Rezeksiyon yapılan akciğer kanseri hastaları ve akciğer mikrobiyomları arasındaki potansiyel ilişki
Potential relationship between lung microbiomes and lung cancer patients undergoing resection
Yazar: YAMAN KHORAKI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU KILIÇ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Göğüs Cerrahisi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Göğüs Cerrahisi = Thoracic Surgery

Özet:
Amaç: Akciğer kanseri, dünya genelinde ölüm oranlarının en yüksek nedenlerinden biri olmaya devam etmektedir ve patofizyolojik mekanizmaları hâlâ araştırılmaktadır. Bu çalışma, akciğer mikrobiyomuna odaklanarak, akciğer dokusu ve bronkoalveolar lavaj (BAL) örneklerini analiz etmektedir. İki örnek tipi arasındaki mikrobiyomlarda önemli farklılıkların olup olmadığını belirlemeyi ve BAL'ın akciğer mikrobiyomunun güvenilir bir temsilcisi olup olmadığını değerlendirmeyi amaçlıyoruz.
Gereç ve Yöntem: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa'da Nisan- Ekim 2024 tarihleri arasında primer akciğer karsinomu tanısı almış 20 hastayı kapsamaktadır. Katılımcılar, 18 yaş ve üstü onam veren bireylerden oluşmakta; 18 yaş altı olanlar ve son bir ayda antibiyotik tedavisi görenler dışlanmıştır. Preoperatif değerlendirmeler kan testleri ve görüntüleme yöntemleriyle yapıldı, bronkoalveolar lavaj (BAL) örnekleme yapıldı, rezeksiyon yapılan akciğer dokusundan parça alındı . Örnekler -20 °C'de saklandı, nükleik asit izolasyonu yapıldı ve 16S rRNA V3-V4 bölgesi PCR ile çoğaltıldı. 
Bulgular: Katılımcıların %70'i erkek, %30'u kadın, %60'ı ise 60 yaş ve altındadır. Ayrıca, %80'inin sigara içtiği ve %20'sinin KOAH hastalığı bulunduğu saptanmıştır. TNM evrelemesine göre, hastaların %75'i I-II evresinde, %25'i ise III-IV evresindedir. Histopatolojik incelemelerde adenokarsinom %60, skuamöz hücreli karsinom ise %35 oranında tespit edilmiştir. Mikrobiyom analizleri, BAL'da %54.2 ve biyopsi örneğinde %66.5 oranıyla Proteobacteria'nın baskın olduğunu, biyopsi ve BAL arasında alfa ve beta çeşitliğinde anlamlı fark göstermektedir. 
Sonuç: Çalışmada elde edilen verilerin, kişiselleştirilmiş tedavi yaklaşımlarına katkıda bulunma potansiyeli bulunmaktadır. Çalışmanın sınırlamaları arasında küçük örneklem büyüklüğü ve kontrol grubunun eksikliği yer almakta olup, bu durum bulguların genellenebilirliğini kısıtlamaktadır. Genel olarak, bu araştırma, akciğer kanseri ve mikrobiyota arasındaki ilişkiyi anlamak için önemli bir adım sunmaktadır.
Anahtar Sözcükler: KHDAK, mikrobiyom, 16s rRNA dizileme

Abstract:
Aim: Lung cancer remains a leading cause of global mortality, with its pathophysiological mechanisms still under investigation. This study explores the lung microbiome by analyzing lung tissue and bronchoalveolar lavage (BAL) samples. Our aim is to identify significant differences between the microbiomes of these two sample types and evaluate whether BAL is a reliable representation of the lung microbiome.
Material and Method: The study includes 20 patients diagnosed with primary lung carcinoma at Istanbul University-Cerrahpaşa between April and October 2024. Participants were individuals aged 18 and over who gave consent; those under 18 and those who had received antibiotic treatment in the last month were excluded. Preoperative evaluations were performed with blood tests and imaging methods, bronchoalveolar lavage (BAL) sampling was performed, and samples were taken from resected lung tissue. Samples were stored at -20 °C, nucleic acid isolation was performed, and the 16S rRNA V3-V4 region was amplified by PCR.
Results: Among the participants, 70% were male, 30% female, and 60% were 60 years old or younger. Additionally, 80% were smokers and 20% had COPD. According to TNM staging, 75% were in stages I-II, while 25% were in stages III-IV. Histopathological examinations showed adenocarcinoma in 60% and squamous cell carcinoma in 35%. Microbiome analyses indicated that Proteobacteria was dominant, representing 54.2% in BAL and 66.5% in biopsy samples, with significant differences in alpha and beta diversity.
Conclusion: The findings may contribute to personalized treatment approaches. Limitations include a small sample size and absence of a control group, potentially affecting the generalizability of results. This research is a significant step in understanding the relationship between lung cancer and the microbiota.
Keywords: KHDAK, microbiome, s16 rRNA sequencing