Erdek Körfezi'nde DNA ile (mtDNA, COI) barkodlama yöntemi ile tür tayini yapılan bazı balık yumurta ve larvalarının morfolojik tanımlamaları
Morphological identification of eggs and larvae of some fish species determined by dna (mtDNA,COI) barcoding method in Erdek Bay
Yazar: ALPASLAN KARA
Danışman: DOÇ. DR. AHSEN YÜKSEK
İstanbul Üniversitesi / Deniz Bilimleri ve İşletmeciliği Enstitüsü / Fiziksel Oşinografi ve Deniz Biyolojisi Ana Bilim Dalı / Deniz Biyolojisi Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Deniz Bilimleri = Marine Science ; Genetik = Genetics
Dizin: Balık larvası = Fish larva ; Balık yumurtası = Fish egg ; Moleküler genetik = Molecular genetic

Özet:
Bu çalışmada Erdek Körfezi'nde dağılım gösteren kemikli balıkların yumurta ve larvalarının mtDNA barkodlama yöntemi ile tür teşhisleri yapılarak, erken yaşam evrelerinin tanımlamaları yapılmış, aynı zamanda bölgenin ihtiyoplankton çeşitlilik, bolluk ve dağılımı araştırılmıştır. 
Çalışma hedefleri doğrultusunda bölgeyi temsil eden 24 istayon seçilmiş ve her ay düzenli olarak 500 µ göz açıklığı olan WP-2 tipi ihtiyoplankton kepçesi ile dikey ve yatay çekimler yapılmış, 36516 adet balık yumurtası ve 566 adet balık larvası örneklenmiştir.
Erdek Körfezindeki baskın türlerin Engraulis encrasicolus, Sardina pilchardus ve Sprattus sprattus olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca sıcak aylarda tür çeşitliliğinde artış, soğuk aylarda ise azalma olduğu sonucuna varılmıştır. 
Tür teşhisleri DNA Barkodlama yöntemi ile gerçekleştirilmiştir ki bu kadar kapsamlı ve çok türü içeren çalışmalar içinde çalışmamız dünyada ilklerdendir. Tespit edilen pek çok türün morfometrik özelliklerinde güncelleme yapılmış, bununla birlikte daha önce hiçbir literatürde tanımlaması yapılmayan Pagellus erythrinus (Linnaeus, 1758), Monochirus hispidus Rafinesque, 1814 ve Bothus podas (Delaroche, 1809) yumurtaları ile Millerigobius macrocephalus (Kolombatović, 1891), Chromogobius zebratus (Kolombatović, 1891), Kromogobius quadrivittatus (Steindachner , 1863), Microlipophrys dalmatinus (Steindachner ve Kolombatovic, 1883), Zebrus zebrus (Risso, 1827) ve Pegusa impar (Bennett, 1831) türlerine ait larval gelişim evrelerinin bir kısmı bu çalışma ile ilk kez tanımlanmıştır. 
Zebrus zebrus türüne ait COI dizileri dünyada ilk olarak NCBI (MZ723117) ve BOLD (ERDK055-21) sisteme girilerek araştırmacıların kullanımına sunulmuştur. Chromogobius quadrivittatus türüne ait iki larva örneğinin COI dizileri ilk defa mevcut proje sayesinde BOLD sistemde yerini almıştır (ERDK018-21).
Tespit edilen 59 türden 57'si COI gen yönünden barkodlanmış, COI geni bakımından tür bazında barkod başarısı %96,6 olarak hesaplanmıştır. Morfolojik tür tayininde başarı oranları ise yumurtada %79,6, larvada ise %82,2'dir.

Abstract:
In the present study, early life stages were defined by mtDNA barcoding method of eggs and larvae of bony fish distributed in Erdek Bay, and the ichthyoplankton diversity, abundance, and distribution of the region was investigated.
In line with the project objectives, 24 stations representing the region were selected and vertical and horizontal tows were taken regularly every month with a WP-2 type ichthyoplankton net with 500 µ mesh aperture, a total of 36,516 fish eggs and 566 fish larvae were sampled.
It has been determined that the dominant species in Erdek Bay are Engraulis encrasicolus, Sardina pilchardus and Sprattus sprattus. In addition, it was concluded that there was an increase in species diversity in the warmer months and a decrease in the colder months.
Species identifications were carried out using DNA barcoding, making our study one of the firsts in the world among such comprehensive and multi-species studies. Updates have been made to the morphometric characteristics of many identified species. Additionally, for the first time in the literature, this study describes the eggs of Pagellus erythrinus (Linnaeus, 1758), Monochirus hispidus Rafinesque, 1814 ve Bothus podas (Delaroche, 1809) yumurtaları ile Millerigobius macrocephalus (Kolombatovic, 1891), Chromogobius zebratus (Kolombatović, 1891), Kromogobius quadrivittatus (Steindachner , 1863), Microlipophrys dalmatinus (Steindachner ve Kolombatovic, 1883), Zebrus zebrus (Risso, 1827) and Pegusa impar (Bennett, 1831) The COI sequences of the Zebrus zebrus species were submitted into the NCBI (MZ723117) and BOLD (ERDK055-21) systems for the first time and made available to researchers. Also, thanks to the current research project, the COI sequences of two larvae samples of the Chromogobius quadrivittatus species were submitted to the BOLD system for the first time, too (ERDK018-21).