Polikistik over sendromlu olgularda XRCC1, APE1 ve XPD DNA tamir genlerindeki polimorfizmlerin araştırılması
A study of polymorphisms in XRCC1, APE1 and XPD DNA repair genes in polycystic ovary syndrome patients
Yazar: GONCA GÜLBAY
Danışman: PROF. DR. ELİF YEŞİLADA
İnönü Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA ; DNA hasarı = DNA damage ; DNA onarımı = DNA repair ; Hastalık = Disease ; Oksidatif stres = Oxidative stress ; Polikistik over sendromu = Polycystic ovary syndrome ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Polikistik over sendromu (PKOS) kronik anovulasyon, oligomenore ve hiperandrojenemi ile karakterize bir reproduktif endokrinopatidir. PKOS'un genetik ve çevresel faktörlerin etkileşimi ile ortaya çıktığı bildirilmekte ve bu olgularda DNA hasarları ve kromozom kırıkları rapor edilmektedir. Bu durum ise DNA  tamirinde rol oynayan genleri akla getirmektedir. Günümüzde çok sayıda DNA tamir geni ve bu genlerin ürünü olan proteinlerin aktivitesini değiştiren polimorfizmler bilinmektedir. Bu çalışmada PKOS'da rapor edilen genomik kararsızlık ve XRCC1 Arg194Trp, XRCC1 Arg399Gln, APE1 Asp148Glu ve XPD Lys751Gln polimorfizmleri arasındaki ilişkiyi araştırmak ve PKOS patogenezinin aydınlatılmasına katkıda bulunmak amaçlanmıştır. 
Çalışma gruplarını oluşturan tüm bireylerin EDTA'lı tüplere alınan kan örneklerinden genomik DNA izole edilmiştir. Bireylerin genotipleri üç farklı gene ait dört polimorfizm (XRCC1 Arg194Trp, XRCC1 Arg399Gln, APE1 Asp148Glu ve XPD Lys751Gln) bakımından gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi kullanarak belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre XRCC1 Arg194Trp, Arg399Gln ve XPD Lys751Gln polimorfizmleri bakımından PKOS ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık tespit edilmemiştir. APE1 Asp148Glu polimorfizmi bakımından ise gruplar arasındaki farklılığın istatistiksel olarak anlamlı olduğu belirlenmiştir. Bu durumla ilişkili olarak hem mutant allelin (Glu) frekansının (hasta grubunda %37.72 ve kontrol grubunda %19.23) hem de homozigot mutant genotip (Glu/Glu) frekansının (%12.28) hasta grubunda daha yüksek olduğu belirlenmiştir. 
İlave olarak PKOS'un klinik bulguları ile polimorfizm sonuçları birlikte değerlendirildiğinde yalnızca vücut kitle indeksi (VKİ) bakımından ve yine yalnızca APE1 Asp148Glu polimorfizmi bakımından genotipler arasında farklılık belirlenmiştir. VKİ'nin  Asp/Asp genotipli hastalarda (22,85) heterozigot (26,24) ve homozigot mutant (25,81) genotipli hastalara göre daha düşük olduğu tespit edilmiştir. 

Anahtar Kelimeler: XRCC1, APE1, XPD, Polikistik Over Sendromu

Abstract:
Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a reproductive endocrinopathy characterised by chronic anovulation, oligomenorrhea, and hyperandrogenism. PCOS is reported to arise from the interaction of genetic and environmental factors. Further studies report that PCOS patients have DNA damage and chromosome breakage. Such studies bring to mind the genes that are involved in DNA repairing. At present, several DNA repair genes and, as products of these genes, certain polymorphisms that alter the activity of proteins are known in the literature. The aim of this dissertation is to study the genomic instability that have been reported in PCOS cases along with the relationship between XRCC1 Arg194Trp, XRCC1 Arg399Gln, APE1 Asp148Glu, and XPD Lys751Gln polymorphisms in order to contribute to the pathogenesis of PCOS.
The study has started by isolating genomic DNA samples obtained from the blood samples in EDTA tubes from the patients in the study group. Using the real-time polymerase chain reaction, the genotypes of these patients were determined in terms of four polymorphisms of three different genotypes (XRCC1 Arg194Trp, XRCC1 Arg399Gln, APE1 Asp148Glu, and XPD Lys751Gln). Comparing the control groups at the end of the study, the results have not shown any statistically significant difference as far as XRCC1 Arg194Trp, XRCC1 Arg399Gln, and XPD Lys751Gln polymorphisms are concerned. However, there were notable differences between the groups in terms of APE1 Asp148Glu polymorphism. Associated with this condition, it has been noted that both mutant allele (Glu) frequency (37,72% in the study group; 19,23% in the control group) and homozygous mutant genotype (Glu/Glu) frequency (with 12.28%) have been higher in the study group.
Evaluating the clinical features of PCOS in conjunction with polymorphism results, it has also been observed that the only remarkable difference between the genotypes was related to body mass index (BMI) and to APE1 Asp148Glu. Furthermore, it has been found out that BMI tends to be lower in patients with Asp/Asp genotypes (22,85) compared to patients with heterozygous (26,24) and homozygous mutant (25,81) genotypes.

Keywords: XRCC1, APE1, XPD, Polycystic Ovary Syndrome