Batı Akdeniz ve Ege bölgesinde yetişen yabani ve kültür enginarlarında (Cynara scolymus L.) moleküler karakterizasyon
Molecular characterization of wild and cultural artichoke (Cynara scolymus L.) growing in the western Akdeniz and Ege region
Yazar: SEVAL ŞENÇOPUR
Danışman: DOÇ. DR. HATİCE İKTEN
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Enginar (Cynara scolymus L.) Asteraceae familyasına dahil olup dünyanın birçok yerinde yabani formuna rastlanmaktadır. Özellikle Akdeniz ülkelerinde ve bazı Amerika ülkelerinde yetiştiriciliği yapılmaktadır. Ülkemizde ise enginar yetiştiriciliği özellikle Ege ve Marmara bölgelerinde yoğunlaşmış olup son yıllarda Akdeniz bölgesinde de artış göstermiştir. Enginar, besleyici özelliğinin yanı sıra tıbbi olarak da insan vücudunun fizyolojik faaliyetlerine de etkide bulunmasıyla büyük öneme sahiptir. Yabani formlarının da tohum açısından insan sağlığına yararları yanında çiçek kısmı süsü bitkisi olarak da kullanılmaktadır. Bu çalışmada Türkiye'nin Batı Akdeniz ve Ege Bölgelerinden toplanan 51 kültür ve yabani enginar (Cynara scolymus L.) genotipinin moleküler analizleri yapılarak genetik çeşitliliğinin incelenmesi amaçlanmıştır. Moleküler karakterizasyon için iPBS (inter-primer binding site (iPBS) retrotransposons/Primer arası bağlanma yeri) ve SSR (Simple Sequence Repeat/ Basit Tekrarlı Diziler veya Mikrosatelitler) primerleri kullanılmıştır.
Genetik kaynakların tanımlanması ve korunması, genetik çeşitliliğinin belirlenmesinde ilk adımı oluşturmaktadır. Morfolojiden gelen bulgular popülasyonların ayırt edilmesinde kullanılıyor olsa da bazı etkenler sebebiyle morfolojik veriler yeterli gelmemektedir. Moleküler belirteç yöntemlerinin kullanılması ile kaydedilen gelişmeler, bitki gruplarının genetik çeşitliliğin belirlenmesinde, korunmasında ve ıslah amaçlı kullanımlarında güçlü yöntemler sağlamıştır. Sonraki yıllarda yapılacak seleksiyon ve ıslah çalışmalarında elde edilen moleküler veriler ana-baba seçiminde yol gösterici olarak ıslah çalışmalarının daha etkili ve daha hızlı ilerlemesine katkı sağlayacaktır. Bu çalışma ile enginar bitkisinin hem genetik kaynaklar yönünden zenginliği belirlenmiş hem de ülkemizde ve dünyada yabani olarak yetişen ve kültürü yapılan genotiplerde yapılan moleküler karakterizasyon çalışmaları sınırlı olduğu için elde edilecek sonuçlar ulusal ve uluslararası düzeyde literatürlere katkıda bulunacaktır. 
Bu çalışmada Türkiye'nin Batı Akdeniz ve Ege Bölgelerinden toplanan 45 kültür ve yabani enginar (Cynara scolymus L.) genotipinin moleküler analizleri yapılarak genetik çeşitliliğinin incelenmesi amaçlanmıştır. Moleküler karakterizasyon için iPBS (Primer arası bağlanma yeri) ve SSR (Simple Sequence Repeat/ Basit Tekrarlı Diziler veya Mikrosatelitler) primerleri kullanılmıştır. On iPBS primeri ile yapılan PCR amplifikasyonu sonucunda toplamda 198 adet bant elde edilmiş ve bunlardan 140 tanesi polimorfik olarak skorlanmıştır. Altı SSR primeri ile yapılan PCR sonucunda da toplamda 47 adet bant elde edilmiş ve bütün primerler polimorfik bant vermiştir. Genotipler arasındaki benzerlik indeksi iPBS primerleri ile yapılan analizler sonucunda 0,52 ile 1,00, SSR primerleri ile yapılan analizler sonucunda 0,59 ile 1,00 arasında değiştiği gözlemlenmiştir. Benzerlik indekslerine bağlı olarak elde edilen dendrogramda yabani genotiplerin toplandıkları coğrafi bölgelere veya rakıma göre gruplanmadığı ancak çiçek baş sayısı ve baş iriliğine göre kısmen gruplandığı görülmüştür.

Abstract:
Artichoke (Cynara scolymus L.) is included in Asteraceae family and its wild type can be found in various places in the world. The cultivation of artichoke  is made especially in Mediterranean countries and several American countries. In our country, the cultivation of artichoke has been mostly concentrated in Aegean and Marmara regions, but it has been increased in Mediterranean region in recent years. Artichoke has the importance of the influence of the human body's physiological activities medically, besides its nutritional properties. Its wild versions are beneficial for human's health, and its flower parts are also used as ornamental plant. 
Identification and protection of its genetic sources defines the first step to determine the genetic variability. The findings obtained from morphology are used to differentiate the populations, however the morphological data are not sufficient due to some factors. The developments recorded by using molecular identifier method has presented powerful methods in determination, protection of genetic variability of plant groups and usage for improvement-intended. Molecular data that will be obtained in selection and improvement studies in the later years will contribute to improvement studies with more effective and faster progress as a guide in parental selection. With this study, the richness of artichoke regarding genetic sources is determined. This study will also contribute to the national and international works of literature with its consequences that will be obtained since the molecular characterization studies which are done with wild and culturable genotypes are limited.
This study aimed to examine the genetic variability of 45 cultured and wild artichoke (Cynara scolymus L.)  genotypes picked from the Western Mediterranean and Aegean regions in Turkey by molecular analysis. iPBS and SSR-primers (Simple Sequence Repeat) were used for molecular characterization. As a result of PCR amplification with ten iPBS primers, a total of 198 bands were obtained and 140 of them were scored as polymorphic. As a result of PCR with six SSR primers, a total of 47 bands were obtained and all primers gave polymorphic bands. It was observed that the similarity index between genotypes varied between 0.52 and 1.00 as a result of the analyzes made with iPBS primers, and between 0.59 and 1.00 as a result of the analysis with SSR primers. In the dendrogram obtained based on the similarity indexes, it was observed that the wild genotypes were not grouped according to geographical regions or the height of the region, but partially grouped according to the number and size of flower heads.