Çiğ süt satışı yapan küçük aile işletmelerinin süt güğümlerinde norovirüs (GI, GII) ve Hepatitis A virus varlığının real-time RT-PCR testi ile araştırılması
Investigation of the presence of norovirus (GI, GII) and hepatitis a virus with real-time RT-PCR test in milk cans of small family enterprises that selling raw milk
Yazar: MEHMET RECAİ YILMAZ
Danışman: PROF. DR. MEHMET KALE
Burdur Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Hepatit virüsleri = Hepatitis viruses ; Nörovirüs = Norovirus ; Süt = Milk ; Virüsler = Viruses

Özet:
Bu çalışmada Burdur-Merkez'de çiğ süt satışı yapan küçük aile işletmelerinin 24 ay ve üzeri yaşlardaki süt ineklerinin sütlerinin toplandığı süt güğümlerinde Norovirus (NoV) GI, NoV GII ve Hepatitis A Virus (HAV) varlığı araştırıldı. Bu amaçla, 100 adet işletmedeki süt güğümlerinden 2 adet 15 ml ve 50 ml'lik steril tüplere süt örnekleri toplandı. Steril tüplere 15 ml kadar alınan süt örneklerinde Real-Time RT PCR ile NoV GI, NoVGII ve HAV varlığı araştırılırken, 50 ml steril tüplere alınan süt örneklerinde somatik hücre sayımı (SCC) gerçekleştirildi. Örneklemenin yapıldığı işletmelerde sağım ve hijyen koşullarına yönelik anket uygulaması da yapıldı. İşletmelerde sağım ve hijyen koşullarına yönelik yapılan anket çalışması sonucunda; Hayvanların sağımının en çok aile bireylerince ve anne tarafından yapıldığı, sağımların yaygın olarak makine ile gerçekleştirildiği, sağım alanı ve ahırlarda çevresel kontaminasyon oluşturacak vektörün en fazla haşereler olduğu, sağım alanı ve ahırların genel olarak aylık temizliğinin yapıldığı, sağım alanlarının da günlük temizliğinin yapıldığı, süt güğümlerinde kullanım sonrası ve günlük temizliğin (soğuk su ve bir kez sudan geçirerek yapılması) yapıldığı ancak sağım makineleri ve güğümlerde haftalık dezenfeksiyon işleminin gerçekleştirildiği, işletmelerde sabun-su kullanımının ve sağım öncesi ve sonrası el yıkama alışkanlığının yaygın olduğu fakat el dezenfektan kullanımının yaygın olmadığı, sağım alanına girişte ve ahıra girişte önlük kullanımının yaygın olarak uygulanmadığı, sağım işlemi sırasında çalışanlarda takı kullanımının yaygın olduğu, çalışanların çiğ süt hijyeni ile ilgili herhangi bir eğitim alma oranının oldukça düşük düzeyde olduğu, işletmelerin yıllık süt analizlerinin yılda bir kez yaptırıldığı tespit edildi. Burdur-Merkezde çiğ süt satışı yapan 100 adet küçük aile işletmelerinden alınan süt örneklerinde NoV ve HAV varlığının tespiti için yapılan Real-Time RT-PCR analizinde; %16 NoV GI, %12 NoV GII, %8 HAV pozitiflik tespit edildi. Ko-enfeksiyon olarak elde edilen sonuçlarda; %4 NoV GI + NoV GII ve %8 NoV GI + NoV GII + HAV olarak belirlendi. Bu çalışmada çiğ süt satışı yapan küçük aile işletmelerinde toplanan sütlerde yüksekten düşüğe NoV GI, NoV GII ve HAV varlığı tespit edildi. Çalışmada elde edilen sütlerdeki SCC ortalaması 339.020+249.230,9 olarak belirlendi. Bu çalışmada, NoV GI, NoV GII ve HAV pozitif bulunan örneklerin SCC ortalamaları negatif örnek ortalamalarından istatistiksel olarak daha düşük bulundu (p<0,05). NoV GI pozitif saptanan örneklerde ortalama SCC 225.375+60.018,9 (p=0,005), NoV GII saptanan pozitif örneklerde ortalama SCC 251.166,7+42.994,9 (p=0,01) ve HAV saptanan pozitif örneklerde ortalama SCC 248.750+49.969,1 (p=0,04) belirlendi. Sütlerde NoV GI, NoV GII ve HAV varlığının SCC'yi etkilemediği ve sütlerde bir viral varlığın göstergesi olarak kullanılamayacağı sonucuna varıldı.

Abstract:
In this study, the presence of Norovirus (NoV) GI, NoV GII and Hepatitis A Virus (HAV) was investigated in milk cans where the milk of dairy cows aged 24 months and older were collected from small family enterprises selling raw milk in Burdur-Merkez. For this purpose, milk samples were collected in 2 sterile tubes of 15 ml and 50 ml from milk cans in 100 dairy farms. While the presence of NoV GI, NoVGII and HAV was investigated by Real-Time RT PCR in 15 ml milk samples taken in sterile tubes, somatic cell count (SCC) was performed in 50 ml sterile tubes. A questionnaire on milking and hygiene conditions was also carried out in the sampling establishments. As a result of the questionnaire study on milking and hygiene conditions in enterprises; Milking of animals is mostly done by family members and the mother, milking is commonly carried out by machine, the most common vector that may cause environmental contamination in the milking area and barns is pests, monthly cleaning of the milking area and barns is generally carried out, daily cleaning of the milking areas is also carried out, after use and daily cleaning (cold water and once through water) is carried out in milk cans, but weekly disinfection is carried out in milking machines and cans, It was determined that the use of soap and water and hand washing habits before and after milking were common in the enterprises, but the use of hand disinfectants was not common, the use of aprons at the entrance to the milking area and at the entrance to the barn was not widely applied, the use of jewellery by the employees during the milking process was common, the rate of receiving any training on raw milk hygiene by the employees was at a very low level, and the annual milk analyses of the enterprises were carried out once a year. In the Real-Time RT-PCR analysis performed to determine the presence of NoV and HAV in milk samples taken from 100 small family enterprises selling raw milk in Burdur-Centre; 16% NoV GI, 12% NoV GII, 8% HAV positivity was detected. In the results obtained as co-infection; 4% NoV GI + NoV GII and 8% NoV GI + NoV GII + HAV were determined. In this study, the presence of NoV GI, NoV GII and HAV was detected in the milk collected in small family enterprises selling raw milk. The mean SCC in the milk obtained in the study was determined as 339.020+249.230.9. In this study, the mean SCCs of NoV GI, NoV GII and HAV positive samples were statistically lower than the mean SCCs of negative samples (p<0,05). The mean SCC of NoV GI positive samples was 225.375+60.018,9 (p=0,005), the mean SCC of NoV GII positive samples was 251.166,7+42.994,9 (p=0,01) and the mean SCC of HAV positive samples was 248.750+49.969,1 (p=0,04). It was concluded that the presence of NoV GI, NoV GII and HAV in milk did not affect SCC and could not be used as an indicator of viral presence in milk.