Rubus idaeus L. (ahududu) ve Punica granatum L. (nar) meyvelerinden izole edilen maya türlerinin moleküler düzeyde tanımlanması ve hücre dışı enzim aktivitelerinin belirlenmesi
Molecular identification of yeast species that isolated from Punica granatum L. (pomegranate) and Rubus idaeus L. (raspberry) and determination of extracell ular enzyme activities
Yazar: MELİH GÜNAY
Danışman: YRD. DOÇ. TÜLAY TURGUT GENÇ
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Maya türlerinin tanımlanmasında kullanılan geleneksel tanımlama yöntemleri ve kit sistemlerinin yanında moleküler tanımlama yöntemleri de kullanılmaktadır. Araştırma kapsamında nar meyvesinin yüzey maya florası ile ahududu meyvesinin barındırdığı maya florası maya suşlarının morfolojik özellikleri, API ID32C kit sistemi ve moleküler identifikasyon yöntemleri kullanılarak belirlenmesi ve endüstriyel öneme sahip enzim üretebilen maya türlerinin tespit edilmesi planlandı. Maya suşlarının genomik DNA izolasyonlarının ardından ITS1-5.8S rDNA-ITS2 bölgesi ITS1 ve ITS4 evrensel primerleri kullanılarak PCR yöntemiyle çoğaltıldı. PCR ürünlerine göre oluşturulan gruplara ait maya suşlarının ITS1-5.8S rDNA-ITS2 bölgeleri beş farklı restriksiyon enzimi (HinfI, HaeIII, MspI, AluI ve HhaI) kullanılarak kesimleri yapıldı. PCR grupları içinde farklılık gösteren maya suşları seçilerek DNA dizi analizi yapıldı ve BLAST programı kullanılarak maya türleri tanımlandı. Tanımlanan türlerin hücre dışı enzim aktiviteleri API-ZYM test sistemi kullanarak belirlendi. Çalışmamızın sonucunda, maya suşlarının DNA dizi analizlerine göre nar meyvesi yüzeyinden izole edilen maya suşları Metschnikowia pulcherrima, Cryptococcus bestiolae, Aureobasidium pullulans, Candida zeylanoides, Hanseniaspora uvarum, Kluyveromyces lactis ve Metschnikowia sp. türleriyle, ahududu meyvesinden izole edilen maya suşları ise M. pulcherrima, A. pullulans, Candida sp., H. uvarum ve Metschnikowia sp. türleriyle yüksek homoloji gösterdi. API-ZYM test sistemi sonucuna göre nar meyvesinden izole edilen maya türlerinin alkalin fosfataz, lösin arilamidaz, esteraz (C 4), esteraz lipaz (C 8), asit fosfataz, naftol-AS-BI-fosfohidrolaz enzimlerinin; ahududu meyvesinden izole edilen maya türlerinde ise Lösin arilamidaz ve β- Glukosidaz enzimlerinin yüksek aktivite gösterdiği belirlendi.

Abstract:
Moleculer identification methods beside the conventional identification methods and kit systems using for identification of yeast species have also been using recently. As a part of research, determination of yeast flora on pomegranate surface and raspberry fruits were planned using morphologic features of yeast strains, API ID32C kit system and molecular identification methods and determination of yeast species that can produce industrial importance enzymes were aimed. After genomic DNA isolation from yeast strains, ITS1-5.8S rDNA-ITS2 gene regions were amplified by PCR method using ITS1 and ITS4 universal primer. The groups obtained from the size of PCR products that belongs to yeast strains were cut by using restriction enzymes (HinfI, HaeIII, MspI, AluI ve HhaI). The yeast strains which differ in PCR groups were selected as restriction profile and DNA sequence analysis were carried out and yeast strains were identified using DNA sequences by BLAST program. Extracellular enzyme activities were determined of identified yeast species by API-ZYM test system. Consequence of my study, according to DNA sequence analysis of the pomegranate yeast strains showed high homology with Metschnikowia pulcherrima, Cryptococcus bestiolae, Aureobasidium pullulans, Candida zeylanoides, Hanseniaspora uvarum, Kluyveromyces lactis and Metschnikowia sp. species. Raspberry yeast strains showed high homology M. pulcherrima, A. pullulans, Candida sp. H. uvarum ve Metschnikowia sp. species. According to API-ZYM results, high enzyme activity were determined for pomegranate in alkaline phosphatase, leucine arylamidase, esterase (C 4), esterase lipase (C 8), acid phosphatase, naftol-AS-BI-fosfohidrolase enzymes, were determinated for raspberry yeast strains in leucine arylamydase and β- glukosidase enzymes.