Karaciğer kanser kök hücre belirteçlerini tek hücre RNA dizilimi (SCRNA-SEQ) analizi ile saptama
Detection of liver cancer stem cell markers by single cell RNA sequence (SCRNA-SEQ) analysis
Yazar: EBRU KOCAKAYA
Danışman: PROF. DR. KAMİL CAN AKÇALI
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Disiplinlerarası Kök Hücre ve Yenileyici Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Biyobelirteçler = Biomarkers ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Dizi analizi-RNA = Sequence analysis-RNA ; Karaciğer hastalıkları = Liver diseases ; Karaciğer neoplazmları = Liver neoplasms ; Kök hücreler = Stem cells ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA

Özet:
2020 yılı verilerine göre en ölümcül üçüncü kanser türü karaciğer kanseridir. Kanser türüne değil, hastaya göre şekillenen kişiselleştirilmiş tedavi planı gibi yaklaşımlarla son yıllarda kanser tedavisinde önemli yol kat edilmiştir. Fakat tümör dokusu heterojendir; bağışıklık sistemi hücreleri, bağ doku hücreleri, kanser hücreleri vb. çok farklı hücre tiplerini içinde barındırır. Bu heterojen tümör dokusunu kanser kök hücresi adı verilen, bölünme yeteneğine sahip hücrelerin meydana getirdiği düşünülmektedir. Bu teoriye kanser kök hücre teorisi denir. Günümüzde kanser kök hücrelerinin tespitinde kullanılan evrensel bir belirteç yoktur; belirteçler kişiden kişiye ve kanser bazında değişiklik gösterir. Bundan yola çıkarak, bu tezde kanserin tedavisi için evrensel belirteç veya belirteçlerin bulunması hedeflenmiştir. Yeni belirteç bulmak için biyoinformatik araçlardan faydalanılacaktır. Her hücrenin gen ifade profiline tek tek ulaşmayı sağlayan Tek Hücre RNA Dizilimi analizi, çok büyük verilerin analizini hızlı bir şekilde yapabilen çok güçlü bir biyoinformatik araçtır. Tek Hücre RNA Dizilimi analizi yapılarak heterojen hücre topluluğu içinden kanser kök hücrelerini saptayıp, yeni aday belirteçler bulunacaktır. Belirlenen aday belirteçler karaciğer kanser hücre hatları ile fibrotik karaciğer hücre hattında karşılaştırılarak valide edilecektir.

Abstract:
Liver cancer is the third most deadly cancer type in the world according to the study done in 2020. In recent years, significant progress has been made in cancer treatment with approaches like personalized medicine, which is planned according to the patient, not the type of cancer. However, tumor tissue is heterogenous: it contains various cell types like immune system cells, connective tissue cells, cancer cells, etc.  According to the cancer stem cell theory, this heterogeneous tumor tissue is formed by cells with the ability to divide, called cancer stem cells. Currently, there are no universal marker used for the detection of cancer stem cells; the markers vary from person to person and on the type of cancer. So, in this thesis, it is aimed to find a universal marker or markers for the treatment of cancer. Bioinformatic tools will be used to find new markers. Single Cell RNA Sequencing analysis, which provides access to the gene expression profile of each cell individually, is a powerful bioinformatics tool that can quickly analyze large data. By performing Single Cell RNA Sequencing analysis, cancer stem cells will be detected from the heterogeneous cell population and new candidate markers will be identified. Following the identification, gene expression levels of these candidate markers will be validated by comparing them in liver cancer cell lines and fibrotic liver cell line.