Dermatolojik kullanım amaçlı termal kaplıca kaynaklarından enzimatik özellikli toplam biyoaktif polipeptit izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of total enzymatic bioactive polypeptides from thermal hot spring specialized for dermatological applications
Yazar: HÜSEYİN ANIL DİBLEN
Danışman: DOÇ. DR. BİLGE HİLAL ÇADIRCI
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyomühendislik = Bioengineering ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Bu projenin amacı dermatolojik hastalıklar için özellikle tercih edilen Sulusaray
kaplıcasının biyoaktif polipeptitler açısından incelenmesi ve tedavi edici polipeptit
yapıdaki aktif maddelerin belirlenmesidir. Bu amaçla Sulusaray kaplıcasından alınan su
örnekleri ilk önce 0,45 μm daha sonra 0,22 μm por çaplı membranlar ve ardından da 3
kDa'luk nitroselüloz membranlar kullanılarak filtre edilmiştir. Filtre kağıtlarından
ekstrakte edilen protein konsantrasyonu, Bradford yöntemine göre belirlenmiştir.
Ekstrakte edilen proteinler biyoaktivite yönünde taranmıştır. Daha sonra aktiviteleri
ölçülen polipeptitler SDS-PAGE yöntemi ile ayrılacak görüntülenmiştir. Aynı zamanda
polipeptid üreticisi mikroorganizmaların belirlenmesi amacıyla kaplıca sularından DNA
izolasyonu yapılmış ve elde edilen uygun DNA konsantrasyonundaki örnekler 16S
rRNA ve 18s rRNA dizi analizi ile filogenetik olarak sınıflandırılmışlardır. Yapılan
çalışmalar sonucunda 65.5 μg/ml konsantrasyona sahip polipeptid karışımının
S.enteritidis, C.utilis, C.albicans, E.coli, B.subtilis ve P.vulgaris suşlarına karşı etkili
oldukları ve 1.384 U/ml amilaz, 0.263 U/ml lipaz ve 1.64 U/ml proteaz enzim
aktivitelerine sahip oldukları, çok az katalaz aktivitesi gösterirken, oksidaz aktivitesi
göstermediği belirlenmiştir. Polipeptit karışımının ağırlıklı olarak 70 kDa ve 35 kDa
büyüklüğünde iki ayrı polipeptit içerdiği görülmüştür. Dizi analizi sonuçlarında
kaplıcanın Proteobakteri, Bakteriodes, Chloroflexi, Deinococcus thermus ve
Cyanobakteri sınıflarından bakteriler ve Ascomycota sınıfından funguslar içerdiği
belirlenmiştir. Sonuç olarak, suyun içinde bulunan biyoaktif polipeptit kaynaklarının bu
organizmalar tarafından üretildiği öngörülmüştür.

Abstract:
The aim of this project is to examine Sulusaray hot spring, which is particularly
preferred for dermatological diseases, in terms of bioactive polypeptides and to identify
the active compounds in the therapeutic polypeptide structure. For this purpose, water
samples from the Sulusaray sponge were first filtered using 0,45 μm and 0,22 μm pore
sized membranes followed by 3 and 30 kDa cut off nitrocellulose membranes. The
concentration of protein extract, extracted from the filter papers was determined by the
Bradford method. Extracted proteins were screened for their bioactivity. The bioactive
polypeptides are displayed to be separated by SDS-PAGE method. At the same time,
DNA isolation from hot spring waters was performed to identify polypeptide producer
microorganisms and the samples obtained at appropriate concentration of DNA were
phylogenetically classified by 16S rRNA and 18S rRNA sequence analysis. As a result
of the studies, it was found that the polypeptide mixture having a concentration of 65.5
μg / ml was effective against strains of S. enteritidis, C.utilis, C.albicans, E. coli, B.
subtilis and P.vulgaris strains, and that have 1.384 U / ml amylase, 0.263 U / ml lipase
and 1.64 U / ml protease enzyme activities. The mixture showed little amount of
catalase activity, but no oxidase activity. It has been found that the polypeptide mixture
contains two separate polypeptides, predominantly 70 kDa and 35 kDa in size.
Sequence analysis results revealed that the hot spring contains bacteria from the classes
Proteobacteria, Bacteriodes, Chloroflexi, Deinococcus thermus and Cyanobacteria and
fungi from the family Ascomycota. As a result, it is predicted that the bioactive
polypeptide sources contained in the water are produced by these organisms.