Klinik saprochaete izolatlarının tür düzeyinde tanımlanması, iki farklı referans yöntemle elde edilen antifungal duyarlılık testi sonuçlarının karşılaştırılması ve virülans faktörlerinin araştırılması
Identification of clinical saprochaete isolates at species level, comparison of antifungal susceptibility test results obtained with two different reference methods, and investigation of virulence factors
Yazar: BEYZANUR KAŞALTI
Danışman: PROF. DR. DOLUNAY GÜLMEZ KIVANÇ
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal duyarlılık testleri = Antifungal sensitivity tests ; Biyofilm sistemleri = Biofilm systems ; Esterazlar = Esterases ; Fosfolipazlar = Phospholipases ; Peptid hidrolazlar = Peptide hydrolases ; Proteinaz =   ; Saprochaete = Saprochaete ; Virülans faktörleri = Virulence factors

Özet:
Saprochaete türleri, özellikle, bağışıklığı baskılanmış hastalarda ölümle sonuçlanabilen enfeksiyonlara neden olabilen ve nozokomiyal salgınlara yol açabilen fırsatçı patojenlerdir. Virülans faktörleri ile ilgili bilgiler sınırlıdır ve antifungal duyarlılık testleri henüz standardize edilmemiştir. Bu çalışmada klinik Saprochaete izolatlarının tür tanısının doğrulanması, virülans faktörlerinin fenotipik yöntemlerle araştırılması ve iki farklı referans antifungal duyarlılık testi ile duyarlılık durumunun araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikoloji Birimi'nde konvansiyonel olarak Saprochaete türü olarak tanımlanan 57 izolat dâhil edilmiştir. Tür düzeyinde tanımlama MALDITOF-MS ve dizi analizi ile doğrulanmıştır. Koagülaz, hemoliz, fosfolipaz, salgısal asit proteinaz ve esteraz aktivitesi ve biyofilm oluşturma yeteneği test edilmiştir. Amfoterisin B, flukonazol, vorikonazol ve mikafungin minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) ve European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) önerilerine uygun olarak belirlenmiştir. Çalışmadaya alınan izolatların 53'ü Saprochaete capitata 4'ü Saprochaete clavata olarak tanımlanmıştır Tüm izolatlar koagülaz, hemoliz, fosfolipaz, asit proteinaz negatiftir. Esteraz pozitifliği tüm izolatlar için %56,1'dir.  Tüm izolatlar kristal viyole ve XTT yöntemleriyle güçlü biyofilm pozitif bulunmuştur. Antifungal duyarlılık testlerinde MIC90 değerleri CLSI ve EUCAST için sırasıyla amfoterisin B için 2 g/mL ve 1 mg/l, flukanozol için 8 g/mL ve 32 mg/l, vorikonazol için 0,25 g/ml ve 4 mg/l, mikafungin içinse 16 g/mL ve 32 mg/l olarak bulunmuştur.

Abstract:
Saprochaete species are opportunistic pathogens that can cause fatal infections and nosocomial outbreaks, particularly in immunocompromised patients. Data on virulence factors are limited. In this study, it was aimed to confirm the species diagnosis of clinical Saprochaete isolates, to investigate the virulence factors by phenotypic methods and to investigate the susceptibility profiles with two different reference antifungal susceptibility test.57 isolates defined as Saprochaete species in Hacettepe University Hospitals Mycology Unit were included in the study. Species-level identification was confirmed by MALDITOF-MS and sequence analysis. Coagulase, hemolysis, phospholipase, secretory acid proteinase and esterase activity and biofilm forming ability were tested. Minimum inhibitory concentration (MIC) values of amphotericin B, fluconazole, voriconazole and micafungin were determined according to Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) and European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Of the isolates included in the study, 53 were identified as Saprochaete capitata and 4 as Saprochaete clavata. All isolates were negative for coagulase, hemolysis, phospholipase, and acid proteinase. Esterase positivity was 56.1% for all isolates. All isolates were strong biofilm positive by crystal violet and XTT methods. MIC90 values in antifungal susceptibility tests were 2 g/mL and 1 mg/l for amphotericin B, 8 g/mL and 32 mg/l for flucanozole, 0.25 g/ml and 4 mg/l for voriconazole, micafungin for CLSI and EUCAST, respectively.