İnfluenza virüsü ns1 proteini ile ilişkili hücresel faktörlerin maya ikili-hibrid metodu ile saptanması
Investigation of the relationship between influenza virus NS1 protein and cellular factors with yeast two-hybrid assay
Yazar: AYŞEGÜL PİRİNÇAL
Danışman: PROF. DR. KADİR TURAN
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Eczacılık Bölümü / Biyokimya Ana Bilim Dalı / Biyokimya Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Mayalar = Yeasts ; Ortomiksovirüsler = Orthomyxoviridae ; Saccharomyces cerevisiae = Saccharomyces cerevisiae ; İnfluenza = Influenza ; İnfluenza virüs = Influenza virus ; İnterferonlar = Interferons

Özet:
İnfluenza A virüsleri Orthomyxoviridae ailesi içerisinde sınıflandırılan membranlı
virüslerdir. Bu virüsler tek iplikli negatif polarite gösteren sekiz adet RNA
molekülünden oluşan bir genoma sahiptir. Bu tez çalışmasına konu olan NS1 proteini
viral genomun en küçük fragmenti olan sekizinci segment üzerinden kodlanır. NS1
proteini konak hücrelerde, infeksiyonun erken evrelerinde en fazla sentez edilen
protein olmakla birlikte virüs partikülünde bulunmaz. Dolayısıyla yapısal olmayan
(ing. NS: Non-Structural) bir proteindir. Bununla birlikte influenza virüsü
replikasyonu için hayati öneme sahip işlevler üstlenir. NS1 proteininin en önemli
işlevinin konak interferon savunma mekanizmalarını etkisiz hale getirmek olduğu
bilinmektedir. Bu tez çalışmasında influenza virüs patogenezi açısından önemli bir
viral etken olan NS1 proteini ile ilişkili konak proteinlerinin saptanması hedeflendi.
Bunun için, proteinler arası ilişkilerin saptanmasında etkin bir metot olan maya ikilihibrid metodundan yararlanıldı. İnsan ve kuş tipi influenza A virüsü NS1 proteinleri
bait (yem) olarak kullanılarak HEK293 hücresi cDNA'ları üzerinden kodlanan
proteinler bu metot ile tarandı. NS1 proteini ile ilişkili olabilecek 14 aday gen
belirlendi. Bu genlerden EEF1G ve PSMB4 genlerinin tam dizileri memeli
hücrelerinde yapılması planlanan çalışmalarda kullanılmak üzere pCHA memeli
ekspresyon vektörüne de aktarıldı. Diğer aday genler ise NKG1 - NKGn (NKG: NS1
ile ilişkili Konak Genler) olarak kodlandı. Belirlenen aday proteinlerin NS1 proteini
ile nasıl bir etkileşim içerisinde oldukları ve bu proteinlerin influenza virüs
replikasyonunu nasıl etkileyeceği konuları bu tez çalışması kapsamında ele alınmadı.
Bu proteinlerin etki mekanizmalarının aydınlatılması her bir aday proteinin tek tek
ele alınarak üzerinde ayrıntılı çalışmaların yapılmasını gerektirmektedir. Elde
edilecek veriler viral patojenler ile mücadelede temel dayanak noktası olacaktır.
Dolayısıyla NS1 proteini ile ilişkili bu aday proteinlerin etki mekanizmaları ileride
yapılması planlanan çalışmalarda ele alınacaktır.

Abstract:
Influenza A viruses are enveloped viruses classified in Orthomyxoviridae family.
These viruses have a genome composed of eight single-stranded, negative sense
RNA molecules. NS1 protein, which is the subject of this thesis, is encoded on the
eighth segment, the smallest segment of the viral genome. NS1 protein is most
abundantly synthesized in the early stage of infection in host cells, but not included
in the virus particules. Therefore, it is a non-structural (NS) protein. However it has a
vital importance for influenza virus replication. It is known that one of the most
important functions of the NS1 protein is to block the host interferon defense
mechanisms. In this work, it was aimed to detect of the host cellular proteins related
with influenza virus NS1 protein that is an important viral factor in terms of the
pathogenesis of these viruses. For this aim, yeast two-hybrid method, an effective
method for searching of the relationship between proteins, was used. Human and
avian influenza A virus NS1 protein was used as a bait and assayed for interaction
with the proteins encoded by cDNAs of HEK293 cells. Fourteen candidate genes that
may be related with the NS1 protein were determined. Among these genes, the full
length sequence of PSMB4 and EEF1G gene were cloned in pCHA, a mammalian
expression vector, to use in research that will be carried out with mammalian cells in
future. The other candidate genes were named as NKG1 - NKGn. How the specified
candidate proteins interact with NS1 protein and how effect influenza virus
replication were not been evaluated within the scope of this thesis topic. Elucidation
of the action mechanisms of these proteins require detailed studies on each candidate
protein, one by one. Data obtained in this works will be base for fighting against viral
pathogens. Therefore, the action mechanisms of candidate proteins as NS1 interactor
will be the topic for future research projects.