İzmir bölgesinde gözlenen idrar yolu enfeksiyonlarına neden olan üropatojenik E. coli' lerdeki P-fimbria' nın üç farklı G-adezininin moleküler biyolojik yöntemler ile saptanması
Molecular biologic determination of urinary tract infections observed in Aegean reagen caused by three different G-adhesin classes of P-fimbriae in uropathogenic E. coli
Yazar: BETÜL GİRAY
Danışman: PROF. DR. FÜSUN UÇAR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Ege bölgesi = Aegean region ; Ekim = Sowing ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Kimliklendirme = Identification ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections

Özet:
Günümüzde üriner sistem enfeksiyonları en sık rastlanan enfeksiyon hastalıklarının başında yer almaktadır ve bu enfeksiyonlarda en yaygın görülen patojen Escherichia coli' dir. Hastalığın patojenitesinde bakterinin üriner sistemin epitel hücrelerine tutunma özelliği önemli derecede rol oynamaktadır. Bu özellik bakterinin adezin olarak adlandırılan proteinleri ile gerçekleşir ve bu proteinler genellikle fimbria ile ilişkilidir.Escherichia coli, bu fimbrialar aracılığı ile üretradan mesaneye ve bazen böbreklere tırmanarak akut piyelonefrite, hatta kan dolaşımına geçerek sepsise yol açabilmekte ve kalıcı hasarlara neden olabilmektedir. Hastalığın tedavisi için erken tanı ve doğru ilaç seçimi son derece önemlidir.Rutin tanıda kullanılan yöntemler üropatojenik Escherichia coli' yi ayırt edememektedir. Bu nedenle uygulanan tedaviler başarısızlıkla sonuçlanabilmektedir.Özellikle son yıllarda moleküler biyolojinin hızlı bir şekilde gelişmesiyle üropatojenik E.coli' leri, strain spesifik genler aracılığıyla saptamak mümkün olabilmektedir. Bu tür moleküler çalışmalar rutin tanıda yer aldığı sürece hastalığın teşhisi çok kısa sürede yapılabilecek ve erken tedaviye başlanabilecektir. Aynı zamanda, giderek artan antibiyotik direncinden dolayı, son üç yılda üropatojenik E.coli' ler için yeni ilaç ve aşı geliştirme yöntemleri araştırılmaya başlanmış ve proteomik çalışmalar ile çok değişik ve güzel sonuçlarelde edilmiştir. Bu yöndeki çalışmalar istenildiği gibi sonuçlandığında ve antibiyotikler dışında yeni bir ilaç geliştirildiği takdirde, günümüzde rutin tanıda kullanılmakta olan konvansiyonel yöntemlere ihtiyaç duyulmayacağı, hızlı ve güvenilir sonuç veren moleküler yöntemlerin önem kazanacağı düşünülmektedir. Bu zamana kadar en uygun moleküler yöntemin geliştirilmesi büyük önem taşımaktadır. Bu nedenlerden dolayı, bu çalışmada akut sistit, akut piyelonefrit veya tekrarlayan E.coli enfeksiyonu ile önceden karakterize edilmiş 75E.coli izolatı uidA genine özgü primerler ve strain-spesifik primerler kullanılarak multipleks PCR ile identifiye edilmiştir. Daha sonra ise, izole edilen E.coli strainlerinin serotiplendirmeleri ve CLSI kriterlerine uygun olarak disk diffüzyon yöntemi ile antibiyogramları yapılmıştır.

Abstract:
Nowadays urinary tract infections are one of the most common infection diseases and the major causative agent of these infections areE.coli. In the patogenesis of the diseases the adhesion properity of the bacteria plays an important role.This property is gained by the proteins that called adhesins and these proteins are usually related with fimbriae.By means of these fimbriae E.coli can ascend from the uretra to bladder and sometimes to the kidneys and may lead to acute pyelonephrits and even by passing to bloodstream it may cause sepsis and permanent damages.For the recovery of the diseases early diagnosis and choosing the right medication is quite important. The methods that are used in rutine diagnosis are not capable of detecting E.coli. For this reason the applied treatment can lead to failure.Particularly,in recent years by the accelarating developments in molecular biology, it is possible to detect uropathogenic E.coli by means of strain spesific genes. As long as these molecular studies are part of rutine diagnosis, the prognosis of the disease will be carried out in a short time and may be started to early treatment. In addition to these, the ever increasing antibiotic resistance of uropathogenic E.coli , novel medicine and vaccine development techniques are being studied in last three years and with the proteomic studies so many varied and beautiful results are gained. If these studies are concluded as required andinvented a novel medicine except antibiotics, it is thought that the conventiınal techniques being used in rutine diagnosis at today won't be needed and, rapid and reliable fruitful molecular techniques will become more of an issue. Until this time, improving the most available techniques is very important. Due to these reasons, in the present study 75E.coli isolates from clinically properly characterized patients with acute cytitis, acute pyelonephritis or recurrent E.coli infections were examined using strain-spesific primers with Multiplex PCR. Afterwards isolated E.coli strains are serotyped and made antibiograms according to CLSI criterion disc diffusion method.