions of İzmir 
In order to use morphological methods in the classification of spiders, the taxa studied must be adult individuals. Because the structure of the genital organs is examined in many species distinctions. However, in order to obtain more accurate results, both male and female individuals should be examined.
A total of 53 Samples were collected by hand in field studies from Urla, Çeşme, Karaburun and Bergama surroundings. DNA barcoding technique was applied to determine the types of samples collected. DNA barcoding, is a taxonomic method involving the sequencing and identification of a standard fragment by amplifying the cytochrome C oxidase Six unit 1 gene region by PCR techniques. The obtained results were compared with both international gen bank data and morphological data.
Meteor takip sistemleri kamera kutuları için optimize bir tasarım
An optimized design for camera boxes of meteor surveillance systems
Yazar: HAYDER AL-MAMOORI
Danışman: DOÇ. DR. OZAN ÜNSALAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Mekatronik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Astronomi ve Uzay Bilimleri = Astronomy and Space Sciences ; Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering ; Mekatronik Mühendisliği = Mechatronics Engineering

Özet:
Bu yüksek lisans tez çalışmasının üç amacı mevcuttur:
1) Türkiye'de MFAG/113F035 no'lu TÜBİTAK projesi ile kurulmuş olan ve NASA-SETI enstitüsü iş
birliğiyle sürdürülen meteor takip sistemlerinin (CAMS-Cameras for All-Sky Meteor Surveillance)
kuruldukları kutuların, çiğ, yağmur, kar, buzlanma, buharlanma, şiddetli rüzgâr, kuşlar v.b. çevresel faktörlerden etkilenmemesinin sağlanması amacıyla bir mikroişlemci (STM32) kullanılarak sıcaklık, nemve mesafe sensörleri içeren ve otonom çalışan optimize bir sistemin tasarlanmasıdır.
2) Bu optimize sistemle ayrıca, kutu içerisinde yerleştirilen kameraların, gerektiğinde uzaktan bağlantı yoluyla kontrollü bir şekilde kutuların içinde konum, yönelim, açı, azimut, sağ açıklık vb.
parametrelerinin de değiştirilebilmesi ve kameraların önünde yer alan lenslerin de uzaktan
odaklanabilecek şekilde bu sistemin tasarlanması amaçlanmıştır.
3) İleride hem ülkemizde hem de yurt dışında kurulacak olan yeni meteor takip ağlarında kullanılacak
olan bu optimize otonom tasarımın bir standart haline getirilebilmesidir.

Abstract:
This master's thesis has three objectives:
1) NASA-SETI institute, which was established with the TUBITAK project no. MFAG/113F035 in Turkey,
meteor tracking systems (CAMS-Cameras for All-Sky Meteor Surveillance)
dew, rain, snow, icing, evaporation, strong wind, birds etc. It is the design of an optimized system that operates autonomously and includes temperature, humidity and distance sensors by using a microprocessor (STM32) in order to ensure that it is not affected by environmental factors.
2) With this optimized system, the cameras placed in the box can also be controlled by remote connection when necessary, by controlling the position, orientation, angle, azimuth, right opening, etc. inside the boxes.
parameters can be changed and the lenses located in front of the cameras can be changed remotely.
It is aimed to design this system in such a way that it can focus on
3) It will be used in new meteor tracking networks to be established both in our country and abroad in the future.
What is important is that this optimized autonomous design can be made a standard.
Sürdürülebilir/yeşil binalarda atık su ve yağmur suyu yönetim modellerinin İzmir örneğinde değerlendirilmesi
Evaluation of wastewater and rainwater management models on sustainable/green buildings in the example of İzmir.
Yazar: MERVE ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. ERHAN VECDİ KÜÇÜKERBAŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Peyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı / Peyzaj Mimarlığı Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Peyzaj Mimarlığı = Landscape Architecture

Özet:
İnşaat sektörü, doğal kaynakların verimsiz kullanımı, ekosistem dengelerinin bozulması, doğal su kaynaklarının hızla tüketilmesi gibi çevre sorunlarının başlıca nedenlerinden biridir. İnşaat sektörünün sürdürülebilirlik kapsamında değerlendirilmesi sonucunda çevreci yaklaşımlar üzerine araştırmalar yapılmış ve yeşil bina kavramı ortaya çıkmıştır.  
Sürdürülebilir/yeşil binaların ekosistem ve doğal kaynaklar üzerindeki olumlu etkilerinin ele alındığı bu çalışmanın amacı atık su ve yağmur suyu yönetiminin sürdürülebilir kalkınmaya olan etkilerini vurgulamaktır. Araştırma materyalleri, İzmir'de yer alan yeşil binalardan üç tanesi olarak belirlenmiştir. Bunlarla birlikte konu ile ilgili yazınsal ve görsel kaynaklar, gözlem formları, haritalar gibi materyallerden de yararlanılmıştır. Belirlenen sorunlar kapsamında yeşil binalar ile ilgili elde edilen verilerden yola çıkılarak araştırma alanları incelenmiş ve kategorilerine göre değerlendirilmiştir. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda sürdürülebilir yaklaşıma ilişkin önerilerde bulunulmuştur.

