Larenks kanserli hastalarda GNG7 geninin ekspresyon ve metilasyon seviyelerinin incelenmesi
Investigation of expression and methylation levels of GNG7 gene in patients with larynx cancer
Yazar: CANSU ÖZKÖKLEŞEN
Danışman: DOÇ. DR. SEMRA DEMOKAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Deneysel ve Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Ekspresyon = Expression ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Laringeal neoplazmlar = Laryngeal neoplasms ; Larinks = Larynx ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Kodlanan DNA dizisinde değişikliğe neden olmadan gen ekspresyonunu düzenleyen anormal DNA hipermetilasyonu kanserin temel özellikleri arasında yer almaktadır.
2013 yılında Demokan ve arkadaşları tarafından yapılmış olan çalışmada, baş-boyun kanserli hastaların %61'inde tümör dokularında oldukça fazla metilasyonu görülmesine karşın, normal mukoza ve tükürük örneklerinde hiç metilasyonu görülmeyen guanin nükleotid bağlayıcı protein γ-7 (GNG7) geninin hastalığın erken tanısı için potansiyel bir biyobelirteç olabileceği belirtilmiştir. Bu pilot çalışmanın devamı niteliğinde tasarlanmış olan projemizde, 50 larenks kanseri tanısı almış hastaya ait  tümör, normal doku, serum ve tükrük örnekleri ile ailesinde ve kendisinde malin/benin tümör hikayesi bulunmayan 20 sağlıklı kişiye ait normal doku, serum ve tükürük örneklerinde GNG7 geninin mRNA ekspresyon seviyeleri QRT-PCR ve relatif metilasyonu oranı QMSP yöntemleri ile  belirlenmiş ve klinik/patolojik verilerle karşılaştırılmıştır. Literatürde GNG7 geninin ekspresyon ve metilasyon seviyelerini tümör ve eşlenik normal doku ile vücut sıvılarında inceleyen bir çalışma yoktur.
Hastaların %76'sında eşlenik normal dokuya, %78'inde kontrol grubuna ait sağlıklı dokuya oranla GNG7 geninin mRNA ekspresyonu azalmıştır. Hastalara ait eşlenik normal, serum ve tükürük örnekleri ile sağlıklılara ait örneklerde hiç metilasyonu gözlenmezken, 11 hastanın tümör dokusunda %0,1 ile %32,7 arasında değişen relatif metilasyonu oranı saptanmıştır. Hastaların %20'sinde ise, GNG7 geninin promoter hipermetilasyonuna bağlı sessizleşme görülmüştür. Metilasyon ilişkili sessizleşme ileri evre ile orta ve az farklılaşma karakteri ile ilişkilidir.

Abstract:
Aberrant DNA methylation that regulate gene expression without causing changes in the coding DNA sequences are considered among the main features of cancer. 
Demokan et al. reported that guanine nucleotide-binding protein γ-7 (GNG7) was highly methylated in the head and neck cancer patients' tumor tissues whereas no methylation was observed in tissue and saliva from healthy people. Therefore GNG7 methylation was concluded as a potential biomarker for early diagnosis of the HNSCC.In our project, we investigated the relative methylation and mRNA expression levels of the GNG7 in tissue samples and body fluids (serum, saliva) from 50 larynx cancer patients and 20 healthy individuals by QMSP and QRT-PCR respectively. It is not found any study investigating GNG7 gene expression and methylation levels in tumor and adjacent normal tissues and body fluids, in literature.
Decreased GNG7 expression levels in tumor tissues were observed in 76% of patients compared to those in matched normal tissue and 78% of patients compared to those in healthy cohort. No methylation was observed in the matched normal tissue, serum and saliva samples of the patients and samples of control group whereas relative methylation ratio was observed between 0.1% and 32.7% in the tumor tissue of 11 patients. We found that 20% of patients have promoter methylation associated gene silencing when compared GNG7 expression level of matched normal and tumor tissue In addition, methylation associated gene silencing was related with advanced stage, moderate and low-differentiated characterization.