SARS-CoV-2 pandemisini takiben akut solunum yolu enfeksiyonu ile başvuran çocuklarda viral ve bakteriyel solunum patojenlerinin temporal eğilimleri ve etkileşimleri
Temporal tendencies and interactions of viral and bacterial respiratory pathogens in children presenting with acute respiratory infection following SARS-CoV-2 pandemic
Yazar: ÖZLEM TÜRKMEN RECEN
Danışman: PROF. DR. HÖRÜ GAZİ
Manisa Celal Bayar Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; COVID 19 = COVID 19 ; Etyoloji = Etiology ; Pandemiler = Pandemics ; Risk faktörleri = Risk factors ; SARS virüsü = SARS virus ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; Virüsler = Viruses ; Çocuklar = Children

Özet:
Bu çalışmanın amacı, SARS-CoV-2 pandemisini takiben akut solunum yolu enfeksiyonu şikayetleriyle Manisa Celal Bayar Üniversitesi Çocuk Acil Servisine başvuran 1-15 yaş arası çocuklarda enfeksiyona neden olan patojenlerinin temporal eğilimlerininin ve etkileşimlerinin araştırılması, ASE ilişkili risk faktörlerinin belirlenmesidir.
     Hastanemize 01.06.2021-31.05.2022 tarihleri arasında ASE semptomları ile başvuran 314 hastadan bakteriyel kolonizasyon ve viral etkenler açısından sürüntü örnekleri alınmıştır. Viral etkenler multiplex PCR, bakteriyel etkenler ise otomatize identifkasyon sistemi ile tanımlanmıştır. Katılımcıların demografik verileri ve olası ASE risk faktörleri anket formlarına kaydedilmiştir
     Çalışmada, çocukların %77,3' ünde viral etken saptanmış olup, en sık enfeksiyona neden olan etken RV /EV (%36,3) olup, onu İnfluenza virüsleri (%11,2) ve SARS-CoV-2 (%10,5) virüsleri takip etmiştir. RV/EV pozitifliği, el temizliği alışkanlığı orta ve altı olarak değerlendirilen çocuklarda (p<0,001) daha yüksek saptanırken, İnfluenza pozitifliği okul/okul öncesi kuruma devam edenlerde (p<0,001) ve annesi tam zamanlı bir işte çalışanlarda (p<0,001) daha yüksekti. RSV pozitifliği annenin sigara kullanımı (p=0,013) ve ev içi aşırı kalabalık (p=0,014) ile ilişkili bulundu. Hem bakteriyel hem viral etken için sürüntü alınan 284 çocuktan 33 (%11,6)'ünde bakteriyel kolonizasyon saptandı. En sık saptanan etken S. aureus (%60,6) ve P. aeruginosa (%15,2) oldu. Kardeş varlığı (p= 0,008) ve annenin sigara içmesi (p=0,012) bakteriyel etken saptanması ile ilişkiliydi.
     Pandemiyi takiben yapılan bu çalışmada, en sık saptanan etkenler ve mevsimsel özellikleri pandemi öncesi döneme benzer bulunmuştur. Bölgesel etiyolojinin ve risk faktörlerinin bilinmesi gerekli kontrol ve koruyucu önlemlerin alınmasına katkı sağlayacağı düşünülmüştür.
Anahtar kelimeler: akut solunum yolu enfeksiyonları, etiyoloji, risk faktörleri

Abstract:
The aim of this study was to investigate the temporal trends and interactions between infectious agents and to determine the risk factors associated with acute respiratory tract infection (ARI) in children aged 1-15 years admitted to the Pediatric Emergency Department of Manisa Celal Bayar University Hospital following the SARS-CoV-2 pandemic. To determine the bacterial and viral agents, samples were taken from 314 patients attending our hospital with symptoms suggestive of ARI, between 06/01/2021 and 05/31/2022. Viral and bacterial agents were identified by multiplex PCR and automated identification systems, respectively. Demographics of the participants and possible risk factors for ARI were recorded in the questionnaires.
     In the study, viral agents were detected in 77.3% of children, and the most common infectious agent was RV/EV (36.3%), followed by Influenza viruses (11.2%), and SARS-CoV-2 (10.5% ). While RV/EV positivity was found to be higher in children with moderate and below average (p<0.001) hand hygiene, influenza positivity was found higher in those attending school/preschool institutions (p<0.001) and whose mothers worked full-time (p<0.001). RSV positivity was associated with maternal smoking (p=0.013) and home crowding (p=0.014). Bacterial colonization was found in 33 (11.6%) of 284 children swabbed for both bacterial and viral agents. The most common agents were S. aureus (60.6%) and P. aeruginosa (15.2%). Having siblings (p=0.008) and maternal smoking (p=0.012) were associated with the detection of bacterial agents. In this study, performed following the pandemic, the most detected agents and seasonal characteristics were found to be similar to the pre-pandemic period. Knowing the regional etiology and risk factors will contribute to taking the necessary local control and protective measures.
Keywords: acute respiratory tract infections, etiology, risk factors