Ege Bölgesi enginar üretim alanlarında görülen viral etmenlerin biyolojik, serolojik ve moleküler yöntemlerle saptanması üzerinde araştırmalar
The investigations on the determination of viral agents in artichoke production areas in Aegean Region with biological, serological and molecular methods
Yazar: MÜGE ERGÜN
Danışman: PROF. DR. SEMİH ERKAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bitki virüsleri = Plant viruses ; Enginar = Artichoke ; Hıyar mozaik virüsü = Cucumber mosaic virus ; Kimliklendirme = Identification

Özet:
Bu çalışma 2011-2012 yıllarında İzmir, Aydın ve Muğla illerinde yoğun olarak enginar yetiştiriciliği yapılan üretim alanlarında enfeksiyon oluşturan viral etmenlerin tanılanması ve bulunma durumlarının belirlenmesi amacıyla, İzmir ilinden 64, Aydın ilinden 40 ve Muğla ilinden 16 olmak üzere 120 bitki örneği ile yürütülmüştür.Alınan enginar örneklerindeki viral etmenlerin tanılanmasında serolojik, moleküler ve biyolojik yöntemler kullanılmıştır. Toplanan örnekler ticari tanı kitleri bulunan 8 virüsün tanılanması amacıyla DAS-ELISA yöntemi ile testlenmiş, bu virüslere ek olarak 4 viral etmenin varlığı RT-PCR yöntemi ile araştırılmıştır.Araştırma kapsamında testlenen toplam 120 örnekte viral enfeksiyon oranının RT-PCR yöntemi ile % 39.17 olduğu, DAS-ELISA yöntemi ile de % 4.17 görülmüştür. İller bazında bakıldığında toplanan örneklerdeki virüslerin bulunma durumunun İzmir ilinde % 35.94 ve Aydın ilinde % 60.00 olduğu tespit edilmiş ve Muğla ilinden alınan örneklerde viral enfeksiyon bulunmadığını saptanmıştır. Çalışmada testlenen örneklerde en yaygın olarak ArLV'nin bulunduğu (% 30.83) ve bunu AYRSV (% 4.17) ve CMV (% 4.17) adlı virüslerinin izlediği görülmüştür. Ayrıca, İzmir ilinden alınan 2 örnekte ArLV+AYRSV karışık enfeksiyonu tespit edilmiştir. Yürütülen DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemlerinin sonuçları değerlendirilerek 25 örnekle biyolojik testler yürütülmüş ve test sonuçları alınan örneklerdeki enfeksiyon oranının % 28 olduğunu göstermiştir.Elde edilen veriler sonucunda RT-PCR ile izole edilen ArLV ve AYRSV adlı viral etmenler dünyadaki diğer izolatlarla benzerliklerinin karşılaştırılması amacıyla sekanslamaya gönderilmiş, elde edilen nükleotid dizilimleri dünyadaki diğer izolatlarla kıyaslanmıştır. İzole edilen ArLV'nin X87255.1 kodlu izolatla % 86 oranında, AYRSV'nin ise AM087671.2 kodlu izolatla % 92 oranında benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Çeşitli programlar kullanılarak oluşturulan filogenetik ağaçlarla her iki etmenin belirtilen dünya izolatlarıyla aynı grupta yer aldığı görülmüştür.Mevcut bilgilerimize göre, bu araştırmadan elde edilen bulgular Ege Bölgesi enginar üretim alanlarında ArLV, AYRSV ve CMV etmenlerinin enginar bitkilerindeki doğal enfeksiyonları konusunda ilk kayıt olma özelliğini taşımaktadır.Anahtar Kelimeler: Enginar, viral enfeksiyonlar, ArLV, AYRSV, CMV

Abstract:
This study was conducted to determine the presence and prevalence of viral infections on intensive artichoke production areas in Izmir, Aydın and Muğla provinces in 2011-2012. In order to identify viral agents, 64 samples from Izmir, 40 samples from Aydın and 16 samples from Muğla totally 120 samples were collected from symptomatic and asymptomatic plants and were tested by biological, serological and molecular methods. 8 viral agents were analysed by DAS-ELISA method with using commercial diagnostic kits. In addition to these viruses, 3 presences were investigated by RT-PCR method.The incidence of viral infections was found 39.17% with RT-PCR method and 4.17% with DAS-ELISA method. In Izmir province infection rate was found as 35.94 % and in Aydın province 60.00 %. The results of detection studies in Muğla province showed that there is no viral infection on samples. Following evaluation of conducted DAS-ELISA and RT-PCR tests, biological tests were carried out with 25 samples. Biological test results showed that infection rate was 28 %.ArLV was the most prevalent virus (30.83 %) in the samples of our work and followed by AYRSV (4.17 %) and CMV (4.17 %). In addition, mixed infection caused by ArLV+AYRSV were found 2 samples from Izmir province. Mixed infection rate was detected as 3.13 % and the incidence of mixed infections was 2/64.As a result of obtained data by RT-PCR, detected AYRSV and ArLV isolates sequenced in order to compare similarities with other world isolates. Identified nucleotide sequences were compared with rest of the world?s isolates. Isolated ArLV agent was showed 86 % similarity with X87255.1 isolate and AYRSV 92 % with AM087671.2 isolate. Constituted phylogenetic trees with using a variety of programs showed that both isolate were situated in the same group with mentioned world isolates.According to our knowledge the findings in the present study is the first report about natural infections of artichoke by ArLV, AYRSV and CMV in Aegean Region, Turkey.Key Words: Artichoke, viral infections, ArLV, AYRSV, CMV