SETD2, JMJD2C ve TIP60 genlerinin mRNA düzeyindeki ifadesi ile küçük hücreli dışı akciğer kanseri gelişimi arasındaki ilişkinin belirlenmesi
Determınatıon of the relatıonshıp between SETD2, JMJD2C ve TIP60 mRNA expressıon levels and non small cell lung carcınoma
Yazar: ŞEVKİ MUSTAFA DEMİRÖZ
Danışman: PROF. DR. ABDULLAH İRFAN TAŞTEPE
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Göğüs Cerrahisi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Göğüs Kalp ve Damar Cerrahisi = Thoracic and Cardiovascular Surgery
Dizin: Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Genler = Genes ; Kantitatif genetik = Quantitative genetic ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; RNA-haberci = RNA-messenger

Özet:
Akciğer kanseri, dünyada kadın ve erkeklerde kansere bağlı ölümlerin en yaygın nedenidir. Epigenetik değişimler DNA metilasyonu ve histon modifikasyonunu içerir. Epigenetik yolaklarda meydana gelen değişimler çok sayıda hastalığın gelişiminde rol alır. Histon modifikasyonları histon modifiye eden enzimlerle kontrol edilir. Bu çalışmanın amacı, histon modifikasyonunda görevli üç genin mRNA düzeyindeki ifadeleri ile KHDAK gelişimi arasındaki ilişkinin belirlenmesidir. Çalışmamızda, 44 küçük hücreli dışı akciğer kanserli hastadan alınarak normal ve malign oldukları histopatolojik olarak doğrulanan doku örneklerinde üç histon modifikasyonu enziminin mRNA düzeyindeki ifade düzeyi araştırıldı. Doku örneklerinden total RNA elde edildi. SETD2, JMJD2C ve TIP60 genlerinin mRNA ifade düzeyleri kantitatif Real time PCR (qPCR) yöntemi ile ölçüldü. İfade düzeylerini normalize etmek için gliseraldehit -3-fosfat dehidrogenaz (GAPDH) housekeeping geni kullanıldı. Tümör ve normal doku örneklerine ait sonuçlar karşılaştırıldığında, JMJD2C mRNA ifade düzeyinde herhangi bir farklılık belirlenmedi (p>0.05). Ancak SETD2 ve TIP60 genlerinin mRNA düzeylerinin, hastaların tümör dokularında kontrol dokularına göre anlamlı olarak azaldığı bulundu (p<0.05). Bulgularımız, küçük hücreli dışı akciğer kanseri patogenezi ile SETD2 ve TIP60 genlerinin mRNA düzeyindeki ifadesi arasında ilişki olabileceğini göstermektedir. Bu sonuçların doğrulanması için ileri moleküler araştırmalara ihtiyaç vardır.

Abstract:
Lung cancer is the most common cause of death due to cancer in both men and women throughout the world. The epigenetic alterations include DNA methylation, and histone modification. Alterations in epigenetic pathways have been shown to be implicated in common human diseases. Histone modifications are controlled by histone modifying enzymes. Aim of this study is to identify the relationship between mRNA expression of histone modifying genes and development of NSCLC. In this study, the expression profiles of three histone modifying genes of cancer tissue and noncancerous part from 44 patients of non small cell lung cancer were investigated. Total cellular RNA was isolated from tissue samples. The mRNA expression levels of SETD2, JMJD2C and TIP60 genes were measured by quantitative real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gene was used as the housekeeping gene in order to normalize expression levels. When the mRNA expression levels of these genes in lung cancer tissues were compared with those of normal lung tissues, mRNA expression level of JMJD2C did not differ significantly (p>0.05). However, there were a significant decrease in mRNA levels of SETD2 and TIP60 genes in malign tissues (p>0.05). Our findings indicate a possible association of SETD2 and TIP60 genes mRNA expression with the pathogenesis of NSCLC. To confirm these findings, further molecular investigation is needed.