Sarkomlarda yeni bir yaklaşım olarak URGCP geninin nörotrofik tirozin kinaz 1,2,3 ve MAPK sinyal iletim yolaklarındaki gen ekspresyonları ile korelasyonunun araştırılması
Correlation of URGCP gene with gene expression in neurotrophic tyrosin kinase 1,2,3 and MAPK signal transduction pathways as a new approach in sarcomas
Yazar: ZELİHA AKDAĞ
Danışman: PROF. DR. YAVUZ DODURGA
Pamukkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Fibrosarkom = Fibrosarcoma ; Leiyomiyosarkom = Leiomyosarcoma

Özet:
Sarkom, mezenkimal kökenli heterojen malignite grubuna ait kemik, kas ve yağ doku gibi bağ doku tiplerinde ortaya çıkan bir kanser türüdür. Yaklaşık %20'sini kemik, %80'nini yumuşak doku sarkomları oluşturur. Yumuşak doku sarkomları (STS) tüm malign kanser türlerin % 1'ni kapsayan nadir kanser türlerinden biridir. Gen füzyonları birçok kanser türünde moleküler bir hedef olarak yer aldığı bilinmektedir. Bu gen füzyonlarından biri olan nörotrofik tropomiyozin reseptör kinaz (NTRK)'lar, tropomiyozin reseptör kinaz (TRK) ailesine ait nöral hücrelerin gelişimi ve farklılaşması ile etkili önemli faktörlerdir. Hücre proliferasyonunda önemli bir yeri olan MAPK sinyal yolağı kaskadlarının basamaklarından herhangi birinde gerçekleşen anormali kanser gelişimini etkileyebilir. Ayrıca MAPK sinyal yolu, tümör hücre göçü, invazyonu ve metastazı gibi çeşitli sonuçlara sebep olabilir. Hücre proliferasyonunun yukarı regüle geni 4 (URGCP), hepatosellüler karsinom, osteosarkom dahil birçok kanser türünde tümör gelişimi ve oluşumunda rol oynayan bir onkogendir. MAPK, PI3K, NF-kappa B sinyal yolakları ile hücre proliferasyonunu desteklese de yumuşak doku sarkomlarına olan etkisi ve moleküler mekanizması bilinmemektedir. Yapılan bu çalışmada yumuşak doku sarkomu alt tiplerinde NTRK1,2 ve 3 gen füzyonlarının, MAPK sinyal yolağında ki genlerin ve URGCP onkogeninin ekspresyonları ve korelasyonları araştırılmıştır. Öncelikle 80 STS hastadan elde edilen parafine gömülü formalin fikse edilmiş (FFPE) dokudan örnekler alınarak RNA izolasyonu gerçekleştirdik. Ardından NTRK1,2,3 ve MAPK sinyal yolağından MEK1,2 ve ERK1 genleri ve ayrıca URGCP onkogeni ile ekspresyon seviyelerine bakmak için qPCR ile incelenmiştir. Daha sonrasında bu genlerin birbirleriyle ve STS ile olan korelasyonları analiz edilerek sonuçlandırılmıştır.

Abstract:
Sarcoma is a type of cancer that occurs in connective tissue types such as bone, muscle and adipose tissue belonging to the heterogeneous malignancy group of mesenchymal origin. Approximately 20% are bone and 80% are soft tissue sarcomas. Soft tissue sarcomas are one of the rare types of cancer, accounting for 1% of all malignant cancers. Gene fusions are known to be involved as a molecular target in many cancer types. Neurotrophic tropomyosin receptor kinases (NTRKs), one of these gene fusions, are important factors involved in the development and differentiation of neural cells belonging to the tropomyosin receptor kinase (TRK) family. Abnormalities in any of the steps of the MAPK signalling cascades, which have an important role in cell proliferation, may affect cancer development. In addition, the MAPK signalling pathway can cause various consequences such as tumour cell migration, invasion and metastasis. Cell proliferation up-regulated gene 4 (URGCP) is an oncogene involved in tumour development and formation in many cancer types including hepatocellular carcinoma and osteosarcoma. Although it promotes cell proliferation via MAPK, PI3K, NF-kappa B signalling pathways, its effect on soft tissue sarcomas and its molecular mechanism is unknown. In this study, the expression and correlations of NTRK1,2 and 3 gene fusions, MAPK signalling pathway genes and URGCP oncogene in soft tissue sarcoma subtypes were investigated. Firstly, paraffin-embedded paraffin samples obtained from 80 STS patients RNA isolation was performed by taking samples from formalin-fixed (FFPE) tissue. Then NTRK1,2,3 and MEK1,2 and ERK1 genes from the MAPK signalling pathway and also URGCP oncogene were examined by qPCR to look at their expression levels. The correlations of these genes with each other and with STS were then analysed and concluded.