hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Bazı ayçiçeği çeşit ve hatlarının ayçiçeği mildiyösüne (Plasmopara halstedii (Farl.) Berl. & De Toni.) reaksiyonlarının belirlenmesi
The determination of reactions of some sunflower varieties and lines to downy mildew (Plasmopara halstedii (Farl.) Berl. & De Toni.) of sunflower
Yazar: FİKRİYE CANDAN AKATLAR
Danışman: PROF. DR. NECİP TOSUN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu tez çalışmasında PR64G46, Sanbro MR ayçiçeği çeşitleri ve HA-460 hattının ayçiçeği mildiyösü (Plasmopara halstedii)'nin 703 ve 710 no'lu ırklarına karşı dayanıklılığının tüm, mildiyö ırklarına hassas (duyarlı) HA-89 hattı ile karşılaştırılarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmalar, Ege Üniversitesi'nde kontrollü koşullarda gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla çalışmada Tohumluk Tescil ve Sertifikasyon Merkezi Müdürlüğü ve Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü'nden tarafından gönderilen, dayanıklı olduğu bilinen, PR64G46, Sanbro MR ayçiçeği çeşitleri ve HA-460 hattı kullanılmıştır. Çalışmada kullanılacak referans mildiyö ırkları Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü'nden temin edilmiştir. Çalışmada hastalık şiddeti değerlendirmesi, Viranyi ve Bartha'nın geliştirdiği hastalık şiddeti değerlendirme skalasına göre yapılmıştır. Uygulanan yapay inokulasyon testlerinden sonra, hastalık şiddeti teker teker skalaya göre hesaplanmıştır. HA-89 hattı 703 no'lu mildiyö ırkına % 47,57 ve 710 no'lu mildiyö ırkına % 51,06 oranında duyarlı bulunmuştur. HA-460 hattı 703 no'lu mildiyö ırkına % 73,06 ve 710 no'lu mildiyö ırkına % 78,02 oranında çok dayanıklı bulunurken, PR64G46 çeşidi 703 no'lu mildiyö ırkına % 92,15 ve 710 no'lu mildiyö ise, ırkına % 88,35 oranında çok dayanıklı saptanmıştır. Sanbro MR çeşidi 703 no'lu mildiyö ırkına % 98,04 oranında ve 710 no'lu mildiyö ırkına ise % 92,15 oranında çok dayanıklı bulunmuştur.

Abstract:
The aims of this thesis were that confirmation of resistance durability of PR64G46, Sanbro MR sunflower varieties and HA-460 line against the 703 and 710 races of downy mildew of sunflower compared to that of HA-89 line that was sensitive to all the downy mildew races of sunflower. This study was conducted under controlled conditions at Ege University. PR64G46, Sanbro MR sunflower varieties and HA-460 line sent by the Directorate of Seed Registration and Certification Center and Directorate of Trakya Agricultural Research Institute were used. After artificially inoculation tests, disease severities was calculated according to the scale, individually.  HA-89 line was determined as sensitive to race of downy mildew of 703 and 710 with 47,57% and 51,06%, respectively. HA-460 line was calculated as high resistant to race of downy mildew of 703 with 73,06% while it was high resistant to race of downy mildew of 710 with 78,02%. PR64G46 variety was confirmed as high resistant to the races of downy mildew of 703 and 710 with 92,15% and 88,35%, respectively. Sanbro MR variety was also found as high resistant to the races of downy mildew of 703 and 710 with 98,04% and 92,15%, respectively.
Sıvı kurutuculu iklimlendirme sistemi teorik analizi ve deneysel incelenmesi
Theoretical analysis and experimental investigation of a liquid dessicant air conditioning system
Yazar: OĞUZ EMRAH TURGUT
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA TURHAN ÇOBAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Enerji = Energy ; Makine Mühendisliği = Mechanical Engineering ; Mühendislik Bilimleri = Engineering Sciences

