Kırım kongo kanamalı ateşi hastalarında YTHDF1 ve YTHDF3 RNA metilasyon gen düzeylerinin araştırılması
Investigation of YTHDF1 and YTHDF3 rna methylation gene levels in crimean congo hemorrhagic fever patients
Yazar: RIDVAN AVCI
Danışman: PROF. DR. SERDAL ARSLAN
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Tıp Bilimleri Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Genler = Genes ; Hemorajik ateş-Kırım = Hemorrhagic fever-Crimean ; Metilasyon = Methylation ; RNA = RNA ; RNA virüs enfeksiyonları = RNA virus infections ; RNA virüsleri = RNA viruses ; RNA-viral = RNA-viral ; Retrovirüsler = Retroviridae ; İnfluenza virüs = Influenza virus

Özet:
Kırım Kongo Kanamalı Ateşi (KKKA) hastalığına neden olan, Kırım Kongo kanamalı ateş virüsü (KKKAV), Nairoviridae ailesi içinde Orthonairovirus cinsine ait bir RNA virüsüdür. KKKA %5-30 ölüm oranı ile seyreden ciddi bir viral hastalıktır. N6-metiladenozin (m6A) mRNA'da stabilite, splaysing ve translasyonda görev alan bir RNA modiﬁkasyonudur. m6A modiﬁkasyonu; yazıcılar, siliciler ve okuyucular olmak üzere 3 kısımdan oluşmaktadır. Okuyucu ailesine ait olan YTHDF1 ve YTHDF3 genleri metilli mRNA'ya bağlanarak bu mRNA'nın stabilitesini, ifadesini ve translasyonunu düzenlemekle görevlidir. Ayrıca YTHDF3 geni YTHDF1 geni ile kompleks oluşturarak translasyon verimliliğini arttırmaktadır. YTHDF3, diğer okuyucu proteinler ile etkileşime girerek mRNA yıkılmasına aracılık edebilir. Bu çalışma KKKA hastalığı ile adı geçen YTHDF1 ve YTHDF3 RNA genlerinin ekspresyon seviyelerinin incelendiği ilk çalışmadır. Çalışmamızda 40'ı kontrol, 60'ı KKKA hastası olmak üzere 100 adet kan örneği kullanıldı ve bu kan örneklerinden Total RNA izolasyonu yapıldı. Daha sonra SYBR Green temelli qPCR gerçekleştirilerek YTHDF1 ve YTHDF3 RNA genlerinin ekspresyon düzeyleri belirlendi. Bu çalışmada YTHDF1 ve YTHDF3 ifade düzeyleri hasta-kontrol, ölen-kontrol ve şiddetli-hafif grupları arasında karşılaştırılmıştır. YTHDF1 ve YTHDF3'ün ifadesi istatistiksel olarak anlamlı olmamakla birlikte hasta ve kontrol grubu arasında YTHDF1 1,21 (p=0,56), YTHDF3 2,99 kat azalmıştır (p=0,18). Ölenler ve kontrol grubu karşılaştırıldığında ölenlerde YTHDF1'in 1,29 (p=0,84) ve YTHDF3'ün 1,41 kat azaldığı (p=0,67) gözlenmiştir. Hastalığı hafif geçirenlere göre hastalığı şiddetli geçirenlerde YTHDF1 1,14 (p=0,35), YTHDF3 ise 1,46 kat azalmıştır (p=0,30). Sonuç olarak KKKA hastalığında YTHDF1 ve YTHDF3 ifadesinin azalması hastalığın seyrinde etkili olabilir.

Abstract:
Crimean Congo Hemorrhagic Fever (CCHF) is an RNA virus belonging to the Orthonairovirus genus in the Nairoviridae family. CCHF is a serious viral disease with a mortality rate of 5-30%. N6-methyladenosine (m6A) is an RNA modification involved in stability, splicing and translation of mRNA. m6A modification; It consists of 3 parts: writers, ereasers and readers. The YTHDF1 and YTHDF3 genes belonging to the reader family are responsible for regulating the stability, expression and translation of this mRNA by binding to methylated mRNA. In addition, the YTHDF3 gene increases the translation efficiency by forming a complex with the YTHDF1 gene. YTHDF3 can mediate mRNA degradation by interacting with other reader proteins. This study is the first to examine the expression levels of YTHDF1 and YTHDF3 RNA genes mentioned with CCHF disease. In our study, 100 blood samples, 40 of which were controls and 60 of whom were CCHF patients, were used and Total RNA was isolated from these blood samples. Then, expression levels of YTHDF1 and YTHDF3 RNA genes were determined by performing SYBR Green-based qPCR. In this study, YTHDF1 and YTHDF3 expression levels were compared between patient-control, deceased-control, and severe-mild groups. Although the expression of YTHDF1 and YTHDF3 was not statistically significant, YTHDF1 decreased 1.21 (p=0.56) and YTHDF3 2.99-fold (p=0.18) between the patient and control groups. When the deceased and the control group were compared, it was observed that YTHDF1 decreased by 1.29 (p=0.84) and YTHDF3 decreased by 1.41 times (p=0.67) in the deceased. Compared to those with mild disease, YTHDF1 was decreased by 1.14 (p=0.35) and YTHDF3 was decreased by 1.46 times (p=0.30) in those with severe disease. In conclusion, decreased expression of YTHDF1 and YTHDF3 in CCHF disease may be effective in the course of the disease.