Kolorektal kanserde macc1-as1 gen mutasyonlarinin moleküler yöntemlerle araştirilmasi
Investigation of macc1-asi gene mutation in colorectal cancer by using molecular techniques
Yazar: JAMAL SADİQ TAİB TAİB
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MEHRİ İĞCİ
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Genler = Genes ; Kanser hastaları = Cancer patients ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA

Özet:
Kolorektal kanser, batıda en sık gözlenen ölüm nedenlerinden biridir. Yakın zaman önce keşfedilmiş MACC1 (metastaz-bağlantılı kolon kanser -1), HGF/Met yolağının anahtar düzenleyicisidir ve kolorektal kanserde yüksek oranda ifade olmaktadır. MACC1 geninin altıncı intronunda MACC1-AS1 karşıt anlamlı RNA bölgesi bulunmaktadır. Bu çalışmada, kodlanmayan MACC1-AS1 RNA?sının ikincil yapısı RNAFold, MACC1 mRNA?sı ile arasındaki sarmal oluşumu ise IntaRNA adlı programlarla analiz edilmiş ve MACC1 gen ifadesinin kontrolünde rol almaya uygun yapısı nedeniyle kolorektal kanserde gözlenen MACC1?in yüksek ifadesi ile ilişkili olabileceği kanısına varılmıştır. Konu ile ilgili açık bir bilgi bulunmamaktadır . Dolayısıyla, bu çalışma MACC1?in kodlanmayan bölgesindeki (MACC1-AS1) olası genomik değişimler ve kolorektal kanser gelişimi arasındaki bağlantıyı araştıran ilk çalışmadır. Bu çalışma 104 kontrol ve 96 kolorektal kanserli bireyin katılımıyla gerçekleştirilmiştir. Kan örneklerinden elde edilen genomik DNA PCR (Polymerase Chain Reaction) yöntemiyle çoğaltılmış ve Tek Zincir Konformasyon Polimorfizmi (SSCP) ile analiz edilmiştir ve kodlanmayan MACC1-AS1 bölgesindeki olası değişiklikleri araştırmak için dizin analizi gerceklestirilmistir. Kontrol ve hasta örneklerinde ekzon 1?de, üç farklı banddan (1, 2, 3) oluşan 6 genotip (1, 2, 3, 1&2, 1&3, 2&3) gözlemlenmiştir. Dizin analizi neticesinde genotip 1?in bir A eklenmesi ve ayrıca GT eklenmesi (rs200028381), genotip 2?nin ise G>A yer değişimi ve A eklenmesi barındırdığı görülmüş; ancak, genotip 3?te bir farklılık bulunamamıştır. Ancak, bu değişimler ve kolorektal kanser arasında anlamlı bir ilişki gözlenememiştir.
Bu çalışma moleküler teknikler kullanılarak kolorektal kanserde MACC1-AS1 gen mutasyonlarının araştırıldığı ilk çalışmadır. Ancak kolorektal tümörler ve MACC1-AS1 RNA ifadesi arasındaki bağlantıyı anlayabilmek amacıyla immünohistokimya, Western blotlama ve mRNA ifade analizi gibi ileri analizlere ihtiyaç olduğu görülmüştür.

Abstract:
Colorectal cancer is the most frequent cause of morbidity and mortality in the Western world. The newly discovered MACC1 acts as a key regulator of HGF/Met pathway and express highly in colorectal cancer. MACC1 can serve as a prognostic indicator for colon and other cancer invasion and metastasis. Potential links between genetic diversity of the MACC1 AS1 locus and high expression of MACC1 are unknown. In this study, the secondary structure of MACC-AS1 RNA and the complementarity between MACC1 mRNA and MACC1-AS1 RNA were analyzed by RNAFold and IntaRNA programs. Therefore, this is the first study investigating the association between genomic variations in the MACC1-AS1 and the colorectal cancer. The study included 104 control and 96 patient samples. Genomic DNA was isolated from blood specimens, analyzed by PCR and SSCP and subjected to sequence analysis.
We observed three different fragments and six genotypes (1,2,3,1&2,1&3,2&3) in the exon one of MACC1-AS1 in patient and control samples. As a result of sequence analysis, A and GT (rs200028381) insertions in genotype 1, G>A substitution and A insertion in genotype 2 were detected. However, no association was observed between these SNPs and prognosis of colorectal cancer.
As a conclusion; this study is the first investigation of MACC1-AS1 mutation in colorectal cancer by using molecular techniques. Some novel SNPs in the exon 1 of MACC1-AS1 were identified. In order to understand the association between colorectal tumors and MACC1-AS1 status clearly; further analysis, like Western blotting, immunohistochemistry of MACC1 and RNA analysis for MACC1-AS1, are needed.