Mide ve kolorektal kanserli hastalarda p16, MDMd2 gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Investigation of p16, MDM2 gene polymorphisms in gastric and colorectal cancer patients
Yazar: GÜLAY TUNA
Danışman: PROF. DR. İLHAN YAYLIM ERALTAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Genler = Genes ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Mide neoplazmları = Stomach neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
CDKN2A (p16, MTS-1, INK4a) önemli bir tümör baskılayıcı proteindir. p16 gen ürünleri CDK4 ve CDK6 siklin bağımlı kinaz proteinlerine bağlanarak, bu moleküllerin siklin D1 ile olan ilişkilerini negatif yönde etkiler. p16'nın kodlanma ve 3'UTR bölgelerindeki polimorfizmleri kanser gelişimi ve prognozu ile ilişkili olduğu bildirilmiştir. MDM2, p53'ün negatif düzenleyici proteinidir ve p53'e direkt olarak bağlanarak lokalizasyonunu, stabilitesini ve aktivitesini etkiler. MDM2 promotor bölgesi polimorfizmi bir çok kanser tipiyle ilişkilidir. MDM2 geninin birinci intronunun 309. nükleotidinde meydana gelen T-G baz değişiminin MDM2, RNA ve protein düzeylerinin artışına sebep olduğu, sonrasında p53 yolağının baskılandığı bildirilmiştir.Çalışmamızda hasta grubuna 87 kolorektal kanserli hasta, 35 mide kanserli hasta ve kontrol grubuna da 75 sağlıklı kişi katılmıştır. Elde edilen DNA örneklerinde ise p16 ve MDM2 gen polimorfizimleri PCR, RFLP ve jel elektroforezi teknikleri kullanılarak incelenmiştir. Sonuç olarak; Türk toplumunda p16 540C ? G genotip dağılımı GG: %17,3 GC:%48 CC:%34,7 ve C allel frekansı %58,7, G allel frekansı ise %41,3 olarak saptanmıştır. Türk toplumunda p16 580C ? T genotip dağılımı TT: %4 CT:%24 CC:%72 ve T allel frekansı %16, C allel frekansı ise %84 olarak saptanmıştır.Türk toplumunda MDM2 SNP 309 genotip dağılımı TT: %20 GT:%49,3 GG:%30,7 ve T allel frekansı %44,7, G allel frekansı ise %55,3 olarak saptanmıştır.p16 540C ? G CCgenotipi ve C allel frekansı mide ve kolorektal kanserli hastalarda kontrol grubuna göre istatistiksel anlamlı olarak yüksek bulunmuştur(sırasıyla, p<0,001; p<0,001).p16 580C ? T ve MDM2 SNP309 gen polimorfizmi hastalığın riski, klinik ve patolojik parametreleri açısından incelendiğinde gerek mide gerek kolorektal kanserli hastalarda kontrol grubuna göre istatstiksel açıdan bir anlamlılık göstermemiştir. Yapılan kombine genotip analizleri sonrasında p16 540C ? G ve p16 580C ? T combine genotiplerinden CCCC kolorektal ve mide kanserli hasta gruplarında diğer tüm kombinasyonlara göre daha yüksek frekansta olup, kontrol grubu ile karşılaştırıldığında fark istatistiksel ileri düzeyde anlamlı bulunmuştur (p<0,001).Çalışmamızın kolorektal ve mide kanserleri etyopatogenezinde p16 ve MDM2'nin önemini araştıracak çalışmalara ışık tutacağı düşüncesindeyiz.

Abstract:
CDKN2A (p16, MTS-1, INK4a) is an important tumor suppressor gene. The p16 gene products effects the interaction of CDK4 and CDK6 cyclin kinase proteins with cyclin D1 negatively by binding them. It is reported that the coding of the p16 and the cancer development and prognosis of the polymorphisms in 3? UTR regions. MDM2 is the negative regulatory protein of p53 and effects the localization, stability and activity of p53 by binding directly. It is reported that the T-G base transition which occurs at the 309. Nucleotide at the first intron of MDM2 gene causes increasing of the RNA and protein levels and subsequently the p53 pathway is suppressed. Methods:The p16 and MDM2 polymorphisms will be analysed by the means of the techniques which are PCR-RFLP and the agarose gel electrophoresis. We are of the opinion that our study offer an insight into the other studies which will analyse the importance of these two gen polymorphisms in the etiopathogenesis of gastric or colorectal cancer.For the study we collected the samples of 87 patients with colorectal cancer, 35 patients with gastric cancer and 75 healthy volunteers as control. p16 and MDM2 gene polymorphims are analysed with the collected samples through PCR, RFLP and gel electrophoresis. As a result; p16 540C ? G genotype distribution was found as GG: 17,3 % GC: 48 % CC:34,7 % and C allel frequency 58,7 %, and G allel frequency 41,3 % in Turkish population. p16 580C ? T genotype distribution was found as TT: 4% CT: 24% CC: 72 % and T allel frequency was found as 16 %, and C allel frequency was found as 84 % in Turkish population. MDM2 SNP 309 genotype distribution was TT: 20 % GT:49,3% GG:30,7 % and T allel frequency was 44,7 %, G allel frequency was 55,3 % .p16 540C ? G CC genotype and C allel frequency was statistically much more higher in colorectal and gastric cancer patients compared to the control group ( p<0,001; p<0,001 respectively ).p16 580C ? T and MDM2 SNP309 gene polymorphism had no important result, when evaluated in terms of risk, clinicopathologic parameters both in colorectal and gastric cancer. Combined genotype analysis revealed that p16 540C ? G and p16 580C ? T combined genotypes had higher frequency in CCCC colorectal and gastric cancer patient groups than all other combinations. When compared with control, the difference was statistically meaningful (p<0,001).We are of the opinion that our study offer an insight into the other studies which will analyse the importance of these two gen polymorphisms in the etiopathogenesis of gastric or colorectal cancer.