Eskişehir ilinde yetiştirilen bazı koyun ırklarının CAST ve DGAT1  genotiplerinin belirlenmesi
The determination of CAST and DGAT1 genotypes of some sheep breeds raised in eskişehir province
Yazar: GÖKNUR BAYRAK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ YASEMİN GEDİK
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı / Biyometri ve Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu tez çalışmasında, Eskişehir İlinde halk elinde yetiştirilen Orta Anadolu Merinosu, Pırlak, Romanov ve Suffolk koyun ırklarında Calpastatin (CAST) ve Diacylglycerol acyltransferase1 (DGAT1) gen polimorfizmi bakımından tanımlanması amaçlanmıştır. Çalışmada toplam 176 koyundan (Orta Anadolu Merinosu (137), Pırlak (8), Romanov (10) ve Suffolk (21)) rastgele alınan kan örnekleri materyal olarak kullanılmıştır. CAST ve DGAT1 genotiplerinin belirlenmesi için PCR-RFLP yöntemi kullanılmıştır. Çalışılan örneklerden DNA izolasyonu, DNA izolasyon kiti kullanılarak yapılmıştır. Uygun primerler kullanılarak çoğaltılan PCR ürünleri sırasıyla MspI ve AluI restriksiyon enzimleri ile muamele edilmiştir. %2'lik agaroz jellerinde elektroforez işleminden sonra elde edilen bant modellerinden yararlanılarak CAST ve DGAT1 genotipleri belirlenmiştir. CAST geni bakımından M ve N olmak üzere iki farklı allel üzerinde çalışılmış olup, Orta Anadolu Merinosu, Pırlak, Romanov ve Suffolk koyun ırklarında M ve N allel frekansları sırasıyla 0.67-0.33, 0.75-0.25, 0.75-0.25 ve 0.76-0.24 olarak hesaplanmıştır. CAST geni bakımından Pırlak koyun ırkında Hardy-Weinberg genetik dengesinde olduğu, Orta Anadolu Merinosu, Romanov ve Suffolk koyun ırkında Hardy-Weinberg genetik dengesinde olmadığı bulunmuştur (P<0.05). DGAT1 geni bakımından C ve T olmak üzere iki farklı allel üzerinde çalışılmış olup, Orta Anadolu Merinosu, Pırlak, Romanov ve Suffolk koyun ırklarında C ve T allel frekansları sırasıyla 0.60-0.40, 0.25-0.75, 0.80-0.20 ve 0.31-0.69 olarak hesaplanmıştır. DGAT1 geni bakımından Orta Anadolu Merinosu, Romanov ve Suffolk koyun ırkında Hardy-Weinberg genetik dengesinde olduğu, Pırlak koyun ırkında Hardy-Weinberg genetik dengesinde olmadığı bulunmuştur (P<0.05).

Anahtar Kelimeler: Koyun, CAST, DGAT1, PCR-RFLP, Polimorfizm

Abstract:
In this thesis study, it was aimed to identify Calpastatin (CAST) and Diacylglycerol acyltransferase1 (DGAT1) gene polymorphisms in Central Anatolian Merino, Pırlak, Romanov and Suffolk sheep breeds raised in Eskişehir Province. Blood samples taken randomly from a total of 176 sheep (Central Anatolian Merino (137), Pırlak (8), Romanov (10) and Suffolk (21)) were used as material in the study. PCR-RFLP method was used to determine CAST and DGAT1 genotypes. DNA isolation from the studied samples was performed using a DNA isolation kit. PCR products amplified using appropriate primers were treated with MspI and AluI restriction enzymes, respectively. CAST and DGAT1 genotypes were determined using the band patterns obtained after electrophoresis in 2% agarose gels. In terms of CAST gene, two different alleles, M and N, were studied and the frequencies of M and N alleles were calculated as 0.67-0.33, 0.75-0.25, 0.75-0.25 and 0.76-0.24 in Central Anatolian Merino, Pırlak, Romanov and Suffolk sheep breeds, respectively. In terms of CAST gene, it was found that Pırlak sheep breed was in Hardy-Weinberg genetic equilibrium, while Central Anatolian Merino, Romanov and Suffolk sheep breeds were not in Hardy-Weinberg genetic equilibrium (P<0.05). Two different alleles, C and T, were studied for DGAT1 gene and the frequencies of C and T alleles were calculated as 0.60-0.40, 0.25-0.75, 0.80-0.20 and 0.31-0.69 in Central Anatolian Merino, Pırlak, Romanov and Suffolk sheep breeds, respectively. In terms of DGAT1 gene, it was found that Central Anatolian Merino, Romanov and Suffolk sheep breeds were in Hardy-Weinberg genetic equilibrium, while Pırlak sheep breed was not in Hardy-Weinberg genetic equilibrium (P<0.05).

Keywords: Sheep, CAST, DGAT1, PCR-RFLP, Polymorphism