COVID-19 tanısı ile takip edilen hastaların epidemiyolojik, klinik ve laboratuvar özellikleri ile tedavi yanıtlarının değerlendirilmesi
Evaluation of epidemiological, clinical, laboratory, and treatment response of patients followed with the diagnosis of COVID-19
Yazar: YEKTA ÖZKILIÇ
Danışman: PROF. DR. İLHAMİ ÇELİK
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Kayseri Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Korona virüs enfeksiyonları = Coronavirus enfections ; Korona virüsler = Coronaviridae ; Laboratuvarlar = Laboratories ; Mortalite = Mortality ; SARS virüsü = SARS virus ; Tedavi = Treatment

Özet:
Giriş ve Amaç: Çin'in Wuhan kentinde 2019 yılının sonlarında, nedeni saptanamayan pnömoni kümelenmeleri ortaya çıkması üzerine etkeni araştırılmaya başlanmış ve pnömoniye yol açan etkenin yeni bir koronavirüs olduğu bildirilmiştir. Şiddetli akut solunum yetmezliği sendromu koronavirüs-2 (SARS-CoV-2) olarak adlandırılan bu virusun yol açtığı hastalığa da koronavirüs hastalığı 2019 (COVID-19) adı verilmiştir. 
Hastalığın tanı, tedavi ve prognozunu göstermede farklı birçok parametre kullanılmakta olup halen çok farklı klinik tablolar ile seyretmekte ve tedavide çok farklı yaklaşımlar göze çarpmaktadır.   
Hastanemizde 11.03.2020 ile 08.03.2022 tarihleri arasında ayaktan başvuran toplam COVID-19 hasta sayısı 451.110, yatan toplam COVID-19 hasta sayısı 83.132, pandemi kliniklerinde yatan hasta sayısı 70.775, pandemi yoğun bakımlarında yatan hasta sayısı 11.225, entübe takip edilen COVID-19 hasta sayısı 4.688, COVID-19 PCR testi pozitif exitus hasta sayısı 3.145 idi. Bu çalışmada 500 hastanın klinik verileri, kullanılan tedaviler ve 28.gün mortalite oranları irdelenmiştir. Böylece ikinci yılı aşan pandemide hastalık takibi, tedavi ve prognozun öngörülmesinde hastanemize ait verilerin sunulması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışma, retrospektif gözlemsel bir kohort çalışma olarak 01.09.2020-01.02.2021 tarihleri arasında COVID-19 tanısı ile hastanemizde yatarak takip ve tedavi edilen hastalarda yapıldı. Çalışmaya en az bir nazo-orofarengeal örnekte SARS CoV-2 polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) pozitifliği saptanan 18 yaş ve üzeri hastalar dahil edildi. 
Tekrarlayan hastane yatışları olan hastalarda sadece ilk yatışları çalışma kapsamına alındı. 
Tüm hastaların yatış anındaki demografik-klinik özellikleri, altta yatan hastalıklar, laboratuvar sonuçları, radyolojik bulguları ve verilen tedaviler çalışma formuna kaydedildi. Başlangıç verilerine ek olarak COVID-19'a yönelik kullanılan antiviral ve antiinflamatuar tedaviler, hastanede yatış süresi, hastalığın seyir şiddeti ve 28. gün mortalite gelişimi kayıt altına alındı. Hastalar hafif-orta ve şiddetli-kritik seyirli olarak 2 gruba ayrıldı. Birinci gruba üst solunum yolu enfeksiyonu bulguları olan veya akciğerde infiltrasyonu olduğu halde oda havasında pulse oksimetri ile ölçülen periferik arteriyel oksijen saturasyonu (SpO2)> %94 olan hastalar dahil edildi. İkinci grup ise SpO2 <%94 olan ve oksijen desteği gereksinimi gösteren, solunum sayısı >30/dk olan, akciğer tomografisinde %50'den fazla tutulum saptanan; solunum yetmezliği, septik şok, çoklu organ yetmezliği olan hastalardan oluşturuldu. Verilere hastane veri tabanı ve yazılı hasta dosyaları incelenerek ulaşıldı. Hafif-orta ve şiddetli-kritik seyreden hastalar ile ölen ve sağ kalan hastalar arasındaki demografik veriler, altta yatan hastalıklar, laboratuvar bulguları, akciğer tutulum yüzdeleri ve tedaviler karşılaştırıldı.  Bu parametrelerden hastalık seyri ve mortalite açısından risk faktörü olanlar belirlendi.
