Peroksidaz enziminin afinite kromatografisi tekniği ile karnabahardan saflaştırılması ve inhibisyon kinetiğinin incelenmesi
Purification of peroxidase enzyme from cauli̇flower by affi̇ni̇ty chromatography techni̇que and investigation of inhibition kinetics
Yazar: FATMA NURDAN AĞIRÇELİK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZÜLEYHA ALMAZ
Muş Alparslan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Güvenliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Afinite kromatografisi = Affinity chromatography ; Enzim saflaştırması = Enzyme purification ; Karnabahar = Cauliflower ; Peroksidaz = Peroxidase

Özet:
Bu tez kapsamında 4-amino 3-bromo 2-metil benzohidrazid molekülü kullanılarak karnabahar (Brassica oleracea var. botrytis L.) peroksidaz enziminin saflaştırılması, afinite kromatografisi tekniği ile ilk defa ve tek kademede gerçekleştirildi. Ligand olarak kullandığımız 4-amino 3-bromo 2-metil benzohidrazid molekülünün karnabahar peroksidaz (POD) enzimi için inhibisyon tipi araştırıldı ve dönüşümlü inhibisyon etkisi gösteren bu molekül Sepharose-4B-L-Tirozin matriksine bağlanarak elde edilen afinite jeli ile bu enzimin saflaştırılması gerçekleştirildi. Hazırlanan bu afinite jelinden saflaştırılan Karnabahar POD enziminin SDS-PAGE tekniğiyle saflık kontrolü yapıldı, molekül ağırlığı belirlendi ve bu enzim için 44 kDa'da tek bant gözlendi. Afinite tekniği ile saflaştırmada ligand olarak kullandığımız 4-amino 3-bromo 2-metil benzohidrazid molekülü ile Karnabahar POD enzimi  %15,4 gibi yüksek bir verimle 562 kat saflaştırıldı. İnhibitör olarak kullandığımız 4-amino 3-bromo 2-metil benzohidrazid molekülü karnabahar peroksidazı için yarışmalı inhibisyon tipi sergiledi. Guaiakol substratı için Ki ve IC50 değerlerinin tespit edilmesi amacıyla gerçekleştirilen kinetik çalışmada ise Karnabahar POD enzimi için Ki değeri 0,113±0,012 mM ve IC50 değeri 0,196 mM olarak hesaplandı.
Ayrıca bu çalışmada peroksidaz enziminin kullanım alanı, endüstri açısından önemi, saflaştırma yöntemleri ve hangi ürünlerden elde edildiği gibi konulara değinildi. Literatürde bulunan peroksidaz çalışma metotları ve elde edildiği kaynaklar incelendi.

Abstract:
Within the scope of this thesis, the purification of Cauliflower (Brassica oleracea var. botrytis L.)  peroxidase enzyme using 4-amino 3-bromo 2-methyl benzohydrazide molecule was carried out for the first time and in a single step by affinity chromatography technique. The inhibition type for the Cauliflower peroxidase (POD) enzyme of the 4-amino 3-bromo 2-methyl benzohydrazide molecule we used was investigated. Purification of this enzyme was carried out with the affinity gel obtained by binding this molecule to the Sepharose-4B-L-Tyrosine matrix, which showed a reversible inhibition effect. The purity of the Cauliflower POD enzyme purified from this affinity gel was checked by the SDS-PAGE technique and its molecular weight was determined. A single band at 44 kDa was observed for the cauliflower POD enzyme. Cauliflower POD enzyme was purified 562 fold with a yield of 15.4%  with 4-amino 3-bromo 2-methyl benzohydrazide molecule used as a ligand in purification by affinity technique. The 4-amino 3-bromo 2-methyl benzohydrazide inhibitor exhibited a competitive type of inhibition for Cauliflower peroxidase. In this study, which was carried out to determine the Ki and IC50 values for the guaiacol substrate, the Ki value for the Cauliflower POD enzyme was calculated as 0.113±0.012 mM and the IC50 value as 0.196 mM.  In addition, in this study, the usage area of peroxidase enzyme, its importance in terms of industry, purification methods and the products from which it is obtained were mentioned. The peroxidase working methods in the literature and the sources from which it was obtained were examined in detail.