Pamuk yağında DNA izolasyon yöntemlerinin etkinliğininkarşılaştırılması ve genetiği değiştirilmiş organizmaanalizlerine etkisinin değerlendirilmesi
Comparing the efficiency of DNA extraction methods fromcotton oils and evaluation of their effects on theanalyses of genetically modified organism
Yazar: SİBEL KAYGUSUZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ CEREN BAYRAÇ
Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Gıdalarda genetiği değiştirilmiş organizma analizlerinin en önemli basamağı saf ve
kırılmamış DNA elde edilmesidir. Bu çalışmada, gıda endüstrisinde kullanılan ticari
olarak temin edilen pamuk yağı örneklerinden dört farklı yöntem ile DNA izolasyon
çalışması gerçekleştirildi. Cetyl trimethylammonium bromide (CTAB)-hekzan-
kloroform, CTAB-merkaptoetanol,CTAB ve kit yöntemiyle elde edilen DNA'ların
konsantrasyon ve saflık değerleri spektrofotometri ile belirlendi. Bu yöntemlerle izole
edilen DNA'ların polimeraz zincir reaksiyonunda (PZR) etkin bir şekilde
amplifikasyona maruz kalıp kalmama durumları değerlendirildi. Bunun için
pamuğa(Gossypium)özgü acyl taşıyıcı protein 1 kodlayan gen bölgesine (acp 1) göre
tasarlanan primerler ve genetiği değiştirilmiş gene ait 35S promotor bölgesine göre
tasarlanan primerler ile amplifikasyon reaksiyonu gerçekleştirildi. Sonuç olarak, CTAB
temelli manuel yöntemlerle izolasyon işleminden sonra ortamdan uzaklaştırılamayan
polisakkarit ve diğer moleküllerin amplifikasyonu engellediği sonucuna varıldı. Kit
yöntemiyle yapılan izolasyonda ise yeterli miktarda DNA elde edilemediği ve bu
nedenle amplifikasyonun başarılı şekilde yapılamadı değerlendirildi. DNA'ların etanol
ile temizlenmesinden sonra daha saf hale geldiği spektral olarak belirlendi ve CTAB
yöntemiyle izole edilen DNA'larda amplifikasyon reaksiyonu bazı örnekler için
gerçekleştirildi.

Abstract:
The most important step of genetically modified organism analysis in foods is obtaining
pure and intact DNA. In this study, DNA isolation study was performed with four
different methods from commercially available cotton oil samples used in food industry.
The concentrations and purities of DNA samples isolated by cetyl trimethylammonium
bromide (CTAB) -hexane-chloroform, CTAB-mercaptoethanol, CTAB and kit DNA
were obtained by spectrophotometry. The DNAs isolated by these methods were
evaluated whether they were effectively subjected to amplification in polymerase chain
reaction (PCR).For this purpose, amplification reactions were performed with primers
designed according to the gene region encoding acyl carrier protein 1 (acp1) specific to
cotton (Gossypium spp) and primers designed according to the 35S promoter region of
modified gene.As a result, it was concluded that polysaccharide and other molecules
that might notbe removed after isolation by CTAB based manual methods prevented
amplification. Also, it was evaluated that sufficient DNA could not be obtained from
isolation by kit method and therefore amplification could not be performed successfully.
It was determined that DNAs became more pure after ethanol precipitation and
amplification reaction was performed succesfully for some samples of DNA isolated by
CTAB method.