PCR kısıtlama fragman uzunluğu polimorfizmi ve virülans faktörü geninin DNA sırası analizine dayanan Staphylococcus aureus'un moleküler çalışması
Molecular study of staphylococcus aureus based on PCR restriction fragment length polymorphism and DNA sequence analysis of the one of virulence factor gene
Yazar: RANA HASAN ALI ALI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKAY ÇORAK ÖCAL ; DR. NAJEEB MUHAMMED HUSEYİN
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Irak = Iraq ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; Virülans faktörleri = Virulence factors ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Çalışma S.aureus bakterisinin varlığını araştırmak için Ramadi şehrinde 165 klinik numuneden 100 örnek toplanmıştır. İzolasyon kaynağına göre deriden 45, yaradan 32, kandan 17 ve idrardan 6 numune alınmıştır. Sonuçlar, S.aureus'un deri örneklerinde en yüksek yüzdesinin %45 olduğunu göstermektedir. Çalışmada Amikasin, Amoksisilin, Ampisilin, Eritromisin, Gentamisin, Klindamisin, Kloramfenikol, Penisilin, Sefoksitin, Siprofloksasin, Trimetoprim ve Vankomisin olmak üzere 12 çeşit antibiyotik için seçilen bakteri izolatlarına ve seçilen patolojik izolatlara karşı duyarlılık testi yapılmıştır. Test sonuçları Penisilin için %99, Ampisilin için %91 ve Trimetoprim için %85 ile bu antibiyotiklerin üç tipine oldukça dirençli olduğunu göstermektedir. Çalışmadaki diğer antibiyotikler için izolatların dirençleri farklılık göstermekle birlikte Vankomisin'e %99 Kloramfenikol'e %79 duyarlı olduğu görülmektedir. Çalışmada ayrıca izolatların genetik dizisini incelemek amacıyla, seçilen bakteri izolatları mecA ve pvl'den genomik DNA ekstrakte edilmiştir. MecA geninin analiz edilen 100 örneğin 64'ünde bulunduğu ve orantısal olarak %64'e tekabül ettiği ortaya çıkmıştır. Kısıtlama Fragman Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP) yaklaşımı, PCR alanlarının genetik içeriğinin çeşitliliğini doğrulamak için kullanılmakla birlikte coa ve spa genlerinin amplifikasyonu, coa geni ve spa geninin varlığı, bu genlerin spesifik primerleri kullanılarak ayrılmış S. aureus suşlarında araştırılmıştır. Her iki gen için 575 bp bandının görülmesi amaçlanmıştır. Sonuç olarak her birinin iki amplifikasyon paternine sahip olduğu ve genlerin farklı PCR ürün boyutlarına sahip olduğu belirlenmiştir. Coa geni için sırasıyla 405, 810 ve 891 bp değerleri gözlenirken, Spa geni için 240, 1200 ve 1296 bp değerleri görülmüştür.



2022, 66 sayfa

ANAHTAR KELİMELER: 	Staphylococcus aureus, Antibiyotik direnci, Virülans faktörleri, Ramadi, Iraq

Abstract:
The current study involved collecting 100 of 165 clinical samples in the city of Ramadi to investigate the presence of S.aureus bacteria. According to the isolation source, 45 samples were taken from the skin, 32 from the wound, 17 from the blood and 6 from the urine. The results show that the highest percentage of S.aureus in skin samples is 45%. In the study, susceptibility tests were performed against selected bacterial isolates and selected pathological isolates for 12 types of antibiotics, namely Amikacin, Amoxicillin, Ampicillin, Erythromycin, Gentamicin, Clindamycin, Chloramphenicol, Penicillin, Cefoxitin, Ciprofloxacin, Trimethoprim and Vancomycin. Test results show that it is highly resistant to all three types of these antibiotics, with 99% for Penicillin, 91% for Ampicillin and 85% for Trimethoprim. Although the resistance of the isolates differed for other antibiotics in the study, it was observed that they were 99% sensitive to Vancomycin and 79% to Chloramphenicol. In the study, genomic DNA was also extracted from selected bacterial isolates mecA and pvl in order to examine the genetic sequence of the isolates. It turned out that the MecA gene was present in 64 of 100 samples analyzed, corresponding to 64% proportionally. While the Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) approach is used to confirm the diversity of the genetic content of the PCR domains, the amplification of the coa and spa genes, the presence of the coa gene and the spa gene were investigated in S. aureus strains that separated these genes using specific primers. It was aimed to see the 575 bp band for both genes. As a result, it was determined that each of them has two amplification patterns and the genes have different PCR product sizes. While 405, 810 and 891 bp values were observed for the Coa gene, respectively, 240, 1200 and 1296 bp values were observed for the Spa gene.


2022, 66 pages

Keywords: 	Staphylococcus aureus, Antibiotic tesistance, Virulence factors, Ramadi, Iraq