Klinik örneklerden izole edilen acinetobacter spp. suşlarında antibiyotik direnç profili ve yeni nesil antibiyotiklerin in-vitro etkinliklerinin araştırılması
Investigation of the antibiotic resistance profile and in-vitro effects of new generation antibiotics acinetobacter spp. strains i̇solated from clinical samples
Yazar: YASEMİN BÖLÜKBAŞI
Danışman: PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter

Özet:
Acinetobacter spp. ve özellikle A. baumanni yaşamı tehdit eden hastane kaynaklı enfeksiyonlardan sorumlu bakterilerdir. Son yıllarda, çoklu ve yaygın ilaca dirençli suşlardaki artış, mortalite ve morbidite açısından endişe kaynağı olmuş ve yeterli tedavi sağlayan yeni antibiyotiklerin acilen tedavi protokollerine dâhil edilmesi gündeme gelmiştir.
Hastanemizin farklı kliniklerinden gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen çoklu ilaca dirençli Acinetobacter suşları çalışma kapsamına alınmış ve suşların tanımlama ve antibiyotiklere duyarlılığı VITEK-2 sistemi ile gerçekleştirilmiştir. Yeni antibiyotiklerden eravasiklin, sefiderokol ve imipenem relebaktam duyarlılıkları hem disk difüzyon (DD) hem de gradiyent strip yöntemleriyle, kolistin duyarlılığı standart sıvı mikrodilüsyon (SMD), sefiderokol duyarlılığı ise demiri azaltılmış ortamda SMD yöntemiyle test edilmiştir. Duyarlılık testleri EUCAST önerileri doğrultusunda gerçekleştirilip, yorumlanmıştır. Sefiderokol için ayrıca CLSI kriterleri ile karşılaştırılmıştır. Fenotipik olarak karbapenem direnci belirlenen tüm suşlarda A. baumannii'ye özgü kromozomal blaOXA51 ayrıca karbapenem direncinden sorumlu blaOXA23, blaOXA58 ve optimize edilmiş PCR ile blaOXA24 varlığı araştırılmıştır. Ayrıca dışa atım pompasını kodlayan ve tetrasiklinlere dirençte rol alan tetA ve karbapenem direncinde rol oynayan blaIMP araştırılmıştır.
A. baumannii olarak tanımlanan 80 izolatın tamamı karbapeneme dirençli bulunmuştur. SMD yöntemiyle kolistin direnci %7,5 (n:6) olarak saptanmıştır. Sefiderokol direnci DD ve SMD yöntemiyle sırasıyla %18,75 (n:15) ve %22,5 (n:18) belirlenmiştir. Sefiderokol için MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla 0,25 mg/l, 128 mg/l ve MİK aralığı <0,03 – 256 mg/l olarak saptanmıştır. Eravasiklin için MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla 0,25 mg/l, 0,75 mg/l ve MİK aralığı 0,016-0,75 mg/l olarak saptanmıştır. İmipenem-relebaktam ise tüm suşlarda dirençli bulunmuştur. BlaOXA51 tüm suşlarda pozitif bulunmuştur. İzolatların %82,5 (n:66)'inde blaOXA23, %17,5 (n:14)'inde blaOXA24 saptanmıştır. Hiçbir suşta blaOXA58, tetA ve blaIMP genlerine rastlanmamıştır.
Antibiyotik direnci sorununu aşmak için yeni antibiyotik arayışları devam etmektedir. Karbapenem dirençli suşlarda, imipenem-relebaktam gibi beta-laktam inhibitörlerinin eklenmesinin ana karbapenem direnci üzerinde bir etkinliğinin olmadığı gözlenmiştir. Eravasiklin, A. baumanii suşlarına karşı in-vitro olarak kayda değer sonuçlar göstermiştir. Sefiderekol ise en umut verici ilaç olmasına rağmen henüz Türkiye'de kullanılmamaktadır ve sadece bu çalışmada MİK ile tespit edilen %22,5 direnç oranı, ülkemiz genelinde heterojen bir direnç olabileceğini ve klinik korelasyon için tedavi edilen hasta grubunda yeterli sayıda gözleme ihtiyaç olduğunu düşündürmektedir. Bununla birlikte sefiderokol ve eravasiklin için saptanan düşük MİK değerleri olumlu in- vitro sonuçlar olarak değerlendirilmiş ve dirençli enfeksiyonların tedavisi için umut vadettiği görülmüştür.

Abstract:
Multidrug-resistant Acinetobacter strains isolated from various clinical samples sent from different clinics of our hospital were included in the study and identification and antibiotic susceptibility of the strains were performed by VITEK-2 system. Among the new antibiotics, eravacycline, cefiderocol and imipenem relebactam susceptibilities were tested by both disc diffusion (DD) and gradient strip methods, colistin susceptibility was tested by broth microdilution (BMD) and cefiderocol susceptibility was tested by BMD method in iron reduced medium. The susceptibility tests were performed and interpreted according to EUCAST recommendations and also compared with CLSI criteria for cefiderocol. The presence of A. baumannii-specific chromosomal blaOXA51 and blaOXA23, blaOXA58 and blaOXA24 responsible for carbapenem resistance by optimised PCR were investigated in all strains phenotypically determined to be carbapenem resistant. In addition, tetA, which encodes the efflux pump and is involved in resistance to tetracyclines, and blaIMP, which is involved in carbapenem resistance, were investigated. All 80 isolates identified as A. baumannii were carbapenem resistant. Colistin resistance was found 7.5% (n:6) by BMD method. Cefiderocol resistance was determined as 18.75% (n:15) and 22.5% (n:18) by DD and BMD methods, respectively. MIC50 and MIC90 values for cefiderocol were 0.25 mg/l, 128 mg/l and MIC range <0.03 - 256 mg/l, respectively. MIC50 and MIC90 values for eravacycline were 0.25 mg/l, 0.75 mg/l and MIC range was 0.016 - 0.75 mg/l, respectively. Imipenem-relebactam was resistant in all strains. blaOXA51 was positive in all isolates. blaOXA23 was detected in 82.5% (n:66)  and blaOXA24 in 17.5% (n:14) of the isolates. No blaOXA58, tetA and blaIMP genes were detected in any of the isolates.
The search for new antibiotics to overcome the problem of antibiotic resistance continues. In carbapenem-resistant strains, it was observed that the addition of beta- lactam inhibitors such as imipenem-relebactam had no effect on main carbapenem resistance. Eravacycline showed remarkable results against A. baumanii strains in vitro. Although cefiderecol is the most promising drug, it is not yet used in Turkey, and the 22.5% resistance rate detected by MIC only in this study suggests that there may be heterogeneous resistance throughout our country and that sufficient number of observations in the treated patient group are needed for clinical correlation. However, the low MIC values determined for cefiderocol and eravacycline were considered as favourable in-vitro results and promising for the treatment of resistant infections.