Yeni nesil dizileme ile endemik Aegokeras caespitosa türünün kloroplast genomunun dizilenmesi
Next-generation sequencing yields the whole chloroplast genome of endemic Aegokeras caespitosa
Yazar: SERDAR CİĞER
Danışman: DOÇ. DR. ÖZLEM ÇETİN
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Botanik = Botany ; Genetik = Genetics

Özet:
Ülkemiz bitki biyoçeşitliliği ve endemizm açısından oldukça önemli bir yere sahiptir. Ülkemiz için endemik olan cinsler ülkemizin biyoçeşitlilik açısından önemini daha da artırmaktadır. Apiaceae familyasında tek tür ile temsil edilen (monotipik) iki endemik cins (Postiella Kljuykov, Crenosciadium Boiss. & Heldr.) ve iki tür ile temsil edilen (ditipik) iki endemik cins (Ekimia H.Duman & M.F.Watson, Aegokeras Raf.) yer almaktadır. Aegokeras cinsi Aegokeras caespitosa (Sm.) Raf. ve A. gazipashensis A.Duran & Lyskov türleri ile temsil edilmektedir.  Bu çalışma ile Aegokeras caespitosa türünün yeni nesil dizileme yöntemleri ile tüm kloroplast genomu dizilenmiştir. 

Çalışmamızda doğal ortamından toplanan Aegokeras caespitosa türünün DNA izolasyonu yapılmıştır. Elde edilen DNA örneklerinden kalite ve konsantrasyon koşullarına uygun olanlar, yeni nesil dizileme yöntemlerinden biri olan Illumina dizileme platformu ile SBS (sequencing by synthesis) teknolojisi kullanılarak dizilenmiştir. Dizileme verilerinin FastQC ve MultiQC ile kaliteleri kontrol edildikten sonra GetOrganelle, GeSeq ve NCBI gibi araçlar ve veri tabanları kullanılarak kloroplast genomu referans veri tabanları ile karşılaştırılmış ve sonuçlar anlamlı hale getirilmiştir. 

Aegokeras caespitosa türü için DNA dizileme analizi sonucunda cpDNA'nın 155,849 baz çifti uzunluğunda olduğu tespit edilmiştir. Kloroplast genomunun büyük tek kopya bölgesi, küçük tek kopya bölgesi ve bu ikisini ayıran iki ters tekrar dizisi olmak üzere dört parçadan oluştuğu görülmüştür. 85 protein kodlayan gen, 8 rRNA geni ve 37 tRNA geni içerdiği görülmüştür.

Abstract:
Türkiye has a very important place in terms of plant biodiversity and endemism. The genus that are endemic to our country further increase the importance of our country in terms of biodiversity.
In the Apiaceae family, there are two endemic genera (Postiella Kljuykov, Crenosciadium Boiss. & Heldr.) represented by a single species (monotypic) and two endemic genera (Ekimia H.Duman & M.F.Watson, Aegokeras Raf.) represented by two species (ditypic). The genus Aegokeras is represented by the species Aegokeras caespitosa (Sm.) Raf. ve A. gazipashensis A.Duran & Lyskov.
In this study, the whole chloroplast genome of the Aegokeras caespitosa was sequenced using next-generation sequencing methods.

In our study, DNA isolation of the Aegokeras caespitosa species collected from its natural habitat was performed. High quality DNAs were sequenced Illumina sequencing technology, sequencing by synthesis (SBS), which is next-generation sequencing (NGS) technology. After checking the quality of the sequencing data with FastQC and MultiQC, the chloroplast genome was compared with reference databases using tools and databases such as GetOrganelle, GeSeq and NCBI, and the results were made meaningful.

The our results showed that the chloroplast genome was 155,849 bp in length and consisted of a pair of inverted repeat regions, a large single-copy region, and a small single copy region. The chloroplast genome include 85 protein-coding genes, 8 rRNA genes, and 37 tRNA genes.