Karya tipi koyunlarda mikrosatellit dna polimorfizmine dayalı ebeveyn tayini
Parentage analysis with microsatellites in karya type sheep
Yazar: ONUR YILMAZ
Danışman: PROF. DR. ORHAN KARACA
Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Babalık belirleme = Paternity ; Koyunculuk = Sheep farming ; Mikrosatelitler = Microsatellites

Özet:
Son yıllarda DNA dizilerinin değişik moleküler genetik teknikleri ve özgün DNA polimorfizmlerinin genetik marker olarak kullanımları hızla gelişmektedir. DNA'ya dayalı yöntemler ebeveyn testlerinde oldukça yaygın kullanılmaktadır. Bu nedenle rutin olarak pedigri testlerinde kullanılan kan tiplerinin yerini almıştır. Çalışmanın hedefini, araştırmada ele alınan 10 lokusun heterozigotluk oranı, dışlama gücü, uyuşma olasılığı ve ayrımlama gücü açısından değerlendirilmesi ve ilgili lokusların Karya koyunların ebeveyn tayininde kullanılabilirliklerinin araştırılması oluşturmuştur. Çalışmada 10 mikrosatellit lokusu (MAF65, OarJMP58, OarFCB193, OarFCB304, OarJMP29, BM8125, OarFCB128, OarCP34, OarVH72, DYMS1) kullanılarak Adnan Menderes Üniversitesi Grup Koyun Yetiştirme Programı (ADÜ-GKYP) çekirdek sürüsünde yer alan 16 koç ve bunların 101 yavrusunda babalık testi yapılmıştır. Hayvanlara ait kan örnekleri K3-EDTA'lı tüplere alınmış ve DNA izolasyon kiti ile DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile ilgili DNA bölgeleri yükseltgenmiştir. Fragman analizleri Beckman Coulter CEQ 8000 cihazında yapılmıştır. Elde edilen fragman uzunlukları Beckman Coulter CEQ 8000 yazılımında değerlendirilmiştir.Çalışmada 105 allel gözlemlenmiştir. Lokuslar bazında gözlenen heterozigotluk oranı (Ho) 0,541 ile 0,841 arasında, beklenen heterozigotluk oranı (He) ise 0,699 ile 0,831 arasında olmuştur. Çalışmada, lokusların bireysel olarak dışlama olasılıkları (PE) ve artan lokus kombinasyonları için dışlama olasılıkları (CPE) hesap edilmiştir. PE değeri 0,295 ile 0,514; CPE değeri ise 0,363 ile 0,994 arasında değişmiştir. MP değeri 0,054 ile 0,154, PD değeri ise 0,85 ile 0,94 arasında değişmiştir. Sonuç olarak, yapılan babalık testi çalışması ile Karya koyunlarda babalık testlerinde kulanılabilecek uygun genetik markerlar belirlenmiştir. Ayrıca elde edilen sonuçlar ülkemizdeki diğer populasyonlar için bir referans teşkil edecektir.Anahtar Sözcükler: Babalık testi, dışlama olasılığı, Karya, mikrosatellit

Abstract:
Nowadays, the use of DNA sequences with genetic techniques and DNA polymorphism as genetic markers is increasing very rapidly. DNA testing is widely used to confirm the parentage of new registrants, and DNA verification of pedigrees is progressively replacing testing based on blood types. The aim of this study was to examine heterozygosity, calculate the power of exclusion, match probability and paternity index of the ten loci, and examine the usefulness of the involved loci in paternity tests. In the present study, 10 microsatellite loci (MAF65, OarJMP58, OarFCB193, OarFCB304, OarJMP29, BM8125, OarFCB128, OarCP34, OarVH72, DYMS1) were evaluated for their possible use to confirm paternity between 16 rams, their 101 offspring in nucleus flock of Adnan Menderes University Group Sheep Breeding Program (ADU-GKYP). DNA samples was isolated by DNA extraction kit from blood samples. Spesific genomic regions were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR). Fragment analysis was achieved using the automatic laser-induced fluorescence DNA sequencer Beckman Coulter CEQ 8000 Genetic Analysis System. These data obtained was analyzed by the Beckman Coulter CEQ 8000 software. A total of 105 alleles were observed in this study. The estimated observed heterozygosities (Ho) were between 0,541 and 0,841 and expected heterozygosities (He) were between 0,699 and 0,831. Probability of exclusion (PE) for each locus and probability of exclusion for increasing combinations (CPE) of the 10 loci were calculated. PE for each locus were between 0,295 and 0,514, CPE of the 10 loci were between 0,363 and 0,994. Matching probability (MP) (between 0,054 and 0,154) and power of discrimination (PD) (between 0,85 and 0,94) were also calculated. As a result, the suitable genetic markers determined for paternity test in Karya sheep. These results could also be used as a reference for the other sheep population in Turkey.Key words: Paternity analysis, probability of exclusion, Karya, microsatellite