Üzümün farklı gelişme dönemlerinde ifade edilen genlerin cDNA kütüphanesi taranarak belirlenmesi
Determination of genes expressed during different stages of grape berry development by screening of a cDNA library
Yazar: AHMET CAN OLCAY
Danışman: YRD. DOÇ. DR. BİRSEN ÇAKIR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu tez çalışmasında Sultani çekirdeksiz üzüm (Vitis vinifera L.)  çeşidine ait meyvelerden elde edilen cDNA kütüphanesi taranarak, olgunlaşma boyunca tanelerde hangi genlerin ifade edildiği belirlenmiş; tam uzunlukta klonlandığı saptanan cDNA'lar olması durumunda, bunların izolasyonunun gerçekleştirilmesi hedeflenmiştir. İşlevlerine göre kategorize edilen genlerin yer aldıkları biyolojik süreçler hakkında bilgi verilmiştir.  
Klimakterik meyvelerin olgunlaşması ayrıntılı olarak incelenmiştir fakat üzüm gibi klimakterik olmayan meyvelerde daha karmaşık hormon sinyallerinin etkili olduğu olgunlaşma kontrolü mekanizması yeterince aydınlatılamamış ve olgunlaşmanın tetikleyicileri hakkında daha az bilgi edinilebilmiştir. En geniş oranda karakterize edilmiş transkriptoma sahip meyve olması nedeniyle asma,  klimakterik olmayan meyveler için temel model organizma konumundadır.
Olgunlaşmanın tüm aşamaları boyunca belirli aralıklarla hasat edilen üzüm tanelerden izole edilen mRNA'lar ile bir cDNA kütüphanesi oluşturulmuş ve plazmitler aracılığıyla bakterilerde saklanmıştır. cDNA'lar PCR aracılığıyla çoğaltılarak belirlenen pozitif klonlar dizi analizine tâbi tutulmuştur. Elde edilen dizilim bilgileri veritabanlarındaki genlerle karşılaştırılmış ve çeşitli biyolojik süreçlerde yer alan 56 farklı gen belirlenmiştir. Gen ürününün işlevi bilinen cDNA'lar, hücresel rollerine göre 23 grup altında toplanmıştır.

Abstract:
In this thesis, a cDNA library constructed from berries of Sultana grape (Vitis vinifera L.) has been screened to determine which genes were expressed in the berries durig ripening. In the event of detecting full-lenght cloned cDNAs, isolation of these clones was aimed. Genes have been categorized based on functions and their associated biological processes are explained.  
Although ripening of climacteric fruit has been extensively studied; ripening control mechanism of non-climacteric fruits such as grape, which is effected by more complicated hormon signals, has not been explained sufficiently and understanding of the triggers of ripening is limited. Among fruit species, grapevine has the most widely characterised transcriptom and as a consequence, considered to be the major organism representing non-climacteric fruit.   
cDNA library was constructed using mRNAs isolated from grape berries that have been harvested at certain intervals during ripening process, and transferred into bacteria via plasmids. cDNAs were PCR amplified and sequences of selected positive clones were analysed. Acquired sequence data were subjected to bioinformatical analysis and 56 different genes, involved in several biological processes were determined. cDNAs with known-function gene products were classified into 23 groups, based on their cellular roles.