İstanbul ilinde dikimi yapılan lalelerdeki virüs hastalıklarının saptanması ve tanılanması üzerine araştırmalar
Determination and identification of tulip virus diseases on tulips in Istanbul province of Turkey
Yazar: SERKAN DENİZER
Danışman: PROF. DR. AHMET ÇITIR
Namık Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Gösterişli çiçeklerinden dolayı süs bitkisi olarak tarihten günümüze, artan ilgiye sahip olan lale (Tulipa spp) tür ve çeşitleri,"Monocotyledoneae" Bitki Dünyası'nın "Liliaceae" familyasından çok yıllık soğanlı ve otsu bir bitkidir. Günümüzde lale İstanbul'un simgesi olarak kabul edilmekte bu yüzden İstanbul'da her yıl açık yeşil alanlarda yoğun bir şekilde dikilmektedir. Her kültür bitkisinde olduğu gibi lalenin de yetiştiriciliği yapılırken, hastalık ve zararlı etmenler görülmektedir. Bu çalışma ile 2013-2014 yıllarında İstanbul İli'ndeki açık yeşil alanlardaki lalelerde görülen virüs hastalıklarını saptamak serolojik ve moleküler yöntemlerle virüsleri tanılamak amaçlanmıştır. Karakteristik mozayik, cücelik, kloroz ve diğer sistemik hastalık simptomları sergileyen bitkilerden 274 adet örnek elde edilmiştir. 264 adet simptomatik petal yaprak örneğine uygulanan Double Antibody Sandwich Enzyme Linked Immunosorbent Assay (DAS–ELISA) yöntemi ile serolojik teste tabi tutularak Tobacco rattle virus (TRV), Tobacco mosaic virus (TMV), Arabis mosaic virus (ArMV) ve Strawberry latent ringspot virus (SLRSV) virüsleri araştırılmıştır. Ancak araştırılan bu virüslerin hiçbirine bu örneklerde rastlanmamıştır. Lalelerde renk kırılması ve cüceliğe neden olan virüsün saptanması için LEAF- DIP metodu ile Scanner Elektron Mikroskop (SEM) çalışması yapılmış ancak aranan esnek çubuk formundaki virionlara rastlanmamıştır. Geriye kalan 10 örnekten RNA ekstraksiyonu yapılarak Tulip breaking virus (TBV )'e özgü cDNA sentezi gerçekleştirilmiştir. Virüsün tüm genom dizilimine ait üç primer çifti ile TBV 'nün kapsülünü oluşturan protein alt ünite molekülü sentezini kodlayan 3 çift primerler kullanılarak Real-Time RT-PCR (qRT-PCR ) testi gerçekleştirilmiştir.  qRT-PCR sonucu her yıl İstanbul'da dikimi yapılan lalelerin petal yapraklarındaki renk kırılması ve cüceliğe neden olan virüsün TBV olduğu kanıtlanmıştır.


Anahtar kelimeler:  Tulipa spp., Tulip breaking virus (TBV), DAS-ELISA, SEM, Real-Time RT-PCR

Abstract:
For their elegant flowers as a perennial herbaceous ornamental bulb plant with many cultivars, tulip (Tulipa spp.) have been attracted attention historically and classified into "Monocotyledoneae" Liliaceae family of plant world. Today tulip has been considered as a symbol of Istanbul and planted intensively in recreational areas every year. Like every cultivated and produced plant species, tulips suffer from their pests and diseases. In order to determine tulip virus diseases and identify their viruses on tulips grown in Istanbul this research study was implemented during the years of 2013 and 2014. For this purpose 274 leaf samples from symptomatic tulip petals and leaves exhibiting characteristic mosaic, color breaking, dwarfing and chlorosis were collected in parks, gardens, forests and other amusement sites in Istanbul. By employing Double Antibody Sandwich Enzyme Linked Immunosorbent Assay (DAS-ELISA) tests presence of Tobacco rattle virus (TRV), Tobacco mosaic virus (TMV), Arabis mosaic virus (ArMV) and Strawberry latent ringspot virus (SLRSV) viruses were searched on 264 petal leaf samples. However none of these viruses were found in tested samples. In order to observe flexible rot shape virions of Tulip breaking virus (TBV) visually leaf-dip method was implemented by using Scanning Electron Microscopy (SEM). Merely there was none flexible virions on prepared grids.  10 remaining tulip leaf samples were used for RNA extraction and cDNA synthesis was done. By employing 3 pairs of primer of full genome of TBV and 3 pairs of primers of code protein of TBV gene Real-Time RT-PCR (qRT-PCR) test was implemented. As a result of qRT-PCR tests at least 2 samples of symptomatic tulip plants of Istanbul revealed the presence of TBV.

Key words: Tulipa spp., Tulip breaking virus (TBV), DAS-ELISA, SEM, qRT-PCR