SNaPshot Minisekanslama Tekniği kullanılarak mitokondriyal DNA'da SNP lokuslarının analizi
SNP locus analysis in mitochondrial DNA Using SNaPshot Minisequencing Technique
Yazar: DORUK ARGAÇ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HAVVA ALTUNÇUL
İstanbul Üniversitesi / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Genetik = Genetics
Dizin: Adli tıp = Forensic medicine ; DNA = DNA ; Kimlik tespiti = Identity establishing ; Mitokondriler = Mitochondria ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Adli olaylarda kimliklendirme yapılmasında yaygın olarak nüklear DNA kullanılmaktadır. Ancak biyolojik materyallerde nüklear DNA'nın tamamen yok olduğu veya analiz için uygun olmadığı durumlarda olayın çözümlenmesinde hücrede çok sayıda kopyası bulunan, maternal kalıtımı olan ve yüksek oranda mutasyon gösteren mtDNA'dan faydalanılmaktadır. MtDNA'nın bireyler arasında oldukça değişkenlik gösteren HV1/HV2 bölgeleriyle yeterli ayrım sağlanamadığı durumlarda ayrım gücünü arttırmak amacıyla SNP'ler çalışılmaktadır. SNP, insan genomunda çok miktarda bulunan tek nokta polimorfizmleridir. SNP'ler mutasyon oranlarının düşük olması, kolay multipleks yapılabilmesi, kolay çoğaltılabilmesi, bozulmuş örneklerde iyi sonuç vermesi nedeniyle adli bilimlerde kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, seçilen 10 SNP noktasının (477, 3010, 4580, 4793, 5004, 7028, 7202, 10211, 12858 ve 14470) Türk toplumuna ait çalışmalarda kullanılabilmesi için uygunluğunun belirlenmesi ve kullanılan SNaPshot minisekanslama tekniğinin optimizasyon çalışmasının yapılmasıdır. Bu çalışma sonucunda çeşitli parametreler değiştirilerek yöntemin optimizasyonu yapılmıştır. Ayrıca, onam formu alınan 32 bireyin kan ve ağız içi sürüntü örneklerinden genotip tayini yapılmış ve analiz edilen 10 SNP noktasından 3010 ve 7028 SNP noktalarında Türk toplumu için polimorfizm belirlenmiştir. Buna rağmen, çalışılan SNP noktalarının polimorfizmleri ile ilgili kesin bir kanaate varabilmek ve söz konusu noktaları adli bilimlerde kullanabilmek için toplum çalışmalarının yapılması zorunludur. Bu SNP noktalarına dayanarak kişilerin birbirinden ayrımı kısıtlı bir şekilde yapılabilmektedir. Tam bir ayrım gücü elde edebilmek için Türk toplumunda polimorfik olan SNP noktalarının belirlenerek topluma özgü SNP panelleri oluşturulması ve SNP noktalarının sayısının arttırılması gerekmektedir.

Abstract:
Nuclear DNA is usually used in forensic cases for identification. But sometimes nuclear DNA is degraded and it can?t be analysed. So analysis of mitochondrial DNA (mtDNA) is a useful tool in forensic cases when sample contains too little or degraded nuclear DNA. MtDNA has some advantages as high number of copies per cell, maternal inheritance and high mutation rate. Therefore, it is preferred in forensic science. MtDNA has hyper variable regions (HV1/HV2) which are variable among individuals. The typing of SNPs located though the whole mitochondrial genome can help resolve individuals with an identical HV1/HV2 sequence. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) represent the most abundant class of human polymorphisms. SNPs have low mutation rate, they can be multiplexed and amplificated easily, they give good and reliable results from degraded samples. Beacause of this reasons, SNPs are used in forensic cases for individuals identification. The aim of this thesis is determined the concordance of selected 10 SNPs (477, 3010, 4580, 4793, 5004, 7028, 7202, 10211, 12858 ve 14470) to provide using in studies about Turkish population and the other aim is optimization of SNaPshot minisequencing technique. At the end of this study the optimization of minisequencing technique was done by changing some assay parameters. Also blood and buccal swab samples obtained from 32 individuals were genotyped and as a result two polimorphisms (3010 and 7028 SNP) were determined for Turkish population. But to arrive at a clear conclusion and to use such SNPs for forensic identification, population studies must be done. According to these SNPs limited identification between individuals can be done. To provide exact discrimination power, SNPs that are polymorphic for Turkish population must be determined, SNP panels must be developed and the analysed SNP numbers should be increased.