Tavuk dışkılarından izole edilen Salmonella serovarlarının antibiyotik direnç profillerinin araştırılması
Investigetion of antibiotic resistance profiles of Salmonella serovars isolated from chicken feces
Yazar: NUR SELCEN AKKAYA
Danışman: PROF. DR. SEYYAL AK ; DOÇ. DR. MEHMET CEMAL ADIGÜZEL
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı / Veteriner Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu çalışmada farklı tavukçuluk işletmeleri ve kesimhanelerden alınan dışkı örneklerinde Salmonella enterica serovarlarının prevalansı, serotip dağılımı ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve güncellenmesi amaçlandı. İstanbul, Balıkesir, Erzurum ve Erzincan illerindeki tavukçuluk işletmeleri ve kesimhanelerden Mart 2020-Aralık 2021 tarihleri arasında kloakal sürüntü ve kesimhane materyalini (sekum) içeren toplam 550 adet örnek Salmonella spp. yönünden incelendi.
Toplanan örneklerde Salmonella spp. saptanması için ISO 6579:2002/Amd 1:2007 kültür metodu kullanıldı. Konvansiyonel testlerle Salmonella spp. olduğu saptanan suşların invazyon A(invA) genine spesifik primerlerin kullanıldığı PCR ve BD Phoenix™ ile doğrulaması yapıldı. İzolatların White Kauffmann-Le Minor-Şeması'na göre serotiplendirilmesi yapıldı. İzolatlar, çoklu antibiyotik dirençliği, genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL), karbapenem ve AmpC beta laktamaz pozitifliği yönünden incelendi. 
Bu örneklerin selektif katı besiyerindeki koloni morfolojilerine göre 76 izolatın (%13,8) Salmonella spp. şüpheli koloni görünümüne sahip olduğu belirlendi. Yapılan konvansiyonel biyokimyasal
testler, BD Phoenix™ M50 cihazı ve PCR analizi sonucunda 50 izolatın (%9,1, 50/550) Salmonella spp. olduğu saptandı. White-Kauffmann-Le Minor-Şeması'na göre serotiplendirilen izolatların tamamının Salmonella enterica subsp. enterica serovar Molade(8,20:z10:z6) olduğu saptandı. Antimikrobiyal duyarlılık testi sonucunda izolatların siprofloksasin'e %100.0 (50/50), tigesikline ise %88 (44/50) dirençli olduğu belirlendi. İzolatların tamamının GSBL, karbapenem ve AmpC beta laktamaz yönünden negatif olduğu belirlendi. İzolatlardan herhangi birinin üç veya daha fazla antibiyotiğe karşı direnç göstermediği için bu çalışmada çoklu antibiyotik dirençli izolat belirlenmedi.
Elde edilen sonuçlar, Türkiye'de entegre bir işletmeden kesimhaneye gelen hayvanlarda saptanan S. Molade izolatlarında hayvan preparatları olmamasına rağmen saptanan yüksek oranda siprofloksasin ve tigesiklin direnci üzerinde durulması gerektiği ve bu antibiyotiklerin halk sağlığı açısından oldukça önemli olduğunu gösterdi. Özellikle hayvan izolatlarında direnç saptanması için kullanılan antibiyotik panellerinin de güncellenmesi ve hayvanlarda kullanılmasa bile halk sağlığı açısından önem taşıyan antibiyotiklerde gelişebilecek direnç durumlarının sürekli olarak izlenmesi gerektiği düşünüldü.

Abstract:
In this study aimed to determine and update the prevalence, serotype distribution and antibiotic resistance profiles of Salmonella enterica serovars in fecal samples taken from poultry farms and slaughterhouses. A total of 550 samples, including cloacal swab and slaughterhouse material (cecum) from poultry farms and slaughterhouses in Istanbul, Balıkesir, Erzurum and Erzincan provinces, were examined for Salmonella spp. between March 2020 and December 2021.
ISO 6579:2002/Amd 1:2007 culture method was used to detect Salmonella spp. in the collected samples. Strains identified as Salmonella spp. by conventional tests were confirmed with PCR and BD Phoenix™ using primers specific to the invasion A (invA) gene. The isolates were serotyped according to the White-Kauffmann-Le Minor-Scheme. The isolates were examined for multiple antibiotic resistance, Extended-spectrum Beta Lactamase (ESBL), carbapenem and AmpC beta lactamase positivity.
According to the appearance of these samples on the selective solid medium, 76 isolates (13.8%) were determined to have a suspicious Salmonella spp. colony appearance. As a result of conventional biochemical tests, BD Phoenix™ M50 device and PCR analysis, 50 isolates (9.1%, 50/550) were confirmed to be Salmonella spp. All of the isolates serotyped according to the White Kauffmann-Le Minor-Scheme were determined to be Salmonella enterica subsp. enterica serovar Molade (8,20:z10:z6). As a result of the antimicrobial susceptibility test, it was determined that the isolates were 100.0% (50/50) resistant to ciprofloxacin and 88% (44/50) resistant to tigecycline. All isolates were determined to be negative for Extended Spectrum Beta Lactamase (ESBL), carbapenem and AmpC beta lactamase. No multiple antibiotic resistant isolates were identified in this study, as none of the isolates showed resistance to three or more antibiotics.
The results obtained showed that the high rate of ciprofloxacin and tigecycline resistance detected in S. Molade isolates detected in animals coming to the slaughterhouse from an integrated enterprise in Turkey, although there were no animal preparations, should be emphasized and that these antibiotics are very important for public health. It was thought that the antibiotic panels used to detect resistance, especially in animal isolates, should be updated and the resistance situations that may develop in antibiotics that are important for public health, even if they are not used in animals, should be constantly monitored.