Çocukluk çağı santral sinir sistemi tümörlerinin bir alt grubu olan emriyonel tümörlü olgularda HSNF5/INI1 gen mutasyonlarının araştırılması
Investigation of HSNF5/INI1 gene mutations in patients with embryonal tumors, which is a subgroup of childhood central nervous system tumors
Yazar: ELİF KIYMET
Danışman: PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY
Ege Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Çocuk Genetik ve Teratoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Embriyo = Embryo ; Genler = Genes ; Merkez sinir sistemi neoplazmları = Central nervous system neoplasms ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Çocuk hastalıkları = Child diseases ; Çocuklar = Children

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, çocukluk çağı santral sinir sistemi tümörlerinin bir alt grubu olan embriyonel tümörlerden, atipik teratoid rabdoid tümör (AT/RT), tanısı almış olan hastalarda, bu tümör ile ilişkili olan bir tümör supresör gen (hSNF5/INI1) mutasyonunun araştırılması amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: 2010-2015 yılları arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde AT/RT tanısı almış olguların dosya verileri incelendi. Klinik bulguları ve tümör dokusunda INI1 ekspresyonu açısından yapılmış olan immunohistokimyasal analiz sonuçları değerlendirildi. Olguların hepsinin tümör dokusuna ait patoloji preparatlarından ve ulaşılabilen olguların periferik kanlarından elde edilen DNA ile hSNF5/INI1 geni için tüm eksonik bölgeler PCR ile çoğaltılıp, jel elektroforezi ile kontrol edildikten sonra, DNA dizi analizi gerçekleştirildi. Elde edilen sonuçlar referans genom ile karşılaştırıldı. Tespit edilen varyasyonların patojenitesi ACMG 2015 kriterlerine göre değerlendirildi. Tümör dokusunda mutasyon tespitedilen hastalardan ulaşılabilenlerde periferik kan DNA'sında analiz tekrarlandı, ulaşılamayanlarda anne ve babada periferik kan DNA analizi yapıldı. 

Bulgular:Çalışmamıza toplam 10 hasta aldık, bunların 7'si SSS'nin AT/RT'ü, 2'si yumuşak dokuda rabdoid tümör, biri renal rabdoid tümör tanılıydı. Santral sinir sisteminin(SSS) AT/RT'ü tanısı alan 7 hastanın 4'ü (%57) kız, 3'ü (%43) erkekti. Bu olguların ortanca tanı yaşı 18 ay (3 ay-12,9 yaş) bulundu. Hastalarımızın %85'i 36 aydan önce tanı almıştı. Hastalarımızın ortalama sağ kalım süresi 5,8 (±28,7)aydı. 
SSS'nin AT/RT'ü tanısı ile izlenen olguların 4'ünde (%57) tümör infratentorial yerleşimli iken 3'ünde (%43) supratentorial yerleşimlidir. Supratentorial bölgeye yerleşen tümör nedeni ile izlenen hastalarda ortanca tanı yaşı 19 ay (16 ay-12,9 yaş), ortalama sağ kalım süresi 7,3 (±5,7) aydır. İnfratentorial bölgeye yerleşen tümör nedeni ile izlenen hastalarda ise ortanca tanı yaşı 17,5 ay (3-19ay), ortalama sağ kalım süresi 23,2 (±38,5) aydır. 
SSS'nin AT/RT'ü tanısı alan 7 hastadan 2'sine (%28,5) total eksizyon, 5'ine (%71,4) kısmi eksizyon yapılabilmişti. Total eksizyon yapılan hastaların ortalama sağ kalım süresi 43,5 (±53,7) ay bulunurken rezidü tümör dokusu kalan hastaların ortalama sağ kalım süresi 5,8 (±4,7) ay bulundu. 
SSS, yumuşak doku ve renal rabdoid tümör tanılı hastaların tümör dokusunda immunohistokimyasal yöntemler ile hSNF5/INI1 protein ekspresyonu bakıldı ve %77 hastada protein ekspresyon kaybı bulundu.
Yumuşak doku ve renal rabdoid tümör tanılı hastaların hepsinde tümör dokusunda hSNF5/INI1 protein ekspresyon kaybı gösterildi. 
SSS'nin AT/RT'ü tanılı 7 hastadan 4'ünde protein ekspresyon kaybı mevcuttu, bir hastada protein ekspresyonu tamamen korunmuştu, bir hastada ise protein ekspresyonu fokal olarak korunmuştu. Bir hastada protein ekspresyonu değerlendirilmemişti.
hSNF5/INI1 protein ekspresyon kaybı gösterilen hastaların ortanca tanı yaşı 18 ay (3-19 ay), ortalama sağ kalım süresi 3,2 (±2,6)aydı. 
hSNF/INI1gen dizisinde 4 hastada, tümör dokusunda mutasyon saptandı. Bu hastaların 3'ünün SSS'nin AT/RT'ü tanısı, 1'inin yumuşak dokuda rabdoid tümör tanısı mevcuttu.
SSS'nin AT/RT'ü tanısı ile izlenen ve hSNF5/INI1 geninde mutasyon saptanan hastaların ortanca tanı yaşı 19 ay (17-19 ay), ortalama sağ kalım süresi 4 (±2,6) ay bulundu. hSNF5/INI1 geninde mutasyon saptanmayan hastaların ortanca tanı yaşı 17 ay (3 ay-12,9 yaş), ortalama sağ kalım süresi 25,7 (±37,1) ay bulundu.
Yumuşak dokuda rabdoid tümör tanısı ile izlenen ve tümör dokusunda hSNF5/INI1 geninde mutasyon saptanan bir hasta vardı. Bu hastanın tanı anında yaşı 3,5 ay, sağ kalım süresi 15 aydı. Bu çalışma yapıldığı sırada hastalığı remisyondaydı.
Tümör dokusunda mutasyon saptanan hastaların kanlarında elde edilen DNA'da mutasyon saptamadık. 
Mutasyon taşıyan hastaların anne babaları aynı mutasyon açısından Sanger dizi analizi kullanılarak değerlendirildi. Hastaların anne ve babalarının bu mutasyonu taşımadıkları gösterildi. 
Sonuç:AT/RT tanılı hastaların tümör dokusunda hSNF5/INI1 geninde mutasyon saptanması durumunda hastaların yaşam sürelerinin kısa olduğu gözlenmiştir. Bu nedenle prognozu belirlemede mutasyon analizi önerilebilir. Bu konuda daha geniş hasta gruplarında araştırma yapılmasına gereksinim vardır. Önceki yayınlardan farklı olarak AT/RT tanılı hasta grubumuzda kanda yapılan DNA analizlerinde hiçbir hastada hSNF5/INI1 geninde mutasyon saptanmamıştır. Bu sonucun kanda analiz yapılabilen hasta sayısının kısıtlılığı ile ilgili olduğu düşünülmüştür.

