Türkiye'deki melez koyun ırklarında prion geni analizi
Prion gene analysis of the Turkish crosbred sheep
Yazar: İLKER GÖNÜLALP
Danışman: YRD. DOÇ. DR. CEMAL ÜN
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Eğitimi Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Gen teknolojisi = Gene technology ; Koyunlar = Sheep ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Scrapie koyun ve keçilerde görülen merkez sinir sistemine ait hücrelerin prion moleküllerini etkileyerek ölümle sonuçlanan bir bulaşıcı süngerimsi ensefalopati hastalığıdır. Hastalığın bulaşıcı olması ve hastalık etkeninin birçok dezenfektana dirençli olması engellenmesinin güç olmasına neden olmaktadır. Koyunda PrP genindeki polimorfizmler hayvanın hastalığa olan duyarlılığını belirler. Bu amaçla Avrupa Birliği Avrupa koyun ırkları için genotipleme ve seçici üreticilik programları oluşturmuştur. Türkiye'deki koyun ırkları için genotipleme çalışmaları ise yetersiz kalmıştır.Bu tezin amacı Türkiye'de bulunan ve Türk ırklarıyla yabancı ırkların melezlenmesiyle daha birçok iyi özelliği bünyesinde barındırması amaçlanan Siyah başlı Alman-Kıvırcık, Hampshire-Merinos ve Rambouillet-Dağlıç melezlerinin değerlendirilmesi ve risk gruplarının bulunmasıdır. Bu amaçla bu melez ırkların genotipleri PCR ve sekanslama ile belirlenmiştir.Çalışmamızda bulunan polimorfik alleller ARR, ARQ, ARK, ARL, TRR, TRQ, VRR ve 9 genotip ARR/ARR, ARQ/ARQ, ARR/ARQ, ARQ/TRQ, ARQ/ARL, ARR/VRR, ARR/TRR, ARK/ARK ve ARL/ARL'dur. Ayrıca PrP geni üzerinde M112T, K113N, A116E, A116D, M173V, S173N ve V179E ek polimorfizmleri bulunmuştur. Elde edilen veriler melez ırkların yüksek değişkenlikte ve dirençlilik açısından 1. ve 2. risk grubuna (dirençli) dahil olduğunu göstermiştir. Bu çalışma araştırılan koyunların klaisk scrapieye dayanıklılığının %100 düzeyde olmadığını göstermiştir.

Abstract:
Scrapie is an infectious spongiform encephalopathy fatal disease of sheep and goat that effects the prions of cells of central nervous system. It?s an hard to stop the outspread because the infectious agent is contagious and resistant to many disinfectant. Polymorphism in the PrP gene of the sheep related to scrapie susceptibility. Selection programmes of European sheep breeds for scrapie based on PrR genotypes are available and supported by European Union. So far these genotyping data for Turkish sheep breeds are insufficient.The aim of the thesis was the genotyping of PrP gene in crossbreds of Turkish native breeds and foreign breeds- Black headed German-Kivircik, Hampshire-Merinos and Rambouillet-Daglic and find out their risk groups. Therefore these crossbreds genotyped by means of PCR and direct sequencing in this thesis.The polymorphic alleles were ARR, ARQ, ARK, ARL, TRR, TRQ, VRR and 9 genotypes were ARR/ARR, ARQ/ARQ, ARR/ARQ, ARQ/TRQ, ARQ/ARL, ARR/VRR, ARR/TRR, ARK/ARK and ARL/ARL. Also 7 different additional polimorphism were identified on PrP gene M112T, K113N, A116E, A116D, M173V, S173N and V179E. According to our PrP genotype analysis data the crossbreds are high variable and most of the genotypes belong to risk group 1 and 2 for their resistance of scrapie. The investigated breeds found to be not 100% resistant against classical scrapie.