Tomato chlorosis virus (ToCV) izolatlarının örtü protein gen bölgesinin moleküler olarak belirlenmesi
Molecular analysis of coat protein region of Tomato chlorosis virus isolates
Yazar: SALİSU SULLEY
Danışman: Prof. Dr. İBRAHİM ÖZER ELİBÜYÜK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Domates kloroz virüsü (Tomato chlorosis virus, ToCV) Closteroviridae familyasına ait Crinivirus cinsinden özellikle domateslerde önemli zararlara yol açan bir virüstür. Bu virüs doğada beyazsineklerle taşınmaktadır. Bu çalışma ile Antalya'nın beş farklı bölgesinden izole edilen ToCV'nin kılıf protein geninin ilk tam sekansı ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Virüs RNA'sı PureLink® RNA Mini Kit kullanılarak enfekteli domates bitkilerinden izole edilmiş ve saflaştırılmıştır. Virüsün kısmi RNA2 genomu (1163 bp) ile tüm kılıf protein genini (774 bp) dizilemek için ToCV'ye özgü primerler tasarlanmıştır. Kılıf protein familyasının analizi ToCV kılıf proteininin Closter_coat protein superfamily' ye (closter kılıf protein süperailesi) dahil olduğunu göstermiştir. Antalya'dan izole edilen beş ToCV izolatının kılıf protein dizilemesi bu bölgenin oldukça korunmuş olduğunu göstermiştir; Merkez ve Serik izolatlarının aminoasit sekansı % 100 benzer olarak bulunmuştur. Diğer ülke izolatları ile ToCV-Türkiye'nin sekans analizleri bizim izolatlarımızın Yunan izolatı ile büyük bir benzerlik gösterdiğini (% 99.22) göstermiş ve Neighbor Joining algoritması kullanılarak filogenetik ağaçta bir küme oluşturulmuştur. Filogenetik analiz ToCV'nin Crinivirus cinsinden bir virüs olduğunu tastiklemiş ve Tatlı patates klororotik cücelik virüsü'ne  (Sweet potato chlorotic stunt virus, SPCSV) çok benzer olduğunu da ortaya koymuştur. Gelecekte yapılacak tüm genom analizi bizim izolatlarımız ile diğer ülke izolatlarının ilişkisini daha açık bir biçimde tanımlayacak ve genomik organizasyonunu da daha net değerlendirme olanağı verecektir.

Abstract:
Tomato chlorosis virus (ToCV), belonging to the genus Crinivirus, family Closteroviridae, causes important diseases especially in tomato. ToCV is naturally transmitted by whiteflies. In this study, we report the first complete sequence and characterisation of the coat protein coding gene of tomato chlorosis virus from five different regions in Antalya. The virus RNA was isolated and purified from infected tomato plants on the field using PureLink® RNA Mini Kit. ToCV specific primers were designed to sequence the partial RNA 2 genome (1163 bp) of the virus which included the full coat protein gene (774 bp). Analysis of the coat protein family confirmed that ToCV coat protein belongs to the Closter coat protein super family. The coat protein sequence of the five isolates from Turkey proved to be highly conserved such that the amino acid sequence of Merkez and Serik isolates were found to be 100 percent similar. Sequence analyses of ToCV-Turkey with other isolates revealed the greatest identity with Greek isolate (99.22%), forming a cluster in the phylogenetic tree using the neighbour joining algorithm. Phylogenetic analysis confirmed assignment of ToCV in the genus Crinivirus, being most similar to Sweet potato chlorotic stunt virus (SPCSV). Future studies on the complete genome will define more clearly it's the relatedness and genomic organisation to assess more definitively its relationship.