İç kulak anomalisi tespit edilen hastalarda sınıflandırma ve genetik analiz
Classification and genetic analysis in patients with inner ear anomalies
Yazar: ÜMİT YILMAZ
Danışman: PROF. DR. MÜZEYYEN YILDIRIM BAYLAN
Dicle Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Kulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Kulak Burun ve Boğaz = Otorhinolaryngology (Ear-Nose-Throat)
Dizin: Anomaliler = Anomalies ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Genler = Genes ; Kulak hastalıkları = Ear diseases ; Mutasyon = Mutation ; İç kulak = Ear-inner ; İşitme kaybı-sensori nöral = Hearing loss-sensorineural

Özet:
Amaç
Bu çalışmada sensörinöral işitme kaybıyla kliniğimize başvuran, görüntüleme yöntemleri ile iç kulak anomalisi tespit edilen hastaların değerlendirilmesi, sınıflandırılması ve bu hastaların genetik mutasyon analizinin saptanması amaçlanmıştır.
Materyal ve Metod

Dicle üniversitesi Kulak Burun Boğaz hastalıkları polikliniğine 2016 ile 2019 yılları arasında işitme kaybıyla ile başvuran ve çekilen temporal tomografi (BT) ve kulak manyetik rezonans (MR) ile iç kulak anomalisi tespit edilen hastalar üzerinde çalışılmıştır. Hastaların ayrıntılı anamnezleri, muayeneleri, işitme eşikleri bt ve mr bulguları kaydedilmiştir. Hastaların kan örnekleri alınarak uygun şartlarda Ankara Üniversitesi Çocuk Genetik Bilim Dalı tarafından incelenmiştir. DNA dizi analizi yöntemi ile Konneksin 26 (GJB2) ve enzimle kesim yöntemi ile mitokondriyal gen mutasyonları taranmıştır. Konneksin 26 ve mitokondriyal gen mutasyonları saptanmayan hastaların DNA örnekleri Miami Üniversitesi John P. Hussman Institute of Human Genomics labaratuvarında yeni nesil sekanslama yöntemlerinden olan tüm ekzom sekanslama yöntemi ile diğer nonsendromik işitme kaybı yaptığı bilinen bütün gen mutasyonları ve iç kulak anomalisi ile ilişkili olabilecek gen mutasyonları taranmıştır. 
Bulgular

Çalışmamız iç kulak anomalisi bulunan 22 hasta üzerinde gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızda 22 hastada 44 kulak değerlendirildi. Bunlar içerisinde 40 kulakta iç kulak malformasyonları izlendi. Hastaların 18'sinde her iki kulakta iç kulak malformasyonu mevcut iken 4 hastada tek kulakta iç kulak maformasyonu mevcut idi. Bu dört kulağın ikisi sağ kulak, diğer ikisi sol kulak idi. Çalışmamızda 40 kulakta tespit edilen iç kulak anomalileri 8 kulakta (%20) inkomplet partisyon tip 2 (mondini deformitesi), 7 kulakta (%17,5) inkomplet partisyon tip 1, 6 kulakta (%15) izole genişlemiş vestibuler akuadukt, 6 kulakta (%15) koklear hipoplazi, 5 kulakta (%12,5) michel anomalisi, 2 kulakta (%5) koklear aplazi, 1 kulakta (%2,5) ortak kavite ve 1 kulakta (%2,5) VII ve VIII kranial sinir agenezi izlendi. 4 kulakta (%10) koklear hipoplazi ve genişlemiş vestibuler akuadukt mevcut idi. Bu hastalarda vestibül normal izlendi. Hiçbir hastada sendrom bulgusu yoktu.
Çalışmamızda iç kulak anomalisi tespit edilen yirmi iki hastamızın 12'sinin genetik analizleri sonuçlandırılabildi. Bu 12 hastanın altısında herhangi bir mutasyon saptanmadı. Dört hastada SLC26A4 mutasyonu, iki hastada GJB2(CX26) tespit edildi. SLC26A4 mutasyonu saptanan dört hastanın bir tanesinde bilateral hipoplazik koklea, birinde bilateral genişlemiş vestibuler akuadukt mevcut. Diğer iki hastada bilateral genişlemiş vestibuler akuadukt ve hipoplazik koklea saptandı. GJB2(CX26) mutasyon saptanan 2 hastamızdan birinde bilateral michel anomalisi mevcutken, diğerinde bir kulakta inkomplet partisyon tip-1, bir kulakta inkomplet partisyon tip 2 mevcut idi. Geri kalan 10 hastamızın genetik analizi devam etmektedir

