Çocuk ve adolesan lenfomalarının etyopatogenezinde tümör baskılayıcı genlerde dna metilasyonunun rolü /
Yazar: İHSAN ÖZDEMİR
Danışman: PROF. DR. FARUK GÜÇLÜ PINARLI
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Onkoloji = Oncology ; Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: DNA = DNA ; Ergenler = Adolescents ; Etyopatogenez = Etiopathogenesis ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Genler-tümör baskılayıcı = Genes-suppressor-tumor ; Hodgkin hastalığı = Hodgkin disease ; Lenfoma = Lymphoma ; Metilasyon = Methylation ; Çocuklar = Children

Özet:
Amaç: Çocukluk çağı lenfomalarının etyopatogenezinde epigenetik değişikliğe uğrayarak rol oynadığı öne sürülen 7 ayrı gen için ekpresyon ve metilasyon durumlarını belirleyerek genel ve olaysız yaşam üzerine olan etkisini araştırmaktır.
Hastalar ve Yöntem: Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Çocuk Onkoloji bölümünde 2000-2015 yılları arasında izlenen 41 HL, 15 NHL ve 40 maliyn olmayan lenf nodu proliferasyonu olmak üzere, patolojik değerlendirmesi merkezimizde yapılan ve doku örnekleri yeterli olan toplam 96 çocuk çalışmaya alındı. Doku örneklerinden DNA ve RNA izolasyonu yapılarak RT- qPCR ve metilasyon spesifik PCR çalışması yapıldı.
Bulgular: Hasta ve kontrol grupları karşılaştırıldığında hasta grubunda SPI1, PRDX2, KLF4, DLEC1 DAPK1 genlerinin kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı derecede daha az ekprese olduğu, CDKNA2 ve FOXO1 genlerinin ekspresyonunun ise hasta ve kontrol gruplarında istatistiksel olarak farklı olmadığı görüldü. Metilasyon oranlarına bakıldığında; CDKN2A ve FOXO1 geni hariç çalışılan tüm genlerde metilasyon oranları HL ve NHL gruplarında kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulundu.
Sonuç: Çocukluk çağı HL ve NHL hastalarının tümör doku örneklerinde SPI1, PRDX2, DLEC1, KLF4, DAPK1 genlerinin hipermetilasyon ile susturuldukları saptandı. CDKN2A geninin hem hasta hem de kontrol gruplarında ekprese olmaması nedeniyle maliyniteye özgül olmadığı sonucuna varıldı. FOXO1 geni ise hem hastalarda hem de kontrol gruplarında ekprese olduğundan maliynite ile ilişkisi gösterilemedi.

Abstract:
The Role of DNA Methylation of The Tumor Supressor Genes in Etiopathogenesis of Childhood and Adolescent Lymphomas
Purpose: The aim of the study is to investigate the expression and methylation status of 7 distinctive genes with tumor suppressing properties in childhood lymphomas.
Patients and Methodology: A total of 96 patients (41 HL, 15 NHL and 40 non-malignant lymph node proliferation) who are followed up between 2000-2015 in the Pediatric Oncology Division of Pediatry Department of Gazi University and whose pathological examination were performed in our center are included in the research. Specific PCR studies of RT-qPCR and methylation were performed by making DNA and RNA isolation in tissue samples.
Results: When patient groups and control groups are compared, we found that SPI1, PRDX2, KLF4, DLEC1 DAPK1 genes are significantly less expressed with respect to control group. However, expression of CDKNA2 and FOXO1 genes in the patient and control groups were not statistically different. The methylation ratios of all genes excluding the CDKN2A and FOXO1 genes in HL and NHL groups were significantly higher than the controls.
Conclusion: We showed that SPI1, PRDX2, DLEC1, KLF4, DAPK1 genes are silenced with hypermethylation in the tumor tissue samples of the childhood HL and NHL patients. Due to the fact that CDKN2A gene is not expressed in both of the patient and control groups, we concluded that it is not specific to malignancy. As FOXO1 gene were expressed in both of the patient and control groups, its relation with malignity could neither be found.