Kök çürüklüğü mantarı Armillaria'nın konaklık ettiği rna virüslerinin tanımlanması ve moleküler olarak nitelendirilmesi
Identification and molecular characterization of rna viruses hosted by the root rot fungus Armillaria
Yazar: SILA ERKMEN
Danışman: DOÇ. DR. ERGİN ŞAHİN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Mikovirüsler başlıca mantarları enfekte eden virüslerdir. İnsan, hayvan ve bitki patojeni funguslarda hastalıklara neden olabilirler ve bu nedenle biyoloji alanında önemli çalışma alanlarından biridir. Ayrıca bitki patojeni fungusların neden oldukları hastalıklarının etkilerini azaltma ve tersine döndürme noktasında (Hipovirülans) yine mikovirüslerin kendisinden yararlanılabilir. Günümüzde bu şekilde sahada kullanılabilen örnekler oldukça az sayıda da olsa bulunmaktadır. Armillaria cinsi mantar üyeleri, çalılar ve çeşitli ağaç türlerini (yaprak döken ve yaprak dökmeyen ağaçlar) içeren bitkilerde, çoğunlukla kök çürümesi meydana getirdiği bilinen, hastalığa neden olan (patojenik) ve hem canlı hem de ölü organik maddeler üzerinde yaşayabilme özelliğine sahip (fakültatif saprotrofik) mantarlar grubuna aittir. Önceki yıllarda farklı Armillaria türleri üzerinde yapılan çalışmalarda, birçok tek sarmallı RNA mikovirüsleri tanımlanmış olmasına rağmen, mevcut literatürde bilinen Armillaria taksonlarını enfekte edebilen mitovirüsler (mantar konakçılarının en basit RNA virüslerinden biri) üzerine yayınlanmış bir rapor bulunmamaktadır.

Bu tez çalışmasında, Batı Karadeniz ve Marmara bölgelerinden toplanmış yaygın ismiyle ''Bal Mantarı'' olarak bilinen, 7 adet Armillaria cinsi mantar örneği üzerinde çalışılmış olup bunlardan bir tanesinde (Armillaria mellea), varlığı tespit edilen mitovirüs, yapılan filogenetik analizler sonucunda, (+) ssRNA genomuna sahip Mitoviridae ailesinin Duamitovirüs cinsinin bir üyesi olarak sınıflandırılmıştır. Bu mitovirüs "Armillaria mellea mitovirüs 1'' (AmMV1) olarak adlandırılmıştır. AmMV1, 4440 nükleotitlik bir genom uzunluğuna ve % 48'lik bir G + C içeriğine sahiptir. RNA'ya bağımlı bir RNA polimerazı (RdRp) kodlayan tek bir açık okuma çerçevesini (ORF) kapsar. Bu tez çalışması, Armillaria spp. üzerinde tanımlanan bir mitovirüsün ilk raporudur.

Abstract:
Mycoviruses are viruses that mainly infect fungi. They can cause diseases in fungal pathogens of humans, animals and plants and are therefore one of the important areas of study in the field of Biology. In addition, mycoviruses themselves can also be used to reduce and reverse the effects of plant diseases caused by phytopathogenic fungi (Hypovirulence). However, today, there are quite a few examples that can be used in the field in this way. Members of the genus Armillaria belong to a group of disease-causing (pathogenic) and facultative saprotrophic (facultative saprotrophic) fungi that are known to cause root rot in plants, including shrubs and various species of trees (deciduous and evergreen trees), and are capable of living on both living and dead organic matter. Although many single-stranded RNA mycoviruses have been identified in previous studies on different Armillaria species, there are no published reports in the current literature on mitoviruses (one of the simplest RNA viruses of fungal hosts) capable of infecting known Armillaria taxa.

In this dissertation thesis study, 7 samples of mushrooms of the genus Armillaria, commonly known as "Honey Mushrooms", collected from the Western Black Sea and Marmara regions were studied, and a mycovirus detected in one of them (Armillaria mellea) had an (+) ssRNA genome revealed by the phylogenetic analyses. It is classified as a member of the Duamitovirus genus of the Mitoviridae family. This mitovirus was named "Armillaria mellea mitovirus 1" (AmMV1). AmMV1 has a genome length of 4440 nucleotides and a G + C content of 48%. It encompasses a single open reading frame (ORF) encoding an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). This study is the first report of a mitovirus identified on Armillaria spp.