Bacillus subtilis M33'den hücre dışı alkali proteaz enziminin saflaştırılması ve karakterizasyonu
Purification and characterization of an extracellular alkaline protease from Bacillus subtilis M33
Yazar: MÜNTEHA NUR SONUÇ
Danışman: DOÇ. DR. ELİF LOĞOĞLU
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
Alkali proteazlar, endüstrinin hemen her alanında kullanılmakta ve çok çeşitli kaynaklardan farklı metotlarla saflaştırılması gerçekleştirilmektedir. Bu çalışmada, topraktan izole edilen yeni bir B.subtilis M33'den hücre dışı alkali proteaz üretimi 37°C'de, 180 rpm çalkalama hızında 24-26 saat süresince gerçekleştirildi. Proteaz enzimi, %35-80 amonyum sülfat çöktürmesi ve DEAE selüloz anyon değişim kromatografisiyle %38,66 verimle ham homojenata göre 15,50 kat saflaştırıldı. Saflaştırılan enzimin molekül kütlesi sodyum dodesilsülfat poliakrilamit jel elektroforezi (SDS PAGE) ve jel filtrasyon kromatografisi ile yaklaşık 39 kDa olarak tayin edildi. Saflaştırılan proteaz enziminin optimum pH ve sıcaklığı sırasıyla 10,0 ve 55°C olarak bulundu. Enzimin 1 hafta boyunca pH 8,0-11,0 aralığında kararlılığını koruduğu görüldü. Enzimin fenilmetilsülfonilflorür gibi spesifik proteaz inhibitörüyle tamamen inhibe olduğu, etilen diamin tetra asetik asit inhibitöründen etkilenmediği, 2-merkapto etanol ve ditiyoteritol varlığında aktivitesinin arttığı dolayısıyla tiyol bağımlı serin proteaz olduğu belirlendi. Proteaz enziminin Mn2+, Mg2+ gibi metal iyonlarıyla aktive olduğu, Fe3+ ile aktivitesini kısmen kaybettiği görüldü. Enzimin oksidantlar (H2O2), yüzey aktif maddeleri (SDS, Triton X-100, Tween-80) ile ve ayrıca dimetil sulfoksit , etanol, aseton, benzen, n-Butanol, heptan, oktanol, toluen, metanol, asetonitril, 2-propanol gibi organik çözücülerle kararlılığını koruduğu tespit edildi. Enzimin çeşitli endüstriyel deterjanlar varlığında da aktivitesi incelendi. Proteaz enziminin, kazein, sığır serum albumini, ovalbumin gibi doğal substratlara olan spesifitesi incelendi. Saflaştırılan enzimin Km ve Vmak kinetik parametreleri kazein substratı kullanılarak sırasıyla 0,706 mg/ml, 3000 µM.min-1 bulundu.

Abstract:
Alkaline proteases are important from an industrial perspective due to their wide scale applications and can be obtained from different sources. In this study, protease was produced at 37°C for 24-26 hours in a shaker incubator (180 rpm). An alkaline protease from a newly isolated Bacillus subtilis M33 was purified by (%35-80) ammonium sulfate precipitation and DEAE cellulose anion exchange chromatography with %38,66 yield and 15,50 fold. The molecular mass of purified enzyme was determined approximately 39 kDa by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS PAGE) and gel filtration chromatography. The enzyme exhibited pH and temperature optima of 10.0 and 55°C respectively, and was stable between a wide pH range of 8.0 and 11.0 for 7 days. Some spesific protease inhibitors such as phenylmethyl sulfonyl fluoride completely inhibited the enzyme activity, whereas, ethylenediaminetetraacetic acid did not effect the enzyme activity. However, the protease activity was increased in the presence of 2-mercaptoethanol and dithiothreitol, suggesting it to be a thiol-dependent serine protease. Mn2+ and Mg2+ ions increased the enzyme activity, Fe3+ slightly decreased protease activity. The enzyme was also stable towards laboratory bleaches (H2O2), surfactants (Tween 80, Triton X-100, SDS) and organic solvents such as benzene, toluene, acetone. The substrate specifity of purified protease was tested for the substrates such as casein, bovine serum albumin and egg albumin. Also, different commercially avaliable detergents were used to study the compatibility of the purified alkaline protease. The kinetic parameters Km and Vmax of the purified protease were determined by measuring the protease activity casein as a substrate 0.706 mg/ml, 3000 µM.min-1 respectively.