Mesane ve böbrek kanserlerinde bikunin geninin ifade düzeyinin araştırılması ve mutasyonel taraması
Mutational screening and investigation of gene expression status of bikunin gene among bladder and kidney cancer patients
Yazar: EMİNE BAYRAKTAR
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MEHRİ İĞCİ
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Böbrek neoplazmları = Kidney neoplasms ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Mesane neoplazmları = Urinary bladder neoplasms ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Alfa-1-mikroglobulin/bikunin öncül (AMBP) geni 10 ekzon, 9 intron içermekte olup 20 kb uzunluğundadır. AMBP geninin ilk 6 ekzon Alfa-1-mikroglobulini şifrelerken, ekzon 8 ve 9 Bikuninin Kunitz bölgelerini, ekzon 7 ve 10 da bikuninin N ve C sonlarını şifrelemektedir. AMBP ile Bikunin arasında aynı gen üzerinden sentezlenmeleri haricinde işlevsel olarak bir bağlantı yoktur. Son yıllarda yapılan deneysel ve klinik çalışmalar bikuninin birçok olayda yer aldığını göstermektedir. Bikuninin hücre büyümesinde ve tümör hücrelerinin yayılmasında proteaz önleyici etkisinin olduğu bilinmektedir. Bikunin uPA ve uPAR gen ifadesini önemli ölçüde düşürerek kanser hücresi yayılımını azaltmaktadır. Bu zamana kadar mesane ve böbrek kanserinde bikuninin protein seviyesine dayalı deneyler bulunmaktadır. Ancak moleküler düzeyde mesane ve böbrek kanserli hastalarla yapılmış bir çalışma bulunmamaktadır. Mesane ve böbrek kanserinde bikuninin moleküler düzeyde işlevi henüz aydınlatılamamıştır. Bu çalışmada 19 mesane ve 50 böbrek kanserli hastanın normal ve tümörlü dokularından RNA ve DNA elde edildi. Bu örneklerde kısmi miktarlara dayalı RT-PCR yöntemi kullanılarak bikunin mRNA seviyeleri tespit edildi. Ayrıca bikunin geninin ekzonik bölgelerinde gen çokyapılılık (polymorphism) taraması yapıldı. Bu değişimler SSCP yöntemi ve dizileme cihazı ile gösterildi. Çalışma sonucunda bikunin mRNA seviyesinin mesane kanserli dokularda, normal dokulara göre azaldığı görüldü. Ancak mesane kanserli hastalarda anlamlı bir fark bulunamamıştır (p>0,05). Böbrek kanserli hastaların tümörlü dokularında, normal dokularına oranla bikunin mRNA seviyesinde anlamlı bir şekilde azalma tespit edildi (p<0,05). Ayrıca, kanserli dokularda AMBP geninin 10. ekzonunda tek nükleotid değişim gözlendi (rs80057939) (p>0,05). Sonuç olarak; bikuninin böbrek kanserinin moleküler mekanizmasında önemli bir rolü olabileceği, tanı ve tedavide bir belirteç ve ilaç olarak fayda sağlayabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Alpha-1-mikroglobulin/bikunin precursor gene comprises 10 exons and 9 introns, 20 kb in length. First six exons encode Alpha-1-mikroglobulin, 8th and 9th exons encode Kunitz domains, 7th and 10th exons encode C and N terminal regions of bikunin. Experimental and clinical results show that bikunin functions in many processes. Bikunin acts as protease inhibitor in cell growth and spread of tumor cells. Bikunin provides significant reduction in expression of uPA and uPAR, thus the invasion and metastasis of tumor cells. There are some experiments based on bikunin protein level in bladder and kidney cancers. However, there is no such a detailed study at molecular level performed with bladder and kidney tumors. Bikunin molecular function in these cancers remains unclear. Herein, total RNA and DNA were obtained from normal and tumor tissues of 19 bladder and 50 kidney cancer patients. Using RNA samples, bikunin mRNA levels were detected using semi-quantitative RT-PCR. Mutational screening was performed at the exons of bikunin gene via SSCP. SNPs were shown using automatic sequencing device. mRNA levels of bikunin in tumor tissues decreased compared with normal tissues in bladder cancer. However, there is no significant difference between tumor and normal samples of bladder (p>0,05). In kidney cancer, bikunin mRNA levels decreased significantly in tumor tissues compared with normal tissues (p<0,05). rs80057939 was detected at the 10th exon of bikunin in tumor tissues (p>0,05). In conclusion, bikunin might contribute to kidney cancer pathogenesis and may be used as a potential marker and drug for diagnosis and treatment.