İşitme kaybına neden olan bazı genlerin moleküler düzeyde araştırılması
Investigation of some genes causing hearing loss at the molecular level
Yazar: ZEKİYE BAKKALOĞLU
Danışman: PROF. DR. REYHAN ÖNER
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics
Dizin: Sağırlık = Deafness

Özet:
İşitme kaybı, çok sayıda genin moleküler patolojilerine bağlı olarak ortaya çıktığı düşünülen karmaşık bir hastalıktır. Genetik kökenli işitme kayıplı vakaların çoğu sendromik değildir ve sendromik olmayan vakaların büyük bir çoğunluğu otozomal resesif kalıtım göstermektedir.Bu tez çalışmasının amacı, Türk toplumundaki otozomal resesif sendromik olmayan işitme kaybı ile ilişkili olduğu bilinen GJB2, CLDN14 ve OTOF genlerindeki moleküler yapıları araştırmaktır. Bu amaçla, aralarında akrabalık ilişkisi bulunmayan, otozomal resesif sendromik olmayan işitme kayıplı 110 Türk hasta incelendi. GJB2 geninin kodlanan ve kodlanmayan ekzonlarının, CLDN14 geninin kodlanan tek ekzonu olan 3. ekzonunun ve GJB2, CLDN14 ve OTOF genlerinin promotor bölgelerinin DNA dizi analizleri yapılarak bu bölgelerdeki nükleotit değişiklikleri saptandı. GJB2 geninde altı farklı mutasyon ve iki polimorfizm (35delG, IVS1+1G>A, 235delC, Val95Met, delGlu120, Arg184Pro, Val27I,Val153Ile) bulundu. En yaygın mutasyon %17.27 allel frekansı ile 35delG iken ikinci en yaygın mutasyon %5.45 allel frekansı ile IVS1+1G>A mutasyonunun olduğu görüldü. CLDN14 geninin kodlayıcı ekzonunda daha önce tanımlanan polimorfizmler (Thr4Met, Thr21Thr, Arg81Arg, Thr229Thr) dışında bir mutasyon bulunamadı. Her üç genin promotor bölgeleri mutasyon açısından tarandığında ise daha önce tanımlanan polimorfizmler saptandı. Sağırlıkla çalışılan genlerde hem Avrupa hem de Asya'da görülen nükleotit değişikliklerinin görülmesi Türk'lerin sağırlık gen havuzunun heterojenliğini göstermektedir. Elde edilen bulgular, diğer toplumlar kadar olmasa da Türk toplumunda da GJB2 geni mutasyonlarının (özellikle 35delG) sendromik olmayan işitme kayıplı hastalarda yaygın olduğunu (%27) göstermiştir. Diğer yandan, %70'den fazla çözümlenememiş hastaların olması, Türk toplumundaki hastalarda farklı genetik faktörlerin olabileceğini ortaya koymaktadır.

Abstract:
Hereditary hearing loss is a complex disease that is thought to be related with the molecular pathologies of a number of genes. Most of the cases of genetic hearing loss are non-syndromic and of these most are autosomal recessive.The purpose of this study is, to investigate the molecular structures of the genes GJB2, CLDN14, and OTOF that are known to cause autosomal recessive non-syndromic hearing loss in Turkish population . For this purpose, 110 unrelated Turkish patients with autosomal non-syndromic hearing loss were screened. The coding and non-coding exons of GJB2 gene, the third exon, (the only coding exon) of CLDN14 gene and the promotor regions of GJB2, CLDN14, and OTOF genes were analysed by DNA sequencing and the nucleotide variations were detected. In GJB2 gene, six different mutations and two polymorphisms (35delG, IVS1+1G>A, 235delC, Val95Met, delGlu120, Arg184Pro, Val27I,Val153Ile) were found. The most common mutation was found 35delG with 17.27% and it was followed by IVS1+1G>A mutation with 5.45%. No new mutation was found in the coding exon of CLDN14 gene other than the previously defined polymorphisms (Thr4Met, Thr21Thr, Arg81Arg, Thr229Thr). When the promotor regions were screened for each gene, only previously defined polymorphisms were detected. Finding the nucleotide substitutions that are found both in European and Asian populations in the studied genes, indicates the heterogeneity of deafness gene pool in Turkish population. Even if it is not as common as other populations, GJB2 mutations are also common (27%) among the patients with non-syndromic hearing loss in Turkish population. On the other hand, presence of more than 70% of unsolved patients shows that there should be other genetic factors of the disease in patients of Turkish population.