Süt ve süt ürünlerinden Yarrowia lipolytica izolasyonu, identifikasyonu ve ürettikleri alkalin proteaz ve ribonükleaz enzimlerinin aktivitelerinin araştırılması
Isolation and identification of Yarrowia lipolytica from milk and dairy products, study of alkaline protease and ribonuclease enzymes activities of this species
Yazar: ONUR AKPINAR
Danışman: PROF. DR. FÜSUN UÇAR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enzim aktivitesi = Enzyme activity ; Kimliklendirme = Identification ; Mayalar = Yeasts

Özet:
Farklı süt ve süt ürünlerinde bozulmaya neden olan 48 maya izole edilmiş ve bu izolatların tanılanmaları hem Barnett ve ark. (2000) tarafından önerilen fenotipik testler ile hem de 5,8S ITS PCR ile genotipik testlerle tanılanmıştırlar. Ayrıca, ITS PCR'da elde edilen PCR fragmentlerinin sekans analizi yapılmıştır. Fenotipik testler sonucunda, 48 izolatın sadece 9 tanesi (5, 6, 9, 10, 17, 18, 19, 20 ve 21 numaralı strainler) Y. lipolytica straini olarak tanılanmış olmasına rağmen denemeye alınan 43 izolatın genotipik tanılamasında bu 9 Y. lipolytica straine ilave olarak 5 tane daha izolat (1, 3, 7, 8 ve 23 numaralı strainler) Y. lipolytica straini olarak tanılanmıştır. Ancak, sekans analizi sonuçlarında, 14 Y. lipolytica straininden bir tanesi (1 numaralı strain) Saccharomyces cerevisiae olarak tanılanmıştır. Yapılan sekans analizi sonucunda, ITS PCR'a göre tanılanan 1, 8, 9 ve 10 numaralı Y. lipolytica strainleri haricinde 3, 5, 6, 7, 17, 18, 19, 20, 21 ve 23 numaralı Y. lipolytica strainleri sırasıyla %89, %99, %92, %93, %96, %93, %89, %92, %92 ve %92 oranında Y. lipolytica strainleri ile benzerlik göstermiştir.Y. lipolytica tarafından üretilen alkalin proteaz ve ribonükleaz hücre dışına salgılanan ve endüstriyel önemi olan enzimlerdir. Araştırmamızda identifikasyonu yapılan 14 Y. lipolytica strainleri farklı karbon ve azot kaynakları kullanılarak alkalin ekstraselüler proteaz (AEP) ve ribonükleaz (RNaz) üretiminin regülasyonu yönünden çalışılmış ve farklı pH değerlerinindeki sıvı kültürler kullanılarak süpernant ortamın enzim aktivitesinin saptanması amaçlanmıştır. Bütün ortamlarda en fazla aktivite nötr pH'da meydana gelmiştir. AEP'i en fazla nötr pH'da üreten strainin Yarrowia lipolytica CBS 6124 tip türünün olduğu ve 57 unit/ml aktiviteye sahip olduğu hesaplanmıştır. Bunu 5 numaralı Y. lipolytica straini 36,21 unit/ml ile takip etmiştir. Benzer şekilde, denemeler sonunda RNaz üretimi en fazla aktivite nötr pH'da meydana gelmiştir. RNazı en fazla üreten strainin 21 numaralı Y. lipolytica straininin olduğu ve 3002,48 unit/ml aktiviteye sahip olduğu hesaplanmıştır.Anahtar Kelimeler: Y. lipolytica, identifikasyon, ITS-PCR, alkalin proteaz ve ribonükleaz enzimleri

Abstract:
48 yeast strains causing spoilage on different dairy products were isolated and this isolates identified both suggested with phenotypic tests by Barnett et al. (2000) and genotypic tests with 5,8S ITS PCR. Also, PCR fragments obtained from ITS PCR were analyzed sequencing. Despite the results of phenotypic tests, 9 of the 48 isolates (5, 6, 9, 10, 17, 18, 19, 20 and 21 numbered strains) idetified as Y. lipolytica, after the study of 43 isolates which genotypically identified as Y. lipolytica than 5 strain (1, 3, 7, 8 ve 23 numbered strains) were added to these isolates phenotipically. However, after the results of sequencing, 1 of the 14 Y. lipolytica strains (numbered 1 strain) identified as Saccharomyces cerevisiae. After sequencing, except 1, 8, 9, 10 numbered Y. lipolytica strains which were identified according to ITS PCR, 3, 5, 6, 7, 17, 18, 19, 20, 21 and 23 numbered Y. lipolytica strains respectively show similarity 89%, 99%, 92%, 93%, 96%, 93%, 89%, 92%, 92% and 92%.Alkaline extracellular protease (AEP) and ribonuclease (RNase) produced by Y. lipolytica are secreted to extracellular environment and has an industrial occurance. In our research, identified 14 Yarrowia lipolytica strains, with the use of different carbon and nitrogen sources, regulation of AEP and RNase production studied. Morever, it is aimed to detect enzymes activities with the use liquid cultures which have different pH values. The most protease activity has a accoured in neutre pH. It is noted that in neutre pH Yarrowia lipolytica CBS 6124 type species has the AEP production the most and accounted 57 unit/ml activity. 5 numbered Y. lipolytica strain followed as 36,21 unit/ml. Similar to, after the RNase production assay, the most ribonuclease activity has a accoured in neutre pH. The most RNase producing strain is the 21 numbered Y. lipolytica strain and activity accounted as 3002,48 unit/ml.Key Words: Y. lipolytica, identification, ITS-PCR, alkaline protease and ribonuclease enzymes