Hipospadias tanılı olgularda genotip-fenotip ilişkisinin karşılaştırması
Comparision of genotype and phenotype correlation in patients with hipospadias
Yazar: GÖKÇE SÖNMEZ
Danışman: UZMAN ÖKKAŞ AYTAÇ KARKINER
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İzmir Dr.Behçet Uz Çocuk Hastalıkları Ve Cerrahisi Eğt. ve Arş. Hast. / Çocuk Cerrahisi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Çocuk Cerrahisi = Pediatric Surgery
Dizin: Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Fenotip = Phenotype ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Genotip = Genotype ; Hipospadias = Hypospadias ; Konjenital anomaliler = Congenital abnormalities ; Penis = Penis ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; Sünnet derisi = Foreskin ; Üretra = Urethra

Özet:
Amaç: Üretra, prepisyum ve penisin ventral bölümünün gelişimindeki anomali,
hipospadias olarak tanımlanır. Hipospadias erkek genital sisteminin en sık görülen
konjenital anomalilerinden biridir. Olguların önemli bir bölümünün etiyolojisinde,
genetik faktörlerin rol oynadığı düşünülmektedir. Bu çalışmada, hipospadiaslı hasta
grubunda Yeni-Nesil Dizi Analizi (NGS) hedef gen paneli analiz sonuçları retrospektif
olarak incelenerek; varyant saptanan genleri belirlemek ve hipospadias alt tipleri ile
gen varyantlarını karşılaştırmak amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: S.B.Ü. İzmir Dr. Behçet Uz Çocuk Hastalıkları ve Cerrahisi
Eğitim ve Araştırma Hastanesine 2003-2020 yılları arasında başvurmuş, hipospadias
nedeniyle takip ve tedavi edilen 68 hastanın kayıtları retrospektif olarak incelendi.
Hastalardan alınan kan örneklerinde Yeni-Nesil Dizi (NGS) hedef gen paneli analizi
gerçekleştirildi. NGS analizi ile varyant saptanan olgularda, Sanger sekans analizi ile
ilgili gende varyant bölgesi dizi analizi yapılarak doğrulandı. Ardından, tüm varyantlar
Clinvar veri tabanında araştırıldı. Novel varyant değerlendirmesinde ise PolyPhen2,
MutationTaster bilgisayar programları da kullanıldı. Amerikan Tıbbi Genetik Koleji
(ATGC) kriterlerine göre, varyantın hastalık ile olası ilişkisi araştırıldı. Aile
segregasyon analizi de, novel varyant patojenite değerlendirmesinde kullanıldı.
Bulgular: 68 hipospadiaslı hastanın yaklaşık olarak %38'inde distal hipospadias
görülürken; yaklaşık olarak %62'sinde proksimal hipospadias kaydedilmiştir. Tüm
katılımcıların yaş ortalaması 6,11± 4,62 olarak hesaplanmıştır. Hastaların ilk
operasyon yaşları ise ortalama olarak 3,22±2,95 olarak hesaplandı. Çalışmaya dâhil
edilen tüm hastaların, doğum sırasında anne yaşı ortalaması 25,79±4,78 olarak
hesaplanmıştır. Ayrıca, tüm katılımcıların doğum haftası ortalaması ise 37,38±2,74
olarak bulunmuştur. Çalışmada; 46, XY CGH gen paneli ile 15 hastada, 17 varyant
saptandı. 14 varyant novel iken 3 varyant Clinvar'da daha önce bildirilmişti. Varyant
saptanan genler: SRD5A2, HSD17B3, AMH, AR, MAMLD1, AMHR2, LHCGR,
AKR1C2, GATA4 ve SOX9 genleridir. Distal ve proksimal hipospadias olguları 2 grup
olarak düşünülüp, gen varyantı olup olması ile ilişkisi Ki-Kare testi ile bakıldığında;
hipospadiasın distal veya proksimal olması ile gen varyantı olup olmaması arasındaki
ilişki anlamlı bulunamamıştır (p=0,945).
vi
Sonuç: Önceki yıllarda yapılan çalışmalara benzer şekilde, bu çalışmada da 46, XY
gen panelindeki bazı genlerin varyantlarının hipospadias etiyolojisine katkıda
bulunduğu gösterilmiştir.
Anahtar Kelimeler: Hipospadias, Yeni-Nesil Dizi Analizi (NGS), 46, XY Cinsiyet
Gelişim Bozukluğu (CGB)

Abstract:
Aim: The anomaly of urethra, preputium and ventral part of penis is defined as
hypospadias. Hypospadias is one of the most frequently seen congenital anomalies in
male genital system. In etiology of significant number of cases, genetic factors are
thought to have a role. In this study, it was aimed to identify the variant genes and
compare the subgroups of hypospadias with gene variants, by the investigation of
analysis data of Next-Generation Sequencing (NGS) target gene panel in hypospadias
patient group retrospectively.
Material and Methods: The records of 68 patients who was followed and treated
because of hypospadias and who applied İzmir Dr. Behçet Uz Child Diseases and
Surgery Education and Research Hospital between 2003-2020 years were investigated
retrospectively. The Next-Generation Sequence (NGS) Analysis target gene panel
analysis was performed in blood samples taken from patients. The cases in which
variant genes were detected, the variant region was affirmed by sequence analysis with
Sanger sequence analysis. Then, all variants were searched in Clinvar database. In
novel variant evaluation, Polyphen2, MutationTaster computer programs were also
used. According to the American College of Medical Genetics (ACMG) criteria, the
possible relationship between variant and pathology. Family segregation analysis was
also used in novel variant pathogeny evaluation.
Results: While distal hypospadias was seen nearly %38 of 68 patients with
hypospadias, proximal hypospadias was recorded nearly %62 of them. The mean age
of all participants was calculated as 6,11±4,62. First operation age of patients was
measured 3,22±2,95 averagely. All patients included in the study, the mean maternal
age while birth was calculated as 25,79±4,78. Moreover, the mean of birth week of all
patients was found as 37,38±2,74. In the study, 17 variant were detected in 15 patients
with 46, XY SDD gene panel. While 14 variant were novel, 3 variant were submitted
to Clinvar before. The genes that variance was detected: SRD5A2, HSD17B3, AMH,
AR, MAMLD1, AMHR2, LHCGR, AKR1C2, GATA4 and SOX9. While the distal and
proximal hypospadias cases were thought as 2 groups, when the relation with whether
gene variance present or not was searched via Chi-square test; the relationship between
viii
whether hypospadias was distal or proximal with whether gene variance was present
or not was not found significant (p=0,945).
Conclusion: Likewise the previous studies, certain gene variants of 46, XY gene panel
were shown to contribute hypospadias etiology in this study.
Key Words: Hypospadias, Next-Generation Sequence Analysis (NGS), 46, XY
Disorder of Sex Development (DSD)