Transgenik domates bitkisinde (Solanum lycopersicum cv. UC82MA 35S::ATHB7) kuraklığa dayanıklılık sağlayan ATHB7 geninin ekspresyon profilinin araştırılması
Analysing expression pattern of drought tolerant ATHB7 gene in transgenic tomato plant (Solanum lycopersicum cv. UC82MA 35S::ATHB7)
Yazar: NECLA PEHLİVAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. NESLİHAN SARUHAN GÜLER
Rize Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Transgenik bitkiler = Transgenic plants

Özet:
Bir homeodomain lösin fermuar geni kodlayan ATHB7, Arabidopsis homeobox transkripsiyon faktör ailesine üyedir ve ekspresyonu kuraklık koşulları altında up-regüle olur. Bu çalışmada; ATHB7 geninin (800 bç cDNA) şu ana kadar genomunda ATHB7 ortoloğu bir gen tespit edilmemiş olan domates bitkisine entegrasyonu ve transgenik domates bitkilerindeki ekspresyon profili karakterize edilmiştir.Bu amaçla, gen aktarımı yapılmış olası transgenik domates hatları ve izogenik kontrol Solanum lycopersicum UC82MA kültivarı, hedef genin (ATHB7) varlığı ve ifadesi bakımından analiz edildi. Birbirinden bağımsız 4 farklı jenerasyona ait (T0, T1, T2, T6) 4 olası transgenik domates hattından genomik DNA izole edildi ve genin 425bç'lik kısmı, ATHB7 spesifik primer çifti kullanılarak çoğaltıldı. Elde edilen sonuçlar bitkilerden 48'inin transgeni taşıdığını ortaya koydu. Bunun ışığında, ilgilenilen genin karşılaştırmalı ekspresyonprofilini elde etmek için, transgenik bitkilerin RNA kalıpları kullanılarak cDNA sentezlendi. qRT-PZR analizi ile, spesifik transkriptlerin amplifikasyonu sonucu, farklı hatlara ait yaprak dokularındaki farklı ekspresyon seviyeleri belirlendi. ATHB7 genine ait ekspresyon profilinin transgenik hatlarda belli bir ölçüde değişkenlik arz ettiği saptandı.Bu sonuçlar, ATHB7 geninin domates genomuna entegrasyonunu ve genomda uygun şekilde ekspres edildiğini kanıtlamaktadır. Buna dayanılarak, transgenin tek kopyasını taşıyan ve güçlü ekspresyon profili sergilediği düşünülen 6 transgenik hat (hatlar 164, 165A, 167, 204, 19 ve 59) ileriki fizyolojik analizlerde kullanılmak üzere seçilmiştir.Anahtar kelimeler: Ekspresyon profili, Transkripsiyon faktörü, HDZip, Lösin fermuar,ATHB7,Transgenik domates bitkileri

Abstract:
ATHB7; coding a homeodomein leucinezipper (HD-Zip I) gene which is a member of the homeobox transcription factor family in Arabidopsis, shows up-regulation, during water deficit conditions.In this study; the integration and expression pattern of ATHB7 (8OO bp cDNA) was characterized in transgenic tomato plant genome where no ATHB7 hortologous gene has been identified no date. For this purpose, by using isogenic control Solanum lycopersicum cv. UC82 and putative transgenic tomato lines, the verification of the integration and expression of the gene of interest ?ATHB7?; transformed plants were analyzed. Genomic DNA from 4 different generations (T0, T1, T2, T6) and 4 independent putative transgenic tomato lines were isolated and a part of the gene (425 bp) amplified by using ATHB7 spesific primer pair. The observed results showed that 48 of them had that ATHB7 transgene correctly. By the light of this, cDNA was constructed from RNA templates of transgenic tomato plants and to observe relative expression patterns of ATHB7; ampli ? cation of the speci ? c transcripts were determined by the qRT-PCR. Different levels of expression of the different lines in the leaf tissues were observed. The expression of the ATHB7 gene in the transgenic lines, varied to some extent.These results suggest that the ATHB7 gene has been integrated into tomato genome and can be expressed properly in the transgenic plants.Therefore, six transgenic lines (164, 165A, 167, 204, 19 and 59), which contain a single copy of the transgene and have a moderate to strong level of expression of the transgene was selected, for further physiological analysis.Keywords: Expression pattern, Transcription factor, HDZip, Leucine zipper,ATHB7,Transgenic tomato plants