Mikrosatelit DNA belirleyicileri kullanılarak yerel makarnalık buğday çeşitlerinin tanımlanması
Identification of durum wheat landraces using microsatellite DNA markers
Yazar: ÖZLEM ATEŞ SÖNMEZOĞLU
Danışman: PROF. DR. SABRİ GÖKMEN ; DOÇ. DR. AHMET YILDIRIM
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Islah çalışmalarında kısa sürede ve daha doğru sonuç vermesi nedeniylegünümüzde moleküler DNA belirleyicileri yaygın olarak kullanılmaktadır. Son yıllardabuğdayda yapılan çeşit tanımlaması çalışmalarında, diğer moleküler belirleyicisistemlerine göre daha avantajlı olması nedeniyle çoğunlukla mikrosatelitler (SSR) tercihedilmektedir.Bu çalışmada, daha önceden geliştirilmiş olan 13 adet mikrosatelit lokusundan enfazla polimorfik olan 10 tanesi, Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan 20 adet yerelmakarnalık buğday çeşidinin genetik tanımlamalarının yapılması amacıyla kullanılmıştır.Her bir yerel makarnalık buğday çeşidinden altı adet aksesyonun DNA'ları izole edilmiş vePolimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) işlemiyle mikrosatelit belirleyicileri kullanılarakspesifik bölgelerin çoğaltılması sağlanmıştır. Üretilen bantlar arasındaki polimorfizmilişkileri Vilber Lourmat, Bio 1D, 11.04 programı kullanılarak ve aynı zamanda çıplakgözle skorlanarak belirlenmiştir. Bant büyüklükleri baz alınarak oluşturulan verilerindendogramı NTSYSpc 2.11 programı ile yapılmıştır.Elde edilen dendograma göre çalışmada kullanılan yerel çeşitler iki ana gruba veher iki ana grup da ikişer alt gruba ayrılmıştır. Hesaplanan matriks değerlerine göre yerelçeşitlerin aksesyonları arasındaki ilişkiler değerlendirildiğinde, 2/1-5/3, 4/2-15/4 ve10/4-16/4 nolu aksesyonların genetik olarak en yakın olduğu saptanmıştır. En uzakgenotiplerin ise 1/1-12/4 ve 3/1-13/2 olduğu belirlenmiştir. Sonuçlar, yerel makarnalıkbuğday çeşitlerinin genetik açıdan oldukça zengin bir varyasyona sahip olduklarını vemikrosatelit DNA belirleyicilerinin bu amaçla başarıyla kullanılabileceğini göstermektedir.Anahtar Kelimeler: Mikrosatelit DNA belirleyicileri, Makarnalık Buğday, Yerel Çeşitler,Genetik Tanımlama, PZR

Abstract:
In plant breeding studies, molecular DNA marker technologies have been usedcommonly due to providing more precise results in a relatively shorter time. In recent years,due to many advantages over other molecular marker systems, microsatellites (SSRs) havebeen preferred for genetical identification studies in wheat.In this study, 10 most polymorphic SSR loci from 13 previously developed SSRmarkers have been employed to characterize 20 durum wheat landraces collected fromdifferent regions of Turkey. DNAs from six accessions of all durum wheat landraces havebeen isolated and specific regions have been amplified with the Polymerase Chain Reaction(PCR) by using microsatellite markers. Polymorphisms among amplified bands have beendetermined by using the Vilber Lourmat, Bio 1D, 11.04 version and also by scoring withnaked eye. The dendogram obtained from the available data has been formed based on bandsizes by using the NTSYSpc 2.11 program.The dendogram branched out into two major groups and each major group containedtwo minor groups. According to the estimated matrices and relationship among landracesaccessions, it was determined that the 2/1-5/3, 4/2-15/4 and 10/4-16/4 were genetically theclosest. The farthest genotypes were 1/1-12/4 and 3/1-13/2. The results showed that durumwheat landraces had high genetic variabilities and microsatellite DNA markers could besuccesfully employed for revealing this variabilities.Keywords: Microsatellite DNA Markers, Durum Wheat, Landraces, Genetic Identification,PCR