Baharatlarda Salmonella spp. aranmasında klasik mikrobiyolojik yöntemlerle real-time PCR'ın karşılaştırılması
Comparison of real-time PCR and conventional microbiological methods to detect Salmonella in spices
Yazar: BURCU ÇERÇİ
Danışman: PROF. DR. İSMAİL KARABOZ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu araştırmada İzmir ilinde toplanan 66 adet baharat örneğinde (15 kimyon, 10 kekik, 5 biberiye, 9 kişniş, 8 anason, 5 defne tozu, 6 rezene, 8 adaçayı) Salmonella sp. hem klasik mikrobiyolojik yöntemlerle hem de Real-Time PCR yöntemi kullanılarak aranmıştır. Tüm örnekler genel mikrobiyal yükün belirlenmesi için toplam aerobik mezofilik bakteri, maya-küf, koliform grubu bakteriler, fekal koliform ve Bacillus sp. açısından da incelenmiş ve baharatların mikrobiyal yükü ile Salmonella bulunması arasındaki ilişki incelenmiştir.Buna göre tüm örneklerdeki toplam aerobik mezofilik bakteri sayıları 5,1x103 kob/g ile 2,0x108 kob/g, maya küf sayıları 1,1x102 kob/g ile 1,2 x 104 kob/gr, Bacillus sp. sayısı 9,9 x101 kob/g ile 1,6 x 102 kob/g arasında bulunmuştur. 66 örnek için toplam koliform bakteri sayısının ortalaması 7,8 x 102 EMS/gr olarak bulunmuştur ve bu değerler biberiye ve rezenede 10 hücreden daha azdır. 66 örnek için toplam fekal koliform sayısı da ortalama olarak 10 dan küçüktür.Yapılan çalışmalar sonucunda örneklerin hiçbirinde Salmonella sp.'ye rastlanmamıştır. Klasik mikrobiyolojik yöntemlerle yaklaşık 5 gün, Real time PCR'la ise ön zenginleştirme basamağı da dahil olmak üzere 18-20 saat sürmüştür. Ayrıca klasik mikrobiyolojik yöntemler kullanıldığında besiyerinde pozitif sayılabilecek örnekler lateks aglütinasyon testinde negatif sonuç vermiştir. Bu da klasik mikrobiyolojik yöntemlerin yanlış pozitif sonuç verebileceğine işaret etmektedir.Sonuç olarak, Real-Time PCR hem özgüllük hem duyarlılık hem de az zamanda sonuç alınabilmesi açısından, laboratuarlardaki rutin analizlerde klasik mikrobiyolojik yöntemlere bir alternatif olarak sayılabilir.

Abstract:
In this study, a total of 66 samples of spices that are collected in İzmir (15 cummin, 10 thyme, 5 rosemary, 9 coriander, 8 anise, 5 laurel, 6 fennel, 8 sage tea) were used to detect Salmonella with real-time PCR and conventional culture methods. All of the samples were examined to determine their microbial quality. Mesophilic aerophilic bacteria, mold and yeast, coliform group, fecal coliform and Bacillus sp tests were applied to the samples.According to the conventional culture methods, aerobic plate count values of all the 66 spices ranged from 5,1x103 cfu/g to 2,0x108 cfu/g, yeast and mold counts ranged from 1,1x102 cfu/g ile 1,2 x 104 cfu/g, Bacillus sp. counts ranged from 9,9 x101 cfu/g ile 1,6 x 102 cfu/g. The average of the total coliform counts was 7,8 x 102 MPN/g and in rosemary and fennel this values were <10 MPN/g. The average of the total fecal coliform was <10 MPN/g.Salmonella wasn?t found in any of the samples. Detection of Salmonella was taken for 5 days with the conventional culture methods. But when we used the Real-Time PCR for the detection, including the pre-enrichment step, was taken for 18-20 hours. And also with the conventional methods, we had some false positive results because of the mediums that we used.As a result, Real-Time PCR is more sensitive, spesifik and a really fast method for the routine food analysis than the conventional culture methods