Tüberküloz dışı mikobakterilerin maldı-tof ms yöntemi ile tanımlanması
Identification of non-tuberculous mycobacteria by maldi-tof ms method
Yazar: VUGAR HUSEYNOV
Danışman: PROF. DR. CÜNEYT ÖZAKIN
Bursa Uludağ Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Son yıllarda tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) enfeksiyonlarında artış ve bu enfeksiyonların tedavilerinin tüberkülozdan farklı olması nedeniyle tür düzeyinde  tanımlama gereklidir. Çalışmamızın amacı MALDI-TOF sisteminin Mycobacterium tuberculosis kompleks dışı mikobakterilerin tanımlanmasında etkinliğini göstermek, suşların referans laboratuvarına gönderilip tanımlanıp raporlanması için geçen süre göz önüne alındığında daha hızlı klinisyene sonuç vermek ve bu metodun kurumumuzda rutin kullanımını sağlamaktır. 
Bursa Uludağ Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarındaki klinik örneklerden 2016-2021 tarihlerinde izole edilmiş Ulusal Tüberküloz Referans Laboratuvarına gönderilerek tür tanımlaması yapılarak saklamaya alınmış 65 suş içinde canlandırılabilen 20 TDM suşu çalışmaya alınmıştır. Mikobakterilerin MALDI Biotyper numunesinin hazırlanması için Bruker Daltonik GmbH tarafından tavsiye edilen inaktivasyon ve ekstraksiyon prosedürü MycoEX yöntemi kullanılmıştır. Sonra MALDI-TOF sonuçları ile GenoType CM/AS kiti ile çalışılmış referans laboratuvarından gelen sonuçlar karşılaştırılmıştır. İki yöntem arasındaki uyum 20/20 (%100) olmuştur. Bir izolat GenoType CM/AS yöntemi ile M. fortuitum group olarak tanımlanmasına rağmen MALDI-TOF ile aynı grubun içinde yer alan tür M. farcinogenes olarak tanımlandığından uyumlu kabul edilmiştir. Yedi izolat >2,0; 2 izolat 1,8-2,0; 9 izolat 1,6-1,8; 2 izolat <1,6 skorla tanımlanmıştır. 
Sonuç olarak MALDI-TOF yönteminin hızlı, kolay kullanılabilir ve güvenilir olduğu gösterilmiştir.



Anahtar kelimeler: TDM, GenoType CM/AS, MALDI-TOF MS

Abstract:
Due to the increase in non-turberculous mycobacteria (NTM) in recent years and different treatment strategies other than tuberculosis, identification at the species level is necessary for NTM. The aim of our study is to demonstrate the effectiveness of the MALDI-TOF system in the identification of NTM, to provide faster results to the clinician when considering the time taken for the strains to be sent to the reference laboratory, identified and reported, and to ensure the routine use of this method in our institution.
Sixty-five NTM strains isolated from clinical samples between 2016 and 2021 at the Medical Microbiology laboratory of Bursa Uludag University Health Application and Research Center were sent to the National Tuberculosis Reference Laboratory and classified and stored, and 20 NTM strains that could be revived among them were included in the study. The MycoEX method, the inactivation and extraction procedure recommended by Bruker Daltonik GmbH, was used for the preparation of the MALDI Biotyper sample of mycobacteria. The MALDI-TOF results were then compared with the results from the reference laboratory studied with the GenoType CM/AS kit. The agreement between the two methods was 20/20 (100%). Although an isolate was identified as M. fortuitum group by GenoType CM/AS method, it was considered compatible because the species in the same group with MALDI-TOF was identified as M. farcinogenes. Seven isolates were identified with a score of >2.0, 2 isolates between 1.8-2.0, 9 isolates between 1.6-1.8, and 2 isolates with a score of <1.6.
As a result, it has been shown that the MALDI-TOF method is fast, easy to use and reliable.


             Keywords:  NTM, GenoType CM/AS, MALDI-TOF MS