Patlıcan türlerarası ıslah generasyonlarında Fusarium oxysporum f. sp. melongenae toleransının ve gen etkileşimlerinin RNA dizileme analizi ile belirlenmesi
Determination of Fusarium oxysporum f. sp. to melongenae tolerance and gene interactions in eggplant inter species breeding generations by RNA sequencing analysis
Yazar: MERVE DİLEK KARATAŞ
Danışman: PROF. DR. ALİ ERGÜL
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Fusarium oxysporum = Fusarium oxysporum ; Patlıcan = Eggplant ; Transkriptomlar = Transcriptomics

Özet:
Fusarium oxysporum melongenae patlıcanda verimliliği etkileyen biyotik faktörlerden birisidir. Bu tez çalışması kültür türünde bulunmayan bu patojen dayanıklılığını;  türler arası melezlemelerle sonraki generasyonlara geçirebilmek, bu generasyonlarda meydana gelen transkripsiyonel düzenlemeler hakkında bilgi edinebilmek amacı ile yapılmıştır. 
Solanum melongena ve Solanum macrocarpon türleri melezlenmiş; sonrasında kendilemeler yapılarak F2 generasyonu elde edilmiştir. Ana – baba - F1 - F2 generasyonlarında patolojik testlemeler yapıldıktan sonra RNA sekanslama ile transkriptom analizi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen transkriptler ile generasyonlar boyu, hassas-dayanıklı örnekler arasında karşılaştırmalar yapılmış ortak genler belirlenmiştir. Toplamda 70195 unigen tespit edilmiştir. Gen ontoloji analizi ile katalitik aktivite, hücresel süreç, metabolik süreç gibi biyolojik işlemlerin Fusarium oxysporum melongenae patojenine dayanıklılıkta, örnekler arasında farklı şekillerde düzenlendiği belirlenmiştir. 
Sonuç olarak bu çalışma ile türler arası melezleme ve sonraki generasyonda bitki yapraklarından karşılaştırılabilir bir transkriptom yanıtı elde edilmiştir. Bu RNA dizileme analizi ile elde edilen verilerin patlıcandaki ıslah çalışmalarına önemli ölçüde katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Fusarium oxysporum melongenae is one of the biotic factors affecting productivity in eggplant. The aim of this thesis was to transfer this pathogen resistance, which is not found in cultivated species, to the next generations by interspecific crosses and to obtain information about the transcriptional regulations occurring in these generations.
Solanum melongena and Solanum macrocarpon species were crossed and then F2 generation was obtained by selfing. After pathological tests were performed in the parent - F1 - F2 generations, transcriptome analysis was performed by RNA sequencing. With the transcripts obtained, comparisons were made between susceptible and resistant samples across generations and common genes were identified. A total of 70195 unigenes were identified. Gene ontology analysis revealed that biological processes such as catalytic activity, cellular process, metabolic process are regulated differently among the samples in resistance to Fusarium oxysporum melongenae pathogen. 
As a result, a comparable transcriptome response was obtained from plant leaves in interspecific hybridization and subsequent generations. It is thought that the data obtained by this RNA sequencing analysis will contribute significantly to breeding studies in eggplant.