Miyeloproliferatif neoplazilerde (MPN) JAK2 ve MPL gen mutasyonlarının patoloji arşiv materyalleri kullanılarak saptanmasında yeni nesil dizileme teknolojilerinin yeri
The role of next generation sequencing technologies of detecting JAK2 and MPL gene mutations with using pathology archieve materials in myeloproliferati ve neoplasms
Yazar: ŞENAY BOYACIGİL
Danışman: PROF. DR. IŞINSU KUZU
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Bu çalışmada patoloji arşiv materyalinden elde edilen DNA örnekleri ile yeni nesil dizileme teknolojileri kullanılarak JAK2 ekzon 12 ve ekzon 14 (JAK2V617F) ve MPL ekzon 10 (MPLW515L, MPLW515K, MPLA506T ve MPLA519T) mutasyonlarının  araştırılması ve patoloji arşiv materyallerinde mutasyonlu hücre oranı hastalık prezentasyonu ilişkisinin tespitinde yeni nesil dizileme teknolojilerinin duyarlılığı araştırılmıştır. .
Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı'da 2001-2011 yılları arasında kemik iliği biyopsi ve yayma preparatları incelenen BCR ABL negatif MPN (ET, PV, PMF) tanısı almış hastalar çalışmaya alınmıştır. JAK2 ve MPL mutasyonlarını saptamak amacıyla yeni nesil dizileme (pirosekanslama) yöntemi kullanılarak moleküler analiz gerçekleştirilmiştir.
Yaş, cinsiyet dağılımları ile laboratuvar bulguları hastalıkların evreleriyle beklenen sınırlar içeriside bulunan serimizde tüm olguların % 76.5'inde JAK2 ekzon 14 V617F mutasyonu bulunduğu ve % 23.5 olgunun yabanıl tip olduğu saptanmıştır. JAK2 ekzon 12 mutasyonu hiç bir olguda saptanmamıştır. MPL ekzon 10 mutasyonu ise sadece 1 ET tanılı olguda (% 2.9) saptanmıştır. ET (% 75) ve PMF (% 75) tanı gruplarında JAK2V617F mutasyonu klasik kaynaklarda bildirildiğinden daha yüksek oranda,  PV (% 78,6) olgularında ise daha düşük oranda bulunmuştur.  JAK2V617F-pozitif klonunun büyüklüğü anlamında olan "Allel burden" oranı en düşük PMF olgularında, bunu izleyen oranda ET ve en yüksek PV olgularında bulunmuştur. Sellülarite ve kan lökosit düzeyleri ile allel burden oranı arasında anlamlı ilişki saptanmıştır. Bu çalışmada kemik iliğindeki tüm farklı klonları içeren materyallerde, yeni nesil dizileme teknolojisinin metot olarak tercih edilmesindeki en önemli avantajlarından biri olan allel burden durumunuun yüksek hassasiyet ile tespit edilebildiği görülmüştür.

Abstract:
In this study, we aimed to investigate JAK2 exon 12 and JAK2 exon 14 (JAK2V617F) mutations and MPLW515L, MPLW515K, MPLA506T and MPLA519T mutations, on DNA extracted from pathology archieve materials using Next Generation Sequencing Technologies.  Also we aimed to evaluate the relationship between disease presentation and the"allele burden" ratios by this molecular analysis on bone marrow samples. 
The bone marow biopsies and smears diagnosed as BCR ABL negative MPN (ET, PV, PMF) between 2001-2011 in Ankara University Faculty of Medicine Department of Pathology were selected for the study. The molecular analysis by using Next Generation Sequencing (pyrosequencing) was performed for detection of JAK2 and MPL mutations. 
Our series showed compatible age, gender and laboratory findings with the stages of the diasease groups. JAK2 exon 14 V617F mutation was examined in %75 of the patients. None of the cases carried JAK2 exon 12 mutation. MPL exon 10 mutation was examined only on one ET case (%2,9). The diagnostic groups ET (%75) and PMF (%75) in our series were presenting higher JAK2V617F mutation compared to the classical literature. In the PV (%78,6) group the mutation ratio was lower than the classical literature. "Allel burden" which represents the amound of JAK2V617F mutated clone ratio was lowest among PMF cases, followed by ET. The ratio was highest among PV cases. A positive relation between cellularity, blood leokocyte levels and allel burden was examined. We determined that performing the next generation sequencing method for the bone marrow samples which contain all of the different clones, has the advantage of giving information on detection of allel burden status with high sensitivity.