GDO tespitine yönelik DNA-inorganik hibrit temelli nanomalzemelerin sinyal platformu olarak geliştirilmesi, modellenmesi ve optimizasyonu
Development, modeling and optimization of DNA-inorganic hybrid based nanomaterials  as signal platform for GMO detection
Yazar: AYŞENUR YARDIM
Danışman: DOÇ. DR. İLKER POLATOĞLU
Manisa Celal Bayar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Gıda Teknolojisi Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Gıda Mühendisliği = Food Engineering

Özet:
DNA sekanslarının bir biyoreseptör olarak DNA temelli biyosensör tasarımında kullanılması geleneksel yöntemlerle yapılan çeşitili analizlerin yerini alabilecek alternatiftir. Düşük maliyetli ve kolay ulaşılabilir bir biyosensör olan kişisel glikoz metrelerin glikoz dışındaki çeşitli analitleri de dolaylı yoldan nicel olarak algılayabilmesi, bu tür analizlerin daha hızlı ve pratik bir şekilde yapılabilmesine olanak sağlamaktadır. Kan şekeri dışında enzimatik ürünü glikoz olan sükrozun invertaz enzimi ile hidrolize olduğu reaksiyonlarında kişisel glikoz metre ile tespit edilmesi mümkündür. Bunu sağlamak için DNA sekansları ve invertaz enziminin uygun bir platformda bir araya getirilmesi gerekmektedir. Bu doğrultuda CaMV 35S promotörünün model hedef sekans olarak tercih edilmesi ile GDO miktarının pratik bir şekilde kişisel bir glikoz metre ile tespit edilmesini sağlayacak DNA-inorganik hibrit temelli nanomalzemeler (DIN) ile oluşturulan yeni bir sinyal platformunun geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaca yönelik olarak manyetit çapraz bağlı invertaz agregatları (MCLIA) hazırlanmış ve bu agregatlara prob DNA'lar tutturularak DIN geliştirilmiştir. Çalışma kapsamında matematiksel modelleme ve optimizasyon çalışmaları sonucunda en ideal yapısal parametre değerleri enzim/MA kombinasyonu: 0.624 U/mg, glutaraldehit miktarı: %5 ve deneysel parametre değerleri ortam pH'sı: 5, ortam sıcaklığı: 50 °C ve reaksiyon süresi: 45 dk olarak bulunmuştur. Sinyal platformunun sukrozu tespit etmeye yönelik kinetik parametreleri (Vmax ve Km değerleri) sırası ile 6625 mg/dl ve 226 mM olarak bulunmuştur. Ayrıca DIN yapısının bileşenleri farklı teknikler kullanılarak karakterize edilmiş ve bu şekilde yapı bileşenlerinin birbirleriyle olan etkileşimleri belirlenmiştir. GDO'yu tespit etme mekanizması inhibisyon temelli olan DIN yapısı hedef sekans ile hibritleştirildikten sonra(DINH) her iki yapı gümüş iyonları ile inkübe edilerek tek ve çift zincir DNA sekanslarının gümüş ile etkileşimlerine dayalı inhibisyon farkı glikoz metrekullanılarak ölçülmüştür. 2 farklı akış ve 3 farklı senaryo ile gerçekleştirilen deneysel çalışmalar sonucunda DIN yapısına hedef DNA bağlanması ile sinyal değerlerinde %20 ile %55 arasında değişen oranlarda inhibisyon farklı tespit edilmiştir. DIN yapısı sinyal platformu niteliğinde olduğundan geliştirilen bu yapı ile farklı amaçlara yönelik (virüs, patojen, genetik hastalıklar, kanser tanısı vb) çalışmalar yapmakta mümkündür.

Abstract:
The use of DNA sequences as a bioreceptor in the design of DNA-based biosensors is a viable alternative to traditional methods for a variety of analyses. Personal glucose meters, which are low-cost and easily accessible biosensors, can indirectly detect a variety of analytes other than glucose, allowing for rapid and more practical analysis. It is possible to use a personal glucose meter to detect sucrose, whose enzymatic product is glucose other than blood sugar when it is hydrolyzed with the invertase enzyme. DNA sequences and the invertase enzyme must be brought together on a suitable platform to accomplish this. It is hoped that by using the CaMV 35S promoter as the model target sequence, a new signaling platform based on DNA-inorganic hybrid-based nanomaterials (DIN) will be developed to determine the GMO amount practically with a personal glucose meter. Magnetite cross-linked invertase aggregates (MCLIA) were prepared for this purpose, and DIN was created by attaching probe DNAs to these aggregates. As a result of mathematical modeling and optimization research studies within the scope of the study, the most ideal structural parameter values are enzyme/MA combination: 0.624 U/mg, glutaraldehyde amount: 5% and experimental parameter values are the pH of reactions: 5, reaction temperature: 50 °C, and reaction time: 45 min. The signal platform's kinetic parameters (Vmax and Km values) for detecting sucrose were determined to be 6625 mg/dl and 226 mM, respectively. Furthermore, the components of the DIN structure were characterized using various techniques, and the interactions of the structural components with each other were determined as a result. After the DIN structure was hybridized with the target sequence (DINH), both structures were incubated with silver ions, and the inhibition difference based on the interactions of single and double-strand DNA sequences with silver was measured using a glucose meter. As a result of the experimental studies with two different flows and three different scenarios, inhibition rates ranging from 20% to 55% in signal values were detected with target DNA binding to the DIN structure. Because the DIN structure is a signal platform, it can be used in future experiments for a variety of purposes (virus, pathogen, genetic diseases, cancer diagnosis, etc.).