AML olgu örneklerinde TP53 mutasyonlarının retrospektif araştırılması
Retrospective investigation of TP53 mutations in AML case samples
Yazar: BAŞAK OCAK
Danışman: PROF. DR. BEYHAN DURAK ARAS
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Genetik = Genetics ; Hematoloji = Hematology

Özet:
Amaç: Akut miyeloid lösemi (AML), sitotoksik tedavi sonrası, önceki bir hematolojik hastalık dönüşümüyle veya de novo olarak ortaya çıkan, neoplastik hematopoietik öncü hücrelerin klonal genişlemesinden kaynaklanan agresif bir malignitedir. Genetik anomaliler tanı ve prognozda önemlidir. Gelişen genetik yöntemlerle AML'deki genetik aberasyonların prognostik etkileri belirlenmektedir. TP53 gen mutasyonu, ELN'nin son güncellemesinde kötü risk grubu olarak sınıflandırılmıştır. Çalışmamızda, konvansiyonel ve moleküler sitogenetik analizler sonucu, kötü risk sınıflandırmasında yer almayan ve kromozomal anomalisi saptanmayan olgularda TP53 mutasyon analizi yapmayı ve elde edilen veriler doğrultusunda olguların risk sınıflandırmalarında değişiklik olup olmayacağını araştırmayı amaçladık. 
Yöntem: Bu amaçla t(8;21), t(15;17), inv(16) saptanan veya normal karyotipe sahip 50 olguda Real-time PCR yöntemi ile literatürde en sık saptandığı belirtilen R175H, R273C, R248C ve R282 TP53 gen mutasyonlarının analizlerini gerçekleştirdik. 
Bulgular: AML tanılı olgularda TP53 mutasyonlarına yönelik gerçekleştirilen Real-time PCR çalışmamızda; AML tanılı 50 olguda mutasyon saptanmamıştır. Mutasyon varlığı saptanmaması sebebiyle çalışma grubumuzdaki ilgili gen mutasyonlarının AML ile ilişkisi istatistiksel olarak değerlendirilememiştir.
Sonuç: TP53 mutasyonları ileri yaş ve kompleks karyotip ile ilişkilidir. Vakalarımızın yaş ortalaması literatüre göre daha düşüktür ve sitogenetik bulguları kötü prognostik etkiye sahip değildir. TP53 mutasyonlarının genellikle NGS yöntemi ile tespit edilmesinin, RT-PCR analizimizde mutasyon saptayamamamızın nedenlerinden olduğu düşünülmektedir. Literatürde en sık gözlenen R175H, R273C, R248C, R282 mutasyonlarının, iyi prognostik sitogenetik anomalileri olan vakalarda risk analizlerini etkilemediği gözlenmiştir. Daha fazla vaka ve NGS yöntemi ile çalışmanın geliştirilmesiyle daha net veriler elde edileceğini ön görmekteyiz.
Anahtar Kelimeler: AML, TP53, ELN, Real-time PCR, Konvansiyonel, Moleküler Sitogenetik

Abstract:
Purpose : Acute myeloid leukemia (AML) is an aggressive malignancy from the clonal expansion of neoplastic hematopoietic progenitor cells, occurring after cytotoxic therapy, hematologic disease transformation, or de novo. Genetic anomalies are crucial in diagnosis and prognosis. The prognostic effects of genetic aberrations in AML are being defined with advanced genetic methods. The TP53 gene mutation is classified as a poor risk in the latest European LeukemiaNet (ELN) guidelines. Our study aimed to analyze TP53 mutations in poor-risk cases identified by conventional and molecular cytogenetic analyses but without chromosomal anomalies, and to determine if these cases' risk classifications would change based on the obtained data.
Methods: For this purpose, we analyzed the TP53 gene mutations R175H, R273C, R248C, and R282, which are reported to be the most frequently detected in the literature, using Real-time PCR in 50 cases with either t(8;21), t(15;17), inv(16) detected or normal karyotypes.
Findings: In our Real-time PCR study on TP53 mutations in AML cases, no mutations were detected in 50 AML-diagnosed cases. Due to the absence of detected mutations, the relationship between these specific gene mutations and AML in our study group could not be statistically evaluated.
Conclusion: TP53 mutations are associated with advanced age and complex karyotypes. Our cases have a lower average age and no poor prognostic cytogenetic findings. TP53 mutations are usually detected by NGS, which may explain the absence of mutations in our rt-PCR analysis. The common mutations R175H, R273C, R248C, and R282 did not affect risk classification in cases with good prognostic cytogenetic anomalies. Cytogenetic analyses remain important. More cases and NGS studies are needed for clearer data.
Keywords: AML, TP53, ELN, Real-time PCR, Conventional, Molecular Cytogenetics