I. laktasyon başındaki sağmal ineklerde bazı aerobik bakteriyel mastitis etkenlerinin fenotipik ve genotipik olarak incelenmesi
Phenotypical and genotypical investigations on some aerobic bacterial agents isolated from mastitic cows in beginning of first lactation
Yazar: TUNCAY ÇÖKÜLGEN
Danışman: PROF. UÇKUN SAİT UÇAN
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Bakteriler-aerobik = Bacteria-aerobic ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Laktasyon = Lactation ; Mastit = Mastitis ; Meme bezleri-hayvan = Mammary glands-animal ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine ; İnekler = Cows

Özet:
Mastitis; uygulanan kontrol ve önleme programlarına rağmen süt sığırcılığı işletmelerinin halen en önemli problemleri arasında yer almaktadır. Son yıllarda yapılan epidemiyolojik çalışmalara göre yaş-laktasyon periyodu ve işletme yapıları mastitis etiyolojisinde belirleyici olabilmektedir. Bu determinantların KNS'ler tarafından oluşturulan subklinik mastitis prevalanslarında artışlara sebep olduğu bildirilmektedir. 
Bu çalışmada Konya İlinde modern bir işletmede yaş ve laktasyon periyodu kapsamında KNS'lerin tür düzeyinde identifikasyonları yapılarak subklinik, klinik ve persiste enfeksiyonlardaki baskın türlerin tespiti, çeşitli virülens, direnç mekanizmalarının belirlenmesi ve zaman, yaş, verim yönünden etken profilllerinin değişiminin tespiti amaçlandı. Böylece erken laktasyon dönemindeki düvelerde mastitise karşı etkin koruma mekanizmalarının geliştirilmesine katkı sağlanması amaçlandı.
Çalışmada Bruselloz ve Tüberkülozdan ari, otomatize sürü yönetim sistemi kullanan entansif bir işletmede laktasyonun 1-4 aylık döneminde süt verimi 20 litre ve üzeri olan 32 adet sağmal inek 3 ay boyunca meme enfeksiyonları yönünden izlendi. Konvansiyonel yöntemlerle izolasyonun ardından çeşitli biyokimyasal yöntemlerle ön identifikasyon yapıldı. Matriks Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) izole edilen etkenlerin kesin identifikasyonu tamamlandı. Persiste enfeksiyona neden olan suşların farklılığı/benzerliği dizi analizi ile araştırıldı. İzolatların antibiyotik direnç profilleri disk diffüzyon, slime ve biyofilm oluşturma kapasiteleri Kongo Kırmızısı Agar (KKA), PZR, Mikropleyt Biyofilm Testi (MBT) ile borik asitin biyofilm önleme kapasitesi MBT ile incelendi.
Laktasyon başındaki düvelerde meme içi enfeksiyonların prevalansı 0,75, KNS kaynaklı meme içi enfeksiyonların prevalansı 0,53 olarak hesaplandı. İzolatların %59,7'si KNS, %12,5'i Streptococcus spp., %5,56'sı T. pyogenes, %22,24'ü diğer çevresel etkenler olarak tanımlandı. İzole edilen en baskın KNS türü S. chromogenes (%44,4) dir. Toplam izole edilen KNS suşlarının 14'ü persiste enfeksiyonlardan izole edildi. Tüm izolatlar arasında slime pozitifliği %19 biyofilm pozitifliği %19,12 olarak hesaplandı. Antibiyotik direnci KNS'lerde daha düşükken çevresel izolatlarda daha yüksek tespit edildi.
 Sonuç olarak, KNS' lerin erken laktasyon dönemindeki düvelerde sürü problemi düzeyinde meme içi enfeksiyonlara sebep olabileceği, farklı mekanizmalarla persiste enfeksiyonlara yol açabileceği, sığır adapte suş olarak adlandırılan S. chromogenes'in ileriki dönemlerde yeni bir kontagiyöz mastitis etkeni olarak yer alabileceği düşünüldü. Etkili mücadele programlarının geliştirilmesi için KNS' lerin identifikasyonlarının tür düzeyinde yapılması gerektiği kanaatine varıldı. Epidemiyolojik verilere göre KNS'lerin diğer etkenlerle olan ilişkilerinin in vitro ve in vivo testlerle aydınlatılması ve zaman-yaş-verim gibi çevresel etmenlerin meme sağlığı açısından önemli olduğu görüldü. Erken laktasyon dönemindeki düvelerde mevcut meme sağlığı kontrol programlarının yetersiz olduğu düşünüldü.

Abstract:
Mastitis is still one of the most important problems in spite of the implementation of control and prevention programs on dairy herd. According to current epidemiological studies, the age-lactation period and management structures cause significant differences in the etiology of mastitis. As a result of the differences, it is seen that there is an increase in the prevalence of subclinical mastitis caused by coagulase-negative staphylococci (CNS). 
In this study, it was aimed to identify the predominant CNS species in subclinical, clinical and persistent infections in Konya provience, and to determine various virulence and resistance mechanisms of CNS species within the age-lactation level. Also, it is aimed to contribute to the development of effective protection mechanisms against mastitis in primiparous at the early lactation. 
In this study, it was conducted in a dairy herd in which automated herd management system was utilized and free of Brucellosis and Tuberculosis. 32 primiparous cows, whose milk yields were over 20 liters, were observed in terms of udder infections during 1-4 months of lactation. Conventional bacterial isolation and various biochemical methods were used for pre-identification. Matriks Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) and Polymerase Chain Reaction (PCR) methods were used for precise identification. Diversity/similarity of strains that cause persistent infection were determined by sequencing methods. Slime and biofilm forming capacities were investigated Congo Red Agar, PCR, Microplate Biofilm Test, respectively. 
The prevalence of intramammary infections in primiparous at the beginning of lactation was 0.75 and the prevalence of intramammary infections caused by CNS was 0.53. The rate of CNS was %59,7, the rate of Streptococcus spp. was %12,5, the rate of T.pyogenes was %5,56 among all isolates.  Other isolates were identified as environmental isolates. S. chromogens (44.4%) were the most common CNS species isolated. Fourteen of the total isolated CNS strains were isolated from persistent infections. Among total isolates, slime positivity was 19% and biofilm positivity was 19.12%. Antibiotic resistance was lower in CNS while environmental isolates have higher antibiotic resistance.
In conclusion, CNS may cause udder infections at the level of herd problem in primiparous during the early lactation period, which may cause persistent infections with different mechanisms, S. chromogenes, a bovine-adapted strain, may appear as a new contagious mastitis agent in the future. Identification of CNS should be done at species level instead of group level in order to develop effective control programs. According to the epidemiological data, important to clarify the relationship between CNS and other bacterial agent by in vitro and in vivo tests and environmental factors such as time-age-yield in terms of udder health. Current udder health control programs in primiparous in early lactation period were found to be insufficient.