Küçük hücreli dışı akciğer kanseri hastalarında likit biyopsi yöntemi ile 19 gende (AKT1, ALK, BRAF, DDR2, EGFR, ERBB2, ESR1, FGFR1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RICTOR, ROS1 somatik mutasyonların taranması
Screening of somatic mutation in 19 genes (AKT1, ALK, BRAF, DDR2, EGFR, ERBB2, ESR1, FGFR1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RICTOR, ROS1)) by liquid biopsy method in non-small cell lung cancer patients
Yazar: ÇAĞRI DOĞAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÜMMET ABUR
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Biyopsi-sıvı = Biopsy-liquid ; DNA mutasyon analizi = DNA mutational analysis ; Genler = Genes ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
AMAÇ: Bu çalışmada küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) hastalarında likit biyopsi yöntemi ile gözlenen mutasyonların sıklık ve dağılımının belirlenmesi, klinik parametreler ile ilişkisi, tedavi direnci ve sağ kalım açısından öneminin saptanması amaçlandı.
HASTALAR VE YÖNTEM: 42 yeni tanı ve 58 progrese/nüks (EGFR mutant veya EGFR vahşi tip) olmak üzere 100 KHDAK hastası çalışmaya dahil edildi. Hastalardan alınan kan numunelerinden cfDNA izolasyonu yapıldı ve yeni nesil dizileme (NGS) platformunda AKT1, ALK, BRAF, DDR2, EGFR, ERBB2, ESR1, FGFR1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RICTOR, ROS1 genlerindeki hotspot bölge mutasyonları tarandı. 
BULGULAR: 66 erkek, 34 kadın hasta mevcuttu ve hastaların yaş ortalaması 63.7±9.7 idi. Tüm hastalar evre 4 idi. Multimetastatik hastaların ortalama genel sağ kalım (GSK) süresi, oligometastatik hastaların ortalama GSK süresinden anlamlı kısaydı. Multimetastatik hastalardan elde edilen ortalama cfDNA miktarı, uzak organ metastazı olmayan hastaların ortalama cfDNA miktarından anlamlı fazlaydı. 100 hastanın 25'inde (%25) bir veya birden fazla gende 34 patojenik mutasyon (PM) saptandı. En sık mutasyon saptanan genler EGFR (n=18 PM) (%52,9) iken sonrasında KRAS (n=7 PM (%20,5), PIK3CA 5 PM (%14,5) idi. EGFR geninde en sık saptanan mutasyonlar ekzon 19 delesyonları (%33) ve T790M mutasyonu (%22) idi. Progresyon/nüks gösteren EGFR vahşi tip hastalarda PM saptanan hastaların ortalama GSK PM saptanmayan hastalara göre anlamlı kısa bulundu.
TARTIŞMA VE SONUÇ: Çalışmamızda KHDAK oluşumuna ve/veya ilaç direncine yol açan heterojen gen mutasyonlarının saptanmasında NGS temelli likit biyopsi yönteminin avantajlı olduğu görülmüştür. İleri evre  hastalarda ki uzak metastazların cfDNA miktarında artışa neden olması likit biyopsi yönteminin gelecekte hasta takibinde kullanılabileceğini düşündürmektedir.

Abstract:
AIM: In the present study, we aimed to determine the frequency and distribution of mutations observed with liquid biopsy method in non-small cell lung cancer (NSCLC) patients, to determine their importance in terms of clinical resistance, treatment resistance and survival.
PATIENTS AND METHOD: 100 NSCLC patients, including 42 new diagnoses and 58 progressive/relapsed (EGFR mutant or EGFR wild type) were included in the study. cfDNA isolation was performed from the blood samples taken from the patients and AKT1, ALK, BRAF, DDR2, EGFR, ERBB2, ESR1, FGFR1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RICTOR, ROS1 genes hotspot zone mutations were screened in the new generation sequencing (NGS) platform.
RESULTS: There were 66 male and 34 female patients, and the mean age of the patients was 63.7 ± 9.7. All patients were in stage 4. The mean overall survival (OS) of multimetastatic patients was significantly shorter than the oligometastatic patients. The mean of obtained cfDNA amount was significantly higher in multimetastatic patients than the patients without distant organ metastasis. In 25 (25%) of 100 patients, 34 pathogenic mutations (PM) were detected in one or more genes. Genes with the most frequent mutations were EGFR (n = 18 PM) (52.9%), following KRAS (n = 7 PM (20.5%), PIK3CA 5 PM (14.5%). The most common mutations detected in the EGFR gene were exon 19 deletions (33%) and T790M mutation (22%). The OS means of patients with progression/recurrence and EGFR wild type patients with PM was significantly lower than those without PM.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In the present study, NGS-based liquid biopsy method was found to be advantageous in detecting heterogeneous gene mutations leading to NSCLC formation and / or drug resistance. The distant metastases in advanced-stage patients cause an increase in the amount of cfDNA suggests that the liquid biopsy method may be used in future patient monitoring.