Kolorektal kanserde epigenetik bir çalışma: lıne-1 retrotranspozonunda 5' UTR metilasyon değişimlerinin araştırılması
An epigenetic research in colorectal cancer: investigation of 5' UTR methylation changes at line-1 retrotransposon
Yazar: FATIMATÜZZEHRA ŞİPŞAK
Danışman: PROF. DR. ALİ İRFAN GÜZEL ; DR. ÖĞR. ÜYESİ TUBA DİNÇER
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Epigenez-genetik = Epigenesis-genetic ; Erken teşhis = Early diagnosis ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis teknikleri ve prosedürleri = Diagnostic techniques and procedures

Özet:
Dünyada kanser ölümlerinin önde gelen nedenlerinden biri de kolorektal kanser olup genetik ve epigenetik değişikliklerin birikimi sonucu meydana gelmektedir. Epigenetik değişikliklerden biri olan DNA metilasyonu, genomik kararlılık ve gen ifadesinin düzenlenmesinde anahtar bir mekanizma olarak tanımlanmıştır. Genomun çoğunluğunu oluşturan tekrar dizilerinde meydana gelen DNA metilasyon içeriğindeki bir azalma, çeşitli malignansilerin oluşumu ile ilişkilendirilmiştir. İnsan genomunun yaklaşık %17'sini oluşturan LINE-1 tekrar dizileri, DNA metilasyon ölçümü bağlamında en çok ilgilenilen dizidir. Bu çalışmada kolorektal kanserde, LINE-1 5' UTR'sinin metilasyon durumunun incelenmesi amaçlandı. Kolorektal kanser teşhisi konmuş hastalara ait normal ve tümör arşiv dokusundan DNA izolasyonu yapıldı. LINE-1 5' UTR'sinin belirlenen altı farklı bölgesi özel olarak tasarlanmış primer setleri kullanılarak PCR ile çoğaltıldı. Sonrasında CG dinükleotitlerindeki metilasyon değişimini değerlendirmek amacıyla HRM analizi yapıldı. 1. bölgenin analizinde normal ve tümörlü dokular arasında anlamlı bir fark bulundu (p<0.001). Sonuç olarak, bu bölgenin kolorektal kanser olgularında ve kanserleşme sürecinde metilasyon seviyesindeki azalmanın belirlenmesinde biyobelirteç olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
One of the leading causes of cancer deaths in the world is colorectal cancer and occurs as a result of the accumulation of genetic and epigenetic changes. DNA methylation, one of the epigenetic changes, has been described as a key mechanism in regulating genomic stability and gene expression. A decrease in DNA methylation content in the repeated sequences, which constitutes the majority of the genome, has been associated with the formation of various malignancies. The LINE-1 repeated sequences, which account for about 17% of the human genome, are the most interesting sequence in the context of DNA methylation measurement. In this study, it was aimed to investigate the methylation status of LINE-1 5' UTR in colorectal cancer. DNA isolation was performed from normal and tumor archive tissue of patients diagnosed with colorectal cancer. Six different regions of LINE-1 5' UTR were amplified by PCR using specially designed primer sets. HRM analysis was then performed to avaluate the methylation changes in CG dinucleotides. A significant difference was found between normal and tumor tissues in the analysis of the 1st region (p<0.001). As a result, it is thought that this region can be used as a biomarker in determining the decrease of methylation level in colorectal cancer cases and in the cancer process.