Farklı kaynaklardan izole edilen Arcobacter türlerinde virülans genlerin tespiti
Detection of virulence genes of Arcobacter strains isolated from various sources
Yazar: ECEMNUR SERTÇELİK
Danışman: PROF. DR. TUBA İÇA
Kütahya Dumlupınar Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Arcobacter spp. = Arcobacter spp. ; Biyofilmler = Biofilms ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Virülans faktörleri = Virulence factors

Özet:
Bu çalışmada, Kütahya ilinde çeşitli kasap ve marketlerden toplanan 22 adet kıyma
örneğinde Arcobacter spp. varlığı araştırılmıştır. Ayrıca KDPÜ Kültür Koleksiyonunda yer alan tavuk karkas ve su örneklerinden izole edilen Arcobacter türleri de tez çalışmasına dahil edilmiş ve tüm suşlarda olası virülans genlerin varlığı, antibiyotik duyarlılıkları değerlendirilmiştir. Kıyma örneklerinden elde edilen izolatların ayrıca farklı atmosferik koşullarda, biyofilm oluşturma özellikleri araştırılmıştır. Moleküler yöntemler ile kıyma örneklerinde %31,8 oranında pozitiflik tespit edilmiştir. Bu suşlar tür bazında değerlendirildiğinde %85,7'sinin Arcobacter butzleri, %14,3'ünün ise Arcobacter cryaerophilus olduğu saptanmıştır. Toplamda 30 Arkobakter suşu mPCR yöntemi ile olası virülans genler yönünden (ciaB, tlyA, cadF, pldA,cj1349, irgA, mviN, hecA ve hecB) taranmıştır. Suşların tamamında ciaB genine rastlanmıştır.Suşların %96,6'sı mviN, %90'ı tlyA, %86,6'sı cadF, pldA ve cj1349 ve %76,6'sı irgA olası virülans genleri bakımından pozitif bulunmuştur. Suşların hiçbirinde hecA, hecB olası virülans genlerine rastlanmamıştır. Kıyma örneklerinden izole edilen Arcobacter türlerinde zayıf biyofilm
oluşumu gözlenmiştir. İzolasyonu yapılan tüm Arcobacter suşlarının dokuz adet antibiyotiğe
karşı duyarlılıkları araştırılmıştır. İncelenen suşların tümünün gentamisine ve tetrasikline duyarlı olduğu gözlemlenmiştir. %30'u Sulfamethoxozole'e, %56,6'sı Ciproflaxacin'e, %96,6'sı Cephalothin'e, %100'u Ampicillin'e, %30'u Erythromycin'e, %96,6'sı Cefoxitin'e ve %3,3'ü Streptomycin'e dirençli olduğu sonuçları elde edilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Antibiyotik duyarlılığı, Arcobacter türleri, Biyofilm oluşumu, Virülans genler

Abstract:
In this study, Arcobacter spp. existence was investigated in 22 cattle and lamb mince samples collected from various butchers and markets, in Kütahya. In addition, Arcobacter species isolated from chicken carcass and water samples in the DPU Culture Collection were included in the thesis study and the presence of putative virulence genes and antibiotic susceptibility in all strains were evaluated. Biofilm formation properties of isolates obtained from minced meat samples were also investigated under different atmospheric conditions. With molecular methods, 31,8% positivity was detected in of minced meat samples. When these strains were evaluated on the basis of species, it was determined that 85,7% of them were Arcobacter butzleri and 14,3% of them were Arcobacter cryaerophilus. A total of 30 Arcobacter samples were screened for putative virulence genes (ciaB, tlyA, cadF, pldA, cj1349, irgA, mviN, hecA and hecB) by mPCR method. The ciaB gene was found in all strains. 96,6% of the strains were positive for mviN, 90% for tlyA, 86,6% for cadF, pldA and cj1349 and 76,6% for irgA putative virulence genes. HecA, hecB putative virulence genes were not found in any of the strains. Weak biofilm formation was observed in Arcobacter species isolated from minced meat samples. The susceptibility of all isolated Arcobacter strains against to nine antibiotics was investigated. It was observed that all examined strains were sensitive to gentamicin and tetracycline. 30% are resistant to Sulfamethoxozole, 56,6% to Ciproflaxacin, 96,6% to Cephalothin, 100% to Ampicillin, 30% to Erythromycin, 96,6% to Cefoxitin and 3,3% to Streptomycin.

Keywords: Antibiotic susceptibility, Arcobacter spp., Biofilm formation, Virulence genes