Osteoartrit tanısı konmuş hasta bireylerde SMAD3 gen mutasyonlarının analizi
Mutation analysis of the SMAD3 gene in patients with osteoarthritis
Yazar: MUSTAFA SOYÖZ
Danışman: PROF. DR. NURTEN ÖZÇELİK
Süleyman Demirel Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2008
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Mutasyon = Mutation ; Osteoartrit = Osteoarthritis ; Transforme edici büyüme faktörü-beta = Transforming growth factor-beta

Özet:
Eklem kıkırdağının harabiyeti ile karakterize bir hastalık olan osteoartrit(OA), insanları etkileyen eklem hastalıklarından en yaygın olanıdır. TransformingGrowth Factor-beta (TGF-ß) sinyal yolunun aracı molekülü olan Smad3,kondrositlerin olgunlaşma sürecinde inhibitör etkiler oluşturur. Primer dizosteoartriti ve Smad3 gen mutasyonları arasındaki ilişkiyi araştırmak amacıyla,primer diz OA'li hasta (n=40) ve kontrol bireylerde (n=40) Smad3 geni,polimeraz zincir reaksiyonu-tek zincir konformasyon polimorfizim (PCR-SSCP)analiziyle mutasyonlar açısından tarandı. SSCP'de farklı bant paterni gözlenenbireylere dizi analizi yapıldı, intron 2'nin 59. pozisyonunda G?C transversiyonu,103. kodonda sessiz A?G transisyonu ve 170. kodonun ikinci pozisyonundaA?G transisyonu olmak üzere üç farklı tek nükleotid polimorfizimi (SNP) tespitedildi. 170. kodondaki A?G transisyonu, üçü hasta biri kontrol olmak üzeretoplam dört bireyde bulundu. İntron 2'nin 59. pozisyonundaki G?Ctransversiyonu, Bme1390I enzimi kullanılarak parça uzunluk polimorfizmi(RFLP) yöntemi ile primer diz OA'li hasta (n=92) ve kontrol (n=87) grubundatarandı. G/C allel frekansları değerlendirildiğinde OA hastaları ve kontrol grubu(P= 0,030) ile şiddetli OA hastaları ve kontrol grubu (P= 0,037) arasındaistatistiksel olarak anlamlı farklılıklar bulunurken genotip frekansları açısındanfarklılık tespit edilmedi. C allel frekansının radyografik olarak şiddetli OAhastalarında farklı olması, C allelinin hastalığın şiddeti ile ilişkili olabileceğinigösterdi. Smad3 geninde ilk defa OA ile ilişkilendirilen bir bölgeyi tespit ettiğimizve bu bölgenin frekanslarının hızlı bir şekilde çalışılması için Bme1390I enzimkesim metodu geliştirdiğimiz çalışmamızın, osteoartrit ile ilgili çalışmalara ışıktutacağı düşüncesindeyiz.

Abstract:
Osteoarthritis (OA) is the most common degenerative arthritis, which ischaracterized by breakdown of articular cartilage. The Smad3 protein that is themediator of the transforming growth factor-ß (TGF-ß) signals, has inhibitoreffects on chondrocyte maturation. To investigate Smad3 gene mutations for itsassociations with primary knee OA, we screened Smad3 gene for mutations withpolymerase chain reaction-single stranded conformation polymorphism (PCRSSCP)in patients with primer knee OA (n=40) and control (n=40) individuals.We performed DNA sequencing on individuals whose were distinct bandpatterns determined with PCR-SSCP, three different single nucleotidpolymorphism (SNP) are determined, G?C transversion in 59th position ofintron 2, silent A?G transition in codon 103 and A?G transition in codon 170.A?G transitions in codon 170 were found in three patient and one control. G?Ctransversions in 59th position of intron 2 were analyzed with restriction fragmentlength polymorphism (RFLP) method by using Bme1390I restriction in patientswith primary knee OA (n=92) and control (n=87) group. When G/C allelfrequencies compared, a significant difference was observed between primaryknee OA and control groups (p=0,030) and between control and severe primaryknee OA groups (p=0,037). However, the genotype distributions did not exhibit asignificant difference between OA patients and control individuals. Thesignificant difference of C allel frequency in radiographic severe OA patientsmay exhibit association with the severity of OA. We demostrated a region onSmad3 gene related with OA and used Bme1390I enzyme restriction methoddeveloped just for to help to study faster this region?s frequencies for the firsttime. So we thought that from now on this study will help of related OA studies.