Mikotoksin üretme potansiyelinin fusarium türlerinde pzr analizi ile belirlenmesi
Identification of mycotoxin production potential in fusarium species by pcr analysis
Yazar: MÜYESSER KAYİŞ
Danışman: PROF. DR. GÜLRUH ALBAYRAK
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Fusarium graminearum ve F. culmorum Türkiye'de olduğu gibi dünya genelinde başak yanıklığı ve kök çürüklüğünün önde gelen patojenleridir. Bu patojenler ekin kalite ve miktarında düşüşe neden olurlar. Farklı tipteki mikotoksinler bu patojenlerle enfekte olan tahıllar üzerinde birikmektedir. Bu nedenle patojenlerin mikotoksin üretme potansiyellerinin belirlenmesi hastalıkların kontrolünde önem taşımaktadır. 

Bu çalışmada, Yurdumuzda enfeksiyonlara yol açan F. graminearum ve F. culmorum izolatlarının zearalenon, fusarin C ve butenolid üretim potansiyelleri polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile incelendi. Beş F. graminearum ve 5 F. culmorum izolatı SCAR markır analizi ile tür seviyesinde tanımlandı. Zearalenon, butenolid ve fusarin C üretimiyle ilişkili PKS13, FG08079.1 ve PKS10 genlerinin varlığı 10 izolatta PZR ile araştırıldı ve sırasıyla 1213, 1151 ve 1296 bç'lik ürünler genomik DNA'lardan çoğaltıldı. Ancak, PKS13 geni 2F izolatının genomunda 750 bç boyutundaydı. Bu çalışmadan elde edilen veriler her izolatın bu üç toksini üretme potansiyeline sahip olduğunu gösterdi. PKS13 geninin 2F izolatındaki varyasyonunun toksin üretimini etkileyebileceği ortaya kondu. Ek olarak, mikotoksin biyosentez yolağında görevli enzimleri şifreleyen genlerin analizi ile mikotoksin üretim potansiyeli hakkında dolaylı bilgi sahibi olunabileceği gösterildi.

Abstract:
Fusarium graminearum and F. culmorum are major pathogens of head blight and root rot worldwide as well as in Turkey. These pathogens lead to loses in crop quality and quantity. Different types of mycotoxins accumulate on cereals, infected by these pathogens. Therefore, determination of mycotoxin production potentials of the pathogens is important in terms of controlling the diseases. 

In this study, zearalenon, fusarin C and butenolide production potentials of F. graminearum and F. culmorum isolates, caused infections in Turkey, were investigated via polymerase chain reaction (PCR). Five F. graminearum and 5 F. culmorum isolates were identified by SCAR marker analysis at species level. PKS13, FG08079.1 and PKS10 genes, associated with production of zearalenone, butenolide and fusarin C, respectively, were investigated by PCR. Products with 1213, 1151 and 1296 bp length were amplified from genomic DNAs of the isolates, respectively. However, PKS13 gene was 750 bp length in 2F isolate. Findings obtained from this study showed that each isolate had the production potential of these three mycotoxins. It was revealed that variation of PKS13 gene in 2F isolate could affect the toxin production. In addition, it was shown that the analysis of the genes coding the enzymes which are responsible for mycotoxin biosynthetic pathways, give indirect information about the potential of mycotoxin production.