Küçük hücreli dışı akciğer kanserlerinde tanısal yöntemlerin moleküler analizlerdeki performansı /
Yazar: ÖZNUR HUN
Danışman: UZMAN MURAT KIYIK
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Yedikule Göğüs Hastalıkları Ve Göğüs Cerrahisi Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Göğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Göğüs Hastalıkları = Chest Diseases

Özet:
Giriş ve Amaç: Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) en yaygın
görülen akciğer kanseri türüdür. Çeşitli histopatolojik alt tipler ve genetik
mutasyonlardan oluşan heterojen bir kanser grubudur. KHDAK'lerinde genetik
mutasyonlardan herhangi biri saptanırsa, hedefe yönelik bir tedavi tercih edilir. Son
yönergeler moleküler testleri sigara içmeyen veya daha önce hafif sigara içmiş,
seçilmiş skuamöz hücreli karsinom tanılı hastalar dahil tüm KHDAK vakaları için
önermektedir. KHDAK vakalarının çoğu ileri evrelerde saptandığı için minimal
invaziv teşhis prosedürleri tercih edilmelidir. KHDAK tanılı hastaların tedavisinde
hedefe yönelik tedavi ve immunoterapi önemli yer tuttuğu için tanısal işlem yaparken
moleküler çalışmalar için yeterli materyal alınması bu testlerin duyarlılığını
artıracaktır. Bu çalışmada tanısal yöntemler ile alınan materyallerin moleküler
analizlerdeki yeterlilik oranlarının ve yetersizlik sebeplerinin her bir yöntem için ayrı
ayrı belirlenmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmamız retrospektif, gözlemsel, çok merkezli bir
çalışmadır. 2019-2022 tarihleri arasında Sağlık Bilimleri Üniversitesi (SBÜ) Yedikule
Göğüs Hastalıkları ve Göğüs Cerrahisi Eğitim ve Araştırma Hastanesi göğüs
hastalıkları ve onkoloji polikliniklerine başvuran ve transtorasik iğne
aspirasyon/biyopsisi (TTİA), Tru-cut biyopsi, endobronşiyal ultrasonografi
klavuzluğunda transbronşial iğne aspirasyonu (EBUS-TBİA), Bronş biyopsisi,
Periferik lenf nodu biyopsisi, Plevral mayi örneklemesi, konvansiyonel TBİA
(fiberoptik bronkoskopi esnasında) olarak belirlediğimiz tanısal yöntemlerle KHDAK
tanısı alıp, SBÜ Sultangazi Haseki Eğitim ve Araştırma Hastanesi ve Kartal Dr. Lütfi
Kırdar Şehir Hastanesi Genetik tanı merkezlerinde moleküler analiz çalışmaları
yapılmış olan 208 hasta verileri analize alınmıştır. Moleküler patoloji
laboratuvarlarına analiz için gönderilen materyallerin yeterlilik ve yetersizlik
mevcudiyeti, histopatolojik özellikleri (nekroz, inflamasyon, yoğun stromal reaksiyon,
kan elemanları, fibrin, ezilme artefaktları varlığı), örneklenen dokudaki tümör hücre
sayısı ve tümör hücre oranı, yeni nesil sekanslama (Next Generation SequencingNGS)/ Real Time Polymerase Chain Reaction-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)
raporları, hedefe yönelik mutasyon varlığı ve çeşidi, NGS örnekleme yöntemi (parafin
blok/ periferik yayma), NGS ile tespit edilen tümör DNA miktarı, Immünohistokimya
ve Floresan In Situ Hibridizasyon (FISH) analiz raporları kaydedildi.
