Erzurum bölgesinde 0-5 yaş arası gastroenteritli çocuklarda tespit edilen rotavirüslerin moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of rotaviruses detected in children aged 0-5 with gastroenteritis in Erzurum region
Yazar: HAKAN AYDIN
Danışman: PROF. DR. OSMAN AKTAŞ
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Erzurum = Erzurum ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rotavirüs enfeksiyonları = Rotavirus infections ; Rotavirüsler = Rotaviruses

Özet:
Amaç: Bu çalışmanın amacı, yöremizdeki gastroenteritli çocuklarda ilk kez rotavirüs genetik çeşitliliğini belirlemek ve yeni aşı çalışmalarına ışık tutacak epidemiyolojik bir veri sağlamaktır.

Materyal ve Metot: Akut diyareli 0-5 yaş arası çocuklardan 329 gaita örneği elde edilmiştir. Dışkıdan izole edilen rotaviral RNA örnekleri VP6, VP4 ve VP7 gen bölgeleri yönünden reverz transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırılmıştır. Jel elektroforezi ile ayrıştırılan amplifikasyon ürünleri UV ışık altında görüntülenerek genotipik veriler elde edilmiştir.

Bulgular: Gastroenteritli olguların 109 (% 33.1)'i rotavirus yönünden pozitif bulunmuştur. Bölgesel olarak en dominant genotip kombinasyonu G1P[8] (42.2%) olup bunu G9P[8] (21.1%), ve G12P[6] (% 11.0) izlemiştir. Rotavirus pozitif olgularda G genotipleri içinde en yaygın olanı G1 (% 45.0) bulunmuş bunu sırasıyla G9 (% 32.1), G12 (% 15.6), G2 (% 1.8), G4 (% 1.8) ve G3 (% 0.9) takip etmiştir. İki olguda G3+G9; bir olguda G1+G9 olmak üzere toplam 3 (% 2.7) olguda miks G genotipi tespit edilmiştir. P genotipleri arasında ise en yaygın olanı P[8] (% 72.5) bulunmuş bunu P[6] (% 16.5) ve P[4] (% 7.4) takip etmiştir. İki olguda (% 1.8) miks enfeksiyon (birinde P[4]+P[8], diğerinde P[6]+P[8]) tespit edilmiş 2 (% 1.8) olguda da P genotipi tiplendirilememiştir.

Sonuç: Tüm dünyada olduğu gibi yöremizdeki rotavirus enfeksiyonu olan olgularda da G1 ve P[8]'in en baskın genotipler olduğu görülmüştür. Çalışmadan alınan sonuçlara göre yöremize özgü bir aşının hazırlanması planlandığında bu aşının, G1, G9, G12 ve P[8] genotiplerine sahip RV suşlarıyla hazırlanması uygun olacaktır.

Anahtar Kelimeler: Agaroz jel elektroforez, Gastroenterit, G genotip, P genotip,Rotavirus, RT-PCR.

Abstract:
Aim: The aim of this study isto determine firstly the genetic diversity of rotaviruses in children with gastroenteritis in our region and to provide epidemiological data that will guide for the new vaccine studies.

Material and Method: RNA samples isolated from stool specimens of 329 childrenaged 0-5 years with acute diarrhea were investigated by reverse transcription polymerase chain reaction for gene the presence regions of rotaviral VP6, VP4 and VP7. Genotypic datawere obtained by visualizing under the UV light the amplification products separated by gel electrophoresis.

Results: Rotavirus RNA positivity were found 109(31.1%) in the patients.G1P[8] was the dominant genotype combinations regionally (42.2%), followed by G9P[8] (21.1%), and G12P[6] (11.0%). The most common G genotype was G1 (45.0%), followed by G9 (32.1%), G12 (15.6%), G2 (1.8 %), G4 (%1.8) and G3 (0.9%), respectively. Mixed G genotypes have been identified in three cases (2.7%) (G3+G9 in two casesand G1+G9 in one case).The most common P genotype was P[8] (72.5%), followed by P[6] (16.5%) and P[4] (7.4%). Mixed infections were identified in two cases (one P[4]+P[8] and the other P[6]+P[8]) and P genotype could not be typed in the 2 patients.

Conclusion: As aroundthe world, G1 and P[8] were found as the most predominant genotypes in also patients with rotavirus infection in our region.According to results from our study, a vaccine may composed of G1, G9, G12 and P[8] genotypes of RV strains when plannedthe preparation of the vaccine to be used in our region.