İstanbul Kriminal Polis Laboratuvarı Müdürlüğüne gönderilen bazı biyolojik örnekler üzerinde gelişen mantar türleri ile ilgili bazı doğal ekstraktların antifungal etkileri
Antifungal effects of some plant extracts on fungal strains isolated from biological materials sent to Istanbul Criminal Police Laboratory Directorate
Yazar: HÜSEYİN AVCI
Danışman: PROF. DR. ŞAHLAN ÖZTÜRK
Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Adli bir vakada olay yeri incelemesinde olay yerinde her ne kadar bir biyolojik materyal bulunsa da en az onun kadar önemli olan bir başka konu da alınan biyolojik materyalin laboratuvarlara nasıl gönderildiğidir. Eğer olay yerinden alınan biyolojik materyal ıslak ya da nemli bir şekilde veya usulüne uygun olarak paketlenmeden laboratuvara incelenmeye gönderilecek olursa, biyolojik materyal üzerinde mikroorganizmaların çoğalması için elverişli bir ortam oluşmaktadır. Mikroorganizmaların çoğalmalarına bağlı olarak meydana gelen yıkımlar ile DNA'nın elde edilmesini sınırlandırabilmekte, bu da olayın çözülmesine yardımcı olacak delilin kaybolmasına neden olabilmektedir. Bu çalışmada adli vakalardan elde edilen ve incelenmek üzere İstanbul Kriminal Polis Laboratuvarı Müdürlüğüne gönderilen atlet, penye, t-shirt, kapri, boxer, paspas, mont, çorap, kot pantolon ve şüpheli şahsa ait kan lekesi (17 farklı örnek) gibi pütrifiye olmuş biyolojik materyaller üzerinden izole edilen 40 izolat elde edilerek API 20C AUX (BioMerieux) testi ile tanımlanmıştır. Tanımlama sonucuna göre 40 izolatın %82,5'i Cryptococcus laurentii, %10'u Candida guilliermondii, %5'i Candida albicans ve %2,5'i Candida tropicalis olarak tespit edilmiştir. Cryptococcus laurentii, Candida guilliermondii, Candida albicans ve Candida tropicalis izolatlarının bir antifungal olan oceral isimli ilaca karşı direçlilik durumları agar kuyucuk difüzyon metodu ile belirlenmiştir. Ocerale karşı en çok direnç gösteren izolatlar sırasıyla Cryptococcus laurentii H-40, Candida albicans H-27, Cryptococcus laurentii H-39, Cryptococcus laurentii H-9, Cryptococcus laurentii H-16 ve Candida guilliermondii H-32 olduğu saptanmıştır ve bu dirençli izolatların MALDI-TOF MS analizi ile tekrar tanımlamaları yapılarak doğrulanmıştır. Ocerale direnç gösteren izolatlar üzerinde ülkemizde doğal olarak yetişen Cotinus coggygria, Tanacetum albipannosum, Lavandula stoechas, Juglans regia ve Hibiscus sabdariffa bitki ekstraktlarının agar kuyucuk yöntemiyle antifungal etkileri çalışılmış ve en etkili bitki ekstraktları tespit edilmiştir. Bu çalışmada Cotinus coggygria, Tanacetum albipannosum ile Lavandula stoechas bitki ekstraktlarının bir antifungal olan oceral isimli ilaçtan daha fazla etki gösterdiği tespit edilmiştir. Bu çalışma ile DNA yapısını bozan mikroorganizmaların çoğunlukla maya türleri olduğunu doğrulamaktadır ve pütrifiye olmuş kanlı biyolojik materyaller üzerinden en fazla izole edilen tür Cryptococcus laurentii olmuştur. Pütrifiye olmuş kanlı biyolojik materyaller üzerinde bulunan DNA yapısını degrede eden mikroorganizmalar ve bu mikroorganizmalara etki eden bitki ekstraktlarının antifungal etkileri ile ilgili Türkiye'de daha önce yapılmış bir çalışma bulunamamaktadır. Yapılacak bir çalışma ile kullanılan bitki ekstraktlarının içeriği tespit edilerek etken maddeleri çıkarılabilir. Bu bitkilerin ayrı ayrı ve birlikte kullanımı ayrıca araştırılarak antifungal bir ilaç haline getirilebilir ve adli vakalardan elde edilen biyolojik materyaller üzerinde mikroorganizmaların çoğalmasının önüne geçilerek DNA'nın degrede olmasının azaltılmasının sağlanacağı düşünülmektedir.

Abstract:
In a crime scene investigation, send the sample correctly to the laboratory is as important as find a biological material. If the biological material from the crime scene is sent to laboratory in an unpackaged, wet or damp way, there would be a convenient environment for microbial growth. Breakdowns caused by microbial growth can limit the availability of DNA, thus evidence helping solve the case may disappear. In this study, 40 yeast strains isolated from putrefied biological materials (17 different sample) that are obtained from criminal cases and sent to İstanbul Criminal Police Laboratory Directorate such as athlete, hosiery, t-shirt, capri, boxer, mop, coat, socks, jeans, suspect's blood spot were identified by API 20C AUX (BioMerieux) system. According to identification 82.5% of isolates are Cryptococcus laurentii, 10% Candida guilliermondii, 5% Candida albicans and %2.5 Candida tropicalis. Resistance of Cryptococcus laurentii, Candida guilliermondii, Candida albicans and Candida tropicalis isolates to oceral (an antifungal drug), was determined by agar well diffusion method. It was determined that isolates having more resistance to oceral are Cryptococcus laurentii H-40, Candida albicans H-27, Cryptococcus laurentii H-39, Cryptococcus laurentii H-9, Cryptococcus laurentii H-16 and Candida guilliermondii H-32, respectively and these resistant isolates were confirmed with MALDI-TOF MS method. The antifungal activity of plant extracts which naturally grown in our country such as Cotinus coggygria, Tanacetum albipannosum, Lavandula stoechas, Juglans regia and Hibiscus sabdariffa were examined on the resistant isolates by agar well diffusion method and the most effective plant extracts were detected. In this study, it was determined that Cotinus coggygria, Tanacetum albipannosum and Lavandula stoechas plant extracts have higher antifungal activity on resistant isolates than ocereal. This study confirmed that microorganisms leading to DNA breakdown are mostly caused by yeast strains, and the most isolated species from putrefied bloody biological materials is determined as Cryptococcus laurentii. There is no other study about microorganisms that degrade DNA on putrefied bloody biological materials and antifungal effects of plant extracts affecting these microorganisms by this time in Turkey. Studies contents and active ingredients of plant extracts could be detected. By further studies an antifungal drug can be developed by investigating separate or also combined use of these plants, by this means it is thought that DNA degradation will be reduced by avoiding microbial growth on biological materials obtained from forensic cases.