Klinik örneklerden üretilen shigella suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının ve ''Pulsed field gel electrophoresis'' genotipik profillerinin araştırılması
Research of antibiotic suspectibility and pulsed field gel electrophoresis genotypical profiles of clinical shigella isolates
Yazar: GÜL GÜNER SOYLU
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA ULUKANLIGİL
Fatih Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Elektroforez = Electrophoresis ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Genotip = Genotype ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Shigellalar = Shigella

Özet:
Bu çalışmada Shigella spp. tiplendirmesinde antibiyotik duyarlılığı yanında PFGE'nin tiplendirmedeki etkinliğinin değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışmaya birbirleriyle karşılaştırmak üzere 2005 ve 2006 yıllarında Fatih Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda izole edilmiş ikisi Shigella dysenteriae 27'si S.sonnei olmak üzere toplam 29 Shigella izolatı dahil edildi. İzolatlar 17 farklı antibiyotiğe duyarlılıkları açısından değerlendirildi. İzolatların antibiyotik duyarlılık sonuçlarına göre 4 farklı direnç paterni elde edildi. XbaI enzimiyle elde edilen genomik DNA'ların PFGE analizleri sonucunda 4 major PFGE paterni belirlendi.PFGE ile elde edilen bulgulara göre; 2005 ve 2006 yılları Shigella izolatları arasında yapılan kıyaslamalarda genotipik homojenitenin büyük ölçüde korunduğu gözlenmiştir. İzolatlar arasında ayırt edilemez yada yakın ilişkili pek çok suşun olması bu dönemde gerçekleşen vaka kümelenmelerinin aynı bakteriyel kökenden olabileceğini ve devam eden bir klonun varlığını düşündürmektedir. Antimikrobiyal duyarlılık paternleri farklı iken PFGE profilleri identik ya da yakın ilişkili çıkan pek çok izolatın varlığı, PFGE'nin epidemiyolojik tiplendirmede antimikrobiyal duyarlılık paternlerine göre daha duyarlı sonuçlar verdiğini düşündürmektedir. Ancak Shigella spp. izolatlarının antimikrobiyal duyarlılık çalışmalarının yapılmasının ampirik tedavi için her zaman yol gösterici olduğu akıldan çıkarılmamalıdır.Ülkemizde sporadik ya da salgın şeklinde vakalara neden olan Shigella spp. suşlarının bölgelere göre dağılımlarını değerlendirmek ve doğrulamak için daha çok sayıda ve uzun dönemleri kapsayan çalışmaların yapılması gerektiğine inanmaktayız.Bu çalışmalara ek olarak, bildirilen suşların klonal ilişkilerinin genotipik tiplendirme yöntemleriyle ortaya konulması; salgınların doğrulanmasında güvenilir bilgiler sunacak, bulaş yolları ve kaynaklarının bu şekilde tespiti, enfeksiyon kontrol ve tedavilerinde etkin yöntemler geliştirilmesine önemli katkı sağlayacaktır.Anahtar kelimeler: Shigella spp., antibiyotik duyarlılığı, "pulsed field gel electrophoresis" (PFGE) , epidemiyoloji

Abstract:
The aim of this study was to evaluate the effectiviness of PFGE for typing Shigella spp. isolates as well as antibiotic susceptibility. A total of 29 Shigella strains isolated in Fatih University Microbiology Laboratory during 2005 and 2006, two of them were S.dysenteria and the the rest was S.sonnei were included in the study to compare with each other. Isolates were assessed for the susceptibility of 17 different antimicrobials. According to the antimicrobial suspectibility results, 4 different resistance patern were obtained. As a result of the PFGE analysis of the genomic DNA?s obtained by the restriction of XbaI enzyme, four major PFGE patterns were determined.According to data obtained by PFGE; comparison made between the Shigella spp. isolates of the years 2005 and 2006 showed that the genotypic homogenity was largely protected. The presence of many indistinguishable or closely related strains among the isolates suggest that the cluster of cases occured in this period is originated from the same source and there is a continious clone. Because there is a big number of strains different for the antimicrobial susceptibility but identical or closely related for PFGE patterns, it could be considered that PFGE is more sensitive than antimicrobial susceptibility testing for epidemiologic typing. However, it should be kept in mind that performing the antimicrobial suspectibility tests is always a good pathfinder for the empiric therapy of Shigella spp. infections.In our country, we believe that long term studies covering large number of patients should be performed to evaluate the distribution of Shigella spp. isolates causing sporadic cases or outbreaks by region.In addition to this studies, displaying the clonal relationship of the strains by genotypic methods will provide reliable information to confirm the outbreaks; the identification of sources and transmission routes in this way will make a significant contribution to the development of effective methods for infection control and treatment.Keywords: Shigella spp.,antibiotic susceptibility,"pulsed field gel electrophoresis"(PFGE),epidemiology