Tipe özgü multipleks real-time PCR ile yaygın görülen yüksek riskli HPV'lerin saptanması
Detection of major HPVs by a type specific multiplex real-time PCR
Yazar: FATİH ŞAHİNER
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET YAPAR
GATA / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Papillomavirüsler = Papillomaviridae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prekanseröz durumlar = Precancerous conditions ; Uterin servikal neoplazmlar = Uterine cervical neoplasms

Özet:
HPV'lerin servikal kanser ve prekanseröz lezyonlarla ilişkili olan ve ?yüksek-riskli? HPV'ler olarak tanımlanan bir alt grubu vardır. Servikal kanser dünya genelinde kadınlarda en sık görülen ikinci kanserdir. Servikal kanserlerin önlenmesi ve azaltılmasında çok büyük önem taşıyan erken tanı büyük ölçüde doğru tarama stratejilerinin belirlenmesine bağlıdır. Servikal sitoloji ve HPV-DNA saptama yöntemleri bu amaç için en sık başvurulan tarama testleridir.Bu çalışmada, HPV enfeksiyonlarının tanısında kullanılmak üzere maliyet-etkin, pratik ve duyarlılığı yüksek bir tanı-tarama yönteminin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmamıza toplam 315 servikal smear örneği dahil edilmiş ve örneklerin 68'i (%21,6) HPV-DNA pozitif olarak bulunmuştur. Laboratuvarımızda dizayn edilen yeni real-time PCR temelli yöntemler ile bu 68 örneğin 62'sinde tiplendirme analizleri başarılı olarak yapılırken, 6 örnekte sadece genel primerler ile pozitiflik saptanmış fakat genotiplendirme yapılamamıştır. HR-HPV ve LR-HPV tipleri birlikte olmak üzere, tip spesifik real-time PCR ile 62 örneğin 50'sinde (%80,6) tek, 12'sinde ise (%19,4) birden fazla HPV tipi saptanmıştır. Bu örneklerde toplam 11 farklı HR-HPV genotipi saptanmış olup en sık görülen HR-HPV tiplerinin dağılımı ise şu şekildedir; HPV tip 16; 26 (%37,7), tip 52; 9 (%13,0) ve tip 58; 8 (%11,6).Servikal kanser ve ilişkili prekanseröz lezyonların önlenmesine yönelik aşı geliştirme çalışmaları devam etmektedir. Bu aşılar genellikle HPV tip 16 ve 18'e karşı etkilidir. Her ne kadar bizim çalışmamız istatistiksel önem açısından küçük bir grup olsa da, tip 16 ve 18 dışındaki HPV tiplerinin onkojenik tiplerin yarısından fazlasını (%55,1) oluşturduğunu saptadık. Bu nedenle, ülkemizdeki tip dağılımının doğru olarak belirlenmesi için geniş kapsamlı çalışmaların yapılmasına ve daha çok HPV tipine karşı etkili aşıların geliştirilmesine ihtiyaç olduğu açıktır.

Abstract:
A sub-group of Human Papilloma Viruses (HPVs) that has been called as "high-risk" HPV has associated with cervical precancerous lesions and cervical cancer. Cervical cancer is the second most frequently occurring cancer worldwide in women. Early diagnosis is crucial for prevention and reducing the cervical cancer and it is depends on greatly the determination of accurate screening strategy. Cervical cytology and HPV-DNA tests are the most commonly used screening methods, for this purpose.In this study, we aimed to develop a cost-effective, practical and sensitive diagnostic and screening method that to be used in the detection of HPV infections. A total of 315 cervical smear samples were included in this study and 68 of them (21.6%) were determined as HPV-DNA positive. Genotyping analyses were performed successfully in 62 of these samples, but in the other 6 samples that were positive only by general primers genotyping analyses could not be performed successfully by new real-time PCR based methods that were designed in our laboratory. Single HPV type was detected in 50 (80,6%) and multiple HPV types were detected in 12 (19,4%) of these 62 samples by type specific real-time PCR (including both HR-HPV and LR-HPV types). A total of 11 different HR-HPV genotypes were detected in this samples and the distribution of the most frequent HR-HPV genotypes were as follows: HPV type 16; 26 (%37,7), type 52; 9 (%13,0) and type 58; 8 (%11,6).Vaccine development is underway to the prevention of cervical cancer and associated precancerous lesions. These vaccines are usually effective against HPV types 16 and 18. Although our study includes smaller sample size for gaining epidemiological significance, more than half of high-risk types (55,1%) were detected as non-16-18 HPV types. Therefore, clearly there is a need to comprehensive studies to determine HPV type distribution in our country and develop HPV vaccines that protect against more HPV types.