Osteosarkoma'da arid3a, XAF1 ve ZNF313 arasındaki olası ilişkinin incelenmesi
Investigation of possible relation between arid3a, XAF1 and ZNF313 in osteosarcoma
Yazar: NESİL YALMAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ABU SHAMEEM MD. SAADAT KHANDAKAR ; PROF. DR. EMEL ŞAHİN
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Antineoplastik ajanlar = Antineoplastic agents ; DNA = DNA ; DNA hasarı = DNA damage ; Gen ifadesi = Gene expression ; Gen susması = Gene silencing ; Genler = Genes ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA ; Transkripsiyon-genetik = Transcription-genetic

Özet:
Osteosarkom çocuklarda ve yetişkinlerde görülen en yaygın kemik kanseri türüdür. ARID3A (AT-zengini etkilişim domeyni 3A) bir DNA bağlanıcı proteindir, hücre döngüsü ilerleyişi için E2F ile işbirliği yapar ve ayrıca geniş çapta biyolojik işlevleri ile doğrudan bir p53 hedef genidir. Orjinalde bir nüklear protein olarak tanımlanmış olan X'e bağlı apoptoz inhibitör proteini (XIAP) ile ilişkili faktör 1 (XAF1) bir tümör baskılayıcı gendir ve bütün normal dokularda bolca ifade edilirken pek çok insan kanserlerinde ya yoktur ya da düşük düzeylerde mevcuttur. ''Gerçekten ilginç yeni gen'' (RING) parmak proteini 114 (RNF114/ZNF313) bir çinko bağlanıcı protein kodlayan gendir ki çoklu insan kanserlerinde sık genomik amplifikasyon sergiler. ZNF313 hücre döngüsü ilerlemesi, farklılaşma ve yaşlılık düzenlenmesinde hayati rollere sahip olan bir ubikutin E3 ligazıdır. ZNF313 başlangıçta bir XAF1- etkileşim proteini olarak tanımlanmıştır ve XAF1' in stabilitesini ve proapoptotik etkisini arttırır. Biz, osteosarkomda ARID3A (Rb/E2F1 ve p53 tümör baskılayıcı yolaklarının her ikisinin de fonksiyonel bir bağlayıcısıdır) XAF ve ZNF313 arasında olası bir etkileşim olabileceği hipotezini kurduk. Böylesi etkileşim ve onun mekanizmaları henüz açıklığa kavuşturulmamıştır. Bu çalışmada, osteosarkom hücre hattı U2OS' de ARID3A' susturulması ve aşırı ifadesi gerçekleştirildi ve RNA seviyeleri Real-Time Quantitative Reverse Transcription PCR (RT-PCR) ile ölçüldü. Şunu farkettik ki ARID3A ' nın susturulması osteosarkomda p53, XAF1 ve ZNF313' ün ifadelerini düşürmüş ve aşırı ifadelendirilmesi bu genlerin ifadelerini arttırmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlar ARID3A' nın osteosarkomda doğrudan XAF1 ve ZNF313 ifadelerini düzenlediğini belirtmektedir. Çalışmamız, osteosarkomda ARID3A yolu üzerinden XAF1 ve ZNF313 ' ün hedeflenmesi vasıtasıyla bir tedavi seçeneği daha sunmuştur. Sonuçlarımız şunu önermektedir ki ARID3A' nın XAF1 ve ZNF313 ifadelerini doğrudan düzenlediği şekliyle osteosarkomda teröpetik bir hedef olarak kullanılabilir. Bu yüzden buluşlarımızın onaylanması için daha ileri çalışmalara geresinim duyulmaktadır.
Anahtar Kelimeler: ARID3A, Osteosarkom, p53, XAF1, ZNF313

Abstract:
Osteosarcoma is the most common type of bone cancer in children and adolescents. ARID3A (AT-rich interactive domain 3A) is a DNA binding protein, cooperates with E2F for cell cycle progression and also a direct p53 target gene with a wide range of biological processes. X-Linked Inhibitor of Apoptosis (XIAP)-associated factor 1 (XAF1), which was originally identified as a nuclear protein, is a tumor suppressor gene and is ubiquitously expressed in all normal tissues, but absent or present at very low levels in many human cancers. "Really interesting new gene" (RING) finger protein 114 (ZNF313/RNF114) is a zinc-binding protein encoding gene, which exhibits a frequent genomic amplification in multiple human cancers. ZNF313 is a ubiquitin E3 ligase that has a critical role in the regulation of cell cycle progression, differentiation and senescence. It was initially identified as an XAF1-interacting protein, which upregulates the stability and proapoptotic effect of XAF1. We hypothesized that there might have a possible interaction between ARID3A (which is the functional connector of both Rb/E2F1 and p53 tumor suppressor pathways), XAF1 and ZNF313 in osteosarcoma. Such interaction and their mechanisms has not yet been elucidated. In this study, silencing and overexpression of ARID3A in osteosarcoma cell line U2OS was performed and the RNA levels have been measured by Real-Time Quantitative Reverse Transcription PCR (RT-PCR). We noticed that silencing and overexpression of ARID3A decreased and increased the expression of P53, XAF1 and ZNF313 respectively in osteosarcoma. Our obtained results indicate that ARID3A regulates XAF1 and ZNF313 directly in osteosarcoma. Our study has given one more option in the treatment of osteosarcoma by targeting XAF1 and ZNF313 via ARID3A. Our results suggest that ARID3A may be used as a therapeutic target in osteosarcoma as it regulates the expressions of XAF1 and ZNF313 directly. Therefore, further studies are needed to confirm our findings.
Keywords: ARID3A, Osteosarcoma, p53, XAF1, ZNF313