Güney Irak/Thi Qar eyaletinde beş yıl altında ishal olan hastalarda rotavirus ve norovirus moleküler tespiti ve prevalansı
Molecular detection and prevalence of rotavirus and norovirus among patients with diarrhea under five years in South Iraq/Thi Qar province
Yazar: SAJJAD YASIR ABDULLAH ALQARHAGHULI
Danışman: DOÇ. DR. MURAT ÇANLI
Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering
Dizin: Diyare = Diarrhea ; Nörovirüs = Norovirus ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rotavirüsler = Rotaviruses

Özet:
Bu çalıĢma, beĢ yaĢından küçük çocukların dıĢkı örneklerinde en önemli iki enterik virüsün (Rotavirüs grup A ve Norovirüs) sıklığını ve bunların yaĢ, cinsiyet, beslenme Ģekli ve klinik semptomlar gibi demografik ve bazı parametrelerle iliĢkisini belirlemek amacıyla yapılmıĢtır. Irak'ın güneyindeki Thi-Qar Eyaletinde BeĢ Ay boyunca (ġubat 2021'den Haziran 2021'e kadar) bebeklerden ve beĢ yaĢın altındaki çocuklardan toplam (100) yüz dıĢkı örneği alınmıĢtır: (60) Nasiriyah Ģehri (Al-Rifai Hastanesi, Al-Naser Hastanesi, Qalatsukkar Hastanesi ve Özel Klinikler dahil) ve (40) kırk dıĢkı örneği toplanmıĢtır.Al-Nasiriyah, Sayed Dakhil, Al-Shatrah, SuqAlshyuokh, Al-Garraf ve Al-Batha (63 erkek
ve 37 kadın dahil). Bu çalıĢmanın sonuçları, ishale neden olan etkenlere göre %30'unun Rotavirüs, %0 Norovirüs'ün neden olduğunu ortaya koydu ve Rotavirüs için en baskın belirtiler ishal, kusma, ateĢ ve karın ağrısı idi ve ishalden (%100) daha yüksekti. diğer iĢaretler.
Rotavirüsün neden olduğu ishalli erkek çocukların sıklığı kız çocuklarına göre daha yüksekti.
Örnekler çocukların yaĢlarına göre sekiz gruba ayrıldı ve Rotavirus enfeksiyonu yaĢ grubunda (0-1) yılda daha yüksekti.
Rotavirüs gastroenteritinin en yüksek saptanma oranı ġubat ayında (13 vaka, %43,3), en düĢük ise Haziran ayında (2 vaka, %6,6) bulunmuĢtur.
Ayrıca sonuçlar, anne sütüyle beslenen, biberonla beslenen ve karma beslenen çocuklarda Rotavirüs enfeksiyon yüzdesinin sırasıyla 8 (%26,7), 13'ünün (%43,3) ve 9'unun (%30) olduğunu gösterdi.
DNA dizileme yöntemi Ģu Ģekilde gerçekleĢtirildi: RT-PCR için viral kapsid protein VP6'da genetik iliĢki ve genetik varyasyon (trafo merkezi Mutasyonları) analizi yerel Ġnsan Rotavirüs izolatlarının geni (IQN.No.1 - IQN.No.6) ve NCBI-Blast ile ilgili ülke Ġnsan Rotavirüs izolatı Filogenetik ağaç genetik iliĢki analizi, lokal hepatit A IQ izolatlarının (1-10), toplam genetik değiĢimde (%0.0140-0.0020) NCBI BLAST Ġnsan Rotavirüs A Hindistan izolatı (KX638635.1) ile iliĢkili kapalı genetik gösterdiğini gösterdi. ġekil (1)'de gösterildiği gibi.
Yerel Ġnsan Rotavirüs A izolatları (IQN.No.1 - IQN.No.6) ve NCBI BLAST ile ilgili Ġnsan Rotavirüs Hindistan izolatı arasındaki homoloji dizi özdeĢliği, (%99.30-99.77) arasında değiĢen genetik homoloji dizi özdeĢliği gösterdi.
