Beş yıllık idrar kültür sonuçlarının değerlendirilmesi ve izole edilen Escherichia coli suşlarının antimikrobiyal direnç profilleri
Evaluatuan of the five year urine culture results and antimicrobial suscepbility profiles of E.coli strains from urine
Yazar: ELİF DENKTAŞ
Danışman: PROF. DR. OSMAN AKTAŞ
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Erzurum = Erzurum ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Kültür teknikleri = Culture techniques ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections ; İdrar = Urine ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Bu çalışmanın amacı, hastaneye başvuranlarda ve hastanede yatarak tedavi görenlerde idrar kültür sonuçlarının mikrobiyolojik bir değerlendirmesini yapmak ve izole edilen Escherichia coli suşlarının antimikrobiyal direnç profillerinin yıllar içerisindeki değişimini araştırmaktır.
Materyal ve Metot: Atatürk Üniversitesi Araştırma Hastanesine 2014-2018 yıllarında başvuran ve hastanede yatmakta olan hastaların idrar kültür sonuçları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. İzole edilen mikroorganizmaların tanısı ve Escherichia coli suşlarının antibiyotik duyarlılıkları rutin yöntemlerle ya da VITEK® 2 (bioMérieux Clinical Diagnostics, France) ya da BD Phoenix™ otomatize identifikasyon ve duyarlılık test sistemi cihazlarıyla araştırılmıştır.
Bulgular: 162.296 idrar örneğinin 213 (% 0.1)'u uygunsuz örnek olduğu için işleme alınmamış; kültürü yapılan örneklerin 25.533 (% 15.7)'ünden pozitif sonuç alınmış; 16.985 (%10.5)'inde kontaminasyon gözlenmiştir. Kültür pozitifliği kadınlarda erkeklere oranla; küçük yaşlarda ve yaşlılarda genç yaşlara oranla yüksek bulunmuştur. Kültür pozitifliği ayaktan hastalarda (% 38,6), yatarak tedavi görenlere (% 38,4) kıyasla çok daha yaygındı. En sık izole edilen bakteri 12.247  (%48.0) suşla Escherichia coli olmuş bunu sırasıyla suşla Enterococcus spp. (%9.1), koagülaz negatif stafilokok (%8.3), Candida spp. (%6.9) ve Klebsiella pneumoniae (%6.9) takip etmiştir. Escherichia coli suşlarının 3401 (%27.8)'i ESBL pozitif bulunmuştur. Escherichia coli suşlarına en etkili antibiyotikler imipenem, meropenem, ertapenem ve amikasin olmuş en fazla direnç ise ampisilin, piperasilin, ampisilin-sulbaktam, TMP-SMX ve siprofloksasine gözlenmiştir.
Sonuç: Erzurum'da toplum ya da hastane kaynaklı idrar yolu enfeksiyonu yüksek oranlarda tespit edilmiştir. Escherichia coli suşlarının tedavilerinde kullanılan antibiyotiklerin önemli bir kısmına yüksek oranlarda dirençli oldukları; bu dirençliliğin özellikle ESBL üreten suşlarda çok daha yüksek olduğu görülmüştür. ESBL üretmeyen Escherichia coli suşlarının 2018 yılındaki direnç artışı dikkat çekici boyutlardadır.
Anahtar Kelimeler: E. coli, İdrar kültürü, İdrar yolları enfeksiyonu, Antimikrobiyal direnç, Erzurum.

Abstract:
Aim: The aim of this study was to make a microbiological evaluation of urine culture results in hospitalized and non-hospitalized patients and to investigate the variation of antimicrobial resistance profiles of Escherichia coli strains isolated from urine.
Material and Method: During a five-year period between 1 January 2014 and 31 December 2018, a total of 162.296 urine culture results of hospitalized and non-hospitalized patients were retrospectively evaluated. Diagnosis of isolated microorganisms and antibiotic susceptibility of Escherichia coli strains were investigated by routine methods or automated identification and susceptibility test systems such as VITEK® 2 (bioMérieux Clinical Diagnostics, France) or BD Phoenix™.
Results: Of the 162.296 specimens, 213 (0.1%) were not processed because they were inappropriate; positive results were obtained from 25.533 (15.7%) of the cultured samples; contamination was observed in 16.985 (10.5%). Culture positivity in women compared to men; it was found to be higher in early ages and older people compared to younger ages. Culture positivity was far more common in outpatients (61.6%) compared to inpatients (38.4%). The most frequently isolated bacteria was Escherichia coli with 12.247 (48.0%) strains and followed Enterococcus spp. (9.1%), Coagulase-negative staphylococci (%8.3), Candida spp., (%6.9) and Klebsiella pneumoniae strains, respectively. Of the Escherichia coli strains, 3401 (27.8%) were ESBL positive. The most effective antibiotics for Escherichia coli strains were imipenem (0.7% resistance), ertapenem (4.7% resistance) and amikacin (5.1% resistance), respectively.
Conclusion: Community or hospital-acquired urinary tract infection was found to be high in Erzurum. Escherichia coli strains are highly resistant to a significant proportion of antibiotics used in the treatment; this resistance was found to be much higher, especially in ESBL producing strains. The increase in resistance rates of ESBL-producing Escherichia coli strains in 2018 is remarkable.
Key Words: E. coli, Urine culture, Urinary tract infections, Antimicrobial resistance, Erzurum.