Özet:
Bu tezde içten soğutmalı ve adyabatik sıvı kurutuculu iklimlendirme
sistemlerinin performansı üzerine deneysel ve sayısal çalımalar yapılmıştır. Bu
iki sistemin çalıma prensipleri incelenmiş ve optimum iklimlendirme şartları
tespit edilmeye çalışılmıtır.Sıvı kurutuculu iklimlendirme sistemleri basit olarak kurutucu, rejeneratör ve yardımcı ısı değiştiriciden oluşmaktadır. Kurutucuya giren nemli havadaki su
buharı, sıvı kurutucu vasıtasıyla emilir ve seyreltik hale gelir. Konsantrasyonu
azalmış sıvı kurutucu çözeltisinin, rejeneratörde akan sıcak su vasıtasıyla
derişikliği arttırılır ve kurutucuya, etkin bir şekilde tekrar kullanılmak üzere geri
gönderilir. Sıvı kurutucunun yaratmış olduğu korozyon problemini çözmek için
kurutucu içindeki plaka duvarları epoksi ile kaplanmıştır. Deneyler sonucunda
epoksi kaplamanın plaka duvarlarını sıvı kurutucunun korozif etkisinden
koruduğu görülmüştür. Karşılaştırmalar sonucunda içten soğutmalı sistemlerin
adyabatik sistemlere göre daha etkin ve verimli olduğu performans indekslerine
bakılarak görülmüştür.

Abstract:
In this thesis, experimental and numerical studies have been performed
on the performance of liquid desiccant internally cooled and adiabatic air
conditioning systems. Working principles of these two systems have been
investigated and it is endevaoured to obtain the optimum air conditioning
conditions for these systems.Liquid desiccant air conditioning systems basically consist of a
dehumidifier, a regenerator and an auxiliary heat exchanger. Inherent water
vapor in the moist air passing through the demudifier is absorbed by the liquid
desiccant and becomes diluted. The liquid dessicant which is less concantrated
becomes concentrated by means of hot water flowing through the tubed in the
regenerator and sent back to the dehumidifier for an effetive reutilization.
In order to overcome the corrosion problem occured by the liquid
dessicant, plate walls in the dehumidifier are coated with an epoxy. After
experimental studies, it is observed that epoxy coatings covering the plate
walls protect the dehumifier from the jeopardizing corrosive effect of the liquid
desiccant. And also, it is seen that internally cooled dehumidifiers are more
effective and efficient than that of adiabatic ones in terms of performance
indexes obtained from the numerical and experimental studies.
Dubleks paslanmaz çelik boruların orbital gtaw kaynağında, kaynak parametrelerinin kaynaklı birleştirmenin dayanım, mikroyapı ve korozyon özellikleri üzerine etkisi
The effet of welding parameters on mechanical, microstructure and corrosion properities with gtaw welded duplex stainless steel pipe
Yazar: UMUT SÖNMEZ
Danışman: PROF. DR. VURAL CEYHUN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Makine Mühendisliği = Mechanical Engineering

Özet:
Bu çalışmada özellikle kimya, petrol ve doğalgaz, gemi inşa, ilaç ve gıda sanayii gibi alanlarda yaygın olarak kullanılmaya başlanan dubleks paslanmaz çelik boruların orbital GTAW(Gas Tungsten Arc Welding) kaynağı konusu çalışılmıştır. 150 mm uzunluğunda, 1 mm et kalınlığı ve 25 mm çapındaki dubleks paslanmaz çelik borular (UNS 31803 ve EN 1.4462 ile tanımlı) üç farklı kaynak parametresi kullanılarak saf argon koruyucu/kök koruyucu gaz ortamı altında alın alına kaynak edilmiştir. Kaynak edilen numunelerin çekme, sertlik ile taneler arası korozyon testi (EN ISO 3651-1), oyuk korozyon testleri (ASTM G48-11), SEM-EDX analizleri ve mikroyapı incelemeleri yapılmıştır. Çekme testleri sonucunda tüm numuneler IEB' den kırılmıştır. Sertlik dağılımlarından önemli değişimler görülmemiştir. C2N, intermetalik fazlar ve karbür oluşumlarına rastlanılmamıştır. Tüm kaynaklı numuneler taneler arası korozyon ve oyuk korozyon için yeterli dayanımı sağlamıştır.

