Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) mycobacterium tuberculosis izolatlarının filogenetik ilişkilendirilmesinde kullanılan IS6110, MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of IS6110, MIRU-VNTR and spoligotyping methods which are used for associating of phylogenetic relations of multi drug resistant (MDR) mycobacterium tuberculosis isolates
Yazar: GÜLFER YAKICI
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genetik = Genetics ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Teşhis = Diagnosis ; Tüberküloz = Tuberculosis ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Tüberkülozun az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerdeki yüksek insidansı ve en az 2 major ilaca  (MDR) ek olarak  iki minor ilaca dirençli (XDR)  suşlarının ortaya çıkışları,bu suşlarla birlikte özellikle anti-tüberküloz tedaviye cevap vermeyen Beijing suşlarının tüm dünyada yayılma eğilimi göstermesi tüberküloz kontrol programlarının en önemli handikapıdır. Bu global problem M tuberculosis suşlarının toplum içerisindeki hareketlerinin daha duyarlı ve yüksek ayırım gücüne sahip moleküler epidemiyolojik yöntemlerle izlenmesi ile aşılabilir. Bu amaçla Hsp65, IS6110, ve genomdaki random dağılım gösteren kısa tekrarların polimorfizmini hedef alan PCR, PCR-RFLP, MIRU-VNTR ve spoligotipleme gibi moleküler yöntemler ve modifikasyonları denenmiştir. Yapılan çalışmalarda bu yöntemlerin tek başlarına ayırım güçlerinin iki veya daha fazla yöntemin birlikte kullanılması ile elde edilecek ayırım gücünden daha düşük olduğu gösterilerek birden çok yöntemin kullanıldığı çalışmalar önerilmiştir.  Daha önceki çalışmalarımızda bölgemizde akciğer tüberkülozlu hastalardan izole edilen M tuberculosis suşlarının epidemiyolojik özelliklerinin tespiti için bu yöntemlerden bazıları laboratuarımızda denenmiş, Beijing suşunun bölgemizdeki varlığı tespit edilmiştir. Bu çalışmada epidemiyolojik amaçlarla kullanılan IS6110 PCR-RFLP, 15 lokus MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemi ile M tuberculosis suşları arasındaki ilişkinin sorgulanması ve 3 yöntemin birlikteliği ile elde edilecek yüksek ayırım gücünün epidemiyolojik çalışmalara sağladığı muhtemel katkı tartışılacaktır. Bu proje kapsamında   Ç.Ü THAUM ve Bölge Tüberküloz laboratuvarına gönderilen balgam örneklerinden sıvı [BACTEC 960 TB (hızlı)] ve katı [Löwenstein Jensen Besiyeri (yavaş)] kültür ortamlarında üretilen ve ticari kart testler ile M.tuberculosis kompleksi üyesi oldukları tespit edilen  M.tuberculosis izolatları IS6110, MIRU-VNTR ve Spoligotyping yöntemleri ile tür düzeyinde tayin edilecek ve filogenetik ilişkileri irdelenecektir.

Abstract:
High incidence of tuberculosis in developed and developing countries and apperaring of strains with resistance to two major drugs (MDR) in addition to two minor drugs (XDR) and tendency to spread of beijing strains which does not give response to anti-tuberculosis treatment in the whole world are the most important handicaps of tuberculosis control programmes. This global problem can be exceed by monitoring M. Tuberculosis strains with more sensitive and more discriminative molecular epidemiologic methods. In this manner molecular methods and modifications like PCR, PCR-RFLP, MIRU-VNTR and spoligotyping  which targets polymorphism of short repeats distrubiting randomly in genome, Hsp65 and IS6110 regions had been tested. In such studies made, it is concluded that the discriminative power of these methods is lower if they are used lonely in contrast to combined use.
In our previous studies some of these methods have been tested in our labarotories to determine the epidemiological properties of M. Tuberculosis strains isolated from pulmonar tuberculosis patients and presence of Beijin strain had been demonstrated. In this study the possible contribution to epidemiologic studies of high discriminative power which will be obtained by combining 3 methods will be concluded in addition to questioning of relations between M. Tuberculosis strains with IS6110-RFLP, 15 locus MMIRU-VNTR and spoligotyping. Within this project; the sputum samples which sent to C.U.T.H.A.U.M. Regional Tuberculosis Lab. And grown on liquid and solid culture media and diagnosed as M. Tuberculosiscomplex members with commercial card tests will be examined for phylogenetic relations and will be diagnosed in species level with IS6110, MIRU-VNTR and spoligotyping methods.