Abstract:
The construction industry is one of the main causes of environmental problems such as inefficient use of natural resources, deterioration of ecosystem balances, and rapid consumption of natural water resources. As a result of the evaluation of the construction sector within the scope of sustainability, researches on environmental approaches have been made and the concept of green building has emerged.
In this study, which discusses the positive effects of sustainable/green buildings on the ecosystem and natural resources, is to emphasize the effects of wastewater and rainwater management on sustainable development. The research materials were determined as three of the green buildings in Izmir. In addition, materials such as literary and visual sources, observation forms and maps related to the subject were also used. Within the scope of the identified problems, research areas were examined and evaluated according to their categories, based on the data obtained about green buildings. In line with the results obtained, suggestions were made regarding a sustainable approach.
Neo4j ve orientDB çizge veri tabanlarının karşılaştırılması veperformans analizi
Comparison of Neo4j and orientDB graph databases and performanceanalysis
Yazar: DAMLA ÖYKÜ TAŞKIN
Danışman: PROF. DR. VECDİ AYTAÇ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Her geçen gün artmakta olan verilerin depolanmaları ve işlenmeleri için optimum çözümler aranmaktadır. Bu karmaşık ve büyük veriler için çizge veri tabanları iyi bir seçenek haline gelmiştir. Çizge veri tabanları, matematik alanından gelen çizge teorisinden yola çıkılarak oluşturulmuş, verileri tepeler, ilişkiler ise ayrıtlar şeklinde barındırmaktadır. Bu sayede bitişiklik matrisinin taranması, en kısa yolun bulunması, geçiş işlemleri gibi ilişkisel veri tabanlarında gerçekleştirilmesi neredeyse mümkün olmayan işlemleri saniyeler içinde gerçekleştirebilmektedir.
Çizge veri tabanlarının karşılaştırılmasını içeren bu tez çalışmasında öncelikle Neo4j ve OrientDB veri tabanları özellikleri ile detaylı bir şekilde ele alınmış ve karşılaştırılmıştır. Çalışmanın devamında ise ilgili iki veri tabanının performansları değerlendirilmiştir. Ayrıca bu değerlendirme yapılan önceki bir çalışma ile de kıyaslanmıştır. Performans değerlendirmesi için oldukça popüler olan çevrimiçi Slovak sosyal ağı Pokec veri seti kullanılmıştır. Bu veri seti, sosyal ağdaki kişilere ait cinsiyet, yaş, saç rengi gibi kişisel özellikleri ve hobileri içermektedir. Veri tabanlarının performansları için GitHub depolama servisinde yer alan betik dili komut dosyaları ve JavaScript ile yazılmış dosyalar kullanılmıştır.

Abstract:
In the quest for storing and processing the ever-increasing data each day, optimal solutions are being sought. Graph databases have emerged as a viable option for managing these complex and extensive datasets. Graph databases, constructed based on graph theory from the field of mathematics, organize data into nodes and relationships into edges. This structure allows for nearly impossible operations to perform swiftly in relational databases, such as traversing adjacency matrices, finding the shortest path, and conducting traversal operations.
This thesis study, which involves the comparison of graph databases, primarily examines the features of the Neo4j and OrientDB databases in detail and compares them. Furthermore, the performances of these two relevant databases are evaluated in the continuation of the study. Additionally, this evaluation is compared with a previous study that was conducted. The widely used online Slovak social network dataset from Pokec is employed for the performance evaluation. This dataset includes personal attributes such as gender, age, hair color, and hobbies of individuals within the social network. Scripting language command files and files written in JavaScript, available on the GitHub storage service, are used for assessing the databases' performances.
Türkiye ve dünyada organik/ekolojik küçükbaş hayvan yetiştiriciliği: Mevcut durumu, sorunları ve geleceği
Turkey and the world in organic/ecological sheep husbandry: Current situation, problems and future
Yazar: YASEMİN MERAÇEŞMESİ
Danışman: PROF. DR. TURGAY TAŞKIN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı / Hayvan Yetiştirme Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada; Türkiye ve dünyada organik küçükbaş hayvan yetiştiriciliğinin esasları, mevcut durumu, ilgili yasal düzenlemeler, sorunlar ve geleceği karşılaştırmalı olarak ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmanın materyalini, organik küçükbaş hayvan üretimine ait ulusal ve uluslararası toplantı, kongre ve çalıştaylarda yayımlanmış bildiriler, eylem planları, makaleler, konuya ait kitaplar, öğrenci tezleri, Kanun ve yönetmelikler oluşturmuştur. Dünya üzerindeki hayvanlar arasında 2021 yılında 1.266 milyar baş ile ikinci sırada koyun varlığı gelirken, keçi varlığı ise 2.55 milyon baş ile dördüncü sıradadır. Bununla birlikte aynı tarihte dünyada yaklaşık 1,5 milyon organik koyun ve keçi varlığı tespit edilmiştir. Bu tarihte Fransa, Yunanistan, İngiltere, İtalya ve İspanya en çok küçükbaş hayvana sahip ülkeler olmuşlardır. Türkiye'de ise 2021 yılı rakamlarına göre 45 milyon baş koyun, 12 milyon baş keçi olmak üzere 57 milyon baş küçükbaş hayvan ve 853 baş organik küçükbaş hayvan varlığı bulunmaktadır. Ülkemizde organik küçükbaş hayvancılığın yaygınlaşması ve sürdürülebilirliği için üretici ve tüketici yönünden uygun stratejik yöntemlerin belirlenmesi ve mevcut sorunlara yönelik çözüm önerileri sunulmuştur.

