KPF-6 olarak isimlendirdiğimiz klebsiella pneumoniae'ye etkili bakteriyofajımızın kan kültürlerinde üreyen klebsiella türleri üzerine etkinliğinin araştırılması
Investigation of the effectiveness of our klebsiella pneumoniae- effective bacteriophage, which we named KPF-6, on klebsiella species grown in blood cultures
Yazar: NAZRIN ABIZADE
Danışman: PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Enterobacteriaceae ailesinin üyesi olan Klebsiella türleri, toplum ve hastane kaynaklı enfeksiyonlara neden olan bir patojendir. Kullanımdaki çoğu antibakteriyel ajana karşı hızlı direnç geliştirme yetenekleri ile antibiyotiklerle elde edilen sağlık yararlarını tehdit etmektedir. Bu nedenle alternatif tedavi yöntemlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bakteriyofaj tedavisi, antibiyotiklere alternatif olarak dirençli-bakterilerle oluşan enfeksiyonları hafifletme potansiyeline sahiptir. Fajlar hedef aldığı bakteriyi enfekte ederek öldüren virüslerdir.
Çalışmamızda, önceki bir araştırmada atık sudan çok-ilaca-dirençli K.pneumoniae'ye özgü izole edilmiş ve KPF-6 olarak isimlendirilmiş bakteriyofajın, kan kültürü örneklerinde üremiş ve koleksiyona kaldırılmış olan 48 K. pneumoniae ve 52 Klebsiella spp. olmak üzere toplam 100 Klebsiella izolatlarına etkinliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaç için Spot test yöntemi kullanılmıştır. 
Klebsiella izolatlarımızda karbapenemler için direnç oranı ortalama %67 ve sefalosporinler için ise ortalama %84'idi. Bu oranlar karbapenemlere direnç-K.pneumoniae izolatlarımızda ortalama %89,58 ve Klebsiella spp. izolatlarımızda ise, ortalama %46,15'idi. Sefalosporinlere dirençli-K.pneumoniae için ortalama %93.75, Klebsiella spp.'de ortalama %75'idi. İzolatlarımız diğer test edilen aminoglikozitler, trimetoprim-sulfametoksazol ve siprofloksasin için de yüksek direnç oranlarına sahipti. KPF-6 fajı, Klebsiella izolatlarına %74 oranında etkili bulundu. Etkinlik oranları K. pneumoniae ve Klebsiella spp. izolatları için ise sırasıyla %79,16 ve %69,23 olarak tespit edildi. Bu oran Karbapenem dirençliler için %71,6 olarak bulundu. Faj etkinliği karbapenem dirençli K. pneumoniae izolatlarında %68,75 ve Klebsiella spp. izolatlarında %31,25'idi. Sefalosporinlere dirençli Klebsiella izolatlarının %69,4'ne KPF-6 fajı etkili bulundu. Bu oran, sefalosporin dirençli K. pneumoniae izolatlarında %60,34 ve Klebsiella spp. izolatlarında %39,65 olarak tespit edildi. KPF-6 fajı, Klebsiella izolatlarının %26'sına etkisiz kaldı. Faj etkisiz karbapenem dirençli izolatların 9'u (%47,36) K. pneumoniae, 10'u (%%52,63) Klebsiella spp.'idi.
K. pneumoniae suşunun çoklu-ilaca-dirençli klinik izolatlarını hedef alan yeni bir faj olan KPF-6'nın yüksek litik aktiviteye sahip olduğunu ve tedavi potansiyeli olabileceğini belirledik. Diğer çoklu-ilaca-dirençli K. pneumoniae gibi zorlu patojenlerin neden olduğu enfeksiyonlarla mücadelede bir alternatif tedavi stratejisi olarak umut verici bir yol sunmaktadır.

Abstract:
Klebsiella species, a member of the Enterobacteriaceae family, is a pathogen that causes community and hospital-acquired-infections. Their ability to develop rapid resistance to most antibacterial agents in use threatens the health benefits achieved with antibiotics. Therefore, alternative treatment methods are needed. Bacteriophages are viruses that infect and kill the bacteria they target. Phage therapy has potential to infections with resistant bacteria as an alternative to antibiotics. 
In this study, effectiveness of KPF-6 specific to multi-drug-resistant K,pneumoniae isolated from wastewater in a previous study was investigated against total of 100 Klebsiella isolates, 48 of which were K,pneumoniae and 52 of were Klebsiella spp, isolated from blood culture samples.Spot test method was used for this purpose.
Klebsiella isolates, the resistance rate for carbapenems was 67% on average and for cephalosporins it was 84%.These rates are 89.58% on average in our carbapenem-resistance-K.pneumoniae isolates and Klebsiella spp isolates, the average was 46.15%. The average rate for cephalosporin-resistant K.pneumoniae was 93.75%, Klebsiella spp was 75%. Our isolates also had high resistance rates to other tested aminoglycosides, trimethoprim-sulfamethoxazole and ciprofloxacin. KPF-6 was found to be 74% effective against Klebsiella isolates. Efficacy rates for K.pneumoniae and Klebsiella spp., it was determined as 79.16% and 69.23% respectively. This rate was found 71.6% for carbapenem-resistant isolates. Phage activity was 68.75% in carbapenem-resistant-K.pneumoniae isolates and Klebsiella spp was 31.25% in isolates.KPF-6 phage was found effective in 69.4% of Klebsiella isolates cephalosporin-resistant.This rate was 60.34% in cephalosporin-resistant-K.pneumoniae isolates 60.34%, Klebsiella spp was detected as 39.65%. KPF-6 was inactive against 26%of Klebsiella isolates. Of the phage-inactive carbapenem-resistant isolates, 9(47.36%) were K.pneumoniae and 10(52.63%) were Klebsiella spp. 
We determined that KPF-6, targeting multidrug-resistant clinical isolates of K.pneumoniae, has high lytic-activity and may have therapeutic potential. It offers a promising avenue as an alternative treatment strategy to combat infections caused by other challenging pathogens such as multidrug-resistant-K,pneumoniae.