Simmental ırkı sığırlarda κ-kazein (CSN3) geni polimorfizmi ve bazı performans özellikleri arasındaki ilişkileri
The relationships between κ-casein (CSN3) gene polymorphism and some performance traits in simmental cattle
Yazar: HAMİYE ÜNAL
Danışman: DOÇ. DR. SİNAN KOPUZLU
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Amaç: Erzurum'da özel bir işletmede yetiştirilen 70 baş Simmental sığırlarda κ-Kazein (CSN3) gen lokusu bakımından genotipik yapılarının incelenmesi, ilgili genler bakımından sığırlara ait genotip ve allel frekanslarının dağılımının belirlenmesi ve belirlenen genotiplerin bazı performans özellikleriyle ilişkilendirmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: Çalışmada kullanılan Simental sığırlardan alınan kan örneklerinden izole edilmiş DNA'larda, PCR-RFLP yöntemi kullanılarak CSN3/HinfI gen polimorfizmleri tanımlanmıştır. PCR-RFLP ürünleri elektroforez ortamında yürütülerek sonuçlar ultraviyole (UV) cihazında bantlar halinde görüntülenmiştir. Araştırmada genotip, allel frekans dağılımları ve popülasyonun Hardy-Weinberg genetik denge testleri ölçülmüş, CSN3 genotiplerinin incelenen performans özellikleri arasındaki ilişkileri Genel Linear Modele göre SPSS istatistik programı kullanılarak hesaplanmıştır.
Bulgular: Hardy-Weinberg genetik denge testine göre çalışılan popülasyonda genotip frekansları dağılımının dengede olduğu(P>0.05) gözlenmiştir. Popülasyondaki CSN3 genine ait AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla %57,14, %3,86 ve %4,89, A allelinin frekansı 0,74 ve B allelinin frekansı 0,26 olarak tespit edilmiştir. AA, AB ve BB genotiplerinde ortalama değerler sırasıyla gerçek süt veriminde 5151±308,6, 5805±370.3 ve 5772±547,3 kg; 305 günlük süt veriminde 5313±233.9, 5784±280.7 ve 6458±414,8 kg; laktasyon süresinde 294±13,7, 316±16.5 ve 294±24,4 gün; günlük süt veriminde 17,9±0.75, 18,6±0.89 ve 19,6±1,32 kg olarak saptanmıştır. İstatistik analiz sonuçlarına göre sadece 305-günlük süt verimine genotipin etkisi önemli (P<0.05) olarak bulunmuştur. 
Sonuç: Simmental ırkı ineklerden alınan kan örneklerinden PCR-RFLP yöntemi kullanılarak CSN3 genotipleri tespit edilmiştir. İncelenen sığır ırkı popülasyonda CSN3 gen lokusu dağılımının Hardy-Weinberg prensibine göre genetik dengede olduğu, CSN3 gen polimorfizmi bakımından belirlenen genotip ve allel frekansları ırkın genotip çeşitliliğini ortaya koymada yeterli sayılabildiği, CSN3 genotipleri ile performans özellikleri arasında ki ilişkilerin belirlenmesi için yapılan istatistik analiz sonuçlarına göre CSN3 genotiplerin sadece 305-günlük süt verimiyle ilişkisinin önemli (P<0,05) olduğu, CSN3 BB genotipli hayvanların ekonomik olarak sürüde avantaj oluşturduğu ve CSN3'ün bu bakımdan markör yardımlı seleksiyon(MAS) amacıyla kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Purpose: This study aimed to investigate the genotypic structure of κ-Casein (CSN3) gene locus, determination of the distribution of cattle genotype and allele frequencies in terms of related genes and to associate with performance traits of the genotypes in 70 Simmental cattle raised in a private enterprise in Erzurum.
Method: CSN3/HinfI genes polymorphism were defined by using the PCR-RFLP method in the DNAs isolated from blood samples taken from Simmental cattle used in this study. PCR-RFLP products were carried out in electrophoresis and the results were visualized as bands on the ultraviolet (UV) device. Genotype, allele frequency distributions, and Hardy-Weinberg genetic equilibrium test of the population were determined in the population studied. The relationships between CSN3 genotypes and the performance characteristics discussed were calculated by using the SPSS statistics program, according to the General Linear Model.
Findings: It was observed that the distribution of genotype frequencies was stable (P>0,05) according to the Hardy-Weinberg genetic equilibrium test of the cattle population examined. The AA, AB, and BB genotype frequencies of the CSN3 gene found in the population were 40 (%57,14), 23 (%32,86), and 7 (%4,89), and the frequency of the A allele and the B allele was found to be 0,74 and 0,26, respectively. The averages of AA, AB, and BB genotypes of CSN3 were determined as 5151±308,6, 5805±370,3, and 6458±414,8 kg for the actual milk yield, as 5313±233,9, 5784±280,7, and 6458±414,.8 kg for 305-day milk yield, as 294±13.7, 316±16,5, and 294±24,4 days for lactation periods, and as 17,9±0,75, 18,6±0,89, and 19,6±1,32 kg for daily milk yield, respectively. According to the results of statistical analysis, the effect of genotype on 305-day milk yield was found to be significant (P<0,05).
Results: CSN3 genotypes were correctly identified by using the PCR-RFLP method in the blood samples collected from Simmental cattle. In the study was concluded that in the point of CSN3 gene locus was in Hardy-Weinberg genetic equilibrium, the genotype and allele frequencies detected in terms of CSN3 gene polymorphism were sufficient to reveal the genotype diversity of the breed, according to the statistical analysis results of the relationships between CSN3 genotypes and performance traits, only the effect of genotype on 305-day milk yield was significantly (P<0,05), the cattle with CSN3 BB genotype are economically advantageous in the herd, and therefore CSN3 can be used for marker-assisted selection (MAS).