Çoklu ilaç dirençli mycobacterıum tuberculosis complex suşlarının spoligotiplendirme ve MIRU -VNTR yöntemleriyle moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of multiple drug resistant mycobacterium tuberculosis complex structures by spoligotyping and MIRU-VNTR methods
Yazar: BURCU GÜRER GİRAY
Danışman: PROF. DR. GÖNÜL ASLAN
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Fenotip = Phenotype ; Filogenetik = Phylogenetic ; Genotip = Genotype ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple

Özet:
Günümüzde refah seviyesi yüksek ülkelere kontrolsüz göç hareketlerinin yaşanmasıyla
birlikte Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC)'in kıtalar arası yayılma eğilimi göstermesi,
TB'nin küresel bir sağlık sorunu olduğunu göstermektedir. Bu küresel sorun MTBC suşlarının,
coğrafya üzerinde yayılımının klonal düzeyde yüksek ayırım gücüne sahip moleküler
epidemiyolojik yöntemlerle izlenmesi ile elde edilecek verilerin kullanılmasına bağlı olarak
aşılabilir. Özellikle riskli bölgelerde tüberküloz epidemiyolojisi ile ilgili spoligotiplendirme ve 15
lokus Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU)-Variable Number Tandem Repeats
(VNTR) yöntemleri gibi moleküler bazlı yöntemlerin kullanıldığı birçok araştırma yapılmasına
rağmen, ülkemizde MTBC'in epidemiyolojik özelliklerini tespitine yönelik çalışma sayısı
yetersizdir. Bu çalışmada spoligotiplendirme ve 15 lokus MIRU-VNTR moleküler yöntemleriyle
klonal düzeyde MTBC suşları tür düzeyinde tayin edilerek filogenetik ilişkilerinin irdelenmesi
amaçlanmıştır.
Çalışmaya Haziran 2018-Mayıs 2019 tarihleri arasında Ankara Ulusal Tüberküloz
Referans Laboratuvarı'na, Tüberküloz Laboratuvar Sürveyans Ağı'na üye olan merkezlerden ve
çeşitli yataklı hastanelerden gönderilen akciğer tüberküloz ön tanılı veya şüpheli temas öyküsü
olan hasta balgam örneklerinden izole edilen 96 ÇİD-MTBC suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal
düzeyde tanı amacı ile spoligotiplendirme ve 15 lokus MIRU-VTR yöntemleri ile
değerlendirilmiştir.
Spoligotiplendirme yöntemi ile 96 ÇİD-MTBC izolatı içerisinden 93 izolatın (%96.88) 14
majör spoligofamilya (klad) kümesi içerisinde yoğunlaştığı, 2 izolatın (%2.08) ise SITVIT2 veri
tabanındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda bilinen hiçbir klad altında sınıflandırılamadığı, 1
izolatın (%1.04) yine SITVIT2 veri tabanındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda atipik olarak
değerlendirildiği görülmüştür. En yaygın olan kladın 38 (%40.86) izolat ile T1 kümesi olduğu,
bunu 16 (%17.20) izolat ile Beijing kladı, 9 (%9.67) izolat ile LAM 9 ve 8 (%8.60) izolat ile LAM7
TUR kladının izlediği görüldü. Bu çalışma sonunda ülkemiz genelinde T1 kladının daha yaygın
olduğu görülmüştür. Yapılan diğer çalışmalardan farklı olarak LAM7-TUR kladı Beijing kladının
görülme oranının gerisinde kalmıştır. 15 lokus MIRU-VNTR ile yaptığımız klonal tiplemede aynı
kladlarda kümelenen suşların farklı lokus profiline sahip olduğunu, yani aynı klondan bulaşın
olmadığını bulduk.

Abstract:
The fact that MDR strains of Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) tends to
spread across the continents with uncontrolled migration movements to high-welfare countries
shows that TB is a global health problem. This global problem can be surpassed by using data to
be obtained through monitoring the circulation of MTBC strains on geography by molecular
epidemiological methods with high discriminatory power in clonal level. Although spoligotyping
related to epidemiology of tuberculosis and molecular based methods such as 15 locus
Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU)-Variable Number Tandem Repeats (VNTR)
methods have been used especially in risky regions, number of studies on determining the
epidemiological properties of MTBC is insufficient in our country. In this study, it was aimed to
investigate the phylogenetic relationships by determining the MTBC strains at the species level
in clonal level by spoligotyping and 15 loci MIRU-VNTR molecular methods.
The study included 96 MDR-MTBC strains isolated from sputum samples of patients with
pre-diagnosed or suspected contact history of pulmonary tuberculosis those sent from centers
and several hospitals that are members of Tuberculosis Laboratory Surveillance Network to
Ankara National Tuberculosis Reference Laboratory between June 2018 and May 2019. Strains
were evaluated by spoligotyping and 15 loci MIRU-VTR methods for diagnosis at clonal level.
Spoligotyping method revealed that 93 (96.88%) of 96 isolates were concentrated in 14
major spoligofamily (clad) clusters, 2 isolates (2.08%) were found to be classified under no
known clads as a result of comparison with strains in SITVIT2 database and 1 isolate (1.04%) was
found to be atypical in comparison with the SITVIT2 database. The most common cladding was
T1 cluster with 38 (40.86%) isolates, followed by Beijing with 16 (17.20%) isolates, LAM 9 with
9 (9.67%) isolates and LAM7 TUR with 8 (8.60%) isolates. As a result of study, it was found that
T1 cladding is more common in our country. Unlike other studies, the LAM7-TUR cladding lags
behind Beijing clad incidence rate. In our clonal typing with 15 loci MIRU-VNTR, we found that
none of the strains had the same locus profile so they did not belong to the same clone