Doğu Akdeniz Bölgesi'nde buğdayda Septorya yaprak lekesi (Septoria tritici Rob. ex. Desm.)'nin yaygınlığının belirlenmesi ve patojenin moleküler karakterizasyonu
Estimation of the prevalence of wheat Septoria leaf blotch (Septoria tritici Rob. ex. Desm.) in the Eastern Mediterranean region and and molecular characterization of the pathogen
Yazar: GÜLSÜM ÜNAL
Danışman: PROF. DR. MUKADDES KAYIM
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bitki hastalıkları = Plant diseases ; Buğday = Wheat ; Yaprak lekesi = Leaf spot

Özet:
Bu çalışmada Doğu Akdeniz Bölgesi'nde buğday yetiştiriciliğinde sorun olan Septorya Yaprak Lekesi Hastalığının (SYLH) yaygınlığını belirlemek üzere Adana, Mersin, Osmaniye, Hatay ve Kahramanmaraş'ta 260 farklı buğday tarlasında  sörvey yapılmıştır. Tarlaların % 58,91'inin SYLH ile bulaşık ve hastalık şiddetinin ortalama % 11,62 olduğu saptanmıştır. 142 hastalıklı bitki dokusundan toplamda 74 izolat saflaştırılmış, bunlardan; Adana'dan 47, Mersin ve Osmaniye'den 3'er, Hatay'dan 14 ve Kahramanmaraş'tan 7 izolat elde edilmiştir. En çok izolatın elde edildiği Adana'da hastalık % 87,99 ile en yaygın olarak saptanırken, bunu % 87.44 ile Osmaniye, % 43,59 ile Kahramanmaraş, % 42,68 ile Mersin ve % 26,03 ile Hatay illeri izlemiştir. Hastalık etmeni morfolojik yapının mikroskobik gözlemlerine göre ve moleküler analiz yöntemleri yardımıyla tanımlanmıştır. Elde edilen 74 izolattan 15'i rDNA'nın ITS gen dizileri 5′ ve 3′ yönlerinden dizilimleri elde edilmiş ve NCBI gen bankasında nükleotidler blastn programı ile karşılaştırılmış ve etmeninin Septoria tritici olduğu belirlenmiştir. İzolatlara ait rDNA ITS gen dizileri KP852507, KP852508, KP852509, KP8525010, KP8525011, KP8525012, KP8525013, KP8525014, KP8525015, KP8525016, KP8525017, KP8525018, KP8525019, KP8525020 ve KP8525021 kayıt numaraları ile NCBI gen bankasına yüklenmiştir. Maksimum Parsimoniye göre izolatların birbiri ile olan yakınlığına bakıldığında CU_101 StM26 ve  CU_103 StA58 nolu izolatı diğer Septoria tritici izolatlarının genetik orijinini oluşturmuştur. Diğer izolatlar bunlardan 2 farklı alt gruba ayrılmıştır.

Abstract:
In this study, 260 different wheat fields were surveyed for the estimation of prevalence of septoria leaf blotch disease in the cities of Eastern Medditerranean Region. Out of 100 % of total wheat crop fields, 58.91% of wheat fields were infected with septoria leaf blotch disease. The mean value of septoria leaf blotch disease virulence was 11.62 %. Out of 142 diseased wheat crop samples, 74 isolates were obtained. Forty seven isolates from Adana, 3 isolates from Mersin, 3 isolates from Osmaniye, 14 isolates from Hatay and 7 isolates from Kahramanmaraş provinces were cultured on PDA-tetplates. The cause of disease agent was identified based on microscobic observation of morphological structure and molecular  analysis methods. Consequently, 15 isolates were sequenced for 5′ and 3′ ends of ITS of rDNA and nblast of the ITS sequences has revealed that Septoria tritici was the agent of septoria leaf blotch disease. The highest disease prevalence (87.99%) was observed at Adana, and then followed respectively Osmaniye with 87.44 %, Kahramanmaraş with 43.59 %, Mersin with 42.68 % and Hatay with 26.03 %. The agent has been identified based on microscobic observation and Molecular analysis (PCR and ITS sequences). Fifteen isolates out of 74 has been sequenced 5′ and 3′ end of ITS, and then aligned by blastn in NCBI.  The all results come up as S. tritici. The isolates of rDNA ITS have been deposited as KP852507, KP852508, KP852509, KP8525010, KP8525011, KP8525012, KP8525013, KP8525014, KP8525015, KP8525016, KP8525017, KP8525018, KP8525019, KP8525020, and KP8525021 in NCBI. According to phylogenetic tree built by Maximum Parsimony of ITS sequences, Isolates of CU_101 StM26 and CU_103 StA58 have been found origin of other Septoria tritici isolates. Two subclades have branched from these 2 isolates.