Biyoaktif maddelerle in ovo stimulasyondan sonra tavuk karaciğerinde KLHL6 ve SYK genlerinin metilasyon profilinin belirlenmesi
KLHL6 and SYK gene methylation in chicken liver after in ovo stimulation with bioactive substances
Yazar: SENA TÜRKAN
Danışman: DOÇ. DR. NEVİN KARAKUŞ
Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA metilasyon = DNA methylation ; Epigenez-genetik = Epigenesis-genetic ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Hayvan deneyleri = Animal experimentation ; Karaciğer = Liver ; Metilasyon = Methylation ; Probiyotikler = Probiotics ; Tavuklar = Chickens

Özet:
Genel olarak, biyoaktif bileşiklerin çoğu, belirgin bir antioksidan kapasiteye sahiptir. Prebiyotikler gıdalardaki bakteri ve mantarlar gibi faydalı mikroorganizmaların büyümesini veya aktivitesini indükleyen bileşiklerdir. Probiyotikler, kalın bağırsağı kolonize etmeyi amaçlayan canlı bakterilerdir. Sinbiyotik terimi, prebiyotiklerin ve probiyotiklerin sinerjik kombinasyonlarını tanımlamak için kullanılır. DNA metilasyonu gibi epigenetik mekanizmaların, gen ekspresyonunu düzenlediği gösterilmiştir. Bazı aday genlerin DNA metilasyonu dokularda ölçüldüğü zaman, biyoaktif maddelerin epigenetik etkisi hakkında bilgi verici olabilir. Biyoaktif bileşiklerin karaciğerdeki DNA metilasyon seviyeleri üzerindeki rolü günümüzde bilinmemektedir. Bu çalışmada, biyoaktif maddelerin in ovo stimülasyondan sonra önemli bir metabolik organ olan karaciğerde yol açtığı epigenetik değişiklikleri (KLHL6 ve SYK genlerin metilasyonu üzerine) incelemeyi amaçladık. 
Bu çalışmada, 20 Ross ve 20 Green-legged Partridgelike cinsi tavuğun karaciğer örneklerinden olmak üzere toplamda 40 numune kullanıldı. Fenol / kloroform yöntemi kullanılarak DNA izolasyonu yapıldı. Prebiyotik (galaktooligosakarit), probiyotik (Lactococcus lactis subsp. Cremoris), sinbiyotiklerin (probiyotik ve prebiyotik kombinasyonu) SYK ve KLHL6 genlerinin metilasyon seviyeleri üzerinde etkisi incelendi. Metilasyon profilleri Metilasyon spesifik qPCR yöntemi kullanılarak analiz edildi. Prebiyotik, probiyotik ve sinbiyotiklerin embriyonik gelişimin 12. gününde in ovo uygulamasıyla enjekde edilmesinin, Ross ve Greenlegged-Partridgelike cinsi tavukların karaciğerlerinde immün ile ilişkili genlerin (KLHL6 ve SYK genleri) metilasyon seviyelerine artışa neden olduğu tespit edildi. 
Biyoaktif maddelerin etkilerinin altında yatan moleküler mekanizmanın anlaşılması, antibiyotiklere karşı doğal alternatifler bulmak için yararlı bir yaklaşım olabilir.

Abstract:
In general, most of the bioactive compounds have a marked antioxidant capacity. Prebiotics are compounds in food that induce the growth or activity of beneficial microorganisms such as bacteria and fungi. Probiotics are live bacteria which are intended to colonize the large intestine. The term synbiotic is used to describe synergistic combinations of prebiotics and probiotics. Epigenetic mechanisms such as DNA methylation have been shown to regulate gene expression. When DNA methylation of some candidate genes is measured in tissues, it can be informative about the epigenetic effect of bioactive substances. The role of bioactive compounds on DNA methylation levels in the liver is currently unknown. The aim of this study was to investigate the effect of bioactive substances (prebiotics, probiotics alone or combined into synbiotics) on DNA methylation profile of SYK and KLHL6. It was hypothesized that bioactive compounds can modulate the epigenetic changes of the host in liver.
DNA was extracted from 20 Ross liver samples and 20 Green-legged Partridge liver samples using phenol/chloroform method. The effects of prebiotic (galactooligosaccharide), probiotic (Lactococcus lactis subsp. cremoris), synbiotics (probiotic and prebiotic combination) on the methylation levels of SYK and KLHL6 genes were examined. DNA methylation ratios determined by Quantitative Methylation Specific PCR. In ovo injection of prebiotics, probiotics and synbiotics on the 12th day of embryonic development caused increased levels of methylation of immune-related genes in the liver of Ross and Greenlegged-Partridgelike chickens. If the methylation profile of KLHL6 and SYK genes in the liver is evaluated as biomarker, we think that it can give information about its effect on immune pathways. Understanding the molecular mechanism underlying the effects of bioactive substances may be a useful approach to finding natural alternatives to antibiotics.