Türkiye'de yayılış gösteren paronychıa mıll. cinsine ait bazı taksonların nrDNA ıts bölgeleri bakımından karşılaştırılması
Comparation of some paronychia mill. (caryophyllaceae) taxa distributed in Turkey based on nrDNA data
Yazar: ZEYNEP TÜRKER
Danışman: PROF. DR. KAMİL COŞKUNÇELEBİ
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada Paronychia Mill. (Caryophyllaceae) cinsine ait 34 takson (51 popülasyon) nrDNA ITS bölgesi üzerinden incelenmiştir. İncelenen taksonlardan 20'si ülkemizin önemli gen kaynaklarından biri olarak kabul edilen endemik türlerdir. DNA izolasyonunda kullanılan sağlıklı yaprak örnekleri TÜBİTAK tarafından desteklenen proje kapsamında 2012-2013 yıllarında toplanmıştır. İncelenen her bir popülasyona ait ITS bölgeleri evrensel ITS primerleri kullanılarak çoğaltılmış ve baz dizin analizleri hizmet alımı yolu ile gerçekleştirilmiştir. Yapılan analizler sonucunda incelenen örneklerin nrDNA ITS bölge uzunluklarının 635-671 bç, % GC içeriğinin 59,2-62,3 ve Pürin/Pirimidin oranı 1,027-1.088 arasında değiştiği bulunmuştur. Çalışılan taksonların nrDNA ITS dizinleri 142 (% 20)'sı parsimonik (bilgi verici), 230 (% 32)'si değişken ve 431 (% 59)'unun korunmuş (değişmeyen) bölge içerdiği bulunmuştur. İncelenen taksonlardan P.argentea var. argentea ve P. kayseriana' nın % 75,7' lik benzerlik düzeyiyle birbirine en uzak, P. davisii, P. adalia, P. lycica'nın' nin % 100' lük benzerlik düzeyiyle birbirine en yakın taksonlar olduğu tespit edilmiştir. İncelenen taksonların nrDNA-ITS bölgesinin % GC içeriklerin de birbirine en uzak taksonlar P. argentea var. scariarissima ve P. carica var. stipulata iken, en yakın taksonlar ise P. davisii, P. adalia, P. lycica, P. carica olduğu tespit edilmiştir. Baz dizilerin filogenetik programlar ile değerlendirilmesi sonucu çalışılan taksonlar arası akrabalık ilişkileri belirlenmiş ve Paronychia cinsinin polifiletik bir yapıya sahip olduğunu destekleyen bir filogenetik yapıya sahip olduğu bulunmuştur.

Abstract:
In this study, 51 populations belong to 34 Paronychia Mill. (Caryophyllaceae) taxa, including endemic 20 taxa for Turkey, were investigated in terms of nrDNA ITS data. Healthy leaf samples used in DNA isolation was collected during the field work of a project supported by TUBITAK (111T820) in 2012-2013. ITS regions of the examined populations were amplified using universal primers and sequencing by Macrogen Inc. It was determined that length of ITS region varies from 635 to 671 bp, GC % content is between 59.2-62.3, the ratio of Purine / Pyrimidine varies from 1.027 to 1088. The aligned sequence data of nrDNA ITS region belong to examined taxa contain 142 parsimonik (20 %), 230 variable (32 %) and 431 conservative (invariant) site (59 %). It was also found that P.argentea var. argentea and P. kayseriana are the farthest taxa with 75.7 % similarity level, P. davisii, P. adalia and P. lycica are the closely related taxa with 100% similarity level. Additionaly, according to GC % content, P. argentea var. scariarissima and P. carica var. stipulata are the farthest taxa, P. davisii, P. adalia, P. lycica, P. carica are the closely related taxa. As a result of phylogenetic analysis based on the nrDNA ITS data, Paronychia appears to be a polyphyletic genera.