Bulgular: Çalışmaya dahil olan 208 KHDAK'li hastanın 128'i (%61,5)
adenokarsinom, 33'ü (%15,9) squamöz hücreli karsinom, 47'si (%22,6)
sınıflandırılamayan tipteydi. Genel olarak hastalardan tanı amaçlı alınmış olan
materyallerin moleküler analiz çalışmaları için kabul edilen yeterlilik oranları
incelendiğinde; 171 tanesi (%82,2) yeterli, 12'si (%5,8) suboptimal, 25'i (%12)
yetersiz kabul edilmiştir. Tanısal yöntemlere göre mutasyon analizleri için yeterlilik
oranlarına bakıldığında TTİA %75,6, Tru-cut biyopsi %87,5 ,EBUS-TBİA %84,9,
bronş biyopsisi %91,2, periferik lenf nodu biyopsi %100, plevral mayi %63,6 ,TBİA
%66,7 oranlarında yeterli kabul edilmiştir. 36 hastada (%17,3) mutasyon varlığı tespit
edilmiştir. 11 hastada (%5,3) KRAS-G12C, 2 hastada (%1) ROS-1, 2 hastada (%1)
ALK, 3 hastada (%1,4) ERBB2, 15 hastada (%7,2) EGFR 19, 2 hastada (%1) EGFR
21, 1 hastada (%0,5) BRAF gen mutasyonu tespit edilmiştir. Hastaların cinsiyet, yaş,
sigara içme durumu, tümör tipi, tümör evresi, tümörün yerleşim yeri (santral,
periferik), yönü (sağ, sol, bilateral) ve radyolojik görünümüne (nodül, kitle,
konsolidasyon, kavite) göre örnek yeterlilik dağılımlarının farklılık göstermediği
görülmüştür (p>0,05). Tümör hücre sayısına göre örnek yeterlilik dağılımlarının
farklılık gösterdiği görülmüştür (p<0,05). Dokudaki tümör hücre oranı arttıkça örnek
yeterliliğinin de anlamlı olarak arttığı görülmüştür (p<0,05). Materyalden elde edilen
tümör DNA miktarıyla örnek yeterliliği arasında anlamlı ilişki saptanmıştır (p=0,022).
Tanı yöntemlerine göre örnek yeterliliklerinde istatistiksel olarak farklılık
görülmemiştir (p>0,05). İstatiksel olarak farklılık görülmese de; plevral mayi
örneklemesi ve TBİA tanı yöntemlerinde moleküler analiz için örnek yetersizliklerinin
daha fazla olduğu görülmüştür. TTİA, Tru-cut biyopsi, EBUS, Bronş biyopsisi ve
Periferik lenf nodu biyopsisi tanı yöntemlerinde moleküler analiz çalışmaları için
örnek yeterliliklerinin daha fazla olduğu görülmüştür. TTİA ve Tru-cut biyopsi
uygulanan hastalardan moleküler analiz için yeterli kabul edilen materyallerin 58'i
(%79,5) kitle morfolojisindeydi ancak TTİA ve Tru-cut biyopsi işlemleri uygulanan
lezyonlarda radyolojik nekroz varlığında, örnek yeterliliğinin daha düşük olduğu
görülmüştür (p<0,05).
Sonuç: Mutasyon analizlerinde yeterli materyal alabilmek için tanı
yöntemlerinin performansına bakıldığında bizim çalışmamıza göre, periferik lenf nodu
biyopsisi, bronş biyopsisi, EBUS-TBİA ve Tru-cut biyopsi ile diğer tanısal yöntemlere
göre moleküler analizlerdeki yeterlilik oranlarının daha yüksek olduğu görüldü. TTİA
ve Tru-cut biyopsilerde nekroz varlığının yeterli materyal alınamaması konusunda
önemli rol oynadığı görüldü. Ayrıca alınan materyalin yeterli olabilmesi bakımından,
tümör hücre sayısı ve Deoksiribo nükleikasit (DNA) miktarının da mutasyon analizleri
için istatistiki olarak anlamlı olduğu görülmüştür.
Anahtar kelimeler: Malignite, Real Time PCR, EGFR mutasyonu,
kemoradyoterapi, immunoterapi

Abstract:
Objective: Non-small cell lung cancer (NSCLC) is the most common type of
lung cancer. It is a heterogeneous group of cancers consisting of various
histopathological subtypes and genetic mutations. If any of the genetic mutations are
detected in their NSCLC, a targeted therapy is preferred. Recent guidelines
recommend molecular testing for all cases of NSCLC, including selected patients with
squamous cell carcinoma who are non-smokers or have been light smokers. Since most
NSCLC cases are detected in advanced stages and minimally invasive diagnostic
procedures should be preferred. Since targeted therapy and immunotherapy have an
important place in the treatment of patients with NSCLC, obtaining sufficient material
for molecular studies while performing diagnostic procedures will increase the
sensitivity of these tests. This study, it is aimed to determine the adequacy ratios of
the materials taken by diagnostic methods in molecular analyzes and the reasons for
inadequacy separately for each method.
