Kolon kanserinde apolipoprotein E (APO E) gen polimorfizminin araştırılması
The investigation of apolipoprotein E (APO E) gene polymorphism in colon cancer
Yazar: GÜRLER AKPINAR
Danışman: PROF.DR. ALİ SAZCI
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Başlık: Kolon Kanserinde Apolipoprotein E(APOE) Gen Polimorfizminin AraştırılmasıYazar: Gürler AKPINARÖZETApolipoprotein E (Apo E) pek çok serum lipoprotein ailesinin yapısal parçasıdır velipid metabolizmasında önemli yere sahiptir. APO E geni; Îµ2, Îµ3 ve Îµ4 olarak tarif edilen üçyaygın allele sahiptir, bunlar da üç ayrı protein izoformunu kodalarlar (E2, E3 ve E4). APO Epolimorfizmi kliniksel olarak anlamlıdır.Tezin amacı; kolon kanserinde Apolipoprotein E gen polimorfizminin rolünüaraştırmaktır. Çalışmadaki temel soru; kolon kanser hastaları ve raslantısal seçilmiş sağlıklıbireyler arasındaki yaygın APO E allellerinin frekanslarını karşılaştırmaktır. Çalışmadakihasta grubu radyoterapi ve/veya kemoterapi görmemiş hastalar arasından seçildi.Bu çalışmada 112. ve 158. amino asitlerini içeren gen bölgesi polimeraz zincirreaksiyonu (PCR) ile çoğaltıldı. APO E genotipleri restiriksiyon parça uzunluğu polimorfizmi(RFLP) ile belirlendi. PCR ile çoğaltılmış ürünler Hin6I restiriksiyon enzimi ile kesilerekpoliakrilamid jellerde elektroforezleri yapıldı.APO E genotipleri Türkiye'nin Kocaeli bölgesindeki 222 kolon kanseri ve 300 sağlıklıkontrolden elde edildi. Bu gruplardan elde edilen genotipler karşılatırıldığı zaman; kolonkanserli hastalarla bir bağlantı gözlenmedi (OR=1.011; %95 CI=0.713-1.434; P=0.94).Kontrollerde ki APO E2/2, E2/3, E2/4, E3/3, E3/4 ve E4/4 genotiplerinin dağalımı sırası ile%0.3, %12, %5.3, %65, %16.7 ve %0.7 iken, kolon hastalarındaki dağalımı sırası ile %0.0,%13.5, %1.8, %68.6, %15.3 ve %0.9 olarak bulundu. Îµ2, Îµ3 ve Îµ4 allellerinin frekanslarınabakıldığında ise kontrol grubunda sırası ile %9, %79.33 ve %11.67 iken hasta grubunda ise%7.65, % 82.88 ve %9.45 olarak gözlendi. Allel frekansları Hary-Weinberg dengesine uygunolduğu bulundu. Sonuç olarak; APO E gen polimorfizmi Türkiyedeki kolonkanseri için birrisk faktörü oluşturmadığı tespit edildi.Anahtar kelimeler: APO E geni, polimorfizm, kolon kanser, bağlantı

Abstract:
Title: The Investigation of Apolipoprotein E (APOE) Gene Polymorphism in Colon CancerAuthor: Gürler AKPINARABSTRACTApolipoprotein E (Apo E) is a structural constituent of several serum lipoproteinfamilies. It plays an important role in lipid metabolism. APO E gene has three common allelescalled Îµ2, Îµ3 and Îµ4, which code for three protein isoforms (E2, E3 and E4). Thepolymorphism is clinically significant.The aim of the thesis was to investigate the role of Apolipoprotein E genepolymorphisms in the colon cancer. The main question of the study was to compare thefrequency of common APO E alleles between colon cancer patients and randomly selectedhealthy individuals. In this study, the patient group was chosen among those who did notreceive radiotherapy and/or chemotherapy before.In the present study, APOE gene coding for amino acid residues 112 and 158 wereamplified using the polymerase chain reaction (PCR) from genomic DNA extracted fromblood samples. APO E genotypes were determined by restriction fragment lengthpolymorphism (RFLP). The amplification products were digested with Hin6I and subjected toelectrophoresis on polyacrylamide gels.APO E genotype was determined in 222 patients with colon cancer and 300 healthycontrols from Kocaeli region of Turkey. When alleles and genotypes of 222 patients withcolon cancer were compared with those of 300 healthy controls. No association was obtainedin patients with colon cancer (OR=1.011; %95 CI=0.713-1.434; P=0.94). The distribution ofthe APO E2/2, E2/3, E2/4, E3/3, E3/4 and E4/4 genotypes was %0.3, %12, %5.3, %65, %16.7and %0.7 in controls and %0.0, %13.5, %1.8, %68.6, %15.3 and %0.9 in patients with coloncancer respectively. The frequency of the Îµ2, Îµ3 and Îµ4 alleles was %9, %79.33 and %11.67in the controls and %7.65, % 82.88 and %9.45 in patients with colon cancer respectively. Theallele frequencies were in Hardy-Weinberg equilibrium. In conclusion, APO E genepolymorphism is not a genetic risk factor for colon cancer in Turkey.Key words: APO E gene, polymorphism, colon cancer, association