Klinik örneklerden izole edilen çoklu ilaç dirençli acinetobacter baumannii kökenlerinde karbapenem direnç mekanizmalarının araştırılması
Investigation of carbapenem resistance mechanisms in multi drug resistant clinical isolates of acinetobacter baumannii
Yazar: DENİZ GÜNEŞER
Danışman: PROF. DR. MÜNEVVER UFUK HASDEMİR
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Karbapenemler = Carbapenems ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlar = Drugs ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Hastanemiz Yoğun Bakım Ünitesinde yatan hastaların klinik örneklerinden izole edilen çoklu ilaç dirençli Acinetobacter baumannii kökenlerinde karbapenem direnç mekanizmalarını araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: İlk olarak kökenlerin karbapenemlere dirençli oldukları disk difüzyon testi ile doğrulanmıştır. Direncin temel sebebi olan karbapenemazların (oxa, imp, vim, nmp) varlığı her gene özgü PZT ile gösterilmiştir. Efluks pompa inhibitörleri (NMP, CCCP) varlığında ve yokluğunda tekrarlanan sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile, epi varlığında daha düşük MİK değeri saptanan kökenlerde efluks pompalarının dirençteki etkisi ortaya koyulmuştur. Kökenler arasındaki klonal ilişkinin saptanması açısından REP-PZT kullanılmıştır. 
Bulgular ve Sonuçlar: Karbapenem dirençli 22 A.baumannii kökenini dahil ettiğimiz çalışmada karbapenemaz genlerinin varlığı oxa-51 (%100), oxa-23 (%78.3), oxa-58 (%21.7), ndm (%13.0), oxa-24 (%8.7) ve imp (%8.7) olarak saptanmıştır. Üç ana klonda toplanan kökenlerde efluks pompa inhibitörünün etkisi yalnızca A klonundaki 6 kökende (% 27.3) gözlenmiştir. oxa-23 enzimi de taşıyan bu kökenlerde, genin düşük ekspresyonu nedeniyle dirence neden olan ana mekanizmanın efluks olduğunu kuvvetle işaret etmektedir. Efluks varlığının fenotipik olarak gösterilemediği diğer kökenlerde (16, % 72.7) ise enzim varlığının tek başına, ya da CarO porininde meydana gelen bir değişiklikle birlikte, direnç gelişimine yol açtığı düşünülmektedir.

Abstract:
Aim: We aimed to investigate the carbapenem resistance mechanisms of Acinetobacter baumannii isolated from clinical samples of ICU patients in our hospital.
Material and Methods: First of all, carbapenem resistance is confirmed by disk diffusion method. Major cause of the resistance, carbapenemases (oxa, imp, vim, nmp), is investigated by PCR. The decrease of antibiotic MIC values with the presence of efflux pump inhibitors (NMP, CCCP), pointed out the efflux pumps contribute in the resistance. REP-PCR is performed in oder to demonstrate clonal resistance between clinical isolates.
Results and Conclusion: Our study included 22 carbapenem resistant A.baumannii isolates harboring carbapenemase genes oxa-51 (%100), oxa-23 (%78.3), oxa-58 (%21.7), ndm (%13.0), oxa-24 (%8.7) and imp (%8.7). REP-PCR showed that the isolates gathered in 3 main clones. The effect of efflux pump inhibitors are detected in 6 isolates (%27.3) belonging to the clone A only. All of these 6 isolates carrying also oxa-23, led us think that the main mechanism of the resistance is efflux of the antibiotic because of decreased expression of the enzyme. We assume in the rest of the isolates (16, % 72.7) gain resistance due to the presence of the carbapenemases with or without the CarO porin modification.