Farklı bitki ekstre ve yağlarının antibiyofilm etkisinin mikrobiyolojik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of the antibiofilm effect of different plant extracts and oils by microbiological and molecular methods
Yazar: SEVİLAY YAPICI
Danışman: PROF. DR. MERİH KIVANÇ ; DOÇ. DR. VOLKAN KILIÇ
Eskişehir Teknik Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Genel Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antimikrobiyal aktivite = Antimicrobial activity ; Bitki özütü = Plant extract ; Biyofilmler = Biofilms ; Gıda mikrobiyolojisi = Food microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Mikrobiyolojik analiz = Microbiological analysis ; Mikrobiyolojik yöntem = Microbiological method ; Moleküler biyoloji = Molecular biology

Özet:
Biyofilm, mikroorganizmalara planktonik yapılarından daha üstün özellikler kazandırdığı ve antibiyotik dirençliliklerini geliştirdiği için yeni antimikrobiyal maddelere ihtiyaçta artışlar söz konusudur. Tez çalışmamızda çeşitli bitki ekstreleri, uçucu yağ ve sabit yağların ve Chondrus crispus'un mikroorganizmalar üzerindeki antibiyofilm etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla mikroorganizmaların biyofilm oluşturma kapasiteleri, mikrodilüsyon yöntemiyle test materyallerimizin antimikrobiyal aktiviteleri belirlendikten sonra antibiyofilm aktiviteleri tayin edilmiştir. Antibiyofilm deneyleri test materyallerinin hem biyofilm önleme açısından hem de oluşmuş biyofilmlerin giderimlerine olan etkileri açısından değerlendirilmiştir. Test materyallerimizin biyofilm oluşumunda önem arz eden swarming hareketine etkileri de araştırılmıştır. Araştırılan test materyallerinin toplam fenolik, toplam flavonoid içerikleri, antioksidan aktiviteleri ve kullanılan yağların bileşenleri belirlenmiştir. L. monocytogenes 4b 19115 ve S. mutans 2a7 bakterilerinin biyofilm oluşumuna katkısı bulunan genlerinin (Hly ve gtfI) RT-PCR ile ifadelerindeki değişimler tespit edilmiştir. Test materyallerinin her bir mikroorganizma üzerindeki etkileri farklı olup aynı tür içindeki suşların etkilerinde bile farklılıklar gözlenmiştir. Ancak antibiyofilm aktivitesi gösteren materyallerin ek çalışmalar ile desteklenerek sağlık ve gıda sektöründe kullanılabilecek doğal ürünler elde edilmesi sağlanabilecektir

Abstract:
There is an increase in the need for new antimicrobial agents, as biofilm gives microorganisms superior properties than their planktonic structures and improves their antibiotic resistance. In our thesis, it was aimed to determine the antibiofilm effects of various plant extracts, essential oils and fixed oils of Chondrus crispus on microorganisms. For this purpose, after determining the biofilm forming capacities of microorganisms and antimicrobial activities of our test materials by microdilution method, antibiofilm activities were determined. Antibiofilm experiments were evaluated in terms of the effects of test materials on both biofilm prevention and removal of formed biofilms. The effects of our test materials on the swarming movement, which is important in biofilm formation, were also investigated. The total phenolic, total flavonoid contents, antioxidant activities and components of the oils used were determined for the investigated test materials. Changes in the expression of genes (Hly and gtfI) that contribute to biofilm formation of L. monocytogenes 4b 19115 and S. mutans 2a7 bacteria were determined by RT-PCR. The effects of the test materials on each microorganism were different, and differences were observed even in the effects of strains within the same species. However, by supporting the materials showing antibiofilm activity with additional studies, it will be possible to obtain natural products that can be used in the health and food sectors.