0-17 yaş grubunda gastroenterit etkenlerinin multiplex PCR yöntemiyle değerlendirilmesi
Evaluation of gastroenteritis causes in the 0-17 age group by multiplex PCR method
Yazar: MERVE KAYABAŞ ACUN
Danışman: PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL
Gaziantep Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections

Özet:
Amaç; Çocukluk çağı morbidite ve mortalitelerinin ilk sebebi akut solunum yolu enfeksiyonları iken ikinci en sık sebebi akut enfeksiyöz ishallerdir. Tanıda öykü ve klinik muayene yol gösterici olabilir ama kesin tanıya gidebilmek için laboratuvar desteğine ihtiyaç vardır. Bu çalışmada akut ishalli çocuklarda mikroskobik ve makroskobik incelemeye, immunokromotografik yönteme ve kültür yöntemine dayalı klasik testlerle moleküler yöntemleri birlikte kullanarak viral, bakteriyel, paraziter ajanları beraber değerlendirmek, etkenlerin sıklığını belirlemek ve ileride bu yönde yapılacak çalışmalara ışık tutmak amaçlanmıştır.
Yöntem: Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuarına ishal şüphesiyle gönderilen 0-17 yaş arası toplam 101 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Gelen bütün örnekler makroskobik ve mikroskobik olarak incelenmeye alınmıştır. Örnekler rotavirus, enterik adenovirus, cryptosporidium, G. intestinalis, E. histolytica yönünden immunokromotografik yöntemle çalışan hızlı anijen testine alınmıştır. Örneklerin bakteriyolojik açıdan kültürü yapılmıştır. Multiplex PCR yöntemiyle de örnekler etkenler açısından bütüncül değerlendirme altına alınmıştır. 
Bulgular: Kız ve erkek çocuklarda benzer oranlarda enfeksiyon görülmüş olup cinsiyet açısından anlamlı bir farka rastlanmamıştır. En yüksek enfeksiyon oranının görüldüğü grup %100'lük bir oranla 2-5 yaş arası gruptur. Multiplex PCR yöntemi ile hastaların 84'ünde (%83.2) bakteriyel, 48'inde (%47.5) viral, 12'sinde (%11.9) protozoal etken saptanmıştır. Viral ajanların multiplex PCR sonuçları incelendiğinde rotavirusun ilk sırada yer aldığı, adenovirus ve nörovirusun da birbirine yakın oranlarda görülüp ikinci sırada birlikte yer aldıkları belirtilmiştir. Bakteriyel etkenlerin multiplex PCR yöntemi sonuçları incelendiğinde 84 hastada (%83,2) diyarojenik E. coli, 7 hastada (%6,9) campylobacter spp, 3 hastada (%3) Salmonella, 1 hastada da Shigella (%1) görüldüğü saptanmıştır. Klasik kültür yöntemiyle de 3 hastada Salmonella, 1 hastada Shigella tespit edilmiştir. Protozoal etkenlerin multiplex PCR yöntemiyle olan sonuçları incelendiğinde hastaların 2'sinde (%2) Cryptosporidium, 2'sinde (%2) Giardia lamblia etkeni saptanmıştır. İmmunokromotografik yöntemle de hastaların 2'sinde (%2) Cryptosporidium, 1'inde (%1) Giardia, 8'inde (%8) de E. histoytica saptanmıştır. 
Sonuç: Akut gastroenteritte etken virüs ya da parazit olduğunda tedavi destek tedavisinden oluşmaktadır. Antibiyotik tedavisi gerektiren gastroenteritler bakterilerden Shigella, parazitlerden ise E. histolytica kaynaklı ishallerdir. Yaptığımız çalışmada görmekteyiz ki moleküler yöntemler olmaksızın klasik yöntemlerle tanıya gidildiğinde gastroenterit tanısı ve tedavisi açısından önemli bir kayıp yaşanmayacaktır.

Abstract:
Aim: While acute respiratory tract infections are the first cause of morbidity and mortality in childhood, the second most common cause is acute infectious diarrhoea. History and clinical examination may be guiding in the diagnosis, but laboratory support is needed to make a definitive diagnosis. In this study, it was aimed to evaluate viral, bacterial and parasitic agents together and to determine the frequency of agents by using molecular methods together with classical tests based on microscopic and macroscopic examination, immunochromatographic method and culture method in children with acute diarrhoea.
Methods: A total of 101 patients aged 0-17 years who were referred to Gaziantep University Medical Faculty Medical Microbiology laboratory with suspected diarrhoea were included in the study. All samples were analysed macroscopically and microscopically. The samples were tested for rotavirus, enteric adenovirus, cryptosporidium, G. intestinalis, E. histolytica by immunochromatographic rapid anigen test. The samples were cultured bacteriologically. Multiplex PCR method was also used to evaluate the samples holistically in terms of causative agents.
Results: Similar rates of infection were observed in boys and girls and no significant difference was found in terms of gender. The group with the highest infection rate is the group aged 2-5 years with a rate of 100%. Multiplex PCR detected bacterial agents in 84 (83.2%), viral agents in 48 (47.5%) and protozoal agents in 12 (11.9%) patients. When the multiplex PCR results of viral agents were analyzed, it was reported that rotavirus ranked first, adenovirus and neurovirus were observed at similar rates and ranked second together. When the results of multiplex PCR method of bacterial agents were analyzed, diarogenic E. coli was observed in 84 patients (83.2%), campylobacter spp in 7 patients (6.9%), Salmonella in 3 patients (3%) and Shigella in 1 patient (1%). Salmonella was detected in 3 patients and Shigella in 1 patient by conventional culture method. When the results of protozoal agents by multiplex PCR method were analyzed, Cryptosporidium and Giardia lamblia were found in 2 (2%) and 2 (2%) patients, respectively. Cryptosporidium was detected in 2 (2%), Giardia in 1 (1%) and E. histoytica in 8 (8%) patients by immunochromatographic method.
Conclusions: When the causative agent of acute gastroenteritis is a virus or parasite, treatment consists of supportive care. Gastroenteritis requiring antibiotic treatment is diarrhea caused by Shigella from bacteria and E. histolytica from parasites. In our study, we see that there will be no significant loss in terms of diagnosis and treatment of gastroenteritis when the diagnosis is made by classical methods without molecular methods.