Kolesteatomlu hastalarda genomik instabilitenin araştırılması
Investigation of genomic instability in cholestetaoma patients
Yazar: ZEYNEP BETÜL BULUT
Danışman: PROF. DR. HASAN ACAR
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Genom = Genome ; Genomik değişim = Genomic change ; Heterozigotlar = Heterozygote ; Kolestatoma = Cholesteatoma ; Mikrosatelitler = Microsatellites

Özet:
Kolesteatom, olmaması gereken yerde bulunan ve hatta yanlış yerde gelişen deriye ait yassı epitel dokusudur. Kolesteatomlar invaziv özellikte lokal olarak yıkıcı ve ameliyat sonrası rekürrens oranı yüksek deri lezyonlarıdır. Çok katlı yassı epitelin orta kulağa nasıl geldiği ve hiperkeratinize olmaya nasıl başladığı yapılan çok sayıdaki çalışmalara rağmen halen tartışmalı bir konudur.Genetik temeli bilinmeyen hastalıkların ortaya konması için genom boyu taramalarda LOH analizinin önemli bir rolü vardır. LOH, her bir kromozomun koluna spesifik polimorfik genetik belirleyicilerle tümörlerin alleltiplendirmesi ile analiz edilebilir. LOH analizi için mikrosatellit belirleyiciler kullanılmaktadır. Mikrosatellitlerin belirli bir tür içerisinde polimorf olmaları ve temelde benzer olmasına rağmen bireyden bireye küçük farklılıklar içermeleri moleküler genetik alanında marker olarak kullanılmalarını uygun hale getirmektedir.Bu çalışmada genetik temeli bilinmeyen kolesteatomun GENOMİK İNSTABİLİTEsinin araştırılması için LOH analizi adı altında 39 kolestetaom tanısı konmuş hastanın 7 STR belirteciyle (D6S273, D6S473,D8S261, D9S157, D9S162, D15S126, D15S153 isimli STR belirleyiciler) genomdaki bu bölgeler incelenerek kapiller elektroforeziyle fragment analizi yapılmıştır. Çalışmada kullanılan belirleyiciler, kolesteatom epitelyal kökenli bir hastalık olduğu için epitelyal kökenli kanserlerde LOH oranı yüksek çıkmış çalışmalar referans alınarak seçilmiştir. 1 hastanın 1 bölgesinde (D15S153) LOH tespit edilmiştir. Bununla beraber 6 hastada bazı bölgelerde MSI'ye de rastlanmıştır. MSI gözlenen belirleyiciler D6S273, D6S473,D8S261, D9S157,D9S162 `dir. Kolesteatomda LOH analizi ilk defa bu çalışmayla yapılmış olup hastalığın patogenezisinin tanımlanmasına ve moleküler mekanizmasının aydınlatılmasına katkıda bulunacağı düşünülmüştür.

Abstract:
Cholesteatoma, squamous epithelium of the skin tissue, has been existed and also developed in the wrong place. They are locally invasive and destructive skin lesions which have high rate of recurrence after surgery. How squamous epithelium comes to middle ear and starts to hiperkeratinize is still controversial issue despite numerous studies.To establish the genetic basis of unknown diseases, LOH analysis has an important role in genome-wide screening. LOH can be analyzed by allelotype of tumours via each arm of a chromosome-specific polymorphic genetic markers. Microsatellite markers are used for LOH analysis. Microsatellites are polymorphic in a certain type and basically similar although they contain small differences among individuals in the field of molecular genetic that makes them appropriate to use as genetic markers.In this study to investigate the genetic instability of the unknown genetic basis of cholesteatoma, capillary electrophoresis fragment analysis also called LOH analysis was performed by examining these loci in the genome. Markers used in this study, because cholesteatoma is a disease of epithelial origin, were selected by reference of a high percentage of LOH in cancers of epithelial origin to work out. We found one LOH region (D15S153) in only one patient. In addition to LOH, microsatellite instability was observed in 6 out of 39 cases in some regions resulting in increased size of one allele. These markers of observed MSI regions are D6S273, D6S473, D8S261, D9S157, D9S162. To our knowledge, this is the first study assembling a genome-wide LOH analyse of cholesteatoma that is thought to contribute to the identification of pathogenesis and the clarification of molecular mechanism of the disease.