Çilek genomunun SSR ve nükleotid bağlama sekansı (NBS) markırları ile profilinin çıkarılması ve kahverengi kök çürüklüğüne (Phytophthora cactorum) dayanıklılığı kontrol eden gen bölgeleri ile ilgili GTL'lerin belirlenmesi
Genotyping the genome of strawberry with SSR and NBS markers and identifying GTLs for resistance to root rot (Phytophthora cactorum)
Yazar: HÜLYA YILMAZ TEMEL
Danışman: PROF. DR. BAHATTİN TANYOLAÇ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Fragaria x ananassa çeşitleri `Holiday' ve `Korona' çaprazlanmasıyla elde edilen F1 haritalama populasyonunun 82 bireyi SSR ve NBS markırları kullanılarak genotiplendirilmiştir. SSR' ların diğer Rosaceae türlerinden Fragaria ailesine transferi test edilmiştir. Elma, şeftali, erik ve gülden elde edilen 132 SSR'ın 106 tanesi oktoploid çilek DNA'larında amplifikasyon göstermiştir. Toplam 626 SSR ve 300 NBS markırı kantitatif olarak skorlanmıştır. Holiday x Korona populasyon genomu Joinmap 4.0 programı kullanılarak haritalanmış ve toplam 1244.5 cM uzunlukta harita elde edilmiştir. Skorlanan markırlardan 340 SSR (%54) ve 102 NBS (%34) markırı bağlantı grupları üzerinde yer almıştır. Harita üzerinde ortalama markır yoğunluğu her 2.81 cM'da 1 markır olarak saptanmıştır. Bağlantı grubu uzunlukları 93.1 cM ile 2.8 cM arasında değişmekte olup, ortalama uzunluk 62.2 cM ve bağlantı grubu başına ortalama markır sayısı 23'tür. Bağlantı grubundaki maksimum markır sayısı 50 (LG6A), minimum sayı ise 3'tür (LG4D). Bazı NBS markırlarının LG4A, LG4C, LG5A, LG5C, LG5D, LG6A, LG6C, LG6D üzerinde küme halinde bulundukları görülmüştür. Genetik bağlantı haritası oluşturulduktan sonra MapQTL5.0 programı ve basit interval haritalama fonksiyonu kullanılarak QTL analizi gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızda P.cactorum'a dayanıklılık ile ilgili, fenotipik varyasyonu açıklayan 2 QTL bulunmuştur. QTL bölgesinde bulunan markırlar NBS markırlarıdır. HxK (HolidayxKorona) bağlantı haritası ile, çok sayıda SSR markırı içermesi nedeniyle oktoploid çileğin haritalanması çalışmalarına önemli katkı sağlanmıştır. Harita, NBS markırları ile zenginleştirilmiştir. HxK bağlantı haritası oktoploid çileğin haritalanması çalışmalarına referans olabileceği gibi NBS markırlarını içeren ilk çilek bağlantı haritasıdır. Belirlenen QTL'ler gelecekte markıra dayalı ıslah (MAB) çalışmalarında kullanılabilirler.

Abstract:
Eighty-two individuals from F1 mapping population derived from a cross between two Fragaria x ananassa cultivars `Holiday? and `Korona? were genotyped by using simple sequence repeat (SSR) and nucleotide binding site (NBS) markers. SSR transferability to Fragaria from other Rosaceae species has been tested. A hundred and six out of 132 SSRs obtained from apple, peach, pear and rose produced amplified fragments in octoploid strawberry DNAs. A total of 626 SSR and 300NBS markers were scored quantitatively. Holiday x Korona population genome was mapped by using Joinmap 4.0 software and covered 1244.5 cM. Among the scored markers, 340 SSR (54%) and 102 NBS (34%) markers were able to be mapped on linkage groups. The 442 markers across 1244,5 cM provided an average marker density of 1 marker per 2.81cM. Linkage group sizes were ranging from 93.1 cM to 2.8 cM with a mean length of 62.2 cM and 23 markers per linkage group were mapped. The maximum number of markers in one linkage group was 50 (LG 6A), the minimum was just 3 (LG4D). Some of NBS markers formed clusters on the chromosomes LG4A, LG4C, LG5A, LG5C, LG5D, LG6A, LG6C, LG6D. After constructing genetic linkage map, quantitative trait loci (QTL) analysis was performed inMapQTL5.0 software using the simple interval mapping function. In the experiment, 2 possible QTLs were found for resistance to P.cactorum explaining the phenotypic variation. The markers found in a QTL region were NBS markers. With the HxK linkage map, big progress was represented in octoploid strawberry mapping with large number of SSR markers. The map has also been enriched with NBS markers. This map can be a reference linkage map for octoploid strawberry and be first map which includes NBS markers. QTL found in our study can be useful for marker assisted breeding (MAB) for future.