Sirke mikroflorasındaki asetik asit bakterilerinin moleküler teknikler ile tanımlanması
Identification of acetic acid bacteria in vinegar microflora by molecular techniques
Yazar: AHMET EVREN YETİMAN
Danışman: DOÇ. DR. ZÜLAL KESMEN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Gıda Mühendisliği = Food Engineering

Özet:
Sirke, gıda endüstrisindeki kullanımı gittikçe artan ve sağlık üzerindeki olumlu etkileri her geçen gün daha iyi anlaşılan geleneksel fermente bir üründür.  Sirkenin karakteristik özelliklerinin, üretiminde kullanılan hammaddeye, iklimsel koşullara ve mikrobiyal floraya bağlı olduğu bilinmektedir. Son yıllarda fermente ürünlere özgü nitelikler kazandıran mikroorganizmaların tanımlanması amacıyla yoğun çalışmalar yapılmakta ve bu çalışmalarda moleküler tanımlama teknikleri yaygın olarak kullanılmaktadır.
Bu araştırmada da Türkiye?nin değişik bölgelerinden elde edilen geleneksel yöntemle üretilmiş üzüm ve elma sirkeleri ile bunlara ait sirke anası örneklerinin asetik asit bakteri profilleri, kültürel olmayan PCR-DGGE ve kültürel (GTG)5 rep-PCR,  Tm/HRM analizi ve 16 S rDNA ve ITS bölgesi dizi analizi yapılarak incelenmiştir. Çalışmanın ilk aşamasında, sirke ve sirke analarından direkt DNA izole edilerek PCR-DGGE analizine tabi tutulmuş ve sonuçta Ga. hansenii, Ga. europaeus, Ga. xylinus, Ga. intermedius/ rhaeticus/ oboediens, Gluconacetobacter sp., Ac. tropicalis/ Ac. indenesiensis, Ac. nitrogenifigens/ Ac. aceti, Ac. ghanensis/ Ac. syzygii, O. oeni, Lb. ghanensis, Lb. mali türlerine ait bakteriler tanımlanmıştır. Diğer taraftan GYC ve MYP agar ortamlarından izole edilen bakteriler (GTG)5 rep-PCR,  Tm/HRM analizi ile tiplendirildikten sonra 16S rDNA ve ITS  bölgesi dizi analizi ile tanımlanmıştır.  Analiz edilen sirke ve sirke anası örneklerinin bakteriyel florasında sırasıyla Ac. okinawensis, Ga. europaeus ve Ac. indonesiensis türleri baskın olmakla birlikte bunların dışında Ga. oboediens,  As. krungthepensis, Ga. europaeus, Ga. hansenii, Ga. xylinus, Ac. persicus, Ga. saccharivorans,  Ga. intermedius, Ga. nataicola, Ac. indonesiensis, Ac. syzygii, Ac. tropicalis, Ac. okinawensis, Ac. ghanaensis olmak üzere toplam 14 farklı bakteri türünün mevcut olduğu tespit edilmiştir. 
Sonuç olarak bu çalışmada ülkemizin farklı bölgelerinden temin sirke ve sirke anası örneklerinin asetik asit bakteri profili kültürel ve kültürel olmayan moleküler tekniklerin bir arada kullanılması ile detaylı olarak tanımlanmıştır. Ancak tespit edilen bakterilerin sirke kalitesi ve teknolojisi üzerine etkilerinin ve bu bakterilerin starter kültür olarak kullanılma potansiyelinin belirlenebilmesi için daha ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.

Abstract:
Vinegar is a fermented product of which utilization in food industry has been increasing and its positive impacts on health are better understood day by day. It is known that the characteristic features of vinegar depend on raw material used in production, climatic conditions and microbial flora.  In recent years molecular techniques have been commonly used for the identification of microorganisms which provide typical characteristics to fermented products.
In this research, acetic acid bacterial profiles of vinegar and mother of vinegar samples collected from different regions of Turkey were investigated by using culture- independent PCR-DGGE analysis and culture-dependent techniques such as (GTG)5- rep-PCR, Tm/HRM analysis, 16 S rDNA and ITS region sequencing. In the first part of the study, DNAs directly isolated from the vinegar and the mother of the vinegar samples analysed by PCR-DGGE and different acetic acid bacteria belonging to species of Ga. hansenii, Ga. europaeus, Ga. xylinus, Ga. intermedius/Ga. rhaeticus/Ga. oboediens, Ac. tropicalis/Ac. indenesiensis, Ac. nitrogenifigens/Ac. aceti, Ac. ghanensis/Ac. syzygii, Oenococcus oeni, Lb. ghanensis and Lb. mali were identified. On the other hand, the DNAs of bacteria isolated from GYC and MYP agar were sequenced after characterization by (GTG)5 rep-PCR and  Tm/HRM analysis. In the bacterial flora of analysed vinegar and mother of vinegar samples there were total 14 different species namely Ga. oboediens,  As. krungthepensis, Ga. europaeus, Ga. hansenii, Ga. xylinus, Ac. persicus, Ga. saccharivorans, Ga. intermedius, Ga. nataicola, Ac. indonesiensis, Ac. syzygii, Ac. tropicalis, Ac. okinawensis, Ac. ghanaensis, Ac. okinawensis, Ga. europaeus and Ac. indonesiensis of which last three were determined as dominant species, respectively.
Consequently in this study acetic acid bacteria profiles of vinegar and mother of vinegar samples obtained from different regions of Turkey were determined by the combination of culture-dependent and culture?independent molecular techniques in detail. However, it is needed further studies about specifying the effects of these identified bacteria on vinegar quality and technology and potential usage of them as starter culture.