Mide kanseri ve insülin benzeri büyüme faktörü bağlayıcı protein-5 (IGFBPp5) metilasyonu arasındaki ilişki
Relationship between gastric cancer and insulin-like growth factor binding protein-5 (IGFBP5) methylation
Yazar: ELİF SENA ŞAHİN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEHRA KAYA
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Tıp Bilimleri Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA metilasyon = DNA methylation ; Ekspresyon = Expression ; Gen ifadesi = Gene expression ; Metilasyon = Methylation ; Mide hastalıkları = Stomach diseases ; Mide neoplazmları = Stomach neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; İnsülin benzeri büyüme faktörü 5 = Insulin like growth factor 5

Özet:
Mide kanseri, Dünya genelinde ve Türkiye'nin özellikle Doğu Anadolu Bölgesi ve çevresinde yüksek insidans ve mortalite oranlarına sahiptir. Mide kanseri, genetik ve epigenetik varyantlarla ilişkilidir ve kanser prognozunu iyileştirmek için terapötik hedefler tanımlanmalıdır. Epigenetik düzenlemelerden biri olan DNA metilasyonu, mide tümörlerinde mutasyonlardan daha sık meydana gelmektedir ve bu nedenle böyle hastalıkların saptanmasında DNA metilasyonunun daha spesifik bir test olabileceği düşünülmektedir. En korunmuş üyesi insülin benzeri büyüme faktörü bağlayıcı protein-5 (IGFBP5) olan IGFBP'lerin kanserlerdeki rolü üzerine zıt sonuçlar bulunmaktadır. Ayrıca IGFBP5'in mide kanserinde sadece ekspresyonu ile ilgili çalışmalar olup, metilasyonu ilk defa bu çalışma ile incelenmiştir.  Çalışmamızın amacı, mide kanserinde IGFBP5'in metilasyonu ve ekspresyonu arasındaki ilişkiyi inceleyerek, mide kanseri ve klinik parametrelerle ilişkisini belirlemektir. Bu çalışma, 2019-2021 yılları arasında, 100 mide kanserli hasta ve 100 sağlıklı kontrol grubu üzerinde gerçekleştirilmiştir. IGFBP5 geni promotor metilasyon durumu metilasyon spesifik PZR (MSP) yöntemiyle, mRNA ekspresyonu ise gerçek zamanlı/ kantitatif ters transkripsiyon PZR (RT-qPZR) ile gerçekleştirilmiştir. Sigara kullanımı, sıcak çay tüketimi, reflü ve Van otlu peynir tüketimi ve mide kanseri anlamlı şekilde ilişkiliydi (p<0,05). Hastalarda klinik veriler ve diğer çevresel etmenler, IGFBP5 geni metilasyonu ve ekspresyonu ile ilişkili değildi (p>0,05). IGFBP5 geni promotor metilasyonu hastalarda kontrollere göre anlamlı olarak daha düşüktü (p=0,04). Aynı şekilde IGFBP5 geni mRNA ekspresyonu da hastalarda kontrollere göre anlamlı şekilde daha düşüktü (p<0,0001). Ancak IGFBP5 metilasyonu ve ekspresyonu arasında anlamlı bir ilişki yoktu (p>0.05). Sonuç olarak, IGFBP5 metilasyonu ve ekspresyonu ayrı ayrı mide kanseri ile ilişkili olabilir, ancak metilasyonunun ekspresyonla ilişkisinin netleşmesi için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.

Abstract:
Gastric cancer (GC) has a high incidence and mortality rate worldwide, including in Turkey, particularly in the Eastern Anatolia Region and its environs. GC is associated with genetic and epigenetic variants, and therapeutic targets must be identified to improve cancer prognosis. One of the epigenetic rearrangements, DNA-methylation, occurs more commonly than mutations in GCs, which has made DNA-methylation a more specific test for the detection of such diseases. There are conflicting results on the role of IGFBPs in cancers, the most conserved member of which is insulin-like growth factor-binding protein-5 (IGFBP5).   Furthermore, there have only been studies on IGFBP5 expression in gastric cancer, and its methylation was investigated for the first time in this study.The purpose of this study is to investigate the relationship between IGFBP5 methylation and expression in GC, as well as its relationship to GC and clinical parameters. This study was carried out on 100 GC patients and 100 healthy control groups between 2019-2021. IGFBP5 gene promoter methylation status was determined by methylation-specific PCR (MSP) method, and mRNA expression was determined by real-time/quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR). Smoking, hot tea consumption, reflux and Van-herbed cheese consumption were found to be significantly associated in patients with GC (p<0.05). Clinical data and other environmental factors in patients with GC were not associated with IGFBP5 gene methylation and expression (p>0.05). IGFBP5 gene promoter methylation is significantly lower in individuals with cancer compared to controls (p=0.04). Likewise, IGFBP5 gene mRNA expression was also found to be significantly lower in patients than controls (p<0.0001). However, there was no significant relationship between IGFBP5 methylation and expression. As a result, IGFBP5 methylation and expression may be separately associated with GC, but further studies are needed to clarify the relationship of methylation to expression.