Farklı habitatlardan nocardia izolasyonu ve nümerik taksonomisi
Isolation of nocardia from different habitats and numerical taxonomy
Yazar: ELİF ÇİL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. KAMİL IŞIK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2005
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Nocardia cinsi günümüzde fenotipik ve genotipik metotların uygulanmasıyla oldukça iyi tanımlanmıştır. Aerobik, katalaz-pozitif, gram boyamada pozitif ve değişken sonuç veren ve büyüme devrelerinin aşamalarında asit-alkol dirençli olan mikroorganizmalardır. Mycolata grubunun bir üyesi olan Nocardia cinsi, fırsatçı patojen olması nedeniyle klinik ve aynı zamanda doğadaki organik madde döngüsündeki yeri açısından önemlidirler.
Toprak örnekleri, Legüminaceae familyasına ait 9 farklı bitkinin rizosfer toprağı (Samsun, İzmir), Ege Üniversitesi Botanik bahçesi toprağı (İzmir), Damlataş Mağarası (Mersin) ve Ataş Petrol Rafinerisi (Mersin) toprakları olmak üzere 12 farklı habitattan ve Türkiye'nin 3 farklı ilinden alınmıştır. Ayrıca, araştırma laboratuarlarımızda kayıtlı olan Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji bölümünden sağlanan klinik izolatlar ve Peker'in (2003) toprak izolatlarından rastgele seçilenler olmak üzere  bu çalışmada üç çeşit izolat kullanıldı. Toprak örnekleri dilüsyon plak yöntemiyle incelendi ve her bir seyreltme cyclohexemide (50 µg ml-1), rifampicin (0.5 µg ml-1) ve nystatin (0.5 µg ml-1) ilaveli kuru nişasta kazein agar üzerine transfer edilerek 14 gün boyunca 28 ºC'de inkübe edildi.
Nümerik analizler için 87 toprak test izolatı, 7 klinik suş, 6 referans suş,16 tip suşu ve rastgele seçilen 10 duplike suştan oluşan toplam 119 test organizmasına 99 birim karakter içeren morfolojik, pigmentasyon, fizyolojik, beslenme, biyokimyasal ve degredasyon testleri uygulanmıştır. Elde edilen test sonuçları, X-Taxon programında SSM-COMPLETE analizleri ile değerlendirilmiş ve kümeler NTSys-pc programı ile elde edilmiştir. % 78 benzerlik seviyesinde 8 büyük (5-11 suş), 5 küçük (2-4 suş) ve 24 tek üyeli kümeye ayrılmıştır.

Abstract:
Nowadays the genus of Nocardia is well defined as a result of the application of complementary phenotypic and genotypic methods. These microorganisms are aerobic, catalase-positive, non-motile, gram variable to gram positive and typically acid-alcohol fast at some stage of growth cycle. The genus Nocardia, a member of Mycolata group, is clinical because of being opportunistic pathogen and is also important in the turnover of naturally occurring organic substances.
	Soil isolates were taken from twelve different habitats and three differrent cities of Turkey,  nine of them were rhizosphere soil of different plants which belong to the family Leguminaceae (Samsun, İzmir), one of them was Ege University  Botanical garden soil (İzmir), one of them was Damlataş cave soil (Mersin) and the other was Ataş oil refinery  soil (Mersin). Also, in this study three types of isolates were used, one of which was clinical isolates which are registered in our research laboratory, were provided by Ege University, Medical School, Microbiology and Clinical Microbiology Department and the other was randomly choosen from soil isolates of Peker (2003). Soil samples were examined by dilution plate method and each dilution was transfered to the surface of dried starch-casein agar supplemented with cyclohexemide (50 μg ml-1), rifampicin (0.5 μg ml-1) and nystatin (0.5 μg ml-1) then incubated at 28 ºC for 14 days.
	Total 119 test organisms, which consist of 87 soil test isolates, 7 clinical strains, 6 reference strains, 16 type strains and randomly selected 10 duplicated organisms, were examined for 99 unit characters including morphological, pigmentation, physiological, nutrient, biochemical and degredation tests for numerical analysis. The test results obtained were evaluated using SSM-COMPLETE analysis on the X-Taxon and clustering was achieved by NTSys-pc program. Clustering with 78 % similarity levels were assigned to 8 major (5-11 strains), 5 minor (2-4 strains) and 24 single membered clusters (SMC).