Sistin taşlı çocuklarda SLC3A1 ve SLC7A9 genlerinin analizi
Genetic analysis of SLC3A1 and SLC7A9 genes on children with cystin stones
Yazar: MURAT GEZER
Danışman: DOÇ. DR. BÜLENT ÖNAL
İstanbul Üniversitesi / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Üroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Genetik = Genetics ; Üroloji = Urology
Dizin: Böbrek taşları = Kidney calculi ; Genler = Genes ; Mutasyon = Mutation ; Sistein = Cysteine ; Sistin = Cystine ; Sistinüri = Cystinuri

Özet:
Sistinüri, nadir görülen (1/7000 doğum) otozomal resesif kalıtılan ve böbrek taşı oluşumuna neden olan bir hastalıktır. Sistinüri patogenezinde sistin aminoasidi rol alır. Renal ve intestinal dibazik amino asit transportu bozulmuştur.
Çalışmaya sistin taşı olan 19 çocuk hasta alındı. DNA izolasyonu için hastalardan, anne ve babalarından ve varsa kardeşlerinden steril EDTA'lı tüpe 10 ml periferik kan örneği alındı. Yine aynı kişilerden spot idrarda kantitatif aminoasit tayini yapılmak üzere en az 10ml olacak şekilde idar örneği alındı.
SLC3A1 ve SLC7A9 üzerinde yer alan ve sistüniri ile ilişkisi bilinen mutasyonlardan, her iki gen için de ikişer mutasyon olmak üzere en sık görülen dört mutasyon ön tarama amacıyla seçildi ve toplamda 19 hastada bu mutasyonların taraması gerçekleştirildi. SLC3A1 geni ekzon 1 (231T/A polimorfizmi) ve ekzon 8 (M467T ve M467K mutasyonları) bölgeleri ile SLC7A9 geni ekzon 4 (G105R) ve ekzon 6 (c.614dupA) bölgelerine spesifik primerler ile PCR amplifikasyonu uygulandı. SLC3A1 geni ekzon 1 (231T/A polimorfizmi) ve ekzon 8 (M467T ve M467K mutasyonları) bölgeleri ile SLC7A9 geni ekzon 4 (G105R) ve ekzon 6 (c.614dupA) bölgeleri için PCR amplifikasyonları uygulandı ve PCR ürünlerinin dizilenmesi sonucunda 19 hastanın 4'ünde belirtilen mutasyonlar bulundu. SLC3A1 geni için her iki hasta (%10,5) (H2 ve H5) da heterozigottu ve M467T mutasyonu mevcuttu. SLC7A9 geni için 1 hastada (H11) homozigot G105R mutasyonu saptanırken diğer bir hastada (H17) ise heterozigot G105R mutasyonu saptandı (%10,5). Hiçbir hastada SLC7A9 geninde c.614dupA mutasyonu saptanmadı.
Bilinen mutasyonlar için yaptığımız taramada, mutasyon oranımızın düşük olması, belki de hasta grubumuzda henüz tanımlanmamış yeni mutasyonların veya daha nadir mutasyonların olabileceğini düşündürmektedir.

Abstract:
Cystinuria is a recessively inherited disorder with a prevalence of 1 in 7000 births and causes formation of kidney stones. Cystine aminoacid plays a role in cystinuria pathogenesis which renal and intestinal dibasic aminoacid transport is impaired. 
19 children who have cystine stones were included in this study. For DNA isolation, 10 ml peripheral venous blood sample was taken to the sterile tube including EDTA from patients, their parents and siblings if they have. At least 10 ml urine samples were taken to evaluate quantitative aminoacid values in the spot urine. The most common four mutations were chosen providing that 2 each mutations for both 2 genes on SLC3A1 and SLC7A9 that are relevant to cystinuria. These mutations have been scanned on 19 patients. PCR amplification was applied to gene SLC3A1 exon 1 (231T/A polymorphism) and exon 8 (M467T/K mutations) and gene SLC7A9 exon 4 (G105R) and exon 6 (c.614dupA) zones with specific primers. 
As a result of sequencing of PCR products, mentioned mutations were found in 4 patients. Each of two patients (%10,5) (H2 and H5) were heterozygote for the gene SLC3A1 and they had M467T mutation. Homozygote G105R mutation (%10,5) was detected in SLC7A9 gene in one patient (H11), and heterozygote G105R mutation was detected in an other patient(H17). c.614dupA mutation is not found in any of the patients in SLC7A9 gene.
In conclusion, our population for cystinuria might have rare or unknown mutations because of the low rates findings of M467T and G105R mutations.