DMD tedavisinde alternatif ilaç moleküllerinin tespit edilmesi
Detection of alternative drug molecules in DMD treatment
Yazar: SUDE NUR TURAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Kimya = Chemistry

Özet:
Geleneksel yöntemlerle bir ilacın raflardaki yerini alması hem yıllar süren bir araştırmayı hem de bu araştırmanın yürütülmesinde harcanılacak yüklü miktarda parayı gerektirmektedir. Bu durum ilaç şirketlerini yeni yöntem arayışına sürüklemiştir. İlacı yeniden konumlandırmak, bir hastalığın tedavisinde kullanılan onaylı bir ilacın başka hastalıklara uygulanması halinde etkinliği ve güvenilirliğinin araştırılmasıdır. Özellikle nadir ve benzer hastalıklarda bu yönteme ilgi artmıştır. Bu araştırmada, Duchenne kas distrofisi (DMD, Duchenne Muscular Dystrophy) hastalığında rol oynayan 3 proteinden toplamda 4 adet kristal X-ışını yapısı üzerinde çalışılmış, hastalığın tedavisinde kullanılan ilaçların yapıca veya işlevsel benzerlerinin afiniteleri araştırılmıştır. Bunun için başta referans moleküller olmak üzere bütün moleküllerin optimizesi Spartan'14 programında yapılmıştır. Autodock Vina programıyla bağlanma değerleri ölçülüp, Discovery Studio Visualizer programından faydalanarak ligandın etkileşimde olduğu çevre amino asitlerin diyagramı elde edilmiştir. Moleküllerin Spartan'14 programı ile ulaşılan çeşitli parametrelerinin afiniteye olan etkisi incelenmiştir.
Bu çalışmada hastalığın tedavisinde kullanılan ilaç aktiflerinin hem yapısal hem işlevsel olarak benzerlerinin taranmasıyla yeniden konumlandırılacak olan ilaçlar seçilmiştir. Hastalık proteinleri ve ilaç etkileşimleri moleküler kenetlenme çalışmaları ile gerçekleştirilmiştir. Böylelikle onaylanan ilaçların kullanım alanı genişletilmiş olup hastaya alternatif ilaçlar sunulabilecektir.

Abstract:
Taking a medicine on the shelves with traditional methods requires both years of research and a large amount of money to be spent in conducting this research. This situation has led the pharmaceutical companies to seek new methods. 
Drug repositioning is the study of the efficacy and safety of an approved drug which is used in the treatment of a disease when applied to other diseases. Particularly. interest in this method has increased in rare and similar diseases. In this study, a total of 4 crystal X-ray structures from 3 proteins that play a role in DMD (Duchenne Muscular Dystrophy), have been studied. The affinity of the drugs used in the treatment of the disease and their structural or functionally analogues were investigated. 
For this, firstly the reference molecules, then the optimization of all molecules were done by the Spartan'14 program. Binding values were measured with the Autodock Vina program, and the 2D diagram of the surrounding amino acids that are interacted with the ligand was obtained by using the Discovery Studio Visualizer program. 
Various molecular parameters that were reached by Spartan' 14 program were investigated for their effect on affinity.
In this study, the drugs to be repositioned will be selected by scanning both structurally and functionally similar drugs used in the treatment of the disease. Disease proteins and drug interactions will be carried out by molecular docking studies, Thus, the use of approved drugs will be expanded, and alternative drugs can be offered to the patient.