Artlı ve Karayaka kuzularında besinin 30. ve 60. günlerindeki bazı bitki kökenli retrotranspozonların IRAP ve REMAP yöntemleri ile moleküler analizi
Molecular analysis of some plant-derived retrotransposons in Artlı and Karayaka lambs at 30th and 60th days of fattening by IRAP and REMAP methods
Yazar: GAMZE NUR ATIL
Danışman: DOÇ. DR. LEVENT MERCAN ; DOÇ. DR. SEVGİ MARAKLI
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Koyun (Ovis aries), öncelikli olarak; et, süt ve yapağı üretmek amacı ile yetiştiriciliği yapılan kültürel, ekonomik ve sosyal açıdan önemli bir çiftlik hayvanıdır. Retrotranspozonlar, transpozisyon aracı olarak RNA'yı kullanan, genom içinde yer değiştirebilen, gen anlatımının düzenlenmesi ve epigenetik süreçlerde yer alan hareketli genetik elementlerdir. Bu tez çalışmasında sütten kesimden sonraki 30. ve 60. günlerde Artlı ve Karayaka ırkı kuzuların rasyonlarında bulunan; arpaya özgü Sukkula, ayçiçeğine özgü SURE, buğdaya özgü Daniela LTR1, Danliela LTR2, Fatima ve Wis LTR2, mısıra özgü Tekay ve soya fasulyesine özgü SIRE1 retrotranspozonlarının polimorfizm durumları IRAP-PZR (Inter-Retrotransposon Amplification Polymorphism - Retrotranspozonlar Arası Çoğaltım Polimorfizmi) ve REMAP (Retrotransposon Microsatellite Amplification - Retrotranspozon Mikrosatellit Polimorfizmi) yöntemleri ile incelenmiştir. IRAP-PZR analiz sonuçlarına göre 30 günlük örneklerde; Daniela LTRI, Daniela LTR2,  Fatima LTR, SIRE1,  Sukkula, SURE, Tekay ve Wis LTR2 retrotranspozonlarında polimorfizm oranı Artlı ve Karayaka için sırasıyla; %0-86, %71-89, %63-100, %0-60, %50-94, %0-100, %50-70 %50-75 arasında tespit edilmiştir. Sütten kesimden sonraki 60. günlük gruplar incelendiğinde ise Daniela LTRI, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay ve Wis LTR2 retrotranspozonlarında polimorfizm oranı sırasıyla; %60-86, %71-78, %40-80, %36-55, %58-94, %0-80, %45-60 %40-90 arasında belirlenmiştir. Çalışmada REMAP-PZR genetik çeşitliliğin daha güvenilir bir şekilde belirlenmesi için ISSR primerleri ile IRAP markırları kombine edilmiştir. REMAP1 analiz sonuçlarına göre 30 günlük örneklerde Daniela LTR1, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay ve Wis LTR2 retrotranspozonları için polimorfizm oranları sırasıyla; %75-100, %67-75, %50-100, %40-50, %50-90 %33-100 arasında hesaplanmıştır. 60 günlük yaşa ait olan örneklerde ise Daniela LTR1, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay ve Wis LTR2 retrotranspozonlarının polimorfizm oranları sırasıyla;  %50-86, %67-69, %0-88, %25-33, %60-78 %20-50 arasında tespit edilmiştir. REMAP2 analizi sonucunda 30 günlük yaştaki örneklerde Daniela LTR1, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, Sukkula, Tekay ve Wis LTR2  retrotranspozonları için polimorfizm oranları sırasıyla;  %50-100, %25-100, %0-100, %50-64, %56-100, %57-71 %0-14; 60 günlük yaşta olanlarda ise sırasıyla; %60-100, %0-33, %25-60, %50-56, %50-70, %0-57, %0-14 arasında bulunmuştur. REMAP3 analizi kapsamında 30 günlük gruplarda Daniela LTR1, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, SURE, Tekay ve Wis LTR2 için sırasıyla; %0-64, %0-100, %0-100, %75-100, %40-70, % 42-64, % 55-92 arasında polimorfizm tespit edilmiştir. Örneklerden 60  günlük yaştakilerde ise; Daniela LTR1, Daniela LTR2, Fatima LTR,  SIRE1, SURE , Tekay ve Wis LTR2 için sırasıyla; %17-60, %0-100, %75-86, %50-100, %40-86, %43-57, %54-73 arasında polimorfizm göstermiştir. Çalışmadan elde edilen bulgular retrotranspozonların polimorfizm durumlarının yaşın ilerlemesi ile birlikte. her iki ırk için de  azaldığını göstermiştir.  