Bazı meyve ağaçlarında kök boğazı çürüklük etmeni phytophthora türlerinin izolasyonu, tanısı ve moleküler karakterizasyonu
Identification, isolation and molecular characterization of phytophthora species from crown roted roots of some fruit trees
Yazar: ALİ ENDES
Danışman: PROF. DR. MUKADDES KAYIM
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Kök boğazı çürüklüğü = Root crown rot ; Meyve ağaçları = Fruit trees ; Phytopthora = Phytopthora ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Adana ve Mersin il ve ilçelerinde yetiştiriciliği yapılan bazı yumuşak ve sert çekirdekli meyve türlerinde kök ve kök boğazı çürüklüğüne, zamklanmaya ve kahverengi meyve çürüklüğüne neden olan Phytophthora türlerinin karakterizasyonlarını belirlemek amacıyla 2009-2012 yılları arasında 10 farklı bölgeden Phytophthora ile infekteli olduğundan şüphe edilen bitki örnekleri toplanmıştır. Kayısı, elma ve şeftali ağacı köklerinden ve infekteli limon meyvesi dokularından Phytophthora izolatları laboratuar koşullarında modifiye edilmiş farklı konsantrasyonlarda antibiyotik içeren PARPH ve PDA besi ortamları üzerinde saflaştırılmıştır. Phytophthora izolatları PDA, MHA, KTA, YUA ve MUA besi ortamlarında alt kültüre alınarak koloni desenleri oluşturulmuş ve mikroskobik yapıları belirlenmiştir. İzolatların koloni desenleri besi ortamlarına göre değişiklik göstermekle birlikte, genel olarak kayısı izolatları krizantem, elma izolatları stellate, kamelya ve krizantem, şeftali izolatı homojen ve kamelya, turunçgil izolatı ışınsal, krizantem ve gül yaprağı şeklinde koloni deseni oluşturdukları saptanmıştır. Phytophthora izolatlarının genomik DNA'larından rDNA'ya ait ITSI, 5.8S ve ITSII bölgelerinin DNA fragmenti PCR ile yaklaşık 900-1050 bç büyüklüğünde çoğaltılmış ve MspI ve HaeIII restriksiyon endonükleaz enzimi ile kesilerek polimorfik DNA fragmentleri elde edilmiştir. Buna göre kontrol olarak kullanılan turunçgil izolatı P. citrophthora diğer izolatlardan tamamen farklı DNA polimorfizmi göstermiştir. APe-1 izolatı P. cactorum, MAş-1 izolatı P. megasperma olarak değerlendirilmiş, MYk-2 izolatı P. palmivora ile benzerlik göstermiştir.Anahtar Kelimeler: Koloni desenleri, ITS bölgeleri, PCR, Phytophthora spp.,RFLP

Abstract:
Suspicious plant materials with Phytophthora spp. have been collected from some pome and stone fruits showing gummosis, crown rot, and brown fruit rot in 10 different countrysides and locations of Adana and Mersin provinces to identify characterization of Pythophthora species during 2009-2012. Phytophthora isolates from infected tissues of roots of apricot, apple and peach, and lemon fruits were cultured and purified on modified PARPH and PDA media including different concenrations of antibiotics in vitro condition. Colony patterns of Phytophthora isolates were performed on PDA, HA, KTA, YUA and MUA media and identified of their microscobic structures. Although, in general colony patterns of fungi isolates shown to be varied based on culture media, chrysanthemum for apricot isolates, stellate, camellia and chrysanthemum for apple isolates, uniform and camellia for peach isolate, radial, chrysanthemum, and rose petal for citrus isolates were created as colonial patterns. DNA fragments between 900-1050 bp of ITSI, 5.8S and ITSII regions of rDNA of Phytophthora isolates have been amplified by PCR and obtained restriction ragment length polymorphism by digesting with MspI and HaeIII seperately. Based on this digestion, citrus isolate, Phytophthora citrophthora as control has shown completely different DNA plymorphism from other isolates. The isolates APe-1 and MAş-1 have been considered as P. cactorum and P. megasperma rspectively. The isolate MYk-2 has been found some similarities to P. palmivora.Keywords: Colony pattern, ITS regions, PCR, Phytophthora spp., RFLP