Fenotipik olarak Amikasin duyarlı Escherichia coli kökenlerinde aminoglikozid direncinden sorumlu AAC(6')-I enziminin genotipik olarak araştırılması
Genotypic analysis of AAC(6')-I Enzyme which is responsible for aminoglycoside resistance in Escherichia coli strains that are phenotypically susceptible to Amikacin
Yazar: NESRİN AYDOĞAN
Danışman: PROF. DR. GÜNER SÖYLETİR
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Amikacin = Amikacin ; Aminoglikozitler = Aminoglycosides ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Genotip = Genotype

Özet:
Gram negatif bakterilerin etken olduğu enfeksiyonların tedavisinde tercih edilen aminoglikozid grubu antibiyotiklerin yaygın kullanımına bağlı olarak bakterilerin ürettiği modifiye edici enzimler aracılığıyla bu antibiyotiklere direnç gelişmekte ve tedavide başarısızlıklara neden olmaktadır. Bu çalışmada Marmara Üniversitesi Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gelen klinik örneklerden izole edilerek VITEK 2 otomatize sistemiyle tanımlanan ve amikasinin minimum inhibitör konsantrasyonu duyarlı aralıkta olmasına rağmen sistem tarafından orta duyarlıya çevrilen ve ayrıca AAC(6') enzimiyle direnç gelişebilir uyarısı verilen Escherichia coli kökenleri çalışmaya alınmıştır. GSBL üreten (n:100) ve üretmeyen (n:100) toplam 200 adet E. coli kökeninin tobramisin, netilmisin ve amikasin duyarlılıkları disk difüzyon testi ile belirlenmiş; aac(6')-I direnç geni varlığı PZR yöntemiyle araştırılmıştır. Amikasin MİK'i 4 µg/ml (n:85) olan kökenlerin tobramisin direnci %34.1 iken MİK'i 8 µg/ml (n:58) olan kökenlerde %69, MİK'i 16 µg/ml (n:57) olanlarda ise %91.2 oranında bulunmuştur. aac(6')-I geni taşıma oranları MİK değeri 4, 8 ve 16 µg/ml olan kökenler için sırasıyla %30.6, %63.8 ve %86 olarak saptanmıştır. Buna karşın bu MİK değerlerine sahip kökenler tobramisine de dirençli iseler MİK:4 µg/ml olanlarda dahi gen varlığı kökenlerin %79.3'ünde gözlenmiştir. GSBL(+) kökenlerde aac(6')-I varlığı GSBL(-) olanlara kıyasla amikasin MİK'i 4 µg/ml olanlarda 3 kat daha fazla bulunurken MİK'i 16 µg/ml olanlarda anlamlı bir fark saptanmamıştır. Bu sonuçlara göre özellikle MİK değeri 4 µg/ml olan kökenler için sistemin bu uyarıyı vermesi toplam olguların 2/3'ünde gereksiz yere amikasin kullanımını kısıtlamakta, buna karşın MİK'i 16 µg/ml olan kökenler için oldukça isabetli bir uyarıyı gerçekleştirmektedir. Bu uyarı, tobramisin duyarlılığı test etmekle desteklendiğinde özellikle MİK:4 µg/ml olan kökenler için klinisyene daha doğru bir yanıt vermek mümkün olabilecektir.

Abstract:
Due to widespread use of aminoglycosides in the treatment of infections caused by Gram negative bacteria, the modifying enzymes produced by bacteria may cause resistance to those antibiotics and may result in treatment failures. Escherichia coli strains which were isolated from clinical samples at Clinical Microbiology Laboratory of Marmara University Hospital and identified by VITEK 2 automated system were included in this study. Study isolates were chosen to have a minimum inhibitory concentration of amikacin in susceptible category, but converted from susceptible to intermediate by VITEK 2 Advanced Expert System(AES) and warned to develop resistance by AAC(6?) enzyme. For a total of 200 E. coli strains, with (n:100) or without (n:100) ESBL production, sensitivities to tobramycin, netilmicin and amikacin were detected by disk diffusion and, aac(6?)-I gene was determined by PCR. In the strains with amikacin MIC of 4 µg/ml (n:85), 34.1% was resistant to tobramycin, while in the strains with MIC of 8 µg/ml (n:58) and 16 µg/ml (n:57), tobramycin resistance rates were 69% and 91.2%, respectively. In regard to carrying aac(6?)-I gene, the rates were found to be 30.6%, 63.8 and 86 for the strains with MIC values are 4, 8, and 16µg/ml, respectively. However; if the strains were also resistant to tobramycin, presence of the gene in strains even with MIC:4 µg/ml was increased to 79.3%. The aac(6?)-I existence in the ESBL(+) strains with amikacin MIC of 4 µg/ml was threee times more than that of ESBL(-) ones, while there was no significant difference in strains with MIC of 16 µg/ml.According to these results;AES warning of VITEK 2, especially for the strains with MIC value of 4 µg/ml, unnecessarily limits the use of amikacin in 2/3 of the events, however in the strains with MIC of 16 µg/ml, it gives much accurate warning with a rate of more than 90% of the strains.This warning strengthened by tobramycin sensitivity testing, especially for the strains MIC is 4 µg/ml will provide to give a more true information to the clinician.