Non-albicans candida türlerinin moleküler tiplendirilmesi ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Molecular typing of non-albicans candida species and determination of antifungal susceptibilities
Yazar: HULUSİ GÜVEN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FİLİZ ORAK
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Bulaşıcı hastalıklar = Communicable diseases ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Enfeksiyonlar = Infections ; Kandida = Candida ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Son yıllarda Candida türlerine bağlı enfeksiyonlarda çoklu ilaç direncinin ortaya çıkması, başarılı ve etkili tedavi seçeneklerini ortadan kaldırmıştır. Bu nedenle, Candida   türlerinin doğru tanımlanması, yalnızca mevcut antifungallere duyarlılıktaki farklılık nedeniyle değil, aynı zamanda epidemiyolojik açıdan da önemlidir.
Bu çalışmanın amacı, Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gelen ve klinik örneklerden izole edilen non-albicans Candida türlerinin DNA dizi analizi ile belirlenmesi, sonuçların BD Phoenix otomatik tanımlama sistemi ile karşılaştırılması ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesidir. 
Fenotipik olarak tanımlanmış toplam 82 örnek çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışmada, mantar rDNA'sının 5.8S bölümünde ITS genini amplifiye etmek için ITS1 ve ITS4 primerleri kullanılmıştır. İzolatların amfoterisin B, flukonazol, itrakonazol ve vorikonazole duyarlılıkları mikrobroth dilüsyon metoduna göre araştırıldı. 
Örnek alınan hastaların demografik verileri incelendiğinde; yaş ortalaması 57,61±26,3 olarak belirlendi. Örneklerin 42 (%51,22)'si kadın hastalardan izole edilmiştir. Erkek hastaların yaş ortalaması 59,77±27,49 ve kadın hastaların yaş ortalaması 55,55±25,40 olarak hesaplandı. Örneklerin 62 (%75,61)'si yoğun bakım ünitelerinden, 5 (%6,10)'i Hematoloji ve Onkoloji Kliniği ve 15 (%18,29)'i diğer klinik bölümlerden gönderilmiştir. İzolatların 54 (%65,85)'ü kandan, 25 (%30,49)'i idrardan, 2 (%2,44)'si yaradan ve 1 (%1,22)'i ise kataterden izole edildi. 
BD Phoenix 100 otomatik tanımlama sistemi ile tanımlanan türler sıklık sırasına göre; 25 (%30,49)'i C. tropicalis, 25 (%30,49)'i C. parapsilosis kompleks, 17 (%20,73)'si C. glabrata kompleks, 4 (%4,88)'ü C. krusei, 4 (%4,88)'ü C. kefyr, 4 (%4,88)'ü C. firmetaria, 1 (%1,21)'i C. lambika ve 2 (%2,44)'si C.  norvegensis idi.
DNA dizi analizine göre tanımlanan türler ise; 30 (%36,38)'u C. tropicalis, 25 (%30,49)'i C. parapsilosis kompleks, 19 (%23,17)'u C. glabrata kompleks, 5 (%6,10)'i C. kefyr ve 3 (%3,66)'ü C. krusei idi.
BD Phoenix sistemi moleküler yöntemle karşılaştırıldığında; 82 örnekten 62 (%75,60) tanesinin doğru tanımlandığı belirlendi. İki yöntem arasındaki kappa katsayısı 0,655 olarak hesaplandı ve sonuçlar uyumlu bulundu (p<0.001). Fenotipik tanımlama yönteminin genel doğruluğu 0,756 bulundu. 
 Amfoterisin B test edildiğinde; C. glabrata kompleks izolatlarından 1 (%5,88)'i   dirençli (MİK90 = 4 µg/mL) bulundu ve MİK aralığı 0,0156 - 1 mg/L olarak saptandı.  C. krusei izolatlarının tamamı amfoterisin B'ye duyarlı bulundu (MİK90 değeri ≤1µg/mL). 4 (%16) C. parapsilosis kompleks izolatının amfoterisin B'ye dirençli olduğu ve MİK aralığı 0,0156-1 mg/L olarak belirlendi. C.tropicalis izolatlarının ise sadece 1 (%4)'i amfoterisin B'ye dirençli bulundu ve MİK aralığı 0,0312 - 1 mg/L olarak belirlendi.
 Flukonazol test edildiğinde; C. parapsilosis kompleks izolatlarının 7 (%28)'si (MİK aralığı 0,5 - 32 mg/L),  C. glabrata kompleks izolatlarının 6 (%35,29)'sı (MİK aralığı 0,25 - 128 mg/L) ve C.tropicalis izolatlarından ise 9 (%36)'u flukonazole dirençli (MİK aralığı 0,0312-32 mg/L) bulundu.
