Çiğ tavuk eti örneklerinde Real-Time PCR ile listeria monocytogenes varlığının araştırılması
Investigation of the presence of listeria monocytogenes by Real-Time PCR in raw chicken meat samples
Yazar: EMİNE BİLGİN
Danışman: PROF. DR. GÜLŞAH ÇANAKÇI ADIGÜZEL
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Gıda Hijyeni ve Teknolojisi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Besin kirlenmesi = Food contamination ; Listeria monocytogenes = Listeria monocytogenes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tavuk eti = Chicken meat ; Tavuklar = Chickens ; Çiğ et = Raw meat

Özet:
Amaç: Tavuk eti; yüksek besin içeriği, uygun su aktivitesi ve pH değerine sahip olması nedeniyle gıda kaynaklı patojenlerin gelişmesi için elverişli bir ortamdır. Bu çalışmada, Erzurum ili merkez ilçelerinden toplanan 50 adet çiğ tavuk eti örneğindeki Listeria monocytogenes varlığının, hızlı ve güvenilir bir yöntem olan Real-Time PCR ile DNA izolasyonu yapılmadan ortaya konulması amaçlanmaktadır.
          Materyal ve Metot: Erzurum piyasasından temin edilen 50 adet çiğ tavuk eti örneği materyal olarak kullanılmıştır. Aseptik koşullara uygun olarak getirilen örneklerde DNA izolasyonu yapılmadan, Real-Time PCR yöntemi ile Listeria monocytogenes varlığı ve miktarı tespit edilmiştir. Ayrıca L. monocytogenes`in teşhisinde ön zenginleştirme yapılarak ve yapılmayarak, spesifik PCR'ın hedef mikroorganizmayı teşhis etme potansiyeli araştırılmıştır.
          Bulgular: 50 adet çiğ tavuk eti örneğinin 18 tanesinin pozitif olduğu tespit edilmiştir. DNA izolasyonu yapılmasa da Real-Time PCR sonuçlarında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlemlenmemiştir. Spesifik PCR kullanarak L. monocytogenes'in tespit edebilmesi için ön zenginleştirme işleminin mutlaka gerekli olduğu tespit edilmiştir. 
          Sonuç: Özellikle halk sağlığı açısından büyük problem oluşturan ve gıda zehirlenmelerinin temel etmenini teşkil eden patojenik bakterilerin, kısa sürede güvenilir ve ucuz bir yöntem ile tespiti, büyük önem arz etmektedir. Mevcut çalışmada, ilk kez L. monocytogenes teşhisi ve kantitatif analizi Real-Time PCR yöntemiyle, DNA izolasyonu yapılmadan gerçekleştirilmiştir. Bu yöntem ile DNA izolasyonu gibi bir basamak elemine edilerek hem zaman hem de maliyetten tasarruf edilmiştir.  Bu da gerek dünyada, gerekse de ülkemizde ortaya çıkan gıda zehirlenmelerinin önüne geçilmesi ve etlerin pazara sunulmadan önce erken safhada tedbirlerin alınmasının önünü açacaktır. Öte yandan spesik PCR'ın ise, kantitatif bir sonuç verememesi, DNA izolasyonu ve ön zenginleştirme işlemine gereksinim duymasından dolayı, Real-Time PCR'a göre dezavantajlı olduğu sonucuna varılmıştır.
           Anahtar kelimeler: Çiğ tavuk eti, Listeria monocytogenes, Spesifik PCR, Real-Time PCR.

Abstract:
Aim: Chicken is a suitable environment for the development of foodborne pathogens due to its high nutrient content, appropriate water activity and pH value. In this study, it is aimed to detect the presence of Listeria monocytogenes in 50 raw chicken samples collected from the central districts of Erzurum province by Real-Time PCR without DNA isolation, which is a fast and reliable method.
           Material and Method: 50 raw chicken samples obtained from Erzurum market were used as material. The presence and amount of Listeria monocytogenes in the samples brought in accordance with aseptic conditions were determined by Real-Time PCR method without DNA isolation. In addition, the potential of specific PCR to identify the target microorganism with and without pre-enrichment in the diagnosis of L. monocytogenes was investigated. 
           Results: It was determined that 18 of 50 raw chicken samples were positive. No statistically significant difference was observed in Real-Time PCR results although DNA isolation was not performed. It was designated that pre-enrichment is absolutely necessary for the detection of L. monocytogenes using specific PCR.
           Conclusion: It is of great importance to detect pathogenic bacteria, which constitutes a major problem in terms of public health and is the main factor of food poisoning, in a short amount of time with a reliable and inexpensive method. In the present study, the diagnosis and quantitative analysis of L. monocytogenes were performed for the first time by Real-Time PCR method without DNA isolation. With this method, a step such as DNA isolation is eliminated, saving both time and money. This will pave the way for the prevention of food poisoning occurring both in our country and in the world and taking precautions at an early stage before the meat is put on the market. On the other hand, it was concluded that specific PCR is disadvantageous compared to Real-Time PCR since it cannot give a quantitative result and requires DNA isolation and pre-enrichment. 
           Key Words: Raw chicken meat, Listeria monocytogenes, Specific PCR, Real-Time PCR.