Artvin Erzincan Erzurum Iğdır illerinde bazı meyve ve sebzelerde yumuşak çürüklüğe sebep olan bakterilerin izolasyonu klasik ve moleküler yöntemler ile karakterizasyonu
Isolation and classical and molecular characterization of bacteria which cause soft rot in some fruits and vegetables in Artvin Erzincan Erzurum and Iğdır provinces
Yazar: FATİH DADAŞOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. RECEP KOTAN
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada; Artvin, Erzincan, Erzurum ve Iğdır il ve ilçelerinde bazı meyve ve sebzelerde yumuşak çürüklük oluşturan bakteriyel etmenlerin izolasyonu, klasik ve moleküler yöntemler kullanılarak tanılanması amaçlanmıştır. Bu amaçla yumuşak çürüklük belirtisi gösteren meyve ve sebzelerin gövde, yaprak, meyve ve yumrularından izolasyonlar yapılmış ve elde edilen bakteriler saflaştırılarak kültüre alınmıştır. Kültüre alınan izolatlardan aşırı duyarlılık testi (HR), patojenite testi ve pektolitik aktivite testi pozitif olanlar klasik ve moleküler yöntemler kullanılarak tanılanmıştır. 
Araştırma sonucunda elde edilen toplam 882 bakteri izolatının 868 tanesi mikrobiyal tanı sistemi (MIS) kullanılarak tanılanırken 14 tanesi tanılananamamıştır. Bu izolatlar arasında MIS tanı sonucuna göre; 18 Bacillus pumilus, 17 Enterobacter cloacae, 15 Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, 8 Chryseobacterium indologenes, 7 Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum, 9 Pseudomonas viridiflava ve 5 Dickeya chrysanthemi olmak üzere toplam 79 yumuşak çürüklük etmeni olduğu belirlenmiştir. Patojen olduğu belirlenen bu izolatlar ayrıca BIOLOG sistemi kullanılarak da tanılanmıştır. MIS ve BIOLOG testleri sonucunda bütün izolatlar arasında tam bir uyum olmamakla birlikte, 40 izolat arasında cins ve/veya tür seviyesinde benzerlik tespit edilmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) testlerinden 16S rDNA testleri sonucunda izolatların cins düzeyinde tanısı yapılmıştır. Rep, ERIC ve BOX testleri sonucunda izolatların genomik parmak izi belirlenerek izolatlar arasındaki filogenetik ilişki belirlenmiştir. MIS tanı sonucuna göre Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum olarak tanılanan 15 izolat, Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum olarak tanılanan 7 izolat ve Dickeya chrysanthemi olarak tanılanan 5 izolat sırası ile Y1-Y2, ECA1f-ECA2r ve ADE1-ADE2 primerleri kullanılarak spesifik PCR testlerine tabi tutulmuştur. Spesifik PCR testleri sonucunda; Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum izolatlarının 4?ünün 434 bp uzunluğunda bant verdiği, Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum izolatlarının bant vermediği ve Dickeya chrysanthemi izolatlarının ise 50-150 bp arasında tek bant verdiği görülmüştür.
Anahtar Kelimeler: Yumuşak çürüklük, Pektolitik bakteriler, MIS, PCR

Abstract:
In this study isolation, classical and molecular characterization of bacterial disease agents, which cause soft rot in some fruits and vegetables in Artvin, Erzincan, Erzurum and Iğdır provinces, was aimed. For this purpose, isolations were made from stems, leaves, fruits, and tubers of plants, which show soft rot symptoms, and the obtained bacteria were purified and cultivated. Among the cultivated bacteria, isolates having hyper reaction (HR), pathogenity and pectolytic activity positives were identified by using classical and molecular methods. 
In our study, a total of 882 bacterial isolates were obtained and of these 868 were identified by MIS, while 14 could not be identified. According to MIS identification results a total of 79 soft rot bacteria were determined, of which 18 were Bacillus pumilus, 17 were Enterobacter cloacae, 15 were Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, 8 were Chryseobacterium indologenes, 7 were Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum, 9 were Pseudomonas viridiflava, 5 and were Dickeya chrysanthemi.  These isolates, which were determined as pathogens, were also identified using BIOLOG system. Although there is no complete match between results of MIS and BIOLOG tests, 40 isolates were found to match at genus and/or species level. Of the PCR tests, 16S rDNA tests were used to identify isolates at genus level. Using Rep, ERIC and BOX tests, genomic fingerprints of isolates and phylogenetic relationship between isolates were determined. Fifteen isolates identified as Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, 7 isolates identified as Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum and 5 isolates identified as Dickeya chrysanthemi according to MIS identification results, were spesific PCR tested using Y1-Y2,  ECA1f-ECA2r, and  ADE1-ADE2 primers, respectively. Spesific PCR results indicate that 4 of Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum isolates give a band of 434 bp long, while Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum isolates give no band and Dickeya chrysanthemi isolates give single band of 50-150 bp long.
Keywords: Soft rot, pectolytic bacteria, MIS, PCR.