Farklı kaynaklardan izole edilmiş campylobacter jejuni izolatlarının mlst ile tiplendirilmesi
Typing with mlst of campylobacter jejuni isolates from different sources
Yazar: REYYAN ÇELİK KIR
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET CEMAL ADIGÜZEL
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Bu çalışmada tavuk ve kazdan elde edilen Campylobacter jejuni izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi, multilocus sequence typing (MLST) yöntemi ile tiplendirilmesi ve filogenetik analizinin yapılması amaçlandı.
Materyal ve Metot: Çalışmada tavuk ve kazlardan izole edilmiş C. jejuni (n=10) izolatları kullanıldı. İzolatlar PCR ile doğrulandıktan sonra sekiz antibiyotiğe karşı antimikrobiyal duyarlılıkları belirlendi. MLST analizi yapılarak sekans tipleri (ST) belirlendi. Elde edilen sekans numaraları PubMLST veritabanına kaydedildi. Elde edilen veriler farklı ülkelerden bildirilmiş ST numarları ile karşılaştırılarak filogenetik analizleri gerçekleştirildi. 
Bulgular: Tavuk ve kazlardan elde edilen beşer adet C. jejuni izolatı PCR ile doğrulandı. İzolatların sıvı mikrodilüsyon tekniği ile minimum inhibisyon konstantrasyon değerleri araştırıldı. İzolatlardan birinin test edilen azitromisin, siprofloksasin, eritromisin, florfenikol, tetrasiklin, gentamisin, klindamisin ve nalidiksik asite ve üç izolatın sadece siprofloksasin ve klindamisine dirençli olduğu saptandı. Diğer izolatların tamamının test edilen antibitoiklere karşı duyarlı olduğu belirlendi. MLST analizi sonucunda ST numaları tanımlanan izolatların üçü ST45, ikisi ST9495, dördü ST11651 ve bir tanesi ST1947 olarak belirlendi. İzolatların filogenetik analizi sonucunda ST numaralarına tavuk, insan ve sığır izolatları ile aynı kümelerde yer aldığı saptandı.
Sonuç: Tavuk ve kazdan izole edilen C. jejuni izolatlarının ST45 ve ST658 klonal kompleksi içinde yer aldığı ve bu izolatların farklı kaynaklardan izole edilmiş izolatlar ile bereber aynı kümede yer alması türler arasındaki geçişi ifade etmektedir. Ayrıca antimikrobiyal dirençli izolatların insanlardaki infeksiyonu tedavisi güç hastalıkların ortaya çıkacağına işaret etmektedir. 
Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal duyarlılık, Campylobacter jejuni, filogenetik analiz, MLST, PCR

Abstract:
Aim: In this study was aimed to determine the antibiotic susceptibilities of Campylobacter jejuni strains isolated from chicken and goose feces, to genotyping with the multilocus sequence typing (MLST) method and to perform phylogenetic analysis. 
Material and method: C. jejuni isolates from chickens and geese (n=10) were used in the study. After the isolates were confirmed by PCR, their antimicrobial susceptibilities to eight antibiotics were determined. Sequence types (ST) were determined by performing MLST analysis. The sequence types obtained were registered in the PubMLST database. The obtained data were compared with ST numbers reported from different countries in phylogenetic analyses. 
	Results: Five C. jejuni isolates each of chickens and geese samples were confirmed by PCR. Minimum inhibitory concentration values of the isolates were investigated by broth microdilution technique. One of the isolates was found to be resistant to azitormycin, ciprofloxacin, erythromycin, florfenicol, tetracycline, gentamicin, clindamycin, and nalidixic acid and three isolates were found to be resistant only to ciprofloxacin and clindamycin. All other isolates were found to be susceptible to the antibiotics tested. MLST results showed that three of the isolates were identified as ST45, two as ST9495, four as ST11651, and one as ST1947. The phylogenetic analysis determined that the strains used in the current study were in the same clusters with chicken, human and cattle isolates according to their ST numbers. 
	Conclusion: C. jejuni strains isolated from chicken and goose are included in the ST45 and ST658 clonal complex and that these isolates are shared in the same cluster with strains isolated from different sources indicates the transition between the species. In addition, the presence of antimicrobial-resistant strains in humans indicates the emergence of diseases that are challenging to treat.
Key Words: Antimicrobial susceptibility, Campylobacter jejuni, MLST, PCR, phylogenetic analysis