Primer immün yetmezlikler-işlevsel çözümleme
Primary immunodeficiencies-functional analysis
Yazar: DİLAN İNAN
Danışman: PROF. DR. DENİZ NAZİRE ÇAĞDAŞ AYVAZ ; DOÇ. DR. SEVİL OSKAY HALAÇLI
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / İmmünoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Allerji ve İmmünoloji = Allergy and Immunology
Dizin: Alerji ve immünoloji = Allergy and immunology

Özet:
Primer İmmün Yetmezlik (PİY) hastalıkları geniş spektrumda seyreden, nadir hastalık olarak tanımlanan ve her geçen gün yeni mutasyonların tanımlanması ile değişen hastalık grubudur. Hastalığın tanısı için klinik ve laboratuvar verilerin yanı sıra kesin tanı, genetik analizler ile yapılmaktadır. Genetik tanının gecikmesi, tanı ve tedaviyi güçleştirmekle beraber hastalığın seyrini değiştirmektedir. Bu tez çalışmasında, varyanta ilişkin patojenitenin değerlendirilmesi ve klinik ve laboratuvar şüphesi olan hastalarda tanı koymaya yardımcı olmak amacıyla akım sitometri kullanılarak yolak, protein ve proliferasyon analizi yapılmıştır. Hacettepe Üniversitesi İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi İmmünoloji Bölümü'nde değerlendirilen DOCK8, BTK, PIK3RI-PIK3CD ve LRBA/CTLA-4 eksikliği olan ve/veya şüphelenilen toplam 31 hasta ve 27 sağlıklı kontrol ile yapılan akım sitometri sonuçlarına göre; DOCK8, BTK, LRBA/CTLA-4 gen mutasyonuna sahip hastalarda protein ekspresyonunun düşük olduğu gözlemlenmiştir. Hastalık şüphesi olan hastalarda protein ekspresyonunun bazı hastalarda düşük, bazı hastalarda sağlıklı kontrole benzer olduğu gözlemlemiştir. DOCK8 gen mutasyonu bilinen hasta grubu, sağlıklı kontrol grubu ile karşılaştırıldığında DOCK8 protein ekspresyon düşüklüğünün istatistiksel olarak anlamlı olduğu görülmüştür (p<0,05). Diğer hastalık grupları için vaka sayısının yetersiz olmasından dolayı istatistiksel analiz yapılamamıştır. Yapılan akt/mTOR yolak çalışmasında, PIK3CD fonksiyon kazanım mutasyonu olan hastalarda artmış bir fosforilasyon ve proliferasyon yanıtı görülmüştür.  Çalışmada ayrıca kemik iliği nakli olan iki hastada, nakil sonrası DOCK8 ve LRBA protein ekspresyonu akım sitometri yöntemi ile inceledi ve ekspresyon sonuçlarının hastaların kimerizm sonuçları ile klinik sonuç için benzer değer gösterdiğini gözlemledik. Elde edilen sonuçlar, mutasyona sahip hastada ve hastalık şüphesi olan bir grup hastada akım sitometri yöntemi ile protein ekspresyonunun düşüklüğünün değerlendirilmesinin genetik bozukluğun patojenitesini anlamada yardımcı olduğunu, tanı ve tedavide erken teşhis için etkili bir yöntem olarak kullanılabileceğini göstermiştir. Ayrıca akım sitometrinin nakil sonrası engrafman ve naklin başarısı hakkında bilgi vermesi, klinik takipte kimerizm testi ile beraber kullanılabilmesine imkân sağlamaktadır.

Abstract:
Primary immunodeficiency diseases are rare diseases with a wide spectrum due to the increasing the number of new mutations defined to cause these diseases. Besides the clinical and laboratory manifestations, the genetic analysis is performed for definitive diagnosis. Delay of genetic testing makes the diagnosis and treatment challenging and changes the disease course. In this thesis, pathway characterization, protein expression, and proliferation analyses were performed using flow cytometry to evaluate the pathogenicity of the variant and to help diagnose relevant diseases with clinical and laboratory suspicion. Flow cytometry studies were performed with a total of 31 patients having suspicion of or with DOCK8, BTK, PIK3RI-PIK3CD, and LRBA/CTLA-4 deficiency and 27 healthy control individuals in the Immunology Department of Hacettepe University Ihsan Dogramaci Children's Hospital. We observed that protein expression is low in patients with DOCK8, BTK, LRBA gene mutations. We determined that protein expression in patients with suspected disease is low in some patients and normal in some similar to healthy controls. When the patient group with a DOCK8 gene mutation was compared with the healthy control group, DOCK8 protein expression was found to be statistically significantly low (p<0.05). The statical test could not be done for other patient groups' protein analysis results as there was not adequate patient number. In the akt/mTOR pathway study, increased phosphorylation and proliferation were observed in the patients with PIK3CD gain of function mutation. In this study, DOCK8 and LRBA protein expression after transplantation was also examined by flow cytometry in two patients who underwent bone marrow transplantation, and we observed that the expression results indicated similar value for clinical conclusion with the chimerism results of the patients. The results of this study showed the effectiveness of flow cytometric evaluation of low protein expression in patients with definitive or a suspicion of having a specific mutation to understand the pathogenicity of the genetic defect and for early diagnosis timely. In addition, the data showed that flow cytometry provides valuable information about the engraftment and the success of the transplantation, and that it might be possible to use with a chimerism test in clinical follow-up.