Van Gölü havzası Micromonospora cinsi bakterilerin izolasyonu, teşhisi ve karakterizasyonu
Isolation, identification and characterization of Micromonospora bacteria from Van Lake basin
Yazar: METİN ERTAŞ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada; Van Gölü havzası toprak ve sediment örneklerinden Micromonospora bakteri türleri izole edilerek, türlerin filogenetik analizleri 16S rDNA analizi temeline dayalı filogenetik pozisyonları belirlenmiştir. İzolasyon çalışması için dilüsyon plak yöntemi kullanılmıştır. İzolasyon sonucu elde edilen 141 adet Micromonospora bakterisi saflaştırılmıştır. Morfolojileri farklı koloniler dikkate alınarak seçilen izolatlar saflaştırıldı ve numaralandırılarak kriyojenik tüplerde stoklandı. Sediment ve toprak örneklerinin nem ve pH değerleri belirlenmiştir. Saflaştırılan izolatlar renk grubuna göre 8 renk grubuna ayrıldı. Nümerik taksonomi için izole edilen 141 test izolatı 83 karakter açısından test edilerek MVSP 3.1. programı ile SSM (Simple Matching Coefficient) dendogramı oluşturulmuştur. Nümerik taksonomi için uygulanan morfolojik ve biyokimyasal testler sonucunda %78 benzerlik oranına göre 7 major ve 15 minor küme ortaya çıkmıştır. İzolatların oluşturduğu kümelerde bulunan üyelerin rakım ve alındığı lokalite bakımından genel olarak paralellik gösterdiği gözlemlenmiştir. Ayrıca, renk gruplarından seçilen 13 izolatın spor zincir morfolojilerinin görüntüsü Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) ile elde edilmiştir. Genomik DNA'ları izole edilen 13 izolatın 16S rRNA gen bölgesi PZR amplifikasyonu ile 27F ve 1492R evrensel primerleri ile gerçekleştirilmiştir. Türler arasındaki genetik uzaklığı belirlemek için Maximum Likelihood ve Bayesian algoritmaları kullanılarak filogenetik ağaçlar oluşturuldu. Bu analizin sonuçlarına göre filogenetik ağaçların topolojisinin birbirine çok benzer olduğu ortaya çıkmıştır. NCBI ve Micromonospora bakterilerinden elde edilen gen dizilerinin Maksimum Likelihood ve Bayesian filogenetik ağaçlardaki genetik pozisyonlarına göre güçlü bir homoloji ile kümelendiği gözlemlenmiştir.

Abstract:
In this study; phylogenetic positions have been defined by isolating Micromonospora bacteria species from samples of soil and sediment of Van Lake Basin depending on the 16S rDNA analysis of these species. Dilution plate method was used for isolation. 141 Micromonospora bacteria were obtained as a result of the isolation, were purified. İsolates chosen by considering colonies with different morphologies were purified, enumerated and stocked in cryogenic tubes. The value of moisture and pH of samples of sediment and soil were determined. Purified isolates were categorized into 8 color groups based on the method of color groups. Isolated for numeric taxonomy, 141 test isolates were tested in terms of their distinct 83 characters and dendogram was formed by means of MVSP 3.1. Program SSM (Simple Matching Coefficient). As a result of morphologic and biochemical tests applied for the numeric taxonomy which consist of 7 major and 15 minor sets were emerged on the basis of their 78 percent of resemblance rate. It has been observed that the samples of isolates which are in the same set have parallels with each other in terms of altitude and location where they were taken. Besides, the image of spore chain morphologies of 13 isolates selected from color groups were obtained via Scanning Electron Microscope (SEM). The PCR amplification of 16S rRNA gene region of 13 isolates, whose genomic DNA's were isolated, were conducted with their universal primers 27F and 1492R. Phylogenetic trees were constructed using Maximum Likelihood and Bayesian algorithms to determine the genetic distance between species. According to the results of this analysis emerged that the topology of phylogenetic trees is very similar to each other. In Maximum Likelihood and Bayesian phylogenetic trees, it was observed in terms of the species genetic positions that gene series acquired from NCBI and Micromonospora bacteria are clustered with a strong homology.