hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Sonsuz aralıkta m-nokta impulsive sınır değer problemleri
Impulsive m- point boundary value problems on infinite interval
Yazar: NUR DENİZ DOST ESER
Danışman: PROF. DR. İLKAY KARACA
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı / Matematik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Matematik = Mathematics

Özet:
Tezimiz temelde 4 ana bölümden oluşmaktadır.
İlk bölümde, tezin konusu ve bu konuda daha önce gerçekleştirilen benzer
çalışmalara ait bilgiler verilmiştir.
İkinci bölümde, tez boyunca kullanılacak tanım ve teoremler verilmiştir.
Tezin üçüncü kısmında, impulsive sınır değer problemleri için en az bir
ve en az iki pozitif çözümün varlığını kanıtlayan teoremler sunularak bir örnek
verilmiştir.
Dördüncü Bölümde ise yapılan çalışmanın sonucundan bahsedilmiştir.

Abstract:
This thesis includes four Sections.
The first Section outlines the central theme of the thesis and previous
studies done on the subject. Information about similar studies is given in this
section.
The definitions and theorems regarding the thesis are introduced in the
second section.
In the third Section, at least one and at least two positive solution
theorems that prove their existence were presented for the impulsive boundary
value problem.And an example is given
In the fourth Section, the results are mentioned.
Tüm vücut andulasyon terapinin yüzeyel kas elektromiyografisi akut yanıtları
Acute responses of whole body andullation theraphy on superface electromyography
Yazar: HAYRİYE GARİP DEMİR
Danışman: PROF. DR. MEHMET ZEKİ ÖZKOL
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Spor Sağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Spor = Sports

Özet:
Çalışmanın amacı; andulasyon cihazının tüm vücut terapi akut uygulaması ile elektromiyografik ve vücut ısıl veriler üzerindeki etkilerini araştırmaktır.
Çalışmada analizler SPSS 25 ile yapılmış ve istatistiki anlamlılık düzeyi olarak p<0.05 kabul edilmiştir. EMG verilerine parametrik olmayan ve ısıl verilere de  parametrik analiz teknikleri uygulanmıştır.  Çalışmaya İzmir ilinden 18-30 yaş aralığında ve normal kilolu (BKİ 18-24,9 m2) 12 kadın, 6 erkek olmak üzere toplam 18 sağlıklı kişiler katılmıştır.
Çalışmamız tek seans olarak gerçekleştirilmiştir. Uygulama; sırasıyla 5 dakika dinlenme, 15 dakika andulasyon ve 5 dakika dinlenme olacak şekilde toplam 25 dakika sürmüştür. Uygulama süresince Deltoid, Biceps Brachii, Pectoralis, Rectus Abdominis, Rectus Femoris ve Tibialis Anterior kaslarına ait yüzeyel EMG (yEMG) verileri devamlı olarak alınmış, ısı verileri ise dakikada bir kaydedilmiştir.  
Araştırma sonuçları değerlendirildiğinde ise; andulasyon terapinin dinlenme esnasında düşen yEMG verilerini arttırdığı sonucuna varılmıştır. Andulasyon terapi bittikten hemen sonra yEMG verileri düşüş yönünde değişim gerçekleşmiştir. Vücut deri sıcaklıklarının da andulasyon terapi ile azaldığı ve andulasyon terapi sonrasında arttığı gözlemlenmiştir.

Abstract:
on Superface Electromyography
The aim of the research is to examine the effects of the andullation device on electromyographic and body temperature with acute responses of whole body therapy.
Analyzes in the study were conducted with SPSS 25 and it was accepted as the statistical significance level p<0.05. Non-parametric analysis techniques were applied to EMG and parametric analysis techniques were applied to body temperature. A total of 18 healthy volunteers, 12 women and 6 men, aged 18-30 and of normal weight (BKİ 18-24,9 m2), from Izmir participated in the study.
Our study was conducted as a single session. The study lasted for a total of 25 minutes, consisting of 5 minutes of rest, 15 minutes of andullation and 5 minutes of rest, respectively. During the study, Surface EMG (sEMG) data of the Deltoid, Biceps Brachii, Pectoralis, Rectus Abdominis, Rectus Femoris and Tibialis Anterior muscles were recorded continuously, and temperature data were recorded every minute. 
When the research results were evaluated; it was concluded that andullation therapy increased sEMG data, which decrease during rest. sEMG data decreases immediately after andullation therapy is completed. Body temperatures have also been observed to decrease with andullation therapy and increase after andullation theraphy.
Humik asit dozlarının arpa verim ve kalite komponentleri üzerine etkisi
Effect of humic acid doses on barley yield and quality components
Yazar: HATİCE TUĞCU
Danışman: PROF. DR. NESRİN ÖRÇEN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı / Bitki Islahı ve Genetiği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Amino asitler = Amino acids ; Hümik asit = Humic acid ; Kalite = Quality ; Verim = Yield

