Bazı karamidye (Mytilus galloprovincialis Lamarck) Populasyonlarında ITS bölgesine dayalı genetik çeşitlilik
Genetic diversity of some black mussels (Mytilus galloprovincialis Lamarck) population based on ITS region
Yazar: VAHAP ELDEM
Danışman: YRD. DOÇ. DR. SİMTEN NERDİN KUBANÇ
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Zooloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Genetik = Genetics ; Zooloji = Zoology
Dizin: Mytilus galloprovincialis = Mytilus galloprovincialis

Özet:
Ülkemiz karasularının sahip olduğu farklı ekolojik koşullarda yaşayan kara midyeler (Mytilus galloprovincialis Lamarck, 1819) ; çevresel değişimlere karşı ekolojik toleransa sahip olan, çevresel kirliliğin miktarını, kaynağını, derecesini ve su kalitesini dolaylı olarak gösteren önemli biyoindikatör organizmalardır ve kıyı ekosistemlerinde yer alan önemli bir canlı grubudur. Aynı zamanda, kültür yetiştiriciliğinde oldukça yüksek miktarlarda üretimi gerçekleştirildiği için ekonomik değere sahip olan organizmalardır. Ekonomik ve ekolojik öneme haiz olması nedeniyle, Mytilus galloprovincialis konusunda yapacağımız çalışmanın esas amacı farklı zoolojik bölgelere yayılmış olan midye populasyonları arasındaki genetik değişimlerin orataya çıkarılarak, analiz edilmesine dayanmaktadır, böylece Mytilus galloprovincialis populasyonlarının genetik yapısı ortaya koyulabilir.Genel bilgiler bölümünde Mytilus galloprovincialis'in zoocoğrafik dağılımı ve bazı biyolojik özellikleri hakkında temel bilgi verilmiştir ve akuatik organizmalarda genetik farklılığa yol açan doğal sebepler üzerinde durulmuştur. Ayrıca, populasyonlar arasında genetik polimorfizmin değerlendirilmesinde kullanılan temel moleküler markır metotları, konu ile ilgile çalışmalarla karşılaştırmalı şekilde açıklanmıştır. Çalışmamıza uygun olarak, genetik polimorfizmi en iyi ortaya koyacak olan markır metodu ve niçin ITS (ing. Internal Transcribed Spacer) lokusunun tercih edildiği tartışılmıştır.Ribozomal DNA'da ITS'e ait nükleotid dizilerinin evrensel primerler ile dizilenmesi ve analizi, yüksek nükleotid çeşitliliğini (? = 0,37539) ortaya koymuştur Moleküler varyasyon analizi (AMOVA) populasyon içi, populasyonlar arası ve populasyonlara ait gruplar arası genetik varyasyonun oranını hesaplamak için kullanılmıştır. Çalışılan populasyonlar arası düşük genetik farklılaşma (Fst: 0.02809) bulunmuştur ve populasyonlar arası gen akışı (Nm: 1.88 ) düzeyi yüksek olarak hesaplanmıştır. 5 lokal populasyon arasında önemli derecede altbölüme ayrılma saptanamamıştır ve 5 populasyon içindeki genotipler arasındaki ilişki `' Maksimum-Parsimoni ağacı'' ile ortaya koyulmuştur. Bu sonuçlara göre genetik mesafe ile coğrafik mesafe arasında güçlü bir bağlantı olmadığı belirlenmiştir. Ayrıca; kendi Mytilus galloprovincialis örneklerimizi, Atlantik ve Pasifik bölgesindeki diğer Mytilus galloprovincialis örneklerini ITS bölgesine dayalı olarak, UPGMA kümeleme yöntemi ile karşılaştırdık. Bu analize göre, Marmara ve Karadeniz'deki Mytilus galloprovincialis genotiplerinin, Pasifik bölgesindeki Mytilus galloprovincialis genotiplerine göre birbirine daha yakın olduğu görülmüştür.

Abstract:
Black mussel (Mytilus galloprovincialis Lamarck, 1819) living in distinct ecological conditions in coastal waters of our country is important bioindicator organism which has ecological tolerance for opposing environmental change and representes indirectly source, amount, degree of environmental pollution , water quality and is so crucial organism group taken place at coastal ecosystem. Also; these organisms have economical importance because of producing intensively at culturing- farming. Main goal of our research on subject of Mytilus galloprovincialis is based on analysis for bringing out genetic diversity among mussel populations which disperse distinct zoogeographic region due to having trade volume and ecological importance, that's why, the genetic structure of populations of Mytilus galloprovincialis can be introduced.The basic knowledge about distribution and some biological properties of Mytilus galloprovincialis is given in the general information section and emphasises on natural causes bringing about genetic diversity in aquatic organism. Besides, basic molecular marker methods used in evaluating genetic polymorphism among population is comparatively explained by the studyies relevant with the subject. In accordance with our study, it has been discussed marker methods that best introduce the genetic polymorphism and why ITS (Internal Transcribed Spacer) locus is preferred.Sequencing and analysis of nucleotide sequences belonging to the internal transcribed spacer of rDNAs by using universal primers revealed high nucleotide diversity (? = 0,37539) . Analysis of molecular variance (AMOVA) was used to calculate the partitioning of the genetic variance within and among populations, and among groups of populations. Genetic differentiation (Fst) among the populations studied was 0.02809 indicating low level of genetic divergence and the high level of gene flow (Nm) was estimated to be 1.88 among populations. No significant population subdivision was detected among the six local populations and associations among the genotypes in six populations revealed by `?the Maximum Parsimony tree??. According to these result, there was no strong link between genetic distance and geographic location of the population. Also, We compared our Mytilus galloprovincialis samples with other Mytilus galloprovincialis samples from Atlantic and Pasific region based ITS sequences by using UPGMA cluster methods. The analysis indicated that Mytilus galloprovincialis genotypes from Atlantic and Mytilus galloprovincialis from Marmara and Karadeniz are closer each other than Mytilus galloprovincialis genotypes from Pasific region.