Doğuştan gelen bağışıklık kusurlarında tüm ekzom dizi analizinin tanısal değeri /
Yazar: BUSE METİN YORĞUN
Danışman: PROF. DR. SAFA BARIŞ
Marmara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Çocuk İmmünolojisi ve Allerji Hastalıkları Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Alerji ve immünoloji = Allergy and immunology ; Birincil immün yetmezlik hastalıkları = Primary immunodeficiency diseases

Özet:
ÖZET
Giriş ve Amaç: Doğuştan Bağışıklık Kusurları (DBK), bağışıklık sisteminin bir veya daha fazla bileşenini etkileyen gelişim kusuru ve/veya fonksiyon bozukluğu ile karakterize, artmış enfeksiyon riski, enflamasyon, otoimmünite ve maligniteye neden olan heterojen bir hastalık grubudur. Bu çalışmada, Marmara Üniversitesi'nde DBK şüphesiyle değerlendirilen hasta grubunda kullanılan genetik analiz yöntemlerinin tanısal değerini inceleyerek, Hedeflenmiş Panel (TGP) ve Tüm Ekzom Dizileme (WES) yaklaşımlarının tanı oranları karşılaştırılmakta, tanı başarısında etkili olan klinik ve laboratuvar parametreleri incelenmekte ve bu yöntemlerin klinik pratikteki yerleri değerlendirilmektedir. 
Yöntem: Ocak 2010-Aralık 2023 yılları arasında Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim Araştırma Hastanesi Çocuk Alerji ve İmmünoloji polikliniğine başvuran ve DBK ön tanısı ile TGP ve WES uygulanan 170 hasta retrospektif olarak incelendi. Hastaların 47'sine (%27,6) TGP, 108'ine (%63,5) WES ve 15'ine (%8,8) ise TGP analizi sonucu anlamlı mutasyon saptanmadığından ek olarak WES analizi yapılmıştır. 
Bulgular: Toplam 170 hastada yapılan genetik analizler sonucunda hastaların %52.3'ünde (n=89) klinikle uyumlu patojenik mutasyonlar saptandı. TGP ile genetik tanı başarısı %53,2 (n=33) ve WES ile genetik tanı başarısı ise %45,5'tir (n=56). TGP'de tanı oranı WES'e kıyasla anlamlı şekilde yüksek bulunmuştur. Bu, vakaların daha fazla spesifik klinik ve laboratuvar fenotiplerine sahip olduğunu yansıtıyordu. Öte yandan geniş semptom yelpazesine sahip olan hasta grubunda WES iyi bir seçenek olarak bulundu. Çalışmamızda tekrarlayan solunum yolu enfeksiyonları, ağır enfeksiyon, büyüme gelişme geriliği, dismorfik özellikler, nörolojik bulgu görülenlerde ve T ve B hücre oranları (CD3% ve CD19%) düşük olanlarda genetik tanı başarı oranı daha yüksek olarak saptandı.
Sonuç: DBK ön tanısı alan hastalarda öncelikli genetik analizin erken tanı ve tedavi açısından büyük önemi bulunmaktadır. Özellikle WES'in, TGP'ye göre daha kapsamlı bir yöntem olarak heterojen hasta gruplarında daha yüksek tanı koyma başarısı sağladığı görülmektedir.
Anahtar Kelimeler: Doğuştan bağışıklık kusuru, Hedeflenmiş panel, Tüm ekzom dizileme

Abstract:
ABSTRACT
Introduction and Aim: Inborn errors of immünity (IEI) are a heterogeneous group of disorders driven by genetic defects that impact the development and/or function of one or more components of the immüne system, leading to an increased risk of infections, inflammation, autoimmünity, and malignancy in affected individuals. This study investigates the diagnostic value of genetic analysis methods used in a patient group evaluated for suspected IEI at Marmara University. We compare the diagnostic rates of Targeted Gene Panel (TGP) and Whole Exome Sequencing (WES) approaches, explore the clinical and laboratory parameters influencing diagnostic success, and evaluate the role of these methods in clinical practice.
Method: A retrospective analysis was conducted on 170 patients who presented to the Pediatric Allergy and Immunology outpatient clinic of Marmara University Pendik Training and Research Hospital between January 2010 and December 2023, with a preliminary diagnosis of IEI, and underwent TGP or WES. The clinical, demographic, and genetic data of the patients were evaluated through medical records and the hospital system. TGP was applied to 47 patients (27.6%), WES to 108 patients (63.5%), and 15 patients (8.8%) underwent additional WES after no significant mutation was found in the TGP analysis.
Results: Genetic analyses revealed that 52.3% of them (n=89) had pathogenic mutations consistent with their clinical presentations. The success rate of genetic diagnosis using TGP was 53.2% (n=33), while WES achieved a diagnostic success of 45.5% (n=56). The diagnostic rate with TGP was significantly higher compared to WES, reflecting that cases had more specific clinical and laboratory phenotypes. On the other hand, WES was found to be a good option for patient groups with a broad spectrum of symptoms. In our study, a higher success rate in genetic diagnosis was observed in patients with recurrent respiratory infections, severe infections, growth and developmental delays, dysmorphic features, neurological findings, and those with low T and B cell percentages (CD3% and CD19%).
Conclusion: Genetic testing plays a critical role in the early diagnosis and treatment of patients with suspected IEI. WES, as a more comprehensive method compared to TGP, was found to have higher diagnostic success in heterogeneous patient groups.
Keywords: Inborn errors of immünity, Targeted gene panel, Whole exome sequencing