İncir (Ficus carica L.) genomunda sekans temelli SSR (basit dizi tekrarı) markörlerinin geliştirilmesi
Development of sequence based SSR (Simple sequence repeat) markers in fig (Ficus carica L.) genome
Yazar: ŞEYMA NUR ERDEĞER
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ TEVFİK UNCU
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
İncir, Ficus carica L. (2n = 2x = 26), dünya çapında tüketilen Moraceae ailesine ait bir meyvedir. İncir önemli bir tarım ürünüdür ve ekonomik değeri yüksektir. FAOSTAT'ın 2017 verilerine göre, Türkiye 305.689 tonla dünyanın en çok incir üreten ülkesidir. Bu çalışmanın amacı incir genomuna özgü ko-dominant, yeni ve çok sayıda SSR markörü geliştirmektir. Bu markörler kullanılarak Türk incir çeşitlerinin moleküler karakterizasyonu için bir veri kaynağı oluşturulabilir. Bu markörler ayrıca markör destekli ıslah, tohum sertifikasyonu, incir türlerinin korunması ve daha birçok moleküler çalışmada kullanılabilir.

Bu çalışmada Ficus carica L. genomu (BDEM00000000), NCBI veri tabanından indirilmiş ve GMATA programı kullanılarak incirde SSR markörü geliştirmek amaçlanmıştır. SSR bölgeleri araştırılırken şu parametreler kullanılmıştır; minimum tekrar sayısı:6, minimum-maksimum boy:3 nükleotid. SSR bölgelerinin sayısı 11287 olarak bulunmuştur. Bu bölgelerde en çok tekrar eden motifler AAT ve TTA ' dır. SSR bölgelerinden 9223 tane eşsiz SSR markörü geliştirilmiştir. Bu markör setleri ile e-PCR yapılmıştır. Ayrıca markörleri test etmek amacıyla kapiler elektroforez yapılmış ve 10 markörden 7 tanesi polimorfik bant üretmiştir. Bu markörlerin PIC değeri 0.47 ve markör başına polimorfik alel sayısı da 3.71 olarak bulunmuştur.

İncirde bulunan markörler Blast2GO programı kullanılarak Moraceae ailesine ait protein sekanslarıyla blast edilmiş 3333 markör bulunmuştur. 1824 markör de anotasyon edilmiştir.

Abstract:
Fig, Ficus carica L. (2n = 2x = 26), is a worldwide consumed fruit that belongs to the Moraceae family. Fig is an important crop and has high economic value. According to FAOSTAT data in 2017, Turkey is most fig producer with 305,689 tonnes in the world. The aim of this study is to find co-dominant, new and a lot of SSR markers specific to the fig genome. Using markers can became a data source for molecular characterization of Turkish fig varieties. They can also be used in studies such as marker assisted selection, seedling certification, fig varieties protect and a lot of other molecular studies.

In this study, Ficus carica L. genome (BDEM00000000) were retrieved from NCBI database and used GMATA software to development of SSR markers in fig. For mining markers were used parameters; minimum repeat time: 6 and min.-max. length: 3. The number of SSRs found is 11287. The most repeated motifs are AAT and TTA. Developed 9223 unique SSR markers from this SSR regions. And also e-PCR was made with designed markers. And also capillary electrophoresis was performed to test the markers and 7 from 10 markers produced polymorphic bands. PIC value is 0.47 for these markers and the number of polymorphic alleles per marker was 3.71.

Blasted markers of fig Ficus carica L. with protein sequences of Moraceae family using Blast2GO software and finding 3333 markers. And also annotated 1824 markers.