Endometrial kanserlerde izlenen sitogenetik bulguların moleküler yöntemler ile karşılaştırılması
Comparison of cytogenetic findings observed in endometrial cancers with molecular methods
Yazar: KEMİNE UZEL
Danışman: PROF. DR. HAKAN SAVLI
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Endometrial neoplazmlar = Endometrial neoplasms ; Genetik = Genetics ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sitogenetik = Cytogenetics

Özet:
Amaç: Endometriyal kanserde yer alan moleküler değişiklikleri ile genetik yapı arasındaki ilişkiyi anlamak- mevcut histolojik sınıflandırma sistemini geliştirmek, tanısal test yöntemlerini kolaylaştırmak ve hedefe yönelik tedavilerin dâhil edilmesi yoluyla tedavilerin kişiselleştirilmesi için bir fırsat sağlar. Bu nedenle bu çalışmada endometrium kanserlerinde primer kültür sonrası sitogenetik analizler ve RT-PCR yöntemi ile moleküler genetik anormalliklerin araştırılması amaçlandı.
Yöntem: Bu çalışma Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana bilim Dalı tarafından endometrial kanser tanısı almış 34 hastanın cerrahi girişim ile alınan endometrium tümöral ve komşu sağlıklı doku örnekleri tez çalışmasına dâhil edilmiştir. Primer hücre kültürleri eksplant kültürler halinde ya da enzimatik uygulanma ile yapıldı. Endometrium dokularından total RNA izolasyonu yapıldı. RNA'ların kantitesi spektrofotometre ile kontrol edildi. 
Bulgular: Kromozomal anomali varlığına göre gen regülasyon durumu karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptamadı. Kanserin histopatolojik yapısına göre yapılan karşılaştırmalarda kromozomal anomali varlığı veya regülasyonun tipi değişkenleri istatistiksel olarak anlamlı bir farka neden olmamıştır. Primer kültür çalışmaları %56 başarı oranında izlendi. Hastalardan %26,3 de klonal kromozomal anomaliler, %73,7 sinde non- klonal kromozomal anomaliler izlendi. %42,1 hastada down POLE, %57,9 vakada up p53, %47,3 katılımcıda down PTEN, %42,1 hastada down ARID1A, %68 katılımcıda PIK3CA up regülasyon izledik.
Sonuç: Sonuç olarak, klinikte çalışan cerrah ve onkologların hedefe yönelik tedavilerin yönetiminde daha duyarlı olduklarını için kromozomal mikroarray ve tüm genom dizileme gibi tanısal yöntemlerle çalışmalarını önermekteyiz. Artmış ekspresyonunun; azalmış sağkalım, kötü prognoz ve metastazla ilişkili olduğu bilinen POLE, TP53, PIK3CA genlerinin, elde edilen primer hücre kültür örnekleri kullanılarak CRISPR/Cas9 aracılı genom düzenleme teknolojisi ile susturulmasının hastaların tedavisinde potansiyel bir strateji olabileceğine ve gelecekteki araştırmaların odak noktası olacağına inanmaktayız.
Anahtar Kelimeler: Endometrium kanseri; genetik, POLE; primer kültür, TP53

Abstract:
Objective: Understanding the relationship between genetic structure and molecular changes involved in endometrial cancer provides an opportunity to improve the current histological classification system, facilitate diagnostic testing methods, and customize treatments through the inclusion of targeted therapies. Therefore, this study, it was aimed to investigate molecular genetic abnormalities in endometrial cancers with the RT-PCR method and cytogenetic analysis after primary cell culture.
Method: In this study, endometrial tumoral and adjacent healthy tissue samples surgically taken from 34 patients diagnosed with endometrial cancer at Kocaeli University Faculty of Medicine, Department of Obstetrics and Gynecology were included in the thesis study. Primary cell cultures were made as explant cultures or by enzymatic administration. From endometrial tissues, total RNA was isolated. The quantity of RNAs was checked by spectrophotometer.
Results: When the regulation status was compared according to the presence of chromosomal anomaly, no statistically significant difference was detected. In comparisons made according to the histopathological structure of cancer, the presence of chromosomal anomaly or the type of regulation did not have a statistically significant difference. Primary culture studies were followed with a success rate of 56%. Clonal chromosomal anomalies were observed in 26.3% of the patients, and non-clonal chromosomal anomalies were observed in 73.7% of the patients. We observed a down POLE in 42.1%, up p53 in 57.9%, down PTEN in 47.3%, down ARID1A in 42.1%, and PIK3CA up-regulation in 68% of participants.
Conclusion: In conclusion, we recommend surgeons and oncologists work with diagnostic methods such as chromosomal microarray and whole genome sequencing since they are more sensitive in the management of targeted therapies. We believe that silencing of POLE, TP53, and PIK3CA genes, whose increased expression is known to be associated with decreased survival, poor prognosis, and metastasis, with CRISPR/Cas9-mediated genome editing technology, using obtained primary cell culture samples, maybe a potential strategy in the treatment of patients and will be the focus of future research.
Keywords: Endometrial cancer; genetics, POLE; primary culture, TP53