Süt ve süt ürünlerinden sporlu bakterilerin izolasyonu ve patojenite kriterlerinin incelenmesi
Isolation of the spore-forming bacteria from milk and dairy products and examination of their pathogenecity criteria
Yazar: PINAR MEMİŞ
Danışman: PROF. DR. NİHAL YÜCEL
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Araştırmamızda 06.07.2015-04.05.2017 tarihleri arasında Ankara'da bir süt fabrikasından alınan çiğ süt ile pazar ve market gibi çeşitli yerlerden alınan peynir, dondurma örneklerinde Bacillus ve Clostridium cinsi sporlu bakterilerin varlığı araştırılmıştır. Tanımlanan bu izolatların biyofilm, patojenite ve enzim aktiviteleri incelenmiştir. İncelediğimiz 40 çiğ süt örneğinin 30'unda (%75), 40 peynir örneğinin 31'inde (%77,5) ve 20 dondurma örneğinin 6'sında (%30) Bacillus türleri izole edilmiştir. Bu izolatların 36'sı (%53,7) B. subtilis, 12'si (%17,9) B. cereus, 10'u (%14.9) B. megaterium, 6'sı (%9) B. licheniformis, 2'si (%3) B. circulans, 1'i (%1,5) B. brevis olarak tanımlanmıştır. İncelediğimiz aynı örneklerden; 40 çiğ süt örneğinden 1 (%2,5), 40 peynir örneğinden 4 (%10) Clostridium türü izole edilmiştir.  İzole ettiğimiz 5 Clostridium izolatının 2'si (%40) C. bifermentans, 1'i (%20) C. sporogenes, 1'i (%20) C. sordellii, 1'i (%20) C. beijerinckii olarak bulunmuştur. Bacillus izolatları için 24 ve 48 saatlik mikroplate ile TSB (Tryptic Soy Broth) ve %1 Glukoz kullanılarak yapılan biyofilm çalışmasındaki yüksek tutunma gösteren tüm suşlarının hepsinin de B. subtilis olduğu dikkat çekmiştir. Clostridium izolatları için 24 ve 48 saatlik Reinforced Clostridial Medium kullanarak yapılan biyofilm çalışmasında yüksek derece tutunma gösteren suşun C. beijerinckii olduğu gözlemlenmiştir. İzole edilen Bacillus türlerinin hemoliz ve DNaz aktiviteleri incelendiğinde; çiğ süt örneklerinin  (%80-%66,7), peynir örneklerinin (%83,9-%50), dondurma örneklerinin (%50-%50)  pozitif olduğu bulunmuştur. Aynı Bacillus izolatlarının proteolitik, lipolitik, lesitinaz enzim aktiviteleri incelendiğinde çiğ süt örneklerinde (%56,7-%46,7-%43,3), peynir örneklerinde (%71-%80,6-%45,2), dondurma örneklerinde (%66,7-%66,7-%33,3) pozitiflik gözlemlenirken; jelatin ve siderefor testlerinde ise çiğ süt örneklerinde (%76,7-%63,3), peynir örneklerinde (%77,4-%64,5), dondurma örneklerinde (%66,7-%50) pozitiflik tespit edilmiştir. Çiğ süt ve dondurmadan izole edilen Clostridium izolatlarının hepsinin hemoliz aktivitesi pozitif bulunmuştur. Clostridium izolatlarının proteolitik, lipolitik, lesitinaz, enzim aktiviteleri incelendiğinde çiğ süt örneklerinde hepsi negatif bulunurken, peynir örneklerinde ise (%100-%25-%75) pozitif olduğu tespit edilmiştir. Çalışmamızda izole edilen Bacillus türleri penisilin, ampisilin, eritromisin, basitrasin, novobiosin antibiyotiklerine dirençlilik göstermiştir.

Abstract:
In our research, the existence of the Bacillus and Clostridium type spore-forming bacteria were examined in the samples of the raw milk obtained from a milk factory in Ankara between the dates of 06.07.2015-04.05.2017 and cheese and ice cream obtained from various places such as markets and groceries. The biofilm, pathogenicity, and enzyme activities of these identified isolates were investigated. The Bacillus species were isolated in 30 (75%) of the 40 raw milk samples, in 31 (77,5%) of the 40 cheese samples, and in 6 (30%) of the 20 ice cream samples, which we examined. Of these isolates, 36 (53,7%) were identified as B. subtilis, 12 (17,9%) as B. cereus, 10 (14,9%) as B. megaterium, 6 (9%) as B. licheniformis, 2 (3%) as B. circulans, and 1 (1,5%) as B. brevis. From among the same samples we examined; 1 (2,5%) Clostridium species from the 40 raw milk samples, and 4 (10%) from the 40 cheese samples were isolated. Of the 5 Clostridium isolates, we isolated, 2 (40%) were found as 
C. bifermentans, 1 (20%) as C. sporogenes, 1 (20%) as C. sordellii, and 1 (20%) as 
C. beijerinckii. It was noted that all strains of the Bacillus isolates which showed high attachment in the biofilm study conducted for them by using 24-48 hour microplates 1% TSB (Tryptic Soy Broth) and Glucose were of B. subtilis species. It was observed that the strain showing common high attachment in the biofilm study conducted for the Clostridium isolates by using 24-48 hours Reinforced Clostridial Medium was of the species of C. beijerinckii. When the hemolysis and DNase activities of the isolated Bacillus species were examined, it was found that (80%-66,7%) of the raw milk samples, (83,9%-50%) of the cheese samples, and (50%-50%) of the ice cream samples were positive. When the proteolytic, lipolytic, and lecithinase enzyme activities of the same Bacillus isolates were examined, (56,7%-46,7%- 43,3%) positivity was observed in the raw milk samples, (71%-80,6%-45,2%) in the cheese samples, and (66,7%-66.7%-33,3%)  in the ice cream samples, while, in the gelatin and siderophore tests, (76,7%-63,3%) positivity was determined in the raw milk samples, (77,4%- 64,5%) in the cheese samples, and (66,7%-50%) in the ice cream samples. The hemolysis activity of all the Clostridium isolates isolated from raw milk and ice cream was found to be positive. When the proteolytic, lipolytic, lecithinase, and enzyme activities of the Clostridium isolates were examined, they all were found negative in the raw milk samples, and in the cheese samples they were found (100%-25%-75%) positive. The Bacillus species that were isolated in our study showed resistance to the penicillin, ampicillin, erythromycin, bacitracin, and novobiocin antibiotics.