Gül sarı damar virüs (Rose yellow vein virus, RYVV) etmeninin iki farklı gen bölgesine göre moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of Rose yellow vein virus (RYVV) based on two different gene region
Yazar: NAZLI GÜRSEL
Danışman: PROF. DR. SAVAŞ KORKMAZ
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Gül bitkisi ülkemizin hemen hemen her bölgesinde doğal olarak yetişmekte veya üretimi yapılmaktadır. Güllerde enfeksiyon oluşturan çok sayıda virüs hastalığı vardır ve bunlardan bir tanesi de Gül sarı damar virüsü (Rose yellow vein virüs; RYVV)'dür. RYVV Caulimoviridae familyası içinde Rosadnavirus cinsine ait bir virüstür. Virüs, 9.314 nükleotitten oluşan ssDNA (+) genomuna sahiptir. Etmen ülkemiz için yeni bir virüs olup karakterizasyonu tam olarak yapılmamıştır. Bu amaçla 2018-2019 yıllarında Çanakkale ilinde virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 71 gül örneği toplanmıştır. Toplanan örnekler PCR ile kılıf protein genine spesifik primer çifti (RYVV-F1 5'-CGAGA TTAAC GAAAT GGAC-3'and RYVV R1 5'-CGTAC TCTTT CTTGG CTT-3') ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda 71 örneğin 19'u enfekteli olarak bulunmuştur. Enfekteli izolatlardan biri seçilerek ilgilenilen hareket proteini (movement protein; MP) ve kılıf proteini (coat protein; CP) gen bölgelerinin tamamı PCR ile amplifiye edilmiştir. Elde edilen PCR ürünleri kullanılarak seçilen izolata ait amplifiye edilmiş olan MP ve CP genlerinin nükleotid dizileri belirlenmiştir. Elde edilen RYVV MP ve CP genlerine ait nükleotit dizilimleri kullanılarak, amino asit dizilimleri çıkarılmıştır. Yapılan nükleotid ve amino asit temelli çoklu dizi karşılaştırmaları sonucunda Çanakkale RYVV izolatı ile dünya izolatları arasında nükleotid düzeyinde %96-98, amino asit düzeyinde %98-99 oranlarında benzerlik olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca filogenetik analizler sonucunda Çanakkale RYVV izolatı ile dünya izolatlarının ilişkileri ortaya konmuştur. Bu çalışma ile ülkemizde ilk defa RYVV Çanakkale izolatının iki gen bölgesine göre moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir.

Anahtar sözcükler: Çanakkale, Gül, Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Rose yellow vein virus

Abstract:
Roses are naturally grown or produced in almost every region of Turkey. There are numerous viruses that infect roses, including the Rose yellow vein virus (RYVV). RYVV belongs in the genus Rosadnavirus and the family Caulimoviridae. The virus has a ssDNA (+) genome that consists of 9.314 nucleotides. RYVV is a new virus to Turkey and it hasn't yet been characterized. For this reason, 71 roses showing virus and virus-like disease symptoms were collected from Çanakkale province in 2018-2019. The collected samples were tested by PCR with the coat protein gene-specific primer pair (RYVV-F1 5'-CGAGA TTAAC GAAAT GGAC-3 'and RYVV R1 5'-CGTAC TCTTT CTTGG CTT-3'). As a result of the tests, 19 out of 71 samples were found to be infected with RYVV. One isolate was randomly selected and the gene regions, movement protein (MP), and coat protein (CP) were amplified by PCR and the PCR products were sequenced. The amino acid sequences of the RYVV MP and CP genes were deduced by nucleotide sequence analysis. As a result of multiple sequence comparisons based on two gene regions of the nucleotide and deduced amino acid, the Çanakkale RYVV isolate showed 96-98% nucleotide and 98-99% amino acid similarities with known isolates, respectively. Moreover, as a result of phylogenetic analysis, relationships between the Çanakkale RYVV isolate and the known isolates were revealed. This study was the first to perform molecular characterization of the RYVV Canakkale isolates, based on two gene regions, in Turkey.

Keywords: Çanakkale, Rose, Polymerase Chain Reaction, Rose yellow vein virus