Adenosin bileşik serisinin anti-tümör aktivitesinin elektron konformasyon-genetik algoritma (EC-GA) yöntemi ile QSAR incelenmesi
QSAR studies with EC-GA method on adenosine compounds as anti-tumor inhibitor
Yazar: YÜCEL YAZAR
Danışman: PROF. DR. EMİN SARIPINAR
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Kimya = Chemistry
Dizin: Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Adenosin bileşik serilerinin ?Elektron Konformasyonel -EC? metotu ile kantitatif aktivite tahmini yapılmıştır.Bu metot ile Pha, aktiviteyi artıran (AG) ve aktiviteyi azaltan (APS) grupların parametrelerinin bir fonksiyonu olarak kantitatif aktivite hesaplanabilir ve moleküllerin biyolojik maddelerle etkileşim mekanizmasının açıklanmasına yardımcı olur.Bu çalışmada konformasyonel analiz, elektronik yapı hesaplamaları ve matris karşılaştırması 21 bileşik için yapılmıştır. Bileşikler için elektron konformasyonel matrisi (ECMC) ESCP V1.0 programında hazırlandı. Farmakofor grubu belirlemek için elektron-konformasyonel alt matrisi (ECSA). Serisinde farmakofor grup N1, C2, N4, C7 ve C4 atomları olarak bulunmuştur. Bu bileşik serileri için bileşiklerin elektronik, geometrik ve fizikokimyasal özelliklerini gösteren parametreler Delphi dilinde yazılan EMRE V1.2 programında hazırlandı. Hazırlanan değişkenlerden yararlanarak Matlab programında genetik algoritma optimizasyon tekniği kullanılarak aktivite hesaplamaları yapıldı. Teorik olarak çıkan sonuçların deneysel sonuçlarla uyum içinde olduğu görülmüştür. Seride en aktif bileşik referans alınarak bileşiklerin aktivitesini en iyi veren parametreler bulunmuştur.Adenosin serisinde en iyi sonuç 18 parametre (kappa ) değeri ile elde edilmiş ve R2 değeri 1.0000 olarak hesaplanmıştır.

Abstract:
Quantitative activity prediction for a series of Adenosine derivatives are revealed by ?Electron Conformational? EC method.Quantitative activite can calculate as a function of Pha, APS groups that decrease the activity and AG groups that increase the activity with this method and this method conduce to explain of the model of biological interaction of the molecule. The main features of this method is that in addition to revealing the activity by Pha groups, explains activity as set of atomic electronic features, superimposing in a special geometry and explains to 3D structure-activity relationship. This method allows for prediction of the parameters of the Pha, APS groups that decrease the activity and AG groups that increase the activity and offers a significant advance both in the understanding the model of biological interaction of the molecule and in the predicting its activity. In this study conformational analysis, electronic structure calculations and matrix comparisons are performed for the 21 Adenosine series. ETMC was prepared for each of these two series. ECSA was prepared in ESCP in order to determine Pha group. While N1, C2, N4, C7 and C4 atoms of Pha group are present in series. Parametres was prepared in EMRE V1.2 programme which was formatted in Delphi Programme by depending on Pha atoms. The activity calculation was made by using prepared parameter in Matlab programme by englaying genetic algoritma optimization. We that saw it was confirmed that the theorical results. The best result in Adenosine series was found by using A11 compounds as referance with 18 kappa level and R2 value was calculated as 1.0000