Kolorektal kanserlerde miR520a-3p/b/d-3p/e ve miR302a/b ekspresyon profilinin çıkarılması
Expressi̇on profi̇le of miR520a-3p/b/d-3p/e and miR302a/b i̇n colorectal cancer
Yazar: ABDULKADİR YASİR BAHAR
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HAMİDE SAYAR
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Cerrahi Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Patoloji = Pathology
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Karsinoma = Carcinoma ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Otofaji = Autophagy

Özet:
ÖZET
Kolorektal Kanserlerde miR520a-3p/b/d-3p/e Ve miR302a/b Ekspresyon Profilinin Çıkarılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Kolorektal kanserler tüm dünyada  3. en sık görülen  kanserlerdir. Kanserden ölümlerde 4. sıradadır. Türkiye'de 2008 yılı verilerine göre kadınlarda 3. en sık (insidans 13,5/100000), erkeklerde 4. en sık (insidans 20,8/100000) görülen kanserlerdir. Otofaji, sellüler organel ve proteinlerin  yıkımını gerçekleştiren homeostatik bir proçestir. LC3 (microtubule-associated protein1 light chain 3), hücrede otofaji aktive olduğunda otofagozom üzerinde görülen ve otofaji aktivitesini gösteren bir proteindir. MikroRNA'lar (miRNA) küçük, protein kodlamayan 20-25 nükleotidli RNA'lardır. Nükleotid dizinlerinin tamamlayıcısı mRNA'lara bağlanıp transkripsiyon sonrası gen ekspresyo¬nunun düzenlerler. miR520a-3p, miR520b, miR520d, miR520e, miR02-a, miR302-b otofaji yolağındaki çeşitli genlerle de ilişkili olabilecek  miRNA'lardır. Bu çalışmada  kolon kanserinde LC3C ekspresyonunu ve  prognostik faktörlerle ilişkisini ve otofaji yolağını kontrol eden genlerle (ULK1/2, UVRAG, ATG7) ilişkili olabilecek miRNA'ların  (miR520a-3p, miR520b, miR520d-3p, miR520e, miR302-a, miR302-b)  ekspresyonları ve bunun prognostik klinikopatolojik parametrelerle ilişkisini değerlendirdik.

GEREÇ VE YÖNTEM:  Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Patoloji bölümü arşivinden Ağustos 2009-Ocak 2014 tarihleri arasında kolorektal karsinom nedeni ile kolektomi uygulanmış lokal ileri evre (T3-T4)   50 olgu seçildi. Prognostik klinikopatolojik özellikler belirlendi. İmmünohistokimyasal olarak LC3C ekspresyonu değerlendirildi. LC3C ekspresyonu ile prognostik klinikopatolojik veriler arasındaki ilişki  ki-kare analizi ile, bağımsız parametreler Kaplan-Meier  cox-regresyon analizi ile karşılaştırıldı. Olgulara ait tümörlü ve tümörsüz dokuların miRNA ekspresyon analizi Corbett Research (Model: RG-600, Avustralya) RT-PCR cihazı kullanılarak yapıldı. İstatiksel işlemler SPSS 17.0 programı ile yapıldı.

BULGULAR: Kolorektal karsinomda  %52 (26/50) oranında yüksek LC3C ekspresyonu tespit edildi. LC3C ile tümör çapı, histolojik grade ve tümör yerleşim yeri arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki saptanmıştır. Tümörlü kolon dokularında, tümörsüz kolon dokularına oranla miRNA520b (mean FC=-1,7±0,30 SEM) , miRNA520d-3p  (mean FC=-1,46±0,33 SEM)  ve miRNA520e (mean FC=-0,66±0,29 SEM)'de  anlamlı ekspresyon kaybı izlendi. Ancak miRNA ekspresyon seviyeleri ile LC3C ekspresyonu, cinsiyet, yaş, histolojik grade, TNM evre, lenfovasküler invazyon, perinöral invazyon, lenf nodu metastazı ve sağkalım arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki saptanmadı.

