Yerli infeksiyöz pankreatik nekrozis virüs (IPNV) izolatlarının moleküler karakterizasyonu ve patojenite denemeleri
Molecular charactarisation of local infectious pancreatic necrosi̇s virus (İPNV) isolates and pathogenicity trials
Yazar: YÜKSEL DURMAZ
Danışman: PROF. DR. HARUN ALBAYRAK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Alabalıklar = Trouts ; Birnaviridae = Birnaviridae ; Genotip = Genotype ; Gökkuşağı alabalığı = Rainbow trout ; Kalkan balığı = Turbot ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Patojenler = Pathogens ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İnfeksiyoz pankreatik nekrozis virüsü = Infectious pancreatic necrosis virus

Özet:
Amaç: İnfeksiyoz Pankreatik Nekrozis Virüsü (IPNV; Birnaviridae, Aquabirnavirus) balıklarda İnfeksiyoz Pankreatik Nekrozis (IPN) hastalığını oluşturmaktadır. IPN hastalığı ülkemizde kültürü yapılan gökkuşağı alabalıkları ve kuluçkahanelerinde oldukça yaygın olarak görülmektedir. Bu çalışmada; Türkiye'de gökkuşağı alabalığı çiftliklerinden ve denizde yaşayan kalkan balıklarından izole edilen IPNV suşlarının moleküler karakterizasyonu ve genogruplarının belirlenmesi ile genomik farklılıkların patojenite üzerine etkilerinin olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır.
Materyal ve Metot: IPNV izolatları RTG-2 hücre kültürlerinde üretildi ve hücre lizatlarından virüsün VP1, VP2, VP3, VP4 ve VP5 genleri tam uzunlukta amplifiye edildi. Genlerin sekansları yapıldı. IPNV Almus, Hah-4, Hatay07 ve Uşak05 izolatları ile 0,48 gram ağırlıktaki gökkuşağı alabalıklarında immersiyon yöntemi ile deneysel enfeksiyon oluşturuldu. Deneysel enfeksiyon sırasında ölen ve öldürülen balıklarda realtime PCR metodu ile IPNV viral nükleik asit varlığı ve miktarı araştırıldı. 
Bulgular: İncelenen izolatlarda filogenetik analizler ile  % 93,5 ile % 99,8 oranında  genetik benzerlik saptandı. Deneysel enfeksiyon sonucunda mortalite oranı; kontrol grubunda % 1,53, Hah-4 ve Hatay07 izolatlarında  % 1,42 Almus izolatında % 2,85 olarak gerçekleşti. Uşak05 izolatında ise ölüm gerçekleşmedi. rRT PCR testi sonucunda ölen\öldürülen balık örneklerinde 1,213x106-1,961x102/µl arasında viral kopya sayısı tespit edildi. Balık organ örneklerinde en yoğun CT değeri 21,75 olarak kaydedildi. Hastalığa spesfik klinik belirti veya işaret enfekte edilen, ölen ve öldürülen balıklarda gözlemlenmedi.
Sonuç: Türkiye izolatlarının A2 serotipi ve genogrup 5 içinde olduğu, avirülent oldukları ve gökkuşağı alabalığı frylarında persiste enfeksiyon oluşturudukları belirlendi. Filogenetik analiz sonuçlarına göre Fransa, İspanya ve İran suşları ile yakın ilişkili oldukları görüldü.

Anahtar Kelimeler: İPNV; Moleküler karakterizasyon; Patojenite denemeleri; RT-PCR;

Abstract:
Aim: Infectious pancreatic necrosis virus (IPNV; Birnaviridae, Aquabirnavirus) is a virus that causes Infectious pancreatic necrosis disease (IPN) in fish. IPN spread quite in cultured rainbow trout farm and hatchery in our country. In this study, establishment of molecular characterization and identification of genogroups with isolated IPNV strains from rainbow trout farm and sea turbot. It was aimed to investigate the effects of genomic differences on pathogenicity. 
Material and Method: IPNV isolates were propogated in RTG-2 cell line and VP1, VP2, VP3, VP4 and VP5 genes were fully amplified from cell lysates. Sequences were made of the genes and with the isolates that Almus, Hah-4, Hatay07 and Usak05. Experimental infection were established at 0.48 g rainbow trout fry by immersion method.  At the dying or killed fish during the experimental infection amount of IPNV viral nucleic acit was investigated by realtime PCR method.
Results: Examined isolates were found genetically similar to between 93.5 – 99.8 %  in phylogenetic analyses. Mortality rates were detected us in the observed 1.53 %,  Hah-4 and Hatay07 1.42 % and Almus 2.85 %. There was no mortality from isolate Usak05. The number of viral copies in the fish samples (dead/killed) were found to be 1.213x106  - 1.961x102/µl by rRT-PCR. The highest CT value in the fish organ samples was recorded as 27.75.  Specific clinical symtoms or signs of the disease were not observed in all of the fish.
Conclusion: As a result of genetic analysis Turkey isolates were classified in genogroup 5 and serogroup A2 and we determined as avirulent in rainbow trout fry. It is seems to that they are related and close relationship to France, Spain and Iran IPNV isolates

Keywords:  IPNV; Molecular characterization; Pathogenicity assays; RT-PCR