Meme kanserinde hsa_circ_0001546 ve hsa_circ_0025244'ün ekspresyon analizi ve circrna/mirna/gen aksislerinin in silico yöntemler ile araştırılması
Expression analysis of hsa_circ_0001546 and hsa_circ_0025244 in breast cancer and investigation of circrna/mirna/gene axes via in silico methods
Yazar: FAHRÜNNİSA ABANOZ
Danışman: PROF. ŞÜKRÜ ÖZTÜRK ; DOÇ. DR. İLKNUR SUER
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Meme kanseri oldukça heterojen bir hastalık olduğundan tanıda, prognoz takibinde ve
tedavide alternatif biyobelirteçlerin tespiti oldukça önemlidir. Genetiğin yanı sıra
epigenetik mekanizmalar da patogenezde rol oynadığından, potansiyel hedef genlerinin
3'-UTR bölgelerine bağlanarak gen ekspresyonunu baskılayabilen mikroRNA (miRNA)
ve hedef miRNA miktarının azalmasını sağlayarak potansiyel hedef genlerinin 3'-UTR
bölgelerinin serbest kalmasına yol açan sirküler RNA (circRNA) gibi kodlamayan
RNA'ların da tanıda ve tedavide biyobelirteç olarak kullanılma potansiyelleri
bulunmaktadır.
Bu çalışmada, laboratuvarımızda yürütülen ADEP Projesi (Proje No: 39483)
kapsamında elde edilen circRNA sekans (circRNA-seq) verilerinin yeniden analiz
edilmesi sonucunda, meme kanseri tümör dokusunda bitişik normal doku örneklerine
kıyasla ekspresyon düzeyinin istatistiksel olarak anlamlı düzeyde değiştiği tespit edilen
iki circRNA'nın ifadesinin qPZR tekniğiyle validasyonu ve bunların potansiyel sünger
miRNA'ları ile potansiyel hedef genlerinin araştırılması amaçlandı.
Bu amaçla, İstanbul Üniversitesi (İÜ), İstanbul Tıp Fakültesi (İTF), Genel Cerrahi
Anabilim Dalı, Meme Cerrahisi Bölümü'nden invaziv meme kanseri tanısı almış
hastalardan toplanan meme kanseri tümör doku ve bitişik (adjacent) normal doku
örneklerinde hsa_circ_0001546'nın ve hsa_circ_0025244'ün ifade düzeyleri qPZR
tekniğiyle araştırıldı. Literatür taraması ve in silico araçlar kullanılarak bu iki
circRNA'nın potansiyel sünger miRNA'ları ile miRNA'ların potansiyel hedef genleri
belirlendi.
Sonuç olarak, circRNA-seq analizinde tümörde ifadesi arttığı tespit edilen
hsa_circ_0001546 ile tümörde ifadesi azaldığı tespit edilen hsa_circ_0025244'ün her
ikisinin de tümör örneklerinde azalmış ifade düzeyine sahip oldukları qPZR analiziyle
tespit edildi. Bu sonuç, yeni nesil dizileme (YND) ile elde edilen ekspresyon verisinin
örneklem sayısı genişletilerek valide edilmesinin önemini göstermektedir. Literatür
bilgisi ile in silico analiz verileri hsa_circ_0001546/hsa-miR-532-5p/ZFHX3 ve
hsa_circ_0025244/hsa-miR-210-5p/BTG2 aksislerinin meme kanserinde araştırılmaya
değer biyobelirteçler olabileceğini düşündürmektedir.
Anahtar Kelimeler: Meme Kanseri, circRNA, miRNA, hsa_circ_0001546,
hsa_circ_0025244

Abstract:
Breast cancer is a highly heterogeneous disease, so detection of alternative biomarkers
in diagnosis, prognosis follow-up, and treatment is crucial. Since epigenetics, as well as
genetics, play a role in pathogenesis, non-coding RNAs, like, miRNAs (microRNAs),
can suppress gene expression by binding to the 3'-UTR regions of their potential target
genes and circRNAs (circular RNAs), reduce the amount of relevant miRNAs in the
environment, thus freeing the 3'-UTR regions of their potential target genes, also have
the potential to be used as biomarkers.
In this study, as a result of the reanalysis of circRNA sequence (circRNA-seq) data
within the scope of the ADEP Project (Project No: 39483) carried out in our laboratory,
it was aimed to validate the expression levels of two circRNAs, whose expression levels
were found to change at a statistically significant level in breast cancer tumor tissue
compared to adjacent normal tissue samples, with the qPCR technique and to
investigate their potential sponge miRNAs and potential target genes.
For this purpose, the expression levels of hsa_circ_0001546 and hsa_circ_0025244 in
breast cancer tumor tissue and adjacent normal tissue samples collected from patients
diagnosed with invasive breast cancer in the Istanbul University, Istanbul Faculty of
Medicine, Department of General Surgery, Department of Breast Surgery were
determined by qPCR technique. Using literature review and in silico tools, potential
sponge miRNAs of these two circRNAs and potential target genes of miRNAs were
identified.
As a result, up-regulated hsa_circ_0001546 and down-regulated hsa_circ_0025244
according to circRNA-seq, were both found to have decreased expression levels in the
tumor samples. This result shows the importance of confirming the next-generation
sequencing (NGS) expression data in a larger sample. Based on literature and in silico
analysis data, we think that hsa_circ_0001546/hsa-miR-532-5p/ZFHX3 and
hsa_circ_0025244/hsa-miR-210-5p/BTG2 axes may be biomarkers worth investigating
in breast cancer