COVID-19 pandemisi sonrası sezonsal viral solunum yolu enfeksiyonlarının etiyolojik değerlendirilmesi
The etiological evaluation of seasonal viral respiratory tract infections after the COVID-19 pandemic
Yazar: BUŞRA ŞİMŞEK
Danışman: DOÇ. DR. MÜSEMMA  ALAGÖZ KARABEL
Dicle Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases

Özet:
Covid-19 Pandemisi Sonrası Sezonsal Viral Solunum Yolu Enfeksiyonlarının Etiyolojik Değerlendirilmesi
Giriş ve Amaç: Akut solunum yolu enfeksiyonları, çocuklarda önemli ölüm sebepleri arasında yer alır. En sık sebebi beş yaşında küçük çocuklarda, viral etkenlerdir. Bu etkenlerden İnfluenza, Respiratuvar Sinsityal Virüs (RSV) ve Parainfluenza virüsleri genellikle epidemilere; Human Koronavirüs (HCoV), Human Rhinovirüs, ve Adenovirüsler ise endemik enfeksiyonlara sebep olmaktadırlar. Bu çalışma ile, Covid- 19 pandemisi sonrası Dicle Üniversitesi Çocuk Hastanesi'ne başvuran ve etkeni saptamak amacıyla gerçek zamanlı PCR testi (RT-PCR) ile hastalarda patojenlerin tanımlanması ve hastaya bağlı değişkenlerle olan ilişkisinin retrospektif olarak incelenmesi yoluyla pandemi sonrası döneme ilişkin risk faktörlerini, mevsimsel farklılıkları ve etiyolojik viral patojenleri belirlemek amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi'ne Ekim 2022- Mayıs 2023 tarihleri arasında başvuran ve "Solunum Yolu RT-qPCR MX-24S Paneli" çalışılan 1 ay- 18 yaş arası hastalar retrospektif olarak değerlendirildi. Olgular viral etken tespit edilen ve edilmeyenler olarak sınıflandırılarak, demografik, klinik, fizik muayene bulguları, hangi patojenin saptandığı, yatış süresi ve ek hastalık durumu açısından karşılaştırıldı. Solunum Yolu RT-qPCR MX-24S Paneli ile etken saptanan hastalar Grup 1, etken saptanmayanlar Grup 2 olarak kabul edildi.
Bulgular: 204 tanesi erkek 330 hasta çalışmaya alındı. Yaş ortalaması 52,04±50,39 ay (min=1; max=180) idi. Hastaneye yatış oranı % 40,9 idi. Rt-PCR pozitifliği ile yaş, eşlik eden ek hastalık varlığı, ateş, öksürük, solunum sıkıntısı, göğüs ağrısı, bulantı kusma, döküntü ve el-ayak soyulması gibi başvuru şikayetleri arasında istatiksel açıdan anlamlı bir ilişki bulundu (sırasıyla p=0,001, p<0,001, p=0,035, p=0,039, p=0,003, p=0,031, p=0,043, p=0,050, p=0,008). En sık İnfluenza A virüsü (n=47;%14,2) saptandı, en sık (n=35; %74,5)'i Ocak ayında pik yaptığı görüldü. Ko-enfeksiyonlar içerisinde en sık gözlenen virüs birlikteliği ise %27,2 ile Adenovirus-RSV ve %27,2 ile HCoV- RSV arasında idi. Bakteriyel süperenfeksiyon etkenlerinden sadece Haemophilus İnfluenzae ile hastane yatışı arasında istatiksel açıdan anlamlı bir ilişki saptandı (p=0,017).
Sonuç: Hızlı, duyarlılığı ve özgüllüğü yüksek bir yöntem olan Rt-PCR ile solunum yolu enfeksiyonlarının   viral   etkenlerinin   tespit   edilmesi;      uygun   antiviral  tedavilerin
 
başlanması, gereksiz antibiyotik kullanımının sonlandırılması, viral etkenlerin mevsimsel dağılımlarının ve hedef yaş gruplarının belirlenmesi yoluyla halk sağlığı için gerekli önlemlerin alınmasına katkı sağlamaktadır.
Anahtar kelimeler: : Solunum yolu virüsü, COVID-19, koenfeksiyon, gerçek zamanlı PCR, çocuk.

Abstract:
The Etiological Evaluation of Seasonal Viral Respiratory Tract Infections After the Covid-19 Pandemic
Introduction and Purpose: Acute respiratory infections are among the leading causes of death in children. The most common cause in children under five years of age is viral agents. Among these agents, İnfluenza, Respiratory Syncytial Virus (RSV) and Parainfluenza (PIV) viruses usually cause epidemics, while Human Coronavirus (HCoV), Human Rhinovirus (HRV), and Adenoviruses cause endemic infections. In this study, we aimed to determine the risk factors, seasonal differences and etiologic viral pathogens related to the post-pandemic period by retrospectively examining the identification of pathogens in patients admitted to Dicle University Children's Hospital after the Covid 19 pandemic with real-time PCR test (RT-PCR) to detect the causative agent and the relationship with patient-related variables.
Materials and Methods: In this study, all patients between the ages of 1 month and 18 years who were admitted to Dicle University Medical Faculty (DUTF), Children's Hospital between 01.10.2022-01.05.2023 and in whom "Respiratory RT-qPCR MX-24S Panel" was studied were compared in terms of demographic, clinical, physical examination findings, which pathogen was detected, duration of hospitalization and comorbidity status. Patients in whom the causative agent was detected by Respiratory RT-qPCR MX-24S Panel were considered as Group 1 and those in whom the causative agent was not detected were considered as Group 2.
Results: 330 patients, 204 of whom were male, were included in the study. The mean age was 52.04±50.39 months (min=1 max=180). Hospitalisation rate was 40.9%. A statistically significant correlation was found between Rt-PCR positivity and age groups, presence of comorbidities, presenting complaints such as fever, cough, respiratory distress, chest pain, nausea and vomiting, rash and peeling of hands and feet (p=0.001, p<0.001, p=0.035, p=0.039, p=0.003, p=0.031, p=0.043, p=0.050, p=0.008, respectively).
 
Influenza A virus was most frequently detected in (n=47;14.2%) patients, (n=35;74.5%) in January and 9(19.1%) in December. The most common virus co-infections were Adenovirus-RSV with a rate of 27.2% and HCoV-RSV with a rate of 27.2%. Among the bacterial superinfection agents, only Haemophilus influenzae was found to be statistically significantly associated with hospitalisation (p=0.017).
Conclusion: PCR, which is a rapid method with high sensitivity and specificity, enables the detection of viral agents of respiratory tract infections, the initiation of appropriate antiviral treatments, the termination of unnecessary antibiotic use, and the determination of the seasonal distribution of viral agents and target age groups and the necessary measures for public health.
Keywords: Respiratory virus, COVID-19, coinfection, real-time PCR, child.