Holstein ırkı sığırlarda süt verim özelliklerinin işaretleyici yardımlı seleksiyonu
Marker assisted selection of milk traits on holstein cattle
Yazar: BAHADIR SOYUDAL
Danışman: PROF. DR. FARUK BALCI
Uludağ Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Zootekni (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Holştayn sığırı = Holstein cattle ; Holştayn sığırı = Holstein cattle ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi = Restriction fragment length polymorphisms ; Süt inekleri = Dairy cows ; Süt proteinleri = Milk proteins ; Süt verimi = Milk yield ; Sığırlar = Cattles ; İnek sütü = Cow milk

Özet:
Bu tez çalışması ile Türkiye'de yetiştirilen Holstein ırkı süt sığırlarında CSN2, CSN3, LGB ve LALBA genlerinin polimorfizmleri ve bu polimorfizmlerin meydana getirdiği allellerin frekanslarının belirlenmesi, bu alleller ile süt verim özellikleri arasındaki ilişkilerin tespit edilmesi; böylece genotipik özellikler ile fenotipik özellikler arasında kurulan ilişkiler ile belirlenecek olası işaretleyicilerin, gelecekte uygulanacak işaretleyici yardımlı seleksiyon programlarına ışık tutması hedeflenmiştir.
	Bu amaçla özel bir çiftlikte bulunan 189 adet Holstein ırkı inekten kan örnekleri alındı. Kan örneklerinden yapılan DNA izolasyonlarının ardında PCR-RFLP işlemleri gerçekleştirilerek genotiplendirme ve allel frekanslarının belirlenmesi sağlandı. İneklerden laktasyon başından sonuna kadar ayda bir kez süt numunesi alınarak yağ, protein, laktoz ve kuru madde miktarları belirlendi. Aynı zamanda kontrol günü süt verimleri, laktasyon süt verimleri, 305 gün süt verimleri ve pik verimine kadar geçen günler kayıt altına alındı. Laktasyon mevsimi, laktasyon sırası ve servis periyodunu kapsayan çevresel faktörlerin de eşliğinde genotipik özellikler ile fenotipik özellikler arasındaki ilişkiler en küçük kareler varyans analiz metodu kullanılarak test edildi.
	Çalışma sonunda CSN2 geni polimorfizminin 305 gün süt verimi, yağ oranı, toplam protein verimi ve pik verimine kadar geçen günler ile ilişkili olduğu bulundu. CSN3, LGB ve LALBA gen polimorfizmleri ile herhangi bir süt verim özelliği arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptanmaz iken LALBA gen polimorfizmi ile 305 gün süt verimi arasında ilişki olabileceği ihtimali düşünüldü.
	Sonuç olarak, CSN2 geni polimorfizminden meydana gelen farklı fenotipik özelliklerin ve LALBA geninde saptanan olası ilişkinin daha büyük populasyonlarda çalışılıp elde edilen verilerin desteklenmesinden sonra Türkiye'deki Holstein ırkı sığırlarda işaretleyici yardımlı seleksiyon kriteri olarak erken seleksiyonda kullanılabileceği kanısına varıldı.
	Anahtar Kelimeler: Sığır, Holstein, Süt protein polimorfizmi, CSN2, CSN3, LGB, LALBA, PCR-RFLP, İşaretleyici yardımlı seleksiyon.

Abstract:
The aim of this PhD thesis was to detect polymorphisms of CSN2, CSN3, LGB ve LALBA genes and alelic frequencies, correlations between these alels and milk traits; thus illumination of future marker assisted selection programmes by determining of potential markers by detecting the correlation between genotypes and phenotypes.
	In this purpose, blood samples were collected from 189 Holstein cows from a private farm. After DNA isolations from blood samples, PCR-RFLP processes were performed to determine genotypes and alelic frequencies. Milk samples were collected from cows once a month from start to end of lactation and fat, protein, lactose and dry matter yields were analysed. Control day milk yields, lactation milk yields, 305 days milk yields and days untill pike were recorded by the same time. Statistical analysis were performed along with environmental factors like lactation season, lactation rank and service period.
	At the end of the study it was found that polymorhism of CSN2 gene is associated with 305 days milk yield, fat percentage, total protein yield and days before pike. It was thougt that  LALBA polymorphism can be associated with 305 days lactation yield while there were no association between polymorphisms of CSN3, LGB and LALBA genes and any other milk traits.
	In conclusion it was observed that occurance of different phenotypic propeties due to polymorhism of CSN2 gene and the probable relation that was detected for LALBA gene can be used as a selection criteria in marker assisted selection programmes in early selection after confirmation of the datas in larger populations.
	Keywords: Cattle, Holstein, Milk protein polymorhism, CSN2, CSN3, LGB, LALBA, PCR-RFLP, Marker assisted selection.