Alzheimer hastalığı ile apolipoprotein E genotiplemesi üzerine bir çalışma
A study on apolipoprotein E genotyping with alzheimer's disease
Yazar: HATİCE GAZİOĞLU
Danışman: PROF. DR. MUHSİN KONUK
Üsküdar Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Nörobilim Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Nöroloji = Neurology
Dizin: Alzheimer hastalığı = Alzheimer disease ; Apolipoproteinler E = Apolipoproteins E ; Biyobelirteçler = Biomarkers ; DNA analizi = DNA analysis ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Alzheimer Hastalığı (AH); merkezi sinir sisteminin (MSS) çeşitli bölümlerinde sinaps ve nöron kayıplarına neden olarak; bilişsel işlevlerde yetersizlik, bir takım nöropsikatrik ve davranışsal bozukluklar ile karakterize nörodejeneratif bir hastalıktır AH en sık görülen demans türü olup, tüm demans vakalarının %60-80'ini oluşturmaktadır. Hastalığın başlangıç yaşına bağlı olarak; 65 yaş altı ortaya çıkan vakalar için erken başlangıçlı Alzheimer hastalığı (EBAH), 65 yaş sonrası görülen vakalar için geç başlangıçlı Alzheimer Hastalığı (GBAH) olarak tanımlama yapılmaktadır. Alzheimer vakalarının %1-5'ini EBAH oluşturmakta iken GBAH vakaların %95'iden sorumludur. AH karmaşık bir genetik yapıya sahiptir. AH'nin genetik altyapısında yer aldığı tahmin edilen dört lokus tanımlanmıştır. Bunlar, EBAH'a yol açan otozomal dominant geçişli ailesel AH için üç faklı gende mutasyon varlığı tespit edilmiştir. Bunlar; 21 numaralı kromozomda amiloid prekürsör protein (APP), 14'üncü kromozomda presenilin 1 (PSEN1) ve 1. kromozomda presenilin 2 (PSEN2) olarak tanımlanan üç gen ve GBAH için genel kabul gören tek risk faktörü olan 19. Kromozomda bulunan apolipoprotein ε4, hastalığın genetik riskini açıklamakta yardımcı olmaktadır. AH için yapılan genom çapında ki birçok çalışma sonrasında çok sayıda risk geni belirlenmiş olsa da bunların hiçbiri GBAH için bulunan ilk risk geni olan Apolipoprotein E (APOE)'de yer alan polimorfizmin sunduğu risk düzeyine yaklaşamamıştır.
Bu çalışmada, muhtemel AH tanısı konulmuş 16 bireyde bulunan APOE geninin ε2, ε3 ve ε4 allelleri için rs429358 ve rs7412 polimorfizmleri PCR ve Dizi Analizi yapılarak taranmış ve APOE ε2, ε3 ve ε4 polimorfizmlerinin genotip ve allel frekansları belirlenmiştir. APOE allel frekanslarının cinsiyete göre dağılımları istatistiksel açıdan değerlendirilmiş ve anlamlı bir fark bulunamamıştır (p>0,05). Hasta grubu ile yaptığımız bu çalışmada ε3/ε4 polimorfizmlerine literatürü destekler nitelikte bir oranda rastlanmıştır.

Abstract:
Alzheimer's Disease (AD) is a neuro-degenerative disease leading to synapse and neuron losses on various parts of central nervous system (CNS) and characterised by deficiency on cognitive functions, a number of neuropsycrhiatric and behavioral disorders. As the most frequent type of dementia, AD constitutes 60-80 percent of all dementia cases. Depending on age disease onset, it is defined as Early Onset Alzheimer's Disease (EOAD) for cases occuring under the age of 65 and Late Onset Alzheimer's Disease (LOAD) for cases seen above the age of 65. While EOAD contitutes 1-5 percent of Alzheimer cases, LOAD accounts for 95 percent of the cases. AD holds a complex genetic structure. It describes four locuses estimated as being in genetic infrastructure of AD. Three different genes are set as mutants for familial AD with an autosomal dominant inheritance pattern resulting in EOAD. These help to explain genetic risk of the disease: three genes described as amyloid precursor protein (APP) on chromosome 21, presenilin 1 (PSEN1) on chromosome 14 and presenilin 2 (PSEN2) on chromosome 1 and apolipoprotein ε4 on chromosome 19 as generally acceptable sole risk factor for LOAD. Although a large number of risk genes are set after numerous genome-wide association studies in AD, none of them come up to the risk level performed by polymorphism that appears in Apolipoprotein E (APOE), the first risk gene found for LOAD.
In this study, for ε2, ε3 ve ε4 alleles of APOE gene in 16 individuals who diagnosed with prospective AD, were tested by PCR and DNA sequence analysis for their rs429358 and rs7412 polymorphisms. Their genotypes and allele frequencies for APOE ε2, ε3, and ε4 polymorphisms were settled. Distribution APOE allele frequencies by gender was estimated and a statistically significant difference was not found (p>0.05). This study showed that ε3 ve ε4 polymorphisms in the patient group, are at a rate of similarity with the literature.