Üst ve alt solunum yolu enfeksiyonu ön tanısı ile çeşitli kliniklerden gönderilen hasta numunelerinde viral patojenlerin araştırılması
Investigation of viral pathogens in patient samples from various departments with pre-diagnosis of upper and lower respiratory tract infections
Yazar: BÜŞRA AYYILDIZ
Danışman: PROF. DR. MUHAMMET HAMİDULLAH UYANIK
Atatürk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Korona virüs enfeksiyonları = Coronavirus enfections ; Korona virüsler = Coronaviridae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; SARS virüsü = SARS virus ; Solunum sistemi = Respiratory system ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; Virüs hastalıkları = Virus diseases ; Virüsler = Viruses

Özet:
Giriş: Solunum yolu enfeksiyonları tüm yaş gruplarında önemli hastalık gruplarından biridir. Solunum yolu viral etkenlerin tanısının konması uygun tedaviye başlanması ve korunma tedbirlerinin düzenlenmesi açısından önem taşımaktadır.
Amaç: Ağustos 2017 - Ekim 2018 yılları ve Mart 2020 - Aralık 2021 yılları tarihleri arasında hastanemizde akut solunum yolu enfeksiyonu ön tanılı ve solunum paneli çalışılan hastaların verilerinin epidemiyolojik özelliklerinin retrospektif olarak incelenmesi amaçlanmıştır
Yöntem: Çalışmaya dahil edilen akut solunum yolu enfeksiyonu ön tanılı 1144 hastanın nazofarengeal sürüntü örnekleri Adenovirus, hMPV, İnfluenza A, İnfluenza A (H1N1), İnfluenza A (H3N2), İnfluenza B, Parainfluenza 1, Parainfluenza 2, Parainfluenza 3, Parainfluenza 4, RSV A, RSV B, Rhinovirus yönünden analiz edildi. Bu hastalara ait veriler Hastane Bilgi Yönetimi Sistemi'nden elde edildi.
Bulgular: Hasta örneklerinin %58'inde en az bir viral etken saptandı. Saptanan virüsler HRV (%21,5), RSV A (%19,8), İnfluenza A/H1/H3 (%9,2), AdV (%4,9), HPIV 1-4 (%4,1), RSV B (%3,2), İnfluenza B (%2,4), hMPV (%2,2) olarak sıralandı. Cinsiyetler arasında herhangi bir viral etkene yakalanma olasılığı birbirinden farklı saptanmadı. En sık patojen tespiti 2-6 yaş grubunda gözlendi. En sık saptanan viral etkenlerden HRV sonbaharda en yoğun, RSV A ve İnfluenza A/H1/H3 kış mevsiminde sıklıkla tespit edildi. Koenfeksiyon oranı %8.8 olarak saptandı. Pandemi öncesi ve pandemi dönemi viral dağılımda değerlendirildiğinde Adenovirüs ve hMPV görülmelerinde anlamlı değişiklik tespit edildi.
Sonuç: Solunum yolu enfeksiyonlarında viral etkenlerin hızlı moleküler testler ile saptanması antimikrobiyal tedavinin ivedilikle düzenlenmesine  olanak sağlar. Aynı zamanda gereksiz antibiyotik kullanımın engellenmesine, uygun tedavi yöntemi ile tedavi maliyetinin ve yatış süresinin azalmasına  katkıda bulunur. Ayrıca, enfeksiyonun nozokomiyal ve toplumsal yayılımını engellemek için gerekli izolasyon önlemlerinin vakit kaybedilmeden alınmasını sağlar.
Anahtar Kelimeler: Solunum Yolu Virüsleri, Multiplex PCR, SARS-CoV-2, Türkiye, epidemiyoloji

Abstract:
Introduction: Respiratory tract infections are one of the crucial disease groups in all ages. Diagnosis of respiratory viral pathogens is important in terms of arranging appropriate medical treatment and taking protective measures.
Objective: Our aim was to examine the epidemiological features of the data obtained from patients with a prediagnosis of acute respiratory tract infection, whose respiratory panels were studied in our hospital between August 2017 and October 2018 and March 2020 and December 2021.
Method: Nasopharyngeal swab samples of 1144 patients with a prediagnosis of acute respiratory tract infection were included in the study. Multiplex PCR was employed to detect respiratory pathogens consisting of Adenovirus, hMPV, Influenza A, Influenza H1, Influenza H3, Influenza B, Parainfluenza 1, Parainfluenza 2, Parainfluenza 3, Parainfluenza 4, RSV A and RSV B. The data of these patients were obtained from the Hospital Information Management System.
Results: Of the 1144 patients enrolled in the study, 58% were positive for at least one viral agent. The viruses were ranked according to their detection rate; HRV (21,5%), RSV A (19,8%), Influenza A/H1/H3 (9,2%), AdV (4,9%), HPIV 1-4 (4,1%), RSV B (3,2%), Influenza B (2,4%), hMPV (2,2%). The probability of detecting any viral agent was no different between gender. The biggest pathogen rate was observed in the 2-6 age group. Among the predominant viruses, HRV was most prevalent in autumn, while RSV and Influenza A/H1/H3 were most commonly detected in winter. The ratio of multiple infections was found to be 8%. In the comparison of the pre-pandemic period and pandemic period of viral distribution, a significant change was found in the distribution of the AdV and hMPV.
Conclusion: Detection of viral agents in respiratory tract infections by rapid tests allows immediate regulation of antimicrobial therapy. At the same time, it contributes to the prevention of unnecessary antibiotic use and the reduction of the cost of treatment and length of stay with an appropriate treatment method. In addition, it ensures that the isolation measures are taken promptly to prevent the nosocomial and social spread of the infection.
Keywords: Respiratory Tract Viruses, Multiplex PCR, SARS-CoV-2, Türkiye, epidemiology