Trakya'da yayılış gösteren bazı Vicia L. (Fabaceae) taksonlarının morfolojik özellikleri ve DNA sekans yöntemiyle moleküler filogenetik özelliklerinin belirlenmesi
Determination of morphological and molecular phylogenetic properties of some Vicia L. (Fabaceae) taxa growing in european Turkey using DNA sequencing
Yazar: HAMİDE YILDIRIM
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ NECMETTİN GÜLER
Trakya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Botanik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Botanik = Botany

Özet:
Bu çalışmada Fabaceae familyasının Vicia cinsine ait 13 taksonun (V. articulata, V. cracca subsp. cracca,  V. cracca subsp. gerardii, V. cracca subsp. stenophylla, V. crocea, V. hirsuta, V. meyeri, V. parviflora,  V. sibthorpii, V. tetrasperma ve V. villosa subsp. dasycarpa, V. villosa subsp. eriocarpa ve  V. villosa subsp. villosa) moleküler filogenetik özellikleri sahip oldukları genomik DNA'larının ITS bölgeleri sekanslanarak ortaya konulmuştur. 
Morfolojik çalışmalarda EDTU, İSTE ve İSTO herbaryumlarında bulunan örnekler ve 2014-2016 yıllarında yapılan arazi çalışmalarında toplanan örnekler kullanılmıştır. Türlerin monografları hazırlanarak morfolojik özellikleri, dağılışları, çiçeklenme zamanı ve bölgedeki, Türkiye'deki ve Dünyadaki yayılışları verilmiştir. Moleküler çalışmalarda araziden toplanan canlı bitki örneklerinin yapraklarından genomik DNA'ları izole edilmiş ve ITS bölgeleri önceden hazırlanmış primerler kullanılarak çoğaltılmıştır. Elde edilen DNA bölgelerin sekanslaması yapılarak, abi formatında alınan veriler, biyoinformatik ve filogenetik programlarla değerlendirilmiştir. CLUSTALW2 yazılımı kullanılarak üzerinde çalışılan bitkilerin diğer Vicia türleri ile olan hizalamaları tespit edilirken, MEGA 7,0 (STABLE) ve PAUP 4.0 yazılımları ile Neighbour Joining, UPGMA ve Maximum likelihood metoduyla da filogenetik ağaçları oluşturulmuştur. Hizalama sonucu oluşan distans matrix çizelgesi ve filogenetik ağaç oluşturma işlemi sonucu elde edilen veriler klasik taksonomi verileri ile karşılaştırılmıştır.

Abstract:
In this study, systematic and phylogenetic properties of 13 taxa (V. articulata, V. cracca subsp. cracca, V. cracca subsp. gerardii, V. cracca subsp. stenophylla, V. crocea, V. hirsuta, V. meyeri, V. parviflora, V. sibthorpii, V. tetrasperma and V. villosa subsp. dasycarpa, V. villosa subsp. eriocarpa and V. villosa subsp. villosa) of the genus Vicia from the Fabaceae family were determined by morphological investigations and sequencing ITS regions of their genomic DNA.
In the morphological studies, specimens collected from the study area during field studies between 2014-2016 and specimens already deposited in herbaria in EDTU, ISTE and ISTO  were used. The monographs were prepared and morphological characteristics, flowering times and distributions of the studied species in the region, Turkey and the world were given. Genomic DNAs were isolated from basal leaf cells of fresh plant samples collected from the field and the ITS regions were amplified by previously prepared primers.  
The data obtained in the abi format by sequencing of the amplified DNA regions were evaluated by applying bioinfomations and phylogenetics programs. CLUSTALW2 program was used to determine the leveling of the species in question within the other Vicia species. The phylogenetic trees were built by using the Neighbour Joining, UPGMA ve Maximum likelihood methods of MEGA 4,0 (STABLE) and PAUP 4.0 programs. The data obtained from the distance matrix table and phylogenetic trees were compared with the classical taxonomical data.