Toplumda gelişen pnömonilerde bakteriyel ve viral etkenlerin dağılımı ve klinik özellikler
Distribution of bacterial and viral agents at community acquired pneumonia and clinical features of disease
Yazar: DENİZ ÖZER TÜRK
Danışman: PROF. DR. ÖZLEM TÜNGER
Celal Bayar Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2015
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Enfeksiyon = Infection ; Pnömoni = Pneumonia ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Virüs hastalıkları = Virus diseases ; Virüsler = Viruses

Özet:
Toplumda gelişen pnömoni, sık gözlenmesi, morbidite ve mortaliteye yol açması ve tedavi maliyetinin yüksek olması sebebi ile önemli bir halk sağlığı sorunudur. Bu nedenle ampirik tedavinin planlanmasında etyolojik ajanların doğru tahmin edilmesi önemlidir. Son yıllarda, moleküler testlerle sonucun hızlı alınması, konvansiyonel yöntemlerle saptanamayan mikroorganizmaların saptanması ve test duyarlılığının yüksek olması; hem uygun tedavinin (antibakteriyel-antiviral) erken dönemde başlanabilmesine hem de maliyet açısından kazanç sağlanmasına olanak tanımıştır. Ayrıca rutin istenen tetkiklerde araştırılmayan viral etkenlerin belirlenmesi, gereksiz veya yanlış antibiyotik kullanımının, yan etki oranı ve direnç gelişiminin azalmasına katkı sağlamıştır. Sadece standart bakteriyolojik yöntemlerin kullanıldığı rutin uygulamalarla (balgam kültürü, hemokültür, serolojik yöntemler vb.) etkenin izolasyon oranları %21-32.4 arasında sınırlı kalmaktadır. Çalışmamızda standart kültür yöntemiyle pozitiflik oranı %15.6 iken, polimeraz zincir reaksiyonu ile bu oran %65.6'ya yükselmiştir. S. pneumoniae, tek veya çoklu etken olarak diğer çalışmalarda olduğu gibi en yüksek oranda (%51) saptanan etken olmuştur. H. influenzae ve influenza A başta olmak üzere hastaların % 32.2'sinde başka etkenlerle birlikteliği görülmüştür. Hastaların %33'ünde iki, üç ve dört etkenli bakteri+bakteri ve bakteri+virüs kombinasyonları görülmüştür. Viral etkenler çalışmamızda %25 oranında, yedi hastada tek etken, on yedi hastada karma enfeksiyon şeklinde saptanmıştır. En sık saptanan etken influenza A olurken birer hastada koronavirüs 229E ve OC43 tespit edilmiştir. 
Bu çalışma standart kültür yöntemiyle saptanamayan viral ve atipik bakterinin saptanmasına yardımcı olmuştur. Sonuç olarak alt solunum yolu enfeksiyonlarında moleküler tanı testlerinin kullanılmasını önermekteyiz.

Anahtar kelimeler: Toplumda gelişen pnömoni, polimeraz zincir reaksiyonu, viral etkenler.

Abstract:
Community acquired pneumonia is an important public health problem because of its high incidence, mortality, morbidity and high cost. Therefore, it is important to obtain an accurate estimate of the etiologic agent for empiric treatment planning. In recent years, obtaining the results rapidly by molecular tests, detection of microorganisms which are undetectable by conventional methods and high sensitivity of the methods have led both to start the appropriate treatment (antibacterial -antiviral ) earlier and to gain in terms of cost. Moreover, detection of viral agents that are not investigated in requested routine tests contribute to decreasing the usage of unnecessary or wrong antibiotics, adverse effects and development of resistance. Agent isolation ratios are limited between 21% and 32.4 % in routine applications (sputum culture, hemoculture, serological methods etc.) which uses only standard bacteriological methods. In our study, positivity ratio was 15.6% by the standard culture method whereas the ratio was increased to 65.6% by the polimerase chain reaction. S. pneumoniae was the most common agent (51%) as the single or multiple agents similarly in previous studies. It was seen with other agents especially with H. influenzae and influenza A in 32.2% of the patients. Two, three and four agent bacteria+bacteria and bacteria+virus combinations were seen in the 33% of the patients. Viral agents were detected in 25% of the patients, as single agent in seven patients and as mixed infection in seventeen patients. The most common agent was influenza A, coronavirus 229E and OC43 were detected in one patient each. 
This study helped the detection of viral and atypical bacteria that can not be detected by standard culture methods. As a result, we suggest the usage of the molecular diagnostic tests in lower respiratory tract infections.

Key words: Community acquired pneumonia, polymerase chain reaction, viral agents.