Abstract:
In this study; it is aimed to present the principles, current situation, related legal regulations, problems and future of organic small cattle breeding in Turkey and in the world comparatively. The material of the study consisted of papers, action plans, articles, books on the subject, student theses, laws and regulations published in national and international meetings, congresses and workshops on organic small cattle production. Among the animals in the world, sheep are in the second place with 1.266 billion heads in 2021, while goats are in the fourth place with 2.55 million heads. However, on the same date, approximately 1.5 million organic sheep and goats were detected in the world. At this date, France, Greece, England, Italy and Spain were the countries with the highest number of sheep and goats. In Turkey, according to the figures of 2021, there are 57 million sheep and goats, including 45 million sheep, 12 million goats, and 853 organic sheep and goats. For the expansion and sustainability of organic sheep and goat farming in our country, suitable strategic methods for producers and consumers are determined and solutions for current problems are presented.
Etlik piliçlerin beslenmesinde safra tuzu,enzim ve probiyotik ilaveli ön-başlatma yemi kullanımının performans,kesim özellikleri ve besin madde sindirilebilirliği üzerine etkileri
The effects of using pre-starter diet supplemented with bile salt, enzyme and probiotic on performance ,slaughter characteristics and nutrient digestibility of broiler nutrition
Yazar: ASLIHAN BOZTUNÇ
Danışman: PROF. DR. ZÜMRÜT AÇIKGÖZ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada etlik piliç üretiminde safra tuzu, probiyotik ve enzim ilaveli ve ilavesiz ön-başlatma yemi kullanımının performans, kesim özellikleri ve besin madde sindirilebilirliği üzerine etkileri incelenmiştir. Araştırmadatoplamgünlük 60 adetetlikcivcivkullanılmştır. Civcivler her birinde 20 adet civciv bulunan 3 muamale grubuna rastgele ayrılmıştır. Araştırmanın ilk 10 günü civcivler standart başlatma yemi ya da safra tuzu, probiyotik ve enzim ilaveli veya ilavesiz ön-başlatma yemleri tüketmişler, daha sonra 11-42. günler arasında standart geliştirme ve bitirme yemleri ile beslenmişlerdir. Civcivler ilk beş gün yer bölmelerinde barındırılmış, daha sonra bireysel metabolizma kafeslerine yerleştirilmiştir. Yem ve su ad libitum olarak sunulmuştur. Deneme grupları arasında canlı ağırlık, canlı ağırlık artşı, yem tüketimi ve yemden yararlanma oranı bakımından önemli düzeyde farklılık oluşmamıştır. Piliçlerin 42. güne ait kesim özellikleride benzerlik göstermiştir. Safra tuzu, probiyotik ve enzim ilaveli ön-başlatma yemi tüketilen grupta ham yağın sindirim derecesi önemli düzeyde yükselmiştir.

