Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Molecular modeling of sequences and structures of proteins and nucleic acids involved in respiratory diseases
Yazar: SEDA YÜZEREN
Danışman: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Sağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Biyofilmler = Biofilms ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Nükleik asit = Nucleic acids ; Proteinler = Proteins ; Quorum sensing = Quorum sensing ; Solunum yolları hastalıkları = Respiratory tract diseases

Özet:
Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin
dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Bu tezde, solunum hastalıklarında rol oynayan seçilmiş 7 mikroorganizmanın
biyofilm oluşumunda önemli bir mekanizma olan Çevreyi Algılama Sistemi
(Quorum Sensing) 'de görevli protein ve nükleik asitleri, moleküler modelleme ve
dizi karşılaştırma yolu ile incelenmiştir. Proteinlerin amino asit ve nükleik asit
dizileri https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ve https://www.uniprot.org/ veri tabanlarından
alınmıştır. MEGA 7. 0. 26 programında ortak nükleik ve amino asit dizilerinin
bulunması için dizi hizalama (alignment) yapılmıştır. PyCharm Community Edition
2018.3.4 programında oluşturulan algoritma ile bu dizilerin benzerlik yüzdeleri
hesaplanmıştır. https://swissmodel.expasy.org/ veri tabanında bu proteinlerin 3
boyutlu yapıları oluşturulmuş ve UCSF Chimera 1. 13. 1 (University of California,
2000) programında bu modeller karşılaştırılmış ve ortak yapılar bulunmuştur.
Fiziksel ve kimyasal özelliklerin incelenmesi amacıyla
https://web.expasy.org/protparam/ veri tabanı kullanılmıştır. Sonuçta ise ortak diziler
ve yapılar elde edilmiştir. Bu sonuçların biyofilm oluşumunu önleyici çözümler
üretilmesine önemli katkılar sağlayabileceği düşünülmektedir.
Anahtar Kelimeler;
Moleküler modelleme; Quorum Sensing; Solunum yolu hastalıkları; Biyofilm

Abstract:
Molecular modeling of sequences and structures of proteins and nucleic acids
involved in respiratory diseases
In this thesis, protein and nucleic acids in Quorum Sensing which is an important
mechanism in biofilm formation of 7 selected microorganisms in respiratory diseases
are examined by molecular modeling and sequence comparison. The amino acid and
nucleic acid sequences of the proteins were taken from
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ and https://www.uniprot.org/ databases. Alignment
was performed to find common nucleic acid and amino acid sequences in MEGA 7.
0. 26 program. With the algorithm created in PyCharm Community Edition 2018.3.4,
the similarity percentages of these sequences were calculated. In the
https://swissmodel.expasy.org/ database, 3-dimensional structures of these proteins
were created and these models were compared and common structures were found in
UCSF Chimera 1.13.1 (University of California, 2000) program. The
https://web.expasy.org/protparam/database was used to examine the physical and
chemical properties. As a result, common sequences and structures were obtained. It
is thought that these results can contribute to the production of biofilm formation
prevention solutions.
Keywords;
Molecular modeling; Quorum Sensing; Respiratory diseases; Biofilm.