Doğal enfekte mandalarda toxocara vitulorum'un mikroskobik ve moleküler yöntemlerle araştırılması ve filogenetik analizi
Phlogenethic analysis and investigation of toxocara vitulorum in naturally infected water buffaloes by microscobic and molecular methods
Yazar: OSMAN FURKAN URHAN
Danışman: PROF. DR. KÜRŞAT ALTAY
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
DOĞAL ENFEKTE MANDALARDA TOXOCARA VİTULORUM'UN MiKROSKOBİK VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE ARAŞTIRILMASI VE FİLOGENETİK ANALİZİ
Osman Furkan URHAN
Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü 
(Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Ortak) 
Veteriner Parazitoloji Anabilim Dalı 
Doktora Tezi, Temmuz 2023
Danışman: Prof. Dr. Kürşat ALTAY
ÖZET
Toxocara vitulorum, sığır ve mandaları enfekte edebilen patojenik bir nematod türüdür. Bu nematod, özellikle tropikal ve subtropikal ülkelerde geniş coğrafi dağılıma sahiptir. Toxocara vitulorum buzağı ve malaklarda şiddetli klinik enfeksiyonlara yol açar. Ayrıca bu nematod, malaklarda buzağılara göre daha patojenik bir etkiye sahip olup tedavi edilmediği takdirde ölümlere neden olabilmektedir. 
Türkiye'de mandalarda (Bubalus bubalis) T. vitulorum'un varlığı ve yaygınlığı hakkında neredeyse hiçbir veri yoktur. Bu çalışma mikroskobik ve moleküler teknikler kullanarak farklı yaşlardaki mandalarda T. vitulorum'un prevalansını, dağılımını ve filogenisini değerlendirmeyi amaçlamıştır. Bu amaçla, Türkiye'nin önemli manda yetiştirme merkezlerinden biri olan Sivas ilinin farklı yörelerinde yetiştiriciliği yapılan mandalardan dışkı (n:510) ve süt (n:100) örnekleri alınmıştır. Dışkı örneklerinin mikroskobik muayenesi sonucunda, 510 mandanın 42 (%8,23)'sinin dışkısında            T. vitulorum yumurtası saptanırken, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) sonucunda aynı numunelerin 54 (%10,58)'ünde pozitif amplifikasyon ürünü elde edilmiştir. Toxocara vitulorum prevalansı 0-6 aylık hayvanlarda diğer gruplara göre daha yüksek bulunmuştur. 0-6 aylık hayvanlar kendi içlerinde gruplandırıldığında 1-3 aylık hayvanlarda T. vitulorum prevalansı hem 1 aydan küçük hem de 3 aydan büyük hayvanlara göre daha yüksek saptanmıştır. Toxocara vitulorum enfeksiyonlarının yayılışı üzerinde cinsiyetin etkisi incelendiğinde, 105 erkek malağın mikroskobik olarak 21 (%20,00)'inin, moleküler olarak 23 (%21,90)'ünün; 105 dişi malağın mikroskobik olarak 18 (%17,14)'inin, moleküler olarak ise 19 (%18,09)'unun T. vitulorum yönünden enfekte olduğu saptanmıştır. Altı aylıktan büyük hayvanlardan alınan dışkı örneklerinde de, T. vitulorum saptanmıştır. Kolostrum/süt örneklerinde mikroskobik ve moleküler tekniklerle sırasıyla %4,00 ve %10,00 oranında T. vitulorum larvası bulunmuştur. Larvalar doğum sonrası 2. ve 28. günler arasında anneden alınan kolostrum/süt örneklerinde tespit edilmiştir. Bu çalışmada, rastgele seçilen 11 PCR-pozitif numunenin ITS-1 geni sekanslanmıştır. Elde edilen sekanslar GenBank'a yüklenerek OQ733339-OQ733349 erişim numaraları alınmıştır. Bu çalışmada elde edilen T. vitulorum sekans verileri ile daha önce GenBank veri tabanına yüklenen sekans verileri arasında %98,99-100 nükleotid özdeşliği belirlenmiştir.
Sonuç olarak, bu çalışmada elde edilen veriler T. vitulorum'un epidemiyolojisine katkı sağlamıştır. Ayrıca 6 aydan büyük hayvanların dışkısında T. vitulorum yumurtalarının saptanması veteriner hekimlerin parazitlerle mücadelede sadece genç hayvanları değil yaşlı hayvanları da dikkate alması gerektiğini ortaya koymaktadır.
Anahtar Kelimeler: Toxocara vitulorum; PCR; DNA dizi analizi; Filogeni; Manda; Sivas

Abstract:
PHLOGENETHIC ANALYSIS AND INVESTIGATION OF TOXOCARA VITULORUM IN NATURALLY INFECTED WATER BUFFALOES BY MICROSCOBIC AND MOLECULAR METHODS
Osman Furkan URHAN
Sivas Cumhuriyet University, Graduate School of Health Science
(Partner with Sivas Cumhuriyet University)
Department of Veterinary Parasitology
PhD Thesis, July 2023
Supervisor: Prof. Dr. Kürşat ALTAY
ABSTRACT
Toxocara vitulorum is a pathogenic nematode species that can infect cattle and water buffalo. This nematode has wide geographic distributions, especially in tropical and subtropical countries. Toxocara vitulorum leads to severe infection in cattle and water buffalo calves. Furthermore, this nematode has a more pathogenic effect in water buffalo calves compared to cattle calves, even causing death if not treated. 
There is almost no data on the presence and prevalence of T. vitulorum in buffaloes (Bubalus bubalis) in Turkey.This work aimed to assess the prevalence, distributions, and phylogeny of T. vitulorum in water buffaloes of different ages using microscopic and molecular techniques. For this purpose, stool (n:510) and milk (n:100) samples were obtained from different parts of Sivas province, which is one of the important buffalo breeding areas in Türkiye. In this study, T. vitulorum was found in 42 (8,23%) and 54 (10,58%) stool samples using microscopic and molecular techniques, respectively. The prevalence of T. vitulorum was higher in animals aged between 0 and 6 months compared to other groups. In the current work, when animals aged 0 to 6 months were grouped within themselves, the prevalence of T. vitulorum in 1-3 month-old animals was higher than in both younger than one month and older than three months. When the effect of gender on the spread of T. vitulorum infections was examined, it was determined that 21 (20%) of 105 male water buffalo calves were microscopically and 23 (21.90%) of 105 male were moleculary infected in terms of      T. vitulorum. Whereas, 18 (17.14%) of 105 female water buffalo calves were microscopically and 19 (18.10%) of 105 female were moleculary infected. T. vitulorum was detected in stool samples obtained from animals older than six months. In colostrum/milk samples, T. vitulorum larvae were found in 4% and 10% with microscopic and molecular techniques, respectively. The larvae were detected in colostrum/milk samples from the mother between the 2nd and 28th days postpartum. In this study, the ITS-1 gene of randomly selected 11 PCR-positive samples was sequenced. The obtained sequences was uploaded to the GenBank under accession numbers: OQ733339-OQ733349. The 98,99-100% nucleotide identity was determined between T. vitulorum obtained in this study and those present in the GenBank database. 
In conclusion, the data obtained in this study contributed to the epidemiology of T. vitulorum. Furthermore, these data revealed that veterinarians should take into account not only young animals but also older animals in the fight against parasites due to the detection of T. vitulorum eggs in the stool of animals older than 6 months.
Keywords: Toxocara vitulorum; PCR; DNA sequence; Phylogeny; Water buffalo; Sivas