Farklı çerezlik kabak (Cucurbita pepo L.) popülasyonlarının ssr markörleri ile moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of different Cucurbita Pepo L. populations with SSR markers
Yazar: ESRA HÜLYA EKİNCİ
Danışman: DOÇ. DR. FUNDA ŞENTÜRK AKFIRAT
Gebze Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Cucurbita pepo L., Cucurbitaceae familyasında yer alan ekonomik değeri ve genetik çeşitliliği yüksek olan önemli bir türdür. Islah programlarında biyoteknolojik uygulamalar içerisinde kullanılan moleküler markör çalışmaları kabak bitki ıslahının etkinliğini önemli derecede artırmaktadır. Bu çalışmada 14 bölgeden sağlanan 81 adet çerezlik kabak genotipinde SSR markörleri ile genetik çeşitlilik incelenmiştir. Kullanılan 30 markör içerisinde 4 adet primer ile çoğaltım ürünü elde edilememiştir. 26 adet primer, lokus büyüklükleri 90-400 bp olan toplam 180 alel üretilmiştir. Lokus başına düşen alel sayısı 1-19 arasında değişirken her bir SSR lokusu başına ortalama 7 alel saptanmıştır. SSR markörleri için ortalama polimorfizm oranı %96.15 bulunmuştur. Polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) değeri 0.07- 0.91 arasında değişmiş, ortalama 0.45 olarak hesaplanmıştır. Nei'nin benzerlik indeksine göre genetik benzerlik değeri 0.66-0.96, genetik uzaklık değeri 0.04-0.41 arasındadır. NTSYS programı ile filogenetik ağaç oluşturulmuş, genotiplerin önce iki gruba ayrıldığı, ilk grubun C. moschata genotiplerinden oluştuğu gözlenmiştir. İkinci grubun ise tekrar 2 ana gruba ayrıldığı ve bir kolunu C. moschata ve C. maxima genotiplerinin oluşturduğu diğer kolunun ise 16 farklı alt gruba ayrıldığı gözlenmiştir. Bu analiz sonucunda oluşan dendrogram ile yakın coğrafik bölgelerdeki popülasyonlar arasında belirgin bir ilişki gözlenmemiştir. SSR markörler Cucurbita pepo L., popülasyonları arasında genetik çeşitliliği verimli şekilde belirlemiş ve farklı popülasyonları birbirinden ayırt etmiştir. Bu çalışmanın sonuçlarına göre SSR markörlerin popülasyon genetiği analizlerinde genetik çeşitliliği ve popülasyon yapısını belirlemede ve çerezlik kabak ıslah programlarının planlanmasında kullanılabileceği önerilmektedir.

Abstract:
Cucurbita pepo L. is an important species with high economic value and genetic diversity in the Cucurbitaceae family. Molecular marker studies used in breeding programs significantly increase the efficiency of squash plant breeding. In this study, genetic diversity was investigated with SSR markers in 81 squash genotypes from 14 different regions. 26 markers were selected out of 30 according to their reproducibility and produce 180 alleles ranged between 90-400bp. The number of alleles ranged between 1 and 19, with an average 7. The polymorphism ratio is determined as average of %96.15. The polymorphism information content amongs genotypes varied from 0.07-0.91, average of 0.45. The Nei's similarity index revealed that genetic similarity value is between 0.66-0.96 and genetic distance value is between 0.04-0.41. The dendrogram generated with NTSYS software and former grouped genotypes into two groups, the first group consisted of C. moschata genotypes while the second group was divided into 2 main groups and one arm was composed of C. moschata and C. maxima genotypes and the other arm was divided into 16 different subgroups. The result of dendrogram analysis, there is no significant relationship between populations from close geographic regions. SSR markers identified genetic diversity among Cucurbita pepo L. populations and discriminate different populations. According to the results of this study, it suggested that SSR markers can be used in population genetic analysis to determine genetic diversity and population structure and useful for planning future studies on squash genetic resources for breeding programs.