Doğal ürünlerin moleküler modelleme yöntemleri yardımı ile etken madde olarak kullanılabilme potansiyellerinin incelenmesi
Investigation the usage potential of natural products as active agents by molecular modeling methods
Yazar: TURGUT MESUT YILMAZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL HAKKI AKGÜN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı / Biyomühendislik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Tez çalışması kapsamında doğal ürünlerin ilaç etken maddesi olarak kullanılabilme potansiyellerinin moleküler modelleme yöntemleri kullanılarak incelenmesi amaçlanmıştır. 
Bu amaç doğrultusunda, Natural Product Activity and Species Source (NPASS) kütüphanesinde yer alan fungal sekonder metabolitler derlenerek biyoaktif molekül olabilme potansiyellerine göre çeşitli kabul görmüş filtrelerden geçirilmiş ve 317 adet doğal ürün elde edilmiştir. Ardından 317 adet doğal ürün ve Directory of Useful Decoys, Enhanced (DUD-E) kütüphanesinde derlenmiş olan 83 adet protein yapısıyla "qvina" yazılımı kullanılarak docking simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Docking simülasyonları sonucunda elde edilen veriler incelenmiş, simülasyonların başarısını ortaya koymak için belirlenen kriterlere uygun 12 adet protein yapısı tespit edilmiştir. Bu proteinler arasından DUD-E kodları ANDR, HIVRT ve TGFR1 yapıları seçilerek "GROMACS" yazılımı yardımıyla MM/PBSA ve MD simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Ardından "g_mmpbsa" modülü ile TGFR1 protein yapısındaki amino asitlerin bağlanma enerjileri hesaplanarak bağlanma bölgesindeki amino asitlerin, belirlenen doğal ürün ve ligandlar üzerindeki bağlanmaya olan katkıları incelenmişir.
Yapılan çalışmalar sonucunda TGR1 yapısında CHEMBL3577060 kodlu doğal ürünün etken madde olarak kullanılabilme potansiyelinin olduğu belirlenerek bu iki yapı arasındaki protein-ligand etkileşimleri ilk defa ortaya konmuştur.

Abstract:
Within the scope of the thesis study, it was aimed to investigate the potential of natural products to be used as pharmaceutical active agents by using molecular modeling methods.
For this purpose, fungal secondary metabolites in the Natural Product Activity and Species Source (NPASS) library were compiled and various accepted filters were applied according to their potential to become bioactive molecules. As a result, 317 natural products were obtained. Then, docking simulations of 317 natural products and 83 protein structures compiled in the Directory of Useful Decoys, Enhanced (DUD-E) library were performed using the "qvina" software. The results of docking simulations were examined and 12 protein structures were obtained accordance with the criteria determined to demonstrate the success of the simulations. Among these proteins, DUD-E codes ANDR, HIVRT and TGFR1 structures were selected and MM / PBSA and MD simulations were performed by the "GROMACS" software. Then, the binding energies of amino acids in the TGFR1 protein structure are calculated by the "g_mmpbsa" module and the contribution of amino acids in the binding region to binding is examined.
As a result of the studies, it was determined that the natural product with code CHEMBL3577060 has the potential to be used as an active agents for TGFR1 and the protein-ligand interactions between these two structures were revealed.