Abstract:
In this study, the effects of the use of pre-starter diet with or without added bile salt, probiotic and enzyme on performance, slaughter characteristics and nutrient digestibility in broiler production were investigated. A total of 60 daily broiler chicks were used in the study. In the first 10 days of the study, the chicks consumed standard starter diet or pre-starter diets with or without added bile salt, probiotic and enzyme, then they were fed with standard grower and finisher diet between days 11-42. For the first five days, the chicks were housed in the floor pens, and then they moved to induvidial metabolism cages. Feed and water were offered ad libitum.  There was no significant difference between the experimental groups in terms of live weight, live weight gain, feed consumption and feed conversion ratio. The slaughter characteristics of the chickens on the 42nd day were also similar. The digestibility of crude fat increased significantly in the group consumed pre-starter diet with bile salt, probiotics and enzymes.
Bileşimsel anlambilimin özgün bir küme teorisi kavramı ile iyileştirilmesi
Improving compositional semantics with a novel concept of set theory
Yazar: ALİ MERT CEYLAN
Danışman: PROF. DR. VECDİ AYTAÇ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Bu tez kapsamında üstel fonksiyonların temsili için yeni bir formülasyon önerilmiştir. Önerilen formülasyon, Kuantum Mekaniği'ne dayanan zaman-sıralı integral ve üç baz matrisin üstel fonksiyonunun çarpımı olarak yazılabilecek seri açılımı arasında köprü görevi gören bir serbest biçimdir. Bu sayede Multinom açılımı şeklinde gösterilebilecek bir seri formundan zaman-sıralı integral formuna dönüşüm imkanı sağlanmıştır. Önerilen formülasyon cebirsel biçimi farklı şekilde indirgenebilecek bir serbest biçime dönüştürme imkanı verir. Bu serbest biçim de bir tetrahedrondur. Böylelikle tetrahedron üzerinde zaman, etkileşim ve mertebe düzeyinde kısıtlamalar tetrahedral biçim üzerinde kısıtlanıp integral formuna indirgenip bir sonuç hesaplanabilmektedir. Serbest biçim üzerinde kısıtlamalar ile zaman-sıralı tetrahedronun indirgenebilmesi üzerine kurulu "zaman kaydırmalı derleme algoritması" ile sekans modelleme konusu için jenerik bir olasılık yoğunluğu fonksiyonu türetme yöntemi önerilmiştir. İndirgenen olasılık yoğunluğu fonksiyonları, küme teorisi bakış açısından yorumlanmış ve formal şekilde ifade edilmiştir. Önerilen yöntemler, tez kapsamında DCS ağaçları adı verilen anlamsal ağaç yapılarından çıkarılan özniteliklerin simge temsillerinin olasılık yoğunluklarını hesaplamak için kullanılmıştır.

Abstract:
In this thesis a novel formulation for the representation of exponential functions is proposed. The proposed formulation is a free form that bridges the gap between the time-ordered integral from Quantum Mechanics and the series expansion that can be written as the product of the exponential function of three base matrices. This allows the transformation from a series form, which can be represented as a multinomial expansion, to a time-sequential integral form. The proposed formulation allows to transform the algebraic form into a free form that can be reduced in different ways. This free form is a tetrahedron. Thus, constraints on the tetrahedron at the level of time, interaction and magnitude can be constrained on the tetrahedral form and reduced to integral form and a result can be calculated. A generic probability density function derivation method is proposed for sequence modeling using the "time-shift compilation algorithm" based on the reduction of the time-ordered tetrahedron with constraints on the tetrahedral free form. The reduced probability density functions are interpreted and formally expressed from a set theoretic point of view. The proposed methods are used in this thesis to compute the probability densities of symbol representations of features extracted from semantic tree structures called DCS trees.
Riemann manifoldu öğrenmesi
Riemannian manifold learning
Yazar: HATİCE KÜBRA KONAK
Danışman: PROF. DR. BAYRAM ŞAHİN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı / Matematik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Matematik = Mathematics

Özet:
Bu tezde metrik öğrenmenin yeni bir alanı olan Riemann metrik öğrenmesi için temel kavramlar ile öncül bilgiler derlenmekte ve Riemann metriği kavramı tanıtılmaktadır.
Yüksek lisans tezi olarak hazırlanan bu tez beş ana bölümden oluşmaktadır. Tezin birinci bölümü giriş kısmına ayrılmıştır. İkinci bölümde konu ile ilgili temel kavramlar özellikle manifold ile ilgili temel kavramlar sunulmaktadır. Üçüncü bölümde makine öğrenimi algoritmalarından bahsedilmektedir.
Dördüncü bölüm metrik öğrenme ve metrik öğrenme uygulamalarına ayrılmıştır ve sık kullanılan metriklerden bahsedilmiştir. Son bölüm Riemann manifold öğrenimine ayrılmıştır.

Abstract:
This thesis reviews the basic concepts and prior knowledge for Riemannian metric learning, a new area of metric learning, and introduces the concept of Riemannian metric learning.
This thesis, prepared as a master's thesis, consists of five main chapters. The first chapter of the thesis is devoted to the introduction. In the second chapter, the basic concepts related to the subject are presented, especially the basic concepts related to manifolds. The third chapter discusses machine learning algorithms. The fourth chapter is devoted to metric learning and metric learning applications and discusses commonly used metrics. The last section is devoted to Riemannian manifold learning.