Bakteriyemi ve fungemi tanısında novel buffy coat yönteminin kullanılması
Using novel buffy coat method in the diagnosis of bacteremia and fungemia
Yazar: MELİKE ORKİDE TAŞCILAR ÖNDER
Danışman: PROF. DR. MÜCAHİDE ESRA KOÇOĞLU
İstanbul Medeniyet Üniversitesi / Göztepe Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriyemi = Bacteremia ; Kan kültürü = Blood culture ; Mantar hastalıkları = Mycoses ; Tedavi = Treatment

Özet:
AMAÇ. Çalışmamız sinyalizasyon süresini ortadan kaldırmayı hedefleyen 'Novel buffy coat yöntemi' ile çalışılan kan kültürü yönteminin, BacT/Alert 3D (BioMerieux Inc., Fransa) kan kültürü cihazı ile çalışılan kan kültürü yöntemi ile duyarlık, özgüllük, avantaj ve dezavantajlarının kıyaslanmasını amaçlamaktadır.
YÖNTEM. Bu çalışma 1 Temmuz 2019–31Aralık 2019 tarihleri arasında hastanemizin yoğun bakım ünitelerinden gelen kan kültürü örnekleri ile rutin hizmete paralel olarak gerçekleştirilmiş olunup; hastanın tanı ve tedavisinde aksamaya neden olmayan prospektif bir çalışmadır.Çalışma sırasında BacT/Alert 3D (BioMerieux Inc., Fransa) cihazından elde edilen sonuçlar "Novel Buffy Coat Yöntemi" ile elde edilen sonuçlarla kıyaslanmak için takip edilmiştir.
Otomatize sistem ile kan kültüründe üretilen mikroorganizmaların etken ya da kontaminasyon olduğuna CDC'nin (Centers for Disease Control and Prevention) LCBI (Laboratory-Confirmed Bloodstream Infection Criteria) kriterlerine göre karar verilmiştir.
Novel Buffy Coat Mikroskopisi, Novel Buffy Coat Kültürü ve Otomatize Kan Kültürü için duyarlılık, özgüllük, yanlış negatiflik, yanlış pozitiflik, doğruluk, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer hesaplanmıştır. Her üç test için de J (youden indeksi) hesaplanarak, sözkonusu testlerin tanısal güçleri birbirleriyle kıyaslanmıştır.
Novel Buffy Coat Mikroskopisi ile saptanabilen etkenlerin otomatize kan kültürü sistemi ile sinyal verme sürelerinin ortalama ve standart sapmaları hesaplanmış, Novel Buffy Coat Mikroskopisi'ni kullanmanın kazandıracağı zamanın sağ kalıma etkisi yorumlanmıştır.
Etken olarak değerlendirilen mikroorganizmaların kendi içinde, kontaminasyon olarak değerlendirilen mikroorganizmaların ise kendi içinde ortalama sinyalizasyon süreleri ve standart sapmaları hesaplanmıştır. Her  
iki grubun ortalama sinyalizasyon süreleri arasında anlamlı fark olup olmadığı t test ile hesaplanmıştır. P<0.05 alınmıştır.
BULGULAR. Örneklerin 60 tanesi BacT/Alert 3D (BioMerieux Inc., Fransa) cihazında sinyal vermiştir. Sinyal veren örneklerin 33'ü etken 27'si kontaminant olarak değerlendirilmiştir. Bu etkenlerin 19'u Novel Buffy Coat Mikroskopisi ile, 15'i Novel Buffy Coat Kültürü ile saptanabilmiştir. Kontaminant olarak değerlendirilen örnek sayısı NovelBuffy Coat Mikroskopisi, Novel Buffy Coat Kültürü ve Otomatize Kan Kültürü için sırasıyla 8, 16 ve 27'dır.
Novel Buffy Coat Mikroskopisi, Novel Buffy Coat Kültürü ve Otomatize Kan Kültürü için sırasıylatüm örnekler içindeki kontaminasyon oranı 3.2, 6.4 ve 10.8, pozitif prediktif değer; %70.4, %48.4 ve %55.7, negatif prediktif değer; %93.7, %91.8 ve %100 (otomatize kan kültürü sistemini referans kabul etmemiz sebebiyle), duyarlılık; %57.6, %45.5, %100 (otomatize kan kültürü sistemini referans kabul etmemiz sebebiyle), özgüllük; %96.3, %92.6 ve %87.6, doğruluk; %91.2, %86.4 ve %89.6, youden indeksleri; 0.54, 0.38 ve 0.88'dir.
Novel Buffy Coat Mikroskopisi ile çalışma süresi ortalama 1 saattir. Novel Buffy Coat Mikroskopisi ile saptanabilen etkenlerin otomatize kan kültürü sisteminde sinyal verme süresi ortalama 31.5 ± 20.4 saattir. Novel Buffy Coat mikroskopisinin sağ kalım oranı 0.6-0.8 arasında iken; otomatize kan kültürü sisteminin sağ kalım oranı 0.0-0.2 aralığındadır.
Otomatize sistemle üretilen etkenlerin ortalama sinyalizasyon süresi 32.8  28.5, kontaminantların ortalama sinyalizasyon süresi 45.4  20.9'dur. P=0.03 (p<0.05); etken ve kontaminant mikroorganizmaların sinyalizasyon süreleri arasında anlamlı farklılık bulunmuştur.
SONUÇ. Yüksek duyarlılığı sebebiyle otomatize kan kültürü sisteminden vazgeçmek mümkün görünmemekle birlikte; rutinde kan kültürünün yanı sıra Novel Buffy Coat Mikroskopisi de çalışılması durumunda; bizim çalışmamıza göre kan akımı enfeksiyonuna sahip hastaların %57.6'sında erken tanı mümkün görünmektedir. 
Bunun için Novel Buffy Coat yöntemi bir alternatif yöntem değil, kan kültürü ile birlikte çalışılması gereken bir hızlı yöntem olarak görülmelidir. Bakteriyemi ve fungemide erken tedavi sağ kalım oranlarını arttıracaktır. 
Novel Buffy Coat Mikroskopisi kullanılarak sağlamların %96.3'üne "mikroorganizma görülmedi'' denilebilinmekte böylelikle erken tanı sağlanmaktadır. Otomatize sistemde "üreme olmadı'' denilebilmesi için geçen 5 günlük inkibasyon süresinin sağlık sistemi üzerindeki olumsuz yükünden kurtulmak mümkün görünmektedir.
Novel Buffy Coat Yöntemi ile kan kültürü; otomatize sistemlere ihtiyaç duyulmadan, manuel olarak çalışılmaktadır. Yüksek kurulum maliyeti sebebiyle, ne yazık ki her hastane kan kültürü çalışılması için otomatize sisteme sahip değildir. Bu yeni yöntem ile otomatize kan kültürü sistemine sahip olmayan hastanelerde de kan kültürü çalışılabilinecektir.

