Respiratory syncytial virus tanısında kullanılan hızlı antijen ve real time PCR testlerinin performanslarının karşılaştırılması
Comparison of the performances of rapid antigen and Real Time PCR tests used in the diagnosis of RSV
Yazar: MUHAMMET GÜZEL KURTOĞLU
Danışman: PROF. DR. SİBEL YAVRU
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı / Viroloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antijenler = Antigens ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Respiratuvar sinsityal virüsleri = Respiratory syncytial viruses ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; Teşhis testleri = Diagnostic tests

Özet:
Respiratory Syncytial Virus (RSV) üst ve alt solunum yolu enfeksiyonlarına yol açan bir RNA virusudur. Yenidoğan ve çocuklarda RSV'in primer enfeksiyonunda %25-40 oranında bronşiyolit ve pnömoni semptomları görülmektedir. RSV'nin neden olduğu alt solunum yolu enfeksiyonları pnömoni, bronşiyolit ve trakeobronsittir. Hastalar başlangıçta subfebril bir ateş ve öksürükle başvururlar. Bu hastaların %0.5-2'sinde hastaneye yatış endikasyonu oluşmaktadır. Ancak premature veya kronik akciğer hastalığı anamnezi olan bireylerde ve yüksek riskli çocuk hastalarda hastaneye yatış endikasyonu oranları %25'i geçmektedir. 
Alt solunum yolu enfeksiyonu ön tanısıyla başvuran 0-2 yaş grubundaki çocuklardan alınan nazofaringeal swap örneklerinde hızlı antijen testi (HAT) ile Real Time (gerçek zamanlı) quantitative PCR (RT-qPCR) yöntemiyle RSV varlığı araştırılmıştır. Hızlı antijen kiti ve/veya RT-qPCR testi ile pozitiflik saptanan 100 hastaya ulaşılınca çalışma sonlandırıldı. RT-qPCR yöntemiyle kıyaslanarak duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değerler hesaplandı.
Çalışma grubumuzda RSV hızlı antijen pozitiflik ve RT-qPCR pozitiflik oranları sırasıyla %37 ve %49 olarak saptanmıştır. RSV hızlı antijen pozitifliği 0-12 aylık çocuklarda %31, 13-24 aylık çocuklarda ise %6 olarak saptandı. RT-qPCR pozitifliği ise 0-12 aylık çocuklarda %41, 13-24 aylık çocuklarda ise %8 olarak saptandı. RT-qPCR test sonuçları referans yöntem olarak kabul edildiğinde RSV hızlı antijen testinin duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer oranları sırasıyla %71,4, %96,07, %%94,5 ve %77,7 olarak saptandı. 
Sonuç olarak RSV düşünülen çocuklarda etken RSV'yi saptamada RT-qPCR testi 0-12 aylık çocuklarda %10, 13-24 aylık çocuklarda ise %2 daha avanjlı olduğu saptandı.  Böylece tanıda etken RSV'yi saptamada bir ucuz ve bir de pahalı testin saptama oranları karşılaştırıldı. Bu nedenle Hızlı AG testlerinin ucuz ve saptama oranlarının yüksek olması nedeniyle tarama amaçlı olarak rahatlıkla kullanılabileceği kanaatine varıldı.

Abstract:
Respiratory Syncytial Virus (RSV) which is an RNA virus is one of the causative agents of  upper and lower respiratory tract infections. In neonatal period and early childhood, 25-40% of primary infections caused by RSV are associated with bronchiolitis and pneumonia. RSV can be identified from lower respiratory tract specimens of children with pneumonia, bronchiolitis, and tracheobronchitis. Usually, initial presentation of patients is a subfebrile fever with cough. Although overall hospitalization rate of patients at admission is 0.5-2%, the rate exceeds 25% in prematures, in children with chronic lung disease, and in high-risk pediatric population. 
The aim of the present study is to investigate RSV positivity in nasopharyngeal swap samples taken from 0-2 year-old children with a pre-diagnosis of lower respiratory tract infection by using a rapid antigen test (kit marka, üretim yeri) and real-time quantitative PCR method (RT-qPCR) (kit marka, üretim yeri). (Hocam devam eden cümleler özette fazla ayrıntı olabilir mi? The study was terminated when the RSV positivity obtained from either method reached to 100.) The sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of the rapid antigen test were determined in comparison with the RT-qPCR method.
In our study, RSV rapid antigen test positivity and RT-qPCR test positivity were found to be 37% and 49%, respectively. RSV rapid antigen test positivity in 0-12 month-old children was found to be 31% and in 13-24 month-old ones to be 6%. On the other hand, RT-qPCR test positivity was 41% in 0-12 month-old children and 8% in 13-24 month-old ones. Accepting the RT-qPCR method as the reference method, the sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value ratios of the RSV rapid antigen test were found to be 71,4%, 96,07%, 94,5%, and 77,7%, respectively. 
As a result, RT-qPCR test was 10% more advantageous in identifying RSV in 0-12 month-old children and 2% in 13-24 month-old ones. In additon, our study compares the effectiveness of one cheap, easily accesable, and easy to use test method and one expensive test method in detecting RSV in nasopharengeal swab specimens of children.