Meme kanseri olgularında genomdaki klinik önemi bilinmeyen değişiklikler sinyal yolakları ile ilişkili midir?
Are changes of unknown clinical significance in the genome related to signaling pathways in breast cancer cases?
Yazar: SEZEN GÜNTEKİN ERGÜN
Danışman: PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN
Başkent Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Ekzom dizileme = Exome sequencing ; Genom = Genome ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Sinyal nakli = Signal transduction ; Varyantlar = Variants

Özet:
Meme kanseri, dünya genelinde bir halk sağlığı sorunudur. Meme kanseri kadınlar arasında en sık görülen kanserken, kadınlarda kansere bağlı ölümlerde ise birinci sırada yer almaktadır. Tüm kanserlerde olduğu gibi meme kanseri de genetik bir hastalıktır. Ancak her zaman kalıtsal değildir.Kalıtsal meme kanserinden sorumlu olduğu bilinen en önemli genler BRCA1 ve BRCA2 olarak bilinmektedir. Bu genlerde mutasyon bulunan kadınlarda meme ve over kanserine yakalanma riski artmaktadır. Meme kanserine neden olduğu bilinen diğer genler; ATM, BARD1, BRIP1, CHEK2, PALB2, RAD51C, RAD51D, TP53,   MSH6, CDH1, HER-2/neu, RAS, AKT1, EIF-4E, Cyclin-D1 (CCND1), Cyclin-E (CCNE1), c-MYC, c-FOS,AR, ATM, BARD1, BRIP1, CDH1, CHEK2, DIRAS3, NBN, PALB2, RAD50, STK11, TP53 ve PTENolarak bildirilmiştir. Meme kanseri mutasyon analizinde günümüzde en sık kullanılan tanı yöntemi hızlı, güvenilir, ucuz olması nedeniyle yeni nesil dizileme yaklaşımıdır. Yeni nesil dizileme yaklaşımı kullanılarak tüm genom ve tüm ekzom dizileme dışında klinik ekzom analizi de yapılabilmektedir. Klinik ekzom dizilemede, hastalıklarla klinik olarak ilişkilendirilmiş bilinen tüm genler taranmaktadır. Bu yaklaşım ile hastalığa neden olabilecek yeni varyantlar bulunabilirken, hastalıktan sorumlu olabilecek yeni genlerin keşfi çok mümkün olmamaktadır. Ancak hastaya sonuç vermek ve çok büyük bir veri ile zaman harcamamak konusunda daha etkili bir yaklaşımdır. Yeni nesil dizileme yaklaşımları sonrası elde edilen varyantların sınıflandırılması, klinik moleküler testlerin anlaşılmasında ve yorumlanmasında çok önemli bir yer tutmaktadır. Bir varyantı sınıflandırırken ve raporlarken, veri tabanlarından ve yayınlanmış literatürden faydalanılmaktadır. Kanserde dâhil olmak üzere herhangi bir hastalıktan sorumlu olduğu bilinen gendeki varyantlar "AmericanCollege of Medical Genetics andGenomics" (ACMG) adlı rehberde sınıflandırılarak herkesin objektif ve tarafsız olarak kullanabileceği bir rehber haline getirilmiştir. ACMG raporuna göre Mendelyen hastalıklarla ilişkilendirilen genlerdeki varyantların tanımlanmasında; "patojen", "olası patojen", "benign", "olası benign" ve "klinik önemi bilinmeyen" terminolojisinin kullanılması önerilmektedir. Benign ve patojenik sınıflandırmasına dâhil olamayan varyantlar yani belli bir klinikle ilişkilendirilmemiş varyantlar"klinik önemi bilinmeyen" (VUS) olarak kabul edilmekte ve hastalığın değerlendirilmesini zorlaştırmaktadır. Bu noktada gelişen teknoloji, fonksiyonel çalışmalar ile birlikte bu varyantın bir süre sonra tekrar değerlendirilmesi önerilmektedir. Veri tabanları sürekli güncellendiği için "klinik önemi bilinmeyen" bir varyant bir süre sonra anlam kazanabilmektedir. 
Sunulan bu tez çalışmasında 25 hastaya ait klinik ekzom dizileme sonrası elde edilen VUS'ların meme kanseri ile olan ilişkileri incelenmiştir. Sonuç olarak;MUC6 ve ZNF141 genindeki varyantların meme kanserine neden olabileceği düşünülmüştür. Ancak hasta sayısının yetersiz olması ve fonksiyonel olarak bu ilişkinin gösterilememesi bu çalışmanın dezavantajı olarak düşünülmektedir. Sunulan bu çalışma ile belirlenmiş genlerin etkilenmiş ailelerdeki segregasyonunun gösterilmesi ve daha detaylı fonksiyonel çalışmaların yapılması ile farklı çalışmalara öncülük edeceği öngörülmektedir.

Abstract:
Breast cancer is a public health problem worldwide. While breast cancer is the most common cancer among women, it ranks first in cancer-related deaths in women. Like all cancers, breast cancer is a genetic disease. However, it is not always hereditary. The most important genes known to be responsible for hereditary breast cancer are known as BRCA1 and BRCA2. Women with mutations in these genes have an increased risk of developing breast and ovarian cancer. Other genes known to cause breast cancer are ATM, BARD1, BRIP1, CHEK2, PALB2, RAD51C, RAD51D, TP53, MSH6, CDH1, HER-2/neu, RAS, AKT1, EIF-4E, Cyclin-D1 (CCND1), Cyclin-E (CCNE1), c- MYC, c-FOS, AR, ATM, BARD1, BRIP1, CDH1, CHEK2, DIRAS3, NBN, PALB2, RAD50, STK11, TP53 and PTEN. The most commonly used diagnostic method in breast cancer mutation analysis today is the next generation sequencing, as it is fast, reliable and inexpensive. By using the next generation sequencing, clinical exome analysis can also be performed in addition to whole genome and whole exome sequencing. Clinical exome sequencing screens all known genes clinically associated with diseases. With this approach, while new variants that may cause disease can be found, the discovery of new genes that may be responsible for the disease is not possible. However, it is a more effective approach to give results to the patient and not to waste time with very large data. Classification of variants obtained after next generation sequencing has a very important role in the understanding and interpretation of clinical molecular tests. Databases and published literature are used when classifying and reporting a variant. The variants in the gene known to be responsible for any disease, including cancer, have been classified in the "American College of Medical Genetics and Genomics" (ACMG) guideline, making it a guide that everyone can use objectively and impartially. According to the ACMG report, in the identification of variants in genes associated with Mendelian diseases; It is recommended to use the terminology "pathogenic", "likely pathogenic", "benign", "likely benign" and "uncertain significance". Variants that are not included in the classification of benign and pathogenic, that is, variants that are not associated with a certain clinic, are considered as "unknown clinical significance" (VUS) and complicates the evaluation of the disease. At this point, it is recommended that this variant be re-evaluated after a while, together with the developing technology and functional studies. Since the databases are constantly updated, a variant of "unknown clinical significance" may gain meaning after a while.
In this thesis presented, the relationship of VUS obtained after clinical exome sequencing of 25 patients with breast cancer was investigated. As a result; it has been thought that variants in the MUC6 and ZNF141 genes may cause breast cancer. However, the insufficient number of patients and the inability to show this functional relationship are considered as limitations of this study. The present study will lead to different studies by demonstrating the segregation of the genes identified in the affected families and conducting more detailed studies.