Multiple myeloma hastalarının kemik iliği myeloma hücrelerinde gen ifadesinin transkriptom dizileme yöntemi ile araştırılması
Investigation of gene expression of myeloma cells in bone marrow of Multiple Myeloma patiens by transcriptome analysis
Yazar: MELDA SARIMAN
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ ÖZTÜRK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akım sitometrisi = Flow cytometry ; Gen ifadesi = Gene expression ; Kemik iliği hücreleri = Bone marrow cells ; Multipl miyelom = Multiple myeloma ; Çeviriyazı = Transcription

Özet:
Giriş: Multiple Myeloma,  kemik iliği B hücrelerinin malign hale dönüşmesiyle oluşan hemotolojik bir hastalıktır. Malign plazma hücrelerinin mikroçevresi ile sitokinler, adhezyon molekülleri ve büyüme faktörleri aracılığıyla tümor gelişimi, büyümesi ve çoğalmasını sağlamaktadır. Multiple Myeloma?da moleküler patolojide meydana gelen bazı değişimler ve bazı kromozom bozuklukları bilinmekle birlikte hastalığın oluşum mekanizması tam olarak aydınlatılamamıştır. Hastalığın moleküler mekanizmasında pek çok gen ve yolak bildirilmiştir. Ancak myeloma hücrelerinin genetik profili henüz belirlenmemiştir. Bu çalışmada kemik iliği myeloma hücrelerinin tüm genomda transkripte olan genlerinin eş zamanlı olarak gen ifade değişimlerini araştırmayı hedefledik.
Metod: Flow Sitometri ile kemik iliği myeloma hücreleri ve sağlıklı kemik iliği B hücreleri hücre yüzey belirteçlerine göre ayrıldı. Ayrılan myeloma ve sağlıklı B hücrelerinden yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak transkriptom çalışması yapıldı. Dizileme sonuçları biyoinformatik metodlarla analiz edildi.
Bulgular: Çalışmada, 992 adet yeni exon veya alternatif splicing olabilecek aday bölge, 490 adet delesyon veya insersiyon, ve 1397 adet SNV bulundu. Hastalarda 415 adet füzyon tespit edilmiş olup, daha önce bildirilmiş NCBI?da kayıtlı fakat fonksiyonu bilinmeyen 983 adet füzyon belirlenmiştir; 132 adet frameshift mutasyon tespit edilmiştir. Özellikle Ubikuitin-Proteozom yolağında daha önce bildirilmiş bazı genler ve aday olabileceğini düşündüğümüz bazı genlerde değişimler tespit edilmiştir.
Sonuç:Myeloma hücrelerinin tüm transkripte olan genlerinin ifadesi belirlenerek ön çalışma oluşturulmuştur. Olası aday genler mikroarray veya real time PZR ile geniş hasta kitlelerinde taranmalıdır.
 Anahtar Kelimeler Multiple Myeloma, Transkriptom, Yeni Nesil Dizileme, Ubikuitin, Flow Sitometri.

Abstract:
Introduction: Multiple myeloma is the hematological disease characterized by transformation of B cells into malignant cells. With secreting cytokines, adhesion molecules and growth factors, malignant cells provide micro-environment for development and growth of the tumor. Although there are data regarding molecular pathology of multiple myeloma, the molecular mechanisms of the disease has not been fully explained. Many genes and pathways playing role in the molecular mechanism of the disease have been reported. However, the genetic profile of  myeloma cells has not been determined yet. The aim of the study was to investigate gene expression profiles in bone marrow myeloma cells by next generation sequencing technology.
Method: Myeloma cells and healthy B cells from bone marrow were isolated using Flow Cytometry. Transcriptome analysis was done in isolated healthy B cells and myeloma cells using next generation sequencing technology and results were analyzed using bioinformatic methods.
Results: 992 regions which are candidate for  new exons or alternative splicing regions were detected. In addition, 490 deletion or insertion and 1397 SNV were detected. 415 fusion transcripts were defined in patients. 983 fusions which were reported before in NCBI were detected with unknown function. 132 frame shift mutations were identified. Variations in some previously reported genes and candidate genes involved especially in ubiquitin-proteosomal pathway were determined.
Conclusion: In this preliminary study, the expression of all genes transcribed in myeloma cells were determined. Possible candidate genes detected in this study should be confirmed with microarray or real time PCR in a large groups of patients.
Key Words: Multiple Myeloma, Transcriptome, Ubiquitin, Next Generation Sequencing, Flow Cytometry.