Adölesan idiopatik skolyozlu hastalarda LBX1, TIMP2, GPR126 ve CHD7 gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Investigation of LBX1, TIMP2, GPR126 and CHD7 gene polymorphisms in adolescent idiopathic scoliosis patients
Yazar: ERKAN BİLGİN
Danışman: PROF. DR. BURAK AKESEN
Bursa Uludağ Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Ortopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Genetik = Genetics ; Ortopedi ve Travmatoloji = Orthopedics and Traumatology

Özet:
Amaç: Adölesan İdiopatik Skolyoz (AİS), genellikle başka bir sağlık sorunu olmayan 10-18 yaş arasındaki bireylerde gözlenen omurganın yaygın bir hastalığıdır. Etiyolojisi hala tam olarak aydınlatılamayan bu hastalık için dünyada farklı etnik gruplar arasında gerçekleştirilen birçok genetik çalışma bulunmasına rağmen, skolyoz gelişimine katkıda bulunan spesifik genler henüz kesin olarak tanımlanamamıştır. Bu sebeple çalışmamızda Türk popülasyonunda AİS ile LBX1 (rs11190870, rs625039, rs11598564), TIMP2 (rs8179090), GPR126 (rs6570507) ve CHD7 (rs121434341) gen polimorfizmleri arasında etiyolojik olarak ilişki olup olmadığının araştırılması ve bu hastalarda cinsiyet, yaş, tanı yaşı ve Cobb açısının polimorfizmlerle ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Bursa Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Ortopedi ve Travmatoloji polikliniğine başvuran 10-18 yaş arasında AİS tanısı almış olan, direkt grafide Cobb açısı 10 derece veya daha fazla olan, herhangi bilinen genetik bir hastalığı bulunmayan ve skolyoz etiyolojisinde rol aldığı bilinen herhangi bir hastalığı bulunmayan 201 hasta ve 10-18 yaş arasında olan, fizik muayene ve/veya görüntülemelerle skolyoz tanısı bulunmayan 100 kontrol olmak üzere toplamda 301 kişi çalışmaya dahil edildi. Çalışmada; AİS'li hastalar ile kontrol grubunda LBX1, TIMP2, GPR126 ve CHD7 gen polimorfizmleri Taqman proplu SNP (single nükleotit polimorfizm) primerler (rs625039, rs11598564, rs6570507, rs121434341, rs11190870, rs8179090) kullanılarak real-time PCR cihazında analiz edildi. Daha sonra DNA dizi analiziyle SNP bölgeleri konfirme edildi. Elde edilen bulgular istatistiksel olarak analiz edildi.
Bulgular: LBX1 geni rs11190870 polimorfizmi açısından yapılan karşılaştırmada AİS'li hastalar ile kontrol grubu arasında (201/117) istatiksel olarak anlamlı fark tespit edildi (p<0,001). Diğer polimorfizmler açısından istatistiksel olarak anlamlılık bulunamadı. Yine AİS'li hastalardaki LBX1 geni rs11598564 polimorfizmi için cinsiyet açısından karşılaştırma yapıldığında (106/36) kadın cinsiyet lehine anlamlı fark tespit edildi (p=0,029). Diğer polimorfizmler cinsiyet açısından değerlendirildiğinde istatistiksel olarak anlamlılık bulunamadı. Bunun yanında farklı popülasyonlarda yapılan çalışmalarda AİS ile ilişkili bulunan TIMP2 (rs8179090) ve CHD7 (rs121434341) gen polimorfizmleri popülasyonumuzda (tamamı homozigot normal) genetik olarak çeşitlilik göstermedi (p=1). 6 SNP aynı zamanda yaş, tanı yaşı ve Cobb açısı bakımından değerlendirildiğinde istatistiksel olarak fark tespit edilmedi.
Sonuç: Türk popülasyonunda LBX1 geni rs11190870 polimorfizminin AİS ile ilişkili olduğu tespit edildi. LBX1 geni rs625039, rs11598564 polimorfizmleri, TIMP2 geni rs8179090 polimorfizmi, CHD7 geni rs121434341 polimorfizmi ve GPR126 geni rs6570507 polimorfizmi ile AİS arasında ilişki tespit edilmedi.

Abstract:
Objective: Adolescent Idiopathic Scoliosis (AIS) is a common disease of the spine observed in individuals aged 10-18 who typically do not have any other health issues. Despite numerous genetic studies conducted across different ethnic groups worldwide, the specific genes contributing to the
development of scoliosis have not yet been definitively identified. Therefore, the aim of our study is to investigate whether there is an etiological relationship between AIS and the polymorphisms of the LBX1 (rs11190870, rs625039, rs11598564), TIMP2 (rs8179090), GPR126 (rs6570507), and CHD7 (rs121434341) genes in the Turkish population and to determine the relationship of these polymorphisms with gender, age, age at diagnosis and Cobb angle in these patients.
Materials and Methods: This prospective genetic research was conducted Bursa Uludag University Faculty of Medicine, Department of Orthopedics and Traumatology. A total of 301 individuals were included in the study, comprising 201 patients aged 10-18 years diagnosed with AIS and Cobb angle of 10 degrees or more on direct radiography, no known genetic disorders and no diseases known to play a role in the etiology of scoliosis and 100 healthy controls aged 10-18 years without a diagnosis of scoliosis based on physical examination and/or imaging. In the study, the LBX1, TIMP2, GPR126 and CHD7 gene polymorphisms in AIS patients and the control group were analyzed using real-time PCR with TaqMan probe SNP (single nucleotide polymorphism) primers (rs625039, rs11598564, rs6570507, rs121434341, rs11190870, rs8179090). Subsequently, the SNP regions were confirmed by DNA sequence analysis. The obtained findings were statistically analyzed.
Results: In the comparison made for the rs11190870 polymorphism of the LBX1 gene, a statistically significant difference was detected between AIS patients and the control group (201/117) (p<0.001). No statistical significance was found for the other polymorphisms. However, when comparing the LBX1 gene rs11598564 polymorphism in AIS patients by gender (106/36), a significant difference was found in favor of the female gender (p=0.029). No statistical significance was found when the other polymorphisms were evaluated in terms of gender. Furthermore, the TIMP2 (rs8179090) and CHD7 (rs121434341) gene polymorphisms, which were found to be associated with AIS in studies conducted in different populations, did not show genetic diversity in our population (all homozygous normal) (p=1). When the 6 SNPs were also evaluated in terms of age, age at diagnosis and Cobb angle, no statistical difference was detected.
Conclusion: The LBX1 gene rs11190870 polymorphism was found to be associated with AIS in the Turkish population. No association was found between AIS and the LBX1 gene rs625039, rs11598564 polymorphisms, the TIMP2 gene rs8179090 polymorphism, the CHD7 gene rs121434341 polymorphism, and the GPR126 gene rs6570507 polymorphism.