Mycobacterıum tuberculosıs kökenlerinde ilaç direncinin genotipik ve fenotipik yöntemlerle araştırılması
Genotypic and phenotypic drug resistance of mycobacterium tuberculosis origins research methods
Yazar: METİN GÖRENEKLİ
Danışman: DOÇ. DR. METE EYİGÖR
Adnan Menderes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç ve Hipotez: Tüberküloz, halen dünyada en yaygın ve ölümcül bulaşı¬cı hastalıklardan biri olmaya devam etmektedir. Tüberküloz kontrolünde en önemli konu, balgamında tüberküloz basili bulunan hastaları erken saptamak ve başkalarına bulaştırmadan etkili ilaçlarla en kısa sürede tedavi etmektir. Bu çalışmada, hastanemize ve Aydın ili Verem Savaş Dispanseri'ne başvuran tüberküloz olgularında tüberküloz hastalığı nedeni olan Mycobacterium tuberculosis'in saptanması, demografik veriler, antitüberküloz ilaçlara direnç oranlarının ve dirence yol açan mutasyonların saptanması, bölgemizdeki tüberküloz hastalara yaklaşımda yol gösterecek verilerin elde edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Bu çalışma 1 Ocak 2009-1 Haziran 2010 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteri Laboratuvarında yapılmıştır. Tüberküloz hastası toplam 63 kişiden 63 (% 100,0) M. tuberculosis kökeni izole edilmiştir. Çalışma kapsamına alınan bu kökenlerin identifikasyonunda NAP, PZR IS6110, PZR-RFLP; antitüberküloz ilaç direncinin saptanmasında BACTEC 460 TB (Becton Dickinson, ABD) sistemi ve direnç genlerinin saptanmasında Tüberküloz Direnç Kiti (Autoimmun Diagnostika GmbH, Almanya) kullanılmıştır.Bulgular: Çalışmaya dahil edilen toplam 63 (% 26,8) hastanın 48'i (% 76,2) erkek, 15'i (% 23,8) kadındı ve hastaların yaşları 13 ile 85 (ortalama 46,4±18,5) arasındaydı. Hastaların ARB sonuçları değerlendirildiğinde; 45 hastada (% 71,4) ARB pozitif, 18 (% 28,6) hastada ARB negatif bulunmuştur. BACTEC 460 TB ile 63 M. tuberculosis kökeninin 61'inde (% 96,8) antitüberküloz ilaçlar (izoniazid, rifampisin, etambutol, streptomisin) hassas bulunmuş ve ikisinde (% 3,2) antitüberküloz ilaçlardan birine karşı direnç saptanmıştır (bir (% 1,6) hastada izoniazid direnci, bir hastada (% 1,6) streptomisin direnci). BACTEC 460 TB ile çok ilaca dirençli tüberküloz saptanmamıştır. Tüberküloz Direnç Kiti ile test edilen antitüberküloz ilaçlara karşı direnç mutasyonları araştırıldığında, 47 (% 74,6) hastada herhangi bir mutasyon saptanmamıştır. Kalan 16 (% 25,4) hastada toplam 25 mutasyon saptanmıştır. Dört kökende sadece izoniazid mutasyonu, iki kökende sadece rifampisin mutasyonu, iki kökende sadece kinolon mutasyonu, iki kökende izoniazid ve rifampisin mutasyonu, iki kökende izoniazid ve kinolon mutasyonu, iki kökende rifampisin kinolon mutasyonu, bir kökende streptomisin ve kinolon mutasyonu, bir kökende ise izoniazid, rifampisin ve streptomisin mutasyonu saptanmıştır. İzoniazid mutasyonu saptanan dokuz kökenin beşinde katG 315 mutasyonu, dördünde inhA16,15,8 mutasyonu; rifampisin mutasyonu saptanan yedi kökenin ikisinde rpoB 516 mutasyonu, ikisinde rpoB 526 mutasyonu, birinde rpoB 513-516 mutasyonu, birinde rpoB 522-526 mutasyonu, birinde rpoB 529-533 mutasyonu; streptomisin mutasyonu saptanan iki kökenin ikisinde rpsL 43 mutasyonu, birinde rpsL 88 mutasyonu; kinolon mutasyonu saptanan yedi kökenin yedisinde gyrA 90-94 mutasyonu saptanmıştırSonuç: Mycobacterium tuberculosis'in antitüberküloz ilaçlara karşı artan ilaç direnci, tedavinin etkili bir şekilde yapılabilmesini engellemekte ve duyarlılık testlerinin yapılmasını gerekli hale getirmektedir. Tüberkülozun tedavisinde çok ilaca dirençli tüberküloz önemli bir problemdir. Çok ilaca dirençli tüberküloz olgularının artışı, tüberküloz ile mücadeleyi güçleştirmektedir. Bu nedenle çok ilaca dirençli tüberkülozun erken saptanmasında ve yayılmasının önlenmesinde duyarlılık testlerinin klasik kültür yöntemleri yerine daha kısa sürede sonuç veren hızlı yöntemler ile yapılması gerekmektedir. Genotipik yöntemler epidemiyolojik çalışmalarda yararlı olabilir. Ancak mutasyon her zaman fenotipik dirence yansımadığı için mutlaka fenotipik ve genotipik yöntemler birlikte kullanılmalıdır.Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, Tüberküloz, Çok ilaca dirençli tüberküloz, BACTEC 460 TB, Tüberküloz Direnç Kiti

