Bir metagenomun fonksiyonel profillemesinin gerçekleştirilmesi
Extraction of functional profile in metagenomic
Yazar: BANU ULU
Danışman: YRD. DOÇ. DR. CELAL ÖZTÜRK
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Mikrobik organizmalar birçok biyolojik ve ekolojik süreçte yer almalarına rağmen bu süreçler ve görev alan organizmalarla ilgili bilgimiz yaşadığımız çağ itibariyle kısıtlıdır. Geçtiğimiz on yılda DNA dizileme teknolojilerinde gerçekleşen önemli ilerlemeler sayesinde ortamdaki tüm mikrobiyomun DNA içeriği olan "metagenom" verisi elde edilebilmiştir. Buna paralel olarak gelişen teknolojiyle ve artan veri miktarıyla mikrobiyomun ne yaptığı sorusu gündeme gelmiştir. Bu şekilde mikrobiyomun fonksiyonel profilinin oluşturulması gerekliliği ortaya çıkmıştır. 
GASIC algoritması tabanlı fonksiyonel analiz sistemi, negatif olmayan LASSO yaklaşımıyla referans genom benzerlikleri dikkate alınıp, hizalanarak okunan veriler aracılığı ile gerçek genom miktarını tahmin etmektedir. Bu algoritma esas alınarak geliştirilen sistem FAMeS metagenom simülasyonu verisi kullanılarak değerlendirilmiştir. Değerlendirilen sistem Grinder simülasyon verisiyle görselleştirilmiştir. 
Çalışma kapsamında deney için gerekli olan veri grupları hazırlanmış ve değerlendirme fonksiyonları belirlenmiştir. Sistem en çok kullanılan Metafunction sistemi ile kıyaslanmıştır.  Deneyler sonucunda elde edilen veriler tablolarla açıklanarak yorumlanmıştır.
Elde edilen sonuçlarda geliştirilen sistemin hemen her fonksiyonel hiyerarşi seviyesinde MetaFunction'a kıyasla daha hassas ve özgül olduğu tespit edilmiştir. Buna ek olarak birçok seviyede sistem,  %100'e varan hassasiyete erişebilmektedir.

Abstract:
Although microbic organisms take part many biologic and ecologic period, our knowledge limited about that periods and relevant organisms. Over the past decade, DNA sequencing technology has been significant progress, "metagenom" data that is DNA content of all microbiome in the environment could be obtained. In parallel to developing technology and the increasing amount of data, the question has been raised that, what is doing microbiome.  Thus, necessity that created of functional profile of microbiome. 
GASIC Algorithm based functional analysis system estimate real genom quantity through by aligning reading data with nonnegative LASSO approach considering reference genom similarities. System, that is developed based on this algorithm were evaluated using FAMeS metagenom simulation data. Evaluated system is visualized with Grinder simulation data.
In the study, data groups required for the assay was prepared and evaluation functions are determined. System was compared with the most commonly used system Metafunction. The data obtained in the experiments were evaluated which explaining the tables.
As a results at the all  functional hierarchy level, the system developed more sensitive and specific according to Metafunction system. Additionally, sensitivity of the system can reach  up to % 100 at many levels.