Çeşitli kaynaklardan izole edilen laktik asit bakterilerinin bazı patojenlere karşı inhibisyon etkisinin belirlenmesi
Inhibition effects lactic acid bacteria isolated from various sources against some pathogens
Yazar: RAYYAN NAWFAL MAHMOOD ALNUAIMI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMAGÜN AYDIN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Bu tezde, farklı kaynaklardan (anne sütü, anne sütüyle beslenen bebeklerin dışkısı ve ev yapımı turşu) izole edilen laktik asit bakterileri türlerinin tanılanması yapılarak, izolatların bazı patojenlere karşı inhibisyon etkisinin belirlenmesi, biyofilm oluşturma potansiyelleri, antibiyotik duyarlılığı ve hücre dışı enzim üretiminin belirlenmesi amaçlanmıştır. 
Seçilen 10 izolatın moleküler tanılanması, 16S rRNA gen bölgesi dizi analizi yöntemi ile yapıldı. Bu yönteme göre, BST01, BST02-05, BST02-07, BST02-10, BD01-05, BD02-02 izolatları L. fermentum, TU01-01 izolatı L. plantarum, BD03-01, BD04-05 izolatı L. rhamnosus,  BD04-03 izolatı ise E. faecalis türleri tanımlanmıştır. Tanılanması yapılan izolatlar, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'ne (NCBI) kaydedilmiştir. 
Agar spot testinde, suşu hariç izolatların tamamına yakını referans izolatlara karşı inhibisyon etkisi göstermiştir. Kuyu difüzyon testinde, BST02-07 izolatı hariç, tüm izolatlar P. aeruginosa izolatını inhibe etmiştir. Çapraz çizgi testinde, TU01-01, BD02-02 izolatları E. coli'e karşı en fazla inhibisyon etkisi gösterdiği belirtmiştir. Çalışmada elde edilen izolatların tümünün proteaz enzim aktivitesine sahip olduğu belirlenmiştir. BST01, BST02-05, BST02-07, BD01-05 izolatlarının orta derecede biyofilm oluşturma yeteneğinde olduğu tespit edilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Anne sütü, bebek dışkısı, turşu, 16S rRNA, enzim aktivitesi

Abstract:
In this study, by identifying the lactic acid bacteria species isolated from different sources (breast milk, feces of breast-fed babies and homemade pickles), determining the inhibition effect of the isolates against some pathogens, biofilm formation potential, antibiotic susceptibility and extracellular enzyme production capacity is intended to be determined.
46 lactic acid bacteria (LAB) were isolated 17 from breast milk, 21 from baby feces, and 8 from pickles. Among these, 10 isolates were selected to examine their characteristics, taking into account gram staining, catalase, and cell morphologies. Molecular identification of 10 selected isolates was performed by 16S rRNA gene region sequence analysis method. According to this method, we found the BST01, BST02-05, BST02-07, BST02-10, BD01-05, BD02-02 isolates are Limosilactobacillus fermentum, TU01-01 isolate is Lactiplantibacillus plantarum, BD03-01, BD04-05 isolate is Lacticaseibacillus rhamnosus, BD04-03. The BD04-03 isolate was identified as Enterococcus faecalis species. Identified isolates were registered with the National Center for Biotechnology Information (NCBI).
In the agar spot test, almost all of the isolates except Lactococcus garvieae LG1 strain showed inhibitory effects against indicator microorganisms. In the well diffusion test, all isolates inhibited Pseudomonas aeruginosa isolate, except isolate BST02-07. In the cross-line test, TU01-01, BD02-02 isolates showed the highest inhibition effect against Escherichia coli. All of the isolates obtained in the study were determined to have protease enzyme activity. BST01, BST02-05, BST02-07, BD01-05 isolates were found to have moderate biofilm-forming ability.

Keywords: Breast milk, baby feaces, pickles, 16S rRNA, enzyme activity