Didymella rabiei'nin infekteli nohut bitkilerinde kantitatif olarak belirlenmesi
Determination of Didymella rabiei as quantitatively in infected chickpea plants
Yazar: OĞUZ AKVEÇ
Danışman: PROF. DR. CANAN CAN ; DR. ÖĞR. ÜYESİ FEYZA NUR KAFADAR
Gaziantep Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Temel besin kaynaklarımız arasında önemli bir yere sahip, yemeklik bir bitki olan nohut (Cicer arietinum L.), protein bakımından oldukça zengin bir besindir. Bu nedenle üretim açısından bakıldığında ekim alanları olarak büyük bir paya sahiptir. Ancak gerek ekonomik gerekse fitopatolojik sorunlar nohut ekimini kısıtlamış ve verim açısından büyük düşüşlerin yaşanmasına neden olmuştur. Didymella rabiei (Kovachevski) von Arx [anamorph: Ascochyta rabiei (Passerini) Labrousse]'nin neden olduğu Ascochyta Yanıklığı nohut üretiminin sürekliliğini ve verimini olumsuz yönde etkileyen en önemli bitki hastalıklarının başında gelmektedir. D. rabiei'nin patojenik potansiyelinin oldukça değişken olduğu bilinmektedir. Bu bakımdan; etmenin kontrol altına alınmasına yönelik uygun stratejilerin tasarlanması ve dayanıklı çeşitlerin yetiştirilmesi için; hastalık mekanizmasının kavranması, uygun ıslah stratejilerinin tasarlanması ve patojenin biyolojik ve genetik karakterizasyonunun bilinmesi gerekmektedir. Kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonları (qRT-PCR) sayesinde farklı fungal türler arasından D. rabiei patojeni direkt tespit edilebilmektedir. Bu çalışmada, 2013 ve 2014 yıllarında yapılan surveylerden toplanılan infekteli bitkilerden elde edilen patojenik funguslar kullanılmıştır. Bunlardan elde edilen izolatlar, Gaziantep Üniversitesi Biyoloji Bölümü stoklarında mevcuttur. Yapılan patojenisite testlemeleri sonucunda infekteli bitki materyalleri ve D. rabiei'nin hastalık şiddeti verileri elde edilmiştir. Nohut bitkisinin toprak üstü tüm aksamlarında infeksiyona neden olan D. rabiei fungusuna spesifik primer-prob kombinasyonları tasarlanarak; qRT-PCR uygulamalarında kullanılmıştır. qRT-PCR uygulamalarında kullanılması amacı ile stoklarda mevcut olan izolatlardan cDNA sentezi gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak hastalık etmeninin; farklı virülenslik seviyelerine sahip infekteli nohut bitkilerinden in-vitro koşullar altında niceliksel olarak belirlenmesi sağlanmıştır.

Abstract:
The chickpea (Cicer arietinum L.), an edible plant that has an important place among our main food sources, is also a very rich protein. For this reason, it has a large share of planting area in terms of production. However, both economical and phytopathological problems have restricted the cultivation of chickpeas and caused great decreases in productivity. Ascochyta Blight caused by Didymella rabiei (Kovachevski) von Arx [anamorph: Ascochyta rabiei (Passerini) Labrousse] is one of the most important plant diseases affecting the continuity and productivity of chickpea production negatively. It is known that the pathogenic potential of D. rabiei is quite variable. From this perspective; to design appropriate strategies for controlling the effect and to train resistant varieties; understanding of disease mechanism, design of appropriate breeding strategies and biologic and genetic characterization of pathogen should be known. Through quantitative real-time polymerase chain reactions (qRT-PCR), D. rabiei pathogens can be detected directly from among different fungal species. In this study, pathogenic fungi obtained from infected plants collected from surveillance in 2013 and 2014 were used. The isolates obtained from these examples are available in stocks of Department of Biology of Gaziantep University. As a result of the pathogenicity tests performed, infectious plant materials and disease severity data of D. rabiei were obtained. By designing the specific primer-probe combinations for D. rabiei fungus causing infections in all over - ground parts of the chickpea plant; qRT-PCR applications. cDNA synthesis was performed from the isolates present in the stocks for use in qRT-PCR applications. As a result of the study, quantitative determination of infected chickpea plants with different virulence levels under in-vitro conditions were achieved.