Su ve toprak örneklerinden biyoteknolojik potansiyele sahip bdellovibrio ve benzeri organizmaların izolasyonu ve filogenetik olarak tanımlanması
Isolation and phylogenetic identification of bdellovibrio and like organisms with biotechnological potential from water and soil samples
Yazar: DİLEK ŞEKER
Danışman: PROF. DR. ABDURRAHMAN ÜSAME TAMER
Manisa Celal Bayar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteri izolasyonu = Bacterial isolation ; Evsel atık su = Domestic sewage ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Mikroskopi-elektron taramalı = Microscopy-electron scanning ; Su mikrobiyolojisi = Water microbiology ; Sucul bakteriler = Aquatic bacteria ; Toprak bakterileri = Soil bacteria

Özet:
BALO (Bdellovibrio ve benzeri organizmalar) genellikle gram negatif ve bazı durumlarda gram pozitif bakterileri avlayarak hayatta kalabilen zorunlu predatörlerdir. Bu predatör mikroorganizmalar, her konak bakteriyi başarılı şekilde avlayamadıkları için, habitatlarından alınan örneklerden yapılan izolasyonlarda tüm popülasyon üyeleri belirlenememektedir. Ancak farklı ortamlarda birçok patojen bakteriye karşı predasyon sergiledikleri bilinmektedir. Bu çalışma, BALO'ın su ve toprak numunelerinden izolasyonunu ve tanımlanmasını kapsamaktadır. 
Belli zaman aralıklarında topraktan ve Manisa Saruhanlı Atık Su Arıtım Tesisinin farklı kısımlarından (ön çökeltim çıkış suyu, atık su arıtma tesisi giriş suyu ve geri devir pompa suyu) atık su örneklemeleri yapılarak, bu örneklerden diferansiyel santrifüjleme ve filtrasyon işlemlerinin uygulanması ile çift katmanlı agar plaka yöntemiyle BALO izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Toprak numunelerinden yapılan tüm izolasyonlarda predatör bakteri varlığı tespit edilememiştir. İzolasyonlar için kullanılan 8 farklı konak bakteriler; E.coli ML35, E.coli S17, E.coli ATCC 29998, E.coli DH5α, E.coli Stbl3, Pseudomonas aureginosa, Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ve Erwinia amylovora olup, en verimli litik plak oluşumu E.coli ML35'e karşı gözlemlenmiştir (Pseudomonas aureginosa hariç). Seyreltme plaka yöntemiyle mevsimsel olarak litik plakların sayısının, sırasıyla en çok yazın (4.5x103 pfu/mL), en az ise kışın (1.4x102 pfu/mL) oluştuğu tespit edilmiştir. Ayrıca, E.coli ML35'e karşı litik plak oluşturan predatör bakterilerin diğer konak bakterilerle ilişkisi belirlenmiştir. Katı ve sıvı ortamda yapılan denemelerde predatör bakteri üyeleri (Bdellovibrio sp., Bacteriovorax sp., ve Peredibacter sp.)'nden sadece Bdellovibrio sp. ve Bdellovibrio bacteriovorus bazı konak bakterilere karşı litik plak oluşturabilmiştir. Aynı zamanda predatör bakteri-konak ilişkisi taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile görüntülenerek doğrulanmıştır. 
Farklı litik plaklardan alınan örneklerden predatör bakterilerin DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş, spesifik 4 farklı primer seti (BbsF216, BbsR707, Bac676F, Bac1442R, Per676F, Per1443R, Mic431F, Mic996R) kullanarak PCR ile 16S rRNA ürünleri elde edilmiştir. PCR ürünlerinin sekans analizleri yapıldıktan ve elde edilen verilerin düzenlenmesinden sonra gen bankasındaki verilerle karşılaştırılması gerçekleştirilmiştir. Toplamda 25 predatör bakterinin sekans verilerinin karşılaştırılmasıyla, %56'sının Peredibacter sp., %28'inin Bdellovibrio bacterivorus, %8'inin Bdellovibrio sp. ve %8'i ise Bacteriovorax sp. olarak tanımlanmış ve filogenetik dendogramları oluşturulmuştur. 
Sonuç olarak BALO izolasyonu ve tanımlanmasıyla ülkemizin predatör bakteri çeşitliliğine katkıda bulunulmuştur. Bu predatör bakterilerin ilerde yapılacak olan farklı biyoteknolojik araştırmalarda ve özellikle de patojen bakterilerin biyokontrolünde kullanılabileceği varsayılmaktadır.

Abstract:
BALOs (Bdellovibrio and like organisms) are obligate predators that are usually able to survive by preying on gram-negative and in some cases gram-positive bacteria. Because these predator microorganisms can't successfully hunt every host bacteria, all population members cannot be identified in isolation from samples taken from their habitats. However, it is known that they exhibit predation against many pathogenic bacteria in different environments. This study include the isolation and identification of BALOs from water and soil samples.
At certain time intervals samples from soil and wastewater of different parts of Manisa Saruhanlı Wastewater Treatment Plant (pre-sedimentation effluent, wastewater treatment plant influent, retun pump water), BALOs isolations from these samples were performed by applying differential centrifugation and filtration processes with double layer agar plate method. The presence of predatory bacteria could not be detected in all isolations from soil samples. The eight different host bacteria used for isolations were; E.coli ML35, E.coli S17, E.coli ATCC 29998, E.coli DH5a, E.coli Stbl3, Pseudomonas aureginosa, Pseudomonas syringae pv. morsprunorum and Erwinia amylovora, and the most efficient lytic plaque formation observed against E. coli ML35 (except Pseudomonas aureginosa). As a result of counting the lytic plaques seasonally by dilution plate method, it was determined that they most occurred in summer (4.5x103pfu/mL) and at least in winter (1.4x102pfu/mL). Furthermore, the interactions of predator bacteria formed lytic plaque against E. coli Ml35 have been determined against other host bacteria. In agar and broth experiments, from predator bacteria members (Bdellovibrio sp., Bacteriovorax sp. and Peredibacter sp.) only Bdellovibrio sp and Bdellovibrio bacteriovorus were able to form lytic plaque against some host bacteria. At the same time, the predator bacteria-host relationship has been confirmed by imaging them with scanning electron microscopy (SEM).
DNA isolation of predator bacteria was performed from samples taken from different lytic plaques and 16S rRNA products were obtained by PCR using 4 different primer sets (BbsF216, BbsR707, Bac676F, Bac1442R, Per676F, Per1443R, Mic431F, Mic996R). After sequence analysis of the PCR products and editing of the obtained data that compared with the data in the gene bank was performed. Comparing sequence data of a total of 25 predator bacteria were identified as Peredibacter sp. (56%), Bdellovibrio bacterivorus (28%), Bdellovibrio sp. (8%) and Bacteriovorax sp. (8%) and constructed the theirs phylogenetic dendograms.
As a result of the study, by isolation and identification of BALOs contributed to the predator bacterial diversity of our country. It is assumed that these predator bacteria may be used for future different biotechnological research and in particular biocontrol of pathogenic bacteria.