Tavuk ve insan orijinli Salmonella enterica subspecies Enterica serovar infantis suşlarında antibiyotik direnç genlerinin polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile araştırılması
Investigation of antibiotic resistance genes in Salmonella enterica subspecies Enterica serovar infantis strains isolated from chicken and human by polimerase chain reaction method
Yazar: MESUT AKGEYİK
Danışman: PROF. DR. MEHMET AKAN
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Bu araştırmada, insan ve tavuk orijinli Salmonella Infantis suşlarında antibiyotik dirençliliği ve bazı antibiyotik direnç genlerinin varlığının araştırılması amaçlandı.
Çalışmada, insan ve tavuklardan izole edilmiş 150 adet S. Infantis suşu kullanıldı. Suşların antibiyotik duyarlılık testleri Kirby-Bauer yöntemiyle araştırıldı. Siprofloksasin dirençliliği ayrıca E-test yöntemi ile araştırıldı. Antibiyotik direnç gen varlıklarının tespiti  Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi ile gerçekleştirildi.
Antibiyogram testi sonucunda, 50 adet insan orijinli suşun, 17(% 34)'si kanamisine, 35(%70)'i trimetoprim/sülfametaksazole, 41(%82)'i tetrasiklin ve sülfonamide, 42(%84)'si streptomisine ve 43 (%86)'ü nalidiksik aside karşı dirençli bulundu. Suşların 1 (% 2)'i kloramfenikole ve 28 (%56)'i siprofloksasine orta dirençli olarak bulundu. Ampisilin, gentamisin, sefotaksim ve seftazidime karşı direnç saptanmadı. Tavuk orijinli suşların, 10 (%10)'u ampisiline, 11(%11)'i kloramfenikole, 49(%49)'u kanamisine, 87(%87)'si trimethoprim/sülfametaksazole, 98(%98)'i sülfonamide, 99(%99)'u nalidiksik asit, streptomisin ve tetrasikline karşı dirençli bulundu. Suşların 93(%93)'ü siprofloksasine karşı orta dirençli olarak saptandı. Gentmisin, sefotaksim ve seftazidime karşı direnç bulunmadı. İnsan orijinli suşların %82'sinde ve tavuk orijinli suşların ise %99'unda çoklu antibiyotik direnci saptandı. Hem insan hemde tavuk orijinli suşlarda yaygın olarak "Na-S10-Te-Sxt-S3" ve "K-Na-S10-Te-Sxt-S3" çoklu antibiyotik direnç profilleri saptandı. Etest yöntemi ile yapılan antibiyotik duyarlılık testlerinde, insan orijinli suşların 43 (%86)'ü siprofloksasine karşı orta dirençli bulundu. Tavuk orijinli suşların  95 (% 95)'i orta dirençli ve 4 (% 4)'ü siprofloksasine karşı dirençli olarak bulundu. 
Polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile yapılan çalışma sonucunda, tavuk orijinli suşların 62 (%62)'sinde ve insan orijinli suşların 1 (%2)'sinde aphA1 geni tespit edildi. Tetrasiklin dirençli suşların çoğunda tet(A) gen varlığı tespit edildi. Tet (A) geni, insan orijinli suşların 41 (%82)' inde ve tavuk orijinli suşların 98 (%98)'inde tespit edildi. Tet(B) gen varlığı hiç bir suşta tespit edilmedi. Tet(G) geni insan orijinli suşların 25 (% 50)'inde  ve tavuk orijinli  suşların 63 (%63)'ünde tespit edildi
Bu tez çalışmasında, insan ve tavuk orijinli S. Infantis suşlarında farklı antibiyotiklere karşı değişen antibiyotik direnci saptandı. Hem insan hem de hayvansal orijinli bakterilerde, antibiyotik direncinin azaltılması için ulusal bir azaltma programının oluşturulması ve izlenmesi, antibiyotik direncinin kontrol edilmesi için önemlidir. 

Anahtar kelimeler: Antibiyotik direnç, S. Infantis, disk difüzyon, E-test, PZR

Abstract:
In this study, it was aimed to investigate antibiotic resistance and presence of some antibiotic resistance genes in Salmonella Infantis strains originated from chickens and human.
In the study, 150 S. infantis strains isolated from human and chickens were used. Antibiotic susceptibility tests of strains were investigated by Kirby-Bauer method. Ciprofloxacin resistance was also investigated by E-test method. Determining the presence of antibiotic resistance gene was performed by the Polymerase Chain Reaction method.
As a result of antibiogram test; out of 50 originated from human strains, 17 (% 34), 35 (%70), 41 (%82), 42 (%84) and 43 (%86) of the strains were resistance to kanamycin, trimethoprim-sulphametoxazole, tetracycline and sülfonamide, streptomycin and nalidixic acid respectively. Chloramphenicol and ciprofloxacin were found to be moderately resistant in 1 (%2) and 23(%56), respectively. There was no resistance to ampicillin, gentamicin, cefotaxime and ceftazidime. Out of 100 originated from chicken strains, 10 (%10), 11 (%11), 49 (%49), 87 (%87), 98 (%98) and 99 (%99) of the strains were resistance to ampicillin, chloramphenicol, kanamycin, trimethoprim-sulphametoxazole, sülfonamide and nalidixic acid, streptomycin and tetracycline respectively. Ciprofloxacin was found to be moderately resistant in 93% of strains. There was no resistance to gentamicin, cefotaxime and ceftazidime. Multi-antibiotic resistance was detected in 82% of human-origin strains and 99% of chicken-origin strains. Multiple antibiotic resistance profiles were detected commonly in both human and chicken origin strains, namely "Na-S10-Te-Sxt-S3" and "K-Na-S10-Te-Sxt-S3". In the antibiotic susceptibility tests performed by E-test method, 43 (86%) of the human origin strains were found to be moderately resistant to ciprofloxacin. 95 (95%) of the chicken origin strains were found to be moderately resistant and 4 (4%) were resistant to ciprofloxacin.
As a result of the study by polymerase chain reaction method, aphA1 gene was detected in 62 (62%) of the chicken origin strains and 1 (2%) of the human origin strains. The presence of tet (A) gene was detected in the majority of tetracycline resistant strains. Tet (A) gene was detected in 41 (82%) of human origin strains and 98 (98%) of chicken origin strains. The presence of the Tet (B) gene was not detected in any strains. Tet (G) gene was detected in 25 (50%) of human origin strains and 63 (63%) of chicken origin strains.
In this thesis study, human and chicken origin S. Infantis strains were detected ranging antibiotic resistance to different antibiotics. In both human and animal origin bacteria, the establishment and monitoring of a national reduction program to reduce antibiotic resistance is important for controlling antibiotic resistance.

Keywords: Antibiotic resistance, S. Infantis, human, chicken, disc diffusion, E-test, PCR