Köpeklerde koagülaz pozitif stafilokokların nazal kolonizasyonu ve metisilin direncinin araştırılması
Nasal colonization of coagulase positive staphylococci and investigation of methicillin resistance in dogs
Yazar: TUĞÇE COŞGUN
Danışman: PROF. DR. SERKAN İKİZ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Burun = Nose ; Genler = Genes ; Koagülaz = Coagulase ; Köpekler = Dogs ; Metisilin = Methicillin ; Nazal mukoza = Nasal mucosa ; Staphylococcus = Staphylococcus ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Bu çalışmada, nazal sıvap örneklerinde koagülaz pozitif stafilokokların varlığı, oranı ve tür dağılımının saptanması ile fenotipik olarak metisilin direnci ve genotipik incelemeler sonucu mecA ve mecC gen varlığının ve prevalansının araştırılması amaçlanmıştır.
     Bu amaçla çalışmaya alınan 200 adet köpeğe ait nazal sıvap örneklerinden 21 (%10,5) adedinde koagülaz pozitif stafilokoklar (KPS) izole edilmiştir.  BD Phoenix otomatize sistemi (BD Diagnostic Instrument Systems, ABD) kullanılarak, 7 tanesi (%33,3) S. aureus, 14 tanesi (%66,6) S. intermedius grup (SIG) olmak üzere 21 koagülaz pozitif stafilokok izolatı tanımlanmıştır.
     İzolatlardan elde edilen DNA'lar kullanılarak, m-PCR yöntemi ile S. intermedius ve S. pseudintermedius izolatlarının identifikasyonu tamamlandı.  Toplamda, 14 S. intermedius grup (SIG) üyesinin 14 tanesi (%100) de S. pseudintermedius olarak identifiye edildi.
   Söz konusu izolatların, fenotipik metisilin direnç profilinin ortaya çıkarılması açısından disk difüzyon yöntemi kullanılarak MHA üzerindeki zon çapları belirlendi.  Toplamda, 8 farklı klinik ve barınaktaki 200 köpekten izole edilen 21 koagülaz pozitif stafilokoktan 16 tanesinde (%76,19) fenotipik metisilin direnci gözlemlendi.
      Genotipik metisilin direncinin saptanması amacıyla Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemiyle metisilin direnci sağlayan mecA ve mecC geni varlığı araştırıldı. Toplam 21 izolatın 8 tanesinde (%38,09) mecA geni saptandı. Fenotipik metisilin direnci gösteren izolatlar dahil olmak üzere çalışılan örneklerin hiçbirinde mecC genine rastlanmadı. 
     Gerek koagülaz pozitif stafilokokların varlığının gerekse mecA gen varlığının yaş, cinsiyet ve son bir yıl içinde antibiyotik kullanımı ile istatistiksel olarak ilişkili olmadığı saptandı. (p>0,05) Ayrıca KPS ve mecA pozitif izolatların alındığı kaynaklara göre değerlendirildi. İzolatların barınaklardan ya da kliniklerden elde edilme durumlarının çalışmamız açısından bir önem taşımadığı belirlendi (p>0,05).

Abstract:
The aim of this study was to determine the presence, prevalence and distribution of coagulase positive staphylococci in nasal swab specimens and to investigate the presence and prevalence of mecA and mecC genes by phenotypic resistance to methicillin resistance and genotypic studies.
     For this purpose, coagulase positive staphylococci (KPS) were isolated from 21 (10.5%) nasal swab samples of 200 dogs included in the study. A total of 21 coagulase positive staphylococci isolates were identified, 7 (33.3%) S. aureus and 14 (66.6%) S. intermedius group (SIG) using the BD Phoenix automated system (BD Diagnostic Instrument Systems, USA).
     Identification of S. intermedius and S. pseudintermedius isolates was completed by m-PCR using DNA obtained from the isolates. In total, 14 (100%) of 14 S. intermedius group (SIG) members were identified as S. pseudintermedius.
   Zone diameters on MHA were determined by disc diffusion method to determine phenotypic methicillin resistance profile of these isolates. In total, phenotypic methicillin resistance was observed in 16 (76.19%) of 21 coagulase positive staphylococci isolated from 200 dogs in 8 different clinics and shelters.
      In order to determine genotypic methicillin resistance, the presence of mecA and mecC gene that provides methicillin resistance was investigated by Multiplex Polymerase Chain Reaction method. MecA gene was detected in 8 (38.09%) of 21 isolates. No mecC gene was found in any of the samples studied, including phenotypic methicillin-resistant isolates.
     The presence of coagulase positive staphylococci and mecA gene were not found to be statistically correlated with age, sex and antibiotic use in the last year. (p> 0.05) In addition, KPS and mecA positive isolates were evaluated according to the sources. It was determined that isolates obtained from shelters or clinics were not important for our study (p> 0.05).