Q humması hastalığına karşı tanı kiti oluşturulması amacıyla lipopolisakkarit-BSA konjugatlarının oluşturulması ve yapılarının incelenmesi
Formation and structural investigation of lipopolsaccharide-BSA conjugates to make a diagnostic kit for Q fever disease
Yazar: MUHAMMED YUSUF KANDUR
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ZEYNEP AKDESTE
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Bu çalışmada Coxiella burnetii patojeninin sebep olduğu Q Humması hastalığı için basit, otomasyonu mümkün olan ve ucuz bir tanı kiti yapılmaya çalışılmıştır. Günümüzde bu hastalığın tespiti hastalığından şüphelenen canlılardan alınan numunelerle patojenin genomunun aranmasıyla yapılmaktadır.  Bu tanı kitini oluşturmak için patojenden izole edilen Lipopolisakkarit (LPS) biyopolimeri Bovin Serum Albümin (BSA) proteini ile konjuge edilmiştir. 
Konjugasyon reaksiyonları 1-etil-3-(3-dimetilaminopropil) karbodiimid hidroklorid (EDC) çapraz bağlayıcısı varlığında gerçekleştirilmiştir. Bu çapraz bağlayıcı karboksil grupların amino gruplarına bağlanmasında kullanılır. Hidroksil grubu barındıran biyopolimerlerde karboksil grubu oluşturmak için biyopolimer sodyum periyodat (NaIO4) ile tepkimeye sokulmuştur. Biyopolimer ile protein için ideal konjugasyon oranlarının bulunması amacıyla ilk önce BSA proteini Dekstran biyopolimeri ile konjuge edilmiştir. 
Konjugasyon ve saflaştırma işlemleri gerçekleştirildikten sonra konjugatların ELISA platelerine bağlanmaları sağlanmıştır. LPS ile aşılanan farelerden alınan kan serumları bu ELISA platelerine doldurulup üretilen antikor miktarı tayinini yapılmıştır. LPS molekülü kendi başına bu platelere bağlanabiliyor olsa da BSA proteinde bulunan yan zincir grupları molekülün daha iyi bağlanıp yıkama işlemleri sırasında ortamdan uzaklaşmamasını sağlar. Oldukça spesifik olan antikor-antijen ilişkisinden ve kullanılan İndirekt ELISA yönteminden dolayı konjugat ile yapılan antikor tayininin sadece LPS kullanılarak yapılan tayine göre daha etkili olduğu görülmüştür.

Abstract:
In this study making a simple, automatable and cheap diagnostic kit for Q fever caused by Coxiella burnetii pathogen was aimed. The current method for diagnosing this disease is to look for the genome of the pathogen on samples obtained from suspected organisms. In order to make the diagnostic kit, isolated Lipopolysaccharide (LPS) from the pathogen was conjugated with Bovin Serum Albumin (BSA).
Conjugation reactions took place in the presence of 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide hydrochloride (EDC) cross binder. This cross binder is used to bind amino groups with carboxyl groups. Biopolymer containing hydroxide groups was reacted with sodium periodate (NaIO4) in order to form carboxyl groups. BSA protein was conjugated with Dextran biopolymer initially in order to determine the ideal conjugation ratio.
 After conjugation and purification procedures were completed, the conjugates were bound to ELISA plates. Blood sera obtained from mice vaccinated with LPS were placed in ELISA plates for antibody diagnosis. LPS molecule can weakly bind to ELISA plates on its own but side chains located on BSA protein allows the molecule to bind to the plate strongly and keeps the molecule from washing out during washing procedures. It was seen that antibody diagnosis done with the conjugate was better compared to diagnosis done with LPS due to highly specific antibody-antijen interaction and Indirect ELISA methodology used in this thesis.