Özet:
Kimyasal gübrelerin yeraltı suları ve ekolojik denge üzerindeki olumsuz etkilerini azaltmak için son yıllarda toprak düzenleyicilerin (humik asit, fulvik asit) ve organik gübrelerin kullanımı gündeme gelmiştir. Bu çalışmada, farklı arpa çeşitlerinde verim ve kalite unsurları üzerinde uygun humik asit dozunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Deneme bölünmüş parseller deneme desenine göre Ege Bölgesi'nde yaygın olarak yetiştirilen ticari 3 farklı arpa çeşidi (Alhisar, Azizbey, Atabeyi) ve 5 farklı humik asit dozu (0, 100, 150, 200, 250 ml/da) 3 tekerrürlü olarak uygulanmıştır. Uygulanan dozlar arasında 200 ml/da humik asit uygulamasında: bitki boyu (106 cm), başak uzunluğu (6.6 cm), başak ağırlığı (3.06 g), başakta tane sayısı (57.2 adet), bin dane ağırlığı (44.6 g), hektolitre (70.3 kg/L), protein (%10.9), histin (%2.6), lösin (%8.5), methionin (%2.6), fenilalanin (%4.8), treonin (%3.5), ve valin (%4.7) değerlerinde diğer dozlara göre en yüksek sonuçlar elde edilmiştir.  Azizbey çeşidi bin tane ağırlığı, aminoasit içerikleri ve hektolitre değerleri bakımından üstün özellik göstermiştir.

Abstract:
In order to reduce the negative effects of chemical fertilizers on groundwater and ecological balance, the use of soil conditioners (humic acid, fulvic acid) and organic fertilizers has been on the agenda in recent years. In this study, it was aimed to determine the appropriate humic acid dose on yield and quality elements in different barley varieties. The experiment was applied to 3 different commercial barley varieties (Alhisar, Azizbey, Atabeyi) commonly grown in the Aegean Region according to the split plot design and 5 different humic acid doses (0, 100, 150, 200, 250 ml/da) with 3 replications. Among the applied doses, in 200 ml/da humic acid application, the highest results were obtained in the following values: plant height (106 cm), spike length (6.6 cm), spike weight (3.06 g), grain number per spike (57.2 grains), thousand grain weight (44.6 g), hectoliter (70.3 kg/L), protein (%10.9), histine (%2.6), leucine (%8.5), methionine (%2.6), phenylalanine (%4.8), threonine (%3.5), and valine (%4.7) compared to the other doses. Azizbey variety showed superior characteristics in terms of thousand grain weight, amino acid contents and hectoliter values.
Antikanser ilaçlar için taşıyıcı olma potansiyeline sahip nanomalzeme geliştirilmesi ve in vitro uygulamaları
Development of nanomaterial which has a potential as a carrier for anti-cancer drugs and in vitro applications
Yazar: DERYA SELCEN SALMANOĞLU
Danışman: PROF. DR. DİLEK ODACI
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomedikal Teknolojiler Ana Bilim Dalı / İleri Biyomedikal Teknolojiler Sanayi Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Kanser tedavisinde sıklıkla kullanılan geleneksel kemoterapi bir dereceye kadar başarılı olsa da biyoyararlanımının düşük olması, yüksek doz gereksinimi, yan etkiler, düşük terapötik indeksler, spesifik olmayan hedefleme gibi önemli dezavantajları bulunmaktadır. Hedefe yönelik ilaç taşıyıcı sistemler arasında yer alan mezoporlu silika nanopartiküller (MSN'ler) ayarlanabilir partikül boyutu, geniş yüzey alanı ve multifoksiyonel yüzeyi nedeni ile, son yıllarda diğer ilaç taşıyıcılarına göre daha fazla tercih edilmektedirler. Bu çalışmada, kanser hücreleri yüzeyinde farklanan lektin bileşimindeki yapısal ve tip farklılıklarından dolayı çeşitli şeker ligandları (mannoz,galaktoz,laktoz), kanser hücrelerini hedeflemek için seçildi ve MSN'ler bu şeker ligandlarıyla modifiye edildi. MSN'lerin karakterizasyonunda Dinamik Işık Saçılımı (DLS) ve Zeta Potansiyel, Taramalı Elektron Mikroskobu-Enerji Dağılımlı X-Işını Spektrometresi (SEM/EDS) ve Fourier Dönüşümü Kızılötesi Spektrometresi (FTIR) ile analizler yapıldı. Antikanser ilaç olan ibrutinib MSN'lere yüklendi ve ilaç salım çalışmaları gerçekleştiirldi. Daha sonra MCF-7 hücre hattı ile in vitro sitotoksisite çalışmaları yapıldı. Elde edilen sonuçlar değerlendirildiğinde, ilaç yüklenen şeker ile modifiye edilmiş ve edilmemiş MSN'ler, serbest ilaca kıyasla kanser hücrelerine karşı artan toksik etki göstermiştir.

