Türk populasyonunda yüksek rezolusyon mhc class-ı related chain a (MICA) genotiplendirmesi, HLA-B  mıca haplotiplerinin incelenmesi ve yeni mıca alellerinin araştırılması
High Resolution MHC Class-I Related Chain A (MICA) Genotyping, Analysis of HLA-B  MICA Haplotypes, and a Search for new MICA Alleles in Turkish Population, Institute of Health Sciences
Yazar: EMRE YİĞİTBAŞ
Danışman: PROF.DR. AYŞEGÜL ÜNER
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
ÖZETYiğitbas E., Türk Populasyonunda Yüksek Rezolusyon MHC Class-IRelated Chain A (MICA) Genotiplendirmesi, HLA-B-MICAHaplotiplerinin İncelenmesi ve Yeni MICA Alellerinin Araştırılması,Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tümör Biyolojisive İmmünolojisi Doktora Tezi, Ankara, 2006.MICA geni, HLA-B lokusunun 46 kb sentromerinde yerleşmiştir, polimorfiktirve stres ile indüklenen bir proteini kodlar.MICA genlerinin hastalıklar ile ilintilerini inceleyen çalışmalar Behçet hastalığı(BD) ve Ailevi Akdeniz Ateşi (FMF) gibi belli populasyonlarda daha sıkrastlanan hastalıklarda önemli rol alabileceğini ortaya koymuştur. Ancak Türkpopulasyonuna ait MICA genotiplendirmesi bugüne kadar bildirilmemiştir. Buçalışma, iyi seçilmiş bir örneklemde yüksek rezolusyonda MICA ve HLA-Bgenotiplerinin belirlenmesi, HLA-B ve MICA haplotipleri arasında `linkagedisequilibrium' analizi yapmak amacıyla planlanmıştır. Türkiye' nin tümcoğrafi bölgelerini temsil edecek şekilde, bilgilendirilmiş onam formunuimzalamış 106 sağlıklı gönüllüden kan örneği alınmış ve periferik kanmononükleer hücrelerinden DNA elde edilmiştir.Yüksek rezolusyonda MICA genotiplendirmesi SSOP ve SBT yöntemlerikullanılarak yapılmıştır.HLA-B lokus tiplendirmesi için Luminex-Labtype metodu, ve gereklidurumlarda in-vitro tanıya yönelik geliştirilmiş SSP kitleri kullanılmıştır (OneLambda Inc.). Sonuçların doğrulanması için daha önceden genotiplendirmesiyapılmış örneklerle kıyaslama yapılmıştır. İstatistik analizler için PopGen,PHASE, ve MVSP yazılımları kullanılmıştır.Hardy Weinberg dengesinin (HWE) incelenen tüm lokuslarda geçerli olduğusaptanmıştır. İncelenen örneklemde, 25 HLA-B, ve 19 MICA aleli ile 5 MICAekzon 5 microsatellit alleli, gözlenmiştir. Türk populasyonunda anlamlı LDgösteren (HLA-B)-(MICA) haplotipleri;(HLA-B*35)-(MICA*019) 21.72%, (HLA-B*51)-(MICA*00901) 18.10%,(HLA-B*18)-(MICA*018) 17.11%, (HLA-B*49)-(MICA*004) 12.90%,(HLA-B*07)-(MICA*00802) 7.36%, (HLA-B*27)-(MICA*00701) 6.97%,(HLA-B*40)-(MICA*027) 6.46%, (HLA-B*55)-(MICA*01201) 5.15%,(HLA-B*14)-(MICA*011) 3.89%, (HLA-B*53)-(MICA*049) 3.31%,(HLA-B*50)-(MICA*00902) 0.04% olarak bulunmuştur (p< 0,01).`Correspondence' analizinde Türk populasyonu, Uygurlar Yunanlılar veİtalyanlar ile göreceli olarak daha yakında gruplanmıştır. Bu çalışmadaizlenen HLA-B ve MICA alel frekansları diğer beyazlarda gözlenenlere benzerniteliktedir. Bu çalışmada aynı zamanda yeni bir MICA aleli tanımlanmıştır. Buyeni alelde ekzon 5 transmembran bölgesinde 1 baz değişimi (GâA) görüldü,ancak, buna karşılık gelen amino asit kodlamasında değişiklik olmamaktadır(LysineâLysine). Bu sonuçlar, ileride yapmayı planladığımız Türkpopulasyonunda MICA-hastalık ilintilerinin incelenmesi çalışmalarındakullanılabilecek önemli bir referans oluşturacaktır.Anahtar Sözcükler: MICA, HLA-B, haplotip, short tandem repeat,microsatellit, yüksek rezolusyon genotipleme, Türk populasyonu, populasyongenetiği.

Abstract:
ABSTRACTYigitbas E., High Resolution MHC Class-I Related Chain A (MICA)Genotyping, Analysis of HLA-B-MICA Haplotypes, and a Search fornew MICA Alleles in Turkish Population, Institute of HealthSciences, Hacettepe University, Ph.D. Thesis in Tumor Biology andImmunology, Ankara, 2006.MICA is a polymorphic gene encoding a stress inducible protein, located 46kb centromeric to HLA-B locus.Disease association studies demonstrated that, MICA could play a significantrole in population specific diseases such as Behçet?s Disease and FamilialMediterranean Fever. However, MICA genotyping data was not reported forthe Turkish population to date. This study was designed to investigate MICA,HLA-B locus genotypes, and analysis of linkage disequilibrium between HLA-B-MICA haplotypes, in a well defined sample of Turkish population usinghigh resolution methods.DNA was extracted from peripheral blood mononuclear cells of 106 healthy,volunteers from all different geographical regions of Turkey, who signedinformed consents.Highest resolution MICA genotyping was performed by conventional SSOPand SBT methods. HLA-B loci were typed by Luminex-Labtype assay, andallele level in-vitro diagnostic SSP kits were employed when necessary (OneLambda Inc.). Results were correlated and confirmed by our previouslygenotyped, known samples at all loci.Statistic analyses were computed by PopGen, PHASE, and MVSP softwares.HWE holds at all loci typed. 25 HLA-B, and 19 MICA alleles with 5 commonlyseen MICA exon 5 microsatellite alleles, were observed in the Turkishpopulation sample. Turkish (HLA-B)-(MICA) haplotypes with significant LDwere;(HLA-B*35)-(MICA*019) 21.72%, (HLA-B*51)-(MICA*00901) 18.10%,(HLA-B*18)-(MICA*018) 17.11%, (HLA-B*49)-(MICA*004) 12.90%,(HLA-B*07)-(MICA*00802) 7.36%, (HLA-B*27)-(MICA*00701) 6.97%,(HLA-B*40)-(MICA*027) 6.46%, (HLA-B*55)-(MICA*01201) 5.15%,(HLA-B*14)-(MICA*011) 3.89%, (HLA-B*53)-(MICA*049) 3.31%,(HLA-B*50)-(MICA*00902) 0.04% (p< 0,01).Correspondence analysis placed the Turkish sample relatively close toUighurs, as well as its Mediterranean neighbors Greeks, and Italians whichwas not surprising.Our data demonstrated that HLA-B and MICA allelic frequencies were similarto those reported in other Caucasian populations studied to date.This research also reports a new MICA allele with 1 base substitution (GâA)at 310th codon that results with a silent change (LysineâLysine), in exon 5trans membrane region of MICA peptide chain.These data will provide a reliable reference for our planned MICA-Diseaseassociation studies in Turkish population.Key words: MICA, HLA-B, haplotype, short tandem repeat, microsatellite,high resolution genotyping, Turkish population, population genetics.