Genomik instabiliteden sorumlu apobec3b ekspresyonu ve dna yanlış eşleşme tamir (MMR) gen durumunun kolorektal kanserlerde saptanması ve tümörü infiltre eden lenfosit skoru üzerine etkilerinin değerlendirilmesi
Determination of apobec3b expression and dna mismatch repair (MMr) gene status responsible for genomic instability  in colorectal cancers and evaluation of their effects on tumor-infiltrating lymphocyte score
Yazar: MERVE DOĞAN
Danışman: PROF. DR. HATİCE KARAMAN
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Kayseri Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Patoloji = Pathology

Özet:
Kolorektal karsinomlarda (KRK), güncel olarak kullanılan TNM evrelemesinin prognozu ön görmekte tek başına yetersiz kaldığı ve klasik tedavilere dirençli hasta grubunda yeni tedavi alternatiflerine ihtiyaç duyulduğu düşünülmektedir. Bu durum göz önünde bulundurularak yapılan araştırmalar, tümörü infiltre eden lenfosit (TIL) cevabına odaklanmıştır. TIL cevabının güçlü bir prognostik belirteç olduğu ve immünoterapinin hücresel temeli olarak görev yaptığı kabul görmeye başlamıştır. Bu nedenle, TIL cevabını etkileyen faktörler merak konusudur. Biriken bilgiler ışığında, yüksek tümör mutasyon yükünün daha fazla neoantijen oluşum potansiyeline sahip olacağı, dolayısıyla yüksek immün yanıtla sonuçlanacağı varsayılmaktadır.
    Bu çalışmada, keşfi henüz yeni olan ve genomik instabiliteden sorumlu olduğu düşünülen APOBEC3B ile genomik instabiliteden sorumlu olduğu bilinen en önemli belirteçlerden DNA yanlış eşleşme tamir (MMR) gen durumunu inceledik. Genomik instabilte ilişkili artmış neoantijen üretimine bağlı olarak yüksek lenfosit cevabına neden olma olasılıklarını değerlendirmeyi amaçladık.
Gereç ve Yöntem
     Retrospektif ve random olarak belirlenen neoadjuvan tedavi almamış, 250 adet KRK hastası çalışmaya dahil edilmiştir. İmmünohistokimyasal olarak APOBEC3B ve MLH1, PMS2, MSH2, MSH6 protein ekspresyonları değerlendirilmiştir. H&E boyalı preparatlarda sadece mononükleer iltihabi hücreler değerlendirmeye alınarak ve tümör merkezi ile invaziv sınırda ayrı ayrı olacak şekilde tümörü infiltre eden lenfosit (TIL) cevabı belirlenmiştir. Ayrıca, peritümöral lenfoid agregatlarla karakterize edilen Crohn benzeri reaksiyon (CLR) varlığı araştırılmıştır.
Bulgular
APOBEC3B ekspresyonu yüksek olan KRK hasta grubunun düşük olanlara göre daha yüksek TIL-tümör merkezi ve TIL-invaziv sınır değerlerine sahip olduğu saptanmıştır (sırasıyla p <0,001 ve = 0,015). MSI KRK hasta grubunda ise MSS olanlara göre daha yüksek TIL-invaziv sınır değerleri görülmüştür (p = 0,008) ve daha fazla CLR varlığı izlenmiştir (p = 0,001).
     Sonuç
Yüksek APOBEC3B ekspresyonunun ve MSI'nin, TIL yanıtıyla ilişkili biyobelirteçler olabilecekleri, dolayısıyla iyi prognoz ile ilişkilendirilebilecekleri ve hatta daha ileri çalışmalarla desteklenmesi halinde immünoterapiden fayda görebilecek hastaların belirlenmesinde fayda sağlayabilecekleri düşünülmektedir. Ancak, lenfosit cevabını etkileyebilecek tümör ve tümör mikroçevresi etkileşimine ilişkin çözümlenmesi gereken çok fazla faktör bulunduğu akılda tutulmalıdır.

Abstract:
TNM staging used in colorectal carcinomas (CRC) is thought to be insufficient in predicting the prognosis alone, and new treatment alternatives are needed in the patient group resistant to classical treatments. Studies conducted have drawn attention to the tumor infiltrating lymphocyte (TIL) response. It has been recognized that TIL response is a strong prognostic marker and functions as the cellular-based immunotherapy. Therefore, the factors affecting TIL response have become a matter of curiosity. Based on accumulated information, high tumor mutation load is assumed to have more neoantigen formation potential, resulting in high immune response.
    In our study, we examined APOBEC3B, which is thought to be responsible for genomic instability, and the DNA mismatch repair (MMR) gene status, an important marker known to be responsible for genomic instability. We aimed to evaluate the possibilities of causing elevated lymphocyte response due to elevated neoantigen production associated with genomic instability. .
Materials and Methods
     250 CRC patients retrospectively and randomly determined and who had not received neoadjuvant treatment were included in the study. APOBEC3B and MLH1, PMS2, MSH2, MSH6 protein expressions were evaluated immunohistochemically. In H&E-stained preparations, only mononuclear inflammatory cells were evaluated, and the tumor-infiltrating lymphocyte (TIL) response was determined separately at the tumor center and invasive border. In addition, the presence of Crohn's-like reaction (CLR) characterized by peritumoral lymphoid aggregates was investigated.
Findings
    The CRC patient group with high APOBEC3B expression was found to have higher TIL-tumor center and TIL-invasive border values than those with low expression (p <0.001 and p= 0.015, respectively). In the MSI CRC patient group, higher TIL-invasive border values were observed compared to those with MSS (p = 0.008), and the presence of more CLR was determined (p = 0.001).
Conclusion
    High APOBEC3B expression and MSI may be biomarkers associated with TIL response, and therefore may be associated with good prognosis, and may even be useful in identifying patients who may benefit from immunotherapy. However, it should be kept in mind that there are many factors that need to be resolved regarding the interaction of tumor and tumor microenvironment that may affect lymphocyte response.