Çeşitli klinik örneklerden izole edilen salmonella SPP. suşlarında biyofilm varlığının tespit edilmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
From various clinical samples, salmonella SPP. isolated and determination of biofilm development and antibiotic sensitivity
Yazar: ESRA ZORLUER
Danışman: PROF. DR. AKGÜN YAMAN
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Biyofilmler = Biofilms ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Salmonella = Salmonella ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Dünya çapında genellikle en yaygın olan Salmonella serovarları, S. enterica subsp. enterica ve S. enterica serovar typhimurium ve S. enterica serovar enteritidis'tir.  Sanayileşmiş ülkelerde Salmonella spp. enfeksiyonları, tifo dışı salmonellozun daha sık görüldüğü dört farklı klinik tabloya neden olur. Bunlar, gastorenterit olguları, tifo-paratifo, sepsis ve lokal organ enfeksiyonlarıdır. Salmonella'rın diğer mikroorganizmalar gibi antibiyotiğe dirençli olgusu halk sağlığı için ciddi bir tehdittir.  Aynı zamanda bu bakterilerin biyofilm oluşturma yeteneği konusu da göz önüne alındığında, antibiyotik direnci sorununu daha ciddi hale getirmektedir. 
Çalışmamıza, çeşitli hastanelerin merkez laboratuvarlarına gönderilen Ocak 2020- Aralık 2022 arasında çeşitlik klinik örneklerden izole edilen 101 Salmonella spp. suşunun, biyofilm varlığının tespit edilmesi ve antibiyotik duyarlılıkları incelenmiştir. İzolatların antibiyotik duyarlılık testleri Vitek-2 compact sistemle çalışılmış,  Eucast 2022 MİK değerlerine göre belirlenmiştir. Suşların biyofilm özellikleri mikroplak yöntemi ile belirlenmiştir. Salmonella spp. izolatlarının % 39.60'ında biyofilm gelişimi gözlenmiş % 60.40'ında biyofilm gözlenmemiştir.  En hassas antibiyotikler Trimetoprim / Sülfametaksezol (% 99.00), Amikasin (%99.00), Ertapenem (% 99.00), Meropenem (% 99.00), Piperasilin / Tazobaktam (%98.01), Seftazidim (% 97.02), Sefepim (% 97.02), Gentamisin (% 97.02), Kolistin (%96.03), Seftriakson (% 95.04),  Sefoksitin (% 94.05), Amoksisilin / Klavulanik Asit (% 90.09), Ampisilin (% 87.12) ve Siprofloksasin (% 83.16) iken en direçli olan antibiyotikler Siprofloksasin (% 16.83), Ampisilin (% 12.87), Amoksisilin / Klavulanik Asit (% 9.90), Sefazolin (% 5.94), Seftriakson (% 4.95), Kolistin (% 3.96), Sefoksitin (% 2.97), Seftazidim (% 2.97), Gentamisin (% 2.97), diğerleri (% 0.99) şekilde sıralanmıştır
Çalışmamızdaki bulguların Salmonella'nın virülansla ilişkili bazı özellikleri kimyasal dezenfektanlara ve antibiyotiklere direnç gibi, bakterinin adezyonu, abiyotik yüzeylerde biyofilm oluşumunu, antibiyotik direnci ile bakterilerin biyofilm oluşturma yeteneği arasında yol gösterici olacağı düşünülmektedir.

Anahtar Sözcükler: Antibiyotik duyarlılığı, biyofilm, salmonella, salmonelloz, Vitek-2

Abstract:
In general, the most common Salmonella serovars worldwide are S. enterica subsp. enterica and S. enterica serovar typhimurium and S. enterica serovar enteritidis. In industrialized countries, Salmonella spp. infections cause four different clinical pictures in which non-typhoidal salmonellosis is more common. These are cases of gastroenteritis, typhoid paratyphoid, sepsis and local organ infections. Antibiotic-resistant Salmonella species, like other microorganisms, pose a serious threat to public health. In addition, considering the ability of these bacteria to form biofilms, it makes the problem of antibiotic resistance more serious.
In our study, 101 Salmonella spp. isolated from various clinical specimens sent to the central laboratories of various hospitals. Between January 2020 and December 2022, the presence of biofilm and detection of antibiotic susceptibility of the strain were investigated. Antibiotic susceptibility tests of isolates were studied with Vitek-2 compact system and determined according to Eucast 2022 MIC values. Biofilm development of strains was determined by microplate method.While biofilm development was observed in 39.60 % of Salmonella spp. isolates, no biofilm was observed in 60.40 %. The susceptibility rate of Ampicillin, Amoxicillin / Clavulanic Acid, Piperacillin / Tazobactam, Cefazolin, Cefoxitin, Ceftazidime, Ceftriaxone, Cefepim, Ertapenem, Meropenem, Amikacin, Gentamicin, Ciprofloxacin, Colistin, Trimethoprim/Sulfametaxesol, respectively; 87.12%, 90.09%, 98.01%, 16.83%, 94.05%, 97.02%, 95.04%, 97.02%, 99.00%, 99.00%, 99.00% 97.02%, 83.16%, 96.03% and 99.00% and resistance rates 12.87%, respectively.  9.90%, 1.98%, 5.94%, 2.97%, 2.97%, 4.95%, 0.99%, 0.99%, 0.99%, 2.97%, 16.83%, 3.96%, 0.99%. The ratios of Cefazolin, Cefoxitin, Cefepim are moderately sensitive, respectively; 77.22%, 2.97%, 1.98%.
It is thought that the findings of our study will lead to some virulence-related properties of Salmonella such as resistance to chemical disinfectants and antibiotics, as well as bacterial adhesion, biofilm formation on abiotic surfaces, antibiotic resistance and the ability of bacteria.


Keywords: Antibiotic susceptibility, biofilm, salmonella, salmonellosis, Vitek-2