Beta talasemi majör hastalarında modifiye edici sall2 geni bağlanma motifinde mutasyon taranması
Mutation screening in binding motif of modifier sall2 gene in the beta thalassemia major patients
Yazar: TUĞBA KARAMAN
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM KESER
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics ; Hematoloji = Hematology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Fetal hemoglobin = Fetal hemoglobin ; Genler = Genes ; Mutasyon = Mutation ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Talasemi = Thalassemia

Özet:
Amaç: Tezimizin amacı; beta talasemi majör (β-TM) hastalarında kromatin remodelingini ve HbF düzeyini etkileyen modifiye edici SALL2 geni bağlanma motiflerindeki mutasyonları taramaktır.
Yöntem: Projemiz, Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi Adem Tolunay Talasemi ve Kan Hastalıkları Merkezi'ne başvuran, β-TM tanısı konulan, beta-globin gen mutasyonları tanımlanmış 100 hastada planlandı. HbF'i normal 10, HbF'i yüksek olan 66, toplam 76 hastada gerçekleştirildi. Periferik kandan genomik DNA izolasyonunu takiben, SALL2 geni bağlanma motifine özgün primer çiftleri kullanılarak, PZR yöntemiyle ilgili gen bölgeleri çoğaltıldı. Sanger dizileme yöntemi ile mutasyonlar tarandı. Elde edilen sonuçlar NCBI (National Center for Biotechnology Information) veritabanına göre analiz edildi. 
Bulgular: Çalışılan β-TM 76 hastanın 32'si erkek, 44'ü kadındı. HbF'i yüksek olan hastaların ortalama HbF düzeyleri 10.1 gr/dl idi. Üç PZR amplikonu olarak çalışılan ve HbF'i modifiye eden SALL2 geninde, D1 ve D3  domainlerde (motiflerinde) mutasyon bulunmazken, ikinci domainde (D2) rs61746515 (C>T) g.18721G>A (Gly744=) değişimi; 63(%95.46) hastada GG, 3(%4.54) hastada GA (g.18725C>G p.Gly 746Arg), tespit edildi. rs1263810 (g.18725C>G, p.Gly 746Arg) varyasyonlu toplam 66 hastada; CC, CG, GG genotipleri sırasıyla %9,09, %51,51 ve %39,39 sıklıkta bulundu. 
Sonuç: Çalışmamızda, Türk toplumunda ve dünyada HbF'i yüksek olan β-TM hastalarında ilk defa ve DNA dizileme ile tespit edilen SALL2 geni bağlanma motifinde rs1263810 (C>G) (Gly746Arg) varyasyonu gösterildi. Amino asit değişimine neden olan bu varyasyonun HbF'in düzenlenmesinde ve SALL2'in kromatin remodelinginde önemli olabileceğini, HbF indüksiyonunda diğer transkripsiyon faktörleri KLF1, BCL11A ile birlikte incelenmesi gerektiğini ortaya koymaktadır.
Anahtar Kelimeler: Talasemi majör, HbF, Modifiye edici gen, SALL2

Abstract:
Objective: The aim of our thesis is to detect mutations in the domains and the SALL2 genetic binding motifs of modifying effect on chromatin remodeling and affecting HbF levels in beta thalassemia major patients(β-TM).
Method: Our project was planned with 100 patients from Antalya Education and Research Hospital Adem Tolunay Thalassemia and Blood Disease Center, diagnosed with β-TM, defined as beta-globin gene mutations. Our project was carried out in a total of 76 patients; 10 and 66 of them have normal and high HbF, respectively. Following isolation of peripheral blood genomic DNA, gene regions related to the PCR method were amplified using primer pairs specific to the SALL2 gene binding motifs. Mutations were screened by Sanger Sequencing. The results were analyzed according to the NCBI database.
Results: Of 76 patients with β-TM, 32 and 44 were males and females, respectively. The mean HbF levels of the patients as found to be 10.1 gr/dl. While in the second domain(2D) (D2), rs61746515 (C>T) g.18721G>A (Gly744=) was found as GG in 63(95.46%) patients and GA 3(4.54%) patients and rs1263810 (C>G) (g.18725C>G p.Gly746Arg) variations was found that this variation, g.18725C>G, as CC, CG and GG genotypes were found in 6(9,09%), 34(51,51%) and 26(39,39%) in the 66 patients. Mutations were not found in the first(D1) and third(D3) domains in the SALL2 gene, which worked as three PCR amplicons and modified HbF.
Conclusion: We concluded that rs1263810 (C>G) variant (Gly746Arg) in the SALL2 gene binding motif detected by DNA sequencing for the first time in β-TM patients with high HbF in Turkish population may be important in the regulation of HbF and chromatin remodeling of SALL2. In the studies of HbF induction, SALL2 should be examined together with other transcription factors such as KLF1 and BCL11A.
Key words: Thalassemia major, HbF, Modifier gene, SALL2