Süt ve süt ürünlerinden izole edilen staphylococcus aureus suşlarının stafilolokokal protein  a (SPA) dizi tiplemesi ve SPA lokusunun yüksek çözünürlüklü erime analizi
Staphylococcal protein a (SPA) sequence typing of staphylococcus aureus strains isolated  from milk and dairy products and high resolution melting analysis of the SPA locus
Yazar: HINDA AHMED ADAM ABDALKRIM
Danışman: PROF. DR. BİRCE TABAN
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Süt Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
S. aureus'un önemli bir virülans faktörü, spa geni tarafından kodlanan yüzey Ig-bağlayıcı protein A'dır. spa geni, C-terminal hücre duvarı bağlanma dizisi içinde yer alan X bölgesindeki 24 bç'lik tekrarların değişen sayıları nedeniyle önemli boyut polimorfizmi göstermektedir. Bu tekrarlardaki varyasyon S. aureus suşları arasında farklılık gösterdiğinden onu, S. aureus suşlarının sınıflandırılmasında ve gıda kaynaklı hastalıkların epidemiyolojik olarak izlenmesinde elverişli hale getirmektedir. Spa tiplemesi, spa geninin kısa tekrarlı veya polimorfik X bölgesini tiplemek için kullanılan özgün ve hızlı bir yöntemdir. Bir diğer yöntem, DNA amplikonlarının erime davranışının bilgisayar analizini kullanan HRM analizidir. Bu tez çalışmasında da, Ocak 2020 - Mayıs 2021 döneminde İç Anadolu ve Akdeniz Bölgeleri'nin çeşitli yörelerinden süt işletmelerine gelen çiğ sütlerden ve bu yörelerde üretilerek çeşitli satış noktalarında satışa sunulan süt ürünlerinden önceki çalışmalardan izole edilerek tanımlanan toplam 27 adet S. aureus ve MRSA suşlarının spa tiplemesinin yapılması, farklı ve yeni spa tiplerinin olup olmadığı ve bu spa tiplerinin ayrımında HRM yönteminin performansının ortaya konulması amaçlanmıştır. spa tiplemesi sonucunda t044, t084, t127, t189, t197, t223, t359, t442, t529, t571 ve t701 olmak üzere 11 farklı spa tipi tanımlanmıştır. Bu sonuçlar, mevcut spa tipi veri tabanlarıyla karşılaştırıldığında, 4 adet suşun Kreiswirth ve Ridom veri tabanlarıyla eşleşmediği ve bunların yeni spa tipleri olduğunu düşünülmektedir. Aynı gen bölgesini çoğaltan primerler kullanılarak yapılan HRM analizi ile bu 27 adet suşun 23 adedinin başarılı bir şekilde birbirinden ayırt edildiği belirlenmiştir. Ancak HRM analizi ile birbirlerinden ayırt edilemeyen t442 ile t350 ve t701 ile t189 gibi spa tiplerinin olduğu da belirlenmiştir. Elde edilen veriler, HRM yöntemi kullanılarak bu spa tiplerinin birbirinden ayırt edilme potansiyelini ve spa tipleme veri tabanlarına yeni yerel tiplerin eklenmesini sağlamıştır. HRM yönteminin S. aureus spa tiplerini belirlemek için başarıyla kullanılabileceğini ve daha fazla laboratuvar çalışması gerektiren ve nispeten pahalı olan geleneksel spa tipleme yöntemine bir alternatif sunduğunu göstermiştir.
Eylül 2024, 55 sayfa
Anahtar Kelimeler: Staphylococcus aureus, yüksek çözünürlüklü erime analizi (HRM), stafilolokokal protein A (spa) tiplendirmesi, çiğ süt, peynir

Abstract:
An important virulence factor of S. aureus is surface Ig-binding protein A, encoded by the spa gene. The spa gene displays significant size polymorphism due to the variable numbers of 24 bp repeats in the X region within the C-terminal cell wall binding sequence. The variation in these repeats varies among S. aureus strains, making it useful for the classification of S. aureus strains and for the epidemiological monitoring of foodborne diseases. spa typing is a specific and rapid method for typing the short repeat or polymorphic X region of the spa gene. Another method is HRM analysis, which uses computer analysis of the melting behaviour of DNA amplicons. In this thesis study it was aimed to perform spa typing of a total of  27 S. aureus and MRSA strains, which were successfully isolated and identified in advance studies from raw milk coming to dairy enterprises from various areas of Central Anatolia and Mediterranean Regions and from dairy products produced in these regions and offered for sale in various sales points between January 2020 and May 2021, to determine whether there are different and new spa types and to reveal the performance of the HRM method in distinguishing these spa types. spa typing identified 11 different spa types: t044, t084, t127, t189, t197, t223, t359, t442, t529, t571, and t701. When these results were compared with existing spa type databases, it was found that 4 strains did not match the Kreiswirth and Ridom databases, suggesting that they were new spa types. It was determined that 23 out of 27 strains were successfully distinguished from each other by HRM analysis using primers that amplified the same gene region. However, it was also determined that there were spa types such as t442 and t350 and t701 and t189 that could not be distinguished from each other by HRM analysis. The data obtained provided the potential to distinguish these spa types from each other using the HRM method and to add new local types to the spa typing databases. It was shown that the HRM method can be successfully used to determine S. aureus spa types and offers an alternative to the traditional spa typing method, which requires more laboratory work and is relatively expensive.
September 2024, 55 pages
Key Words: Staphylococcus aureus, high resolution melting analysis (HRM), staphylococcal protein A (spa) typing, raw milk, cheese