S. cerevisiae'da Asetil- KoA miktarının arttırılmasına yönelik gen modifikasyonlarının gerçekleştirilmesi
Makıng genetıc modıfıcatıons aımed to ıncrease acetyl- CoA amounts ın S. cerevisiae
Yazar: İPEK KISACIK ALKOTB
Danışman: DOÇ. DR. HÜLYA KARACA
Anadolu Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bira mayası = Yeast ; Biyomedikal mühendisliği = Biomedical engineering ; Metabolizma = Metabolism ; Saccharomyces cerevisiae = Saccharomyces cerevisiae ; Terpenoidler = Terpenoids ; Toksisite = Toxicity

Özet:
Terpenoidler birçok organizma tarafından üretilen sekonder metabolit grubundaki bileşiklerdir. 
Sekonder metabolitler mikroorganizmalarda klasik mikrobiyolojik yöntemler ile üretilebildiği gibi metabolizma mühendisliği yöntemleri ile de son yıllarda ticari boyutlarda üretilebilmektedir. Yapılan bu çalışmada arka plan hücresi olarak S. cerevisiae kullanılarak birçok terpenoidin üretim yolağı olan asetil-KoA yolağının ana bileşeni olan asetil-KoA' nın miktarının metabolizma mühendisliği yöntemleri ile arttırılması hedeflenmiştir. S. cerevisiae'den köken alan ve daha önce metabolizma mühendisliği çalışmaları ile sekualen üretiminde kullanılan SCIGS22a suşu arka plan suşu olarak kullanılmış ve bu suş üzerinde genetik modifikasyonlar yapılmıştır. 
Yolak üzerinde, terpenoidlerin üretimi neticesinde oluşabilecek toksisiteyi önlemek üzere ypl062w uzak bölge geninin arka plan hücresinde silinmesi gerçekleştirilmiştir. Bununla birlikte asetil-KoA oluşumunu azaltan ve yolağın asetil-KoA'dan önceki ürünü asetaldehiti paylaşan etanol üretim sürecinin geri yönde aktivitesi arttırılarak asetil-KoA oluşumuna yeni bir destek sağlanmıştır. Yapılan modifikasyonlar sonucu asetil-KoA arttırımına yönelik yeni  suşlar meydana getirilmiş  oluşturulan suşların genetiklerindeki değişiklik doğrulanmıştır.  
Anahtar Kelimeler: S. cerevisiae, Metabolizma mühendisliği, asetil-KoA, ypl062w.

Abstract:
Terpenoids are compounds in the group of secondary metabolites produced by many organisms. 
Secondary metabolites can be produced in microorganisms by classical microbiological methods, as well as by metabolic engineering methods in recent years, they can be produced in commercial sizes. In this study, it was aimed to increase the amount of acetyl-CoA, which is the main component of the acetyl-CoA pathway, which is the production pathway of many terpenoids, by using S. cerevisiae as the background cell, by metabolic engineering methods. SCIGS22a strain originating from S. cerevisiae and used in the production of sequalene by metabolism engineering studies was used as a background strain and genetic modifications were made on this strain.
On the pathway, deletion of the ypl062w distant region gene in the background cell was performed to prevent toxicity that may occur as a result of the production of terpenoids. In addition, a new support was provided to the formation of acetyl-CoA by increasing the backward activity of the ethanol production process, which reduces the formation of acetyl-CoA and shares acetaldehyde, the previous product of the pathway before acetyl-CoA.Cells formed during the modification and with those modification new strains for increasing acetyl-CoA amount made. Genetics of new strains are confirmed after all studies were done.  

Keywords: S. cerevisiae, Metabolism engineering, acetyl-CoA, ypl062w.