Trakya bölgesinden toplanmış Tuber excavatum örneklerinin konaklık ettiği RNA mikovirüslerinin tanımlanması ve moleküler olarak nitelendirilmesi
Identification and molecular characterization of RNA mycoviruses hosted by Tuber excavatum samples collected from Trakya region
Yazar: ELİFNAZ BORA
Danışman: PROF. DR. ILGAZ AKATA
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: dsRNA = dsRNA

Özet:
Bu çalışma, Trakya bölgesinden toplanan Tuber excavatum örneklerinde RNA mikovirüslerinin varlığını ve genetik özelliklerini araştırmaktadır. Moleküler ve konvansiyonel tür teşhisi yapılan örneklere Viral Çift İplikçikli RNA (dsRNA) taraması yapılmıştır. Tanımlanan dsRNA segmentlerinin eşlenik DNA'ları (cDNA'ları) rastgele (random) PZR (rPZR) yöntemi ile amplifiye edilmiş ve Yeni Nesil Dizileme (NGS) yöntemiyle analiz edilmiştir. Tanımlanan dsRNA segmentlerinin 5' ve 3' terminal bölgelerinin RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) ile çoğaltılması ve Sanger sekanslama yöntemi ile dizilerinin belirlenmesi sonucu elde edilen tüm viral genomlara ait dsRNA dizilerinin biyoinformatik ve filogenetik analizleri sonucunda, Tuber excavatum mitovirüs olarak bilinen ve resmi olarak Triamitovirus tuex1 olarak adlandırılan bir mitovirüsün ikinci izolatı tanımlanmış ve tüm genomu ortaya çıkarılmıştır. Bu çalışmada tanımlanan Triamitovirus tuex1 izolat Tekirdag ve önceden tanımlanmış izolat Lammspringe, sırasıyla Türkiye ve Almanya'dan toplanan T. excavatum izolatlarında tanımlanmıştır. Yapılan karşılaştırmalı genom analizleri, iki virüs izolatının RNA bağımlı RNA polimeraz (RdRp) alanını içeren proteinlerinin %94,60'lık bir benzerlik oranına sahip olduğunu göstermiştir. Viral genomların en çok farklılık gösteren kısmının %78,53'lük bir dizi benzerliği gösteren 5' translasyonu yapılmayan bölgeler (UTR'ler) olduğu, 3' UTR'lerin ise %91,53'lük bir dizi benzerliği ile en çok korunmuş kısımlar olduğu bulunmuştur. İki virüs izolatının tüm genomlarının %85,33'lük bir dizi benzerliği paylaştığı ortaya koyulmuştur. Triamitovirus tuex1 izolatlarının aynı konak tür içinde ortaya çıkması, adaptif radyasyondan kaynaklanan bir duplikasyon olayını yansıtıyor gibi görünmektedir.

Abstract:
This thesis investigates the abundance and genetic characteristics of RNA mycoviruses in Tuber excavatum samples collected from the Trakya region. Viral Double Stranded RNA (dsRNA) screening was performed on the samples after molecular and conventional species identification. Conjugated DNAs (cDNAs) of the identified dsRNA segments were amplified by random PCR (rPZR) and analyzed by Next Generation Sequencing (NGS). As a result of bioinformatics and phylogenetic analysis of the dsRNA sequences of all viral genomes obtained by amplifying the 5' and 3' terminal regions of the identified dsRNA segments with RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) and determining their sequences by Sanger sequencing method, the second isolate of a mitovirus known as Tuber excavatum mitovirus and officially named Triamitovirus tuex1 was identified and its entire genome was revealed. The Triamitovirus tuex1 isolate Tekirdag and the previously described isolate Lammspringe were identified in T. excavatum isolates collected from Turkey and Germany, respectively. Comparative genome analyses showed that the proteins containing the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain of the two virus isolates had a similarity of 94.60%. The most divergent part of the viral genomes was found to be the 5' untranslated regions (UTRs) with a sequence similarity of 78.53%, while the 3' UTRs were the most conserved with a sequence similarity of 91.53%. The whole genomes of the two virus isolates were found to share 85.33% sequence similarity. Considering the shared host species, the emergence of these Triamitovirus tuex1 isolates appears to reflect a duplication pattern resulting from adaptive radiation.