Klinik örneklerde çeşitli yöntemlerle Pneumocystis jirovecii araştırılması
Investigation of Pneumocystis jirovecii in clinical specimens by various methods
Yazar: FATMA FİLİZ TEKİNŞEN
Danışman: PROF. DR. AYŞE NEDRET KOÇ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bronkoalveolar lavaj sıvısı = Bronchoalveolar lavage fluid ; Pnömoni = Pneumonia ; Pnömosistis = Pneumocystis ; Pnömosistis enfeksiyonları = Pneumocystis infections ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Pneumocystis jirovecii prematüre, yeni doğan, kötü beslenen çocuklarda, immun sistemi baskılanmış kemoterapi alanlarda, transplant hastalarında ve AIDS hastalarında pnömoni etkenidir. Bu hastaların mortalitesi yüksek olması nedeniyle kesin ve doğru tanı önemlidir. Bu çalışmada Pneumocystis jirovecii şüpheli pnömonili hastadan alınan klinik örneklerde (bronkoalveolar lavaj, endotrakeal aspirat, nazotrakeal aspirat, plevra, doku, serum) Pneumocystis jirovecii varlığı Giemsa boyama, DFA (direkt floresan antikor), BDG (1?3,ß-D-Glukan), LDH(Laktatdehidrojenaz) ve RTPZR (gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemleri ile araştırılarak bu yöntemlerin karşılaştırılması amaçlandı.Aralık 2008-Temmuz 2010 tarihleri arasında Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi poliklinik ve kliniklerindeki Pneumocystis jirovecii pnömonisi şüpheli 100 hastanın klinik örnekleri çalışmaya alındı. Bunların 86'sı bronkoalveolar lavaj (BAL), 8'i endotrakeal aspirat (ETA), biri nazotrakeal aspirat (NTA), 3'ü plevra, 2 doku örneğine Giemsa boyama, DFA, RTPZR ve serum örneklerine BDG, LDH ve RTPZR testleri uygulandı.BAL, ETA, NTA, plevra ve doku örnekleriyle yapılan Giemsa boyama, DFA ve RTPZR testleri 2 BAL örneğinde pozitifken, 6 BAL örneğinde sadece RTPZR pozitif bulundu. Serum örnekleriyle yapılan RTPZR testinde pozitiflik belirlenemedi. BDG testi yapılan serum örneklerinde 29'u >80pg/ml, 5'i 61-79pg/ml arasında, 66'sı <60pg/ml sonuçları elde edildi. RTPZR ile P.jirovecii pozitif hastaların BDG sonuçları da pozitifti. Bu hastaların Giemsa boyamasında duyarlılık ve özgüllük %100, DFA testinde duyarlılık %25 ve özgüllük %100 olarak belirlenirken RTPZR'de duyarlılık %100 ve özgüllük %93, BDG'de duyarlılık %100 ve özgüllük %67 olarak belirlendi. DFA ve RTPZR gold standart alınarak BDG testi için yapılan ROC analizinde; BDG testinin cut-off'u sırasıyla 494pg/ml ve 62pg/ml olarak belirlendi. Ayrıca değerlendirilen LDH testinde yapılan ROC analizinde DFA ve BALPZR gold standart alındığında sırasıyla duyarlılık %100 ve %87,5, özgüllük %69,4 ve %72,8 olarak belirlenirken cut-off iki durumda da >491IU/L'di.PCP ön tanılı hastaların laboratuar tanısı kültür yapılamadığı için, Giemsa boyama, DFA, PZR, BDG testleri ile yapılabilmektedir. Bu hastalardan alınan örnekler Giemsa boyama ve DFA ile çalışıldığında özgüllük yüksekken, BALPZR ve BDG testleri de eklendiğinde duyarlılıkta yükselmektedir. Bundan dolayı PCP ön tanılı hastaların laboratuar tanısında Giemsa boyama ve/veya DFA, BALPZR, BDG ve LDH testlerinin birlikte çalışılması gerektiği bulunmuştur. Serum PZR testi ile daha fazla hasta gruplarında çalışmaya ihtiyaç olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
P.jirovecii is the etiologic agent of pneumonia in premature, newborn, malnourished, immunocompromised and transplant patients, and AIDS patients. Due to the high mortality of these patients, accurate diagnosis is important. In this study, it was aimed to evaluate the diagnostic potential of Giemsa staining, Direct flourescein antibody (DFA), Lactatedehydrogenase (LDH), (1?3)-ß-D-Glucan (BDG) and real-time PCR assay in clinical specimens (bronchoalveolar lavage (BAL), endotracheal aspiration (ETA), nasotracheal aspiration (NTA), tissue samples, serum) for patients suspected of P.jirovecii pneumonia (PCP).This study was conducted with clinical specimens from 100 patients who were hospitalized in clinics of Erciyes Univercity Gevher Nesibe Hospitals with suspiscious of PCP between December 2008 and July 2010. Giemsa staining, DFA, real-time PCR tests were tested in 86 BAL, 8 ETA, 1 NTA, 3 pleura, 2 tissue samples; BDG, LDH and real-time PCR tests were tested on 100 serum samples.Among the specimens of BAL, ETA, NTA, tissue and pleura 2 BAL samples were positive on the Giemsa staining, DFA, real-time PCR tests; 6 BAL samples were positive in only real-time PCR. Real-time PCR test was found to be all negative serum samples. The result of BDG test was over 80pg/ml for 29, 61-79pg/ml for 5 and < 60pg/ml for 66 serum samples. The P.jirovecii positive patients with real-time PCR were also positive for BDG. Sensitivity and specificity were determined to be 100% and 100% for Giemsa staining; 25% and 100% for DFA; 100% and 93% for real-time PCR; 100% and 67% for BDG test, respectively. ROC analysis was performed for the BDG and LDH tests. According to DFA and BALPCR as the gold standard, the cut-off for BDG test was 494pg/ml and was 62pg/ml, respectively. In addition; according to DFA and BALPCR as the gold standard, cut-off for LDH tests were >491IU/L for both tests; sensitivity and specificity of LDH were 100% and 87,5%, 69,4% and 72,8% respectively.Because culture can?t be used in the laboratory diagnosis of PCP, Giemsa staining, DFA, real-time PCR, BDG tests can be performed. When Giemsa and DFA staining were used together; specificity was elevated to 100%, and when the combination of Giemsa, DFA staining, real-time PCR and BDG were performed to the clinical specimens of the patients, sensitivity was elevated to 93%. Therefore, it was concluded that combination of Giemsa staining and/or DFA, BALPCR, BDG and LDH tests should be performed for the laboratory diagnosis of PCP. Further studies for serum PCR tests are needed in larger patient groups.