Bacillus sp. suşlarının patojen bakterilere karşı antimikrobiyal aktivitesi, antimikrobiyal madde üretimi üzerine bazı besinsel ve fiziksel faktörlerin etkisi, kısmi saflaştırılması ve karakterizasyonu
Antimicrobial activities against some  pathogen bacteria of Bacillus species strains, effect of the certain nutritional and physical parameters on the production of antimicrobial substances, partial purification and characterization
Yazar: ALEV USTA AK
Danışman: PROF. DR. ELİF DEMİRKAN
Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, yüksek lisans tez çalışmamızdan elde edilen 5 adet antibiyotik potent Bacillus sp. suşları 16S rRNA analizi ile adlandırılmıştır. Bu suşlardan 4 tanesi Bacillus thuringiensis ile ve 1 tanesi Brevibacillus laterosporus ile %100 sekans benzerliği göstermiştir. Bu türlerin antimikrobiyal madde üretme kapasiteleri agar kuyu difüzyon yöntemi ile saptanmıştır. Brevibacillus laterosporus EA62 olarak adlandıran bakteri en büyük inhibisyon zonunu (19 mm) göstermiş ve çalışmalara bu bakteri ile devam edilmiştir. 
B. laterosporus EA62' den antimikrobiyal madde üretimi için besinsel (aminoasit, karbon, azot, metal kaynakları) ve bazı fiziksel faktörlerin (pH ve sıcaklık) etkileri araştırılmış ve besi ortamının optimizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu yeni izolat antimikrobiyal madde üretiminde glutamik asit varlığında 19 mm, glukoz varlığında 19 mm, tripton varlığında 20 mm, MgSO4+CaCO3 varlığında 19 mm ile en geniş inhibisyon zonları göstermiştir. En geniş inhibisyon zonları pH 7.0'de 19 mm ve 37 °C'da sıcaklık 19 mm olarak bulunmuştur. Modifiye ortamda antimikrobiyal madde üretimi ise kontrol ortamına göre artış göstermiştir.
Kısmi olarak saflaştırılan antimikrobiyal maddenin SDS-PAGE ile moleküler ağırlığı 6,3 kDa olarak belirlenmiştir. B. laterosporus EA62'den elde edilen yeni bileşenin MİK değeri >256 μg/mL olarak saptanmıştır. B. laterosporus EA62 tarafından üretilen antimikrobiyal maddenin Rf değerleri, standart antibiyotik (streptomisin ve basitrasin) Rf değerleri ile karşılaştırılmıştır.
B. laterosporus EA62 endüstriyel ölçekte antimikrobiyal ajan üretmek için büyük bir potansiyele sahip olabilir.

Abstract:
In this study, 5 antibiotic potent Bacillus sp. strains were identified based on 16S rRNA analysis.  Four of these strains showed 100% sequence similarity with Bacillus thuringiensis and 1 of them with Brevibacillus laterosporus.  The antimicrobial substance production capacities of these species were determined by agar well diffusion method. The bacteria as named Brevibacillus laterosporus EA62 showed the greatest inhibition zone (19 mm) and studies have been continued with this bacterium. 
The effects of nutritional (amino acid, carbon, nitrogen, metal sources) and some physical factors (pH and temperature) on the production of antimicrobial agent of B. laterosporus EA62 were investigated, and optimization of the medium was performed. This new isolate were showed the widest inhibition zone with 19 mm in the presence of glutamic acid, with 19 mm in the presence of glucose, with 20 mm in the presence of tripton, with 19 mm in the presence of MgSO4+CaCO3 in antimicrobial agent production. The largest inhibition zones were found to be 19 mm at pH 7.0 and 19 mm at 37 °C. The production of antimicrobial substance in modified media were showed increase compared to the control medium.
The molecular weight of the partially purified antimicrobial substance was determined to be 6,3 kDa by SDS-PAGE. The new component from B. laterosporus EA62 the MIC value was determined as >256 μg/mL. The Rf values of the antibiotic produced by B. laterosporus EA62 was compared with standard antibiotic (streptomycin and bacitracin) Rf values.
B. laterosporus EA62 may have a great potential for producing antimicrobial agents on the industrial scale.