Doğu Akdeniz'deki caranx (Carangidae) cinsine ait türlerin moleküler filogenetiği
Molecular phylogenetic analysis of the genus caranx (Carangidae) species in the Northeastern Mediterranean sea
Yazar: MEVLÜT GÜRLEK
Danışman: PROF. DR. CEMAL TURAN
Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: Filogenetik = Phylogenetic

Özet:
Bu çalışmada Türkiye denizlerinde bulunan ve tral olarak bilinen Caranx cinsine ait Caranx crysos, Caranx rhoncus ve Caranx hippos türlerinin morfolojik ve genetik yapısı, türler arasındaki filogenetik ilişkinin şeklinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Moleküler filogenetik analizde mitokondriyal D-loop geninin nükleotid dizi analizi kullanılmış ve DNA dizinlerinin farlılığından elde edilen genetik farklılığın tespitinde Tamura 3 modeli kullanılmıştır. DNA dizi analizi sonucunda elde edilen nükleotid kompozisyonuna göre G-C oranı değerlerinin % 38.1-35.7 arasında değişkenlik gösterdiği saptanmış ve ortalama G-C oranı % 37.2 olarak belirlenmiştir. A-T oranı ise % 63.8 ile % 62 arasında değişkenlik göstermiş iken ortalama A-T oranı % 62.8 olarak bulunmuştur.Türler arasındaki genetik uzaklık analizinde en yüksek nükleotid farklılığı C. crysos ve C. hippos arasında 0.461 ile gösterirken, C.hippos ve C. rhoncus türleri 0.148 ile birbirine daha yakın iki tür olarak gözlenmiştir. Türler arası net ortalama genetik uzaklık değeri 0.244 olarak hesaplanırken tür içi net ortalama genetik uzaklık değeri ise 0.485 olarak hesaplanmıştır. Transisyonel değişim oran analizinde A/G 9,83, T/C 9,83, C/T 16,64 ve G/A 16,64 olarak belirlenmiştir. Maximum likelihood metoduna göre D-loop dizileme analizi sonucu oluşturulan fiologenetik ağaç incelendiğinde 2 ana dala ayrıldığı görülmektedir. Birinci ana dal C. rhoncus ve C. hippos türlerinden oluşurken, ikinci ana dal C. crysos türünden oluşmuştur.Türler arasındaki morfolojik ilişkinin belirlenmesi amacı ile Truss metodu kullanılarak 36 farklı morfometrik karakter ve 12 meristik karakter kullanılmıştır. Ana bileşen analizi sonucu türlerin ayrımında morfolojik karakterlerin etkinlik derecesine göre, birinci ana bileşende ikinci dorsal yüzgeç uzunluğu, gözler arası mesafe, ikinci dorsal yüzgeç yumuşak ışın sayısı gibi yapıların ayrımda etkili olduğu gözlemlenirken, ikinci ana bileşende ağırlıkça vücut yüksekliği ölçümleri ve lateral hattaki pul sayısının etkili olduğu dikkat çekmektedir. Türler arasındaki morfolojik ilişkinin Neighbour Joining soyağacı analizinde, C. rhoncus türünün C. crysos türüne daha yakın olduğu ve C. hippos türünün ise her iki türden de uzak olduğu gözlenmiştir.Caranx cinsine ait 3 tür ile Trachurus cinsine ait 5 türün mtDNA D-loop bölgesinin DNA dizilimlerinin filogenetik olarak karşılaştırılmaları sonucu her iki cinsin üyelerinin de sadece kendi içlerinde gruplanmalar gösterdiği gözlenmiştir. Bu analizde morfolojik olarak istavrit türleri ile karıştırılabilen C. rhoncus türünün Trachurus cinsi türlerine diğer Caranx türlerine göre daha yakın olduğu ve T. mediterraneus türünün Trachurus cinsine ait diğer türlerden açık bir şekilde farklı olduğu görülmektedir.

Abstract:
In this study, morphological and genetic structure, and phylogenetic relationship of species of Caranx genus, Caranx crysos, Caranx hippos and Caranx rhoncus in Turkey's seas were investigated.Nucleotide sequence analysis of mitochondrial DNA D-loop gene was used for molecular phylogenetic analysis, and Tamura 3-parameter model was used in the determination of genetic differences. As a result of sequencing the nucleotide compositions obtained were varied between 38.1-35.7% for the ratio of G-C, and average ratio of G-C was 37.2%. The ratio of A-T showed variability between 62% to 63.8%, while the average A-T ratio was found to be 62.8%.Genetic distance analysis showed that the highest nucleotide differences was observed between C. crysos and C. hippos species with a value of 0.461, and C.hippos and C. rhoncus species were observed to be closer to each other (0.148). The calculation of the value of average genetic distance between species and within species were calculated as 0485 and 0.485 respectively. Analysis of the rate of change in transitional is determined as A / G 9.83, T / C 9.83, C / T 16.64 and G / A 16.64. Maximum likelihood sequence analysis of the D-loop created two main phylogenetic branches. The first main branch composed of C. rhoncus and C. hippos, and the second branch composed of C. crysos.To determine the morphological relationship and differences among species 36 different morphometric character were determined with Truss method, and 12 meristic characters were used. In discriminant function analysis, the most discriminative characters for species identification were found to be as the second dorsal fin length, distance between eyes, and second dorsal fin soft rays in the first discriminant function. In the second discriminant function, body dept measurements and lateral line scale counts were the most discriminative characters for species identification. The morphological relationship between species with Neighbour Joining analysis showed that C. rhoncus and C. crysos species were closer to each other, and C. hippos was distinct and far from C. rhoncus and C. crysos.Phylogenetic comparision of the 3 species of the genus Caranx and 5 species of the genus Trachurus with mtDNA D-loop sequences revealed that each genus was monophyletic. In this analysis C. rhoncus, which can easily be mis-identified with Trachurus species, was found to be closer to Trachurus genus. Moreover T. mediterraneus were clearly divergent from the other species of the genus Trachurus.