IL-18 gen polimorfizmlerinin şizofreni hastalarında etkinliğinin araştırılması
Investigation of the effectiveness of IL-18 gene polymorphisms in patients with schizophrenia
Yazar: MELEK KOÇAK
Danışman: PROF. DR. SEVİM KARAKAŞ ÇELİK ; DR. ÖĞR. ÜYESİ VOLKAN KARACAOĞLAN
Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Sitokinler = Cytokines ; İnterlökin 18 = Interleukin 18 ; Şizofreni = Schizophrenia

Özet:
Şizofreni; bireyin duygularını yöneltme, karar verme, sosyal ilişkiler kurma becerilerine müdahale eden bir düşünce bozukluğudur. Epidemiyolojik çalışmalar şizofreni patofizyolojisinde hem genetik hem de çevresel faktörlerin şizofreni üzerinde etkili olduğunu bildirmiştir. Sitokinlerinde psikiyatrik hastalıklarda etkinliğini gösteren birçok çalışma bulunmaktadır. Bunlardan IL-18 düzeyinin tüm şizofreni hastalarında normal seviyelerin üstünde olması dikkat çekicidir. Bu çalışmada ise, IL-18 rs1946518 (-607C/A) ve rs187238 (-137 G/C) promoter polimorfizmlerinin şizofreniye yatkınlıkla ilişkisi, şizofreninin tanı ve erken dönem şizofreni tanısında kullanılabilecek genetik biyobelirteçlerin bulunması amaçlanmıştır.
Çalışmada 140 şizofreni hastası ve 104 sağlıklı kontrol grubundan EDTA'lı tüplere kanlar toplandıktan sonra DNA izolasyonu yapıldı. rs1946518 ve rs187238 polimorfizmleri polimeraz 
zincir reaksiyonları-restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PCR-RFLP) yöntemiyle tespit edildi. Bant boyutları dikkate alınarak genotiplendi ve SPSS20 istatistik programı ile p<0.05 anlamlılık düzeyinde değerlendirildi. 
Genotip frekansları, rs1946518 polimorfizmi için allel frekansları incelendiğinde şizofreni hastalarında %69.5 (194)'i C alleli, %30.7 (88)'si ise A alleli taşıdığı bulundu. Kontrol grubunun ise  %63.5  (132)'i C alleli, %36.5 (76)'i A alleli taşıdığı tespit edildi ve A allelinin hastalığa karşı koruyucu etkisi olduğu düşünülmektedir. İstatistiksel olarak değerlendirildiğinde gruplar arasında anlamlı bir fark bulundu (p<0.035). Aile öyküsü açısından incelendiğinde ailesinde şizofreni veya benzeri bozukluk olan hastaların %28.0 (7)' ı CC genotipli, %56.0 (14)'ı CA genotipli, %16.0 (4)' ı ise AA genotipli olarak tespit edildi. Ailesinde şizofreni veya benzeri bozukluk öyküsü olmayan hastaların  %57.4 (66)'ü CC genotipli,  29.6 (34)'ü CA genotipli,  13.0 (15)'ı AA genotipli olarak saptandı. Kontrol grubunda ise aynı sıra ile genotip dağılımları %47.1 (49),  %32.7 (34),  %20.2 (21)  olarak tespit edildi. İstatistiksel olarak incelendiğinde gruplar arasında anlamlı bir ilişki olduğu tespit edildi (p<0.035). Ailesinde şizofreni veya benzeri bozukluk olan hastaların %28.0 (7)'ı CC genotipli, %56.0 (14)'ı CA genotipli, %16.0 (4)'ı ise AA genotipli olarak tespit edildi. Ailesinde şizofreni veya benzeri bozukluk öyküsü olmayan hastaların  %57.4 (66)'ü CC genotipli,  29.6 (34)'ü CA genotipli,  13.0 (15)' ı AA genotipli olarak saptandı. Kontrol grubunda ise aynı sıra ile genotip dağılımları %47.1 (49),  %32.7 (34),  %20.2 (21)  olarak tespit edildi. İstatistiksel olarak incelendiğinde gruplar arasında anlamlı bir ilişki olduğu tespit edildi (p<0.045). Allel frekansları