İdrar ve gaita örneklerinden izole edilen enterococcus faecalis ve enterococcus faecium suşlarının ısı şok proteinlerinin SDS-PAGE yöntemi ile analizi
Sds-page analysis of heat shock proteins of enterococcus faecalis and enterococcus faecium isolates from urine and feces samples
Yazar: SEVİL ATEŞ
Danışman: DOÇ. DR. İSMAİL HAKKI EKİN
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dışkı = Feces ; Elektroforez = Electrophoresis ; Elektroforez-poliakrilamid jel = Electrophoresis-polyacrylamide gel ; Enterococcus = Enterococcus ; Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; Enterococcus faecium = Enterococcus faecium ; Sıcaklık stresi = Temperature stress ; Sıcaklık şoku proteinleri = Heat shock proteins ; İdrar = Urine

Özet:
Bu çalışmada, insanlarda idrar ve gaita örneklerinden izole edilen enterokokların ısı şok proteinlerinin sentezi araştırıldı. Bu amaçla multipleks PCR tekniği ile incelenen 32 idrar örneğinden 20 (%62.5) adet, 60 gaita örneğinden de 10 (%16.6) adet olmak üzere toplam 30 adet E. faecalis identifiye edildi. İncelenen 177 idrar örneğinden 8 (%4.5) adet ve 46 gaita örneğinden de 22 (%47.8) adet olmak üzere toplam 30 adet E. faecium identifiye edildi. SDS-PAGE yöntemiile yapılan protein bant analizlerinde; E. faecalis ve E. faecium referans suşları ile ön deneme amacıyla farklı sürelerde farklı ısı uygulamaları yapılarak ısı şok poteini (HSP) sentezinin optimal olarak görülebildiği ısılar ve uygulama süreleri belirlendi. E. faecalis referans suşunun 42 C ve 45 C'lerde ayrı ayrı 30'ar dk. süre ile strese maruz bırakılması sonucunda, her iki ısı uygulaması ile 38, 68 ve 120 kDa moleküler ağırlıkta yeni ve farklı protein molekülleri sentezlediği belirlendi. E. faecium referans kültürünün ise 42 C ve 52 C'lerde ayrı ayrı 30'ar dk. süre ile strese maruz bırakılması sonucunda her iki ısı uygulaması ile 67, 73, 80 ve 120 kDa moleküler ağırlıkta yeni ve farklı protein molekülleri sentezlediği belirlendi. İncelenen 30 adet E. faecalis izolatında 30 dk süre ile uygulanan 42 C'lik ısıda 38 (%3.3), 43 (%50) ve 120 (%80) kDa'luk protein molekülleri tespit edildi. 45 C'lik ısıda da yine 38 (%6.6), 43 (%26.6) ve 120 (%66.6) kDa'luk protein molekülleri gözlendi. Aynı sayıdaki E. faecium izolatlarında ise 30 dk. süre ile uygulanan 42 C'lik ısıda sadece 3 (%10) izolatın 120 kDa'luk protein molekülü sentezlediği gözlenirken; 52 C'lik ısıda 38 (%33.3), 43 (%3.3), 56 (%3.3) ve 120 (%6.6) kDa'luk protein molekülü sentezlediği tespit edildi.

Anahtar Sözcükler: E. faecalis, E. faecium, SDS-PAGE, Isı Şok Proteini, HSP

Abstract:
In this study, the synthesis of heat shock proteins (HSP) was investigated in enterococci isolated from urine and stool samples of humans. For this purpose, a total of 30 E. faecalis isolates, 20 (62.5%) from 32 urine and 10 (16.6%) from 60 stool samples were identified by multiplex PCR technique. A total of 30 E. faecium isolates were identified as 8 (4.5%) from 177 urine and 22 (47.8%) from 46 stool samples. In protein band analysis performed on SDS-PAGE; E. faecalis and E. faecium reference strains were subjected to different heat treatments at various application times for preliminary testing to determine optimal temperatures and application times for HSP synthesis. According to the treatment of E. faecalis reference strain with 42 C and 45 C temperatures for 30 min. separately, new and different protein molecules as 38, 68 and 120 kDa molecular weight, were determined respectively. After treatment of E. faecium reference strain at 42 C and 52°C temperatures for 30 min. respectively, it synthesized new and different protein molecules at 67, 73, 80 and 120 kDa molecular weight at both heat treatments. Protein molecules of 38 (3.3%), 43 (50%) and 120 (80%) kDa were detected at 42 C in 30 E. faecalis isolates. Same protein molecules were also observed at 45°C. While only 3 E. faecium isolates synthesized 120 kDa protein at 30 min with 42°C treatment, 38, 43, 56 and 120 kDa protein molecules were observed at 52°C.

Keywords: E. faecalis, E. faecium, SDS PAGE, Heat Shock Protein, HSP