Karadeniz Bölgesi'ndeki ruminantlarda border disease epidemiyolojisi
Border disease epidemiology in ruminants in the Black SEA region
Yazar: AYHAN AKMAN
Danışman: PROF. DR. SEMRA GÜMÜŞOVA
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Abortus = Abortion ; Abortus-veteriner hekimlik = Abortion-veterinary ; Abortus-veteriner hekimlik = Abortion-veterinary ; Karadeniz bölgesi = Black Sea region ; Keçiler = Goats ; Koyunlar = Sheep ; Ruminantlar = Ruminants ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine ; Çiftlik hayvanları = Farm animals

Özet:
Amaç: Bu tezin amacı Karadeniz Bölgesi'nde koyun ve keçilerde BDV verilerini güncellemek, Türkiye' de ilk kez sığırlarda BDV' nin prevalansını ortaya koymak ve bölgede sığır, koyun ve keçilerde sirküle olan genotipi tespit etmektir. 
Materyal ve Metot: Bu tez kapsamında 2015-2017 yılları arasında Samsun Veteriner Kontrol Enstitüsü Müdürlüğü'ne bölge illerinden gönderilen 100 adet koyun, 20 adet keçi ve 193 adet sığır abort materyali BDV yönünden ELISA ve RT-PCR tekniği ile incelenmiştir.
Bulgular: Yapılan Ag-ELISA sonucu sığırlarda %50,26 (97/193), koyunlarda %58 (58/100) ve keçilerde %55 (11/20) oranında pestivirus yönünden pozitiflik tespit edilmiştir. Aynı örneklerde BDV probları kullanılarak yapılan Real Time RT-PCR testi sonucu sadece 1 adet koyunda (%1) BDV pozitif tespit edilmiş olup 324/326 panpesti primerleri ve PBD1/PBD2 BDV spesifik primerleri ile yapılan konvansiyonel RT-PCR ile 3 adet koyunda (%3) ve 1 adet sığırda (%0,52) BDV pozitif sonuç elde edilmiştir. Keçilerde ise pozitiflik belirlenmemiştir. Ayrıca RT-PCR ile koyun abortlarından pozitif bulunan örneklerden yapılan filogenetik dizi analizi sonucunda incelenen bölgede sirküle olan 2 farklı genotip (BDV-3 ve BDV-7) olduğu da ortaya konmuştur. Ancak sığırdan elde edilen pozitif örnek, filogenetik dizi analizi sonucunda BVD-1 olarak belirlenmiştir.
Sonuç: Bu tez çalışması sonucunda sığırlarda pestivirus varlığı araştırılırken BDV'nin de dikkate alınması gerektiği görülmektedir. Abort materyallerde pestivirusların tespitinde Ag-ELISA testi yerine daha duyarlı bir test olan RT-PCR yönteminin kullanılması önem arz etmektedir. Yerli suşlarımız kullanılarak yapılacak primer ve probe dizaynı ile yeni bir Real-Time RT-PCR panelinin optimize edilmesine ihtiyaç olduğu da bu çalışmadan çıkarılacak bir diğer önemli sonuçtur.


Anahtar Kelimeler: Abort; BDV; Karadeniz Bölgesi; keçi; koyun; sığır

Abstract:
Aim: The aim of this thesis is update the BDV data in sheep and goats in the Black Sea region, determine the prevalence of BDV in cattle for the first time in Turkey and identify the genotype circulated in cattle, sheep and goats in the region.
Material and Method: For this purpose, 100 sheep, 20 goats and 193 cattle abort materials sent from the regional provinces to Samsun Veterinary Control Institute between 2015-2017 were analyzed in terms of BDV by ELISA and RT-PCR technique.
Results: The results of Ag-ELISA were found to be positive for cattle with a rate of 50.26% (97/193), in sheep with 58% (58/100) and in goats with a rate of 55% (11/20) in terms of pestivirus. RealTime RT-PCR test was performed with the same samples by BDV probes, and BDV positive was detected in only 1 sheep (1%) and 324/326 panpest primers and PBD1 / PBD2 were performed with conventional RT-PCR in 3 sheeps (3%). and BDV positive result was obtained in 1 cattle (0.52%). No positivity was determined in goats. In addition, two different genotypes (BDV-3 and BDV-7) were found to be circulated in the investigated area as a result of phylogenetic sequence analysis performed with samples found positive from sheep abortions by RT-PCR. However, the positive sample obtained from cattle was determined as BVD-1 after phylogenetic sequence analysis.
Conclusion: As a result of this study, it is seen that BDV should be taken into consideration while searching for the presence of pestivirus in cattle. In the detection of pestiviruses in abort materials, it is important to use the RT-PCR test which is a more sensitive test rather than Ag-ELISA test. Another important result of this study is the need to optimize a new Real-Time RT-PCR panel with primary and probe design using our native strains.

Key Words: Abort; BDV; Black Sea Region; cattle; goat; sheep