Marmara bölgesi ruminant abortlarında Coxiella burnetii'nin real-time PCR ile teşhisi ve MLVA ile moleküler karakterizasyonu
Diagnosis of Coxiella burnetii in ruminant aborties in Marmara Region with real-time PCR and molecular characterization with MLVA
Yazar: ORBAY SAYI
Danışman: PROF. DR. SERAP SAVAŞAN
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Coxiella burnetii = Coxiella burnetii ; Marmara bölgesi = Marmara region ; Ruminantlar = Ruminants

Özet:
Amaç: Marmara Bölgesindeki ruminant türlerinde C.burnetii varlığının daha iyi değerlendirilmesi ve elde edilen MLVA profillerinin inaktif veri tabanları ile karşılaştırılması, elde edilen verilerle enfeksiyonlardan sorumlu suşların genotiplendirilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Tez çalışmasında, 2017-2019 yılları arasında İstanbul, Edirne, Kocaeli, Bursa, Balıkesir, Çanakkale, Kırklareli, Tekirdağ, Yalova, Düzce, Sakarya ve Bilecik illerinden toplanan 32 sığır, 4 manda, 64 koyun, 8 keçi olmak üzere toplam 108 adet evcil ruminantlara ait aborte fetüs ve plasentala örnekleri materyali oluşturmaktadır. Numunelerin analizlerinde DNA ekstraksiyonu, Real Time PCR, Nested PCR ve MLVA yöntemleri kullanılmıştır.
Bulgular: Sunulan tez çalışmasında toplam 108 adet aborte fetüs ve plasenta örneği analiz edildi. Numunelerin alındığı hayvan türleri incelendiğinde koyun örnekleri tüm incelenen numunelerinin %59,2 (64/108)'unu oluşturdu. Real Time PCR ile DNA'sı tespit edilen türler; koyun numunlerinde %20,3 (13/64), sığır numunelerinde %9,4 (3/32),  keçi numunelerinde %25 (2/8) oranında olduğu belirlendi. Manda numunelerinden herhangi bir pozitiflik tespit edilmedi. MLVA analizleri sonrasında tespit edilen C.burnetii suşlarının Dünya literatürleriyle karşılaştırılması sonrası yakınlık durumları kayıt edildi. 
Sonuç: Marmara Bölgesinde yer alan 12 İlden toplanan 108 adet evcil ruminantlara ait aborte fetüs ve plasenta örneklerinde C.burnetii varlığının tespiti ve MLVA yöntemiyle pozitif DNA'ya sahip numunlerin diğer Coxiella burnetii suşlarıyla olan ilişkilerinin araştırıldığı bu tez çalışmasında; hem Real Time hem de Nested PCR yöntemleriyle 18'er adet paralel C.burnetii DNA'sı saptanmıştır. 16 pozitifliğin MLVA yöntemiyle çalışılması sonucunda yakın ilişkisi bulunan suşlar kayıt edildi.

Abstract:
Objective: It was aimed to better evaluate the presence of C.burnetii in ruminant species in the Marmara Region, to compare the obtained MLVA profiles with inactive databases, and to genotype the strains responsible for infections with the data obtained.
Material and Methods: In the thesis study, a total of 108 domestic animals, including 32 cattle, 4 buffalo, 64 sheep, 8 goats, were collected from the provinces of Istanbul, Edirne, Kocaeli, Bursa, Balıkesir, Çanakkale, Kırklareli, Tekirdağ, Yalova, Düzce, Sakarya and Bilecik between 2017-2019. Aborted  umma and placenta samples of ruminants constitute the material. DNA extraction, Real Time PCR, Nested PCR and MLVA methods were used in the analysis of the samples.
Results: In the presented thesis, a total of 108 aborted  umma and placenta samples were analyzed. When the animal species from which the samples were taken were examined, sheep samples constituted 59.2% (64/108) of all examined samples. Species whose DNA was detected by Real Time PCR; It was determined that it was 20.3% (13/64) in sheep samples, 9.4% (3/32) in cattle samples, 25% (2/8) in goat samples. No positivity was detected from the buffalo samples. After the comparison of the C.burnetii strains detected after MLVA analyzes with the  umma  ummasının, their proximity status was recorded. 
Conclusion: In this thesis study, the determination of the presence of C.burnetii in aborted  umma and placenta samples of 108 domestic ruminants collected from 12 provinces in the Marmara Region and the relationships of samples with positive DNA with other Coxiella burnetii strains by MLVA method; 18 parallel C.burnetii DNAs were detected by both Real Time and Nested PCR methods. As a result of studying 16 positivity with MLVA method, strains with close relationship were recorded.