Bahçesaray (Van) yöresinden sağlanan toprak numunelerinden potasyum çözen bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonubakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of potassium-solving bacteria from soil samples provided from bahçesaray (Van) region
Yazar: HATUN DAĞTEKİN BAYKARA
Danışman: DOÇ. DR. ERDAL ÖĞÜN
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Toprak bakterileri = Soil bacteria

Özet:
Bu araştırmada, Van Bahçesaray ilçesi tarım topraklarından alınan örneklerden potasyum çözen bakterilerin gözle gözlemlenip morfolojik, kalitatif, kantitatif, biyokimyasal özellikleri incelendi. Ayrıca, potasyum çözen bakterilerin pozitif izolatlarının 16S rDNA sekanslarına göre bakteriyel taksonomideki yerleri belirlenmeye çalışıldı.
Toplanan toprak numuneleri TSA besiyerine ekimleri yapılarak izolasyonları gerçekleştirildi. Elde edilen izolatların potasyum çözme kabiliyeti açısından taranması Alexandrov besi yeri ortamı kullanılarak yapıldı ve bu ortamda şeffaf zon oluşturan izolatlar potasyum çözme özellikleri açısından pozitif kabul edildi. Bu izolatların potasyum çözme kabiliyetleri kantitatif olarak atomik alev fotometresiyle ölçülüp değerlendirilmiştir. Ayrıca pozitif izolatların identifikasyonu, geleneksel mikrobiyolojik metodları ve 16S rDNA sekans analizine göre yapıldı ve filogenetik ağaç oluşturuldu.
S1 ve S3a bakteri türleri, fenotipik, biyokimyasal, morfofolojik özelliklerine ve 16S rDNA sekanslarına göre belirlendi. S1 ve S3a izolatları, 27F ve 1492R evrensel primerleri kullanılarak korunmuş 16S rDNA geninin PCR amplifikasyonu, gerçekleştirildi. Maksimum Likelihood algoritması kullanılarak türler arasındaki genetik uzaklık hesaplandı. Böylece filogenetik ağaç oluşturulup türlerin genetik konumları ortaya konuldu. 16S rDNA gen sekans sonucunda S1 suşunun Pseudomonas azotoformans türüne % 99,93 benzer olduğu ve S3a izolatının Bacillus canaveralius türüne % 96,88 benzer olduğu tespit edildi.

Abstract:
In this study, the morphological, qualitative, quantitative and biochemical characteristics of potassium solubilizing bacteria were investigated by visual observation from samples taken from agricultural soils of Van Bahçesaray district. We also tried to determine the place of positive isolates of potassium solubilizing bacteria in bacterial taxonomy according to their 16S rDNA sequences.
Screening of the isolates obtained from the collected soil samples for potassium dissolving ability was performed using Alexandrov broth medium, and isolates that formed a transparent zone in this medium were considered positive for potassium dissolving properties. The potassium solubility abilities of these isolates were quantitatively measured and evaluated by atomic flame photometry. In addition, the identification of positive isolates was made according to traditional microbiological methods and 16S rDNA sequence analysis, and a phylogenetic tree was formed.
S1 and S3a bacterial strains were determined according to their phenotypic, biochemical, morphological characteristics and 16S rDNA sequences. PCR amplification of the conserved 16S rDNA gene was performed using S1 and S3a isolates, 27F and 1492R universal primers. The genetic distance between species was calculated using the maximum Likelihood algorithm. Thus, a phylogenetic tree was formed and the genetic positions of the species were revealed. As a result of the 16S rDNA gene sequence, it was determined that the S1 strain was 99.93% similar to the Pseudomonas azotoformans species and the S3a isolate was 96.88% similar to the Bacillus canaveralius species.