Dermatofitlerin konvansiyonel ve maldı-tof yöntemi ile tanımlanmaları ve sıvı mikrodilusyon yöntemiyle antifungal duyarlılık profilleri
Identification of dermatophytes by conventional and maldi-tof methods and antifungal susceptibility profiles by liquid microdilution method
Yazar: NİHAL ALEM TEKİNASLAN
Danışman: PROF. DR. BARIŞ SAREYYÜPOĞLU
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal duyarlılık testleri = Antifungal sensitivity tests ; Dermatofitler = Dermatophytes ; Küf mantarları = Mould fungus ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Mantar hastalıkları = Mycoses ; Mantarlar = Fungi ; Mikoloji = Mycology ; Mikolojik tiplendirme teknikleri = Mycological typing techniques

Özet:
Dermatofitler, insan ve hayvanlarda deri, tırnak ve kılların stratum corneum tabakasına yerleşerek yüzeyel keratinize dokularını infekte eden küf mantarlarıdır. Dermatofitlerin tür düzeyinde identifikasyonları konvansiyonel yöntemlerle yapılmaktadır. Dermatofitlerin tanımlanmalarında kullanılan klasik mikolojik yöntemler olan morfolojik ve fizyolojik testler uzun zaman almaktadır. Matriks Aracılı Lazer Dezorbsiyon İyonizasyon Uçuş Zamanı Kütle Spektrometresi (Matrix-Assisted Laser Desorbtion/Ionization Time-of Flight Mass Spectrometry, MALDI-TOF MS) mikroorganizmaların tanımlanmasında kullanılan hızlı ve yeni bir yöntemdir. Antifungal duyarlılık testleri ise bir antifungal ajanın belli bir mantar türüne karşı in-vitro etkinliğini saptamak amacıyla uygulanmaktadır. Bu tez çalışmasında, dermatofitlerin geleneksel yöntemler ve MALDI-TOF MS yöntemiyle identifikasyonu ve antifungal duyarlılık profillerinin incelenmesi amaçlanmıştır.
Bu kapsamda incelenen 82 dermatofit izolatının konvansiyonel tanımlaması     yapılmıştır. 15 adet M. canis, 23 adet T. mentagrophytes ve 45 adet T. rubrum kökeni yeniden identifiye edilmiştir ve bu dermatofit izolatlarının tümü MALDI-TOF MS yöntemiyle de doğrulanmıştır. Ayrıca 50 dermatofit suşunun sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle CLSI M38-A3'e göre amfoterisin B, itrakonazol, ketokonazol ve terbinafin için antifungal duyarlılıkları incelenmiştir. Antifungal duyarlılık çalışması yapılan 8 adet M. canis  suşunun MIK aralıkları Amfoterisin B için 0,25-1, Itrakonazol için 0,015-0,25, Ketokonazol için 0,015-0,5 ve Terbinafin için <0,015-0,03, 24 adet T. mentagrophytes suşunun MİK aralıkları Amfoterisin B için 0,015-4, Itrakonazol için <0,015-2, Ketokonazol için 0,015-1 ve Terbinafin için <0,015-0,12518 adet T. rubrum suşunun MİK aralıkları Amfoterisin B için 0,25-1 Itrakonazol için 0,015-0,125, Ketokonazol için 0,015-0,5 ve Terbinafin için <0,015-0,06 olarak bulunmuştur.
Klinik tanı açısından önemli ve yenilikçi bir teknoloji olan MALDI-TOF MS yöntemi, dermatofitlerin rutin laboratuarlarda hızlı ve doğru tanımlanmaları için konvansiyonel yöntemlerle birlikte kullanılmalıdır.

Anahtar Sözcükler: Antifungal Duyarlılık Testleri, Dermatofit, Konvansiyonel yöntemler, MALDI-TOF MS.

Abstract:
Dermatophytes are mold fungi that settle in the stratum corneum layer of the skin, nails and hair of humans and animals and infect the superficial keratinized tissues. Identification of dermatophytes at the species level is done by conventional methods. Morphological and physiological tests, which are classical mycological methods used in the identification of dermatophytes, take a long time. MALDI-TOF MS (Matriks assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry) is a new and fast method for identification of microorganisms. Antifungal susceptibility tests are conducted to determine the in-vitro efficacy of an antifungal agent against a particular fungal strain. In this thesis, it is aimed to identify dermatophytes by traditional methods and MALDI-TOF MS method and to examine their antifungal susceptibility profiles.
 In this context, conventional identification of 82 dermatophyte isolates examined was made. 15 M. canis, 23 T. mentagrophytes and 45 T. rubrum strains were reidentified and all of these dermatophyte isolates were also confirmed by MALDI-TOF MS method. In addition, antifungal susceptibilities of 50 dermatophyte strains were investigated for Amphotericin B, itraconazole, ketoconazole and terbinafine according to CLSI M38-A3 by broth microdilution method. MIC ranges of 8 M. canis strains for which antifungal susceptibility studies were performed, 0.25-1 for Amphotericin B, 0.015-0.25 for Itraconazole, 0.015-0.5 for Ketoconazole and <0.015-0.03 for Terbinafine, MIC ranges of 24 T. mentagrophytes strains 0.015 for Amphotericin B -4, MIC ranges of <0.015-2 for Itraconazole, 0.015-1 for Ketoconazole and <0.015-0.12518 for Terbinafine strains of T. rubrum 0.25-1 for Amphotericin B 0.015-0.125 for Itraconazole, 0.015-0.5 for Ketoconazole and <0.05 for Terbinafine It was found to be 0.015-0.06.
The MALDI-TOF MS method, which is an important and innovative technology in terms of clinical diagnosis, should be used together with conventional methods for rapid and accurate identification of dermatophytes in routine laboratories.

Keywords: Antifungal Susceptibility Tests, Conventional methods, Dermatophyte, MALDI-TOF MS,