Klinik kaynaklı acinetobacter baumannii izolatlarında patotip- rezistotip-genotip kümelenmesi varlığının araştırılması
Investigation of pathotype, resistotype and genotype clustering in acinetobacter baumannii isolates of clinical origin
Yazar: İNCİ DENİZ
Danışman: DOÇ. DR. İBRAHİM ÇAĞATAY ACUNER
Yeditepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple

Özet:
Deniz, İ. (2018). Klinik Kaynaklı Acinetobacter baumannii İzolatlarında Patotip- Rezistotip-Genotip Kümelenmesi Varlığının Araştırılması. Yeditepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Tıp Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi, İstanbul. 
Acinetobacter baumannii, pnömoni, idrar yolu infeksiyonları, septisemi ve menenjit gibi ciddi hastalık tablolarından sorumlu, çoklu ilaç direnci gösteren, nonfermentatif, Gram-negatif bakteridir. Bu çalışmanın amacı, A. baumannii'nin, infeksiyözite (patotip), antimikrobiyal direnç fenotipi (rezistotip) ve genotip bakımından kümeleşme özelliklerini araştırmaktır. İstanbul  biyocoğrafyasını temsil eden, sekiz ayrı hastaneden, A. baumannii'nin, Temmuz – Kasım 2015 tarihleri arasında toplanan izolatları çalışmaya katıldı. Yatan hastalardan izole edilen toplamda 36 A. baumannii  bakteri izolatından oluşan örneklem kullanıldı. Örneklemin, tür düzeyinde bakteri tanımlaması ve antibiyotik duyarlılık testleri, sırasıyla MALDI-TOF-MS cihazı ve VITEK2 otomatize sistemlerinde, moleküler epidemiyolojik tiplendirme testleri ise otomatize DiversiLab rep-PCR  sisteminde yapıldı. Sonuçların kategorik değişkenler arasındaki dağılım farkının analizi için, tek örneklem ki-kare testi ve yerine göre Fisher kesin olasılık testi kullanıldı. Patotip bakımından, 10'u (10/36, %27.7) enfeksiyonu etkeni ve 26'sı (26/36, %72.2) kolonizasyon olarak saptandı. Toplam 25 rezistotip saptandı. Karbapenemlere direnç, %88.8 (32/36) olarak bulundu. Toplamda sekiz genotip kümesi (GK01-GK08) saptandı. GK01 içinde, 30 izolat (%83.3'ü, 30/36) bulundu. GK01 içinde, dört genotip (G01-G04) saptandı. Enfeksiyon izolatlarının tamamı (10/10, %100) GK01 içinde bulundu. Toplam 11 genotip (G01-G11) saptandı. Genotipler arasında, G01'in (14/36, %38.8) baskın olduğu bulundu. Sonuç olarak, İstanbul ilinden elde edilen A. baumannii örneklemindeki GK01 genotip kümesi izolatlarının, enfeksiyon patotipi ile istatistik olarak anlamlı düzeyde ilişkili (p=0.021) olduğu bulundu. Örneklemde, "Patotip-Genotip Kümelenmesi" saptandı. "Rezistotip" çeşitliliğinin ise yüksek olduğu, kümelenme sergilemediği gösterildi. "Patotip-Rezistotip-Genotip" incelemeleri sonucunda, GZT hastanesinin çeşitliliği artırıcı ve yayıcı "kaynak", FSM ve HNH hastanelerinin "gider-karşılıklı",  diğer hastanelerin ise "gider-kara delik" niteliklerinde olduğu değerlendirildi. 

Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, rep-PCR tiplendirme, moleküler epidemiyolojik tiplendirme, kaynak-gider dinamiği

Abstract:
ABSTRACT
Deniz, İ. (2018). Investigation of Pathotype, Resistotype and Genotype Clustering in Acinetobacter baumannii Isolates of Clinical Origin. Yeditepe University, Institute of Health Sciences, Department of Molecular Medicine, M.Sc. Thesis, İstanbul.
Acinetobacter baumannii is a nonfermentative, Gram-negative bacterium that has been shown to be a multidrug resistant pathogen responsible for severe infectious diseases such as pneumonia, urinary tract infections, septicemia and meningitis. The aim of this study was to investigate the aggregation properties of A. baumannii in terms of infectious (pathotype), antimicrobial resistance phenotype (resistotype) and genotype. A total of 36 A. baumannii bacterial isolates collected between July to November 2015 from the patients who were hospitalized in eight hospitals representing the biogeography of Istanbul.Specimen-level bacterial identification and antibiotic susceptibility tests were performed respectively in MALDI-TOF-MS and VITEK2 automated systems and molecular epidemiological typing tests were performed in automated DiversiLab rep-PCR system. The single sample chi-square test and Fisher's exact test were used in statistical analysis. In pathotype analysis, 10 (10/36, 27.7%) were identified as infectious agents and 26 (26/36, 72.2%) were colonization. A total of 25 resistotypes were detected. Resistance to carbapenem antibiotics was 88.8% (32/36). A total of eight genotypes (GC01-GC08) were identified. GC01 contained 30 isolates (83.3%, 30/36). In GC01, four genotypes (G01-G04) were detected. All of the infection isolates (10/10, 100%) were in GC01. A total of 11 genotypes (G01-G11) were detected. Among the genotypes, G01 (14/36, 38.8%) was found to be dominant. In conclusion, the prevalent GC01 genotype cluster of A. baumannii isolates collected from eight major hospitals in İstanbul were significantly associated with infection pathotype (p=0.021). In the study isolates, pathotype-genotype clustering (i.e. infectivity and GC01) was detected, however, resistotype diversity was found to be high and did not show any clustering. "Pathotype-Resistotype-Genotype" data indicated that GZT hospital might be a "source" for spread, whereas FSM and HNH might be of "sink-reciprocal type", and other hospitals of "sink-black hole type".  

Key Words: Acinetobacter baumannii, repetitive-PCR typing, molecular epidemiological typing, source-sink dynamic