Kolorektal kanserde aday prognostik biyobelirteçlerin arşiv materyallerinde doğrulanması
Validation of candidate prognostic biomarkers in archive colorectal cancer specimens
Yazar: SULGUN CHARYYEVA
Danışman: PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Biyobelirteçler = Biomarkers ; Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor

Özet:
Kolorektal kanser (KRK)  dünyade ve Türkiye'de en sık görülen üçüncü ve en ölümcül ikinci kanser olarak kabul edilmektedir. Son yıllarda KRK'nın tanısı ve  prognozu açısından biyolojik belirteçlerin kullanımı yaygın hale gelmiştir. Bu bağlamda ekibimiz tarafından yapılan ön çalışmalar sonucu hücre dışı matris etkileşim yolağında görev gören COL1A1, COL5A1, FN1 ve THBS2 genlerinin yüksek ifadesinin KRK'nın teşhis ve seyrinin öngörülmesinde faydalı olabileceği ortaya konmuştur.

Bu doğrultuda tez çalışması kapsamında  200 KRK tümör ve 70 kontrol FFPE dokularından RNA izolasyonu yapılıp qRT PCR yöntemiyle bu dört genin ekspresyon verisi önceki çalışmalar ile birlikte incelenmiştir. Diğer tarafadan 200 KRK tümör örneğinin mRNA verisine ek olarak bu genler protein seviyesinde immünohistokimyasal olarak değerlendirilmiş ve hayatta kalım ile ilişkilendirilmiştir.

Yapılan analizler sonucu normal mukoza ile kıyasla tümör hücrelerinde COL1A1 geni için 200 tümör, 130 tümör ve 70 tümör vs 70 kontrol karşılaştırmalarında 2.1, 2.2 ve 3.8 kat artış (p>0.0001); COL5A1 geni için 1.8, 2.2 ve 1.8 kat artış (p>0.0001); FN1 geni için 9.0 kat (p=0.0015), 13.1 kat (p=0.0010) ve 1.6 kat artış (p>0.0257); THBS2 geni için 4.8 kat (p=0.0001), 6.6 kat (p<0.0001) ve 1.9 kat artış (p=0.0007) gözlemlenmiştir. Buna ek olarak tümör hücrelerinde COL1A1 ve COL5A1 genlerinin yüksek ekspresyonu KRK hastalarının genel, nükssüz ve uzak metastazsız sağkalımı ile ilişkilendirilmiştir ve evre belirteci yanında sağkalımın tahminlerinde bağımsız bir faktör olabileceği gösterilmiştir. Diğer yandan FN1'in yüksek ifadesi daha kötü uzak metastazsız sağkalım ile bağdaştırılarak uzak metastazın tahmininde bağımsız bir prognostik belirteç olabileceği öngörülmüştür. Sonuç olarak, ileri çalışmalar gerektirmekle beraber çalışma kapsamında COL1A1, COL5A1 ve FN1 genlerinin potansiyel prognostik belirteçler olabileceği ortaya konmuştur.

Abstract:
Colorectal cancer (CRC) is the third most common and the second deadliest cancer in the world as well as in Turkey. In recent years, the use of biological markers for the diagnosis and  prognosis of cancer has become widespread in the clinic. In this context, as a result of our preliminary studies, it was revealed that high expression of the genes COL1A1, COL5A1, FN1 and THBS2, which are involved in the ECM interaction pathway, could be useful for the diagnosis and prognosis of CRC.

Within the scope of the thesis study, RNA from 200 CRC tumors and 70 control FFPE tissues was isolated and the expression data of these four genes were examined together with previous studies. On the other hand, in addition to the mRNA data of 200 CRC tumor samples, these genes were evaluated immunohistochemically at the protein level and associated with the patient survival data.

As a result, in groups: 200 tumor vs 70 control, 130 tumor vs 70 control, and 70 tumor vs paired 70 control COL1A1 was increased 2.1, 2.2 and 3.8 fold (p>0.0001); COL5A1 was increased 1.8, 2.2 and 1.8 fold (p>0.0001); FN1 was increased 9.0-fold (p=0.0015), 13.1-fold (p=0.0010) and 1.6-fold (p>0.0257); THBS2 was increased 4.8-fold (p=0.0001), 6.6-fold (p<0.0001) and 1.9-fold (p=0.0007) respectively, in tumor cells compared to normal mucosa. Moreover, the high expression of COL1A1 and COL5A1 genes in tumor cells has been associated with overall, recurrence-free and distant metastasis-free survival of CRC patients, and it has been shown that it may be an independent factor in the prediction of survival as well as the TNM stage. In addition, high expression of FN1 was associated with worse distant metastasis-free survival, and it was predicted that it could be an independent prognostic marker in the prediction of distant metastasis. In conclusion, although it requires further studies, it has been revealed that COL1A1, COL5A1 and FN1 genes can be potential prognostic markers within the scope of the study.