Türkiye`de halofilik arkebakterilerin izolasyonu ve karekterizasyonu
Isolation and characterization of halophilic archaebacteria from Turkey
Yazar: BİRGÜL ÖZCAN
Danışman: PROF.DR. CUMHUR ÇÖKMÜŞ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2004
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
ÖZET Doktora Tezi TÜRKİYE'DEN HALOFÎLİK ARKEBAKTERİLERİN İZOLASYONU VE KARAKTERİZASYONU Birgül ÖZCAN Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Cumhur ÇÖKMÜŞ Tuz gölü (Ankara), Acı göl (Denizli), Salda gölü (Burdur), Seyfe gölü (Kırşehir), Tuzla gölü (Kayseri) ve Bolluk gölü (Konya) olmak üzere Türkiye'nin altı farklı tuzlu bölgesinden toplanan toprak, su ve tuz kütlesi örneklerinden %25 (w/v) NaCl içeren kompleks besi yeri kullanılarak 95 adet fıalofilik arke izole edilmiştir. Antibiyotik duyarlılığı ve zar-eter lipit analizleri ile arke olarak tanımlanan izolatlar, hareket, pigmentasyon, Gram reaksiyonları, koloni ve hücre morfolojisi, biyokimyasal testler, elektroforetik protein profilleri ve plazmid içerikleri yönünden incelenmiştir. Buna göre izolatlarm %83.2'sinin hareketli, %96.8'inin Gram (-), %62'sinin çubuk ve %19'unun pleomorfik hücre morfolojisine sahip olduğu görülmüştür. İzolatlarm, genelde yuvarlak, düz kenarlı, konveks koloni morfolojisine sahip oldukları ve açık pembeden kırmızıya kadar değişen renk tonlarında pigmentasyon gösterdikleri bulunmuştur. Çeşitli biyokimyasal testler sonucunda halofilik arke izolatlarının tümünün katalaz ve oksidaz aktivitesine ve sadece 2 izolatm L-arjininde anaerobik üreme yeteneğine sahip oldukları tespit edilmiştir. Bunların dışındaki biyokimyasal testlerde %85.3-2. 1 aralığında pozitif sonuçiar elde edilmiştir. Antibiyotik duyarlılık testi sonucuna göre tüm izolatlarm bazitrasin, novobiyosin ve rifampisin'e duyarlı oldukları saptanmıştır. İzolatlardan 60'nın 1-6 arasında değişen sayıda ve 1.0-36.9 kb arasında değişen farklı moleküler büyüklüklerde plazmid içerdikleri belirlenmiştir. Ayrıca izolatlann tüm hücre protein profilleri SDS-PAGE ile çıkarılarak MVSP analiz programı ve UPGMA metodu kullanılarak karşılaştırılmış, benzerlik dendogramı çıkarılmıştır. Buna göre izolatlar 8 gruba ayrılmış, 10 adet izolatın standart suşlarla birlikte tek bir grup içinde toplandıkları ve bu grup içerisinde 4 izolatm diğerleri farklı gruplar oluşturduğu halde standart suşlara benzerlik oranlarının yüksek olduğu görülmüştür. 2004, 128 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Halofilik arkebakteriler, izolasyon, karakterizasyon, plazmid, SDS-PAGE, Türkiye

Abstract:
ABSTRACT Ph. D. Thesis ISOLATION AND CHARACTERIZAION OF HALOPHILIC ARCHAEBACTERIA FROM TURKEY Birgül ÖZCAN Ankara Universty Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Cumhur ÇÖKMÜŞ Ninetyfive halophilic archaeal isolates were obtained from saline soil, brine and halit samples collected from six distinct regions of Turkey by using complex medium containing 25% NaCl (w/v). The isolates identified as archae by antibiotic suscebtibility and membrane ether-lipid analysis, were tested for motility, Gram reaction, pigmentation, cell and colony morphology, biochemical reactions, electrophoretic protein profiles and plasmid contents. The results indicated that 83,2% of the isolates were motile, 96.8% were Gram (-), 62% were rod shaped and 19% were in pleomorphic cell morphology. The most of the isolates had circular, entire and convex shaped colony morphology and their pigmentation were observed from light pink to red color. As a result of biochemical tests all halophilic archaea isolates were determined to be catalase and oxidase-positive, and only 2 isolates had anaerobic growth ability on L-argine. To other biochemical tests, the positive reactions were observed in 2.1-85.3% range. According to the antibiotic susceptibility tests, all isolates were susceptible to bacitracin, novobiocine and rifampicine. It was established that the 60 halophilic archaeal isolates contained plasmids varied in the numbers from 1 to 6 and in different molecular sizes ranged from 1 to 36.9 kb. On the other hand, whole-cell protein profiles of all isolates were obtained by SDS-PAGE, and the similarity dendograme was constructed from protein profiles by means of UPGMA method using MVSP analyses programme. Standard strains were clustured in 8 groups, and ten of our isolates were placed in the same group with standard strains while others formed distinct groups. 2004, 128 pages Key Words: Halofilik archaebacteria, isolation, characterization, plasmids, SDS- PAGE, Turkey