Klinik örneklerde mycobacterium tuberculosis tanısında hızlı bir real time-PCR (MTB/RIF) testinin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması
Comparison of a real time PCR (MTB/RIF) test with conventional methods in the diagnosis of mycobacterium tuberculosis in clinical specimens
Yazar: ONUR ÇAĞLAYAN
Danışman: PROF. DR. MEHMET ÜNLÜ
Balıkesir Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mycobacterium = Mycobacterium ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rifampin = Rifampin ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential ; Tüberküloz = Tuberculosis

Özet:
Klinik Örneklerde Mycobacterium tuberculosis Tanısında Hızlı Bir Real Time-PCR (MTB/RIF) Testinin Konvansiyonel Yöntemlerle Karşılaştırılması

Bu çalışmanın amacı, M. tuberculosis tanısında, GeneXpert®MTB/RIF (Sunnyvale, USA) moleküler yönteminin konvansiyonel yöntemler ile karşılaştırılmasıdır. 
	
Bu çalışmada, Balıkesir Üniversitesi Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı ve Balıkesir-Göğüs Hastalıkları Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda, Eylül 2012 ile Mayıs 2014 tarihleri arasında, primer tüberküloz (TB)'lu hastalardan alınan 96 klinik örnek kullanılmıştır.

Klinik örneklerin Erlich-Ziehl Neelsen (EZN) boyama ile mikroskobik incelemesi, L-J ve VersaTrek yöntemleri ile kültürleri ve antimikobakteriyel duyarlılık testleri yapıldı. VersaTrek sıvı kültür yöntemi ile üretilen bakteriler, tekrar mikroskopi ile incelendi ve tip tayini yapılarak M. tuberculosis kompleks olduğu doğrulandı. ARB (+) olan 89 örnek ve ARB (-) olup VersaTrek kültür incelemesi pozitif olan 7 örnek olmak üzere, primer TB'lu hastadan alınan toplam 96 örnek, konvansiyonel yöntemlere ek olarak, moleküler tanı amacıyla MTB/RIF yöntemi ile M. tuberculosis kompleks ve RIF direnci yönünden incelemeye alındı. Kültür yöntemiyle antimikrobiyal duyarlılık testi uygulanan hasta örneklerinin 1'inde RIF direnci saptanırken, MTB/RIF yöntemiyle bu örnekte RIF direnci saptanmadı. İncelemeye alınan 96 örnekte, kültür yöntemleri kullanarak, L-J ve VersaTrek ile sırasıyla %62.5 (60) ve %81.3 (78) oranında pozitiflik saptandı. MTB/RIF yöntemi ile incelenen 96 örneğin %93.8'i (90) pozitif olarak bulundu. ARB (+) 89 örneğin %97.8'i (87) ve ARB (-) 7 örneğin ise %42.9'u (3) pozitif olarak bulundu. 

Sonuç olarak; GeneXpert®MTB/RIF yönteminin, kolay uygulanması, kısa sürede sonuç vermesi, duyarlılığının yüksek düzeyde olması ve konvansiyonel yöntemlerle kıyaslanabilir veya daha iyi sonuçlar vermesi nedeniyle primer TB vakalarının tanı süresini kısaltmada önemli rol oynayabileceği değerlendirilmektedir.

Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, Erlich-Ziehl Neelsen, GeneXpert®MTB/RIF, VersaTREK, rifampisin.

Abstract:
Comparison of A Real Time PCR (MTB / RIF) Test with Conventional Methods in the Diagnosis of Mycobacterium tuberculosis in Clinical Specimens

The pupose of the current study to compare GeneXpert®MTB/RIF (Sunnyvale, USA) molecular method with conventional methods in the diagnosis of M. tuberculosis in 96 clinical specimens that were taken from patients with primary tuberculosis (TB) who were admitted to Balıkesir University Hospital and  Balıkesir Thoracic Diseases Hospital between September 2012 to May 2014.

Microscopic examination by Erlich-Ziehl Neelsen (EZN) staining, L-J and VersaTrek culture and antimycobacterial susceptibility testing of specimens were performed. The bacteria grown by VersaTrek liquid culture were examined by microscopy and confirmed by typing to be M. tuberculosis complex. 89 ARB (+) specimens and 7 ARB (-), VersaTrek culture positive specimens, a total of 96 specimens taken from the patients with primary tuberculosis, were examined by GeneXpert®MTB/RIF in molecular diagnosis of M. tuberculosis complex and RIF resistance in addition to conventional methods. RIF resistance has not been detected by MTB/RIF method in the specimens but one of them detected by antimicrobial susceptibility testing by culture method. In 96 specimens examined by using culture methods, L-J and Versatrek were found to be positive as 62.5% (60) and 81.3% (78), respectively. Of the 96 specimens examined by MTB/RIF method, 93.8% (90) were found to be positive. Of the 90 positive specimens, 45.6% (41) were medium-level, 27.8% (25) low-level, 24.4% (22) high-level and 2.2% (2) very low-level positive. 97.8% (87) of the ARB (+) 89 specimens, 42.9% (3) of the ARB (-) 7 specimens were found to be positive. 

In conclusion, GeneXpert®MTB/RIF method was considered to play an important role in early diagnosis of primary TB cases due to being easy to use, performed in a short time, having high sensitivity and comparable or better results than conventional methods.

Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, Erlich-Ziehl Neelsen, GeneXpert®MTB/RIF, VersaTREK, rifampisin.