Klebsiella, acinetobacter ve pseudomonas suşlarında kolistin duyarlılığının belirlenmesinde otomatize sistem sonuçları ile broth mikrodilüsyon testinin karşılaştırılması
Comparison of automated system results and broth microdilution test in the determination of colistin susceptibility in klebsiella, acinetobacter and pseudomonas strains
Yazar: HATİCE BULUT
Danışman: PROF. DR. SERDAR GÜL
Kırıkkale Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology

Özet:
Karbapenem direncinin sürekli artması, daha önceden sistemik kullanımı durdurulan kolistinin çok ilaca dirençli Gram-negatif bakterilere karşı yeniden kullanımına sebep olmuştur. Artan kolistin kullanımı, küresel olarak kolistin direncini ortaya çıkarmış, kolistin duyarlılığının doğru tespit edilmesi daha önemli hale gelmiştir. 2016 yılında, Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi (EUCAST) ve Amerikan Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) ortak bir kararla kolistin duyarlılığını belirlemek için broth mikrodilüsyon (BMD) yöntemini önermiştir. Ancak çeşitli zorlukları sebebiyle BMD yönteminin rutin laboratuvarlarda uygulanması zordur. Bu sorunun üstesinden gelmek amacıyla, çeşitli otomatik bakteri tanımlama ve antibiyotik duyarlılık testi sistemleri piyasaya sürülmüş, kitler geliştirilmiştir. Otomatize sistemler kullanım kolaylığı sağlamakta ancak literatürde bu sistemlerin güvenilirliği ile ilgili çelişkili sonuçlar bulunmaktadır. 
Bu çalışmada laboratuvarımıza gelen çeşitli örneklerden izole edilen Klebsiella, Acinetobacter ve Pseudomonas suşlarının kolistin duyarlılığının BMD ile belirlenmesi, retrospektif olarak BD Phoenix 100 sistemi sonuçları ile karşılaştırılması ve BD Phoenix 100 (Becton Dickinson Diagnostic System, ABD) sisteminin kolistin duyarlılığı sonuçlarında güvenilirliğinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Kırıkkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarına gelen çeşitli örneklerden izole edilip saklanmış olan örnekler retrospektif taranmıştır. Klebsiella, Acinetobacter ve Pseudomonas suşları izole edilen toplam 120 örnek çalışmaya dahil edilmiştir. Toplanan suşların geriye dönük kolistin duyarlılıkları otomatize sistemden taranıp kaydedilmiştir. BMD yöntemi ile kolistin duyarlılıklarına bakılması için aynı suşlar koyun kanlı ve Eozin Metilen Blue (EMB) agara ekilip canlandırılmış, 0.5 McFarland bulanıklığında bakteri süspansiyonu hazırlanmıştır. Kolistin sülfat tozu sulandırılarak 256mg/L konsantrasyonda antibiyotik çözelti hazırlanmıştır. Mikroplakalara Müeller Hinton II agar, bakteri süspansiyonu ve azalan dozlarda kolistin çözeltisi koyulmuştur. 35-37 °C'de 18 ± 2 saat inkübe edilip sonuçlar görsel olarak okunmuştur. CLSI'nın önerilerine göre kategorik uyum (KU), büyük hata (BH) ve çok büyük hata (ÇBH) oranları hesaplanarak sonuçlar karşılaştırılmıştır.
BMD yöntemi ile toplam 120 bakterinin 60 tanesi (%50) kolistine dirençli bulunmuştur. BD Phoenix 100 sistemi referans BMD ile karşılaştırıldığında KU: %62.5, BH: %8, ÇBH: %66.6 olarak hesaplanmıştır. Düşük KU, çok yüksek ÇBH ve BH oranları ile BD Phoenix 100 sisteminin BMD yöntemine alternatif kabul edilemeyeceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
The steady increase in carbapenem resistance has led to the reintroduction of colistin against multi-resistant Gram-negative bacteria after its systemic use was previously discontinued. The increased use of colistin has led to the emergence of colistin resistance worldwide, and accurate detection of colistin susceptibility has become increasingly important. In 2016, the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) and the American Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) jointly recommended the broth microdilution (BMD) method to determine colistin susceptibility. However, due to various difficulties, the BMD method is difficult to implement in routine laboratories. To overcome this problem, several automated systems for bacterial identification and antibiotic susceptibility testing have been introduced and kits developed. Automated systems offer ease of use, but there are conflicting results in the literature regarding the reliability of these systems. 
The aim of this study was to determine the colistin susceptibility of Klebsiella, Acinetobacter and Pseudomonas strains isolated from various specimens in our laboratory by BMD, to retrospectively compare the results with the BD Phoenix 100 system and to evaluate the reliability of the BD Phoenix 100 system (Becton Dickinson Diagnostic System, USA) in colistin susceptibility results.
The isolated and stored samples from different specimens received by the Laboratory of Infectious Diseases and Clinical Microbiology of Kırıkkale University Faculty of Medicine were retrospectively reviewed. A total of 120 samples isolated from Klebsiella, Acinetobacter and Pseudomonas strains were included in the study. The retrospective colistin susceptibility of the collected strains was screened and recorded using an automated system. To determine colistin susceptibility by the BMD method, the same strains were inoculated on sheep blood and eosin methylene blue (EMB) agar, resuspended and bacterial suspension was prepared at 0.5 McFarland turbidity. Colistin sulphate powder was diluted and antibiotic solution was prepared at a concentration of 256 mg/L. Mueller Hinton II agar, bacterial suspension and decreasing doses of colistin solution were added to the microplates. They were incubated at 35-37 °C for 18 ± 2 hours and the results were read visually. According to CLSI recommendations, categorical agreement (CU), major error (MA) and very major error (MAE) rates were calculated and the results compared.
Using the BMD method, 60 (50%) of the total 120 bacteria were resistant to colistin. When the BD Phoenix 100 system was compared with the reference BMD, CU: 62.5%, BH: 8%, MDR: 66.6% were calculated. It was concluded that the BD Phoenix 100 system cannot be considered as an alternative to the BMD method with its low CU, very high MDR and BH rates.