Ankaferd hemostat' ın mcf-7 meme kanseri hücre hattına etkisinin proteomik analizlerle incelenmesi
Investigation of ankaferd hemostat's effect on mcf-7 breat cancer cell line by proteomic analysis
Yazar: ÖZGE CANSIN ZEKİ
Danışman: PROF. DR. İNCİLAY SÜSLÜ
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Analitik Kimya Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology ; Kimya = Chemistry
Dizin: Ankaferd kanama durdurucu = Ankaferd bloodStopper ; Elektroforez-jel-iki boyutlu = Electrophoresis-gel-two dimensional ; Hücre dizisi = Cell line ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Proteomikler = Proteomics

Özet:
Günümüzde tedavisi en zor olan ve ölümcül hastalıkların başında gelen kanserle ilgili çok sayıda araştırma gerçekleştirilmektedir. Bu araştırmalardan biri olan omik tekniklerden proteomik analizler; kanser, protein düzeyinde incelenerek kanser hastalığının oluşum mekanizması, teşhis ve tedavisi ile ilgili mevcut klinik çalışmalara destek olunmasının yanı sıra yeni alternatiflere ışık tutmaktadır. Bu tez çalışması, MCF-7 meme kanseri hücre hattının Ankaferd Hemostat (ABS; Ankaferd Blood Stopper®) ile farklı sürelerde muamele edilmesi sonucunda, ABS ile muamele edilmemiş (kontrol, C grubu) ve ABS ile muamele edilmiş hücrelerde (işlenmiş, T grubu) gerçekleştirilen karşılaştırmalı proteomik çalışmalar yapılmıştır. Böylece ABS' nin etkisi, MCF-7 meme kanseri hücre hattına in vitro olarak uygulandıktan sonra moleküler düzeyde incelenmiştir. Bu çalışmada, C ve T gruplarına ait proteinler iki boyutlu jel elektroforez ile ayrılmıştır. ABS uygulandıktan sonra azalan veya artan miktarlarda ifade edilen proteinler imaj analizi çalışmaları yapılarak tespit edilmiştir. C ve T gruplarının karşılaştırılması sonucunda nicel olarak en az 2 kat farklılaşmış olan proteinler, matriks destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon, uçuş zamanlı kütle spektrometrisi (MALDI-TOF/TOF-MS) ile analiz edilmiş ve peptid dizileme çalışmaları ile tanımlanmıştır. Tanımlanan proteinler, veri bankaları yardımıyla taranmış ve fonksiyonları ile protein-protein etkileşimleri belirlenmiştir. String ve KEGG veri tabanları aracılığıyla da ABS' nin, kanser hücrelerinde etkilediği biyolojik süreçler ve yolaklar tespit edilmiştir. Elde edilen proteinler, ABS' nin antikanser aktivitesini proteom düzeyinde açıklamak amacıyla kaynaklardaki çalışmalarla ilişkilendirilmiştir.


Anahtar Kelimeler: Proteomik, Meme kanseri, İki boyutlu (2D) jel elektroforez,
 MALDI-TOF/TOF-MS, Ankaferd Hemostat

Abstract:
Nowadays, a large number of cancer-related research is being conducted, which is one of the most difficult and deadly diseases to treat. Thanks to one of these studies, proteomics analysis, which is one of the omic techniques, cancer can be examined at the protein level and shed light on new alternatives as well as supporting current clinical studies related to the mechanism of diagnosis, treatment and diagnosis of cancer. In this study, after the MCF-7 breast cancer cell line was treated with Ankaferd Hemostat (ABS; Ankaferd Blood Stopper®) for different periods of time, comparative proteomic studies performed on ABS untreated (control, C group) and ABS treated cells (treated, T group). Thus, the effect of ABS was examined at molecular level after being applied in vitro on MCF-7 breast cancer cell line. In this study, proteins belonging to C and T groups were separated by two-dimensional gel electrophoresis. After ABS were applied, decreasing or increasing amounts of proteins were determined by image analysis studies. As a result of comparison of C and T groups, proteins which were Quantitatively differentiated at least 2-fold were analyzed by matrix assisted laser desorption/ionization, flight time mass spectrometry (MALDI-TOF/TOF-MS) and identified by peptide sequencing studies. The identified proteins were searched with the help of databases and their functions and protein-protein interactions were determined. The biological processes and pathways that ABS has affected on MCF-7 breast cancer cell have been identified with the database of String and KEGG. The obtained proteins were associated with the studies in the literature in order to explain the anticancer activity of ABS at the proteome level.


Keywords: Proteomics, Breast cancer, Two-dimensional (2D) gel electrophoresis,
 MALDI-TOF/TOF-MS, Ankaferd Hemostat.