Bazı anti-viral bitki bileşiklerinin  SARS-CoV-2 virüsünün yapısal olmayan proteinleri üzerindeki terapötik etkilerinin in silico incelenmesi
In silico investigation of the therapeutic effects of some anti-viral plant compounds on non structural proteins of  SARS-CoV-2  virus
Yazar: FADİME TAŞDEMİR
Danışman: DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
İlaç keşfi çeşitli aşamalara sahip zaman alıcı ve maliyetli bir süreçtir. İlaçların klinik 
deneylerinin süresinin kısaltılması genel olarak mümkün olmadığından ilaç adayı bileşik araştırmalarının 
ve preklinik çalışmaların süresinin kısaltılmasında bilgisayar destekli ilaç tasarımı çok önemli bir yere 
sahiptir. CADD, molekülün yapısı ile biyolojik aktivite arasında bir ilişki olduğu varsayımını temel alarak 
yeni öncü ilaç molekülleri için tahminde bulunmaktadır. Bu nedenle birçok araştırmacı ve ticari ilaç 
firması farklı programlar ve veri tabanları geliştirerek hem zamandan hem de maliyetten tasarruf etmek 
istemektedir.  
Yeni koronavirüsün tüm dünyayı etkisi altına alarak milyonlarca insanın ölümüne neden olması, 
tedavi edici bir ilacın yokluğu, hastalığın hızla yayılması ve pandemiye neden olması zamandan tasarruf 
sağlayan bir yöntem olan CADD' i daha da ön plana çıkarmaktadır. Yapılan deneysel araştırmalar 
sonucunda SARS-CoV-2 virüsüne ait 3 boyutlu yapıların in-silico olarak oluşturulmasıyla hedef yapılar 
ortaya koyulmuştur. Çalışmamızda antiviral etkiye sahip olduğu bilinen bitki bileşikleri ile bir CADD 
yöntemi olan moleküler kenetlenme işlemi AutoDock 4.2.6 ile gerçekleştirilmiştir. Moleküler kenetlenme 
sonuçlarına göre en iyi bağlanmaya sahip bileşikler tanımlanmış, hedef yapı ile yaptıkları bağlar BIOVIA 
Discovery Studio Visualizer ile incelenmiştir. Bu bileşiklerin ADME özellikleri SwissADME ile 
araştırılarak SARS-CoV-2 virüsü üzerinde yapılması planlanan deneysel çalışmalar için etkili olabilecek 
bileşik önermesi yapılmıştır.

Abstract:
Drug discovery is a time-consuming and costly process with various stages. Since it is generally 
not possible to shorten the duration of clinical trials of drugs, computer-aided drug design has a very 
important place in shortening the duration of drug candidate compound research and preclinical studies. 
CADD makes predictions for new lead drug molecules based on the assumption that there is a 
relationship between the structure of the molecule and biological activity. For this reason, many 
researchers and commercial pharmaceutical companies want to save both time and cost by developing 
different programs and databases. 
The fact that the new coronavirus has affected the whole world, causing the death of millions of 
people, the absence of a therapeutic drug, the rapid spread of the disease and causing a pandemic, brings 
CADD, which is a time-saving method, even more to the fore. As a result of experimental research, target 
structures were revealed by creating in silico 3D structures of the SARS-CoV-2 virus. In our study, 
molecular docking, a CADD method, was performed with plant compounds known to have antiviral 
effects with AutoDock 4.2.6. According to the docking results, the compounds with the best binding were 
identified, and their bonds with the target structure were examined with BIOVIA Discovery Studio 
Visualizer. The ADME properties of these compounds were investigated with SwissADME and 
compounds that could be effective for experimental studies on the SARS-CoV-2 virus were suggested.