Bazı yerli koyun ırklarında INHBB geni ekzon-2 bölgesinin ve FSHB geni ekzon-3 bölgesinin yavru verimine etkisi
The effects of exon-2 region of INHBB gene and exon-3 region of FSHB gene on litter size in some local sheep breeds
Yazar: İLKE ÜNLÜSOY
Danışman: PROF. DR. OKAN ERTUĞRUL
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veteriner Hekimliği Bölümü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Eksonlar = Exons ; Fertilite = Fertility ; Genler = Genes ; Koyunculuk = Sheep farming ; Koyunlar = Sheep ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Bu çalışma, Türkiye yerli koyun ırklarından Akkaraman ve Bafra ırklarında INHBB geni Ekzon-2 ve FSHB geni Ekzon-3 bölgelerinin polimorfizmlerinin incelenmesi ve bunların yavru verimi ile ilişkisinin araştırılması amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla 50 baş Akkaraman ve 50 baş Bafra koyunundan kan alınmış ve bu kanlardan fenol:kloroform yöntemi aracılığı ile DNA ekstraksiyonu yapılmıştır. Her iki gen bölgesine PZR aşamasının ardından dizi analizi uygulanmış ve saptanan polimorfizmler bazı biyoinformatik analizlere tabi tutulmuştur. Buna göre INHBB geni Ekzon-2 bölgesi için dört farklı haplotip belirlenmiş, bunlardan Haplotip 2 sadece Akkaraman ırkında gözlenmiştir. FSHB geni Ekzon-3 bölgesi için iki haplotip belirlenmiş ve bunlardan Haplotip 2 sadece Akkaraman ırkında gözlenmiştir. Irklar arası değerlendirmede Bafra ırkına özgü herhangi bir haplotip ya da SNP tespit edilememiştir.INHBB Ekzon-2 bölgesi içinde tespit edilen ve referans dizinin 1611. pozisyonunda rastlanan SNP3 (g.1611A>C) Glutamat'tan (Glu:E) Alanin'e (Ala:A) aminoasit değişimi yaratmıştır.Irk içi değerlendirmede tüm SNP'ler varyasyon ve lojistik regresyon analizine tabi tutulmuş buna göre bireylerin taşıdıkları SNP ya da SNP kombinasyonlarının yavru verimi ile arasındaki ilişkileri istatistiki olarak önemsiz bulunmuştur.

Abstract:
The objectives of this study were to determine the polymorphisms in Exon-2 of INHBB gene and Exon-3 of FSHB gene and to determine the relationship among these polymorphisms and litter size in Bafra and Akkaraman which are native sheep breeds in Turkey. For this aim 50 Bafra and 50 Akkaraman ewes were used to take blood samples and DNA extracted with phenol: chloroform process from the blood samples. After PCR process, DNA sequencing was applied to these two gene regions and some bioinformatics analysis were applied the polymorphisms determined by sequencing. After analyses, four haplotype were determined for Exon-2 of INHBB and Haplotype 2 was observed only in Akkaraman sheep breed. Two haplotypes were determined for Exon-3 of FSHB and Haplotype 2 was only in Akkaraman sheep breed. When breeds evaluated together Bafra sheep had no haplotype and SNP which were not shared with Akkaraman sheep. SNP3 which has determined in Exon-2 region of INHBB gene is at 1611. position in reference gene and makes an aminoacid difference from Glutamate (E) to Alanin (A). In each breed, all SNPs were evaluated with Variation and Logistic Regression Analysis. In conclusion, the effects of SNP or SNP combinations on litter size of ewes were not statisticaly significant, so there was no relationship among genes investigated and litter size.