Bazı klinik dermatofit izolatlarını enfekte eden mikovirüslerin belirlenmesi, moleküler olarak nitelendirilmesi ve konakları ile olan etkileşimlerinin incelenmesi
Identification and molecular characterization of mycoviruses infecting specific clinical dermatophyte isolates, and investigation of their interactions with host organism
Yazar: GÜLCE EDİŞ
Danışman: PROF. DR. ILGAZ AKATA ; DOÇ. DR. ERGİN ŞAHİN
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Dermatofitozdan sorumlu en yaygın patojen Trichophyton rubrum (%53,1) olup, bunu T. mentagrophytes (%7,5), Microsporum canis (%6,9), T. tonsurans (%5,6), T. interdigitale (%5,0) ve T. violaceum (%3,8) takip etmektedir. Bu tez çalışmasında klinik dermatofit izolatlarını enfekte eden mikovirüslerin tespit edilmesi, genom dizilerinin tüm veya tüme yakın halde belirlenmesi, moleküler ve filogenetik özelliklerinin ortaya çıkartılması ve konakları ile olan etkileşimleri araştırılmıştır. Dermatofit izolatlarının genomik DNA'ları CTAB yöntemi kullanılarak elde edilmiştir. ITS gen bölgeleri için polimeraz zincir reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve sanger dideoksi zincir sonlanma yöntemi ile diziler belirlenmiştir. Ardından, diziler BLASTn ile analiz edilerek dermatofitlerin moleküler tür teşhisleri gerçekleştirilmiştir. Dermatofit izolatlarından dsRNA ekstraksiyonu yapılarak virüs ile enfekte örnekler belirlenmiş, cDNA'ya çevrilmiş ve rastgele polimeraz zincir reaksiyonu ile diziler çoğaltılarak, yeni nesil dizileme ile dermatofit fungusu enfekte eden virüslerin dizileri elde edilmiştir. Virüs ile ilişkili dizilerin tüm genomunun elde edilmesi için RNA ligasyonu ve ardından RACE yöntemi kullanılmıştır. Biyoinformatik ve filogenetik olarak analiz edilen diziler sonucunda; Lecanicillium aphanocladii'yi enfekte eden iki yeni mikovirüsün tüm genomu ortaya çıkartılmıştır (Lecanicillium aphanocladii polymycovirus 1 ve Lecanicillium aphanocladii negative-stranded RNA virus 1). Morfolojik ve moleküler tür teşhisi çalışmaları sonucunda Lecanicillium aphanocladii'nin neden olduğu ilk dermatofitozun vaka takdimi rapor edilmiştir.

Abstract:
The most common pathogen responsible for dermatophytosis is Trichophyton rubrum (53.1%), followed by T. mentagrophytes (7.5%), Microsporum canis (6.9%), T. tonsurans (5.6%), T. interdigitale (5.0%) and T. violaceum (3.8%). In this thesis, mycoviruses infecting clinical dermatophyte isolates were identified, their complete or near-complete genome sequences were determined, their molecular and phylogenetic characteristics were revealed and their interactions with their hosts were investigated. The genomic DNA of dermatophyte isolates was obtained using the CTAB method. Polymerase chain reaction was performed for ITS gene regions and sequences were determined by Sanger dideoxy chain termination method. Then, the sequences were analyzed by BLASTn, and molecular species identification of dermatophytes was performed. Virus-infected samples were identified by dsRNA extraction from dermatophyte isolates, translated into cDNA, and sequences were amplified by random polymerase chain reaction, and sequences of viruses infecting dermatophyte fungi were obtained by next-generation sequencing. RNA ligation followed by the RACE method obtained the whole genome of virus-associated sequences. Bioinformatics and phylogenetic analysis of the sequences revealed the whole genome of two new mycoviruses infecting the fungus Lecanicillium aphanocladii (Lecanicillium aphanocladii polymycovirus 1 and Lecanicillium aphanocladii negative-stranded RNA virus 1). As a result of morphological and molecular species identification studies, the first case report of dermatophytosis caused by the fungus Lecanicillium aphanocladii is reported.