Akciğer tüberkülozlu hastalarda PCR yöntemiyle dışkıda Mycobacterium tuberculosis kompleks DNA'sının varlığının araştırılması
Investigation of the presence of Mycobacterium tuberculosis complex dna in stool by PCR method in patients with pulmonary tuberculosis
Yazar: FEYZA NUR AŞKIN
Danışman: DOÇ. DR. DENİZ GAZEL
Gaziantep Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mikobakteriler =   ; Mikobakterium tüberkülozis =   ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Amaç: Tüberküloz tüm dünyada en çok ölüme neden olan enfeksiyöz kaynaklı hastalıkların başında gelmektedir. Bu sebeple kişilerin tedaviye erken başlamasını sağlamak ve hastalığın yayılmasını önlemek için erken tanı çok önemlidir. Tanıda balgam en sık kullanılan örnektir. Fakat her hasta rahatlıkla balgam çıkaramamaktadır. Özellikle ileri yaştaki hastalar, nörolojik defisiti olan hastalar ve çocuklar balgam üretebilse bile bunu rahatlıkla çıkaramamaktadır. Balgam çıkaramayan hasta gruplarında invaziv yöntemlerle farklı örnekler alınabilse de bu durum hem hasta için travmatik hem de maliyetlidir. Dünya Sağlık Örgütü tarafından 2022 yılından beri çocuk ve adölesanlarda dışkı örneğinin akciğer tüberkülozunda tanısal bir örnek olarak   kullanılması önerilmektedir. Çalışmamızda erişkin akciğer tüberkülozlu hastaların dışkısı PCR yöntemiyle değerlendirilerek M. tuberculosis kompleks DNA'sı araştırılmış ve dışkının akciğer tüberkülozu tanısında örnek olarak kullanılabilmesi değerlendirilmiştir. 
Gereç ve Yöntem: Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğine başvuran tüberküloz ön tanılı 20 hasta ve sağlıklı 20 gönüllü çalışmaya dahil edilmiştir. Hasta ve sağlıklıların balgam ve dışkı örnekleri toplanmıştır. Balgam örnekleri ARB, kültür ve Xpert MTB/RIF Ultra ile değerlendirilmiş, dışkı örnekleri ise sadece Xpert MTB/RIF Ultra ile değerlendirilmiştir.
Bulgular: Sağlıklı gönüllülerin ARB, balgam kültür, balgam PCR ve dışkı PCR sonuçları değerlendirildiğinde tamamı negatif olarak saptandı. Hasta gönüllülerin tamamının balgam PCR sonucu pozitif bulundu.  Hastalardan % 40'ının (n:8) balgam ARB sonucu pozitif, kalan % 60'ının balgam ARB sonucu negatif saptandı. Hastaların % 85'inin balgam kültür sonucu pozitif, kalan %15'inin ise negatif değerlendirildi. Hastalardan % 10'u dışında tamamının (n:18) dışkı PCR sonucu pozitif saptandı. Hastalardan % 15'inin balgam kültür sonucu negatif olmasına rağmen balgam PCR sonucu pozitifti. Aynı hastalardan ikisinin dışkı PCR sonucu da pozitifti. Bir hastanın ise balgam PCR ve kültür sonuçları pozitif olmasına rağmen dışkı PCR sonucu negatif saptandı. Balgam kültür sonucu referans olarak kabul edildiğinde dışkı PCR testinin duyarlılığı % 94,1, özgüllüğü % 91,3, pozitif prediktif değeri % 88,8 ve negatif prediktif değeri % 95,4 şeklinde hesaplandı.
Sonuç: Çalışmamızda elde ettiğimiz verilere göre dışkı balgam örneği veremeyen akciğer tüberkülozlu hastalarda basilin tespit edilebileceği bir örnek olarak akla gelmelidir.

Abstract:
Aim: Tuberculosis is one of the leading infectious diseases that cause the most deaths all over the world. For this reason, early diagnosis is very important to ensure that people start treatment early and prevent the spread of the disease. Sputum is the most commonly used example in diagnosis. But not every patient can easily remove sputum. Especially elderly patients, patients with neurological deficits and children, even if they can produce sputum, they cannot easily remove it. Although different samples can be taken by invasive methods in groups of patients who cannot expectorate, this situation is both traumatic and costly for the patient. It is recommended by the World Health Organization to use stool sample as a diagnostic sample for pulmonary tuberculosis in children and adolescents since 2022. In our study, the stool of adult patients with pulmonary tuberculosis was evaluated by PCR method. M. tuberculosis complex DNA has been investigated and it has been evaluated that feces can be used as an example in the diagnosis of pulmonary tuberculosis
Material and Method: 20 patients with a preliminary diagnosis of tuberculosis and 20 healthy volunteers admitted to the Pulmonology outpatient clinic of Gaziantep University Şahinbey Research and Application Hospital were included in the study. Sputum and stool samples of sick and healthy people were collected. Sputum samples were evaluated with ARB, culture and Xpert MTB/RIF Ultra, while stool samples were evaluated only with Xpert MTB/RIF Ultra.
Results: When the ARB, sputum culture, sputum PCR and stool PCR results of healthy volunteers were evaluated, all of them were found to be negative. The sputum PCR result of all patient volunteers was found to be positive. The sputum ARB result of 40% of the patients was positive, and the sputum ARB result of the remaining 60% was negative. Sputum culture results of 85% of the patients were evaluated positively and the remaining 15% were evaluated negatively. All but 10% of the patients (n:18) had positive stool PCR results. Although the sputum culture result of 15% of the patients was negative, the sputum PCR result was positive. The stool PCR result of two of the same patients was also positive. Although the sputum PCR and culture results of one patient were positive, the stool PCR result was negative. When the sputum culture result was accepted as a reference, the sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value of the stool PCR test were calculated as 94.1%, 91.3%, 88.8% and 95.4% respectively.
Conclusion: According to the data obtained in our study, stool should be considered as a sample in which bacilli can be detected in patients with pulmonary tuberculosis who cannot provide a sputum sample.