Bursa Uludağ Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında çalışılan rotavirüs ve adenovirüs antijen testi sonuçlarının incelenmesi ve COVID-19 pandemi önlemlerinin etkisinin retrospektif olarak araştırılması
Investigation of rotavirus and adenovirus antigen test results worked at Bursa Uludag University Hospital Medical Microbiology Laboratory and the effect of COVID-19 pandemic measures as retrospective
Yazar: DİLAY YILDIZ
Danışman: DOÇ. İMRAN SAĞLIK
Bursa Uludağ Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Adenovirüsler = Adenoviridae ; Antijenler = Antigens ; COVID 19 = COVID 19 ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Korona virüs enfeksiyonları = Coronavirus enfections ; Korona virüsler = Coronaviridae ; Pandemiler = Pandemics ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; Rotavirüsler = Rotaviruses ; Teşhis testleri = Diagnostic tests

Özet:
Viral gastroenteritler tüm dünyada önemli morbidite ve mortalite nedenidirler ve çevresel koşullardan etkilenebilirler. Rotavirüs ve adenovirüs başlıca viral gastroenterit nedenlerindendir. Bu çalışmada Bursa Uludağ Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda çalışılan rotavirüs ve adenovirüs antijen testi sonuçlarının incelenmesi ve COVID-19 pandemisi döneminde bu patojenlerin değişiminin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.

Mart 2018-Şubat 2022 tarihleri arasında Bursa Uludağ Üniversitesi Hastanesi'nin çeşitli bölümlerine başvuran ve gastroenterit ön tanısı ile Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilerek rotavirüs ve adenovirüs antijen testi uygulanan 9831 dışkı örneğinin sonuçları incelendi. Antijenlerin tespiti için immünokromatografik yöntemle çalışan Acro Rapid test (Acro Biotech, ABD) kullanıldı. Çalışmaya dahil edilen hastaların demografik, klinik özellikleri ve dışkı örneklerine uygulanan diğer testlerin sonuçları elektronik hasta dosyalarından retrospektif olarak elde edildi. Veriler COVID-19 pandemisi öncesinde ve pandemi döneminde olmak üzere iki ayrı gruba ayrılarak karşılaştırıldı.

COVID-19 pandemisi öncesinde rotavirüs pozitifliği %10,4, adenovirüs pozitifliği ise %7,5 idi. Pandemi döneminde ise hem rotavirüs pozitifliği (%5,1) hem de adenovirüs pozitifliği (%3,5) anlamlı olarak azalmıştı (p=0,001). Örneklerin %3,2'sinde rotavirüs ve adenovirüs birlikte saptandı. Rotavirüs ve adenovirüs pozitif hastaların cinsiyet, yaş, direkt mikroskobik inceleme bulguları benzerdi. Yaş gruplarına göre pozitiflik oranlarının değişmediği görüldü. Rotavirüs pozitifliği en yüksek ilkbahar ve kış aylarında iken (p=0,005); adenovirüs pozitifliği ilkbahar ve yaz aylarında daha yüksekti ancak mevsimsel dağılım açısından anlamlı farklılık saptanmadı (p=0,167).

Bu çalışmada COVID-19 salgınıyla mücadele kapsamında uygulanan toplumsal önlemlerin ve değişen davranış modellerinin rotavirüs ve adenovirüs gastroenteritlerinin azalmasını sağladığı tespit edilmiştir. Temizlik ve izolasyon önlemlerinin viral gastroenteritlerin sıklığını önemli ölçüde azalttığı açıkça görülmektedir.

Abstract:
Viral gastroenteritis is among the significant causes of morbidity and mortality worldwide. Rotavirus and adenovirus are the primary cause of viral gastroenteritis. Viral gastroenteritis are influenced by environmental conditions. The present study aimed to investigate the results of rotavirus and adenovirus antigen tests at the Medical Microbiology Laboratory of Uludag University Hospital and evaluation of the change of these pathogens during the COVID-19 pandemic.

The results of rotavirus and adenovirus antigene test results of 9831 stool samples of patients which applied to various departments of Bursa Uludağ University Hospital with a preliminary diagnosis of gastroenteritis between March 2018 and February 2022 were evaluated. For the detection of antigens Acro Rapid Test (Acro Biontech, ABD) is used which works with immunochromatographic method. Demographical, clinical qualifications of the patients and other tests results of stool samples are obtained from electronic hospital system retrospectively. The data were compared by dividing two groups, before the COVID-19 pandemic and during the pandemic period.

Pre-pandemic rotavirus positivity was 10.4% and adenovirus positivity was 7.5%. However, both rotavirus (5.1%) and adenovirus (3.5%) positivity decreased significantly during the pandemic (p=0.001). Both rotavirus and adenovirus were detected in 3.2% of the samples. The gender, age, and direct microscopic examination results among rotavirus- and adenovirus-positive patients were similar. It was found that positivity rates did not significantly differ by age group. Besides, rotavirus positivity was highest in spring and winter (p=0.005). Adenovirus positivity was higher in spring and summer, but the positivity rates did not significantly differ by season (p=0.167).

Overall, it was concluded that social measures and changing behavior models in combating the COVID-19 pandemic decreased rotavirus and adenovirus gastroenteritis. Thus, it is evident that sanitation and isolation significantly reduce the frequency of viral gastroenteritis.