Abstract:
Aim and hypotesis: Tuberculosis is still one of the most common and deadly infectious diseases in the world. Early detection of bacillus in the sputum and treatment of the patients with appropriate drugs before contamination of others are the most important factors to control dissemination of tuberculosis. In the present study, tuberculosis cases admitted to our hospital and Aydın Tuberculosis Dispensary are included and demographic data, as well as rates of resistance to antituberculosis drugs and detection of mutations leading to resistance were studied to obtain data to guide the management of patients with tuberculosis in our region.Method: This study was done at Mycobacteria Laboratory of Department of Medical Microbiology, Adnan Menderes University Research Hospital, between 1th January 2009 and 1th June 2010. Sixty three (100,0 %) M. tuberculosis strains were isolated from 63 tuberculosis patients. NAP, IS6110 PCR, PCR-RFLP were used for identification of strains included in the study; BACTEC 460 TB (Becton Dickinson, USA) system was used for detection of antituberculosis drug resistance and Tuberculosis Resistance Kit (Autoimmun Diagnostika GmbH, Germany) was used for detection of resistance genes.Results: Among 63 (26,8%) patients included to present study 48 (76,2%) were male and 15 (23,8%) were female. The ages of patients were from 13 to 85 (mean 46,4 ± 18,5). The AFP results of patients showed that 45 patients (71,4 %) were AFB positive, and 18 (28,6 %) patients were AFP negative. Among 63 M. tuberculosis isolates 61 (96,8 %) were susceptible to antituberculosis drugs (isoniazid, rifampicin, ethambutol, streptomycin) with BACTEC 460 TB and in two isolates (3,2 %), resistance to antituberculosis drugs were detected: one isolate was resistant to isoniasid and one other strain was resistant to streptomycin (% 1,6). Multidrug-resistant tuberculosis was not detected with the BACTEC 460 TB. Presence of mutations that cause antituberculosis drug resistance was investigated with Tuberculosis Resistance Kit, and no mutation was detected in 47 (74,6 %) isolates. A total of 25 mutations were detected in the remaining 16 (25,4 %) isolates. A total of four isolates had mutation for only isoniazid resistance, two strains had mutations for only rifampicin resistance, two isolates had only quinolone resistance mutation, two isolates had both isoniazid and rifampicin resistance mutations two isolates had both isoniazid and quinolone resistance mutations, two strains had rifampicin and quinolone resistance mutations, one isolate carried both streptomycin and quinolone resistance mutations , and one strain had isoniazid, rifampicin and streptomycin resistance mutations. Of nine isolate with isoniasid resistance mutation, five had katG 315 mutation and, four had inhA 16,15,8 mutation. Of seven strains with rifampicin resistance mutation, two had rpoB 526 mutations, one had rpoB 513-516 mutation, one had rpoB 522-526 mutation, and one had rpoB 529-533 mutation. Of two strains with streptomycin resistance mutation, both had rpsL 43 mutations, and one had rpsL 88 mutation in addition. Of seven strains quinolon resistance mutations all had gyrA 90-94 mutations.Conclusion: Increasing drug resistance of Mycobacterium tuberculosis to antituberculosis drugs, the treatment can be made effective in preventing and makes it necessary to carry out sensitivity tests. In the treatment of tuberculosis is an important problem multidrug-resistant tuberculosis. Increase in cases of multidrug-resistant tuberculosis, difficult struggle with tuberculosis. Therefore, early detection of multidrug-resistant tuberculosis and the prevention of the spread of classical culture methods of susceptibility testing methods instead of a quick conclusion to be made in less time. Genotypic methods may be useful in epidemiological studies. However, phenotypic and genotypic methods should be used together for the mutation is not always reflected to phenotypic resistance.Keywords: Mycobacterium tuberculosis, Tuberculosis, Multidrug-resistant tuberculosis, BACTEC 460 TB, Tuberculosis Resistance Kit