Osteoporozlu hastalarda polimorfik yapıların araştırılması
Investigation of polymorphic structures in patient?s osteoporosis
Yazar: NAİM UZUN
Danışman: PROF. DR. AHMET KIZILTUNÇ
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2008
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
Osteoporoz; ilerleyen yaşla birlikte kemik yoğunluğunda azalma, kemik mikro yapısında bozulma, kemik frajilitesi ve kırılganlıkta artış ile karakterize metabolik bir kemik hastalığıdır. Osteoporoz çok sayıda gen ve çevresel faktör arasındaki etkileşimleri içeren kompleks bir polijenik hastalık gibi davranır. Bu çalışmada amacımız osteoporoz için genetik riski tanımlamaktır. Bunun için osteoporozla ilişkili olduğu bildirilen genlerden olan Kollajen I Alfa 1, Östrojen?1, Vitamin D Reseptör, Osteoprotogerin, Lâktaz ve Interlökin?6 genlerinin belirlenen bölgelerinde polimorfik yapıları tespit etmek ve bu polimorfik yapıların hastalığa katkısını araştırmak amaçlandı. Çalışmaya hastanemiz osteoporoz ünitesine başvuran 150 kişi dahil edildi. Bu hastalar dual energy x-ray absorptiometry ile ölçülen kemik mineral yoğunluğuna göre osteoporoz, osteopeni ve normal olarak sınıflandırıldı. Genomik DNA tam kan örneklerinden manüel metot ile izole edildi. Yüksek saflık nedeniyle izole edilen genomik DNA PCR gibi uygulamalar için kullanıma hazırdı. DNA miktar analizi UV spektrofotometrede yapıldı. Multiplex PCR'da primerler spesifik gen sekanslarının amplikasyonu ve etiketlenmesi yapıldı. PCR aplikasyonları Agaroz Jel Elektroforeze uygulandı. DNA sekans amplikasyonları Array tüpte spesifik allel hibridizasyon vasıtasıyla belirlendi. Solas 1 Reader'de sonuçların elde edilmesi ve yorumlanması, hasta genotipinin otomatik hesaplanması yapıldı. Sonuç olarak üzerinde çalışılan her bir genin tanı grupları ile aralarında anlamlı ilişki bulunamadı ancak artan polimorfik yapı sayısı ile azalan kemik yoğunlukları arasında bir korelasyon olduğu gözlendi. Her bir genin ve her bir bireyin osteoporoz risk taşıma yüzdeleri tartışıldı. Osteoporozun güçlü genetik bileşene sahip olduğu ancak diğer genetik olmayan faktörlerle birlikte değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varıldı.

Abstract:
Osteoporosis is a metabolic bone disease characterized by the increase in bone fragility, the deterioration of bone microstructure, and the decrease in bone density in older ages. Osteoporosis behaves as a complex polygenic disease involving interactions between multiple genes and the environment. The aim of this study was to investigate genetic risk for osteoporosis. To this end, it was purposed to determine the polymorphic structure in the described areas of Collagen I Alfa 1, Estrogen?1, Vitamin D Receptor, Osteoprotegerin, Lactase and Interleukin?6 genes reported that is associated with osteoporosis and to investigate the contribute to disease of these polymorphic structure. 150 people admitted to the osteoporosis unit of our hospital were included in this study. The patients were classified as osteoporosis, osteopenia and normal according to bone mineral density measured by dual energy x-ray absorptiometry. Genomic DNA was isolated from whole blood in accordance with manual method. Due to high purity, the isolated genomic DNA was ready to use of downstream applications such as PCR. Quantity of isolated DNA was measured in UV spectrophotometer. The first step is to use PCR to amplify the sections of patient DNA containing the polymorphisms of interest. Specific probes on the chip of Array Tube were then used to distinguish between wild type and mutant DNA sequences. Application and labeling of specific gene sequences using primers in a multiplex PCR was done. PCR applications were applied to Agarose gel electrophoresis. DNA sequences applications were detected by means of allele-specific hybridization in the Array Tube. Automatic calculation of patient genotype, generation and commenting the results in Solas 1 reader was done. We found no significant association between the diagnosis groups and the testing every gene, but a correlation between the increased number of polymorphic structure and decrease of bone density was shown. Osteoporosis risk percent of every gene and every person was discussed. It was concluded that osteoporosis has a strong genetic component and that it must be assessed in conjunction with other non genetic factors.