Türkiye'nin Akdeniz sahilinden örneklenen çeşitli ploidi düzeylerine sahip bermuda çimi (Cynodon spp.) türlerinde kloroplast DNA polimorfizminin belirlenmesi
Detection of chloroplast DNA polymorphism in bermudagrass (Cynodon spp.) species of different ploidy level collected from Mediterranean region of Türkiye
Yazar: AHMET CEYLAN
Danışman: DOÇ. DR. OSMAN GÜLŞEN ; YRD. DOÇ. DR. MİKAİL AKBULUT
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Bu çalışmanın amacı cpDNA PZR-RFLP ve cpDNA SSR yöntemleri kullanarak Türkiye'de doğal olarak yayılış gösteren farklı bermuda çimi (Cynodon spp.) genotiplerinde kloroplast DNA polimorfizminin belirlenmesidir. Bermuda çimi birçok ülkede kamu parkları, evsel alanlar, golf sahaları ve spor sahalarında çim ve mera bitkisi olarak ve ayrıca toprak ıslahında kullanılmaktadır. Çeşitli ploidi seviyelerinden 47 farklı genotiple çalışılmıştır. Bu genotiplerden 40 tanesi Akdeniz bölgesinden toplanan 182 genotip arasından seçilmiş ve 7 tanesi ise Kayseri ve Nevşehir'den toplanmıştır. Farklı genotiplerin kloroplast DNA'larındaki rbcL, TrnHK, 30S, Psb-TrnS ve TrnST bölgeleri, ilgili primerler kullanılarak çoğaltıldıktan sonra EcoRI, TaqI, MseI, DraI, Hin1II, BsuRI, MspI, MboI, RsaI ve EcoRV restriksiyon enzimleri ile kesilmiştir. cpDNA PCR-RFLP metodu kullanılarak elde edilen 143 bandtan 53 tanesi polimorfik bulunmuştur (%37). Bu bermuda çimi genotipleri aynı zamanda 10 ccSSR primerleri ile de analiz edilmiştir. Bütün genotipler arasındaki benzerlik cpDNA PCR-RFLP kullanıldığında ortalama 0.88 olup 0.77 ile 1 arasında değişirken, bu değer ccSSR için ortama 0.75 olup 0.50 ile 1 arasında değişmektedir. Her iki markır sistemi birlikte kullanıldığında UPGMA tarafından üretilen dendrogram bermuda çimi genotiplerini 0.76 benzerlik değeri ile birlikte kümelemiştir. Çalışılan 47 genotip içerisinde 5. genotip hariç tüm diploid genotipler birlikte kümelenmiştir. Bu sonuçlar doğal olarak oluşan bermuda çimi populasyonlarında kloroplast DNA polimorfizminin düşük olduğunu göstermektedirAnahtar Kelimeler: Bermuda çimi, kloroplast DNA polimorfizmi, ccSSR

Abstract:
Main purpose of this study was to detect chloroplast DNA polymorphism by using cpDNA PZR-RFLP and CpDNA SSR in different bermudagrass genotypes (Cynodon spp). Bermudagrass is a perennial grass which is used for pasture, forage, turf grass, soil stabilization, and remediation. Forty seven bermudagrass genotypes from various ploidy levels were used in this study. Fourty of the genotypes were selected among the 182 genotypes collected from Mediterranean region and seven were collected from Kayseri and Nevşehir. rbcL, TrnHK, 30S, Psb-TrnS ve TrnST regions of chloroplast DNA were amplified by polymerase chain reaction (PCR) using universal chloroplast primer pairs and EcoRI, TaqI, MseI, DraI, Hin1II, BsuRI, MspI, MboI, RsaI ve EcoRV enzymes were used for restriction analysis of amplified fragments. Of the 143 scored fragments, 53 were polymorphic (%37) when cpDNA PCR-RFLP method is used. These 47 bermudagrass genotype was also analyzed by using 10 ccSSR primers. Among the 10 primers used for PCR analysis, eight of them produce clear PCR product. Of the 16 scored SSR bands 14 of them were polymorphic (%87.5). Similarites among all genotyes ranged from 0.77 to 1, with a mean of 0.88 and ranged from 0.50 to 1, with a mean 0.75, when cpDNA PCR-RFLP and ccSSR analysis is used, respectively. The UPGMA analysis clustered bermudagrasses together when both markers are used with similarity value of 0.76. Excluding diploid genotype 5, diploid genotypes (%13) were clustered together in 47 genotypes studied. These results suggest that low level of chloroplast DNA polymorphism is present in naturally occuring bermudagrass populations.Keywords: Bermuda grass, chloroplast DNA polymorphism, ccSSR