Hastane kökenli pseudomonas aeruginosa ve acinetobacter baumaniii̇ suşlarında karbapenem direncine neden olan beta laktamazların fenotipik ve genotipik yöntemlerle belirlenmesi
Phenotypic and genotypic determination of beta lactamases causing carbapenem resistance in hospital acquired pseudomonas aeruginosa and acinetobacter baumannii
Yazar: ŞAFAK ANDİÇ
Danışman: PROF. DR. YASEMİN BULUT
Fırat Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Antibiyotikler-laktam = Antibiotics-lactam ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Enzimler = Enzymes ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Karbapenemler = Carbapenems ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa

Özet:
Çoklu direnç gösteren enfeksiyonların tedavisinde, iyi bir seçenek oluşturan karbapenemlere dirence neden olan karbapenemazların önemi, son yıllarda giderek artmıştır. Çalışmamızda, Fırat Üniversitesi Hastanesinde yatan hastalardan izole edilen P. aeruginosa ve A. baumannii suşlarında karbapenem direnç genlerinin varlığının araştırılması amaçlamıştır. 
Bu amaçla, Mart 2011-Mart 2012 tarihleri arasında, çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 50 P. aeruginosa, 50 A. baumannii suşu, klasik yöntemler ve BD Phoneix bakteri identifikasyon cihazı kullanılarak identifiye edilmiştir. İmipenem dirençli suşlarda, kombine disk, çift disk sinerji, modifiye Hodge fenotipik testleri yapılarak, karbapenemaz enzimi araştırılmıştır. İmipenem dirençli suşlarda, blaOXA grubu, blaKPC, blaIMP ve blaVIM direnç genleri, PZR yöntemiyle çalışılmıştır. PZR sonuçlarına göre A. baumannii şuşlarında karbapenem direnç genlerinden blaOXA-51 %98, blaOXA-58 %14, blaOXA-23 %14 ve blaKPC %8 oranında pozitif bulunmuştur. Çalışmaya alınan suşlarda OXA-24, VIM ve IMP enzimleri için kodlayan genler bulunmamıştır. P. aeruginosa'da ise çalışılan genlerin varlığı tespit edilememiştir. Gen pozitif suşlardan elde edilen amplikonların sekans analizi yapılmış ve gen bankasındaki sekanslarla karşılaştırılmıştır. Sekanslar arasında filogenetik ilişki araştırılmış ve dizilim farklılıkları 0.75'e göre hesaplanmıştır. Elde edilen dizilimlerin gen bankasındaki dizilimler ile BLAST programında belirlenen benzerliği 5 OXA-23 sekansı için %97-99, 8 OXA-51 sekansı için %95-98 ve 7 OXA-58 sekansı için ise %99-100 olarak tespit edilmiştir.
Sonuç olarak; Bu çalışma bölgemizde yapılan ilk çalışma olması ve karbapenamaz genlerinin yaygın olarak saptanması açısından önem taşımaktadır. Direnç genlerinin ve mekanizmalarının bilinmesi hem hastaların tedavilerinin yönlendirilmesi hem de epidemiyolojik verilerin oluşturulmasından dolayı önemlidir. 

Anahtar kelimeler: A. baumannii, P. aeruginosa, OXA-51, OXA-58, OXA-23, OXA-24, VIM, IMP.

Abstract:
Carbapenems are important antibiotics for the treatment of infections due to multiple resistant Gram-negative bacteria and the dissemination of carbapenemases became more important last years.  In the present study presence of carbapenem resistance genes among P. aeruginosa and A. baumannii isolated from inpatients of Fırat University hospital was studied. 
A total of 50 P. aeruginosa, and 50 A. baumannii isolated from various clinical samples from March 2011 to March 2012 included to the study. Identification of bacteria at specie level was done using classical method and confirmed with BD Phoneix bacteria identification system. Imipenem sysceptibility was tested by disk diffusion test and presence of carbapenemases was tested by combined disk, double disk synergy test and modified Hodge test. All imipenem resistance isolates were tested for the presence of blaOXA-51, blaOXA23, blaOXA24, blaOXA58, blaKPC, blaIMP and blaVIM by PCR. The results showed that blaOXA-51 were positive in 98% of A. baumannii, blaOXA-58 14%, blaOXA-23 14% and blaKPC 8%. All of the A. baumannii were negative for the genes encoding for OXA-24, VIM and IMP enzymes. All P. aeruginosa isolates were negative for the genes studied. The sequence analysis of the amplicons were done and compared with the sequences in genebank. Phylogenic analysis of the sequences and the differences were calculated by 0.75. The homology of the amplicons and genebank sequences were determined using BLAST program.  Homology of 5 OXA-23 amplicons were 97-99%, 8 OXA-51 were 95-98%, 7 OXA-58 were 99-100%. 
This is the first carbapenemase gene detection study in our region and presence of carbapenemase genes found to be common. Studies on dissemination resistance genes and resistance mechanisms are important to have epidemiologic data and to guide treatment of patients infected with resistant bacteria.
 
Keywords: A. baumannii, P. aeruginosa, OXA-51, OXA-58, OXA-23, OXA-24, VIM, IMP.