Afyonkarahisar'da yetiştirilen Anadolu Mandalarında beden ve ultrasonik karkas ölçülerinde varyans bileşenlerinin tahmini ve bu özellikler ile PLAG1, NCAPG, LCORL ve HMGA2 genlerindeki bazı SNP'ler arasındaki ilişkilerin belirlenmesi
Estimation of Variance Components in Body and Ultrasound Carcass Traits and Associations Between These Traits and Some Snp's in PLAG1, NCAPG, LCORL, and HMGA2 Genes of Anatolian Water Buffaloes in Afyonkarahisar Province
Yazar: SAMET ÇİNKAYA
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA TEKERLİ
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu çalışmada; Afyonkarahisar ilinde halk elinde yetiştirilen Anadolu Mandalarında büyüme, beden ölçüleri ve ultrasonik karkas özelliklerini etkileyen çevresel faktörlerin tespiti, bu özelliklere ilişkin varyans bileşenleri ile genetik ve fenotipik parametrelerin tahmini ve literatürde büyüme ve beden ölçüleri ile ilişkilendirilen PLAG1, NCAPG, LCORL ve HMGA2 genlerindeki bazı tek nükleotid polimorfizmlerinin (Single Nucleotide Polymorphism, SNP) mandalarda etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışma; Tarım ve Orman Bakanlığı, Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü (TAGEM) koordinasyonunda gerçekleştirilen "Anadolu Mandasının Halk Elinde Islahı" kapsamında Afyonkarahisar ilinde yürütülen alt projede yer alan 118 işletmede 2019 yılında doğan malaklar üzerinden yürütülmüştür. Verisi alınan 740 malaktan yaşanan karantina (COVID-19) önlemlerinin izin verdiği ölçüde, bir yaş değerleri kaydedilmiş ve incelenen özelliğe göre 102 ile 309 arasında değişen bireylerin verileri analizlerde kullanılmıştır. Büyüme, beden ölçüleri ve ultrasonik karkas özelliklerini işletme, doğum mevsimi, cinsiyet, ana yaşı ve doğum ağırlığı gibi çevre faktörlerinin önemli (P<0,05) düzeyde etkileyebileceği ortaya konulmuştur. Malakların büyüme özelliklerinden doğum, altıncı ay ve bir yaş canlı ağırlıklarına ilişkin en küçük kareler ortalamaları sırasıyla 32,70 ± 0,28; 101,80 ± 1,20 ve 175,41 ± 2,06 kg olarak tespit edilmiştir. Bir yaş değerleri tespit edilen beden ölçülerinden cidago yüksekliği, sağrı yüksekliği, beden uzunluğu, ön göğüs genişliği, ön sağrı genişliği, göğüs çevresi ve incik çevresine ilişkin en küçük kareler ortalamaları sırasıyla 108,35 ± 0,34; 111,85 ± 0,37; 103,74 ± 0,41; 33,93 ± 0,23; 30,56 ± 0,23; 135,18 ± 0,60 ve 15,69 ± 0,08 cm bulunmuştur. Bir yaş değerleri tespit edilen ultrasonik karkas özelliklerinden longissimus (Musculus longissimus dorsi) kası alanı, longissimus kası derinliği ve deri altı yağ kalınlığına ilişkin en küçük kareler ortalamaları ise sırasıyla 19,36 ± 0,45 cm2;	 3,086 ± 0,028 cm ve 0,655 ± 0,006 cm saptanmıştır. Doğum, altıncı ay ve bir yaş canlı ağırlıklarına ilişkin doğrudan kalıtım dereceleri sırasıyla 0,224 ± 0,019; 0,298 ± 0,025 ve 0,334 ± 0,032; anasal kalıtım dereceleri sırasıyla 0,003 ± 0,337; 0,525 ± 0,316 ve 0,646 ± 0,291 ve toplam kalıtım dereceleri sırasıyla 0,226 ± 0,169; 0,560 ± 0,154 ve 0,656 ± 0,140 bulunmuştur. Beden ölçülerinden cidago yüksekliği, sağrı yüksekliği, beden uzunluğu, ön göğüs genişliği, ön sağrı genişliği, göğüs çevresi ve incik çevresine ilişkin doğrudan kalıtım dereceleri sırasıyla 0,483 ± 0,044; 0,473 ± 0,043; 0,441 ± 0,041; 0,364 ± 0,034; 0,432 ± 0,040; 0,435 ± 0,040 ve 0,226 ± 0,021; anasal kalıtım dereceleri sırasıyla 0,000 ± 0,355; 0,035 ± 0,351; 0,292 ± 0,338; 0,235 ± 0,351; 0,256 ± 0,352; 0,416 ± 0,325 ve 0,761 ± 0,276 ve toplam kalıtım dereceleri sırasıyla 0,483 ± 0,178; 0,491 ± 0,175; 0,587 ± 0,166; 0,481 ± 0,173; 0,560 ± 0,173; 0,643 ± 0,159 ve 0,606 ± 0,133 saptanmıştır. Ultrasonik karkas özelliklerinden longissimus kası alanı, longissimus kası derinliği ve deri altı yağ kalınlığına ilişkin doğrudan kalıtım dereceleri sırasıyla 0,0001 ± 0,000; 0,300 ± 0,026 ve 0,539 ± 0,046; anasal kalıtım dereceleri sırasıyla 0,000 ± 0,704; 0,496 ± 0,326 ve 0,315 ± 0,277 ve toplam kalıtım dereceleri sırasıyla 0,001 ± 0,351; 0,547 ± 0,159 ve 0,697 ± 0,137 tespit edilmiştir. Bir yaş değerleri tespit edilen canlı ağırlık, beden ölçüleri ve ultrasonik karkas özellikleri arasındaki genetik ve fenotipik korelasyonlar 0,02 – 0,90 arasında değişmekte olup, ön göğüs genişliği ile ön sağrı genişliği dışında tüm özellikler arasındaki korelasyonlar önemli (P<0,01) bulunmuştur. Bu çalışmada belirlenen genetik ve fenotipik korelasyonlar 0,02 ile 0,90 aralığında değişmektedir. PLAG1 ve NCAPG genlerindeki SNP'lerin bu hayvan grubunda monomorfik oldukları belirlenmiştir. LCORL ve HMGA2 genlerindeki SNP'lerin ise özellikleri önemli düzeyde etkilemedikleri ancak en küçük kareler ortalamalarının bazı eğilimler gösterdikleri tespit edilmiştir. Sonuç olarak; büyüme, beden ölçüleri ve ultrasonik karkas özelliklerinin çeşitli çevre faktörlerinden önemli düzeyde etkilenebildiği ve bu özelliklerde tahmin edilen kalıtım dereceleri ile aralarındaki genetik ve fenotipik korelasyonların seleksiyon programlarında yararlı olacağı kanaatine varılmıştır.