Abstract:
In this study, especially the chemical, oil and gas, shipbuilding, medicine, food industry, being used in areas such as common orbital GTAW welding of duplex stainless steel pipes subject studied. 150 mm long, 1 mm thickness and 25 mm sized duplex stainless steel pipe specimens (defined by UNS 31803 and EN 1.4462) with three different welding parameters pure argon as shielding gas  were butt-welded. Examining the samples, intergranular and pitting corrosion tests (EN ISO 3651-1, ASTM G48-11), hardness test, tensile test, SEM-EDX analysis and microstructure analysis were performed. All specimens were failed in HAZ. All samples exhibit similar hardness profiles. C₂N precipitates, intermetallic phases and carbide formation were not found. All welded specimens performed good intergranular and pitting corrosion properties.
Saanen ırkı keçilerde alfa-laktalbumin ve büyüme hormon gen polimorfizminin incelenmesi
Investigation of alpha-lactalbumin and growth hormone gene polymorphism in Saanen goats
Yazar: MERVE GÜLLÜCE
Danışman: PROF. DR. GÜLDEHEN BİLGEN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Genetik = Genetics ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Çiftlik hayvanları = Farm animals

Özet:
Bu çalışmada Saanen ırkı keçilerde LALBA (alfa-laktalbumin) ve GH (büyüme hormonu) gen polimorfizminin incelenmesi amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümü Küçükbaş Hayvan Araştırma ve Uygulama Biriminde yetiştirilen Saanen ırkı keçilerden toplam 72 baş hayvan, materyal olarak kullanılmıştır. 
LALBA geni üçüncü ekzon ile GH geni ikinci, üçüncü ekzon bölgelerindeki polimorfizmler, PCR-RFLP yöntemiyle sırasıyla MvaI ve HaeIII restriksiyon enzimleri kullanılarak incelenmiştir. LALBA/MvaI lokusunda A1A1 (128 bç, 140 bç) genotipi, GH/HaeIII lokusunda ise AA (366 bç, 56 bç) ve AB (422 bç, 366 bç ve 56 bç) genotipleri belirlenmiştir. 
LALBA/MvaI lokusu monomorfik bulunmuştur. GH/HaeIII lokusu bakımından GH-A ile GH-B olmak üzere iki farklı allel belirlenmiştir. Popülasyonda, GH-A allel frekansı 0.77 ile GH-B alleline göre yüksek bulunmuştur. Ele alınan popülasyonun GH lokusu bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olmadığı tespit edilmiştir.
Anahtar sözcükler: Keçi, Saanen, GH, LALBA, polimorfizm, PCR-RFLP, MvaI, HaeIII.

Abstract:
The aim of this study was to determine LALBA (alpha-lactalbumin) and GH (growth hormone) gene polymorphism in Saanen goat breed. Total of 72 head Saanen goats reared in Ege University, Faculty of Agriculture, Department of Animal Science, Small Ruminant Research and Application Unit were used as animal material. 
The polymorphisms at third exon region of LALBA gene and second, third exon region of GH gene were analyzed by using PCR-RFLP method with MvaI and HaeIII restriction enzymes, respectively. In the LALBA/MvaI locus; A1A1 (128 bp, 140 bp) genotype and in the GH/HaeIII locus; AA (366 bp, 56 bp) and AB (422 bp, 366 bp, 56 bp) genotypes were found.
LALBA/MvaI locus was found monomorphic. Two different alleles were identified as GH-A and GH-B at GH/HaeIII locus. GH-A allele frequency was observed higher than the GH-B allele as 0.77. The population exhibited significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium in GH locus.
Keywords: Goat, Saanen, GH, LALBA, polymorphism, PCR-RFLP, MvaI, HaeIII.
Grafen oksit/TiO2 nanokompozitlerinin sentezi ve temsili, doğrudan ve yoğunlaştırılmış gün ışığı altında, fotokatalitik aktivitelerinin tespiti
Synthesis of Graphene oxide-TiO2 nanocomposites and determination of their photocatalytic activities under simulated, direct and concentreated sun light
Yazar: GAMZE BELKIS ÇAYCİ
Danışman: PROF. DR. CANAN VARLIKLI
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Güneş Enerjisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Enerji = Energy

