Kandan izole edilen enterecoccus türlerinde biyofilm oluşumunun fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Biofilm formation of enterococcus species isolated from the blood to be investigated by phenotypic and genotypic methods
Yazar: ZEYNEP ÖZKÖK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ KEMAL BİLGİN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Biyofilmler = Biofilms ; Enterococcus = Enterococcus ; Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; Enterococcus faecium = Enterococcus faecium ; Fenotip = Phenotype ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Amaç: Çalışmamızda, Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium türlerinin vankomisin direnç durumlarının belirlenmesi ve biyofilm oluşumu ile ilişkili olduğu düşünülen esp gen varlığının polimeraz zincir reaksiyonu ile, genel biyofilm oluşturma kapasitelerinin de fenotipik yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır.
Materyal ve Metot: Çalışmaya kan kültüründen izole edilen toplam 170 adet Enterococcus izolatı dahil edilmiştir. Türlerin tanımlanması, konvansiyonel ve otomatize yöntemler kullanılarak yapılmıştır. İzolatların vankomisin duyarlılıkları, Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle belirlenmiştir. Tüp ve Mikrotitrasyon plak yöntemleri kullanılarak biyofilm oluşumu fenotipik olarak değerlendirilmiştir. Tüm izolatlarda, PZR yöntemi ile, biyofilmle ilişkili esp geninin varlığı incelenmiştir. 
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen suşların vankomisin duyarlılıkları incelendiğinde, E. faecalis izolatlarının 14 tanesi (%16,5) orta duyarlı, 1 tanesi (%1,2) dirençli; E. faecium izolatlarının ise 29 tanesi (%34,1) dirençli olarak bulunmuştur. Tüp yöntemi ile 5 suşun (%5,9) biyofilm oluşturduğu görülmüştür. Mikrotitrasyon plak yöntemi ile ise 27 suş (%31,8) pozitif olarak tespit edildi. Her iki fenotipik yöntemde de pozitif olan suşların tamamının E. faecalis olduğu görülmüştür. PZR işleminin sonucunda 49 (%57,6) E. faecalis, 20 (%23,5) E. faecium suşunda esp varlığı saptanmıştır. 
Sonuç: Bu sonuçlara göre E. faecalis izolatlarının biyofilm oluşumu kapasitelerinin E. faecium'a göre daha fazla olduğu düşünülmektedir. Ayrıca esp geninin biyofilm oluşumu ile ilgisi olabileceği ancak tek başına esp varlığının biyofilm oluşumu için yeterli olamayacağı düşünülmektedir.

Anahtar Kelimeler: Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, biyofilm, esp

Abstract:
Aim: In our study, it was aimed to determine the vancomycin resistance status Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium species and to studied on presence of esp gene which is thought to be related to general biofilm formation capacity with polymerase chain reaction and and general biofilm formation capacity by phenotypic methods. 
Material and Method: A total of 170 Enterococcus spp. isolates that were isolated from blood culture were included in the study. Species identification was performed using conventional and automated methods. Vancomycin susceptibilities of isolates were determined by Kirby-Bauer disk diffusion method. Biofilm formation was evaluated phenotypically by using Tube and Microtitration plate methods. In all isolates, the presence of esp gene which is associated biofilms was investigated by PCR method.
Results: When the vancomycin susceptibilities of the strains included in the study were examined, it was found that 14 of the E. faecalis isolates (16.5%) were susceptible and 1 of them was (1.2%) resistant. And 29 (34.1%) of E. faecium isolates were found to be resistant. It was determines that 5 strains (5.9%) formed biofilm by tube method. By Microtiter plate method, 27 (31.8%) tested strains were determined positive for biofilm formation. All strains that were positive in both phenotypic methods were found to be E. faecalis. And 49 (57.6%) E. faecalis and 20 (23.5%) E. faecium strains were found positive esp.
Conclusion: According to these results, E. faecalis isolates are thought to have higher biofilm formation capacity than E. faecium. Furthermore, it is thought that the esp gene may be related to biofilm formation but the presence of esp alone is not sufficient for biofilm formation.
Keywords: Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, biofilm, esp