Direkt immunfloresan (DIF) testi ve reverz transkriptaz - polymerase chain reaction (RT-PCR) tekniği kullanılarak sığırlarda parainfluenza virus tip 3' ün (BPIV3) araştırılması
Investigation of Parainfluenza Virus Type 3 (BPIV3) in Cattle Using Direct Immunfluorescence (DIF) Test and Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Technique
Yazar: ALİ KÜÇÜK
Danışman: PROF. DR. YAKUP YILDIRIM
Burdur Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Afyonkarahisar = Afyonkarahisar ; Burdur = Burdur ; Floresan antikor tekniği = Fluorescent antibody technic ; Hayvan hastalıkları = Animal diseases ; Isparta = Isparta ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sığır hastalıkları = Cattle diseases ; Sığır parainfluenza 3 virusü = Bovine parainfluenza virus type 3 ; Sığırlar = Cattles ; Teşhis testleri = Diagnostic tests

Özet:
Burdur, Afyonkarahisar ve Isparta illerinde bulunan solunum sistemi enfeksiyonu klinik bulguları taşıyan ve aşılanmamış 190 adet sığırdan örnekleme yapıldı. Bu amaçla hayvanlardan nazal ve konjuktival swap örnekleri ile kan örneği alındı. Alınan örneklerler virolojik ve moleküler olarak incelendi. Toplanan 570 örnekte RT-PCR testi ile BPIV3 RNA viral genomu, 380 örnekte direkt immunfloresan antikor boyama yöntemi ile antijen varlığı araştırıldı. Yapılan moleküler çalışmada nazal swap örneklerinde 2 adet pozitiflik elde edilirken, konjuktival swap ve lökosit örneklerinde nükleik asit varlığına rastlanılmadı. Bunun yanı sıra virolojik olarak yapılan araştırmada 6 adet nazal swap örneğinde BPIV3' e ait antijenik yapılar gözlendi. Konjuktival swap örneklerinde ise etken tespiti yapılamadı. Viral genom varlığının ortaya koyulduğu 2 örnekte de virolojik teşhis gerçekleştirildi. Bunun yanı sıra moleküler ve virolojik olarak BPIV3 tespit edilen bir hayvana ait akciğer dokusunda histopatolojik incelemelerde bulunuldu. Bu incelemeler sonucunda pnömoni olgularına özgü septal doku kalınlaşması ve yangısal hücre infiltrasyonları gibi patolojik bulgular ortaya koyuldu. Moleküler ve DIF testi ile BPIV3 pozitifliği ortaya konulan bir örneğin sekans ve filogenetik analizleri yapıldı. Bu analizler sonucunda izole edilen suşun M proteinini kodlayan gen bölgesi baz alındığında BPIV3c genotipinde yer aldığı sonucuna ulaşıldı.

Abstract:
Sampling was obtained from 190 unvaccinated cattle with clinical signs of respiratory system infection in the provinces of Burdur, Afyonkarahisar and Isparta. For this purpose, blood samples were taken from animals with nasal and conjunctival swap samples. The samples taken were examined virologically and molecularly. The viral genome of BPIV3 RNA was investigated by RT-PCR test in 570 samples collected and the presence of antigen in 380 samples by direct immunofluorescent antibody staining method. While 2 positivity was obtained in the nasal swap samples in the molecular study, no nucleic acid was found in the conjunctival swap and leukocyte samples. In addition, antigenic structures of BPIV3 were observed in 6 nasal swap samples in the virological study. In conjunctival swap samples, the virus could not be detected. Virological diagnosis was performed in both samples in which the presence of viral genome was revealed. In addition, histopathological examinations were made in the lung tissue of an animal whose molecular and virological BPIV3 was detected. As a result of these examinations, pathological findings such as septal tissue thickening and inflammatory cell infiltrates specific to pneumonia cases were revealed. Sequence and phylogenetic analysis of a sample in which BPIV3 positivity was revealed by molecular and DIF tests were performed. As a result of these analyzes, it was concluded that the isolated strain is included in the BPIV3c genotype based on the gene region encoding the M protein.