Domates'te Cucumber mosaic virus (CMV)'un biyolojik ve moleküler karakterizasyonu
Biological and molecular characterization of Cucumber mosaic virus (CMV) in tomato
Yazar: SACHIN SHARMA
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA GÜMÜŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı / Fitopatoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Domates = Tomato ; Hıyar mozaik virüsü = Cucumber mosaic virus ; Karakterizasyon = Characterization ; Moleküler karakterizasyon = Molecular Characterisation ; Solanum lycopersicum = Solanum lycopersicum

Özet:
Türkiye'nin Ege bölgesi domates yetiştirme alanlarında bulunan Cucumber mosaic virus (CMV) izolatlarının mekanik inokulasyon ve RT-PCR yöntemlerine dayalı olarak karakterize edilmesi için 2021-2022 yılında bir çalışma yapılmıştır. Daha önce Ege bölgesinden temin edilen ve Ege Üniversitesi Ziraat fakültesi Bitki Koruma bölümü iklim odalarında uygun sıcaklıkta muhafaza edilen CMV izolatlarıyla enfekte şüphesi olan 17 bitki örneği, Solanum lycopersicum 'SC-2121', Nicotiana glutinosa ve Cucumis sativus 'Beit Alpha'dan oluşan çok sayıda farklı test bitkisine virüsün mekanik aşılamasını gerçekleştirmek için kullanılmış. Virüs aşılanmış bitkiler, semptom gelişimi açısından görsel olarak değerlendirilmiş, ardından CMV'ye özgü antikorlarla DAS-ELISA testi yapılmıştir. CMV pozitif tütünler virüsün yeni yetiştirilen test bitkilerine mekanik aşılamasını tekrarlamak için kaynak olarak kullanılmış, ardından ikinci bir ELISA ve nihai moleküler test yapılmıştir. Sonuç olarak, İzmir'den temin edilen 2 örnek izolat CMV-D ve CMV-B2, test bitkilerinde CMV benzeri semptomlara neden olmuştur. Ancak, son ELISA ve RT-PCR testinde yalnızca CMV-D izolatı ile aşılanan test bitkilerinin sürekli olarak pozitif olduğu ortaya çıkmıştır. CMV-D izolatı, virus aşılamadan 3 hafta sonra tütün ve hıyarda sistemik mozaik, ve domateste mozaik, bodur ve çalılaşma görünüme neden olmuştur. CMV-D izolatı RT-PCR için test edildiğinde agaroz jelde virüsün varlığını gösteren 280 bp'lik beklenen cDNA bandı gözlenmiştir.

Abstract:
A study was conducted to characterize Cucumber mosaic virus (CMV) isolates present in tomato-growing regions of the Aegean provinces of Turkey in 2021-2022 based on mechanical inoculation and molecular RT-PCR methods. 17 plant samples suspected of containing CMV previously obtained from the Aegean region and preserved under appropriate temperature in the department of plant protection faculty of agriculture of Ege University were used to carry out mechanical inoculation of virus into a number of different test plants consisting of Solanum lycopersicum 'SC-2121', Nicotiana glutinosa and Cucumis sativus 'Beit Alpha'. Virus-inoculated plants were visually evaluated for symptom development followed by a DAS-ELISA test with CMV specific antibodies. CMV positive tobaccos were used to repeat mechanical inoculation of the virus into newly grown test plants, followed by a second ELISA and final molecular test. As a result, 2 sample isolates CMV-D and CMV-B2 obtained from Izmir produced CMV-like symptoms in the test plants. However, only CMV-D inoculated test plants consistently came out to be positive in the final ELISA and RT-PCR tests. CMV-D isolate in tobacco and cucumber induced systemic mosaic and in tomato, caused mosaic, stunting and bushy appearance during 3 weeks of virus inoculation. CMV-D inoculated plants when tested for RT-PCR produced an expected amplified cDNA band of 280 bp in agarose gel indicating the presence of the virus.