Varroa destructor'un Akdeniz Bölgesi izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of Mediterranean Region isolates of Varroa destructor
Yazar: ESRA ASLAN TOKGÖZ
Danışman: PROF. DR. ARMAĞAN ERDEM ÜTÜK
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Akdeniz bölgesi = Mediterranean region ; Moleküler karakterizasyon = Molecular Characterisation ; Varroa destructor = Varroa destructor ; Varyantlar = Variants

Özet:
Varroa cinsi içerisinde V.jacobsoni, V.underwoodi, V.rindereri ve V.destructor olmak üzere morfolojik olarak birbirinden ayırt edilebilen dört akar türü bulunur. Dünya genelinde en yaygın ve patojen olan tür V.destructor'dur. V.destructor'un patojenitesi birbirinden farklı haplogrupları vardır. Bu haplogruplar içerisinde de varyantlar bulunur. Akarın en yaygın ve patojen olan haplogrubu Kore 1 (K1)'dir. Bu çalışmanın amacı V.destructor'un Akdeniz bölgesi bal arılarında (Apis mellifera) parazitlenen izolatlarının moleküler karakterizasyonunu yapmak ve ülkemizdeki varyantları belirlemekti. Bu amaçla Adana, Mersin, Antalya, Osmaniye ve Burdur illerindeki arılıklardan toplanan 125 dişi akar incelendi. Her bir akar bir izolat olarak kabul edildi. Örneklerden DNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra mt-COI geninin 500 bp, mt-CytB geninin ise 985 bp'lik bölgeleri PZR ile çoğaltılıp dizilendi. Elde edilen dizin verileri, GenBank'taki referans dizinlerle karşılaştırıldı. Aynı zamanda filogenetik, haplotip ve şebeke analizleri yapıldı. Yapılan analizler Akdeniz bölgesinde K1 haplogrubunda yer alan üç varyantın bulunduğunu gösterdi. Burdur izolatlarından birinin kendine özgü bir varyant olduğu ve dünyadaki diğer varyantlardan farklı bir mutasyona sahip olduğu anlaşıldı. Bu nedenle bu varyant K1 haplogrubunun Burdur 1 (K1:B1) varyantı olarak adlandırıldı. Antalya'nın Kepez, Konyaaltı ve Döşemealtı ilçelerinden elde edilen toplam 5 izolatın Sırbistan P1 varyantı olduğu belirlendi. Çalışmamızda en yaygın varyantın ise V14 olduğu görüldü. Referans dizinlerle yaptığımız analizler V14'ün aslında bir varyant grubu olduğunu ve içerisinde K1:1, K1:2, K1:3, K1:4, K1:12, K1:14, K1:15 ve Sırbistan S1 varyantlarını barındırdığını gösterdi. Çalışma sonucunda derin seviyede haplotip ve varyant analizi için mt-COI ve CytB genlerinin kısmi dizilerine ilave olarak diğer mitokondrial gen bölgelerinin (COII, COIII, Atp6, ND4, ND5, ND4L) birlikte değerlendirilmesi, ayrıca paternal kalıtımı ve muhtemel hibridizasyon olaylarını incelemeye olanak sağlayan mikrosatellit analizlerinin de yapılması gerektiğine karar verildi.

Abstract:
There are four morphologically distinguishable species, V.jacobsoni, V.underwoodi, V.rindereri and V.destructor, in the genus of Varroa. V.destructor is the most prevalent and pathogen species. There are different haplogroups which have different pathogenic effects in the species of V.destructor and also there are variants of these haplogroups. Korea 1 (K1) is the most prevalent and pathogenic haplogroup of V.destructor. The aim of this study was to determine the variants of V.destructor in Turkey by molecular characterization of the mite isolates which parasitise honey bees (A.mellifera) in the Mediterranean region. For this aim, a total of 125 mites were examined from Adana, Mersin, Antalya, Osmaniye and Burdur provinces. Each mite was accepted as an isolate. After the DNA extraction, 500 bp region of mt-COI and 985 bp region of mt-CytB genes were amplified by PCR. Obtained amplicons were sequenced and compared with the reference sequences from the GeneBank. At the same time, phylogenetic, haplotype and network analysis were performed. Analysis results showed that there were three variants of K1 haplogroup in the Mediterranean region of Turkey. One of the Burdur isolates was detected as a unique variant that has a different mutation from the other isolates in the GeneBank. For this reason we called it Burdur 1 variant of K1 haplogroup (K1:B1). Five isolates from Kepez, Konyaaltı and Döşemealtı counties of Antalya province was detected as P1 variant of Serbia. The most prevalent variant was V14. Further analysis with the reference sequences indicated that this was a variant group that contains K1:1, K1:2, K1:3, K1:4, K1:12, K1:14, K1:15 and Serbia S1 variants. At the end of the study, we decided that in addition to partial sequences of mt-COI and mt-CytB, other mitochondrial genes (COII, COIII, Atp6, ND4, ND5, ND4L) should be investigated for deep level haplotype and variant analysis and also microsatellite analysis should be performed for clear understanding of paternal inheritance and possible hybridization events.