Özgül öğrenme bozukluğu tanısı almış hastalarda DCDC2 ve DYX1C1 genlerinin yeni nesil dizi analizi yöntemiyle incelenmesi
Investigation of DCDC2 and DYX1C1 genes using next generation sequencing analysis in patients diagnosed with specific learning disorders
Yazar: SÜMEYRA ELİF KAPLAN KARAKAYA
Danışman: DOÇ. DR. ÇİĞDEM YEKTAŞ
Düzce Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk ve Ergen Psikiyatrisi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Psikiyatri = Psychiatry
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Genler = Genes ; Özel öğrenme bozukluğu = Special learning disorder ; Özgül öğrenme güçlüğü = Specific learning disability ; Öğrenme bozuklukları = Learning disorders

Özet:
Amaç: Özgül Öğrenme Bozukluğu (ÖÖB) çocukluk çağında sık görülen nörogelişimsel bozukluklardan biridir. Bildiğimiz kadarıyla ÖÖB etiyolojisine yönelik yapılan çalışmalarda, ÖÖB ile DYX1C1 ve DCDC2 genleri arasındaki ilişkiyi yeni nesil dizi analizi (YND) yöntemi ile tüm geni tarayarak inceleyen çalışma yoktur. Bu çalışma ile Türk toplumunda ÖÖB tanısı almış çocuklarda DYX1C1 ve DCDC2 genlerini YND analizi yöntemiyle inceleyen ilk çalışma olması amaçlanmıştır.
Materyal metod: Çalışmaya 6-12 yaş arasında, DSM 5 tanı ölçütlerine  göre sadece ÖÖB (n=12) ile ÖÖB ve dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğu (DEHB) (n=45) tanıları konulmuş hasta grubu  ile hasta grubuyla aynı yaş/sınıfta olan herhangi bir psikiyatrik bozukluk tanısı bulunmayan ve çalışmaya katılmaya gönüllü olan kontrol (n=48) grubu dahil edilmiştir. ÖÖB belirtilerini ayrıntılı değerlendirmek için ÖÖB test bataryası ve zeka seviyesini belirlemek için WISC-R testi, hasta ve kontrol grubunda ayrı ayrı uygulanmıştır.  Hasta ve kontrol grubunda ek psikiyatrik tanı tarama görüşmesi yapmak ve çocuğun şu andaki işlev düzeyini belirlemek için ''Okul Çağı Çocukları İçin Duygulanım Bozuklukları ve Şizofreni Görüşme Çizelgesi- Şimdi ve Yaşam Boyu Şekli (ÇDŞG-ŞY-T)'' yapılmıştır. Ek tanıları dışlamaya yardımcı olması için katılımcıların kendi dolduracağı ''Anksiyete ve İlgili Bozukluklar İçin Tarama-Çocuklar İçin'' ve ''Çocuk Depresyon Ölçeği'' verilmiştir. Her iki grubun anne/baba ve öğretmenlerine "Öğrenme Bozukluğu Belirti Tarama Listesi", "Yıkıcı Davranım Bozuklukları için DSM-IV'e Dayalı Tarama ve Değerlendirme Ölçeği" verilmiştir. Çalışmaya katılanların artık kanlarından alınan periferik venöz kan örneklerinden, genomik DNA izolasyonu yapıldıktan sonra YND analizi yöntemiyle DYX1C1 ve DCDC2 genleri taranmıştır. Tarama sonucu elde edilen veriler istatistiksel olarak analiz edilmiştir.
