Tavuklardandan izole edilen Escherichia coli suşlarının çeşitli antibiyotiklere dirençliliğin saptanması
Detection of resistance of Escherichia coli strains isolated from chickens to different antibiotics
Yazar: RAMIN JAHED
Danışman: PROF. DR. HAKAN YARDIMCI
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Tavuklar = Chickens ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Bu tez çalışmasında, kanatlı hayvanlardan E. coli izolasyonu ve izole edilen bu suşların özellikle insan ve hayvan sağlığında yaygın kullanılan çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Ayrıca tetrasiklin direncinden sorumlu genler olan tetA ve tetB genleri moleküler olarak araştırıldı.Bu tez kapsamında yapılan çalışmada incelenen 1500 adet karaciğer, kalp ve deri örneğinden, sırasıyla 108 (%21.6), 70 (%14.0) ve 35 (%7.0) adet E. coli izolasyonu gerçekleştirildi. Bu tez çalışmasında örneklenen toplam 1500 materyalin 213 (%14.2)'ünde E. coli izole edildi. Tezde toplam 213 E. coli izolatının disk difüzyon yöntemi ile antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesinde tetrasiklin, trimetoprim-sulfametaksozol, amoksisilin, eritromisin, doksisiklin, florfenikol, enrofloksasin kullanıldı. İzole edilen 213 E. coli suşunun 145 (%68.1)`inin tetrasikline, 192 (%90.1)`sinin trimetoprim-sulfametaksozole, 150 (%70.4)`sinin amoksisiline, 145 (%68.1)`inin eritromisine, 179 (%84.0)`unun doksisikline, 42 (%19.7)`sinin florfenikole, 171 (%80.3)`inin ise enrofloksasine dirençli olduğu saptandı). Tetrasiklin dirençliliğinin yanısıra E. coli'nin çoklu antibiyotik direnci fenotipik olarak değerlendirildi.Tez kapsamında gerçekleştirilen çalışmalarda tavuklardan izole edilen E. coli suşlarında tetrasiklin direncinin PZR ile moleküler tanısında tetA ve tetB genleri araştırıldı. Tavukların iç organ örneklerinden izole edilen 213 adet E. coli suşunun, 145 (%68.1)'inde tetA, 120 (%56.4)'inde ise tetB geni saptandı. İzolatların 86 (%40.4)'unda ise tetA ve tetB genleri birlikte tespit edildi.Yapılan tez çalışması kapsamında kanatlı hayvanlardan izole edilen E. coli suşlarında sahada yaygın olarak kullanılan antibiyotiklere karşı yüksek oranda direnç belirlendi.Tetrasikline dirençli izolatlar her iki teknikle de aynı oranda saptanması nedeniyle disk difuzyon tekniğinin teşhis laboratuvarlarında uygulanabilirliği daha yüksek bulunmakla birlikte moleküler yöntemin de uygun altyapıyı içeren laboratuvarlarda tanı hızını artırması nedeniyle faydalı olabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
In this study, isolation of E. coli from the poultry and investigation of antibiotic sensitivity of the isolates to the various antibiotics, especially used in human and veterinary medicine administrations. Besides, tetA and tetB genes, responsible of tetracycline resistance are investigated by the molecular methods.In this study performed in the thesis; 500 liver, heart and skin samples are investigated and E. coli is isolated 108 (%21.6), 70 (%14.0) and 35 (%7.0), respectively. A total of 1500 materials are sampled in the study and in 213 of them E. coli were isolated. In the study, discs of tetracycline, trimethoprim-sulfamethoxazole, amoxicillin, eritromycin, doxycycline, florfenicol, enrofloxacin are used for the determination of antibiotic resistance of the total of 213 E. coli isolates. It is determined that in 213 E. coli isolates, 145 (%68.1) is resistant to tetracycline, 192 (%90.1) to trimethomprim-sulfamethoxazole , 150 (%70.4) to amoxicillin, 145 (%68.1) to eritromycin, 179 (%84) to doxiycyline, 42 (%19.7) to florfenicol, and 171 (%80) to enrofloxacin.In this thesis, tetA and tetB genes are investigated for the molecular diagnosis of tetracycline resistance by PCR in E. coli strains which are isolated from chickens. Results indicated that of the 213 E. coli isolates from internal organs of chicken, 145 (%68.1) harbored tetA gene and 120 (%56.4) harbored tetB gene, and in 86 (%40.4) of the isolates, tetA and tetB gene detected together.E. coli isolates, which are isolated from the poultry is highly resistant to the antibiotics, is commonly being used in the field. Unconscious usage of the antibiotics and application of antibiotics which don?t base on any isolation and antibiogram tests, is thought to be the reason of this situation.The resistance in isolates to tetracycline was determined with the both methods at the same rate so that disk diffusion method is found more practical for the diagnostic laboratories, besides the molecular methods are also beneficial because of increasing the speed of diagnosis when it is practiced in the suitable substructure laboratories.