Aktif akciğer tüberkülozlu hastalarda  mikroRNA profillerinin araştırılması
Detection of microRNA profiles in patients with active pulmonary tuberculosis
Yazar: FATMA KALAYCI YÜKSEK
Danışman: PROF. DR. MELTEM UZUN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Biyobelirteçler = Biomarkers ; Mikobakterium tüberkülozis =   ; Mikro RNA = Micro RNA ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Serum = Serum ; Tüberküloz = Tuberculosis ; Tüberküloz-pulmoner = Tuberculosis-pulmonary

Özet:
Aktif akciğer tüberkülozu (AAT) günümüzde hala önemini koruyan bir halk sağlığı sorunudur. Önlenmesinde, tanı ve tedavisinde yeni ve etkili biyobelirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. MikroRNA'lar (miRNA'lar) doğal ve adaptif immün yanıtları düzenleyen, konak immün sistem hücrelerinin farklılaşmasında ve hastalık sürecinde etkili olan moleküllerdir. Son dönemde miRNA'ların konak-patojen etkileşimlerinde de önemli rolleri olduğu gösterilmiştir. Bu nedenle çalışmada, ATB'li hastalarda ekspresyon düzeylerinin değiştiği bildirilen bazı miRNA'ların (miR-29a, miR-99b, miR-21, miR-146a, miR-361-5p, miR-142, miR-223, miR-125b, miR-144, miR-155 ve miR-582) ülkemizde ilk kez ekspresyon düzeyleri belirlenerek, tanıda biyobelirteç olma potansiyellerinin saptanması amaçlanmıştır. Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (GZ-PZR) yöntemi kullanılarak, 20 hasta ve 20 sağlıklı kişinin serum örneklerinden yapılan analizler sonucunda,  kullanılan her iki referans ile de (U6 ve miR-93),  miR-144 ekspresyon düzeyinin hasta grubunda sağlıklı kontrol grubundan istatistiksel olarak anlamlı derecede daha düşük olduğu saptanmıştır (p<0,05). MiR-144'ün biyobelirteç olma potansiyeli için receiver operating characteristic (ROC) analizi kullanılmış ve AAT'lileri sağlıklılardan ayırmada etkin bir biyobelirteç olduğu belirlenmiştir (AUC:%72,  p<0,05). Çalışmada, hasta ve sağlıklı kontrol grubu arasında diğer miRNA'ların ekspresyon düzeylerinde istatistiksel olarak anlamlı bir fark belirlenememiştir (p>0,05). Sonuç olarak, bu çalışma ile her iki referans ile de istatistiksel olarak anlamlı sonuç veren miR-144'ün ileri analizler için incelenecek ideal bir molekül olabileceği desteklenmiş, ancak TB tanısında miRNA'ların etkinliklerinin belirlenmesi için, ATB dışında diğer akciğer hastalıklarına sahip olguların da dahil edileceği ve daha yüksek olgu sayısı ile planlanmış yeni çalışmaların gerekli olduğu düşünülmüştür.

Abstract:
Active pulmonary tuberculosis (APT) is a public health problem that still remains significant today. For prevention, diagnosis, and treatment new and more effective biomarkers are needed. MicroRNAs (miRNAs) regulate innate and adaptive immune responses, affect host immune cell differentiation and are effective molecules in the progression of diseases. Recently miRNAs have also been shown to have important roles in host-pathogen interactions. Therefore, the present study aims to detect for the first time in our coutry, the expression levels of some miRNAs (miR-29a, miR-99b, miR-21, miR-146a, miR-361-5p, miR-142, miR-223, miR-125b, miR-144, miR-155 and miR-582) whose expression levels were reported to be altered in active TB patients and evaluated their potential diagnostic effect. According to the analysis of serum samples of 20 TB patients and 20 healthy individuals using real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) method normalized with to references (U6 and miR-93), miR-144 expression level was found to be significantly down-regulated in the patient group (p<0.05). The receiver operating characteristic (ROC) analysis was used to detect for the potential of miR-144 as a biomarker and it was determined as an effective biomarker for discrimating TB patients and healthy controls (AUC: 72%, p <0.05). In our study, no statistically significant difference was found the expression levels of other miRNAs between patients and healthy control groups (p>0.05). In conclusion, this study supported that miR-144 which had statistically significant results with both references may be an ideal molecule for further analysis. However we suggest that further studies which other lung diseases and larger populations are also needed to include for the determination of the effectively of miRNAs in the diagnosis of TB.