Translokasyon ilişkili diffüz infiltratif mide kanserlerinin moleküler, immünohistokimyasal ve klinikopatolojik özelliklerinin tanımlanması
Identification of molecular, immunohistochemical and clinicopathological characteristics of translocation-associated diffuse infiltrative gastric cancer
Yazar: AYNUR IŞIK
Danışman: PROF. DR. HAKKI TAŞTAN ; PROF. DR. AYTEKİN AKYOL
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Patoloji = Pathology

Özet:
Mide kanseri her yıl bir milyon bireyi etkileyen küresel bir sağlık sorunudur. Teşhis edildiğinde bile genellikle ileri evrede ve metastatik olan hastalığın tedavi seçenekleri oldukça sınırlıdır. Günümüzde mide kanserinin moleküler alt yapısını oluşturan genetik değişikliklerin belirlenmesi tanı ve tedaviyi yönlendirmek için giderek önem kazanmaktadır. Bu tez çalışmasının birincil amacı, mide kanserlerinde daha önce  tanımlanmış CLDN18 geninin beşinci ekzonu ile ARHGAP26 geninin on ikinci ekzonu arasında gerçekleşen interkromozomal gen füzyonunun geniş bir Türk hasta kohortunda, yerinde revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (in situ RT-PCR) yöntemiyle araştırılması ve sonuçların olgulara ait klinikopatolojik veriler ile karşılaştırılmasıdır. Tezin ikincil amacı ise hedef genlerden CLDN18'in sadece mide epitelinde sentezlenen CLDN18.2 varyantının mide kanserindeki ifadesinin immünhistokimyasal yöntemle araştırılmasıdır. Çalışmada Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı'nda primer mide karsinomu tanısı almış 263 vakaya ait tümör örneklerinden doku mikrodizin blokları hazırlanarak elde edilen boyasız kesitler kullanılmıştır. Olguların 27 tanesinde CLDN18-ARHGAP26 gen füzyonu tespit edilmiştir. Translokasyonlu olguların kadın erkek dağılımları benzerdir olup sağkalımlar arasında anlamlı fark mevcut değildir. Tümör derecesi değerlendirildiğinde vakaların %92,5'nin ileri evre tümör derecesine sahip olduğu belirlenmiştir. Olguların %77,2'sinde lenf nodlarına metastaz mevcuttur. Gen füzyonu pozitifliği ve tümör morfolojisi arasındaki ilişki incelendiğinde vakaların %25,9'unun morfolojik olarak sınıflandırılamayan nadir histomorfoloji sergileyen tümörler içinde yer aldığı belirlenmiştir. Füzyon pozitifliği ile yaş, cinsiyet, sağkalım arasında istatistiksel anlamlılık tespit edilememiştir. CLDN18.2 tüm vakaların %7,8'inde pozitiftir, CLDN18.2 ekspresyonu cinsiyet, TNM evresi, histolojik alt tip ve genel sağkalımla ilişkili değildir. Bu çalışma kapsamında mide tümörlerinde mevcut olan gen füzyonlarının tespiti için in situ RT-PCR yöntemi yaklaşımı geliştirilmiş olup bu yöntemin optimizasyonu ve farklı yöntemlerle validayonu gerekmektedir. Ayrıca mide kanserlerinde potansiyel bir biyobelirteç olan CLDN18.2 ekspresyonu geniş Türk hasta kohortunda çalışılmıştır.

Abstract:
Gastric cancer is a global health problem affecting one million individuals each year. The treatment options of the disease, which is usually advanced and metastatic even when diagnosed, are quite limited. Today, the identification of genetic alterations that form the molecular substructure of gastric cancer is gaining importance to guide diagnosis and treatment. The primary aim of this thesis is to investigate the interchromosomal gene fusion between the fifth exon of the CLDN18 gene and the twelfth exon of the ARHGAP26 gene in a large Turkish patient cohort by in situ reverse transcriptase polymerase chain reaction (in situ RT-PCR) method and to compare the results with the clinicopathological data of the cases. The secondary aim of the thesis is to examine the expression of the CLDN18.2 variant of the target gene CLDN18, which is synthesized only in the gastric epithelium, in gastric cancer by immunohistochemical method. In the study, unstained sections obtained by preparing tissue microarray blocks from tumor samples of 263 cases diagnosed as primary gastric carcinoma in Hacettepe University Faculty of Medicine, Department of Medical Pathology were used. CLDN18-ARHGAP26 gene fusion was detected in 27 of all cases. The distribution of cases with translocation in male and female is similar, and there is no significant difference in survival. When the tumor grade was evaluated, it was determined that 92.5% of the cases had advanced tumor grade. Metastasis to lymph nodes occurred in 77.2% of the cases. When the relationship between gene fusion positivity and tumor morphology was examined, 25.9% of the cases were in the group called morphologically unclassifiable rare tumors. No statistical significance was found between fusion positivity and age, gender and survival. CLDN18.2 was positive in 7.8% of all cases, CLDN18.2 expression was not associated with gender, TNM stage, histological subtype and overall survival. Within the scope of this study, an in situ RT-PCR method approach was developed for the detection of gene fusions present in gastric tumors, and optimization of this method and validation with different methods are required. Additionally, the expression of CLDN18.2, a potential biomarker in gastric cancers, was studied in a large Turkish patient cohort.