Chılo ırıdescent virüs (cıv)'e ait matriks metalloproteinaz genlerinin (136r & 165r) bakülovirüs vektör sisteminde ifadesi ve ürünlerinin aktivite tayini
Expression of chilo iridescent virus (civ) matrix metalloproteinase genes (136r & 165r) in baculovirus expression vector system and determination of the activities of the products
Yazar: AYDIN YEŞİLYURT
Danışman: DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Biyolojik mücadele = Biological control ; Matriks metalloproteinazlar = Matrix metalloproteinases

Özet:
Lepidoptera larvalarının dokularını saran bazal membranlar virüslerin hareketi için fiziksel bir bariyer gibi iş görürler. Bu yüzden tarım zararlısı böceklerin biyolojik kontrolünde potansiyel yaklaşımlardan biri bazal membran proteinlerini parçalayan enzimleri kullanmaktır. Matriks metalloproteinazlar (MMP), ekstraselüler matriksin tüm bileşenlerini parçalayabilecek kapasiteye sahip çinko-bağımlı endopeptidazlardır. Chilo iridescent virüs (CIV) genomu, çinko-bağımlı MMP bölgesine sahip protein kodlayan iki gen (136R ve 165R) bölgesi içerir. Bu genler diğer virüslerdeki muhtemel metallopeptidazlarla %40' tan fazla amino asit dizi benzerliği göstermektedir.
Bu çalışmada CIV genomundaki 136R ve 165R açık okuma zincirleri PCR ile çoğaltılarak pFastBacHT transfer vektörlerine klonlandılar. Rekombinant transfer vektörleri kullanılarak bu genleri taşıyan bakmidler oluşturuldu. CIV genlerini taşıyan bakmid DNA'ları rekombinant bakülovirüs üretmek amacıyla Sf9 hücrelerine transfekte edildiler. Oluşan bakülovirüsler kullanılarak yüksek seviyede rekombinant protein ekspresyonu gerçekleştirildi. Üretilen proteinlerin varlığı western blot analizi ile teyit edildi. İfade edilen proteinlerin proteaz genel substratları olan Azocoll ve Azo-caseini parçaladıkları gösterildi.
Elde edilen bu sonuçlar, CIV'e ait 136R ve 165R genlerinin kodladığı fonksiyonel metalloproteinazların lepidoptera zararlılarının biyolojik kontrolünde kullanılabilme potansiyeline sahip olduklarını gösterdi.

Abstract:
Basement membranes that surround the tissues of lepidopterous larvae act as physical barrier to the movement of viruses. Therefore, one of the potential approaches is to use the enzymes that disrupt the basement membrane proteins in biological control of agricultural pest insects. Matrix metalloproteinases (MMP) are zinc-dependent endopeptidases that have the combined capacity to degrade all the components of the extracellular matrix. Chilo iridescent virus (CIV) genome contains two genes (165R and 136R) encoding proteins with zinc-dependent MMP domains.  These genes contain over 40% amino acid sequence identity to hypothetical metallopeptidases of other viruses. 
	In this study open reading frames 165R and 136R in CIV genome were amplified and cloned into the pFastBacHT transfer vectors, individually. The transfer vectors were used at generating the bacmids carrying these genes. The bacmids DNA's carrying CIV genes were transfected to the Sf9 cells in order to produce the recombinant baculoviruses. The produced baculoviruses were used for high-level expression of recombinant proteins. Expressed proteins were confirmed by western blot analysis. Expressed proteins distrupted the protease substrates Azocoll and Azo-casein.
	Obtained results showed that CIV 136R and 165R genes encode functional metalloproteinases which have usage potential in biological control of lepidopteran pests.