Sığır karkaslarında ve kesimhane ortamında antibiyotik dirençli ekstraintestinal patojenik  escherichia coli (Expec) varlığının belirlenmesi
Determination of presence of antibiotic resistant extraintestinal pathogenic escherichia coli (Expec) in cattle carcasses and slaughterhouse environment
Yazar: REŞAT ÇİFTÇİ
Danışman: PROF. DR. HÜSNÜ ŞAHAN GÜRAN
Dicle Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Gıda Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, besi sığırlarında ve kesimhane ortamında ExPEC varlığının, filogenetik gruplarının, antimikrobiyal direnç fenotiplerinin ve bunların klonal ilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 
Gereç ve Yöntem: Toplam 447 besi sığırı örneği [rektum (n:133), deri (n:133), karkas (n:133)], çevre örnekleri [padok (n:12), bıçak (n:18), su (n:6)] ve personel eli örneklerinde [(n:12)] klasik mikrobiyolojik yöntemler ve multipleks PCR (papA, papC, iutA, kpsMTII ve fimH virülans genleri) kullanılarak ExPEC varlığı analiz edildi. Filogenetik grupları triplex PCR ile (TspE4.C2 klonu, chuA ve yjaA genleri), ERIC-PCR ile klonal ilişkileri test edildi ve EUCAST standartlarına göre antibiyotik duyarlılığı tarandı.
Bulgular: Analiz edilen 447 numuneden 36'sının (% 8,80) ExPEC ile kontamine olduğu tespit edildi. Karakterize edilen 36 ExPEC izolatı arasında, D (14/36, % 38,88), B2 (9/36, % 25), B1 (9/36, %25) ve A (2/36, % 5,55 ) olmak üzere dört filogenetik grup tanımlanmıştır. İzolatların % 61,11'inin (22/36) en az iki antibiyotiğe dirençli olduğu ve en yüksek direncin % 61,11 ile ampisiline karşı olduğu belirlendi. ERIC-PCR sonuçları, 100 ile 1500 bp arasında değişen çok sayıda bandın (1-5 bant) çoğaldığını gösterdi. Ayrıca, ERIC-PCR paternleri 19 kümede sınıflandırıldı. 
Sonuç: Bu çalışma sonuçları, besi sığırı ve kesimhane ortamlarının genetik olarak benzer antibiyotiğe dirençli ExPEC'ler için potansiyel bir kontaminasyon kaynağı olabileceğini göstermektedir. Bu bağlamda, besi sığırlarında ExPEC'in düzenli olarak izlenmesi ve Tek Sağlık yaklaşımı içinde ele alınması önemli olacaktır. 
Anahtar sözcükler: Besi sığırı, Ekstraintestinal patojenik E. coli (ExPEC), kesimhane, antimikrobiyal duyarlılık, filogenetik grup, klonal ilişki

Abstract:
Aim: In this study, it was aimed to determine ExPEC presence, phylogenetic groups, antimicrobial-resistant phenotypes, and their clonal relatedness in beef cattle and slaughterhouse environment.
Materials and Methods: A total of 447 beef cattle samples [rectum (n:133), hides (n: 133), carcass (n:133)], environment samples [paddock (n:12), knife (n:18), water (n:6)], and workers hand samples [(n:12)] were analyzed for the presence of ExPEC using classic microbiological methods and multiplex PCR (papA, papC, iutA, kpsMTII and fimH virulence genes). Phylogenetic groups were tested by triplex PCR (TspE4.C2 clone, chuA and yjaA genes), and clonal relatedness was tested by ERIC-PCR, and screened for antibiotic susceptibility according to the EUCAST standards. 
Results: 36 (8,80%) out of the 447 samples analyzed were contaminated with ExPEC. Among the 36 ExPEC isolates characterized, four phylogenetic groups were identified including D (14/36, 38,88%), B2 (9/36, 25%), B1 (9/36, 25%) and A (2/36, 5,55%). It was determined that 61,11 % (22/36) of the isolates were resistant to at least two antibiotics and the highest resistance was found against ampicillin with 61,11 %. The ERIC-PCR results showed that proliferated numerous bands (1-5 bands), ranging from 100 to 1500 bp. Moreover, the ERIC-PCR patterns were classified into 19 clusters.
Conclusion: The results of this study show that beef cattle and slaughterhouse environments can be a potential contamination source of genetically similar antibiotic-resistant ExPECs. In this context, it will be important to monitor ExPEC regularly in beef cattle, and to deal with it within the framework of One Health approach.
Keywords: Beef cattle, Extra-intestinal pathogenic E. coli (ExPEC), slaughterhouse, antimicrobial susceptibility, phylogenetic groups, clonal relatedness