Kan kültürlerinden izole edilen nonfermantatifbakterilerin antimikrobiyal duyarlılıkdurumlarının belirlenmesi ve kolistinduyarlılığının saptanmasında vitek-2 otomatizesistem ile standart sıvı mikrodilüsyon yöntemininkarşılaştırılması
Determination of antimicrobial susceptibility ofnon-fermentative bacteria isolated from kancultures and comparison of vitek-2 automatedsystem with standard liquid microdilution methodfor colistin susceptibility testing
Yazar: MERVE EKE
Danışman: PROF. DR. GÜLGÜN YENİŞEHİRLİ
Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Gram negatif bakteriler özellikle yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalarda
nozokomiyal enfeksiyonların başlıca nedenlerinden biridir. Bu grup bakteriler bağışıklık
sistemi baskılanmış kişilerde fırsatçı patojenlerin başında gelir. Bu çalışmada Tokat
Gaziosmanpaşa Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde kan kültürlerinden
izole edilen nonfermantatif bakterilerin antimikrobiyal duyarlılık durumlarının
belirlenmesi ve kolistin duyarlılıklarının saptanmasında Vitek-2 Otomatize sistem ile
standart sıvı mikrodilüsyon yönteminin karşılaştırılması amaçlandı. Nonfermantatif
Gram-negatif bakteriler immunsupresif hastalarda önemli fırsatçı nozokomiyal
enfeksiyonlara neden olmaktadırlar. Çoklu ilaca dirençli gram-negatif bakterilerle
oluşan enfeksiyonlar, özellikle sağlık merkezlerinde her geçen gün artmaya devam eden
bir sorun haline gelmektedir. Tedavide seçeneklerin kısıtlı olduğu bu tür enfeksiyonlar
için kolistin, alternatif olarak kullanılan son antibiyotiklerden biridir. Kolistine direncin
giderek artması evrensel bir sorun haline gelmektedir. Çalışmamıza çeşitli servislerden
izole edilen 50 Acinetobacter baumannii ve 28 Pseudomonas aeruginosa izolatları dâhil
edildi. İzolatların çoklu ilaç direncini saptamak için Vitek 2 Compact otomatize sistem
ile antibiyotik duyarlılık durumları incelendi. Kolistin duyarlılığının belirlenmesinde
"Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)" ve "European Committee on
Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)" ortak çalışma grubu referans yöntem
olarak, ISO-standart sıvı mikrodilüsyon yöntemi (20776-1) kullanıldı. VİTEK 2
Compact otomatize sistem kolistin MİK değerleri, sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile elde
edilen kolistin MİK değerleri ile karşılaştırıldı. Çalışmamızda Acinetobacter baumannii
izolatlarının en dirençli olduğu antimikrobiyal ajanların imipenem, meropenem ve
siprofloksasin (%98), Pseudomonas aeruginosa izolatlarının en dirençli olduğu
antimikrobiyal ajanın piperasilin tazobaktam (%32,14) olduğu belirlendi. Acinetobacter
baumannii ve Pseudomonas aeruginosa izolatlarının en duyarlı alduğu antimikrobiyal
ajan ise kolistindi. Ayrıca VİTEK 2 otomatize sistemde EUCAST-2021 standartlarına
göre dirençli olarak belirlenen 4 izolat, sıvı mikrodilüsyon yönteminde kolistine
duyarlıydı. Sonuç olarak VİTEK 2 otomatize sistem, altın standart olarak kabul edilen
sıvı mikrodilüsyon yöntemine göre kolistin MİK değerlerini daha yüksek belirlemekte
ve duyarlı izolatlar için dirençli olarak sonuç verebilmektedir.

Abstract:
Gram-negative bacteria are one of the main causes of nosocomial infections,
particularly in patients in intensive care units. This group of bacteria is also among the
leading opportunistic pathogens in immunocompromised individuals. The aim of this
study was to determine the antimicrobial susceptibility profiles of non-fermentative
bacteria isolated from blood cultures at Tokat Gaziosmanpaşa University Training and
Research Hospital, and to compare the sensitivity to colistin between the Vitek-2
Automated system and the standard liquid microdilution method. Non-fermentative
Gram-negative bacteria are responsible for severe opportunistic nosocomial infections
in immunosuppressed patients. Infections caused by multidrug-resistant Gram-negative
bacteria have become an increasingly significant issue, particularly in healthcare
settings. For these types of infections, where treatment options are limited, colistin is
one of the last-resort antibiotics. However, the rising resistance to colistin is becoming a
global concern. A total of 50 Acinetobacter baumannii and 28 Pseudomonas
aeruginosa isolates, obtained from various departments, were included in the study.
Antibiotic susceptibility profiles were determined using the Vitek 2 Compact automated
system to detect multidrug resistance. Colistin susceptibility was determined using the
ISO-standard liquid microdilution method (20776-1) as the reference method, according
to the guidelines of the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) and the
European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). The colistin
minimum inhibitory concentration (MIC) values obtained with the Vitek 2 Compact
system were compared to those determined by the liquid microdilution method. In our
study, the most resistant antimicrobial agents for Acinetobacter baumannii isolates were
imipenem, meropenem, and ciprofloxacin (98%), while for Pseudomonas
aeruginosa isolates, the most resistant agent was piperacillin-tazobactam (32.14%). The
most sensitive antimicrobial agent for both Acinetobacter baumannii and Pseudomonas
aeruginosa isolates was colistin. Furthermore, four isolates that were classified as
resistant by the Vitek 2 system, according to EUCAST-2021 standards, were found to
be sensitive to colistin by the liquid microdilution method. In conclusion, the Vitek 2
automated system tends to report higher colistin MIC values than the gold-standard
liquid microdilution method and may generate resistant results for isolates that are
actually susceptible.