Türkiye'de bulunan bazı sığır ırklarının DGAT1 ve PRNP gen polimorfizminin araştırılması
Investigation of DGAT1 and PRNP Genes Polymorphism of Various Cattle Breeds in Turkey
Yazar: İCLAL ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. MEHMET NİZAMLIOĞLU
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Genler = Genes ; Hayvancılık = Animal husbandry ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Sığır hastalıkları = Cattle diseases ; Sığırlar = Cattles

Özet:
Sunulan çalışmada süt yağı ve süt verimi üzerine etkili olan DGAT1 geni K232A ve süt bileşimine etki ettiği düşünülen PRNP geninin promotor bölgesi (23 bç indel) ile intron 1 bölgesi (12 bç indel) insersiyon-delesyon (indel) polimorfizmi incelenmiştir.Süt yağının neredeyse tamamını oluşturan trigliserid sentezini katalizleyen DGAT1 enzimi kodlayan DGAT1 geni süt verim özelliği bakımından güçlü bir aday gen olarak belirlenmiştir.Çalışmada materyal olarak, Boz Irk (BI), Yerli Kara (YK), Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK), Güney Doğu Anadolu Kırmızısı (GAK), ve Zavot ırklarından olmak üzere toplam 122 baş sığır kullanılmıştır.Örnekler üzerinde DGAT1 geninin K232A polimorfizmi (K ve A alleller) PZR-RFLP tekniği kullanılarak ve PRNP geninin promotor bölgesi (23 bç indel) ile intron 1 bölgesi (12 bç indel) insersiyon-delesyon (indel) polimorfizmi PZR tekniği kullanılarak belirlenmiştir.DGAT1 geninde A allelin en yüksek frekansı YK (0,58) daha sonra GAK ve ZAV'da (0,50), en düşük frekansı BI ve DAK'da (0,38) gözlenmiştir.PRNP promotor ve intron 1 indel polimorfizmi için yapılan genotiplemede; promotor bölgesi en yüksek del/del genotipi frekansı DAK ve GAK (sırası ile 0,53-0,52), en düşük BI ve ZAV (sırası ile 0,19 ve 0,17) ırklarında gözlenmiş, İntron 1 bölgesi del/del genotipi en yüksek frekansı ise BI ve GAK (sırası ile 0.25-0,13), daha sonra YK (0,08) en düşük frekans DAK ve ZAV (0,05)'da gözlenmiştir.BI, YK, DAK, GAK ve ZAVOT ırklarında yürütülen bu çalışma ile elde edilen verilerin, bu sığır ırklarında süt özelliği ile DGAT1 ve PRNP gen polimorfizmi arasındaki korelasyon ile ilgili çalışmalarda yararlı olacağı, hayvan yetiştiriciliği ve ıslah çalışmalarında süt verimi yönünden seleksiyona katkı sağlayacağı kanısına varılmıştırAnahtar Sözcükler: Sığır; DGAT1 geni; PRNP geni

Abstract:
In the present study, K232A polymorphism of Diacyleglycerol-acyltransferase 1 (DGAT1) gene affecting milk production traits and insertion-deletion (indel) polymorphism with in the promoter sequence (23 bp indel) and intron 1 (12 bp indel) of the prion protein (PRNP) gene were studied.DGAT1 gene coding DGAT1 enzyme that catalyzes the synthesis of triglycerides that forms almost all of milk fat was determined as a candidate gene with a strong effect on milk production traits.Samples of 122 animals from Turkish Grey (BI), Anatolian Black (YK), South Anatolian Red (GAK), East Anatolian Red (DAK) ve Zavot breeds were used for the study.The samples were genotyped for DGAT1 K232A polymorphism (A and K allel) using the PCR-RFLP technique and PRNP gene polymorphism in the promoter region (23 bp indel) and intron 1 region (12 bp indel) using PCR analysis.The highest frequency of A allele in DGAT1 gene was found in the YK (0,58) followed by GAK and ZAV (0.50), BI and DAK showed low frequencies of A alleles (0,38).Genotypes for the promoter region and intron 1 of PRNP gene; in promoter region, the highest frequency of del/del genotype was found in the DAK and GAK (0.53 and 0,52 respectively) followed by YK (0.46), BI and ZAV showed low frequencies of del/del genotype (0,19 and 0.17 respectively). In intron 1 region the highest frequency of del/del genotype was found in the BI and GAK (0,25 and 0.13 respectively), followed by YK (0,08), DAK and ZAV (0.05) showed low frequencies of del/del genotype.Results of the present study on BI, YK, DAK, GAK an ZAV breeds could be used to guide association studies between DGAT1 and PRNP genes polymorphism with milk traits in these breeds and may be useful selection for milk traits on animal husbandry and reclamation studies.Key Words: Cattle; DGAT1 gene; PRNP gene.