Tek merkez deneyimiyle ailesel hiperkolesterolemi ile ilişkili genlerin "yeni kuşak DNA dizi analizi (Next generation sequencing – NGS)" yöntemi ile incelenmesi
Investigation of genes associated with familial hypercholesterolemia with single center experience by "Next generation sequencing – NGS" method
Yazar: DEMET ÖZKAY
Danışman: PROF. DR. AYFER ÜLGENALP
Dokuz Eylül Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Hiperkolesterolemi = Hypercholesterolemia ; Kolesterol = Cholesterol

Özet:
Ailesel Hiperkolesterolemi (AH), kolesterol yüksekliği ile seyreden ve erken yaş aterosklerotik kardiyovasküler hastalıkların (ASKVH) önlenebilir nedeni olan genetik bir dislipidemidir. Hastalığın heterozigot formunun tahmini prevalansı 1:220 gibi oldukça sıktır. Tedavi edilmeyen erkek hastaların %50'sinin 50 yaşına kadar, kadınların ise %30'nun 60 yaşına kadar fatal ya da nonfatal koroner arter hastalığı (KAH) riski ile karşı karşıya kaldığı bilinmektedir. AH hastalığına neden olan patojenik (P) varyantlar, klinik olarak AH teşhisi konmuş yetişkin probandların yaklaşık %60-%80'inde, pediatrik probandların ∼%60-%95'inde saptanabilmektedir. 
Çalışmanın amacı tek merkez deneyimiyle Türkiye'de klinik AH tanısı ile takip edilen olguların genetik spektrumunu değerlendirmektir.
 Çalışmaya klinik AH tanısıyla yönlendirilen, genetik tetkikleri tamamlanmış 0-70 yaş arası çocuk ve erişkinlerden oluşan 56 olgu dahil edilmiştir. Hastaların 18 gen içeren "Hiperlipidemi Yeni Nesil Dizileme" (YND) panel sonuçları Low Density Lipoprotein Receptor geni (LDLR), Apolipoprotein B geni (APOB), Proprotein Convertase Subtilisin Kexin Type 9 (PCSK9) ve Low Density Lipoprotein Receptor Adapter Protein 1 (LDLRAP1) genleri açısından, klinik verileri ise hasta dosyaları ve probel kayıtlarından retrospektif olarak incelenmiştir.
Çalışma grubundaki 56 olgunun %66'sınde (37 olgu) Hiperlipidemi YND panelinde yer alan LDLR, APOB ve LDLRAP1 genlerinde muhtemel patojenik/ patojenik (LP/P) varyant saptanmıştır.  Mutasyonların %89,2'si (33 olgu) LDLR geninde, %10,8'i diğer genlerde (LDLRAP1 ve APOB) görülmüştür. Erişkin yaş grubu hastaların %67'sinde (10 olgu), pediyatrik yaş grubu olguların %75'inde (27 olgu) LP/P varyant bulunmaktadır.En sık değişim LDLR geni 11.ekzonda yer almaktadır.
LDLR geninde 2, 3, 4, 6, 9, 10, 11, 12, 13, 15, 17. ekzonlarda yer almak üzere 16 farklı LP/P varyant tespit edilmiştir.  Bulunan 2 intronik patojenik varyanttan biri LDLR geni 8.intronda, diğeri LDLRAP1 geni 4.intronda yer almaktadır. Literatürde Türkiye için kurucu etki altındaki bir mutasyon olarak değerlendirilen LDLR geni patojenik Trp577Arg değişimi çalışmamızda 3'ü indeks olmak üzere 6 olguda heterozigot olarak bulunmaktadır (LDLR geni LP/P değişimlerinin %18'i).  
LDLR gen mutasyon analizleri sonucunda geliştirilen AH ilişkili genetik varyantların mutasyon kataloglarının kullanımıyla indeks vakalar üzerinden aile bireyleri için uygulanacak kademeli tarama programları sayesinde kısa sürede ASKVH için risk altındaki olguların tanı ve tedaviye ulaşması sağlanabilir, böylelikle morbidite ve mortalite en aza indirilebilir. Popülasyonlarda görülen sık mutasyonların belirlenmesi ve fenotiplerle ilişkilendirilmesi ile daha hızlı aksiyon alınabilir. Bu nedenlerle çalışmamızın ülkemizdeki varyant çeşitliğinin tespitine katkı sunması beklenmektedir. 
Anahtar kelimeler: AH, YND, kademeli tarama, genotip spektrumu

Abstract:
Familial Hypercholesterolemia (FH) is a genetic dyslipidemia characterized by elevated cholesterol and a preventable cause of early atherosclerotic cardiovascular disease (ASCVD). The estimated prevalence of the heterozygous form of the disease is quite frequent, 1:220. It is known that 50% of untreated male patients face the risk of fatal or nonfatal coronary artery disease until the age of 50 and 30% of women until the age of sixty. Pathogenic variants that cause FH can be detected in approximately 60%-80% of adult probands clinically diagnosed with AH and in ∼60%-95% of pediatric probands. 
The aim of the study was to evaluate the genetic spectrum of cases followed up with the diagnosis of clinical FH in Turkey with a single-center experience.
The study included 56 cases consisting of children and adults between the ages of 0-70 years old who were referred with the diagnosis of clinical FH and whose genetic tests were completed. The results of the "Hyperlipidemia Next Generation Sequencing" (YND) panel including 18 genes were examined retrospectively from the patient files and probel records in terms of Low Density Lipoprotein Receptor gene (LDLR), Apolipoprotein B gene (APOB), Proprotein Convertase Subtilisin Kexin Type 9 (PCSK9) and Low Density Lipoprotein Receptor Adapter Protein 1 (LDLRAP1) genes. 
In 66% (37 cases) of the fifty-six cases in the study group, a likely pathogenic/pathogenic (LP/P) variant was detected in the LDLR, APOB, and LDLRAP1 genes in the Hyperlipidemia NGS panel. Mutations were seen in 89.2% (33 cases) of the LDLR gene and in 10.8% of other genes (LDLRAP1 and APOB). LP/P variants were present in 67% (10 cases) of adult age group patients and 75% (27 cases) of pediatric age group patients. The most common variant is in the 11th exon of the LDLR gene.
Sixteen different LP/P variants have been identified in the LDLR gene to be located in exons 2, 3, 4, 6, 9, 10, 11, 12, 13, 15, 17. Of the 2 intronic pathogenic variants found, one is in the 8th intron of the LDLR gene, and the other is in the LDLRAP1 gene in the 4th intron. Pathogenic Trp577Arg variant of the LDLR gene, which is considered as a mutation under the founder effect for Turkey in the literature, was found heterozygous in 6 cases, 3 of which were indexes (18% of LDLR gene LP/P variants).
By expanding the mutation catalog of AH-related genetic variants with LDL receptor mutation analyses, it is possible to ensure that cases at risk for ASCVD can reach diagnosis and treatment in a short time through cascade screening programs to be implemented for family members through index cases, thus minimizing morbidity and mortality. Faster action can be taken by identifying common mutations seen in populations and associating them with phenotypes. For these reasons, our study is expected to contribute to the detection of variant diversity in our country.