Tüm ekzom dizi analizi normal olarak sonuçlanan hastaların verilerinin güncel literatür ve veri tabanları eşliğinde yeniden analizi /
Yazar: HÜSNÜ MUTLU TURAN
Danışman: PROF. DR. CAVİDAN NUR SEMERCİ GÜNDÜZ
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Bilkent Şehir Hastanesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Moleküler genetik = Molecular genetic

Özet:
Amaç: Bu çalışmada varyant analizinde kullanılan kriterlerin güncel literatür eşliğinde araştırılması ve tüm ekzom dizi analizi normal olarak raporlanmış hastaların verilerinin yeniden analiz edilmesiyle tanısal fayda sağlanması amaçlanmıştır. Tanısal gücün arttırılmasında fenotipten sorumlu olabilecek yeni tanımlanmış genlerin bulunması, varyant kalite filtrelemesinde kapsam dışı kalan varyantların da değerlendirmeye alınması ve klinik önemi bilinmeyen varyantların detaylı incelenmesi amaçlandı.
Gereç ve yöntem: Bu araştırmaya 2020-2021 yılları arasında Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Tıbbi Genetik Polikliniğine hastalık etyolojisi araştırılması nedeniyle başvurmuş olan ve tüm ekzom dizileme çalışması yapılarak normal sonuçlanmış 10 hastanın verileri dahil edildi. Python yazılım dilinde Pandas kütüphanesi kullanılarak Visual Studio Code metin editöründe filrelemeler yapılıp; Matplotlib ve Seaborn kütüphaneleri kullanılarak, filtreleme basamakları görselleştirildi.
Bulgular: Yeniden analiz sonrasında, bir hastada kliniği tam olarak açıklayan compound heterozigot muhtemel patojenik iki varyant gösterildi. Bir hastada hem kliniğe katkı sağlayabilecek muhtemel patojenik varyant hem de de novo olması halinde kliniği açıklayabilecek klinik önemi belirsiz varyant tespit edildi. Ek olarak dört hastada de novo olması halinde kliniği açıklayacağını düşündüğümüz, iki hastada ise trans olması halinde kliniği açıklayabilecek klinik önemi belirsiz varyantlar gösterildi. İki hastada ise yeniden analiz moleküler tanıya ek katkı sağlamamıştır. Hastaların yeniden analiz zamanı 23 ay-38 ay aralığındadır (ortalama: 32.5 ay).
Sonuç: Tüm ekzom dizi analizi sonucunda ortaya çıkan büyük veri birçok filtreden geçirilerek analiz edilmektedir. Filtreleme basamakları algoritması kurulmuş ve klinik fenotipe neden olabilecek genler seçilerek yeniden analiz yapılmıştır.

Abstract:
Aim: The aim of this study was to investigate the criteria used in variant analysis in accordance with the current literature, and to achieve diagnostic benefits by reanalyzing the data of patients whose whole exome sequencing analysis had been reported as normal. The objectives included identifying newly defined genes that may be responsible for the phenotype to enhance diagnostic power, considering variants that were excluded from variant quality filtering, and conducting a detailed examination of variants with unknown clinical significance.
Materials and Methods: This research included the data of 10 patients who had applied to the Medical Genetics Clinic at Ankara Bilkent City Hospital between 2020 and 2021 for the investigation of disease etiology and had undergone whole exome sequencing analysis, which yielded normal results. Filtering steps were performed using the Pandas library in the Python programming language, and the Visual Studio Code text editor was utilized. The filtering steps were visualized using the Matplotlib and Seaborn libraries.
Results: After reanalysis, a patient was found to carry two potentially pathogenic compound heterozygous variants that fully explain the clinical presentation. In another patient, both a potentially pathogenic variant with potential contribution to the clinical phenotype and a variant of uncertain clinical significance, which could explain the phenotype if it is a de novo variant, were identified. Additionally, four patients were found to have de novo variants that are believed to explain the clinical presentation, and in two patients, variants of uncertain clinical significance, which could explain the phenotype if they are in a trans configuration, were identified. In two patients, the reanalysis did not provide any additional contribution to the molecular diagnosis. The time for reanalysis of patients ranges from 23 months to 38 months (mean: 32.5 months).
Conclusion: The large dataset obtained from the whole exome sequencing analysis undergoes analysis by passing through multiple filters. A filtering algorithm has been established, and the filtering steps involve selecting genes that could potentially contribute to the clinical phenotype for reanalysis.