Çeşitli gıda örneklerinden izole edilen Enterobacter sakazakii'nin biyofilm oluşumunun araştırılması
Investigation of biofilm formation by Enterobacter sakazakii isolated from different food samples
Yazar: GEDİF MESERET ABEBE
Danışman: PROF. DR. NİHAL YÜCEL
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Biyofilmler = Biofilms ; Enterobacter sakazakii = Enterobacter sakazakii ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Kıyma = Ground meat ; Peynirler = Cheeses

Özet:
Bu çalışmada, Ankara ilinde tüketime sunulan 100 gıda örneği (50 peynir ve 50 kıyma) kullanılarak Enterobacteriaceae familyasına ait bakterilerinve Enterobacter sakazakii?nin varlığı araştırılmıştır. İncelediğimiz 50 peynir örneğinden 69 (%62,7), 50 kıyma örneğinden de 41 (%37,3) olmak üzere toplam 110 Enterobacteriaceae üyesi elde edilmiştir. Bu gıda örneklerinden izole edilen Enterobacteriaceae familyasına ait izolatlara ve E. sakazakii izolatlarına mikroplate, congo red agar ve tüp yöntemleri uygulanarak biyofilm oluşumu ayrıca Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi uygulanarak da antibiyotik dirençlilikleri araştırılmıştır. Peynir örneklerinden izole edilen Enterobacteriaceae üyesi 69 izolatın; 20?si (%29) Klebsiella spp., 17?si (%24,64) Escherichia spp.,15?i (%21,74) Hafnia spp., 5?i (%7,25) Enterobacter spp., 5?i (%21,74) Providencia spp., 2?si (%2,9) Serratia spp., 2?si (%2,9) Pantoea spp., 1?i (%1,45) Shigella spp., 1?i (%1,45) Kluyvera spp., 1?i (%1,45) Yokenella spp. olarak tanımlanmıştır. Yine kıyma örneklerinden izole edilen Enterobacteriaceae üyesi 41 izolatın; 7?si (%17,1) Enterobacter spp., 7?si (%17,1) Pantoea spp., 6?sı (%14,6) Providencia spp., 4?ü (%9,8) Klebsiella spp., 4?ü (%9,8) Escherichia spp., 4?ü (%9,8) Hafnia spp.,3?ü (%7,3) Serratia spp.,3?ü (%7,3) Citrobacter spp., 2?si (%4,9) Kluyvera spp.,1?i (%2,4) Leclercia spp. olarak tanımlanmıştır. Bu örneklerden izole edilen Enterobacter spp. (Enterobacter sakazakii, Enterobacter cloceae, Enterobacter carcenogenus, Enterobacter aerogenus) izolatlarının proteolitik, lipolitik, DNaz, jelatinaz ve hemoliz aktivitesi araştırılmıştır. Toplam 12 Enterobacter spp. izolatının 7?sinde (%58,3) proteolitik, 9?unda (%75) lipolitik, 8?inde (%66,7) DNaz, 8?inde (%66,7) hemolitik ve 1?inde (%8,3) jelatinaz enzim aktivitesi pozitif sonuç vermiştir. 
E. sakazakii izolatlarının, Mikroplate kullanılarak yapılan biyofilm değerlendirmesinde; Tryptic Soy Broth (TSB)?da 24 saat inkübasyon sonrası izolatların %50?si kuvvetli biyofilm oluştururken, 48 saat inkübasyondan sonra %35,7?sinin kuvvetli biyofilm oluşumu gösterdiği tespit edilmiştir. Aynı izolatların, %2 glikoz içeren TSB?de 24 saat inkübasyon sonrası %100 kuvvetli biyofilm oluşumu gösterdiği, 48 saat inkübasyon sonrası ise %78,5 oranında kuvvetli derecede biyofilm oluşturduğu gözlenmiştir. Kongo kırmızılı agar besiyeri kullanılarak yapılan değerlendirmede ise; E. sakazakii izolatlarının 13?ünde (%92,9) kuvvetli biyofilm oluşumu gözlenmiştir. Standart tüp yöntemi kullanılarak yapılan değerlendirmede ise; %2 glikoz içeren TSB?de 24 saat inkübasyon sonrasında E. sakazakii izolatlarının 11?inde (%78,6) kuvvetli biyofilm oluşumu gözlenirken, glikoz içermeyen ortamda 24 saat inkübasyondan sonra 10?u (%71,42) kuvvetli biyofilm oluşturmuştur. 

