COVID-19 hastalarında koenfeksiyon yapan solunum yolu patojenlerinin araştırılması
Investigation of respiratory tract pathogens responsible for co-infection in COVID-19 patients
Yazar: SABİHA SALAR GÜL
Danışman: PROF. DR. UĞUR ARSLAN
Selçuk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Enfeksiyonlar = Infections ; Konya = Konya ; Patojenler = Pathogens ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; SARS virüsü = SARS virus ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections

Özet:
Çin'in Hubei eyaletinin başkenti Wuhan'da 2019 Aralık ayında nedeni bilinmeyen pnömoni vakalarından alınan bronkoalveolar lavaj sıvı örneklerinden daha önce hiç görülmemiş bir betakoronavirüs metagenomik RNA dizilimi yoluyla izole edilmiştir. Uluslararası virüs taksonomi komitesi 11 Şubat'ta yeni keşfedilen koronavirüse SARS-CoV-2, DSÖ ise bu virüsün neden olduğu hastalığa COVID-19 adını vermiştir. Bu çalışmada, COVID-19 saptanan ve hastaneye yatan hastalarda koenfeksiyon oranının belirlenmesi, koenfeksiyona neden olan etiyolojik ajanların araştırılması, koenfeksiyon saptanan hastaların klinik özelliklerinin ortaya konması amaçlanmıştır.

Bu çalışmaya, 1 Eylül 2021-28 Şubat 2022 tarihleri arasında Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına COVID-19 ön tanısıyla gönderilmiş, SARS-CoV-2 için RT-PCR testi pozitif sonuçlanmış ve hastaneye yatışı yapılmış, toraks bilgisayarlı tomografi bulguları COVID-19 ile uyumlu bulunan, biyokimyasal parametreleri koenfeksiyonu düşündüren 76 hasta dâhil edilmiştir. Hastaların solunum yolu örneklerinde diğer solunum yolu patojenleri multipleks PCR ile, FTD Respiratory pathogens (SIEMENS Healthineers Company, Lüksemburg) 33 kiti kullanılarak Rotor Gene Q QIAGEN (Hollanda) cihazında çalışılmıştır.
Çalışmaya dâhil edilen 76 hastanın 54'ünde (%71,1) multipleks PCR ile SARS-CoV-2'ye eşlik eden başka bir patojen saptanmıştır.35 hastada SARS-CoV-2'ye eşlik eden bir patojen saptanmış iken, 19 hastada birden fazla patojen tespit edilmiştir. En sık saptanan patojenler 24 (%31,6) hastada S. aureus, 18 hastada (%23,7) influenza virüsleri, 15 (%17,1) hastada S.pneumoniae olarak belirlenmiştir.Koenfeksiyon saptanan ve saptanmayan hastalar arasında mortalite oranları, hastanede kalış süreleri, yatış yeri, karşılaştırılan laboratuvar test sonuçları (CRP, PCT, LDH, D-dimer, lenfosit sayısı, ferritin) arasında anlamlı bir fark saptanmamıştır.

Çalışmaya dahil edilen hastaların büyük bir çoğunluğunda SARS-CoV-2'ye eşlik eden en az bir patojen saptanmıştır. Koenfeksiyon etkeni olarak bakteriyel patojenler içinden en sık S. Aureus ve S.pneumoniae tespit edilmiştir. Koenfeksiyon etkeni patojenler arasında viral etkenlerden en sık influenza virüsleri belirlenmiştir. Çalışmamızda koenfeksiyon saptanan hastalarda mortalite oranları, hastanede kalış süresi gibi parametrelerde anlamlı bir fark saptanmamış olsa da klinisyenlerin hastaneye yatan hastaların takip ve tedavisinde koenfeksiyon riskini göz önünde bulundurmalarını ve şüphelenilen durumlarda uygun testlerin yapılması gerektiğini önermekteyiz. Pandemi süresince özellikle riskli grupta COVID-19 aşılarının yanında, influenza ve pnömokok aşılarının göz ardı edilmemesi gerektiği düşüncesindeyiz.
Anahtar sözcükler: COVID-19, Koenfeksiyon, Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu

Abstract:
In December 2019, in Wuhan, the capital of China's Hubei province, an unknown betacoronavirus was isolated via metagenomic RNA sequencing from bronchoalveolar lavage fluid samples taken from pneumonia cases of unknown origin. On February 11, the international virus taxonomy committee named the newly discovered coronavirus as SARS-CoV-2, and the WHO named the disease as COVID-19. In this study, it was aimed to determine the coinfection rate in hospitalized patients with COVID-19. Furthermore, to investigate the etiological agents of coinfection, and to reveal the clinical characteristics of patients with coinfection.
In this study, 76 patients samples, were sent to the Medical Microbiology Laboratory of Selçuk University Faculty of Medicine Hospital between first of September 2021 and 28 February 2022 with a preliminary diagnosis of COVID-19, who had a positive RT-PCR test for SARS-CoV-2 and hospitalized, thoracic computed tomography findings were compatible with COVID-19 and whose biochemical parameters suggested coinfection were included in the study. Other respiratory pathogens were studied in the respiratory tract samples of the patients by multiplex PCR using FTD 33 Respiratory pathogens kits (SIEMENS Healthineers Company, Luxembourg) in Rotor Gene Q QIAGEN (Netherlands) device.
Coinfection with SARS-CoV-2 was detected by multiplex PCR in 54 of the 76 patients (71,1%) included in the study. A pathogen accompanying SARS-CoV-2 was detected in 35 patients, while more than one pathogen was detected in 19 patients. The most common pathogens were S. aureus in 24 (31,6%) patients, influenza viruses in 18 patients (23,7%), and S. pneumoniae in 15 (17,1%) patients. There was no significant difference among mortality rates, duration and site of hospitalization, laboratory test results (CRP, PCT, LDH, D-dimer, lymphocyte count, ferritin) of patients with and without coinfection.
At least one pathogen accompanying SARS-CoV-2 was detected in the majority of patients included in the study. S. aureus and S. pneumoniae have been detected the most common bacterial pathogens of co-infectious agents. Among the co-infectious pathogens, influenza viruses have been identified as the most common viral agents. In this study, Although there was no significant difference in parameters such as mortality rates and duration of hospitalization in patients with coinfection, we recommended that clinicians should consider the risk of coinfection, treatment of hospitalized patients and appropriate tests should be performed in suspected cases. During the pandemic, We think that influenza and pneumococcal vaccines should not be ignored in addition to COVID-19 vaccines, especially in the risky group.
Keywords: Coinfection, COVID-19, Multiplex Polymerase Chain Reaction