Domateste Fusarium oxysporum f.sp. radicis-lycopersici'ye karşı dayanıklılık için moleküler işaretleyicilerin belirlenmesi
Fine mapping of Fusarium oxysporum f.sp. radicis lycopersici (FRL) resistance in tomato
Yazar: AYLİN KABAŞ DEMİRELLİ
Danışman: DOÇ. DR. HÜLYA İLBİ ; DR. NEDİM MUTLU
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Ziraat Bölümü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı / Bitki Islahı Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2008
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Fusarium kök ve kök boğazı çürüklüğü, Fusarium oxysporum f.sp. radicis lycopersici (FORL), domateste önemli verim kaybına sebep olmaktadır. Bu çalışmada, FORL'a dayanıklılık sağlayan tek dominant gen'e (Frl) moleküler ıslahta kullanılabilecek yakınlık ve özellikte moleküler işaretleyicilerin belirlenmesi araştırılmıştır. Dayanıklı `Fla. 7781' hattı ile hassas `560' nolu hat melezlenmiş ve Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü (BATEM)'de F1, F2 ve BC1 populasyonları elde edilmiştir. Ebeveynler, F2 ve BC1 bitkileri FORL izolatıyla testlenmiştir. Frl ile ilişkili moleküler işaretleyici belirlemek için, domatesin 9. kromozomunda olduğu bilinen 7 SSR ve 9 Cos II işaretleyicilerine ilaveten 247 SRAP, 419 dayanıklı gen analogları (RGA) ve 576 Cos II- SRAP primer kombinasyonu kullanılmıştır. Dayanıklı ile hassas ebeveynler ve bulklar arasında polimorfizm tespiti için Bulk Segregant Analizi (BSA) yapılmıştır. Toplam 2925 markır lokusundan, 644'u SRAP ile 18'i SSR ile 1336'sı RGA lokus, 9'u Cos II ile ve 918 adedi de Cos II- SRAP kombinasyonundan elde edilmiştir. Ancak incelenen lokuslar bakımından Cos II haricinde dayanıklı ve hassas ebeveynler ile bulkları arasında polimorfizm belirlenememiştir. Cos II işaretleyicileri ile 12 farklı kesim (restriction) enzimi ile kesilerek dayanıklı- hassas ebeveynler arasında dayanıklılıkla ilişkili polimorfik olanlar belirlenmiştir. Bunlardan C2_At3g63200 Cos II işaretleyicisi BsuRI, VspI, TaqI, RsaI, NedI, AdeI, Dpn I, Hin6I, HhaI, AsuII, MaeI enzimleriyle ebeveynler arasında polimorfizm oluşturmuştur. Bu kombinasyonlar bulkları oluşturan bireylerde test edildiğinde C2_At3g63200 Cos II işaretleyicisi TaqI enzimi ile kesimi Frl ile ilişkili olabileceği düşünülen kolay skor edilebilen ko-dominant polimorfizm göstermiştir. Frl geniyle ilişkili moleküler işaretleyici(ler) bu hastalığa karşı moleküler ıslaha geçişi ve dayanıklı çeşit geliştirme zamanını kısaltacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Fusarium crown and root rot, incited by Fusarium oxysporum f.sp. radicis lycopersici (FORL), causes significant yield losses in tomato. The objective of this study was to develop a closely linked molecular markers to single dominant resistance gene, Frl, against FORL for use in marker assisted selection (MAS). Resistant `Fla. 7781? and susceptible `560? were crossed to form mapping population. F1, F2, and BC1 were developed Batı Akdeniz Agricultural Research Institute (BATEM), Antalya. Parents, F2 and BC1 plants were tested with known FORL isolate. In addition to 7 SSR and 9 Cos II markers located on chromosome 9, we also used 247 SRAP, 419 RGA and 576 Cos II- SRAP combinations. Resistant and susceptible parents and bulks were screened using Bulk Segregant Analysis (BSA). Of the 2925 marker locus, 644 was SRAP, 18 SSR, 1336 RGA, 9 Cos II and 918 Cos II- SRAP combinations. Cos II markers were cut with 12 restriction enzymes and C2_At3g63200 Cos II marker gave co-dominant polymorphisms when cut with BsuRI, VspI, TaqI, RsaI, NedI, AdeI, Dpn I, Hin6I, HhaI, AsuII, MaeI enzymes. This marker and TaqI enzyme combination showed a easily scorable co-dominant polymorphism between resistant and susceptible individuals. To develop molecular markers tightly linked to Frl will shorten the time, and to the development of resistant varieties.