Mikrosatellit temelli markörlerle Centaurea nivea' daki genetik çeşitliliğin belirlenmesi
The determination of genetic diversity of Centaurea nivea by using microsatellit baset markers
Yazar: ELİF ÇAĞLAR
Danışman: YRD. DOÇ. DR. EMEL SÖZEN
Anadolu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Centaurea nivea Eskişehir bölgesinde dar yayılış alanına sahip nadir endemik bir tür olup sadece 5 populasyonla temsil edilmektedir. Bu bitki türü ?Türkiye Bitkileri Kırmızı Kitabı?na göre CR (Critically endangered) ?Çok tehlikede? kategorisinde yer almaktadır. Bu çalışmada Compositae familyası ve Cheirolepis seksiyonuna ait Centaurea nivea'nın sahip olduğu genetik çeşitlilik mikrosatellit markörleri kullanılarak incelenmiştir.İlk olarak C. corymbosa ve C. stoebe & diffusa için geliştirilen 10 SSR markörünün C. nivea'da kullanılabilirliği test edilmiştir. Her bir SSR primeri için kalıp, Mg+2 ve bağlanma sıcaklığı optimizasyonu yapılmış ve C. nivea'da çalışan primerler tespit edilmiştir. Yapılan optimizasyon çalışmaları neticesinde toplam 3 SSR primerinin, 13D10, 13A9 ve CM15, C. nivea'da çalıştığı belirlenmiştir.Bu primerler kullanılarak Centaurea nivea'nın populasyon içi ve populasyonlar arası genetik çeşitlilik seviyesi SSR-PCR yöntemi ile çalışılmıştır. Toplam 5 populasyona ait 150 bireyin 3 SSR primeri ile çalışılması sonucu 21 allel tespit edilmiştir. Çalışılan tüm lokuslar %100 polimorfiktir. Beklenen heterozigotluk (He) değeri ortalaması 0.7298, populasyonlar arası genetik farklılaşma derecesinin belirlenmesinde kullanılan FST değeri 0.1322 ve gen akışı değeri Nm 1.6411 olarak bulunmuştur. Çalışmamızdan elde edilen sonuçlar populasyon içi genetik çeşitlilik seviyesinin populasyonlar arası genetik çeşitlilikten fazla olduğunu göstermiştir. Endemik C. nivea için uygun koruma yöntemleri önerilmiştir.

Abstract:
Centaurea nivea is rare endemic species that have a narrow distribution area in Eskişehir region and represented by only five populations. According to Red Data Book of Turkish Plants, this species is categorised as critically endangered. In this study, genetic diversity of Centaurea nivea belonging to Compositae family and Cheriolepis section was analysed by using microsatellite markers.Firstly, the usability of ten SSR markers developed for C. corymbosa and C. stoebe & diffusa was tested in Centaurea nivea. Template, Mg+2 and annealing SSR-PCR method. As a result of analysing 150 individuals belonging to total five populations with three SSR primers, temperature optimization were undertaken for each SSR primer and the primers worked in C. nivea were determined. At the end of optimization studies in total three of SSR primers, 13D10, 13A9 and CM15, worked in C. nivea were detected.By using these primers, the intra and inter population genetic diversity levels of Centaurea nivea were studied with SSR-PCR method. As a result of studying 150 individuals belonging to total 5 population with 3 SSR primers, twenty-one alleles were detected. The all SSR loci were polymorphic. The average of expected heterozygosity (He) was found as 0.7298, FST value that is used to determine the level of genetic differentiation between populations as 0.1322 and the value of gene flow (Nm) as 1.6411. The results obtained from this study showed that the level of genetic diversity within subpopulations was higher than that of among populations. Suitable conservation stratejies were suggested for endemic C. nivea