Çoklu antibiyotik dirençli klebsiella pneumoniae suşlarının direnç genlerinin belirlenmesi ve bu suşlara etkili bakteriyofaj izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolati̇on and characteri̇zati̇on of bacteri̇ophages agai̇nst multi̇ple-anti̇bi̇oti̇c-resi̇stant klebsiella pneumonia strai̇ns and determi̇nati̇on of resi̇stance genes
Yazar: BURCU ALTUNAY
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLİZ UYAR GÜLEÇ
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Bakteriyofajlar = Bacteriophages ; Genler = Genes ; Karbapenemaz = Carbapenemase ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple

Özet:
Klebsiella pneumoniae infeksiyonları çoklu ilaç direnci gelişimi nedeniyle son yıllarda toplum kökenli enfeksiyonların yanı sıra hastane enfeksiyonlarının da önemli bir etkenidir. Bakteriyi enfekte eden virüsler olarak tanımlanan bakteriyofajlar (faj) artan antibiyotik direncine alternatif olarak tedavisi zor enfeksiyonlar için yeniden gündeme gelmektedir.
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarına Mart 2018 ile Ağustos 2020 tarihleri arasında çeşitli servis ve yoğun bakım ünitesi hastalarının numunelerinden çoklu antibiyotik dirençli K. pneumoniae suşları tez çalışması için toplanmıştır. Bu suşlarda OXA-48, KPC, VIM, IMP, NDM karbapenemaz genlerinin belirlenmesi ve indikatör bakteriler olarak belirlenen K1152 ve 1022 suşlarına karşı çevresel örneklerden litik faj elde edilmesi ile bu fajların çoklu antibiyotik dirençli klinik K. pneumoniae suşları üzerine in-vitro etkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. 
Çoklu antibiyotik direnci olduğu bilinen 38 K. pneumoniae suşunun karbapenemaz direnç gen profili PCR ile belirlendi. Sıklık sırasına göre NDM (20/38), OXA (19/38), VIM (12/38), KPC (1/38) genleri saptandı. IMP geni hiçbir suşta saptanmadı. 
Çalışmada hastane kanalizasyon sularından toplanan örneklerden plak morfolojileri farklı 7 adet faj izole edilmiştir. Bunlar KpF1, KpF2, KpF3, KpF4, KpF5, Kp6, KpF7 olarak isimlendirilmiştir. Bu 7 fajın çalışmaya dahil edilen 38 klinik izolata karşı etkinliği sonucunda 33 suşa litik etkinlik tespit edilmiştir. Daha sonra bu 7 fajın restriksiyon endonükleaz profilleri belirlenmiştir. Buna göre aslında 2 farklı faj olduğu tespit edilmiştir. En yüksek litik aktiviteye sahip olan fajın KpF2 (%81,57) olduğu, KpF5 fajının da %50 oranında litik etkinliği olduğu görülmüştür. 
Çoklu antibiyotik dirençli K. pneumoniae ilişkili enfeksiyonlarının tedavisinin giderek zorlaştığı günümüzde fajlar alternatif tedavi yöntemi olarak umut vaat etmektedir.

Anahtar kelimeler: K. pneumoniae, çoklu antibiyotik direnci, karbapenemaz direnç genleri, bakteriyofaj terapi

Abstract:
Klebsiella pneumoniae infections are an important factor in hospital infections as well as community-acquired infections in recent years due to the development of multi-drug resistance. Bacteriophages (phages), defined as viruses that infect bacteria, are on the agenda again as an alternative to increasing antibiotic resistance for infections that are difficult to treat.
Multiple antibiotic resistant K. pneumoniae strains were collected from the samples of various service and intensive care unit patients in Aydın Adnan Menderes University Medical Faculty Hospital Infectious Diseases and Clinical Microbiology Laboratory between March 2018 and August 2020. It was aimed to determine the OXA-48, KPC, VIM, IMP, NDM carbapenemase genes in these strains and to obtain lytic phages from environmental samples against K1152 and 1022 strains determined as indicator bacteria, and to evaluate the in-vitro effect of these phages on multi-antibiotic resistant clinical K. pneumoniae strains. 
Carbapenemase resistance gene profile of 38 K. pneumoniae strains known to have multiple antibiotic resistance was determined by PCR. NDM (20/38), OXA (19/38), VIM (12/38), KPC (1/38) genes were determined in order of frequency. The IMP gene was not detected in any strain.
In the study, 7 phages with different plaque morphologies were isolated from the samples collected from hospital sewage waters. These are named as KpF1, KpF2, KpF3, KpF4, KpF5, Kp6, KpF7. As a result of the effectiveness of these 7 phages against 38 clinical isolates included in the study, lytic activity was determined for 33 strains. Then, the restriction endonuclease profiles of these 7 phages were determined. Accordingly, it has been determined that there are actually 2 different phages. It was observed that the phage with the highest lytic activity was KpF2 (81.57%), and the KpF5 phage had 50% lytic activity.
Today, where the treatment of multi-antibiotic resistant K. pneumoniae-related infections is becoming increasingly difficult, phages are promising as an alternative treatment method.
Key words: K. pneumoniae, multiple antibiotic resistance, carbapenemase resistance genes, bacteriophage therapy