Türkiye'de yayılış gösteren Bolboschoenus palla cinsine ait türlerin filogenetik analizi ve DNA barkodlaması
Phylogenetic analysis and DNA barcoding of species of the genus Bolboschoenus palla distributing in Turkey
Yazar: HİLAL NUR VURAL
Danışman: PROF. DR. CEM VURAL ; DR. ÖĞR. ÜYESİ HANDAN ŞAPCI SELAMOĞLU
Erciyes Üniversitesi / Gevher Nesibe Genom ve Kök Hücre Enstitüsü  / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA ; DNA barkodlama = DNA barcoding ; Filogenetik = Phylogenetic ; Gen bankası = Gene bank

Özet:
Yeryüzünde tohumlu bitkiler, 642 familya, 17.020 cins ve 350.699 türden oluşmaktadır. Ülkemiz ise, sahip olduğu tür, cins ve familya çokluğu nedeniyle zengin bir bitki örtüsüne sahip olmakla birlikte flora bakımından Güney Avrupa ile Asya floraları arasında bir bağlantı oluşturur. Türkiye, bitki taksonu sayısı bakımından Avrupa'nın birçok zengin ülkesinin yanısıra, komşu olan ülkeler arasında da en zengin ülkedir.
Bitki türlerinin morfolojik yapısına bağlı olarak yapılan taksonomik sınıflandırma; bitkinin yaşına, fizyolojik durumuna bağlı olmakla birlikte bazen de yeterli olmamaktadır. Ayrıca morfolojik karakterleri birbirine çok benzer görünse de bu türler birbirinden farklı da olabilir. Bitki türleri arasındaki filogenetik ve taksonomik ilişkilerinin doğru bir şekilde belirlenmesinde ve her bir türün DNA Barkodlamasının yapılması amaçlanmıştır. 'DNA barkodu'' kavramı ilk olarak Hebert ve arkadaşları tarafından kullanılmıştır. DNA barkodlama, her türe özgü DNA profilini ortaya çıkaran bir yöntemdir. Bu yöntemde, organizma genomlarındaki DNA dizi farklılıklarının, tıpkı marketlerdeki ürünlerin barkodlanması gibi canlıların da tür seviyesinde tanımlanmasını sağlayacak biyolojik barkodlar olarak kullanılabileceğidir. Böylece, morfolojik olarak tanınamayacak ya da tanımlanamayan türlerin teşhisini sağlayacak evrensel bir tür teşhis anahtarı oluşturulması mümkündür. Bu teşhis anahtarını kullanırken; canlı örneğinden elde edilen DNA dizileri ile DNA barkod veri tabanlarında araştırıcılar tarafından önceden yüklenmiş DNA dizilerinin karşılaştırılması ve eşleştirilmesi gerekmektedir. Bu çalışma DNA (ITS), kloroplast (trnL), MatK ve rbcL gen bölgelerinin dizi analizi yardımıyla Türkiye'de yayılış gösteren Bolboschoenus Palla taksonlarının moleküler biyoloji teknikleri yardımıyla genetik yapısı belirlenmiş, elde edilen DNA dizi verileriyle dünyanın farklı bölgelerinde araştırma yapan bilim insanları tarafından Gen bankasında depo edilen veriler birleştirilmiştir. Bu birleştirmeler sonucunda, filogenetik analizler incelenmiş elde edilen veriler ışığında, Türkiye'nin biyolojik çeşitliliğine katkı sağlanması amaçlanmıştır.

Anahtar Kelimeler: Bolboschoenus latiacarpus, matK, rbcL, trnL, Gen Bank, DNA, Barkod

Abstract:
Seed plants on earth consist of 642 families, 17,020 genera and 350,699 species. Our country, on the other hand, has a rich flora due to the diversity of species, genera and families it has, and creates a link between the flora of Southern Europe and Asia in terms of flora. In terms of the number of plant taxa, Turkey is the richest country among the neighboring countries as well as many rich countries in Europe.
Taxonomic classification based on the morphological structure of plant species; Depending on the age and physiological condition of the plant, sometimes it is not enough. In addition, although their morphological characters seem very similar to each other, these species can also be different from each other. It is aimed to accurately determine the phylogenetic and taxonomic relationships between plant species and to make DNA barcoding of each species. The concept of 'DNA barcode' was first introduced by Hebert et al. (2003) used by DNA barcoding is a method that reveals the DNA profile specific to each species. In this method, DNA sequence differences in organism genomes can be used as biological barcodes that will enable living things to be identified at the species level, just like barcoding products in grocery stores. Thus, it is possible to create a universal species identification key that will enable the identification of species that cannot or cannot be identified morphologically. When using this diagnostic key; It is necessary to compare and match the DNA sequences obtained from the living sample with the DNA sequences preloaded by the researchers in DNA barcode databases. This study was conducted with the help of sequence analysis of DNA (ITS), chloroplast (trnL), MatK and rbcL gene regions. The data stored in the bank are combined. As a result of these combinations, phylogenetic analyzes were examined and in the light of the data obtained, it was aimed to contribute to the biological diversity of Turkey.

Key Words: Bolboschoenus latiacarpus, matK, rbcL, trnL,  Gene Bank, DNA, Barcod