Kronik Miyeloid Lösemi hücre hatlarında DNA metiltransferaz-3a'nın fonksiyonunun düzenlenmesinde rol alan moleküllerinincelenmesi
Investigation of molecules involved in the regulationof DNA methyltransferase-3a function in Chronicmyeloid Leukemia cell lines
Yazar: NAZLI DEMİRKIRAN
Danışman: PROF. DR. HAKKI OGÜN SERCAN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Kronik miyeloid lösemi (KML) patogenezinde Wnt sinyal ileti yolağının etkisi
(özellikle aşırı uyarılması) bilinmektedir. Wnt sinyal ileti yolağının baskılanmasında
rol alan sFRP1 geni, promotör hipermetilasyonu ile epigenetik olarak
sessizleştirilmiştir. Bu sessizleşmede temel oyuncu DNMT3A'dır. Buna ek olarak
genlerin ifade düzeylerinin ve dolayısıyla fonksiyonlarının düzenlenmesinde
miRNA'ların da etkileri bilinmektedir.
Araştırmamız, miR-144-3p, miR-105-3p, miR-767-5p miRNA'lar ile EZH2,
TET1, TET2 ve TET3 genlerinin ifade düzeylerindeki değişimlerin model hücre
sistemi ile araştırılmasını kapsamaktadır. Bu doğrultuda gerçek zamanlı polimeraz
zincir reaksiyonu ile DNMT3A ve miRNA ifadeleri karşılaştırılmıştır. Ardından EZH2,
TET1, TET2 ve TET3 genlerinin protein seviyesinde ifadeleri Western Blot analizi ile
gösterilmiştir. Elde edilen veriler istatistiksel olarak değerlendirilmiştir.
sFRP1 ifade eden K562S hücrelerinde protein seviyesinde DNMT3A ve TET1
ifadeleri azalırken EZH2 ve TET2 ifadeleri artmaktadır. Fakat TET3 ifadesinde
anlamlı bir farklılık görülmemiştir. Ayrıca miR-144-3p ve miR-767-5p ifadelerinin
K562S hücrelerinde azaldığı görülmüştür. Bu sonuçlar doğrultusunda DNMT3A
ifadesinin sFRP1 varlığında post-transkripsiyonel olarak BCR/ABL1-TET2-EZH2
ekseninde düzenleniyor olabileceği yönünde veriler elde edilmiştir. TET2'nin, sFRP1
ifadesi ile bağlantılı olarak azalan BCR/ABL1 aktivitesi sonucu hücredeki miktarında
artış olabileceği ve bununla birlikte artan EZH2'nin de aynı zamanda TET2'nin negatif
regülatörü olarak bilinen CXXC4'ü hedef alarak bu artışa katkı sağladığı
öngörülmektedir. Ayrıca miR-144-3p ve miR-767-5p'nin sırasıyla EZH2 ve TET2
ifadesinin kontrolünde potansiyel regülatörler olabileceği gösterilmiştir.

Abstract:
The effect (especially overstimulation) of Wnt signaling pathway is known in
the pathogenesis of chronic myeloid leukemia (CML). The sFRP1 gene, which is
involved in the suppression of the Wnt signal transduction pathway, is epigenetically
silenced by promoter hypermethylation. DNMT3A is the key player in this
suppression. In addition, the effects of miRNAs in the regulation of the expression
levels of genes and their functions are undeniable facts.
Our research includes investigating the changes in the expression levels of
miR-144-3p, miR-105-3p, miR-767-5p miRNAs and EZH2, TET1, TET2 and TET3
genes with a model cell system. DNMT3A and miRNA expression changes were
compared via real-time polymerase chain reaction. Then, expression of EZH2, TET1,
TET2 and TET3 genes at protein level was demonstrated by Western blot analysis. The
obtained data were statistically evaluated.
In sFRP1 expressing K562S cells, DNMT3A and TET1 expression at the
protein level decreases while EZH2 and TET2 expressions are increased. However, no
significant difference was observed in TET3 expression. In addition, miR-144-3p and
miR-767-5p expressions were decreased in K562S cells. In line with these results, data
were obtained that DNMT3A expression may be regulated post-transcriptionally in the
BCR/ABL1-TET2-EZH2 axis in the presence of sFRP1. It is predicted that there may
be an increase in the amount of TET2 in the cell as a result of decreased BCR/ABL1
activity associated with sFRP1 expression, and that increased EZH2 expression also
contributes to this increase by targeting CXXC4, which is also known as the negative
regulator of TET2. It has also been shown that miR-144-3p and miR-767-5p may be
potential regulators of EZH2 and TET2 expression, respectively.