Anaerobik rumen funguslarının filogenetik analizi ve lipit metabolizmasındaki rollerinin incelenmesi
Phylogenetic analysis of anaerobic rumen fungi and investigation of their roles in lipid metabolism
Yazar: BÜLENT KAR
Danışman: PROF. DR. MEHMET SAİT EKİNCİ
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada rumen mikrobiyolojisinin en önemli halkalarından birini oluşturan anaerobik rumen funguslarının moleküler yönden tanımlanmaları, filogenetik dağılımın belirlenmesi, hücre yağ asidi kompozisyonlarının belirlenmesi ve konjuge linoleik asit (KLA) sentezindeki rolleri araştırılmıştır. Moleküler yönden Neocallimastix sp. (GMLF1-2-3-4-7-8-9-10-15-20-22-23-24-25), Caecomyces sp. (GMLF12-13-14), Orpinomyces sp. (GMLF5-6-16-18-19-21) ve Piromyces sp. (GMLF17) izolatlarının 18S rRNA, ITS bölgesi ve 28S rRNA bölgeleri incelenmiştir. 1400 bç 18sRNA, 800 bç. ITS bölgesi ve 2650 bç 28S rRNA dizileme sonuçları elde edilmiştir. Toplamda yaklaşık olarak 4850 bç. dizi sonucu elde edilmiştir. Cinslerin filogenetik ağaçlardaki yerleri belirlenmiştir. Yağ asidi kompozisyonları incelendiğinde en yüksek yağ asidi oranı Myristik asit (%36.5) olarak Piromyces sp. (GMLF17) suşunda bulunmuştur. Genel olarak Myristik asit tüm suşlarda yüksek bulunmuştur. Pentadecanoik asit Orpinomyces sp. (GMLF5) suşu hariç diğer suşların hiç birinde belirlenememiştir. Bu çalışma Caecomyces sp., Neocallimastix sp., Orpinomyces sp. ve Piromyces sp. suşlarının KLA formasyonunda doğrudan etkili olduğunu göstermektedir. Ayrıca karışık kültürler yerine cins düzeyinde yapılan ilk çalışma özelliğine sahiptir. KLA aktiviteleri incelendiğinde en yüksek aktivite %17.4 olarak Caecomyces sp. (GMLF12) suşunda belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Rumen, fungus, filogenetik, moleküler, yağ asidi, konjuge linoleik asit (KLA)

Abstract:
In this study, the definition of anaerobic rumen fungi, which constitutes one of the important chains of rumen microbiology, in terms of molecular; the definition of filogenetic distribution and composition of cell fatty acids and the roles in conjugated linoleik acid (CLA) synthesis were investigated. 18S rRNA, ITS regions and 28S rRNA of Neocallimastix sp. (GMLF1-2-3-4-7-8-9-10-15-20-22-23-24-25), Caecomyces sp. (GMLF12-13-14), Orpinomyces sp. (GMLF5-6-16-18-19-21) and Piromyces sp. (GMLF17) samples were investigated in terms of molecular. The region of 1400 bp 18SRNA, 800 bp ITS and the sequencing results of 2650 bç 28S rRNA were obtained. Nearly 4850 bç sequencing results were obtained in total. The places of genus at the filogenetic trees were decided. When the fatty compositions were investigated, the highest rate of fatty acid was found in Piromyces sp. (GMLF17) strains as myristik acid (%36.5). Generally, myristic acid was found in the highest level for all strains. Pentadecanoik acid was not defined in other strains except from Orpinomyces sp. (GMLF5). This study shows that Caecomyces sp., Neocallimastix sp., Orpinomyces sp. and Piromyces sp. strains are directly effective in CLA formations. Furthermore, this is the first study on genus level instead of mixed species for CLA formation. When CLA activities were investigated, the highest activity was found as %17.04 (48th timing zone) in Caecomyces sp. (GMLF12) strains.Key Words: Rumen, fungi, phylogenetic, molecular, fatty acid, conjugated linoleic acid (CLA)