Pankreas kanseri hücre hattında nanopartikülkullanılarak siRNA aracılı gen susturulması
siRNA mediated gene silencingthe in the pancreatic cancer cell line using nanoparticles
Yazar: BÜŞRA KÜÇÜKEKMEKCİ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMA AZİZE BUDAK YILDIRAN
Kırıkkale Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA

Özet:
Günümüzde kanser, ölüm nedenleri arasında ikinci sırada yer almaktadır. Dünya
Sağlık Örgütü‟nün (WHO) verilerine göre kanser kaynaklı ölümlerin, 2018'de 9,6
milyon kişi olduğu bildirilmektedir. Yeni dünya kanser istatistikleri ise kanser
kökenli ölümlerin ilerleyen dönemlerde ilk sırada yer alacağı öngörmektedir.
Ülkemizde kanser, % 19,7 oran ile ölüm nedenleri arasında yine ikinci sırada yer
almaktadır. Bu oranın % 6‟lık kısmını ise pankreas kanseri oluşturmaktadır.
Pankreas kanseri belirti vermeden ilerleyen kanser türleri arasındadır. Pankreas
kanserinin tanısındaki güçlükler ve hücrelerin agresif niteliğinin tedavi sürecini
olumsuz yönde etkilemesi en önemli nedenleri arasındadır. Günümüzde bu hastalıkla
mücadelede birçok farklı tanı ve tedavi yöntemi uygulanmaktadır ancak bunların
normal hücreleri de etkilemesinden dolayı yan etkileri oldukça fazladır. Son
zamanlarda tedavi sürecindeki bu olumsuz etkilerin en aza indirgenebilmesi için
hedef bölge odaklı yöntemlere yönelik geliştirilme çalışmaları sürdürülmektedir. Bu
yöntemlerden gen terapi, ise tedavide ilerleyen süreç açısından umut vericidir.
Gen terapi yönteminde RNA interferans (RNAi) molekülleri büyük önem
taşımaktadır. RNAi moleküllerden bir tanesi küçük kodlanmayan RNA (small 
ii
interfering RNA; siRNA)‟dır. siRNA parçalarının, hedef gene çeşitli mekanizmalarla
iletimi ile hedef genlerde iyileştirme, susturma ya da işlev kazandırma gibi birçok
terapi yöntemi uygulanmaktadır. Ancak bu çalışmalarda, bazı zorluklar ile
karşılaşılmaktadır. Karşılaşılan en büyük zorluk, DNA moleküllerinin hedef
hücrelere verimli şekilde ulaştırılamamasıdır. Son zamanlarda bu verimi arttırmak
için farklı moleküller kullanılmaktadır. Bunlardan nanopartiküller; görüntüleme
sistemlerinden, kontrollü ilaç salımına, gen susturmadan, gen aktarımına kadar
birçok alanda yerini almaya başlamıştır.
Bu çalışmada pankreas kanserinin oluşum ve gelişiminde önemli rol oynayan K-RAS
geninin, CAPAN-1 hücre hattında siRNA ve altın nanopartikül kullanılarak
susturulması amaçlandı. Elde edilen verilere göre kRAS siRNA‟nın CAPAN-1
hücresindeki hasarlı kRAS geninin ekspresyonunu azalttığı gözlendi. Bu konuda
daha fazla bilgi birikimine gereksinim olmasına karşın altın nanopartikül siRNA
kompleksinin hedef genin susturulmasında etkili bir şekilde kullanılabileceği
düşünülmektedir

Abstract:
Today, cancer is the second leading cause of death. According to World Health
Organization (WHO) data, cancer-related deaths are reported to be 9.6 million people
in 2018. On the other hand, the new world cancer statistics predict that cancer-related
deaths will take first place in the future. In Turkey, cancer is the second leading
cause of death with a rate of 19.7%. 6% of this rate is pancreatic cancer.
Pancreatic cancer is one of the types of cancer that develops without symptoms.
Difficulties in the diagnosis of pancreatic cancer and the aggressive nature of the
cells adversely affect the treatment process are among the most important reasons.
Many different diagnostic and treatment methods are being used in the fight against
this disease, however, these side effects are quite high as they affect normal cells. In
order to minimize these negative effects in the treatment process, efforts are being
made to develop target-oriented methods. Gene therapy is one of the promising
methods in terms of progress in the treatment.
RNA interference (RNAi) molecules are of great importance in gene therapy. One of
the RNAi molecules is small interfering RNA (siRNA). Several methods of therapy
are employed, such as the transmission of siRNA fragments to the target gene by
various mechanisms, such as amelioration, silencing or functionalization of the target
genes. However, some difficulties are encountered in these studies. The biggest 
iv
challenge is the inability to efficiently deliver DNA molecules to target cells.
Recently, different molecules have been used to increase this yield. Nanoparticles;
imaging systems, controlled drug release, gene silencing, gene transfer has started to
take place in many areas.
In this study, it was aimed to silence the K-RAS gene which plays an important role
in the formation and development of pancreatic cancer by using siRNA and gold
nanoparticle in CAPAN-1 cell line. It was observed that kRAS siRNA decreased
expression of damaged kRAS gene in CAPAN-1 cell. Although more information is
needed on this subject, it is thought that gold nanoparticle siRNA complex can be
used effectively in silencing the target gene.