Çeşitli gıdalardan izole edilen laktik asit bakterilerinin (LAB) tanımlanması ve biyofilm oluşturma yetenekleri ile antibiyotik dirençliliklerinin araştırılması
Identification of lactic acid bacteria (LAB) isolated from different foods and investigations of their biofilm formation and antibiotic resistance
Yazar: GÖKŞEN ARIK
Danışman: PROF. DR. MİHRİBAN KORUKLUOĞLU
Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering

Özet:
Bu çalışmada çeşitli gıda örneklerinden izole edilerek tanılanan laktik asit bakterilerinin (LAB) biyofilm oluşturma özellikleri ve antibiyotik dirençlilikleri belirlenmiştir. Gıda örnekleri Bursa' daki farklı pazarlardan temin edilerek, uygun koşullarda laboratuvar ortamına getirilmiştir. Potansiyel LAB kültürleri, gıda örneklerinden izole edilerek, saflaştırılmıştır. İzolatlara biyokimyasal testler uygulanarak, potansiyel LAB suşları belirlenmiş ve moleküler yöntemler ile suşların tanılanması yapılmıştır. Olası LAB kültürlerinin cins ve tür bazında belirlenebilmesi için 16S rRNA bölgesi PZR ile evrensel 27F (5' AGAGTTTGATCMTGGCTCAG 3') ve 1492R (5' TACGGYTACCTTGTTACGACTT 3')  primerleri kullanılarak çoğaltılmış ve elde edilen PZR ürünleri sekanslanmıştır. Sekans sonuçlarına göre 40 izolatın tanılanması yapılmıştır. İdentifikasyonu yapılan LAB suşlarının biyofilm oluşturma kapasiteleri kalitatif bir yöntem olan "Tüp yöntemi" ve kantitatif sonuçlar veren "Mikro plaka (96 kuyucuklu plaka) yöntemi" ile belirlenmiştir. Biyofilm oluşumu 30 ve 37ºC' de 24 ve 48 saatlik inkübasyonun ardından gözlemlenmiş olup, farklı sıcaklık ve inkübasyon süreleri kullanılarak stres koşulları oluşturulmaya çalışılmıştır. Suşların dört ayrı antibiyotiğe (streptomisin (25 ve 300µg), ampisilin (25µg), tetrasiklin (50µg) ve vankomisin (30µg)) karşı dirençleri disk difüzyon yöntemi ile inkübasyonun ardından disklerin etrafında oluşan zon çapları ölçülerek belirlenmiştir. Tanısı yapılan 40 LAB suşu arasından 21' inin (%52,5) biyofilm üreticisi olduğu belirlenmiştir. LAB suşlarında en yoğun biyofilm oluşumu 37ºC' de 48 saat inkübasyon koşullarında gözlemlenmiştir. 37ºC' de 48 saatlik inkübasyon koşulunda suşların %20' sinin (8 adet) "orta düzeyde", %25' inin (10 adet) ise "zayıf düzeyde" biyofilm oluşturduğu gözlemlenmiştir. Ayrıca suşların %72,5' inin streptomisine (25 µg), %65' inin vankomisine (30 µg) dirençli olduğu, ancak %77,5' inin ampisiline (25 µg) ve %95' inin ise tetrasikline (50 µg) duyarlı oldukları belirlenmiştir.

Abstract:
In this research, the biofilm formation properties and antibiotic resistance of lactic acid bacteria (LAB) isolated from different food samples, were determined. The potential LAB cultures were isolated and purified after the food samples were collected from the bazaars in different regions of Bursa and they were transported to the laboratory under appropriate conditions. The biochemical analyses were performed to the cultures and the possible LAB strains were identified by molecular methods. 16S rRNA was amplified by PCR with using universal bacterial primers 27F (5' AGAGTTT GATCMTGGCTCAG 3'), 1492R (5' TACGGYTACCTTGTTACGACTT 3') and the PCR products were sequenced. According to the sequencing results, 40 isolates were identified. The biofilm forming capacity of the identified LAB strains was examined by "Tube adherence method" a qualitative method and "Microtiter plate (96 well-plate) assay" a quantitative method. Biofilm formation was observed after the incubation at 30 and 37 ºC for 24 and 48 hours, thus stress conditions were tried to be provided by using different temperatures and incubation periods. Susceptibility of all the strains to four antibiotics (streptomycin (25 and 300 µg), ampicillin (25 µg), tetracycline (50 µg), and vancomycin (30 µg)) was tested with the disk diffusion method by measuring the zone diameter formed around the disks after the incubation. Among the identified 40 isolates, 21 LAB strains (52,5%) were determined as a biofilm producer. The most biofilm formation among the strains was observed under the conditions at 37ºC for 48 hours. It was observed that among the strains, 20% (8 strains) produced biofilm at "medium level" and 25% (10 strains) at "weak level" after the incubation at 37ºC for 48 hours. Besides, it has been determined that among the strains, 72,5% were resistant to streptomycin (25 µg) and 65% were resistant to vancomycin (30 µg), moreover, 77,5% were susceptible to ampicillin and 95% to tetracycline (50 µg).