Tuz stresi altındaki lahana bitkisinde DNA metilasyonu üzerine putresinin etkisi
Effect of putresin on DNA methylation in cabbage plant under salt stress
Yazar: FURKAN UZUNDUMLU
Danışman: DOÇ. DR. EMİNE ORHAN
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Bitkisel Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Başlahana = Drumhead cabbage ; DNA = DNA ; Metilasyon = Methylation ; Moleküler markerler = Molecular markers ; Poliaminler = Polyamines ; Tuz stresi = Salt stress

Özet:
Lahana tür ve çeşitlerinde abiyotik stres koşullarına tolerans ile ilgili çalışmalar yapılmış olsa da bu çalışmalar genellikle tarla, sera ya da saksı denemeleri şeklinde yürütülmüştür. Bu tür çalışmalarda genellikle morfolojik ölçümler ve değerlendirmeler yapılmış olup fizyolojik ve moleküler tespit çalışmalarında eksiklikler bulunmaktadır.
Gerçekleştirilen bu çalışma ile NaCl uygulamaları (tuz stresi) ve antagonist olarak düşünülen Putresin uygulamaları sonucunda lahana fidelerinin genomunda DNA metilasyonu yönünden herhangi bir değişiklik meydana gelip gelmeyeceği moleküler düzeyde tespit edilmeye çalışılmıştır. Beyaz baş lahana bitkisine (Yalova-1 çeşidi) farklı NaCl ve Putresin konsantrasyonları uygulanmıştır. Bu uygulamalar çimlenme oranı, kök uzunluğu, sürgün uzunluğu, fide gücü indeksi ve çimlenme zamanının varyasyon katsayısı istatistiksel olarak önemli bulunmuştur. Kullanılan RAPD primerlerinden monomorfik bant veren 8 primer CRED-RA analizinde kullanılmıştır. Her doz için polimorfizm değerleri hesaplanmış ve ortalamalar alınmıştır. Çalışmada kullanılan MspI enzimin metilasyonun olduğu yerden kesim yapması ve HpaII enziminin ise metilasyonun gerçekleşmediği zaman kesim yapması bilgisine dayanarak alınan sonuçlar değerlendirilmiştir. Tek başına NaCl uygulamasında en düşük dozda 27,4 en yüksek dozda ise 39,6 oranında metilasyon oluşurken; tek başına putresin uygulamasında en düşük dozda %32,4 en yüksek dozda ise %20,9 metilasyon gözlenmiştir. Diğer taraftan, Putresin uygulamasının özellikle 100 mM ve daha yüksek tuz konsantrasyonlarında tuzun çimlenme oranı üzerine olumsuz etkisini azalttığı belirlenmiştir.

Abstract:
Although studies on tolerance to abiotic stress conditions in cabbage species and varieties have been carried out, these studies have generally been carried out in field and greenhouse pot experiments. In such studies, morphological measurements and evaluations have been made and there are deficiencies in physiological and molecular detection studies.
In this study, it has been attempted to determine at the molecular level whether or not any change in DNA methylation in the genome of the cabbage seedlings will occur with NaCl applications (salt stress) and with Putresin applications which are thought to be antagonists. Different concentrations of NaCl and Putresin were applied to white head cabbage (Yalova-1 variety). Germination rate, root length, shoot length, seedling index and variation coefficient of germination time of these applications was found statistically significant. Eight primers producing a monomorphic band from RAPD primers were used in the CRED-RA analysis. Polymorphism values were calculated for each dose and averages were taken. The results obtained were based on the knowledge that the MspI enzyme used in the study was cut from the site of methylation and the Hpa II enzyme was cut when the methylation was not taking place. At the lowest dose of NaCl alone 27,4% and at the highest dose 39,6% of methylation occurred. In the case of putresin alone, methylation was observed at the lowest dose of 32,4% and at the highest dose of 20,9%. On the other hand, it has been determined that the application of Putresin reduces the negative effect on salt germination rate, especially at salt concentrations of 100 mM and higher.