Pankreas kanserli hastalarda ogg1 ekspresyonu ve promotör metilasyonunun sağ kalım süresi üzerine etkisi
The effect of ogg1 expression and promoter methylation on survival rate in patients with pancreatic cancer
Yazar: ÇAĞLAYAN AKKAYA ENGİN
Danışman: PROF. DR. YILDIZ DİNCER
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: DNA metilasyon = DNA methylation ; Pankreas neoplazmları = Pancreatic neoplasms

Özet:
Amaç: Pankreas adenokarsinomu invaziv ve kemoterapiye direnç göstermesi nedeniyle oldukça ölümcül bir hastalıktır. Bu çalışmada amaç pankreas kanserli hastalarda DNA onarımında görev alan hOGG1 (8-Oksoguanin DNA glikosilaz 1) geninin ekspresyon ve promotör bölge metilasyonunun hastaların sağ kalım süresi ile ilişkisini belirleyerek, tedavi yanıtını öngörebilecek, sağ kalım süresini uzatabilecek moleküler bir belirteç ve yeni bir epigenetik tedavi hedefi tanımlamaktır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmada yeni pankreas adenokarsinom tanısı almış 50 hastadan alınan tümör doku örnekleri ve tümöre komşu normal doku örnekleri kullanıldı. Formalinle fikse edilmiş parafin doku kesitlerinden total DNA kit ile izole edildi. DNA örneklerinde bisülfit modifikasyonu sonrasında hOGG1 promotör metilasyonu metilasyon spesifik polimeraz zincir reaksiyonu ile belirlendi. Tümör ve normal pankreas dokularda hOGG1 ekspresyonu Streptavidin-Biotin-Peroksidaz yöntemi kullanılarak immunohistokimyasal boyama ile belirlendi. 
Amaç: Pankreas adenokarsinomu invaziv ve kemoterapiye direnç göstermesi nedeniyle oldukça ölümcül bir hastalıktır. Bu çalışmada amaç pankreas kanserli hastalarda DNA onarımında görev alan hOGG1 (8-Oksoguanin DNA glikosilaz 1) geninin ekspresyon ve promotör bölge metilasyonunun hastaların sağ kalım süresi ile ilişkisini belirleyerek, tedavi yanıtını öngörebilecek, sağ kalım süresini uzatabilecek moleküler bir belirteç ve yeni bir epigenetik tedavi hedefi tanımlamaktır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmada yeni pankreas adenokarsinom tanısı almış 50 hastadan alınan tümör doku örnekleri ve tümöre komşu normal doku örnekleri kullanıldı. Formalinle fikse edilmiş parafin doku kesitlerinden total DNA kit ile izole edildi. DNA örneklerinde bisülfit modifikasyonu sonrasında hOGG1 promotör metilasyonu metilasyon spesifik polimeraz zincir reaksiyonu ile belirlendi. Tümör ve normal pankreas dokularda hOGG1 ekspresyonu Streptavidin-Biotin-Peroksidaz yöntemi kullanılarak immunohistokimyasal boyama ile belirlendi. 
Bulgular: DNA onarım geni hOGG1 promotör metilasyonu pankreas tümör dokusunda normal pankreas dokusuna göre yüksek bulundu. Tümör ve normal pankreas dokusundaki hOGG1 ekspresyon IHC skoru açısından anlamlı bir fark bulunmadı. Kadın ve erkekler hOGG1 promotör metilasyonu, hOGG1 ekspresyon IHC skoru ve sağ kalım süreleri açısından karşılaştırıldığında erkeklerde tümör dokuda normal dokuya kıysla hOGG1 promotör metilasyonu yüksek bulundu. hOGG1 promotör metilasyonu, hOGG1 ekspresyon IHC skoru ve sağ kalım süreleri arasında bir ilişki bulunmadı. hOGG1 promotör metilasyon düzeyinin pankreas kanseri tanı ve takibinde klinik yararlılığını belirlemek için yapılan ROC (Receiver operating characteristic) analizinde, eğrinin altında kalan alan 0,63 olarak bulundu (%95 güven aralığında), kesim değeri 2,39 olarak belirlendi. Bu kesim değeri kullanılarak hOGG1 promotör metilasyonu için %60 duyarlılık, %60,4 özgüllük, %61,2 pozitif prediktif değer, %59,1 negatif prediktif değer ve %71,5 doğruluk elde edildi.