SONUÇ: Çalışmamızın sonucuna göre kolorektal kanser tanısı ve hedefe yönelik tedavi ajanlarının geliştirilmesi açısından miRNA520e, miRNA520d-3p,  miRNA520b ekspresyonunda azalmanın gösterilmesi faydalı olabilir. Kolorektal kanserlerde, otofaji aktivitesi ve miRNA520e ,miRNA520d-3p,  miRNA520b ekspresyonunda azalma arasındaki ilişkinin daha iyi anlaşılması için, ULK-1/2, UVRAG, ATG-7 gen ekspresyon profilinin çıkarılması yararlı olacaktır.

ANAHTAR KELİMELER: Kolorektal karsinom,  otofaji, LC3C, miRNA,  miR520a-3p,  miR520b, miR520d-3p, miR520e, miR302a, miR302b

Abstract:
ABSTRACT
INTRODUCTION: Colorectal cancer is the third most common cancer in the world.  It is the fourth in deaths due to cancer. In  Turkey, it is the third most common cancer in women (incidence 13,5/100000) and fourth in men (incidence 20,8/100000)  according to 2008 data.            Autophagy is a cellular self-digestion pathway involved in proteins and organelles degraded through delivery to lysosomes for promoting cell survival, development and homeostasis. LC3 (microtubule-associated protein1 light chain 3) is a protein seen on the autophagosome when the autophagy activated. It shows the aotophagic activity of cells immunohistochemically. MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs  approximately 20–25  nucleotides in length. They regulate the post-transcriptional gene expression by binding to target  complementary mRNA genes. mir-520a-3p, mir-520d-3p, mir520-b, mir-520-e,  mir-302-a, mir-302-b, and may be associated with autophagy pathway genes. In this study, we investigated the relationship between autophagy activity and prognostic factors in colon cancer. Also the expression of miRNAs (mir-520a-3p, mir520-d-3p, mir520-b, mir-520-e,  mir-302-a, mir-302-b) associated with the genes controlling autophagy pathway  in colon cancer and its relationship with clinicopathologic parameters were evaluated.

MATERIAL AND  METOD: 50 patients  who underwent colectomy for local advanced stage (T3 and T4) colorectal carcinoma between August 2009 and February 2014, were selected. Prognostic clinicopathological features were evaluated. İmmunohistochemical testing were performed to evaluating  LC3C expression status. Chi-square analyses were used to test associations between parameters. The Kaplan-Meier, and Cox regression analyses were used to test associations and independent predictor status of LC3C and prognostic clinicopathological factors. miRNA expression profiling was detected using Real Time PCR (Corbett Research Model: RG-600, Australia). Statistical analyses were performed with SPSS 17.0 software.

FINDINGS: High expression of LC3C was observed in 52% (26/50) of colorectal cancers. There was statistically significant relation between high LC3C expresion with tumor size, histological grade and tumor site. Expression levels of miRNA520b (mean FC=-1,7±0,30 SEM),  miRNA520d-3p (mean FC=-1,46±0,33 SEM) and miRNA520e (mean FC=-0,66±0,29 SEM) were significantly downregulated in tumoral colorectal tissues when compared to non-tumoral colorectal tissues. We did not find a significant relation between downregulated expressions of miRNA520e, miRNA520d-3p,  miRNA520b and various clinicopathological parameters (Age, tumor size, tumor site, histological grade, TNM stage, lymphovascular invasion, perineural invasion, LC3C expression).

CONCLUSION: In our study, we found  downregulated expressions of miRNA520e, miRNA520d-3p and  miRNA520b in colorectal carcinomas. This findigs may be usefull for diagnosis and molecular targeted cancer therapies of colorectal carcinomas. Evaluation of the ULK-1/2, UVRAG and ATG-7 gene expressions will be usefull for understanding of relations between autophagy activity and  miRNA520e, miRNA520d-3p,  miRNA520b downregulated expression, in colorectal carcinoma.

KEYWORDS: Colorectal Carcinoma,  autophagy, LC3C, miRNA,  miR520a-3p,  miR520b, miR520d-3p, miR520e, miR302a, miR302b