Hastane enfeksiyonlarından izole edilen a.baumannii suşlarının 
AFLP ve pfge yöntemi ile moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of a. baumannii strains isolated from 
nosocomial infections by AFLP and pfge methods
Yazar: IŞILAY GÖKÇE BENK
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Elektroforez = Electrophoresis ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
A. baumannii?nin hastane infeksiyonlarında önemi giderek artmaktadır. Özellikle yoğun bakm ünitelerinde sıklıkla izole edilmektedir. Hastane infeksiyonlarının önlenmesinde hijyen, personel eğitimi, akılcı antibiyotik kullanımı ve surveyans önemlidir. Tüm hastane infeksiyonlarında olduğu gibi A. baumannii?nin neden olduğu infeksiyonlarda da infeksiyonun epidemiyolojik özelliklerini değerlendirmek ve infeksiyon ile ilişkili izolatların klonal özelliklerini ortaya koymak için genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu yöntemlerden PFGE, A baumannii salgınlarının surveyansında, salgın izolatlarının klonal ilikisinin ve kaynağının tespit edilmesinde `?altın standart?? olarak kabul edilen bir yöntemdir. Ancak son yıllarda AFLP?nin sürveyans çalışmalarında PFGE yönteminin alternatifi olabileceği, yöntemin, PFGE?ye gore maliyet, geri dönüş süresi ve ayırım gücü yönünden avantajları olduğu ileri sürülmüştür. Bu çalışmada hastane infeksiyonlarının sürveyansında AFLP?nin kullanılabilirliğinin belirlenmesi amaçlanmış, test mikroorganizması olarak A. baumannii kontrol yöntem olarak da PFGE seçilmiştir. Çalışmada test suşu olarak Ç. Ü. Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuarına çeşitli servislerden gönderilen klinik materyalden izole edilen Karbapeneme dirençli 49 A. baumannii izolatıkullanılmıştır. Test suşları  arasındaki  klonal ilişki AFLP ve PFGE ile araştırılmıştır. PFGE yöntemi ile  % 100 uyumlu bulunan ve A kümesi içerisinde alt kümelere dağılan 18 suşun  11?inin  AFLP ile de  % 100 ilişkili benzer alt kümelere dağıldıkları, bu küme içeriside yer alan 14 suşun da her iki yöntem ile bağımsız tek üyeli kümeler içerisine dağıldıkları görüldü. Böylece iki testin aynı suşları % 100 uyumlu ve ilişkisiz tek üyeli kümelere dağıtabilme yetenekleri dikkate alındığında AFLP?nin PFGE karşısında özgüllüğünün % 78.1 (25/32) olduğu görüldü. Ancak her iki yöntemin ayırım güçleri arasında anlamlı bir fark tespit edilemedi.    

Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, Amplified Fragment Length Polymorphism, Pulsed Field Gel Electrophoresis.

Abstract:
Importance of A. baumannii is rasing among nosocomial infections. It is isolated so often especially from intensive care units. Surveillance programmes, rational antibiotic usage, education of personnel and hygiene is very important to prevent nosocomial infections. Like in most of nosocomial infections, it is very important to evaluate the epidemiological properties and to elucidate the clonnal relations between A. baumannii isolates. Among theese methods the PFGE is accepted as golden standart in terms of surveillance of outbreaks with especially A.bauannii associated infections and in determining the source and clonnal relations of those strains. But in recent years it is suggested that AFLP could be an alternative to PFGE in terms of advantages of cost, feedback time and discriminitary power. In this study, the investigation of availability of AFLP method was the goal and A. baumannii was selected as test organism while PFGE was the control method. 49 A. baumannii isolates which are identified as carbapenem resistant and sent to Cukurova university faculty of medicine Balcali Hospital Central laboratory from various wards were included as testing isolates. The clonnal relations between isolates were determined both with PFGE and AFLP methods to investigate the discrimination power of methods. The 11 of 18 strains which are distributed into subclusters in group A with 100% compatibility were found to be in 100% related subclusters in AFLP too and furthermore 14 strains which were in this cluster were found to distribute in independent single-membered clusters by two of the methods. Thus when considering the ability of two methods to distribute same strains into 100% identical and unrelated single membered clusters the specifity of AFLP was found to be 78.1%(25/32). However there was no significant difference between discriminitary power of two methods.

Keywords: Acinetobacter baumannii, AFLP, Pulsed Field Gel Electrophoresis