Çölyak hastalığında themis ve RUNX3 genlerinin ekspresyonlarının incelenmesi
The investigation of themis and RUNX3 gene expressions in celiac disease
Yazar: MUSTAFA KURTULUŞ
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM PİRİM
İzmir Katip Çelebi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Doku uygunluk antijenleri-klas II = Histocompatibility antigens-class II ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Glutenler = Glutens ; HLA DQ antijenleri = HLA DQ antigens ; HLA antijenleri = HLA antigens ; Çölyak hastalığı = Celiac disease

Özet:
Giriş-Amaç: Çölyak Hastalığı; en çok buğday, arpa ve çavdar ile az miktarda yulafta bulunan gluten ve ilişkili proteinlerin vücuda alınmasıyla; genetik olarak eğilimli kişilerde ortaya çıkan, immün kökenli bir enteropatidir. HLA-DQ2 ve/veya HLA-DQ8, barsak mukozasında bulunan immün sistemin özel CD4+ yardımcı T hücrelerine; glutenin, gliadin gibi alt birimlerinden birini sunarak Çölyak hastalığına hassasiyeti arttırmak için gereklidir. Fakat, hastalık gelişimi için bu işlem, tek başına yeterli değildir. Bu çalışmanın amacı, kromozom 6q22.33 bölgesinde bulunan THEMIS (Thymocyte-Expressed Molecule Involved in Selection = Seçimle İlgili Timosit Ekspresyon Molekülü) ve kromozom 1p36.11 bölgesinde bulunan RUNX3 (Runt-related transcription factor family =RUNT ilişkili transkripsiyon faktörleri ailesi) genlerinin, Çölyak Hastalığı teşhisi konmuş çocukların ince barsak biopsi materyali ve periferik kanındaki ekspresyonlarını incelemektir.
Materyal-Metod: Tepecik Eğitim Araştırma Hastanesi Doku Tipleme laboratuvarında; hem yeni tanı almış hastaların hem de kontrol grubunun periferik kanından ve ince barsak doku biyopsilerinden total RNA izolasyonları gerçekleştirildi. İzole edilen ve nanodropta ölçümü yapılan RNA'ların, cDNA sentez kiti ile cDNA'ya çevrilerek; SYBRGreen Real-Time PCR yöntemi ile gen ifade analizleri yapılmıştır.
Sonuç: Bu çalışmamızda, THEMIS ve RUNX 3 genlerinin dokudaki ekspresyonlarının periferik kandan daha yüksek olduğu gözlenmiştir. Ayrıca hastalarımızda gerek Tip I Diabetes Mellitus'a yakalanma olasılığı (%16.6) gerekse HLA dağılımları dünya literatürüne göre yüksektir. Ancak çocukluk çağlarında ince barsak biyopsisi yapma zorunluluğu ve Covid-19 pandemisi bu çalışmamızda vaka sayılarını sınırlandırıcı faktörler olmuştur. Buna karşılık, ÇH'da bulunan HLA DQ2,5 ile DQ8 doku tiplerine sahip hastalarda; RUNX 3 ekspresyonları farklı bulunmuştur. Aynı şekilde dokuda THEMIS yükselmektedir ve THEMIS'in dokularda düşük bulunması durumunda, kişilerde başka bir otoimmün hastalık araştırılmalıdır.

Abstract:
Introduction-Aim: Celiac Disease; It is an enteropathy of İmmüne origin that occurs in genetically predisposed individuals, by the ingestion of gluten and related proteins, which are present predominantly in wheat, barley and rye, and, in a small proportion of oats. While HLA-DQ2 and / or HLA-DQ8 are required to increase sensitivity to Celiac disease by introducing glutenin gliadin subunits to specific CD4 + T-helper cells of the İmmüne system in the intestinal mucosa; alone is not enough for disease development. The aim of this study is to investigate the expression of THEMIS (Thymocyte-Expressed Molecule Involved in Selection) and RUNX 3 (Runt-related transcription factor family) genes in small intestine biopsy materials and peripheral blood samples of children diagnosed with Celiac Disease.
Materials and Methods: Total RNA isolation performed after the serum is separated from the peripheral blood of both patients and control groups, in Tissue Typing Laboratory in Tepecik Training and Research Hospital. In addition, total RNA isolations performed in small intestine biopsies taken from newly diagnosed patients. Isolated and at nanodrop measured RNAs are converted to cDNA by cDNA synthesis kit and gene expression analysis performed by SYBRGreen Real-Time PCR method.
Results: In this study, we found that the expression of THEMIS and RUNX 3 genes in tissue was higher than in peripheral blood. Inaddition, the incidence of type I Diabetes Mellitus in Celiac Patients was found to be 16.66% above the world literatüre. Likewise, the distribution of HLA groups was found to be high. However, the limitations caused by performing a biopsy in childhood and the Covid-19 pandemic limited the number of cases. In contrast, RUNX 3 expressions were found to be different in patients with HLA DQ2,5 and DQ8 tissue types found in Celiac Disease. In the same way, THEMIS is elevated in the tissue, and if THEMIS is found to be low in the tissues, another autoİmmüne disease should be investigated in people.