Prostat kanseri ile ilişkili genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi: Biyoinformatik araçlar ve veritabanları
Investigation of genes associated with prostate cancer bynext generation sequencing: Bioinformatics tools anddatabases
Yazar: ALİ YAVUZ ÇAKIR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ KUYAŞ HEKİMLER ÖZTÜRK
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering ; Genetik = Genetics

Özet:
Prostat kanseri, yüksek mortalite ve morbidite ile ilişkili yaygın bir hastalıktır.
Yüksek insidansa rağmen hastalığın oluşumundaki moleküler ve genetik olaylar
tam olarak aydınlatılamamıştır. Yeni nesil dizileme, kanserin moleküler
patogenezi hakkında yeni bilgiler sunmaktadır. Çalışmamızda, literatürde
prostat kanseri ile ilişkilendirilmiş genlerden bir panel oluşturup, tüm ekzon,
ekzon-intron bağlantı noktaları taranarak; SNP, mutasyon, küçük insersiyon ve
delesyonların biyoinformatik veritabanları yardımı ile anlamlandırılması
hedeflenmiştir.
Bu amaç doğrultusunda; prostat kanseri tanısı almış 21 olgu çalışmaya dahil
edilmiş olup, hastalık ile ilişkilendirilen 39 genin tüm ekzon bölgeleri ve ekzonintron
bağlantı noktaları prob tabanlı kit kullanılarak yeni nesil dizileme
platformu Illumina MiSeq ile dizilenmiştir. Saptanan yeni mutasyonlar Sanger
dizileme yöntemi ile doğrulanmıştır. Elde edilen veriler elektronik veritabanları
kullanılarak değerlendirilmiştir.
Yapılan çoklu gen paneli dizilemesi sonucunda; AR (c.1174C>T), AR
(c.1406_1420del), BRIP1 (c.139C>G), ELAC2 (c.1621G>A), FANCA (c.2574C>G)
genlerinde Clinvar veritabanı girdilerine göre patojenik mutasyon; APC
(c.497C>G), APC (c.3887C>A), BRCA2 (c.2918C>G), CHEK2 (c.722-10T>C),
FANCA (c.1638A>C), ITGA6 (c.182+11_182+15delAGACCinsGGACT) genlerinde
ise yeni mutasyonlar tespit edilmiştir. Ayrıca klinik önemi bilinmeyen (VUS) ve
veritabanlarında çok düşük frekansa sahip olan varyantlar da tespit edilmiştir.
Elde ettiğimiz bulgular; Türk toplumunda prostat kanserinin genetik
patogenezinin anlaşılmasında, mutasyon sıklıklarının belirlenmesinde, genotipfenotip
korelasyonlarının ortaya konulmasında önemli rol oynamaktadır.

Abstract:
Prostate cancer is a common disease associated with high mortality and
morbidity. Despite the high incidence, the molecular and genetic phenomena of
the disease have not been fully elucidated. Next generation sequencing provides
new information about the molecular pathogenesis of cancer. In our study, by
creating a panel of genes associated with prostate cancer in the literature, all
exon, exon-intron junctions were scanned; SNP, mutation, small insertions and
deletions are aimed to be interpreted with the help of bioinformatics databases.
In accordance with this purpose; 21 patients diagnosed with prostate cancer
were included in the study. All exon regions and exon-intron junctions of 39
genes associated with the disease were sequenced with the next generation
sequencing platform "Illumina MiSeq" using a probe-based kit. The new
mutations detected were confirmed by Sanger sequencing method. The data
obtained were evaluated using electronic databases.
As a result of multiple gene panel sequencing; pathogenic mutation according to
Clinvar database entries found in AR (c.1406_1420del), AR (c.1174C>T) BRIP1
(c.139C> G), ELAC2 (c.1621G> A), FANCA (c.2574C> G) genes; new mutations
have been identified in APC (c.497C> G), APC (c.3887C>A) BRCA2 (c.2918C> G),
CHEK2 (c.722-10T>C), FANCA (c.1638A>C), ITGA6 (c.182+11_182+15del
AGACCinsGGACT) genes. Additionally, variants with unknown clinical
significance (VUS) and very low frequency in the databases were also detected.
Our findings; It plays an important role in understanding the genetic
pathogenesis of prostate cancer in Turkish population, determining mutation
frequencies in population and revealing genotype-phenotype correlations.