Domateste erken yanıklık hastalığına dayanıklılık sağlayan genlerin moleküler markörler yardımıyla genetik haritalaması ön çalışmaları
Preliminary studies on molecular markers assisted genetic resistance genes mapping to tomato early blight disease
Yazar: ŞERİFE TOPKAYA
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ÖZER ÇALIŞ
Gaziosmanpaşa Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Ziraat Bölümü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Fungal erken yanıklık hastalık etmeni Alternaria solani her yıl Solanacea familyasına ait bitkilerde önemli ürün kayıplarına neden olmaktadır. Domateste erken yanıklıktan dolayı her yıl minumum %10 ürün kaybı oluşmaktadır. Hastalığın kontrolünde kültürel önlemler yetersiz kalmakta, kimyasal mücadele ise kalıntı problemleri, çevre ve insan sağlığına olan olumsuz etkileri nedeniyle tercih edilmemektedir. Etmenin kontrolü dayanıklılık genlerini kullanarak mümkündür. Bu çalışmada yedi domates hattının Alternaria solani'ye karşı reaksiyonu belirlenmiştir. Testler sonucunda orta derecede dayanıklı NCEBR2 (?) hattı ile orta derecede hassas NC84173 (?) hattı melezlenerek F1, F2 ve geriye melez (BC1) bitki populasyonları oluşturulmuştur. Moleküler çalışmalarda ebevynler arasındaki polimorfizmi ortaya koyabilmek için beş adet RGA (Resistance Gene Analogs) markörü, 70 adet Simple Sequence Repeats (SSR) markörü, 23 adet CAPS/SNP (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence/ Single Nucleotide Polymorphism) markörü ve 1 adet INDEL (Insertion/Deletion) markörü kullanılmıştır. Çalışmada toplam 99 adet moleküler markör test edilmiş olup 11 adet moleküler markör ebeveynler arasında polimorfizm vermiştir. Patojenisite testlerinde 150 haritalama populasyonu bitkisinin fenotipleri ortaya konmuştur. Polimorfik markörlerin 150 haritalama populasyonu bitki DNA'sıyla olan genotipik reaksiyonları Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile araştırılmıştır.

Abstract:
Fungal early blight disease caused by Alternaria solani occurs every year important yield loss on Solanacea family plants. Each year, at least 10% crop loss happens due to early blight disease in tomatoes. Cultural manegement is not enought to control the disease, chemical applications constitutes residue problems, negatives effects on human health and enviroments, therefore, the fungicides does not prefer to control the fungal disease. Early blight disease is able to restrain with resistance genes. In this study, we identified seven tomato lines? reactions to early blight disease using pathogenicity tests. According to the pathogenicity test results, intermediate resistant NCEBR2 (?) line and intemediate susceptible NC84173 (?) line were crossed F1, F2 and back cross (BC1) plant populations were produced. In the pathogenicity tests, 150 mapping population plants phenotypes were determined. In molecular studies, to determine polimorphism between NCEBR2 (?) and NC84173 (?) parents 5 resistance gene anologs (RGA) markers, 70 simple sequence repeats (SSR) markers, 23 cleaved amplified polymorphic sequence / single nucleotide polymorphism (CAPS/SNP) markers and 1 INDEL markers used. Among 99 tested molecular markers 11 molecular markers were found polimorphic between the parents. The polimorphic markers analysed with 150 mapping population plants and their genotypic reaction were revealed in polymerase chain reactions.