İnflamatuar bağırsak hastalarında CARD15/NOD2 geni 3020 insC mutasyonu ve sitokin gen polimorfizimlerinin incelenmesi
Investigation of 3020 insC mutation in the CARD15/NOD2 gene and cytokine gene polimorphisms with patients of inflammatory bowel diseases
Yazar: İLHAMİ GÖK
Danışman: YRD. DOÇ. DR. FAHRİ UÇAR
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2004
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
İnflamatuar bağırsak hastalıkları, [(İBH: MIM:601458), (Crohn Hastalığı, CH: MİM: 266600) ve Ülseratif Kolit (UK: MİM: 191390)] genetik ve çevresel ajanların etkileşimiyle ortaya çıkan kompleks, genetik heterojenite gösteren hastalıklardır. Hastalıkla ilişkili olduğu tartışılan CARD15/NOD2 geni mutasyonları ve sitokin gen polimorfizmleri dünyadaki çeşitli ırklarda farklı dağılımlar göstermektedir. Türk toplumundaki inflamatuar bağırsak hastalarının CARD15/NOD2 geni 3020insC mutasyonu ve sitokin gen polimorfızmi dağılımlarını belirlemek amacıyla; 69 inflamatuar bağırsak hastasında [18 Crohn hastası (10 E, 8 K, yaşları 37 ± 11), 51 Ülseratif kolit (24 E, 27 K, yaşları 39 ± 12) ve kontrol grubu olarak 50 sağlıklı bireyde (23 E, 27 K, yaşlan 36 ± 11) mutasyonların analizleri yapıldı. CARDI 5/NOD2 geni 3020insC mutasyonu analizi allel spesifik multipleks PCR yöntemiyle, sitokin gen polimorfizmlerinin analizi ise PCR-SSP (sekans spesifik primer) metodu ile tayin edildi. Türk toplumunda CARDI 5/NOD2 geni 3020 nsC mutasyon oranlan inflamatuar bağırsak hastalannda % 28.9 (CH. %38 ve ÜK.%25) ve sağlıklı bireylerde % 4 olarak tespit edildi. Sitokin gen polimorfizmlerinin dağılımları, sağlıklı bireyler ile karşılaştırıldığında; inflamatuar bağırsak hastalannda sitokin genlerinden, IL-1 RA, İL- 4RA, TGFp ve TNFa kontrol grubuna göre artma (p < 0.05), İL -la, IL-ip, İL- 12, IFN y, İL -2, IL- 4, İL- 6 ve İL -10'da azalma (p< 0.05), Crohn hastalarında; IL-1, IL-4RA, ve TNFo'da artma (p < 0.05), IL-1, IL-4RA, IFN-y, TGFp, TNF, IL-2, IL-4, IL-6 ve IL-10'da azalma (p< 0.05), ülseratif kolitlilerde ise; İL p, İL- 1 RA, İL- 4RA, IL-12, TGFp ve TNFa artma (p < 0.05), IL-lo, IFN y, IL-2, IL-4, IL-6 ve IL-10'da azalma tespit edildi (p< 0.05). Diğerlerinde herhangi bir değişim gözlenmedi. Sonuç olarak; Türk toplumunda CARD15/NOD2 geni 3020 insC mutasyonunun sadece Crohn hastalarına özgü olmayıp, ülseratif kolitli hastalarda da bulunduğunu, klinik tanılarda tek başına belirleyici olamayacağını, fakat sitokin gen polimorfizmlerinde artma ve azalma yönündeki değişimlerinin klinik tanıda kullanılabileceğini düşünmekteyiz.Anahtar kelimeler: İBH, Crohn hastalığı, Ülseratif kolit, CARD15/NOD2 Geni, Sitokin Gen Polimorfızmi, PCR-SSP, Allel Spesifik Multipleks PCR

Abstract:
Investigation of 3020 insC Mutation in the CARD15/NOD2 Gene and Cytokine Gene Polimorphisms with Patients of Inflammatory Bowel Diseases Inflammatory bowel diseases (IBD: MIM:601458), including Crohn Disease, (CD: MIM: 266600) and Ulcerative colitis (UC: MIM: 191390), appear as a result of the interaction between genetic and environmental factors; thus showing complex and genetic heterogeneous characteristics. With a purpose to identify the frequency of cytokine gene polymorphisms and also the mutation of 3020 insC of CARD 15 /NOD2 gene, an analysis was carried out to find out the mutation rates of the Turkish population: 69 cases with inflammatory bowel diseases [(18 cases with Crohn disease; (10 M, 8 F, ages 37±1 1 ); 51 Ulcerative colitis (24 M, 27 F, ages 37±12)]; and 50 healthy individuals (23 M, 27 F, ages 36 ±1 1) as the control group.In this study we used PCR based tecniques. In the Turkish population with inflammatory bowel diseases, the mutation rate of 3020 insC of CARD15 /NOD2 gene was IBD 28.9 %, CD 38 %, and UC 25% and the related rate was 4 % concerning the healthy individuals. When compared with the cytokine genes of healthy individuals, the frequency of cytokine gene polymorphism in inflammatory bowel diseases increased in genes IL-1 RA, İL- 4RA, TGFp and TNFa (p < 0.05) but decreased in genes IL -la, IL-lp, IL~ 12, IFN y, IL -2, IL- 4, IL- 6 and IL -10 (p< 0.05); in Crohn diseases it increased in genes IL-1, IL-4RA, and TNFa of (p < 0.05) but decreased in genes IL-1, IL-4RA, IFN-y, TGFp, TNF, IL-2, IL-4, IL-6 and IL-10; in Ulcerative colitis it increased in genes IL p, IL- 1 RA, IL- 4RA, IL-12, TGFp and TNFa (p< 0.05) but decreased in genes IL-la, IFN y, IL-2, IL-4, IL-6 and IL-10 (p< 0J5); there was no difference in other genes.In sum, in the Turkish population the mutation of 3020 insC of CARD15/NOD2 gene is not unique to Crohn disease, but this mutation is present in Ulcerative colitis as well. We are of the opinion that this mutation is not itself the only determining factor for clinical diagnoses; however, it can be used in the clinical diagnosis of IBD in order to determine the low level or high level variations in cytokine gene polymorphism.Key Words: Inflammatory Bowel Disease, Crohn Disease, Ulcerative Colitis, CARD15/NOD2 Gene, Cytokine Gene Polymorphism, PCR-SSP, Specific Multiplex PCR