Vankomisine dirençli enterokoklarda değişken alanlı (pulsed field) jel elektroforezi (pfge) yöntemi ile klonal ilişkinin araştırılması
Investigation of the clonal relationship with pulse field gel electrophoresis method in vancomycin resistant enterococci
Yazar: KUTAY SARSAR
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA DERYA AYDIN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Enterococcus = Enterococcus ; Vankomisin = Vancomycin ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple

Özet:
Sarsar, K. Vankomisine dirençli enterokoklarda değişken alanlı (Pulse Field) jel elektroforezi (PFGE) yöntemi ile klonal ilişkinin araştırılması. İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji ABD. Doktora Tezi. İstanbul. 2017
Bu çalışmada İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesi yoğun bakım üniteleri ve diğer servislerde yatan hastaların, rektal sürüntü örneklerinden izole edilen vankomisine dirençli enterokok (VRE) suşlarının glikopeptid direnç genotipinin ve izolatlar arasındaki klonal ilişkinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Çalışma süresince çeşitli klinik örneklerden ve çevre sürüntü örneklerinden izole edilen VRE suşları da çalışmaya dahil edilmiştir. Suşların identifikasyonu VITEK 2 GP kartları ile, antibiyotik duyarlılıkları ise VITEK 2 AST kartları ve E-test yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Glikopeptid direnç genotipi araştırılmasında multiplex PCR, klonal ilişkinin araştırılmasında ise PFGE yöntemleri kullanılmıştır. İzole edilen tüm suşlar (125) vanA direnç genine sahip Enterococcus faecium olarak tanımlanmıştır. Antibiyotiklere direnç oranları  gradient testi ile vankomisine %100, teikoplanine %93,6 oranında bulunmuştur. PFGE yöntemi ile %65 benzerlikte altı makrorestruksiyon grubunun olduğu (ana tip A, minör tipler B-F), bu grupların %90-100 benzerlikte 50 alt tip içerdiği, en büyük grubun 37 alt tipte 108 suşu barındıran A ana tipi olduğu ve özdeş ya da yakın ilişkili, 22 suş içeren A7, 12 suş içeren A18 ve 9 suş içeren A20 olmak üzere üç predominant alt tip varlığı  tespit edilmiştir. VRE suşlarının poliklonal olduğu ve her birimde bir çok farklı alt tip olduğu görülmektedir. Bu sonuç, hastanemizde VRE varlığının zaman zaman yeni suşlar eklenerek devam ettiğini düşündürmekte ve hastane kaynaklı VRE enfeksiyonları açısından risk varlığını göstermektedir. 
Anahtar Kelimeler :  Enterokok, VRE, PFGE, klonal ilişki, hastane enfeksiyonu

Abstract:
This study aimed to investigate the glycopeptide resistance genotype and clonal relationship of VRE strains isolated from rectal swab specimens of patients hospitalized in the intensive care units and other services of İstanbul Medical Faculty Hospital. VRE strains isolated from various clinical specimens and environmental swab specimens during the study period were also included in the study. Identification of the strains was determined using VITEK 2 GP cards and antibiotic susceptibilities using VITEK 2 AST cards and E-test method. Multiplex PCR was used to investigate the glycopeptide resistance genotype and PFGE methods were used to investigate the clonal relationship. All strains isolated (125) were identified as Enterococcus faecium with vanA resistance gene. Resistance rates were found, 100% and 93.6%, respectively for vancomycin and teicoplanin, with antibiotic gradient test. PFGE method detected six macrorestriction (65% similarity) groups (main type A, minor types B-F) and 50 subtypes (100%-90% similarity). The main type A, consisted of 108 strains in 37 subtypes, being identical or close to each other. There were three predominant subtypes; A7, A18 and A20, respectively containing 12, 12 and 9 strains.  It is seen that VRE strains are polyclonal and there are many different subtypes in each unit. This result suggests that the presence of VRE in our hospital continues with addition of new strains and shows risk for hospital-acquired VRE infections.
Key Words: Enterococcus, VRE, PFGE, clonal relationship, nosocomial infection