Semen örneklerinde DNA metilasyonu ile yaş tahmini /
Yazar: SENA ER
Danışman: DOÇ. DR. ÖZLEM BÜLBÜL ERCAN
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa /  Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Adli bilimler = Forensic sciences ; Adli genetik = Forensic genetics ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Meni = Semen ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Yaş tahmini = Age estimation

Özet:
Yaş, şüpheli/failin dış görünüşüne ait fikir vereceğinden hem adli soruşturmalar hem de ceza hukukunda kişinin alacağı cezanın belirlenmesi açısından oldukça önemlidir. Geleneksel olarak diş ve kemik yapısı kompozisyonunun değerlendirilmesi sonucunda tahmini bir yaş tayini yapılmakla beraber bu materyallerin her suç olgusunda eldesi mümkün olamamaktadır. Son yıllarda yapılan metilasyon çalışmaları ile yüksek doğrulukta yaş tahmini yapılabileceği belirlenmiştir.
Bu çalışmada semen örneğinde metilasyon analizi ile yaş tayini yapılması amacıyla panel geliştirilmiştir. Yüksek korelasyon gösterdiği literatürde belirlenen 12 CpG lokusundaki metilasyon profillerinin analizi için 20-71 yaş aralığındaki 115 gönüllüden (80 model ve 35 test) alınan semen örneklerinde SNaPshot minidizileme yöntemi kullanılarak lokuslarda yaş artışına bağlı olarak meydana gelen değişim hesaplanmıştır. 12 CpG (PARP14(cg14750551), C5orf25(cg16256592), cg23488376, MXRA5(cg00881487), PFKFB3(cg18989491), DLL1(cg13494348), cg12837463, TTC7B(cg06304190), KCNA7(cg03564727), NKX2-1(cg18686206) ve SYNE4(cg18542098) lokusunda artan yaşla metilsyon miktarında azalma meydana gelirken NOX4(cg06979108) lokusunda artış belirlenmiş ve en yüksek korelasyon 0,8002 değeri ile NOX4'te gözlenmiştir. IBM SPSS Windows programında yaş tayininde kullanılmak üzere çok değişkenli lineer regresyon denklemleri oluşturulmuş stepwise ve  enter modelleri için ortalama mutlak sapma ve hata kareler ortalaması karekökü sırasıyla 4,05 ve 5 ; 3,81 ve  4,7  olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak geliştirilen panelle semen örneklerinden yüksek doğrulukta yaş tayini yapılmasının mümkün olduğuna karar verilmiştir.

Abstract:
Age is very important with regards to both judical investigation and the determination of the punishment to be taken by the person in criminal law, as it gives an idea about the appearance of the suspect/perpetrator. Traditionally an estimated age is determinated as a result of the evaluation of tooth and bone structure composition but it is not possible to obtain these materials in every crime case. In recent years, it has been determinated that high-accuracy age estimation can be made with methylation studies.
In this study, a panel was developed for age determination by methylation analysis in the semen samples. For the analysis of methylation profiles at 12 CpG loci, which were determined to be highly correlated in the literature, the methylatio change in loci due to the increase in age was calculated using SNaPshot mini sequencing metod in semen samples taken from 115 volunteers (80 models and 35 tests) aged 20-71 years. While the amount of methlation decreased with the increasing age in 12 CpG (PARP14(cg14750551), C5orf25(cg16256592), cg23488376, MXRA5(cg00881487), PFKFB3(cg18989491), DLL1(cg13494348), cg12837463, TTC7B(cg06304190), KCNA7(cg03564727), NKX2-1(cg18686206) and SYNE4(cg18542098) loci, an increase was determinated in the NOX4 locus and the highest correlation was observed in NOX4 with value of 0.8002. Multivariate linear regression equations were created to be used in age determination in IBM SPSS Windows program. For the developed stepwise and enter models, the mean absolute deviation and root of the mean squared error were determinated respectively as 4.05, 5; 3.81, 4.7. Consequently, it was decided that it is possible to determine the age of semen samples with high accuracy with the developed panel.