Multipl skleroz hastalarında PADI2 gen polimorfik varyantlarının analizi
Analysis of PADI2 gene polymorphic variants in multiple sclerosis patients
Yazar: AYŞEGÜL KAYA
Danışman: DOÇ. DR. MALİK EJDER YILDIRIM
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Multiple skleroz (MS) sıklıkla genç erişkinlikte görülen merkezi sinir sisteminin  kronik, inflamatuar, demiyelinizan ve nörodejeneratif hastalığıdır. MS etiyolojisi net bir şekilde aydınlatılamamış olsada genetik ve çevresel faktörlerin kompleks etkileşimi sonucu ortaya çıktığı düşünülmektedir. 
PAD2 temel bir miyelin bileşeni olan miyelin bazik proteini (MBP) sitrüline etmektedir. MBP sitrülinasyonunun, demiyelinizasyona ve immun sistemin tetiklenmesine yol açarak MS patogenezinde rol oynadığı düşünülmektedir. Biz de bu çalışmamızda MS hastalarında PAD2'yi kodlayan PADI2 gen varyantlarını analiz ederek bu varyantların MS ile ilişkisini ortaya koymayı amaçladık.
Çalışmamıza MS tanılı 100 hasta ve 100 sağlıklı birey dahil edildi. Hastaların; EDSS skorları, klinik grup bilgileri ile cinsiyet ve yaşları kaydedildi. Hasta ve kontrol grubundan alınan periferik kan örneklerinden DNA izolasyonu yapıldı ve real time-PCR yöntemi ile PADI2 geni rs2076615, rs2057094, rs2235926 polimorfizmleri analiz edildi. 
Çalışmamız sonucunda, hasta ve kontroller arasında rs2076615 polimorfizminin genotip dağılımı ve allel frekansları açısından farklılıkları istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur. (p=0,004, p=0,001). Sonuçlarımıza göre rs2076615 polimorfizmi C alleli ve CC genotipi MS açısından risk oluşturmaktadır. rs2057094 polimorfizminde hasta ve kontrol grubu arasında genotip dağılımı açısından istatiksel farklılık anlamlı saptanmıştır (p=0,001). rs2057094 polimorfizmi CC+CT genotipleri MS için risk oluşturmaktadır. Allel frekansları dağılımında ise anlamlı bir farklılık görülmedi (p>0,05). rs2235926 polimorfizminin ise genotip dağılımları ve allel frekansları MS ile anlamlı bir ilişki göstermedi (p>0,05). Ancak, otozomal dominant (OD) kalıtım modeline göre hasta ve kontrol grupları kıyaslandığında hastalarda TC+CC oranı kontrollere göre anlamlı ölçüde yüksekti (p=0,046). Bu bağlamda, OD kalıtım modeli temelinde  rs2235926 polimorfizmi TC ve CC genotiplerine sahip kişilerin MS açısından bir risk taşıdığı söylenebilir.
Sonuçlarımıza göre PADI2 geni rs2235926, rs2057094, rs2076615 polimorfizmleri ile MS arasında anlamlı bir ilişki tespit edildi. Verilerimiz bu varyantların ilgili genin ekspresyonunu pozitif yönde etkileyerek MS için risk faktörü olduğunu düşündürmektedir. Farklı popülasyonlarda yapılacak daha kapsamlı çalışmalar PADI2 gen varyantlarının MS ile ilişkisinin doğrulanması ve bu varyantların PAD2 protein düzeyine etkisi ve olası gen terapisi açısından faydalı olacaktır.

Abstract:
Multiple sclerosis (MS)  is a chronic, inflammatory, demyelinating and neurodegenerative disease of the central nervous system that is often seen in young adulthood. Although the etiology of MS has not been clearly elucidated, it is thought to occur as a result of the complex interaction of genetic and environmental factors.
PAD2 citrullinates myelin basic protein (MBP), an essential component of myelin. MBP citrullination is thought to play a role in the pathogenesis of MS by causing demyelination and triggering the immune system. In this study, we aimed to analyzethe PADI2 gene variantsthatencode PAD2 in MS patients and to reveal the relationship of these variants with MS. 100 patients diagnosed with MS and 100 healthy individuals were included in our study. EDSS scores, clinical group information, gender and age of the patients were recorded. DNA was isolated from peripheral blood samples taken from the patient and control groups, and rs2076615, rs2057094, rs2235926 polymorphisms of PADI2 gene were analyzed by real time-PCR method.
As a result of our study, the differences between patients and controls in terms of genotype distribution and allele frequencies for rs2076615 polymorphism were found to be statistically significant (p=0,004, p=0,001). According to our results, rs2076615 polymorphism C allele and CC genotype have a risk for MS. A significant difference was detected in the rs2057094 polymorphism between the patient and control groups in terms of genotype distribution (p=0,001). rs2057094 polymorphism CC+CT genotypes poses a risk for MS. There was no significant difference in the distribution of allele frequencies (p>0.05). Genotype distributions and allele frequencies of rs2235926 polymorphism did not show a significant relationship with MS (p>0.05). However, when the patient and control groups were compared according to the autosomal dominant (AD) inheritance model, the TC+CC rate in patients was significantly higher than in controls (p = 0.046). In this context, on the basis of AD inheritance model, it can be said that people with the TC and CC genotypes of the rs2235926 polymorphismhave a risk for MS.
According to our results, a significant relationship was detected between PADI2 gene rs2235926, rs2057094, rs2076615 polymorphisms and MS. Our data suggest that these variants are risk factors for MS by affecting the expression of the relevant gene positively. More comprehensive studies in different populations will be useful to confirm the relationship of PADI2 gene variants with MS and in terms of the effect of these variants on PAD2 protein levels and possible gene therapy.