Çukurova Bölgesinde β -talasemi majörlü hastalarda hbf düzeyine etki eden snp'lerin hemoglobinopati kliniğine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of snps affecting hbf level on hemoglobinopathy clinic in patients with β-thalassemia major in Çukurova region
Yazar: OSAMAH MOHAMMED HUSSEIN
Danışman: PROF. DR. ABDULLAH TULİ
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
Hemoglobinopati, otozomal resesif geçişli monogenik bozuklukların en sık görülen grubudur. Hemoglobin (Hb) molekülünün alfa (α) ve beta (β) globin zincirlerini kodlayan genlerde mutasyon veya delesyonlar ile karakterizedir. Ülkemizde en sık görülen kalıtsal kan hastalıkları arasında yer almakta olup özellikle güney ve batı bölgelerinde önemli bir sağlık sorunudur. Yapılan çalışmalarda Çukurova Bölgesi'nde talasemi taşıyıcılığının görülme sıklığının %3, orak hücreli anemi (HbS) görülme sıklığının %10 gibi çok yüksek oranlarda olduğu bilinmektedir. Son yıllarda kompleks hastalıklarda bireylerin ilaçlara yanıtlarındaki genetik çeşitliliğin belirlenmesinde, hastanın genotipine göre bireysel tedavi seçeneklerinin geliştirilmesi ve yeni terapötik hedeflerin belirlenmesinde tek nükleotid polimorfizmleri (SNP'ler) artan bir ilgiyle kullanılmaktadır. 
β-talasemi ve OHA gibi hemoglobinopatilerde Fetal hemoglobin (HbF) düzeyi değişik miktarlarda yükselir. Erişkin dönemde HbF'nin değişen düzeyleri genetik faktörlerle kontrol edilir. Bu faktörler arasında HBG2 lokusunda SNP'si ve kromozom 2 üzerindeki BCL11A, kromozom 6 üzerindeki HMIP SNP'lerini içeren QTL (Quantitative Trait Loci)'ler yer almaktadır. Bu SNP'ler birlikte, HbF düzeylerindeki değişimin yaklaşık yarısını oluşturur.
Çalışmamızda Pediatrik Hematoloji Anabilim Dalı'na başvuran 90 β-talasemi ve 10 orak hücre anemili toplam 100 hastada HbF sentezini arttırarak fenotipi iyileştiren, rs1427407 (BCL11A) ve rs9399137 (HMIP) SNP'leri RT-PCR yöntemleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Hastalar rs1427407 polimorfizminde sırasıyla %51"C/C", %21"C/T" ve 28"T/T" allellerini ve rs9399137 polimorfizminde hastaların %100'ünün "T/T" alleli taşıdıkları saptanmıştır. Hastalarda taranan iki SNP'nin allel frekansları incelenmiş olup rs1427407 "C", ve rs9399137 "T" allelleri majör alleler olarak saptanmışlardır. rs1427407 ve rs9399137 polimorfizmleri birlikte incelendiğinde rs1427407 "C/T", ve rs9399137 "T/T" allellerini birlikte taşıyan bireylerde HbF sentezinin yüksek oranda (p<0,01) olduğu saptanmıştır. "C/T" genotipli β-talasemili hastalarda rs1427407 polimorfizminin HbF düzeylerini OHA'lı bireylere göre daha fazla etkilediği bulundu (p<0.001).

Abstract:
Hemoglobinopathy is the most common group of monogenic disorders with autosomal recessive inheritance. It is characterized by mutations or deletions in the genes encoding the alpha (α) and beta (β) globin chains of the hemoglobin (Hb) molecule. It is among the most common inherited blood diseases in our country and is an important health problem especially in the south and west regions. In the studies conducted, it is known that thalassemia carriage is 3% and the incidence of sickle cells is 10% in Çukurova Region. In recent years, single gene polymorphisms (SNPs) have been used with increasing interest in determining the genetic variation in the responses of individuals to drugs in complex diseases, developing individual treatment options according to the patient's genotype and determining new therapeutic targets.
Fetal hemoglobin (HbF) level rises in different amounts in hemoglobinopathies such as β- thalassemia and sickle cell anemia (HbS). The continuation of HbF at varying levels in adulthood is controlled by genetic factors. Among these factors, there are QTL (Quantitative Trait Loci) containing BCL11A on chromosome 2, HMIP SNPs on chromosome 6. Together, these SNPs make up about half of the change in HbF levels.
In our study, the clinical severity BCL11A and HMIP SNPs and gamma globin gene expression levels in 100 patients with β-thalassemia and sickle cell anemia who were admitted to the Pediatric Hematology Department and received blood transfusion by increasing HbF synthesis. In our study, rs1427407 (BCL11A) and rs9399137 (HMIP) SNPs, which improved the phenotype by increasing HbF synthesis in 90 patients with β-thalassemia and 10 sickle cell anemia, who applied to the Department of Pediatric Hematology, were used by using RT-PCR methods. Patients were evaluated with 51% "C/C, 21% "C/T" and 28"T/T" alleles in rs1427407 polymorphism. Alleles and 100% of the patients in the rs9399137 polymorphism were found to carry the "T/T" allele. The allele frequencies of the two SNPs screened in the patients were examined and rs1427407 "C" and rs9399137 "T" alleles were determined as major alleles. When the rs1427407 and rs9399137 polymorphisms were examined together, it was determined that HbF synthesis was high (p<0.001) in individuals carrying the rs1427407 "C/T" and rs9399137 "T/T" alleles together. It was found that the rs1427407 polymorphism affected HbF levels more in patients with β-thalassemia with the "C/T" genotype compared to individuals with SCA (p<0.001).