Tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) etkenlerinin tür düzeyinde tanımlanması
Species level identification of non-tuberculous mycobacteria
Yazar: ÖZGÜR APPAK
Danışman: PROF. DR. NURAN ESEN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Moleküler tanı = Molecular identification ; Mycobacterium = Mycobacterium ; Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi = Restriction fragment length polymorphisms ; Tüberküloz = Tuberculosis

Özet:
Tüberküloz dışı mikobakterilerin günümüzde 125'den fazla türü tanımlanmıştır. Tüberküloz dışı mikobakteriler çevrede her yerde, sıklıkla toprakta, hem doğal hem de işlenmiş su kaynaklarında bulunmaktadır. Genellikle immün süpresif tedavi alan ya da immün yetmezliği olan insanlarda hastalık oluşturmasına rağmen bağışıklık sistemi normal kişilerde de TDM'lerin neden olduğu enfeksiyonların sıklığı giderek artmaktadır. Tüberküloz dışı mikobakteri türleri arasında klinik seyir ve tedaviler farklılık göstermektedir. Tüberküloz dışı mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanabilmesi için ucuz, kolay ve hızlı sonuç veren yöntemin uygulanması, TDM türleri ile meydana gelen enfeksiyonların klinik ve ekonomik açıdan duyarlı olduğu bilinen ilaçlar ile etkin tedavilerine olanak sağlar.Bu amaçla Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarında, 2004-2010 yılları arasında solunum yolu örneklerinden soyutlanan 156 adet TDM izolatı çalışmaya alındı. Tüberküloz dışı mikobakterilerin hsp65 gen bölgesini hedef alan PZT-restriksiyon enzim analizi yöntemi (PRA) kullanıldı.Çalışmamızda TDM'lerin tür dağılımı; Mycobacterium abscessus tip 1 (69/156), Mycobacterium xenopi (26/156), Mycobacterium fortuitum (14/156), Mycobacterium porcinum tip 1, Mycobacterium septicum tip 1, Mycobacterium peregrinum tip 2 (14/156), Mycobacterium simiae tip 5, Mycobacterium lentiflavum tip 1, Mycobacterium florentinum tip 1 (5/156), Mycobacterium intracellulare tip 1, Mycobacterium chimaera tip 1 (5/156), Mycobacterium genavense tip 2, M. simiae tip 1 (4/156), Mycobacterium chelonae (2/156), Mycobacterium novocastrense (1/156), Mycobacterium gordonae tip 6 (1/156), Mycobacterium colombiense tip 1, Mycobacterium avium s. avium tip 2 (1/156), Mycobacterium massiliense tip 1, Mycobacterium bolletii tip 1, M. abscessus tip 2 (2/156), M. avium s. avium tip1, M. avium s. paratuberculosis tip 1, M. avium s. silvaticum tip 1 (2/156) olarak sonuçlandı. On TDM izolatı hsp65 PRA yöntemi ile tanımlanamadı.Sonuç olarak, doğada çok yaygın olarak bulunan tüberküloz dışı mikobakteriler günümüzde artan sıklıkta ciddi enfeksiyonlara neden olmaktadır. Antimikrobiyal duyarlılıklarındaki farklılıklar nedeniyle TDM'lerin etkin ve doğru şekilde tedavi edilmesi ayrıca epidemiyolojik verilerin elde edilebilmesi için TDM'lerin tür düzeyinde tanımlanması önemlidir. Bu amaçla kullanılan hsp65 PRA yöntemi, kolay uygulanabilen, hızlı, güvenilir ve ucuz bir yöntemdir.

Abstract:
More than 125 species of non-tuberculous mycobacteria (NTM) has been defined recently. NTM species can be easily isolated in soil, natural or purified water sources. Although these agents are considered as pathogens in immune compromised or immune suppressed patients, rate of infection in patients with intact immune system has also increased. The clinical course and therapy can differ among different species of NTM. Cheap, fast and simple methods in identification of NTM species should be helpful to eliminate the pathogens cost effectively.In this study, 156 isolates of NTM collected from respiratory tract between 2004 and 2010 in Dokuz Eylul University Central Laboratory have been studied. PCR-restriction enzyme analysis (PRA) targeting hsp65 gene location has been used to identify NTM species.In our study, distribution of the identified species were as follows; Mycobacterium abscessus type 1 (69/156), Mycobacterium xenopi (26/156), Mycobacterium fortuitum (14/156), Mycobacterium porcinum type 1, Mycobacterium septicum type 1, Mycobacterium peregrinum type 2 (14/156), Mycobacterium simiae type 5, Mycobacterium lentiflavum type 1, Mycobacterium florentinum type 1 (5/156), Mycobacterium intracellulare type 1, Mycobacterium chimaera type 1 (5/156), Mycobacterium genavense type 2, M. simiae type 1 (4/156), Mycobacterium chelonae (2/156), Mycobacterium novocastrense (1/156), Mycobacterium gordonae type 6 (1/156), Mycobacterium colombiense type 1, Mycobacterium avium s. avium type 2 (1/156), Mycobacterium massiliense type 1, Mycobacterium bolletii type 1, M. abscessus type 2 (2/156), M. avium s. avium type 1, M. avium s. paratuberculosis type 1, M. avium s. silvaticum type 1 (2/156). Ten isolates of NTM could not be identified with hsp65 PRA.In conclusion, wide spread distribution of NTM species in nature causing serious infections have been increased recently. It is important to identify NTM on a species basis to supply with proper antibacterial treatment since there are certain susceptibility differences to antibacterial drugs; furthermore, the data also holds an epidemiological importance. For that manner, to identify NTM species, hsp65 PRA method is cheap, fast, reliable and simple to use in daily practice.