DNA tamir genlerinden hOGG 1 VE APE 1 gen varyantlarının oral kavite Skuamöz Hücreli Karsinoma üzerindeki rolü
Examination of the role of hOGG 1 and APE 1 genetic variants of DNA repair genes in oral squamous cell carcinoma patients
Yazar: LEVENT AYDEMİR
Danışman: PROF. DR. KEMAL DEĞER
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Kulak Burun Boğaz ve Baş-Boyun Cerrahisi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Kulak Burun ve Boğaz = Otorhinolaryngology (Ear-Nose-Throat)
Dizin: Ağız = Mouth ; Ağız mukozası = Mouth mucosa ; DNA onarımı = DNA repair ; Genler = Genes ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Oral Skuamöz Hücre Karsinoma Hastalarında DNA tamir genlerinden hOGG 1 ve APE 1 gen varyantlarının rolünün incelenmesi 

AMAÇ: Çalışmamızda oral kavitenin skuamoz hücreli kanserlerinde DNA tamir genlerinden hOGG 1 ve APE 1 gen polimorfizmlerinin klinikopatolojik  ve karsinogenezdeki etkisini araştırmayı amaçladık.
HASTALAR ve YÖNTEMLER: Ağustos 2007- Ağustos 2013 arasında İstanbul Tıp Fakültesi KBB ve Diş hekimliği kliniğinde; oral skuamoz hücreli kanser tanısı alan 132 hasta ve 160 sağlıklı kontrolden  kan örnekleri toplanarak DNA'ları izole edilmiştir. Genomik DNA örneklerinde  hOGG1 Ser326Cys ve APE Asp148Glu lokusuna ait polimorfizmler  Polimeraz Zincir Reaksiyonu Restriksiyon Fragmanı Uzunluk Polimorfizmi (PCR-RFLP) yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. .Bu çalışmanın istatiksel analizinde SPSS 11.0 paket programı kullanılarak yapılmıştır.
BULGULAR: Analiz sonuçlarına göre, kontrol ve hasta gruplarında  hOGG1 Ser326Cys genotip ve allel dağılımlarının istatistiksel olarak anlamlı farklı olduğu gözlenmiştir (p<0.001). Hasta grubunda hOGG1 Ser326Cys Cys+ genotipli bireylerin anlamlı olarak yüksek olduğu ve  hastalık için 2.8 katlık bir risk taşıdıkları gözlenmiştir. Kontrol grubunda ise hOGG1 Ser326Cys Ser+ genotipli bireylerin anlamlı olarak yüksek olduğu ve yaklaşık 10 katlık bir koruyuculuk oluşturduğu gözlenmiştir. Çalışmamızdaki diğer polimorfizm olan APE Asp148Glu genotip dağılımlarının kontrol ve hasta grupları arasında istatistiksel bir farklılık oluşturmadığı gözlenmiştir (p>0.05). Ancak APE Asp148Glu Asp+ bireylerin istatistiksel olarak anlamlı olmasa da hasta grubunda kontrol grubuna göre 1.4 kat yüksek olduğu ve hastalık için risk sağladığı izlenimi edinilmiştir.  
SONUÇ: Sonuç olarak, elde edilen bulgulara göre hOGG 1 gen polimorfizminin oral skuamoz hücreli kanser gelişiminde risk arttırıcı yönde etki gösterebileceği düşünülmektedir.
Anahtar Kelimeler: Oral Skuamöz Hücre Karsinoma, hOGG 1, APE  Asp148Glu, Polimorfizm, PCR-RFLP

Bu Çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 42830

Abstract:
Examination of the role of hOGG 1 and APE 1 genetic variants of DNA repair genes in Oral Squamous Cell Carcinoma Patients 
PURPOSE: In our study, we aimed to investigate the effects of the hOGG 1 and APE 1 gene polymorphisms of DNA repair genes in the squamous cell cancers of the oral cavity on the clinical pathology and carcinogenesis.
PATIENTS AND METHODS: By collecting blood samples from 132 patients diagnosed with oral squamous cell cancer and 160 healthy subjects, their DNAs were isolated at the ENT and Dental Clinic at Istanbul Medical Faculty between the months of August 2007 – August 2013. In the genomic DNA samples, polymorphisms pertaining to hOGG1 Ser326Cys and APE Asp 148Glu locus were identified using Polymerase Chain Reaction – Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR_RFLP) method. SPSS 11.0 package software was used in order to make the statistical analysis of this study.
FINDINGS: According to the results of analysis it was observed that, hOGG1 Ser326Cys genotype and allele distributions in patient and control groups, there were statistically significant difference (p<0.001). It was observed that individuals with the genotype hOGG1 Ser326Cys Cys+ were significantly higher in the patient group and have a 2.8 fold increased risk. In the control group it was observed that that individuals with the genotype hOGG1 Ser326Cys Ser+ were significantly higher and provided almost 10 fold protection. It was observed that the other polymorphism in our study APE Asp 148Glu genotype distributions didn't create a statistical difference between control and patient groups. (p>0.005). However it was observed that individuals with APE Asp 148Glu Glu/Glu+ were not significant statistically but they were 1.4 times higher in the patient group as compared to the control group and posed a risk for the disease.

CONCLUSION: As a result according to the findings it is predicted that hOGG 1 gene polymorphism may increase the risk in the progress of oral squamous cell cancer.
Key words: Oral Squamous Cell Carcinoma, hOGG 1, APE Asp148Glu, Polymorphism, PCR-RFLP
This study was funded by Istanbul University Scientific Research Projects Unit. Project number: 42830