Fasulye'de (Phaseolus vulgaris L.) b-box gen aı̇lesı̇ üyelerı̇nı̇n genom çapında tanımlanması, gelı̇şı̇m ve stres tepkı̇lerı̇ sırasında ı̇fadelerı̇
Genome-wide identification of b-box gene family members in bean (Phaseolus vulgaris L.) and their expression during development and stress responses
Yazar: ONUR ALTAY AKDAŞ
Danışman: PROF. DR. EMİNE SÜMER ARAS
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Çinko parmak transkripsiyon faktörleri, transkripsiyonu düzenleyen diziye özgü DNA bağlayıcı proteinlerdir. DNA bağlama alanı, sistein ve histidin kalıntılarının kombinasyonları yoluyla çinko iyonlarını koordine eden çinko parmaklar tarafından oluşturulur. Çinko parmak transkripsiyon faktörlerinin (ZFTF'ler), bir sınıfı olan B-BOX proteinleri (BBX'ler), çoklu işlevleri nedeniyle son yıllarda oldukça ilgi görmektedir. B-BOX proteinleri, bir veya iki B-BOX alanına ve bazı durumlarda bitkinin gelişiminde önemli roller oynayan ek bir CCT (CO, CO-benzeri ve TOC1) motifine sahip çinko parmak transkripsiyon faktörleri sınıfını kodlar. B-BOX'lar, aynı zamanda bitki büyümesi ve gelişiminin kontrolünde yer alan karmaşık bir düzenleyici ağ oluşturmak için çeşitli faktörlerle etkileşime giren proteinlerdir. B-BOX proteinleri ışık sinyalleri, bitkilerde çiçeklenme, fotomorfogenez ve pigment birikimi gibi bir dizi fizyolojik ve gelişimsel sürece aracılık eder. Ortaya çıkan kanıtlar, bir grup B-BOX proteininin (BBX'ler) bu ışık aracılı gelişim süreçlerinde merkezi oyuncular olarak işlev gördüğünü ortaya koymaktadır. Dünyada yaygın olarak tüketilen fasulye (Phaseolus vulgaris L.), geleneksel insan beslenmesinde kilit rol oynamaktadır. Son zamanlarda, özellikle yüksek protein, nişasta, diyet lifi, mikro besinler ve düşük yağ seviyelerine sahip biyoaktif içeriği nedeniyle insan beslenmesinde kullanımına yönelik teşvik edici gelişmeler yaşanmıştır. Tüm bu doğrultular kapsamında tamamlanan bu tezde, Phaseolus vulgaris genomunda bulunan B-BOX proteinlerinin tanımlanması, karakterizasyonu ve biyoinformatik analizleri gerçekleştirilerek, çeşitli abiyotik stresler altında qRT-PCR aracılığıyla gen ifadelerinin ortaya çıkarılması hedeflenmiştir.

Abstract:
Zinc finger transcription factors are sequence-specific DNA binding proteins that regulate transcription. The DNA binding domain is formed by zinc fingers that coordinate zinc ions through combinations of cysteine and histidine residues. B-BOX proteins (BBXs), a class of zinc finger transcription factors (ZFTFs), have attracted much attention in recent years due to their multiple functions. B-BOX proteins encode a class of zinc finger transcription factors with one or two B-BOX domains and, in some cases, an additional CCT (CO, CO-like and TOC1) motif that plays important roles in plant development. B-BOXs are proteins that interact with various factors to form a complex regulatory network that is also involved in the control of plant growth and development. B-BOX proteins mediate a number of physiological and developmental processes such as light signals, flowering, photomorphogenesis and pigment accumulation in plants. Emerging evidence suggests that a group of B-BOX proteins (BBXs) function as central players in these light-mediated developmental processes. Beans (Phaseolus vulgaris L.), widely consumed around the world, play a key role in traditional human nutrition. Recently, there have been encouraging developments for its use in human nutrition, especially due to its bioactive content with high protein, starch, dietary fiber, micronutrients and low fat levels. In this thesis project, which is aimed within the scope of all these directions, it is planned to identify, characterize and bioinformatics analyzes of B-BOX proteins in the Phaseolus vulgaris genome and reveal gene expressions through qRT-PCR under various abiotic stresses.