Orchis anatolica boıss. ve orchis tridentata Scopolı (Orchidaceae) taksonlarının dna sekans yöntemiyle moleküler filogenetik özelliklerinin belirlenmesi
Determination of molecular phylogenetic properties of orchis anatolica boiss. and orchis tridentata Scopoli (Orchidaceae) taxa using the technique of dna sequencing
Yazar: KAAN HÜRKAN
Danışman: PROF. DR. AHMET GÖNÜZ
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Bölümü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Genel Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology ; Botanik = Botany
Dizin: Orkide = Orchids

Özet:
Bu tez çalışmasında Orchis anatolica BOISS. ve Orchis tridentata SCOPOLI (Orchidaceae) taksonlarının, genomik DNA' larının ITS1, 5.8S rDNA ve ITS2 bölgeleri sekanslanarak, moleküler filogenetik ve taksonomik özellikleri ortaya koyulmuştur.Silika ? jel yöntemiyle kurutulan bitki rozet yaprağı (basal yaprak) dokularından genomik DNA izolasyonu yapılmış, ITS1, 5.8S rDNA ve ITS2 bölgesine özel primerlerle PCR işlemi uygulanarak bölge çoğaltılmıştır. Çoğaltılan bölgenin DNA sekanslaması yapılmıştır. Sekanslama işleminden elde edilen veriler, çeşitli biyoinformatik ve filogeni programları ile işlenerek bu taksonların moleküler sınıflandırılmaları ilk kez ortaya koyulmuştur. Çalışmada obje olarak seçilen taksonların, diğer Orchidaceae üyeleriyle olan hizalamaları CLUSTALW2 yazılımı ile, filogenetik ağaç oluşturma işlemi ise MEGA 4.0 (Stable) yazılımı altında Neighbour ? Join (Saitou ve Nei, 1987) metoduyla gerçekleştirilmiştir. Elde edilen distance matrix tablosu ve oluşturulan filogenetik ağaç verileri klasik taksonomi verileri ile karşılaştırılmış, ayrıca O.anatolica ve O.tridentata taksonlarının, seçilen 17 Orchidaceae türü ile ilişkileri incelenmiştir.Bu tez çalışması ile birlikte, O.anatolica ve O.tridentata taksonlarının, nükleer DNA' larının ITS1, 5.8S rDNA ve ITS2 bölgesinden elde edilen sekans verileriyle oluşturulan filogenetik ağaçtaki yerleşimlerinin, klasik taksonomi verilerine benzerlik gösterdiği, fakat O.anatolica taksonu için ITS1, 5.8S rDNA ve ITS2 bölgelerinin moleküler taksonomisi ve filogenisi çalışmalarında kullanılabilirken, O.tridentata taksonunun teşhisi için yeterli bilgiyi içermediği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
In this research, molecular phylogenetic and taxonomic properties of Orchis anatolica BOISS. and Orchis tridentata SCOPOLI (Orchidaceae) taxa were investigated using the technique of sequencing of ITS1, 5.8S rDNA and ITS2 regions of genomic DNA.Genomic DNA isolation was performed from silica ? gel dried basal leaves and PCR technique was applied using with customized oligonucleotide primers for ITS1, 5.8S rDNA and ITS2 regions and also DNA sequencing process was completed with same primers. The data acquired from DNA sequencing were processed with some bioinformatic and phylogeny software and thus molecular taxonomy of these taxa were firstly became public. Alignment processes were performed with CLUSTALW2 software and constructing phylogenetic tree processes were performed with MEGA 4.0 (Stable) software using the methods of Neighbour ? Join (Saitou ve Nei, 1987).The data acquired from distance matrix table and phylogenetic tree were compared with classical taxonomic data and also phylogenetic relationships of O.anatolica and O.tridentata were discussed with other 17 Orchid taxa. With this thesis of master of science, it was observed that the phylogenetic tree which constructed with data acquired from ITS1, 5.8S rDNA and ITS2 regions of genomic DNA of O.anatolica and O.tridentata was compatible with classical taxonomy records. Whereas it was accomplished that ITS1, 5.8S rDNA and ITS2 regions were useful for molecular phylogeny and taxonomy studies with O.anatolica the ITS region doesn?t provide efficient data for O.tridentata taxa.