Akciğer kanserinde CircGPRC5A aracılı GPRC5A gen ifadesinin regülasyonunun araştırılması
Investigation of circGPRC5A-mediated regulation of GPRC5A gene expression in lung cancer
Yazar: DAOUDE AG HAMMA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF UZ YILDIRIM
Bursa Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
İnsan genom projesinin ardından bilimsel çalışmalar kodlamayan RNA'lar üzerine yoğunlaşmaya başlamıştır. Bu kodlanmayan RNA'lar gen ifadesini düzenlediklerinden dolayı çeşitli fizyolojik süreçlerde hayati öneme sahiplerdir. Bu kodlanmayan RNA ailesinin bir üyesi olan circRNA'lar son zamanlarda çok ilgi duyulan araştırma alanı haline gelişmiştir. Son yıllarda yapılan araştırmalarda circRNA'ların çeşitli kanserlerde özellikle akciğer kanserinde rol aldıkları gösterilmiştir. circRNA'lar gen ifadesini circRNA-miRNA-mRNA ekseni üzerinden düzenleyebilmektedirler. Akciğer dokusunda tümör baskılayıcı görevi olan GPRC5A'nın anormal ekspresyonu literatürde gösterilmiştir, fakat bu anormal ekspresyona neden olan mekanizma ile çalışmalar çok sınırlıdır. Bu bakımdan bu tez çalışmasında circGPRC5A'nın ekspresyon profili incelenip GPRC5A geninin ekspresyonunu düzenlemesindeki etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda tez çalışmasını gerçekleştirmek için in vitro olarak akciğer kanseri hücre hattı olan A549 & H1299 ile sağlıklı akciğer dokusunun hücre hattı olan Beas-2B kullanılmıştır. Gen ifadesini analizi için hücrelerden RNA izolasyonu yapıldıktan sonra cDNA sentezi yapılmış ve ardından genlerin ifade seviyelerini belirlemek için gerçek zamanlı PCR (qPCR) reaksiyonu kurulmuştur. Elden edilen sonuçlar GAPDH ile normalize edildiğinde circGPRC5A hem A549 hem de H1299 hücre hattında düşüş göstermektedir. circHIPK3 ile normalize edildiğinde ise A549 hücre hattında ifade değişikliği yokken H1299 hücre hattında circGPRC5A düşüş göstermektedir. GPRC5A ise mRNA düzeyinde A 549 hücre hattında 1,7 kat artış gösterirken H1299 hücre hattında düşüş göstermektedir. Bu sonuçlar doğrultusunda akciğer kanserindeki rolünü aydınlatmak için circGPRC5A'yı circRNA-miRNA-mRNA ekseninde incelemek suretiyle ilerdeki bir çalışmanın konusu olabilmektedir.

Abstract:
Following the Human Genome Project, scientific studies have begun to focus on non-coding RNAs. These non-coding RNAs play a vital role in various physiological processes as they regulate gene expression. CircRNAs, a member of this non-coding RNA family, have recently become a highly interesting area of research. Recent studies have shown that circRNAs play a role in various cancers, especially lung cancer. CircRNAs can regulate gene expression through the circRNA-miRNA-mRNA axis. Abnormal expression of GPRC5A, a tumor suppressor in lung tissue, has been shown in the literature, but studies on the mechanism causing this abnormal expression are very limited. Therefore, the aim of this thesis study was to investigate the expression profile of circGPRC5A and its effect on the regulation of GPRC5A gene expression. To this end, A549 & H1299, lung cancer cell lines, and Beas-2B, a healthy lung tissue cell line, were used in vitro for the thesis study. After RNA isolation from the cells for gene expression analysis, cDNA synthesis was performed, and then real-time PCR (qPCR) reactions were set up to determine the expression levels of the genes. When the results obtained were normalized with GAPDH, circGPRC5A decreased in both A549 and H1299 cell lines. When normalized with circHIPK3, circGPRC5A decreased in the H1299 cell line, while there was no change in expression in the A549 cell line. On the other hand, GPRC5A showed a 1.7-fold increase at the mRNA level in the A549 cell line, while it decreased in the H1299 cell line. In light of these results, it may be the subject of a future study to investigate circGPRC5A in the circRNA-miRNA-mRNA axis to elucidate its role in lung cancer.