Sistemik skleroz hastalarında alt gruplar ve hastalık süresi ile otofaji arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the relationship between subgroups and disease duration and autophagy in systemic sclerosis patients
Yazar: UFKAY KARABAY
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHTAP YÜKSEL EĞRİLMEZ
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Allerji ve İmmünoloji = Allergy and Immunology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Romatoloji = Rheumatology
Dizin: Fibroz = Fibrosis ; Otoantikorlar = Autoantibodies ; Otofaji = Autophagy ; Sistemik skleroz =

Özet:
Sistemik skleroz (SSc); deri ve iç organların yaygın fibrozisi ile karakterize kronik otoimmün inflamatuvar bir hastalıktır. Hastalığın patogenezi hala tam olarak aydınlatılamamıştır. SSc'nin moleküler patolojisi; endotel hücreleri, immün sistem ve fibroblastlar arasında bozulmuş etkileşimin bulunduğu karmaşık bir süreçtir. SSc patogenezi; immün sistem aktivasyonu, mikrovasküler hasar ve fibroblastların miyofibroblastlara diferansiyasyonu sonrasında otonom ve uzun süreli bir aktivite kazanmaları sonucu oluşan fibrozisi içeren üç temel özellik ile karakterizedir. Klinik olarak sınırlı kutanöz (lcSSc) veya diffüz kutanöz (dcSSc) olarak alt gruplara ayrılmaktadır. SSc'nin standardize olmuş veya onaylanmış kesin bir tedavisi henüz bulunmamaktadır. Bu nedenle hastalığın patogenezinde yeni mekanizmalar araştırılmaktadır. Otofaji, makromoleküller ve organeller gibi sitoplazmik komponentlerin lizozom içerisinde geri dönüşümü ve parçalanmasının kontrolünden sorumlu evrimsel olarak korunmuş homeostazı sağlayan anahtar bir sistemdir. Yapılan çalışmalar, otofajinin düzgün çalışmaması sonucu kanser, nörodejeneratif, kardiyovasküler, enfeksiyöz, metabolik ve pulmoner hastalıklar gibi pek çok patolojik durumun ortaya çıktığını göstermiştir. Son yıllarda yapılan araştırmalar,  otofajinin SSc patogenezinde de önemli rol oynadığını belirtmektedir. Bu tez çalışmasının amacı, dcSSc ve lcSSc hastaları ile sağlıklı kontrollerin periferik kan mononükleer hücrelerinde (PBMC'ler) otofaji ile ilişkili gen (ATG) moleküllerinin mRNA ve protein ekspresyonlarını belirlemek ve ATG moleküllerinin ekspresyonları ile hastalık süresi, deri tutulumunun şiddeti ve otoantikorlar arasındaki ilişkinin araştırılmasıdır. Çalışmada 34 dcSSc ve 43 lcSSc hastasından ve 30 sağlıklı kontrolden alınan PBMC'lerde LC3, p62 ve Beklin1 mRNA ve protein ekspresyonu analiz edilmiştir. LC3 mRNA ekspresyon düzeyi, lcSSc hastalarında dcSSc hastalarına göre; p62 mRNA ekspresyon düzeyi, lcSSc hastalarında dcSSc hastaları ve sağlıklı kontrollere göre daha yüksek bulunmuştur. p62 protein ekspresyon düzeyi ise dcSSc hastalarında lcSSc hastalarına göre daha yüksek belirlenmiştir. p62 protein ekspresyon düzeyi, 5 yıldan kısa hastalık süresi olan SSc hastalarında sağlıklı kontrollere göre daha yüksek tespit edilmiştir. p62 mRNA ekspresyon düzeyi, hastalık süresi 5 yıldan daha uzun olan lcSSc hastalarında sağlıklı kontroller ve hastalık süresi 5 yıldan daha uzun olan dcSSc hastalarına göre daha yüksek bulunmuştur. p62 protein düzeyi ise hastalık süresi 5 yıldan daha uzun olan dcSSc hastalarında 5 yıldan daha uzun hastalığı olan lcSSc hastalarına göre daha yüksek belirlenmiştir. LC3 protein düzeyi, mRSS (0-3) olan hastalarda (>14) olan hastalara göre daha yüksek tespit edilmiştir. p62 protein düzeyi, hastalık süresi 5 yıldan kısa olan anti-topoizomeraz 1 antikoru (ATA) pozitif  hastalarda hastalık süresi 5 yıldan daha uzun olan ATA pozitif hastalara göre daha yüksek bulunmuştur. p62 mRNA düzeyi ise ATA pozitif lcSSC hastalarında sağlıklı kontroller ve ATA pozitif dcSSc hastalarına göre daha yüksek tespit edilmiştir. Yapılan ROC eğrisi analizlerinde LC3 ve p62 mRNA ve protein ekspresyon düzeylerinin dcSSc hastalarını lcSSc hastalarından ayırt etmek için yüksek performans gösterdiği belirlenmiştir. LC3 ve p62 mRNA ve protein ekspresyon düzeyleri ayrıca deri tutulumunun şiddeti ve hastalık süresi ile hasta alt gruplarını ayırt etmek için yüksek performans göstermiştir. Bulgularımız; LC3 ve p62 otofaji molekül düzeylerinin SSc alt gruplarını ayırt etmede önemli olduğunu, ayrıca deri tutulum şiddeti ve hastalık süresi ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Çalışmamız, otofajinin SSc patogenezinde önemli rol oynadığını ve yeni bir tedavi stratejisi olabileceğini göstermektedir.
Anahtar Kelimeler: Sistemik skleroz, otofaji, otofaji ile ilişkili proteinler, otoantikor, modifiye Rodnan deri skoru, fibrozis, periferik mononükleer hücre

