hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Kaynak kullanarak bir boyutlu kesme problemi üzerine
On the one-dimensional cutting stock problem using weld
Yazar: ECEM ESMA AKBAŞ
Danışman: PROF. DR. URFAT NURIYEV
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Matematik = Mathematics

Özet:
Günümüzde  çelik, ahşap, plastik ve kağıt gibi birçok endüstri alanında karşılaşılan bir boyutlu stok kesme problemi (SKP), yöneylem araştırmasında sık karşılaşılan problemlerden biridir.  Klasik bir boyutlu stok kesme probleminin asıl amacı, müşterilerin siparişleri oluşturulurken yürütülen kesme işlemlerinden oluşacak fireyi minimum yapmaktır. Fire miktarı minimizasyonunu bir adım öteye taşımak amaçlı , birleştirme fonksiyonu hesaplamaları gündeme gelmiştir. Örneğin, çelik endüstrisinde yer alan bazı şirketlerin amacı; kesme işlemi sırasında müşterilerin isteklerini daha küçük parçalara ayırdıktan sonra kaynak işlemi ile bu parçaları tekrar bir araya getirerek fire miktarının azaltmaktır. Başka bir örnek olarak kağıt endüstrisinde yer alan kesim işlemlerinde yine birleştirme yapılarak kayıp daha da azaltılmaktadır. Fakat kaynak ve birleştirme işlemleri de şirketler için ayrıca bir maliyet oluşturduğu için, klasik stok kesme problemi, hem fire miktarını hem de kaynak veya birleştirme sayısı minimizasyonunu  sağlayan çift amaç fonksiyonlu yeni bir bir boyutlu stok kesme problemine dönüşmüştür. Bu tez çalışmasında literatür taraması ile SKP incelenmiştir. Ayrıca günümüzde karşılaşılan büyük boyutlu gerçek hayat problemlerinin efektif çözümleri için dinamik programlamaya dayalı sezgisel algoritmalar değerlendirilmiştir.

Abstract:
Recently, the One-Dimensional Cutting-Stock Problem (CSP) which is encountered in many industrial areas such as steel, wood, plastic and paper industries, is a common problem in operational researches. Main purpose of the classical One-Dimensional-Cutting-Stock Problem is to minimize the loss originating from the cutting processes when order of the clients are provided. To further minimize the loss amount, skiving option calculations have been came into question, recently. For example, some of the companies in steel industry aim to lower the loss with splitting the orders of the clients into smaller pieces, then welding these pieces back together. In an another example, in paper industry, skiving option can reduce the loss. However, because welding and skiving create an extra cost, classical cutting stock problem has evolved to a new One-Dimensional Cutting Stock Problem with Two Objective Function, which grants the minimization of both the amount of loss and welding or skiving  counts. In this thesis, CSP was investigated with literature review. Besides, heuristic algorithms, which are based on dynamical programming, were evaluated on recent real-life, large-sized problems.
Hatay ili Defne ilçesi Arap alevilerinde (Nusayri) düğün (Ferah) müzik kültürü
Arab alewis (Nusayri) wedding (Ferah) music culture in Defne in the district of Hatay
Yazar: ŞENİZ ÇİÇEKÇİOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. İLHAN ERSOY
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Temel Bilimler Ana Bilim Dalı / Türk Müziği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Halk Bilimi (Folklor) = Folklore  ; Müzik = Music
Dizin: Aleviler = Alawis ; Alevilik = Alawiism ; Araplar = Arabs ; Düğün = Wedding ; Halk bilimi = Folklore ; Hatay-Defne = Hatay-Defne ; Müzik = Music ; Müzik kültürü = Music culture ; Nusayriler = Nusayrians ; Törenler = Ceremonies

Özet:
"Hatay İli Defne İlçesi Arap Alevilerinde (Nusayri) Düğün (Ferah) Müzik Kültürü" çalışmamızda Hatay ilinin çok kültürlülük yapısının bir parçası olan Arap Aleviliği (Nusayrilik) evlenme geleneğinin düğün müzikleri incelenmiştir. 
Bu çalışma giriş ve sonuç bölümleri dışında üç bölümden oluşur. Birinci bölümde, Hatay ilinin ve Defne ilçesinin; coğrafik konumu, tarihsel geçmişi ve demografik yapısı gibi başlıklar ele alınmıştır. İkinci bölümde Arap Aleviliği (Nusayrilik) ile ilgili etimolojik inceleme, Arap Aleviliği tarihsel süreçleri, ayrıca Arap Alevilerinin kültürel kimlikleri; Arap Aleviliğine kabul edilme, ana dil olan Arapçanın günlük hayattaki ve düğün ritüelindeki yeri, ayrıca evlenme geleneğinde yer alan "kız isteme, nişan, çeyiz çıkarma, kına, gelin çıkarma" gibi olaylar da incelenmiştir. Üçüncü bölümde; Arap Alevilerinin müzik kültürü (mavval, 'ataaba, mijana) ve düğün ritüellerinde yer verilen müzikler incelenmiştir. Ayrıca bu bölümde, yaptığımız çalışmanın daha iyi anlaşılması için takip etmiş olduğumuz bir düğün ritüelinin betimlemesine de yer verilmiştir. Bu üç bölümden sonra ekler bölümünde Arap Alevi düğünlerinde gelenekselleşmiş/karakteristik eserlerin notalarına yer verilmiştir.

