Adenoid kistik karsinom ve mukoepidermoid karsinomlarda fısh yöntemi ve dizileme analizi ile mutasyon sıklığının araştırılması
Investigation of mutation frequency in adenoid cystic carcinoma and mucoepidermoid carcinoma using fish method and sequencing analysis
Yazar: MUHAMMED HASAN TOPER
Danışman: PROF. DR. SAFİYE AKTAŞ ; PROF. DR. SÜLEN SARIOĞLU
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Patoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Patoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Patoloji = Pathology

Özet:
Adenoid kistik karsinom (AKK) ve mukoepidermoid karsinomlar (MEK) sık izlenen tükürük bezi maligniteleridir. Çalışmamızda AKK'larda MYB yeniden düzenlenimi ve NICD ekspresyonu; MEK'larda MAML2 yeniden düzenleniminin ve AREG ekspresyonu sıklıklarının ve bu değişikliklerin klinikopatolojik parametreler ve sağkalımla ilişkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Ayrıca AKK'larda in siliko analiz yapılması amaçlanmıştır.
	Çok merkezli çalışmamızda retrospektif olarak 122 AKK ve 119 MEK olgusu bulunmaktadır. Olguların yaş, cinsiyet, boyut, evre, derece, lenfovasküler/perinöral invazyon gibi klinikopatolojik bilgileri kaydedilmiştir. AKK'larda immünohistokimya ile NICD ekspresyonu,  FISH ile MYB yeniden düzenlenimi; MEK'larda ise immünohistokimya ile AREG ekspresyonu ve FISH ile MAML2 gen yeniden düzenlenimleri değerlendirilmiştir. cBioPortal ve NCBI-GEO veritabanları, DAVID, g:Profiler ve STRING araçları, GSEA yazılımları ile genomik değişiklikler, farklı eksprese edilen genler (FEG) ve zenginleştirme analizleri in siliko olarak araştırılmıştır.
	AKK'larda %63,1 oranında MYB pozitifliği saptanmıştır. MYB sonucu ile klinikopatolojik parametreler, NICD ekspresyonu veya toplam sağkalım arasında ilişki saptanmamıştır. NICD ekspresyonu ≥%1 olgular, %57,4 oranında saptanmış olup, bu durum kötü sağkalımla ilişkilidir. NICD ekspresyonu ≥%90 olgular, %8,2 oranında saptanmış olup, bu durum yüksek dereceyle ilişkilidir. 
	AKK'larda in siliko analizle NOTCH1 ve KMD6A nokta mutasyonlarının, NFIB, MYB, MYBL1 yapısal değişikliklerinin sık olduğu görülmüştür. En farklı FEG'ler BMP7 ve ETV1 olmakla birlikte, MYB ilişkili olanlar KAT2B ve H3C12'dir. Zenginleştirme analizleriyle "sinyalleşme reseptör bağlanma" ve "kanserdeki transkripsiyonel regülasyon bozukluğu" terimleri saptanmıştır. GSEA ile en fazla "E2F hedefleri" gen seti zenginleştirilmiştir. 
	MEK'larda %62,2 oranında MAML2 pozitifliği saptanmıştır. MAML2 pozitifliği, yüksek derecenin izlenmemesi, lenfovasküler invazyon olmaması ve daha iyi toplam sağkalımla ilişkilidir.  AREG ekspresyonu %20,2 oranında saptanmış olup, MAML2 sonucu, sağkalım veya diğer parametreler arasında ilişki saptanmamıştır.
	Araştırmamızda AKK'larda MYB yeniden düzenlenimi, MEK'larda MAML2 yeniden düzenlenimi sık görülen bir değişikliktir. AKK'larda NICD ekspresyonu, kötü toplam sağkalım veya yüksek histolojik dereceyle, MEK'larda MAML2 yeniden düzenlenimi, iyi toplam sağkalımla ilişkilidir. Moleküler değişikliklerin tanımlanmasının, tanısal veya prognostik amaçlı kullanılabileceğini ve yeni çalışmalarda moleküler tanımlanan olgularda spesifik tedavi hedefi olabileceğini gösterebilir.

Abstract:
Adenoid cystic carcinoma (ACC) and mucoepidermoid carcinoma (MEC) are common salivary gland malignancies. This study aimed to evaluate MYB rearrangement and NICD expression in ACCs and MAML2 rearrangement and AREG expression in MECs, along with their clinicopathological correlations. Additionally, in silico analyses were conducted for ACCs.
The retrospective multicenter study included 122 ACC and 119 MEC cases. Clinicopathological data such as age, sex, size, stage, grade, and lymphovascular/perineural invasion were recorded. NICD expression in ACCs and AREG expression in MECs were evaluated using immunohistochemistry, while MYB and MAML2 rearrangements were analyzed with FISH. In silico analyses involved genomic alterations and differentially expressed genes (DEGs) using the cBioPortal, NCBI-GEO databases, DAVID, g:Profiler, STRING tools, and GSEA software.
MYB positivity was observed in 63.1% of ACCs but showed no correlation with clinicopathological parameters or survival. NICD expression ≥1% was detected in 57.4% of ACCs and was linked to poor survival, while NICD expression ≥90% was noted in 8.2% of cases and was associated with high tumor grade.
In silico analysis of ACCs revealed frequent NOTCH1 and KMD6A point mutations and structural alterations in NFIB, MYB, and MYBL1. The most differentially expressed genes (DEGs) were BMP7 and ETV1, while MYB-related DEGs included KAT2B and H3C12. Enrichment analyses identified terms such as "signaling receptor binding" and "transcriptional dysregulation in cancer." GSEA highlighted the "E2F targets" gene set.
In MECs, MAML2 positivity was observed in 62.2% of cases, correlating with lower-grade tumors, absence of lymphovascular invasion, and better survival. AREG expression (20.2% of cases) showed no association with survival or other parameters.
These findings indicate that MYB and MAML2 rearrangements are frequent in ACCs and MECs, respectively. NICD expression in ACCs is linked to poor outcomes, while MAML2 positivity in MECs correlates with better prognosis. Molecular profiling may aid in diagnosis, prognosis, and potential therapeutic targeting.