Güneydoğu Anadolu bölgesi popülasyonunda baskılayıcı KIR genlerinin genotip dağılımının belirlenmesi
Determination of genotype distribution of inhibitory KIR genes in the population of Southeastern Anatolia region
Yazar: EMİNE TUFİOĞLU
Danışman: PROF. DR. FİLİZ ÖZBAŞ GERÇEKER
Gaziantep Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Doğal öldürücü hücrelerin yüzeyinde bulunan Killer Cell Immunoglobulin-Like Receptors (KIR) molekülleri HLA sınıf I molekülleriyle direk etkileşerek sitokin sentezlenmesinin engellenmesine veya tetiklenmesine neden olmaktadırlar. KIR gen ailesi insan genomunda 19q13.4 bölgesine yerleşiktir ve 16 homolog genden oluşmaktadır. KIR2DL1-5, KIR3DL1-3 baskılayıcı özellikte olan KIR (iKIR) genleridir ve özellikle KIR2DL1, KIR2DL2/L3 ve KIR3DL1 NK hücre aktivitesini düzenlemenin yanısıra NK hücrelerinin çalışmasını da yönetmektedirler. Bu çalışmanın amacı, Güneydoğu Anadolu Bölgesi popülasyonunda baskılaycı KIR genlerinin gen frekanslarını belirlemek ve sonuçları diğer popülasyon verileriyle karşılaştırmaktır. Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nin tüm şehirlerinden toplam 200 gönüllü bireyden kan örnekleri alınmış ve DNA'lar izole edilmiştir. DNA kalite/miktar kontrollerinden sonra diziye özgül primer-polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile gen bölgeleri çoğaltılmış ve ürünler agaroz jel elektroforezinde ayrıştırılarak görüntülenmiştir. KIR gen frekansları direk sayım yöntemi ile belirlenmiştir. Çalışmanın sonuçları tüm baskılayıcı KIR genlerinin populasyonda önemli ölçüde (%50' den yüksek frekansa sahip) pozitif olduğunu göstermektedir.  En yüksek gen sıklığı %99.5 olarak KIR3DL3 geninde gözlenirken, en düşük gen sıklığı %56.5 ile KIR2DL2 geninde tespit edilmiştir. Çalışılan 200 örnekte 26 farklı genotip (%13) tespit edilmiştir. Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nin tarih boyunca çok sayıda medeniyete ev sahipliği yapmış olması popülasyonda görülen KIR gen çeşitliliğinin nedeni olabilir. Veri tebanından bazı popülasyonlar seçilmiş ve veriler karşılaştırılmıştır. Seçili popülasyonlar içerisinde; Rusya ve Özbekistan popülasyonunun baskılayıcı KIR gen dağılımı açısından Güneydoğu Anadolu Bölgesi popülasyonuna en yakın, Kuzey Hindistan popülasyonunun ise en uzak olduğu bulunmuştur.

Abstract:
Killer Cell Immunoglobulin-Like Receptors (KIR) molecules found in the surface of natural killer cells cause the inhibition or activation of cytokine synthesis by interacting directly with HLA class I molecules. KIR gene family is localized in 19q13.4 region in human genome and contists of 16 homologous genes. KIR2DL1-5 and KIR3DL1-3 are the inhibitory KIR genes (iKIR) and especially KIR2DL1, KIR2DL2/L3 and KIR3DL1 not only regulate the NK activity but also direct the training of NK cells. The aim of this study is to determine the gene frequencies of inhibitory KIR genes in Southeastern Anatolia population and to compare the results with the other populations data. Blood samples of totally 200 voluntary subjects from all of the cities of Southeastern Anatolia Region were collected and DNAs were isolated. After DNA quantity/quality control, gene regions were amplified by sequence specific primer-polimerase chain reaction method and the products were seperated and visualized by agarose gel electrophoresis. KIR gene frequencies were calculated by direct counting. Study results indicated that all inhibitory KIR genes are significantly positive (having frequency higher than 50%) in the population. The highest frequency was observed in KIR3DL3 as 99.5%, while the lowest frequency was determined as 56.5% in KIR2DL2 gene. Twenty six (%13) different genotypes were identified among studied 200 individuals. Having hosted to many civilizations throughout the history might be the reason for KIR gene diversity observed in Southeastern Anatolia Region population. Several populations were selected from the literature and the data were compared. Among the selected populations; Russia and Uzbekistan populations were found to be closesest to the Southeastern Anatolia population, while North India was the farest population with respect to the inhibitory KIR gene distribution.