İshal şikayetli hastalarda norovirusun araştirilmasi
Investigation of norovirus in patients with diarrhea complaints
Yazar: TÜLİN BAŞARA
Danışman: PROF. DR. SEVİN KIRDAR
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antijenler = Antigens ; Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Gastrointestinal hastalıklar = Gastrointestinal diseases ; Nörovirüs = Norovirus ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Akut gastroenteritler tüm dünyada yaygın olarak görülen enfeksiyon hastalıkları arasında yer almakta ve ciddi bir halk sağlığı sorunu oluşturmaktadır. Adnan Menderes Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarına gastroenterit şüphesi ile gönderilen dışkı örneklerinde Norovirus varlığının ELISA ve real-time PZR yöntemleri ile araştırılması amaçlanmıştır.
Eylül 2017-Mayıs 2019 tarihleri arasında, gastroenterit şüphesi ile Hastanemiz Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarına başvuran 92 hastanın dışkı örneklerinde, ticari 3 Üçüncü Jenerasyon Ridascreen Norovirus ELISA (RIDASCREEN&Norovirus 3rdGeneration C1401) ve real-time RT-PZR (BosphoreNorovirus Detection Kit v1) kiti kullanılarak Norovirus varlığı araştırılmıştır. Genotiplendirme Genogrup I ve II'yi belirleyebilen real-time RT-PZR (Bosphore Norovirus Detection Kit v1) kiti ile gerçekleştirilmiştir.
Çalışmamızda yer alan örneklerin 55'i (%59,8) erkek, 37'si (%40,2) ise kadın hastalardan elde edilmiştir. Gastroenteritli hastaların yaş medianı 2 (25-75 persantil) olup hastaların yaş aralığı 0-83 yıl aralığında dağılım göstermekteydi. Çalışmamızda ELISA ile 5 örnek %5,4 (5/92) Norovirus pozitif, 87 örnek %94,6 (87/92) Norovirus negatif bulunmuştur. PZR ile 12 örnek %13 (12/92) Norovirus pozitif, 80 örnek %87 (80/92) ise Norovirus negatif olarak saptanmıştır. ELISA ve PZR ile Norovirus pozitif belirlenen hastaların tümü erkek cinsinde olup Norovirus pozitifliği ile cinsiyet arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p=0.080, p=0.114). Yaş grupları ile ELISA ve PZR pozitifliği arasında ilişki için istatistiksel analiz yaş gruplarının homojen dağılım göstermemesi nedeniyle yapılamamıştır. Norovirus pozitif bulunan örneklerin tümü NoV genotip II olarak sınıflandırıldı.
Çalışmaya dahil edilen hastaların dışkı örneklerinde ELISA ile %5,4, real-time RT-PZR ile %13 oranlarında Norovirus pozitifliği belirlenmiştir. Norovirus pozitif bulunan örneklerin tümü NoV genotip II olarak saptanmıştır. Norovirus pozitifliği ile yaş ve cinsiyet verileri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır. Bu çalışma ile ilimizde ilk defa
Norovirus epidemiyolojisi ortaya konmaya çalışılmıştır. Elde edilen veriler, Norovirus enfeksiyonlarının epidemiyolojisinin daha iyi anlaşılmasını sağlayabilecektir
Anahtar kelimeler: Akut gastroenterit, Antijen, ELISA, Norovirus, PZR

Abstract:
Acute gastroenteritis is one of the most common infectious diseases worldwide and constitutes a serious public health problem. The aim of this study was to investigate the presence of Norovirus in stool samples sent to Adnan Menderes University Department of Medical Microbiology Laboratory with suspicion of gastroenteritis by ELISA and real-time PCR methods.
Between September 2017 and May 2019, the presence of norovirus was investigated in fecal samples of 92 patients admitted to the Laboratory of Medical Microbiology with suspicion of gastroenteritis using commercial Third Generation Ridascreen Norovirus ELISA (RIDASCREEN & Norovirus 3rdGeneration C1401) and real-time RT-PCR (Bosphore Norovirus Detection Kit v1) kits.
In our study, 55 (59,8%) of the samples were obtained from male patients and 37 (40,2%) from female patients. The median age of the patients with gastroenteritis was 2 (25-75 percentile) and the age range of the patients was 0-83 years. In our study, 5 samples were found to be 5,4% (5/92) norovirus positive and 87 samples were found to be 94,6% (87/92) norovirus negative by ELISA. By PCR, 12 samples were found to be 13% (12/92) norovirus positive and 80 samples were 87% (80/92) norovirus negative. Norovirus positive patients with ELISA and PCR were all male and there was no statistically significant difference between norovirus positivity and gender (p = 0.080, p = 0.114). Statistical analysis of the relationship between age groups and ELISA and PCR positivity could not be done because age groups did not show homogeneous distribution. All samples found to be norovirus positive were classified as NoV genotype II.
Norovirus positivity was determined by 5,4% in ELISA and 13% by real-time RT-PCR in stool samples of the patients included in the study. There was no statistically significant relationship between norovirus positivity and age and sex data.
Keywords: Acut Gastroenteritis, Antigene, ELISA, Norovirus, PCR