Üropatojenik E.coli izolatlarında virulans faktör genleri ve biyofilm oluşumunun araştırılması
Investigation of virulence factor genes and biofilm formation in uropathogenic E.coli isolates
Yazar: YAHYE MOHAMUD MUMIN
Danışman: DOÇ. DR. AZER ÖZAD DÜZGÜN
Gümüşhane Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
İdrar yolu enfeksiyonlarının (İYE) en sık nedeni üropatojenik Escherichia coli'dir (UPEC) ve önemli bir halk sağlığı sorunudur. Bu tez çalışmada idrar yolu enfeksiyonundan izole edilen E.coli izolatlarının antibiyotik duyarlılığı, virülans genlerinin varlığı ve biyofilm oluşturma kapasitesi araştırıldı. İzolatların %52.2 sefepim, %85.5 amoksisilin/klavulanik asit, %53.3 seftazidim, %26.6 nitrofurontoin, %56.6 sefiksim, %37.7 gentamisin, %53.3 sefotaksim, %32.2 sefoxitin, %55.5 sefuroksim, %44.4 piperasilin/tazobaktam, %93.3 ampisilin, %37.7 seftriakson, %48.8 tobramisin, %28.8 fosfomisin, %61.1 siprofloksasin, %64.4 levofloksasin, %58.8 sülfametoksazal/trimetoprim, %90 ampisilin/sulbaktam, %24.4 amikasin, %16.6 meropenem, %15.5 ertapenem ve %16.6 imipeneme karşı dirençli olduğu tespit edildi. 90 E.coli'de virülans faktör genlerinin (sfa, pap, hly, cnf, aer, afa ve fim) varlığı araştırıldı. Elde edilen sonuçlara göre toplam 86 suşta virülans faktör genlerinin varlığı gözlendi. En yüksek oranda fim (%92.2) virülans faktör geni suşlarda tespit edildi. %30 Aer, %28.8 Afa, %13 pap, %13 cnf, %3.3 sfa, %2.2 hly virulans faktör genleri suşlar arasında görüldü. Ayrıca 90 E.coli izolatında 13 farklı virülans faktör gen paterni belirlendi. Biyofilm oluşturma kapasiteleri değerlendirilen 90 E. coli izolatından 42'sinin biyofilm oluşturma kapasitesine sahip olduğu belirlendi. Bunların 26'sı (%28,8) zayıf, 12'si (%13,3) orta ve 4'ü (%4,4) güçlü biyofilm oluşturduğu görüldü. Ayrıca zayıf biyofilm oluşturan suşların afa, aer, cnf, afa+pap, orta derecede biyofilm oluşturan suşlar afa, aer ve cnf, güçlü biyofilm oluşturan suşlar afa, aer+pap, pap+sfa+cnf virülans faktörü genlerini taşıdığı belirlendi.
Sonuç olarak, idrar yolu enfeksiyonu önemli bir halk sağlığı sorunu olduğundan, İYE ile ilişkili bakteriyel patojenlerde antibiyotik direnci, virülans faktör genleri ve biyofilm oluşumunun araştırılması daha iyi tedavi seçenekleri açısından önemlidir.

Abstract:
The most common cause of urinary tract infections (UTI) is uropathogenic Escherichia coli (UPEC) and is an important public health problem. In this thesis study, antibiotic sensitivity, presence of virulence genes and biofilm formation capacity of E.coli isolates isolated from urinary tract infection were investigated. The isolates, 52.2% cefepime, 85.5% amoxicillin/clavulanic acid, 53.3% ceftazidime, 26.6% nitrofurontoin, 56.6% cefixime, 37.7% gentamicin, 53.3% cefotaxime, 32.2% cefoxitin, 55.5% cefuroxime, 44.4% piperacillin/tazobactam, 93.3%. ampicillin , 37.7% ceftriaxone, 48.8% tobramycin, 28.8% fosfomycin, 61.1% ciprofloxacin, 64.4% levofloxacin, 58.8% sulfamethoxasal/trimethoprim, 90% ampicillin/sulbactam, 24.4% amikacin, 16.6% meropenem, 15.5% ertapenem and 16.6%.  imipenem were  found to be resistant. The presence of virulence factor genes (sfa, pap, hly, cnf, aer, afa and fim) was investigated in 90 E.coli. According to the total obtained, the presence of virulence factor genes was observed in a total of 86 strains. The highest rate of fim (92.2%) virulence factor gene was detected in the strains. 30% Aer, 28.8% Afa, 13% pap, 13% cnf, 3.3% sfa, 2.2% hly virulence factor genes were seen among the strains. Also, 13 different virulence factor gene patterns were determined in 90 E.coli isolates. The biofilm-forming capacity of 90 clinical E.coli isolates were evaluated and it was determined that 42 strains formed biofilm. It was observed that 26 (28.8%) of the biofilm-forming strains had weak, 12 (13.3%) moderate and 4 (4.4%) strong biofilm-forming capacities. In addition, weak biofilm strains carry afa, aer, cnf, afa+pap, medium biofilm strains carry afa, aer and cnf, and strong biofilm strains carry afa, aer+pap, pap+sfa+cnf virulence factor genes. In conclusion, since urinary tract infection is an important public health problem, investigating antibiotic resistance, virulence factor genes and biofilm formation in bacterial pathogens associated with UTI is important for better treatment options.