Kuraklık stresi uygulanmış patlıcan hatlarında hareketli genetik elementlerin tespiti
Determination of mobile genetic elements in drought stress applied eggplant lines
Yazar: MELİKE ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. KAHRAMAN GÜRCAN ; DOÇ. DR. FATİH HANCI
Erciyes Üniversitesi / Gevher Nesibe Genom ve Kök Hücre Enstitüsü  / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu araştırmada, patlıcan bitkisinde kuraklık stresine maruz bırakılmış 9 adet tolerant, 5 adet hassas genotipe ait DNA örnekleri, IRAP (WLTR 2105; Sukkula, Stowaway, Nikita 57; LTR 6149, LTR 6150, Nikita E 2647; Bare 1) ve REMAP (Nikita 2647 + UBC900; Sukkula + UBC900; Stowaway + UBC 900; Stowaway + UBC 842; Stowaway + UBC 811; Sukkula + UBC811; Nikita 2647 + UBC842) markörleri ile stres öncesi ve stres sonrası karşılaştırılarak hareketli genetik elementler araştırılmıştır. Araştırma sonucunda genel olarak IRAP markörleriyle elde edilen toplam allel sayısının tolerant ve hassas genotiplerde stres sonrası artış gösterdiği belirlenmiştir.  Her bir markör için ayrı ayrı incelendiğinde ise kuraklığa tolerant bitkilerde, stres sonrası allel sayısı değişim yüzdesinde herhangi bir homojen tepki gözlenmemiştir. Oysa hassas genotiplerde Sukkula dışındaki tüm markörlerde allel sayıları artmıştır.  Kuraklığa tolerant grupta, allel ortalaması stres öncesi 6,46 allel/genotip iken, stres sonrası 6,60 allel/genotip  (%2,29 artış) olarak tespit edilmiştir. Hassas grupta ise, allel ortalaması stres öncesi 9,00 allel/genotip iken, stres sonrası 11,48 allel/genotip  (%27,56 artış) olarak tespit edilmiştir.  REMAP markörlerinde ise genel olarak allel sayıları değişimi bakımından daha stabil bir durum ortaya çıkmıştır. Stowaway + UBC842, Stowaway + UBC 811, ve Sukkula + UBC811 kombinasyonlarında en yüksek stabilite tespit edilirken, diğer kombinasyonlarda hassas ve tolerant bireylerin artış/azalış eğilimleri birbirileri ile aynı yönde olmuştur.  
Sukkula + UBC 900 kombinasyonunda ortaya çıkan yaklaşık 450 bç ve yaklaşık 2700 bç büyüklüğündeki alleller,  Sukkula + UBC 811 kombinasyonunda elde edilen yaklaşık 750 bç ve Stowaway + UBC 900 kombinasyonunda elde edilen yaklaşık 1300 bç büyüklüğündeki alleller, kuraklığa hassas ve tolerant genotipler arasında, frekans değerleri göz önünde tutulduğunda anlamlı tepkiler vermiştir. Bu sonuçların, patlıcan bitkisinde kuraklıkla ilgili yapılacak genetik tabanlı çalışmalarda yol gösterici olabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
In this study, DNA samples from 9 drought-tolerant and 5 drought-sensitive eggplant genotypes were analyzed for mobile genetic elements using IRAP (WLTR 2105; Sukkula, Stowaway, Nikita 57; LTR 6149, LTR 6150, Nikita E 2647; Bare 1) and REMAP (Nikita 2647 + UBC900; Sukkula + UBC900; Stowaway + UBC 900; Stowaway + UBC 842; Stowaway + UBC 811; Sukkula + UBC811; Nikita 2647 + UBC842) markers, comparing pre-stress and post-stress conditions. The results indicated that the total number of alleles detected using IRAP markers increased in both tolerant and sensitive genotypes after stress exposure. However, when examined individually for each marker, there was no uniform response in the percentage change of allele numbers among drought-tolerant plants after stress. In contrast, in sensitive genotypes, allele numbers increased for all markers except Sukkula. In the drought-tolerant group, the average number of alleles per genotype was 6.46 before stress and 6.60 after stress (a 2.29% increase). In the sensitive group, the average number of alleles per genotype was 9.00 before stress and 11.48 after stress (a 27.56% increase). Regarding REMAP markers, the allele number changes were generally more stable. The highest stability was observed in the combinations Stowaway + UBC842, Stowaway + UBC 811, and Sukkula + UBC811, while other combinations showed similar trends of increase/decrease in allele numbers for both sensitive and tolerant individuals. 
Alleles of approximately 450 bp and approximately 2700 bp in the Sukkula + UBC 900 combination, approximately 750 bp in the Sukkula + UBC 811 combination, and approximately 1300 bp in the Stowaway + UBC 900 combination exhibited significant responses between drought-sensitive and drought-tolerant genotypes, considering their frequency values. These findings are expected to provide guidance for genetic studies related to drought in eggplant.