Klinik örneklerden izole edilen koagülaz negatif stafilokokların antimikrobiyal duyarlılıkları ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması
Investigation of antimicrobial susceptibilities and some virulance factors of coagulase negative staphylococci isolated from clinical samples
Yazar: MUHUYEDIN ABDIRAHMAN ZIYAD
Danışman: PROF. DR. HRİSİ BAHAR TOKMAN
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Biyofilmler = Biofilms ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Staphylococcus = Staphylococcus ; Virülans = Virulence ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Koagülaz Negatif Stafilokoklar (KNS) günümüzde, çoklu ilaç direncine sahip olmaları ve biyofilm üretebilmeleri nedeniyle, infeksiyonların tedavisinde güçlüklere neden olmaktadırlar. Çalışmamızda KNS'lerin antimikrobiyal direnç durumlarının ve biyofilm oluşturma özelliklerinin araştırılması, elde edilen sonuçlar doğrultusunda, izolatların antibiyotik direnç profilleri ve biyofilm oluşturabilme özellikleri arasında bir ilişki olup olmadığının belirlenmesi amaçlanmaktadır.
Çalışmamız, İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gelen yatan hastalara ait kateter, cerahat, doku örneklerinden infeksiyon etkeni olduğu öngörülen 100 adet KNS izolatı ile gerçekleştirilmiştir. KNS' lerin tür düzeyinde tanımı Matriks-Destekli Lazer Desorpsiyon/Iyonizasyon Kütle Spektrometresi (MALDI TOF-MS) ile yapılmıştır. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Mueller Hinton agarda Kirby-Bauer Disk Diffuzyon yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Metisilin direnci mecA geninin varlığına göre, biyofilm oluşturma özellikleri Kongo kırmızılı agar (KKA)'da üreyen koloni özelliklerine ve icaA, icaD, IS256' nın Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) yöntemiyle saptanmasına göre tespit edilmiştir. Sonuçlar istatistiksel yöntemler kullanılarak değerlendirilmiştir.
Örneklerden en sık üretilen türlerin S. epidermidis, S. haemolyticus, S. hominis olduğu ve antibiyotiklere en fazla direnç gösteren türün S. haemolyticus olduğu saptanmıştır. Sefoksitin direncine göre ve mecA geni varlığına göre 100 KNS izolatının 64'ünde (%64) metisilin direnci gözlenmiştir. Bunların dışında 17 KNS izolatında sefoksitin duyarlılığına karşın mecA pozitifliği saptanmıştır. 100 KNS izolatının 52' si KKA da slime pozitif bulunmuştur. Tüm S. epidermidis, S. haemolyticus ve 17 S. hominis izolatında icaA ve icaD pozitifliği gözlenmiştir. KKA'da slime pozitif S. epidermidis ve S. haemolyticus izolat sayısı ile icaA ve icaD genlerini taşıyan izolat sayı arasında istatistiksel olarak anlamlı fark olduğu gözlenmiştir (p<0.05). IS256, icaA ve icaD genleri pozitif olan tüm S. haemolyticus izolatında, 15 S. hominis ve 40 S. epidermidis izolatlarında görülmüştür. Çoklu ilaç direnci saptanan S. epidermidis ve S. haemolyticus izolatının %100 ünde, S. hominis izolatının ise %94.1'inde icaA ve icaD pozitifliği de saptanmıştır.
KNS'ler gibi biyofilm oluşturan bakterilerin neden olduğu infeksiyonların tedavisinde yaşanan güçlükler nedeniyle yeni antibiyofilm ajanların geliştirilmesi yararlı olacaktır.

Abstract:
Today, Coagulase Negative Staphylococci (CoNS) cause difficulties in the treatment of infections due to their multi-drug resistance and ability to produce biofilms. We aimed to investigate the antimicrobial resistance and biofilm forming properties of CoNS, and to determine whether there is a relationship between these properties.
Our study was carried out with 100 CoNS predicted to be infectious agents, isolated from catheter, pus and tissue samples of inpatients coming to Istanbul University-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Medical Faculty Hospital, Medical Microbiology Laboratory, İsolates were identified by Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). Antibiotic susceptibilities were determined on Mueller Hinton agar by Kirby-Bauer Disk Diffusion method. Methicillin resistance was determined by mecA gene positivity, biofilm formation by the colony characteristics on Congo red agar (CRA) and ica A, ica D, IS256 by Real Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) method. The results were evaluated using statistical methods.
The most frequently isolated species were S. epidermidis, S. haemolyticus, S. hominis, and the most resistant species to antibiotics was S. haemolyticus. Cefoxitin resistance and mecA gene, were observed in 64 (64%) of CoNS. Furthermore, 17 CoNS isolate were mecA positive despite sensitivity to cefoxitin. 52% of CoNS were slime positive in CRA. All S. epidermidis, S. haemolyticus and 17 S. hominis isolates were icaA, icaD positive. The number of slime positive S. epidermidis and S. haemolyticus isolates in CRA was statistically different from the number of isolates carrying the icaA and icaD genes (p<0.05). IS256 was seen in all S. haemolyticus and 15 S. hominis isolates with positive icaA and icaD genes and in 40 S. epidermidis isolates. All S. epidermidis and S. haemolyticus and 94.1% of S. hominis with multidrug resistance were icaA and icaD positive.
 It would be beneficial to develop new antibiofilm agents due to the difficulties experienced in the treatment of infections caused by biofilm forming bacteria such as CoNS.