Irak Al Yermuk hastanesi hastalarından izole edilen Pseudomonas aerugınosa'nın virülans faktörü ve antibiyotik direnci
Viruulance factor and antibiotic resistance of Pseudomonas aeruginosa isolated from Iraq Al Yermuk hospital patients
Yazar: FIRAS THAMER ABDULLAH AL-JANABI
Danışman: PROF. DR. ORAL DÜZDEMİR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ SAHAR MEDHAT HUSSEEIN
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa

Özet:
Yaygın bir gram negatif basil olan Pseudomonas aeruginosa, nozokomiyal ve toplum temelli hastalıklarla ilişkilidir. Bu çok yönlü bakteri, çeşitli çevresel koşulların üstesinden gelme yeteneği nedeniyle sağlık kurumlarında ve toplumda gelişebilir. Toplum kökenli hastalıkların yanı sıra zatürre, idrar yolu ve cerrahiye bağlı hastane enfeksiyonlarına da neden olur. Bu kesitsel çalışma, idrar yolu enfeksiyonlarından muzdarip Iraklı kadınlardan 150 idrar örneğinin toplanmasını içermektedir. Tüm idrar örnekleri idrar analizine tabi tutulmuştur. Bakteri izolatlarının izolasyonu ve teşhisi, ayrıca antibiyotik direncinin belirlenmesinde kültür ortamı ve biyokimyasal testlerin kullanımı yanı sıra  otomatik VITEK Compact 2 sistemi kullanılarak sonuçların doğrulanması yapılmıştır. Tüm virülans kodlayan genler, alele özgü PCR tekniği kullanılarak tanımlanmıştır. 150 idrar örneğinden sadece 80'i kültür pozitif olarak tanımlanırken bunlardan da sadece 30 izolatın P. aeruginosa olduğu saptanmıştır. Protein ve renk değişiminin yüksek oluşumu ilişkilendirilmişdir. Bakterilerin tümü sefotaksime dirençliydi, ardından norfloksasin, seftazidim, piperasilin-tazobaktam ve sefepim geliyordu, siprofloksasin, ayrıca imipenem, meropenem, gentamisin ve amikasin en düşük dirence sahip oldukları bulunmuştur. Tüm izolatların, sırasıyla güçlü, orta ve zayıf olan çeşitli derecelerde (6, 8 ve 16) biyofilm oluşturma yeteneğine sahip oldukları belirlenmiştir. İzolatlar arasında virülans kodlayan genlerin yaygınlığı LasB, exoS, PIcH, algD ve exoA için sırasıyla %73,3, %63,3, %56,7, %56,7 ve %53,3 bulunmuştur. Sonuç olarak: P. aeruginosa izolatları arasında biyofilm oluşumu ve virülans kodlayan genlerin yüksek prevalansı, onları çeşitli antibiyotiklere karşı daha dirençli hale getirerek, hastane koşulları gibi zorlu ortamlarda hayatta kalmalarını sağlamaktadır. Bu da çoklu ilaca dirençli izolatların yayılmasına katkıda bulunmakta ve bunların günümüzde önemli tıbbi bir sorun olmalarına yol açmaktadır.

ANAHTAR KELİMELER: Pseudomonas aeruginosa, Virülans faktörleri, Antibiyotik direnci, Bakteriler

Abstract:
Pseudomonas aeruginosa, a common gram-negative bacillus, has been related to nosocomial and community-based diseases. This versatile bacteria may thrive in healthcare institutions and the community due to its ability to overcome various environmental conditions. It causes pneumonia, urinary tract, and surgery-related nosocomial infections, as well as community-acquired illnesses. This cross-sectional study included collecting 150 urine samples from Iraqi females who suffered from urinary tract infections. All urine samples were undergoing urinalysis. The isolation and diagnosis of the bacterial isolates, as well as determining the resistance against antibiotics, were done by using culture media and biochemical tests and confirmed by using an automated VITEK Compact 2 system. All virulence-encoding genes were identified using the allele-specific PCR technique. Among 150 urine samples, only 80 were identified as culture-positive, and only 30 isolates were P. aeruginosa. A high occurrence of protein and color change was associated. All of the bacteria were resistant to cefotaxime, followed by norfloxacin, ceftazidime, piperacillin-tazobactam, and cefepime, ciprofloxacin, and, in addition, imipenem, meropenem, gentamicin, and amikacin had the lowest resistance. All isolates had the ability to form biofilms of various degrees (6, 8, and 16) that were strong, moderate, and weak, respectively. The prevalence of the virulence-encoding genes among isolates was 73.3%, 63.3%, 56.7%, 56.7%, and 53.3% for LasB, exoS, PIcH, algD, and exoA, respectively. In conclusion: The biofilm formation and high prevalence of virulence-encoding genes among P. aeruginosa isolates make them more resistant to a wide variety of antibiotics and enable them to survive in difficult environments such as nosocomial conditions. This may have contributed to the spread of multi-drug-resistant isolates and led to this significant medical issue.

Keywords: Pseudomonas aeruginosa, Virulence factors, Antibiotics resistance, Bacteria