Aterosklerozlu hastalarda CDKN2A ve CDKN2BAS gen ekspresyon düzeylerinin araştırılması
CDKN2A and CDKN2BAS gene expression levels in patients with atherosclerosis
Yazar: BURCU BAYOĞLU
Danışman: PROF. DR. MÜJGAN CENGİZ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Ateroskleroz = Atherosclerosis ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; İmmünohistokimya = Immunohistochemistry

Özet:
Ateroskleroz, arter duvarının kronik hastalığı olup, multifaktöriyel poligenik kalıtım göstermektedir. Aterosklerozun moleküler mekanizması tam olarak aydınlatılamamıştır. Kromozom 9p21 INK4b-ARF-INK4a lokusundaki tek nükleotid polimorfizmleri (SNP'ler) kardiyovasküler hastalıklarda önemli rol oynamaktadır. INK4/ARF transkriptlerinden p16INK4a, CDK4 ve CDK6'nın aktivitelerini inhibe ederek hücre döngüsü ilerlemesini bloke etmektedir. Siklin bağımlı kinaz inhibitörleri vasküler düz kas hücrelerinde G1/S fazı ilerlemesini düzenleyerek aterosklerozun erken evrelerini değiştirebilmektedir. Bu nedenle çalışmamızda, karotis aterosklerozu tanısı alan semptomatik ve asemptomatik hastaların aterosklerotik karotis plakları ve safen dokularında INK4/ARF lokusundaki CDKN2A ve CDKN2BAS gen ekspresyonu düzeylerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Ayrıca, karotis plakları ve safen dokularında p16INK4a protein ekspresyonu ve hücre proliferasyonu düzeylerinin saptanması hedeflenmiş, hasta ve sağlıklı kontrollerde INK4/ARF lokusu SNP'lerinden rs564398 A/G, rs10757274 A/G, rs2383207 A/G ve rs10757278 A/G genotip sıklıklarının da belirlenip ateroskleroz ile ilişkili fenotipler üzerindeki etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır.Çalışmamızda karotis aterosklerozlu 50 hastanın karotis plağı ve safen dokularında gen ekspresyonu düzeyleri qRT-PCR (Kantitatif Gerçek Zamanlı-Polimeraz Zincir Reaksiyonu), protein ekspresyon seviyeleri IHC (İmmünohistokimya) yöntemi ile belirlendi. 50 karotis aterosklerozlu hastanın ve 53 sağlıklı kontrolün genotip sıklıkları RT-PCR yöntemi ile saptandı.Çalışmamızda, karotis plağı ve safen dokusu CDKN2A mRNA düzeyleri karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulundu (p=0,009), her iki grup arasında CDKN2BAS mRNA düzeylerinde anlamlı bir fark bulunamadı (p>0,05). Semptomatik hastaların karotis plaklarında CDKN2A mRNA düzeyleri asemptomatik hastalarla karşılaştırıldığında daha yüksek bulundu (p=0,050). Semptomatik ve asemptomatik hastalarda, CDKN2BAS mRNA düzeyleri karşılaştırıldığında karotis plakları ve safen dokuları arasında anlamlı bir fark gözlenmedi (p>0,05). Hasta ve kontrol grupları genotip sıklıkları açısından karşılaştırıldığında rs564398 ve rs10757278 genotipleri açısından anlamlı bir fark gözlendi (p=0,027 ve p=0,01), rs10757274 ve rs2383207 polimorfizmleri açısından anlamlı bir fark gözlenmedi (p>0,05). Çalışmamızda, INK4/ARF lokusundaki CDKN2A transkripti ve rs564398 ve rs10757278 polimorfizmlerinin karotis aterosklerozu riski ile ilişkili olabileceği kanısına varılmıştır.

Abstract:
Atherosclerosis is the chronic disease of arterial wall and has a multifactorial polygenic inheritance. Molecular mechanism of atherosclerosis has not been fully elucidated. The single nucleotide polymorphisms (SNPs) on chromosome 9p21 INK4b-ARF-INK4a locus have been shown to play an important role in cardiovascular diseases. The INK4/ARF transcript p16INK4a inhibits the activities of CDK4/CDK6 and arrests the progression of cell-cycle. CKIs also regulate the G1/S phase progression in VSMC and may modulate the early stages of atherosclerosis. Thus, we aimed to determine expression levels of the INK4/ARF locus genes CDKN2A and CDKN2BAS in carotid plaques and saphenous tissue samples in symptomatic and asymptomatic carotid atherosclerosis (CA) patients. Also, the expression levels of p16INK4a protein and cell proliferation levels of tissues were determined. The frequency of INK4/ARF locus SNPs rs564398 A/G, rs10757274 A/G, rs2383207 A/G and rs10757278 A/G in CA patients and the effects of genotypes on atherosclerosis related phenotypes were investigated.The study is composed of 50 patients with CA and 53 healthy controls. In carotid plaques and saphenous tissue samples gene and protein expression levels were determined by qRT-PCR and IHC respectively. Genotype frequencies were determined by RT-PCR.The CDKN2A mRNA levels were significantly different in carotid plaques compared to saphenous tissues (p=0,009), yet the levels of CDKN2BAS were similar in both carotid plaques and saphenous tissues (p>0,05). In carotid plaques of symptomatic patients CDKN2A mRNA levels were found to be higher in comparison to asymptomatic patients (p=0,050). None of the samples showed any relation in CDKN2BAS mRNA levels when symptomatic and asymptomatic patients were compared (p>0,05). Genotype frequencies of SNPs rs564398 and rs10757278 showed a relation (p=0,027 and p=0,01), however no significant difference was found between rs10757274 and rs2383207 (p>0,05) when CA patients and controls were compared. This study suggests that CDKN2A transcript and SNPs rs564398 and rs10757278 may affect the pathogenesis of CA.