Mülleryan aplazili Türk olgularda aday gen haritalama çalışmaları
Candidate gene mapping studies in Turkish patients with Mullerian aplasia
Yazar: DURKADIN DEMİR EKŞİ
Danışman: PROF. DR. ÖZGÜL ALPER
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Fetal gelişme geriliği = Fetal growth retardation ; Genetik = Genetics ; Genler = Genes ; Genom = Genome ; Hücre dizisi = Cell line ; Mülleryen aplazi = Mullerian aplasia ; Türk toplumu = Turkish society

Özet:
Mülleryan Aplazi (MA), diğer adlarıyla Mayer-Rokitansky-Küster-Hauser (MRKH) Sendromu, Konjenital Uterus ve Vajina Yokluğu (CAUV; OMIM 277000); fallop tüpleri, uterus ve vajinanın üst 2/3'ünün konjenital aplazisi ile karakterize bir hastalıktır. İzole tip olan tip 1 ve renal, kardiyak, iskelet ya da işitme anomalilerinin eşlik ettiği tip 2 Mülleryan aplazi olmak üzere iki grupta sınıflandırılmaktadır. MA'nın insidansı, kadınlarda 1/4500 olarak belirlenmiştir. Poligenik ve multifaktöryal olduğu düşünülen hastalıkla ilgili aday gen çalışmaları sonuçları, henüz hastalığın genetik etiyolojisini tanımlamak için yeterli değildir. Kopya sayısı varyasyonları (CNV) olarak tanımlanan genomik mikrodelesyon ve mikroduplikasyonların belirlenmesi, hastalıkla ilişkili yeni aday genlerin belirlenmesi açısından son derece önemlidir. Çalışmamıza Mülleryan aplazi tanılı 66 olgu dahil edilmiştir. Olguların konvansiyonel sitogenetik analizi sonucu, hastalık etkeni olabilecek bir kromozomal abnormalite saptanmamıştır. 19 hastanın genomik DNA'sı, Affymetrix Cytoscan HD mikrodizin platformu ile CNV açısından taranmıştır. Dört hastada 1p31.1, 13p14.11 bölgelerinde mikroduplikasyon, 16p11.2, 16p13.3, Xq25 bölgelerinde mikrodelesyon saptanmıştır. CNV saptanan hastaların tamamı tip 1 Mülleryan aplazi tanılıdır. Hastalıkla ilişkili olabilecek resesif varyasyon bölgelerinin belirlenmesi için homozigosite analizi yapılmıştır ancak, ortak bir homozigot bölge tespit edilememiştir. CNV çalışmalarının yanı sıra, hastalıkla bugüne kadar en iyi ilişkilendirilen Wingless-type MMTV integration site family, member 4 (WNT4, NM_030761.4) geni ve belirlenen olası aday genlerin dizi analizi çalışmaları yapılmıştır. Toplamda 12 genin tüm ekzonları ve ekzona yakın intronik bölgelerin dizi analizinin yapıldığı çalışmamızda, Hepatosit Nüklear Faktör 1 beta (HNF1B, NM_000458.2) geni intron 2 bölgesinde  c.545-49_50insTGTC (n=5), intron 8 bölgesinde  c.1535+47_48insC (n=5) ve LIM Homeobox 1 (LHX1, NM_005568.3) ekzon 5 bölgesinde c.1162G>T (p.Ala388Ser) (n=5) varyasyonları saptanmıştır. Aile bireylerinin ilgili varyasyonlar açısından taranması ile, saptanan varyasyonların ailesel geçiş gösterdiği bulunmuştur. Ek olarak, LHX1 geninde saptanan p.Ala388Ser varyasyonunun, SIFT analizi aracılığıyla protein fonksiyonu üzerine etkisi, "tolere edilebilir" olarak bulunmuştur.   Ayrıca, Family with Sequence Similarity 190, Member A (FAM190A/KIAA1680, NM_001145065.1) ve Katenin Alfa 3 (CTNNA3, NM_013266) genlerinde, sırasıyla c.2117A>G (p.Lys706Arg) (n=1), c.1732+13C>T (n=1) varyasyonları saptanmıştır ancak varyasyonların doğrulanması gerekmektedir.  Mülleryan aplaziden sorumlu gen ya da genlerin bulunması ile ilgili çalışmamız devam etmektedir. Daha çok sayıda Mülleryan aplazili bireyde yapılacak CNV analizi, homozigosite haritalaması ve olası aday genlerin dizi analizi, hastalığın moleküler temellerinin aydınlatılması açısından önem kazanmaktadır. Elde edilecek bulgular, konjenital kadın üreme sistemi anomalilerinin tanı ve tedavisine yardımcı olabilecektir.

Abstract:
Müllerian Aplasia, in other words Mayer-Rokitansky-Kuster-Hauser Syndrome or Congenital Absence of Uterus and Vagina (CAUV; OMIM 277000) is characterised by congenital agenesis of uterus, cervix and upper two-thirds of the vagina which is the second most common cause of primary amenorrhea. Müllerian aplasia is classified in two groups; type 1 is isolated form, type 2 is syndromic form accompanied by renal, cardiac, skeletal and  hearing anomalies. The incidence of the disease is determined as 1/4500. Candidate gene analysis studies are still insufficient to reveal genetic etiology of Müllerian aplasia which is thought to be polygenic and multifactorial. Detection of copy number variations (CNVs) including genomic microduplications and microdeletions is extremely important in terms of determining new candidate genes related to the disease. In our study, 66 patients who were diagnosed with Müllerian aplasia were included. There is no chromosomal abnormality which may contribute to the disease. Genomic DNA of 19 patients were screened for revealing CNVs by Affymetrix Cytoscan HD microarray platform. Microduplications at  1p31.1, 13p14.11 and microdeletions at 16p11.2, 16p13.3, Xq25 were detected in four patients who were diagnosed with type 1 Müllerian aplasia. Homozygosity analysis was performed to reveal genomic regions that have susceptibility for recessive variations. But, there is no common region detected. Wingless-type MMTV integration site family, member 4 (WNT4, NM_ 030761.4) is the only well-characterized causative gene for Müllerian aplasia. Sequence analysis of exonic and intronic regions close to exon boundaries of WNT4 and possible candidate genes (total number of 12 genes) was performed. Variations of c.545-49_50insTGTC (n=5) in the intron 2, c.1535+47_48insC (n=5)  in the intron 8 of the Hepatocyte Nuclear Factor 1 beta (HNF1B, NM_000458.3) gene and c.1162G>T (p.Ala388Ser) (n=5) in the exon 5 of the LIM Homeobox 1 (LHX1, NM_005568.4) gene were detected. Familial transmission of the detected variations has been found by screening the family members. In addition, effect of the p.Ala388Ser variation in the LHX1 gene on protein function was predicted "tolerable" by SIFT analysis. c.2117A>G (p.Lys706Arg) (n=1) and c.1732+13C>T (n=1) variations were detected respectively in the Family with Sequence Similarity 190, Member A (FAM190A/KIAA1680, NM_001145065.1) and Catenin Alpha 3 (CTNNA3, NM_013266) genes also, but these variations need to be confirmed. Our study on identification the gene or genes related to the Müllerian aplasia is still going on. Performing CNV analysis, homozygosity mapping and sequence analysis of possible candidate genes in a larger group of individuals with Müllerian aplasia is important for the elucidation of the molecular basis of the disease. Final data may help in the diagnosis and treatment of congenital female reproductive system anomalies.