Ham deriler ile ıslatma ve yumuşatma sıvılarında bakteriyal arkeyal ve fungal çeşitliliğin 16S/18S rRNA hedefli moleküler yöntemlerle belirlenmesi
Determination of bacterial archaeal and fungal diversity in soaking and softening floats and in raw hides and skins by 16S/18S rRNA targeted molecular methods
Yazar: HASAN YILDIZ
Danışman: DOÇ. DR. BİNNUR MERİÇLİ YAPICI
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Deri endüstrisi = Leather industry ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu araştırmada büyükbaş ve küçükbaş ham deriler, ıslatma ve yumuşatma basamağından alınan örneklerde kültüre dayalı olmayan moleküler yöntemler kullanılarak mikrobiyal çeşitliliğin belirlenmesi amaçlanmıştır.
Çalışma materyali olarak 8 farklı kaynaktan temin edilen yerli ve yabancı tuzlanmış ham deri örnekleri kullanılmıştır. Tuzlanmış ham derilerde, ıslatma ve yumuşatma sıvılarındaki bakteriyal, arkeyal ve fungal çeşitlilik 16S/18S rRNA hedefli moleküler yöntemlerden denatüre edici jel elektroforezi (DGGE) ile tespit edilmiştir.
Araştırma bulgularına göre işlem basamaklarında Holococcus morphuae 123, Holococcus thailandensis 221, Natrinema pallidum 505, Natrialba aegyptia 313, Holococcus dombrowskii 519 olmak üzere 5 farklı arke, Bacillus sp. 13008, Uncultured low G+C Gram-positive bacterium clone WS06A_A07, Bacillus aerophilus SLS2, Enterobacter sp. M3, Bacillus subtilis NgE3, Bacillus subtilis BD18C2-S17, Enterococcus hermanniensis RS222, Bacillus sp. LCP66, Klebsiella sp. G1-15, Bacillus sp. Z1-S8, Salicola marasensis P7B, Pseudomonas halophila DSTB403, Pseudomonas sp. SgZ-6, Salmonella enterica subsp. Entericaserovar Enteritidis strain GD1011, Bacillus subtilis K1, Bacillus sp. A2140, Uncultured Bacillus sp. clone bsc12, Uncultured bacterium isolate DGGE gel band a1-9, Bacillus sp. NR32, Bacillus aerophilus SLS2, Uncultured Bacillus sp. clone MZ3-3-017, Enterococcus mundtii qz963, Enterococcus gallinarum XJ121-126-YF3, Enterococcus viikkiensis N5, Enterococcus casseliflavus PX-EC, Pantoea sp. A1059, Uncultured Klebsiella sp. S8, Klebsiella sp. EECC-702, Klebsiella pneumoniae Dc-03, Uncultured bacteriumclone CC12H10, Uncultured Klebsiella sp.clone XYCYyyyy olmak üzere 32 farklı bakteri ile Aspergillus niger A041, Aspergillus sp. HKF16, Penicillium sp. HKF76, Penicillium expansum B2F-4c-4, Aspergillus brasiliensis TFR 23, Aspergillus sydowii TUEF24, Penicillium chrysogenum TUEF31, Penicillium solitum TN02 olmak üzere 8 farklı küf tespit edilmiştir. Böylece ham deri, ıslatma ve yumuşatma işlem basamaklarında bakteri ve arkelerin yanı sıra küf funguslarının da varlığı ortaya konulmuştur.

Abstract:
The aim of the research is to determine the microbial diversity in salted hides and skins and in the floats of soaking and softening stages by using non-culture-based molecular techniques.
Domestic and imported salted hide and skin samples obtained from 8 different sources were used as the research material. We used 16S / 18S rRNA targeted molecular methods of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) to determine the bacterial, archaeal and fungal diversity in salted hides and skins and the floats of soaking and softening stages.
In the research, 5 different Archaea, i.e. namely, Holococcus morphuae 123, 2 Holococcus thailandensis 221, Natrinema pallidum 505, Natrialba aegyptia 313, Holococcus dombrowskii 519  and 32 different bacteria, i.e. Bacillus sp. 13008, Uncultured low G+C Gram-positive bacterium clone WS06A_A07, Bacillus aerophilus SLS2, Enterobacter sp. M3, Bacillus subtilis NgE3, Bacillus subtilis BD18C2-S17, Enterococcus hermanniensis RS222, Bacillus sp. LCP66, Klebsiella sp. G1-15, Bacillus sp. Z1-S8, Salicola marasensis P7B, Pseudomonas halophila DSTB403, Pseudomonas sp. SgZ-6, Salmonella enterica subsp. EntericaserovarEnteritidis strain GD1011, Bacillus subtilis K1, Bacillus sp. A2140, Uncultured Bacillus sp. clone bsc12, Uncultured bacterium isolate DGGE gel band a1-9, Bacillus sp. NR32, Bacillus aerophilus SLS2, Uncultured Bacillus sp. clone MZ3-3-017, Enterococcus mundtii qz963, Enterococcus gallinarum XJ121-126-YF3, Enterococcus viikkiensis N5, Enterococcus casseliflavus PX-EC, Pantoea sp. A1059, Uncultured Klebsiella sp. S8, Klebsiella sp. EECC-702, Klebsiella pneumoniae Dc-03, Uncultured bacterium clone CC12H10, Uncultured Klebsiella sp. clone XYCYyyyy and 8 different fungi, i.e. Aspergillus niger A041, Aspergillus sp. HKF16, Penicillium sp. HKF76, Penicillium expansum B2F-4c-4, Aspergillus brasiliensis TFR 23, Aspergillus sydowii TUEF24, Penicillium chrysogenum TUEF31, Penicillium solitum TN02 were identified. Moreover, the study also revealed the existence of molds in the salted hides and skins and the floats of soaking and softening processes.