Çeşitli klinik örneklerden hastane enfeksiyon etkeni olarak izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii suşlarının pfge yöntemiyle genotiplendirilmesi
Various factors as a clinical samples from hospitals infecti̇on resi̇stant aci̇netobacter baumanni̇i̇ i̇solated carbapenem be genotyped by pfge strai̇ns
Yazar: YASEMİN KIRIK
Danışman: PROF. DR. KUTBEDDİN DEMİRDAĞ
Fırat Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Genotip = Genotype ; Karbapenemler = Carbapenems ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Hastane enfeksiyonları morbidite ve mortalite oranlarını, hastanede kalış süresini ve tedavi maliyetini önemli ölçüde arttırdığı için, önemli bir sağlık problemi olmaya devam etmektedir. Acinetobacter cinsi bakteriler hastane enfeksiyonlarına yol açan etkenler içinde önemli bir yer tutmaktadır. Bu etkenlerin hastane enfeksiyonlarında sık olarak saptanmalarının nedenleri, dış ortam koşullarında kolaylıkla yaşayabilmeleri ve antibiyotiklere karşı çoğul direnç kazanabilmeleridir.
Acinetobacter baumannii salgınlarının kaynağının doğru ve hızlı tespiti, enfeksiyonun tedavisi ve salgının kontrolü açısından önemlidir. Salgın epidemiyolojisinde Pulsed-Field Gel Electrophoresis ile total genom polimorfizminin analizi en güvenilir yöntemdir ve genotiplendirmede altın standart olarak kabul edilmektedir.
Çalışmamızda Fırat Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuarı ile Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı Laboratuar' ına 1 Aralık 2013 – 30 Haziran 2014 tarihleri arasında gönderilen çeşitli klinik materyallerden hastane enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 93 adet karbapenem dirençli A. baumannii izolatının PFGE yöntemiyle moleküler benzerliklerinin araştırılması amaçlandı. 93 adet A. baumannii  suşunun disk difüzyon yöntemi ile yapılan antibiyogramlarına göre, tümünün imipeneme karşı dirençli olduğu bulundu. Tiplendirilen 93 A. baumannii suşu 30 farklı PFGE profili gösterdi. Klonal yönden ilişkili suşlar, 7 farklı küme içerisinde yer aldı. Toplam 93 A. baumannii suşunun 80'i herhangi bir küme içerisinde yer aldı. Suşların kümeleşme oranı %86 bulundu. Çalışmamızda en fazla izolat sayısına sahip I kümesinde yer alan 55 suşun izolasyon tarihleri incelendiğinde, bu klonun hastanemizde yaklaşık 7 ay varlığını sürdürdüğü görüldü. 
Sonuç olarak; bu çalışma hastanemizde A. baumannii izolatlarının, aradan 7 ay gibi uzun bir süre geçmesine rağmen benzer olduğunu gösterdi. Ayrıca PFGE 'nin diğer çalışmalarla benzer şekilde izolatlar arası benzerlik ya da farklılıkların tespitinde mevcut en önemli ayırıcı yöntem olduğu düşünüldü.
Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, karbapenem direnci, PFGE, genotipleme

Abstract:
Hospital infections continue to be an important health problem since they seriously increase the rate of mortality and morbidity as well as hospital care period and treatment costs. Acinetobacter species of bacteria, factors of hospital infections led to an important place. Reasons of these factros are, they can live easily in outdoor conditions and their ability to acquire multiple resistance to antibiotics.
Fast and accurate detection of Acinetobacter baumannii outbreaks is important in the treatment and control of epidemic infections. In the outbreak epidemiology analyze of total genome polymorphism by Pulsed-Field Gel Electrophoresis is the most confident method and gold standard method in genotyping.
Purpose of our study, investigate the various clinical materials cause of nosocomial infection was isolated as 93 pieces of carbapenem-resistant A. baumannii isolates of PFGE with the molecular similarity between 1 December 2013 - 30 June 2014 in the Firat University Hospital Central Laboratory and Department of Infectious Diseases Laboratory.
93 units of A. baumannii strains by disc diffusion method according to the antibiograms, imipenem resistant ratio was found 100%. Typing 93 A. baumannii strains showed 30 different PFGE profiles. Strains to clonal correlates, located in the seven different clusters. A total of 93 strains of A. baumannii, 80 of them are located within any cluster. Clustering of strain rate %86. In our study, the maximum number of isolates with 1 cluster of the 55 strains set of dates in the isolation were examined, this clone seen to persist for about 7 months in our hospital.
As a result; this study showed in our hospital A. baumannii isolates similar, after 7 months is a long time to pass. In addition, PFGE is a manner similar to other studies in the identification of similarities or differences between isolates available was considered to be the most important insulting method.
Key Words: Acinetobacter baumannii, carbapenem resistance, PFGE, genotyping