Akut gastroenteritli hastalarda diyare etkeni escherichia coli patotiplerinin araştırılması
Investigation of escherichia coli pathotypes causing diarrhea in patients with acute gastroenteritis
Yazar: SEVİLAY TURA
Danışman: PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Gastroenterit Türkiye ve Dünya'da özellikle çocuklarda hastalıklara ve ölüme 
sebep olabilen önemli bir halk sağlığı problemidir. Akut gastroenteritin bakteriyel 
etkenleri arasında, enterovirülan (bağırsak patojeni) E. coli (EEC) patotipleri önemli bir 
yere sahiptir. Kommensal E. coli'de bulunmayan patotipe özgü virülans genlerinin 
moleküler yöntemlerle saptanmasıyla tanımlanabilen bu patotiplerle ilgili olarak 
ülkemizde çok kısıtlı veri bulunmaktadır. Bu nedenle ishalli hastalarda EEC 
patotiplerinin dağılımı ve akut gastroenterit ile ilişkisinin değerlendirilmesi amacıyla bu 
çalışma planlanmıştır. 
Çalışmamızda İstanbul Tıp Fakültesi Bakteriyoloji laboratuvarına gönderilen 
222 ishalli hasta ve kontrol grubu olarak 100 sağlıklı gönüllüye ait dışkı örneğinde 
multipleks PCR yöntemi ile EEC patotipleri araştırılmıştır. Hasta grubunun %17,66 
(n=39)'sında, kontrol grubunun %14 (n=14)'ünde EEC saptanmıştır. Hasta grubunda 
saptanan EEC'lerin %41,86'sı atipik enteropatojenik E. coli (EPEC), %23,25'i 
enteroagegatif E. coli [EAEC (%50'si tipik, %50 si atipik EAEC,)], %23,25'i 
enterotoksijenik E. coli (ETEC), %11,63'ü shiga toksin üreten E. coli (STEC) ve beş 
hastada saptanan STEC suşunun ikisi enetrohemorajik E. coli (EHEC) olarak 
belirlenmiştir. 39 hastanın ikisinde EAEC ve ETEC, ikisinde EHEC ve ETEC olmak 
üzere dördünde çift patojen saptanmış olup hastalarda tipik EPEC ve enteroinvaziv E. 
coli (EIEC)'ye rastlanmamıştır. Kontrollerde saptanan 14 EEC'in ise dokuzunun atipik 
EPEC, ikisinin tipik EAEC, üçünün atipik EAEC olduğu belirlenmiştir. Hasta ve 
kontrol grubu arasında EPEC, EAEC, STEC için anlamlı fark bulunmazken ETEC, 
hastalarda daha yüksek oranda saptanmıştır (p=0,047). 
EEC pozitifliğinin hastanın klinik belirtileriyle birlikte değerlendirilmesinin 
önemli olduğu düşünülmüştür. Ülkemizde hem konuyla ilgili çok az çalışma bulunması 
hem de kontrol grubunun dâhil edildiği başka bir çalışmaya rastlanmaması nedeniyle 
sonuçlarımız EEC dağılımı ile ilgili önemli veriler sağlamakta olup hasta ve kontrol 
grubunun birlikte incelendiği geniş kapsamlı ve daha fazla sayıda araştırmanın 
yapılması yararlı olacaktır.

Abstract:
Gastroenteritis is an important public health problem in Turkey and around the 
world that can cause illness and death, especially in children. Among the bacterial 
agents of acute gastroenteritis, enterovirulent (intestinal pathogen) E. coli (EEC) 
pathotypes have an important place. There is very limited data in our country on these 
pathotypes, which can be defined by detecting pathotype-specific virulence genes that 
are not present in commensal E. coli by molecular methods. Therefore, this study was 
planned to evaluate the distribution of EEC pathotypes in patients with diarrhea and 
their relationship with acute gastroenteritis.
In our study, EEC pathotypes were investigated by multiplex PCR method in the 
stool samples of 222 diarrheal patients sent to the Istanbul Faculty of Medicine 
Bacteriology laboratory and 100 healthy volunteers as a control group. EEC was 
detected in 17,66% (n=39) of the patient group and 14% (n=14) of the control group. 
41,86% of EEC's are atypical enteropathogenic E. coli (EPEC), 23,25% are 
enteroaggregative E. coli [EAEC (50% typical, 50% atypical EAEC)], 23,25% are 
enterotoxigenic E. coli (ETEC), 11,63% of the STEC strains detected in five patients 
were identified as shiga toxin-producing E. coli (STEC) and two of the STEC strains 
were identified as entrohemorrhagic E. coli (EHEC). Dual pathogens were detected in 
four of the 39 patients, two with EAEC and ETEC and two with EHEC and ETEC. 
Typical EPEC and enteroinvasive E. coli (EIEC) were not found in the patients. Of the 
14 EEC's detected in the controls, nine were determined to be atypical EPEC, two were 
found to be typical EAEC and three were atypical EAEC. While there was no 
significant difference in EPEC, EAEC, STEC between the patient and control groups, 
ETEC was detected at a higher rate in patients (p = 0.047).
It was considered crucial to evaluate EEC positivity together with the clinical 
symptoms of the patients. Since there are very few studies on the subject in our country 
and there is no other study including a control group, our results provide important data on the distribution of EEC, and it is thought that further comprehensive studies with a 
larger number of patients including control groups would be useful.