İnsan kemik iliği kaynaklı-mezenkimal kök hücre eksozomlarının kolorektal kanser (KRK) hücre hatları üzerindeki etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of human bone marrow-mesenchymal stem cell (BM-MSC)- derived exosomes on colorectal cancer (CRC) cell lines
Yazar: ÖZNUR COŞKUN
Danışman: PROF. DR. KAMİL CAN AKÇALI
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Eksozomlar = Exosomes ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Kök hücreler = Stem cells ; Mikro RNA = Micro RNA ; Vezikül = Blister

Özet:
Kanser; insidansı ve mortalitesinin yüksek olması nedeniyle dünyanın en önemli halk sağlığı problemlerinden biridir. Kanserin progresyonu ve yayılımına etki eden faktörleri saptamak, kanser araştırmalarının en önemli hedeflerinin başında gelmektedir. Bu doktora tezinin amacı, dünyada en sık görülen kanser tiplerinden biri olan kolorektal kanserde (KRK) Mezenkimal Kök Hücre (MKH) eksozomlarının progresyon ve yayılıma nasıl etki ettiğinin saptanmasıdır. 
Bu tez çalışmasında, insan kemik iliği kaynaklı MKH (primer ve hücre hattı) eksozomları izole edilip karakterize edilmiştir. MKH eksozomları kolorektal kanser hücreleri içinde görüntülenmiş ve ardından HT29 hücre hatlarına uygulanarak yara iyileşmesi deneyi, MTT deneyi ve invazyon-metastaz deneyi gerçekleştirilmiştir. Daha sonra biyoinformatik analizle KRK'da farklı eksprese olan ve EMT ile ilişkilendirilmiş miRNA'lar tespit edilmiştir. Eksozom uygulaması yapılmış HT29 hücrelerinde, EMT-transkripsiyon faktörlerinin ve EMT ilişkili miRNA'ların ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Daha sonra HT29 hücreleri miR126 mimikleri ile transfekte edilmiş ve transfeksiyon sonrası HT29 hücrelerinin yara iyileşmesi ve MTT deneyi ile EMT-transkripsiyon faktörlerinin ekspresyon düzeyleri saptanmıştır. Son olarak miR126'nın yolak analizi yapılmış ve kolorektal kanserle bağlantılı muhtemel hedeflerine ulaşılmıştır. 
Bu tez çalışması ile, Ki-MKH eksozomlarının kolorektal kanser progresyonunu artırdığı ve ayrıca invazyon ve metastaz yeteneğini artırıcı yönde etkisi olduğu gösterilmiştir. Bu etki, yapılan moleküler deneyler ile desteklenmiştir. Çalışmanın devamında, bu etkiye sebep olan eksozom kargolarına odaklanılması planlanmaktadır.

Abstract:
Cancer is one of the most important public health problems in the world due to its high incidence and mortality rates. Determining the factors affecting the progression and metastasis of cancer is one of the most important targets of cancer research. The aim of this doctoral thesis is to determine how Mesenchymal Stem Cell (MSC) exosomes affect progression and spread in colorectal cancer, which is one of the most common types of cancer in the world.
In the thesis, bone marrow-derived mesenchymal stem cell (cell line) exosomes will be isolated and characterized and applied to HT29 cell lines to perform wound healing assay, MTT assay and invasion-metastasis assay. 
In this thesis, bone marrow-derived mesenchymal stem cell (cell line) exosomes were isolated and characterized. MSC exosomes were viewed inside colorectal cancer cells and then applied to HT29 cell lines to perform wound healing assay, MTT assay and invasion-metastasis assay. Later, in the meta-analysis, different expressed miRNAs in CRC and associated with EMT were detected. Expression levels of EMT-transcription factors and EMT-related miRNAs were investigated in exosome-treated HT29 cells. HT29 cells were then transfected with miR126 mimics. Wound healing assay, MTT assay and expression levels of EMT-transcription factors were determined in the post-transfection HT29 cells.
The outcomes of this thesis study showed that BM-MSC exosomes increase colorectal cancer progression and increase the invasion and metastasis ability of cells. This effect of BM-MSC exosomes was supported by molecular experiments. In the continuation of the study, it is planned to focus on the exosome cargos that cause this effect.