Asmada kök stres transkriptomlarının belirlenmesine yönelik mikrodizin analizleri
Comparative analysis of root drought stress transcriptomes of cabernet sauvignon and the 5BB rootstock
Yazar: CANAN YÜKSEL ÖZMEN
Danışman: PROF. DR. ALİ ERGÜL
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Botanik = Botany
Dizin: Bitki kök hücreleri = Plant root cells ; Klon anaç = Clon rootstock ; Kuraklık stresi = Drought stress ; Ozmotik stres = Osmotic stress ; Şaraplık üzüm = Wine grape

Özet:
Asma (Vitis vinifera L.), kurağa kısmen yüksek tolerans göstermektedir. Filoksera (Phylloxera vastatrix radicicola) zararı, bağcılık yapılan alanlarda amerikan asma anaçlarının kullanımını zorunlu hale getirmiştir. Bununla birlikte asma kurağa yüksek tolerans göstermesine karşın, birçok anacın kurağa toleransı genellikle önemli derece düşüklük göstermektedir ve bu durum kurak alanlarda bağcılıkta kalite ve verim kaybına  neden olmaktadır. 110R, 140Ru, 99R gibi bazı anaçlar,  kurağa daha toleranslı bulunurken, 5BB, 5C, SO4 gibi anaçların kurak toleransı yönünden V. vinifera' ya oranla daha zayıf olduğu olduğu bildirilmektedir. Kurağa toleranslı Vitis vinifera L. çeşidi ile toleransı düşük asma anacının, kök transkriptomlarını/transkriptom ifadelerini karşılaştırmak, üzümde kurağa toleransla ilişkili moleküler temellerin anlaşılmasında önemli bulgular sağlayacaktır. Bu araştırmada, esas olarak yaprak-tane transkriptlerinden geliştirilen Affymetrix Vitis Genome Array (Gen chip) (ver. 2.0) kullanılarak, kuraklık stresine maruz bırakılan Cabernet Sauvignon (Vitis vinifera L.) çeşidi ve Kober 5BB (V. berlandieri X V. riparia) anacının kök transkriptomları karşılaştırılmış ve 5BB anacında; ifade farklılığı olan 1925 (807 ifadesi artan ve 118 azalan), CS çeşidinde 1279 (745 ifadesi artan ve 534 azalan) adet transkript belirlenmiştir. Kuraklık stresine karşı kökte indüklenen transkriptler çeşit ve anaçta karşılaştırıldığında önemli farklılıklar gözlemlenmiştir

Abstract:
Grape (Vitis vinifera L.), shows relatively high tolerance to drought stress. Phylloxera (Phylloxera vastatrix radicicola) damage made the use of insect-resistant rootstocks necessary in many areas of grape cultivation. However, although Vitis vinifera shows relatively high tolerance to drought, the drought tolerance of most rootstocks is often quite low and this causes yield and quality loss in grapes grown in arid areas. However, some rootstock varieties, such as 110R, 140Ru, 99R, are more drought tolerant, whereas others, such as 5BB, 5C, and SO4 are less drought tolerant than V. vinifera L. Comparative analysis of root gene expression patterns of drought tolerant V. vinifera with drought sensitive rootstocks would provide useful information towards better understanding the molecular basis of drought tolerance in grapes. In this research, we comparative analyzed drought stress treatment root transcriptomes of Cabernet Sauvignon (Vitis vinifera L.) and the rootstock Kober 5BB (V. berlandieri X V. riparia) using the Affymetrix Vitis Genome array ver. 2.0 generated from leaf and berry transcripts. İn 5BB rootstock, 1279 (745 up and 534 down) transcripts were determined within the 1925 (807 up and 118 down) CS types with expression difference. When the transcripts induced in the root against drought stress were compared in type and rootstock, no significant differences could be observed.