Klinik örneklerden Burkholderia cepacia kompleksinin PCR tabanlı identifikasyonu
PCR-based detection and identification of Burkholderia cepacia complex from clinical specimens
Yazar: DİLEK HANDE BİNNET
Danışman: PROF. DR. GÜVEN URAZ
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
iiiKLİNİK ÖRNEKLERDEN BURKHOLDERİA CEPACİA KOMPLEKSİNİNPCR TABANLI İDENTİFİKASYONU(Doktora Tezi)Dilek Hande BİNNETGAZİ ÜNİVERSİTESİFEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜOcak 2006ÖZETSon yıllarda Pseudomonas ve Burkholderia cepacia kompleks etkenlerininbelirlenmesinde moleküler tanı yöntemlerinin kullanılması önem kazanmıştır.Araştırmada 97 klinik örnekten B. cepacia kompleksin moleküleridentifikasyonu yapılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ile 97 izolatın 28'indeB. cepacia kompleks için özel olan 770 baz çift (bp)'lik 16S rRNA gen bölgesiçoğaltılmıştır. B. cepacia kompleks PCR ürünleri TaqI, RsaI ve Tsp509Irestriksiyon endonükleaz enzimleri ile doğrulanmıştır. Çalışmada restiriksiyonendonükleaz enzimleri ile doğrulanan izolatların nükleotid dizilerininbelirlenmesi hedeflenmiş ve örneklere DNA dizi analizi uygulanmıştır.B. cepacia kompleks izolatlarının DNA dizi analizi ile belirlenen nükleotid dizisi,gen kütüphanesine kayıtlı AY207313 nükleotid dizisi ile karşılaştırılmıştır. Heriki nükleotid dizisinin birbirinin aynı olduğu tespit edilmiştir. 28 B. cepaciakompleks izolatına moleküler bant yapılarının tespiti için rastgele seçilenprimerle PCR (AP-PCR) uygulanmıştır ve örnekler 6 gruba dağılmıştır. AP-PCR ürünlerinin oluşturduğu bantların sayı ve büyüklüğünü tespit etmek içinürünlere DNA biyoanalizi uygulanmıştır. DNA biyoanaliz sonuçlarının grafik,ivjel ve sayısal değerlendirmeleri sonucunda B. cepacia kompleks izolatları 11gruba ayrılmıştır ve her grubun DNA bant büyüklüklerinin sayısal sonuçlarıelde edilmiştir. Çalışmada B. cepacia kompleks izolatlarının identifikasyonundamoleküler yöntemlerin önemi vurgulanmış ve. mikroorganizmalarınidentifikasyonu için geleneksel kültür yöntemlerinin yanında moleküleryöntemlerinde kullanılması tavsiye edilmiştir.Bilim Kodu : 203.1.104Anahtar Kelimeler : Burkholderia cepacia kompleks, PCR, identifikasyon,DNA biyoanalizi, AP-PCRSayfa Adeti : 84Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Güven Uraz

Abstract:
vPCR-BASED DETECTION AND IDENTIFICATION OFBURKHOLDERIA CEPACIA COMPLEX FROM CLINICAL SPECIMENS(PhD. Thesis)Dilek Hande BINNETGAZI UNIVERSITYINSTUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGYJanuary 2006ABSTRACTMolecular identification methods have gained importance at detection of bothPseudomonas genus and Burkholderia cepacia in recent years. During the research,molecular identification of B. cepacia complex from 97 clinical specimens werestudied. 770 base pair (bp) 16S rRNA gene region specific for B. cepacia complexhad been amplified by PCR. The PCR products of B. cepacia complex wereverified using, TaqI, RsaI and Tsp5091 restriction endonucleases enzymes. In thisstudy, determination of nucleotide sequence of strains which were verified withrestriction endonucleases enzymes had been aimed and DNA sequence analysis ofspecimens were applied. The nucleotide sequence which was defined as a result ofDNA sequence analysis of verified B. cepacia complex isolates compared withB. cepacia complex (AY207313) nucleotide sequence which registered in GenBank.At the end of comparison, nucleotide sequences, was found to carry the samesequence with the previously submitted sequence. As consequence of AP-PCRmethod which was used for molecular typing of 28 B. cepacia complex isolates andvithe specimens are separated into 6 different bands. In order to determine thenumbers and greatness of bands which caused by amplifying fragments, DNAbioanalysis process was applied to the fragments. At the end of this analysis it wasdetected that same fragments are separated into 11 different groups. According toour study results, molecular methods in B. cepacia complex identification wereconfirmed and verified as more confident and faster tests. Due to thesespecifications molecular methods are also advised in addition to traditional culturemethods for clinical research laboratories.Science Code : 203.1.104Key Words : Burkholderia cepacia complex, identification, DNA bioanalysis,PCR, AP-PCRPage Number : 84Adviser : Prof. Dr. Güven Uraz