Dipeptidil bor bileşiklerinin elektron konformasyonel-genetik algoritma (EC-GA) metodu ile 4D-QSAR analizi
Pharmacophore identification and bioactivity calculation for dipeptidly boron compounds using 4D-QSAR electron conformasyonel-genetic algorithm method
Yazar: SEVİNÇ ÇATALKAYA
Danışman: PROF. DR. EMİN SARIPINAR
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
Bu çalışmada, dipeptidil bor bileşik serisine ait farmakofor grubunun belirlenmesi ve nicel biyoaktivite tahmini tarafımızdan geliştirilen Elektron Konformasyonel-Genetik Algoritma (EC-GA) 4D-QSAR metodu kullanılarak yapılmıştır. Kuantum kimyasal hesaplamalar HF metodu 3-21 G temel seti kullanılarak (sulu ortamda) yapıldıktan sonra yük, bağ derecesi, kartezyen koordinatları ve konformasyon analiz bilgilerinden faydalanılarak serideki bileşiklerin bütün konformerleri için Elektron Konformasyonel Uygunluk Matrisleri (ECMC) hazırlanmıştır. EMRE programı kullanılarak ECMC'ler belirli tolerans değerleri içerisinde karşılaştırılıp dipeptidil bor bileşik serisi için aktiviteden sorumlu farmakofor grubu bulunmuştur. Seride aktivitiye en fazla etkisi olan alt parametre setini seçmek ve teorik aktivite değerlerini hesaplamak için EMRE yazılımı içinde olan genetik algoritma ve doğrusal olmayan en küçük kareler  (Isqnonlin) yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca bileşikler eğitim ve test seti olarak sınıflandırılarak modellerin doğruluğu çapraz doğrulama ve istatistiksel olarak yapılmıştır. Model için R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 ve con3 değerleri sırasıyla 0.850, 0.809, 0.755, 0.776, 0.759, 0.735, 0.922, 0.846, 0.905'tir.
Anahtar Kelimeler: QSAR; ilaç tasarımı; dipeptidil bor bileşikleri; farmakofor; elektron konformasyonel metot; genetik algoritma.

Abstract:
In this study, the electron conformational genetic algorithm (EC-GA) method had been employed as a 4D-QSAR approach to reveal the pharmacophore (Pha) and to predict anticancer activity of the dipeptidly boron compound series. After quantum chemical calculations were made by using the HF method 3-21 G of basis set (aqueous medium), the Electron Conformational Matrices of Congruity (ECMC) were prepared by means of the charge, bond order, the cartesian coordinates conformational analysis information for all conformers of compounds in the series. 
ECMC's were compared within a certain tolerance values by using the program EMRE and responsible pharmacophore group for dipeptidly boron compound series was found. For selecting of sub-parameter which had the most effect on activity in serial and calculation of theoretical activity values non-linear least square method and genetic algorithm which was taken part in EMRE program was used. In addition, compounds were classified as the training and test set and accuracy of the models was made as cross-validation and the statistical. For model R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 and con3 values were 0.850, 0.809, 0.755, 0.776, 0.759, 0.735, 0.922, 0.846, 0.905 respectively. 
Keywords: QSAR; drug design; dipeptidly boron compounds; pharmacophore; electron conformational method; genetic algorithm.