Peste des petits ruminants virus (PPRV) enfeksiyonunun epidemiyolojisinin N ve F genlerine dayalı farklı PCR teknikleri ile araştırılması
Investigation of peste des petits ruminants virus (PPRV) infection epidemiology using N and F genes targeted different PCR methods
Yazar: AHMET SAİT
Danışman: PROF. DR. SEVAL BİLGE DAĞALP
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Genler = Genes ; Keçiler = Goats ; Koyunlar = Sheep ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Türkiye = Turkey ; Virüs hastalıkları = Virus diseases ; Virüsler = Viruses

Özet:
Bu çalışmada, Türkiye?nin değişik bölgelerinde yetiştirilen 6 ay yaşın üzerindeki koyun ve keçilerden PPRV enfeksiyonu şüphesi ile alınan kan, nasal   swap örnekleri ile Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Viral Teşhis Laboratuvarına gelen doku örnekleri (lenf yumrusu, akciğer, rektum, ince barsak ve dalak) virolojik kontrol amacıyla RT-PCR testlerine tabi tutulmuştur. Virolojik kontrol amacıyla alınan toplam 574 örnekten viral nükleik asit tespiti F ve N gen bölgelerini hedef alan konvansiyonel RT-PCR ve N gen bölgesini hedef alan Real-Time RT-PCR ile yapılmıştır. Konvansiyonel F gen RT-PCR ile %35,5 (204/574), konvansiyonel N gen RT-PCR ile %39,3 (226/574) ve Real Time N gen RT-PCR ile %44,4 (255/574) oranında pozitiflik elde edilmiştir. Üç metod birlikte değerlendirildiğinde ise PPRV enfeksiyonunda pozitiflik oranı %45.8 olarak tespit edildi.   
Konvansiyonel RT-PCR testleri sonunda elde edilen pozitif örneklerden illeri temsil edecek şekilde seçilen örneklerden 53 adet F gen ve 60 adet N gen kısmi dizin analizleri yapılmış ve gen bankası ulaşım numaraları JQ388615-JQ388664, JQ519907-JQ519965,  JX117877-JX117880 olarak 3 grup altında alınmıştır. Yapılan filogenetik analiz sonrasında, her iki gen bölgesine göre ülkede sirküle olan PPR viruslarının IV. genetik  hatta yer aldığı görülmüştür.  F gen kısmi dizin analizleri sonunda elde edilen dizinlerin nükleotid düzeyinde kendi aralarında, Turkey2000 ve Nigeria/75/1  dizini ile sırasıyla %98,2-100, %97,9-98,9 ve %91,3-92,4 değişen oranlarda benzer oldukları tespit edilmiştir. N gen kısmi dizin analizleri sonunda ise dizinlerin nükleotid düzeyinde kendi aralarında, Turkey2000 ve Nigeria/75/1 dizini ile sırasıyla %94,2-100, %94,2-98,3 ve %89,3-90,9 değişen oranlarda benzer oldukları tespit edilmiştir.
   Bu sonuçlar ışığında PPRV enfeksiyonunun ülkede endemik olduğu bir kez daha ortaya konmuş; enfeksiyonun teşhisinde rRT-PCR tekniğinin, kullanılan konvansiyonel tekniklere göre etkinliği gösterilmiş, hayvan hareketlerinin sınırlandırılmasının zorluğuna dikkat çekilerek enfeksiyondan korunmada en etkili yolun duyarlı populasyonların aşılanması olduğu sonucuna varılmıştır.

Abstract:
In this study, blood and swab samples taken from PPRV infection suspicious sheep and goat older than 6 months housed different regions in Turkey and tissue samples (lymph node, lung, rectum, small intestine, spleen) submitted to Pendik Veterinary Control Institute were tested with RT-PCR for virological control. Viral nucleic acid was detected with RT-PCR targeted F and N gene regions and with Real time RT PCR targeted N region from 574 samples. Positivity ratios were 35.5% (204/574) with F gene targeted RT-PCR, 39.3% (226/574) with N gene targeted RT-PCR and 44.4% (255/574) with N gene targeted Real time RT-PCR accordingly. When the three methods considered together the positivity rate of samples where found as 45.8% (263/574).
From the positive samples detected with conventional RT-PCR, 53 samples of F gene and 60 samples of N gene were selected to represent the provinces and partially sequenced and classified under 3 groups with gene bank accession numbers JQ388615-JQ388664, JQ519907-JQ519965, JX117877-JX117880. After phylogenetic analysis, the circulating PPR virus was located in lineage IV according to the two gene regions. F gene partial sequence analysis at nucleotide level showed ratios of  98.2-100%, 97.9-98.9%, 91.3-92.4% resemblence among themselves, Turkey2000 and Nigeria/75/1 sequences respectively. N gene partial sequence analysis at nucleotide level showed resemblence ratios of 94.2-100%, 94.2-98.3%, 89.3-90.9% among themselves, Turkey2000 and Nigeria/75/1 respectively.
With these results we conclude that; PPRV infection is endemic in our country, method of rRT-PCR is more effective than conventional PCR and considering animal transportation restriction difficulties the most convenient method of protection is vaccination of the sensitive population.