Çiğ ve tüketime hazır gıda örneklerinde rotavirusun moleküler tanısı
Molecular diagnosis of rotavirus in raw and ready-to-eat food samples
Yazar: HAKAN ENÜL
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA HASÖKSÜZ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Besinler = Foods ; Genotip = Genotype ; Hazır gıdalar = Prepared foods ; Hücre kültürü = Cell culture ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rotavirüs enfeksiyonları = Rotavirus infections ; Rotavirüsler = Rotaviruses ; Çiğ besinler = Raw foods

Özet:
Son yıllarda insanlarda görülen ve bazen de salgınlar haline gelen gıda kaynaklı hastalıkların etkenlerinin içerisinde virusların da bulunduğu birçok araştırmada gösterilmiştir. Gıda kaynaklı virusların başlıcaları norovirus, hepatitis A virusu, rotavirus, adenovirus, enterovirus, astrovirus ve aichiviruslardır. Rotaviruslar gastroenterite neden olan, her yaştan kişiyi etkileyen ve gıdalarla da bulaşabildiği kanıtlanan viruslardır. Gıdalar, çiftlikten veya tarladan soframıza ulaşana kadar geçirdiği serüvenin herhangi bir aşamasında rotaviruslarla kontamine olabilmektedirler.
Ülkemizde gıda kaynaklı viruslardan Norovirus ve Hepatitis A viruslarının varlığı araştırmalarla gösterilmiştir. Fakat yaptığımız incelemelerde gıdalarda rotavirusun varlığına yönelik bir bildirim saptanmamıştır. Bu nedenle çalışmamızda çiğ ve tüketime hazır çeşitli gıda örneklerinde rotavirusun saptanması ve pozitif örneklerde virusun izolasyonuna yönelik araştırma yapıldı.
Araştırmamızda, deniz mahsülleri (midye, balık vs.), kırmızı et ürünleri (sucuk, köfte vs.) ve beyaz et ürünlerinden (jambon, kanat vs.) 105 adet örnek toplandı. Toplanan örnekler RT-PCR metodu ile rotavirusun varlığı yönünden incelendi. Rotavirus saptanan örneklerden MA-104 hücre kültürüne ekimleri yapıldı. Pozitif örneklerin genotiplendirmesi için de DNA dizilimi ve filogenetik analizler yapıldı.
Çalışmada RT-PCR incelemeleri sonucu 2 adet midye numunesinde rotavirus saptandı. Pozitif saptanan midye örneklerinin birinde VP4 ve VP7 gen bölgesinin DNA diziliminin analizi sonucunda A grubu rotavirus olduğu ve genotipinin de G1P[8] olduğu belirlendi. Pozitif saptanan örneklerin hücre kültürüne inokülasyonu sonucunda virusun izolasyonu saptanmadı.
Bu çalışmada saptanan rotavirusun, ülkemizde insanlarda yaygın olarak görülen A grubu rotavirus G1P[8] genotipi olduğu belirlenmiştir. Çocuklarda yaygın olarak görülen ve kaynağı konusunda kesin bilgilere sahip olamadığımız rotavirus infeksiyonlarının gıda kaynaklı olabileceği de düşünülerek hijyenik önlemlere daha çok dikkat edilmesi gerekmektedir.

Abstract:
In recent years, it has been shown in many studies that viruses are the one of the common factors of foodborne diseases of human. Sometimes these diseases may seen as epidemics. Norovirus, hepatitis A virus, rotavirus, adenovirus, enterovirus, astrovirus and aichiviruses are known as the most common foodborne viruses. Rotaviruses cause gastroenteritis, affect people of all ages and have been proven to be transmitted via food. Food can be contaminated with rotavirus at any stage of food processing, from farm to fork.
The studies in Turkey have shown that norovirus and hepatitis A virus has been detected in food. However, to our knowledge, presence of rotavirus in foods has not been reported before. Therefore, in this study, a research was carried out to investigate the presence of rotavirus in raw and ready-to-eat food samples and to isolate the virus from positive samples.
In this study, 105 samples were collected from seafood (mussels, fish, etc.), red meat products (sausage, meatballs, etc.) and white meat products (ham, wings, etc.). The samples were tested for the presence of rotavirus by RT-PCR method. Rotavirus contaminated samples were inoculated into MA-104 cell culture. DNA sequencing and phylogenetic analysis were performed for the genotyping of positive samples.
Rotavirus was detected in 2 mussel sample groups by RT-PCR. DNA sequence analysis was carried out of both VP4 and VP7 gene regions of the rotavirus for one sample and determined that it was a group A human rotavirus G1P[8]. The rotavirus isolation did not occur after the inoculation the samples to cell culture.
The rotavirus detected in this study was determined to be the group A rotavirus G1P[8] genotype, which is common in people in Turkey. Rotavirus infections are common in children and there is a lack of information on the role of food-borne transmission. Considering this factor, more attention should be paid to hygienic measures.