Kafkasya'da yayılış gösteren Primula L. (Primulaceae) taksonlarının matK geni bakımından karşılaştırılması
Comparation of the wild Primula L. (Primulaceae) taxa based on matK gene distirbuted in the Caucasus
Yazar: MURAT ERDEM GÜZEL
Danışman: PROF. DR. KAMİL COŞKUNÇELEBİ
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoloji = Biology ; Botanik = Botany
Dizin: Kafkasya = Caucasus ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Primula = Primula ; Türkiye = Turkey

Özet:
Bu çalışma ile Kafkasya bölgesinde yayılış gösteren 18 Primula L. (Primulaceae) taksonuna ait 43 populasyon matK geni baz profili bakımından incelenmiştir. Çalışmanın yürütülmesi için gerekli bitki materyalleri Türkiye, Gürcistan, İran, Azerbaycan, Rusya ve Ermenistan'dan toplanmış veya herbaryumlardan temin edilmiştir. DNA izolasyonu silikajel içerisinde saklanan sağlıklı yapraklardan veya herbaryum örneklerinden yapılmıştır. matK geni evrensel primerler kullanılarak çoğaltılmış, dizin analizleri hizmet alımı yoluyla yapılmıştır. Çalışılan taksonların baz sıraları hizalandıktan sonra tür içi ve türler arası akrabalık ilişkileri filogeneik programlar aracılığı ile belirlenmiştir. Yapılan analizler sonucunda matK geninin 1529 ile 1541 bp arasında bir uzunluğa sahip olduğu, ATG baz dizisiyle başlayıp TGA baz dizisiyle sonlandığı bulunmuştur. İncelenen taksonlardan P. algida ile P. farinifolia'nın % 99,8'lik benzerlik düzeyiyle birbirine en yakın, P. longipes ile P. elatior subsp. pallasi'nin % 91'lik benzerlik düzeyiyle birbirine en uzak türler olduğu tespit edilmiştir. Ülkemiz endemiği olan P. longipes'in matK geni baz sırası açısından ait olduğu Aleuritia altcinsi taksonlarından çok önemli baz farklılıklarına sahip olduğu bulunmuştur. Ayrıca incelenen örneklerin matK geni baz sıralarında altcins düzeyinde çok önemli delesyonlar ve insersiyonlar tespit edilmiştir. % GC içerikleri (Subgen. Aleuritia: 31,8-32,8; Subgen. Primula: 31,6-32,0) ve Pürin/Primidin oranları (Subgen. Aleuritia: 0,885-0,908; Subgen. Primula: 0,873-0892) p<0.005 düzeyinde istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur.

Abstract:
In this study, 43 populations belong to 18 Primula L. (Primulaceae) taxa distributed in Caucasus were investigated in terms of matK polymorphism. Plant materials used in this study collected during field study in Turkey and Georgia or obtained from several herbaria in Iran, Azerbaijan, Russia and Armenia. Total genomic DNA was extracted from silica-dried material and/or herbarium material. matK gene was amplified using universal primers and sequencing by Macrogen Inc. After aligned all the sequences, intraspesific and interspesific relationships were explored by using a phylogenetic program of MEGA5. As a result of the phylogenetic analysis, it was determined that the matK has a length of 1529 to 1541 bp, begins with ATG codon and finishes with TGA codon. Furthermore, P. algida and P. farinifolia are the closest taxa with a 99,8 % similarity level, P. longipes and P. elatior subsp. pallasi are the farest taxa. In addition, statistically significant differences (p<0.005) in the GC % content and Purin/Pirimidin ratio were determined between subg. Aleuritia and subg. Primula. Lastly P. longipes endemic to Turkey includes several base substitutions differing from the rest of Aleuritia members.