Sığırlarda bovine viral diyare virusunun (BVDV) saptanması, moleküler karakterizasyonu ve BVDV genotiplerinin araştırılması
Detection, molecular characterisation and investigation of BVDV genotypes in cattle
Yazar: GİZEM KARADAĞ
Danışman: PROF. DR. AYSUN YILMAZ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı / Veterinerlik Virolojisi Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Sığırların viral ishali (Bovine viral diarrhea -BVD), Flaviviridae ailesindeki Pestivirus genusunda yer alan bovine viral diyare virusu (BVDV) tarafından oluşan, sığırlarda sindirim, solunum ve reproduktif bozukluklara neden olan ve akut, subklinik ve persiste seyredebilen bir hastalıktır. 
Persiste infekte (Pİ) hayvanların tespitindeki güçlükler, bu hayvanların sürü içinde devamlı virusu yayması ve BVDV kontrol programlarının eksik uygulandığı durumlarda, BVDV infeksiyonunun prevalansı çiftlik bazında ve bölgesel bazda yüksek olabilmektedir.
BVDV pozitif hayvanların tespit çalışmalarının yapılmaması ve BVDV'nin eradikasyonu ile ilgili strateji ve programların etkin bir şekilde oluşturulamamasından dolayı, hayvanlarda süt veriminde azalma, bağışıklığın düşmesi ile sekonder infeksiyonların oluşması, üreme performansının azalması ve doğum anomalileri gibi sebeplerle ekonomik kayıplar oluşmaktadır.
Bu çalışmada, Trakya'da bulunan sığırlarda BVDV'nin real time RT-PCR ile saptanması, moleküler karakterizasyonu, sığırlarda sirküle olan genotiplerin belirlenmesi ve virusun izolasyonu amaçlandı. Bu amaca yönelik olarak Marmara Bölgesi, Trakya'daki sığır çiftlikleri ziyaret edildi. Ziyaret edilen çiftliklerde bulunan, solunum problemleri ve ishal semptomları gözlenen 533 hayvandan nazal svab ve dışkı örnekleri alındı. Bu hayvanlardan 258 adetinde sadece solunum problemi, 156 tanesinde sadece ishal ve 119 adetinde ise ishal ile birlikte solunum problemleri gözlendi. Örneklerin real time RT-PCR ile incelenmesini takiben, pozitif bulunan örneklerden RT-PCR yapılarak sekans ve filogenetik analizler yapıldı. Ct değeri düşük olan örneklerden MDBK hücre kültüründe virus izolasyonu çalışmaları yapıldı. 
Çalışmada, görülen semptomlara istinaden dışkı svabı alınan 274 örnekten 50'sinde (%18.2) ve nazal svab alınan 259 örnekten 45'inde (%17.4) real time RT-PCR testi ile Pestivirus-RNA'sı saptandı. Filogenetik analizler sonucunda sekanslanan 9 tanesinin BVDV-1a subgenotipi, 1 tanesinin BVDV-1f subgenotipi ve 1 tanesinin de BVDV-3 genotip olduğu bulundu. Nazal svabların bir tanesinden BVDV-1f subgenotipi izole edildi. 
Sonuç olarak, real-time RT-PCR testinin çiftliklerde BVDV varlığının saptanması için ilk tarama testi olarak kullanılmasında yarar vardır. Ülkemizin diğer bölgelerinde olduğu gibi Trakya'da da BVDV-1a ve BVDV-1f subgenotipleri sirküle olmaktadır. Bu çalışma BVDV-3 genotipinin Trakya'da varlığına dair ilk rapordur. Elde edilen verilerle bu tez çalışması, ilerleyen yıllarda Türkiye'de BVD hastalığının takibi ile ilgili yapılan çalışmalara ve bölgesel bazda yapılabilecek koruma-kontrol çalışmalarına katkı sağlayacaktır.

Abstract:
Bovine viral diarrhea (BVD) is an acute, subclinical and persistent disease caused by bovine viral diarrhoea virus (BVDV) of the genus Pestivirus in the Flaviviridae family, which causes digestive, respiratory and reproductive disorders in cattle. 
The prevalence of BVDV infection can be high on farm and regional basis due to the difficulties in the detection of persistently infected (PI) animals, the continuous spread of the virus within the herd and the insufficient implementation of BVDV control programmes.
Due to the lack of detection of BVDV positive animals and ineffective implementation  strategies and programmes for eradication of BVDV, economic losses occur due to decreased milk yield, decreased immunity and secondary infections, decreased reproductive performance and birth anomalies.
The aim of this study was to detect BVDV in cattle in Thrace district by real time RT-PCR, molecular characterisation, determination of genotypes circulating in cattle and isolation of the virus. For this purpose, cattle farms in Thrace district, Marmara Region were visited. Nasal and faecal swabs were taken from 533 animals with respiratory problems and diarrhoea symptoms in the visited farms. Of these animals, 258 had only respiratory problems, 156 had only diarrhoea and 119 had diarrhoea and respiratory problems. Following the examination of the samples by real time RT-PCR, sequence and phylogenetic analyses were performed by RT-PCR from the positive samples. Virus isolation was performed in MDBK cell culture from the samples with low Ct value. 
In this study, Pestivirus-RNA was detected by real time RT-PCR test in 50 (18.2%) of 274 samples from which faecal swabs were taken and 45 (17.4%) of 259 samples from which nasal swabs were taken. Phylogenetic analyses revealed that 9 of the sequenced samples were BVDV-1a subgenotype, 1 was BVDV-1f subgenotype and 1 was BVDV-3 genotype. BVDV-1f subgenotype was isolated from one nasal swab. 
In conclusion, real-time RT-PCR test should be used as the first screening test for the detection of BVDV in farms. BVDV-1a and BVDV-1f subgenotypes are circulating in Thrace district as in other regions of our country. This study is the first report on the presence of BVDV-3 genotype in Thrace district. Data obtained in this thesis will contribute to the studies on the follow-up of BVD disease in Turkey in future and to the protection-control studies that can be carried out in a regional basis.