Süt ve süt ürünlerinde escherichia coli O26, O111 ve O157 varlığı, izolatların antibiyotiklere duyarlılıkları ve moleküler tiplendirilmesi
Presence of escherichia coli O26,o111 and O157 in milk and dairy products, antibiotic susceptibilty and molecular typing of isolates
Yazar: DEMET ÖZTEKİN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ HARUN HIZLISOY
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Süt = Milk ; Süt ürünleri = Milk products ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Bu tez çalışması; Kayseri ilindeki çiftliklerde üretilen, köy pazarlarında satışa sunulan 100 adet çiğ süt numunesinden ve marketlerde satışa sunulan 100 adet süt ürününden (peynir, tereyağ, yoğurt, kefir, sütlü tatlı) izole edilen Escherichia coli O26, O157 ve O111 suşlarının varlığı, izolatların çeşitli antibiyotiklere duyarlılıkları ve moleküler tiplendirilmesi amacıyla yapılmıştır.
Süt ve süt ürünlerinde bulunması muhtemel E. coli'ler izole edilmiştir. Fenotipik testler ve moleküler identifikasyon testleri (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile izolatlar identifiye edilmiştir. İzolatların serotiplerinin belirlenmesi amacıyla PCR testleri yapılmıştır. İzolatların; nalidiksik asit, siprofloksasin, tetrasiklin, trimetoprim sulfametoksazol, amoksisilin klavulanik asit, neomisin, gentamisin, azitromisin, eritromisin ve sefazolin antibiyotiklerine karşı direnç durumu disk difüzyon testi ve E test ile ortaya konulmuştur. İzolatların moleküler tiplendirilmesi amacıyla Enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR (ERIC-PCR) yapılmıştır. 
Çalışmada izolasyon yapılan örneklerin 88'i; E. coli yönünden pozitif olarak tespit edilmiştir. Yapılan PCR testleri sonucunda 88 izolattan 3'ü E. coli O157:H7, 1 izolat E. coli O26:H11 yönünden pozitif olarak tespit edilmesine rağmen, E. coli O111:H8 serotipi bulunamamıştır. E. coli serotiplerine yapılan antibiyotik duyarlılık testleri sonunda sırasıyla eritromisin ve sefazolin %75 dirençli, neomisin ve amoksisilin klavulanik asite %50 dirençli, gentamisin, tetrasiklin ve trimetoprim sulfametoksazol ise %25 dirençli olarak tespit edilmiştir. Ayrıca siprofloksasin ve azitromisin izolatların %100'üne duyarlı bulunmuştur. E test ile disk difüzyon testi sonuçlarının uyumlu olduğu tespit edilmiştir. Yapılan ERIC-PCR sonuçlarına göre izolatların genetik yönden birbirinden farklı olduğu ortaya konmuştur. 
Sonuç olarak; çalışmamızda toplanan numunelerden 88 izolat E. coli yönünden pozitif bulunmuştur. Testler sonunda üç izolatın E. coli O157:H7 ve bir izolatın da E. coli O26:H11 olarak tespit edilmesi sokak sütü kullanımının ya da hijyen kurallarına uyulmadan üretilen süt ürünlerinin halk sağlığını olumsuz yönde etkilemesi açısından önemlidir. Antibiyotik duyarlılık testleri sonunda yüksek derecede direncin bulunması halk sağlığı açısından risk arz etmektedir. Süt ve süt ürünlerinde E. coli ve serotiplerinden kaynaklanabilecek hastalıklarla mücadele açısından hijyenik tedbirler uygulanmalı, artan antibiyotik direncin önlenmesi amacıyla antibiyotik kullanımının kontrol altında tutulması gerekmektedir.

Anahtar Kelimeler: Escherichia coli, çiğ süt, süt ürünleri, antibiyotik direnci, ERIC-PCR.

Abstract:
This thesis study; aimed to determine the presence of Escherichia coli O26, O157 and O111 strains isolated from 100 raw milk samples produced in farms in Kayseri province and 100 milk products (cheese, butter, yogurt, kefir, milky dessert) offered for sale in grocery stores in the markets of Kayseri, to find out the antibiotic resistance profiles and molecular type of isolates. 
E. coli are likely to be present in milk and milk products. Phenotypic tests and molecular identification tests (Polymerase Chain Reaction) and isolates were identified. PCR tests were performed to determine the serotypes of the isolates. the isolates; Resistance to nalidixic acid, ciprofloxacin, tetracycline, trimethoprim sulfamethoxazole, amoxicillin clavulanic acid, neomycin, gentamicin, azithromycin, erythromycin and cefazolin antibiotics was demonstrated by disk diffusion test and E test. Enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR (ERIC-PCR) was used for the molecular typing of the isolates.
Eighty eight of the samples were isolated; It was found to be positive for E. coli. As a result of PCR tests, 3 out of 88 isolates were found to be positive for E. coli O157: H7 and 1 isolate E. coli O26: H11, but E. coli O111: H8 serotype could not be found. Antibiotic susceptibility tests on E. coli serotypes were found to be resistant to 75% of erythromycin and cefazolin, 50% resistant to neomycin and amoxicillin clavulanic acid, and 25% resistant to gentamicin, tetracycline and trimethoprim sulfamethoxazole. In addition, ciprofloxacin and azithromycin were found to be sensitive to 100% of the isolates. E test and disk diffusion test results were found to be compatible. According to ERIC-PCR results, the isolates were found to be different from each other genetically.
As a result; 88 isolates were positive for E. coli. At the end of the tests, detection of three isolates as E. coli O157: H7 and one isolate as E. coli O26: H11 is important in terms of adversely affecting the public health of dairy products produced without using street milk or hygiene rules. The presence of a high degree of resistance at the end of antibiotic susceptibility tests presents a risk for public health. Hygiene measures should be applied to combat the diseases that may arise from E. coli and serotypes in milk and dairy products and antibiotic use should be kept under control in order to prevent increased antibiotic resistance.

Keywords: E. coli, raw milk, dairy products, antibiotic resistance, ERIC-PCR.