Septofusidium berolinense'nin biyoaktif sekonder metabolit içeriğinin araştırılması ve endofitik funguslarla sikloartan grubu saponinlerin biyotransformasyonu
Research on bioactive secondary metabolite profile of Septofusidium berolinense and biotranformation of cycloartane type saponins by endophytic fungi
Yazar: GÜNER EKİZ
Danışman: PROF. DR. ERDAL BEDİR ; PROF. DR. ELİF ESİN HAMEŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Doğal ürünler; geniş çeşitlilikte biyolojik aktivitelerle pek çok terapötik alanda çok yönlü kullanılmakta olan özgün kimyasal yapılar sunmaktadır. Benzersiz yapısal çeşitlilikleri, moleküler hedeflerle uzun evrimsel süreçler sonucunda gelişmiş spesifik biyolojik etkileşimleri ve çok büyük bir kısmının hala araştırılmamış olmasıyla doğal ürünler, ilaç keşif çalışmalarının geleceği olarak kabul edilmektedir.
Filamentöz funguslar; mikrobiyal doğal ürün eldesinde ve doğal ürünlerin biyotransformasyonunda en çok çalışılan bütün hücre sistemleridir. Özellikle bitki ile ilişkili endofitik ve patojenik funguslar; bitki dokularına kolonizasyon için ürettikleri özel enzimler ve kimyasallar ile kompleks doğal ürünlerin modifikasyonunda kullanılan biyokatalistler olarak ilgi çekmektedir.
Bu çalışma iki farklı kısımdan oluşmaktadır. İlk kısım; Septofusidium berolinense fungusu üzerinde gerçekleştirilen izolasyon, yapı tayini ve biyolojik aktivite taramalarından oluşmaktadır. Bu fungus üzerinde gerçekleştirilen ileri çalışmalar sonucunda, bir yeni (GE-01) ve bir bilinen (GE-02) bileşiğin izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Ayrıca bileşiklerin antimikrobiyal ve sitotoksik aktiviteleri araştırılmıştır. Her iki bileşiğin de klinik test organizmalarına [metisilin-dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), Pseudomonas aeruginosa ve vankomisin-dirençli Enterococcus faecium (VREF)]  karşı antibakteriyel aktivite (MİK değerleri 20-40 µg/ml aralığında) gösterdiği belirlenmiştir. Bileşiklerin MTT yöntemi ile kanser hücre hatlarına (CaCo-2, Hela, MCF7, U87MG ve PC3) karşı sitotoksisiteleri araştırılmış ve GE-02'nin bütün hücre hatlarına karşı yüksek (IC50 değerleri 5.2-22.3 µg/ml aralığında) sitotoksisite gösterdiği saptanmıştır. GE-01 ise CaCo-2 ve HeLa hücre hatlarında zayıf sitotoksik etki sergilemiştir. Çalışmanın ikinci kısmı; Astragalus türlerinden izole edilen endofit funguslarla Astragalus sikloartanları üzerinde gerçekleştirilen biyotransformasyon çalışmalarını kapsamaktadır. Astragalus condensatus ve Astragalus angustiflorus türlerinin çeşitli dokularından endofitik funguslar izole edilerek ITS sekans analizlerine dayalı moleküler yöntemlerle tanılanmıştır. İzole edilen fungal endofitler ile anti-aging etkilerinden dolayı son dönemde önemli hale gelmiş ve sadece Astragalus türlerinde bulunan sikloastragenol (CA) ve türevleri [astragenol (AG), siklokantogenol (SKG) ve 20(27)-nor CA] üzerinde gerçekleştirilen biyotransformasyon çalışmaları sonucunda 19'u yeni 27 biyotransformasyon ürünü izole edilmiştir. Elde edilen metabolitlerin yapıları 1D-, 2D-NMR, HRTOFMS ve LC-MS analizleri kullanılarak aydınlatılmıştır.

Abstract:
Natural products offer unique chemical structures with a wide variety of biological activities that have found multiple uses in many therapeutic areas. It is generally accepted that natural products are the future of drug discovery due to their unique structural diversity, specific biological interactions with molecular targets resulted from a long evolutionary process and still largely unexplored natural product resources. 
Filamentous fungi have been one of the most studied whole cell systems for microbial natural product isolation and biotransformation of natural products. Among them, plant associated endophytic and pathogenic fungi have received attention as biocatalysts in modification of complex natural products, due to their ability to produce special enzymes and chemicals for colonization of plant tissues.
This study consists of two different parts. The first part includes isolation, structure elucidation and bioactivity screening studies of the fungus Septofusidium berolinense. Further investigation on this strain resulted in the isolation of a new (GE-01) and a known (GE-02) compound. The compounds exhibited broad-spectrum antibacterial activity against all clinical test strains [methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), Pseudomonas aeruginosa, and vancomycin-resistant Enterococcus faecium (VREF)] with MIC values in the range of 20-40 µg/ml. Cytotoxicities of the compounds were evaluated against five human cancer cell lines (CaCo-2, Hela, MCF7, U87MG and PC3) using MTT assay. GE-02 demonstrated notable cytotoxic activity against all cell lines with IC50 values in the range of 5.2-22.3 µg/ml, whereas compound GE-01 showed weak activity toward the two cell lines CaCo-2 and Hela. The second part consists of biotransformation studies performed on Astragalus cycloartanes by endophytic fungi isolated from Astragalus species. The endophytic fungi isolated from different parts of Astragalus condensatus and Astragalus angustiflorus were characterized by molecular phylogenetic analysis based on their ITS sequences. The biotransformation studies performed on cycloastragenol (CA) and its derivatives [astragenol (AG), cyclocanthogenol (SKG) and 20(27)-nor CA], which have recently become important due to their anti-aging effects and are only present in Astragalus genus, by using endophtic fungi afforded 27 biotransformed products, including 19 new metabolites. Their structures were established by the extensive use of 1D-, 2D-NMR, HRTOFMS and LC-MS analysis.