Özet:
Grafen oksit (GO), grafit tozlarından modifiyeHummers yöntemi ile azot katkılı titanyum dioksit (N-TiO2) ve katkılanmamış titanyum dioksit (TiO2) ise sol-gel yöntemi ile sentezlenmiştir. GO ve NTiO2 ile TiO2 maddeleri arasında kompozit oluşumu düşük sıcaklık hidrotermal yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Sentezlenen malzemelerinin karakterizasyonu X-ışınımı kırınımı yöntemi, X-ışınıfotoelektron spektroskopisi, fourier dönüşümlü kızıl ötesi spektroskopisi, UV-Visdifuzreflektans spektroskopisi ve BET analizi teknikleri kullanılarak yapılmıştır.
GO, TiO2, N-TiO2, GO-TiO2 ve GO:N-TiO2 katalizörleri ile Rhodamine B boyasının degradasyonu çalışmaları ksenon lamba, doğrudan ve yoğunlaştırılmış güneş ışığı altında gerçekleştirilmiştir. Yoğunlaştırılmış güneş ışığı şiddeti, doğrudan ve yapay ışık kaynaklarının şiddetlerine göre sırasıyla, 10 ve 390 katyüksektir. İncelenen fotokatalizörler içinde GO:N-TiO2, uyarım kaynağından bağımsız olarak daha iyi fotokatalitik aktivite göstermiştir. Bu durum, TiO2'nin azot ile katkılanması ve GO ile kompozit oluşumu sonrası oluşan Ti-O-C bağının etkisiyle soğurma bölgesinin görünür alana kaymasına bağlanmıştır.

Abstract:
GO was prepared from graphite powder by the modified Hummers method and nitrogen doped titanium dioxide and non-doped titanium dioxide nanoparticles were synthesized by sol-gel method. GO:N-TiO2 and GO-TiO2 nanocomposites were synthesized through low temperature hydrotermal process. Characterization of the synthesized samples were done by X-ray diffraction, X-ray photoelectron spectroscopy, Fourier transform infrared spectroscopy, UV-Vis diffuse reflectance spectroscopy and BET analysis techniques.
Photodegradation of Rhodamine B dye was tested with GO, TiO2, N-TiO2, GO-TiO2 and GO:N-TiO2 catalysts under simulated sun light, i.e Xe-lamp, direct and concentrated sun light. Intensity of concentrated sun light was ~10 and ~390 folds of direct and simulated sun light, respectively. Although the degradation rate constants have differed, GO:N-TiO2 nanocomposites exhibited the highest photocatalytic activity. This situation is attributed to the red shift observed in absorption region after nitrogen doping and to the formation of Ti-O-C bond in GO, TiO2 composite.
Probiyotik yoğurt üretiminde ayva tozu kullanımının ürünün mikrobiyolojik ve tekstürel özelliklerine etkisi
Influence of quince powder on microbiological and textural characteristics of  probiotic yogurt
Yazar: ŞENAY BURAK ÇİNAR
Danışman: PROF. DR. AYŞE SİBEL AKALIN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Süt Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Beslenme ve Diyetetik = Nutrition and Dietetics ; Gıda Mühendisliği = Food Engineering ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada, farklı oranlarda (%0, %0,5, %1 ve %1,5) ayva tozunun ilavesiyle üretilen ve Bifidobacterium lactis Bb12 içeren 4 çeşit probiyotik yoğurdun mikrobiyolojik, tekstürel ve duyusal özellikleri 28 gün depolama süresince araştırılmıştır. 
Farklı oranlarda ayva tozu içeren probiyotik yoğurtlarda, yoğurt bakterileri ve B.lactis sayılarının yükseldiği belirlenmiştir (p˂0.05). Probiyotik yoğurt üretiminde ayva tozu kullanımı  viskozite ve su tutmanın artmasına,  sertliğin azalmasına neden olmuştur (p<0.05). Duyusal özellikler yönünden kıvam, lezzet ve kokuda depolamanın ilk haftasından sonra örnekler arasında önemli bir fark bulunmamıştır

