Hastane enfeksiyonu etkeni pseudomonas aeruginosa suşlarının metallo-ß-laktamaz aktivitesinin fenotipik ve genotipik yöntemler ile saptanması
Phenotypic and genotypic identification of the metallo-ß-lactamase activity in nosocomial Pseudomonas aeruginosa strains
Yazar: ELİF BOZÇAL
Danışman: DOÇ. DR. ATAÇ UZEL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bulaşıcı hastalıklar = Communicable diseases ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa

Özet:
Pseudomonas aeruginosa klinik mikrobiyolojide en önemli nozokomiyal fırsatçı patojenlerden biridir. P. aeruginosa üriner sistem enfeksiyonları, menenjit, göz enfeksiyonları ve septisemi gibi ciddi hastane enfeksiyonlarına yol açmaktadır ve tedavi süreci için ciddi problemlere neden olan birçok antibiyotiğe karşı dirençlidir. Metallo-ß-Laktamazlar (MßL), tüm beta-laktam ajanlara karşı dirence neden olan enzimlerdir. P. aeruginosa'da MßL üretimi beta-laktamlara karşı dirençte hala ana mekanizmadır. Dolayısı ile, MßL'ların klinik mikrobiyolojide tanılanması oldukça önemlidir. Bu çalışmaya Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde 2006'dan 2008'e kadar izole edilen 80 P. aeruginosa suşu dahil edilmiştir. İzolatlar; kan, idrar, balgam, yara, göz ve kulağı içeren çeşitli klinik materyallerden toplanmıştır. Klinik materyaller ayrıca, yoğun bakım ünitesi, cerrahi, ortopedi, yeni doğan ünitesi, nöroloji, üroloji, hemodiyaliz, dahiliye ve intaniyeyi içeren farklı bölümlerden toplanmıştır. E-test ve disk difüzyon metotları ile belirlenen P. aeruginosa izolatlarının duyarlılıkları üç antibiyotiğe karşı araştırılmıştır. Duyarlılık sonuçları, Klinik ve Laboratuar Standartları Enstitüsü'ne (CLSI) göre belirlenmiştir. Bu çalışmaya dahil edilen toplam 80 P. aeruginosa suşunun 28'i (%35) imipeneme (IMP) dirençli, 10'u (%12,50) IMP'e orta duyarlı, 27'si (%33,75) Sefeperazon-Sulbaktam'a (SCF) dirençli ve 23'ü (%28,75) Piperasilin-Tazobaktam'a (TZP) dirençlidir. Ayrıca MßL üretici suşlar IMP, TZP ve SCF'ye dirençli bulunmuştur. IMP'e direnç gösteren izolatların 26'sında (%32,50) MßL üretimi belirlenmiştir. P. aeruginosa klinik izolatları arasında MßL üretimini izlemek için double disk sinerji metodu kullanılmıştır. P. aeruginosa suşlarının 27'sinde (%33,75) MßL üretimi pozitif olarak bulunmuştur. MßL genlerini saptamak içn Multipleks PCR (Polimeraz zincir reaksiyonu) metodu kullanılmıştır. IMP'e dirençli ve orta duyarlı toplam 38 P. aeruginosa suşu analize alınmıştır. 80 izolat arasından, 8 (%10) P. aeruginosa suşunda MßL genleri (blaIMP and blaVIM) PCR ile saptanmıştır. P.aeruginosa izolatları arasındaki klonal ilişkiyi belirlemek amacıyla AP PCR gerçekleştirilmiştir. SPSS (13.00) analizine göre toplam 17 farklı küme belirlenmiştir. BlaIMP ve BlaVIM genlerini taşıyan toplam 8 P. aeruginosa izolatına ait amplikonlara dizi analilizi yapılmıştır. Amplikonların dizi homolojileri dizi veritabanlarında BLAST analizi ile araştırılmıştır. P.aeruginosa sınıf 1 integronu, E.coli sınıf 1 integronu, plazmidleri ve transpozonları ile homoloji saptanmıştır.Anahtar Kelimeler: Pseudomonas aeruginosa, Metallo-ß-Laktamaz, BlaIMP, BlaVIM, Antibiyotik duyarlılık, Hastane enfeksiyonları.

Abstract:
Pseudomonas aeruginosa is one of the most important nosocomial opportunistic pathogens in the clinical microbiology. P. aeruginosa is leading serious nosocomial infections such as urinary system infections, meningitis, eye infections and sepsis and is resistant to many antibiotics causing serious problems for therapeutic process. Metallo-ß -Lactamases (MßL) are enzymes which cause resistance to all beta-lactam agents. The production of MßL is still the main mechanisms is resistance to beta-lactams in P. aeruginosa. Thereby, identification of MßL is very important in clinical microbiology. A total 80 P. aeruginosa strains were isolated from 2006 to 2008 at Tepecik Training and Research Hospital were included in the study. Isolates were collected from various clinical materials including blood, urine, sputum, wound, eye and ear. Clinical materials were also collected from diverse departments including intensive care unit, surgery, orthopaedics, new-born unit, neurology, urology, haemodialysis, internal medicine and infectious diseases. The susceptibility of P. aeruginosa isolates investigated against 3 antibiotics and determined by E-Test and disc diffusion methods. Susceptibility results were determined according to CLSI (The Clinical and Laboratory Standards Institute). ATotal Of the 80 P. aeruginosa strains included in this study 28 (35%) were resistant to IMP (Imipenem), 10 (12.5%) intermediate to IMP, 27 (33.75%) resistant to SCF (Sefaperazone-Sulbactam) and 23 (28.75%) resistant to TZP (Piperacillin-Tazobactam). MßL producer strains were also found resistant to IMP, TZP and SCF. MßL production was determined in the 26 (32.50%) isolates which were showed to resistance IMP. Double disc synergy method was used to screen MßL production among the P. aeruginosa clinical isolates. MßL producion was found as positive in 27 (33.75%) P. aeruginosa strains. Multiplex PCR (polymerase chain reaction) method were used for identifying MßL genes. A Total of 38 P. aeruginosa strains showed resistance and intermediate resistance to IMP were analyzed. MßL genes (blaIMP and blaVIM ) were determined in 8 (10%). P. aeruginosa strains among 80 isolates by PCR. To determine the clonal reletedness between the P. aeruginosa isolates AP PCR was carried on. A total of 17 different cluster were determined according to the SPSS (13.00) analysis. A total of 8 amplicons belonging to P. aeruginosa isolates which carried on blaIMP and blaVIM genes were sequenced. Sequence homology of the amplicons were searched at sequence databeses by BLAST analysis. Homology was determined with P. aeruginosa class 1 integron, E.coli class 1 integron, plasmids and transposons.Keywords: Pseudomonas aeruginosa, Metallo-ß-Lactamase, BlaIMP, BlaVIM, Antimicrobial susceptibility, Nosocomial infections.