Gastrik kanserlerin immunhistokimyasal yöntem ve in situ hibridizasyon ile moleküler benzeri sınıflamasının klinikopatolojik verilerle korelasyonu ve prognostik önemi
The correlation of the molecular - like classification of gastric cancers by using immunohistochemical and in situ hybridization methods with clinicopathological data and its prognostic importance
Yazar: GAMZE DAL
Danışman: PROF. DR. ASUMAN ARGON
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İzmir Bozyaka Eğt. ve Arş. Hast. / Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Patoloji = Pathology

Özet:
Giriş: Çoğunluğunu adenokarsinomların oluşturduğu mide kanserleri histoloji ve klinik özellikler başta olmak üzere pek çok açıdan heterojenite göstermektedirler ve buna bağlı prognostik farklılıklara sahiptirler. Geleneksel sınıflamaların yetersizlikleri nedeniyle günümüzde moleküler özelliklere dayalı sınıflandırmalar önem kazanmaya başlamıştır. En sık kullanılanı Kanser Genom Atlas Araştırma Ağı (TCGA) sınıflaması olan bu sınıflamalar pahalı ve uygulaması deneyim gerektiren tetkiklerdir. 
İmmunhistokimyasal (İHK) ve kromozomal in situ hibridizasyon (CISH) yöntemlerle yapılacak bir sınıflamanın daha ucuz ve pratik olacağı varsayımından yola çıkılarak; bu çalışmada, mide adenokarsinomlarında, moleküler benzeri bir sınıflamanın oluşturulması ve oluşturulan sınıflamanın klinikopatolojik verilerle korelasyonunun ve prognostik öneminin araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve yöntem: 2010-2017 yılları arasında, hastanemizde mide kanseri nedeniyle opere olan ve gastrik adenokarsinom tanısı alan 205 olgu çalışmaya dahil edilmiştir. Olgulara ait H&E boyalı preparatlar ve elektronik ortamdan alınan demografik, klinik veriler aşağıdaki özellikler açısından yeniden değerlendirilmiştir. Demografik veriler: yaş, cins; makroskopik veriler: boyut, lokalizasyon; histolojik özellikler: diferansiyasyon; lenfovasküler invazyon (LVİ), perinöral invazyon (PNİ), cerrahi sınırlar (CS), tümör ilişkili lenfositik yanıt, tümör tomurcuklanması (TT), primer tümör, lenf nodu metastazı (LNM); evre. Tümörlerden hazırlanan çoklu bloklara, İHK olarak; p53, e-cadherin, MLH-1, PMS-2, MSH-2, MSH-6 antikorları ve otomatik CISH prosedürü ile Epstein-Barr kodlu RNA (EBER) çalışılmıştır. Tümörlerin sınıflandırılmasında; TCGA'ya dayanan dört grup oluşturulmuş, İHK özellikleri moleküler sınıflamaya uymayan olgular G-NOS adı altında beşinci grupta toplanmıştır. İstatiksel olarak PC ortamında çalışan SPSS 25.0 programında, Kaplan-Meier sağkalım analizi, Forward Stepwise, Pearson Ki-Kare testleri ve Cox regression analizleri uygulanmıştır.
Bulgular: Sınıflandırmamızda en büyük grubu 82 olgu ile KİN grubu oluşturdu. Bu grubu sırasıyla, 66 olguyla G-NOS, 27 olguyla Genomik Stabil, 19 (%9.3)'u Mikrosatellit İnstabil grup, 11 olguyla EBV (+) grup takip etti.
Az differansiye tümörler EBV (+) grup ile ilişkiliyken iyi diferansiye tümörler MSİ grupta yer alıyordu. LNM, en fazla GS grupta, en az EBV (+) grupta izlendi. Belirgin TT, KİN ve G-NOS grup ile ilişkiliydi. Ortalama sağkalım süresi 40.364 ay ± 9,989 ay ile EBV (+) grupta en uzun; 24.370 ± 6.487 ay ile GS grupta en kısa iken sınıflamadaki grupların sağkalımla ilişkisi gösterilemedi.
