Multiple myeloma tüm genom transkriptom datasının biyoenformatik analizi ile belirlenen olası ilişkili genlerin araştırılması
Investigation of possibly related genes determined from bioinformatic analysis of multiple myeloma whole-genome transcriptome data
Yazar: MELDA SARIMAN
Danışman: DOÇ. DR. NESLİHAN ABACI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Biyoinformatik = Bioinformatics ; Genetik = Genetics ; Genler = Genes ; Genom = Genome ; Multipl miyelom = Multiple myeloma ; Plazma = Plasma ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Transkripsiyon-genetik = Transcription-genetic

Özet:
Plazma hücre diskrazileri grubunda yer alan Multiple Myeloma (MM), kemik iliğinden köken alarak kontrolsüz çoğalan malign plazma hücreleriyle karakteristiktir. Önemi bilinmeyen monoklonal gammopati (MGUS), ise asemptomatik premalign bir plazma diskrazisidir. Multiple Myeloma hastaları ile sağlıklı kemik iliği kontrollerinin hücre havuzlarından transkriptom yapılarak genlerin ekspresyon düzeyleri bir önceki çalışmamızda araştırılmıştır.Transkriptom verilerinden belirlenen 13 aday gen oldukça kıymetli ve özgündür. MM patogenezinde bu genlerin doğrudan ya da dolaylı ilişkilerinin ortaya çıkarılması için yeni hasta ve kontrol gruplarında validasyonlarının yapılması amaçlanmıştır.  Çalışmamızda yeni tanılı, tedavi görmemiş 38 MM hastasından ve 23 MGUS ile 16 kontrol grubunun kemik iliği materyallerinden aday genlerin ekspresyon seviyeleri qRT-PCR yöntemi ile incelenmiştir. Sonuçlar SPSS.25 istatistik programında analiz edilmiştir. MM, MGUS ve kontrol grubuna göre ERAP1, HYOU1 ve OTUD1 genlerinin ifadesi istatiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Myeloma patogenezinde ilişkisini araştırdığımız geriye kalan 10 aday genimizin ekspresyon seviyeleri ise kontrol grubuna göre yüksek seviyede eksprese olup istatistiksel analizde anlamlı bulunmuştur (p<0,05 ve p<0,001). Özellikle MGUS'tan MM'e malign hale dönüşümde COPE ve ISG20'nin erken tanı belirteci olabileceğini öneriyoruz.Literatürdeki veriler doğrultusunda ekspresyonunu yüksek bulduğumuz pekçok aday genin MM patogenezinde ER stres yolu ile ilişkisinin olabileceğini düşünmekteyiz.MM'de son yıllarda proteozom yolağı üzerinden çeşitli tedaviler uygulansa da halen yeni teröpatik hedeflere oldukça ihtiyaç duyulmaktadır.Bu çalışma ile aday genlerin validasyonu yapılarak halen aydınlatılmayan MM patogenezine katkıda bulunulmuştur. Ayrıca MM tedavisinde ihtiyaç duyulan TRIB1 gibi yeni terapötik hedefler içermesi ve MM tanısında prognostik değere sahip olabilecek TMED9 gibi aday genlerin olması açısından umut verici özellik taşımaktadır. 
Anahtar Kelimeler: Multiple Myeloma, MGUS, Transkriptom, qRT-PCR, Plazma Hücre Diskrazileri

Abstract:
Taking a part of the plasma cell dyscrasias group, Multiple Myeloma (MM) is characterized by uncontrolled proliferation of malignant plasma cells originating from bone marrow. Monoclonal Gammopathy of undetermined significance (MGUS) is an asymptomatic premalignant plasma dyscrasias. The expression levels of genes have been investigated in our previous study by transcriptome from cell pools of multiple myeloma patients and healthy bone marrow controls. 13 candidate genes detected out of transcriptome data are very valuable and specific. In order to reveal the direct or indirect relevancy of these genes in MM pathogenesis, we validated these genes in new patient and control groups. 
In our study, expression levels of candidate genes acquired from the bone marrow of 38 untreated newly diagnosed MM patients, 23 MGUS and 16 control group were examined by qRT-PCR. The results were analyzed in SPSS.25 statistical program. The expression of ERAP1, HYOU1 and OTUD1 genes were not statistically significant according to MM, MGUS and control group. Expression levels of the remaining 10 genes that we investigated in myeloma pathogenesis showed statistically significant elevation compared to control group. Particularly, COPE and ISG20 may be suggested as early diagnostic markers in malignant transformation from MGUS to MM. Performing the validation of candidate genes, our study has added up new insights into the pathogenesis of MM which is still unclear. Our investigations have promising features in terms of containing new therapeutic targets such as TRIB1 needed in MM treatment and TMED9 which may have prognostic value in the diagnosis of MM. 
Key Words: Multiple Myeloma, MGUS, Transcriptome, qRT-PCR, Plasma Cell Dyscrasia