Aydın yöresindeki kuru incirlerden (Ficus carica L.) aspergillus spp.'nin morfolojik ve genetik karakterizasyonu
Morphological and genetic characterization of aspergillus spp. from dried figs (Ficus carica L.) in the vicinity of Aydin
Yazar: YASEMİN SERTEL
Danışman: DOÇ. DR. HACI HALİL BIYIK ; PROF. DR. FEVZİ BARDAKÇI
Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Aspergillus = Aspergillus ; Aydın = Aydın ; Kuru incir = Dried fig ; Mikrosatelitler = Microsatellites

Özet:
Aspergillus, hem toksijeniteleri, gıdalarda bozunmalara sebep olmaları, çevresel koşullara adaptasyon yeteneklerinin yüksek olması hem de endüstride kullanımlarının yaygın olmasından dolayı filamentli küflerin en önemli cinslerinden biridir. Türkiye'de incirde aflatoksin ve okratoksin üretme potansiyeli olan Flavi ve Niger Grubu türlerinin populasyon yapısını belirlemeye yönelik bir çalışma yapılmamıştır. Bu nedenle bu araştırmada, Aydın' daki kuru incirlerden izole edilen kontamine filamentli küf florasının ortaya konması ve bu floradaki potasiyel aflatoksinejik ve okratoksijenik Aspergillus suşları arasındaki genetik çeşitliliğin ve populasyon yapısının mikrosatellit belirteçleri kullanılarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla Ekim-Aralık (2010) aylarında kuru incir örnekleri Aydın'daki 37 farklı köyden toplanmıştır. Kuru incir örneklerinin 360 nm UV ışını altında inceleme sonucunda 3 ilçeden toplanan örneklerde (Nazilli, Köşk ve İncirliova) aflatoksin varlığı tespit edilmiştir. İzolasyon sonucunda toplam 99 izolat içerisinden 10 cinse ait (Aspergillus, Penicillium, Fusarium, Cladosporium, Alternaria, Acremonium, Mortierella, Rhizopus, Trichoderma ve Trichophyton) 15 farklı tür elde edilmiştir. İzolatların % 72'sini Aspergillus cinsine ait türler oluşturmaktadır. Aydın'da yaygın olduğu görülen Aspergillus flavus ve A. niger izolatlarından genomik DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. A. flavus (n=15) ve A. niger (n=46) populasyonlarının genetik yapısını belirlemek için toplam 14 farklı lokus çalışılmıştır. Elde edilen verilerin istatistik analizleri Genepop, FSTAT ve Genealex programları kullanılarak yapılmıştır. Sonuçta Aydın'daki A. flavus ve A.niger populasyonlarında istatistik olarak anlamlı genetik yapılanma olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
Aspergillus genus is one of the most important fungus in filamentous fungi due to their toxigenity, causing degradation on foods, have high adaptation ability to environmental conditions and also common usage in industry. No studies are available to exhibit population structure of Flavi and Niger Group species with the potential to produce aflatoxin and ochratoxin. Therefore, the aim of this study is to exhibit the flora of filamentous fungi from dried figs in Aydin province and to determine the genetic diversity and population structure of potential aflatoxigenic and ochratoxigenic Aspergillus strains using microsatellite markers. For this purpose, dried figs samples were collected from 37 different villages (in October-December, 2010) in Aydin province. The presence of aflatoxin was determined in 3 towns (Nazilli, Köşk and İncirliova) as a result of 360 nm UV treatment of dried figs samples. As a consequence of our study, we have obtained 15 different microfungi species belonging to 10 different genera (Aspergillus, Penicillium, Fusarium, Cladosporium, Alternaria, Acremonium, Mortierella, Rhizopus, Trichoderma and Trichophyton) among total 99 isolates. Isolates constitute 72% of the species belonging to the genus Aspergillus. Genomic DNA isolation was performed from common isolates of Aspergillus flavus and A.niger in Aydin. A total fourteen loci was studied to determine structure of of A. flavus (n=15) and A niger (n=45) populations using microsatellite markers. Statistical analyses of obtained data have been performed using by Genepop, FSTAT and Genealex Programmes. In conclusion, populations of A .flavus ve A.niger showed statistically significant genetic structuring through Aydin province.