Fanconi anemili olgularda ilişkili genlerin yeni nesil dizileme teknolojisi ile taranması ve mutasyonların saptanması
Screenning fanconi anemia assosiated genes with next generation sequencing technology in FA patients
Yazar: GÜLANDAM BAGİROVA
Danışman: PROF. DR. ZEHRA OYA UYGUNER
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Anemi = Anemia ; Anemi-aplastik = Anemia-aplastic ; Genetik hastalıklar-doğuştan = Genetic diseases-inborn ; Genler = Genes ; Kemik iliği = Bone marrow ; Kromozom kırılganlığı = Chromosome fragility ; Mutasyon = Mutation

Özet:
Fanconi anemisi (FA), multipl konjenital anomaliler, hematolojik bulgular, kemik iliği yetmezliği ile karakterize, malignite riski yüksek ve özgün sitogenetik bulguları olan nadir genetik bir hastalıktır. Moleküler patogenezi, Fanconi anemisi/meme kanseri (FA/BRCA) yolağında, DNA tamir mekanizmasının işlevinde rol alan genlerden herhangi birinde, biallelik mutasyonlarla ilişkilendirilmektedir. Günümüzde bu yolakta FA ilişkili 17 gen tanımlanmıştır. Yapılan incelemeler, FA genlerindeki mutasyonların etnik farklılıkların da olduğu heterojen bir dağılımda olduğunu göstermektedir. Klinik heterojenite tanı ve tedavide multidisipliner bir yaklaşımı gerektirmektedir. FA'nın sitogenetik tanısında, hücre kültüründe çapraz bağ yapıcı ajanların varlığında kromozom bulgularının incelenmesi gerekmektedir. Moleküler tanısında ise FA altgruplarını oluşturan, en az 15 genin incelenmesi önerilmektedir. Genel olarak dünyadaki sıklığının yaklaşık 1/350.000 olduğu tahmin edilmektedir. FA'nın geniş klinik spektrumu, çok sayıda gende mutasyonlarının dağınık yerleşimli saptanması ve "hotspot" gen bölgelerin olmaması moleküler tanıyı zorlaştırmaktadır. Bu çalışmada, FA klinik tanısı alan 11 olgu, FA ilişkili 17 genin kodlayan ve diğer ilişkili bölgelerini kapsayan, ekibimizce tasarlanmış Yeni Nesil Dizileme (YND) hedef gen paneli ile Ion Torrent platformunda incelendi. On bir ailenin üçünde 2 farklı gende (FANCA, BRIP1) dört farklı mutasyon saptandı. Bu mutasyonların üçü daha önce tanımlanmış, biri tanımlanmamış (BRIP1, NM_032043.2, c.761_764delAGCA) idi. Çalışmamızın mutasyon saptama oranı tüm aileler değerlendirildiğinde %27,27, sadece kromozom kırık testi pozitif gözlenen aileler değerlendirildiğinde ise %75 oldu. Saptanan değişimler ve panelimizin kapsamadığı bölgeler Sanger dizileme yöntemi ile araştırıldı. FA'lı olgularda, ilişkili 17 genin ülkemizdeki mutasyon sıklıklarının belirlenmesi, genetik danışmaya yararlı bilgiler edinilmesi, genotip-fenotip çalışmalarına katkı sağlanması, hastaların klinik takip ve prognozunda hasta yararına bilgiler edinilmesi beklenmektedir.

Abstract:
Fanconi anemia (FA) is a rare syndrome characterized by bone marrow failure, malformations, cancer predisposition and specific cytogenetic findings, mostly associated with bi-allelic mutations in any of the genes involved in DNA repair mechanisms of the Fanconi anemia/breast cancer (FA/BRCA) pathway, where presently 17 genes are identified. The diagnosis and treatment of clinical heterogeneity requires a multidisciplinary approach. For cytogenetic diagnosis of FA, cell cultures must be examined for chromosomal findings with DNA crosslink agents. For molecular diagnosis, at least 15 genes must be examined. General prevalence in the world is roughly 1/350,000. Due to its high clinical heterogeneity, scattered distribution of mutations along the genes, and the absence of hot spots, complicates its genetic diagnosis. In this study, we investigated the probands with the clinical diagnosis of FA by in-house-designed next generation sequencing (NGS) targeted gene panel, for use in Ion Torrent platform. The panel designed covers all the coding sequences of 17 FA associated genes. Four different mutations in two genes (FANCA, BRIP1) are detected, in three out of 11 families. One of these mutations was novel (BRIP1, NM_032043.2, c.761_764delAGCA). Mutation detection rate, for total number of cases, was 27,27%, furthermore if only cases with positive chromosome breakage test are included, then the rate increased up to 75%. Mutations were confirmed and targeted regions not covered by the panel were screened with Sanger sequencing. Molecular genetic diagnosis of FA will benefit patients and their families through early diagnosis, genetic counseling, precursory treatment and, ideally, prenatal diagnosis.