Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde saptanan hıv-1 izolatlarında sekans analizi yöntemi ile alt 
grupların saptanması
The determination of sub-groups of hiv-1 isolates with method of the sequence analysis which is detected in Faculty of Medicine Hospital of Gaziantep University
Yazar: İHSAN DEVECİ
Danışman: PROF. DR. YASEMİN ZER
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: AIDS = AIDS ; Diziler = Sequences ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Filogenetik = Phylogenetic ; Genom = Genome ; HIV = HIV ; HIV I = HIV I ; Teşhis testleri = Diagnostic tests ; Virüs hastalıkları = Virus diseases ; Yaş faktörleri = Age factors

Özet:
Keşfedileli çok az zaman olmuş olmasına rağmen Human Immunodeficiency Virus(HIV) günümüzde enfeksiyon hastalıkları etkenleri içerisinde önemli bir yere oturmuştur. Özellikle CD4+T lenfositleri hedef alan virüsün, sahip olduğu bazı enzimatik mekanizmalarla konak hücre DNA'sına integre olmasıyla seyreden süreç, virüsün tüm bağışıklık mekanizmalarını yetersiz hale getirmesi, ardından gelişen malignite ve enfeksiyonlar ile hastanın ölümüne kadar giden bir seyir göstermektedir. Virüsün HIV-1 ve HIV-2 olarak iki alt türü tanımlanmış olup, coğrafik olarak dünya üzerindeki dağılımları farklılık göstermektedir. Gaziantep ili son yıllarda göçmen hareketliliğinin sık rastlandığı illerden biri olup, bu çalışma ilimizde saptanan HIV izolatlarının alt-tür dağılımının belirlenmesi ve HIV enfeksiyonlarındaki epidemiyolojik bulguların (bulaş kaynağı, yaş dağılımı, vb.) irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Mart-Kasım 2015 tarihleri arasında laboratuarımıza HIV RNA testi çalışılması amacıyla gönderilen ve RNA testi >1000 kopya/mL olarak saptanan 35 hasta çalışmaya dahil edildi. HIV-1 RNA testi real-time PCR ile QIAsymphony SP/Artus HIV-1 QS-RGQ Kit (QIAGEN GmbH, Almanya), kiti kullanılarak yapıldı. Çalışmaya dahil edilen hastalardan 2'sinde amplifiye edilen RNA dizileri, sekans için uygun olmadığından 33 örnekte sekanslama yapılarak subtip analizi ve filogenetik değerlendirme yapıldı. HIV-1  (ters transkriptaz domaini, kodon 41-232) dizilenmesinde, TheFrench ANRS (National Agency for AIDS Research) AC11 Direnç Grubu'nun PCR ve dizileme algoritmasından yararlanıldı. Filogenetik analiz çalışmaları sonucunda HIV-1 subtiplendirmesi sonucunda 33 hastanın 22'si (% 66.6) subtip B olarak saptanmıştır. Hastaların 7'sinde (% 21.21) subtip A1 saptanmıştır. Hastaların 3'ünde (% 9.09) CRF02_AG olarak saptanmıştır. Bir (% 3.03) hastada ise subtip C olarak saptanmıştır. Dünya üzerinde eskiye oranla sık yaşanan insan hareketliliğinin, enfeksiyon etkenlerinin dağılımına da etkisi olacağından, HIV'in subtip analizlerinin yapılması virüsün yayılımını gözlemlemek açısından önemlidir.

Abstract:
Although it has discovered currently Human Immunodeficiency Virus has an important place among the agents of infectious diseases today. Especially the process beholding the integration to host cell DNA by some enzymatic mechanisms of the virus in particular targets CD4 T lymphocytes indicates a trend leading up the patient's death by making all the immune mechanism deficient, developing malignancy and infections. The virus has two sub-types such as HIV-1 and HIV-2 that the geographical distributions in the world of these have differences. This study was conducted to determine the distribution of sub-species of HIV isolates and to examine the epidemiological findings (transmission source, age distribution, etc.,) in HIV infections detected in Gaziantep which is one of the provinces that has frequent immigrant mobility in recent years. A total of 35 patients sent to our laboratory between March and November 2015 for HIV RNA testing and having the RNA test results of >100 copies/mL were included in the study. HIV-1 RNA test was conducted with real-time PCR by using QIAsymphony SP/Artus HIV-1 QS-RGQ Kit (QIAGEN GmbH, Germany). Since the amplified RNA sequences are not suitable for sequencing in 2 patients included in the study, sub-type analysis and phylogenetic evaluation were performed in 33 samples by sequencing. In the sequencing of HIV-1 (reverse transcriptase domain, cord 41-232) the PCR and sequencing algorithm of "The French ANRS (National Agency for AIDS Research) AC11 Resistance Group" was used. As a result of the phylogenetic analysis in order to determine the sub-types of HIV-1 22 of 33 patients (66.6%) found as sub-type B. In 7 patients (21.21%) A1 subtype was determined. In 3 patients (9.09%) CRF02_AG was determined. In 1 patient (3.03%) C subtype was determined.Since the frequent human mobility compared to the past has an affect on the distribution of infection agents, the sub-type analyzes of HIV are important for the observation of the distribution of virus.