Actinobacteria üyelerinin beyaz ve kırmızı toprak örneklerinden izolasyonu, morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler karakterizasyonu
Isolation of Actinobacteria members from white and red soil samples and their morphological, physiological, biochemical and molecular characterization
Yazar: KUBİLAY ARSLAN
Danışman: PROF. DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antimikrobiyal aktivite = Antimicrobial activity ; Bakteriler = Bacteria ; Metabolitler = Metabolites ; Streptomyces = Streptomyces

Özet:
Actinobacteria filumuna ait olan Streptomyces cinsinin üyeleri, bir dizi antibiyotiğin keşfedilmesine ve geliştirilmesine yol açmıştır. Bu antibiyotikler onların ikincil metabolitleridir. Bugüne kadar keşfedilen antibiyotiklerin yaklaşık %80'i Streptomyces cinsinin üyeleri tarafından sentezlenmektedir. Piyasadaki çok sayıda antibiyotiğe rağmen, sürekli olarak yeni antibiyotiklere ihtiyaç vardır. Bunun nedeni bakterilerin bir direnç mekanizmasına sahip olmalarıdır. Bu çalışmada bakteri kaynağı olarak Gemerek ilçesinden (Sivas, Türkiye) beyaz ve kırmızı toprak örnekleri kullanıldı. Bu toprak örneklerinden ISP-2 agar üzerinde toplam 50 izolat elde edildi. Bunlardan 15 izolat seçildi; bazı biyokimyasal özellikleri belirlendi ve tür düzeyinde teşhisleri yapıldı. İzolatlar Streptomyces griseorubens, Streptomyces griseoflavus, Streptomyces olivaseus, Streptomyces griseobrunnes, Streptomyces viridodiastaticus, Streptomyces tunisiensis ve Nocardiopsis dassonvilei'ye aitti. Kültürleri 37°C'de ve pH 7'de optimize edildi. Hücre dışı enzimlerin varlığı açısından taranan 10 izolatın hepsinde zon oluşumu gözlendi ve izolatlar katalaz pozitifti. Antimikrobiyal aktivite taraması için kuyucuk-difüzyon yöntemi kullanıldı ve izolatların çoğunlukla Gram-pozitif bakterilere karşı etkili olduğu gözlendi. Toplam ikincil metabolitler, n-butanol ile özütlendi ve GC-MS ile tanımlandı.

Abstract:
Members of the genus Streptomyces, belonging to the phylum Actinobacteria, have led to the discovery and development of a number of antibiotics. These antibiotics are their secondary metabolites. About 80% of the antibiotics discovered to date are synthesized by members of the Streptomyces genus. Despite the large number of antibiotics on the market, there is a constant need for new antibiotics. This is because bacteria have a resistance mechanism. In this study, white and red soil samples from the town of Gemerek (Sivas, Turkey) were used as a source of bacteria. A total of 50 isolates were obtained from these soil samples on ISP-2 agar. Of these, 15 isolates were selected, some biochemical properties were determined, and and they were identified at species level. The isolates belonged to Streptomyces griseorubens, Streptomyces griseoflavus, Streptomyces olivaseus, Streptomyces griseobrunnes, Streptomyces viridodiastaticus, Streptomyces tunisiensis and Nocardiopsis dassonvilei. Their cultures were optimized at 37°C and pH 7. Zone formation was observed in all 10 isolates screened for the presence of extracellular enzymes, and the isolates were catalase positive. Well-diffusion method was used for antimicrobial activity screening and it was seen that the isolates were mostly effective against Gram-positive bacteria. Total secondary metabolites were extracted with n-butanol and characterized by GC-MS.