Yoğun bakım ünitelerinde vankomisin dirençli enterokok saptanmasında klasik kültür ile polimeraz zincir reaksiyonunun karşılaştırılması
Comparison of classical culture and polymerase chain reaction (PCR) in the detection of vancomycin resistant enterococcus (VRE)
Yazar: ERSİN ÇİÇEK
Danışman: PROF. DR. SAİM DAYAN
Dicle Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Sağlık Eğitimi = Health Education
Dizin: Enterococcus = Enterococcus ; Enterococcus faecium = Enterococcus faecium ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Vankomisin = Vancomycin ; Yoğun bakım = Intensive care ; Yoğun bakım üniteleri = Intensive care units ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Enterokoklar,  doğal floranın virulansı düşük bakterileri olmasına rağmen bir çok antibiyotiğe karşı sahip oldukları doğal ve kazanılmış direnç mekanizmaları sayesinde hastane kaynaklı infeksiyonlarda önemli bir yer işgal etmektedir. Bu nedenlerle özellikle yoğun bakım hospitalizasyonu yapılan hastalarda VRE kolonizasyonunun erken tespiti, gelişebilecek infeksiyonların kontrolünün sağlanması ve yayılımının önlenmesinde önemli bir eşiktir.
Çalışmamızın amacı, özellikle yoğun bakım ünitelerine yatırılan hastalarda vankomisin dirençli enterokok saptanmasında, eş zamanlı çalışılmış olan klasik kültür (enterococcosel agar) ve polimeraz zincir reaksiyon tarama sonuçlarının  karşılaştırılarak klasik kültür (KK) yöntemi ile polimeraz zincir reksiyonu (PZR) yönteminin birbirlerine üstünlüklerinin değerlendirilmesidir. Çalışmada geçmişe yönelik 23 aylık süre içinde hastanemiz üçüncü basamak yoğun bakımlarında takip edilen 311 hastanın ilk yatışlarında eş zamanlı iki ayrı swab numunesi olarak  alınan perirektal sürüntü örneklerinin klasik kültür ve polimeraz zincir reaksiyonu ile değerlendirilmesi yapıldı. 311 örneğin 66 (%21,2)'sında PZR ile pozitiflik saptanırken, 32 (%10,2) örnekte KK ile pozitiflik saptandı. 3 örnek dışında KK pozitifliği saptanan 29 örnek, PZR ile de pozitif sonuç verdi. 
PZR pozitifliği saptanan 66 örneğin, 58'inde VanA geni, 6'sında VanB geni ve 2 örnekte ise VanA+VanB geni tespit edildi. KK'de pozitiflik saptanan 32 örneğin 27'sinde VanA geni, 2'sinde ise VanA+VanB geni saptanırken 3 VRE  kültür pozitifliği olan örnekte ise  PZR negatif sonuç verdi. 
Çalışma sonuçları değerlendirildiğinde; PZR, kültüre nazaran daha hızlı sonuç verdiğinden dolayı, derhal alınacak olan izolasyon önlemleriyle hem diğer hastaların enfekte olmaları, hem de sağlık çalışanlarına bulaş sonucu gelişebilecek taşıyıcılık önlenebilecektir. Böylece VRE'nin hastane ve hastane dışı yayılımının önlenebileceği sonucuna ulaşılmıştır. Ancak PZR yönteminin yüksek yanlış pozitiflik oranları, pozitif prediktif değerin düşük olduğu sonucunu doğurmaktadır. PZR yönteminin özgüllük ve duyarlılığının düşüklüğü nedeniyle yoğun bakımlarda iki yöntemin birlikte kullanılmasının daha sağlıklı sonuçlar doğuracağı değerlendirilmektedir.

Abstract:
Enterococcus, which have  low virulence in natural flora, because of having innate and acquıred resıstance mechanısms agaınst antıbıotıcs, many have been an ımportant place in nosocomial ınfections. For this reason, early detection of VRE colonization, especially in patients with intensive care hospitalizations, is an important threshold to control and prevent the  spread of infections.
The  purpose of our study is to evaluate the comparison of classical culture method (CC) and polymerase chain reaction (PCR) for especially the patients who are at the intensive care unit; by croschecking the classical culture which were executed cocurrently (enterococosel agar) with the conclusion of polymerase chain reaction (PCR) method. During the past 23 months, at the first admission of 311 patients followed in the third stage intensive care unit of our hospital, the perirectal swab specimens taken as two separate swab were evaluated by classical culture and PCR.
66 (%21,2) of 311 were PCR positive, and 32 (%10,2) cases were CC positive. Except 3 samples, 29 samples which CC positive were also  PCR positive.
PCR positivity was detected In 66 cases, VanA gene was detected in 58, VanB gene in 6, and VanA+VanB gene in 2 samples.
Twenty-seven samples with positive VanA gene and 2 with VanA+VanB gene were found positive in the culture, whereas the sample with 3 VRE culture positive gave PCR negative results.
When the results of the study are evaluated, PCR will be faster than the culture, so the isolation precautions to be taken immediately will prevent both the infection of the other patients and the carrier which can result in transmission to healthcare workers. Thus achieving the result that VRE can be avoided from hospital and hospital outbreaks. However high false positive rate of PCR method ensues that the positive predictive value is low. Because of the low sensitivity and specificity of the PCR method, concurrent use of two methods in intensive care should be considered to produce more healthy results.