Klinik ve nekropsi örneklerinde sığır solunum sistemi viruslarının moleküler teşhisi
Molecular diagnosis of bovine respiratory viruses in clinical and necropsy samples
Yazar: EDA BALDAN TOKER
Danışman: PROF. DR. KADİR YEŞİLBAĞ
Bursa Uludağ Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Bovin diyare virüsü = Bovine diarrhea virus ; Herpesvirüs 1-sığır = Herpesvirus -bovine ; Parainfluenza virüs 3-insan = Parainfluenza virus 3-human ; Paramyxoviridae = Paramyxoviridae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Respiratuvar sinsityal virüsleri = Respiratory syncytial viruses ; Solunum yolları hastalıkları = Respiratory tract diseases ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine ; Virüsler = Viruses

Özet:
Bu tez çalışmasında Bursa ve komşu illerde bulunan sığırlarda solunum sistemi enfeksiyonlarına neden olan önemli viral patojenlerden bovine respiratorik sinsityal virus (BRSV), bovine parainfluenza virus-3 (BPIV-3),  bovine viral diarrhea virus (BVDV) ve bovine herpesvirus-1 (BoHV-1) etkenlerinin konvansiyonel virolojik yöntemler ve moleküler yöntemler aracılığıyla tespit edilmesi, genetik karakterizasyonunun yapılması ve saha izolatlarının elde edilmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla solunum sistemi bulguları gösteren sığırlarda 133 nazal svab ve 60 akciğer doku örneği olmak üzere toplam 193 örnek değerlendirildi. Tüm örnekler MDBK hücre hattında virus izolasyonuna tâbi tutuldu. Ayrıca örneklere BRSV varlığını tespit etmek için nested RT-PCR; BPIV-3 için hemadsorbsiyon testi ve RT-PCR; BVDV için immunoperoksidaz testi, antijen-ELISA ve RT-PCR; BoHV-1 için antijen-ELISA ve PCR yöntemleri uygulandı. 
Virus izolasyonu çalışmalarında 1 BPIV-3 (ET-81) ve 2 non-sitopatojen BVDV saha izolatı (DO-48 ve ET-94) elde edildi. Antijen-ELISA testleri sonucunda 10 örnek BVDV antijen pozitif olarak saptanırken; BoHV-1 antijeni tespit edilemedi. RT-PCR ve PCR aracılığıyla hayvanların %6,74'ünde (13/193) solunum sistemi enfeksiyonu saptanırken, BRSV, BPIV-3, BVDV ve BoHV-1 prevalansı sırasıyla %2,59 (5/193); %0,52 (1/193); %2,59 (5/193) ve %1,04 (2/193) olarak tespit edildi. Elde edilen PCR ürünlerinin dizi analizleri ve sonrasında filogenetik analizleri yapıldı. Bunun sonucunda DO-7, ET-63 ve ET-124 kodlu dizinlerin BRSV'nin F gen bölgesine göre birbirleriyle yakın ilişkili olduğu; ET-81 kodlu dizinin HN proteini gen bölgesine göre BPIV-3c genotipinde; DO-48, ET-64 ve ET-94 kodlu dizinlerin 5'UTR gen bölgesine göre sırasıyla BVDV-1f, BVDV-1a ve BVDV-1l alt gruplarında; ET-121 kodlu dizinin ise gC gen gölgesine göre BoHV-1.1 alt grubunda yer aldığı belirlendi. Örneklerde çoklu enfeksiyon tespit edilemedi.

Abstract:
The aim of this PhD thesis is to determine the presence of bovine respiratory syncytial virus (BRSV), bovine parainfluenza virus type 3 (BPIV-3), bovine viral diarrhea virus (BVDV) and bovine herpesvirus type 1 (BoHV-1), which are important viral pathogens of bovine respiratory disease. For that purpose, conventional virologic methods and molecular methods were employed. A total of 193 samples (133 nasal swabs and 60 lung tissue samples) from the cattle showing respiratory system findings were examined in Bursa and neighboring provinces. For virus isolation, all the samples were inoculated onto MDBK cell culture for 3 blind passages. In addition, the samples were tested by nested RT-PCR for BRSV; hemadsorption test and RT-PCR for BPIV-3; immunoperoxidase monolayer assay, antigen-ELISA and RT-PCR for BVDV; antigen-ELISA and PCR methods for BoHV-1.
	During virus isolation, 1 BPIV-3 (ET-81) and 2 non-cytopathogenic BVDV (DO-48 and ET-94) isolates were obtained. By antigen-ELISA tests, 10 samples were found to be positive for BVDV antigen, while there was no positive sample for BoHV-1 antigens. By RT-PCR and PCR, the prevalence of BRSV, BPIV-3, BVDV and BoHV-1 was determined as 2,59% (5/193); 0,52% (1/193); 2,59% (5/193) and 1,04% (2/193), respectively. 6,74% (13/193) of the animals tested were found to have respiratory infection caused by these viruses. Sequence analysis was performed on PCR products from selected samples. According to phylogenetic analyses, DO-7, ET-63 and ET-124 sequences were closely related to each other according to the F gene region of BRSV. ET-81 was found in the genotype of BPIV-3c according to HN protein gene region. DO-48, ET-64 and ET-94 sequences that were identified as BVDV-1 and 5′UTR-based analysis demonstrated the existence of BVDV-1f, BVDV-1a, and BVDV-1l subgenotypes, respectively. ET-121 sequence was found to take part in BoHV-1.1 subgroup according to gC gene region. No multiple infections could able to be detected in the samples.