Fibronektin fragmentinde farklı nokta mutasyonlarının yapı-fonksiyon ilişkilerine etkisinin teorik konformasyon analiz metoduyla incelenmesi /
Yazar: ŞÜKRİYE YILMAZ
Danışman: PROF.DR. ASIM CENANİ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 1997
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Fibronektinler = Fibronectins ; Peptid fragmanları = Peptide fragments

Özet:
7.0ZET Fibronektin, hücredışı matrikste ve vücut sıvılarında bulunan büyük bir glikoproteindir. Özellikle ekstrasellüler materyal İle hücrelerin birbirleriyle etkileşmesini içeren özellikleri vardır. Bu özellikler hücre adhezyonu, morfoloji, sitoiskeletorganizasyonu, migrasyon, farklılaşma ve onkojenik transformasyondur. Bu Tez' de, fibronektin glikoproteininin hücre adhezyonundan sorumlu bölgesinin moleküler yapısı incelenmiştir. Bulunan sonuçlara dayanarak yapı-fonksiyon ilişkilerine açıklık getirmek amaçlanmıştır. Araştırmada RGD tripeptidi ve nokta mutasyonu sonucu elde edilen yapay RAD, KGD, RGE benzerleri ve RGD S tetrapeptidi incelenmiştir. İnceleme metodu olarak Teorik Konformasyon Analiz (Moleküler Mekanik) Metodu kullanılmıştır. Metodun esası, peptid molekülünün toplam enerjisinin belirlenmesi ve iki yüzlü dihedral açılarının değiştirilmesiyle enerjinin minimizasyonunun yapılmasına dayanmaktadır. İncelemeler Godjayev ve ark. FORTRAN bilgisayar diliyle yazılmış programın kullanılmasıyla yapılmıştır. Yapılan analizler sonucunda elde edilen veriler, toplam enerji, non-valans, elektrostatik ve dönme enerjileri şeklinde bulgular bölümünde verilmiştir. Fibronektin molekülünün hücre adhezyon özelliğine sahip olabilmesi için Arg-Gly-Asp tripeptidinin ikinci durumdaki amino asit artığının ana zincirinin P şekline sahip olması gerektiği sonucuna varılmıştır. Sadece, Arg-Gly-Asp tripeptidinde bu şart yerine getirildiğinden dolayı, söz konusu tripeptid biyolojik aktiviteye sahip, diğer üç tripeptid ise sahip değildir. Arg-Gly-Asp tripeptidine serin ilave edilmesinin de molekülün biyolojik fonksiyonunu değiştirmediği sonucuna varılmıştır. Bu neticeler, deney verileriyle uyumludur. 95

Abstract:
8. SUMMARY Fibronectins are large glycoproteins that have been implicated in a wide variety of cellular proteins, particularly those involving the interactions of cells with extracellular materials. These properties include cell adhesion, morphology, cytoskelatal organization, migration, differentiation, oncogenic transformation, phagocytosis and hemostasis. In this dissertation, the molecular structure of the cell adhesive site of the fibronectin glycoprotein was investigated by using theoretical conformational analysis and structure- function relations were discussed based on the results obtained. Analyses were performed on the RGD tripeptide, RGDS tetrapeptide and the synthetic analogous of RAD, KGD, RGE that obtained by point mutation. The investigations were carried out using the Theoretical Conformational Analysis (Molecular Mechanics). The theoretical conformational analysis is based on the calculations of the total energy of the peptide molecule, and the minimization of the this energy by altering the dihedral angles. The analyses were performed by a computer program written by Godjayev et al. in FORTRAN. The results obtained were given as the non-valance, electrostatic, torsion and total energies with respect to the dihedral angles of the backbone and side chain. It is found that, in order for tripeptide to have cell adhesive activity, amino acid residue at the second position should have the P form that implies the dihedral angles of backbone,