Saginae ve Bradyporinae (Orthoptera, Tettigoniidae) mitogenomu: Takım ve familya içinde karşılaştırmalı karakterizasyonu
Saginae and Bradypornae (Orthoptera, Tettigoniidae) mytogeno: Comparative characterization in team and family
Yazar: MÜŞERREF YASEMİN KARAKAŞ
Danışman: PROF. DR. BATTAL ÇIPLAK
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Mitokondri, ökaryotik hücrelerin enerji üretim merkezi olarak görev yapar ve ökaryotik organizmaların bir organel ve bir nükleer olmak üzere iki genomu bulunur. Animalia aleminde mitokondri genomu tek organel genomudur. Mitokondri genomları, özgün kalıtım özellikleri ve prokaryot tipi organizasyonlarıyla yapısal ve evrimsel olarak ilgi çekici bir araştırma konusudur.
Bu tez çalışmasında, Orthoptera takımına ait mitogenomu bilinmeyen Saginae ve yetersiz olarak bilinen Bradyporinae altfamilyalarına (Ensifera, Tettigoniidae) ait birer türün mitokondriyal genomlarının üretilmesi, genomların annotasyonlarının yapılması ve özelliklerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Ayrıca, bu genomların diğer Tettigoniidae familyası mitogenomlarıyla filogenetik olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Tez kapsamında Saginae altfamilyasına ait Saga natoliae türünün mitogenomunun toplam uzunluğu 15.806 bç olarak belirlenmiş olup, atasal pankrustase mitogenomuna göre minör gen düzenlemeleri ve trnR zincir değişiklikleri tespit edilmiştir. Aynı şekilde, Bradyoporini tribusuna ait Bradyporus latipes türünün toplam mitogenom uzunluğu 15.778 bç olarak değerlendirilmiştir.
Oluşturulan Tettigoniidae mitogenom veri seti Bayes çıkarımı ve maksimum olasılık algoritmaları kullanılarak analiz edilmiş ve Tettigoniidae familyasının monofilisini desteklemiştir. BI ağacı Mecopodinae, Pseudophyllinae ve Phaneropterinae altfamilyalarını bir klad (faneropterid klad) ve Conocephalinae, Bradyporinae, Tettigoniinae, Listroscelidinae, Meconematinae ve Saginae altfamilyalarını düşük bir destek değeri ile ikinci klad (tettigoniid klad) olarak önermiştir. ML ağacı ise faneropterid kladını desteklerken, tettigoniid kladının monofilisini desteklememiştir. Tettigoniid kladı içinde Bradyporinae + Tettigoniinae monofilisi BI ve ML ağaçlarınca desteklenirken Saginae, Conocephalinae, Listroscelidinae ve Meconematinae bağımsız dallar olarak yer almaktadır.

Abstract:
JUNE 2023; 67 pages
Mitochondria serve as the energy production center of eukaryotic cells, and eukaryotic organisms have two genomes, one organelle and one nuclear. In the Animalia kingdom, the mitochondrial genome is the only organelle genome. Mitochondrial genomes are an interesting research topic, structurally and evolutionarily, with their unique inheritance characteristics and prokaryotic organization.
In this thesis, it is aimed to produce mitochondrial genome of one species per Saginae and Bradyporinae, the subfamilies of Tettigoniidae (Orthoptera, Ensifera) mitogenome of which unknown, and to annotate and to determine their properties. Additionally, it is aimed to evaluate these mitogenomes phylogenetically, together with mitogenomes representing other subfamilies of Tettigoniidae. Within the scope of the thesis, the total length of the mitogenome of the Saga natoliae representing Saginae subfamily was determined as 15 806 bp and with minor gene rearrangements of tRNA compared to the ancestral pancrustacea mitogenome. Likewise, the total length of the mitogenome of Bradyporus latipes representing Bradyoporini tribe of Bradyporinae is 15 778 bp.
The generated Tettigoniidae mitogenome dataset was analyzed using Bayesian inference (BI) and maximum likelihood (ML) phylogenetic algorithms. Obtained tree supported monophyly of the Tettigoniidae. The BI tree suggested two clades, the first including the subfamilies Mecopodinae, Pseudophyllinae and Phaneropterinae (phaneropterid clade) and the second the subfamilies Conocephalinae, Bradyporinae, Tettigoniinae, Listroscelidinae, Meconematinae and Saginae. The ML tree, on the other hand, supported monophyly of the phaneropterid clade, but not that of the second.  Both of BI and ML trees supported Bradyporinae + Tettigoniinae, while Saginae, Conocephalinae, Listroscelidinae and Meconematinae are occured as independent branches.