Anti-Leishmania etkisi gösteren Antimon(III) komplekslerinin moleküler doking analizi ile incelenmesi
Investigation of molecular docking analysis of Antimony(III) complexes exhibiting anti-Leishmania effect
Yazar: TUĞÇE ÖKSÜZ
Danışman: DOÇ. DR. BERNA ÇATIKKAŞ
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Enformatik Ana Bilim Dalı / Enformatik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering
Dizin: Antimon = Antimony ; Antimon triklorür = Antimony trichloride ; Docking = Docking ; Leishmania = Leishmania ; Leishmania infantum = Leishmania infantum ; Leishmaniasis = Leishmaniasis ; Trypanosoma cruzi = Trypanosoma cruzi

Özet:
BBu çalışmada, antimon(III) komplekslerinin anti-Leishmania etkisine sahip olup olmadığının incelenmesi amacıyla iduced fit docking (IFD) yöntemi ile moleküler doking analizi yapılmıştır. Antimon(III) kompleksleri ve ligandlarının isimleri SbLnX3, L1: 2-guanidobenzimidazol, L2: N-2-pirimidin-2-pirolidinkarboksamid, L3: N-2-benzotiyoazol-2-pirolidinkarboksamid, X: Cl3 ve Br3'dir. Tez çalışması kapsamında, Leishmania infantum parazitinin anti-Leishmania özelliklerini değerlendirmek amacıyla tripanotion redüktaz enzimleri (PDB ID: 5EBK, 4NEW, 2YAU, 4APN ve 6ER5) protein veri bankası'ndan seçilmiştir. Seçilen enzimlerle bileşikler arasındaki etkileşimleri incelemek için moleküler doking ve moleküler mekanik/genelleştirilmiş Born yüzey alanı (MM/GBSA) yöntemi kullanılmıştır. Komplekslerin aktif bölgedeki bağlanma enerjileri ΔG hesaplanmıştır. Doking ve MM/GBSA sonuçlarına göre bromo komplekslerin kloro komplekslere göre tripanotion redüktaz enziminin aktif bölgesine daha yüksek enerji değeriyle bağlandığı tespit edilmiştir.
Antimon(III) komplekslerinin farmakokinetik özelliklerinin belirlenmesi için adsorpsiyon-dağılım-metabolizma-eliminasyon (ADME) analizleri SwissADME programı ile hesaplanmıştır.
	
2023, 56 sayfa

Anahtar Kelimeler: Antimon(III) kompleksleri, tripanotion redüktaz inhibitörleri, moleküler doking, MM/GBSA, ADME

Abstract:
In this study, molecular docking analysis was performed with induced fit docking (IFD) method to examine whether antimony(III) complexes have anti-Leishmania effects. The names of antimony(III) complexes and ligands are SbLnX3 (L1: 2-guanidobenzimidazole, L2: N-2-pyrimidine-2-pyrrolidin-2-pyrrolidinecarboxamide, L3: N-2-benzothioazole-2-pyrrolidinecarboxamide, X: Cl3 and Br3). Within the scope of the thesis study, trypanothione reductase enzymes (PDB ID: 5EBK, 4NEW, 2YAU, 4APN and 6ER5) were selected from the protein database in order to evaluate the anti-Leishmania properties of the Leishmania infantum parasite. Molecular docking and molecular mechanic/generalized Born surface area (MM/GBSA) method were used to examine the interactions between selected enzymes and compounds. The binding energies ΔG of the complexes in the active site were calculated. According to Doking and MM/GBSA results, it was determined that bromo complexes bind to the active site of trypanothione reductase enzyme with a higher energy value than chloro complexes.
Adsorption-distribution-metabolism-elimination (ADME) analyzes were calculated with the SwissADME program to determine the pharmacokinetic properties of antimony(III) complexes.

2023, 56 pages

Keywords: Antimony(III) complexes, trypanothione reductase inhibitors, molecular docking, MM/GBSA, ADME