Hemoglobin A2 değerini düşüren delta globin gen değişikliklerinin araştırılması
Evaluation of delta globin gene variations reducing hemoglobin A2
Yazar: AYŞE NUR KAVASOĞLU
Danışman: PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY
Ege Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Genetik varyasyon = Genetic variation ; Genler = Genes ; Globin = Globin ; Hemoglobin A2 = Hemoglobin A2 ; Kromatografi-yüksek basınçlı-sıvı = Chromatography-high pressure-liquid ; Talasemi = Thalassemia

Özet:
ÖZET
Giriş ve Amaç: Bir hemoglobinopati hastalığı olan beta talasemi, hemoglobinin beta globin sentez defekti sonucu oluşur. Beta talasemi taşıyıcılığı tanısı koymada yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) sonucu ortaya çıkan HbA2 değerinin önemi büyüktür. Beta talasemi taşıyıcılığında HbA 2 seviyesinin artmış olması beklenmektedir. Ancak bazı durumlarda HbA2 değeri artış göstermemektedir. HbA2 değerini düşüren nedenler arasında en az araştırılmış olanı delta globin gen değişikleridir. Delta globin gen değişiklikleri klinik olarak bulgu vermese de beta talasemi taşıyıcılığının tanınmasında yanlış tanıya sebep olabilmektedir. Çünkü HbA2 değeri, delta globin azalmasına bağlı olarak normal ya da normalin altında olabilmektedir. Bu sebeple talasemi taşıyıcılığının sık görüldüğü bölgelerde talasemi önleme programları için delta globin gen değişikliklerinin ortaya konması önemlidir. Bu çalışmada beta talaseminin sık görüldüğü ülkemizde dizi analizi ile HBD geni varyasyonlarını ortaya koyarak, delta globin gen varyasyon sıklığını ve bu varyasyonların tiplerini ortaya koymayı amaçladık.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na alfa veya beta talasemi mutasyon analizi için başvurmuş toplam 50 olgu alınmıştır. HbA2 değeri elektroforezde %2 ve altında, mikrositoz ve hipokromisi olan 40 olgu ve HbA2 fraksiyonunda ek pik saptanan 10 olgu bulunmaktadır. Bu olgularda Sanger dizi analizi yöntemiyle HBD geni değişiklikleri araştırılmıştır.
Bulgular: Çalışmada 8 olguda toplam 7 farklı varyasyon tespit edilmiştir. Saptanan 7 varyasyonun 5'i daha önce tanımlanmıştır. İki varyasyon (c.350 G>C ve c.-172 A>T) ise ilk defa bu çalışmada saptanmıştır. Saptanan değişiklikler; 1 olguda tanımlı c.-115 A>G mutasyonu,1 olguda tanımlı c.14 C>T mutasyonu ve 2 farklı benign varyasyon (c.294 C>T, c.316-174_316-173delAT),1 olguda varyant hemoglobin oluşturan ve ilk defa bu çalışmada tanımlanan c.350 G>C varyasyonu ve 5 olguda bir tanesi bu çalışmada tanımlanan 2 farklı varyasyondur (c.315+429 T>C, c.-172 A>T). 
Sonuç: Yeni bulunan 2 varyasyondan biri yeni hemoglobin varyantı HbA2-Bornova olarak dünya literatürüne kazandırılmış, diğeri ise The American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) kriterlerine göre benign olarak değerlendirilmiştir. Varyasyon saptanan olguların laboratuvar bulguları değerlendirilerek fenotip-genotip korelasyonuna katkı sağlanmıştır. Türkiye popülasyonundaki HBD geni varyasyon dağılımı,bilindiği kadarıyla, ilk kez değerlendirilmiştir.

Abstract:
Introduction and purpose: Beta thalassemia is a hemoglobinopathy which results from hemoglobin beta globin synthesis defect. HbA2 levels ​​assessed by high performance liquid chromatography (HPLC) are essential parameter for the diagnosis of beta thalassemia carriers. HbA2 level is expected to be increased in beta thalassemia carriers. However, in some cases, the HbA 2 level does not increase. Among the causes that lowered HbA2 level, the least researched is the delta globin gene variations. Although delta globin gene variations have no clinical implications, the co-inheritance of beta thalassemia mutations may lead to misdiagnosis. Because, HbA2 levels remain normal or low due to decreased delta chain production. For this reason, the detection of delta globin variations is important in countries that have a high incidence of beta thalassemia carriers. In this study, we aimed to reveal the HBD gene variations by sequence analysis to investigate the frequency and types of these variations in our country where beta thalassemia is common.
Materials & Methods: A total of 50 patients who applied for the analysis of alpha or beta thalassemia mutations in Ege University Medical Faculty Hospital Medical Genetics Department were included in the study. There were 40 cases presenting microcytosis and hypochromia with the HbA2 level of 2% or less than 2% and 10 cases with a second peak in the HbA 2 fraction. In these cases, HBD gene changes were investigated by Sanger sequence analysis. 
Results: In this study, seven different variations were detected in 8 cases. Five of the 7 detected variations have been described previously. Two variations were identified for the first time in this study. Seven variations defined in the study were as fallows; 1 previously reported c.115 A>G mutation in one case; 1 previously reported c.14 C>T mutation and 2 benign variations (c.294 C>T, c.316-174_316- 173delAT) in one case; 1 novel c.350 G>C variation, which formed a variant hemoglobin and was first described in this study; 2 variations (c.315+429 T>C, c.-172 A>T), one of was defined in this study in 5 cases were identified.
Conclusion: One of the two novel variants was introduced to world literature as a new hemoglobin variant HbA 2 -Bornova and the other was benign according to ACMG criteria. This study contributed to the phenotype-genotype correlation by evaluating the laboratory findings of the cases that detected variation. HBD gene sequencing analysis was assessed for the first time,in our knowledge, in the Turkish population.