Sepsis tanısında kan kültürü ve multipleks real tıme PCR'ın tanısal performansı
Diagnostic performance of multiplex real time PCR and blood culture in diagnosis of sepsis
Yazar: FATİH DİNÇ
Danışman: PROF. DR. E. HALİS AKALIN
Uludağ Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Kan bileşenlerini ayırma = Blood component removal ; Kan testleri = Hematologic tests ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sepsis = Sepsis ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
ÖZETSepsis, bir çok sistemi tutan, özellikle hemodinamik değişikliklere yol açan, şok, organ fonksiyon bozukluğu ve organ yetmezliğine kadar giden öldürücü bir enfeksiyon hastalığıdır. Kan kültürü duyarlılığının düşük olması nedeniyle sepsis şüpheli hastaların önemli bir kısmında etken izole edilememekte, bu durum tanı ve tedavi konusunda sorunlara yol açmaktadır.Bu çalışmada amacımız kan kültürü sistemlerine göre daha hızlı ve daha duyarlı sonuçlar verdiği iddia edilen multipleks real time polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin (LightCyclerTM SeptiFast) tanısal performansını ve tedaviye olası etkilerini değerlendirmektir.Çalışmaya nozokomiyal sepsis tanısı alan 67 hastadan toplam 78 sepsis atağına ait örnek dahil edildi. Ateş ve herhangi bir sepsis bulgusu olmayan 22 erişkin ile kontrol grubu oluşturuldu. Sepsis tanısı alan 24'ü kadın(%36), 43'ü erkek(%64) erişkin hastada yaş ortalaması 55,7(21-95) idi.Sepsis ataklarında kan kültürü ile etken mikrooganizmayı saptama oranı %32 olarak, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile etken mikroorganizmayı saptama oranı ise %44,9 olarak bulundu.Kan kültürü ve PCR'ı birlikte değerlendirdiğimizde, 78 sepsis atağında toplam 65 mikroorganizma türü izole edildi. Bu türlerin 19 tanesi her iki yöntem ile aynı atakta izole edildi. Kan kültürü ile PCR'ın saptayamadığı 8'i etken, 4'ü kontaminasyon olarak değerlendirilen toplam 12 mikroorganizma türü, PCR ile ise kan kültürünün saptayamadığı 33'ü etken, biri kontaminasyon olarak değerlendirilen toplam 34 mikroorganizma türü saptandı.Sepsis ataklarında kan kültürü ile PCR sonuçlarını kendi aralarında karşılaştırdığımızda, iki yöntem arasında istatistiksel olarak orta derecede uyum olduğu görüldü(Kappa değeri: 0,445, p<0,001). Kan kültürü ve PCR tarafından saptanan mikroorganizma türlerini ele aldığımızda iki yöntem arasındaki uyumun istatistiksel olarak yeterli olmadığı belirlendi(Kappa değeri: 0,160, p=0,07). iiiToplam 78 sepsis atağında PCR sonuçları nedeniyle retrospektif olarak değerlendirme yapıldığında tedavi değişikliği yapılabilecek 10 atak (%12,8) olduğuna karar verildi.Yoğun bakım üniteleri gibi sepsis tanısının sık konulduğu ve antibiyotik kullanımının yaygın olduğu bölümlerde sepsis ataklarında kan kültürüne ek olarak SeptiFast yönteminin kullanılmasının faydalı olabileceğini düşünmekteyiz.Anahtar kelimeler: Sepsis, multipleks real time PCR, kan kültürü.

Abstract:
SUMMARYSepsis is a multisystem disease, typically leading to hemodynamic changes, shock, organ dysfunction and organ failure and can be life threatening. Causative microorganisms can not be isolated in the most of sepsis suspected patients because of the low sensitivity of blood culture. Therefore, it leads to problems in the diagnosis and treatment of disease.The aim of this study is to evaluate the diagnostic performance and the possible effects over treatment of multiplex real time PCR(LightCycler SeptiFast) analysis which is suggested to be faster and more sensitive results incomparison to blood culture systems.A total of 78 sepsis attacks from 67 patients with nosocomial sepsis and a control group of 22 adults without any signs of fever and sepsis were included in this study. Of 24 sepsis patients were female (36%) and 43 patients were male (64%) and the median patient age was 55.7 (21-95) years.The rates of detecting microorganism in sepsis attacks by blood culture and PCR analysis were 32% and 44.9% respectively.Total of 65 strains were isolated by both methods during 78 sepsis attacks. 19 of these strains were isolated by both blood culture and PCR analysis at the same sepsis attack. 8 of 12 strains considered as causative and 4 as contaminant, were isolated by blood culture, but not by PCR method. PCR analysis detected a total of 34 microorganisms, one of them was considered as contamination, which can not be isolated from blood culture.There was moderate concordance between two methods? results during sepsis attacks statistically (kappa value: 0,445, p<0,001). According to vdetected types of microorganisms, there was not sufficient concordance between the blood culture and PCR analysis (kappa value: 0,160, p=0,07).Retrospective evaluation of all 78 sepsis attacks showed that in 10 (%12,8) of them, modification in treatment could be done.As results of our data, it can be considered that SeptiFast method can be useful in addition to blood culture system in intensive care units where sepsis is often diagnosed and in the departments where antibiotics are used widespreadly.Key words: Sepsis, multiplex real time PCR, blood culture.