Kan kültüründen izole edilen candida suşlarında azol direnç mekanizmalarının moleküler olarak araştırılması
Molecular investigation of azol resistance mechanism in candida strains isolated from blood culture
Yazar: AYŞE ALICI
Danışman: PROF. DR. GÜLGÜN YENİŞEHİRLİ
Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Antifungal duyarlılık testleri = Antifungal sensitivity tests ; Azoller = Azoles ; Kan kültürü = Blood culture ; Kandida = Candida ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Çalışmamızda kan kültüründen izole edilen Candida türlerinin tanımlanması, antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi ve azol direnç mekanizmalarının moleküler olarak tespiti amaçlanmıştır. 
Çalışmaya kan kültüründen izole edilen 100 Candida suşu dahil edildi. Tür düzeyinde tanımlanma sonucu suşların 41'i C.albicans, 22'si C.parapsilosis, 14'ü C.glabrata, 13'ü C.tropicalis, 5'i C.lusitaniae, 3'ü C.guillermondi, 1'i C.krusei, 1'i C.kefyr olarak tanımlandı. Çalışmaya dahil edilen suşların %78'i yoğun bakım'dan, %16'sı dahili servislerden, %6'sı cerrahi servislerden gelen örneklerden izole edildi. 
Antifungal duyarlılık testi C.albicans, C.parapsilosis, C.glabrata ve C.tropicalis suşlarına yapıldı. Suşların flukonazol, posakonazol, vorikonazol, amfoterisin B, kaspofungin ve mikafungin için in vitro antifungal duyarlılıkları belirlendi. 
C.albicans suşlarının %2'si flukonazol, %15'i vorikonazol dirençli bulunurken, suşların %5'i vorikonazol, %10'u mikafungin orta duyarlı bulundu. C.albicans suşlarının %34'ü amfoterisin B, %7'si posakonazol için vahşi olmayan tip olarak bulunurken; suşların tamamı kaspofungin duyarlı bulundu. 
C.parapsilosis suşlarının %23'ü flukonazol dirençli %23'ü doz bağımlı duyarlı bulundu. C.parapsilosis suşlarının %50'si vorikonazol, %14'ü mikafungin orta duyarlı bulunurken suşların tamamı kaspofungin duyarlı bulundu. Suşların %59'u amfoterisin B için, %5'i posakonazol için vahşi olmayan tip olarak bulundu. 
C.glabrata suşlarının %21'i flukonazol dirençli, %79'u flukonazol doz bağımlı duyarlı bulundu. C.glabrata suşlarının %7'si mikafungin dirençli bulunurken; suşların %64'ü mikafungin, %7'si kaspofungin orta duyarlı bulundu. C.glabrata suşlarının %71'i amfoterisin B, %57'si vorikonazol için vahşi olmayan tip olarak bulunurken, suşların tamamı posakonazol için vahşi tip olarak bulundu. 
C.tropicalis suşlarının tamamı flukonazol ve kaspofungin duyarlı bulunurken; suşların %15'i vorikonazol, %15'i mikafungin orta duyarlı bulundu. Suşların %77'si amfoterisin B için, %8'i posakonazol için vahşi olmayan tip olarak bulundu.
Antifungal duyarlılık testi sonucuna göre flukonazol dirençli 3 C.glabrata, 5 C.parapsilosis, 1 C.albicans ve flukonazol doz bağımlı duyarlı 11 C.glabrata, 5 C.parapsilosis suşunda ERG11, CDR1, CDR2 ve MDR1 genlerinin ekspresyon seviyeleri hesaplandı. Sonuçlar kontrol ATCC suşları ile kıyaslanarak genlerin kaç kat ekprese edildiği hesaplandı. 
Buna göre flukonazol dirençli C.glabrata suşlarının tamamında ERG11 ve CDR1, %67'sinde CDR2 geni over eksprese bulundu. Flukonazol doz bağımlı duyarlı C.glabrata suşlarının tamamında ERG11 ve CDR1, %91'inde CDR2 genini over eksprese bulundu. Flukonazol dirençli C.parapsilosis suşlarının tamamında MDR1, %80'inde ERG11ve CDR1 genleri over eksprese bulundu. Flukonazol doz bağımlı duyarlı C.parapsilosis suşların %80'inde ERG11, CDR1, MDR1 genleri over eksprese bulundu. Flukonazol dirençli C.albicans suşunda ise ERG11 ve CDR1 genleri over eksprese saptandı.

Abstract:
In our study, it was aimed to identify Candida species isolated from blood culture, to determine their antifungal susceptibility and molecular determination of azole resistance mechanisms. 
A total of 100 Candida strains isolated from blood culture were included in the study. As a result of species-level identification, 41 of the strains were C.albicans, 22 were C.parapsilosis, 14 were C.glabrata, 13 were C.tropicalis, 5 were C.lusitaniae, 3 were C.guillermondi, 1 was C.krusei, 1 was identified as C.kefyr. Of the strains included in the study, 78% were isolated from the intensive care unit, 16% from the internal services, and 6% from the surgical services
Antifungal susceptibility testing was performed on C.albicans, C.parapsilosis, C.glabrata and C.tropicalis strains. In vitro antifungal susceptibilities of the strains for fluconazole, posaconazole, voriconazole, amphotericin B, kaspofungin and micafungin were determined. 
While 2% of the C.albicans strains were resistant to fluconazole and 15% to voriconazole, 5% of the strains were found intermediate resistant to voriconazole and 10% to micafungin. While 34% of C.albicans strains were found as non-wild type for amphotericin B, 7% for posaconazole; all strains were found susceptible to caspofungin. 
Twenty three percent of C.parapsilosis strains were resistant to fluconazole and 23% were dose-dependent susceptible. While 50% of the C.parapsilosis strains were found intermediate susceptible to voriconazole and 14% to micafungin, all strains were found susceptible to caspofungin. 59% of the strains were found non-wild type for amphotericin B and 5% for posaconazole. 
Twenty one percent of the C.glabrata strains were found fluconazole resistant, 79% were dose-dependent susceptible to fluconazole. While 7% of C.glabrata strains were micafungin resistant; 64% of the strains were found intermediate susceptible to micafungin and 7% to caspofungin. While 71% of the strains were found as non-wild type for amphotericin B, 57% for voriconazole, all of the strains were wild type for posaconazole. 
While all C.tropicalis strains were found susceptible to fluconazole and caspofungin; 15% of the strains were found intermediate susceptible to voriconazole and 15% to micafungin. 77% of the strains were found to be non-wild type for amphotericin B and 8% to posaconazole.
According to the antifungal susceptibility test, expression levels of ERG11, CDR1, CDR2 and MDR1 genes were calculated in the fluconazole-resistant 3 C.glabrata, 5 C.parapsilosis, 1 C.albicans and fluconazole dose-dependent susceptible 11 C.glabrata, 5 C.parapsilosis strains. The number of folds the genes were expressed was calculated by comparing the results with the control ATCC strains. 
Accordingly, over expression of ERG11 and CDR1 was found in all fluconazole-resistant C.glabrata strains, and over expression of CDR2 was found in 67% of them. In all fluconazole dose dependent susceptible C.glabrata strains over expressed ERG11 and CDR1 genes, while 91% of them over expressed CDR2 genes. MDR1 genes were overexpressed in all fluconazole resistant C.parapsilosis strains, and ERG11 and CDR1 genes were overexpressed in 80% of them. ERG11, CDR1, MDR1 genes were overexpressed in 80% of fluconazole dose-dependent susceptible C.parapsilosis strains. In fluconazole resistant C.albicans strain, ERG11 and CDR1 genes were found overexpressed.