Larenks kanserlerinde tüm genom ekspresyon farklılığının belirlenmesi ve klinik önemi
Determination of whole genome expression differences inlarynx cancers and clinical significance
Yazar: EMİNE GÖKTAŞ
Danışman: PROF. MAHMUT SELMAN YILDIRIM
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Meram Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Laringeal hastalıklar = Laryngeal diseases ; Laringeal neoplazmlar = Laryngeal neoplasms ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Amaç: Erişkin tümörlerinin %2'sini oluşturan larenks kanserleri, baş boyun bölgesinin en sık
görülen malign tümörlerindendir. Türkiye'deki erkek ölümünün %7'sinden sorumlu olan
larenks kanserlerinin mortalite oranları oldukça yüksektir. Çalışmamızda larenks kanserli
bireylerin tümör dokusunda normal dokuya göre ekspresyonu artan ya da azalan tüm genlerin
belirlenmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: Selçuk Üniversitesi Selçuklu Tıp Fakültesi ve Karatay Üniversitesi Tıp Fakültesi
Kulak Burun Boğaz Polikliniği'ne başvuran, klinik ve histopatolojik olarak larenks kanser
tanısı almış 12 vakadan operasyon sırasında tümörlü ve sağlam taze doku örnekleri
alınarak(24 örnek) RNA izolasyonu yapıldı. Elde edilen RNA'lar tüm genom ekspresyon
mikroarray yöntemi (Illumina iScan, HumanHT-12 V4 Expression Bead Chip) ile çalışıldı ve
tümörlü dokuda normal dokuya göre ekspresyonu anlamlı derecede artan ve azalan genler
belirlendi.
Bulgular: 47.323 prob kullanılarak yapılan çalışmada 14.294 mRNA'da normal dokuya göre
ekspresyon farklılığı saptandı. Ekspresyon farklılığının anlamlılığı için FC değeri 2 olarak
kabul edildiğinde; 22 gende anlamlı ekspresyon artışı ve 2 gende anlamlı ekspresyon azalışı
gözlendi. Etkilenen genlere yönelik yapılan yolak analizinde ise hücre siklus yolağı ve
ekstrasellüler matriks yıkım yolağı aktivasyonu artan yolakların başında gelirken; elektron
transport zincir yolağı da baskılanan yolakların başında gelmekteydi.
Sonuç: Tüm genom ekspresyon analizi ile larenks tümör etiyolojisinde rolü olduğu bilinen 13
genin yanı sıra daha önce larenks kanserlerinde tanımlanmayan ancak vakalarımızın kanserli
dokularında normal dokuya göre farklı eksprese olan 11 yeni gen tanımlanmıştır. İlk kez
bizim çalışmamızda belirlenen bu genlerin larenks kanserli olgularda erken tanı, prognoz
tayini ve hedefe yönelik tedavi için biomarker olabileceği düşünülmektedir.

Anahtar kelimeler: Ekspresyon, larenks kanseri, mikroarray

Abstract:
Aim: Laryngeal cancers which constituting 2% of adult tumors are the most common
malignant tumors of the head and neck region. The mortality rate of larynx cancers which is
responsible for around 7% of male deaths in Turkey is quite high. In our study, is aimed to
determine of decreasing or increasing the expression of all genes in the tumor tissue than
normal tissue in laryngeal cancer patients.
Method: During surgery, tumor and normal tissue samples were taken from the 12 patients
who admitted to Selçuk University Selçuklu Medical Faculty and Karatay University Medical
Faculty and diagnosed larynx cancer as clinical and histopathological and RNA isolation was
performed. Izolated RNA was studied by whole genome expression microarray method
(Illumina iScan, HumanHT-12 V4 Expression Bead Chip) and gene were identified which
expression significantly increasing and decreasing tumor tissue than in normal tissue.
Findings:In study using 47,323 probe, expression differences revealed at 14.294 mRNA.
When the FC value is considered to be 2 for the significance of the expression differences,
increased expression of 22 genes and decreased expression of two genes were observed.
While the cell cycle pathway and extracellular matrix degradation pathway are the most active
pathway, electron transport chain pathway is one of the most repressed pathways according to
the pathway analysis of affected genes.
Results:In our case, 11 new genes have been identified which is differentially expressed in
cancerous tissue compared to normal tissue in addition to 13 genes known to be involved in
the etiology of laryngeal tumors with whole genome expression analysis. These genes which
identified for the first time in our study, are thought to be biomarker for early diagnosis,
prognosis and targeted therapy on larynx cancer patients.

Keywords: Expression, larynx cancer, microarray