Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürü örneklerinden izole edilen mikroorganizmaların identifikasyonu, antibiyotik duyarlılıkları ve ESBL direnç durumunun araştırılması
Identification, antibiotic susceptibility and investigation of ESBL resistance of microorganisms isolated from blood culture samples of inpatients in intensive care units
Yazar: OSMAN ORUÇ
Danışman: PROF. DR. ASHABİL AYGAN
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada, günümüzde kullanılan antibiyotik ajanlara karşı direnç profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Ocak-Aralık 2015 tarihleri arasında Kahramanmaraş Necip Fazıl Şehir Hastanesi yoğun bakım ünitelerinden gelen kan örneklerinin mikrobiyoloji laboratuvarında izolasyonları gerçekleştirilmiştir. İzolatların identifikasyon ve antibiyotik duyarlılıkları; kültür morfolojisi, mikroskobi ve biyokimyasal testler ile tam otomatize VİTEK 2 ID-AST Card (bioMerieux. France) cihazında gerçekleştirilmiştir. 161'i gram-pozitif, 104'ü gram-negatif olmak üzere toplamda  265 bakteri izolatı elde edilmiştir.
Gram-negatif izolatlardan Pseudomonas spp. suşlarının sefalosporin grubu ajanlara ortalama direnci %81, penisilin grubuna %80, karbapenem grubuna %61 ve aminoglikozid grubuna %54 olarak saptanmış, kolistin direncine rastlanmamıştır. E. coli suşlarının direnç profili ise sefalosporinlere %70, penisilinlere %72, aminoglikozidlere %40 ve kinolon grubuna %57 olarak saptanmış, kolistin'e direnç görülmemiştir. A. baumannii suşunda bu oranlar sefalosporin grubuna %99,2, karbapenem grubuna %98, penisilin grubuna %97 ve aminoglikozidlere %83 olarak gözlenmiş, kolistin direnci ise saptanmamıştır. Klebsiella spp. suşlarında sefalosporin grubu direnci %76, penisilin grubu direnci %75, aminoglikozidlere %31 ve kinolonlara %24 oranında saptanmış, kolistin duyarlılığı ise %90 olarak gözlemlenmiştir. Son olarak S.malthophilia suşları çalışılan levofloksasin ajanına %100, SXT ajanına ise %73 oranında duyarlılık göstermiştir. 
Gram-pozitif izolatlardan KNS (Koagulaz Negatif Stafilokok) suşları ise penisilin grubuna %95, florokinolon grubuna %66, eritromisin'e %88, tetrasiklin'e %73, clindamisin'e %70, gentamisin'e %53 oranında direnç göstrirken; tigesikline'e %100, glikopeptid grubuna %89 ve linezolid'e %91 orarında duyarlı olduğu saptanmıştır. S. aureus suşlarında ise penisilin grubuna %77 oranında direnç saptanırken; tigesiklin, glikopeptid ve aminoglikozid gruplarına %100, linezolid'e %91, florokinolonlara %83, tetrasiklin'e %73, clindamisin'e %69 ve eritromisin'e %62 oranında duyarlılık rapor edilmiştir.
İzolatlar arasından seçilen bazı çoklu ilaç direnci (MDR) gösteren suşlar ile günümüzde kullanılan antibiyotiklere alternatif olabilecek bitkisel ekstraktların in-vitro antimikrobiyal denemeleri gerçekleştirilmiştir.
Soxhlet cihazında etanol ile ekstraksiyon yönteminde elde edilen bitki ekstresinin antimikrobiyal etkinliğinde E. coli suşuna 0.25 mg/ml dilüsyonda 16 mm ve 1 mg/ml dilüsyonda 19 mm, K. pneumoniae suşuna 0.25 mg/ml dilüsyonda 14 mm, P. aeruginosa suşunda 2 mg/ml dilüsyonda 15 mm, Enterococcus spp. suşunda 2 mg/ml  dilüsyonda 15 mm zon çapı vererek ''EUCAST Klinik Sınır Değerleri Sürüm 8.1''  tablosunda dirençli olan birçok antibiyotik ajanlara göre duyarlılık profili sergilemiştir.
USB cihazında su ile ekstraksiyon yönteminde elde edilen bitki ekstresinin antimikrobiyal etkinliğinde E. coli suşuna en düşük dilüsyon olan 0.25 mg/ml'de 16 mm, K. pneumoniae suşuna 0.25 mg/ml'de 14 mm ve P. aeruginosa suşuna 2 mg/ml'de 15 mm zon çaplarıyla günümüzde kullanılan birçok dirençli antibiyotik ajanlara göre duyarlılık sağlamıştır.
