Doğu Akdeniz Bölgesi'nde yetiştirilen bazı kışlık sebzelerde hastalık yapan virüslerin tanılanması ve karakterizasyonu
Identification and characterization of viruses causing disease in some winter vegetables grown in the Eastern Mediterranean Region
Yazar: BİLGE ALAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MUHARREM A. KAMBEROĞLU
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Çalışma, 2007-2010 yılları arasında Doğu Akdeniz Bölgesi'nde yetiştirilen bazı kışlık sebzelerde (marul, ıspanak, lahana, karnabahar, turp) mevcut virüs hastalıklarının saptanması ve yaygınlık oranlarının belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Surveylerde, simptomatolojik olarak, CMV, TSWV, TuMV, LMV, MiLBVV, CaMV, RaMV, BWYV, BCTV, BtMV, LBVV ve LiYV ile infekteli olduğundan şüphelenilen 808 marul, 330 lahana, 137 karnabahar, 225 ıspanak, 65 turp bitkisinden toplam 1595 örnek alınmış ve ELISA yöntemi ile testlenmiştir. Marulda, MiLBVV, LMV, TSWV, CMV, BWYV sırasıyla 380, 82, 3, 3, 3 bitkide; ıspanakta BWYV, CMV sırasıyla, 90, 3 bitkide, turpta BWYV, CMV, TuMV sırasıyla 11, 6, 3 bitkide saptanırken, lahana örneklerinden 10 tanesi TuMV, karnabahar örneklerinden 1 tanesi de CaMV ile infekteli bulunmuştur. Testlenen örneklerden 595'inin en az bir virüs ile bulaşık olduğu saptanmış ve infeksiyon oranı %37.3 olarak hesaplanmıştır.RT-PCR çalışmalarında beklenen band büyüklükleri elde edilmiştir. Dizi analizleri sonucunda, çalışmada kullanılan CMV izolatı, Güney Kore, Japonya, Çin izolatları ile % 44; TSWV izolatı Yunanistan, Sırbistan, Güney Kore izolatları ile % 96; TuMV izolatı Çin izolatı ile %84; LMV izolatı Amerika izolatı ile %99; MiLBVV izolatı Hollanda izolatı ile % 98; CaMV izolatı, Çin izolatı ile %95; BWYV izolatı Çin izolatı ile %89; LBVV izolatı ise, İspanya izolatı ile %95 oranında ile benzerlik göstermiştir.Anahtar kelimeler: Kışlık Sebzeler, DAS-ELISA, Mekanik İnokulasyon, RT-PCR, Dizi Analizi

Abstract:
This study was carried out to detect the viruses and determine their prevalence on winter vegetable species (lettuce, spinach, cabbage, cauliflower, radish) cultivated in the Eastern Mediterranean region between 2007-2012.Samples were taken from 808 lettuce, 330 cabbage, 225 spinach, 65 radishes and 137 cauliflower plants suspected of being infected with CMV, TSWV, TuMV, BWYV, LMV, LBVV, CaMV, RaMV, LiYV, BtMV, or BCTV. Totally 1595 plant samples were tested by ELISA. MiLBVV, LMV, TSWV, CMV, and BWYV were detected in 380, 82, 3, 3, 3 of lettuce samples respectively. BWYV and CMV were detected in 90 and 3 of spinach samples, respectively. BWYV, CMV, TuMV were detected in 11, 6, 3 of radish plants respectively. In addition, 10 cabbage and one cauliflower plants were found to be infected with TuMV and CaMV respectively. At least one virus was detected in 595 samples and infection rate of tested plants was 37.3 %. Expected sizes of DNA bands were obtained from RT PCR studies. Sequence analysis of CMV isolate used in this study showed 44% similarity with isolates from South Korea, Japan, and China; TSWV isolate showed 96% similarity with isolates from Greece, Serbia, and South Korea; TuMV isolate showed 84% similarity with a Chinese isolate; LMV isolate showed 99% similarity with an American isolate; MiLBVV isolate 98% with and isolate rom Netherland; CaMV isolate showed 95% similarity with a Chinese isolate, BWYV isolate showed 89% similarity with a Chinese isolate; and LBVV isolate showed 95% similarity with an isolate from Spain.Key Words: Winter Vegetables, Mechanical Inoculation, DAS-ELISA, RT-PCR, Sequence Analysis