Balık gözü hastalığı ile ilişkilendirilen LCAT genindeki zararlı snp'lerin in slico yöntemler ile belirlenmesi
Determination of harmful SNPs in the LCAT gene association with fish eye disease by in slico methods
Yazar: SİNAN İLHAN CEYHAN
Danışman: PROF. DR. UĞUR CENGİZ ERİŞMİŞ
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Medikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Balık gözü hastalığı, lesitin kolesterol açil transferaz eksikliğinin serum serbest kolesterol seviyesinin yükselmesine yol açan, oldukça nadir görülen bir kolesterol metabolizması hastalığıdır. Günümüzde DNA'da kodlanan bölgelerde ve kodlanmayan bölgelerde bulunan SNP'lerin birçok hastalıkla ilişkisi gösterilmiştir. Bunlar arasında, yanlış anlamlı SNP'ler insanlarda proteinlerin fonksiyonel çeşitliliği ile sonuçlanan amino asit farklılıklarından sorumlu oldukları için oldukça önemlidir. Bu tez çalışmasında in siliko yöntemler kullanılarak bir analiz çalışması yapılmıştır. Balık gözü hastalığı ile ilişkilendirilen LCAT genindeki yanlış anlamlı SNP'lerin in siliko analizlerini yapabilmek amacıyla, kullanımı kamuya açık olan veri tabanları ve çevrimiçi yazılım araçları kullanılmıştır. LCAT geninde bulunan SNP'lerin bilgilerine NCBI dnSNP veri tabanından ulaşılmıştır ve 2836 SNP tespit edilmiştir. Bu SNP'lerden yanlış anlamlı olanlar filtrelenmiş ve tespit edilen 795 SNP araştırma için seçilmiştir.
SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, Mutation Assessor, SNAP2 ve PhD-SNP yazılım araçlarının her birinde aynı anda zararlı olduğu tahmin edilen amino asit değişimleri filtrelenmiştir. Toplam 7 adet varyantın tüm programlarda zararlı olduğu tespit edilmiştir. 
Daha sonra zararlı olduğu tespit edilen 7 adet varyantın protein stabilizasyonu üzerindeki olası etkilerini tahmin etmek amacıyla I-Mutant ve MUpro yazılım araçları kullanılmıştır. I-Mutant 3.0 yazılım aracı ile yapılan çalışmada 7 varyantın da protein stabilizasyonunu azaltıcı etkiye sahip olduğu belirlenmiştir.
LCAT genine ait yanlış anlamlı SNP'ler arasında zararlı/ hastalıkla ilişkili olabileceği belirlenen 7 SNP'nin MUpro çevrimiçi yazılım aracı ile yapılan analiz çalışmasında elde edilen bulgular sonucunda amino asit değişiminin tümünün protein stabilizasyonunu azalttığı tespit edilmiştir. Bu çalışma tanısal ve deneysel çalışmalara yol göstermek amacıyla yapılmıştır. 
Yüksek riskli olduğu tahmin edilen SNP'lerin, balık gözü hastalığı ile ilişkili deneysel ve klinik çalışmalarda öncelikli olarak değerlendirilmesi önerilmektedir.

Abstract:
Fish eye disease is an extremely rare disease of cholesterol metabolism in which lecithin cholesterolacyl transferase deficiency leads to increased serum free cholesterol levels. Today, SNPs located in coding regions and non-coding regions of DNA have been shown to be associated with many diseases. Among these, missense SNPs are very important as they are responsible for amino acid differences that result in functional diversity of proteins in humans. In this thesis study, an analysis study was carried out using in silico methods. In order to perform in silico analyzes of missense SNPs in the LCAT gene associated with fisheye disease, publicly available databases and online software tools were used. Information about SNPs in the LCAT gene was accessed from the NCBI dnSNP database and 2836 SNPs were detected. Among these SNPs, the missense ones were filtered and 795 detected SNPs were selected for research.
Amino acid changes predicted to be deleterious were simultaneously filtered out in each of the SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, Mutation Assessor, SNAP2 and PhD-SNP software tools. 
A total of 7 variants have been found to be harmful in all programs. I-Mutant and MUpro software tools were used to predict the possible effects of 7 variants, which were later found to be deleterious, on protein stabilization. In the study conducted with the I-Mutant 3.0 software tool, it was determined that all 7 variants had a reducing effect on protein stabilization.
As a result of the analysis conducted with the MUpro online software tool, it was determined that all of the amino acid changes reduced protein stabilization of 7 SNPs that were determined to be harmful/disease-related among the missense SNPs of the LCAT gene. 
This study was conducted to guide diagnostic and experimental studies. It is recommended that SNPs predicted to be high risk be evaluated as a priority in experimental and clinical studies related to fish eye disease.