Rekombinant olarak escherichia coli içerisinde aktif ten-eleven translokasyon enzimi ifadesi ve saflaştırılması
Expression and purification of recombinant active ten-eleven translocation enzyme in escherichia coli
Yazar: ALİ PAMUK
Danışman: DOÇ. DR. HÜLYA ÇİÇEK
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: DNA = DNA ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Epigenez-genetik = Epigenesis-genetic ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Gen ifadesi = Gene expression ; Rekombinasyon-genetik = Recombination-genetic ; Sitozin = Cytosine ; Translokasyon = Translocation

Özet:
Son yıllarda epigenetik üzerine yapılan araştırmaların artması ve genetiğin açıklamakta yetersiz kaldığı konuların epigenetik ile ifade edilebilmesi, epigenetik mekanizmaların ortaya çıkarılmasını zorunlu kılmıştır. Yapılan epigenetik çalışmalar sonucunda, epigenetik mekanizmaların bozulmasının birçok nörodejeneratif hastalık ve özellikle kanser ile ilişkili olduğu ortaya çıkmıştır. En bilinen epigenetik mekanizmaların başında DNA metilasyonu gelmektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda DNA demetilasyonunda görevli TET (ten-eleven translokasyon) adı verilen protein ailesinin varlığı ortaya çıkarılmıştır. Bu proteinlerin DNA metilasyonunu aktif olarak geri çevirmesi yanında oluşturduğu metilsitozin türevleri aracılığıyla epigenetik kontrol mekanizmasını önemli bir şekilde etkilediği gösterilmiştir. Ancak TET proteinlerinin oldukça kompleks olan epigenetik değişikliklere etki mekanizması hala aydınlatılamamıştır. Proteinlerin kinetik davranışının bu etki mekanizmalarından biri olabileceği düşünülmektedir. Bu noktada ihtiyaç duyulan en önemli araçlardan biri, TET proteinlerinin detaylı kinetik ve mekanistik çalışmalar için çok miktarda aktif olarak eldesidir. Bu çalışmamızda TET1 proteini katalitik bölgesinin rekombinant olarak E.coli bakterisi içerisinde eldesi ve aktif şekilde saflaştırılması amaçlanmıştır.

Abstract:
Increasing research on epigenetics in recent years and the inability to explain some of the subjects with genetically, have necessitated the uncovering of epigenetic mechanisms. As a result of the epigenetic studies made, it has been found that the deterioration of the epigenetic mechanisms is associated with many neurodegenerative diseases and especially cancer. DNA methylation is one of the most common epigenetic mechanisms. In recent years, studies have revealed the existence of a protein family called TET (ten-eleven translocation), which is responsible for DNA demethylation. These proteins have been shown to actively reverse DNA methylation and to significantly affect the epigenetic control mechanism through the methylcytosine derivatives they form. However, the mechanism of the TET proteins on the highly complex epigenetic changes is still unclear. The kinetic behavior of proteins is thought to be one of these mechanisms of action. One of the most important thing needed at this point is the production of active TET proteins in a large amount in order to study kinetic and mechanistic of TET proteins. In this study, it was aimed to purify the catalytic domain of TET1 protein recombinantly and actively in E. Coli bacteria.