Kromozom ve Y mikrodelesyon analizi bulunan erkek infertil hastalarda yeni nesil dizileme yöntemiyle genetik etiyolojinin araştırılması
Investigation of genetic etiology in male infertile patients with normal chromosome and Y microdeletion analysis using the new generation sequencing method
Yazar: UĞUR GÜMÜŞ
Danışman: PROF. DR. MEHMET SEVEN
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Azospermi = Azoospermia ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Etyoloji = Etiology ; Genetik = Genetics ; Kromozom analizi = Chromosome analysis ; Kromozomlar = Chromosomes ; Kısırlık = Infertility ; Kısırlık-erkek = Infertility-male ; Mikrodelesyon = Microdeletion

Özet:
Amaç: İnfertilite, 12 ay veya daha fazla korunmasız ve düzenli olarak vajinal yoldan cinsel ilişkiye rağmen gebelik oluşmaması halidir. Erkek kaynaklı infertilitenin en iyi bilinen genetik nedenleri cinsiyet kromozom anomalileri veya Y kromozomu mikrodelesyonlarıdır. Bu çalışmada; kromozom analizi ve Y mikrodelesyon analizi normal bulunan infertil hastalarda genetik etiyolojinin yeni nesil dizileme yöntemiyle araştırılması amaçlanmaktadır. 
Yöntem: Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nde 2016-2019 yılları arasında infertilite tanısı ile takip edilen 41 erkek hastada infertiliteye neden olduğu düşünülen (DMC1, CATSPER1, MEI1, TEX11, FSHR ve XRCC2) genler yeni nesil dizileme yöntemiyle Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Genetik Tanı Merkezi'nde (GETAM), biyokimyasal, radyolojik ve patolojik analizler Cerrahpaşa Tıp Fakültesi laboratuvarlarında çalışıldı. Çalışma grubu kromozom ve Y mikrodelesyon analizleri normal bulunan infertilite hastalarından oluşturuldu. Elde edlen sonuçlar literatür verileriyle karşılaştırıldı.
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen hastalardan 13 no'lu olguda MEI1 geninde c.340_341insCT değişikliği homozigot, 28 no'lu olguda MEI1 geninde c.175-11_175-3delTTTGCTTCA değişikliği heterozigot, 38 no'lu olguda da DMC1 geninde c.809A>G ve c.221T>C değişimleri heterozigot, 41 no'lu olguda CATSPER1 geninde c.1834G>A değişikliği heterozigot olarak saptandı. Ayrıca hastalarda çok sayıda patojenik olup olmadığı bilinmeyen fakat in silico veri tabanlarında benign/likely benign/klinik önemi belirsiz olduğu belirtilen varyasyonlar tespit edildi. Hastalarda bulunan genetik değişikliklerin patojenik olup olmadığı American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) kriterlerine ve in silico veri tabanlarına göre değerlendirildi.
Sonuç: Olgularda tespit edilen değişikliklerden biri kesin patojenik, dördü olası patojenik, diğerleri ise klinik önemi bilinmeyen varyant olarak değerlendirildi. Belirlenen patojenik ve olası patojenik değişiklikler literatürde daha önce bildirilmemiş olup, ilk defa çalışmamızda tespit edilmiştir.

Abstract:
Aim: Infertility is a condition of absence of pregnancy for 12 months or more despite unprotected and regular vaginal sexual intercourse. Best known genetic causes of male-related infertility are chromosome number anomalies and AZF region deletions on the Y chromosome. Purpose of our study is to investigate the etiology of infertility patients with normal chromosome and Y microdeletion analysis by using next generation sequencing.
	Method: In this study, 6 genes (DMC1, CATSPER1, MEI1, TEX11, FSHR and XRCC2) suspected of causing infertility in 41 male patients who were followed up in Cerrahpaşa Medical Faculty between 2016-2019 with the diagnosis of infertility were studied with the new generation sequencing method at Cerrahpaşa Genetic Diagnosis Department and biochemical, radiological and pathological examinations of individuals were performed in Cerrahpaşa Medical Faculty laboratories. Subsequently, patients with normal chromosome and Y microdeletion analysis were selected for the study. Results were compared with the literature data.
	Findings: As a result of the analysis, homozygous c.340_341insCT change in MEI1 gene of case 13, heterozygous c.175-11_175-3delTTTGCTTCA change in MEI1 gene of case 28, heterozygous c.809A> G and c.221T> C changes in DMC1 gene of case 38 and heterozygous c.1834G>A change in CATSPER1 gene of case 41 were detected. In addition, there were variations with unknown patoghenicity in patients but stated to be benign/likely benign/variant of unknown significance in in silico databases. Whether the genetic changes in the patients are pathogenic were evaluated according to American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) criterias and in silico databases.
Result: One of the changes determined in the cases was considered to be definite pathogenic, four of them as likely pathogenic, while the others were evaluated as an unknown clinical significance. The identified pathogenic change has not been previously reported in the literature and was detected in our study for the first time.