hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Cytochrome oxidase 1 (cox1) moleküler  beli̇rteci̇ kullanılarak Accanthopus Dejean, 1821 (Tenebrionidae, Helopini) ci̇nsi̇ni̇n taksonomi̇k durumunun beli̇rlenmesi̇
Using the molecular marker cytochrome oxidase 1 (cox1) to identify the taxanomic position of genus Accanthopus Dejean, 1821 (Tenebrionidae, Helopini)
Yazar: AYŞE NUR PEKTAŞ
Danışman: DOÇ. DR. BEKİR KESKİN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology ; Zooloji = Zoology

Özet:
Bu çalışmada, Helopini aşiretine bağlı Accanthopus Dejean, 1821 cinsinin mitokondriyal DNA gen bölgesi cox1 dizileri kullanılarak, Tenebrionidae ailesi içindeki yeri ve diğer cinslerle olan filogenetik ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çeşitli filogenetik analizler bir arada kullanılarak elde edilen veriler doğrultusunda cinsin bu soy hattındaki konumu tartışılmıştır. 
 Sunulan veriler, Accanthopus Dejean, 1821 cinsinin Helopini aşiretinin atasal üyesi olduğunu ortaya koymuştur. Cinsin filogenisi hakkında daha ayrıntılı bilgiler elde edilmesi için moleküler verilerin artırılmasına yönelik çalışmalar planlanmaktadır.

Anahtar sözcükler: Tenebrionidae, Helopini, filogenetik, mtDNA, cox1.

Abstract:
In this study, the phylogenetic relationships with other genera of Tenebrionidae family and its place within by phylogenetic analyzes using mitochondrial DNA gene area cox1 sequences of Accantophus Dejean, 1821 belonging to tribe Helopini. According to data gathered by various phylogenetic analyzes were discussed to reveal the place of this genus within the strain line.
 The study revealed that Accanthopus Dejean, 1821 genus was an ancestral member of the tribe Helopini. Future studies are planning which aimed at increasing molecular data for obtaining more detailed information about the phylogeny of the genus.

 Key words: Tenebrionidae, Helopini, phylogenetic, mtDNA, cox1.
Kuraklık stresine verilen yanıtlarla 
ilgili sinyal iletim süreçlerinde gamma 
amino bütirik asitin (GABA) rolü
The role of gamma amino butyric acid (GABA) in 
signal transduction processes in relation to 
drought responses
Yazar: ALPAY PELVAN
Danışman: DOÇ. DR. MELİKE BOR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: GABA = GABA ; Kuraklık stresi = Drought stress ; Nicotiana tabacum = Nicotiana tabacum

Özet:
Bitkiler, biyotik ve kuraklık, tuz, yüksek sıcaklık gibi abiyotik streslere
sürekli maruz kalmaktadır. Gamma aminobütirik asit (GABA), protein yapısına
katılmayan bir amino asitir. Tek ve çok hücreli birçok organizmada
bulunmaktadır. Bitkilerde çeşitli görevleri bilinmekle birlikte stres koşullarında
sinyal yolaklarında görevli olduğuna dair çeşitli öngörülerde literatürde
mevcuttur. Araştırma projemizde tütün bitkisinde kuraklık stresi koşulları altında
GABA yolu ve ilgili bileşenlerinin günlük ritimdeki (aydınlık-karanlık
fotoperiyotlarda) seviyelerini incelemeyi ve karşılaştırmayı hedefledik.
Çalışmamızda % 20 lik PEG ile oluşturulan kuraklık stresi koşullarında
GABA, glutamat ve prolin miktarındaki ve glutamat dehidrogeneaz (GDH) ve
glutamat dekarboksilaz (GAD) enzim aktivitelerindeki değişimleri inceledik. Elde
ettiğimiz sonuçlar, aydınlık-karanlık geçişlerinde tütün bitkisinin GABA,
glutamat ve prolin üçlüsünü stres yanıtlarını oluşturmak açısından etkin biçimde
kullandığını göstermektedir.

