Oligodendrogliomlar ve oligodendroglial komponentli beyin tümörlerinde öne çıkan genetik özelliklerin FISH ile araştırılması
Research on prominent genetic features in oligodendrogliomas and tumors with oligodendroglial component
Yazar: ATAY ULUDOKUMACI
Danışman: PROF. DR. AYŞİM BÜGE ÖZ
İstanbul Üniversitesi / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology ; Patoloji = Pathology
Dizin: Beyin neoplazmları = Brain neoplasms ; FISH = FISH ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Sitogenetik analiz = Cytogenetic analysis

Özet:
1p ve 19q kodelesyonunun göreceli olarak oligodendrogliomlara özgü olduğu bildirilmiştir. Diagnostik, prognostik ve prediktif yönleri nedeniyle patoloji pratiğinde yerini alan bu delesyon incelemeleri önemli yardımcı yöntemlerinden olmuştur. 1p ve 19q delesyon durumunun, gri-zon vakalarda tanıya gitmede katkı sağlayacağı bildirilmekte, önümüzdeki dönemde, tümörlerin histomorfolojik özellikleri ile birlikte tanı kriterleri arasında yer alabileceği öngörülmektedir. IDH mutasyonu da düşük grade'li oligodendroglial, astrositik veya mikst oligoastrositik tümörlerin tanısında kullanılan ve immünohistokimya yöntemi ile değerlendirilebilmesi sayesinde patoloji uygulamalarına hızla dâhil olan bir başka inceleme alanıdır. Yine FISH ile değerlendirilebilen EGFR amplifikasyonu ve PTEN delesyonu özellikle yüksek grade'li glial tümörlerde öne çıkan diğer genetik değişikliklerdendir. 
Çalışmamızda oligodendroglial tümörler temelinde 1p ve 19q delesyonu ile IDH mutasyon durumlarının incelenmesinin tanıya katkıları, bunların PTEN delesyonu, EGFR amplifikasyonu, histopatolojik ve klinik verilerle ilişkilerinin araştırılması amaçlandı. Çalışmada öne çıkan veriler aşağıdaki gibidir:
Vakalarımızda incelenen genetik değişikliklerin kendi aralarındaki ilişkileri ve klinik verilerle uyumu literatür verileri ile uyumluluk göstermektedir. 1p delesyonu ile 19q delesyonu arasında ve ayrıca IDH1(R132H) mutasyonu ile 1p veya 19q delesyonu durumu arasında saptanan korelasyon, glial tümörlerin oluşumu konusunda bugün için kabul gören hipotezler ile uyumludur. 
Çalışmamızda FISH ile 1p ve 19q delesyon durumu ve immünohistokimyasal mutant IDH1(R132H) ekspresyonu incelemelerinin diagnostik olarak kullanılmasının önemli olduğu sonucuna varılmıştır. 1p ve 19q delesyonları sıklıkla pür oligodendroglial tümörlerde görülmüştür. IDH1(R132H) ağırlıklı olarak düşük grade'li tümörlerde pozitif saptanmıştır. Bu incelemelerin histopatolojik bulgular ile bir arada değerlendirilmesinin, özellikle gri-zon niteliğindeki vakalarda doğru tanı ve grade verilmesinde faydalı olacağı gösterilmiştir. 
Bu genetik değişikliklerin tersine, PTEN delesyonu ve EGFR amplifikasyonu ise literatür ile uyumlu şekilde yüksek grade'li glial tümörlerde saptanan değişiklikler olmuştur. Düşük grade'li olduğu düşünülen tümörlerde PTEN delesyonu veya EGFR amplifikasyonunun bulunmaması tanıyı destekleyici bir veri olarak kullanılabilir. 
