Tuzlanmış derilerin zarar görmüş bölgelerinden halofil bakterilerin ve arkelerin izolasyonu ve tanımlanması
Isolation and identification of halophilic bacteria and archaea from the damaged areas of salted skins
Yazar: CAN AKPOLAT
Danışman: PROF. DR. MERAL BİRBİR ; PROF. DR. ANTONIO VENTOSA
Marmara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Kırmızı ve sarı lekeler içeren tuzlanmış deriler uzun yıllardır incelenmektedir ancak bu lekeleri içeren tuzlanmış koyun derilerinden halofil mikroorganizmaların izolasyonu ve moleküler teknikler kullanılarak tanımlanması hakkındaki bilgiler oldukça azdır. İspanya'daki bir deri deposundan toplanan kokuşmuş ve tuzlanmış koyun derileri halofil mikroorganizmalar yönünden incelenmiştir. Karşılaştırmalı 16S rRNA gen dizi analizine göre, ılımlı halofil bakterilere ait Alkalibacillus halophilus, Pseudomonas halophila, Acinetobacter johnsonii, Alkalibacillus salilacus, Salimicrobium salexigens, Marinococcus luteus ve Staphylococcus equorum subsp. euqorum ve aşırı halofil arkelere ait Halorubrum tebenquichense, Halorubrum saccharovorum, Halococcus dombrowskii, Halococcus qingdaonensis, Natrinema pellirubrum, Halococcus morrhuae, Halorubrum kocurii, Halorubrum terrestre, Halorubrum lipolyticum, Halostagnicola larsenii, Haloterrigena saccharevitans ve Natrinema versiforme türleri bu koyun derilerinden izole edilmiştir. Ilımlı halofil bakterilere ait Alkalibacillus halophilus ve aşırı halofil arkelere ait Halorubrum tebenquichense derilerde en sık görülen türlerdir. Ilımlı halofil bakteri izolatları arasında Acinetobacter johnsonii lipolitik aktivite göstermiştir. Aşırı halofil arke izolatları arasında Halococcus dombrowskii, Halococcus morrhuae ve Halorubrum lipolyticum hem proteolitik hem de lipolitik aktivite göstermiştir. Toplam ılımlı halofil bakteri ve aşırı halofil arke sayıları sırasıyla 105-108 kob/g ve 105-107 kob/g olarak bulunmuştur. İncelenen deri örneklerinde kıl dökülmesi, kırmızı ve sarı lekelenme, yapışkanımsı tabaka ve kötü koku tespit edilmiştir. Bu çalışma tuzlanmış derilerin, proteolitik veya lipolitik aktiviteye sahip farklı halofil mikroorganizma türleri içeren salamura tuzları tarafından derilerin kontamine edildiğini göstermektedir. Bu sebeple, tuzlanmış derilerde halofilik mikrobiyal zararının önlenebilmesi için deri salamura işleminde derilere antimikrobiyal uygulamalar yapılmalıdır.

Abstract:
Salted skins containing red and yellow discolorations have been examined for long years, but much less information is available on isolation and identification of halophilic microorganisms using molecular techniques from the skins containing these blotches. The skins collected from a warehouse in Spain were examined for halophilic microorganisms.  According to comparative partial 16S rRNA gene sequence analysis, Alkalibacillus halophilus, Pseudomonas halophila, Acinetobacter johnsonii, Alkalibacillus salilacus, Salimicrobium salexigens, Marinococcus luteus and Staphylococcus equorum subsp. euqorum belonging to moderately halophilic bacteria and Halorubrum tebenquichense, Halorubrum saccharovorum, Halococcus dombrowskii, Halococcus qingdaonensis, Natrinema pellirubrum, Halococcus morrhuae, Halorubrum kocurii, Halorubrum terrestre, Halorubrum lipolyticum, Halostagnicola larsenii, Haloterrigena saccharevitans and Natrinema versiforme belonging to extremely halophilic archaea were isolated from these sheep skins. Alkalibacillus halophilus belonging to moderately halophilic bacteria and Halorubrum tebenquichense belonging to extremely halophilic archaea were found as the most common species on the skins. Among the moderately halophilic bacterial isolates, Acinetobacter johnsonii showed lipolytic activity. Among the extremely halophilic archaeal isolates, Halococcus dombrowskii, Halococcus morrhuae and Halorubrum lipolyticum showed both proteolytic and lipolytic activities. Total cell counts of moderately halophilic bacteria and extremely halophilic archaea were found as 105-108 CFU/g and 105-107 CFU/g, respectively. Hair slip, red and yellow discolorations, slimy layers and bad odor were detected on the skin samples. This study showed that salted skins were contaminated by preservation salt containing different proteolytic or lipolytic species of halophilic microorganisms. Therefore, antimicrobial applications during brine curing of skins should be applied to overcome halophilic microbial damage on the salted skins.