Küçük hücreli olmayan akciğer kanserinde uzun kodlamayan RNA HIF1A-AS1 'in apoptoz üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of non-long-coding RNA HİF1A-AS1 on apoptosis in NON-small cell lung cancer
Yazar: SERKAN KAPANCIK
Danışman: PROF. DR. VEYSEL KENAN ÇELİK
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Apoptozis = Apoptosis ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA

Özet:
Akciğer kanseri nedeniyle meydana gelen ölüm sayıları oldukça yüksektir. Akciğer kanserine sahip hastaların % 80.5 gibi yüksek oranında küçük hücreli olmayan akciğer kanseri görülmektedir.
Kodlamayan RNA sınıfındaki 200 nükleotidden daha büyük nükleotid içeriğine sahip olarak ifade edilmiş olan RNA 'lara, uzun kodlamayan RNA(lncRNA) 'lar adı verilmektedir. Uzun kodlamayan RNA 'ların transkripsiyonel, post-transkripsiyonel ve epigenetik mekanizmalar ile genlerin ifade edilmelerini düzenledikleri, bazı gen gruplarının ifade edilmelerini arttırırken, bazı gen gruplarının ifade edilmelerini azalttıkları saptanmıştır. Bu nedenle, çalışmamızda küçük hücreli olmayan akciğer kanserinde yüksek düzeyde eksprese edilen lncRNA HIF1A-AS1 'in apoptoz ile ilişkili genler üzerinde etkisinin olup olmadığını belirlemeyi amaçladık.
Çalışmamızda, küçük hücreli olmayan akciğer kanseri hücre hattı A549 kullanıldı. HIF1A-AS1-siRNA havuzu transfekte edilen hücreler ile negatif kontrol siRNA transfekte edilen hücrelerden cDNA sentezi yapılarak apoptoz ile ilişkili genlerin ekspresyon düzeyleri RT-PCR cihazı aracılığıyla saptandı. Ayrıca, A549 hücre hatlarında, her iki grup için 24 saatlik inkübasyonun ardından flow sitometri cihazı yardımıyla apoptoz profilleri belirlendi.
HIF1A-AS1-siRNA havuzu transfekte edilen A549 hücrelerinde; BAD, BAX, TNF, BCL2L11, TRADD ve BAK1 'in ekspresyonu anlamlı olarak arttı (p <0,05). BAG1, XIAP, AKT1 ve BIRC5 'in ekspresyonu ise anlamlı olarak azaldı (p <0,05). Bununla birlikte, HIF1A-AS1-siRNA havuzu transfekte edilen A549
hücre popülasyonundaki erken apoptotik ve geç apoptotik hücre oranı anlamlı bir artış gösterdi (p <0,05).
Sonuç olarak, lncRNA HIF1A-AS1 'in apoptoz ile ilişkili genlerin ekspresyonlarını düzenlemesi aracılığıyla küçük hücreli olmayan akciğer kanserinin prognozunu olumsuz yönde etkilediği söylenebilir.

Abstract:
The number of deaths due to lung cancer is quite high. Non-small cell lung cancer is seen in 80.5% of patients with lung cancer.
RNAs expressed as having nucleotide content greater than 200 nucleotides in the non-coding RNA class are called long non-coding RNAs (lncRNAs). It has been determined that long non-coding RNAs regulate the expression of genes by transcriptional, post-transcriptional and epigenetic mechanisms, increase the expression of some gene groups and decrease the expression of some gene groups. Therefore, in our study, we aimed to determine whether the highly expressed lncRNA HIF1A-AS1 in non-small cell lung cancer has an effect on genes associated with apoptosis.
Non-small cell lung cancer cell line A549 was used in our study. The expression levels of genes associated with apoptosis were determined by using the RT-PCR device by synthesizing cDNA from the cells where the HIF1A-AS1-siRNA was transfected and the negative control siRNA was transfected. In addition, apoptosis profiles were determined with the help of flow cytometry after 24 hours of incubation for both groups in A549 cell lines.
The expression of BAD, BAX, TNF, BCL2L11, TRADD and BAK1 increased significantly in A549 cells transfected with HIF1A-AS1-siRNA (p <0.05). Expression of BAG1, XIAP, AKT1 and BIRC5 decreased significantly (p <0.05). However, the proportion of early apoptotic and late apoptotic cells in the A549 cell population transfected with HIF1A-AS1-siRNA showed a significant increase (p <0.05).
In conclusion, it can be said that lncRNA HIF1A-AS1 negatively affects the prognosis of non-small cell lung cancer by regulating the expression of apoptosis-related genes.