Enterokok izolatlarında vanA, vanB ve vanC genlerinin belirlenmesi
Investigations of vana, vanB and vanC genes in enterococcus isolates
Yazar: MÜMİN SARGIN
Danışman: PROF. DR. AHMET ÜNVER
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterococcus = Enterococcus ; Genetik = Genetics ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Vankomisin = Vancomycin

Özet:
Enterokokların hastane ve toplum kökenli enfeksiyon etkenleri arasındaki önemi hızla artmaktadır.  Bu etkenlerde gelişen vankomisin direnci ve vankomisine dirençli türlerin birçok antibiyotiğe de dirençli olması, enterokokal enfeksiyonların tedavisini güçleştirmektedir. Vankomisin direnci ile ilişkili genlerin belirlenmesi bu önemli direncin özelliklerini daha iyi anlamaya ve etkin tedavi ve mücadele yöntemlerine yardımcı olmaktadır.  Bu çalışmada vankomisin direnci ve tür özellikleri farklı enterokok izolatlarında vankomisin direnciyle ile ilişkili önemli genlerden vanA, VanB ve VanC'nin PCR ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma materyali olarak, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında Haziran 2013 – Mart 2014 tarihleri arasında Vitek-2 Compact ile tanımlanmış 91'i (%45,5) (biri vankomisin dirençli) E. faecalis, 102'si (%51) (66'sı vankomisin dirençli) E. faecium, beşi (%2,5) E. gallinarum ve ikisi (%1) E. avium'dan oluşan 200 izolat kullanıldı. Bakterilerden DNA izolasyonu ve özgün genleri amplifiye eden PCR gerçekleştirildi. Toplamda 97 (%48,5) vanA, dört  (%2) vanC, iki  (%1) vanA+vanC direnç genleri pozitif izolat tespit edilirken, 97 (%48,5) izolat direnç genleri bakımından negatif olarak belirlendi. Doksan E. faecalis izolatından 19'u (%21,1) vanA pozitif olarak tespit edilirken, 71 (%78,9) suş ise negatif olarak belirlendi. Otuz altı E. faecium suşundan 16 tanesi (%44,4) vanA pozitif bulunurken 20 izolat (%55,6) ise negatif olarak belirlendi. Beş E. gallinarum izolatından dördü (%80) vanC pozitif olarak tespit edilirken, bir (%20) suşun vanC negatif olduğu bulundu. İki E. avium izolatı analiz edilen tüm direnç genleri açısından negatif olarak ortaya konuldu. Vitek-2 tarafından VR E. faecium olarak tanımlanmış 66 suşun 61'i (%92,4) vanA, ikisi (%3) vanA+vanC olarak tespit edilirken, üç (%4,6) izolat negatif olarak belirlendi. 
Bu araştırmada izole edilen hem VRE hem de VSE suşlarında belirlenen yüksek düzeyde direnç geni varlığı, başta vanA, vanB ve vanC olmak üzere direnç ilişkili genlerin dikkatle izlenmesinin etkin kontrol ve önleme yöntemleri için gerekli olduğunu ortaya koymaktadır. Bu çalışmanın enterokokların direnç özelliklerini ve epidemiyolojisini daha iyi anlamaya ve ilgili genlerin belirlenmesi şeklindeki tanısal desteğin önemini daha iyi kavramaya katkı sunması beklenmektedir.

Abstract:
Enterococci has increasing importance in both community and hospital acquired infections. The development of resistance to vancomycin leading to multiple drug resistance is complicating the treatment of enterococcal infections. Identification of genes associated with vancomycin resistance helps better understanding of resistance properties and effective treatment and control strategies. The present study aimed to determine the vanA, VanB and VanC, important genes associated with vancomycin resistance, in enterococcal isolates. For this purpose, 200 Enterococci strains isolated from surveillance and clinical samples in the Microbiology Laboratory of Çanakkale Onsekiz Mart University Hospital were analyzed. These strains, isolated between June 2013 – March 2014 and identified by Vitek-2 Compact system, consisted of 91 (45.5%) E. faecalis (one vancomycin resistant), 102 (51%) E. faecium (66 vancomycin resistant), five (2.5%) E. gallinarum and two (1%) E. avium. Bacterial DNA isolation and PCR targeting to vanA, VanB ve VanC genes were performed. Total of 97 (48,5%) vanA, four (2%) vanC and two (1%) vanA+vanC PCR positive isolates were determined and 97 (48.5%) isolates were found to be negative for resistance genes. Of the ninety E. faecalis isolates, 19 (21.1%) were found to be positive for vanA and 71 (78.9%) for negative. Among 36 E. faecium strains, 16 (44.4%) were positive for vanA and 20 (55.6%) were negative. Four out of five E. gallinarum isolates (80%) were identified as vanC, while a strain was found to be vanC negative (20%). Two E. avium strains were negative for all resistance genes analyzed. Among 66 isolates identified as VR E. faecium by Vitek-2, 61 (92.4%) and 2 (3%) were determined as vanA and vanA+vanC, respectively while three (4.5%) strains were found to be PCR negative. 
The existence of high level of resistance genes in both VRE and VSE strains isolated in this study suggests that careful monitoring of resistance-related genes, particularly vanA, vanB and vanC, is essential for effective treatment, control and preventive measures.  The results of this study may help better understand resistance properties of enterococci, epidemiology of enterococcal infections and importance of resistance gene determination in diagnostic contribution.