Zonguldak ilindeki Streptococcus pneumoniae klinik izolatlarının fenotipik ve genotipik yöntemlerle epidemiyolojik değerlendirilmesi
The epidemiological evaluation of Streptococcus pneumoniae isolats with phenotypic and genotypic methods in Zonguldak
Yazar: EMRE NUR SARI
Danışman: DOÇ. DR. CANAN KÜLAH
Zonguldak Karaelmas Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Elektroforez = Electrophoresis ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Penisilin rezistansı = Penicillin resistance ; Pnömokok enfeksiyonları = Pneumococcal infections

Özet:
Bu çalışmada bölgemizde enfeksiyon etkeni olarak izole edilmiş Streptococcus pneumoniae suşlarının moleküler epidemiyolojik özelliklerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla suşların antibiyotik duyarlılık profilleri, çoğul ilaç direnç durumu, serotipleri, genotipleri, ve bunlar arasındaki ilişkiler araştırılmıştır.Zonguldak ilindeki hastalardan 2005-2011 yılları arasında izole edilen 46 S. pneumoniae suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon (DD) yöntemi ile, düşük ve yüksek düzeyde penisilin direnci ise Penisilin G Etest kullanılarak MİK yöntemi ile belirlenmiştir. Serotipler, hızlı lateks aglutinasyon yöntemi ile çalışan Pneumotest?Latex (Statens Serum Institude,Denmark) ticari kiti kullanılarak belirlenmiştir. Suşlar arasındaki klonal ilişkinin belirlenmesi için ?Pulse Field ?Jel Elekroforezi yöntemi kullanılmıştır.Dokuz (%19,5) suşta DD ile oksasiline direnç saptanmakla beraber, E-test yöntemiyle penisiline karşı sadece bir suşta (%2,1) orta düzeyde direnç, iki suşta (%4,3) yüksek düzeyde direnc tespit edilmiştir. Antibiyotik direnç oranları, eritromisine %19,5, levofloksasine %2,1, moksifloksasine %2,1 trimetoprim/sülfametoksazole %23,9, tetrasikline %17,3 olarak belirlenmiş, vankomisin direnci tespit edilmemiştir. Suşlar 11 serotipe dağılmıştır. Sıklık sırasıyla serotip 19 (n=9), serotip 8 (n=7), serotip 6 (n=4), serotip 23 (n=3) ve serotip 18 (n=3); serotip 7 (n=3), serotip 20 (n=2), serotip 14 (n=2), serotip 1 (n=1), serotip 4(n=1), serotip15 (n=1) bulunmuştur. Serotip 8 diğer çalışmalardan daha sık olarak saptanmıştır. Altı suşta (%13) çoğul direnç saptanmış, bunların serotipleri 19 (n=3), 23 (n=2) ve 14 (n=1) olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda belirlenen serotipler hem 23 valanlı polisakkarit aşı hem de 7 valanlı aşı ıle ilişkili bulunmuştur.PFGE dendrogram analiziyle 15 genotip ve 40 alttip bulunduğu saptanmıştır. İki genotipte kümeleşme olduğu gözlenmiştir. Çalışılan suşlar epidemiyolojik olarak birbirleri ile ilişkisiz olarak değerlendirilmiştir. Serotipler ve PFGE tipleri arasında bir ilişki kurulamamıştır.Sonuç olarak S. pneumoniae suşlarımızda penisiline direnç oranlarımız oldukça düşük kalmıştır. Eritromisin, TMP/SXT'den sonra en yüksek oranda direnç görülen antibiyotik olarak bulunmuştur. En sık rastlanan serotipler 19 ve 8 olmuştur. Aşıların kapsamında olmayan serotip saptanmamıştır. Çok sayıda genotip ve alttip belirlenmiş, suşlar arasında epidemiyolojik ilişki kurulamamıştır. Çalışma sonuçlarımızdaki bazı faklılıkların bölgesel ve çalışılan hasta populasyonu gibi faktörlere bağlı olabileceği düşünülmüştür.

Abstract:
In this study, we aimed to determine the molecular epidemiological characteristics of Streptococcus pneumoniae strains in our region. For this purpose, antimicrobial susceptibility profiles, multiple drug resistance, serotypes, genotypes, and the relationships between them were investigated.A total of 46 S. pneumoniae strains isolated from the patients in the province of Zonguldak between 2005-2011 were included in the study. Antibiotic susceptibilities were studied by disk diffusion (DD) method, low-and high-level penicillin resistance were determined by MIC testing using the penicillin G Etest. Serotypes were determined by a rapid latex agglutination method using commercial kit, Pneumotest-Latex (Statens Serum Institute, Denmark) Clonal relationship between the strains were assessed by the Pulse Field Gel Electrophoresis method.Nine (19.5%) strains were detected as oxacillin resistant by DD. Using penicillin E-test , in only one strain (2.1%) intermediate resistance and in two strains (4.3%), high-level resistance to penicilin have been identified. Antibiotic resistance rates were identified as; erythromycin 19.5%, levofloxacin 2.1%, moxifloxacin 2.1%, trimethoprim/sulfamethoxazole 23.9%, tetracycline 17.3% and no vancomycin resistance has been detected. A total of 11 serotypes were determined, as serotype 19 (n = 9), serotype 8 (n = 7), serotype 6 (n = 4), serotype 23 (n = 3) and serotype 18 (n = 3), serotype 7 (n = 3), serotype 20 (n = 2), serotype 14 (n = 2), serotype 1 (n = 1), serotype 4 (n = 1), serotype15 (n = 1), respectively. Serotype 8 was more frequent in other studies. Six strains (13%) with multiple resistance were detected, their serotypes were 19 (n = 3), 23 (n = 2) and 14 (n = 1), respectively. All the serotypes we identified were associated with both the 23 valent polysaccharide vaccine serotypes and the 7 valent vaccine. Dendrogram analysis of PFGE resulted 15 genotypes and 40 subtypes. Two clusters were observed by two of the genotypes. The isolates were evaluated as epidemiologically unrelated strains A relationship between serotypes and PFGE types could not be established.In conclusion, in our collection of S. pneumoniae strains, penicillin resistance rates remained relatively low. The highest rate of antibiotic resistance was observed in TMP / SXT followed by erythromycin. The most common serotypes were 19 and 8. No serotype was detected which was not covered by vaccines. Large numbers of genotypes and subtypes were determined and, epidemiological association was not found between the strains. Some variety in our results might be due to regional factors and patient population.