Hamsi balığında (Engraulis encrasicolus L., 1758) cinsiyetin belirlenmesini düzenleyen genomik lokasyonların tüm genom dizileme yaklaşımıyla belirlenmesi
Identification of genomic regions regulating sex determination in european anchovy (Engraulis encrasicolus L., 1758) by whole-genome sequencing approach
Yazar: SELAHATTİN BARIŞ ÇAY
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ VAHAP ELDEM
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Zooloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Zooloji = Zoology
Dizin: Moleküler biyoloji = Molecular biology

Özet:
Hamsi Balığı (Engraulis encrasicolus L., 1758),  sahip olduğu yüksek üreme kapasitesi ve pelajik bölgede oluşturduğu yoğun popülasyonlarla Karadeniz başta olmak üzere ülkemiz deniz ekosistemi içerisindeki besin zincirinde enerji transfer basamağında önemli bir yere sahiptir. Ayrıca doğrudan balıkçılık ile elde edilen deniz ürünü stoğunun çok büyük bir parçasını oluşturmasından dolayı ülkemizde yer alan ekonomik ve ekolojik değeri yüksek türlerin başında gelmektedir.  
Balıklarda cinsiyetin belirlenmesi ve eşey karakterlerin oluşması süreci çeşitli genetik ve çevresel faktörlerden etkilenen karmaşık ve yüksek plastisiteye sahip bir süreç olmasıyla birlikte cinsiyet belirlenmesinde görülen çeşitliliğin neden var olduğu, bu çeşitliliğin nasıl geliştiği ve genom düzeyinde cinsiyetin belirlenmesinden sorumlu genler ve birbirileriyle olan ilişkileri belirsizliğini korumaktadır.
Burada sunulan tez çalışması kapsamında Karadeniz Bölgesi'nden toplanan 50 dişi ve 50 erkek hamsi balığı bireyine ait DNA örnekleri MGI platformu üzerinde dizilenmiştir. Örnek başına elde edilen ortalama 2,5 Gb uzunluktaki okumalar var olan Hamsi Balığı taslak genomu ile birlikte analiz edilmiş ve taslak genoma kıyasla her bir okumadaki değişkenler türleri, konumları ve popülasyon içindeki görülme sıklığı ile birlikte VCF dosya formatında elde edilmiştir. Dişi ve erkek bireylere ait 50'şer VCF dosyası cinsiyete özgü tek bir dosyada birleştirilmiş ve dişi - erkek olarak birbirileriyle kıyaslanmıştır. Kıyaslama sonucunda elde edilen dişi veya erkek bireylere özgü olan genomik bölgeler cinsiyetle ilişkili olabileceği saptanmış, bu bölgelere karşılık gelen potansiyel gen adayları ortaya konulmuştur.

Abstract:
Anchovy (Engraulis encrasicolus L., 1758) has an important place in the energy transfer step of the food chain in the marine ecosystem of our country, especially in the Black Sea, with its high reproductive capacity and dense populations in the pelagic region. In addition, it is one of the species with high economic and ecological value in our country, since it constitutes a very large part of the seafood stock obtained by direct fishing.
Although the process of sex determination and formation of sex characters in fish is a complex and highly plastic process affected by various genetic and environmental factors, it remains unclear why the diversity seen in sex determination exists, how this diversity develops, and the genes responsible for determining sex at the genome level and their relationships with each other.
Within the scope of the thesis presented here, DNA samples of 50 female and 50 male anchovy individuals collected from the Black Sea Region were sequenced on the MGI platform. Reads with an average length of 2.5 Gb per sample were analyzed together with the existing Anchovy draft genome and variants in each read compared to the draft genome were obtained in VCF file format with their species, location, and incidence within the population. 50 VCF files of female and male individuals were combined in a single gender-specific file and compared with each other as female and male. Genomic regions specific to female or male individuals obtained as a result of the comparison were determined to be related to gender, and potential gene candidates corresponding to these regions were revealed.