Pandemi öncesi dönem ve pandemi sürecinde COVID 19 tanısı alan ile COVID 19 tanısı almayan yoğun bakım hastalarının bakteriyolojik kültür ve duyarlılık testi sonuçlarının karşılaştırılması
Comparison of bacteriological culture and sensitivity test results of intensive care patients diagnosed with COVID 19 and not diagnosed with COVID 19 in the pre-pandemic period and during the pandemic period
Yazar: EDA AKÇAY
Danışman: DOÇ. DR. AYŞE ESRA KARAKOÇ
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections ; COVID 19 = COVID 19 ; Hastalar = Patients ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Pandemiler = Pandemics ; Yoğun bakım üniteleri = Intensive care units ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Amaç: 2019 yılında ortaya çıkan SARS CoV-2 virüsü ve meydana getirdiği pandemi tüm dünyayı etkisi altına almıştır. Pandeminin hastane enfeksiyonlarını ve antimikrobiyal direnci ne yönde etkilediği merak konusudur. Çalışmamızda yoğun bakım ünitesinde takipli hastaların bakteriyolojik kültürlerinde üreyen organizma ve antimikrobiyal direnç profiline yönelik pandeminin etkisi araştırılmıştır.

Gereç ve Yöntem: 1 Eylül 2019 - 29 Şubat 2020 ve 20 Haziran 2020 - 20 Aralık 2020 tarihleri arasında Anestezi Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesinde takip edilen hastalardan gönderilen kan, alt solunum yolu ve idrar kültürleri incelendi. Hastalar pandemi öncesi dönem (PÖD), pandemi dönemi COVİD 19 tanılı [PDC(+)] ve pandemi dönemi COVİD 19 dışı tanılı [PDC(-)] olmak üzere üç gruba ayrıldı. Hastalardan gönderilen kültür sayıları, sonuçları ve antibiyotik duyarlılıkları gruplar arasında farklılık açısından karşılaştırıldı. Ayrıca COVİD 19 tanılı grupta hastaların yaş ve cinsiyet bilgileri ile yatış süresi ve taburculuk durumları sekonder enfeksiyonu olan ve olmayan hasta popülasyonları arasında karşılaştırıldı. 

Bulgular: PÖD'de 209 hastadan 1277, PDC(+) grupta 599 hastadan 2442, PDC(-) grupta 142 hastadan 791 kültür gönderildi. PDC(+) grupta hasta başına düşen kültür sayısının azaldığı görüldü. PDC(+) grupta kan kültürlerinde kontaminasyon oranının arttığı, üreme olan kan kültürü sayısının azaldığı izlendi. Alt solunum yolu ve idrar kültürlerinde ise kontaminasyon/kolonizasyon oranı düşüktü. PDC(+) grupta en az bir kültüründe üreme olan hastaların, üreme olmayan hastalara göre yaş ortancaları daha yüksek, yatış süreleri daha uzun ve mortalite oranları daha fazla idi. PDC(+) grupta baskın olarak üreyen organizmalar sırasıyla K. pneumoniae, A. baumannii ve E. faecalis idi. Pandemi döneminde baskın organizma olmasına rağmen K. pneumoniae sayısı ve oranında PÖD'e göre anlamlı bir azalma söz konusuydu. P. aeruginosa ve diğer Enterobacterales (E. coli ve K. pneumoniae dışı) üreme sayıları da pandemi döneminde azalmıştı. A. baumannii üreme sayısında ise pandemi döneminde önemli bir artış izlendi. Ayrıca non-albicans kandida üreme sayısı pandemi döneminde PÖD'e göre düşüktü. Pandemi döneminde E. coli'de piperasilin tazobaktam ve ertapanem kümülatif duyarlılığı artmış olarak izlendi. K. pneumoniae izolatlarında siprofloksasin, ertapenem ve meropenem kümülatif duyarlılığı azalırken, gentamisin duyarlılığı artmış olarak izlendi. KNS'de ise TMP/SXT duyarlılığı pandemi döneminde azalmıştı. PDC(+) grupta hastaların %87.2'sinin antiviral, 75.3'ünün de antibiyotik tedavisi aldığı gözlemlendi. En sık kullanılan antibiyotikler sırasıyla meropenem, seftriakson, piperasilin tazobaktam, azitromisin ve linezolid idi.

