Yoğun bakım ünitelerindeki çevresel mikrobiyomun yeni nesil dizileme teknolojisi ile araştırılması
Investigating the environmental microbiome in intensive care units by next generation sequencing technology
Yazar: EZGİ ASLAN GÜLPINAR
Danışman: DOÇ. DR. AYCAN GÜNDOĞDU
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Sağlık hizmeti ilişkili (nozokomiyal) enfeksiyonlar yüksek prevalansı, mortalite oranları ve sebep olduğu ekonomik yük göz önüne alındığında çözüm aranan başlıca sorunlardan biri olagelmiştir. Nozokomiyal enfeksiyon etkenlerinin büyük bir kısmının çevresel mikrobiyomdan kaynaklandığı düşünülmektedir. Fakat mevcut konvansiyonel yöntemler ile çevresel mikrobiyota elamanları yeterli duyarlılıkta tanımlanamamaktadır. Bu tez çalışması ile 16s rRNA hedefli yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak,  yoğun bakım üniteleri özelinde nozokomiyal patojenlerin potansiyel kaynağı olabilecek çevresel mikrobiyomun araştırılması amaçlanmıştır.
Bu tez çalışması için Erciyes Üniversitesi Gevher Nesibe Hastanesi Dahiliye Yoğun Bakım Ünitesi'nde belirlenen 25 noktadan 3 set sürüntü örneği alınmıştır. Birinci set örnekler için kanlı ve EMB agara direk, ikinci set örnekler için 24 saat zenginleştirmenin (TSB) ardından kanlı ve EMB agara ekimler yapılmıştır. Gözlenen pozitif üremeler için konvansiyonel/otomatize sistemler üzerinden mikroorganizma izolasyonları ve identifikasyonları yapılmıştır. Üçüncü set örneklerden total bakteriyel DNA izolasyonu ve ardından Illumina-MiSeq platformunda 16S rRNA dizilemesi yapılmıştır. Dizileme analizi için QIIME programı kullanılmıştır. 
Bu çalışma sonuçlarına göre direk ekimde örneklerin % 40'ında (10/25), zenginleştime sonrası % 96'sında (24/25) Stafilokok türleri baskın olmak üzere üremeler saptanmıştır. 16s rRNA dizileme sonuçlarına göre çalışmaya dahil edilen YBÜ'nün içerisinde patojen türlerin de olduğu zengin bir mikrobiyoma sahip olduğu gözlenmiştir. 
Anahtar Kelimeler; Hastane Mikrobiyomu, Nozokomiyal Enfeksiyonlar, Yoğun Bakım Ünitesi, Çevresel Mikrobiyom

Abstract:
Healthcare-associated (nosocomial) infections are considered to be one of the major problem in medical world in view of the high prevalence, mortality rates and the economic burden that caused. It is thought that, the most of pathogens causing nosocomial infectious originate from the environmental microbiome. However, the environmental microbiome are not adequately defined by conventional microbiological methods. In this thesis, it was aimed to investigate the environmental microbiome which could be a potential source of nosocomial pathogens, in intensive care units by using the 16S rRNA sequencing technology. 
For this thesis study, 3 sets of swab samples were taken from 25 points defined at Erciyes University Gevher Nesibe Hospital Internal Medicine Intensive Care Unit. The first set of samples were cultured directly on the bloody and the EMB agar plates whereas the second set of samples were cultured on the same agar plates after 24 hours enrichment (TSB) process. Isolation and identification of microorganisms growing on agar plate were done with conventionel/automated systems. For the third set of samples, 16S rRNA amplicon sequencing was performed on the Illumina-MiSeq platform after total bacterial DNA isolation with the commercial kit. The QIIME program was used for the analysis of the sequences. As a result of this study, 40% (10/25) of the samples in the direct culturing and 96% (24/25) of the samples with enrichment process were found to be positive for microorganisms. The predominant ratio were observed for Staphylococcus species in both culturing methods. According to the 16s rRNA sequencing results, it was observed that the intensive care unit included in the study have a rich microbiome including pathogenic species.
Key Words:Hospital Microbiome, Nosocomial Infections, Intensive Care Unit, Environmental Microbiome