Samsun ili Trabzon hurması (Diospyros kaki L.) bahçelerinde Persimmon cryptic vırus enfeksiyonunun araştırılması
Investigation on Persimmon cryptic virus infection in persimmon (Diospyros kaki L.) orchards in Samsun province
Yazar: SENA ÇANKAYA
Danışman: PROF. DR. MİRAY SÖKMEN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Genom = Genome ; Samsun = Samsun ; Trabzon hurması = Persimmon ; dsRNA = dsRNA ; İzolasyon =

Özet:
Trabzon hurması (Diospyros kaki L.), ilkbaharda geç çiçeklenen subtropikal bir meyve türüdür. Trabzon hurmasında günümüze kadar 8 virüs türü belirlenmiştir. Bu virüsler arasında Persimmon cryptic virus (PeCV) Partitiviridae familyası, Deltapartitivirus cinsine ait bir virüs türüdür. Virüsün çift sarmallı RNA (dsRNA) ve iki parçalı genom yapısı (RNA-1 ve RNA-2) bulunmaktadır. Ticari bir antiserumu bulunmadığından, PeCV'nin tanısında moleküler yöntemler kullanılmaktadır. Bu çalışmada, PeCV'nin tanısında dsRNA izolasyonu ve ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyon (RT-PCR) yöntemlerinin uygulanabilirliliği araştırılmıştır.
Samsun ili Çarşamba ilçesinde Trabzon hurması yetiştiriciliğinin yapıldığı 2 adet bahçeden 2021 yılında 14 adet simptomlu ve 14 simptomsuz yaprak örneği alınmıştır. Toplanan yaprak örneklerinden viral dsRNA'lar izole edilmiştir. dsRNA izolasyonunda 0.5 g, 1 g ve 1.5 g olmak üzere 3 farklı yaprak ağırlığı kullanılmıştır. PeCV kapsid protein bölgesine özgü primer çifti kullanılarak, tek aşamalı RT-PCR yöntemi virüsün tanısı için uygulanmıştır. Çalışmada sadece 1.5 g yaprak ağırlığı kullanılarak izole edilen dsRNA örneklerinden RT-PCR yönteminde sonuç alınmıştır. Dört PeCV izolatından bir tanesinin (Çar-Eğri-13) kapsid protein geninin önemli bir bölümünün (994 bp) nükleotit dizisi elde edilmiştir. BLASTn analizi Çar-Eğri-13 izolatının hem nükleotit hem de amino asit dizisi bakımından İtalya'da belirlenen PeCV SSPI izolatı (HE805114) ile %99.69 benzerlik gösterdiğini ortaya koymuştur. 
Sonuç olarak, bu çalışmada virüsün hem simptomlu hem de simptomsuz yaprak örneklerinde tespit edilebildiği ve kullanılan yaprak dokusu miktarının PeCV dsRNA'larının izolasyonunda önemli olduğu belirlenmiştir. Yöntemin ekonomik olması sebebiyle, gelecekte Trabzon hurması anaç, kalem ve fidanlıklarının sertifikasyon amaçlı test edilmesinde kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Persimmon (Diospyros kaki L.) is a subtropical fruit species that blooms late in the spring. Eight virus species have been identified on persimmon so far. Among these viruses, Persimmon cryptic virus (PeCV) is a member of the genus Deltapartitivirus in the family Partitiviridae. Its genome has double-stranded RNA (dsRNA) with two segmented structures (RNA-1 and RNA-2). Since a commercial antiserum of PeCV is not available, molecular methods are used for its diagnosis. In this study, the possibility of applying dsRNA isolation method and the use of reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) in the identification of PeCV were investigated.
Fourteen asymptomatic and fourteen symptomatic leaf samples were taken from two persimmon orchards in Carsamba district of Samsun province in 2021. Viral dsRNAs were isolated from the collected leaf samples. Three different leaf weights (0.5 g, 1 g and 1.5 g) were used in dsRNA isolation. One-step RT-PCR has been applied in PeCV identification using a primer pair specific for its capsid protein region. In this study, an amplification product was only obtained from dsRNA samples of 1.5 g leaf weight. Out of four PeCV isolate, the important portion (994 bp) of capsid protein nucleotide sequences of one isolate (Çar-Eğri-13) was obtained. BLASTn analysis showed that the isolate Car-Eğri-13 had 99.69% nucleotide and amino acid identity with SSPI isolate (HE805114), which had 100% query coverage, identified in Italy. 
As a result, it was determined that PeCV was detectable in both symptomatic and asymptomatic leaf samples, and the amount of leaf tissue used was important for isolation of PeCV dsRNAs. Also, since this method is highly economical, it is recommended for testing the source of persimmon plant materials (rootstock, scion, and seedling) for certification purposes in the future.