Peroksidaz gen markırları kullanılarak bazı karpuz çeşitlerinde genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Determination of genetic diversity in some watermelon cultivars using peroxidase gene markers
Yazar: NECİP ÖCAL
Danışman: DOÇ. DR. MİKAİL AKBULUT ; DOÇ. DR. OSMAN GÜLŞEN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Genetik varyasyon = Genetic variation ; Karpuz = Watermelon

Özet:
Türkiye dünyada ikinci büyük karpuz üreticisidir, farklı bölgelerinde kayda değer miktarda yerel çeşitler ve ekotipler mevcuttur. Bu çalışma da, Çeltik genomundan geliştirilen 12 spesifik peroksidaz gen (POX) primeri 259 karpuz hattında peroksidaz gen polimorfizmini (POGP) belirlemek için kullanılmıştır. UPGMA metodu kullanılarak yapılan kümeleme analizleri sonucu karpuz genotiplerinin türler bazında gruplandığı, grupların oluşmasında coğrafi orijinlerinin etkili olmadığı belirlenmiştir. Temel bileşenler analizi (PCA) ile de benzer sonuçlar elde edilmiştir. Genotipler arasında genetik varyasyon bakımından 3 ayrı küme belirlenmiştir. Moleküler Varyans Analizi (AMOVA) ile coğrafi gruplar arasında %38.56, grup içinde populasyonlar arasında %7.39, populasyonlar içinde %54.06 varyasyon oranı tespit edilmiştir. Populasyonlar içi farklılıklar istatistiki olarak önemli (P<0.001) bulunmuştur. Bağlantı eşitsizliği (LD) testinde genotipik olarak farklı bireylerin oluşturduğu ikinci populasyonda LD yüksek çıkmış olup, markırlar arasında sıkı bağlantı tespit edilmiştir. Aynı türden bireylerin oluşturduğu diğer üç populasyonda ise düşük LD belirlenmiştir. Çalışılan genotipler de genetik polimorfizm oranı oldukça yüksek bulunmuştur (%98.2). Elde edilen polimorfizm oranı göz önüne alındığında karpuz hatlarında genetik çeşitliliğin ve evrimsel ilişkilerin araştırılmasında peroksidaz markırlar oldukça kullanışlıdır.

Abstract:
Turkey is the second largest producer of watermelon and considerable number of local cultivars and ecotypes exist in different regions. Twelve peroxidase gene (POX) specific primers developed from rice genome were used to detect peroxidase gene polymorphism (POGP) in 259 watermelon lines. Cluster analysis indicated a species based clustering and geographical origin of the genotypes was not found to be significant in clustering. Principle component analysis (PCA) revealed similar results and created three different clusters. First three Eigen value was calculated to be 58.1 which explains the 58% of the total variation. Analysis of molecular variance (AMOVA) indicated 38.56 % variation among the groups, 7.39% variation between population and within the groups, and 54% variation within the population. Genetic polymorphism rate was found to be considerably high in the genotypes studied (98.2%). High linkage disequilibrium was determined in second population composed of diverse genotypes and high linkage was observed between markers. Linkage disequilibrium was low in other three populations containing genetically close genotypes. Considering the level of polymorphisms obtained in this study we can conclude that POGP markers could be usefull to evaluate genetic variation and evolutionary relationships in watermelon genotypes.