Sağlıklı bireylerdeki kemokin reseptörlerinde meydana gelen gen polimorfizmi nedeni ile oluşan HIV direncin saptanması
Detection of HIV resistance due to gene polymorphismin chemokine receptors in healthy individuals
Yazar: ŞAHAP AKSAÇLI
Danışman: PROF. DR. GÜLDEN ÇELİK
Yeditepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: AIDS = AIDS ; Enfeksiyon = Infection ; HIV = HIV ; Kemokinler = Chemokines ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Reseptörler-kemokin = Receptors-chemokine

Özet:
İnsan immün yetmezlik virüsü yani HIV, edinsel immün yetmezlik sendromuna yani AIDS' e neden olur. İlk defa 1980 yılında tanımlandı, şimdi ise dünya çapında bir pandemi haline gelmiştir. İlk olarak sub-Saharan Afrika da saptandı. Günümüzde bilinmektedir ki ; bazı birey kemokin reseptörlerinde doğumsal olarak meydana gelen gen polimorfizminden dolayı HIV' e karşı doğal bir bağışıklığa sahiptirler. Normal şartlarda lenfositler ve monositler üzerinde CD4 ile gp120 proteini arasında ilk bağlanmadan sonra HIV-1'in hedef hücreye girişini ilerleten iki adet kemokin reseptörü tanımlanmıştır ve bu koreseptörler CCR5 ve CXCR4 olarak adlandırılırlar. Bu çalışma da, doğumsal HIV bağışıklık oluşumunda genetik zeminin aydınlatılmasına katkıda bulunabilmek amacıyla HIV doğal direncini oluşturduğunu düşündüğümüz ilgili genlerin polimorfizmi ile HIV doğal bağışıklık arasındaki ilişki araştırıldı.Çalışmada gönüllülük esasına dayanarak ve etik kurallar çerçevesinde kişi mahremiyetini ön planda tutarak daha önce tanısı konulmuş 50 HIV/AIDS pozitif birey yazılı onamları alınarak kontrol grubu olarak, 50 HIV/AIDS negatif birey de yine yazılı onamları alınarak araştırma grubu olarak çalışmaya dahil edildi. Çalışma ve kontrol grubuna dahil toplam 100 bireyden detaylı öyküleri ile birlikte periferal kan örnekleri EDTA(Etilendiamin tetraasetik asit)'lı ve jelli tüplere onam formu imzalatılarak Yeditepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde alındı. Çalışma kapsamında ki tüm bireylerin HIV/AIDS pozitif ve negatiflikleri ; jelli tüplerden elde edilen serum örnekleri kullanılarak immunoassay sistemin de (Siemens,Almanya) ELISA yöntemi ile çalışılarak tekrar  gösterildi  . Bireylere ait diğer jelli tüplerdeki  kan örneklerinden serumları ayrıldı ve bu serum kısmından DNA izolasyonları yapıldı. İzole edilen DNA örneklerinden uygun primerler kullanılarak hedef bölge Klasik Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile çoğaltıldı, bir sonra ki aşamada restriksiyon enzimleri kullanılarak kesim protokolü uygulanarak  thermal cycler (Techne,İngiltere) cihazın da hedef bölgemiz restriksiyon enzimleri ile kesildi ve ardından agaroz jel elektroforezi yöntemi ile yürütülüp sonucunda elde edilen bantlar jel görüntüleme cihazın (Biorad,ABD)  da görüntülenerek karşılaştırıldı.Yaptığımız bu çalışma sonucunda elde ettiğimiz DNA bant görüntülerinde anlaşıldı ki çalışmaya dahil olan çalışma gurubumuzda ki 50 HIV negatif bireyin sahip oldukları CXCR4 ve CCR5 kemokin reseptörlerin de bir mutasyon mevcut değildir. Yani araştırmaya katılan 50 birey çalışma konumuz olan CXCR4 ve CCR5 kemokin reseptörlerin de doğuştan gelen mutasyon sonucu HIV enfeksiyonuna karşı dirence sahip değillerdir. Gerçekleştirilen  restriksiyon aşamasının ardından yapılan agaroz jel elektroforez yöntemi ile görülmüştür ki tüm olgulara ait oluşan DNA bantları  CCR5 için 236bp, CXCR4 için ise 190bp büyüklüğünde'dir, yani tüm bireylerin  doğal fenotip DNA molekülüne sahip olduklarını  CXCR4 ve CCR5 kemokin reseptörlerinde bir gen polimorfizmine sahip olmadıklarını buna bağlı olarakta bireylerin HIV enfeksiyonuna karşı bir dirençlerinin olmadığını gösterir. Eğer CXCR4 kemokin reseptörü için agaroz jel üzerinde elde ettiğimiz bant yaklaşık 173 bp  olsaydı, bu durumda bir mutasyon varlığını tespit etmiş olurduk. Aynı şekilde CCR5 kemokin reseptörü için  agaroz jel üzerinde elde ettiğimiz bant 201 bp civarında olsaydı, bir mutasyon, gen polimorfizminden bahsetmiş olacaktık. Az sayıda insan HIV ile enfeksiyona dirençlidir, çünkü bu insanların yardımcı reseptörleri olan CCR5 ve CXCR4 kemokin reseptörlerinde mutasyon vardır. CCR5 geninde homozigot delesyon içeren kişiler virüsle çok kez karşılaşmalarına rağmen enfeksiyona dirençlidirler. Bu delesyon için heterozigot olan bazı enfekte kişiler ise, uzun süre AIDS aşamasına gelmedikleri tespit edilmiştir.

