Sepsis tanısında yeni moleküler yöntemlerin kullanılması
Examination of new molecular methods in sepsis diagnosis
Yazar: BURCU YERTUT
Danışman: DOÇ. DR. YASEMİN ZER
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Kan testleri = Hematologic tests ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sepsis = Sepsis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
Bakteriyemi, ciddi seyirli infeksiyonlardan biri olup, yüksek mortalite ve morbidite sebebidir. Tanının hızla konarak tedaviye başlanması önemlidir. Bu çalışmada bakteriyemi tanısında kan kültürü ve PCR testinin sonuçları karşılaştırılmıştır.Çalışma Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuarına gönderilen örnekler ile prospektif olarak yapıldı. Haziran-Eylül 2011 tarihleri arasında kan kültürü istenen hastalardan eş zamanlı olarak sepsis paneli çalışılarak sonuçları değerlendirildi. Belirtilen süre içerisinde çalışmaya 164 hastaya ait örnek alındı. Kan kültürü BacT-Alert (Biomerieux) tam otomatik kan kültürü sistemine alındı. Bakterilerin tanımlanmasında Vitek2 (Biomerieux) tam otomatik bakteri tanımlama sistemi kullanıldı. Moleküler olarak bakteriyel DNA varlığı multiplex real-time PCR (LightCyler SeptiFast, Roche Diagnostics) ile hazır bir kit kullanarak araştırıldı.Çalışmaya alınan hastaların, 77'si kadın (% 46.95), 87'si erkek (% 53. 04) olarak bulundu. Hastalar 1-92 yaşları arasında idi.Çalışmaya alınan kan kültürü örneklerinin 113'sinde (% 68.2) üreme saptanmazken, 51 örnekte (% 31.09) bir mikroorganizma saptandı. Kan kültürü örneklerinde en fazla tespit edilen bakteri KNS olarak bulunmuştur (n: 27, % 52.9).Moleküler yöntemle bakteriyemi etkeni araştırdığımız 164 hastanın, 114'ünde (% 69.5) herhangi bir etken saptanmazken, 50 (% 30.5) örnekte bir ve/veya iki etken saptanmıştır. Moleküler olarak en fazla saptanan mikroorganizma KNS olarak bulunmuş olup, tespit edilen 53 mikroorganizmanın 18'inde (% 35.2) oluşturduğu bulundu.Her iki yöntemle 164 örneğin 95'inde benzer sonuca ulaşılmış (uyum % 57.9), 68 örnekte farklı sonuçlar alınmıştır. Kan kültüründe üreme olmayan 30 örnekte moleküler olarak bir etken saptanmış, moleküler olarak bir etken saptanmayan 31 örnekte de kan kültüründe üreme bulunmuştur. Her iki yöntemle de 8 örnekte farklı etkenler saptanmıştır.

Abstract:
Bacteriemia is among infections with severe course and cause of high mortality and morbidity. Quick diagnosis and commencement of treatment bears importance. This study compared blood culture and PCR test results in diagnosing bacteriemia.The study was prospectively conducted on samples sent to Microbiology Laboratory of the University of Gaziantep, Research and Application Hospital of Medicine Faculty. Of the patients that were required blood culture between the dates of June and September 2011, sepsis panel was implemented simultaneously and the results were then evaluated. Samples of 164 patients were taken within the indicated period of time. Blood cultures were taken to fully automated BacT-Alert (Bieomerieux) blood culture system. Fully automated Vitek2 (Biomerieux) bacterial identification system was used to define bacteria. Molecular bacterial DNA presence was investigated by utilizing a ready-to-use multiplex real-time PCR (LightCyler SeptiFast, Roche Diagnostics) kit.Of the patients included in the study, 77 were female (46.95%), and 87 were male (53.04%). Ages of the patients ranged between 1 and 92.Of the blood culture samples included in the study, was not isolated in 113 (68.2%), one microorganism was established in 51 samples (31.09%). The most identified bacteria in blood culture samples was found to be CNS (n: 27, 52.9%).Of 164 patients we investigated to find bacteriemia agent by molecular method, no agents were established in 114 (69.5%), one and/or two agent(s) were found in 50 (30.5%) samples. Molecularly the highest established microorganism was found to be CNS, and it was concluded to comprise 18 (35.2%) of 53 found microorganisms.Similar results were obtained for 95 of 164 samples by both methods (compliance 57.9%), and 68 samples gave different results. Molecularly, one agent was established in 30 samples in which no isolation was found in blood culture; and isolations were detected in the blood cultures of 31 samples found with molecularly. Different agents were determined in 8 samples by both methods.