Enterobacteriacea türlerinde karbapenemaz üretiminin fenotipik yöntemlerle araştırılması
Investigation of carbapenemase production on enterobactericeae species by phenotypic methods
Yazar: EMIN GULUZADE
Danışman: PROF. DR. ASUMAN BİRİNCİ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Fenotip = Phenotype ; Karbapenemaz = Carbapenemase ; Karbapenemler = Carbapenems ; İlaçlar = Drugs ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Enterobacteriacea spp sık karşılaşılan gram negatif etkenlerdir. Dirençli türler karbapenem kullanımını ve direnç gelişimini arttırmaktadır. Bu direncin tespiti önem arzetmektedir. Mevcut metodların sensitivite ve spesifite düşüklüğü yeni metodların geliştirilmesine neden olmuştur. Amacımız karbapenem dirençli Enterobacteriaceae izolatlarında karbapenemaz varlığını fenotipik yöntemlerle incelemek, fenotipik ve moleküler yöntemlerin arasında, fenotipik yöntemlerin kendi aralarında uyumluluğu incelemektir. 
Materyal ve Metod: Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında izole edilen ve karbapenem direnç geni tespit edilmiş 70 Enterobactericeae suşu çalışmaya dahil edildi. Çalışmaya ayrıca karbapenem dirençli olan ancak direnç geni tespit edilmeyen negatif kontrol olarak 40 Enterobactericeae dahil edildi. Suşlarda karbapenemaz tespiti için Modifiye Hodge Testi (MHT), Kromojenik test, CarbaNP testi ve MAST disk testleri kullanıldı. Elde edilen sonuçlarla fenotipik testlerin sensitivite, spesivite, pozitif ve negatif prediktif değerleri hesaplandı. 
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 110 suştan 78 (%70,9)'inde MHT pozitif, 32 (%29,1)'i negatif, CarbaNP testiyle 82 (%74,5)'si pozitif, 28 (%25,5) suş negatif, kromojenik besiyeri testi ise 73 (%66,4) suşu pozitif, 37 (%33,6) suşu negatif bulmuştur. 110 suşta MAST disk test sonucuna göre 74(%67,3) suş pozitif, 13(%32,7) suş negatif bulunmuştur. PZR pozitif suşların 67 (%95,7)'sinde MAST disk pozitiflik saptandı ve en fazla OXA-48 (%87,1) karbapenemaz türü saptandı. Dört farklı metodu karşılaştırdığımızda sırası ile sensitivite, spesifiteleri, PPD ve NPD'leri en yüksek olan testler CarbaNP ile MAST disk olmuştur.
Sonuç: Karbapenem MİK değerlerinde artış saptanan izolatlarda bu artışın doğrulanması ve hastane içinde, karbapenem dirençli Enterobacteriaceae prevalansının arttığı birimlerde taşıyıcılık taraması yapılması mantıklı görünmektedir.
Anahtar Kelimeler: Enterobacteriaceae; Fenotipik testler; Karbapenem direnci; Karbapenemazlar

Abstract:
Aim: Enterobactericeae is the most encountered gram negative pathogen. Resistant spesies increasing carbapenem use and therefore resistance. Detection of this resistance iscrusial. Low sensitivity and specivity of known methods forced to develop new methods. Aim of our study is to investigate phonotypic methods on carbapenemase resistant Enterobacteriaceae izolates, to compare phonotypic and molecular methods, also evaluate phonetypic tests amogst themselves.
Material and Method: 70 genotypically positive Enterobacteriacea strain included to study that has been isolated in OMU Medical Faculty Microbiology Laboratory. 40 Enterobacteriaceae are also included as a negative contol. Carbapenemase production tested using Modified Hodge Test, Chromogenic test, CarbaNP test and MAST Disc test. Results used to calculate sensitivity, spesivity, positive predictive and negative predictive values of phenotypic tests
Results: 78 (%70,9) from investigated 110 strains MHT was positive and 32 (%29,1)' was negative, CarbaNP detected 82 (%74,5) as positive, 28 (%25,5) as negative, results from Chromogenic Medium showed 73 (%66,4) as positive and 37 (%33,6) as negative. Total 110 isolate showed 74(%67,3) positive, 13(%32,7) negative results on MAST Disk test. Among PCR positive isolates 67(%95,7) MAST disk detected as positive and showed OXA-48 (%87,1) type carbapenemaes. Comparing four different methods CarbaNP and Mast disk method showed highest sensitivity, spesifity, positive and negative predictive values accordingly.
Conclusion: Confirmation of elevated carbapenem MİC results and hospital screening for vectors especially in departments with high prevalence of carbapenem resistance seems rational
Keywords: Carbapenem resistance; Carbapenemases; Enterobacteriaceae; Phenotypic tests