Kronik tinnitusta BDNF (beyin kaynaklı nörotrofik faktör) genini regüle eden miRNA polimorfizmlerinin araştırılması /
Yazar: GÜL DOĞAN
Danışman: DOÇ. DR. SEDA ÖRENAY BOYACIOĞLU
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Mikro RNA = Micro RNA ; Sinir büyüme faktörleri = Nerve growth factors ; Tinnitus = Tinnitus

Özet:
MikroRNA'lar (miRNA'lar), hedef mRNA'larının translasyonuna müdahale ederek gen ekspresyonunu transkripsiyon sonrası düzenleyen küçük kodlayıcı olmayan RNA'lardır. Tipik olarak miRNA'lar, baskı veya bozulmayı indüklemek için mRNA'ların 3' UTR'lerine bağlanır. Nöroplastisite açısından önemli faktörlerden birisi olan beyin kaynaklı nörotrofik faktör (BDNF)
nöronların büyümesi, farklılaşması, yaşamlarını sürdürmesinde ve iç kulak duyu epitelyumu dahil gelişmekte olan işitsel yolda anahtar rol oynayan nörotrofik faktörlerden biridir. Nörotrofik faktörler sadece miRNA'lar tarafından düzenlenmez, aynı zamanda miRNA ekspresyonunu da düzenlerler. Biriken veriler, BDNF ve miRNA'lar arasında düzenleyici bir negatif geri besleme döngüsü olduğunu gösterir. Yani, BDNF tedavisi nöronal miRNA ekspresyonunu uyarırken miRNA'lar genellikle BDNF ekspresyonunu inhibe etme işlevi görür. Bu negatif geri besleme döngüsü, normal hücrelerde bir denge durumunda korunur. Bu anlamda BDNF'yi regüle eden miRNA'lar da işitsel yolu etkileyebilir ve insanlarda işitme performansı üzerinde etkili olabilecek aday gen polimorfizmleri olabilir. Tinnitus ile BDNF arasındaki ilişki bilinirken, literatürde tinnitus ile BDNF` yi regüle eden miRNA polimorfizmleri arasındaki ilişkiyi sorgulayan bir çalışma mevcut değildir. Bu nedenle bu çalışmada BDNF`yi regüle eden miRNA polimorfizmlerinin tinnitus patofizyolojisindeki yerini ortaya koymak amaçlanmıştır. Bu amaçla çalışmaya, Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi KBB
polikliniğine başvuran en az 3 aydır tinnitus yakınması olan ve tinnitus tanısı almış 18-55 yaş aralığında 70 olgu ile yine KBB polikliniğine başvuran ve tinnitus semptomu ile bir sistemik hastalığı bulunmayan aynı yaş grubunda 70 kontrol grubu dahil edildi. Tinnitus değerlendirmesi için olgulara timpanometrik ve odyolojik değerlendirme, tinnitus parametreleri ile psikoakustik değerlendirmeleri yapıldı ve olgulardan 2cc periferik kan alındı. Alınan periferik kanlarda tinnitusla ilişkili BDNF genini regüle eden 5 adet miRNA SNPlerine mir30e (112439044), mir30e (rs10489167), mir206 (rs16882131), mir30a (rs1491500379), mir26b (rs565919718) SNPType metodu ile Fluidigm platformu kullanılarak Real Time PCR bakıldı. Data analizi Fluidigm SNP genotyping analysis version 4.1.3 (Fluidigm, South San Francisco, CA, USA) kullanılarak yapıldı. Tinnitus ve kontrol grubu ile mir30e 112439044 C-T ve mir206 rs16882131 C-T polimorfizmi genotip dağılımı açısından karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir farklar saptanmıştır (p=0,03 ve p=0,01). İki grup ile mir30e 112439044 C-T polimorfizmi allel frekansı açısından karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmıştır (p=0,05). Sonuç olarak mir206 rs16882131 ve mir30e 112439044 polimorfizmleri işitsel yolu
etkileyebilir ve bu etkiyi BDNF gen ekspresyonunu regüle ederek gösterebilir.

Anahtar Kelimeler: Kronik tinnitus, BDNF geni, BDNF geni regüle eden miRNA'lar

Abstract:
microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that regulate gene expression post-transcriptionally by interfering with the translation of their target mRNAs. Typically, miRNAs bind to the 3' UTRs of mRNAs to induce repression or degradation. Brain-derived neurotrophic factor (BDNF), one of the important factors for neural plasticity, is one of the key neurotrophic factors in the growth, differentiation and survival of neurons and in the developing auditory pathway,
including the inner ear sensory epithelium. Neurotrophic factors are not only regulated by miRNAs, they also regulate miRNA expression. Accumulating data indicates a regulatory negative feedback loop between BDNF and miRNAs. That is, BDNF treatment stimulates neuronal miRNA expression, while miRNAs generally function to inhibit BDNF expression. This negative feedback loop is maintained in normal cells in a state of equilibrium. In this sense, miRNAs regulating BDNF
may also affect the auditory pathway and may be candidate gene polymorphisms that may affect hearing performance in humans. While the relationship between tinnitus and BDNF is known, there is no study in the literature questioning the relationship between miRNA polymorphisms regulating BDNF and tinnitus. Therefore, in this study, it was aimed to reveal the role of miRNA polymorphisms regulating BDNF in the pathophysiology of tinnitus. For this purpose, 70 patients aged 18-55 years who applied to the ENT polyclinic of Aydın Adnan Menderes University Medical Faculty Hospital with tinnitus for at least 3 months and were diagnosed with tinnitus, and 70 controls in the same age group who applied to the ENT polyclinic and did not have any tinnitus symptoms and a systemic disease were included in the study. group was included. For tinnitus evaluation, tympanometric and audiological evaluation, tinnitus parameters and psychoacoustic evaluations were performed and 2cc of peripheral blood was taken from the subjects. 5 miRNA SNPs, mir30e (112439044), mir30e (rs10489167), mir206 (rs16882131), mir30a (rs1491500379), mir26b (rs565919718) regulating the tinnitus-related
BDNF gene in the peripheral blood taken, were analyzed using the SNPType method using the Fluidigm platform. Data analysis was performed using Fluidigm SNP genotyping analysis version 4.1.3 (Fluidigm, South San Francisco, CA, USA).
When the tinnitus and control groups were compared in terms of genotype distribution of mir30e 112439044 C-T and mir206 rs16882131 C-T polymorphism, a statistically significant difference was found (p=0.03 and p=0.01). When the two groups were compared in terms of mir30e 112439044 C-T polymorphism allele frequency, a statistically significant difference was found (p=0.05). In conclusion, mir206 rs16882131 and mir30e 112439044 polymorphisms may affect the auditory pathway and show this effect by regulating BDNF gene expression. 

Keywords: Chronic tinnitus, BDNF gene, BDNF gene regulating miRNAs