Türkiye'nin farklı yörelerinden toplanan beyaz peynir örneklerinden laktik asit bakterilerinin izolasyonu, identifikasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Isolation, identification and molecular chracterization of lactic acid bacteria from different regions of Turkey white cheese samples
Yazar: SUMEYYA ARSLAN
Danışman: PROF. DR. AHMET ADIGÜZEL
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Gıda mikrobiyolojisi = Food microbiology

Özet:
Laktik asit bakterileri (LAB) karbonhidrat metabolizmasının ana fermantasyon ürünlerinden biri olan laktik asiti üreten oldukça değerli mikroorganizmalardır. LAB genellikle besin içeriği zengin olan ortamlarda ve özellikle de süt ürünleri, et ve sebzelerde yaygın bir şekilde bulunurlar. Bu bilgiden yola çıkılarak, tez çalışmamızda Erzurum başta olmak üzere birçok farklı yöreden beyaz peynir örnekleri toplanarak laktik asit bakterilerinin izolasyonu, identifikasyonu ve moleküler karakterizasyonu gerçekleştirildi. Sonuçta; Lactobacillus kefiri, L. brevis, L. casei, L. paracasei, Pediococcus lolii, Prolinoborus fasciculus, Staphylococcus haemolyticus, Lysnibacillus sinduriensis, P.parvulus, L. paraplantarum, Staphylococcus hominis, L. buchneri, L. plantarum, Enterococcus faecium, Micrococcus yunnanensis, Microbacterium paraoxydans ve Rothia dentocariosa türlerine ait 42 adet bakteriyal izolat elde edildi. Bu amaçla ilk önce; bakterilerin gelişme gösterdikleri sıcaklık, pH ve tuz konsantrasyon aralıkları belirlendi. İzole edilen bakterilerin büyük bölümünün 30-45ºC' de, 3-6 pH' da ve % 2 - % 8 tuz konsatrasyon değerlerinde gelişim gösterdikleri tespit edildi. Daha sonra test izolatları API, 16S rRNA gen analizi ve rep-PCR yöntemleri kullanılarak incelendi. Sonuç olarak, genomik parmak izi analiz yöntemlerinden (GTG)5-PCR' ın, BOX-PCR' a göre suşların ayrımında daha başarılı olduğu gözlendi. 16S rRNA sekans analiz verilerine göre ise; MA56 suşunun % 98 oranında L. buchneri' ye, MA13 suşunun yine aynı oranda E. faecium' a ve MA27 suşunun ise % 97 oranında E. faecium' a benzerlik gösterdiği ve bu üç izolatın yeni tür olabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Lactic acid bacteria (LAB) are highly valuable microorganisms that produce lactic acid, one of the main fermentation products of carbohydrate metabolism. LAB are commonly found in food-rich environments, particularly in dairy products, meat and vegetables. With this knowledge in our thesis work, isolation, identification and molecular characterization of lactic acid bacteria were carried out by collecting various samples of white cheese from many different localities, especially Erzurum. Eventually, 42 bacterial isolate were obtained belonging to Lactobacillus kefiri, L. brevis, L. casei, L. paracasei, Pediococcus lolii, Prolinoborus fasciculus, Staphylococcus haemolyticus, Lysnibacillus sinduriensis, P.parvulus, L. paraplantarum, Staphylococcus hominis, L. buchneri, L. plantarum, Enterococcus faecium, Micrococcus yunnanensis, Microbacterium paraoxydans and Rothia dentocariosa. For this purpose; temperature, pH and salt concentration ranges at which the bacteria developed were firstly determined. Most of the isolated bacteria were identified to develop at 30-45ºC, 3-6 pH and 2-8% salt concentration values. The test isolates were then examined using API, 16S rRNA gene analysis and rep-PCR methods. Consequently, it has been observed that (GTG)5-PCR from genomic fingerprint analysis methods is more successful than BOX-PCR in discriminating strains. According to the 16S rRNA sequence analysis data; it was concluded that of MA56 strain was similar to L. buchneri at a rate of 98%, MA13 strain was similar to E. faecium at same rate and MA27 strains was similar to E. faecium at a rate of 98% and these three isolates could be new species.