Aksolot'da omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların yeni-nesil RNA dizileme ile tanımlanması
Next-generation sequencing to identify molecular regulators of regeneration after spinal cord injury in the axolotl
Yazar: HARBİYE HACIBEKTAŞOĞLU
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ TURAN DEMİRCAN
İstanbul Medipol Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Sinir Bilimi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Aksolotl = Ambystoma mexicanum ; Dizi analizi-RNA = Sequence analysis-RNA ; Gen ifadesi profili = Gene expression profiling ; Merkez sinir sistemi = Central nervous system ; Moleküler yapı = Molecular structure ; RNA = RNA ; Rejenerasyon = Regeneration ; Spinal kord yaralanmaları = Spinal cord injuries ; Spinal yaralanmalar = Spinal injuries

Özet:
Aksolot beyin ve omurilik de dahil olmak üzere birçok organ ve uzuvlarını rejenere edebilme kapasitesi sayesinde araştırmacıların model organizma olarak kullandığı önemli bir canlıdır. Aksolotun böylesine bir rejeneratif kapasiteye sahip olmasının altında yatan moleküler mekanizmaların ne olduğu konusunda araştırmalar halen devam etmektedir. Memelilerin genel olarak rejenerasyon kapasitesinin kısıtlı olması ve özelde de merkezi sinir sistemi hasarlarını tamamen düzeltememelerine karşılık aksolotda merkezi sinir sistemi rejenerasyonu başarısını sağlayan gen ve yolaklar merak uyandırmaktadır. Transkriptom canlıların belirli bir organ, doku ya da hücre veya belirli bir zaman dilimi için ifade RNA profilinin tümüne verilen isimdir. Bu çalışmada da transkriptom analizinden faydalanarak sinir rejenerasyonunda yer alan çeşitli faktörlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Bunun için neotenik aksolotlar kuyruk bölgesinden kesilmiş olup; 0.gün, 1.gün, 4.gün ve 7.gün örnekleri alınarak bu örnekler için RNA dizileme çalışması yapılmıştır. Tanımlanan RNA'lardan anlamlı olarak ifade edilenler, PANTHER Sınıflandırma Sistemi'yle moleküler fonksiyon, biyolojik süreç, hücresel bileşen ve protein sınıf analizi belirlenmiş, STRING veri tabanı ile de protein-protein etkileşimi analiz edilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Aksolot, merkezi sinir sistemi, omurilik, rejenerasyon,
transkriptom.

Abstract:
Axolotl is a living creature, being used as a model organism through the capacity of regenaration of organs and limbs including the brain and the spinal cord. Researchs issue the underlying molecular mechanism of such a regenerative capacity have been still continuing. Despite mammals have a limited regeneration capacity and they are not able to completely fix central nerve system damages, genes and pathways ensuring central nerve system regeneration success in axolotls arouse curiosity. Transcriptome is the name for a specific organ, tissue, cell or RNA profile for a certain amount of time. This research aims to identify various factors taking place in nerve regeneration. Neotenic axolotls were cut from the queue area. Day 0,1,4 and 7 samples collected and a RNA sequence study conducted based on these samples. Those demonstrating significance among identified RNAs, molecular function by PANTHER classification system, biological process, cellular component and protein category analysis were determined. Additonally, protein-protein interaction analysis was conducted by STRING database.

Key Words: Axolotl, central nervous system, spinal cord, regeneration,
transcriptome.