Abstract:
In our study named "Wedding Music Culture of Nusayri People in Defne county of Hatay Province", wedding music type of marriage tradition of Nusayrism, which is a part of multicultural structure of Hatay, has been examined. 
This study consists of three parts in addition to introduction and conclusion. In the first part of this study, geographic location, history and demographic structure of Defne county of Hatay province have been discussed. In the second part, etymologic examination as to Nusayrism, historical process of Nusayrism, cultural identities of Nusayri People, acceptance to Nusayrism, the place of mother tongue Arabic language in daily life and wedding rituals as well as such events like 'asking for the girl's hand in marriage, engagement, trousseau, henna night, taking the bride from her home' have been examined. In the third part of this study, music culture of Nusayri People (mavval, 'ataaba, mijana) and other music types in wedding rituals have been discussed. Furthermore, description of a wedding ritual that we followed has been included in this part in order to clarify such rituals. Following these three parts, notes of time-honored/typical musical pieces of Nusayri weddings have been included in Annexes.
Tamir edilebilir sistemlerin imzası
Signature of repairable systems
Yazar: CEMİLE YILDIZÇAKAR
Danışman: DOÇ. DR. SEVCAN DEMİR ATALAY
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / İstatistik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: İstatistik = Statistics

Özet:
Bu tez çalışması, tek tamirciye sahip tamir edilebilir n-den-k-çıkışlı:F sistemlerinin stokastik modeli ile ilgilidir. Bileşenlerin bozulma ve tamir zamanları kesikli dağılımlardan biri olan geometrik dağılım olarak varsayılmıştır. Çalışmanın amacı, bu varsayım altında n-den-k-çıkışlı:F sistemlerinin bazı önemli güvenilirlik indekslerinin hesaplanmasında sistem imzasının yararlılığını göstermektir. Indislerden güvenilirlik ve kullanılabilirlik için imza temelli ifadeler elde edilmiştir. Sistem indisleri imza yardımı ile rekürsif denklemler şeklinde elde edilmiştir. Sistem yapısına örnek olarak 5-ten-3-çıkışlı:F sistemi incelenmiştir. Örnek üzerinde tamir ve bozulma zamanlarının farklı değerleri alınarak kullanılabilirlik ve güvenilirlik için grafikler elde edilmiştir.

Abstract:
This paper deals with a stochastic model of repairable k-out-of-n:F system with single repairman. Failure and repair times of components are assumed as geometric distribution which is one of the discrete distribution. The purpose of the study is to show the usefulness of system signature for computing some important reliability indices of repairable k-out-of-n:F system with this assumption. In particular, we obtain signature based expressions for reliability and availability of repairable k-out-of-n:F system. The reliability and availability of the system are expressed by recursive relations via signature. As an example of this system, 3-out-of-5:F system is considered. Some graphs for the reliability and the availability for different values of failure and repair time parameters are also given in this study.
Genomik veritabanlarında indeksleme ve arama yöntemleri üzerine
On indexing and searching methods for genomic databases
Yazar: DENİZ TANIR
Danışman: PROF. DR. URFAT NURIYEV
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Matematik = Mathematics
Dizin: Algoritmalar = Algorithms ; Biyoinformatik = Bioinformatics ; DNA = DNA ; Dinamik programlama = Dynamic programming ; Hizalama = Alignment ; Veri madenciliği = Data mining ; İndeksleme = Indexing

