Hepatit B virüsünün kesim enzimleri kullanılarak tiplendirilmesi
Determine genotypes of the hepatitis B virus using restriction fragment lenght polymorphism(RFLP)
Yazar: AZİZ AKSOY
Danışman: DOÇ. DR. AYKUT ÖZDARENDERELİ
Fırat Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2005
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
1. ÖZET Hepatit B virüsü (HBV), dünyada en fazla yaygın olan enfeksiyon etkenlerinden birisidir. Dünyada ortalama 350 milyon kronik hepatit B virüs taşıyıcısı olduğu tahmin edilmektedir. Hepatit B virüsünün tam genom nükleotid dizisi baz olarak alındığında %8'lik veya daha fazla nükleotid farklılıklarına göre HBV'nin 8 genotipi (A-H) bulunmaktadır. Farklı HBV genotipleri hastalığın klinik durumunu etkileyebilmektedir. Restriksiyon enzimleri kullanarak yapılan enzim kesim deneyleri (RFLP) HBV genotiplendirilmesinde kullanılmaktadır. Hepatit B virüsü S gen dizisi kullanılarak yapılan genotiplendirme ile tam genom belirlenerek yapılan tiplendirme sonuçları arasında uyum vardır. Bu çalışmada, HBV DNA pozitif 127 hastada, RFLP yöntemi ile virüsün genotiplendirilmesi amaçlandı. Semi-nested polimeraz zincir reaksiyonuyla (PZR) çoğaltılan spesifik S gen bölgesi RFLP ile analiz edildi. HBV S geninin genotip spesifik bölgelerinde bulunan Alwl, Earl, Hphl, Neil, and NlalW enzim kesim bölgeleri kullanıldı. RFLP sonuçları 127 örneğin tamamında genotip D'nin varlığını ortaya koydu. Bu sonuçlar, bölgemizdeki Hepatit B hastalarında dominant olarak genotip D'nin bulunduğunu ve HBV genotiplendirmede kullanılan RFLP yönteminin kolay ve yapılabilir olduğunu göstermektedir. Anahtar Kelimeler; Hepatit B virüsü, PZR, RFLP, HBV genotipleri.

Abstract:
2. ABSTRACT Hepatitis B is one of the most common infectious diseases in the world. It has teen estimated that 350 million people world-wide are chronic hepatitis B virus (HBV) carriers. Hepatitis B virus (HBV) has been classified into 8 genotypes (A~H) based on an intergroup divergence of 8% or more in the complete nucleotide. Different genotypes of the hepatitis B virus may influence the clinical outcome of the disease. The Hepatitis B virus genotyping method using restriction fragment length polymorphism (RFLP) can reliably identify genotypes. HBV genotyping with the S gene sequence is consistent with genetic analysis using the foil genomic sequence. The aim of this study was to determine genotypes of the Hepatitis B virus using restriction fragment length polymorphism (RFLP) in the region of Elazig. A total of 127 HBV DNA positive patients were included in this study. Semi-nested PCR was performed to amplify a spesific part of S gene of HBV. Then, the PCR products were used for RFLP assay. After alignment of the S sequences, genotype specific regions are identified and digested by the restriction enzymes, Alwl, Earl, Hphl, Neil, and NlaN. The RFLP assay indicated that genotype D was the only detected type found in 127 samples. In conclusion, genotype D is the predominant type among hepatitis B patients in our region. This simple and easy HBV genotyping system using RFLP is considered to be useful for research on genotyping of HBV. Key Words: Hepatitis B virus, PCR, RFLP, genotypes of HBV.