Array-CGH çalışmasında saptanan kopya sayısı değı̇şı̇mlerı̇nı̇n sınıflandırılması
Classification of Copy Number Changes Detected in the Array-CGH Study
Yazar: SELEN AYŞE ÇERÇİ
Danışman: PROF. DR. BİRSEN KARAMAN ; DOÇ. DR. BİLGE ŞADAN SELÇUK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Bu tez projesinde, a-CGH (array temelli karşılaştırmalı genomik hibridizasyon) çalışması yapılan 1680 olguda saptanan ve klinik ilişkisi gösterilmemiş olan kopya sayısı değişimlerilerinin (KSD) sınıflandırılması ile bir in-house KSD veri tabanı oluşturulması amaçlanmıştır. Veri tabanından genotip-fenotip korelasyonunun yapılması, hastalıklar ve varyantlar arasında bağlantı kurulması hedeflenmiştir. 
Çalışmanın ilk aşamasında 2000 olgunun verileri çalışmaya dahil edilme kriterleri doğrultusunda filtrelendi. Olguların başvuru evresi ve endikasyonlarına göre gruplandı. Çalışmaya dahil edilen 1680 olgunun kopya sayısı değişimleri IBM SPSS Statistics (ver.28.0, IBM Corp., Armonk, New York) programında istatistiksel olarak değerlendirildi. Tüm veriler, kromozom bant bölgesi ve KSD koordinatlarına göre kümelenerek analiz edildi.
Araştırma algoritması oluşturuldu ve tüm endikasyonlar sistemlere göre gruplandığında 13 ana, yedi ek grup oluşturuldu. Bu endikasyon grupları prenatal (n=1014) ve postnatal (n=666) gruplarda ayrı şekilde incelendi. Saptanmış olan 4794 KSD kümelendirilerek 791 küme bölgesi elde edildi. Küme bölgeler frekanslarına göre değerlendirip, %0,5 ve üzeri bölgeler litatürdeki başka çalışmalarla karşılaştırılmalı olarak analiz edildi.
Bu çalışmada, bir KSD veri bankası oluşturulup, tespit edilen kümelenmiş değişim bölgeleri ile olguların klinik sonuçları karşılaştırılarak fenotip-genotip korelasyonu yapılmaya çalışılmıştır. Ancak, olgulardaki bulgular ile değişim bölgelerindeki genler arasında bir korelasyon gösterilememiştir. Bu sonuç, polimorfik olarak sınıflandırdığımız değişikliklerin klinikle ilişkili olmadığını gösterse de, spesifik gruplarda yapılacak analizler, olgu sayılarında artış veya yeni tanı tekniklerinin geliştirilmesi ile ilerleyen zamanda bir ilişkilendirme yapılabilir.

Abstract:
The aim of this thesis project was to classify the copy number variations (CNV) which were detected in 1680 patient that had undergone a-CGH (array-comparative genomic hybridization) study and showed non-clinical relevance and to constitute an in-house CNV database. The goal of the project was generating genotype–phenotype correlation and discovering connections between diseases and variations.
In the first stages of the study, the data of 2000 patients are filtred out according to the inclusion criteria. The cases are grouped regarding their application stages and their indications. The copy number variations of 1680 patients which were inclueded to the study are analyzed statistically by IBM SPSS Statistics (ver.28.0, IBM Corp., Armonk, New York). All data is analyzed by clustering based on their chromosome bands and CNV coordinations.
After all indications were grouped according to systems, 13 main and seven additional indication groups are formed. These indication groups are analyzed separately in prenatal (n=1014) and postnatal (n=666) groups. The identified 4794 CNVs are grouped in 791 cluster regions. The cluster regions are evaluated by their frequencies and the 0.5% and higher regions are compared with other studies in the literature.
A CNV bank is created, however the findings in the cases and the variant regions could not be shown to be correlated. Although this result demonstrates the variations which are categorized as polymorphic do not truly have clinical importance, a connection may be conceivable with analysis of more specific groups, the rise in the number of cases or the development of new diagnostic techniques.