Kanal tedavisi yapılan hastalarda izole edilen candidaların PCR-RFLP yöntemi ile genotiplendirilmesi ve azol direncinin belirlenmesi
Kanal tedavi̇si̇ yapilan hastalarda i̇zole edi̇len candidalarin PCR-RFLP yöntemi̇ i̇le genoti̇plendi̇ri̇lmesi̇ ve azol di̇renci̇ni̇n beli̇rlenmesi̇
Yazar: ZAHİDE TOPAKTAŞ
Danışman: PROF. DR. NİZAMİ DURAN
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Azoller = Azoles ; Endodonti = Endodontics ; Enfeksiyon = Infection ; Genotip = Genotype ; Kandida = Candida ; Kök kanal tedavisi = Root canal therapy ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Giriş ve Amaç: Endodontik enfeksiyonlardaCandida türlerinin frekansı konusunda çok sayıda çalışmaya rastlanabilse de endodontik bir patojen olarak Candida türlerinin rolü hala tartışmalıdır. Biz bu çalışmamızda kök kanal tedavisi yapılan hastalardan izole edilen Candida izolatlarının genotiplendirmesini ve ilaç direnç profillerini belirlemeyi amaçladık.
Yöntem: Bu çalışma Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda gerçekleştirilmiştir. Hatay Mustafa Kemal üniversitesi Diş Hekimliği Araştırma ve Eğitim Hastanesi Endodonti polikliniğinde kanal tedavisi gören hastalardan alınan tükürük numuneleriden izole edilen toplam 144 candida suşu ile kök-kanal tedavisi öyküsü olmayan 47 sağlıklı gönüllü çalışmaya dahil edildi. Candida izolatlarının tür düzeyinde tayini için PCR RFLP yöntemi kullanıldı. İzole edilen suşların antifungal duyarlıklıkları ise otomatize kültür sitemi kullanılarak değerledirildi. Çalışmada azol direnç geni erg 11 geninden polimorfizm ve HWP1 virulans geni varlığı da PCR yöntemiyle belirlendi.
Bulgular: Çalışmada izolatların büyük çoğunluğunun C.albicans (%61.8; 89/144) olduğu tespit edilmiştir. İkinci sıklıkta izole edilen suşların ise %11.8'lik oranla C.parapsilosis ve C.glabrata olduğu bulunmuştur. C.albicans türleri arasında en yüksek direncin azol grubu ilaçlardan flukanazole karşı (%5.6) görüldüğü saptanmıştır. Candida glabrata izolatlarında flusitozin direncinin %17.6 olduğu tespit edilirken, mikafungin ve amfoterisin B'ye karşı C.glabrata kökenlerinin %5.8'sinin dirençli olduğu tespit edilmiştir. C. parapsilosis kökenlerinde ise en yüksek direncin amfoterisin B (%29.4)'ye karşı görüldüğü tespit edilirken, ikinci sırada yüksek direncin flukanazole karşı (%5.8) geliştiği saptanmıştır. C.albicans kökenlerinde flusitozin direnci tespit edilmemiştir. Hasta grubunda HWP1 geni frekansı %43 olarak bulunurken, sağlıklı kontrol grubunundan izole edilen Candida kökenlerinde HWP1 geni frekansının %26 oldu tespit edilmiştir. HWP 1 geni varlığı açısından hasta grubu ile sağlıklı kontrol grubu arasında istatiksel açıdan anlamlı bir farkın olduğu görülmektedir (p<0.01). Sağlıklı kontrol grubunda azol direncinden sorumlu olduğu bilinen ERG 11 geninde herhangi bir mutasyon saptanmazken, hasta grubunda ERG 11 geni mutasyon frekansının %22 olduğu tespit edilmiştir. ERG 11 geni frekansı bakımından hasta ve sağlıklı kontrol grubu arasında da istatiksel açıdan anlamlı derecede farkın olduğu görülmektedir (p<0.001).
