Yoğun bakım hastalarından izole edilen pseudomonas aerugınosa suşlarının moleküler epidemiyolojisi ve antibiyotik duyarlılığı
Investigation of antibiotic susceptibility and molecular epidemiology of pseudomonas aeruginosa strains isolated from intensive care unit patients
Yazar: DEMET TİMUR
Danışman: DOÇ. DR. ESMA KAYA
Erciyes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; Yoğun bakım = Intensive care ; Yoğun bakım üniteleri = Intensive care units ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Pseudomonas aeruginosa, hastane enfeksiyonu etkeni olarak sık karşılaşılan ve çoğul antibiyotik direnci nedeniyle tedavisi güç olan bir enfeksiyon etkenidir. Bu çalışmada yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) yatan hastalardan izole edilen P. aeruginosa suşlarının antibiyotik duyarlılık profili ve klonal yakınlığının belirlenmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Aralık 2013-Mart 2015 tarihlerinde Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi YBÜ'lerinde takip edilen hastaların klinik örneklerinden izole edilen 75 P. aeruginosa suşu çalışıldı. Bakteri identifikasyonu konvansiyonel yöntemler ve/veya Phoenix ID (BD Diagnostics, ABD) sistemi kullanılarak yapıldı. İzolatların amikasin, gentamisin, siprofloksasin, levofloksasin, seftazidim, sefepim, imipenem, meropenem ve kolistin için minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerlerinin belirlenmesinde Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda sıvı mikrodilüsyon yöntemi; suşlar arasındaki klonal ilişkinin belirlenmesinde repetitive sequence-based polymerase chain reaction (rep-PCR) yöntemi kullanıldı.
Bulgular: Bakterilerin antibiyotik direnç oranları; amikasine %2.7, gentamisine %18.7, siprofloksasine %24, levofloksasine %22.7, seftazidime %16, sefepime %5.3, imipeneme %64, meropeneme %60 ve kolistine %1.3 olarak belirlenmiştir. Suşların 10'u (A-J) ana klon diğerleri 11 tane tekli klon olmak üzere toplam 21 klonda (A-V) yer aldığı belirlenmiştir. Ana klonlardan B ana klonunda 4 alt klon (B1, B2, B3, B4), C ana klonunda 2 alt klon (C1, C2), D ana klonunda 2 alt klon (D1, D2), H ana klonunda 3 alt klon (H1, H2, H3), J ana klonunda 2 alt klon (J1, J2) belirlenmiştir. Suşların %33.3'ünün B ana klonuna ait olduğu izlenmiştir ve bu klonun baskın tip olduğu saptanmıştır. Klonal ilişkili bazı suşların antibiyotik duyarlılık profilinin uyumlu olduğu belirlenmiştir.
Sonuç: Enfeksiyon etkenlerinin direnç durumunun takibi ampirik tedavide klinisyene yol göstermesi ve rasyonel antibiyotik kullanım politikalarının oluşturulması; klonal ilişkilerin değerlendirilmesi ise özellikle çoğul dirençli patojenler olmak üzere enfeksiyon etkenlerinin yayılımı ve enfeksiyon kontrol önlemlerinin izlenmesi açısından önemlidir.

Abstract:
Aim: Pseudomonas aeruginosa is a major nosocomial pathogen which is hard to treat because of its multiple antibiotic resistance. In this study we aimed to determine clonal relationship and antibiotic susceptibility of clinical P. aeruginosa isolates of intensive care unit (ICU) patients.
Materials and methods: Seventy-five P. aeruginosa isolates from clinical specimens of patients in ICUs of Erciyes University Medical Faculty Hospital between December 2013 and March 2015 were studied. Bacterial identification was made by using conventional methods and/or automated Phoenix ID system (BD Diagnostics, USA). Minimal inhibitory concentration (MIC) for amikacin, gentamicin, ciprofloxacin, levofloxacin, ceftazidime, cefepime, imipenem, meropenem and colistin were determined by broth microdilution method according to recommendations of Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Repetitive sequence-based polymerase chain reaction (rep-PCR) was used to assess clonal relationship of the strains.
Results: The antibiotic resistance rates of the isolates were found to be 2.7% for amikacin; 18.7% for gentamicin; 24% for ciprofloxacin; 22.7% for levofloxacin; 16% for ceftazidime; 5.3% for cefepime; 64% for imipenem; 60% for meropenem and 1.3% for colistin. According to rep-PCR results, 21 clones (A-V) including 10 main clones (A-J) were identified. There were 4 subclones (B1, B2, B3, B4) in clone B; 2 subclones (C1, C2) in clone C; 2 subclones (D1, D2) in clone D; 3 sublones (H1, H2, H3) in clone H and 2 subclones (J1, J2) in clone J. It was found that 33.3% of the strains were in clone B which suggests that clone B was the dominant type. It was found that antibiotic susceptibility patterns of the some clonally related isolates were similar.
Conclusion: It is important to monitor resistance rates of infectious agents for guiding clinicians in empirical therapy and making rational antibiotic useage policies; and it is also important to investigate clonal relationship for tracing the spread of infectious agents, especially the multidrug resistant pathogens, and infection control precautions.