Çine-Tepecik insan iskelet kalıntılarının arkeogenomik analizi
Archeogenomic analysis of Çine-Tepecik human skeletal remains
Yazar: SEVGİ YORULMAZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ALİ METİN BÜYÜKKARAKAYA ; DR. FÜSUN ÖZER
Hacettepe Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Antropoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Antropoloji = Anthropology
Dizin: Antropolojik analiz = Anthropological analysis ; Arkeolojik eserler = Archaeological materials ; Arkeolojik kazılar = Archaeological excavations ; Aydın-Çine = Aydın-Çine ; DNA analizi = DNA analysis ; Moleküler antropoloji = Molecular anthropology ; Tepecik Höyüğü = Tepecik Tumulus ; İskelet = Skeleton

Özet:
Antik DNA çalışmalarında son dönemde artış görülmektedir. Bu yeni çalışmalarla incelenen arkeolojik insan topluluklarının genetik yapıları, demografik bilgileri ve çağdaşları olan diğer arkeolojik topluluklar ile olan ilişkileri ortaya çıkarılmaktadır. Bunun yanı sıra arkeolojik ve antropolojik değerlendirmelerle belirlenmiş olan eski insan topluluklarının iç dinamikleri hakkında edinilen bilgilere de yeni çözümlemeler getirilmektedir. 
Bu tez çalışmasında Batı Anadolu'da yer alan Çine-Tepecik arkeolojik yerleşiminden gün ışığına çıkarılmış insan iskelet kalıntıları incelenmiştir. Çine-Tepecik, Geç Neolitik/Kalkolitik dönemden itibaren Tunç Çağına kadar kesintisiz kültür tabakalarına sahiptir, aynı zamanda yerleşmede Helenistik/Roma dönemlerine tarihlendirilen mezarlar da buunmaktadır. Bahsi geçen tabakalardan 10 birey arkeogenomik inceleme için  seçilmiştir. 10 Bireyin tamamından diş örnekleri, aynı bireylerin beşinden de ayrıca pars petrosa kemikleri seçilmiştir. Bu örneklerden aDNA elde edinimi yapılarak, mitokondri kalıtsal yapısında yer alan ve anasal soy hakkında fikir veren HVRI ve HVRII bölgeleri analiz edilmiş ve bu bireylere ait haplogruplar tespit edilmiş ve bunlar yayınlanmış diğer antik topluluklara ait verilerle berbaber değerlendirilmiştir. Ek olarak bireylere ait genomik kütüphaneler oluşturulmuş tüm genom analizleri yürütülmüştür. Elde edilen tüm genom verileri, antik genom bilgileri yayınlanmış diğer arkeolojik topluluklar ile karşılaştırılarak, Çine-Tepecik insan örneklerinin eski Anadolu ve Batı Avrasya popülasyonlarındaki konumu tartışılmıştır.  
mtDNA analizleri ve tüm genom çalışmaları sonucunda dört örnekte haplogrup tayini yapılabilmiştir. Genom çalışmalarından elde edilen veriler ışığında 8 bireyin biyolojik cinsiyetleri belirlenmiştir. Beş bireye ait PMD (ölüm sonrası baz değişimi) grafikleri çizilmiştir. Beş bireyin dördünde otantiklik düzeyi görülmüştür. Genom sonuçlarından elde edilen PCA grafiğine ve mtDNA haplogruplarına (J1d, H2 ve R) bakıldığında Çine-Tepecik örneklerinin eski Anadolu popülasyonları ile genetik benzerlik gösterdiği görülmüştür.

Abstract:
There has been an increase in ancient DNA studies recently. With these new studies, the genetic structures, demographic information and relationships with other archaeological communities of contemporaries are revealed. In addition to this, new analyzes are introduced to the information obtained on the internal dynamics of the old human communities determined by archaeological and anthropological evaluations.
In this thesis, human skeletal remains unearthed from the archaeological settlement of Çine-Tepecik in Western Anatolia were investigated. Çine-Tepecik has cultural layers covering the period from the Late Neolithic /Chalcolithic to the Bronze Age. It has also a cemetery dated Hellennistic/Roman Period. Ten individuals were selected for archaeogenomic examination. 10 dental specimens were selected from all individuals and Pars petrosa bones were selected from five of the same individuals. By obtaining aDNA from these samples, the HVRI and HVRII regions in the mitochondrial hereditary structure, which gave an idea about the maternal lineage, were analyzed and haplogroups of these individuals were identified and evaluated together with the data of other published ancient communities. In addition, genomic libraries of individuals were created and all genome analyzes were conducted. All genome data obtained were compared with other archaeological communities with ancient genome information published and the position of Çine-Tepecik human samples in ancient Anatolian and Western Eurasian populations was discussed.
As a result of mtDNA analysis and whole genome studies, haplogroup determination was made in 4 samples. In the light of the data obtained from genome studies, biological sexes of 8 individuals were determined. PMD (postmortem damage) graphs of five individuals were plotted. Authenticity was observed in four of five individuals. When PCA graph and mtDNA haplogroups (J1d, H2 and R) obtained from genome results were examined, it was seen that Çine-Tepecik samples showed genetic similarity with the ancient Anatolian populations.