Türk toplumunda beta talaseminin hızlı, ucuz, etkin ve güvenilir yöntemle taranması amacıyla tarama testi geliştirilmesi
Development of a rapid, cheap, effective and reliable screening method for detecting ß-thalassemia mutations in Turkish population
Yazar: DERYA KARAER
Danışman: PROF. DR. EMRİYE FERDA PERÇİN ; PROF. DR. HATİCE ILGIN RUHİ
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Talasemi = Thalassemia

Özet:
Beta globin (HBB) genindeki mutasyonlar orak hücre anemisi, beta talasemi ve diğeranormal hemoglobinlere neden olur. ß talasemi, ß globin zincir sentezindeki azalmanınsonucunda oluşan mikrositozis ve hemolitik anemiyle karakterize olan otozomal resesif birhastalıktır.Türk populasyonunda beta talasemi taşıyan insanların sıklığı %2.1 olarak rapor edilmiştir.Bununla birlikte bazı bölgelerdeki frekansı %13'lere kadar çıkmaktadır. Türkiye'deyapılan moleküler çalışmalar ß-talasemi ile ilişkili 35'den daha fazla farklı mutasyonolduğunu göstermiştir.Bu çalışmada bizim amacımız, beta globin geninin Türk toplumunda en yaygın 5 ß-talasemi mutasyonu olan IVSI-110(G>A), IVSI-6 (T>C), IVSII-1 (G>A), IVSII-745(C>G), IVSI-1 (G>A) mutasyonları ve orak hücre anemisine neden olan Hb S mutasyonukapsayan TaqMan prob yöntemi ile çalışan güvenilir ve hızlı tanı konulmasını sağlayan birreal-time kiti geliştirmekti. Çalışmaya, beta talasemi ya da orak hücreli anemi içintaşıyıcı/hasta olan mutasyonu bilinmeyen 100 birey ile, çalışılan bölgelerle ilgilimutasyonları bilinen 21 kontrol örneği dahil edilmiştir. Çalışılan olguların 73 (%73)'ündebeta-globin geni mutasyonları gözlenmiştir. Bunlar arasında 16 hastanın beta-globin genimutasyonları bakımından homozigot olduğu belirlenirken; 54 hastanın ise testkapsamındaki mutasyonlardan yalnızca birini, 3 hastanın ise birleşik heterozigot mutasyontaşıdığı bulunmuştur. Çalışmamızın sonuçlarına göre; IVS1-110 (G>A) mutasyonu,Türkiye'nin diğer bölgelerinde olduğu gibi en yaygın mutasyon olarak belirlenmiştir.Geliştirdiğimiz real-time PCR kiti ile elde ettiğimiz sonuçların bir kısmı DNA dizi analiziile teyit edilmiş ve tüm sonuçlar tutarlı bulunmuştur.Bu çalışma ile hemoglobin elektroforezi ya da HPLC ile taşıyıcı/ hasta olduğu saptanmışkişilerin moleküler genetik analizlerin yapılması ile kesin, basit, hızlı ve maliyeti düşüktanı konulmasını sağlayan ve beta globin genine ait mutasyonların %76'sını kapsayan hızlı,düşük maliyetli ve güvenilir bir real time PCR tarama testi geliştirilmiştir.Anahtar kelimeler: Real-time PCR tarama testi, ß-Talasemi, Orak hücreli anemi,Türkiye

Abstract:
Beta globin (HBB) gene mutations cause sickle cell anemia, beta-thalassemia or otherabnormal hemoglobin disorders. ß-Thalassemia is an autosomal recessive disordercharacterized by microcytosis and hemolytic anemia which is a result of the reducedsynthesis of ß-globin chains in hemoglobin.The frequency of beta thalassemia in Turkish population is 2.1%. However, the frequencyshows regional variations and in some areas it is as high as 13%. Molecular studies onHBB gene, indicated the presence of more than 35 different mutations associated with ß-thalassemia.In this study, our aim was to investigate the most common five mutations among Turkishpopulation in beta-globin gene [IVSI-110 (G> A), IVSI-6 (T> C), IVSII-1 (G> A), IVSII-745 (C > G), IVSI-1 (G> A)] and Hb S mutations that causes sickle cell anemia fordeveloping a kit that is using TaqMan® probe method in order to enable a reliable, fast andreal-time diagnosis.A hundred individual who is carrier/patient for beta thalassemia or sickle cell anemia withunknown mutations and 21 control samples with known mutations were included in thisstudy. Of these cases, 73 (73%) were identified with beta globin gene mutation. Amongthose, 16 patients were homozygote for beta globin gene mutations; 54 patients wereheterozygote and 3 patients were compound heterozygote. According to our results; theIVS1-110 (G>A) is the most frequent mutation in our province as in other geographicalregions of Turkey.We also plan to provide a rapid, simple, certain diagnosis with performing moleculargenetic analysis on carrier individuals and develop a rapid, cost-effective and a reliable kitthat contains 76% of the ß-thalassemia mutations.Key words: Real-time PCR screening test, ß-Thalassemia, Sickle cell anemia, Turkey