Matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi aracılığıyla periapikal indekse göre sınıflandırılmış periapikal doku hastalıklarındaki kök kanal mikrobiyota profillerinin incelenmesi
Investigation of root canal microbiota profiles in periapical tissue diseases classified according to periapical index by matrix-assisted laser desorption / ionisation time-of-flight mass spectrometry
Yazar: METE AHLAT
Danışman: PROF. DR. ÖMER CUMHUR AYDIN
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Gülhane Diş Hekimliği Fakültesi / Endodonti Ana Bilim Dalı
Derece: Diş Hekimliği Uzmanlık, 2019
Konu: Diş Hekimliği = Dentistry
Dizin: Bakteriler-anaerobik = Bacteria-anaerobic ; Dental pulpa boşluğu = Dental pulp cavity ; Endodonti = Endodontics ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Periapikal doku = Periapical tissue

Özet:
Amaç: Çalışmanın amacı, periapikal indekse (PAI) göre sınıflandırılmış periapikal doku hastalıklarındaki kök kanal mikrobiyota profillerinin MALDI-TOF MS (Matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi) aracılığıyla tanımlanmasını araştırmaktır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Gülhane Diş Hekimliği Fakültesi Endodonti Ana Bilim Dalı'na tedavi amacıyla başvuran sistemik olarak sağlıklı 150 hastanın dahil edilmesi planlandı. Hastalar, alınan ilk periapikal radyografilerine, anamnezlerine, çalışmaya alınma kriterlerine göre teşhis ve tedavi planlaması yapılarak periapikal doku hastalıklarına göre 5 gruba ayrıldı. Gruplarına göre ayrılan her hastanın kök kanal tedavisine başlarken nekrotik pulpalı kök kanalından ''paper point'' ile örnekler toplandı. Örnekler sıvı tiyoglikolat besiyerine alınarak vakit kaybetmeden hem anaerob hem de aerop kütür işlemlerinin yapılması için Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji kliniği laboratuvarına gönderildi. Sıvı besiyerine alınan örnekler 24 saat 37⁰C'de inkübe edildikten sonra aerop ve anaerop kültür işlemine alındı. İnkübasyon süresi sonunda her bir kültürde üreyen farklı morfolojideki bakteri kolonilerinin subkültürü yapıldı. Subkültürlerin etanol-formik asit ekstraksiyon ile Microflex LT sistemi (Bruker Daltonics Inc.Bremen,Germany) MALDI-TOF MS cihazında tanımlamaları yapıldı. 
Bulgular: Bu çalışmada, 6 filum ve 1 mantarı temsil eden, 77 tür bakteri ve 3 tür Candida tanımlandı. Periapikal doku hastalıklarını, periapikal indekslerini (PAI), hastaların yaşını, cinsiyetlerini laboratuvardan gelen sonuçlardaki tanımlanmış mikroorganizma türleriyle bir veri oluşturduk. Bu verilerin istatistiksel analizleri için kümeleme analizi yöntemi olarak hiyerarşik kümeleme yöntemi kullanılmıştır. 
Sonuç: MALDI-TOF MS, oral mikrobiyolojinin daha spesifik, kolay, hızlı ve ekonomik bir şekilde geliştirilmesinde potansiyel bir yöntem olabilir.


Anahtar kelimeler: Endodonti, Periapikal İndeks (PAI), periapikal doku hastalıkları,
anaerop bakteriler, MALDI-TOF MS.

Abstract:
Aim: The purpose of this study was to investigate the identification of root canal microbiota profiles in periapical tissue diseases classified according to the periapical index (PAI) by MALDI-TOF MS (Matrix Desired Laser Desorption Ionization Flight Time Mass Spectrometry).
Materials (Patients) and Methods : The study was planned to include systemically healthy 150 patients admitted to the Department of Endodontics, Gülhane Dentistry Faculty. The patients were divided into 5 groups according to periapical tissue diseases by making diagnosis and treatment planning according to the first periapical radiographs, anamnesis, and inclusion criteria. While planning the root canal treatment of each patient divided according to the groups, samples were collected with the paper point is from the necrotic pulp root canal. The samples were transport to the laboratory of medical microbiology at Gülhane Training and Research Hospital in order to perform both anaerobic and aerobic culture processes without any delay by taking the liquid into thioglycolate medium. After incubation at 37 ° C for 24 hours, aerobic and anaerobic culture samples were taken. At the end of the incubation period, subculture of the bacterial colonies of different morphologies produced in each culture was performed. The subcultures were identified in the Microflex LT system (Bruker Daltonics Inc.) MALDI-TOF MS with ethanol-formic acid extraction. 
Results: In the present study, 77 species of bacteria and 3 species of Candida were identified, representing 6 phyla and 1 fungus. We created a data with the microorganism species defined in the results of periapical tissue diseases, periapical index (PAI), age and gender of the patients. Hierarchical clustering method is used as the clustering analysis method for the statistical analysis of this data.
Conclusion: MALDI-TOF MS could be a potential method of developing oral microbiology in a more specific, easy, rapid and economical way.


Keywords: Endodontics, Periapical Index (PAI), periapical tissue diseases, anaerobic
bacteria, MALDI-TOF MS.