Anahtar Kelimeler: Buffy Coat, Bakteriyemi, Fungemi, Kan kültürü

Abstract:
AIM. Our study aims to compare the sensitivity, specificity, advantages and disadvantages of the blood culture method studied with the 'Novel buffy coat method', which aims to eliminate the signaling time, with the BacT / Alert 3D (BioMerieux Inc., France) blood culture method.
METHOD. This study was carried out between 1 July 2019–31 December 2019 with blood culture samples from the intensive care units of our hospital in parallel with routine service; is a prospective study that does not cause disruption in the diagnosis and treatment of the patient. During the study, the results obtained from the BacT/Alert 3D (BioMerieux Inc., France) device were followed to compare with the results obtained with the "Novel Buffy Coat Method".
It is decided that microorganisms produced in blood culture with automated system are active or contaminated according to the LCBI (Laboratory-Confirmed Bloodstream Infection Criteria)of the CDC (Centers for Disease Control and Prevention).
Sensitivity, specificity, false negativity, false positivity, accuracy, positive predictive value and negative predictive value were calculated for Novel Buffy Coat Microscopy, Novel Buffy Coat Culture and Automated Blood Culture. For all three tests, J (youden index) was calculated and the diagnostic powers of these tests were compared.
The mean and standard deviations of signaling times were calculated with the automated blood culture system of the agents that can be detected by Novel Buffy Coat Microscopy, and the effect of using the Novel Buffy Coat Microscopy on survival was interpreted.
The mean signalization times and standard deviations of the microorganisms considered to be the agents, and the microorganisms evaluated as contamination were calculated. Whether there is a significant difference between the average signalization times of both groups was calculated by t test. P <0.05 was taken.
 
RESULT.60 of the samples signaled on BacT / Alert 3D (BioMerieux Inc., France). 33 of the signaling samples were evaluated as agents and 27 of them were contaminants. 19 of these agents were detected by Novel Buffy Coat Microscopy and 15 of them by Novel Buffy Coat Culture. The number of specimens evaluated as contaminants are 8, 16 and 27 respectively, for NovelBuffy Coat Microscopy, Novel Buffy Coat Culture and Automated Blood Culture.
Contamination rate for Novel Buffy Coat Microscopy, Novel Buffy Coat Culture and Automated Blood Culture in all samples, respectively; 3.2, 6.4 and 10.8, positive predictive value; 70.4%, 48.4% and 55.8%, negative predictive value; 93.7%, 91.8% and 100% (due to our acceptance of the automated blood culture system), sensitivity; 57.6%, 45.5%, 100% (due to our acceptance of the automated blood culture system), specificity; 96.3%, 92.6% and 87.6%, accuracy; 91.2%, 86.4% and 89.6%, youden indexes; 0.54, 0.38 and 0.88.
Working time is approximately 1 hour with Novel Buffy Coat Microscopy. The mean duration of signaling of the factors that can be detected by Novel Buffy Coat Microscopy in the automated blood culture system is 31.5 ± 20.4 hours. While the survival rate of Novel Buffy Coat microscopy is between 0.6-0.8; The survival rate of the automated blood culture system is in the range of 0.0-0.2.
The average signalization time of the factors produced by the automated system is 32.8 ± 28.5, the average signalization time of the contaminants is 45.4 ± 20.9. P = 0.03 (p <0.05); There was a significant difference between the signaling times of active and contaminated microorganisms.
CONCLUSION. Although it does not seem possible to give up the automated blood culture system due to its high sensitivity; in addition to blood culture in the routine, Novel Buffy Coat Microscopy is also used; according to our study, early diagnosis seems possible in 57.6% of patients with blood flow infection.
For this, the Novel Buffy Coat method should not be seen as an alternative method, but a rapid method that should be studied with blood culture. Early treatment in bacteremia and fungemia will increase survival rates.
By using Novel Buffy Coat Microscopy, 96.3% of the intact can be called "no microorganism seen" so that early diagnosis is provided. In the automated system, it seems possible to get rid of the negative burden of the 5-day incubation period on the health system.
Blood culture with the Novel Buffy Coat Method; it is operated manually without the need for automated systems. Unfortunately, due to the high installation cost, not every hospital has an automated system for studying blood culture. With this new method, blood culture can be studied in hospitals that do not have an automated blood culture system.

Keywords: Buffy Coat, Bacteremia, Fungemia, Blood culture