ALL ve KML''li hastalarda BCR ve ABL genlerindeki mutasyonların incelenmesi
Investigation of Mutations in ABL and BCR Gene in BCR/ABL Transcript of Patients with ALL and CML
Yazar: VASFİYE BETÜL KOCABIYIK
Danışman: PROF. DR. HASAN ACAR
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Genler = Genes ; Lösemi-miyeloid-kronik-BCR-ABL pozitif = Leukemia-myelogenous-chronic-BCR-ABL positive ; Mutasyon = Mutation ; Philadelphia kromozomu = Philadelphia chromosome ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma = Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma

Özet:
KML (Kronik Miyeloid Lösemi), Ph kromozomu ve BCR/ABL füzyon geninin bulunmasıylakarakterize bir lösemi tipidir. Bu anomali ALL (Akut Lenfoblastik Lösemi)'li çocuklarda dagözlenmektedir. BCR/ABL füzyon geni, kromozom 9 ile 22 arasında karşılıklı translokasyon sonucuoluşmaktadır. ABL ve BCR genleri üzerindeki kırılma noktası değişebilmektedir. Bu nedenle değişikmoleküler kütlelere sahip füzyon protein kinaz ürünleri meydana gelmektedir.Hastalarda BCR/ABL gen füzyonunun yanı sıra ABL ve BCR genlerinde farklı yapıda büyükdelesyonlar ve mutasyonlar rapor edilmiştir. Bu delesyonların, hastanın prognozu ile ilişkili olduğugösterilmiştir. Bu genler üzerindeki mutasyon tiplerinin de belirlenmesi, tanı sonrası tedavi ve tedavitakibinde, tedaviye yanıt için önemlidir. KML ve ALL'li hastalarda direncin erken dönemdetanımlanması ve optimal tedavi şeklinin belirlenmesi açısından önemi bilinmektedir.Bu çalışmada, t(9;22) translokasyonu mevcut, sitogenetik ve/veya BCR/ABL füzyon analiziiçin fluoresan ın situ hibridizasyon (FISH) sonuçları olan 67 hastanın PZR-RFLP metoduylaBCR/ABL füzyon genindeki mutasyonlar analiz edilmiştir. Pozitif kontrol olarak Philadephia (+) hücrehattı K562, negatif kontrol olarak da Burkitt Lenfoma hastalarından elde edilen Philadephia (-) hücrehattı olan Raji kullanılmıştır. Nokta mutasyon analizi için vakaların kan ve/veya kemik iliğiörneklerinden izole edilen BCR/ABL füzyon RNA'sı üzerinde toplam 5 mutasyon incelenmiştir. 67hastadan 14'ünde mutasyon tespit edilmiştir. Bunlar; 7 hastada F317L, 3 hastada F311I, 2 hastadaM351T, 1 hastada T315I ve 3 hastada da F359V mutasyonlarıdır. Bununla birlikte iki hastanın birindeM351T ve F317L mutasyonu, diğerinde ise T315I ve F317L mutasyonları tespit edilmiştir. İlaçlaradirencin moleküler temelinin anlaşılabilmesi için özellikle BCR ve ABL genlerindeki mutasyonlarındaha ayrıntılı ve geniş populasyonlarda araştırılması gerekmektedir. Sonuç olarak, en uygun tedavişeklinin belirlenmesi açısından, KML ve ALL'li hastalarda mutasyon tipinin belirlenmesiyle,mutasyona uygun tedavi şeklinin planlanmasına katkı sağlanacağı düşünülmektedir.Anahtar Sözcükler: Lösemi; KML ve ALL; BCR/ABL; Philadephia kromozomu; PZR-RFLP

Abstract:
Investigation of Mutations in ABL and BCR Gene in BCR/ABL Transcript ofPatients with ALL and CMLChronic Myelogenous Leukemia (CML) is characterized as a presence of the BCR/ABL genefusion or Ph chromosome. This abnormality also can be seen in children with acute lymphoblasticleukemia (ALL). The BCR/ABL fusion gene is a result of reciprocal translocation betweenchromosomes 9 and 22. The break points can be changed on BCR and ABL genes. Therefore, theproducts of fusion gene are different molecular weights.Different size deletions, mutations are seen in ABL and BCR genes along with the presence ofthe BCR/ABL fusion gene. These deletions are associated with patient's prognosis. Determination ofcertain mutations in these genes is considered as a indicator for diagnosis, treatment and follow uptreatment response. To acquisition optimum treatment manners, considering to porminence of earlyidentification of resistance in CML patients, accurate determining of the mutation types is useful forapply a reasonable treatment.In this study, 67 patients with t(9; 22) translocation and BCR/ABL fusion gene mutations wasanalized by using PCR-RFLP technique. Cell line K562 and cell line Raji (Burkitt Lymphoma) wereused for Philadelphia positive and negative controls, respectively. RNA was isolated from peripheralblood or bone marrow samples of patients with either CML or ALL. A total five mutations wereexamined on BCR/ABL transcript by using PCR-RFLP technique. These mutations are F317L, F311I,M351T, T315I and F359V. Fourteen of 67 patients showed these mutations either alone or along withother mutations. This mutations include F317L in 7 patients, F311I in 3 patients, M351T in 2patients, T315I in one patient and F359V mutations in 3 patients and also M351T and F317L in onepatient, T315I and F317L in the other patient.As a conclusion, in order to determine the best treatment protocol, the mutation types onBCR/ABL transcript is very important. This may help suitable treatment protocol for both classic andnew generation tyrosine kinase inhibitors, treatment, follow up the patients with BCR/ABL positivepatients during the therapy.Key Words: Leukemia; CML and ALL; BCR/ABL; Philadephia chromosome; PCR-RFLP