Kronik granülomatoz hastalıkta NADPH oksidaz aktivitesi ve patogenez ilişkisinin yeni tanısal yöntemlerle araştırılması
Investigation of nadph oxidase activity and pathogenesis of chronic granulomatous disease by new diagnostic methods
Yazar: NEZİHE KÖKER
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA YAVUZ KÖKER
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / İmmünoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Allerji ve İmmünoloji = Allergy and Immunology
Dizin: Granülomatöz hastalık-kronik = Granulamatous disease-chronic ; NADPH = NADPH ; NADPH oksidaz = NADPH oxidase ; Nötrofiller = Neutrophils ; İmmün yetmezlik = Immun deficiency

Özet:
Kronik Granülomatoz Hastalık  (KGH) nötrofil NADPH oksidaz enzim fonksiyon bozukluğu sonucu sık enfeksiyonla seyreden nadir bir immün yetmezlik hastalığıdır. Çalışmamızda, KGH tanısal sürecindeki karmaşanın azaltılması ve uygulanacak tanısal testlerin akılcı yaklaşım çizelgesi ile doğru bir zamanlamada yapılabilmesi ve otozomal resesif KGH'da en sık mutasyon görülen NCF1 geninin toplum taraması amaçlandı.
Bu amaçla İmmünoloji Anabilim Dalına KGH klinik şüphesi ile gelen 42 hasta  (37 aile), 80 aile bireyi ve 40 sağlıklı kontrol DHR 123 testi, anti-NADPH oksidaz antikorları, fragment analizi, MLPA ile delesyon tarama ve NGS hastalık ilişkili mutasyon  (varyant) taraması ile araştırıldı. 
Araştırma laboratuvarımıza gelen ve KGH tanısı konulan hastaların 18 inde  (%44) X'e bağlı KGH, 23'ünde  (%56) ise otozomal resesif KGH bulundu. X-KGH olan 2 hastada, annede taşıyıcılık oluşmayan, de novo mutasyon bulundu. Otozomal resesif KGH hastalarının 9'unda  (%21) genscan yöntemi ile NCF1 ekzon 2 GTdel oluşan hotspot mutasyon bulundu. X-KGH grubunda 18 hastadan 15'inde farklı mutasyonlar bulundu. X-KGH hastalarından birinde -65 CYBB gen promotor noktasında yeni bir mutasyon tanımlandı.
Elde edilen sonuçlar KGH tanısında DHR testinin etkin bir uygula olduğunu, ancak MPO defektinin ekarte edilmesi gerektiğini ve genscan analizinin bütün KGH hastalarında rutin uygulanması gerektiğini gösterdi. Elde edilen tanısal veriler işlenerek bir KGH tanısal diyagramı oluşturuldu. Ayrıca 100 kişide NCF1 geninde gen/psödogen analizi yapıldı. Ülkemize ait bir veri oluşturuldu.
Sonuç olarak, hem 41 KGH hastalarının tanısal süreci tamamlandı, hem de elde edilen deneyim ile tanıda izlenecek güncel iş akış şeması oluşturuldu. Bu diyagram ile KGH tanısal sürecinin doğru, hızlı bir şekilde tamamlanması ve enfeksiyon hastalarında KGH ayırıcı tanısının kolaylaşmasını sağlanabilir. 
Anahtar kelime: Nötrofil; Kronik granülomatöz hastalık; NADPH oksidaz.

Abstract:
Chronic Granulomatous disease (CGD) is a primary immunodeficiency characterized by defective bacterial and fungi intracellular killing due to NADPH oxidase enzyme dysfunction. In our study, we aimed to set a simple and cost-effective diagnostic workflow to achieve diagnosing CGD patients accurately and early period of life. Also one of the major CGD-causing autosomal gene; NCF1 we screened gene pseudogene ratio in healthy individuals to enlighten pathogenesis of CGD.
For this purpose, 42 patients (37 families), 80 family members and 40 healthy control included in our study. DHR 123 tests were performed and then for CGD patients anti-NADPH oxidase subgroup analysis, fragment analysis, deletion detection with MLPA, and mutation (variant) screening by NGS steps were applied.
%44 of patients were X-linked CGD and %56 of them were autosomal resessive CGD. In 2 patients with X-CGD, de novo mutation was found which mother was not a carrier. In 9 (21%) of autozomal resessive CGD patients known hotspot mutation (NCF1 ekzon 2 GTdel) detected by genscan method. 15 different mutations were found in 18 X-KGH patients. A new mutation has been identified in one of the X-KGH patients at -65 CYBB promotor point.
The results showed that the DHR test was an active application in the KGH diagnostic, but the MPO deficiency should be eliminated and the genscan analysis should be performed routinely on all CGD patients. A diagnostic diyagram was created by processing the diagnostic data obtained. In addition, gene/psodogen analysis was performed in NCF1 genes in 100 people. A data of our country has been created.
As a result, the diagnostic process for both CGD patients has been completed and the current workflow scheme to be monitored through the experience obtained has been created. This diyagram can help reduce the cost and accelerate the process to improve the patients quality of life.
Keywords: Neutrophil; Chronic Granulomatous Disease, NADPH oxidase