Türkiye'de bulunan kilis, tiftik ve kıl ırkı keçilerin kalpain ve kalpastatin genlerindeki mutasyonların incelenmesi
Research of calpain and calpastatin gene mutations in kilis goat, tiftik goat and kil goat in Turke
Yazar: BURHANETTİN BAHADIR KÜÇÜK
Danışman: DOÇ. DR. FERAYE ESEN GÜRSEL
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı / Biyokimya Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Ankara keçisi = Angora goat ; Kalpain = Calpain ; Kalpastatin = Calpastatin ; Keçiler = Goats ; Kilis keçisi = Kilis goat ; Kıl keçisi = Hair goat ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tiftik keçisi = Angora goat

Özet:
Bu çalışmada Türkiye'de bulunan yerli keçi ırklarından Kilis, Tiftik ve Kıl ırkı keçilerde et verim ve kalitesini ile ilişkili olduğu düşünülen Kalpain (CAPN) ve Kalpastatin (CAST) genlerindeki polimorfizmlerin genotip ve allel frekanslarının belirlenmesi ve seleksiyon çalışmalarında kullanılmak üzere bilimsel verilerin elde edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla çalışmada her üç keçi ırkından ellişer adet kullanılmıştır. Genomik DNA örneklerinde CAST ve CAPN genleri PZR yöntemiyle çoğaltılmıştır. CAPN genine ait pozitif çıkan bölgelerin dizin analizi yaptırılmıştır. CAST genine ait Kıl, Kilis ve Tiftik ırkı keçilerde MM genotipleri yüksek, MN genotipleri düşük, M allel frekansı yüksek ve N allel frekansı çok düşük olarak tespit edilmiştir. NN genotipine ise her üç keçi ırkında da rastlanmamıştır. Yapılan bu araştırmada yerli genotiplerimizde CAST bakımından gen polimorfizminin olduğu görülmüştür. CAPN genine ait her üç keçi ırkında da 5707 polimorfizminde CC genotipi ve C allel frekansı yüksek, 5709 polimorfizminde GG genotipi ve G allel frekansı yüksek, 5741 polimorfizminde AA genotipi ile A allel frekansı yükek, 5723 polimorfizminde GG genotipi AA genotipine oranla daha yüksek bulunmuştur. CAPN geni 5709 polimorfizminde CC genotipinin çok düşük düzeyde bulunmasına ve CAST geninde NN genotipinin hiç bulunmamasına yönelik bu genlerin küçük ruminantlarda korunmuş bir gen olabileceğini ileri sürebiliriz.

Abstract:
The aim of this study is to obtain a scientific data for selection by determining genotype and allele frequencies of calpain and calpastatin gene polymorphsims. These polymorphisms thought to be related to meat quality and yield traits of native Turkish breeds Kilis, Tiftik and Kıl goat. For this purpose, 50 individuals of each breed were used in this study. The CAST and CAPN gene in the DNA samples were multiplied using polymerase chain reaction. Samples testing positive were then subjected to sequencing analysis. Belongs to CAST gene, CC genotype anc C allele frequency of 5707 polymorphism was found to be high, GG genotype and G allele frequency of 5709 polymorphism was found to be high, AA genotype and A allele frequency of 5741 polymorphism was found to be high and GG genotype of 5723 polymorphism was found to be high according to AA allele in all of the three breeds. It can be claimed that the high presence of CC genotype of 5709 polymorphism in CAPN gene and absence of NN genotype in CAST gene provides may be a conserved gene that in small ruminants. As a conclusion it has been determined that CAST and CAPN gene affect meat yield in previous studies.