AMKaz (CHIA) geninin promotor bölgesinin otomatik dna dizi analizi yöntemiyle moleküler analizi
A molecular analysis of the promoter region of the AMCase (CHIA) gene by automated sequencing method
Yazar: BERNA DURGUNSU KEEN
Danışman: PROF. DR. CİHAN ÖNER
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Kitinazlar, insanlarda ve birçok parazitte yer alan ve kitin adı verilen polisakkaritleriparçalayan enzimlerdir. Arastırmalar, Asidik Memeli Kitinaz (AMKaz) enzimininastımın patofizyolojisinde önemli bir rol oynadıgını göstermistir.AMKaz geninin promotor bölgesinin genetik karakterizasyonunun yapılması,kitinaz enziminin degisik dokularda seçici ifadesinin AMKaz gen yapısından nasılgerçeklestirildiginin anlasılabilmesi yönünden de büyük öneme sahiptir. Promotorbölgelerinin, genlerin ifade özgüllüklerinde etkin ve önemli rol oynadıklarıdüsünüldügünde; AMKaz geninin promotor bölgesindeki varyantların, alternatifsıplayslarla birlikte AMKaz geni'nin ifadesinde etkili olabilecekleri öngörülebilir.Bu tez çalısması kapsamında, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi PediatrikAstım ve Alerji bölümünde klinik olarak takip edilen 24 hasta ve 22 kontroldenolusan bir grup bireyde AMKaz genine ait, promotor bölgesinin de yer aldıgı 5' uçbölgelerinin genetik analizleri gerçeklestirilmistir. Genetik varyantlarınbelirlenebilmesi için; 5' uç ve promotor bölgeleri uygun primerler ile amplifiyeedilmistir. Çalısılan astımlı ve normal bireylerde otomatik sekans yöntemiyle 5' uçve promotor bölgelerinde on adet polimorfizm tespit edilmistir.46 bireyin DNA dizi özelliklerine ait varyasyon verilerinin elde edilmesi, sonrakiçalısmalara yön vermek amacıyla önemlidir. Bu çalısmada AMKaz geni 5' uçbölgesinde küçük bir grupta saptanan polimorfizmlerin ve sıklıklarının, astımlı venormal gruplarda anlamlı farklar olusturup olusturmadıkları, polimorfizmlerdenhangisinin veya hangilerinin genin ifade özgüllügünü etkileyebilme potansiyelinesahip oldukları ve polimorfizmler arasında gerçekten baglantı olup olmadıgınınveya hangileri arasında oldugunun belirlenebilmesi için arastırılmaların klinikolarak iyi tanımlanmıs, genis ölçekteki 500-1000 kisilik hasta ve kontrolgruplarında yapılması zorunlulugu bulunmaktadır. Bu tez çalısmasında tanımlananvaryasyonlar, AMKaz'ın astım patogenezinde oynadıgı rolün daha netanlasılabilmesi yönünde yapılacak ileri arastırmalar için bir fikir olusturacaktır.Anahtar sözcükler: AMKaz, astım, polimorfizm, DNA dizi analizi.

Abstract:
Chitinases are enzmes that break down chitin, a polysaccharide that can be foundin many human borne parasites. Recent studies have revealed the significant roleof acidic mammalian chitinase (AMCase), a novel molecule, in thepathophysiology of asthma. In order to understand the function of selective geneexpression of the chitinase enzyme in different types of body tissues, it is veryimportant to identify the genetic characterization of the promoter region of theAMCase gene. Given the fact that the promoter region have a significant role inthe gene expression of specific gene regions and their alternative splicingmechanism, it is safe to say that the variants localized at the promoter region ofthe AMCase gene may have a significant role in the expression of the AMCasegene.In order to identify the common variants, 5` upstream and the promoter regions ofAMCase gene were studied in a population of 24 asthmatic and 22 non-asthmaticpatients who were clinically investigated at the Hacettepe University, School ofMedicine, Pediatric Asthma and Allergy Section. To detect genetic variants, 5?upstream and the promoter regions of the gene were amplified using the properoligonucleotides. Ten polymorphisms were detected at the 5? upstream and thepromoter regions of both asthmatic patients and normal individuals by using theautomated sequencing method.The current analysis of the data of genetic variations from the DNA sequenceproperties of the current 46 individuals will be important for future studies. In thesefurther studies, the polymorphisms and their frequencies that have been detectedin the AMCase gene and 5? upstream region in a small population should bestudied in a clinically well-defined, wide range population of asthmatic and normalpatients in a population which would consist of 500-1000 individuals in order todetect whether they have statistically meaningful differences or not, whichpolymorphism(s) affect the specific expressivity of the gene, and to see if anypolymorphisms have cross-linkage(s). The genetic variants that have beenidentified throughout this study will inform further research in order to unravel theeffects of AMCase in asthma pathogenesis in the long run.Keywords: AMCase, asthma, polymorphism, genetics.