Trogoderma granarıum'un (Coleoptera: Dermestidae) diyapozla ilişkili genlerinin ifade düzeylerinin belirlenmesi
Expression profiles of diapause related genes in Trogoderma granarium (Coleoptera: Dermestidae)
Yazar: FATMA ÖZDAMAR
Danışman: PROF. DR. NURPER GÜZ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Diyapoz = Diapause ; Gen ifadesi regülasyonu = Gene expression regulation ; Tahıllar = Cereals ; Trogoderma granarium = Trogoderma granarium

Özet:
Hububat ürünleri ülkemiz açısından önemli ekonomik değere sahiptir. Bu nedenle hububat ürünlerinin hastalık ve zararlılardan korunarak saklanması önemlidir. Depo zararlısı Trogoderma granarium dünya çapında karantinaya dahil edilmiş 100 istilacı tür arasında yer almaktadır. Geniş konukçu tercihine sahip olması, döl sayısının uygun şartlar altında 12'ye kadar ulaşabilmesi ve uzun yıllar sürebilen diyapoz mekanizmasına sahip olması bu tür ile mücadeleyi zorlu kılmaktadır. Biyoteknolojik çalışmaların önem kazanmasıyla birlikte zararlılar ile mücadelede hedef genin bilgisinin bulunuyor olması önem kazanmıştır. Bu amaçla tez kapsamında T. granarium bireylerinin diyapozla ilişkili olduğu düşünülen 5 adet genin ifade düzeyleri analiz edilmiştir. Bu genler peritrophic matrix protein 14 precursor (PM), spidroin-1-like (SP), endochitinase A-like, A-kinase anchor protein 14-like [Ceratitis capitata] (EC) , anti-diruetic peptide precursor (ADH) olarak belirlenmiştir. Gen ifadelerine 4 farklı koşul (Açlık, feçes, populasyon, soğuk baskısı) ve 5 farklı dönemden (1., 2., 3. dönem larva, ergin dişi ve ergin erkek) elde edilen örneklerden 3 tekerrürlü olacak şekilde incelenmiştir. qPCR analizi sonucunda elde edilen CT değerleri, housekeeping genlere ait CT değerleri ile karşılaştırılmak üzere, 2-ΔCT formülü kullanılarak normalize edilmiştir. Örnekler arasındaki istatistiksel anlamlılık, tek yönlü varyans analizi (ANOVA) ve ardından Tukey's Honest Significant Difference (HSD) testi ile belirlenmiştir. Değerlendirmede koşullara göre EC geni hariç tüm genlerin soğuk baskısı altında, EC geninin ise popülasyon baskısında en fazla ifade edildiği bulunmuştur. Dönemlere göre ADH geni hariç diğer tüm genlerin 1. dönem larvada ifade düzeyinin en fazla olduğu bulunmuştur. ADH geni tüm dönemler arasında en fazla ergin dişide ifade edilmiştir. Bu çalışma ile elde edilen verilerin zararlı ile mücadelede böcek fizyolojisini hedef alan diğer bilimsel çalışmalara ışık tutacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Cereal products have an important economic value for our country. For this reason, it is important to store cereal products by protecting them from diseases and pests. The storage pest Trogoderma granarium is among the 100 invasive species included in quarantine worldwide. The fact that it has a wide host preference, the number of offspring can reach up to 12 under suitable conditions and it has a diapause mechanism that can last for many years makes it difficult to fight with this species. Recently, with the increasing of biotechnology studying in pest control, it has become important to have the knowledge of the target gene of the mechanism that is desired to be broken in the fight against pests. For this purpose, within the scope of the thesis, the expression levels of 5 genes thought to be associated with diapause in T. granarium individuals were examined. These genes were identified as peritrophic matrix protein 14 precursor (PM), spidroin-1-like (SP), endochitinase A-like, A-kinase anchor protein 14-like [Ceratitis capitata] (EC), anti-diruetic peptide precursor (ADH). Gene expressions were examined in 3 replications from samples obtained from 4 different conditions (starvation, faeces, population, cold pressure) and 5 different periods (1st, 2nd, 3rd instar larvae, adult female, and adult male). CT values obtained as a result of real-time PCR analysis were normalized to be compared with the CT values of housekeeping genes using the 2-ΔCT formula. Statistical significance between samples was determined by one-way analysis of variance (ANOVA) followed by Tukey's Honest Significant Difference (HSD) test. In the evaluation, it was found that all genes except the EC gene were expressed the most under cold pressure, and the EC gene was most expressed under population pressure according to the conditions. It was found that the expression level of all other genes except the ADH gene was the highest in the 1st instar larva according to the periods. ADH gene was most expressed in adult females among all periods. It is thought that the data obtained from this study will shed light on other scientific studies.