VDR (vitamin D reseptör) gen polimorfizmlerinin vitiligo'ya yatkınlıktaki rolünün ve vitiligolu hastalarda VDR ekpresyonunun araştırılması
Investigation of the VDR (vitamin D receptor) gene polymorphisms with the role of vitiligo susceptibility and analysis of the expression of VDR with vitiligo patients
Yazar: GÜLÇİN ITIRLI ASLAN
Danışman: PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA ; Ekspresyon = Expression ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; RNA = RNA ; Vitiligo = Vitiligo

Özet:
Vitiligo, deride melanositlerin azlığı ya da yokluğu ile seyreden, etiyopatogenezi henüz tam aydınlatılamamış olan bir pigmentasyon hastalığıdır.Bu çalışmada, Vitamin D Reseptör (VDR) genindeki BsmI, ApaI, TaqI, Cdx2, FokI polimorfizmlerinin vitiligo ile ilişkisini ve 11 hastanın lezyonlu ve lezyonsuz bölgelerinden alınan deri biyopsi örneklerinde VDR geninin ekpresyon farklılıklarının araştırılması amaçlandı. Vitiligo vulgaris tanısı konan 110 hasta (55 erkek, 55 kadın) ile yaş ve cinsiyet uyumlu 100 sağlıklı kontrol alındı. VDR geninde Cdx2, Fok I, Bsm I, Apa I ve Taq I polimorfizmleriyle ilgili bölgeler Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile çoğaltıldıktan sonra VDR genotiplemesi Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ile yapıldı. Hastaların deri biyopsi örneklerine ait ekspresyon analizleri Taq Man Protokolüne uygun olarak Roche'un LightCycler cihazıyla yapıldı.Tüm istatistiksel analizler SPSS 15.0 istatistik paket programında gerçekleştirildi.Apa I polimorfizmi için AA genotipi, hasta grubunda kontrol grubuna göre anlamlı oranda yüksek bulundu (p=0.004). Fok I polimorfizmi için ff genotipi, hastalarda kontrollerden 11 kat daha yüksek ve istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p=0.002). AABbTt fenotipi hasta grubunda kontrollere oranla 3 kat anlamlı yüksek saptandı (p=0.022). Deri biyopsi örnekleri arasındaki ekspresyon analizleri karşılaştırıldığında ise, lezyonlu bölgede VDR geninin ekspresyonu daha düşük görülmesine karşın anlamlı bir fark bulunamadı (p=0.632).Vitiligo etiyolojisinde otoimmunite bulunan, multigenik ve multifaktöriyel bir hastalık olduğu bir çok yayında bildirilmiştir. Bu nedenle vitiligo ile ilişkilendirilen genlerin immun sistem ve pigmentasyon ile yakından ilişkili olabileceği vurgulanmıştır. Bu çalışmada, bu hipotezlerden yola çıkarak VDR geni, bu gendeki polimorfizmler ve ekspresyon farklılılarının gösterilmesi amaçlandı. Sonuç olarak VDR geni ApaI ve FokI polimorfizminin Türk popülasyonu için vitiligo ile ilişkili olabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Vitamin D receptor gene polymorphisms have been noted in autoimmune diseases.To determine BsmI, ApaI, TaqI, Cdx2, FokI polymorphisms on VDR gene in vitiligo patients and VDR gene expressions on lesional and nonlesional skin biopsy specimens.A total of 110 patients (55 female, 55 male) with vitiligo and, age and sex matched 100 controls (45 female, 55 male) were included in the study. Genomic DNA was extracted from peripheral blood leucocytes. Cdx2, Fok I, Bsm I, Apa I and Taq I polymorphisms in VDR gene were amplified with using Polymerase Chain Reaction (PCR) .VDR genotyping was performed with Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). Expression analysis of skin biopsy samples of patients was made according to a standard Roche LightCycler protocol in Taq Man device. All statistical analysis was performed using SPSS 15.0 statistical package program.AA genotype for Apa I polymorphism was significantly higher in patients group than that is found in control group (p=0.004). ff genotype for Fok I polymorphism and AABbTt genotype were significantly higher in patients than controls (p=0.002, p=0.022 respectively). In skin biopsy examination, VDR gene expression was lower in lesional skin than that is found nonlesional skin, but it was not statistically significant (p=0.632)Vitiligo is a multigenic and multifactorial disease in which autoimmunity in the etiology has been blamed in many reported publications. Therefore, genes associated with vitiligo may be closely linked with the immune system and pigmentation is emphasized. In this study, the VDR gene polymorphisms and expression differences has been studied based on these hypothesis. In conclusion, VDR gene polymorphisms ApaI, and FokI for the Turkish population is thought to be associated with vitiligo.