Ortopedi servisinde gram negatif etkenlerle oluşan infeksiyonlar
Infections caused by gram-negative organisms in the clinic of orthopedi̇cs
Yazar: ELNUR RUFULLAYEV
Danışman: PROF. DR. HALİT ÖZSÜT
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Klinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Bulaşıcı hastalıklar = Communicable diseases ; Enfeksiyon = Infection ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Ortopedi = Orthopedics ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Ortopedi Servisinde Gram-Negatif Etkenlerle Oluşan İnfeksiyonlar
Ortopedide antibiyotik seçerken, izole edilen bakteri ve antibiyogram sonucu, antibiyotiğin kemiğe geçişi, yabancı cisim (protez, vb) varlığı, etkilenen dokunun kanlanması ve hastaya ait diğer konak faktörleri göz önüne alınmalıdır. Etkeni saptamak için antibiyoterapi başlanmadan önce uygun örnek alınmalı ve kültür yapılmalıdır. Bu çalışmada hastanemizin Ortopedi ve Travmatoloji Kliniğinde yatan hastalardaki infeksiyon etkenleri ve GNÇ'lerin oranının artıp/artmadığını belirlemeyi amaçladık. Çalışmaya 1 Ocak 2014 - 31 Mayıs 2016 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarına kabul edilen örnekler arasında 18 yaşından büyük 1095 hasta dahil edildi. Etik kurul onayı alındıktan sonra, hastalara ait bilgiler geriye dönük olarak taranarak yaş, cinsiyet, infeksiyon lokalizasyonu ve ek hastalıklar hazırlanan forma kaydedildi. Üreyen örneklerin sayısı 673 idi. Bu örneklerde 899 mikroorganizma üredi. Mikroorganizmaların %46.9'unu Gram-negatif çomaklar (GNÇ), %46.7'sini Gram-pozitif koklar (GPK) ve %6.3'ünü mayalar oluşturdu. GNÇ'ler arasında %11.9'luk ve %10.4'lük oranlarla ilk sıraları Escherichia coli ve Pseudomonas spp. almaktaydı. GPK'ler arasında ise sırasıyla %18.9'luk ve %5.4'lük oranlarla metisiline duyarlı Staphylococcus aureus (MSSA) ve metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) ilk sıraları tutmaktaydı. Üreyen mayaların %64.9'u Candida spp. ve %35'i Candida albicans idi. Doku ve apse kültürlerinde GPK ve GNÇ'lerin üremelerine bakıldığında sırasıyla 2014 yılında doku kültüründe 41 (%43.6) ve 53 (%56.3), apse kültüründe 40 (%54.7) ve 33 (%45.2), 2015 yılında doku kültüründe 53 (%45.6) ve 63 (%54.3), apse kültüründe 34 (%56.6) ve 26 (43.3), 2016 yılında doku kültüründe 39 (%54.1) ve 33 (%45.8) ve apse kültüründe dokuz (%42.8) ve 12 (%57.1) olarak saptandı. Doku ve apse kültürlerinde GPK'lerden en sık üreyen bakteriler stafilokoklar idi. 2014 yılında doku kültüründe MSSA 12 (%12.7), metisiline dirençli koagülaz-negatif stafilokok (MRKNS) dokuz (%9.5), metisiline duyarlı koagülaz-negatif stafilokok (MSKNS) altı (%6.3), MRSA bir (%1); apse kültüründe MSSA sekiz (%10.9), MSKNS yedi (%9.5), MRKNS altı (%8.2), MRSA üç (%4.1); 2015 yılında doku kültüründe MRKNS 12 (%10.3), MSSA 11(%9.4), MSKNS 11 (%9.4), MRSA üç (%2.5); apse kültüründe MSSA 12 (%20), MRKNS beş (%8.3), MRSA dört (%6.6), MSKNS dört (%6.6); 2016 yılında doku kültüründe MSSA sekiz (%11.1), MRKNS sekiz (%11.1), MSKNS sekiz (%11.1), MRSA üç (%4.1); apse kültüründe MSSA dört (%19), MRSA bir (%4.7), MSKNS bir (%4.7), MRKNS bir (%4.7) olarak üredi. Doku ve apse kültürlerinde GNÇ'lerden en sık üreyenler 2014 yılında doku kültüründe Pseudomonas spp. 