Doğu Akdeniz bölgesinde sert çekirdekli meyvelerde plum pox potyvirüs (PPV, Sharka)'ünün durumunun belirlenmesi ve karakterizasyonu
Determination and characterization of plum pox potyvirüs (PPV, Sharka) on stone fruits at east mediterranean region
Yazar: GÖKMEN KOÇ
Danışman: PROF. SAADETTİN BALOĞLU
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Prunus meyvelerinin dünya çapında en önemli hasalıklarından birine neden olan Plum pox potyvirus, (Sharka, PPV); Avrupa, Asya ve Amerika'da temel ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Türkiye'nin Doğu Akdeniz kıyısıyla sınırlı önemli bir sofralık sert çekirdekli meyve yetiştiricilik alanı olan Çukurova bölgesinde 2006-2009 yılları ilkbahar-yaz döneminde ani bir Sharka hastalığı çıkışı yaşanmıştır. Birkaç şeftali, nektarin, erik, kayısı ve badem çeşidinde Sharka hastalığının neden olduğu meyvede halka ve beneklenme, olgunlaşma öncesi ve olgun meyve dökümü belirtileri gözlenmiştir. PPV'nin tomurcuk, yaprak ve meyvede tanısı ticari polyclonal antiserum (Bioreba, Reinac, Switzerland) kullanılarak Double Antibody Sandwich Enzyme-linked Immuno Sorbent Assay (DAS ELISA) ile gerçekleştirilmiştir. Tüm izolatlar İndirek DAS-ELISA'nın yanısıra Restriction Fragment Lenght Polymorfizm (RFLP) ve ırka özel primerlerle PPV-M olarak tanılanmıştır. Surveyler Silverking çeşidi nektarin, Richmay çeşidi şeftali, Priana, Precoce de tyrinthe, Nimfa çeşitlerinden kayısı ve Tuona, Ferragnes çeşidi badem bahçelerinde yoğunlaştırılmıştır. Toplamda 285 bahçeden 13 tanesi %5,31 oranında infekteli bulunmuş ve 15 adet izolat karakterizasyon için belirlenmiştir. Ek olarak Adana ilinde %12,5 ve Mersin ilinde %5,55 infeksiyon oranı saptanmıştır. Bölgesel izolatların kılıf protein gen dizi analizlerine göre PPV-M1 ve PPV-M2 şeklindeki alt dalın varlığı fark edilmiştir. Çukurova bölgesinde saptanan izolatlar ise badem için Türkiye'de ilk kayıt niteliğindedir. Verilere bakıldığında Doğu Akdeniz'de sınırlı bölgesel bulaşıklık oranlarının aksine, 2008-2009 bahar döneminde bölge sert çekirdekli meyve üretimi için önemli bir PPV çıkışı meydana gelmiştir.Anahtar Kelimeler: Sharka, Doğu Akdeniz Bölgesi, DAS-ELISA, RT-PCR, Sert Çekirdekli Meyveler

Abstract:
Plum pox potyvirus, (Sharka, PPV) causes one of the most serious diseases of Prunus fruit trees worldwide and has caused major economic losses across Europe, Asia and America. In the Çukurova region part of Turkey close to EastMediterrranean seaside, is important table stone fruit growing area, a sudden outbreak of Sharka disease was noticed in spring-summer of 2006-2009. Fruits of several peach, nectarine, plum, apricot and almond varietes displayed obvious symptoms of Sharka consisting of rings and mottling spread over the whole surface of fruits and also immature and mature fruit droping. The identity of PPV was proved using commercial polyclonal antisera (Bioreba, Reinac/Switzerland) by Double Antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) in buds, leaves and fruits with symptoms. All isolates are identified as PPV-M by Indirect DAS-ELISA. Also by Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP) and strain spesific primers. The Survey was resulted in orchards of nectarine (cv.silverking), peach (cv.richmay) aptricot (cv.priana, cv.precoce de tyrinthe and cv.nimfa) and almond (cv.Tuona and cv. Ferragnes) with different infection ratio. Totaly 13 orchards were found infected (% 5,31) in 285 and 15 samples were discarded as Çukurova region isolates to characterization; Additional infection percentages were %12,5 in Adana and %5,55 in Mersin provinces. As a result of Coat protein gene sequence analysis, Occurence of PPV-M1 and PPV-M2 subclusters were noted among the regional isolates. It seems that the isolates from almond, in Çukurova are first detected and reported at almond in Turkey. To our knowledge this is a preliminarly report of important PPV outbreak for the regional stone fruit production, in contrast to liminarly regional infection rate before in EastMediterrranean.Key words: Sharka, East Mediterranea Region, DAS-ELISA, RT-PCR, Stone Fruits.