Burgazada, Büyükada, Heybeliada ve Kınalıada topraklarından aktinomiset izolasyonları ve moleküler tiplendirilmeleri
Isolated of actinomycetes from Burgazada, Buyukada, Heybeliada and Kinaliada, and molecular identification
Yazar: SALİH SARICAOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. KAMİL IŞIK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Bölümü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada, Marmara Bölgesi'nde bulunan Burgazada, Büyükada, Heybeliada ve Kınalıada'nın 9 farklı lokalitesinden alınan toprak örneklerinden aktinomiset izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzolatların 16S rRNA bölgesine ait nükleotit dizileri elde edilmiş ve filogenetik analizlerle moleküler tiplendirilmeleri yapılmıştır.
	Toprak örneklerine dilüsyon plaka, sükroz gradient ve % 1.5'luk fenol yöntemleri uygulanarak beş farklı besiyeri ortamı kullanılmış ve test suşlarının izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzole edilen 142 organizma içerisinden 62 organizmanın 16S rRNA gen bölgesinin PZR çalışmaları tamamlanmıştır. 16S rRNA gen bölgesi nükleotit dizi analizi sonuçlarına göre izolatların Actinomadura, Agromyces, Geodermatophilus, Kribbella, Micromonospora, Nocardia, Nonomuraea, Rhodococcus ve Strepromyces olmak üzere 9 farklı aktinomiset cinsinin üyesi oldukları belirlenmiştir. Mega 5 paket programı kullanılarak bu izolatlar içerisinden 45 tanesinin en yakın tip türleri ile filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. PHYDIT programı kullanılarak izolatların en yakın tip türleri ile yüzde benzerlik ve nükleotit farklılık tabloları oluşturulmuştur.
Mega 5 programı kullanılarak oluşturulan dendogramlar ve PHYDIT programı ile oluşturulan tabloların verileri birlikte yorumlanarak yeni tür olma ihtimali yüksek olan izolatlar belirlenmiştir.
16S rRNA gen bölgesi filogenetik analizlerine göre; B2F13 (Actinomadura sp.), H1R4, H2R15 (Nonomuraea sp.), K1R19 (Rhodococcus sp.), K2R35 (Micromonospora sp.), K2R76, K2R77, Z1R7, Z1R34, Z2S13 (Strepromyces sp.) ve Z2R53 (Geodermatophilus sp.) izolatlarının olası yeni türler olarak ülkemiz adalarından literatüre girecekleri tahmin edilmektedir.

Abstract:
In this study, actinomycetes isolation from soil samples taken from nine different localities of Burgazada, Büyükada, Heybeliada and Kınalıada in Marmara Region was carried out. 16S rRNA gene sequence data of isolates was obtained and molecular typing by phylogenetic analyses was performed. 
Isolation of test strains was performed by applying dilution plate, sucrose gradient and %1.5 phenol treatment to soil samples using five different media. Out of 142 isolates, PCR amplification of 16S rRNA gene region of 62 isolates was completed. With respect to 16S rRNA gene sequence analyses, the isolates were determined to belong to the genera of Actinomadura, Agromyces, Geodermatophilus, Kribbella, Micromonospora, Nocardia, Nonomuraea, Rhodococcus and Strepromyces. Phylogenetic analyses of 45 isolates with the closest type species were performed by using MEGA 5 pocket programme. Similarity indices and nucleotide differences tables of isolates compared to the closest type species were constructed by using PHYDIT programme.    
The isolates probably new for the literature were determined by interpreting data obtained from dendrograms constructed by MEGA 5 and tables composed by PHYDIT. 
According to the phylogenetic analyses of 16S rRNA gene region, the isolates of B2F13 (Actinomadura sp.), H1R4, H2R15 (Nonomuraea sp.), K1R19 (Rhodococcus sp.), K2R35 (Micromonospora sp.), K2R76, K2R77, Z1R7, Z1R34, Z2S13 (Strepromyces sp.) and Z2R53 (Geodermatophilus sp.) from our country's islands are estimated to have potential to be novel for the literature.