İstanbul'da tüketime sunulan beyaz peynir örneklerinde Listeria monocytogenes varlığının araştırılması
Investigation of the presence of Listeria monocytogenes in white cheese samples presented for consumption in Istanbul
Yazar: NİL KAYA
Danışman: PROF. DR. AYTEN KİMİRAN
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Listeria monocytogenes = Listeria monocytogenes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Gram pozitif, fakültatif anaerobik, spor oluşturmayan, çomak şekilli Listeria cinsi bakteriler düşük pH, düşük sıcaklık ve yüksek tuz konsantrasyonuna karşı toleranslı olmaları nedeniyle toprak, su, silaj, gıdalar ve kanalizasyon gibi çeşitli ortamlarda bulunabilirler. Bu cins; Listeria monocytogenes, Listeria seeligeri, Listeria welshimeri, Listeria ivanovii, Listeria innocua, Listeria grayi, Listeria rocourtiae, Listeria marthii, Listeria weihenstephanensis, Listeria fleischmannii, Listeria floridensis, Listeria cornellensis, Listeria aquatica, Listeria grandensis, Listeria riparia, Listeria newyorkensis, Listeria booriae olmak üzere 17 farklı türe sahiptir. Bu bakteriler arasında patojen özellik gösteren yalnızca L. monocytogenes ve L. ivanovii'dir. L. monocytogenes önemli bir gıda kaynaklı patojendir ve insanlarda listeriozis denilen enfeksiyona neden olur. Bu enfeksiyon, L. monocytogenes bulaşmış peynir, süt, pişmiş ve yenilmeye hazır gıdalar, yıkanmamış çiğ sebzeler ve meyvelerin tüketilmesiyle meydana gelebilir. L. monocytogenes enfeksiyonuyla diğer gıda kaynaklı hastalıklara oranla daha az karşılaşılmasına rağmen tüm gıda kaynaklı patojenler içinde ikinci en yüksek ölüm oranına sahip olan bakteridir.
Bu tez çalışmasında İstanbul'da bulunan market ve pazarlardan satın alınan 119 beyaz peynir örneği L. monocytogenes varlığı açısından incelenmiştir. İlk olarak, FDA-BAM'ın önerdiği standarda göre beyaz peynir örneklerinden Listeria spp. izolasyonu yapılmıştır. Elde edilen izolatlar Gram boyama, katalaz, oksidaz ve beta hemoliz reaksiyonları, nitrat indirgenmesi, SIM besiyerinde hareket testi, ramnoz, ksiloz, riboz, α-metil-D-mannosit ve mannitol'den asit üretimi, metil kırmızısı, Voges-Proskauer, CAMP testleri açısından incelenerek identifikasyonları yapılmıştır. Cins düzeyinde tanımlaması yapılan suşlar, iap ve hlyA gen bölgelerine ait primerler kullanılarak PZR yöntemiyle doğrulanmış, tanımlaması yapılan suşların antibiyotiklere duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi uygulanarak yapılmıştır. 
Analizi yapılan 119 peynir örneğinin 3 (% 2.52)'ünden Listeria spp. izole edilmiştir. Bu 3 örnekten elde edilen 7 Listeria spp.'nin iap gen bölgesini içerdiği, ancak hlyA gen bölgesini içermediği belirlenmiştir. 16S rRNA gen bölgesi kullanılarak yapılan dizi analizi sonucunda bu izolatların L. seeligeri olduğu tespit edilmiştir.
Antibiyotik duyarlılık testleri sonucunda, 7 L. seeligeri izolatından 6 (% 85.71)'sının siprofloksasine, 3 (% 42.85)'ünün penisiline direnç gösterdiği görülmüştür. İncelenen suşların tümünün amikasin, kloramfenikol, rifampin, gentamisin, sefaklor, ampisilin, amoksisilin/klavulanik asit, trimetoprim-sulfametoksazol, tetrasiklin, klaritromisin ve vankomisin antibiyotiklerine karşı duyarlı olduğu saptanmıştır. 
Bu çalışmanın bulguları doğrultusunda, pastörizasyon işlemine tabi tutulan süt ile yapılmış beyaz peynir örneklerinin L. seeligeri ile kontamine olduğu tespit edilmiştir. Pastörize edilmiş süt ile yapılan peynirlerdeki Listeria kontaminasyonu, pastörizasyon işlemini takip eden üretim, paketleme, dağıtım, saklama uygulamalarına daha sıkı bir şekilde uyulması gerektiği sonucunu ortaya koymuştur. Kontaminasyonu önlemek için her aşamada kontrollerin yapılması önerilmektedir.

Abstract:
Gram positive, facultative anaerobic, non-spore-forming, rod-shaped Listeria can be found in a variety of environments such as soil, silage, water, sewage and foods, because of they are tolerant to low pH, low temperature and high salt concentration. This genus consists seventeen different types: Listeria monocytogenes, Listeria seeligeri, Listeria welshimeri, Listeria ivanovii, Listeria innocua, Listeria grayi, Listeria rocourtiae, Listeria marthii, Listeria weihenstephanensis, Listeria fleischmannii, Listeria floridensis, Listeria cornellensis, Listeria aquatica, Listeria grandensis, Listeria riparia, Listeria newyorkensis, Listeria booriae. Among these bacteria, only L. monocytogenes and L. ivanovii showed pathogenic features. L. monocytogenes is an important food-borne pathogen and causes an infection named listeriosis in humans. This infection can be caused by consuming cheese, milk, unwashed raw vegetables and fruits, cooked and ready-to-eat foods contaminated with L. monocytogenes. Even though L. monocytogenes infection is encountered less frequently than other foodborne diseases, it is the second highest mortality among all foodborne pathogens.
In this study, 119 white cheese samples purchased from markets and bazaars in Istanbul were investigate for the presence of L. monocytogenes. In first place, Listeria spp. isolated from white cheese samples according to standard recommended by FDA-BAM. Subsequent biochemical tests were performed for identification: Gram staining, oxidase, catalase and beta hemolysis reactions, nitrate reduction, motility test on SIM medium, acid production from rhamnose, mannitol, ribose, xylose and α-methyl-D mannoside, methyl red, voges-proskauer and CAMP tests. Strains identified at the genus level were confirmed by PCR method using primers belonging to the iap and hlyA gene regions, and the susceptibility of the identified strains against antibiotics was performed by Kirby-Bauer disc diffusion method.
Listeria spp. was isolated from 3 (% 2.52) of 119 cheese samples analyzed. The 7 Listeria spp. obtained from these 3 samples were found to contain the iap gene region but not the hlyA gene region. Sequence analysis using the 16S rRNA gene region showed that these isolates were L. seeligeri.
As a result of antibiotic susceptibility tests, 6 (% 85.71) of 7 L. seeligeri isolates were resistant to ciprofloxacin and 3 (% 42.85) were resistant to penicillin. All strains were susceptible to amikacin, chloramphenicol, rifampin, gentamicin, ampicillin, cefaclor, amoxicillin/clavulanic acid, trimethoprim-sulfamethoxazole, clarithromycin, vancomycin and tetracycline antibiotics.
According to the findings of this study, it was determined that white cheese samples produced with pasteurized milk were contaminated with L. seeligeri. Listeria contamination in cheese made with pasteurized milk showed that production, packaging, distribution and storage practices following the pasteurization process should be followed more strictly. It is recommended to apply controls at each stage to prevent contamination.