Vitamin D eksikliklerinde vitamin D metabolizması ile ilişkili proteinlerin gen polimorfizimlerinin değerlendirilmesi
Evaluation of gene polymorphisms of vitamin D metabolism associated proteins in vitamin D deficiencies
Yazar: LEYLA SEVİNÇ
Danışman: DOÇ. DR. FATMA BEHİCE CİNEMRE
Sakarya Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Kromatografi-yüksek basınçlı-sıvı = Chromatography-high pressure-liquid ; Metabolizma = Metabolism ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Vitamin D = Vitamin D ; Vitamin D eksikliği = Vitamin D deficiency

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: Vücutta, kalsiyum metabolizması üzerinde etkileri iyi bilinen D vitaminin son yıllarda otoimmün hastalıklar, kanserler gibi pek çok hastalık durumuyla ilişkisi ortaya çıkartılmıştır. Vitamin D metabolizmasıyla ilişkili bazı genler, dolaşımdaki vitamin D durumuyla ilişkilidir. Yapmış olduğumuz bu çalışmada, vitamin D yetmezlik/eksikliklerinde, D vitamini metabolizmasıyla ilişkili proteinlerin gen polimorfizmlerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
GEREÇ VE YÖNTEM: D vitamini yetmezliği (80), eksikliği (81) tanısı konmuş 161 hasta ve D vitamini normal (84) sağlıklı kişi kontrol olarak çalışmaya alınmıştır. EDTA'lıve düz tüpe alınmış kan örneklerin serumları ayrıldıktan sonra -80°C'de analize kadar saklandı. Serumlarda vitamin D düzeyleri yüksek performanslı likit kromatografisi  (HPLC) ile ölçüldü. EDTA'lı tüpteki kan örneklerinden ticari kitler kullanılarak DNA izolasyonları yapıldı ve Real-time PCR tekniği ile CYP24A1 geninin rs2209314 ve rs2762939 allelli, CYP3A4 geninin rs2242480 tek nükleotit polimorfizmleri(SNPs) çalışıldı.
BULGULAR: Katılan bireyler, I. grup: D vitamin düzeyleri normal (30-110 ng/mL) olan herhangi bir hastalığı olmayan sağlıklı 84 birey (kontrol); II. grup D vitamini (<20 ng/ml) eksiklği olan 81 hasta; III. grup D vitamini yetmezliği (20-30 ng/ml) olan 80 hasta olmak üzere gruplandı. Çalışılan enzimlerin (24-25-Hidroksilaz, 24-Hidroksilaz)   SNP genotip frekans dağılımları gruplar arasında istatistiksel anlamlı fark göstermedi. Ancak CYP24A1-rs2209314'e ait allel frekans dağılımları grup III ile grup I(kontrol) karşılaştırıldığında T allelinin grup III'te anlamlı yüksek olduğu (P=0.030) bulundu.
SONUÇ: Bu çalışma sonucunda, CYP3A4 (24-25-Hidroksilaz) rs2242480 ve CYP24A1(24-α Hidroksilaz) rs2209314, rs2762939 varyantlarının, çalıştığımız popülasyonda D vitamin eksiklik/yetmezlik durumu açısından bir riskle istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkisi olmadığını ancak CYP24A1 (24-α Hidroksilaz) enziminin rs2209314 varyantında T allelin D vitamini eksikliği ile bir ilişki gösterebileceği saptandı. 

Anahtar Kelimeler: CYP3A4, CYP24A1, Gen Polimorfizm, Vitamin D, Vitamin D eksikliği/yetmezliği

Abstract:
INTRODUCTION: Vitamin D, which has well-known effect on calcium metabolism, has recently been associated with other pathologies such as autoimmune diseases and cancers. Some genes involved in vitamin D metabolism are associated with circulating vitamin D status. In this study we aimed  to evaluate gene polymorphisms of proteins associated with vitamin D metabolism in patients with vitamin D deficiency/insufficiency. 
MATERIALS AND METHODS: 161 patients with vitamin D deficiency (80), deficiency (81) and vitamin D normalhealthy (84) subjects were included in the study.  Blood samples taken into plain and plastic tube with EDTA were separated and stored at -80°C until analysis. Vitamin D levels were measured by "high performance liquid chromatography (HPLC)"  in serum. DNA isolations were made by using commercial kits. Real-time PCR technique was used to investigate the single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the CYP24A1-rs2209314, -rs2762939, and CYP3A4-rs2242480 genes.
RESULT: Participants were grouped as group I: 84 subjects with normal vitamin D levels (30-110 ng / mL); II. 81 patients with vitamin D deficiency  (<20 ng /ml); III. 80 patients with vitamin D insufficiency  (20-30 ng/ml). Genotype frequency distributions of studied enzyme SNPs showed no statistically significant difference between the groups. However, when allele frequency distributions of CYP24A1-rs2209314 were compared with group III and group I (control), it was found that T allele was significantly higher in group III (P=0.030).
CONCLUSİON: According to the our results, CYP3A4 (24-25-Hydroxylase)-rs2242480 and CYP24A1 (24-α Hydroxylase)-rs2209314, -rs2762939 variants have no statistically significant relationship with vitamin D deficiency/insufficiency risk in the population we worked. However, we have found that the T-allele in the rs2209314 variant of the CYP24A1 may be associated with vitamin D insufficiency.

Keywords: CYP3A4, CYP24A1, Gene Polymorphism, Vitamin D, vitaminD deficiency/insufficiency