Mycobacterium tuberculosis complex suşlarının genotiplendirilmesi
Genotyping of mycobacterium tuberculosis complex strains
Yazar: NİMET KARADELİ
Danışman: PROF. DR. AHMET ÜNVER
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Genotip = Genotype ; Mikobakterium tüberkülozis =   ; Mycobacterium bovis = Mycobacterium bovis ; Mycobacterium enfeksiyonları = Mycobacterium infections ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Tüberküloz, Mycobacterium tuberculosis kompleksi (MTK) olarak tanımlanan mikroorganizma gruplarının neden olduğu kronik, nekrozitan bir hastalıktır. Tüberküloz, tedavi edilebilir bir hastalık olmasına rağmen, günümüzde önem kazanan hastalıklar arasındaki yerini korumaya devam etmektedir. Bu yüzden; daha hızlı, ucuz, duyarlı ve spesifik tanı yöntemleri kullanarak tanı ve tedaviye katkı sağlanması için bir çok araştırma geliştirme çalışmaları yapılmaktadır. Tüberkülozun toplum içerisindeki hızlı yayılım nedenlerinin anlaşılması ve daha etkili kontrol önlemlerinin geliştirilebilmesi için moleküler bazlı epidemiyolojik yöntemlerin yaygınlaşması gerekmektedir. Dünyada son yıllarda tüberkülozun moleküler epidemiyolojisiyle ilgili çalışmalarda görülen hızlı artışa karşın, ülkemizde MTK'in epidemiyolojik özelliklerini tespite yönelik yapılan araştırmalar sınırlıdır. Bu yüzden çalışmamız, literatüre ışık tutarak, hem ulusal hemde yurt dışı alanda, hızlı tespit yöntemleriyle birlikte, etkili tedaviyede ışık tutacaktır. Bu çalışmada Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Araştırma ve Uygulama Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mikobakteriyoloji Laboratuvarında, sıvı bazlı kültür sistemleriyle tanımlanmış MTK suşlarının PCR-RFLP yöntemi ile genotiplendirilmesi amaçlandı. Çalışmada, MTK olarak tanımlanan mikroorganizma grubunda, 1020 bp gyrB geni çoğaltıldıktan sonra AfaI and TaqI ile yapılan enzim kesim sonuçlarına göre,  75 (%98,7) izolat M. tuberculosis olarak ve 1 izolat (%1,3)M. bovis olarak belirlendi. MTK etkenlerin tiplendirilmesi hastalığın epidemiyolojisini daha iyi anlamaya ve daha etkin teşhis, tedavi ve kontrol yöntemlerinin alınmasına katkı sunabilecektir.
 
Anahtar Sözcükler: gyrB, MTK, M. bovis, M. tuberculosis, PZR-RFLP.

Abstract:
Tuberculosis is chronic, necrotizing disease that caused group of microorganisms Mycobacterium tuberculosis complex (MTC). Today, tuberculosis is continuing to maintain its place among the diseases gaining importance that is a treatable disease. Therefore; it is research and development works with using specific diagnostic methods that is faster, cheaper, and sensitive in order to contribute to the diagnosis and treatment. It should be widespread use of based on molecular epidemiological methods for understanding the reasons the rapid spread in society and development of more effective control measures of tuberculosis.  In recent years, despite of the rapid increase studies of the molecular epidemiology of tuberculosis in the world, it is limited researches for detecting the epidemiological features of MTC in our country. So this study, shedding light on the literature, it is shed light on effective treatment together with the rapid detection methods both nationally and in the international in the area. In this study, aimed to genotyping with PCR- RFLP methods of MTC strains which identified with liquid-based culture systems on Canakkale Onsekiz March University, Research and Application Hospital, Departmant of Medical Microbiology, Mycobacteriology Laboratory by using PCR-RFLP method. The 1.020 bp fragment of gyrB genes of these isolates were amplified and restricted by endonucleases AfaI and TaqI. Based on this differentiation, 75 (% 98,7) MTC isolates were identified as  M. tuberculosis while 1 isolate (%1,3) was determined as M. bovis. The typing of causative agents of tuberculosis in the area may potentially help better understand the epidemiology of tuberculosis and for effective diagnostic and preventive measures.

Key Words: gyrB, MTC, M. bovis M. tuberculosis,PCR-RFLP.