Burdur ili çiğ süt örneklerinden bazı gram negatif bakterilerin izolasyonu, MALDI-TOF MS ile tanımlanması ve bazı virulans özelliklerin belirlenmesi
Isolation of gram negative bacteria from raw milk samples in Burdur province, identification by MALDI-TOF MS and determination of some virulence characteristics
Yazar: HACER KAÇAR
Danışman: PROF. DR. GÜLDEN BAŞYİĞİT KILIÇ
Burdur Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering

Özet:
Burdur ili ve ilçelerinden toplanmış olan süt örneklerinden CHROMagar™ ESBL besiyerinden 33 adet Gram negatif bakteri izole edilmiştir ve MALDI TOF-MS ile 15 adet Stenotrophomanos maltophilia, 5'er adet Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, 3 adet Klebsiella oxytoca, 2 adet Chryseobacterium gleum ve 1'er adet Enterobacter claocoe, Hafnia alvei, Acinetobacter baumannii tanımlanmıştır. Disk difüzyon yönteminde tüm antibiyotikler genel olarak değerlendirildiğinde en duyarlı suşun H. alvei YH102A olduğu belirlenmiştir. H. alvei YH102A suşu seftazidim (30 µg), sefpodaksim (10 µg), sefotaksim (30 µg), sefepim (30 µg) ve sefepim (5 µg) antibiyotiklerine duyarlı bulunmuştur. VITEK® 2 Compact sistemi ile en fazla direnç seftiofur antibiyotiğinde, en fazla duyarlılık ise trimetoprim/SMZ antibiyotiğinde tespit edilmiştir. Çalışmamızda E. coli YH131A suşunun en yüksek antibiyotik direnç profiline sahip olduğu, çalışmada kullanılan 16 antibiyotiğin 13'üne dirençli iken, sadece amoksisilin/klavulanik asit, tikarsilin/klavulanik asit ve imipenem antibiyotiklerine duyarlı olduğu belirlenmiştir. Virulans özelliklerin belirlenmesi amacıyla yapılan analizler sonucunda incelenen tüm suşlarda DNAz aktivitesi belirlenmemiştir. S. maltophilia (YH6A, YH100, YH101, YH103, YH129D), E. coli (YH131A, YH140B), C. gleum YH67B ve A. boumannii YH138B suşlarının jelatinaz üretimi pozitif bulunmuştur. Suşlarda histidin, ornitin ve lisin aminoasitlerinde dekarboksilaz aktivite belirlenmezken, suşların en fazla triptofan aminoasidini dekarboksile ettiği belirlenmiştir. P. aeruginosa (YH27C, YH152B, YH138A, YH148A), S. maltophilia (YH101, YH103, YH113, YH135B) ve E. cloacae YH27A suşları beta hemoliz, S. maltophilia YH64 suşu ise alfa hemoliz özellik göstermiştir. S. maltophilia (YH12A, YH94A, YH97B, YH99, YH129D), E. coli (YH126A, YH131A), K. oxytoca YH98B, H. alvei YH102A zayıf alfa hemoliz gösterirken diğer suşlarda hemoliz oluşmamıştır. S. maltophilia YH6A ve P. aeruginosa YH27C suşlarının 0,64 değeri ile güçlü biyofilm üreticisi olduğu, diğer suşların ise 0,15 ile 0,38 arasında zayıf biyofilm üreticisi oldukları tespit edilmiştir. Ekstraselüler proteaz üretimi deneyinde; 17 suşun kazein, süt ve skim milk agarda zon oluşturduğu, her üç besiyerinde de zon oluşturmayan tek suşun E. coli YH140B olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
33 Gram-negative bacteria were isolated from CHROMagar™ ESBL broth from milk samples collected from Burdur province and its districts. Out of 33 bacteria, 15 Stenotrophomanos maltophilia, 5 Pseudomonas aeruginosa, 5 Escherichia coli, 3 Klebsiella oxytoca, 2 Chryseobacterium gleum, 1 Enterobacter claocoe 1 Hafnia alvei and Acinetobacter baumannii were identified by MALDI TOF-MS. When all antibiotics were evaluated in the disk diffusion method, it was determined that the most sensitive strain was H. alvei YH102A. H. alvei YH102A strain was found to be sensitive to ceftazidime (30 µg), cefpodaxime (10 µg), cefotaxime (30 µg), cefepime (30 µg) and cefepime (5 µg) antibiotics. With the VITEK® 2 Compact system, the highest resistance was detected in the ceftiofur antibiotic, and the highest sensitivity was detected in the trimethoprim/SMZ antibiotic. In our study, it was determined that E. coli YH131A strain had the highest antibiotic resistance profile, while it was resistant to 13 of the 16 antibiotics used in the study, it was sensitive only to amoxicillin/calvulanic acid, ticarcillin/clavulanic acid and imipenem antibiotics. As a result of the analysis carried out to determine virulence characteristics, DNAse activity was not determined in all strains examined. S. maltophilia (YH6A, YH100, YH101, YH103, YH129D), E. coli (YH131A, YH140B), C. gleum YH67B and A. baumannii YH138B strains were found to be positive for gelatinase production. While decarboxylase activity was not determined in histidine, ornithine and lysine amino acids of the strains, the most decarboxylated amino acid by the strains was determined as tryptophan. P. aeruginosa (YH27C, YH152B, YH138A, YH148A), S. maltophilia (YH101, YH103, YH113, YH135B) and E. cloacae YH27A strains showed beta hemolysis. Eventhough S. maltophilia YH64 strain showed alpha hemolysis. S. maltophilia (YH12A, YH94A, YH97B, YH99, YH129D), E. coli (YH126A, YH131A), K. oxytoca YH98B, H. alvei YH102A showed weak alpha hemolysis, other strains did not show hemolysis. S. maltophilia YH6A and P. aeruginosa YH27C strains were found to be strong biofilm producers with a value of 0.64, while other strains were found to be weak biofilm producers between 0.15 and 0.38. In the experiment of extracellular protease production; It was determined that 17 strains formed a zone in casein, milk and skim milk agar, and E. coli YH140B was the only strain that did not form a zone in all three media.