Hastane enfeksiyonlarında Pseudomonas aeruginosa epidemiyolojisinin REP-PZR ile araştırılması
Epidemiological investigastion of nasocomial Pseudomonas aeruginosa infection with REP-PCR
Yazar: ÖZGÜR CEYLAN
Danışman: PROF. DR. NECDET KUYUCU
Mersin Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Çocuk Enfeksiyon Hastalıkları Bilim Dalı
Derece: Tıpta Yan Dal Uzmanlık, 2014
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Epidemiyoloji = Epidemiology ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Pseudomonas aeruginosa toplum kaynaklı enfeksiyonlara nadiren yol açar. Genellikle sağlık bakımı ile ilişkili enfeksiyonlardan sorumludur. Yoğun bakımda tedavi gören hastalarda sepsis, ventilatör ilişkili pnömoni, menenjit, gastroenterit, santral venöz kateter, üriner sistem, cilt ve yumuşak doku, cerrahi yara yeri enfeksiyonu gibi çok çeşitli klinik tablolara yol açabilir.  
P. aeruginosa çoğu hastanede endemik düzeyde bir hastane enfeksiyonu ajanı olarak görülür. Bazen epidemik düzeye çıkabilir ve salgınlara yol açabilir.
Özellikle hastane enfeksiyonuna neden olan bakterilerin çoğul antibiyotiklere dirençli olmaları, tedavilerinin zor olması, mortalite ve morbiditeyi arttırmaları nedeniyle Pseudomonas ve diğer fırsatçı bakterilerin cins, tür, izolat düzeyinde ayırımının yapılması hastane salgınlarına yol açan bakterilerin hastane içindeki epidemiyolojisinin belirlenmesi ve salgınlarının önlenmesi için son derece önemlidir. Bu amaçla 1990'lı yıllardan itibaren moleküler yöntemler kullanılmaya başlanmıştır.
Bu çalışmada moleküler yöntemlerden Repetitive Element Palindromik Polimeraz Zincir Reaksiyonu (REP-PZR) kullanılarak hastanemizdeki Pseudomonas aeruginosa epidemiyolojisinin belirlenmesi amaçlandı.
Çalışmamızda Diversilab yöntemi ile tiplendirilen 49 Pseudomonas izolatında 31 farklı klon bulunmuştur. %95'in üzerinde benzerlik 11 suştan oluşan bir ana klonda (A klonu), 3 tane suş içeren 2 ayrı klonda (B ve C klonları), 2'li suş içeren 4 ayrı klonda gözlenmiş (D,E,F,G klonları), 24 tane ise tekli klon tespit edilmiştir. Ana klona ait suşlar yenidoğan yoğun bakım ünitesi (n=2), çocuk yoğun bakım ünitesi (n=2), çocuk enfeksiyon hastalıkları (n=1), dahiliye yoğun bakım (n=4) ve erişkin hematoloji-onkoloji (n=2) servislerinde izole edildi.
Sonuç olarak bu çalışma ile hastanemizde, 11 benzer Pseudomonas  suşundan oluşan ana klonunun servisler arasında klonal yayılım gösterdiği ortaya konmuştur. REP-PZR yönteminin epidemiyolojik çalışmalarda ve enfeksiyon kontrolünde kullanılabilecek yararlı bir yöntem olabileceği kanısına varılmıştır.

Abstract:
Pseudomonas aeruginosa rarely cause community acquired infections. P. aeruginosa is often responsible for health care associated infections. P. aeruginosa can lead to a variety of clinical statements such as sepsis, ventilator associated pneumonia, meningitis, gastroenteritis, central venous catheter, urinary tract, skin and soft tissue, surgical wound infections in patients treated in intensive ünit. 
P.aeruginosa are seen as an hospital infection agent in endemic level in most of the hospitals. It can sometimes reach to the epidemic level and may cause outbreaks.
It is extremely important to discriminate Pseudomonas and the other opportunist bacteria at the level of species, genus and isolates because the bacteria that causes the hospital infections are resistant to multiple antibiotics. They also increase the mortality and the morbidity and the infections caused by them are difficult to treat. That discrimination is also important for the determination of the in-hospital epidemiology of the bacteria which causes hospital outbreaks and also for the prevention of the epidemics.
In this study, it is aimed to determine the epidemiology of Pseudomonas aeruginosa in our hospital by using the molecular method of Repetitive Elements Palindromic Polymerase Chain Reaction(REP-PCR) .
In our study, 31 different clones have been detected in 49 Pseudomonas isolates which were typed by using Diversilab method. Over %95 similarity was monitored in the main clone which contains 11 strains, in 2 different clones each of which contains 3 strains and in 4 different clones each of which contains 2 strains. Morover, 24 single-strained clones were identified. The strains belong to the main clone have been isolated in neonatal intensive care unit (n = 2), pediatric intensive care unit (n = 2), the service of pediatric infectious diseases (n = 1), the service of medical intensive care (n = 4) and the service of adult hematology-oncology (n = 2 ) .
In conclusion, major clone which was created by homologous 11 Pseudomonas strains showed clonal dissemination in our hospital. REP-PCR can be useful method for molecular epidemiological purposes and aid to infection control measures.