Şeker pancarlarında yaprak lekesine neden olan Cercospora beticola'nın klasik ve moleküler yöntemlerle patotiplerinin belirlenmesi
Determination of pathoypes of Cercospora beticola causing sugarbeet leaf spot disease by traditional and molecular techniques
Yazar: EMİNE BURCU ESMER TURGAY
Danışman: PROF. DR. Y. ZEKAİ KATIRCIOĞLU
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Ziraat Bölümü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Şeker pancarı Yaprak Lekesi Hastalığı etmeni (Cercospora beticola)'nin patojenitesi ve genetik farklılığı, bu hastalığın bulunduğu altı şeker fabrika bölgesinden 2005?2006 yılında toplanan örneklerden elde edilen 100 izolat kullanılarak belirlenmiştir. AFLP yöntemi kullanılarak C. beticola izolatlarının genetik çeşitliliği ve bu yöntemle patotiplerin ayrılıp ayrılamayacağı da ortaya konulmuştur. Çeşitlerdeki hastalık reaksiyonları inokülasyonun 15. ve 21. günlerinin sonlarında 1-9 KWS skalası kullanılarak belirlenmiştir. Reaksiyon belirlenmesinde skala değeri 5'e kadar olan çeşitler dayanıklı (R), 5 ve daha büyük olan çeşitler hassas (S) olarak kabul edilmiştir. İzolatların 15. gün patojenitesi değerlendirmesi sonucunda 15 patotip, 21. gün patojenite değerlendirmesi sonucunda ise 20 patotip belirlenmiştir. AFLP çalışmasında izolatların genetik benzerliği, en yüksek polimorfizm oluşturan 9 primerin oluşturduğu DNA materyalinin (bandının) Sorensen'in benzerlik katsayısı kullanılarak yapılan UPGMA cluster analizi ile belirlenmiştir. Sonuçta 100 izolat temelde 2 gruba ayrılmıştır. Elde edilen dendogramlarla patotipler karşılaştırılmıştır. Ancak patojenitesi ve dendogram arasında bir uyum tespit edilememiştir. İzolatlar arasında % 91.13 oranında bir polimorfizim tespit edilmiştir. Bu bulgular moleküler yollarla patotiplerin ayrılamayacağı sonucunu ortaya koymaktadır.

Abstract:
The pathotypes and genetic variabilities of Cercospora beticola causal agent were assessed with 100 isolates obtained from the sugarbeet samples collected from 6 sugar factory regions suffered from Sugarbeet Leaf Spot Disease in 2005-2006 season. The genetic variability of C. beticola isolates and whether their phatotypes can be distinguished were evaluated by AFLP technique. The disease reactions of the cultivars were evaluated according to KWS scale within the end of 15th and 21st days of the inoculation. In determination of reaction, the cultivars with the scale value up to 5 were accepted as resistant (R) while those with 5 and more than 5 were regarded as susceptible (S). Evaluations of 15th and 21st day screenings provided 15 and 20 different pathotypes respectively. The genetic similarity in AFLP analysis was assessed over the DNA material (band) consisted of 9 primers with the highest polymorphism by performing a cluster dendogram, UPGMA produced by using Sorensen's Similarity Coefficient. The results showed that the isolates obtained were separated into two groups. The comparisons between dendograms and pathotypes exhibited no consistence and the polymorphism rate between the isolates tested was 91.13%. These results revealed that molecular approaches may not be suitable in terms of pathotype distinction.