Meme kanserinde DHRS2 geninin ubikitin ligaz genleri ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of the association of DHRS2 gene with ubiquitin ligases genes in breast cancer
Yazar: DAMLA NUR ŞAKAR
Danışman: PROF. DR. NESLİHAN ABACI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Meme kanseri dünya çapında kadınlarda en sık görülen kanser türüdür. TP53 kanser araştırmalarında sıklıkla çalışılan tümör baskılayıcı gendir. MDM2, TP53'ün bir E3 ubikitin ligazı olarak görev yapar ve poliubikitinleşmeyi katalize eder. DHRS2, Mdm2'yi baskılayarak TP53'ü düzenler. Ubikitinasyon, protein degradasyonunda rol alır ve E1-E2-E3 enzim kaskadı tarafından gerçekleştirilir: Çalışmamızda MCF7, T47D, MCF10A ve MDA-MB-231 olmak üzere dört farklı insan meme hücre hattı kullanıldı. Önceki çalışmamızda hücre hatlarındaki DHRS2 geninin ekspresyonu gen spesifik siRNA ile susturulmuş ve DHRS2 ekspresyon vektörü ile overeksprese edilmiştir. Bu örneklerden toplam RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirildi. qRT-PCR kullanılarak ∆∆CT yöntemi ile ekspresyon değerleri belirlendi. DHRS2 mRNA seviyesindeki değişim diğer ubikitin genleri üzerinde araştırıldı. MDA-MB-231 vektör grubunda STUB1 kontrol grubuna kıyasla yüksek ekspresyon gösterirken BRCA2'nin ifadesi ciddi oranda azaldı. MCF7 hücre hattı vektör grubunda BRCA1 ve MYC genlerinin ifadesi kayda değer ekspresyon artışı gösterirken buna kıyasla STUB1 ve BARD1'in ifadesi kontrol grubuna göre ciddi oranda azaldı. T47D vektör grubunda MYC ifadesi en yüksek seviyede artarken STUB1'in ifadesi önemli ölçüde azaldı. DHRS2 ifadesi MCF7 siRNA grubunda baskılandığında MYC ifadesi yüksek oranda ekspresyon gösterdi. MDA-MB-231 siRNA grubunda TRIM6 dışında ifadesi azalan gen tespit edilmedi. Hücre hatlarının RNAi/vektör uygulaması etkisiyle birçok spesifik genomik değişiklik oluşturduğu düşünülerek hedef genlerimizin farklı davrandığı belirlendi. Bu tez çalışması, DHRS2 ile çoklu hücre içi ubikitin genlerinin ilişkisini göstermektedir.

Abstract:
Breast cancer is the most abundant cancer type within the women worldwide. TP53 is the widely-studied tumor suppressor gene. The E3 ubiquitin ligase of TP53, known as MDM2, catalyzes the polyubiquitination. DHRS2 regulates TP53 via suppressing Mdm2. Ubiquitination has a role in protein degradation and the capability of E1-E2-E3 enzyme cascade. MCF7, MCF10A, T47D, and MDA-MB-231 are human breast cell lines used in this thesis. The expression of the DHRS2 gene in cell lines was silenced beforehand by gene-specific siRNA and overexpression with the DHRS2 expression vector. Followingly, total RNA isolation, cDNA synthesis were performed. Expression values were determined by the ∆∆CT equation using qRT-PCR. Alterations in DHRS2 mRNA level were investigated on other ubiquitin genes. In the MDA-MB-231 vector group, STUB1 showed high expression in contrast with the control group, while the expression of BRCA2 was noteworthy declined. The expression of the BRCA1 and MYC genes in the MCF7 cell line vector group indicated a remarkable increase whereas the STUB1 and BARD1 expressions were significantly diminished. MYC expression was highest in the T47D vector group, while the expression of STUB1 was considerably reduced. When DHRS2 expression was repressed in the MCF7 siRNA group, MYC expression was highly expressed. No diminished gene was detected in the MDA-MB-231 siRNA group, except for TRIM6. It has been determined that our target genes behave differently, considering that cell lines produce many specific genomic changes due to the effect of RNAi/vector application. This thesis demonstrates the correlation between DHRS2 and multiple intracellular ubiquitin genes.