Overin selim ve malign hastalıklarında CYB5R4 geninin metilasyon değişikliklerinin araştırılması
Investigation of methylation changes of the CYB5R4 gene in benign and malignant diseases of the ovary
Yazar: AYŞEGÜL GÖNÇ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEREF BUĞRA TUNÇER
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Kanser Genetiği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: DNA = DNA ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Metilasyon = Methylation ; Over hastalıkları = Ovarian diseases ; Over neoplazmları = Ovarian neoplasms

Özet:
Kanser genetik temelli karmaşık bir hastalıktır. Kanser oluşumuna katkıda bulunan epigenetik değişikliklerin ortaya konmasıyla birlikte, karsinogenezin daha anlaşılır hale geleceği düşünülmektedir. Kanser ile ilişkisi sıklıkla araştırılan epigenetik mekanizmalardan biri DNA metilasyonudur. Over kanseri düşük sağ kalım oranı ile tedavisi zor kanser türleri arasındadır. Tez çalışmamızda over kanserinde CYB5R4 geninin metilasyon düzeyleri geniş bir kohortta hasta, benign ve sağlıklı kontrol gruplarında incelenmiştir. İstanbul Üniversitesi Onkoloji Enstitüsü'ne başvuran 98 over kanserli hasta, 49 overin benign hastalıklarına sahip kişi ve 57 sağlıklı kontrol grubundan oluşan toplam 204 kişi ile tez çalışması tamamlanmıştır. Çalışmaya katılan tüm katılımcılardan alınan kan örneklerine hücre ayrıştırma işlemi uygulanmış ve elde edilen hücrelerden DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Real-Time cihazında, kantitatif PCR işlemleri yapılarak hasta ve diğer kontol grupları arasında DNA örneklerinin metilasyon durumu karşılaştırılmıştır. Kantitatif analiz sonucu CYB5R4 geninin metilasyon düzeyinin %6'nın altında olması durumunda gen unmetile, %6'nın üstü olması durumunda ise gen metile olarak kabul edilmiştir. Over kanser hasta grubunun %69,39'unun CYB5R4 geni metile, %30,61'i unmetile iken, overinde benign kitleye sahip olan kişilerde CYB5R4 geni, %30,61'i metile %69,39'unun unmetile ve sağlıklı kontrol grubunda ise CYB5R4 geni %29,82'sinde metile %70,18'inde unmetile bulunmuştur. CYB5R4 geninin metilasyon düzeyi, BRCA1 gen mutasyon durumu, etnik köken, menopoz durumu, tedavi öncesi ve sonrası CA125 düzeyi ve yaş ile istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Bu sebeple CYB5R4 gen metilasyonunun over kanserinde potansiyel bir biyomarker adayı olabileceği düşünülmektedir. Genin biyomarker niteliğinin genel popülasyonda araştırılması gerekliliği anlaşılmıştır. Gelecekte yapılacak çalışmalar ile genin ekspresyon düzeyinin ve kodladığı proteinin hücre yolaklarındaki etkisinin araştırılması hedeflenmektedir.

Abstract:
Cancer is a genetically complex disease. Understanding the changes that contribute to the genetic, epigenetic levels of cancer is expected to improve cancer control. DNA methylation is one of the epigenetic mechanisms frequently studied for its association with cancer. Ovarian cancer is one of the difficult cancers to treat with a low survival rate. In our dissertation study, the methylation level of CYB5R4 gene in ovarian cancer was investigated in large patient, bening and healthy control groups. 98 ovarian cancer patients who appiled to the Oncology Institute of Istanbul University, 49 subjects with benign ovarian disease and 57 healthy controls, a total of 204 subjects were studied. The blood samples were extracted, and DNA was isolated from the cells obtained. The hyung device encountered methylation of DNA samples by performing a quantitative PCR reaction. The CYB5R4 gene was methylated in 69.39% and unmethylated in 30.61% in the ovarian cancer group, methylated in 30.61% and unmethylated in 69.39% in the benign group, and methylated in 29.82% and unmethylated in 70.18% in the healthy control group. Quantitative analysis is based on the assumption that methylation is present when methylation is greater than 6% and unmethylation is present when methylation is less than 6%. Methylation of the CYB5R4 gene was found to have meaningful associations with BRCA1 gene mutations, ethnicity, menopausal status, age, pre- and post-treatment mean CA125. Therefore, CYB5R4 gene methylation could be a potential biomarker candidate for ovarian cancer. The quality of biomarkers should be investigated. Future studies should investigate the effects of gene changes on expression levels and the protein that encodes on cellular pathways.