Açıkta satılan kuru incirlerin mikrobiyal florasının araştırılması
Investigation of microbial flora of dried figs unpacked spices sold
Yazar: EZGİ ÜNLÜ
Danışman: PROF. DR. SERDAL ÖĞÜT
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Beslenme ve Diyetetik = Nutrition and Dietetics

Özet:
Amaç: Çalışmanın amacı Aydın ilinden açıkta satılan kuru incir örneklerinde çapraz kontaminasyon sebebiyle bulunabilecek patojen varlığının araştırılmasıdır.
Gereç ve Yöntem: Araştırma Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Besin Kimyası Laboratuvarı ve Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Rekombinant DNA ve Rekombinant Protein Uygulama ve Araştırma Merkezi'nde yürütülmüştür. Deney için kullanılacak kuru incirler Aydın'da 4 farklı pazardan 1 Aralık 2021 ile 6 Nisan 2022 tarihleri arasında 10 örnek olarak toplanmıştır. Çalışmada incir örneklerinden kontaminant DNA izolasyonu, saflaştırılan DNA nın kontrolü ve pcr ile ribozomal rna geninin çoğaltılması adımları izlenmiştir. 
Bulgular: Metagenomik analizi sonucunda, tüm örneklerde toplamda 61 şube, 134 sınıf, 315 takım, 500 aile ve 1508 cins belirlenmiştir. . Örneklerin Hiyerarşik Kümeleme sonrası dağılımları değerlendirildiğinde makul sayıda birey örneklendiği görülmüştür. Toksonomik dağılımlar değerlendirildiğinde en yüksek, şubelerin dağılımlarında Proteobacteria (%64.6±17.6), sınıfların dağılımlarında Gammaproteobacteria (%46.4 ± 17.5), takımların dağılımlarında Burkholderiales (%20.3 ± 19.2), ailelerin dağılımlarında Burkholderiaceae (%9.1 ± 8.6) ve cinslerin dağılımlarında Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia (%4.6 ± 4.3) olarak belirlenmiştir.
Sonuç: Tüm numunelerde yapılan analizler sonucunda en yüksek oranda görülen Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia, Serratia, Escherichia-Shigella, Pseudomonas, uncultured, Streptococcus, Alcaligenes, Candidatus Symbiobacter, Franconibacter, Enterobacter, Lachnospiraceae UCG-008, Thioalkalispira-Sulfurivermis, Acinetobacter, Staphylococcus, Aeromonas, Massilia, Corynebacterium, Enterobacillus, Bacillus ve Klebsiella olmak üzere 20 cins belirlenmiştir.

Abstract:
Objective: The aim of the study is to investigate the presence of pathogens due to cross-contamination in dried fig samples sold in open air from Aydın province.
Material and Method: The research was carried out at Aydın Adnan Menderes University, Faculty of Health Sciences, Food Chemistry Laboratory and Aydın Adnan Menderes University, Recombinant DNA and Recombinant Protein Application and Research Center. Dried figs to be used  ort he experiment were collected as 10 samples from 4 different markets in Aydın between 1 December 2021 and 06.04.2022. In the study, the steps of isolation of contaminant DNA from fig samples, control of purified DNA and amplification of ribosomal RNA gene with PCR were followed.
Results: As a result of metagenomic analysis, a total of 61 branches, 134 classes, 315 orders, 500 families and 1508 genera were determined in all samples. . When the distributions of the samples after Hierarchical Clustering were evaluated, it was seen that a reasonable number of individuals were sampled. When the toxonomic distributions are evaluated, the highest Proteobacteria (64.6±17.6%) in the distributions of the branches, Gammaproteobacteria in the distributions of the classes (46.4 ± 17.5%), Burkholderiales (20.3 ± 19.2%) in the distributions of the orders, Burkholderiaceae in the distributions of the families (9.1 ± 8.6%) and Burkholderia- Caballeronia-Paraburkholderia (4.6% ± 4.3%).
Conclusion: Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia, Serratia, Escherichia-Shigella, Pseudomonas, uncultured, Streptococcus, Alcaligenes, Candidatus Symbiobacter, Franconibacter, Enterobacter, Lachnospiraceae UCG-Shigella- , Aeromonas, Massilia, Corynebacterium, Enterobacillus, Bacillus and Klebsiella were determined 20 genera.