Parkinson hastalığında sumo ve nfkb1 gen variantlarının incelenmesi
Examination of sumo and nfkb1 gene variants in parkinson's disease
Yazar: CEM İSMAİL KÜÇÜKALİ
Danışman: PROF. DR. HAŞMET AYHAN HANAĞASI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Sinir Bilimi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Genetik = Genetics ; Nöroloji = Neurology
Dizin: Genetik = Genetics ; Genler = Genes ; Genler-SUMO = Genes-SUMO ; Nörodejeneratif hastalıklar = Neurodegenerative diseases ; Parkinson hastalığı = Parkinson disease ; Ubikuitinler = Ubiquitins

Özet:
Giriş ve amaç: Parkinson Hastalığı (PH) Alzheimer hastalığından sonra en sık görülen nörodejeneratif hastalıktır. Parkinson Hastalığının patolojik açıdan ayırıcı özelliği,  dopaminerjik nöronların kaybı ve hücre sitoplazmasında Lewy cisimlerinin bulunmasıdır. Yapılan araştırmalar sonucu PH'daki moleküler patolojinin üç ana eksende olduğu anlaşılmaktadır. Bunlar, ubikütin/proteozom sistemi, mitokondri ve hücresel bağlamdır. Belirtilen üç ana eksen, yalnız Parkinson hastalığında değil, Alzheimer hastalığı, amiyotrofik lateral skleroz gibi diğer hastalıklarda da görülmekte, dolayısıyla söz konusu hastalıklardaki dejeneratif süreçlerde ortak bir payda oluşturmaktadır. Planladığımız bu çalışmada ise, übikitin benzeri olan SUMOlar (SUMO1, SUMO2, SUMO3, SUMO4) ve NFKB polimorfik varyantlarının etkilerini incelemeyi ve parkinson patogenezindeki rolünü ortaya koymaya çalıştık.
Araç ve Yöntem: Hastalar, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim Dalı Davranış Nörolojisi birimi tarafından takip edilen hastalar arasından seçilmiştir. Hastaların sosyodemografik ve klinik özellikleri not edilmiştir. Hastaların kan örnekleri kullanılarak yeni nesil dizileme yöntemi ile SUMO ve NFKB polimorfik gen variantları taranmıştır. 
Bulgular: Çalışmaya 54 PH tanılı hasta ve 74 sağlıklı kontrol alındı. İstatistiksel olarak Bonferroni correction uygulanarak p<0.05 olan Tek nükleotid polimorfizm (SNP)'ler belirlendi. Yapılan yeni nesil dizileme sonucunda SUMO4 geninde iki (rs237025 ile rs237024), SUMO3 geninde de iki (rs180313 ile rs235293) olmak üzere 4 SNP bulunmuştur. Anlamlı olarak bulunan dört SNP'den üçü daha önceki çalışmalarda bildirilmemiş olup, rs237025 ise diyabet hastalığı ile ilişkisi bildirilmiştir.
Tartışma: PH'da yüksek oranda saptanan tek nükleotid polimorfizmi, hastalığın patofizyolojisinde SUMO ile ilişkili bir mekanizmanın rol aldığını düşündürmektedir.

Abstract:
Background and Aim: Parkinson's Disease (PH) is the most common neurodegenerative disease after Alzheimer's disease. The pathologically distinctive feature of PH is the loss of dopaminergic neurons and the presence of Lewy bodies in cell cytoplasm. The results of the investigations revealed that the molecular pathology of PH is the three main axes. These are the ubiquitin / proteosome system, mitochondria, and cellular context. The three main axes mentioned are not only seen in Parkinson's disease but also in other diseases such as Alzheimer's disease and amyotrophic lateral sclerosis and thus constitute a common denominator in the degenerative processes in the disease. In this study we planned, we were able to examine the effects of Ubiquitin-like SUMOs (SUMO1, SUMO2, SUMO3, SUMO4) and NFKB polymorphic variants and to reveal the role of parkinson pathogenesis.
Methods: Patients were selected from patients who were followed by Behavioral Neurology unit of Istanbul University Faculty of Medicine Neurology Department. The sociodemographic and clinical characteristics of the patients are noted. Blood samples from patients were used to screen the SUMO and NFKB polymorphic gene variants by a new generation sequencing method.
Results: 54 patients with PH and 74 healthy controls were included in the study. SNP (Single nucleotide polymorphism) with p <0.05 was determined by applying Bonferroni correction statistically. Four new SNPs were found in the SUMO4 gene (rs237025 and rs237024) and two in the SUMO3 gene (rs180313 and rs235293). Three of the four significant SNPs have not been reported in previous studies, and rs237025 has been reported to be associated with diabetes mellitus.
Discussion: The only nucleotide polymorphism detected at high levels in the PH suggests that a mechanism associated with SUMO is involved in the pathophysiology of the disease.