Bacteroides fragilis grubu bakterilerde karbapenem ve 5-nitroimidazol direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle arastırılması
Investigation of carbapenem and 5-nitroimidazole resistance among bacteroides fragilis group bacteria by phenotypic and genotypic methods
Yazar: ÖZLEM UZUNKAYA
Danışman: DOÇ. DR. NURVER ÜLGER
Marmara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2009
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Anaerobik enfeksiyonlardan en sık izole edilen Bacteroides fragilisgrubu (BFG) bakteriler, antimikrobiyallere diger anaeroblara göredaha fazla dirençlidirler. Karbapenemler ve nitroimidazol türevleri,Bacteroides türleri üzerinde en etkili antibiyotikler olmakla beraber,dirençli kökenler bildirilmistir. Karbapenem ve metronidazoldirencinden sorumlu olan genler sırasıyla cfiA ve nim genleridir.Direnç genleri, hemen önlerinde yer alan IS1169, IS1170, IS1186,IS1187 ve IS4351 gibi ?Insertion Sequences? (IS) elementleri ileuyarılabilmektedir. Bu çalısmada, BFG bakterilerinin karbapenemve metronidazole duyarlılık durumları ile cfiA, nim genleri ve iliskiliIS elementleri arastırılmıstır. Marmara Üniversitesi HastanesiMikrobiyoloji Laboratuvarı stoklarında bulunan, klinik örneklerdenizole edilmis BFG bakteriler çalısmaya alınmıstır. Bakteriler, klasikyöntemlerle ve ticari olarak bulunan yarı otomatize sistemlerle türdüzeyinde tanımlanmıs, CLSI'nın (M11-A7) önerdigi agardadilüsyon yöntemi ile imipenem, meropenem ve 5-nitroimidazolduyarlılıkları arastılmıstır. cfiA ve nim direnç genleri ile ISelementlerinin varlıgı PZR ile arastırılmıstır. Çalısmaya alınantoplam 66 kökenin 48'i Bacteroides fragilis, 10'u Bacteroidesthetaiotaomicron, 6'sı Bacteroides uniformis/ovatus, 1'i Bacteroidesdistasonis ve 1'i Bacteroides vulgatus olarak tanımlanmıstır.Metronizadole dirençli köken bulunmamıstır. Bacteroides fragilisdısındaki BFG bakterilerde karbapenemlere karsı dirençsaptanmazken; Bacteroides fragilis kökenlerinin %8'i imipeneme,%10'u ise meropeneme dirençli bulunmustur. Hiçbir kökendemetronidazol direnç genine rastlanmamıstır. cfiA geni sadeceB.fragilis türünde 18 kökende tespit edilmistir. IS1187 elementi, 10'uB.fragilis olmak üzere toplam 21 kökende saptanmıstır. cfiA ileIS1187'nin beraber oldugu 5 kökenin 4'ü karbapenemlere dirençlibulunmustur. Çalısmamız ile elde ettigimiz bulgular, henüz anaerobbakterilerdeki antimikrobiyal dirence ait moleküler arastırmalarınyapılmadıgı ülkemizde, BFG bakterilerinin direnç genleri hakkındabir veri tabanı olusturacaktır. Simdilik metronidazol direnci için birrisk yokmus gibi gözükmektedir. Bacteroides fragilis dısındaki BFGbakterileri karbapeneme duyarlı bulunmakla beraber Bacteroidesfragilis kökenlerinde yaklasık %10 oranında karbapenem direncibulunmaktadır. Bacteroides fragilis kökenlerinde cfiA geni ile ISelementinin fazla bulunması nedeniyle, dirençli köken gelisimiaçısından Bacteroides fragilis grubu bakterilerin yakın takibi önemkazanmaktadır.

Abstract:
Bacteroides fragilis group (BFG) is the most commonly encounteredbacteria from anaerobic infections and more resistant to antimicrobialagents than the other anaerobes. Although carbapenems andnitroimidazoles are the most effective antibiotics against Bacteroides spp.,resistant isolates have been reported. The genes, which are responsiblefor the resistance against carbapenems and metronidazole, are cfiA andnim, respectively. Resistance genes should be activated by upstream?Insertion Sequences? (IS) elements such as IS1169, IS1170, IS1186,IS1187 and IS4351. In this study the cfiA, nim genes and related ISelements and susceptibility profiles of BFG against carbapenems andmetronidazole have been investigated. The study was performed in thestrains isolated from clinical specimens at Marmara University Hospital.The strains were identified by using both conventional test and thecommercially available biochemical kits and antimicrobial susceptibilitiesagainst imipenem, meropenem and 5-nitroimidazole were performedaccording to recommendations of CLSI (M11-A7) agar dilution methods.The resistance genes cfiA and nim , IS elements were determined byPCR. Among 66 BFG tested strains, 48 were identified as Bacteroidesfragilis, 10 Bacteroides thetaiotaomicron, 6 Bacteroides uniformis/ovatus,1 Bacteroides distasonis and 1 Bacteroides vulgatus. There were noresistant strains against metronidazole. Although all non-B.fragilis strainswere susceptible to carbapenems, in Bacteroides fragilis imipenem andmeropenem resistance rates were 8% and 10 % respectively.Metronidazole resistance genes were not detected in any strains. cfiAgene (n:18) only has been determined among Bacteroides fragilis strains.Total of 21 IS1187 positive BFG bacteria have been detected and 10 ofthem were Bacteroides fragilis. Four of the five Bacteroides fragilis strainswhich have possesed both cfiA and IS1187 elements together werephenotypically resistant to carbapenems. Our findings have provided adatabase about resistance genes of pathogenic BFG in Turkey, wheremolecular investigation of antimicrobial resistance of anaerobes has notbeen performed so far. For the time being the present, it looks like thatthere is no risk for metronidazole resistance. Although non- Bacteroidesfragilis strains are susceptible to carbapenems, nearly 10% of Bacteroidesfragilis strains are resistant to them. Because of possessing cfiA gene andIS elements is more common among Bacteroides fragilis, it seems to beimportant to monitor Bacteroides fragilis for emergence of resistant strains.