Özet:
Biyoenformatiğin en önemli konularından iki tanesi büyük genomik veritabanlarında gen dizilimleri arama ve genomik verilerin kümelenmesidir. Genomik veri tabanlarında milyarlarca nükleotit yer almaktadır ve bu veritabanlarında hızlı arama yapabilmek ve elde edilen sonuçları doğru analiz edebilmek araştırmacılar için çok önemlidir. Bu konuda yapılan çalışmalar verilerin etkin şekilde indekslenmesi gerekliliğini ortaya koymaktadır. Ayrıca gen dizilerinin fonksiyonel işlevlerinin belirlenmesi, genetik hastalıkların anlaşılması ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesi için bu verilerin kümelenmesi gen analizlerinde büyük kolaylık sağlamaktadır. Genomik verilerin kümelenmesi için de literatürde yapılan birçok çalışma mevcuttur. Bu tez çalışmasında, genomik veriler için geliştirilen arama, indeksleme ve kümeleme yöntemleri araştırılmıştır. Genomik verilerin kümelenmesi için yeni kümeleme yöntemleri önerilmiştir. Önerilen yöntemlerin sonuçları literatürdeki diğer kümeleme algoritmaları ile karşılaştırılmıştır. Elde edilen sonuçlar önerilen yöntemin literatürdeki diğer algoritmalardan daha iyi kümeleme yaptığını göstermiştir. Son olarak bu tez çalışmasında arama ve indeksleme teknolojilerinden yararlanan yazılım programları geliştirilmiştir.

Abstract:
Two of the most important subjects of bioinformatics are searching gene sequences in large genomic databases and clustering genomic data. There are billions of nucleotides in genomic databases, and it is very important that researchers search the databases quickly and analyze the results accurately. Studies in this area shows that data should be efficiently indexed. In addition, clustering of these sequences provides great advantage in gene analysis which are the identification of functional sequences of gene sequences, understanding of genetic diseases and development of treatment methods. There are many studies in the literature for the clustering of genomic data. In this thesis, searching, indexing and clustering methods have been researched. New clustering methods have been proposed. The results of the proposed methods have been compared with other clustering algorithms in the literature. The results show that the proposed methods performs better than other algorithms in the literature. Finally, in this thesis software programs have been developed using searching and indexing technologies.
Spinal musküler atrofi'li farelerde, adeno ilişkili virüs serotipi 9 vektörü kullanarak prenatal gen tedavisi
Prenatal gene therapy using adeno-associated virus serotyp-9 vectors in SMA mice
Yazar: AFROOZ RASHNONEJAD
Danışman: PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY ; DR. GUANGPING GAO
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Gen tedavisi = Gene therapy ; Kas atrofisi-spinal = Muscular atrophy-spinal ; Motor nöron hastalığı = Motor neuron disease ; Parvovirüsler = Parvoviridae

Özet:
SMN gen ekspresyonunun intrauterin (IU) şeklinde düzeltilmesi SMA hastalığın tedavisinde kritik bir yaklaşım olabilir. Bu çalışmada, fare embriyolarına rAAV9-SMN vektörün intraserebroventriküler (ICV) enjeksiyonu ile hastalığın semptomlarının yok edilmesi araştırılımıştır.  Gen tedavisi çalışması için, 4 x 10^10 vgk ss ya da scAAV9-SMN vektörlerden ICV enjeksiyonu ile sırasıyla, 44 ve 39 adet SMA fetüsüne aktarılmıştır. Doğumdan sonra, Enjekte edilmiş embriyoların SMN protein ekspresyonu, sağ kalım süreleri ve hastalık semptomlarının iyileşmesi araştırılmıştır.  IU şeklinde enjekte edilmiş SMA'lı fetüslerin canlı doğum oranı yaklaşık %43.85'dir ki total hayatta kalma oranından (%69.41) daha düşüktür. Ss ve scAAV9-SMN vektörlerinin prenatal aktarılması SMA'lı fetüslerinin yaşam sürelerini artırarak sırasıyla 63±30 ve 105±50 gün hayatta kalmalarını sağlamıştır. Her iki çalışma grubunda motor nöron sayısı ve kas patolojisinde iyileştirmeler saptanmıştır, ancak scAAV9-SMN vektörünün etkinliği ss-vektörden daha fazla belirlenmiştir. Sonuç olarak, rAAV9-SMN vektörlerin intrauterin ICV enjeksiyonu SMA hastalığın tedavisi için yeni bir terapötik yaklaşım sunabilir. Ancak, bu yöntemin anne ve embriyo için güvenirliğini incelemesi konusunda fazla araştırma yapılmalıdır.

