Türkiye Pyrus L. (rosaceae) cinsinin taksonomik revizyonu ve moleküler filogenisi
A taxonomic revision and molecular phylogeny of the genus Pyrus L. (rosaceae) in Turkey
Yazar: ZÜBEYDE UĞURLU AYDIN
Danışman: PROF. DR. ALİ ASLAN DÖNMEZ
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu tez çalışması Türkiye'de yetişen Pyrus L. cinsine ait türlerin taksonomik revizyonunu ve moleküler filogenisini içermektedir. Bu çalışmada kullanılan örnekler Türkiye, Gürcistan ve Azerbaycan'dan toplanan bitkiler ile yurtiçi ve yutdışındaki herbaryumlarda incelenen örneklerden oluşmaktadır. Cinsin  taksonomisi morfoloji, numerik taksonomi, yaprak ve meyve anatomisi ve moleküler çalışmalarla elde edilen veriler ışığında yeniden düzenlenmiştir. 
Tüm örnekler morfolojik olarak incelenmiş, tohum ve polen morfolojisi ışık mikroskobu ve SEM altında ayrıntılı olarak çalışılmıştır. Belirlenen tüm morfolojik karakterler sayısallaştırılarak analiz edilmiştir. 
Moleküler filogeni çalışmasında, kloroplasttan trnH-rpl2, psbA-trnH, rpl20-rps12 ara bölgeleri ile çekirdekteki LFY2intron2 bölgelerinin baz dizilimi kullanılmıştır. Dizilim verileri Maximum Likelihood ve Bayesian analiz yöntemleriyle değerlendirilmiştir.
P. elaeagrifolia ve yakın taksonlarının akrabalık ilişkileri ise son zamanlarda geliştirilen ve Yeni Nesil Dizileme Yöntemleri'nden biri olan ddRADseq yöntemiyle araştırılmıştır. 
Bu revizyon çalışmasıyla Türkiye'deki Pyrus cinsi, sect. Pyrus ve sect. Pashia altında 16 tür (21 takson) olarak kabul edilmiştir. Pyrus demetrii, P. georgica, P. pyraster ve P. pseudosyrica'nın Türkiye için yeni kayıt olduğu belirlenmiştir. Bunlardan P. georgica ve P. demetrii için lektotip seçilmiş, P. pseudosyriaca türü yeni kombinasyon ve statü değişikliği ile P. syriaca altında varyete olarak kabul edilmiştir. P. hakkiarica, P. yaltirikii, P. salicifolia var. serrulata, P. amygdaliformis var. lanceolata ve P. balansae taksonları sinonim edilmiştir. Daha önceden P. elaeagrifolia'nın alttürü yapılan P. kotschyana yeniden tür seviyesine çıkarılmıştır. P. elaeagrifolia'nın sinonimi olarak kabul edilen P. taochia için yeni kombinasyon ve statü değişikliği yapılarak bu türe alttür olarak bağlanmıştır. P. turcicus morfolojik ve ddRADseq verilerine göre yeni tür olarak tanımlanmıştır.
Türkiye'deki Pyrus  türleri için teşhis anahtarı hazırlanmış, türlerin ayrıntılı betimleri yapılmıştır. Ayrıca taksonların arazi fotoğrafları, Türkiye yayılış haritaları, tehlike kategorileri, habitat ve fenoloji bilgileri ile eğer varsa yerel isimleri verilmiştir.

Abstract:
This thesis includes taxonomic revision and molecular phylogeny of plants growing in Turkey belongs to genus Pyrus L. Plant collections come from field trips in mainly Turkey, Georgia and Azerbaijan along with herbarium samples in related herbaria. Taxonomy of the genus is a re-circumscribed in lights of morphology, numerical taxonomy, anatomy and molecular data.
All samples are examined morphologically, particularly seed and pollen morphology are studied in detail using light and SEM microscopy. All morphological characters are evaluated numerical taxonomy methods. 
trnH-rpl2, psbA-trnH, rpl20-rps12 gene regions come from chloroplast and LFY2intron2 from nuclear region are used for molecular phylogeny studies. Maximum Likelihood and Bayesian inference are runned for DNA data. Relationship of Pyrus elaeagrifolia and related taxa are searched using ddRADseq method which is one of newly develop methods of Next generation Sequencing. 
In the revision of the genus leads to the recognition of 16 species (21 taxa) in two section: sect. Pashia ve sect. Pyrus. Pyrus demetrii, P. georgica, P. pyraster and P. pseudosyrica are idetified as a new record for Flora of Turkey. Among them P. georgica ve P. demetrii are lectotipified properly and P. pseudosyriaca is accepted under the variety of P. syriaca with new combination and status. P. hakkiarica, P. yaltirikii, P. salicifolia var. serrulata, P. amygdaliformis var. lanceolata and P. balansae are proposed as a new synonym. Pyrus kotschyana which was cited under P. elaeagrifolia formerly, is rised up to species level again. P. taochia is accepted as a new subspecies of P. elaeagrifolia with new combination and status. A new species of Pyrus is described based on morphology and ddRADseq data.
Identification key is present for the Turkish Pyrus taxa, and morphological descriptions are avaliable for all taxa. This work also includes pictures, threat category, habitat and phenology information and vernacular names –if available- of taxa.