Medulloblastoma tümör olgularımızda klinik ve moleküler olarak WNT ve SHH alt gruplarının retrospektif belirlenmesi
Retrospective clinical and molecular determination of wnt and SHH subgroups  in OUR medulloblastoma tumor cases
Yazar: İSMAİL SEÇKİN KAYA
Danışman: DOÇ. DR. MEVLÜT ÖZGÜR TAŞKAPILIOĞLU
Bursa Uludağ Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Beyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Genetik = Genetics ; Nöroşirürji = Neurosurgery
Dizin: Beyin neoplazmları = Brain neoplasms ; Gen ifadesi = Gene expression ; Medulloblastom = Medulloblastoma ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; Sınıflandırma = Classification ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
Medulloblastoma (MB), çocukluk çağında görülen en yaygın malign beyin tümörüdür. Bu tümörlerde tedavi; cerrahiye ek olarak radyoterapi ve kemoterapidir. Ancak uygulanan kemoterapi, MB'lara özgü olmayıp diğer pediatrik glial tümörlerde kullanılan ilaçlarla sınırlı kalmaktadır. Son dönemde yapılan çalışmalarda her MB'nın aynı özellikte olmadığı, moleküler düzeyde farklı alt gruplarının bulunduğu, farklı hastalarda değişik prognoz gösterdiği belirtilmiştir ve Wingless (WNT), Sonic Hedgehog (SHH), Grup 3 ve Grup 4 olmak üzere dört alt gruba ayrılmıştır. 
MB'ların biyolojik alt tiplerine dayanan bu grup ayrımları genellikle klinik olarak yapılabilmektedir. Klinik olarak belirlenen alt grupların, moleküler olarak da belirlenmesi ve desteklenmesi, hasta gruplarının net ayrımının yapılması ve tedavi protokollerinin bu doğrultuda şekillenmesi için önemli olabileceği düşünülmektedir. 
Mevcut tez çalışmasında hasta seçim kritelerine göre belirlenen Türk popülasyonuna ait MB'larda, CTNNB1, AXIN, PTCH1, SMO, SUFU ve GLI1 mRNA ekspresyon değişimleri incelenerek WNT-MB ve SHH-MB alt tiplerinin moleküler düzeyde belirlenmesi ve klinik olarak karşılaştırılması amaçlanmıştır. Bu kapsamda klinik olarak WNT-MB ve SHH-MB gruplarının ayrımı; hastaların yaşı, cinsiyeti, sağ kalım süresi, lezyonun yerleşim yeri ve radyolojik özellikleri dikkate alınarak gerçekleştirilmiştir. Moleküler ayrımı ise CTNNB1, AXIN, PTCH1, SMO, SUFU ve GLI1 mRNA ekspresyon değişimlerinin gerçek zamanlı PCR (RT-PCR) analizi ile incelenerek gerçekleşmiştir. 
Sonuç olarak olguların moleküler anlamda %17,8'inin WNT-MB, %22,2'sinin SHH-MB grubuna dahil olduğu belirlenmiştir. Klinik ve moleküler verilere göre yapılan grup ayrımları karşılaştırıldığında WNT-MB grubunda %72,7, SHH-MB grubunda ise %66,6 oranında eşleşme gözlemlenmiştir. 
Bu tez, WNT-MB ve SHH-MB gruplarına dahil olmayan tümörlerin klinik, patolojik ve demografik özelliklerine ve MYC, MYCN, GFLB1, OTX-2, KDM6A, SNCAIP genlerinin mRNA düzeylerine göre Grup 3-MB ve Grup 4-MB olarak ayrılabilmesine zemin hazırlayacaktır.

Abstract:
Medulloblastoma (MB) is the most widely seen malign brain tumor in childhood. In addition surgery, treatment for this tumor is radiotherapy and chemotherapy but there is no spesific chemotherapy for MBs. It is limited by theraphies which is used for other pediatric glial tumours. Recent researches showed that, all MB cases have not same property, have different subgroups in molecular level, shows different prognosis for different patients and divided into four groups such as Wingless (WNT), Sonic Hedgehog (SHH), Group 3 and Group 4.
Generally, these group distinctions based on the biological subtypes of MBs can usually be made clinically. It is thought that clinically determined subgroups can be important for molecular identification and support, differentiate patient groups obviously, and determining the treatment protocols from this respect.
In this thesis study, it was aimed to determine the WNT and SHH subtypes at the molecular level and to compare them clinically by examining the CTNNB1, AXIN, PTCH1, SMO, SUFU and GLI1 mRNA expression changes in MBs of Turkish population determined according to patient selection criteria. In this context, the clinical distinction between WNT and SHH groups are realized by considering the age, gender, survival time, location of the lesion and radiological features of the patients. Molecular separation was performed by real time PCR (RT-PCR) analysis of CTNNB1, AXIN, PTCH1, SMO, SUFU and GLI1 mRNA expression changes.
As a result, it was determined that 17.8% of the cases were included in the WNT group and 22.2% in the SHH group. When comparing group differences based on clinical and molecular data, 72.7% matches were observed in the WNT group and 66.6% in the SHH group.
This thesis will set the grounds for the tumors that are not included in the WNT and SHH groups to be divided into Group 3 and Group 4 in terms of the clinical, pathological and demographic characteristics and mRNA levels of the MYC, MYCN, GFLB1, OTX-2, KDM6A, SNCAIP genes.