Dna kimliklendirmesi amacıyla 18 lokuslu str (d8s1179, D21S11, D7S820, csf1po, d3s1358, tho1, D13S317, D16S539, D2S1338, d19s433, vwa, tpox, d18s51, alelogenin, d5s818, FGA, D10S1248, d14s1434) kitinin geliştirilmesi.
Development of 18 loci STR (d8s1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D3S1358, tho1, D13S317, d16s539, d2s1338, d19s433, vwa, tpox, D18S51, alelogenin, d5s818, fga, d10s1248, d14s1434) kit for dna identification.
Yazar: HÜSEYİN KARADAYI
Danışman: YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine

Özet:
Günümüzde mahkemelerde en güvenilir delillerden biri olarak kabul edilen DNA'ya dayalı kimliklendirme, tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de yaygın olarak kullanılmaktadır. Adli laboratuvarlarda kimliklendirmede ve akrabalık ilişkilerinin belirlenmesinde son 25 senedir DNA üzerindeki kodlanmayan bölgelerde bulunan kısa ardışık tekrar bölgeleri (Short Tandem Repeats veya STR) analiz edilmektedir. STR bölgeleri insan genomunun çok küçük bir bölgesi hakkında bilgi verse de biyolojik örneklerin ayırt edilmesi ve karşılaştırılması için yeterlidir. Piyasadaki kit üreticileri adli ya da adli olmayan laboratuvarlarda kullanılmak üzere birçok STR lokusunu tek bir iş akışında analizini ve değerlendirmesini mümkün kılan multipleks STR sistemlerini geliştirmişlerdir. 
DNA kimliklendirme sistemleri genellikle 16 bölgeli STR lokuslarından oluşmaktadır. Hazır ticari kitler tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Bu kitler, Adli Tıp Kurumu, Adli Tıp Enstitüleri, Jandarma Kriminal Araştırma Laboratuvarı ve Kriminal Polis Laboratuvarı gibi adli amaçla çalışan laboratuvarlar ve prenatal tanıda kontaminasyon tespiti, kemik iliği transplantasyonu sonrası kimerizm testi çalışan genetik tanı merkezlerinde de çok yaygın olarak kullanılmaktadır. 
Hâlihazırda Dünya'da ve ülkemizde en çok kullanılan STR markırları D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D3S1358, TH01, D13S317, D16S539, D2S1338, D19S433, vWA, TPOX, D18S51, Amelogenin, D5S818 ve FGA'dır. Bu STR markırları bir Amerikan firması tarafından tek reaksiyonda amplifiye olacak şekilde optimize edilerek kit haline getirilmiş olup ülkemizde ve tüm dünyada yaygın olarak çalışılmaktadır.
Bu tez çalışmasında, ticari kitlerde yaygın olarak bulunan 16 bölgeye 2 mini-STR markırı (D14S1434, D10S1248) daha ilave edilerek multipleks sistemdeki STR sayısı 18'e yükseltildi 18 STR bölgesini tek bir reaksiyonda başarılı amplifikasyon yapılabilmesi için uygun parametreler belirlendi ve optimizasyon çalışmaları yapıldı. Kimliklendirme amacıyla kullanılmak üzere moleküler tabanlı panel optimizasyonu yapıldı. Bu panelin ileriki zamanlarda geliştirilebilecek daha geniş içerikli multipleks STR kitinin temelini oluşturması amaçlanmaktadır.
Anahtar Kelimeler: Kısa Ardışık Tekrar Dizileri (STR), Multipleks Reaksiyon Sistemi, Adli Genetik, DNA Kimliklendirme

Abstract:
Nowadays, the identity of DNA, which is considered to be one of the most reliable proofs in the courts, is widely available in our country as well as the rest of the world. In the forensic laboratories, short successive repeat regions (Short Tandem Repeats or STR) in the non-coded regions of DNA have been analyzed for the last 25 years in identification and determination of kinship relations. Although STR regions provide information on a very small region of the human genome, it is sufficient to distinguish and compare biological samples. Kit manufacturers in the market have developed multiplex STR systems that enable analysis and evaluation of many STR loci in a single workflow for use in forensic or non-forensic laboratories. 
DNA identification systems generally consist of 16-region STR loci. Ready-to-use commercial kits are in high demand in our country as well as all over the world. 
In addition to Forensic Medicine Foundation, Forensic Medicine Institute, Gendarmerie Criminal Research Laboratory and Criminal Police Laboratory, the kits are also widely used in genetic diagnosis centers doing contamination check in prenatal diagnosis, chimerism testing after bone marrow transplantation. Currently, the most commonly used STR markers in the world and in our country are D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D3S1358, TH01, D13S317, D16S539, D2S1338, D19S433, vWA, TPOX, D18S51, Amelogenin, D5S818 and FGA. This STR multiplex system has been optimized by an American company to be amplified in a single reaction, and this kit is widely used in our country and all over the world. 
In this thesis, 2 mini-STR markers (D14S1434, D10S1248) were added to the 16 regions in the commercial kit and the number of STR in the multiplex system was increased to 18. It is expected to be more efficient on decayed samples with 2 mini-STRs added to the kit design. In order to obtain successful amplification of 18 STR regions in a single reaction, appropriate parameters were determined and optimization studies were performed. Molecular based kit/panel optimization was performed for identification purposes. 
This panel is intended to form the basis of a larger content multiplex STR kit that can be developed in the future.
Key Words: Short Tandem Repeats (STR), Multiplex Reaction System, Forensic Genetic, Identification