Kronik lenfositik lösemi olgularında 13Q delesyon büyüklüğünün CGH+SNP array yöntemi ile araştırılması
Investigation of 13q deletion size in patients with chronic lymphocytic leukemia by CGH + SNP array method
Yazar: SEVGİ IŞIK
Danışman: DOÇ. DR. BEYHAN DURAK ARAS
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Delesyon = Deletion ; Lösemi-lenfositik-kronik-B hücreli = Leukemia-lymphocytic-chronic-B-Cell ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis

Özet:
Kronik lenfositik lösemi yetişkinlerde en sık gözlenen lösemi türü olup, sıklıkla tekrar eden bazı kromozomal anomalilerin prognostik önemleri tanımlanmıştır. En sık gözlenen anomali delesyon 13 (del(13q)) olup, izole göründüğünde iyi prognostik biyobelirteç olarak kabul edilmektedir. Ancak izole del(13q) saptanan KLL olgularının klinik bulgularının oldukça heterojen olduğu gözlenmektedir. Bizim çalışmamızda izole del(13q) saptanan olgularda del(13q) büyüklüğünün ve genomdaki diğer kopya sayısı değişiklikleri (KSD) ve heterozigosite kayıplarının (LOH) klinik heterojenite üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. 
Çalışmamıza FISH yöntemi ile izole del(13q) saptanan otuz iki KLL olgusu dahil edilmiş olup, otuz olgunun periferik kan örneklerinden elde edilen DNA örneklerinde aCGH+SNP yöntemi ile KSD ve LOH'lar analiz edilmiştir.  
Çalışmamız sonucunda 28/30 olguda del(13q) saptanmıştır. Delesyon büyüklüğü 0,34 - 28,81 Mb arasında değişkenlik göstermiştir ve delesyon tipi (tip ve tip 2 ) ile klinik bulgular arasında bir ilişki saptanmamıştır. Olgularımızdan 1'i izole del(13q) iken kalan olguların birinde del(13q) dışında 1 kromozom bölgesinde, 4 olguda 2 kromozom bölgesinde KSD saptanmış olup, diğer olgularda en az 3 KSD tespit edilmiştir. Bir olguda saptanan en fazla KSD altmış bir adettir.   
Yaptığımız çalışma sonucunda del(13q) büyüklüğünün oldukça heterojen olduğu ve içerdiği genler açısından da heterojenite gösterdiği saptanmıştır. Genomda diğer KSD'ler arasında nadir KSD'ler saptanmış olup, ayrıca 1 olguda ATM gen bölgesini içeren LOH tespit edilmiştir. Saptanan KSD'ler arasında 16p13.3, NOTCH, COL1A1 ve 2p artışlarının ve 18p11.32 kayıplarının prognostik önemlerinin olabileceği sonucuna varılmıştır. Sonuç olarak, kopya sayısı değişikliklerinin, KSD büyüklüklerinin ve LOH analizlerinin KLL patogenezinin açıklanması için önemli olması sebebiyle array yönteminin oldukça etkili olduğu savunulmuştur. Ayrıca delesyon 13q büyüklüğünün ve saptanan diğer KSD'lerin prognostik etkisinin açığa kavuşması için daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulduğu sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most common leukemia in adults, and prognostic value of frequently recurrent chromosomal abnormalities are discovered. Deletion of chromosome 13 [del(13q)] is the most common chromosomal anomaly in CLL and it is considered as a good prognostic biomarker when it is observed isolated.  But it is also noticed that clinical findings of patients with isolated del(13q) are quite heterogenous. In our study, we aimed to investigate the relation between this clinical heterogenity and size of del(13q) and other copy number variations (CNV) and loss of heterozygosities (LOH) in CLL patients with del(13q). 
In this study, 32 CLL patients with isolated del(13q) determined by FISH method included and  CNV & LOH analysis were performed by aCGH+SNP method in DNA obtained by peripheral blood sample of 30 patients.  
We found that 28/30 patients had del(13q). The size of deletions ranged between 0,34 and 28,81 Mb, no correlation was found between the type of deletions (type 1 / type 2 ) and clinical findings. Only one of our patients had isolated del(13q), one had other CNV in  a chromosomal region, 4 had in 2 chromosomal regions other patients had at least 3 CNVs except for del(13q). The largest number of CNVs found in a patient was sixty one.  
It is concluded that the size of del(13q) and the genes involved were very heterogenous. The other CNVs found were rare CNVs, and one patient had LOH  involving ATM gene region. Out of the found CNVs; it is concluded that gain of 16p13.3, NOTCH, COL1A1, 2p and loss of 18p11.32 may have a prognostic value. Last of all, it is defended that array method is considerably effective because  analyses of CNVs, size of CNVs and LOHs are important to explain the pathogenesis of CLL. Also, more studies are needed to figure out the prognostic value of 13q deletion size and other detected CNVs.