Güneydoğu Anadolu Bölgesi ceviz ve Antep fıstığındaki bazı virüs ve viroid hastalıklarının araştırılması ve moleküler karakterizasyonu
Identification and molecular characterization of some virus and viroid diseases in walnut and pistachio trees in the Southeastern Anatolia Region
Yazar: FEYZULLAH YILMAZ
Danışman: DOÇ. DR. HATİCE DİĞDEM OKSAL
Malatya Turgut Özal Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu tez çalışması ile Güneydoğu Anadolu Bölgesi'ndeki antep fıstığı ve ceviz bahçelerinde 2021-2022 yılları arasında sörveyler yapılmıştır. Bu sörveyler neticesinde; Şanlıurfa ilinden 283 antep fıstığı ile 29 ceviz örneği, Diyarbakır ilinden 78 antep fıstığı ile 133 ceviz örneği, Siirt ilinden 185 antep fıstığı ile 18 ceviz örneği ve Batman ilinden 103 antep fıstığı ile 50 ceviz örneği olmak üzere toplam 649 antep fıstığı ve 230 ceviz örneği toplanmıştır. Toplanan antep fıstığı örneklerinde; Peach latent mosaic pelamoviroid (PLMVd), Hop stunt hostuviroid (HSVd), Pistacia emaravirus B (PiVB) ile ceviz örneklerinde; Cherry leaf roll nepovirus (CLRV), Plum pox potyvirus (PPV), Peach latent mosaic pelamoviroid (PLMVd) ve Hop stunt hostuviroid (HSVd) etmenlerinin varlıkları Real-Time RT-PCR analizi ile araştırılmıştır.
Real-Time RT-PCR analizleri sonucunda 649 antep fıstığı örneğinin %14.7'sinde HSVd ve %5.4'ünde PLMVd tespit edilmiş olup, %0.9'u ise HSVd+PLMVd etmenleri ile karışık infekteli bulunmuştur. Testlenen antep fıstığı örneklerinde PiVB etmenine rastlanılmamıştır. Testlenen 230 ceviz örneğinin ise %11.3'ünde HSVd, %12.6'sında PPV, %42.2'sinde CLRV ve %5.7'sinde PLMVd tespit edilmiş olup, %7.8'i PPV+CLRV, %1.3'ü PPV+HSVd, %0.4'ü PPV+PLMVd, %1.3'ü HSVd+PLMVd, %2.2'si HSVd+CLRV, %2.2'si PLMVd+CLRV ve %0.4'ü HSVd+CLRV+PLMVd etmenleri ile karışık infekteli bulunmuştur. 
Her ili temsilen tek enfeksiyon olarak tespit edilen izolatlardan rastgele seçilen birer PLMVd, HSVd, CLRV ve PPV izolatının moleküler karakterizasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Nükleik asit dizisi elde edilen izolatlar dünyada tespit edilmiş diğer izolatların nükleik asitleri ile PLMVd izolatları için %93-100, HSVd izolatları için %89.5-100, CLRV izolatları için %87.1-98.6, PPV izolatları için %91.4-99.3 arasında değişen oranlarda benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. 
Bu çalışma ile PLMVd varlığı antep fıstığında ve HSVd varlığı cevizde dünyada ilk defa tespit edilmiştir. PPV varlığı ise cevizde dünyada ilk defa moleküler olarak tespit edilmiştir.

Abstract:
Surveys were conducted in walnut and pistachio plantations in the Southeastern Anatolia Region in 2021–2022 for this thesis study. 230 walnut and 649 pistachio samples were collected as a result of these surveys; the provinces of Şanlıurfa provided 283 and 29 walnut samples, Diyarbakır provided 78 and 133 walnut samples, Siirt provided 185 and 18 walnut samples, and Batman provided 103 and 50 walnut samples. Real-Time RT-PCR analysis was used to investigate the presence of Cherry leaf roll nepovirus (CLRV), Plum pox potyvirus (PPV), Peach latent mosaic pelamoviroid (PLMVd), and Hop stunt hostuviroid (HSVd) in the collected pistachio samples and Pistacia emaravirus B (PiVB) in the walnut samples.
Real-Time RT-PCR tests revealed that of 649 pistachio samples, 14.7% had HSVd and 5.4% had PLMVd infection. Furthermore, mixed infections of PLMVd and HSVd were present in 0.9% of the samples. PiVB was not detected in any of the tested samples. Among the 230 walnut samples examined, 11.3% had HSVd, 12.6% had PPV, 42.2% had CLRV, and 5.7% had PLMVd. Additionally, 7.8% of the samples had PPV+CLRV, 1.3% had PPV+HSVd, and 0.4% had mixed infections with PPV+PLMVd, 1.3% had HSVd+PLMVd, 2.2% had HSVd+CLRV, 2.2% had PLMVd+CLRV, and 0.4% had HSVd+CLRV+PLMVd factors.
Molecular characterization studies were carried out by randomly cloning one PLMVd, HSVd, CLRV, and PPV isolate from the isolates detected as single infections in each province. Nucleic acid sequences from the isolates revealed similarities with other isolates found worldwide, with rates ranging from 89.5–100% for HSVd isolates, 87.1–98.6% for CLRV isolates, and 91.4–99.3% for PPV isolates. These similarities were found in the isolates from which nucleic acid sequences were obtained. 
This study reports the first-ever detection of PLMVd in pistachios and HSVd in walnuts. Molecular evidence for PPV was discovered in walnuts for the first time ever.