Kardiyak anomalili olgularda kromozomal mikroarray yönteminin tanısal değerinin araştırılması
Investigation of the diagnostic value of chromosomal microarray technique in cases with cardiac anomalies
Yazar: ZEYNEP ESENER
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM TEKEDERELİ
İnönü Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Kalp defektleri-konjenital = Heart defects-congenital ; Kalp hastalıkları = Heart diseases ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Kromozomlar = Chromosomes ; Malformasyonlar = Abnormalities ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis

Özet:
Amaç: Konjenital kalp hastalıkları kalbin anatomik ve fizyolojik anormalliklerini kapsayan, doğumda mevcut olan bir hastalık grubu olup toplumda gözlenen en sık doğumsal defekttir. Etiyolojisi oldukça çeşitlidir. Çoğunlukla multifaktöriyel kalıtım paterni göstermekle birlikte kromozom anomalileri, kopya sayısı değişiklikleri, tek gen hastalıkları, çevresel faktörler etiyolojide yer almaktadır. Etiyoloji sendromik olgularda daha yüksek oranda tespit edilebilmesine rağmen, sendromik ve sendomik olmayan olguların çoğunda aydınlatılamamıştır. Çalışmamızda, sendromik ve sendromik olmayan olgularda kopya sayısı değişikliklerinin mikroarray yöntemi ile tespit edilmesi, mikroarray yönteminin tanı amaçlı kullanımında iki grup arasındaki farklılıkların ortaya konması, bununla birlikte olası yeni lokusların belirlenmesi amaçlanmıştır. 
Gereç ve Yöntem: 2013-2019 yılları arasında İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik polikliniğinde konjenital kalp hastalığı nedeniyle değerlendirilen ve mikroarray çalışılan 55 sendromik, 30 sendromik olmayan toplamda 85 olguya ait dosyalar, fotoğraflar ve laboratuvar sonuçları retrospektif olarak incelendi. Gruplar arası farklılıkların tespitinde ki-kare ve Mann Whitney-U testleri kullanıldı.
Bulgular: Mikroarray sonuçlarında, sendromik olgu grubunun %32,7'sinde (18/55), sendromik olmayan olgu grubunun %10'unda (3/30) kopya sayısı değişiklikleri saptandı. İki grup arasında mikroarray yönteminin tanıdaki yeri ve olgu başvuru yaşları arasında istatistiksel olarak anlamlı farklar bulundu. 
Sonuç: Olası kalp dışı organ sisteminin/sistemlerinin etkilenme riskinin tespit edilebilmesi, prognozun belirlenmesi, sonraki kuşaklar için risklerin ortaya konması, risk altındaki aile bireylerin belirlenebilmesi için konjenital kalp hastalıklarında genetik etiyolojinin aydınlatılması oldukça önemlidir. Çalışmamızda mikroarray yönteminin konjenital kalp hastalığı etiyolojisinin aydınlatılmasında oldukça önemli olduğu, özellikle sendromik olgularda karyotip analizi sonrasında çalışılması gerektiği sonucuna varılmıştır.
Anahtar kelimeler: Konjenital kalp hastalığı, kopya sayısı değişiklikleri, mikroarray

Abstract:
Aim: Congenital heart diseases are a group of diseases present at birth, including anatomical and physiological abnormalities of the heart, and are the most common birth defects observed in the populations. The etiology is quite diverse. Although it mostly shows a multifactorial inheritance pattern, chromosome abnormalities, copy number variations, single gene diseases and environmental factors are involved in the etiology. Although the etiology can be detected at a higher rate in syndromic cases, it has not been elucidated in most syndromic and non-syndromic cases. In our study, it was aimed to detect copy number changes in syndromic and non-syndromic cases by the microarray method, to reveal the diagnostic value of the microarray method and to determine possible new loci.
Material and Method: Patient files, photographs and laboratory results of 55 syndromic and 30 non-syndromic cases, 85 in total, between 2013-2019 at Inonu University, Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics outpatient clinic who had congenital heart disease and microarray analysis, retrospectively. The differences between the groups were analysed with Chi-Square and Mann Whitney-U tests.
Results: In the microarray results, copy number variations were detected in 32.7% (18/55) of the syndromic case group and 10% (3/30) of the non-syndromic case group. Statistically, significant differences between two groups in terms of both the diagnostic efficacy of microarray and the age at the time of admission were detected.
Conclusion: It is very important to clarify the genetic etiology in congenital heart diseases in order to determine the risk of possible non-cardiac organ system/systems to be affected, the prognosis, the risks for next generations and other family members. Our study suggest that the microarray method is very important to elucidate the etiology of congenital heart disease and should be performed after karyotype analysis, especially in syndromic cases.
Keywords: Congenital heart disease, copy number variations, microarray