Tüberküloz dışı mikobakterilerin PCR-RFLP (polymerase chain reaction restrioction fragment lenght polymorphism) ile tiplendirilmesi
Typing of non-tuberculosis mycobacteria by PCR-RFLP (polymerase chain reaction restrioction fragment lenght polymorphism)
Yazar: TURAN NAJAFLI
Danışman: PROF. DR. GÖNÜL ASLAN
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Sağlık Eğitimi = Health Education
Dizin: Mycobacterium = Mycobacterium ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Tüberküloz = Tuberculosis

Özet:
Tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM), günümüzde bağışıklık sistemini baskılayan hastalık ve tedavilerin artmasına bağlı olarak giderek artan sıklıkta enfeksiyon etkeni olarak kaşımıza çıkmaktadır. Klinik açıdan önem taşıyan TDM'lerin tür düzeyinde tanımlanması hızlı ve doğru bir şekilde yapılmalıdır. Aksi takdirde uygun olmayan tedavilere bağlı direnç gelişimi ve gereksiz yere ilaç kullanımından kaynaklanan toksisitenin oluşması söz konusudur. Günümüzde mikobakterilerin tanımlanmasında konvansiyonel kültür yöntemleri rutin mikobakteriyoloji laboratuvarında altın standart yöntem olarak kabul edilmektedir. Ancak rutin uygulamada mikobakterilerin identifikasyonu zaman alıcı ve yoğun işlemler gerektirmektedir. TDM' lerin tür düzeyinde tanımlanabilmesi için ucuz, kolay ve hızlı sonuç veren yöntemlerin uygulanması, bu etkenler ile meydana gelen enfeksiyonların etkin bir şekilde tedavisine olanak sağlar. Bu çalışmada TDM'lerin Polymerase Chain Reaction Restrioction Fragment Lenght Polymorphism (PCR-RFLP) ile kolay ve hızlı tiplendirilmesi amaçlanmıştır.
Bu çalışmada Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarında 2015-2019 tarihleri arasında klinik örneğinin kültüründe üreme olan 296 koleksiyon suşu çalışmaya dahil edildi. TDM olduğu tespit edilen 47 izolat PCR-RFLP yöntemi ile tür düzeyinde tanımlandı.
Çalışmamızda TDM'lerin tür dağılımı: Mycobacterium intracellulare %1.35 (n=4), Mycobacterium fortuitum %1.01 (n=3), Mycobacterium simiae %0.68 (n=2), Mycobacterium szulgai %0.68 (n=2), Mycobacterium kansasii %0.34 (n=1), Mycobacterium abscessus %0.34 (n=1), Mycobacterium scrofulaceum %0.34 (n=1), Mycobacterium gordonae V %0.34 (n=1) olarak tespit edildi.
Çalışmamızda TDM'lerin identifikasyonuna olanak sağlayan PCR-RFLP yönteminin kliniğe hızlı bilgi vermek açısından, ucuz, kolay ve rutin kullanıma uygun bir yöntem olduğu sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Non-tuberculous mycobacteria (NTM), has been observed to be isolated as an infection agent in increasing frequency in accordance with the rise in diseases and treatments that suppress immune system. Rapid and accurate identification of clinically relevant NTM isolates to the species level is crucial as improper treatment may lead to drug resistance and unnecessary exposure to drug toxicity. Today, conventional culture methods for the identification of mycobacteria are still accepted as the gold standard in the routine mycobacteriology laboratory. However, identification of mycobacteria in routine application requires time-consuming and intensive processes. The clinical course and therapy can differ among different species of NTM. Cheap, fast and simple methods in identification of NTM species should be helpful to eliminate the pathogens cost effectively. In this study, easy and fast typing of NTM withl Polymerase Chain Reaction Restrioction Fragment Lenght Polymorphism (PCR-RFLP) was aimed.
In this study, 296 collection strains that were reproduced in the culture of clinical samples between 2015-2019 in Mersin University Faculty of Medicine Medical Microbiology Laboratory were included inthe study. 47 isolates determined to be NTM were identified at species level by PCR-RFLP method.
In our study, distribution of the identified species were as follows; Mycobacterium intracellulare %1.35 (n=4), Mycobacterium fortuitum %1.01 (n=3), Mycobacterium simiae %0.68 (n=2), Mycobacterium szulgai %0.68 (n=2), Mycobacterium kansasii %0.34 (n=1), Mycobacterium gordonae V %0.34 ( n=1) , Mycobacterium abscessus %0.34 (n=1), Mycobacterium scrofulaceum %0.34 (n=1).
In our study, it was concluded that the PCR_RFLP method, which allows the identification of NTM, is an inexpensive, easy and routine method in terms of providing rapid information to the clinic.