Kabak sarı mozaik virüsü izolatlarının kodladığı genlerin diziliminin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Sequencing and moleculer characerization of genes encoded by Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) isolates
Yazar: ŞERİFE TOPKAYA
Danışman: PROF. DR. FİLİZ ERTUNÇ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bitki virüsleri = Plant viruses ; Kabak sarı mozaik virüsü = Zucchini yellow mosaic virus ; Kabakgiller = Gourd family

Özet:
Bu çalışma, kabakgil alanlarında problem olan kabak sarı mozaik virüsü (Zucchini yelllow mosaic virus–ZYMV) izolatlarının kodladığı genlerin dizilimlerinin belirlenmesi amacı ile yapılmıştır. Bu doğrultuda Ankara, Antalya, Burdur illerinden alınan enfekteli kabakgil bitkileri Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Watermelon mosaic virus (WMV), Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), Papaya ringspot virus-W (PRSV-W) ve Squash mosaic virus (SqMV) antiserumları ile DAS-ELISA testine tabi tutulmuştur. Test sonuçlarına göre 233 örneğin 86'sının (%36,9) ZYMV, 116'sının (%49,7) WMV, 36'sının (15,4) CMV, 22'sinin (%9) PRSV, 6' sının (%2,5) SqMV, 20'sinin (8,5) CGMMV ile enfekteli olduğu bulunmuştur. DAS-ELISA testleri sonunda Ankara ve Antalya illerinde en yaygın virüsler WMV ve ZYMV olarak belirlenmiştir. Çalışmada ilk defa sakız kabağı ve bal kabağı bitkilerinde CGMMV etmeninin varlığı serolojik olarak tespit edilmiştir. Test sonunda ZYMV ile enfekteli bitkiler seçilmiş ve Konya, Karaman ve Aksaray illerinden toplanan farklı kabakgillerden izole edilen ZYMV izolatları ile birlikte moleküler olarak, P1 protein, yardımcı bileşen protein (HC-Pro), P3 protein, silindirik inclusion protein (CI), Nüklear inclusion protein b (NIb) ve örtü proteini (CP) gen bölgelerinin baz dizilimi belirlenmiş ve MEGA 6 bilgisayar programı kullanılarak filogenetik ve protein analizi yapılmıştır. Çalışmada 53 izolatın gen bölgelerinin sekans verileri NCBI veri bankasında yer alan sekanslarla karşılaştırılmış ve 50 tane ZYMV Türkiye izolatı Dünya'da ve Avrupa'da en yaygın olan A1 grubunda yer alırken üç tane ZYMV Türkiye izolatı Avrupa'da yeni ortaya çıkan A4 grubunda yer almıştır. Bu sonuçlarla Türkiye'de ilk defa ZYMV izolatlarının gen bölgelerine ait bilgiler elde edilmiş ve rekombinant olan izolatların varlığı rapor edilmiştir.

Abstract:
In this study, was performed to determine the sequences of the genes encoded by isolates of Zucchini yellow mosaic virus causing problem in cucurbits. Collected samples suspected to be infected from Ankara, Antalya, Burdur were tested with DAS-ELISA test to Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), Cucumber mosaic virus(CMV), Watermelon mosaic virus (WMV), Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), Papaya ringspot virus-W (PRSV-W) and Squash mosaic virus (SqMV). According to the test results, samples were found to be infected with 86 ZYMV (36,9%), with 116 WMV (49,7%), with 36 CMV (15,4%), with 22 PRSV (9%), with 6 SqMV (2,5%)  and with 20 CGMMV (8,5%). DAS-ELISA tests based on the results of Ankara and the most common viruses in Antalya province has been identified as WMV and ZYMV. In this study, CGMMV were determined first time in squash and pumpkins plants. Selected plants with infected by ZYMV and ZYMV isolates from different cucurbit plants obtained from Konya, Karaman and Aksaray, were sequenced the P1 protein, helper components protein (HC-Pro), P3 protein, cylindrical inclusion (CI), nuclear inclusion (NIB) protein and coat protein (CP) were determined according to sequence of the gene. Fifty three protein isolate sequence data were compared with sequences located in the NCBI data base. Fifty isolates from ZYMV Turkey were grouped in common group A1 and three ZYMV isolate Turkey took place in the newly emerging group in Europe A4.