A549 akciğer epitelyal karsinoma hücre dizisinde ve BEAS-2B akciğer bronş epitelyal normal hücre dizisinde prostaglandin endoperoksit sentaz-2, kalretikulin ve mage ailesi A3 üyesi genlerinin transkripsiyon aşamasındaki gen anlatımlarının karşılaştırmalı olarak incelenmesi
Comperative analysis of the expression on transcription stage of the prostaglandin endoperoxide synthase-2, calreticulin and mage family member-A3 in A549 lung cancer cell line and BEAS-2B healthy lung epithellial cell line.
Yazar: BÜŞRA KÖSE
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜREYYA BOZKURT
İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Epitel hücreleri = Epithelial cells ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Hücre dizisi = Cell line ; Kalretikülin = Calreticulin ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prostaglandin-endoperoksit sentazlar = Prostaglandin-endoperoxide synthases

Özet:
Bu çalışmadaki amaç; akciğer adenokarsinomunu modelleyen A549 hücre dizisinde ve sağlıklı bronş epiteli BEAS-2B hücre dizisinde PTGS2, CALR ve MAGE-A3 genlerinin transkripsiyon düzeyindeki gen anlatımlarının karşılaştırmalı olarak incelenmesidir. Odaklanılan nokta, sağlıklı duruma göre kanserdeki değişimi aydınlatmaktır. 
Çalışmada biyogüvenlik kabininde geleneksel hücre kültürü teknikleri, yarı manuel kit ile RNA izolasyonu, termal döngü cihazında sırasıyla cDNA sentezi ve eş zamanlı kantitatif PCR yöntemleri uygulanmıştır. Kültürlenen kanserli ve sağlıklı akciğer hücre hatları hasat edilerek total RNA'ları ayrıştırılıp enzimatik olarak tamamlayıcı DNA'lara dönüştürülmüştür. PTGS2, CALR ve MAGE-A3 genlerine özel olaraktasarlanmış olan primerler yardımıyla eş zamanlı PCR uygulanmıştır. 
Çalışmanın sonuçlarında 3 kez tekrarlı eş zamanlı PCR sonuçlarının delta delta Ct hesaplaması ile A549 hücre hattında BEAS-2B hücre hattına kıyasla PTGS2 geninin anlatımında 229,13 kat; CALR geninin anlatımında 4,03 kat; MAGE-A3 
geninin ifadesinde ise 3,41 kat artışsaptanmıştır. Bu üç genin kanserde hücre bölünmesi, apoptoz direnci, invazyon, anjiyogenez gibi olaylarda rol alabildiği bilinmektedir. Bu çalışma sonucunda, bu üç genin NF-κB sinyal yolağında ortak bir etkisi olduğu ve bu üç gen için protein düzeyinde araştırma yapmanın faydalı olabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
The aim of this study was to investigate the expression levels of PTGS2, CALRand MAGE-A3 genes in the A549 cell line which is modeling lung adenocarcinoma compared to the BEAS-2B cell line which is modeling healthy bronchial epithelium. The focal point is cancerous alteration compared to healthy. 
In this study, conventional cell culture techniques in biosafety cabinet, total RNA isolation with semi-manual kit, both cDNA synthesis and real-time quantitative PCR in thermal cycler were applied. Cultured cancerous and healthy lung cell lines were harvested and their RNAs were separated. Total RNAs were enzymatically converted into cDNAs. The real-time PCR was performed with the specific primers have designed for PTGS2, CALR and MAGE-A3 genes.
In the results of the study, the delta delta Ct calculation in A549 cell line compared with BEAS-2B cell line, 229,13 fold increase in PTGS2 gene;  4,03 fold increase in CALR gene; 3,41 fold increase in MAGE-A3 gene was observed. These three genes are known to play role in cancer cell division, apoptosis resistance, invasion and angiogenesis. As a result of this study, these three genes are thought to have jointly effect on the NF-κB signaling pathway. It may be beneficial to investigate on protein level for these three genes to illuminate at this point.