Fenolik asitlerin DNA metilasyonu üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation the effects of phenolic acids on DNA methylation
Yazar: NEVİN KAYA DİKİCİ
Danışman: PROF. DR. ŞEVKİ ARSLAN
Pamukkale Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoloji = Biology

Özet:
Son yıllarda çoğu insan, kimyasal maddelerin toksik, mutajenik ve karsinojenik etkilerinin giderilmesinde ve farklı hastalık faktörlerine karşı koruyucu ajanlar olarak bitkisel preparatları veya normal beslenmelerinin bileşenleri olan fitokimyasalları sıklıkla kullanmaktadırlar. Bu bağlamda fenolik asitler antioksidan etkileri nedeniyle kanserin önlenmesinde potansiyel etkilerinden dolayı birçok araştırmacının ilgisini çekmiştir. Yapılan araştırmaların sonuçlarına göre fenolik asitlerin kanser hücrelerinin canlılığını azaltma da, hücre döngüsünü değiştirip düzenlemede ve apoptozu indüklemede önemli bir rol oynadığını göstermiştir.  Bu tez çalışmasında insanların sık sık besinlerle beraber aldıkları ve tıbbi bitkilerin yapısında yaygın bir şekilde bulunan fenolik asitlerden olan kafeik asit, okumarik asit, ferulik asit'in DNA metilasyonuna olan etkilerinin insan karaciğer
kanseri hücre hattındaki etkileri araştırılmıştır. Bu bağlamda insan karaciğer kanseri hücre hattında (HepG2) değişik dozlarda kafeik asit, ferulik asit ve o-kumarik asit uygulaması yapılmış, etkin dozları hesaplanmıştır. Bu fenolik maddelerin, DNMT3A, DNMT3B, TET1, HDAC1, HDAC3 ve HAT1 mRNA ve protein seviyelerine olan etkileri Western Blot ve qRT-PZR ile belirlenmiştir. Kafeik asit, ferulik asit ve o-kumarik asit için EC50 dozları sırasıyla 1.02 mM, 3.1 mM ve 5 mM bulunmuştur. Kafeik asit, ferulik asit ve o-kumarik asitin EC50 dozunun HepG2 hücrelerine uygulanması sonucunda DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, HDAC1, HDAC3 ve HAT1 mRNA seviyelerinde anlamlı azalışlar gözlemlenmiştir.
Buna ek olarak DNMT enzim aktivitesi ölçülmüştür. Tüm bu sonuçlar fenolik asitlerin epigenetik değişimlerden olan DNA metilasyonu azalttığını ortaya koymuştur.

ANAHTAR KELİMELER: Fenolik asitler, HepG2 hücre hattı, Epigenetik, DNA metilasyonu, DNA asetilasyonu

Abstract:
In recent years, most people have frequently used herbal preparations or phytochemicals, which are components of their normal diets, to eliminate toxic, mutagenic and carcinogenic effects of chemical substances and as a protective agents against different disease factors. In this context, phenolic acids have attracted the
attention of many researchers because they have porential in the prevention of cancer due to their antioxidant effects. According to the results of the researches, phenolic acids have shown that they play an important role in reducing the viability of cancer cells, changing and regulating of the cell cycle and inducing apoptosis.
In this thesis study, the effects of phenolic acids namely caffeic acid, o-coumaric acid, ferulic acid commonly found in medicinal plants on DNA methylation were investigated on human liver cancer cell line. In this context, various doses of caffeic acid, ferulic acid and o-coumaric acid were administered in human liver cancer cell
line (HepG2) and their effective doses were calculated. The effects of these phenolic substances on DNMT3A, DNMT3B, TET1, HDAC1, HDAC3 and HAT1 mRNA and protein levels were determined by Western Blot and qRT-PZR. EC50 doses for caffeic acid, ferulic acid and o-coumaric acid were found to be 1.02 mM, 3.1 mM and 5 mM, respectively. As a result of the administration of the EC50 dose of caffeic acid, ferulic acid and o-coumaric acid to HepG2 cells, it was observed significant decresases in DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, HDAC1, HDAC3 and HAT1 mRNA levels. In addition, DNMT enzyme activity was measured. All these results revealed that phenolic acids decreased DNA methylation, which is one of the epigenetic changes.

KEYWORDS: Phenolic acids, HepG2 cell line, epigenetic, DNA methylation DNA acetylation