İtrakonazol test edildiğinde; C. tropicalis izolatlarının 11 (%44)'i  (MİK aralığı 0,0156 - 1 mg/L) ve C. parapsilosis kompleks izolatlarının 9 (%36)'u itrakonazole dirençli (MİK aralığı 0,0156-4 mg/L) bulundu. 
Vorikonazol test edildiğinde; C. tropicalis izolatlarının 6 (%24)'sı (MİK aralığı 0,0156 – 1) ve C. parapsilosis kompleks'e ait 3 (%12) (MİK50 = 1,1 ve 1) izolatın vorikonazole dirençli olduğu değerlendirildi. 
Sonuç olarak Candida enfeksiyonlarında tür ve antifungal duyarlılığa özgü profilaksi veya tedavi uygulanacağı için, mikrobiyoloji laboratuvarlarında tercih edilecek tanı yönteminin seçimi kadar antifungal duyarlılık testlerinin kullanılmasının da önemli olduğu düşünülmektedir.

Abstract:
The emergence of multi-drug resistance in infections due to Candida species in recent years has eliminated successful and effective treatment options. Therefore, the correct identification of Candida species is important not only because of the difference in susceptibility to available antifungals, but also from an epidemiological point of view.
The aim of this study is to determine the non-albicans Candida species isolated from clinical samples and sent to Kahramanmaras Sutcu Imam University Microbiology Laboratory by DNA sequence analysis, compare the results with the BD Phoenix automatic identification system and determine their antifungal susceptibility.
A total of 82 phenotypically defined samples were included in the study. In the study, primers ITS1 and ITS4 were used to amplify the ITS gene in the 5.8S section of fungal rDNA. The susceptibility of the isolates to amphotericin B, fluconazole, itraconazole and voriconazole was investigated using the microbroth dilution method.
When the demographic data of the sampled patients were examined; the mean age was determined as 57.61±26.3 years. Forty-two (51.22%) samples were isolated from female patients.
The mean age of male patients was 59.77±27.49 and mean age of female patients was calculated as 55.55±25.40. Of the samples, 62 (75.61%) were sent from intensive care units, 5 (6.10%) from Hematology and Oncology Clinic and 15 (18.29%) from other clinical departments. Of the isolates 54 (65.85%) were isolated from blood, 25 (30.49%) from urine, 2 (2.44%) from wound and 1 (1.22%) from catheter.
Species identified by the BD Phoenix 100 automatic identification system; 25 (30.49%) C. tropicalis, 25 (30.49%) C. parapsilosis complex, 17 (20.73%) C. glabrata complex, 4 (4.88%) C. krusei, 4 (4.88%) C. kefyr, 4 (4.88%) C. firmetaria, 1 (1.21%) C. lambika and 2 (2.44%) C. norvegensis.
Species identified according to DNA sequence analysis were; 30 (36.38%) C. tropicalis, 25 (30.49%) C. parapsilosis complex, 19 (23.17%) C. glabrata complex, 5 (6. 10%) C. kefyr and 3 (3.66%) were C. krusei.
When the BD Phoenix system is compared with the molecular method; It was determined that 62 (75.60%) of 82 samples were correctly identified. The kappa coefficient between the two methods was calculated as 0.655 and the results were found to be compatible (p<0.001). The overall accuracy of the phenotypic identification method was found to be 0.756.
When amphotericin B was tested; 1 (5.88%) of the C. glabrata complex isolates were found to be resistant (MIC90 = 4 µg/mL) and the MIC range was determined as 0.0156 - 1 mg/L. All C. krusei isolates were found susceptible to amphotericin B (MIC90 value ≤1µg/mL).  It was determined that 4 (16%) C. parapsilosis complex isolates were resistant to amphotericin B and the MIC range was 0.0156-1 mg/L. Only 1 (4%) of the C. tropicalis isolates were found resistant to amphotericin B and the MIC range was determined as 0.0312 - 1 mg/L.
When fluconazole was tested; 7 (28%) of C. parapsilosis complex isolates (MIC range 0.5 - 32 mg/L), 6 (35.29%) isolates of C. glabrata complex (MIC range 0.25 - 128 mg/L) and 9 (36%) of C. tropicalis isolates were resistant to fluconazole (MIC range 0.0312-32 mg/L).
When itraconazole was tested; 11 (44%) of C. tropicalis isolates (MIC range 0.0156 - 1 mg/L) and 9 (36%) C. parapsilosis complex isolates were resistant to itraconazole (MIC range 0.0156-4 mg/L) L) was found.
When voriconazole was tested; 6 (24%) isolates of C. tropicalis (MIC range 0.0156 – 1) and 3 (12%) (MIC50 = 1.1 and 1) isolates of C. parapsilosis complex were evaluated to be resistant to voriconazole.
As a result, since prophylaxis or treatment specific to species and antifungal susceptibility will be applied in Candida infections, it is thought that the use of antifungal susceptibility tests is as important as the selection of the diagnostic method to be preferred in microbiology laboratories