Otistik bozukluklu çocuk hastalarda VDR gen polimorfizmi, VDR gen ekspresyonu ve VDR geni promotor metilasyonunun araştırılması
Investigation of VDR gene polymorphisms, VDR gene expression and VDR gene  promoter methylation in children with autistic disorder
Yazar: BURHAN BALTA
Danışman: PROF. DR. MUNİS DÜNDAR
Erciyes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Otistik bozukluklar = Autistic disorder ; Otistik bozukluklar = Autistic disorder ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; İmmünite-doğal = Immunity-natural

Özet:
Yaygın gelişimsel bozukluklar (YGB) içinde sınıflandırılan Otistik Bozukluk (OB), yaşamın ilk yıllarında başlayan, sosyal beceri, sözel ve sözel olmayan iletişim, bilişsel gelişimde özgül gecikmeler ve sapmalar, tekrarlayacı ve basmakalıp davranışlarla karakterize nöropsikiyatrik bozukluktur. OB ile ilgili tanımlanmış çok sayıda lokusta mutasyon, kopya sayısı değişikliği bulunmasına rağmen hastaların büyük kısmında sorumlu patogenez aydınlatılamamıştır. Vitamin D; steroid yapıda yağda eriyen bir vitamin aynı zamanda hormondur. Kaynağı ultraviyole B güneş ışınları varlığında deride gerçekleşen sentez ve diyet ile alımdır. Aktif formu 1,25(OH)2D3?tür. Aktif Vitamin D metabolitleri etkilerini sitoplazma ve çekirdekte yerleşik vitamin D reseptörü (VDR) aracılığla gerçekleştirir. OB oluşum mekanizması ile ilgili ortaya atılan hipotezlerden biride doğal immün yanıttaki bozukluklardır. Yakın zamanda yapılan çok sayıda ekspresyon array, transkriptom çalışmalarında OSB? da özellikle doğal immün yanıtta görevli genlerin ekspresyonlarında artış gösterilmiştir. Vitamin D ve VDR de doğal immün yanıtta önemli rolü olan antijen sunan hücreler tarafından eksprese edilen ve yabancı mikroorganizmaları tanıyan Toll-Like-Receptors (TLR) aracılığla antimikrobiyal etki gösterir.
Bu çalışmada OB tanısı almış 30 hasta ve 30 sağlıklı kontrolde Real Time PCR yöntemi ile VDR geninin periferik kandan mRNA ekspresyonu, VDR geni promotor bölgesindeki rs11568820 ve rs4516035 SNP analizi ve VDR geni promoter bölge 16492 CpG adası metilasyonu karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. OB?li bireylerde kontrollere oranla VDR geni periferik kan mRNA ekspresyonunun anlamlı derecede artmış olduğu tespit edilmiştir. (p:0,001). rs11568820 ve rs4516035 polimorfizmlerinin allel ve genotip dağılımlarında kontrol grubu ile arasında anlamlı fark bulunmamıştır. Yine VDR geni promotor bölge 16492 CpG adası metilasyon analizinde hasta ve kontrol grubunda metilasyon tespit edilmemiştir.
Sonuç olarak OB hasta grubunda VDR gen ekspresyonunun artmış olması, OB? de görülen doğal immün yanıttaki artışı desteklemektedir. Ayrıca bu çalışma Vitamin D, VDR, OSB ve doğal immünite arasındaki ilişkinin aydınlatılması için yeni bir araştırma alanı açmıştır.

Abstract:
Autistic Disorder (AD) which is classified in Pervasive developmental disorders (PDD) is a neuropsychiatric  disorder characterized by stereotyped and repetitive behaviors and specific delays and diversions in social skills, verbal and non verbal communication, cognitive development in the early years of life. Although there are a large number of mutations and copy number variations at various loci identified in AD patients, pathogenesis of AD has not been elucidated in majority of patients. Vitamin D is a fat-soluble steroid vitamin and hormone. Supply is the synthesis that occurs in the skin in the presence ultraviolet B sun rays and dietary intake. Biological effects of active Vitamin D metabolites are exerted through the vitamin D receptor (VDR), located mainly in cytoplasm and nuclei. One possible mechanism for the occurrence of AD is suggested to be through innate immune response disorders. Recently, in AD patients, a large number of expression array and transcriptome studies have shown an increase in the expression of genes especially related to innate immune reponse. Antimicrobial effects of vitamin D and VDR are exerted through Toll-Like-Receptors (TLR) which have an important role in the innate immun response, are expressed by antigen presenting cells and recognize foreign microorganisms.
In this study, 30 patients diagnosed with AD and 30 healthy controls were comparatively evaluated for the periferic blood VDR gene expression by real time PCR method and for rs11568820 and rs4516035 SNP profile of the promoter region of the VDR gene and for 16492 CpG island methylation of the VDR promoter region. Periperic blood VDR gene expression was significantly higher in AD group compared to control subjects (p:0,001). There were no significant differences among allele and genotype distribution of rs11568820 and rs4516035 polymorphisms between AD patients and controls. Methylation was not detected in 16492 CpG island methylation analysis in VDR gene promoter region in patient and control groups.
As a result, the increase of VDR gene expression in patients with AD is in accordance with the increase in the innate immune response in patients with AD. Furthuremore, this study will stimulate new studies in order to clarify the relationship among AD, vitamin D, VDR, and innate immunity.