Adli botanikte kullanılmak üzere Pinus sylvestris (sarıçam) ve Pinus nigra (karaçam) türlerinin DNA izolasyonunda en uygun metodun belirlenmesi
Determination of the most suitable method for DNA isolation of Pinus sylvestris(scotch pine) and Pinus nigra (black pine) species for use in forensic botany
Yazar: ECEM CEYLAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA ÜNSAL SAPAN
Üsküdar Üniversitesi / Bağımlılık ve Adli Bilimler Enstitüsü / Adli Bilimler Ana Bilim Dalı / Adli Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Biyoloji = Biology ; Botanik = Botany

Özet:
Adli bilimlerde tıpkı insan gibi bitkilerin de DNA'sına ihtiyaç duyulmaktadır. Bir olay yerinde, fail veya mağdurun üzerinde, olayla ilişkilendirilebilecek herhangi bir bitkiye dair kalıntılar bulunabilmektedir. Bu bitki kalıntıları çeşitli analizler sonrasında mevcut bitkinin kimliklendirilmesine ve bunun sonucu olarak da olayın seyrinin değişmesine yardımcı olabilmektedir. Failler çoğu zaman cesetten kurtulmak için onu taşımakta, bu esnada birincil olay yerlerindeki bitkiler cesetle beraber ikincil olay yerlerine taşınabilmektedir. Mağdurun üzerinden elde edilecek her türlü delil kıymetli olduğu gibi bitki kalıntıları da o cesedin başka bir yerde öldürüldüğünü ve taşındığını kanıtlayabilir. Başka bir şekilde hiç olay yerinde bulunmadığını iddia eden faillerin kıyafet ya da ayakkabılarından elde edilen bitki kalıntılarının menşei, kimliklendirme çalışmaları yapılarak ilgili olay yerindeki bitkilerden kaynak alıp almadığı belirlenebilmekte bu sayede şüphelilerin ifadelerini çürütmektedir. 
İşte bu gibi vakalarda önem kazanan bilim dalı, adli bilimler çatısı altında adli biyolojinin alt dalı, "Adli Botanik" karşımıza çıkmaktadır. Ancak günümüzde adli bilimler bünyesinde, adli botanik başlığı altında kimliklendirme çalışmaları olsa da henüz tüm ülkelerde yaygın olarak kullanılan bir yöntem değildir. Çünkü kimliklendirme yapabilmek için her bitki türünde DNA üzerindeki kimliklendirme bölgelerinin tespit edilip optimizasyonlarının yapılması gerekmektedir. Bu sebeple adli botanik bilimi altındaki araştırmacıların adli alanda bitkiler üzerindeki yaptıkları çalışmalar oldukça az sayıdadır ve yeni yeni hız kazanmaktadır. Ülkemizde ise adli botanik alanında çalışan kişi yok denecek kadar azdır.
Bu eksikliği gidermek üzere bu tezde adli botanik çalışmalarında kullanılmak üzere, ülkemizde en sık karşılaşılan bitki türlerinden çam yapraklarına ait en uygun DNA izolasyon protokolünün geliştirilmesi ve böylelikle çam yapraklarının kimliklendirilmesinde ön basamak oluşturulması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda Sarıçam (Pinus s.) ve Karaçam (Pinus n.) bitkisinden toplanan yeşil yaprakların ve kurutulmuş yaprakların; taze örneklerde havanda dövmeye ek olarak yeni homojenizasyon tekniklerinden olan manyetik boncuklarla öğütme; kuru örneklerde ise sıvı nitrojen ile parçalama yerine robot yardımıyla parçalayarak öğütme uygulanarak spin kolon yöntemine bağlı izolasyonu ile elde edilen DNA miktarlarındaki sonuçlar karşılaştırılmış ve izolasyonda maksimum DNA geri kazanımını elde etmek üzere optimizasyonu sağlanmıştır.
