Küçük hücreli ve küçük hücreli dışı akciğer kanseri hasta kanlarının proteomik analizlerle incelenmesi
Investigation of small cell lung cancer and NON-small cell LUNG cancer patient's blood with proteomic analysis
Yazar: SÜMEYYA YAĞMUR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA ÇAĞLAR BEKER
İstanbul Medipol Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms

Özet:
Akciğer kanseri, dünyada kanser kaynaklı ölümlerin önde gelen nedenlerinden olduğu için önemli bir halk sağlığı sorunudur. Yapılan araştırmalarda yeni tanı almış kanser türleri arasında akciğer kanseri erkeklerde birinci, kadınlarda ise meme kanseri ve kolorektal kanserlerden sonra üçüncü sırada yer almaktadır. Bu doktora tezinde küçük hücreli akciğer kanseri (KHAK) ve küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (KHDAK) tanısı konmuş hastalardan ve sağlıklı bireylerden (kontrol grubu) alınan kan örneklerine sıvı kromatografi-kütle spektrometresi (Lc-Ms/Ms) aracılı geniş ölçekli proteomik analizler uygulanmıştır. Bu sayede KHAK ve KHDAK tanısı konmuş hasta kanlarında değişen protein profilinin belirlenmesinin yanı sıra KHAK ve KHDAK hastalarında farklı miktarlarda ifade edilen proteinlerin tanımlanması sağlandı. Ayrıca, tanımlanan proteinler biyoinformatik analizlerle biyolojik aktivite, moleküler aktivite, proteinlerin türü ve etkiledikleri sinyal iletim yolakları bakımından sınıflandırıldı. Tanımlanan 572 farklı proteinden 93 tanesi kontrol ve KHAK arasında, 77 tanesi ise kontrol ve KHDAK arasında en az 1.4 kat protein ifade farkı ve p<0.05 şeklinde değiştiği tespit edildi. Kontrol grubuna kıyasla yapılan analizlerde özellikle serum amyloid A proteinleri, 
C reaktif protein, beyin asidinde çözünür protein 1, Alfa-1-asit glikoprotein, Kappa-aktin ve İmmünoglobulinlerin KHAK ve/veya KHDAK hasta kanlarında istatistiksel olarak anlamlı ölçüde değiştiği tespit edilmiştir. Bu tez kapsamında elde edilen verilerin akciğer kanserinin moleküler mekanizmasının araştırılmasına, protein biyobelirteçlerin bulunmasına ve tedaviye yönelik hedef moleküllerin keşfedilmesine katkıda bulunulacağı beklenmektedir.

Abstract:
Lung cancer is an important public health problem as it is one of the leading causes of cancer related deaths worldwide. Studies have shown that lung cancer ranks first among newly diagnosed cancer types in men, and third in women after breast cancer and colorectal cancer. In this doctoral thesis, large-scale proteomic analyzes by liquid chromatography-mass spectrometry (Lc-Ms/Ms) were applied to blood samples taken from patients diagnosed with small cell lung cancer (SCLC) and non small cell lung cancer (NSCLC) and healthy individuals (control group). In this way, besides the determination of the changing protein profile in the blood of patients diagnosed with SCLC and NSCLC, it was possible to identify the proteins expressed in different amounts in SCLC and NSCLC patients. In addition, the identified proteins were classified by bioinformatic analysis in terms of biological activity, molecular activity, type of proteins and signal transduction pathways they affect. It was determined that 93 of 572 different proteins identified changed between control and SCLC, and 77 of them changed between control and NSCLC with at least 1.4 fold protein expression difference and p<0.05. In the analyzes made compared to the control group, it was determined that especially serum amyloid A proteins, C reactive protein, brain acid soluble protein 1, Alpha-1-acid glycoprotein, Kappa-actin and Immunoglobulins in SCLC and/or NSCLC patients'blood were significantly changed. It is expected that the data obtained within the scope of this thesis will contribute to the investigation of the molecular mechanism of lung cancer, the discovery of protein biomarkers and the discovery of target molecules for treatment.