Klinik örneklerden izole edilen Candida glabrata kompleksi suşlarının moleküler yöntemlerle tür düzeyinde tanımlanması ve antifungallere duyarlılıklarının belirlenmesi
Identification of Candida glabrata complex strains isolated from clinical specimens at the species level by molecular methods and determination of their susceptibilities to antifungals
Yazar: YASEMİN AYŞE UÇAR
Danışman: DOÇ. DR. GONCA ERKÖSE GENÇ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Candida glabrata insanlarda gastrointestinal sistem ve mukokutanöz membranların mikrobiyotasının üyesidir. Risk faktörlerinin varlığında fırsatçı enfeksiyonlara neden olmaktadır. Suşlarda flukonazole direnç veya azalmış duyarlılık görülebilmekte, son yıllarda ekinokandinlere direnç gözlenme sıklığında da artış bildirilmektedir. İki yeni tür olan Candida nivariensis ve Candida bracarensis, C. glabrata sensu stricto ile birlikte C. glabrata kompleksi içinde sınıflandırılmaktadır. Bu iki yeni tür yüzeyel ve invazif çeşitli enfeksiyonların etkeni olarak izole edilmiş, C. glabrata'ya göre daha dirençli ve virülan oldukları belirlenmiştir. Ancak fenotipik ve biyokimyasal yöntemlerle C. glabrata'dan ayırt edilememekte, yanlış tanımlanabilmektedirler. Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş ve biyokimyasal temelli sistemlerle C. glabrata olarak tanımlanmış toplam 40 suş ITS bölgesinin dizi analizi ile tür düzeyinde tanımlanmış ve antifungallere duyarlılıkları Sensititre YeastOne duyarlılık paneli ile araştırılmıştır. Suşların tamamının (%100) C. glabrata sensu stricto olduğu belirlenmiş, C. nivariensis ve C. bracarensis'e rastlanmamıştır. Belirlenen minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) değerleri Clinical and Laboratory Standards Institute'ün (CLSI) türe özgü klinik sınır değerlerine, bu değerlerin belirlenmemiş olduğu antifungaller için ise epidemiyolojik eşik değerlerine göre değerlendirilmiştir. Suşların tamamının (%100) flukonazole doza bağlı duyarlı; kaspofungin, anidulafungin ve mikafungine 39'unun (%97,5) duyarlı, birinin (%2,5) dirençli olduğu belirlenmiştir. Amfoterisin B ve itrakonazol için 40 (%100), posakonazol için 37 (% 92,5), vorikonazol için ise 36 (% 90) suşun vahşi tip (wild type-WT) olduğu tespit edilmiştir. C. nivariensis ve C. bracarensis'in epidemiyolojisi, virülans özellikleri ve direnç profilleri ile ilgili daha fazla araştırma yapılmasının gerektiği, ayrıca rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında C. glabrata kompleksinin tür düzeyinde doğru olarak tanımlanması ve antifungallere duyarlılıklarının belirlenmesinin önem taşıdığı düşünülmektedir.

Abstract:
Candida glabrata is a member of microbiota of gastrointestinal tract and mucocutaneous membranes in humans. In the presence of risk factors, it causes opportunistic infections. Resistance or decreased susceptibility to fluconazole can be observed in strains, and an increase in the frequency of resistance to echinocandins has been reported in recent years. Two new species, Candida nivariensis and Candida bracarensis, are classified together with C. glabrata sensu stricto in C. glabrata complex. These two new species were isolated as the causative agent of various superficial and invasive infections, and they were determined to be more resistant and virulent than C. glabrata. However, they cannot be distinguished from C. glabrata by phenotypic and biochemical methods and can be misidentified. In this study, a total of 40 strains isolated from various clinical specimens and identified as C. glabrata by biochemical-based systems were identified at the species level by sequencing of ITS regions and their susceptibility to antifungals was investigated with Sensititre YeastOne susceptibility panel. All strains (100%) were determined to be C. glabrata sensu stricto, while C. nivariensis and C. bracarensis were not found. The minimum inhibitory concentration (MIC) values obtained were evaluated according to the species specific clinical breakpoints and epidemiological cut-off values determined by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). It was determined that all strains (100%) were susceptible dose-dependent to fluconazole; 39 strains (97.5%) were susceptible, one (2.5%) was resistant to caspofungin, anidulafungin and micafungin. All strains (100%) for amphotericin B and itraconazole, 37 (92.5%) strains for posaconazole, and 36 (90%) strains for voriconazole were found to be wild type (WT). It was thought that more research should be done on epidemiology, virulence factors and resistance profiles of C. nivariensis and C. bracarensis, and it is important in the routine microbiology laboratories to correctly identify C. glabrata complex isolates at the species level and to determine susceptibility to antifungals.