COVID-19 enfeksiyonu olan hastalarda serbest plazma DNA düzeyinin prognozla ilişkisinin irdelenmesi
Investigation of the relationship between cell free DNA levels and prognosis in COVID-19 patients
Yazar: HAZAL ERDEM
Danışman: DOÇ. DR. İLKER İNANÇ BALKAN
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; DNA = DNA ; Korona virüs enfeksiyonları = Coronavirus enfections ; Korona virüsler = Coronaviridae ; Plazma = Plasma ; Prognoz = Prognosis ; SARS virüsü = SARS virus

Özet:
Amaçlar: COVID-19 hastalığında klinik bulgular asemptomatik enfeksiyondan ciddi solunum yetmezliğine kadar değişebilmekte, mevcut tanısal testler ile hastaneye yatış ve yoğun bakım gereksinimi kesin olarak öngörülememektedir. Uygun hasta yönetimi açısından hastalık şiddeti ve mortalite ile ilgili yeni biyobelirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. 
Gereç ve Yöntem: Prospektif gözlemsel olarak tasarlanan çalışmada COVID-19 tanısı alan hastalardan periferik kan örnekleri alınarak hücre içermeyen plazma ayrıldı, bu örneklerden nükleik asit izolasyonu yapılarak RT-PCR yöntemi ile serbest DNA (cfDNA) miktarı kantite edildi. cfDNA düzeylerinin diğer laboratuvar ve klinik parametreler ile korelasyonu analiz edildi.
Bulgular: SARS-CoV-2 ile enfekte 197 hastadan alınan 252 örnek çalışmaya dahil edildi. Hastaların 91'i ayaktan, 79'u serviste, 27'si yoğun bakım ünitesinde (YBÜ) izlendi. Gruplar arasında cinsiyet dağılımı açısından anlamlı fark yok (p=0,571) iken YBÜ grubunda ortalama yaş daha yüksek idi (Ort=70.59±9.6, p<0.01). Plazma cfDNA düzeyleri ise poliklinik hastalarında ortalama 1,431.52 ng/ml, servis hastalarında 26,700.74 ng/ml ve YBÜ hastalarında 142,486.07 ng/ml, gruplar arasında anlamlı şekilde farklı (p<0,01) idi. ROC analizi ile cfDNA düzeyi ≥7,033.60 ng/ml hastalarda %95 özgüllükle hastane yatış kararı; serviste izlenen hastalarda ise cfDNA düzeyi ≥69,244.55 ng/ml olanlarda %95 özgüllükle YBÜ yatış kararı verilebileceği sonucuna ulaşıldı. Plazma cfDNA konsantrasyonu eş zamanlı alınan CRP, AST, LDH, fibrinojen ve lenfosit düzeyleriyle korele olmakla birlikte yatan hastalarda YBÜ endikasyonunu belirlemede diğer biyokimyasal parametrelerden daha başarılı bulundu. 
Sonuç: COVID-19 hastalarında erken dönemde ölçülen plazma cfDNA düzeyi ile hastalık şiddeti ve mortalite arasında anlamlı ilişkili bulunmuştur. Hastaneye yatırma kararı ve YBÜ endikasyonunun belirlenmesinde plazma cfDNA düzeyleri yol gösterici olabilir.

Abstract:
Aim: A large spectrum of clinical findings are seen in COVID-19. The indications for hospitalization are not fully established with current diagnostic tests. New biomarkers for disease severity and mortality are needed. 
Material and Method: In this prospective, observational study, cell free plasma was taken from COVID-19 patients. Nucleic acid isolation is made from these samples with the commercial kit. cfDNA (cell-free DNA) concentration in the samples was quantified by RT-PCR based test. 
Results: A total of 252 samples from 197 SARS-CoV-2 infected patients were collected. Of these patients, 91 were ambulatory while 79 were treated in wards and 27 were treated in intensive care unit (ICU). There was no statistical difference between groups by gender (p=0,571). The mean age was higher in ICU group. (70.59±9.6, p<0.01). The mean cfDNA levels were significantly different between groups. While ambulatory patients had a mean cfDNA level of 1,431.52 ng/ml, it was  26,700.74 ng/ml in ward patients and ve 142,486.07 ng/ml in ICU patients. ROC analysis showed with 95% spesificity that patients with initial cfDNA concentrations more than 7,033.60 ng/ml should be hospitalized and those more than 69,244.55 ng/ml should be transferred to ICU. cfDNA is also found to be more successful than other biochemical parameters  in indicating ICU need. cfDNA concentration is correlated with CRP, AST, LDH, fibrinogen and lymphocyte levels overall. 
Conclusion: Early cfDNA levels in COVID-19 patients is correlated with disease severity and mortality. cfDNA concentration might be useful in making the decision for hospitalization and ICU transfer.