Bazı pirimidin türevlerinin antioksidan kapasitelerinin belirlenmesi, glutatyon s-transferaz enzimi üzerine inhibisyon etkilerinin incelenmesi ve moleküler docking yöntemiyle enzim-inhibitör etkileşimlerinin araştırılması
Determination of antioxidant capacities of some pyrimidine derivatives, investigation of inhibition effects on glutathione s-transferase enzyme and interaction of enzyme-inhibitors by molecular docking method
Yazar: MERYEM AYAN ÜSTÜN
Danışman: DOÇ. DR. FİKRET TÜRKAN
Iğdır Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyomühendislik = Bioengineering ; Kimya = Chemistry
Dizin: Docking = Docking ; Enzim-inhibisyon yöntemi = Enzyme-inhibition method ; Metabolik detoksifikasyon-ilaç = Metabolic detoxication-drug ; Pirimidin nükleotidleri = Pyrimidine nucleotides

Özet:
Bu tez çalışmasında primidin türevlerinden olan 4,6-Dikloro-2-(metiltio) pirimidin-5-karbonil klorür ve 4,6-Dikloro-2-(metiltio) pirimidin-5-karboksiamid maddelerinin, hücre içi detoksifikasyonu sağlayan Glutatyon ile konjige çalışmasıyla bilinen GST enzimi üzerine olan inhibisyon etkileri incelendi. Elde edilen veriler GST inhibitörü olarak kabul edilen etakrinik asit değerleri ile kıyaslandı. Molekül a, molekül b ve etakrinik asit için IC50 değerleri sırasıyla 38,5 nM, 46,2 nM, 5,82 nM olarak hesaplandı. İnhibisyon çalışmasının ikinci basamağında ise IC50 grafiklerinden hareketle Ki değerlerine ulaşıldı. Ki değerleri yine sırasıyla 57,61 nM, 43,75 nM, 4,43nM olarak bulunurken; a ve b moleküllerinin yarışmasız, etakrinik asitin ise yarışmalı inhibisyon tipine sahip olduğu görüldü.
Çalışmanın ikinci bölümünde ise ilgili moleküllerin antioksidan kapasitelerini belirlemek amacıyla DPPH (2,2-difenil-1-pikrilhidrazil) yöntemi kullanıldı. a ve b molekülleri DPPH yönteminde standart olarak kabul edilen askorbik asit (vitamin C) ile karşılaştırıldığında standarda oldukça yakın değerler verdiği görüldü.
Ayrıca bu tez çalışmamızda GST enzimi ile ilgili pirimidin moleküllerinin bağlanma mekanizmasını gösteren doking çalışması yapılmış olup molekül a için -5,6 kcal/mol, molekül b için -6,2 kcal/mol olarak bulunmuştur.

Abstract:
In this thesis, pyrimidine derivatives 4,6-Dichloro-2-(methylthio) pyrimidine-5-carbonyl chloride and 4,6-Dichloro-2-(methylthio)pyrimidine-5-carboxyamide substances are conjugated with Glutathione, which provides intracellular detoxification. Inhibition effects on known GST enzyme were studied. The obtained data were compared with the values of ethacrynic acid, which is accepted as a GST inhibitor. The IC50 values for molecule a, molecule b, and ethacrynic acid were calculated as 38.5 nM, 46.2 nM, and 5.82 nM, respectively.
In the second step of the inhibition study, Ki values were reached based on the IC50 graphs. Ki values were determined as 57.61 nM, 43.75 nM and 4.43 nM, respectively. It was seen that a and b molecules had non-competitive inhibition type, whereas ethacrynic acid had competitive inhibition type.
In another part of the study, the DPPH (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazil) method was used to determine the antioxidant capacities of the related molecules. When a and b molecules were compared with ascorbic acid (vitamin C), which is accepted as the standard in the DPPH method, it was seen that they gave values very close to the standard. In addition, in this thesis study, a Doking study was conducted and showed the binding mechanism of pyrimidine molecules related to the GST enzyme, and it was found -5.6 kcal/mol for molecule a and -6.2 kcal/mol for molecule b.