Türk toplumunda hepatit b ve hepatit c enfeksiyonunda ıl-28b polimorfizminin ve viral yük ile ilişkisinin belirlenmesi
Determination of il-28b polymorphism and relationship between viral load in hepatitis b and c infections in turkish population
Yazar: ZEYNEP KOÇ
Danışman: PROF. DR. IŞIL FİDAN
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Hepatit = Hepatitis ; Hepatit B = Hepatitis B ; Hepatit C = Hepatitis C ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Türk toplumu = Turkish society ; İnterlökin 28 = Interleukin 28

Özet:
HBV ve HCV enfeksiyonları karaciğerin akut veya kronik enflamasyonuna neden olarak, önemli klinik tablolara yol açabilen sağlık sorunlarındandır. HBV ve HCV enfeksiyonlu hastalarda kronikleşmeyi önleyecek faktörlerin belirlenmesi, enfeksiyon kronikleşmeden önce alınabilecek tedbirler açısından oldukça önemlidir. Son yıllarda, HBV ve HCV enfeksiyonlarının klinik seyrini etkileyen konak faktörlerinden sitokin genlerindeki tek nükleotid polimorfizmler büyük önem kazanmıştır. Çalışmamızda, Türk toplumunda IL-28B geninde kodlanan proteinin fonksiyonunu etkilediği düşünülen rs12979860, rs8099917 ve rs12980275 polimorfizmlerinin klinik olarak farklı HBV ve HCV hepatit tablolarında genotip ve alel dağılımlarının belirlenmesi, farklı klinik tabloların IL-28B gen polimorfizmi açısından kontrol grubu ile karşılaştırması, değerlendirilen üç polimorfizm bölgesine ait haplotip analizlerinin yapılması, plazma IL-28B düzeyi ile HBV ve HCV enfeksiyonunun ilişkisinin belirlenmesi ve HBV veya HCV enfeksiyonlu hastalarda incelenen polimorfizm bölgelerine ait genotipler ile yüksek ve düşük IL-28B plazma düzeyi arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. IL-28B geni polimorfizm analizi Real Time PCR ile yapılmıştır. Plazma IL-28B sitokin düzeyi ELISA yöntemiyle belirlenmiştir.
Çalışma sonuçlarımıza göre, rs12979860CT genotipi ve T aleli ve rs12980275AG genotipi ve G aleli kronik hepatit B enfeksiyonlu hastalarda kontrol grubuna göre anlamlı düzeylerde düşük tespit edilmiştir. rs12979860CC ve rs12980275AA genotipi ise kronik hepatit B enfeksiyonlu hastalarda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak yüksek belirlenmiştir. rs8099917TG genotipi ve G aleli kronik HCV enfeksiyonlu hastalarda kontrol grubuna göre, rs8099917TT genotipi ve T alleli kontrol grubunda kronik HCV enfeksiyonlu hastalara göre anlamlı düzeylerde yüksek saptanmıştır. IL-28B haplotip analizinde TGG haplotipi kronik HCV enfeksiyonlu hasta grubunda kontrol grubuna göre daha yüksek olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda, kontrol grubunda plazma IL-28B düzeyleri HBV ile enfekte veya kronik HCV enfeksiyonlu hastalara göre istatistiksel olarak yüksek tespit edilmiştir. HBV ile enfekte hastalarda, rs12980275AG genotipine sahip olanlarda istatistiksel olarak yüksek IL-28B plazma düzeyi saptanmıştır.
Sonuç olarak, ileri çalışmalarla, IL-28B gen polimorfizmlerinin, hepatit hastalarında prognozu önceden belirleyecek bir belirteç olarak kullanılabileceğini, hepatit enfeksiyonunun progresyonunu önlemek için tedbirler alınmasına ve yeni gen tedavisi seçeneklerinin geliştirilmesine olanak sağlayacak çalışmalara yol gösterebileceğini düşünmekteyiz.

Abstract:
Hepatitis B virus (HBV) and hepatitis C virus (HCV) infections are causing to health problems that can lead to important clinical presentations with causing acute or chronic inflammation of the liver. In HBV and HCV infected patients, it is important to determine the factors that lead to chronicity in HBV and HCV infection so that we can take measures to prevent chronic infection. Recently, the host factors single nucleotide polymorphisms (SNP) in cytokine genes that affect the clinical course of the infections become important. In this study, we aimed to investigate the frequency of Interleukin-28B (IL-28B) rs12979860, rs8099917 and rs12980275 SNP in HBV and HCV infection, to compare different clinical presentations with control to analyze haplotypes, to detect IL-28B plasma levels and relationship between the SNPs genotypes and IL-28B plasma levels among Turkish patients. IL-28B SNPs were investigated by Real Time PCR. Plasma levels of IL-28B were measured by ELISA. In the study, the rs12979860CT genotype and T allele and the rs12980275AG genotype and A allele were significantly lower in patients with chronic HBV infected patients when compared with controls. The rs12979860CC and rs12980275AA genotype were significantly higher in chronic HBV infected patients when compared with controls. However, the TG genotype and G allele
frequencies of the rs8099917 in patients with HCV infection and rs8099917TT genotype and T allele in controls were significantly higher. According to haplotype analysis, the TGG haplotype was found significantly higher in patients with HCV infection compared with controls. The plasma IL-28B levels were higher in controls compared to patients with HBV or HCV infection. In the HBV infected patients with rs12980275AG genotype detected plasma IL-28B levels significantly higher compared to other genotypes.
In conclusion, we believe that IL-28B SNPs could be used as biomarkers for predicting clinical outcomes and be useful to take precautions to prevent progression of hepatitis infection and to improve new gene therapies with further investigations.