CXCR6 ve CXCL16 genlerindeki sekans varyantların akciğer kanseri riski ile ilişkisinin belirlenmesi
Determining the relationship of sequence variants in CXCR6 and CXCL16 genes with lung cancer risk
Yazar: ALEYNA ÇALIŞKAN
Danışman: DOÇ. DR. CANSU ÖZBAYER
Kütahya Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Akciğer kanseri, inflamasyon ve kemokin arasındaki ilişkinin belirlenmesi ve yeni biyobelirteçlerin tanımlanmasını sağlamak amacıyla CXCL16 ve CXCR6 genleri aday genler olarak belirlenmiştir. Bu doğrultuda CXCL16 ve CXCR6 gen varyantları ve serum seviyelerinin akciğer kanseri riski ile olan ilişkisini belirlemek amaçlanmıştır.
Kütahya Sağlık Bilimleri Üniversitesi Evliya Çelebi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğine başvuran 45 sağlıklı kontrol birey ve 45 akciğer kanserli hasta birey çalışmamıza dahil edilmiştir. Çalışmaya katılan bireylerden toplanan periferik kandan DNA izolasyonu yapılmıştır. CXCL16 ve CXCR6 gen bölgeleri PCR ile amplifiye edilmiş ve Sanger sekans yöntemi ile genotiplendirilmiştir. Serum CXCL16 ve CXCR6 seviyeleri ise ELISA yöntemi ile ölçülmüştür. Veriler uygun istatistiksel analiz yöntemlerine  göre değerlendirilmiştir.
Bulgular: Yapılan çalışmalar sonucu, CXCL16 geninde 6244. pozisyon T/G değişimi, 6803. pozisyon N değişimi, 6781. pozisyon A/T ve A/N değişimi, 6793. pozisyon C/T değişimi, 6796. pozisyon G alel yerine delesyon oluşumu ve aynı pozisyonda G/C değişimi, 6800.pozisyon C/T değişimi, 6807. ve 6811. pozisyon G alel yerine delesyon varlığı kontrol ve hasta grubu bireylerde istatistiksel olarak anlamlı saptanmıştır. CXCR6 geninde ise 4926. pozisyon A alel yerine delesyon oluşumu, 4921. pozisyon G/C ve G/A değişimi, 4922. pozisyon C/A değişimi, 4938. Pozisyon dupC ve 5576. pozisyon dupT oluşumu gruplar arasında istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur.
Kontrol ve akciğer kanserli hastaların serum CXCL16 seviyeleri karşılaştırıldığında kontrol ve hasta bireyler arasında fark bulunmamıştır (p< 0,05). CXCR6 serum seviyeleri ise akciğer kanserli hastalarda kontrol bireylere göre anlamlı oranda yüksek bulunmuştur.
Değişimlerin kontrol ve hasta grupları arasında farklılık göstermesi ve bazı değişimlerin sadece kontrol veya hasta grubunda saptanması CXCL16 ve CXCR6 gen varyantlarının akciğer kanseri riski ile ilişkili olabileceğini göstermiştir. CXC16 ve CXCR6 serum seviyelerine bakıldığında ise sadece CXCR6 serum seviyesinin akciğer kanseri hasta grubunda anlamlı olduğu saptanmıştır. Bu sonuçlar, akciğer kanseri riski ile CXCR6 serum seviyesi ilişkisini göstermiştir.

Abstract:
CXCL16 and CXCR6 genes were selected to determine the relationship between lung cancer, inflammation and chemokine and to identify new biomarkers. It was aimed to show the relationship of CXCL16 and CXCR6 genes with the risk of lung cancer by looking at the genetic variants, serum levels and the relationship between the genetic variant-serum level.
Two groups were formed, 45 healthy control individuals and 45 lung cancer patients who applied to Kütahya Health Sciences University Evliya Çelebi Training and Research Hospital Chest Diseases outpatient clinic. DNA isolation was performed after a tube of blood collected from the individuals participating in the study. In the next step, the genetic variants of the genes in the control-patient groups were determined by the Sanger sequencing method, while their serum levels were measured by the ELISA method. The data were evaluated according to appropriate statistical analysis methods.
As a result of the studies, the 6244th position T/G change in the CXCL16 gene, the 6803rd position N change, the 6781st position A/T and A/N change, the 6793rd position C/T change, the 6796th position G allele instead of the deletion and the same G/C change at position 6800, C/T change at position 6800, and deletion instead of G allele at position 6807 and 6811 were found to be statistically significant in control and patient group individuals. In the CXCR6 gene, the formation of a deletion instead of the 4926th position A allele, the 4921st position G/C and G/A change, the 4922nd position C/A change, the 4938th position dupC and the 5576th position dupT formation were found to be statistically significant between the groups.
When serum CXCL16 levels of control and lung cancer patients were compared, no difference was found between control and patient individuals (p< 0.05). CXCR6 serum levels were found to be significantly higher in patients with lung cancer compared to control individuals.
The differences between the control and patient groups and the fact that some changes were detected only in the control or patient groups suggest that that variant may protect against the risk of lung cancer. When the serum levels of CXC16 and CXCR6 were examined, it was determined that only the serum level of CXCR6 was significant in the lung cancer patient group. These results demonstrated the relationship between lung cancer risk and CXCR6 serum level.