Amsacta Moorei entomopoxvirus protein kinazlarının viral proteinlerle etkileşimlerinin belirlenmesi
Determination of protein protein interactions among protein kinases of amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) and protein kinases with the other proteins of AMEV
Yazar: MEHTAP DANIŞMAZOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Protein kinazlar = Protein kinases

Özet:
Entomopoksvirüsler, sadece böcekleri enfekte eden önemli bir virüs grubudur. Bunlar, aile olarak hem omurgasızları hem de insanların da dahil olduğu omurgalıları enfekte eden poksvirüs grubundandırlar. Protein kinazların, bazı omurgalı poksvirüslerde virüs morfogenezisinde, konak seçiciliğinde, hücre bölünmesinin düzenlenmesinde ve apoptozis üzerinde faaliyet gösterdiği bilinmektedir. Bu çalışmada, Amsacta moorei entomopoxvirus'e ait 2 protein kinaz proteini ile 230 virüs genom proteinin arasındaki  etkileşimler, maya-iki-hibrit sistemi kullanılarak araştırıldı. Genomdaki genler av, protein kinaz genleri ise yem vektörlere ayrı ayrı klonlandı. Öncelikle yem vektörler Saccharomyces cerevisiae AH109 suşuna transform edildi. Yem vektörlerdeki genlerin maya hücrelerinde ifadeleri Western blot hibridizasyon analizi ile doğrulandı. Genlerin ifadelerinin belirlendiği maya hücrelerine av vektörler transform edildi. YEM ve AV proteinler arasındaki etkileşimleri tespit etmek için yem ve av vektörlerini birlikte taşıyan maya hücreleri seçici SD (minimal synthetic defined) besiyerine inoküle edildi. Seçici besiyerinde büyüyen koloniler ilgili proteinler arasında pozitif etkileşim olduğunu gösterdi. AMV153 (protein kinaz) ile 5 adet protein etkileşimi, AMV197 (protein kinaz) de 11 adet protein etkileşimi olduğu belirlendi. Elde edilen bilgiler AMEV protein kinazlarının etkileştikleri proteinlerin aydınlatılmasında ve bunların virüs replikasyonundaki rollerinin anlaşılmasına önemli katkılar sağlayacaktır

Abstract:
Entomopoxviruses are an important group of virus, which infect only insects. These are from poxviruses group which can, as a family, infect both invertebrates and vertebrates, including humans. Protein kinases were known to have roles at virus morphogenesis, host selectivity, the regulation of cell division and apoptosis in some vertebrate poxviruses. In this study, interactions between 2 protein kinases and 230 virus genomic proteins of Amsacta moorei entomopoxvirus have been investigated by yeast-two-hybrid system. The protein kinases genes were cloned in bait and virus genomic genes were cloned in prey vectors. Bait vector was introduced into Saccharomyces cerevisiae AH109. Expression of the bait genes was confirmed by western blot hybridisation analysis. After confirmation, prey vectors were transformed into yeast cells, which carry the bait vectors. Yeast cells contain bait and prey vectors were grown on a selective medium (minimal synthetic defined) to determine the protein-protein interactions between BAIT and PREY proteins. The colonies grown on this medium indicate positive interactions between respective proteins. 5 and 11 interactions were determined among AMV153 and AMV197 protein kinase proteins, respectively. The interacted proteins of AMEV protein kinases and their roles at virus replication will be identified.