Glioblastoma kanser kök hücrelerinde integrin ve adezyon gen profillerinin belirlenmesi
Profiling integrin and adhesion genes in glioblastoma cancer stem cells
Yazar: ŞEYMA ÖZKANCA
Danışman: PROF. DR. ASUMAN SUNGUROĞLU
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Apoptozis = Apoptosis ; Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Genler = Genes ; Glioblastoma = Glioblastoma ; Hücre yapışması = Cell adhesion ; Kök hücreler = Stem cells ; Mikroçevre = Microenvironment ; Neoplazmlar = Neoplasms ; İntegrinler = Integrins

Özet:
Glioblastoma multiforme (GBM), kesin tedavisi olmayan, ölümcül beyin tümörlerinden en yaygın olanıdır. Uygulanan cerrahi ve adjuvan tedavilere rağmen hastaların sağ kalım süreleri 1 yıldan daha azdır. GBM'de tümörün gelişiminden ve tedaviye dirençten Glioblastoma Kök Hücrelerinin (GKH) sorumlu olduğu düşünülmektedir. Son zamanlarda yapılan çalışmalar da GKH'lerin varlığını destekler niteliktedir. GKH'ler tümörün nüksetmesine neden olan ve tümör başlatma kapasitesi olan tümör başlatıcı hücreler (TIC) olarak da adlandırılmaktadırlar. En bilinen GKH belirteci, pentaspan bir yüzey proteini olan ve Prominin geninden sentezlenen CD133 yüzey proteinidir. TIC'nin kök hücre özelliği kazanmasında ve ilaç direncinde bu proteinin sorumlu olduğu düşünülmektedir. GBM tedavilerinin başarısını etkileyen GKH'lerin karakteristik özelliklerinin belirlenmesi bu sebeple önemlidir. 
GBM tedavisinde kök hücreleri hedefleyen çok sayıda çalışma bulunmaktadır ancak yeni biyobelirteçler keşfetmek amacı ile, GKH oluşumunda ve gelişiminde  rol oynayan CD133 harici hücre yüzey belirteçlerinin araştırıldığı genom ebadında yapılmış geniş bir çalışma bulunmamaktadır. Özellikle CD133+ hücrelerde toplu bir mikro dizin analizinin yapılması, GBM tedavisinde rol oynayacak önemli bir adımdır. CD133+ GKH'lerinde, kök hücre karakterinin oluşmasında  ve kimyasal ilaç ve radyasyon direncinin oluşmasında etken olan integrin, adezyon ve apoptotik hücre yüzey belirteçlerini mikrodizin analizi ile saptamak ve fonksiyonel çalışmalar yapmak bu tez çalışmasının hedefidir. 
Bu tez çalışmasında, 10 hasta ve 4 GBM hücre hattından (U87, U118, U138, T98) elde edilmiş CD133+ hücrelerde GKH mikroçevresi ve hücre içi sinyal yolaklarını hedefleyebilecek potansiyel moleküllerin seçimi yapılarak bir profil çıkarılacaktır. Bu amaçla, eş zamanlı PZR (integrin array, adezyon array ve apoptotik array ), western blotting ve akım sitometri yöntemleri kullanılarak GBM tümör hücreleri ve GKH'lerin mikro çevresine özgü ekspresyon profili gen ve protein düzeyinde tanımlanacaktır. Böylelikle, GBM'de tümör patogenezinde rol oynayan, dirençten ve invazyondan sorumlu hedef moleküller seçilecek ve tedavide yeni moleküler hedefler belirlenmesi, gelecekteki çalışmalara yol gösterecektir.

Abstract:
Glioblastoma multiforme (GBM) is an incurable and the most common type of lethal brain tumors. Despite of the applied surgical and adjuvant treatments, the survival is less than one year. It is thought that Glioblastoma Stem Cells (GSC) are responsible from tumor generation and treatment resistance in GBM. GSCs that are responsible for tumor recurrence are also called tumor-initiating cells (TIC) that have ability to initiate tumor formation. By identifying the molecular mechanisms of GBM stem cells which are obstacle for the success of GBM treatments, novel therapathic targets in the treatment process and drug resistance are going to set and underlined.
There are numerous researches that target stem cells for GBM treatment however; there are no genome wide research that has been done searcing other than CD133 which is playing role in GSC formation and growth dn aiming to recover new biomarkers. Especially, performing microarray analysis in CD133+ GCSs is going to be crucial and valuable step in GBM theraphy. The aim of that project is to recover cell surface markers which are responsible for CD133+ stem cell to gain stem cell features and drug resistance and performing functional experiments. 
In this thesis study, selection of the potential molecules targeting GSC microenvirenment and intracellular signaling pathways in CD133+ cells, that are isolated from 10 patients and 4 GBM cell lines (U87, U118, U138, T98), will be performed. For this purpose, by performing real-time PCR (integrin array, adhesion array and apoptosis array), western blotting and flow cytometry, expression profile particular to GBM tumor cells and GSC microenvironment will be identified at the gene and protein level. Thus, targeted molecules playing a role in GBM tumor pathogenesis and responsible for the resistance and invasiveness will be selected and new molecular targets for the treatment will be determined.