Tezin sayfa adedi: 118
Danışman: Dr. Öğr. Üyesi Mehtap YÜKSEL EĞRİLMEZ

Abstract:
Systemic sclerosis (SSc) is a chronic autoimmune inflammatory disease characterized by diffuse fibrosis of the skin and internal organs. The pathogenesis of the disease is still not fully elucidated. The molecular pathology of SSc is a complex process involving impaired interactions between the endothelial cells, immune system and fibroblasts. SSc pathogenesis is characterized by three main features: immune system activation, microvascular damage and fibrosis resulting from fibroblast differentiation into myofibroblasts. It is clinically subgrouped into limited cutaneous (lcSSc) or diffuse cutaneous (dcSSc). There is no standardized or approved treatment for SSc. Therefore, new mechanisms are under investigation in the pathogenesis of the disease. Autophagy is a key evolutionarily conserved homeostasis system responsible for controlling recycling and degradation of macromolecules and cytoplasmic components such as organelles within the lysosome. Studies have shown that autophagy dysregulation results in many pathological conditions such as cancer, neurodegenerative, cardiovascular, infectious, metabolic and pulmonary diseases. Recent studies suggest that autophagy also plays an important role in the pathogenesis of SSc. The aim of this thesis study was to determine mRNA and protein expressions of autophagy-related gene (ATG) molecules in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) of dcSSc and lcSSc patients and healthy controls and investigate the relationship between the expression of ATG molecules and disease duration, severity of skin involvement and autoantibodies. LC3, p62 and Beklin1 mRNA and protein expression were analyzed in PBMCs from 34 dcSSc and 43 lcSSc patients and 30 healthy controls. LC3 mRNA expression level was higher in lcSSc patients than in dcSSc patients; p62 mRNA expression level was higher in lcSSc patients compared with dcSSc patients and healthy controls. p62 protein expression level was found to be higher in dcSSc patients than in lcSSc patients. p62 protein expression level was higher in SSc patients with less than 5 yearsof disease than in healthy controls. p62 mRNA expression level was found to be higher in lcSSc patients with over 5 years of disease compared to healthy controls and dcSSc patients with over 5 years of disease. p62 protein level was higher in dcSSc patients with over 5 years of disease compared to lcSSc patients with over 5 years of disease. LC3 protein level was higher in patients with mRSS (0-3) than in patients with mRSS (>14). p62 protein level was found to be higher in anti-topoizomeraz 1 antibody (ATA) positive patients with less than 5 years of disease than ATA positive patients with over 5 years of disease. p62 mRNA level was higher in ATA positive lcSSc patients compared with healthy controls and ATA positive dcSSc patients. ROC curve analyses revealed that LC3 and p62 mRNA and protein expression levels showed high performance to distinguish dcSSc patients from lcSSc patients. LC3 and p62 mRNA and protein expression levels also showed high performance to differentiate patient subgroups by severity of skin involvement and disease duration. Our findings suggest that LC3 and p62 autophagy molecule levels are important in differentiating SSc subgroups and are associated with severity of skin involvement and disease duration. Our study suggests that autophagy plays an important role in the pathogenesis of SSc and may be a new treatment strategy.
Key words: Systemic sclerosis, autophagy, autophagy-related proteins, autoantibody, modified Rodnan skin score, fibrosis, peripheral blood mononuclear cell

Page Number: 118
Supervisor: Asst. Prof. Mehtap YÜKSEL EĞRİLMEZ