Konya bölgesindeki solunum yolu patojeni olan insan parechoviruslarının (HPEV) araştırılması
Investigation of respiratory tract pathogen human parechoviruses (HPEV) in konya region
Yazar: SEMİH TOKAK
Danışman: PROF. DR. MEHMET ÖZDEMİR
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genotip = Genotype ; Konya = Konya ; Parekovirüs = Parechovirus ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; Solunum yolları hastalıkları = Respiratory tract diseases

Özet:
İnsan parechovirusu (HPeV) Picornaviridae familyasında Parechovirus cinsini oluşturan, zarfsız, tek iplikli RNA virusudur. Bu viruslara olan ilgi son 20 yılda, insan ve hayvan hastalıkları ile ilişkileri nedeniyle önemli oranda artmıştır. HPeV'ler yaygın patojenler olup dünya genelinde özellikle küçük çocukları enfekte etmektedir. HPeV'lerin bulaşma yolu fekal-oral yolla meydana geldiği görülmekte olup çoğu HPeV enfeksiyonu solunum yolu enfeksiyonu ve gastroenterit ile ilişkili olarak hafif seyirlidir. HPeV'ler, dünya çapında yayılan yaygın patojenler olan 19 genotip (HPeV1-19) içermektedir. Bu çalışma ile Parechovirusların epidemiyolojik özelliklerini daha iyi anlaşılması ve bölgemizdeki genotip dağılımını belirlenmesi amaçlanmaktadır.
Bu çalışma için Konya'da solunum yolu enfeksiyon şüphesi olan hastalardan Eylül 2017 ile Mart 2019 arasında solunum yolu örnekleri toplandı. Çalışmaya toplam 2200 solunum yolu örneği dahil edildi. Solunum yolu örneklerinde multipleks PZR ile HPeV RNA araştırıldı ve pozitif bulunan HPeV'lerin spesifik genotipleri RT-PZR ile VP1 bölgesinin amplifikasyonununa ardından sekans analizi ile tanımlandı.
Multipleks PZR ile analiz edilen 2200 solunum yolu numunesinin 11'inde (%0.5) HPeV tespit edildi. HPeV pozitif örnekler daha sonra yapılan RT PZR ve sekans analizinin ardından HPeV1 (n: 3), HPeV4 (n: 1) olarak genotiplendirildi. HPeV öncelikle 3 yaşın altındaki çocuklarda tespit edildi. HPeV'lerin, Ocak-Kasım aylarında belirgin bir mevsimsel artışa sahip olmak üzere yıl boyunca dağılım gösterdiği belirlendi. Elde edilen bulgular Konya'da solunum yolu örneklerinde HPeV1 ve HPeV4'genotiplerinin dolaşımda olduğunu göstermiştir.
Bu çalışma ülkemizdeki solunum yolu enfeksiyonlarında HPeV'nin neden olduğu ilk çalışmadır. HPeV'ler özellikle yenidoğanlarda, sepsis, menenjit veya ensefalitli küçük çocuklarda etken olarak göz önünde bulundurulmalı ve HPeV tespiti için rutin test panelleri hastane laboratuvarlarında bulunmalıdır. Moleküler epidemiyolojik yöntemler kullanılarak yapılan ileri çalışmalar etiyolojide yer alan tüm HPeV'lerin genotiplerinin belirlenmesi ve bu enfeksiyonların daha iyi izlenmesi için oldukça yararlı olacaktır.

Anahtar Kelimeler: Genotiplendirme; HPeV; RT-PZR; Solunum yolu enfeksiyonları

Abstract:
Human parechovirus (HPeV) are non-enveloped, single-stranded RNA viruses that form the genus Parechovirus in the family Picornaviridae. The interest in these viruses has notably increased over the past 20 years because of their strengthened associations human and animal diseases. HPeVs are widespread pathogens, infecting mainly young children worldwide. Transmission of HPeVs seems to occur via the fecal-oral route and most HPeV infections are mild, associated with respiratory tract infection and gastro-enteritis. HPeVs include 19 genotypes (HPeV1 to 19) that are globally distributed common pathogens. The aim of this study is to better understand the epidemiological features of HPeV and to examine the clinical features more closely. 
Respiratory tract samples were collected from patients with suspected HPeV between September 2017 and March 2019 in Konya. Total 2200 of respiratory tract samples were included in the study. HPeV RNA were investigated in respiratory tract samples by reverse transcription-PCR and specific genotypes of enteroviruses were identified HPeV by direct DNA sequencing of the VP1 region. 
HPeV was detected in 11 (0.5%) of 2200 airway samples analyzed by multiplex PCR. HPeV positive samples were then genotyped by RT PCR and sequence analysis followed by HPeV1 (n: 3), HPeV4 (n: 1). It was determined that HPeVs were distributed throughout the year in January-November with a significant seasonal increase. The findings showed that HPeV1 and HPeV4 genotypes were circulating in respiratory tract samples in Konya.
This is the first study of HPeV in respiratory tract infections in our country. HPeVs should be considered as causative agents especially in young infants with sepsis, meningitis, or encephalitis and routine testing panels for HPeV detection should be available in hospital laboratories. Further studies using molecular epidemiological methods will be very useful for identifying genotypes of all HPeVs involved in the etiology and for better monitoring of these infections.


Keywords: Genotyping; HPeV; Respiratory tract infection; RT-PCR