Çocukluk çağı obezitesinde HIF3A ve IL-6 genleri ile miR-130b ve miR-146b'deki epigenetik değişikliklerin incelenmesi
Investigation of epigenetic changes in hif3a and il-6 genes with mir-130B and MİR-146b in childhood obesity
Yazar: ESRA TEKCAN
Danışman: PROF. DR. NURTEN KARA
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıkları = Endocrinology and Metabolic Diseases ; Genetik = Genetics ; Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: DNA = DNA ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Epigenetik = Epigenetic ; HIF = HIF ; Mikro RNA = Micro RNA ; Obezite = Obesity ; Çocuk obezitesi = Pediatric obesity ; Çocukluk dönemi = Childhood ; İnterlökin 6 = Interleukin 6

Özet:
Amaç:   Çalışmamızda, obez ve kontrol grubunu oluşturan çocuklar arasında, HIF3A ve IL-6 genleri promotör bölgelerinde, obeziteye neden olabilecek metilasyon farklılıklarının gözlenmesi ve hsa-miR-130b ve hsa-miR-146b'nin ekspresyon düzeylerinin karşılaştırılması hedeflenmiştir.
Materyal ve Metot: Obezite tanısı konulan 49 obez ( obez n=49) çocuk ile 49 sağlıklı kontrol (n=49) çocuktan oluşan iki grup oluşturuldu. Tüm örneklerin periferik kan lökositlerinden elde edilen genomik DNA'larındaki IL-6 ve HIF3A genlerinin promotor metilasyon profilleri metilasyona spesifik PCR yöntemiyle analiz edildi. On beş obez çocukta hsa-miR-130b ve hsa-miR-146b'nin ekspresyon düzeylerini belirlemek için kantitatif real-time PZR yöntemi kullanıldı.
Bulgular: Obez çocuklarda IL-6 geni promotör bölgesi için metilasyon sıklığı % 93,9 (46/49) kontrol grubunda metilasyon sıklığı % 100 (49/49) olarak bulundu. HIF3A geninde ise obez ve kontrol grubuna ait DNA örneklerinde metilasyon gözlenmedi. Obez ve kontrol grubu arasında IL-6 ve HIF3A geni metilasyon düzeyleri karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmadı (p>0.05). Obez grubunda hsa-miR-130b ve hsa-miR-146b'de ekspresyon düzeyleri sağlıklı kontrol gruba göre yüksek bulundu (sırasıyla p<0.01, p<0.001).
Sonuç: Obez grupta IL-6 ve HIF3A genlerinde kontrole göre metilasyon farklılığı bulunmamıştır. Buna karşın obez grupta kontrole göre hsa-miR-130b ile hsa-miR-146b'nin ekspresyon seviyelerinde anlamlı artış gözlenmiştir. Bunlar obezitenin tedavi ve önlenmesinde kullanılabilecek biyobelirteçler olabilir. Bu biyobelirteçlerin analizinin periferik kan örneklerinden yapılması kolay uygulanabilecek bir yöntemdir.
Anahtar Kelimeler: Obezite; Epigenetik; DNA Metilasyonu; MikroRNA

                                            Esra TEKCAN, Doktora Tezi

Ondokuz Mayıs Üniversitesi - Samsun, Ocak- 2020

Abstract:
Aim: In our study, it was aimed to investigate the methylation differences in the promotor regions of HIF3A and IL-6 genes that may cause obesity and to compare the expression levels of hsa-miR-130b and hsa-miR-146b between the obese and control groups.
Material and Method: The study group consisted of 49 children diagnosed with obese and 48 healthy, non obese controls. Promoter  methylation of HIF3A and IL-6 was analyzed by methylation-specific PCR. Expression levels of hsa-miR-130b and hsa-miR-146b in 15 obese children and healthy control were determined by quantitative Real Time PCR.
Results: Methylation of IL-6  gene in obese children was 93.9%  (46/49) and  100% (49/49) in control group. There was no methylation of HIF3A gene in obese and control groups. No statistically significant difference was found between the obese and control groups when the promoter region methylations for IL-6 and HIF3A genes were compared (p>0.05). Expression levels in hsa-miR-130b and hsa-miR-146b were higher in the obese group than in the control group ( p<0.01, p<0.001, respectively).
Conclusion: There was no difference in methylation of IL-6 and HIF3A genes in obese group compared to control group. However, there was a significant increase in the expression levels of hsa-miR-130b and hsa-miR-146b in the obese group. These may be biomarkers that can be used in the treatment and prevention of obesity. Analysis of these biomarkers from peripheral blood samples may be an easy method.
Keywords: Obesity, Epigenetic; DNA Methylation; MicroRNA







Esra TEKCAN, Ph. D. Thesis

Ondokuz Mayıs University - Samsun, January-2020