SARS-CoV-2 virüsünün moleküler tanısı ve bazı kemokinlerin hastalık şiddetindeki rolünün incelemesi
Molecular identification of SARS-CoV-2 virus and study ther role of some chemoki̇nes in disease severity
Yazar: DUNYA KHALEEL RASHID RASHID
Danışman: DOÇ. DR. ŞİNASİ AŞKAR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHANNAD ABDULLAH KHALAF
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Sitokin ve kemokin ailesinden olan IL‐8 (CXCL 8), IL‐9(CXCL 9) ve IP‐10 (CXCL 10) sitokinlerinin SARS ve MERS'de anlamlı olması nedeniyle, SARS‐COV‐2 (Covid‐19) enfeksiyonundaki önemleri hala araştırma konusudur. Bu çalışma, şiddetli solunum yolu enfeksiyonu olan hastalarda Covid-19'un moleküler olarak tanımlanmasını ve dolaşımdaki CXCL8, CXCL9, CXCL10 düzeylerinin hastalığın şiddetindeki rolünün incelenmesi amacıyla Kerkük şehrinde (Al-Shifaa Epidemiyoloji Hastanesi /Covid-19 salgın merkezi) yapılmıştır. Örneklemeler 1 Kasım 2021- 30 Haziran 2022 tarihleri arasında, Covid-19 semptomları gösteren her iki cinsiyete sahip 50 yaş ve üzeri 138 kişide yapılmıştır. Ayrıca kontrol grubu olarak, Covid-19 ve herhangi bir kronik hastalığı olmayan 100 sağlıklı kişi dahil edilmiştir. Çalışmada her kişiden alınan nazofaringeal sürüntüler, PCR ekstraksiyonu ve amplifikasyon testleri için Viral Transport Medium içeren tüplere yerleştirilmiştir. Buna ilaveten, ELISA tekniği ile CXCL8, CXCL9 ve CXCL10 tespiti için çalışmaya katılan her hastadan kan örnekleri alınmıştır. Çalışma, 138 hastanın 100'ünün (%72.46) sağlıklı kontrol grubuna (%2'sine) kıyasla gerçek zamanlı PCR ile Covid-19 için pozitif olduğunu, 60 yaş ve üzeri erkek bireylerde Covid-19 enfeksiyonunun daha fazla görüldüğünü, aşırı kilolu ve obez hastaların çoğunun şiddetli Covid-19 enfeksiyonu geçirdiği, Covid-19 hastaları arasında sigara içenlerin prevalansının %25 olduğunu ve sigara içen vakaların %27.03'ünün şiddetli enfeksiyona sahip olduğunu göstermiştir. Ayrıca, diyabet, solunum problemi, kardiyovasküler hastalıklar ve kronik böbrek hastalıklarının Covid-19 enfeksiyonunun gelişimini ve komplikasyonunu arttırdığı tespit edilmiştir. Bunlara ek olarak, en yüksek CXCL8, CXCL9 ve CXCL10 ortalaması Covid-19'da, özellikle enfeksiyon şiddetli olduğunda ortaya çıkmıştır.

Abstract:
Since cytokines IL-8 (CXCL8), IL-9 (CXCL9)  and IP-10 (CXCL10) from the cytokine and chemokine family are significant in SARS and MERS, their importance in SARS-CoV-2 (COVID-19) infection is still a subject of research. The study was conducted in Kirkuk City at the Al-Shifaa Epidemiology Hospital, which serves as a COVID-19 epidemic center. The research aimed to examine the molecular identification of COVID-19 and the role of circulating levels of CXCL10, CXCL8, and CXCL9 in the severity of the disease in patients with severe respiratory tract infections. Sampling was carried out between November 1, 2021, and June 30, 2022, involving 138 individuals aged 50 years and older, encompassing both sexes, who exhibited symptoms of COVID-19. Additionally, 100 healthy individuals without COVID-19 or any chronic diseases were included as a control group. Nasopharyngeal swabs from all participants were stored in tubes containing Viral Transport Medium for subsequent PCR extraction and amplification tests. Furthermore, blood samples were collected from each patient involved in the study for the detection of CXCL8, CXCL9, and CXCL10 using the ELISA technique. The findings revealed that among the 138 patients, 100 (72.5%) tested positive for COVID-19 through real-time PCR, in stark contrast to the healthy control group (2%). The study indicated that the risk of COVID-19 infection is higher among male individuals aged 60 and older, as well as those who are overweight or obese. Most notably, it was observed that a significant number of obese patients suffered from severe COVID-19 infections. Furthermore, it was found that 25% of COVID-19 patients were smokers, and 27.03% of these smokers experienced severe infections. Moreover, the study highlighted the increased risk of COVID-19 development and complications in individuals with diabetes, respiratory problems, cardiovascular diseases, and chronic kidney diseases. In addition, the study found that the highest average levels of CXCL8, CXCL9, and CXCL10 were observed in COVID-19 cases, particularly in cases of severe infection.