Bazı bakteriyel balık patojenlerinde biyofilm oluşumuna farklı maddelerin in vitro etkisinin tespiti
Determination of in vitro effect of different substances to biofilm formation in some bacterial fish pathogens
Yazar: FETHİ FİLİK
Danışman: PROF. DR. AYŞEGÜL KUBİLAY
Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Balıklar = Fishes ; Biyofilm sistemleri = Biofilm systems ; Biyofilmler = Biofilms ; Patojenler = Pathogens ; İn vitro = In vitro

Özet:
Bu çalışmada, bakteriyel balık patojenlerinden Staphylococcus warneri, Aeromonas sobria, Yersinia ruckeri, Flavobacterium psychrophilum, Vibrio anguillarum'da adezyon oluşumu ve biyofilm oluşumu incelenmiştir. Ayrıca bu suşlar ile lizozim, malik asit, sarımsak yağı, kekik yağıyla biyofilm inhibisyon testleri ve ahşap, metal, fiberglas, cam gibi farklı materyallerde biyofilm oluşumları araştırılmıştır.  
Adezyon testinde plaklarda oluşan bir saatlik tutunma incelendiğinde negatif kontrolde 0,036 iken V. anguillarum'da 0,044, A. sobria'da 0,056, S. warneri'de 0,040, Y. ruckeri'de 0,050, F. psychrophilum'da 0,059 absorbans değerleriyle adezyon oluşturduğu bulunmuştur. Adezyon gücü F. psychrophilum'da diğer patojenlere oranla çok  daha güçlü olduğu  saptanmıştır. Adezyon testinde absorbans değerlerine göre yüzeye yapışma gücü sırayla F. psychrophilum, A. sobria, Y. ruckeri, V. anguillarum, S. warneri olarak belirlenmiştir.
Biyofilm tespiti için kullanılan tüp yönteminde F. psychrophilum'da (++), A. sobria'da (++), S. warneri'de (+), Y. ruckeri'de (-), V. anguillarum'da (-) olarak tespit edilmiştir. Tüp testinde tüpün iç yüzeyinde oluşan film tabakasının kalınlığına göre sırayla F. psychrophilum, A. sobria, S. warneri, Y. ruckeri, V. anguillarum olarak belirlenmiştir. En güçlü biyofilm oluşumu F. psychrophilum ve A. sobria'da görülmüştür. Mikroplaklarla yapılan biyofilm testinde plaklarda oluşan biyofilm negatif kontrolde 0,048, S. warneri'de 0,121, A. sobria'da 0,158, Y. ruckeri'de 0,071, F. psychrophilum'da 0,172, V. anguillarum'da 0,212 absorbans değeri tespit edilmiştir. Mikroplak testinde biyofilm oluşumu sırayla V. anguillarum, F. psychrophilum, A. sobria, S. warneri, Y. ruckeri olarak belirlenmiştir. Mikroplak yönteminde en güçlü biyofilm oluşumu V. anguillarum'da bulunmuştur.
Kongo red agar testinde biyofilm (slime) oluşturan bakterilerin koloni morfolojisinin renk değiştirmesine göre biyofilm oluşumu sırayla V. anguillarum, A. sobria, S. warneri, F. psychrophilum, Y. ruckeri olarak belirlenmiştir. Kongo red agarda kuru kristalize siyah koloni üreterek en güçlü biyofilm oluşumu V. anguillarum, A. sobria, S. warneri'de bulunmuştur. Pembe renkli koloni üreten F. psychrophilum ve Y. ruckeri bakterileri ise bu teste biyofilm oluşumu göstermemiştir.
Mikroplak testindeki biyofilm oluşumu pozitif kontrol olarak değerlendirildiğinde lizozim, malik asit, sarımsak yağı, kekik yağı maddelerinin in vitro antibiyofilm etkisi araştırıldığında bu maddelerin çok etkili bir biyofilm inhibisiyon maddesi olduğu tespit edilmiştir.
