Sentetik bir ekosistem oluşturarak çoğunluğu algılama mekanizmasına bağlı violasein üretimi
Quorum sensing mechanism dependent violacein production by constructing a synthetic ecosystem
Yazar: IVONA POCRNJA
Danışman: YRD. DOÇ. DR. VENHAR ÇELİK
Fırat Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Violasein doğada bazı Gram-negatif bakteriler tarafından üretilen mavi-mor renkli doğal bir indol karbazol pigmenttir. Doğal bir mikrobiyal pigment olan violasein çeşitli bakteriler tarafından üretilmektedir ve en iyi bilinen tür Chromobacterium violaceum'dur. Violasein ciddi biyolojik aktiviteler göstermesinin yanısıra kozmetik, tıp, gıda ve tekstildeki endüstriyel uygulamalarda artan bir ilgiye sahiptir. Violasein üreten yabani doğal suşların kararsızlığı, pigment üretmeyen varyantlarının spontan oluşumu ve düşük verimliliği dolayısıyla violaseinin kararlı seri üretimi güçtür ve bu problem pigmentin endüstriyel potansiyeline rağmen pratikteki uygulamalarını sınırlandırmaktadır. Bu çalışmada violaseinin kararlı ve yüksek üretimi için endüstriyel olarak kabul edilebilir bir konak olarak Escherichia coli'de violasein biyosentetik yolağının yeniden inşaası sağlanmıştır. Çalışmada sentetik biyoloji ve metabolik mühendislik yaklaşımıyla violasein pigmentinin üretileceği sentetik bir ekosistem oluşturarak senkronize populasyon davranışının bir heterolog biyosentetik operonun pigment biyosentez verimi üzerine etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Sentetik ekosistemin koordineli populasyon davranışını kontrol etmek için violasein biyosentetik yolak, bir bakteriyel haberleşme sistemi olan çoğunluğu algılama mekanizması (Quorum Sensing) ile kontrol edilmiştir. Bunun için çoğunluğu algılama mekanizmasının kontrolü altındaki violasein biyosentetik yolak her biri ayrı hücreye yerleştirilecek şekilde iki modüle ayrılmıştır. Quorum Sensing promotoru (PluxI) tarafından kontrol edilen violasein yolak bir hücreye (alıcı hücre) yerleştirilirken bu mekanizmanın çalışması için gerekli olan difüze edilebilir sinyaller diğer hücreye (gönderici hücre) yerleştirilmiş olan modülden gönderilmiştir. Violasein pigmentinin heterolog üretimi için gerekli sinyal konsantrasyonu gönderici hücrenin konsantrasyonuna bağlı olduğundan alıcı hücredeki violasein biyosentezi gönderici hücrenin konsantrasyonuna bağlı olarak ve populasyon düzeyinde koordineli bir şekilde gerçekleşmiştir. Violasein pigmentinin üretimini sağlayacak bu sentetik ekosistem aynı zamanda ortamdaki sinyal molekülünün konsantrasyonunu belirleyen bir biyosensör olarak çalışabilir. 

Anahtar kelimeler: Sentetik biyoloji, metabolik mühendisliği, violasein, Quorum Sensing, ekosistem.

Abstract:
Violacein is a natural purple-blue indolocarbazole pigment which is produced in nature by some Gram Negative bacteria. This microbial natural pigment is produced by many different bacterial species, and among them Chromobacterium violaceum is so far the most thoroughly studied one. Alongside violacein's important biological activities, there has been increased interest shown for the use of this pigment in various industrial applications, such as cosmetics, medicine, food and textile. However, due to the lack of stability of pigment production, spontaneous biosynthesis in the non-producing strain variants, and overall poor production yields exhibited by natural wild type strain producers, serial production of violacein for industrial applications is difficult and as a result, although this pigment is very versatile, its' practical use is still very limited. In this study, in order to obtain stable and high production yield of violacein, the biosynthetic pathway which is responsible for pigment production was reconstructed in the Escherichia coli host cell. The aim of this study was to investigate the effect of synchronous population behavior on pigment biosynthesis efficiency of a heterologous biosynthetic operon by forming a synthetic ecosystem using synthetic biology and metabolic engineering principles, where  as a result violacein pigment was produced. To control the coordinated population behavior of the synthetic ecosystem, the violacein biosynthetic pathway was put under the bacterial communication system Quorum Sensing mechanism. For violacein biosynthetic pathway to be controlled by Quorum Sensing mechanism, the synthetic ecosystem was planned to constitute of two separate modules: sender and recipient cell modules. Quorum Sensing gene responsible for the synthesis of the diffusible signal molecules was placed into the "sender" cell, and the genes which are responsible for the violacein production were placed under the Quorum Sensing promotor's (Plux) control into the "recipient" cell. For the heterologous production of violacein, the needed concentration of the signal is dependent on the concentration of the sender cell in the environment and furthermore, the recipient cell's violacein production is based on sender cell concentration, thus ensuring high production yield and stable production of the pigment. This violacein production-based synthetic ecosystem may help us detect the concentration of the signal molecules that are present in the environment. 

Keywords: Synthetic biology, metabolic engineering, violacein, Quorum Sensing, ecosystem.