Tüberküloza duyarlılıkla IL-17A, IL-17F ve IL-23R gen polimorfizmleri ile Irak-1 ve Irak-3 doğal bağışıklık regülatörlerinin ilişkisi
The relationship between tuberculosis susceptibility iIL-17A, IL-17f and IL-23R gene polymorphisms and İrak-1 and İrak-3 innate immune regulators
Yazar: GÜLŞAH TOLLU
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Tüberküloz = Tuberculosis ; İmmünite = Immunity ; İmmünite-doğal = Immunity-natural ; İmmünizasyon = Immunization ; İnterlökin 17 = Interleukin 17 ; İnterlökin 23 = Interleukin 23

Özet:
Tüberküloza (TB) yatkınlık ve hastalığın prognozu, bakteriyel ajan, konakçı bağışıklık sistemi, çevresel ve genetik faktörler arasındaki etkileşimlere bağlıdır. Yapılan çalışmalarda sitokin gen polimorfizmlerinin TB ile ilişkili olduğu gösterilse de, etki mekanizmaları tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu vaka kontrollü çalışmada, IL-17A, IL-17F ve IL-23R genlerindeki tek nükleotid polimorfizmlerinin TB'a yatkınlıktaki rolü ve insan doğal immün cevabının TB' a duyarlılıkla ilişkisini araştırmayı amaçladık. Çalışmaya katılmayı kabul eden 50 sağlıklı kontrol grubu (21 (%42)'i erkek ve 29 (%58)'u kadın) ve 50 hasta (31 (%62)'i erkek ve 19 (%38)'u kadın) dahil edildi. Hasta ve sağlıklı kontrol grubu cinsiyet dağılımları karşılaştırıldığında anlamlı bir fark bulundu (p=0,045). Çalışmaya katılan sağlıklı kontrol grubunun yaş ortalaması 37,34±11,519 ve hasta grubunun yaş ortalaması 45,82±13,002'dir. Hastaların ve kontrollerin yaş ortalaması karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edildi (p=0,001). Hasta ve kontrol grupları arasında sigara kullanma alışkanlıkları değerledirildiğinde %70 gibi yüksek bir oran bulundu ve istatistiksel olarak karşılaştırıldığında anlamlı bir fark bulundu (p=0,001). Hasta ve kontrol gruplarından EDTA'lı tüplere kan örnekleri alındı ve kan örneklerinden ilk olarak DNA ekstraksiyonu yapıldı. Ardından IL-17A genindeki (rs2275913) ve IL-17F genindeki (rs763780) polimorfizmler Amplification Refractory Mutation System-Polymerase Chain Reaction (ARMS-PCR) yöntemi ile IL-23R genindeki (rs11209026) polimorfizim varlığı Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) yöntemi ile incelendi. Kalan kan örneklerinden mononükleer hücre izolasyonu sonrası RNA ekstraksiyonu ve elde edilen RNA'lardan cDNA ekstraksiyonu yapıldı. Ardından doğal immun cevap regülatörleri arasında bulunan IRAK-1 ve IRAK-3 doğal bağışıklık regülatörlerinin mRNA seviyeleri kantitatif Real-Time PCR yöntemi ile incelendi. Tüm sonuçlar elde edildikten sonra gen polimorfizmleri ile IRAK-1 ve IRAK-3 regülatör genleri arasındaki ilişki istatistiksel olarak karşılaştırıldı. IL17/IL23'ün farklı hastalıklarla ilişkisini araştıran birçok çalışma yapılmıştır. Fakat çalışmamız tüberküloz ile ilişkiyi araştıran ülkemizdeki ilk çalışmadır. Çeşitli ülkelerde bulunan farklı sonuçlar için çalışmamızın verilerinin literatürler açısından çok önemli olacağının, yeni tanı ve tedavi çalışmalarına referans olacağının kanaatindeyiz.

Abstract:
The susceptibility to tuberculosis (TB) and prognosis of the disease depend on the interactions between the bacterial agent, the host immune system, environmental and genetic factors. Although studies have shown that cytokine gene polymorphisms are associated with TB, their mechanisms of action have not been fully elucidated. In this case-controlled study, we aimed to investigate the role of single nucleotide polymorphisms in IL-17A, IL-17F and IL-23R genes in susceptibility to TB and the relationship of human innate immune response to TB susceptibility. The TB group was comprised of 50 individuals, 31 (62%) male and 19 (38%) female in the study. 
The healthy control group was comprised of 50 individuals, 21 (42%) male and 29 (58%) were female. When the gender distributions of the patient and healthy control groups were compared, a significant difference was found (p=0.045). The mean age of the healthy control group participating in the study was 37.34±11.519 and the mean age of the patient group was 45.82±13.002. When the mean age of the patients and controls was compared, a statistically significant difference was found (p=0.001). When smoking habits were evaluated between the patient and control groups, a high rate of 70% was found and a statistically significant difference was found when compared (p=0.001). Blood samples were taken from the patient and control groups in EDTA tubes. DNA extraction was performed first from the blood samples. Then, polymorphisms in the IL-17A gene (rs2275913) and IL-17F gene (rs763780) were investigated by using Amplification Refractory Mutation System-Polymerase Chain Reaction (ARMS-PCR) assay. The presence of polymorphisms in the IL-23R gene (rs11209026) was investigated by using Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) assay. After mononuclear cell isolation from the remaining blood samples, RNA extraction and cDNA extraction from the obtained RNAs were performed. Then, the mRNA levels of IRAK-1 and IRAK-3 innate immune response regulators, which are among the innate immune response regulators, were analyzed by quantitative Real-Time PCR method. After obtaining all the results, the relationship between gene polymorphisms and IRAK-1 and IRAK-3 regulator genes was statistically compared. There have been many studies investigating the relationship of IL17/IL23 with different diseases. However, our study is the first study in our country to investigate the relationship with tuberculosis. We believe that the data of our study will be very important in terms of literature for different results found in various countries and will be a reference for new diagnosis and treatment studies.