Amasya, Samsun ve Tokat illerinde domates yetiştirilen alanlarda enfeksiyon oluşturan domates lekeli solgunluk virüsü (Tomato spotted wilt virus, TSWV) izolatlarının karakterizasyonu
Characterizaiton of tomato spotted wilt virus (TSWV) isolates causing infection in tomato fields in Amasya, Samsun and Tokat provinces
Yazar: BAHADIR ŞİN
Danışman: DOÇ. DR. MİRAY SÖKMEN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bitki virüsleri = Plant viruses ; Domates = Tomato ; Domates lekeli solgunluk virüsü = Tomato spotted wilt virus ; Lycopersicon esculentum = Lycopersicon esculentum

Özet:
Domates lekeli solgunluk virüsü (Tomato spotted wilt virus, TSWV), Dünya'da kültür bitkilerinde zarar yapan en tehlikeli 10 bitki virüsünden birisidir. Orta Karadeniz   Bölgesi'nde Amasya, Samsun ve Tokat illerinde son yıllarda domates alanlarında TSWV' nin problem oluşturduğu gözlenmektedir. Bu tez çalışması kapsamında Amasya, Samsun ve Tokat illerinde domates üretimi yapılan alanlardan çeşit isimleri öğrenilerek, 2014 yılı içerisinde 510 adet simptomlu domates meyve ve yaprak örneği toplanmıştır. Alınan örneklerdeki TSWV'nin bulaşıklık durumu DAS-ELISA (Double antibody sandwich-enzyme linked immunosorbent assay) yöntemi ile belirlenmiştir. Elde edilen test sonuçlarına göre örneklerin % 16.1 (83)'inin TSWV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Örneklerin illere göre bulaşıklık oranları; Amasya'da % 13.6, Samsun'da % 22.6, Tokat'ta ise % 13.5 olarak belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, özellikle TSWV'ye karşı dayanıklı olduğu bilinen bazı domates çeşitlerinde doğal şartlarda TSWV'nin enfeksiyon oluşturduğu tespit edilmiştir.  ELISA absorbans değeri en yüksek olan örnekler seçilerek biyolojik ve moleküler çalışmalarda kullanılmıştır. Bu çalışmalar sırasında  bazı izolatların çoğaltımında başarılı olunamamıştır. Çoğaltılan izolatlardan SÇ-13, SB-01, TP-16 ve AM-29 izolatlarının test bitkilerindeki reaksiyonları bakımından izolata göre herhangi bir farklılık belirlenememiştir.TSWV kılıf protein genine (N) spesifik primerler ile RT-PCR yöntemi kullanılarak SÇ-13, SB-01 ve TP-16 izolatlarının N geninin tamamını içine alan bölge çoğaltılmış ve daha sonra nükleotit dizisi elde edilmiştir. İzolatların sekans verileri GeneBank (NCBI)'a kayıt edilmiştir. İzolatların kendi aralarındaki ve diğer izolatlar ile olan genetik ilişkileri incelenmiştir.

Abstract:
Ranking  among the top 10 most economically important plant viruses worldwide, Tomato spotted wilt virus (TSWV) causes significant problems in tomato growing areas in the world. It has been noticed that TSWV is one of the main tomato disease agent in Amasya, Tokat, Samsun provinces  in the Black Sea Region. Surveys was carried out in tomato growing areas located in these provinces in 2014, and a total of 510 leaf and fruit samples were collected. The incidence of TSWV in the samples were examined by DAS-ELISA (Double antibody sandwich-enzyme linked immunosorbent assay). According to ELISA results, 83 samples (16.1%) were found to be infected with TSWV. The incidences of TSWV infections in three provinces were 13.6%, 22.6% and 13.5% in Amasya, Samsun and Tokat, respectively. According to symptom appearance and ELISA results, it was determined that some TSWV isolates are able to infect some tomato cvs. which are known as TSWV-resistant. The samples giving high ELISA absorbance values were selected and used in biological characterisation and molecular studies. Mechanical inoculation and propagation studies of some TSWV isolates in herbaceous hosts were not successful. No differences were observed in host reaction studies according to TSWV isolates of SC-13, SB-01, TP-16 and AM-29, after mechanical inoculation.RT-PCR were applied with primers spesific to N gene encoding the caot protein region of TSWV, and the nucleotide sequences of the isolates, SC-13, SB-01 and  TP-16, were obtained and depozited in GeneBank (NCBI). Genetic relationships among TSWV isolates were investigated.