Tonsillofarenjitli hastalardan izole edilen Streptococcus pyogenes suşlarının tanılanması, antibiyotik direnç profilleri ile emm ve ekzotoksin genlerinin tespiti
Identification of Streptococcus pyogenes strains isolated from patients with tonsillopharyngitis, determination of their emm and exotoxin genes with antibiotic resistance profiles
Yazar: MEHZAT ALTUN
Danışman: DOÇ. DR. BİNNUR MERİÇLİ YAPICI
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Tonsillofarenjitin en sık bakteriyel etkeni A grubu streptokoklar olup; C, G ve F grubu Beta Hemolitik Streptokoklar (BHS) nadiren görülmektedir. Çalışmamızda tonsillofarenjitli hastaların boğaz kültürlerinden izole edilen BHS'lerin grup dağılımları ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi, moleküler çalışmalar ile A Grubu Streptokok türlerinin, emm ve süperantijen genlerinin tespiti, mevcut aşıların emm tiplerini kapsama oranının belirlenmesi amaçlanmıştır.200 tonsillofarenjit ön tanılı hastadan alınan boğaz kültürlerinin % 5 koyun kanlı agara ekimi ile BHS'lerin izolasyonu, 16S rRNA dizi analizine dayalı olarak tanılanması, Gram boyama, katalaz, L-Pirolidonil β-Naftilamid, basitrasin-trimetoprim sülfametoksazol antibiyotik duyarlılık testleri ve lateks agglütinasyon testi ile karakterizasyonu belirlenmiştir. BHS'lerin antibiyotik duyarlılıkları, Kirby Bauer disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ve sonrasında yapılan dizi analizi ile AGS'lerin tür tanımlaması 16S rRNA, emm ve spe genlerinin tespiti gerçekleştirilmiştir.15 adet AGS izolatının 16S rRNA dizi analiz sonuçlarına göre S. pyogenes türüne ait olduğu bulunmuştur. emm tiplendirmesi yapılan 13 S. pyogenes izolatında emm89 (% 33.3), emm44 (% 20), emm6 (% 13.3), emm84, emm1 ve emm18.1 (% 6.7) olmak üzere 6 çeşit emm tipi bulunmuştur. S. pyogenes suşlarının 26 valanlı aşıyı kapsama oranı % 61.5, 30 valanlı aşıyı kapsama oranı % 84.6 olarak saptanmıştır. Çalışmamızda en yaygın speB (% 86.7) bulunmuştur. Çanakkale ilinde, S. pyogenes türünün emm tiplerinin belirlenmesi neticesinde 30 valanlı aşının ülkemizde kullanılma potansiyelinin dikkate alınması gerektiği ve yararlı olabileceği kanaatine varılmıştır.

Abstract:
Group A streptococci is the most common bacterial agent of tonsillopharyngitis, Group C, G and F Beta Hemolytic Streptococci (BHS) are rarely seen. The objective of our study is to determine group distributions and antibiotic resistance profiles of BHSs taken from throat cultures of patients with tonsillopharyngitis, molecular studies and determination of Group A Streptococcus (GAS) species, emm genes, superantigen genes and the rate of coverage of available vaccines.Isolation of BHSs with 5 % sheep blood agar sowing from throat cultures taken from 200 patients whom prediagnosis are tonsillopharyngitis, identification based on 16S rRNA sequence analysis, characterization determined with Gram staining, catalase, L-Pyrrolidonyl β-Naphthylamide, bacitracin-trimethoprim sulfamethoxazole antibiotic susceptibility and latex agglutination tests. Antibiotic susceptibilities of BHSs were determined by Kirby Bauer disc diffusion method. Polymerase Chain Reaction (PCR) and sequence analysis of the species identification of GASs 16S rRNA, emm and spe genes were determined.15 GAS isolates were found to belong to S. pyogenes species according to 16S rRNA sequence analysis results. By emm typing method emm89 (33.3 %), emm44 (20 %), emm6 (13.3 %), emm84, emm1 and emm18.1 (6.7 %) were found in 13 S. pyogenes isolates. The coverage rate of S. pyogenes strains for 26-valent vaccine was 61.5 % and for the 30-valent vaccine was 84.6 %. In our study, the most common exotoxin was speB (86.7 %). Determination of emm types of S. pyogenes species in Canakkale province, it was concluded that the potential of 30-valent vaccine should be considered in our country may be beneficial.