Meme kanserinde pık3ca ve tp53 gen mutasyonları ile sall4, pten ve pık3r1 gen ekspresyonları arasındaki ilişkinin belirlenmesi
Detection of pik3ca and tp53 gene mutations and association with sall4, pten and pik3r1 gene expression levels in breast cancer
Yazar: EBUBEKİR DİRİCAN
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA AKKİPRİK
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Fosfatidilinozitoller = Phosphatidylinositols ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Prognoz = Prognosis ; Sinyal nakli = Signal transduction

Özet:
Amaç: PI3K sinyal yolağı ve TP53 geni mutasyonlarının frekansı meme kanserinde yüksek olup, kanser gelişiminde önemli rol almaktadır. Bu çalışmada PIK3CA ve TP53 mutasyonlarının analizi ile PIK3R1, PTEN ve SALL4 gen ekspresyonu ve hastaların klinik parametreleri arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Meme kanser örneklerinde PIK3CA ve TP53 gen mutasyonları HRM analizi ve sonrasında Sanger dizileme, PIK3R1, PTEN ve SALL4 genlerinin ekspresyon düzeyleri ise RT-PZR yöntemleri ile analiz edilmiştir.
Bulgular: HRM analiziyle örneklerin 37/79'sinde PIK3CA ve 108/145'inde ise TP53 geni mutasyonları olabileceği gösterildi. Sanger dizilemeyle doğrulandığında, PIK3CA geninde 33(%42) ve TP53'te ise 55(%38) örnekte mutasyon saptandı. PIK3CA geni mutasyonlarının frekansı ER (+); TP53 ise N0, ER (+) ve HER2 (-) tümör örneklerinde yüksek ve anlamlı olduğu belirlendi (p=0.0083; p=0.0295; p=0.0078; p=0.0005). PIK3R1 ve PTEN gen ekspresyon seviyeleri tümörlü dokularda, sağlıklılara oranla daha yüksek, fakat SALL4 tümörlülerde düşük eksprese olduğu; TP53 mutasyonu taşıyanlarda ise, PIK3R1 gen ekspresyon seviyesinin yabanıl tiplere oranla düşük ekspresyon profili gösterdiği ve anlamlı olduğu gösterildi (p<0.0001; p=0.0059; p=0.0378; p=0.0169). PIK3CA mutasyonu taşıyan örneklerde PIK3R1, PTEN ve SALL4 ekspresyon düzeylerinin yüksek olduğu, ama bunun anlamlı bir fark olmadığı gösterildi (p=0.1561; p=0.7119; p=0.1684). PIK3R1 ekspresyon seviyesi ile G3 histolojik derece, ER (+), PR (+) ve HER2 (+) ve PTEN ekspresyonu ile ER (+) klinik parametreler arasında anlamlı farklar belirlendi (p=0.0030; p=0.0010; p=0.0019; p=0.0272; p=0.0048). SALL4, ER (+) hastaların %62'sinde amplifiye olmasına rağmen, anlamlı bir ilişki saptanamadı (p=0.0799).
Sonuçlar: Bulgularımız, gelecekte PIK3CA, PTEN, SALL4, TP53 ve PIK3R1 genlerine meme kanserinde dikkat edilmesi gerektiği ve potansiyel prognoztik biyo-belirteç olabileceklerini göstermektedir.

Abstract:
Aim: In breast cancer (BCa) the frequency of PI3K signaling pathway and TP53 gene mutations are high and have role cancer development. The aim of the present study was to assess PIK3CA and TP53 mutations and PIK3R1, PTEN and SALL4 gene expression analysis and correlation with clinical parameters.
Methods: PIK3CA and TP53 gene mutations in BCa samples were analyzed by HRM analysis followed by Sanger sequencing, and the expression levels of PIK3R1, PTEN and SALL4 genes were evaluated by RT-PZR methods.
Results: With HRM analysis were showed that PIK3CA and TP53 mutations may be respectively 37/79 and 108/145 of samples. After Sanger sequencing, PIK3CA and TP53 gene mutations defined respectively 33 (42%) and 55 (38%) in samples. The frequency of PIK3CA mutations were high in ER (+) and TP53 gene mutations were high N0, ER (+) and HER2 (-) tumor samples and have significant (p=0.0083; p=0.0295; p=0.0078; p=0.0005). PIK3R1 and PTEN gene expression levels were higher in tumor than healthy tissue (p<0.0001; p=0.0059). But, SALL4 gene expression level was lower in tumor tissue (p=0.0378).With TP53 mutations patients, PIK3R1 gene expression level was lower than wild type patients and have significant (p=0.0169). With PIK3CA mutations patients, PIK3R1, PTEN and SALL4 gene expression levels were higher than wild type patients and have no significant (p=0.1561; p=0.7119; p=0.1684). PIK3R1 and PTEN expression levels have significant respectively in G3 histological grade, ER (+), PR (+), HER2 (+); and ER (+) (p=0.0030; p=0.0010; p=0.0019; p=0.0272; p=0.0048). Although SALL4 amplified in 62% of ER (+) patients and have no significant (p=0.0799).
Conclusion: Our findings suggested that PIK3CA, PTEN, SALL4, TP53 and PIK3R1 genes should also be considered, and that these could be potential prognostic biomarkers in BCa patients.