Doğu ve Güneydoğu Anadolu bölgelerinde doğadan izole edilen serbest yaşayan acanthamoeba türlerin tanısında mikroskobi, kültür ve moleküler yöntemlerin karşılaştırılması
The comparison of microscopy, culture and molecular methods used in diagnosis of free-living acanthamoeba species isolated from environment in east and south east regions
Yazar: YASİN GENİŞ
Danışman: PROF. DR. İSMAİL SONER KOLTAŞ
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Acanthamoeba = Acanthamoeba ; Doğu Anadolu bölgesi = Eastern Anatolia region ; Güneydoğu Anadolu bölgesi = Southeastern Anatolia region ; Paraziter hastalıklar = Parasitic diseases ; Parazitler = Parasites ; Su = Water

Özet:
Acanthamoeba türlerinin doğal çevrede serbest halde bulunmasından dolayı, insanların bu parazitle enfekte olma riski büyüktür. Acanthamoeba türleri granülomatöz amibik ensefalit (GAE), kutanöz acanthamoebiasis,  Acanthamoeba keratiti oluştururken, AIDS'li hastalarda enfeksiyonun çeşitli organlara yayılmasına bağlı olarak kronik sinüzit, otit, kutanöz lezyonlar, sinüs lezyonları, deri ülserleri gibi hastalıklar meydana getirirler.
Bu çalışmada Türkiye'nin Doğu ve Güneydoğu bölgelerinde bulunan Diyarbakır, Batman, Mardin, Siirt, Bitlis ve Van illerindeki yüzme havuzlarından, kaplıca sularından, hamamlardan, sulama kanalından, park ve bahçelerden alınan toplam 65 su ve toprak örneğinin 6 tanesi mikroskobik inceleme yöntemi ile, 11 tanesi kültür yöntemi ile ve 15 tanesi konvansiyonel PCR ve real time PCR yöntemi ile Acanthamoeba spp. pozitif bulundu.
Çalışmada Acanthamoeba spp. laboratuvar tanı yöntemlerinden kültür metodu; mikroskobi, konvansiyonel PCR ve real time PCR yöntemleri ile karşılaştırıldı. Kültür yönteminin mikroskobi, konvansiyonel PCR ve real time PCR yöntemlerine göre duyarlılığı sırası ile %100, %73,33, %73,33 ve özgüllüğü sırası ile %91,53, %100, %100 olarak saptandı.
İncelenmesi yapılan ve Acanthamoeba spp. tanısı alan 15 örneğin kist yapılarını ve moleküler analizlerini değerlendirdiğimizde 4 (%26,67) Acanthamoeba castellanii, 3 (%20) Acanthamoeba polyphaga ve 8 tanesinin (%53,33) Acanthamoeba palestinensis olduğu belirlendi. Çalışmamız Güneydoğu Anadolu bölgesinde yapılan Acanthamoeba spp. ile ilgili ilk saha çalışması olup Acanthamoeba keratiti için doğal çevrede risk oluşturan türler tanımlandı.

Abstract:
Due to the presence of Acanthamoeba species in the natural environment, people at risk of becoming infected with this parasite. Acanthamoeba species occur such as granulomatous amoebic encephalitis (GAE), cutaneous acanthamoebiasis, Acanthamoeba keratitis, AIDS, chronic sinusitis due to spread to various organs of the infection in patients with otitis, cutaneous lesions, sinus lesions,and skin ulcers.
In this study, It was collected 65 water and soil samples from the environment in East and South East Anatolia regions located in Diyarbakir, Batman, Mardin, Siirt, Bitlis and Van provinces in Turkey of the swimming pool in the thermal springs, the baths, the irrigation canals, parks and the gardens. Six, 11 and 15 Acanthamoeba species found by microscopic examination, culture and conventional PCR and real time PCR methods, respectively.
The sensitivity and specificity of culture methods were compared with microscopy, conventional PCR and real time PCR method for Acanthamoeba spp.; The sensitivity was found as 100%, 73,33%, 73,33% and specificity was found as 91,53%, 100% and 100%, respectively.
When the investigation made and positively found by culture and molecular analysis 15 samples were evaluated in 4 (%26,67) Acanthamoeba castellanii, in 3 (%20) with Acanthamoeba polyphaga and in 8 (%53,33) with Acanthamoeba palestinensis. This is the first field study was conducted in South-East Anatolia on Acanthamoeba spp. at the molecular level and the positive samples were genotyped from the natural environment that pose a risk for Acanthamoeba keratitis.