Meme kanserli olgularda her2 ve top2a gen düzensizlikleri ve kanserle ilişkili diğer genlerin epigenetik durumu ile ilişkilendirilmesi
Association of her2/neu and top2a gene alterations with epigenetic status for other cancer related genes in breast cancer patients
Yazar: AYŞE FEYDA NURSAL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. OĞUZ ÇİLİNGİR
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: FISH = FISH ; Gen amplifikasyonu = Gene amplification ; Genetik = Genetics ; Genler = Genes ; Genler-tümör baskılayıcı = Genes-suppressor-tumor ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Metilasyon = Methylation ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies

Özet:
HER2/neu protoonkogeni kromozom 17q12-21'de lokalizedir ve invaziv meme karsinomlarının yaklaşık %25-30'unda amplifiye ve aşırı eksprese olur. DNA topoizomeraz 2 alfa insanlarda TOP2A geni tarafından kodlanan bir enzimdir. Bu enzim transkripsiyon sırasında DNA'nın topolojik durumunu kontrol eder ve değiştirir. Düzensiz kromozom kopya sayısı değişikliği veya anozomi 17'e invaziv meme kanserinde sık rastlanır.Epigenetik gen dizisinde değişiklik olmadan gen ekspresyonunda reversibl ve kalıtımsal değişiklik olarak tanımlanır. RASSF1A ve APC genleri meme kanserinde sıklıkla inaktive olan tümör baskılayıcı genlerdir.Bu çalışmada retrospektif olarak HER2/neu, TOP2A genleri ve CEP 17 kopya sayısı değişiklikleri yüksek riskli 60 hastanın tümör dokusundan FISH analizi ile incelendi ( tümör boyutu?2 cm. ve/veya lenf ve/veya uzak metastazı olan ve /veya 40 yaş altı hastalar). RASSF1A ve APC gen promotor metilasyon seviyeleri Metilasyon Sensitif Yüksek Çözünürlüklü Erime Analizi ile incelendi.Çalışmamızda HER2/neu gen amplifikasyonu %25, eşlik eden TOP2A gen amplifikasyonu %53.4 ve delesyonu %13.3 olarak bulundu. HER2/neu gen amplifikasyonu yüksek grade, ER( ?)'liği ve PR(?)'liği ile birliktelik gösterdi. Polizomi 17 hastaların %23.3'ünde mevcuttu. RASSF1A ve APC gen metilasyon seviyeleri %96.6 ve %43.3'dü. HER2/neu gen amplifikasyonu yüksek oranda RASSF1A gen metilasyonu ile birlikte bulundu. Bu bulgular HER2/neu pozitif olan tümörlerde epigenetik farklılıklar olduğunu göstermektedir.Sonuç olarak çalışmamızın bu alanda yapılacak diğer çalışmalara bilgiler vereceği düşüncesindeyiz. Çalışmamız, Türk populasyonunda HER2/neu, TOP2A genleri kopya sayıları ile RASSF1A, APC genleri promotor metilasyonu arasındaki ilişkinin incelendiği ilk çalışma olması bakımından önemlidir.Anahtar kelimeler: Meme Kanseri, HER2/neu geni, TOP2A geni, FISH, RASSF1A geni, APC geni, Metilasyon, MS-HRM

Abstract:
Breast cancer is an important public health problem worldwide. Breast cancer is the type of cancer most frequently seen among women in the world.The HER2 /neu protooncogene is amplified and overexpressed in approximately 25-30% of invasive breast carcinomas. DNA topoisomerase 2-alpha is an enzyme that controls and alters the topologic states of DNA during transcription. Aberrant numerical changes in chromosome copy or aneusomy 17 are frequently encountered in invasive breast cancer. RASSF1A and APC gene are putative tumor-suppressor genes that are frequently inactivated epigenetically in breast cancer.In this study we analysed retrospective HER2, TOP2A gene and CEP17 copy number alterations by FISH analysis in primary tumor core biopsies from 60 high-risk primary breast cancer patients (tumors ?2 cm and/or lenfatic metastase and/or distant metastases and/or under 40 years) . The methylation levels of the RASSF1A, APC gene promoters were assessed by MS-HRMIn study, HER2/neu amplifications were identified in 25% and TOP2A coamplications in 53.4% and deletions in 13.3% of patients. HER2/neu gen amplification is found to be associated with high grade, ER negativity and PR negativity. Polysomy17 was present in 23.3% of patients. RASSF1A and APC methylation frequencies were 96.6% and 43.3%. HER2/neu gene amplification was found to be high together with RASSF1A promotor methylation levels. These findings indicate that there are epigenetic differences in HER2/neu positive breast tumors.Our study is important as being the first study that analyzes association between HER2/neu, TOP2A gene copy numbers and RASSF1A, APC gene promotor methylation status in Turkish population.Key words: Breast cancer, HER2/neu gene, TOP2A gene, FISH, RASSF1A gene, APC gene, Methylation, MS-HRM Analysis