Usnik asitin meme kanseri üzerindeki etkisinin transkriptomik ve proteomik yaklaşımlar ile belirlenmesi
Determination the usnic acid effects on TNBC breast cancer via transcriptomic and proteomic approaches
Yazar: ÜMMÜGÜLSÜM TANMAN
Danışman: PROF. DR. DEMET CANSARAN DUMAN ; PROF. DR. MİNE TÜRKTAŞ
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Proteomikler = Proteomics ; Transkriptomlar = Transcriptomics ; Usnik asit = Usnic asid

Özet:
Meme kanserleri arasında en agresif moleküler alt tip üçlü negatif meme kanseri (TNBC)'dir. Meme kanserleri tedavisi için farklı tedavi yaklaşımları mevcut olsa da TNBC tip için henüz etkili tedavi yöntemi geliştirilememiştir. Rutin tedavide kullanılan kematerapotikler tekli ve çoklu olarak hastalara verilmektedir. Küçük molekül yapılı ve liken sekonder metaboliti olan usnik asit (UA), literatürde farklı kanser türleri için anti-kanser ajanı olarak belirlenmiştir ve TNBC kanseri üzerindeki terapötik etkisinin moleküler karakterizasyonun daha detaylı olarak multiomik boyutta incelenmesine ihtiyaç olmuştur. Tez kapsamında meme kanser MDA-MB-231 ve meme epitel hücre MCF-12A'ya UA uygulaması sonrasında mRNA ifade profilleri yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisi ile protein ifade profilleri ise LC-MS/MS teknolojisi kullanılarak belirlenmiştir. Transkriptom analizi sonucunda oluşturulan her kütüphane için belirlenen transkriptlerin ve UA molekülü uygulaması sonrası proteom analizi sonucu elde edilen proteinlerin gen ontoloji, yolak, protein-protein etkileşim analizleri gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, UA molekülü en yüksek düzenlemeyi TNBC kanser hücresinde hücre dışı matris moekülleri üzerinde yaparak hücre yüzeyinde bulunan Integrin-GnRH-Sitokin-Rho-GTPase yolak reseptörlerinin hücre içi sinyalizasyonlarını azaltarak kontrollü hücre ölümüne sürükleyebildiği değerlendirilmiştir.

Abstract:
Triple negative breast cancer (TNBC) is the most aggressive subtype of breast cancers. There are different treatment approaches for the treatment of breast cancers, but an effective treatment method has not yet been developed for TNBC-type cancer. Chemotherapeutics used in routine treatment are given to patients as single or multiple.  Usnic acid (UA) is a small molecule and lichen secondary metabolite, has been determined as an anti-cancer agent for different cancer types in the literature, and the therapeutic characterization on TNBC cancer needs to be examined in more detail at a multiomic dimension. After UA teratment to breast cancer MDA-MB-231 and breast epithelial cell MCF-12A, mRNA expression profiles were revealed using next generation sequencing (NGS) technology and protein expression profiles were determined using LC-MS/MS technology within the scope of the thesis. Gene ontology, pathway and interaction analyzes were carried out for determined transcripts for each library created as a result of transcriptome analysis and determined proteins as a result of proteome analysis after UA molecule treatment. As a result, UA molecule can lead to controlled cell death by reducing intracellular signaling of Integrin-GnRH-Cytokine-Rho-GTPase pathway receptors on the cell surface by making the highest regulation on extracellular matrix molecules in TNBC cancer cell.