Akciğer kanser kök hücrelerinin transkriptom analizi
Transcriptome analysis of lung cancer stem cells
Yazar: BURCU ŞEN BAĞCI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SEÇİL YILMAZ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Kök Hücre Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Kök hücreler = Stem cells ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Transkriptomlar = Transcriptomics

Özet:
Akciğer kanseri, uygun tedavi yollarının araştırılmasındaki yoğun çabaya rağmen, hala Türkiye'de ve dünyada tüm kanser türleri arasında insan ölümlerinin en büyük nedeni olmaya devam etmektedir. Akciğer kanseri ile ilişkili ölümlere, metastaz, ilaç direnci ve agresif tümör nüksü önemli katkıda bulunur. Heterojen bir yapıda bulunan kanser içerisinde çok az bir hücre popülasyonuna sahip olan kanser kök hücreleri (KKH), tümörün nüksetmesi, ilaç direnci, metastaz ve invazyondan sorumlu tutulmaktadır. Yapılan araştırmalar, belirli spesifik kök hücre belirteçlerinin varlığına veya yokluğuna bağlı olarak KKH'lerinin tanımlanmasına yardımcı olmaktadır. Ancak KKH'lerinin hasta sağ kalımını kötü etkileyen özelliklerinin altında yatan moleküler mekanizmaların anlaşılabilmesi için daha fazla çalışma yapılması gerekmektedir. Bununla birlikte Türkiye'de hasta kaynaklı akciğer kanseri kök hücreleri ile ilgili detaylı bir çalışma bulunmamaktır. Bu amaçla bu tez çalışmasıyla Türkiye'de ilk kez, akciğer kanseri hastalarından elde edilen KKH'lerinin transkriptom profilleri incelenmiştir.
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) kök hücrelerinin transkriptom profillerini belirleyebilmek adına, KHDAK olan 10 erkek hastanın tümör dokularından in vitro primer hücre kültürü oluşturulmuştur. Bu primer hücre kültüründen, floresanla aktive edilmiş hücre seçim yöntemi (FACS) ile CD133, CD24 ve CD44 hücre yüzey belirteçleri kullanılarak akciğer KKH'leri izole edilmiştir. Akciğer KKH'leri ile KKH'si olmayan kanser hücrelerinden elde edilen RNA'lardan transkriptom analizi yapılmıştır. 
Elde edilen transkriptom analizi sonuçları, KKH ve KKH olmayan kanser hücrelerinin yakın bir ekspresyon profili sergilediklerini göstermiştir. Yine bu sonuçlar, akciğer KKH hedefli tedavilerde PI3K/Akt, JAK/STAT, NF-κB, MAPK, sitokin-sitokin reseptör etkileşimleri ve kemokin sinyal yolaklarının dikkate alınması gerektiğini göstermektedir. Bu tez çalışmasının, çeşitli moleküler yolaklarla kontrol edilen kanser kök hücrelerini hedefleyen tedavilerin geliştirilmesinde önemli bir katkı sağlayabileceği beklenmektedir. Bu çalışma Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK: 215S849) tarafından desteklenmiştir.
Anahtar kelimeler: akciğer kanseri, kanser kök hücresi, transkriptom analizi.

Abstract:
Lung cancer, despite intensive efforts in researching the proper way to treat, still continues to be a major cause of human death among all cancers in the world and Turkey. Metastasis, drug resistance and aggressive tumor recurrence contribute to lung cancer-related deaths. Cancer stem cells (CSCs), which have a very small population of cells within a heterogeneous cancer, are responsible for tumor recurrence, drug resistance, metastasis and invasion. Research helps identify of CSCs based on the presence or absence of specific stem cell markers. However, further studies are needed to understand the molecular mechanisms underlying the characteristics of CSCs that adversely affect patient survival. On the other hand, in Turkey there is no detailed study on patient-derived lung cancer stem cells. For this purpose, the first time in Turkey with this thesis, transcriptome profiles of CSCs obtained from lung cancer patients were examined. 
In order to identify transcriptome profiles of non-small cell lung cancer stem cells (NSCLC), in vitro primary cell culture was generated from tumor tissues of 10 male patients with NSCLC. Lung CSCs were isolated from this primary cell culture using CD133, CD24 and CD44 cell surface markers by fluorescence-activated cell sorting method (FACS). Transcriptome analysis was performed from RNAs obtained from lung CSCs and non-CSC. 
The results of transcriptome analysis showed that CSC and non-CSC cancer cells exhibit a close expression profile. These results, shows that PI3K / Akt, JAK / STAT, NF-κB, MAPK, cytokine-cytokine receptor interactions and chemokine signaling pathways should be considered in lung CSC targeted therapies. This thesis is expected to contribute significantly to the development of therapies targeting cancer stem cells controlled by various molecular pathways. This work was supported by the Scientific and Technological Research Council of Turkey (TÜBİTAK: 215S849).
Key words: lung cancer, cancer stem cells, transcriptome analysis