Over kanserli hastalarda miR-16-5p, miR-17-5p, miR-638 'in ifade düzeylerinin araştırılması
The investigation of expression levels of miR-16-5p, miR-17-5p, miR-638  in patients with ovarian cancer
Yazar: MUKADDES AVŞAR SARAL
Danışman: PROF. DR. HÜLYA YAZICI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Kanser Genetiği Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Biyobelirteçler = Biomarkers ; Gen ifadesi = Gene expression ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Over = Ovary ; Over neoplazmları = Ovarian neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Over kanseri, kadınlar arasında ölümcül jinekolojik malignitelerden biridir. Over kanserli kadınların % 70'inden fazlası ileri evrelerde tanı alır ve bu vakaların çoğu tedavi edilemez. Hastaların çoğu primer kemoterapiye iyi yanıt vermesine rağmen, tümörler tedaviye dirençli hale gelmektedir. MikroRNA'lar (miRNA'lar) hedef mRNA'larının translasyonal inhibisyonu ve degradasyonu yoluyla posttranskripsiyonel seviyede gen ekspresyonunu düzenleyen 19-25 nükleotid uzunluğunda, protein kodlamayan küçük RNA'lardır. Birçok miRNA'nın onkogenler, tümör baskılayıcılar ve hatta kanser kök hücreleri ve metastaz modülatörleri olarak görev yaptığı belirlenmiştir. 
Çalışmamızda daha önce ekibimiz tarafından yapılan mikroarray araştırmasından elde edilen bulgulara göre miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 genlerinin over kanseri ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Söz konusu miRNA'ların validasyonlarının yapılması ve yüksek riskli over kanserli hastaların erken tanısında ve hastalığın prognozunda kullanılabilecek birer biyobelirteç olup olmadıklarının belirlenmesi için 142 over kanserli hasta ile 97 sağlıklı kontrole ait periferik kan örneklerinde miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 genlerinin ekspresyon düzeylerinin araştırılması  amaçlandı. miRNA ekspresyon analizi periferik kan lenfositlerden RNA izolasyonunu takiben incelenen miRNA'lara özgü cDNA sentezi ve Real-Time PCR yöntemleri kullanılarak gerçekleştirildi. 
Çalışmanın sonucunda miRNA gen ifade düzeylerinin hasta gruplarında sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı ve istatistiksel açıdan anlamlı (p< 0,05) olduğu görüldü. Her bir miRNA için elde edilen p değerleri; miR-16-5p, p< 0,001; miR-17-5p, p< 0,001 miR-638, p=0,005 şeklindedir. Ayrıca miRNA ekspresyon seviyelerini hastaların klinik verileri ile karşılaştırdığımızda; hastaların sigara içme durumu ile miR-17-5p'nin artan ifade düzeyi arasında anlamlı bir fark saptandı (p=0,007). Ayrıca miR-638'in artan ekspresyon düzeyi ile lokal ileri hastalığı olan abdominal metastazlı hastalar arasında anlamlı bir fark bulundu (p=0.03). Elde edilen bulgular, incelenen miRNA'ların kanserli hastalarda onkogenik özellik gösterdiğini ve bu yolla lokal ileri evre hastalığı tetiklediğini düşündürmektedir. miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 moleküllerinin over kanserini saptamak ve prognozunu göstermek açısından potansiyel biyobelirteçler olma olasılıklarının yüksek olduğu düşünülmektedir.

Abstract:
Ovarian cancer is a lethal gynecologic malignancy among women. More than 70% of women with ovarian cancer are diagnosed in advanced stages and most of these cases are incurable. Although most patients respond well to primary chemotherapy, tumors become resistant to treatment. MicroRNAs (miRNAs) are 19-25 nucleotide-long, small non-protein coding RNAs that regulate gene expression at the post-transcriptional level through translational inhibition and degredation of their target mRNAs. Many miRNAs have been determined to act as oncogenes, tumor suppressors, and even modulators of cancer stem cells and metastasis.
Based on the findings obtained from the microarray study by our research team previously, we concluded that the miR-16-5p, miR-17-5p, miR-638 could be important in the etiology of ovarian cancer and had to be searched and validated in larger ovarian cancer cohort and healthy controls. The aim of the presented study was to determine whether they have a biomarker potential for the early diagnosis of patients with ovarian cancer and prognosis of the disease in larger ovarian cancer patients cohort and healthy controls. For this purpose, peripheral blood samples of 142 patients with ovarian cancer and 97 healthy controls which were ethnicity, age and gender-matched were used. For gene expression analysis, RNA isolation from lymphocytes, cDNA synthesis specific to miRNAs followed by Real-Time PCR methods were performed.
As a result of the study, it was seen that miRNA gene expression levels increased more than twice in the patient groups compared to healthy controls groups and it was statistically significant (p <0.05). The p values obtained for each miRNA; miR-16-5p, p <0.001; miR-17-5p, p <0.001 miR-638, p = 0.005. In addition, when miRNA expression levels were compared with the clinical data of the patients; There was a significant difference between smoking status of patients and increased expression level of miR-17-5p (p = 0.007). There was also a significant difference between the increased expression level of miR-638 and patients with locally advanced disease (p = 0.03). The findings suggest that the miRNAs examined have an oncogenic character in cancer patients and thus, trigger the locally advanced disease. The miR-16-5p, miR-17-5p and miR-638 molecules are thought to be highly likely to be potential biomarkers for detecting ovarian cancer and demonstrating prognosis.