Ribozomal protein L10 ve L41'in meme kanseri moleküler alt tipleriyle ilişkisi
The relationship of ribosomal protein L10 and L41 with breast cancer molecular subtypes
Yazar: SEBATİ SİNAN ÜRKMEZ
Danışman: PROF. DR. BİRŞEN BİLGİCİ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyokimya Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Proteinler = Proteins ; Ribozomlar = Ribosomes

Özet:
Meme kanseri kadınlarda en sık görülen kanser tipidir. Meme kanserinin moleküler alt tiplemesi uygun tedavinin seçilmesi için karar noktasıdır ve bu amaçla immunohistokimyasal yöntemler kullanılmaktadır. Ribozomal proteinler, ribozom biyogenezinde görevli yapısal proteinlerdir. Ribozomal proteinlerin, DNA onarımı, apoptoz, ilaç direnci, proliferasyon ve büyüme inhibisyonu gibi hücresel işlemlerde ve kanser gibi patolojik süreçlerde karakterize edilememiş ikincil fonksiyonlar sergiledikleri bildirilmiştir. 
RPL10 Wilms tümörü, T hücreli akut lenfoblastik lenfoma, epitelyal over kanseri, atipik teratoid/rabdoid tümör, prostat kanseri ve pankreas kanseri gibi farklı kanserlerde araştırılmıştır. RPL41 ise, meme kanseri, intrahepatik kolanjiokarsinom ve nazofaringeal karsinom gibi kanserlerde araştırılmıştır. Çalışmamızın amacı, RPL10 ve RPL41 gen ekspresyonunun meme kanseri alt tiplerindeki değişimini araştırarak edinilen bilgilerle, meme kanserinin moleküler alt tiplemesinde bir biyobelirteç olarak kullanım alanının araştırılmasıdır.
Çalışmada, hasta gruplarını oluşturan örnekler, meme kanseri tanısı alan 63 adet hastadan rutin mastektomi işlemi ile elde edilmiştir. Kontrol grubu ise redüksiyon mamoplasti gibi kanser cerrahisi uygulamaları dışında kalan hastalardan alınan 17 adet sağlıklı meme dokusu numunesinden oluşmaktadır. İmmunohistokimyasal incelemede her bir örnek için östrojen reseptörü, progesteron reseptörü, insan epidermal büyüme faktörü-2 ve Ki67 proliferasyon indeksi parametreleri değerlendirildi ve bu parametrelere göre örnekler luminal A (n=17), luminal B (n=17), HER2 zengin (n=17) ve üçlü negatif meme kanseri (n=17) olmak üzere dört moleküler alt gruba ayrıldı. Sonrasında numunelerde RPL10 ve RPL41 genleri için qRT-qPCR analizi yapıldı.
RPL10 gen ekspresyonunda tüm meme kanseri moleküler alt gruplarında kontrol grubuna göre anlamlı bir değişim görülmedi. RPL41 gen ekspresyonunda ise sağlıklı meme dokularına göre HER2 zengin ve TNBC meme kanseri gruplarında sırasıyla 0.253 (p<0.05) ve 0,257 (p<0.05) kat azalma görülürken diğer gruplarda istatiksel olarak anlamlı bir değişim görülmedi.

Abstract:
Breast cancer is the most common type of cancer amongst women. Molecular subtyping of breast cancer is the decision point for choosing the appropriate treatment and immunohistochemical methods are used for this purpose. Ribosomal proteins are structural proteins involved in ribosome biogenesis. It has been reported that ribosomal proteins exhibit uncharacterized secondary functions in cellular processes such as DNA repair, apoptosis, drug resistance and growth inhibition, and in pathological processes such as cancer.
RPL10 has been investigated in different cancers such as Wilms tumor, T-cell acute lymphoblastic lymphoma, epithelial ovarian cancer, atypical teratoid/rhabdoid tumor, prostate cancer, and pancreatic cancer. RPL41 has been investigated in cancers such as breast cancer, intrahepatic cholangiocarcinoma, and nasopharyngeal carcinoma. The aim of our study is to investigate the use of RPL10 and RPL41 gene expression as a biomarker in the molecular subtyping of breast cancer with the information obtained by investigating the changes in breast cancer subtypes.
In the study, samples constituting the patient groups were obtained from 63 patients diagnosed with breast cancer by routine mastectomy procedure. The control group consists of 17 healthy breast tissue samples taken from patients excluded from cancer surgery applications such as reduction mammoplasty. Estrogen receptor, progesterone receptor, human epidermal growth factor-2 and Ki67 proliferation index parameters were evaluated for each sample in the immunohistochemical examination, and according to these parameters, the samples were luminal A (n=17), luminal B (n=17), HER2 rich (n=17) and triple negative breast cancer (n=17). Afterwards, RT-qPCR analysis was performed for the RPL10 and RPL41 genes in the samples.
There was no significant diffrence in RPL10 gene expression in all breast cancer molecular subgroups compared to the control group. While in HER2 rich and TNBC breast cancer groups, RPL41 gene expression was decreased by 0.253 (p<0.05) and 0.257 (p<0.05) times, respectively, compared to healthy breast tissues, while no statistically significant change was observed in the other groups.