Turunçgillerde gövde köpüklenmesinin viroid hastalıkları açısından araştırılması
Investigation of trunk foaming on citrus in terms of viroid diseases
Yazar: MERVE KAZAK
Danışman: PROF. DR. NÜKET ÖNELGE
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Hastalık = Disease ; Köpük = Foam ; Turunçgiller = Citrus fruits ; Viroidler = Viroids

Özet:
Son yıllarda turunçgil yetiştiriciliğinin yoğun olarak yapıldığı Çukurova Bölgesi'nde farklı turunçgil anaçları kullanılmaya başlamıştır. Bu anaçların kullanıldığı bahçelerde sıklıkla ağaçların geriye doğru kuruduğu ve aşı birleşme noktalarında şiddetli köpüklenme simptomları gözlenmiştir. Yapılan bu çalışmada Çukurova Bölgesi'nde C35 [Poncirus trifoliata (L.) Raf. X Citrus sinensis Osb. 'Ruby'], Carrizo (C.sinensis Osb. x P.trifoliata Raf. var "Carrizo"), C22 (C.sunki × P.trifoliata) ve FA5 [C.reshni Tan. X P.trifoliate (L.) Raf ] gibi anaçlara aşılı turunçgil plantasyonlarında köpüklenme simptomu gösteren ağaçlarda Citrus exocortis viroid (CEVd) ve Citrus cachexia viroid (CCaVd)'inin varlığı ve enfeksiyon durumları araştırılmıştır. Köpüklenme belirtisi gösteren farklı turunçgil anaç ve çeşitlerinden örnekler alınarak CEVd ve CCaVd etmenleri RT-PCR yöntemiyle taranmıştır. İncelenen 49 izolattan 17 tanesinin CEVd ile bulaşık olduğu, 14 tanesinin de CCaVd ile bulaşık olduğu belirlenmiştir. Her iki viroid etmenin birlikte bulaşık bulunduğu ağaç sayısı ise 4'tür. Blast analizi ve NCBI gen bankasındaki CEVd ve CCaVd'nin referans genomları ile nükleotid dizilimlerinin %96-99 oranında benzerliğe sahip olduğu belirlenmiştir. Ayrıca köpük hastalığı simptomu gösteren bu ağaçların köpüklü kabuk dokusundan fungal ve bakteriyel etmenlerin durumunu araştırmak için izolasyonlar yapılmıştır. İzolasyonlar sonucunda; Lasiodiplodia theobromae, Ilyonectria liriodendri, Fusarium pseudonygamai, Alternaria alternata ve Streptomyces spp. tespit edilmiştir. Bu etmenlerden yapılan patojenite testi sonucu bitkilerde herhangi kuruma ve ölüm belirtisi görülmemiştir. Örnek alınan bahçelerde toprak yapısının kireçli ve pH'sının 7.5 ve üzeri olduğu toprak analizleri sonucunda belirlenmiştir. Özellikle Üç Yapraklı ve hibritlerinin yüksek pH'ya duyarlı olduğu ve bu nedenle turunçgil ağaçlarının stres sorunu yaşayabileceği ayrıca araştırılan iki hastalık etmeninin bir arada bulunma sayısının az olması nedeniyle sinerjistik reaksiyon olasılığının az olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
In recent years, different citrus rootstocks have started to be used in Çukurova Region, where citrus is grown intensively. In the orchards where these rootstocks were used, severe foaming symptoms were observed at the bud union points and the trees were often dried backwards. In this study, the presence of Citrus exocortis viroid (CEVd) and Citrus cachexia viroid (CCaVd) in trees showing foaming symptoms in citrus plantations grafted on rootstocks such as C35 [Poncirus trifoliata (L.) Raf. X Citrus sinensis Osb. 'Ruby'], Carrizo (C.sinensis Osb. x P.trifoliata Raf. var "Carrizo"), C22 (C.sunki × P.trifoliata) and FA5 [C.reshni Tan. x P.trifoliate (L.) Raf]  in Çukurova Region were investigated. CEVd and CCaVd agents were screened by RT-PCR method by taking samples from different citrus rootstocks and cultivars showing foaming symptoms. It was determined that 17 of the 49 isolates were infected with CEVd and 14 of them were infected with CCaVd.
The number of trees in which both viroid factors are infected together is 4. Blast analysis and reference genomes of CEVd and CCaVd in the NCBI gene bank were determined to have 96-99% similarity in nucleotide sequences. In addition, isolations were made from the foamy bark tissue of these trees, which show symptoms of foam disease, to investigate the status of fungal and bacterial agents. As a result of the isolations; Lasiodiplodia theobromae, Ilyonectria liriodendri, Fusarium pseudonygamai, Alternaria alternata and Streptomyces spp. were detected. As a result of the pathogenicity test made from these factors, no signs of drying or death were observed in the plants. As a result of soil analysis, it was determined that the soil structure was calcareous and the pH was 7.5 and above in the sampled gardens. It has been determined that especially trifoliate and hybrids are sensitive to high pH and therefore citrus trees may experience stress problems.