Noonan sendromu tanılı hastalarda klinik bulgular ve moleküler analiz sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of clinical findings and molecular analysis results in patients diagnosed with noonan syndrome
Yazar: ELİF SARIKAYA
Danışman: PROF. DR. ESRA KILIÇ
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Bilkent Şehir Hastanesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases

Özet:
Giriş ve Amaç: Noonan Sendromu otozomal dominant kalıtım gösteren, nöro-kardiyo-fasiyo-kutanöz hastalıklar olarak bilienen RAS-MAPK yolundaki birden fazla mutasyonun neden olabildiği RASopati grubu hastalıklardan en sık görülenidir. İnsidansı 1/1000-1/2500 canlı doğumda birdir. Klinik olarak NS tanısı düşünülen olgularda günümüzde yeni nesil dizileme yöntemi genetik inceleme yapılmaktadır. Çalışmamızda Noonan Sendromu tanısı ile takip edilen hastaların klinik ve moleküler bulgularının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada Sağlık Bilimleri Üniversitesi Ankara Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Hematoloji Onkoloji Eğitim Araştırma Hastanesi ve Ankara Bilkent Şehir Hastanesi'nde izlenen Noonan Sendromu klinik tanı kriterlerini karşılayan veya klinik şüphe nedeniyle moleküler analizi yapılmış 52 hastanın bulguları retrospektif olarak incelenmiştir.
Bulgular: Hastaların ortanca klinik tanı yaşı 7.6 yaş (6ay- 18yaş) idi. Erkek/kız oranı=1.6 bulundu. Van Der Burgt tanı kriterlerine göre 48 hasta klinik tanı kriterlerini karşılamakta fakat 4 hasta kriterleri karşılamamakta idi. Klinik tanı ve klinik şüphe nedeni ile moleküler analiz uygulandı. Hastaların %76,9'u boy kısalığı ve dismorfik yüz görünümü nedeni ile başvurmuştu. %23,1'i kardiyak anomali ve dimorfik yüz görünümü nedeni ile başvurmuştu. Noonan Sendromuna dair tanımlanan tipik yüz görünümü tespit edilme oranı %80.8 (42/52), şüpheli yüz görünümü tespit edilme oranı %19.2 (12/52) idi. Boy uzunluğu kaydedilmiş hastaların %80'inde (36/45) boy persentili 3 persentilin altında, %15,5'inde (7/45) 10 persentilin altında, %4.5'inde (2/45) ise normal 10-97 persentil aralığında idi. Kardiyak değerlendirmesi yapılmış 50 hastanın %60'ında (30/50) pulmoner stenoz, %6'sında (3/50) hipertrofik kardiyomyopati saptandı. Diğer kardiyak bulgular açısından incelendiğinde ekokardiyografi ile değerlendirilen olguların %20'sinde (10/50) normal ekokardiyografi bulguları saptanmıştı. Hastaların %37.5'inde (18/48) göğüs deformitesi mevcuttu. Birinci derece yakınında şüpheli NS bulguları olan %5,7 (3/52) hasta mevcuttu. Hastaların%51,1'inde(23/45) değişken derecelerde motor-mental-gelişimsel gerilik. Erkek olguların %28.1'inde (9/32) kriptorşidizm öyküsü mevcuttu. Hastalarımızdan 17.3'ünde (9/52) NF-Noonan fenotipi mevcuttu. Moleküler analizi yapılan 52 hastanın 46'sında NS etyolojisinden sorumlu moleküler genetik değişiklikler yeni nesil dizileme yöntemi ile saptandı. 6 hastaya PTPN11 analizi yapılarak tanı koyuldu. Çalışmaya alınan hastaların %3.8'inde (2/52) çoklu mutasyon tespit edildi. Moleküler analizi sonuçlarına göre hastaların %48.1'inde (25/52) PTPN11 geninde, %17.3'inde (9/52) NF1 geninde, %5.8'inde (3/52) SOS1 geninde, %7.7'sinde (4/52) RAF1 geninde, %3.8'inde (2/52) BRAF geninde, %3.8'inde (2/52) HRAS geninde, %1.9'inde (1/52) CBL geninde, %3.8'inde (2/52) LZTR1 geninde, %1.9'unda (1/52) MAP2K2 geninde, %3.8'inde (2/52) RIT1 geninde, %3.8'inde (2/52) RASA2 geninde, %1.9'unda (1/52) SPRED1 geninde heterozigot mutasyon tespit edildi. Saptanan bu mutasyonların %100'ü missense mutasyon idi. Verilerimizde yer alan mutasyonların; %75.9'u (41/54) patojenik, %7.4'ü (4/54) muhtemel patojenik, %16.7'si (9/54) ise klinik önemi bilinmeyen değişiklik sınıfına girmektedir.
Sonuç: Sonuç olarak Noonan Sendromu tanısı klinik kriterlere dayalı olarak konulsa da hastalık bulgularının yaşa bağlı değişikenlik göstermesi nedeni ile moleküler tanı önemlidir. Genotip-fenotip korelasyonlarının belirlenmesi hastalığın seyri ve komplikasyonlarını öngörmeyi kolaylaştırır. Klinik tanı kriterlerini karşılamayan olgularda klinik şüphe durumunda tanıya yardımcı olması açısından da genetik testler tanıda kullanılmalıdır.
Yeni nesil dizileme yöntemi; hedefe yönelik paneller oluşturularak birden fazla genin eş zamanlı ve hızlı analizine olanak sağlaması açısından tanıda yardımcıdır. NGS yönteminin uygulanamadığı durumlarda en sık tespit edilen mutasyon PTPN11 geninde olması nedeni ile mümkünse PTPN11 gen analizinin yapılması tanıya katkı sağlayabilir.

