Kedi ve köpeklerde giardiasis ve moleküler teşhisi
Giardiasis and moleculer diagnosis in cats and dogs
Yazar: BEYZANUR SATAŞMAZ
Danışman: DOÇ. DR. ARİF ÇİLOĞLU
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Parazitoloji = Parasitology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu çalışmada, Nevşehir yöresinde çeşitli şikayetler ile özel veteriner kliniklerine getirilen sahipli kedi ve köpeklerde, Giardia duodenalis'in moleküler prevalansının araştırılması, genetik karakterizasyonlarının sağlanması, filogenetik yapılanmalarının belirlenmesi ve moleküler epidemiyolojik veriler kapsamında kedi ve köpeklerin halk sağlığı yönünden risk faktörlerinin ortaya konması amaçlanmıştır. Bu amaçla 2023 yılında Nevşehir yöresinde farklı yaş ve cinsiyetteki sahipli 100 kedi ve 100 köpekten tekniğine uygun olarak toplam 200 adet dışkı örneği toplanmıştır. Takiben toplanan dışkı örneklerinden genomik DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve sonrasında elde edilen genomik DNA izolatları, β-giardin gen bölgesini amplifiye eden spesifik primerlerle nested PCR analizine tabi tutulmuştur. PCR analizleri sonucu ikisi kedi ve biri köpek olmak üzere toplam üç (%1,5) örnek G. duodenalis DNA'sı yönünden pozitif belirlenmiştir. Pozitif belirlenen amplikonlar, jel pürifikasyon işlemlerinden sonra 2. PCR primerleri ile sekans analizlerine tabi tutulmuş ve hedef gen bölgesi dizilimleri elde edilmiştir. Nükleotid dizileri belirlenen izolatların üç farklı genotip olarak gruplandığı tespit edilmiş ve GenBank veri tabanı kayıtları gerçekleştirilmiştir (PQ514072-4). Elde edilen izolatların Dünya'daki diğer G. duodenalis izolatları ile çoklu hizalamaları yapılarak filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. Yapılan çoklu hizalama ve filogenetik analizler sonucunda sahipli kedilerden elde edilen izolatların zoonotik Assemblage B ile Assemblage C ve sahipli köpekten elde edilen izolatın Assemblage D'de yer aldığı tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu tez çalışması ile Nevşehir yöresinde sahipli kedi ve köpeklerde ilk kez G. duodenalis'in moleküler karakterizasyonu yapılmış, filogenetik yapılanmaları belirlenmiş ve G. duodenalis'in zoonotik genotipleri temelinde sahipli kedi ve köpeklerin halk sağlığı yönünden oluşturabileceği risk potansiyelleri ortaya konmuştur.
Anahtar kelimeler: Assemblage; β-giardin; Giardia duodenalis; Nevşehir; PCR.

Abstract:
This study aimed to investigate the molecular prevalence of Giardia duodenalis in owned cats and dogs presented to private veterinary clinics in the Nevşehir region with various clinical complaints. The objectives included determining the genetic characterization and phylogenetic relationships of the isolates and evaluating the potential public health risks posed by cats and dogs in the context of molecular epidemiological data. For this purpose, 200 fecal samples were collected in 2023 from 100 owned cats and 100 owned dogs of different ages and sexes in the Nevşehir region. Fecal samples were collected in accordance with proper sampling techniques. Genomic DNA was subsequently isolated from the fecal samples. The extracted DNA was then subjected to nested PCR using specific primers targeting the β-giardin gene region. PCR analysis identified G. duodenalis DNA in three samples (1.5%): two from cats and one from a dog. Positive amplicons were purified using gel purification and sequenced with second-round PCR primers to obtain nucleotide sequences. Sequence analysis revealed three distinct genotypes among the isolates. These genotypes were submitted to the GenBank database with accession numbers PQ514072-4. Phylogenetic analyses were performed by aligning the sequences with those of other G. duodenalis isolates globally. Multiple sequence alignment and phylogenetic tree construction indicated that the isolates obtained from cats belonged to zoonotic Assemblage B and Assemblage C, whereas the isolate from the dog was classified as Assemblage D. This study represents the first molecular characterization and phylogenetic analysis of G. duodenalis in owned cats and dogs in the Nevşehir region. It highlights the potential public health risks posed by owned cats and dogs based on the zoonotic genotypes of the pathogen.
Key words: Assemblage; β-giardin; Giardia duodenalis; Nevşehir; PCR.