Lactococcus garvieae izolatlarının antimikrobiyal direnç profillerinin fenotipik ve genotipik olarak belirlenmesi
Phenotypic and genotypic determination of antimicrobial resistance profile for lactococcus garvieae isolates
Yazar: İLKER HANCI
Danışman: DOÇ. DR. ERTAN EMEK ONUK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Fenotip = Phenotype ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Lactococcus garvieae = Lactococcus garvieae ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Antimikrobiyel ajanların su ürünleri yetiştiriciliğindeki yoğun ve bilinçsiz kullanımı sucul ortamda antibiyotik dirençli bakterilerin ve antibiyotik direnç genlerinin oluşumuna neden olmaktadır. Bu gibi durumlarda su ve sediment antibiyotik direnç genleri için rezervuar durumuna dönüşebilir ve bu genler horizontal gen transferi ile insan ve balık patojenleri arasında yayılabilirler. Bu tez ile ülkemiz su ürünleri sektöründe, özellikle, alabalık işletmelerinde önemli ekonomik kayıplara neden olan L. garvieae izolatlarının antibiyotik direnç durumlarının, direnç ile ilgili bazı genetik yapıların (antibiyotik direnç genleri) ve izolatlar arası ilişkilerin ortaya konulması amaçlanmıştır.
Materyal ve Metot: Türkiye'nin değişik bölgelerinden izole edilmiş 25 L. garvieae izolatının 14 farklı antibiyotiğe karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle belirlendi. İzolatların sahip oldukları çeşitli antibiyotik direnç genlerinin varlığı spesifik primer çiftlerinin kullanıldığı PCR metodu ile belirlendi. Ayrıca izolatlar arasındaki olası klonal ilişkiler RAPD-PCR metodu ile ortaya konuldu.
Bulgular: L. garvieae saha izolatlarının çalışmada kullanılan 14 farklı antibiyotiğe karşı değişik düzeyde antimikrobiyal aktiviteye sahip oldukları belirlendi. İzolatların tamamının en az 4 farklı antibiyotiğe karşı dirençli olduğu, bir izolatın ise 9 farklı antibiyotiğe karşı direnç ile en yüksek direnç profiline sahip olduğu belirlendi. İzolatlardan birinin (%4) sulI direnç genine, altısının (%24) sulII direnç genine ve bir izolatın (%4) tetD direnç genine sahip olduğu belirlendi. İzolatların ERIC2 primeri ile 3 farklı genotipe ayrıldığı ve izolatların büyük bir bölümünün (16 izolat) baskın tip olan LG2 genotipine dahil olduğu belirlendi.
Sonuç: Çalışmada çoklu ilaç direncinin yüksek oranda saptanması balık hastalıklarının tedavisinde uygun antimikrobiyel ajanların seçilmesinin önemini ortaya koymaktadır.

Abstract:
Aim: The intense and unconscious use of antimicrobial agents in aquaculture results in the occurrence of antibiotic-resistant bacteria and antibiotic resistance genes (ARGs). In such cases, water and sediment may become a reservoir for ARGs and these genes can be transferred horizontally among fish and human pathogens. This thesis is mainly aim to determine antibiotic resistance profiles and some genetic structures that related resistance (ARGs) and relationships among the L. garvieae isolates which causes important economical losses in Turkish aquaculture industry, especially trout industry.
Material and Method: Antimicrobial activity of 25 L. garvieae strains isolated from different regions of Turkey was determined by disk diffusion method against the 14 different antibiotics. Presence of various antibiotic resistance genes in the isolates was determined by PCR method with specific primers. Additionally, possible clonal relationships between isolates was demonstrated by the RAPD-PCR method
Results: L. garvieae field isolates were found to have antimicrobial activity at different levels against 14 different antibiotics used in the study. All isolates have resistant to at least 4 different antibiotics, also one isolate had the highest resistance profile with resistance to 9 different antibiotics. It was determined that one of the isolates (4%) has SulI resistance gene, six (24%) of isolates have the sulII resistance gene and one isolate (4%) has tetD resistance gene. It was determined that the isolates were divided into 3 different genotypes by the ERIC2 primer and large amount of the isolates (16 isolates) have involved dominant type LG2 genotype.
Conclusion: Detection of high rate multi-drug resistance in the study, suggested that selection of appropriate antimicrobial agents is important for treatment of fish diseases.