Meme kanserinin moleküler alt tiplerinde DNA hasarı onarımında tıp60 proteininin rolünün incelenmesi
Examining the role of tip60 protein in repair of DNA damage in  molecular subtypes of breast cancer
Yazar: ECE SALİHOĞLU
Danışman: PROF. DR. SEVGİ AKAYDIN ; PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; DNA = DNA ; DNA hasarı = DNA damage ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler-P53 = Genes-P53 ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Kanser,  kardiyovasküler hastalıklardan sonra ikinci sırada yer alan ölüm nedenidir. Dünyada kadınlarda görülen kanser türlerinin içinde akciğer kanserinden sonra ikinci sırada yer alan meme kanseri, ülkemizde ilk sırada yer almaktadır. Son yıllarda yapılan çalışmalarda, birçok tümör hücresinin DNA hasar yanıt mekanizmasını bozan mutasyonlar taşıdığı giderek daha fazla kabul görmeye başlamıştır. Bu nedenle, DNA hasarı onarım mekanizması bozuk hücrelerde, kanser tedavilerinin tasarlanmasına büyük önem verilmiştir. Çalışmamızda, meme kanserinin moleküler alt tiplerinde Tip60, ATM, p53, CHK2, BRCA1 ve H2AX mRNA ekspresyon seviyelerinin qRT-PCR ile ve protein ekspresyon seviyelerinin Western Blot metodu ile ölçülerek elde edilen sonuçları arasındaki ilişkinin tespiti amaçlanmıştır. Bu amaçla meme kanseri tanısı konan 58 hastadan doku örnekleri alınmıştır. Kontrol olarak, meme küçültme ameliyatı için kliniğe başvuran 8 sağlıklı kişi çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışma sonuçlarına göre, Tip60 ekspresyonu hastaların % 55'inde, ATM % 59'unda, BRCA1 % 57'sinde, H2AX % 48'inde, CHK2 % 66'sında ve p53 % 43'ünde eşlenik normal dokuya oranla tümör dokuda azalmıştır. Moleküler alt tiplere göre değerlendirildiğinde, özellikle Luminal B ve Her2 ile zenginleştirilmiş Luminal B gruplarında yolağa ait bütün genlerin ekspresyonlarının normal dokularda tümör dokulara göre belirgin derecede yüksek bulunmuştur. Protein ekspresyonları incelendiğinde, total hasta grubunda ve Luminal A grubunda Tip60 ve H2AX düzeyleri tümör dokularda daha yüksek bulunurken, CHK2 düzeylerinin normal dokularda yüksek olduğu tespit edilmiştir. Tüm genlerin gerek normal doku gerekse tümör doku mRNA ekspresyonları arasında istatistiksel olarak anlamlı pozitif korelasyonlar gözlenmiştir (p<0.05). Genlerin mRNA ve protein ekspresyonları arasında belirgin bir korelasyon gözlenmemiştir. Sonuç olarak, Tip60 mRNA ekspresyonlarının kanserli hastalarda diğer genlere göre daha düşük olduğu ve hastaların çoğunda H2AX ve p53 hariç diğer genlerin normal dokularda tümör dokulara göre daha yüksek olduğu görülmektedir. Protein ekspresyonları ile mRNA ekspresyonları arasında korelasyon gözlenmemesinin, proteinlerin aktif olan fosforile şekillerinin ölçülmemesinden kaynaklandığını düşünmekteyiz.


Anahtar Kelimeler : Meme kanseri, ATM, p53, CHK2, BRCA1, H2AX, Tip60

Abstract:
Cancer rows the second leading causes of death following cardiovascular diseases. Breast cancer which is the most common cancer after lung cancer in women worldwide is the first rank in our country. In recent years studies have begun to become accepted that many tumor cells carry mutations that disrupt the DNA damage response mechanism. Therefore, great importance for the design of cancer treatments in cells which with damaged DNA repair mechanism. In our study, it was aimed to determine the relationship between the mRNA expression levels of Tip60, ATM, p53, CHK2, BRCA1 and H2AX mRNA in molecular subtypes of breast cancer by qRT-PCR and the results obtained by Western blotting of protein expression levels. For that purpose, tissue and serum samples were taken from 58 patients diagnosed with breast cancer. As controls, 8 healthy persons admitted to the clinic for breast reduction surgery were also included to the study. According to the study results, tumor tissue decreased in 55% in Tip60, 59 % in ATM, 57 % in BRCA, 48 % in H2AX, 66 % in CHK2 and 43 % in p53 of patients compared to the equivalent normal tissue. When evaluated according to molecular subtypes, expression of all genes in the pathway was found significantly higher in normal tissues than in tumor tissues especially in Luminal B groups and Luminal B enriched with Her2. When protein expressions are examined, the levels of Tip60 and H2AX were higher in tumor tissues and CHK2 levels were higher in normal tissues in total and Luminal A groups. Statistically significant positive correlations were observed between tumor tissue mRNA expressions of both normal and normal tissues (p <0.05)08. There was no significant correlation between the mRNA and protein expressions of the genes. As a result, the expression of Tip60 mRNA is lower in cancer patients than in other genes. In the majority of patients, other genes except H2AX and p53 are found to be higher in normal tissues than tumor tissues. No correlation was observed between protein expressions and mRNA expression and we think, it is due to the fact that the active forms of the phosphorylated proteins are not measured.


Key Words : Breast Cancer, ATM, p53, CHK2, BRCA1, H2AX, Tip60