X kromozomu üzerinde bulunan ındel lokuslarına ait multipleks panel geliştirilmesi
Development of an x-chromosome indel multiplex panel
Yazar: ZÜLAL SEVAL USLU
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Adli genetik = Forensic genetics

Özet:
Biyolojik delillerin bulunduğu birçok adli vakada DNA analizlerinden yararlanılarak faillere ulaşılabilmektedir. İnsersiyon-delesyon polimorfizmi, insan genomundaki bazların insersiyonuna (eklenmesine) ve/veya delesyonuna (çıkmasına) dayanan ve günümüzde DNA kimliklendirilmesinde STR ve SNP sistemlerine alternatif olarak kullanılmaya başlanan bir polimorfizm çeşididir. 
Bu çalışmada X kromozomuna özgü 22 InDel lokusu (rs2307557, rs67705557, rs72434864, rs59400186, rs2307741, rs16367, rs2307762, rs16368, rs16632, rs16680, rs25581, rs16397, rs3048996, rs25582, rs11297248, rs199639085, rs2308280, rs71948836, rs3978254417, rs16460, rs62954660, rs67588758) ile 11 lokuslu iki multipleks panel olarak geliştirilmiştir. Her iki multipleksin optimizasyon ve validasyon çalışması yapılmıştır. Optimizasyon çalışması sonucunda iki multiplekste (çoklu) belirlenen primer konsantrasyonları 0,2-5 pmol arasındadır. 
Validasyon çalışmalarında; analiz eşiği, dinamik alan, duyarlılık, stokastik eşik, tekrarlanabilirlik ve tekrar üretilebilirlik parametreleri uygulanmıştır.  Analiz eşiği multipleks 1 için 103,11 RFU, multipleks 2 için 94,56 RFU olarak hesaplanmıştır. Dinamik alan çalışmasında optimum DNA konsantrasyonu 1 ng/μl, duyarlılık sonucunda da tam profil elde edilebilen DNA konsantrasyonunun 0,5 ng/μl olduğu belirlenmiştir. Stokastik eşik çalışmalarında Multipleks 1 için değer 1 ng/μl'de 57,67; 0,5 ng/μl 56,09 olarak, Multipleks 2 için bu değer 1 ng/μl'de 58,19; 0,5 ng/μl'de 43,15 olarak hesaplanmıştır. Tekrarlanabilirlik ve tekrar üretilebilirlikte aynı profiller elde edilmiştir. 
Bu çalışmayla geliştirilen 22-X InDel lokusunun optimizasyon ve validasyon çalışması başarıyla yapılmıştır. Söz konusu multipleks panel Türkiye popülasyonunda yapılacak çalışmalardan sonra, çeşitli olgularda mevcut STR sistemlerine ek olarak kullanılabilir.

Abstract:
In many forensic cases where biological evidence is available, it is possible to reach the perpetrators by using DNA analysis. The insertion-deletion (InDel) polymorphism is a polymorphism based on the insertion and/or deletion of bases in the human genome and today, it is used as an alternative to STR and SNP systems in DNA identification.
In this study, nobel 22 InDel loci specific to X chromosome (rs2307557, rs67705557, rs72434864, rs59400186, rs2307741, rs16367, rs2307762, rs16368, rs16632, rs16680, rs25581, rs16397, rs3048996, rs25582, rs11297248, rs199639085, rs2308280, rs71948836, rs3978254417, rs16460, rs62954660, rs67588758) is developed as two multiplex panels with 11 loci. The optimization and validation studies of the multiplexes are performed. As a result of the optimization study, the concentrations of the determined markers in the two multiplexes range from 0.2 to 5 pmol. In validation studies analysis threshold, precision, sensitivity, linearity, repeatability & reproducibility steps are applied. The analysis threshold is calculated as 103.17 RFU for multiplex 1, 94.56 RFU for multiplex 2. In precision study, the optimum DNA concentration is determined as 1 ng/μl, and as a result of sensitivity full profile obtained DNA concentration is determined as 0,5 ng/μl. In linearity studies, the value for Multiplex 1 is calculated as 57.67 at 1 ng/μl, 56,09 at 0.5 ng/μl. And the value for Multiplex 2 is calculated as 58,19 at 1 ng/μl, 43,15 at 0.5 ng/μl. The same profiles are obtained for repeatability and reproducibility. The optimization and validation studies of the 22 X InDel loci are performed successfully. After the work to be done in Turkey populations, this developed nobel X InDel multiplex can be used in addition to existing multiplex STR system in various cases.