Bağırsak biyopsi örneklerinde CMV DNA pozitifliğinin tanısal değerinin retrospektif araştırılması
Retrospective investigation of the diagnostic value of CMV DNA positivity in intestinal biopsy specimens
Yazar: SEMA ESEN BOYACI
Danışman: DOÇ. DR. İMRAN SAĞLIK
Bursa Uludağ Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Biyopsi = Biopsy ; HIV = HIV ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; Sitomegalovirüs = Cytomegalovirus ; Sitomegalovirüs enfeksiyonları = Cytomegalovirus infections ; Teşhis = Diagnosis ; İntestinal hastalıklar = Intestinal diseases

Özet:
Sitomegalovirüs (Cytomegalovirus: CMV) primer enfeksiyon sonrasında latent kalarak kök hücre ve solid organ alıcıları, Human immunodeficiency virus (HIV)'le enfekte kişiler, hematolojik malignitesi olanlar ve inflamatuvar bağırsak hastalığı olanlarda sekonder enfeksiyonlara sebep olmaktadır. Hastalık pnömoni, retinit, kolit şeklinde görülebilir. CMV koliti tanısında dokuda CMV'nin gösterilmesi önerilmektedir. Çalışmamızın amacı, CMV koliti şüpheli hastaların bağırsak biyopsilerinde CMV DNA tespitinin tanısal değerini incelemektir.
Bursa Uludağ Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Ocak 2019 – Mart 2022 tarihleri arasında CMV koliti şüphesiyle gönderilmiş biyopsi örnekleri retrospektif olarak incelendi. Eş zamanlı olarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemiyle bağırsak dokusunda CMV DNA araştırılan ve Tıbbi Patoloji Laboratuvarı'nda immünohistokimya (İHK) yöntemiyle CMV aranan 96 örnek çalışmaya dahil edildi. İHK incelemesi altın standart kabul edilerek dokuda ve kanda tespit edilen CMV DNA'nın tanıdaki yeri araştırıldı. 
Örneklerin 81'i ülseratif kolit (ÜK), altısı kök hücre ve solid organ nakli, dördü hematolojik malignite, ikisi Crohn, biri kronik böbrek yetmezliği, biri Behçet, biri diyabetes mellitus tanılı hastalara ait idi. İHK yöntemiyle 10, PZR yöntemiyle ise 61 dokuda, ayrıca CMV DNA araştırılan 43 plazmanın 25'inde pozitiflik saptandı. En büyük grubu oluşturan ÜK hastalarına istatistiksel analizler uygulandı. İHK incelemesine göre plazma CMV DNA'nın duyarlılığı %100, özgüllüğü %48,64, pozitif prediktif değeri (PPD) %24, negatif prediktif değeri (NPD) %100 olarak bulunurken; doku CMV DNA'nın duyarlılığı %100, özgüllüğü %41,9, PPD'si %15,68, NPD'si %90,12 olarak saptandı. ROC analiziyle dokuda 392 kopya/mg, plazmada 578 kopya/ml üzeri değerlerin tanı için yol gösterici olduğu belirlendi.
Doku ve kan örneklerinde CMV DNA PZR testinin yüksek duyarlılık ve düşük özgüllükte olduğu görülmüştür. Dokuda CMV DNA kantitasyonu için standardize yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır.

Abstract:
Cytomegalovirus remains latent after primary infection, causing secondary infections in stem cell and solid organ recipients, Human immunodeficiency virüs (HIV) infected individuals, those with hematological malignancies, and those with inflammatory bowel disease. The disease can be seen in pneumonia, retinitis, and colitis. Pathological detection of CMV in tissue is recommended for diagnosing CMV colitis. Our study aims to examine the diagnostic value of CMV DNA detection in intestinal biopsies of patients with suspected CMV colitis.
Biopsy samples sent to Bursa Uludağ University Health Center Medical Microbiology Laboratory between January 2019 and March 2022 with the suspicion of CMV colitis were analyzed retrospectively in this study. Simultaneously, 96 samples which CMV DNA was investigated in intestinal tissue by polimerase chain reaction (PCR) method, and CMV was searched by immunohistochemistry (IHC) method in the Medical Pathology Laboratory were included in the study. IHC examination was accepted as the gold standard, and the place of CMV DNA detected in tissue and blood in the diagnosis was investigated.
Of the samples, 81 belonged to patients with ulcerative colitis (UC), six with stem cell and solid organ transplants, four with hematological malignancies, two with Crohn's, one with chronic renal failure, one with Behçet's, and one with diabetes mellitus. Statistical analyses were performed for the UC patients' data, which constitute the largest group. Positivity was detected in 10 tissues by IHC method, in 61 tissues by PCR method, and in 25 of 43 plasmas for which CMV DNA was investigated. Based on the IHC examination, the sensitivity of plasma CMV DNA was 100%, the specificity was 48.64%, the positive predictive value (PPD) was 24%, and the negative predictive value (NPD) was 100%. The sensitivity of tıssue CMV DNA method was 100%, specificity was 41.9%, PPD was 15.68%, and NPV was 90.12%. With ROC analysis, values above 392 copies/mg in tissue and 578 copies/ml in plasma were found as important clues for diagnosis. 
It was observed that the CMV DNA PCR test in tissue and blood samples has high sensitivity and low specificity. Standardized methods are needed for the quantification of CMV DNA in tissue.