Sonuç: Pankreas adenokarsinomlu hastaların tümör dokusunda hOGG1 metilasyonu artmıştır. Ancak bu hastalarda artan hOGG1 metilasyonunun hOGG1 ekspresyon IHC skoru ve sağ kalım süreleri ile ilişkisi bulunmamaktadır. hOGG1 hipermetilasyonunun hastalığın erken tanısında belirteç adayı olabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Objective: Pancreatic adenocarcinoma is a deadly disease due to its invasiveness and resistance to chemotherapy. The aim of this study is to define a molecular marker and a new epigenetic treatment target that can predict treatment response and prolong survival by determining the relationship between the expression and promoter region methylation of the hOGG1 gene, which is involved in DNA repair, in patients with pancreatic cancer.
Materials and Methods: In the study, tumor tissue samples from 50 patients with pancreatic adenocarcinoma and normal tissue samples adjacent to the tumor were used. Total DNA was isolated from formalin-fixed paraffin tissue sections with the isolation kit. hOGG1 promoter methylation was determined by methylation specific polymerase chain reaction (MSP) after bisulfite modification was performed in DNA samples. hOGG1 expression in tumor and normal pancreatic tissues was determined by immunohistochemical staining using the Streptavidin-Biotin-Peroxidase method.
Objective: Pancreatic adenocarcinoma is a deadly disease due to its invasiveness and resistance to chemotherapy. The aim of this study is to define a molecular marker and a new epigenetic treatment target that can predict treatment response and prolong survival by determining the relationship between the expression and promoter region methylation of the hOGG1 gene, which is involved in DNA repair, in patients with pancreatic cancer.
Materials and Methods: In the study, tumor tissue samples from 50 patients with pancreatic adenocarcinoma and normal tissue samples adjacent to the tumor were used. Total DNA was isolated from formalin-fixed paraffin tissue sections with the isolation kit. hOGG1 promoter methylation was determined by methylation specific polymerase chain reaction (MSP) after bisulfite modification was performed in DNA samples. hOGG1 expression in tumor and normal pancreatic tissues was determined by immunohistochemical staining using the Streptavidin-Biotin-Peroxidase method.
Results: DNA repair gene hOGG1 promoter methylation was found to be higher in pancreatic tumor tissue compared to normal pancreatic tissue. No significant difference was found in terms of hOGG1 immunopositivity in tumor and normal pancreatic tissue. When women and men were compared in terms of OGG1 promoter % methylation, hOGG1 immunopositivity, and survival times, hOGG1 promoter methylation was found to be higher in tumor tissue compared to normal tissue in men. No correlation was found between hOGG1 promoter methylation, hOGG1 immunopositivity and survival times. In the ROC (Receiver operating characteristic) analysis performed to determine the clinical usefulness of hOGG1 promoter methylation level in the diagnosis and follow-up of pancreatic cancer, the area under the curve was found to be 0.63 (95% confidence interval), the cut-off value was determined as 2.39. Using this cut-off value, 60% sensitivity, 60.4% specificity, 61.2% positive predictive value, 59.1% negative predictive value and 71.5% accuracy were obtained for hOGG1 promoter methylation.
Conclusion: hOGG1 methylation is increased in tumor tissue of patients with pancreatic adenocarcinoma. However, increased hOGG1 methylation in these patients is not associated with hOGG1 immunopositivity and survival. hOGG1 hypermethylation is thought to be a marker candidate for early diagnosis of the disease.