Sonuçlar: Çalışmada izole edilen Candida tür dağılımı incelendiğinde C.albicans'ın %61.8'lik oranla en sık izole edilen köken olduğu belirlenirken, bu türü, Candida.spp, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis nin takip ettiği saptanmıştır. C.albicans kökenlerinde flukanazol ilaç direnci ile C.glabrata kökenlerinde flusitozin (%17.6) ilaç direnci dikkat çekici oranlarda tespt edilmiştir. Son yıllarda, dünyadaki birçok ülke Candida enfeksiyonlarının epidemiyoloj isinde bir değişime tanık olmuş, bu durum C. albicans baskınlığından albicans dışı türlere doğru ilerleyen bir kayma ile karakterize edilmiştir. Söz konusu suşların en sık kullanılan azol grubu ilaçlara doğal dirençli olabilmesi ya da duyarlı olarak bilinen kökenlerde artan ilaç direncinin önüne geçebilmek ve için etkenlerin hızlı ve güvenilir yöntemlerle identifikasyon ve antifungal duyarlılık testlerinin yapılması büyük öneme sahiptir.
Anahtar kelimeler: Kök-kanal infeksiyonu, endodonti, Candida, infeksiyon, PCR- RFLP, ilaç, direnç.

Abstract:
Introduction and Aim: Although there are many studies on the frequency of Candida species in endodontic infections, the role of Candida species as an endodontic pathogen remains controversial. In this study, we aimed to determine genotyping and drug resistance profiles of Candida isolates isolated from patients receiving root canal treatment.
Materials&Methods: This study was carried out at Hatay Mustafa Kemal University Medical Faculty Department of Medical Microbiology. A total of 144 candida strains isolated from saliva samples taken from patients undergoing root canal treatment in Endodontic outpatient clinic of Hatay Mustafa Kemal University Dentistry Research and Training Hospital and 47 healthy volunteers without a history of root canal treatment were included in the study. PCR RFLP method was used for determination of Candida isolates at species level. Antifungal susceptibility of isolated strains was evaluated by automated culture system.Polymorphism from the erg 11 gene, which is the azole resistance gene, and the presence of the HWP1 virulence gene were also determined by PCR.
Results: The majority of isolates were C.albicans (61.8%; 89/144). The second most frequently isolated strains were C.parapsilosis and C. glabrata with a rate of 11.8%. Among the C.albicans species, the highest resistance was observed against fluconazole (5.6%) among azole group drugs. It was determined that flucytosine resistance was 17.6% in Candida glabrata isolates and 5.8% of C. glabrata strains were resistant to micafungin and amphotericin B. Among the parapsilosis strains, the highest resistance was found against amphotericin B (29.4%), while the second highest resistance was found against flucanazole (5.8%). No flucytosine resistance was detected in C.albicans strains. While the frequency of HWP1 gene was 43% in the patient group, it was found that the frequency of HWP1 gene was 26% in Candida strains isolated from healthy control group. There was a statistically significant difference between the patient group and the healthy control group in terms of the presence of HWP 1 gene (p <0.01). While no mutation was detected in the ERG 11 gene which is known to be responsible for azole resistance in the healthy control group, the mutation frequency of the ERG 11 gene was 22% in the patient group. There was also a statistically significant difference between the patient and healthy controls in terms of the frequency of ERG 11 gene (p <0.001).
Conclusions: In the study, when isolated Candida species distribution was examined; C.albicans was determined to be the most commonly isolated strain with a.8%, followed by Candida spp, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis. Flucanazole drug resistance in C.albicans strains and flucytosine (6) drug resistance in C. glabrata strains were determined at remarkable rates. In recent years, many countries around the world have undergone a change in the epidemiology of Candida infections. It was characterized by a shift from C. albicans dominance to non- albicans species as the etiological agent. The identification of Candida strains with rapid and reliable methods and antifungal susceptibility tests are of great importance in order to detect natural resistant candida strains to azole group drugs or to prevent increased drug resistance in known strains.
Key words: Root-canal infection, endodontics, Candida, infection, PCR-RFLP, drug, resistance.