Sortilin1 (Sort1) gen ekspresyonuyla ilişkili kodlamayan (Non-coding) rs599839 polimorfizminin lipoprotein altsınıfları ile ilişkisinin koroner kalp hastalarında araştırılması
Investigation of relationship between a non-coding rs599839 variant associated with sortilin (Sort1) gene region and lipoprotein subfractions in patients with coronary artery disease
Yazar: MEHTAP ATAK
Danışman: DOÇ. DR. HÜSEYİN AVNİ UYDU
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
Bu çalışmada Sort1 gen ekspresyonunun lipoprotein altsınıfları ve KAH ile ilişkisini incelendi. Ayrıca Sort1 ile aynı lokusta yer alan ve genin ekspresyonunu etkileyen rs599839 polimorfizmi çalışıldı. Çalışma grupları;  anjiyografi sonucu çeşitli düzeylerde damar tıkanıklığı tespit edilen 162 hasta ve 49 sağlıklı bireylerden oluşturulmuştur. Çalışma gruplarında lipit profilleri (TAG, TK, LDL, HDL), serum apolipoprotein (ApoA, ApoB ve ApoE) seviyeleri ve CRP değeri otoanalizörde çalışıldı. Lipoproten altsınıfları Qantimetrix lipoprint sistem kullanılarak analiz edildi. Sort1 gen ekspresyonu düzeyi ise Human Sortilin TaqMan Gene Expression Assays kullanılarak qRT-PCR metoduyla ile belirlendi. Genomik DNA tam kandan izole edildi ve rs599839 polimorfiziminin belirlenmesi için genotipleme Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Restiriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi (PCR-RFLP) metadu ile çalışıldı. Kontrol grubuna göre KAH grubunda Sort1 gen ekspresyonu anlamlı derecede artmıştır (p<0,001). Ancak rs599839 tek nükleotiddeki polimorfizim (SNP) varyant allel grupları arasında gen ekspresyonunda fark bulunmamıştır (p>0,05). Çalışma grubunda lipoprotein altsınıfları karşılaştırıldığında; kontrol grubuna göre KAH'da aterojenik altfraksiyonlar (SdLDL-K ve SHDL) istatistiksel olarak daha yüksek bulunmuştur (p<0,01). KAH olan hastalar kontrol grubu ile kıyaslandığında, plazma aterojenik indeks (AIP) ve TG / HDL-K, Apo B / Apo AI, SdLDL / LbLDL ve düşük LDL-K / Apo B oranları bakımından anlamlı derecede yüksek değerlere sahipti (p<0,05). Sonuç olarak; Sort1 gen ekspresyonunun özellikle hem aterojenik LDL fenotipi ile hem de KAH ile lineer bir ilişki gösterdiği tespit edilmiştir.

Abstract:
In this study, the relationships between Sort1 gene expression and lipoprotein subclasses and CAD were investigated. In addition, the rs599839 polymorphism which is located in the same locus withSort1 gene and its effects on Sort1 gene expression was identified. The study population included 162 patients with various levels of vascular occlusion detected by the angiography result and 49 healthy subjects.Lipid profiles (TAG, TK, LDL, HDL), serum apolipoprotein (ApoA, ApoB and ApoE) levels and CRP level were measured by autoanalyzer in routine biochemistry laboratory. Lipoprotein subclasses were analyzed by the Quantimetrix lipoprinting system. The Sort1 gene expression level was determined by qRT-PCR using Human Sortilin TaqMan Gene Expression Assays.  Genomic DNA was extracted from whole blood and the genotyping was performed by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) to detect rs599839 polymorphism. Expression of the Sort1 gene was found significantly increased (p <0,001) in the CAD group compared to the control group. However, no significant differences (p> 0,05) were identified in Sort1 gene expression between variant allele groups of rs599839. When the lipoprotein subclasses were evaluated in the study groups; atherogenic subfractions (SdLDL-K and SHDL) were found to be statistically higher in CAD than control group (p <0,01). Patients with CAD had significantly higher levels of plasma atherogenic index (AIP), TG / HDL-C, Apo B / Apo AI, SdLDL / LbLDL and low LDL-C / Apo B levels compared to the controls (p <0,05). In conclusion, it has been found that Sort1 gene expression particularly has a linear relationship with both the atherogenic LDL phenotype and CAD.