Klinik örneklerde küf mantarlarının klasik ve moleküler yöntemlerle araştırılması ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Diagnosis of molds in clinical specimens by conventional and molecular methods and determination of their antifungal susceptibility.
Yazar: ŞAHİN DİREKEL
Danışman: PROF. DR. GÜROL EMEKDAŞ
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Aspergillus = Aspergillus ; DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; Fusarium = Fusarium ; Küf = Mould ; Mantarlar = Fungi

Özet:
Küf mantarları doğada çok yaygın olarak bulunmaktadır. İnvaziv fungal infeksiyonlar özellikle nötropeni, kanser, kemoterapi, transplantasyon, AIDS gibi immün sistem zayıflığına yol açan risk fakörü bulunan hastalarda morbidite ve mortalitenin önemli nedenlerinden biridir. Candida türleri en sık izole edilen mantarlar olmasına karşın, küflerin yaygınlığı gittikçe artmaktadır. Aspergillus türleri başta olmak üzere Fusarium ve Zygomycetes türleri yüksek mortalite oranlarına sahiptir.Bu çalışmanın amacı Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde yatan hastaların klinik örneklerinden izole edilen filamentöz mantarların tür dağılımını klasik ve PZR bazlı DNA dizi analizi teknikleri ile tanımlamak ve in vitro antifungal duyarlılık paternlerini belirlemektir. Bu amaçla 22 aylık dönemde 6742 klinik örnek taranarak klasik yöntemle tanımlanan altı Aspergillus niger, altı A.flavus, beş A.fumigatus, dört A.terreus, beş Fusarium spp., iki Bipolaris spp. ve birer Acremonium spp., Aurebasidium spp., Mucor spp. ve Scedosporium spp. olmak üzere toplam 32 filamentöz mantar izole edilmiştir.Küf mantarı izole edilen hastaların %62,3'ünde risk faktörü bulunduğu saptanmıştır. DNA dizi analiz sonuçlarına göre sadece üç filamentöz mantarın tanısında değişiklik olmuştur. Klasik ve moleküler tekniklerle Aspergillus türlerinin tümü doğru olarak tanımlanırken tüm izolatlar arasındaki uyum %90 bulunmuştur.Bütün suşların antifungal duyarlılıkları amfoterisin B, vorikonazol, flukonazol, kaspofungin ve posakonazol'e E-test ile, vorikonazol ve flukonazol'e disk difüzyon testi ile belirlenmiştir.Sonuç olarak, bu çalışma klasik yöntemlerle, yaygın olarak klinik örneklerden izole edilen filamentöz mantarların mikoloji atlaslarından yararlanılarak kolayca tanımlanabileceğini göstermiştir. Özellikle immün sistemi baskılanmış hastaların klinik örneklerinin filamentöz mantar yönünden de değerlendirilmesi önerilmektedir.

Abstract:
Molds are widely distrubuted in nature. Invasive fungal infections are one of the important causes of morbidity and mortality particularly in patients with underlying risk factors such as immune supression (e.g., neutropenia, cancer chemotherapy, transplantation, AIDS). Although Candida species remain a relevant cause of invasive fungal infections, molds have become increasingly prevalent. In particular, Aspergillus species are the leading cause of mould infections although other moulds including Fusarium species and Zygomycetes are increasing in frequency, and are associated with a high mortality rate.The aim of this study is to identify the species distribution of filamentous fungi strains isolated from clinical specimens of the hospitalized patients in Mersin University Medical Faculty Hospital by conventional and PCR based molecular techniques and to detect in vitro antifungal susceptibility patterns. For this purpose, 6742 clinical specimens were investigated during 22 months period and, totally 32 filamentous fungi isolates were identified by conventional methods, respectively, six Aspergillus niger, six A.flavus, five A.fumigatus, four A.terreus, five Fusarium spp., two Bipolaris spp., one Acremonium spp., one Aurebasidium spp., one Mucor spp., and one Scedosporium spp.Risk factors were detected in 62,3% of filamentous fungi isolated patients. Only three of the isolates were identified differently according to DNA sequencing results. For all of the Aspergillus isolates identification by conventional and PCR based DNA sequencing techniques was correct and 90% agreement was detected between all of the isolates.In vitro susceptibility patterns of all isolates determined by E-test for amphotericin B, fluconazole, caspofungin, voriconazole and posaconazole and by disk diffusion test for fluconazole and voriconazole.In conculusion, this study presents that common filamentous fungi isolates from clinical specimens could be easly identified by conventional methods and using a clinical mycology atlas. It is recommended that filamentous molds also should be considered in clinical specimens of patients especially have immunocompromission.