Klinik örneklerden izole edilen acinetobacter izolatlarında metallobetalaktamaz varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle belirlenmesi
Phenotypic And Genotypic Determination Of Metallo Beta Lactamases In Acinetobacter Isolates Isolated From Clinical Samples
Yazar: FERHAN KORKMAZ
Danışman: PROF. DR. ASUMAN BİRİNCİ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Karbapenemler = Carbapenems

Özet:
Acinetobacter cinsi bakteriler nonfermentatif, oksidaz negatif,  aerop gram negatif mikroorganizmalardır. Geniş spektrumlu betalaktamlar, florokinolonlar ve aminoglikozidleri de içeren çoklu ilaç dirençli izolatlar nedeniyle Acinetobacter enfeksiyonlarının tedavisi çoğu kez güçlükle yapılmaktadır. Bu durumda karbapenemler tercih edilecek ilaçlardır. Fakat karbapenem dirençli Acinetobacter izolatları dünyada gittikçe artan oranlarda bildirilmektedir.
Metallobetalaktamazlar (MBL), sınıf B betalaktamazlar olup aztreonam dışında karbapenemler de dahil tüm betalaktamları hidrolize edici kapasiteye sahiptir. Direnç yayılımını sınırlamak ve tedaviye yön vermek amacıyla karbapenem direnç tiplerinin rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında tespit edilmesi gerekmektedir. Genotipik  yöntemler en güvenilir  olmakla birlikte, alternatif olabilecek ucuz ve kolay fenotipik testler geliştirilmeye çalışılmaktadır. Bu amaç doğrultusunda Acinetobacter baumannii izolatlarında karbapenem direncine neden olan metallobetalaktamaz varlığını tespit etmek için fenotipik ve genotipik yöntemler uygulandı.
Çalışmaya karbapenem dirençli 103 A. baumannii izolatı dahil edildi. Tür düzeyinde tanımlama MALDI-TOF MS (Biomeriux, Fransa) otomotize sistemle, izolatların antibiyotik duyarlılığı ise Vitek2 Compact (Biomeriux, Fransa) otomatize sistemle belirlendi. Metallobetalaktamaz tespiti için fenotipik ve genotipik yöntemler uygulandı. Fenotipik testler için çift disk sinerji testi (ÇDST), kombine disk difüzyon testi (KDDT), modifiye Hodge testi (MHT) ve karbapenem inaktivasyon testi (KİT)  yapıldı. Genotipik olarak MBL üretiminden sorumlu NDM, VIM, IMP gen bölgelerini saptamak için multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yapıldı. 
Fenotipik testler içinde en yüksek pozitiflik oranı %95,1 ile KİT'e aittir. KİT'i %94,1 ile ÇDST, %86,4 ile KDDT takip etmiştir. En az pozitiflik oranı %70,8 ile MHT'de saptanmıştır. Yapılan tüm PZR'lerde pozitif kontrol olarak kullanılan NDM, VIM, IMP gen bölgelerine ait bandlarda görüntü saptanmasına rağmen klinik izolatların hiçbirinde NDM, VIM, IMP gen bölgelerinde pozitiflik saptanmamıştır.
MBL üretimi fenotipik testlerde yüksek oranda saptanmasına rağmen moleküler yöntemlerle tespit edilememiştir. PZR'de daha çok sayıda gen bölgesi bakılması fenotipik testlerin güvenli bir şekilde duyarlılık ve özgüllüğünün belirlenmesini sağlar.

Abstract:
Acinetobacter bacteria are nonfermentative, oxidase-negative,  aerobic, gram-negative microorganisms. Acinetobacter infection treatment is frequently difficult due to multi drug resistant isolates including broad spectrum betalactam, fluoroquinolone and aminoglycoside antibiotics. In this situation preferred drug is carbapenem for Acinetobacter infections. However, carbapenem resistant Acinetobacter spp. isolation rate is increasing in the world.
Metallobetalactamases (MBL) are found in class B betalactamase, have capacity of hydrolyzing all betalactams including carbapenem antibiotics except aztreonam. Carbapenem resistant species should be detected in routine microbiology laboratory for preventing the antibiotic resistance spread and choosing best treatment. Genotypic is the most reliable method and scientists are studying for developing cheap and easy phenotypic tests alternative to genotypic. For this purpose phenotypic and genotypic metots applied to detect presence of metallobetalactamase causing carbapenem resistance on Acinetobacter baumannii isolates.
In this study, 103 carbapenem resistance A. baumannii strains are included. Species level identification and antibiotic sensitivity of strains are determined with MALDI-TOF MS (Biomeriux, France) automatised system and Vitek2 Compact (Biomeriux, France) respectively. In order to identify metallobetalactamase, phenotypic and genotypic methods are performed. For fenotypical tests; double disk synergy test (DDST), combined disk difusion test (CDDT), modified hodge test (MHT) and carbapenemase inactivation test (CIT) are performed. Multiplex PCR is performed in order to determine NDM, VIM, IMP gene areas are responsible for production of MBL on A. baumanni isolates.
The maximum positive results were obtained  at CIT in phenotipic tests. DDST and CDDT follow CIT with 94.1% and 86.4% positiveness ratio respectively. The minimal positiveness ratio with 70.8% is found in MHT. In all performed PCRs, images are determined on NDM, VIM, IMP gene areas bands that used for control, however in NDM, VIM, IMP genes areas of any clinical strains, positiveness are not determined.
Although MBL production is determined with phenotypic methods highly, it is not determined with molecular methods. Searching more gene area on PCR provides to determine sensitivy and specificity of phenotypic tests safely.