Sıçanlarda yüksek yağlı diyetle indüklenen obezite modelinde bağırsak mikrobiyotasının ve metabolik endotokseminin değerlendirilmesi
Evaluation of intestinal microbiota and metabolic endotoxemia in a high-fat diet-induced obesity model in rats
Yazar: ALİYE SAĞKAN ÖZTÜRK
Danışman: PROF. DR. ABDULLAH ARPACI
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Bağırsak mikrobiyotası =   ; Genetik-biyokimyasal = Genetics-biochemical

Özet:
Bu çalışmanın amacı, sıçanlarda yüksek yağlı diyetle indüklenen obezite modelinde hem bağırsakta dışkı mikrobiyotası hem de kolon mikrobiyotasını ve metabolik endotoksemiyi değerlendirmekti. Çalışmanın materyalini 14 adet wistar albino türü 6-7 haftalık erkek sıçan oluşturdu. Deney süresince yem ve suları ad libitum olarak sağlanan sıçanlar deney (7 adet) ve kontrol (7 adet) olmak üzere iki gruba ayrıldı. Kontrol grubu ticari sıçan diyeti ile (% 3 yağ, % 53 karbonhidrat ve % 23 protein) beslenirken deney grubu yüksek yağlı diyetle (hayvansal iç yağ ilavesi ile % 66,75 yağ, % 2,65 karbonhidrat ve % 22,36 protein) 12 hafta boyunca beslendi. Haftalık Lee Index ve BMI hesaplamaları ve iki haftada bir açlık ve tokluk kan glukoz düzeylerine bakıldı. Anestezi altında kalpden kan örnekleri alındı ve sıçanlar dekapite edilerek hızlı bir şekilde taze dışkı örnekleri ve distal kolon doku örnekleri alındı. 
Çalışmanın sonunda vücut ağırlıkları, nazo-anal uzunluklar, HOMA-IR, albümin, IP, T Bil, Ca, CHOL, Cre, demir, GGT, LDH, lipaz ve CK ve tokluk glukoz düzeyleri için gruplar arasında farklılık yoktu. BMI ve Lee Indexleri son iki haftada deney grubunda yükselmiş ve istatistiki olarak anlamlıydı (p<0,05). Açlık kan glukoz düzeyleri üçüncü haftadan itibaren deney grubunda yüksekti (p<0,05). Yine deney grubunda amilaz, TG, ALP ve AI yüksek (p<0,01) ve BUN, T Pro ve HDL ise düşüktü (p<0,01).
Serum TNF-α ve IL-6 için gruplar arasında fark yoktu. Deney grubunda TLR4 (p<0,05), LPS ve insülin düzeyleri yüksek, total protein ise düşüktü (p< 0,01). Kolon dokusunda TLR4, LPS ve total protein benzer, TNF-α ve IL-6 deney grubunda yüksekti (p<0,01). Dışkıda ise LPS deney grubunda artmıştı (p<0,01). 
Metagenomik analizlerde alem seviyesinde kontrol grubunun dışkı örneklerinde arkea yüzdesi yüksekti (p<0,01). Kolon mikrobiyotası ise benzerdi. Diğer taksonomik sınıflandırmalara göre ise dışkıda Aktinobakteria, Bakteriodetes, Firmicutes ve Proteobakteria, kolon mikrobiyomunda ise Actinobacteria, Bacteriodetes, Firmicutes ve Proteobacteria filumları için gruplar arasında bazı türlerde fark belirlendi. 
Ayrıca hem dışkı hem de kolonik mikrobiyomda belirlenen Marvinbryantia formatexigens mukozal yangı ve disbiyozisi; Adlercreutzia equolifaciens, Streptococcus peroris ve Roseburia faecis mukozal yangıyı; Ruminococcus bromii ve Allobaculum stercoricanis ise sağlıklı bir mikrobiyomu gösterir ve invaziv bir yöntem olan mukozal biyopsi örneklerine alternatif olarak dışkıdan da belirlenerek kolonik mikrobiyomu temsil eder.

Abstract:
The aim of this study was to evaluate both feaces and colonic microbiota and metabolic endotoxemia in a high-fat diet-induced obesity model in rats. The material of this study consisted of 14 wistar albino male 6-7 week old rats. During the experiment, rats whose feed and water were provided ad libitum were divided into two groups as experimental (7) and control (7). The control group was fed by a commercial rat diet (3% fat, 53% carbohydrate and 23% protein) while the experimental group was fed a high-fat diet (66.75% fat, 2.65% carbohydrate and 22.36% protein with the addition of animal tallow) fed along 12 week. Weekly Lee Index and BMI calculations and fasting and postprandial blood glucose levels were measured every two weeks. Blood samples were taken from the heart under anesthesia, and the rats were decapitated and fresh stool samples and distal colon tissue samples were taken rapidly.
At the end of the study, there was no difference between the groups for body weight, naso-anal lengths, HOMA-IR, albumin, IP, T Bil, Ca, CHOL, Cre, iron, GGT, LDH, lipase and CK, and postprandial glucose levels. BMI and Lee Indexes increased in the experimental group in the last two weeks and were statistically significant (p <0.05). Fasting blood glucose levels were higher in the experimental group after the first week (p <0.05). Amylase, TG, ALP and AI were high (p <0.01) and BUN, T Pro and HDL were low (p <0.01) in the experimental group.
There was no difference between groups for serum TNF-α and IL-6. In the experimental group, TLR4 (p <0.05), LPS and insulin levels were high, and total protein was low (p <0.01). In the colon tissue, TLR4, LPS and total protein were similar, although TNF-α and IL-6 were higher in the experimental group (p <0.01). In feces, LPS increased in the experimental group (p <0.01).
In metagenomic analysis, the percentage of archaea in the stool at kingdom level was higher in the control group (p <0.01). Colonic microbiota was similar. According to other taxonomic classifications, Actinobacteria, Bacteriodetes, Firmicutes and Proteobacteria in feces; Actinobacteria, Bacteriodetes, Firmicutes and Proteobacteria in the colon microbiome the difference between the groups was determined. 
In addition, Marvinbryantia formatexigens mucosal inflammation and dysbiosis determined in both stool and colonic microbiome; Adlercreutzia equolifaciens, Streptococcus peroris and Roseburia faecis mucosal inflammation; Ruminococcus bromii and Allobaculum stercoricanis, on the other hand, show a healthy microbiome and represent the colonic microbiome by determining it from stool as an alternative to mucosal biopsy samples, which is an invasive method.