Fotooksidatif stres altında escherichia coli'nin yaşamına fur regülatör proteininin etkisi
The effect of fur regulatory protein on survival of escherichia coli under photooxidative stress
Yazar: EBRU AYDIN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. CİHAN DARCAN
Dumlupınar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Yapılan çalışmada farklı su kaynaklarında E. coli'nin yaşamına fotooksidatif stresin etkisi, Fur regülatör proteininin rolü ve bu proteinin viable but nonculturable (VBNC) ile ilişkisi incelenmiştir. Çalışma üç farklı sıcaklıkta yapılmıştır.Fotosensitizer olarak saf su örneklerine ilave ettiğimiz metilen mavisinin ışık etkisi ile meydana getirdiği reaktif oksijen türleri nedeni ile E. coli QC771 (yabanıl tip) 16 saatlik inkübasyon sonunda 37 °C'de başlangıç bakteri sayısı olan 6.69'dan 4.30 log., 24 °C'de 5.35 log., 10 °C'de 3.96 log. azalma gösterirken, Fur proteini mutasyona uğratıldığında E. coli QC1732 (fur mutant) 37 °C'de başlangıç bakteri sayısı olan 6.65'den 5.58 log., 24 °C'de 5.98 log., 10 °C'de 5.13 log. azaldığı görülmektedir. Aynı şekilde göl suyunda yapılan çalışmalarda, E. coli QC771 (yabanıl tip) 48 saatlik inkübasyon sonunda yabani tip E. coli 37 °C'de başlangıç bakteri sayısı olan 6.65'den 4.61 log., 24 °C'de 6.35 log., 10 °C'de 4.19 log. azalma gösterirken, fur mutant E. coli 37 °C'de 4.71 log., 24 °C'de 6.41 log., 10 °C'de 6.11 log. azaldığı görülmektedir. Kontrol gruplarında görülmeyen bu azalma fotooksidatif stresten kaynaklanmakta olup, fur proteini mutasyona uğratıldığında fotooksidatif stresde E. coli'nin yaşam süresinin uzadığı belirlenmiştir.Fotooksidatif stresde VBNC ve Fur arasındaki ilişkiye bakıldığı zaman, CTC ve Live/Dead sayımlarından stres nedeni ile bakterilerin VBNC duruma girdiği, Fur proteininin VBNC mekanizmasında bir rolü olmadığı belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler : Dormansi, Fotooksidatif Stres, Fur, Göl suyu, Metilen Mavisi, Sıcaklık

Abstract:
In this study, the effect of fotooxidative stress on survival of Escherichia coli in different water sources, the role of Fur-regulator protein and the relation between this protein and viable but nonculturable (VBNC) were examined. The study was conducted under three different temperature.Because of reactive oxygen types that emerged from the effect of light on methylene blue that we added to water samples as fotosensitizer, it was observed that after 16 hours of incubation in pure water, the counts of E. coli QC771(wild type) decreased from 6.69 to 4.30 log. at 37 °C, to 5.35 log. at 24 °C and to 3.96 log. at 10 °C in MB+light conditions, while fur mutant E. coli QC1732 decreased from 6.65 to 5.58 log. at 37 °C, to 5.98 log. at 24 °C and to 5.13 log. at 10 °C in pure water. Similarly, E. coli incubated 48 hours in the studies conducted with lake water and it was observed that after 48 hours, counts of E. coli QC771 (wild type) decreased from 6.65 at the beginning to 4.61 log. at 37 °C, to 6.35 log. at 24 °C and to 4.19 log. at 10 °C whereas fur mutant E. coli decreased to 4.71 log. at 37 °C, to 6.41 log. at 24 °C and to 6.11 log. at 10 °C. This decrease which did not occur in control groups was caused by fotooxidative stress in MB+light condition and when Fur regulator protein was mutated, it was observed that survival of E. coli was longer than wild type in fotooxidative stress.When relation between Fur regulator protein and VBNC in fotooxidative stress is investigated, it can be concluded from CTC and Live/Dead counts that bacteria enters in VBNC situation, but Fur protein does not have any effect in VBNC molecular mechanism.Key words: Dormancy, Fur, Lake Water, Methylene Blue, Photooxidative Stres, Temparature