Hücre dışı DNA'nın Salmonella biyofilmlerindeki rolü
Roles of extracellular DNA on Salmonella biofilms
Yazar: CANER ÖZDEMİR
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada 17 faklı Salmonella serovarında, eDNA'nın Salmonella biyofilmlerindeki rolü değerlendirilmiştir. DNaz I enzimi (50µg/mL) kullanılarak eDNA'nın Salmonella biyofilmine olan fonksiyonel ve yapısal etkilerini göstermek amaçlanmıştır. Mikrobiyal adezyonun başlangıç aşamasında eDNA'nın rolü, bazı Group C1, Kentucky, Infantis, Nchanga, Roughform, Virchow ve S. Typhimurium SL1344 gibi Salmonella serotiplerinde, biyofilm oluşumunun erken aşamasında 28°C (24 h)  DNaz I varlığında daha fazla biyomas oluşturmaktadır. eDNA'nın bu serovaryeteler üzerinde önemli ölçüde olumsuz bir etkisi olduğu gözlemlenmiştir. Tüm olgun biyofilm örnekleri yüksek DNaz konsantrasyonunda (50 µg/mL) ortalama % 45,8 oranında eradike edilmiştir. Böylece olgun Salmonella biyofilmlerinde eDNA'nın önemli bir rolü olduğu gösterilmiştir. Bizim gözlemlerimiz daha önce yapılan çalışmaların aksine, eDNA'nın biyofilm oluşumunda önemli ve pozitif rol oynadığı yönündedir. eDNA biyofilm oluşumunun erken aşamasında Salmonella serovarları arasında negatif etki göstermektedir, birçoğu da eDNA yokluğunda biyofilm üretme yeteneğindedir. Buna ek olarak, biyofilm yapısında eDNA bulunmaması olgun Salmonella biyofilm örneklerinde destabilizasyona yol açmaktadır. Ekstrakte edilen eDNA profili diğer Enterobacteriaceae üyelerine benzer olarak 28 kb molekül büyüklüğüne sahiptir. Özet olarak, Salmonella biyofilmlerindeki eDNA'nın rolü serotiplere bağlı olarak farklılık göstermektedir.

Abstract:
In the present study, 17 different Salmonella serovars were monitored to evaluate the roles of eDNA in Salmonella biofilms. It was aimed to illuminate the effects of eDNA on functionality and structurality of Salmonella biofilms by using DNase I enzyme (50µg/mL). The assays for evaluating the roles of eDNA on the initial microbial adhesion showed some of Salmonella serotypes, such as Group C1, Kentucky, Infantis, Nchanga, Roughform, Virchow, and S. Typhimurium SL1344, formed significantly more biomass in the presence of DNase I during early stages of biofilm formation at 28 °C (24 h). It was observed that eDNA had a notable negative effect on the initial attachment of these serovars. All pre-established biofilm samples of serovars were eradicated by 45,8 % on the average at high concentrations of DNase I (50 µg/mL). Hereby, the remarkable role of eDNA in the structurality of mature Salmonella biofilms was demonstrated. Our observation stands in contrast to previous studies which show that eDNA plays an important and a positive role on biofilm formation. We concluded that eDNA has a notable negative effect among some Salmonella serovars during the early stages of biofilm formation, so many of them are more capable of producing biofilm in the absence of eDNA. Additionally, the absence of eDNA leads to destabilizing of the mature biofilm samples of Salmonella. The extracted eDNA has a 28 kb molecular weight similar to other Enterobacteriaceae members' eDNA profile. In summary, the functional role of eDNA in Salmonella biofilms is dependent on the serovars.