Ordu ve Giresun illerinden alınan su örneklerinde Toxoplasma gondii'nin moleküler teknikler kullanılarak tespit edilmesi
Detection of Toxoplasma gondii in the water samples of Ordu and Giresun provinces by molecular techniques
Yazar: ELİF DEMİREL
Danışman: DOÇ. DR. ZEYNEP KOLÖREN
Ordu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Halk Sağlığı = Public Health ; Parazitoloji = Parasitology

Özet:
Bu araştırmada, Ordu il merkezi ve ilçelerinden 2011 Haziran ve Ağustos aylarında toplam 31 çevresel su ve 25 içme suyu örneği, Giresun il merkezi ve ilçelerinden 2012 yılında toplam 76 çevresel su ve 20 içme suyu örneği alınmıştır. Alınan su örneklerinden DNA izole edilerek Toxoplasma gondii'nin 18S rRNA ve B1 hedef geni Standart Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR), Nested PZR ve İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) metotları kullanılarak testlenmiştir. Kullanılan üç metotla, Ordu ve Giresun illerinden alınan içme suyu örneklerinin hiç birinde Toxoplasma DNA'sına rastlanılmamıştır. 
Ordu ilinden alınan 31 çevresel su örneğinde LAMP yöntemiyle 20'si (%64.51), Nested PZR tekniğiyle 16'sı (%51.61) ve Standart PZR ile 12'si (%38.7) pozitif olarak bulunmuştur. Ordu ilinden alınan çevresel su örneklerinden elde edilen Nested PZR ürünleri sekans analizine gönderilmiştir. 16 Nested PZR ürününden 13'ünün sekansı alınmıştır. Giresun ilinden alınan 76 çevresel su örneğinin 10'unda (%13.15) LAMP, Standart PZR ve Nested PZR tekniğiyle Toxoplasma DNA'sı tespit edilmiştir.
Karadeniz Bölgesinde su kökenli protozoonlarla ilgili çalışmalar yok denecek kadar azdır. Bu tez çalışmasıyla araştırma alanında su kirliliğine neden olan su kökenli protozoon T. gondii'nin tespiti uluslararası kabul görmüş tekniklerle sağlanmıştır. Gerek bölgedeki halk sağlığı için tehlikeli protozoonun varlığının tespitiyle halk sağlığını korumaya yönelik temel bir çalışma olması gerekse ileride yapılması planlanan çalışmalar için kaynak veri oluşturması bu çalışmanın önemini vurgulamaktadır. 


Anahtar Kelimeler: Toxoplasma gondii, Moleküler metotlar, Ordu, Giresun, Su kaynakları

Abstract:
Thirty-one environmental water and 25 drinking water samples were collected from Ordu Province and its boroughs in the period between June and August 2011. A total of 76 environmental water and 20 drinking water samples were taken from Giresun Province and its boroughs during 2012. After DNA isolation from water samples, the 18S rRNA target gene and B1 gene of T. gondii were amplified by conventional PZR, nested PZR and loop-mediated isothermal amplification (LAMP).
All drinking water samples collected from Ordu and Giresun were negative for Toxoplasma DNA by all three methods. Twenty of 31 environmental water samples (64.51%) taken from Ordu Province were Toxoplasma positive by LAMP. The conventional PZR and nested PZR confirmed that 12 and 16 of 31 environmental water samples (51.61% and 38.7%) were positive for Toxoplasma, respectively. Thirteen of 16 Nested PZR products obtained from environmental water samples of Ordu Province were successfully sequenced. Ten of 76 environmental water samples (%13.15) collected from Giresun Province were Toxoplasma positive by the conventional PZR, nested PZR and LAMP.
There is a few previous report about waterborne protozoan in the Black Sea area. In this thesis, the water pollution causes of waterborne protozoan T. gondii in the investigated region were determined by the internationally accepted techniques. The present study will not only contribute to determination of the presence of dangerous protozoan for public health but also create the data source for further studies in the Black Sea area.


Keywords: Toxoplasma gondii, Molecular methods, Ordu, Giresun, Water resources