Dargeçit ve Güçlükonak sıcak su kaynaklarından termofilik bakteri izolasyonu ve tanımlanması
Isolation and identification thermophilic bacteria from Güçlükonak and Dargeçit hot springs
Yazar: HAMŞİ PİRİNÇÇİOĞLU
Danışman: PROF. DR. KEMAL GÜVEN
Dicle Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Bakteri izolasyonu = Bacterial isolation ; Bakteriler = Bacteria

Özet:
Mardin ili Dargeçit ve Sırnak ili Güçlükonak ilçeleri sıcak su kaynaklarındansu ve çamur örnekleri alınarak bakteri izolasyonu yapıldı. Bu bakterilerin morfolojik,fizyolojik, biyokimyasal özellikleri, lipit analizi ve 16S rRNA dizi analizi yapılaraktanımlanması yapıldı.Hısta (Güçlükonak) sıcak su kaynagından izole edilen iki tane izolat GE1 veGE2 olarak adlandırıldı. Bu izolatlar çubuk seklinde, gram-pozitif, aerobik, hareketlive spor olusturan termofil karekterde oldukları belirlendi. GE1'in basilleri genellikleikili halde GE2'nin ise tekli halde bulunmaktadır. Üreme sıcaklık aralıgı GE1 için30-65 ºC (optimum 60ºC), GE2 içinde 35-65 ºC (optimum 60ºC) olarak bulundu.Optimum üreme pH'sı GE1'in 9.0, GE2'nin 9.5 olarak bulundu. GE1 ve GE2'ninbüyüme grafigi çizildi ve sırası ile 15. ve 12. saatlerde en yüksek oranda ürediklerigörüldü. GE1 ve GE2'nin nisasta, katalaz, üreaz, fosfataz testleri pozitif tespit edildi.zolatların %1'lik NaCI'e tolerans gösterdikleri saptandı. GE1'in karbon kaynagıolarak galaktoz, sakkaroz, maltoz ve laktozu kullandıgı; glukoz, fruktoz ve gliserolüde zayıf bir sekilde kullandıgı saptandı. GE2'nin maltozu karbon kaynagı olarakkullandıgı, glikoz ve sakkaroz da zayıf olarak kullandıgı tespit edildi.Ilısu (Dargeçit) kaplıcasından izole edilen, AH1 ve AH2 olarak adlandırılanizolatlar çubuk sekilli, gram-pozitif, spor olusturan, aerobik, hareketli termofiliközellikte bakterilerdir. Hücreleri genellikle ikili halde bulunmaktadır. AH1'in üremesıcaklık aralıgı 30-65 ºC (optimumu 60 ºC) olarak bulundu. AH2'nin üreme sıcaklıkaralıgı ise 30-65 ºC (optimum 65 ºC) olarak bulundu. AH1'in pH üreme aralıgı 5.5-10.0 (optimum 7.5) bulundu. AH2'nin pH üreme aralıgı 6.0-11.0 (optimum 7.5)olarak bulundu. AH1 ve AH2' nin büyüme grafigi incelendiginde, çogalmanınsırasıyla 24. saat ve 15. saat oldugu saptandı. zolatların nisasta hidrolizi, katalaz,kazein, lipaz ve fosfataz testleri pozitif olarak tespit edildi. Her iki izolatın da lizozimduyarlılıgı ve sodyum azid duyarlılıgı pozitif görüldü. Ayrıca izolatların %2'likNaCI'e toleranslı oldukları görüldü. AH1'in karbon kaynagı olarak galaktoz vegliserolü zayıf olarak kullandıgı tespit edildi. AH2'nin ise sakkaroz, laktoz vegliserolü zayıf bir sekilde kullandıgı tespit edildi.GE1, GE2, AH1'in lipit analizleri Alicyclobacillus acidocaldarius subsp.rittmannii ve Geobacillus toebii standartları ile yapılan karsılastırmalarda izolatlarınfosfolipitleri, glikolipitleri ve aminolipitlerinin Geobacillus standatlarına benzerlikgösterdigi görüldü.GE1'in 16S rRNA gen dizisinin veri tabanındaki diger türlerlekarsılastırılması soncunda Geobacillus cinsine ait türle yakınlık gösterdigi görüldü.Geobacillus cinsinin yeni bir türü olabilecegi düsünülmektedir.GE2'nin 16S rRNA gen dizi analizi sonuçları diger türlerle karsılastırıldıgındaGeobacillus kaue'a yakınlık gösterdigi görüldü.AH1 ve AH2'nin 16S rRNA gen dizi analizi veri tabanındaki mevcut türlerlekarsılastırıldıgında Anoxybacillus flavithermus'a % 99 oranında yakınlık gösterdigibulunmustur.Anahtar Kelimeler: Bakteri tanımlanması, termofilik bakteri, 16S rRNA, Sıcak sukaynagı