Abstract:
Plants encounter different environmental stresses such as; biotic stress,
drought, salt and high temperature during their lifespan. Gamma aminobutyric
acid (GABA), is an non-protein amino acid. It is found in several unicellular and
multicellular organisms. Up to date its role on several proccesses in plants have
been elucidated and in literature there are hypothesis about its role as a signalling
molecule. In our research we aimed to analyse GABA and GABA shunt
components in diurnal rythym (day-night cycles) of tobacco plants under the
effect of drought stress.
Drought stress was induced by 20 % PEG in tobacco plants and the
differences in GABA, glutamate and prolin contents, and glutamate
dehydrogenase (GDH) and glutamate decarboxylase (GAD) enzyme activities
were analyzed in plant leaf samples taken during diurnal rythym. According to
our findings, GABA, glutamate and prolin act in collaboration for adressing stress
induced responses in tobacco plants during the shifts from day to night cycles.
Sağlıklı yenidoğanlarda yaşamın ilk saati içinde ardışık perfüzyon indeksi ölçümlerinin normal değerleri ve postnatal yaşama adaptasyonda rolü
Normal values of subsequent perfusi̇on i̇ndex measurements i̇n healty newborns wi̇thi̇n the fi̇rst hour of li̇fe and i̇ts role i̇n postnatal li̇fe adaptati̇on.
Yazar: JAMALA MAMMADOVA
Danışman: PROF. DR. MEHMET YALAZ
Ege Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2015
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases

Özet:
Postnatal yaşama adaptasyonda pek çok organ sistemini ilgilendiren bir çok fizyolojik değişikliğin uyumlu bir şekilde gerçekleşmesi gerekir. Bu süreçte yaşanan sorunlara vakit kaybetmeden müdahale edilebilmesi için gerçekleşen fizyolojik değişiklerin anlaşılması ve bebeğin iyilik halinin objektif olarak değerlendirilmesi gerekir.APGAR skorlaması bu amaç için kullanılmaktaysa da objektivitesi son yıllarda tartışmakta.Bu çalışmada son yıllarda kritik hasta yenidoğan bebeklerin tanımasında doku perfüzyonundakı değişikleri noninvaziv olarak göstermesiyle olanak veren perfüzyon indeksi (Pİ) ölçümlerinin sağlıklı yenidoğanlarda yaşamın ilk saati içerisindeki değişikliklerin belirlenmesi ve postnatal adaptasyon ile ilişkisinin irdelenmesi amaçlanmıştır.

Abstract:
The transition from a fetus to a newborn is the most complex physiologic adaptation that occurs in human experience. Before medicalization of delivery, the transition had to occur quickly for survival of the newborn. . All organ systems are involved at some level, but the major immediate adaptations are the establishment of air breathing concurrently with changes in pressures and flows within the cardiovascular system. Other essential adaptations are striking changes in endocrine function, substrate metabolism, and thermogenesis. In this process, the understanding of the problems that happen to be of different physiological response should be evaluated immediately and baby 's well-being should be assessed . APGAR scores also being used for this purpose but objectivity is being discussed in recent years. The perfusion index, derived from the pulse oximeter signal, seems to be an accurate predictor for high illness severity in newborns. The aim of this study was to determine the perfusion index values of clinically and hemodynamically stable preterm newborns in the first hours of life and to investigate the relationship PI between postnatal adaptation.
Garnet esaslı manyetik sıvı üretilmesi, manyeto-optik özelliklerinin incelenmesi
Production of Garnet based magneti̇c fluid, investigation of the magneto-optic properties
Yazar: İSMAİL YARİÇİ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. YAVUZ ÖZTÜRK
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği = Electrical and Electronics Engineering

Özet:
Bu tez çalışmasında, manyetik sıvı üretiminde kullanılacak olan nadir toprak elementlerinden Seryum ve Bizmut ile katkılandırılmış İtriyum-Demir-Garnet (YIG, Y3Fe5O12) nano parçacıkları sol-jel ve ortak çöktürme metodu kullanılarak farklı sıcaklıklarda ve pH değerlerinde üretildi ve karakterizasyonu gerçekleştirildi.  Hazırlanan çözeltiler 800–1400oC sıcaklık aralığında tavlama ile garnet faz oluşumları gözlendi. 
Nano tozların üretim aşamasındaki ve sonrasında mikroyapısal ve manyetik özellikleri XRD, VSM, SEM cihazlarıyla incelendi. Üretilen manyetik sıvıların manyeto-optik özellikleri kurulan 0.5o hassasiyetle Faraday açısı ölçebilen, polarizasyon değişimine dayalı manyeto-optik (MO) ölçüm sistemi ile incelendi.  Faraday açısı için teorik hesaplamalar yapıldı ve deneysel sonuçlarla kıyaslandı.