Sonuç: Pandemi döneminde sekonder enfeksiyon insidansı düşük izlenmesine rağmen çok ilaca dirençli A. baumannii ve karbapenem dirençli K. pneumoniae izolatlarında görülen artış antimikrobiyal direnç sorununun bir tehdit olarak karşımızda durduğunun göstergesidir. Pandemi döneminde yoğun bakım ünitesinde karbapenem grubu başta olmak üzere yüksek antibiyotik kullanım oranı, artan antimikrobiyal direncin bir sebebi gibi durmaktadır. Sekonder enfeksiyonu olan hastalardaki yüksek mortalite oranıyla beraber artan antimikrobiyal direnç, hedefe yönelik antibiyotik tedavisinin önemini göstermektedir. Bu bağlamda COVİD 19 hastalarında sekonder bakteriyel enfeksiyona yönelik tanı ve tedavi algoritmalarının geliştirilmesi gerekmektedir.

Abstract:
Bacground:  SARS CoV-2 virus emerged in December 2019 and the pandemic it causedhas influenced the whole world since then. It is a matter of curiosity how pandemic affects nosocomial infections and antimicrobial resistance. In this study; we aimed to investigate the effects of the pandemic on the organisms isolated in bacteriological cultures of patients followed in intensive care unit and their antimicrobial resistance profiles.

Material and Method: Blood, lower respiratory tract and urine cultures sent from patients followed in the Anesthesiology and Reanimation Intensive Care Unit between 1 September 2019 - 29 February 2020 and 20 June 2020 - 20 December 2020 were examined. The patients were divided into three groups as pre-pandemic period (PPP), pandemic period with COVID 19 diagnosis [PPC (+)] and pandemic period with non-COVID 19 diagnosis [PPC (-)]. The number of cultures sent from the patients, their results and antibiotic susceptibilities were compared between the groups. Additionally, age and gender information, length of stay in intensive care unit and discharge status of the patients in the group with COVID 19 were compared between the patient populations with and without secondary infection.

Results: A total of 1277 cultures were sent from 209 patients in the PPP, 2442 from 599 patients in the PPC (+) group, and 791 from 142 patients in the PPC (-) group. It was observed that the number of cultures per patient in the PPC (+) group decreased. In the PPC (+) group, it was observed that the rate of contamination in blood cultures increased and the number of positive blood cultures decreased. Contamination / colonization rate was low in lower respiratory tract and urine cultures. In the PPC (+) group, patients with growth in at least one culture had higher median age, longer hospitalization period and higher mortality rates compared to patients without growth. The dominant organisms in the PPC (+) group were K. pneumoniae, A. baumannii and E. faecalis, in order. Although K.pneumoniae was the dominant organism during the pandemic period, there was a significant decrease in the number and rate of its isolation compared to PPP. Isolation numbers of P. aeruginosa and other Enterobacterales (other than E. coli and K. pneumoniae) also decreased during the pandemic period. A significant increase was observed in the number of isolation of A. baumannii during the pandemic period. Additionally, the number of non-albicans Candida isolation was lower in pandemic period than PPP. During the pandemic period, the cumulative susceptibility of E. coli to piperacillin tazobactam and ertapanem was increased. While cumulative susceptibility to ciprofloxacin, ertapenem and meropenem decreased in K. pneumoniae isolates, gentamicin susceptibility was observed to be increased. In coagulase negative staphylococci, TMP / SXT susceptibility decreased during the pandemic period. In the PPC (+) group, it was observed that 87.2% of the patients received antiviral treatment and 75.3% received antibiotic treatment. The most commonly used antibiotics were meropenem, ceftriaxone, piperacillin tazobactam, azithromycin and linezolid, in order.

Conclusion: Although the incidence of secondary infections was found to be low during the pandemic period in this study, the increase observed in multi-drug resistant A. baumannii and carbapenem resistant K. pneumoniae isolates is an evidence that the antimicrobial resistance problem is a majör threat. During the pandemic period, the high rate of use of antibiotics, especially the carbapenem group, in the intensive care unit seems to be a factor for the increasing antimicrobial resistance. The high mortality rate in patients with secondary infections together with the increase in antimicrobial resistance indicate the importance of targeted antibiotic therapy. In this context, it is necessary to develop diagnosis and treatment algorithms for secondary bacterial infections in COVID 19 patients.