Karbapenemaz üreten enterobacterıaceae kökenlerinde çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının in vitro etkinliklerinin araştırılması
In vitro evaluation of various antibiotic combinations for carbapenemase-producing enterobacteriaceae
Yazar: ÜMİT KILIÇ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
Sakarya Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Karbapenemaz = Carbapenemase ; Karbapenemler = Carbapenems ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Kolistin = Colistin ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İn vitro = In vitro

Özet:
Giriş ve Amaç: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae kökenleri, karbapenem dirençli ve mortalitesi yüksek enfeksiyonlara neden olmakta ve her geçen gün bu bildirimlerin sayısı artmaktadır. Yeni antibiyotik çalışmalarının istenilen etkinlikte olmaması ve karbapenem gibi son seçenek ilaçlara karşı direnç gelişimi tedavideki alternatifleri oldukça daraltmıştır. Öyle ki endikasyon ve toksisite endişesi ile sık kullanılmayan tedavi rejimleri gündeme gelmiştir. Çalışmamızda, karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae suşlarında etkili olabilecek antibiyotikler ve kombinasyonlarının in vitro etkinliği araştırılarak, tedavideki bu çıkmazlar için yol gösterici verilerin eldesi amaçlanmıştır. Bu doğrultuda karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae suşlarında; aztreonam, avibaktam, apramisin, seftolozan/ tazobaktam ve kolistin gibi antibiyotikler ile bunların bazı kombinasyonlarının in vitro etkinliği araştırılmıştır.
Gereç ve Yöntem: Sakarya Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda yapılan rektal sürüntü tarama kültürlerinden ve çeşitli klinik örneklerden izole edilen suşlar içerisinden karbapenem dirençli olup karbapenemaz ürettiği saptanan ve yaygın ilaca dirençli olan Enterobacteriaceae ailesine ait 38 K. pneumoniae suşu çalışmaya dahil edildi. Bakteri tanımlama ve antibiyotik duyarlılık çalışmaları VITEK 2® (bioMerieux, Fransa) otomatize sistemi ve broth mikrodilusyon yöntemi ile yapıldı. Karbapenemaz üretimi, fenotipik olarak Modifiye Hodge Testi ile genotipik olarak da real-time Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi (Gene Xpert Carba-R kiti, Cepheid, ABD) ile belirlendi. Suşların tümünde aztreonam+avibaktam kombinasyonu ve kolistin dirençli 26 suşta ise kolistin/apramisin kombinasyonu checkerboard yöntemi ile çalışıldı. Seftolozan/tazobaktam kombinasyonunun etkinliği gradiyent strip test (Liofilchem®, İtalya) ile belirlendi. 
Bulgular: Aztreonam ve avibaktam, tek başlarına tüm suşlarda yüksek MİK değerlerine sahip olup, tüm suşlar aztreonama dirençli saptandı. Buna rağmen aztreonam-avibaktam kombinasyonunun tüm suşlarda sinerjik etkinliğinin olduğu belirlendi.  Aynı zamanda aztreonamın kombinasyon MİK değerlerinin EUCAST sınır değerine göre %94.7 oranda duyarlılık sınır aralığında olduğu gözlendi. Seftolozan/tazobaktam kombinasyonuna karşı sadece 2 suş duyarlı iken 36 suş dirençli bulundu. Apramisin tek başına, suşların 30/38'unda (%79) etkili iken 8 suş (%21) dirençli bulundu. Kolistin dirençli 26 suşun Checkerboard yöntemi ile yapılan sinerji çalışmasında kolistin ve apramisin kombinasyonu, suşların 4'ünde sinerjik (%15.3), 8'inde antagonist (%30.7), 14'ünde ise aditif (%54) etkili olarak tespit edildi.
Sonuç: Aztreonam-avibaktam kombinasyonunun, metallo-beta-laktamaz da dahil olmak üzere karbapenemaz üreten K. pneumoniae suşlarında in vitro sinerjik etkinliğinin yüksek ve tedavide oldukça umut vaadedici olduğu görülmüştür. Kolistin dirençli suşlarda denenen kolistin/apramisin kombinasyonunun sinerjik etkinliği düşük bulundu. Buna rağmen apramisinin tek başına bu suşlarda düşük MİK değerlerine sahip olması, klinik araştırmalar ve tedavi için potansiyel oluşturmaktadır. Bu ilaçlar, kısıtlı tedavi seçeneklerine sahip olduğumuz karbapenenemaz üreten Enterobacteriaceae suşlarında yeni tedavi seçenekleri olabilir.

