İnsan bax geni promotör bölgesinin fonksiyonel analizi
Functional analysis of human bax gen promoter region
Yazar: EMİNE TORAMAN
Danışman: PROF. DR. ORHAN ERDOĞAN
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Kanserlerin çoğu insan hayatındaki bir takım genetik değişimler sonucu oluşur. Onkogenler ve tümör baskılayıcı genler büyümeyi kontrol eden genlerdir. Onkogenler, normalde büyümeyi uyaran proteinleri kodlar. Aşırı sentezleri, translokasyonları ve mutasyonları sonucu malign transformasyon oluşur. Tümör baskılayıcı genler ise normalde büyümeyi inhibe eden proteinleri kodlar. Bu genlerde delesyonların meydana gelmesi, transkripsiyon olayının gerçekleşmemesi ve protein inaktivasyonu ile fonksiyon kaybına uğramaları halinde istenmeyen durumlar oluşabilmektedir.
Bu çalışmada apoptoz mekanizmasında önemli bir potansiyele sahip olan proapoptotik Bax geninin karakterizasyonu ve promotör bölgesinin fonksiyonel analizi yapıldı. Bu amaçla öncelikle biyoinformatik programlarından ve çeşitli veritabanlarından yararlanılarak Bax geninin 5000 bp'lik promotör bölgesi belirlendi. Fakat çalışmamızın genelinde yapılan analiz çalışmaları işlevsel olduğunu düşündüğümüz 2000 bp 'lik promotör parçası üzerinde gerçekleştirildi. Bu bağlamda öncelikle genin transkripsiyon başlama bölgesi, TATA bağlanma kutusu ve muhtemel p53 bağlanma bölgeleri tespit edildi. Daha sonra çeşitli literatür taramaları ve software programlarıyla bu bölge üzerindeki muhtemel transkripsiyon bağlanma bölgeleri ve motifleri belirlendi. Yapılan analiz çalışmaları sonucunda bu 2000 bp'lik parça işlevsel özelliklerine göre dört alt parçaya ayrıldı. Ve her bir parça pGEM-T Easy vektörüne klonlandı. Bu bağlamda öncelikle insan genomik DNA'sı satın alındı. Seçilen bölgelere spesifik dizayn edilen primerlerle PCR yapılarak her bölge saf olarak elde edildi. Her bölgeye ait saf bantlar jelden ekstrakte edilerek pGEM-T Easy vektörüne klonlanarak Escherichia coli JM109 bakterisine transforme edildi. Klonlanan her bir parçadan plazmit izolasyonu yapıldı.

Abstract:
Cancers often result in a number of genetic changes in human life. Oncogenes and tumor suppressor genes are genes that control growth. Oncogenes encode proteins that normally stimulate growth. Malignant transformation occurs as a result of over-synthesis, translocations and mutations. Tumor suppressor genes normally encode proteins that inhibit growth. Undesirable conditions can occur if deletions occur in these genes, if the transcription event does not occur and if protein inactivation results in loss of function. 
In this study, the characterization of the proapoptotic Bax gene and the functional analysis of the promoter region, which have an important potential in the apoptosis-free mechanism, were performed. 
For this purpose, the 5000 bp promoter region of Bax gene was identified primarily by using bioinformatics programs and various databases. However, the overall analysis of our study was performed on a 2000 bp promoter fragment that we thought was functional. In this context, first, a genome transcription initiation site, a TATA binding box and probable p53 binding sites were identified. Later literature reviews and software programs were used to identify possible transcription attachment regions and motifs on this region.	As a result of the analysis studies made, these 2000 bp parts were divided into four sub-parts according to their functional properties. And each fragment was cloned into the pGEM-T Easy vector. In this context, human genomic DNA was first purchased. PCR was performed with primers designed specifically for each region, and each region was obtained in pure form. The pure bands of each region were gel-extracted and transformed into the Escherichia coli JM109 bacterium by cloning into the pGEM-T Easy vector. Plasmid isolation was performed from each cloned fragment.