ALX3 gen promotor metilasyonunun prostat kanseri hücre hatlarında potansiyel biomarker olarak incelenmesi
Investigation of ALX3 gene promotor methylation as a potential biomarker in prostate cancer cell lines
Yazar: TUĞÇE CUYA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF UZ YILDIRIM
Bursa Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: DNA metilasyon = DNA methylation

Özet:
ALX (Aristeless like homeobox domain) genleri homeobox tipi transkripsiyon faktör ailesi olup ilk kez Drosophila melanogaster'de keşfedilmiştir. ALX3 geninin ekspresyonu, kanser gelişimi ve metastazı ile ilişkilendirilmiştir. Ayrıca, ALX3 geninin metilasyonu, birçok kanser türünde artmış olarak rapor edilmiştir. DNA metilasyonu, birçok kanser türünde yaygın olarak görülen epigenetik bir değişikliktir ve genlerin ifade edilmesini düzenleyebilir. Birçok kanser türünde, DNA metilasyonunun artması, gen ifadesinde azalmaya neden olur ve kanser gelişimine katkıda bulunabilir. Yapılan kanser çalışmalarından pankreas, meme ve kolon kanseri gibi kanser türlerinde ALX3 ekspresyon düzeyleri azalırken prostat kanserinde böyle bir çalışmaya literatürde henüz rastlanmamıştır.
Prostat kanseri tam adıyla 'prostat adenokarsinoma', prostat bezi salgı hücrelerinin kontrolsüz büyümesi başta olmak üzere prostatın her bölgesinden gelişebilen kanser çeşididir. Amerikalı erkeklerde en yaygın görülen kanser çeşididir. Kansere bağlı ölümlerde ise ikinci sırada yer alır. Bu çalışma, ALX3 geninin metilasyon ve ekspresyon düzeylerinin prostat kanseriyle ilişkisini araştırıp bir biyobelirteç olup olamayacağının tespit edilmesini amaçlamaktadır.
Yapılan deney ve analizler sonucu prostat kanseri hücre hatlarında normal prostat dokusu hücre hattına göre ALX3 geninin ifadesinde artış gözlenmiştir. İlerleyen çalışmalarda hücre hatlarında ALX3 gen promotor metilasyon seviyesi de arastirilacaktır. Böylece metilasyon ve ekspresyon seviyeleri arasındaki korelasyon gözlemlenerek prostat kanseri hücre hatlarında ALX3 geninin metilasyonu potansiyel biyobelirteç olarak kullanılması yönünde umut vaat etmektedir.

Abstract:
ALX (Aristeless like homeobox domain) genes are a homeobox type transcription factor family and were first discovered in Drosophila melanogaster. Expression of the ALX3 gene has been associated with cancer development and metastasis. Additionally, methylation of the ALX3 gene has been reported to be increased in many types of cancer. DNA methylation is an epigenetic change common in many types of cancer and can regulate the expression of genes. In many types of cancer, increased DNA methylation causes decreased gene expression and may contribute to cancer development. While ALX3 expression levels decrease in cancer types such as pancreatic, breast and colon cancer, such a study in prostate cancer has not yet been found in the literature.
Prostate cancer, full name 'prostate adenocarcinoma', is a type of cancer that can develop in any part of the prostate, especially the uncontrolled growth of prostate gland secretory cells. It is the most common type of cancer in American men. It ranks second in cancer-related deaths. This study aims to investigate the relationship between methylation and expression levels of the ALX3 gene and prostate cancer and to determine whether it can be a biomarker.
As a result of the experiments and analyses, an increase in the expression of the ALX3 gene was observed in prostate cancer cell lines compared to normal prostate tissue cell lines. In future studies, the ALX3 gene promoter methylation level will also be investigated in cell lines. Thus, by observing the correlation between methylation and expression levels, methylation of the ALX3 gene in prostate cancer cell lines is promising for use as a potential biomarker.