Mikrobiyal kaynaklı antimikrobiyal peptit izolasyonu ve karakterizasyonu
Antimicrobial peptide isolation and characterization of microbial source
Yazar: ESRA ÖZTUNÇ
Danışman: PROF. DR. ASHABİL AYGAN
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antimikrobiyal peptidler = Antimicrobial peptides ; Bacillus = Bacillus ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Sodyum dodesil sülfat = Sodium dodecyl sulphate ; Yalıtım = Insulation

Özet:
Kahramanmaraş'ın farklı bölgelerinden alınan toprak örneklerinden laboratuvarda pastörizasyon işlemi sonrası bakteri suşlarınınizolasyonu ve saf kültürlerigerçekleştirilmiştir. Elde edilen Bacillus sp. suşlarının Gram pozitif (S. aureus) ve Gram negatif (E. coli) bakterilerine karşı petrilerde antimikrobiyal etkinlikleri test edilmiştir. Test edilen Bacillus sp. suşları arasındanenyüksek antimikrobiyal etkinliği gösteren G1 suşu seçilerek morfolojik, biyokimyasal ve moleküler olarak tanımlanarak antimikrobiyal etkinlik gösteren peptidlerini kısmi karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir.
Gram pozitif ve sporu barındırıan G1 suşu, morfolojik- biyokimyasal testler ile 16S rDNA analiz sonuçlarına göre G1 suşu Bacillus amyloliquefaciens olarak tanımlanmıştır. Gram pozitif S.aureus ve Gram negatif E.coli bakterisine karşı antimikrobiyal etkinlik gösteren G1 suşu LB, MHB, TSB ve NB sıvı besiyerlerinde üretilerek en iyi antimikrobiyal madde sentezi gerçekleştirdiği parametreler belirlenmiştir. Bu denemeler sonucunda en yüksek antimikrobiyal etki NB besiyerinde üretilen G1 suşlarının inkübasyonu ile elde edilmiştir.
NB besiyerinde inkübe edilen Bacillus amyloliquefaciens G1 suşu santrifüjleme işlemlerinde sonra supernatant amonyum sülfat presipitasyonu ve diyaliz torbasında (2000 kDa MWCO) diyaliz işlemleri  ile kısmi saflaştırma gerçekleştirilerek SDS Gradient jel elektroforezine tabii tutulmuştur. Soft agar üzerinde antimikrobial etki gösteren peptid bandının moleküler büyüklüğü 8,16 kDa olarak olçülmüştür.
Yapılan çalışma sonucunda Bacillus amyloliquefacienssuşu tarafından üretilen antimikrobiyal peptit başta ilaç endüstrisi olmak üzere birçok alandaki kullanılabilirliğini ortaya koymuştur.

Abstract:
Isolation and pure cultures of bacterial strains were carried out after pasteurization in the laboratory from soil samples taken from different regions of Kahramanmaraş. Antimicrobial activities of the obtained Bacillus sp. strains were tested against Gram positive (S. aureus) and Gram negative (E. coli) bacteria in petri dishes. Among the tested Bacillus sp. strains, the G1 strain showing the highest antimicrobial activity was selected and morphologically, biochemically and molecularly identifined and partial characterization of its peptides with antimicrobial activity was performed. 
Gram-positive and spore-bearing G1 strain was defined as Bacillus amyloliquefaciens according to the results of morphological-biochemical tests and 16S rDNA analysis. G1 strain showing antimicrobial activity against S.aureusand E.coli was grown in LB, MHB, TSB and NB broth media and the medium, the best antimicrobial substance producing, were determined. According to the experiment, the highest antimicrobial peptide production was obtained in NB medium.
After partial purification by supernatant ammonium sulfate precipitation and dialysis processeswith a dialysis bag (2000 kDa MWCO), the peptide were subjected to SDS gradient gel electrophoresis. The molecular size of the peptide band showing antimicrobial effect on soft agar was estimated as 8,16 kDa.
As a result of the study, the antimicrobial peptide produced by the Bacillus amyloliquefaciens G1 strain revealed its potentials to use in many fields, especially in the pharmaceutical industry.