Sürme hastalığı etmeni (Tilletia foetida)'nin genotipik ve fenotipik karakterizasyonu
Genotypic and phenotypic characterization of common bunt agent (Tilletia foetida)
Yazar: AHMET UMAY
Danışman: YRD. DOÇ. DR. İSMAİL POYRAZ
Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Bitki hastalıkları = Plant diseases ; Buğday = Wheat ; Sürme hastalığı = Bunt disease

Özet:
Sürme, Türkiye ve dünyada yaygın olarak görülen ve önemli verim kayıplarına neden olan bir buğday hastalığıdır. Ülkemizde bu hastalığa başlıca iki mantar türü Tilletia foetida ve Tilletia caries neden olmaktadır. Hastalık etmeninin fungusit kullanımı ve çevresel faktörlere bağlı olarak zamanla direnç kazandığı rapor edilmiştir. 
	Bu çalışmada, hastalık etmeni T. foetida'nın ISSR-PCR yöntemi ile genetik çeşitliğini belirlemek amacıyla, 13 T. foetida ve dış grup olarak 1 T. caries izolatından klasik CTAB yöntemiyle DNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. İzole edilen DNA'lar 25 farklı ISSR primeri kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır. PCR ile çoğaltılan DNA parçaları % 1.2'lik agaroz jelde yürütülmüş ve digital olarak fotoğraflanmıştır. PCR ürünlerinin bant analizi Phoretix1DPro programı ile gerçekleştirilmiş, binary yöntemiyle elde edilen veriler kullanılarak UPGMA metoduyla Jaccard Benzerlik Matrix'i elde edilmiş ve sürme izolatları arasındaki genetik yakınlık ve uzaklığı gösteren filogenetik ağaç oluşturulmuştur. İzolatların yüksek genetik çeşitliliğe sahip oldukları, T. foetida'ya ait yakın lokalitelerin birlikte gruplaştığı ve T. caries'in dış grup olarak ayrıldığı görülmüştür. İzolatların filogenetik analiz verileri, sürme hastalığına karşı direnç geni içermeyen hassas Heines VII buğday çeşidine karşı patojenite oranları ile karşılaştırılmıştır. Çalışmada kullanılan 25 ISSR primerinden 847 ve 861 numaralı primerlerin türe özgü monomorfik bantlar verdiği belirlenmiş ve bulaşık buğday tohumlarının ekim öncesi tespit edilmesinde bir marker olarak kullanılabilecekleri görülmüştür. İzolatların taramalı elektron mikroskobu (SEM) analizleri gerçekleştirilmiş, elde edilen fenotipik karakterli morfolojik analiz verileri ile moleküler yöntemle genotipik karakterli analiz verileri ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca, T. foetida izole edilen mRNA'lar revers transkripsiyonla cDNA'lara dönüştürülmüş ve PGEM-T Easy plazmit vektörlerine aktarılmıştır. cDNA'ları içeren rekombinant plazmit vektörler XLI-Blue konakçısına transforme edilmiş ve fenotipik karakterizasyon araştırmalarında kullanılması için T. foetida patojenine ait ilk kez bir cDNA kütüphanesi oluşturulmuştur.

Abstract:
Common bunt is a wheat disease that causes important crop losses and extensively spreads in Turkey and World. Two fungi species that Tilletia foetida and Tilletia caries primary cause this disease in our country. It has been reported that in time pathogen have become resistant according as fungicide uses and environmental factors. 
	In this study, for determination of genetic diversity of pathogen T. foetida using ISSR-PCR method, DNA isolation of 13 T. foetida isolates and 1 T. caries isolate as out-group was carried with classical CTAB method. Isolated DNAs were amplified with PCR method using 25 different ISSR primers. Amplified DNA fragments were run in 1.2% agarose gel and digitally photographed. Band analysis of PCR yields was carried using Phoretix 1d pro software, Jaccard similarity matrix was obtained with UPGMA method using data from binary method and phylogenetic tree showing genetic distance and similarity among common bunt isolates was formed. It was observed that isolates have high genetic varieties, close locations of T. foetida grouped together and T. caries departed from the other isolates as out-group. Phylogenetic analyses data of isolates were compared with pathogenicity rates against Heines VII wheat variety that haven't got resistance genes against common bunt. It was determined that 847 and 861 numbered primers among 25 ISSR primers used in study amplify species-specific bands and it was observed that this primers can use an markers for early detection of contaminated wheat seeds before sowing. Scanning electron microscope (SEM) analyses of isolates were carried and obtained phenotypic morphological data were compared with genotypic molecular analyses data. In addition, isolated mRNAs from T. foetida were converted to cDNAs by revers transcription and transferred to PGEM-Teasy plasmid vectors. Recombinant plasmid vectors including cDNAs were transferred to XLI-Blue hosts and at the first time a cDNA library of T. foetida pathogen was constructed for using in phenotypic characterization researches.