Abstract:
Although conventional chemotherapy, which is frequently used in cancer treatment, is successful to some extent, it has significant disadvantages such as low bioavailability, high dose requirement, side effects, low therapeutic indices, and non-specific targeting. Mesoporous silica nanoparticles (MSNs), one of the targeted drug carrier systems, have been preferred more than other drug carriers in recent years due to their tunable particle size, large surface area, and multifunctional surface. In this study, various sugar ligands (mannose, galactose, lactose) were selected to target cancer cells. MSNs were modified with these sugar ligands due to structural and type differences in the lectin composition on the surface of cancer cells. MSNs were characterized by Dynamic Light Scattering (DLS) and Zeta Potential, Scanning Electron Microscopy-Energy Dispersive X-Ray Spectroscopy (SEM/EDS) and Fourier Transform Infrared Spectrometry (FTIR). The anticancer drug ibrutinib was loaded into MSNs and drug release studies were performed. Then in vitro cytotoxicity studies were conducted with MCF-7 cell line. When the results obtained were evaluated, drug-loaded sugar-modified and unmodified MSNs showed increased toxic effects against cancer cells compared to free drugs.
Akciğer adenokarsinom olgularında doku, likit biyopsi ve ekshale soluk kondensat örneklerinde EGFR, BRAF, KRAS ve NRAS gen mutasyonlarının real tıme pcr yöntemiyle saptanması ve karşılaştırılması
Detection and comparison of EGFR, BRAF, KRAS and NRAS gene mutations in tissue, liquid biopsy and exhaled breath condensate samples in lung adenocarcinoma cases by real time pcr method
Yazar: DUYGU ATEŞ
Danışman: DOÇ. DR. ORTAÇ ONMUŞ ; DOÇ. DR. ASLI TETİK VARDARLI
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Son yıllarda moleküler onkolojideki gelişmelerle birlikte, Küçük Hücreli Olmayan Akciğer Kanseri'nin bir alt tipi olan Adenokarsinom tanısı almış hastalarda moleküler belirteçlere dayalı hedefe yönelik tedavilerde ilerlemeler kaydedilmiştir. Bu hedefe yönelik tedavi yaklaşımlarının bir gereği olarak, sürücü mutasyonları ile tüm ileri, muhtemel ve kesin tanı almış hastaların taranması standart bir prosedür olarak kabul edilmiştir. EGFR, BRAF, KRAS, ALK, ROS1 mutasyonları hedefe yönelik tedavi seçeneklerini belirlemek için rutin prosedürün bir parçası haline gelmiştir. Moleküler testler genellikle bronkoskopik küçük biyopsi veya görüntü rehberliğinde ince iğne aspirasyon örnekleri kullanılarak yapılır. Doku biyopsileri oldukça invaziv prosedürlerdir, bu nedenle hasta için rahatsız edicidir, maliyetlidir, kolayca tekrarlanamaz ve komplikasyonlara neden olabilir. Genel amaçlarımız, akciğer kanserinin moleküler tanısında ekshale edilen nefes kondensat örneklerinden alınan cfDNA'da (Hücresiz DNA – Cell Free DNA) EGFR, BRAF, KRAS ve NRAS mutasyonlarını tespit etmek ve sonuçları sıvı ve doku biyopsi örnekleriyle karşılaştırmaktır. Son olarak, bu yeni yöntemi rutin klinik uygulamalara taşımaya çalışıyoruz.

