Bazı propolis fenoliklerinin HIV-1 revers transkriptaz ile moleküler interaksiyonu: moleküler docking (kenetlenme) çalışması
Molecular interaction of some propolis phenolics with HIV-1 reverse transcriptase: A molecular docking study
Yazar: ZÜBEYDE COŞKUN
Danışman: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
HIV'in neden olduğu AIDS, dünya çapında yaygın olup insan bağışıklık sistemini baskılayarak, vücudu enfeksiyonlara karşı savunmasız bırakmaktadır. Standart antiretroviral ilaçlara karşı HIV-1 direnci görülme sıklığı artmakta ve şu anda kullanımda olanlardan daha az toksik ve ucuz ajanlara ihtiyaç duyulduğundan, doğal ürünler arasından yeni tedaviler aranmaktadır. Aranan bu tedaviler arasında, propolisin antiviral özelliği (Gekker vd., 2005) ve Revers transkriptaz inhibitörü olma özelliği ona olan ilgiyi arttırmaktadır. Bu yüzden, dünyada büyük bir sorun olan HIV-1'in tedavisinde propolis iyi bir aday olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, tasarlanan ligandlar filtrelenerek ilaç olma özelliğine sahip olabilecek propolisin yapısında bulunan sekiz fenolik madde ligand olarak Autodock4 programı ile bir RT kristal yapısı olan 3qip.pdb yerleştirildi. Yerleştirme sonucunda CAPE (Caffeic acid phenetyl ester)  ligandı -8,65 kcal/mol'lük skor ile RT enzimine en iyi bağlanan ligand olarak belirlendi. Diğer yedi ligandın da enzim için iyi yerleşme skorları verdiği gözlendi. Sonuç olarak HIV-1 revers transkriptaz için inhibitör adayı olan yeni ligandların tasarımı gerçekleştirildi. Daha önceki çalışmalarda etki mekanizması çoğunlukla virüsün hücre içine girişini bloke etmeye yönelik iken (Harish vd., 1997), bizim çalışma hedefimizin ise HIV-1 Revers transkriptaz enziminin inhibisyonuna yönelik olmasıdır. Dolayısı ile hedeflediğimiz yön itibariyle yenilikçi ve ümit vaat edicidir.

Abstract:
AIDS caused by HIV is common worldwide and suppresses the human immune system, leaving the body vulnerable to infections. The incidence of HIV-1 resistance to standard antiretroviral drugs is increasing and new treatments are sought from natural products, as less toxic and cheaper agents are needed than those currently in use. Among these treatments sought, the antiviral properties of propolis (Gekker et al., 2005) and the property of being a Reverse transcriptase inhibitor increase the interest in it. Therefore, propolis emerges as a good candidate in the treatment of HIV-1, which is a big problem in the world. In this study, designed ligands were filtered and eight phenolic substances from propolis contents, which could have the properties of being a drug, were placed as ligands 3qip.pdb, an RT crystal structure, with Autodock4 program. CAPE (Caffeic acid phenetyl ester) ligand was determined as the ligand that binds the RT enzyme best with a score of -8.65 kcal/mol. The other seven ligands were also observed to give good settling scores for the enzyme. As a result, new ligands that are inhibitor candidate for HIV-1 reverse transcriptase were designed. While the mechanism of action in previous studies was mostly to block the entry of the virus into the cell (Harish et al., 1997), our study goal is to inhibit the HIV-1 reverse transcriptase enzyme. Therefore, it is innovative and promising in terms of our purpose.