Fatih Sultan Mehmet Eğitim ve Araştırma Hastanesi klinik örneklerinden izole edilen kandida suşlarının tür ve antifungal duyarlılık tayininde MALDİ-TOF MS VE VİTEK 2 otomatize sistemlerinin güvenilirliğinin değerlendirilmesi
Evaluation of the reliability of MALDI-TOF MS VE VITEK 2 automated systems in the determination of species and antifungal sensitivity of candida strains isolated from Fatih Sultan Mehmet Training and Research Hospital clinical samples
Yazar: ŞENAY ELBASAN OMAR
Danışman: PROF. DR. CANAN AĞALAR ; DR. SERVET ÖZTÜRK
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İstanbul Fatih Sultan Mehmet Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Antifungal duyarlılık testleri = Antifungal sensitivity tests ; Kandida = Candida ; Mantar hastalıkları = Mycoses ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests

Özet:
Amaç: İnvaziv mantar enfeksiyonlarının yönetiminin laboratuar ayağında suşun tanımlanması ve antifungal duyarlılık testi tayini iki kritik basamaktır. Bu iki sonucun hızlı ve doğru tespitinin kliniğe büyük katkısı olacağı açıktır. Bu işlemlerin rutin yöntemler yerine yeni alternatif yöntemlerle kısalması hedeflenmektedir. Çalışmamızda hastanemiz kandida suşlarının türlerinin tanımlanmasında konvansiyonel yöntemlerin ve antifungal duyarlılık paterni belirlenmesinde sıvı mikrodilüsyonun otomatize sistemler ile karşılaştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 2014 ve 2017 yılları arasında Fatih Sultan Mehmet Eğitim ve Araştırma Hastanesi ayaktan ve yatan hastalarının klinik örneklerinden (kan, idrar, ETA, kateter, balgam, yara vb.) izole edilen 130 kandida suşu alındı. Kandida türleri geleneksel yöntemler (germ tüp testi, kromojenik besiyeri ve pirinç ekstresi-Tween 80 agar) ve MALDI-TOF® MS (Biomerieux, France) (Matrix-Assisted Laser Desorption IonizationTime-Of-Flight Mass Spectrometry) otomatize sistemi ile tanımlandı.  Antifungal duyarlılık tayini altın standart test olan sıvı mikrodilüsyon (SMD) ve VITEK® 2 (Biomerieux, France) (VTK) otomatize sistemi ile yapıldı. Antifungal duyarlılık tayininde VTK ile çalışılan antifungal ilaçlar amfoterisin B, flukonazol, vorikonazol ve mikafungin iken; sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle ek olarak isavukonazol de çalışıldı.
Bulgular: Çalışmaya alınan 130 kandida suşunun geleneksel yöntemler ve MALDI-TOF MS ile yapılan tür tayininde suşların %52,3'ü C. albicans, %16,1'i C. glabrata, %13,1'i C. tropicalis, %7,7'si C. parapsilosis, %5,4'ü C. kefyr, %3,1'i C. dubliniensis, %2,3'ü C. krusei olarak tanımlandı. Her iki yöntem %100 uyumlu bulundu. Antifungal duyarlılık tayininde SMD ve VTK arasında esansiyel uyum %98,8; kategorik uyum ise %98,7 idi. Hatalara bakıldığında C.glabrata'da mikafunginde üç küçük hata; C.parapsilosis'te flukonazolde bir büyük hata belirlendi. Kategorik uyumsuzluğa neden olan bu dört hatadan üç tanesi esansiyel uyumsuz idi. Bunların dışında dört tane daha esansiyel uyumsuzluk tespit edidi. Çok büyük hata saptanmadı. İsavukonazolde ise tüm kandida suşlarında çok düşük dilüsyonlarda minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri saptandı.
Sonuç: Çalışmamız sonucunda kullandığımız iki otomatize sistem yüksek uyum oranlarıyla rutin kullanımda hızlı, pratik ve güvenilir bulundu.

Abstract:
Aim: Identification of the strain and determination of antifungal susceptibility test are two critical steps in the laboratory aspect of the management of invasive fungal infections. It is clear that fast and accurate determination of these two results will make a great contribution to the clinic. It is aimed to shorten these processes with new alternative methods instead of routine methods. In our study, it was aimed to compare conventional methods to identify the types of candida strains and liquid microdilution method to determine antifungal susceptibility pattern with automated systems.
Materials and Methods: 130 candida strains isolated from clinical samples (blood, urine, ETA, catheter, sputum, wound etc.) of outpatients and inpatients of Fatih Sultan Mehmet Training and Research Hospital between 2014 and 2017 were included in the study. Candida species were identified by conventional methods (germ tube test, chromogenic medium and rice extract-Tween 80 agar) and MALDI-TOF® MS (Biomerieux, France) (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-Of-Flight Mass Spectrometer). Antifungal susceptibility determination was performed with the gold standard test broth microdilution (SMD) and VITEK® 2 (Biomerieux, France) (VTK). In the determination of antifungal sensitivity, the antifungal drugs studied with VTK were amphotericin B, fluconazole, voriconazole and micafungin; isavuconazole was also studied by liquid microdilution method.
Results: In the species determination of 130 candida strains included in the study by conventional methods and MALDI-TOF MS, 52,3% of the strains were C. albicans, 16,1% of C. glabrata, 13,1% of C. tropicalis, 7,7% of C. parapsilosis, 5,4% of C. kefyr, 3,1% of C. dubliniensis, 2,3% of C. krusei. Both methods were found to be 100% compatible. In antifungal sensitivity determination essential agreement between SMD and VTK was 98,8%; categorical agreement was 98,7%. Looking at the discrepancies, three minor discrepancies were detected in micafungin in C.glabrata; one major discrepancy was detected in fluconazole in C.parapsilosis. Three of these four errors that caused categorical disagreement were also essential disagreement. Apart from these, four more essential disagreements were detected. No very major discrepancy was detected. In isavuconazole, minimum inhibitory concentration (MIC) values were detected in very low dilutions in all candida strains.
Conclusion: As a result of our study, the two automated systems we used were found to be fast, practical and reliable in routine use with high compliance rates.