Salisilaldehit'ten elde edilen bazı schiff bazlarının yapısal özelliklerinin deneysel x-ışını kırınımı yöntemiyle incelenmesi
The structural study on the some schiff bases synthized using salicylaldehyde by the x-ray diffraction
Yazar: ABDULLAH AKKAYA
Danışman: PROF. DR. İSMET ŞENEL
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Bölümü / Fizik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering
Dizin: Tautomerizm = Tautomerism ; Tek kristaller = Single crystals ; X ışını kırınımı = X ray diffraction

Özet:
Bu teze konu olan (E)-2-[(3-Bromofenilimino)metil]-6-metilfenol (C14H12BrNO), (E)-2-[(2-Metilfenilimino)metil]-4-bromofenol (C14H12BrNO), (E)-4-Bromo-2-((2-Bromofenilimino)metil)fenol (C13H9Br2NO), (E)-2-metil-6-[(3-(triflorometil)fenilimino)metil]fenol (C15H12NOF3) ve (Z)-N-(2-((5-metoksi-6-okzosiklohekza-2,4-dienilidene)metilamino)etil)-4-metilbenzensulfonamid (C17H16N2O4S) kristallerinin yapı analizleri tek kristal X-ışını kırınımı yöntemiyle yapılmıştır.(E)-2-[(3-Bromofenilimino)metil]-6-metilfenol (I) molekülünün birim hücre parametreleri a=6.2637(5)Å, b=13.8902(11)Å, c=14.3678(15)Å ve ?=ß=?=90º'dir.Bu kristalin birim hücresi ortorombik P212121 uzay grubuna aittir. Arıtım sonucunda elde edilen güvenilirlik faktörü R, 0.037 olarak elde edilmiştir. Molekülde bulunan C-O tek bağı, C=N çift bağı ve O-H?N molekül içi hidrojen bağı yapının enol-imin formda olduğunu doğrulamaktadır. Flack parametresinin arıtım sonundaki değeri 0.02(1) dir ve bu değer kristalin rasemik ikiz olduğuna işaret etmektedir. O-H?N molekül içi hidrojen bağı S(6) halka motifini oluşturmaktadır. Bunun yanı sıra moleküller arası C-H?? ve ?...? etkileşmeleri molekülün [010] doğrultusunda paketlenmesini sağlamaktadır. Molekül, 0.44(16)º'lik dihedral açıyla yaklaşık düzlemseldir.C14H12BrNO (II) molekülünün birim hücre parametreleri, a=15.9411(9)Å, b=4.6126(2)Å, c=17.3171(11)Å, ?= ? =90º,ve ß=103.810(5)º'dir. Bu kristalin birim hücresi monoklinik P21/c uzay grubuna aittir. Arıtım sonucunda elde edilen güvenilirlik faktörü R, 0.060 olarak elde edilmiştir. Molekül, enol-imin tautomerik formda kristallenmiştir. Kristal paketlenmesi van der Waals etkileşmesiyle sağlanmıştır Halkalar 3.26(2)º dihedral açıyla yaklaşık olarak düzlemseldir.C13H9Br2NO (III) molekülünün birim hücre parametreleri, a=7.4557(3)Å, b=11.9646(5)Å, c=28.2361(10)Å ve ?=ß=?=90º'dır. Bu kristalin birim hücresi ortorombik Pbca uzay grubuna aittir. Arıtım sonucunda elde edilen güvenilirlik faktörü R, 0.031 olarak elde edilmiştir. Molekül, enol-imin tautomerik formda olduğunu doğrulayan O-H?N molekül içi hidrojen bağına sahiptir. Bunun yanı sıra kristalde 3 boyutta ac düzlemi boyunca paketlenmeyi sağlayan C-H?? moleküller arası etkileşmeleri vardır. Molekül, benzen halkaları arasındaki 5.13(10)º'lik açıyla yaklaşık düzlemseldir.C13H10NOF3 (IV) molekülünün birim hücre parametreleri, a=6.1462(4)Å, b=14.2873(8)Å, c=14.8352(13)Å ve ?=ß=?=90º'dir. Bu kristalin birim hücresi ortorombik P212121 uzay grubuna aittir. Arıtım sonucunda güvenilirlik faktörü R, 0.076 olarak elde edilmiştir. Yapı enol-imin tautomerik formdadır. Yapıdaki bazı atomlar düzensizliğin neden olduğu yüksek yer değiştirme parametrelerine sahiptir ve CF3 grubundaki flor atomlarında rotasyonel düzensizlik gözlenmiştir. ? ? ? etkileşmeleri birbirleriyle simetri ilişkilidir ve tabakaların [100] doğrultusu boyunca paketlenmesini sağlar. Molekülde benzen halkalarının oluşturduğu düzlemler arasındaki dihedral açı, 2.24(23)º'dir.C17H16N2O4S (V) molekülünün birim hücre parametreleri, a=7.0840(8)Å, b=10.9393(13)Å, c=12.1741(14)Å, ?=80.328(9)º, ß=75.363(9)º ve ?=77.805(9)º'dir. Bu kristalin birim hücresi triklinik P-1 uzay grubuna aittir. Arıtım sonucunda güvenilirlik faktörü R, 0.046 olarak elde edilmiştir. Bağ uzunlukları dikkate alındığında yapının keto-amin formda olduğu görülür. Yapıda Schiff bazları için karakteristik olan molekül içi N-H?O hidrojen bağının yanı sıra moleküller arası N-H?O hidrojen bağları da gözlendi. Molekül içi bağ S(6) halka motifini oluştururken moleküller arası N-H?O hidrojen bağları R22(20), R22(10) R22(6) dimerlerini oluşturmaktadır. Molekül C8, C9, N2 ve S1 atomlarında oluşan torsiyon nedeniyle U şeklindedir. İki halka arasındaki dik uzaklık 4.328Å ve oluşturdukları düzlemler arasındaki açı 37.99 (9)º'dir.