16 (%17), Klebsiella spp. 11 (%11.7); apse kültüründe Pseudomonas spp. dokuz (%12.3), Klebsiella spp. yedi (%9.5); 2015 yılında doku kültüründe Pseudomonas spp. 24 (%20.6), Klebsiella spp. dokuz (%7.7); apse kültüründe Pseudomonas spp. altı (%10), Klebsiella spp. altı (%10); 2016 yılında doku kültüründe Pseudomonas spp. dokuz (%12.5), E.coli beş (%6.9), Acinetobacter spp. beş (%6.9); apse kültüründe Pseudomonas spp. üç (%14.2), Proteus spp. iki (%9.5), Serratia spp. iki (%9.5) idi. Araştırmamızda saptanan ortopedik ve diğer infeksiyonlardan total protez infeksiyonu 94 (%8.5), cerrahi alan infeksiyonu (CAİ) 94 (%8.5), osteomyelit 90 (%8.2), pnömoni 62 (%5.6), üriner sistem infeksiyonu (ÜSİ) 32 (%2.9) olmakla ön planda saptandı. Yıllara göre dağılımına bakıldığında 2014 yılında 481 hastada CAİ 34 (%7), total protez infeksiyonu 39 (%8.1), osteomyelit 30 (%6.2), pnömoni 32 (%6.6) ve ÜSİ 14 (%2.9); 2015 yılında 398 hastada CAİ 38 (%9.5), total protez infeksiyonu 35 (%8.7), osteomyelit 42 (%10.5), pnömoni 19 (%4.7) ve ÜSİ 14 (%3.5); 2016 yılında 216 hastada CAİ 22 (%10.1), total protez infeksiyonu 20 (%9.2), osteomyelit 18 (%8.3), pnömoni 11 (%5) ve ÜSİ dört (%1.8) olmakla ön planda saptandı. Yıllara göre bakıldğında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık saptanmadı. Ortopedi ve Travmatoloji Kliniğinde GNÇ'lerde belirgin artış olduğu görüldü. GNÇ'lerden en sık üreyen bakteriler E.coli, Pseudomonas spp.ve Klebsiella spp.'dir. Sonuç olarak, Ortopedi Kliniğinde infeksiyon etkenlerinin belirlenmesi gereklidir. Ortopedi ve Travmatoloji Kliniğine giden infeksiyon hastalıkları konsültanın ortopedik ve diğer infeksiyonların ampirik tedavisi uygularken GNÇ'lerin sıklığının artışını göz önüne alması gerekir.
Anahtar sözcükler: Ortopedi, Gram-negatif çomaklar.

Abstract:
In the field of ortopedics, the species of the bacterium and the disk diffuson test results of antibiotics, bone penetration rates of antibiotics, the presence of a foreign material (prosthesis, etc.), blood supply of the affected tissue and other host factors of the patient must be taken into account when chhosing an antibiotic. To establish the causative microorganism, proper specimens should be obanied and cultured before the antibiothreapy is started.
In this study, we aimed to determine whether the ratio of Gram-negative rods (GNR) among the organisms causing infection in the patients internalized in our hospital's ortopedics department has risen or not.
1095 patients, aged above 18, whose specimens were sent to the laboratory of İstanbul University İstanbul Medical Faculty Department of Infectious Diseases were included in this study. After the approval of Ethics committee, peronal informaiton of the patients were scanned retrospectively and data including age, sex, infeciton site and comorbidities was recorded into previously prepared forms. There were 673 positive culture samples and from them, a total of 899 organisms were isolated. The percentages of GNR, Gram-positive cocci (GPC) and yeasts were 46.9%, 46.7% and 6.3%, respectively. Among GNR, Escherichia coli and Pseudomonas spp. topped, with percentages of 11.9% and 10.4%, respectively. 64.9% of the yeasts were Candida spp. and 35% were Candida albicans.
