Santral sinir sistemi enfeksiyonlarının moleküler test sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi /
Yazar: OSMAN MERDAN
Danışman: DOÇ. DR. İMRAN SAĞLIK
Bursa Uludağ Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Mikrobiyolojik teknikler = Microbiological techniques ; Viroloji = Virology

Özet:
Teknolojik gelişmelere rağmen, santral  sinir sistemi enfeksiyonlarının (SSS) teşhisi hala zordur. Bu çalışmanın amacı, merkezi sinir sistemi enfeksiyonlarının tanısında moleküler panel sonuçlarının restorspektif olarak değerlendirilmesidir.
Bio-Speedy Menenjit/Ensefalit (ME) (Bioeksen, İstanbul, Türkiye) paneli, 17 patojenin eş zamanlı, hızlı (~1 saat) tespitini amaçlayan bir multipleks PCR testidir.
Bu çalışma, Haziran 2022 ile Mart 2023 arasında SSS enfeksiyonu şüphesi olan 88 hastanın BOS örneklerini içermektedir. Bio-Speedy panelinin sonuçları, gram boyama/bakteri kültürü ve FTD Viral menenjit Kiti (Fast Track Diagnostics Ltd, Lüksemburg) ( AB'de IVD kullanımı için CE işaretli) (HSV-1, HSV-2, VZV, EV, Mumps virüsü, HPeV) ile karşılaştırılmıştır.
On altı (%18,2) örnekte en az bir yöntemle bakteri veya virüs saptanmıştır ve bunların 12'si (%13,6) doğru pozitif olarak kabul edilmiştir. BioSpeedy paneli ile toplam dokuz sonuç [VZV (n=3), EV (n=1), S. pneumoniae (n=2), N. Meningitides (n=1), H. influenzae (n=1)] doğru pozitif olarak değerlendirilmiştir. Dört virüs [VZV (n=3), EV (n=1)], hem BioSpeedy hem de FTD panelinde tespit edilmiştir. İki örnekte sadece FTD paneli ile virüs [Kabakulak virüsü, HSV-2] tespit edilebilmiştir. Bir etken (S. pyogenes) sadece bakteriyel kültür ile tespit edilebilimiştir. Yalnızca Biospeedy tarafından tespit edilen toplam beş patojen [S. pneumoniae (n=2), HHV-6 (n=2), HHV-7 (n=1)] klinik anlamı belirsiz olarak değerlendirilmiştir.
Biospeedy moleküler tanı paneli, yanlış negatif sonuçları önlemek ve doğru bir teşhis sağlamak için geniş bir ölçekte çok çeşitli olası patojenler içerir. Ancak yöntem kaynaklı klinik anlamı belirsiz sonuçlarından ve gereksiz tedavi uygulamalarından kaçınmak için test sonuçlarının klinik ve laboratuvar muayeneye göre yorumlanması veya doğrulanması gerekir.

Anahtar kelimeler: Merkezi sinir sistemi enfeksiyonları, Menenjit, Ensefalit, Moleküler tanı, Multipleks PCR panelleri

Abstract:
Despite technological advancements, diagnosis of central nervous system infections is still challenging. Retrospective evaluation of central nervous system infections' molecular test results using commercially available multiplex PCR panels was the aim of this study.  
The Bio-Speedy Meningitis/Encephalitis (ME) (Bioeksen, Istanbul, Turkey) panel is a multiplex PCR test aiming for the simultaneous, rapid (∼1-h) detection of 17 from cerebrospinal fluid (CSF) specimens for in vitro diagnosing of CNS infections.
This study included CSF specimens of 88 patients with suspected CNS infection between June 2022 and March 2023. The results of the Bio-Speedy panel were compared with gram staining/bacterial culture and the FTD Viral meningitis Kit (Fast Track Diagnostics Ltd, Luxemburg) (CE-marked for IVD use in the EU) (HSV-1, HSV-2, VZV, EV, Mumps virus, HPeV). 
A bacteria or a virus were detected by at least one method in 16 (18.2%) samples, and 12 (13.6%) of them were accepted as true positives. A total of nine results with the BioSpeedy panel [VZV (n=3), EV (n=1), S. pneumoniae (n=2), N. meningitidis (n=1), H. influenzae (n=1)] evaluated as true positives. Four viruses [VZV (n=3), EV (n=1)] were detected in both the BioSpeedy and FTD panels. In two samples, viruses [Mumps virus, HSV-2]  could be detected only by the FTD panel. An agent (S.pyogenes) could only be detected in culture. A total of five pathogens [S. pneumoniae (n=2), HHV-6 (n=2), HHV-7 (n=1)] detected only by Biospeedy were evaluated as undetermined.
The Biospeedy molecular diagnostic panel includes a wide range of possible pathogens on a broad scale to avoid false negative results and ensure an accurate diagnosis. However, test results should be interpreted or confirmed according to clinical and laboratory to avoid method-related IP results and unnecessary treatment.

Keywords: Central nervous system infections, Meningitis, Encephalitis, Molecular diagnostics , Multiplex PCR panels