Hastane infeksiyonlarından izole edilen vankomisin dirençli enterokokların pulsed field jel elektroforez yöntemiyle genotip tayini
The genotyping of vancomycine resistant enterococci isolated nosocomial infections with pulsed field gel electrophoresis
Yazar: BERİL AKÇİMEN
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: DNA = DNA ; Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Enterococcus = Enterococcus ; Genotip = Genotype ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Vankomisin = Vancomycin ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Vankomisin rezistan enterokoklar hastane enfeksiyonuna sebep olan patojenler arasında giderek artan sıklıkta izole edilmektedir. Enfeksiyonların yayılımının önlenmesinde ve kontrolünde, intestinal vankomisin rezistan enterokoklar kolonizasyonu olan hastaların erken tespiti ve hastane enfeksiyonu salgını ile ilişkilerinin gösterilmesi önemlidir. Vankomisin rezistan enterokoklar izolatları ile salgın arasındaki ilişkinin gösterilmesinde genotiplendirme yöntemleri ile klonal ilişkinin tespit edilmesi gereklidir. Bu amaçla çok sayıda moleküler bazlı genotiplendirme yöntemi kullanılmıştır. Bu yöntemlerden PFGE; hastane kökenli salgınların sürveyansında, salgın izolatlarının ilişkilendirilmesi ve salgın kaynağının tespit edilmesinde, ayrım gücü en yüksek olan ve ?altın standart? olarak kabul edilen bir yöntemdir.Bu çalışmada hastane kökenli enterokok izolatlarının glikopeptit türevi antibiyotik direnç profilleri ve bu izolatların hastane enfeksiyonları ile ilişkilerinin tespitinde Pulsed Field jel Elektroforez ve Randomly Amplified Polymorphic DNA yöntemlerinin uygulanabilirliğini araştırılmıştır. Bu amaçla Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuarına çeşitli servislerden gönderilen; 33 (%41,77)'ü hastane enfeksiyonu tanısına uyan hastalara ait klinik örneklerden, 30 (%37,98)'u kolonizasyonu gösteren örneklerden ve 16 (%20,25)'sıda hastane enfeksiyonu dışı enfeksiyon yakınması olan hastalara ait klinik materyalden izole edilen olmak üzere toplam 79 enterokok izolatı değerlendirilmiştir.Sonuç olarak; değerlendirilen hastane enfeksiyonu ve kolonizasyonla ilişkili izolatlar arasında vankomisin rezistan E.faecium'un hakim olduğunu, bu izolatların yüksek oranda (%93,5-80) teikoplanin direnci geliştirdikleri, hastane enfeksiyonu izolatları ile kolonizasyon izolatları arasında yüksek oranda yakın klonal ilişkinin olduğu görülmüş, Pulsed Field jel Elektroforez yönteminin vankomisin rezistan enterokoklar sürveyansında Randomly Amplified Polymorphic DNA'dan daha yüksek ayırım gücüne sahip ve stabil sonuçlar üreten bir yöntem olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
Vancomycine resistant Enterococci are isolated in increasing frequency among the pathogens that cause nosocomial infections. Early detection of patients with intestinal Vancomycine resistant Enterococci colonization and the demonstration of their relationship with the hospital infection outbreaks are important in controlling and preventing the spread of these infection. The clonal relationship between Vancomycine resistant Enterococci isolates and the outbreak should be determined with genotyping methods. For this purpose, a large number of molecular-based genotyping methods has been used. Among these methods, Pulsed field gel electrophoresis is considered as the `gold standard? with the highest discriminatory power in the surveillance of nosocomial outbreaks, and the detection and association of outbreak isolates.In this study, the glycopeptide resistance profiles of Enterococcus isolates and the applicability of Pulsed field gel electrophoresis and Randomly Amplified Polymorphic DNA methods in determining the relationship of these isolates with nosocomial infections have been investigated.For this purpose, a total of 79 enterococci isolates were evaluated which were obtained from various clinical specimens sent to the Balcalı Hospital Central Laboratory, The Faculty of Medicine, Çukurova University. Of these isolates, 33 (41,77%) were isolated from clinical specimens in patients with nosocomial infection, 30 (37,98%) from rectal specimens in patients with intestinal colonization and 16 (20,25%) from clinical specimens in patients with non-nosocomial infections.As a result, Vancomycine resistant E.faecium was found to be the dominant isolate among the nosocomial infections and the isolates related to intestinal colonization that were evaluated. It was also found that these isolates developed a high (93,5% and 80% respectively) teicoplanin resistance and that there is a close clonal relationship between nosocomial infection isolates and intestinal colonization isolates. In the Vancomycine resistant Enterococci surveillance, Pulsed field gel electrophoresis method has been found to have a higher discriminatory power and to yield stable results when compared to Randomly Amplified Polymorphic DNA.