Ticari ve halk elinde beslenen tavuklarda enterik laktobasillerin dağılımı ve makrolide-lincosamide-streptogramin (MLS) antibiyotiklere direnç profillerinin araştırılması
Distribution of enteric lactobacilli in backyard and commercial poultry and investigation of their makrolide-lincosamide-streptogramin (MLS) antibiotics resistance profiles
Yazar: CANAN KENAR
Danışman: PROF. SERKAN İKİZ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Lactobacillus = Lactobacillus ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Tavuklar = Chickens ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Bu çalışmada; ticari ve halk elinde beslenen tavuklardan alınan kloakal sıvaplardan Laktobasil
türlerinin izolasyon ve identifikasyonu ile dağılımının belirlenmesi, izolatların Makrolid-
Linkosamid-Streptogramin (MLS) grup antibiyotiklere ait MİK değerlerinin ve dirençten
sorumlu belirli genlerin PCR ile saptanması amaçlandı.
12 farklı çiftlikten tesadüfi örnekleme ile toplamda 60 adet kloakal sürüntü örneğinden 174
Lactobacillus izolatı elde edildi. Bu izolatların 48'i halk elinde beslenen, 57'si yumurtacı ve
69'u broyler yetiştiricilik şekillerine aitti. Sırasıyla halk elinde beslenen, yumurtacı ve broyler
yetiştiricilik olmak üzere 10, 12, 9 farklı Lactobacillus türü UltrafleXtreme MALDI TOF mass
spectrometer cihazıyla identifiye edildi. Farklı Laktobasil türü izolat sayısı bakımından
yetiştiricilik şekilleri arasında fark önemli bulunmuştur (p<0,05). Broth mikrodilüsyon
metoduyla gerçekleştirilen antibiyotik duyarlılık test sonuçlarına göre; eritromisin, klindamisin,
linkomisin, tylosin ile virjinamisin antibiyotiklerine direnç oranları sırasıyla halk elinde
beslenen %62,5, %72,9, %43,8, %18,8, %37,5, yumurtacı %47,4, %78,9, %77,2, %40,4, %54,4
ve broylerde %87, %92,8, %91,3, %87, %73,9 olarak saptandı. Test edilen tüm antibiyotikler
için yetiştiricilik şekilleri arasında fark önemli bulunmuştur (p<0,05). Günümüzde Laktobasil
türleri için antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesinde standart metod bulunmayışına bağlı
olarak fenotipik test, bakteriyel suşların antibiyotik direnç belirleyicilerinin varlığı yönünden
tarandığı moleküler yöntemle (PZR) kombine edildi. Bu bağlamda dirençten sorumlu gen
varlığı [erm(B)-erm(C)] değerlendirmesinde ise oranlar; halk elinde beslenen, yumurtacı ve
broiler yetiştiricilikte sırasıyla; %27,1-%37,5, %70,2-%71,9, %76,8-%55,1 olarak bulundu.
Erm(A) direnç geni varlığına sadece broiler tavuğa ait 1 Lactobacillus vaginalis izolatında
rastlanmıştır.
Sonuç olarak; hem ticari hem halk elinde beslenen tavukların mikrobiyomunda, önemli
üyelerden olan Laktobasillerde yaygın antibiyotik direnç varlığına rastlanması
antimikrobiyallerin kullanımının kontrollü ve sınırlı olması gerekliliğini ortaya koymaktadır.

Anahtar Kelimeler: Tavuk, Laktobasillus, MLS direnci

Bu çalışma İstanbul Üniversitesi - Cerrahpaşa Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından
desteklenmiştir. Proje No:29115

Abstract:
In this study; it was aimed to determine the distribution and isolation of Lactobacillus species
from cloacal swabs taken from commercial and backyard chickens, and to determine the MIC
values of the isolates belonging to Macrolide-Lincosamide-Streptogramin (MLS) group
antibiotics and specific genes responsible for resistance by PCR.
A total of 174 Lactobacillus isolates were obtained from 60 cloacal swab samples by random
sampling from 12 different farms. 48 of these isolates were from backyard chickens, 57 of them
belonged to laying hens and 69 of broilers. 10, 12, 9 different Lactobacillus species were
identified with UltrafleXtreme MALDI TOF mass spectrometer from backyard chickens, laying
hens and broilers, respectively. The difference between the breeding methods was found to be
significant in terms of the number of different Lactobacillus species (p<0,05). According to the
antibiotic sensitivity test results performed with the broth microdilution method; resistance rates
to erythromycin, clindamycin, lincomycin, tylosin and virginamycin antibiotics were 62.5%,
72.9%, 43.8%, 18.8%, 37.5% in backyard chickens, %47,4, %78,9, %77,2, %40,4, %54,4 in
laying hens and 87%, 92.8%, 91.3%, 87%, 73.9% in broilers, respectively. For all antibiotics
tested, the difference in breeding method was found to be significant (p<0,05). Due to the lack of
a standard method for determining antibiotic susceptibility for Lactobacillus species, the
phenotypic test was combined with the molecular method (PCR) in which bacterial strains were
screened for the presence of antibiotic resistance determinants. In this context, in the evaluation
of the gene responsible for resistance, the rates are; 27.1%-37.5%, 70.2%-71.9%, 76,8%-55,1%
in backyard chickens, laying hens and broilers, respectively. The presence of the erm (A)
resistance gene was found only in 1 Lactobacillus vaginalis isolate from broiler chicken.
As a result; the presence of widespread antibiotic resistance in the microbiome of both
commercial and backyard chickens, one of its important members, Lactobacilli, reveals the need
for controlled and limited use of antimicrobials.

Key Words: Chicken, Lactobacillus, MLS resistance

The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University - Cerrahpasa.
Project No: 29115