Mastitis izolatı stafilokok suşlarında vankomisin dirençliliğinin fenotipik ve genotipik olarak araştırılması
The phenotypic and genotypic investigation of vancomycine resistance among mastitis isolates of staphylococci
Yazar: MEHMET ONUR GÖKDAĞ
Danışman: DOÇ. DR. ALPER ÇİFTCİ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Mastit = Mastitis ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Staphylococcus = Staphylococcus ; Vankomisin = Vancomycin ; Virülans = Virulence ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Bu çalışmada mastitis izolatı stafilokok suşlarında vankomisin dirençliliğinin, diğer bazı antibiyotiklere dirençliliğinin ve bazı virülens faktörlerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır.
Materyal ve metot: Çalışma kapsamında 100 adet stafilokok izolatı incelendi. İzolatlar PCR ile identifiye edildi. Tüm izolatların okzasilin, vankomisin, teikoplanin, trimetoprim-sulfometaksazol, tetrasiklin, penisilin G, sefaperazon ve amoksisilin-klavulonik asite karşı antibiyotik dirençlilikleri Kirby bauer disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Vankomisin dirençli izolatların Minimal İnhibe Edici Konsantrasyonları (MİK)'nın belirlenmesi broth mikro dilüsyon tekniği ile gerçekleştirildi. Vankomisin direnç genotipleri PCR ile belirlendi. Vankomisin dirençli izolatların filogenetik yakınlıkları RAPD-PCR ile araştırıldı. Staphylococcus aureus izolatlarında virülenste rol oynadığı bilinen coa ve spa genlerinin polimorfizmleri PCR ile araştırıldı.
Bulgular: İzolatların 73 adeti S. aureus ve 27 adedi de Staphylococcus spp. olarak identifiye edildi. İzolatların 9, 5, 5, 7, 6, 4, 11 ve 17 adedi sırasıyla 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 ve 1 antibiyotiğe karşı dirençli olduğu belirlendi. Otuzaltı adet izolatın tüm antibiyotiklere duyarlı olduğu saptandı. Staphylococcus spp. izolatlarında vankomisin direnci bulunmazken, 9 adet S.aureus izolatında vankomisin direnci belirlendi. Vankomisin dirençli izolatların 2 adetinin 64 μg/ml ve 7 adetinin de 32 μg/ml oranında vankomisine dirençli olduğu saptandı. İki adet izolatın vanA ve 3 adetinin de vanR genini içerdikleri saptandı. Dört adet izolatta ise incelenen direnç genleri belirlenemedi. Vankomisin dirençli suşların %51-75 oranında benzerlik gösteren 9 adet tekli genotip gösterdikleri belirlendi. S. aureus izolatlarından 48 adeti 9 farklı profilde coa polimorfizmi gösterdi. Otuzbeş izolatın ise coa geni içermediği belirlendi. İncelenen 73 adet izolatın spa geni içerdiği ve 4 farklı profilde oldukları saptandı.
Sonuç: Mastitis kökenli stafilokok suşlarında vankomisin direncinin belirlendi ve bu suşları içeren sütlerin ve süt ürünlerinin halk sağlığı yönünden bir risk teşkil ettiği kanısına varıldı.

Abstract:
Aim: This study was aimed to determine the vancomycin resistances, antibacterial resistance profiles and some virulence genes pheno- and genotypically among staphylococci from mastitis.
Material ve methods: A total of 100 staphylococal isolates which are available in our culture collection were investigated. The isolates were identified by PCR. The antibacterial resistances of the isolates against oxacillin, vancomycin, teicoplanine, trimetophrim-sulfometaxazole, tetracycline, penicilline G, cefaperazone and amoxicillin-clavulanic acide were determined by Kirby Bauer disc diffusion method. The Minimal Inhibitory Concentration (MIC) of vancomycin for phenotypically vancomycin resistant isolates were investigated by broth micro dilution technique. The vancomycin resistance genotypes were determined by PCR. The phylogenetic relation among vancomycin resistant isolates were determined by RAPD-PCR. coa and spa polymorphisms of Staphylococcus aureus isolates were determined by PCR.
Results: Seventy-three and 27 of the isolates were identified as S.aureus and Staphylococcus spp., respectively. The 9, 5, 5, 7, 6, 4, 11 and 17 isolates were determined as resistant to 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 and 1 antibiotics, respectively. Thirty-six isolates were found as sensitive to all antibiotics. Nine S.aureus isolates were found as vancomycin resistant. Among these isolates, the MIC of vancomycin for 2 isolates were 64 μg/ml and for 7 isolates MIC values were 32 μg/ml. Two and 3 of the isolates carried vanA and vanR genes, respectively. Four of the isolates did not carry any investigated van genes. The phylogenetic relations of the vancomycin resistant isolates were calculated as 51-75% and showed 9 unique genotypes. Forty-eight of the isolates showed polymorphism in coa gene and had 9 different coa profiles. All the investigated isolates carried spa gene and showed 4 different profiles.
Conclusion: In a study, determining the vancomycine resistant isolates from mastitis isolates of staphylococci were showed that the milks and milk products which carry vancomycine resistant staphylococci possess a risk for public health.