Benzodiazepinon (TIBO) bileşiklerinin HIV-1 inhibitörü olarak CoMCET yöntemi ile 3D-QSAR incelenmesi
QSAR studies with CoMCET method on benzodiazepinone (TIBO) compounds as HIV-1 inhibitors
Yazar: TÜLAY HIZCAN
Danışman: PROF.DR. EMİN SARIPINAR
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2005
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology ; Kimya = Chemistry

Özet:
iiiBENZOD AZEP NON (TIBO) B LEŞ KLER N N HIV-1 NH B TÖRÜOLARAK CoMCET YÖNTEM LE 3D-QSAR NCELEMESTülay HIZCANErciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri EnstitüsüYüksek Lisans Tezi, Ağustos 2005Tez Danışmanı: Prof. Dr. Emin SARIPINARÖZETTIBO veya (Tetrahidroimidazo[4,5,1-jk][1,4]benzodiazepinon) bileşiklerinin birserisinin ?Karşılaştırmalı Moleküler Konformerlerin Elektron Topolojik -CoMCET?metot ile kantitatif aktivite tahmini yapılmıştır. Bu metodun temel özelliği, aktiviteninFarmakofor (Pha) grubu ile açıklanmasına ek olarak, atomik elektronik özelliklerin birseti şeklinde özel bir geometride molekülleri üst üste çakıştırması ve üç boyutlu yapı-aktivite ilişkisini açıklamasıdır. Bu metot, Pha ve aktiviteyi artıran AG ve aktiviteyiazaltan APS gruplarının parametrelerinin bir fonksiyonu olarak kantitatif aktivitetahminine izin verir ve moleküllerin aktivitelerini tahmin etmek kadar, onların biyolojiketkileşim modellerinin anlaşılmasında da önemli bir ilerleme sağlar. Bu çalışmadakonformasyonel analiz, elektronik yapı hesaplamaları ve matriks karşılaştırması TIBOtürevlerinin 108 tanesi için yapılmıştır. Bu bileşik serileri iki kısımda incelendi. lkbileşik serisinde 70 bileşiğin 65' inin aktif, 5' inin inaktif olduğu, ikinci bileşik serisindeise 38 bileşiğin hepsinin aktif olduğu belirlenmiştir. TIBO bileşik serisi için Phahesaplanmış ve her iki seri içinde farmakoforun üç atomdan oluştuğu belirlenmiştir.TIBO' nun ilk bileşik serisinde C1-C3-C5 ve ikinci bileşik serisinde ise N1-N2-C3atomları Pha olarak bulunmuştur. TIBO' nun birinci bileşik serisi için N2, N3, C11, O1ve C13 atomları aktiviteyi artıran AG grupları ve C15 atomu ise aktiviteyi azaltan APSgrup olarak belirlenmiştir. TIBO' nun ikinci bileşik serisi için C7, C1, C15 ve N4atomları aktiviteyi artıran AG grupları olarak belirlenmiştir.laç tasarımı, farmakofor, Auxilary Group (AG), AntiAnahtar Kelimeler:Pharmacophere Shielding Group (APS), QSAR, elektron konformasyonel metot.

Abstract:
ivQSAR STUDIES WITH CoMCET METHOD ONBENZOD AZEP NONE (TIBO) COMPOUNDS AS HIV-1 INHIBITORSTülay HIZCANErciyes University, Graduate School of Natural and Applied SciencesM.Sc. Thesis, August 2005Thesis Supervisor: Professor Emin SARIPINARABSTRACTQuantitative activity prediction for a series of TIBO or (Tetrahidroimidazo[4,5,1-jk][1,4]benzodiazepinon) derivatives are revealed by ?Comperative MolecularConformational Electronic Topological Method? CoMCET method. The main featuresof this method is that in addition to revealing the activity by Pha groups, explainsactivity as set of atomic electronic features, superimposing in a special geometry andexplains to 3D structure-activity relationship. This method allows for prediction of theparameters of the Pha, APS groups that decrease the activity and AG groups thatincrease the activity and offers a significant advance both in the understanding themodel of biological interaction of the molecule and in the predicting its activity. In thisstudy conformational analysis, electronic structure calculations and matrix comparisonsare performed for the 108 TIBO derivatives. These compound series are examined intwo. It was determined that 65 of the 70 compounds series in the first series are activeand 5 are inactive , all of the 38 compounds series in the second series are active. Pha isevaluated for series TIBO and it is determined that 3 atoms compose Pha in both ofthese series. In the first series of TIBO, C1-C3-C5 atoms and in the second series ofTIBO N1-N2-C3 atoms are determined as Pha. N2, N3, C11, O1 and C13 atoms aredetermined as AG groups that increase the activity and C15 atom is determined as APSgroup that decrease the activity for the first series of TIBO. For the second series ofTIBO C7, C1, C15 and N4 atoms are determined as AG groups.Keywords: Drug Design, Pharmacophere, Auxilary Group, Anti PharmacophereShielding Group, QSAR, electron conformational method.