Kodlanan DNA üzerinde kritik noktada var olan SNP'lerin MRNA kırpılması üzerindeki etkisinin araştırılması
Investigations of the effects of critically located SNP's on MRNA splicing
Yazar: SEDA KILIÇ ERCİYAS
Danışman: PROF. DR. HÜLYA YAZICI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: DNA = DNA ; Mikro RNA = Micro RNA ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA ; RNA ekleme = RNA splicing

Özet:
Kanser hastalarında yapılan genetik araştırmalar sonucunda DNA üzerinde gözlemlenen bazı mutasyonların, hücredeki tüm mekanizmalarda anahtar rol oynayan proteinler üzerine nasıl etki ettiği bilinmemektedir. Mutasyonların hücresel fonksiyonları nasıl etkilediğini araştıran çalışmalar sonucunda elde edilen bilgileri toplayan online erişimli bilgi bankaları sayesinde hakkında çalışma yapılmış mutasyonları tanıma ve etkilerini tahmin etme şansımız bulunmaktadır. Etkileri henüz araştırılmamış olan varyantların yol açtığı sonuçları tahmin edebilmek için biyoinformatik analiz programları ile in-siliko değerlendirmeler yapılmaktadır ve bu araçlardan elde edilen sonuçlar, mutasyonların klinik önemlerini belirlemede önem taşımaktadır. Biyoinformatik bilimcilerinin ürettiği bilgisayar programları kullanılarak gerçekleştirilen in siliko analizlere ait çıktılar ancak RNA kırpılma analizleri ile doğrulandıktan sonra kesinleştirilebileceğinden, etkileri henüz tanımlanmamış mutasyonlar ile ilgili araştırmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Çalışmamızda, kanser üzerinde etkili genlerde tespit edilmiş ve RNA üzerindeki etkileri bilinmeyen varyantların mRNA'yı nasıl değiştirdiğini ortaya koymak amacı ile 14 varyant incelenmiş ve bunlardan 8 tanesinin RNA üzerine etkisinin olmadığı, 2 tanesinin şüpheli olduğu ve 4 tanesinin (BRCA1 c.5152+5G>A, BRCA1 c.4358-3A>G, APC c.532-1G>A, CHEK2 c.921+2T>A) patojenik olduğu tespit edilmiştir.

Abstract:
As a result of genetic tests in cancer patients DNA mutations are detected. It is also necessary to investigate how these mutations affect mRNA and protein. Thanks to online databases that collect information obtained as a result of studies investigating how mutations affect cellular functions, we have the chance to recognize mutations that have been studied and to predict their effects. In order to estimate the results of variants whose effects have not yet been studied, in-silico evaluations are carried out with bioinformatics analysis programs, and the results obtained from these tools are important in determining the clinical significance of mutations. Since the outputs of in-silico analysis performed by using computer programs which are produced by bioinformatics scientists, can only be confirmed after validation with RNA clipping analysis, a new research is required to learn about the mutations whose effects have not yet been identified. In our study, 14 variants, that were detected in genes effective on cancer and whose effects on RNA were unknown, were investigated in order to reveal how variants change mRNA, and as a result, 8 of them are not effective on RNA, 2 of them are suspicious and 4 of them (BRCA1 c.5152 + 5G> A, BRCA1 c.4358-3A> G, APC c.532-1G> A, CHEK2 c.921+2T>A) were found to be pathogenic.