Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında karbapenemazların moleküler yöntemlerle incelenmesi
Investigation of carbapenemases by molecular methods in carbapenem-resistant acinetobacter baumannii isolates isolated from clinical specimens
Yazar: NURSEDA BÜRKÜK
Danışman: PROF. DR. ORHAN BAYLAN
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Karbapenemaz = Carbapenemase ; Karbapenemler = Carbapenems ; Oksasilin = Oxacillin ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Acinetobacter baumannii, tüm dünyada hastane enfeksiyonlarına yol açan en önemli patojenlerden biridir. Çoklu ilaca dirençli A. baumannii izolatlarının tedavisinde kullanılan karbapenemlere karşı giderek artan direnç, endişe verici boyutlara ulaşmıştır. Karbapenem dirençli A. baumannii enfeksiyonlarında altta yatan direnç mekanizmasının tespiti, hastane kaynaklı enfeksiyonların önlenmesi ve gerekli önlemlerin alınması için gereklidir.  
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, Ocak 2021-Aralık 2021 tarihleri arasında Sağlık Bilimleri Üniversitesi Sultan 2. Abdülhamid Han Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde yatan hastalardan Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli 100 A. baumannii izolatı dahil edilmiştir. Karbapenemaz varlığını saptamak amacıyla fenotipik yöntemlerden karbapenem inaktivasyon yöntemi ve RAPIDEC CARBA NP (bioMérieux, Fransa) testleri kullanılmış; genotipik yöntemlerden ise PCR ile blaOXA-23, blaOXA-51, blaOXA-58, blaIMP, blaNDM ve blaKPC karbapenemaz direnç genleri araştırılmıştır.  
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen izolatlar en çok trakeal aspirat kültüründen (%61) izole edildi ve klinik örnekler en çok Anesteziyoloji ve Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi'nden (%53) gönderildi. Klinik örneklerin tamamı imipeneme, siprofloksasine ve levofloksasine dirençli bulundu. Meropeneme %98 oranında direnç saptanırken A. baumannii'ye karşı en etkili antibiyotikler kolistin (%87) ve tigesiklin (%87) olarak tespit edildi. Karbapenemaz varlığını araştırmak için yapılan fenotipik testlerde CIM ile yedi, RAPIDEC CARBA NP ile dört izolatta negatiflik bulundu. PCR ile araştırılan direnç genlerinden blaOXA-51 %100, blaOXA-23 %38, blaNDM ise %26 oranında saptandı. blaOXA-58, blaIMP ve blaKPC direnç genlerine sahip hiçbir köken bulunamadı.
Sonuç: Hastanemize başvuran hastalardan izole edilen A. baumannii izolatlarındaki karbapenem direncine yol açan mekanizmalar arasında blaOXA-51, blaOXA-23 ve blaNDM'nin baskın olduğu görülmüştür.  

Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, Grup A karbapenemaz, Karbapenemaz, Metallo beta laktamaz, Oksasilinaz

Abstract:
Aim: Acinetobacter baumannii is isolated as one of the most important factors causing nosocomial infections all over the world. Increasing resistance to carbapenems used in the treatment of multidrug-resistant A. baumannii isolates has reached alarming levels. Detection of the underlying resistance mechanism in carbapenem-resistant A. baumannii infections is necessary to prevent hospital-acquired infections and to take necessary precautions. The results obtained will contribute to the formation of epidemiological data.
Materials and Methods: The study included 100 carbapenem-resistant A. baumannii isolates isolated from various clinical samples sent to the Medical Microbiology Laboratory from patients hospitalized in Sultan 2. Abdulhamid Han Training and Research Hospital of Health Sciences University between January 2021 and December 2021. Carbapenem inactivation method and RAPIDEC CARBA NP tests from phenotypic methods were used to detect the presence of carbapenemase, and resistance genes of blaOXA-23, blaOXA-51, blaOXA-58, blaIMP, blaNDM and blaKPC were investigated by PCR from genotypic methods.
Results: Isolates were most commonly isolated from tracheal aspirate culture (61%), and clinical specimens were mostly sent from the Anesthesia and Reanimation ICU (53%). All clinical specimens were resistant to imipenem, ciprofloxacin and levofloxacin. While 98% resistance to meropenem was detected, the most effective antibiotics against A. baumannii were colistin (87%) and tigecycline (87%). In the phenotypic tests performed to investigate the presence of carbapenemase, seven isolates were negative with CIM and four isolates with RAPIDEC CARBA NP. Among the resistance genes investigated by PCR, blaOXA-51 was 100%, blaOXA-23 was 38%, and blaNDM was 26% positive. No isolates with the blaOXA-58, blaIMP and blaKPC genes were detected.
Conclusion: Among the mechanisms leading to carbapenem resistance in A. baumannii isolates isolated from patients admitted to our hospital, blaOXA-51, blaOXA-23 and blaNDM were dominant.

Key Words: Acinetobacter baumannii, carbapanemases, Class A carbapenemases, Metallo beta lactamases, Oxacillinases