Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen candıda türlerinin moleküler tanısı
Molecular diagnosis of candida species which isolated from cattle mastitic milk
Yazar: PERİHAN CİLVEZ
Danışman: PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Kandida = Candida ; Mastit = Mastitis ; Süt = Milk ; Süt sığırları = Dairy cattles ; Sığır hastalıkları = Cattle diseases

Özet:
Sığır mastitisi, süt endüstrisinin ekonomik açıdan önemli ve Candida cinsine ait mayaların etiyolojik etkenler olarak katılabileceği en yaygın hastalıklardan birisi olarak bilinmektedir. Bu çalışmada, subklinik mastitisli sığır sütlerinden Candida türlerinin izolasyonu, izolatların geleneksel yöntem, kromojenik agar ve sekans analizi kullanılarak identifikasyonlarının yapılması amaçlandı. Çalışmanın materyalini 20 süt sığırcılığı işletmesindeki 280 subklinik mastitisli ineğe ait 400 süt örneği oluşturdu. Süt örneklerinden  %24,0 (96/400) oranında Candida spp. izole edildi. Geleneksel yöntem ile izolatların %16,7 (16/96)'si Candida albicans olarak identifiye edilirken %83,3 (80/96)'ü non-albicans olarak belirlendi. Kromojenik agar kullanılarak izolatların %49,0 (47/96) [%21,9'u (21/96) Candida krusei, %17,7 (17/96)'si C. albicans, %9,4 (9/96)'ü Candida tropicalis)]'nun identifikasyonu yapılırken; izolatların %51,0 (49/96)'inin identifikasyonu yapılamadı. Sekans analizi sonucunda ise izolatların %22,9 (22/96)'unun Candida parapisilosis, %21,9 (21/96)'unun C. krusei, %19,8 (19/96)'inin Candida keyfr, %16,7 (16/96)'sinin C. albicans, %9,4 (9/96)'ünün C. tropicalis, %4.2 (4/96)'sinin Candida glabrata, %3,1 (3/96)'inin Candida guilliermondii, %1,0 (1/96)'inin Candida lipolytica, %1,0 (1/96)'inin Trichosporon asahii olduğu tespit edildi. Bu çalışmada subklinik mastitisin etiyolojisinde çok farklı Candida türlerinin rol oynayabileceği; ancak, bu bölgede enfeksiyona neden olan ana maya türlerinin non-albicans Candida türler belirlendi. Candida izolatlarının identifikasyonlarında moleküler yöntemlere göre daha düşük maliyetli ve kolay uygulanabilir olan geleneksel yöntem ile C. albicans'ın; kromojenik agar ile C. krusei, C. tropicalis ve C. albicans türlerinin identifiye edilebildiği; diğer Candida türlerinin identifikasyonlarında moleküler yöntemler ile daha başarılı sonuçlar alındığı saptandı. İyi hijyen ve sağlık uygulamaları ile antibiyotiklerin dikkatli kullanılmasının sığır mikotik mastitis insidensini düşüreceği düşünülmektedir.
Anahtar Kelimeler: Candida, subklinik mastitis, identifikasyon, geleneksel yöntem, kromojenik agar, sekans analizi

Abstract:
Cattle mastitis is considered to be one of the most common diseases in which the dairy industry is economically important and yeasts belonging to the genus Candida may participate as etiological agents. In this study, isolation of Candida species from subclinical mastitic cattle milk, identification of isolates using conventional method, chromogenic agar and sequence analysis was aimed. The material of the study consisted of 400 milk samples belonging to 280 subclinical mastitis in 20 dairy cattle farms. Of the milk samples, 24.0% (96/400) of Candida spp. isolated. By conventional method, 16.7% (16/96) of the isolates were identified as Candida albicans and 83.3% (80/96) were identified as non-albicans. Using chromogenic agar, 49.0% (47/96) [ 21.9% (21/96) Candida krusei, 17.7% (17/96) C. albicans, 9.4% (9/96) Candida tropicalis)] of the isolates were identified; 51.0% (49/96) of the isolates could not be identified. Sequence analysis showed that 22.9% (22/96) of the isolates were Candida parapsilosis, 21.9% (21/96) were C. krusei, 19.8% (19/96) were Candida keyfr, 16.7% (16/96) were C. albicans, 9.4% (9/96) were C. tropicalis, 4.2% (4/96) Candida glabrata, 3.1% (3/96) of Candida guilliermondii, 1.0% (1/96) of Candida lipolytica, and 1.0% (1/96) of Trichosporon asahii. In this study, it was demonstrated that very different Candida species could play a role in the etiology of subclinical mastitis but the main yeast strains causing the infection in this region were found to be non-albicans Candida species. In identification of Candida isolates by the conventional method of C. albicans, by chromogenic agar C. krusei, C. tropicalis and C. albicans species can be identified which is less costly and easier to apply than molecular methods, it was determined that more successful results were obtained with molecular methods in the identification of other Candida species. Careful use of antibiotics with good hygiene and health practices is thought to reduce the incidence of bovine mycotic mastitis.
Key words: Candida, subclinical mastitis, identification, chromogenic agar, conventional method,  sequence analysis