Spinoserebellar Ataksi sendromlu hastalarda Tip 7 (SSA7) ve Tip 17 (SSA17) CAG trinükleotit tekrarlarının incelenmesi
Determination of Type 7 (SCA7) and Type 17 (SCA17) CAG trinucleotide repeats in patients with Spinocerebellar Ataxia syndrome
Yazar: PERÇİN PAZARCI
Danışman: PROF. DR. HALİL KASAP
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Spinoserebellar dejenerasyonlar = Spinocerebellar degenerations

Özet:
Spinoserebellar Ataksi (SSA), beyincik, beyin sapı ve omurilikte ilerleyen fonksiyon bozukluğu ile karakterize, zamanla ilerleyen, dejeneratif, şu ana kadar birçok farklı tipi belirlenmiş bir genetik hastalıktır. Klinik semptomlar genellikle yürüyüşte bozulma, el ve ayak hareketlerinin koordinasyonunda azalma, konuşmada bozukluk, görme kaybı ve bunama olarak sıralanabilir. Hastalarda genellikle beyincik atrofisi görülmekle birlikte farklı tipteki ataksilerin beyinciğin farklı bölgelerini etkilediği bilinmektedir. Günümüzde farklı kromozomal lokus ya da gen farlılığına göre 30'nin üzerinde farklı tipleri olan kalıtsal SSA hastalığı tanımlanmış durumdadır. Farklı tipteki SSA'ların klinik belirtileri birbirleriyle çok benzer olmakla birlikte, bu sendromun farklı tiplerine neden olan gen bölgeleri ve bu bölgelerdeki mutasyonlar farklılık göstermektedir. Bu nedenle hastalığın klinik tanısı çok zor olmakla birlikte, hastalığa neden olan özgün lokustaki genetik düzensizliğin moleküler yöntemlerle belirlenmesi tanının kesin olarak yapılabilmesine olanak sağlamaktadır. SSA hastalığına neden olan mutasyonlar birkaçı dışında üçlü nükleotit tekrarlarındaki (TNR) anormal artışlardan kaynaklanmaktadır. SSA7'ye 3'üncü kromozomun p21.1 bölgesinde bulunan ATXN7 geninin üçüncü ekzonundaki tekrar artışları ve SSA17'ye 6'ıncı kromozomun q27 bölgesinde bulunan TATA box-binding protein (TBP) geninin üçüncü ekzonundaki tekrar artışları sebep olmaktadır.Bu çalışmada, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji ve Pediatrik Nöroloji servislerine başvurmuş, SSA teşhisi konmuş hastalardan ve sağlıklı kişilerden kan örnekleri toplandı. Hasta ve normal bireylerin SSA7 ve SSA17 bölgeleri için tekrar sayıları, tekrar artışı gösteren bölgelerin PCR amplifikasyonu yoluyla çoğaltılmasının ardından elde edilen PCR ürünlerinin agaroz jel elektroforezi yapılıp uzunlukları bilinen DNA parçalarıyla karşılaştırılması yoluyla belirlendi.Çalışmamızda; SSA7 taramalarında 1 bireyde (1/60, %1,7) tam penetrans, SSA17 taramalarında ise 3 bireyde (3/159, %1,9) 43-48 arasında TNR sayısı olan düşük penetrans, 3 bireyde (3/159, %1,9) 49-66 TNR sayısı ile tam penetrans gösterdiği ve hepsinin genotipinin heterozigot olduğu saptandı. SSA7 ve SSA17'nin görülme sıklıkları, normal bireylerde görülen tekrar sayılarının ortalamaları ve frekansları belirlendi. Ayrıca, hasta bireylerdeki tekrar sayılarının hastalık başlama yaşıyla ilişkisi incelendi.

Abstract:
Spinocerebellar Ataxia (SCA) is a progressive, degenerative, genetic disease with multiple types determined until now. It is characterized by the progressive function disorder in cerebellum, brainstem and spinal cord. Clinical symptoms are generally incoordination of gait, poor coordination of hands and feet, distortion of speech, loss of vision and dementia. Mostly atrophy of the cerebellum is seen in patients however, it is known that different ataxias affect different regions of the cerebellum. Today, more than 30 different types of hereditary SCA is determined according to different chromosomal locus or different gene. Different types of ataxias have very similar clinical symptoms however, they are caused by different gene locus and mutations in these locus are also different. Due to this reason clinical diagnosis of the disease is very hard but mutations in the specific locus can be determined by molecular methods and disease can be diagnosed. The mutations causing SCA are usually the abnormal increases in trinucleotide repeats (TNR). SCA7 is caused by the increased repeats in ATXN7 gene which is located on p21.1 region of 3rd chromosome and SCA17 is caused by the increased repeats in TATA box-binding protein (TBP) gene which is located on q27 region of 6th chromosome.In this research, blood samples are collected from patients who applied to Neurology and Pediatric Neurology clinics of Çukurova University Medical School and are diagnosed for SCA and from healthy people for control. The repeat numbers of the SCA7 and SCA17 regions of the patients and normal people are determined by the PCR amplification of the regions that show expansion followed by agarose gel electrophoresis to compare these PCR products with the known DNA fragments.In our research; during SCA7 screening 1 person (1/60, 1,7%) is identified as having full penetrance, during SCA17 screening 3 people (3/159, 1,9%) are identified as having low penetrance with 43-48 TNR numbers, 3 people (3/159, 1,9%) are identified as having full penetrance with 49-66 TNR numbers and all having heterozygous genotype is determined. Prevalences of the SCA7 and SCA17, averages and frequencies of the repeat numbers are determined. Furthermore, relation of the repeat numbers and disease onset age is examined.