Kurutulmaya bırakılmış Sarıçam türüne ait örneklerde DNA miktarlarının daha yüksek verimde olduğu, taze Sarıçam örneklerinden daha düşük miktarda DNA elde edildiği saptanmıştır. Bu durumun aksine kurutulmaya bırakılmış Karaçam türüne ait örneklerde ise DNA miktarlarının daha düşük verimde olduğu görülmüştür. Bunun yanı sıra taze haldeki Karaçam yapraklarından daha fazla verimde DNA elde edilebilmiştir.
Bu tezde adli bilimler alanında adli botanik çalışmalarında kullanılmak üzere Çam familyasından DNA elde edilmek istendiği taktirde en iyi DNA verimi elde etmek için Sarıçam türüne ait örnekler elde edildiyse kurutularak öğütme yönteminin, Karaçam türüne ait örnekler elde edildi ise taze haldeyken öğütüldüğü taktirde bu bitkileri kimliklendirmek ve adli vakayı aydınlatmanın daha rahat olacağı belirlenmiştir. Bu tez Türkiye'de adli botanik alanının geliştirilmesi, Çam türlerinin ve ilerisinde diğer tüm türlerin kimliklendirilme çalışmaları için öncü niteliğindedir.
Anahtar Kelimer: Adli Bilimler, Adli Botanik, Pinus sylvestris (Sarıçam), Pinus nigra (Karaçam), Bitkilerde Kimliklendirme, Çam yapraklarından DNA geri kazanımı

Abstract:
In forensic science, DNA of plants is also needed like humans. At a scene, remains of any plant that can be associated with the incident can be found on the perpetrator and the victim. These plant residues can help to identify the existing plant after various analyzes and, as a result, to change the course of the event. Perpetrators often carry the body to get rid of it, while plants from the primary crime scenes can be transported with the corpse to secondary crime scenes. Any evidence obtained from the victim may prove that the body was killed and transported elsewhere, as well as plant remains. The origin of the plant remains obtained from the clothes or shoes of the perpetrators who claim that they were not present at the scene in any other way can be determined by making identification studies, and thus refute the statements of the suspects.
The branch of science that gains importance in such cases, the sub-branch of forensic biology under the roof of forensic science, "Forensic Botany" appears before us. The branch of science that gains importance in such cases, the sub-branch of forensic biology under the roof of forensic science, "Forensic Botany" appears before us. Because, in order to be able to identify, identification regions on DNA in every plant species must be determined and optimized. For this reason, the studies conducted by researchers under forensic botany on plants in the field of forensic science are very few and are gaining new momentum. In our country, there are almost no people working in the forensic botany.
To be used in forensic botany studies in this thesis in order to correct this deficiency, development of the most suitable DNA isolation protocol for pine leaves, one of the most common plant species in our country and thus, it was aimed to form the front step in the identification of pine leaves. Accordingly Scots pine (Pinus s.) and European black pine (Pinus n.) of the green leaves and dried leaves collected from the plant ; grinding with magnetic beads, a new homogenization technique, in addition to pestle forging fresh samples; in dry samples, instead of crushing with liquid nitrogen, grinding by shredding with the help of a robot is applied, the results in the amount of DNA obtained with the isolation of the spin column method were compared and optimization has been provided to achieve maximum DNA recovery in isolation.
It was determined that the DNA amounts were higher in the samples belonging to the Scots pine type left to be dried, and the lower amount of DNA was obtained from the fresh Scots pine samples. Contrary to this situation, it was observed that the DNA amounts in samples belonging to the European black pine that were left to be dried were lower. In addition, higher yield DNA was obtained from fresh European black pine leaves.
In this thesis, if DNA is desired to be obtained from the pine family to be used in forensic botanical studies in the field of forensic sciences, in order to obtain the best DNA yield, if samples of the Scots pine type are obtained, the drying and grinding method, if samples of the European black pine are obtained, identifying these plants if they are ground in fresh form and it was determined that it would be more comfortable to enlighten the forensic case. This thesis is a pioneer for the development of forensic botanical field in Turkey, identification of Pine species and all other species in the future.
Keywords: Forensic Science, Forensic Botany, Pinus sylvestris, Pinus nigra, Identification in plants, DNA recovery from pine leaves.