Klinik örneklerden izole edilen Enterococcus türlerinde antibiyotik direncinin araştırılması
Study of antibiotic resistance in Enterococcus which were isolated from clinical samples
Yazar: ŞULE ÇELİK
Danışman: DOÇ. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
İstanbul Üniversitesi / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Enterococcus = Enterococcus ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Çeşitli antibiyotiklere intrensek dirençli olan enterokoklar pek çok antibiyotiğe de sonradan direnç kazanabilmektedir. Çevre koşullarına dayanıklı olmaları nedeniyle son yıllarda hastane enfeksiyonları arasında ilk sıralarda yer almaktadır.
Bu çalışmada Ocak 2012-Ocak 2013 tarihleri arasında Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı?na gelen 128 klinik örnekten (69 idrar, 35 cerrahi alan enfeksiyonlarından alınan abse/yara/kateter/dren sıvısı, 21 kan, 2 balgam, 1 endotrakeal aspirat) enterokok kökeni izole edildi. APİ 20 Strep testi ile tiplendirildi ve antibiyotik duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile değerlendirildi. Vankomisin, teikoplanin, daptomisin, yüksek düzey gentamisin duyarlılığı için E-test yöntemi kullanıldı. . Multipleks PCR yöntemi ile toplam 50 kökende ( 13 vankomisin dirençli enterokok (VRE) ve eritromisin direnci; 17 VRE, yüksek düzey gentamisin direnci (YDGD) ve eritromisin direnci; 3 YDGD ve eritromisin direnci; 17 eritromisin direnci) aminoglikozit modifiye edici enzimleri kodlayan 6?-N-asetiltransferaz-2??-O-fosfotransferaz [aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia], 3?-O-fosfotransferaz [(aph (3?)-IIIa], 4?-O-adeniltransferaz [ant (4?)] genleri, eritromisin dirençli metilaz genleri (ermA, ermB, ermC) ve vankomisin direnç genleri (vanA, vanB) araştırıldı.
128 enterokok kökenlerinin dağılımı; 63?ü (% 49) E. faecalis, 59?u (% 46) E. faecium,  4?ü E. avium, 2?si E. durans?dı. Bunların % 78?i tetrasikline, % 73?ü eritromisine, % 52?si rifampisine, % 50?si kinupristin/dalfopristine, % 49?u siprofloksasin ve levofloksasine, % 37?si penisilin ve ampisiline, % 27?si kloramfenikole, % 22?si yüksek düzey streptomisine, % 23?ü vankomisin ve teikoplanine, % 17?si nitrofurantoine, % 16?sı yüksek düzey gentamisine dirençliydi. Kökenlerimizin hiçbirinde daptomisin, linezolid ve tigesiklin direnci saptanmadı ve beta laktamaz testi negatifti.
E. faecium penisilin, ampisilin, vankomisin teikoplanin, siprofloksasin, levofloksasin, YDG, YDS, nitrofurantoin, rifampisin, kloramfenikole E.faecalis?e göre anlamlı derecede daha dirençli, ancak E. faecalis kinupristin/dalfopristine daha dirençli tespit edildi (p< 0,05).
İzole ettiğimiz 30 VRE kökeninin 29?unda vanA geni tespit edildi. Ancak bu kökenlerin hiçbirinde vanB genine rastlanmadı. 
YDG direnci olan 20 kökenin 17?sinde aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia geni, 2?sinde aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia ve aph (3?)-IIIa geni saptandı. Fenotipik olarak YDGD olan bir kökende ise bu gen tespit edilmedi. YDGD olmayan 30 kökenin 11?inde aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia geni, 6?sında aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia ve aph (3?)-IIIa geni, 7?sinde aph (3?)-IIIa geni saptandı ve incelenen kökenlerin hiçbirinde ant (4?) geni tespit edilmedi. Çalışılan 50 kökenin 49?unda ermB geni (21 kökende sadece ermB geni, 27 kökende hem ermB hem de ermC geni, bir kökende ise ermA, ermB, ermC geni üçü birlikte) saptandı. Bir kökende ermA ve ermC geni tespit edildi.
Sonuç olarak izole ettiğimiz vankomisin dirençli enterekok kökenlerinin vanA genotipinde olduğu, çoğunun aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia ve aynı zamanda ermB ve ermC geni taşıdığı belirlenmiştir. Bu çalışma, ciddi enterokok enfeksiyonlarının ampirik tedavisinde daha dikkatli olunması gerektiğini göstermektedir

