Ege Bölgesi doğal defne populasyonunda genetik farklılıkların belirlenmesi
Identification of genetic diversity in natural daphne population in the Aegean Region
Yazar: ŞEBNEM KAVAKLI
Danışman: PROF. DR. SERRA HEPAKSOY
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Defne = Laurel ; Genetik uzaklık = Genetic distance ; Laurus nobilis = Laurus nobilis ; RAPD-PCR = RAPD-PCR

Özet:
Bu çalışmada Dilek Yarımadası, Urla ve Karaburun bölgelerinde bulunan doğal defne popülasyonlarından seçilen 54 defne tipinin genetik farklılıkları RAPD moleküler yöntemiyle belirlenmiştir.İlkbahar başlangıcında defne tiplerinden yaprak örnekleri alınmış DNA izolasyonu, PCR-RAPD uygulamaları ve agaroz jel elektroforezi yapılmıştır.Jellerdeki DNA bantları görüntülenerek elde edilen sonuçlar değerlendirilmiştir.Defne tiplerinin polimorfizmi 27 RAPD primeri kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. OPC-02 en başarılı primer olmuştur. Bu primer tüm defne tiplerinde 1-10 arasında polimorfik bant vermiştir. Ayrıca, OPA-04 (1-7 polimorfik bant), OPA-12 (1-6 polimorfik bant), OPB-02 (1-7 polimorfik bant), OPC-10 (1-6polimorfik bant) ve OPE-02 (1-7 polimorfik bant) primerleri de çalışmanın diğer başarılı primerleridir. OPA-01, OPA-07, OPB-06, OPB-08, OPB-11 primerleri polimorfizmi belirleyememiştir. Bu nedenle, bu primerler değerlendirmeye alınmamıştır. OPE-10 primeri en az polimorfik bantı (1 bant) gösteren primerolmuştur.En düşük genetik uzaklık 83 ve 11, 84 ve 11 numaralı tiplerde 0.062 değeriyle bulunmuştur. En yüksek genetik uzaklık ise 59 ve 60 numaralı tiplerde 0.972 olarak hesaplanmıştır. Çalışmadaki 83 ve 84 numaralı tiplerin birbirininaynısı olduğu görülmüştür.Yapılan bu çalışmayla RAPD markörlerinin defne tiplerindeki farklılıkların belirlenmesinde kullanılabileceği anlaşılmıştır. Gelecekte defne tiplerinde yapılacak moleküler çalışmalarda RAPD markörleri ile elde edilen sonuçlar AFLP, SSR gibi diğer moleküler markör çalışmalarıyla desteklenebilir.

Abstract:
In this study, 54 natural daphne types, which were selected from Dilek Peninsula, Urla and Karaburun regions, is to determine the type of genetic differences by RAPD molecular method.Leaf samples types of the daphne were taken at the beginning of spring.DNA isolation, PCR-RAPD applications and gel electrophoresis were made at these examples. DNA gel bands were imaged and the results were evaluated.Polymorphism of the daphne types were determined by using 27 RAPD primers. OPC-02 was the most successful primer. This primer worked in all types of daphne types and it has 1-10 polymorphic bands. In addition, OPA-04 (1-7 polymorphic bants), OPA-12 (1-6 polymorphic bants), OPB-02 (1-7 polymorphic bants), OPC-10 (1-6 polymorphic bants) and OPE-02 (1-7 polymorphic bants)were the other primers that have been successful in the study. OPA-01, OPA-07,OPB-06, OPB-08, OPB-11 primers were not identified polymorphism. Therefore, these primers were not assessed. OPE-10 primer showed at least (1 bant)poylmorphic band.The lowest genetic distance 83 and 11, 84 and 11 types. This value was 0.062. The highest genetic distance between 59 and 60 was calculated as 0.972. Types 83 and 84 were numbered are identical in the study.It is understood with this study that RAPD markers can be used to determine differences in types of daphne. RAPD molecular markers can be supported as well as other molecular markers such as AFLP, SSR in daphne types in studies done inthe future.