İdiyopatik pulmoner fibroziste genetik değişikler, budeğişikliklerin yaşam süresi ve hastalık prognozuna etkisinindeğerlendirilmesi
Genetic variations in idiopathic pulmonary fibrosis and theirimpact on life expectancy and disease prognosis
Yazar: MELİHA HASTEKKEŞİN
Danışman: PROF. DR. İNCİ GÜLMEZ
Erciyes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Göğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Göğüs Hastalıkları = Chest Diseases

Özet:
Amaç: Bölgemizdeki İdiyopatik Pulmoner Fibrozis (İPF) hastalarında MUC5B ve TERT varyantlarının dağılımını belirlemek, bulunan genetik varyantların hastalığın kliniği ile sağkalıma etkisi belirlemek ve takip sırasında akciğer kanseri gelişiminin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Göğüs Hastalıkları İntertisyel Akciğer Hastalıkları Polikliniği' ne Ocak 2021-Haziran 2022 tarihleri arasında İPF tanısı ile takipli 94 olgu tarandıktan sonra 31 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Polikinik vizitleri sırasında demografik veriler, klinik özellikler hastanın başvuru tarihine göre restrospektif olarak incelendikten sonra prospektif takipleri gerçekleştirilmiştir. Hastaların yaşı, cinsiyeti, meslek öyküsü, çevresel maruziyet öyküsü, sigara kullanımı, semptom sorgusu, uzun süreli oksijen tedavisi kullanımı, aldığı antifibrotik tedavi ve komorbiditeleri değerlendirilmiştir. 0-6-12-24. aylardaki yüz yüze vizitlerde hastalık progresyonunu belirlemek için solunum fonksiyon testleri (DLCO, FEV1, FVC), radyolojik değerlendirme yapılmıştır ve GAP skoru hesaplanmıştır. Hastaların tanı anındaki BT görüntülerinde pulmoner arter çapı ölçülüp kaydedilmiştir. Olgulardan alınan tam kan örneği EDTA'lı tüplerde -80°C derecede saklandıktan sonra genetik inceleme için DETAGEN Moleküler laboratuvarı iş birliği ile çalışılmıştır.
Bulgular: TERT geni varyant dağılımına bakıldığında; 31 İPF hastasının altısı (%19,3) CC (homozigot wild-type), 17'si (%54,8) CA (heterozigot), sekizi (%25,8) AA (homozigot mutant) genotipine sahipti. İPF TERT geni risk aleli olan A risk alelini taşımayan (CC) hasta grubunda bu aleli taşıyan (CA+AA) hastalar olarak karşılaştırılmaya alındı. TERT geni için risk aleli olan A alelini taşıyan grup (CA+AA) 25 hasta olup %80,6 ile çoğunluğu oluşturmaktaydı. MUC5B geni varyant dağılımı açısından incelendiğinde; GG (homozigot wilde-type) genotipine sahip İPF hasta sayısı yedi (%22,6) iken; GT (heterozigot) genotipine sahip olgular 23(%74,2) olarak bulundu. TT (homozigot mutant) genotipe sahip yalnızca bir hasta (%3,2) bulunmaktaydı. T alel içeren toplam hasta sayısı 24 olup olguların %77,4'ü ile çoğunluğunu oluşturmaktaydı. TERT geninde A risk aleli taşıyan grupta tanı daha genç yaşta konulmuştu. MUC5B ve TERT geni mutant aleller açısından değerlendirildiğinde radyolojik progresyon, malignite şüphesi ve sağkalım açısından istatistiksel olarak anlamlı bulunamadı. Tanı sırasında çekilen YÇBT' de ortalama PAÇ değerleri yüksek olan hastalarda alt mutasyonlardan bağımsız sağkalım daha düşük olarak bulundu (p<0,001). Yıllık alevlenme sayısının artması ile mortalitenin arttığı görüldü (p<0,001). Antifibrotik ajanlar ile İPF hastalarının sağkalımı, radyolojik progresyonu ve malignite şüphesi ilişkisi değerlendirildiğinde istatistiksel olarak anlamlı fark izlenmedi (p>0,05). MUC5B geni T alel varlığında iki yıllık izlemde ortalama DLCO değerlerine anlamlı düşüş izlenirken (p<0,001), ortalama GAP skorlarında istatistiksel olarak anlamlı artış izlendi(p<0,001). TERT geni A alel varlığında iki yıllık izlemde hem DLCO kaybının fazla olduğu (p<0,001) hem de GAP skorlarında istatistiksel olarak anlamlı şekilde artış olduğu gösterilmiştir (p<0,001). Antifibrotik ajanlar, MUC5B ve TERT mutasyonlarına göre subgruplara ayrılarak; radyolojik progresyon, malignite şüphesi ve mortalite açısından değerlendirildiğinde gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı fark izlenmedi (p>0,05).
Sonuç: Bölgemizde TERT ve MUC5B mutant aleller İPF hastalarında yüksek oranda görülmüştür. Genetik değişikler ile antifibrotik ajanlar arasında sağkalım, radyolojik progresyon ve malignite gelişimi üzerine ilişki bulunamamıştır. MUCB5 geni için T alel varlığında takiplerimizde DLCO değerinde düşüş ve GAP skorunda artış izlenmiştir. TERT geninde A alel varlığında tanı yaşının daha erken olması ve DLCO değerinde düşüşe neden olduğu ortaya konmuş olup, İPF tansı konulduktan sonra TERT geninde A alel varlığı gösterildiği takdirde zaman geçirmeden transplantasyon sırasına alınması, sıra bekleyen hastalarda progresyonu yavaşlatmak ve alevlenme sayısını azaltmak için ülkemizde mevcut olan antifibrotik ilaçlardan biri başlanmalıdır. Prognozun iyi yönde değiştirebilmesi, yeni ya da mevcut tedavi yaklaşımlarına etkisinin belirlenmesi, radyoloji progresyonun değerlendirilmesi, malignite gelişiminin öngörülmesi, yaşam süresini ve kalitesini daha iyi duruma getirebilmesi açısından İPF hastalarında genetik değişikliklerin etkisin incelendiği daha geniş hasta sayısına sahip çalışmalar yapılması gerektiği düşünülmektedir.

