Alkaptonuri hastalığına neden olan mutasyonların tanısı
The diagnosis of the mutations which cause alkaptonuria disease
Yazar: EBRU HATİPOĞLU
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Alkaptonuri hastalığı, otozomal resesif geçiş gösteren ve dünyada nadir görülen kalıtsal metabolik bir hastalıktır. Alkaptonuri hastalığına HGD (Homogentizik dioksigenaz) geninde meydana gelen mutasyonlar neden olur. Bu çalışmada, Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi Metabolizma Kliniği'nde tanı konan toplam on üç alkaptonuri hastasının genomik DNA örnekleri kullanılarak, HGD genine ait 14 protein kodlayıcı tüm ekzonik nükleotit dizileri ile ekzon-intron bağlantısında yer alan nükleotit dizileri için doğrudan dizi analiz yöntemi kullanılarak mutasyon taraması yapılmıştır. Mutasyon taraması sonuçları değerlendirildiğinde, HGD geni için, altı hastanın mutasyonları homozigot olarak, diğer altı hastanında bileşik heterozigot olarak mutasyonları taşıdıkları saptanmıştır. Sadece bir hastada mutasyon tanımlanamamıştır. DNA dizi analizi sonucu saptanan mutasyonlar sınıflandırıldığında, daha önceden literatürde rapor edilmemiş beş yanlış anlamlı (N219S, R225C, P274L, G251D, V316I) mutasyon, bir delesyon (c.1115delGAC) ve bir insersiyon tipi mutasyon (c.656insAATCAA) ilk kez bu çalışmada tanımlanmıştır. Bulunan diğer mutasyonlar ise farklı çalışma grupları tarafından daha önceden tanımlanmış olan bir çerçeve kayması (R58fs) ve üç farklı yanlış anlamlı (R330S, G161R, R53W) mutasyonlardır. Tanımlanan mutasyonlar birbiriyle akrabalık ilişkisi bulunmayan 50 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubu kullanılarak taranmış olup, bu mutasyonların sağlıklı bireylerde bulunmadığı DNA dizi analizi ile doğrulanmıştır. Ayrıca, hastalarda daha önceden tespit edilmiş olan H80Q, IVS2+35T/A ve IVS5+25T/C polimorfizmleri de saptanmıştır.

Abstract:
Alkaptonuria is a hereditary metabolic disease which shows autosomal recessive transition and is seen rarely in the world. Mutations occured in HGD gene cause alkaptonuria. In this study, mutation screening of all the nucleotide sequences of 14 protein encoding exons and the nucleotide sequences in exon-intron boundaries for homogentisate dioxygenase gene in thirteen alkaptonuria patients who have been clinically diagnosed at Hacettepe University, Faculty of Medicine, İhsan Doğramacı Children Hospital, Metabolism Unit has been carried out by direct DNA sequencing analysis.When the results of mutation screening has been evaluated, it has been determined that six patients are carrying mutations as a homozygous state, while the other six patients are compound heterozygote for HGD gene. Mutation could not be identified only in one patient. As a result of classification of the mutations by DNA sequence analysis, five novel missense (N219S, R225C, P274L, G251D, V316I), one deletion (c.1115delGAC) and one insertion type mutations, (c.656insAATCAA) have been reported firstly by this study and one frame shift (R58fs) and three missense mutations, (R330S, G161R, R53W) that have been identified previously by different groups, have been found. Identified mutations have been screened by using selected 50 individuals as healthy control group who have no relationship with each other and it has been verified that these mutations do not exist in healthy individuals by the direct sequencing analysis.. Moreover, known H80Q, IVS2+35T/A ve IVS5+25T/C polymorphisms has also been found in the patients.