Bazı organik bileşiklerin kristalografik ve biçimlenimsel incelenmesi
Crystallographic and conformational investigations of some organic compounds
Yazar: SERAP KÖKTAŞ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MUHİTTİN AYGÜN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Bölümü / Fizik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering
Dizin: Kristal yapı = Crystal structure ; Moleküler yapı = Molecular structure

Özet:
`4-(2-furilmetilen)-2-(4-metilfenil)-5-oksazolon' ve `N,N'-Bis-(3,5-diokso-4 azatrisiklo [5.2.1.02,6] dec-8-en-4-il) oksalamid' bileşiklerinin moleküler ve kristal yapıları tek kristal X-ışını kırınımı yöntemiyle belirlenmiştir.Monoklinik sistemde kristallenen oksazolon bileşiğinin yapısı, 950 yansıma kullanılarak direk yöntemlerle çözülmüştür. En küçük kareler ve fark fourier yöntemi kullanılarak 204 atomik parametrenin arıtılması sonucu R=0,048 değerine ulaşılmıştır. Oksazolon halkası içindeki bağ uzunlukları ve bağ açılarının literatürle uyum içinde olduğu gözlenmiştir. Oksazalon ve furil ringleri arasındaki C atomu bozulmuş trigonal bağ geometrisine sahiptir. Molekül hemen hemen düzlemsel olup, Z biçimleniminde ortaya çıkmaktadır. Bu ayrıca PM3 yarı deneysel yöntemiyle de doğrulanmış ve molekülün T(N1-C9-C10-C11) torsiyon açısının değişimine göre enerji dağılımı oluşturulmuştur. Kristal yapının C-H?O tipi moleküller arası, pi-pi ve C-O?pi zayıf etkileşimler ile kararlı durumda olduğu gözlenmiştir.Triklinik sistemde kristallenen oksalamid bileşiğinin uzay grubu P-1 `dir. Moleküler yapı 3428 yansıma kullanılarak direk yöntemlerle çözülmüştür. En küçük kareler ve fark fourier yöntemi kullanılarak 234 atomik parametrenin arıtılması sonucu R=0.041 değerine ulaşılmıştır. Asimetrik birim içinde oxalamid molkülünün yarısı bir çözücü dimetilformamid ile birlikte ortaya çıkmaktadır. Molekülün orta noktasında bir terslenme merkezi mevcuttur. C=O grupları C10-C10i bağına göre zıt yönelimde olup, molekül trans biçimlenimine sahiptir. Molekülün bisiklohepten kısmı kayık biçimlenimine sahiptir. Kristal yapı N-H?O ve C-H?O tipi moleküller arası etkileşimlerle kararlı haldedir.

Abstract:
Molecular and crystal structure of 4-(2-furylmethylene)-2-(4-methylphenyl)-5-oxazolone and N,N'-Bis-(3,5-dioxo-4-azatricyclo[5.2.1.02,6]dec-8-en-4-yl) oxalamide have been determined by single crystal X-ray diffraction study.The oxazolone compound which was crystallized in monoclinic crystal system and solved by direct methods with using a total of 950 reflections. Structure was refined by least-square and difference-Fourier methotds to a conventional R=0,048 for 204 parameters. The bond lenghts and angles of the oxazolone ring are comparable in the literature. The C atom between the furyl and oxazolone rings displays a distorted trigonal bonding geometry. The molecule is almost planar and adopts the Z configuration. Besides, this result proved by PM3 semi-empirical method and according as the selected torsion angle T(N1-C9-C10-C11) in the molecule, energy profile is calculated. The crystal structure stabilized C-H?O type intermolecular, pi-pi and C-O...pi weak interactions.The oxalamide compound which was crystallized in triclinic system is related to P-1 space group. The molecular structure was solved by direct methods with using a total of 3428 reflections. The structure was refined by least-square and difference-Fourier methotds to a conventional R=0.041 for 234 parameters. The half oxalamide molecule is in the asymmetric unit together with one dimethylformamide solvent molecule. The molecule has a inversion centre on the middle point of the molecule. The two C=O groups lie on opposite sides of the bond C10-C10i and the molecule adopts the trans conformation. The bicycloheptene ring adopts a boat conformation. The crystal structure stabilized by N-H?O and C-H?O type intermolecular interactions.