Gastroduodenal Patolojisi Olan Hastalardan Alınan Mide Biyopsisi Örneklerinde Helicobacter Pylori Prevalansının ve Genotiplerinin Belirlenmesi
Determination of the Prevalence and Genotypes of Helicobacter Pylori in the Gastric Biopsy Specimens from Patients with Gastroduodenal Patologies
Yazar: TOĞRUL NAĞIYEV
Danışman: PROF.DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2007
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
H.pylori dünya nüfusunun % 50'den fazlasını infekte eden önemli birinfeksiyon ajanıdır. Mide infeksiyonunun prognozunu bakteriye bağlı CagA veVacA toksinleri üretiminin ve bu toksinleri kodlayan genlerdeki allelikfarklılıkların etkilediği gösterilmiştir. Tip-I suşlar olarak kabul edilen cagA+vacA+suşlar kronik aktif gastrit, peptik ülser ve gastrik kanserler gibi daha cidditablolardan sorumlu iken, cagA-vacA- suşlar asemptomatik taşıyıcılık veya nonülserdispepsi (NÜD) ile ilişkilendirilmektedir. Tip-I suşlar kadar vacA allelikkombinasyonlarının prognoza etkisi Batı ve Doğu toplumlarında bölgeselfarklılıklar göstermektedir. Prognozla ilgili doğru tahminler yapılabilmesi için,farklı coğrafi bölgelerdeki etken suşların moleküler yöntemlerle belirlenengenotipleri ve allelik kombinasyonları ile klinik tablo arasındaki ilişki bilinmelidir.Bu çalışmada, bölgemizdeki gastrit ve/veya mide ülserli (G/MÜ) hastalar ileduodenal ülserli (DÜ) hastalarda antrum ve korpus mukozasında H.pyloriprevalansının ve genotiplerinin belirlenmesi amaçlandı.Bu çalışmaya, Ç.Ü. Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Anabilim Dalı ile SağlıkBakanlığı Adana Çukorova Devlet Hastanesi Gastroenteroloji polikliniklerinebaşvuran, gastroduodenal yakınması olan ve endoskopi endikasyonu alan 231hasta dahil edildi.Biyopsi örneklerinden DNA ekstraksiyonu QIAGEN doku ekstraksiyon kitiile yapıldı. Önce H.pylori kolonizasyonunu göstermek üzere PCR (PolymeraseChain Reaction) ile ureC genine spesifik diziler çoğaltıldı. Daha sonra ureC-PCRpozitif olan DNA örnekleri cagA ve vacA genlerinin tespiti için, spesifik dizilerihedef alan primerler kullanılarak çoğaltıldı. vacA pozitif olan DNA örneklerinintamamında, vacA geninin ?s? ve ?m? allelleri allel spesifik primerler kullanılarakPCR ile arştırıldı. Böylece, H.pylori suşlarının Tip-I ve Tip-II genotiplerine ekolarak, vacA geninin allelik kombinasyonları da belirlendi.Çalışma sonunda 72'si (% 75.0) kadın ve 129'u (% 95.6) erkek hastalara aitolmak üzere 201 (% 87) hastanın biyopsi örneklerinden en az birisinde H.pyloriureC geni bulundu. H.pylori prevalansının G/MÜ'li hastalarda % 82.9, DÜ'lihastalarda da % 95.9 olduğu görüldü. Kolonize suşların % 84.1'inin cagA+vacA+Tip-I suşlar olduğu, bu suşların G/MÜ'li ve DÜ'li kolonize hastalardakiprevalanslarının ise sırası ile % 78.6 ve % 94.3 olduğu tespit edildi. Tip-I suşlardaen sık karşılaşılan vacA allelik kombinasyonun 47 (% 27.8) suş ile s1a/m1b, Tip-IIsuşlarda ise 11 (% 36.7) suş ile s1/m2 olduğu görüldü. Özellikle, G/MÜ'li hastalaraait 59 (% 57.3) suşta s1c allelinin varlığı dikkat çekici bulundu.Sonuç olarak, H.pylori Tip-I suşları DÜ'li hastalarda G/MÜ'li hastalaragöre istatistiki yönden anlamlı şekilde yüksek bulundu. Ayrıca, DÜ'li hastalardakolonize olan suşlarda s1a alleline, G/MÜ'li hastalarda ise s1c alleline sahip Tip-Isuşların prevalansı diğer allelik tiplerden istatistiksel olarak anlamlı şekilde dahayüksek bulundu.

Abstract:
H.pylori is an important infective agent which infects more than 50% ofworld population. It is reported that, the prognosis of gastric infection could beaffected by the production of CagA and VacA toxins and allelic differences incoding genes of these toxins. While cagA+vacA+ strains called Type-I areresponsible for more serious diseases such as chronic active gastritis, peptic ulcerand gastric cancer, cagA-vacA- strains are associated with asymptomatic carriageor non-ulcer dispepsia (NUD). The effects of vacA allelic combinations as well asType-I strains on prognosis shows geographic differences in Western and Easternpopulations. The relation between the clinical outcome and genotypes and alleliccombination of causative strains isolated from patients with gastroduodenaldisorder in different geographic regions in order to make true estimation onprognosis should be known. The aim of this study was to determine the prevalenceand genotypes of H.pylori in the antral and corpus biopsy specimens from patientswith gastritis and/or gastric ulcer (G/GU) and duodenal ulcer (DU) in our region.Two hundred thirty one patients with gastroduodenal complaints and whohaving endoscopic indications from University of Cukurova, Medical Faculty,Gastroenterology Department and Ministry of Health, Adana CukurovaGovernmental Hospital, Gastroenterology Department were enrolled in this study.The DNA extractions from biopsy specimens were performed withQIAGEN tissue extraction kit. First, in order to demonstrate H.pylori colonisation,the spesific sequences of ureC gene were amplified with PCR (Polymerase ChainReaction). Then, ureC-PCR-positive DNA templates were amplified by primerswhich target spesific sequences in order to detect cagA and vacA genes. The ?s?and ?m? alleles of vacA genes were investigated in all of vacA-positive DNAtemplates by PCR with allel spesific primers. Thus, in addition Type-I and Type-IIgenotypes, the allelic combinations of vacA gene of H.pylori strains were alsodetermined.As a result, H.pylori ureC gene was found at least in one of the biopsyspecimens from 201 (87%) patients; 72 (75%) female and 129 (95.6%) male. Ithave seen that, the prevalence of H.pylori was 82.9% in patients with G/GU and95.9% in patients with DU. Of colonized strains 84.1% were cagA+vacA+ Type-Istrains and prevalences of these strains in patients with G/GU and DU were 78.6%and 94.3% respectively. The most vacA allelic combination seen in Type-I strainswas s1a/m1b with 47 (27.8%) strains and s1/m2 with 11 (36.7%) strains in Type-IIstrains. Especially, the presence of s1c allele in 59 (57.3%) strains from G/GUpatients was striking.In conclusion, Type-I strains of H.pylori was found statistically higher inpatients with DU than patients with G/GU. Besides, the prevalence of Type-Istrains that contain s1a allel in patients with DU and s1c allele in patients withG/GU was found statistically higher than the other allelic types.