TLR3 ve TLR5 gen polimorfizmlerinin şizofreni ile ilişisinin araştırılması
Association of TLR3 and TLR5 gene polymorphism with schizophrenia
Yazar: ÖYKÜM GENÇ
Danışman: DOÇ. DR. SEVİM KARAKAŞ ÇELİK
Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Şizofreni, oluşma nedeni ve patogenezi tam aydınlatılamamış, nöropsikiyatrik bozukluktur. Toplumun yaklaşık %1'lik kısmını etkiler. Şizofreninin etiyolojisinde TLR'lerin rolü hakkında bilgi eksikliği olmasına rağmen, TLR'lerin prenatal enfeksiyon, inflamasyon, obstetrik komplikasyon, oksidatif/nitrozatif stres, nörodejenerasyon ve bilişsel rolü hakkındaki çalışmalar, TLR'lerin şizofreni patogenezine katkıda bulunabileceğini göstermektedir. Bildiğimiz kadarıyla TLR gen polimorfizmleriyle şizofreni ilişkisini araştıran çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada şizofreni ile TLR3 ve TLR5 gen polimorfizmleri arasında ilişki olup olmadığının belirlenmesi amaçlanmıştır.
Çalışmamıza şizofreni tanısı konmuş 140 hasta ve herhangi nöropsikiyatrik hastalığı olmayan 104 sağlıklı birey katıldı. TLR3 rs3775291 ve TLR5 rs1861172 gen polimorfizmleri MAF değerine bakıldıktan sonra PolyPhen 2.0, MirSNP ve SIFT veri tabanları kullanılarak seçildi. Polimorfizmler polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PCR-RFLP) yöntemiyle tespit edildi. Şizofreniyle rs3775291 polimorfizmi arasındaki ilişki incelendiğinde CC, CG, GG genotipleri sırasıyla şizofreni grubunda %61.4, %31.4, %7.1, kontrol grubunda CC, CG, GG genotipleri sırasıyla %53.8, %37.5, %8.7 olarak bulundu. Gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunamadı (p>0.05). Şizofreniyle rs1861172 polimorfizmi arasındaki ilişki incelendiğinde AA, AG, GG genotipleri sırasıyla şizofreni grubunda %30.7, %55.0, %14.3, kontrol grubunda AA, AG, GG genotipleri sırasıyla %33.7, %51.9, %14.4 olarak bulundu. Gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunamadı (p>0.05). Bu çalışma şizofreninin rs3775291 ve rs1861172 polimorfizmleriyle arasındaki ilişkinin araştırıldığı ilk çalışmadır. Ancak gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamıştır. Şizofreninin etnik varyasyon gösterdiği düşünüldüğünde çalışmanın başka popülasyonlarda tekrarlanması faydalı olacaktır.

Abstract:
Schizophrenia is a neuropsychiatric disorder whose cause and pathogenesis have not been fully clarified. It affects approximately 1% of the society. Despite the lack of knowledge about the role of TLRs in the etiology of schizophrenia, TLRs appear to belong to the pathogenesis of schizophrenia in studies of prenatal infection, inflammation, obstetrication, oxidative/nitrosative stress, neurodegeneration, and cognitive role. To the best of our knowledge, there are no studies investigating the relationship between TLR gene polymorphisms and schizophrenia. In this study, it was aimed to determine whether there is a association between schizophrenia and TLR3 and TLR5 gene polymorphisms. 140 patients diagnosed with schizophrenia and 104 healthy individuals without any neuropsychiatric disease participated in our study. TLR3 rs3775291 and TLR5 rs1861172 gene polymorphisms were selected by using PolyPhen 2.0, MirSNP and SIFT databases after checking the MAF value. Polymorphisms were detected by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. When the association between schizophrenia and rs3775291 polymorphism was find, CC, CG, GG genotypes respectively 61.4%, 31.4%, 7.1% in the schizophrenia group, and CC, CG, GG genotypes respectively 53.8%, 37.5%, 8.7% in the control group. There was no statistically significant difference between the two groups (p> 0.05). When the association between schizophrenia and rs1861172 polymorphism was examined, AA, AG, GG genotypes respectively 30.7%, 55.0%, 14.3% in the schizophrenia group, and AA, AG, GG genotypes respectively 33.7%, 51.9%, 14.4% in the control group. There was no statistically significant difference between the two groups (p> 0.05). This study is the first study investigating the association between schizophrenia with rs3775291 and rs1861172 polymorphisms. After all; there was no statistically significant difference between the groups. Considering the ethnic variation of schizophrenia, it will be useful to repeat the study in other populations.