HIV ile enfekte hastalarda bağırsak mikrobiyotasıve antiretroviral tedavilerin mikrobiyota üzerindeki etkileri
Intestinal microbiota in hiv-infected patientsand effects of antiretroviral treatments on microbiota
Yazar: YAKUP DEMİR
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA KEMAL ÇELEN
Dicle Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases

Özet:
Amaç: Çalışmamızın amacı yeni tanı HIV/AIDS hastalarında bağırsak mikrobiyatasını incelemek, bu verileri sağlıklı gönüllülerle karşılaştırmak ve hastalara başlanılan antiretroviral tedavi ile bağırsak mikrobiyota değişimini belirlemektir.
Materyal ve Metot: Çalışmamıza Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Poliklinik ve Kliniklerine Aralık 2021 ile Mayıs 2022 yılları arasında başvuran ve yeni tanı alan HIV/AIDS hastaları çalışmanın baseline hasta koluna dahil edilmiştir. Tedavi sonrası 3. ay hastalar tekrar incelenmiş olup çalışmanın kontrol hasta grubuna dahil edilmiştir. Çalışmanın 3. kolunu sağlıklı kontrol grubu oluşturmuştur. İntestinal mikrobiyota analizi için tüm katılımcılardan gaita örneği alınarak yeni nesil dizileme yöntemiyle analiz yapılmıştır. Verilerin analizinde, IBM SPSS Statistics 26 (IBM SPSS, Türkiye) programı kullanıldı.
Bulgular: Çalışmaya 15 HIV/AIDS tanılı hasta ile 10 sağlıklı gönüllü kişi dahil edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen 25 olgunun 21'i (%84) erkek, 4'ü (%16) kadındı. Katılımcıların yaş ortalaması 35.4±9.1 olup, yaşı en küçük olan katılımcı 21, en ileri olan 50 yaşında idi. Baseline hasta kolunda HIV RNA ortalama 568.740 kopya/ml olarak ölçüldü. HIV RNA sayısı en düşük 354 kopya/ml iken; en yüksek 4 430 860 kopya/ml olarak saptandı. Baseline hasta kolunda CD4+ T lenfosit ortalama sayısı 352 hücre/mm3, en düşük 139 hücre/mm3 iken; en yüksek 650 hücre/mm3 olarak saptandı. Hasta kontrol grubunda HIV RNA ortalama 364 kopya/ml olarak ölçüldü. En düşük HIV RNA 0 kopya/ml iken; en yüksek 5 503 kopya/ml olarak saptandı. Hasta kontrol grubunda CD4+ T lenfosit ortalama sayısı 622 hücre/mm3, en düşük 160 hücre/mm3 iken; en yüksek 1 400 hücre/mm3 olarak saptandı. Tedavi rejimleri ile CD4+ T lenfosit değişikliği ve HIV RNA sayısı arasında anlamlı bir ilişki saptanmadı. Hasta baseline grubunda sağlıklı kontrol grubuna göre Actinobacteria şubesinde artış saptanmıştır. Hasta kontrol grubunda hasta baseline grubuna göre Actinobacteria şubesinde azalma saptanmıştır. Hasta baseline grubunda hasta kontrol grubuna göre cins düzeyinde Bacteroides, Oxalobacter, Neisseria, Collinsella, Pseudomonas ve Streptococcus sayısında artış meydana gelmiştir. Hasta kontrol kolunda tedavi karşılaştırmasında Emtrisitabin, TDF, dolutegravir grubunda Spirochaetes şubesinde ve Veillonellaceae ailesinde, cins düzeyinde ise Oxalobacter'de anlamlı artış saptanmıştır.

Sonuç: HIV/AIDS hastalığında bağırsak mikrobiyotası etkilenmektedir. Mikroorganizma çeşitliliği hastalıkla beraber azalmaktadır. Mikroorganizmaların farklılaşması inflamasyonda rol oynamaktadır. Başlanılan tedavi, CD4+ T hücre sayısında artma, HIV RNA'nın düşmesi mikroorganizmal çeşitliliği değiştirmektedir. Bu hastalarda tedavinin kontrol altında olması, beslenme ve egzersiz desteği büyük önem arz etmektedir.

Abstract:
Aim: Our study aims to examine the gut microbiota in newly diagnosed HIV/AIDS patients, to compare these data with healthy volunteers, and to determine the intestinal microbiota change with the antiretroviral treatment started in the patients.

Materials and Methods: Patients with newly diagnosed HIV/AIDS who applied to Dicle University Medical Faculty Infectious Diseases Clinical Microbiology Department Polyclinics and Clinics between December 2021 and May 2022 were included in the baseline patient group of the study. The patients were re-examined in the 3rd month after the treatment and were included in the control patient group of the study. The third group of the study consisted of the healthy control group. For intestinal microbiota analysis, stool samples were taken from all participants and analyzed by the next-generation sequencing method. In the analysis of the data, IBM SPSS Statistics 26 (IBM SPSS, Türkiye) program was used.

Results: Fifteen HIV/AIDS patients and 10 healthy volunteers were included in the study. Of the 25 subjects included in the study, 21 (84%) were male and 4 (16%) were female. The mean age of the participants was 35.4±9.1 years, the youngest participant was 21 years old and the oldest was 50 years old. In the baseline patient group, HIV RNA was measured as an average of 568,740 copies/ml. The lowest HIV RNA count was 354 copies/ml; the highest was detected as 4 430 860 copies/ml. In the baseline patient group, the mean CD4+ T lymphocyte count was 352 cells/mm3, while the lowest was 139 cells/mm3; the highest was determined as 650 cells/mm3. In the patient control group, HIV RNA was measured as 364 copies/ml on average. The lowest HIV RNA was 0 copies/ml; the highest was determined as 5 503 copies/ml. In the patient control group, the mean number of CD4+ T lymphocytes was 622 cells/mm3, while the lowest was 160 cells/mm3; the highest was found to be 1 400 cells/mm3. There was no significant relationship between treatment regimens and CD4+ T lymphocyte change and HIV RNA count. There was an increase in Actinobacteria phylum in the patient baseline group compared to the healthy control group. A decrease in Actinobacteria phylum was detected in the patient control group compared to the patient baseline group. There was an increase in the number of Bacteroides, Oxalobacter, Neisseria, Collinsella, Pseudomonas, and Streptococcus in the patient baseline group compared to the patient control group. In the treatment comparison in the patient control group, a significant increase was found in the Spirochaetes phylum and Veillonellaceae family in the Emtricitabine, TDF, and dolutegravir groups, and Oxalobacter at the genus level.

Conclusion: Intestinal microbiota is affected by HIV/AIDS disease. Microorganism diversity decreases with the disease. Differentiation of microorganisms plays a role in inflammation. The treatment started, and an increase in the number of CD4 + T cells and a decrease in HIV RNA change the diversity of microorganisms. In these patients, it is of great importance that the treatment is under control, with nutrition and exercise support.