Oral skuamöz hücreli karsinomda Glycophorin C (GYPC) geninin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin incelenmesi.
Investigation of methylation and expression levels of Glycophorin C (GYPC) gene in oral squamous cell carcinoma.
Yazar: METEHAN KARATAŞ
Danışman: PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Deneysel ve Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Ağız neoplazmları = Mouth neoplasms ; Biyobelirteçler = Biomarkers ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Epigenez-genetik = Epigenesis-genetic ; Gen ifadesi = Gene expression ; Glikoforinler = Glycophorins ; Karsinoma = Carcinoma ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC), alkol ve tütün kullanımı, coğrafi bölge, kötü ağız hijyeni gibi faktörlerin insidans ve mortalite oranlarını etkilediği oral kavite karsinomunun en sık görülen türüdür. Prof. Dr. Semra Demokan ve arkadaşlarının tamamladığı TÜBİTAK-SBAG-114S497 nolu projesinde OSCC hastalarına ait tümör ve eşlenik normal dokularda tespit edilen ekspresyon ve metilasyon array sonuçlarının biyoinformatik analizine göre Glycophorin C (GYPC) geninin CpG adacıklarının metillenmiş olduğu ve bu duruma bağlı olarak ekspresyon düzeylerinde azalma olduğu tespit edilmiştir. GYPC geni, eritrositler tarafından taşınan ve membrana entegre olabilen GPC ile GPD proteinlerini kodlayarak, kırmızı kan hücrelerinde zar stabilitesini sağlar. Kanser gelişiminde DNA hipermetilasyonu gen ifadesini baskılaması sonucu karsinogenezde önemli bir rol oynamaktadır. 
 Çalışmamızda GYPC genindeki metilasyon durumunun OSCC'de erken tanı ve prognozda kullanılabilecek bir biyobelirteç olabilme potansiyeli araştırıldı. OSCC tanısı konulan 50 hasta ve 10 sağlıklı bireyin doku ve serum örneklerinin metilasyon ve ekspresyon durumunu incelemek için sırasıyla QMSP ve QRT-PCR yöntemi kullanıldı. Elde edilen bulgular ile klinik parametreler karşılaştırılarak istatistik analizi değerlendirildi. "GYPC geninde, hastaların tümör dokusunun %48'inde (24/50) metilasyon gözlenirken; %50' inde (25/50) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre ekspresyon seviyesinde azalma gözlendi. Tümör dokusunda metilasyon gözlenen 24 hastanın %52'sinde (13/25) metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalış gözlendi. GYPC geninin ekspresyon azalışı ile metastaz (p=0,006), tümör dokusunda metilasyon gözlenen hastalar ile lenf nodu tutulumu (p=0,011) ve metastaz (p=0,044) arasında istatistiksel anlamlılık bulunmuştur. Buna ek olarak metilasyona bağlı ekspresyon azalışı durumu ile sigara (p=0,019), alkol tüketimi (p=0,031) ve metastaz (p=0,019) arasında istatistiksel anlamlılık gözlenmiştir.

Anahtar Kelimeler: metilasyon, gen ekspresyonu, epigenetik biyobelirteç, oral skuamöz hücreli karsinom, GYPC geni

Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2018-32628

Abstract:
Oral squamous cell carcinoma (OSCC) is the most common type of oral cancer and the ethiological factors such as alcohol and tobacco comsumption, geographical region, poor oral hygiene affect the incidence and mortality rates of this disease. In the TUBITAK-SBAG-114S497 project completed by Semra Demokan et al., According to bioinformatics analysis of methylation and expression array results, cpg islets of the Glycophorin (GYPC) gene were methylated and expression levels were decreased in tumor and conjugated normal tissues of OSCC patients.  GYPC encodes the GPC and GPD proteins that can be integrated into the membrane in erythrocytes and provides membrane stability of red blood cells. DNA hypermethylation plays an important role in erythrocytes and carcinogenesis as a result of suppressing gene expression in cancer development.
In this study, we investigated the potential of methylation status in the GYPC gene as a biomarker for early diagnosis and prognosis in OSCC. In our study, tissue and serum samples of 50 patients diagnosed with OSCC and 10 healthy individuals were examined in order to investigate methylation and expression status by QMSP and QRT-PCR methods, respectively. Methylation and expression levels of GYPC gene was observed 48% (24/50) of the patients, separately. Methylation-based expression decrease observed in 12 of 24 patients who had methylation in tumor tissue. Statistically significant difference was found between GYPC expression decrease with metastasis (p=0,006) and methylation with lymph node involvement (p=0.011) and metastasis (p=0,044). In addition, significant differences found with methylation-based expression levels and smoking (p=0,019), metastasis (p=0,019), alcohol consumption (p=0,031). 
Key Words: methylation, gene expression, epigenetic biomarker, oral squamous cell carcinoma, GYPC gene
The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. TYL-2018-32628