The results of the tissue and abscess specimens that yielded positive cultures for GPC and GNR by year was as follows: In 2014, there were 41 (43.6%) and 53 (56.3%) positive tissue, 40 (54.7%) and 33(45.2%) positive abscess cultures, respectively. In 2015, there were 53 (45.6%) and 63 (54.3%) positive tissue, 34 (56.6%) and 26 (43.3%) positive abscess cultures, respectively. In 2016, there were 39 (54.1%) and 33 (45.8%) positive tissue and 9 (42.8%) and 12 (57.1%) positive abscess cultures, respectively.
In the tissue and abscess specimens, the most frequently isolated bacteria among GPC were staphylococcus spp. In 2014; tissue samples yielded 12 methicillin-susceptible S.aureus (MSSA) (12.7%), 9 methicillin-resistant coagulase-negative staphylococcus (MRCNS) (9.5%), 6 methicillin-susceptible coagulase-negative Staphylococcus (MSCNS) (6.3%), 1methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) (1%) and abscess cultures yielded 8 MSSA (10.9%), 7 MSCNS (9.5%), 6 MRCNS (8.2%), 3 MRSA (4.1%). In 2015; tissue samples yielded 12 MRCNS (10.3%), 11 MSSA (9.4%), 11 MSCNS (9.4%), 3 MRSA (2.5%) and abscess cultures yielded 12 MSSA (20%), 5 MRCNS (8.3%), 4 MRSA (6.6%), 4 MSCNS (6.6%), In 2016; tissue samples yielded 8 MSSA (11.1%), 8 MRCNS (11.1%), 8 MSCNS (11.1%), 3 MRSA (4.1%) and abscess cultures yielded 4 MSSA (19%), 1 MRSA (4.7%), 1 MSCNS (4.7%), 1 MRCNS (4.7%).
The most frequently cultured GNRs in tissue and abscess samples were 16 Pseudomonas spp. (%17) and 11 Klebsiella spp. (%11.7) from tissues and 9 Pseudomonas spp. (%12.3), 7 Klebsiella spp. (%9.5) from abscesses in 2014; 24 Pseudomonas spp. (%20.6), 9 Klebsiella spp. (%7.7) from tissues and 6 Pseudomonas spp. (%10), 6 Klebsiella spp. (%10) from abscesses in 2015; 9 Pseudomonas spp. (%12.5), 5 E.coli (%6.9), 5 Acinetobacter spp. (%6.9) from tissues and 3 Pseudomonas spp. (%14.2), 2 Proteus spp. (%9.5), 2 Serratia spp. (%9.5) from abscesses in 2016.
Of the orthopedic and other infections detected in our study; 94 total prosthetic infections (8.5%), 94 surgical site infections (8.5%), 90 osteomyelitis (8.2%), 62 pneumonia (5.6%), 32 urinary system infections (USI) (2.9%).
To the distribution according to the years, 34 surgical site infections (7%), 39 total prosthetic infections (8.1%), osteomyelitis 30 (6.2%), pneumonia 32 (6.6%) and 14 USI (2.9%) were found in 481 patients in 2014; 38 surgical site infections (9.5%), 35 total prosthetic infections (8.7%), 42 osteomyelitis (10.5%), 19 pneumonia (4.7%) and 14 USI (3.5%) were found in 398 patients in the year 2015; 22 surgical site infections (10.1%), 20 total prosthesis infections (9.2%), 18 osteomyelitis (8.3%), 11 pneumonia (5%), 4 USI (1.8%) 216 patients in 2016.
In the Department of Orthopedics, a prominent rise in GNRs was seen. The most frequently isolated bacteria among GNRs were E.coli, Pseudomonas spp.and Klebsiella spp.
In conclusion, the infectious agents in the field of ortopedics must be identifed. While consulting and starting empirical antibiotics in the Ortopedics Clinic, the infectious diseases consultant should consider the rise in the frequency of GNRs.
Keywords: Ortopedic, Gram-negative rods.