Ağrı yöresinde köpeklerde echinococcus granulosus yumurtaları ile koyun ve sığırlardan elde edilen kistik ekinokokkoz izolatlarının CYTB gen bölgesinin moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of CYTB gene region of echinococcus granulosus eggs in dogs and cystic echinococcosis isolates obtained from sheep and cattle by molecular methods in ağri province
Yazar: RAHMİ YILDIZ
Danışman: PROF. DR. HASAN YILMAZ ; DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMED GALİP HALİDİ
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Parazitoloji Ana Bilim Dalı / Parazitoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Ağrı = Ağrı ; Echinococcus granulosus = Echinococcus granulosus ; Genotip = Genotype ; Koyunlar = Sheep ; Paraziter hastalıklar = Parasitic diseases ; Parazitler = Parasites ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Bu çalışmanın amacı, Ağrı yöresinde kesimi yapılan sığır ve koyunlardan elde edilen hidatik kist örnekleri ile köpeklerin dışkı örneklerinde saptanan E. granulosus yumurtalarının mitokondriyal CYTB gen bölgesini karakterize ederek suşları ve meydana gelen mutasyonları belirlemektir. Çalışma, Ağrı merkez ve ilçeleri ile Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazitoloji Anabilim Dalı Araştırma Laboratuvarında 15.06.2021- 15.06.2022 tarihleri arasında yürütüldü. Çalışmaya kesimleri yapılan 100 sığır ve 100 koyuna ait hidatik kist örneği ile 200 adet sahipsiz köpeğe ait dışkı örnekleri dahil edildi. Toplanan kist sıvısı örnekleri mikroskobik olarak incelendi. Kistlerin germinal membranından ve dışkı örneklerindeki parazit yumurtalarından DNA izolasyonu yapıldı. Parazitin mitokondriyal CYTB gen bölgesi, CYTBF ve CYTBR primerleri kullanılarak PCR yöntemi ile çoğaltıldı. Örnekler agaroz jelde yürütüldü ve 1609 bp'lik bölgede bant veren örneklerin sekans analizleri yaptırıldı. Elde edilen genomik dizilimler GenBank'taki referans suşlar ile karşılaştırılıp raporlandı. Kistlerin koyunlarda en yüksek oranda akciğerlerde, sığırlarda ise karaciğerde yerleştiği belirlendi. Koyun kistlerinin %75'inin, sığır kistlerinin ise %25,61'inin fertil olduğu saptandı. Mikroskobik olarak incelenen 200 köpeğe ait dışkı örneğinin %6'sında Taenia spp./ Echinococcus spp. yumurtası görüldü. PCR yöntemi ile incelenen 50 dışkı örneğinin dördünde E. granulosus yumurtası saptandı. Sekans analizi yaptırılan 10 sığır, 10 koyun ve dört köpek örneğinin tümünün G1 suşu olduğu belirlendi. Sekans sonuçlarının incelenmesinde beş örneğin farklı bölgelerinde bir veya birden fazla mutasyonlar görüldü. Sonuç olarak, Ağrı yöresinde G1'in baskın suş olduğu belirlendi. Hastalığın yayılmasının önlenmesi için hayvan kesimlerinin kontrollü yapılması, kist hidatikli organların köpek ve köpekgiller tarafından yenilemeyecek şekilde imha edilmesi konusunda halkın bilgilendirilmesi gerektiği kanaatine varıldı.

Abstract:
The aim of this study was to characterize the mitochondrial CYTB gene region of hydatid cyst samples obtained from cattle and sheep slaughtered in the Ağrı region and E. granulosus eggs detected in stool samples of dogs and to determine the strains and mutations. The study was carried out between 15.06.2021 and 15.12.2022 in Ağrı center and its districts and Van Yüzüncü Yıl University Faculty of Medicine Parasitology Department Research Laboratory. Hydatid cyst samples of 100 cattle and 100 sheep slaughtered and stool samples of 200 stray dogs were included in the study. Collected cyst fluid samples were examined microscopically. DNA was isolated from the germinal membrane of the cysts and from the parasite eggs in the stool samples. Mitochondrial CYTB gene region of the parasite was amplified by PCR method using CYTBF and CYTBR primers. The samples were run on agarose gel and sequence analyses of the samples showing bands in 1609 bp region were performed. The obtained genomic sequences were compared with the reference strains in GenBank and reported. It was determined that the highest rate of cysts was located in the lungs of sheep and liver of cattle. It was determined that 75% of sheep cysts and 25,61% of cattle cysts were fertile. Taenia spp/ Echinococcus spp eggs were seen in 6% of the stool samples of 200 dogs examined microscopically. E. granulosus eggs were detected in four of 50 stool samples analysed by PCR method. It was determined that all of the 10 cattle, 10 sheep and four dog samples, which were sequenced analysis, were G1 strains. In the analysis of the sequence results, one or more mutations were seen in different regions of the five samples. As a result, it was determined that G1 was the dominant strain in Ağrı region. In order to prevent the spread of the disease, it was concluded that the public should be informed about the controlled slaughter of animals and the destruction of hydatid organs in a way that cannot be eaten by dogs and canines.