Erzurum piyasasından toplanan tavuk eti örneklerinden izole edilen listeria monocytogenes türünün moleküler tanımlanması
Moleculer identification listeria monocytogenes isolated from chicken meat collected from erzurum market
Yazar: EBRU YÜREKLİ
Danışman: DOÇ. DR. GÜLŞAH ÇANAKÇI ADIGÜZEL
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Besin kirlenmesi = Food contamination ; Erzurum = Erzurum ; Fenotip = Phenotype ; Gıda zehirlenmesi = Food poisoning ; Gıda ürünleri = Food products ; Listeria monocytogenes = Listeria monocytogenes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tavuk eti = Chicken meat ; Tavuklar = Chickens

Özet:
Amaç: Erzurum ilinde tüketime sunulan tavuk eti örneklerinden izole edilen Listeria monocytogenes izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterizasyonu.
Materyal ve Metot: Bu çalışma, Erzurum yöresindeki kasap ve parekende marketlerden toplanan 200 adet tavuk eti örneği üzerinden yürütülmüştür. Kromojenik besiyeri kullanılarak L. monocytogenes suşları izole edilmiş, elde edilen izolatlar konvensiyonel ve moleküler testlere tabi tutulmuştur.
Bulgular: Yapılan izolasyon çalışması sonucunda 200 adet tavuk eti örneğinin; 11 tanesinde L. monocytogenes varlığı belirlenmiştir. Bu sonuçlar konvensiyonel testler, VITEK ve spesifik PCR verileriyle desteklenmiştir. Daha sonra, test izolatları arasında ki genotipik farklılıkların tespiti amacıyla yapılan rep-PCR analizi sonucunda ERIC-PCR yönteminin tür seviyesinde L. monocytogenes bakterisinin identifikasyonu ve karakterizasyonda başarılı bir şekilde kullanılabileceği tespit edilmiştir. En fazla polimorfik bant veren ERIC-PCR verileri kullanılarak gerçekleştirilen cluster analizi sonucunda, farklı clusterlarda yer alan 3 örnek seçilmiş ve 16S rRNA sekans analizine tabi tutulmuştur. Yapılan bu çalışma sonucunda her 3 izolatın da, %99 oranında L. monocytogenes'e benzediği belirlenmiştir.
Sonuç: L. monocytogens strainlerinin genotipik karakterizasyonunda ERIC-PCR yönteminin, kullanılan diğer rep-PCR çeşitlerine göre oldukça başarılı olduğu belirlenmiştir

Abstract:
Purpose: Phenotypic and genotypic characterization of Listeria monocytogenes isolates, which were isolated from chicken meat samples presented for consumption in Erzurum province
Materials and Methods: A sum of 200 chicken meat samples, which were obtained from butchers and retail stores in Erzurum. L. monocytogenes strains was isolated using chromogenic medium. The obtained isolates were subjected to conventional and molecular tests.
Results: Eleven of 200 chicken meat samples were found to be contaminated with L. monocytogenes. This result was supported with conventional tests, VITEK and specific PCR data. Results of rep-PCR, which was performed to determine genotypic differences between test isolates, showed that ERIC-PCR method can be successfully used in identification and characterization of L. monocytogenes at species. Three samples, which were 	in different clusters according to cluster analyzes performed with the most band-giving ERIC-PCR data, were chosen and subjected to 16S rRNA sequence analyzes. The results indicated that all three isolates 99% resemble L. monocytogenes
Conclusion: In genotypic characterization of L. monocytogenes strains, ERIC-PCR method was found to be much more succesful when compared to other rep-PCR methods.