Uterin servikal kanser örneklerinde pyrosequencıng yöntemi ile human papillomavirus (HPV) genotiplerinin belirlenmesi
Detection of human papillomavirus (HPV) genotypes by pyrosequencing method in uterine cervical cancer samples
Yazar: MESUT BELHAN
Danışman: DOÇ. DR. YASEMİN BULUT
Fırat Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genotip = Genotype ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Papillomavirüsler = Papillomaviridae ; Serviks uteri = Cervix uteri ; Uterin servikal neoplazmlar = Uterine cervical neoplasms

Özet:
Servikal kanser kadınlarda göğüs kanserinden sonra görülen ikinci en yaygın kanser türüdür. Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin primer etiyolojik ajanı olarak kabul edilmektedir. HPV tipleri epidemiyolojik ilişkilerine ve HPV genotiplerine göre kategorize edilir. Genom dizi analizine göre şimdiye kadar 100'den fazla HPV genotipi identifiye edilmiştir. HPV genotiplerinin tespiti için kullanılan moleküler testler aşılama stratejisinin oluşturulmasında ve epidemiyolojik amaçla oldukça önemlidir. Pyrosequencing yöntemi HPV genotiplerinin belirlenmesinde kullanılan yeni bir yöntemdir. Bu tezde pyrosequencing yöntemi ile uterin servikal kanseri tanısı olan hastaların HPV genotiplerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu çalışmada Fırat Üniversitesi, Tıp Fakültesi Patoloji A.D. Laboratuvarından temin edilen 38 parafin bloktaki servikal kanser örneği kullanıldı. Örneklerin HPV pozitifliği real time-PCR yöntemi ile belirlendi. Daha sonra, HPV pozitif olarak tespit edilen örneklerden HPV genotipleri pyrosequencing yöntemi kullanılarak belirlendi. Real time-PCR sonucunda, 38 adet örneğin 35'inde (%92) HPV DNA pozitif saptandı. HPV DNA pozitif örneklerin 26'sında HPV 16 (%68.42), 2'sinde HPV 18 (%5.26) tespit edildi. Bir örnekte HPV 16 ve HPV 18'in süper enfeksiyonu (%2.63), 5 örnekte HPV 16 ve HPV 16 Africian subtip süper enfeksiyonu (%13.15) ve bir örnekte ise HPV 16 ile HPV 33 süper enfeksiyonu (%2.63) bulundu.  Bu sonuçlara göre HPV 16 ve HPV 18 enfeksiyonlarının servikal kanserin en önemli etkeni olduğu gösterildi. Pyrosequencing yöntemi ile HPV genotiplerinin belirlenmesi diğer klasik DNA dizi analizi yöntemlerine göre kolay ve ucuzdur. Bu nedenle,  rutin laboratuvarda HPV genotiplendirme için pyrosequencing yöntemini önermekteyiz.
Anahtar Kelimeler: Human papilloma virus, HPV, uterin servikal kanser, genotip, pyrosequencing.

Abstract:
Cervical cancer is the second most common type of cancer in women after breast cancer. Human papillomavirus (HPV) is considered as the primary etiologic agent of cervical cancer. HPV types is categorized according to the epidemiological relationships and genotypes of HPVs. According to analysis of genome sequences of HPVs, HPV genotypes more than 100 have been identified. The molecular tests using for detection of HPV genotypes are very important for the detection of vaccine strategy and epidemiological purpose. The pyrosequencing method is one of the new method using for HPV genotypes. In this thesis, detection of HPV genotypes were aimed by pyrosequencing method in patients with uterine cervical cancer. For this study, 38 paraffin-embedded cervical cancer samples obtained from Department of Pathology, Faculty of Medicine, Firat University were used. The presence HPV DNA in samples were determined by real time-PCR. Then, HPV genotypes were determined from HPV DNA positive samples using pyrosequencing method. According to the results of real time-PCR, 35 (92%) of 38 samples were found as positive for HPV DNA. In the result of pyrosequencing method, of 35 HPV DNA positive samples HPV 16 in 26 (68.42%), HPV 18 in 2 (5.26%) were detected. In one sample, HPV 16 and HPV 18 super-infection (2.63%). In other one sample, HPV 16 and HPV 33 super-infection (2.63%) were detected. HPV 16 ve Africian subtip süper enfeksiyonu (%13.15) were detected fron in 5 samples. According to these results, HPV 16 and HPV 18 were shown to be the most important genotypes. Identification of HPV genotypes with pyrosequencing is cheaper and easier as compared to other methods such as classic nucleotite sequensing method. Thus, we suggest to use pyrosequencing method for genotyping in routine laboratories. 
Key words: Human papilloma virus, HPV, uterine cervical cancer,  genotype, pyrosequencing.