Antalya ilinde doğal konukçuları üzerinden dayanıklılığı kıran tomato spotted wilt virus (TSWV-RB) izolatlarınınbelirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Identification and molecular characterization of tomato  spotted wilt virus (TSWV-RB) resistance breaking isolates  through natural hosts in Antalya province
Yazar: AILAR GONBADI
Danışman: DOÇ. DR. HAKAN FİDAN
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Domates lekeli solgunluk virüsü = Tomato spotted wilt virus ; Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Tanı kitleri = Diagnostic kits ; Yabancı otlar = Weeds ; Yalıtkanlar = Insulators

Özet:
Tez çalışması Antalya ilinde sahil (Serik) ve yayla bölgesi (Elmalı) olmak üzere bir biber ve bir domates serasında yürütülmüştür. Sörvey alanlarında kültür bitkileri ve yabancı otlardan örneklemeler yapılmış ve Tomato spotted wilt virus (TSWV, Domates Lekeli Solgunluk Virüsü)'nün biyolojik, serolojik (DAS-ELISA testi) ve moleküler testler (RT-PCR, qRT-PCR) ile varlığı, yaygınlığı ve ırkları araştırılarak dayanıklılığı kıran izolat için tarama yapılmıştır. Toplamda 270 adet yabancı ot ve 112 adet farklı bitki türü (domates, biber, patlıcan, marul, fasulye, mısır, bamya, pazı, maydanoz) test edilmiştir. Serolojik çalışmalar sonucunda virüs ile enfekteli bulunan bazı yabancı otların yapraklarında mozaik, klorotik lekeler, sararma, şekil bozukluğu, bodurluk ve tripslerin beslenme izleri gibi çeşitli belirtiler gözlemlenirken, bazı enfekteli yabancı otlarda herhangi bir belirtiye rastlanılmamıştır. Testlenen 39 yabancı ot türünden 19 tanesi hastalıkla bulaşık bulunmuştur, bu türler arasında en yüksek bulaşıklılık oranı Asteraceae familyasında ve Sonchus asper (L.) türünde saptanmış ve sırasıyla Poaceae ve Solanaceae familyaları takip etmiştir. Çalışma esnasında tasarlanan ve virüsün medium segmentindeki nokta mutasyonu saptayabilen özel primer çifti ve domateste dayanıklılığı kırmayan izolat (TSWV-NRB) kullanılarak yapılan qRT-PCR ve melt-curve analizi sonucunda enfekteli yabancı otlarda virüsün ırkı belirlenmiştir. İzolatların karşılaştırılması sonucunda iki farklı Tm değeri saptanmış olup bu bulgular sekans verileri ile teyit edildikten sonra kullanılan kit, protokol ve primerlerin Sw-5 dayanıklılığını kıran izolatların belirlenmesinde sekans hizmetine gerek duymaksızın hızlı ve güvenilir bir tanı kiti oluşturduğunu ortaya koymuştur.

Abstract:
The study was carried out in a pepper and tomato greenhouse in Antalya, in the coastal (Serik) and highland region (Elmalı). Cultivated plants and weeds were sampled in the survey areas and the presence, prevalence and races of Tomato spotted wilt virus (TSWV) were investigated by biological, serological (DAS-ELISA test) and molecular tests (RT-PCR, qRT-PCR) and a screening was performed for the isolate that broke resistance. A total of 270 weeds and 112 different plant species (tomato, pepper, eggplant, lettuce, bean, corn, okra, chard, parsley) were tested. As a result of serological studies, various symptoms such as mosaic, chlorotic spots, yellowing, deformity, stunting and feeding traces of thrips were observed on the leaves of some weeds infected with the virus, while no symptoms were observed in some infected weeds. Of the 39 weed species tested, 19 were infected with the disease.  The highest rate of infestation was found in the Asteraceae family and Sonchus asper (L.) species, followed by the Poaceae and Solanaceae families, respectively. The strain of the virus in the infected weeds was determined as a result of qRT-PCR and melt-curve analysis using a special primer pair designed during the study and the isolate that does not break resistance in tomato (TSWV-NRB). As a result of the comparison of the isolates, two different Tm values were determined, and these findings were confirmed by the sequence data, revealing that the kit, protocol and primers used constitute a fast and reliable diagnostic kit without the need for sequencing service in identifying the isolates that break the Sw-5 resistance.