Samsun ili ve çevresinde kistik fibrozis ön tanılı çocuk ve adolesanların kftr gen analizleri ve frekans dağılımlarının incelenmesi /
Yazar: MERYEM HİLAL ALTAŞ
Danışman: PROF. DR. METHİYE GÖNÜL OĞUR
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Genetik = Genetics ; Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Ergenler = Adolescents ; Frekans dağılımı = Frequency dispersion ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Kistik fibroz = Cystic fibrosis ; Mutasyon = Mutation ; Samsun = Samsun ; Çocuklar = Children

Özet:
Giriş: Kistik Fibrozis çocuklarda ve erişkinlerde görülen, hayatı tehdit eden genetik multisistem bir hastalıktır. Otozomal resesif geçiş gösterir. Hastalığa neden olan gen mutasyonlarının tümü 7. kromozomun uzun kolu üzerinde (7q31.2)  tek bir lokustan kaynaklanır. İnsidansı etnik gruplara göre farklılık göstermekte olup yaklaşık 1/25 taşıyıcı sıklığı ve 1/2000 – 3500 canlı doğum ile beyaz ırktaki en yaygın hastalıklardan biridir. KF'ye neden olan yaklaşık 1900'den fazla KFTR mutasyonu tanımlanmıştır. Hastalık ve belirtileri, Kistik Fibrozis Transmembran Regülatörü (KFTR) proteinini kodlayan gendeki mutasyon sonucunda ortaya çıkmaktadır. 
 Materyal-Metod: Çalışma retrospektif dosya taraması yöntemi ile yapıldı. Hasta bilgileri için hastane arşiv dosyası ve genetik poliklinik dosyaları kullanıldı. Çalışmaya, Ocak 2012-Nisan 2016 tarihleri arasında Çocuk Genetik Bilim Dalı'na yönlendirilen, 0-18 yaş arası Kistik Fibrozis ön tanılı 210 çocuk hasta dahil edildi. Tüm hastalara dizileme (sekans) ve ters hibridizasyon multipleks PCR yöntemleri ile KFTR mutasyon analizleri yapıldı. Hastalara 14.08.2014 tarihine kadar 3 ekzonlu, sonrasında 12 ekzonlu sekans analizi uygulandı.
Bulgular: Çalışmamıza dahil olan hastaların yaşı minimum 1 ay, maksimum 216 ay, ortanca yaş 17 ay idi. Erkeklerin/ kızlara oranı 1.03 olarak bulundu. Hastaların en sık başvuru nedeni tekrarlayan akciğer enfeksiyonu 101 (%48) ve kilo alamama 56 (%26.7)idi. Hastaların 112'sine 3 ekzonlu (%53.3), 98'ine 12 ekzonlu (%46.7) sekans analizi çalışıldı. Sekans analizi sonucunda, 210 hastanın 71 (%33.8)'inde homozigot, bileşik heterozigot veya heterozigot formda, 28'i farklı toplam 87 mutasyon olduğu görüldü. Sekansda hastaların 19'u (%9) homozigot ya da bileşik heterozigot mutasyon olarak belirlendi. Klinik temelde, homozigot ya da bileşik heterozigot mutasyon sıklığı en yüksek olan klinik bulgu, mekonyum ileusu idi (%57); mutasyon saptanan hastaların tümü homozigot ya da bileşik heterozigot mutasyon idi. Tüm mutasyonlar içinde F508del (%13) ve 1677del TA (%4.8) mutasyonu sıklık sırasında ilk 2 sırayı oluşturmaktaydı. Homozigot ya da bileşik heterozigot mutasyona sahip hastaların başvuru yaşı minimum 1 ay, maksimum 216 ay bulundu, ortanca yaş ise 2 aydı. F508del'in ishal ve kardeş KF öyküsü birlikteliği istatistiksel olarak anlamlı bulundu. 1677 del TA ve ishal birlikteliğinde ise sınırda anlamlılık vardı. Klinikte mutasyonlarla birliktelikte en yüksek ilişki oranı, ter testi ilişkisi oldu. Ters hibridizason multipleks PCR'da 210 hastanın 40'ında (%19) mutasyon saptandı. Allel temelinde, 14 farklı, toplam 61 mutasyon mevcuttu. 61 mutasyonun 23 (%11)'ü homozigot ya da bileşik heterozigot mutasyon olarak belirlendi. F508del allel frekansının, mutasyon saptanan hasta grubundaki oranı %33.8 (27/80) ve tüm hastalardaki oranı %6.4 (27/420) bulundu. 1677del TA allel frekansı mutasyon saptanan hasta grubunda %12.5 (10/80), tüm hastalardaki oranı %2.4 idi.
