Topraktan izole edilen Bacillus türlerinin biyokalsifikasyon özelliklerinin belirlenmesi
Determination of biocalcification features of Bacillus species isolated from soil
Yazar: FATMA EROĞLU
Danışman: DOÇ. DR. FATMA ÖZTÜRK KÜP
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bacillus = Bacillus

Özet:
Çalışmada üreaz aktivitesine sahip Bacillus türlerinin topraktan izolasyonu, morfolojik ve moleküler tanımlanmaları ve kireç biriktirme (biyokalsifikasyon) özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. İnşaat alanlarından alınan toprak ve çimento örneklerinden Bacillus ve Staphylococcus türlerine ait toplam 14 bakteri izole edilmiştir. İzolatların tanımlanması 16S rRNA dizi analizi ile yapılmıştır. Yapılan tanımlama sonucuna göre 3 izolatın Staphylococcus pasteuri, 11 izolatın ise Bacillus cinsine ait olduğu belirlenmiştir. İzolatların üreaz aktiviteleri fenol-hipoklorid metoduna göre gerçekleştirilmiştir. CaCO3 birikimi katı ve sıvı besiyerinde belirlenmiştir. CaCO3 kristalleri taramalı elektron mikroskobu (SEM)  ile incelenmiştir.
Bacillus ve Stahyplococcus türlerine ait izolatların üreaz enzim aktiviteleri kontrol grubu Sporosarcina pasteurii karşılaştırlmıştır. Karşılaştırma sonucunda F1, F2 ve F3 olarak kodlanan Staphylococcus pasteuri türlerinin spesifik üreaz aktivitesi sırasıyla 9,2848 ±0,00, 9,0933±0,00 ve 9,0859 U/mg olarak tespit edilmiştir. Bacillus cinsine ait olan türler arasında en yüksek aktiviteye sahip olan tür 8,50999±0,00 U/mg değeri ile F10 (Bacillus mycoides) izolatı olarak belirlenmiştir. Bacillus türleri içerisinde en düşük spesifik aktiviteye sahip olan bakterinin ise 2,7510±0,04 U/mg değeri ile F14 (Bacillus thuringiensis) izolatı olduğu tespit edilmiştir. Taramalı elektron mikroskobu (SEM) görüntüleri sonucunda izolatların kalsit birikimi gerçekleştirdiği gözlemlenmiştir

Abstract:
This study aimed to determine isolation of Bacillus species having urease activity from soil, morphological and molecular identification and on lime deposition (biocalcification) features.
Total 14 bacteria belong to Bacillus and Staphylococcus species were isolated samples of soil and cement from construction sites. Identification of the isolates was carried out with 16S rRNA sequencing analysis. According to the identification results were identified as 3 strains Staphylococcus pasteuri and 11 strains belong to the genus Bacillus. Urease activity of the isolates was carried out according to the phenol-hypochlorite method. CaCO3 accumulation was determined in solid and liquid media. CaCO3 crystals were analyzed in the scanning electron microscope (SEM).
Urease enzyme activity of the isolates were compared to with control group Sporosarcina pasteurii. According to results, specific urease activity of F1, F2 and F3 were detected as 9,2848±0,00, 9,0933±0,00 ve 9,0859±0,04 U/mg respectively. F10 (Bacillus mycoides) was determined as species having the highest activity among the species belonging to the genus Bacillus with specific urease activity 8,50999±0,00 U/mg. The bacterium having the lowest specific activity was determined F14 (Bacillus thuringiensis) with specific urease activity 2,7510±0,04 U/mg value. Result images of scanning electron microscope (SEM) was observed that the accumulation calcite of isolates.