Saanen ırkı keçilerde IGF-1, PRLR ve LEP gen polimorfizmlerinin ve verim özellikleri ile ilişkilerinin belirlenmesi
Determination of IGF-1, PRLR and LEP gene polymorphisms  and their associations with production traits in Saanen goats
Yazar: MUSTAFA CAN YILMAZ
Danışman: PROF. DR. GÜLDEHEN BİLGEN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı / Biyometri ve Genetik Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Amaç: Bu tez çalışmasında, Saanen ırkı keçilerde IGF-1, PRLR ve LEP gen polimorfizmlerinin ve bu polimorfizmler ile süt verimi ve içeriği, oğlak sütten kesim ağırlığı ve doğumda oğlak sayısı gibi verim özellikleri arasındaki ilişkilerin araştırılması amaçlanmıştır.
Materyal ve Yöntem: Manisa'da özel bir çiftlikte yetiştirilen 72 baş Saanen ırkı keçiden eküvyon çubukları ile burun içi epitel hücre örnekleri toplanarak bu örneklerden DNA izolasyonu yapılmıştır. Elde edilen DNA'lardan, IGF-1 geni 5' flanking, PRLR geni 5' UTR ve LEP geni 2. ekzon bölgelerinden sırasıyla 294, 162 ve 412 baz çiftlik bölgeler PCR ile çoğaltılmıştır. IGF-1, PRLR ve LEP geni PCR ürünleri, genotipleme amacıyla sırasıyla Cac8I, Hin1II ve NmuCI restriksiyon enzimleri ile kesilmiştir. Kesim sonrası genotip ve allel frekansları hesaplanarak Hardy-Weinberg dengesi kontrolü yapılmıştır. Genotipler ile verim özellikleri arasındaki ilişkiler 61 anaç hayvan ve bu anaçlara ait 81 oğlak üzerinde SPSS istatistik paket programı kullanılarak Genel Doğrusal Modele göre hesaplanmıştır.
Bulgular: PCR-RFLP analizi sonucunda IGF-1/Cac8I lokusunda sadece GG genotipi tespit edilmiştir. PRLR/Hin1II lokusunda tespit edilen CC, CT ve TT genotiplerinin frekansları sırasıyla %90.3, %5.5 ve %4.2 olarak bulunmuştur. C ve T allel frekansları ise sırasıyla %93.1 ve %6.9 olarak hesaplanmıştır. LEP/NmuCI lokusu için gözlenen TT, TC ve CC genotiplerinin frekansları sırasıyla %90.3, %6.9 ve %2.8 olarak bulunmuştur. T ve C allel frekansları ise sırasıyla %93.8 ve %6.2
viii
olarak hesaplanmıştır. Ki-kare testi sonucunda PRLR ve LEP için popülasyonun Hardy-Weinberg dengesinde olmadığı görülmüştür. İstatistik olarak önemli çıkmasa da PRLR/Hin1II lokusu için CC ve TT genotiplerinin CT genotipine göre daha yüksek laktasyon süt verimine sahip olduğu görülmüştür. Ayrıca, oğlaklarda sütten kesim ağırlıkları karşılaştırıldığında ise CT ve TT genotiplerinin CC genotipine göre avantajlı olduğu görülmektedir. LEP/NmuCI lokusu bakımından CC genotipler diğer genotiplere göre daha düşük süt verimi ve laktoz oranına sahip olmalarına karşın daha yüksek süt protein oranına sahip oldukları gözlenmiştir.
Sonuç: Keçilerde, IGF-1, PRLR ve LEP genleri ve verim özellikleri arasındaki ilişkiler üzerine ileride yapılacak çalışmalarda, hayvan materyali miktarının artırılması ve bu genlerde daha geniş çaplı dizileme, bu genlerin etkilerinin anlaşılması konusunda daha ayrıntılı bilgiler sağlayacaktır.

Abstract:
Aim: The aim of the thesis is to investigate the IGF-1, PRLR and LEP gene polymorphisms and the relationships between these polymorphisms and yield characteristics such as milk yield and content, weaning weight and litter size in Saanen goats.
Material and Method: Nasal epithelial cell samples were collected via swabs from 72 Saanen goats raised in a private farm in Manisa, and the DNA was extracted from these samples. From the DNA samples, 294 bp, 162 bp and 412 bp long regions of IGF-1 gene 5' flanking, PRLR gene 5' UTR and LEP gene exon 2 regions were amplified by PCR, respectively. PCR products of IGF-1, PRLR and LEP gene were cut with Cac8I, Hin1II and NmuCI restriction enzymes for genotyping, respectively. After cutting, genotype and allele frequencies were calculated and Hardy-Weinberg equilibrium was checked. The relationships between genotypes and yield characteristics were calculated according to the General Linear Model using SPSS statistical package program on 61 goats and their 81 kids.
Results: As a result of PCR-RFLP analysis, only GG genotype was detected for the IGF-1/Cac8I locus. In PRLR/Hin1II locus, CC, CT and TT genotype frequencies detected were 90.3%, 5.5% and 4.2%, respectively. C and T allele frequencies were calculated as 93.1% and 6.9%, respectively.  TT, TC and CC genotype frequencies for the LEP/NmuCI locus were 90.3%, 6.9% and 2.8%, respectively. T and C allele frequencies were calculated as 93.8% and 6.2%, respectively. As a result of the chi-square test, it was seen that the population was not in Hardy-Weinberg equilibrium for PRLR and LEP. Despite the fact that it was not statistically significant, it was observed that for the PRLR/Hin1II locus, the CC and TT genotypes were found to have higher lactation milk yield than the CT genotype. In addition, when weaning weights of kids are compared, it is seen that CT and TT genotype are advantageous compared to CC genotype. Looking at the LEP/NmuCI locus, it was observed that the CC genotype had lower milk yield and lactose ratio than other genotypes, while at the same time it had a higher milk protein ratio.
Conclusion: In future studies on the relationships between IGF-1, PRLR and LEP genes and yield traits in goats, increasing the amount of animal material and sequencing larger areas in these genes could provide deeper information on understanding effects of these genes.