Erken evre meme kanserinde aksiller lenf nodu metastazına etki eden genetik faktörler
Genetic factors affecting axillary lymph node metastasis in early stage breast cancer
Yazar: İLKER ERMİŞ
Danışman: PROF. DR. ORHAN BAYRAM
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Genel Cerrahi = General Surgery ; Genetik = Genetics
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Lenf nodları = Lymph nodes ; Lenfatik metastazlar = Lymphatic metastasis ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazm metastazları = Neoplasm metastasis ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Meme kanseri kadınlarda görülen en sık kanser tipidir. Kadınlarda kansere
bağlı ölümlerde akciğer kanserinden sonra ikinci sırada gelmektedir. Her 9
kadından biri hayatı boyunca meme kanseri ile karşı karşıya gelmektedir. Tüm bu
sebepler meme kanserini oldukça önemli bir sağlık sorunu haline getirmiştir. Meme
kanseri günümüzde üzerinde en çok çalışma yapılan konulardan biridir. Meme
kanseri patogenezinde etkili çok sayıda gen tanımlanmıştır. Bu genlerin etki
mekanizmaları ve prognoz üzerine etkilerinin tanımlanması meme kanserinde
hedefe yönelik gen tedavilerini gündeme getirmiştir. Günümüzde en iyi bilinen ve
tedavide hedef olarak seçilen gen HER2 genidir, ancak teknolojinin ilerlemesi ve
yeni genetik sekanslama yöntemlerinin keşfedilmesiyle hedefe yönelik tedavide
kullanılmaya aday birçok gen ortaya atılmıştır. Bu çalışmada invaziv duktal meme
kanseri tanılı hastalarda aksiller yayılım üzerine etkili genlerin değerlendirilmesi ve
spesifik mutasyonların saptanması amaçlanmıştır. Bunun için Ocak 2015 – Aralık
2017 tarihleri arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Genel Cerrahi
Kliniğinde meme kanseri nedeniyle mastektomi yapılan hastalar araştırıldı. Tümör
boyutu >20 mm olan hastalar çalışma dışı bırakıldı. T1N1 ve T1N0 tümör
özellikleri gösteren hastalardan 10'ar kişilik iki grup oluşturuldu. Hastalara ait
FFPE bloklar halinde saklanan tümör dokusundan uygun işlemler uygulanarak
DNA izolasyonu gerçekleştirildi. İzole edilen DNA, QIAseq Meme Kanseri Paneli
(QIAGEN, Hilde, Almanya) kullanılarak 93 adet genin somatik mutasyonları

açısından tarandı. Sonuçlar QIAGEN Clinical Insight (QIAGEN, Hilde, Almanya)
programı kullanılarak yorumlandı. Hastalarda patojenik olduğu bilinen veya
yüksek ihtimalle patojenik olduğu düşünülen 31 adet gende, 131 adet mutasyon
saptandı. Her iki grup mutasyon oranları açısından karşılaştırıldı. Metastatik grupta
PIK3CA, NF1, MSH6, PIK3R1, CDKN2A ve ERCC4 genlerinde non-metastatik
gruba oranla artmış mutasyon oranı görüldü. Bu sonuçlar daha sonraki çalışmalar
için yol gösterici nitelikte olmakla birlikte bu konuda daha kapsamlı çalışmalara
ihtiyaç vardır.

Abstract:
Breast cancer is the most common cancer and the second most common
cancer related death cause after lung cancer in women. Every one of 9 women faces
breast cancer in her life. All these reasons make breast cancer an important health
problem. Breast cancer is one of the most studied topics today. Many genes have
been identified that are effective in the pathogenesis of breast cancer. Defining the
effect mechanisms and the impact on breast cancer prognosis of these genes has led
targeted gene therapies. HER2 is the most famous gene used in targeted gene
therapies today. With the improvements on technology and the discovery of next
generation sequencing methods many genes have become possible candidates for
that matter. In this study, we aim to evaluate the genes and to determine the specific
genetic mutations that have effects on axillary lymphatic metastasis. We examined
the patients who have gone under surgery with breast cancer diagnosis in our clinic
between January 2015 and December 2017. Patients with tumors larger than 20 mm
have been excluded from the study. Two groups containing 10 patients each have
been established according to axillary status. DNA have been extracted from the
FFPE tumor tissues of all patients using the proper methods. Isolated DNA have
been investigated for mutations of 93 known genes using QIAseq Breast Cancer
Targeted Panel (QIAGEN, Hilde, Germany). The results have been evaluated using
Clinical Insight Program (QIAGEN, Hilde, Germany). One hundred and thirty one
pathogenic or likely pathogenic mutations have been detected in 31 genes. These

mutations have been compared between two groups. Increased mutation rate was
observed in PIK3CA, NF1, MSH6, PIK3R1, CDKN2A and ERCC4 genes in
metastatic group compared to non-metastatic group. Although these results provide
guidance for further studies, more comprehensive studies are needed.