Vitis cinsinde pmeıı (pektin metil esteraz inhibitör) genlerinin biyoinformatik değerlendirmesi ve bazı vitis türlerinde tuz stresinin PMEI genleri üzerine etkisinin in-silico analizi.
Bioinformatics evaluation of pmeii (pectin methyl esterase inhibitor) genes in vitis and in-silico PCR analysis on PMEI genes of salt stress in some vitis species.
Yazar: OĞUZ DİRİCANLI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE DİLŞAT YEĞENOĞLU ; PROF. DR. MELTEM SESLİ
Manisa Celal Bayar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Bilimler Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Moleküler genetik = Molecular genetic

Özet:
Pektin Metil esteraz İnhibitör (PMEI) genleri, bitkiler için çok önemli bir yere sahiptir. Bitkilerde stres yanıtı, bitki gelişimi, meyve oluşumu ve olgunluğu gibi birçok farklı biyolojik süreçte görev almaktadırlar.
Bu çalışmada asma (Vitis) bitkisindeki PMEI genleri biyoinformatik analizler aracılığıyla in-silico incelenmiştir. Vitis vinifera türünde 46 gen, Vitis riparia türünde ise 43 gen PMEI genleri olarak saptanmış, VvPMEI ve VrPMEI olarak adlandırılmışlardır. Bulunan filogenetik ağaçlarda aynı sınıfta yer alan proteinlerin motif kalıplarının benzer olduğu görülmüştür. VvPMEI ve VrPMEI hedefleyen miRNA'lar bulunmuş, bu genlerin stres yanıtı ile ilişkileri saptanmaya çalışılmıştır. Vr-PMEI-9, VvPMEI-10, VvPMEI-18, VvPMEI-34 ve VvPMEI-35 genlerinin tuz, soğuk ve kuraklık stresi ile ilişkili olabilecek potansiyel genler olduğu görülmüş, bunun yanısıra meyve oluşumu, renklenme ve olgunlaşma ile ilişkili olabilecek potansiyel hedef genler belirlenmiştir.
Ayrıca, veri tabanlarından elde edilen tuz stresine maruz kalmış asma gen dizilerinde gen ekspresyon düzeylerindeki değişimlerin in-silico olarak elde edilip edilmediği FastPCR programı denenerek araştırılmış ve gen ekspresyonundaki değişimleri belirleyebildiği görülmüştür.
Sonuç olarak, elde edilen veriler ışığı altında bu çalışmanın daha ileride yapılacak araştırmalara ve ıslah çalışmalarına kaynak olabileceği düşünülmektedir. Tuz stresine ve diğer abiyotik strese dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesinde in-silico çalışmaların zaman ve maliyetten tasarruf gibi birçok avantajının olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
Pectin Methylesterase Inhibitor (PMEI) genes have a very important place for plants. They are involved in many different biological processes in plants such as stress response, plant development, fruit formation and maturity. In this study, PMEI genes in grapevine (Vitis) were examined in silico through bioinformatic analyses. 46 genes in Vitis vinifera and 43 genes in Vitis riparia were identified as PMEI genes and were named as VvPMEI and VrPMEI.
It was observed that the motif patterns of the proteins in the same class were similar in the phylogenetic trees found. VvPMEI and VrPMEI targeting miRNAs were found and the relationships of these genes with stress response were tried to be determined. VvPMEI-10, VvPMEI-18, VvPMEI-34 and VvPMEI-35 genes were found to be potential genes related to salt, cold and drought stress, and potential target genes related to fruit formation, coloration and ripening were determined.
In addition, the FastPCR program was used to investigate in-silico whether the changes in gene expression levels in grapevine gene sequences exposed to salt stress obtained from databases detected and it was seen that it could determine the changes in gene expression.
As a result, it is thought that this study can be a source for further research and breeding studies. It was determined that in-silico studies have many advantages such as saving time and cost in the development of varieties resistant to salt stress and other abiotic stresses.