Psorodonotus venosus ve Anterastes babadaghi ( Orthoptera, Ttettıgonııdae ) türlerinde total mitokondriyal genom dizileri ve gen yerleşimlerinin belirlenmesi
Determination of total mitogenom sequences and gene location in Psorodonotus venosus ve Anterastes babadaghi ( Orthoptera, Tettigoniida )
Yazar: UĞUR KARŞI
Danışman: PROF. DR. BATTAL ÇIPLAK
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Zooloji = Zoology

Özet:
Mitokondriyal genom (mitogenom) dizileri bir dizi nedenle yakın zamanda populasyon genetiği, filogeni, filocoğrafya ve benzeri evrimsel çalışmalarda yayın olarak başvurulan veri kaynakları arasındadır. Orthoptera Insecta'nın en fazla tür içeren takımlarından biridir ve özellikle son 2-3 yıl içerisinde çok sayı türün mitogenomu çıkarılmıştır. Sunulan tez çalışması Tettigoniinae (Orhoptera, Tettigoniidae) altfamilyasına ait Psorodonotus venosus ve Anterastes babadaghi türlerinin mitogenom dizilerinin yeni nesil dizileme yöntemi ile üretilmiş ve biyoinformatik yaklaşımlarla değerlendirilmiş verilerini içermektedir. Total mitogenom uzunlukları Psorodonotus venosus türünde 15842 baz çifti ve Anterastes babadaghi türünde 15883 baz çifti olarak saptanmıştır. Diğer ökaryotların çoğu-nun mitogenomlarına benzer şekilde bu iki türün mitogenomu 22 tRNA geni, 2 rRNA geni, 13 protein kodlayan gen ve bir A+T'ce zengin bölgeden oluşmaktadır. İki türün mitogenomunun 37 geninin yerleşimi atasal böcek mitogenomu olarak varsayılan Pancrustaceae mitogenomundaki yerleşime sahiptir. Protein kodlayan genlerde ortalama AT/GC oranı Psorodonotus venosus türünde % 68/32 ve Anterastes babadaghi türünde ise % 70/30 olarak hesaplanmıştır. Tez verileri şu sonuçlara işaret etmiştir: (i) Her iki türün mitogenomları toplam baz sayısı, ve gen sayısı ve içeriği yönüyle çokhücreliler için genel mitogenom tipi olarak tanımlanan ile aynı özelliklere sahiptir, (ii) Tettigoniinae altfamilyasının temsilcileri olan bu iki tür atasal altıüyeli gen yerleşimine sahiptirler, (iii) şimdiye kadar çalışılmış diğer türleri de dikkate alındığında Tettigoniinae altfamilyasında mitogenom gen yerleşimi korunmuş görünmektedir, (iv) her iki tür diğer orthopterlerde olduğu gibi AT ağırlıklı bir genoma sahiptir ve tRNA genlerinin uzunlukları, antikodonları ve komşu genlerle çakışma veya kodlanmayan ara dizilere sahip olma bakımından ve yine protein kodlayan genlerin uzunluk, başlama ve bitiş kodonları, komşu genlerin çakışması veya kodlanmayan baz dizilerine sahip olması altfamilya için tipik örüntülere sahiptir.

Abstract:
DNA sequences of the mitochondrial genome frequently have been used as one of the
main data sources in population genetics, phylogeny, phylogeography and other similar
evolutionary studies. Orthoptera is one of the most species rich order of Insecta and mitochondrial
genome of several species have been studies especially during last 2-3 years.
This thesis includes data on mitochondrial genome of Psorodonotus venosus ve Anterastes
babadaghi belonging to Tettigoniinae (Orhoptera, Tettigoniidae) obtained via next
generation sequencing and evaluated by bioinformatics approaches. The total mitogenome
of Psorodonotus venosus was 15842 base pairs and that of Anterastes babadaghi
was 15883 base pairs. As in the most of the other eukaryotes the mitochondrial genome
of these two species consists of 22 tRNA genes, 2 rRNA genes, 13 protein coding genes
and the A+T rich control region. The arrangement of 37 genes in the mitochondrial genome
of these two species is as in gene location in Pancrustacea which also considered
as ancestral gene arrangement of Insecta. The AT/GC content in protein coding genes
was % 68/32 and % 70/30 in Psorodonotus venosus and Anterastes babadaghi respectively.
Data of this study indicates following results: (i) mitogenome of both species exhibit
characteristics of multicelular organisms in several aspects, (ii) The gene location of
mitochondrial genome of these two species representing Tettigoniinae is as in other hexapods,
(iii) and this indicate that no gene arrangement has occurred in evolutionary history
of Tettigoniinae, (iv) Both species have AT rich genome as in other orthopterans,
and (v) the tRNA genes in Tettigoniinae exhibit some subfamily specific aspects such as
the length and anti-codon of the genes and their overlapping or having non-coding bases
with the adjacent genes, and (vi) similarly the length, the initial and stop codons of the
genes and their overlapping or having non-coding bases with the adjacent genes in protein
coding also exhibit subfamily specific patterns.