Abstract:
In Dargeçit, Mardin and in Güçlükonak, Sirnak districts of hot springs waterand mud samples of bacteria were isolated. Morphological, physiological,biochemical characteristics, lipid analysis and identification 16S rRNA sequenceanalysis of these bacteria was performed and identified.Two strains isolated from hot springs of Hısta (Güçlükonak) was called GE1 andGE2. These isolates were rod shaped, gram-positive, aerobic, and sports animatedcharacter has been identified as forming thermophile. Bacillus of GE1 is usuallyfound as bilateral. Otherwise, bacillus of GE2 is found as asingle. 30-65 ºC (optimum60 °C) for GE1 and 35-65 ºC (optimum 60 °C) for GE2 was found as thetemperature range of reproductive. Optimum growth pH for GE1 and GE2 werefound 9 and 9,5. Growt graphic of GE1 and GE2 were drawn and produce thehighest rate of they were seen in the fifteenth and twelfth hours, respectively. Starch,catalase, urease, phosphatase tests of GE1 and GE2 have determined positive. 1%NaCI tolerance of isolates were found to show. GE1 used galactose, sucrose, maltoseand lactose as carbon source; glucose, fructose and glycerol which are used in a waythat very little was stated. GE2 used maltose as the carbon source, glucose and wereused as the weak.Strains isolated from hot springs of Ilısu (Dargeçit) was named AH1 andAH2. These bacteria are rod-shaped, gram-positive, spore forming, aerobic, activethermophilic properties. Cells of these bacteria are usually bilateral. 30-65 º C(optimum 60 ° C) was found as temperature range of reproductive for AH1, 30-65(optimum 65 ° C) was found as the temperature range of reproductive for AH2.Reproductive pH range was found 5.5-10 (optimum 7.5) for AH1. reproductive pHrange 6-11 (optimum 7.5) was found. Reproductive pH range was found 6-11(optimum 7.5) for AH2. The optimum time to produce for AH1 and AH2 have beenseen 24th and 15th hours, respectively. Starch hydrolysis, catalase, casein, lipase andphosphatase tests of isolates were positive. the lysozyme sensitivity and sodiumazide sensitivity of both isolates have been seen positive. 2 % NaCI tolerance ofisolates were found to show. AH1 as a carbon source used galactose and glycerolpoorly. AH2 also used sucrose, lactose, and glycerol in a weak manner weredetermined.Lipid analysis of GE1, GE2, AH1, the comparison with standard isolatesAlicyclobacillus acidocaldarius subsp. rittmannii and Geobacillus toebii,phospholipids, glycolipids and amino lipids of isolates were similar to the standard ofthe Geobacillus toebii.16S rRNA gene sequence database of GE1 by comparing with other speciesin the genus Geobacillus species were found to sympathize with. A new species ofthe genus Geobacillus is thought to be.16S rRNA gene of GE2 compared with other types of analysis is showedGeobacillus kaue'a sympathize.16S rRNA gene sequence analysis of AH1 and AH2 in comparison with theexisting data base is similar to Anoxybacillus genus and Anoxybacillus flavithermuswas 99 % affinity.Keywords: Bacterial identification, thermophilic bacteria, 16S rRNA, Hot springs