İnterferon+ribavirin tedavisinde virolojik yanıtsız kronik hepatit C hastalarında genotip 1b virüs genomunun interferona hassasiyeti belirleyici (ISDR) dizisinde mutasyonların belirlenmesi
Identification of mutations within the sequence of interferon sensitivity determining region (ISDR) of virus genotype 1b in chronic hepatitis C patients who are virologically nonresponsive to ifn+ribavirin therapy
Yazar: NEVİM AYGÜN
Danışman: PROF. DR. ORHAN TERZİOĞLU ; PROF. DR. HAKAN ABACIOĞLU
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2003
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
1. ÖZET "İnterferon+Ribavirin tedavisine virolojik yanıtsız kronik hepatit C hastalarında, genotiplb virüs genomunun interferona hassasiyeti belirleyici (ISDR) dizisinde mutasyonların belirlenmesi" Dünyada 170 milyon insanı etkileyen Hepatit C Virüs (HCV) enfeksiyonu; %50 -85 kronikleşmeye, bunların % 20' sinde siroz gelişimine ve her yıl 3.5-10 milyon sirozluda karaciğer kanseri görülme riskine yolaçar. AntiHCV pozitifliği, dünyada ortalama % 3, Türkiye'de farklı kaynaklara göre % 0.3-4* tür. Ayrıca Türkiye'de kronik karaciğer hastalıklarında, HCV prevalansı % 13-27'dir. Kronik HCV enfeksiyonunda uygulunan tedavilerin başansızlığındaki etkili mekanizmaların saptanması ve hastalığın etkin tedavi protokollerinin geliştirilmesi gerekmektedir. Uluslararası kronik HCV tedavisi için IFN+Ribavirin kullanımında basan ile ilgili olarak, "çift iplikli RNA'nın aktive ettiği protein kinaz" (double stranded RNA activated protein kinase, PKR) bağlanma alanının etkinliği yayınlandı. HCV'nin non-structural 5 A (NS5A) geninden kodlanan ve PKR-bağlanma alanını kapsayan NS5A proteini, PKR enzimine bağlanarak dimerize olmasına engel olmakta ve hücre ölümünü önlemektedir. Bu durumda virüs üremesine devam etmektedir. NS5A-PKR bağlanma alanında saptanan bazı mutasyonların, in vivo mayada PKR enzimine bağlanmayı önleyerek hücrelerin ölmesine neden olduğu ve virüsün üremesini engellediği gösterildi. Dokuz Eylül Üniversitesi hastanesinde IFN+Ribavirin tedavisi alan, HCV genotiplb üç tam yanıtlı (TYL), beş biyokimyasal yanıtlı (BYL), 1 1 tam yanıtsız (TYS) hastaya ait serum örnekleri çalışıldı. Her bir serumdan proteinaz K yöntemiyle RNA izolasyonu, RT-PCR ile cDNA eldesi ve bu ürünlerden nested PCR ile HCV-NS5A (PKR bağlanma alanını kodlayan bölge) geni amplifiye edilerek DNA dizisi belirlendi. Sonuçta; 86 aminoasit değişiminin 14 (% 16)'ü PKR-bağlanma alanının kapsadığı ISDR bölgesinde, 72 (% 84) 'si bu bölgenin karboksi terminal alanında saptandı. ISDRnin 14 aminoasit değişiminin 12 (% 86) vsi BYL grubunda belirlendi. BYL hasta grubunda ISDR aminoasit değişimi sayısı, TYS hasta grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı ölçüde fazla bulundu (p=0.012). Bu araştırma; genotip lb kronik HCV hastalarının IFN+Ribavirin tedavisinde, biyokimyasal yanıt açısından ISDR aminoasit değişimlerinin, önemli bir prediktör faktör olduğunu göstermektedir. Anahtar sözcükler: Kronik HCV, genotip lb, IFN+Ribavirin, PKR-bağlanma alanı, ISDR

Abstract:
2. SUMMARY "Identification of mutations within the sequence of interferon sensitivity determining region (ISDR) of virus genotype lb in chronic hepatitis C patients who are virologically nonresponsive to IFN+Ribavirin therapy" Hepatitis C Virus (HCV) infection which affects 170 million people in the world, carries a risk of chronicity in up to 50-85 % and developing cirrhosis in 20 % of patients. Among the latter about 3.5-10 million of them have an increased risk of hepatocellular carcinoma. AntiHCV positivity is approximately 3 % in the world and 0.3-4 % in Turkey according to different resources. Besides, prevalance of HCV in chronic liver diseases is 13- 27 % in Turkey. Identifying the mechanisms that lead to theraphy failure in chronic HCV infection and improvement of effective therapy protocols are required. "Double stranded RNA activated protein kinase" binding region (PKR-binding region) was reported to be effective in IFN+Ribavirin treatment for international chronic HCV therapies. NS5A protein encoded from the HCV genome nonstructural 5A (NS5A) gene has a PKR-binding region that blocks the dimerization of PKR, resulting in the prevention of cell death and continuation of virus proliferation. Some of the mutations in this region are shown to prevent PKR enzyme binding and virus proliferation and thus lead to cell death in yeast. In this study, sera samples from three complete responders (CR), five biochemical responders (BR) and 11 nonresponders (NR) that were infected by genotype lb HCV and received IFN+Ribavirin therapy in Dokuz Eylul University Hospital were studied. HCV- NS5A (coding PKR binding region) gene was amplified through RNA extraction, RT-PCR and nested PCR and the PCR products were sequenced for mutation analysis. Finally, 86 aminoacid mutations were detected, 14 (16 %) of them were within the ISDR and 72(84%) of them were within the carboxy terminal domain of the protein. 12 (86 %) of 14 aminoacid mutations in the ISDR were detected in the BR group. ISDR aminoacid mutation number in BR patient group is statistically more significant than that in the NR patient group (p=0.012). According to this study, ISDR aminoacid mutations are important predictor factors for biochemical responses in IFN+Ribavirin therapy of genotype lb infected chronic HCV patients. Key Words: Chronic HCV, genotype lb, IFN+Ribavirin, PKR-binding region, ISDR