İstanbul'da 2007-2009 döneminde çocuk hastaların boğaz kültürlerinde izole edilen A grubu beta hemolitik streptokokların M proteini (emm) gen tiplendirilmesi
M protein (emm) gene typing of group A beta-hemolytic streptococci isolated from pharyngeal cultures of children with acute tonsillopharyngitis in istanbul
Yazar: AYÇA ERKİN ÇAKMAK
Danışman: PROF. DR. EMİN ÜNÜVAR
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2009
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Farenjit = Pharyngitis ; Genler = Genes ; Streptococcus = Streptococcus ; Streptococcus pyogenes = Streptococcus pyogenes ; Tonsillit = Tonsillitis ; İmmünoglobülinler = Immunoglobulins

Özet:
Amaç: S. pyogenes (GABHS) çocukluk çağı tonsillofarenjitlerinin en önemli bakteriyel etkenidir. GABHS sahip olduğu çok sayıda virülans faktörünün yardımıyla geniş bir hastalık yelpazesine sahiptir. Virülans faktörleri arasında önemli rol oynayan M proteini, emm geni tarafından kodlanmaktadır. M proteini bakterinin hastalık yapma potansiyelini belirlerken, bakterinin tiplendirilmesini de sağlamaktadır. Bu çalışmada akut tonsillofarenjit bulgularıyla başvuran hastalardan izole edilen GABHS suşlarının emm gen dizisi analizi yöntemiyle tiplendirmesi yapılması amaçlandıMetod: İstanbul Üniversitesi, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Genel Pediatri Bilim Dalı poliklinikleri'nde Ekim 2007-Ocak 2009 tarihleri arasında, akut tonsillofarenjit bulguları ile başvuran 2-17 yaş grubu çocukların boğaz sürüntü örneklerinden izole edilen 335 GABHS suşu arasından, 31.10.2007 - 01.02.2008 döneminde izole edilen, 112'sinin (%33,5) emm geni CDC'nin önerileri doğrultusunda primerler kullanılarak çoğaltıldı. Elde edilen genetik materyalin sekanslama yöntemi ile emm gen dizi analizi yapıldı. Elde edilen dizi analizleri CDC'ye ait GENBANK veritabanı ile karşılatırılarak 61 (%54,5) suşun emm gen tiplendirilmesi yapıldı.Bulgular: En yüksek oranda emm 1 (%22,9), emm 3 (%11,5), emm 4 (%10) ve emm 5 (%8,2) olmak üzere 19 farklı tip belirlendi. Daha az sıklıkla görülen tipler emm 2, 12, 14, 19, 22, 26, 28, 44, 63, 76, 77, 87, 89, 98, 118'dir. Belirlenen 19 emm tipinden 12'sinin (%63), dizi analizi yapılan hastaların %77'sinin GABHS suşlarına yönelik olarak geliştirilen faz 3 aşamasındaki 26 değerlikli aşı kapsamında olduğu gözlenmiştir.Sonuç: Kliniğimizde tonsillofarenjit vakalarında izole edilen S. pyogenes suşlarının en sık rastlanan M protein gen tiplerinin emm 1 ve emm 3 olduğu tesbit edilmiştir.

Abstract:
M Protein (emm) Gene Typing of Group A Beta-Hemolytic Streptococci Isolated From Pharyngeal Cultures of Children With Acute Tonsillopharyngitis in Istanbul Between 2007 and 2009Aim: S. pyogenes (Group A beta-hemolytic streptococci, GABHS) is the most common bacterial species in childhood tonsillopharyngitis. GABHS infection has broad spectrum clinical presentations due to its multiple different virulence factors. M protein, which is coded by emm gene, is one the most important virulence factors and determines the virulence potential of GABHS. On the other hand, it is also used for subtyping of GABHS. The aim of this study was to perform M protein (emm) gene typing of Group A beta-hemolytic streptococci isolated from pharyngeal cultures of children presented with acute tonsillopharyngitis.Methods: GABHS was isolated, in Istanbul University Microbiology laboratories, from pharyngeal cultures of 335 children, who presented with acute tonsillopharyngitis between age of 2 and 17 to General Pediatrics Outpatient Clinics in the Department of Pediatrics at Istanbul University School of Medicine. The emm gene of 112 (33.5%) GABHS samples, isoleted between 31.10.2007-01.02.2008, were replicated by using primers recommended by CDC. Afterwards, emm gene sequencing was performed from the obtained genetic material. Finally, emm gene typing of 61 samples (54.5%) was determined by matching the gene sequences to CDC?s GENBANK database.Results: Nineteen different emm gene types were found. The most common emm types were emm 1 (22.9%), emm 3 (11.5%), emm 4 (10%) and emm 5 (8.2%). On the other hand, less common types were emm 2, 12, 14, 19, 22, 26, 28, 44, 63, 76, 77, 87, 89, 98 and 118. Twelve (63%) of the determined 19 emm types and 77% of the patients that had emm gene sequencing are covered by 26-valent GABHS vaccine undergoing phase 3 trial.Conclusions: The most common M protein gene types of S. pyogenes isolated from tonsillopharyngitis cases in our clinic were emm 1 ve emm 3.