İstilacı deniz türlerinden biyomateryal eldesi ve biyomedikal endüstrisindeki potansiyel kullanımı
Obtaining biomaterial from invasive marine species and its potential usage in biomedical industry
Yazar: SERVET AHMET DOĞDU
Danışman: PROF. DR. CEMAL TURAN
İskenderun Teknik Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: Hidroksiapatit seramik = Hydroxyapatite ceramic

Özet:
Tez çalışması kapsamında, İskenderun Körfezi'nde ticari trol örneklemeleri ve donanımlı dalışlar ile ülkemiz sularından istilacı türler olarak kabul edilen beş balon balığı türü Lagocephalus sceleratus, L. spadiceus, L. suezensis, Sphoeroides pachygaster ve Torquigener flavimaculosus, istilacı lesepsiyen yengeç Charybdis longicollis ve uzun dikenli denizkestanesi Diadema setosum'un örneklemeleri yapılmıştır.
Örneklemesi yapılan bu türlerin biyomedikal endüstrisinde kullanım alanları belirlenerek ekonomiye kazandırılması amaçlanmıştır. Bu kapsamda L. sceleratus'un dişinden hidroksiapatit elde edilmiştir. Elde edilen hidroksiapatitin elemental kompozisyonunun ana yapısı %52 kalsiyum ve %39 fosfat, %2,5 manganez, %1,5 magnezyum, %1 titanyum, %0,8 vanadyum ve %3,2 diğer elementlerden oluşmaktadır. Hidroksiapatitin Ca/P oranı ise 1,32 olarak bulunmuştur. Yapılan XRD analizi sonuçlarına göre, L. sceleratus dişinden elde edilen hidroksiapatitin insan dişleriyle uyumlu olduğunu ortaya çıkarılmıştır. L. sceleratus derisinden asitte çözünür kolajen yöntemi kullanılarak kolajen ve jelatin ekstrakte edilmiştir. Çalışma kapsamında elde edilen kolajen oranı %50,9, jelatin miktarı ise %20.63 olarak bulunmuştur. Elde edilen kolajenin nem, protein ve aminoasit içeriği analizleri yapılmıştır. Tez çalışması kapsamında örneklemesi yapılan balon balığı türlerinden (Lagocephalus sceleratus, L. spadiceus, L. suezensis ve T. flavimaculosus) alınan yumuşak dokuların (kas, solungaç, karaciğer ve beyin) ve dişlerin ağır metal birikimi analizleri ICP-MS kullanılarak incelemiştir. Yapılan analizler sonucunda diş ve beyin dokusundaki metal birikimleri benzerlik göstermiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda ilk defa balık dişinin çevresel indikatör olarak kullanılabileceği ortaya çıkarılmıştır. Tez çalışması kapsamında örneklemesi yapılan L. sceleratus, T. flavimaculosus ve S. pachygaster türlerinin kas, yüzgeç, deri ve iskeletinden doku örnekleri alınmış ve standart fenol kloroform yöntemi ufak modifikasyonlar ile kullanılarak mtDNA ektraksiyonu tamamlanmıştır. Türlerin dokularından edilen mtDNA, Cyt b gen bölgesi kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmıştır. Elde edilen 18 sekans için Genbank'tan MZ 512179-MZ 512196 kodlarıyla erişim numaraları alınmıştır. Tez çalışması kapsamında örneklemesi yapılan lesepsiyen yengeç C. longicollis kabuklarından kitin ve kitosan ekstrakte edilmiştir. Kabuklardan ekstrakte edilen kitin oranı %25,78 olarak hesaplanmıştır. Ekstre edilen kitinden üretilen kitosan verimi ise %80,23 olarak tespit edildi. Yapılan FTIR ve XRD analizleri sonucunda elde edilen kitinin yapısında proteinlerin yanı sıra amino-polisakkarit alfa kitin içeren bir yapı gösterdiği tespit edilmiştir. Çalışma kapsamında örneklemesi yapılan D. setosum'un kabuğunun karakterizasyonu FTIR ve XRD yöntemiyle ortaya çıkarılmıştır. XRD analizi sonuçlarındaki yansımaların Ca5MgC6O18 kimyasal formülüne sahip kalsit ile %91, Mg4O4 kimyasal formülüne periklaz ile %9 oranında örtüştüğü tespit edilmiştir.
