Türk populasyonunda psödoeksfoliasyonda LOXL1 polimorfizmlerinin ve APOE genotiplerinin araştırılması
LOXL1 polymorphisms and APOE genotypes in pseudoexfoliation syndrome and pseudoexfoliation glaucoma in Turkish population
Yazar: FULYA YAYLACIOĞLU TUNCAY
Danışman: PROF. DR. BERATİ HASANREİSOĞLU
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Genetik = Genetics ; Göz Hastalıkları = Eye Diseases
Dizin: Apolipoproteinler E = Apolipoproteins E ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Glokom = Glaucoma ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Psödoeksfoliasyon sendromu = Pseudoexfoliation syndrome ; Türk toplumu = Turkish society

Özet:
Psödoeksfoliasyon sendromu (PES) açık açılı glokomun tespit edilebilen 
en sık nedenidir. Lysyl-oxidase like 1 (LOXL1) geninde yer alan üç sekans 
varyantının (rs2165241, rs3825942, rs1048661) farklı populasyonlarda 
psödoeksfoliasyon sendromu ve psödoeksfoliasyon glokomu (PEG) ile ilişkisi 
saptanmıştır. ApolipoproteinE (APOE) genotipleri ile PES ve PEG arasında ilişki 
Türk populasyonunda yapılan bir çalışmada saptanmış ancak diğer 
populasyonlarda yapılan çalışmalarda bu ilişki gösterilememiştir. Bu çalışmada 
biz Türk populasyonunda LOXL1 geninde yer alan tek nükleotid 
polimorfizmlerinin (SNP) ve APOE genotiplerinin PES ve PEG ile ilişkili olup 
olmadığını araştırmayı amaçladık. 
Bu çalışmada vaka grubunda birbirleri ile akrabalık ilişkisi bulunmayan 40 
PEG hastası ve 40 glokom saptanmayan PES hastası yer aldı. Kontrol grubunda 
ise akrabalık ilişkisi bulunmayan 80 sağlıklı gönüllü yer aldı. LOXL1 geninde yer 
alan SNP?lerin (rs1048661, rs3825942 ve rs2165241) ve APOE?nin 
genotiplendirmesi restriksiyon fragment uzunluk polimorfizmi (RFLP) yöntemi 
kullanılarak tespit edildi. Verilerin analizi SPSS (Statistical Package for Social 
Science) 11.5 paket programında yapıldı. 
İntronik SNP olan rs2165241 ve ekzonik SNP?lerden biri olan rs3825942? 
nin allel ve genotip frekanslarının PES ve PEG ile istatistiksel olarak anlamlı ilişkisi olduğu görüldü. Rs2165241?in T alleli (OR [95%CI]:6.83 [4.2-11.2]) ve 
rs3825942?nin G alleli (OR [95%CI]: 13.6 [4.1-45.4]) PES için risk alelleri olarak 
saptandı. Diğer bir ekzonik SNP olan rs1048661?ün bizim çalışma 
populasyonumuzda PES ya da PEG ile ilişkisi saptanmadı (p: 0.623). Haplotip 
analizinde T-G-T ve G-G-T (rs104-rs382-rs216) riskli haplotipler olarak saptandı 
(OR [95%CI]:10.6 [2.4-46.5]) and OR [95%CI]:4.1 [2.6-6.6]). Glokom 
saptanmaya PES hastaları ile PEG grubu arasında LOXL1 SNP?lerinin alel ve 
genotip frekansları açısından istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmadı 
(p>0.05). 
Türk populasyonunda LOXL1 geninde yer alan intronik SNP rs2165241 
ve ekzonik SNP rs3825942 PES hastalığı ile anlamlı olarak ilişkilidir. Risk allel 
ve genotipleri Avrupa ve Amerika?da yapılan çalışmalarla benzerdir ancak Asya 
ülkelerinde yapılan çalışmalardakilerden farklıdır. Daha önce Türkiye?de yapılmış 
olan çalışmanın aksine APO-E genotipleri ve PES arasında anlamlı ilişki 
saptanmamıştır.

Abstract:
Pseudoexfoliation syndrome (XFS) is the most common identifiable cause 
of open-angle glaucoma worldwide. Three common sequence variants in the 
lysyl-oxidase like 1 gene (LOXL1) were found to be associated with 
pseudoexfoliation glaucoma (XFG) and XFS in various populations. 
Apolipoprotein E (APOE) genotypes were found to be associated with XFS in 
Turkish population in a previous study but these results were not repeated in other 
populations. In this study we investigate whether single nucleotide 
polymorphisms (SNPs) in the LOXL1 gene and genotypes of APOE gene are 
associated with XFS and XFG in the Turkish population. 
This case-control study comprised of 80 unrelated patients withXFS 
(including 40 patients with XFG) and 80 control subjects. Genotyping of LOXL1 
SNPs (rs1048661, rs3825942 and rs2165241) and APOE was done by restriction 
fragment length polymorphism (RFLP) method. Statistical analysis was done by 
SPSS 11.5 (Statistical Package for Social Science) 
Allele and genotype frequencies of the intronic SNP rs2165241 and one of 
the exonic SNP rs3825942 were found to be significantly associated with XFS 
and XFG individually. The T allele of rs2165241 (OR [95%CI]:6.83 [4.2-11.2]) 
and the G of rs3825942 (OR [95%CI]: 13.6 [4.1-45.4]) were risk alleles for XFS. 
But after adjusting for rs3825942, rs2165241 no longer remained significant 
(p:0.081). The other exonic SNP rs1048661 were not found to associated with XFS in our study population (p: 0.623). In the haplotype analysis T-G-T and G-G-
T were found to be risk haplotypes (OR [95%CI]: 10.6 [2.4-46.5]) and OR 
[95%CI]:4.1 [2.6-6.6] respectively). No significant differences of allelic and 
genotypic frequencies of LOXL1 SNPs were found between patients with XFS 
without glaucoma and XFG. We found no significant association between allele 
and genotype frequencies of APOE and XFS and XFG (p>0.05). 
The intronic SNP rs2165241 and out of the two non-synonymous SNPs in 
exon 1 of the LOXL1 gene; rs3825942 have a significant association with XFS 
cases in Turkish population. The risk alleles and genotypes have a similar pattern 
with Caucasian and not with the Asians. In contrast with the previous study in 
Turkish population our data showed that APOE genotypes are not associated with 
XFS and XFG in Turkish population.