Bulgular: DYX1C1 gen varyasyonlarının tümünün bireysel kıyaslamasında ÖÖB ile ilişkisi bulunurken (p=0,029), varyasyonların olup olmamasına göre bakıldığında ÖÖB ile ilişkisi bulunamamıştır (p=0,247). DCDC2 gen varyasyonlarının tümünün hem bireysel kıyaslamasında hem varyasyonların olup olmamasına göre bakıldığında ÖÖB ile ilişkisi bulunamamıştır. Genlerde bulunan varyasyonlara bakıldığında ise DYX1C1 geninden sadece 572A>G varyasyonu kontrol grubunda anlamlı olarak daha yüksek iken, 1249G>T varyasyonu hasta grupta anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur. DCDC2 geninden ise sadece 426-13C>T varyasyonunun kontrol grubunda anlamlı derece yüksek olduğu görülmüştür. Varyasyonların klinik ile karşılaştırılmasında; DYX1C1 geninden 572A>G varyasyonunun; bir dakikada okunan kelime sayısı, okuma hızı, zihinden hesaplama, toplama, aylarda öncelik-sonralık ilişkilerinin sorgulanması testinde, alfabetik ve ritmik sayma sıralama testinde, gesell ve saat çizme alt testlerinde daha iyi performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. Ayrıca okuma testinde harf atlama, hece atlama, harf ekleme, hece ekleme, sözcük ekleme, sözcüğün sonunu uydurarak okuma hata türlerinde, işittiğini yazma bölümünde harf atlama, hece atlama, ters yazma ve harf karıştırma hata türlerinde, gördüğünü yazma bölümünde hece ayırma hata türünde, serbest yazma bölümünde hece atlama hata türünde daha az hata yapma ile ilgili olduğu görülmüştür. 1249G>T varyasyonunun; bir dakikada okunan kelime sayısı, okuma hızı, aylarda öncelik-sonralık ilişkilerinin sorgulanması, alfabetik sıralama alt testlerinde, WISC-R testindeki sözcük dağarcığı ve yargılama testinde daha düşük performans gösterme ile ilişkili olduğu ve okumada özellikle hece atlama, harf ekleme, hece ekleme hata türlerinde daha sık olmakla birlikte, okumada daha fazla hata yapma ile ilgili olduğu bulunmuştur. 271G>A varyasyonunun; işittiğini yazma testinde harf atlama hata türünde, serbest yazma testinde harf atlama ve harf karıştırma hata türünde daha sık hata yapma ile ilgili olduğu ve lateralizasyon testinde düşük performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. DCDC2 geninden 426-13C>T varyasyonunun toplama sorularında, günlerde öncelik-sonralık ilişkilerinin sorgulanması, saat çizme alt testlerinde ve hasta gruplar içinde WISC-R şifre alt testinde daha iyi performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. Ayrıca okuma testinde sözcük ekleme, sözcüğün sonunu uydurarak okumada, işittiğini yazma bölümünde sözcük atlama hata türünde, serbest yazma bölümünde ise imla hatası, sözcük atlama, harf karıştırma, harf ekleme, imla hatası hata türlerinde daha az hata yapma ile ilgili olduğu görülmüştür. 661A>G varyasyonunun okumada daha fazla hata yapma ile WISC-R testinde performans, genel bilgi, aritmetik, şifre alt testinde daha düşük performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. 183C>T varyasyonun zihinden hesaplama becerilerinde, WISC-R resim düzenleme alt testinde daha düşük performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. 3C>G varyasyonunun WISC-R şifre alt testinde daha düşük performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. 1017C>T varyasyonunun toplama sorularında daha düşük performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür.

Sonuç: Türk toplumunda 572A>G ve 426-13C>T varyasyonlarının ÖÖB açısından koruyucu olabileceği, 1249G>T, 271G>A, 661A>G, 183C>T, 3C>G ve 1017C>T varyasyonlarının ise ÖÖB açısından riskli varyasyonlardan olabileceği yönündeki bulgularımızı doğrulamak ve genişletmek için daha büyük ölçekli çalışmalara gerek duyulmaktadır.

Abstract:
Aim: Specific Learning Disorder (SLD) is one of the common neurodevelopmental disorders in childhood. As far as we know, there is no study investigating the relationship between SLD and DYX1C1 and DCDC2 genes by investigating the whole gene with the next generation sequence analysis (NGS) method. This study is intended to be the first study to investigate the DYX1C1 and DCDC2 genes in children diagnosed with SLD in Turkish society by using the NGS method.
