Burkitt lenfoma ve folliküler lenfoma tanılı hastalara ait parafin kesitlerde t(8;14), t(14;18) kromozomal yeniden düzenlenmelerin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile kantitasyonları ve kromozomal anomalilerin floresan in situ hibridizasyon (FİSH) yöntemi ile değerlendirilmesi
Burkitt lenfoma ve folliküler lenfoma tanili hastalara ait parafin kesitlerde t(8;14), t(14;18) kromozomal yeniden düzenlenmelerin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile kantitasyonlari ve kromozomal anomalilerin floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi ile değerlendirilmesi
Yazar: NUR SELVİ
Danışman: PROF. DR. NEJAT TOPÇUOĞLU
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: B lenfositleri = B lymphocytes ; Lenfoma = Lymphoma ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; T lenfositleri = T lymphocytes

Özet:
Burkitt Lenfoma ve Folliküler Lenfoma Tanılı Hastalara Ait Parafin Kesitlerde t(8;14), t(14;18) Kromozomal Yeniden Düzenlenmelerin Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) İle Kantitasyonları ve Kromozomal Anomalilerin Floresan İn Situ Hibridizasyon (FISH) Yöntemi İle DeğerlendirilmesiHemato-onkolojik malinitelerde, tümör spesifik kromozomal translokasyonların ve gen amplifikasyonlarının tespiti, bu lezyonların tanı ve prognostik açıdan değerlendirilmesinde giderek artan öneme sahiptir.Çalışmamızda, folliküler lenfoma tanılı olgularda, gerçek zamanlı PCR, semi-nested PCR ve multipleks PCR yöntemi olmak üzere 3 farklı PCR yöntemi kullanılarak MBR yeniden düzenlenmesi kalitatif ve kantitatif olarak tespit edilmiştir. Otuz dört olgunun 26'sında DNA izolasyonu başarılı olmuş ve MBR yeniden düzenlenmesi için sırasıyla semi-nested ile %79,17, multipleks ile %41,67 ve gerçek-zamanlı PCR ile %33,33 oranında pozitif olarak saptanmıştır. MBR negatif saptanan 5 olgu gerçek-zamanlı PCR ile MCR negatif olarak saptanmıştır. FISH yöntemiyle nukleus izolasyonu başarılı olan 16 olgunun 15'i t(14;18) translokasyonu için pozitif, sadece bir olgu ise negatif olarak saptanmıştır.Burkitt lenfoma tanılı olgularda t(8;14) translokasyonu expand long PCR yöntemi ve FISH metodu ile araştırılmıştır. Üç olguya ait taze doku örneği, 2 olgunun imprint örneği ve 2 olgunun periferik kan örneği MYC/IgH yeniden düzenlenmesi için pozitif olarak saptanmıştır. Parafin kesitlerde ise 2 örnekte MYC/IgH yeniden düzenlenmesi pozitif olarak bulunmuştur. On altı olgunun parafin doku örneği DNA degradasyonu nedeniyle değerlendirilememiştir. FISH analizinde ise olgulara ait 3 taze doku örneği, 2 imprint ve 2 periferik kan örneği MYC/IgH yeniden düzenlenmesi için pozitif olarak saptanmıştır. Parafin doku örneklerinden 9 olguda t(8,14) translokasyonu pozitif bulunmuştur ve bir olguda da 8. ve 14. kromozomun parsiyel trizomisi saptanmıştır.Sonuç olarak, hem farklı PCR yöntemlerinin, hem de FISH yönteminin kullanılmasının tümörün genetik karakterizasyonunun aydınlatılmasına olanak sağlayacağı kanısındayız. Temel moleküler yöntemlerin, güncel terapötik yaklaşımlara yeni boyutlar kazandıracağını, ayrıca moleküler tanıda alınan yolun bireye özgü tedavi yönteminin uygulanması adımını hızlandıracağını düşünmekteyiz.

Abstract:
Detection of the t(8;14) and t(14;18) chromosomal rearrangements in paraffin embedded tissue sections of Burkitt Lymphoma and Follicular Lymphoma patients with quantitative polymerase chain reaction (PCR) and fluorescence in situ hybridization (FISH) methodsIn hemato-oncologic malignancies, determination of the specific tumor chromosomal translocations and the gene amplifications has an ascending importance in view of diagnosis and prognosis of these lesions.In the current study, MBR rearrangement was determined both qualitatively and quantitatively by using three different PCR methods, real-time PCR, semi-nested PCR, and multiplex PCR, in cases with the diagnosis of follicular lymphoma. Among 34 cases, DNA isolation was accomplished successfully in 26 and MBR rearrangement was determined as positive in 79,17%, 41.67%, and 33.33% by semi-nested, multiplex and real-time PCR, respectively. Five cases determined negative for MBR, were found to be also negative for MCR by real-time PCR. Fifteen of 16 cases whose nucleus isolation was accomplished successfully, were detected positive for t(14;18) translocation, only one case was determined negative by FISH method.t(8;14) translocation was investigated by expand long PCR and FISH methods in cases diagnosed as Burkitt lymphoma. Fresh tissue samples of three cases, imprint samples of two cases, and peripheral blood samples of two cases were determined positive for MYC/lgH rearrangement. MYC/lgH rearrangement was determined positive in paraffin sections of two samples. The paraffin tissue samples of 16 patients could not be evaluated due to DNA degradation. MYC/lgH rearrangement was determined as positive by FISH analysis in three fresh tissue samples, two imprint and two peripheral blood samples of our cases. In paraffin tissue samples, 9 cases were found positive for t(8;14) translocation and partial trisomy of 8th and 14th chromosomes was determined in one case.As a result, we think that using both different PCR methods and FISH method will facilitate the identification of tumor?s genetic characterization. In conclusion, we think that basic molecular methods will bring new dimensions to current therapeutic approaches, also developments in molecular diagnosis will accelerate the step of individual specific treatment methods.