İmmünomanyetik ayırma-polimeraz zincir reaksiyonu (İma-pzr) yönteminin uygulanması ile tavuk etlerinde Salmonella spp. belirlenmesi
Detection of Salmonella spp. in chicken meats by application of immunomagnetic separation-polymerase chain reaction (Ims-pcr) method
Yazar: BİRCE TABAN
Danışman: PROF.DR. SAİT AYKUT AYTAÇ
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2007
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology ; Gıda Mühendisliği = Food Engineering ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; Tavuk eti = Chicken meat ; İmmunomanyetik ayırma = Immunomagnetic separation

Özet:
Kontamine olmuş tavuk etlerinin, Salmonellaların insanlara bulaşmasına neden olan başlıca gıda kaynağı olmalarıve kültürel belirleme yöntemlerinin zaman alıcı olmaları nedenleri ile, tavuk etlerinde hızlı ve yüksek duyarlılıktasonuç verebilecek bir Salmonella spp. belirleme yönteminin geliştirilmesi üzerine yapılan bu çalışmada, ilkolarak, PZR tüpü ve döngüsündeki parametrelerin optimum değerlerinin belirlendiği saf kültür çalışmasıgerçekleştirilmiştir. Bu çalışmayı takiben; ISO 6579 referans yöntemi kullanılarak Salmonella kontaminasyonuolmadığı belirlenen tavuk eti örnekleri, Salmonella Enteritidis kültürü ile inoküle edilmiş ve 16, 14, 12, 10 ve 8saatlik süreler kullanılarak, yaklaşık 1 veya 10 kob/25 gram tavuk eti seviyesindeki hedef bakterinin İMA-PZRyöntemi ile belirlenmesi için gerekli en kısa ön-zenginleştirme süresi saptanmıştır. 25 gramlık tavuk etinin1-3 X 102 kob Salmonella spp. ile kontamine olmasında İMA?PZR yönteminin, hedef bakteriyi belirleyebilmesiiçin 8 saatlik bir ön-zenginleştirmenin yeterli olduğu ancak 1-3 X 10 kob Salmonella spp. ile kontamineolmasında bu sürenin kimi zaman yetersiz kalması nedeni ile, en az 10 saatlik bir ön-zenginleştirmeile kesin belirleme yapabildiği saptanmıştır. Ayrıca bu yöntemin, 1-10 kob/25 gram tavuk eti seviyesindekiSalmonellaları en az 12 saatlik bir ön-zenginleştirme ile belirleyebildiği gözlenmiştir. Bu verilere istatistikselanalizler uygulandığında; 25 gramlık tavuk etinin 1-3 X 102 veya 1-3 X 10 kob Salmonella spp. ilekontaminasyonları arasında, 8 saatlik bir ön-zenginleştirme ile beraber İMA-PZR yönteminin hedefbakteriyi belirleyebilmesinde anlamlı bir fark görülmemiştir. 25 gramlık tavuk etinin 1-10 kobSalmonella spp. ile kontamine olmasında ise, yöntemin en az 12 saatlik bir ön-zenginleştirmegerektirdiği anlamlı bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: İmmünomanyetik ayırma (İMA), polimeraz zincir reaksiyonu (PZR),invA geni, Salmonella, tavuk eti

Abstract:
Since contaminated chicken meats have been the principal foodborne source ofthe contamination of Salmonella to humanbeings and cultural detection methodsare time-consuming; firstly pure culture study, in which the optimum values ofparameters in the PCR tube and PCR cycle had been determined, was made inthis study that had been based on the improvement of a Salmonella spp. detectionmethod which can give rapid and high sensitivity result in chicken meats.Following this study; chicken meat samples, in which no Salmonella contaminationhad been determined by using ISO 6579 reference method, were inoculated withSalmonella Enteritidis culture and the shortest pre-enrichment time, that had beenneeded for the detection of approximately 1 or 10 cfu/25 gram chicken meat levelsof target bacteria by IMS-PCR method, was found by using 16, 14, 12, 10 and 8-hour periods. When 25-gram chicken meat was contaminated with 1-3 X 102 cfuSalmonella spp., an 8-hour pre-enrichment was found enough for thedetermination of target bacteria by IMS-PCR method but when it wascontaminated with 1-3 X 10 cfu Salmonella spp., because of sometimes theinadequacy of this period, it was found that an accurate determination could bedone by IMS-PCR method with at least a 10-hour pre-enrichment. In addition, itwas observed that this method could determine 1-10 cfu/25 gram chicken meatlevels of Salmonellae with at least a 12-hour pre-enrichment. When statisticalanalysis were applied to these datas, between the contaminations of 25 gramchickenmeat with 1-3 X 102 or 1-3 X 10 cfu Salmonella spp., no significantdifference was recognized in target bacteria detection by IMS-PCR method with a8-hour pre-enrichment. However in the contamination 25 gram-chicken meat with1-10 cfu Salmonella spp., requirement of at least 12-hour pre-enrichment of themethod was determined as significant.Keywords: Immunomagnetic separation (IMS), polymerase chain reaction (PCR),invA gene, Salmonella, chicken meat