Çeşitli hasta gruplarından elde edilen Pneumocystis jirovecii izolatlarının moleküler olarak tiplendirilmesi
MOLECULAR TYPING OF Pneumocystıs jirovecii ISOLATES FROM VARIOUS PATIENT GROUPS
Yazar: OKAN KADİR NOHUT
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOÇ ; PROF. DR. GÖKHAN AYGÜN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Pneumocystis jirovecii'nin neden olduğu Pneumocystis pnömonisi (zatürresi) (PcP) bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda en sık ve ciddi olarak gözlenen fırsatçı enfeksiyonlardan biridir. Pneumocystis pnömonisi gelişimi açısından risk altında olan kişiler arasında HIV pozitif bireyler, kanser hastaları, bağışıklık baskılayıcı tedavi alan kişiler, organ nakli olanlar ve bağışıklık sistemi yetersiz kişiler sayılabilir. Etkin tedavi ve profilaksiye rağmen AIDS dışında immün yetmezliği olan kişilerde bile mortalitenin %15-40 arasında olduğu bildirilmektedir. 
Çalışmamızda İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran intersitisyel pnömoni, CD4+ T lenfosit sayısı 200 hücre/mm3'ün altında olan veya olmayan HIV (+), immünsüprese, maligniteli ve hematolojik maligniteli hastalardan toplanan 469 adet Bronkoalveolar Lavaj (BAL) veya İndüklenmiş Balgam (İB) örnekleri toplanmıştır. Seçilen 114 örneğin DNA izolasyonları yapılmış ve mtLSU rRNA, ITS ve 18S rRNA gen bölgeleri çoğaltılmıştır.
mtLSU rRNA genotiplendirmesi sonucunda örneklerimizde Genotip 1 (n:3; %37,5) en yaygın olarak bulunmuştur. Sırasıyla genotip 2 ve 4 (n:2; %25) ve genotip 3 (n:1; %12,5) olarak tespit edilmiştir. Çalışmamızda gerçekleştirdiğimiz ITS1 ve 2 gen bölgesinin genotiplendirme sonuçlarına göre en sık rastladığımız genotip Eh (n:3; %42,85) sonra sırasıyla Bg (n:2; %28,57), Bi (n:1; %14,28) ve Eg (n:1; %14,28), aynı şekilde ITS1-5.8S-ITS2 gen bölgeleriyle gerçekleştirilen genotiplendirmeye göre ise Genotip 2 (n:3; %42,85), Genotip 32 (n:2; %28,57), Genotip 22 (n:1; %14.28) ve Genotip 1 (n:1; %14,28) olarak tespit edilmiştir. 18S rRNA analizine göre örneklerimizin fungal taksonomideki yeri teyit edilmiştir.

Abstract:
Pneumocystis pneumonia (PCP) caused by Pneumocystis jirovecii is one of the most common and severe opportunistic infections in immunocompromised patients. People at risk for developing Pneumocystis pneumonia include HIV-positive individuals, cancer patients, people receiving immunosuppressive therapy, organ transplant recipients, and people with compromised immune systems. Despite effective treatment and prophylaxis, mortality is reported to be between 15-40%, even in individuals with immunodeficiency other than AIDS. 
In our study, 469 Bronchoalveolar Lavage (BAL) or Induced Sputum (IB) samples collected from patients with interstitial pneumonia, CD4+ T lymphocyte count below 200 cells/mm3 or HIV (+), immunosuppressed, malignant and hematological malignancies who applied to Istanbul University-Cerrahpasa Cerrahpasa Medical Faculty Hospital samples were collected. DNA isolations of 114 selected samples were made and mtLSU rRNA, ITS and 18S rRNA gene regions were amplified.
As a result of mtLSU rRNA genotyping, Genotype 1 (n:3; 37.5%) was found to be the most common in our samples followed by genotypes 2 and 4 (n:2; 25%) and genotype 3 (n:1; 12.5%) respectively. According to the genotyping results of the ITS1 and 2 gene regions we performed in our study, the most common genotype was Eh (n:3; 42.85%), followed by Bg (n:2; 28.57%), Bi (n:1; 14.28%) and Eg (n:1; 14.28%), respectively. According to the genotyping performed with the ITS1-5.8S-ITS2 gene regions, the most common genotypes were genotype 2 (n:3; 42.85%), genotype 32 (n:2; 28%, 57), genotype 22 (n:1; 14.28%) and genotype 1 (n:1; 14.28%). According to 18S rRNA analysis, the place of our samples in fungal taxonomy was confirmed.