PEMT, CHDH, BHMT polimorfizmleri ile rektum kanseri arasındaki ilişkinin Türk toplumunda incelenmesi
Identification of the association between PEMT, CHDH and BHMT polymorphisms and rectal cancer in a Turkish population
Yazar: GÜLSÜM ALTIPARMAK
Danışman: DOÇ. DR. PINAR AKSOY SAĞIRLI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Genetik = Genetics
Dizin: Fosfatidiletanolaminler = Phosphatidylethanolamines ; Homosistein = Homocysteine ; Kolin = Choline ; Metiltransferaz = Methyltransferase ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Rektal neoplazmlar = Rectal neoplasms

Özet:
Kolin, metil grup metabolizması için gerekli olan hayati öneme sahip bir besindir ve folata benzer bir şekilde karsinojenez ile ilişkili olabilir. Betain-homosistein S-metiltransferaz (BHMT), kolin dehidrojenaz (CHDH) ve fosfatidiletanolamin N-metiltransferaz (PEMT) kolin metabolizmasına katılan anahtar enzimlerdir. Bu çalışmada, Türk toplumunda, BHMT, CHDH ve PEMT üzerindeki genetik değişiklikler ile rektum kanserine yatkınlık arasındaki olası ilişki araştırıldı. Çalışmaya, 146 rektum kanseri hastası ile 197 kanser olmayan kontrol grubu dahil edildi. DNA, lökositlerden yüksek saflıkta polimeraz zincir reaksiyon (PZR) kalıp hazırlama kiti kullanılarak izole edildi. BHMT 742 G>A (rs3733890), CHDH 432 G>T (rs12676), PEMT 523 G>A (rs7946) genotipleri polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon fragman uzunluk polimorfizmi (PZR-RFUP) kullanılarak saptandı. Bu polimorfizmlerin genotip ve haplotip analizleri, SPSS 21 ve HaploView 4,2 programları kullanılarak yapıldı. Bu çalışmada PEMT 523 A alleli ve rektum kanseri arasında anlamlı bir ilişki bulundu (p: 0,036). Ayrıca, aynı allel ile yüksek miktarda alkol tüketen ve sigara kullanan hasta bireyler arasında da bir ilişki olduğu saptandı (sırasıyla, p: 0,037, p: 0,016). BHMT 742 G>A ve CHDH 432 G>T genotip frekans dağılımlarının hasta ve kontrol grupları içinde benzer olduğu bulundu. Sonuç olarak, mevcut çalışma, Türk toplumunda, PEMT gen polimorfizmi ve rektum kanseri arasında bir ilişki olduğunu göstermektedir.

Abstract:
Choline is a crucial nutrient required for methyl group metabolism and may be associated with carcinogenesis in a manner similar to that of folate. Betaine-homocysteine methyltransferase (BHMT), choline dehydrogenase (CHDH) and phosphatidylethanolamin N-methyltransferase (PEMT) are the key enzymes involved in choline metabolism. In this study, possible associations between genetic variability in BHMT, CHDH and PEMT and susceptibility to rectal cancer was investigated in a Turkish population. A case-control study with 146 rectal cancer cases and 197 non-cancer controls was conducted. DNA was extracted from leukocytes using high pure polymerase chain reaction (PZR) template preparation kit. BHMT 742 G>A (rs3733890), CHDH 432 G>T (rs12676), PEMT 523 G>A (rs7946) genotypes were determined by using polymorphism chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PZR-RFUP) assay. The genotype and haplotype analyses of these polymorphisms were performed using SPSS 21 and HaploView 4.2, respectively. Significant association was found between PEMT 523A allele and rectal cancer (p: 0.036). Besides, the same allele was found associated with high alcohol consumption and cigarette smoking in cases (p: 0.037, p: 0.016, respectively). The distribution of BHMT 742 G>A and CHDH 432 G>T genotype frequencies were similar in cases and controls. In conclusion, the present study suggests association between the PEMT gene polymorphisms and rectal cancer risk in a Turkish population.