Kanser ve venöz tromboz: Tümör gelişimi ile tromboz ilişkisinde koagülomun tanımlanması
Cancer and venous thrombosis: Genomwide expression analysis in order to identify new molecular markers that lie between thrombosis and tumorigenesis
Yazar: SEMİH DALKILIÇ
Danışman: PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Trousseau Sendromu, malignant bir durumun öncesinde veya onunla birlikte görülen trombotik bir olayı ifade etmektedir. İlk defa 1865 yılında Armand Trousseau tarafından ifade edildiği gibi, venöz tromboz ile kanser arasında güçlü bir bağlantı mevcuttur. Bu bağlantı bir çok çalışma tarafından valide edilmiş, idiopatik venöz tromboz hastalarında kanser görülme riskinin yaklaşık 10 kata kadar arttığı belirlenmiştir. Önceki dönemlerde yapılan çalışmalarda tümör veya trombosit kaynaklı olabilen müsin veya doku faktörü gibi moleküllerin bu patolojinin ortaya çıkmasından sorumlu olduğu düşünülmekteydi. Bunlara ileveten hipoksi, onkogen aktivasyonu ve inflamatuvar sitokinler gibi başka moleküller ve mekanizmalar ileri sürülmüştür. Fakat bu bağlantının altında yatan mekanizma hala net olarak ortaya konmamıştır.
Bu çalışmada, kanser ve venöz tromboz arasındaki bağlantı incelenmiş ve kanser, venöz tromboz, kanser + tromboz ve sağlıklı bireylerden oluşan grupları karakterize edebilecek bir moleküler imzanın mevcut olup olmadığı araştırılmıştır. Yapılan biyoinformatik analizler sonucunda her bir ikili karşılaştırma için farklı ifade edilen gen listeleri belirlenmiştir.
Daha sonra bu gen listeleri ile yapılan ileri biyoinformatik analizler ve veri madenciliğinden sonra hiyerarşik kümeleme analizleri yapılmıştır. Verilen heatmaplerde de görüleceği üzere tüm ikili karşılaştırmalarda grupları birbirinden ayıran spesifik bir profile sahip oldukları, özellikle Kanser vs. Kontrol ve Tromboz vs. Kontrol karşılaştırmalarında bu durumun daha net olduğu görülmüştür. Yapılan yolak analizlerinde özellikle kanser yolağı, lökosit transendotelyal göç yolağı, aktin hücre iskelet regülasyon yolağı ve akson yönlendirme yolağı, prostat kanser yolağı  gibi yolakların öne çıktığı tespit edilmiştir.
Yolak analizlerinden sonra QRT-PCR validasyonu için bir aday gen listesi belirlenmiştir. CASPASE 8, CEACAM8, IKBKB ve HASP90B1 genleri istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Yaptığımız bu çalışma ile bu 4 farklı grubun ifade profillemesinde farklı moleküler imzaya sahip olduğunu ve CASPASE 8, CEACAM8, IKBKB ve HASP90B1 genlerinin aday moleküler biyomarkır olarak kullanılabileceği gösterilmiştir. Ancak bu genlerin daha fazla sayıda örnek içeren farklı bir örnek grubunda valide edilmesi gerekmektedir.

Abstract:
Trousseau Syndrome is defined as a thrombotic event preceding or appearing concomitantly with a visceral malignancy. As first described by Armand Trousseau in 1865, there is a strong association between cancer and venous thromboembolic disease. This association has been validated in several studies demonstrating high incidence of malignancy (up to 10 fold) in individuals who present unprovoked venous thromboembolism. In the early studies were suggested that tumor or platelet derived  molecules  like mucins and tissue factor has a pathologic role in this association. In addition to this some other mechanisms  was proposed  about hypoxia, oncogene activation and  inflammatory cytokines.  But underlying  molecular mechanisms of this association remain elusive. 
In this study we have examined the association between cancer and venous thromboembolism with the objective to determine whether idiopathic venous thromboembolism, cancer, cancer plus thromboembolism cases and healthy controls have a specific molecular signature characterizing each of these groups. We have determined differentially expressed gene sets for each pairwise comparison using rigorous bioinformatic analyses.
After the bioinformatics and detailed data mining analysis. We have performed hierarchical cluster analysis with these genes. As shown in the heat maps, some compared groups especially Cancer vs. Control and Thrombosis vs. Control have exhibited a special profile that able to distinguish two sample group each other.  In the second part of bioinformatics and data mining analysis results have shown that many of these genes were sitting pathways in cancer, luekocyte transendothelial migration, regulation of actin cytoskelation, axon guidance, prostate cancer etc. 
After the pathway analysis, we have determined a candidate gene list for QRT-PCR validations. CASPASE 8, IKBKB, HSP90B1 and CEACAM8 genes were found statistically significant. We have shown that, these different pathologies have a special molecular signature that able to distinguish each group from others. CASPASE8, IKBKB, HSP90B1and CEACAM8 were determined as a candidate biomarker genes that able to distinguish these groups. But these genes must be validated with bigger sample size and another sample group.