Fotooksidatif stresin E. coli'de porin protein sentez düzeyine etkisinin araştırılması
The study of the effect of photooxidative stress on porin protein synthesis in E. coli
Yazar: ÖZNUR AKTOP
Danışman: YRD. DOÇ. DR. CİHAN DARCAN
Dumlupınar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
OmpF ve OmpC E. coli'nin dış membranında bulunan porin proteinleridir ve çevresel faktörlere bağlı olarak sentez oranları değişmektedir. Bu çalışmada göl suyunda fotooksidatif stres altında yaşam için E. coli`nin OmpC ve OmpF porin proteinlerinin rolü, bu proteinlerin sentezindeki değişim ve bu değişimde envZ, ompR ve pta mutasyonlarının etkisi araştırılmıştır. Göl suyunda farklı sıcaklıklarda elde ettiğimiz verilere göre fotooksidatif stres altında OmpF ve OmpC porin proteinlerinin mutasyona uğratılmasının E. coli nin yaşam süresini arttırdığı belirlenmiştir. 37°C'de t90 değerine göre 1 log azalma yabani tip E. coli' de 19.4 saatte, ompR mutant (MH1160)'da ise 8 dakikada gözlenmiştir. MSR31 (ompR-) ile yapılan çalışmada ise 48 saatten fazla olarak belirlenmiştir. Dolayısı ile OmpR'nin oksidatif stres genleri ile ilişkisi olduğu düşünülmektedir. OmpF porin proteinlerinin sentezi, göl suyu şartları nedeniyle fotooksidatif stresten bağımsız olarak azalırken, OmpC sentezi fotooksidatif strese bağlı olarak azalmıştır. envZ ve pta gen mutasyonlarının fotooksidatif strese altında E. coli'nin OmpC ve OmpF porin sentezi için etkili olmadığı saptanmıştır. Fotooksidatif stres altında, antioksidant bir madde olan mannitolün koruyucu etkisinin olduğu görülmüş, ayrıca porin protein sentezi ile mannitol arasında bir ilişki belirlenmiştir.Anahtar kelimeler: Fotooksidatif stres, Göl suyu, Mannitol, Porin proteinleri.

Abstract:
OmpF and OmpC are the porin proteins located in outer membrane of E. coli and their synthesis proportions change depending on the environmental factors. In this study, the effect of the envZ, ompR and pta mutations on this change, the change of the porin protein synthesis, the role of OmpF and OmpC porin proteins of E. coli for survival under photooxidative stress in lake water were investigated. According to the data we acquired from different temperatures in lake water, it was determined that the mutations of ompF and ompC gene under photo-oxidative stress increases the survival time of E. coli. While the t90 value of wild type E. coli at 37°C was in 19.4 hours, ompR mutant (MH1160) E. coli was observed in 8 minutes. But t90 value of MSR31 (ompR-) was observed in more than 48 hours. Thus it is thought that OmpR is related with oxidative stress. While the synthesis of OmpF porin proteins decreased independently of the photooxidative stress because of the circumstances of the lake, the synthesis of OmpC porin proteins decreased depended on the photooxidative stress in lake water. It was determined that the mutations of envZ and pta gene did not have any effect for synthesis of OmpC and OmpF of E. coli under the photooxidative stress. It was observed that mannitol which is an antioxidant substance had protective effect under photooxidative stress and moreover, a relationship between porin protein synthesis and mannitol was observed.Key words: Photooxidative stress, Lake Water, Mannitol, Porin proteins.