Prostat kanseri hücre hattında NonO/p54nrb geninin YBX1 transkripsiyon faktörü ile regülasyonu
Regulation of NonO/p54nrb gene with YBX1 transcription factor in prostate cancer cell line
Yazar: MERVE ERCEVAHİR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜMEYYE AYDOGAN TÜRKOĞLU
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology

Özet:
İnsanlarda kromozom 1'de 1p34.2 lokasyonunda bulunan YBX1 (Y Box Binding Protein-1) hem DNA hem de RNA bağlanma proteinidir. Prostat karsinomasında artmış YBX1 seviyeleri tanımlanmıştır. NonO/p54nrb (Non-POU Domain-Containing Octamer-Binding Protein), insanlarda kromozom X'te NONO geni olarak kodlanan multifonksiyonel bir proteindir ve çoğu kanser tipinde artmış ekspresyonu tespit edilmiştir. Prostat kanseri, her yıl yaklaşık 1.600.000 vaka ve 366.000 ölümle dünya çapında erkeklerde en yaygın görülen kanser tipidir. Erkeklerde malignite ile kansere bağlı ölümlerin ikinci önde gelen nedenidir. Hipoksi agresif bir fenotip ile ilişkili prostat karsinogenezinde kilit öncüldür. Grubumuz öğrencilerinden Sevgi Baysal tarafından 2016 yılında tamamlanan yüksek lisans çalışmasında NonO/p54nrb prostat kanserinde hipoksik koşullarda yüksek ifade olduğu gösterilmiştir. Çalışmamda prostat kanseri hücre hattı olan PC-3 hücrelerinde hem normal hem de hipoksik koşullarda NonO/p54nrb geninin YBX1 transkripsiyon faktörü tarafından hedef alınıp alınmadığı ve hipoksi ile regüle olup olmadığı araştırılmıştır. Hipoksik koşullar için PC-3 hücre hattında CoCl2 ile kimyasal hipoksi oluşturulmuş ve bu koşullar HIF-1α mRNA seviyesinin Real Time PCR analiziyle doğrulanmıştır. Tez çalışmamız kapsamında PC-3 hücre hattında YBX1'in NonO/p54nrb promotor parçaları üzerindeki transkripsiyonel aktiviteye olan etkisi ve ayrıca etkinin mRNA ve protein seviyeleri de incelenmiştir. Sonuç olarak çalışmamızda YBX1' in NonO/p54nrb transkripsiyonel aktivitesine, mRNA ve protein seviyesine indükleyici etkisi hipoksik koşullarda 24, 48 ve 72 saatlik zaman dilimlerinde belirlenmiştir.

Abstract:
YBX1 (Y Box Binding Protein-1), located at the 1p34.2 location on chromosome 1 in humans, is both DNA and RNA binding protein. Increased YBX1 levels have been described in prostate carcinoma. NonO/p54nrb (Non-POU Domain Containing Octamer-Binding Protein) is multifunctional protein encoded as the NONO gene on chromosome X in humans, and its increased expression has been detected in most types of cancer. Prostate cancer is the most common type of cancer in men worldwide, with approximately 1,600,000 cases and 366,000 deaths each year. Hypoxia is critical in prostate carcinogenesis associated with an aggressive phenotype. In the postgraduate study completed by Sevgi Baysal, one of our group's students, in 2016, it was shown that NonO/p54nrb prostate cancer has high expression in hypoxic conditions. In my study, it was investigated whether the NonO/p54nrb gene is targeted by the YBX1 transcription factor and regulated by hypoxia in PC-3, which is a prostate cancer cell line, in both normal and hypoxic conditions. For hypoxic conditions, chemical hypoxia was induced by CoCl2 in the PC-3 and these conditions were confirmed by Real Time PCR analysis of the HIF-1α mRNA level. Within the scope of our thesis study, the effect of YBX1 on the NonO/p54nrb promoter fragments on transcriptional activity in the PC-3, as well as the mRNA and protein levels of the effect were investigated. As a result, in our study, the inducing effect of YBX1 on NonO/p54nrb transcriptional activity, mRNA and protein level was determined in 24, 48 and 72 hours under hypoxic conditions.