Tartışma: Tümör diferansiyasyonunun moleküler benzeri sınıflamada yer aşan gruplarla ilişkili saptanması, tümörün moleküler özellikleri için prediktif özellikte bir bulgu olduğunu düşündürmektedir. Ayrıca sınıflamamızdaki bazı tümörlerin LNM ile ilişkili olması, hastalığın gidişini ön görmede kullanılacak bir bulgu olduğunu göstermektedir. Ayrıca tümör tomurcuklanmasının moleküler benzeri sınıflama ile ilişkili saptanması, kolon kanserlerindeki gibi mide kanserlerinde de tomurcuklanmanın patoloji raporuna eklenmesi gerektiğini düşündürmektedir. Çalışmamızda moleküler benzeri sınıflamanın prognostik önemi gösterilememiştir. Bunun nedeni büyük olasılıkla, sınıflandırılamayan tümör grubundaki vaka sayısının çok olması ve tümör heterojenitesini göstermede sınırlı çoklu tümör bloklarının kullanılmasıdır. Ancak unutulmamalıdır ki çalışmamız, geniş hasta grubunda, çok sayıda histomorfolojik, klinik özelliklerin değerlendirildiği bir çalışmadır. Bu özelliği ve literatüre ışık tutacak sonuçları nedeniyle araştırmacılara yol gösterecek öncü bir çalışma olarak öne çıkmaktadır. Rutin patoloji laboratuarları için uygulanması kolay ve ucuz yöntemlerle yapılacak, moleküler özellikleri ve prognozu predikte edecek sınıflamalara ihtiyaç devam etmektedir.

Abstract:
Aim: Gastric cancers, the majority of which are adenocarcinomas, have heterogeneity in many aspects, especially histology and clinical features, and have prognostic differences. Due to the inadequacies of traditional classifications, classifications based on molecular properties have begun to gain importance. These classifications, the most frequently used is the Cancer Genome Atlas Research Network (TCGA), are expensive and require experience to apply.
Considering that a classification made by immunohistochemical (IHC) and chromosomal in situ hybridization (CISH) methods would be cheaper and more practical. In this study, it was aimed to establish a molecular-like classification in gastric adenocarcinomas and to investigate the correlation of the classification with clinicopathological data and its prognostic importance.
Material and metods: Between 2010 and 2017, 205 patients who were operated for gastric cancer in our hospital and diagnosed with gastric adenocarcinoma were included in the study. Clinical and histopathological features obtained from H&E stained slides and electronic media of the cases were re-evaluated in terms of the following features. Demographic data: age, gender; macroscopic data: size, localization; histological features: differentiation; lymphovascular invasion, perineural invasion, surgical margins, tumor-associated lymphocytic response, tumor budding (TB), primary tumor, lymph node metastasis (LNM); stage. 
Multiple blocks prepared from tumors, as IHC; Antibodies to p53, e-cadherin, MLH-1, PMS-2, MSH-2, MSH-6 and Epstein-Barr encoded RNA (EBER) were studied by automated CISH procedure. In the classification of tumors; firstly four groups based on TCGA were formed. The cases whose IHC features did not comply with the molecular classification were collected in the fifth group under the name G-NOS. Statistically, Kaplan-Meier survival analysis, Forward Stepwise, Pearson Chi-Square tests and Cox regression analyzes were used in SPSS 25.0 program.
Results: In our classification, the largest group was the Chromozomal Instable (CIN) group with 82 cases. This group was followed by G-NOS with 66 cases, Genomic Stable (GS)Nwith 27 cases, Microsatellite Instable (MSI) group with 19 (9.3%), and EBV (+) group with 11 cases, respectively.
While poorly differentiated tumors were associated with the EBV (+) group, well-differentiated tumors were in the MSI group. LNM was observed the most in the GS group and the least in the EBV (+) group. Significant TB, CIN, and G-NOS were associated with the group. Mean survival time was the longest in the EBV (+) group with 40,364 months ± 9,989 months; while it was the shortest in the GS group with 24,370 ± 6.487 months, the groups in the classification could not be associated with survival.
Discussion: The detection of tumor differentiation in association with the groups in the molecular-like classification suggests that it is a predictive finding for the molecular characteristics of the tumor. In addition, the fact that some tumors in our classification are associated with LNM show that it is a finding that can be used to predict the course of the disease. The detection of tumor budding associated with molecular-like classification suggests that budding should be added to the pathology report in gastric cancers as well as in colon cancers. The prognostic significance of molecular-like classification could not be demonstrated in our study. This probably due to the large number of cases in the unclassifiable tumor group and the limited use of tumor blocks to demonstrate tumor heterogeneity. However, it should not be forgotten that our study is a study in which a large number of histomorphological and clinical features were evaluated in the large patient group. Due to this features and its results that will shed light on the literatüre, it stands out as a pioneering study that will guide researchers. For routine pathology laboratories, there is a need for classifications that will be made with easy and inexpensive methods to predict molecular properties and prognosis.
Keywords: Gastric Carcinoma, Immunohistochemistry, Chromogenic In Situ Hybridization, Molecular Classification Prognosis