Orak hücre anemili olgularda miRNA ekspresyon düzeylerinin RT-PCR ile belirlenmesi
Determination of miRNA expression levels on sickle cell anemia  cases by RT-PCR
Yazar: FİGEN GÜZELGÜL
Danışman: PROF. DR. SAKİNE KIYMET AKSOY
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Hematoloji = Hematology
Dizin: Anemi-orak hücreli = Anemia-sickle cell ; Hemoglobinopatiler = Hemoglobinopathies ; Mikro RNA = Micro RNA ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prognoz = Prognosis

Özet:
MikroRNA(miRNA)'lar 18-25 nükleotit uzunluğunda olup mRNA'yı parçalayarak ya da translasyonu engelleyerek gen ekspresyonunu düzenleyen kısa kodlanmayan RNA'lardır. Günümüze kadar 1,872 tipi belirlenen miRNA'lar bir çok hastalığın tanısında ve prognozunda biyobelirteç olarak kullanılmaya başlanmıştır. Yapılan çalışmalarda miRNA'ların hematopoezin düzenlenmesinde ve hematopoetik hücre farklılaşmasında görev aldıkları belirlenmiştir.
Anormal hemoglobinler dünyada en sık rastlanılan kalıtsal kan hastalıklarıdır. Hemoglobin A'nın (Hb A) β globin zincirinin 6. amino asidi  glutamik asitin valinle yer değiştirmesiyle orak hücre anemisi (Hb S) meydana gelir. Bazı orak hücre anemili olgularda Hb F'in değerinin arttığı ve buna bağlı olarak da klinik seyrin daha ılımlı olduğu gözlenmiştir. 
Çalışmamızda Hb F düzeyleri yüksek ve normal olan orak hücre anemili ile normal olguların lökosit miRNA'larının ekspresyon düzeyleri RT-PCR yöntemiyle belirlenmiştir. İki grup arasındaki ekspresyon seviyelerinin farklılıkları Mann Whitney U testine göre değerlendirilmiş ve p<0,05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Lökosit miRNA'larının ekspresyon seviyelerinin duyarlılıkları, özgüllükleri ve AUC( Area Under Curve)'leri ROC (Receiver Operator Characteristic) analizi ile belirlenmiştir.
Çalışmamızda Hb SS'lilerde let-7a, let-7c, let-7d, let-7f, miR-144, miR-320a, miR-320b ve miR-451a tiplerinin daha yüksek düzeyde eksprese edildiği, Hb AA'lılarda ise miR-29a ve miR-141 tiplerinin daha yüksek düzeyde eksprese edildiği gözlenmiştir. Hb SS'lilerde ve Hb AA'lılarda let 7e ve miR-181a tiplerinin ekspresyon düzeylerinin istatistiksel açıdan anlamlı farklılığının bulunmadığı ve miR-96'nın lökosit hücresinde eksprese edilmediği belirlenmiştir. Ayrıca Hb F%<3 olan Hb SS'li olgularda Hb F %>9 olan Hb SS'li  olgulara göre miR-144'ün ekspresyon düzeyinin istatistiksel olarak anlamlı derecede arttığı bulunmuştur. ROC analizine göre miR-451a'nın orak hücre anemili olguların prognozunda kullanılabileceği düşünülmüştür.

Abstract:
MicroRNAs are short non-coding RNAs of 18-25 nucleotides in length that regulate gene expression via mRNA degradation or translational inhibition.1,872 human miRNA types have been identified so far and they have used as diagnosis and prognosis biomarker in many human diseases. It was found in studies that miRNAs take part in regulating hematopoiesis and hematopoietic cell differentiation. 
Abnormal hemoglobins  are the most common hereditary blood disorder in the World. Sickle cell trait results in substitution of glutamic acid by valine at amino acid position 6 in β globin chains of Hb A. It is observed in some cases with sickle cell anemia that the level of Hb F has increased and the clinical course of these cases found to be milder, accordingly.
In our study, the expression levels of leukocyte miRNAs of subjects with sickle cell anemia having high and normal HbF levels and healthy subjects were  determined by RT-PCR methodology. Mann-Whitney U test were used to compare miRNA expression levels between groups and p<0.05 value were considered statistically significant. Sensitivity, specificity and AUC for leukocyte miRNAs expression levels were determined using ROC analysis.
In this study, while let7 a, let7c, let7d, let7f, miR-144, miR-320a, miR-320b and miR-451a were observed to be over expressed in sickle cell anemia compared to healthy subjects, the opposite is true for miR-29a and miR-141 expressions. We determined that miR-96 is not expressed in leukocyte cells and miR-181a and let7e expression levels are not significantly different between two groups. Furthermore, statistically significant increase in the expression levels of miR-144 was observed in the sickle cell anemia subjects with Hb F levels <3% compared to Hb F levels >9%. According to ROC curve analysis elevated miR-451a expression may be considered to have prognostic value for sickle cell anemia.