Elma mozaik virüs (ApMV)'üne karşı RNA probu geliştirerek virüsün Van ilinde elmalardaki yaygınlığının moleküler hibridizasyon yöntemi ile araştırılması
Development of riboprobe against apple mosaic virus (ApMV) and investigation of its incidence in apples grown in Van province by using dot blot hybridization method
Yazar: GÜLÜSTAN KORKMAZ
Danışman: PROF. DR. HİKMET MURAT SİPAHİOĞLU
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Elma = Apple ; Elma mozaik virüsü = Apple mosaic virus ; Melezleme = Hybridization ; Zararlılar = Pests

Özet:
Doğu Anadolu Bölgesi'nin iki önemli elma üreticisi ilindeki (Malatya ve Van) elma bahçelerinde ApMV (Apple mosaic virus) infeksiyonları; moleküler hibridizasyon (MH) tekniği ApMV'nin teşhisi için optimize edilerek araştırılmıştır. ApMV'nin MH ile teşhisinde en uygun ekstraksiyonu belirlemek için 3 farklı ekstraksiyon yöntemi test edilmiştir. Elma örneklerinin RNA ekstraksiyonunda ön MH testlerinde en iyi sonucu veren silika yakalama yöntemi tercih edilmiştir. 2010 yılında Van ilindeki ticari elma bahçelerinde yapılan survey ile 440 elma örneği toplanmış, MH yöntemi ile test edilen numunelerin hiçbirinde ApMV infeksiyonuna rastlanmamıştır. MH testlerinde kullanılan RNA ekstraktlarının %5'i RT-PCR yöntemi ile testlenmiş örneklerin hiçbirinde ApMV infeksiyonuna rastlanmamıştır. Malatya ilinden 2011 yılında 41 elma numunesi toplanarak RT-PCR yöntemi ile testlenmiş ve örneklerden dördünün ApMV ile infekteli olduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen iki ApMV izolatının (ApMV-M ve ApMV-G) kılıf protein (CP) genlerinin tamamı klonlanmış, nükleotid ve amino asit dizileri (Gen bankası erişim numarası: JX155668 ve JX155669) saptanarak, 224 amino asit rezidüsü içerdikleri tespit edilmiştir. Nükleik asit dizilerine dayalı olan filogenetik ağaç neighbor-joining ve unweighted pair-group mean arithmetic (UPGMA) metodları kullanılarak 100 tekerrürlü olarak oluşturulmuş, karşılaştırıldıkları 21 dünya izolatı ile sırasıyla 88 ile 99% ve 91 ile 99% arasında değişen bir varyasyon göstermişlerdir.

Anahtar kelimeler: ApMV, Moleküler hibridizasyon, Survey, Karakterizasyon

Abstract:
The apple orchards of two main apple growing cities (Van and Malatya) of Eastern Anatolia were surveyed to determine the incidence of ApMV (Apple mosaic virus, ApMV) infections by molecular hybridization (MH) ofter optimizing the technique for the diagnosis of ApMV. In order to determine the most suitable RNA extraction method for MH test, three different RNA preparation procedures were tested. The best result in MH was obtained with silica capture method which was preferred to extract plant total RNA. During the surveys a total of 440 apple samples were collected from commercial apple orchards in Van province in 2010. The 5% of RNA preparations were used in RT-PCR tests. None of the tested samples were infected by ApMV. In Malatya province a total of 41 apple samples were collected in 2011 and tested by RT-PCR method. A total of 4 samples were found infected by ApMV. The coat protein (CP) genes of two viral isolates selected from Malatya (ApMV-G and ApMV-M) were cloned and their complete nucleotide sequences and deduced amino acids (Genbank access. no JX155668 and JX155669) were determined. Both isolates contained 224 amino acid residues. Phylogenetic trees based on nucleic acid sequences were constructed by the neighbor-joining and the unweighted pair-group mean arithmetic (UPGMA) methods with 100 bootstrap replicates and the CP sequence of varied among the 21 isolates, with overall identity ranging from 88 to 99% to 91-99% at the nucleotide level, respectively.

Key words: ApMV, Molecular hybridization, Survey, Characterization