Antitümör ve antikanserojen etkili bazı schıff bazı moleküllerinin moleküler yerleştirme yöntemi ile incelenmesi
Investigation of some schiff base molecules with antitumor and anticarsinogenic effects by molecular docking method
Yazar: SULTAN BAŞAK
Danışman: PROF. DR. BAŞAK KOŞAR
Sinop Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Disiplinlerarası Kuantum Sistemleri Modelleme Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering

Özet:
Kristal yapıların aydınlatılması için en yaygın kullanılan yöntemlerden biri kristalografidir. Kristallerin fizikokimyasal özellikleri kristalografi ile aydınlatılabilir. Kristalografi fizik temelli bir yöntem olmasına rağmen birçok pozitif bilimde de kullanılmaktadır. Mikro parçacıklı yapıların aydınlatılması için bu yapıların sahip olduğu enerjinin ve ondan türetilen birçok özelliğin aydınlatılması gerekmektedir. Yapı çözümünün sağlanabilmesi için Schrödinger denkleminin çözümünden dolayısıyla kuantum mekaniği hesaplamalarından yararlanılmaktadır. Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi, Schrödinger denkleminin çözümü için en sık kullanılan yaklaşıklıkları sağlamaktadır. Moleküllerin yapı çözümlenmesinde WinGX yazılımı içerisinde bulunmakta olan SHELXS 13 programı ile en küçük kareler yöntemi kullanılarak arıtım gerçekleştirilmiştir. Yapıya ait özelliklerin belirlenmesi için yapılan kuramsal hesaplamalar çalışmaları Gaussian 09W ve GaussView 6.0 programı ile gerçekleştirilmiştir. Kuramsal hesaplamaları gerçekleştirilirken B3LYP/6-311G(d,p) fonksiyoneli kullanılmıştır. Hirshfeld yüzey analizinin yapılmasında Crystal Explorer programı kullanılmıştı. Moleküler yerleştirme yönteminin uygulanmasında AutoDock Vina ve Chimera programları birlikte kullanılmıştır. Aynı zamanda kullanılan proteinin kristal yapısı Protein Veri Bankası üzerinden elde edilmiştir (ID: 1t46). Yapıya ait Hirshfeld yüzey analizi, HOMO ve LUMO sınır moleküler orbitalleri, moleküler elektrostatik potansiyelleri, elektronik parametreler, termokimyasal parametreler, NBO analizi, NLO analizi ve moleküler yerleştirme hesaplamaları gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
One of the most widely used methods for the elucidation of crystal structures is crystallography. The physicochemical properties of crystals can be elucidated by crystallography. Although crystallography is a physics-based method, it is also used in many positive sciences. The elucidation of microparticle structures requires the elucidation of the energy of these structures and many properties derived from it. The solution of the Schrödinger equation and therefore quantum mechanics calculations are used to solve the structure. Density Functional Theory provides the most frequently used approximations for the solution of the Schrödinger equation. In the structure analysis of the molecules, the refinement was performed using the least squares method with the SHELXS 13 program in WinGX software. The theoretical calculations to determine the properties of the structure were carried out with Gaussian 09W and GaussView 6.0 program. The B3LYP/6-311G(d,p) functional was used in the theoretical calculations. The Crystal Explorer program was used for Hirshfeld surface analysis. AutoDock Vina and Chimera programs were used together for the molecular docking method. At the same time, the crystal structure of the protein used was obtained from the Protein Data Bank (ID: 1t46). Hirshfeld surface analysis, HOMO and LUMO boundary molecular orbitals, molecular electrostatic parameters, thermocehmical parameters, NBO analysis, NLO analysis and molecular docking were performed.