Kemikli balıklarda ovaryum ve kas gelişiminden sorumlu gen ifade ağının RNA-SEQ yöntemi ile ortaya konulması
Revealing gene expression networks involved in development of ovary and straited muscle in teleostei using RNA-SEQ method
Yazar: PINAR AKBABA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ VAHAP ELDEM
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Zooloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Zooloji = Zoology

Özet:
Bu tez çalışmasında, tür sayısı bakımından tüm omurgalı hayvanların yarısını oluşturan kemikli balıklarda ekonomik önemi yüksek olan 35 tür seçilip kas ve ovaryum dokusunda ifadesinde anlamlı değişiklik gösteren genler RNA-Seq yöntemi ile incelenmiştir. Miyogenez ve oogenezin hücresel kontrolünde rol oynayan ana genler ve gen ifade ağları belirlenmiştir. NCBI SRA transkriptomik veri tabanından elde edilen yüksek ölçekli RNA-Seq verileri, uygun biyoinformatik yazılımlar ve araçlar kullanılarak analiz edilmiştir. Analizler sonucunda, kas ve ovaryum dokusunun çeşitli familyalara ait balıklarda belirlenen potansiyel ana genler biyoteknolojik genom düzenleme araçları için potansiyel aday hedefler olarak sunulmuştur. Çizgili kas dokusu, balıkların yenilebilir kısmının çoğunluğunu oluşturduğundan akuakültürde büyük bir öneme sahiptir. Ayrıca, omurgalı çizgili kasların çeşitliliği, balıkların çevresel adaptasyonlarını anlamak için önemli bir gösterge olup, evrimsel ve gelişimsel süreçlerin daha net anlaşılmasına katkıda bulunacaktır. Oogenez, balıkların üreme başarıları için kritik bir süreç olup, bu süreçte rol oynayan genlerin anlaşılması, üreme verimliliğini artırmaya yönelik stratejilerin geliştirilmesine katkıda bulunacaktır. Bu bağlamda, kas ve ovaryum gelişimini yöneten genlerin ve etkileşim ağlarının belirlenmesi ve bunlara ait gen panellerinin oluşturulması bunlara ait gen panellerinin oluşturulması, akuakültür ve balık biyolojisi açısından önemli bulgular sağlamaktadır.

Abstract:
This thesis investigates the gene expression profiles in economically significant bony fish species, representing half of all vertebrate species, by analyzing genes with significant expression changes in muscle and ovary tissues using RNA-Seq methodology. This study, crucial for aquaculture, identifies hub genes and gene expression networks involved in myogenesis (muscle development) and oogenesis (egg development). High-throughput RNA-Seq data obtained from the NCBI SRA transcriptomic database were analyzed using appropriate bioinformatics software and tools. The analysis revealed potential hub genes in muscle and ovary tissues across various fish families, which may serve as candidate targets for biotechnological genome editing tools. Striated muscle tissue constitutes a significant portion of the edible parts of fish, underscoring its importance in aquaculture. Additionally, the diversity of striated muscles in vertebrates serves as an important indicator of environmental adaptation mechanisms and contributes to a better understanding of evolutionary and developmental processes. Oogenesis is critical for reproductive success in fish, and understanding the genes involved in this process can contribute to developing strategies to improve reproductive efficiency. In this context, identifying the genes responsible for muscle and ovary development and constructing gene panels for these processes will provide valuable insights for both aquaculture and fish biology.