İstanbul ilinde satışa sunulan kıyma örneklerinde Salmonella cinsi bakterilerin tespiti
Detection of Salmonella spp. in minced meat consumed in Istanbul
Yazar: DİDEM ÖZER
Danışman: DOÇ. DR. AYTEN ERDEM
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: FISH = FISH ; Kültür = Culture ; Kıyma = Ground meat ; Salmonella = Salmonella ; İmmunomanyetik ayırma = Immunomagnetic separation

Özet:
Salmonella cinsi bakteriler salmonelloz adı verilen gıda zehirlenmesinin nedenidirler. Gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde gıda enfeksiyon ve intoksikasyonları içerisinde ilk sırada yer alan salmonelloz vakalarının büyük bölümünün kontamine hayvansal gıdaların tüketimi sonucu meydana geldiği tespit edilmiştir.Gıdalarda Salmonella cinsi bakterilerin tespiti için genellikle geleneksel kültür yöntemi kullanılmaktadır. Gıda patojenlerinin tespiti için zaman çok önemli bir faktör olduğundan kısa sürede sonuç verebilecek yeni yöntemlerin kullanılmasına ihtiyaç duyulmaktadır.Tez çalışmamızda, İstanbul' un dokuz farklı semtinde tüketime sunulan kıyma örneklerinde geleneksel kültür yöntemi (ISO), immünomanyetik ayırma (İMA) ve floresanlı yerinde hibritleme (FISH) yöntemleri kullanılarak Salmonella cinsi bakterilerin varlığı tespit edilmiştir. Geleneksel kültür yöntemi (ISO) ve immünomanyetik ayırma (İMA) yöntemlerinde Salmonella-Shigella (SS) Agar ve Brilliant Green Phenol Red Laktose Sukrose (BPLS) Agar olmak üzere 2 farklı besiyeri kullanılmıştır.İncelenen 50 kıyma örneğinin, geleneksel kültür yöntemi ile 5' inden, İMA yöntemi ile 3' ünden Salmonella cinsi bakteri izole edilmiştir. Gerek geleneksel kültür yöntemi gerekse de İMA yönteminde besiyeri üzerinde üreyen kolonilerden elde edilen izolatlar Salmonella choleraesuis ssp. arizonae ve Salmonella spp. olarak tanımlanmıştır. İncelenen 50 kıyma örneğinin 37' sinde ise FISH yöntemi ile Salmonella cinsi bakterilerin varlığı tespit edilmiştir. İMA yönteminde, Salmonella cinsi bakterilere özgü antikorla kaplı manyetik boncuklar kullanılmış olsa da Citrobacter brakii, Citrobacter freundii, Proteus vulgaris ve Proteus mirabilis gibi Enterobacteriaceae familyasına ait bakteri cinslerinin de geliştiği saptanmıştır.Çalışmamızda Salmonella cinsi bakterilerin varlığını belirlemede geleneksel kültür yönteminin, İMA yöntemine göre daha duyarlı bir yöntem olduğu tespit edilmiştir. Bununla beraber çalışmamız denenen yöntemler içerisinde FISH yönteminin Salmonella cinsi bakterilerin varlığını belirlemede en iyi yöntem olduğunu göstermiştir.Gıda kaynaklı patojenlerle kontaminasyon sonucunda ortaya çıkan uluslararası önemdeki salgınların hızlı tespiti ne kadar önemli olsa da, uygulanan yeni tekniklerin sonuçlarının altın standart yöntem olan geleneksel kültür yöntemi ile desteklenmesi gerekmektedir.

Abstract:
Salmonella spp. is the reason of food infection that is called salmonellosis. In developed and still developing countries, salmonellosis is a premier reason for food infection and intoxication and it is determined that salmonellosis occurres as a result of consuming contamin animal product.Usually, traditional culture method is used for determination of Salmonella spp from foods. New techniques which give result in a short time are needed because time is a very important factor for detecion of food pathogenes.In our thesis, the presence of Salmonella spp. in minced meat that is consumed in nine different sites of Istanbul is evaluated using traditional culture method (ISO), immunomagnetic separation (IMS) and fluorescent in situ hybridization (FISH) techniques. Two different medium, Salmonella-Shigella (SS) Agar and Brilliant Green Phenol Red Laktose Sukrose (BPLS) Agar are used in traditional culture (ISO) and immunomagnetic separation (IMS) techniques.Salmonella spp. had been isolated from 5 of 50 minced meat with traditional culture method (ISO) and 3 of 50 minced meat using immunomagnetic separation. Bacteria isolated from both ISO and IMS methods had been identified as Salmonella choleraesuis ssp. arizonae and Salmonella spp. The presence of Salmonella spp. had been determined from 37 of 50 minced meat using FISH technique. Although magnetic particles coated with spesific antibodies of Salmonella spp. had been used in IMS technique, it was determined that other bacteria types such as Citrobacter brakii, Citrobacter freundii, Proteus vulgaris and Proteus mirabilis belong to Enterobacteriaceae family had been developed.In our study, traditional culture method (ISO) had been found more susceptible than immunomagnetic separation (IMS) method for determining presence of Salmonella spp. Despite that, studies using FISH technique showed that FISH technique is the best technique to determination presence of Salmonella spp.Even if the quick determination of the epidemics of international importance occured as a result of the contamination by pathogens derivated from foods, the results of the use of new techniques should be supported by the traditional culture method which is a golden standart method.