Prenatal dönemde 1. ve 2. trimester ense kalınlığı artışında RAsopati ilişkili genetik varyasyonların araştırılması
Investigation of genetic variations associated with RAsopathy in increased nuchal translucency during 1st and 2nd trimester of prenatal period
Yazar: ÇİSEM MAİL
Danışman: PROF. DR. HAKAN GÜRKAN
Trakya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Fetal ense kalınlığı = Nuchal translucency ; Prenatal teşhis = Prenatal diagnosis

Özet:
Ras/mitojen ile aktive olan protein kinaz (MAPK) yolağında görev alan ya da düzenleyen genlerde meydana gelen germline patojenik varyasyonların neden olduğu, klinik olarak tanımlanmış genetik sendromlar grubuna RASopatiler denir. Noonan Sendromu, Costella Sendromu, Nörofibromatozis tip 1, Kardiyofasyokutanöz Sendrom, Çoklu lentijinli Noonan Sendromu (eski adıyla LEOPARD Sendromu) ve Legius Sendromu bu grupta yer almaktadır. RASopatilerin prenatal tanısı fetuslarda spesifik bulguların olmaması ve ekspresivitede farklılık göstermesi nedeniyle zordur. Prenatal bulgu olarak hidrops fetalis, asit veya torasik efüzyonlar, hipertrofik kardiyomiyopati, polihidramnios, böbrek anomalileri bildirilmekle birlikte en sık ense kalınlığında artış (NT), nukal fold (NF) artışı, kistik higroma (KH) bulguları ile ilişkilendirilmiştir. 
Çalışmamızda prenatal dönemde 1. ve 2. trimester NT artışında RASopati ilişkili genetik varyasyonların araştırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla 1. ve 2. trimesterde NT artışı ve/veya kistik higroma saptanan, rutin olarak yapılan hızlı test, kromozom analizi ve arrayCGH analizleri sonucunda patojenite saptanmayan fetuslarda RASopatiler ile ilişkili 18 gen (BRAF, CBL, HRAS, KAT6B, KRAS, LZTR1, MAP2K21, MAP2K2, NF1, NRAS, PTPN11, RAF1, RASA2, RIT1, SHOC2, SOS1, SOS2, SPRED1) yeni nesil dizi analizi (NGS) yöntemi ile dizilenmiştir.
Çalışmamızda NT artışı ve/veya KH saptanan ve girişimsel işlem uygulanan 113 gebe değerlendirildi. Girişimsel işlem sonrası rutin olarak yapılan hızlı test (FISH), kromozom analizi, arrayCGH analizlerinde patojenite saptanmayan 75 fetus çalışmaya dahil edildi. Çalışma sonucunda 3 fetusda patojenik varyant, 5 fetusda klinik önemi bilinmeyen (VUS) varyant saptandı.
Çalışmamızda tanı katkı oranları değerlendirildiğinde; hızlı test ve kromozom analizi %30, arrayCGH analizi %4 ve RASopati ile ilişkili genlerin değerlendirilmesinin %4 oranında tanıya katkı sağladığı saptandı. Çalışmamızda arrayCGH analizi ile RASopati ilişkili genlerin değerlendirilmesinin tanıya eşit oranda katkı sağlaması RASopatiler ile ilişkili genlerin değerlendirilmesinin önemini gösterir niteliktedir.

Abstract:
RASopathies are a group of clinically defined genetic syndromes caused by germline pathogenic variations in the Ras/mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathway. Noonan Syndrome, Costella Syndrome, Neurofibromatosis type 1, Cardiofasciocutaneous Syndrome, Noonan Syndrome with Multiple Lentigines (formerly LEOPARD Syndrome) and Legius Syndrome are included in this group. Prenatal diagnosis of RASopathies is difficult due to the lack of specific findings in fetuses and differences in expression. Although hydrops fetalis, ascites or thoracic effusions, hypertrophic cardiomyopathy, polyhydramnios, and renal anomalies have been reported as prenatal findings, most frequently associated findings are increased nuchal translucency (NT), cystic hygroma (CH) and increased nuchal fold (NF).
The aim of our study is to investigate genetic variations associated with RASopathy in increased nuchal translucency during 1st and 2nd trimester of prenatal period. For this purpose, 18 genes associated with RASopathies (BRAF, CBL, HRAS, KAT6B, KRAS, LZTR1, MAP2K21, MAP2K2, NF1, NRAS, PTPN11, RAF1, RASA2, RIT1, SHOC2, SOS1, SOS2, SPRED1) were sequenced by new generation sequencing (NGS).
In our study, 113 pregnant women who had increased NT and/or CH and underwent invasive procedure were evaluated. Seventy-five fetuses with normal results in the rapid test (FISH), chromosome analysis and arrayCGH analysis, which were routinely performed after the invasive procedure, were included in the study. As a result of the study, pathogenic variants were detected in three fetuses and variants of unknown clinical significance (VUS) were detected in five fetuses.
When the diagnostic contribution rates were evaluated in our study; It was determined that rapid test and chromosome analysis contributed 30%, arrayCGH analysis contributed 4%, whereas evaluation of genes associated with RASopathy contributed 4%. RASopathy related genes and arrayCGH analysis contributed equally to the diagnosis in our study, which indicates the importance of genetic analysis of the genes associated with RASopathy.