Denizli ve Gerze tavuk populasyonlarındaki genetik çeşitliliğin bazı mikrosatelit markörler kullanılarak belirlenmesi
Determination of genetic variation by using some microsatellite markers in Denizli and Gerze poultry populations
Yazar: MUHAMMET KAYA
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET ALİ YILDIZ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2008
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Türkiye yerli gen kaynaklarından Denizli ve Gerze tavuk ırkları ADL0102, ADL0136, ADL0158, ADL0171, ADL0172, ADL0176, ADL0181, ADL0210, ADL0267 ve ADL0268 mikrosatelit lokusları bakımından tanımlanması amaçlanmıştır. Toplam 125 tavuk (75 adet Denizli, 50 adet Gerze) materyal olarak kullanılmıştır.Denizli ve Gerze ırklarında sırasıyla ortalama allel sayısı (Na = 6.1 ve 5.0), etkili allel sayı (Ne = 3.3 ve 2.2), gözlenen heterozigotluk (Ho = 0.508 ve 0.380), beklenen heterozigotluk (He = 0.656 ve 0.475; p<0.05), polimorfizm bilgi içeriği (PIC = 0.599 ve 0.426) ve akrabalı yetiştirme katsayısı (Fis = 0.226 ve 0.200) tespit edilmiştir.Denizli ve Gerze ırklarında F-istatistikleri (FIS = 0.208, FIT = 0.316 ve FST = 0.135) belirlenmiştir. Toplam %31.6'lık genetik varyansın %20.8'si ırk içindeki, %13.5'i ise ırklar arasındaki farklılıktan kaynaklanmıştır. Denizli ve Gerze ırkları arasındaki genetik farklılık (ikişerli FST = 0.224) istatistik olarak önemli bulunmuştur (p<0.05). Denizli ve Gerze ırkları arasındaki genetik farklılık (DST) 0.100, genetik farklılaşma katsayısı (GST) 0.150 ve genetik uzaklık (D) değeri 0.476 olarak hesaplanmıştır.Denizli ve Gerze ırkları arasında her iki generasyonda ortalama 1 adet tavuk ya da horozun göç ettiği tahmin edilmiştir.Hesaplanan toplam genetik varyansın (AMOVA) %19.1'ı Denizli ve Gerze ırkları arasında, %7.7'u ise populasyonlar arasındaki farklılıktan kaynaklanmıştır (p < 0.001).İkişerli FST, genetik uzaklık (D), Faktöriyel uygunluk (FCA) ve genetik yapı (structure) analizleri kullanılarak yapılan kümeleme analizleri sonucunda Denizli ve Gerze tavuk populasyonları kökenlerine uygun olarak gruplanmıştır. Genetik varyasyonun Denizli ve Gerze tavuk ırklarında yüksek olduğu ve ırkların birbirlerinden oldukça farklı genetik yapılarda bulundukları tespit edilmiştir.

Abstract:
The objective of this research is to determine genetic diversity within the breeds and to compare the Denizli and Gerze Turkish native chicken breeds. genetic diversity of Turkish native chickens based on ADL0102, ADL0136, ADL0158, ADL0171, ADL0172, ADL0176, ADL0181, ADL0210, ADL0267 and ADL0268 microsatellite loci. A total of 125 individuals (75 Denizli and 50 Gerze) were genotyped.The mean numbers of allelles (Na) were 6.1 and 5.0, effective number of allelles (Ne) were 3.3 and 2.2, observed heterozygosity (Ho) were 0.508 and 0.380, expected heterozygosity (He) were 0.656 and 0.457 (p < 0.05), polymorphism information content (PIC) were 0.599 and 0.426 and fixation index (Fis) were 0.226 ve 0.200 within Denizli and Gerze breeds, respectively.F-statistics (FIS=0.208, FIT=0.316 and FST=0.135) were determined among loci within Denizli and Gerze breeds. It was estimated that total genetic variations with 31.6 % resulted from diversity within populations (20.8 %) and among populations (13.5 %).Statistically significant genetic differentiation (pairwise FST) was obtained 0.224 among Denizli and Gerze breeds (p < 0.05). Coefficient of gene differentiation (GST) and genetic distance (D) between Denizli and Gerze breeds were estimated as 0.150 and 0.476, respectively. Mean number of migration (Nm) between Denizli and Gerze breeds were estimated as 1 chicken per generation.AMOVA analysis conducted over all populations from the two breeds showed that 19.1 % of the total genetic variations was attributable to differences among breeds and 7.7 % was due to differences among populations within breeds.A phylogenetic tree (NJ) was constructed using genetic distance (D) and pairwise FST. Its topology reflected general patterns of genetic differentiation among Denizli and Gerze breeds in consequence of FCA, structure and NJ cluster analysis. The study suggests Denizli and Gerze subpopulations have a rich genetic diversity and Denizli and Gerze breeds exhibit a large genetic differentations.