Kronik delta hepatitli hastalarda, HDV RNA tüm genomunun interferon tedavisi süresince, "Ultra deep sequencing" yöntemiyle analizi
The analysis of HDV full genome RNA using "Ultra deep Sequencing" method,in chronic hepatitis delta patients, during interferon treatment
Yazar: CAMRAN NASSIRI
Danışman: PROF. DR. ABDURRAHMAN MİTHAT BOZDAYI
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Viral hepatit =

Özet:
Hepatit Delta Virüsünün yol açtığı Delta hepatiti en hızlı ilerleyen ve en saldırgan viral hepatit olarak tanımlanmaktadır. Kronik HDV enfeksiyonunun tedavisi çok sınırlıdır ve çoğunlukla ilerleyen siroz ve artan mortalite oranlarıyla karakterizedir. Enfeksiyonun spesifik bir tedavisi yoktur ve bu amaçla interferon kullanılmaktadır. Çalışmamızda HDV ile enfekte hastaların tedavilerinin takibi sürecinde alınan farklı serum örneklerinden elde edilen Hepatit Delta virüs havuzundaki viral varyantların yüksek duyarlılıkla tespit edilmesi amaçlanmıştır. Böylece tedavi öncesi, sırası ve/veya sonrasındaki viral varyasyon profillerinin belirlenebilmesi, ayrıca viral tedavi altındaki evrimsel sürecin araştırılması amaçlanmıştır. Ortaya çıkan varyasyon profilleri ile hastalardaki klinik seyirin karşılaştırılması ile varyasyonlarla hastalık arasında ilişki araştırmak da çalışmanın bir diğer amacıdır. Bu amaçla çalışmada Roche GS Junior 454 "Ultradeep Pyrosequencing" (UDPS) sistemi kullanılmıştır. HDV viral genomu 5 farklı amplifikasyonla, çoğaltılan fragmanlar örtüşecek şekilde tüm genom olarak çoğaltılmıştır. Çalışma süresince toplam 11 hastanın farklı tarihlerdeki 32 adet serum örneğinde dizileme yapılmıştır. Tedaviye yanıt verenler ile yanıt vermeyen veya nükseden hastalardaki varyasyonlar karşılaştırıldığında 267, 269,270, 569, 928 ve 929 nolu pozisyonlarda farklılıklar gözlenmiştir. Tedaviye yanıt verenler ile nüks edenler tek başına karşılaştırıldığında ise bu nükleotidlere ek olarak 227 ve 750. nükleotidlerde de anlamlı farklılıklar gözlenmiştir. Ayrıca her 3 grup karşılaştırıldığında viral genomun 425-430 numaralı bazlarını içeren bölgede patern şeklinde farklılık gözlenmiştir. Bu konuda yapılacak daha geniş kapsamlı çalışmalar, tespit edilen varyantların HDV enfeksiyonlarında ve tedavisindeki önemi ve klinik anlamının aydınlatılmasına katkı sağlayabilir.

Abstract:
Delta hepatitis is defined as the most aggressive and progressive viral hepatitis, which is caused by Hepatitis Delta Virus. Treatment of chronic HDV infection is usually very limited and the disease is usually characterized by progressive cirrhosis and increased rate of mortality. There is no specific treatment for the infection and interferon is used for this purpose. The aim of the current study is sensitive detection of viral variants within the hepatitis delta virus pool of different follow-up serum samples obtained from the interferon treated patients infected by HDV. By this means, it is aimed to detect viral variation profile prior to, during and after the treatment and to investigate the evolutionary process under viral treatment. Another purpose of the present study is to investigate the relationship between variation patterns and the disease by comparing the variation profiles and clinical course of the disease in patients. Roche GS Junior 454 "Ultra Deep pyrosequencing" (UDPs) system is used for this purpose. The entire HDV viral genome was amplified with 5 different overlapping fragments. During the study, HDV genomes from sera of 11 patients with a total of 32 different dates were sequenced. Differences were observed in positions 267, 269,270, 569, 928 and 929, when variations in responders, non-responders and relapsers were compared. Two additional significant differences in positions 227 and 750 were observed, when it came to the comparison of responder vs. relapser patients. In addition, comparing 3 groups together has revealed a variation pattern with significant differences in the region covering 425-430 positions on HDV genome. Further studies may contribute in elucidation of clinical significance and the importance of detected variants in HDV infection and treatment.