Abstract:
Intrauterine (IU) correction of SMN gene expression seems can be critical in the treatment of SMA disease. In this study, using Intracerebroventricular (ICV) delivery of rAAV9-SMN into mice embryos correction of disease related symptoms was investigated.  For gene therapy study, 44 and 39 SMA fetuses received 4 x 10^10 vgc ss and scAAV9-SMN via ICV injection, respectively. The SMN protein expression, survival rate, and improving disease symptoms of injected mice was investigated after birth. The survival rate of IU injected SMA fetuses was around 43.85% that was lower than total survival rate (69.41%). Prenatally delivery of both ss and scAAV9-SMN vectors cause to increased lifespan of injected SMA fetuses, respectively, 63±30 ve 105±50 days. The muscle pathology and number of the motor neurons have been improved in both study groups, however, the efficiency of the scAAV9-SMN vector was determined more than ss-vector. Thus, intrauterine administration of rAAV9-SMN via ICV injection may provide a new therapeutic approach for treating SMA disease. However, further analysis should be done for investigating the safety of this method for mother and embryo.
İzmir iklim şartları için fotovoltaik evirici ağırlıklı verim modeli
A photovoltaic inverter weighted efficiency model for Izmir climate conditions
Yazar: İLKER ONGUN
Danışman: PROF. DR. GÜNNUR KOÇAR ; PROF. DR. ENGİN ÖZDEMİR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Güneş Enerjisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Enerji = Energy

Özet:
Bir fotovoltaik güç sisteminin (FVGS) yıllık enerji hasadı, yalnızca eviricinin elektriksel dönüşüm verimine değil aynı zamanda FV sistemin kurulu olduğu coğrafyaya ve iklim şartlarına da bağlıdır. Bu çalışma kapsamında İzmir iklim koşullarında FV eviricilerin yıllık hasat tahminlemesinde kullanılabilecek bir ağırlıklı verim modeli geliştirilmiştir.
Modelin geliştirilmesi öncelikle yüksek çözünürlüklü ve kesintisiz iklim verisi gerektirmektedir. Türkiye'de bu nitelikteki veriler hazır biçimde bulunmadığı için mevcut verilerin işlenmesiyle uygun nitelikte veri takımları elde edilmesi gerekmiştir. Elde edilen veri setleri üzerinde kristal silisyum (c-Si) FV hücrelerin en yüksek güç noktasındaki (MPP) üretimleri hesaplanarak yıllık dağılımlarına göre güç aralıklarının üretime katkı ağırlıkları belirlenmiştir.
Belirlenen bu değerler, Avusturya Teknoloji Enstitüsü – AIT FV Evirici Test Laboratuvarlarında yapılan denemeler ile diğer ağırlıklı verim modelleri ile karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak, ülkenin orta enleminde yer aldığı için Türkiye ışınımını temsil edebilecek İzmir şartları için geliştirilen bir ağırlıklı verim modeli elde edilmiştir. Elde edilen model, İzmir şartlarında diğer modellere göre daha gerçekçi bir hasat tahminlemesi yapmaktadır.

Anahtar Kelimeler: Fotovoltaik evirici, ağırlıklı verim, hasat, güneş ışınımı, bölgesel iklim şartları.

Abstract:
Yield of a photovoltaic power system (PVPS) is dependent not only on the electrical conversion efficiency of the inverter used, but also to the geographical location and local climatic conditions of where the system is installed. Within this study, a weighted efficiency model to use in estimating annual yield of PVPSs installed in İzmir or locations with similar climatic conditions.
Development of the model primarily requires a high resolution and uninterrupted climatic measurement data set. Since there is no access to a local measurement data meeting those requirements in Turkey, the available data was processed to produce a data set that meets the requirements. The resulting data set was used to calculate the energy production of c-Si PV cells at their maximum power point and the annual distribution of that production. Individual contributions of the power ranges to the annual yield were used to determine the weights of the respective ranges.
Calculated values were compared with the other weighted efficiency models through the tests made in AIT – Austrian Institute of Technology PV Inverter Test Laboratories. The result is a new weighted efficiency model developed for İzmir climatic conditions that can represent the irradiation of Turkey for being in the median latitude of the country.

Keywords: Photovoltaic inverter, weighted efficiency, yield, solar irradiation, regional climate.
Korunumlu olmayan mekanik sistemlerin kesirli matematik kullanılarak tanımlanması ve bazı problemlere uygulanması
Determination of non-conservative systems by using fractional calculus and application to some problems
Yazar: KAZIM GÖKHAN ATMAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HÜSEYİN ŞİRİN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering

