Kullanıma hazır izotermal tanı kitlerinin Plum pox virus (PPV) tanısındaki performansları
Performance of ready-to-use isothermal detection kits in Plum pox virus (PPV) detection
Yazar: KHALID RASOOLY
Danışman: DOÇ. DR. ALİ ÇELİK
Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Sert çekirdeklilerin en önemli hastalıklarından birisi olan Plum pox virus (PPV), 1917 yılında yapılan ilk tespitinden bu yana dünyada bir çok araştırmaya konu olmuştur. Bu çalışmada DOSA Bilgi ve Bilişim Teknolojileri Ltd. Şti. tarafından PPV'nin izotermal koşullar altında tanısı için geliştirilen kolorimetrik ve gerçek zamanlı tanı kitlerinin PPV tespitindeki performansları araştırılmıştır. Yerli olanaklar ile geliştirilen ve bu çalışmaya konu olan izotermal tanı kitleri bünyelerinde özel primer setlerini de içermenin verdiği bir avantaj ile direkt enfekteli bitki RNA'sının reaksiyona alınmasına olanak sağlamaktadır. Ayrıca bu çalışmada kullanılan izotermal tanı kitleri PPV için 65 °C sıcaklık ve 60 dk süre ile başarılı bir amplifikasyona olanak sağlarken, çapraz testlerde kullanılan potansiyel konukçu genomlarında ve ortak enfeksiyon sergileyebilen virüsler ile etkileşim sergilememiştir. Araştırmaya konu edinilen kolorimetrik ve gerçek zamanlı tanı kitlerinin sırasıyla [10-4 ve 10-5 ng/µL] PPV RNA'sı tespit hassasiyeti yakalayarak bu hususta istenen değerlere ulaştığı değerlendirilmektedir. Performansları araştırılan izotermal tanı kitleri Türkiye'de yaygın olarak bulunan PPV-M, D ve T ırkları için başarılı bir amplifikasyona olanak tanımıştır. Bu kitlerin, özellikle düşük laboratuvar donanımına sahip alanlarda ve saha koşullarında uygulanması teşvik edilmelidir. Başarıyla geliştirilen ve optimize edilen bu izotermal tanı platformunun, diğer önemli bitki virüslerinin tespitine uyarlanması, Türkiye ve benzeri tarım bölgelerinde viral hastalıkların kontrolü için stratejik bir avantaj sağlayabilir.

Abstract:
Plum pox virus (PPV), one of the most significant diseases affecting stone fruit trees, has been extensively studied worldwide since its initial detection in 1917, with various diagnostic approaches explored. This study investigates the performance of colorimetric and real-time diagnostic kits developed by DOSA Information and Communication Technologies Ltd. for detecting PPV under isothermal conditions. These isothermal diagnostic kits, developed and optimized with domestic resources, stand out as highly practical diagnostic tools, leveraging an advantage of containing proprietary primer sets that enable direct testing of RNA from infected plants, independent of existing isothermal methods. In this study, the isothermal diagnostic kits enabled successful amplification of PPV at 65°C within 60 minutes, without cross-reaction with potential host genomes or other viruses that could co-infect. The colorimetric and real-time diagnostic kits demonstrated detection sensitivities of [10-4 and 10-5 ng/µL] of PPV RNA, respectively, meeting the desired standards for PPV detection. These kits also facilitated effective amplification of PPV-M, D, and T strains, commonly found in Turkey. The application of these kits, especially in field settings and areas with limited laboratory infrastructure, should be encouraged. This successfully developed and optimized isothermal diagnostic platform could also be adapted for the detection of other significant plant viruses, offering a strategic advantage in managing viral diseases in agricultural regions such as Türkiye.