Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti Ve Türkiye-İzmir  bölgesinde bulunan zeytin ağaçlarından pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolasyonu, tanımlanması ve genotiplendirilmesi
Isolation, identification and genotyping of pseudomonas savastanoi pv. savastanoi strains from olive trees in Turkish Republic Of Northern Cyprus And Turkey-Izmır region
Yazar: EFSANE OĞUZ
Danışman: PROF. DR. ATAÇ UZEL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu tezde KKTC ve İzmir bölgesinden toplanan zeytin dal kanseri örneklerinden Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi bakterisinin izolasyonu gerçekleştirilmiş, izolatların morfojik, fizyolojik, biyokimyasal ve genetik tanılamalarını yapılmış ve izolatlar arasındaki genetik farklılaşma araştırılmıştır. Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti ve İzmir bölgesinde gerçekleştirilen iki farklı arazi çalışmasındamümkün olduğunca birbirinden uzak lokasyonlardan hastalıklı zeytin dal örnekleri toplanmıştır. Bakterinin izolasyonu King's B ve PVF-1 besiyerleri kullanılarak yapılmış ve kültürel özellikleri belirlenmiştir. İzolatlar sırasıyla tütünde aşırı duyarlılık reaksiyonu testi,  gram reaksiyon testi ve biyokimyasal tanılama için LOPAT testlerine tabi tutulmuştur. Genetik tanılamada türe özgü İAAL primerleri ile PCR çalışması gerçekleştirilmiştir. İzolatlar arasındaki genetik farklılaşma ise BOXA1R ve REPIR-1/REP2-1 primerleri kullanılarak rep-PCR parmak izi tekniği ile belirlenmiştir. İzolatlar arası en ayırt edici sonuçlar REPIR-1/REP2-1 primerlerinin kullanıldığı REP-PCR ile alınmıştır. Toplam 6 farklı genotip tespit edilmiştir. REP-PCR sonuçlarına göre oluşturulan dendogramda izolatlar arası genel benzerlik ise %88 olarak tespit edilmiştir.Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi genotiplerinin küme analizinde bölgeye özgü bir genotip kümelenmesi saptanmamıştır.

Abstract:
In this thesis, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi bacteria were isolated from olive knot disease samples which collected from Turkish Republic of Northern Cyprus and İzmir; the morphological, physiological, biochemical and genetic identification of isolates were done and genetic differentiation between the isolates was detected. In two different field work at TRNC and İzmir, diseased samples were collected as far away from each other as possible. Isolation of the bacteria was performed, based on morphological identification, using King's B and PVF-1 mediums. Then the isolates were tested for hypersensitive reaction on tobacco leaves, gram stain and LOPAT tests, respectively. Molecular identification of isolates was performed using PCR based on species-specificIAAL primers. Genetic differentiation was detected by rep-PCR fingerprinting technique using BOXA1R and REPIR-1/REP2-1 primers and the most distinctive results between isolates were obtained by REP-PCR using REPIR-1/ REP2-1 primers. The overall similarity between Psv isolates was determined as 88% by the REP-PCR results. As a results of hierarchical clustering, it was observed that Pseudomonas savastanoi pv. savastanoiisolates were not grouped according to the regions where they were isolated.