Türkiye denizlerinde bulunan mazak kırlangıcı Trigloporus lastoviza (Bonnaterre, 1788) populasyonlarının genetik analizi
Genetic analyses of streaked gurnard Trigloporus lastoviza (Bonnaterre, 1788) populations in Turkish marine waters
Yazar: MEHMET NUR GÜNDÜZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MEVLÜT GÜRLEK
İskenderun Teknik Üniversitesi / Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: Akuakültür = Aquaculture ; Moleküler genetik = Molecular genetic

Özet:
Bu çalışmada, mazak kırlangıç balığının (Trigloporus lastoviza) Marmara, Ege ve Akdeniz populasyonlarının genetik yapısını araştırmak için mitokondriyal DNA 16S rRNA gen dizilimi kullanılmıştır. T. lastoviza, Marmara Denizi'ini temsilen Mudanya, Ege Denizi'ni temsilen İzmir Körfezi ve Akdeniz'i temsilen İskenderun Körfezi'nden olmak üzere üç farklı denizden toplanmıştır. Toplam genomik DNA, standart fenol-kloroform ekstraksiyon yöntemi kullanılarak izole edilmiştir. MtDNA'nın 16S rRNA bölgesi, evrensel primerler kullanılarak PCR vasıtasıyla çoğaltılmıştır. İstatistiksel analiz için BioEdit, Mega kullanılmıştır. Analiz edilen 16S rRNA bölgesinin uzunluğu 757 bc'den oluşmaktadır. Timin (T), sitozin (C), adenin (A) ve guaninin (G) ortalama nükleotid kompozisyonu sırasıyla % 19.8, % 27.7, % 31.2  ve % 21.3 olarak belirlenmiştir. 16S rRNA'nın, 46 bç'lik kısmı değişken bölge iken, 27 bç'lik bölge ise parsimoni anlamlı bölge görevi görmüştür. 16S rRNA'nın dizi analizi sonucu 21 farklı haplotip saptamıştır. Populasyonlar arasındaki ortalama haplotip çeşitliliği 0.94 bulunmuştur. En düşük genetik çeşitlilik Ege Denizi populasyonunda (0,054), en yüksek ise (0,0180) Akdeniz populasyonunda görülmüştür. Populasyonlar arasındaki genetik farklılık ise, Marmara ve Akdeniz populasyonları arasında en düşük (0.007), Marmara Denizi ve Akdeniz populasyonları arasında en yüksek (0.016) olarak tespit edilmiştir. Komşu katılımlı ağaç analizinde, İskenderun Körfezi popülasyonu diğer popülasyonlardan oldukça farklı; Marmara ve Ege Denizi popülasyonları ise birbirine yakın özellik göstermiştir.

Abstract:
In this study mitochondrial DNA 16S rRNA gene sequencing was used to investigate genetic structure of three Streaked gurnard Trigloporus lastoviza   populations from the Marmara, Aegean, Mediterranean Seas. T. lastoviza were collected from three different seas, Marmara Sea (Mudanya (MS)), Aegean Sea (İzmir Gulf) (AS) and Mediterranean Sea (Iskenderun Bay). Total genomic DNA was isolated using the standard phenol-chloroform extraction method. The 16S rRNA region of mtDNA were amplified via PCR using universal primers.  BioEdit, MEGA were used for statistical analysis.  After alignment, the partial 16S rRNA gene sequences consisted of 757 bps. The average nucleotide composition of thymine (T), cytosine (C), adenine (A), and guanine (G) were examined as 19.8 %, 27.7 %, 31.2 % and 21.3 %, respectively. The 16S rRNA dataset contained 46 variable sites, of which 27 were parsimony informative. Sequence analysis of 16S rRNA revealed 21 different haplotypes. Average haplotype diversity between populations was found to be 0.94. The lowest genetic diversity was observed in the Aegean Sea (0,054) population, whereas the highest was in the Mediterranean (0,0180) population. For inter-population comparison, the lowest genetic divergence (0.007) was observed between the Marmara and Mediterranean populations, and the highest value (0.016) was detected between the Marmara Sea and Mediterranean populations. In NJ tree analysis, the İskenderun Bay population was highly separated from the other geographic populations, whereas the populations of Marmara and Aegean Sea showed the least differentiation.