Yerli tavuk genotiplerinin ticari genotipler ile olan genetik farklılığının SSR (Simple Sequence repeats-Basit dizi tekrarları) yöntemi ile analizi
Analysis of genetic dissimilarity between native and commercial chicken genotypes by SSR (Simple sequence repeats) method
Yazar: LEVENT MERCAN
Danışman: PROF. DR. AHMET OKUMUŞ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Mikrosatelitler = Microsatellites

Özet:
Yerel tavuk gen kaynaklarının mevcut potansiyelini araştırmak amacıyla, Samsun, Sinop, Amasya, Ordu ve Tokat illerinin her birinden seçilen üç ilçe ve üç köyden (toplam 45 noktadan) toplanan köy tavuğu genotiplerinin ticari tavuklar ile olan genetik benzerlik durumları, gen çeşitliliği oranları, allel frekansları popülasyon düzeyinde SSR (Simple Sequence Repeats-Basit Dizi Tekrarları, Mikrosatelitler) markörler ile incelenmiştir. Elde edilen veriler Aritmetik Ortalamaları Kullanan Tartısız Eş-grup Yöntemi (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean ? UPGMA) ve Komşu Birleştirme (Neighbor Joining - NJ) kümeleme analizleri ile Temel Koordinatlar Analizi (PCoA) yöntemlerine göre NTSYSpc v2.11 programı yardımıyla yapılmış ve grafiksel olarak gösterilmiştir. Çalışmada 28 mikrosatelit lokusu kullanılmış, bu lokuslara ait ortalama Polimorfizm Bilgi İçeriği (PIC) değeri, tüm popülasyonlarda lokus başına ortalama allel sayısı, popülasyon başına her bir lokusta elde edilen ortalama allel sayısı sırasıyla; 0,86±0,06, 12,96±4,97 ve 2,33±0,19 olarak bulunmuştur. Ayrıca popülasyonlara ait ortalama gen çeşitliliği oranı (h) 0,675±0,040 olarak hesaplanmıştır. Ki-kare analizi, gen çeşitliliği oranı bakımından popülasyonlar arasında fark bulunmadığını göstermiştir (P>0,05).Yerli tavuk popülasyonlarının gösterdikleri allel çeşitliliği ile zengin bir genetik kaynak oldukları, Ordu/Kumru'nun Kıran köyü popülasyonunun (ORKK) ticari popülasyonlarla allel paylaşımının olmadığı, çalışmanın hassasiyetinin ve bilgi vericilik düzeyinin artırılması için daha sonraki çalışmalarda bireysel genotiplemenin yapılması gerektiği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
The village chicken genotype samples selected from three towns and three villages from each Samsun, Sinop, Amasya, Ordu and Tokat districs (totally from 45 points) analyzed for genetic similarity, gene diversity ratios, allele frequencies between commercial chickens in population level by SSR (Simple Sequence Repeats-Microsatellites) markers with the aim of evaluating present potential of local chicken genetic resources. Data were analyzed according to Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean (UPGMA), Neighbor-Joining (NJ) and Principle Coordinates Analysis (PCoA) with the program NTSYSpc v2.11 and were presented in graphics. Twenty eight microsatellite loci were used in the study and the mean Polymorphism Information Content (PIC) value of these loci, the mean allele number per locus for all populations and the mean allele number per population per locus were found as 0.86±0.06, 12.96±4.97 and 2.33±0.19, respectively. In addition, populations? mean gene diversity ratio (h) was calculated as 0.675±0.040. Chi-square analysis showed that there was no difference between the populations (P>0.05).It was determined that local chicken genotypes were rich genetic resources with their allelic diversity and the population obtained from the Kıran village of Kumru/Ordu (ORKK) did not share any alleles with commercial populations and also individual genotyping was needed for further studies to improve sensitivity and informativeness.