H1299 metastatik ve A549 metastatik olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanser hücrelerinde ve beas- 2B normal akciğer epitel hücrelerinde, transmembran serin proteaz 4 (TMPRSS4) ve kalretikulin (CALR) genlerinin ifade düzeylerinin karşılaştırılması
Comparison of expression levels of transmembrane serine protease 4 (MPRSS4) and calreticulin (CALR) genes in H1299 metastatic and a549 non-metastatic non-small cell lung cancer cells and beas- 2b normal lung epithelial cells
Yazar: BÜŞRA SARI ÇAĞILCI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜREYYA BOZKURT
İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Gen ifadesi = Gene expression ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Bu araştırmanın amacı, BEAS 2B normal akciğer epitel hücrelerinde, H1299 metastatik ve A549 metastatik olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanser hücrelerinde, TMPRSS4 ve CALR genlerinin transkripsiyon aşamasındaki gen ifadelerinin karşılaştırılarak genlerin metastatik biyobelirteç olma potansiyellerinin incelenmesidir. Araştırmanın amacı kapsamında BEAS 2B normal akciğer epitel hücre hatlarından ve H1299 metastatik ve A549 metastatik olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanser hücrelerinden genomik DNA elde edilerek total RNA izolasyonu ve komplomenter DNA (cDNA) sentezi gerçekleştirilmiştir. İlgili primerler kullanılarak, CALR ve TMPRSS4 genlerinin transkripsiyonel seviyede ifade düzeyleri eş-zamanlı PCR metodu ile kantitatif belirlenmiştir. Araştırmada elde edilen eş zamanlı PCR sonuçlarının hesaplanması Delta delta Ct ile yapılmıştır. Araştırmada qPCR analizlerinden elde edilen sonuçlara göre; H1299 metastatik küçük hücreli dışı akciğer kanseri hücre hattında BEAS-2B kontrol hücre hattına göre, ∆∆Ct hesaplaması ile TMPRSS4 geninin ifadesinde 1.56 kat azalış, CALR geninin ifadesinde ise 88,64 kat artış saptanmıştır. Değerlendirilen diğer hücre hattı metastatik olmayan A549 küçük hücreli dışı akciğer kanser hücre hattında ise aynı TMPRSS4 geninin ifadesinde 28 kat artış gözlemlenirken, CALR geninin ifadesinde 5.20 kat artış saptanmıştır. Yaptığımız çalışmada, TMPRSS4 ifade seviyesinin metastatik akciğer kanseri hücre hattında  azaldığı, metastatik olmayan A549 akciğer kanseri hücre hattında ise arttığı belirlenmiştir. Bu sonucumuz TMPRSS4 geninin, metaztas gelşiminden çok, akciğer kanseri oluşumunda rol oynayabileceği düşüncesini desteklemektedir. CALR gen ifadesi ise araştırılan her iki hücre hattında artmış bulunmuştur. Özellikle bu artış metastatic özelikte olan H1299 hücre hattında yüksek bulunmuştur. Buradan hareketle CALR geminin akciğer kanser hücrelerinde metaztaz gelişiminde rol alabileceği ve ileri araştırmaların yapılması gerektiği öne sürülebilir.

Abstract:
The aim of this study is to compare the gene expressions of TMPRSS4 and CALR genes at the transcription stage in BEAS 2B normal lung epithelial cells, H1299 metastatic and A549 non-small cell lung cancer cells, and to examine the genes' potential to become metastatic biomarkers. Within the scope of the study, genomic DNA was obtained from BEAS 2B normal lung epithelial cell lines and H1299 metastatic and A549 non-small cell lung cancer cells, and total RNA isolation and plotter DNA (cDNA) synthesis were performed. Using the relevant primers, the expression levels of the CALR and TMPRSS4 genes at the transcriptional level were quantitatively determined by the simultaneous PCR method. Calculation of the simultaneous PCR results obtained in the study was made with Delta delta Ct. According to the results obtained from qPCR analysis in the research; In H1299 metastatic non-small cell lung cancer cell line, the expression of TMPRSS4 gene decreased 1.56 times and expression of CALR gene increased by 88.64 times by ∆∆Ct calculation compared to BEAS-2B control cell line. In the non-metastatic A549 non-small cell lung cancer cell line evaluated, a 28-fold increase in the expression of the same TMPRSS4 gene was observed, while a 5.20-fold increase in the expression of the CALR gene was found. In our study, it was determined that TMPRSS4 expression level decreased in metastatic lung cancer cell line and increased in nonmetastatic lung cancer cell line A549. This result supports the idea that the TMPRSS4 gene may play a role in the development of lung cancer rather than the development of metastasis. CALR gene expression was found to be increased in both cell lines studied. Especially, this increase was found to be high in the H1299 cell line, which is metastatic. Based on this, it can be suggested that the CALR vessel may play a role in the development of metastasis in lung cancer cells and further studies should be conducted.