Kanserli hastalarda cell free dna ve tümör dokusundan telomer uzunluğu bakılması /
Yazar: MİNE URFALI
Danışman: PROF. DR. FATMA SILAN
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Genetik = Genetics ; Kanser hastaları = Cancer patients ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Telomer = Telomere ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: Telomer disfonksiyonunun sayısal, yapısal kromozom instabilitesini(CIN) tetiklediği ve tümörogenezisde önemli bir etyolojik parametre olduğu bilinmektedir. Kanser hastalarının periferik dolaşımlarındaki serbest tümör DNA(ctDNA) konsantrasyonunun kanser evre ve prognozuyla ilişkili olabileceği bildirilmiştir. Klasik biyopsilerin tümör dokusunun belirli kısmı hakkında bilgi verdiğini ancak günümüzde kanserin taşıdığı mutasyon ve davranış özelliklerine göre kendi içinde subgruplara ayrıldığını bilmekteyiz. Bu araştırmada kanser hastalarının cfDNA telomere uzunluğu sonuçlarının, periferik kan ve solid tümör dokulardaki telomere uzunluğu ile karşılaştırılarak özellikle periferik dolaşımdaki cfDNA' nın kanser erken tanı ve tedavi takibinde tümör dokusundan yapılacak genetik çalışmalara alternatif non- invaziv etkin bir yöntem olup olmadığını araştırmaktır. 
YÖNTEM: Çeşitli kanser hastalarına ait(n:40) tümör doku, periferik kan ve plazmaörnekleri ve kanser hastalığı bulunmayan kontrol grubu(n:20) periferik kan ve plazmaörnekleri Q-PCR telomere ölçümü çalışmasına alındı. Herbir örneğin telomer uzunluğu; Telomerin(T) ve Singlecopy gene(S) oranı olan T/S ratio(T/S=2−.ΔCt ) değeri,formülde Ct değerleri yerine koyularak hesaplandı ve her bir örneğin T/S ratiosu referans DNA ya göre normalize edilerek relative T/S ratio(2- ΔΔCt) değerleri hesaplandı.
BULGULAR: Hasta grubun plazma relatif T/S ratio ortanca değerinin kontrol grubundan istatistiksel olarak anlamlı şekilde yüksek olduğu gözlendi(p<0,001). Hasta grubun kendi içinde tam kan örnekleri relatif T/S ratio ortalamasının plazma örnekleri relatif T/S ratio ortalamasından yaklaşık 4,3 kat daha fazla olduğu gözlenmiştir(p<0,001). Tamkan relative T/S ratio ortalamasının, Tümör doku relative T/S ratio ortalamasından 2,2 kat daha fazla olduğu gözlenmiş olup(p:0,001)., benzer şekilde; Tümör doku relative T/S ratio ortalaması Plazma relative T/S ratio ortalamasından 1,8 kat daha yüksek olarak gözlenmiştir(p:0,002)(tam kan> tm dokusu >cfdna).
TARTIŞMA VE SONUÇ: CtDNA T/S rationundoku T/S ratioya göre daha kısa saptanması,plazma ctDNAnın, tümör dokusunun homojen bir moleküler markırı olduğu ve saf tümöre ait hücreler içerdiği ve kanser tanı ve takibinde moleküler bir markır olabileceğini göstermektedir.
 
ANAHTAR KELİMELER: Cellfree DNA, kanser, real-time pcr, telomer

Abstract:
INTRODUCTION AND AIM: Telomer dysfunction triggers numerical and structural chromosomal instability (CIN) and initiates tumorigenesis. Concentration of ctDNA in the circulation of cancer patients was found to be correlated with cancer stage and prognosis. Classical biopsies give information about parts of tumor tissue, but today we know that the cancer is divided into subgroups according to the mutation and behavioral characteristics it carries. In this study, we aimed to investigate whether the results of cfDNA are compatible with the results of the tissues and to investigate whether CfDNA is an alternative non-invasive method for diagnosis of cancer and genetic studies to be performed from tumor tissue.
METHODS: Tumor tissue, peripheral blood and plasma samples of various cancer patients (n: 40) and peripheral blood and plasma samples of the control group without cancer disaese were taken into Q-PCR telomere measurement study.The telomeric DNA length, T/S ratios (T/S=2−.ΔCt) were calculated by substituting the Ct values in the formula and each sample was normalized to the calibrator DNA using T/S ratio(2-ΔΔCt)formula.
RESULTS: The plasma relative T/S ratio median value of the patient group was statistically significantlyhigher than the control group (p<0,001). In the patient group, the plasma relative T/S ratio was approximately 4.3 times higher than the relative T/S ratio of the whole blood samples (p<0,001). The mean T/S ratio of whole blood was 2.2 times higher than the mean T/S ratio of tumor tissue (p:0,001) and similarly tumor tissue relative T/S ratio averages were 1.8 times higher than plasma T/S ratio averages(p:0,002)(whole blood>tumor tissue> cfDNA).
DISCUSSION AND CONCLUSION: In cancer, telomer length is shortened due to the high replication ability of the cells. The shorter detection of CtDNA T/S ration than the tissue T/S ratio suggests that plasma ctDNA is a homogeneous molecular marker of tumor tissue and contains cells of pure metaplasia and may be a molecular marker in cancer diagnosis and follow-up.
 
KEYWORDS: Cellfree DNA, cancer, real-time PCR, telomere