Bazı yeni paladyum (Pd (II)) ve bakır (Cu(II)) bileşiklerinin in vitro ve in silico değerlendirilmesi; sitotoksik etkiler, DNA kesimi ve moleküler kenetleme
In vitro and in silico evaluation of some new palladium (Pd (II)) and copper (Cu(II)) compounds; cytotoxic effects, DNA cleavage and molecular docking
Yazar: MEHMET GÜLÇİMEN
Danışman: PROF. DR. BERRİN TÜYLÜ
Eskişehir Teknik Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Docking = Docking ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Hücre dizisi = Cell line ; Meme kanseri =   ; Sitotoksisite = Cytotoxicity

Özet:
İlaç keşfi alanında yenilikçi yaklaşımların geçerliliği günden güne artarken, antikanser özellikli ilaçların geliştirilmesi adına yeni çalışmalar yapılmaktadır. Bu tez kapsamında, yeni sentezlenen Paladyum (Pd(II)) ve Bakır (Cu(II)) bileşiklerinin, DNA molekülü üzerinde moleküler kenetleme, pUC19 plazmid DNA'sı üzerinde kesme ve HCC1428 hücre hattı üzerinde MTT testi ile sitotoksik etkisi incelenmiştir. Bu yeni bileşiklerin kenetleme simülasyonlarında DNA yapısı ile moleküller arası bağlar yaptığı, pUC19 plazmidi üzerindeki DNA kesimi deneylerinde belirli konsantrasyonlarda DNA hasarına ve fragmentasyonuna neden olduğu, HCC1428 hücreleri üzerinde yapılan MTT testi ile de çalışılan bütün doz ve inkübasyon sürelerinde anlamlı bir sitotoksik aktivitesi olduğu belirlenmiştir. Bu sitotoksik aktivitelere paralel olarak IC50 değerleri hesaplanmıştır. DNA kesimi deneylerinde ise Sisplatin ve Karboplatin antikanser özellikli ajanlar kontrol olarak kullanılmış ve DNA üzerinde benzer sonuçlar elde edilerek, fragmentasyon sonucu oluşan bantlar agaroz jel elektroforezi tekniği ile görüntülenmiştir. Bileşiklerin moleküler kenetleme simülasyonlarında ise bağlanma afinitelerinin yüksek olduğu saptanmış ve bağlanma anındaki görüntüleri şekiller olarak gösterilmiştir.

Abstract:
While the validity of innovative approaches in the field of drug discovery is increasing day by day, new studies are carried out to develop drugs with anticancer properties. Within the scope of this thesis, the cytotoxic effects of newly synthesized Palladium (Pd(II)) and Copper (Cu(II)) compounds were investigated by molecular docking on DNA molecule, cleavage on pUC19 plasmid DNA and cytotoxic effects on HCC1428 cell line by MTT assay. It was determined that these new compounds made intermolecular bonds with the DNA structure in docking simulations, caused DNA damage and fragmentation at certain concentrations in DNA cleavage experiments on pUC19 plasmid, and had a significant cytotoxic activity at all doses and incubation times studied with MTT assay performed on HCC1428 cells. Parallel to these cytotoxic activities, IC50 values were calculated. In DNA cleavage experiments, Cisplatin and Carboplatin anticancer agents were used as controls and similar results were obtained on DNA, and bands formed as a result of fragmentation were visualized by agarose gel electrophoresis technique. In the molecular docking simulations of the compounds, the binding affinities were found to be high and the images at the time of binding are shown as figures.