Hepatit C virüs enfeksiyonlarında anti-viral direnç ile ilişkilendirilmiş varyantların Türk populasyonunda saptanması
Detection of variants associated with anti-viral resistance in hepatitis C virus infection in Turkish population
Yazar: ESRA YURDCU
Danışman: PROF. DR. ABDURRAHMAN MİTHAT BOZDAYI
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics

Özet:
Hepatit C virüs enfeksiyonu tüm dünyada ve ülkemizde önemli bir halk sağlığı sorunudur ve kronik HCV enfeksiyonu tedavi edilmezse karaciğer sirozu ve hepatoselüler karsinom riskini artmasına sebep olmaktadır. Kronik HCV enfeksiyonu tedavisinde son yıllarda önemli ilerlemeler gerçeklenmiş ve direkt etki eden antivirallerin kullanılması ile tedavi başarı oranı %90 ların üzerine çıkmıştır.
Hepatit C virüsü bir RNA virüsüdür ve viral RNA genomlarında yaklaşık 3010 aminoasitlik büyük bir poliprotein sentezler. Bu poliproteinlerin translasyon sırasında ve sonrasında selüler ve viral proteazlar tarafından işlenmesiyle yapısal olan ve yapısal olmayan proteinler üretilir. Kronik HCV enfeksiyon tedavisinde kullanılmaya başlayan direkt etki eden antiviraller, virüsün yapısal olmayan proteinlerini (NS3, NS5A, NS5B) inhibe ederek virüsün replikasyonunu engellemeyi amaçlamaktadır. HCV viral polimerazın düzeltme aktivitesinin olmaması ve yüksek replikasyon hızına sahip olması, virüs genomunda birçok aminoasit değişiminin ortaya çıkmasına sebep olmaktadır. Bu aminoasit değişimlerinden bazıları, direkt etki eden antivirallerin hedeflediği, virüsün NS3, NS5A ve NS5B bölgesinde meydana gelenler, klinik açıdan önemli olan, antiviral dirence sebep olmaktadır. Bu tezin amacı, Türkiye'deki farklı HCV genotiplerine (1a, 1b, 2. 3, 4) sahip, daha önce DAA tedavisi almamış hastalarda HCV'nin NS3, NS5A ve NS5B bölgelerindeki dirençle ilgili alarak belirlenmiş aminoasit değişikliklerinin incelenmesidir.
Çalışmada daha önce DAA tedavisi almamış, farklı genotiplerde (1b, 1a, 2, 3, 4) toplam 285 hastanın serum örneklerinden elde edilen HCV RNA'nın NS3, NS5A ve NS5B bölgelerinin dideoxy sanger sequencing yöntemi ile DNA dizi analizi yapıldı. Bu bölgelerde, dirençle ilgili olarak belirlenmiş aminoasit noktalarındaki nükleotit ve aminoasit değişiklikleri incelendi.
Yapılan dizi analizi sonucunda HCV'nin NS3, NS5Ave NS5B bölgelerinde toplamda 285 hastada bakılan 48 adet dirençle ilgili aminoasit değişikliğinden 21 tanesi görülmüştür.

Abstract:
Hepatitis C virüs (HCV)  infection is a major public health problem all over the world and in our country and if chronic HCV infection is not treated, liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma risk increase. Significant progress has been made in the treatment of chronic HCV infection in recent years and the success rate of treatment has increased to over 90% by using direct acting antivirals 
Hepatitis C virüs is an RNA virüs and synthesizes a large polyprotein of about 3010 amino acids in viral RNA genomes. These polyproteins are processed by cellular and viral proteases during and after translation to produce nonstructural proteins and structural proteins. Direct acting antivirals, which are used in the treatment of chronic HCV infection, aim to inhibit virus replication by inhibiting the nonstructural proteins of the virus (NS3, NS5A, NS5B). The lack of corrective activity of the HCV viral polymerase and its high replication rate cause many amino acid exchanges to occur in the virus genome. Some of these amino acid changes are caused by antiviral resistance, which is important for clinically important, viruses targeting NS3, NS5A and NS5B regions, which are targeted by direct acting antivirals. The aim of this thesis is to examine the changes in the amino acid changes of HCV in NS3, NS5A and NS5B regions in patients with different HCV genotypes (1a, 1b, 2, 3, 4) in Turkey who have not previously been treated with DAA.
In the study, DNA sequence analysis was performed by dideoxy sanger sequencing of NS3, NS5A and NS5B regions of HCV RNA obtained from serum samples of 285 patients in different genotypes (1b, 1a, 2, 3, 4) that had not previously received DAA therapy. In these regions, nucleotide and amino acid changes at indicated amino acid sites related to resistance were examined.
As a result of the sequence analysis, 21 out of 48 resistance-related amino acid changes observed in a total of 285 patients in NS3, NS5Ave NS5B regions of HCV.