Ülkemizde akut gastroenteritli hastalarda yeni görülmeye başlayan A grubu rotavirüs G10, G12 genotiplerinin araştırılması
Investigation of group a rotavirus G10, G12 genotypes in our country, in patients with acute gastroenteritis
Yazar: HANDE KAHRAMAN DURAK
Danışman: PROF. DR. GÜLENDAM BOZDAYI
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Gastroenterit = Gastroenteritis ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rotavirüs enfeksiyonları = Rotavirus infections ; Rotavirüsler = Rotaviruses

Özet:
Rotavirüsler dünyada 0-5 yaş arasındaki çocuklarda en sık karşılaşılan, mortalite ve morbidite oranı en yüksek olan viral gastroenterit etkenidir. Bu tezin amacı; Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na ishal etiyolojisi araştırılması için dışkı örnekleri gönderilen hastalarda, rotavirüs enfeksiyonu sıklığını belirlemek, bölgemizde yaygın görülen rotavirus genotiplerini ve son zamanlarda dünya genelinde görülmeye başlayan G10, G12 genotiplerini araştırmaktır.
Çalışmamızda Kasım 2016 ve Şubat 2018 tarihleri arasında başvuran, 0-92 yaş arasındaki 476 hastanın dışkı örnekleri immünokromatografik hızlı test ve ELISA ile çalışılmıştır. ELISA pozitif örneklere nested RT-PCR çalışılarak agaroz jel elektroforezi yardımıyla genotiplendirme yapılmıştır. 
Dışkı örneklerinin % 18.3'ünde ve % 17 'sinde sırasıyla immünokromatografik test ve ELISA ile rotavirüs pozitif bulunmuştur. Tüm ELISA pozitif örnekler RT-PCR ile de pozitif olarak tespit edilmiştir. Kadın hastaların %18.5'i, erkek hastaların %15.7'si pozitif olarak saptanmış ve cinsiyetler arasında rotavirüs pozitifliği istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Farklı yaş gruplarında rotavirüs sıklığı 6-12 yıl  (% 23.5), 13-24 ay (% 17.3), 25-36 ay  (% 16) şeklinde görülmüştür. Olguların mevsimsel dağılımı, vakaların ilkbaharda en yaygın olduğunu göstermiştir. 
Örneklerin sırasıyla %37, %7.4, %16.1, %6.2, %9,9, %2.5, %26'sında G1, G2, G3, G4, G9, G10 ve G12 saptanmıştır. G12, G1'den sonra en sık görülen genotip olarak tespit edilmiştir. En yaygın G ve P genotip kombinasyonu G1P[8] olarak bulunmuştur (%17,2). Bunu G12P[8] (%11,11) ve G3P[8]'in (%11.11) takip ettiği saptanmıştır. P genotipleri arasında P[8] (%53) dominant genotip olarak bulunmuştur. 
Çalışmamızda çocukluk çağı ishal etkeni olan rotavirüsün, ileri yaşlarda da karşımıza çıkabileceği ve hatta dünyada yeni görülen tipler ile olabileceği, bundan sonraki moleküler epidemiyolojik çalışmalarda unutulmaması gereken rotavirus genotipi olarak araştırılmasının önemli olduğu kanaatine varmış bulunmaktayız.

Abstract:
Rotaviruses are the most common cause of viral gastroenteritis with the highest mortality and morbidity rates in children aged 0-5 years. The aim of this thesis is; to determine the frequency of rotavirus infection in the patients who were sent fecal samples for the study of the etiology of diarrhea in Gazi University Faculty of Medicine, to investigate the rotavirus genotypes which are common in our region and the G10, G12 genotypes which are being seen recently in the world.
   In our study, fecal samples of 476 patients aged between 0-92 years who applied between November 2016 and February 2018 were studied with immunochromatographic rapid test and ELISA. ELISA positive samples were studied by nested RT-PCR and genotyping was performed by agarose gel electrophoresis.
   18.3% of the stool samples and 17% of them had rotavirus positive by immunochromatographic test and ELISA, respectively. All ELISA positive samples were also detected as positive by RT-PCR. 18.5% of female patients and 15.7% of male patients were found to be positive and rotavirus positivity was not statistically significant between genders. The frequency of rotavirus in different age groups was 6-12 years (23.5%), 13-24 months (17.3%), 25-36 months (16%). Seasonal distribution of cases showed that cases were most common in spring.
   G1, G2, G3, G4, G9, G10, and G12 were detected in 37%, 7.4%, 16.1%, 6.2%, 9.9%, 2.5%, 26% of the samples, respectively. G12 was the most common genotype after G1. The most common G and P genotype combination was G1P[8] (17.2%). This was followed by G12P [8](11.11%) and G3P[8] (11.11%). P[8] (53%) were found to be the dominant P genotype.
   In our study, we concluded that rotavirus, which is the causative agent of childhood diarrhea, can be seen in advanced ages and may be with new types in the world, and it is important to investigate as rotavirus genotype which should not be forgotten in molecular epidemiological studies.