Light cycler real time PCR teknolojisi ile faktör V geninde yeni mutasyon taraması
A new mutation detection in factor V gene with light cycler real time PCR technology
Yazar: S. DUYGU SANLIDİLEK
Danışman: PROF. DR. NEJAT AKAR
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Kanın vasküler sistem içinde akışkanlığının sağlanması koagülan ve antikoagülan faktörlerin dengelenmesi ile sağlanmaktadır. Bu denge kalıtsal ve edinsel faktörlerle gerçekleşir. Koagülasyon kaskatında; 1990 yılının başında Amer ve arkadaşları, trombozlu bir hastada aktive protein C'nin aktivitesini inhibe eden plazmadaki bir kısmın varlığını ileri sürdüler. Daha sonra Dahlbäck tarafından aktive protein C direncinin mekanizması tanımlandı. 1994 yılında da Bertina, FV'in 10.ekzonunda bulunan G1691A değişiminin aktive protein C direncine neden olduğunu tanımlamıştır.Faktör V Leiden geninin tanısında en sık kullanılan teknoloji Real Time PCR'dır. Bu teknolojide nokta mutasyon tespitinde hibridizasyon probları kullanılır. Probları 2 kısımdan oluşur ve mutasyon bölgesine spesifiktir. Hibridizasyon problarında tanı erime sıcaklığı eğrileriyle gerçekleştirilir. Kit içerisinde çıkan pozitif kontrolün erime sıcaklıkları temel alınarak diğer örnekler değerlendirilir. Örneklerin erime sıcaklıkları pozitif kontrolün erime sıcaklığından ±2Cº sapma gösterebilir. Baz kompozisyonu, nükleotidin yeri ve dış etkenler erime sıcaklığını etkiler.2002 yılından itibaren tromboz tanısıyla gelen ve Real Time PCR ile FVL çalışılan 4100 hasta sonuçları taranmış ve 13 hastada pozitif kontrolün erime sıcaklığından ±2Cº'den fazla sapma gözlenmiştir. Bu örneklere DNA dizi analizi yapıldığında probun erime sıcaklığına neden olacak ve gen dizisinde FVL mutasyonuna yakın başka bir mutasyon gözlenmemiştir.Örnekler DNA bankamızdan tekrar izole edildi ve Real Time PCR cihazı ile çalışmaları tekrarlanmıştır. Sonuçlarda pozitif kontrolün erime sıcaklığından sapma gözlenmemiştir. Sapmaya neden olabilecek başka parametrelere bakıldığında; nanodrop ölçümü sırasında izolasyondan önceki DNA'larda protein, fenol gibi kirleticilerin bulunduğu gözlenmiştir.

Abstract:
The risk of venous thrombosis is increased when the hemostatic balance between pro- and anticoagulant forces is shifted in favor of coagulation. If this is caused by an inherited defect, the resulting hypercoagulablestate conveys a lifelong increased risk of thrombosis. Mutations in the genes coding for proteins in the coagulation cascade were found to be associated with increased risk for venous thrombosis. Dahlbäck et al. described a predisposition to thrombosis caused by a poor anticoagulant response to activated protein C (APC). A year later Bertina et al., reported that a point mutation in exon 10 of the gene encoding blood coagulation factor V.Real Time PCR is a system, which analyses a mutation Factor V Leiden. In this technique hybridization probe can be used to detect and monitor single nucleotide mutation. The probe has 2 part and its specific to mutation. With the melting curve analysis the hybridization probes melt off, two fluorescent dyes are no longer in close proximity and the fluorescence will degrees. The resulting melting peaks allow discrimination between the homozygous as well as the heterozygous genotype. The anchor probe has a higher Tm than the mutation probe. During the experiment tm degree of the unknown samples may vary ±2ºC from the tm degree of positive control. Differences in base composition, nucleotide position, and nearest-neighbor environments all affect Tm.There were 4100 diagnostic samples for thrombophilia screening starting 2002 in our department. We found 13 patients with a variation of Tm degree more than ±2ºC. Results of DNA sequencing showed only FVL.In order to delineate the reason for the artifact of the Tm degree, DNA of the patients were isolated again and the study was repeated by LC and sequencing. The shift of the LC experiment was within normal range indicating that they are FVL.Our study showed that DNA quality and quantity is important and needs to be analyzed prior to laboratory procedures and archival and not well-kept DNA samples may cause the same variation, which causes an artifact