Abstract:
In this study, microbiological, textural and sensory characteristics of probiotic yoghurts manufactured by the addition of Bifidobacterium lactis Bb12 and quince powder ( in rates of 0 %, 0.5 % , 1.0 % and 1.5 %) were investigated in the storage period of 28 d.
The viable counts of B. lactis and yoghurt starter bacteria increased in yoghurts containing quince powder at different rates (p˂0.05). Addition of quince powder in yoghurt production caused an increase in viscosity and water holding capacity,  but a decrease in firmness (p˂0.05). 
In terms of sensory characteristics, a significant difference on consistency, flavor and smell did not determined among yoghurt samples after the first week of storage.
Ejektörlü soğutma çevrimine sahip ev tipi bir buzdolabının tasarımı ve üretimi
Designing and manufacturing of a domestic refrigerator which has an ejector refrigeration cycle
Yazar: HAMZA TAŞ
Danışman: PROF. DR. AYDOĞAN ÖZDAMAR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Makine Mühendisliği = Mechanical Engineering
Dizin: Jetli soğutma sistemleri = Ejector refrigeration systems

Özet:
Bu tezde, ejektörlü soğutma çevrimine sahip ev tipi bir buzdolabının tasarımı ve üretimi üzerine teorik ve deneysel çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, ilk aşamada iki fazlı ejektörün termodinamik incelemesi gerçekleştirilmiş ve elde edilen sonuçlar ile birincil lülesi yakınsak tipte ve birincil lülesi yakınsak-ıraksak tipte olan iki ejektör geometrisi oluşturulmuştur. Bu iki ejektör geometrisi için yapılan testlerde, birincil lülesi yakınsak tipte olan ejektörden emişin olduğu, birincil lülesi yakınsak-ıraksak tipte olan ejektörde ise emişin olmadığı görülmüştür. Bunun üzerine bundan sonraki çalışmalar birincil lülesi yakınsak tipte olan ejektör üzerinde yoğunlaşmış ve bu amaçla birincil lülesi yakınsak tipte olan 6 farklı ejektör geometrisi üretilmiştir.

Birincil lülesi yakınsak tipte olan ejektörler için yapılan testler sonucunda, çok az miktarda da olsa hemen hemen tüm ejektörlerde emiş olduğu, buna karşın kabin içerisinde istenilen düzeylerde soğuma etkisine ulaşılamadığı görülmüştür.

Abstract:
In this thesis, a theoretical and experimental studies on designing and manufacturing of a domestic refrigerator which has an ejector refrigeration cycle have been carried out. For this purpose, in the first step, thermodynamic evaluation of a two-phase ejector has been done and with the results obtained two ejector geometries that one has convergent type primary nozzle and the other has convergent-divergent type primary nozzle have been formed. In the tests which were carried out for these two ejectors, it has been seen that suction happened for ejector which has a convergent type primary nozzle but suction didn't happened for ejector which has a convergent-divergent type primary nozzle. So, next studies has focused on the ejector which has a convergent type primary nozzle and for this purpose 6 ejectors which has a convergent type primary nozzle has produced.

As a results of test for ejectors which has a convergent type primary nozzle, it has been seen that even if just a bit suction has observed for almost all ejectors, but not reached desired level cooling effect in the cabin.
Termik santrallerin çevresindeki radyoelementlerin atmosferik dispersiyonunun modellenmesi
Modeling of atmospheric dispersion of radioelements around the thermal power plants
Yazar: EFEM BİLGİÇ
Danışman: PROF. DR. ŞULE AYTAŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Nükleer Bilimler Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering ; Çevre Mühendisliği = Environmental Engineering

Özet:
Bu tez çalışmasında, Batı Anadolu'da yer alan Orhaneli, Tunçbilek ve Seyitömer termik santrallerinden kaynaklanan radyonüklitlerin atmosferik dispersiyonu ve depozisyonu modellenmiştir. Atmosferik dispersiyonun ve depozisyonların hesaplanması için, EPA tarafından geliştirilmiş olan, CAP88PC isimli yazılım kullanılmıştır. Modelleme çalışması için gereken meteorolojik parametreler, Meteoroloji Genel Müdürlüğü'nün ilgili meteoroloji istasyonlarından temin edilmiştir. Kaynak verileri ve tasarım parametreleri de eklendikten sonra model her bir tesis için çalıştırılmıştır.
Orhaneli termik santrali civarında, uçucu küldeki konsantrasyonla orantılı olarak 232Th'un, 40K ve 226Ra'a nazaran daha yüksek aktivitelerde dağıldığı ortaya çıkmıştır. Birbirlerine yakın mesafede olması sebebiyle aynı meteorolojik verilerin kullanıldığı Seyitömer ve Tunçbilek termik santrallerinde, atmosferik dağılımlar birbirine paralel olarak elde edilmiştir. Yapılan analize göre kirletici depozisyonunun bir yıllık dağılımı ağırlıklı olarak kuzey ve batı yönlerinde yoğunlaştığı ortaya çıkmıştır.

