Salmonella serotiplerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile belirlenmesi
Convantional and molecular determination of salmonella serotypes
Yazar: BURCU DALYAN CİLO
Danışman: DOÇ. DR. CÜNEYT ÖZAKIN
Uludağ Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; Stereotip = Stereotyping

Özet:
Salmonella enterica serotiplerinin belirlenmesi epidemiyolojik çalışmalar açısından önem taşır. Salmonella serotipleri hücre duvarında yer alan somatik (O) antijeni ve flagellar (H) antijeni temel alınarak belirlenir. Bu çalışmanın amacı multipleks PCR yöntemi ile belirlenen moleküler serotiplendirme sonuçlarının konvansiyonel serotiplendirme sonuçları ile karşılaştırılmasıdır.Referans laboratuvarı tarafından 14 farklı serotipte tanımlanmış toplam 100 Salmonella suşu, Salmonella serogrupları (A, B, C1, D ve E) ve Vi antijen gen bölgelerine özgü primerler kullanılarak multipleks PCR yöntemi ile moleküler olarak serogruplandırıldı. H antijenleri (H: a, -b, -d, -g,m, -i, -r, -z10) ve iki antijen kompleksinde yer alan (H:1,2, -1,5, -1,6, -1,7 and H: enx, enz15) antijenlerini kodlayan fliC ve fliB genlerine yönelik ardışık dört multipleks PCR yöntemi uygulanarak serotipler belirlendi.Konvansiyonel serotiplendirme Ulusal Enterik Patojenler Laboratuvar Sürveyans Ağı (UEPLA) kapsamında Sağlık Bakanlığı Refik Saydam Hıfzısıhha Merkezinde yapıldı.Multipleks PCR sonuçları konvansiyonel yöntemle belirlenen serogruplarla %100 uyum gösterdi. Serogruplara yönelik multipleks PCR'ın duyarlılık ve özgüllüğü %100 olarak bulundu.Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında en sık izole edilen Salmonella serotipleri olan S. Enteritidis, S. Typhimurium, S. Paratyphi multipleks PCR ile başarılı bir şekilde serotiplendirildi. Bu serotipler için multipleks PCR sonuçları konvansiyonel serotiplendirme sonuçları ile uyumlu bulundu. Multipleks PCR'ın S. Typhi'nin serogruplandırma ve serotiplendirme açısından duyarlılığı %100 olarak bulundu.Multipleks PCR klinik laboratuvarlarda izole edilen suşların tanımlanmasında konvansiyonel serotiplendirmeye göre daha ucuz ve daha hızlı bir yöntem olarak değerlendirilmektedir. Bununla birlikte moleküler tiplendirme metodunun konvansiyonel serotiplendirme ile birlikte kullanılması uygun olacaktır.

Abstract:
Determination of Salmonella enterica serotypes is very important for epidemiological studies. Salmonella serotypes are defined on the basis of somatic (O) antigens and flagellar (H) antigens, both of which are present in the cell wall of Salmonella. The major aim of this study is the comparison of the results of molecular serotyping obtained by multiplex PCR method with the results of conventional serotyping results.A total of 100 Salmonella strains, defined into 14 different serotypes by the reference laboratory have been serogrouped molecularly by using specific primers for Salmonella serogroups (A, B, C1, D and E) and Vi antigen gene clusters via multiplex PCR method. Serotypes have been determined by applying four sequential multiplex PCR targeting the fliC and fliB genes which are encoding the H1 antigens (H1: a, -b, -d, -g,m, -i, -r, -z10) and H2 antigen complexes (H2:1,2, -1,5, -1,6, -1,7 and H: enx, enz15).Conventional serotyping has been made in Ministry of Health Refik Saydam Hygiene Center as part of the National Laboratoy of Enteric Pathogenes Surveillance Network (UEPLA).The results of multiplex PCR showed %100 consistency with the serogroups determined by the conventional method. Both sensivity and specivity of multiplex PCR devoted to serogroups was found to be 100%.S. Enteritidis, S. Typhimurium, S. Paratyphi, which are the most frequently isolated Salmonella serotypes in clinical microbiology laboratories, have been successfully serotyped by multiplex PCR. The results of multiplex PCR for these serotypes showed consistent with the results of conventional serotyping. The sensitivity of multiplex PCR to identify S. Typhi in terms of serogrouping and serotyping was 100%.Multiplex PCR is claimed to be a rather cheaper and a faster method than conventional serotyping method for the determination of strains isolated in clinical laboratories. However, it would be appropriate to use molecular identification method together with conventional serotyping methods.