Hepatit C Virusu'na ait rekombinant NS3 proteininin saflaştırılarak oluşturduğu IFN-?, IL-10 ve IL-4 yanıtlarının araştırılması
A study on the IFN-?, IL-10 and IL-4 responses obtained by purifying the recombinant NS3 protein of Hepatitis C Virus
Yazar: M.HAKAN TAŞKIN
Danışman: PROF. DR. Y. HAKAN ABACIOĞLU ; DOÇ. DR. M. ALİ ÖKTEM
Dokuz Eylül Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Hepatit C = Hepatitis C ; Hepatit C virüsü = Hepatitis C virus ; İnterferonlar = Interferons ; İnterlökin 10 = Interleukin 10 ; İnterlökin 4 = Interleukin 4

Özet:
Dünya çapında yaygın bir infeksiyon etkeni olarak görülen hepatit C virus (HCV) önemli bir halk sağlığı sorunudur. Dünya üzerinde halen yaklaşık olarak 180 milyon insanın HCV ile infekte olduğu öngörülmektedir. İnfekte hastaların %80 kadarının kronikleşmesi ve bunun zemininde zamanla önce siroz daha sonra da hepatoselüler karsinom (HCC) gelişme oranlarının HCV ile infekte olmayan insanlara göre çok yüksek olması dikkat çekicidir. HCV 11 farklı protein ürünü oluşturan yaklaşık 3011 aa'lik tek bir poliproteini kodlar. Bu poli proteinin çeşitli proteazlar tarafından kesilerek işlemlenmesi sonucunda ortaya çıkan NS3 (non-structural protein 3) proteini serin proteaz, NTPaz/helikaz işlevlerine sahip 631aa'lik en büyük proteinlerinden biridir. HCV NS3 proteininin hücre içi yolakların inhibisyonuna katılması ve immun sistemden kaçışta oynadığı rolün araştırılması ile ilgili çok sayıda çalışma bulunmasına karşın NS3'e karşı oluşan immun yanıtlarla ilgili veriler yetersizdir.Bu çalışmada Türkiye'de ilk kez yerel bir HCV kökenine ait NS3 proteininin saflaştırılması ve bu proteinin NS3'e karşı sitokin yanıtı çalışmalarında kullanılabilirliğinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Bunun için Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı'ndan tanısal araştırma amacıyla elde edilmiş HCV genotip 1 taşıdığı bilinen hastadan izole edilen HCV RNA kalıp olarak kullanılmıştır. HCV-RNA'nın NS3 kodlayan bölgesi RT-PZT ile çoğaltıldıktan sonra bir ekspresyon vektörü aracılığı ile klonlanmış ve tam uzunlukta HCV NS3 proteini Escherichia coli M15 hücrelerinde eksprese edilmiştir. Ekspresyon vektörü olarak 6x His-tag dizisi içeren pQE30 plazmiti kullanılmıştır. Rekombinant protein nikel?nitrilotriasetik asit (Ni?NTA) agaroz afinite kromatografisi ile denatüre edici şartlarda saflaştırılmıştır. Sitokin yanıtı çalışmaları için sağlıklı 4 erkek ve 3 kadından oluşan çalışma grubunun tam kan ve periferik kan mononükleer hücreleri rekombinant NS3 ile uyarılmıştır. Uyarılan hücrelerin ve kontrollerin bulunduğu ortam süpernatanlarında IFN?, IL-4, IL-10 sitokin yanıtları kantitatif ELISA yöntemi ile değerlendirilmiştir. Rekombinant NS3 proteinine karşı uyarım sonrası yanıtlar değerlendirildiğinde özellikle uyarılan tam kan örneklerinde belirgin bir IL-10 yanıtı ortaya çıktığı gözlenirken IFN? ve IL-4 için aynı durum gözlenmemiştir. Sonuç olarak şimdiye dek ülkemizde ve uluslar arası literatürde yayınlanmış veriler üzerinde yaptığımız taramalarda ilk kez ülkemizden bir HCV genotip 1b kökenine ait NS3 proteini saflaştırılmış olup sitokin yanıtları ile ilgili optimizasyon ve standardizasyon çalışmaları devam etmektedir.

Abstract:
Hepatitis-C virus (HCV) is a widespread agent in the world giving rise to public health problems. It is estimated that almost 180 million persons in the world are infected by HCV and it is noteworthy that these are much more eligible to develop first chirrosis and then hepatocellular carcinoma (HCC) as compared to uninfected population by this virus. Positive sense HCV RNA translated as a single large poliprotein (3011 amino acid size) which constitutes 11 different proteins. Non-structural protein 3 (NS3), formed by cutting and processing of this poliprotein by various proteases is one of the largest protein of 631aa, having the serine-protease activity and NTPase/helicase function. Despite the fact that there are numerous studies on the participation of HCV NS3 protein in the inhibition of intercellular pathways and its role on the evading immune system, current data on the development of cytokine response against NS3 is insufficient.In this study, purification of a local HCV-based NS3 protein and use of this protein in the studies of cytokine-response against the NS3, is aimed for the first time in Turkey. For his purpose, HCV RNA is used as a template, isolated from a patient carrying HCV genotype-1, in the Dokuz Eylul University Hospital Central Laboratories.The region in HCV-RNA which coding the NS3 is amplified by RT-PCR and inserted by ligation reaction into expression vector and expressed in the full length HCV NS3 Escherichia coli protein M15 cells. pQE30 plasmid is utilized containing 6xHis-Tag as the expression vector. Recombinant NS3 is purified by agarose- nickel-nitrilotriasetic acid (Ni?NTA) chromatography under denatured conditions.For the the cytokine response studies, whole blood and peripheral blood mononuclear cells of the study group, consisting of 4 men and 3 women with good health, stimulated by recombinant NS3. In the supernatants of the stimulated and non-stimulated cells, IFN?, IL-4, IL-10 cytokine responses are evaluated by utilizing quantitative ELISA method.The ELISA results of cytokine assays after stimulation whith NS3, indicate that significantly high IL-10 response occurs after the stimulation against the recombinant NS3 protein, whereas same response is not present for IFN? and IL-4 especially with whole blood samles.In summary, after scanning Turkish and in international literature, a HCV-genotype-1 based NS3 protein is purified for its first time, and optimization and standardization studies on the responses of cytokine are already in progress.