Marmara bölgesi ve kuzey anadolu'da yayılış gösteren Mus linnaeus, 1758 (Mammalia: Rodentia) cinsi türlerinde mitokondriyal DNA sitokrom oksidaz alt ünitesi 1 (CO1) ve nükleer DNA apolipoprotein b (APOB) gen bölgelerinin analizi
Analysis of nuclear DNA Apolipoprotein B (APOB) and mitochondrial DNA Cytochrome oxidase Subunit i (CO1) gene regions in Genus Mus linnaeus,1758 (Mammalia:Rodentia) species distributed in Marmara and Northern Anatolia Regions
Yazar: MAHİR CAN ŞENKUŞ
Danışman: PROF. DR. REYHAN ÇOLAK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Filogenetik = Phylogenetic ; Türkiye = Turkey

Özet:
Bu tez çalışmasında, Marmara ve Kuzey Anadolu bölgelerinde 44 lokaliteden, 48 adet Mus domesticus ve 35 adet Mus macedonicus olmak üzere toplamda 83 örnek analiz edildi. Analizlerde, mitokondriyal DNA gen bölgesi olarak Sitokrom Oksidaz alt ünite 1 (CO1) ve nükleer DNA gen bölgesi olarak Apolipoprotein B (APOB) dizileri kullanıldı. Çalışmada, APOB gen bölgesi için 23 haplotip, CO1 gen bölgesi için 33 haplotip elde edilmiştir. Her iki gen bölgesi için oluşturulan filogenetik ağaçlara göre, M. domesticus örnekleri dağınık bir kümeleşme gösterirken, M. macedonicus örnekleri iki soy hattına ayrıldı. CO1 gen bölgesine göre M. domesticus'un Posof (Ardahan) örneği türünün diğer bireylerinden farklılık gösterirken, Trakya-Güney Marmara-Adalar soy hatları birarada kümelendi. M. macedonicus'ta, Samsun-Kurupelit örnekleri diğer örneklerden ayrıldı. APOB gen bölgesinde ise, M. domesticus örneklerinden Ardahan ve Borçka diğer örneklerden ayrıldı. M. macedonicus'ta Gökçeada-Uğurlu örneği diğer soy hatlarından ayrıldı. CO1 gen bölgesi verileriyle oluşturulan evrimsel ayrılma zamanı analizinde iki tür arasındaki farklılaşmanın yaklaşık 4.79 Myö gerçekleştiği tahmin edildi. Bu farklılaşma zamanının Akdeniz Tuzluluk Krizi'nden (5.96-5.33 Myö) sonra iklim değişikliklerinin ve tektonik olayların hüküm sürdüğü erken Pliyosen dönemine karşılık geldiği tespit edildi. M. domesticus'un Ardahan soy hattının türün geri kalanından yaklaşık 1.73 Myö ayrıldığı tahmin edildi. Bu ayrılma zamanı da Pleyistosen iklim değişiklikleri dönemine karşılık gelmektedir.

Abstract:
Forty-eight specimen of Mus domesticus and thirty-five specimen of Mus macedonicus, in total 83 specimen which shows distribution at 44 locations of Marmara and North Anatolia Region analyzed in this thesis study. CO1 for mitochondrial DNA gene region and APOB for nuclear DNA gene region are used in analysis. While twenty-three haplotypes were obtained from our specimens for APOB gene region, thirty-three haplotypes were determined for CO1 gene region. At phylogenetic trees which depends on both gene regions, while M. domesticus haplotypes shows distracted cumulation, M. macedonicus specimens are seperated to two linages. According to CO1 gene region, when Ardahan specimen of M. domesticus seperated from remain of species, Trakya-South Marmara-Adalar lineages clustered together. In M. macedonicus, Samsun-Kurupelit specimens splitted from others. For APOB gen region, Ardahan and Borçka specimens shows difference from other M. domesticus specimens. In M. macedonicus, Gökçeada-Uğurlu specimen seperated from other linages. With Bayesian Interference Analyze which is generated by CO1 gene region sequences estimated that two species divergenced about 4.79 Mya. This divergence time in the genus Mus corresponds to early Pliocene, which was prevailed by climatic changes, tectonic and orogenic events, after Mediterranean Salinity Crisis (5.96-5.33 Mya). Ardahan haplotype of M. domesticus seperated from remain of species about 1.73 Mya, which come across to period that Pleistocene climatic changes prevails.