Türkiye'deki Daphnia  cinsine ait bazı türlerin filocoğrafyası
Phylogeography of some species belonging to the genus Daphnia in  turkey
Yazar: EBRU ÖZDEMİR
Danışman: PROF. DR. AHMET ALTINDAĞ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Su piresi = Daphnia ; Türkiye = Türkiye

Özet:
Bu çalışmada, Türkiye?de bulunan bazı Daphnia türlerinin morfolojik ve moleküler sistematiklerinin karşılaştırmalı olarak incelenmesi ve filocoğrafyalarının araştırılması amaçlanmıştır. Morfolojik sistematikte ışık mikroskobu ve taramalı elektron mikroskobu (SEM) tekniklerinden faydalanılmıştır. Moleküler sistematik için mitokondriyal DNA?nın Sitokrom C oksidaz alt ünite I (COI ) geni kullanılarak dizi analizi çalışması yapılmıştır. Populasyonlar arasındaki genetik farklılaşmalar, COI geninin 540 baz çifti (bç) kısmı kullanılmak üzere, filogenetik analiz yöntemleri ile değerlendirilmiştir. Karşılaştırma olanağı sunmak için GenBank veri tabanından COI genine ait 26 dizi çalışmaya dahil edilmiştir.
Çalışma sonucunda, morfolojik ve moleküler sistematik birbiriyle uyumlu bulunmamıştır. Morfolojik teşhis ile 5 türün (D. cucullata, D. curvirostris, D. galeata, D. magna ve D. pulex) varlığı tespit edilmiştir. Morfolojik taksonomi ile Daphnia pulex olarak tanımlanan tür, moleküler taksonomi ile Kimura-2-Parametresine göre %16,1 dizi farklılığı ile iki monofiletik gruba ayrılmış ve bunların aynı tür kompleksine ait farklı türler olabileceği düşünülmüştür. GenBank örnekleri ile değerlendirildiğinde D. pulex TR1 olarak adlandırılan monofiletik grubun D. pulex Leydig, 1980 ile %99 benzerlik gösterdiği,  D. pulex TR2 olarak adlandırılan monofiletik grubun ise en yakın akrabasının %5,4 dizi farklılığı ile D. tenobrosa olduğu tespit edilmiştir. Populasyonlar arası genetik farklılaşma 0,90669 FST değeri ile en fazla Daphnia pulex TR2 monofiletik grubuna ait bulunmuştur. Populasyonlar arası genetik farklılığın yüksek olması ve gen akışının olmaması, coğrafik bariyerlerden ziyade bölgesel adaptasyonla açıklanmıştır. Bu çalışma ile Daphnia pulex kompleksi içerisindeki isimlendirme ve sınıflandırma probleminin altı çizilmiş, detaylı morfolojik çalışmaların bu problemi çözmeye yardımcı olacağı ve biyocoğrafik yorumların önünü açacağı düşünülmüştür.

Abstract:
In this study, comparative examination of morphological and molecular systematics of some Daphnia species found in Turkey and research of phyloceograpy of these species was aimed. Techniques of light microscope and scanning electron microscope (SEM) were utilized for morphological systematic. For molecular systematic, sequence analysis study was performed with using cytochrome C oxidase subunit I (COI) gene of mithocondrial DNA. Genetic differantiation among populations was evaluated by phlogenetic analysis with using 540 base pair (bp) fragment of the COI gene. 26 sequence belonging to COI gene from GeneBank database were included in the study to enable comparision.
The results of morphological and molecular systematic studies were not found coherent. With the help of morphological diagnosis, five species (D. cucullata, D. curvirostris, D. galeata, D. magna ve D. pulex) were determined. Species identified as Daphnia pulex with morphological systematic, was divided into two monophyletic groups according to Kimura-2 Parameters with molecular systematic. Differantiation between these monophyletic groups was determined as 16,1%. Therefore there may be different species of same complex. When compared to the samples of GeneBank the monophyletic group called Daphnia pulex TR1 showed resemblance at the rate of 99% with Daphnia pulex Leydig, 1980. On the other hand, Daphnia tenobrosa was identified as the most close relative of the monophyletic group called Daphnia pulex TR2 with 5,4% discrepancy. The highest genetic diffentiation was the monophyletic group of the Daphnia pulex TR2 with rate of 0,90669 FST. This rate of differentiation and the absence of gene flow were explained with regional adaptation rather than geographic barriers. This study underlined the problem of nomenclature and classification in Daphnia pulex complex. Also we thought that detailed morphological studies will help to solve this problem and lead to  bioceographic interpretations.