Urotelyal mesane kanserli hastalarda E-kaderin ve P14 genlerinin promotor metilasyon analizi
Promotor methylation analysis of E-cadherin and P14 genes in urothelial bladder cancer patients
Yazar: BAYRAM BAYRAMOV
Danışman: DOÇ. DR. SEZGİN GÜNEŞ ; YRD. DOÇ. DR. MEHMET ALPER ARSLAN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Epigenetik = Epigenetic ; Patoloji = Pathology ; Sitoloji = Cytology ; İdrar = Urine

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, tümöre özgül olan E-kaderin ve p14 genlerinin metilasyon değişimlerinin, mesane kanserinin erken tanısındaki duyarlılık ve özgüllüğünün diğer tanı yöntemi ile kıyaslanarak incelenmesi amaçlandı.
Materyal ve Metot: Bu tez çalışmasına klinik ve patolojik olarak mesane kanseri tanısı konan 65 hasta (55 erkek, 10 kadın)  ve kanser öyküsü olmayan 35 birey (32 erkek, 3 kadın) kontrol grubu olarak dahil edildi. Metilasyona spesifik PCR (MSP) yöntemi, tümör ve idrar örneklerinden E-kaderin ve p14 genlerinin promotor metilasyon profilini belirlemek için kullanıldı. 
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 65 hastadan 62'sinin (%95,4) tümör dokusu örneklerinde E-kaderin geninin promotorunun metillendiği belirlendi. p14 geni promotor metilasyonu ise 51 (%78,5) örnekte gözlendi. İdrarda E-kaderin geni metilasyon sıklığı hasta grubu için %68,8 (33/48), kontrol grubunda %5,7 (2/35); p14 geni metilasyon sıklığı hasta grubunda %72,9 (35/48), kontrol grubunda ise %37,1 (13/35) olarak bulundu. Tanısal olmayan ve idrar sitoloji sonucuna ulaşılmayan olgular dışındakı örnekler için E-kaderin, p14 ve idrar sitolojisi duyarlılığı sırasıyla %67,4 %72,1 ve %34,9; aynı parametrelerin özgüllüğü ise sırasıyla %93,9, %63,6 ve %93,9 olarak bulundu. Düşük grade tümörlerde E-kaderin, p14 ve bu iki genden birinin metilasyon duyarlılığı sırasıyla %66,7 (8/12), %75 (9/12) ve %83,3 (10/12) olarak bulundu. İdrar sitolojisinde ise duyarlılık sıfır olarak bulunurken, %41,7 oranda ise şüpheli sonuç verdi. 
Sonuç: E-kaderin ve p14 genlerinin atipik metilasyonu ürotelyal mesane kanserinin erken tanısında kullanılabilecek bir yöntemdir. Bu genlerde yaşa bağlı olarak meydana gelen metilasyon değişimleri ürotelyal mesane kanserine neden olabilmektedir. Düşük grade olgularda E-kaderin ve p14 genlerinin kombine metilasyon analizi idrar sitolojisi ile karşılaştırıldığında, idrarda kanser hücrelerini belirlemek için maliyeti düşük, kolay uygulanabilen, özgül ve duyarlı bir yöntemdir. 

Anahtar Kelimeler: Biyobelirteç;  DNA Metilasyonu; E-kaderin; İdrar;  p14; Ürotelyal Mesane Kanseri

Abstract:
Aim: In this study, we aim to investigate the specificity and sensitivity of tumor-specific methylation of p14 and E-cadherin genes in early diagnosis of bladder cancer and compare it with other diagnostic methods.  
Material and Method: In this study 65 (55 men, 10 women) patients with clinical and pathological diagnosis of bladder cancer and 35 (32 men, 3 women) controls without any history of cancer were enrolled. Methylation profiles of promoter regions of E-cadherin and p14 genes from tumor and urine samples were determined by methylation-specific PCR (MSP) method.  
Results: Out of 65 patients enrolled, tumor samples of 62 patients (95.4%) displayed promoter methylation of E-cadherin gene. Methylation of p14 gene promoter was observed in 51 samples (78.5%). In urines of patients analyzed, methylation frequencies were found to be 68.8% (33/48) for E-cadherin and 72.9% (35/48) for p14 gene. In the control group, methylation frequencies were 5.7% (2/35) for E-cadherin and 37.1% (13/35) for p14 gene. Sensitivities of E-cadherin, p14 and urine cytology were found to be 67.4%, 72.1% and 34.9% respectively, while specificities of the same parameters were 93.9%, 63.6% and 93.9%, respectively. In low-grade tumors, methylation sensitivities of E-cadherin, p14 and one of these two genes were found to be 66.7% (8/12), 75% (9/12) and 83.3% (10/12), respectively. Sensitivity in urine cytology was found to be zero, and in 41.7% of urine samples results were suspicious. 
Conclusion: Atypical methylation of E-cadherin and p14 genes can be used as a diagnostic tool in urethral bladder cancer. Age-related alterations in the methylation statuses of these genes may result in urethral bladder cancer. In low-grade tumors, when compared to urine cytology, combined methylation analysis of E-cadherin and p14 genes is a low-cost, easily applicable, sensitive and specific method to identify cancer cells in urine.
Keywords: Biomarker; DNA Methylation; E-cadherin; p14, Urothelial Bladder Cancer; Urine