T hücreli akut lenfoblastik lösemili hastalarda mikroRNA (miRNA) anlatımının tespiti
Detection of microRNA (miRNA) expression in patients with t cell acute lymphoblastic leukemia
Yazar: CEREN ÖZTUNÇ
Danışman: PROF. DR. UĞUR ÖZBEK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Deneysel Tıp Araştırma Bölümü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Apoptozis = Apoptosis ; Gen ifadesi = Gene expression ; Lösemi = Leukemia ; Mikro RNA = Micro RNA ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma = Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma ; Transforme edici büyüme faktörü-beta = Transforming growth factor-beta

Özet:
Mikro RNAlar (miRNA), 19-23 nükleotid uzunluğunda küçük, fonksiyonel protein kodlamayan, tek iplikli RNA'lardır. Apoptoz, farklılaşma ve proliferasyon vb pek çok hücresel yolakta görev alırlar. Yapılan araştırmalarda miRNAlardaki mutasyon veya gen anlatımı seviyesi değişimleri kanseri de içine alan birçok hastalığın süreci ile ilişkilendirilmiştir. Ayrıca bilinen miRNAların %50'sinden fazlasının tümör oluşumuna onkogen ya da tümör baskılayıcı genleri hedefleyerek katkıda bulunabildikleri gösterilmiştir. Çalışmamızda bu veriler doğrultusunda T hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) tanısı almış hastalarda (n=42) Transforme Edici Büyüme Faktör ß (TGFß) yolağı üyelerinden SKIL genini hedefleyen mir-223 anlatımı, Stem Loop Revers Transkriptaz-Kantitatif Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir reaksiyonu yöntemi ile tespit edildi. Kontrol olarak kullanılan timositlere (n=3) kıyasla artmış mir-223 anlatımı tespit edildi (p=0.004). Ayrıca SKIL geni anlatım profili ile mir-223 gen anlatımı arasında ilişki araştırıldı. mir-223 anlatımının T soyu hücrelerine özgün olup olmadığını tartışabilmek için B hücreli lösemi (B-ALL) hastalarında da bu mikroRNA'nın anlatımı tespit edildi (n=11). Sonuçta kontrol CD19+ periferik kan hücrelerine kıyasla B-ALL hastalarında anlatım azalmış bulundu (p=0.012). Bir başka deyişle mir-223 aracılığıyla gerçekleştiği düşünülen düzenlemenin T- hücrelerine ve T-ALL hastalarına özgü olduğu görüldü. T-ALL, lösemiler arasında ağır seyri olan, tedaviye dirençli ve hastalığın takip edilebileceği özgün belirteçlerin henüz bulunamadığı bir hastalık grubudur. Elde edilen bulguların hastalığın patogenizinin aydınlatılmasına yardımcı olması, tedavisinde ise hastalığa özgün yeni biyobelirteçler olarak kullanılabilmesini amaçlamaktayız.

Abstract:
MicroRNAs (miRNAs) are small, single stranded, non-coding RNAs of 19?25 nucleotide length. MicroRNAs play a crucial role in fundamental processes such as apoptosis, differentiation and proliferation. Several publications have showed that changes in microRNA expression profile or mutations in miRNAs have association with various cancer types. Also 50% of miRNAs contribute tumorogenesis by targeting tumor supressor genes or oncogenes. According to all these findings, we analysed the mir-223 expression levels, targeting SKIL gene which is a member of the transforming growth factor ß signaling pathway (TGFß), by Stem Loop-Reverse Transcriptase-Real Time Polimerase Chain Reaction (PCR) method in patients with pediatric T cell leukemia (T-ALL) (n=42). When results were compared with control cells (thymocytes, (n=3)) we found significant up-regulation (p=0.004) in mir-223 expression levels. Besides, we analysed the correlation between mir-223 expression profiles and downregulated SKIL gene expression profiles. On the other hand to be sure about whether mir-233 over expression is specific to T lineage or not, we alsoanalysed mir-223 expression levels in B cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) patients (n=11), down-regulation was also observed in B-ALL patients compared to control CD19+ cells (p=0.012). Here we provided significant findings that, the rearrangement due to mir-223 is T-ALL or T lineage specific.T-ALL has a poor prognosis, resistance to treatment protocols and there are not any specific biomarkers for patient follow up yet. By our results, we aimed to identfy new, more specific biomarkers for the follow-up and treatment stages of T-ALL patients. These findings may help to understand the mechanism underlying the leukemia pathogenesis more clearly.