Türkiye'de yayılış gösteren Sideritis L. (Lamiaceae) cinsinin Empedoclia seksiyonuna ait taksonların ITS çekirdek ribozomal DNA dizilerine dayalı filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of taxa belonging to the section Empodeclia of the genus Sideritis L. (Lamiaceae) growing in Turkey using its nrDNA sequences
Yazar: CÜNEYT TEZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. FATİH COŞKUN
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Filogenetik = Phylogenetic

Özet:
Türkiye Sideritis L. türlerinin sistematik revizyonu Duman ve Arkadaşları tarafından 2005'te yapılmış olup, bu çalışmaya göre Türkiye'de Sideritis L. (Lamiaceae) cinsine ait 46 türe ait 59 takson belirlenmiştir. Ülkemizde yetişen Sideritis taksonlarının çoğunluğu (46 türün 42'si) Empedoclia seksiyonunda yer almaktadır.Sideritis L. (dağ çayı) türleri ile birçok çalışma yapılmış olmasına karşın, filogenetik akrabalık durumları için henüz moleküler veya moleküler genetik verilere dayalı bir analiz yapılmamıştır. Bu çalışma ile; Türkiye'de yayılış gösteren Sideritis L. cinsinin Empedoclia seksiyonuna ait taksonların moleküler sistematik analizi yapılmıştır. Çalışmada çekirdek DNA'sının (nrDNA) ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgesi kullanılmıştır.Taze bitki materyallerinden genomik DNA'lar, fenol-kloroform-izoamilalkol ve SIGMATicari kiti kullanılarak elde edilmiştir. İzole edilen gDNA'ların ITS bölgeleri ITS4 ve ITS5A primerleri kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır. Dizi analizi sonucu elde edilen ITS (ITS1, ITS2 ve 5.8S rDNA) bölgesinin DNA dizilerinin işlenmesinde Sequencher 4.10.1 programı, dizilerin hizalanmasında ClustalW programı ve filogenetik analiz için PAUP 4.0b10 programı kullanılmıştır.Sideritis cinsinin Empedoclia seksiyonuna aitTaksonlar arasındaki filogenetik ilişkiyi belirlemek için PAUP 4.0b10 programında analizler yapılmıştır. KarakterTemelli yöntemlerden Maksimum Parsimoni kriteri kullanılarak Heuristic (Cesaretlendirici) araştırma yapılmıştır ve ortak karar (konsensus) ağaçları oluşturulmuştur. Yine parsimoni kriteri kullanılarak Bootstrap analizi yapılmıştır. MesafeTemelli yöntemlerden ise NJ (Neighbour Joining) ve UPGMA (Unweighted Pair-Group Metod of Arithmetic Avarage) analizleri yapılmıştır. Bu analizlerin sonucunda Empedoclia seksiyonu, dış gruptan ve Hesiodia seksiyonundan ayrılmıştır. Ayrıca Empedoclia seksiyonu 3 kladdan oluşmuştur.

Abstract:
Sideritis L. species nativeToTurkey were revised by Duman et al. in 2005 andThe members ofThis genus have been delimited with 44 species inTotal of 55Taxa.The majority of SideritisTaxa grown in our country belongsToThe section Empedoclia.Despite many of investigations on Sideritis species, an analysis based on molecular or molecular genetics data has not been done forThe phylogenetic relationships, yet. ForThis study;Taxa which belong Sideritis L. genus?s Empedoclia section which grown inTurkey has been done systematic analysis. In study, nuclear DNA?s (nrDNA) ITS (InternalTranscribed Spacer) region has been used. Genomic DNAs from fresh plant materials, has been extracted with using fenol-kloroform-izoamilalkol and SIGMA commercial kit. Isolated gDNA?s ITS regions have been amplified using ITS4 and ITS5A primers with PCR. Gained after sequence analysis ITS (ITS1, ITS2 ve 5.8S rRNA) regions? DNA sequences has been used Sequencher 4.10.1 programmeTo manipulateTo sequences, ClustalW programme for allignment and PAUP 4.0b10 programme for phylogenetic analysis.Series of analysis were done with PAUP 4.0b10 programmeTo determineThe phylogenetic relationship betweenTheTaxons of Empedoclia section of Sideritis genus. Heuristic resarch was done by using Maximum Parsimoni criteria which is one ofThe character basedTechnique and consensusTrees were constituted. Bootsrap analysis was done by using parsimony criteria once again. NJ (Neighbour Joining) and UPGMA (Unweighted Pair-Group Metod of Arithmetic Avarage) analysis of range basedTechnique also were done. As a result ofThis analysis, Empedoclia section was seperated from outgroup and Hesiodia section. In addition, Empedoclia section was formed 3 clad.