incelendiğinde ailede benzer hastalık olan bireylerde % 56.0 (28)' i, benzer hastalık olmayanlarda ise % 72.2 (166) C alleli taşıdığı tespit edildi. Benzer hastalık olan bireylerde % 44.0 (22)' i, benzer hastalık olmayanlarda ise  %27.8 (64)  A alleli taşıdığı bulundu. Kontrol grubunun ise  %63.5  (132)' i C alleli, %36.5 (76)' i A alleli taşıdığı tespit edildi. İstatistiksel olarak değerlendirildiğinde gruplar arasında anlamlı fark bulundu (p<0.035). Başlangıç yaşına göre değerlendirildiğinde allel frekansları incelendiğinde erken başlangıçlı hastaların  %64.3 (27)'i ve geç başlangıçlı hastaların %70.2 (167)' si  C alleli taşıdığı, erken başlangıçlı hastalarda % 35.7 (15)' i ve geç başlangıçlı hastalarda % 29.8 (71) A alleli taşıdığı tespit edildi. Kontrol grubunun ise  % 63.5  (132)' i C alleli, %36.5 (76)' i A alleli taşıdığı tespit edildi.  İstatistiksel olarak değerlendirildiğinde gruplar arasında anlamlı fark bulundu (p<0.035). rs187238 polimorfizmi için de şizofreni grubunda %57.9 (81)' u GG genotipli, %34.3 (48)' ü GC genotipli ve %7.9 (11)' u CC genotipli olarak tespit edildi. Kontrol gruplarında %45.2 (47) GG genotipli, %41.3 (43)'ü GC genotipli, %13.5 (14)' i CC genotipli olarak saptandı. Şizofreni grubunda G alleli  %75 (210) kontrol grubunda ise %65.9 (137) bulundu.  
Sonuçlar SPSS 20 istatistik programı ile incelendiğinde ve rs1946518 polimorfizminin şizofreni yakınlığına etkisi olmadığı bulundu (p>0,05).  Buna karşın rs1946518 polimorfizmi için alel düzeyinde şizofreni hastaları ve kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki olduğu (p<0.05) ve A allelinin koruyucu etki gösterdiği bulundu.  IL-18  rs187238 gen polimorfizmi için ise genotip frekansları (p>0.05) açısından şizofreni hastaları ve kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunamamış ancak alel frekansları açısından şizofreni hastaları ve kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark olduğu ve C allelinin koruyucu etki gösterdiği bulundu (p<0.05).
Bu araştırma, Türk şizofreni hastalarında yapılan ilk çalışma olması açısından orijinal bir çalışmadır. Sonuçlarımız, rs1946518 ve rs187238 promoter polimorfizmlerinin dünyada beraber bakıldığı ilk çalışma olup IL18 için alel düzeyinde hastalığa karşı yatkınlığı gösteren ilk çalışmadır. 

Anahtar Kelimeler: Şizofreni, Sitokin, Polimorfizm, İnterlökin 18

Abstract:
Schizophrenia is a thought disorder that affects an individual's ability to direct their emotions, make decisions, and establish social relationships. Epidemiological studies have reported that both genetic and environmental factors are effective in the pathophysiology of schizophrenia. In addition, there are many studies showing the effectiveness of cytokines in psychiatric diseases. It has been reported that IL-18 level is significantly higher in patients with schizophrenia than in healthy individuals. In this study, it was aimed to explain the relationship of IL-18 rs1946518 (-607C/A) and rs187238 (-137 G/C) promoter polymorphisms with susceptibility to schizophrenia and to find genetic biomarkers that can be used in the diagnosis of early schizophrenia.
