Kesimhanelerden alınan piliç boyun derisi örneklerinde clostridium perfringens varlığı, moleküler karakterizasyonu ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi
Detection, molecular characterization and antibiotic resistance profiles of clostridium perfringens isolated from chicken neck samples at slaughterhouse level
Yazar: GÜZİN İPLİKÇİOĞLU ÇİL
Danışman: DOÇ. DR. F. SEDA BİLİR ORMANCI
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Gıda Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Clostridium perfringens = Clostridium perfringens ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tavuk eti = Chicken meat ; Tavuklar = Chickens ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Bu çalışmada 2009 yılının Haziran, Temmuz, Ağustos ve Aralık, 2010 yılının Ocak, ve Şubat aylarında üç farklı kesimhaneden alınan 180 piliç boyun derisi örneğinde C. perfringens varlığı araştırıldı.Piliç boyun derilerinden C. perfringens izolasyonu ve identifikasyonu klasik kültür tekniği ile yapıldı, elde edilen izolatlar cpa geni baz alınarak PCR ile doğrulandı, multipleks PCR yöntemi kullanılarak toksin genleri tespit edildi. Ayrıca doğrulanan izolatların antibiyotik direnç profilleri belirlendi ve mevsimsel dağılım saptandı. 
Çalışmada analiz edilen 180 piliç boyun derisi örneğinin 39'unun (% 21,6) klasik kültür tekniği ile C. perfringens ile kontamine olduğu tespit edildi. Klasik kültür tekniği ile izole edilen C. perfringens'lerin doğrulanması amacıyla yapılan PCR analizinde 39 suşun 35'inin (% 89.7) cpa genine sahip olduğu belirlendi. İzolatların hiçbirinin cpb, cpb2, etx, iA ve cpe genlerini taşımadığı tespit edildi. Aylara göre numunelerin C. perfringens ile kontaminasyon düzeyi incelendiğinde, Aralık, Ocak ve Şubat aylarını kapsayan kış döneminde 13, Haziran, Temmuz ve Ağustos aylarını kapsayan yaz döneminde de 22 numunenin kontamine olduğu tespit edildi. Ki kare testiyle yapılan istatistiksel analize göre piliç boyun derisi örneklerinin C. perfringens ile kontaminasyon düzeyinde herhangi bir mevsimsel etki saptanmadı.Çalışmada PCR ile doğrulanan 35 C. perfringens izolatının 9 farklı antibiyotiğe karşı direnç profilleri disk diffüzyon metodu ile araştırıldı. İzolatların 35'inin de (% 100) en az bir antibiyotiğe dirençli olduğu tespit edildi.İzolatların tamamının (% 100) dirençli olduğu antibiyotik trimetoprim olarak tespit edildi. Bu antibiyotik yanında, % 65,7 ile tetrasiklin, % 62,8 oranında gentamisin direncin yüksek oranda tespit edildiği diğer antibiyotikler olarak belirlendi.
C. perfringens'in gıda kaynaklı infeksiyonlara neden olabilmesi için özellikle cpe geni taşıması gerektiği göz önünde bulundurulduğunda, elde edilen izolatların insan sağlığı açısından risk oluşturmadığı sonucuna varılmıştır. Ancak çalışmada elde edilen izolatların, büyük bir kısmının bir veya birden fazla antibiyotiğe direnç gösterdiğinin saptanması antibiyotik kullanımı sonucu mikroorganizmalarada gelişen direncin takip edilmesi ve dirençli suşların gelişmesinin önlenmesi amacıyla dikkat edilmesi gereken konuların önemini ortaya koymuştur.

Anahtar Sözcükler: Antibiyotik direnç,cpa geni,C. perfringens,multipleks PCR, tavuk eti

Abstract:
The objectives of this study were, to determine the incidence of C. perfringens in 180 chicken neck samples, obtained from 3 different slaughterhouses between June, July, August, December 2009 and January, February 2010,to detect cpa gene by PCR for the verification of the isolates and to identify toxin genes by multiplex PCR, to evaluate the seasonal distribution of C. perfringens prevalence, and to find out the antibiotic susceptibility profiles of the isolates.
C. perfringens was isolated from 39 (21.6 %) of the 180 chicken meat samples by cultivation method. For the confirmation of isolates, PCR assay was perfromed. From 39 isolates cpa gene were determinedin 35 (89.7 %)of them. None of the isolates possesedthe toxin genes cpb, cpb2, etx, iA and cpe. During the winter (December, January, February) 13 and during the summer (June, July, August) 22 samples were found to becontaminated with C.perfringens so for the incidence of C. perfringens seasonal difference was not significant for chi square test.According to the discdiffusion test all of the  isolates were found to be resistant at least one of the 9 antibiotics. 35 isolateswas resistant to trimetoprim (100 %). In addition,  high level of resistance was also determined against tetracycline (65,7 %) and gentamycin (62,8 %).
According to the results our isolates are at low health risk because none of the isolates possesed the toxin genecpe, which cause the foodborne illness. Also our isolates were found to be resistant at least one or two antibiotics, this shows that antibiotic resistance should be trace and the use of antimicrobials as prophylactic or growth promoter agent should be under control.

Key Words: Antibiotic susceptibility, cpa gene, chicken meat, C. perfringens, multipleks PCR