Parkinson hastalığına sahip bireylerde serum kökenli olası biyomarkerların LC-MS/MS kullanılarak incelenmesi ve tanımlanması
The investigation and identification of possible serum biomarkers in patients with Parkinson's disease via LC-MS/MS analysis
Yazar: ŞEYMA TÜRKSEVEN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. AHMET TARIK BAYKAL ; YRD. DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Biyobelirteçler = Biomarkers ; Kromatografi-yüksek basınçlı-sıvı = Chromatography-high pressure-liquid ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Parkinson hastalığı = Parkinson disease

Özet:
Amaç:  Parkinson hastalarından alınan kan serumuörneklerinin, hastalığın tanısını kolaylaştıracak proteinlerin tanımlanması amacıyla, LC-MS/MS proteomik yöntemi kullanılarak incelenmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: parkin geni mutasyonlarına sahip Parkinson Hastaları ile sağlıklı bireylerden alınan serumlarda bulunan yüksek miktardaki proteinler afinite kolon yardımıyla uzaklaştırıldı. Protein ekstraksiyonu sonrasında elde edilen triptik peptitler, etiketsiz bottom-up ters faz LC-MS/MS proteomik yöntemi ile proteinlerin ekspresyon farklılıkları analizinde kullanıldı. Peptidlerin kantifikasyonu MS ile yapılırken, MS/MS ile fragmentlerine kadar parçalanmasına izin verilerek aminoasit dizileri tanımlandı.
Bulgular: İstatiksel olarak ekspresyon farklılıkları anlamlı olan 97 farklı protein tanımlandı ve proteinlerin serum içindeki miktarları ölçüldü.Progenesis yazılımında tanımlanan proteinlerdeki ekspresyon farklılıkları IMPaLA yolak analizi ile değerlendirildi.
Sonuç: Serum biyomarker kaynağı olarak kullanılan bir biyolojik sıvıdır. HPLC serumda fazla miktarda bulunan proteinlerin uzaklaştırılması için, LC-MS/MS ise protein ekspresyon değişimlerini göstermek için kullanılacak yöntemlerin başında gelmektedir. Bulduğumuz proteinlerin yalnızca 11 tanesinin daha önce literatürde Parkinson hastalığı ile ilişkisi olduğu saptanmıştır. Geriye kalan 86 proteininPH ile bağlantısı olabilir ve olası biyomarker olarak değerlendirilebilir. 

Anahtar Kelimeler: Serum, LC-MS/MS, Parkinson Hastalığı

Abstract:
Aim: In order to facilitate the diagnosis of the Parkinson's Disease, investigation of the blood serum samples of Parkinson Disease patients by using LC-MS/MS as a proteomic research tool was aimed.
Yöntem: High –abundant serum proteins were immunodepleted from serum samples which were obtained from healthy people and Parkinson patients who carry mutations on their parkin gene with affinity colon. The tryptic peptides that were obtained from protein extraction were used in protein expression analysis by using Label-free bottom-up RP LC-MS/MS method. The quantification of the peptides was carried out by MS analysis and the identification of their aminoacid sequences was achieved by MS/MS analysis.
Findings:  It was observed that statistically meaningfull expression difference in 97 different proteins and amount of them in the serum samples were quantified.Thedifferencesinproteinexpressiondefined inProgenesissoftwarewas evaluated byImpalapathwayanalysis.
Results: Serum is a biological fluid that used as a biomarker source. HPLC is a commonly used to remove the high-abundant proteins in the serum while the protein expression difference can be observed by performing LC-MS/MS analysis. The associations of 11 proteins which in the differently expressed 97 proteins that we analyzed with Parkinson Disease. The other 86 ones may also be associated with the disease and they are candidate biomarkers.

Keywords: Serum, LC-MS/MS, Parkinson' s Disease