Laringeal skuamöz hücreli karsinomlu hastalarda ceRNA düzenleyici yolakta bulunan UCA1/MİR-138/CDK6 ekspresyon seviyelerinin değerlendirilmesi
Evaluation of UCA1/MİR-138/CDK6 expression levels in ceRNA regulatory network in patients with laryngeal squamous cell carcinoma
Yazar: NESLİHAN CİNKARA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇİĞDEM YÜCE KAHRAMAN
Atatürk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Karsinoma = Carcinoma ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Laringeal hastalıklar = Laryngeal diseases ; Laringeal neoplazmlar = Laryngeal neoplasms ; RNA = RNA

Özet:
Amaç: Noncoding RNA'lar (ncRNA'lar) birçok kanser türünde nüks ve prognozu öngörmek için biyolojik belirteç ve terapötik hedef olabilme potansiyeline sahiptir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda, çeşitli kanserlerde lncRNA ‐ miRNA ‐ mRNA ceRNA (Kompetitif endojen RNA)   ilişkisi ortaya çıkarılmıştır. Bu çalışmanın amacı, LSCC (Laringeal Skuamöz Hücreli Karsinom) ve komşu normal doku örnekleri arasında UCA1/miR-138/CDK6 ceRNA düzenleyici ağda ekspresyon seviyelerini ve birbirleriyle olan ilişkilerini araştırmaktır. Aynı zamanda LSCC'de ceRNA düzenleyici ağda lncRNA'ların hedef genleri nasıl düzenlediğini araştırmaktır. Ayrıca çalışmamızla, ncRNA'ların terapötik hedefler ve prognostik biyobelirteç olma potansiyeli düşünüldüğünde, ilerde bu alanda yapılacak çalışmalara katkı sunacak bilgiler elde etmeyi amaçlamaktayız.
Yöntem: KBB (Kulak-Burun-Boğaz)  kliniğinde klinik olarak LSCC tanısı alarak, opere edilen hastaların laringeal doku örneklerinde çalışılacaktır.  Çalışmada hastaların ameliyat sırasında çıkarılan dokularından, kanserli doku örnekleri ve kontrol olarak da normal komşu doku örneklerinden total RNA izolasyonu yapılacaktır. Kantitatif real-time PCR  yöntemi ile UCA1, miR-138 ve CDK6 ekspresyon düzeyleri belirlenecektir. Hasta ve kontrol dokulardaki ekspresyon düzeyi kıyaslanacak ve istatistiki analiz yapılacaktır. 
Bulgular: Kanserli doku örnekleri ve kontrol olarak da normal komşu doku örneklerinin ekspresyonları kıyaslanmıştır. Kanserli dokularda CDK6 düzeylerinde artma daha önce yapılan çalışmaları destekler niteliktedir ama istatistiki olarak anlamlı bulunamamıştır. UCA1 ve miR-138 düzeylerinde değişiklik literatürle benzerdi fakat kontrol grubuyla kıyaslandığında anlamlı bir farklılık bulunamamıştır.
Tartışma ve Sonuç: Aşırı eksprese edilen metastazı teşvik eden ncRNA'lar, terapötik müdahale için olası hedeflerdir.  Bu alanda, daha birçok çalışmaya ve in vivo karakterizasyona ihtiyaç vardır. Bu çalışmalar ncRNA'ların gelişim, hastalık ve diğer hücresel süreçlerdeki rolleri ve işlevlerini ortaya koyacaktır. Sonuçta, protein kodlayan genler ve miRNA'lar gibi, lncRNA'lar da kanserde biyolojik belirteç olarak kullanılabilir ve hatta yakın gelecekte kemoterapötik ilaç geliştirme alanının hedefi haline gelebileceklerdir. LSCC'nin moleküler mekanizmasını anlamak adına UCA1/miR-138/CDK6 ekseninin LSCC dokusunda yapılan ilk çalışmasıdır.   Çalışmamızda, daha önce bildirilen raporlarla UCA1-miR-138-CDK6'nın ekspresyon seviyeleri uyumluydu fakat istatiksel olarak anlamlı bulunamadı. Bu çalışma, LSCC hücre dizilerinde yapılmamıştır. Mevcut bulguları destekleyecek hayvan deneylerinden ve ileriye dönük klinik çalışmalarıdan yoksundur. Bu nedenle, bu sinyal yolunun işlevini hayvanlarda olduğu kadar çoklu LSCC hücre dizilerinde daha fazla doğrulamak için gelecekte daha fazla çalışmalar yapılmalıdır.

Abstract:
Objective: Noncoding RNAs (ncRNAs) have the potential to be biomarkers and therapeutic targets to predict recurrence and prognosis in many cancer types. Studies conducted in recent years have revealed the relationship between lncRNA ‐ miRNA ‐ mRNA ceRNA (competing endogenous RNA)  in various cancers. The aim of this study was to investigate the expression levels and interrelationships between LSCC (Laryngeal Squamous Cell Carcinoma) and adjacent normal tissue samples in the UCA1/miR-138/CDK6 ceRNA regulatory network. It is also to investigate how lncRNAs regulate target genes in the ceRNA regulatory network in LSCC. In addition, with our study, we aim to obtain information that will contribute to future studies in this field, considering the potential of ncRNAs to be therapeutic targets and prognostic biomarkers.
Method: The laryngeal tissue samples of patients who were operated on with the clinical diagnosis of LSCC in the ENT (Ear-Nose-Throat) clinic will be studied. In the study, total RNA will be isolated from the patients' tissues removed during surgery, from cancerous tissue samples and from normal neighboring tissue samples as a control. UCA1, miR-138 and CDK6 expression levels will be determined by quantitative real-time PCR method. The expression level in patient and control tissues will be compared and statistical analysis will be made.
Results: Expressions of cancerous tissue samples and normal adjacent tissue samples as controls were compared. The increase in CDK6 levels in cancerous tissues supports previous studies, but it was not found statistically significant. The change in UCA1 and miR-138 levels is similar to the literature, but no significant difference was found when compared with the control group.
Discussion and Conclusion: Overexpressed metastasis-promoting ncRNAs are possible targets for therapeutic intervention. More studies and in vivo characterization are needed in this area. These studies will reveal the roles and functions of ncRNAs in development, disease and other cellular processes. Ultimately, like protein-coding genes and miRNAs, lncRNAs can be used as biomarkers in cancer and may even become targets of chemotherapeutic drug development in the near future. This is the first study of the UCA1/miR-138/CDK6 axis in LSCC tissue to understand the molecular mechanism of LSCC. In our study, the expression levels of UCA1-miR-138-CDK6 were consistent with previously reported reports, but it was not found to be statistically significant. This study was not performed in LSCC cell lines. It lacks animal experiments and prospective clinical studies to support current findings. Therefore, further studies should be conducted in the future to further confirm the function of this signaling pathway in animals as well as in multiple LSCC cell lines.