Abstract:
In this study, YIG (Yttrium-Iron-Garnet, Y3Fe5O12) doped with rare earth elements Cerium and Bismuth were produced by using sol-gel and co-precipitation methods for different pH values and temperatures. The prepared solutions were annealed in the temperature range of 800–1400oC and forming garnet phases was observed. 
Microstructural and magnetic properties of nano powders during and after the fabrication process characterized by using XRD, VSM and SEM. The magneto-optic properties of the obtained magnetic fluid were observed via designed magneto-optical (MO) measurement system, which measure Faraday rotations with 0.5o sensitivity. Faraday rotations were calculated theoretically and compared with the experimental MO results.
Organomineral gübre uygulamalarının ayçiçeği verim ve kalite parametreleri üzerine etkileri
Effect of organomineral fertilizers on sunflower yield and quality properties
Yazar: MEHMET ONAT
Danışman: PROF. DR. BURÇİN ÇOKUYSAL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Ayçiçeği = Sunflower ; Bitki besin elementleri = Plant nourishment elements ; Mineral gübreler = Mineral fertilizers ; Verim = Yield

Özet:
Çalışma; Aydın'ın Söke ilçesinde üretici koşullarında ayçiçeği yetiştiriciliği yapılan arazide yürütülmüştür. Denemenin istatistiki planlaması;tesadüf blokları deneme desenine göre 3 tekerrürlü olarak yapılmıştır. Organomineral gübreler; farklı dozlarda olmakla birlikte mineral gübreler kullanılmıştır.  
Dört farklı gübre çeşidi iki farklı doz olarak uygulanmış olup bu uygulamaların ayçiçeğinde verim ve kalite parametrelerine etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Ayrıca çiçeklenme ve hasat sırasında yaprak analizleri için yaprak örnekleri alınmıştır.Bu örneklerdeki besin element içerikleri bitkinin farklı fizyolojik dönemlerinde gübre faklılıkları göz önünde bulundurularak karşılaştırılmıştır. 
Sonuç olarak farklı gübre ve doz uygulamaları ayçiçeği bitkisinde besin madde miktarı değişimi üzerine istatistiki yönden önemli seviyede etkili bulunmuştur. Bununla birlikte;organomineral gübre uygulaması, ayçiçeği bitkisinin mineral gübre çeşitlerine göre verim ve kalite parametrelerini olumlu yönde etkilediği belirlenmiştir.

Abstract:
The research was conducted in Aydın, Söke on a field conditions. The experiment was planned randomized block design with three replications.  
Four different fertilizers were applied as two different doses that experiment was aimed to identify these applications on sunflower's yield and yield quality. In order to find out the plant's nutrient level, in two different physiological periods that including blooming and harvest periods, leaf sample was taken to examine the plant's nutrient level.  
As a results showed that, different doses and fertilisers are statistically important on the sunflowers' nutriment level, yield amount and yield quality. Also organomineral fertilisers were more effective on sunflowers' yield and yield components.
Yapısal olmayan türkçe verilerin bağlı veri kaynaklarıyla etiketlenmesi
Tagging unstructured data in turkish language with linked data sources
Yazar: ENES BULUT
Danışman: DOÇ. DR. RIZA CENK ERDUR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Bu tezde yapısal olmayan Türkçe özgeçmişler ve LinkedIn profesyonel sosyal ağ sitesinden sağlanan yarı yapısal Türkçe veriler bağlı veri kaynaklarıyla etiketlenerek anlamsallaştırılmıştır. Verilerin etiketlenmesinde kullanılan Türkçe doğal dil işleme aracının geliştirilmesinde kullanılabilecek kütüphaneler incelenmiş ve bu kütüphanelerden Zemberek kütüphanesi kullanılmıştır.

Etiketlenmiş verilerin ve çalışma kapsamında kullanılan diğer verilerin saklanmasında kullanılabilecek veri depolama altyapıları incelenmiştir. Verilerin saklanacağı en etkin veri depolama altyapısını belirlemek için anlamsal verilerin saklandığı üçlü depolama altyapıları ile NoSQL veritabanları incelenmiştir. Çalışmada melez veri altyapısını destekleyen Polyglot Persistence yaklaşımı benimsenmiştir.

Abstract:
In this thesis, unstructured resumes written in Turkish and semi-structured data retrieved from LinkedIn professional social website are tagged to make them semantic data. Zemberek NLP Library has been chosen following the investigation of natural language processing libraries which would be used in the development of the Turkish natural language processing tool that is used on tagging of text data.

