TLR2, TLR4 ve TLR9 polimorfizmlerinin iye enfeksiyonlarının tip ve virülansı ile moleküler ilişkisi
Molecular association of TLR2, TLR4 TLR9 polymorphisms with type and virulence of uti infections
Yazar: SAMEER ABDULRAZZAQ ALI ALI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FİLİZ SARIKAYA PEKACAR
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections

Özet:
İdrar yolu enfeksiyonuna neden olan bakterilerin antibiyotik direnci günden güne artmaktadır. Özellikle idrar yolları enfeksiyonun tedavisinde antibiyotik kullanımı hususunda dikkatli olunması gerekmektedir. Bu çalışma, Irak'ın Ramadi şehrinde yürütülmüştür. İdrar Yolu Enfeksiyon'lu hastalardan 95 idrar örneği toplanmıştır. Bu örneklerden bakteriler izole edilerek teşhisleriyapılmıştır. E. coli en sık tanımlanan Gram negatif bakteri olarak tespit edilmiştir. Bunu sırasıyla; Klebsiella sp., Proteus sp. ve Gram pozitif bakterilerden Staphylococcus sp., Streptococcus sp. takip etmiştir. Daha sonra İYE olan hastalardan alınan kan örneklerinden DNA izolasyonu yapılmıştır. RS121917864, RS4986790 ve RS352140 SNP'lerin genotipini belirlemek için TETRA ARMS-PCR tekniği kullanılmıştır. İstatistiksel analiz sonuçları değerlendirildiğinde, RS4986790'nın hasta örneklerinde GG genotip sıklığını %28, kontrol örneklerinde %2 olarak tespit edilmiştir. RS352140'nın, hasta örneklerinde GG genotip sıklığı %28, AA genotip sıklığı ise %4 olarak bulunmuştur. Elde ettiğimiz sonuçlar, yabanıl genotipin tüm SNP'lerde idrar yolu enfeksiyonuna en sık rastlanan genotip olduğunu göstermiştir. Bunlara ek olarak homozigot genotip Gram-negatif bakterilerde, Rs121917864, Rs4986790 ve Rs352140'ta en az sıklıkta görülmüştür. Gram pozitif bakterilerde ise en yüksek enfeksiyon Rs121917864, Rs4986790 homozigot genotiplerinde ve Rs352140 yabanıl genotipinde tespit edilmiştir. Ayrıca, en düşük enfeksiyon oranları ise Rs121917864 ve mutasyona uğramış Rs121917864 ve Rs4986790 genotiplerinde bulunmuştur.

Abstract:
Antibiotic resistance of bacteria causing urinary tract infection is increasing day by day. Particular attention should be paid to the use of antibiotics in the treatment of urinary tract infections. This study was conducted in Ramadi, Iraq. 95 urine samples were collected from patients with UTI. Bacteria were isolated and identified from these samples. E. coli has been identified as the most frequently identified Gram-negative bacteria. This in order; Klebsiella sp., Proteus sp. and Gram-positive bacteria Staphylococcus sp., Streptococcus sp. has followed.. Then, DNA isolation was made from blood samples taken from patients with UTI. TETRA ARMS-PCR technique was used to determine the genotype of RS121917864, RS4986790 and RS352140 SNPs. When the statistical analysis results were evaluated, the frequency of GG genotyping in patient samples of RS4986790 was determined as 28% and 2% in control samples. The frequency of GG genotyping in patient samples of RS352140 was 28%, and the frequency of AA genotyping was 4%. Our results showed that the wild genotype was the most common genotype for urinary tract infection in all SNPs. In addition, the homozygous genotype was seen least frequently in Gram-negative bacteria, Rs121917864, Rs4986790 and Rs352140. In Gram-positive bacteria, the highest infection was detected in Rs121917864, Rs4986790 homozygous genotypes and Rs352140 wild genotypes. In addition, the lowest infection rates were found in Rs121917864 and mutated Rs121917864 and Rs4986790 genotypes.