Türk çeltik çeşitlerinin (Oryza sativa L.) tohum depo proteinleri ve Random Amplified Polymorphic DNA(RAPD) belirleyicileri ile genetik analizi
Genetic analysis of Turkish Rice Varieties (Oryza sativa L.) based on seed storage proteins And Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers
Yazar: SULTAN BAY
Danışman: YRD. DOÇ. DR. E. BANU BÜYÜKÜNAL BAL
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Bu çalışmada Türk çeltik çeşitleri (Oryza sativa L.) arasındaki genetikpolimorfizm tohum depo proteinlerine ve Random Amplified Polymorphic DNA(RAPD) belirleyicilerine bağlı olarak incelenmiştir. Çalışmada 32 adet çeltik çeşidikullanılmıştır. Bunlardan 21 tanesi Türkiye orijinli melez çeşitler olup, 11 tanesi iseyurtdışı orijinli çeşitlerden oluşmuştur.20 çeşitten elde edilen tohum depo proteinleri Sodium Dodecyl SulphatePolyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) ile incelenmiştir. Sonuçlar, SDSPAGEprofilleri tüm çeşitler için genelde benzer olmakla beraber bazı çeşitler için(Kargı, Demir ve Rodina) elde edilen bantlar daha yoğun olmuştur. Ayrıca Kargı veDemir çeşitleri için 28 kDa büyüklüğünde ekstra bir bant gözlenmiştir.Tüm çeşitler üzerinde 20 adet RAPD primeri test edilerek, çeşitler arasındapolimorfik ve tekrarlı PCR uygulamalarında uyumlu bant veren 7 adet primer(OPAJ 01, OPAA 13, OPAL 08, OPO 01, OPB 05, OPG 04 ve OPK 01) belirlenmiştir.Belirlenen primerler ile boyları 250 ile 2500 baz çifti (bç) arasında değişen toplam 42bant elde edilmiştir. Bu bantların 29 tanesi (%69) polimorfik iken 13 tanesi (%31)non-polimorfik karakterdedir. Bantların skorlanması sonucu elde edilen matrisler,genetik benzerlik (Simple Matching, Jaccard ve Dice katsayılarına bağlı) ve genetikuzaklık (Nei-72) değerlerinin elde edilmesinde kullanılmıştır. Benzerlik ve uzaklıkdeğerlerinin Unweighted Pair-Group Method Arithmetic Average (UPGMA) metoduile gruplandırılması sonucunda, birkaç çeşidin birbirinden farklı şekilde yerleşimidışında temelde benzer dendogramlar (genetik ağaçlar) oluştuğu gözlenmiştir. Buverilere göre iki ana grup gözlenmiştir. Sürek-95, Serhat-92 ve Rocca çeşitleri birana grupta yer alırken, diğer çeşitlerin tümü bir başka ana grupta yer almıştır.Anahtar Kelimeler: Çeltik (Oryza sativa L.), Tohum depo proteinleri, SDS-PAGE,RAPD, PCR, Belirleyici, UPGMA

Abstract:
In this study, genetic polymorphism among Turkish rice varieties (Oryza sativaL.) based on seed storage proteins and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)markers were assessed. Thirty-two varieties, 21 of them from Turkish origin and 11of them from different countries were used.Seed storage proteins obtained from twenty varieties were analyzed by SodiumDodecyl Sulphate Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE). SDS-PAGEprofiles were revealed that all of the studied cultivars have the similar pattern, butintensity of the bands was higher for some cultivars such as Kargı, Demir, andRodina. In addition, a presence of an extra band with the size of 28 kDa wasobserved for Kargı and Demir varieties.Twenty RAPD primers were tested on the all varieties and 7 primers (OPAJ01, OPAA 13, OPAL 08, OPO 01, OPB 05, OPG 04 and OPK 01) producingpolymorphic and reproducible bands in repeated PCR applications were detected.Those selected primers produced 42 bands within the size range of 250 to 2500 basepairs (bp). Of those 42 bands, 29 of them were polymorphic (69%), while 13 of themwere non-polymorphic (31%). The matrices were obtained by scoring of all bandsand those were used to estimate genetic similarities (based on Simple Matching,Jaccard ve Dice coefficients) and genetic distances (based on Nei-72) values.Unweighted Pair-Group Method Arithmetic Average (UPGMA) based grouping ofgenetic similarity and dissimilarity values were used to construct dendograms and alldendograms were similar to each other, except for the displacement of few cultivars.Based on this data, two main groups were observed. Sürek-95, Serhat-92, and Roccawere placed in one main group, while the others were grouped in another maingroup.Key Words: Rice (Oryza sativa L.), Seed storage proteins, SDS-PAGE, RAPD, PCR,Marker, UPGMA