Kulp (Diyarbakır) ilçesi ve çevresinde doğal yayılış gösteren bazı geofit taksonların moleküler filogenisinin araştırılması
Investigation of molecular phylogeny of some geophyte taxa naturally grown in kulp (Diyarbakir) county and vicinity
Yazar: İLYAS DENİZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPASLAN KOÇAK
Bingöl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Botanik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Botanik = Botany
Dizin: Diyarbakır-Kulp = Diyarbakır-Kulp ; Filogeni = Phylogeny ; Geofitler = Geophytes ; Taksonlar = Taxa

Özet:
Bu çalışmada Kulp-Diyarbakır bölgesindeki doğal habitatlarından toplanan geofitlerin taksonları arasındaki evrimsel ilişkileri belirlemek için nükleer DNA (nrDNA) bölgesi (internal transkribed spacer, ITS) ve kloroplast DNA(cpDNA) bölgesinin (intergenic spacer, trnL-F) moleküler filogenetik analizi gerçekleştirilmiştir. 

Geofitler tohumlu bitkiler bölümünde, kapalı tohumlu bitkiler alt bölümünde yer alan gövdeleri soğan, yumru, korm veya rizom şeklinde metamorfoza uğramış olup toprak seviyesinin altında bulunan bitkilerdir. Anadolu yaklaşık 100 tohumsuz geofit, 1000-1200 dikotiledon geofit, 200-250 kadar petaloid olmayan monokotiledon geofit ve 1000 civarında petaloid monokotiledon geofit taksonuna sahiptir. 

Geofit türlerine ait DNA dizilemeleri sonuçları filogenetik ilişkileri ortaya koymak üzere MEGA 11.0 programı kullanılarak Maksimum Likelihood Metodu ile incelenmiş ve filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. İki farklı DNA kaynağı kullanılarak çizilen filogenetik ağaçlar bazı farklılıklar göstermesine rağmen monokotil petaloid taksonların dikotiledon geofit taksonlarından ayrıldığı görülmüştür. Ayrıca her iki moleküler marker kullanılarak gerçekleştirilen filogenetik analizlerde Serapias L., Anacamptis Rich., Cephalanthera Rich., Hymanthoglossum Spreng. ve Dactylorhiza Necker ex Nevski cinslerinin Orchis L. içerisine dahil olduğu görülmüştür. Bu nedenle, bu cinse ait alt türlerin akrabalık ilişkileri bizim sonuçlarımıza göre yeniden değerlendirilmelidir. Dikotil geofitler, Türkiye Florası'ndaki klasik sistematik düzene göre moleküler filogeni göstermekte ve bu taksonların tür içi ve türler arası ayrımlarının doğruluğunu ortaya koymaktadır.

Abstract:
To determine the evolutionary relationships among geophytes taxa collected from their natural habitat in Kulp-Diyarbakır we carried out molecular phylogenetic analysis of one nuclear DNA (nrDNA) region (internal transcribed spacer, ITS) and one chloroplast DNA (cpDNA) region (intergenic spacer region of trnL-F). 

Geophytes are in the subsection of angiosperms, whose stems have undergone metamorphosis in the form of bulbs, tubers, corms or rhizomes and are below the soil level. Anatolia has about 100 seedless geophytes, 1000-1200 dicotyledonous geophytes, 200-250 non-petaloid monocotyledonous geophytes and around 1000 petaloid monocotyledonous geophytes. 

The results of DNA sequencing of geophytes were analyzed with the Maximum Likelihood Method using the MEGA 11.0 program to reveal phylogenetic relationships, and phylogenetic trees were created. Despite phylogenetic analysis using maximum likelihood done by two different DNA source show some differences it was identified that monocotyl petaloid taxa differ from dicotyledone geophyte ones. Also both phylogenetic trees reveal that Serapias L., Anacamptis Rich., Cephalanthera Rich., Himanthoglossum Spreng. and Dactylorhiza Necker ex Nevski are nested in Orchis L. Therefore the infraspecific relationships of these genera should be re-evaluated according to our molecular phylogenetic study results. Dicotyl geophyts show molecular phylogeny in accordance with the classical systematic order in Flora of Turkey and reveal the accuracy of interspecific and infraspecific distinctions of these taxa.