Kerkük şehrinde hafif-orta derecedeki COVID-19 hastalarından izole edilen Enterococcus faecalis'in vankomisin direncinin PCR ile araştırılması
The investigation of vancomycin resistance in Enterococcus faecalis isolated from mild-moderate COVID-19 patients in Kirkuk city by PCR
Yazar: ALI HUSSEIN AHMED DABBAGH
Danışman: DOÇ. DR. ÖZGÜR KUZUKIRAN ; DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHANED ABDULALLA KHALAF ALAZAWY
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; Irak-Kerkük = Iraq-Kirkut ; PCR =   ; SARS virüsü = SARS virus ; Vankomisin = Vancomycin

Özet:
Bu çalışmanın amacı, COVID-19 salgını sırasında Irak'ta hastanede yatan hastalardan elde edilen vankomisine dirençli enterokok (VRE) izolatlarında bulunan antibiyotik direnç genleri hakkında veri toplamaktır. Çalışmaya COVID-19 virüsü bulaşmış ve Kerkük'teki Al-Shifaa Epidemiyoloji Hastanesi'nde tedavi gören 104 kişi katılmıştır. Bu kişiler her iki cinsiyetten ve çeşitli yaş gruplarından oluşmaktadır. Hastalardan nazofaringeal sürüntüler alınmıştır. Bu örnekler tıbbi gözetim altında alınmış ve real-time PCR ile VanA ve VanB genlerinin moleküler tayini yapılmıştır. Çalışma sonuçları, şiddetli COVID-19 enfeksiyonu olan hastaların çoğunun yaşlı (>57 yaş) ve diyabetik hastaların yarısından fazlasının da COVID-19 enfeksiyonundan muzdarip olduğunu göstermiştir. Çalışmada, pozitif kültüre sahip COVID-19 hastalarının çoğundan alınan nazofaringeal sürüntü kültüründe en çok izole edilen bakterinin E. faecalis (%39,74) olduğu ve bunu sırasıyla Klebsiella pneumoniae (%21,79) ve Staphylococcus aureus'un izlediği ortaya çıkmıştır. Ayrıca, E. faecalisizolatlarınınçoğu sefalotin, imipenem, ampisilin ve levofloksasine duyarlı iken, karbenisilin, klindamisin ve vankomisine karşı dirençli olarak tespit edilmiştir. Bunlara ek olarak, COVID-19 hastalarından izole edilen vankomisine dirençli E. faecalis'in %64'ünün VanA geni (vankomisin direncinden sorumlu genlerden biri) ve %28'inin VanB geni için pozitif olduğu bulunmuştur.

Abstract:
The aim of this study is to collect data on antibiotic resistance genes found in vancomycin-resistant enterococci (VRE) isolates obtained from hospitalized patients in Iraq during the COVID-19 outbreak. 104 people who were infected with the COVID-19 virus and were treated at the Al-Shifaa Epidemiology Hospital in Kirkuk participated in the study. These people consist of both sexes and various age groups. Nasopharyngeal swabs were taken from the patients. These samples were taken under medical supervision and molecular determination of VanA and VanB genes was performed by real-time PCR. Study results showed that most patients with severe COVID-19 infection are elderly (>57 years) and more than half of diabetic patients also suffer from COVID-19 infection. The study revealed that E. faecalis (39.74%) was the most isolated bacteria in the nasopharyngeal swab culture taken from most of the positive culture COVID-19 patients, followed by Klebsiella pneumoniae (21.79%) and Staphylococcus aureus, respectively. In addition, most of the E. faecalis isolates were sensitive to Cephalothin, Imipenem, Ampicillin and Levofloxacin, while resistant to Carbenicillin, Clindamycin and Vancomycin. In addition, 64% of Vancomycin-resistant E. faecalis isolated from COVID-19 patients were found to be positive for the VanA gene (one of the genes responsible for vancomycin resistance) and 28% for the VanB gene.