İnflamatuvar bağırsak hastalığı ve mikrobiyota ilişkisi
The relationship of inflammatory bowel disease and microbiota
Yazar: TUĞBA AVAN
Danışman: PROF. DR. BELMA DURUPINAR
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mikrobiyota = Microbiota ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İnflamatuar bağırsak hastalıkları = Inflammatory bowel diseases

Özet:
İnflamatuvar bağırsak hastalıkları Ülseratif kolit ve Crohn hastalığı olmak üzere iki ana gruba ayrılan, kronik seyirli, remisyon ve alevlenmelerle seyreden hastalık grubudur. Bu hastalığın patogenezinde, bireyin genetik yatkınlığı, çevresel faktörler, intestinal mikrobiyota ve immün yanıtların hepsi iç içe geçmiş durumdadır. Bu çalışmanın amacı, inflamatuvar bağırsak hastalığı olan bireylerde ve sağlıklı kontrollerde bağırsak mikrobiyotasının önemli bakteri türleri olan Akkermansia mucinophilia, Bacteroides fragilis, Bifidobacterium spp, Eschericha coli, Faecalibacterium prausnitzii, Fusobacterium nucleatum, Lactobacillus spp ve Prevotella intermedia bakımından kantitatif karşılaştırmasını yapmak ve mikrobiyota değişiminin hastalık etiyopatogenezi üzerine etkisini belirlemektir. 
Çalışmaya, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji kliniğine başvuran 22 hasta ve 22 sağılıklı kontrol olmak üzere toplam 44 bireyden alınan gaita örneği dahil edilmiştir. Gaitadan DNA izolasyon işlemi için, özel gaitadan ekstraksiyon kiti (QIAmp DNA Stool Mini Kit, QIAgen, Almanya) kullanıldı. Hedef bölge amplifikasyonu için çalışmada yer alan bakterilere spesifik primerler kullanıldı. Ekstraksiyon işlemi sonrası tüm bakterilerin gerçek zamanlı PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi ile kantitasyon işlemi CFX96™ Real-Time PCR System cihazında (BIO-RAD, ABD) kullanılarak gerçekleştirildi. 
Kantitasyon sonucunda hasta grubunda Bifidobacterium spp (p=0,046), B. fragilis (p=0,033), A. Mucinophilia (p=0,009) ve F. prausnitzii (p˂0,001) bakterileri için istatistiksel olarak anlamlı düşüş gözlendi. F. nucleatum (p=0,598), P. intermedia (p=0,551), E. coli (p=0,652) ve Lactobacillus spp (p=0,888) bakterileri için istatistiksel olarak anlamlı fark görülmedi. 
Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar, mikrobiyotanın inflamatuvar bağırsak hastalığı üzerindeki potansiyel rolünü destekler nitelikte olup, bir sonraki çalışmalar için kaynak niteliğindedir.

Abstract:
Inflammatory bowel diseases which are divided in two main groups as Ulcerative colitis and Crohn's disease  are in a group of diseases that continue with chronic progression, remission and exacerbations. In the pathogenesis of this disease, the genetic predisposition of the individual, environmental factors, intestinal microbiota and immune responses are all intertwined. The aim of this study is to make a quantitative comparison in terms of the important bacterial species of intestinal microbiota like Akkermansia mucinophilia, Bacteroides fragilis, Bifidobacterium spp, Eschericha coli, Faecalibacterium prausnitzii, Fusobacterium nucleatum, Lactobacillus spp. and Prevotella intermedia in individuals with inflammatory bowel disease and in healthy controls and to determine the effect on the disease etiopathogenesis of microbiota exchange.
Fecal specimens from 22 patients and 22 healthy controls totally 44 individuals applying to the Gastroenterology Department of Medicine Faculty in Ondokuz Mayıs University were included in the study. For the stool DNA isolation process, a special stool extraction kit (QIAmp DNA Stool Mini Kit, QIAgen, Germany) was used. Bacteria-specific primers in the study were used for target site amplification. After extraction, quantitation process was implemented by real-time PCR (Polymerase Chain Reaction) method of all bacteria and using CFX96 ™ Real-Time PCR System device (BIO-RAD, USA).
Statistically significant decline was observed in the quantitation result of the patient group for the bacteria Bifidobacterium spp. (p = 0.046), B. fragilis (p = 0.033), A. mucinophilia (p = 0.009) and F. prausnitzii (p˂0.001). There was no statistically significant difference between F. nucleatum (p = 0.598), P. intermedia (p = 0.551), E. coli (p = 0.652) and Lactobacillus spp. (p = 0.888).
The results obtained from this study support the potential role of microbiota on inflammatory bowel disease and serve as a source for further studies.