Anahtar kelimeler: İPF, genetik, MUC5B, TERT, akciğer kanseri

Abstract:
Aim: We aimed to determine the distribution of MUC5B and TERT variants in Idiopathic Pulmonary Fibrosis (IPF) patients in our region, to determine the effect of genetic variants found on the clinic of the disease and survival, and to evaluate the development of lung cancer during follow-up.
Materials and Methods: After screening 94 patients who were followed up in Erciyes University Faculty of Medicine, Chest Diseases, Interstitial Lung Diseases Outpatient Clinic between January 2021 and June 2022 with the diagnosis of IPF, 31 patients were included in the study. During the outpatient visits, demographic data and clinical features were examined restrospectively according to the patient's admission date and prospective follow-up was performed. Age, gender, occupational history, environmental exposure history, smoking, symptom query, long-term oxygen therapy use, antifibrotic treatment and comorbidities were evaluated. Pulmonary function tests (DLCO, FEV1, FVC), radiologic evaluation and GAP score were calculated to determine disease progression at the face-to-face visits at 0-6-12-24 months. Pulmonary artery diameter was measured and recorded on the CT images of the patients at the time of diagnosis. Whole blood samples obtained from the patients were stored in EDTA tubes at -80°C and analyzed in collaboration with DETAGEN Molecular Laboratory for genetic analysis.
Results: The TERT gene variant distribution was analyzed; six (19.3%) of 31 IPF patients had CC (homozygous wild-type), 17 (54.8%) had CA (heterozygous) and eight (25.8%) had AA (homozygous mutant) genotype. Patients who did not carry the A risk allele (CC), which is the risk allele for the IPF TERT gene, were compared with patients who carried this allele (CA+AA). The group carrying the risk allele A for the TERT gene (CA+AA) consisted of 25 patients and constituted the majority with 80.6%. When the MUC5B gene was analyzed in terms of variant distribution, the number of IPF patients with GG (homozygous wilde-type) genotype was seven (22.6%), while the number of patients with GT (heterozygous) genotype was 23 (74.2%). There was only one patient (3.2%) with TT (homozygous mutant) genotype. The total number of patients with the T allele was 24 (77.4%), which constituted the majority of the cases. In the group carrying the A risk allele in the TERT gene, the diagnosis was confirmed at a younger age. MUC5B and TERT gene mutant alleles were not statistically significant in terms of radiologic progression, suspicion of malignancy and survival. Survival independent of sub-mutations was found to be lower in patients with higher mean PAD values on the HRCT taken at the time of diagnosis (p<0.001). Mortality was observed to increase with increasing number of annual exacerbations (p<0.001). There was no statistically significant difference between antifibrotic agents and IPF patients' survival, radiologic progression and suspicion of malignancy (p>0.05). In the presence of MUC5B gene T allele, a significant decrease was observed in mean DLCO values in the two-year follow-up (p<0.001), while a statistically significant increase was observed in mean GAP scores (p<0.001). In the presence of TERT gene A allele, both DLCO loss (p<0.001) and GAP scores (p<0.001) were statistically significantly increased in the two-year follow-up. When antifibrotic agents were divided into subgroups according to MUC5B and TERT mutations and evaluated in terms of radiologic progression, suspicion of malignancy and mortality, no statistically significant difference was observed between the groups (p>0.05)
Conclusion: TERT and MUC5B mutant alleles are highly prevalent in IPF patients in our region. There was no association between genetic alterations and antifibrotic agents on survival, radiologic progression and malignancy development. In the presence of T allele for MUCB5 gene, a decrease in DLCO value and an increase in GAP score were observed in our follow-up. In the presence of the A allele in the TERT gene, it has been revealed that the age of diagnosis is earlier and causes a decrease in DLCO value. If the presence of the A allele in the TERT gene is shown after the diagnosis of IPF, it should be included in the transplantation queue without delay, and one of the antifibrotic drugs available in our country should be started to slow progression and reduce the number of exacerbations in patients waiting in the queue. It is thought that studies with a larger number of patients should be conducted to examine the effect of genetic alterations in IPF patients in order to change the prognosis in a good way, to determine the effect of new or existing treatment approaches, to evaluate radiologic progression, to predict the development of malignancy, and to improve the duration and quality of life.
Keywords: IPF, genetics, MUC5B, TERT, lung cancer