Papiller tiroid kanserinde saptanan gen ekspresyon değişikliklerinin tümörogenez ile ilişkisinin incelenmesi
N investigation of the relation between identified gene expression changes in papillary thyroid cancer and tumorogenesis
Yazar: ELİF BÜŞRA YILMAZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. DENİZ SÜNNETÇİ AKKOYUNLU
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Tiroid bezi = Thyroid gland ; Tiroid hastalıkları = Thyroid diseases ; Tiroid neoplazmları = Thyroid neoplasms

Özet:
Papiller tiroid kanseri (PTK), tiroid kanser tipleri arasında en yaygın olanıdır. PTK' lerin prognozları oldukça iyidir fakat agresif formlara da dönüşebilirler. Ayrıca uzak metastazı olan hastalar geleneksel tedavilerden faydalanamazlar. Bu nedenle, tanı, prognostik ve terapötik biyolojik belirteç olarak kullanılabilen genetik molekülleri tanımlamak gereklidir. Bu çalışmada papiller tiroid kanser örnekleri ile normal tiroid örnekleri arasında ekspresyon farklılığı gösteren genleri tanımlamayı amaçladık.Çalışmamızda 2016-2017 yılları arasında Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na, Kocaeli Üniversitesi Genel Cerrahi Anabilim Dalı'ndan yönlendirilen 20 papiller tiroid kanseri hastası ve 10 normal tiroid hastası ile gen ekspresyon mikroarray çalışması yapıldı. IPA analizi ile PTK ile ilgili sinyal yolaklarını ve PPE (protein protein etkileşimi) ağları oluşturarak hastalığa sebep olan anahtar genleri tespit ettik. Papiller tiroid kanseri dokularıyla normal tiroid dokuları karşılaştırıldığında 1554 genin ekspresyonu artarken, 912 genin ekspresyonunun azaldığı tespit edildi. Pıhtılaşma sistem yolağı en anlamlı yolak olarak bulundu ve SERPINA1 ekspresyonu en fazla artan gen olarak tespit edildi. PPE gen ağında saptanan anahtar genler şunlardır: CCND1, PGR, CEBPA, CDKN1A, SPDEF, PLAU ve MDM2. SERPINA1, CCND1, PGR, CEBPA, CDKN1A, SPDEF, PLAU ve MDM2 PTK tanısında biyobelirteç olarak kullanılabilir. Verilerimiz PTK tanı ev tedavisi için yol gösterici niteliktedir.

Abstract:
Papillary thyroid cancer (PTC) is the most common type of thyroid malignancies. PTC has good prognosis, but it can dedifferentiate into aggressive forms. Besides, patients with distant metastasis can not benefit from the traditional therapies. Therefore, it is essential to identify genetic molecules that can be used as a diagnostic, prognostic,  therapeutic biomarker.  In this study, we aimed to identify differentially expressed genes (DEGs) between PTC samples and normal controls. In our study, 20 patients who had been diagnosed with papillary thyroid carcinoma and 10 patients who had a diagnosis of normal tyroid for control group guided were studied by gene expression microarray to Kocaeli University General Surgery Department from Kocaeli University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics between the years of 2016 and 2017. We performed to discover the  signaling pathways associated with PTC and construct protein-protein interaction (PPI) networks to find out key genes for the disease.1554 up-regulated, 912 down-regulated DEGs were identified in PTC samples compared to normal thyroid tissues. Coagulation system was determined as the most significant pathway and SERPINA1 was the most up-regulated gene of this pathway. CCND1, PGR, CEBPA, CDKN1A, SPDEF, PLAU and MDM2 were key nodes in the PPI networks.SERPINA1, CCND1, PGR, CEBPA, CDKN1A, SPDEF, PLAU and MDM2 were found to have potential for use as diagnostic biomarker for PTC. Our study may shed light on the diagnosis and treatment of PTC.