COVID-19 hastalarında sars COV-2 virüs saçılımı ve nötralizan antikor düzeyleri
Shedding of SARS COV-2 virus in COVID-19 patients and neutralizing antibody levels
Yazar: TUĞBA AYHANCİ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
Sakarya Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bulaşıcı hastalıklar = Communicable diseases ; COVID 19 = COVID 19 ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; SARS virüsü = SARS virus ; İmmünoglobülin G = Immunoglobulin G

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada COVID-19 hastalarından alınan çeşitli klinik örneklerde SARS CoV-2 RNA'sının varlığı, virüsün saçılım profili ve enfeksiyonu geçiren hastalarda anti SARS CoV-2 IgG ve nötralizan antikor yanıtlarının araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM: Çalışmaya toplumdan 47 COVID-19 hastası (TCH, Mayıs-Haziran 2020) ve 30 sağlık çalışanı COVID-19 hastası (SCH, Kasım-Aralık 2020) dahil edildi. SARS CoV-2 RNA'sının araştrılması için TCH grubundan 0, 3, 7, 14 ve 28. günlerde orofareks, nazofarenks, balgam, kan, dışkı ve idrar örnekleri alındı. Anti SARS CoV-2 IgG ve nötralizan antikorların (NAb) belirlenmesi için TCH ve SCH grubundan ardışık günlerde serum örnekleri alındı. Virüsün RNA'sı; RT-PCR,  anti SARS CoV-2 IgG antikor düzeyleri; ELISA, NAb düzeyleri; hücre kültürü ve temsili nötralizasyon testi yöntemleri ile belirlendi. 
BULGULAR: SARS CoV-2, en yüksek oranda sırasıyla nazofarenks (%100), dışkı (%65,8), balgam (%45,7), orofarenks (%41,3), kan (%5,3) ve idrar (%2,2) örneklerinde saptanmıştır. Viral saçılımın solunum yolu örneklerinde 14 gün, dışkı örneklerinde 60 güne kadar devam ettiği gözlenmiş, kan örneklerinde 3. günden sonra virüs saptanmamıştır. Viral yükün solunum yolu örneklerinde tanı anında en yüksek düzeyde olduğu, dışkı örneklerinde 7. günde pik yaptığı görülmüştür. Dördüncü ayda TCH grubu hastaların tümünde IgG pozitifliği bulunmuş, SCH grubu hastaların sadece %82,1'inde seropozitiflik saptanmıştır. İlk ay sonunda TCH grubu hastaların tümünde (%100) NAb tespit edilmiştir. NAb titrelerinin 28. günde pik yaptığı ve sonrasında düşüş gösterdiği belirlenmiştir. SCH grubu hastaların %26,1'nin düşük, %47,8'inin orta, %26,1'nin yüksek titrede temsili NAb oluşturduğu belirlenmiştir.
SONUÇ: Sonuç olarak; balgam, dışkı, kan ve idrar gibi birçok örnekte SARS CoV-2 RNA'sı saptanmış, dışkı örneklerinde viral saçılımın aylarca devam edebildiği gözlenmiştir. Hastalarda büyük oranda 4. ayda anti SARS CoV-2 IgG antikor pozitifliği gözlenmiştir. Koruyucu antikor düzeylerinin hastalığın geçirildiği ilk ayda en yüksek düzeye ulaştığı belirlenmiştir. Bu bulgular, aşılama stratejileri ve pandemi ile mücadelede önemlidir. Ancak, virüs saçılım ve antikor titre çalışmaları için daha detaylı ve kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.

Abstract:
INTRODUCTION AND AIM: In this study, it was aimed to investigate the presence of SARS CoV-2 RNA in various clinical samples taken from COVID-19 patients, the shedding profile of the virus, and the anti-SARS CoV-2 IgG and neutralizing antibody responses in infected patients.
METHODS: 47 COVID-19 patients from the community (CCP, May-June 2020) and 30 healthcare worker COVID-19 patients (HCWP, November-December 2020) were included in the study. Oropharynx, nasopharynx, sputum, blood, stool and urine samples were taken from the CCP group on days 0, 3, 7, 14 and 28 to investigate SARS CoV-2 RNA. Serum samples were taken from CCP and HCWP groups on consecutive days for the determination of anti SARS CoV-2 IgG and neutralizing antibodies (NAb). RNA of the virus; RT-PCR, anti-SARS CoV-2 IgG antibody levels; ELISA, NAb levels; determined by cell culture and surrogate neutralization test methods.
RESULTS: SARS CoV-2 had the highest rates in the nasopharynx (100%), stool (65.8%), sputum (45.7%), oropharynx (41.3%), blood (5.3%), and urine, respectively. It was detected in (2.2%) samples. It was observed that viral shedding continued for 14 days in respiratory tract samples and up to 60 days in stool samples, and no virus was detected in blood samples after the 3rd day. It was observed that the viral load was at the highest level at the time of diagnosis in respiratory tract samples, and peaked on the 7th day in stool samples. At the fourth month, IgG positivity was found in all CCP group patients, and seropositivity was found in only 82.1% of HWCP group patients. At the end of the first month, NAb was detected in all (100%) patients in the CCP group. In CCP group patients, NAb titers peaked on the 28th day and then decreased. It was determined that 26.1% of the patients in the HCWP group had low, 47.8% moderate and 26.1% high titers of surrogate NAb.
CONCLUSION: As a result; SARS CoV-2 RNA was detected in many samples such as sputum, stool, blood and urine, and it was observed that viral shedding in stool samples could continue for months. Anti-SARS CoV-2 IgG antibody positivity was observed in most of the patients at the 4th month. It was determined that protective antibody levels reached the highest level in the first month of the disease. These findings are important in vaccination strategies and in the fight against the pandemic. However, more detailed and comprehensive studies are needed for virus scattering and antibody titer studies.