Van Belediye mezbahasında kesilen ruminantlarda paramphistomum SPP.'nin moleküler identifikasyonu
Molecular identification of paramphistomum SPP. in ruminants cut in Van municipality slaughterhouse
Yazar: YUSUF PADAK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE SONA
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Mezbahalar = Abattoirs ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Paramphistomiasis = Paramphistomiasis ; Paramphistomum = Paramphistomum ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Ruminantlar = Ruminants ; Van = Van

Özet:
Paramphistomum türlerinin morfolojik olarak teşhisi mikroskobik yöntemlerle yetersiz olduğundan, kesin teşhis için moleküler yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma Mart 2018–Eylül 2018 tarihleri arasında Van Belediye mezbahasına kesime getirilen ruminantlarda bulunan Paramphistomum spp.'nin moleküler yöntemler ile identifikasyonu amaçlandı. Çalışma materyali, toplam 100 adet enfekte ruminantdan (50 sığır ve 50 koyun) toplanan ergin Paramphistomum spp.'lerden oluşmaktadır. Paramphistomum parazitlerinin DNA izolasyonları, ticari kit ile yapıldıktan sonra rDNA ITS2 gen bölgesi PCR ile çoğaltıldı. Elde edilen PCR ürünleri agaroz jelde yürütülerek 399 bp'lik bantlar elde edildi. Amplikonlar sekanslanmış ve BLAST ile Genbank'daki referans sekanslarla karşılaştırıldı. İzolatların genotipleri tam veya en yakın benzerliklerine göre belirlendi. Ayrıca, Neighbour-Joining Tree kullanılarak MEGA 7 program ile filogenetik ağaç oluşturuldu. Çalışmamızda elde edilen 10 adet PCR ürünününden çift yönlü sekans analizi yapıldı. Sekans analizi sonucu 5 koyun ve 3 sığırdan Paramphistomum leydeni, 2 adet sığırdan ise Calicophoron daubneyi identifiye edildi. Sonuç olarak, Türkiye'de daha önce morfolojik tanı yöntemleri ile varlığı bildirilen Calicophoron daubneyi'nin Van ilinde moleküler yöntemler ile varlığı kesinlik kazanmış olup, ayrıca daha önce Türkiye'de bildirilmeyen P. leydeni ise ilk defa moleküler yöntemlerle bu çalışma ile tespit edildi.

Abstract:
Since the morphological diagnosis of Paramphistomum species is insufficient by microscopic methods, molecular methods are needed for definitive diagnosis. In this study, it was aimed to identify by molecular methods of Paramphistomum spp in ruminants that were brought in Van Municipality slaughterhouse between March 2018 and September 2018. The study material consisted of adult Paramphistomum spp, collected from 100 infected ruminants (50 cattle and 50 sheep). DNA isolations of Paramphistomum parasites were made by commercial kit and then rDNA ITS2 gene region was amplified by PCR. The resulting PCR products were run on agarose gel and 399 bp bands were obtained. Amplicons were sequenced and compared with reference sequences in Genbank with BLAST. Genotypes of isolates were determined according to their complete or nearest similarities. Also, a phylogenetic tree was created with MEGA 7 program by using Neighbor-Joining Tree. In our study, bi-directional sequence analysis was performed from 10 PCR products obtained. As a result of the sequence analysis, 5 sheep and 3 cattle were identified as Paramphistomum leydeni, while 2 cattle were identified as Calicophoron daubneyi. In conclusion, previously diagnosed with of morphological methods C. daubneyi in Turkey which has become definite the diagnosis with molecular methods in Van province. Also the presence of the previously unreported P. leydeni was determined by molecular methods for the first time in Turkey.