F₁ hibrit "Üçburun"  biber çeşitlerinin geliştirilmesi amacıyla moleküler markör destekli ebeveyn seçimi
Molecular marker assisted parent selection for the development of F₁ hybrid 'Üçburun' pepper varieties
Yazar: ZEYNEP AKIN SEYHAN
Danışman: PROF. DR. EFTAL DÜZYAMAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı / Bahçe Bitkileri Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü'nde son 4 yılda K.F.C. Gıda ile ortaklaşa yürütülen ve halen devam eden çalışmalarla birçok yeni 'Üçburun' biber hattı geliştirilmiş ve bunlardan iki tanesi 'Breeze' ve 'Bayraktar' adı ile açık tozlanan çeşit olarak tescil edilmiştir. Bu çalışmada ise toplam 57 'Üçburun' biber hattı arasında moleküler genetik ilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda, geliştirilen bu yeni 'Üçburun' biber hatlarının genetik yapılarını ve alel çeşitliliğini ortaya koyacak moleküler markörler belirlenmiştir. Mevcut çalışma kapsamında 7 SSR ve 6 SRAP marköründen polimorfik bantlar elde edilmiştir. Elde edilen dendogramlarda SSR markör verilerinden 3, SRAP markör verilerinden de 4 ana grubun oluştuğu görülmüştür.
SSR analizi sonuçları, 7 farklı markör kombinasyonu ile toplam 559 bant elde edilmiş ve bunların 29'u polimorfik fragmentler içermiştir. Buna göre genetik çeşitlilik oranı %5.18 olarak belirlenmiştir. Ortalama genetik çeşitlilik, 0.52 bulunmuştur. Marker alelleri için frekans ve genetik çeşitlilik (PIC) istatistikleri incelendiğinde, hpms1-143-1 ve hpms1-143-2 gibi markörlerin genetik çeşitlilikte öne çıktığı görülmüştür. SRAP primerleri ile yapılan analizde ise toplamda 953 bant elde edilmiş ve bunların %4.51'i polimorfik bulunmuştur. Ortalama genetik çeşitlilik 0.45 bulunmuştur.Marker bazında incelendiğinde, özellikle marker1-350, marker2-350 gibi markörlerde düşük alel frekansları ve orta düzeyde genetik çeşitlilik gözlemlenmiştir.
STRUCTURE analizi, genetik yapının iki ana popülasyonu içerdiğini ortaya koymuştur. UPGMA analizi ise genotiplerin genelde yıl bazlı olarak üç ana grupta toplandığını göstermiştir.
Anahtar kelimeler: Capsicum annuum, Üçburun, yerel çeşitler, SSR, SRAP, ıslah hattı, kendilenmiş hat.

Abstract:
In the last 4 years, collaborative research between the Department of Horticulture at Ege University Faculty of Agriculture and K.F.C. Food has led to the development of a number of new 'Üçburun' pepper lines, two of which, named 'Breeze' and 'Bayraktar,' have been registered as open-pollinated varieties. The objective of this study was to determine the molecular-based genetic relationships among the obtained 57 pepper genotypes. Within the scope of this thesis, the aim was to identify molecular markers that would reveal the genetic structures and allele diversity of these newly developed 'Üçburun' pepper lines. During the study, polymorphic bands were obtained from 7 SSR and 6 SRAP markers. From SSR marker data, 3 major dendrograms were found, while 4 major groups were identified from SRAP marker data.
The results of SSR analysis yielded a total of 559 bands with 29 containing polymorphic fragments, resulting in a genetic diversity rate of 5.18%. The average genetic diversity was found to be 0.52. When examining frequency and genetic diversity (PIC) statistics for marker alleles, markers such as hpms1-143-1 and hpms1-143-2 stood out in genetic diversity. In the analysis using SRAP primers, a total of 953 bands were obtained, with 4.51% being polymorphic. The average genetic diversity was found to be 0.45. Marker-specific observations revealed low allele frequencies and moderate genetic diversity, especially in markers like marker1-350 and marker 2-350.
STRUCTURE analysis revealed two main populations within the genetic structure, while UPGMA analysis indicated that genotypes generally clustered into three main groups based on years.
Keywords: Capsicum annuum, Üçburun, local varieties, SSR, SRAP, breeding line, self-pollinated line.