Abstract:
Human immunodeficiency virus (HIV) causes acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). It was first described in 1980 as a disease  and now has become a world-wide pandemic. It was first identified in Sub-Saharan Africa. Nowadays, it is known that some individuals have an innate immunity to HIV because of the gene polymorphism occurring congenitally in the chemokine receptors. Under normal conditions, two chemokine receptors promoting the entry of HIV-1 into the target cell after the initial binding of gp120 protein to CD4 on lymphocytes and monocytes were defined, and these co-receptors are called CCR5 and CXCR4. In this study, the correlation between the polymorphism of the relevant genes, which are thought to create inborn resistance to HIV, and innate immunity to HIV was investigated in order to contribute to enlighten the genetic basis in the formation of innate immunity to HIV.The study included 50 previously diagnosed HIV/AIDS positive individuals as the control group and 50 HIV/AIDS negative individuals as the study group on a volunteer basis and within the framework of ethics rules by giving particular importance to individual privacy after their individual written consents were obtained. Peripheral blood samples were taken from a total of 100 individuals included in the study and control groups in EDTA and gel tubes along with their detailed medical history in Yeditepe University, Medical Faculty Hospital by signing consent form. HIV/AIDS positivity and negativity of all individuals in the study were redemonstrated by studying the serum samples obtained from gel tubes on immunoassay system (Siemens, Germany) using the ELISA method. Serums were separated from the blood samples of the individuals in other gel tubes and DNA isolation was performed from this serum portion. Using the appropriate primers from the isolated DNA samples, the target region was amplified by Classical Polymerase Chain Reaction (PCR), and in the next stage, using the the restriction enzymes and carrying out the cutting protocol, our target region was cut on a thermal cycler (Techne, England) device with restriction enzymes, and then processed with the agarose gel electrophoresis method, and the bands obtained were compared on a gel imaging device (Biorad, USA).The DNA band images we obtained as a result of this study revealed that there was no mutation in CXCR4 and CCR5 chemokine receptors of 50 HIV negative individuals in our study group. In other words, 50 individuals participated in our study did not have resistance to HIV infection subjects in CXCR4 and CCR5 chemokine receptors as a result of innate mutation. The agarose gel electrophoresis performed after the restriction stage showed that the resulting DNA bands of all cases were 236bp for CCR5 and 190bp for CXCR4, that is, all individuals had a wild type DNA molecule and they did not have any gene polymorphism in CXCR4 and CCR5 chemokine receptors, and accordingly indicating that the individuals had no resistance to HIV virus. If the band size that we obtained on the agarose gel for CXCR4 chemokine receptor was about 173 bp, we would have detected the presence of a mutation in this case. Likewise, if the band size that we obtained on the agarose gel for the CCR5 chemokine receptor was about 201 bp, we would have also mentioned a mutation, gene polymorphism. A limited number of people are resistant to HIV infection, because these people have a mutation in CCR5 and CXCR4 chemokine receptors, which are co-receptors. People who have homozygous deletions in  CCR5 gene are resistant to the infection despite encountering the virus many times. It has been found that some of the infected individuals who are heterozygous for this deletion do not reach the AIDS stage for a long time.