Türkiye'deki Acanthodactylus cinsinde DNAbarkodlama yöntemi kullanarak genetik çeşitliliğinaraştırılması
Research on genetic diversity of the genus Acanthodactylus inTurkey by using DNA barcoding method
Yazar: AYŞE TEMBELO
Danışman: PROF. DR. YUSUF KUMLUTAŞ
Dokuz Eylül Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Zooloji = Zoology

Özet:
Lacertidae familyasının bir üyesi olan Acanthodactylus cinsi 45 tür içermektedir. Bu
cinsin A. boskianus, A. schreiberi, A. harranensis ve A. ilgazi türleri ülkemizde
yaşamaktadır. Bu cinse ait taksonlar arasında karmaşıklık söz konusudur. Bu
karmaşıklığın giderilmesi için moleküler belirteçlere dayalı birçok çalışma olmasına
rağmen, DNA barkodlama yaklaşımının kullanıldığı herhangi bir çalışma
bulunmamaktadır. Bu çalışmada, barkodlama tekniğinin uygulanabilmesi için
sitokrom c oksidaz subunit I (COI) gen bölgesi tercih edilmiş ve ülkemizde yayılış
gösteren Acanthodactylus cinsine ait türlerin taksonomik durumunun belirlenmesi
amaçlanmıştır. Toplamda 4 lokaliteden 22 örnek değerlendirilmiş olup, COI gen
bölgesinin 594 baz çiftlik kısmi dizisi analiz edilmiştir. Analizlerde yer alan veri
setinin toplamda 5 farklı haplotip içerdiği belirlenmiştir. Öncelikle türler arasında
doğru bir filogenetik yapılandırma oluşturmak için gen ağacı (Neighbour-Joining,
Maximum Likelihood ve Bayesian Inference) analizleri yürütülmüştür. Sonrasında tür
ağacı analizleri ile (ABGD, bPTP, mPTP, GMYC ve TCS) ortaya çıkan monofiletik
grupların bir türü temsil etme potansiyelleri test edilmiştir. Filogenetik analizler
sonucunda elde edilen ağaç topolojilerinde çalışmadaki her bir türün ayrı bir
monofiletik grup olarak dallandığı görülmüştür. Tür ağacı analizleri sonucunda
ABGD, bPTP ve GMYC analizlerinin her bir monofiletik grubu tür olarak ayırdığı
tespit edilmiştir. Diğer açıdan mPTP analizinin çalışma grubunu 2'ye, TCS
analizinin ise 5'e ayırdığı gözlenmiştir. Barkod analizi sonuçlarında birbirine en
yakın akraba türler A. boskianus ve A. schreiberi, en uzak türler ise A. ilgazi ve A.
schreiberi'dir. Bu çalışma, herpetofauna açısından ülkemizin biyolojik
zenginliklerinden biri olan Acanthodactylus türleriyle ilgili doğru bir taksonomik
düzenleme için daha detaylı yeni çalışmalar yapılmasını gerektirmektedir

Abstract:
The genus Acanthodactylus, a member of the Lacertidae family, includes 45 species.
Of this genus A . boskianus, A. schreiberi, A. harranensis and A. ilgazi species live in
our country. There is complexity among the taxa of this genus. Although there are
many studies based on molecular markers to remove this complexity, there is not
study using the DNA barcoding approach. In this study, the cytochrome c oxidase
subunit I (COI) gene region was preferred for the application of barcoding technique
and it was aimed to determine the taxanomic status of the species belonging to the
genus Acanthodactylus, which is widespread in our country. In total, 22 samples
from 4 localities were evaluated, and the 594 base pair partial sequence of the COI
gene region was analyzed. It was determined that the data set included in the
analyses contains 5 different haplotypes in total. First of all, gene tree (NeighbourJoining, Maximum Likelihood and Bayesian Inference) analyzes were carried out to
establish an accurate phylogenetic configuration among species. Afterwards, the
potential of the resulting monophyletic groups to represent a species was tested by
species delimitation (ABGD, bPTP, mPTP, GMYC and TCS). In the tree topologies
obtained as a result of phylogenetic analyses, it was observed that each species in the
study branched as a separate monophyletic group. As a result of the species tree
analyses, it was found that ABGD, bPTP and GMYC analyses distinguish each
monophyletic group as a species. On the other hand, it was observed that mPTP
analysis divided the study group into 2 species and TCS analysis divided the study
group into 5 species. In the results of barcode analysis, the closest related species are
A. boskianus and A. schreiberi, while the most distant species are A. ilgazi and A.
schreiberi. This study requires more detailed new studies for an accurate taxonomic
arrangement of Acanthodactylus species, which is one of the biological riches of our
country in terms of herpetofauna