Türkiye'nin Doğu Anadolu bölgesi hastaneleri ile Çukurova bölgesindeki hastanelerden izole edilen sağlık hizmeti ile ilişkili acinetobacter baumannii suşları arasındaki klonal ilişkilerin araştırılması
Investigation of clonal relationships between healthcare-associated acinetobacter baumannii strains isolated from Turkey's Eastern Anatolia region hospitals and Çukurova region
Yazar: AYŞE KARACALI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ TOĞRUL NAĞIYEV
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Doğu Anadolu bölgesi = Eastern Anatolia region ; Hastaneler = Hospitals ; Sağlık hizmetleri = Health services ; Çukurova bölgesi = Çukurova region

Özet:
Sağlık hizmeti ile ilişkili enfeksiyonlardan (SHİE) giderek artan sıklıkta izole edilen ve tedavi başarısızlıklarına bağlı olarak hasta kayıplarına sebep olan Acinetobacter baumanii suşları, antibiyotik direncinin hızla yayılması sebebiyle Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ)'nün acilen yeni antibiyotik keşfi gerektiren dirençli bakteriler listesinin ilk sırasında yer almaktadır. Tüm Dünya'da sürveyans sistemleri ile güncel veriler doğrultusunda yayılımın önlenebileceği düşünülmektedir. Bu çalışmada, bölgemiz hastaneleri ile Doğu Anadolu Bölgesi sınır illerindeki hastanelerde takip edilmekte olan ve SHİE tanısı alan hastalara ait klinik örneklerden izole edilen Acinetobacter baumannii suşları arasındaki filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 
Çalışmamıza 84'ü Doğu Anadolu Bölgesindeki Van, Iğdır, Kars, Ağrı, Ardahan devlet hastanelerinde, 82'si de Çukurova Bölgesinde bulunan Adana Şehir hastanesi ile Mersin Üniversitesi Hastanesinde olmak üzere 2019 Eylül - 2020 Ocak tarihleri arasında SHİE tanısı almış hastalardan elde edilen 166 Acinetobacter baumannii izolatı dahil edildi. İzolatların tamamı karbapenem dirençliydi. Karbapenem dirençli A. baumannii (KDAB) oldukları konvensiyonel kültür yöntemleriyle ve özgül blaOXA-51-benzeri gen bölgesi PCR yöntemiyle tespit edilerek doğrulandı. Antibiyotik duyarlılıkları sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlendi. İzolatlar arasındaki filogenetik ilişki Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) yöntemi ile araştırıldı.
Karbapenemler dışında en yüksek antibiyotik direnci %92.6 oranı ile ciprofloksasinde, en düşük direnç ise %69.5 oranı ile gentamisinde görüldü. Adana, Mersin ve Van gibi büyükşehirlerde direnç oranlarının daha yüksek olduğu görüldü. PFGE bant profillerinin analizi sonucunda izolatların 20'si tek üyeli olmak üzere toplam 51 küme içerisinde toplandığı belirlendi. En kalabalık küme 21 pulsotipte (L1-L21) toplanmış, tamamı Doğu Anadolu bölgesine ait 30 üyeden oluşan L kümesi idi, bunu 9 pulsotipte (Z7z1-Z7z9) toplanmış, tamamı Mersin'e ait 15 üyeden oluşan Z7 kümesi takip etti. 
Ülkemizde KDAB suşlarının bölgesel farklılıklarla birlikte antibiyotik direncinin farklı insidanslarda görülmesi, ancak bununla beraber farklı hastanelerde benzer klonların da görülebilmesi, KDAB klonlarnın bütün dünyada hastanelere ve topluma hakim olacağını düşündürmektedir. Ayrıca, Serhat bölgesi de denilen Ağrı, Iğdır, Kars ve Ardahan illerimizde daha önceden bu konuda herhangi bir filogenetik ilişki ve sürveyans çalışmasına dair literatüre rastlanmadığı için, çalışmamızın Türkiye'nin doğu sınır illerinde de bu enfeksiyonların sürveyansına çok önemli katkı sağlayacağı kanaatindeyiz.

Abstract:
Healthcare-associated infections (HAIs), Acinetobacter baumannii strains, which are increasingly isolated and cause losses of patients due to treatment failures, are at the top of the World Health Organization (WHO)'s list of resistant bacteria that urgently require the discovery of new antibiotics owing to the rapid spread of antibiotic resistance. It is assumed that the spread can be prevented in line with the current data through surveillance systems worldwide. In this study, it was aimed to identify the phylogenotypic relationships between the Acinetobacter baumannii strains isolated from the clinical samples of patients who were monitored in hospitals of our region and hospitals in the border provinces of the Eastern Anatolia Region and diagnosed with HAI. 
Our study included 166 Acinetobacter baumannii isolates obtained from patients who were diagnosed with HAI between September 2019 and January 2020; 84 in Van, Iğdır, Kars, Ağrı, and Ardahan state hospitals in the Eastern Anatolia Region and 82 in Adana City Hospital and Mersin University Hospital in the Çukurova Region. All isolates were resistant to carbapenem. They were detected and confirmed with conventional culture methods through which they were revealed to be carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB), and specific blaOXA-51-like genes with the PCR method. Their antibiotic susceptibility was determined by the liquid microdilution method. The phylogenetic relationship between the isolates was examined by the Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) method.
Apart from carbapenems, the highest antibiotic resistance was observed in ciprofloxacin by 92.6%, and the lowest resistance was observed in gentamicin by 69.5%. Resistance rates were observed to be higher in metropolises such as Adana, Mersin, and Van. As a result of the analysis of PFGE band profiles, it was revealed that the isolates were gathered in 51 clusters, 20 of which had a single member in each. The most crowded cluster was the L cluster, consisting of 30 members, all of which belonged to the Eastern Anatolia Region and were gathered in 21 pulsotypes (L1-L21). It was followed by the Z7 cluster consisting of 15 members, all of which belonged to Mersin and were gathered in 9 pulsotypes (Z7z1-Z7z9). 
The fact that CRAB strains are observed to have different incidences along with regional differences, but similar clones can also be observed in different hospitals in our country indicates that CRAB clones will dominate hospitals and societies all over the world. Furthermore, we think that our study will make an extremely significant contribution to the surveillance of these infections in the eastern border provinces of Turkey since no literature on phylogenetic relationships and surveillance studies on this subject has been encountered in the provinces of Ağrı, Iğdır, Kars, and Ardahan, also called the Serhat Region, before.