Anne kanında fetal nükleik asitlerle prenatal tanı uygulamas
Application of prenatal diagnosis with fetal nucleic acids in maternal blood
Yazar: EBRU DÜNDAR YENİLMEZ
Danışman: PROF. DR. ABDULLAH TULİ
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Genetik = Genetics
Dizin: Anneler = Mothers ; DNA = DNA ; Fetal kan = Fetal blood ; Kan = Blood ; Kan testleri = Hematologic tests ; Nükleik asit = Nucleic acids ; Prenatal teşhis = Prenatal diagnosis ; Testler = Tests

Özet:
Maternal dolaşımda serbest fetal DNA'nın bulunması ile geçtiğimiz on yılda girişimsel olmayan prenatal tanıda gelişmeler kaydedilmiştir. Fetüste paternal alellerin serbest fetal DNA'da tanımlanmasına yönelik çalışmalar artık kullanılmaya başlanmıştır. Maternal plazmada fetal DNA analizinde HRM eğrisi analizi girişimsel olmayan prenatal tanı için büyük bir potansiyel oluşturmaktadır.Elli ikisi orak hücre, 32'si beta talasemi taşıyıcısı ve 15'i sağlıklı kontrol olmak üzere toplam 104 primigravidanın maternal plazma örneğini çalıştık. Fetal DNA, 1 mL plazma örneğinden elde edildi; erkek fetüsleri saptamak için Y kromozomuna özgül SRY ve DYS14 belirteçleri ?nested? PCR ve RT-PCR ile analiz edildi. Fetal ve total DNA kantitasyonu sırasıyla DYS14 ve beta globin genleriyle yapıldı. Girişimsel prenatal tanıdaki geleneksel yöntemlere seçenek olarak hemoglobinopatilerde HRM analizi ile fetal DNA genotiplendirilmesi yapıldı.Maternal plazmada gebeliğin erken döneminde fetal DNA (DYS14), RT-PCR ile % 100 oranında erkek taşıyan gebede saptandı; SRY dizisi kullanarak ?nested? PCR ile bu oran % 93,7 olarak bulundu. Maternal plazma total (beta globin) ve fetal DNA düzeyleri gebelik haftası ile artış gösterdi. Orak hücre taşıyıcısı gebelerde fetal DNA düzeyi, kontrol ve talasemi grubuna göre artan MoM değerleri gösterdi. Talasemi taşıyıcısı gebelerde total DNA miktarında, kontrol ve orak hücre taşıyıcısı gruba göre azalan MoM değeri gözlendi (p<0,001). Gebeliğin geç döneminde, orak hücre taşıyıcısı, talasemi taşıyıcısı ve kontrol grupları arasında beta globin düzeylerinin anlamlı olarak arttığını saptadık. Fetal DNA'nın HRM ile genotiplemesi paternal alellerin maternal DNA'dan ayrımı ile yapıldı. Fetüsün anneyle aynı genotipi taşıdığı durumlarda kısmen de olsa sorunlar yaşandı.Sonuçlarımız hemoglobinopatili gebeliklerin erken döneminde, fetal ve total DNA düzeylerine bakmanın anlamlı olmadığını gösterdi. Hemoglobinopatilerin prenatal tanısında girişimsel yöntemlere seçenek olarak fetal DNA'nın genotiplendirilmesinde fetüsün anneden farklı paternal aleller taşıdığı durumlarda HRM analizinin kullanışlı olabileceğini göstermektedir.

Abstract:
The discovery of cell free fetal DNA in the maternal circulation has driven developments in noninvasive prenatal diagnosis in the past decade. Detection of paternally derived alleles in cell free fetal DNA is becoming well established. Analysis of fetal DNA from maternal plasma by new techniques such HRM analysis offers great potential for noninvasive prenatal diagnosis.We examined 104 maternal plasma samples from 57 pregnant women carrier of sickle cell anemia, 32 pregnant women carrier of beta thalassemia and 15 healthy control subjects. Fetal DNA was extracted from 1 mL plasma samples. To detect male fetuses SRY and DYS14 markers specific to the Y chromosome analyzed by nested PCR and RT-PCR. DYS14 and beta globin were used for quantitation of fetal and total DNA levels respectively. Alternative to traditional methods in invasive prenatal diagnosis, we used HRM analysis for genotyping of fetal DNA in hemoglobinopathies.We detected Y chromosome specific DYS14 in maternal plasma of 100% women bearing male fetuses in early pregnancy. The value was 93.7% with SRY by nested PCR. The levels of total and fetal DNA increased with gestational age. We observed greater MoM values of fetal DNA in sickle cell anemia pregnancies compared to thalassemia and healthy groups. The MoM values were smaller in thalassemia pregnancies compared to other groups (p<0.001). In late period of pregnancy, we observed significantly increased levels of beta globin between sickle cell anemia, thalassemia and control groups. Genotyping by HRM we were able to distinguish paternal alleles of fetal DNA from maternal DNA. Problems were encountered when the fetus carries the same allele with mother.Our results show that investigation of the fetal and total DNA in early pregnancies with hemoglobinopathies is not found to be useful. HRM is an alternative method for invasive prenatal diagnosis to genotyping of fetal DNA when the fetus carries the paternal allele different from the mother?s.