Cryptosporidium parvum'un moleküler yöntem ile saptanması
Detection of cryptosporidium parvum by molecular method
Yazar: BAHAR KAVUZKOZ
Danışman: DOÇ. DR. KEZBAN TÜLAY YALÇINKAYA
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Cryptosporidium parvum = Cryptosporidium parvum ; Kriptosporidiyozis = Cryptosporidiosis ; Mikroskopi = Microscopy ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Cryptosporidium parvum' un laboratuvar tanısında kullanılan moleküler yöntemi (real-time PCR) 'çöktürme ile konsantrasyon + mikroskobik inceleme' ile karşılaştırmak ve moleküler yöntemin analitik duyarlılığını belirleyerek rutin kullanıma uygunluğunu değerlendirmektir.Ocak 2021-Eylül 2021 tarihleri arasında çeşitli kliniklerden Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı' na rutin parazit araştırması için gönderilen 110 dışkı örneği çalışmaya dahil edildi.Gaita örnekleri Cryptosporidium ookisti varlığı açısından Kinyoun aside dirençli boyama yöntemiyle mikroskopik olarak incelenmiştir. Moleküler inceleme Gerçek zamanlı PCR yöntemi ile ticari test kiti kullanılarak yapılmıştır.Konsantre edilmiş gaita örneklerinde yapılan mikroskopik incelemede 17 örnekte Cryptosporidium ookisti görülmüştür. Mikroskobik incelemede ookist saptanan örneklerden ikisinde moleküler yöntemle test sonucu pozitif alındı. Ayrıca mikroskobik incelemede negatif bulunan 3 örnekte de pozitif sonuç elde edilmiştir.PCR referans alınarak yapılan istatistiksel analizde, mikroskopinin duyarlılığı %40; özgüllüğü %85,7 hesaplanmıştır. Mikroskopik inceleme kriptosporidyoz tanısında ucuz ve kolay uygulanabilen bir yöntem olmasına rağmen duyarlılığı ve özgüllüğü düşük bir testtir.Bu nedenle kriptosporidyoz tanısında mikroskopi yerine özgüllüğü ve duyarlılığı yüksek PCR gibi diğer testlerin kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Cryptosporidium spp. are resistant to chlorination and environmental conditions.The is to compare the "concentration by precipitation + microscopic examination" used in laboratory diagnosis of Cryptosporidium parvum infection with the new and more sensitive-specific molecular method (real-time PCR) and to evaluate the analiytical sensitivity and suitability of the molecular method for routine use. 110 stool samples sent from the clinics to Kahramanmaraş Sütçü İmam University Health Practice and Research Hospital Microbiology Laboratory between January 2021 and September 2021 for routine parasite investigation were included in the study.Submitted stool samples were microscopically examined for the presence of Cryptosporidium oocyst using the Kinyoun acid-fast staining method. A commercial test kit  was used for real-time PCR.In the microscopic examination of concentrated stool samples, Cryptosporidium oocysts were observed in 17 samples. Two of the 17 samples with oocysts were also positive with real-time PCR. In addition, three samples without oocysts were positive by PCR. In PCR-referenced statistical analysis, the sensitivity of microscopy was 40% and the specificity was 85.7%.Although microscopy is an inexpensive and easily applicable method in the diagnosis of cryptosporidiosis, it has low-sensitivity and low-specificity. For this reason, it is thought that it would be beneficial to use other tests with high specificity and sensitivity, such as PCR, instead of microscopy in the diagnosis of cryptosporidiosis.