Küçük hücreli dışı akciğer kanseri olgularından sorumlu gen mutasyonlarının likit biyopsi yöntemi ile araştırılması
Investigation of responsible gene mutations in non-small cell lung cancer cases with small cell histology using liquid biopsy method
Yazar: CEMAL ÇAĞRI ÇETİN
Danışman: PROF. DR. PINAR ASLAN KOŞAR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMET YUSUF TEPEBAŞI
Süleyman Demirel Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Kanser gelişiminde önemli bir rol oynadığı bilinen sürücü genler, hücrelerin büyümesi, yayılması ve tedaviye direnci gibi kritik süreçleri kontrol etmektedir. Akciğer kanserinde uygulanan hedefe yönelik tedaviler de sürücü genlere özgü inhibitör ilaçlarla etkili olabilmektedir. Tüm dünyada genomik değişiklerin saptanması amacıyla sıklıkla kullanılmaya başlanan; hızlı, noninvaziv ve tekrarlanabilir bir yöntem olan likit biyopsi ile, SDÜ Tıp Fakültesi Hastanesi Göğüs Hastalıkları Anabilim Dalında küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) tanısı konulan ve kemoterapi almamış hastalarda 31 gen içeren yeni nesil dizileme (NGS) ticari kiti panel şeklinde taranarak mutasyonların sıklık ve dağılımının belirlenerek; patojenitesinin, klinik parametreler ile ilişkisinin ve genel sağ kalım açısından öneminin saptanması amaçlandı. Lokal ve ileri evredeki 24 hastanın dahil edildiği çalışmamızda, NGS ile ONCO/Reveal cfDNA Multi-Kanser Panelini kullanarak doku biyopsisine alternatif bir yöntem olan likit biyopsi analizi gerçekleştirildi. Histopatolojik olarak %33,3'ü adenokarsinom, %66,7'si skuamöz hücreli karsinom alt tipinine sahip hastaların %91,67'sinin (22/24) erkek ve yaş ortalamasının 65,6±7,7 olduğu belirlendi. Olguların %45,83'ünde (11/24) gen paneline ait herhangi bir varyasyon saptanamazken, geri kalan olguların %54,16'sının (13/24) ise en az bir mutasyona sahip olduğu belirlendi. Hastalarımızın hiçbirinde BRAF, ROS1, CTNNB1 genlerine ait mutasyon tespit edilemedi. Ayrıca evre III'de olan hastalarda NTRK3, SMAD4, IDH1, PPP2R1A ve evre IV'de olan hastalarda AKT1, ESR1, MET genlerine ait mutasyon tespit edilemedi. Bunun yanı sıra PDGFRA, ALK, TP53 genlerine ait mutasyonların hastalığın kötü prognozu üzerine etkisinin olduğu belirlendi. Sonuç olarak, etkili tedavi ancak doğru tanı ile gerçekleşebilir. Bu yüzden ctDNA testi KHDAK'nin klinik yönetimine dahil edilmesi ve anatomik evrelemeye alternatif olarak, moleküler evreleme modelinin oluşturulması önerilmektedir.

Abstract:
Known as driver genes, which play a significant role in cancer development, control critical processes like cell growth, spreading, and treatment resistance. Targeted therapies in lung cancer, too, can be effective by using inhibitor drugs specific to these driver genes. Globally, for detecting genomic alterations, liquid biopsy, a rapid, non-invasive, and repeatable method, has gained popularity. In a study conducted at SDU Faculty of Medicine Hospital, liquid biopsy was utilized as an alternative to tissue biopsies to analyze mutations in a panel of 31 genes, including patients diagnosed with non-small cell lung cancer (NSCLC) who hadn't received chemotherapy. Among the 24 patients in various stages included in the study, utilizing NGS (Next Generation Sequencing) and the ONCO/Reveal cfDNA Multi-Cancer Panel, liquid biopsy analysis was carried out. Histopathologically, 33.3% had adenocarcinoma and 66.7% had squamous cell carcinoma subtype. Of these, 91.67% (22/24) were male, with an average age of 65.6±7.7. While 45.83% (11/24) of cases showed no variations in the gene panel, the remaining 54.16% (13/24) exhibited at least one mutation. No mutations were detected in the BRAF, ROS1, and CTNNB1 genes among the patients. Additionally, no mutations were found in the NTRK3, SMAD4, IDH1, PPP2R1A genes in stage III patients, nor in the AKT1, ESR1, MET genes in stage IV patients. Furthermore, it was observed that mutations in PDGFRA, ALK, and TP53 genes were associated with a poor prognosis. In conclusion, effective treatment hinges on accurate diagnosis. Therefore, it is recommended to integrate ctDNA testing into NSCLC clinical management and establish a molecular staging model as an alternative to anatomical staging.