Abstract:
The goals of the study were to determine the environmental factors affecting growth, body measurement, and ultrasound carcass traits, estimate genetic and phenotypic parameters, and detect associations with some single nucleotide polymorphisms (SNP) in PLAG1, NCAPG, LCORL, and HMGA2 genes in Anatolian Buffaloes maintained at private farms of Afyonkarahisar province. The research was carried out on the buffalo calves born in 2019 at 118 farm operations registered to the "Community Based Buffalo Improvement Project" governed by the General Directorate of Agricultural Research and Policies (GDAR) of the Ministry of Agriculture and Forestry. The data was collected from 740 buffalo calves. Only animals with at least two records used to predict the value at one year of age were used in the study. Thus, the number of analysed animals ranged from 102 to 309 according to traits examined and considering pandemic (COVID-19) precautions limiting personnel movement. It has been revealed that environmental factors such as farm, birth season, sex, maternal age, and birth weight could affect growth, body measurements, and ultrasound carcass traits at a significant (P<0.05) level. The least-squares means for body weights at birth, six and twelve months of age were 32.70 ± 0.28, 101.80 ± 1.20, and 175.41 ± 2.06 kg, respectively. The means for wither height, rump height, body length, chest width, hip width, chest circumference, and cannon-bone circumference in yearling calves were 108.35 ± 0.34, 111.85 ± 0.37, 103.74 ± 0.41, 33.93 ± 0.23, 30.56 ± 0.23, 135.18 ± 0.60 and 15.69 ± 0.08 cm, respectively. The means for longissimus muscle area, longissimus muscle depth, and subcutaneous fat thickness in yearling calves were 19.36 ± 0.45 cm2, 3.086 ± 0.028, and 0.655 ± 0.006 cm, respectively. Direct, maternal, and total heritabilities for body weights at birth, six and twelve months of age were 0.224 ± 0.019, 0.298 ± 0.025, and 0.334 ± 0.032; 0.003 ± 0.337, 0.525 ± 0.316, and 0.646 ± 0.291, and 0.226 ± 0.169, 0.560 ± 0.154, and 0.656 ± 0.140, respectively. The same parameter estimates for wither height, rump height, body length, chest width, hip width, chest circumference, and cannon-bone circumference were 0.483 ± 0.044, 0.473 ± 0.043; 0.441 ± 0.041; 0.364 ± 0.034; 0.432 ± 0.040; 0.435 ± 0.040, and 0.226 ± 0.021; 0.000 ± 0.355, 0.035 ± 0.351; 0.292 ± 0.338; 0.235 ± 0.351; 0.256 ± 0.352; 0.416 ± 0.325, and 0.761 ± 0.276, and 0.483 ± 0.178, 0.491 ± 0.175; 0.587 ± 0.166; 0.481 ± 0.173; 0.560 ± 0.173; 0.643 ± 0.159, and 0.606 ± 0.133, respectively. Direct, maternal, and total heritabilities for longissimus muscle area and depth, and subcutaneous fat thickness were 0.0001 ± 0.000, 0.300 ± 0.026, and 0.539 ± 0.046; 0.000 ± 0.704, 0.496 ± 0.326, and 0.315 ± 0.277, and 0.001 ± 0.351, 0.547 ± 0.159, and 0.697 ± 0.137, respectively. All the genetic and phenotypic correlations among body weight, body measurements, and ultrasound carcass traits at twelve months of age were significant (P<0.01) except for the genetic correlation between chest and hip widths. The genetic and phenotypic correlations predicted in this study were ranged from 0.02 to 0.90. SNPs in PLAG1 and NCAPG genes were monomorphic in this population. Additionally, SNPs in the LCORL and HMGA2 genes were not to be found significant but showed some tendencies in the aspects of least-squares means. As a result, it was concluded that various environmental factors affecting growth, body size, and ultrasound carcass traits, as well as inheritance and genetic relationships between these traits, should be considered in buffalo selection programs.