Çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemi olgularının tanısında yeni bir kombine yaklaşım: Real time pcr ve yüksek çıktılı bac tabanlı moleküler fısh analizleri
A new combined approach at the diagnosis of childhood acute lymphoblastic leukemia patients: Real time pcr and bac based high throughput fish analysis
Yazar: ZEYNEP İLKAY
Danışman: DOÇ. DR. HAKAN SAVLI
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Genetik = Genetics ; Hematoloji = Hematology
Dizin: FISH = FISH ; Kan hastalıkları = Hematologic diseases ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma = Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
AmaçBu çalışmada, çocukluk çağı ALL hastalarında kantitatif real time PCR(Q-RT-PCR) ve yüksek çıktılı BAC tabanlı moleküler FISH analizleri yönteminin, eş zamanlı kullanılarak, genom düzeyinde aberasyonların saptanması amaçlanmıştır.GirişAkut lenfoblastik lösemi (ALL), kanda ve kemik iliğinde olgunlaşmamış lenfoid seri hücrelerinin birikimi ve lösemik transformasyonu ile karakterize hastalık tablosudur. ALL'nin tanı ve tedavisinde kromozomal aberasyonların saptanması önem taşımaktadır.Materyal-MetodBu çalışmada, cinsiyet farkı gözetmeksizin, 0-18 yaş arası, ALL ön tanılı 29 hastadan alınan periferik kan veya kemik iliği örneklerinden RNA elde edilerek Q-RT-PCR, DNA elde edilerek, yüksek çıktılı BAC tabanlı moleküler FISH analizleri yöntemi uygulanmıştır.Sonuç-ÖnerilerSonuç olarak 17 (%58,6) hastada, çeşitli boyutlarda aberasyonlar saptanmıştır. Bu 17 hastanın 1'inde (%3,4) bulunan aberasyonlara ek olarak Q-RT-PCR yöntemi ile, MLL-AF4 füzyon geni varlığı saptanmıştır. Hastaların 2'sinde (%6,9) ise yalnızca Q-RT-PCR yöntemi sonucu ile izlenen MLL-AF4 ve BCR-ABL füzyon geninin varlığına rastlanılmıştır. Çalışmada yer alan hastaların 10'unda (%34,5), her iki yöntemle de herhangi bir aberasyon saptanmamıştır. Çalışmamızda en sık görülen kromozomal anomaliler, %20,7 oranla X ve 21. kromozom artışı, %10,3 oranla 9p ve 6q kromozom kaybı olarak saptanmıştır.Hematolojik malignitelerde bu iki yöntemin birlikte kullanımının, hızlı tanı ve duyarlılık artışı açısından anlamlı olduğunu düşünüyoruz.

Abstract:
Aim:Aim of this study was to determine genomic level aberrations for the diagnosis of childhood ALL patients using quantitative real time PCR( Q-RT-PCR ) and high throughput BAC based molecular FISH analysis simultaneously.Background:Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is a disease characterized by the accumulation and leukemic transformation of immature lymphoid cells in the blood and bone marrow. Determination of chromosomal aberrations is very important in the diagnosis and treatment of ALL.Materials and Methods:In this study, Q-RT-PCR was performed on RNA samples and high throughput BAC based molecular FISH analysis was performed on DNA samples obtained from peripherial blood and bone marrow of 29 pre-diagnosed ALL patients between the ages of 0-18 regardless of gender.Results:As a result of high throughput BAC based molecular FISH analysis, aberrations with various sizes were detected in various regions of the genome in 17 (58,6%) patients. The presence of MLL-AF4 fusion gene was identified in a patient (3,4%) among 17 patients using Q-RT-PCR method in addition to the found aberrations. The presence of MLL-AF4 and BCR-ABL fusion genes were found using Q-RT-PCR as an only result in 2 (6,9%) patients. Using both methods no aberrations were found in 10 (34,5%) patients. Gain of chromosomes X and 21 in a frequency of 20,7%, loss of chromosomes 9p and 6q in a frequency of 10,3% were the most common chromosomal aberrations detected in our study.Conclusion:We think rapid diagnosis and increased sensitivity is the significance of the simultaneous use of these two methods in hematological malignancies