İstanbul'dan temin edilen tavuk yumurtalarında escherichia coli varlığı ile genişlemiş spektrumlu beta laktamaz pozitif E. coli suşları ve kolistin direncinin araştırılması
Investigation of the presence of escherichia coli and colistin resistance with extended spectrum beta lactamase positive E. coli strain in chicken EGGS obtained from İstanbul
Yazar: ALİ ANIL SÜLEYMANOĞLU
Danışman: PROF. DR. HARUN AKSU
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Yumurta, içerdiği besin maddeleri açısından oldukça faydalı, insanlar tarafında sıklıkla tüketilen bir gıda maddesidir. Yumurta; üretimi, depolanma koşulları ve satış şartları göz önünde bulundurulduğunda kendi doğası veya kontaminasyon sonucu çeşitli patojen mikroorganizmaları ihtiva etmektedir. Söz konusu patojen bakterilerden olan Escherichia coli doğada ve bağırsak florasında sıklıkla bulunabilmektedir. Ayrıca, bazı E. coli suşları çeşitli antibiyotiklere karşı direnç geliştirmektedir. Antibiyotik direnci, insan ve hayvan sağlığı açısından oldukça önemli bir konu olup, söz konusu antibiyotik direnç mekanizmaları giderek ön plana çıkmaktadır. Günümüzde, direnç mekanizmaları ile ilgili olarak GSBL ve kolistin direncinin toplum sağlığını tehdit eden boyutlara ulaştığı bilinmektedir. Bu çalışma kapsamında, 120 adet tavuk yumurtası yüzeyinde E. coli varlığı klasik mikrobiyolojik teknikler ile araştırılmış olup, suşların doğrulamasında Polimeraz Zincir Reaksiyonu tekniği kullanılmıştır. Analizler sonucunda toplam 15 (15/120, % 12,5) adet E. coli pozitif suş elde edilmiştir. Söz konusu E. coli suşları üzerinde disk difüzyon yönetimi ile çeşitli antibiyotik gruplarına karşı direnç saptanarak, çift disk sinerji testi ile GSBL pozitif varlığı ve kolistin agar kullanılarak ise kolistin direnci fenotipik yönden araştırılmıştır. Toplam 11 (11/15, % 73,3) adet suşta çoklu antibiyotik direnci tespit edilmiş olup, bunlardan 3 (3/15, % 20) adet suşun fenotipik olarak GSBL pozitif olduğu saptanmış ve suşların hiçbirinde kolistin direnci bulunamamıştır. Suşlardaki ilgili antibiyotik dirençlerin genotipik doğrulaması için uygulanan multiplex PZR analizleri sonucu toplam 15 (15/15, % 100) adet E. coli suşunun TEM-1 geni bakımından, 3 (3/15, % 20) adet E. coli suşunun ise CTXM- 1 geni bakımından pozitif olduğu belirlenmiştir. İncelenen E. coli suşlarının hiçbirinde SHV-1 OXA-2 ve mcr1, mcr-2, mcr-3, mcr-4 ve mcr-5 genleri tespit edilememiştir. Sonuç olarak, çalışma kapsamında yumurtalardan izole edilen ve çoklu antibiyotik direncine sahip olabilen E. coli varlığının halk sağlığı açısından önemli risk oluşturabileceği sonucuna ulaşılmıştır.

Abstract:
Egg is a very useful food in terms of the nutrients grown, consumed within a lot of people. Egg; Considering the production, storage conditions, and sales conditions, there is the possibility of carrying various pathogens by their own nature or as a result of contamination. Escherichia coli, one of these pathogenic bacteria, can be found in nature and in the intestinal flora. Some strains of E. coli have developed resistance to various antibiotics. Antibiotic resistance is a very important issue in terms of human and animal health, and some antibiotic resistance mechanisms come to the fore. ESBL and Colistin resistance are among the antibiotic resistance issues that threaten public health. In this study, the presence of E. coli on the surface of 120 chicken eggs was investigated microbiologically and the ECO1-2 - gyrB primers for specific of E. coli were used by polymer chain reaction. As a result of the analysis, 15 (15/120, 12,5 %) E. coli- positive strains were obtained. On positive E. coli strains, their resistance against various antibiotic groups was measured by disc diffusion management, ESBL positive presence with double disc synergy test, and colistin resistance with colistin agar were investigated. Multiple antibiotic resistance was detected in 11(11/15, 20 %) strains, 3 (3/15, 20 %) strains were observed phenotypically as ESBL-positive strains, and no colistin resistance was detected. As a result of multiplex Polymerase Chain Reaction performed for confirmation, all strains were found to be TEM-1 positive (15/15, 100 %), 3 (3/15, 20 %) strains CTXM-1 positive, and SHV-1 OXA-2 and mcr-1, mcr-2, mcr-3, mcr-4 and mcr-5 genes were not detected. It has been concluded that investigating the presence of E. coli, which is food-borne and can have multiple antibiotic resistance, is important for public health.