Ödemiş bölgesinde üretimi yapılan patates yumrularında PVY,PVX,PVS ve PLRV'lerinin RT-PCR yöntemiyle saptanması
Determination of PVY,PVX,PVS and PLRV at potato tubers which were produced in ödemiş region with RT-PCR method
Yazar: MUSTAFA KÖKTEN
Danışman: PROF.DR. SERAP AÇIKGÖZ
Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Patates yetiştiriciliğinde virüsten temiz tohumluk elde etmek için virüsleritanılayabileceğimiz hızlı ve hassas testlerin kullanılması önemlidir. Patatesyumrularındaki viral etmenleri tanılamakta RT-PCR yöntemi kullanılmaktadır.Ancak patates yumruları birden fazla virüsle bulaşık olduğunda tek seferde hızlı birşekilde bu karışım virüsleri (Patates Y Virüsü = PVY, Patates X Virüsü = PVX,Patates S Virüsü = PVS, Patates Yaprak Kıvrılma Virüsü = PLRV) tanılamak içinmultiplex RT-PCR yönteminin kullanılabilirliğinin belirlenmesi bu çalışmanınamacını oluşturmuştur.Bu amaçla, İzmir ? Ödemiş bölgesinde en fazla tohumluk üretimi yapılan Agata,Konsul, Granola, Marabel ve Marfona çeşitlerine ait 25'er yumrudan total RNA'larelde edilmiştir. Total RNA'lardaki PVY, PVX, PVS, PLRV'leri, bu virüslere spesifikprimerler kullanılarak RT-PCR ve multiplex RT-PCR yöntemleri ile belirlenmiştir.RT- PCR yöntemi uygulanarak beş patates çeşidinde dört viral etmenin (PVY, PVX,PVS ve PLRV) varlığı bulunmuştur. Ancak hiçbir yumruda dört viral etmen bir aradabulunmamıştır. Bu nedenle iki (PVX+PVS, PVX+PLRV, PVX+PVY, PVS+PLRV,PVS+PVY, PLRV+PVY) ve üç viral etmenin (PVX+PVS+PLRV, PVS+PVS+PVY,PVS+PLRV+PVY ve PVX+PLRV+PVY) bir arada bulunduğu örnekler içinmultiplex RT-PCR yöntemi uygulanmış ve örneklerde PVY hariç yönteminkullanılabilir olduğu belirlenmiştir.2Bir yumruda üç viral etmenin multiplex RT-PCR ile belirlenmesinde PVY' ne aitherhangi bir sonuç alınamamış olsa da PVY' ne ait primer çiftleri ilk kez buçalışmada denenmiştir.RT-PCR ve multiplex RT-PCR sonuçları değerlendirildiğinde ise 125 adetyumrudan 75 adedinin dört viral etmenden en az biriyle enfekteli olduğu, buna karşınsadece 50 adet yumrunun sağlıklı olduğu belirlenmiştir.2007, 43 sayfaAnahtar sözcüklerPatates sertifikasyon, PLRV, PVY, PVX, PVS, RT-PCR

Abstract:
At potato production, for obtaining virus free seed it was important to use fast andsensitive test which defined viruses. RT-PCR method was used to define viral factorsat potato tubers. But when the potato tubers infected more than one virus, at first timefor obtaining mixture viruses (Potato Y Virus = PVY, Potato X Virus = PVX, PotatoS Virus = PVS, Potato Leafroll Virus = PLRV) quickly, usefulness of multiplex RTPCRmethod formed this study purpose.For this purpose, in İzmir-Ödemiş region, total RNA?s were extracted from 25 tubersbelong to Agata, Consul, Granola, Marabel and Marfona kinds which were usedmostly for seed. PVY, PVX, PVS, PLRV at total RNA?s were determined usingspecial primers to these viruses with RT-PCR and multiplex RT-PCR methods.With RT-PCR method, four viral factors were found at five potato kinds. But itwasn?t dedected four viral factor together at any tuber. For this reason multiplex RTPCRmethod used for samples which have two (PVX+PVS, PVX+PLRV,PVX+PVY, PVS+PLRV, PVS+PVY, PLRV+PVY) and three viral factors(PVX+PVS+PLRV, PVS+PVS+PVY, PVS+PLRV+PVY ve PVX+PLRV+PVY) alltogether and it was determined that this method can use except PVY.To determine of three viral factors at one sample with multiplex RT-PCR, for thefirst time it was tested specific primer pairs belong to PVY with the other viruses?esprimer pairs in this study. But it wasn?t taken conclusion.2To utilize the RT- PCR and multiplex RT-PCR results, it was determined that 75 of125 tubers were infected with at least one of four viral factors. In spite of this 50tubers were healthy.2007, 43 pagesKey Words:Potato sertification, PLRV, PVS, PVX, PVY, RT-PCR