Epilepsili hastalarda patofizyolojik rol oynayan sitokin gen polimorfizmlerinin yaygınlığının incelenmesi
The investigation of the prevalence of cytokine gene polymorphisms which play a pathophysiological role in patients with epilepsy
Yazar: VASFİYE ESEN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. İLHAMİ GÖK
Kafkas Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Bu  çalışma, Kars ili epilepsi hastalarında ve kontrol gruplarında IL-1ß -511 ve IL-6-174 gen polimorfizmlerinin popülasyon düzeylerini belirlemek amacıyla yapıldı. Bu amaçla kliniklerde epilepsi tanısı alan toplam 100 hasta ve 100 kişilik kontrol grubu incelendi. Hasta ve kontrol gruplarından  periferik kan örnekleri alındı ve  DNA izolasyonu yapıldı. Genomik düzeydeki çalışmalarda IL-1ß -511 ve IL-6 -174 gen polimorfizmlerinin yaygınlığını incelemek için PCR ve RFLP yöntemleri kullanıldı. Araştırılan polimorfik bölgelerin standart primerler kullanılarak PCR ürünleri elde edildi. Daha sonra elde edilen PCR ürünleri AvaI ve SfaNI restriksiyon enzimleri ile kesildi. Restriksiyon ürünleri agaroz jel elektroforezinde yürütülerek polimorfizm analizleri jel resimlerinden yararlanarak yapıldı.
Restriksiyon enzimleri ile kesim sonucu epilepsili hastalarda IL-1ß-511 polimorfizm dağılımları en sık CT genotipi % 62 oranında ve  T alleli % 56 oranında görüldü. Aynı gen bölgesinde kontrol grubunda ise restriksiyon enzim ile kesim sonucu  CT genotipi % 25 oranında ve T alleli %  22 oranında gözlendi. 
Epilepsili hastalarda IL-6-174 polimorfizm bölgesi için GG genotipi % 42  oranında ve G alleli %  46 oranında rastlandı.  Bu bölgenin kontrol grubunda ise polimorfizm oranı GG genotipi % 50 ve G alleli % 53 gözlendi.
Sonuç olarak IL-1ß-174?ün T allelindeki değişimlerin epilepsi hastalığının oluşumunda duyarlı bir etkiye sahip olabileceği, ancak IL-6-511 polimorfizmi G allel frekansındaki değişimlerin hastalığın oluşumunda etkili olamayacağını düşünmekteyiz. Bu alanda daha çok ilgili polimorfizm bölgelerinin araştırılması ve popülasyon sayılarının artırılmasına ihtiyaç vardır. Bu gerçekleştirildiği takdirde epilepsi hastalığının klinik tanı ve tedavisine katkı sağlanabilir.

Anahtar Kelimeler: Epilepsi, Sitokin gen polimorfizmleri, PCR, RFLP, Kars İli.

Abstract:
This study was performed to determine the population level of IL-1ß -511 and IL-6-174 gene polymorphisms in patients with epilepsy as well as a control group in Kars. For this purpose, a total of 100 patients diagnosed with epilepsy and a total of 100 nonepilepthic persons as control group were examined. Peripheral blood samples were taken from the patients and control group for DNA extraction. Target region was apmlified using PCR and the amplified product was digested to produce RFLP markers. PCR products were obtained using standard primers. Then, the obtained PCR product was cut with restriction enzymes SfaNI and Aval. Restriction products were gained from agarose gel electrophoresis and polymorphism was analyzed using gel images.  The prevalence of polymorphisms for IL-1ß -511and IL-6 -174 were subsequently examined.
The most common genotype among epilepsy group was CT genotype with 62% frequency and the T allele being most common allele with 56% allele frequency for IL-1ß. Among the control group however, CT genotype had the frequency of 25% and T allele had 22% allele frequency.
When genotype and allele frequencies of IL-6-174 gene were estimated, we found that among epilepsy group GG genotype prevalence was about 42% and G allele prevalence was 46%. Nevertheless, GG genotype was observed around 50% and G allele about 53% in the control group.
Based on the results we conclude that the changes in the allele frequency of T allele of IL-1ß-174 could be associated with epilepsy. However, we could not find a significant change with G allele of IL-6-511. An increase in the sample sizes of populations along with more sites in the genes should be an interesting research venue for the clinical diagnosis and treatment of epilepsy.

Keywords: Epilepsy, Cytokine gene polymorphisms, PCR, RFLP, Kars City.