Material and Methods: A group of patients between the ages of 6-12 who were diagnosed with only SLD (n=12) and diagnosed with SLD plus attention deficit and hyperactivity disorder (ADHD) (n=45) according to DSM-V and and the control group (n=48) who at the same age / class, did not have any psychiatric disorder and volunteered to participate included in the study. The SLD test battery and the WISC-R test were applied separately in the patient and control groups in order to evaluate the symptoms of SLD in detail, and to determine the level of intelligence, respectively. " The Schedule for Affective Disorders and Schizophrenia (SADS) for School-Age Children – Present and Lifetime Version (K-SADS-PL)" was conducted in the patient and control groups for additional psychiatric diagnosis screening interview and to determine the current level of function of the child. In order to help exclude additional diagnoses, ''The Screen for Child Anxiety Related Disorders (SCARED)'' and The Children's Depression Rating Scale (CDRS)'' were applied. "Learning Disorder Symptom Screening List" and "Screening and Evaluation Scale Based on DSM-IV for Disruptive Behavior Disorders" were given to the parents / teachers of both groups. DYX1C1 and DCDC2 genes were screened by the NGS analysis method after genomic DNA isolation from peripheral venous blood samples taken from the residual blood of the study participants. The data obtained as a result of scanning were statistically analyzed.
Results: DYX1C1 gene variations have been associated with SLD in individual comparison (p = 0.029), however, according to the presence or absence of variations, the relationship with SLD was not found (p = 0.247). No relation with SLD was found when we look at both individual comparisons of DCDC2 gene variations and whether there are variations. Considering the variations in the genes, only 572A> G variation from the DYX1C1 gene was significantly higher in the control group, while the 1249G> T variation was significantly higher in the patient group. For the DCDC2 gene, only 426-13C> T variation was as significantly higher in the control group. In comparing the variations with the clinical picture; 572A> G variation in the DYX1C1 gene was associated with better performance in the number of words read in one minute, reading speed, calculation from mind, collection, questioning the prior-after-months relationship in months, alphabetical and rhythmic counting test, gesell and clock drawing subtests. In addition, this variation was related to make fewer mistakes in the types of errors such as letter jumping, syllable jumping, adding letters, adding syllables, adding words, reading by matching the end of the word in reading test; in the types of letters that you hear, skip, syllable, inverse write and letter mixing error types, in the type of sight you see in the syllable error type, in the free writing section, and syllable error type. The 1249G> T variation was found to be associated with lower performance in the number of words read per minute, reading speed, questioning the priority-post relationship in months, in alphabetical order subtests and judgment test in WISC-R test. In addition, this variation was associated with making more mistakes in reading, especially reading syllables, adding letters, adding syllables. It was found that the 271G> A variation was related to more frequent errors in the type of letter jump error in the write test, the letter jump in the free write test, and the type of error in the letter mixing error type, and related to poor performance in the lateralization test. In DCDC2 gene, it was found that 426-13C> T variation was related to better performance in collection questions, questioning priority-after-days relationships, clock drawing subtests and WISC-R password subtest in patient groups. In addition, it has been observed that in the reading test, it was related to adding words, matching the end of the word, reading the word type of error in the writing section of the hearing, and spelling error in the free writing section, word jumping, mixing letters, adding letters, and making less mistakes in the types of writing errors. 661A> G variation was found to be related to more errors in reading and performance, general knowledge, arithmetic, and lower performance in password subtest in WISC-R test. The 183C> T variation was related to lower performance in mind calculation skills, and in WISC-R image editing subtest. The 3C> G variation was found as associated with lower performance in the WISC-R password subtest. The 1017C> T variation was found as associated with lower performance in addition questions.
Conclusion: The larger-scale studies are needed to confirm and extend our results towards 572A> G and 426-13C> T variations can be protective, and 1249G> T, 271G> A, 661A> G, 183C> T, 3C> G and 1017C> T variations may be risky for SLD in Turkish population.