İnsan ve hayvanlarda rastlanan blastocystis sp.'nin genotiplendirilmesi ve subtiplerinin belirlenmesi
Genotyping and subtyping of blastocystis sp., which is seen in humans and animals
Yazar: FATİH ÇAKIR
Danışman: DOÇ. DR. MUTALİP ÇİÇEK ; YRD. DOÇ. DR. HALİL İBRAHİM YILDIRIM
Dicle Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Altgrup = Subgroups ; Blastocystis = Blastocystis ; Blastocystis hominis = Blastocystis hominis ; Blastosist = Blastocyst ; Hayvanlar = Animals ; Kültür teknikleri = Culture techniques ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İnsan = Human

Özet:
Blastocystis sp. insan ve hayvanlardan izole edilen patojen bir etken olup günümüze kadar tespit edilebilmiş 17 subtipi bulunmaktadır. Bu subtiplerden 9 tanesi insanda görülmekte ve Blastocystis hominis olarak isimlendirilmektedir. 
Blastocystis hominis'in bulaş kaynakları ve patojenliği üzerinde en fazla tartışılan konulardan biriydi. Son yapılan çalışmalar sonucu Blastocystis hominis'in patojen bir etken olduğu kabul edilmektedir. Özellikle gastrointestinal (GİS) şikâyetleri ve ürtiker gibi hastalıklarla ilişkili olduğu yönünde fikir birliği sağlanmış ise de bu etkenin patojen ve apatojenliğini etkileyen faktörlerin ayrımında tartışmalar devam etmektedir. Günümüzde  subtiplerin ve morfolojik formların Blastocystis hominis'in patojenliğini etkileyen faktörler olabileceği ifade edilmektedir. 
Çalışmaya, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji, Dermatoloji ve Onkoloji polikliniklerinden toplanmış Blastocystis hominis yönünden pozitif 51 hasta dışkı örneği, kontrol grubu olarak herhangi bir şikayeti olmayan sağlıklı bireylerden toplanmış 18 dışkı örneği; sığır, koyun, at ve tavuklardan toplanan Blastocystis hominis yönünden pozitif 27 hayvan dışkı örneği dahil edildi.
Çalışmaya dahil edilen örnekler nativ-Lugol ve trikrom boyama yöntemi ile değerlendirildi. Pozitif bulunan örnekler kültür yöntemi ile çalışıldı. Kültürde pozitif çıkan örneklerin subtip tespiti PCR yöntemi ile yapıldı.  PCR işleminde insanda enfeksiyon yapabilen 9 subtipin tayini için Sequence-Tagged Site (STS) primerleri kullanıldı.
Bu çalışmada direk bakıda pozitif bulunan bütün örnekler Jones medium kültür yöntemiyle de pozitif olarak tespit edildi. Kültür yöntemi, içerisinde çok sayıda hücresel yapı ve artefakt bulunduran hayvan dışkı örneklerinin tanımlanmasında daha güvenilir bir yöntem olarak değerlendirildi.
Çalışmamızda, ST3 en yaygın subtip olarak belirlendi. ST3'ten sonra en sık görülen subtipler sırasıyla ST1, ST2, ST7, ST6 ve ST5 olarak tespit edildi. Bu çalışmada, ülkemizde ilk defa koyunlarda ST5 ve ST6 tespit edildi. Çalışmamızda insanlarda Blastocystis sp. genel primerleri pozitif olarak tespit edilen 12 hastada hiçbir subtip belirlenemedi. Bu durum bizlere, insanda enfeksiyon yapan subtiplerin 9'dan daha fazla olduğu ve ileride yapılan moleküler dizi analiz çalışmalarıyla başka subtiplerin de tespit edilebileceği fikrini verdi.

Abstract:
Blastocystis sp., isolated from human beings and animals, has 17 subspecies that can be detected up to day. Nine of these subspecies can be seen in humans and they are called Blastocystis hominis.
Infection sources and pathogenesis of Blastocystis hominis was one of the most debated topics. As a result of the conducted studies, Blastocystis hominis is considered to be a pathogenic factor. Although there is consensus on the fact that it is associated with diseases such as gastrointestinal (GI) complaints and urticaria, there are still debates on the differentiation of factors that affect the pathogenesis and apoptosis. It is stated today that subtypes and morphological forms may be factors affecting the pathogenicity of Blastocystis hominis.
The study included 51 positive stool samples collected from patients admitted to the Gastroenterology, Dermatology, Oncology polyclinics of the Dicle University Faculty of Medicine and from control groups, 18 stool samples from healthy individuals with no complaints, and 27 positive animal specimens in regards to Blastocystis hominis consisting of double-claw, single-claw and poultry groups. 
The samples included in the study were evaluated by Native-Lugol and trichrome staining method. Positive samples were evaluated by the culture method. The subtypes of the samples which were positive in culture were determined by the PCR method. Sequence-Tagged Site (STS) primers were used for the detection of 9 subtypes capable of infecting in-house during PCR.
All specimens positive for direct microscopic examination were also detected as positive by the Jones medium culture method too. The culture method was evaluated as a more reliable method of identifying animal stool specimens with numerous cellular structures and artefacts. 
ST3 was identified as the most common subtype in our research. The frequency of sighting following ST3 was determined as ST1, ST2, ST7, ST6 and ST5 respectively. In this study, ST5 and ST6 were detected in sheep for the first time in our country. In our study, no subtypes could be detected in 12 patients with PCR positive Blastocystis hominis general primers. This provided us the idea that subtypes infecting humans are more than 9 and we could detect other subspecies in the future studies conducted with molecular sequence analysis.