Balıklarda ve sularda mikobakterilerin PCR-RFLP ile incelenmesi
Detection of mycobacteria infish and water by PCR-RFLP analysis
Yazar: BÜLENT BAŞ
Danışman: PROF. DR. K. SERDAR DİKER
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Balık hastalıkları = Fish disease ; Balıklar = Fishes ; Mycobacterium = Mycobacterium ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Su = Water

Özet:
Bu çalışmada balıklardaki mikobakteri etkenlerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle teşhisi ve tür düzeyinde identifikasyonu amaçlanmıştır. Bu amaçla toplanan toplam 191 balık ve 63 su örneklerinden kültür ve PCR yapıldı. Toplanan balıkların nekropsileri yapılarak iç organları inokulasyon için hazır hale getirildi. Sular ise filtrelerden geçirildi ve izolasyon için bu filtreler de kullanıldı. Dekontaminasyon için % 4 NaOH kullanıldıktan sonra Lowenstein-Jensen besi yerine ekimler yapıldı. İnkubasyon sonrasında oluşan kolonilerden makroskobik ve mikroskobik morfolojileri ile biyokimyasal özellikleri incelenerek identifiye edildi. İzole edilen suşların PCR ile doğrulanmasından sonra moleküler tiplendirilmesi PCR-RFLP ile gerçekleştirildi.İncelenen 191 balığın 12 (%6.3)'sinden ve 63 suyun 3 (%4.8)'ünden Mycobacterium spp. izole edildi. Balıklardan izole edilen 12 suşun 6'sı M. fortuitum, 4'ü M. marinum ve 2'si M. chelonae olarak bulundu. Sudan izole edilen 3 suştan ise 1'er adet M. fortuitum, M. marinum ve M. chelonae identifiye edildi. Akvaryum (tatlı su) balıklarında tuzlu su balıklarına göre daha fazla mikobakteri izolasyonu gerçekleştirildi. Akvaryum balıklarından 11 balıkta etken izole edilirken tuzlu su balıklarından sadece 1 balıkta etken izole edildi. Buna paralel olarak sulardan da 3 izolasyonun tamamı akvaryum sularından gerçekleştirildi.Sonuç olarak, balık ve su örneklerinden Mycobacterium spp. izolasyon ve identifikasyonu için kullanılan konvansiyonel ve moleküler tekniklerle elde edilen bulgular birlikte değerlendirildiğinde, tür düzeyinde identifikasyonda farklılık görülmedi. Fakat moleküler yöntemler, konvansiyonel yöntemlere göre daha kısa sürede sonuç vermesi ve daha kolay olması nedeniyle tercih edilebilir.Anahtar sözcükler : Balık ,Mikobakteri, PCR-RFLP, Su

Abstract:
The aim of this study is the identification of mycobacteria from fish at the species level with conventional and molecular methods. For this purpose 191 ornamental fish and 63 water samples collected were investigated by culture and PCR. The internal organs taken during necropsy examination were prepared for inoculation. Water samples were filtered and these filters also were used for isolation. After decontaminated with % 4 NaOH, inoculums were cultivated on Lowenstein-Jensen medium. After incubation period, colonies were identified by macroskobic/microscopic examination and biochemical tests. Isolated strains were confirmed by PCR and tested by PCR-RFLP for molecular typing.Mycobacteria spp. were isolated from 12 (%6.3) of 191 fish and 3 (%4.8) of 61 water samples. From 12 strains isolated from fish 6, 4 and 2 were identified as M. fortiutum, M. marinum ve M. chelonae respectively. Three strains isolated from water samples were identified as M. fortuitum, M. marinum and M. chelonae. More Mycobacteria strains were isolated from aquarium (fresh water) than salt water. Mycobacteria were isolated from 11 fish from aquarium and 1 fish from salt water. Correspondingly, the water samples from which 3 isolations made were all aquarium waters.In conclusion, considering the results obtained by culture and molecular methods for identification of Mycobacterium spp. together, no diffirence was found between the identification at the species level. However, because of being more rapid and easier for the identification of mycobacterial species molecular methods could be preferred to conventional methods.Key words: Fish, Mycobacteria, PCR-RFLP, Water