Campylobacter cinsi bakterilerin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi
Campylobacter cinsi bakterilerin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi
Yazar: MEHMET İLKTAÇ
Danışman: PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Bakteriyoloji Bilim dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Elektroforez = Electrophoresis ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Kampilobakter = Campylobacter ; Kampilobakter jejuni = Campylobacter jejuni ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
İlktaç, M. (2014). Campylobacter cinsi bakterilerin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi. İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji ABD. Doktora Tezi. İstanbul. 
Çalışmamızda 2004-2011 yılları arasında izole edilen Campylobacter cinsi bakteriler arasındaki genetik çeşitliliğin ve klonal ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. 
Çalışmaya dâhil edilen 341 Campylobacter suşunun cins ve tür düzeyinde tanısı hem fenotipik hem de moleküler yöntemlerle yapılarak bu yöntemler karşılaştırılmış ayrıca C. jejuni ve C. coli suşları flaA-RFLP ve PFGE yöntemleriyle tiplendirilmiştir.
PCR yöntemiyle 341 suşun 300 (% 88)'ü C. jejuni, 37 (% 10.8)'si C. coli, dördü (% 1.2) ise C. jejuni/C. coli dışı türler olarak identifiye edilmiştir. Hippurat hidrolizinin Campylobacter suşlarının % 3'ünde yalancı negatif; % 9.4'ünde ise yalancı pozitif sonuç verdiği ve hippurat testi ile toplam olarak suşların yaklaşık % 12'sinde yanlış sonuç alındığı saptanmıştır.
C. coli suşlarının tamamı flaA-RFLP ve PFGE ile tiplendirilebilirken; 300 C. jejuni suşunun flaA-RFLP ve PFGE ile sırasıyla 298 (% 99.3)'i ve 297 (% 99)'si tiplendirilebilmiştir. C. jejuni ve C. coli tiplendirmesinde PFGE'nin ayırt etme gücünün flaA-RFLP'ninkinden daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Her iki türde de kombine yöntemin ayırt etme gücünün her bir yöntemin tek başına ayırt etme gücünden daha yüksek olduğu saptanmıştır. 
Kombine yöntem sonuçlarına göre 295 C. jejuni suşunun 201, 37 C. coli suşunun ise 25 farklı genotipe ayrıldığı; C. jejuni genotiplerinin % 80'ininde ve C. coli genotiplerinin ise % 64'ünde sadece tek bir suşun bulunduğu belirlenerek her iki türde de genetik çeşitliliğin oldukça fazla olduğu saptanmıştır.
İki ayrı hastanın farklı zamanlarda gönderilen dışkı örneklerinden izole edilen iki Campylobacter suşundan birinin C. jejuni; diğerinin ise C. coli olduğu belirlenmiş ve bu hastalarda farklı türlerle bir mikst infeksiyon veya yeni bir infeksiyon söz konusu olabileceği sonucuna varılmıştır. Moleküler tiplendirme sonuçlarına göre, üç hastanın herbirinin farklı dışkı örneklerinden izole edilen iki C. jejuni suşunun birbirinden farklı olduğu ve bu hastalarda büyük bir olasılıkla farklı genotipten iki C. jejuni suşu ile mikst infeksiyon söz konusu olduğu belirlenmiştir.
Bu çalışma; uzun bir dönemde izole edilen oldukça fazla sayıda suşun incelenmesi, C. jejuni suşları ile birlikte C. coli suşlarının da tiplendirilmesi,  hippurat testi sonuçlarının moleküler yöntemlerle karşılaştırılması, tiplendirmede iki farklı moleküler yöntemin birlikte kullanılarak sonuçların kombine olarak değerlendirilmesi ve aynı hastada hem farklı türden Campylobacter suşları hem de farklı genotipten C. jejuni suşlarıyla mikst infeksiyon/yeni infeksiyonun gösterilmesi açısından ülkemizde yapılan ilk araştırma olma özelliğine sahiptir.

Abstract:
Ilktac, M. (2014). Molecular typing of Campylobacter spp. İstanbul University, Institute of Health Science, Medical Microbiology Department. PhD Thesis. İstanbul.  
In our study it was aimed to investigate the genetic variety and clonal relation among Campylobacter spp. isolated between 2004-2011.
Phenotypic and molecular methods carried out for genus and species level identification of 341 strains included in the study were compared; C. jejuni and C. coli strains were typed by flaA-RFLP and PFGE.
Of 341 isolates, 300 (88 %) were identified as C. jejuni, 37 (10.8 %) as C. coli and four (1.2 %) as non-jejuni/non-coli by PCR method. Hippurate hydrolysis resulted in false negative result for 3 % and false positive result for 9.4 % of Campylobacter strains and it was found that with hippurate hydrolysis test inaccurate results were obtained for 12% of the strains totally.
While all C. coli strains were able to be typed by flaA-RFLP and PFGE; of 300 C. jejuni strains, 298 (99.3 %) and 297 (99 %) could be typed by flaA-RFLP and PFGE respectively. For typing of C. jejuni and C. coli, the discriminatory power of PFGE was found to be higher than that of flaA-RFLP. For both species, the discriminatory power of combined method was detected to be higher than that of each method alone. 
According to the results of combined method, genetic variety was found to be high for both species; with 295 C. jejuni strains dividing into 201 and 30 C. coli strains dividing into 25 different genotypes with respectively 80 % and % 64 of C. jejuni and C. coli genotypes including only one strain.
One of the two strains isolated from the stool samples of two different patients collected on different time intervals was found to be C. jejuni and the other strain to be C. coli. It was figured out that mixed infection or new infection could be the case for these two patients. According to molecular typing results, two C. jejuni strains isolated from different stool samples of three patients each were found to be different from one another and mixed infection with two C. jejuni strains of different genotypes was figured out to be the most probable case.
This is the first study in our country in terms of investigating high number of Campylobacter strains, typing of C. coli strains as well as C. jejuni, comparing hippurate hydrolysis test results with molecular methods, evaluating the typing results with combined method using two different molecular typing methods together and indicating mixed infection or new infection of patients with both different Campylobacter species and C. jejuni strains with different genotype.