Hatay ilinde kayısı bitkilerinden elde edilen macrophomina phaseolina izolatlarının sıcaklık istekleri, patojenisiteleri, klorat fenotipleri ve genetik çeşitliliklerinin belirlenmesi
Determination of temperature responses, pathogenicity, chlorate phenotype and genetic diversity of macrophomina phaseolina isolates from apricot plants in Hatay province
Yazar: İREM PEKGÖZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. FATİH MEHMET TOK
Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Hatay iline bağlı kayısı alanlarında ve ev bahçelerinde 2014 yılı yaz aylarında arazi çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Arazi çalışmaları sırasında sararma, solgunluk ve kök çürüklüğü gibi belirtiler gösteren kayısı bitkilerinden örnekler alınmıştır. Hastalıklı bitki dokuları yüzeyden dezenfekte edildikten sonra içinde tetrasiklin bulunan PDA ortamına ekilmiştir. Beş günlük inkübasyonun ardından, gelişen fungal koloineler mikroskobik ve makroskobik özelliklerine göre teşhis edilmiştir. Toplam 30 izolat Macrophomina phaseolina olarak teşhis edilmiştir. Tüm izolatlar tek mikrosklerot yada hif ucu yöntemleri ile saflaştırılmış ve +6ºC'de saklanmıştır. Her bir izolattan 10mm çapında diskler alınarak PDA ortamına transfer edilmiş ve 15, 20, 25 ve 30, 35 ve 40°C sıcaklıklarda gelişmeye bırakılmıştır. Optimum gelişme sıcaklığı 25 ve 30ºC olarak tespit edilmiştir. Klorat fenotiplerini belirlemek amacıyla tüm izolatlar 120mM potasyum klorat içeren minimal ortamlarda geliştirilmiş ve sonuçta 30 izolatın 21'i sıkı, 6'sı parçalı ve 3'ü ise sınırlı gelişim göstemiştir. Lokasyon ile fenotip arasında herhangi bir ilişkiye rastlanmamıştır. Patojenisite testinde, tüm izolatlar kayısı, yerfıstığı, soya, mısır ve kavun bitkilerine inokule edilmiş ve 21 günlük inkübasyon süresinin ardından hastalık şiddeti 0-4 skalası kullanılarak belirlenmiştir. Hastalık şiddeti en yüksek olarak 3,87 ile kayısı bitkilerinde oluşurken, yerfıstığı, soya, mısır ve kavun fidelerinde orta düzeyde hastalık şiddetinin oluştuğu ve aralarında istatistiksel olarak bir farkın olmadığı tespit edilmiştir. Moleküler çalışmalarda 14 farklı RAPD primeri kullanılmış olup, agaroz jel üzerinde oluşan 51 bandın 14'ü polimorfik olarak bulunmuştur. Filogenetik ağaç üzerinde 2 temel grup gözlenirken, bu iki grupta pek çok alt grubun oluştuğu gözlenmiştir. Oluşan gruplar ile lokasyonlar, sıcaklık tepkileri, klorat fenotipleri ve patojenisiteleri arasında herhangi bir ilişkinin bulunmadığı tespit edilmiştir.

Abstract:
Surveys were conducted in apricot orchards and gardens in Hatay province of Turkey in 2014 summer season. Apricot plants showing yellowing, wilting and root rot symptoms were collected. Infected plant tissues were surface sterilized and transferred to PDA medium which contains tetracycline. After 5-days incubation period, fungal colonies were identified based on their microscopic and macroscopic characteristics. Totally, 30 isolates were identified as to be Macrophomina phaseolina. All the isolates were purified by single microsclerot or hyphal tip techniques and kept in +6ºC room conditions. Discs of 10mm from each isolate were transferred to PDA medium and kept in 15, 20, 25, 30, 35 and 40°C temperature conditions and optimum growing temperatures were determined as 25 and 30°C. For phenotypical characterizations, all isolates were grown on minimal medium containing 120mM potassium chlorate and 21 of 30 were observed to be dense, 6 were fathery and 3 were restricted, respectively. According to results, there was no correlation between location and phenotype. For the pathogenicity tests, isolates were inoculated onto apricot, peanut, soybean, maize and melon plants and disease severity was measured by using 0-4 scale after 21-days incubation period. The observed disease severity was very high on apricot with the value of 3.87 and moderately on the other plants. There was no difference in disease severity on peanut, soybean, maize and melon seedlings statistically. For molecular characterizations, 14 RAPD primers were used and based on the analysis, 14 of 51 bands were found to be polymorphic. According to phylogenetic analysis, isolates grouped into 2 main clusters with many of sub-clusters. No correlation was observed between clusters and locations, temperature responses, chlorate phenotypes or pathogenicity.