Genotype mycobacteria direct test yönteminin klasik tanı yöntemleriyle karşılaştırılması, izole edilen M. tuberculosis complex'de izoniazid ve rifampisin direncinin aranması
Comparison of the genotype mycobacteria direct assay method with the conventional identification methods in the search of mycobacteria in the sputum samples, search of izoniazid and rifampisin resistance in the M. tuberculosis complex isolated
Yazar: İMRAN SAĞLIK
Danışman: PROF.DR. NURİ KİRAZ
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2007
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
ÖZETSağlık . Balgam Örneklerinde Mikobakterilerin Aranmasında GenoTypeMycobacteria Direct Test Yönteminin Klasik Tanı YöntemleriyleKarşılaştırılması, zole Edilen M. tuberculosis complex'de zoniazid veRifampisin Direncinin Aranması. Eskişehir Osmangazi Üniversitesi TıpFakültesi. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı. Tıpta Uzmanlık Tezi. Eskişehir 2007.Tüberkülozun görülme sıklığında son yıllarda gözlenen artış, beraberinde çoklu ilaçdirenci gösteren suşların da yaygınlaşmaları ve bunların önemli sağaltımproblemlerine yol açmaları, etkenin erken tanısı yolundaki arayışları hızlandırmıştır.Mikobakteriyel enfeksiyonların laboratuvar tanısında direkt mikroskopik inceleme vemikroorganizmanın kültürünün yapılması geleneksel yöntemler, GenoTypeMycobacterium Direct test ve MTBDR ise moleküler yöntemlerdir. Çalışmamızda64 balgam örneği; iki farklı direkt mikroskopi yöntemiyle (karbolfuksin ve floresan),iki farklı kültür yöntemiyle (LJ + Bactec 12B) ve GenoType Mycobacteria DirectTest yöntemleriyle incelendiler. Kültürde üreyen örneklerde Bactec 460 TB veGenoType MTBDR ile NH ve R F direnci arandı. Çalışmaya alınan 64 örneğinalındığı hastaların 19'u kadın, 45'i erkekti. Bunların 48'i direkt mikroskopikinceleme ile pozitif olarak değerlendirildi. Bactec 12B'de 45 örnekte üremesaptanırken, LJ besiyerinde 41 örnekte üreme saptandı. GenoType MycobacteriaDirect testinde 50 örnek pozitif olarak değerlendirildi. Kültürde üreyen 45 örnekten4'ünde R F, 3'ünde NH direnci saptandı.BACTEC 460 TB sistemi ve LJ besiyeri kültür kombinasyonu altın standartkabul edilerek floresan boyamanın duyarlılığı %96, özgüllüğü %74, karbolfuksinboyamanın duyarlılığı %80, özgüllüğü %90, tedavi almayan hastalarda GenoTypeMycobacteria Direct testinin duyarlılığı %97, özgüllüğü %100, tedavi alan hastalardaGenoType Mycobacteria Direct testinin duyarlılığı %100, özgüllüğü % 14, GenoTypeMTBDR testinin R F direnci için duyarlılığı % 75, özgüllüğü % 100, NH direnci içinduyarlılığı %60, özgüllüğü ise % 100 olarak hesaplandı.Uygulanan yöntemlerin değerlendirilmesi sonucunda GenoTypeMycobacteria Direct'in ve GenoType MTBDR'nin tüberkülozun hızlı tanısında veilaç direncinin saptanmasında iyi bir potansiyele sahip olduğu sonucuna varılmıştır.Anahtar kelimeler: Balgam, Mycobacteria, tüberküloz, GenoType, direnç

Abstract:
ABSTRACTSağlık . Comparison of the Genotype Mycobacteria Direct Assay Method withthe Conventional Identification Methods in the search of Mycobacteria in thesputum samples, search of izoniazid and rifampisin resistance in the M.tuberculosis complex isolated. Eskişehir Osmangazi University, Faculty ofMedicine, Medical Speciality Thesis in Department of Microbiology, Eskişehir,2007. The increase in prevalance of tuberculosis in recent years, wide spread ofmultidrug-resistant strains and important problems in treatment caused by them haveaccelerated the search in rapid diagnosis of the agent. Direct microscopy and cultureof microorganism are conventional methods but GenoType Mycobacteria Direct testand MTBDR are molecular methods in laboratory diagnosis of mycobacteriainfections. In our study, 64 sputum samples were investigated by two different directmicroscopy method (carbolfuchsin and fluorescent), two different culture method (LJ+ Bactec 12B) and GenoType Mycobacteria Direct test. INH and RIF resistance weresearched by Bactec 460 TB in growth samples and by GenoType MTBDR. 19 of 64patients were female and 45 were male. 48 samples were determined positive bydirect microscopy. 45 samples were positive by Bactec 12B, 41 samples werepositive by LJ. 50 samples were positive by GenoType Mycobacteria Direct test. RIFresistance was detected in 4 and INH resistance was detected in 3 of 45 sampleswhich were positive by culture.When we considered the culture combination of Bactec 460 TB system andLJ medium as gold standart, the sensitivity of fluorescent staining was 96%, and thespecificity was 74%, the sensitivity of carbolfuchsin staining was 80%, and thespecificity was 90%. The sensitivity and specificity of GenoType MycobacteriaDirect test, in non-treated patients were 97% and 100%, respectively. In treated-patients the sensitivity and specificity of this test were 100% and 14%, respectively.The sensitivity of GenoType MTBDR test for RIF resistance was 75% and thespecificity was 100%. The sensitivity for INH resistance was 60% and thespecificity was 100%. After evaluation of these methods, we concluded thatGenoType Mycobacteria Direct and GenoType MTBDR have potential in rapiddiagnosis of tuberculosis and determining drug resistance.Key words: Sputum, Mycobacteria, tuberculosis, GenoType, resistance