Sığır coronavirusların S gen bölgesi moleküler analizi
Molecular analysis of S gene of bovine coronaviruses
Yazar: SEÇİL SEVİNÇ
Danışman: PROF. DR. FERAY ALKAN
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Filogenetik = Phylogenetic ; Genler = Genes ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; SARS virüsü = SARS virus ; Sığırlar = Cattles

Özet:
Bu çalışmada; farklı illerde (Ankara, Denizli, Burdur, Erzurum, İzmir, Tokat, Hatay) yerleşik sığır yetiştiriciliği işletmelerinde bulunan, solunum ya da sindirim sistemi enfeksiyonu klinik bulgularını gösteren 119 buzağı/erişkin sığırdan sağlanan tanı materyalleri (41 gaita ve 78 nazal akıntı) BCoV varlığı yönünden sorgulanmış; ardından saptanan yerel BCoV'ların (n=11) S glikoproteini kodlayan genin kısmi analizi (S1 gen bölgesi) / tüm analizi yapılmıştır. Elde edilen nükleik asit ve amino asit dizinleri, klinik materyalin türü ve yerel viruslarda saptanan mutasyonlar incelenerek, S genin farklı sistemlere tropizm oluşumundaki olası önemi üzerine değerlendirmeler yapılmıştır.
N gen bölgesine yönelik RT-Nested PCR yöntemi ile test edilen örneklerden, 35'i (9 gaita ve 26 nazal akıntı) BCoV yönünden pozitif bulunmuştur. Bu yerel virusların (n=35) tüm S gen bölgesinin elde edilmesini hedefleyen RT-PCR'lar sonrasında, 11 örnek için yerel BCoV kısmi/tüm S gen bölgesi dizinleri elde edilmiştir. Bu dizinlerm Türkiye'de daha önce bildirilen dizinler, farklı ülkelerde saptanan BCoV suşları ve referans viruslar (enterik orijinli Mebus ve solunum sistemi orijinli LSU) ile karşılaştırmalı olarak incelenmiştir.
Sonuç olarak bu çalışmada buzağı ishallerdeki önemi iyi bilinen BCoV'ların solunum sistemi enfeksiyonlarına da önemli oranla katılımının olduğu, yerel suşların pek çok farklı amino asit değişimi göstermelerine karşın önemli ölçüde birbirine benzer olduğu, nasal akıntı yada gaita orijinli bazı yerel viruslarda ısrarcı değişimlerin varlığı tespit edildi. Farklı sistemlere tropizm yönünden yerel BCoV S gen bölgesi amino asit dizinleri incelendiğinde, literatürde daha önce tropizm ile ilişkilendirilen bazı değişimlerin bir kısmının yerel viruslarda da bulunduğu görüldü. Bu çalışmada Türkiye'de BCoV S gen bölgesinin tüm gen analizinin bildirildiği ilk çalışmadır.

Abstract:
In this study; diagnostic materials collected from the breeding establishments located in different provinces (Ankara, Denizli, Burdur, Erzurum, Izmir, Tokat, Hatay). 119 calves and adult cattle were sampled (41 feces and 78 nasal discharge) which presents clinical findings of respiratory or digestive tract infection for the BCoV existence. After detection of the local BCoVs (n=11), partial analysis (S1 gene region) / whole analysis of the gene encoding the S glycoprotein. With the obtained nucleic acid and amino acid sequences, the type of clinical material and mutations detected in local viruses were examined and evaluations were made on the possible importance of S gene in the formation of tropism in different systems.
Samples tested for the N gene region by RT-Nested PCR method, 35 (9 feces and 26 nasal discharge) were positive for BCoV. After RT-PCRs aimed to acquire the whole S gene region of these local viruses (n=35), partial / whole S gene region sequences were obtained for 11 samples. These sequences investigated and compared with the previously reported BCoV strains in Turkey and different countries and reference viruses (enteric origin Mebus and respiratory system origin LSU).
In conclusion, it was determined that BCoVs, which are well known for their importance in calf diarrhea, also had a significant contribution to respiratory system infections, although local strains showed many different amino acid changes those are significantly similar to each other, and there were persistent changes in some local viruses of nasal discharge or feces origin. When the local BCoV S gene region amino acid sequences were examined in terms of tropism in different systems, some of the previously reported tropism-related changes were found in local viruses. This study is the very first for the BCoV whole S gene analyzes reported in Turkey.