Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu bölgelerinde otokton asma varyetelerinde asma virüs D (Grapevine virus D, GVD)'nin bulunma durumu ve genetik çeşitliliği
Occurrence and genetic diversity of Grapevine virus D in autochthonous grapevine varieties in the Eastern Mediterranean and Southeast Anatolia regions
Yazar: MUSTAFA KEMAL ÖZTIRAK
Danışman: PROF. DR. NİHAL BUZKAN
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Asma virüs D (GVD)'nin otokton asma varyetelerinde bulunma düzeyi ve izolatlarının populasyon çeşitliliği iki önemli bağcılık bölgesinde (Doğu Akdeniz, Güneydoğu Anadolu) araştırılmıştır. Bağ alanlarından toplanmış ve soğuk ortamda depolanmış yaprak ve sürgün örnekleriyle, sera koşullarında köklendirilmiş bir yaşlı çeliklerden alınan taze sürgünlerden toplam nükleik asit (TNA) izolasyonu silika yakalama yöntemiyle yapılmıştır. TNA'lardan hazırlanan cDNA'lar, GVD'nin CP7V/CP471C primer dizinleri kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonuyla çoğaltılmıştır. Testlenen toplam 175 asma örneğinden hazırlanan cDNA'ların, GVD-spesifik primerleriyle elde edilen PCR DNA'larının elektroforetik analizinde 13 örnekte 474 bç büyüklüğünde DNA bantları gözlenmiştir. GVD tanılanmış asmaların mekanik inokülasyonu, Nicotiana occidentalis ve N. benthamiana bitkilerine yapılmıştır.
PCR DNA'larının nükleotid dizilemesi doğrudan iki yönlü olarak yaptırılmış ve BLAST programıyla gen bankasında kayıtlı benzerlik gösterdiği dizinlerle karşılaştırılmıştır. Türk izolatları İtalya'da otsu konukçudan (Nicotiana occidentalis) (Gen bankası erişim: Y07764) izole edilmiş GVD izolatıyla %90, Brezilya'daki GVD izolatıyla (Gen Bankası erişim: JQ031716) %98 nükleotid homolojisi göstermiştir.
N.occidentalis bitkilerinde damarlarda kloroz simptomları gözlenmiştir. Otsu konukçulardan izole edilen TNA'lardan hazırlanan cDNA'ların analizi Viti-/Foveavirus cinsler için hazırlanmış dejenere primerlerle nested-PCR ile yapılmıştır. PCR DNA'larının nükleotid dizinleri, GVD ile homoloji göstermemiştir. GVD bu araştırmayla ilk kez Türkiye'de asmalarda rapor edilmiştir. 

Anahtar kelimeler: Asma, Virüs, Vitivirus, Grapevine virus D

Abstract:
GVD was investigated in vineyards with autochthonous grapevine varieties in two viticultural areas in Turkey, Eastern Mediterranean and Southeast Anatolia. Total RNA was extracted from a total of 175 samples from several cultivars and the samples were tested for the presence of GVD by RT-PCR using primers CP7V/CP471C (Abou-Ghanem et al., 1997). A 474 bp-product corresponding to a fragment of the coat protein gene was amplified 13 samples. Samples resulting positive for GVD were used for mechanical transmission on Nicotiana occidentalis and N. benthamiana.
PCR amplicons were subsequently sequenced and subject to BLASTN search to confirm the identity of the target virus. The Turkish isolates showed 90% nucleotide sequence identity of a GVD isolate from herbaceous host (Nicotiana occidentalis) from Italy (GenBank Accession No. Y07764) and  98% of a GVD isolate from Brasil (GenBank Accession No. JQ031716).
Vein chlorosis was the symptom observed in N. occidentalis after mechanical inoculation. cDNAs prepared from TNAs of herbaceous indicator plants were used in nested-PCR with primer pairs for Viti-/Foveavirus genus. Nucleoitde sequence from PCR DNA did not show homology with GVD. To our knowledge, this is the first report on the occurence of GVD in Turkish grapevines.

Key words: Grapevine, Virus, Vitivirus, Grapevine virus D