Lens orientalis (Boiss.) Hand & Mazz. ve Cicer anatolicum Alef. rizosferinden Streptomyces türlerinin izolasyonu, teşhisi ve karakterizasyonu
Isolation, characterisation and identification of Streptomyces Spp. isolated from rhizosfere of Lens orientalis (Boiss.) Hand & Mazz and Cicer anatolicum Alef.
Yazar: KEREM ÖZDEMİR
Danışman: PROF. DR. EKREM ATALAN
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2008
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Çalışmanın amacı bazı yabani bitki rizosferlerinden Streptomyces bakterilerinin izolasyonu, karakterizasyonu ve teşhisini yapmaktır. Ayrıca izolatların antimikrobiyal aktivitelerini inceleyerek biyolojik kontrol potansiyeline sahip suşların seçilmesidir. Bu amaçla Van Gölü havzasında yetişen yabani mercimek (Lens orientalis Boiss. Hand & Mazz) ve yabani nohut (Cicer anatolicum Alef.) rizosferinden alınan 51 farklı toprak numunesinden Streptomyces bakterileri iki selektif besi ortamı kullanılarak izole edildi. Toplanan toprak numunelerinin fiziko-kimyasal analizleri yapıldı. Toplam saflaştırılan 230 Streptomyces izolatının renk gruplandırması yapıldı. Oluşan renk kümelerini temsilen seçilen 87 izolat ve 11 referans tür nümerik taksonomik analizleri yapılarak sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu. Tüm test suşlarının bilgisayar yardımı ile fenetik veri içeren (PIBWin) Bakteryal Teşhis Programı kullanılarak teşhisleri yapıldı. Renk kümelerini temsilen seçilen 14 suşun tüm hücre protein profilleri SDS-PAGE (Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi) ile belirlenerek nümerik analizi yapıldı ve sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu.İzolasyon petrilerindeki Streptomyces koloni sayıları 0,2x104 ile 28,8x104 cfu/gr kuru toprak arasında değişti. Toprak numunelerinin pH'ları genelde nötral değerlerde iken nem oranları %10'un altında olduğu belirlendi ve organik madde oranları %6,54'ün altında yer aldı. İzolatlar 11 renk grubuna ayrıldı. Toplam 98 Streptomyces test suşundan referans türler doğru olarak teşhis edilirken yeni izolatlardan 74'ü teşhis edildi. Yine toplam 15 temsilci izolat Sm5r ve Sm6f primerleri kullanılarak 16S rDNA geni kısmi olarak PCR ile çoğaltıldı. Çoğaltılan DNA segmenti 570 bp uzunluğunda olup baz dizileri tespit edilerek NCBI-GenBank verileri ile ChromasPro ve Vector-NTI programları kullanılarak analizleri yapıldı. İzolatların baz dizileri NCBI Gen bankasına kaydedildi. Dizi analizi sonuçları Gen bankasında Streptomyces türlerinin 16S rDNA nükleotid dizleri ile kıyaslanarak yakın akraba türler tespit edildi. Gen bankasındaki türler ile filogenetik dendogramları oluşturuldu. İzolatlarımızdan sadece biri (K0073) %98 benzerlik oranıyla Streptomyces albidoflavus olduğu belirlendi. Diğer 14 izolatın ise hem fenetik hem de moleküler karakterizasyonları yapıldı. Yeni tür olma ihtimallerine ancak tüm 16S rDNA baz dizi analizi yapıldıktan sonra karar verilebilecektir.

Abstract:
In this study, Streptomyces bacteria were isolated from rhizophere soils of wild lentil (Lens orientalis (Boiss.) Hand & Mazz) and chickpea (Cicer anatolicum Alef.) plants naturally grown in Van Lake basin using two selective isolation media. The number of Streptomyces colonies were ranged from 0,2x104 to 28,8x104cfu/g dry weight soil on isolation plates. In addition, physicochemical characters of soil samples were measured. Total purified 230 isolates were assigned 11 colour grouping. Numeric taxonomy study were carried out for 87 representatives of colour groups plus 11 reference species and the result was presented as dendogram. Then whole test organisms were identified by computer assisted program called Bacterial Identification (PIBWin Software). Besides the 11 reference species out of 98 test organisms correctly. 74 unknown isolates were also identified. In addition to these studies, numeric analysis of whole cell protein profiles detected by SDS-PAGE of 14 test strains representative of colour grouping were carried out and result was presented as dendogram. Also, partial 16S rDNA gene of total 15 representative isolates of colour groups were amplified by PCR using Sm5r and Sm6f primers. Amplified DNA fragments were in length 570 bp. All sequenced fragments were directly. Sequence analysis were made by Chromas Pro and Vector-NTI programs using NCBI database and deposited into NCBI gene database. The sequences of our isolates were compared with the sequences of Streptomyces in databeses. Phylogenetic dendogram were produced with species in the gene database. One of our isolates (K0073) was identified as Streptomyces albidoflavus with %98 similarity of nucleotides. Both phenetic and molecular characterization of other 14 isolates were carried on. They might be new species after whole 16S rDNA sequences analysis.