Çeşitli kaynaklardan izole edilen Staphylococcus aureus suşlarının pulsed field jel elektroforezi yöntemi ile tiplendirilmesi, metisilin direnci ve bazı genlerin multiplex PCR yöntemi ile belirlenmesi
Typing of Staphylococcus aureus strains isolated from various sources by pulsed field gel electrophoresis method, detection of their methicillin resistance and some genes by multiplex PCR method
Yazar: ERDOĞAN GÜNEŞ
Danışman: PROF. DR. YUSUF DURAK
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, çeşitli klinik örnekler (150), çiğ süt (49) ve dondurma (6) gibi gıdalardan izole ve identifiye edilen toplam 205 Staphylococcus aureus suşu, genetik çeşitlilik, metisiline dirençli S. aureus (MRSA) oranı, Panton Valentin Toksin (PVL) üretimi ve bazı antibiyotiklere duyarlılık yönünden araştırıldı. S. aureus suşlarının genetik ilişkilerini ve çeşitliliklerini belirlemek için Pulsed field jel elektroforezi (PFGE) yöntemi kullanıldı. PFGE sonuçları % 80 benzerlik oranına göre değerlendirildiğinde; S. aureus suşları, 21 alt tiple temsil edilen 180 farklı pulsotipe ayrıldı. Analiz edilen 55 gıda suşu arasında 43 farklı pulsotip ve 9 alt tip görülürken; 150 klinik suş 137 farklı pulsotipe ve 12 alt tipe ayrıldı. MRSA suşları ise kendi arasında 15 pulsotip ve 2 alt tipe ayrıldı. Restriksiyon profilleri değerlendirildiğinde, çalışılan tüm suşlar arasında yüksek oranda genetik çeşitliliğin olduğu görüldü. Genotipik analizler, farklı gruplarda bulunan suşların köken olarak aynı olmadıklarını ve ilişkisiz izolat olarak belirlendiklerini gösterdi. MRSA oranının tespitinde moleküler yöntem referans alınarak agar tarama ve disk difüzyon yönteminin duyarlılık ve özgüllüğü karşılaştırıldı. Agar tarama yöntemi referans yöntemle % 100 uyumlu bulunurken, disk difüzyon yönteminin duyarlılık ve özgüllüğü sırası ile % 83.3 ve %  99.4 olarak belirlendi. Klinik kaynaklı 17 (% 11.3) suş ve gıda kaynaklı 1 (% 1.8) suş olmak üzere toplamda 18 (% 8.8) suş MRSA olarak tespit edildi. Gıda kaynaklı hiçbir suş PVL pozitif bulunmazken, klinik kaynaklı 7 (% 4.6) suş PVL pozitif olarak saptandı. Antibiyotik duyarlılık testi, 14 farklı antibiyotiğe karşı disk difüzyon metodu ile yapıldı. Gıda izolatlarının en fazla direnç gösterdiği antibiyotiğin penisilin (% 69.1) olduğu; bunu % 4.6 ile tetrasiklin, % 2 ile gentamisin, seftazidim ve sefuroksimin'in takip ettiği görüldü. Klinik kaynaklı izolatlarda ise en yüksek direnç oranları penisilin (% 94), eritromisin (% 12.7) ve seftazidime (%12) karşı belirlendi. MRSA suşlarındaki direnç oranlarının MSSA ( metisilin duyarlı S. aureus) suşlarına göre oldukça yüksek olduğu görüldü. MRSA ve MSSA suşlarında sırasıyla; penisilin'e, % 100, % 86.1, sefuroksim'e % 55.6, % 0, ofloksasin'e % 38.9, % 1.1, amoksisilin/klavulanik asit'e % 38.9, % 0 ve gentamisin'e % 33.3, % 0.5 oranlarında direnç saptandı. Çalışılan suşların hiçbirinde vankomisin ve linezolid'e direnç tespit edilmedi. MRSA enfeksiyonlarının tedavisinde linezolid'in vankomisine alternatif olabileceği düşünüldü.

Abstract:
In this study, a total of 205 Staphylococcus aureus strains isolated and identified from various clinical specimens (150), foods such as raw milk (49) and ice cream (6) were investigated in terms of their genetic diversity, rate of methicillin resistant S. aureus (MRSA), production of Panton Valentine Toxin ( PVL ) and susceptibility against some antibiotics. Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was used to determine the genetic relationships and diversity of S. aureus isolates. When the PFGE results were evaluated according to the 80% similarity rate; S. aureus strains were divided into 180 different pulsotypes representing 21 subtypes. Among the 55 food isolates analyzed, 43 different pulsotypes and 9 subtypes were observed; 150 clinical strains were divided into 137 different pulsotypes and 12 subtypes. MRSA strains were divided into 15 pulsotypes and 2 subtypes among them. When the restriction profiles were evaluated, it was seen that there was high genetic diversity among all strains studied. Genotypic analyzes showed that the strains found in the different groups were not identical in origin and were identified as unrelated isolates. Sensitivity and specificity of agar screening and disc diffusion method were compared with reference to molecular method for the determination of MRSA ratio. While the agar screening method was 100 % compatible with the reference method, sensitivity and specificity of disc diffusion method were 83.3 % and 99.4 % respectively. A total of 18 (8.8 %) strains were identified as MRSA strains, 17 of which were clinical (11.3 %) and 1 (1.8 %) of the strains originated from food. Seven (4.6 %) clinically-originated strains were found to be PVL-positive while none of the foodborne strains had PVL-positive strains. The antibiotic susceptibility test was performed by disc diffusion method against 14 different antibiotics.Penicillin was the most common antibiotic that food isolates resistant to (69.1 %), followed by tetracycline (4.6 %), gentamicin, ceftazidime and cefuroxime (2 %). The highest resistance rates in clinical isolates were determined against penicillin (94%), erythromycin (12.7 %) and ceftazidime (12 %). Resistance rates in MRSA strains were found to be significantly higher than MSSA (methicillin susceptible S. aureus) strains. The rasistance rates of MRSA and MSSA strains were found as follows, respectively; penicillin, 100 %, 86.1 %, cefuroxime 55.6 %, 0%, ofloxacin 38.9 %, 1.1 %, amoxycillin / clavulanic acid 38.9 %, 0 % and gentamicin 33.3 %, 0.5 %. Resistance to vancomycin and linezolid was not detected in any of the strains studied. It was concluded that linezolid may be an alternative to vancomycin in the treatment of MRSA infections.