Bisfenol a ile ilişkili meme kanseri gelişiminde rol oynayan aday tanısal genlerin ın sılıco olarak tanımlanması ve doğrulanması
In silico identification and validation of candidate diagnostic genes involved in bisphenol a-associated breast cancer development
Yazar: MERVENUR AKKUŞ
Danışman: DOÇ. DR. HAMİD CEYLAN
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
ÖZET
YÜKSEK LİSANS TEZİ
BİSFENOL A İLE İLİŞKİLİ MEME KANSERİ GELİŞİMİNDE ROL OYNAYAN ADAY TANISAL GENLERİN IN SILICO OLARAK TANIMLANMASI VE DOĞRULANMASI

MERVENUR AKKUŞ

Danışman: Doç. Dr. Hamid CEYLAN

İlerleyen yaşla birlikte çevresel kirleticilere ve toksik kimyasalllara maruziyet kadınlarda en yüksek insidansa sahip kanser türü olan meme kanserinin gelişimi için güçlü risk faktörleridir.  Özellikle endokrin bozucu kimyasallar (EDCs), sahip oldukları östrojenik aktivitenin yanı sıra endokrin sisteme de müdahale edebilen organik bileşikler oldukları için meme kanseri açısından oldukça dikkat çekmektedirler. Bu bileşikleriden biri olan ve geniş yelpazede tüketici ürünlerinin imalatında kullanılan Bisfenol-A (BPA)'nın birçok hücresel mekanizmayı etkilediği bilinmesine rağmen meme dokusunda kanser başlangıcı ve gelişimi üzerindeki etkisi hala tartışma konusudur. Bu nedenle BPA ilişkili kanserleşmenin altında yatan moleküler mekanizmalarda görev alan aktörlerin tanımlanması etkin tanı ve tedavi stratejilerinin geliştirilmesi açısından önemlidir. Bu çalışmada Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanından elde edilen mikroarray veri seti farklı biyoinformatik araçlar kullanılarak analiz edilmiştir. Diferansiyel olarak eksprese edilen genlerin (DEG'ler) taranmış, protein-protein etkileşimi (PPI) ağı oluşturularak merkezi genler belirlenmiştir. Analizler sonucunda CCNA2 ve CCNB1 kritik merkez genler olarak tanımlanmıştır. Daha sonra tanımlanan genlerin mRNA ifade seviyeleri, prognostik potansiyelleri ve bağışıklık hücre sızma kapasiteleri in silico araçlar kullanılarak doğrulanmıştır. Elde edilen bulgular bu genlerin meme kanserinin gelişimi ve ilerlemesinde son derece kritik aktörler olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, BPA'ya maruz kalmanın bir sonucu olarak ifade seviyeleri agresif bir şekilde artan ve meme kanseri hastalarında kötü prognozla güçlü bir şekilde ilişkili CCNA2 ve CCNB1'in meme kanseri ile mücadele güçlü adaylar olabileceği tespit edilmiştir.
Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, Biyobelirteç, BPA; Hücre döngüsü, DEGs.
Ocak 2024, 64 sayfa

Abstract:
ABSTRACT
MASTER THESIS
IN SILICO IDENTIFICATION AND VALIDATION OF CANDIDATE DIAGNOSTIC GENES INVOLVED IN BISPHENOL A-ASSOCIATED BREAST CANCER DEVELOPMENT
MERVENUR AKKUŞ
Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Hamid CEYLAN

Exposure to environmental pollutants and toxic chemicals with advancing age are strong risk factors for the development of breast cancer, which is the type of cancer with the highest incidence in women. In particular, endocrine disrupting chemicals (EDCs) attract much attention in terms of breast cancer because they are organic compounds that can interfere with the endocrine system in addition to their estrogenic activity. Although Bisphenol-A (BPA), one of these compounds and used in the manufacture of a wide range of consumer products, is known to affect many cellular mechanisms, its effect on the onset and development of cancer in breast tissue is still a matter of debate. Therefore, identifying the actors involved in the molecular mechanisms underlying BPA-related cancer is important for the development of effective diagnosis and treatment strategies. In this study, the microarray data set obtained from the Gene Expression Omnibus (GEO) database was analyzed using different bioinformatics tools. Differentially expressed genes (DEGs) were screened, and central genes were identified by creating a protein-protein interaction (PPI) network. As a result of the analyses, CCNA2 and CCNB1 were identified as critical hub genes. The mRNA expression levels, prognostic potential, and immune cell infiltration capacity of the identified genes were then validated using in silico tools. The findings showed that these genes are extremely critical actors in the development and progression of breast cancer. In conclusion, it has been determined that CCNA2 and CCNB1, whose expression levels increase aggressively as a result of BPA exposure and are strongly associated with poor prognosis in breast cancer patients, may be strong candidates to combat breast cancer.
Keywords: Breast cancer, Biomarker, BPA, Cell cycle, DEGs.
January 2024, 64 pages