Efüzyonlu otitis media oluşumunda virüslerin etkisinin TaqMan PCR yöntemiyle araştırılması
İnvestigation of the effects of viruses on otitis media with effusion by TaqMan PCR technique
Yazar: MUHAMMED EBU SİTTEH
Danışman: DOÇ. AYHAN KUBAR
GATA / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2004
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
VI -ÖZET EFÜZYONLU OTİTİS MEDİA OLUŞUMUNDA VİRÜSLERİN ETKİSİNİN TaqMan PCR YÖNTEMİYLE ARAŞTIRILMASI Efüzyonlu Otitis Media çocuklardaki işitme kaybının en önemli sebeplerinden birisidir. Vakaların 2/3'ü bakterilerle meydana gelmektedir.Diğer yandan OME prognozisine de bazı etkileri olabilecek biçimde etyolojik ajan olarak virüslerin varlığı artan sayıda yayın ile karşımıza çıkmaktadır. Özellikle respiratuvar virüsler olmak üzere (RSV, influenza virus, adenovirus, parainfluenza virus) bazı virüsler MEE' de gösterilmiştir. En çok karşılaşılan virüsler RSV, influenza virus, adenovirus, parainfluenza virus, enterovirus ve son zamanlarda da belirtildiği gibi herpesviruslardır. PCR tekniğindeki ilerlemeler ile MEE örneklerindeki virus tespit oranları %5' den %71' e çıkmıştır. Biz çalışmamızda 30 MEE örneğindeki 7 virüse (RSV type A and B, influenza - A virus, adenovirus, CMV, HSV-1 ve enterovirus) ait genomları tespit etmek için spesifik real time TaqMan PCR testi geliştirdik. Real time TaqMan PCR testi 18 hasta örneğinde virüslere ait genomik materyal bulmuştur.Bu pozitif örneklerde 23 viral enfeksiyon tespit edilmiştir{(5 örnek 2 virüs ile infekte ve 14örnekte RSV-A (%61), 5 örnekte CMV (%22), 3 örnekte adenovirus (%13), ve 1 örnekte HSV-1 (%4)}. Enterovirus ve İnfluenza-A virus ise hiç tespit edilmemiştir. Sonuç olarak viral etken içeren vakaların 2/3' ünü respiratuvar viruslar (%57) ve %20' sini ise herpesviruslar oluşturmaktadır. Real time TaqMan PCR tekniğinin virüs tespit çalışmaları için kullanılmaları kısa bir zaman periyodu içinde tüm virüslerin tespit edilmelerini arttıracaktır. Bu sonuçlar da virüslerin OME gelişimindeki önemli rollerini teyit edecektir. Yakın bir gelecekte OME ile çok sık bulunan virüs grupları, özellllikle de RSV, çocuklardaki OME' nin önlenmesi için bir hedef olarak düşünülmelidir.OME patogenezinde herpes virüslerin etkileri hakkında ise daha çok bilgiye ihtiyaç vardır.Mikrobiyologlar ve klinisyenler arasındaki iyi diyaloglar ile real time TaqMan PCR testlerinin rutin kullanımı OME için etyoloji ve uygun tedavi yaklaşımları konusundaki bazı problemleri çözebilecektir. 42

Abstract:
VII-İNGİLİZCE ÖZET (SUMMARY) INVESTIGATION OF THE EFFECT OF VIRUSES ON OTITIS MEDIA WITH EFFUSION BY TAQMAN REAL-TIME PCR TECHNIQUE Otitis media with effusion (OME) is one of the major causes of hearing loss in childhod. It is caused by pathgenic bacteria in two thirds of cases. On the other hand, increasing numbers of reports have implicated viruses as etiologic agents that may have some effect on prognosis of (OME). A variety of viruses, especially the respiratory viruses (RSV, influenza virus, adenovirus, parainfluenza virus), have been detected in the MEE. The commonly detected viruses include RSV, influenza virus, adenovirus, parainfluenza virus, enterovirus, and recently herpesvirus. The advent of PCR technique has increased the detection rates of viruses in MEE specimens from 5% to 48-71%. In our study, we have developed a highly sensitive and specific real-time TaqMan PCR assay for detection of the 7 viruses (RSV type A and B, influenza -A virus, adenovirus, CMV, HSV-1, and enterovirus) genomes in 30 MEE specimens. The TaqMan PCR assay revealed genomic materials of viruses in 18 specimens (60%), a total of 23 viral infections {(5 specimens were infected by two viruses and RSV-A genome was detected in 14 (61%), CMV in 5 (22%), adenovirus in 3 (13%) and HSV-1 in 1 (4%)}. Also, enterovirus, RSV-B, and influenza- A virus were not detected at all. In conclusion, respiratory viruses were present in (57%) ~ two thirds of cases covering viral agents and herpesvirus in (20%).The use of real-time PCR technique for the detection of the viruses might have increased the overall virus detection rate and in a shorter time period. These results confirm the important role of viruses in the development of OME. In the future, the virus groups associated most commonly with OME, especially RSV should be considered to be a target for prevention of OME in children, and more information is also required about the effect of herpesvirus on the pathogenesis of OME. The routine use of TaqMan PCR along with a good cooperation between microbiologist and clinicians, it may solve some problems associated with the etiology and proper treatment approaches for OME. 43