Lamivudine, adefovir dipivoksil ve entecavir'e direnç gösteren HBV varyantlarının tanımlanması ve bu mutantların değişik antivirallere karşı direnç profillerinin İn vitro fenotipleme yöntemi ile karakterizasyonu
Determination of novel HBV variants which show resistance to lamivudine, adefovir dipivoksil and entecavir and characterization of resistance profile of these mutants against different antivirals by İn vitro phenotyping.
Yazar: ERSİN KARATAYLI
Danışman: PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYI
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Dünya üzerinde 2 milyardan fazla insanın HBV ile enfekte olması ve 350 milyon insanınkronik HBV enfeksiyonu olması nedeniyle HBV enfeksiyonu ciddi bir küresel sağlıksorunudur. Kronik Hepatit, siroz ve hepatoselüler karsinoma gibi senede 320000'den fazlaölüme neden olan karaciğer ile ilişkili birçok hastalığın temel sebebidir. HBV enfeksiyonuile mücadelede son iki 10 yılda kayda değer gelişmeler kaydedilse de antiviral dirençliHBV varyantlarının ortaya çıkması nedeniyle kronik hepatitin tedavisi hala zorludur. Butezin amacı, lamivudine, adefovir ve entecavire direnç gösteren yeni HBV varyantlarınınkarakterizasyonu ve bu varyantların değişik antivirallere karşı direnç profillerinin in vitrofenotipleme deneyi ile ortaya çıkarılmasıdır.Çalışmada HBV DNA ekstraksiyonu için kullanılan serum, tedavisinin ilk 7 yılındalamivudine kullanan bir hastadan alınmıştır. Virolojik ve biyokimyasal ?breakthrough?gerçekleşmesinden sonra tedavide lamivudinden adefovire geçilmiştir. Fakat adefovirtedavisi altında geçen 2 yılın sonunda sürekli bir virolojik yanıt alınamamış ve bu yüzdenhastanın tedavi rejiminde önce adefovir entecavir ile değiştirilmiş, daha sonra bu iki ilacınbirlikte kullanılmasıyla devam edilmiştir. Hasta bu tedavi sürecinden fayda görmemiş vehastadan elde edilen serumlardan ekstrakte edilen HBV DNA'da tanımlanmış hiçbirentecavir direnci olmamasına rağmen, hasta sonunda ölmüştür. Hastadan 6 farklı tarihtealınan serum örneklerinden elde edilen HBV DNA ile HBV genomlarının geriye dönükklonal analizi yapılmıştır. Bu 6 farklı serum örneğinden elde edilen toplam 434 adetklonun analizi yapılmıştır. Antiviral direnç açısından umut vadeden mutasyon paternlerinitaşıyan HBV genomları in vitro fenotipleme deneyleri ile analiz edilmiştir. L80LV, L91I,M204I, S219A, N238D, Y245H mutasyonlarının hiçbiri daha önce entecavir mutasyonuile ilişkilendirilmemiş olmasına rağmen bu mutasyon paternini taşıyan HBV genomlarınınyabanıl tip ile karşılaştırıldıklarında entecavire 30,4 kat daha fazla direnç geliştirdiklerigösterilmiştir.

Abstract:
Hepatitis B Virus infection is a serious global health problem with the infection of morethan 2 billion people worldwide and 350 million people suffering from chronic HBVinfection. It is a major cause of liver related diseases such as chronic hepatitis, cirrhosisand hepatocellular carcinoma (HCC), all of which accounts for a total of more than320.000 deaths per year. Altough remarkable improvements have been achieved inantiviral combat of HBV infection in the last 2 decades, treatment of chronic hepatitisremains to be a serious challenge due to emergence of antiviral resistant HBV variants.The aim of this thesis is to characterise the novel HBV variants which show resistance tolamivudine, adefovir dipivoksil and entecavir and to elucidate the resistance profile ofthese variants against different antivirals using in vitro phenoyping assay.The serum samples used in this study for HBV DNA extraction were obtained from apatient who had undergone a lamivudine treatment of 7 years initially. After theoccurence of virological and biochemical breakthrough, the antiviral therapy of the patienthad been switched from lamivudine to adefovir. However, after 2 years under adefovirdipivoksil treatment, no sustained virological response had been obtained and thus,initially entecavir replaced adefovir dipivoksil in his treatment regime, which wasfollowed by administration of these two drugs at the same time. The antiviral therapy didnot prove to be useful and finally the patient died 1 year later even though no identifiedentecavir resistance was detected in the HBV DNA extracted from serum samples of thepatient. A retrospective clonal analysis of the HBV genomes has been done with the HBVDNA extracted from different serum samples of the patient taken at 6 different dates. Atotal of 434 clones from 6 different serum samples were analysed. HBV genomes bearingmutation patterns promising antiviral resistance have been analysed by in vitrophenotyping assay. The mutation pattern consisting of L80LV, L91I, M204I, S219A,N238D, Y245H mutations was shown to be 30,4 fold resistant to entecavir when compared with the wild type HBV, altough none of these mutations has been previouslyrelated with entecavir resistance.