Yeni 10 str lokusunun (D7S1517,D3S1744,d12s391,d2s1360,d6s474,D4S2366,D8S1132,D5S2500,D21S2055,d10S2325) türkiye'deki gen sıklığının belirlenmesi
Alel frequencies of the non-codis 10 str loci (d7s1517, d3s1744, D12S391, D2S1360, D6S474, D4S2366, D8S1132, D5S2500, D21S2055, d10s2325)in Turkish population
Yazar: TUĞBA SOHTORİK ÖZTÜRK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Otozomal STR lokusları kitlesel felaketlerde, adli vakalarda, kayıp kişilerin identifikasyonunda, DNA (Deoksiribonükleik Asit) veri tabanı oluşturulmasında ve birçok alanda başarılı bir şekilde kullanılmaktadır. Yeni STR lokuslarının araştırılması ve dizayn edilmesi geleneksel STR  (Short Tandem Repeats, Kısa Ardışık Tekrar Dizileri) analizlerini tamamlayıcı olduğu gibi kardeşlik ve akrabalık ilişkilerinin söz konusu olduğu vakalarda avantaj sağlayacağı gibi kişi identifikasyonunda zorlukların yaşanabildiği bazı durumlarda sonuçların alternatif yollarla teyit edilmesini de mümkün kılacaktır. Araştırılan lokus sayısının arttırılması veritabanı uygulaması olan ülkelerde yanlış eşleşme riskini de azaltmaktadır. 
Bu çalışmada CODIS'te (Combined DNA Index System, Birleşik DNA İndeks Sistemi) yer almayan, yaygın olarak kullanılan STR lokuslarından farklı, ayrım gücü ve güvenilirliği yüksek, 10 yeni STR (D7S1517, D3S1744, D12S391, D2S1360, D6S474, D4S2366, D8S1132, D5S2500, D21S2055, D10S2325) lokusu ve iki bilinen lokus (D18S51, SE33)'un Türkiye'deki gen sıklığı incelendi. DNA analizi için Türkiye'nin tüm bölgelerini yansıtacak şekilde, aralarında akrabalık ilişkisi olmayan 100 gönüllüden kan örneği alındı. DNA izolasyonu QIAmp DNA Mini Kit (Qiagen) kit protokolüne göre gerçekleştirildi. 12 STR lokusu Investigator® Hdplex Kit (Qiagen) prosedürüne uygun olarak çoğaltıldı. PCR (Polymerase Chain Reaction, Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ürünleri, ABI 3130 Genetik Analizörde yürütüldü ve GeneMapper IDX ile analiz edildi. Araştırılan lokusların popülasyon ve adli istatistik parametreleri Powerstats  kullanılarak hesaplandı. Alel frekansları, Hardy-Weinberg dengesi ve popülasyonlar arası (Türkiye ile Avrupa, Afrika, Doğu Asya ve Amerika popülasyonları arasında)  lokus bazındaki farklılıklar Arlequin v.3.5.1.2 programı kullanılarak hesaplandı. Türkiye ile Afrika popülasyonu arasında 3 lokusta,  Doğu Asya popülasyonu arasında 4 lokusta ve Amerika popülasyonu arasında 3 lokusta istatistiksel olarak anlamlı farklılık bulundu. Avrupa popülasyonu ile istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlenmedi.
Bu çalışma bulgularına göre söz konusu kitin adli laboratuarlarda mevcut STR lokuslarını desteklemek amacıyla güvenilirlikle kullanılabileceği ve Türkiye toplumunun Avrupa toplumuna genetik olarak daha yakın olduğu gösterilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Adli bilimler, DNA analizi, kısa tekrar dizileri, yeni STR lokusları, Investigator® Hdplex Kit (Qiagen)

Abstract:
Autosomal STR loci are applied succesfully in many areas such as; identication, missing people, forensic cases, mass disasters, DNA database applications and a wide variety of routine labaratory studies. Evaluations and design of new STR markers are useful tools to obtain additional information and to complete conventional STR analysis. Some advantages for the cases with brotherhood and kinship relations are also determined. Besides of these it will be an alternative way to confirm the results at the problematic cases. To increase the number of  data loci will result in reducing the risk of adventitious matches in the countries that have national DNA database. 
In this study, gene frequency in Turkey for 10 new, non-CODIS STR loci (D7S1517, D3S1744, D12S391, D2S1360, D6S474, D4S2366, D8S1132, D5S2500, D21S2055, D10S2325) and 2 previously known loci (D18S51, SE33) were investigated. To reflect all regions of Turkey's DNA analysis, 100 blood samples from non-relative  volunteers were taken. DNA was extracted using QIAmp DNA Mini Kit following manufacturer's recommendations. 12 STR loci and amelogenin were amplified according to Investigator® HD kit manual. The PCR products were separated with ABI 3130 Genetic Analyzer and analyzed with GeneMapper IDX software. Forensic and population parameters of the 12 loci were estimated with Promega PowerStats excelsheet. Allel frequencies, p-values for Hardy–Weinberg equilibrium, population differentiation based on the loci (Turkey between Europe, Africa, East Asia and USA populations) and Fst were calculated with Arlequin ver. 3.5. After Bonferonni correction the genotype distributions showed no significant deviation from Hardy–Weinberg rule expectations. Results indicated that statistically significant differences were found between Turkish population and African population at 3 loci,  E.Asian population at 4 loci and American population at 3 loci. There is no statistically significant observed between Turkish and European populations. 
According to the findings of this study, Turkish society is genetically closer to the European community and the investigated kit can be reliably used to support the existing STR loci in forensic laboratory.    

Keywords: Forensic science, DNA analysis, short tandem repeats, new STR loci, Investigator® Hdplex Kit (Qiagen)