Leıshmania türlerinde genom çapında fosfolipaz gen ailesinin tanımlanması ve gen ekspresyon analizi
Genome-wide identification of phospholipase gene family in Leishmania spp. and their gene expression analysis
Yazar: SAMATAR SAMALEH OSMAN SAMATAR SAMALEH OSMAN
Danışman: DOÇ. DR. SERHAT SİREKBASAN ; DOÇ. DR. TUĞBA GÜRKÖK TAN
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Leishmania paraziti ile enfekte olan bir kum sineğinin ısırmasıyla insanlara bulaşan Leishmaniasis, dünyadaki en önemli yedi tropikal hastalıktan biridir. Fosfolipazların Leishmania'daki rolünün anlaşılması, leishmaniasis için yeni tedavilerin geliştirilmesinde potansiyel etkilere sahip olabilir. Bu çalışmada, Leishmania infantum ve Leishmania major'da fosfolipaz C (PI-PLC) gen ailesinin genom çapında analizini ve bu genlerin ifade seviyelerini belirlemeyi amaçladık. Leishmania genomu, PI-PLC geninin üyelerini ortaya çıkarmak için in siliko olarak analiz edildi. Bu iki türün genomunda PI-PLC gen ailesinin domainlerini içeren diziler bulundu ve teyit edildi. MEGA 6.0 yazılımı kullanılarak çoklu dizi hizalaması ve filogenetik analizler yapıldı. PI-PLC genlerinin kromozom lokasyonları ve motif analizleri gerçekleştirildi. L. infantum ve L. major için PI-PLC-X, PI-PLC-Y ve C2 domainlerini içeren toplam 29 gen belirlendi. İki türde de PI-PLC-X (6), PI-PLC-Y (4) ve C2 (19) domainlerini içeren gen sayıları aynı olarak bulundu. L. infantum'da bulunan proteinlerin amino asit sayıları 245 ile 2342 arasında değişirken, L. major'da en kısa protein 267 amino asit, en uzun protein ise 2241 amino asit içeriyordu. Filogenetik analizde, L. infantum'da bulunan PI-PLC gen ailesinin beş alt gruba ayrıldığı ve L. major'da bulunan PI-PLC gen ailesinin ise altı alt gruba ayrıldığı tespit edildi. L. infantum'da antimon bileşiklerine duyarlı ve dirençli kökenler arasındaki gen ifade değişimleri analiz edildiğinde, dört gende anlamlı ifade değişimleri belirlendi. Fosfolipazların küçük molekül inhibitörleri veya diğer terapötik ajanlarla hedeflenmesi, potansiyel olarak parazitin işlevini bozabilir ve onu öldürmeye yardımcı olabilir. Bununla birlikte, fosfolipazların Leishmania'daki rolünü tam olarak anlamak ve bu yaklaşımın bir tedavi seçeneği olarak uygulanabilirliğini belirlemek için daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.




2023, 55 sayfa

ANAHTAR KELİMELER: 	Fosfolipaz, Gen ekspresyonu, Leishmania, Patojenite

Abstract:
Leishmaniasis, which is transmitted to humans by the bite of a sand fly infected with the Leishmania parasite, is one of the seven most important tropical diseases in the world. Understanding the role of phospholipases in Leishmania may have potential effects for the development of new treatments for leishmaniasis. In this study, we aimed to determine the genome-wide analysis of the phospholipase C (PI-PLC) gene family and the expression levels of these genes in Leishmania infantum and Leishmania major. Leishmania genome was analyzed in silico to reveal the members of the PI-PLC gene. Sequences containing domains of the PI-PLC gene family were found and confirmed in the genome of these two species. Multiple sequence alignment and phylogenetic analysis were performed using MEGA 6.0 software. Chromosome locations and motif analysis of PI-PLC genes were performed. A total of 29 genes including PI-PLC-X, PI-PLC-Y, and C2 domains were identified for L. infantum and L. major. The number of genes containing PI-PLC-X (6), PI-PLC-Y (4), and C2 (19) domains were found to be the same in both species. The number of amino acids in the proteins found in L. infantum ranged from 245 to 2342, while in L. major, the shortest protein contained 267 amino acids, and the longest protein contained 2241 amino acids. Phylogenetic analysis revealed that the PI-PLC gene family in L. infantum was divided into five subgroups, while the PI-PLC gene family in L. major was divided into six subgroups. When gene expression changes between antimony-sensitive and antimony-resistant strains in L. infantum were analyzed, significant expression changes were determined in four genes. Targeting phospholipases with small molecule inhibitors or other therapeutic agents could potentially disrupt the function of the parasite and help to kill it. However, more research is needed to fully understand the role of phospholipases in Leishmania and to determine the viability of this approach as a treatment option.


2023, 55 pages

Keywords: 	Phospholipase, Gene expression, Leishmania, Pathogenicity