Bulgular: Çalışmaya 500 hasta dahil edildi. Hastaların yaş ortalaması 63.01±14.25 yıl olup çoğunluğunu [%63.8 (n=319)] erkekler oluşturmaktaydı. Semptomatik hastalarda en sık rastlanan şikayetler; nefes darlığı, myalji, öksürük ve ateş olarak saptandı. 
Altta yatan hastalıklar sıklık sırasına göre; diabetes mellitus (DM), hipertansiyon (HT), kardiyovasküler hastalık (KVH) , kronik akciğer hastalığı (KAH), kronik böbrek hastalığı (KBH) olarak gözlendi. Hastaların 77'si (%15.4) hafif-orta seyirli grupta iken, 423'ü (%84.6) şiddetli-kritik hastalık grubunda idi. Hastaların 375'i (%75) şifa ile taburcu edilirken 125 kişi (%25) kaybedildi.
İleri yaş mortaliteyi arttırıcı bir risk faktörü olarak bulundu (OR:1.048, %95 CI, 1.026-1.070, p<0.001). KBH varlığı ölen hastalarda anlamlı olarak daha fazla oranda iken (p=0.005) DM varlığı hem şiddetli-kritik seyirli hastalarda (p=0.004) hem de ölen hastalarda (p=0.001) daha yüksek oranda bulundu. 
Şiddetli-kritik grupta yer alan ve ölen hastalarda beyaz küre sayısı (WBC), nötrofil/lenfosit oranı (NLR), kreatinin, aspartat aminotransferaz (AST), laktat dehidrogenaz (LDH), prokalsitonin (PCT), C-reaktif protein (CRP), ferritin, D-dimer, fibrinojen düzeyleri daha yüksekti. Lenfosit sayısı ise daha düşüktü. Akciğer tutulum derecesi ortanca %40 (10-90) olan hastalar, %30(5-90) olanlara göre mortalite açısından artmış riske sahipti (OR:1.036, %95 CI, 1.024-1.049, p<0.001).
Hidrosiklorokin, favipravir, remdesivir kullanımının mortalite oranlarını etkilemediği gözlendi. Şiddetli-kritik gruptaki hastaların takibinde daha fazla antiinflamatuar tedavi gereksinimi mevcuttu. Kortikosteroid tedavisi mortaliteyi azaltıcı faktör olarak bulundu (OR:0.484, %95 CI, 0.270-0.870, p=0.015). Tosilizumab kullanımı mortaliteyi azaltmış iken istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı. 
Sonuç: Bu çalışmada ileri yaş,  erkek cinsiyet, alt hastalık varlığı, WBC, NLR, kreatinin, AST, LDH, PCT, CRP, ferritin, D-dimer, fibrinojen yüksekliği, lenfosit düşüklüğü, akciğer tutulum derecesi kötü seyri öngörmede önemli parametreler olarak saptandı. Antiviral tedaviler ile mortalite arasında anlamlı bir ilişki bulunmazken, kortikosteroid tedavisi mortaliteyi azaltıcı risk faktörü olarak bulundu. İleri yaş ve akciğer tutulum derecesinin yüksekliği mortalite artışı açısından risk faktörü olarak bulundu. Bu parametrelere sahip olan hastaların şiddetli-kritik seyir ve mortalite açısından yakın takibi önemlidir.
Anahtar Kelimeler: SARS-CoV-2, COVID-19, Klinik Seyir, Mortalite

Abstract:
Introduction and Purpose: Following the emergence of undetectable clusters of pneumonia in Wuhan, China, its factor was investigated, and it was reported that a new coronavirus was the cause of pneumonia. The disease caused by this virus, called severe acute respiratory failure syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2), is also called coronavirus disease 2019 (COVID-19).
Many different parameters show the disease's diagnosis, treatment, and prognosis, and it is still progressing, with diverse clinical pictures and treatment approaches standing out.
Between March 11, 2020, and March 8, 2022, the total number of COVID-19 patients admitted from outpatients in our hospital was 451,110; the total number of COVID-19 patients inpatients was 83,132; the number of patients in pandemic clinics was 70,775; the number of patients in pandemic intensive care units was 11,225; the number of COVID-19 patients followed up intubated was 4,688; and the number of covid-19 PCR test positive exitus patients was 3,145. This study looked at clinical data from 500 patients, treatments used, and mortality rates on the 28th day. Thus, it is hoped to provide data from our hospital inisease prevention, monitoring, treatment, and prognosis in the pandemic beyond the second year. This study looked at clinical data from 500 patients, treatments used, and mortality rates on the 28th day. Thus, it is intended to present data from our hospital in the prediction of disease follow-up, treatment and prognosis in the pandemic beyond the second year.
