Geleneksel yoğurtlardan izole edilen L. delbrueckii subsp. bulgaricus ve S. thermophilus suşlarının çoklu lokus sekans analizi ile genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
Determination of genetic diversity of L. delbrueckii subsp. bulgaricus and S. thermophilus strains isolated from traditional yogurt by multi locus sequence analysis
Yazar: HİLAL DİKMEN
Danışman: PROF. DR. OSMAN SAĞDIÇ
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Gıda Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Gıda Mühendisliği = Food Engineering ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Laktik asit bakterileri = Lactic acid bacteria

Özet:
Yoğurt günümüzde sıklıkla tüketilen, besin değeri yüksek fermente bir süt ürünüdür. Eski dönemlerden günümüze kadar yoğurdun farklı yöntemlerle üretildiği bilinmektedir. Son yılllarda ise yoğurt, Streptococcus thermophilus ve Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus'un ticari starter kültürler olarak kullanılmasıyla üretilen fermente bir süt ürünüdür. Bu kültürlerin giderek yaygınlaşması ile geleneksel olarak yoğurt üretimi ve dolayısıyla geleneksel yogurt kültürü kullanımı giderek azalmakta ve geleneksellik gittikçe kaybolmaktadır. Bu tez çalışmasında, geleneksel yoğurtlardan izole edilen S. thermophilus ve L. delbrueckii subsp. bulgaricus suşlarının ticari starter kültürlerden farkları ve geleneksel yoğurtlardan elde edilen izolatların starter kültür olarak kullanılması amacıyla genetik özelliklerinin belirlenmesi ve suş farklılıklarının belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla Denizli, Şırnak, Antalya, Van, Osmaniye, Kahramanmaraş gibi farklı şehirlerinden geleneksel yöntemlerle üretilen yoğurtlar toplanmıştır. Örneklerden uygun besiyerleri kullanılarak her iki bakteri türünün izolasyonu yapılarak ayırıcı bazı fenotipik tanımlama testleri ile suşların seçimi yapılmıştır.Sonraki aşamada seçilen izolatlara özgü primerler kullanılarak PZR işlemi ile kültürlerin S. thermophilus ile L. delbrueckii subsp. bulgaricus oldukları 16S rRNA sekans analizi ile ortaya konulmuştur. Suşların detaylı tiplendirilmesi için MLST yöntemi uygulanmış, 32 tane S. thermophilus ve 18 tane L. delbrueckii subsp. bulgaricus izolatının suş bazında ayrımı yapılmıştır. Bu ayrım sonucunda 14 tane S. thermophilus ve 6 tane L. delbrueckii subsp. bulgaricus farklı suşa ait olduğu belirlenmiştir. Farklı olduğu belirlenen bu şuşların pH, % laktik asit üretimi, ekzopolisakkarit üretim yetenekleri ve bu ekzopolisakkaritlerin şeker kompozisyonları gibi bazı özellikleri de saptanmıştır. L. delbrueckii subsp. bulgaricus suşlarından; BB-3-B, BD-8-E ve BÇ-1-C suşlarının pH geliştirme, % laktik asit miktarı ve EPS üretim miktarı değerlendirildiğinde yoğurt üretiminde starter kültür olarak kullanım olanağının yüksek olduğu söylenebilir. S. thermophilus suşlarından ise TB-1-1, TB-3-3, TUY-3-2 ve TAYD-3 suşlarının pH geliştirme, % laktik asit miktarı, ve EPS üretim miktarı değerlendirildiğinde starter kültür olarak kullanılabilme özelliklerine sahip olduğu sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Yogurt is a fermented dairy product with high nutritional value, which is frequently consumed today. It is known that yogurt production has occurred with different methods from ancient times to the present. In recent years, yogurt has become a fermented milk product whose commercial production is widely used. Starter cultures are used for commercial yoghurt production. S. thermophilus and L. delbrueckii subsp. bulgaricus is known as starter cultures used in yoghurt production. With the increasing widespread use of these cultures, traditional yoghurt production and traditional culture usage are gradually decreasing and losing their prevalence. In this thesis study, S. thermophilus and L. delbrueckii subsp. bulgaricus isolated from traditional yoghurt, isolation of bulgaricus species from traditional yoghurt and determination of sub-strains in order to be used as commercial culture. To this end, Turkey's Denizli, Sirnak, Antalya. Yoghurts produced by traditional methods were collected from different cities such as Van, Osmaniye and Kahramanmaraş. Suitable medium and incubation conditions were provided for the isolation of both bacterial species. After the isolation, pre-elimination of the strains was made by applying some fenaotypic identification methods. In the next step, using primers specific to the selected isolates, it was determined that the strains belonged to yogurt cultures by PCR process. The cultures were determined by S. thermophilus and L. delbrueckii subsp. bulgaricus were revealed by 16S rRNA sequence analysis. MLST method was applied for detailed typing of the species, 32 S. thermophilus and 18 L. delbrueckii subsp. bulgaricus species was differentiated on the basis of strain. As a result of this separation, 14 S. thermophilus and 6 L. delbrueckii subsp. bulgaricus was determined to belong to different strains. Some properties of these strains, which were determined to be different, such as pH, % laxitic acid production, exopolysaccharide abilities and determination of the sugar composition of these exopolysaccharides were investigated.