Fasulye (Phaseolus vulgaris L.)'de retrotranspozon genlerinin filogeni analizi
Phylogeny analyses of retrotransposon genes in common bean (Phaseolus vulgaris L.)
Yazar: TALA KIANOOSH
Danışman: PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Filogeni analizlerinde, genetik kaynakların tanımlanmasında retrotranspozon moleküler teknikler etkili bir biçimde kullanılmaktadır. Bu çalışmada, Türkiye ve dünyanın farklı orjinlerinden 67 fasulye genotipi LTR-retrotranspozonlara dayalı inter-Primer Binding Site (iPBS) markör tekniği uygulanarak, moleküler düzeyde tanımlanmıştır. iPBS markör analizinde, toplam 47 primerden 180 adet polimorfik bant elde edilmiştir. Bu sonuca göre en yüksek PIC değeri iPBS-2394 primeri kullanıldığında 0.94 olarak, en düşük PIC değeri ise iPBS-2375 primeri kullanıldığında 0.03 olarak elde edilmiştir. STRUCTURE programında populasyon yapısı belirlenmiştir ve ΔK değeri 2 olarak hesaplanmıştır. NTSYS programından elde edilen genetik benzerlik dendrogramı kıyaslandığında paralel sonuçlar gözlemlenmiştir, Grup 1: ağırlıklı olarak Türkiye lokasyonuna ait genotipler, Grup 2: farklı ülkelere ait genotipler ve Grup 3: Hindistan'a ait iki genotiptir. iPBS markör analizinde genotipler arasındaki genetik benzerlik oranının 0.14 ile 0.99 arasında değiştiği görülmüştür. En yakın genotiplerin (15) Bandırma/Türkiye (Sarı şeker) ile (42) Türkiye (Volare) olduğu belirlenmiştir. Aralarındaki benzerlik değerinin 0.99 olduğu görülmektedir ve en uzak genotiplerin (9) Bozdağ/Türkiye (Kula barbunya) ile (52) Hindistan (Dolic hos) olduğu, aralarındaki benzerlik değerlerinin 0.09 olduğu saptanmıştır.

Abstract:
In phylogeny analysis, retrotransposon based moleculer marker system efficiently used for identification of genetic resources. In this study, 67 common bean genotypes from different origins in Turkey and the world by LTR retrotransposon based inter-Primer Binding Site (iPBS) marker system, has been identified at the molecular level. In iPBS marker systems, 180 polymorphic bands were obtained by 47 primers. According to the result, the highest and lowest PIC value determined as 0.94 (primer iPBS-2394) and 0.03 (primer iPBS-2375), respectively. Population structure was determined using STRUCTURE software and mainly two groups (K=2) were identified among 67 common bean genotypes. Genotypes in separated two main groups, referred to as a mixture, were determined. In the analysis of molecular data, NTSYS program obtained Jaccard (J)'s similarity coefficient that was compared with genetic similarity dendrogram and parallel results were observed. Group 1: mainly belong to Turkey location genotypes, Group 2: genotypes belonging to different countries and Group 3: two genotypes of India. In iPBS marker analyses, the genetic similarity ratio between different genotypes varied between 0.14 to 0.99. The closest genotypes was determined as (15) Bandırma/Turkey (Yellow sugar) and (42) Turkey (Volare) and the similarity value was established as 0.99. The furthest genotypes was determined as (9) Bozdağ/Turkey (Kula barbunya) and (52) India (Dolic hos), and the similarity value observed as 0.09.