Gastrointestinal kanserli hastalarda APC, p16 ve RASSF1A genlerinin metilasyon profillerinin araştırılması
Investigation of methylation profiles of APC, p16 and RASSF1A genes in patients with gastrointestinal cancer
Yazar: BERİL ERDEM
Danışman: DOÇ. DR. HATİCE MERGEN
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Metilasyon = Methylation

Özet:
Kanser, hücresel düzenin bozulmasıyla meydana gelir. Epigenetik, bu bozulmaya neden olan durumlardan biridir. Kansere neden olan proto-onkogenler ile tümör baskılayıcı genleri etkileyen epigenetik faktörler, son yıllarda ilgi gören araştırma konuları arasındadır. Epigenetik mekanizmalardan biri olan DNA metilasyonu, kanserin erken evrelerinde meydana gelir. Tümör baskılayıcı genlerin sessizleştirilmesine neden olan promotor bölgesi metilasyonu, birçok kanser türünde ve bu kanserlerin oluşumunda yer alan genlerde araştırılmaktadır.Bu tez çalışmasının amacı, gastrointestinal tümörlerin oluşumunda yer aldığı düşünülen bazı tümör baskılayıcı genlerin (APC, p16 ve RASSF1A) promotor bölgelerinin metilasyon profillerinin araştırılmasıdır.Bu amaçla, APC, p16 ve RASSF1A genlerinin metilasyon profillerini araştırmak için 20 gastrointestinal (özefagus, mide ve kolorektal) karsinoma hastasının doku örnekleri ve kontrol grubunu oluşturan 15 bireyin periferal kan örnekleri kullanılarak Metilasyona özgü polimeraz zincir reaksiyonu (MSP) ile analiz edilmiştir.MSP analizi sonucunda, hasta grubunda APC, p16 ve RASSF1A genlerinde sırasıyla %50 (10/20), %30 (6/20) ve %10 (2/20) oranında metilasyon olduğu belirlenmiştir. Hasta ve kontrol gruplarına ait bireyler arasındaki APC ve p16 genlerinin promotor bölgelerindeki metilasyon profili farkının istatistiksel olarak anlamlı olduğu (sırasıyla p=0,008, p=0,013) buna karşılık, RASSF1A geni için bu farkın anlamlı olmadığı bulunmuştur. Tümörün lokalizasyonu ile APC geni promotor bölgesi metilasyonu arasındaki farkın anlamlı (p=0,003), p16 ve RASSF1A genlerinin promotor bölgesi metilasyonu ile tümörün yerleşimi arasındaki farkın ise istatistiksel olarak anlamlı olmadığı belirlenmiştir.Tez çalışması sonucunda, gastrointestinal tümör oluşumunun erken evrelerinde meydana geldiği düşünülen tümör baskılayıcı genlerdeki metilasyon varlığı, APC ve p16 genlerinde doğrulanmıştır.

Abstract:
Cancer is a consequence of disruption of cellular regulation. Epigenetic is one of the reasons which makes this disruption. Epigenetic factors which have a role in carcinogenesis by affecting proto-oncogenes and tumor suppressor genes, have been among the most popular research areas in recent years. DNA methylation, which is an epigenetic mechanism, occurs in early stages of tumorigenesis. Promoter hypermethylation which causes to silence tumor suppressor genes have been studied extensively in various tumor types.The aim of this study was to investigate promoter hypermethylation profiles of certain tumor suppressor genes (APC, p16 and RASSF1A) which play a part in gastrointestinal tumorigenesis.To detect the promoter hypermethylation profiles of APC, p16 and RASSF1A genes, tissue samples from 20 gastrointestinal carcinoma patients (esophagus, stomach and colorectal) and peripheral blood samples from 15 healthy individuals were collected for Methylation specific polymerase chain reaction (MSP) analysis.Statistical analysis was done after MSP. In tumor tissues, positive promoter hypermethylation ratio of APC, p16 and RASSF1A genes were found respectively 50% (10/20), 30% (6/20) and 10% (2/20). The difference of promoter methylation of APC and p16 genes between tumor tissues and control group was significantly observed (respectively p=0,008, p=0,013) but there was no significant difference observed in RASSF1A gene. An alteration of promoter methylation of APC gene according to tumor localisations was found (p=0,003) but there was no significant difference observed in p16 and RASSF1A genes.In our study, promoter hypermethylation which was considered to be occured as an early event in gastrointestinal carcinogenesis was observed in APC and p16 genes.