In our study, DNA isolation was performed after blood collection from 140 schizophrenic patients and 104 healthy control groups into EDTA tubes. rs1946518 and rs187238 polymorphisms were detected by polymerase chain reactions-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. It was genotyped considering the band sizes and evaluated with the SPSS20 statistical program at p<0.05 significance level.
When the genotype frequencies and allele frequencies for the rs1946518 polymorphism were examined, it was found that 69.5% (194) of the schizophrenic patients carried the C allele and 30.7% (88) the A allele. On the other hand, 63.5% (132) of the control group were found to have the C allele and 36.5% (76) the A allele, and it is thought that the A allele has a protective effect against the disease. When evaluated statistically, a significant difference was found between the groups (p<0.035). When examined in terms of family history, 28.0% (7) of the patients with schizophrenia or similar disorders in their families were found to be CC genotype, 56.0% (14) to CA genotype, and 16.0% (4) to AA genotype. Of the patients without a family history of schizophrenia or similar disorders, 57.4% (66) were found to be CC genotype, 29.6 (34) to CA genotype, and 13.0 (15) to AA genotype. In the control group, genotype distributions were 47.1% (49), 32.7% (34), 20.2% (21), respectively. A statistically significant difference was found between the groups (p<0.05). Of the patients with a family history of schizophrenia or similar diseases, 28.0% (7) were found to be CC genotype, 56.0% (14) to CA genotype, and 16.0% (4) to AA genotype. Of the patients without a family history of schizophrenia or similar disorders, 57.4% (66) were found to be CC genotype, 29.6 (34) to CA genotype, and 13.0 (15) to AA genotype. In the control group, genotype distributions were 47.1% (49), 32.7% (34), 20.2% (21). A statistically significant difference was found between the groups (p<0.05). When the allele frequencies were examined, it was determined that 56.0 (28) of individuals with a similar disease in the family and 72.2% (166) of those who did not carry the C allele. It was found that 44.0% (22) of individuals with similar disease and 27.8% (64) of individuals without similar disease carried the A allele. It was determined that 63.5% (132) of the control group carried the C allele and 36.5% (76) the A allele. When evaluated statistically, a significant difference was found between the groups (p<0.05). When the allele frequencies were examined according to the age of onset of the disease, 64.3% (27) of the early-onset patients and 70.2% (167) of the late-onset patients carried the C allele, 35.7% (15) of the early-onset patients and 29.8% (71) of the late-onset patients. ) was found to carry the A allele. On the other hand, it was determined that 63.5% (132) of the control group carried the C allele and 36.5% (76) the A allele. When evaluated statistically, a significant difference was found between the groups (p<0.035). For the rs187238 polymorphism, 57.9% (81) of the schizophrenia group were found to be with GG genotype, 34.3% (48) with GC genotype, and 7.9% (11) with CC genotype. In the control groups, 45.2% (47) were found to be GG genotype, 41.3% (43) GC genotype, 13.5% (14) CC genotype. G allele was found 75% (210) in the schizophrenia group and 65.9% (137) in the control group.
When the results were analyzed with the SPSS 20 statistical program, it was found that rs1946518 polymorphism had no effect on schizophrenia proximity (p>0.05). On the other hand, for the rs1946518 polymorphism, there was a statistically significant relationship between the schizophrenia patients and the control group at the allele level (p<0.05) and the A allele had a protective effect. For the IL-18 rs187238 gene polymorphism, there was no statistically significant relationship between schizophrenia patients and the control group in terms of genotype frequencies (p>0.05), but there was a statistically significant difference between schizophrenia patients and the control group in terms of allele frequencies and the C allele showed a protective effect. found (p<0.05).
This study is an original study as it is the first study conducted with rs1946518 and rs187238 promoter polymorphisms in Turkish schizophrenia patients. In addition, our results are the first study in which rs1946518 and rs187238 promoter polymorphisms are looked at together in patients with schizophrenia and show susceptibility to disease at the allelic level for IL18.

Keywords: Schizophrenia, Cytokine, Polymorphism, Interleukin 18