Ülseratif kolit ve irritabl bağırsak sendromunda Dientamoeba fragilis'in direk mikroskopi ve moleküler yöntemlerle araştırılması, genotiplendirme ve sistein peptidaz virülans faktörünün incelenmesi
Investigation of Dientamoeba fragilis with microscopical and molecular methods in patients with ulcerative colitis and irritable bowel syndrome, genotyping and cysteine peptidase virulence factor
Yazar: ELİF TUĞÇE ÜNALAN ALTINTOP
Danışman: PROF. DR. SİBEL ERGÜVEN
Hacettepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Blastocystis = Blastocystis ; Dientamoeba fragilis = Dientamoeba fragilis ; Genotip = Genotype ; Kolit-ülseratif = Colitis-ulcerative ; Mikroskopi = Microscopy ; İrritabl bağırsak sendromu = Irritable bowel syndrome

Özet:
Dientamoeba fragilis patojenitesi tartışmalı sık görülen bir bağırsak protozoonudur. Bu parazitin iki genotipi bulunmakta olup dünya genelinde Genotip 1 sık gözlenmektedir. Bu çalışmanın amacı aktif ve remisyonda ülseratif kolit (ÜK) ve irritabl bağırsak sendromu (İBS) hasta gruplarında D. fragilis'i farklı yöntemlerle araştırmak ve genotip dağılımını ortaya koymaktır. Türkiye'de D. fragilis genotipleriyle ilgili yayınlanmış bir veri bulunmamaktadır. Çalışmamızda hastalardan toplanan dışkı örneklerine serum fizyolojik ve Lugol solüsyonu ile taze bakı ve trikrom boyama uygulanarak örnekler mikroskobik olarak değerlendirilmiştir. Tüm örneklerde D. fragilis varlığı konvansiyonel PCR, nested-PCR ve qPCR yöntemleriyle araştırılmıştır. Blastocystis türleri varlığı konvansiyonel PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Pozitif bulunan örneklerin genotipleri DNA dizi analizi yöntemiyle BLAST algoritmasına göre belirlenmiştir. Çalışma sonucunda 4 İBS, 2 aktif ÜK ve 2 remisyonda ÜK hastasında D. fragilis; 3 İBS, 5 aktif ÜK ve 1 remisyonda ÜK hastasında Blastocystis türleri saptanmıştır. Bir aktif ÜK ve 1 İBS hastasında iki parazit birlikte saptanmıştır. Gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır. D. fragilis izolatların tümü Genotip 1 olarak bulunmuş olup Blastocystis izolatlarının tümü ST3 olarak saptanmıştır. Sistein peptidaz, serin peptidaz ve metallopeptidaz virülans gen bölgelerinin nested PCR yöntemiyle araştırılması sonucu altı örnekte pozitiflik saptanmıştır. Altın standart yöntem olan qPCR ile karşılaştırıldığında nested PCR duyarlılığı %75 olup tanı ve genotiplendirme için alternatif yöntem olarak değerlendirilmiştir.

Abstract:
Dientamoeba fragilis is a common intestinal protozoon whom pathogenicity is still debated. Two genotypes of this parasite have been determined, Genotype 1 is common worldwide. Microscopy, culture and molecular methods are used for diagnosis. The aim of this study is to investigate D. fragilis in patients with active and remittent ulcerative colitis (UC) and irritabl bowel syndrome (IBS) by different diagnostic methods and investigate its genotypes. There is not any published data on the genotypes of D. fragilis in Turkey. The stool samples were investigated microscopically by saline-Lugol and trichrome staining methods. All samples were scanned for D. fragilis via conventional, nested and qPCR method. Blastocystis spp were investigated by conventional PCR. Positive samples were genotyped via sequencing with BLAST algorithm. Our results revealed that 4 IBS, 2 active UC and 2 remittent UC patients were infected with D. fragilis, whereas 3 IBS, 5 active UC and 1 remittent UC patients were infected with Blastocystis spp. One active UC and one IBS patient were infected with both of the parasites. The difference between the groups were not statistically significant. All D. fragilis isolates were Genotype 1 and Blastocystis isolates were ST3. Cysteine, serine and metallopeptidase virulence genes were investigated by nested-PCR and 6 of the isolates were found to be positive. Nested PCR, with its 75% of sensitivity was concluded to be an alternative to qPCR which is the golden method for the identification of D. fragilis.