Abstract:
With the developments in molecular oncology in recent years, advances have been made in targeted therapies based on molecular markers in patients diagnosed with Adenocarcinoma, a subtype of Non-Small Cell Lung Cancer. As a requirement of these targeted treatment approaches, screening of all advanced, probable and definitively diagnosed patients by driver mutations has been accepted as a standard procedure. EGFR, BRAF, KRAS, ALK, ROS1 mutations have become part of the routine procedure for determining targeted therapy options. Molecular tests are usually performed by using a bronchoscopic small biopsy or image-guided fine-needle aspiration samples. Tissue biopsies are rather invasive procedures, thus they are uncomfortable for the patient, costly, not easily repeated, and can create complications. Our general aims are to detect EGFR, BRAF, KRAS, and NRAS mutations in cfDNA from exhaled breath condensate samples in the molecular diagnosis of lung cancer, and to compare the results with the liquid and tissue biopsy samples. Finally, we try to bring this new method into practice in routine clinical applications.
Bornova koşullarında bazı kişniş (Coriandrum sativum l.) genotiplerinde morfolojik özelliklerin incelenmesi
Investigation of morphological characteristics of some coriander (Coriandrum sativum L.) genotypes in Bornova conditions
Yazar: ARMAN KILINÇ
Danışman: DOÇ. DR. REFİYE REFİKA AKÇALI GIACHINO
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı / Bitki Islahı ve Genetiği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu araştırma Bornova ekolojik koşullarında farklı kişniş (Coriandrum sativum L.) genotiplerinin bazı verim ve morfolojik özellikleri incelenmesi amacıyla Ege Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Bölümü Araştırma ve Uygulama Alanında 2023 yılı vejetasyon döneminde yürütülmüştür. Çalışma kapsamında, kişniş bitkilerinin bitki boyu, sap ağırlığı, bin tane ağırlığı, tohum eni, tohum boyu ve tohum verimi değerlendirilmiştir.
Denemeler, augmented deneme desenine göre düzenlenmiş olup, yirmi farklı kişniş genotipi (tescilli çeşitleri, Türk popülasyonları, introdüksiyon, gen bankası ve ıslah materyalleri) materyal olarak kullanılmıştır. Elde edilen veriler "R" istatistik programı ile değerlendirilmiş ve genotipler arasındaki farklılıklar AÖF testi ile ortaya konmuştur. 
Araştırmada, bitki boyu 59.10-74.90 cm, sap ağırlığı 224.25-700.25 g, bin tane ağırlığı 8.84-15.53 g, tohum eni 3.34-5.16 mm, tohum boyu 3.08-5.50 mm, tohum verimi 17.25-90.25 g/parsel arasında değişmiştir. Fransa Botanic genotipi tohum verimi ve sap ağırlığı bakımından, GB-2 genotipi sap ağırlığı ve BTA bakımından öne çıkan genotipler olmuştur.

Abstract:
This research was conducted during the 2023 vegetation period at Ege University, Faculty of Agriculture, Department of Field Crops, Research and Application Area, to examine certain yield and morphological characteristics of different coriander (Coriandrum sativum L.) genotypes under the ecological conditions of Bornova. Within the scope of the study, plant height, stem weight, thousand-seed weight, seed width, seed length, and seed yield of coriander plants were evaluated.
The trials were arranged according to the augmented trial design, and twenty different coriander genotypes (registered varieties, Turkish populations, introductions, gene bank, and breeding materials) were used as material. The obtained data were analyzed using the "R" statistical software, and differences among the genotypes were determined by the LSD (Least Significant Difference) test.
In the study, plant height ranged between 59.10 and 74.90 cm, stem weight between 224.25 and 700.25 g, thousand-seed weight between 8.84 and 15.53 g, seed width between 3.34 and 5.16 mm, seed length between 3.08 and 5.50 mm, and seed yield between 17.25 and 90.25 g/plot. The France Botanic genotype stood out in terms of seed yield and stem weight, while the GB-2 genotype excelled in stem weight and thousand-seed weight.
Alternatif bir substrat olarak yerfıstığı kabuğu kompostunun fesleğen fide üretimi ve gelişimi üzerine etkisi
Effect of peanut shell compost as an alternative substrate on basil seedling production and development
Yazar: UMUT ATEŞ
Danışman: DOÇ. DR. BİHTER ÇOLAK ESETLİLİ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı / Bitki Besleme Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Tüm dünyada, torf, kayayünü ve kokopit gibi bitki yetiştirme ortamları, topraksız tarım ve fide üretimi amaçlı yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak bu materyallerin yüksek maliyetli olması nedeniyle, çevre dostu ve ekonomik alternatif yetiştirme ortamlarına yönelik arayışları artmıştır. Bu bağlamda, yerel, düşük maliyetli, kolay erişilebilir ve biyolojik olarak ayrışabilen organik materyallere yönelik çalışmalar son yıllarda ivme kazanmıştır. 
Ülkemizde ve dünya genelinde geniş alanlarda üretilen yerfıstığının kabukları, genellikle hayvancılıkta yem katkısı ya da endüstride yakıt olarak kullanılmaktadır. Ancak bu geleneksel kullanım şekilleri, yerfıstığı kabuklarının potansiyel yararlılığını tam olarak ortaya koymamaktadır. Bu amaçla çalışmada, yerfıstığı kabuğu ile çim atığı karışımı ile elde edilen kompostun, fide üretiminde torfa alternatif bir yetiştirme ortamı olarak kullanılabilirliğinin araştırılması planlanmıştır. Torf, yerfıstığı kabuğu kompostu ve farklı oranlarda torf+kompost karışımlarından oluşan 5 değişik bitki yetiştirme ortamının, fesleğen fidesi gelişimi, bazı agronomik özellikleri (gövde çapı, gövde/kök uzunluğu, yaş/kuru ağırlığı) ile bitki besin element içerikleri (N, P, K, Ca, Mg) içerikleri üzerine etkisi değerlendirilmiştir.

