Koyun ve sığırlarda hepatit E virüsünün serolojik ve moleküler yöntemlerle belirlenmesi DNA dizi analizi
Deteriination of hepatitis E virus in sheep and cattle by serological and molecular methods dNA series analysis
Yazar: FADİME TONBAK
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ATASEVER
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Gıda Hijyeni ve Teknolojisi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Hepatit E = Hepatitis E ; Karaciğer = Liver ; Koyunlar = Sheep ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Seroloji = Serology ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Koyun ve Sığırlarda Hepatit E Virüsünün Serolojik ve Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi DNA Dizi Analizi
Amaç: Türkiye'de hayvanlarda, Hepatit E Virüsü (HEV)'nün serolojik ve moleküler prevalansı, genotipleri ve epidemiyolojik özellikleri ile ilgili veriler oldukça sınırlıdır. Bu çalışma, Doğu ve Güneydoğu Anadolu Bölgesinde, sığır ve koyun kan serumlarında ve karaciğer dokularında HEV belirlenmesi amacıyla yapılmıştır.

Materyal ve Metot: Sunulan çalışmada, 414 kan serumu ile 200 karaciğer dokusu olmak üzere, toplamda 614 örnekle çalışılmıştır. Bunlardan 194'ü sığır kan serumu ile 220'si koyun kan serumu ve 100'er adet karaciğer dokusu olarak belirlenmiştir. Örnekler, ELISA yöntemiyle anti-HEV IgG ve moleküler yöntemle HEV RNA yönünden incelendi.  

Bulgular: Sığır kan serumları % 16.5 (32/194) ve koyun kan serumları % 5.0 (11/220) anti-HEV IgG seropozitif bulunmuştur. Elazığ kesimhanelerinden alınan sığır kan serum örneklerinde % 3.8 (3/78), koyun kan serum örneklerinde % 2.6 (2/76) HEV seroprevalansı belirlenmiştir. Diyarbakır ilinde % 33.3 (29/87) sığır HEV seroprevalansı belirlenirken, Malatya ilinde % 6.25 (9/144) koyun HEV seroprevalansı tespit edilmiştir. Moleküler analizler sonucunda, Elazığ sığır kan serum örneklerinin bir tanesinde HEV RNA genotip 3 bulunmuş olup % 97,58 oranında rat HEV'i ile benzerlik paylaştığı tespit edilmiştir. 

Sonuç: Bulgular, sığır ve koyunlarda, HEV'e ait anti-IgG ve HEV RNA varlığının tespiti ile geçirilmiş bir HEV enfeksiyonun olduğunu ve bu hayvanların ürünlerinin halk sağlığı açısından bir risk oluşturabileceğini göstermektedir. Bu çalışma, Doğu ve Güneydoğu Anadolu Bölgesinde, sığır ve koyunlarda, HEV dolaşımının kanıtlarını gösteren ve farkındalık oluşturmaya rehberlik eden ilk rapor özelliğindedir. Hayvanlarda enfeksiyon asemptomatik seyirli olduğu için, gıda güvenliği açısından HEV'in yasal otoritelerce risk tabanlı kontrollerin yapılması yararlı olabilir. Sonuç olarak, HEV'nin önemi bakımından, multi konakçı rezervleri için, çeşitli hayvan türlerinde ileri çalışmalara ihtiyaç olduğu kanaati oluşmuştur.

Anahtar Kelimeler: ELISA, HEV, kan serumu, karaciğer, RT-PCR

Abstract:
ABSTRACT
Deteriınation of Hepatitis E Virus ın Sheep and Cattle by Serological and Molecular Methods DNA Serıes Analysis
Aim: Hepatitis E virus in animals in Turkey (HEV) has established serological and molecular prevalence data on genotype and epidemiological features are quite limited. The aim of this study was to determine HEV in blood sera and liver tissues of cattle and sheep in Eastern and Southeastern Anatolia. 

Materials and Methods: In this study, a total of 614 samples, 414 blood sera and 200 liver tissues, were examined. Of these, 194 are bovine blood serum, 220 are sheep blood serum, and 100 cattle and 100 sheep liver tissues. The samples were examined for anti-HEV IgG by ELISA method and HEV RNA by molecular method.

Results: Bovine blood sera were 16.5% (32/194) and sheep blood sera 5.0% (11/220) anti-HEV IgG seropositive. HEV seroprevalence was found to be 3.8% (3/78) in bovine blood samples taken from Elazığ slaughterhouses and 2.6% (2/76) in sheep blood samples. Bovine HEV seroprevalence was determined in 33.3% (29/87) bovine samples from Diyarbakır province, and 6.25% (9/144) sheep HEV seroprevalence was detected in Malatya province. As a result of molecular analyzes, HEV RNA genotype 3 was found in one of the Elazığ bovine blood serum samples and it was found that 97.58% of them had similarity with rat HEV.

Conclusion: The findings indicate that there was a previous HEV infection in cattle and sheep by detecting the presence of HEV anti-IgG and HEV RNA. Therefore, it indicates that the products of these animals may pose a risk to public health. This study is the first report showing the evidence of HEV circulation and guiding awareness in cattle and sheep in Eastern and Southeastern Anatolia. Since HEV infection in animals is asymptomatic, it may be beneficial to conduct risk-based controls by HEV's legal authorities for food safety. As a result, the importance of HEV has resulted in the need for further studies in various animal species for multi-host reserves.

Keywords: Blood serum,  ELISA, HEV, liver, RT-PCR