Dermatofitlerin identifikasyonunda moleküler yöntemlerin yeri ve uygulanabilirliğinin belirlenmesi
The place of molecular methods in the identification of dermatophytes and the determination of their feasibility.
Yazar: FATMA BIYIK
Danışman: PROF. DR. YILDIZ YEĞENOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dermatofitler = Dermatophytes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi = Restriction fragment length polymorphisms

Özet:
Bu çalışmada; 270 hastadan alınan, saç+saçlı deri, deri ve tırnak kazıntısı örnekleri mikolojik yönden incelenmiş ve etken olarak izole edilip dermatofit olduğu düşünülen 56 suşun geleneksel ve moleküler yöntemler ile identifikasyonu yapılmıştır. Üreyen kolonilerden hazırlanan preparasyonlarda 37 (% 66,1)'sinin Trichophyton rubrum, dördünün (% 7,1) Trichophyton mentagrophytes, dördünün (% 7,1) Trichophyton tonsurans, birinin (% 1,8) Trichophyton violaceum, sekizinin (% 14,3) Trichophyton cinsinden, birinin (% 1,8) Microsporum canis, birinin (% 1,8) Microsporum cinsinden olduğu belirlenmiştir. Benzer makroskopik ve mikroskopik özelliklere sahip olan suşların, daha doğru identifikasyonunu gerçekleştirmek için; sporulasyonu ve pigment oluşumunu uyaran MUA / PDA, üreaz oluşumunu sağlayan üre agarı ve Trichophyton cinsinden mantarların vitamin gereksinimlerini sağlayabilme temeline dayalı trikofiton agar 1-7 besiyerlerine ekim yapılmış, 56 suştan 29 (% 51,8)'u T. rubrum, üçü (% 5,3) T. mentagrophytes, ikisi (% 3,6) T. tonsurans, biri (% 1,8) T. violaceum, 19 (% 33,9)'u Trichophyton cinsinden, biri (% 1,8) M. canis, biri (% 1,8) Microsporum cinsinden olarak adlandırılmıştır. Geleneksel yöntemler ile T. rubrum, T. mentagrophytes, T. tonsurans, T. violaceum, Trichophyton cinsinden, M. canis ve Microsporum cinsinden olarak tanımlanan suşların kesin identifikasyonları T1 PCR, 25 GA PCR, ITS PCR-RFLP ve sekanslama yöntemleri uygulanarak yapılmıştır. Moleküler identifikasyon sonucunda 41 suş (% 73,2) T. rubrum, 10 suş (% 17,8) Trichophyton interdigitale, bir suş (% 1,8) T. violaceum, iki suş (% 3,6) M. canis, bir suş (% 1,8) Peacilomyces lilacinus, bir suş (% 1,8) Aspergillus fumigatus olarak tanımlanmış, kullanılan moleküler yöntemler ile dermatofitlerin tür düzeyinde identifikasyonu hızlı ve doğru bir şekilde sağlanmıştır.Anahtar Kelimeler: Dermatofit, Trichophyton cinsinden, Microsporum cinsinden, PCR, RFLP.Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: T-87/15122006.

Abstract:
In this work, hair, skin and nail scrapings collected from 270 patients were examined and 56 strains that were thought to be dermatophytes were isolated. These 56 strains were identified by conventional and molecular methods. Out of 56 strains, 37 (66,1 %) were identified as Trichophyton rubrum, four (7,1 %) were as Trichophyton mentagrophytes, four were (7,1 %) as Trichophyton tonsurans, one (1,8 %) was as Trichophyton violaceum, eight (14,3 %) were as Trichophyton spp., one (1,8 %) was as Microsporum canis, one (1,8 %) was as Microsporum spp. The strains which have similar macroscopic and microscopic characteristics were inoculated into CMA/PDA that enhance the pigment production and stimulate sporulation, urea agar for the production of urease and trichophyton agars 1-7 to detect nutritional requirements of Trichophyton species. At the end of these tests, 29 (51,8 %) strains were identified as T. rubrum, three (5,3 %) were as T. mentagrophytes, two (3,6 %) were as T. tonsurans, one (1,8 %) was as T. violaceum, 19 (33,9 %) were as Trichophyton spp., one (1,8 %) was as M. canis, one (1,8 %) was as Microsporum spp. T1 PCR, 25 GA PCR, ITS PCR-RFLP, and sequencing were performed for definite identification of the strains that were identified as T. rubrum, T. mentagrophytes, T. tonsurans, T. violaceum, Trichophyton spp., M. canis, and Microsporum spp. by conventional methods. According to the molecular identification, 41 (73,8 %) strains were identified as T. rubrum, 10 (17,8 %) were as Trichophyton interdigitale, one (1,8 %) was as T. violaceum, two (3,6 %) was as M. canis, one (1,8 %) was as Peacilomyces lilacinus, one (1,8 %) was as Aspergillus fumigatus. Molecular methods were used in this work provide rapid and accurate species level identification of dermatophytes.Key Words: Dermatophyte, Trichophyton spp., Microsporum spp., PCR, RFLP.The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. T-87/15122006