0-5 yaş arası çocuklarda çeşitli yöntemlerle adenovirüs varlığının gösterilmesi ve adenovirüs 40/41 dışındaki gastroenterit etkeni serotiplerin DNA dizi analizi ile belirlenmesi, genotip tayini ve filogenetik analizi
Demonstration of adenovirus BY various methods in children between 0-5 years old and determination of viral gastroenteritis agent serotypes except adenovirus serotype 40/41 BY DNA sequencing, genotyping and phylogenetic analysis
Yazar: MERYEM ÇOLAK
Danışman: PROF. DR. GÜLENDAM BOZDAYI
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Adenovirüsler = Adenoviridae ; DNA = DNA ; Filogenetik = Phylogenetic ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çocuklar = Children

Özet:
Bu çalışmada, adenovirüsün sıklığının belirlenmesi, klinik bulgularına, yaş gruplarına, aylara ve mevsimlere göre dağılımının incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışma, Temmuz 2007 ile Haziran 2011 tarihleri arasında akut gastroenterit şikayeti ile Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne başvuran 0-5 yaş arasındaki 180 hastanın gaita örnekleri ile gerçekleştirilmiştir. Gaita örnekleri immünokromatografik yöntem, EIA ve PZR ile analiz edilmiştir Örneklerin 9'u (%5) immünokromatografik yöntemle; 11'i (%6.1) EIA; 25'i (%13.9) PZR ile pozitif bulunmuştur. Adenovirüs gastroenteritinin yaş grubu, cinsiyet, ay ve mevsim açısından fark göstermediği tespit edilmiştir. Adenovirüs gastroenteriti yaşayan çocuklarda günlük ishal sayısının 6 ve üzeri olduğu görülmüştür. PZR ile kıyaslandığında immünokromatografik yöntemin duyarlılığı %36, özgüllüğü %100, PPD %100 ve NPD %90.6; EIA testinin duyarlılığı %44, özgüllüğü %100, PPD %100 ve NPD %91.7 olarak tespit edilmiştir. PZR ile adenovirüs pozitifliği bulunan 25 örneğin 16'sı (%64) AdV41; 6'sı (%24) AdV40, 2'si (%8) AdV31, 1 tanesi (%4) AdV7 pozitif bulunmuştur. Çalışmamız sonucunda AdV40/41 yanı sıra AdV31 ve AdV7 serotiplerinin de gastroenteritle ilişkili olabileceği gösterilmiştir. En yüksek bulunan adenovirüs serotipi %64 ile AdV41 olmuştur. Bu çalışma ile enterik adenovirüslerin genotiplendirilmesi ve filogenetik analizi ülkemizde ilk kez yapılmıştır. Adenovirüs serotipleri %80 (20/25) oranında Asya, %20 (5/25) oranında Amerika kıtasındaki genotipler ile benzerlik göstermiştir. Bizim çalışmamızda tespit edilen adenovirüs serotiplerinin Asya serotipleri ile yakın ilişkili olduğu görülmüş; ancak, AdV31'e ait örnekler Amerika Birleşik Devletleri (ABD) kaynaklı serotipler ile benzerlik göstermiştir.

Abstract:
We aimed to determine the frequency of adenovirus in children between 0-5 years old and investigate the distribution according to clinical findings, age groups, months and seasons. Stool samples were obtained from 180 children of 0-5 years old with acute gastroenteritis attended between July 2007-June 2011 to the Ankara Training and Education Hospital. Stool samples were analyzed by immunochromatographic method, EIA and PCR. The samples were found to be positive 5%(9/180) by immunochromatographic method; 6.1%(11/180) by EIA; 13.9%(25/180) by PCR. Adenovirus gastroenteritis positivity did not show any difference in age, gender, month and season. Children that seen adenovirus gastroenteritis daily diarrhoea were found to be 6 and above were observed. Compared to PCR, the sensitivity of the immunochromatographic method was 36% and specificity, PPV, NPV was 100%, 100%, 90.6%; EIA test sensitivity was 44%, specificity, PPV, NPV was 100%, 100%, 91.7% respectively. 25 samples were found to be positive by PCR, 16(64%) for positive AdV41; 6(24%) for positive AdV40, 2(8%) for positive AdV31, 1(4%) for positive AdV7. Our study reveals that AdV31 and AdV7 can be associated with gastroenteritis with AdV40/41 serotypes. Highest frequency of adenovirus serotypes was 64% with AdV41. In this study, genotyping and phylogenetic analysis of enteric adenoviruses have been made for the first time in our country. Adenovirus serotypes showed similarity with Asian and American serotypes 80%(20/25) and 20%(5/25) respectively. Adenovirus serotypes that detected in our study were in concordance with Asian serotypes; however, samples which detected as AdV31 showed similarity with United States of America.