Meme kanserlerinde epigenetik değişim gösteren genlerde metilasyon paternlerinin bisülfid sekanslama yöntemiyle belirlenmesi
Investigation of methylation patterns in epigenetically effected genes in breast cancers by
Yazar: SHOHREH ALİZADEHSHARGH
Danışman: PROF. DR. MERAL SAKIZLI
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Cadherinler = Cadherins ; Genetik = Genetics ; Genler = Genes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Meme kanseri, Dünya Sağlık Örgütü (WHO) verilerine göre, en sık görülen kanser tipidir.Bu çalişmanın amacı; meme karsinogenezinde önemli rollerinin olduğu gösterilmiş olan, GSTP1 ve E-cadherin genlerin ekspresyon düzenleyici bölgelerinde bulunan CpG adalarının metillenme profillerinin, tümörlerün özellikleri ile ilişkilenrilimesidir.Hipotezimiz; GSTP1 ve E-cadherin genlerinin ifadelenmesinde DNA metillenmesinin değişebileceği ve bu farklılıkların meme kanserinin özelliklerini etikileyebileceğidir.Çalışmaya, Meme kanseri tanısı almiş 50 tümör örneği ile, aynı hastalara ait 50 adet çevre normal doku örneği, rastgele örnekleme yöntemiyle alınmiştır (patoloji Anabilim Dalı, türkiyenin 9 eylül üniversitesi hastanesinin arşivinde tarama ile). DNA izolasyonundan sonra, sodiyum bisülfit sekanslama yöntemiyle GSTP1 ve E-cadherin promotöründe CpG adacıkları belirlenerek, tümörün derecesi ve diğer kanser parametreleriyle ilişkileri `x2 korelasyon' analizleri ile yorumlanmıştır.Bu çalışmada meme kanserinde E-cadherin geninin promotör bölgesinde metillenme sıklıği %94 ve GSTP1 geninin promotörsinde % 41.3 bulundi.E-cadherin geni için tümör örneklerinin, % 44.0'ü( 50 örnekten,22'si), tam metillenmiş, % 50'si kısmen ( 50 örnekten, 25'i) ve % 6.0'I ( 50 örnekten, 3'tanesi) metillenmemiştir. Metillenme olayı tümör ve normal örneklerin arasında, anlamlı şekilde farklı gözlenmiştir. Tam olarak meme kanser dokuların % 94'ünde metillenme gözlenmiştir. Ayrıca normal meme dokuların % 76'sı ( 50 örnekten, 38'i) metillenmemiştir.GSTP1 geni için tümör örneklerinde % 28.3'ü (13 örnek 46 örnekten) tam metillenmiş, % 13'ü (6 örnek 46 örnekten) kısmen ve % 58.7'i (27 örnek 46 örnekten) metillenmemiştir. Ayrıca normal meme dokularında genellikte örneklerin % 87.2'i metillenmemiştir ve % 12.8'inda kısmen metillenme gözlenmiştir. Metillenme olayı tümör ve normal meme dokuların arasında anlamlı derecede farklıdır (p= 0.000).

Abstract:
The purpose of this study was determining the role of GSTP1 and E-cadherin genes in breast tumorogenesis that their importance in breast cancer is established. Also it was shown that E-cadherin and GSTP1 genes are methylated then the methylation relationship with tumor?s features is evaluated. The hypothesis of the study is that GSTP1 and E-cadherin genes methylation is related to tumor?s features . 50 established breast cancer samples and 50 of their adjacent normal samples were obtained with random sampling method from pathology department archieve of 9 eylul university of Turkey . After isolation of DNA, sodium bisulfite sequencing was performed in promoter regions and the comparison between tumor and normal samples was made, the relationship with tumor?s grade, stage ,? is analyzed by x2 correlation and regression programs.In E-cadherin gene, for tumor samples of 44% ( 22 in 50) were full metyhlated, 50% partial ( 25 in 50) and 6.0% (3 in 50) were non- methylated. The methylation status shows meaningful differentiation between tumor and normal samples. Generally , 94% of tumor samples were full methylated and of normal samples 76% ( 38 in 50) were non-methylated.In GSTP1 gene, for tumor samples of 28.8% (13 in 50) were full methylated, 13% (6 in 46) partial and 58.7% ( 27 in 50 ) were non-methylated. In general, from normal samples there were 87.2% non-methylated and partial methylation has seen in 12.8% of samples. There is meaningful difference in methylation status between tumor and normal samples (p=0.000).