Nörotensin geninin 3' kodlama yapmayan bölgesindeki sekans varyantlarının şizofreni ile ilişkilerinin araştırılması
Investigation of the associations of sequence variants in the 3' untranslated region of the neurotensin gene with schizophrenia
Yazar: ESRA BOZTEPE
Danışman: DOÇ. DR. DİLEK PİRİM
Bursa Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Şizofreni = Schizophrenia

Özet:
Şizofreni (SCZ), dünya çapında nüfusun %1'ini etkileyen karmaşık nöropsikiyatrik bir bozukluktur. SCZ'nin etiyolojisi, çevresel ve genetik faktörlerin etkileşimi ile açıklanmaktadır. Genetik risk faktörlerinin SCZ oluşum riskinde önemli bir rol oynadığı bilinmektedir ve bu faktörlerin etkisi popülasyonlara özgü sekans varyantları nedeniyle farklılık gösterebilir. Çalışmamızda dopaminle ilgili patofizyolojik olaylarda rol oynadığı bilinen Nörotensin (NTS)'in 3' kodlama yapmayan (3'UTR) bölgesindeki sekans varyantları SCZ tanısı konmuş 50 hasta ve 50 sağlıklı bireyin dahil edildiği toplam 100 bireyde incelenmiştir. Genomik DNA izolasyonu için periferik kan örnekleri kullanılmıştır. NTS'nin 3'UTR'sinin sekanslanması Sanger sekanslama ile gerçekleştirilmiştir. Sekanslama verileri BioEdit ve DNAbaser uygulamaları kullanılarak analiz edilmiştir. Hardy-Weinberg dengesi ve genotiplerin alel frekansları Haploview programı ile değerlendirilmiştir. Tespit edilen varyantların genotip ve minör alel frekanslarının (MAF) dağılımı ve anlamlılığı SPSS yazılımı kullanılarak analiz edilmiştir. Toplam örneklemde iki bilinen sekans varyantı (rs11117072, rs139226362) tespit edilmiştir; bunlardan rs11117072-A minör alel frekansı 0,025 olup, A alelinin dağılımı hastalar (MAF=0,020) ve sağlıklı grup (MAF=0,030) arasında anlamlı bir farklılık göstermemiştir. rs139226362 ise bir indel (delGATT) olup vaka ve kontrol grupları arasında anlamlı MAF dağılımları gözlenmemiştir. Biyoinformatik analiz sonuçlarımıza göre genin 3'UTR'sinde bulunan iki varyantın gene miRNA bağlanma bölgesi kazandırarak veya kaybettirerek gen düzenlemelerinde rol oynayabilecek dizilerde yer aldığı bulunmuştur. Sonuç olarak bulgularımız bu varyantları SCZ ile ilişkilendirememiştir. Ancak ileride yapılacak daha geniş kohort çalışmalarında 3'UTR/NTS'nin SCZ üzerindeki işlevsel öneminin değerlendirilmesi gerektiğini göstermiştir.

Abstract:
Schizophrenia (SCZ) is a complex neuropsychiatric disorder affecting 1% of the population worldwide. Genetic risk factors are known to play an essential role in the risk of SCZ occurrence and their effect may be diverse in distinct populations due to population specific sequence variations. In our study, the sequence variants in the 3' untranslated region (3'UTR) of the Neurotensin (NTS) gene, which is known to play a role in dopamine-related pathophysiological events, were examined in 50 patients diagnosed with SCZ and 50 healthy individuals. The resequencing of the 3'UTRs of the NTS was performed by Sanger Sequencing. Hardy-Weinberg equilibrium and allele frequencies of the genotypes were assessed using the Haploview program. The distributions of the genotype and minor allele frequencies (MAF) of the variants were analyzed using SPSS software. We identified two sequence variants (rs11117072, rs139226362) in the total sample, of which the frequency of the rs11117072-A minor allele was 0.025, and the distribution of the A allele was not significantly different between patients (MAF=0.020) and controls (MAF=0.030). The rs139226362 was an indel (delGATT) and we did not observe significantly different MAF distributions between cases and controls. Notably, two variants were found to be residing in sequences that may have roles in gene regulations due to disrupting or creating miRNA binding sites. In conclusion, our findings could not confirm the association of these variants with SCZ, but further studies in larger cohorts are needed to evaluate the functional relevance of the 3'UTR/NTS in schizophrenia.