Data storage structures that tagged data and the data used in this study are stored in are examined. Triple stores and NoSQL databases are examined in the decision of best options which keep semantic data. In this work, Polyglot Persistence approach is chosen which supports hybrid data infrastructure.
Burgers' tipi kısmi diferansiyel denklemlerin yüksek mertebeden parçalama(splitting) metodları ile sayısal çözümleri üzerine
On the numerical solutions of the Burgers' type parti̇al di̇fferenti̇al equati̇ons wi̇th hi̇gh order spli̇tti̇ng methods
Yazar: MUAZ SEYDAOĞLU
Danışman: PROF. DR. TURGUT ÖZİŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Matematik = Mathematics

Özet:
Bu tezde, 1- boyutlu Burgers' tipi kısmi diferansiyel denklemlerin farklı sınır koşulları için yüksek mertebeden parçalama(Splitting) metodları ile çözümleri araştırılmıştır. 2. mertebeden reel katsayılı parçalama metodları zorunlu olarak bazı negatif katsayıları içerir ve dolayısıyla bu metodlar Laplacian operatörünü barındıran Burgers' tipi denklemler gibi zaman-terslenemeyen(time-irreversible) sistemler için kullanılamazlar. Bu nedenle reel kısmı pozitif olan kompleks katsayılı parçalama metodları ve reel pozitif katsayılı ekstrapolasyon tekniği ile üretilmiş metodlar uygulanmıştır. Eğer sistem tam olarak çözülebilen (ya da sayısal olarak kolayca  hesaplanabilen) problemin perturbasyonu olarak düşünülürse, Burgers' tipi denklemlere oldukça etkili metodlar uygulanabilir. Bir kümesi reel ve pozitif katsayılardan oluşan kompleks katsayılı metodların, yani $a_i\in\mathbb{R}^+$ ve $b_i\in\mathbb{C}^+$, ve düşük mertebe parçalama metodları kullanılarak ekstrapolasyon tekniği ile elde edilen metodların Burgers' tipi denklemler için oldukça hassas çözümler ürettiği sayısal örneklerde gösterilmiştir.

Abstract:
In this thesis, high order splitting methods have been used for calculating the numerical solutions of the Burgers' type partial differential equations in one space dimension with different boundary conditions. However, splitting methods with real coefficients of order higher than two necessarily have negative coefficients and can not be used for time-irreversible systems, such as Burgers' type equations, due to the time-irreversibility of the Laplacian operator. Therefore, the splitting methods with complex coefficients having positive real parts and extrapolation methods with real and positive coefficients have been employed. If we consider the system as the perturbation of an exactly solvable problem (or can be easily approximated numerically), it is possible to employ highly efficient methods to approximate Burgers' type equations. The numerical results show that the methods with complex time steps having one set of coefficients real and positive, say $a_i\in\mathbb{R}^+$ and $b_i\in\mathbb{C}^+$, and high order extrapolation methods derived from a lower order splitting method produce very accurate solutions of the Burgers' type equations.
Bağlı veri ile istenmeyen ilaç etkileşimlerinin tespiti için bir sistem
A system for the detection for the detection of adverse drug interaction with linked data
Yazar: ERKAN YAŞAR
Danışman: YRD. DOÇ. AHMET EGESOY
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Potansiyel İlaç-İlaç Etkileşimlerinin (İİE) tespiti ilaç yönetimi ve ilaç gelişmeleri ile ilgili maliyetleri ciddi bir şekilde azaltabilir. Ayrıca ölüme neden olan  ciddi advers ilaç reaksiyonlarını önleyebilir ve ilaçların yeniden konumlandırılması (ilacın başka bir amaç için kullanılması) hususunda da önemli ilerlemeler sağlayabilir. Bu tez İİE'leri tahmin etmek için iki farklı çözüm önerisi sunmaktadır. İlk olarak İİE ağının ilaç benzerlik skorları ile ağırlıkladırılmasıyla oluşan yapının İİE tahminine olan etkisi incelenmiş. Daha sonra ise bu ağa ilaç-hedef verisinin eklenmesiyle oluşan heterojen ağın İİE tahminine etkisinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Değerlendirme ölçütü olarak AUC ve Hassasiyet kullanılmıştır. Drugbank veri setinden elde edilen homojen İİE ağları üzerinde  hem AUC hem de Hassasiyet açısından önemli performans artışı elde ettik. Ayrıca  İlaç-hedef bilgisinin ve İİE ağının oluşturduğu heterojen ağ ise  ağırlıklı ve ağırlıksız olarak iki şekilde test edilmiştir. Sonuç olarak heterojen ağ üzerinde İİE tahmininin arttığı gözlemlenmiştir.

