Enfeksiyon etkeni bacteroides ızolatlarının protein sentezini ınhibe eden antibiyotiklere karşı oluşan direncin fenotipik ve genotipik yönden araştırılması
Phenotypical and genotypical investigation of resistance to antibioticsinhibiting protein synthesis of infectious bacteroides isolates
Yazar: BERMAL TEKEŞ
Danışman: PROF. DR. NURVER ÜLGER
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Bacteroides = Bacteroides ; Enfeksiyon = Infection ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Protein sentez inhibitörleri = Protein synthesis inhibitors ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Amaç: Kolon mikrobiyotasının önemli bir bölümünü oluşturan Bacteroides fragilis
grubu (BFG) bakteriler, anaerop kaynaklı enfeksiyonlar arasında birinci sırada izole
edilen bakteri grubunda yer almaktadır. Klinik ipuçlarının çok özel olmaması,
tedavinin etken bakterinin türüne göre değişiyor olması, antibiyotiklere direncinin
bilinmesini gerekli kılmaktadır. Yapılan bu çalışmada; BFG bakterilerin protein
sentezini inhibe eden antibiyotiklere karşı oluşan direnci hem genotipik olarak hem de
BFG bakterilerin in-vitro ortamda antibiyotik duyarlılık yöntemleri kullanılarak
fenotipik olarak tespit etmek hedeflerimiz arasında yer almıştır.
YÖNTEM: Hastanemizin mikrobiyoloji laboratuvarında, klinik örneklerden izole
edilmiş ve stoklanmış 2017 ve 2018 yılına ait toplam 83 BFG bakteri çalışmaya
alınmıştır. İzolatların protein sentezini inhibe eden antimikrobiyallere karşı oluşan
duyarlılık profilinin belirlenmesinde Clinical and Laboratory Standards Institute
(CLSI) kabul ettiği (CLSI,2007), referans yöntem olarak M11-A7 dökümanında
belirtilen agarda dilüsyon metodu ile tespit edilmiştir. Antibiyotik direncine neden
olabileceği düşünülen tetX, tetQ, tetX1, tet36, tetM ve ermF direnç genleri ise, özgül
primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile araştırılmıştır.
BULGULAR: Çoğu batın içi apsesinde olmak ile (n=32) apse, (n=4), kan (n=14),
doku (n=14) gibi çeşitli örneklerden izole edilen BFG bakterileri MALDI-TOF MS ile
tanımlanmıştır. Tüm türler için MİK50 ve MİK90 değerleri belirlenmiştir; Tetrasiklin
ve Klindamisin direncinde rol alan tetX (n=33), tetQ (n=41), tetX1 (n=14), tet36
(n=22), tetM (n=26), ermF (n=47) genleri pozitif olarak bulunmuştur.
SONUÇ: Elde ettiğimiz veriler de Klindamisin antibiyotiğine karşı fenotipik direnci
olmayan izolatlarda (n=11) ermF sessiz geni, tetrasikline antibiyotiği içinde; tetX
(n=1), tetQ (n=3), tetX1 (n= 2), tet36 (n=1), tetM (n=3) sessiz genleri gözlemlenmiştir.
Bu durumun ileriki zamanlarda direnç oranlarının artışı ile karşımıza çıkacağını
düşünmekteyiz.
Anahtar Kelimeler: Bacteroides fragilis grubu bakteri, tetrasiklin, tigesiklin, klindamisin,
kloramfenikol

Abstract:
1. ABSTRACT
AIM: Bacteroides fragilis group (BFG) bacteria, which constitute an important part
of colon microbiota, are most commonly isolated in anaerobic infections. The aim of
this study; to determine the susceptibility profile of BFG bacteria, isolated in the
microbiology laboratory of Marmara University Pendik Training and Research
Hospital, against to tetracycline, tigecycline, clindamycin and chloramphenicol
antimicrobials. We also planned to investigate the presence of resistance genes for
these antimicrobials in the BFG isolates.
METHOD: This study eighty three clinical specimens were examined for isolation of
the BFG group bacteria in Medical Microbiology Laboratory between the 2017 betwen
2018. The isolates identification of the sensitivity profiles against antimicrobials
inhibiting protein synthesis Clinical and Laboratory Standards Institute accepts
(CLSI,2007) referance method by the dilution method in the agar indicated in the M11-
A7 document. Additionally, the presence of 6 genes encoding antibiotic resistance was
determined by PCR.
CONCLUSİONS: The most of in isolated from deep seated abscess (n=32), abscess
(n=4), blood (n=14), tissue (n=14) the frequency of isolation of different BFG group
bacteria from various clinical specimens The isolated were identified MALDI-TOF
MS methods. Antibiotic resistance rates against to, tetracyclin and clindamycin
resistance genes; tetX (n=33), tetQ (n=41), tetX1 (n=14), tet36 (n=22), tetM (n=26),
ermF (n=47) positive found.
RESULT: The analyzed environmental BFG strains were highly resistant to the tested
antibiotics. Clindamycin antibiotics not resistance phenotypical isolates is (n=11)
ermF; tetracycline in antibiotics tetX (n=1), tetQ (n=3), tetX1 (n= 2), tet36 (n=1), tetM
(n=3) silent genes. As a result antibiotic stewardship and infection control is very
important in the are of multidrug-resistance and lack of development new
antimicrobial agents
KEYWORDS: BFG bacteria, clindamycin,tetracyclin, cholarmfenicol,clindamycin