Lactococcus garvieae'nin fenotipik ve genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
Determination of the phenotypic and genetic diversty of Lactococcus garvieae
Yazar: MUSTAFA TÜRE
Danışman: DOÇ. DR. İLHAN ALTINOK
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Su Ürünleri = Aquatic Products ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Lactococcus = Lactococcus ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Lactococcus garvieae'nın izolasyonu amacı ile 2009 ve 2010 yaz aylarında 5 farklı işletmeden örnekleme yapılmış ve 3 tanesinden bu bakteri izole edilmiştir. Bunun yanı sıra yurdun değişik yörelerinden ve İtalya, İspanya, Fransa, Japonya gibi ülkelerden geçmiş yıllarda değişik kaynaklardan izole edilmiş incelenmiştir. PZR işlemi sonucunda Lactococcus garvieae olduğu anlaşılan tüm suşlara biyotiplendirme amacı ile klasik biyokimyasal testler ve API 20 Strep testi uygulanmıştır. Klasik olarak gerçekleştirdiğimiz testlerde suşlar arasında tam homojenite görülürken API 20 Strep de heterojenite mevcuttur. Genel olarak baktığımızda biyotip 1 olan ATCC 49156 referans suşunun API 20 Strep'e göre Türkiye'den elde edilen izolatlar ile birkaç istisna dışında ortak özellik gösterdiği, buna karşın İtalya, İspanya ve Fransa menşeli balık ve diğer hayvanlardan izole edilen izolatlardan farklı biyokimyasal özelliklere sahip olduğu görülmüştür. Yine bu çalışmada L. garvieae izolatlarının genotiplendirilmesi amacıyla ERIC-PZR metodu optimize edilerek kullanılmıştır. Benzerlik oranlarını düşük bulunan L. garvieae suşları 8 kümede toplanmıştır. Bu da suşlar arasında önemli taksanomik heterojenitenin olduğu belirlenmiştir. Klasik biyokimyasal test ve API 20 Strep sonuçlarını ERIC-PZR ile karşılaştırıldığında birkaç istisna hariç sonuçların benzer olduğu görülmüştür. Disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapılan antibiyogram testine göre; suşların, oksitetrasiklin, amoksisilin, tetrasiklin ve florfenikol gibi antibiyotiklere karşı duyarlı oldukları, gentamisin ve sulfametoksazol+trimethoprim gibi antibiyotiklere karşı ise dirençli oldukları saptanmıştır.

Abstract:
Fish were sampled from 5 different fish farms between 2009 and 2010 to isolate Lactococcus garvieae, which were isolates from 3 different farms. In addition to isolated L. garvieae 38 strains from different regions of Turkey and different countries such as Italy, Spain, France, and Japan, were studied. All isolates were identified with classic biochemical tests and API 20 Strep. Although a complete homogenity was observed in the strain identified by classical test, partial heterogenity was observed in the API 20 Strep tests. In general, according to the API 20 Strep test, it was found that the ATCC 49156 referance strains, biotype showed common features with the isolates obtained from Turkey. However, they had many different biochemical characteristics from the isolates that were isolates from the animals in İtaly, Spain and France. In this study, for the purpose of genotyping of the isolates, optimized ERIC-PZR method was used. L. garvieae strains were grouped in 8 clusters according to their low rate of similarities. This grouping showed was taxonomic heterogeneity between the strains. When we compared the results of the classical biochemical and API20 Strep tests with ERIC-PZR, the results are similar except a few strains. Disc diffusion method was used to test antibiotic resistance of the L. garvieae isolates. Strains of L. garvieae were sensitive to oxytetracycline, amoxillin, florfenikol, tetracycline and were resistant to gentamicin and sulfamethoxazole + trimethoprim.