Doğu Anadolu Kırmızısı, Güney Anadolu Kırmızısı ve Boz ırk sığırlarda büyüme hormonu reseptör geni polimorfizmlerinin belirlenmesi
Determination of growth hormone receptor gene polymorphisms in East Anatolian Red cattle, South Anatolian Red cattle and Turkish Grey cattle
Yazar: IRAZ AKIŞ
Danışman: PROF. DR. AHMET MENGİ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Sığırlar = Cattles

Özet:
Çiftlik hayvanlarında verim özelliklerinin genetik olarak geliştirilmesi amacıyla yapılan çalışmalarda temel amaç verim özelliklerini etkileyen metabolik süreçlerde görevli genlerdeki polimorfizmlerin belirlenmesidir. Bu çalışmada Türkiye'deki yerli sığır ırklarından Güney Anadolu Kırmızısı (GAK), Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) ve Boz ırk sığırlarda, süt ve et kalitesi ve verimiyle ilişkili olduğu ileri sürülen büyüme hormonu reseptör (GHR) genindeki polimorfizmlerin genotip ve allel dağılımlarının belirlenmesi ve seleksiyon çalışmaları için bilimsel bir dayanak oluşturulması amaçlanmıştır. Her sığır ırkından ellişer adet bireyden kan alınarak standart amonyum asetatla çöktürme yöntemiyle DNA örnekleri izole edilmiştir. Hedef bölgeler polimeraz zincir reaksiyonuyla çoğaltılmış ve AluI, AccI, StuI, NsiI ve Fnu4HI restriksiyon enzimleri ile sindirilmiştir. Süt verimiyle ilişkili GHR/AluI polimorfizmi + allelinin frekansı Boz ırk sığırlarda, et verimiyle ilişkili GHR/AluI polimorfizmi ? allelinin frekansı GAK ve DAK ırkı sığırlarda düşük bulunmuştur. Süt verimini etkileyen GHR/StuI polimorfizmi + allelinin frekansı DAK ırkında düşük, GHR/NsiI polimorfizmi -/- genotipi ise üç ırkta da düşük olarak tespit edilmiştir. Et verimiyle ilişkili GHR/Fnu4HI polimorfizmi + allelinin frekansı GAK ve DAK ırklarında düşük bulunmuştur. Düşük süt verimiyle ilişkili 3111 haplotipine hiçbir bireyde rastlanmamıştır. GHR geni açısından DAK ve GAK ırklarının genetik olarak birbirlerine Boz ırktan daha yakın oldukları belirlenmiştir. Sonuç olarak yerli ırkların GHR genindeki polimorfizmler açısından yüksek verimli Avrupa ırklarına kıyasla bir dezavantaja sahip olduğu ileri sürülebilir. Verim özellikleriyle GHR geni arasındaki ilişkilerin yerli sığır ırklarında bağlantı analizi çalışmalarıyla araştırılmasının, haplotip frekanslarının incelendiği çalışmaların daha fazla sayıda örnek kullanılarak yapılmasının ve ırklar arasındaki ilişkinin daha ileri boyutlarda incelenmesinin Türkiye'deki yerli sığır ırklarının verim özelliklerinin geliştirilmesine yardımcı olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
The main objective of the studies that are made in order to genetically develop trait characteristics in livestock is the determination of polymorphisms in genes that have a role in metabolic processes affecting trait characteristics. The aim of this study is to develop a scientific base for selection by determining genotype and allele distributions of growth hormone receptor gene polymorphisms. It is claimed that these polymorphisms are effective on milk and meat quality and also trait of native Turkish breeds East Anatolian Red cattle (EAR), South Anatolian Red cattle (SAR) and Turkish Grey cattle. Blood samples were taken from 50 individuals of each breed. DNA samples were then isolated by using the standard ammonium acetate salt-out method. Target regions were amplified by using polymerase chain reaction and were digested by AluI, AccI, StuI, NsiI and Fnu4HI restriction enzymes. The + allele frequency of GHR/AluI polymorphism related with milk traits in the Turkish Grey cattle, and ? allele frequencies of GHR/AluI polymorphism related with meat traits in EAR and SAR breeds were found to be low. The + allele frequency of GHR/StuI polymorphism affecting milk traits was found to be low in the EAR breed. The -/- genotype of GHR/NsiI polymorphism was also low in all of the three breeds. The + allele frequency of GHR/Fnu4HI polymorphism related with meat traits turned out to be low in SAR and EAR breeds. 3111 haplotype related with low milk traits was not observed in any of the individuals. It was determined that EAR and SAR breeds were genetically closer to each other in terms of GHR gene, compared with Turkish Grey cattle. As a conclusion it can be claimed that native breeds have a disadvantage in terms of GHR gene polymorphisms, compared with high trait European breeds. It is obvious that research of relationships between trait characteristics and the GHR gene in native cattle breeds by linkage analysis, usage of a higher number of samples in haplotype frequency investigation studies, and a deeper examination of interbreed relationships would help in developing the trait characteristics of native cattle breeds in Turkey.