Plevra sıvısının mikrobiyolojik incelenmesi ve antibiyotik dirençliliği
Microbiological examination of pleural fluid and antibiotic resistance
Yazar: ESMA GÜLAÇAR
Danışman: DOÇ. DR. GÜLHAN BORA
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Eczacılık Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Akciğer = Lung ; Ampiyem = Empyema ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Katalaz = Catalase ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Penisilinaz = Penicillinase ; Plevra hastalıkları = Pleural diseases ; Plevra sıvısı =   ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Plevral efüzyonların en sık nedeninin infeksiyonlar olduğu, bunların 3/5'inin pnömoniye sekonder, diğerlerinin ise ampiyem olduğu belirlenmiştir.Plevral enfeksiyonlarda en sık izole edilen etkenler Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae,ve Streptococcus pyogenes'tir. Hastane kaynaklı pnömönilerde çok sayıda çoklu ilaç direnci saptanan etken vardır. Çoklu ilaç direncinin görüldüğü bakteriler şunlardır:Burkholderia cepacia (nadir)Stenoptrophomonas maltophilia, Metisiline dirençli Staphilococcus aeureus(MRSA),  GSBL ve/veya karbapenemaz (NDM, OXA-48) üreten Klebsiella pneumonia,  Acinetobacter baumannii/ calcoaceticus complex , Escherichiacoli ve diğer Enterobacteriaceae (GSBL veya karbapenemaz üreten),Pseudomonas aeuruginosa'dır.Çalışmamızda Van yöresinde plevra sıvılarından izole edilen etkenlerin antibiyotik dirençliliklerini ve bu etkenlerin sıklığını belirlemeyi hedefledik. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Araştırma hastanesi yoğun bakım servislerinde tedavi görmekte olan plevral efüzyon tanılı 100 hastanın plevra sıvıları değerlendirildi. Kültürlerin koloni morfolojileri. Katalaz testi, oksidaz testi ve gram boyama gibi biyokimyasal testleri değerlendirildi. Bakterilerin identifikasyonu ve antibiyogram testi değerlendirmesi için Vitek 2 Compact (Biomerieux, USA) cihazı kullanıldı. İzole edilen bakteriler Esherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae ve S. aureus olarak belirlendi.  Üç  izolatınçoklu ilaç direnci gösterdiği, bu izolatların hem karbapenem direncine hem de genişlemiş β-laktam direncine sahip olduğu görüldü. Çoklu ilaç dirençli K. pneumoniae,P. Aeruginosave E.coli nedenli gelişen plevral efüzyonun en iyi kolistin ile tedavi edilebileceği belirlendi. Fenotipik olarak çoklu ilaç direnci gösteren gram negatif bakteriler moleküler incelemeye alınarak blaOXA-48, blaIMPve blaNDM-1geni taşıyıcılıkları değerlendirildi. 8 tane K. pneumoniae izolatının blaOXA-48 taşıyıcısı, 1 E. coli izolatımızın blaNDM-1geni taşıyıcısı olduğu belirlendi.  blaIMP genine rastlanmadı. Sonuç itibariyle bulguların bölgede plevral efzüyonda gelişen dirençli suşların direnç genlerinin saptanması antibiyotik dirençliliği ve duyarlılıklarının dünya literatür bilgisine  ve enfeksiyonla mücadeleye önemli katkılar sağlayacağı ön görüldü.
Anahtar Kelimeler: Antibiyotik dirençliliği, Plevral Efüzyon, Klebsiella  Pneumoniae,  Karbapenem.

Abstract:
It was determined that the most common cause of pleural effusions was infections, 3/5 of them were secondary to pneumonia and the others were empyema. The most commonly isolated agents in pleural infections are Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, and Streptococcus pyogenes. In hospital-acquired pneumonia, there are many multi-drug resistant agents. Bacteria with multi-drug resistance are: Burkholderia cepacia (rare) Stenoptrophomonas maltophilia, Methicillin-resistant Staphilococcus aeureus (MRSA), ESBL and/or carbapenemase (NDM, OXA-48)-producing Klebsiella pneumonia, Acinetobacter baumannii/calcoaceticichia coliaceae other Enterobacteriaceae (ESBL or carbapenemase producing) is Pseudomonas aeuruginosa. In our study, we aimed to determine the antibiotic resistance of the agents isolated from pleural fluids in the Van region and the frequency of these agents.  
The pleural fluids of 100 patients with pleural effusion who were being treated in the intensive care units of Yüzüncü Yıl University Research Hospital were evaluated. Colony morphologies of cultures. Biochemical tests such as catalase test, oxidase test and gram stain were evaluated. Vitek 2 Compact (Biomerieux, USA) device was used for identification of bacteria and evaluation of antibiogram test. The isolated bacteria were determined as Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae and S. aureus.  It was observed  that tree  isolates showed multidrug resistance, and these isolates had both carbapenem resistance and expanded β-lactam resistance. It was determined that pleural effusion caused by multi-drug resistant K. pneumoniae, P. aeruginosa and E. coli can be best treated with colistin. Gram-negative bacteria showing phenotypically multi-drug resistance were taken into molecular analysis and their blaOXA-48, blaIMP and blaNDM-1 gene carriers were evaluated. It was determined that 8 K. pneumoniae isolates were blaOXA-48 carriers and 1 E. coli isolates were blaNDM-1 gene carriers. No blaIMP gene was found. As a result, it was predicted that the findings will provide important contributions to the knowledge of the world literature and the fight against infection in the detection of resistance genes of resistant strains developing in pleural effusion in the region, antibiotic resistance and susceptibility.

Keywords: Antibiotic resistance, Pleural Effusion, Klebsiella Pneumoniae, Carbapenem