Anahtar kelimeler: enterokok, antibiyotik direnci, direnç genleri

Abstract:
Enterecoccus whom were instinctively resistant to different antibiotics can gain resistance to alot of antibiotics afterwards. Because of high tolerance to environmental conditions, they have became the first reason of hospital infections in recent years.
In this study enterecoccus strains were isolated from 128 clinical samples (69 urine, 35 abscess/wound/catheter/dreinage specimens from surgical infections, 21 blood, 2 mucus, 1 endotraceal aspirate) that were collected between October 2012- October 2013 in the Cerrahpaşa Medical Faculty Microbiology Department. They have been typed with APİ 20 strep test and their antibiotic sensibilities have been analysed with using Kirby-Bauer disc diffusion method. E-test method has been used for identifying vancomycin, teicoplanin, daptomicin and high level gentamicin susceptibility. 
A total of 50 strains (13 vancomycin resistant enterococcus (VRE) and erythromicin resistant; 17 VRE, high level gentamicin resistant (HLGR) and erythromicin resistant; 3 HLGR and erythromicin resistant; 17 erythromicin resistant) were analysed for 6?-N-acetyltransferase-2??-O-phosphotransferase [aac(6?)-Ie-aph (2??)-Ia], 3?-O-phosphotransferase [(aph (3?)-IIIa], 4?-O-adenyltransferase [ant(4?)] genes which encodes aminoglycozides modifying enzymes, erythromycin resistant methylase genes (ermA, ermB, ermC) and vancomicin resistant genes (vanA and vanB) by using multyplex PCR method.
Among the 128 enterecoccus strains, the prevalence was: E. faecalis 63 (% 49), E. faecium 59 (% 46),  E. avium 4 and E. durans 2. Of these % 78 to tetracycline, % 73 to erythromycin, % 52 to rifampicin, % 50 to quinupristin/ dalfopristin, % 49 to ciprofloxacin and levofloxacine, % 37 to penicillin and ampicillin, % 27 to chloramphenicol,% 22 to high level streptomycin, % 23 to vancomycin and teicoplanin, % 17 to nitrofurantoin, % 16 to high level gentamicin were resistant. Daptomycin, linezolid ve tigecycline resistance have not been detected in any of the strains and also beta lactamase test was negative.
E. faecium strains when compared with E. faecalis strains showed significantly higher resistance rates to penicillin, ampicillin, vancomycin, teicoplanin, ciprofloxacin, levofloxacin, HLG, HLS, nitrofurantoin, rifampicin, chloramphenicol, however E.faecalis strains were more resistant to quinupristin/dalfopristin (p< 0,05).
vanA gene has been found in 29 of the isolated 30 VRE strain. But vanB gene has not been found in none of the these strains. 17 aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia gene, 2 aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia ve aph (3?)-IIIa gene have been determined from 20 of the HLGR strains. This gene has not been determined in one of phenotypically HLGR strain. 11 aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia gene, 6 aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia ve aph (3?)-IIIa gene, 7 aph (3?)-IIIa gene have been found in 30 strains which have not HLGR and ant (4?) gene have not been detected none of the strains. ermB gene (only ermB gene in 21 strain, both ermB and ermC in 27 strain, together with ermA, ermB and ermC in 1 strain)  has been found in 49 of a total of 50 strains. ermA and ermC gene have been found only in one strain.
As a result isolated enterecoccus strains are vanA genotype, most of them carry aac (6?)-Ie-aph (2??)-Ia and also both ermB and ermC genes. This study is show that we should be aware of more for the empirical treatment of serious enterococcal infections. 

Keywords: enterecoccus, antibiotic resistance, resistance genes?