İzmir Arkeoloji Müzesi'ndeki tarihi kalıntılar üzerinde tespit edilen ve potansiyel bozunma etkeni olan mikrofungusların izolasyonu ve tanılaması
Isolation and identification of microfungus with potential decomposition detected on historical residues in Izmir Archeology Museum
Yazar: NILOUFAR AHMARI
Danışman: PROF. DR. ALEV UZTAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Tarihi eserler bir ülkenin olduğu kadar tüm insanların da geçmişini anlatan en önemli kalıntılardır. Geçmişten bu günlere gelen ve bu günlerden yarınlara kalması gereken bu yapıtlar birer uygarlık hazinesidir ve geçmişle günümüzü bağlayan köprülerdir diyebiliriz. 
Birçok tarihi yapı fiziksel, kimyasal ve biyolojik olarak bozunma ve aşınmalar sonucunda tahrip olmaktadır. Bu etkenlerden en önemlisi biyolojik bozunmadır çünkü geriye dönüşü olmayan kayıplar yaşanmaktadır. 
Biyolojik bozunma; bir nesne üzerinde istenmeyen mikroorganizmaların gelişerek zarar vermesi olarak tanımlanabilir.
Biyolojik bozunma, çoğunlukla taşın doğal yaşlanma sürecinin bir parçası olarak kabul edilir. Ancak, biyolojik büyüme tahrip edicidir ve bu tahribatın önlenmesi veya kontrol altına alınması açısından kontrol mekanizmasının geliştirilmesi çok önemlidir. Taş eserlerin temizlenmesi, onarılması, sağlamlaştırılması ve koruma aşamalarından sonra düzenli aralıklarla bakımlarının yapılması ile daha uzun süre bu kültürel miraslar korunmuş olacaklardır.
Funguslar gelişimleri için organik maddeye ihtiyaç duyarlar. Taş yüzeyinde bulunan mevcut mikrobiyal topluluklar, metabolik ara ürünleri ve depolama malzemelerinden gelen polisakkaritleri kullanırlar. 
Funguslar ayrıca doğada önemli ayrıştırıcılar olup, diğer canlı gruplarıyla mutualist, simbiyotik ve patojen yaşam şekli oluşturup doğal taşların bozunmasında rol oynarlar.
Bu fungusları böylesine önemli kılan özellikleri çok çeşitli ve etkin matabolitler ile sekonder metabolitlere sahip olmalarıdır.
Bu çalışmada İzmir Arkeoloji Müzesi'nde sergilenen ve depolanan tarihi değere sahip taşlar üzerinden 100 tane mikrofungus izole edilmiştir. 100 mikrofungusun her biri için fenotipik tayin ve bunlardan taşların tahribinde önemli rol aldıkları bilinen 20 örnek için genotipik tayin yapılmıştır. Genotipik tayin amacıyla, funguslarda korunmuş gen bölgesi olan ITS gen bölgesi için spesifik universal primerler olan ITS1 ve ITS4 primerlerinin kullanıldığı PCR yöntemi kullanılmıştır. Elde edilen PCR ürünlerinden 15 tanesi dizi analizine gönderilmiştir. Dizi analizinden gelen sekans sonuçları Finch TV (Blast) ve ApE programı kullanılarak değerlendirilmiştir. Tür tayini, Gen Bankası'nın https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (NCBI) web sayfasında, nükleotid dizilerinin kıyaslanarak benzerliklerinin incelenmesiyle yapılmıştır.

Abstract:
Historical artifacts are the most important remains that tell the past of a country as well as all people. We can say that these works, which have come from the past to these days and should remain from these days to the future, are the treasures of civilization and bridges connecting the past and the present.
Many historical buildings are destroyed as a result of physical, chemical and biological degradation and wear. The most important of these factors is biodegradation because irreversible losses are experienced.
Biodegradation; It can be defined as the development and damage of unwanted microorganisms on an object.
Biodegradation is often considered part of the natural aging process of stone. However, biological growth is destructive and it is very important to develop a control mechanism in order to prevent or control this destruction. These cultural heritages will be preserved for a longer period of time by cleaning, repairing, consolidating and maintaining the stone works at regular intervals after the protection stages.
Fungi need organic matter for their growth. Existing microbial communities on the stone surface utilize metabolic intermediates and polysaccharides from storage materials.
Fungi are also important decomposers in nature and play a role in the degradation of natural stones by forming a mutualistic, symbiotic and pathogenic lifestyle with other living groups.
What makes these fungi so important is that they have a wide variety of effective metabolites and secondary metabolites.
In this study, 100 microfungi were isolated from precious stones exhibited and stored in the Izmir Archaeological Museum. Phenotypic determination was made for each of the 100 microfungi and for 20 samples known to play an important role in the destruction of stones. For genotypic determination, PCR method using ITS1 and ITS4 primers, which are specific universal primers for the ITS gene region, which is the conserved gene region in fungi, was used. 15 of the obtained PCR products were sent for sequencing analysis. Sequence results from sequence analysis were evaluated using Finch TV (Blast) and APE program. Species determination was made by comparing nucleotide sequences and examining similarity in GenBank's https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (NCBI) website.