Erdemli ilçesi limon ağaçlarında  tururunçgil klorotik cüceleşme virüs (TKCV)   hastalığının yaygınlığının belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Determination and molecular characterization of citrus chlorotic virus disease (CCDAV) in lemon trees of Erdemli district
Yazar: NURCAN GÜCER
Danışman: PROF. DR. NÜKET ÖNELGE
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışma Mersin ili Erdemli ilçesinde limon yetiştiricilik alanlarında Turunçgil  klorotik cüceleşme (TKCV) = Citrus chlorotic dwarf associated virus (CCDaV) hastalığının varlığını ve yaygınlığını araştırmak  ve izolatlar arasındaki farklılığı ortaya koymak amacıyla yürütülmüştür. Erdemli ilçesi limon yetiştiricilik alanlarında yapraklarda kıvırcıklaşma, deformasyon, yapraklarda klorotik lekelenmeler ve yaprak alanlarının küçülmesi şeklinde simptom gösteren ağaçlardan örnekler toplanmıştır. Bu çalışma sonucunda CCDaV hastalığının Erdemli ilçesinde limon çeşitlerinde ortalama infeksiyon oranı %47 olarak saptanmıştır. Bölgede en fazla yetiştirilen çeşit olan Kütdiken limon çeşidinde ortalama bulaşıklık oranının %52 olduğu saptanmıştır. Biyolojik indeksleme çalışmalarında ise tohumdan yetiştirilen turunç  (Citrus aurantium) fidanlarına CCDaV'nin inokülasyonu yapılmış ve hastalığın makroskobik simptomları doğada hastalıkla enfekteli ağaçlarda gözlenen simptomlarla benzer olduğu izolatlar arasında farklılık olmadığı belirlenmiştir. Örnekler PCR çalışmaları ile analiz edilmiş ve farklı primerler kullanılarak  manto protein ve hareket protein gen bölgeleri belirlenmiştir. BLAST analizi sonucunda NCBI kayıtlı bulunan CCDaV'nin TK4 (JQ920490.1 ) izolatının ErY-4 (MT492444) izolatı ile karşılık gelen bölgeleri ve nükleotid dizilimlerinin %99,30 oranında benzerliğe sahip olduğu belirlenmiştir. Ayrıca bu izolatların birbiri ile yakın homolojiye sahip olduğu ancak Çin izolatları ile bazı nukleotid dizilim farklılıkları içermekle birlikte benzerliğin %98 oranında olduğu belirlenmiştir. 

Anahtar Kelimeler: Turunçgil, CCDaV, PCR

Abstract:
This study aimed to investigate the occurrence and molecular characterization of Citrus chlorotic dwarf virus (CCDaV) causing citrus chlorotic dwarf disease on lemon orchards in Erdemli district in Mersin province. Leaf samples were collected from lemon trees exhibiting typical symptoms of the disease namely leaves curl and deformation, chlorotic spots in the burns and shrinking. The result shows that the average incidence rate of the virus in Erdemli district was 47% while Kütdiken, the most grown lemon variety in the district recorded 52% of  average incidence rate. The biological indexing of the pathogen on sour orange (Citrus aurantium) showed a similarity of the macroscopic symptoms of the disease on infected lemon trees in the field with those inoculated sour oranges in a greenhouse.
Samples were analyzed with PCR studies and coat protein and movement protein gene regions were determined using different primers As a result of the blast analysis, it was determined that TK4 (JQ920490.1) isolate of CCDaV registered with NCBI has 99.30% similarity with the ErY-4 (MT492444) isolate and the corresponding regions and nucleotide sequences. In addition, it was determined that these isolates had close homology with each other, but the similarity was 98% with Chinese isolates, although they had some nucleotide sequence differences.

Keywords: Citrus, CCDaV, PCR