Kolorektal kanserli hastalarda COX-2 geni -1195 A>G ve 8473 T>C polimorfizmleri ve periferal kan monositlerindeki mRNA düzeyleri arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of relationship between -1195 A>G, 8473 T>C polymorphisms of COX-2 gene and mRNA levels of COX-2 gene in human peripheral blood monocyte in colorectal cancer patients
Yazar: HİCRAN ŞENLİ
Danışman: PROF. DR. ETEM AKBAŞ
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Prostaglandin-endoperoksit sentazlar = Prostaglandin-endoperoxide synthases

Özet:
Kolorektal kanserler (KRK), çevresel kanserojenler ve/veya endojen kaynaklı bileşikler ile bireyin genetik yapısının etkileşimiyle oluşan multifaktöriyel bir hastalıktır. Gelişmiş ülkelerde en sık görülen kanser tiplerinden olup görülme sıklığı artış eğilimi göstermektedir. KRK karsinogenezisinde tümör gelişimi sırasında oluşan moleküler değişikliklerin araştırılması gerekmektedir. Siklooksijenaz (COX), arşidonik asitin biyolojik olarak aktif prostonoidleredönüşümünü katalize eden bir enzim olup COX-1 ve COX-2 olmak üzere iki izoformu vardır. COX-2; sitokinler, tümör promotörleri ve büyüme faktörleri gibi inflamatuar ve mitojenik uyaranlar tarafından indüklenerek inflamasyonlu ve neoplastik dokularda prostaglandinlerin sentezini artırarak tümör karsinogenezisinde etkili olmaktadır. Bu kapsamda; COX-2 geni -1195 A>G ve 8473 T>C polimorfizmlerinin KRK'ya yakalanma riskine olası etkilerinin belirlenmesi ve COX-2 geni mRNA düzeyleri ile bu polimorfizmler arasındaki olası ilişkinin araştırılması temel hipotezimizi oluşturmuştur. Örneklem hacmimiz 90 KRK'lı birey ve 106 sağlıklı bireyden oluşmuştur. Bireylerden kan örnekleri alınıp DNA izolasyonu yapıldı ve PCR ve RFLP yöntemleriyle genotipler belirlendi. KRK'lı bireylerin monositlerinden RNA izole edildi ve RT-PCR methoduyla expresyon düzeyleri belirlendi. COX-2 geni -1195 A>G (rs689466) ve 8473 T>C (rs5275) polimorfizmlerine ait allel ve genotip oranlarının KRK'ya yakalanma riskini etkilemediği, COX-2 geni mRNA düzeyleri ile bu polimorfizmlerin genotip dağılımlarının KRK'lılar ile kontrol grubu arasında farklılık göstermediği saptandı. Diğer risk faktörlerinden ileri yaş ve erkek cinsiyette olma KRK'ya yakalanma riskini artırırken, BMI, sigara kullanımı ve alkol tüketiminin KRK'ya yakalanma riskini etkilemediği saptandı. Çalışmamız, örneklemimiz temelinde Türk popülasyonu için COX-2 genine ait polimorfizmlerin allel ve genotip oranları ve COX-2 geni mRNA düzeyleri üzerine etkilerini araştıran ilk çalışmadır. Anahtar Kelimeler: Siklooksijenaz-2 (COX-2), -1195 A>G polimorfizmi, 8473 T>C polimorfizmi, mRNA, RT-PCR, Kolorektal Kanser

Abstract:
Colorectal cancers (CRC) are a multifactorial disease manifesting as a result of individual's genetic structure interacting with environmental carcinogens or endogenous compounds. It is one of the most frequent type of cancer seen in the developed countries and the frequency gradually increases. The molecular changes occurring during the development of the tumor must be investigated in order to understand the carcinogenesis. Cyclooxygenase (COX) is an enzyme catalyzing the biological transformation of arachidonic acid into active prostanoids. It has two isoforms being COX-1 and COX-2. As an inducible enzyme, COX-2 is induced by inflammatory and mitogenic stimulants such as cytokines, tumor promoters and growth factors and prevails on tumor carcinogenesis by increasing the prostaglandin synthesis in inflammatory and neoplastic tissues. In line with this data; identifying the possible effects of COX-2 gene -1195 A>G and 8473 T>C polymorphisms on the risk of developing CRC as well as investigating the possible relation between the COX-2 gene mRNA levels in peripheral blood monocytes and these polymorphisms constitute our primary hypothesis. Ninety individuals with CRC and 106 health individuals are included in the present study. Blood samples are collected and DNA isolation is performed and the genotypes are determined by using polymerase chain reaction (PCR) and RFLP methods. RNA in the monocytes of individuals with CRC is isolated and reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) method is applied. It is found out that the allele and genotype ratios of COX-2 gene -1195 A>G (rs689466) and 8473 T>C (rs5275) polymorphisms have no effect on risk of developing CRC, and COX-2 gene mRNA levels and genotype distributions of these polymorphisms manifest no difference between CRC patients and the control group. While one of the other factors of developing CRC; the advanced age and male gender increases the risk of developing CRC, BMI, smoking and alcohol intake have no effect on risk of developing CRC. Our study is the first study investigating the effects of allele and genotype ratios of these COX-2 gene polymorphisms on COX-2 gene mRNA levels in Turkish population.  Keywords: Cyclooxygenase-2 (COX-2), -1195 A>G polymorphism, 8473 T>C polymorphism, mRNA, RT-PCR, Colorectal Cancer