Amsacta moorei entomopoksvirüse ait AMV133 kodlu açık okuma zincirinin homolog rekombinasyonla silinmesi ve rekombinant virüs oluşturulması
Detection of AMV133 orf of Amsacta moorei entomopoxvirus by homolog recombination and consruction of recombinant virus
Yazar: İNCİ CEVHER
Danışman: DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amsacta moorei Entomopoxvirüs (AmEV) Poxviridae familyasına ve Entomopoxviridae subfamilyasına ait bir böcek virüsüdür. AmEV `nin tüm genom analizinin yapıldığı çalışmada AMV133 kodlu açık okuma zincirinin muhtemel bir lipaz kodladığı ileri sürülmüştür. Önemli böcek zararlıları üzerinde yüksek derecede patojenik etki göstermektedir. Bunun yanında, AmEV gen ekspresyon ve gen terapi vektörü olarak kullanılabilmekte ve insan virüslerinin mekanizmalarının anlaşılmasında çalışılabilecek model virüs olması bakımından büyük öneme sahiptir.AMV133 genini silmek için transfer vektör ve geçici ekspresyon vektörün oluşturuldu. Deneyler iki farklı grup halinde yapıldı. Birinci grup, hem transfeksiyon hem de plak deneylerinde sadece transfer vektörün kullanıldığı gruptur. İkinci grup ise, transfer vektörünün yanında geçici ekspresyon vektörünün kullanıldığı gruptur.AMV133 geni homolog rekombinasyon ile AmEV genomundan silindi. Oluşturulan rekombinant virüs Am?Lip/gfp olarak isimlendirildi. Yapılan çalışmalarda, ikinci grup transfeksiyon solüsyonunda daha fazla gfp gözlemlendi, aynı zamanda plak deneylerinde de ikinci grupta daha fazla rekombinant virüs gözlemlendi. Ancak, her iki grupta oluşturulan rekombinant virüsler çoğaltılamadı. Bu da, lipazın AmEV için önemli bir gen olduğunu göstermektedir.Anahtar Kelimeler: Am?Lip/gfp, Amsacta moorei Entomopoxvirüs (AmEV), lipaz, böcek virüsü, homolog rekombinasyon.

Abstract:
Amsacta moorei Entomopoxvirus (AmEV) is an insect virus that belongs to Poxviridae family and Entomopoxviridae subfamily. After analysis of complete genomic sequence of AmEV, ORF AMV133 was suggested to be a putative triacylglyceride lipase gene. It has a high level pathogenic effect on insect pests. Furthermore, AmEV can be used as gene expression and gene therapy vectors, and has great importance as model virus for studying the mechanism of human viruses.Transfer vector and transitory expression vector was constructed to delete AMV133 gene. Assays were made as two different group. First group is that solely transfer vector was used both transfection and plak assays. Second one is that transfer vector and also transitory expression vector were used in that assays.AMV133 gene was deleted from AmEV genom by homolog recombination. Consructed recombinant virus was named as Am?Lip/gfp. At works which were made, it has been observationed that in second group transfection solution has more gfp. At the same time, second one has more recombinant virus in placque assays. However, constructing recombinant viruses were not increased, and this is also show that lipase is an essential gene for AmEV.Key Words: Am?Lip/gfp, Amsacta moorei Entomopoxvirus (AmEV), lipase, insect virus, homolog recombination.