Otozomal resesif sendromik olmayan işitme kayıplı üç ailede işitme kaybından sorumlu genlerin tüm ekzom sekanslama yöntemi ile belirlenmesi
Determination of the responsible gene with using the whole exome sequencing method in five families with nonsyndromic autosomal recessive deafness
Yazar: ASLI SIRMACI
Danışman: DOÇ. DR. HİLAL OZDAG
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
İşitme kaybı dünyada sık görülen duyusal bir bozukluk olup doğuştan veya dil gelişimi öncesi gelişen işitme kaybı yaklaşık 1000 doğumda bir görülmektedir. Bu olguların yarısına yakın bir bölümünde genetik faktörlerin etkili olduğu düşünülmektedir. Genetik nedenli işitme kayıplarının yaklaşık %30'una başka klinik bulgular eşlik etmektedir ve sendromik işitme kaybı olarak adlandırılır. %70'ine ise işitme kaybı dışında başka bir klinik bulgu eşlik etmez ve sendromik olmayan işitme kaybı olarak adlandırılır. Olguların yaklaşık %80'inde otozomal resesif kalıtım bulunmaktadır. Sendromik olmayan işitme kaybı yaptığı gösterilmiş 39 tane gen bulunmaktadır.Bu çalışmaya anne ile baba arasında akrabalık bulunan ve en az üç etkilenmiş bireyde sendromik olmayan, doğuştan veya dil gelişimi öncesi ortaya çıkan ileri ve çok ileri sensorinöral işitme kaybı bulunan üç aile dahil edilmiştir. Bu aileler, benzer özellikteki daha çok sayıda aile içinden GJB2 geni taranmış ve mutasyon bulunmayan aileler arasından seçilmiştir. Ailelerden elde edilen DNA örnekleriyle önce tüm aile bireylerinde SNP mikrodizin analizi yapılarak bilinen işitme kaybı genleri elenmiştir, Ardından etkilenmiş bireylerdeki ortak otozigot bölgeler belirlenmiştir. Her aileden etkilenmiş bir birey, tüm ekzom sekanslama yöntemi kullanılarak genomda bulunan tüm genlerin kodlayan ekzonları sekanslanmıştır.Üç aileden birinde, bu tez çalışmasında tanımlanan OTOGL genindeki p.Val477GlufsX25 mutasyonu, diğerinde GIPC3 genindeki p.His170Asn mutasyonları saptanmıştır. Üçüncü ailede ise herhangi bir mutasyon saptanamamıştır. OTOGL geninin işitme kaybından sorumlu olduğu ve Otogelin-like proteinin iç kulaktaki aselülar membranların yapısında bulunan bir protein olduğu çalışmalarımız kapsamında gösterilmiştir. GIPC3 proteininin ise memeli kohleasında bulunan tüy hücrelerinde, akustik sinyal iletimi ve yayılmasında görev yaptığı gösterilmiştir.Sonuç olarak bu tez çalışması, ülkemizdeki işitme kaybı genlerinin spektrumları saptanması ve işitme kaybının genetiğinin aydınlatılması açısından da önemli bir yere sahiptir. Türkiye'deki işitme kaybına sebep olan genlerin ortaya çıkartılması ile genetik testlerle daha hızlı tanı koyabilme ve sağlıklı genetik danışma verilebilme imkanı artmaktadır.

Abstract:
Hearing loss is the most common sensorial disorder in human. Congenital or prelingual hearing loss occurs approximately in one case per 1000 live births. Genetic causes are responsible in 50% of cases. Additional findings are present in 30% of cases, which are referred to as having syndromic deafness. Autosomal recessive transmission occurs in 80% of hereditary deafness. To date, 39 genes, in which mutations are responsible for autosomal recessive deafness, have been identified.Three families with parental consanguinity segregating with autosomal recessive deafness, which have at least 3 affected individuals by profound prelingual deafness, were included in this study. These families were ascertained among a larger number of families which did not have mutations in GJB2. Genomic DNA extracted by using standard phenol-chloroform method was used to genotype genomewide SNPs with microarray. With using this method, first the known deafness genes were excluded and then the autozygous segments which shared between affected individuals were detected. After this, one affected individual per family were sequenced with using whole exome sequencing method.In one family, we identified p.Val477GlufsX25 mutation in OTOGL. This gene is identified as new deafness gene in this study. OTOGL mutations affect the production and/or function of acellular structures of the inner ear including the tectorial and otolithic membranes. In the second family, we identified p.His170Asn mutation in GIPC3. This gene has been identified as a deafness gene which has a role of acoustic signal acquisition and propagation in cochlear hair cells.This study is important to identify the genetic causes of hearing loss and the find the specturms of the deafness genes. Identifiying genes that cause hearing loss in Turkey will accelerate the molecular diagnosis and would improve accurate genetic counseling.