Karotis endarterektomi ile aterosklerotik doku örneği elde edilen hastalarda uzun kodlamayan RNA ekspresyon profillerinin belirlenmesi
Evaluation of long noncoding RNA expression profiles of atherosclerotic tissue samples obtained by carotid endarterectomy
Yazar: SABRİ AYNACI
Danışman: PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN ; PROF. DR. ATİLLA ÖZCAN ÖZDEMİR
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Başlık: Karotis endarterektomi ile aterosklerotik doku örneği elde edilen hastalarda uzun kodlamayan RNA ekspresyon profillerinin belirlenmesi
Amaç: Bu çalışmada, H19, GAS5, ANRIL, TUG1, HOTAIR, LincRNA-p21, MEG3, STEEL, LEENE, LeXIS, MALAT1, MIAT, GATA6-AS, SENCR, APOA1-AS'nin ekspresyon seviyeleri incelenerek, hasta ve kontrol bireylerindeki ekspresyon profillerinin karşılaştırılması, semptomatik ve asemptomatik olgulardaki lncRNA durumunun saptanması, olgularda bu lncRNA'ların hastalıkla ilişkisinin değerlendirilmesi, kanın non-invaziv yaklaşım için kullanılabilirliğinin değerlendirilmesi hedeflenmektedir.
Yöntem: Karotis arter darlığı tespit edilen 24 semptomatik ve 24 asemptomatik iki grup belirlenmiş ve bu iki grupta bulunan hastalardan karotis endarterektomi plak dokusu ve arteriyal katater kan elde edilmiştir. Karotis darlığı olmayan kontrol grubu 48 bireyden alınan periferik kan örnekleri incelenmiştir. Real-Time PCR yöntemi ile 15 lncRNA'nın ekspresyon seviyeleri analiz edilmiştir.
Bulgular: Semptomatik ve asemptomatik hasta grubu ile kontrol grubu bireylerin kan örneklerinin karşılaştırılmasında; H19, GAS5, ANRIL, TUG1, HOTAIR, LincRNA-P21, LEENE lncRNA'larının ekspresyon seviyelerinde istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar gözlenmiştir. Semptomatik hasta grubu ile asemptomatik hasta grubu karotis plağı dokuları arasında; MEG3 lncRNA'sı dışında geri kalan on dört lncRNA'larının ekspresyon seviyelerinde istatiksel olarak anlamlı farklılıklar tespit edilmiştir.
Sonuç: Hasta grupları ve kontrol grubu kan örneklerindeki lncRNA karşılaştırmasında, 7 lncRNA'nın ekspresyon farklılığı saptanmış olup, ayırt etme güçlerinin yüksek olduğu gözlenmiştir. Çalışmada değerlendirilen lncRNA'ların, hastalığın iki farklı klinik grubundaki ekspresyon farklılığının; plak gelişimi ve rüptüründe etkili olabileceğini, bu lncRNA'ların hastalıkla ilişkili olabilecek potansiyel bir non-invaziv biyomarker olarak kullanılabileceklerini düşünmekteyiz.

Anahtar kelimeler: Aterosklerozis, Karotis arter stenozu, LncRNA

Abstract:
Title: Evaluation of long noncoding RNA expression profiles of atherosclerotic tissue samples obtained by carotid endarterectomy
Aim: In this study, it is aimed to compare the expression profiles in patients and controls by examining the expression levels of H19, GAS5, ANRIL, TUG1, HOTAIR, LincRNA-p21, MEG3, STEEL, LEENE, LeXIS, MALAT1, MIAT, GATA6-AS, SENCR, APOA1-AS, to determine the differentially expressed lncRNA in symptomatic and asymptomatic cases. Therefore it is aimed to evaluate the relationship of these lncRNAs with the disease in cases, and to evaluate the usability of blood for non-invasive approaches.
Method: Two groups of 24 symptomatic and 24 asymptomatic patients with carotid artery stenosis were defined, and carotid endarterectomy plaque tissue and arterial catheter blood were obtained from the patients in these two groups. Peripheral blood samples taken from 48 control individuals without carotid stenosis were examined. Expression levels of 15 lncRNAs were analyzed by the Real-Time PCR method.
Results: In comparing the blood samples of individuals from the symptomatic and asymptomatic patient groups and the control group; statistically significant differences were observed in the expression levels of H19, GAS5, ANRIL, TUG1, HOTAIR, LincRNA-P21, LEENE lncRNAs. Between the carotid plaque tissues of the symptomatic patient group and the asymptomatic patient group; statistically significant differences were detected in the expression levels of the remaining 14 lncRNAs, except MEG3 lncRNA.
Conclusion: In the comparison of lncRNA in the blood samples of the patient groups and the control group, expression differences of 7 lncRNAs were detected and it was observed that their discriminatory power was high. We consider that the expression differences of the lncRNAs evaluated in the study in two different clinical groups of the disease may be effective in plaque development and rupture, and that these lncRNAs can be used as a potential non-invasive biomarker that may be associated with the disease.
Key words: Atherosclerosis, Carotid artery stenosis, LncRNA