Toplum ve hastane kökenli sistemik enfeksiyonlardan izole edilen karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae suşlarının moleküler sürveyansında kapsül tipleri ve virulans faktörlerinin önemi
The importance of capsule types and virulence factors in molecular surveillance of carbapenem resistant klebsiella pneumoniae strains isolated from community and hospital-based systemic infections
Yazar: BAŞAK BEDİR
Danışman: PROF. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections ; Enfeksiyonlar = Infections ; Hastane enfeksiyonları =   ; Karbapenemler = Carbapenems ; Klamidofila pnomoni = Chlamydophila pneumoniae ; Klebsiella enfeksiyonları = Klebsiella Infections ; Virülans = Virulence ; Virülans faktörleri = Virulence factors ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections

Özet:
K. pneumoniae suşları günümüzde sıklıkla irrasyonel antibiyotik kullanımına bağlı olarak tüm dünyada yeniden önem kazanan halk sağlığı tehdidi haline gelmiştir. Özellikle hastane enfeksiyonlarından izole edilen karbapenemler ve geniş spektrumlu β- laktam grubu antibiyotiklere dirençli suşlar morbidite ve mortalitenin en önemli sebeplerindendir. K. pneumoniae enfeksiyonları hastaların, hastanede yatış sürelerinin uzamasına, daha etkili ve geniş spektrumlu rezerv ilaçların kullanılma mecburiyetine, tedavi maliyetlerinde artışa ve etken suşların geniş spektrumlu ajanlara hızla direnç kazanmasına sebep olmaktadır. Pnömoni, üriner sistem enfeksiyonları, cerrahi alan enfeksiyonları ve bakteriyemi gibi sık karşılaşılan hastane enfeksiyonlarından izole edilen K. pneumoniae suşlarında plazmidler aracılığı ile taşınan karbepenem direnç genlerinin suşlar arasında hızla yayılması bu suşların yarattığı tehdidin boyutlarını hızla büyütmektedir. 
Epidemiyolojik çalışmalarda karbapenem grubu antibiyotikler başta olmak üzere antimikrobiyallere direnç ve kapsül serotipleri arasında ilişki olabileceği ileri sürülmüştür. Karbepenem dirençli suşların geniş spektrumlu antibiyotiklere karşı kolaylıkla direnç kazanmaları ile kapsül yapısı gibi prognozu etkileyen diğer virulans faktörleri arasındaki muhtemel ilişkilerinin klonal düzeyde belirlenmesi, hem tedavinin doğru yönlendirilebilmesi hem de yayılımın önüne geçilebilmesi açısından önem göstermektedir. 
Çalışmamızda Çukurova bölgesinde sistemik enfeksiyonlardan izole edilen ve karbapenem dirençli olduğu belirlenenen K. pneumoniae suşlarında karakterize edilmiş belirli virulans faktörlerinden hangilerine sahip oldukları ve kapsül serotipleri belirlenerek, VNTR yöntemi ile suşların muhtemel klonal ilişkileri irdelenmiştir. Çalışmamız bu suşların sahip oldukları virulans faktörleri ve kapsül serotipleri ile klonal ilişki yönünden gösterdikleri benzerliklerin klinikle korelasyonlarına göre epidemiyolojik veri oluşturarak benzer enfeksiyonların tedavisinde daha hızlı karar verilmesine ve antibiyotiklerin daha akılcı kullanılmasına yardımcı olmak amacı ile gerçekleştirilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Hastane Enfeksiyonu, Kapsül Tipi, Karbapenem, Klebsiella pneumoniae, Virulans Faktör

Abstract:
K. pneumoniae strains becoming more of an issue have recently become public health threat all over K. pneumoniae strains have become an increasingly important public health threat around the world due to the frequent use of irrational antibiotics. Carbapenems isolated from nosocomial infections and strains resistant to broad spectrum β- lactam group antibiotics are among the most important causes of morbidity and mortality. K. pneumoniae infections cause prolonged hospital stay of patients, necessity to use more effective and broad spectrum reserve drugs, increase in treatment costs and rapid resistance of active strains to broad spectrum agents. The rapid spread of carbepenem resistance genes carried by plasmids in K. pneumoniae strains isolated from common hospital infections such as pneumonia, urinary tract infections, surgical site infections and bacteremia rapidly increases the size of the threat posed by these strains.
In epidemiological studies, it has been suggested that there may be a relationship between resistance to antimicrobials, especially carbapenem group antibiotics, and capsule serotypes. The clonal determination of possible relationships between carbepenem resistant strains easily gaining resistance against broad spectrum antibiotics and other virulence factors affecting prognosis such as capsule structure is important in terms of both directing the treatment correctly and preventing the spread.
In our study, the possible clonal relationships of the strains were examined using VNTR method by looking into which of the specific virulence factors characterised in K. pneumoniae strains isolated from systemic infections and determined to be carbapenem resistant are existing and then determining their capsule serotypes. Our study was carried out with the aim of creating epidemiological data according to the clinical correlations of the similarities of these strains with their virulence factors and capsule serotypes in terms of clonal relationship and helping to make faster decisions in the treatment of similar infections and to use antibiotics more rationally.

Key words: Capsule Type, Carbapenem, Klebsiella pneumoniae, Nosocomial infections, Virulence Factor