Ev yapımı Antakya sürk peynirlerinde bulunan küflerin klasik mikrobiyolojik ve moleküler yöntemlerle tayini
Identification of fungi species within home-made sürk cheese of Antakya via culture-based and molecular methods
Yazar: KIOUMPRA KIOURT MOLLA CHOUSEIN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİM SÜNER
Marmara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Süt, zengin besin öğeleri içeriğine sahip olup hem insanlar hem de mikroorganizmalar için iyi bir besin kaynağıdır. Sütün uzun süre içerisinde tüketilmesine imkân sağlamak amacıyla peynir gibi daha dayanıklı ürünlere işlenmesi binlerce yıldır uygulanan bir tekniktir. Peynirlerin türüne göre değişen ve arzu edilen belirli fiziksel nitelikleri bulunduğu gibi peynirin mikrobiyolojik içeriği de önem taşımaktadır. Antakya'da yaygın olarak üretilen ve tüketilen sürk peyniri, içeriğindeki zengin baharat ve bitki karışımlarıyla kendine has bir aromaya sahiptir ve 'doğal antibiyotik kaynağı' olarak bilinmektedir. Taze olarak tüketilebildiği gibi haftalar veya aylarca olgunlaştırıldıktan ve hatta üzerinde küf gelişmesi sağlandıktan sonra da tüketilebilmektedir. Bu çalışmada Antakya'nın farklı bölgelerinden elde edilen ev yapımı sürk peyniri örneklerinin küf içeriği yönünden geleneksel mikrobiyolojik ve yeni nesil sekanslama (NGS) yöntemleriyle moleküler düzeyde analizi amaçlanmıştır. Çalışmada olgunlaştırılmış peynir örneklerinin Potato Dextrose Agar (PDA) ve Bazal Medium (BM) besiyerinde 10 gün boyunca gelişimleri gözlenmiştir. Petri kaplarında koloni oluşumları izlenmiş ve ardından gelişen koloniden alınan örnekler mikroskopta incelenerek fotoğraflanmıştır. Fotoğraflama işlemi öncesinde örneklerin tür bazında tayinini kolaylaştırmak amacıyla örnekler, metilen mavisi ve melzer ayıracı ile boyanmıştır. Yapılan incelemeler sonucunda analiz edilen peynir örneklerinin dış ve iç bölgelerinden alınan örneklerde Penicillium roqueforti, Penicillium chrysogenum, Aspergillus flavus, Aspergillus glaucus, Candida albicans, Candida krusei, Fusarium chlamydosporum, Fusarium oxysporum ve Pseudallerscheria boydii (Scedosporium apiospermum) türlerine rastlanmıştır. DNA izolasyonu gerçekleştirilen örneklerin 18S rDNA sekansının tamamının sekanslanmasına dayalı olarak NGS yönteminin uygulanması için hizmet alımı yapılmıştır. Ancak örneklerden elde edilen DNA örneklerinin yapılan NGS analizinden, DNA kalitesinden kaynaklandığı söylenen sorunlar sebebiyle, sonuç alınamamış ve bu sebeple moleküler tür tayini gerçekleştirilememiştir.

Abstract:
Milk is a rich source of nutrients and has been a staple food for both humans and microorganisms for thousands of years. Processing milk into more durable products like cheese to allow for its consumption over extended periods has been a practiced technique. Depending on the type of cheese, specific desired physical qualities vary, and the microbiological content of the cheese is also important. Sürk cheese, commonly produced and consumed in Antakya, has a distinctive aroma due to its rich blend of spices and herbs and is known as a 'natural source of antibiotics.' It may consumed freshly or after weeks or even months of maturation, and even after allowing mold to develop on its surface. This study aims to analyze homemade sürk cheese samples obtained from different regions of Antakya at the molecular level in terms of their mold content using both traditional microbiological and next-generation sequencing (NGS) methods. Matured cheese samples were observed for growth on Potato Dextrose Agar (PDA) and Basal Medium (BM) culture media for ten days. Colony formations were monitored in Petri dishes, and subsequently, samples from developed colonies were examined under a microscope and photographed. Prior to the photography process, samples were stained with methylene blue and Melzer's reagent to facilitate species-level identification. As a result of the examinations, Penicillium roqueforti, Penicillium chrysogenum, Aspergillus flavus, Aspergillus glaucus, Candida albicans, Candida krusei, Fusarium chlamydosporum, Fusarium oxysporum, and Pseudallescheria boydii (Scedosporium apiospermum) species were found in samples taken from both the outer and inner regions of the cheese. Service procurement for the application of NGS method based on sequencing the entire 18S rDNA sequence of the isolated DNA samples was carried out. However, due to the issues attributed to DNA quality, no results were obtained from the NGS analysis of the samples, thus, fungal species characterization at molecular level could not be performed.