Primer immün yetmezlik hastalarında TREC/KREC analizi ile T ve B hücre gelişimi kontrolü
Control of T and B cell development by TREC/ KREC analysis in primer immunodeficiency patients
Yazar: GİZEM ŞENTÜRK
Danışman: PROF. DR. MÜGE SAYİTOĞLU ; DOÇ. DR. ÖZDEN HATIRNAZ NG
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics ; Hematoloji = Hematology
Dizin: B lenfositleri = B lymphocytes ; DNA = DNA ; Hücre büyüme işlemleri = Cell growth processes ; Hücreler = Cells ; T lenfositleri = T lymphocytes ; İmmün yetmezlik = Immun deficiency ; İmmünite = Immunity

Özet:
Primer immün yetmezlik (PİY); bağışıklık sisteminin işlevini bozan nadir genetik bir hastalık grubudur. Ülkemizde akraba evlilikleri oranının yüksek olması nedeni ile Avrupa ülkelerine oranla beklenenden daha sık karşılaşılan klinik bir durumdur. T ve B hücre gelişiminin PİY tanısı açısından incelenmesi önem teşkil etmektedir. T ve B hücre gelişimi somatik rekombinasyonları esnasında oluşan 'TREC' (T cell reseptör excision circle ) ve 'KREC' (kappa-deleting excision circle) T ve B hücrelerinin halkasal DNA parçalarıdır. Bu yüzden PİY için T ve B hücre gelişimini anlamada biyobelirteç olarak kullanabilirler. Bu tez çalışmasında 57 pediatik, 29 yetişkin PİY hastalarında T ve B hücre gelişiminin incelenmesi için hastalardan alınan kandan gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PZR)  ile yaşa bağlı olarak TREC/KREC analizi yapılması amaçlanmıştır. Önceden mutasyon saptanmış ve/veya farklı genetik sendromlara sahip hastalarda da TREC/KREC seviyeleri belirlenmiştir. Kontrol grubu olarak immün yetersizlik ve hematolojik hastalıklar dışındaki sebeplerle biyokimya birimine başvuran hastalar ise sağlıklı referans değerin belirlenmesi için kullanılmıştır. Çalışmaya göre yetişkin PİY hastalarının kontrol grubuna göre TREC kopya sayısı bakımından anlamlı derecede daha az seviyelerde olduğu görülmüştür (t-test p<0.0001). Buna karşın KREC kopya sayısında anlamlı olmamakla beraber kontrol grubuna göre daha az seviyelerde olduğu görülmüştür (t test p=0.1461). Pediatrik PİY hastalarında TREC/KREC kopya sayılarının ise anlamlı derecede düşük kopya sayısına sahip olduğu gözlenmiştir (t test p<0.0001). Yaş gruplarına ayrıldığında yetişkin hastaların TREC kopya sayısının anlamlı derecede zamanla azaldığı, KREC kopya sayısının anlamlı olmamakla beraber yaşa bağlı değişmediği belirlenmiştir. Pediatrik hastalarda TREC/KREC kopya sayısının yaşa bağlı olarak değişimi gözlenmemiştir. Mutasyon sahibi hastalarda TREC/KREC seviyeleri belirlenerek mutasyonun fonksiyonel etkileri ortaya konulmuştur. İmmün yetmezlik ve mutasyonlu bireylerde T ve B hücrelerinin fonksiyonel olamaması veya olgunlaşamamasından dolayı TREC/KREC kopya sayılarının kontrollere göre daha az kopya sayısı içerdiği tespit edilmiştir. Yaşa bağlı değişimlerde timik aktivitenin zamanla azalması TREC kopya sayısının azalmasına sebep olmuştur. KREC kopya sayılarının ise kemik iliği kökenli olduklarından yaşa bağlı değişmediği ortaya konulmuştur.

Abstract:
Primer immunodeficiency (PID); is a rare genetic disorder that disrupts the function of the immune system. It is important to examine T and B cell development in terms of PID diagnosis. The TREC ( T cell reseptor excision circle) and KREC (kappa-deleting excision circle) are formed during somatic recombination of T and B cell development that are the circular DNA fragments of T and B cells. Therefore, they can use T and B cell development for PID as a biomarker. In this thesis TREC/KREC analysis were performed with real time quantitative polymerase chain reaction (RT-PCR) from patients and age related controls in order to examine T and B cell development in PID patients. TREC/KREC levels were also determined in patients with pre-mutations and/or different genetic syndromes. As a control group, patients who applied to biochemical unit, exculuding immunodeficiency and hematologic diseases, were used to determine healty reference value. According to the study, adult PID patients were found to have significantly lower levels of TREC copy number than control group (t test p<0.0001). In contrast, KREC was not significant in the number of copies, but was founda to be less than control group ( t test p= 0.1461) In pediatric PID patients, TREC/KREC copy numbers were found to have a significantly lower number of copies (t test p<0.0001). It was determined that the number of TREC copies of adult patients decreased significanty over time when separated into age groups, while the number of KREC copies did not change as age related. Age- related changes in the number of TREC/KREC levels were determined in patients with mutations related to immunodeficiency reveal the functional effects of the mutations. It has been found that TREC / KREC copy numbers in immunodeficient and mutated individuals are lower than controls because of T and B cells can not be functional or mature. Decreased thymic activity with time in age-related changes led to a reduction in the number of copies of TREC. Since KREC copy numbers are bone marrow origin, it has been shown that they do not change with age.