Akdeniz susam kor koleksiyonunda genetik çeşitliliğin ve popülasyon yapısının belirlenmesi
Genetic diversity and population structure of mediterranean sesame core colection
Yazar: MERVE BAŞAK
Danışman: DOÇ. DR. ENGİN YOL
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Bu tez çalışmasında Asya, Afrika, Avrupa ve Amerika kıtasında yer alan 21 farklı ülkeden toplanan genotiplerin yer aldığı Akdeniz Susam Kor Koleksiyonu yeni nesil dizilime yöntemi ile elde edilen 5292 SNP kullanılarak popülâsyon temelinde analiz edilmiştir. Eldeki bu genetik bilgi ile koleksiyona ait genetik çeşitlilik, popülâsyon yapısı ve filogenetik ilişkiler değerlendirilmiştir. Popülâsyon yapısını belirlemek için STRUCTURE programı kullanılmış, analiz sonucunda dört ayrı kıtadan yer alan genotipler üç ayrı gruba dağıtılmıştır. Moleküler varyans analizi (AMOVA) verileri genetik varyasyonun en fazla popülâsyonlar içindeki bireyler arasında (% 68) olduğunu göstermiştir. Alt popülâsyonlar arasında genetik mesafe (FST) 0.084 değeri ile düşük düzeyde farklılaşma göstermiş ayrıca en düşük ikişerli FST değeri  (0.042) Asya ve Amerika gruplarında elde edilmiştir. Filogenetik ağaç TASSEL 5.2.52 programı ile oluşturulmuştur. Popülâsyon içindeki ilişkilerin belirlenmesinde temel koordinat analizi (PCoA) kullanılmıştır. Analiz sonucunda farklı ülkelerden köken alan genotiplerin yer aldığı dört farklı küme elde edilmiştir. Analizler sonucunda Asya ülkelerine ait genotiplerin tüm gruplarda içinde yer aldığı, ülkemiz ve Yunanistan'ın ise aynı grupta bulunduğu belirlenmiş olup bu durum iki ülke arasındaki muhtemel tohum transferini ortaya koymaktadır. Çalışmada analizler sonucu elde edilen moleküler ve sistematik bulguların ileride yapılacak susam çalışmalarına katkı sağlaması beklenmektedir.

Abstract:
In this thesis, The Mediterranean sesame core collection which contains accessions collected from 21 countries in Asia, Africa, Europe and America was analyzed on the basis of population with 5292 SNP markers obtained by next generation sequencing method. This genetic information was used to evaluate genetic diversity, population structure and phylogenetic relations of the collection. The STRUCTURE program determined population structure and the accessions from four continentals were distributed three separate groups.  Molecular variance analysis (AMOVA) data showed that genetic variation was the highest among individuals (68%). A low level of differentiation was observed between subpopulations with a genetic distance (FST) of 0.084 and the lowest FST value was obtained in the Asian and American groups. The phylogenetic tree was created by TASSEL 5.2.52 program. Principal coordinate analysis (PCoA) was used to determine the relations of accessions. As a result of the analysis, four different groups originating from different countries were acquired. The accessions from Asian countries included in all groups. Turkey and Greece were also part of same group and it might be sourced of seed transferring between these countries. Molecular and systematic findings obtained in this study will be helpful in future sesame studies.