Türk yerel renkli mısır popülasyonlarının genetik yakınlıklarının belirlenmesi
Identification of genetic relatedness of turkish colored landraces
Yazar: EZGİ ALACA YILDIRIM
Danışman: PROF. DR. FERHAT MATUR ; PROF. DR. FATİH KAHRIMAN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Mısırda genetik çeşitliliğin anlaşılması, bu bitkiye ait genetik kaynakların korunması ve ıslah çalışmalarında kullanım potansiyellerinin belirlenmesi açısından büyük öneme sahiptir. Bu tez çalışmasında, Türkiye'deki yerel mısır popülasyonlarının genetik yakınlıklarını ve popülasyonların farklılaşmasının incelenmesi amaçlanmıştır. 
Çoğu renkli mısır olmak üzere 34 yerel popülasyon ve 7 standart genotip kullanılarak, 28 basit dizi tekrarları (SSR) ile analizler yapılmıştır. Gen farklılaşması, göçmen tahmini ve sabitleme indeksi (Fst) analizi ile popülasyonlar arasındaki genetik varyasyon ve birey alışverişleri incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, popülasyonlar arasında istatistiksel olarak anlamlı genetik farklılıklar olduğunu göstermektedir. Mesafeye göre izolasyon analizi, genetik verilerin coğrafi mesafelerle anlamlı bir korelasyon gösterdiğini ortaya koymuştur. Aritmetik ortalamalı ağırlıksız çift grup yöntemi (UPGMA) ağaç analizi ile, popülasyonlar arasındaki genetik ilişkileri incelenmiştir.
Çalışmada kullanılan SSR primerleri, yüksek bilgilendiricilik ve ayrım gücü göstermektedir. Toplam 109 banttan 88'i (%80,73) polimorfik olarak bulunmuştur, polimorfik bilgi içeriği (PIC) değerleri 0,0907 ile 0,8702 arasında değişmiş ve ortalama 0,4942 olarak belirlenmiştir. Etkin mültipleks oranı (EMR) değerleri 0,5 ile 7,11 arasında değişmekte olup, ortalama 2,599'dur. Markör indeks (MI) değerleri 0,0485 ile 6,064 arasında değişmektedir. Çözünürlük gücü (RP) toplamı 82,6939 olup, markörler arasında 0,8102 ile 8 arasında değişmektedir.
Genetik çeşitlilik analizleri sonucunda, beklenen heterozigotluk (He) 0,1023 ile 0,8832 arasında, Jaccard benzerlik indeksi (J) 0,06 ile 0,289 arasında, Nei gen çeşitlilik indeksi (h) 0,5458 ve Shannon çeşitlilik indeksi (I) 1,0338 olarak belirlenmiştir. Bu sonuçlar, popülasyonlar arasında genetik çeşitlilik olduğunu ve bazı popülasyonlar arasında belirgin genetik farklılıklar bulunduğunu ortaya koymaktadır.
Araştırma sonuçlarına göre, kullanılan yerel popülasyonlarda dikkate değer genetik çeşitlilik bulunmuştur ve bu materyallerin ıslah programlarında kaynak materyal olarak kullanılabileceği belirlenmiştir. Tez çalışmasındaki verilerin, bu materyallerin tarla koşullarındaki testlerinde kullanılması önemli katkılar sağlayabilir.

Abstract:
Understanding genetic diversity in maize is crucial for preserving the genetic resources of this plant and identifying their potential uses in breeding programs. This thesis aims to examine the genetic proximities and differentiation of local maize populations in Turkey. 
Using 28 simple sequence repeats (SSRs), analyses were conducted on 34 local populations, most of which are colorful maize, and 7 standard genotypes. Genetic differentiation, migration estimates, and fixation index (Fst) analysis were used to study genetic variation and gene flow among populations. The results indicate statistically significant genetic differences between populations. Isolation by distance analysis revealed a significant correlation between genetic data and geographic distances. Genetic relationships among populations were analyzed using the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) tree analysis.
The SSR primers used in the study demonstrated high informativeness and discriminatory power. Out of a total of 109 bands, 88 (80.73%) were found to be polymorphic, with polymorphic information content (PIC) values ranging from 0.0907 to 0.8702 and an average of 0.4942. Effective multiplex ratio (EMR) values ranged from 0.5 to 7.11, with an average of 2.599. Marker index (MI) values ranged from 0.0485 to 6.064. The total resolving power (RP) was 82.6939, with individual markers ranging from 0.8102 to 8.
As a result of genetic diversity analyses, expected heterozygosity (He) was found to range from 0.1023 to 0.8832, the Jaccard similarity index (J) from 0.06 to 0.289, Nei's genetic diversity index (h) was 0.5458, and Shannon's diversity index (I) was 1.0338. These results indicate genetic diversity among populations and significant genetic differences among some populations.
According to the research findings, considerable genetic diversity was found in the local populations used, and it was determined that these materials could be used as source material in breeding programs. The data from this thesis could make significant contributions when used in field tests of these materials.