Ülseratif kolit ve kolorektal kanser hastalarında epigenetik kromatin histon modifikasyon profilinin değerlendirilmesi
Evaluation of epigenetic chromatin histone modification profile 
in ulcerative colitis and colorectal cancer
Yazar: EMRE GERÇEKER
Danışman: DOÇ. DR. ELMAS KASAP
Celal Bayar Üniversitesi / Tıp Fakültesi / İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Gastroenteroloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Yan Dal Uzmanlık, 2013
Konu: Gastroenteroloji = Gastroenterology
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Gen ifadesi = Gene expression ; Histon deasetilaz = Histone deacetylases ; Kolit-ülseratif = Colitis-ulcerative ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Kromatin = Chromatin ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Giriş ve Amaç: Ülseratif kolit (ÜK), kolorektal kanser (KRK) gelişmesi için önemli bir risk faktörüdür. Epigenetik histon modifikasyonları KRK karsinogenezinde önemli görevler üstlenmektedir. Çalışmamızda ÜK ve KRK hastalarında epigenetik histon modifikasyonlarının tanısal ve prognostik marker olarak değerini araştırmayı amaçladık.
Gereç ve Yöntem: 20 ÜK' li, 20 KRK' li ve 20 kontrol olgu olmak üzere toplam 60 kişi çalışmaya dahil edildi. KRK, ÜK ve kontrol gruplarının RT-PCR array yöntemi ile histon modifikasyon enzim anahtar gen ekspresyonları değerlendirildi ve karşılaştırıldı. KRK hastalarında prognostik belirteçler olan hastalık evresi, tümör difensiyasyonu, CEA düzeyine göre alt gruplara ayrılarak gen ekspresyon analizi yapıldı. ÜK hastalarında KRK gelişimi için risk faktörü olan hastalık yaygınlığı, süresi ve inflamasyon şiddetine göre alt gruplara ayrılarak gen ekspresyon analizi yapıldı. 
Bulgular: KRK' de HDAC1, HDAC7, PAK1, NEK6, AURKA ve AURKB' nin kontrol grubuna göre anlamlı olarak daha fazla overeksprese olduğu saptandı. İleri evre KRK' de HDAC1, HDAC7, PAK1, NEK6, AURKA ve AURKB; kötü diferansiye tümörlerde HDAC1, HDAC7 ve AURKB' nin anlamlı olarak daha fazla overeksprese olduğu saptandı. Serum CEA düzeyi ile herhangi bir gen ekspresyonu arasında ilişki gösterilemedi. ÜK tanılı hastalarda HDAC1, PAK1, NEK6, AURKA' nin kontrol grubuna göre anlamlı olarak daha fazla overeksprese olduğu ve hastalık süresinin artışı ile HDAC1, PAK1, NEK6, AURKA' nın anlamlı olarak daha fazla overeksprese olduğu saptandı. AURKA ve NEK6 genlerinin kolon tutulumu yaygın olan ÜK hastalarında anlamlı daha fazla overeksprese olduğu, PAK1 ve HDAC1 overekspresyonun ise hastalık tutulum yaygınlığına bağlı değişmediği saptandı. ÜK' te overeksprese olan HDAC1, AURKA, NEK6, PAK1' in hastalık şiddeti ile ilişkisi gösterilemedi.
Sonuç: HDAC1, HDAC7, PAK1, NEK6, AURKA ve AURKB KRK karsinogenezinde görev alan önemli tanısal ve prognostik marker'lardır. HDAC1, AURKA, NEK6 ve PAK1'in ÜK hastalarında KRK taramasında marker olarak kullanılabileceğini ve bu konuda daha ileri çalışmalara ihtiyaç olduğunu düşünmekteyiz.

Abstract:
Background and Aims: Ulcerative colitis (UC) is a risk factor for colorectal cancer (CRC). Epigenetic histone modification play important role in CRC carcinogenesis. In this study, we aim to investigate diagnostic and prognostic value of histone modifications as a marker in UC and CRC patients. 
Method: 20 persons as a control group, 20 patients with UC and 20 patients with CRC were included in this prospective study. The Human Histone Modification Enzyme RT-PCR array will be used to detect the expression of 84 key genes encoding enzymes in the colon mucosa and the data was compared between CRC, UC and control groups. CRC patients were divided into subgroups according to prognostic sign such as disease stage, tumor differentiation or serum CEA levels. UC patients were divided into subgroups according to risk factors for CRC such as colon involvement, disease activity, and disease duration. The gene expression were analyzed in UC and CRC patient subgroups. 
Result: HDAC1, HDAC7, PAK1, NEK6, AURKA and AURKB were overexpressed at significantly higher levels in the CRC, than the control group. In the progressive stage; HDAC1, HDAC7, PAK1, NEK6, AURKA, AURKB and in the poor-differentiated tumours; HDAC1, HDAC7, AURKB were overexpressed at significantly higher levels. There was no significant correlation between serum CEA levels and gene expression. HDAC1, PAK1, NEK6, AURKA were overexpressed at significantly higher levels in the UC, than the control group. AURKA, NEK6 were overexpressed at significantly higher levels in UC, who has wide disease involvement of colon and there was no significant correlation between expression of PAK1, HDAC1 and disease involvement of colon. There was no significant correlation between expression of HDAC1, AURKA, NEK6, PAK1 and disease activity in UC.
Conclusion: HDAC1, HDAC7, PAK1, NEK6, AURKA and AURKB are diagnostic and prognostic markers in CRC, who play important role in CRC carcinogenesis. HDAC1, AURKA, NEK6, PAK1 can use as a marker in CRC surveillance in UC patients and further studies are needed in this topic.