Anahtar Kelimeler: RASopati, Noonan Sendromu, Yeni Nesil Dizileme

Abstract:
Introduction and Objective: Noonan Syndrome is the most commonly seen RASopathy, which can be caused by multiple mutations in the RAS-MAPK pathway and is known as a neuro-cardio-faciocutaneous disorder with autosomal dominant inheritance. The incidence is 1/1000-1/2500 live births. In clinical cases where NS is suspected, genetic analysis is currently performed using next-generation sequencing methods. Our study aimed to evaluate the clinical and molecular findings of patients diagnosed with Noonan Syndrome.
Methods and Material: In this study, the findings of 52 patients who were followed with a diagnosis of Noonan Syndrome and who met the clinical diagnostic criteria or had molecular analysis performed due to clinical suspicion were retrospectively analyzed. The patients were followed at the Ankara Children's Health and Diseases Hematology Oncology Training and Research Hospital and Ankara Bilkent City Hospital.
Results: This study analyzed 52 patients with clinical suspicion of Noonan Syndrome (NS), a genetic disorder characterized by various physical and medical abnormalities, including short stature, dysmorphic facial features, and heart abnormalities. The median age of the patients was 7.6 years, with a male-to-female ratio of 1.6. Clinical diagnosis was confirmed in 48 patients according to Van Der Burgt criteria, while 4 patients did not meet the criteria. The majority of patients (76.9%) presented with short stature and dysmorphic facial features, while the remaining (23.1%) presented with cardiac anomalies and dysmorphic facial features. A typical NS dismorphic signs was identified in 80.8% (42/52) of the patients, and a suspicious dismorphic signs was identified in 19.2% (12/52) of the patients. Among patients with recorded height, 80% (36/45) had a height below the 3rd percentile, 15.5% (7/45) had a height below the 10th percentile, and 4.5% (2/45) had a height within the normal range of 10-97th percentile. Cardiac evaluation was performed in 50 patients, and 60% (30/50) had pulmonary stenosis and 6% (3/50) had hypertrophic cardiomyopathy. 20% (10/50) of the patients had normal echocardiographic findings. 37.5% (18/48) of the patients had chest deformities, and 5.7% (3/52) of the patients had suspicious NS symptoms in a first-degree relative. 51.1% (23/45) of the patients had varying degrees of motor-mental-developmental retardation. Cryptorchidism was present in 28.1% (9/32) of the male patients. 9 out of 52 patients (17.3%) had NF-Noonan phenotype. Of the 52 patients who underwent molecular analysis, 46 had molecular genetic changes responsible for NS, detected by next-generation sequencing. 6 patients were diagnosed by PTPN11 analysis. 2 out of 52 patients (3.8%) had multiple mutations. According to the molecular analysis results, 25 out of 52 patients (48.1%) had heterozygous mutations in the PTPN11 gene, 9 out of 52 patients (17.3%) had mutations in the NF1 gene, 3 out of 52 patients (5.8%) had mutations in the SOS1 gene, 4 out of 52 patients (7.7%) had mutations in the RAF1 gene, 2 out of 52 patients (3.8%) had mutations in the BRAF gene, 1 out of 52 patients (1.9%) had mutations in the CBL gene, 2 out of 52 patients (3.8%) had mutations in the LZTR1 gene, 1 out of 52 patients (1.9%) had mutations in the MAP2K2 gene, 2 out of 52 patients (3.8%) had mutations in the RIT1 gene, 2 out of 52 patients (3.8%) had mutations in the RASA2 gene, and 1 out of 52 patients (1.9%) had mutations in the SPRED1 gene. All the mutations detected were missense mutations. 75.9% (41/54) of the mutations in the data were novel. The results of this study highlight the importance of molecular analysis in the diagnosis of NS, and suggest that next-generation sequencing should be performed in patients with clinical suspicion of NS.
Conclusion: Although the diagnosis of Noonan Syndrome is based on clinical criteria, early diagnosis is important due to the variability of the disease symptoms with age. Determining the genotype-phenotype correlations makes it easier to follow the course of the disease and complications. In cases where clinical diagnostic criteria are not met and there is clinical suspicion, genetic tests should be used to assist in the diagnosis.
Next-generation sequencing method is helpful in the diagnosis as it allows for simultaneous and rapid analysis of multiple genes by creating targeted panels. If NGS method is not feasible, analyzing the PTPN11 gene if possible may contribute to the diagnosis since the most frequently detected mutation is in the PTPN11 gene.

Keywords: RASopathy, Noonan Syndrome, Next Generation Sequencing