Acil servise başvuran hastalarda COVID-19 tanısında RT-PCR sürüntü örneğinin ve toraks bilgisayarlı tomografi bulgularının tanısal değerlerinin araştırılması
Diagnostic performance of RT-PCR and chest CT in evaluating covid-19 at emergency department
Yazar: MEHMET AYCAN ÖZEK
Danışman: DOÇ. DR. GÜLŞEN ÇIĞŞAR
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Acil Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: İlk ve Acil Yardım = Emergency and First Aid
Dizin: Acil servis-hastane = Emergency service-hospital ; Acil tıp = Emergency medicine ; COVID 19 = COVID 19 ; Pnömoni = Pneumonia ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential ; Tomografi-x ışınlı-bilgisayarlı = Tomography-x ray-computed

Özet:
Amaç: Enfekte olguları sağlıklı bireylerden erken dönemde izole edebilmenin kritik öneme sahip olduğu bulaşıcı hastalıklarla oluşan pandemilerde erken izolasyon yöntemlerinin aktivasyonu yüksek sensitiviteye sahip tanısal testlerle mümkün olmaktadır. COVID-19 tanısında altın standart yöntem olarak evrensel kabul görmüş RT-PCR testinin tanısal duyarlılığının düşük olması nedeniyle, çalışmamızda acil servislere başvuran COVID-19 şüpheli hastalarda toraks BT'nin tanısal değerini ve hastalık prognozunu belirlemedeki etkinliğini araştırmayı amaçladık.
Gereç ve Yöntem: 1 Mart-31 Aralık 2020 tarihleri arasında acil servisimize COVID-19 ön tanısıyla başvuran 18 yaş ve üzeri 949 hastanın dahil edildiği araştırmamız hastane tabanlı tek merkezli, retrospektif bir çalışma olarak tasarlandı. Tüm hastaların toraks BT'leri hastanemizde görev yapmakta olan bir radyoloji uzmanı ile tekrar değerlendirildi. Yeniden değerlendirmede Kuzey Amerika Radyoloji Derneği'nin (RSNA) yayımlamış olduğu COVID-19 Hastalarında Toraks BT Sınıflandırma Sistemi kullanıldı. Tüm hasta özellikleri ve birincil sonuç değişkenleri, BT alt gruplarında karşılaştırıldı. Referans olarak RT-PCR sonuçları baz alınarak BT'nin tanısal tutarlılığı hesaplandı. İstatistiksel değerlendirmeler için IBM SPSS Statistics v20.0 programı kullanıldı ve istatistiksel anlamlılık sınırı olarak p<0,05 kabul edildi.
Bulgular: Tüm örneklemde RT-PCR pozitif 567 (%59,7) hasta var idi. RSNA sınıflamasına göre hastaların %80,8'i (767/949) tipik BT gurubunda idi.  Tipik BT bulguları olan hastalarda RT-PCR testinin pozitif sonuçlanma oranı, istatistiksel olarak anlamlı derecede fazlaydı (p<0,001). Öksürük, takipne ve saturasyon düşüklüğü, tipik BT bulguları varlığı ile doğrudan ilişkiliydi (sırasıyla p=0,008, p=0,000 ve p<0,001). 65 yaş ve üzeri hastalarda BT'de COVID-19 pnömonisi lehine herhangi bir bulgu saptanma yüzdesi daha yüksek bulundu (medyan değer negatif BT grubunda 62'ye sırasıyla tipik BT gurubunda 71, p=0,009; indetermine BT grubunda 78, p=0,000 ve atipik BT grubunda 83, p=0,002). Tipik BT bulguları olan hastalarda mortalite oranları diğer gruplara göre daha yüksekti (%24,1; n=229/949, p=0,025). Negatif BT grubundaki hastalardan başvuru anında bakılan ilk RT-PCR testi negatif olanlarda, tekrarlayan moleküler test sonuçları hiçbir zaman pozitif sonuçlanmaz iken, tüm örneklemde ilk RT-PCR testi negatif olanlarda tekrarlayan testlerin pozitif gelme oranı, tipik BT bulguları olan hastalar yönünde istatistiksel olarak anlamlıydı (p<0,001). Tipik ve indetermine BT bulguları pozitif BT olarak referans alındığında, başvuru anında bakılan ilk RT-PCR testinin sensitivitesi %54,2 (n=486/896, %95 GA: %50,9-57,5) iken, RT-PCR testi pozitifliği referans alındığında, toraks BT'nin COVID-19 tanısındaki sensitivitesi, spesifitesi, pozitif prediktif değeri ve negatif prediktif değeri sırasıyla %97,7 (%95 GA: %96,1-98,6), %8,9 (%95 GA: %6,4-12,1), %61,4 (n=554/902) ve %72,3 (n=34/47) olarak hesaplandı. 
Sonuç: Bu çalışmayla toraks BT'nin yüksek duyarlılığı ile, optimal şekilde kullanıldığında, hem COVID-19 tanısında RT-PCR sonuçlarını destekleyici, hem de hastalığın prognozunu öngörmede RT-PCR testine üstün; yetkin, ulaşılabilir ve pratik bir tetkik olduğu sonucuna vardık. Özellikle BT bulgularının tanımlandığı ve sınıflandırıldığı kabul görmüş bir derecelendirme sisteminin kullanılmasının, COVID-19 ve hastalıkla ayırıcı tanıya giren durumların etkin değerlendirilmesini sağlamak açısından önemlidir.

