Ortodontik sabit mekanik kullanan hastalarda NLRC4 inflamazom yolağı gen ekspresyon düzeylerinin prospektif olarak araştırılması
Prospective investigation of NLRC4 inflammasome pathway gene expression levels in patients using orthodontic fixed mechanics
Yazar: BERŞAN KARADEDE
Danışman: DOÇ. DR. İLKNUR VELİ ; PROF. DR. AFİG BERDELİ
İzmir Katip Çelebi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Ortodonti Ana Bilim Dalı / Ortodonti Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Diş Hekimliği = Dentistry ; Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genetik = Genetics ; Korozyon = Corrosion ; Mekanik = Mechanics ; Ortodonti = Orthodontics ; İmmün sistem = Immune system ; İnflamasyon = Inflammation ; İnflamazom = Inflammasome

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, NLRC4 inflamazom yolağı gen ekspresyon düzeylerinin prospektif olarak araştırılması hedeflenerek, ortodontik sabit tedavi materyallerinin, hastaların ağzında oluşabilen enflamasyon üzerine etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır.

Yöntem: Çalışmaya İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi Ortodonti Anabilim Dalı'na başvurmuş, ortodontik tedavi ihtiyacı olan "gönüllü onam formu" alınmış 12-17 yaş aralığında, toplam 79 birey dahil edilmiştir. Bireylerden 0., 30. ve 180. günlerde alınan genetik materyal örneklerinin "Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Moleküler Tıp Araştırma Merkezi'nde analizleri yapılmıştır. NLRC4 geni için 9 ekzonun ayrı ayrı Polimeraz Zincir Reaksiyon (PCR) amplifikasyonu, EXO-SAP enzimatik saflaştırma sonrası cycle sequensing PCR yapılarak Sanger DNA dizileme yöntemiyle nükleotid yapısı okunarak DNA varyantları tespit edilmiştir. RNA örneklerine cDNA sentezi yapıldıktan sonra TaqMan RT PCR kiti ve NLRC4 primer-probu kullanılarak ABI 7700 real time cihazında yapılmıştır.

Bulgular: ACTB ölçümü ile NLRC4 ölçümü arasında pozitif yönlü istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki vardır (p<0,05). Zamana bağlı (2−∆∆Ct) real time data örnekler arasında istatistik olarak anlamlı farklılık vardır. 0. gün ile 30. gün, 0. gün ile 180. gün, 30. gün ile 180. gün arasındaki fark istatistik olarak önemlidir. 30. gün 0. günden 7 kat (fold change) daha fazla real time ortalaması içermektedir. 180. gün 0. günden 14 kat daha fazla real time ortalaması içermektedir. 180. gün 30. günden 2 kat daha fazla real time ortalaması içermektedir.

Sonuç olarak, ortodontik sabit mekaniklerinin, NLRC4 inflamazom yolağı gen ekspresyon düzeylerini etkilediği saptanmıştır.

Anahtar Kelimeler: İnflamazom, Enflamasyon, Genetik, NLRC4, Korozyon, İmmün Sistem, Ortodonti, Sabit Mekanikler.

Bu tez, İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Bilimsel Araştırma Proje koordinatörlüğü tarafından (2020-TDR-SABE-0009) desteklenmiştir.

Abstract:
Aim: In this study, it was aimed to investigate the effects of orthodontic fixed treatment materials on inflammation that may occur in the mouth of patients, with the aim of prospectively investigating the gene expression levels of the NLRC4 inflammasome pathway.

Materials and methods: A total of 79 individuals with "volunteer consent form" between the ages of 12-17 who needed orthodontic treatment and applied to Izmir Katip Çelebi University Faculty of Dentistry Department of Orthodontics were included in the study. The genetic material samples taken from the individuals on the 0th, 30th and 180th days were analyzed at the "Ege University Medical Faculty Molecular Medicine Research Center". For the NLRC4 gene, polymerase Chain Reaction (PCR) amplification of 9 exons separately, cycle sequencing PCR after EXO-SAP enzymatic purification was performed, and DNA variants were determined by reading the nucleotide structure with the Sanger DNA sequencing method. After cDNA synthesis was made into RNA samples, it was performed on ABI 7700 real time device using TaqMan RT PCR kit and NLRC4 primer-probe.

Results: There is a statistically significant positive correlation between ACTB measurement and NLRC4 measurement (p <0.05). There is a statistically significant difference between time dependent (2 ^ (- ∆∆Ct)) real time data samples. The difference between day 0 and day 30, day 0 and day 180, day 30 and day 180 is statistically significant. The 30th day contains 7 times (fold change) more real time averages than the 0th day. Day 180 contains 14 times more real time average than day 0. Day 180 contains 2 times more real time average than day 30.

As a result, it was found that the gene expression levels of NLRC4 inflamlamazoma pathway were affected in patients using orthodontic fixed mechanics.

Keywords: Inflammasome, Inflammation, Genetics, NLRC4, Corrosion, Immune system, Orthodontics, Fixed mechanics.

This thesis was supported by İzmir Katip Çelebi University Scientific Research Project Coordinator (2020-TDR-SABE-0009).