Lösemi hastalarında hRgr geninin T-hücre malignite alt gruplarında gen anlatım düzeylerinin incelenmesi
Analyzing hRgr gene expression levels in subtypes of T cell malignancies in leukemic patients
Yazar: BURAK İŞLEK
Danışman: PROF. DR. BURÇAK VURAL
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Blotting-western = Blotting-western ; Lenfoblastik lösemi-akut =   ; PCR =

Özet:
Dtr-hRgr (diseased truncated human Ral GDS Related) proteini, hRgr' nin anormal transkripti tarafından üretilmekte ve sadece T hücreli neoplazmlarda ifade edilmektedir. Bu anlatım, Ras ve Ral GTPaz'ların aktivasyonu ile hücresel dönüşümü indükleyebilmektedir. Literatürde geçen bu bulgular doğrultusunda T hücreli malignite alt gruplarında hRgr ve dtr-hRgr anlatım düzeyleri arasındaki farkları belirlemeyi amaçladık ve insan hematopoietik malignansilerinde hRgr' nin anormal transkriptinin (dtr-hRgr) anlatım seviyeleri inceledik.
Bu tez çalışmasında, T ve B kökenli lösemi hastaları arasında hRgr geni gen anlatım düzeyindeki farklılıklar, mikroarray veri analizleri ile halka açık sunulan verisetlerinde incelendi. Ardından ıslak laboratuvar yöntemiyle doğrulama yapılabilmesi için T hücreli lösemi, B hücreli lösemi ve anaplastic büyük hücreli lenfomaya sahip çocuk hastalarda ve kemik iliği doku örneklerinden trizol metoduyla total RNA izolasyonu yapıldı. Hücre kültürleri kontrol amaçlı kullanıldı. hRgr, anormal hRgr ve insan GAPDH genlerine özgü oligonükleotitler ile kantitatif eş zamanlı PZR yapıldı. Karşılaştırmalı katsayılar 2-ΔΔCt metoduyla hesaplandı. Kantitatif PZR analiziyle, anormal hRgr transkriptinin yüksek düzeyde anlatımı sadece T-ALL türevi hücre hatlarında ve T-hücreli malignansi içeren insan dokularında gözlendi (p<0.05). 
Günümüzde lösemi ve lenfoma tedavilerindeki büyük gelişmeler, hastaların sağkalım sürelerini ve hayat kalitesini kademeli şekilde arttırsa da, hastalık için nihai çözüm sunmamaktadır. Özellikle T hücreli ALL tanısı almış çocuklarda başarılı tedavi sonrası hastalık nüks edebilmektedir. dtr-hRgr'nin sağlıklı dokuda ifade edilmemesi, T-hücreli malignansiler için biyobelirteç olarak kullanılma düşüncesini desteklemekle beraber, bu hastalığın tedavi edilmesinde dtr-hRgr proteinin hedeflenmesi fikri etkili olabilir.

Abstract:
The dtr-hRgr (diseased truncated human Ral GDS Related) protein, produced by the abnormal transcript of hRgr, expression is only observed in T-cell neoplasm. This expression can induce cellular transformation by activating the Ras and Ral GTPases. With these findings, that mentioned in literature previously, we purposed to determine differences between hRgr and dtr-hrgr expression levels in subtypes of T cell malignancies and analyzed the expression levels of human hRgr's abnormal transcript (dtr-hRgr) in a panel of human hematopoietic malignancies.
In this thesis project, public microarray datasets were analyzed and the differential expression levels of hRgr for T and B cell origin leukemia samples were examined.  After that, for validation via wet-lab techniques, total RNA was extracted from bone marrow samples of pediatric T cell leukemia, B cell leukemia and  anaplastic large cell lymphoma. Cell lines were used as controls. Gene specific oligonucleotides were used for the hRgr, abnormal hRgr and human GAPDH in qRT-PCR. Relative fold changes were calculated using the 2-ΔΔCt method. Analysis by qPCR overexpression of the abnormal hRgr transcript is only observed in T-ALL derived cell lines and in human tissues with T-cell malignancies (p<0.05).
As a result of dramatic improvements in treatments to leukemia and lymphoma, a gradual increase has been observed in survey and life quality of patients although there is no eventual cure. Especially in children diagnosed with T cell ALL, relapse can be experienced even they were treated successfully. dtr-hRgr can be a biomarker for T-cell malignancies if is not expressed in healthy tissues and therapeutic approaches could be effective in treatment by targeting this protein.