Non-fermentatif gram negatif bakterilerde metallo-beta-laktamaz varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Investigation of metallo-beta-lactamase presence by phenotypic and genotypic methods in nonfermentative gram negative bacteria
Yazar: FATMA TUĞBA DİNÇ
Danışman: PROF. DR. GÜHER GÖRAL
Uludağ Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Bakteriler = Bacteria ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Pseudomonas = Pseudomonas

Özet:
Bu çalışma nonfermentatif gram negatif bakterilerde metallo-beta-laktamaz (MBL) varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile en uyumlu fenotipik testin saptanması amacıyla yapıldı.Çalışmaya Haziran 2011 ? Haziran 2012 tarih¬leri arasında Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı'na gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen; Phoenix (Becton Dickinson, Amerika Birleşik Devletleri) otomatize bakteri tanımlama ve duyarlılık test sisteminde imipenem (IMP) ve/veya meropeneme (MRP) CLSI kriterlerine göre dirençli bulunan 35 Pseudomonas ve 35 Acinetobacter suşu alındı.MBL varlığını belirlemek için modifiye Hodge test (MHT), Etest, çift disk sinerji testi (ÇDST), kombine disk testi (KDT); ayrıca blaIMP, blaVIM, blaNDM, blaSPM genlerini saptamak için PCR kullanıldı.Acinetobacter izolatlarının tümü IMP, MRP, seftazidim (CAZ) ve piperasilin-tazobaktama; Pseudomonas izolatlarının ise %85,7'si IMP, %88,5'i MRP, %54,2'si CAZ , %45,7'si piperasilin-tazobaktama dirençli bulundu. Çok ilaca dirençli Acinetobacter türleri %88,5, Pseudomonas türleri %28,5 saptandı.Acinetobacter'lerin 29'unda (%82,8) Etest, 16'sında (%45,7) MHT, 14'ünde (%40) ÇDST, 5'inde (%14,2) KDT ile; Pseudomonas'ların 6'sında (%17,1) KDT, 5'inde (%14,2) CAZ-MPA ÇDST, 4'ünde (%11,4) IMP-EDTA ÇDST, 2'sinde (%5,7) Etest, 1'inde (%2,8) MHT ile MBL pozitifliği bulundu.PCR ile Acinetobacter ve Pseudomonas suşlarının hiçbirinde blaSPM ve blaNDM pozitifliği saptanmadı. Sadece 3 P. aeruginosa izolatında (%8,5) blaIMP, 33 Acinetobacter izolatında (%94,2) ise blaVIM pozitif bulundu.PCR sonuçları ile en uyumlu fenotipik testler Pseudomonas izolatları için IMP-EDTA ÇDST (duyarlılık %100, özgüllük %96); Acinetobacter izolatları için Etest (duyarlılık %84,8; özgüllük %50) olup; bu testlerin moleküler yöntemlerle mutlaka doğrulanması gerekse de yapılamadığı durumlarda laboratuvarımızda MBL tanısında kullanılabileceği kanısına varıldı.

Abstract:
The aim of this study was to investigate the presence of metallo-beta-lactamase (MBL) by phenotypic and genotypic methods in nonfermentative gram negative bacteria and to determine the most compatible phenotypic method with polimerase chain reaction (PCR).35 Pseudomonas spp., 35 Acinetobacter spp. strains isolated from various clinical specimens sent to Uludağ University Medicine Faculty Medical Microbiology laboratory between the dates of January 2011-January 2012 that were resistant to imipenem (IMP) and/or meropenem (MRP) by Phoenix (Becton Dickinson, United States of America) automated bacteria identification and susceptibility testing system according to CLSI criteria included in the study.Modified Hodge test (MHT), Etest, double disc synergy test (DDST), combined disc synergy test (CDST) were used to determine the presence of MBL and PCR was performed to detect blaIMP, blaVIM, blaNDM, blaSPM genes.While all Acinetobacter spp. strains were found to be resistant to IMP, MRP, ceftazidime (CAZ) and piperacillin-tazobactam, the resistance rates of Pseudomonas spp. were 85,7% for IMP, 88,5% for MRP, 54,2% for CAZ and 45,7% for piperacillin-tazobactam. 88,5% of Acinetobacter spp. and 28,5% of Pseudomonas spp. were determined to be multi-drug resistant.For Acinetobacter spp. strains, 29 isolates (82,8%) by Etest, 16 isolates (45,7%) by MHT, 14 isolates (40%) by DDST, 5 isolates (14,2%) by CDST were found as MBL positive; on the other hand for Pseudomonas strains 6 isolates (17,1%) by CDST, 5 isolates (14,2%) by CAZ-MPA DDST, 4 isolates (%11,4) by IMP-EDTA DDST, 2 isolates (5,7%) by Etest, 1 isolate (2,8%) by MHT were found as MBL positive.blaSPM and blaNDM positivity was not detected neither Acinetobacter nor Pseudomonas strains by PCR. blaIMP was found positive in only 3 (8,5%) P. aeruginosa isolates and blaVIM was found positive in 33 (94,2%) Acinetobacter isolates.The most compatible phenotypic tests with PCR results were IMP-EDTA DDST (sensitivity 100%, spesifity 96%) for Pseudomonas isolates, and Etest (sensitivity 84,8%, spesifity 50%) for Acinetobacter isolates. These tests must be confirmed by molecular methods; however at our laboratory they can be used to detect MBL in the situations that molecular methods couldn?t be performed.