Güney anadolu kırmızısı ve doğu anadolu kırmızısı ırkı sığırlarda stearoil-koenzim a desaturaz geni varyantlarının belirlenmesi
Determination of stearoyl-coenzyme a gene variants in south anatolian red and east anatolian red cattles
Yazar: İJLAL İPEK PAYA
Danışman: DOÇ. DR. KEMAL ÖZDEM ÖZTABAK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Doğu Anadolu bölgesi = Eastern Anatolia region ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Süt = Milk ; Sığırlar = Cattles ; Yağ asitleri = Fatty acids

Özet:
Paya İ,İ (2012). Güney Anadolu Kırmızısı ve Doğu Anadolu Kırmızısı Irkı Sığırlarda Stearoil-Koenzim A Desatüraz Geni Varyantlarının Belirlenmesi. İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyokimya ABD. Doktora Tezi. İstanbul.Ruminantlarda sütteki yağ içeriği insan sağlığını pozitif veya negatif olarak etkileyen faktörlerdendir. Süt yağ asidi içeriğinin en ideal şekle kavuşturulması amacıyla ruminantların yem içeriğinin değiştirilmesi üzerine son yıllarda çalışmalar yapılmış olmasına karşın tatmin edici sonuçlar elde edilememiştir. Süt yağ asidi kompozisyonunun geliştirilmesinde yem değişikliklerinin yanı sıra genetik bilginin de kullanılmasının yaralı olabileceği ileri sürülmüştür. Çalışmamızda Güney Anadolu Kırmızısı (GAK) ve Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) ırkı sığırlarda süt yağ içeriğini ve kalitesini etkilediği ileri sürülen Stearoil-KoA-desatüraz (SCD) geni varyantlarının dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla çalışmada 50'şer baş GAK ve DAK ırkı sığırdan V. Jugularisten kan örnekleri toplanmasının ardından standart tuzla çöktürme yöntemi kullanılarak genomik DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Genomik DNA örneklerinde SCD geni polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılmıştır. Pozitif çıkan örneklerin dizin analizi yaptırılmıştır. Dizin analizi yapılan örneklerde öncelikle SCD geni 5. ekzonda yer alan 3 adet tek nükleotid polimorfizmi (SNP), sırasıyla, A702G, T762C ve C878T, tespit edilmiştir. Bunlardan özellikle C878T SNP sonucuna bakılarak bireyin A (293Ala) ve V (293 Val) protein varyantından hangisi olduğu belirlenmiştir. Çalışmamızda hem GAK hem de DAK ırkı sığırlarda süt ve et yağ asidi kompozisyonuna etkileri açısından oldukça avantajlı olduğu ileri sürülen SCD geni A293V polimorfizmi, AA genotipine sahip birey sayısı ve A allel frekansı oldukça yüksek bulunmuştur. Bu GAK ırkı sığırlarda DAK ırkı sığırlara göre daha yüksektir. Özellikle GAK ırkı sığırlarda atasal bir allel olduğu ileri sürülen V allel frekansı oldukça düşüktür. Her iki sığır ırkında da VV genotipe sahip 2 adet birey tespit edilmiştir. Sonuç olarak, GAK ve DAK ırkı sığırlara yüksek düzeyde AA genotipine ve A alleline sahip olmaları süt ve et yağ içeriği açısından büyük bir avantaj sağlamaktadır. Bunun yanı sıra her iki yerli sığır ırkında VV genotip ve V allel frekansının düşük olmasının, bu iki sığır ırkına Bos indicus kaynaklı gen akışının otozomal kanıtlarından bir tanesi olduğunu ileri sürebiliriz.Anahtar Kelimeler: DAK, Dizin analizi, GAK, SCD geni, Yerli sığır ırkları.Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 7215

Abstract:
Paya, I.I. (2012) Determination of Stearoil-Coenzyme A Desaturase gene variants in South Anatolian Red and East Anatolian Red cattles. Istanbul University, Health Sciences Institute, Biochemistry Department, PhD, Thesis. Istanbul, Turkey.Fat composition in ruminant?s milk is one of the factors that can affect human health in positive or adverse ways. Optimizing ruminant feed to achieve ideal fatty acid composition in milk has been an ongoing area of research in recent years, without satisfactory results to date. It has been argued that in addition to changes in feed, genetic information can also be utilized to improve milk fatty acid composition. This study aims to investigate the incidence of stearoil-KoA-desaturase gene variants, believed to affect oil content and quality in milk for two species of cattles: South Anatolian Red (SAR) and East Anatolian Red. (EAR) For this purpose, blood samplesfrom the jugular vein have been collected from 50 specimens of each type, followed by standard precipitation by means of salt to facilitate genomic DNA isolation. The SCD gene in the genomic DNA samples was multiplied using polymerase chain reaction (PCR.) Samples testing positive were then subjected to sequencing analysis. In the samples sequenced this way, three instances of nucleotide polymorphism have been observed on the 5th exon of the SCD gene, namely A702G, T762C and C878T. Of these three, the C878T results in particular were utilized to determine which of the two variants of protein is present in the individual specimen: the A variant (293Ala) or the V variant (293 Val). The resultsof our study found that in both the SAR and EAR types of cattle, there is a high incidence of the SCD gene A293 polymorphism AA genotype?believed to be advantageous for milk and meat fatty acid composition?as well as the A allele. This incidence is higher in the SAR species compared to the EAR. In particular the SAR exhibits a very low frequency of the V allele, believed to have been an ancestral allele. In both samples, 2 individuals were identified to have the VV genotype. This leads to the conclusion that for both SAR and EAR species of cattles, incidence of high levels of the AA genotype and A allele confers great advantage on milk composition and meat fatty acid composition. In addition the lower incidence of VV geneotype and V allele frequency in these two native species provides autosomal proof for the theory that that both have experienced gene flows from Bos indicus.Keywords: East Anatolian Red, Sequence analysis, South Anatolian Red, SCD gene, native cattle species.This work has been funded by Istanbul University Scientific Research Projects Department. Project number: 7215.