Hassas bağırsak sendromunun kalın bağırsak dokusunda meydana getirdiği moleküler değişimlerin proteomiks yaklaşımlar kullanılarak incelenmesi
Investigation of molecular changes caused by irritable bowel syndrome in large intestinal tissue using proteomics approaches
Yazar: ENES DERVİŞ
Danışman: PROF. DR. SADETTİN HÜLAGÜ
Kocaeli Üniversitesi / Tıp Fakültesi / İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology ; İç Hastalıkları = Internal diseases
Dizin: Bağırsak-kalın = Intestine-large ; Biyobelirteçler = Biomarkers ; Gastrointestinal hastalıklar = Gastrointestinal diseases ; Proteomikler = Proteomics ; İntestinal hastalıklar = Intestinal diseases ; İrritabl bağırsak sendromu = Irritable bowel syndrome

Özet:
Hassas Bağırsak Sendromu (İBS); tekrar eden ve süreğen karın ağrısı, bağırsak alışkanlıklarında, dışkı formunda ve sıklığında değişiklikle karakterize, organik bir patoloji ile izah edilemeyen fonksiyonel bir bağırsak hastalığıdır. Etiyolojisinde birden fazla etken tutulmakla beraber patofizyolojisi net olarak aydınlatılamamıştır.
Prevalansı bölgelere göre farklılık gösterse de en sık rastlanılan gastrointestinal hastalıklardan birisidir.
Proteomik, bir biyolojik örnek içerisindeki protein içeriğinin, yapısının ve aktivitesinin araştırıldığı bir moleküler araştırma disiplinidir. Genellikle temel araştırmaların yanında klinik açısından önemli olan biyobelirteç keşfi içinde kullanılan bir alandır.
Çalışmamızda kalın bağırsağın 3 farklı bölgesinden(inen,transvers,çıkan kolon) örnek alınıp proteomiks çalışması yapılarak Hassas Bağırsak Sendromu'nun bağırsağın farklı bölgelerindeki etkisi araştırılmış, hastalığın patofizyolojisinin aydınlatılmasına ve olası biyobelirteç tanımlaması üzerine çalışılmıştır.
Elde edilen örneklerden yapılan STRING analizler sonucunda transvers kolon ve inen kolonda kontrol grubuyla IBS subgrupları(IBS-kabızlık,IBS-Diyare,IBS-Mikst) karşılaştırıldığında, biyolojik süreçte rol alan SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane proteinlerinin azalmış olduğunu tespit ettik. Her 3 subgruptada durum aynı şekildeydi. Bu biyolojik süreç proteinlerin translasyon sırasında meydana gelen ve iki anahtar bileşene, sinyal tanıma partikülüne (SRP) ve SRP reseptörüne bağlı olan bir zara hedeflenmesi ile ilişkilidir. Bu durumun IBS'un patofizyolojisini açıklamakta yardımcı olacağı kanaatindeyiz.

Abstract:
Irritable Bowel Syndrome is a functional bowel disease characterized by recurrent and persistent abdominal pain, changes in bowel habits, stool form and frequency, which cannot be explained by an organic pathology. Although multiple factors are involved in its etiology, its pathophysiology has not been clearly elucidated. Although its prevalence varies by region, it is one of the most common gastrointestinal diseases Proteomics is a molecular research discipline that investigates the protein content, structure and activity in a biological sample. It is a field that is often used for basic research as well as clinically important biomarker discovery. In our study, samples were taken from 3 different regions of the large intestine (descending, transverse, ascending colon) and proteomics studies were performed to investigate the effect of IBS in different regions of the intestine, to elucidate the pathophysiology of the disease and to identify possible biomarkers. STRING analysis of the obtained samples revealed that SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane proteins involved in the biological process was decreased in the transverse colon and descending colon in IBS subgroups (IBS-constipation, IBS-Diarrhea, IBS-Mix) compared to the control group. This was the case in all 3 subgroups. This biological process is associated with the targeting of proteins to a membrane that occurs during translation and depends on two key components, the signal recognition particle (SRP) and the SRP receptor. We believe that this may help to explain the pathophysiology of IBS.