İzole edilen 64 Enterobacteriaceae familyası izolatının; %75?i kanamisine, %78,1?i streptomisine, %53,1?i ampisiline, %45,3?ü amikasine, %39?u tetrasikline, %35,9?u tobramisine, %14?ü kloramfenikole, %12,5?i nalidiksik asite, %9,4?ü imipeneme, %7,8?i gentamisine, %6,3?ü trimethoprim-sülfametoksazole dirençli bulunmuştur.

Abstract:
In this study a total of 100 food samples (50 cheese and 50 minced meat) presented for consumption in different markets of Ankara were used as material. From 50 cheese samples, a total of 69 Enterobacteriaceae isolates were obtained and 41 Enterobacteriaceae isolates were also obtained from 50 minced meat samples. Biofilm formation by Enterobacter sakazakii and other members of Enterobacteriaceae was investigated by using microplate, congo red agar and standard tube methods. Antibiotic resistance of isolates was determined by using Kirby-Bauer disc diffusion method. 

Out of 69 Enterobacteriaceae isolates obtained from cheese samples, 20 (29%) Klebsiella spp., 17 (24,64%) Escherichia spp., 15 (21,74) Hafnia spp., 5 (29%) Enterobacter spp., 5 (21,74%) Providencia spp., 2 (2,9%) Serratia spp., 2 (2, 9%) Pantoea spp., 1(1, 45%) Shigella spp., 1(1,45%) Kluyvera spp., 1(1,45%) Yokenella spp., were identified. Similarly, out of 41Enterobacteriaceae isolates obtained from minced meat samples, 7(17,1%) Enterobacter spp.,7 (17,1%) Pantoea spp., 6 (14,6%) Providencia spp., 4 (9,8%) Klebsiella spp., 4 (9,8%) Escherichia spp., 4 (9, 8%) Hafnia spp.,3 (7, 3%) Serratia spp.,3 (7,3%) Citrobacter spp., 2 (4,9%) Kluyvera spp., 1 (2,4%) Leclercia spp.,were identified. Proteolytic, lipolytic, DNase, hemolytic and gelatinase activity of Enterobacter spp. were also investigated. Out of 12 Enterobacter spp., (E. sakazakii, E. cloceae, E. carcenogenus, E. aerogenus) tested , proteolytic, lipolytic, DNase, hemolytic and jelatinaz activity was detected in 7 (58,3%), 9 (75%), 8 (66,7%), 8 (66,7%) and 4 (33,3%) isolates, respectively. 
By using microplate method all Enterobacter sakazakii isolates showed strong biofilm formation after 24 hours of incubation on tryptone soy broth containing 2% of glucose. On the same media after 48 hours of incubation 78,5% of Enterobacter sakazakii isolates showed strong biofilm formation. After 24 hours of incubation on tryptone soy broth without glucose 50 % of Enterobacter sakazakii isolates showed strong biofilm formaion and on same media after 48 hours of incubation 35,7%of Enterobacter sakazakii izolates showed strong biofilm formation. After 24 hours of incubation on Congo red agar 92,9% of Enterobacter sakazakii izolates were slime factor positive. By using standard tube method 78,6% of Enterobacter sakazakii izolates showed strong biofilm after 24 hours of incubation on TSB containng %2 glucose. After 48 hours of incubation on TSB % 71,42 of Enterobacter sakazakii izolates showed strong biofilm formation. 

A total of 64 members of Enterobacteriaceae isolates were found to be resistant to streptomycin (78,1%), kanamycin (75%), ampicillin (53.1%), amikacin (45,3%), tetracycline (39%), tobramycin (35,9%), chloramphenicol (14%), nalidik acid (12.5%), imipenem (9,4%), gentamicin (7,8%), cefotaxime (6,3%), trimethoprim-sulfamethoxazole (4,7%).