Çocuklarda toplum kökenli ve nozokomiyal respiratory syncytial virus ve diğer viral solunum yolu enfeksiyonlarının araştırılması
Investigation of community-acquired and nosocomial respiratory syncytial virus and other viral respiratory infections in children
Yazar: SERAP ÖZEN
Danışman: PROF. DR. FÜGEN YARKIN
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Korona virüs enfeksiyonları = Coronavirus enfections ; Parainfluenza virüs 2-insan = Parainfluenza virus 2-human ; Respiratuvar sinsityal virüsleri = Respiratory syncytial viruses ; Çocuklar = Children ; İnfluenza virüs = Influenza virus

Özet:
Solunum yolu virusları bütün dünyada toplum kökenli solunum yolu enfeksiyonlarının majör etkeni olarak bilinse de aynı zamanda ciddi nozokomiyal solunum yolu enfeksiyonlarına ve hastane salgınlarına sebep olabilir. Bu çalışmanın amacı Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Yoğun Bakım ünitesinde yatan çocuklarda toplum kökenli ve nozokomiyal RSV ve diğer viral solunum yolu enfeksiyonlarının insidansını araştırmaktır. Nazofaringeal sürüntü örnekleri Eylül 2018-Haziran 2021 tarihleri arasında 0-16 yaş arasındaki toplum kökenli (60) ve nozokomiyal (40) solunum yolu enfeksiyon şüphesi olan 100 çocuktan alınmıştır. Respiratuvar virusların tanısı için multipleks real-time PCR testi olan ARVI Screen Real-TM PCR (Sacace Biotechnologies, Italy) ve influenza A ve B virus tespiti için Influenza A/B r-gene real-time PCR kiti (Argene, BioMérieux, France) kullanılmıştır. Toplum kökenli solunum yolu enfeksiyonu olan çocukların %65'inde (39/60) en az bir virus pozitif olup, bu grupta koenfeksiyon oranı %35.9 (14/39)'dur. Nozokomiyal solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda ise pozitiflik %62.5 (25/40) ve koenfenfeksiyon oranı %40 (10/25) tespit edilmiştir. Toplum kökenli viral solunum yolu enfeksiyonlarında en baskın virus influenza A virus (%25) olup bunu ADV (%18.3) , hBoV (%15), RSV (%11.7) ve RhV (%10) izlemiştir. Nozokomiyal viral solunum yolu enfeksiyonlarında ise en yaygın virus RSV (%20) olup bunu influenza A virus (%12.5), RhV (%12.5), ADV (%12.5) , hMpV (%10) ve hBoV (%10) izlemiştir. Sonuç olarak, respiratuvar viral enfeksiyonların real-time PCR testi ile erken tanısı, morbidite ve mortalitenin azaltılması, nozokomiyal virusların yayılımını engellemek için kontrol yöntemlerinin uygulanması,  hastanede yatış süresinin kısaltılması, gereksiz antibiyotiklerin kullanılmasının önlenmesi ve uygun antiviral tedavinin verilmesi yönünden önem taşır.

Abstract:
Although respiratory viruses are known as the major causes of community-acquired respiratory tract infections all over the world, they can also cause serious nosocomial respiratory infections and hospital outbreaks. The aim of this study is to investigate the incidence of community-acquired and nosocomial RSV and other viral respiratory tract infections in children hospitalized at Pediatric Intensive Care Unit of Çukurova University Faculty of Medicine. Nasopharyngeal swab samples were taken from 100 children aged 0-16 years with suspected community-acquired (60) and nosocomial (40) respiratory tract infections between September 2018 and June 2021. ARVI Screen Real-TM PCR (Sacace Biotechnologies, Italy), a multiplex real-time PCR test for the diagnosis of respiratory viruses and Influenza A/B r-gene real-time PCR test (Argene, BioMérieux, France)  for the detection of influenza A and B viruses were used. Of children with community-acquired respiratory tract infections, 65% (39/60)  was positive for at least one virus and the rate of coinfection in this group was 35.9% (14/39). In children with nosocomial respiratory tract infection, positivity was detected to be 62.5% (25/40) and coinfection rate was 40% (10/25). The most predominant virus in community-acquired respiratory tract infections was influenza A virus (25%), followed by ADV (18.3%), hBoV (15%), RSV 11.7% and RhV (10%). In nosocomial viral respiratory tract infections, the most common virus was RSV (20%), followed by influenza A virus (12.5%), RhV (12.5%), ADV (12.5%), hMpV (10%) and hBoV (10%). In conclusion, early diagnosis of respiratory viral infections with real-time PCR test is important in terms of reducing morbidity and mortality, applying control methods to prevent the spread of nosocomial viruses, shortening the hospitalization period, preventing the use of unnecessary antibiotics and giving appropriate antiviral treatment.