Ninova eyaletindeki Iraklı kadınlarda BRCA1 ve BRCA2 genleri için genetik varvasyonun tespiti ile meme kanserinin erken teşhisi
Early diagnosis of breast cancer by detection of genetic variation for BRCA1 AND BRCA2 genes in the women's of Nineveh province
Yazar: NADA SAAD OMAR AL-TAEE
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FİLİZ SARIKAYA PEKACAR
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: BRCA1 = BRCA1 ; BRCA2 = BRCA2 ; Genetik varyasyon = Genetic variation

Özet:
Meme Kanseri, Dünya genelinde ve Irak'ta kadınlar arasında görülen kanser türleri arasında ilk sırada gelmektedir. Meme kanserinin sıklıkla ailesel kanser öyküsüne bağlı olarak hastaneye başvuran hastalarda yapılan muayeneler ve tetkikler sonucunda tespit edildiği görülmektedir. Kalıtsal Meme kanseri, tüm meme kanseri vakalarının yaklaşık %10'unu oluşturmakta ve kalıtsal meme kanseri tanılarının büyük çoğunluğunda sorumlu genlerin BRCA1/2 olduğu bilinmektedir. BRCA1/2 germ hatlarında görülen mutasyonlar kalıtsal meme kanseri riskini yirmi kat daha fazla artırmaktadır. Bu nedenle, BRCA1/2 gen mutasyonlarının tespiti risk grubunda değerlendirilen hastaların ve mutasyon taşıyıcı aile bireylerinin teşhisi, tedavisi ve klinik yöntemlerin uygulanması için önemlidir. Yeni Nesil Dizileme Yaklaşımı, zaman, efor ve maliyet gibi unsurlar açısından klasik yöntemlerden daha yararlıdır. Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı ile her bir hastaya özgü klinik tedavi akışı oluşturulabilir ve tedavi özelleştirilebilir. Böylelikle tedavi ve erken teşhiste oldukça iyi sonuçlar alınabilir. Bununla birlikte, Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı, başta meme ve ovaryum kanseri olmak üzere diğer kanser çalışmalarında da kullanılarak, mevcut mutasyonların tanımlanmasının yanında, yeni keşiflerin de yapılmasını kolaylaştırmaktadır. 

Çalışmamızda Irak'ın Ninova kentinde yaşayan ve hayatının tamamını ya da büyük kısmını Ninova kentinde geçiren, demografik açıdan özdeş niteliklere sahip 18 – 49 yaş arası kadın hastalar üzerine çalışılmıştır. Bu çalışma kapsamında Yeni Nesil Dizileme Analizi ile katılımcıların rızaları dahilinde alınan klinik numuneleri incelenmiş ve varyantlar üzerinde anlamlı ve anlamsız mutasyonlar tespit edilmiştir. Patojenik olarak değerlendirilen varyantların biyoinformatik çalışmaları yapılmıştır. Ayrıca, klinik önemi bilinmeyen varyantlar saptanmış ve listelenmiştir. Çalışmada elde edilen sonuçlar doğrultusunda, BRCA1/2 mutasyonlarının tespiti için Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı temelinde bir anlayışın geliştirilmesi ve mutasyonların fonksiyonel rolünün değerlendirilmesi için doğrudan laboratuvar ortamında testlerin uygulanması gerektiği sonucuna varılmaktadır. Ayrıca, çalışmamız, Yeni Nesil Dizileme tekniğinin erken teşhis ve kişiselleştirilmiş, hastaya özgü tedavi yaklaşımının geliştirilmesi yönünde bir sonuca varmaktadır. 

2020, 44 sayfa

ANAHTAR KELİMELER: BRCA1, BRCA2, Yeni nesil dizileme, Genetik varyasyon, Kalıtsal meme kanseri

Abstract:
Breast Cancer ranks first among cancer types among women in the world and in Iraq.  It is observed that breast cancer is often detected as a result of examinations and examinations performed in patients admitted to the hospital based on familial cancer history. Hereditary breast cancer accounts for about 10% of all breast cancer cases, and in the vast majority of hereditary breast cancer diagnoses, the responsible genes are known as BRCA1 and BRCA2. Mutations in the BRCA1 and BRCA2 germ lines increase the risk of hereditary breast cancer twenty times more. Therefore, detection of BRCA1 and BRCA2 gene mutations is important for the diagnosis, treatment and application of clinical methods of patients evaluated in the risk group and mutation carrier family members. Next Generation Sequencing Approach is more useful than classical methods in terms of time, effort and cost. With the Next Generation Sequencing approach, a patient-specific clinical treatment flow can be created and treatment can be customized. Thus, very good results can be obtained in treatment and early diagnosis. However, the Next Generation Sequencing approach also facilitates new discoveries, as well as identification of existing mutations, as well as other cancer studies, primarily breast and ovarian cancer.

In our study, we studied on female patients between the ages of 18-49, who lived in Nineveh, Iraq and spent all or part of their lives in Nineveh, having demographic identical qualities. Within the scope of this study, with the Next Generation Sequencing Analysis, the clinical samples taken within the consent of the participants were examined and significant and insignificant mutations were detected on the variants. Bioinformatics studies of variants evaluated as pathogenic were performed. In addition, variants of unknown clinical significance were identified and listed. Based on the results obtained in the study, it is concluded that tests should be applied directly in the laboratory environment to develop an understanding based on the Next Generation Sequencing approach for the detection of BRCA1 and BRCA2 mutations and to evaluate the functional role of the mutations. In addition, our study draws a conclusion for the early diagnosis of the New Generation Sequencing technique and the development of a personalized, patient-specific treatment approach.
2020, 44 sayfa
Keywords: BRCA1, BRCA2, Next generation sequencing, Genetic variation, Hereditary breast cancer