Sistemik kandidemi etkeni Candida albicans suşlarının moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi ve SAP4 geni varlığının araştırılması
Typing of systemical Candidemia agents of Candida albicans isolates by molecular methods and investigation of SAP4 gene presence
Yazar: KEMAL BİLGİN
Danışman: PROF. DR. ASUMAN BİRİNCİ ; YRD. DOÇ. DR. TUBA YILDIRIM
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Candida albicans = Candida albicans

Özet:
Son yıllarda mantarlara bağlı enfeksiyonlarda ciddi artış dikkati çekmektedir. Özellikle C. albicans sahip olduğu virülans faktörleri sayesinde en sık karşılaştığımız enfeksiyon etkenlerindendir. Ayrıca, C. albicans önemli bir hastane enfeksiyonu etkeni olarak, morbidite ve mortalite artışına neden olabilmektedir. Bu nedenle hastanemizden izole edilen C. albicans suşlarının doğru tanımlanabilmesi, moleküler genotiplendirme yöntemleriyle hastanemizdeki yayılımlarının takip edilmesi ve virülans faktörlerinin incelenmesi önem arz etmektedir.Bu çalışmada; Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde yatan hastaların kan örneklerinden izole edilen C. albicans suşlarının moleküler yöntemler kullanılarak tiplendirilmesi ve bu mikroorganizmaların virülansında önemli bir rolü olan Salgısal Aspartil Proteinaz 4 (SAP4) gen bölgesi varlığının araştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya hastanemizin çeşitli servislerinden, laboratuarımıza gönderilen kan kültürlerinden izole edilmiş 50 C. albicans suşu dahil edildi. İzolatlar fenotipik ve genotipik olarak tanımlandı. Çalışmaya dahil edilen hastaların epidemiyolojik bilgileri ve enfeksiyon oluşumuna neden olabilecek risk faktörleri araştırıldı. Suşların moleküler tiplendirilebilmesi için Arbitrarily Primed Polimeraz Zincir Reaksiyonu (AP-PZR) ve Pulsed Field Gel Elektroforezi (PFGE) yöntemleri kullanıldı. Ayrıca C. albicans için bir virülans faktörü olan SAP4 gen varlığı PZR yöntemi ile araştırıldı.Çalışmaya alınan 50 C. albicans izolatı, AP-PZR yöntemi ile 26, PFGE yöntemi ile 41 genotipe ayrılmıştır ve 50 izolatın 49'unda SAP4 geni varlığı tespit edilmiştir.Sonuç olarak hastanemizde kandan izole edilen C. albicans izolatlarının kümelendiği baskın genotipler tespit edilmemiştir. Bazı hastalarda ekzojen bulaş olabileceği görülse de hastaların önemli bir kısmında enfeksiyonun endojen kaynaklı olabileceği düşünülmüştür. Ayrıca izolatların %98'inde SAP4 geni tespit edilmiştir ve bu gen bölgesinin kan izolatlarında önemli oranda bulunduğu gösterilmiştir.

Abstract:
In recent years increasing infections due to the fungus draw attention. Especially, C. albicans is one the most freuquent infectious agent with its virulance factors. Furthermore, C. albicans is a nasocomial infection agent because of this it can lead an increase in the mortality and morbidity. Therefore, correct identification of C. albicans strains in our hospital and following distrubition of these strains by moleculer genotyping and investigating their virulance factors get importance.In this study; it is aimed to genotype C. albicans strains that isolated from blood cultures of hospitalised patients in Ondokuz Mayıs University Medicine School Hospital by molecular methods and to investigate one of the most important virulance factor Secreted Aspartyl Proteinases (SAP4) .Our study included 50 C. albicans strains that isolated in our laboratory from blood cultures of patients from different clinics. The isolates were identified both phenotypically and genotypically. Epidemiological datas and predisposing factors for infection were also evaluated for patients included our study. Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) and Arbitrarily Primed Polymerase Chain Reaction (AP-PCR) methods were used for molecular genotyping of strains. Furthermore, SAP4 a virulance factor for C. albicans was investigated by PCR.The 50 C. albicans isolates included in our study were separated to 26 genotype by AP-PCR, 41 genotype by PFGE and SAP4 was detected in 49 of 50 isolates.In conclusion, it was not detected any dominant genotype clusture of C. albicans isolates that isolated from blood culture in our hospital. It was thought that source of infection is endogeneous in most of the patients, may be some of them exogenous. In addition, SAP4 gene were detected in 98% of isolates and was indicated that this gene region has significant proportion in bloodstream infections.