Hacettepe üniversitesi erişkin hastanesinde 2004-2005 yıllarında hastane kaynaklı infeksiyonlardan izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus (mrsa) suşlarının moleküler tiplendirmesi
Molecular characteristics of hospital-acquired methicillin-resistant staphylococcus aureus isolated at hacettepe university adult hospital in 2004-2005
Yazar: HADİM AKOĞLU
Danışman: DOÇ.DR. PINAR ZARAKOLU ; PROF.DR. SERHAT ÜNAL
Hacettepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2007
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases

Özet:
Bu çalışmada Ocak 2004-Aralık 2005 tarihleri arasında Hacettepe ÜniversitesiErişkin Hastanesi'nde yatan, İç Hastalıkları Anabilim Dalı, İnfeksiyon HastalıklarıÜnitesi'nce takip edilen hastalardan alınan çeşitli klinik örneklerden üreyen hastanekaynaklı (HK) metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) izolatlarınınPanton-Valentine Lökosidin (PVL) gen ve stafilokokal kromozom kaset mec(SSCmec) tiplendirmesi yapılarak moleküler özelliklerinin ortaya konmasıamaçlanmıştır. Moleküler özellikler ile klonalite ve antibiyotik duyarlılığının ilişkisiaraştırılmıştır.Çalışmaya dahil edilen 110 MRSA suşu çeşitli klinik örneklerden (35 kan, 37 püy,23 derin trakeal aspirasyon, 5 kateter, 10 diğer) izole edilmiştir. Her hastadan yalnızbir izolat çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatların identifikasyonu Sceptor otomatizesistemi (Becton Dickinson, ABD) ile yapılmıştır. İzolatlar çalışmagerçekleştirilinceye dek -80ºC'de saklanmıştır. Metisiline direnç durumunu saptamakamacıyla ?Clinical Laboratory Standards Institute? (CLSI) önerilerine uygun olarakoksasilin (1?g, Oxoid, İngiltere) diskleri kullanılarak disk difüzyon ve mecAvarlığını saptamak amacıyla polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemikullanılmıştır. Çeşitli antibiyotiklere duyarlılık CLSI önerilerine uygun olarak diskdifüzyon ve Etest (AB Biodisk, İsveç) yöntemleriyle belirlenmiştir. Klonalfarklılıkların değerlendirilmesi için pulsed field gel elektroforezi (PFGE)uygulanmıştır. PVL gen varlığının ve SCCmec tiplerinin saptanması için yine PZRyöntemi kullanılmıştır. Kontrol suşları olarak S. aureus ATCC 29213, S. aureus 27Rve S. aureus 8328 kullanılmıştır.Çalışmaya alınan HK-MRSA suşlarının tümünde mecA geni pozitiftir. İzolatların68'i (%61.8) SCCmec tip III, 38'i (%34.5) SCCmec varyant tip IIIB ve 3'ü (%2.7)SCCmec tip IV olarak saptanmıştır. Bir izolatın SCCmec geni tiplendirmesiyapılamamıştır. PVL geni toplam 14 suşta (%12.7) pozitif bulunmuştur. PVL pozitifsuşların 10'u SCCmec III, 4'ü SCCmec varyant tip IIIB olarak saptanmıştır.SCCmec tip IV olarak saptanan suşların hiçbirinde PVL geni gösterilememiştir.Tüm MRSA izolatlarının tigesiklin, linezolid, vankomisin ve teikoplanine duyarlıolduğu, sırasıyla MİK90 (?g/ml) değerlerinin 0.25, 2, 2 ve 2 olduğu tespit edilmiştir.İzolatların gentamisin, siprofloksasin, rifampine yüksek oranda (>%90) dirençliolduğu, trimetoprim-sulfametoksazol (TMP-SMX)'e %90, klindamisine %53,eritromisine %32 oranında duyarlı olduğu belirlenmiştir. Bu izolatlar PFGEpaternlerine göre 8 klona ayırt edilmiştir (A, B, C, D, K, L, N, O). İzolatların tümüele alındığında %92.7'sinin, PVL pozitif olanların ise %78.7'sinin klon A'ya aitolduğu saptanmıştır. SCCmec III taşıyan suşların %91, SCCmec IIIB taşıyan suşların%94.7, SCCmec IV taşıyan suşların %100 oranında klon A'ya ait olduğubelirlenmiştir. PVL negatif suşların siprofloksasin direnci %98, rifampisin direnci%92.7, gentamisin direnci %88.5, eritromisin direnci %66, klindamisin direnci %37,TMP-SMX direnci %8 oranındadır. PVL pozitif izolatların ise direnç oranlarısiprofloksasin, rifampisin, gentamisin, eritromisin, klindamisin, TMP-SMX içinsırasıyla %92.8, %92.8, %85.7, %78.5, %50, %21.4 olarak belirlenmiştir.Hastanemizde çeşitli infeksiyonlardan izole edilen HK-MRSA izolatları çokludirence sahiptir. Bu izolatların büyük çoğunluğunun SCCmec III, veya varyant tipIIIB taşıdığı saptanmıştır. Toplum kökenli MRSA'nın bilinen bir virulans faktörüolan PVL, HK-MRSA izolatlarında da önemli oranda saptanmıştır. Bu durum MRSAizolatlarının değişen epidemiyolojisinin yakından takibinin önemli bir göstergesidir.