Material and Method: The study was carried out as a retrospective observational cohort study on patients who were inpatients and managed in our hospital with the diagnosis of COVID-19 between September 1, 2020 and February 1, 2021. The study included patients aged 18 years and older who were found to have SARS CoV-2 polymerase chain reaction (PCR) positivity in at least one nasopharyngeal sample.
Only the first hospitalizations were included in the study in patients with recurrent hospitalizations.
All patients' demographic-clinical characteristics, underlying diseases, laboratory results, radiological findings, and treatments received during their hospitalization (admission) were recorded in the study form. Aside from the initial data, the antiviral and anti-inflammatory treatments used for COVID-19, the duration of hospital stay, the severity of the disease, and the development of mortality on the 28th day were all recorded. The patients were divided into 2 groups as mild-moderate and severe-critical. The first group included patients with signs of upper respiratory tract infection or infiltration of the lungs with peripheral arterial oxygen saturation (SpO2) >94% measured by pulse oximetry in room air. And the second group comprised patients with respiratory failure, septic shock, and multi-organ failure as well as with SpO2 <94% and need for oxygen support, respiratory rate >30/min, and more than 50% involvement in lung tomography. The data was collected by reviewing the hospital database and written patient files. Demographic data, underlying diseases, laboratory findings, lung involvement percentages and treatments were compared between patients with mild-moderate and severe/critical course and those who died and survived. These parameters were used to determine risk factors for disease progression (course) and mortality.
Results: 500 patients were included in the study. The mean age of the patients was 63.01±14.25 years, with the majority of them being men [%63.8 (n=319)]. It was found that shortness of breath, myalgia, cough, and fever were the most common complaints in symptomatic patients.
Diabetes mellitus (DM), hypertension (HT), cardiovascular disease (KVH), chronic lung disease (KAH), and chronic kidney disease are the most common underlying diseases (KBH). 77 (15.4%) of the patients had mild-to-moderate disease, while 423 (84.6%) had severe-critical disease. While 375 (75%) of the patients were discharged with full recovery, 125 (25%) people died.
Advanced age was discovered to be a risk factor for increased mortality (OR: 1.048, 95% CI, 1.026-1.070, p<0.001). While CKD was found to be significantly more prevalent in patients who died (p=0.005), DM was found to be more prevalent in both severe-critical patients (p=0.004) and patients who died (p=0.001).
In patients in the severe-critical group and in patients who died, white blood cell count (WBC), neutrophil/lymphocyte ratio (NLR), creatinine, aspartate aminotransferase (AST), lactate dehydrogenase (LDH), procalcitonin (PCT), C-reactive protein (CRP), ferritin, D-dimer, and fibrinogen levels were higher. The numbers of lymphocytes, on the other hand, were lower. Patients with a median degree of lung involvement rate of 40% (10-90) had an increased risk of mortality compared to those with 30% (5-90) (OR: 1.036, %95 CI, 1.024-1.049, p<0.001).
It was observed that the use of hydroxychloroquine, favipiravir, and remdesivir did not affect mortality rates. There was a need for more anti-inflammatory treatment during the follow-up of the patients in the severe-critical group. Corticosteroid treatment was found to be a factor in lowering mortality (OR :0.484, %95 CI, 0.270-0.870, p=0.015). While the use of tocilizuma reduced mortality, it was not statistically significant.
Conclusion: This study identified that advanced age, male gender, presence of underlying disease, WBC, NLR, creatinine, AST, LDH, PCT, CRP, ferritin, D-dimer, high fibrinogen, low lymphocyte level, and degree of lung involvement were all found to be key parameters to prediction of poor prognosis in this study. While no significant correlation was found between antiviral treatments and mortality, corticosteroid treatment was found to be a risk factor reducing mortality. Advanced age and high degree of lung involvement were found to be risk factors for increased mortality. Close follow-up of patients with these parameters is significant in terms of severe/critical course and mortality.
Keywords: SARS-CoV-2, COVID-19, Clinical Course, Mortality