Yeni tanı hıv hastalarında subtiplere ve immün belirteçlere göre direnç profili
Analysis of resistance profiles in relation to subtypes and immune markers in newly diagnosed hiv patients
Yazar: ÖZNUR GÜNEŞ
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET EMİN BULUT
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: İnsan İmmünyetmezlik Virüsü (HIV) enfeksiyonu, erken tanı ve
tedavi yapılmadığı durumda Edinilmiş İmmün Yetmezlik Sendromuna (AIDS)
ilerleyen ve günümüzde halen önemli bir küresel sağlık sorunu olarak karşımıza
çıkmaktadır. HIV'in değişken yapısı ve artan direnç paterni, tedavi seçiminde
belirleyici rol oynamaktadır. Bu çalışmada, yeni tanılı tedavi almamış HIV pozitif
bireylerin antiretroviral direnç özellikleri, viral genetik çeşitliliği ve immün sistem
parametrelerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Ocak 2023-Ocak 2024 tarihleri arasında Şişli Hamidiye
Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne başvuran, yeni tanı almış ve antiretroviral
tedaviye başlanmamış 64 HIV pozitif hastanın örneklerinde, Vela Diagnostics
Sentosa SQ HIV-1 Genotipleme sistemi kullanılarak yeni nesil dizileme yöntemi
ile belirlenmiş olan HIV-1 alt tipleri ve ilaç direnci profilleri retrospektif olarak
değerlendirilmiştir. Stanford Üniversitesi HIV-1 ilaç direnci veri tabanında direnç
mutasyonları ve alt tip paternleri analiz edilmiştir. CD4+ T lenfosit sayısının
belirlenmesinde BD FACSLyric akım sitometri sistemi, HIV RNA viral yük
ölçümünde ise Cobas 6800 cihazı kullanılarak analizler gerçekleştirilmiştir.
Çalışmaya dahil edilen hastaların demografik özellikleri (yaş ve cinsiyet) ve HIV
enfeksiyonunun olası bulaş yolları kayıt altına alınmıştır.
Bulgular: Demografik veriler incelendiğinde katılımcıların %95,3'ünün
erkek olduğu ve medyan hasta yaşının 33 (25-40) olduğu belirlenmiştir. Bulaş
yolları değerlendirildiğinde erkeklerle cinsel ilişkiye giren erkekler oranı %50 ile
ilk sırada yer almıştır. Değerlendirilen hastaların yarısından fazlasında (%57,8)
CD4+ T lenfosit sayısının 350 hücre/mm³'ün altında olduğu belirlenmiş olup, büyük
çoğunluğunda (%62,5) HIV RNA viral yük düzeyi 100000 kopya/mL'nin üzerinde
saptanmıştır. Yapılan analizlerde B alt tipi (%49,1) predominant olarak saptanmış,
bunu sırasıyla B+CRF02_AG (%14,5), A1 ve F1 (her biri %12,7) ile
G+CRF02_AG (%7,3) izlemiştir. En fazla direnç ile ilişkili mutasyon (n=9) F1 alt
alt tipinde tespit edilmiştir. İlaç direnci değerlendirme sonuçlarına göre non-
nükleozid ters transkriptaz inhibitörleri (NNRTI) grubunda %27,12,
nükleozid/nükleotid ters transkriptaz inhibitörleri (NRTI) grubunda %3,4, proteaz
inhibitörleri (PI) grubunda %5,1 oranında direnç mutasyonu belirlenirken, integraz
zincir transfer inhibitörleri (INSTI) grubunda %1,7 major ve %5 aksesuar mutasyon
tespit edilmiştir. NRTI grubunda L210W ve T215E; NNRTI grubunda E138A,
E138G, G190S, N348I, V179D ve V179D+E138A; PI major grubunda M46I ve
M46L; INSTI major grubunda R263K ve INSTI aksesuar grubunda E157Q, T97A,
G173R mutasyonları saptanmıştır. Toplam beş hastada birden fazla mutasyon tespit
edilmiştir (E138G+M46I, E138G+R263K, N348I+E157Q ve T215E+V179D).
Antiretroviral direnç mutasyonları saptanan ve saptanmayan bireylerde, CD4+ T
lenfosit sayıları (p=0,421) ve HIV RNA düzeylerinin (p=1,000) dağılımı açısından
istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır.
