Hepatit B virüs ve hepatit D virüs ilişkili hepatoselüler karsinomlu hastalarda RS17401966 tek nükleotid polimorfizmi varlığı ve hepatoselüler karsinom gelişimindeki etkisi
Presence of RS17401966 single nucleotide polymorphism in patients with hepatitis B virus and hepatitis D virus related hepatocellular carcinoma and influence in the development of hepatocellular carcinoma
Yazar: SEÇKİN ÖZGÜL
Danışman: PROF. DR. SÜLEYMAN CİHAN YURDAYDIN
Ankara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Gastroenteroloji = Gastroenterology
Dizin: Genler = Genes ; Hepatit B = Hepatitis B ; Hepatit B virüsü = Hepatitis B virus ; Hepatit D = Hepatitis D ; Karsinoma = Carcinoma ; Karsinoma-hepatoselüler = Carcinoma-hepatocellular ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Amaç: Bu çalışmanın amacı; KHB ve KHD enfeksiyonuna sekonder HSK hastalarında rs17401966 tek nükleotid polimorfizminin anlamlı olup olmadığının saptanması ve bu polimorfizmin hepatoselüler karsinom gelişmesine etkisinin yanı sıra hastalığın seyrinde morbidite (kompanse/dekompanse karaciğer sirozu) ve mortalite üzerine etkisinin belirlenmesidir.
Materyal ve metod: Bu çalışma tek merkezli retro-prospektif bir çalışmadır. Çalışmaya 31'i(%13,1) Delta hepatite bağlı, 56'sı(%23,7) B hepatite bağlı olmak üzere toplam 87 HSK hastası(%36,9) ve 77'si(%32,6) KHD, 72'si(%30,5) KHB olmak üzeri toplam 149(%63,1) kronik hepatit(KH) hastası dahil edildi. Hastaların KİF1B genindeki rs17401966 tek nükleotid polimorfizmini saptamak amacıyla DNA dizi analizleri yapıldı.
Sonuç: Hastalardan elde edilen sonuçlar hem HSK ve KH grupları arasında hem de HBV ve HDV grupları arasında olacak şekilde karşılaştırıldı. Genotip dağılımları arasında alt gruplar arasında istatistiki olarak anlamlı bir farklılık saptanmadı(p:0,984). HBV DNA düzeyleri açısından gruplar arasında genotipik farklılık saptanmadı. HDV RNA açısından ise HSK grubunda KHD grubuna göre HDV RNA seviyesi pozitif olan hastalarda AG genotipinde artış ve GG genotipinde azalma saptandı(p:0,028, p:0,04). Hastaların biyokimyasal değerleri karşılaştırıldığında(ALT, AST, GGT, ALP, AFP, Bilirubin, Albumin, INR, Kreatinin, Hemoglobin, WBC); ortalamaları anormal(yüksek veya düşük) saptanan hastalarda normal hastalara göre anlamlı genotip farklılığı saptanmadı. Sadece KHD grubunda trombositopenisi(PLT<150.000) olan hastalarda AA genotipi görülme sıklığında artış saptandı(p:0,026). Morbidite ve mortalite açısından ise gruplar arasında genotip dağılımları değerlendirildiğinde istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmamıştır. 
Tartışma: Popülasyonumuzun değerlendirilmesinde rs17401966 polimorfizmi ve HSK(HBV veya HBV'ye bağlı) açısından bir ilişki saptanmamıştır. Özellikle Asya kıtasında(Tayvan, Çin, Japonya) KİF1B geninin rs17401966 polimorfizmi ve HSK ilişkisiyle ilgili çok sayıda çalışma yapılmıştır. Bizim çalışmamız Avrupa' da yapılan ilk çalışma olma özelliğini taşımaktadır. Populasyonun genetik ve virüsün genotip farklılığı göz önüne alındığında bu polimorfizmin değerlendirilmesi ileride yapılacak çalışmalar açısından önemli bir adım olacaktır. Ayrıca HDV sekonder HSK hastaları açısından ilk kez bir snp değerlendirilmiştir. Hepatokarsinogenezin içinde büyük bir yeri olan konak genetik faktörlerinin saptanması için ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.

Anahtar kelimeler: Hepatoselüler karsinom, kronik hepatit B, kronik hepatit D, KİF1B geni, rs17401966, tek nükleotid polimorfizmi

Abstract:
Background and aims:  The aim of this study to determine significancy of rs17401966 SNP in HBV and HDV related HCC patients and investigate interaction of this polymorphism with development of hepatocellular carcinoma  as well as morbidity(compensated/decompensated cirrhosis)  also mortality.

Material and method: This is a single-center retro-prospective study. 31(13,1%) HDV related, 56(23,7%) HBV related for a total of 87 HCC patients and 77(32,6%) infected bf HDV, 72(30,5%) infected by HBV for a total of 149 chronic hepatitis patients were included to the study. DNA sequence analysis of the patients was performed to determine the rs17401966 SNP in the gene of KIF1B.
Results: The results were compared between datas which obtained from HCC vs CH groups and HBV vs HDV patients. There was no statistically significant difference between subgroups and genotype distribution(p:0,984). Genotypic differences were not found between all the groups in terms of HBV DNA levels. In terms of HDV RNA levels,  in patients with positive HDV RNA the increasing AG genotype and decreasing GG genotype was found between HDV related HCC and CDH groups(p:0,028, p:0,04). No statistically genotypic differences were found between patients with abnormal(high or low) average biochemical parameters(ALT, AST, GGT, ALP, AFP, Bilirubin, Albumin, INR, Creatinine, Hemoglobin, WBC) vs normal parameters. Only increasing in incidence of AA genotype was observed in patients with thrombocytopenia(PLT<150.000)(p:0,026). When genotype distribution considered, no statistically significant differences were found about morbidity and mortality. 
Discussion: No relationship between rs17401966 polymorphism and HCC(HBV or HDV related) was detected in our population. Numerous studies were conducted about this relationship particularly in Asia(Taiwan, China, Japan). Our study bears the distinction of being the first work done in Europe. The assessment of this polymorphism would be an important step in terms of future studies when considering population genetics and virüs genotype. A SNP is evaluated for the first time in the terms of HDV related HCC patients. Further studies are needed to determine the host genetic factor which has a large place in hepatocarcinogenesis.

Key words: Hepatocellular carcinoma, chronic hepatitis B, chronic D hepatitis, KIF1B gene, rs17401966, single nucleotide polymorphism