İshal yakınmasıyla çocuk kliniğine başvuran hastalarda bakteriyel gastroenterit etkenlerin araştırılması
The investigation of bacterial gastroenteritis agents in patients who admitted to pediatric clinic with complaints of diarrhea
Yazar: MUHAMMET ŞÜKRÜ AĞRALI
Danışman: DOÇ. DR. METİN DOĞAN
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Diyare = Diarrhea ; Diyare-infantil = Diarrhea-infantile ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Salmonella = Salmonella ; Çocuk hastalıkları = Child diseases ; Çocuklar = Children

Özet:
Gastroenterit, invaziv mikroorganizmalar tarafından bağırsak epitelinin istilası ve tahribatı sonucu kanlı mukuslu sık dışkılanma ve ağırlıklı karın ağrıları ile tanımlanabilir. Akut gastroenterit, özellikle gelişmekte olan ülkelerde çocuklar için önemli bir morbidite ve mortalite sebeplerindendir. Bu ülkelerde her yıl yaklaşık dört milyon çocuğun ishal nedeniyle öldüğü bildirilmektedir. Ülkemizde de yapılan çalışmalar, beş yaş altındaki çocukların yılda en az bir akut gastroenterit atağı geçirdiğini bildirmektedir. Enfeksiyöz gastroenterit sebepleri arasında Shigella, Salmonella, Yersinia, Campylobacter, Aeromonas, barsak patojeni Escherichia coli suşları, Clostridium difficile gibi bakteriler; Giardia, Entamoeba histolytica gibi protozoonlar; rotavirüsler, norovirüsler, enterik adenovirüsler, enterik koronovirüsler, astrovirüsler gibi virüsler ve çeşitli mantarlar sayılabilir.
Hijyen koşulları ve sanitasyon uygulamalarındaki yetersizlik de akut gastroenteritin artmasına neden olmaktadır. Kontamine su ve gıdaların ağız yoluyla alınmasıyla bulaş oluşur. Akut ishal olgularında, invaziv hastalık dışında kaybedilen sıvının tekrar alınması tedavisi ile klinik iyileşme sağlanmakla birlikte bazı özel durumlarda antibiyotikler tedavide önemli rol oynar. Bu çalışmada, çocuk kliniğine ishal yakınması ile başvuran hastalarda bakteriyel gatroenterit etkenlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
Bu çalışma, 2018-2019 yılları arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Tıbbı Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında yapılmıştır. Çocuk acil ve diğer çocuk kliniklerinden gastroenterit etkenlerini belirlemek amacıyla tetkik istenen 487 ishalli hastanın gaita örneği incelenmiştir. Kabul edilen örneklerden Salmonella, Shigella, E. coli O157: H7, Campylobacter spp., Yersinia enterocolitica, Vibrio cholerae, Aeromonas türlerini tespit etmek amacıyla mikroskobik inceleme yapıldı ve uygun kültür yöntemleri ile ekimleri yapıldı.
Laboratuvara gelen ishalli çocuk gaita örnekleri önceliklele mikroskobik inceleme için metilen mavisi ile boyanarak incelendi. Daha sonra Salmonella spp. ve Shigella spp. için çoğaltıcı selenit F besiyerine ekim yapıldı ve 24 saat sonra seçici besiyeri olan Salmonella Shigella agara ekim yapıldı, ayrıca Hektoen ve Xylose Lysine Desoxycholate agara, E. coli O157:H7 suşu için Sorbitol MacConkey agara, Yersinia enterocolitica için MacConkey agara, Campylobacter spp. için Campylobacter sellektif agara, Vibrio cholerae için vibrio sellektif agara ve Aeromonas ve diğerleri için de % 5 lik koyun kanlı agara ekimler yapıldı. İzole edilen şüpheli mikroorganizmalar konvansiyonel yöntemler, biyokimyasal testler, spesifik antikor /antijenler ve VITEK 2 cihazıyla tanımlandı.
