Kronik myelositik lösemi hastalarında moleküler monitörizasyon-klinik seyir ilişkisinin ve SLC22A1 MRNA ekspresyonunun araştırılması
Investigation of molecular monitoring-clinical course relationship and SLC22A1 mrna expression in chronic myelocytic leukemia patients
Yazar: BETÜL BOZKURT BULAKÇI
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ PALANDUZ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Lösemi = Leukemia ; Lösemi-miyeloid-kronik-BCR-ABL pozitif = Leukemia-myelogenous-chronic-BCR-ABL positive ; Mikro RNA = Micro RNA ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Protein-tirozin kinaz = Protein-tyrosine kinases

Özet:
Kronik myeloid lösemi (KML), miyeloproliferatif hastalıklar grubunda yer alan ve Filadelfiya kromozomunun varlığı ile karakterize klonal bir hastalıktır. Patogenezinde BCR-ABL füzyon geninin kontrolsüz tirozin kinaz aktivitesi bulunmaktadır. Tedavide kullanılan tirozin kinaz inhibitörlerine gelişen direnç nedeniyle prognostik belirteçlerin araştırılması günümüzde önem kazanmıştır. SLC22A1 geni imatinibin hücre içine alınmasında görevli olan OCT-1 proteinini kodlamaktadır. Çalışmamızda tedaviye duyarlı ve dirençli hasta grubunda SLC22A1 geninin ekspresyon düzeyini karşılaştırmayı amaçladık. KML tanısı olan 101 gönüllü hasta ile çalışıldı. Bunların  51'i imatinibe duyarlı iken 50'si dirençliydi. Hastalardan alınan kan örneklerinden RNA izolasyonu, cDNA sentezi ve RT-QPCR yapıldı. Çıkan değerler Livak formülüne yerleştirilerek hedef (SLC22A1) ve referans genlerin (HPRT) göreceli ekspresyon düzeyleri belirlendi. İstatistiksel karşılaştırmalarda Student-t testi, Mann Whitney U testi, Ki-kare ve Fisher'in Kesin Ki-kare testi kullanıldı. Tedaviye duyarlı ve dirençli gruplar arasında, cinsiyet, yaş ortalaması, tanı yaşı ortalaması açısından anlamlı farklılık yoktu. Toplamda 40 hastaya mutasyon analizi yapılmıştı. En sık saptanan mutasyon F359V mutasyonu idi. İmatinibe duyarlı ve dirençli grup arasında OCT-1 ekspresyonu açısından anlamlı farklılık saptanmadı. Bu alanda yapılan çok sayıda ekspresyon çalışması mevcuttur ancak çalışılan hücrelerdeki, yöntemlerdeki ve populasyondaki farklılıklar, SLC22A1 gen ekspresyonunun dinamik olması, posttranslasyonel düzenlemeler, epigenetik değişiklikler gibi sebeplerden ötürü birbiriyle uyumsuz sonuçlar elde edilmektedir. Daha geniş çaplı ve standardize araştırmaların yapılması bilime büyük katkılar sağlayacaktır.

Abstract:
Chronic myeloid leukemia (CML) is a clonal disorder characterized by the presence of the Philadelphia chromosome, CML is present in the group of myeloproliferative diseases. In its pathogenesis the uncontrolled tyrosine kinase activity of the BCR-ABL fusion gene is present. Because of resistance to treatment tyrosine kinase inhibitors, prognostic markers have become important nowadays. SLC22A1 encodes the protein OCT-1, which is involved in the uptake of the broad imatinib into the cell. We aimed to compare the expression level of the SLC22A1 gene in the treatment-sensitive and resistant group of patients in our study. 101 volunteer patients with CML were studied. 51 of them were imatinib sensitive while 50 were resistant. RNA isolation, cDNA synthesis and RT-QPCR were performed on peripheral blood samples from patients. The resulting values were placed in the Livak formula to determine the relative expression levels of the target (SLC22A1) and reference genes (HPRT). Student-t test, Mann-Whitney U test, Chi-square test and Fisher's exact test were used for statistical comparisons. There was no significant difference between the groups that were  sensitive and resistant to treatment, in terms of gender, age average, and age of diagnosis. Mutation analysis was performed on 40 patients in total. The most frequently identified mutation was F359V mutation. There was no significant difference in the expression of OCT-1 between the imatinib-sensitive and resistant group. There are a number of expression studies performed in this area, but inconsistent results are obtained due to reasons such as differences in the methods and populations of the cells studied, dynamic expression of the SLC22A1 gene, posttranslational regulation, epigenetic changes. Larger and more standardized researches will provide greater benefits.