Anahtar kelimeler: COVID-19, BT sensitivitesi, tanısal doğruluk, pnömoni

Abstract:
Objective: In order to control the pandemic, it is critical to isolate infected cases from healthy individuals in the early period until an effective eradication is achieved. Early isolation is only possible with high-sensitivity diagnostic tests. Based on the fact that the diagnostic sensitivity of the RT-PCR test, which is universally accepted as the gold standard method in the diagnosis of COVID-19, is low, the aim of this study was to investigate the diagnostic value of thoracic CT and its effectiveness in determining the prognosis of the disease in patients with suspected COVID-19 who applied to the emergency services.
Patients and methods: Our study, which included 949 patients aged 18 years and older, who with a suspicious diagnosis of COVID-19 between March 1, 2020 and December 31, 2020, to the emergency department of Ankara Dışkapı Yildirim Beyazit Training and Research Hospital, was designed as a hospital-based, single-center, retrospective and cross-sectional study. Thoracic CT scans of all patients were re-evaluated by a radiologist working in our hospital. In the re-evaluation, the Thorax CT Classification System in COVID-19 Patients published by the North American Radiology Society (RSNA) was used. Demographic data of the patients at the time of admission to the emergency department, vital signs, complaints on admission, time from the onset of symptoms to admission to the emergency department, known comorbidities, results of the first RT-PCR swab samples taken, results of repeat swab samples, when RT-PCR tests were performed. The findings obtained from thorax CT scans, the last diagnosis, the need for service/ICU if hospitalization occurred, and the morbidity and mortality information were recorded. All patient characteristics and primary outcome variables were compared in CT subgroups. The diagnostic consistency of CT was calculated based on the RT-PCR results as a reference. IBM SPSS Statistics v20.0 program was used for statistical evaluations and p<0.05 was accepted as statistical significance limit.
Results: In the whole sample, there were 567 (59.7%) RT-PCR positive patients and 382 (40.3%) RT-PCR negative patients. According to RSNA classification, 80.8% (767/949) of the patients were in typical CT group, 13.6% (129/949) were in indeterminate CT group, 1.5% (14/949) were in atypical CT group and 4.1% (39/949) were in negative CT group. The rate of positive results of RT-PCR test in patients with typical CT findings was statistically significantly higher (p<0.001). Cough, tachypnea (respiratory rate ≥24/min) and low saturation (SpO2<93) were directly related to the presence of typical CT findings (p=0.008, p=0.000 and p<0.001, respectively). Patients aged 65 years and older had a higher percentage of having any finding in favor of COVID-19 pneumonia on CT (median value was 62 in the negative CT group versus 71 in the typical CT group, p=0.009; 78 in the indetermined CT group, p=0.000 and 83 in the negative CT group, p=0.002). The mortality rate was higher in patients with typical CT findings (24.1%; n=229/949, p=0.025), the mortality rates of the whole sample, patients aged 65 and over and the RT-PCR positive group were 28.4% (274/949), 24.5% (233/949) and 22.4% (213/949), respectively. While the repeat molecular test results were never positive in the patients in the negative CT group whose first RT-PCR test was negative at the time of admission, the rate of positive repetition tests in the entire sample in those whose first RT-PCR test was negative was statistically significant in the direction of patients with typical CT findings (p<0.001). When typical and indeterminate CT findings were accepted as positive CT, the sensitivity of the first RT-PCR test performed at admission was 54.2% (n=486/896, 95% CI: 50.9-57.5%). When RT-PCR test positivity was accepted as reference diagnostic parameter, the sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value of thorax CT in the diagnosis of COVID-19 were 97.7% (95% CI: 96.1-98.6%), 8.9% (95% CI: 6.4-12.1%), 61.4% (n=554/902) and 72.3% (n=34/47), respectively.
Conclusion: In this study, with the high sensitivity of thorax CT, when used optimally, it supports the results of RT-PCR for the diagnosis of COVID-19 and is superior to RT-PCR in predicting the prognosis of the disease. We concluded that CT is a competent, accessible, and practical diagnostic tool. The use of an accepted classification or grading system, in which CT findings are defined and classified, is critically important to ensure effective evaluation of both COVID-19 and diseases included in the differential diagnosis.

Key Words: COVID-19, CT sensitivity, diagnostic accuracy, pneumonia