Tatlı su midyesinde (Unio elongatulus eucirrus Bourguignat, 1860) salmonella bakterisinin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile tespiti
Detection of salmonella by polymerase chain reaction (PCR) in fresh water mussel (Unio elongatulus eucirrus Bourguignat, 1860)
Yazar: ENGİN ŞEKER
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA SARIEYYÜPOĞLU ; DOÇ. DR. BURHAN ÇETİNKAYA
Fırat Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2001
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; Tatlı su midyesi = Freshwater mussel

Özet:
Bu çalışmada, Elazığ Keban Baraj gölünün iki farklı bölgesinden elde edilen 627 adet tatlı su midyesinde (Unio elongatulus eucirrus Bourguignat, 1 860) kültür yöntemi ve Polimeraz Zincir Reaksiyon (PCR) tekniği yardımıyla Salmonella arandı. Buna göre baraj gölünün Koçkale bölgesinden toplanan 397 midyenin 19'unda (%4.79) Salmonella izolasyonu ve identifikasyonu yapıldığı halde, Pertek bölgesinden temin edilen 230 midyede bu etkene rastlanılmadı. Midye dokularından hazırlanan homojenizatlar Rappaport Vasilliadis buyyonunda ön zenginleştirmeden geçirildikten sonra, Brilliant Green Phenol Red Laktoz agar ve Salmonella - Shigella selektif besiyerlerine ekimler yapıldı. Üreyen Salmonella şüpheli suşlara biyokimyasal testler uygulandı ve bu suşlardan DNA izole edildi. Ekstrakte edilen DNA' 1ar Salmonella' nın 16S rRNA geninden türetilen bir çift cins spesifik primer kullanılarak PCR'de amplifikasyona tabi tutuldu. PCR ürünleri agaroz jel elektroforezde değerlendirildiğinde, 19 şüpheli susun hepsinde Salmonella spesifik gen bölgesinin mevcut olduğu saptandı. Çalışma bölgelerinden alman 45 su örneğinden ise kültür metodu ve PCR tekniği ile Salmonella izolasyonu yapılamadı.III Salmonella' nın insanlarda tifo ve paratifo başta olmak üzere septisemi ve gastroenteritis gibi hastalıklara neden olduğu dikkate alındığında, elde edilen verilerin ışığında baraj gölünün Koçkale bölgesindeki tatlı su midyelerinin 1380 sayılı Su Ürünleri Kanununa göre insan sağlığı açısından çiğ tüketilmeleri uygun görülmemektedir. Salmonella bakterisinin ısıya dayanıklı olmamasına rağmen bu yöre midyeleri iyice pişirilse dahi Salmonella'ların toksikolojik özelliği devam edeceğinden tüketiminde dikkatli olunmalıdır. Ayrıca, iyi bir işlemden geçirildikten sonra bu midyelerin hayvan yemi olarak değerlendirilmesinin de ekonomiye büyük katkısı olacaktır. Geniş bir uygulama alanına sahip PCR'nun bu çalışma ile su ürünlerinde de başarılı bir şekilde uygulanacağı görülmüştür.ANAHTAR KELİMELER: Tatlı Su Midyesi, Salmonella, Polimeraz Zincir Reaksiyonu

Abstract:
In this study, Salmonella were investigated in 627 fresh water mussels collected from two different regions of Keban Dam Lake by means of culture and Polymerase Chain Reaction (PCR) techniques. From 19 (4.79%) out of 397 mussels collected in Koçkale Region, Salmonella were isolated and identified, but the agent was not detected in mussels obtained from Pertek region. Homogenates prepared from tissue of mussels, after pre-enrichment in Rappaport Vasilliadis, were inoculated onto Brilliant Green Phenol Red Lactose agar and Salmonella-Shigella selective mediums. Biochemical tests and DNA extraction were carried out Salmonella suspicious isolates. DNA extracted from these isolates were amplified by PCR using a pair of genus-specific primers derived from 16S rRNA gene of Salmonella. Analysis of PCR products on agarose gel electrophoresis showed that the Salmonella specific gene was present in all 1 9 isolates. Salmonella could not be isolated from 45 water samples with culture technique and PCR technique.The fact that, Salmonella causes important diseases in humans such as septicaemia, gastroenteritis, typhoid and paratyphoid, was taken into consideration, in the light of the data obtained in this study, fresh water mussels in Koçkale Region of Keban Dam Lake should not be consumed uncooked according to the water products law number 1380. Although Salmonella is not resisted to high temperature, their toxicity continues even mussels area cooked properly, so that they should be consumed carefully. Moreover, the use of these mussels as animal food will contribute significantly to the country's economy. In this study, it was demonstrated that PCR which has very wide application could also be used in the field of Aquaculture.KEY WORDS: Freshwater Mussel, Salmonella, Polymerase Chain Reaction