Enfeksiyon hastlarından izole edilen Salmonella spp.nın virlaülans faktörü antibiyotik direnci ve biyoflim çalışması Irak Bağdat Eğitim Hastanesi
Study of virulence factor antibiotic resistance and biofilm of salmonella spp. isolated from infection patients Iraq Baghdad Education Hospital
Yazar: ZAID ALI HUSSEIN AL-JANABI
Danışman: PROF. DR. ORAL DÜZDEMİR
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Salmonella = Salmonella

Özet:
Enterobacteriaceae familyasının bir cinsi olan Salmonella, dünya çapında binlerce ölüme yol açan gıda kaynaklı enfeksiyonların önemli bir kaynağıdır. S enterica ser'in ana nedeni. Typhi enfeksiyonu, tüketildikten sonra kontamine olmuş yiyecek veya içeceklerdir. S. enterica serovar bağırsaktan dalak, safra kesesi, karaciğer ve pankreas gibi diğer organlara yayılarak sistemik bir enfeksiyon haline gelebilir. Çalışma Salmonella spp.'yi tanımlamayı ve karakterize etmeyi amaçladı. Iraklı hastalarda gen belirteçlerini kullanarak virülansı değerlendirin ve disk difüzyon ve antibiyotik direnç genlerini kullanarak antimikrobiyal direnç profillerini belgeleyin. Medical City/Bağdat Eğitim Hastanesi'nden yüz kan örneği, Aerobic BacT/ALERT® Kültür Ortamı kullanılarak ilk teşhis için derhal merkez laboratuvara gönderildi. Her Salmonella typhi izolatı için antibiyotik duyarlılığını belirlemek, test etmek ve biyofilm büyümesini analiz etmek için VITEK-2 Sistemini kullandık. Tüm numunelerden genomik DNA, genleri değerlendirmek için geleneksel PCR kullanılarak ifade edildi. Bu çalışmada kan kültürü pozitifliğine güvenilerek; Salmonella typhi'nin yaygınlık oranı 100 örnekten 30'unda (%30); bunların 17'si (%56,7) kadın, 13'ü (%43,3) erkekti. Ayrıca Salmonella ‎typhi izolatlarının 30'unun (%100) biyofilm ürettiği; oldukça ılımlı biyofilm üreticisi S. typhi (20/30) %66,7 oranında tespit edilirken, zayıf biyofilm üreticisi (10/30) %33,3 oranında tespit edildi. Salmonella typhi, Ciprofloxacin'e karşı yüksek düzeyde (%93) duyarlılık gösterdi, ardından izole edilenler (%90) Amikacin ve Gentamicin'e duyarlıyken, Piperasilin ve Sefoksitin için sırasıyla (%70) ve (%76,3) duyarlıydı. İmipeneme duyarlılık (%63,3), Trimetoprim (%76,7) olarak belirlendi. İmipeneme duyarlılık %63,3 ve Trimetoprim'e %76,7 olarak belirlendi. Çalışmada virülans genleri (PrgH ve SiiD) ile biyofilm oluşumu arasında anlamlı bir korelasyon bulunamadı. Salmonella typhi'de biyofilm oluşumu ile antibiyotik direnci arasındaki ilişki. PrgH ve SiiD genlerinin dizilimi, bunların çeşitli doğasını ortaya koymaktadır. 

2023, 88 sayfa

ANAHTAR KELİMELER: 	Salmonella, Virülans faktör, Antibiyotik direnci, PCR

Abstract:
Salmonella, a genus of the Enterobacteriaceae family, is a significant source of foodborne infections that have led to thousands of fatalities globally. The major cause of S enterica ser. Typhi infection is contaminated food or drink after consumption. S. enterica serovar may spread from the gut to other organs such as the spleen, gallbladder, liver, and pancreas, making it a systemic infection. ‎The study aimed to identify and characterize Salmonella spp. in Iraqi patients, assess virulence using gene markers, and document antimicrobial resistance profiles using disk diffusion and antibiotic resistance genes. One hundred blood samples from Medical City/Baghdad Teaching Hospital were promptly sent to the central laboratory for initial diagnosis using Aerobic BacT/ALERT® Culture Media. We employed VITEK-2 System to identify, test antibiotic susceptibility, and analyze biofilm growth for each Salmonella typhi isolate. Genomic DNA from all samples was expressed using conventional PCR to evaluate genes. By relying on the blood culture positivity in the current study; the prevalence ‎rate of Salmonella typhi was 30 (30%) out of 100 samples ; of them 17 (56.7%)   were  ‎female while the 13 (43.3%) male. Furthermore, there were 30 (100%) of  Salmonella ‎typhi isolates were biofilm producers; considerably moderate biofilm producers S. typhi ‎was detected (20/30) 66.7% while weakly biofilm producer was (10/30) 33.3% a part ‎from that. Salmonella typhi demonstrated high sensitivity level (93%) to Ciprofloxacin ‎followed by (90%) of isolated were sensitive to each of Amikacin  and Gentamicin ‎while for Piperacillin  and Cefoxitin were (70%) and (76.3%) respectively. The ‎sensitivity to Imipenem was  (63.3%), Trimethoprim  (76.7%).‎ The sensitivity to Imipenem was 63.3% and Trimethoprim was 76.7%.The study found no significant correlation between virulence genes (PrgH and SiiD) and biofilm formation, nor between biofilm formation and antibiotic resistance in Salmonella typhi.The sequencing of PrgH and SiiD genes reveals their varied nature.

2023, 88 pages

Keywords: 	Salmonella, Virulence factor, Antibiotic resistance, PCR