Ruminantları enfekte eden pestivirusların ayırıcı tanısı ve moleküler karakterizasyonu
Differential diagnosis and molecular characterization of pestiviruses infecting ruminants
Yazar: ONUR ÜLGENALP
Danışman: PROF. DR. TUBA ÇİĞDEM OĞUZOĞLU
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Border hastalığı virüsü = Border disease virus ; Bovin diyare virüsü = Bovine diarrhea virus ; Hayvan hastalıkları = Animal diseases ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Pestivirüsler = Pestiviruses ; Ruminantlar = Ruminants ; Sığır hastalıkları = Cattle diseases ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
Pestiviruslar, sığırlarda Bovine Virus Diarrhoea Virusu (BVDV) ve küçük ruminantlarda Border Disease Virusu (BDV) olmak üzere klasik viral taksonomide adlandırılmışlardır. Sürü sağlığı ve devamlılığı yönünden önem arz eden bu viruslar abortlar, kongenital anomalili ve yaşama gücü zayıf yavru doğumları ile karakterize ekonomik kayıplara sebep olan viral etkenler arasında yer almaktadırlar.  
Bu doktora tezi; ülkemizde bulunan ruminant türlerinde klinik/subklinik enfeksiyonlara neden olan Pestivirus enfeksiyonlarından Bovine Viral Diarrhoea (BVD), Border Disease (BD) ve Mucosal Disease (MD) enfeksiyonlarının moleküler metotlarla araştırılmasına yöneliktir. Elde edilen bulgular uygulanan tanı metodu türleri baz alınarak sorgulanmış, ayrıca pozitif örnekler filogenetik olarak da karakterize edilmiştir. Ülkemizin Marmara Bölgesi'nden ve Avrupa Ülkelerinden köken alan hayvanlardan elde edilen izolatların karakterizasyonunda, Pestivirus genomunun 5'UTR, Npro, E ve NS2-3 bölgelerine yönelik primerler kullanılmış elde edilen sonuçlar dünyadaki ve Türkiye'deki hem cinsleri ile karşılaştırılmıştır. Saptanan 61 adet pozitif numuneden elde edilen amplikonlar dizin analizine tabi tutulmuştur. İlgili dizinler Gen Bankasına kaydedilmiş olup, aynı zamanda dünyadaki hem cinsleri ile filogenetik analizler kullanılarak karşılaştırılmıştır. Bu bağlamda Pestivirus A, Pestivirus B, Pestivirus D ve Pestivirus I türleri tespit edilmiştir. Bu çalışmada Pestivirus D ve Pestivirus I türlerinin büyük ruminantlarda varlığı belirlenmiş olmakla birlikte Pestivirus A türüne ait BVDV-1f ve 1l alt türlerinin küçük ruminantlarda varlığı da tespit edilmiş ve bu sonuçlara bağlı olarak Pestivirusların türler arası geçiş özelliği gösterilmiştir. 
Elde edilen bulgular Veteriner Viroloji alanında Ruminant orijinli Pestiviruslar hakkında moleküler bilgiye katkı sağlamakla birlikte ileride yapılması muhtemel ulusal eradikasyon ve aşılama programları için kaynak teşkil edecektir.

Abstract:
Pestiviruses are named in classical viral taxonomy as Bovine Virus Diarrhoea Virus (BVDV) in cattle and Border Disease Virus (BDV) in small ruminants. These viruses, which are important in terms of herd health and continuity, are among the viral factors that cause economic losses characterized by abortions, congenital anomalies and poor viability. 
This doctoral thesis focuses on the investigation of Bovine Viral Diarrhoea (BVD), Border Disease (BD) and Mucosal Disease (MD) infections, which are Pestivirus infections that cause clinical/subclinical infections in ruminant species in our country, by molecular methods. The findings were questioned based on the types of diagnostic methods applied, and positive samples were also characterized phylogenetically. Primers for the 5'UTR, Npro, E and NS2-3 regions of the Pestivirus genome were used in the characterization of the isolates obtained from animals originating from the Marmara Region of our country and European countries, and the results were compared with both genera in the world and in Turkey. Amplicons obtained from 61 positive samples detected were subjected to sequence analysis. Relevant indexes were registered in the GenBank and were also compared with their genera in the World. In this context, Pestivirus A, Pestivirus B, Pestivirus D and Pestivirus I species have been identified. In this study, although the presence of Pestivirus D and Pestivirus I species in large ruminants was determined, the presence of BVDV-1f and 1l subspecies of Pestivirus A species in small ruminants was also detected, and depending on these results, the interspecies transmission characteristic of pestiviruses was demonstrated.