Anahtar Kelimeler: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae, Klebsiella
pneumoniae, aztreonam-avibaktam, seftolozan/tazobaktam, apramisin, kolistin

Abstract:
Introduction and Aim: Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae strains cause carbapenem-resistant infections with high mortality, and the number of these reports is increasing with each passing day. The fact that new antibiotic studies do not have the desired efficiency and the development of resistance to the last choice drugs such as carbapenem have restricted the alternatives in treatment. Therefore, the treatment regimens that are not frequently used due to the indication and toxicity concerns have come to the fore. In this study, it was aimed to obtain guiding data for these dilemmas in treatment by investigating the in vitro efficacy of antibiotics and their combinations which may be effective in carbapenemase-producing Enterobacteriaceae strains. Accordingly, the in vitro efficacy of antibiotics, such as aztreonam, avibactam, apramycin, ceftolozane/tazobactam and colistin, and some combinations of them in Carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae strains was investigated.
Material and Method: From among the strains isolated from rectal swab screening cultures and various clinical specimens performed in Sakarya University Training and Research Hospital Medical Microbiology Laboratory, 38 K. pneumoniae strains of the Enterobacteriaceae family, which are resistant to carbapenem, found to produce carbapenemase and are resistant to extensive drugs were included in the study. Bacterial identification and antibiotic susceptibility studies were performed by the VITEK 2® (bioMerieux, France) automated system and broth microdilution method. Carbapenemase production was determined phenotypically by the Modified Hodge Test and genotypically by real-time Polymerase Chain Reaction method (Gene Xpert Carba-R kit, Cepheid, USA). The aztreonam+avibactam combination in all strains and the colistin+apramycin combination in colistin resistant 26 strains were studied by the checkerboard method. The efficacy of ceftolozane/tazobactam combination was determined by the gradient strip test (Liofilchem®, Italy). 
Results: Aztreonam and avibactam had high MIC values in all strains alone, and all strains were found to be resistant to aztreonam. However, it was determined that aztreonam-avibactam combination had synergistic activity in all strains.  It was also observed that the combination MIC values of aztreonam were in 94.7% sensitivity threshold range according to the EUCAST threshold value. Only 2 strains were susceptible to ceftolozane-tazobactam combination, 36 strains were found to be resistant. While apramycin was alone effective in 30/38 (79%) of the strains, 8 strains (21%) were found to be resistant. In the synergy study of colistin-resistant 26 strains performed by the checkerboard method, it was determined that the colistin and apramycin combination had a synergistic effect in 4 (15.3%) of the strains, an antagonist effect in 8 (30.7%) of them and an additive effect in 14 (54%) of them.
Conclusion: It was observed that aztreonam-avibactam combination had a high in vitro synergistic activity in carbapenemase-producing K. pneumoniae strains, including metallo-beta-lactamase, and was very promising in treatment. The synergistic activity of the colistin/apramycin combination tested in colistin-resistant strains was found to be low. Nevertheless, the fact that apramycin has low MIC values in these strains alone constitutes a potential for clinical studies and treatment. These drugs may be new treatment options in carbapenemase-producing Enterobacteriaceae strains with limited treatment options.
 
Keywords: Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae, K. pneumoniae,
aztreonam-avibactam, ceftolozane-tazobactam, apramycin, colistin