Türkiye yerli koyun ırkı kıvırcık için meme dokusundan cDNA kütüphanesinin hazırlanması
cDNA library construction for the mammary tissue of local Turkish kivircik sheep
Yazar: ZEHRA ÖMEROĞLU
Danışman: YRD. DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyomühendislik = Bioengineering ; Genetik = Genetics

Özet:
Türkiye'de koyun yetiştiriciliği; tarihi, ekonomik ve kültürel bir öneme sahiptir. Koyun yetiştiriciliğinde kolostrum salgısı koyunların verimliliklerinde oldukça etkilidir. Kolostrum, doğumdan sonra ilk 48 saat boyunca salgılanan, hipoimmun aktivite ve düşük bir enerji ile doğmuş olan kuzunun hayatta kalması ve sağlıklı bir gelişim göstermesi için kritik önemi olan değerli bir besin maddesidir.Bu çalışmada et kalitesi ve süt verimi açısından Türkiye için önemli bir yeri olan yerel ırk Kıvırcık koyununun kolostrum salgısını etkileyen genlerin araştırılması amaçlanmıştır. Bunun için İstanbul Üniversitesi Veteriner Fakültesi çiftliğinde bulunan Kıvırcık ırkı koyun kullanıldı. Dişi Kıvırcık koyunundan doğumdan bir hafta önce ve doğumdan sonra kolostrumun en yoğun salgılandığı ilk 18-36 saat içerisinde memeden biyopsi yöntemi ile doku alındı. Alınan doku örneklerinden kit yardımı ile total RNA ve mRNA izolasyonu yapıldı, ardından iki ayrı cDNA kütüphanesi oluşturuldu. Kurulan cDNA kütüphanelerinden tesadüfi seçilen 3072 klon örneklerinin dizin analizleri yapılarak koyun için EST kolleksiyonu oluşturuldu. Ham EST'lerin analizi için elde edilen kromatogram dosyaları Phred/Phrap programları ile FASTA formatına dönüştürüldü, düşük kaliteli diziler ve vektör fragmentleri uzaklaştırıldı. CAP3 programı ile fragment eşleştirme işlemi yapıldı ve sonuçların değerlendirilmesi için BEAP programı kullanıldı. EST dizileri ve CAP3 programıyla oluşturulan veriler, NCBI'a ait veritabanı programı BLAST'la olası fonsiyonları belirlendi ve NCBI'a kaydedildi. Çalışmamızda caseinler, whey proteinleri ve immunglobulinler gibi kolostrum salgısında bulunan önemli genler tespit edildi. Bunun yanında diğer çalışmalarda koyunda tespit edilemeyen bazı genler bulunmuştur. Bu sonuçların, koyunların fonksiyonel genom araştırmalarında önemli bir kaynak teşkil edeceği düşünülmektedir.

Abstract:
Sheep husbandry has historical and economic impact in Turkey. Because of its effect on sheep productivity colostrum secretion is very important for the sheep husbandry. Colostrum, which secrets during first 48 h after the parturition, is essential nutrient for health and growth of the lamb which was born with very low energy and hipoimmun activity.The aim of this study is to solve the genetic components of colostrum secretion in Kivircik sheep which is an important local Turkish sheep according to their meat quality and milk productivity. In this study Kivircik sheep in farm of the Faculty of Veterinary science at University of Istanbul was used. The mammary tissues from the same sheep were taken by biopsy in 18-36 h during high period of the colostrum secretion after the parturition and one week before parturition. From the tissues, total RNA and mRNA were isolated for construction of two different cDNA libraries. Total 3072 colonies which are randomly selected from the two libraries were sequenced for developing a sheep ESTs collection. For analysis of the raw EST data, the obtained chromatogram folders were converted to FASTA format, the low-quality sequences and the vector fragment was removed with Phred/Phrap computer programmes. Fragment assembly was done with the CAP3 software and evaluated with the BEAP programs. Putative functions of all unique sequences were designated by gene homology based on BLAST. In our study the genes finding in colostrum such as caseins, whey proteins and immunoglobulins were determined. Furthermore genes which were not found in sheep before were observed in the study. This EST data submitted to NCBI database. The results are very valuable resource for functional genome studies of sheep.