Materials and Methods: Our study is a retrospective, observational,
multicenter study. Our research includes 208 patients who applied to Health Sciences
University Yedikule Chest Diseases and Thoracic Surgery Training and Research
Hospital chest diseases and oncology polyclinics between 2019-2022, were diagnosed
NSCLC by performing transthoracic needle aspiration/biopsy (TTNA), Tru-cut
biopsy, endobronchial ultrasonography-guided transbronchial needle aspiration
(EBUS-TBNA), Bronchial Biopsy, Peripheral lymph node biopsy, Pleural fluid
sampling, TBNA, and performed the molecular analysis in genetic definition departments
of Sultangazi Haseki Training and Research Hospital and Kartal Dr. Lütfi Kırdar City
Hospital. Adequacy and inadequacy of materials sent to molecular pathology
laboratories for analysis, histopathological features (necrosis, inflammation, intense
stromal reaction, presence of blood elements, fibrin, crush artifacts), tumor cell
number and tumor cell ratio in the sampled tissue, next-generation sequencing (NGS)/
Real-Time Polymerase Chain Reaction (PCR) reports, the presence and varies of target-oriented mutation, the sampling method of NGS (paraffin block/peripheral smear), the
amount of tumor DNA detected by NGS, Immunohistochemistry, and Fluorescent In
Situ Hybridization (FISH) analysis reports were recorded.
Results: Of the 208 NSCLC patients included in the study, 128 (61.5%) were
adenocarcinoma, 33 (15.9%) were squamous cell carcinoma and 47 (22.6%) were
unclassifiable. When the adequacy ratios accepted for molecular analysis studies of
materials taken from patients for diagnostic purposes, in general, are examined; 171
(82.2%) were considered adequate, 12 (5.8%) suboptimal, and 25 (12%) inadequate.
Considering the adequacy rates for mutation analysis according to diagnostic methods,
TTNA 75.6%, Tru-cut biopsy 87.5%, EBUS-TBNA 84.9%, bronchial biopsy 91.2%,
peripheral lymph node biopsy 100%, pleural fluid 63.6%, and TBNA 66.7% were accepted
as adequate. The presence of the mutation was detected in 36 patients (17.3%). KRASG12C gene mutation was detected in 11 patients (5.3%), ROS-1 gene mutation was
detected in 2 patients (1%), ALK gene mutation was detected in 2 patients (1%),
ERBB2 gene mutation was detected in 3 patients (1.4%), EGFR 19 gene mutation was
detected in 15 patients (7.2%), EGFR 21 gene mutation was detected in 2 patients
(1%), BRAF gene mutation was detected in 1 patient (0.5%). It was observed that the
sample proficiency distributions of the patients did not differ according to gender, age,
smoking status, tumor type, tumor stage, location of the tumor (central, peripheral),
direction (right, left, bilateral), and radiological appearance (nodule, mass,
consolidation, cavity) (p>0.05). It was observed that the sample adequacy distributions
differed according to the number of tumor cells (p<0.05). It was observed that as the
tumor cell ratio in the tissue increased, sample adequacy also increased significantly
(p<0.05). A significant correlation was found between the amount of tumor DNA
obtained from the material and sample adequacy (p=0.022). There was no statistically
significant difference in sample adequacy according to diagnostic methods (p>0.05).
Although there is no statistical difference; It was observed that sample deficiencies for
molecular analysis was more common in pleural fluid sampling and TBNA diagnostic
methods. Sample adequacy was observed to be higher for molecular analysis studies
in TTNA, Tru-cut Biopsy, EBUS, Bronchial biopsy, and Peripheral lymph node biopsy
diagnostic methods. Of the patients who underwent TTNA and Tru-cut biopsy, 58
(79.5%) of the materials considered sufficient for molecular analysis were in mass
morphology, but in the presence of radiological necrosis in lesions that underwent
TTNA and Tru-cut biopsy procedures, sample adequacy was observed to be lower
(p<0.05).
Conclusion: Considering the performance of diagnostic methods in order to
obtain sufficient material in mutation analyses, it was seen that the proficiency rates
in molecular analyzes were higher than in peripheral lymph node biopsy, bronchial
biopsy, EBUS-TBNA and Tru-cut biopsy, and other diagnostic methods compared to
our study. It was observed that the presence of necrosis in TTNA and Tru-cut biopsies
played an important role in the inability to obtain sufficient material. In addition, the
number of tumor cells and the amount of Deoxyribonucleic acid (DNA) were found
to be statistically significant for mutation analyses in terms of sufficient material.
Keywords: Malignancy, Real-Time PCR, EGFR mutation,
chemoradiotherapy, immunotherapy