Sivas yöresinden izole edilen francisella tularensis subsp. holarctica izolatlarının moleküler filogenetik analizi
Molecular phylogenetic analysis of francisella tularensis subsp. holarctica strains which isolated from Sivas region
Yazar: SİNEM DEMİR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ATAŞ
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Filogenetik = Phylogenetic ; Francisella tularensis = Francisella tularensis ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; RNA = RNA ; Sivas = Sivas ; Tularemi = Tularemia

Özet:
Francisella tularensis insanlarda ve hayvanlarda Tularemi hastalığına neden olan fakültatif intrasellüler bir bakteridir. Tularemi hastalığına alt tür tularensis ve alt tür holarctica neden olmaktadır. F. tularensis subsp. tularensis yalnızca Kuzey Amerika' da bulunurken, F. tularensis subsp. holarctica ise Avrupa ve Asya ülkelerinden izole edilmektedir. 
     Ülkemizdeki tularemi salgınlarının su kaynaklı olduğu ve etkenin F. tularensis subsp. holarctica olduğu bilinmektedir. 2011-2012 yıllarında Sivas ilinde gözlenen tularemi salgın bölgelerindeki su örneklerinden kültür yöntemi ile sekiz F. tularensis subsp. holarctica izole edilmiştir. Bu çalışmada izole edilen sekiz F. tularensis subsp. holarctica izolatının tul4, fopA, RD1 ve 16S rRNA gen bölgeleri PCR yöntemi ile çoğaltılmış ve sekans analizi yöntemiyle araştırılmıştır. Sekans analizi yapılan gen bölgeleri birbirleri ile ve GenBank' ta bulunan örnekler ile karşılaştırılmıştır. Tüm örnekler tul4 ve fopA gen bölgesi açısından benzer bulunmuştur. 16S rRNA gen bölgesi açısından dört izolat, RD1 gen bölgesinde ise iki izolat benzer bulunmuştur. İncelen gen bölgeleri açısından GenBank' ta yapılan sekans karşılaştırmasında F. tularensis subsp. holarctica LVS ve F. tularensis subsp. holarctica PHIT-FT049 örnekleri ile % 95-100 benzerlik saptanmıştır.
     Çalışmamız sonucunda; sekiz F.tularensis subsp. holarctica izolatının tul4 ve fopA gen bölgelerinin özdeş olduğu, ilimizdeki tularemi salgınlarında 16S rRNA ve RD1 gen bölgeleri bakımından benzer ve farklı baz dizilimine sahip kökenlerin bulunduğu ortaya konulmuştur. F.tularensis'in ülkemizdeki filocoğrafyasının detaylı olarak ortaya çıkarılabilinmesi için salgın bölgelerinden yeni izolatların üretilmesi ve ileri moleküler teknikler ile araştırılması gerekmektedir.

Abstract:
Francisella tularensis is a facultative intracellular bacteria that caused Tularemia disease at human and animals. Tularemia is caused by subspecies tularensis and subspecies holarctica. F. tularensis subsp. tularensis is found only in North America, while F. tularensis subsp. holarctica is isolated from European and Asian countries.
     It is known that tularemia outbreaks in our country is water-borne and causative agent F. tularensis subsp. holarctica. Eight F. tularensis subsp. holarctica were isolated from the water samples in tularemia outbreaks observed in Sivas during 2011-2012. In this study; tul4, fopA, RD1 and 16S rRNA gene regions of eight F. tularensis subsp. holarctica isolates were amplified by PCR method and investigated by sequencing method. Sequence analysis of the gene regions were compared with each other and the samples found in GenBank. All samples were similar in terms of tul4 and fopA gene region. Four isolates were found in terms of the 16S rRNA gene region and two isolates were found in the RD1 gene region. In the sequence comparison of GenBank' in terms of examined gene regions, 95-100 % similarity was determined with F. tularensis subsp. holarctica LVS and F. tularensis subsp. holarctica PHIT-FT049.
     As a result of our study; the tul4 and fopA gene regions of eight F. tularensis subsp. holarctica isolates were found to have identical and different base sequence origins in 16s rRNA and RD1 gene regions in tularemia outbreaks in our province. In order to reveal the phytogeography of F. tularensis' in Turkey, it is necessary to produce new isolates from epidemic regions and to investigate them with advanced molecular techniques.