Karadeniz dip sedimentinin aktinobakteri biyoçesitliliğinin belirlenmesi ve polifazik karakterizasyonu
Determination of actinobacteria biodiversity of the Blacksea deep sediments and polyphasic characterization
Yazar: AYSEL VEYİSOĞLU
Danışman: PROF. DR. NEVZAT ŞAHİN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalıĢmada Karadeniz dip sedimentinin Actinobacteria biyoçeĢitliliğinin belirlenmesi ve olası yeni türlerin literatüre kazandırılması hedeflendi. Ordu ve Samsun sahillerininin farklı derinliklerden alınan sediment örneklerinden aktinomiset izolasyonu dilüsyon plak yöntemi ile gerçekleĢtirildi. Seçici izolasyon besiyeri olarak bazal mineral salts, M3, niĢasta-kazein, non-sporulating, SM1, SM2, SM3 ve rafinoz-histidin agar kullanıldı. Farklı koloni morfolojileri dikkate alınarak seçilen izolatlar numaralandırılıp saflaĢtırılarak stoklandı. Genomik DNA‟ları izole edilen 93 izolatın 16S rRNA gen bölgesi PZR amplifikasyonları 27f ve 1525r evrensel primerleri ile, nükleotit dizileri ise altı farklı evrensel primer ile gerçekleĢtirildi. Filogenetik ağaçlar MEGA 5.2 yazılımı kullanılarak Neighbour Joining algoritması ile gerçekleĢtirildi. Filogenetik verilere göre 34 izolat Micromonospora, 28 izolat Streptomyces, 6 izolat Saccharomonospora, 5 izolat Verrucosispora, 5 izolat Nocardia, 5 izolat Nonomuraea, 4 izolat Actinomadura, 3 izolat Actinopolymorpha, 2 izolat Plantactinospora ve 1 izolat Microbispora cinsinin üyesi olarak belirlendi. 16S rRNA gen bölgesi nükleotit dizisine dayalı analizlere göre nükleotit farklılığı en yüksek Micromonospora cinsi üyesi 13 izolatın gyrB ve rpoB gen bölgelerinin analizleri yapıldı. Tüm izolatların 3-amino-5-hidroksibenzoik asit (AHBA) gen bölgesinin varlığı ilgili primerler ile belirlendi.16S rRNA gen bölgesi nükleotit dizi analizlerine göre nükleotit farklılığı yüksek olan izolatların ilgili tip türleri ile DNA-DNA hibridizasyon testi yapılarak yeni bir tür oldukları belirlendi, fenotipik ve kemotaksonomik karakterizasyonları yapıldı. Bunlardan S1412 izolatı Streptomyces hoynatensis ve DS3030 izolatı ise Saccharomonospora amisosensis olarak isimlendirilerek literatüre kazandırıldı.

Abstract:
Identification of the biodiversity of Actinobacteria at deep-sea sediments in the Black Sea and addition of possible novel species to the literature were purposed in this study. Isolation of Actinomycetes from the samples of sediments collected from different depths of both Samsun and Ordu coasts was carried out by dilution plate assay. Basal mineral salts, M3, starch-casein, non-sporulating, SM1, SM2, SM3 and raffinose-histidine agar were used as components of selective isolation medium. Selected isolates regarding their different colony morphologies were numbered, purified and finally stored. PZR amplifiation of 16S rRNA gene locus of genomic DNA purified from 93 isolates was made using 27f and 1525r universal primers whilst 6 different universal primers were applied for nucleotide sequences. Phylogenetic trees were formed by Neighbour Joining Algorithm using MEGA 5.2 software. Regarding to the phylogenetic data, 34 Micromonospora, 28 Streptomyces, 6 Saccharomonospora, 5 Verrucosispora, 5 Nocardia, 5 Nonomuraea, 4 Actinomadura, 3 Actinopolymorpha, 2 Plantactinospora and 1 Microbispora genus members were identified from those isolates. Gene regions including rpoB and gyrB were analysed in 13 isolates that are members of Micromonospora genus with the highest nucleotide differences determined by analysis of 16S rRNA gene locusregarding nucleotide sequence. The presence of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA) gene region in these isolates was determined by using relevant primers. Isolates revealing high level of differences in nucleotide sequence of 16S rRNA gene locus were determined to be members of novel species by DNA-DNA hybridisation test analysis of these isolates with relevant type of species. In addition, these isolate were charecterised by phenotypic and chemotaxonomic analyses. To conclude S1412 and DS3030 isolates have been newly imparted to the literature with name of Streptomyces hoynatensis S1412T and Saccharomonospora amisosensis DS3030T, respectively.