İdiyopatik pulmoner fibrozisli hastalarda mikroRNA, CCN2 ve TGF-β ekspresyon düzeylerinin değerlendirilmesi
Evaluation of microrna, CCN2 and TGF-β expression levels in patients with idiopathic pulmonary fibrosis
Yazar: KÜBRA METLİ
Danışman: PROF. DR. MAHMUT SELMAN YILDIRIM ; DOÇ. DR. AYŞE GÜL ZAMANİ
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Meram Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Genetik = Genetics ; Göğüs Hastalıkları = Chest Diseases
Dizin: Bağ dokusu büyüme faktörü = Connective tissue growth factor ; Biyobelirteçler = Biomarkers ; Gen ifadesi = Gene expression ; Mikro RNA = Micro RNA ; Pulmoner fibroz = Pulmonary fibrosis ; RNA = RNA ; Ribonükleaz = Ribonucleases ; Transforme edici büyüme faktörü-beta = Transforming growth factor-beta

Özet:
Amaç: MiRNA'lar biyolojik süreçlerde ve İPF gibi fibrotik hastalıklarda rol alan küçük RNA molekülleridir. Son yıllarda yapılan çalışmalar; vücut sıvılarında tespit edilebileceğini, hastalıkların tanı ve takiplerinde belirteç olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Bu projede amaç; İPF hastalarında fibrotik süreçten sorumlu olabilecek CCN2 ve TGF-β genlerinin ve  21 miRNA'nın ekspresyon düzeylerinin periferik kanda qPCR yöntemiyle değerlendirilmesidir.
Yöntem: Göğüs hastalıkları ana bilim dalı multidisipliner interstisyel akciğer hastalıkları konseyinde değerlendirilmiş ve İPF tanısı almış 20 kişilik hasta grubu ile 20 sağlıklı gönüllüden alınan periferik kan örneklerinde qPCR ile CCN2, TGF-β ve miRNA ekspresyon analizleri yapıldı.
Bulgular: CCN2, TGF-β genlerinin ve miR'lerin ekspresyon düzeyleri belirlenerek hasta ve kontrol grubu arasındaki fark istatistiksel yöntemler ile incelendi. TGF-β, miR-29a/29b/29c-3p, miR-19a, miR-130a-3p, miR-140-5p, miR-320a, miR-155-5p, miR-21-5p, miR-205-5p ekspresyonları hasta grubunda downregüle bulundu, miR-143-3p ekspresyonu ise upregüle bulundu. CCN2, miR-145, miR-30a/30b/30d/30e-5p, miR-26a-5p, miR-32-5p, miR-19b-1, miR-133 ve let-7d gruplar arasında ekspresyon farkı göstermedi. Hastalarda miR-29a-3p ve miR-140-5p'nin sigara kullanımı ile; miR-155-5p, miR-140-5p ve miR-320a'nın cinsiyete göre ekspresyon farkı sergilediği saptandı. miR-29a ve miR-143 ile lojistik regresyon modeli oluşturuldu, ROC analizi ile miR-29a ve miR-143'ün hasta ve kontrol grubunu ayırt etme gücü istatistiksel olarak yüksek bulundu. 
Sonuç: Çalışmamızda, gen ve miRNA disregülasyonunun İPF hasta serumlarında RT-qPCR gibi kolay ve rutin bir yöntemle tespit edilebileceği gösterilmiş; tanı, takip ve ilaç yanıtı değerlendirmede kullanımının mümkün olabileceği tartışılmıştır. Literatüre katkı sağlayacak yeni bulgular tespit edilmiş olup, bu bulgular ışığında yapılacak yeni çalışmalara yön verecektir.

Abstract:
Background/Aim: MiRNA's are small RNA molecules that participate many biological processes and fibrotic diseases like IPF. Studies carried out in recent years; shows that it can be detected in body fluids and can be used as a marker in the diagnosis and follow-up of diseases. Aim in this project is evaluation of expression levels of CCN2 and TGF-β genes and 21 miRNA's that can be responsible for the fibrotic process of IPF, using RT-qPCR in peripheral blood samples.
Methods: CCN2, TGF-β and miRNA expression levels were analyzed using qPCR in peripheral blood samples of 20 patients and 20 healthy volunteers. All of the patients were diagnosed of IPF in the multidiciplinary interstitial pulmonary diseases counsil of the chest diseases department.
Result: Any alteration of the expression levels of CCN2, TGF-β genes and miRNA's were statistically analyzed. It is revealed that; TGF-β, miR-29a/b/c-3p, miR-19a, miR-130a-3p, miR-140-5p, miR-320a, miR-155-5p, miR-21-5p, miR-205-5p expression levels were downregulated in the patients; in contrast to miR-143-3p expression, which was upregulated. CCN2, miR-145, miR-30a/b/d/e-5p, miR-26a-5p, miR-32-5p, miR-19b-1, miR-133 and let-7d showed no statistically significant difference between patient and control groups. It was demonstrated; miR-29a and miR-140 expressions were altered due to whether the patient was a smoker, while miR-155, miR-140 and miR-320a expressions showed gender differences. Logistical regression model with miR-29a and miR-143 expression profiles were created. It was demonstrated that; strength of differentiating case and control groups were statistically higher in miR-29a and miR-143, with ROC analysis.
Conclusion: In this study; we demonstrated that, gene and miRNA dysregulations in blood samples of IPF patients could easily be detected by routinely used RT-qPCR method. The potentiality of them being used in diagnosis, follow-up and drug responsiveness was discussed. Our project will contribute to the literature with new findings and guide the other invetigators in this field.