Diffüz büyük B hücreli lenfoma hastalarında PD-1 ve CTLA-4 gen varyasyonları ile ekspresyon seviyelerinin ilişkisi
The relationship between PD-1 and CTLA-4 gene variations and expression levels in patients with diffuse large B cell lymphoma
Yazar: HABİBE SEMA ARSLAN
Danışman: PROF. DR. FAHRİ UÇAR
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA = DNA ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Gen ifadesi = Gene expression ; Lenfoma-büyük B-hücreli-yaygın = Lymphoma-large B-cell-diffuse ; Prognoz = Prognosis ; Transkripsiyon-genetik = Transcription-genetic ; İmmünoterapi = Immunotherapy

Özet:
Amaç: Diffüz Büyük B Hücreli Lenfoma (DBBHL) klinik, morfolojik ve sitogenetik özellikler bakımından heterojendir. Non-Hodgkin lenfomaların en sık karşılaşılan agresif seyirli tipidir. Lenfomanın tedavi stratejilerinden biri olan immünoterapi, immün kontrol noktası inhibitörlerini hedef alır. Birçok hastalıklara ilişkin PD-1, PD-L1, CTLA-4 ve CD80 genlerinin araştırılması fenomen haline gelmiştir. Bu tezin amaçları DBBHL'de i) çeşitli kanser türleriyle önemli ilişkileri olan bu dört genin polimorfizmleri incelemek, ii) gözlenen genetik varyantların mRNA ekspreyon ve protein seviyeleriyle korelasyonunu değerlendirmek, iii) bulgular doğrultusunda hastalığın patogenezine katkıda bulunmaktır.
 
Yöntem: Bu araştırmada, 20 kişilik hasta grubuyla aynı yaş ve cinsiyette olan 20 kişilik kontrol gruplarına ait periferik kan örneklerinden DNA dizileme yöntemi kullanılarak PD-1, PD-L1, CTLA-4 ve CD80 genlerindeki ilgilenilen polimorfizmler saptandı. Gerçek Zamanlı Kantitatif PZR yöntemi kullanılarak hedef genlerin ifade seviyeleri belirlendi. Akış Sitometri yöntemiyle hedef hücrelerin ekspresyon (%) düzeyleri değerlendirildi. Verilerin değerlendirilmesinde IBM SPSS Statistics for Windows Version 22 ve R.3.3.2 yazılımlarından yararlanıldı. 

Bulgular: Hastalarda PD-1, PD-L1 ve CTLA-4 ekspresyon seviyesi, kontrol grubuna göre daha yüksekti. PD-1 (rs2227981), PD-L1 (rs4143815) ve CTLA-4 (rs231775) polimorfizmleri, bu genlerin ekspresyon seviyeleriyle ilişkili olabilir. Akış Sitometri sonuçlarına göre hastalarda kontrol grubuna kıyasla sadece CD4+PD-1+ ve CD4+PD-L1+ hücre ekspresyon (%) düzeyleri anlamlı bulundu. 

Sonuç: DBBHL'de PD-1, PD-L1 ve CTLA-4 gen polimorfizmleri ve buna bağlı PD-1, PD-L1 ve CTLA-4 ifadelerinin tespiti önemlidir. Elde ettiğimiz bulgular ışığında, bu genlerin DBBHL patogenezinin ve prognozunun anlaşılmasına katkı sağlayabileceğine inanmaktayız.

Abstract:
Objective: Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL) is heterogeneous in terms of clinical, morphological and cytogenetic features. DLBCL is the most common type of non-Hodgkin lymphoma with an aggressive course. As one of the treatment strategies for lymphoma, immunotherapy targets immune checkpoint inhibitors. The recent scholarship popularized the investigation of correlation of PD-1, PD-L1, CTLA-4 and CD80 genes to many diseases. Thus, the aims of this dissertation are i) examining the polymorphisms of these four genes that evidently are significant in relation to various cancer types, ii) evaluating the correlation of observed genetic variants with mRNA expression and protein levels, iii) contributing the pathogenesis of DLBCL.

Methods: In the present research, the DNA sequencing method from peripheral blood samples of 20 patients were used to determine polymorphisms of PD-1, PD-L1, CTLA-4 and CD80 genes, a control group of 20 from the same age and gender as the samples was also considered. Expression levels of target genes were determined using the Real Time Quantitative PCR method. Expression (%) levels of target cells were then evaluated by flow cytometry method. IBM SPSS Statistics for Windows Version 22 and R.3.3.2 software were used to evaluate the obtained data.

Results: It is observed that PD-1, PD-L1 and CTLA-4 expression levels were higher in the patients compared to the control group. The PD-1 (rs2227981), PD-L1 (rs4143815) and CTLA-4 (rs231775) polymorphisms can be associated with these gene expression levels. According to the Flow Cytometry results, only CD4+PD-1+ and CD4+PD-L1+ cell expression levels (%) were significant compared to the control group.

Conclusion: It is important to detect PD-1, PD-L1 and CTLA-4 gene polymorphisms and related PD-1, PD-L1 and CTLA-4 expressions in DLBCL. In the light of our findings, we believe that these genes may contribute to the understanding of DLBCL pathogenesis and prognosis.