Abstract:
The aim of this study was to determine the molecular characteristics of hospitalacquired(HA)-methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates bydetermination of the presence of Panton-Valentine Leukocidin (PVL) genes andstaphylococcal chromosome cassette mec (SCCmec) typing in association betweenclonal diversity and antibiotic susceptibilities.A total of 110 MRSA isolates from various clinical samples (35 blood, 37 pus, 23deep tracheal aspiration, 5 catheter, and 10 other samples) of inpatients withnosocomial infections at Hacettepe University Adult Hospital between January 2004and December 2005 were included in the study. Only one isolate from each patientwas included. The identification of the isolates was made by Sceptor automatedsystem (Becton Dickinson, USA). The isolates were retested for methicillinresistance by oxacillin (1?g, Oxoid, UK) disk diffusion test according to ClinicalLaboratory Standards Institute (CLSI) and for the presence of mecA gene bypolymerase chain reaction (PCR). The presence of PVL genes and SCCmec typeswere detected also by PCR analysis. The susceptibility testing was performed byEtest (AB Biodisk, Sweden) and to some other antibiotics by disk diffusion methodsaccording to the CLSI recommendations. Pulse field gel electrophoresis (PFGE) wasperformed to examine the clonal diversity of the isolates. Isolates were stored at -80ºC until studied. S. aureus ATCC 29213, S. aureus 27R and S. aureus 8328 wereincluded as control strains.All 110 HA-MRSA isolates were positive for mecA gene. Of the isolates, 68 (61.8%)were harbouring SCCmec type III, 38 (34.5%) SCCmec variant IIIB, and 3 (2.7 %)SCCmec type IV. One isolate could not be typed for SCCmec gene. PVL waspositive in 14 (12.7%) of 110 HA-MRSA isolates. Ten of PVL positive strainscarried SCCmec III, whereas 4 of them carried SCCmec type variant IIIB. None ofthe strains harboring SCCmec type IV were positive for PVL genes. All MRSAstrains were susceptible to tigecycline, linezolid, vancomycin and teicoplanin withMIC90 (?g/ml) values of 0.25, 2, 2 and 2 respectively. The isolates were highlyresistant (>90%) to gentamicin, ciprofloxacin, and rifampin whereas thesusceptibility to trimethoprim/sulfamethaxasole was 90%, clindamycin 53% anderythromycin 32%. On the basis of PGFE patterns, the MRSA isolates were groupedinto eight clonal types (A, B, C, D, K, L, N, O). Of the total isolates 92.7%, of thePVL-positive isolates 78.7% belonged to clone A. All strains harboring SCCmec IV,91% of strains harboring SCCmec III, and 94.7 of strains harboring SCCmec IIIBbelonged to clone A. PVL-negative MRSA isolates were resistant to ciprofloxacin,rifampin, gentamicin, erythromycin, clindamycin, and TMP-SMX with the rates98%, 92.7%, 88.5%, 66%, 37%, and 8% respectively, whereas resistance rates ofPVL-positive strains were 92.8% for ciprofloxacin, 92.8% for rifampin, 85.7% forgentamicin, 78.5% for erythromycin, 50% for clindamycin, and 21.4% for TMPSMX.All HA-MRSA isolates were multi-resistant. Majority of the HA-MRSA isolates inour hospital were carrying SCCmec III, or variant IIIB. Although PVL is known as acommon virulence factor of community-acquired MRSA, HA-MRSA isolates in ourcenter have a considerable rate of PVL positivity pointing out the changingepidemiology of MRSA isolates.