Kolorektal kanser hücrelerinde LNCRNA MEG3'ün CDKN2A  ve hedef genleri üzerindeki etkisi
Effect of LNCRNA MEG3 on CDKN2A and target genes in colorectal cancer cells
Yazar: ZEKİYE ALTAN
Danışman: PROF. DR. MEHMET ŞAHİN
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Epigenetik = Epigenetic ; Genler = Genes ; Hücre döngüsü = Cell cycle ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Neoplazm hücreleri = Neoplastic cells ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA ; Tümör hücreleri-kültürü yapılmış = Tumor cells-cultured

Özet:
Kolorektal kanser (KRK) uzun yıllardır tüm dünyada önemli bir sağlık sorunu olmaya devam etmektedir. Uzun kodlanmayan RNA'lar (lncRNAs), 200 nükleotidten daha uzun olan ve genellikle bir proteine çevrilmeyen RNA molekülleridir. Son yıllarda yapılan çalışmalar çeşitli lncRNA'ların KRK oluşumu ve metastazında önemli rollere sahip olduğunu göstermiştir. Bu çalışmanın amacı, KRK'de henüz tam olarak işlevleri aydınlatılamamış olan lncRNA MEG3 ve izoformu MEG3b'nin, hücre döngüsü kontrolünde kilit rol oynayan CDKN2A'nın ve hedeflerinin üzerindeki rolünü değerlendirmektir. Bu amaç doğrultusunda kolon dokusu ve HCT-116 ve HT-29 KRK hücre hatlarında lncRNA MEG3'ün ve olası hedef genlerinin ekspresyon seviyeleri qRT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. KRK hücrelerinde MEG3 ekspresyonunun düşük olduğu tespit edilmiştir. Bu hücre hatlarında MEG3 ekspresyonunu arttırmak için hücreler plazmid ile transfekte edilmiştir. KRK hücre hatlarında, MEG3 ve MEG3b tarafından hedeflenen CDKN2A ilişkili düzenlemeyi tespit edebilmek için, CDKN2A ve hedefi olan 17 genin ifade düzeyleri MEG3 ve MEG3b transfeksiyonundan önce ve sonrasında qRT-PCR yöntemiyle belirlenmiştir. Transfeksiyon sonrasında MEG3 overekspresyonu 17 hedef genden 14'ünde, MEG3b overekspresyonu ise 17 genden 15'inde anlamlı değişime yol açmıştır (p0.05). Bununla beraber MEG3 ve MEG3b transfeksiyonu HT-29 hücre hattında CDKN2A'nın ekspresyonunu anlamlı düzeyde arttırmıştır (p0.05). Ayrıca transfeksiyon sonrasında KRK hücrelerinde MTT ile hücre proliferasyonu; yara iyileştirme deneyi ile migrasyon; koloni oluşum deneyi ile koloni oluşturabilme yeteneği tayin edilmiştir. MEG3 ve MEG3b'nin KRK hücrelerindeki aşırı ekspresyonu, kontrol ve boş plazmide kıyasla migrasyon, hücre proliferasyonu ve koloni oluşturabilme yeteneğini anlamlı düzeyde baskılamıştır (p0.05). Elde ettiğimiz bu veriler literatürde lncRNA MEG3 ile CDKN2A hedef genleri arasındaki ilişkiyi ilk defa ortaya çıkarmaktadır. Bu nedenle yaptığımız çalışma lncRNA MEG3 ile CDKN2A arasındaki moleküler etkileşimin tanımlanmasına katkı sağlayabilecektir.

Abstract:
Colorectal cancer (CRC) continues to be an important health problem all over the world for many years. Long noncoding RNAs (lncRNAs) are RNA molecules that are longer than 200 nucleotides and generally cannot be translated into a protein. Recent studies have shown that various lncRNAs have important roles in CRC formation and metastasis. The aim of this study is to evaluate the role of lncRNA MEG3 and its isoform MEG3b, which has not yet been fully clarified in CRC, CDKN2A, which plays a key role in cell cycle control, and its targets. For this purpose, expression levels of lncRNA MEG3 and possible target genes in colon tissue and HCT-116 and HT-29 CRC cell lines were determined by qRT-PCR method. To increase MEG3 expression in these cell lines, cells were transfected with plasmid. In order to detect the CDKN2A-related regulation targeted by MEG3 and MEG3b in CRC cell lines, expression levels of CDKN2A and its target 17 genes were determined by qRT-PCR method before and after MEG3 and MEG3b transfection. After transfection, MEG3 overexpression caused a significant change in 14 of 17 target genes and MEG3b overexpression in 15 of 17 genes (p0.05). However, MEG3 and MEG3b transfection significantly increased the expression of CDKN2A in HT-29 cell line (p0.05). In addition, cell proliferation with MTT in CRC cells after transfection; migration with the wound healing test; colony formation ability was determined by the colony formation experiment. Overexpression of MEG3 and MEG3b significantly suppressed migration, proliferation and colony formation ability of CRC cells compared to control and empty plasmid (p0.05). These data have revealed the relationship between lncRNA MEG3 and CDKN2A target genes for the first time in the literature. Therefore, our work will contribute to the definition of the molecular interaction between lncRNA MEG3 and CDKN2A.