Miyeloid hematolojik malignensilerde miRNA oluşum yolağındaki genlerin ekspresyon düzeylerinin araştırılması
The investigation of expression levels of miRNA biogenesis genes in myeloid hematological malignancies
Yazar: KENAN ÇEVİK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA ERTAN AY
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Hematopoez = Hematopoiesis ; Lenfoma = Lymphoma ; Lösemi = Leukemia ; Mikro RNA = Micro RNA ; Miyelodisplastik sendromlar = Myelodysplastic syndromes ; Miyeloproliferatif hastalıklar = Myeloproliferative disorders ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Hematolojik malignensiler, kan, kemik iliği, lenfoid nod ve lenfatik sistemin diğer kısımlarını etkileyen malignant neoplazmlardır. Miyeloid hematolojik malignensiler, yüksek morbidite ve mortaliteye yol açtığından erken tanı ve etkili tedavi oldukça önemlidir. Hematolojik malignensilerin gelişiminde çalışmalar, çoğunlukla miRNA'lar üzerine yoğunlaşmıştır. miRNA'lar hematopoezin potansiyel düzenleyicileridir. Bu çalışmada, miyeloid hematolojik malignensilerde miRNA biyogenezindeki yolağında rol alan Drosha, DGCR8, Dicer, XPO5, AGO1, AGO2 ve TARBP2 genlerinin ekspresyon düzeyleri araştırıldı.
Çalışma grubuna, Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı Hematoloji Bilim Dalı'na başvuran 34 Miyelodisplastik Sendrom (MDS) ve 20 Akut Miyeloid Lösemi (AML) tanısı almış toplam 54 hasta ve 7 sağlıklı birey dahil edildi. Hasta ve sağlıklı bireylerden alınan kemik iliği örneklerinden total RNA izolasyonu ve cDNA isentezi gerçekleştirildi, Seçilen genler, qPCR yöntemiyle analiz edildi.  Bu genlerin ekspresyon düzeyleri; Toplam hasta (AML ve MDS)- kontrol, MDS-kontrol, AML-kontrol ve AML-MDS grupları arasında Ki-kare testi, Shapiro–Wilk testi, Student t-testi, Mann-Whitney U testi kullanılarak istatistiksel olarak değerlendirildi. Her iki grupta da XPO5 ve AGO2 genlerinin ekspresyon düzeyleri Real-time'da saptanamadığı için istatistiksel olarak değerlendirilemedi.
Drosha, DGCR8, Dicer, AGO1 ve TARBP2 genlerinin ekspresyon düzeyleri açısından toplam hasta-kontrol ve MDS-kontrol arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark olduğu gözlendi (p<0,05). AML-kontrol kıyaslamasında ise Drosha, DGCR8, Dicer, AGO1 genlerinin ekspresyon düzeylerinde anlamlı bir fark saptanırken (p<0,05), TARBP2 geninin ekspresyon düzeyi bakımından gruplar arasında bir farklılık olmadığı gözlendi. MDS-AML kıyaslamasında, Dicer, Drosha, DGCR8, AGO1 ekspresyon düzeylerinde istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmezken (p>0,05), TARBP2 ekspresyon düzeyinde ise anlamlı bir farklılık saptandı. 
Sonuç olarak, miRNA biyogenezinde görevli Drosha, DGCR8, Dicer, AGO1 ve TARBP2 genlerindeki ekspresyon değişimleri, AML ve MDS gibi miyeloid hematolojik malignensilerin oluşumuna katkı sağlayabilir.

Anahtar Kelimeler: Hematolojik malignensiler, miRNA, Drosha, DGCR8, hematopoez,
ekspresyon

Abstract:
Hematological malignancies are malignant neoplasms that affect blood, bone marrow, lymphoid nodes and other parts of lymphatic system. Since myeloid hematological malignancies cause high morbidity and mortality, early diagnosis and effective treatment is very important. Studies about hematological malignancies have been mostly focus on miRNAs. miRNAs are potential regulators of hematopoiesis. In this study, the expression levels of miRNA biogenesis genes Drosha, DGCR8, Dicer, XPO5, AGO1, AGO2 and TARBP2 were investigated in myeloid hematological malignancies.
In total, 54 patients with diagnosed AML (n=20) and MDS (n=34) and a control group of 7 healthy participants were recruited from Mersin University, Faculty of Medicine Department of Internal Medicine, Hematology Department. After total RNA isolation and cDNA synthesis, miRNA biogenesis genes were analyzed with qPCR method. Expression levels of these genes were evaluated between the total patient (AML and MDS) and control, MDS patients and control, AML patients and control and AML-MDS groups statistically by using the Chi-square test, Shapiro-Wilk test, Studendt's t-test, Mann-Whitney U test. We could not detect the expression level of  XPO5 and AGO2 genes in control and healthy groups in Real time PCR so they could not be calculated by statistically.
While the expression levels of Dicer, Drosha, AGO1 and TARBP2 were lower, the level of DGCR8 was higher in total patients compared to healthy group. Similar results were seen between MDS and healty group. While there was a significant difference in the expression levels of Drosha, DGCR8, Dicer, AGO1 genes between AML and healthy group (p <0.05), TARBP2 expression level was not changed significantly. Althoug there were no significant difference in expression levels of Dicer, Drosha, DGCR8 and AGO1 genes, the expression level of TARBP2 gene was statistically significant between AML and MDS patients.
As a result, the alterations in expression of Drosha, DGCR8, Dicer, AGO1 and TARBP2 genes in the miRNA biogenesis may contribute to myeloid hematological malignancies such as AML and MDS. These genes may prove to be a new biomarker for these malignancies.

Keywords: Hematological malignancies, miRNA, Drosha, DGCR8, hematopoiesis, gene
expression