Multiplex ligation- dependent probe amplification (MLPA) tekniği kullanılarak küçük hücre dışı akciğer kanserleriyle ilişkili bazı genlerin incelenmesi
The investigation of some genes associated with NSCLC by using multiplex ligation-dependent probe amplification technique (MLPA)
Yazar: ÜMİT KARADELİ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. AHMET ULUDAĞ
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Gen amplifikasyonu = Gene amplification ; Genler = Genes ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Onkogenler = Oncogenes

Özet:
Kansere bağlı ölüm nedenleri arasında, akciğer kanseri ilk sıralarda yer almaktadır. Tümör süpressör genler, hücre büyümesini düzenleyerek tümör gelişimini engelleyen genlerdir. Metillenme, genlerin transkripsiyonunu engelleyen epigenetik bir mekanizmadır. Çalışmamızda MLPA yöntemi ile akciğer kanserlerine özel dizayn edilen Salsa MLPA Probemix 175/294 ve Salsa MLPA ME002 kitleri kullanılarak, akciğer kanserleriyle ilişkilendirilmiş genlerin amplifikasyon, delesyon ve metilasyonlarının incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamız da histopatolojik olarak incelenip, "küçük hücre dışı akciğer kanseri" tanısı almış 30 olgu ve her hastaya ait kanser dokularından elde edilen DNA örnekleri çalışma grubu olarak, aynı hastaya ait kanser dokusu içermeyen 30 çevre dokularından elde edilen DNA örnekleri de kontrol grubu olarak ele alınmıştır. Elde edilen bu sonuçlar incelendiğinde, akciğer kanserli tümöral dokularda en sık 22q, 13q, 1p ve 10q delesyonları; 9q ve 17q amplifikasyonları görülmüştür. Akciğer kanserli tümöral dokularda ve çevre akciğer dokularında birbirlerine yakın oranlarda en sık ATM, CDH13, MGMT ve BRCA2 prob bölgelerinde metilasyon görülmüştür.
Sonuç olarak MLPA ve MS- MLPA yöntemleri akciğer kanserlerindeki tümör süpressör genlerinin değişimlerini inceleyen, ucuz, hızlı ve kolay bir yöntemdir. Bu yöntemlerin rutin kullanımda sıklığının artması gerektiğini düşünmekteyiz. 

Anahtar sözcükler: Akciğer kanseri, Metilasyon, MLPA, MS-MLPA, Tümör süpressör genler.

Abstract:
The lung cancer is in the first ranks among the causes of death due to cancer. Tumor suppressor genes inhibit tumor growth by regulating cell growth. Methylation is an epigenetic mechanism that prevents the transcription of genes. In this study, it was a imed to investigate amplifications, deletions and methylations of genes associated with lung cancer with MLPA method by using Salsa MLPA Probemix 175/294 and Salsa MLPA ME002 kits designed specifically for lung cancer. The test group consisted of DNA samples obtained from cancer tissue of 30 patients that histopathologically examined and diagnosed as non-small cell lung cancer. The DNA samples obtained from surrounding 30 cancer-free tissue of the same patients were considered as the control group. When the results were analyzed, 22q, 13q, 1p and 10q deletions and 9q and 17q amplifications were observed as the most common changes among lung tumor tissues. Methylation in ATM, CDH13, MGMT and BRCA2 prob regions were seen as the most frequently in lung cancer tissues and the surrounding lung tissue in similarrates. 
In conclusion, MLPA and MS- MLPA methods are cheap, quickly and easily methods analyzing the changes in the tumor suppressor genes in lung cancer. It is thought that these methods should be used more common in routine practise.

Keywords: Lung cancer, Methylation, MLPA, MS-MLPA Tumor suppressor genes.