Kolorektal kanserlere epigenetik yaklaşım; APC tümör supresör gen fonksiyon analizleri
Epigenetic approach to colorectal cancer; the functional analysis of tumor supressor gene APC
Yazar: EBRU ŞIK
Danışman: PROF. DR. ÖZTÜRK ÖZDEMİR
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Adenokarsinom = Adenocarcinoma ; DNA = DNA ; Gastrointestinal neoplazmlar = Gastrointestinal neoplasms ; Genler = Genes ; Genler-tümör baskılayıcı = Genes-suppressor-tumor ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Metilasyon = Methylation ; Metiltransferaz = Methyltransferase ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Kolorektal karsinogenez (KRK), normal hücrenin kanser hücresine dönüşümünde genetik ve epigenetik değişikliklerin rol aldığı çok basamaklı bir süreçtir ve moleküler genetiği tüm insan kanserleri arasında en iyi anlaşılmış olanıdır. Günümüzde gelişen teknoloji sayesinde ve epigenetik faktörlerin kanserdeki rollerinin anlaşılmasıyla bu alanda yoğun çalışmalar yapılmaya başlanmıştır. Tümör supresör genlerin promotor bölgelerinde CpG adacıklarının anormal metillenmesi, genlerin aktivitelerini bozabilir ve susturulmasına yol açar. Bu sessizlik hücre bölünmesi boyunca kalıtılır ve metilasyon inhibitörleri ile muamele haricinde geri dönüşümsüz olduğu kabul edilir.   
Çalışmamızda kolorektal kanser tanısı alan farklı tümör evresi ve farklı yaş gruplarından 20 birey yer almıştır. Öncelikli olarak tümör supresör APC geni, bunun yanında tümör supresör TP53, MGMT (191 nt), MGMT (346 nt), MSH6, BRCA1 ve BRCA2 genlerine ait promotor bölge metilasyon profilleri araştırılmıştır.  Metod olarak, metil spesifik MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) yöntemi kullanılmıştır. Analizi amaçlanan gen bölgelerinin metilasyon paternleri SALSA MS-MLPA ME002-C1 tumor suppressor-2 probemix kiti kullanılarak incelenmiştir. Analizleri sonucunda APC geni %100 (20/20), TP53 geni %60 (12/20), MGMT (191 nt) geni %10 (2/20), MGMT (346 nt) geni %10 (2/20), MSH6 geni %60 (12/20) oranında metilasyon saptanmıştır.  BRCA1 ve BRCA2 genlerinde metilasyon saptanmamıştır.
Elde edilen epigenetik analizler, kanser vakalarında hem tümörlü dokuya özgü tedavi yöntemlerin geliştirilmesinde hem de sağkalım oranlarının artmasında oldukça yararlı olacaktır.

Abstract:
Colorectal carcinogenesis is a multistep process that occured genetic and epigenetic changes in the transformation of normal cells into malignant cells and colorectal cancers, all of the molecular genetics of human cancer is the most well understood. Today, thanks to advanced technologies and understanding of the role of epigenetic factors in cancer, intensive studies have been started in this area. Abnormal methylation of CpG islands that tumor suppressor genes of the promoter regions, genes activity can disrupt and leads to silencing. This silence is inherited through cell division and except treatment with methylation inhibitors are considered to be irreversible. 
In our study involved in nineteen individuals have diagnosis of colorectal cancer who has been different tumor stage and different age groups. Firstly, the APC tumor suppressor gene, besides the tumor suppressor TP53, MGMT (191 nt), MGMT (346 nt), MSH6, BRCA1 and BRCA2 genes belonging to the promoter region methylation analysis was performed.  In the method, methyl specific MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) method was used. Analysis of the methylation pattern of gene regions was examined using SALSA MS-MLPA ME002-C1-2 tumor suppressor kit probemix. As a result of analysis APC gene 100% (20/20), TP53 gene, 60% (12/20), MGMT (191 nt) gene is 10% (2/20), MGMT (346 nt) gene 10% (2/20), MSH6 genes is 60% (12/20) methylation ratio was determined.
The obtained epigenetic analyzes, in the cancer cases both specific to tumor tissue development of treatment methods and in increasing of survival rate will be quite useful.