Ülkemiz sularında dağılım gösteren istilacı yabancı türler kendi sularımızdaki yerli türler üzerinde baskı kurarak hem ekolojik hemde ekonomik yönde negatif sonuçlar doğurmuştur. Bu türlerin insanlar tarafından tüketilmemesi ekosistemde sayılarının giderek artmasına ve baskın hale gelmesine neden olmaktadır. Bu tez çalışması sayesinde türlerin hangi alanlarda ve nasıl kullanılacağı ortaya çıkarılmış ve başarılı bir şekilde ürünler elde ederek ekonomiye kazandırılması sağlanmıştır. Bu tez çalışması sonucunda, istilacı yabancı türler ile mücade yöntemi olarak en güvenilir yolunun bu türlerin ekonomiye kazandırılması olduğu ortaya çıkarılmıştır.
Bu çalışma Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK 2211-C Yurtiçi Öncelikli Alanlar Doktora Burs Programı), Yükseköğretim Kurulu (100/2000 YÖK Doktora Bursu Programı) ve İskenderun Teknik Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü (2019LTB-01) tarafından desteklenmiştir.

Abstract:
In this study, five pufferfish species Lagocephalus sceleratus, L. spadiceus, L. suezensis, Sphoeroides pachygaster and Torquigener flavimaculosus, invasive lessepsian crab Charybdis longicollis and long- spiny sea urchin Diadema setosum were sampled by commercial trawling and scuba dives in Gulf of İskenderun.
It is aimed to determine the usage areas of these sampled species in the biomedical industry and to bring them into the economy. In this context, hydroxyapatite was obtained from the teeth of L. sceleratus. The elemental composition of the obtained hydroxyapatite consists of 52% calcium and 39% phosphate, 2,5% manganese, 1,5% magnesium, 1% titanium, 0,8% vanadium and 3,2% other elements. The Ca/P ratio of hydroxyapatite was found to be 1,32. According to the results of the XRD analysis, it was revealed that the hydroxyapatite obtained from the L. sceleratus tooth was compatible with human teeth. Collagen and gelatin were extracted from L. sceleratus skin using the acid soluble collagen method. The rate of collagen obtained within the scope of the study was 50,9%, and the amount of gelatin was found to be 20,63%. Moisture, protein and amino acid content analyzes of the obtained collagen were made. ICP-MS was used for heavy metal accumulation analysis of soft tissues (muscle, gill, liver and brain) and teeth from pufferfish species (Lagocephalus sceleratus, L. spadiceus, L. suezensis ve T. flavimaculosus) sampled within the scope of the thesis study. According to the results obtained, metal deposits in tooth and brain tissue were similar. As a result of the studies, it was revealed for the first time that fish teeth can be used as an environmental indicator. Tissue samples were taken from the muscle, fin, skin and skeleton of L. sceleratus, T. flavimaculosus and S. pachygaster species, which were sampled within the scope of the thesis study, and mtDNA extraction was completed by using the standard phenol-chloroform method with minor modifications. The mtDNA obtained from the tissues of the species was amplified by Polymerase Chain Reaction using the Cyt b gene region. Accession numbers were obtained from Genbank with codes MZ 512179-MZ 512196 for the 18 sequences obtained. Chitin and chitosan were extracted from the shells of the Lessepsian crab C. longicollis, which were sampled within the scope of the thesis study. The rate of chitin extracted from the shells was calculated as 25,78%. The yield of chitosan produced from the extracted chitin was determined as 80.23%. As a result of FTIR and XRD analyzes,  amino-polysaccharide alpha chitin containing structure was obtained as well as proteins. The characterization of the shell of D. setosum, which was sampled within the scope of the study, as revealed by FTIR and XRD methods. It shows that the reflections in the XRD analysis results overlap 91% with calcite with the chemical formula Ca5MgC6O18 and 9% with periclase chemical formula Mg4O4.
Invasive alien species distributed in our country's waters have exerted pressure on native species in our waters, resulting in negative ecological and economic consequences. The fact that these species are not consumed by humans causes their numbers to increase and become dominant in the ecosystem. This thesis was revealed the areas and usage methods of this species in marine biotechnology applications and obtained economically valuable end protucts. 
This study was supported by the Scientific and Technological Research Council of Turkey (TUBITAK-2211/C National PhD Scholarship Program for Priority Areas), Council of Higher Education (100/2000 PhD scholarship program) and Iskenderun Technical University Scientific Research Projects Coordinatorship (2019LTB-01).