Antalya ili Korkuteli ilçesi mantar üretim alanlarında yaygın görülen bazı fungal hastalık etmenlerinin moleküler karakterizasyonu
Moleculer characterization of some common fungal pathogens causing diseases in mushroom production areas of Korkuteli  district of Antalya province
Yazar: DUYGU ATEŞ
Danışman: DOÇ. DR. MÜRSEL ÇATAL
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Antalya ili Korkuteli ilçesi ülkemizin kültür mantarı ve mantar kompostu üretiminde ilk sırada yer almakta ve mantar fiyatlarını belirleyici konumda bulunmaktadır. Beyaz şapkalı mantar Agaricus bisporus Dünya'da olduğu gibi ülkemizde de ticari olarak kültürü yapılan en önemli kültür mantar türüdür. Ancak beyaz şapkalı mantar üretiminde farklı stres faktörleri ile karşılaşılmaktadır. Bu sorunların başında hastalıkların sebep olduğu verim ve kalite kayıpları gelmektedir.
Özelliklede kültür mantarlarında fungal etmenlerin sebep olduğu kuru kabarcık (Verticillium fungicola), yaş kabarcık (Mycogone perniciosa), örümcek ağı (Cladobotryum spp.) ve yeşil küf (Trichoderma spp.) yaygın görülen ve etkin bir mücadelesi olmayan hastalıklardır. Günümüze kadar bu konuda yapılan çalışmalar hastalık sürveyleri ve etmen fungusların morfolojik tanımlanması ile sınırlı kalmıştır.  Korkuteli'de fungal hastalıklara sebep olan türlerin doğru olarak belirlenmesi  ve incelenen etmenlerin mevcutsa nasıl alt tür yapısına sahip olduğu bilinmemektedir. 
Bu çalışmada Korkuteli ilçesi mantarhanelerinden elde edilen 4 hastalık etmenine ait izolatların bölgedeki yaygın veya muhtemel tür ve alt tür yapılarının moleküler yöntemler kullanılarak tespiti ve tanımlaması çalışması yürütülmüştür. Bu amaçla yürütülen survey çalışmaları ile 30 farklı mantarhaneden hastalıklı örnekler toplanmış ve fungus izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen izolatların ribosomal DNA ITS bölgeleri ITS1-F ve ITS4 primerleri ile Polymeraze Zincir Reaksiyon (PCR) ile çoğaltılarak DNA dizilimleri belirlenmiştir. Geliştirilen tüm fungal  izolatların DNA dizilimleri Dünya'nın diğer bölgelerinde kültür ve diğer mantarlardan elde edilen ve Genbank veri tabanında bulunan izolatların dizilimleri ile alt alta dizilim ve  filogenetik analizler yapılarak karşılaştırılmış ve  4  fungal hastalık etmeninin Korkuteli bölgesinde yaygın olan tür ve alt türleri tespit edilmiştir.
Yapılan çalışmalarda en sık karşılaşılan fungal hastalık etmeninlerinin  Verticillium fungicola var. fungicola olduğu bunu sırasıyla Trichoderma aggressivum f. aggressivum, Cladobotryum mycophilum ve Mycogone pernisiosa'nın izlediği görülmüştür.  Bu funguslara ait izolatların rDNA ITS bölgesi ITS1-F ve ITS4 primerleri ile yapılan PCR çoğaltmalarında 680 ila 730  bp uzunluğunda ürün verdiği  görülmüştür Dört hastalık etmeninin izolatlarının ITS bölgesi ürünlerinin dizilimlerinin NCBI BLAST analizleri bu izolatların GenBank veri tabanında  mevcut izolatlarla % 99 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Gerek NCBI BLAST analizleri gerekse filogenetik analizler Korkuteli ilçesinin bazı mantar yetiştiricilik tesislerinden elde edilen 19 kuru kabarcık izolatının V. fungicola var. fungicola, 10 yaş kabarcık izolatının Mycogone pernisiosa, 10 örümcek ağı izolatının Cladobotryum mycophilum'e ait olduğunu göstermiştir. Yine elde edilen 11 yeşil küf izolatından 10'unun T. aggressivum f. aggressivum ve 1 izolatın da  T. aggressivum f. europaeum olduğu tesbit edilmiştir.

Abstract:
Korkuteli district of Antalya province is the leading cultivated mushroom and mushroom compost producer and play a pivotal role in the determination of mushroom prices in the country. White button mushroom Agaricus bisporus is commercially the most commonly grown cultivated mushroom species in the country as in the all around the world. However, growers face many probles in mushroom production and diseases are the major problem causing serious losses in mushroom yield and quality.
In particular, dry bubble (Verticillium fungicola), wet buble (Mycogone perniciosa), cobweb (Cladobotryum spp.) ve green mold (Trichoderma spp.) are the important fungal  diseases that are the most widespread and difficult to manage in mushroom production in the Korkuteli region.  The research about these diseases are limited to survey studies and morphological identification of the causal fungi. There is no information about the species, subspecies and if present races structure of these fungi in region. 
In this thesis research, attempts were made to identify and charecterize the isolates of these 4 disease agent fungi collected from mushroom growing facilities of Korkuteli district by molecular methods. For this aim, mushroom samples displaying symptoms of each diseases were collected from 27 different mushrom growing farms and fungus isolations are made. The internal transcribed spacer region of ribosomal DNA of the isolates were amplified in Polymerase Chain Reaction (PCR) and sequenced using universal primers ITS1-F and ITS4. ITS sequences of the isolates were compared with the sequences of isolates from other parts of the world available in the GenBank in NCBI Blast and filogenetic analyses and the common species, subspecies and races of 4 fungal diseases were identified. 
In the studies, Verticillium fungicola var. fungicola (dry bubble) was the most commonly isolated pathogen followed by Trichoderma aggressivum f. aggressivum (Green Mold), Cladobotryum mycophilum (Cobweb) ve Mycogone pernisiosa (Wet) from the diseased mushroom samples. A PCR product of 680-730 bp were obtained from PCR amplification of rDNA ITS regions with ITS1-F/ ITS4 primer pair. ITS sequences of Korkuteli isolates of 4 fungal pathogens were 99-100 % similar to the sequences of the isolates of each fungus available in the Genbank in Blast similarity analyses. In both Blast and Phylogenetic analyses revelaed that 19 isolates of dry bubble fungus belonged to V. fungicola var. fungicola  while  10 isolates of wet buble fungus were M. pernisiosa. All 10 isolates of cobweb disease fungus were identified as C. 
mycophilum contrary to common belief that the disease in the region is caused by C.dendroides in the anayses. The results of the analyses also revealed that out of 11 isolates of green mold fungus, 10 isolates were T. aggressivum f. aggressivum and 1 isolate  T. aggressivum f. europaeum.