Stresle akvite edilen protein kinazların EST3 geninde ribozomal frameshift hızına etkilerinin analizi
Analysis of the effects of stress activated protein kinases on the ribosomal frameshift rate in EST3 gene
Yazar: SÜEDA SARICA
Danışman: PROF. DR. SEZAİ TÜRKEL
Bursa Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Saccharomyces cerevisiae =   ; Telomeraz = Telomerase

Özet:
Telomerler kromozom uçlarında tekrarlı DNA dizileri olup genom bütünlüğünün korunması için gereklidirler. Telomerik DNA bölgeleri normal replikasyon mekanizması ile çoğaltılmaz. Telomer replikasyonları özel bir enzim kompleksi olan "Telomeraz" enzimi ile sağlanır. S. cerevisiae'da telomeraz kompleksi Est1p, Est2p ve Est3p peptidleri ve özelleşmiş bir çeşit kalıp RNA olan TLC1 RNA'sından oluşur. Çeşitli stress faktörlerinin telomeraz enzim aktivitesini ve telomer uzunluklarını etkilediği bilinmektedir. Stres oluşturan ajanlar bütün canlılarda hücre içi dengeyi bozmaktadır. Bu çalışmada çeşitli stres faktörlerinin EST3 mRNAsında oluşan +1 PRF oranına etkileri incelenmiştir. Gcn2p kinazını aktive eden amino asit açlığının EST3'de PRF oranını yaklaşık 2 kat aktive ettiği ve bu aktivasyonun da Gcn2p kompleksine bağlı olduğu gösterilmiştir. Bu aktivasyonda Gcn kompleksinin alt birimleri olan Gcn1p ve Gcn20p'nin daha etkin olduğu görülmektedir. Çalışmamızda Hog1p kinaz ile etki eden ozmotik stresin de EST3'de PRF'i yaklaşık 2 kat aktive etiği gösterilmiştir. S. cerevisiae hücrelerine ozmotik stres uygulanması ile EST3'de PRF'in 2 kat artış gösterdiği ve bu aktivasyonunda tamamen hücredeki Hog1p kinaza bağlı olduğu bulunmuştur. Bu sonuçlara ek olarak araştırmalarımız glukoz kısıtlamasının da EST3'de PRF'i önemli oranda kısıtladığını göstermiştir. Maya hücrelerinin fermente edilemeyen karbon kaynağı olan gliserol laktat ortamında üretilmesi ile EST3'de PRF'in 5-6 kat azaldığı görülmüştür. Sonuçlarımız glukoz kısıtlamasının EST3'de PRF oranını Snf1p kinaz ile kontrol ettiğini göstermiştir. Bu araştırmada elde edilen sonuçlar EST3'de PRF oranı veya etkinliğinin S. cerevisiae'da etkin bir şekilde SAPK'lar ile kontrol edildiğini göstermektedir.

Abstract:
Telomeres are repeated DNA sequences at the end of chromosomes and are required for protection of genome integrity. They cannot be replicated by normal replication mechanisms. Telomere replications are carried out by specialized enzyme complex called "Telomerase". In S. cerevisiae, telomerase complex consists of Est1p, Est2p and Est3p peptides and special template RNA called TLC1. It is well known that various stress factors affects telomere length and telomerase activities. In this study, the effects of various stress inducing conditions on the +1 PRF in EST3 mRNA was investigated. Our results indicate that amino acid starvation that activates Gcn2p kinase, activates PRF rate in EST3 more than 2-fold in Gcn2p dependent manner. It appears that Gcn2 kinase activity is partially dependent on other subunits Gcn1p and Gcn20p in the regulation of EST3 PRF rate in stress inducing conditions. Moreover, results of this study indicate that osmotic stress which is triggered by high salt and exerted through Hog1p kinase also affects PRF rate in EST3. Application of osmotic stress on S. cerevisiae cells lead to 2-fold increase in the PRF rate of EST3, and this activation was completely dependent on the presence of functional Hog1p. In addition, our results indicates that glucose limitation severely restricts PRF rate in EST3. Growth of yeast cells in non-fermentable carbon sources such as glycerol lactate, resulted with 5 to 6-fold decrease in the PRF efficiency in EST3. We found that glucose limitations exerts its effects on EST3 PRF through Snf1p kinase. Results of this thesis research clearly indicated that PRF rate or PRF efficiency in EST3 mRNA is strictly controlled by SAPK's in S. cerevisiae.