Abstract:
In this study, the Schiff base crystals of ?(E)-2-[(3-Bromophenyilimino)methyl]-6-methylphenol (C14H12BrNO), (E)-2-[(2-Methylphenylimino)methyl]-4-bromophenol (C14H12BrNO), (E)-4-Bromo-2-((2-Bromophenilimino)methyl)phenol (C13H9Br2NO), (E)-2-methyl-6-[(3-(trifloromethyl)phenilimino)methyl]phenol (C15H12NOF3) and (Z)-N-(2-((5-methoxy-6-oxocyclohexa-2,4-dienylidene)methylamino)ethyl)-4-methylbenzenesulfonamide (C17H16N2O4S) have been determined by x-ray diffaction method. Atomic parameters were refined by least squares and Fourier teqniques.The unit cell parameters of the first molecule C14H12BrNO, (I) are a=6.2637(5)Å, b=13.8902(11)Å, c=14.3678(15)Å and ?=ß=?=90º. The unit cell of this crystal is in the orthorhombic P212121 space group. In the result of refinement, reliability factor (R) of molecule (I) have been obtained as 0.037. The molecule has C-O single bond, C=N double bond and intra-molecular N-H?O hydrogen bond which confirm the molecule adopts the enol-imine form. In the end of refinement procedure, value of Flack parameter is 0.02(1) and this value indicates racemic twining. Intra-molecular N-H?O hydrogen bond generates S(6) ring motif. In addition to intra-molecular hydrogen bonds, C-H?? and ?...? interactions pack the structure along the [010] direction. The molecule is planar, with a dihedral angle of 0.44(16)º between the aromatic rings.The unit cell parameters of molecule C14H12BrNO, (II) is a=15.9411(9)Å, b=4.6126(2)Å, c=17.3171(11)Å, ?= ? =90º,ve ß=103.810(5)º. The unit cell of this crystal is in the monoclinic P21/c space group. In the result of refinement, reliability factor (R) of molecule (II) have been obtained as 0.060. The molecule adopts enol-imine tautomeric form. Crystal stabilized by van der Waals interactions. The rings of the molecules are approximately planar with dihedral angle 3.26(2)º.The unit cell parameters of molecule C13H10BrNO2, (III) are a=7.4557(3)Å, b=11.9646(5)Å, c=28.2361(10)Å, and ?=ß=?=90º. The unit cell of this crystal is in the orthorombic Pbca space group. In the result of refinement, reliability factor (R) of molecule (III) have been obtained as 0.031. The molecule has a intra-molecular O-H?O hydrogen bond which confirm the molecule adopts the enol-imine tautomerism. The molecule has also intra-molecular C-H...? interactions. The molecule is approximately planar with dihedral angle of 5.13(10)º between aromatic rings.The unit cell parameters of molecule C13H10FNO2, (IV) are a=6.1462(4)Å, b=14.2873(8)Å, c=14.8352(13)Å and ?=ß=?=90º. The unit cell of this crystal is in the orthorhombic P212121 space group. In the result of refinement, reliability factor (R) of molecule (IV) have been obtained as 0.076. The molecule adopts the enol-imine tautomeric form. High s.u. values and high dislacement parameters of some atoms in the molecule are likely caused by disorder and the CF3 group shows rotational disorder. ?...? interactions is symmetry related and packs the layers through [100] direction. In the molecule dihedral angle between benzene rings is 2.24(23)ºThe unit cell parameters of molecule (C13H10ClNO2), (V) are a=7.0840(8)Å, b=10.9393(13)Å, c=12.1741(14)Å, ?=80.328(9)º, ß=75.363(9)º and ?=77.805(9)º. The unit cell of this crystal is in the triclinic P-1 space group. In the result of refinement, reliability factor (R) of molecule (V) have been obtained as 0.046. Compound (V) exists primarily as the keto-amine tautomer as indicated by the bond lengths. In the structure, in adition to N-H...O hydrogen bonds which is characteristic for Schiff bases, intra-molecular N-H...O bonds was also observed. Inter-molecular N-H...O bonds generate R22(20), R22(10) R22(6) motifs while inter-molecular bond generates S(6) ring motif. Molecule shape likes U because of occurring torsion in C8, C9, N2 and S1. Distance between the two rings is 4.328Å and the dihedral angle between the planes of these rings 37.99(9)º.