Er-(Endoplazmik retikulum) stres sinyal yolağındaki bazı transkripsiyon faktörü genlerin yonca(medicago sativa  L.)'da ifade analizi
Expression analysis of some transcription-factor genes related to endoplazmik reticulum stress signaling pathway in alfalfa (Medicago sativa L.)
Yazar: MUHAMMET ÇAĞRI OĞUZ
Danışman: DOÇ. DR. AHMET METİN KUMLAY
Iğdır Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Büyük verim kayıplarına neden olan biyotik ve abiyotik stres koşullarına yönelik
bitkinin stresi algılaması ve strese karşı tolerans sağlaması verim kayıplarının önüne
geçilebilmesi için hayati önem taşımaktadır. Stres toleransında rol oynayan genlerin
belirlenmesi stres yolaklarının aydınlatılmasında büyük önem taşımaktadır.
Bu çalışmada, stres faktörleri içeren ortamlarda (DTT ve PEG) yetiştirilen
bitkilerin yapraklarındaki su potansiyelleri ölçülerek, bitki için kritik zaman aralıkları
fizyolojik ön bulgu olarak elde edilmiştir. Belirlenen zaman aralıklarında, Nimet yonca
çeşidinde, yapay endoplazmik retikulum stresi oluşturan DTT ve kuraklık stresi (PEG)
uygulamalarında, ER stres yolağında görev alan bZIP60 ve bZIP28 genlerinin ifade
analizleri Real Time PCR ile gerçekleştirilmiştir. Analizler sonucunda, DTT'nin ER
stres yolaklarında görevli bu iki genin işlevini azalttığı belirlenmiştir. Kuraklık (PEG)
uygulamalarında bitkiler için en kritik saatin 8. saat olduğu ve bZIP60'ın yaprak
dokusunda ifadesini diğer uygulamalara göre daha fazla artırdığı (yaklaşık 42 kat)
belirlenmiştir. Ayrıca bu bulgular, kullanılan iki gen bölgesinden, özellikle bZIP60'ın
bZIP28'e göre stres yolağında daha etkin rol aldığını; yaprak dokusunun kök dokusuna
göre stresten daha fazla etkilendiği bulgusuna varılmıştır.
Araştırma, yoncada ER stres mekanizmasında görev alan genlerin ifadesine
yönelik ilk çalışma olup, ER stres mekanizmasına yönelik gelecekte yapılacak
çalışmalara da katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Anahtar kelimeler: ER stresi, Transkripsiyon faktörleri ifadesi, Yonca stres
mekanizması.

Abstract:
Perception of biotic and abiotic stress conditions in plants and to provide
tolerance carries a crucial importance in prevention of huge yield losses. Identification
of genes playing a role in stress tolerance has a great importance in elucidation of stress
pathways.
In this study, the water potentials of the leaves of the plants grown under stress
factors (DTT and PEG) were measured and the critical time intervals for the plant were
obtained as physiological preliminary findings. Expression analysis of bZIP60 and
bZIP28 genes involved at ER stress pathways were evaluated by RT-PCR assay at
determined intervals of time, (in alfalfa cultivar Nimet) under the artificial ER stress
implemented by DTT and drought stress (PEG). According to the results, it was
determined that DTT reduced the function of these two genes involved in ER stress
pathways. It was determined that the most critical time for plants in drought (PEG)
tolerance was 8 hours after treatment, in which the expression of bZIP60 in leaves was
increased more than other applications (about 42 times). Furthermore, according to the
findings, of the two studied gene regions bZIP60 have a more active role in the stress
pathways than bZIP28; and the leaf tissues were more affected than the root tissues
under the stress conditions.
This study is the first research on alfalfa expression of genes involved in ER
stress mechanisms and it is thought that it will contribute to the future studies on ER
stress mechanism.
Key words: ER stress, Transcription factors expression, Alfalfa stress mechanism