Yenidoğan sepsislerine neden olan başlıca üç bakteri türünün, hızlı ve güvenilir tanısı amacıyla eş zamanlı PCR tekniği geliştirilmesi
Establishment of a real-time PCR method for rapid and reliable detection of three main bacteria causing sepsis in neonates
Yazar: HALDUN DOĞAN
Danışman: DOÇ. DR. HİLAL ÖZDAĞ
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus

Özet:
Yenidoğan sepsisi, yenidoğan servislerinin günümüzde karşılaştığı en büyük problemlerden bir tanesidir. Bunun sebepleri arasında yenidoğan sepsisinin sık görülmesi, belirtilerinin özgül olmaması, yüksek sensitivite ve yüksek spesifiteye sahip bir tanı metodunun olmaması, ölüm oranının yüksek olması ve tedaviye başlamadaki ufak bir gecikmenin bile, ölüm oranını daha da arttırması gösterilebilir.Sepsisin tanısında altın standart kültürdür (Sankar vd 2008). Ancak kültür geç sonuç veren bir metottur. Bu nedenle sepsis olduğundan şüphelenilen, ancak sepsis olmayan bir yenidoğanda, sepsis hızlı bir şekilde elimine edilememekte ve yerine konulamaz bir kaybı önlemek için vakit kaybedilmeden antibiyotik tedavisine başlanmaktadır. Aynı zamanda kültür metodunun yanlış negatif oranı yüksektir (Gerdes 2004). İşte bu nedenledir ki, kültür sonucunun negatif çıkması durumunda dahi, sepsis belirtileri kuvvetli ise, her ihtimale karşı antibiyotik tedavisine devam edilebilmektedir. Tanıdaki bu yetersizliklerden dolayı birçok yenidoğan, sepsis olmadığı halde sepsis tedavisi görmekte; yenidoğan servislerini işgal ederek ve gereksiz yere antibiyotik alarak maddi kayba yol açmaktadır.Bu çalışmada eş zamanlı PCR platformunda hidroliz probları kullanılarak, yenidoğan sepsisinin tanısına yönelik; hızlı, güvenilir ve esnek bir yaklaşım geliştirilmiştir. Önemli üç sepsis etkeni olarak çalışmaya dahil edilen Escherichia coli ve Staphylococcus aureus için reaksiyon başına 100 bakteriden az, Enterococcus faecalis için ise 10 bakteriden az bir deteksiyon limitine ulaşılabilmiştir.

Abstract:
Neonatal sepsis is one of the major problems in neonatal services of the hospitals. The reasons for this are: the high frequency of the neonatal sepsis, common non-specific symptoms, the unavailability of a diagnostic test with high sensitivity and specificity, high mortality rate and even further increment in the mortality rate by any delay in medical treatment.Golden standard in the diagnosis of sepsis is culture (Sankar vd 2008). But culturing is a slow procedure. Therefore in the case of any suspicion of sepsis in a non-sepsis neonate, the elimination of the possibility of disease cannot be achieved rapidly, therefore antibiotic treatment is started immediately to avoid any possible unreplacable loss. Also the rate of the false negative results is high in culturing (Gerdes 2004). Because of this reason, in the case of strong sepsis symptoms, antibiotic treatment is carried on although the culture test results are negative. As a result of these insufficiencies in the diagnosis of neonatal sepsis, a huge number of neonates are mistreated with antibiotics and occupy neonatal intensive care units unnecessarily, causing an economical loss.In this study; a rapid, reliable and flexible method is developed for the diagnosis of neonatal sepsis, using Real-time PCR platform and hydrolysis probes. As three major sepsis agents chosen in this study; a detection limit of less than 100 bacteria for Escherichia coli and Staphylococcus aureus, and a detection limit of less than 10 bacteria for Enterococcus faecalis are achieved.