Çocuk yaş grubunda görülen gastroenteritlerde viral ve bakteriyel etkenlerin klasik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
The investigation of viral and bacterial enteropathogens in children with acute gastroenteritis by conventional and molecular methods
Yazar: AYŞEGÜL TÜMGÖR
Danışman: PROF. DR. FÜGEN YARKIN
Çukurova Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Gastrointestinal hastalıklar = Gastrointestinal diseases ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Virüsler = Viruses ; Çocuklar = Children

Özet:
Amaç: Akut gastroenterit bütün dünyada, özellikle gelişmekte olan ülkelerde yenidoğan ve küçük çocuklar için önemli bir sağlık sorunu ve önde gelen bir ölüm sebebidir. Bu çalışmanın amacı bölgemizde çocuklarda görülen akut gastroenteritlerde klasik ve moleküler tanı yöntemleri kullanılarak viral ve bakteriyel etkenlerin araştırılmasıdır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Temmuz 2009 ile Ekim 2009 tarihleri arasında Adana Doğum ve Çocuk Bakımevi Hastanesi polikliniklerine ve acil servisine akut gastroenterit ile başvuran yaşları 0-12 yaş arasında değişen çocuklara ait 136 dışkı örneği dahil edildi. Dışkı örneklerinde bakteriyel enteropatojenlerin izolasyonu için klasik kültür yöntemi ve viral etkenlerden rotavirus, norovirus, astrovirus ve adenovirus antijenlerinin tanısı için Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) testi kullanıldı. Ayrıca rotavirus grup A antijeni pozitif bulunan dışkı örneklerinde önce reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) testi ile VP4 ve VP7 rotavirus genomları ve ardından semi-nested multipleks PCR testi ile G ve P genotipleri tespit edildi.Bulgular: Toplam 136 vakanın % 20,6'sında (28 vaka) viruslar ve % 8,1'inde (11 vaka) bakteriler olmak üzere % 28,7'sinde (39 vaka) gastroenterit etkeni tespit edildi. Akut gastroenterit etkenlerinden sırasıyla; norovirus vakaların % 11'inde (15 vaka), rotavirus % 7,3'ünde (10 vaka), Shigella sonnei % 6,6'sında (9 vaka), adenovirus % 2,2'sinde (3 vaka), Salmonella newport % 0,7'sinde (1 vaka) ve Campylobacter jejuni %0,7'sinde (1 vaka) bulundu. Miks infeksiyon ise 2 vakada (% 1,5) gözlendi. Rotavirus antijeni pozitif bulunan 10 örnekte en baskın bulunan genotip % 30 oranla G9P[8] olup, bunu G9P[11] % 20 ve G4P[8] % 10 oranla izledi. G genotiplerinden G9 % 60 ve P genotiplerinden P[8] % 50 oranla en yaygın bulunan genotiplerdi.Sonuç: Çalışmanın yapıldığı 2009 yaz döneminde akut gastroenteritli çocuklarda en fazla bulunan etkenler norovirus (% 11), rotavirus (% 7,3) ve Shigella sonnei (% 6,6)'dir. Akut gastroenteritlerin etyolojik tanısı ile destekleyici tedavi gerektiren viral etkenler ve antibiyotik tedavisi gerektiren shigella ve campylobacter gibi bakterilerin tespiti sonucu uygun hasta yönetimi sağlanacakır.Anahtar Kelimeler: Akut gastroenterit, bakteriler, çocuklar, ELISA, PCR, viruslar

Abstract:
Objectives: Acute gastroenteritis is significant health problem and causes death in infants and young children in the world, especially in developing countries. The aim of this study is investigation of viral and bacterial agents in children with acute gastroenteritis by conventional and molecular methods in our region.Materials and Methods: Total 136 stool specimens obtained from children 1-12 years of aged with acute gastroenteritis who admitted to policlinics and emergency service of the Adana Children?s Healthcare and Obstetric Hospital between July 2009 to October 2009. Conventional culture method was used for isolation of bacterial enteropathogens and enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) was performed to detect viral agents as rotavirus, norovirus, astrovirus and adenovirus antigens in stool specimens. VP4 and VP7 rotavirus genomes were detected by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) test in rotavirus grup A antigen positive stool samples, thereafter rotavirus G and P genotypes were determined by multiplex semi-nested PCR test.Results: Gastrointestinal agent was found in 28,7 % of total 136 cases; viruses in 20,6 % (28 cases) and bacteria in 8,1 % (11cases). Of acute gastroenteritis agents, norovirus was detected in 11 % (15 cases), rotavirus 7,3 % (10 cases), Shigella sonnei 6,6 % (9 cases), adenovirus 2,2 % (3 cases), Salmonella newport 0,7 % (1 case) and Campylobacter jejuni 0,7 % (1 case), respectively. Mixed infection occurred in 2 cases (1,5 %). In rotavirus antigen positive 10 samples, the most prevalent genotype was G9P[8] with the rate of 30 %, followed by G9P[11] 20 % and G4P[8] 10 %. Among G and P genotypes, G9 with 60 % and P[8] 50 % were the most common rotavirus genotypes.Conclusion: During the 2009 summer period of the study, the most common agents found were norovirus (11 %), rotavirus (7,3 %) and Shigella sonnei (6,6 %) in children with acute gastroenteritis. The etiologic diagnosis of acute gastroenteritis will provide appropriate patient management by detection of viral agents which need supportive therapy and bacteria as Shigella and Campylobacter which need antimicrobial therapy.Keywords: Akut gastroenteritis, bacteria, children, ELISA, PCR, viruses