Ahşap, metal, fiberglas, cam gibi malzemlerde biyofilm oluşumu ile yapılan testlerde patojenlerin tamamının yetiştiricilik tesislerinde birçok alanda kullanılan bu materyallerde biyofilm oluşturduğu kanıtlanmıştır. Genel olarak cam, fiberglas, çelik ve ahşap yüzeylerde biyofilm oluşum gücü sırayla S. warneri, A. sobria, V. anguillarum, F. psychrophilum, Y. ruckeri olarak belirlenmiştir.
Sonuç olarak; S. warneri, A. sobria, V. anguillarum, F. psychrophilum, Y. ruckeri'nin farklı materyallerin yüzeylerinde biyofilm oluşturdukları ve lizozim, malik asit, sarımsak yağı, kekik yağı maddelerinin antibiyofilm maddesi oldukları tespit edilmiştir.

Abstract:
In this study, adhesion formation and biofilm formation in bacterial fish pathogens Staphylococcus warneri, Aeromonas sobria, Yersinia ruckeri, Flavobacterium psychrophilum, Vibrio anguillarum were investigated. In addition to these strains, biofilm formation was investigated with lysozyme, malic acid, garlic oil, thyme oil on biofilm inhibition tests and different materials such as wood, metal, fiberglass and glass.
In the adhesion test, when the one-hour attachment was 0.036 in the negative control, 0.044 in the V. anguillarum, 0.056 in the A. sobria, 0.040 in the S. warneri, 0.050 in the Y. ruckeri, and 0.059 in the F. psychrophilum formed the adhesion with the absorbance values. Adhesion strength F. psychrophilum was found to be much stronger than other pathogens. Adhesion test according to the absorbance values on the surface strength of the adhesion F. psychrophilum, A. sobria, Y. ruckeri, V. anguillarum, S. warneri was determined, respectively.
In the tube method used for biofilm formation detection as F. psychrophilum (++), A. sobria (++), S. warneri (+), Y. ruckeri (-), V. anguillarum (-). In the tube test, F. psychrophilum, A. sobria, S. warneri, Y. ruckeri, V. anguillarum were determined according to the thickness of the film layer formed on the inner surface of the tube. The most potent biofilm formation was observed in F. psychrophilum and A. sobria. In biofilm test with microplates, the biofilm absorbance values were determined as 0.048 in the negative control, 0,121 in S. warneri, 0,158 in A. sobria, 0,071 in Y. ruckeri, 0,172 in F. psychrophilum and 0,212 in V. anguillarum. Biofilm formation in the microplate test was determined as V. anguillarum, F. psychrophilum, A. sobria, S. warneri, Y. ruckeri, respectively. The most powerful biofilm formation in microplate method was found in V. anguillarum.
The biofilm formation in Congo red agar test was determined as V. anguillarum, A. sobria, S. warneri, F. psychrophilum, Y. ruckeri according to the color change of colony morphology of bacteria produced biofilm. The most powerful biofilm (slime) formation was found in V. anguillarum, A. sobria, S. warneri by producing dry crystalline black colony in Congo red agar. The pink colony-producing F. psychrophilum and Y. ruckeri bacteria did not show biofilm formation in this test.
When the biofilm formation in microplate test was evaluated as positive control, it was determined that lysozyme, malic acid, garlic oil, thyme oil were a very effective biofilm inhibition agents when the in vitro antibiofilm effect of these substances were investigated.
In the tests conducted with biofilm formation in materials such as wood, metal, fiberglass, glass of all the pathogens have been proven to form biofilm in these materials which are used in many areas in aquaculture facilities. Generally, the biofilm formation power on glass, fiberglass, metal and wood surfaces was determined as S. warneri, A. sobria, V. anguillarum, F. psychrophilum, Y. ruckeri respectively.
As a result; S. warneri, A. sobria, V. anguillarum, F. psychrophilum, Y. ruckeri's biofilms formation on the surface of different materials and lysozyme, malic acid, garlic oil, oregano oil substances were found to be the agent of antibiofilm.