Sonuç: Çalışmamızın sonuçları, HIV epidemiyolojisine ışık tutarak önemli
bulgular ortaya koyarken, immünolojik ve virolojik parametrelerden bağımsız
olarak her yeni tanı alan hastada genotipik direnç testi yapılmasının önemini
vurgulamaktadır. Viral alt tiplerdeki çeşitlilik ve direnç gelişimindeki değişimler
nedeniyle, HIV-1 genotipik özelliklerinin sürekli izlenmesi önem taşımaktadır.
Ayrıca, viral alt tipler ile direnç paternleri arasındaki ilişkilerin daha iyi
anlaşılabilmesi için geniş ölçekli ve uzun süreli araştırmalara ihtiyaç
duyulmaktadır.
Anahtar Kelimeler: HIV-1 alt tipleri, Antiretroviral ilaç direnci, İntegraz
inhibitörleri, Revers transkriptaz inhibitörleri, Proteaz inhibitörleri, Yeni nesil
dizileme

Abstract:
Objective: Human Immunodeficiency Virus (HIV) infection progresses to
Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS) without early diagnosis and
treatment, and remains a significant global health concern today. HIV's variable
nature and increasing resistance patterns play a determining role in treatment
selection. This study aimed to evaluate antiretroviral resistance characteristics, viral
genetic diversity, and immune system parameters in treatment-naive HIV-positive
individuals newly diagnosed.
Materials and Methods: HIV-1 subtypes and drug resistance profiles,
previously determined using Vela Diagnostics Sentosa SQ HIV-1 Genotyping
system with next-generation sequencing method, were retrospectively evaluated in
samples from 64 treatment-naive HIV-positive patients who presented to Sisli
Hamidiye Etfal Training and Research Hospital between January 2023 and January
2024. Resistance mutations and subtype patterns were analyzed using Stanford
University HIV-1 drug resistance database. Analyses were performed using the BD
FACSLyric flow cytometry system for CD4+ T lymphocyte count determination
and the Cobas 6800 platform for HIV RNA viral load measurement. Demographic
characteristics (age and gender) and possible transmission routes of HIV infection
were recorded for the patients included in the study.
Results: Analysis of demographic data showed that 95,3% of participants
were male, and the median age of the patients was 33 (25-40). The primary route
of transmission was identified as men who have sex with men, accounting for 50%
of all cases. The immune status evaluation indicated compromised levels in many
patients, with 57,8% showing CD4+ T lymphocyte counts lower than 350 cells/mm³.
Additionally, viral load testing demonstrated high levels of viral replication, as
62,5% of the patients presented with HIV RNA levels surpassing 100000
copies/mL. In the subtype analyses, subtype B (49,1%) was found to be
predominant, followed by B+CRF02_AG (14,5%), A1 and F1 (12,7% each), and
G+CRF02_AG (7,3%). The highest number of resistance-associated mutations
(n=9) was detected in the F1 subtype. Drug resistance evaluation revealed 27,12%
resistance mutations in the non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTI)
group, 3,4% in the nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTI) group, 5,1%
in the protease inhibitors (PI) group, while 1,7% major and 5% accessory mutations
were detected in the integrase strand transfer inhibitors (INSTI) class. L210W and
T215E mutations in the NRTI group; E138A, E138G, G190S, N348I, V179D, and
V179D+E138A in the NNRTI group; M46I and M46L in the PI major group;
R263K in the INSTI major group; and E157Q, T97A, G173R mutations in the
INSTI accessory group were detected. More than one mutation was detected in a
total of five patients (E138G+M46I, E138G+R263K, N348I+E157Q and
T215E+V179D). No statistically significant relationship was found between the
presence of antiretroviral resistance mutations and CD4+ T lymphocyte counts
(p=0,421) and HIV RNA levels (p=1,000).
Conclusion: Our research outcomes provide valuable insights into HIV
epidemiology and underscore the necessity of genotypic resistance testing for all
newly diagnosed patients, regardless of their immunological and virological status.
Continuous monitoring of HIV-1 genotypic characteristics is essential due to
diversity in viral subtypes and changes in resistance development. Additionally,
large-scale and long-term studies are needed to better understand the relationships
between viral subtypes and resistance patterns.
Keywords: HIV-1 subtypes, antiretroviral drug resistance, integrase
inhibitors, reverse transcriptase inhibitors, protease inhibitors, next-generation
sequencing