Yabani pancar türlerinde kuraklık ve BNYVV (Beet Necrotic YellowVein Virus = pancar nekrotik sarı damar virüsü) stresi ile ilişkili mikro RNAların tanımlanması
Identification of micro RNAs related to drought and BNYVV (Beet Necrotic Yellow Vein Virus) stress in wild beet species
Yazar: UMUT KİBAR
Danışman: PROF. DR. ALİ ERGÜL
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Şeker Pancarı (Beta vulgaris) ekonomik açıdan değerli, endüstriyel bir kültür bitkisidir. Bununla birlikte kuraklık ve BNYVV (Beet Necrotic Yellow Vein Virus = Pancar Nekrotik Sarı Damar Virüsü) stresi şeker kalitesini ve şeker verimini olumsuz yönde etkileyerek şeker pancarı yetiştiriciliğini kısıtlamaktadır. Bu stres faktörlerine karşı dayanıklı şeker pancarı çeşitleri geliştirmek için, klasik ıslah metodları ile Beta vulgaris ve Beta maritima türleri melezlenerek hibrit tohumlar üretilmektedir ancak elde edilen çeşitler yeterli dayanıklılığı gösterememektedir.
Günümüzde, strese karşı dayanıklı bitkiler geliştirmek amacıyla, klasik ıslah çalışmalarına alternatif olarak, dayanıklı türlerin sahip olduğu stres tolerans mekanizmalarının belirlenmesi için kullanılan biyoteknolojik yöntemler ön plana çıkmaktadır. Stres koşullarına karşı bitki tarafından geliştirilen stres yanıtında rol alan mikro RNA'ların (miRNA) tespit edilmesi bu tolerans mekanizmalarının anlaşılmasını sağlayan önemli yöntemler arasındadır. 
Bu tez çalışmasında, kuraklık ve virüs stresine karşı toleransa sahip olan yabani pancar türü Beta corolliflora'nın, bu stres koşulları altında geliştirdiği miRNA profilinin belirlenmesi amacıyla küçük RNA dizilemesi ve biyoinformatik analizler gerçekleştirilmiştir. Araştırma sonucunda Beta corolliflora örneklerinde, bilinen 211 miRNA ile bugüne kadar bilinmeyen potansiyel 6 miRNA adayı tespit edilerek bu miRNA'ların muhtemel hedef genleri ve ilişkili olabilecekleri yolaklar belirlenmiştir.

Abstract:
Sugar Beet (Beta vulgaris) is an economically valuable industrial culture plant. However, stress of drought and BNYVV (Beet Necrotic Yellow Vein Virus) adversely affects sugar quality and sugar yield, limiting sugar beet growing. In order to develop sugar beet varieties resistant to these stress factors, hybrid seeds are produced by hybridizing Beta vulgaris and Beta maritima species with classical breeding methods, but the obtained varieties do not show sufficient resistance.
Today, as an alternative to classical breeding studies, biotechnological methods used to determine the stress tolerance mechanisms of resistant species come to the fore in order to develop stress resistant plants. The detection of micro RNA (miRNA) that plays a role in the stress response developed by the plant against stress conditions is one of the important methods to understand these tolerance mechanisms.
In this thesis study, small RNA sequencing and bioinformatical analyzes were carried out in order to determine the miRNA profile developed by the wild beet species Beta corolliflora, which has tolerance for drought and virus stress, under these stress conditions. As a result of the research, in the Beta corolliflora samples, 211 known miRNAs and 6 potential unknown miRNA candidates have been identified and possible target genes and related pathways of these miRNAs have been identified.