Mide kanseri hastalarda XRCC2 ve XRCC3 gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Investigation of XRCC2 and XRCC3 gen polymorphisms in patients with gastric cancer
Yazar: MERYEM BADAY
Danışman: YRD. DOÇ. DR. İLHAMİ GÖK
Kafkas Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology ; Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Genetik = Genetics

Özet:
Bu çalışma  Kars yöresinde yaşayan ve klinikte mide kanseri tanısı alan hastalarda XRCC2  ve XRCC3 genleri polimorfizm yaygınlığını tanımlamak amacıyla yapıldı. Araştırmamızda kliniklerde mide kanseri tanısı alan toplam 61 hasta ve 78 kişilik kontrol grubu genomik düzeyde incelendi. DNA tamirinde görev yapan XRCC2 ve XRCC3 genleri Arg188His ve Thr241Met polimorfik bölgelerindeki nükleotid değişimleri incelendi. Klinikte mide kanseri tanısı alan herbir hastadan ve kontrol amacıyla sağlıklı bireylerden DNA izolasyonu amacıyla kan örnekleri alındı. Alınan kan örneklerinden tuzla çöktürme metoduyla DNA izolasyonu yapıldı. İzole edilmiş DNA örneklerinden ilgili polimorfik bölgelerin primerleri kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu yardımıyla çoğaltıldı. Çoğaltılan Pcr ürünleri belirlenen restriksiyon enzimleriyle kesildi.Restriksiyon enzimiyle (HphI ve NcoI) kesilen DNA ürünleri  agaroz jel elektroforezinde yürütüldü ve resimleri çekildi. Her iki polimorfik bölgedeki  nükleotid değişimleri jel resimleri yardımıyla tayin edildi.
Sonuç olarak 61 mide kanseri hastasında XRCC2 geni  Arg188His polimorfizmindeki değişim oranı 61 hastanın 24?ünde  %39 oranında ve aynı grubun sağlıklı bireylerinde 78  kişinin  12?sinde %15 oranında nükleotid  değişimi gözlendi. XRCC3 geni Thr241Met polimorfizmindeki değişim oranı 61 hastanın 18?inde % 29 ve aynı grubun sağlıklı bireylerinde ise 78 kişinin 11?ininde  %14 oranında nükleotid değişimi görülmüştür. Bulgularımız mide kanseri hastalar ile sağlıklı bireylerdeki polimorfizm değişikliği açısından karşılaştırıldığında hastalardaki ilgili polimorfik değişimlerinin istatistiksel olarak anlamlı olduğundan her iki  polimorfizm bölgesindeki değişimlerinin kanser riskini tetikleyebileceği düşünmekteyiz.
Anahtar Kelimeler: Mide Kanseri, XRCC2 ve XRCC3 genleri, Genetik Polimorfizm, PCR, RFLP,Kars İli

Abstract:
We have studied prevalence of polymorhisms in genes XRCC2, XRCC3 with the gastric cancer patients who lived in Kars region of Turkey. There were 61 cancer patients and 78 control people in this study. 
Single nucleotide changes were studied in XRCC2 and XRCC3 genes at locus Arg188His ve Thr241Met. Bloods samples were taken from these patients and health controls and DNA is isolated. Interest regions in genome is amplyified using Polymer Chain Reaction method. After amplification, we used restriction enzmy (HphI and NcoI)  and digested these DNA. Later these DNAs were passed through gel electrophoresis. By looking at all these images, we identfied changed in nucleotide in these specific regions. We observed Arg188His polymorshim of  XRCC2 genes by 39 percent as shown in 24 out of 61 cancer patients. Only 12 out of 78 control group showed this polymoprhism (15%). We also observed 18 out of 61 patients (% 29) carried Thr241Met polymorhism of XRCC3 gene. Same polymorhism were observed in 11 out of 78 healthy control group (% 14). Our results shows that there is significant difference between patient and control group?s polymorhism ratios. Most cancer patients carry Arg188His of XRCC2 and Thr241Met of  XRCC3 polymorhisms, almost twice of control group. This results clearly shows that these polymorhism increases risk of cancer and would be good marker for early diagnostics for gastric cancer.
Keywords: Gastric cancer, XRCC2, XRCC3, Genetic polymorhism, PCR, RFLP and Kars 
City.