Hasta dişlerinde bulunan Streptococcus mutans suşlarının genotiplendirilmesi ve diş çürüğü ile ilişkili IL-10 gen snp'sinin belirlenmesi
Genotyping of streptococcus mutans strains found in patient teeth and identification of IL-10 gene SNP associated with dental caries
Yazar: SUHA HAMID OBAID AL-MAMOORI
Danışman: DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu araştırmanın amacı, Streptococcus mutans'ın neden olduğu çürük ile ilişkili 
hastalıkların mikroskobik olarak değerlendirilmesi, bakteri suşlarının genotiplenmesi, 
interlökin-10 genindeki polimorfizmlerin tespiti ve bunun diş çürüğü ile ilişkisinin 
belirlenmesidir. Bunun için Aralık 2021-Haziran 2022 tarihleri arasında farklı 
hastanelerden 50 şiddetli diş çürüğü olan ve 50 sağlıklı kişiden örnek alınmıştır. Alınan 
örneklerden izole edilen Streptococcus mutans için seçici bir ortam olan mitis salivarius 
agar kullanılmıştır. S. mutans'ın dokuz suşunda dexA gen dizisinin BioEdit tabanlı 
genotiplemesi yapılmıştır. Suh. Weh. 1-9 arası rastgele seçilerek dokuz izolatın hepsinde 
dizi varyasyonu belirlenmiştir. BioEdit'e dayalı çoklu hizalama sonucunda, S. mutans 
içinde 5, Geneious prime yazılımına dayanan çoklu hizalamada ise 9 genotip tespit 
edilmiştir. Filogenetik ağaçlar, çevirim içi olarak ve daha sonra MEGA 6 programı 
kullanılarak oluşturulmuştur. Yapılacak moleküler çalışmalarda kullanılacak primerler S. 
mutans için özel olarak oluşturulmuştur. İmmünogenetik çalışmada, IL-10 geninin 
promotörünün yanındaki primer çiftinin, amplifikasyon altında hedefi başarıyla amplifiye 
ettiğini ortaya çıkmıştır. Mikropların doğuştan tanımlanması enfeksiyona karşı ilk 
savunma hattıdır ve IL-10 bu süreçte önemli bir rol oynar. Antimikrobiyal bağışıklığı 
aktive etmek, bağışıklık ile ilgili birden fazla bozukluğun IL-10 kodlama varyantlarıyla 
ilişkilendirilmesi, bağışıklıkta IL-10 sinyallemesinin fizyolojik önemini vurgulamaktadır. 
Bu araştırmada, güçlü bir antimikrobiyal savunma sağladığı bilinen IL-10 alelinde bir 
mutasyon kullanılmıştır

Abstract:
The aim of this study was to microscopically evaluate caries-associated diseases caused 
by Streptococcus mutans, genotyping of bacterial strains, detection of polymorphisms in 
the interleukin-10 gene and determination of its association with dental caries. For this 
purpose, samples were taken from 50 people with severe dental caries and 50 healthy 
people from different hospitals between December 2021 and June 2022. Mitis salivarius 
agar, a selective medium, was used for Streptococcus mutans isolated from the samples. 
BioEdit-based genotyping of the dexA gene sequence was performed in nine strains of S. 
mutans. Suh. Weh. 1-9 were randomly selected and sequence variation was determined 
in all nine isolates. Multiple alignment based on BioEdit identified 5 genotypes in S. 
mutans and multiple alignment based on Geneious prime software identified 9 genotypes. 
Phylogenetic trees were constructed online and then using the MEGA 6 program. The 
primers to be used in the molecular studies were created specifically for S. mutans. The 
immunogenetic study revealed that the primer pair next to the promoter of the IL-10 gene 
successfully amplified the target under amplification. Innate identification of microbes is 
the first line of defense against infection and IL-10 plays an important role in this process. 
Activating antimicrobial immunity, multiple immune-related disorders have been 
associated with IL-10 coding variants, highlighting the physiological importance of IL10 signaling in immunity. In this research, a mutation in the IL-10 allele known to confer 
a strong antimicrobial defense was used.