Klinik örneklerden izole edilen acinetobacter baumannii suşlarında antibiyotik direnç durumlarının belirlenmesi ve karbapenemaz direnç genlerinin araştırılması
Determination of antibiotic resistance conditions and investigation of carbapenemaz resistance genes in acinetobacter baumannii strains isolated from clinical samples
Yazar: OSMAN KARABAY
Danışman: PROF. FAHRİYE EKŞİ
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Genler = Genes ; Karbapenemaz = Carbapenemase ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Acinetobacter baumannii hastane enfeksiyonlarına ve salgınlara sebep olan antibiyotiklere karşı çoğul direnç geliştirebilen önemli bir patojendir.  Bu çalışmada Gaziantep Dr. Ersin Arslan Eğitim Araştırma Hastanesinin çeşitli kliniklerindeki hasta örneklerinden bir yıllık süre içerisinde izole edilen A. baumannii suşlarının antibiyotik direnç durumlarının belirlenmesi, imipenem ve meropenem'e dirençli olan suşlarda karbapenem direncine sebep olan sınıf D beta-laktamaz (OXA-23, OXA-24, OXA-51, OXA-58) direnç genlerinin PCR yöntemi ile araştırılması amaçlanmıştır. Bu nedenle çalışmamızda Haziran-2016 Haziran-2017 tarihleri arasında Gaziantep Kamu Hastaneler Birliğine bağlı Dr. Ersin Arslan Eğitim Araştırma Hastanesi Merkez Laboratuvarında klinik örneklerden izole edilen 157 A. baumannii suşu otomatik bakteri identifikasyon sistemi BD Phoenix™ (BD Phoenix™ ID & AST System. ABD) ile tanımlandı ve antibiyotik duyarlılık durumları belirlendi. Otomatik cihazla imipenem ve meropeneme dirençli olduğu saptanan 50 suşun bu antibiyotiklere duyarlılık durumları disk difüzyon ve gradient strip yöntemi ile de değerlendirildi. Aynı suşlarda PCR yöntemiyle genotipik olarak karbapenem direncine sebep olan blaOXA-51 , blaOXA-58 , blaOXA-23 ve blaOXA-24 gen bölgeleri araştırıldı. Otomatik sistemle antibiyotik direnç durumları belirlenen 157 A. baumannii izolatındaki direnç durumlarına bakıldığında amikasin'e 113'ünde (%72), sefepim'e 148'inde (%94.3), seftazidim'e 148'inde (%94.3), sefriakson'a 155'inde (%98.7), gentamisin'e 139'unda (%88.5), imipenem'e 145'inde (%92.4), meropenem'e 142'sinde (%90.4), netilmisin'e 153'ünde (%97.5), piperasilin'e 149'unda (%94.9), piperasilin tazobaktam'a 149'unda (%94.9), tigesiklin'e 89'unda (%56.1), trimethoprim sulfametazol'e 126'sında (%80.3) direnç saptandı. En az direnç oranının 5 (%3.2) suş ile kolistine karşı olduğu gözlemlendi. OXA-51 ve OXA-23 genleri tüm izolatlarda pozitif, OXA-24 16 (%32) suşta pozitif bulunurken OXA-58 hiçbir suşta saptanmadı. Direnç genleri ve mekanizmalarının bilinmesi hem hastaların tedavilerinin yönlendirilmesi hem de epidemiyolojik verilerin oluşturulmasından dolayı önemlidir.

Anahtar kelimeler: Acinetobacter baumannii, OXA-23, OXA-24, OXA-51, OXA-58

Abstract:
Acinetobacter baumannii is an important pathogen that can develop multiple resistance to antibiotics that cause hospital infections and epidemics. In this study, Gaziantep Determination of antibiotic resistance status of A. baumannii strains isolated from patient samples in various clinics of Dr. Ersin Arslan Training Research Hospital in one year period. Class D beta-lactamase (OXA-23, OXA-24, OXA-51, OXA-58) resistance genes aimed to investigate by PCR method. Therefore, in our study between June-2016 June-2017,  connected to the Union of Gaziantep Public hospitals, 157 A. baumannii strains isolated from clinical specimens in the central laboratory of  Dr. Ersin Arslan education and research hospital were identified with BD Phoenix ™ (BD Phoenix™ ID & AST System. USA) and antibiotic susceptibility was determined.
The sensitivity of 50 strains is determined to be resistant to imipenem and meropeneme by the automated device was evaluated by disc diffusion and Gradient strip method. The same strains, gene regions blaOXA-51, blaOXA-58, blaOXA-23 ve blaOXA-24  that caused carbapenem resistance were investigated genotypically by PCR method. By the automatic system antibiotic resistance when looking at resistance rates of 157 A.bauumannii isolates status were determined. Amikacin 113 (72%), cefepime 148 (94.3%), ceftazidim 148 (94.3%), cefriaxon 155 (98.7%), gentamycin 139 (88.5%), imipenem 145 (92.4%), meropenem 142 (90.4%), netilmisin 153 (97.5%), piperacillin 149 (94.9%), piperacillin tazobactam 149 (94.9%), tigecycline 89 (56.1%), trimethoprim sulfamethazole 126 (80.3%) were found. Minimum resistance rate of 5 (3.2%) with strain was observed to be colistin. OXA-51 and OXA-23 genes were positive in all isolates. OXA-24 was positive in 16 (32%) strains, and OXA-58 was not detected in any strain. Knowledge of resistance genes and mechanisms is important because of both directing the treatment of the patients and the formation of epidemiological data.

Key words: Acinetobacter baumannii, OXA-23, OXA-24, OXA-51, OXA-58