Marmara bölgesinde ruminant abortlarında chlamydia abortus'un real time PCR ile teşhisi ve multilokus VNTR analizi ile genotiplendirilmesi
Diagnosis of chlamydia abortus by real time PCR in ruminant abortions in the marmara region and genotyping with multilocus VNTR analysis
Yazar: MEHMET ENGİN MALAL
Danışman: PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Abortus-veteriner hekimlik = Abortion-veterinary ; Genotip = Genotype ; Klamidofila abortus = Chlamydophila abortus ; Marmara bölgesi = Marmara region ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Ruminantlar = Ruminants ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
Chlamydia abortus insanlarda ve birçok hayvan türünde hastalığa sebep olan Gram negatif, zorunlu hücre içi, zoonoz bir bakteridir. C. abortus'un ruminantlarda sebep olduğu enzootik abort hastalığı hemen hemen tüm dünyada yaygın olarak görülmektedir. Ülkemizde C. abortus'un, abortif etkenler içerisindeki yerini gösterecek geniş çapta bir çalışma yapılmamış olmakla birlikte; etkenin genotipleriyle ilgili yayınlanmış herhangi bir veri de bulunmamaktadır. Bu çalışmanın amacı, Marmara Bölgesi'ndeki ruminant abortlarında C. abortus'un teşhisini yapmak ve etkenin genotiplerini belirleyerek bu anlamda ulusal ilk epidemiyolojik veriyi elde etmektir. Bu amaçla 12 ilden 267'si sığır, 380'i koyun, 70'i keçi, 13'ü mandaya ait toplam 730 abort materyali (fötal iç organlar, cenin mide sıvısı, plasenta, kotiledon, vaginal sıvap) C. abortus yönünden incelendi. Çalışmada, abort materyalinden, düşük tespit limitine sahip, tür spesifik Real Time Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) metodu ile etken DNA'sı araştırıldı. Pozitif sonuçlara ait DNA'lar Multilocus Variable Number Tandem Repeat (VNTR) Analysis (MLVA) yöntemi ile genotiplendirildi. 730 materyalden 87 (%11.9) tanesi C. abortus yönünden pozitif bulundu. Pozitiflik oranları keçilerde %21.4, koyunlarda %16.6, mandalarda %7.7 ve sığırlarda %3 olarak tespit edildi. Genotiplendirme sonucunda hâkim genotip MLVA genotip 2 (%93.1) olarak bulundu ve genotip 3, 4, ve 5 ile birlikte toplam 4 farklı genotipin enfeksiyonlarda rol aldığı görüldü. Bu çalışma ile ülkemizde ilk kez C. abortus'un genotiplendirilmesi yapılırken; bir manda fetusunda C. abortus tespit edildi. Ayrıca Marmara Bölgesi'nde C. abortus'un özellikle küçük ruminant abortlarının önemli bir kısmından sorumlu olduğu belirlendi. Etkenin zoonotik olması ve yaygın görülmesi sebebi ile ulusal strateji planı hazırlanmasının gerekliliği ve yurdumuzda diğer bölgelerde yapılacak benzer çalışmaların da etkenin yaygınlığının ve genotiplerinin ulusal çapta belirlenmesine katkı sağlayacağı sonucuna varıldı.

Abstract:
Chlamydia abortus is a Gram negative, obligate intracellular, zoonotic bacteria that causes disease in many animal species and humans. Enzootic abortion caused by C. abortus in ruminants is common almost all over the world. There is no extensive studies to show the place of C. abortus in abortive agents and no published data about the genotypes of the agent in our country. The aim of this study is to diagnose C. abortus in ruminant abortions in the Marmara Region and to determine the genotypes of the agent and obtain the first national epidemiological data in this sense. For this purpose, a total of 730 abortion materials (fetal tissues, fetal stomach contents, placentas, cotyledons, vaginal swabs) of 267 cattle, 380 sheep, 70 goats, 13 buffaloes were examined for C. abortus. In this study, DNA of the agent was investigated from abort materials by species specific Real Time Polimerase Chain Reaction (PCR) with low detection limit. DNAs of positive results were genotyped by Multilocus Variable Number Tandem Repeat (VNTR) Analysis (MLVA) method. From 730 materials, 87 (11.9%) were found positive for C. abortus. Positivity rates were 21.4% in goats, 16.6% in sheep, 7.7% in buffaloes and 3% in cattle. As a result of genotyping, the dominant genotype was found as MLVA genotype 2 (93.1%), and a total of 4 different genotypes with genotypes 3, 4, and 5 were involved in infections. With this study, genotyping of C. abortus and detection of the agent in a buffalo was done for the first time in our country. It was also determined that C. abortus was responsible for a significant part of small ruminant abortions in the Marmara Region. As the agent is zoonotic and widespread, it was concluded that the necessity of preparing a national strategy plan and similar studies in other regions of our country will contribute to the determination of the prevalence and genotypes on a national scale.