36-indelplex panelinin türler arasında özgüllüğünün belirlenmesi
Determining the specificity of the 36-indelplex panel among species
Yazar: MELİS IŞIK
Danışman: PROF. DR. FARUK AŞICIOĞLU
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa /  Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Adli genetik = Forensic genetics ; Delesyon = Deletion ; Genotip = Genotype ; Özgüllük = Specificity

Özet:
Biyolojik delillerin bulunduğu birçok adli vakada, DNA düzeyinde kimliklendirme yapılarak faillere ulaşılabilmektedir. Moleküler genetik alanında yapılan yenilikler arasında bulunan InDel'ler, insan genomundaki bazların insersiyonuna (eklenmesine) ve delesyonuna (çıkarılmasına) dayanan ve STR/SNP gibi sistemlere alternatif olarak kullanılmaya başlanmış bir polimorfizm çeşididir. Bu çalışmada cinsiyet belirteci olan Amelogenin (AMG-XY), otozomal kromozomlar üzerinde bulunan 35 InDel (rs34660708, rs34495360, rs2308135, rs2307521, rs2308112, rs2308163, rs1610919, rs2308137, rs16646, rs144389514, rs56168866, rs16671, rs33972805, rs25549, rs16722, rs2067304, rs140861207, rs1160981, rs4646006, rs6480, rs28369942, rs2307838, rs3062629, rs10590424, rs16458, rs10623496, rs1610937, rs16363, rs2067147, rs1160965, rs2307656, rs2308101, rs2308072, rs2067191) lokusu ve Y kromozomu üzerinde bulunan (rs2032678) 1 InDel lokusundan oluşan 36-InDelplex panelinin hayvan türleri arasında özgüllüğünün belirlenmesi amaçlanmıştır. DNA analizi için adli olaylarda karşılaşılma olasılığı yüksek hayvanları yansıtacak şekilde, İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Veterinerlik Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hayvan Hastanesinden, tanı/tedavi amacı ile başvurmuş, veteriner hekim tarafından alınmış 57 hayvana ait kan örnekleri ilgili hastane laboratuvarından toplandı. DNA izolasyonu E.Z.N.A. ® Tissue DNA Kit protokolüne göre gerçekleştirildi. 36 InDel lokusu çoğaltıldı. PCR ürünleri, Applied BiosystemsTM 3500 Genetik Analizörde yürütüldü ve GeneMapper v.5.0 yazılım programında analiz edildi. Elde edilen sonuçların ayrım gücü ve özgünlük değerleri Microsoft® Excel programı ile değerlendirildi. Bu çalışma bulgularına göre ID16 (rs16646) lokusu deneylerde kullanılmış bütün kedi ve köpek örneklerinde yüksek RFU seviyeleri ile pik gösterdi. ID14 (rs144389514) lokusu deneylerde kullanılmış 10 kedi örneğinde yüksek RFU seviyeleri ile pik gösterdi. ID28 (rs2067147) lokusu deneylerde kullanılmış 1 inek örneğinde yüksek RFU seviyesi ile pik göstermiştir. Çalışmada temel alınan 36-InDelplex panelinde yer alan InDel lokusları dışında yer almakla birlikte inek, koyun, oğlak ve köpek örneklerinde farklı lokus aralıklarında yüksek RFU seviyeleri gösteren pikler görülmüştür. Sonuç olarak, geliştirilen 36-InDelplex paneli çalışmada yer alan hayvan türlerinde ID16, ID14 ve ID28 lokusları dışında etkileşim göstermemiş olup, panelin yüksek oranda insan türü özgüllüğü gösterdiği görülmüştür. Bu çalışmada insan DNA'sı ile yakınlık gösteren primatlar çalışılmamış olup primatların, geliştirilen kitin kullanılacağı olay yerinin bulunduğu coğrafyaya uygun olacak türler ve araştırmamızda yer almayan farklı türlerle çalışma yapılması ile kitin özgüllüğü hakkında kesinlik gösterebilecek sonuçlar elde edilebilecektir.

Abstract:
In many forensic cases where there is biological evidence, the perpetrators can be reached by identification at the DNA level. InDels, which are among the innovations made in the field of molecular genetics, is a type of polymorphism based on the insertion (addition) and deletion (removal) of bases in the human genome and started to be used as an alternative to systems such as STR / SNP. In this study, it was aimed to determine the specificity of the 36-InDelplex panel, which consists of the sex marker Amelogenin (AMG-XY), 35 InDel (rs34660708, rs34495360, rs2308135, rs2307521, rs2308112, rs2308163, rs1610919, rs2308137, rs16646, rs144389514, rs56168866, rs16671, rs33972805, rs25549, rs16722, rs2067304, rs140861207, rs1160981, rs4646006, rs6480, rs28369942, rs2307838, rs3062629, rs10590424, rs16458, rs10623496, rs1610937, rs16363, rs2067147, rs1160965, rs2307656, rs2308101, rs2308072, rs2067191) loci on autosomal chromosomes, and 1 InDel locus on the Y chromosome (rs2032678) among animal species. For DNA analysis, blood samples belonging to 57 animals were collected by a veterinarian, applied to Istanbul University-Cerrahpaşa Faculty of Veterinary Medicine Research and Application Animal Hospital for diagnosis/treatment, and collected from the relevant hospital laboratory reflecting animals that are likely to be encountered in forensic events. DNA isolation E.Z.N.A. ® Tissue DNA Kit was performed according to the protocol. 36 InDel loci were replicated. PCR products were run on the Applied BiosystemsTM 3500 Genetic Analyzer and analyzed in the GeneMapper v.5.0 software program. The discrimination and originality values of the obtained results were evaluated with the Microsoft® Excel program. According to the findings of this study, the ID16 (rs16646) locus peaked with high RFU levels in all cat and dog samples used in the experiments. The ID14 (rs144389514) locus peaked with high RFU levels in 10 cat samples used in the experiments. The ID28 (rs2067147) locus showed a peak with a high RFU level in 1 cow sample used in the experiments. In addition to the InDel loci in the 36-InDelplex panel based on the study, peaks showing high RFU levels were observed in different loci ranges in cow, sheep, kid(goat), and dog samples. As a result, the developed 36-InDelplex panel did not show any interaction other than the ID16, ID14, and ID28 loci in the animal species included in the study, and it was seen that the panel had a high human species specificity. In this study, primates that show affinity with human DNA were not studied, and it will be possible to obtain results that can show certainty about the specificity of the kit by working with the species that will be suitable for the geography of the crime scene where the developed kit will be used, and by working with different species that are not included in our research.