Kafes kuşlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamaz sentezleyen Esherichia coli varlığının araştırılması
Investigation of the presence of extended spectrum beta lactamase producing Esherichia coli in cage birds
Yazar: AYŞE DOLAR
Danışman: YRD. DOÇ. DR. EBRU ŞEBNEM YILMAZ
Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) sentezleyen Escherichia coli izolatlarının veya Enterobactericeae üyelerinin prevelansındaki artış, Türkiye dahil olmak üzere tüm dünyada yaygın olarak bulunmakta ve gittikçe büyüyen bir sorun olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu tez çalışmasında, Hatay ilinde kafes kuşu yetiştiriciliği yapan petshop'lardan alınan farklı kuş türlerine ait gaita örneklerinde GSBL sentezleyen E. coli varlığının belirlenmesi amaçlandı. Gaita örnekleri 2 µg/ml sefotaksim içeren Eosine Methylene Blue (EMB) agara ekildi. Fenotipik doğrulama testleriyle konfirme edilen pozitif izolatların GSBL tipi Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ve DNA dizi analizi ile araştırıldı. GSBL üreten izolatların antimikrobiyal duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle, filogenetik gruplanması ise PZR ile tespit edildi. GSBL sentezleyen E. coli gaita örneklerin % 2,7'sinden (4/150) izole edildi. GSBL sentezleyen % 2,7 E. coli suşlarında, GSBL genleri blaTEM-1b (n=4), blaCTX-M-15 (n=2), blaCTX-M-1 (n=2) olarak tespit edildi. blaOXA ve blaSHV genleri ise tespit edilmedi. İzolatların tamamı gentamisin, imipenem, sefotetan, amikasin, sefoksitin ve tobramisine duyarlı bulunurken; ampisilin (%100), amoksisilin/klavulanik asit (%100), aztreonam (%100), nalidiksik asit (%100), cephalotin (%100), siprofloksasin (%100), tetrasiklin (%100), sefepime (%50), kloramfenikol (%50), streptomisin (%50), sülfametoksazol/trimetoprim (%50) ve kanamisine (%25) ise değişen oranlarda direnç belirlendi. Filogenetik analizler sonucu GSBL pozitif izolatların tamamının B1 grubuna ait olduğu bulundu.	
Bu çalışma ile Türkiye'de ilk kez kafes kuşlarında fekal kaynaklı GSBL sentezleyen E. coli varlığı tespit edilmiştir. Ayrıca çalışma sonuçlarıyla, kafes kuşlarının potansiyel GSBL sentezleyen E. coli taşıyıcısı olduğu ve halk sağlığı açısından da potansiyel bir risk oluşturabileceği ortaya konmuştur.
 
Anahtar Kelimeler: Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz, Escherichia coli, kafes  kuşları, PZR

Abstract:
The increase in the prevalence of Escherichia coli or other Enterobacteriaceae species which produce extended-spectrum beta-lactamases (ESBLS), have been extensively documented and have been an emerging public health problem all over the world, including Turkey. In this study, it was aimed to determine the presence of extended-spectrum beta-lactamase (ESBLs) producing E. coli, which is taken from numerious cage birds gaita samples from pet shops in the province of Hatay. Gaita samples were inoculated on to Eosine Methylene Blue (EMB) agar containing 2 µg/ml cefotaxime. The positive isolates were confirmed by phenotypic confirmatory test of ESBL types were investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) and DNA sequence analysis. Antimicrobial susceptibility of ESBL-producing isolates were determined by disk diffusion method, phylogenetic classification were determined by the PCR. ESBL-producing E. coli isolates achieved 2,7 % (4/150) from gaita samples. ESBL genes blaTEM-1b (n=4), blaCTX-M-15 (n=2), blaCTX-M-1 (n=2) were determined. blaOXA and blaSHV genes were not detected. All ESBL positive isolates were sensitive to gentamicin, imipenem, cefotetan, amikacin, cefoxitin and tobramycin; ampicillin (100%), amoxicillin/clavulanic acid (100%), aztreonam (100%), nalidixic acid (100%), cephalotin (100%), ciprofloxacin (100%), tetracycline (100%), cefepime (50%), chloramphenicol (50%), streptomycin (50%), sulfamethoxazole/trimethoprim (50%) and kanamycin (25%) showed resistance in varying amounts. Phylogenetic analysis result of all ESBL positive isolates were detected to belong to the B1 group. 
With this study, the presence of the fecal origin ESBL producing E. coli was determined in cage birds for the first time in Turkey. In addition, the study results showed that cage birds have potential ESBL E. coli carrier and potential risk for public health.

Keywords: Extended-spectrum beta-lactamase, Escherichia coli, cage birds, PCR