Pediatrik akut lenfoblastik lösemili hastalarda prognostik moleküler belirteçlerin analizi
Analysi̇s of prognosti̇c moleculer markers i̇n pedi̇atri̇c acute lymphoblasti̇c leukemi̇a pati̇ents
Yazar: ELİF KIRAT
Danışman: PROF. DR. MÜGE SAYİTOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics ; Hematoloji = Hematology
Dizin: Bilgi ve iletişim teknolojileri = Information and communication technologies ; Biyobelirteçler = Biomarkers ; Gen ifadesi = Gene expression ; Lösemi = Leukemia ; Lösemi-miyeloid-kronik-BCR-ABL pozitif = Leukemia-myelogenous-chronic-BCR-ABL positive ; Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma = Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma ; Prognoz = Prognosis

Özet:
Akut lenfoblastik lösemi (ALL) pediatrik kanserler arasında en sık görülen hastalık grubudur. Pediatrik ALL hastalarında sağkalım oranları her ne kadar yüksek olsa da hastalığın tekrar etmesine (%15-20) bağlı ölümlerin gerçekleştiği bilinmektedir. Günümüzde ALL'nin genomik profili hakkında önemli gelişmelerin tanımlanması, hedefe yönelik tedavi protokollerinin uygulanmasına olanak sağlamaktadır. Yapılan çalışmalar ile yeni genetik değişiklikler tanımlanmıştır. BCR-ABL1-benzeri ALL (Ph-like ALL) B-ALL'de özel bir alt grup olup bu hastalarda gen aktivasyonundan sorumlu birçok tirozin kinaz ve sitokin reseptörlerinin yer aldığı gösterilmiştir. CRLF2 (Cytokine Receptor-Like Factor 2) geni sitokin reseptör ailesinin bir üyesi olup bu yeni alt grubun yaklaşık yarısında IGH-CRLF2 ve P2RY8-CRLF2 şeklinde görülmektedir. CRLF2 geninin artmış anlatımı, ALL hastalarında olumsuz klinik tabloya katkı sağladığı ve kötü prognozla ilişkili olduğu bilinmektedir. Bu tez çalışmasında, 59 pediatrik B-ALL ve 11 pediatrik T-ALL hastasının tanı zamanı materyalleri kullanılarak, gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile relatif CRLF2 mRNA anlatım düzeylerinin belirlenmesi ve prognostik etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Yüksek anlatım eşik değeri ΔCt=8,02 olarak belirlenmiştir. B-ALL hastalarının %15'inde (n=11) yüksek CRLF2 (Y-CRLF2) mRNA anlatımı saptanmıştır. ΔCt≥8,02 olan 48 B-ALL 11 T-ALL hastasında normal CRLF2 (N-CRLF2) mRNA anlatımı olduğu belirlenmiştir. Y-CRLF2 ile N-CRLF2 grupları, BFM protokolü klinik parametreleri göz önünde bulundurularak yapılan istatistiksel analizlerde anlamlı sonuç tespit edilmemiştir. Benzer şekilde, CRLF2 medyan üstü ve altı ekspresyon gösteren hastaların klinik verileri arasında anlamlı fark belirlenmemiştir. Y-CRLF2 gen anlatımına sahip hastaların yaş medyan değeri 4, %6,3'ü sağ, %6,3'ünde nüks gözlenmediği, %5,4'ün tedaviye cevap verdiği, tanı lökosit <100.000(x109/L) olduğu, %0.4'ü yüksek risk ve %0.6'sının düşük risk grubunda olduğu, MSS tutulumunun olmadığı tespit edilmiştir. Genel sağkalım (cox p=0.88) ve olaysız sağkalım (cox p=0.81) analizlerinde anlamlı sonuç belirlenmemiştir. Pediatrik ALL'de prognostik moleküler belirteç olarak gösterilen CRLF2 geni aşırı artmış anlatım düzeylerinin kantitatif PZR yaklaşımları ile tespiti eşik değer belirlemedeki farlılıklar nedeni ile güçlükler barındırmaktadır. Bu nedenle ilave olarak gendeki yapısal değişiklikerin de belirlenmesi hastaların doğru ayrıştırılması için önemlidir. Bu çalışmada her ne kadar Y-CRLF2 saptanan olgularda klinik olarak anlamlı ve prognostik farklılıklar saptanmasa da Ph-benzeri hastaların seçiliminde Y-CRLF2 olguların belirlenmesi önemlidir. Ayrıca Y-CRLF2 hastalar JAK inhibitörleri ile tedaviye aday hastalardır.

Abstract:
Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most common disease group among pediatric cancer cases. Although survival rates are increased in pediatric ALL patients, it is known that deaths occur due to recurrence of the disease (15-20%). ALL genome studies led to defiene various molecular markers that are important in ALL classification and treatment decisions. One of this subtypes, BCR-ABL1-like ALL (Ph-like ALL)  is involved in gene activation which effects many tyrosine kinase and cytokine receptors. The CRLF2 (Cytokine Receptor-Like Factor 2) gene is a member of the cytokine receptor family. Approximately half of this new subgroup carry IGH-CRLF2 and P2RY8-CRLF2 rearrangements. Overexpression of the CRLF2 gene has been found as an unfovarable factor and correlated with poor outcome In our cohort, CRLF2 gene variations had been reported in our previous studies. In this thesis, we aimed to quantify CRLF2 mRNA expression in 59 pediatric B-ALL and 11 pediatric T-ALL patients' diagnosed materials by quantitative-real time polymerase chain reaction (RT-PCR),  and evaluate prognostic significance. The CRLF2 expression cut-off value (ΔCt) was determined as 8.02. Consequently, CRLF2 overexpression was detected in 11 B-ALL patients (15%). ΔCt≥8.02 represents normal CRLF2 expression level and 48 B-ALL and 11 T-ALL patients had normal CRLF2 expression. Statistical analyzes were performed according to the BFM protocol criterias but there was no statistically significant difference between H-CRLF2 and N-CRLF2 groups. Clinical features of the H-CRLF2 patients; median value of age is 4 years, 6.3% alive, 6.3% no relapse, response to treatment (5.4%), leukocyte count at diagnosis <100,000 (x109 / L), 0.4% high risk and 0.6%low risk group, no CNS involvement. We did not detect any statistical difference for overall survival (cox p = 0.88) and event free survival (cox p = 0.81). CRLF2 overexpression levels were detected by quantitative PCR however, several methods have been used to define a cut-off value for CRLF2 expression in the literature. Herein, we applied different cut-off levels and evaluated statistical analysis.   Detection of contitutional alterations in the gene are important for correct separation of patients. In this study, although no clinically significant and prognostic differences were found in cases with Y-CRLF2, it is important to determine Y-CRLF2 cases for the selection of Ph-like patients. In addition, Y-CRLF2 patients are candidates for treatment with JAK inhibitors.