Tip60 geninin oksidatif stres üzerine etkisinin karaciğer spesifik tip60 nakavt farelerde araştırılması
Investigation of the effect of tip60 gene on oxidative stress in liver spesific tip60 knockout mice
Yazar: ENVER FEHİM KOÇPINAR
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HARUN BUDAK
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı / Biyokimya Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Genetik = Genetics
Dizin: Antioksidanlar = Antioxidants ; Enzim aktivitesi = Enzyme activity ; Gen ifadesi = Gene expression

Özet:
Oksijen, enerji (ATP) üretimi ve sinyal iletim mekanizmalarının yürümesi için gereken bazı reaktif oksijen türlerinin (ROS) üretimi için vazgeçilmez bir molekül olduğundan, yaşayan tüm canlılar için önemlidir. Hücre içi ROS miktarı, hücresel homeostazı devam ettirmek için gerekli olsa da, uygun olmayan çevre şartlarının hücresel metabolik reaksiyonlar üzerine etkisi ile hücre içi ROS seviyesinin yükselmesi, patojenik bir durum olan oksidatif strese neden olarak DNA, proteinler ve lipitlere zarar verebilir. Ancak fazlalaşan hücre içi ROS seviyesi, hücrenin temel fonksiyonlarını yürüten antioksidan molekül ve enzimler tarafından elimine edilebilir. DNA hasar tamiri, apoptozis, sirkadian ritim ve hücresel cevap mekanizmalarının üretimi gibi metabolik pek çok fonksiyonda etkin olan TIP60 (Tat interacting protein, 60kDa), histon asetiltransferaz (HAT) aktivitesine sahip MYST protein ailesinin bir üyesidir. Tip60'ın sinyal iletimi ve apoptoziste bir role sahip olması durumunda, onun doğrudan ya da dolaylı olarak antioksidan sistemle ilişkisinin olabileceği düşünüldü. Bu tez kapsamında, süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT), glutatyon peroksidaz (GPX), glutatyon S-transferaz (GST) ve glutatyon redüktaz (GR)'ı ihtiva eden antioksidan sistem enzimlerinin gen ekspresyon profili ve enzimatik aktivitesi,  günün farklı zamanlarında toplanan kontrol ve şartlara bağlı karaciğer spesifik Tip60 nakavt farelerde gen ve protein seviyesinde araştırıldı. Ayrıca indirgenmiş glutatyon (GSH), yükseltgenmiş glutatyon (GSSG) ve hidrojen peroksit (H2O2) seviyesindeki herhangi bir değişim, ROS birikiminin bir belirteci olabildiğinden onların da relatif seviyeleri çalışıldı.

Abstract:
Since oxygen (O2) is an indispensable molecule for the production of energy (ATP) and the production of some reactive oxygen species (ROS) that is essential molecules for the signal transduction pathways, it is an important molecule for all living organisms. Although intracellular ROS level is necessary to maintain cellular homeostasis, elevated intracellular level of ROS with the impact of unfavorable environmental conditions on cellular metabolic reactions leads to oxidative stress that causes damage to DNA, proteins and lipids. Oxidative stress has been linked to pathogenic conditions. However, excessive ROS levels have to be eliminated by antioxidant molecules and enzymes to carry out the cell's basic functions. TIP60 (Tat interacting protein, 60kDa) is a member of the MYST protein family of histone acetyltransferases (HATs) with multiple functions in metabolism such as DNA repair, apoptosis, circadian rhythm and production of cellular response mechanisms. We thought that if TIP60 has a role in signal transduction and apoptosis, it might have direct or indirect relationship with the antioxidant system. In this thesis, the gene expression profile and enzymatic activity of antioxidant system enzymes including Superoxide dismutase (SOD), Catalase (CAT), Glutathione peroxidase (GPX), Glutathione S transferase (GST), and glutathione reductase (GR) in different times points of day were investigated at the gene and protein level in liver tissues collected from control and liver-specific Tip60 conditional knockout mice. Additionally, since any change of reduced glutathione (GSH), oxidized glutathione (GSSG), and hydrogen peroxide (H2O2) level in the cell might be an indication for the accumulation of ROS, the relative levels of them were also studied.