Dermatofitozların tanısında moleküler yöntemlerin kullanılması
The usage of molecular methods in the diagnosis of dermatophytosis
Yazar: YASİN TİRYAKİ
Danışman: YRD. DOÇ. BERNA GÜLTEKİN
Adnan Menderes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dermatomikozlar = Dermatomycoses ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
Dermatofitler tüm dünyada yaygın ve sık olarak görülen infeksiyon hastalıklarına (dermatofitoz) neden olan mantarlardır. Bu infeksiyonların tanısında, kullanılan klasik yöntemlerden; direkt mikroskobide yalancı negatiflikler görülmekte ve türe spesifik tanı yapılamamaktadır. Mantar kültürü ise özgül bir yöntem olmasına rağmen üreme için uzun inkübasyon süresi gerektirmekte ve izolatların doğru olarak identifiye edilebilmesi için çoğu zaman ek testlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada dermatofitozların tanısında moleküler yöntemlerin yerinin araştırılması amaçlanmıştır.Aydın Devlet Hastanesi Dermatoloji Polikliniğinden 01. 03. 2010- 30. 06. 2010 tarihleri arasında dermatofitoz şüphesi ile aynı hastanenin Mikrobiyoloji Laboratuvarına yönlendirilen 110 hastadan alınan 123 örnek (63 deri kazıntısı, 60 tırnak örneği) çalışmaya dahil edilmiştir. Örneklerin mikrobiyolojik ve moleküler incelemeleri Adnan Menderes Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapılmıştır. Örnekler % 20'lik potasyum hidroksit solüsyonu ile direkt mikroskobik olarak incelenmiş, mantar kültürü için Sabouraud dekstroz agar ve patates dekstroz agar besiyerlerine ekilmiştir. Kültürde üreyen suşlara ve kazıntı örneklerine direkt olarak dermatofitlerin kitin sentaz 1 (CHS1) gen bölgesini hedefleyen primerlerle pan-dermatofit nested PZR, bunun yanı sıra Tricophyton rubrum ve Tricophyton mentagrophytes'e özgü primerlerle nested PZR uygulanmıştır. PZR yöntemleri arasında uyumsuzluk saptanan örneklerde dizi analizi ile tanıya gidilmiştir.Örneklerin 62 (% 50,4)'sinde direkt mikroskobik incelemede mantar elemanları görülmüş, 30 (% 24,4)'unun kültüründe dermatofit üremiştir. Kültürde üreyen suşların klasik yöntemler ve T. rubrum/T. mentagrophytes nested PZR ile identifikasyon sonuçları aynı bulunmuştur. Örneklerin 67 (% 54,5)'sinde pan-dermatofit nested PZR, 65 (% 52,9)'inde T. rubrum/T. mentagrophytes nested PZR pozitif sonuç vermiştir.Çalışmamızda kullanılan moleküler tanı yöntemleri ile dermatofitoz etkenleri hızlı bir şekilde tür düzeyinde tanımlanabilmiştir. Alt yapısı uygun olan laboratuvarlarda dermatofitozların rutin tanısında moleküler yöntemlerin uygun bir tanı aracı olabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Dermatophytes are fungi which are widespread throughout the world, and are responsible for the common disease of dermatophytosis, or ringworm. In the diagnosis of these infections by classical methods, direct microscopy can give false negatives, and species-specific diagnosis is not possible. Although fungal culture is a specific method, a long incubation period is needed for propagation, and there is often a need for supplementary tests to identify the isolates correctly. The purpose of this study was to examine the use of molecular methods in the diagnosis of dermatophytosis, and to discover whether they have any advantage over classical methods.Included in the study were 123 samples (63 skin and 60 nail) taken from 110 patients who attended Aydın State Hospital Dermatology Polyclinic between 1.3.2010 and 30.6.2010 with suspected derematophytosis and who had been sent to the Microbiology Laboratory of the same hospital. Microbiological and molecular examination of the samples was performed in the Microbiology Laboratory of the Adnan Menderes University Research and Application Hospital. Samples were directly examined microscopically with a 20% solution of potassium hydroxide, or were placed on Sabouraud dextrose agar and potato dextrose agar broths for fungal culture. Pan-dermatophyte nested PCR with primers targeting the chitin synthase 1 (CHS1) gene region, and also nested PCR with primers specific to Tricophyton rubrum and Tricophyton mentagrophytes were carried out on the strains produced in the cultures and directly on the collected samples. In samples where inconsistencies were found between PCR methods, this was resolved using identification by sequence analysis.Fungal components were seen in 62 (50.4%) of the samples, and dermatophytes were produced in 30 (24.4%) of the cultures. Identification results were found to be the same for the strains produced in the culture by classical methods as the identified by nested PCR. Pan-dermatophyte nested PCR gave positive results in 67 (54.5%) samples, and T. rubrum/T. mentagrophytes nested PCR in 65 (52.9%) samples.The agents of dermatophytosis has been fastly identified in species, with molecular diagnostic methods used in our study. It has been suggested that in the routine diagnosis of dermatophytosis, molecular methods may be appropriate diagnostic tool in laboratories.