Hidrofobin proteini üretici Cladosporium türlerinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of Cladosporium species producing hydrophobins
Yazar: BÜŞRA ALBAYRAK
Danışman: YRD. DOÇ. DR. SERKAN ÖRTÜCÜ
Erzurum Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Hidrofobinler filamentöz funguslarda üretilen küçük moleküler ağırlığa sahip amfipatik proteinlerdir. Bu proteinler içerdikleri korunmuş sisteinler arasında oluşan disülfit bağları sayesinde oldukça kararlı bir yapıdadırlar ve bu yapılarından dolayı yüzey modifikasyonları, doku mühendisliği ve ilaç taşıma sistemleri gibi birçok farklı alanda kullanılma potansiyelleri vardır. Bu tez çalışmasında, kültür ortamında süperhidrofobik özellik gösteren fungus izolatlarının hidrofobisitesinden sorumlu olan hidrofobin proteinlerinin belirlenmesi, saflaştırılması ve hidrofobin üretici türlerinin moleküler karakterizasyonunun gerçekleştirilmesi ile yeni hidrofobin üretici türlerin ve yeni hidrofobin proteinlerinin literatüre kazandırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, topraktan izole edilmiş filamentöz fungus izolatları PDA'da bir hafta geliştirildikten sonra suyun değme açısı ölçümüyle yüzey hidrofobisiteleri belirlendi. Elde edilen değme açılarına göre derecelendirilip, en yüksek hidrofobisiteye sahip beş farklı fungus klasik yöntemlerle Cladosporium olarak tanılandı. Ardından bu izolatların sporları, hidrofobin eldesi için önerilen asetonitril-TFA ve %60'lık etanol çözeltileri içinde ekstrakte edildi. Son olarak, ITS ve D1D2 gen bölgelerine göre Cladosporium türlerinin moleküler karakterizasyonu gerçekleştirildi. Sonuç olarak, en yüksek değme açısına sahip A5 izolatı, C. macrocarpum olarak tanılandı ve yaklaşık 8kDa'luk hidrofobin proteinine sahip olduğu belirlendi.

Abstract:
Hydrophobins are amphipathic proteins with small molecular weight produced in filamentous fungi. These proteins are highly stable due to the disulfide bonds formed between the protected cysteines they contain and have the potential to be used in many different fields such as surface modifications, tissue engineering, and drug transport systems. In this study, it was aimed to determine the hydrophobin proteins responsible for the hydrophobicity of the superhydrophobic fungus isolates in the culture medium and to carry out the molecular characterization of the hydrophobin producer species and to introduce new hydrophobin producing species and new hydrophobin proteins. For this purpose, isolates from soil were incubated for one week in PDA and surface hydrophobicity was determined by measuring the water contact angle. Five different fungi with the highest hydrophobicity were classified as Cladosporium by classical methods. The spores of these isolates were then extracted in acetonitrile-TFA and 60% ethanol solutions recommended for obtaining hydrophobins. Finally, molecular characterization of Cladosporium species was performed according to ITS and D1D2 gene regions. As a result, the A5 isolate with the highest contact angle was identified as C. macrocarpum and it was determined to have a hydrophobin protein of about 8kDa.