Hodgkin lenfoma hastalarında TNF-α (rs1800629) ve IKZF1 (rs4132601) genlerindeki polimorfizmlerin araştırılması
Investigation of polyorphisms in TNF-α (rs1800629) and IKZF1 (rs4132601) genes in hodgkin lymphoma patients
Yazar: EYLEM PARLAK
Danışman: PROF. DR. NURCAN ARAS
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Alleller = Alleles ; Genler = Genes ; Hodgkin hastalığı = Hodgkin disease ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Tümör nekroz faktörü-alfa = Tumor necrosis factor-alpha

Özet:
Hodgkin lenfoma (HL), B lenfositlerini etkileyen ve hastayı enfeksiyona duyarlı hale getiren, lenfatik sistemin nadir görülen bir kanseridir.
B lenfositlerden kaynağını alan, Reed-Sternberg (RS) olarak tanımlanan anormal hale gelmiş B hücresi, kendi kopyasını yapmak amacıyla hızla bölünerek çoğalır. Vücudu enfeksiyonlara karşı korumayan bu hücrelerin artmasıyla tümör meydana gelir.
Tümör nekroz faktör alfa (TNF-α) ve Ikaros ailesi çinko parmak 1 (IKZF1) genleri enfeksiyon, romatoid artrit, sistemik lupus eritematozus (SLE), Crohn hastalığı (CD) gibi çeşitli hastalıkların patogenezinde önemli bir role sahip olduğu bilinen proinflamatuar sitokinlerdir. TNF-α (rs1800629) geni, aktif makrofajlar ve T-lenfositler tarafından üretilir ve monositlerin makrofajlara ayrılmasını, nötrofil alımını ve granülomların oluşumunu uyarır. 
Transkripsiyon faktörü IKZF1 (rs4132601), lenfoid farklılaşmasında kritik regülatör bir işlev görür.
	Bu nedenle çalışmamızda bağışıklık sisteminde bulunan TNF-α (rs1800629) ve IKZF1 (rs4132601) genlerdeki polimorfizminlerin Hondgkin lenfoma üzerindeki etkisini ve patogenezini araştırmayı amaçladık. Çalışma grubumuza, Mersin Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Hastanesi Hematoloji bölümünde yapılan muayeneler sonucu Hodgkin lenfoma saptanan 34 hasta ve yine aynı anabilim dalında herhangi bir patoloji saptanmamış 35 sağlıklı birey katıldı. Elde edilen kan örneklerinden ilgili genetik analizler Mersin Üniversitesi İleri Teknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi (MEİTAM)'nde gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızda TNF-α (rs1800629) genindeki polimorfizme ait allel istatistikleri incelendiğinde, yabanıl G allelinde görülme sıklığı kontrol grubunda % 44,4 (n=30) iken hasta grubunda % 44,1 (n=30), polimorfik olan A allelinde görülme sıklığı kontrol grubunda % 55,6 (n=35) iken hasta grubunda %55,9 (n=38) olarak belirlenmiştir. TNF-α (rs1800629) genindeki polimorfizme ait genotip istatistikleri incelendiğinde, GG genotip görülme sıklığı kontrol grubunda % 0,0 (n=0) iken hasta grubunda % 2,9 (n=1), GA genotip görülme sıklığı kontrol grubunda % 85,71 (n=30) iken hasta grubunda % 82,4 (n=28) olarak belirlenmiştir.Gruplara göre TNF-α (rs1800629) genotip ve allel dağılımları farklılık göstermemektedir (p>0,05). 
	IKZF1 (rs4132601) genindeki polimorfizme ait allel istatistikleri incelendiğinde, yabanıl T allelinde görülme sıklığı kontrol grubunda % 85,7 (n=60) iken hasta grubunda % 73,5 (n=50), polimorfik olan G allelinde görülme sıklığı kontrol grubunda % 14,28 (n=10) iken hasta grubunda % 26,5 (n=18) olarak belirlenmiştir. 