Abstract:
Detection of potential Drug-Drug Interactions (DDI) can reduce the costs associated drug administration and drug development. It can also prevent serious adverse drug reactions possibly causing death and it may enable advances in drug repurposing (using drug for different purposes). This thesis purposes two different solutions for prediction of DDI. In first part the effect of the DDI network weighted by drug similarity scores on DDI prediction has been investigated. Then, the effect of the heterogeneous network combined with the drug-target data has been investigated. AUC and Precision has been used as evaluation metrics. Significant performance enhancement has been obtained both in terms of AUC and Precision on DDI networks extracted from Drugbank. In addition to this heterogenous network formed by drug-target knowladge and DDI network were tested  as  weighted and unweighted  forms. Consequently it has been obseved that DDI prediction on heterogenius network has been increased.
Zeytinde genom haritasının oluşturulması  ve  meyve olgunlaşmasını kontrol eden genlerle ilişkili DNA markörlerinin saptanması
Construction of genome map in olive and  identification of DNA markers related to genes for controlling to fruit ripening
Yazar: NURENGİN METE
Danışman: PROF. DR. ADALET MISIRLI ; PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Genetik haritalama = Genetic mapping ; Meyve gelişimi = Fruit growth ; Zeytin = Olive

Özet:
Bu çalışma ile zeytinde yüksek yoğunlukta linkage (bağlantı) gruplarının oluşturulması ve meyve olgunluğuna etki eden kantitatif özellik lokuslarının (QTL) belirlenmesi amaçlanmıştır. Buna yönelik olarak Memecik X Uslu zeytin melez popülasyonundan seçilen 92 F1 birey ve ebeveynlerle birlikte 94 genotipte SSR ve DArT-SNP markör analizleri yapılmıştır. Çalışmada, her iki çeşit içinde zeytinin haploid kromozom sayısı olan 23 adet linkage grubu elde edilmiştir. Bu grupların toplam uzunluğu Memecik çeşidinde 2921.9 cM, Uslu çeşidinde ise 2543.2 cM olarak saptanmıştır. Linkage gruplarının içerdiği toplam markör sayısı ve iki markör arası ortalama mesafe sırasıyla Memecik çeşidinde 2071 markör, 1.41 cM; Uslu çeşidinde ise 1836 markör ve 1.38 cM olarak belirlenmiştir.    
QTL analiz sonuçlarına göre zeytinde meyve olgunlaşmasına etkili olduğu düşünülen 39 aday QTL bölgesi belirlenmiştir (LOD>2). Bunların 21'i Memecik çeşidinde (LG2, LG21), 18'i ise Uslu çeşidinde (LG1, LG2, LG8, LG12, LG17) saptanmıştır. 
 Sonuç olarak her iki genom haritasında toplam 3903 markör tespit edilmiş ve gelecekte yapılacak markör destekli seleksiyon (MAS) çalışmalarına zemin hazırlanmıştır.

Abstract:
In this study, it was aimed to form the high-density linkage groups in olive and to determine the quantitative trait loci (QTL) which affected fruit maturity. Regarding this aim, 94 genotypes (92-F1 individuals and parents) which were selected from Memecik x Uslu hybrid population) were analyzed by SSR and DArT-SNP markers. It was obtained 23 linkage groups, which were the number of olive haploid chromosomes, in both olive varieties. The total length of these groups was found to be 2921.9 cM for Memecik and 2543.2 cM for Uslu. The total number of markers in the linkage groups was found to be 2071 for Memecik and 1836 for Uslu while the average distance between two markers was 1.41 cM and 1.38 cM for Memecik and Uslu, respectively. 
It was considered that 39 candidates of QTL locus were identified associated with fruit ripening (LOD> 2) ; 21 of them was determined in Memecik (LG2, LG21) and 18 of them (LG1, LG2, LG8, LG12, LG17) was determined in Uslu. As a result of this study, a total of 3903 markers was determined in both genomes and considered to be a base study for the future marker assisted selections (MAS). 
As a result, both the genome map has been identified a total of 3903 marker and future marker assisted selection (MAS) has been prepared to work the ground.