Türkiye'deki sultan ırkı tavuk popülasyonlarının mtDNA dizi analizine dayalı genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of sultan breed chicken populations in Turkey based on mtDNA sequence analysis
Yazar: KEMAL ESKİOĞLU
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ DEMİR ÖZDEMİR
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Gelişmekte olan ülkelerde olduğu gibi ülkemizde de çiftlik hayvanlarına ait yerli gen kaynakları yerlerini yabancı orijinli, yüksek verimli ticari hibrit genotiplere bırakmıştır. Çiftlik hayvanlarında yaşanan bu genetik erozyondan ise en fazla kanatlı hayvan türleri etkilenmiştir. Türkiye genetik çeşitlilik bakımından oldukça zengin bir yapıya sahip olmasına rağmen bugün yerli tavuk ırkı olarak sadece Denizli ve Gerze ırklarının tescil edilmiş olması yerli tavuk ırklarında yaşanan genetik erozyonun boyutlarını açıkça ifade etmektedir. Türkiye'nin birçok bölgesine başarı ile uyum sağlamış yerel tavuk ırkları bulunmasına rağmen, bu ırkların tanımlanması, morfolojik ve genetik özelliklerin belirlenmesi üzerine şimdiye kadar oldukça az sayıda araştırma yapılmıştır. Ülkemizdeki kanatlı biyo-çeşitliliğinin tanımlanması ve korunmasına destek verilmesi amacıyla bu yüksek lisans tez çalışmasında Türkiye'de uzun yıllardır süs tavuğu olarak yetiştirilen farklı lokasyonlardaki Sultan tavuk ırkı popülasyonlarının mtDNA düzeyinde genetik karakterizasyonu hedeflenmiştir. Bu tez kapsamında 5farklı lokasyondaki Türkiye Süs Tavukları ve Bahçe Hayvanları Federasyonu (TSHF) üyesi yetiştirici kümeslerinde bulunan Sultan tavuk ırkı popülasyonlarına ait toplam 30 bireyden tüy örnekleri toplanmıştır. Tüy örneklernden izole edilen mtDNA örneklerinde mitokondriyal D-Loop bölgesine ait dizi analizi Yeni Nesil Dizileme yöntemiyle yapılmıştır. Yapılan D-Loop dizi analizinde Sultan tavuk ırkından 29 bireyde 5 polimorfik bölgeyi temsil eden 3 haplotip tespit edilmiştir. Haplotip ve nükleotid çeşitliliği sırasıyla 0,557 ve 0,001 olarak bulunmuştur. Sultan tavuk ırkının farklılığını ortaya koymak üzere Sultan ırkına morfolojik olarak benzerlik gösteren toplam 8 tavuk ırkı ve filocoğrafik ilişkisinide belirlemek için 2 adet yerli ırkın dahil olduğu analizde 141 bireyde 46 polimorfik bölgeyi temsil eden 32 haplotip tespit edilmiştir. Yapılan haplotip ilişki analizi sonucunda Sultan tavuk ırkı diğer yerli tavuk ırklarımız olan Denizli ve Gerze ırkları ile E haplogrubunda yer almıştır. Yapılan filogenetik analizler Sultan ırkının ülkemizdeki geçmişini kanıtlar nitelik bilgi vermektedir.

Abstract:
As in developing countries, domestic gene resources belonging to farm animals in our country have been replaced by commercial hybrid genotypes of foreign origin with high efficiency. Poultry species were most affected by this genetic erosion in farm animals. Although Turkey has a very rich structure in terms of genetic diversity, the fact that only Denizli and Gerze breeds have been registered as domestic chicken breeds today clearly expresses the extent of genetic erosion experienced in domestic chicken breeds. Although there are local chicken breeds that have successfully adapted to many regions of Turkey, quite a few studies have been conducted so far on the descriptions, morphological and genetic characteristics of these breeds. In order to identify and support the protection of poultry biodiversity in our country, genetic characterization of Sultan chicken breed populations in different locations that have been raised as ornamental chicken in Turkey for many years has been made at the mtDNA level. A total of 30 feather samples were collected for mtDNA isolation from populations in breeder coops in 5 different locations affiliated with the Turkish ornamental chickens and garden animals Federation (TSHF). Mitochondrial D-Loop region and complete mitogenome sequence analyses were performed in isolated mtDNA samples. In D-Loop sequence analysis, 3 haplotypes, haplotype diversity and nucleotide diversity representing 5 polymorphic regions were found to be 0.557 and 0.00113 in 30 individuals of the Sultan chicken breed. In the analysis, 32 haplotypes were identified, representing 46 polymorphic regions in 141 individuals, which included chicken breeds morphologically like the Sultan breed and native breeds. In the network analysis, the Sultan chicken race took part in the Denizli and Gerze breeds, which are our other local chicken breeds, and the E haplogroup. The phylogenetic analysis carried out prove the history of the Sultan breed in our country, and the project results are expected to contribute to the breed registration process of the Sultan chicken.