İnsan BCL-2 genine ait promotör bölgesinin moleküler analizi
Molecular analysis of human BCL-2 gene promoter region
Yazar: BETÜL BAYDAR
Danışman: PROF. DR. ORHAN ERDOĞAN
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
BCL-2 (B cell leukemia/lymphoma 2), apoptozis düzenleyici proteinler olan BCL ailesinin antiapoptotik bir üyesidir  ve ilk kez  t(14; 18) kromozomal translokasyonu olan insan foliküler B hücre lenfomasında tanımlanmıştır. Bu tez çalışmasında, apoptotik süreçte en kritik potansiyele sahip olan antiapoptotik insan BCL-2 geninin transkripsiyonel regülasyonunu aydınlatmak amacıyla promotör bölgesinin karakterizasyonu ve moleküler analizi yapıldı. Bu amaçla öncelikle çeşitli biyoinformatik veri tabanlarından yararlanılarak BCL-2 geninin 5000 bp'lik promotör bölgesi belirlendi. Ancak çalışmamız dahilinde bu bölgenin transkripsiyonel bakımdan işlevsel olduğu düşünülen 2444 bp 'lik parçası kalıp olarak kullanılarak fonksiyonel özelliklerine göre bu bölge üç alt parçaya ayrıldı. Bölgelerin uzunlukları 2372 bp, 610 bp ve 290 bp olarak belirlenerek çalışmamız bu üç promotör parçası üzerinde gerçekleştirildi. Seçilen bölgelere spesifik dizayn edilen primerlerle PCR yapılarak her bölge saf olarak elde edildi. Her bölgeye ait bu saf bantlar jelden ekstrakte edilerek pGEM-T Easy vektörüne klonlanarak Escherichia coli JM109 bakterisine transfer edildi. Klonlanan her bir parçadan plazmit izolasyonu yapıldı. Aynı şekilde pGL-3 Luc vektörü de Escherichia coli JM109 bakterisine transfer edildi ve bu bakteride çoğaltıldı. Son olarak klonlanmış pGL-3 Luc vektörü Kpn-I ve Hınd-III restriksiyon enzimleriyle kesildikten sonra agaroz jelde yürütüldü ve jelden saf olarak ekstrakte  edildi. Genomatix programı kullanılarak belirlenen bu promotör dizisi üzerinde özellikle insan BCL-2 ve BAX arasında en fazla homolojinin bulunduğu muhtemel promotör parçaları klonlanarak, pGL-3 Luc vektörüne aktarılmak üzere elde edildi.

Abstract:
BCL-2 (B cell leukemia / lymphoma 2) is an antiapoptotic member of the BCL family of apoptosis regulatory proteins and is first described in the human follicular B cell lymphoma with chromosomal translocation of t (14; 18). In this thesis study, the characterization and molecular analysis of the promoter region was performed in order to elucidate the transcriptional regulation of the antiapoptotic human BCL-2 gene, which has the most critical potential in the apoptotic process. For this purpose, a 5000 bp promoter region of the BCL-2 gene was identified primarily by using various bioinformatic databases. However, within our study, this region was considered to be functional in transcriptional maintenance and the 2444 bp fragment was used as a template and this region was divided into three subfractions according to their functional properties. The lengths of the regions were determined as 2372 bp, 610 bp and 290 bp and our study was carried out on these three promoter fragments. In this context. PCR was performed with primers designed specifically for each region and each region was obtained in pure form. The pure bands of each region were gel- extracted and transfered into the E. coli JM109 bacterium by cloning into the pGEM- T Easy vector. Plasmid isolation was performed from each cloned fragment. Similarly pGL-3 Luc vector transfered into the E. coli JM109 bacterium and replicated in this bacteria too. Finally, the cloned pGL-3 Luc vector was digested with restriction enzymes Kpn-I and HindIII, and then was run on agarose gel and extracted purely from this agarose gel. Promoter fragments with the most homology between human BCL-2 and BAX on this promoter sequence determined using the Genomatix program were cloned and transferred to pGL-3 Luc vector.