Over kanserinde miRNA analizi ile moleküler tanı ve izleme
Molecular diagnosis and surveillance in ovarian cancer by miRNA analysis
Yazar: ECE GÜMÜŞOĞLU
Danışman: DOÇ. TUBA GÜNEL
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Genetik = Genetics ; Kadın Hastalıkları ve Doğum = Obstetrics and Gynecology

Özet:
Over kanseri kadın ölümlerine neden olan birinci sıradaki jinekolojik kanserdir. Epitelyal over kanseri (EOK) ölüm oranı en yüksek over kanseri çeşididir. EOK genellikle asemptomiktir ve uygun tarama testlerinin sayısı azdır. Hastalık %70 oranda ileri evrelerde (evre III ve IV) teşhis edilir ve 5 yıllık sağ kalım oranı %30'dan azdır. Evre I'de tanısı koyulan EOK'li olguların 5 yıllık sağ kalım oranı %90'a, evre II'de teşhis edilen olguların ise %70'e kadar çıkar. Bu nedenle EOK'nin erken teşhisi klinikte çok büyük önem taşır. Bu araştırmada miRNA'lar aracılığı ile over kanserinin erken teşhisi amaçlanmıştır. 
MikroRNA'lar (miRNA) insan hastalıklarının tanısında kullanılan ve plazmada saptanan küçük düzenleyici RNA ailesidir. Spesifik mRNA'ların susturulmasında etkili olan miRNA'lar gen anlatımını transkripsiyon sonrası düzenleyen, protein kodlamayan RNA'lardır. Over kanserinde miRNA anlatımı genelde düzensiz olmasına rağmen, kanserle ilişkili miRNA'larda mutasyonlara daha nadir rastlanır. Yapılan çoğu çalışmada normal over epiteli ile over kanserindeki miRNA profili arasında fark olduğu gösterilmiştir. 
Yaptığımız tez çalışmasında, epitelyal over kanseri olan vakalarda, over kanseri geçirip tedavi sonrasında tekrarlayan (nüks) olgularda, basit over kisti vakalarında ve sağlıklı bireylerde miRNA anlatım profilleri karşılaştırılmıştır. Sağlıklı grup hariç diğer gruplardan hem doku hem serum örneği, sağlıklılardan  ise sadece serum örneği toplanmıştır. Basit over kisti dokuları,  kontrol olarak kullanılırken; sağlıklı serumları, serum grubunda kontrol olarak kullanılmıştır. Doku örneklerinin ikili ve üçlü karşılaştırılması sonucunda toplam 6 tane anlamlı olarak değişmiş (p değeri 0.05'den küçük ve anlatım değişme katsayısı 2'den büyük olan) miRNA (hsa-miR-4665-3p, hsa-miR-200c-3p, hsa-miR-6737-3p, hsa-miR-3656, hsa-miR145-5p, hsa-miR-320e) tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların hedeflediği genlere ve yolaklarına göre analiz yapıldığında kanserle ilişkileri belirlenmiştir. 
Serum örneklerinde ikili, üçlü ve dörtlü gruplandırılmış örneklerde miRNA anlatım analizinde anlamlı olarak değişen (p değeri 0.05'den küçük ve anlatım değişme katsayısı 2'den büyük olan) 12 tane miRNA (hsa-miR-1909-5p, hsa-miR-3646, hsa-miR-3656, hsa-miR-548am-5p, hsa-miR-6775-3p, hsa-miR-6794-3p, hsa-miR-885-5p, hsa-miR1234-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7108-5p, hsa-let-7d-3p, hsa-miR-449c-3p) tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların hedeflediği genlere ve yolaklarına göre analiz yapıldığında kanserle ilişkili oldukları görülmüştür.
EOK'un erken tanısına yönelik miRNA'larla uluslararası düzeyde bilimsel çalışmalar yapılmaktadır. EOK'un moleküler tanı yöntemleri aracılığıyla tanımlanmasına yönelik rutin bir uygulama olmadığı gibi nüks-over kanseri ve basit over kistinde meydana gelen miRNA anlatım değişikliklerinin birlikte mikroarray ile tarandığı literatüre rastlanmamıştır. Araştırma sonuçlarımıza göre mikroarray ile tespit ettiğimiz miRNA'ların validasyonu yapılarak %90 olan 5 yıllık sağ kalım oranına erişebilme mümkün olacaktır.

Abstract:
Ovarian cancer is first gynecologic cancer that causes women death and epithelial ovarian cancer (EOC) is the most lethal ovarian cancer type. EOC is usually asymptomatic and few screening tests are available, almost 70% of women present with advanced-stage (stage III or IV) disease, with 5-year survival rates of less than 30%. Patients who are diagnosed with stage I disease have a 5-year survival rate of up to 90%, and patients with stage II disease have a 5-year survival rate of up to 70%. Therefore, early detection of EOC has a great importance in clinic. In this study, early diagnosis of ovarian cancer by miRNA is aimed. 
MicroRNAs (miRNAs) are small regulatory RNA family found in plasma and used for diagnosis of human diseases. miRNAs are non-coding RNAs that represses specific mRNAs and regulates post-transcriptional gene expression. Although miRNA expression is irregular in ovarian cancer, mutations are found rarely in cancer related miRNAs. Several studies showed that different miRNA profile between normal ovarian epithel and ovarian cancer. 
In this thesis study, miRNA expression profiles have been compared between patients suffering ovarian cancer, recurrence ovarian cancer after treatment, simple ovarian cysts and healthy individuals. Either tissue and serum samples were collected from whole groups except healthy individuals. From healthy group, only serum samples were attained. While, simple ovarian cysts tissues have been used as a control group; healthy serums have been used as a control group between serum samples. In the results of comparison of miRNA expressions profiles in between two and three tissue groups; 6 significantly (p value is smaller than 0.005 and fold change is greater than 2) altered expression levels miRNAs (hsa-miR-4665-3p, hsa-miR-200c-3p, hsa-miR-6737-3p, hsa-miR-3656, hsa-miR145-5p, hsa-miR-320e) have been detected. Relations of genes and pathways with cancer can be determined, when the target genes and pathways of these miRNAs were analyzed.
In the results of comparison of miRNA expressions profiles in between two,three and four serum groups; 12 significantly (p value is smaller than 0.005 and fold change is greater than 2) altered expression levels miRNAs (hsa-miR-1909-5p, hsa-miR-3646, hsa-miR-3656, hsa-miR-548am-5p, hsa-miR-6775-3p, hsa-miR-6794-3p, hsa-miR-885-5p, hsa-miR-1234-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7108-5p, hsa-let-7d-3p, hsa-miR-449c-3p) have been detected. Relations of genes and pathways with cancer can be determined, when the target genes and pathways of these miRNAs were analyzed.
Scientific researches about early detection of EOC by miRNA are performed international level. There is not routine application for detect EOC with molecular diagnostic methods yet. Besides, any other study that screens the altered miRNA expression level on ovarian cancer, recurrent ovarian cancer and simple ovarian cyst samples together; is found in between the previous studies. As a result of our study, with the detected altered miRNAs validation, it will be possible to reach 90% of 5-year survival rate.