Türkiye eşek (Equus asinus) populasyonlarının genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of turkish donkey (Equus asinus) populations
Yazar: SELEN YATKIN
Danışman: DOÇ. DR. FULYA ÖZDİL
Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Ülkemizde ve Dünya'da endüstrileşmenin etkisiyle, yetiştirilmesi azalmış olan ve kırsal bölgelerdeki zorlu doğa koşullarında yetiştiricisine sürü kontrolü ve taşımacılıkta iş gücü olarak, yüzyıllardır yardımcı olan eşek ırkları (Equus asinus) yok olma tehdidi altındadır. Bu durumun bir koruma programı oluşturulmadığı takdirde hızla devam edeceği tahmin edilmektedir. Koruma stratejilerini oluşturabilmek için öncelikle mevcut ırkların morfolojik ve genetik olarak tanımlamalarının yapılması gerekmektedir. Bu nedenle bu tez çalışması kapsamında ülkemizin biyolojik zenginliği içerisinde önemli bir yer tutan, eşek populasyonlarının mikrosatellit lokusları ele alınarak gen ve genotip frekansları hesaplanmış ve yerli gen kaynaklarını koruma çalışmalarına katkı sağlayacak veriler elde edilmiştir. Türkiye genelinde 16 ile ait eşek populasyonlarından toplam 314 adet bireyden kan örnekleri alınmış ve toplanan örneklerden genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. DNA örnekleri ile 20 farklı mikrosatellit lokusunda PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) analizi yapılmış ve DNA parça (fragment) analizi ile her bir bireye ait allel büyüklükleri (bç) belirlenmiştir. Çalışılan 20 mikrosatellit lokusunda toplam 174 allel tespit edilmiş, ASB17 primeri monomorfik bulunmuş ve en çok allele sahip olan lokusun LEX54 (17 allel) olduğu belirlenmiştir. Lokus başına düşen ortalama allel sayısı (Na) 5,153 ± 0,145 olarak hesaplanmıştır. Ayrıca genetik uzaklık verileri değerlendirildiğinde en yüksek genetik uzaklık değerinin (0,146) Tekirdağ-Malkara ile Şanlıurfa arasında olduğu saptanmıştır. En düşük genetik uzaklık değeri ise (0,026) Kırklareli ile İstanbul-Çatalca arasında belirlenmiştir. Populasyonların genetik çeşitliliğinin, populasyonlar içinde %97, populasyonlar arasında %3 olduğu tespit edilmiştir. Nei'nin genetik uzaklık verileri kullanılarak Neighbor-Joining yöntemi ile oluşturulan filogenetik ağaçta temelde tüm populasyonların iki gruba ayrıldığı; Kütahya, Isparta, Amasya-Merzifon, Tekirdağ-Malkara, Kastamonu, Tokat, Konya, Antalya, Aydın ve Muğla populasyonlarının bir grupta kümelenmiş olduğu, diğer grupta ise; Kahramanmaraş, Mardin, Şanlıurfa, Kars, Kırklareli ve İstanbul-Çatalca populasyonlarının yer aldığı tespit edilmiştir.

Abstract:
Under the influence of industrialization in Turkey and in the world, the donkey breeds (Equus asinus), that have been assisting the breeders for centuries, have been threatened under extinction as a labor force in herd control and transportation under difficult natural conditions in rural areas. This situation is expected to continue rapidly if a protection program has not been established. In order to constitute protection strategies, both morphologic and genetic characterization of existing races should be performed. Therefore, in this thesis, the gene and genotype frequencies of donkey populations, which are found important within the scope of the genetic resources of our country, were calculated and the data were used to contribute to the conservation of native animal gene resources. The blood samples from 314 individuals were collected from 16 provinces in Turkey and genomic DNAs were isolated. PCR (Polymerase Chain Reaction) was performed in 20 microsatellite loci and DNA fragment analysis were performed. The allele ranges (bp) of every sample were determined. A total of 174 alleles were detected in 20 microsatellites, ASB17 locus has been found monomorphic and the highest number of alleles was found in LEX54 locus (17 alleles). The mean number of alleles (Na) per locus was calculated as 5.153 ± 0.145. In addition, when the genetic distance data were evaluated, it was determined that the highest genetic distance value (0.146) was found between Tekirdağ-Malkara province and Şanlıurfa province. The lowest genetic distance value (0.026) was determined among the population of Kırklareli and İstanbul-Çatalca provinces. The genetic diversity of populations was found 97% within the populations and 3% between the populations. By using Nei's genetic distance data, the Neighbor-Joining method which was used to construct the phylogenetic trees have shown that all the studied populations were clustered in two different groups; Kütahya, Isparta, Amasya-Merzifon, Tekirdağ-Malkara, Kastamonu, Tokat, Konya, Antalya, Aydın, and Muğla populations were found in the same cluster wheras Kahramanmaraş, Mardin, Şanlıurfa, Kars, Kırklareli, and İstanbul-Çatalca populations were clustered in the other cluster.