Güney Marmara Bölgesinde yaygın görülen mastitis mikroorganizmalarının malditof-ms yöntemi ile tanımlanması ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi
Identification of mastitis microorganisms common in South Marmara Region with maldi-tof ms method and determination of their antibiotic resistance
Yazar: İLYAS KİRAZLI
Danışman: PROF. DR. GÖKSEL ERBAŞ
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibakteriyel etkiler = Antibacterial effects ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Gram pozitif bakteriler = Gram positive bacteria ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Amaç: Bu araştırma, Güney Marmara bölgesinde yetiştirilen büyükbaş süt ineklerinde mastitise neden olan etkenleri teşhis ederek hakim floranın belirlenmesi ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesini hedeflemektedir. Böylelikle, hayvanların antimikrobiyal tedavilerinde etkene yönelik tedavi planlarının oluşturulması ve bilinçli antibiyotik kullanımının öneminin vurgulanması sağlanacaktır.
Gereç ve Yöntem: Güney Marmara Bölgesinde büyükbaş süt ineği yetiştiriciliği yapan büyük işletmelerden ve küçük çaplı (3-10 Sağmal) yetiştiricilerin hayvanlarından elde edilmiş toplam 122 mastitis etkeni patojen mikroorganizma 5% koyun kanlı agar (Columbia Sheep Blood 5%) ve CPS Elite® (bioMerieux,Fransa) besiyerleri kullanılarak izole edilmiştir. Elde Edilen mikroorganizmalar Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spektrometri (Maldi-Tof MS, VITEK® MS PRIME ,bioMerieux, Fransa) cihazı ile tür tanımlamaları gerçekleştirilmiştir. Tanımlanmış olan mikroorganizmaların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi için otomatik antibiyogram cihazı (VITEK® 2 COMPACT, bioMerieux,Fransa)  kullanılmıştır.
 Bulgular: Yapılan araştırma sürecinde Güney Marmara Bölgesindeki, 100 farklı mastitis vakasından toplam 122 farklı mikroorganizma izole edilmiştir. İzole edilen mikroorganizmalar 31 farklı türe ait olup her 3 vakanın en az 1'ine Escherichia coli  veya Staphyloccus aureus  sebebiyet verdiği görülmüştür. E.coli ve  Staphyloccus aureus  türlerinin birden fazla antimikrobik maddeye karşı orta ve yüksek dirençte olduğu gözlemlenmiştir. E.coli türleri; Ampisilin, Sefalotin, Tetrasiklin, Trimetoprim/Sulfametoksazol, Seftiofur antimikrobiklerine karşı orta ve yüksek direnç, Enrofloxacin ve Flumequine antimikrobiklerine karşı orta direnç gösterme eğiliminde olduğu görülmüştür. Staphyloccus aureus  türleri; Benzilpenisilin, Seftiofur, Neomisin, Oksasilin, Tetrasiklin, Tilkomisin antimikrobiklerine karşı orta veya yüksek direnç, Tilosin antimikrobiğine karşı da orta direnç gösterme eğilimindedir. Bölgedeki mastitis etmenlerinden en sık görülen bu iki tür ortak olarak seftiofur ve tetrasiklin antimikrobiklerine karşı ortak direnç gösterdiği görülmüştür.
 Sonuç: Bu çalışmada Güney Marmara Bölgesindeki büyükbaş süt ineklerinde mastitise sebebiyet veren patojen mikroorganizmaların tanımlamaları yapılmıştır. Tanımlanan türlerden insidensi en yüksek iki tür olan E.coli ve Staphyloccus aureus  türleri için yapılan antibiyotik duyarlılık testleri sonuçlarında seftiofur ve tetrasiklin antimikrobiklerine karşı güçlü bir ortak direnç olduğu görülmüştür.
Anahtar kelimeler: Mastitis, Maldi-Tof Ms, Antimikrobik, Büyükbaş Süt İneği, Staphyloccus aureus, Escherichia coli, Otomatik Antibiyogram

Abstract:
Objective: This study aims to identify the causative agents of mastitis in dairy cattle raised in the Southern Marmara region, determine the dominant flora, and assess antibiotic resistance. In this way, the creation of targeted treatment plans for antimicrobial therapies and the importance of rational antibiotic use will be emphasized.
Material and Methods: A total of 122 mastitis-causing pathogenic microorganisms were isolated from large dairy farms and small-scale (3-10 milking cows) cattle breeders in the Southern Marmara Region using 5% sheep blood agar (Columbia Sheep Blood 5%) and CPS Elite® (bioMérieux, France) media. The microorganisms obtained were identified at the species level using the Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS, VITEK® MS PRIME, bioMérieux, France). The antibiotic susceptibilities of the identified microorganisms were determined using an automated antibiogram device (VITEK® 2 COMPACT, bioMérieux, France).
Results: During the study, a total of 122 different microorganisms were isolated from 100 mastitis cases in the Southern Marmara Region. The isolated microorganisms belonged to 31 different species, and Escherichia coli or Staphylococcus aureus was identified as the causative agent in at least one out of every three cases. E. coli and Staphylococcus aureus species exhibited moderate to high resistance to several antimicrobial agents.
E. coli species showed moderate to high resistance to Ampicillin, Cephalothin, Tetracycline, Trimethoprim/Sulfamethoxazole, and Ceftiofur, as well as a tendency for moderate resistance to Enrofloxacin and Flumequine. Staphylococcus aureus species demonstrated moderate to high resistance to Benzylpenicillin, Ceftiofur, Neomycin, Oxacillin, Tetracycline, and Tilmicosin, along with moderate resistance to Tylosin. It was observed that these two most common mastitis-causing species in the region shared a common resistance to Ceftiofur and Tetracycline.
Conclusion: In this study, pathogenic microorganisms causing mastitis in dairy cattle in the Southern Marmara Region were identified. Antibiotic susceptibility test results for E. coli and Staphylococcus aureus, the two species with the highest incidence, revealed a strong shared resistance to the antimicrobial agents Ceftiofur and Tetracycline.
Keywords: Mastitis, MALDI-TOF MS, Antimicrobial, Dairy Cattle, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Automated Antibiogram