Türkiye'de yetişen Anthriscus pers. (Apiaceae) türlerinin genetik yapısının ve filogenetik akrabalık ilişkilerinin kloroplast genomunun kodlanmayan "trn" bölgelerine göre araştırılması
The investigation on the genetic structures and phylogenetic relationships of the species of the genus Anthriscus pers.(Apiaceae) distribution in Turkey, by use of non - coding "trn"  regions of chloroplast genome
Yazar: PELİN YILMAZ SANCAR
Danışman: PROF. DR. ŞEMSETTİN CİVELEK ; YRD. DOÇ. DR. SEVGİ DURNA DAŞTAN
Fırat Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Anthriscus Pers. (Apiaceae/Umbelliferae) cinsi Apiaceae familyasına ait olup, Dünya üzerinde 16, ülkemizde ise 8 türle temsil edilmektedir.
Bu çalışmada Türkiyede'ki Anthriscus türlerinin kloroplast genomundaki kodlanmayan transfer ribonükleik asit bölgesinin (trnL-trnF) dizi analiz bilgileri kullanılarak, taksonların birbirine olan genetik yakınlığı ve uzaklığının belirlenmesi, türler arası akrabalık, sistematik ve filogenetik ilişkilerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Anthriscus cinsinin Türkiye'deki taksonlarına ait 48 bireyin yapraklarından CTAB yöntemi ile DNA izole edilmiş, izole edilen genomik DNA üzerinden trnL-trnF bölgesinin e-f primerleri kullanılarak PCR'da çoğaltılmıştır. Elde edilen veriler Mega 5.1 programı ile değerlendirilip "Maksimum Parsimony" yöntemi kullanılarak filogenetik ağaç hazırlanmıştır.
trnL-trnF bölgesinin sekans diziliminden yararlanarak hazırladığımız filogenetik ağaca göre A. cerefolium (L.) Hoffm., A. caucalis M.-Bieb. ve A. tenerrima Boiss. & Spruner türlerinin türleşmelerini tamamladığı ve diğer türlerlerle arasında türleşme yönünden bir izolasyon sağlandığı gözlenmiştir. 
A. sylvestris türüne ait alttürler olan A. sylvestris (L.) Hoffm. subsp. sylvestris ve A. sylvestris (L.) Hoffm. subsp. nemorosa (M.-Bieb.) Koso-Pol.'nın genetik açıdan biribirlerinden iyi izole oldukları, hiçbir şekilde aralarında hibritleşmelerin olmadığı ve bazı bilim adamlarınca kabul edildiği gibi Anthriscus sylvestris (L.) Hoffm. ve Anthriscus nemorosa (Bieb.) Sprengel olmak üzere farklı iki tür olabileceği görülmektedir.  Bulgularımız,  A. sylvestris subsp. nemorosa'nın A. sylvestris subsp. sylvestris'ten ziyade A. lamprocarpa türüne genetik açıdan daha yakın olduğunu ortaya koymaktadır. A. sylvestris subsp. nemorosa, A. lamprocarpa Boiss. subsp. lamprocarpa ve A. lamprocarpa subsp. chelikii Tekin & Civelek taksonlarının ise muhtemelen dikey gen transferi yollarından biri olan hibritleşme ile kendi aralarında gen akışı sağladığı ve türleşmelerinin tamamlanmadığı gözlenmiştir. Daha önce Tekin ve Civelek (2013) tarafından morfolojik ve anatomik verilere dayanılarak yapılan revizyon çalışmasında A. lamprocarpa'nın iki farklı alttüründen biri olarak saptanan A.lamprocarpa subsp. chelikii taksonunun gerçekten yeni bir alttür olduğu moleküler verilerin temel alındığı çalışmamızın sonuçları ile de gösterilmiştir.  Ancak, A.lamprocarpa türünün Türkiye'de bilinen üç populasyonunun türaltı (infraspesifik) kategoriler seviyesinde yeniden düzenlenmesini, Osmaniye populasyonunun A. lamprocarpa subsp. chelikii alttüründen alınarak A. lamprocarpa subsp. lamprocarpa alttürüne dahil edilmesini ve Hatay ile Osmaniye populasyonlarının A. lamprocarpa subsp. lamprocarpa alttürü içinde iki farklı yeni varyete yapılmasını önermekteyiz. Ayrıca, A. sylvestris subsp. nemorosa ve A. sylvestris subsp. sylvestris alttürlerinin Anthriscus sylvestris ve Anthriscus nemorosa olarak tür seviyesine yükseltilmelerini, A. cerefolium türünün Anthriscus seksiyonundan ayrılarak Cerefolium (Fabr.) Neilreich.  seksiyonuna aktarılmasını da önermekteyiz.

Abstract:
The genus Anthriscus Pers. (Apiaceae/Umbelliferae) species belongs to the family Apiaceae and is represented by 16 species on the world and by 8 species in our country.
In this study, the aim is to determine the genetic proximity or remoteness of Anthriscus species in Turkey, to reveal the lines of descent with evolutions, systematics and phylogenetic relations among species by using the series analysis information of uncodified transfer ribonucleic acid section (trnL-F) in chloroplast genome. DNA was isolated from the leaves of 48 individuals belonging to the species of the genus Anthriscus in Turkey by CTAB method and isolated genomic DNA was multiplied in PCR by using e-f primaries of trnL-F section. The obtained data was evaluated by Mega 5.1 program and phylogenetic tree was prepared by using Maximum Parsimony method.
According to the phylogenetic tree that we prepared by using the sequence line up of trnL-F section, it was observed that the species A. cerefolium (L.) Hoffm., A. caucalis M.-Bieb. and A. tenerrima Boiss. & Spruner completed their speciations and an isolation with other species in terms of speciation was provided. 
A. sylvestris (L.) Hoffm. subsp. nemorosa (M.-Bieb.) Koso-Pol. and A. sylvestris (L.) Hoffm. subsp. sylvestris accepted as two different subspecies of the species A. sylvestris are genetically well isolated from each other, there is no hybridization between them in any way and Anthriscus sylvestris (L.) Hoffm. and Anthriscus nemorosa (Bieb.) Sprengel are two different species as accepted by many scientists. Our results revealed that the subspecies A. sylvestris subsp. nemorosa is genetically releated with the species A. lamprocarpa rather than the subspecies A. sylvestris subsp. sylvestris. It has been observed that the taxa A. sylvestris subsp. nemorosa, A. lamprocarpa Boiss. subsp. lamprocarpa and A. lamprocarpa Boiss. subsp. chelikii Tekin & Civelek are likely to have a gene flow between themselves through hybridization that one of the vertical gene transfer pathways, and they have not compleated their speciations yet. In a previous revision study based on the morphological and anatomical data conducted by Tekin ve Civelek (2013), it has been reported that A. lamprocarpa subsp. chelikii as a new taxon which is one of two different subspecies of the species A. lamprocarpa has also been shown really a new subspecies by results of our study based on molecular data. However, we suggest the rearrangement of the three known populations of the species A. lamprocarpa in Turkey at the level of infraspecific categories: Osmaniye population need to exclude from the subspecies A. lamprocarpa subsp. chelikii and count in the subspecies A. lamprocarpa subsp. lamprocarpa,  Hatay and Osmaniye populations need to sparate in two new varieties in the subspecies A. lamprocarpa subsp. lamprocarpa. The subspecies A. sylvestris subsp. nemorosa and A. sylvestris subsp. sylvestris need to upgrade to the species level as Anthriscus sylvestris and Anthriscus nemorosa, and the species A. cerefolium (L.) Hoffm need to include in the section Cerefolium (Fabr.) Neilreich.