recN, flaA ve ftsY genlerine göre Anoxybacillus cinsinin moleküler analizi
Molecular analysis of the genus Anoxybacillus based on the sequence similarity of te genes recN, flaA and ftsY
Yazar: DİLŞAT NİGAR ÇOLAK
Danışman: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalısmada, farklı bölgelerden izole edilerek Anoxybacillus cinsi içerisine dahiledilmis olan 9 bakteri türünün recN, flaA ve ftsY genleri açısından moleküler analiziyapıldı.Anoxybacillus flavithermus, Anoxybacillus kestanbolensis, Anoxybacillusayderensis, Anoxybacillus pushchinoensis, Anoxybacillus voinovskiensis, Anoxybacillusgonensis, Anoxybacillus contaminans, Anoxybacillus kamchatkensis ve Anoxybacillusamylolyticus bakterilerinin genomik DNA'sı uygun yöntemlerle izole edildi. recN, flaA veftsY genleri için dizayn edilen primerler kullanılarak, PCR yoluyla ilgili genler çogaltıldı.Elde edilen genlerin baz dizileri otomatik dizi analizatörleri aracılıgıyla ile (Macrogen,Güney Kore) belirlendi. Belirlenen diziler, BLAST (NCBI), ?BIOEDIT? (Thompson veark., 1997) ve `Clustal W Multiple Sequence Alignment' programları kullanılarak birbirleriile ve Genbank'taki diger sıralarla karsılastırıldı. Yapılan karsılastırmalar sonucunda, recNgenin Anoxybacillus cinsine ait üyelerin tanımlanmasında uygun bir gen olmadıgına kararverildi. flaA geninin Anoxybacillus cinsine özgü korunmus bölgeler tasıdıgı belirlendi.Buna göre flaA geninin, Anoxybacillus cinsinin üyelerinin tanımlanmasında tek basınakullanılmasının uygun olmadıgı, buna ragmen farklı genotipik yöntemlere ek olarakkullanabilecegi belirlendi. G + C içerigi açısından incelenen ftsY geninin ortalama % 1,4farklılıkla tüm genomun G + C içerigini yansıttıgı belirlendi. Buna göre ftsY geninin,Anoxybacillus cinsi için organizmanın tüm genomunun sahip oldugu bilgiyi yansıtan birgen olduguna karar verildi.Anahtar Kelimeler: Anoxybacillus, recN, ftsY, flaA, PCR.

Abstract:
Genomic DNA?s of the bacteria Anoxybacillus flavithermus, Anoxybacilluskestanbolensis, Anoxybacillus ayderensis, Anoxybacillus pushchinoensis, Anoxybacillusvoinovskiensis, Anoxybacillus gonensis, Anoxybacillus contaminans, Anoxybacilluskamchatkensis and Anoxybacillus amylolyticus was isolated by the procedure of Sambrooket all. ( 1989). Based on available genom sequences in Genbank, the consensus primerswere designed and recN, flaA and ftsY genes were amplified by PCR with using theseprimers. The sequences of the genes recN, flaA and ftsY were determined by automaticalsequence analysers (Macrogen, South Korea). Defined sequences were compared witheach other and the other bacteria present in Genbank by using the programs BLAST(NCBI), ?BIOEDIT? (Thompson et all., 1997) and `Clustal W Multiple SequenceAlignment Program?. Based on the results obtained from comparisons of the DNAsequences, we conclude that the gene recN is not an apropriate gene for determining thespecies belong to the genus Anoxybacillus. The gene flaA has conserved regions specific tothe genus Anoxybacillus. This gene can not be used for determining the species belong tothe genus Anoxybacillus alone, but can be used as an additional method to the othergenotypic methods. The gene ftsY was investigated for it?s G + C content. A meandifference of 1,4% was observed between the G + C content of the gene ftsY and the G + Ccontent of the whole genome. These results showed that the gene ftsY can be used torepresent whole G + C content of a bacteria.Key Words: Anoxybacillus, recN, ftsY, flaA, PCR.