Bazı biyolojik aktif molekül ligandlarının ve bu ligandlarla oluşan metal komplekslerinin titreşimsel spektrumlarının deneysel ve kuantum kimyasal yöntemlerle incelenmesi
Vibrational spectroscopic investigations on some biological active ligand molecules and their metal complexes by experimental and quantum chemical methods
Yazar: AYBERK YILMAZ
Danışman: PROF.DR. K. GEDİZ AKDENİZ ; PROF.DR. MEHMET SOMER
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Ana Bilim Dalı / Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2007
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering
Dizin: Metal kompleksleri = Metal complexes ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Spektroskopi = Spectroscopy

Özet:
Çalışmanın amacı, 3-bis(2-benzimidazil)-2-tiyapropan, 2-benzimidazolpropiyonik asit,6-merkaptopurin, isoniyazid, niketamid biyolojik aktif ligand moleküllerinin ve Zn[1,3-bis(2-benzimidazil)-2-tiyapropan]Cl2, [(?2-SCH2CH2NHNCC6H4)PdCl]2 · C2H5OH,Zn(2-benzimidazolpropiyonik asit)2Cl2, Pd(6-Hmerkaptopurin)2Cl2, Cu(isoniyazid)Cl2metal komplekslerinin titreşim frekanslarını ve kiplerini saptamaktır.Bu çalışmada, biyolojik aktif ligand moleküllerin ve metal koplekslerinin optimizegeometrileri ve titreşim frekasları DFT/B3LYP teori düzeyinde çeşitli baz kümeleri ile6-31+G(d,p), LANL2DZ ve Z3PolX Gaussian 03 programında hesaplandı. Tümhesaplamalarda önce biyolojik aktif ligand moleküllerin ve metal koplekslerininoptimize geometrileri saptandı. Daha sonra frekans hesaplamaları yapıldı. Moleküllerinve komplekslerin titreşim kiplerini belirlemek için toplam enerji dağılımı (TED)hesaplamaları Scale2 programı yardımıyla yapıldı.Çalışmanın deneysel kısmında öncelikle örneklerin FT-IR spektrumları ATR, KBr vepolietilen disk metodları kullanılarak kaydedildi. Toz halindeki örneklerin FT-Ramanspekturumları payreks tüplere konularak kaydedildi.Daha sonra hesaplanan dalgasayıları deneysel dalgasayılarıyla karşılaştırıldı. Sonuçlardeneysel dalgasayılarıyla hesaplanan dalgasayılarının uyum içinde olduğunu gösterdi.

Abstract:
The aim of this study is to determine the vibrational frequencies and modes of 3-bis(2-benzimidazyl)-2-thiapropane, 2-benzimidazolepropionic acid, 6-mercaptopurine,isoniazide, nicetamide biological active ligand molecules and Zn[1,3-bis(2-benzimidazyl)-2-thiapropane]Cl2, [(?2-SCH2CH2NHNCC6H4)PdCl]2 · C2H5OH, Zn[2-benzimidazolepropionic acid]2Cl2, Pd(6-Hmercaptopurine)2Cl2, Cu(isoniazide)Cl2 metalcomplexes .In this study, the optimized geomety and the vibrational frequencies of the biologicalactive ligand molecules and the metal complexes were calculated at DFT/B3LYPtheory level with various basis sets 6-31+G(d,p), LANL2DZ and Z3PolX by usingGaussian 03 program. In all of the calculations, at first the optimized geometry of themolecules and the complexes were obtained. Then the frequency calculations wereperformed. In order to determine the vibrational modes of the molecules and thecomplexes, total energy distirubution (TED) calculations were performed with the helpof Scale 2.0 program.In the experimantal part of this study, first of all FT-IR spectra of the samples wererecorded on by using ATR, KBr and polyethylene pellet methods. FT-Raman spectrawere obtained from powdered samples placed in a Pyrex tube.Then the calculated wavenumbers were compared with the experimental wavenumbers.The results showed that the calculated and experimental wavenumbers were in goodagreement.