Sıçanlarda karaciğer rejenerasyonunda ubiquitin sinyal yolağının rolü
The role of ubiquitin signaling pathway on liver regeneration in rats
Yazar: AYŞE ÖZMEN YAYLACI
Danışman: PROF. DR. MEDİHA CANBEK ; PROF. DR. DİDEM TURGUT COŞAN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Karaciğer rejenerasyonu birçok stimulatör ve inhibitör uyaranlar tarafından düzenlenerek üç safhada incelenmektedir. G0 fazı, hücrelerin büyüme ve transkripsiyon faktörlerinin etkisiyle G1 fazına geçtiği rejenerasyonun başlangıç fazını oluşturur. Geçiş fazı, DNA replikasyonu ve mitoz olaylarını içerir. Bitiş fazı, bölünmenin durduğu karaciğer dokusunun şekillendiği fazdır. Rejenerasyon sürecinde meydana gelen olaylar oldukça karmaşıktır. Ubikutin sinyal yolağı, karaciğer rejenersyonu sürecinde rol oynamakla birlikte; moleküler etki mekanizmaları henüz açık değildir.
Ubikütin sinyal yolağı bilinenin aksine sadece proteinlerin yıkımında değil aynı zamanda da DNA hasarı tamiri, hücre döngüsü, mitofaji, mitokondriyal füzyon gibi mekanizmalarla da ilişkili büyük bir yolaktır ve karaciğer rejenerasyonunda rol oynadığı bilinen bazı yolaklarla da bağlantılıdır.
Çalışmada deney grupları 3 ana grup (Kontrol, Sham, PH) şeklinde oluşturuldu. Sham ve PH grupları 6 alt grup (0, 6, 12, 24, 48, 72 saat) içermektedir. Deney sonunda ki67 immunohistokimyasal işaretlenmeyle rejenerasyon oranları hesaplandı. RT-PCR array ve Western blot analizleri (BRCA1, BARD1, UBE2T, APC2) gerçekleştirildi. 
Elde edilen verilerde karaciğer rejenerasyonunun farklı saatlerine göre ubikutin yolağının hücre döngüsü (ANAPC2, ANAPC11, Cdc20), DNA onarımı (BRCA1, BRCA2, UBE2T, UBE2C), mitokondriyal fizyon (Mul1), apoptoz (Tp53) ile ilişkili olduğu tespit edildi. Mekanizması açık olmayan bazı genlerde benzer ekspresyonlar görüldü.
Sonuç olarak; Ubikutin yolağıyla bağlantılı olduğu bilinen DNA onarımı (Fankoni yolağı, homolog rekombinasyon), hücre döngüsü, apoptoz mekanizmalarının, karaciğer rejenerasyonu sürecinde rol oynadığı gösterilmiştir. Mitokondriyal fizyonun karaciğer rejenerasyonu ile ilişkili olabileceği ilk kez ortaya konmuştur.

Abstract:
Liver regeneration is considered to be regulated by many stimulators and inhibitory stimuli and is studied in three stages. The G0 phase is initial phase of regeneration in which cells go to the G1 phase, under the influence of growth and transcription factors. Cells stop dividing in termination phase and liver tissue begins to take shape. The events that occur during the regeneration process are quite complicated. Ubiquitin signaling pathway plays a role in liver regeneration process but molecular mechanisms were not yet clear.
Ubiquitin signaling is a major pathway which does not only play role in protein degradation, but also it regulates DNA damage repair, cell cycle, autophagy, mitochondrial fusion. And It is also linked to some pathways known to play role in liver regeneration.
In our study, experimental groups were designed as 3 main groups (Control, Sham, PH). Sham and PH groups contain 6 subgroups (0, 6, 12, 24, 48, 72 hours after PH). At the end of the experiment, regeneration rates were calculated; ki67 immunohistochemistry, RT-PCR-array and Western blot analyzes (BRCA1, BARD1, UBE2T, APC2) were performed.
In the obtained data according to the hours of regeneration, ubiquitin signaling pathway was found to be associated with the cell cycle (ANAPC2, ANAPC11, Cdc20), DNA repair (BRCA1, BRCA2, UBE2T, UBE2C), mitokondrial fission (Mul1), Apoptosis (Tp53) in the liver regeneration model. 
As a result; DNA repair (Fankoni pathway, homologous recombination), cell cycle, apoptosis mechanisms which is known related to the ubikutin pathway, have been shown to play role in the liver regeneration process. It has been determined for the first time that mitochondrial fission may be associated with liver regeneration.