Boz ırk sığırlarda süt ve et verimi ile ilişkili genlerin analizi
The analysi̇s of genes related to mi̇lk and meat yi̇eld i̇n grey cattle breed
Yazar: ADEM KABASAKAL
Danışman: PROF. DR. KAMİL SEYREK
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Moleküler genetik = Molecular genetic

Özet:
Bu çalışmada, Boz ırk sığırlarda süt verimi ile ilişkilendirilen kappa-kazein geni (κ-kazein) ile,  et verimi ile ilişkilendirilen proopiomelanokortin (POMC) genlerinin analizi yapılmıştır. Çalışma kapsamında, Bandırma Koyunculuk Araştırma İstasyonunda bulunan 88 adet saf Boz ırk sığırdan kan örnekleri alındı. Alınan kan örneklerinden genomik DNA izole edildi. Daha sonra Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) kullanılarak her bir genomik DNA örneğinden κ-kazein ve POMC fragmentleri çoğaltıldı. Elde edilen bu fragmentler dizilendi. Dizilerin analizi sonucunda, κ-kazein geni için A, A1, B, G2 ve H allelleri tespit edildi. POMC geninde üçü intron (c.6522C>G, c.6553G>T, c.6596G>T) ve biri ekzonda (c.6706T>C) (NCBI Reference Sequence: NC_007309.5) olmak üzere toplam dört SNP tespit edildi. Yüksek süt evrimi ile ilişkilendirilen κ-kazein geninin B allelinin Boz ırk sığırlarda (0.239) düşük olduğu tespit edildi. Boz ırk sığırlarda POMC geninde delesyonun olmadığı ve yüksek et verimi ile ilişkilendirilen 288. nükleotinde T yerine C olduğu tespit edildi. Her iki durumda, Boz ırk sığırların düşük süt ve et verimi ile tutarlılık göstermektedir. κ-kazein genin A1 ve H allellerinin Bos indicus'ta ve G2 allelinin ise Bos grunniens'te tanımlanmıştır. POMC geninin 6706 T>C deki SNP Bos indicus'ta görülmektedir. Bu durum, Boz ırk (Bos taurus) sığırların Bos indicus ve Bos grunniens sığırlarla akrabalık ilişkisinin olduğunu göstermektedir. Bireyler arasındaki genetik ilişki kappa-kazein geni filogenetik ağaç oluşturarak incelenmiştir. Filogenetik ağaç incelendiğinde, süt sığırlarının kappa-kazein geni yönünden seleksiyon baskısı olduğu görülmektedir.

Abstract:
In the present study, kappa-casein (κ-casein) gene related to milk yield and proopiomelanocortin (POMC) gene related meat yield were analysed in Grey cattle breeds. The blood samples used in the study were taken from 88 pure Grey cattle breed at the Bandirma Sheep Research Station. Genomic DNA was isolated from blood samples taken. Polymerase chain reaction (PCR) was employed to amplify the κ-casein and POMC fragment from each genomic DNA sample. These fragments obtained were sequenced. Sequence analyses proved that there are A1, B, G2 and H alleles of κ-casein gene in Grey cattle breeds. Four SNPs of the POMC gene, three at the intron (c.6522C>G, c.6553G>T, c.6596G>T) and one at the exon (c.6706T>C) (NCBI Reference Sequence: NC_007309.5), were detected. B allele fruquency correlated with high milk yields of κ-casein gene (0.239) was realtively low in Grey cattle breed. No deletion was determined in the POMC gene of, while at the 288. nucleotide instead T there is a C was detected. These findings are in consistent with the low milk and meat yield of Grey cattle breeds. A1 and H alleles of bovine κ-casein gene detected here were defined in Bos indicus and G2 allel of bovine κ-casein gene also determined in this study was reported to be found in Bos grunniens. The SNP (6706 T>C) of POMC gene encountered in this study was revealed in Bos indicus.These results indicates that there may be a consanguinity between Grey cattle breed (Bos taurus) and both Bos indicus and Bos grunniens. In addition, genetic relationship between individuals has been examined by creating phylogenetic tree of kappa-casein gene in Grey cattle breed. Analysing this phylogenetic tree exhibited that in terms of milk yield there is a selection impression on kappa casein gene of dairy cattle breeds.