Klinik ve poliklinik idrar örneklerinden izole edilen Escherichia coli ve Klebsiella suşlarında extended spectrum beta lactamase oranlarının belirlenmesi, bu oranların VITEK-2 ve çift disk sinerji yöntemleriyle karşılaştırılması
Determination of extended spectrum beta lactamase in Escherichia coli & Klebsiella strains isolated from clinical and policlinical urinary samples and the comparison of this rates VITEK-2 and DDSM method
Yazar: HACER İŞLER
Danışman: PROF. DR. MURAT GÜNAYDIN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2008
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Günümüzde toplum ve nozokomial üriner sistem enfeksiyonlarının (NÜSE) en sık nedenini Escherichia coli (E. coli) ve Klebsiella spp. oluşturmaktadır.Son yıllarda özellikle hastane kökenli E.coli ve Klebsiella suşlarında gittikçe artan oranda beta-laktam antibiyotiklere ve yoğun olarak kullanılan 3. kuşak sefalosporinlere karşı direnç görülmektedir. Beta-laktamaz üretimi, özellikle Gram-negatif bakterilerde beta-laktam grubu antibiyotiklere dirençte önemli bir mekanizmadır. Plazmit kaynaklı beta-laktamazlar (TEM-1, TEM-2 ve SHV), başlangıçta penisilin ve birinci kuşak sefalosporinleri hidrolize edebilen enzimler iken bu enzimleri kodlayan genlerde ortaya çıkan mutasyonlar sonucu Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) adı verilen ve son kuşak sefalosporinleri hidrolize edebilen enzimler oluşmuştur. ESBL'lar geniş spektrumlu penisilinlere, monobaktamlara ve 3. kuşak sefalosporinlere direnç gelişmesine neden olmaktadır. Bu tür direnç rutin antibiyotik duyarlılık testlerinde her zaman tanınamadığından, Enterobacteriaceae suşlarında ESBL üretiminin tespiti için rutin antibakteriyel duyarlılık testlerine ek olarak Çift Disk Sinerji Testi (ÇDST), CLSI'ın Fenotipik Doğrulama Testi (FDT)'nin yapılmasına ihtiyaç vardır. Çalışmamızın amacı; Vitek 2 (bioMérieux) otomatize bakteriyel tanımlama ve duyarlılık testi sistemi ile saptanmış E. coli ve Klebsiella suşlarının ESBL varlığı veya yokluğunun ÇDST ve FDT ile karşılaştırılmasıdır.Ağustos 2006-Ağustos 2007 tarihleri arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nin çeşitli klinik ve polikliniklerinden, Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezimizin Bakteriyoloji laboratuvarına gönderilen n:19982 idrar örneğinin, n:4529'si Vitek 2 (bioMérieux) otomatize bakteriyel tanımlama ve duyarlılık testi sistemi ile tanımlanmış ve duyarlılık testleri yapılmıştır.Üreme olan (n:4529, % 22,7) idrar örneğinin 2380'i E. coli , 808'i K. pneumoniae, 69'u K. oxytoca olarak tanımlanmıştır. Klinik hastalarından izole edilen E. coli'lerin %36,4'ü K. pneumoniae'ların %44'ü, K. Oxytoca'ların % 8'i , poliklinik hastalarından izole edilen E. coli'lerin %21,1'i K. pneumoniae'ların %27'si, , K. Oxytoca'ların %0 ESBL pozitif olarak saptanmıştır. ESBL pozitif ve negatif olarak tanımlanmış suşlardan hem E. coli, hem de Klebsiella'lardan poliklinik ve klinik hastalardan 80'er olmak üzere toplam 320 suş çalışmaya alındı.Sonuç olarak her iki yöntemin de Vitek 2 ile hem ESBL pozitiflikleri hem de negatiflikleri belirlemedeki uyumu %100 olarak tespit edilmiştir.Anahtar sözcükler: E. coli, Klebsiella spp, ESBL, ÇDST, FDT

Abstract:
At present, Esherichia coli and Klebsiella spp. are the most frequent causes of urinary tract infections both in the community-acquired or healthcare-associated settings.In the last few decades, increasing resistance observed to third-generation cephalosporins, especially in the E. coli and Klebsiella strains of nosocomial origin. Beta-lactamase production is an important resistance-mechanism for the beta-lactam group of antibiotics, especially in the Enterobacteriaceae family of gram-negative bacteria. Initially plasmid-borne beta-lactamases (TEM-1, TEM-2 and SHV) could only hydrolyse penicillin and first-generation cephalosporins. However, due to the mutations in the genes that code for the enzymes responsible for resistance, new enzymes named extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) emerged that can hydrolyse third-generation cephalosporins. ESBL?s confer resistance to wide-spectrum penicillins, monobactams and third-generation cephalosporins. Accurate additional tests, such as double-disk synergy test (DDST) and the phenotypic method (PTM) of CLSI, in parallel to routine antimicrobial susceptibility testing are needed to detect the ESBL-status of the Enterobacteriaceae strains. The aim of this study was to assess the diagnostic performance of VITEK-2 Compact AMS in the prediction of ESBL-absence or -presence in E. coli and Klebsiella spp. strains in comparison to DDST and PTM.A collection of strains (n=4529) isolated from urine samples (n=19982) that are send between August 2006 and August 2007 from various out-patient clinics and in-patient wards to the Bacteriology Sub-Disciplinary Laboratory of the Medical Laboratories of Healthcare Service and Research Center at Ondokuz Mayıs University. Identification and antimicrobial-susceptibility testing of the isolates were done using VITEK2 Compact (bioMérieux, U.S.A.) automated microbiology system (AMS).Among the urine izolates that yielded bacterial growth (n: 4529, %22,7), 1859 E.coli isolates and 656 Klebsiella spp. have been recovered. ESBL-positivity has been observed in 23,45% and 47,60% of E. coli isolates and 21,10% and 36,33% of Klebsiella spp. isolates recovered from the urine specimens of out-patients and in-patients, respectively. For each of the ESBL-positive and ?negative groups of E. coli and K. pneumoniae strains, 80 isolates were randomly selected to be included in the study collection that sums up to a total of 320 isolates.The results of VITEK2 Compact AMS were in 100% agreement with DDST and PTM results, both for the ESBL-positive and -negative groups in E. coli and Klebsiella spp. isolates.Keywords: E. coli, Klebsiella spp, ESBL, DDST, PTM