Peynirden izole edilen yüksek seviyede aminoglikozid dirençli (YSAD) enterokoklarda virülens faktörlerin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Investigation of virulence factors in high-level aminoglycoside resistant (HLAR) enterococci isolated from cheese
Yazar: DEGNIDE EPHREM ADIFON
Danışman: PROF. DR. YASİN TUNCER
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering

Özet:
Bu çalışmada, önceden peynir örneklerinden izole edilmiş 54 yüksek-seviyede aminoglikozid dirençli (YSAD) enterokok suşunda (25 E. faecalis, 15 E. faecium, 12 E. durans ve 2 E. gallinarum) jelatinaz (gelE), hücre duvarı adhezinleri (efaAfm, efaAfs) , seks feromonları (cdp, cob, ccf, cad), kollojen bağalayan protein (ace, acm), agregasyon maddesi (agg), sitolizin (cylM, cylB, cylA), hiyaluronidaz (hyl) ve hücre duvarı ile ilişkili proteini (espfm, espfs) kodlayan virülens faktör genlerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırıldı. Ayrıca jelatinaz ve hemolitik aktivite özellikleri fenotipik olarak test edildi. Bu suşların jelatinaz ve hemolitik aktiviteleri fenotipik yötemlerle incelendi. PCR sonuçları, E. faecium RS32.2 hariç tüm suşlarda en az bir virülens genin tespit edildiğini gösterdi. YSAD enterokok suşlarında en sık tespit edilen virülens genler ccf (48/54, % 88.89), efaAfs (46/54, % 85.19), acm (42/54, % 77.78), gelE (32/54, % 59.2), cpd (28/54, % 51.85), espfs (27/54, % 50) ve ace (20/54, % 37.04)' dir. efaAfm, cob, agg, cylA, hyl, cylB ve espfm genleri sırasıyla YSAD enterokok suşlarının % 20.37 (11/54), % 9.26 (5/54), % 9.26 (5/54), % 9.26 (5/54), % 5.56 (3/54), % 3.70 (2/54) ve % 1.85 (1/54)' inde tespit edildi. Enterokok suşlarının hiçbirinin cad ve cylM geni içermerdiği gösterilmiştir. Hemolitik aktivite test sonuçları, % 48.15 (26/54), % 46.30 (25/54) ve % 5.55 (3/54) suşun sırasıyla α, γ ve β hemolitik olduğunu göstermiştir. Sadece 3 YSAD suşunun jelatinaz ürettiği belirlenmiştir. Bu sonuç 30 YSAD enterokok suşunun sessiz gelE geni içerdiğini göstermiştir. Sonuç olarak, peynir örneklerinden izole edilen YSAD enterokok suşlarında yüksek oranda virülens faktör kodlayan gen tespit edilmesi tüketici sağlığı için endişe uyandırıcıdır.

Abstract:
In this study, 54 high-level aminoglycoside resistant (HLAR) enterococci (25 E. faecalis, 15 E. faecium, 12 E. durans and 2 E. gallinarum) previously isolated from cheese samples were investigated by polymerase chain reaction (PCR) for presence of virulence factor genes encoding gelatinase (gelE), cell wall adhesin (efaAfm, efaAfs), sex pheromones (cpd, cob, ccf, cad), collagen-binding protein (ace, acm), aggregation substance (agg), cytolysin (cylM, cylB, cylA), hyaluronidase (hyl) and cell wall-associated protein (espfm, espfs). In addition, gelatinase and haemolytic activities of strains were also investigated by phenotypic methods. PCR results showed that at least one virulence gene was detected in all strains, except for E. faecium RS32.2. Most frequently detected virulence genes in HLAR enterococci strains were ccf (48/54, 88.89%), efaAfs (46/54, 85.19%), acm (42/54, 77.78%), gelE (32/54, 59.26%), cpd (28/54, 51.85%), espfs (27/54, 50%) and ace (20/54, 37.04%). The efaAfm, cob, agg, cylA, hyl, cylB and espfm genes were detected in 20.37% (11/54), 9.26% (5/54), 9.26% (5/54), 9.26% (5/54), 5.56% (3/54), 3.70% (2/54) and 1.85% (1/54) of HLAR enterococci strains, respectively. None of the strains carried the cad and cylM genes. Haemolytic activity test result showed that 48.15 % (26/54), 46.30 % (25/54) and 5.55 % (3/54) of strains were found α, γ and β haemolytic, respectively. It has been determined that only three HLAR strains produce gelatinase. This result showed that 30 HLAR enterococci strains contain silent gelE gene. In conclusion, high incidence of virulence factors encoding gene detection in HLAR enterococci strains isolated from cheese samples is a concern for consumer health.