Maya mantarlarının hızlı tanımlanmasında lizis filtrasyon sonrası malditof-MS yönteminin kullanımı
The use of malditof-ms method after lysis filtration in quick identification of yeasts
Yazar: SAMİ EREN
Danışman: PROF. DR. DİLEK YEŞİM METİN
Ege Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Desorpsiyon = Desorption ; Filtreleme = Filtration ; Kandida = Candida ; Kandida = Candida ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Mantarlar = Fungi ; Mayalar = Yeasts

Özet:
AMAÇ: Mantar enfeksiyonları özellikle immun yetmezliklerde ve diğer altta yatan hastalığı olanlarda giderek artmaktadır. Dünyada her yıl yüz binlerce insan yüksek mortalite ve morbiditesi nedeniyle invazif kandidozdan ciddi bir şekilde etkilenmektedir. Bu nedenle mantar enfeksiyonlarında erken tanı çok önemlidir ve mortalite oranını düşürmek için kısa sürede ve güvenilir sonuç veren yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada, Candida türlerinin daha hızlı tanımlanabilmesi için lizis filtrasyon sonrası MALDI TOF MS (LF-MS) yönteminin uygunluğu araştırılmıştır.
GEREÇ VE YÖNTEM: Bu çalışmada, Haziran 2017-Kasım 2018 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen pozitif kan kültürlerinden izole edilen 100 Candida suşu, Dalmau plak, MALDI TOF yöntemi ve LF- MS yöntemi ile çalışılmıştır. Lizis filtrasyon sonrası MALDI TOF MS tanımlama sonuçları, klasik MALDI TOF MS yönteminden elde edilen sonuçlarla karşılaştırılmış ve istatistikler, SPSS v. 25.0 kullanılarak, Cohen'in Kappa katsayısı analizi ile gerçekleştirilmiştir.
BULGULAR: Çalışmamızda incelediğimiz 100 adet Candida türü konvansiyonel ve MALDI TOF tanımlama yöntemlerine göre; 37 C. albicans, 23 C. parapsilosis, 17 C. tropicalis, dokuz C. glabrata, altı C. kefyr, üç C. guilliermondii, üç C. dubliniensis, iki C. krusei olarak identifiye edilmiştir. Lizis filtrasyon sonrası MALDI TOF MS yönteminde ise identifikasyon sonuçları; 26 C. albicans, dokuz C. parapsilosis, 13 C. tropicalis, dokuz C. glabrata, iki C. kefyr, üç C. dubliniensis, iki C. krusei olarak belirlenmiştir. MALDİ-TOF yöntemi ve Dalmau plak ile LF- MS yöntemi 64 kökende uyumlu bulunmuştur. Tanımlanamamanın yanlış identifikasyon nedeniyle değil, spektrum yetersizliği nedeniyle olduğu gözlenmiştir.  
SONUÇ: "Spektrum yetersizliği" olarak tanımlama dışı kalan suşlar, aslında veri tabanında yer alan türlerden oluşmaktadır. Altmış dört Candida türünün standart yöntemlerle %100 uyumlu olacak şekilde tanımlama yaptığı ve bu yöntemin subkültür gerektiren MALDI-TOF MS yöntemine göre en az 48 saat, Dalmau plak yöntemine göre de en az 72 saat avantaj sağladığı görülmüştür.

Abstract:
OBJECTIVE: Fungal infections are gradually increasing especially in immunodeficiencies and other underlying diseases. Every year, hundreds of thousands of people are seriously affected by invasive candidiasis due to high mortality and morbidity. For this reason, early diagnosis is very important in fungal infections and there is a need for in a short span of time and reliable methods in order to decrease the mortality rate. In this study, the appropriateness of MALDI TOF MS (LC-MS) method after lysis filtration was investigated in order to identify Candida species more quickly.
MATERIALS AND METHODS: In this study, 100 Candida strains isolated from positive blood cultures sent to Ege University Faculty of Medicine Microbiology Laboratory between June 2017 and November 2018 were studied by Dalmau plaque, MALDI TOF method and LF-MS method. The MALDI TOF MS identification results after lysis filtration were compared with the results obtained from the classical MALDI TOF MS method and the statistics were analyzed with SPSS v.25,0 Cohen's Kappa. 
RESULTS: In our study, 100 Candida species were examined according to conventional and MALDI TOF methods; 37 C. albicans, 23 C. parapsilosis, 17 C. tropicalis, 9 C. glabrata, 6 C. kefyr, 3 C. guilliermondii, 3 C. dubliniensis, 2 C. krusei. LF-MS method in the identification results; 26 C. albicans, 9 C. parapsilosis, 13 C. tropicalis, 9 C. glabrata, 2 C. kefyr, 3 C. dubliniensis, 2 C. krusei. MALDI-TOF method, Dalmau plate and LF-MS method were found to be compatible with 64 origins. It was observed that incompatibility was due to lack of spectrum instead of misidentification.
CONCLUSION: The offences which are not defined as  "spectrum deficiency "are in fact the species in the database. Sixty-four Candida species were identified to be 100% compatible with standard methods and this method was found to be advantageous for at least 48 hours according to the MALDI-TOF MS method requiring subculture and at least 72 hours according to Dalmau plaque method.