BAC tabanlı array CGH teknolojisinin ve kromozom analizinin prenatal tanıda kullanım etkinliğinin araştırılması
Investigation of diagnostic value of chromosome analysis and BAC based array CGH in prenatal diagnosis
Yazar: SEDA EREN
Danışman: DOÇ. DR. HAKAN SAVLI
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Genetik = Genetics ; Kadın Hastalıkları ve Doğum = Obstetrics and Gynecology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Genetik = Genetics ; Genom = Genome ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Kromozomlar = Chromosomes ; Prenatal bakım = Prenatal care ; Prenatal teşhis = Prenatal diagnosis ; Prenatal teşhis = Prenatal diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
Array CGH yöntemi, submikroskobik genomik değişimlerin taranmasında etkin bir metoddur. Array CGH ve konvansiyonel karyotipleme; yüksek riskli gebeliklerde, anöploidiler, duplikasyonlar, delesyonlar ve marker kromozomların tespitinde kullanılmaktadır.
Çalışmamızda 141 amniyosentez materyaline konvansiyonel karyotipleme ve BAC tabanlı array CGH yöntemi uygulanmıştır. Yapılan 141 amniyosentez işleminin endikasyonları; tarama testinde yüksek risk (%69), ileri anne yaşı (%11.9), anormal ultrason bulguları (%21), anomalili çocuk öyküsü (%1.4), ailede MR hikayesiydi. 
Karyotip analizinde, dört hastada trizomi 21, beş hastada trizomi 18, bir hastada monozomi X ve altı hastada da başa sayısal ve yapısal anomaliler gözlenmiştir. BAC array CGH analizinde sayısal kromozom anomalisi olarak dört hastada trizomi 21, hastada trizomi 18, bir hastada monozomi X saptanmıştır. Yapısal anomali olarak ise bir vakada 14 numaralı kromozomda parsiyel duplikasyon gözlenmiştir.
Bu çalışmada, BAC tabanlı array CGH?in ve konvansiyonel karyotiplemenin prenatal vakalardaki tanısal değeri araştırıldı. Karyotipleme, hala prenatal tanıda kullanılan en güçlü genetik tanısal test olduğu kabul edilmektedir. Array CGH yönteminin, karyotiplemeye göre bazı limitleri bulunmaktadır. Bununla beraber, bu yöntemin tüm genom düzeyinde parsiyel duplikasyon ve delesyonların tespitindeki hassasiyeti arttıkça prenatal tanıda daha güçlü bir metod haline gelecektir.

Abstract:
Array CGH is effective in screening for submicroscobic genomic imbalance. Array CGH and conventional karyotyping, for pregnancies with high risk, are useful for detecting aneuploidies, duplications, deletions and marker chromosomes.
Conventional karyotyping and BAC based array CGH were performed on 141 amniocentesis samples from referred with variety of prenatal diagnosis indications.
Indications of 141 amniocentesis procedures are high risk in triple tests (%69), advanced maternal age (%11.9), abnormal ultrasound findings (%21), history of children with abnormalities (%1.4), history of MR in family (%0.7). In karyotype analysis, there were trisomy 21 in four patients, trisomy 18 in five patients, monosomy X in one patients and other abnormalites in six patients.
BAC array CGH detected trisomy 21 in four patients, trisomy 18 in four patients and monosomy X in one patient as numerical chromosome abnormalities. As structural abnormality partial duplication of chromosome 14 were detected in one patient.
This study demonstrates diagnostic value of BAC based array CGH and konventional karyotyping as diagnostic tests in prenatal cases. Karyotyping is still the most powerful genetic diagnostic test. Array CGH has various limitions according to karyotyping. At the same time, capability of genome wide detection of segmental deletions and duplications in patients  make this method a more powerful tool in prenatal diagnosis.