Bazı elma (Malus x domestica Borkh.) genotiplerinin ssrs (Simple Sequence Repeats)'a dayalı genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of some apple (Malus x domestica Borkh.) genotypes based on SSR markers
Yazar: ALİ EMRE AKPINAR
Danışman: DOÇ. DR. ALİ ERGÜL
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Türkiye, dünya elma üretiminde yaklaşık % 4 lük payla dördüncü sırada yer almaktadır. Alan ve üretim potansiyelinin yanında, zengin bir elma genetik çeşitliliğine sahiptir. Ancak, farklı isimlendirmelerden ve çeşit içi varyasyonlardan kaynaklanan çeşit karmaşası yaşanmaktadır. Bu nedenle, yetiştiricilikte kullanılmayan bazı eski elma çeşitlerinin kaybolma riski görülmektedir. Ülkemiz bitki gen kaynaklarının tanımlanması amacıyla; meyve türlerindeki tanımlamaların morfolojik özelliklere dayandığı, DNA düzeyinde yürütülen çalışmalar ise sınırlı sayıda olduğu görülmektedir.Bu çalışmada, söz edilen olumsuzlukların azaltılması amacıyla, ?Atatürk Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü-Yalova? elma koleksiyonundan alınan 35 yerli ve 2 referans elma genotipi, 17 SSR's (Simple Sequence Repeats) markör kullanılarak tanımlanmıştır. Elde edilen verilerde benzer ve sinonim genotiplere rastlanmazken, Tavşanbaşı, Tokat, Yaz Elması ve Demir gruplarında homonim durum tespit edilmiştir. CH01d08 lokusu, tanımlama olasılığı en yüksek lokus olarak göze çarparken, genotipler arası en yüksek benzerlik oranı % 94 olarak tespit edilmiştir.Ülkemiz elma kaynaklarının SSR düzeyinde tanımlanmasına yönelik, ilk kez gerçekleştirilen bu çalışma bulguları, ileride yürütülecek diğer çalışmalara ön veri oluşturacaktır. Aynı zamanda, bitki genetiği (genetik haritalama, gen klonlama v.b.), ıslahı (kombinasyon ıslahında kullanılacak olan ebeveynlerin genetik benzerliklerinin belirlenmesi, mevcut çeşitlerde ana-baba-hibrid olası ilişkilerinin ortaya çıkarılması v.b.) ve yetiştiricilik (bitkilerin tanısı ve DNA düzeyinde kontrol v.b.) alanlarında katkılar sağlayacaktır.

Abstract:
Turkey takes place in the fourth place with approximately 4% of overall world apple production. Along with the area and production, Turkey also has a strong potential for apple genetic variation. However, disorders in assortment of apple occur due to different denomination and diversity within the variety. Thus, there break out a vanishing risk of some old kinds of apples which have not used in agriculture. It has been observed that there exists limited number of DNA based studies carried out with the purpose of identification of our country plant gene resources. Specially, it appears that identifications in fruit species are based on morphological features. In our country, the identification of fruit species is mainly based on their morphological features, and a very few number of DNA-based studies are carried out to determine the gene resources of plants.In this study, in order to diminish the aforementioned negativities, 35 domestics and 2 reference apple genotypes obtained from ?Atatürk Garden Culture Research Institution? apple collection have been defined by using 17 SSR?s (Simple Sequence Repeats) marker. While any synonym and identical genotype were not observed, in Tavşanbaşı, Tokat, Yaz Elması, Demir groups were determined homonym condition. It was observed that the CH01d08 loci showed the highest probability for defining and similarity ratio between the genotypes, and it was recorded as 94%.This is the first study in which region apple gene resources has been defined in terms of SSR. Obtained data belonging to SSR loci will be beneficial to other study to be carried out in the future. At the same time, these data will contribute to plant genetics (genetical mapping, gene cloning, e.g.), plant reform (identification of genetical similarities of parents to be used in combination reform, detection of mother-father-hybrid possible relations) and agriculture (plant definition and control based on DNA e.g.) areas.