Albicans dışı candida türlerinin isimlendirilmesinde iki farklı MALDI-TOF MS yönteminin karşılaştırılması
Comparative evaluation of the maldi biotyper and vitek MS matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry systems for identification of non-albicans candida
Yazar: LEYLA TEKE
Danışman: DOÇ. DR. BANU BAYRAKTAR
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Kandida = Candida ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Mayalar = Yeasts

Özet:
Amaç: İnvaziv mantar enfeksiyonlarında, etkenin hızlı ve doğru bir şekilde tanımlanıp uygun antifungal tedaviye erken başlanması kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada, albicans dışı Candida türleri ve nadir maya türlerinin hızlı tanımlanmasında iki MALDI-TOF MS sisteminin karşılaştırılması amaçlanmaktadır. Ayrıca BD Phoenix sisteminin performansı değerlendirildi.

Gereç ve Yöntemler: Çalışmada 23 maya türünü içeren 157 maya izolatı, MALDI Biotyper (Bruker Daltonics), VITEK MS (bioMérieux) ve BD Phoenix otomatize sistemi (Becton Dickinson) ile tanımlandı. İzolatlar için,  iki MALDI-TOF MS sistemi ile (kabul edilebilir güven değerleri ve skorlarında) aynı  isimlendirme sonuçları alınması doğru tanımlama olarak kabul edildi. Tanımlanamayan izolatlarda ve iki MALDI-TOF MS sisteminden alınan uyumsuz sonuçlarda ITS dizi analizi gerçekleştirildi. 

Bulgular: MALDI Biotyper ile 155 (%98.7) izolat tanımlandı, iki (%1.3) izolat tanımlanamadı. VITEK MS ile 153 (%97.5) izolat tanımlandı, dört izolat (%2.5) tanımlanamadı. İki MALDI-TOF MS sistemi ile tanımlanan mayalar arasında 152 uyumlu ve beş uyumsuz sonuç alındı. Uyumsuz izolatlar ITS dizi analizi ile doğrulandı. VITEK MS sisteminin ITS dizi analizi sonrası Meyerozyma caribbica izolatını yanlış olarak tanımladığı saptandı ve böylece VITEK MS IVD ile doğru tanımlanmış izolat sayısı 152 (%96.8) oldu. BD Phoenix sistemi ile nihai tür tanımına göre; 126 (%80.3) izolat doğru, 22 (%14) izolat yanlış olarak tanımlandı ve dokuz (%5.7) izolat da tanımlanamadı. Mayaların tanımlanmasında MALDI Biotyper, VITEK MS ve BD Phoenix'in doğru tanımlama oranları sırasıyla % 98.7, % 96.8 ve % 80.3 olarak bulundu.

Sonuç: Her iki MALDI-TOF MS sistemi de klinik maya izolatlarının tanımlanmasında hızlı ve yüksek performans gösterdi. Meyerozyma caribbica, MALDI-TOF MS sistemleri ile ya Candida guillermondii (yakın ilişkili türler) olarak yanlış tanımlandı ya da tanımlanamadı. Her iki  MALDI-TOF MS sistemi de, klinik olarak yaygın olmayan maya türlerinin tanımlanmasında konvansiyonel otomatize tanımlama sistemine göre daha üstündür. MALDI-TOF MS sistemleriyle hızlı ve doğru tanımlama yapılarak, uygun tedaviye kısa sürede başlanması klinik başarının artmasına katkı sağlayacaktır.

Abstract:
Aim: Tailoring appropriate antifungal treatment based on rapid and accurate diagnosis is critically important for invasive and disseminated fungal infections. The present work aims to compare two MALDI-TOF MS systems for the rapid identification of non-albicans Candida and uncommon yeast species. Also  the performance of the BD Phoenix system was evaluated.

Materials and Methods: This study includes 157 isolates representing 23 yeast species. All isolates were identified by MALDI Biotyper (Bruker Daltonics), VITEK MS (bioMérieux) and BD Phoenix automated system (Becton Dickinson) An isolate was considered correctly identified if two MALDI-TOF MS systems yielded the same results with acceptable confidence values or scores. ITS sequencing was performed on isolates with "no identification" and discordant results by two MALDI-TOF MS systems. 

Results: MALDI Biotyper identified 155 (98.7%) isolates, two (1.3%) isolates could not be identified. VITEK MS identified 153 (97.5 %) isolates, four (2.5%) isolates could not be identified. Two MALDI-TOF MS systems gave 152 concordant and five discrepant results which were further clarified by ITS sequencing.ITS sequencing revealed that VITEK MS IVD misidentified one Meyerozyma caribbica isolate so correctly identified isolate number dropped to 152 (96.8%). BD Phoenix automated system correctly identified 126 (80.3%) isolates with 22 (14%) misidentifications and nine (5.7%) no-identification. The sensitivities of MALDI Biotyper, VITEK MS and BD Phoenix in the identification of yeasts were 98.7%, 96.8%, and 80.3% respectively.

Conclusions: Both of the MALDI-TOF MS performed well in terms of rapid and accurate identification of clinical yeast isolates. Meyerozyma caribbica isolates either identified as Candida guillermondii (closely related species) or not identified at all by MALDI-TOF MS systems. Both of  MALDI-TOF MS was superior to a conventional automated identification system for identification of clinically relevant uncommon yeast species and can improve the diagnosis of infection as well as the patient management.