Candida parapsilosis kökenlerinde antifungal direncin moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of antifungal resistance in candida parapsilosis strains by molecular methods
Yazar: ÖZGE KURT
Danışman: PROF. DR. ÖMER KÜÇÜKBASMACI
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Candida parapsilosis = Candida parapsilosis ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Flukonazol = Fluconazole ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Kandida = Candida ; Moleküler yapı = Molecular structure ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Dünya'nın birçok yerinde flukonazol dirençli (FLU-R) Candida parapsilosis kökenlerinin sayısı artmaktadır. Ancak, dirence sebep olan mekanizmalar henüz netlik kazanmamıştır. İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi'nde 2018-2019 yıllarında kan kültüründen üretilen, identifikasyonları MALDI-TOF MS ve DNA dizi analizi ile yapılmış ve duyarlılıkları E-TEST ile saptanmış C. parapsilosis kökenlerinde flukonazol direncinin moleküler yöntemler ile araştırılması amaçlanmıştır. 17 FLU-R, 12 duyarlı, bir doza bağımlı duyarlı olmak üzere 30 kökene ait ERG11 ve MRR1 genleri Yeni Nesil Dizileme (NGS) yöntemi ile dizilendi. Dirençli kökenlerin 11 (%67,7)'inde ve bir doza bağımlı duyarlı izolatta gösterilen Y132F mutasyonu en sık saptanan mutasyondu. Y132F mutasyonu ile birlikte ERG11'de G307A (%52,9), Y132F+G307A (%47), K143R (%35,29), Y132F+K143R (%17,64), R398I (%5,8) mutasyonları tespit edildi. Duyarlı kökenlerin hiçbirinde Y132F tespit edilmedi. MRR1'de ise bir doza bağımlı duyarlıda R405K, dört dirençli kökende G927C mutasyonu tespit edildi. Çalışmada tespit edilen tüm mutasyonlar daha önce literatürde tanımlanmıştır ancak azol direnci ile ilişkileri henüz netlik kazanmamıştır. ERG11'in Y132F mutasyonu C. parapsilosis izolatlarında azol direncinde baskın mekanizma olarak kabul edilebilir ancak tam olarak mekanizmaların aydınlatılabilmesi için daha fazla çalışma gereklidir.

Abstract:
The number of fluconazole resistant (FLU-R) Candida parapsilosis strains is increasing all over the world. However, the mechanisms that cause resistance have not been clarified yet. The aim of this study was to investigate fluconazole resistance in C. parapsilosis strains produced from blood culture, identified by MALDI-TOF MS and DNA sequence analysis and determined whose susceptibility by E-TEST at Istanbul University-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Medical Faculty Hospital in 2018-2019. ERG11 and MRR1 genes of 30 strains which include 17 FLU-R, 12 susceptible and one dose dependently susceptible were sequenced by Next Generation Sequencing (NGS). Y132F mutation was the most frequently detected mutation in 11 (67.7%) of the resistant strains and one dose-dependent susceptible isolate. Along with the Y132F mutation, G307A (52.9%), Y132F+G307A (47%), K143R (35.29%), Y132F+K143R (17.6%), R398I (5.8%) mutations were detected in ERG11. Y132F was not detected in none of the susceptible strains. In MRR1, R405K mutation was detected in one dose-dependent susceptible and G927C mutation in four resistant strains. All mutations detected in the study have been previously described in the literature, but their relationship with azole resistance has not yet been clarified. Y132F mutation of ERG11 can be considered as the dominant mechanism in azole resistance in C. parapsilosis isolates, but more studies are needed to elucidate the exact mechanisms.