İnsan akciğer kanser LC-3 hücre hatlarında TRPM5 iyon kanalının otofajik hücre ölümündeki rolünün araştırılması
The study of TRPM5 ion channel in the line of autofacial cell in lung cancer cell lines
Yazar: SİYAMİ AYDIN
Danışman: PROF. DR. AKIN ERASLAN BALCI
Fırat Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Göğüs Cerrahisi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Göğüs Kalp ve Damar Cerrahisi = Thoracic and Cardiovascular Surgery
Dizin: Hücre dizisi = Cell line ; Hücre kültürü = Cell culture ; Hücre ölümü = Cell death ; Karaciğer hastalıkları = Liver diseases ; Karaciğer neoplazmları = Liver neoplasms ; Otofaji = Autophagy ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sinyal nakli = Signal transduction ; İyon kanalları = Ion channels

Özet:
ÖZET
Otofajik yollar, akciğer kanseri (LC) etiyopatojenezisine katkıda bulunurlar. Otofajinin anahtar düzenleyicisi olarak tanımlanan hücre içi kalsiyum seviyeleri, kalsiyum kanalları tarafından kontrol edilir. Geçici potansiyel metastatin 5'in (TRPM5) otofajik yollarda rolünün olup olmadığı bilinmemektedir. Bu çalışmada, akciğer kanseri A459 hücre hattındaki otofajik yol üzerinde, bir kalsiyum kanalı olan TRPM5'in rolünün araştırılması amaçlanmıştır. 
A459 %5 CO2, % 95 hava ile 37°C'de nemlendirilmiş bir inkubatörde % 5 fetal bovin serumu içeren RPMI-1640 ortamında oluşturuldu. A459 hücre dizisindeki TRPM5, siRNA aracılığıyla bloke edildi. A459 hücrelerinden RNA izolasyonu ise üçlü reaktif ile yürütüldü. Otofaji ile ilişkili genlerin mRNA ifade şekilleri kantitatif RT-PCR (qRT-PCR) ile gösterildi.
Transient Receptor Potential Melastanin 5-siRNA grubundaki TRPM5 mRNA expresyon düzeyinin, kontrol grubuna göre anlamlı derecede azalmış olduğu görüldü. siRNA verimliliği ise qRT-PCR verileri kullanılarak % 83 olarak hesaplandı. Ayrıca, qRT-PCR sonuçları kontrol grubu ile karşılaştırıldığında TRPM5-siRNA grubunda, otofaji ile ilgili genler olan ATG3, ATG5, ATG10, ATG12, LC3A, LC3B, LAMP3BECLIN1, AMBRA1, ULKE3 seviyelerinde belirgin bir artış olduğu gösterildi. 
Transient Receptor Potential Melastanin 5-siRNA uygulaması, otofajik yollardaki genlerin ekspresyonunu açıkça arttırmaktadır. Bu veriler, TRPM5 supresyonunun, otofajik mekanizmaları harekete geçirebileceğini göstermiştir.  Kanserde, otofajinin, hücrelerin hem sağkalımına hem de ölümüne yol açabilen iki farklı fonksiyon gösterebileceği tespit edilmiştir. TRPM5 ile ilişikili otofajın tespit edilmesi ile TRPM5 otofajisi hedef alınarak inhibisyon ya da aktivasyon yapılabilir. Bu durum, hücrelerin otofajik ölümüne yol açan kanser tedavilerinin geliştirilmesine katkıda bulunabilir.
Anahtar Kelimeler: Akciğer kanseri, otofaji, TRPM5 iyon kanalları, Hücre kültürü, qRT-PCR.

Abstract:
ABSTRACT 

THE STUDY OF TRPM5 ION CHANNEL IN THE LINE OF AUTOFACIAL CELL IN LUNG CANCER CELL LINES
Autophagic pathways are contribute to lung cancer (LC) ethiopathogenesis. Intracellular calcium levels described as key regulator of autophagy are regulated by calcium channels. It is not known whether transient potential melastatin 5 (TRPM5) has a role in autophagic pathways. In this study, it is aimed to investigate the role of TRPM5, a calcium channel, on autophagic pathways in lung cancer A459 cell line.
A459 cells were grown in RPMI-1640 medium containing 5% fetal bovine serum in a humidified incubator with 5% CO2 and 95% air at 37 °C. In A459 cell line, TRPM5 was blocked through siRNA. RNA isolation from A459 cells was conducted with Tri Reagent. mRNA expression profiles of genes related with autophagy was demonstrated by quantitative RT-PCR (qRT-PCR). 
Transient Receptor Potential Melastanin 5 mRNA expression level in TRPM5-siRNA group was demonstrate significiant decrease against to control group. siRNA efficiency was calculated as %83 using qRT-PCR data. In addition, qRT-PCR results demonstrated that compared with the control group there was a significant increase in autophagy related genes ATG3,ATG5, ATG10, ATG12, LC3A, LC3B, LAMP3 BECLIN1, AMBRA1, ULKE3 expression levels in TRPM5-siRNA group. 
		Transient Receptor Potential Melastanin 5-siRNA application clearly increases the expression of genes involved in autophagic pathways. This data shows that TRPM5 suppression can activate autophagic mechanisms. In cancer it has also been determined that autophagy may show two different function in the way leading to both the survival and the death of the cell. Determining that autophagy is associated with TRPM5, by targeting TRPM5 autophagy can be inhibited or excessively increased so it may contribute to the development of cancer treatments leading to autophagic death of the cell. 
Key Words: Lung cancer, Authophagy, TRPM5 ion channel, Cell Culture, qRT-PCR.