Karacabey merinosu kuzularında melanokortin-4 reseptör (MC4R) gen polimorfizminin büyüme özelliklerine etkisi ve seleksiyonda kullanım olanaklarının araştırılması
Effect of melanocortin-4 receptor (MC4R) gene polymorphisms on growth characteristics and its possible use in selection of karacabey merino lambs
Yazar: SEMİH SEVİM
Danışman: PROF. DR. ORHAN KARACA
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA

Özet:
Karacabey Merinosu kuzularında yapılan bu çalışmada, Melanokortin-4 Reseptör (Mc4R) geni bakımından polimorfizmin tanımlanması ve kuzuların büyüme özellikleri bakımından genotipler arası farklılıkların ortaya konması amaçlanmıştır. Bu çalışma Koyunculuk Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü bünyesindeki koyunculuk şubesinde bulunan 300 baş Karacabey Merinosu kuzuda yürütülmüştür. Kuzuların büyüme özelliklerinin genotiplere göre değişimini saptamak üzere doğum ağırlığı, 45., 90. ve 180. gün canlı ağırlıkları, 0-90.gün, 90-180.gün ve 0-180 gün ortalama günlük canlı ağırlık artışları, 90 ve 180. gün vücut ölçümleri ve ultrason ölçümleri yapılmıştır. Mc4R geni, dizi bilgileri temin edildikten sonra tasarlanan primer çiftleri vasıtasıyla Mc4R1 ve Mc4R2 bölgelerine ayrılmış ve sırasıyla 825 ve 590 bç uzunluğundaki bu bölgeler sorunsuz olarak dizilenmiştir. DNA dizilimi çıkartılan bu bölgelerden Mc4R1 bölgesi içerisinde 9.T>C, 12.G>C, 93.G>A ve 381.G>A SNP'leri; Mc4R2 bölgesi içerisinde ise 681.G>C ve 1016.G>A SNP'leri tespit edilmiştir. 9.T>C SNP'inin 90. gün vücut ölçümlerinden sağrı genişliği (p<0.05), 12.G>C SNP'inin 90. gün canlı ağırlığı ve 0-90.gün ortalama günlük canlı ağırlık artışı (p<0.05), 93.G>A SNP'inin 90. gün vücut ölçümlerinden sağrı genişiliği (p<0.05), 381.G>A SNP'inin 90. gün ultrason ölçümlerinden yağ kalınlığı (p<0.01), 681.G>C SNP'sinin 90. gün vücut ölçümlerinden cidago yüksekliği ile but çevresi (p<0.05), 90. gün ultrason ölçümlerinden yağ kalınlığı (p<0.01), 1016.G>A SNP'inin 180. gün canlı ağırlığı (p<0.05), sütten kesim öncesi ortalama günlük canlı ağırlık artışı (p<0.05), sütten kesim sonrası günlük canlı ağırlık artışı (p<0.01), 0-180.gün ortalama günlük canlı ağırlık artışı (p<0.05), 90. gün ultrason ölçümlerinden deri kalınlığı (p<0.05), 180. gün ultrason ölçümlerinden kas derinliği (p<0.05) ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak Mc4R geninin koyunlarda büyüme özellikleri için moleküler markör olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
The study was carried out to determine the polymorphism of the Melanocortın-4 Receptor (Mc4R) gene and the effect of Mc4R genotypes on the growth traits of Karacabey Merino lambs. Animal material of study consisted of 300 head of Karacabey Merino lambs raised in the Sheep Breeding Research Instutıte Bandirma, Balikesir, Turkey. Birth weight, live weight at 45, 90, and 180th days of age, average daily gains between birth to 90. days of age, birth to 180. days of age, 90. to 180. days of age, body measurements, and ultrasound measurements at 90. and 180. days of age were recorded for all lambs to determine the variation in Mc4R genotypes. The Mc4R gene was divided into two regions as 825 and 590 bp (Mc4R1 nad Mc4R2 respectively) using specifically designed primers. 9.T>C, 12.G>C, 93.G>A and 381.G>A SNP's were detected in the Mc4R1 region. 681.G>C and 1016.G>A SNP's were identified in the Mc4R2 region. The polymorphism at nucleotide position 9.T>C was identified to be significantly associated with rump width at 90 days of age (p<0.05). 12.G>C was related to live weight at 90 days of age (p<0.05) and average daily gain (0-90) (p<0.05). There was a statistically significant relationship between 93.G>A SNP and rump width at 90 days of age (p<0.05). 381.G>A was significantly associated with backfat thickness at 90 days of age (p<0.01). The variation at position 681.G>C was related to withers height, cannon circumference (p<0.05), and backfat thickness at 90 days of age (p<0.01). The 1016.G>A was determined to be associated with live weight at 180 days of age (p<0.05), average daily gain (0-90, 0-180) (p<0.05), skin thickness at 90 days of age (p<0.05) and muscle depth at 180 days of age (p<0.05). It was concluded that the Mc4R gene could be used as molecular markers for growth traits in sheep.