Antarktika kaynaklı örneklerden dalapon herbisitini parçalayan bakterilerin izolasyonu, karakterizasyonu ve tanısı
Isolation, characterization and identification of dalapon herbicide degrading bacterium from antarctic samples
Yazar: SÜLEYMAN FARUK KIRKINCI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ YILMAZ KAYA ; DOÇ. DR. HASAN MURAT AKSOY
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Enzim ve Mikrobiyal Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: 2-kloropropiyonik asit = 2-chloro propionic acid

Özet:
2,2-dikloropropanoik asit etken maddeli dalapon, alternatiflerine kıyasla yaygın olarak kullanılan bir herbisit çeşididir. Yabancı otlara karşı etkili bir şekilde kullanılmasına rağmen bu ve diğer herbisitler hem bitkide strese neden olmakta hem de toprakta birikip yer altı sularına karışarak insana ve diğer faydalı canlı formlarına zarar vermektedir. Bakterilerin ağır metalleri detoksifikasyonu ve pestisitleri parçalamasına yönelik çalışmalar pek çok araştırmacı tarafından yapılmaktadır. Bu çalışmada Antarktika kaynaklı örneklerden dalapon herbisitini parçalayan bakterilerin izolasyonu, izole edilen bu bakterilerin moleküler anlamla tanılanması, morfolojik ve biyokimyasal testler dahilinde karakterize edilmesi ve izolatların tarımsal alanlarda biyoremediasyon ajanı olarak kullanılabilirliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla kullanılan numuneler 3. Türk Antarktik Bilim Seferi sırasında Batı Antarktika Yarımadası'ndan toprak ve deniz suyu örnekleri olarak tarafımıza ulaştırılmıştır. Antarktika'nın Galindez Adası'ndan alınan deniz suyu örneğinden ilk defa tek karbon kaynağı 20 mM 2,2-dikloropropanoik asit içeren minimal besi ortamında büyüyebilen psikrofil bakteriler izolat K ve L izole edilmiştir. 16S rRNA analizi sonucu elde edilen nükleotit dizileri NCBI veri tabanında BLAST aracı ile diğer bakterilere ait 16S rRNA dizileriyle karşılaştırılarak izolatların Psyhcrobacter cinsine ait türlerle yüksek oranda benzer olduğu saptanmıştır. 16S rRNA gen dizisi GenBank'a yüklenerek izolat K, Psychrobacter sp. strain TaeBurcu001 izolat L ise Psychrobacter sp. strain TaeBurcu002 ismiyle literatüre kazandırılmıştır. Morfolojik ve biyokimyasal testler, izolatların tanımlanan karakterler bakımından literatürdeki diğer Psyhcrobacter türlerine kıyasla farklı olduğunu göstermiştir. Patojenite testi sonucunda Psychrobacter sp. strain TaeBurcu001 ve Psychrobacter sp. strain TaeBurcu002 bakterilerinin dalaponla kontamine olmuş tarımsal alanlarda biyoremediasyon ajanı olarak kullanılabilir olduğu gösterilmiştir.

Abstract:
Dalapon with active ingredient 2,2-dichloropropionic acid is a widely used herbicide variety compared to its alternatives. Although it is used effectively against weeds, these and other herbicides both cause stress in the plant and harm the human and other beneficial forms of living by accumulating in the soil and mixing with the groundwater. Studies for detoxification of bacteria in heavy metals and disintegration of pesticides are carried out by many researchers. In this study, it was aimed to isolate bacteria that break down the dalapon herbicide from Antarctic samples, to identify these bacteria with molecular meaning, to characterize them in morphological and biochemical tests, and to investigate the usability of isolates as a bioremediation agent in agricultural areas. The samples used for this purpose were delivered to us as soil and sea water samples collected from the Western Antarctic Peninsula during the 3rd Turkish Antarctic Science Expedition. Psychrophilic bacteria isolate K and L, which can grow in minimal nutrient media containing 20 mM 2,2-dichloropropanoic acid as a single carbon source are isolated for the first time from the seawater sample belonging to Galindez Island of Antarctica. The nucleotide sequences obtained as a result of 16S rRNA analysis were compared to the 16S rRNA sequences of other bacteria with the BLAST tool in the NCBI database and it was found that the isolates were highly similar to the species belonging to the genus Psyhcrobacter. The 16S rRNA gene sequences of the isolates K and L were deposited to GenBank as Psyhcrobacter sp. strain TaeBurcu001 and Psychrobacter sp. strain TaeBurcu002, respectively. The isolates differ from other Psyhcrobacter species in the literatüre in terms of some morphological and biochemical characters. As a result of the pathogenicity test, Psychrobacter sp. strain TaeBurcu001 and Psychrobacter sp. strain TaeBurcu002 have been shown to be used as bioremediation agents in agricultural areas contaminated with dalapon.