	IKZF1 (rs4132601) genindeki polimorfizme ait genotip istatistikleri incelendiğinde, TT genotip görülme sıklığı kontrol grubunda % 71,42 (n=25) iken hasta grubunda % 52,9 (n=18), TG genotip görülme sıklığı kontrol grubunda % 28,57 (n=10) iken hasta grubunda % 5,9 (n=2) olarak belirlenmiştir. 
	Hasta ve kontrol gruplarında IKZF1 (rs4132601) genotipleri Hardy Weinberg dengesindedir (p>0,05). Gruplara göre IKZF1 (rs4132601) allel dağılımları farklılık göstermektedir (p=0,087). Hasta grubunda kontrol grubuna kıyasla G alleli T alleline göre 2,340 kat daha fazla tespit edilmiştir.

Abstract:
Hodgkin lymphoma (HL) is a rare cancer of the lymphatic system that affects B lymphocytes and makes the patient susceptible to infection.
The abnormal B cell, defined as Reed-Sternberg (RS), originating from B lymphocytes, multiplies rapidly by dividing to make a copy of itself. With the increase of these cells, which do not protect the body against infections, a tumor occurs.
Tumor necrosis factor alpha (TNF-α) and Ikaros family zinc finger 1 (IKZF1) genes are proinflammatory cytokines known to have an important role in the pathogenesis of various diseases such as infection, rheumatoid arthritis, systemic lupus erythematosus (SLE), Crohn's disease (CD). The TNF-α (rs1800629) gene is produced by activated macrophages and T-lymphocytes and stimulates the differentiation of monocytes into macrophages, neutrophil recruitment, and formation of granulomas.
The TNF-α (rs1800629) gene is produced by activated macrophages and T-lymphocytes and stimulates the differentiation of monocytes into macrophages, neutrophil recruitment, and formation of granulomas. The transcription factor IKZF1 (rs4132601) functions as a critical regulator in lymphoid differentiation.
Therefore, in our study, we aimed to investigate the effect and pathogenesis of polymorphisms in TNF-α (rs1800629) and IKZF1 (rs4132601) genes in the immune system on Hondgkin lymphoma. Our study group included 34 patients who were diagnosed with Hodgkin lymphoma as a result of the examinations performed in the Hematology Department of Mersin University Health Research and Application Hospital, and 35 healthy individuals without any pathology in the same department. Related genetic analyzes from the blood samples obtained were carried out at Mersin University Advanced Technology Research and Application Center (MEİTAM). When the allele statistics of the polymorphism in the TNF-α (rs1800629) gene were examined in our study, the frequency of the wild G allele was 44.4 % (n=30) in the control group, while it was 44.1 % (n=30) in the patient group. While it was 55.6 % (n=35) in the patient group, it was % 55.9 (n=38) in the patient group. When the genotype statistics of the polymorphism in the TNF-α (rs1800629) gene were examined, the incidence of GG genotype was % 0.0 (n=0) in the control group, % 2.9 (n=1) in the patient group, and 85 %  in the control group. 71 (n=30) while it was 82.4 % (n=28) in the patient group. TNF-α (rs1800629) genotype and allele distributions did not differ according to the groups (p>0.05).
When the allele statistics of the polymorphism in the IKZF1 (rs4132601) gene were examined, the incidence of the wild T allele was 85.7 % (n=60) in the control group, while the incidence of the polymorphic G allele was 73.5 % (n=50) in the patient group and 14% in the control group. 28 (n=10), while it was 26.5 % (n=18) in the patient group.
When the genotype statistics of the polymorphism in the IKZF1 (rs4132601) gene were examined, the incidence of TT genotype was 71.42 % (n=25) in the control group, while it was 52.9 % (n=18) in the patient group, and 28.57 % in the control group ( n=10), it was determined as 5.9 % (n=2) in the patient group.
The IKZF1 (rs4132601) genotypes in the patient and control groups were in Hardy Weinberg equilibrium (p>0.05). The IKZF1 (rs4132601) allele distributions differ between the groups (p=0.087). Compared to the control group, the G allele was detected 2,340 times more than the T allele in the patient group.