Bitkilerde büyüme, gelişme ve stres yanıtları ile ilgili programlanmış hücre ölümü sürecinin biyoinformatik olarak incelenmesi
Analysis of programmed cell death in plants during growth, development and stress responses by bioinformatical approach
Yazar: ÖZGE ALVER
Danışman: PROF. DR. MELİKE BOR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Biyoinformatik = Bioinformatics ; Hücre ölümü = Cell death ; Kaspazlar = Caspases

Özet:
Programlanmış hücre ölümü bitkiler ve diğer canlılar için yaşamsal önemi olan bir olaydır. Hayvanlar ve bitkiler arasında hücresel ölüm mekanizmasında farklılıklar vardır. Memelilerde kaspazlar, bitkilerde, mantarlarda ve protozoolarda kaspaz benzeri metakaspazlar hücre ölümünü tetikleyiciler olarak belirlenmiştir. Bitkiler de abiyotik ve biyotik strese karşı verilen yanıtlarla birlikte gelişimin bir parçası haline gelmiştir. Ayrıca bitki gelişiminde hücrelerin morfolojik ve biyokimyasal açıdan değişime uğraması sırasında gelişimsel olarak programlanmış hücre ölümü (dPCD)oluşmaktadır. Konak bitkilerde de patojen kaynaklı programlanmış hücre ölümü (pPCD)görülmektedir.
Araştırmamızda bitkilerde programlanmış hücre ölümünün bitkilerde hangi mekanizmalar aracılığıyla yürütüldüğünü göstermeye çalıştık. Programlanmış hücre ölümünün bitkilerdeki çeşitlerine, apopotozis ve otofaji ile aralarındaki ilişkiye ve en önemlisi programlanmış hücre ölümü ile ilişkili genler üzerine incelemeler yapıldı. Metakaspazlarlar ilgili bilgilere ulaşıldı. Metakaspaz çeşitlerini inceledikten sonra biyotik ve abiyotik stres koşullarında metakaspaz genlerinin ifade profillerini, hücresel lokalizasyonunu, farklı organ ve gelişim evrelerindeki ifade seviyelerini inceledik. En fazla AtMC1 ile ilgili veriler elde edildi. Ayrıca Arabidopsis metakaspaz genlerinin kromozom yerleşimlerine baktık. Metakaspaz 1-9 genlerinin farklı genlerle interaksiyonunu, AtMC1'in filogenetik analizi ve BLAST analizini inceledik.

Abstract:
Programmed cell death is a vital event for plants and other organisms. There are differences between animals and plants in the mechanism of cellular death. Triggers of cell death were identified as caspases in mammals, and caspase-like metacaspases in plants, fungi and protozoa. Plants have also become part of development with responses to abiotic and biotic stress. In addition, developmentally programmed cell death (dPCD) occurs during morphological and biochemical changes of cells in plant growth. Programmed cell death (pPCD) from pathogen is also seen in host plants. 
In this research, we tried to show the mechanisms by which programmed cell death in plants is carried out. Investigations were made on the types of programmed cell death in plants, apopotosis and autophagy, and most importantly, genes related to programmed cell death. Information about metacaspases was reached. After examining the metacaspase types we examined expression profiles of metacaspase genes under biotic and abiotic stress conditions, cellular localization and expression levels of different organs and development stages. The most data related to AtMC1 were obtained. We also looked at the chromosome placements of metacaspase genes. We examined the interaction of metacaspase 1-9 genes with different genes and AtMC1 phylogenetic analysis and BLAST analysis.