MALDI-TOF MS ve 16S rDNA dizi analizi ile geleneksel olarak üretilen mihaliç peynirinin mikrobiyotasininaraştırılması
Investigation of microbiyota of traditionnaly produced mihalic cheese by MALDI TOF MS and 16S rDNA sequencing
Yazar: ERGÜN AYANOĞLU
Danışman: PROF. DR. RECEP ÇIBIK
Bursa Uludağ Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Gıda Hijyeni ve Teknolojisi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: DNA = DNA ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Mihalıç peyniri = Mihalıç cheese ; Peynirler = Cheeses

Özet:
Tez çalışmasında Mihaliç peynirinin laktik florası MALDI-TOF MS ve 16S rDNA dizi analizi yöntemleri ile karşılaştırmalı olarak tanımlandı. Araştırmada toplam 53 adet Mihaliç peyniri üretiminin en fazla yapıldığı Marmara Bölgesi'nden toplandı. 
Çalışmanın ilk bölümünde spesifik besiyerleri kullanılarak tüm laktik flora ortaya çıkartıldı ve seçilen 467 adet izolat MALDI-TOF-MS analizine tabi tutuldu. Besiyerlerinde üreyen mikroorganizmalar sayısal olarak değerlendirildiğinde M17 agarda gelişen streptokokların florada baskın olduğu belirlendi. Mikrooganizmaların tür tanısı için kullanılan MALDI-TOF-MS ve 16S rDNA dizi analiz sonuçlarına göre Lactobacillus fermentum (% 37,9), Lb. paracasei (% 32,5) ve Lb. rhamnosus (% 14,2) baskın laktobasil türleri olarak belirlendi. Benzer şekilde, Streptecoccus thermophilus (% 34), Str. gallolyticus ssp. macedonicus (% 31,9), Str. lutetiensis/Str. infantarius ssp. infantarius (% 14,8) ve Lactococcus lactis (% 12,7) M17'de üreyen streptokok ve laktokoklar olarak tanımlandı. Enterokoklar arasında ise KAA besiyerinden Enterococcus faecium (% 41,6) ve Ent. faecalis (% 38,5) en baskın türler olarak izole edilmiştir.
Çalışmanın ikinci bölümünde tuzlu ve az tuzlu Mihaliç peynirleri ile bu peynirlerin kabuk (dış) ve iç (merkez) kısım mikrofloraları karşılaştırıldı. Sonuçta Lb. paracasei tuzlu peynirlere kıyasla az tuzlu peynirlerden daha sıklıkla izole edildi. Peynirlerin kabuk ve iç kısım karşılaştırmasında Lb. fermentum merkez kısımda daha yaygın olduğu, Ent. faecium'un ise kabuk kısmında daha baskın olduğu belirlendi.
Elde edilen izolatlar ''Süt Ürünleri Gen Bankası'' starter kültür koleksiyonunda TSGB3001 başlangıç kodu ile kayıt ve muhafaza altına alındı. Bu suşların, peynir üretiminde potansiyel rollerinin anlaşılması için detaylı çalışmalara ihtiyaç vardır.

Abstract:
Composition and diversity of lactic flora of Mihalic cheese was evaluated by using comparative analysis of MALDI-TOF MS and 16S rDNA sequencing of isolates. A total of 53 cheese samples were collected from Gönen, Savaştepe, Havran, Manyas, Karacabey provinces of Marmara Region where Mihalıç is produced largely in Turkey. In the first part of the study, the whole lactic flora was analyzed by planting the bacteria on specific media. In general, strepteccoci growing on M17 plates were predominant. A total of 467 isolates selected for their general status were then subjected to MALDI-TOF MS analysis. Combined analysis of MALDI-TOF MS and 16S rDNA sequencing evidenced Lactobacillus fermentum, Lb. paracasei and Lb. rhamnosus as the dominant lactobacilles with a percentage of  37,9 %, 32,5 % and 14,2 % respectively. Percentage distribution for streptococci was 34 % for Streptecoccus thermophilus, 31,9 for Str. gallolyticus ssp. macedonicus, 14,8 % for Str. lutetiensis/Str. infantarius ssp. infantarius and 12,7 % for Lactoccus lactis. Among enterococci, Enterococcus faecium (41,6 %) and Ent. faecalis (38,5 %) were the most dominant species.  
In the second part of the study microflora of salty/lesser salty and central/crust part of Mihalic was compared. Lb. paracasei was the mostly isolated lactobacilli species in lesser salty cheese compared to salty ones. Comparison of central and crust part of cheeses revealed that Lb. fermentum count was higher in central part whereas Ent. faecium was dominant in crust part.  
 Collected isolates were stored in ''Dairy Product Gene Bank'' starter culture collection under TSGB3001 code and further studies are necessary to better understand their potential role in cheese manufacturing.