Geleneksel peynirlerden biyojen amin üreticisi Enterococcus suşlarının izolasyonu ve biyojen amin üretme özelliğinin moleküler düzeyde tanımlanması
Isolation of biogenic amine producer Enterococcus strains from traditional cheeses and molecular identification of biogenic amine production properties
Yazar: SİMGE AKTOP
Danışman: DOÇ. DR. PINAR ŞANLIBABA
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Biyojenik aminler = Biogenic amines ; Enterococcus = Enterococcus ; Peynirler = Cheeses ; Rekombinant DNA teknolojisi = Recombinant DNA technology

Özet:
Bu çalışmada, Ankara ve çevre illerdeki çeşitli market ve pazarlardan geleneksel olarak üretilmiş toplam 452 peynir örneği temin edilmiştir. Örneklerin 391'inde şüpheli Enterococcus spp. koloni morfolojisi tespit edilmiştir. Kadaverin, histamin, tiramin ve putresin tez çalışması kapsamında hedef biyojen aminler olarak seçilmiştir. Aminoasit dekarboksilaz broth ortamlarında enterokok izolatlarının 276'sının histamin, 179'unun tiramin, 21'inin putresin ve 13'ünün kadaverin üreticisi olduğu tespit edilmiştir.  İzolatların 25'inin histamin, 165'inin tiramin, 3'ünün kadaverin ve 3'ünün putresin üretimi bakımından güçlü üreticiler olduğu belirlenmiştir. 276 izolat biyokimyasal tanımlama testlerine tabi tutulmuştur. Suşların tamamı eskulin hidrolizi pozitif olup; %6,5 NaCl'de, 10-45°C'de ve pH 9,6'da gelişim gösterebilmiştir. Suşların 173'ü α-hemolitik, 17'si β-hemolitik ve 86'sı ise γ-hemolitik yapı göstermiştir. Güçlü histamin üreticisi olarak tanımlanan 25 suş seçilmiştir. Seçilen bu suşların aynı zamanda tiramin, kadaverin ve putresin üreticisi olmasına dikkat edilmiştir. Enterokok suşları tarafından üretilen histamin konsantrasyonunun 14,874-26,239 mg/L, tiramin konsantrasyonunun 2,901-33,472 mg/L, putresin konsantrasyonunun 0,910-97,359 mg/L ve kadaverin konsantrasyonunun ise 1,002-57,836 mg/L düzeylerinde olduğu saptanmıştır.  25 enterokok suşunun 16S rDNA dizi analizi ile tür düzeyinde tanımlaması yapılmış ve 18'i (%72) E. faecium, 7'si (%28) ise E. faecalis olarak tanımlanmıştır. 25 suşta histamin, 24 suşta tiramin, 21 suşta putresin ve 13 suşta kadaverin üretiminden sorumlu aminoasit dekarboksilaz gen bölgesinin varlığı araştırılmış ve agaroz jellerde bant varlıkları gözlemlenmiştir.

Abstract:
In this study, a total of 452 traditionally made cheese samples were collected from different markets and bazaars in Ankara and surrounding provinces. Suspicious colony morphology for Enterococcus spp. was observed in 391 samples. In this study, cadaverine, histamine, tyramine and putrescine were selected as target biogenic amines. 276 of the enterococci isolates were histamine producers, 179 were tyramine producers, 21 were putrescine producers and 13 were cadaverine producers in amino acid decarboxylase broth. In terms of biogenic amine production, 25 of the isolates were found to be strong producers histamine, 165 tyramine, 3 cadaverine and 3 putrescine. Biochemical identification tests were performed on 276 isolates. All strains were positive for esculin hydrolysis; it was able to grow at 6.5% NaCl, 10-45°C, and pH 9.6. Among them, 173 strains showed α-hemolytic, 17 strains β-hemolytic and 86 strains γ-hemolytic structures. Twenty-five strains identified as strong histamine producers were selected. Care was taken to ensure that these selected strains were also producers of tyramine, cadaverine and putrescine. Histamine, tyramine, putrescine and cadaverine concentrations produced by enterococci strains was 14.874-26.239 mg/L, 2.901-33.472 mg/L, 0.910-97.359 mg/L, 1.002-57.836 mg/L, respectively. By 16S rDNA sequence analysis, 25 Enterococcus strains were identified at the species level, and 18 of them (72%) were identified as E. faecium and 7 (28%) as E. faecalis. The presence of amino acid decarboxylase gene regions in strains of 25 histamine-producing, 24 tyramine-producing, 21 putrescine-producing and 13 cadaverine-producing was detected and bands were observed in agarose gels.