İdiyopatik boy kısalığı olan hastalarda Floresan In Situ Hibridizasyon ve dizi analizi yöntemleri ile SHOX geninin araştırılması
İdiyopatik boy kısalığı olan hastalarda Floresan In Situ Hibridizasyon ve dizi analizi yöntemleri ile SHOX geninin araştırılması
Yazar: ABDULLATİF BAKIR
Danışman: PROF. DR. MERAL YİRMİBEŞ KARAOĞUZ ; PROF. DR. MEHMET ALİ ERGÜN
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Boy = Body height ; Cücelik = Dwarfism ; DNA analizi = DNA analysis ; FISH = FISH ; Genler = Genes ; Genler-SOX20 = Genes-SOX20 ; Mutasyon = Mutation

Özet:
İdiyopatik boy kısalığı olan hastalarda Floresan in situ Hibridizasyon ve dizi analizi yöntemleri ile SHOX geninin araştırılması.
Boy uzamasını çevresel ve genetik faktörler birlikte etkilemektedir ve boy kısalığı bir bireyin boy uzunluğunun kendi yaş grubu içerisinde 3 persentilin altında olması ya da -2 SDS (Standart Deviasyon Skoru) değerinin altında olması olarak tanımlanır. Bu durumu açıklayacak herhangi bir genetik sendrom, eşlik eden major anomali, kronik veya sistemik hastalık, beslenme bozukluğu, psikososyal nedenler tespit edilmediği takdirde idiyopatik boy kısalığından bahsedilir. İdiyopatik boy kısalığı olan bireylerde boy kısalığı ile ilişkili pek çok gen mutasyonu tanımlanmıştır. Bunlardan birisi de son dönemde üzerinde daha fazla yoğunlaşılan X ve Y kromozomu üzerinde bulunan psödootozomal region (PAR1) olarak adlandırılan bölge üzerinde bulunan Short Stature Homeobox Gene (SHOX) genidir. Bu gen ile ilgili mutasyonların idiyopatik boy kısalığı olan hastaların %2 ila 14`ünün nedeni olduğu vurgulanmaktadır.
Bu proje ile ilk aşamada idiyopatik boy kısalığı olan 37 hastanın sitogenetik analizi yapılarak kromozomal anomaliler dışlanmış ve bunların tamamında FISH tekniği ile SHOX geninde delesyon olup olmadığı araştırılmıştır. FISH analizi normal olan ve DNA eldesi yapılabilen 24 hastada SHOX geninin 2., 3., 4., 5. ve 6. olmak üzere tüm ekzonlarının dizi analizi yapılmış ve normal olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak idiyopatik boy kısalığı olan hastalarda doğru algoritma izlenerek, FISH ve moleküler teknikler kullanılarak (dizi analizi) SHOX genine ait delesyon/mutasyon çalışmasının yapılması gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
SHOX gene analysis with Fluoresant in situ Hybridization and sequence methods in idiopathic short stature patients
Height increase is affected by both genetic and enviromental factors and short stature is defined as height below 3 percantille or under -2 SD (Standart deviation skore) in the same age group. Short stature can be named as ?idiopathic? if there are no accompanying major abnormalities or genetic syndromes, endocrine problems, chronic or systemic enfections, nutritional problems and psychosocial factors. There are many known gene mutations associated with idiopathic short stature. Short Stature Homeobox Gene (SHOX) located on X and Y chromosomes? pseudootosomal regions (PAR 1)  is one of the short stature genes which has been frequently mentioned recently and the mutations of SHOX gene are responsible for % 2-14 of idiopatic short stature cases.
In this project, firstly cytogenetic analyses of the 37 idiopathic short stature patients were performed and were revealed as normal karyotypes. SHOX gene deletion was screened by FISH technique and none of them had deletion. Finally the DNA isolations (24 of the 37 patients) and sequencing of the all coding exons (2nd to 6th) of the SHOX gene were performed and no mutation was detected. As a result in this study by using accurate algorithm, deletion/mutation of the SHOX gene was studied by FISH and DNA sequencing.