Bitkisel ekstraktların antimikrobiyal etkinliğini çalıştığımız bakterilerin direnç kökenlerinin belirlenmesi amacıyla yaptığımız plazmid DNA ekstraksiyon çalışmasında, sadece K. pneumoniae suşunda plazmid DNA bandı bulunmuştur. 
	Sonuç olarak, çalışmanın verileri göz önüne alındığında, yüksek antibiyotik direnç oranları enfeksiyon hastalıkları tedavisinde günümüzde kullanılan birçok antibiyotik grubunun kullanılamamasına neden olmaktadır. Bu nedenle bu multiple dirençli bakteriler için yeni antimikrobiyal ajanların keşfine ihtiyaç duyulmakta, bu çalışmada da görüldüğü üzere çeşitli bitki ekstrelerinde bulunan biyoaktif moleküllerin toplum veya hastane kaynaklı enfeksiyonların tedavilerinde yeni bir umut olabileceği sonucuna varılmaktadır.

Abstract:
The aim of this study was to determine the resistance profiles of antibiotic agents used today. Between January and December 2015, blood samples from the intensive care units of Kahramanmaraş Necip Fazıl City Hospital were isolated in the microbiology laboratory. Identification and antibiotic susceptibility of isolates; culture morphology, microscopy and biochemical tests were performed on a fully automated VITEK 2 ID-AST Card (bioMerieux, France). A total of 265 bacterial isolates, 161 gram-positive and 104 gram-negative, were obtained.
Gram-negative isolates Pseudomonas spp. strains were 81%, 80% for penicillin group, 61% for carbapenem group and 54% for aminoglycoside group. Colistin resistance was not found. The resistance profile of E. coli strains was 70% for cephalosporins, 72% for penicillins, 40% for aminoglycosides and 57% for quinolone group. A. baumannii rates were 99.2% for cephalosporin group, 98% for carbapenem group, 97% for penicillin group and 83% for aminoglycosides, and colistin resistance was not detected. Klebsiella spp. strains were found 76%, 75%, penicillin, 75%, aminoglycosides and quinolones 24% and colistin susceptibility was 90%. Finally, S.malthophilia strains were 100% susceptible to levofloxacin and 73% susceptible to SXT.
Among the gram-positive isolates, CNS strains showed 95% resistance to penicillin group, 66% to fluoroquinolone group, 88% to erythromycin, 73% to tetracycline, 70% to clindamycin, and 53% to gentamicin; 100% to tigecycline, 89% to glycopeptide group and 91% to linezolid. In S. aureus strains, 77% resistance to penicillin group was detected. 100% sensitivity to tigecycline, glycopeptide and aminoglycoside groups, 91% to linezolid, 83% to fluoroquinolones, 73% to tetracycline, 69% to clindamycin and 62% to erythromycin have been reported.
Some Multi-drug Resistance (MDR) strains selected from the isolates were used in vitro antimicrobial assays of herbal extracts, which may be an alternative to the antibiotics used today.
In the antimicrobial activity of the plant extract obtained by ethanol extraction method in Soxhlet, 16 mm and 0.25 mm/ml dilution in E. coli strain and 19 mm in 1 mg/ml dilution, 14 mm in dilution of K. pneumoniae and 14 mm in P. aeruginosa strain 15 mm zone dilution at 2 mg/ml and 15 mm zone dilution at 2 mg/ml in Enterococcus spp. strain.
Antimicrobial efficacy of plant extract obtained by water extraction method in USB device, the minimum dilution of E. coli strain, 0.25 mg/ml at 16 mm, K. pneumoniae strain 0.25 mg/ml at 14 mm and the P. aeruginosa strain with a zone diameter of 15 mm at 2 mg/ml provided susceptibility to many resistant antibiotic agents used today.
In order to determine the resistance origins of the bacteria in which we studied the antimicrobial activity of plant extracts, plasmid DNA band was found only in K. pneumoniae strain. 
In conclusion, considering the data of the study, high antibiotic resistance rates cause many antibiotic groups currently used in the treatment of infectious diseases. Therefore, there is a need for the discovery of novel antimicrobial agents for these multiple resistant bacteria. As it is seen in this study, it is concluded that bioactive molecules in various plant extracts may be a new hope for the treatment of community or hospital-acquired infections.