Abstract:
In this study, atmospheric dispersion and deposition of radionuclides originates from Orhaneli, Tuncbilek and Seyitomer Coal Fired Power Plants located in Western Anatolia were modeled.  CAP88PC software developed by EPA has been used to estimate atmospheric dispersion and deposition. Required meteorological data for modeling study were obtained from Turkish State Meteorological Service. The model was applied for all plants after the source terms and design parameters added.
The results showed that radioactivity concentration of 232Th higher than radioactivity concentration of 40K and 226Ra around the Orhaneli Coal Fired Power Plant due to flying ash concentrations. Atmospheric dispersions were obtained as parallel with each other because same meteorological data were used for both plants. According to analyses', a yearly dispersion of radioactive pollutant deposition dominated on north and west directions.
Mikrodizi gen ifade veritabanlarında içerik-tabanlı arama
Content-based search on microarray gene expression databases
Yazar: ESMA ERGÜNER ÖZKOÇ
Danışman: PROF. DR. MEHMET EMİN DALKILIÇ ; PROF. DR. HASAN OĞUL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Uluslararası Bilgisayar Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control ; Bilim ve Teknoloji = Science and Technology ; Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Gen ifade veritabanlarının çok hızlı büyümesi anahtar veya metadata (üstveri) kullanan yapılandırılmamış veritabanı sorgulama işlemlerine alternatif olarak içerik tabanlı arama ihtiyacını getirmiştir. İçerik-tabanlı arama, benzer gen ifade desenine sahip bütün deneylerin, veritabanlarında bulunan biyolojik metinsel açıklamalarına bakılmaksızın getirilmesidir. 
Bu tez çalışmasında, içerik-tabanlı arama için gen ifade veritabanlarının özel bir alt kümesi olan zaman serisi deneyleri üzerinde odaklanılmış ve zaman serisi deneyleri sorgulanmıştır. Zaman serisi deneyinin tamamı sorgu deney olarak alınarak, ifade profillerine kümeleme algoritmaları ile boyut indirgeme yapılmış ve halka açık veritabanından oluşturulan test veri kümesinde içerik tabanlı arama uygulaması yapılmıştır. En uygun kümeleme algoritmasının bulunması için FunFem, Mclust ve Kmeans kümeleme algoritmaları denenmiş ve farklı ifade olmuş gen tabanlı yöntem ile karşılaştırılmaları yapılmıştır. 
Herhangi iki deneyin benzerliğinin bulunmasında deneylerde bir kümeye atanan ortak gen sayısı ile hastalık ilişkileri açıklamasına (annotation) göre deneylerin benzerliği hesaplanmıştır. 
Sonuçlar kümeleme kullanan yöntemin, geleneksel farklı ifade olmuş gen tabanlı yöntemden daha iyi geri getirim yaptığını göstermiştir.

Abstract:
The rapid growth of gene expression databases has created a need for content-based searches as an alternative to unstructured database queries using keyword- or metadata-based searches. Content-based searching is the ability to retrieve all experiments with similar gene expression patterns in a database regardless of the biological annotations provided for these experiments. 
While this concept is still in its infancy in a general context, in this thesis we focus on applying it to a specific subset of gene expression datasets, by only querying experiments involving time-series expression profiles. To this end, we propose a novel experiment fingerprinting scheme obtained by clustering expression profiles, for content-based searching of time-series microarray experiments. 
To determine the retrieval ability of the proposed scheme, we performed a simulated information retrieval task on a large set of microarray experiments gathered from a public repository. The relevance between any two experiments was then defined using their commonalities based on annotated disease associations. 
The results showed that relevant experiments can be more successfully retrieved using this new method compared with traditional differential expression-based methods.