Baş boyun kanserli hastalarda RASSF4 geninin incelenmesi
Investigation of RASSF4 gene in head and neck cancer patients
Yazar: EMİNE HANDE KARAGEDİK
Danışman: PROF. DR. HAYRİYE ARZU ERGEN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Kafa ve boyun neoplazmları = Head and neck neoplasms ; Kanser hastaları = Cancer patients ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi = Restriction fragment length polymorphisms

Özet:
Baş boyun kanserleri ağız boşluğu, burun, farenks, larenks, tükürük bezlerinde başlayan bir grup kanserdir. Ras, intristik GTP bağlanma ve GTPaz özelliklerine sahip bir proteindir. Hem büyüme arttırıcı hemde büyüme inhibe edici yolakları aktive etme yeteneğine sahiptir. RASSF ailesi RAS onkogeninin büyümesini engelleyici özellikler gösterir. 10 proteinden oluşan RASSF ailesi tümör baskılayıcı olarak görev alır ve tümör alt gruplarında promotör bölgesinin hipermetilasyonu ile inaktivite edilirler. Hücre döngüsü kontrolü, apoptoz, hücre göçü ve mitoz kontrolünde görev aldıkları tahmin edilmektedir. Apoptoz ve hücre siklusunun durmasında ve birçok kanserde azaldığı belirlenmiştir. Çalışmamızda baş boyun kanseri tanısı konmuş 69 hastanın tümör dokuları ve sağlıklı dokuları arasındaki RASSF4 gen ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. İstatistiksel olarak bir anlamlılık saptanmamıştır (p>0,05). Çalışmamızda ayrıca 69 baş boyun kanserli hasta ve 70 sağlıklı bireyden alınan DNA örnekleri ile RS7896801 ve RS884879 gen varyantlarının saptanması için Real-time PZR tekniği kullanılmıştır. Deneysel çalışmalar sonucunda RS7896801 için hasta grupta G allel taşıma sıklığı 2,4 kat artmıştır (p=0,015, χ2=5,95, OR: 2,4, %95 güven aralığı=1,18-5,26). AA genotipi taşıma sıklığı ise kontrol grubunda istatistiksel olarak artmıştır (p=0,015, χ2=5,95, OR: 1,8, %95 güven aralığı=1,10-3,18). RS884879 genotip ve allel dağılımları incelendiğinde sağlıklı grupta CC genotipi taşıma sıklığı hasta grubuna göre 2,2 kat artmıştır (p=0,048, χ2=3,92, OR: 2,2, %95 güven aralığı=0,97-5,05). Hasta grubunda ise T allel taşıma sıklığının anlamlı olarak arttığı gözlemlenmiştir (p=0,048, χ2=3,92, OR: 2,5, %95 güven aralığı=0,98-6,74). RASSF4 serum düzeyi çalışma gruplarında ELISA tekniği ile tayin edilmiştir. Gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farkılılık saptanmamıştır. (p>0,05). 
Çalışmamız Türkiyede baş boyun kanseri hastalarında RASSF4 geninin gen ekspresyon seviyeleri, serum düzeyleri, RS7896801 ve RS884879 gen varyantları arsındaki ilişkiyi araştıran ilk araştırma olma niteliğindedir. Elde edilen bu ilk verilerin RASSF4 proteini için yapılacak ileri çalışmalara öncülük edeceği inancını taşımaktayız.

Abstract:
Head and neck cancers are classified as group cancers that initiates in tissues of oral cavity, nose, pharynx, larynx and salivary glands. RAS is a protein that shows intrinsic GTP binding and GTPase. It has the ability to activate the pathways controlling acceleration and inhibiton of growth. RASSF gene family can inhibit the growth of RAS oncogene. The family consists of 10 proteins that act as a tumour supressor and inactivated by the hypermethilation of promotor area in tumour subgroups. It is estimated that this gene family has a role in cell cycle control, apoptosis, cell migration and mitosis control. A decrease in the gene expression was reported when apoptosis and cell cycle comes to a halt along with the occurence of cancer. This study evaluated RASSF4 gene expression levels in healthy and diseased tissues dissected from the patients (n=69) diagnosed with head neck cancer. No statistical difference was observed (P>0,05). DNA samples taken from 69 diseased and 70 healthy subjects was evaluated to determine areas of RS7896801 and RS884879 gene variants. Results for RS7896801 revealed a x2.4 increase of G-allel presence in diseased group (p=0,015). For control, the increase in presence of AA genotype was statistically significant (p=0,015). Distribution of genotype and allels for RS884879 showed an increase of x2,2 in CC genotype for healthy group (p=0,048) whereas in diseased group, the presence of T allel showed a significant increase (p=0,048). Serum levels of diseased (n=69) and control (n=70) group was tested by using ELISA technique. No statistically significant differences was observed between the study groups (p>0,05).
Our study reveals the first data about the RASSF4 gene expression levels, serum levels and areas of RS7896801 and RS884879 gene variants in head and neck cancers. We believe that this study will play a pioneering role for the next studies on RASSF4 gene.