COVID-19 pandemisi sırasında yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların solunum yolu örneklerinden izole edilen bakteriler ve antimikrobiyal direnç durumları
Isolation of bacteria from respiratory tract samples of patients in intensive care units during the COVID-19 pandemic and their antimicrobial resistance patterns
Yazar: NİL TUNA ÖZTÜRK
Danışman: PROF. DR. GÜLGÜN YENİŞEHİRLİ
Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyogram =   ; Antibiyotik duyarlılığı =   ; Bakteriler = Bacteria

Özet:
İlk olarak Çin'in Vuhan eyaletinde ortaya çıkan ve tüm dünyaya yayılan COVID-19 hastalığı, belirli semptomlarla görülmesinin yanı sıra birçok sistemi etkilediği için ciddi komplikasyonlara neden olabilmektedir. Bu durum hastaların tedavi sürecinde yoğun bakım ünitelerine yatış gereksinimini artırmaktadır. Yoğun bakım ünitelerinde sekonder enfeksiyonların gelişmesi ve yoğun antibiyotik kullanımı antimikrobiyal direncin gelişmesine katkı sağlamaktadır. Bu çalışmada Covid-19 pandemisi sırasında yoğun bakım ünitelerinden gelen alt solunum yolu örneklerinde izole edilen mikroorganizmaların türlerini belirlemek ve bu mikroorganizmaların antimikrobiyal direnç oranlarını tespit etmek amaçlanmıştır. Mart-2020/Şubat-2022 tarihleri arasında Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı' na yoğun bakım ünitelerinde yatmakta olan hastalardan gelen 265 adet alt solunum yolu örneği retrospektif olarak incelenmiştir. Bakterilerin identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık durumları konvansiyonel yöntemler ve otomatize VITEK 2 (bioMerieux/Fransa) sistemi kullanılarak yapılmıştır. Toplam 258 örnekte bakteri üremesi belirlenmiş olup baskın patojen Acinetobacter baumannii (%42,6) bulunmuştur. Diğer izole edilen bakteriler sırasıyla Pseudomonas aeruginosa (%18,6), Staphylococcus aureus (%16,7), Klebsiella pneumoniae (%11,6), Escherichia coli (%6,6), Stenotrophomonas maltophilia (%1,9) ve Streptococcus pneumoniae (%1,9) olmuştur. Acinetobacter baumannii için karbapenemlere, sefalosporinlere, tetrasiklinlere, fluorokinolonlara genel olarak direnç tespit edilmiştir. Pseudomonas aeruginosa izolatı %39,6 oranıyla piperasiline karşı maksimum dirençliyken aztreonama karşı %62 oranında duyarlı yüksek doz gösterdiği tespit edilmiştir. 43 örnekten izole edilen Staphylococcus aureus izolatlarının 13 tanesi Metisilin dirençli (MRSA) ve 30 tanesi Metisilin duyarlı (MSSA) olarak belirlenmiştir. Staphylococcus aureus penisiline karşı %83,7 oranında en yüksek direnci göstermiştir. 
Bu tez çalışmasında, hastanemiz laboratuvarına Mart 2020 - Şubat 2022 tarihleri arasında yoğun bakım ünitelerinden gönderilen alt solunum yolu örneklerinden izole edilen etkenlerin dağılımı ve antimikrobiyal direnç durumları tespit edilmiştir. Elde edilen verilerde Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae ve Pseudomonas aeruginosa gibi izolatların birden fazla antibiyotik grubuna yüksek oranda dirençli olduğunu göstermektedir. Bu kapsamda elde edilen verilerin, hastane enfeksiyon kontrol politikalarının geliştirilmesine ve tedavi protokollerinin optimize edilmesine katkı sağlaması beklenmektedir. 

Anahtar Kelimeler: Alt solunum yolu örnekleri, antimikrobiyal direnç, COVID-19

Abstract:
Initially identified in the Wuhan province of China and spreading globally, COVID-19 not only presents with specific symptoms but can also lead to serious complications by affecting multiple systems. This has increased the necessity for patients to be admitted to intensive care units during their treatment process. The development of secondary infections in intensive care units and the extensive use of antibiotics contribute to the emergence of antimicrobial resistance. This study aims to identify the types of microorganisms isolated from lower respiratory tract samples obtained from intensive care units during the Covid-19 pandemic and to determine the antimicrobial resistance rates of these microorganisms. Between March 2020 and February 2022, a total of 265 lower respiratory tract samples from patients in intensive care units were retrospectively analyzed at the Medical Microbiology Laboratory of Tokat Gaziosmanpaşa University Hospital. The identification of bacteria and their antibiotic susceptibility were performed using both conventional methods and the automated VITEK 2 system (bioMérieux/France). Bacterial growth was identified in a total of 258 samples, with the predominant pathogen being Acinetobacter baumannii (%42.6). Other bacteria isolated were Pseudomonas aeruginosa (18.6%), Staphylococcus aureus (16.7%), Klebsiella pneumoniae (11.6%), Escherichia coli (6.6%), Stenotrophomonas maltophilia (1.9%) and Streptococcus pneumoniae (1.9%). For Acinetobacter baumannii, resistance to carbapenems, cephalosporins, tetracyclines and fluoroquinolones was generally detected. The Pseudomonas aeruginosa isolates exhibited maximum resistance to piperacillin at a rate of 39.6%, while showing high-dose sensitivity to aztreonam at a rate of 62%. Among 43 Staphylococcus aureus isolates, 13 were identified as Methicillin-resistant (MRSA) and 30 as Methicillin-sensitive (MSSA). Staphylococcus aureus demonstrated the highest resistance to penicillin at a rate of 83.7%.
	In this thesis, the distribution of pathogens isolated from lower respiratory tract samples sent from intensive care units to our hospital's laboratory between March 2020 and February 2022, as well as their antimicrobial resistance profiles, have been identified. The obtained data show that isolates such as Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa exhibit high levels of resistance to multiple antibiotic groups. The data obtained is expected to contribute to the development of hospital infection control policies and the optimization of treatment protocols.

Key Words: Lower respiratory tract samples, antimicrobial resistance, COVID-19