Kan kültürlerinden mikroorganizmaların doğrudan tanımlanması ve hızlı antibiyotik duyarlılık testlerinin çalışılması
Direct identification of microorganisms from blood cultures and studying rapid antibiotic susceptibility tests
Yazar: ÇAĞRI ÇOBAN
Danışman: PROF. DR. ASUMAN BİRİNCİ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Kan kültürü = Blood culture ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Mikroorganizmalar = Microorganisms ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
Kan dolaşımına neden olan patojenlerin hızlı bir şekilde tanımlanması  ve antiyogram yapılması  mikrobiyoloji laboratuvarı için en önemli testlerinden biridir. Bu çalışmada kan kültürlerinden direkt tanımlama yaparak, kan kültürlerinin agar plaklarındaki inkübasyon periyodunu ortadan kaldırarak ve 2019 EUCAST kriterleri doğrultusunda hızlı antibiyotik duyarlılık testi çalışılarak hasta sonuçlarının daha erken belirlenmesini amaçlanmıştır.  
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi mikrobiyoloji labarotuvarına 15 haziran 15 ağustos arasında gelen kan kültürlerinden pozitif sinyal veren ve gram boyaması monomikrobiyal gözüken 95 kan kültürü şişesi randomize bir şekilde seçilmiştir. Bu kan kültürlerinin Lizis Filtrasyon Yöntemiyle çalışılan MALDI TOF MS (bioMérieux, Marcy I'Etoile, Fransa) identifikasyon sonuçları ile rutin  MALDI TOF MS identifikasyon sonuçları karşılaştırarak değerlendirilmiştir. Kan kültürlerinden doğrudan identifikasyon sonuçlarına  değerlendirildiğinde EUCAST hızlı duyarlılık sonuçları 38 kan kültürü şişesi için değerlendirilmeye alınmıştır. 
MALDI TOF MS ile identifiye edilmiş 95 monomikrobiyal kan kültürü şişeşinden 73 tanesi LF Yöntemi ile tür ve cins düzeyinde tanımlanabilmiştir, 22 tane kan kültürü şişesi için sonuç elde edilememiştir. Gram pozitif bakterilerin, gram negatif bakterilerin, mayaların identifikasyonu sırası ile %70,59 ,%90,9 , %63,64 oranında tespit edilmiştir. EUCAST hızlı duyarlılık sonuçlarına göre  değerlendirilen 38 kan kültür şişesinin dağılımı 7'si  S. aureus, 4'ü E. fecalis, 5'i E. faceium, 8'i E. coli, 6'sı K. pneumoniae, 5'i A. baumanni, 3'ü P. aeruginosa dır. EUCAST önerileri doğrultusunda çalışılan hızlı duyarlılık  sonuçları Vitek 2 Compact (BioMérieux) duyarlılık sonuçları  4., 6.,8., saatlerdeki toplam uyumu sırasıyla % 42,86 , % 86,84 , %100 dür.
Kan kültüründen doğrudan tanımlama yapılan hastaların ve aynı zamanda hızlı duyarlılık çalışılan hastaların  antiyogramlarının erken sonuçlandırılmasının morbite ve mortaliteye katkısı düşünüldüğünde kan kültüründen doğrudan çalışılan testlere ihtiyaç vardır.

Anahtar Kelimeler: MALDI-TOF MS, kan kültürü, doğrudan teşhis, hızlı duyarlılık.

Abstract:
It is one of the most important tests for the microbiology laboratory to quickly identify the pathogens that cause blood circulation and make an antiogram. In this study, it was aimed to determine patient results earlier by making direct identification from blood cultures, eliminating the incubation period on agar plates of blood cultures, and by performing a rapid antibiotic susceptibility test in line with 2019 EUCAST criteria.
95 blood culture bottles with a positive signal from blood cultures coming to the microbiology laboratory of Ondokuz Mayıs University Medical Faculty Hospital between 15 June and 15 August and whose gram staining appears to be monomicrobial were randomly selected. The Maldı TOF MS (bioMérieux, Marcy I'Etoile, France) identification results of these blood cultures studied with the Lysis Filtration Method were compared with the routine Maldi TOF MS identification results. When evaluating the direct identification results from blood cultures, EUCAST rapid sensitivity results were evaluated for 38 blood culture bottles.
73 out of 95 monomicrobial blood culture bottles identified by Maldi TOF MS could be identified at the level of species and genus by LF Method, no results were obtained for 22 blood culture bottles. Identification of gram positive bacteria, gram negative bacteria, yeast was determined with a rate of % 70,59, % 90,9 and %63,64 respectively. The distribution of 38 blood culture bottles evaluated according to EUCAST rapid sensitivity results was 7 for S. aureus, 4 for E. fecalis, 5 for E. faceium, 8 for E. coli, 6 for K. pneumoniae, 5 for A baumanni, 3 are P. aeruginosa. Fast sensitivity results studied in line with EUCAST recommendations Vitek 2 Compact (BioMérieux) sensitivity results were 42.86%, 86.84%, and 100%, respectively.
Considering the contribution of early conclusion of the antiograms of patients with direct identification from blood culture and patients with rapid sensitivity to morbidity and mortality, tests that are directly studied from blood culture are needed.

Keywords: MALDI-TOF MS, blood culture, direct diagnosis, rapid sensitivity.