Çoklu ilaca dirençli gram negatif bakterilerde kolistin duyarlılığının saptanmasında sıvı mikrodilüsyon ve ticari mikrodilüsyon yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of broth microdilution and commercial microdilution methods to detect the colistin susceptibility in multidrug-resistant gram-negative bacteria
Yazar: MERVE AYYILDIZ
Danışman: PROF. DR. YASEMİN BULUT
Fırat Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Kolistin = Colistin ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple

Özet:
Dirençli Gram negatif bakteri enfeksiyonlarıyla mücadelede son antibiyotik seçeneklerinden olan kolistine direcin giderek atması, insan sağlığı üzerine ciddi tehdit oluşturmaktadır. İzolatların kolistin duyarlılığının doğru ve hızlı bir şekilde belirlenmesi, tedavinin başarısı için çok önemlidir. Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi (EUCAST) ve Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI)'nün, kolistin duyarlılığının tespiti için ortak önerisi, sıvı mikrodilüsyon (BMD) yöntemidir. BMD, hazırlanması yoğun emek ve zaman isteyen bir duyarlılık test yöntemi olduğundan laboratuvarlarda rutin kullanımı zordur. Günümüzde bu amaçla geliştirilmiş, uygulaması kolay birçok ticari mikrodilüsyon testi bulunmaktadır. Laboratuvarlarda sıklıkla kullanılan otomatize sistemler ve diğer test yöntemlerinin kolistin duyarlılığını belirlemedeki güvenilirliğini araştıran çok sayıda çalışma mevcut olmakla birlikte, BMD dışındaki yöntemler halen tartışmalıdır.
Phoenix™ M50 otomatize sistemiyle çoklu ilaca dirençli (MDR) saptanan ve kolistin MİK değeri ≤1 µg/mL belirlenen, 25 adet P. aeruginosa, 25 adet E. coli, 25 adet A. baumannii ve 25 adet K. pneumoniae çalışmaya dahil edilmiştir. Toplam 100 izolatta kolistin duyarlılığı Sensititre™ testiyle de çalışılmış ve sonuçlar BMD yöntemiyle karşılaştırılarak bu testlerin performansları araştırılmıştır.
Tüm izolatlar için, Phoenix™ otomatize sisteminin sonuçları BMD yöntemiyle kıyaslandığında 4 izolatta çok büyük hata (ÇBH) saptandı. Kategotik uyum (KU) %96 ve ÇBH %100 olarak belirlendi. Tüm izolatlar için Sensititre™ ticari mikrodilüsyon yönteminin sonuçları BMD yöntemiyle kıyaslandığında 1 büyük hata (BH) bulundu, KU %99, esansiyel uyum (EU) %69, ÇBH %0 ve BH %1,04 olarak hesaplandı.
Bu çalışmada kolistin duyarlılığını belirlemede referans BMD yöntemi ile karşılaştırılan iki duyarlılık test yönteminin de kabul edilebilir antimikrobiyal duyarlılık testi performansı kriterlerini karşılamadığı gözlenmiştir. Buna göre kolistin duyarlılığının, uygulaması zor da olsa, BMD ile belirlenmesi gerekmektedir.
Anahtar kelimeler: Sıvı mikrodilüsyon, Antimikrobiyal duyarlılık testi, Kolistin

Abstract:
The increasing resistance to colistin, which is one of the last antibiotic options in the fight against resistant Gram-negative bacterial infections, poses a serious threat to human health. Accurate and rapid determination of colistin susceptibility of isolates is very important for the success of treatment. The joint recommendation of the European Committee for Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) and the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) for the detection of colistin susceptibility is the broth microdilution (BMD) method. Since BMD is a susceptibility test method that requires intensive labor and time to prepare, its routine use in laboratories is difficult. Today, there are many commercial microdilution tests developed for this purpose that are easy to apply. Although there are many studies investigating the reliability of automated systems and other test methods frequently used in laboratories in determining colistin susceptibility, methods other than BMD are still controversial.
25 P. aeruginosa, 25 E. coli, 25 A. baumannii and 25 K. pneumoniae isolates, which were found multi-drug resistant (MDR) and colistin MIC value was ≤1 µg/mL with the Phoenix™ M50 automated system, were included in the study. Colistin susceptibility was also studied in 100 isolates with the Sensititre™ test, and the performances of these tests were investigated by comparing the results with the BMD method.
For all isolates, the results of the Phoenix™ automated system were compared with the BMD method, and 4 isolates had very major error (VME). The categotic agreement (CA) was determined as 96% and MDR 100%. For all isolates, 1 major error (ME) was found when the results of the Sensititre™ commercial microdilution method were compared with the BMD method. CA was calculated as 99%, essential agreement (EA) as 69%, VME 0% and ME 1.04%.
In this study, it was observed that both susceptibility test methods compared with the reference BMD method in determining colistin susceptibility did not meet the criteria for acceptable antimicrobial susceptibility test performance. Accordingly, colistin sensitivity should be determined by BMD, even if it is difficult to apply.
Keywords: Broth microdilution, Antimicrobial susceptibility testing, Colistin