Sert çekirdekli meyvelerde bakteriyel kanser etmeni Pseudomonas syringae patovarlarının bakır toleransının belirlenmesi
Determination of copper resistance of bacterial canker caused by Pseudomonas syringae pathovars izolated from stone fruit trees
Yazar: AHMAD HUSSEINI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET AKKÖPRÜ
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı / Fitopatoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Dünyada sert çekirdekli meyvelerdeki önemli bakteriyel hastalıklardan biri olan bakteriyel kanser hastalığının mücadelesinde uzun süreden beri yoğun olarak bakırlı preparatların kullanımı direnç problemini doğurmuştur. Bu çalışmada, sert çekirdekli meyve yetiştiriciliğinde pestisit kullanımının düşük düzeyde olduğu Van Gölü Havzası ve yüksek düzeyde olduğu İzmir ili ve civarından elde edilen Pseudomonas syringae patovarlarının (syringae ve morsprunorum) bakır toleransı düzeylerinin in-vitro ve moleküler olarak belirlenmesi ve olası direnç mekanizmalarının tespiti amaçlanmıştır. In-vitro çalışmalarda, Metanol-glutamin agar ortamında (MGY) bakır sülfat ve 4 farklı bakırlı pestisitin izolatların gelişimi üzerine etkisleri Minimum İnhibisyon Konsantrasyonunu (MIC) ve % 50 Öldürücü doz (LD50) olarsak değerlendirilmiştir. Dirençle ilgili genleri copA ve cusA'nın varlığı PCR ile araştırılmış, dizi analizleri yapılarak izolasyon bölgeleri ve izolatlar arasındaki ilişki filogenetik ağacı oluşturularak incelenmiştir. Direnç seviyelerinin izolatlar ve kullanılan bakır formulasyonuna göre farlılık gösterdiği belirlenmiştir. Mancozeb ve Bordo karışımının birlikte olduğu formulasyonu en başarılı pestisit olur iken, yalnızca bakır etkili formulasyonlarda ise bakır oksiklorür en başarılı pestisit olmuştur. Tüm izolatlar içinde maksimum MIC değeri 2 mM olarak belirlenmiştir. İzolatların % 79'unun MIC değeri 1 mM ve altında kalmıştır. İzolatların yanlızca 4'ünde copA geni belirlenmiş ve bunların üçü İzmir bölgesinden izole edilmiştir. copA geninin dizileri patovarlara göre farklılık göstermemesine rağmen, izolatlar iki grup altında toplanmıştır. Hiçbir izolatın cusA genine sahip olmadığı tespit edilmiştir. Direnç genine sahip olmayan izolatlardaki direnç düzeyi farklılığının Chalkophore üretimi ile ilgili olabileceği belirlenmiştir.

Abstract:
To control Bacterial canker, one of the most important diseases on stone-fruit trees in the world, copper-based pesticides has been used for a long time. However, the pathogens have developed resistance to copper. The aim of this study was to detect the copper tolerance rates and their related tolerance mechanisms in strains of Pseudomonas syringae pv. syringae and morsprunorum isolated from Lake Van Basin where the usage of copper pesticides is low and Ege region where that usage is high In-vitro and molecularly. In-vitro works included growing the isolates on Methanol-glutamine agar (MGY) medium with different copper sulfate concentrations along with 4 commercial copper-based pesticide and Minimum inhibition concentrating (MIC) was showed. The existence of the related resistance genes copA and cusA in the tolerance strains were studied by PCR and after the sequence analysis was created, the relationship between the isolation areas and the isolates was studied by creating a phylogenetic tree. The resistance level was different according to the isolates and the used copper formulation. Between the pesticides Bordeaux mixture with Mancozeb was the best but when looking at only copper effect, copper oxychloride showed the best results between the pesticide. The maximum MIC value in all isolates was 2 mM and 79 % of it was 1 mM and below. The gene copA was found in only 4 isolates and 3 of them where isolated from İzmir. Althogh, there was no differences in the copA gene sequences between the pathovars, the isolates were separated into two groups. cusA gene was not found in any isolate. It was shown that the different resistant rates in the isolates with no resistance genes could be related to the strains ability to produce Chalkophores.