MDA-MB-231 meme kanseri hücre dizisinde prostaglandin endoperoksid H sentaz 2 (PTGS2), kalretikulin (CALR) ve keratin-19 (KRT19) genlerinin transkripsiyon aşamasında anlatımlarının araştırılması
Investigation of prostaglandin endoperoxid h synthase 2 (PTGS2), calreticulin (CALR) and keratin-19 (KRT19) genes expression at the transcription stage in the MDA-MB-231 breast cancer cell line
Yazar: DUYGU KAYA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜREYYA BOZKURT
İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Hücre dizisi = Cell line ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Çalışmadaki amaç, bir meme kanseri hücre dizisi olan MDAMB-231'de prostaglandin endoperoksid h sentaz 2 (ptgs2), kalretikulin (calr) ve keratin-19 (krt19) genlerinin transkripsiyon düzeyindeki gen anlatımlarının belirlenmesi ve karşılaştırılmasıdır. Bu çalışmada hücre kültürü teknikleri, yarı manuel kit ile RNA izolasyonu, termal döngü cihazında cDNA sentezi ve eş zamanlı kantitatif PCR yöntemleri kullanılmıştır. Kültürlenen meme hücre hatlarından total RNA'lar ayrıştırılıp enzimatik olarak tamamlayıcı DNA'lara dönüştürülmüştür. PTGS2, CALR ve KRT19 genlerine özgü tasarlanmış olan primerler ile eş zamanlı PCR yapılmıştır. 
Sonuç olarak 3 kez tekrarlı eş zamanlı PCR sonuçlarının delta delta Ct hesaplaması ile MDAMB-231 hücre hattında PTGS2 gen ifadesinde 14,92 kat; CALR gen ifadesinde 1,45 kat; KRT19 geninin ifadesinde ise 6,72 kat artış olduğu saptanmıştır. Bu üç genin farklı kanserlerde, apoptoz direnci, metastatik dağılımlar, anjiyogenez gibi biyolojik süreçlerde rol alabildiği tespit edilmiştir.KRT19, CALR, PTGS2  genlerinin meme kanseri gelişiminde rol aldığı ve ileride yapılacak detaylı çalışmalarla prognostik öneme sahip olacağı ön görülmektedir.

Abstract:
The aim of the study was to determine and compare the gene expression of prostaglandin endoperoxide h synthase 2 (PTGS2), calreticulin (CALR) and keratin-19 (KRT19) genes in MDAMB-231 transcription-level, a breast cancer cell sequence. Cell culture techniques, RNA isolation with semi-manual kit, cDNA synthesis in thermal loop device and real time PCR methods were used in this study. Total RNAs from cultured breast cell lines were isolated and enzymatically converted into complementary DNA. PCR was used simultaneously with designed specific primers for the PTGS2, CALR, and KRT19 genes.
As a result, 3-time simultaneous PCR results were found to be 14.92 times higher in PTGS2 gene expression; 1.45 times higher in CALR gene expression; and 6.72 times higher in KRT19 gene expression in MDA MB-231 cell line by Delta Delta Ct calculation. These three genes have been found to play a role in different cancers, in biological processes such as apoptosis resistance, metastatic distributions, angiogenesis. KRT19, CALR, PTGS2 genes are involved in the development of breast cancer and may will have prognostic significance with detailed studies to be carried out in the future.