Bazı gram negatif bakterilerde kontakt bağımlı inhibisyon mekanizmasının araştırılması
Investigation of contact-dependent inhibition (CDI) mechanism in some gram negative bacteria
Yazar: MUHAMMED HASAN AKYIL
Danışman: PROF. DR. NİLÜFER CİHANGİR
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Proteus = Proteus

Özet:
Mikroorganizmaların birbirleriyle olan etkileşimlerini incelemek, mikrorganizmaları daha iyi tanıma fırsatını ayrıca onlarla nasıl mücadele edeceğimizin ipuçlarını bulmamızı sağlamaktadır. Antibiyotiğin keşfi, biyofilm oluşumları ve quorum sensing gibi mekanizmalar bu etkileşimlerin araştırılması sonucu ortaya çıkmıştır. Mikroorganizmların geliştirdikleri direnç mekanizmaları, mikroorganizmalara karşı mücadelemizde mevcut yöntemlerin etkisini  azaltmakta bu da yeni mekanizmaların araştırılmasını zorunlu kılmaktadır. CDI (Kontak Bağımlı İnhibisyon) mekanizması özellikle tür içi rekabette bakterilerin birbirlerini inhibe ettikleri bir mekanizma olarak karşımıza çıkmaktadır. CDI mekanizmasına sahip olan bakteriler kendi türü içinde CDI mekanizmasına sahip olmayan bakterilerin reseptörlerine bağlanarak onların içersine toksin salmakta ve bu toksin hedef bakteride bakteriyostatik bir etki göstermektedir. Bu bağlamda sunulan tez çalışmasının amacı Protues ve Salmonella türlerinin CDI mekanizmalarının aydınlatılmasıdır.Bu tez çalışmasında hem Amerikan Kültür Koleksiyonuna ait hem de kendi izolatlarımız olan çeşitli Proteus ve Salmonella türleriyle çalışılmıştır. NCBI'da ASM226535v1 numaralı kayıtlı Proteus mirabilis suşuna ait RefSeq: WP_094959879.1 numaralı proteinin CdiB, WP_094959878.1 numaralı proteinin  CdiA ve WP_063108584.1 numaralı proteinin ise CdiI proteini olabileceği saptanmıştır. Proteus mirabilis ATCC® 43071 suşundan homolog rekombinasyon yöntemiyle CDI negatif olan Proteus mirabilis ATCC® 43071 Δcdi BAI :: ampR mutant suşu elde edilmiş ve bu suşa ait kontakt bağımlı inhibisyon mekanizması çeşitli parametrelerle aydınlatılmıştır.

Abstract:
Examining the interactions of microorganisms with each other provides us with the opportunity to get to know microorganisms better and find clues on how to deal with them. The discovery of antibiotics, biofilm formation and mechanisms such as quorum sensing emerged as a result of investigating these interactions. Due to the resistance mechanisms developed by microorganisms, the effect of existing methods decreases in our fight against microorganisms, and this makes it necessary to investigate new mechanisms. CDI (Contact Dependent Growth Inhibition) mechanism emerges as a mechanism by which bacteria inhibit each other, especially in competition within the species. After bacteria with CDI mechanism bind to the receptors of bacteria that do not have the CDI mechanism, they release toxins into them, and this toxin toxin causes a bacteriostatic effect in the target bacteria. In this context, the aim of the presented thesis is to elucidate the CDI mechanisms of Protues and Salmonella species. In this thesis, various Proteus and Salmonella species, both from the American Cultural Collection and our own isolates, were studied. It was determined that the RefSeq: WP_094959879.1 protein belonging to the Proteus mirabilis strain registered in NCBI with the number ASM226535v1 could be CdiB, the protein numbered WP_094959878.1 could be CdiA and the protein numbered WP_063108584.1 could be the CdiI protein. CDI negative Proteus mirabilis ATCC® 43071 Δcdi BAI :: ampR mutant strain was obtained from Proteus mirabilis ATCC® 43071 strain by homologous recombination method and the contact-dependent inhibition mechanism of this strain was elucidated with various parameters.