Çukurova bölgesinde keratitli olgularda mikobakteriyal infeksiyonların rolü
The role of mycobacterial infections in keratitis cases in :Çukurova region
Yazar: ALİ ÜÇKAYABAŞI
Danışman: YRD. DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Göz hastalıkları = Eye diseases ; Keratit = Keratitis ; Mycobacterium enfeksiyonları = Mycobacterium infections ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çukurova bölgesi = Çukurova region

Özet:
Son zamanlarda, ayırıcı tanısında ciddi zorluklarla karşılaşılan mikrobiyal keratitte mikobakteri cinsi bakterilerin, özellikle de tüberküloz dışı mikobakterilerin (TDM) rolü giderek önemli hale gelmektedir. Rutin mikobakteri identifikasyonundaki güçlükler sebebiyle, mikobakteriyal keratit çoğunlukla fungal, herpetik ve amibik keratitle karıştırılmakta ve bütün dünyada bu infeksiyonun insidansı düşük bulunmakta, böylece mikobakteriler gözardı edilerek uygulanan tedavi stratejilerinin başarısızlıkla sonuçlanmasına ve inatçı veya sık tekrarlayan infeksiyonların ortaya çıkmasına yol açmaktadır. Pulmoner tüberküloz şüpheli hastalarda mikobakteri identifikasyonu ve ilaç direnç tayininde son yıllarda başarıyla uygulanan PCR temelli moleküler yöntemlerin, kültür ortamında izolasyondaki zorluklar sebebiyle kültüre ilaveten doğrudan klinik örneklerden de DNA ekstrakte edilerek kullanıldıklarında, mikobakteriyal keratit gibi akciğer dışı mikobakteri infeksiyonları için de hızlı ve doğru tanı protokollerinin geliştirilmesine ışık tutacağı düşünülmektedir. Bu sebeplerle, biz Çukurova Bölgesi'ndeki keratitli olgularda mikobakteriyal infeksiyonların varlığını ve rolünü araştırmayı amaçladık.
Bölgenin en önemli hastanesi olan Balcalı Hastanesinde Eylül 2016 – Nisan 2017 tarihleri arasında keratit tanısı alan 43 hastadan rutin patolojik, parazitolojik, bakteriyolojik ve mikolojik incelemeler için alınan örneklere ilaveten mikobakteriyolojik inceleme için de korneal kazıntı örnekleri de alındı. Mikrobiyolojik incelemede örnekler Löwenstein-Jensen (LJ) ve MGIT 960 likit sistemde inoküle edildi, direkt preparasyonlar EZN yönemi ile boyanarak mikroskopik olarak incelendi. Moleküler yöntemlerle de, doğrudan korneal kazıntı örneklerinden DNA ekstraksiyonu sonrasında hsp65 ve IS6110 gen bölgelerini hedef alan spesifik primerler kullanılarak PCR testi ile mikobakteri varlığı araştırıldı.
Örneklerin tamamı hem kültür hem de PCR yöntemi ile mikobakteriler yönünden negatif bulundu.
Ülkemizde keratitli olgularda mikobakteriyal infeksiyonların varlığının ve rolünün hem fenotipik hem de moleküler yöntemlerle incelendiği ilk çalışma özelliğini taşıyan araştırmamız sonucunda mikobakteri tespit edilemese de, gözardı edilen mikobakteri olgularına erken ve doğru tanı koyulabilmesi hızlı ilaç direnci tespiti ile tedavi stratejilerinin daha rasyonel bir şekilde planlanmasına imkan sağlayacaktır.

Abstract:
Recently, the role of mycobacteria, especially nontuberculous mycobacteria (NTM), has become increasingly important in microbial keratitis whose differential diagnosis is challenging. Because of difficulties in routine mycobacterial identification, mycobacterial keratitis is commonly confused with fungal, herpetic and amoebic keratitis, and the worldwide incidence of this infection is low, thereby leads to the failure of treatment strategies overlooking mycobacteria and the emergence of persistent or recurrent infections.
It is thought that PCR-based molecular assays, successfully performed in recent years for the mycobacterial identification and the detection of drug resistance in patients with suspected tuberculosis, will shed light on improving of rapid and accurate diagnostic protocols also for extrapulmonary mycobacterial infections such as mycobacterial keratitis when they are used subsequent to DNA extraction directly from clinical samples besides culture due to isolation difficulties in culture media. Therefore, we aimed to investigate the presence and the role of mycobacterial infections in keratitis cases in Cukurova Region.
Corneal scraping samples were collected from 43 patients who are diagnosed as keratitis in Balcali Hospital, a major regional hospital, for mycobacteriological in addition to routine patological, parasitological, bacteriological and mycological examinations between September 2016 and April 2017. In the mycobacteriological research, the specimens were inoculated on Löwenstein-Jensen (LJ) and MGIT 960 liquid system, direct preparations stained with EZN method were evaluated microscopically. The presence of mycobacteria was investigated by using PCR assay with specific primers targeting hsp65 and IS6110 gene regions subsequent to DNA extraction directly from the corneal scrapings.
All of the samples were negative for mycobacteria with both culture and PCR methods.
Despite the fact that mycobacteria were not detected in our research which is the first study examining the presence and the role of mycobacterial infections in keratitis cases in our country by using both phenotypical and molecular methods, the expected achievement of early and accurate making diagnosis for overlooked mycobacterial keratitis will enable us to plan the treatment strategies rationally by rapid detection of drug resistance.