Faklı kaynaklardan Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium izolasyonu, moleküller tanısı ve genotiplendirilmesi
The isolation of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium from different sources and their molecular diagnosis and genotyping
Yazar: KEREM DİKEN
Danışman: DOÇ. DR. TUBA İÇA
Dumlupınar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada, Kütahya ilinde tavuk (35 adet), kıyma (35 adet) ve peynir (35 adet) örneklerinde Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium izolasyonu ve identifikasyonu yapıldı. İzole edilen suşlar ve Evliya Çelebi Hastanesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'ndan temin edilen insan orijinli E. faecalis ve E. faecium bakterilerinin genotipik benzerlikleri araştırıldı.
Tavuk kanat örneklerinden izole edilen suşlardan %22,8'si  E. faecalis ve %5,7'si E. faecium, kıyma örneklerinden izole edilen suşlardan %14,3'ü E. faecalis ve %20'si E. faecium, peynir örneklerinden izole edilen suşlardan %20'si E. faecalis ve %2,9'u E. faecium olarak identifiye edildi. Gıda kaynaklı 30 Enterokok suşu (20 E. faecalis ve 10 E. faecium) ve hastaneden temin edilen insan kaynaklı 10 Enterokok suşu (5 E. faecalis and 5 E. faecium) olmak üzere toplamda 40 Enterokok suşu genotiplendirildi. 
E. faecalis ve E. faecium suşlarının genetik çeşitliliği RAPD-PCR yöntemiyle M13 primeri kullanılarak araştırıldı. Araştırılan bütün izolatlar M13 primeri ile bant oluşturdu ve sonuçlar UPGMA küme analiz programıyla değerlendirildi. E. faecalis suşları profillerinin küme analizleri sonucunda %70'ten fazla benzerlik gösteren 2 grup ve benzersiz 14 tip içeren 26 farklı tip gözlemlendi. E. faecium suşları profillerinin küme analizleri sonucunda %70'ten fazla benzerlik gösteren 5 grup ve 10 benzersiz tip içeren 15 farklı tip gözlemlendi.

Abstract:
In this study, chicken (35 pieces), ground meat (35 pieces) and cheese (35 pieces) samples in the city of Kütahya were investigated for the isolation and genotyping of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium. The isolated strains and human originated E. faecalis and E. faecium bacteria provided by Evliya Çelebi Hospital, Medical School, Microbiology Major were investigated for genotyping similarities.
The isolated strains from chicken wings were identified as 22.8% E. faecalis and 5.7% E. faecium, the isolated strains from ground meat were identified as 14.3% E. faecalis and 20% E. faecium and the isolated strains from cheese were identified as 20% E. faecalis and 2.9% E. Faecium. The total of 40 Enterococcus strains were genotyped as food sourced 30 Enterococcus strains (20 E. faecalis and 10 E. faecium) and hospital provided human sourced 10 Enterococcus strains (5 E. faecalis and 5 E. faecium).
 E. faecalis and E. faecium strains were investigated with RAPD-PCR method by M13 primer to find out their genetic diversity. All the investigated isolates produced bands by M13 primer and the results were evaluated by UPGMA cluster analysis software. The cluster analysis results of E. faecalis strain profiles revealed 2 groups with more than 70% similarity and 26 different types containing 14 unique types. The cluster analysis results of E. faecium  strain profiles revealed 5 groups with more than 70% similarity and 15 different types containing 10 unique types.