Kolşisin direnci olan ailevi akdeniz ateşi hastalarında ifadesi değişen miRNA'ların inflamasyon ve ilaç direnci ile ilişkisinin belirlenmesi
Investigation of the differentially expressed mirnas in terms of their role in inflammation and drug resistance in colchicine resistant familial mediterranean fever patients
Yazar: BİLGESU ŞAFAK ÖZDEMİR
Danışman: PROF. DR. BANU PEYNİRCİOĞLU
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Ailesel akdeniz ateşi = Familial mediterranean fever ; Kolşisin = Colchicine ; Mikro RNA = Micro RNA ; RNA = RNA ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İnflamasyon = Inflammation

Özet:
Ailevi Akdeniz ateşi klinik heterojenitenin görüldüğü monogenik bir sistemik otoinflamatuvar hastalıktır. Ailevi Akdeniz ateşinde en yaygın tedavi yöntemi günlük kolşisin kullanımıdır. Fakat hastaların %2-5'lik kısmında kolşisin direnci görülmektedir. İlaç direncinin gelişiminde epigenetik mekanizmaların özellikle kodlamayan RNA'lardan mikroRNA'ların rol oynadığına dair çalışmalar mevcuttur. Bu sebeple kolşisin dirençli hastalarda ifadesi değişen mikroRNA'ların ilaç direnci ve inflamasyon ile muhtemel ilişkisinin değerlendirilmesi gerektiği düşünülmüştür. Grubumuz tarafından daha önce gerçekleştirilen miRNA 4.0 array ile mikroRNA ifade analizi yeniden değerlendirilmiş; kolşisin dirençli ve duyarlı hasta grupları arasında ifadesi en az 2 kat değişen 25 mikroRNA bulunmuştur. Bu mikroRNA'lardan ilaç direnci ile yüksek oranda ilişkili bulunanlar hasta grubunda kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile valide edilmiş, miR-183-5p ve miR-15b-5p'nin ifadesinin kolşisin dirençli hastalarda anlamlı şekilde azaldığı, miR-125a-5p'nin ifadesinin anlamlı olmayan bir azalış gösterdiği bulunmuştur. Biyoinformatik araçlar kullanılarak hem inflamasyon hem de ilaç direnci ile ilişkili genlerin listesi oluşturmuş, kolşisin dirençli hastalarda anlamlı azalış gösteren mikroRNA'ların ilaç direnci ve inflamasyonla ilişkili olası hedef genleri belirlenmiştir. Genlerin ifade analizi için yapılan kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu deneylerinde, kolşisin dirençli hastalarda azaldığı görülen mikroRNA'ların olası hedef genleri olarak seçilen NR3C1 ve NFKB1'in ifadesinin, aynı hasta grubunda arttığı gösterilmiştir. Grubumuzun önceki projeleri sırasında oluşturulmuş kolşisin dirençli hücre hattında da aynı mikroRNA'ların ve hedef genlerinin hasta grubuyla benzer değişim gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma sonucunda belirlenen ifadesi değişen mikroRNA'ların, ileride kolşisin direncinin erken tanısı için biyobelirteç olma potansiyeli taşıdığı düşünülmektedir.

Anahtar kelimeler: AAA, kolşisin direnci, mikroRNA

Abstract:
Familial Mediterranean fever (FMF) is a monogenic systemic autoinflammatory disease that clinical heterogeneity observed. The most common treatment method for familial Mediterranean fever is daily colchicine usage. However, in 2-5% of patients, colchicine resistance is observed. It is thought that epigenetic factors may play a role in the development of it. There are studies showing that epigenetic mechanisms, especially microRNAs from non-coding RNAs, play a role in the development of drug resistance. For this reason, it was thought that the possible relationship of microRNAs whose expression is changed in colchicine resistant patients with drug resistance and inflammation should be evaluated. The miRNA 4.0 array and miRNA expression analysis previously performed by our group was reevaluated within the scope of the thesis; 25 miRNAs with at least 2-fold expression change were found between the colchicine resistant patient group and the colchicine sensitive patient group. From these miRNA's the ones that are highly associated with drug resistance were validated by qRT-PCR in the patient group, miR-15b-5p and miR-183-5p found significantly decreased in colchicine resistant patients while the expression of miR-125a-5p was found to decrease insignificantly. Using bioinformatics tools, a list of genes associated with both inflammation and drug resistance was created, and possible target genes of microRNAs associated with drug resistance and inflammation were determined. It was shown that the expression of selected possible target genes NR3C1 and NFKB1 was increased in the same patient group in correlation with miRNAs. In the colchicine resistant cell line created during previous projects of our group, it was shown that expression of selected miRNAs and target genes showed a similar change with the patient group. The miRNAs whose expression is changed in colchicine resistant patients determined by this study have the potential to be a biomarker for the early diagnosis of colchicine resistance in the future.

Keywords: FMF, drug resistance, colchicine, microRNA