Escherichia coli O157:H7 ve Salmonella spp. türlerinin gıdalardan izolasyonlarının geliştirilmesi
Improvement of  Escherichia coli O157: H7 and Salmonella spp. isolation from food samples
Yazar: SEVDA TERZİ
Danışman: PROF. DR. ECE ŞEN
Trakya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteri izolasyonu = Bacterial isolation ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Patojenler = Pathogens ; Salmonella = Salmonella

Özet:
Gıdalarda Tarım, Gıda ve Hayvancılık Bakanlığı'nın kuralları doğrultusunda Escherichia coli O157:H7(E.coliO157:H7) ve Salmonella ssp. türleri saptanmaktadır. E.coli O157:H7 serotipi günümüzde en tehlikeli gıda kaynaklı patojenler içinde yer almaktadır. Gıdalarda E.coliO157:H7 ve Salmonella ssp. Türlerinin izolasyonu klasik metod (ISO 16654, ISO 6579-1)ile yapılmaktadır. 
   Bu çalışmanın amacı gıda örneklerinden E.coli O157:H7 ve Salmonella ssp. bakterilerinin izolasyonlarını geliştirmektir. E.coliO157:H7 için gıdalardan x gr veya x ml örnek alınır, 9 x gr veya 9 x ml Modified Tryptone Soya Broth with Novobiocin(MTSB+N) süspansiyonunda 41,5°C' de 6 saat ve daha sonra 12 - 18 saat (18 saat ile 24 saati geçmeyecek şekilde) inkübe edilir. İnkübasyon sonrası Immunomagnetic Separation(IMS) yapılır. IMS, 6 saat sonrası ve gerekirse 12 -18 saat daha inkübe edildikten sonra da gerçekleştirilir. IMS sonrası 50µl süspansiyondan alınır, cefixime tellurite sorbitol MacConkey Agara(CT-SMAC) ekim yapılır. CT-SMAC 37°C' de 18-24 saat inkübe edilir. Gıda örneklerinden Salmonella spp. izolasyonu için x gr veya x ml örnek alınır, 9 x gr veya 9 x ml oranında Buffer Pepton Water(BPW) besiyeri ile homojenize edilerek 34-38oC arasında 18 ± 2 saat inkübe edilir. Bu sürenin sonunda 0,1 ml Rappaport-Vassiliadis Medium with Soya(RVSbroth) ve 1 ml Muller-Kauffmann tetrathionate-novobiocin Broth(MKTTn) sıvı besiyerlerine ekimi yapılarak 41,5°C' de ve 37°C' de 24±3 saat inkübe edilir. İnkübasyon sonrası Xylose Lysine Deoxycholate(XLD) ve ikinci bir seçici besiyerine ekimleri gerçekleştirilir ve 24±3 saat inkübe edilir. Şüpheli koloniler doğrulamaya tabi tutulur. Bu çalışmada klasik yönteminin yanı sıra E.coli O157:H7 ve Salmonella ssp. türlerinin izolasyonunu geliştirmek için %0,5'lik NaCl kullanılarak hazırlanan 1N Hidroklorik asit(HCl) çözeltisi dilüsyonları test edilecektir. HCl asit çözeltisi dilüsyonları(1/2, ¼, 1/8, 1/10) hazırlanarak gıda örnekleri her bir dilüsyonda 30 sn. ve 1 dk. bekletilecektir. Gıda örnekleri kontrolü Posphat Buffered Saline(PBS) 'da 30 sn. ve 1 dk. bekletilerek uygulanacaktır.
   Çalışmanın sonuçları klasik metod ile karşılaştırılarak değerlendirilecektir. HCl asit çözeltilerinde bekletilen gıda örnekleri aynı klasik metodlarında olduğu gibi zenginleştirme aşamaları uygulanıp ve uygulanmadan E.coli O157:H7 izolasyonu için immünomanyetik seperasyon yapılıp seçici izolasyon besiyerlerine (CT-SMAC), Salmonella ssp. izolasyonu için çözeltide bekletilmeden ve bekletilip seçici izolasyon besiyerlerine (XLD/ikinci izolasyon besiyeri) ekim yapılacaktır. Şüpheli kolonilerin doğrulamaları daha sonra gerçekleştirilecektir. Böylelikle bu patojen bakterilerin izolasyonu geliştirilerek doğru sonuçlar elde edilmesi sağlanacaktır.

Abstract:
Escherichia coli O157: H7 (E.coli O157: H7) and Salmonella ssp. are identifiedin accordance with therules of the Ministry of Agriculture, Food and Livestock. E.coli O157:H7 serotype is now among the most dangerous food borne pathogens. E.coli O157: H7 and Salmonella ssp. isolations are carried out by the classical method(ISO 16654, ISO 6579-1). 
   The aim of this study is to improve the isolation of E.coli O157:H7 and Salmonella ssp. from food samples. A sample of 1: 9 from E.coli O157: H7 is obtained. Modified Tryptone Soy Broth with Novobiocin (MTSB + N) suspension will be incubated at 41.5°C for 6 hours and then for 12-18 hours (not exceeding 18 hoursto 24 hours). Immunomagnetic Separation (IMS) will be performed after incubation. IMS will be performed after 6 hours and, if necessary, 12 to 18 hours post incubation. After IMS, 50 μL suspension will be taken cefixime tellurite sorbitol MacConkey Agara (CT-SMAC). CT-SMAC will be incubated at 37 ° C for 18 h to 24 h. For Salmonella ssp.  isolation,samples will be homogenized with 1: 9 Buffer Peptone Water(BPW) medium and incubated at 34 ° C -38 ° C for 18 ± 2 hours. At the end of this cycle, 0.1ml of Rappaport-Vassiliadis Medium with Soya (RVS broth) and 1ml of Muller-Kauffmann tetrathionate-novobiocin broth(MKTTn) will be added to the liquid medium at 41.5°C and 24±3 hours at 37°C and will be incubated. After incubation, Xylose Lysine Deoxycholate(XLD) will be seeded on a second selective medium and allowed to incubate for 24 hours ± 3 hours. Suspicious columns will be subject to verification. In this study, in addition to the classical method, E.coli O157:H7 and Salmonella ssp. will be isolated by 1N Hydrochloric acid(HCl) solutionusing 0.5% NaCl to improve the isolation of these species. HCl acid solution dilutions (1/2, 1/4, 1/8, 1/10) will be prepared and food samples will be held for 30 seconds and 1 minute in each dilution. The food samples will be kept in Posphat Buffer Saline(PBS) for 30 seconds and 1 minute. 
   The results of the study will be compared with the classical method. Food samples incubated in HCl acid solutions were subjected to seperation for E.coli O157:H7 as in the same classical method and selective solid medium will be used. Salmonella spp. will be stored in the solution and seeded on selective solid media. Verification of suspicious colonies will be done to confirm our results. Therefore, isolation of these pathogenic bacteria from food samples will be improved.