İnflamatuar bağırsak hastalığı şüphesi veya alevlenmesi ile gelen kronik diyareli çocuklarda sendromik gastrointestinal panel testlerinin önemi
The importance of syndromic gastrointestinal panel tests in children with chronic diarrhea presenting with suspicion or flare of inflammatory bowel disease
Yazar: ERENSU ÖZTÜRK
Danışman: PROF. DR. KAYHAN ÇAĞLAR
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
İnflamatuar bağırsak hastalığı (İBH) şüphesi ve kronik ishal ile gelen çocuklarda genellikle endoskopi ve kolonoskopi yapılmadan önce semptomların ve inflamasyonun asıl nedeninin enterik enfeksiyonlar olmadığını kanıtlamak gerekmektedir. Sendromik gastrointestinal panel testler kılavuzlar tarafından dışlanması tavsiye edilen tüm patojenleri bulundurmakla birlikte hızlı sonuç verme süresi ve yüksek duyarlılığa sahiptir. Bu nedenle özellikli hastalarda daha hızlı, daha doğru tanı ve tedavi için birçok patojeni aynı anda belirleyebilen sendromik hızlı paneller oldukça önemlidir.
	Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne 1 Nisan 2019 – 31 Ocak 2022 tarihleri arasında başvuran 178 çocuk hastadan ishal ön tanısı ile gönderilen 178 adet gaita örneği, viroloji laboratuvarında BioFire® FilmArray® Gastrointestinal Panel test ile çalışılmıştır ve sonuçlar retrospektif olarak analiz edilmiştir. Dahil edilen hastaların %48,3 (86/178)'ü kız, %51,7 (92/178)'si erkektir ve tamamı 0-18 yaş aralığındadır. Hastalar 0-1 yaş aralığında %12,9 (23/178), 1-5 yaş aralığında %21,9 (39/178) ve 5-18 yaş aralığında %65,2 (116/178) olarak dağılmaktadır. Numunelerin %50 (89/178)'sinden kronik ishal ön tanısı ile %50 (89/178)'sinden ise akut ishal ön tanısı ile test istenmiştir. Gaita numunelerinin %36,5'i (65/178) pozitif, %63,5'i (113/178) ise negatif raporlanmıştır. Hastaların %46,1 (82/178)'i pediatrik gastroenterolojiden, %18(32/178)'i pediatrik hematoloji ve onkolojiden, %11,2(20/178)'si genel pediatriden, %9(16/178)'u pediatrik enfeksiyon ve %15,7(28/178)'si diğer pediatrik yan dal bölümlerindendir. Kronik ishalli olgularda başta E. coli türleri olmak üzere C. difficile ve Campylobacter spp. en sık tespit edilen bakterilerdir.  Viral patojenlerden ise en sık Norovirüs GI/GII tespit edilirken, paraziter etken tespit edilmemiştir. Kronik ishali olan 89 hastanın %69,6'sında (62/89) İBH tanısı vardır. İBH tanısı olan 62 hastanın %51,6'sı (32/62) kız, %48,4'ü (30/62) erkektir. Bu hastaların %32,2'sinde (20/62) pozitiflik saptanmıştır. Pozitif olan 20 hastadan 26 patojen tespit edilmiştir. En sık tespit edilen patojenler sırasıyla %53,8 ile E. coli alt tipleri, %23,1 C. difficile ve %15,4 virüslerdir.  Ülseratif kolit ve sınıflandırılamayan İBH hastalarında Crohn hastalarına daha yüksek oranda bakteriyel etken saptanmıştır. Ülseratif kolit ve Crohn hastalarında viral etkene rastlanmazken sınıflandırılamayan İBH hastalarında %15,3 (4/26) oranında viral etken tespit edilmiştir. 
	Çalışmamızda, İBH hastalarında gastrointestinal enfeksiyöz ajanların gastrointestinal panel testler kullanıldığında nadir olmadığı gösterilmektedir. Sendromik panel testlerin, konvansiyonel yöntemlere göre oldukça kısa bir sürede patojenleri saptaması İBH hastalarının yönetimine katkıda bulunmaktadır.

Abstract:
In children with suspected inflammatory bowel disease (IBD) and chronic diarrhea, it is usually necessary to prove that enteric infections are not the main cause of symptoms and inflammation before endoscopy and colonoscopy are performed. Syndromic gastrointestinal panel tests include all pathogens recommended for exclusion by guidelines and have a fast time to result and high sensitivity. Therefore, syndromic rapid panels that can identify multiple pathogens simultaneously are very important for faster, more accurate diagnosis and treatment in specific patients.
	A total of 178 stool samples from 178 pediatric patients who presented to Gazi University Faculty of Medicine Hospital between April 1, 2019 and January 31, 2022 with a prediagnosis of diarrhea were tested with BioFire® FilmArray® Gastrointestinal Panel test in the virology laboratory and the results were analyzed retrospectively. Of the included patients, 48.3% (86/178) were female, 51.7% (92/178) were male and all were between 0-18 years of age. Patients were distributed as 12.9% (23/178) in the 0-1 age group, 21.9% (39/178) in the 1-5 age group and 65.2% (116/178) in the 5-18 age group. 50% (89/178) of the samples were tested with a prediagnosis of chronic diarrhea and 50% (89/178) of the samples were tested with a prediagnosis of acute diarrhea. Of the stool samples, 36.5% (65/178) were positive and 63.5% (113/178) were negative. Of the patients, 46.1% (82/178) were from pediatric gastroenterology, 18% (32/178) from pediatric hematology and oncology, 11.2% (20/178) from general pediatrics, 9% (16/178) from pediatric infection and 15.7% (28/178) from other pediatric subdivisions. E. coli species, C. difficile and Campylobacter spp. were the most frequently detected bacteria in cases with chronic diarrhea. Among the viral pathogens, Norovirus GI/GII was the most frequently detected, while no parasitic agents were found. Of 89 patients with chronic diarrhea, 69.6% (62/89) were diagnosed with IBD. Of the 62 patients diagnosed with IBD, 51.6% (32/62) were female and 48.4% (30/62) were male. Positivity was detected in 32.2% (20/62) of these patients. The most common pathogens were E. coli subtypes with 53.8%, C. difficile with 23.1% and viruses with 15.4%. Bacterial agents were detected at a higher rate in ulcerative colitis and unclassified IBD patients compared to Crohn's disease patients. While no viral agents were detected in patients with ulcerative colitis and Crohn's disease, 15.3% (4/26) of patients with unclassified IBD were found to have viral agents.
	Our study shows that gastrointestinal infectious agents are not uncommon in IBD patients when gastrointestinal panel tests are used. The ability of syndromic panel tests to detect pathogens in significantly less time than conventional methods contributes to the management of IBD patients.