Özet:
Doğanın tasvirini Newton tarafından geliştirilen yaklaşımın aksine varyasyonlar hesabı kullanarak yapmak pek çok açıdan daha avantajlıdır. Ancak fiziksel dünyadaki pek çok süreç korunumsuz olmasına rağmen standart matematik kullanılarak elde edilen Euler-Lagrange denklemini korunumsuz sistemlere direk olarak uygulamak mümkün değildir. Kesirli matematik kullanarak Euler-Lagrange denklemlerinin kapsamını korunumsuz sistemleri de kapsayacak şekilde genelleştirmek mümkündür. Geliştirilen bu metot ile standat matematiğin aksine hafıza etkisi ihmal edilmez. Bu çalışmada kesirli matematik kullanarak elde edilen Euler-Lagrange denklemleri  kesirli türev mertebesinin bire eşit olduğu durumlarda standart denklemlere dönüşmektedir. Ayrıca kesirli Euler-Lagrange denklemi ile elde edilen sonuçlar da standart denklem ile elde edilen sonuçları genellemektedir yine kesirli türev mertebesinin bire eşit olduğu durumlarda standart sonucu vermektedir. Bu bağlamda kesirli harmonik salınıcı problemi ele alınmakta, çözümleri irdelenmekte ve elde olunan sonuçların standart sonuçları genellediği gösterilmektedir

Abstract:
There are many advantages to descripe nature by using calculus of variations instead of the approach developed by Newton. However, although much processes in the physical world are non-conservative, it is not possible to directly apply the Euler-Lagrange equation achieved using standard mathematics to the non-conservative systems. which is derived by standart mahetmatic equations. It is possible to generalize the Euler-Lagrange equations to include non-conservative systems by using franctional mathematics. By this method developed, the effect of memory is not neglected unlike the standard mathematics. In this study, Euler-Lagrange equations which are  achieved by using fractional mathematics are transformed into standard equations where the fractional derivative is equal to the order of the derivative. Additionally,  the results obtained by the fractional Euler-Lagrange equation are generalized to the results obtained by the standard equation, and the standart result is obtained when the fractional derivative is equal to the individual. In this context, the problem of fractional harmonic osscilator is discussed, its solutions are examine and it is shown the standard results of the achieved results are generalized
Mercimek danesinde demir (Fe) besin elementi alınımını kontrol eden genlerin haritalanması ve QTL analizi
Mapping and QTL analysis of genes controlling iron (Fe) uptake of lentil
Yazar: SEÇİL ALDEMİR
Danışman: PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Bu çalışmada mercimek (Lens culinaris Medic.) bitkisinde danede Fe konsantrasyonunu kontrol eden genlerle ilişkili QTL(ler)'in kromozomal yerleşimlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 
ILL 8006 ve CDC Milestone ebeveynlerinin melezlenmesiyle oluşturulan 118 bireye sahip LR-11 RIL popülasyonu, 2012 ve 2013 yıllarında 3 lokasyona (İzmir, Adana ve Şanlı Urfa) ekilmiştir. Popülasyona ait bireylerde dane Fe konsantrasyonu değerleri 37,2 ile 175,7 mg/kg arasında bulunmuştur. 
Bağlantı haritasının toplam uzunluğu 497,1 cM olup, komşu iki markör arasındaki ortalama uzaklık 0,12 cM' dır. Toplamda 4.177 GBS bazlı SNP markörünün 7 bağlantı grubu üzerinde yer aldığı bulunmuştur. QTL analizi sonucunda 1., 2., 4., 5., 6. ve 7. bağlantı grupları üzerinde lokalize olmuş toplam 21 QTL belirlenmiştir. Bu QTL' ler fenotipik varyasyonun % 5,9-14,0'ını açıklamaktadır. LOD değerleri 3,00-4,45 arasında değişmektedir. Bu genomik bölgelerin belirlenmesi, danede yüksek Fe konsantrasyonuna sahip yeni mercimek çeşitlerinin geliştirilmesini içeren biyofortifikasyon çalışmaları için yararlı olacaktır.

Abstract:
In this study, it was aimed to determine the chorosomal loci of QTL(s) associated with genes controlling the Fe concentration in seed of lentil (Lens culinaris Medic.). 
The LR-11 RIL population, which has 118 individuals formed by crossing ILL 8006 and CDC Milestone parents, has been planted in 3 locations (İzmir, Adana ve Sanlı Urfa) in 2012 and 2013. Seed Fe concentrations of the individuals of populations were ranged from 37.2 to 175.7 mg/kg
The total length of the linkage map is 497.1 cM and the average distance between two adjacent markers is 0.12 cM. It was found that, in total 4,177 GBS based SNP markers are located on 7 linkage groups. As a result of the QTL analysis, a total of 21 QTLs localized on the 1., 2., 4., 5., 6. and 7. linkage groups were determined. These QTLs are accounted for 5.9-14.0% of the phenotypic variation. LOD values were ranged from 3.00 to 4.45. Identification of these genomic regions will be useful for biofortification studies involving the development of new lentil varieties with high Fe concentrations in seed.