Bunun nedeninin kuzuların aynı rasyonla beslenmeleri olabileceği ve bu durumun da diyet-genom etkileşimine bir örnek teşkil edebileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Sheep (Ovis aries) is a culturally, economically and socially important livestock primarily farmed to produce meat, milk and fleece. Retrotransposons are mobile genetic elements that use RNA as a transposition tool, can be translocated within the genome, and are involved in regulating gene expression and epigenetic processes. In this thesis study, the rations of Artlı and Karayaka lambs on the 30th and 60th days after weaning were analysed; The polymorphism status of retrotransposons Sukkula specific to barley, SURE specific to sunflower, Daniela LTR1, Daniela LTR2, Fatima and Wis LTR2 specific to wheat, Tekay specific to maize and SIRE1 specific to soybean were investigated by IRAP-PCR (Inter-Retrotransposon Amplification Polymorphism) and REMAP (Retrotransposon Microsatellite Amplification Polymorphism) methods. According to the results of IRAP-PCR analyses, the polymorphism rates of Daniela LTRI, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay and Wis LTR2 retrotransposons in 30-day old samples were determined between 0-86%, 71-89%, 63-100%, 0-60%, 50-94%, 0-100%, 50-70%, 50-75% for Artlı and Karayaka, respectively. When the 60th day after weaning groups were analysed, the polymorphism rates in Daniela LTRI, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay and Wis LTR2 retrotransposons were determined between 60-86%, 71-78%, 40-80%, 36-55%, 58-94%, 0-80%, 45-60%, 40-90%, respectively. In this study, REMAP-PCR was combined with ISSR primers and IRAP markers for a more reliable determination of genetic diversity. According to REMAP1 analysis results, polymorphism rates for Daniela LTR1, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay and Wis LTR2 retrotransposons in 30-day-old were calculated between 75-100%, 67-75%, 50-100%, 40-50%, 50-90%, 33-100%, respectively. In 60-day old samples, the polymorphism rates of Daniela LTR1, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay and Wis LTR2 retrotransposons were found between 50-86%, 67-69%, 0-88%, 25-33%, 60-78% and 20-50%, respectively. As a result of REMAP2 analysis, polymorphism rates for Daniela LTR1, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, Sukkula, Tekay and Wis LTR2 retrotransposons in 30 days old samples were found between 50-100%, 25-100%, 0-100%, 50-64%, 56-100%, 57-71%, 0-14%, respectively; and 60-100%, 0-33%, 25-60%, 50-56%, 50-70%, 0-57%, 0-14% in 60 days old samples, respectively. Within the scope of REMAP3 analysis, polymorphism was detected between 0-64%, 0-100%, 0-100%, 0-100%, 75-100%, 40-70%, 42-64%, 55-92% for Daniela LTR1, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, SURE, Tekay and Wis LTR2 in 30-day-old groups, respectively. At 60 days of age, Daniela LTR1, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, SURE, Tekay and Wis LTR2 showed polymorphism between 17-60%, 0-100%, 75-86%, 50-100%, 40-86%, 43-57%, 54-73%, respectively. The results of the study showed that the polymorphism status of retrotransposons decreased with increasing age for both breeds. It is thought that the reason for this may be that the lambs were fed the same ration and this may be an example of diet-genome interaction.