Sağkalım verilerine bakıldığında 1p ve 19q delesyon durumu ile IDH1(R132H) ekspresyonunun daha uzun sağkalım ile ilişkili olduğu, PTEN delesyonunun ise kötü prognoza işaret ettiği gözlenmiştir. Pediatrik yaş grubunda 1p veya 19q delesyonları ile IDH1(R132H) mutasyonu görülmemiştir. Moleküler bulgularımızın sağkalım sonuçları ile uyumlu olması çalışmamızda uygulama ve analiz yöntemlerinin doğru kullanıldığını dolaylı olarak göstermiştir.
Yüksek Ki67 skoru yüksek histopatolojik grade ve daha kısa sağkalım ile ilişkilidir. Ki67 skoru özellikle grade 2 ve grade 3 tümörlerin ayrımında yardımcı olabilir. Ki67 skoru için her laboratuarın kendi eşik değer verilerini oluşturması gereklidir.
FISH ile delesyon değerlendirmeleri laboratuara özgü eşik değerin kullanıldığı klasik yöntem ile yapılmıştır. Alternatif yöntem ile değerlendirilen vakalarda sonuçlar klasik yöntem sonuçları ile birebir örtüşmüştür. Alternatif yöntem, FISH uygulamasının yapıldığı laboratuara ait eşik değer verilerinin bilinmediği veya hesaplanmadığı durumlarda, klasik yöntem ile net bir sonuca ulaşılamadığında ya da klasik yöntemi kontrol amaçlı olarak kullanılabilir.

Abstract:
Codeletion of 1p and 19q is reported to be relatively specific to oligodendrogliomas. Due to diagnostic, prognostic and predictive aspects, the deletion studies have been important methods in pathology practice. 1p and 19q deletions are reported to be contributive to the diagnosis in gray-zone cases, are expected to take place as diagnostic criteria along with histomorphological features in the near future. IDH mutation studies has been used in the diagnosis of the low-grade oligodendroglial, astrocytic  or mixed oligoastrositic tumors; which quickly took part in pathology applications as it can be examined by immunohistochemistry. EGFR amplification and PTEN deletion which can be assessed by FISH are other genetic changes prominent especially in high-grade glial tumors.
In our study, we aimed to search the contributions 1p and 19q deletion and IDH mutation statuses to diagnosis, and their relation to PTEN deletion, EGFR amplification, and histopathological and clinical data on the basis of oligodendroglial tumors. The notable data of the study are as follows:
The relations among genetic changes and their relations to clinical data are coherent with literature. The correlations between 1p deletions and 19q deletions and between IDH1(R132H) mutation and '1p or 19q deletion' are compatible with current hypotheses on genesis of glial tumors.
In our study, 1p and 19q deletion status by FISH and immunohistochemical studies of the expression of IDH1(R132H) were found to have diagnostic importance. 1p and 19q deletions were often detected in pure oligodendroglial tumors. IDH1(R132H) expression is mainly seen in low-grade tumors. Together with the evaluation of histopathological findings, these studies are shown to be useful to achieve the correct diagnosis and grade especially for the gray-zone cases.
In contrast to these genetic changes, PTEN deletion and EGFR amplification have been changes typically detected in high-grade glial tumors, coherent with the literature data. The absence of EGFR amplification or PTEN deletion can be used as a feature supporting diagnosis in low-grade tumors.
According to the survival data, 1p and 19q deletion and expression of IDH1(R132H) were associated with longer survival, while deletion of PTEN has been indicative of poor prognosis. 1p or 19q deletions or IDH1(R132H) mutation were not observed in pediatric age group. Our molecular study findings which are consistent with the results of survival data indirectly showed that application and analysis of methods used were appropriate.
High Ki67 scores were associated with high histolopathological grade and shorter survival. Ki67 score can be helpful to differentiate between grade 2 and grade 3 tumors specifically. Each laboratory should define its own cut-off value for Ki67 score. 
For analysis of deletions by FISH, the conventional method was used, which requires a laboratory-specific cut-off value. For cases assessed also by an alternative method, the results coincided exactly with those of the conventional method. The alternative method, can be used when the cut-off value of the laboratory where FISH application is performed is not known or calculated, or when a clear conclusion cannot be made by conventional methods; or as a control method.