İdrar yolu enfeksiyonlarına neden olan Escherichia coli  izolatlarına karşı bazı bitki ekstraktlarının antibakteriyel aktiviteleri
Antibacterial activities of some plant extracts against Escherichia coli isolates causing urinary tract infection
Yazar: MAHBUP YALÇIN
Danışman: DOÇ. DR. ŞAHLAN ÖZTÜRK
Nevşehir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
İdrar Yolu Enfeksiyonlarında en çok izole edilen patojenin Escherichia coli olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada, idrar yolu enfeksiyonlarına yol açan, oldukça etkin direnç mekanizmalarına sahip olan ve kimyasal antibiyotiklere karşı sürekli direnç kazanma yeteneğindeki Escherichia coli bakterisi üzerine etkili olabilecek yeni doğal alternatif maddelerin araştırılması amaçlanmaktadır. İdrar yolu enfeksiyonu olan hastalardan alınan idrar örneklerinden 62 adet izolat elde edilerek API 10S ile tanımlanmıştır. Escherichia  coli izolatlarının amoxicillin–clavulanic acid, ampicillin, ceftriaxone, cefixime, cefuroxime, trimethoprim-sulfamethoxazole, gentamicin, nitrofurantoin ve ciprofloxacin antibiyotiklerine dirençlilik durumları disk difüzyon metodu ile belirlenmiştir. Antibiyotiklere en çok direnç gösteren Escherichia coli M5, M12, M35 izolatları seçilerek, piperacillin-tazobaktam, cefoperazone-sulbactam, amikacin, imipenem, meropenem, antibiyotikleri ile ek duyarlılık testleri yapılmıştır. Dirençli üç izolat VITEK 2 ile tanımlanarak Escherichia coli oldukları doğrulanmıştır. Bu izolatlar üzerine, ülkemizde doğal olarak yetişen Lavandula stoechas, Centaurea depressa, Cyclotrichium origonifolium, Cotinus coggygria, Origanum minutiflorum bitki ekstraktlarının antibakteriyel etkileri incelenmiştir. Yapılan denemeler sonunda dirençli izolatlara karşı yüksek antibakteriyel etki gösteren ekstraktın Cotinus coggygria bitkisine ait olduğu tespit edilmiştir. Escherichia coli M5, M12, M35 izolatlarının tamamını öldüren Cotinus coggygria konsantrasyon miktarları sırasıyla 2, 2,5, 2,5 mg/ml'dir. Cotinus coggygria  ekstraktının Escherichia coli M5, M12, M35 izolatları için LC50 değerleri sırasıyla 0,066, 0,055, 0,088 mg/ml olarak bulunmuştur. Bu çalışmada elde edilen bulgulara göre Cotinus coggygria bitki ekstraktı dirençli izolatlara karşı, deneylerde kullanılan antibiyotikler kadar etkili olduğu ve yeni antibiyotik üretimine öncülük edeceği ortaya konulmuştur.

Abstract:
It is known that the Escherichia coli is a pathogen mostly isolated in urinary tract infection. In this study, it is aimed to research new natural alternative agents which may be effective on Escherichia coli causing urinary tract infection, having high resistance and continuously gaining resistance against antibiotics. 62 isolates were obtained from the urine samples given by the patients with urinary tract infection and they were identified with API 10S. Resistance of Escherichia coli isolates against the antibiotics of amoxicillin–clavulanic acid, ampicillin, ceftriaxone, cefixime, cefuroxime, trimethoprim-sulfamethoxazole, gentamicin, nitrofurantoin and ciprofloxacin ware determined by disc diffusion metod. Escherichia coli M5, M12, M35 isolates, the most resistant ones, were chosen and additional sensibility tests were performed by using antibiotics such as piperacillin-tazobactam, cefoperazone-sulbactam, amikacin, imipenem, ieropenem. Three resistant isolates were also identified with VITEK 2 and it was confirmed they were Escherichia coli. The antibacterial effect of plants' extracts which naturally grow in our country such as Lavandula stoechas, Centaurea depressa, Cyclotrichium origonifolium, Cotinus coggygria, Origanum minutiflorum on the Escherichia coli isolates were examined. It is determined that extract of Cotinus coggygria showed highest antibacterial effects on Escherichia coli M5, M12, M35. %100 death amount of Escherichia coli M5, M12, M35 isolates occurred at 2, 2,5, 2,5 mg/ml Cotinus coggygria concentrations, respectively. LC50 values of Cotinus coggygria extract against Escherichia coli M5, M12, M35 isolates were found 0,066, 0,055, 0,088 mg/ml, respectively.  According to the results obtained from this study, it is understood that Cotinus coggygria plant extract is as effective as antibiotics used in the tests against resistant isolates and it leads the new antibiotic production in the future.