Mısır ve mısır pası kompatibıl interaksiyonunda ekspresyonu değişim gösteren genlerin DDRT-PCR ile tanımlanması ve seçilen mesajlarda gen ekspresyonunun RT-qPCR ile çalışılması
DDRT-PCR identification of messages showing expressional modulations in the compatible interaction between maize and the common maize rust and RT-qPCR expressional validations of selected messages
Yazar: HATİCE ÇİLKOL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ALİ SÜDÜPAK
Yozgat Bozok Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bitki patojen interaksiyonlarında ekspresyonu değişim gösteren genlerin tanımlanması, konukçu direnci ve duyarlılığında gerçekleşen fizyolojik değişimler ve mekanizmalar ve bunlardan sorumlu genetik faktörler hakkında önemli bilgiler sağlamaktadır. Mısır (Zea mays) ve mısır pası (Puccinia sorghi) uyumlu interaksiyonunda gerçekleştirilen çalışmada, ekspresyonu değişim gösteren 98 transkript derivativi fragment (TDF) çalışmada tanımlanmıştır. Klonlanarak sekans karakterizasyonu yapılan 72 TDF ile gerçekleştirilen GenBankası taramaları, münferit etiketler için bir veya daha fazla benzer kayıt bulunduğunu göstermektedir. Genel olarak, TDF'lerin yaklaşık yarısının fonksiyonu bilinen genlerin sekanslarına benzer olduğu ve bunların önemli bir bölümünün bitki-patojen interaksiyonlarında ekspresyonu değişim gösterenler oldukları tespit edilmiştir. Bunlar arasında, karbonik anhidraz, Bip2, An2, ARP ve ASR3 proteinlerini kodlayan genlere benzerlik gösteren TDF'ler bulunmaktadır. TDF'lerin kalan bölümü, diğer stres yanıtlarıyla ilgili olanlar ve karakterize edilmemiş/hipotetik protein kodlayan sekanslara benzerlik göstermektedir. ZmBip2, ZmCA, ZmcALDH, ZmARP ve ZmARPP3 genleri için RT-qPCR primerler tasarlanarak kontrol ve infekte materyalde ekspresyon teyitleri yapıldı. ZmCA hariç diğerlerinin ekspresyon değişimleri doğrulandı. Sınırlı sayıda TDF çalışılmakla birlikte, belirli fonksiyonlarla ilişkili olanlarla birlikte fonksiyonu bilinmeyenler, çalışılan patosistem uyumlu interaksiyonunda ekspresyonu değişim gösteren genler olarak tanımlanmıştır.

Abstract:
Differential display analyses of expressional modulations occurring in plant-microbe interactions provide valuable information about the physiological changes and underlying genetic factors and mechanisms involved in host resistance and susceptibility to disease. We carried out a differential display analysis study in the compatible interaction of Z. mays and P. sorghi and identified 98 Transcript Derived Fragments (TDFs) as expressional modulation showing tags. 72 TDFs were cloned and sequenced. Sequence database similarity searches revealed that there is at least one close matching GenBank record for each TDF. Compiled results showed that approximately a half of the TDFs was derived from genes with known functions, about a half of which are known to display expressional modulations in plant-microbe interactions. CA, BiP2, An2, ARP1 and ASR3-like protein encoding sequence similar TDFs constitute the prominent examples in this group. A large proportion of TDFs were found to be similar to uncharacterized/hypothetical protein encoding GenBank records. RT-qPCR primers were designed for Bip2, CA, cALDH, ARP and Arpp3 genes to verify their observed expressional modulations, which were generally confirmed except for CA. Although a limited number of TDFs were characterized, overall, the results provide an overview to the expressional modulation showing genes in the compatible interaction of the studied pathosystem.