Nohut yanıklık etmeni Ascochyta rabiei (Pass.) Labr.'nin patotiplerinin moleküler yöntemlerle belirlenmesi
Determination of pathotypes of Ascochyta rabiei (Pass.) Labr. causing chickpea blight by molecular techniques
Yazar: GÖKSEL ÖZER
Danışman: PROF. DR. SARA DOLAR
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Ascochyta rabiei (Pass.) Labr., (eşeyli dönem, Didymella rabiei (Kov.) v. Arx)'nin neden olduğu Ascochyta yanıklığı dünyada olduğu gibi ülkemizde de nohut üretimini kısıtlayan en önemli hastalıklardan biridir. Bu sebeple Türkiye'nin farklı bölgelerine ait 18 ili temsil eden A. rabiei patotipleri arasındaki genetik farklılıklar 54 RAPD ve 30 ISSR primeri kullanılarak incelenmiştir. Elde edilen verilerin Dice'ın benzerlik katsayısı kullanılarak yapılan UPGMA cluster analizi sonucunda 81 A. rabiei izolatı RAPD analizine göre 6 grup, ISSR analizine göre ise 4 grup içerisinde sınıflandırılmıştır. Ancak izolatların patotip ve bölgelere göre dağılımı ile dendrogramdaki gruplanmaları arasında herhangi bir ilişki tespit edilememiştir. İzolatların populasyon yapısı incelendiğinde en yüksek gen farklılığının İç Anadolu bölgesinde (0.1992), en düşük farklılığın ise Akdeniz bölgesinde (0.1574) olduğu görülmüştür. Moleküler varyans analizi (AMOVA) sonucunda populasyonlar arasında tespit edilen genetik varyasyonun büyük bir kısmının (%98.34) izolatlar arasındaki genetik farklılardan, çok küçük bir kısmının ise populasyonlar arasındaki coğrafik farklılıklardan kaynaklandığı tespit edilmiştir. Farklı bölgelere ait A.rabiei izolatları arasında görülen yüksek gen akışı (5.45) ve genetik farklılıklar değerleri ise seksüel rekombinasyonların bu patojendeki genetik farklıların artışında rol oynadığını göstermiştir.Anahtar Kelimeler: Nohut, Ascochyta rabiei, genetik farklılık, RAPD, ISSR

Abstract:
Ascochyta blight, caused by Ascochyta rabiei (Pass.) Labr., (teleomorph, Didymella rabiei (Kov.) v. Arx) is one of the most important diseases decreasing to chickpea production in Turkey and worldwide. Thus, genetic diversity among pathotypes of A. rabiei belonging to 18 different provinces of Turkey was assessed using 54 RAPD and 30 ISSR primers. UPGMA cluster analysis based on Dice?s coefficient clustered 81 isolates of A. rabiei into 6 and 4 major groups by RAPD and ISSR analysis, respectively. However, no correlation was found between the pathotypes and geographically distribution of these isolates and their grouping in dendrograms. Population analysis showed that the highest genetic variation occured in Central Anatolia region (0.1992) while the lowest variation was in Mediterranean region (0.1574). Analysis of molecular variance (AMOVA) confirmed that most genetic variability (%98.34) among populations resulted from differences among isolates while a relatively low proportion of the genetic variability was attributable to geographical differences among populations. High gene flow and genetic differentiation values among A. rabiei isolates from different provinces indicated that sexual recombination had a significant effect on increasing the genetic variability of this pathogen.Key Words: Chickpea, Ascochyta rabiei,, genetic diversity, RAPD, ISSR