Anahtar kelimeler: Kompost, Yerfıstığı, Fesleğen, Yetiştirme Ortamı, Sürdürülebilir Tarım

Abstract:
Throughout the world, growing media such as peat, rockwool, and cocopeat are widely used for soilless agriculture and seedling production. However, due to the high costs associated with these materials, there has been an increasing search for environmentally friendly and economical alternative growing media. In this context, research on local, low-cost, easily accessible, and biologically degradable organic materials has gained momentum in recent years.
Peanut shells, produced in large quantities in our country and globally, are generally used as feed additives in livestock or as fuel in industry. However, these traditional uses do not fully exploit the potential benefits of peanut shells. Therefore, this study aims to investigate the feasibility of using compost derived from a mixture of peanut shells and grass clippings as an alternative growing medium to peat in seedling production. The effects of five different growing media, consisting of peat, peanut shell compost, and various peat+compost mixtures, on basil seedling development, certain agronomic traits (stem diameter, stem/root length, fresh/dry weight), and plant nutrient content (N, P, K, Ca, Mg, Fe, Zn, Mn, Cu) were evaluated.

Keywords: Compost, Peanut, Basil, Growing Medium, Sustainable Agriculture
Genetik kodlanmış floresans biyosensörlerin tasarımı ve optimizasyonu
Design and optimization of genetically encoded fluorescent biosensors
Yazar: GÖZDE ÜLKER
Danışman: DOÇ. DR. SERAP EVRAN ; DR. ÖĞR. ÜYESİ CANAN ÖZYURT
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
p-Kumarik asit, flavonoidler ve polifenoller gibi önemli metabolitlerin biyosentezinde öncü rol oynayan bir bileşiktir. Bu molekülün metabolizmadaki işlevini anlamak ve mikroorganizmalarda üretilen miktarını belirlemek için, hücre içinde gerçek zamanlı analiz yapabilen biyosensörlere ihtiyaç vardır. HPLC gibi geleneksel yöntemler hücre içinde gerçek zamanlı görüntüle çalışmaları için uygun değildir. 

Bu tez kapsamında p-kumarik asidin tayini için floresans protein temelli, genetik olarak kodlanabilir bir biyosensör geliştirildi. p-Kumarik aside özgü bir protein olan PadR ile floresans özelliği taşıyan mCherry proteinlerini kodlayan gen fragmentlerinin füzyonu yoluyla biyosensör proteini tasarlanarak p-kumarik asit varlığında sinyal veren bir biyosensör geliştirildi. Genetik olarak kodlanmış biyosensörler in vivo uygulamalarda kullanım için uygundur. Tez çalışmasında geliştirilen genetik kodlanmış p-kumarik asitin hücre içinde gerçek zamanlı tayininde kullanılabileceği öngörülmektedir.

Abstract:
p-Coumaric acid is a compound that plays a leading role in the biosynthesis of important metabolites such as flavonoids and polyphenols. To understand the function of this molecule in metabolism and to determine the amount produced in microorganisms, biosensors that can perform real-time analysis within the cell are needed. Conventional methods, such as HPLC are not suitable for real-time imaging studies within cells.
Within the scope of this thesis, a fluorescent protein-based, genetically encodable biosensor was developed for the determination of p-coumaric acid. A biosensor that gives a p-coumaric acid-specific signal was developed by designing a biosensor protein by fusion of PadR, a p-coumaric acid-specific protein, with gene fragments encoding fluorescent mCherry proteins. Genetically encoded biosensors are appropriate for in vivo applications. It is proposed that the genetically encoded p-coumaric acid developed in the thesis study can be used for real-time detection within the cell.