İskelet sisteminin genetik hastalıkları ile ilişkili genlerde patojen/olası patojen ve klinik önemi belirsiz varyant saptanan hastaların retrospektif analizi
Retrospective analysis of patients with pathogenic/likely pathogenic variants and variants of uncertain significance in genes associated with genetic skeletal disorders
Yazar: EZGİ URTEKİN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLSÜM KAYHAN ; PROF. DR. FERDA EMRİYE PERÇİN
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
İskelet sisteminin genetik hastalıkları, iskelet sisteminin gelişimi, büyümesi ve homeostaz süreçlerindeki bozukluklardan kaynaklanan 700'den fazla fazla genetik hastalığı içeren heterojen bir gruptur. İlki 1969 yılında yayınlanmış olan Genetik İskelet Hastalıklarının Nozolojisi'nin en güncel 11. baskısı 2023 yılında yayınlanmış olup hastalıklar klinik, radyolojik ve moleküler kriterlerine göre 41 grupta sınıflandırılmış ve etiyolojisinden sorumlu 552 farklı gen tanımlanmıştır. Yeni nesil dizilemenin gelişmesi ile birlikte, eskiden klinik ve radyolojik bulguları ile tanımlanmış olan hastalıkların genetik etyolojileri de belirlenebildiğinden bu hastalıklarla ilişkili genlerin sayısı hızla artmaktadır. Moleküler tanı ve genotip fenotip değerlendirmesi, hastaların izlemi ve verilecek genetik danışma açısından oldukça önemlidir. Bu çalışmada nozolojideki genlerde patojen/ olası patojen ve klinik önemi belirsiz varyant saptanmış hastaların klinik bulguları literatürdeki diğer hastalar ile karşılaştırılarak genotip-fenotip ilişkilisi kurulması amaçlanmıştır. Patojen/ olası patojen olarak değerlendirilmiş varyantlar içerisinde 9 yeni varyant saptanmıştır. Literatürdeki hastalarla aynı bulguları olan hastalar olduğu gibi daha hafif bulguları veya ek bulguları olan hastalar da tanımlanarak fenotipik değişkenlikler gösterilmiştir. Genetik iskelet hastalıkları için moleküler tanı almış hastaların bulgularının sunulması, bu hastalıkların bulgularının daha iyi tanımlanmasına, yeni varyantların literatüre kazandırılmasına, domain ve varyant tipi gibi genotip özellikleri ile hasta bulguları arasında ilişki kurulabilmesine katkı sağlayacaktır.

Anahtar kelimeler: Genetik iskelet hastalıklarının nozolojisi, moleküler tanı, iskelet displazileri, retrospektif arşiv çalışması

Abstract:
Genetic skeletal disorders are a heterogeneous group that includes more than 700 genetic disorders that result from disturbances in the development, growth and homeostasis processes of the skeletal system. The most recent 11th edition of Nosology of Genetic Skeletal Disorders, the first of which was published in 1969, was published in 2023, and the diseases were classified into 41 groups according to their clinical, radiological and molecular criteria, and 552 different genes responsible for their etiology were identified. With the development of next-generation sequencing, genetic etiologies of diseases that were previously defined by their clinical and radiological findings can also be determined.	Because of that, the number of genes associated with these diseases is increasing rapidly. Molecular diagnosis and genotype-phenotype evaluation are very important in terms of patient follow-up and genetic counseling. This study aimed to establish a genotype-phenotype correlation by comparing the clinical findings of patients with pathogenic/likely pathogenic variants and variants of uncertain significance in the genes in the nosology with those of other patients in the literature. Among the variants evaluated as pathogenic/likely pathogenic, 9 novel variants were identified. Phenotypic variability has been demonstrated by defining patients with the same findings as those in the literature, as well as patients with milder findings or additional findings. Publication of the findings of patients with a molecular diagnosis for genetic skeletal disorders will contribute to better describing the findings of these diseases, bringing new variants to the literature, and establishing a relationship between genotype characteristics such as domain and variant type and patient's findings.

Key words: Nosology of Genetic Skeletal Disorders, molecular diagnosis, skeletal dysplasias, retrospective archive study