Karaciğer kanseri hücrelerinde plexinc1 ifadesinin çoklu-kinaz inhibitör yanıtına etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of plexinc1 expression on multikinase inhibitory response in liver cancer cells
Yazar: ŞEVVAL DİK
Danışman: PROF. DR. TAMER YAĞCI
Gebze Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Lenvatinib = Lenvatinib ; Regorafenib = Regorafenib ; Sorafenib = Sorafenib ; İnhibisyon = Inhibition

Özet:
Hepatoselüler karsinom (HCC), yetişkinlerde en sık görülen birincil karaciğer kanser türüdür. HCC'de de diğer tüm kanserlerde olduğu gibi, hücresel mekanizmayı etkileyen epigenetik değişiklikler ve mutasyonlar, hücrenin daha yüksek bir hızda çoğalmasına ve hücrenin apoptozdan kaçınmasına neden olduğu durumlarda gelişmektedir. HCC için cerrahi rezeksiyon ve karaciğer transplantasyonu iki etkili terapötik yaklaşım olmasına rağmen, her hasta için uygun değildir. Bu nedenle son yıllarda yapılan çalışmalar, özellikle HCC'nin tedavisinde sinyal yolaklarının hedef alınmasının tedavinin etkinliğini arttırdığını göstermektedir. HCC patogenezinde birçok sinyal yolağı rol oynamaktadır. Bunlar arasında Reseptör Tirozin Kinaz (RTK) yolağı, RAF/ERK/MAPK yolağı, PI3K/Akt/mTOR yolağı, Wnt/β-catenin yolağı, ubikitin/proteozom yolağı, Hedgehog yolağı, Ras ve Jak/STAT yolağı yer almaktadır.  Birden fazla sinyal yolağını hedef alan ve ileri evre HCC hastalarının ilk basamak tedavisinde Sorafenib ve Lenvatinib ile ikinci basamak tedavide de Regorafenib kullanılmaktadır. Hücre yüzey proteinlerinden olan Plexin ailesi doku homeostazında, sinir sisteminde oluşan hasarların giderilmesinde, anjiyogenezin düzenlenmesinde, immün sistem regülasyonunda ve birçok hastalıkta (kanser gibi) rol almaktadırlar.
Bu tez çalışması kapsamında, PLXNC1'in baskılandığı ve kontrol HCC hücre hatlarında çoklu-kinaz inhibitörlerinin etkinliğinin incelenmesi amaçlanmıştır. Plexin C1 baskılanmış (shPLXNC1) ve kontrol (shPLKO) HCC hücre klonlarında ileri evre HCC tedavisinde uygulamaları onaylanmış sorafenib, lenvatinib ve regorafenibin etkinliği her bir hücre klonunda farklı dozlar uygulanarak WST-1 yöntemiyle incelenmiştir. IC50 değerlerinden hareketle ilaç dozları belirlenmiş ve hücre klonlarına uygulanarak apoptotik etki PARP kesimi, Western blotlama ve AnnexinV/7AAD boyama ile akım sitometresinde incelenerek belirlenmiştir. Bu tez çalışması sonucunda, HCC'de Plexin C1'in baskılanmış hücre klonlarında çoklu-kinaz inhibitörlerine karşı yanıtında apoptoza direnç oluşturduğu gözlendiğinden moleküler belirteç olarak değerliliğinin ön verileri oluşturulmuştur.

Abstract:
Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common primarily liver cancer. In HCC, as in all other cancers, these epigenetic changes and mutations affect the cellular mechanism, so the cell reproduces at a higher rate and avoids apoptosis. Although surgical resection and liver transplantation are two effective therapeutic approaches for HCC, they are not suitable for every patient. For this reason, studies conducted in recent years, especially targeting signaling pathways in the treatment of HCC, increase the effectiveness of the treatment. Many signaling pathways play a role in the pathogenesis of HCC. These include the Receptor Tyrosine Kinase (RTK) pathway, the RAF/ERK/MAPK pathway, the PI3K/Akt/mTOR pathway, the Wnt/ß-catenin pathway, the ubukitin/proteosome pathway, the hedgehog pathway, the RAS, and the Jak/STAT pathway. Sorafenib and Lenvatinib are used in the first-line treatment of patients with advanced HCC that target more than one signaling pathway, and Regorafenib is used in the second-line treatment. The Plexin family, play a role in tissue homeostasis, elimination of damage to the nervous system, regulation of angiogenesis, immune system regulation and many diseases (such as cancer.) 
In this thesis, it was aimed to investigate the efficacy of multi-kinase inhibitors in PLXNC1 suppressed and control HCC cell lines. The efficacy of multi-kinase inhibitors sorafenib, lenvatinib and regorafenib, which have been approved for the treatment of advanced HCC in Plexin C1 suppressed (shPLXNC1) and control (shPLKO) HCC cell clones, was investigated using WST-1 method by applying different doses to each cell clone. Then the doses were determined by calculating the IC50 values, and the apoptotic effect was investigated by applying to the cell clones, using western blotting over PARP cut and AnnexınV/7AAD staining using flow cytometry. As a result of this thesis, preliminary data on the valence of Plexin C1 as a molecular marker have been established, since it has been observed that Plexin C1 induces resistance to apoptosis in response to multi-kinase inhibitors in suppressed cell clones in HCC.