Türkiye florasında yetişen kuzu göbeği mantarlarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of Morchella spp. in the flora of Turkey
Yazar: HATIRA TAŞKIN
Danışman: PROF. DR. SAADET BÜYÜKALACA
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Türkiye florasında yetişen kuzu göbeği mantarı (Morchella spp.) türlerinin belirlenmesi ve bunların Dünya'nın farklı ülkelerinde yetişen türler ile karşılaştırılması amacıyla yapılan bu çalışmada, 2007-2010 yılları arasında Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan 490 adet örnekten oluşan bir koleksiyon oluşturulmuştur. Bu koleksiyonun moleküler analizleri, Amerika Birleşik Devletleri Tarım Bakanlığı (USDA, Peoria-Illinois) Bakteriyel Kaynaklı Patojenler ve Mikoloji Bölümü laboratuarlarında yapılmıştır. Koleksiyon, protein kodlayan genler olan RNA polimeraz I (RPB1), RNA polimeraz II (RPB2), translasyon uzama faktörü (EF1-?) gen bölgeleri ve 28S (LSU) rDNA gen bölgesi ile bireysel ve kombine olarak tür çeşitliliğini belirlemek amacıyla analiz edilmiştir. Aynı zamanda Elata grubu (M. elata) içerisinde tür zenginliğinin fazla olduğu ve Elata alt grubu olarak dizayn edilen grupta transkripsiyonu yapılamayan bölge-ITS rDNA bölgesinin DNA dizi analizleri de sağlanmıştır. İsveç Müzesi'nden temin edilen 18 adet kuzu göbeği mantarının moleküler analizleri de bu çalışma kapsamında yapılmıştır. Türkiye türlerinin diğer ülke türleri ile karşılaştırılması için, Türkiye türlerinin DNA dizileri; İsveç türleri ve global bir sörvey çalışması ile belirlenen filogenetik olarak farklı türlerle (O'Donnell ve ark. 2011) birlikte değerlendirilmiştir. Gen bölgelerinin bireysel ve kombine datasetlerinin filogenetik analizleri, Türkiye'de 15 adet Elata (siyah) ve 5 adet de Esculenta (sarı) kuzu göbeği mantarı türü olduğunu göstermiştir. Esculenta grubu içerisindeki 5 adet türün 2 adedi, Elata grubu içerisinde de 15 adet türün 7 adedi sadece Türkiye'de belirlenmiş ve Türkiye için endemik olarak değerlendirilmiştir.

Abstract:
A collection of 490 morels (Morchella spp.) was made from different provinces of Turkey during 2007-2008 in order to determine Morel species grown in Turkey flora and compare them with species of other region of world. Molecular analyses of this collection were made in laboratories of Bacterial Foodborne and Mycology Department of United States Department of Agriculture (USDA-Peoria, Illinois). The collection was analyzed individually and combined for species diversity using phylogenetic analyses of protein-coding genes, RNA polymerase I (RPB1), RNA polymerase II (RPB2), translation elongation factor (EF1-?) and nuclear ribosomal large subunit (28S, LSU) rDNA gene sequences. Also nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) rDNA sequences were generated within a species-rich lineage within the M. elata clade designated the Elata Subclade. Molecular analyses of 18 Morel samples from Swedish Museum of Natural History were made in this study. DNA sequences of Turkey species were assessed together with Sweden species and phylogenetically distinct species detected in a global survey (O?Donnell et al. 2011). Phylogenetic analyses of the individual and combined dataset of gene sequences indicated that the Elata Clade (black morels) and Esculenta Clade (yellow morels) in Turkey were represented by 15 and 5 species, respectively. Seven of 15 the Elata Clade species and two of 5 within the Esculenta Clade were only detected in Turkey, and these species were evaluated endemic for Turkey.