D10S1248, D14S1434, D22S1045, D4S2364, D2S441, D1S1677 yeni mini STR lokuslarının kan ve kan lekelerinde optimizasyonu
New mini STR loci D10S1248, D14S1434, D22S1045, D4S2364, D2S441, D1S1677 optimization on blood and blood spots
Yazar: TUĞBA ÜNSAL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine
Dizin: Adli tıp = Forensic medicine ; DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; Kan = Blood ; Optimizasyon = Optimization

Özet:
STR lokuslarının, hassas ve spesifik olması, sonuçların kolaylıkla değerlendirilebilmesi, birden fazla STR lokusunun aynı anda çalışılabilmesi ve yüksek polimorfizm göstermesi nedeniyle 90'lı yılların başından beri adli bilimlerde ideal genetik işaretler olarak kullanılmaktadırlar. Ancak olay yerinden gelen aşırı derecede bozulmuş örneklerde ya da eser miktarda DNA içeren örneklerde konvansiyonel STR'lerle tipleme sorunu yaşanabilmekte ve sonuç alınmamaktadır.Bunu önlemeye yönelik, National Institute of Standards and Technology (NIST) tarafından çok daha küçük boyutta 26 yeni miniSTR lokusu geliştirilmiştir. Söz konusu lokusların PCR ürünleri 125 bç den küçüktür.Bu çalışmada 6 yeni mini STR lokusunun (D10S1248, D14S1434, D22S1045, D4S2364, D2S441, D1S1677) Coble ve ark. 'nın (2005) uyguladığı metot temel alınarak üzerinde PCR aşamasında çeşitli modifikasyonlar yapıldı. Primerler, FAM, VIC, NED floresans boyalar yerine FAM, TET, HEX olarak işaretlendi. Primer konsantrasyonları D1S1677 1.5?M, D2S441 1.7?M, D4S2364 1.3 ?M, D10S1248 1.6?M, D14S1434 1.5 ?M ve D22S1045 1.5 ?M'a yükseltildi. PCR koşullarında değişiklik yapılmadı, sadece döngü sayısı 32 'ye yükseltildi. PCR için, Top Taq? Master Mix Kit (Qiagen) kullanıldı. 6 lokus 3'lü multiplex şekilde çalışıldı. PCR ürünleri ABI 310 genetik analizörde analizlendi. Bunun için kullanılan boyalara uygun olarak DS-34 Matrix standart ve TAMRA-350 size standart kullanıldı. Yöntem, bu koşullara uygun şekilde optimize edildikten sonra hassasiyet, tekrarlanabilirlik ve karışım örnekler çalışılarak validasyon çalışmaları yapıldı.Anahtar Kelimeler: Adli bilimler, DNA analizi, Bozulmuş biyolojik örnekler, MiniSTR, D10S1248, D14S1434, D22S1045, D4S2364, D2S441, D1S1677, Validasyon, Optimizasyon

Abstract:
STR loci, which have been used since 1990s, are ideal genetic markers in forensic science. Because DNA analyses with STR markers are sensitive and specific and easy to analyze. STR analyzes give results in short time, allow multiplex PCR, and show high polymorphism. But, it may occur problems with genotyping highly degraded forensic samples and trace amounts of biological samples. To solve these problems National Institute of Standards and Technology (NIST) had developed 26 new miniSTR loci. These loci amplicons are less than 125 bp.In this study; 6 new mini STR loci (D10S1248, D14S1434, D22S1045, D4S2364, D2S441, D1S1677) were studied, which is based on Coble at all?s method (2005) and several modification were made on this PCR method. Primer Dye set should be FAM-TET-HEX rather than FAM-VIC-NED. Primer concentrations were increased to: D1S1677 1.5 ?M, D2S441 1.7 ?M, D4S2364 1.3 ?M , D10S1248 1.6 ?M , D14S1434 1.3 ?M , D22S1045 1.5 ?M. PCR conditions were the same but cycle was raised to 32. Top Taq? Master Mix Kit(Qıagen) was used for PCR. 6 loci were studied as two triple multiplex sets. PCR amplicons were applied on ABI 310 Genetic analyzer. Compatible with these primer?s dye set, DS-34 Matrix Standart and GeneScan? 350 TAMRA? Size Standard were used.After the method was optimized with these conditions, validation studies were carried out by working the sensitivity and reproducibility of this procedure and analyzing mixed samples.Keywords: Forensic science, DNA typing, Degraded DNA samples, MiniSTR, D10S1248, D14S1434, D22S1045, D4S2364, D2S441, D1S1677