Çanakkale ili ıspanak üretim alanlarında hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic Virus; CMV) enfeksiyonunun tanılanması ve karakterizasyonu
Determination and molecular characterization of Cucumber mosaic Virus (CMV) infection on spinach production fields of Çanakkale province, Turkey
Yazar: ALİ KURTOĞLU
Danışman: PROF. DR. SAVAŞ KORKMAZ
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Önemli bir kış sebzesi olan ıspanak hemen hemen ülkemizin her bölgesinde yetiştirilmektedir. Yetiştiriciliği diğer kış sebzelerine göre kısmen daha kolay olması nedeni ile üreticiler tarafından tercih edilmektedir. Ayrıca sahip olduğu besin içeriği sayesinde de ülkemizde oldukça çok tüketilen bir sebzedir. Ülkemizde hem üreticiler hem de tüketiciler tarafından tercih edilen bu sebzenin yetiştiriciliğinde virüs hastalıkları önemli bir sorun oluşturmaktadır. Virüs hastalıkları verimde azalmalara ve ürünün pazar değerini yitirmesine sebep olabilmektedir. Hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic virus; CMV)'de önemli viral hastalıklardan bir tanesidir. Ülkemizin farklı bölgelerinde CMV'nin varlığı ıspanak üretim alanlarında tespit edilmiş, fakat moleküler olarak karakterizasyonu gerçekleştirilmemiştir. Etmenin moleküler karakterizasyonu amacı ile, Çanakkale ili ve ilçelerinde ıspanak bitkisinin yetiştiriciliğinin yapıldığı ticari üretim alanları ve ev bahçelerinde 2016-2017 yılları üretim sezonunda arazi çalışmaları yürütülmüştür. Yapılan arazi çalışmalarında virüs ve virüs benzeri simptom gösteren ıspanak bitkilerinden 66 ıspanak örneği toplanmıştır. Toplanan örnekler CMV'nin varlığının belirlenmesi amacıyla DAS-ELISA yöntemiyle test edilmiştir. DAS-ELISA testleri sonucunda 66 örnekten 4'ü (%6) CMV ile enfekteli bulunmuştur. Enfekteli bulunan izolatlar arasından bir tanesi (CNK21) rastgele seçilerek moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Moleküler karakterizasyon çalışmaları sonucunda Çanakkale CMV ıspanak izolatı dünya CMV izolatları ile nükleotid düzeyinde %87−98 ve aminoasit düzeyinde ise %91−99 oranında benzerlik göstermiştir. Ayrıca gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda bu izolatın altgrup IA'da yer aldığı belirlenmiştir.

Abstract:
Spinach, which is an important winter vegetable, is grown in almost every region of our country. It is preferred by producers because its cultivation is relatively easy compared to other winter vegetables. In addition, due to its nutritional content, spinach is a widely consumed vegetable in Turkey. Viral diseases present a significant problem in spinach cultivation in our country. These viral diseases can lead to reductions in yields and loss of market value. Cucumber mosaic virus (CMV) is one of these viral diseases. The presence of CMV has been found in spinach production areas in different regions of our country, but molecular characterization of these isolates has not yet been carried out. For the molecular characterization of CMV, field studies were conducted in commercial production areas and home gardens in which spinach plant cultivation was carried out in Çanakkale province and its districts during the 2016–2017 production season. In field studies, sixty-six spinach samples showing viral and viral-like symptoms were collected. The collected samples were tested by double antibody sandwich-enzyme linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) for the presence of CMV. As a result of the DAS-ELISA tests, four (6%) of 66 samples were found to be infected with CMV. One isolate (CNK 21) among the CMV-infected samples was chosen randomly, and molecular characterization of CNK 21 was performed. As a result of this molecular characterization, the CNK 21 isolate showed 87%−98% and 91%−99% agreement with global CMV isolates at the nucleotide and amino acid levels, respectively. Moreover, it was determined that this isolate was included in the subgroup IA as a result of phylogenetic analyzes.