Yerel Ġnsan Rotavirüs izolatları (IQN.No.1 - IQN.No.6) ve NCBI-Blast ile ilgili Ġnsan Rotavirüs Hindistan
izolatı arasındaki viral kapsid protein VP6 genindeki genetik varyasyon (ikame Mutasyonları) analizi, toplamda
bir ila üç ikame mutasyonu buldu. genetik varyasyon yüzdesi (%0,23-0,70) arasında değiĢmektedir. Tablo (1)'de
gösterildiği gibi. Ve Ģekil (1-10), yerel Ġnsan Rotavirüs izolatları (IQN.No.1 - IQN.No.6) NCBI Genbank'a
gönderilmiĢ ve eriĢim numaralarıyla tanımlanmıĢtır (MZ542789'dan MZ542794'e).
Sonuç olarak, Rota viral enfeksiyonu olarak özetlenen bu çalıĢma, incelenen bölgedeki çocuklarda diahrrea'nın
baskın nedensel ajanıydı.

Abstract:
This study was to determine the frequency of the two most important enteric viruses (Rotavirus group A and Norovirus) in stool specimens of children aged fewer than five years and their association with demographic and some parameters including age, sex, feeding type and clinical symptoms .
A total of (100) one hundred fecal specimens are calm from infants and children under five years of age in Thi-Qar Province south of Iraq during Five Months ( From Febraury 2021 To June2021 ): (60) sixty stool specimens are collected from the city of Nasiriyah (including Al-Rifai Hospital ,Al-Naser Hospital,Qalatsukkar Hospital and Private Clincs ) and (40) forty stool specimens are collected from AlNasiriyah, Sayed Dakhil, Al-Shatrah, SuqAlshyuokh, Al-Garraf and Al-Batha (including 63 males and 37 females). The results of this study showed According to diarrheal causative agents revealed to that 30% are caused by Rotavirus while and 0% Norovirus and The most predominant signs for Rotavirus were diarrhea, vomiting ,fever and abdominal pain and diarrhea was (100%) higher than other signs.
 Frequency of male children patients with diarrhea caused by Rotavirus were higher than their female .
The samples were categorized into eight groups according to the age of the children and Rotavirus infection was higher in age group (0-1) year .
The highest rate of detection of Rotavirus gastroenteritis is found in Febraury (13 cases, 43.3%) and the lowest in the month June (2 cases, 6.6%).
Also the results showed the percentage of infection with Rotavirus were 8 (26.7%), 13 (43.3%) and 9 (30%) were in children fed on breast feeding, bottle feeding and mixed feeding respectively.
The DNA sequencing method was carried out to by RT-PCR to identification genetic relationship and genetic variation (substation Mutations) analysis in viral capsid protein VP6 gene of local Human Rotavirus isolates (IQN.No.1 - IQN.No.6) and NCBI-Blast related country Human Rotavirus isolate The phylogenetic tree genetic relationship analysis was showed that the local Human Rotavirus IQ isolates (1-10) were showed closed genetic related into NCBI BLAST Human Rotavirus India isolate (KX638635.1) at total genetic change (0.0140-0.0020%). as showed in figure (1).
The homology sequence identity between local Human Rotavirus A isolates (IQN.No.1 - IQN.No.6) and NCBI BLAST related Human Rotavirus A India isolate were showed genetic homology sequence identity ranged from (99.30-99.77%).
The genetic variation (substitution Mutations) analysis in viral capsid protein VP6 gene between local Human Rotavirus isolates (IQN.No.1 - IQN.No.6) and NCBI-Blast related Human Rotavirus India isolate were find one to three substitution mutations at total genetic variation percentage ranged (0.23-0.70%). As showed in table (1). And figure (1-10) , the local Human Rotavirus isolates (IQN.No.1 - IQN.No.6) were submitted into NCBI Genbank and identified by accession numbers (MZ542789 into MZ542794).
Concluded, this study summerized to Rota viral infection was predominant causative agent of diahrrea in children in the studied area .