Abstract:
Objective: In this study, it was aimed to investigate the mutation of a tumor suppressor gene (hSNF5 / INI1) associated with atypical teratoid rabdoid tumor (AT / RT) from embryonal tumors, which is a subgroup of childhood central nervous system tumors.
Material and Method: The data of patients with AT / RT diagnosed between 2010 and 2015 in Ege University Medical Faculty were reviewed. Clinical findings and INI1 expression in tumor tissue using immunohistochemical analysis results of were evaluated. In all tumor tissues, all exonic regions of the hSNF5 / INI1 gene were amplified by PCR and after cheching by gel electrophoresis, DNA sequence analysis was performed. The results obtained were compared with the reference genome. The pathogenicity of the detected variants was assessed according to ACMG 2015 criteria. DNA sequencing in peripheral blood was performed in the patients with mutation in tumor tissue.
Results: Ten patients were enrolled in the study. 7 of them had AT/RT in central nervous system, 2 in soft tissue and 1 in renal. Of 7 patients who had AT / RT of the central nervous system (CNS), 4 (57%) were girls and 3 (43%) were boys. The median age at diagnosis was 18 months (3 months-12.9 years). 85% of our patients were diagnosed before 36 months. The mean survival time of the patients was 5.8 ( ± 28.7) months.
In 4 (57%) of the cases with AT/RT in CNS, the tumor was infratentorial, whereas in 3 (43%) the tumor was supratentorial. The median age at diagnosis was 19 months (16 months- 12,9 years) and the mean survival time was 7.3 (± 5.7) months in patients with tumors located in the supratentorial region. The median age at diagnosis was 17.5 months (3-19 months) and the mean survival time was 23.2 (± 38.5) months in the patients who were followed up for infratentorial tumor.
Gross total excision of 2 patients (28.5%) and partial excision of 5 patients (71.4%) were performed in 7 patients who were diagnosed with AT/RT of the CNS. The mean survival time of patients with gross total excision was 43.5 (± 53.7) months and the mean survival time of patients with residual tumor tissue was 5.8 (± 4.7) months.
The expression of hSNF5 / INI1 protein that has been examined by immunohistochemical methods in the patients with AT/RT of the CNS, soft tissue and renal rhabdoid tumors was evaluated and loss of protein expression was found in 77% of the patients.
All patients with soft tissue and renal rhabdoid tumors showed loss of hSNF5 / INI1 protein expression in tumor tissue.
Protein expression was lost in 4 of the 7 patients diagnosed with AT/RT of the CNS, protein expression was completely preserved in one patient, and focally conserved in one patient. In one patient, there was no data about protein expression.
The median age at diagnosis was 18 months (3-19 months) and the mean survival time was 3.2 (± 2.6) months in patients with loss of hSNF5 / INI1 protein expression.
In the hSNF / INI1 sequence analysis, mutations in tumor tissue were detected in 4 patients. Three of these patients had AT/RT of CNS and one of them had a soft-tissue rabboid tumor.
The median age at diagnosis was 19 months (17-19 months) and the mean survival time was 4 (± 2.6) months for patients with AT/RT of CNS with mutations in the hSNF5 / INI1 gene. The median age at diagnosis was 17 months (3 months-12,9 years) and the mean survival time was 25.7 (± 37.1) months in patients with no mutation in hSNF5 / INI1 gene.
There was a patient who was diagnosed with soft tissue rhabdoid tumor diagnosis and detected a mutation in the hSNF5 / INI1 gene in the tumor. At the time of diagnosis, the age of the patient is 3.5 months and the survival time is 15 months. The disease was remedied when this work was done.
We have not detected mutation in the DNA obtained from the blood of patients who have mutation in the tumor.
Parents of mutation-bearing patients were evaluated using the Sanger sequence analysis for the same mutation. It was shown that the parents of the patients did not carry this mutation.
Conclusıons: Patients with AT / RT were found to have shorter survival times when mutations in the hSNF5 / INI1 gene were detected in the tumor. For this reason, mutation analysis could be recommended to predict prognosis. The future researchs conducted with larger patient groups is needed to determine the role of molecular analysis in the patients with AT/RT. Unlike previous reports, no germline mutation in the hSNF5 / INI1 gene was detected in any of the patients with AT / RT. This result is thought to be related to the limited number of patients that could be analyzed.