Jantinobacterium sp. suşlarının viyolasin pigmentlerinin antiviral,  antimikrobiyal ve antibiyofilm özelliklerinin araştırılması
Investigation of antiviral, antimicrobial and antibiofilm activities of violacein pigments from Jantinobacterium sp.
Yazar: MERVE AYŞE DOĞANCI
Danışman: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antimikrobiyal aktivite = Antimicrobial activity ; Antiviral ajanlar = Antiviral agents ; Biyofilmler = Biofilms ; Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; HIV I = HIV I ; Human immunodeficiency virus =   ; SARS virüsü = SARS virus

Özet:
Bu çalışmada Jantinobacterium sp. GMG-1 ve Jantinobacterium sp. GK bakterilerinin doğal metaboliti olan Viyolasin pigmenti kaba ekstrelerinin antimikrobiyal, antiviral ve biyofilm oluşum inhibisyonu etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla antimikrobiyal analizler için CLSI (Clinical Laboratuvary Standards Instute) mikrodilüsyon yöntemi kullanılırken, antiviral analizler için HIV-1 RT inhibisyonu ve SARS-CoV-2 Spike S1: ACE2 Biyotin inhibisyon kitleri kullanıldı. Ayrıca biyofilm oluşumu inhibisyonunun araştırılmasında Gram pozitif bir bakteri olan Enterococcus faecalis 74, E. faecalis 29212 ve E. faecalis OG1RF suşları kullanıldı. GMG-1 ve GK kaba Viyolasin ekstraktları, saf Viyolasin ve Deoksiviyolasin'in, sırasıyla 0,8 mg/ml - 0,1 mg/ml, 2-0,05 mM ve 1,5-0,5 mM konsantrasyon aralıklarında, HIV-1 RT inhibisyon oranlarında ve Spike S1: ACE2 üzerinde konsantrasyona bağlı olarak inhibisyon oranında artışa neden oldu. Ayrıca GMG-1 ve GK kaba Viyolasin ekstraktlarının (0,8- 0,1 mg/ml) E. faecalis biyofilm oluşumunu doz artışına bağlı olarak inhibe ettiği gözlendi. Sonuç olarak bu çalışma, Jantinobacterium'a ait GMG-1 ve GK suşlarından elde edilen Viyolasin'in antimikrobiyal, antiviral etkinliği olduğunu ve biyofilm oluşumunu engellediğini göstermektedir.

Abstract:
In this study, it was aimed to investigate the antimicrobial, antiviral and biofilm formation inhibition effects of Violacein pigments crude extracts, which is the natural metabolite of Jantinobacterium sp. GMG-1 and Jantinobacterium sp. GK. For this purpose, CLSI (Clinical Laboratory Standards Institute) microdilution method was used for antimicrobial analyses, while HIV-1 RT inhibition and SARS-CoV 2 Spike S1: ACE2 Biotin inhibition kits were used for antiviral analyses. In addition, the Gram positive bacteria Enterococcus faecalis 74, E. faecalis 29212 and E. faecalis OG1RF strains were used to investigate the inhibition of biofilm formation. GMG-1 and GK crude Violacein extracts, pure Violacein and Deoxyviolacein in the concentration ranges of 0.8 mg/ml - 0.1 mg/ml, 2-0.05 Mm, 1.5-0.5 mM respectively, caused concentration dependent increase in inhibition on HIV-1 RT and Spike S1: ACE2. Also, it was observed that GMG-1 and GK crude violacein extracts (0.8-0.1 mg/ml) inhibited biofilm formation of E. faecalis depending on the dose increase. In conclusion, this study suggests that Violacein obtained from GMG-1 and GK strains of Jantinobacterium has antimicrobial and antiviral activity and prevents biofilm formation.