Türkiye'de dağılım gösteren Gadidae türlerinin mtDNA sekans analiz yöntemiyle moleküler filogenetik yapısının belirlenmesi
Identification of  molecular phylogenetic of Gadidae species from Turkish waters by mtDNA sequence analysis
Yazar: ÜMİT GÜR
Danışman: YRD. DOÇ. DR. YILMAZ ÇİFTCİ
Ordu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Balıkçılık Teknolojisi = Fisheries Technology

Özet:
Bu çalışmada, Gadidae ailesine ait ve ülkemiz denizlerinden örneklenen Merlangius merlangus euxinus, Trisopterus minutus capelanus, Merluccius merluccius, Gaidropsarus mediterraneus, Gaidropsarus vulgaris, Phycis phycis ve Phycis blennoides türleri incelenmiştir. Türlerin mtDNA üzerinde bulunan 12S rRNA ve 16S rRNA bölgeleri PZR ile amplifiye edilmiş ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler GenBank'tan alınan verilerle birlikte değerlendirilerek filogenetik analizler gerçekleştirilmiş ve türler arası ilişkiler belirlenmiştir.
Çalışmada 12S rRNA gen bölgesi için 6 haplotip ve 16S rRNA gen bölgesi için 10 haplotip belirlenmiştir. 12S rRNA ve 16S rRNA gen bölgeleri için haplotip çeşitliliği ve nükleotit çeşitliliği sırasıyla Hd:0.823, Pi:0,09822; Hd:0.867, Pi:0.09822 olarak bulunmuştur.  Elde edilen matrikslerde baz kompozisyonları 12S rRNA gen bölgesi için A:%29.8, C:%25.8, G:%22.8 ve T:%21.6 ve 16S gen bölgesi için A: %27.98, C: %24.22, G: %22.45 ve T: %25.35 olarak belirlenmiştir.  
Filogenetik analizlerde her iki gen bölgesi için de Gaidropsarus vulgaris ve Gaidropsarus mediterraneus türleri aynı haplotip içine dahil olmuşlar, Phycis phycis ve Phycis blennoides türleri ise 16S rRNA gen bölgesi için aynı haplotip içinde yer almışlardır. Oluşturulan filogenetik ağaçlar üzerinde, çalışılan türler arasında Merlangius merlangus euxinus' un atasal haplotip olduğu ve Merluccius türünün ise oluşturulan tüm ağaçlarda diğer haplotiplerden uzak durduğu görülmüştür.
Sonuç olarak bu çalışmada, ülkemiz sularında yayılış gösteren ve önemli ticari türleri de içerisinde barındıran Gadidae familyası hakkında oldukça yetersiz ve eksik olan moleküler filogenetik araştırmaların, çalışmada değerlendirilmiş 7 türün bireyleri için mtDNA üzerinde ki iki gen bölgesi açısından giderilmiştir. Ayrıca bu çalışmada bazı türler için ilk kez elde edilmiş ve sonraki çalışmalar için referans olabilecek sekans verileri GenBank'a yüklenecektir.

Abstract:
In this study, the species belongs to the Gadidae family which sampled from Turkish waters; Merlangius merlangus euxinus, Trisopterus minutus capelanus, Merluccius merluccius, Gaidropsarus mediterraneus, Gaidropsarus vulgaris, Phycis phycis and Phycis blennoides have been examined. 12S rRNA and 16S rRNA gene regions which found on the mtDNA were amplified by PCR and sequence analysis has been performed. The obtained data were evaluated together with the data obtained from GenBank have been carried phylogenetic analysis and inter-species relationships were determined.
In the study, 6 haplotypes for 12S gene region, and 10  haplotypes for 16S rRNA gene region have been identified. Haplotype diversity and nucleotide diversity has been found for the  region 12S rRNA and 16S rRNA gene, respectively; Hd:0.823, Pi:0,09822; Hd:0.867, Pi:0.09822. On the resulting matrices base compositions for the 12S gene region A:%29.8, C:%25.8, G:%22.8 ve T:%21.6 and for the 16S rRNA gene region: A: %27.98, C: %24.22, G: %22.45 ve T: %25.35 has been determined.
According to  phylogenetic analysis, the species of Gaidropsarus mediterraneus and Gaidropsarus vulgaris incorporated into the same haplotype for both genes, but species of Phycis phycis and Phycis blennoides became incorporated into the same haplotype only for 16S rRNA gene region. On the all phylogenetic trees created, it has been observed that Merlangius merlangus euxinus was an ancestral haplotype and Merluccius haplotype stayed away from the other haplotypes. 
As a result of the study, data deficiency of family of Gadidae which including the commercially important species from Turkish waters has been improved with this study in terms of two gene regions on mtDNA for 7 Gadoid species.  In addition, sequence data  obtained the first time for some species will be uploaded to the GenBank in order to be a reference for future studies.