Orta Irak'ta a grubu rotavirüs suşlarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of group a rotavirus strains in Central Iraq
Yazar: HUSSEIN ALI NSAIF ALHAMZAH
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜGE FIRAT ; DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHANNAD ABDULWAHAB ATİ AL-ASKERI
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Irak = Iraq ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; PCR =   ; Rotavirüsler = Rotaviruses

Özet:
Rotavirüs bebeklerde ve küçük çocuklarda, dünya çapında en yaygın ishal nedenidir. Gelişmekte olan ülkelerde her yıl yüksek sıklık ile beş yaşın altındaki çocuklar arasında yaklaşık olarak 453.000 ölüme ve 2,4 milyon hastaneye yatışa neden olmaktadır. Epidemiyolojik çalışmalar sonucu, gelişmekte olan ülkelerdeki bebeklerde ve küçük çocuklarda Rotavirüs genotiplerinin paterni ve dağılımı belirlenebilir ve böylelikle gelecekteki Rotavirüs aşısı geliştirme stratejileri geliştirilebilir. Bu çalışmanın amacı, beş yaş altı ve şiddetli gastroenterit gösteren çocuklarda Rotavirüs suşlarının ne kadar yaygın olduğunu tespit etmekti. Eylül 2020'den Ocak 2021'e kadar beş yaşın altındaki çocuklardan elde edilen toplam 100 dışkı örneği üzerinde çalışıldı. Çocukların yaşları bir ile altmış ay arasında değişmekteydi. Örnekleri değerlendirmek için Enzime Bağlı İmmünosorbent Deneyi (ELISA) ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanıldı. ELISA ve PCR bulgularımız örneklerin %41 oranında pozitif olduğunu gösterdi. Genotiplemeyi analiz etmek için Yarı-Yuvalanmış Multipleks PCR kullanıldı. Genotip kombinasyonu en yüksek oranda G1P8 %34,14 ve bunu takiben G2P8 %14,63, G1P6 %12,19, G4P8 %7,31, G4P6 %2,43 olarak tespit edildi. Rotavirüs genotipleri, Rotavirüs yüzdesi yüksek olduğu için küçük çocuklarda ve bebeklerde viral gastroenterit için ana risk faktörüdür. Bu çalışmanın bulguları, Irak'da ki mevcut Rotavirüs havuzunun çeşitliliğine katkıda bulunan Rotavirüs tür çeşitliliğinin önemli yönlerine işaret etmiştir ve bu, Rotavirüs dinamiklerine dayanan belirgin ekstra Rotavirüs tür çeşitliliğini hesaba katan bir aşı geliştirmek için gelecekteki deneylere yardımcı olacaktır. Gelecekte, daha ileri çalışmalara ihtiyaç duyulacaktır.

ANAHTAR KELİMELER: Irak, Rotavirüs, Moleküler tipleme, PCR

Abstract:
Around the globe, rotavirus is the most prevalent cause of diarrhea in infants and young children. causes 453,000 deaths and 2.4 million hospitalizations among children under the age of five years every year, with the highest frequency in developing countries. In epidemiological studies, the pattern and distribution of rotavirus genotypes in infants and young children in developing countries play a role, as well as giving a plan for future Rotavirus vaccine development. The goal of this study was to find out how prevalent Rotavirus strains are in children under the age of five, as well as what influence they have on severe gastroenteritis. A total of 100 stool specimens were studied, all of which were obtained from children under the age of five from September 2020 to January 2021. The children's ages ranged from one to sixty months. The Enzyme-Linked İmmunosorbent Assay (ELISA) and Polymerase Chain Reaction (PCR) were used to evaluate the samples. Our ELISA and PCR findings showed that 41% of the samples were positive. Hemi-Nested Multiplex PCR was used to analyzed the genotyping. Genotype combination G1P8 was 34.14% followed by G2P8 14.63%, G1P6 12.19%, G4P8 7.31%, G4P6 2.43%. Rotavirus genotypes is a main risk factor of viral gastroenteritis in young children and infant as the percentage of rotavirus was high. The findings of this study point to important aspects of Rotavirus strain diversity in Iraq that contribute to the diversity of the current virus pool, which will aid future experiments to develop a vaccine that takes into account this apparent additional rotavirus strain diversity based on dynamics of rotavirus strains. In the future, further studies will be required.

Keywords: Iraq, Rotavirus, Molecular typing, PCR