Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis'in fenotipik ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonu
Phenetic and molecular methods for characterization of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis
Yazar: SÜMEYRA ACAR
Danışman: PROF. DR. EKREM ATALAN
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Çalışmamızın amacı, ülkemizin çeşitli illerinden izole edilen insan, gıda ve çevresel kaynaklı Salmonella enteritidis suşlarının neden olduğu enfeksiyonlardaki direnç sorununu öncelikle antimikrobiyal duyarlılık testi ile ortaya koymak ve izolatların fenotipik ve moleküler karakterizasyonunu yapmaktır. Çalışmamızda, Türkiye'nin 9 farklı ilinden izole edilen insan, gıda ve çevresel kaynaklı toplam 55 Salmonella enteritidis suşu üzerinde çalışıldı. Test mikroorganizmalarının moleküler karakterizasyonu için plazmit profil analizi ve PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) yöntemleri kullanıldı ve analiz sonuçları dendogram olarak sunuldu.Suşların antimikrobiyal duyarlılık paternlerini tespit etmek amacıyla 21 antibiyotik diski kullanıldı. Suşların tümü; amikasin, siprofloksasin ve gentamisin antibiyotiklerine duyarlı bulundu. Diğer antibiyotiklere karşı %1.81 ile %12.7 arasında değişen oranlarda direnç tespit edildi. Çalışmada incelediğimiz 55 Salmonella enteritidis kökeninden 50'sinin (%90.9) plazmit taşıdığı belirlendi. En sık görülen plazmit profilinin; 57,46 kb'lik plazmitin tek başına ve diğer plazmitlerle birlikte taşındığı pek çok profil olduğu belirlendi. 55 izolatın DNA profillerinin karşılaştırılması sonucunda 15 ayrı PFGE paterni elde edildi. Klonal olarak ayırt edilemez 38 izolat %95 ve üzeri benzerlik oranında 3 ayrı PFGE paterni içerisinde yer alırken, yakın ilişkili 11 izolat %85 ila 95 arasında benzerliğe sahip olup 6 ayrı PFGE paterni içerisinde yer aldı. Klonal olarak ilişkisiz 6 izolat ise 6 ayrı patern içerisinde yer aldı.Plazmit ve PFGE sonuçları bionumerik programında analiz edildi ve sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu.Bu çalışmayla, halk sağlığı açısından önem arz eden ve zorunlu bir patojen olan S. enteritidis'in iki farklı yöntemle alt tipleri belirlendi. Ayrıca gıda, çevresel ve klinik izolatların kullanıldığı bu çalışmada, S. enteritidis bakterilerinin epidemiyolojik karakterizasyonunda plazmit profili ve PFGE tiplendirme metodlarının güvenilir olduğu belirlendi.Anahtar kelimeler: Salmonella enteritidis, Plazmit, PFGE, Antimikrobiyal duyarlılık.

Abstract:
The aim of this study is to characterize S. enteritidis strains isolated from human, food and environmental samples using phenotypic and molecular techniques and search resistance issue in the infection caused by this bacteria, particularly, using antimicrobial suscebility tests. Plasmid profile analysis and PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis) techniques were used for molecular characterization of total 55 S. enteritidis strains collected from 9 different cities of our country and bionumeric analysis are presented as dendogram.Test strains were scaned against 21 antibiotics and 3 (Amicasine, Ciprofloxacin, Gentamicin) out of 21 were found sensitive to all strains. 50 (90,9%) out of 55 S. enteritidis studied in the study were determined carrying plasmid. I found most of test strains carry 57,46 kb plasmid in common with some other plasmid types. 15 PFGE patterns were seen after electrophoration test strains. 6 patterns were identical for 11 isolates related closely and similarity was between 85 and 95 percent while 3 patterns were identical for 38 isolates over 95% and undistinguished. Also, 6 patterns of 6 isolates were unrelated each other on colonel base.Thus, subspecies of S. enteritidis, an obligate pathogen, an acquired data were shared with scientific society and presented for community health. This study show that epidemiological usefulness of PFGE and plasmid profile typing in characterization S. enteritidis isolates from clinical, food borne and environmental samples are reliable for epidemiologic studies.Key words: Salmonella enteritidis, Plasmid, PFGE, Antimicrobial sensibility.