Troit hastalarında sirküler hücre dışı DNA miktarı ve bu DNA'nın metilasyon derecesinin belirlenmesi
Quantification of circulatingcell free DNA in thyroid patients and determination of its methylation degree
Yazar: GÜNER BEGÜM ÇILGIN
Danışman: DOÇ. DR. AKIN ÇAYIR
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Sistem Biyolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA = DNA ; Epigenez-genetik = Epigenesis-genetic ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Tiroid bezi = Thyroid gland ; Tiroid hastalıkları = Thyroid diseases ; Tiroid neoplazmları = Thyroid neoplasms

Özet:
Farklı vücut sıvılarında bulunan nükleik asitler farklı özellikleri nedeni ile araştırılmıştır.  Bunlar arasında sirküler serbest DNA (ccfDNA) 1948 yılında keşfedilmiştir. Fakat birçok yetersizliklerden dolayı uzun yıllar çalışılmamıştır. Son zamanlarda yapılan çalışmalar ccfDNA'nın hastalıklar için önemini ortaya koymuştur.  Dolaşım sistemindeki ccfDNA'nın varlığı tiroid hastalıkları için yeni biyobelirteçler araştırmada kusursuz bir fırsat sunmaktadır. Tez çalışmasının ilk amacı, farklı tiroid hastalıklarının ccfDNA miktarlarını belirlemek, bu miktarların hastalık grupları ve kontrol grubu arasında değişip değişmediğini değerlendirmektir. Bu çalışmanın ikinci amacı ise ccfDNA'da bulunan total DNA metilasyon miktarını ölçerek tiroid hastalıkları için biyomarker olma potansiyelini değerlendirmektir. Bu amaçla hasta grupları ve sağlıklı bireylerinden kan örnekleri alınmıştır. Qubit 2.0 cihaza kullanılarak plazma örneklerindeki ccfDNA miktarı ölçülmüştür. İzole edilen DNA'lardan Elisa yöntemine dayalı kit yardımıyla total 5mC miktarı belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre benign, tiroidit ve malign hastalarının kanlarındaki ccfDNA miktarının istatistiksel olarak kontrol grubundan daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. Bundan dolayı alınan örneklerdeki ccfDNA miktarı tiroid hastalıkları için farklılık göstermekte ve bir biyomarker olma potansiyeli taşımaktadır. Diğer taraftan, tiroidit hastalarından elde edilen DNA metilasyon (5mC) miktarı kontrol grubuna göre istatistiksel olarak yüksek bulunmuştur. Malign ve benign grupları kontrol grubu ile metilasyon dereceleri karşılaştırıldığında anlamlı bir fark görülmemiştir. Hastalık grupları da kendi arasında karşılaştırıldığında malign ve benign grupları arasında istatistiksel olarak bir fark bulunmazken, tiroidit ve benign ile tiroidit ve malign grubları arasında istatistiksel olarak fark görülmüştür. Yapılan değerlendirmeler sonucunda bu çalışmada tiroid hastalarının tedavisinde ve kanser teşhisinde ccfDNA'nın ve onun metilasyon derecesinin biyobelirteç olarak kullanılabileceği önerilmektedir.

Abstract:
Nucleic acids in different body fluids have been investigated for their different properties. Among these, circulation cell free DNA (ccfDNA) was invented in 1948. However, it has not been studied for many years due to many deficiencies. Recent studies have been indicated the importance of ccfDNA for diseases. Thus, the presence of ccfDNA in the circulatory system provides an excellent opportunity to investigate new biomarkers for thyroid diseases. The first aim of this study was to determine the ccfDNA levels of different thyroid diseases and to determine whether these amounts vary between disease groups and control groups. The second aim of the study was to evaluate total the DNA methylation (5mC) level in ccfDNA as biomarker of thyroid diseases. For this purpose, blood samples were taken from patients and healthy individuals. The amount of ccfDNA in plasma samples was measured with the Qubit 2.0 instrument. A total of 5mC in ccfDNA was determined by means of the Elisa based kit. According to the results, the amount of ccfDNA in the plasma samples of benign, thyroiditis and malignant patients was statistically higher than the control group. Therefore, the amount of ccfDNA in plasma samples of thyroid diseases vary and has the potential to be a biomarker. On the other hand, the amount of DNA methylation (5mC) obtained from thyroiditis patients was found to be statistically higher than the control group. When the maling and benign groups were compared with the control group, no significant difference was observed. When the disease groups were compared, there was no statistically significant difference between benign and malignant groups, whereas thyroiditis and benign groups were statistically different between thyroiditis and malignant groups. As a result of the data, it is suggested that ccfDNA and its degree of methylation can be used as biomarkers for diagnosis of thyroid patients.