Yalancı pozitif üreme sinyali veren otomatize kan kültürü şişelerinde polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile bakteri ve mantar varlığının araştırılması
Evaluation of the presence of bacterial and fungal dna in subculture-negative automated blood culture bottles with positive signals
Yazar: DERYA ÇÖLOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. Z. CEREN KARAHAN
Ankara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Bakteriyemi = Bacteremia ; Kan damarları = Blood vessels ; Kan testleri = Hematologic tests ; Mantarlar = Fungi ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; RNA = RNA ; Sepsis = Sepsis

Özet:
Yalancı Pozitif Üreme Sinyali Veren Otomatize Kan Kültür Şişelerinde Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) Yöntemi İle Bakteri ve Mantar Varlığının AraştırılmasıDolaşım sistemi enfeksiyonları antimikrobiyal ve destekleyici tedavilere rağmen morbidite ve mortalitenin önde gelen nedenleri olmaya devam etmektedir. Bu nedenle erken tanısı ve uygun tedavi edilmesi klinik açıdan önemlidir. Kan kültürleri dolaşım sistemi enfeksiyonlarının tanısında altın standart yöntemdir. Bununla birlikte, kan kültürlerinin değeri yavaş ya da zor üreyen veya kültürü yapılamayan mikroorganizmalarda, antibiyotik tedavisi alanlarda, mikroorganizma yükü düşük olduğunda azalır. Bu nedenle moleküler tanı yöntemleri vb. daha hızlı, duyarlı ve özgül testler bu enfeksiyonların tanısında giderek artan sıklıkta kullanılmaktadır.Bu çalışmada otomatize kan kültür cihazında üreme sinyali veren ancak rutin mikrobiyolojik inceleme sonucunda üreme görülmeyen (yalancı pozitif sinyal veren) kan kültür şişelerinde polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak bakteri ve mantar varlığının araştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya, Mart 2005-Ağustos 2008 tarihleri arasında toplanan 53942 kan kültür şişesinden, BACTEC (BD Diagnostics Systems, Amerika) otomatize kan kültür cihazında üreme sinyali veren ancak rutin mikrobiyolojik ekimler sonrasında üreme saptanamayan 218 ?yalancı pozitif? şişe alınmıştır.Şişelerde bakteri ve mantar DNA'sının varlığı bakteriyel 16S ribozomal RNA geni ve fungal ITS gen bölgesinin nükleik asit amplifikasyonu ve DNA dizi analizi ile araştırılmıştır.218 örneğin altısında bakteri DNA'sı tespit edilmiş, hiçbir şişede mantar DNA'sı saptanmamıştır.Bu altı tane örneğin DNA dizi analizi sonucunda Actinomyces odontolyticus, Campylobacter coli/jejuni, Paracoccus denitrificans, Brucella abortus, Haemophilus influenza, Cellulomonas flavigena identifiye edilmiştir. Bunlardan Actinomyces odontolyticus, Campylobacter coli/jejuni, Brucella abortus, Haemophilus influenza etken olarak değerlendirilirken, Paracoccus denitrificans ve Cellulomonas flavigena kontaminant olarak düşünülmüştür. Sonuç olarak, üç yıl içinde laboratuvara gönderilen şişelerin %0,007'sinde, üreme sinyali verenlerin yaklaşık %2'sinde klinik açıdan anlamlı konvansiyonel yöntem ile tespit edilemeyen mikroorganizma varlığı gösterilmiştir. Dolaşım sistemi enfeksiyonlarının tanısında moleküler yöntemlerin kullanması maliyet ve iş yükü bakımından anlamlı değildir. Ancak özellikli hastalarda gerekli durumlarda bu yöntemlere başvurulabilir.Anahtar Sözcükler: Dolaşım sistemi enfeksiyonu, PZR, 16S rRNA, ITS, bakteri, mantar, sekans analizi, BACTEC.

Abstract:
Evaluation of the Presence of Bacterial and Fungal DNA in Subculture-Negative Automated Blood Culture Bottles with Positive SignalsEarly diagnosis and treatment is important for bloodstream infections which are among the leading causes of morbidity and mortality in all age groups. Blood culture is the gold standard method in the diagnosis of bloodstream infections. However, the value of blood culture decreases for slow growing microorganisms, microorganisms that cannot be cultured, and for patients under antimicrobial treatment and with low microorganism load. To overcome these difficulties, more sensitive and specific tests such as molecular methods are increasingly used. The purpose of this study was to evaluate the presence of bacterial and fungal DNA by using polymerase chain reaction and DNA sequencing analysis in the blood culture bottles giving signal of reproduction in automized blood culture device but found to be sterile after performing subcultures (false positives).For this purpose, 218 false positive BACTED (BD Diagnostics Systems, America) automated blood culture bottles out of 53942 blood culture bottles collected between March 2005 and August 2008 were evaluated by bacterial 16S rRNA and fungal ITS region PCR and sequence analysis.None of the bottles contained fungal DNA. In 6 of the false positive bottles (2.8%), bacterial DNA was determined. DNA sequence analysis of these 6 specimens yielded the following bacteria: Actinomyces odontolyticus, Campylobacter coli/jejuni, Paracoccus denitrificans, Brucella abortus, Haemophilus influenza, and Cellulomonas flavigena. A. odontolyticus, C. coli/jejuni, B. abortus, and H. influenzae were regarded as ethiological agents. On the other hand P.denitrificans and C. flavigena were regarded as environmental contaminants. As a result, in only 2% of positive bottles, and 0.007% of all bottles clinically relevant bacteria were identified by molecular methods.Using molecular methods for the diagnosis of bloodstream infections is expensive, and labour-intensive. Its value would be limited for bottles with more than one pathogen. However, these methods can be used especially for patients with certain clinical conditions.Key Words: Bloodstream infection, PCR, 16S rRNA, ITS, bacteri, fungus, sequence analysis, BACTEC.