Açıkta satılan baharatların gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile mikrobiyolojik yönden incelenmesi
Detection of microbiological quality of unpackaged spicesby real-time pcr
Yazar: NAGHAM WASSOUF
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MEVLÜDE KIZIL
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Beslenme ve Diyetetik = Nutrition and Dietetics ; Biyoloji = Biology
Dizin: Baharatlar = Spices ; Besin kirlenmesi = Food contamination ; Besinler = Foods ; Gıda mikrobiyolojisi = Food microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
WASSOUF, N. Açıkta satılan baharatların gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile mikrobiyolojik yönden incelenmesi. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Beslenme Bilimleri Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2014. Bu çalışmada, Türkiye'nin yedi farklı bölgesinde yer alan 7 ilde İstanbul, İzmir, Ankara, Adana, Samsun, Gaziantep ve Erzurum'da açıkta satılan 84 baharat örneğinde (21 karabiber, 21 kırmızıbiber, 21 kimyon ve 21 sumak) Salmonella spp. ve E. coli O157:H7 varlığı tespit amacıyla Gerçek Zamanlı Polimeriz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) ile analiz edilmiştir. Sonuç olarak hiçbir örnekte E. coli O157:H7 saptanmazken Salmonella İstanbul ve İzmir'den alınan birer karabiber örneğinde ve Samsun'dan alınan 3 kırmızıbiber ve 2 sumak örneğinde saptanmıştır. Salmonella spp. yönünden pozitif olan örnekler Türk Gıda Kodeksi Mikrobiyolojik Kriterler Tebliği'ne göre uygun bulunmamıştır.  Patojen bakteri saptamak için uygulanan geleneksel yöntem 3-4 gün sürerken RT- PCR ile yapılan yöntemde ön zenginleştirme dahil, E.coli O157:H7 analizi yaklaşık 20 saatte (18 saat ön zenginleştirme, 1 saat DNA ekstraksiyonu ve 1 saat PCR ), Salmonella spp. analizi yaklaşık 38 saat (36 saat ön zenginleştirme, 1 saat DNA ekstraksiyonu ve 1 saat PCR) saatte gerçekleştirilmiştir. Bu çalışma, besin güvenliğini ve insan sağlığını tehdit eden bu patojen bakterilerin RT-PCR ile hızlı ve güvenilir bir şekilde belirlenebileceğini göstermektedir. 

Anahtar kelimeler: RT-PCR, E.coli O157:H7, Salmonella spp., Baharat, Türkiye

Abstract:
Wassouf, N. Detection of microbiological quality of unpackaged spicesby Real-Time PCR. Hacettepe University Institute of Health Sciences MSc Thesis in Nutritional Sciences Programme, Ankara, 2014. In this study, a total of 84 samples of unpackaged spices (21 black pepper, 21 red pepper, 21 cummin and 21 sumac) which were collected from retail shops in 7 cities of Turkey; Istanbul, Izmir, Ankara, Adana, Samsun, Gaziantep and Erzurum, to determine the presence of E.coli O157:H7 and Salmonella spp. by Real-Time PCR.As a result no E. coli O157:H7 was detected in any samples whereas, Salmonella spp. were detected in one black pepper sample of Istanbul, one black pepper sample of Izmir, three red pepper samples and two sumac samples of Samsun. These salmonella spp. positive samples do not meet Turkish Food Codex Regulation on Microbiological Criteria. While conventional methods for detection of Salmonella spp. and E. coli O157:H7 in food require 3-4 days to obtain the results. In this study the analysis duration by real-time PCR was 20 hours for E. coli O157:H7 (18 hours for pre-enrichment, 1 hour for DNA extraction and 1 hour PCR) and 38 hours for Salmonella spp. (36 hours for pre-enrichment, 1 hour for DNA extraction and 1 hour PCR). This study shows that pathogens which threaten health and food safety can be detected quickly and reliable by RT-PCR.

Keywords: RT-PCR, E.coli O157:H7, Salmonella spp., Spices, Turkey.