Kolorektal kanserde metastatik süreçleri yönlendiren hücre matriks adezyonu ifade değişimleri
Alterations in expression of the cell-matrix adhesion molecules which drive metastatic processes in colorectal cancer
Yazar: SELİN İŞİDOĞRU
Danışman: PROF. DR. FATMA DUYGU ÖZEL DEMİRALP
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Onkoloji Ana Bilim Dalı / Translasyonel Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Genler-tümör baskılayıcı = Genes-suppressor-tumor ; Hücre adezyon molekülleri = Cell adhesion molecules ; Kolon hastalıkları = Colonic diseases ; Kolon neoplazmları = Colonic neoplasms ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Lenfatik metastazlar = Lymphatic metastasis ; Neoplazm metastazları = Neoplasm metastasis ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Onkogenler = Oncogenes

Özet:
Kanserin oluşumu genetik, epigenetik ve çevresel etkenlerden kaynaklanan çok 
mekanizmalı bir süreçtir. Kolorektal kanserin tanı ve tedavisi adına anlamlı sonuçlar 
elde edilmesine karşın, rutinde kullanılan yöntemlerin sınırlılıkları hâlâ mevcuttur. Bu 
sınırlılıklar ve kanserin metastatik karakteri nedeniyle, hastalığın süreci ölümle 
sonuçlanabilmektedir. Bu yüzden, kanserde erken tanı ve uygun tedavi için, metastaz 
biyolojisinin daha iyi anlaşılması gerekmektedir. Biyomarker temelli yöntemlerin 
uygulanabilirlik, maliyet ve hız bakımından daha avantajlı olabileceğinin 
anlaşılmasıyla birlikte, kolorektal kanserli dokuya spesifik gen ve gen ürünlerinin keşif 
araştırmaları süregelmektedir. 
Gelişen teknolojiyle birlikte artan araştırmalar doğrultusunda gen ürünlerinin, 
metastaz biyolojisindeki önemi şiddetle vurgulanmaktadır. Metastaz oluşumu temelde 
EMT mekanizmaları ile ilgilidir. Hücre-matriks adezyon proteinlerini kodlayan 
genlerin fonksiyonlarında meydana gelen bozukluklar, adezyon moleküllerinin 
ekspresyon seviyelerinde değişime yol açmaktadır. Bu değişimlerin saptanması, 
biyoinformatik teknolojilerle, daha hızlı ve verimli sonuçlar elde edilmesini 
sağlamaktadır. Bu araştırmanın amacı, metastatik süreci yönlendiren hücre-matriks 
adezyon moleküllerinin ekspresyon seviyelerini, in silico yöntemlerle saptamak ve 
kolorektal kansere özgü biyomarker seti tanımlamaktır. 
Bu çalışmada, TCGA ve Gene Ontoloji veri tabanlarında yer alan tüm kolorektal 
tümörlü hastaların mRNA sekansları, primer tümörlü ve metastatik karakterli hastalarda 
karşılaştırılma yapılarak hücre adezyon moleküllerinin ekspresyon değişimleri analiz 
edildi. Bu araştırma kapsamında yapılan analizler doğrultusunda L1CAM, MSLN, 
CD96, ITGAL, ITGB2, FERMT3 ve HPSE hücre-matriks adezyon moleküllerinin, KRK 
için potansiyel biyomarker niteliği taşıdığı literatürde de önerilmektedir. Ancak 
çalışmamızda anlamlı bulunan PARVG ve VTN genlerinin KRK progresyonu ve 
metastazına olan etkileri henüz aydınlatılmamıştır. Bu nedenle in vitro ve in vivo
araştırmaların yapılması, bu genlerin KRK üzerindeki fonksiyonu ve biyomarker 
niteliği konusunda bilgi sağlayacaktır.

Abstract:
Carcinogenesis is a multistep process that arises from genetic, epigenetic, and 
environmental factors. Despite obtaining beneficial outcomes for colorectal cancer 
diagnosis and prognosis, there are challenges to current methods simultaneously. On 
the other hand, the disease can lead to fatality because of its specific feature called 
metastasis and its limitations. Thus, a better understanding of the biological process 
underlying metastasis is an urgent need for early diagnosis and favorable treatment. 
According to research, biomarker-based methods have more advantages concerning 
practicability, rapidity, and cost. Therefore, ongoing investigations for which genes 
and gene products that are CRC-specific as a biomarker.
Acutely emphasis on the crucial functions of gene products involved in the 
biology of metastasis by advancing technology that enhanced increasing research. 
Metastasis cascades are mainly related to the EMT process. Expression levels of cellmatrix adhesion proteins are altered by a deficiency in the function of genes that 
encodes these proteins.
Then, bioinformatics technologies allow the detection of these changes with 
more productivity and fast. The aim of this, determine alterations in the expression of 
the cell-matrix adhesion molecules at the mRNA level, drive metastatic processes in 
colorectal cancer in silico and identify a biomarker set that CRC specifity.
In this study, alterations of cell-matrix adhesion molecules have analyzed by 
comparison with all CRC samples in TCGA and Gene Oncology database in primary 
and metastatic tissue. n conclusion, L1CAM, MSLN, CD96, ITGAL, ITGB2, FERMT3, and HPSE cellmatrix adhesion molecules have potential biomarkers for CRC, in the light of 
performed comparative analysis within the current thesis as well as literature data. 
However, PARVG and VTN genes are statistically significant, but our understanding 
of their roles is insufficient in CRC progression and metastasis. We can have a high 
opinion of their functions and biomarker potentials for CRC, in the direction of more 
in vitro and in vivo investigations.