Seksüel ve apomikt Boechera türlerinde parental etiketli bazı genlerin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of some parentally imprinted genes in sexual and apomict Boechera species
Yazar: ASLIHAN ÖZBİLEN
Danışman: DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada; epigenetik süreçlerle düzenlenen genomik etiketlemenin, Boechera türlerinde tohum gelişimi üzerindeki etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Boechera türlerinde genomik etiketlemeye uğrayan genler literatürde bulunmadığı için, yakın akrabası Arabidopsis thaliana L. türüne ait genler seçilmiştir. Bu genler arasından, paternal ifadeye sahip etiketli genlerin genomik dizileri, veritabanlarından FASTA formatında elde edilmiş ve bu genlerin seksüel ve apomikt Boechera türlerindeki varlıkları SRA veritabanında ilk kez biyoinformatik yöntemler kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Bu yöntemle apomikt ve seksüel Boechera türlerinde uzunlukları 636 ile 5414 bç arasında değişen 8 adet aday gen tesbit edilmiştir. Aday genlerin yapısı biyoinformatik araçlarla diğer türlerde bilinen benzerleri ile karşılaştırılarak incelenmiştir. Çalışmada Boechera genom ve transkript dizileri kullanılarak SUVH7 ve YUC10 genleri için primerler seçilmiştir. Bu primerler sayesinde diploid apomikt Boechera divaricarpa türünde çiçek ve bakla dokularının farklı gelişim aşamalarında, genlerin anlatımları RT-PCR yöntemiyle incelenmiştir. Bu dokularda ayrıca genomik etiketlemede rol alan FIE geninin anlatımı belirlenmiştir. Çalışmada, SUVH7 ve FIE genlerinin çiçek ve bakla dokularında anlatıma uğradığı belirlenmiştir.

Anahtar sözcükler: Genomik Etiketleme, Apomiksi, Epigenetik, Boechera.

Abstract:
In this study, it is aimed to determine the effects of genomic imprinting, which was regulated by epigenetic processes, on seed development of Boechera species. Because of the imprinted genes of Boechera species were not reported in literature, the genes which are regulated by genomic imprinting in Arabidopsis thaliana L., a close relative, were selected. Among these genes, the genomic sequences of paternally expressed imprinted genes in FASTA format were obtained from databases and existence of these genes in the SRA databases for Boechera species was revealed by using bioinformatic methods. 8 candidate genes were detected, whose length vary 636 and 5414 bp, in apomict and sexual Boechera species with this method. Structure of the candidate genes were examined with bioinformatic tools by comparing their similar ones in other species. In the study, primers were chosen for SUVH7 and YUC10 genes using Boechera genome and transcript sequences. Through this primers, expression of the genes were examined with RT-PCR method in different development stages of flower and silique tissues in diploid apomict Boechera divaricarpa. Moreover, expression of FIE gene, which has a role in genomic imprinting, was determined in these tissues. In study, it was determined that SUVH7 and FIE genes have expression in flower and silique tissues.

Keywords: Genomic Imprinting, Apomixis, Epigenetic, Boechera