Yaygın olarak kullanılan antifungal ajanların Fusarium türlerinin genomik kararsızlığı üzerindeki etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of commonly used antifungal agents on genomic instability of Fusarium species
Yazar: BELİZ YÜKSEKTEPE
Danışman: PROF. DR. GÜLRUH ALBAYRAK
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Fusarium = Fusarium ; Genomik değişim = Genomic change ; Karbendazim = Carbendazim

Özet:
Yüksek lisans tezinde üç antifungal bileşenin tekli ve ikili kombinasyonlarının bitki patojenlerinden F. graminearum PH-1 ve F. culmorum FcUK99 referanslarının genomik kararlılığına etkisi çift restriksiyon enzim kesimi ve rastgele çoğaltım (CRED-RA) yöntemi ile araştırıldı.
Tebukonazol, karbendazim, fludioksonilin ve bu maddelerin ikili kombinasyonlarına maruz kalan PH-1 ve FcUK99'un genomik dizi kararlılığını sırasıyla %79.629-100 ve %75.925-100 oranında korunduğu tespit edildi. Fludioksonil her iki referans suşta da en yüksek genomik dizi kararsızlığına yol açtı. Tebukonazol+karbendazim ikili uygulaması her iki Fusarium türünde  genomik dizi kararlılığını en az etkilediği ortaya kondu. PH-1'de HpaII polimorfizminin %9.836-32.584, MspI polimorfizminin %10-26.966; FcUK99'da HpaII polimorfizminin %6.451-43.956,  MspI polimorfizminin %6.521-43.956 olduğu tespit edildi. F. graminearum ve F. culmorum'un tip IV metilasyonunu baskın olarak taşıdığı gözlendi. Antifungal ajanların uygulandığı deney grupları kontrole göre kıyaslandığında; tip II ve tip III metilasyon taşıma oranındaki değişimin tip I ve tip IV'e göre daha fazla olduğu tespit edildi. Tebukonazol ve fludioksonilin MIC75 dozları PH-1'de, tebukonazolün MIC50 ve fludioksonilin MIC25 dozları da FcUK99'da DNA metilasyonunu arttırdı. Karbendazimin tüm dozları DNA metilasyonu seviyesini FcUK99'da arttırırken, PH-1'de azalttı. İkili uygulamalar her iki suşta DNA metilasyonunu azalttı. 
Çalışmada kullanılan üç antifungal ajanın hem  F. graminearum PH-1 hem de F. culmorum FcUK99 referans genomlarında genetik varyasyonlarla birlikte epigenetik modifikasyonlar aracılığıyla da genomik kararsızlığa yol açtığı ortaya kondu. Yüksek lisans tez çalışması çıktılarının, antifungal ajan aracılı Fusarium spp. ile mücadele stratejilerine katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Effects of single and double combinations of three antifungal agents on the genomic stability of F. graminearum PH-1 and F. culmorum FcUK99 references among plant pathogens were investigated by coupled restriction enzyme digestion-random amplification (CRED-RA) method within the scope of the master's thesis.
It was determined that PH-1 and FcUK99, exposed to tebuconazole, carbendazim, fludioxonil and their double combinations, preserved the genomic template stabilities by 79.629-100% and 75.925-100%, respectively. Fludioxonil caused in the highest genomic template instability in both reference strains. It was revealed that tebuconazole + carbendazim dual application, had the least effect on genomic sequence stability in both Fusarium species. It was determined that the HpaII polymorphism was 9.836-32.584% and the MspI polymorphism was 10-26.966%, in PH-1; the HpaII polymorphism was 6.451-43.956%, and the MspI polymorphism was 6.521-43.956% in FcUK99. It was observed that F. graminearum and F. culmorum predominantly carried type IV methylation. When the experimental groups which applied antifungal agents were compared to the control groups; it was determined that there were more changes in type II and type III methylation ratio than type I and type IV. MIC75 doses of tebuconazole and fludioxonil increased DNA methylation in PH-1, MIC50 of tebuconazole and MIC25 of fludioxonil doses increased DNA methylation in FcUK99. It was determined that all doses of carbendazim increased the DNA methylation level in FcUK99 and decreased it in PH-1. Dual treatments reduced DNA methylation in both strains. 
It was revealed that the three antifungal agents used in the study caused genomic instability through epigenetic modifications along with genetic variations in both F. graminearum PH-1 and F. culmorum FcUK99 reference genomes. It is thought that the outputs of the master's thesis will contribute to the strategies of combating Fusarium spp. mediated by antifungal agents.