Gram negatif bakterilerin moleküler tiplendirilmesinde bazı PCR tabanlı yöntemlerin karşılaştırılması
Comparasion of somepcr-based methods in molecular typing of gram-negative bacteria
Yazar: AYNUR FİDANBOYLU
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HÜSEYİN TAŞLI
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; DNA = DNA ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Moleküler tiplendirme yöntemleri ile bakteriler arasındaki klonal ilişkiler ortaya konulabilmektedir. Bunun sonucu olarak ta enfeksiyon hastalıklarının sürveyansı, salgınların değerlendirilmesi, bakteri genetiğinin aydınlatılması gibi faydalı bilgiler sağlanmaktadır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tabanlı tiplendirme yöntemleri yaygın olarak kullanılan teknikler olmasına rağmen en önemli dezavantajı standardizasyonunun sağlanamamış olmasıdır.Bu çalışmada bakterilerin klonal yakınlıklarının belirlenmesine yönelik PCR tabanlı tiplendirme yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuarı'nda klinik örneklerden izolen edilmiş 30 Escherichia coli, 30 Klebsiella pneumoniae ve 30 Pseudomonas aeruginosa çalışmaya alındı. Bakterilerin DNA ekstraktları repetitive extragenic palindromic element (REP) PCR, enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR ve arbitrarily primed (AP) PCR yöntemleri ile en az iki kez incelenmiştir. ERIC-PCR ve REP-PCR'ın hem E. coli hem de P. aeruginosa kökenleri için %100 tekrarlanabilir olduğu saptanmıştır. Uygulanan yöntemler karşılaştırıldığında, E. coli kökenlerinin tiplendirmesinde ERIC-PCR ve REP-PCR yöntemleri 27 kökeni aynı bularak %90 oranında tutarlı olmuşlardır. P. aeruginosa kökenleri için, ERIC-PCR ve REP-PCR yöntemlerinin %100 tutarlı olduğu sonucuna varılmıştır. K. pneumoniae kökenlerin tiplendirmesinde ise ERIC-PCR ve REP-PCR yöntemlerinin tutarlılığının %63'e düştüğü görülmüştür. AP-PCR'da ise her üç bakteri türü için tekrarlanabilirlik çok düşük olup çoğu köken için bant profili gözlenememiştir. Bu nedenlerden dolayı AP PCR'ın diğer yöntemlerle karşılaştırılması mümkün olmamıştır. Bu çalışmada REP-PCR ve ERIC-PCR yöntemlerinin E. coli, P. aeruginosa, K. pneumoniae ve benzer Gram (-) bakterilerin ayrıştırılmasında veya klonal yakınlıklarının belirlenmesinde etkin olarak kullanılabileceği bulunmuştur. AP-PCR'ın ise ERIC ve REP-PCR'a alternatif olamayacağı sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Clonal relationships may be revealed by molecular typing methods. Thus, useful informations such as surveillance of infectious diseases, evaluation of outbreaks and clarification of bacterial genetics may be obtained. Although polymerase chain reaction (PCR) based typing methods are widely used techniques, their major disadvantage is that their standardization has not been achieved.This study it was aimed to compare PCR-based typing methods in determining clonal relationships of bacteria. The study included 30 Escherichia coli, 30 Klebsiella pneumoniae and 30 Pseudomonas aeruginosa strains isolated from clinical samples in Microbiology Laboratory of Medical School of Ege University. . Bacterial DNA extracts were studied by repetitive extragenic palindromic element (REP) PCR, enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR and arbitrarily primed (AP) PCR methods and these studies were dublicated at least. It was found that ERIC-PCR and REP-PCR methods were 100% repeatable for both E. coli and P. aeruginosa strains. In comparison of ERIC-PCR and REP-PCR methods it was found 90% consistently the same in typing 27 E. coli strains. For P. aeruginosa strains, it was concluded that ERIC-PCR and REP-PCR methods were 100% consistent. It was observed that consistency of ERIC-PCR and REP-PCR methods fell to 63% in typing K. pneumoniae strains. For AP-PCR method, repeatability of each three bacterial species is often very low and the band profile was not observed for many strains. Because of these reasons, it is not possible to compare AP PCR with other methods. In this study, it was concluded that REP-PCR and ERIC-PCR methods could be used reliably to distinguish or to determine the clonal relationship for E. coli, P. aeruginosa, K. pneumoniae and similar Gram (-) bacteria. The AP-PCR can not be concluded alternatives to ERIC and REP-PCR.