İdrar örneklerinden izole edilen streptococcus agalactiae izolatlarının serotiplendirilmesi ve ST-17 klonunun araştırılması
Serotyping of streptococcus agalactiae isolates isolated from urine specimens and investigation of ST-17 clone
Yazar: EDA YAZICI ÖZÇELİK
Danışman: PROF. DR. ZEYNEP GÜLDEN SÖNMEZ TAMER
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Hücre kültürü = Cell culture ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Stereotip = Stereotyping ; Streptococcus = Streptococcus ; Streptococcus agalactiae = Streptococcus agalactiae ; İdrar = Urine

Özet:
Amaç: Çalışmamızda, idrar yolu enfeksiyonu etkeni olarak tanımlanan S. agalactiae izolatlarının kapsül polisakkaritlerine göre polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile serotiplendirilmesi, ST-17 klonunun araştırılması, çıkan sonuçların hasta profili ve antibiyogram duyarlılıkları ile karşılaştırılması amaçlanmıştır.
Yöntem: İdrar yolu enfeksiyon etkeni olarak tanımlanan 120 S. agalactiae izolatı, multipleks PZR yöntemi ile serotiplendirilmiştir. PZR metodu ile ST-17 klonu araştırılmıştır. Ayrıca izolatların penisilin, vankomisin, levofloksasin, tetrasiklin, klindamisin, eritromisin antibiyotiklerine duyarlılıkları ve fenotipik olarak indüklenebilir klindamisin direnci araştırılmıştır.
Bulgular: Serotip III'te 39 (%32,5), serotip Ia'da 23 (%19,2), serotip V'de 21 (%17,5), serotip Ib'de 18 (%15), serotip II'de 15 (%12,5), serotip VI'da üç (%2,5) ve serotip IV'de bir (%0,8) izolat tanımlanmıştır. Serotip VII, VIII ve IX hiçbir izolatta saptanmamıştır. Hipervirulan klon ST-17, 15 suşta saptanmış ve en çok gebelerden izole edilmiştir. Penisilin ve vankomisin antibiyotiğine direnç gözlenmemiştir. Levofloksasin, tetrasiklin, klindamisin ve eritromisin antibiyotiklerine sırasıyla %22,5, %98,8, %38,4 ve %27,5 direnç saptanmıştır. İndüklenebilir klindamisin direnci 31 izolatta bulunmuştur. Gebe, diyabet ve kronik böbrek hastaları GBS enfeksiyonunun en sık rastlandığı gruplar arasındadır. Serotip III ve V'in tetrasiklin, levofloksasin klindamisin ve eritromisin antibiyotiklerine duyarlılığı karşılaştırılmış ve istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur (p<0.05).
Sonuç: Yeni serotiplerin ortaya çıkması, saptanamayan izolatlar, serotiplerdeki değişim ve kaymalar bu alandaki ilerlemeyi güçleştirmektedir. Ulaştığımız kaynaklara göre ülkemizde, S. agalactiae serotiplerinin ve ST-17 klonunun PZR yöntemi ile araştırılması ilk kez bu çalışmada yapılmıştır. Ancak bu alanda daha kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.

Anahtar kelimeler: Streptococcus agalactiae, serotip, ST-17, PZR.

Abstract:
Aim: In our study, it was aimed to determine Streptococcus agalactiae (S. agalactiae) serotypes by polymerase chain reaction (PCR), investigate ST-17 clone and compare the results with patient profile and antibiogram susceptibility according to capsular polysaccharides of isolates of S. agalactiae which are defined as urinary tract infection agent.
Metod: A total of 120 isolates of S. agalactiae, defined as urinary tract infections, were serotyped by the multiplex PZR method. ST-17 clone was investigated by the PCR method. In addition, susceptibilities of isolates to penicillin, vancomycin, levofloxacin, tetracycline, clindamycin, erythromycin antibiotics and phenotypically inducible clindamycin resistance were investigated.
Results: As a result of typing with PCR, 39 (32.5%) of serotype III, 23 (19.2%) of serotype Ia, 21 (17.5%) of serotype V and 18, 15 (12.5%) of serotype II, 3 (2.5%) of serotype VI and one (0.8%) of serotype IV were identified. Serotypes VII, VIII and IX were not found on any isolates. The hyperviruled clone ST-17 was identified in 15 strains and was isolated from most of the pregnants. No resistance to penicillin and vancomycin antibiotics was observed. Resistance of levofloxacin, tetracycline, clindamycin and erythromycin to antibiotics was 22.5%, 98.8%, 38.4% and 27.5% respectively. Inducible clindamycin resistance was found in 31 isolates. Pregnancy, diabetes, and chronic kidney disease are among the most frequent groups of GBS infections. Serotypes III and V were compared with tetracycline, levofloxacin clindamycin and erythromycin antibiotics susceptibility and statistically significant differences were found (p <0.05).
Conclusions: The emergence of new serotypes, undetectable isolates, drifts and shifts in serotypes make progress in this area difficult. According to the sources we have reached, the first study of S. agalactiae serotypes and ST-17 clones by PZR method was performed in this study. However, this field requires more extensive research.

Key words: Streptococcus agalactiae, serotypes, ST-17, PCR.