Şanlıurfa ilindeki Salmonella enterica subsp. enterica sürveyans çalışması
Salmonella enterica subsp. enterica sürveyans study in Şanlıurfa city
Yazar: İLHAN ÜNER
Danışman: PROF. DR. FADİLE YILDIZ ZEYREK
Harran Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Fenotip = Phenotype ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; Salmonella enteritidis = Salmonella enteritidis ; Şanlıurfa = Şanlıurfa

Özet:
Bu çalışmanın amacı, Salmonella etkeninin Şanlıurfa bölgesinde genotipik ve fenotipik olarak serotiplendirilmesidir. Şanlıurfa ilinde, 3 yıl içerisinde klinik vakalardan toplanmış, 50 adet izolat serotiplendirme ve Multilocus Sequence Typing (MLST) yöntemi ile tanımlanmıştır. Konvansiyonel metodlarla Salmonella olduğu düşünülen  izolatlar, Salmonella için spesifik  olan invA geni hedef alınarak  Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile doğrulanmıştır. invA geni tespit edilerekSalmonella olduğu doğrulanan izolatlar fenotipik (serotiplendirme) ve genotipik (MLST) yöntemler kullanılarak tanımlanmışlardır.  
Çalışmada kullanılan MLST metodu için 7 gen bölgesi (aroC, dnaN, hemD, hisD, purE, sucA ve thrA) hedeflenmiştir.  Biyoinformatik araçlar, sekans sonuçlarının filogenetik analizi için kullanılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 50 Salmonella izolatının toplam altı serotipten oluştuğu,  % 61.1 ile en çok S. Paratyphi olduğu görülmüştür.  Tespit edilen diğer serotipler ise srasıyla şunlardır: S. Typhimurium (% 11.1), S. Kentucky (% 9.3), S. Enteritidis (% 3.7), S. Othmarschen (% 3.7) ve S. Typhi (% 3.7). 
Sonuç olarak, Şanlıurfa ilinde gastroenterit ve tifo tanısı alan hastalarda etken olarak izole edilen Salmonella türlerinin serotiplendirilmesi ilk olarak yapılmıştır. Ve daha önce rapor edilmemiş yeni bir Salmonella subserotipi Şanlıurfa ilinde tespit edilememiştir. MLST yönteminin Salmonella serotiplendirilme ve subtiplendirilmesi için duyarlı ve ayırıcı bir yöntem olduğu kanısına varılmıştır.

Anahtar kelimeler: Multilocus Sequence Typing, Salmonella, Şanlıurfa, aroC, dnaN, hemD, hisD, purE, sucA ve  thrA

Abstract:
The objective of this research is to utilize genotypic and phenotypic methods to serotyping Salmonella in Sanliurfa region. A collection of 50 human clinical Salmonella isolates obtained from across Sanliurfa City over the course of 3 year was characterized using serotyping and a multilocus sequence typing (MLST). Salmonella suspected colonies from conventional methods was confirmed by using polymerase chain reaction (PCR) of Salmonella specific gene, invA. In the cases of presented of invA, isolates was assigned as Salmonella. Confirmed Salmonella isolates was characterized using phenotypic (serotyping) and genotypic (MLST) methods. 
For MLST, seven genes MLST (aroC, dnaN, hemD, hisD, purE, sucA and thrA) method was used. A Bioinformatics tool was used in phylogenetic analysis of sequence results. The 50 isolates were differentiated into 6 serotypes. In the present study, the most common serotype was S. Paratyphi (61.1%). The other serotypes and detection rates were S. Enteritidis (3.7%), S. Kentucky (9.3%), S. Othmarschen (3.7%), S. Typhi (3.7%) and S. Typhimurium (11.1%). 
Previously unreported Salmonella subtype have not been detected in Sanliurfa region, but MLST is sensitive and distinctive method for serotyping and subtyping of Salmonella.

Key words: Multilocus Sequence Typing, seven genes (aroC, dnaN, hemD, hisD, purE, sucA and thrA), Salmonella, Sanliurfa