Bu çalışmada 32 örnekte ishal nedeni olabilecek patojen üremesi gözlemlendi. İzole edilen 19 tane örneğin Salmonella spp. 7 örneğin Campylobacter spp., 3 tane örnegin E. coli O157:H7 suşu 3 örneğin de Aeromonas spp. olduğu belirlendi ve diğer bakterilerin üremesi gözlenmedi.
xiii
Çalışamamızda, gaita kültürlerinden araştırılan çocuk çağındaki gastroenterit bakteriyel etkenler arasında E. coli O157:H7 suşu gözlenmiştir. Bölgemizde özellikle kanlı ishalli dışkı numunelerde E. coli O157:H7 suşunun araştırılması gerektiği düşünülmektedir.
Anahtar Kelimeler: Çocuk; E. coli O157:H7; Gastroenterit; İshal; Salmonella

Abstract:
Gastroenteritis can be identified as a frequent defacation bloodily and mucously and as a severe stomache which are the results of intestinal epithelium and destruction caused by invaziv microorganizms. Acute gastroenteritis is one of the major morbidity and mortality reason especially for the children living developing countries. It is reported that in these countries approximately four million children die from diarrhea each year. Studies in our country show that the children under five have a acut gastroenteritis attack at least once every year. It can say that the reasons of infections gastroenteritis are bacteria such as Shigella, Salmonella, Yersinia, Campylobacter, Aeromonas, Clostridium difficile, intestinal pathogenic strains of Escherichia coli, protozoans such as Giardia, Entamoeba histolytica, and viruses such asnoroviruses, enteric adenoviruses, enteric coronaviruses, astroviruses, and various fungi.
Inadequacy of hygienic measures and sanitation applications increase the number of acute gastroenteritis case. It is infected by ingestion of contaminated water and food. In acut diarrhea cases; exept from invazive illness, the treatment of gaining the lost water, provides clinic recovery, however in some special cases antibiotics play an important role.
In this study we aimed the determination of bacterial agents in patients presenting to the pediatric clinic with diarrhea. This study was carried out in Necmettin Erbakan University Meram Medical Faculty Microbiyology Depertment Laboratory between 2018-2019.
The stool specimen of 487 patients with diarrhea from pediatric emergency and other pediatric clinics were investigated in order to determine gastroenteritis factors. Microscopic examinations, and appropriate culture methods to bacterial growth was performed to determine the species Salmonella, Shigella, E. coli O157: H7, Campylobacter, Yersinia enterocolitica, Vibrio cholerae, Aeromonas.
Gaita with diarrhea were examined by staining with methylene blue for microscopic examination in the laboratory. Inoculations was performed on selenite F medium for Salmonella spp. and Shigella spp., 24 h after, it was inoculated to salmonella shigella agar which was selective medium. Also it was inoculated to Hektoen and Xylose Lysine Desoxycholate agar, to Sorbitol MacConkey agar for E. coli O157: H7 strain, to MacConkey agar for Yersinia enterocolitica, to Campylobacter sellektif agar for Campylobacter spp. , to vibrio sellektif agar for Vibrio cholerae and to 5% sheep blood agar for Aeromonas. The isolated microorganisms were identified by conventional methods, biochemical tests, specific antibody/antigens and VITEK2 device.
In this study, pathogen microorganisms growth which may cause diarrhea was observed in 32 specimen. Isolated 19 samples were identified as Salmonella spp., 7 samples were identified as Campylobacter spp., 3 samples were identified E. coli O157:H7 strain, 3 samples were identified as Aeromonas spp., and no other bacteria were observed.
xv
In our study, Among the bacterial agents of gastroenteritis in the children's age, E. coli O157: H7 strain investigated from stool cultures was observed. In our region, It is thought that E. coli O157: H7 strain should be investigated especially in stool samples with bloody diarrhea.
Key words: Child; E. coli O157: H7; Gastroenteritis; Diarrhea; Salmonella