2-amino-6-arilsülfonil benzonitril bileşiklerinin HIV-1 inhibitörü olarak CoMCET metodu ile QSAR incelenmesi
QSAR studies with CoMCET method on 2-amino-6-arylsulfonyl benzonitrile compounds as HIV-1 inhibitor
Yazar: LALEHAN KULAK
Danışman: PROF.DR. EMİN SARIPINAR ; PROF.DR. YAHYA GÜZEL
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2005
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology ; Kimya = Chemistry

Özet:
iii2-AM NO-6-AR LSÜLFON L BENZON TR L B LEŞ KLER N N HIV-1NH B TÖRÜ OLARAK CoMCET YÖNTEM LE QSAR NCELEMESLalehan KULAKErciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri EnstitüsüYüksek Lisans Tezi, Temmuz 2005Tez Danışmanı: Prof. Dr. Emin SARIPINARProf. Dr. Yahya GÜZELÖZET2-Amino-6-arilsulfonil benzonitril bileşiklerinin bir serisinin ?Karşılaştırmalı MolekülerKonformerlerin Elektron Topolojik -CoMCET? metot ile kantitatif aktivite tahminiyapılmıştır. Bu metodun temel özelliği, aktivitenin Farmakofor (Pha) grubu ileaçıklanmasına ek olarak, atomik elektronik özelliklerin bir seti şeklinde özel birgeometride molekülleri üst üste çakıştırması ve üç boyutlu yapı-aktivite ilişkisiniaçıklamasıdır. Bu metot, Pha ve aktiviteyi artıran AG ve aktiviteyi azaltan APSgruplarının parametrelerinin bir fonksiyonu olarak kantitatif aktivite tahminine izin verirve moleküllerin aktivitelerini tahmin etmek kadar, onların biyolojik etkileşimmodellerinin anlaşılmasında da önemli bir ilerleme sağlar. Bu çalışmadakonformasyonel analiz, elektronik yapı hesaplamaları ve matriks karşılaştırması 2-Amino-6-arilsulfonil benzonitril türevlerinin 68 tanesi için yapılmıştır. Anti HIV-1aktivitesi ve HIV-1 RT bağlanma affinitesi şeklinde, iki farklı aktivite özelliği ileincelenen bileşik serisinde 64 bileşiğin tümünün anti HIV-1 aktivitesi gösterdiği ancak51 bileşiğin 28'inin HIV-1 RT bağlanma affinitesi gösterirken 23'ünün inaktif olduğubelirlenmiştir. 2-Amino-6-arilsulfonil benzonitril bileşik serisi için Pha hesaplanmış veher iki seri içinde farmakoforun üç atomdan oluştuğu belirlenmiştir. Anti HIV-1aktivitesi serisi için N1-H7-C12 ve HIV-1 RT bağlanma affinitesi serisi için N1-C8-C9atomları Pha olarak bulunmuştur. Anti HIV-1 aktivitesi serisi için S1 ve C13 atomlarıaktiviteyi artıran AG grup ve C7 ve C15 atomları ise aktiviteyi azaltan APS grup olarakbelirlenmiştir. HIV-1 RT bağlanma affinitesi serisi için C12 ve C1 atomu aktiviteyiartıran AG grup ve C10, C11, C5 ve O1 atomları ise APS grup olarak belirlenmiştir.laç tasarımı, farmakofor, Auxilary Group (AG), AntiAnahtar Kelimeler:Pharmacophere Shielding Group (APS), QSAR, elektron konformasyonel metot.

Abstract:
ivQSAR STUDIES WITH CoMCET METHOD ON2-AMINO-6-ARYLSULFONYL BENZONITRILE COMPOUNDS AS HIV-1INHIBITORLalehan KULAKErciyes University, Graduate School of Natural and Applied SciencesM.Sc. Thesis, July 2005Thesis Supervisor: Professor Emin SARIPINARProfessor Yahya GÜZELABSTRACTQuantitative activity prediction for a series of 2-Amino-6-arylsulfonyl benzonitrilederivatives are revealed by ?Comperative Molecular Conformational ElectronicTopological Method? CoMCET method. The main features of this method is that inaddition to revealing the activity by Pha groups, explains activity as set of atomicelectronic features, superimposing in a special geometry and explains to 3D structure-activity relationship. This method allows for prediction of the parameters of the Pha,APS groups that decrease the activity and AG groups that increase the activity andoffers a significant advance both in the understanding the model of biologicalinteraction of the molecule and in the predicting its activity. In this studyconformational analysis, electronic structure calculations and matrix comparisons areperformed for the 68 2-Amino-6-arylsulfonyl benzonitrile derivatives. These compoundseries are examined in two by their anti HIV-1 activity and HIV-1 RT binding affinity.It was determined that the 64 of the anti HIV-1 activity compound series are active and28 of the 51 HIV-1 RT binding affinity series are active and 23 are inactive. Pha isevaluated for series of 2-Amino-6-arylsulfonyl benzonitriles and it is determined that 3atoms compose Pha in both of these series. In series of anti HIV-1 activity, N1-H7-C12atoms and in series of HIV-1 RT N1-C8-C9 atoms are determined as Pha. S1 and C13atoms are determined as AG groups that increase the activity and C7 and C15 atoms aredetermined as APS groups that decrease the activity for anti HIV-1 activity series. C12and C1 atoms are determined as AG groups and C10, C11, C5 and O1 atoms as APSgroups.Keywords: Drug Design, Pharmacophere, Auxilary Group, Anti PharmacophereShielding Group, QSAR, electron conformational method.