Kalıtsal retinal distrofi hastalarında saptanangenetik varyantların değerlendirilmesi /
Yazar: ŞENOL DEMİR
Danışman: DOÇ. DR. BİLGEN BİLGE GEÇKİNLİ ; PROF. DR. AHMET ARMAN
Marmara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Amaç: Kalıtsal retinal distrofiler (KRD), retina pigment epiteli veya fotoreseptörlerin dejenerasyonu ile karakterize ilerleyici genetik bir hastalıktır. Çalışmamızın amacı KRD nedeniyle panele alınarak araştırılan hastaların genetik sonuçlarını klinik bulgularla beraber değerlendirmektir. Ayrıca literatürde Türk populasyonunda KRD'ye yönelik genetik çalışmalar oldukça azdır ve sınırlı sayıda hasta ile yapılmış çalışmalar bulunmaktadır. Bu nedenle çalışmamızın bir diğer önemli amacı da KRD hastalarına Yeni Nesil Dizileme (YND) yöntemi ile genetik tanı koyma oranının daha geniş hasta populasyonu üzerinden değerlendirilmesidir.
Gereç ve Yöntem: Çalışma kapsamında KRD tanısı almış 52'si erkek, 42'si kadın toplamda 94 hasta dahil edildi. Hastaların klinik bulguları, aile öyküleri hastaların poliklinik dosyalarından; görüntüleme tetkikleri ise hastane sisteminden araştırılarak kaydedildi. Dahil edilme ve dışlanma kriterlerini karşılayan hastaların periferik kanlarından DNA izolasyonu yapıldı. YND yöntemi ile KRD ile ilişkili 141 gen güncel kılavuzlar ve veritabanları kullanılarak analiz edildi.
Bulgular: Hastaların 77 (%81) sinde klinik önemi bilinen 58 (%52,25) patojenik, 39 (%35,14) olası patojenik ve 14 (%12,6) adet klinik önemi belirsiz varyant (VUS) olarak sınıflandırılabilecek 111 varyant saptandı. Bunlardan 32 tanesi (%29) daha önce literatürde bildirilmemiş varyantlar olup çalışmamız ile literatüre kazandırıldı. Hastalardan 29'una Retinitis Pigmentosa (RP) (%30), 10'una Leberin konjenital amorozisi (LKA) (%10,6), 10'una Stargardt (%10,6), 8'ine Usher Sendromu (US) (%8,5), 4'üne Bardet Biedl Sendromu (BBS) (%4,3), 4'üne Bietti Kristalin Korneoretinal distrofi (BKD) (%4,3) tanısı konuldu.
Sonuç: Çalışmamızda hastaların %81'ine tanı konulması YND yöntemiyle KRD ile ilişkili gen paneli analizinin KRD hastalarında oldukça etkili bir yöntem olduğunu göstermektedir. Güncel literatürde Türk populasyonunda KRD genetik analizine yönelik çok az sayıda çalışma olduğu için çalışmamız bu açıdan literatüre katkı sağlamaktadır. Ayrıca saptadığımız 32 yeni varyant ile literatürdeki KRD ilişkili varyant spektrumuna katkı sağlanmıştır.

Anahtar Kelimeler: Kalıtsal retinal distrofi, Retinitis pigmentosa, Yeni nesil dizileme yöntemi

Abstract:
Objective: Inherited retinal dystrophy (IRD) is a progressive genetic disorder characterised by degeneration of the retinal pigment epithelium or photoreceptors. The aim of our study was to evaluate the genetic results of patients who were investigated in a panel for IRD together with clinical findings. In addition, genetic studies on IRD in the Turkish population are very few in the literature and studies with a limited number of patients are available. Therefore, another important aim of our study is to evaluate the rate of genetic diagnosis of IRD patients by Next Generation Sequencing (NGS) in a larger patient population.
Material and methods: A total of 94 patients, 52 males and 42 females, diagnosed with IRD were included in the study. Clinical findings and family history of the patients were obtained from the outpatient clinic files and imaging investigations were obtained from the hospital system and recorded. DNA was isolated from the peripheral blood of patients who met the inclusion and exclusion criteria. Using the NGS method, 141 genes associated with inherited retinal dystrophy were analysed using current guidelines and databases.
Results: In 77 (81%) of the patients, 111 variants were detected, of which 58 (52.25%) were pathogenic, 39 (35.14%) were likely pathogenic and 14 (12.6%) could be classified as Variant of Uncertain Significance (VUS). Of these, 32 (29%) variants were not previously reported in the literature and were included in the literature with our study. Retinitis Pigmentosa (RP) was diagnosed in 29 patients (30%), Leber's congenital amaurosis (LCA) in 10 patients (10.6%), Stargardt's disease in 10 patients (10.6%), Usher Syndrome (US) was diagnosed in 8 patients (8.5%), Bardet Biedl Syndrome (BBS) in 4 patients (4.3%) and Bietti Crystalline Corneoretinal Dystrophy (BCD) in 4 patients (4.3%).
Conclusion: In our study, 81% of the patients were diagnosed, indicating that IRD-related gene panel analysis by NGS method is a highly effective method in IRD patients. In the current literature, there are very limited number of studies on IRD in Turkish population. Since there are very few studies on the genetic analysis of IRD in the Turkish population in the current literature, our study contributes to the literature in this respect. In addition, we contributed to the spectrum of IRD-related variants in the literature with 32 new variants we reported.
Key words: Hereditary retinal dystrophy, Retinitis pigmentosa, Next generation sequencing