Adana ve Mersin illerinde domates ve biber yetiştirilen alanlarda tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV)'un saptanması ve karakterizasyonu
Detection and characterization of tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) in tomato and pepper grown areas in Adana and Mersin region
Yazar: YOUSSEF HAG MOSA
Danışman: DOÇ. DR. MUHARREM ARAP KAMBEROĞLU
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışma, 2022-2024 aralığında Adana ve Mersin illerinde yetiştirilen domates ve biber üretim alanlarında Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV)'nin saptanması ve karakterizasyonu amacıyla yürütülmüştür. Domates ve biber alanlarında simptomatolojik olarak ToBRFV ile bulaşık olduğundan şüphelenilen 45 farklı sera ve açık alanda 115 adet domates ve 51 adet biber bitkisinden olmak üzere toplamda 166 bitkiden sürgün, yaprak ve meyve örnekleri alınmıştır. RT-PCR çalışmaları, ToBRFV'ye spesifik ToBRFV-F ve ToBRFV-R primer çifti kullanılarak yapılmış ve ToBRFV ile bulaşık örneklerden 560 bp büyüklüğünde bandlar elde edilmiştir. PCR testleri sonucunda domates bitkilerinden alınan 40 örnekte (%34,8) ToBRFV saptanırken, biber bitkilerinden alınan örneklerin tamamı ToBRFV bakımından negatif bulunmuştur. TR6 ve TR2 kodlayan izolatlarla yapılan mekanik aşılama çalışmaları sonucunda ToBRFV domates ve biber bitkilerine aktarılmış, domates ve biber bitkilerinin yapraklarında mozaik, sararma, deformasyon gibi belirtiler gözlemlenmiştir. DNA dizileme çalışmalarında, TRy4, TRc9, TR4, TRc11,TR2 ve TR6 kodlu 6 farklı izolat kullanılmış ve dizi analizleri sonucunda, bu izolatlar dünyanın farklı ülkelerinden rapor edilen ToBRFV izolatları ile %99 oranında benzerlik göstermiştir. Bu çalışmada elde edilen izolatlar filogenetik ağaç üzerinde; TRy4, TRc9 izolatları aynı grupta yer alırken, TR4, TRc11, TR2 ve TR6 izolatı farklı bir gruba dahil olmuştur.

Anahtar Kelimeler: Domates, Biber, ToBRFV, RT-PCR, Dizi Analizi

Abstract:
The study was conducted between 2022 and 2024 in tomato and pepper production areas in the provinces of Adana and Mersin to detect and characterize the Tomato Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV). Samples of shoots, fruits, and young leaves were collected from 115 tomato and 51 pepper plants in 45 different fields where plants were suspected to be infected with ToBRFV based on symptoms. RT-PCR tests were performed using the ToBRFV-specific primer pair ToBRFV-F and ToBRFV-R on 166 samples (115 tomato and 51 pepper As a result of PCR tests, ToBRFV was detected at a rate of 34.8% in 40 samples taken from tomato plants, while ToBRFV was found negative in all samples taken from pepper plants. Through mechanical inoculation studies with isolates encoding TR6 and TR2, ToBRFV was transferred to tomato and pepper plants, and symptoms such as mosaic, yellowing, and deformation were observed on the leaves of tomato and pepper plants.. For DNA sequencing, six different isolates (TRy4, TRc9, TR4, TRc11, TR2, and TR6) obtained from survey areas were used. Phylogenetic analysis showed that isolates TRy4 and TRc6 were in the same group, while the other isolates formed a different group when compared to ToBRFV isolates reported from various countries.

Keywords: Tomato, Pepper, ToBRFV, RT-PCR, Sequence Analysis