Van gölü prokaryotik çeşitliliğinin araştırılması
Investigation of prokaryotic diversity van lake
Yazar: NİLGÜN KAVAK
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU
Anadolu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada, Van Gölü?nün prokaryotik çeşitliliği araştırılmıştır. Van Gölü?nden Merkez, Tatvan, Ahlat ve Edremit kıyılarından örnekler alınmıştır. İzolasyon %2, %3, %5, %10 ve %12 MGM, Alkalin Nutrient Agar, Horikoshi I ve II besiyerleri, Nişasta Kazein Agar, Aktinomiset İzolasyon Agar ve Gliserol Yeast Extract Agar besiyerlerinde gerçekleştirilmiştir. Besi ortamlarından elde edilen saf kolonilerden 16S rRNA genine spesifik PCR yapılmış ve 16S PCR ürünlerine amplifiye ribozomal DNA restriksiyon analizi (ARDRA) uygulanmıştır PCR ürünlerinin saflaştırılması ile nükleotid dizisi belirlenmiştir. Farklı örnekleme bölgelerine ait toplam 124 izolattan 40 farklı strain dizilenmiştir. 16S rRNA gen dizileri NCBI?da BLAST programı kullanılarak referans diziler ile karşılaştırılmıştır. BLAST sonuçlarına göre, Van Gölü?nden baskın olarak Bacteria domainine ait Halomonas, Alkalimonas, Marinobacter, Vibrio, Rhodococcus belirlenmiştir.
Kültür bağımsız yöntemlerden denatüre edici gradient jel elektroforezi (DGGE) ve Floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemleri de populasyon dinamiklerini çalışmak için uygulanmıştır. DGGE yönteminden elde edilen dizi analiz sonuçlarına göre Bacteria domainine ait Citrobacter sp. belirlenmiştir. Floresan in situ hibridizasyon (FISH) uygulanmıştır. FISH sonuçları ile  örneklerde Bacteria üyesi mikroorganizmaların dominant olarak belirlenmiştir ve bazı örneklerde sadece bakteriyel floresan ışıma alınmıştır. Van Gölü?nün prokaryotik çeşitliliği karakterize edilmiştir ve bazı strainlerin varlığı Türkiye?de ilk kez gösterilmiştir. Ayrıca alkalifillerle ilgili kapsamlı bir çalışma ülkemizde ilk kez gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
In this study, prokaryotic diversity of Van Lake was investigated. Samples were taken from central, Tatvan, Ahlat and Edremit coasts from Van Lake.  Isolation was performed on %2 MGM, %3 MGM, %5 MGM, %10 MGM, %12 MGM, Alkaline Nurient Agar, Horikoshi I and II Medium, Starch-Casein Agar, Actinomycetes Isolation Agar and Glycerol Yeast Extract Agar. 16S PCR was carried out for pure to colonies on media and amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) was applied the 16S PCR products. The nucleotid sequences of the purificated PCR products were sequenced and 40 different strains in 124 isolates for Van Lake were identified.16S rRNA gene sequences were compared with reference sequences at NCBI using BLAST. According to the BLAST results, Halomonas, Alkalimonas, Marinobacter, Vibrio, Rhodococcus in Bacteria domain were identified as dominant species.
Denaturating gradient gel electrophoresis (DGGE) was performed for studying population dynamics. As result of this gel in sequence analysis Citrobacter sp. was identified. Flourocens in situ hybridization (FISH) was used for water samples. The community was dominated by Bacteria and some water samples showed positive results only with bacterial fluorescent hybridization probes. Prokaryotic diversity of Van Lake was characterized and existence of some strains were showed in Turkey. In addition detailed study about alkaliphiles was showed first time in our country.