Sonuç ve Öneri: Kistik fibrozis tanısı, klinik buguların biyokimsal veya genetik tetkikler ile bütünleştirilmesiyle konur. Tanıda KFTR mutasyon analizleri (dizileme ve ters hibridizasyon multipleks PCR), son yıllarda giderek artan öneme sahiptir. Çalışmamız, çocukluk çağı kistik fibrozis hastalarında KFTR gen mutasyonlarının, bölgemizdeki sıklığını, dağılımını ve klinik ilişkilerini yansıtmaktadır.

Abstract:
Aim: Cystic fibrosis is a genetic, multisystem, life threatening disease that is seen both in children and adults. Inheritance is autosomal recessive. All gene mutations causing the disease are located on a single locus on the long arm of the 7th Chromosome (7q31.2). Incidence is dependent on ethnic origin, it is one of the most prevalent conditions in Caucasians with a carrier frequency of 1/25 and it is seen in 1/2000-3500 live births. Over 1900 CFTR mutations that result in cystic fibrosis have been reported. The disease and its findings are a result of mutations in the gene coding the Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator (CFTR) protein. Our study aimed to study the CFTR gene mutation frequency, allelic distribution and the genotype-phenotype association in a pediatric population in our region to achieve a better clinical management of CF.
Materials and Methods: The study was conducted by retrospective analysis of patient files. For patient data, the hospital archive file and genetics clinic files were used. 210 patients (aged 0-18 years) who had been referred to the Pediatric Genetics Department between January 2012 and April 2016 with a provisional diagnosis of cystic fibrosis were included in the study. CFTR gene mutation analysis by sequence and reverse hybridization multiplex PCR was performed for all patients. Before 14.08.2014, 3 exon sequence analysis was performed, after this data analysis was performed with 12 exon sequences.
Results: The minimum age of patients in our study was 1 month, maximum was 216 months, median age was 17 months. Male-to-female ratio was 1.03. The most frequent reasons for application was recurrent pulmonary infection in 101 (48%) patients and low weight gain in 56 (26.7%) patients. 112 (53.3%) patients were analyzed by 3 exon sequence analysis while 98 (46.7%) were analyzed by 12 exon sequence analysis. The sequence analysis resulted in a total of 87 different mutations; of which 28 were unique; in homozygote, combined heterozygote or heterozygote forms for 71 (33.8%) of patients. In sequencing, 19 (9%) patients were determined as having homozygote or combined heterozygote mutation. The clinical finding that most frequently had a homozygote or combined heterozygote mutation was meconium ileus (57%); all patients with a mutation were found to be homozygote or combined heterozygote. The most frequent two among all determined mutations were: F508del (13%) and 1677del TA (4.8%). For patients with homozygote or combined heterozygote mutations; the minimum age was 1 month, maximum was 216 months and the median age was 2 months. F508del mutation was found to have a statistically significant association with sibling CF and diarrhea history. 1677del TA mutation was found to be associated with diarrhea but the statistical significance was borderline. Sweat test was found to have the most significant association with mutations. On the reverse hybridization multiplex PCR analysis, 40 (19%) patients were found to have a mutation among 210 patients. Regarding alleles, a total of 61 mutations were found of which 14 were unique. 23 (11%) of the 61 mutations were found to be homozygote or combined heterozygote. ΔF508 allele frequency among patients who were found to have mutations was %33.8 (27/80) and %6.4 (27/420) among all patients. 1677del TA allele frequency among patients who were found to have mutations was %12.5 (10/80) and 2.4% among all patients.
Conclusion: The diagnosis of cystic fibrosis is achieved by integrating clinical findings with biochemical and/or genetic investigation. CFTR mutation analysis with sequencing and reverse hybridization multiplex PCR are gaining importance in the diagnosis of CF in recent years. It is possible that whole gene sequencing could be alternative of the routine in near future. Our study reflects the CFTR gene mutation frequency and allelic distribution and their clinical associations in a pediatric populatin, in our region, namely Northern Anatolia.