Kateterize hastalardan izole edilen candida suşlarının olası mini epidemiler açısından araştırılması
Investigating of candida strains isolated from catheterized patients in terms of possible mini epidemic
Yazar: EFDAL OKTAY
Danışman: DOÇ. DR. FEZA OTAĞ
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Candida tropicalis = Candida tropicalis ; Epidemiyolojik faktörler = Epidemiologic factors ; Kandida = Candida ; Kateterizasyon = Catheterization ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalarda kateterizasyona bağlı olarak gelişen fungal infeksiyonlar arasında en sık kan dolaşımı infeksiyonları ve üriner sistem infeksiyonları görülmektedir. Bu çalışmada, hastanemizdeki tüm yoğun bakım ünitelerindeki kateterize hastaların idrar ve kan örneklerinden izole edilen Candida suşlarında hastane infeksiyonları bakımından genetik yakınlığın incelenmesi amaçlanmıştır. Ocak 2010-Haziran 2013 tarihleri arasında izole edilen 98 Candida suşu (kateter idrar örneklerinden 35 C. glabrata ve 30 C. tropicalis, santral venöz kateterden alınan kan örneklerinden 33 C. parapsilosis) çalışmaya dahil edilmiştir. Klasik yöntemlerle tür tanısı yapılan Candida suşlarının genetik yakınlıkları biri manuel, RAPD-PZR, diğeri yarı-otomatik rep-PZR (DiversiLab, bioMerieux, Fransa) yöntemle çalışılmış ve sonuçları karşılaştırılmıştır. RAPD-PZR analizi sonucunda C. glabrata ve C. parapsilosis suşlarında 3'er, C. tropicalis suşlarında 2 farklı klon saptanmıştır. Rep-PZR analizi sonucunda ise C. glabrata suşlarında 6, C. parapsilosis suşlarında 3 farklı klon saptanmıştır, ancak ticari ekstraksiyon kitiyle yeterli DNA izole edilemediğinden C. tropicalis suşlarıyla sonuç alınamamıştır. Sonuç olarak, kateterize hastalarda Candida suşlarıyla nozokomiyal eksojen bulaş derecesinin yüksek olduğu ve aynı klonun hastane ortamında uzun süre kalabildiği görülmektedir. RAPD-PZR, DNA ekstraksiyon ve amplifikasyonunda değişik alternatiflerin kullanılabildiği bir yöntem olması nedeniyle, yarı otomatize rep-PZR kapalı sistemine göre daha kullanışlı bulunmuştur.  

Anahtar Kelimeler: Nozokomiyal infeksiyon, Candida parapsilosis, Candida glabrata, Candida tropicalis, RAPD-PZR, Rep-PZR.

Abstract:
Bloodstream infections and urinary tract infections are seen the most common  infections among the hospitalized patients who have developed fungal infections due to the catheterization in the intensive care units (ICU). In this study it was aimed to examine the clonal relationship in terms of hospital infections in the Candida strains which were isolated in ICU's of our hospital. 98 isolates of Candida strains (35 C. glabrata and 30 C. tropicalis strains from catheter urine samples, 33 C. parapsilosis strains from CVC blood samples) were included in the study between January 2010 - June 2013. Clonal relationships of Candida strains which were type diagnosed by the conventional methods were determined by RAPD-PCR and semi-automated rep- PCR (DiversiLab, bioMerieux, Fransa) system. As a result of RAPD-PCR analysis 3 different band patterns in the C.glabrata strains, 3 different band patterns in the C. parapsilosis strains, 2 different band patterns in the C. tropicalis strains were determined. As a result of Rep-PCR analysis ,6 different clone has been detected in strains of C.glabrata and 3 different clone has been detected in strains of C. parapsilosis, but with the commercial extraction kit, it was unable to obtain sufficient DNA isolated. So that,  results have not been obtained with the C.tropicalis strains. As a result, at catheterized patients, with Candida strains, it is observed that the degree of nosocomial exogenous transmission is high and also the same clone can stay longer in the hospital atmosphere. Due to different alternatives usage in exraction and amplifation of DNA, RAPD- PCR method has been found more useful than half-automatize Rep-PCR closed system.

Keywords: Nosocomial infection, Candida parapsilosis, Candida glabrata, Candida tropicalis, RAPD-PCR, Rep-PCR.