İnverted papillom ve sCC olgularında gen ifadelenme profili
Gene expression profile in the inverted papillomas and SCC cases
Yazar: SEDA TÜRKOĞLU BABAKURBAN
Danışman: PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN
Başkent Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Kulak Burun ve Boğaz = Otorhinolaryngology (Ear-Nose-Throat) ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Burun hastalıkları = Nose diseases ; Gen ifadesi = Gene expression ; Karsinogenez = Carcinogenesis ; Karsinoma = Carcinoma ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Papillom = Papilloma ; Papillomavirüsler = Papillomaviridae ; Paranazal sinüs neoplazmları = Paranasal sinus neoplasms

Özet:
Bu çalışma sinonazal inverted papillom (IP) ile IP'un sinonazal skuamoz hücreli karsinoma (SCC) dönüşümünde, ribonükleik asit (RNA) düzeyinde ifadelenmesi değişen genleri belirlemeyi hedeflediğimiz deneysel bir çalışmadır. Başkent Üniversitesi Tıbbi Biyoloji, Tıbbi Genetik, Kulak Burun Boğaz, Patoloji Anabilim Dalları ve Dr. Abdurrahman Yurtaslan Ankara Onkoloji Eğitim ve Araştırma Hastanesi Patoloji ve Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalları katkısı ile yapıldı. Son beş yıl içerisinde IP, sinonazal SCC ve konka hipertrofisi tanısı konulmuş, 18 yaş üzeri 16 hastanın (6 IP, 5 sinonazal SCC, 5 konka hipertrofisi) parafine gömülmüş dokusundan (FFPE) ticari kit ile RNA izolasyonu yapıldı. Uygun ve yeterli miktarda RNA kullanılarak mikroarray yöntemi ile her üç dokunun gen ekspresyon profillerine yönelik tüm genoma ait bir bilgi elde edildi. Bu bilgi analiz programları kullanılarak üç doku arasında karşılaştırıldı. IP ve sinonazal SCC dokuları kıyaslandığında ekspresyonu anlamlı değişim gösteren şu genler tespit edildi: CYP3A7, KRT4, FA2H, BNIP3, MMP11, COL1A1, CCND2, IGF2BP3, SH3BGR, SERPINB3. Sonuç olarak, ifadelenmesi değişen CYP3A7, KRT4, FA2H, BNIP3, MMP11, COL1A1, CCND2, IGF2BP3, SH3BGR, SERPINB3, THBS2 genleri ile ilgili hem gen hem protein ifadelenmesi birlikte çalışılarak, sonuçların teyit edilmesi IP etyoloji ve karsinogenezi ile ilgili ileriki çalışmalara ufuk açacaktır.

Abstract:
This is an experimental study aiming to determine the genes whose expression changes at the ribonucleic acid (RNA) level, in the sinonasal squamous cell carcinoma (SCC) transformation of sinonasal inverted papilloma (IP). This study was carried out with Başkent University Medical Biology, Medical Genetics, Otorhinolaryngology, Pathology Departments and Dr. Abdurrahman Yurtaslan Ankara Oncology Training and Research Hospital Pathology and Otorhinolaryngology Departments contribution. RNA was isolated wtih commercially available kit from the paraffin embedded tissues (FFPEs) of 16 patients, over 18 years, diagnosed as IP, sinonasal SCC, and concha hypertrophy (6 IP, 5 sinonasal SCC, 5 concha hypertrophy) in the past five years. Using appropriate and sufficient amounts of RNA, a microarray method was used to obtain information of the gene expression profiles of all three tissues's entire genome. This information was compared using analysis programs among the three tissues. When comparing IP and sinonasal SCC tissues, the following genes with significant expression changes were identified: CYP3A7, KRT4, FA2H, BNIP3, MMP11, COL1A1, CCND2, IGF2BP3, SH3BGR, SERPINB3. As a result, both gene and protein expression related to the altered expression of CYP3A7, KRT4, FA2H, BNIP3, MMP11, COL1A1, CCND2, IGF2BP3, SH3BGR, SERPINB3 and THBS2 can be studied together to confirm the results of future studies on IP etiology and carcinogenesis.