Koyunlarda ve sığırlarda küçük ruminant vebası virusunun virolojik, serolojik ve moleküler yönden araştırılması ve soyağacı oluşturulması
Investigations on the peste des petits ruminants virus (PPRV) in sheep and cattle by virological, serological, molecular and phylogenetic analyses
Yazar: EDA ALTAN TARAKCI
Danışman: PROF. DR. HÜSEYİN YILMAZ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Koyunlar = Sheep ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Seroloji = Serology ; Sığırlar = Cattles ; Veba = Plague ; Virüsler = Viruses

Özet:
Küçük Ruminant Vebası (Peste des Petits Ruminant=PPR) hastalığı başlıca koyun ve keçilerde nadiren sığırlar ve diğer ruminantlarda akut, hızlı bulaşabilen ve ekonomik öneme sahip bildirimi zorunlu bir hastalıktır.  PPR infeksiyonu Türkiye'nin de içinde bulunduğu Orta Doğu ülkeleri, Hindistan, Güneybatı Asya, Ekvator çizgisindeki Arap ülkelerinde (Arap yarımadası, İsrail, Suriye ve Ürdün) varlığı tespit edilmiştir. Hastalık ülkemizde Karadeniz, Ege, Marmara ve İç Anadolu'daki bazı illerimizde serolojik, virolojik, moleküler ve histopatolojik yöntemlerle tespit edilmiştir.
Bu çalışmada, Marmara bölgesinde koyun ve sığırlarda PPR virusunun izolasyonu, identifikasyonu, infeksiyon sıklığının belirlenmesi ve çoğaltılan RT-PCR ürünleri ile soyağacı oluşturularak incelenmesi amaçlandı. PPRV'unun varlığının ortaya konması ve infeksiyon sıklığının belirlenmesi amacıyla hızlı ve duyarlı bir yöntem olan real-time RT-PCR ve serolojik olarak C-ELISA kullanıldı. Real-time RT-PCR ile pozitiflik saptanan örneklerden PPRV'un N ve F genleri hedeflenerek yapılan RT-PCR sonucunda elde edilen ürünlerin sekansı yapıldıktan sonra soy ağacı oluşturuldu ve diğer ülkeler ve Türkiye'de tespit edilen genetik hatlarla karşılaştırıldı. İzolasyon amacıyla Vero ve köpek SLAM reseptörü ile işaretli Vero hücre kültürü kullanıldı.
Çalışmada Vero ve köpek SLAM reseptörü ile işaretli Vero hücre kültüründe iki koyuna ait akciğer örneğinden PPR virusu izole edildi. Real-time RT-PCR ile yapılan incelemelerde toplam 211 koyundan alınan örneklerin 22 tanesinde (%10,42) PPR virusu saptanmıştır. N ve F genini hedefleyerek oluşturulan soyağacı çalışmalarında, 9 (%4,26)  hayvana ait örnekten RT-PCR ürünü elde edildi ve bu virusların genetik hat IV'de yer aldığı görüldü. C-ELISA ile incelenen aşısız 111 koyun ve 50 sığır serumundan ise 13 (%11,71)  koyun serumunda PPR virusuna karşı antikorlar tespit edildi. Çalışmada alınan sığır örneklerinde PPR virusu saptanmadı.  
Sonuç olarak, ülkemizde PPR virusu infeksiyonlarının eradikasyon çalışmalarına rağmen varlığını sürdürdüğü ve genetik hat IV'ün yaygın olduğu görülmektedir. Eradikasyon çalışmalarında serolojik testlerin aşılı hayvanlarda kullanılmasının sınırlı olmasından dolayı bu çalışmada yapılan real-time RT-PCR'ın hızlı ve spesifik olması nedeniyle PPR virusu ile ilgili çalışmalarda kullanılması yararlı olacaktır.

Anahtar Kelimeler : Küçük Ruminant Vebası, Virus izolasyonu, Real-time RT-PCR, Soyağacı analizi, C-ELISA

Abstract:
Peste des petits ruminants (PPR) is a highly contagious, acute, economically important and notifiable disease of domestic and wild ruminants.  PPR infections have been reported in many countries in the world such as India, Southwest Asia, the Ecuador line Arab countries, the Arabian peninsula, Israel, Syria and Jordan. In Turkey, it has been reported in the Black Sea, Aegean and Central Anatolia by using serological, virological, molecular and histopathological methods. 
In this study, isolation and detection of PPR virus, and investigation of frequency of PPR infection and phylogenetic analyses of detected virus strains among sheep and cattle in Marmara region were aimed. C- ELISA as a serological method and real- time PCR which is a rapid and sensitive molecular method that have been used to reveal presence and detection of PPRV. N and the F gene sequences of real - time PCR positive samples were analyzed and compared with sequences obtained from other strains from other countries and Turkey. Vero and Vero.DogSLAMtag cell line was used for isolation purposes.
PPRV was isolated from Vero and Vero.DogSLAMtag cell line of lung specimens from two sheep. 22 (10.42%) from a total of 211 sheep samples were detected PPRV positive with real_time RT-PCR. RT- PCR products obtained from 9 animals (4.26%) were used for N and F gene phylogenetic tree analyses and all samples were found to be in lineage IV. Among 111 sheep and 50 bovine sera examined with C-ELISA, antibodies against PPRV were detected in 13 (11.71%) sheep sera. PPR virus was not detected in cattle samples.
In conclusion, PPR virus infections still present in Turkey in spite of ongoing control programs and lienage IV sems to be frequent. Since the usage of serological tests is limited in vacccinated animals, real-time RT-PCR established in this study can be used for detetcion of PPRV in eradication programmes.

Key Words: Peste des petits Ruminants, Virus isolation, Real-time RT-PCR, Phylogenetic analysis, C-ELISA