Vankomisine dirençli enterokokların moleküler epidemiyolojisi
Molecular epidemiology of vancomycin resistant enterococci
Yazar: BARIŞ DERYA ERÇAL
Danışman: DOÇ. DR. DUYGU PERÇİN
Erciyes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterococcus = Enterococcus ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Vankomisin = Vancomycin ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Vankomisine dirençli enterokok (VRE) susları, enfekte hastalar veya bususlarla kolonize olan hasta, hastane personeli ve çevre kontaminasyonu aracılığıylakolaylıkla yayılarak salgınlar olusturmakta ve tedavisi güç enfeksiyonlara nedenolmaktadır. Bu nedenle klinik örneklerde, rektal tarama örneklerinde ve çevreörneklerinde VRE suslarının saptanması önem arz etmektedir. VRE yayılımınıönlemede, enfeksiyon kaynağını saptama ve ortadan kaldırmaya yönelikepidemiyolojik arastırmalar ilk basamağı olusturmaktadır. Bir salgın esnasındagastrointestinal kolonizasyonu tespit etmek için özel sürveyans kültürleri yapılmasıbasarılı bir VRE kontrol programı için gereklidir. Tüm dünyada VRE ile olusankolonizasyon ve enfeksiyon oranı artmakta ve bu artısa katkıda bulunan faktörlertanımlanmaktadır. Bugün için kolonizasyonu eradike edecek bir uygulama olmasa daenfeksiyon kontrolü uygulamaları maliyet-etkindir ve VRE kolonizasyonunun veenfeksiyonunun prevalansını azaltmaktadır.Bu çalısmada, çesitli klinik örneklerden ve rektal tarama örneklerinden VREtürlerinin izole edilmesi, bu susların tür düzeyinde tanımlanması, glikopeptid türüantibiyotiklere direnç durumunun belirlenmesi ve bu susların repetitive-sequencebasedpolymerase chain reaction (rep-PCR) yöntemiyle klonal yakınlığınbelirlenmesi amaçlanmıstır.Gereç ve yöntem: Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde çesitli kliniklerdeyatan hastalardan alınan rektal sürüntü örneklerinden ve klinik örneklerden izoleedilen 89 VRE susu çalısmaya alındı. Suslar API Rapid ID 32 Strep kitiyle türdüzeyinde tanımlandı. Vankomisin ve teikoplanine duyarlılık E-test yöntemi ilebelirlendi. VRE suslarının genetik yakınlıklarının belirlenmesi için rep-PCR(Diversilab, Biomeriéux, Fransa) yöntemi uygulandı.Bulgular: Susların tamamı VanA fenotipinde E. faecium olarak tanımlanmıstır. Rep-PCR sonuçlarına göre 7'si (A-G) ana klon olmak üzere toplam 12 klon (A-L)belirlenmistir. Ana klonlardan A klonunda 3 alt klon (A1, A2, A3), B ana klonunda 2alt klon (B1, B2), C ana klonunda 3 alt klon (C1, C2, C3) ve E ana klonunda 2 altklon (E1, E2) belirlenmistir.Sonuç: Klonlardan bazıları basta pediatri yenidoğan ünitesinde olmak üzere çesitlikliniklerde ciddi salgınlara yol açmıstır. Sıkı enfeksiyon kontrol önlemleri sayesindesalgınlar sonlanmıstır. Bu çalısmada kullanılan rep-PCR yönteminin epidemiyolojikçalısmalarda kullanılabilecek basarılı bir yöntem olduğunu düsünmekteyiz. Buyöntem gerek hızı gerekse uygulama kolaylığı ile faydalı bir yöntemdir.Sonuç olarak, hastaların hastaneye kabulleri sırasında VRE kolonizasyonu yönündenarastırılması, herhangi bir ünitede VRE tespit edildiğinde izolasyon ve enfeksiyonkontrol önlemlerinin titizlikle uygulanması, süreklilik göstermesi, klinikmikrobiyoloji laboratuvarının etkin kullanımı ve personelin bu konuda eğitilmesisalgınları önlemede en etkili yöntemdir.

Abstract:
Aim: Vancomycin resistant enterococci (VRE) can easily spread in the hospitals andcause infections which are difficult to treat through contamination of theenvironment, infection and colonization of patients and hospital staff. Therefore,detection of VRE in rectal surveillance cultures, environmental samples and clinicalspecimens is of great importance. Epidemiological studies for detection andelimination of infection source are the first step in preventing the spread of VRE. Fora successful VRE control program, surveillance cultures are required to detectgastrointestinal colonization during outbreak. Colonization and infection rate byVRE have been increasing and contributional factors have been being defined allover the world. Although there is no eradication protocol at the moment, infectioncontrol practices are cost effective and can decrease the prevalence of VREcolonization and infection.The aims of this study are to isolate VRE strains from clinical specimens and rectalsurveillance cultures; to identify the strains in species level; to determine resistanceto glycopeptides and to evaluate clonally relationship of the strains by rep-PCR.Materials and methods: Eighty nine VRE strains isolated from clinical specimensand rectal surveillance cultures of patients hospitalized in Erciyes University MedicalFaculty Hospital were included in this study. Strains were identified in species levelby API Rapid ID 32 Strep kit. Susceptibility to vancomycin and teicoplanin aredetermined by E-test. Rep-PCR is used to evaluate clonally relationship.Results: All the strains were defined as VanA phenotype E. faecium. According tothe rep-PCR results 12 (A-L) clones including 7 main (A-G) clones were determined.Of the main clones there were 3 sub-clones (A1, A2, A3) in A clone, 2 sub-clones(B1, B2) in B clone, 3 sub-clones (C1, C2, C3) in C clone and 2 sub-clones (E1, E2)in E clone.Conclusion: Some of the clones caused serious outbreaks in some clinics partially innewborn unit. Those outbreaks were ended thanks to the infection control measures.We believe that, rep-PCR is a successful method for epidemiological studies. Thismethod is very useful as it is a very fast and easy to use method.In conclusion, the most effective methods to prevent outbreaks are to evaluatepatients for VRE colonization before hospitalization; to apply continuously andstrictly all possible infection control measures when VRE is detected in a clinic; touse clinical microbiology laboratory effectively and to educate hospital staff.