Sonuç

Çalışmamızda   bölgemizde tespit ettiğimiz iç kulak anomalileri sınıflandırıldı. 4 hastada iç kulak anomalileri ilişkili SLC26A4 gen mutasyonları tespit edildi. 2 hastada non-sendromik işitme kaybı ile ilişkili GJB2(CX26) geninde mutasyon tespit edildi. Diğer hastalarımızda iç kulak anomalisi ilişkili yeni bir gen tespit edilmedi.

Anahtar sözcükler 
Anomali, gen, iç kulak, işitme kaybı, mutasyon, sensorinöral, tüm genom dizileme

Abstract:
Aim
 
In this study, it was aimed to evaluate and classify the patients who admitted to our clinic with sensorineural hearing loss and who had an inner ear anomaly by imaging methods and to determine the genetic mutation analysis of these patients.
Materials and Methods
 
We studied patients who presented to the Dicle University Otorhinolaryngology Outpatient Clinic with hearing loss between 2016 and 2019 and were diagnosed internal ear anomalies with temporal computerized tomography (CT) and magnetic resonance (MR). Detailed anamnesis, examination, hearing thresholds, findings ct and mr of the patients were recorded. By taking blood samples of the patients, all result were examined by Ankara University Pediatric Genetics Department under appropriate conditions. Konneksin 26 (GJB2) and mitochondrial gene mutations were screened by DNA sequencing. The DNA samples of patients, whose Connexin 26 and mitochondrial gene mutations were not identified, were scanned at Miami University, John P. Hussman Institute of Human Genomics laboratory for other gene mutations, known to cause the other non-syndromic hearing losses and gene mutations that may be associated with inner ear anomalies, by using the whole exome sequencing method, which is one of the new generation sequencing methods
Results
 
Our study was performed on 22 patients with an inner ear anomaly. In our study, 44 ears were evaluated in 22 patients. Internal ear malformations were observed in 40 ears. While 18 patients had inner ear malformations in both ears, 4 patients had inner ear information in one ear. Two of the four ears were the right ear and the other two were the left ear. In our study, internal ear anomalies detected in 40 ears were incomplete partition type 2 (mondini deformity) in 8 ears (20%), incomplete partition type 1 in 7 ears (17.5%), isolated enlarged vestibular aqueduct in 6 ears (15%), cochlear hypoplasia in 6 ears (15%), michel anomaly in 5 ears (12.5%), cochlear aplasia in 2 ears (5%), common cavity in 1 ears (2.5%) and VII and VIII cranial nerves agenesis in 1 ears (%2,5) were observed. There were cochlear hypoplasia and enlarged vestibular aquaduct in 4 ears (10%). Vestibule was normal in these patients. No patient had any signs of syndrome.

 In our study, genetic analysis of 12 of our twenty-two patients with an inner ear anomaly could be concluded. No mutation was detected in six of these 12 patients. SLC26A4 mutation was detected in four patients and GJB2 (CX26) in two patients. One of four patients with SLC26A4 mutation had bilateral hypoplasic cochlea and one had bilateral enlarged vestibular aquaduct. In the other two patients, bilateral enlarged vestibular aquaduct and hypoplasic cochlea were detected. In 2 patients with GJB2 (CX26) mutation, one had bilateral michel anomaly, the other had an incomplete partition type-1 in one ear and an incomplete partition type 2 in one ear. Genetic analysis of the remaining 10 patients continues.
 
Conclusion
 
In our study, inner ear anomalies that we detected in our region were classified. SLC26A4 gene mutations related to inner ear anomalies   were detected in 4 patients. In 2 patients with an inner anomaly mutation in the GJB2(CX26) gene associated with non-syndromic hearing loss was detected. No other gene related to inner ear anomaly was detected in our other patients.          
	Key words
 All genome sequencing, anomaly, gen, hearing loss, inner ear, mutation, sensorineural