Tuz gölü bakterilerinin karakterizasyonu ve mevsimsel dağılımı
Characterization and seasonal variations of Tuz Lake bacteria
Yazar: MEHMET BURÇİN MUTLU
Danışman: PROF. DR. KIYMET GÜVEN
Anadolu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada Tuz Gölü bakterilerinin karakterizasyonu ve bunların mevsimseldağılımlarının belirlenmesi amaçlanmıştırGölün 5 farklı noktasından Ağustos 2003-Ekim 2005 tarihleri arasında örneklemeyapılmıştır. Farklı besiyerleri kullanılarak 122 adet aerobik halofilik bakterininizolasyonu gerçekleştirilmiş ve bu izolatların bazı biyokimyasal ve antibiyotiklere karşıhassasiyet testleri yapılmıştır. Bazı izolatların toplam hücre protein profilleri SDS-PAGEile çıkarılarak buradan oluşturulan benzerlik dendogramları, referans halofillerle ve kendiaralarındaki ilişkinin ortaya konmasında kullanılmıştır.Farklı koloni morfolojisine sahip olan izolatlardan 25 tanesi seçilerek bunların16S rRNA dizi analizlerine göre identifikasyonları gerçekleştirilmiş ve bunların Archaeadomaininden Haloarcula, Haloferax, Halorubrum ve Halomicrobium ve Bacteriadomaininden Chromohalobacter genusuna ait oldukları belirlenmiştir.Mayıs 2005, Temmuz 2005 ve Ekim 2005 örneklerinde ise kültür bağımsıztestlerle kommünite analizine yönelik çalışmalar olan floresan in situ hibridizasyon(FISH), denatüre edici gradient jel elektroforezi (DGGE) ve 16S rRNA klonları ile genkütüphanesi oluşturulması metodları uygulanmıştır. FISH çalışmaları ile Bacteriaüyelerinden Salinibacter'in Tuz Gölündeki varlığı ilk defa olarak ortaya konmuştur.DAPI boyamaları ile örneklerdeki Archaea, Bacteria ve toplam hücre sayıları açığaçıkarılmıştır.DGGE yöntemi ile Archaea jelinden Haloquadra walsbyi, Archaeoglobusprofundus, Halorubrum sp., Halobacterium saccharovorum ve Halorubrum orientalis,Bacteria jelinden ise Cytophaga sp., Salinibacter ruber ve Halophilic eubacterium EHB-2varlığı ilk defa olarak bildirilmiştir. 16S rRNA kütüphanesi çalışmasıyla da dizi analizlerisonrası Archaea klonları arasında Haloquadra walsbyi, Halosimplex carlsbadanse,Haloterrigena thermotolerans ve Halorubrum sp., Bacteria klonları için Salinibacterruber strain POLA 13, Salinibacter ruber strain POLA 18, Halophilic eubacterium EHB-2 ve Halophilic eubacterium EHB-4, Halanaerobacter lacunarum, Acinetobacterbaumannii ve Cytophaga sp. varlığı ilk defa olarak ortaya konmuştur.Göldeki baskın Archaea üyesi organizmanın Haloquadra walsbyi ve baskınBacteria üyesinin Salinibacter ruber olduğunu gösterilmiştir.Anahtar kelimeler: Tuz Gölü, Halofilik Archaea/Bacteria, FISH, DGGE, 16S rRNAGen Kütüphanesi

Abstract:
In this study, characterization and seasonal variations of Tuz Lake bacteria wereinvestigated.Sampling of the lake was carried out between August 2003 and October 2005 atfive different points. A total of 122 aerobic strains were isolated by using different mediaand biochemical tests and antibiotic resistance were performed. Whole cell proteinpatterns of some of the isolates were obtained by SDS-PAGE and these profiles wereused to produce similarity dendograms and to compare the relation between strains.25 strains differed in colony morphology were chosen for identification with 16SrRNA sequence. Some of the isolates were identified as Haloarcula, Haloferax,Halorubrum and Halomicrobium spp. in Archaea domain and Chromohalobacter inBacteria domain.May 2005, July 2005 and October 2005 samples were analysed by using cultureindepentend methods such as fluoresceine in situ hybridization (FISH), denaturinggradient gel electrophoresis (DGGE) and 16S gene library. Salinibacter ruber in TuzLake was recorded for the first time by using FISH. Archaea, Bacteria and totalmicroorganism numbers were found by using DAPI stainings.DGGE showed the existence of Haloquadra walsbyi, Archaeoglobus profundus,Halorubrum sp., Halobacterium saccharovorum and Halorubrum orientalis in Archaeadomain, and Cytophaga sp., Salinibacter ruber ve halophilic eubacterium EHB-2 inBacteria domain for the first time. Sequence analysis of 16S rRNA clones also showedthe existence of Archaeal Haloquadra walsbyi, Halosimplex carlsbadanse, Haloterrigenathermotolerans and Halorubrum sp., and Bacterial Salinibacter ruber strain POLA 13,Salinibacter ruber strain POLA 18, Halophilic eubacterium EHB-2, Halophiliceubacterium EHB-4, Halanaerobacter lacunarum, Acinetobacter baumannii andCytophaga sp for the first time.It has been showed that Haloquadra walsbyi is the dominant Archaeal organismand Salinibacter ruber is the dominant Bacterial organism in Tuz Lake.Keywords: Tuz Lake, Halophilic Archaea/Bacteria, FISH, DGGE, 16S rRNA GeneLibrary