Sebebi açıklanamayan erkek infertilitesinin açıklanmasına tüm ekzom analizlerinin katkısı
Contribution of all exome analyzes to explaining unexplained male infertility
Yazar: HAMDİ KALE
Danışman: PROF. DR. SEHER BAŞARAN
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Abortus = Abortion ; Abortus-tekrarlayan = Abortion-habitual ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Ekzom dizileme = Exome sequencing ; Erkekler = Men ; Kısırlık = Infertility ; Kısırlık-erkek = Infertility-male

Özet:
Amaç: Tekrarlayan gebelik kaybı öykülü (≥2) veya sekonder infertil olan çiftlerde kromozom ve Y mikrodelesyon anomalisi taşımayan erkek faktörün genetik etiyolojisinin yeni nesil dizileme yöntemiyle araştırılması amaçlanmaktadır.
Yöntem: İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na 2014-2020 yılları arasında başvuran primer/sekonder infertilite ile tekrarlayan gebelik kaybı yaşayan çiftlerden tanıya katkının arttırılması için 34 anne adayına daha önceden Dr. Ezgi Gizem Berkay'ın doktora tezi kapsamında tüm ekzom dizi analizi yapılmış olup bu çiftler arasından etiyogenezi aydınlatılamayan 10 baba adayı seçildi
Bulgular: Çalışma kapsamında, 8 olguda fenotip ile ilişkili olabilecek genlerde 14 varyant tespit edildi. İki olguda infertilite/TGK ile ilişkilendirilmiş aday genlerde herhangi bir varyant saptanmadı. Bir olguda TCC21B geninde saptanan patojenik bir varyant ile (Olgu 1) (%10) etiyoloji aydınlatıldı. Dört olguda CFTR geni ilişkili (%40), patojenik olarak tanımlanmış veya veritabanlarında patojenitesi henüz tam olarak aydınlatılamamış taşıyıcılık saptandı. Yedi olguda infertilite ve TGK kliniği ile ilişkisi net olarak açıklanamamış ancak aday genler arasında yer alan varyantlar saptandı (%70). Serimizde 2 olguda direkt infertilite ile ilişkili olmayan 2 gende patojenik varyant saptandı (%20). Bu hasatlıklardan biri dermatolojik (iktiyozis vulgaris), diğeri ise BMD ile ilişkiliydi.
Sonuç: İnfertilite/TGK ile ilişkilendirilmiş aday genlerin saptanması bu genlerin fenotip-genotip ilişkisini güçlendirmiştir. 2 olguda araştırma amacı dışında klinik durumların saptanması tanı veya araştırma amaçlı TED analizi yapılacak olgularda genetik danışmanın önemini göstermektedir.
Anahtar kelimeler: tekrarlayan gebelik kaybı, infertilite, yeni nesil dizileme
Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 36968

Abstract:
Objective: It is aimed to investigate the genetic etiology of the male factor without chromosomal and Y microdeletion anomaly in couples with a history of recurrent pregnancy loss (≥2) or secondary infertility by next generation sequencing method. Method: From the couples who applied to Istanbul University, Istanbul Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics between 2014-2020, who experienced primary/secondary infertility and recurrent pregnancy loss, 34 expectant mothers were previously consulted with Dr. Ezgi Gizem Berkay, within the scope of doctoral thesis, whole exome sequence analysis was performed and 10 father candidates whose etiogenesis could not be clarified were selected among these couples. Results: Within the scope of the study, 14 variants in genes that may be associated with the phenotype were detected in 8 cases. In two cases, no variants were detected in candidate genes associated with infertility/TGK. Etiology was clarified in one case (Case 1) (10%) with a pathogenic variant detected in the TCC21B gene. Carriage associated with the CFTR gene (40%), defined as pathogenic, or pathogenicity of which has not yet been fully elucidated in the databases, was detected in four cases. In seven cases, the relationship with infertility and RPL was not clearly explained, but variants among the candidate genes were detected (70%). In our series, pathogenic variants were found in 2 genes that were not directly associated with infertility (20%). One of these diseases was dermatological (ichthyosis vulgaris) and the other was associated with BMD. Conclusion: Identification of candidate genes associated with infertility/TGK strengthened the phenotype-genotype relationship of these genes. The detection of clinical conditions other than the purpose of research in 2 cases shows the importance of genetic counseling in cases where TED analysis will be performed for diagnostic or research purposes. Keywords: recurrent pregnancy loss, infertility, next generation sequencing
The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No: 36968