Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae klinik izolatlarında antibiyotik direnç genlerinin araştırılması
Investigation of antibiotic resistance genes in clinical insulations of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae
Yazar: FATMA KAVALCI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ YEŞİM AKTÜRK DİZMAN
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Enterobacteriaceae'de β-laktamlara karşı direnç dünya çapında artmaktadır. Bu çalışma, 50 klinik Echerichia coli ve 47 klinik Klebsiella pneumoniae izolatında antibiyotik direnç genlerinin sıklığını ve antibiyotik direnç oranlarını belirlemeyi amaçlamıştır. Antibiyotik duyarlılık testi için 24 farklı antibiyotik kullanıldı. Bakteri izolatlarının (sırasıyla E. coli ve K. pneumoniae) antibiyotiklere direnç profilleri sefiksim (%80-97,7), piperasilin/tazobaktam (%20-97,7), ampisilin (%100), seftriakson (%98-91,1), sefuroksim (%100-97,7), sefuroksim aksetil (%100-97,7), siprofloksasin (%76-100), fosfomisin (%6-35,7), gentamisin (%38-26,6), ertapenem (%26-22,2) ve seftazidim (%80-95,5) olarak tespit edildi. Trimetoprim/sulfametaksazola karşı sadece K. pneumonia'da %76,5 direnç gözlendi. E. coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında çoklu ilaç direnç oranları sırasıyla %42 ve %42,2 olarak belirlendi. blaCTX-M1, blaTEM, blaKPC, blaGES, blaSHV, blaVIM, blaPER-2, blaVEB, blaIMP, blaCMY-2, blaCTX-M2, blaMOX, blaFOX, blaDHA, blaMIR, blaMCR-1 qnrS, qnrA, qnrB, fosA, fosC2, fosA3, murA, uhpT, glpT genleri PZR ile tespit edildi. blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-48 ve blaOXA-24 benzeri genlerin tespiti için multipleks PZR kullanıldı. Multipleks PZR'da, bir E. coli suşunun blaOXA-51, 5 K. pneumoniae suşunun blaOXA-48 taşıdığı tespit edildi. Hiçbir izolatta OXA-23 ve OXA-24 tipi karbapenemaz tespit edilmemiştir. CTX-M1 tipi beta laktamazlar 14 izolatta ve TEM tipi beta laktamazlar 10 izolatta tespit edildi.  Diğer direnç genleri hiçbir izolatta tespit edilmedi. Bu sonuçlar, CTX-M1 beta laktamazın, genişlemiş spektrumlu beta laktamaz üreten E. coli ve K. pneumoniae suşları arasında en yaygın A sınıfı beta laktamaz türü olduğunu göstermektedir.

Abstract:
Resistance to β-lactams in Enterobacteriaceae has been increasing worldwide. This study has aimed to determine the frequency of antibiotic resistance genes and antibiotic resistance rates in 50 clinical E.coli and 47 clinical Klebsiella pneumoniae isolates. 24 different antibiotics were used for antibiotic susceptibility testing. Antibiotic resistance profiles of bacterial isolates (E.coli and Klebsiella pneumoniae, respectively), cefixime (80%-97.7%), piperacillin/tazobactam (20%-97.7%), ampicillin (100%-100%), ceftriaxone (98%-91.1%), cefuroxime (100%-97.7%), cefuroxime axetil (100%-97.7%), ciprofloxacin (76%-100%), fosfomycin (6%-35.7%), gentamicin (38%-26.6%), ertapenem (26%-22.2%) and ceftazidime (80%-95.5%). Trimethoprim/sulfamethoxazole resistance in Klebsiella pneumoniae was detected as 76.5%.  Multi-drug resistance rates in E.coli and Klebsiella pneumoniae isolates  were determined as 42% and 42.2%, respectively. Multiplex PCR was used to detect blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-48 and blaOXA-24 like genes. blaCTX-M1, blaTEM, blaKPC, blaGES, blaSHV, blaVIM, blaPER-2, blaVEB, blaIMP, blaCMY-2, blaCTX-M2, blaMOX, blaFOX, blaDHA, blaMIR, blaMCR-1, qnrS, qnrA, qnrB, fosA, fosC2, fosA3, murA, uhpT, glpT genes, detected by PCR. In multiplex PCR, one E.coli strain was found to carry blaOXA-51, and 5 Klebsiella pneumoniae strains, to carry blaOXA-48. OXA-23 and OXA-24 type carbapenemases were not detected in any of the isolates. CTX-M1 type beta lactamases were detected in 14 isolates and TEM type beta lactamases, in 10 isolates. Other resistance genes were not detected in any isolate. These results indicate that CTX-M1 beta-lactamase is the most common type of class A beta-lactamase among extended-spectrum beta-lactamase producing E. coli and Klebsiella pneumoniae strains.