Dispeptik hastalardan izole edilen helıcobacter pylorı suşlarının antijenik heterojenitesinin belirlenmesi
Determination of the antigenic heterogeneity of helicobacter pylori strains isolated from patients with dyspepsia
Yazar: NESLİHAN SAVAŞKAN
Danışman: PROF. DR. ÖZLEM YILMAZ
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Helicobacter pylori (H. pylori) gastrik mukozada kolonize olup, dünya genelinde en yaygın enfeksiyonların oluşmasına neden olan bir bakteridir. Bu bakteri kronik gastrit, duodenal ve peptik ülser, gastrik adenokarsinoma gibi gastrointestinal sistem hastalıklarıyla ilişkilidir. 1994'de sınıf 1 karsinojeni olarak sınıflandırılmıştır. H. pylori'nin genetik çeşitliliği oldukça fazladır. H. pylori polimorfizmleri coğrafi kökeni yansıtır ve virülans faktörleri ile ilişkilidir. Genetik çeşitlilik dış membran proteinlerini (OMP'ler) kodlayan genlerde de bildirilmiştir. H. pylori suşlarında CagA ve dış membran proteinleri (OMP'ler) virülans genlerindeki polimorfizmler hastaların klinik sonuçlarını etkilemektedir. 
Bu çalışmada dipeptik hastalardan izole edilen H. pylori suşlarında babA, oipA ve dupA genotiplerinin görülme sıklığı araştırılıp bunların vacA, cagA genleri ve hastaların endoskopi bulguları ve histopatolojik bulguları ile ilişkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Dispeptik yakınmaları ile Dokuz Eylül Hastanesi'ne başvuran ve endoskopi endikasyonu konulan 114 hastadan izole edilen H. pylori suşlarında cagA ve vacA varlığı saptanmış olan ve kültür, hızlı üreaz testi (HÜT), histopatolojisi pozitif olan 52 hastadan izole edilen suşlarda babA, oipA ve dupA genlerinin varlığı PCR yöntemi ile araştırıldı. cagA, vacA genleri saptanmış olan kültür, HÜT ve histopatolojisi pozitif olduğu bilinen 52 hastadan izole edilen suşlar üzerine yapılan çalışmamızda, 51 suşta (51/52) oipA geni, 23 (23/52) suşta babA geni, 16 suşta (16/52) dupA geni saptandı. oipA, babA ve dupA genlerinin prevalansı sırasıyla %98.0, %44.0 ve %%30.7 olarak bulunmuştur. oipA, babA ve dupA'nın görülme sıklığı ile gastroduodenal hastalıklar ve patolojik bulgular arasında istatistiksel olarak anlamlı düzeyde bir ilişki saptanmamıştır (P > 0.05).
	Antrum ve korpusta cagA saptanan hastalarda babA gen varlığının hem antrum hem korpus pozitif ve negatif karşılaştırmasında ilişki istatistiksel olarak saptanarak belirgin bir önemli ilişki bulunmuş oldu (p<0,001, p= 0,004, p= 0.001). Korpusta vacA saptanan hastalarda babA gen varlığının istatistiksel olarak incelendiğinde antrum pozitif ve korpus negatif karşılaştırmasında bir ilişkinin olduğu bulundu (p= 0.001). Korpusta vacA saptanan hastalarda babA gen varlığının korpus pozitif ve korpus negatif karşılaştırmasında ilişki istatistiksel olarak bulundu (p= 0.013). Mide/bulbus erozyon saptanan hastalarda oipA gen varlığının antrum pozitif ve antrum negatif karşılaştırmasında anlamlı fark istatistiksel olarak bulundu p= 0,043  (Fisher's Exact Test). H. pylori babA, oipA ve dupA genleri hastanemiz popülasyonunda yaygındı, ancak gastroduodenal hastalıkların gelişiminde rol oynamadığı sonucuna varıldı. Hastalardan izole edilen H. pylori suşları babA, oipA ve dupA genleri yüksek oranda polimorfik ve pozitif seçilim durumunda olmasına rağmen bu genlerin gastroduodenal hastalıklar ve patolojik değişikliklerle bir ilişkisi olmadığı kanısına varıldı. Ek olarak H. pylori ve gastroduodenal hastalıklar arasındaki etkileşimleri gösterebilecek daha fazla potansiyel OMP'nin araştırılıp daha fazla hasta sayısı ile çalışılması gerektiği ve daha ileri moleküler yöntemlerin kullanılabilineceği kanısına varıldı.

Abstract:
Helicobacter pylori (H. pylori) is a bacterium that colonizes the gastric mucosa and causes the most common infections worldwide. This bacterium is associated with gastrointestinal diseases such as chronic gastritis, duodenal and peptic ulcers and gastric adenocarcinoma. Classified as a class 1 carcinogen in 1994. The genetic diversity of H. pylori is quite high. H. pylori polymorphisms reflect geographic origin and are associated with virulence factors. Genetic diversity has also been reported in genes encoding outer membrane proteins (OMPs). Polymorphisms in cagA and outer membrane proteins (OMPs) virulence genes in H. pylori strains affect the clinical outcomes of patients.
The aim of this study was to investigate the frequency of babA, oipA and dupA genotypes in H. pylori strains isolated from dyspeptic patients and to investigate their relationship with vacA, cagA genes and endoscopy findings and histopathologic findings of the patients. The presence of babA, oipA and dupA genes were investigated by PCR in H. pylori strains isolated from 52 patients with positive culture, rapid urease test (RUT), histopathology and the presence of cagA and vacA in H. pylori strains isolated from 114 patients with dyspeptic complaints who were admitted to Dokuz Eylül Hospital and endoscopy was indicated. In our study conducted on strains isolated from 52 patients with known positive culture, RUT and histopathology in which cagA, vacA genes were detected, oipA gene was detected in 51 (51/52) strains, babA gene in 23 (23/52) strains, dupA gene in 16 (16/52) strains. The prevalence of oipA, babA and dupA genes were 98.0%, 44.0% and 30.7%, respectively. No statistically significant correlation was found between the frequency of oipA, babA and dupA and gastroduodenal diseases and pathologic findings (P > 0.05).
In patients with cagA in the antrum and corpus, a statistically significant association was found in the positive and negative comparison of babA gene presence in both antrum and corpus (p<0.001, p= 0.004, p= 0.001). When the presence of babA gene in patients with vacA in the corpus was analyzed statistically, it was found that there was a relationship between antrum positive and corpus negative (p= 0.001). In patients with vacA in the corpus, there was a statistically significant association between the presence of babA gene in corpus positive and corpus negative patients (p= 0.013). There was a statistically significant difference between antrum positive and antrum negative oipA gene presence in patients with gastric/bulbus erosion p= 0.043 (Fisher's Exact Test).
 H. pylori babA, oipA and dupA genes were common in our hospital population, but were not found to play a role in the development of gastroduodenal diseases. Although the babA, oipA and dupA genes of  H. pylori strains isolated from patients were highly polymorphic and under positive selection, these genes were not associated with gastroduodenal diseases and pathological changes. In addition, it was concluded that more potential OMPs that may indicate interactions between H. pylori and gastroduodenal diseases should be investigated and studied with a larger number of patients and more advanced molecular methods could be used.