Akciğer kanserinde pre-miR-34a rs35301225 ve pri-miR-34b/c rs4938723 polimorfizmlerinin incelenmesi
Investigation of pre-miR-34a rs35301225 and pri-miR-34b/c rs4938723 polymorphisms in lung cancer
Yazar: AYCAN ÇELİK
Danışman: PROF. DR. ERCAN ARICAN ; DOÇ. DR. SEVİM KARAKAŞ ÇELİK
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Mikro RNA = Micro RNA ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Akciğer kanseri GLOBOCAN 2012 verilerine göre dünya genelinde en sık görülen kanserdir. Akciğer kanseri etiyolojisinde birçok faktör rol oynamaktadır. Bazı miRNA'ların ekspresyon seviyeleri akciğer kanserinde artmış riskle ilişkili bulunmuştur. MikroRNA'lar (miRNA'lar) küçük (19-25 nükleotid), kodlanmayan RNA'lardır ve negatif gen regülatörleri olarak bilinirler. miRNA'lar insan kanserlerinin patogenezinde önemli roller üstlenmektedirler. Bu sebeple, miRNA polimorfizmleri karsinogenez için fazlasıyla önemli olabilmektedir. miR-34 akciğer kanseri dahil olmak üzere birçok insan kanserinde ekspresyon seviyesinin düştüğü bilinen bir miRNA ailesidir. MET, RET ve RAB43 gibi onkogenleri hedefleyerek tümör baskılayıcılar gibi işlev görmektedir.
Bu çalışmada sırasıyla miR-34a ve miR-34b/c'ye ait iki polimorfizmi (rs35301225 C/T, A ve rs4938723 T/C) araştırdık. Çalışma popülasyonu 100 akciğer kanserli hasta ve 100 sağlıklı kontrolden oluşmaktaydı. EDTA içeren tüplere kanlar toplandıktan sonra genomik DNA izolasyonu yapıldı. Genetik polimorfizmler; polimeraz zincir reaksiyonu- restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PCR- RFLP) yöntemiyle tespit edildi.
miR-34b/c rs4938723'ün heterozigot CT varyantının, normal TT varyantına göre akciğer kanseri riskinin önemli ölçüde artmasıyla ilişkili olduğunu bulduk (ρ<0.001). Kontrollerde hiç polimorfizme rastlanmamasına rağmen, 42 hastada heterozigot polimorfizm olduğunu gördük. miR-34b/c polimorfizmi rs4938723'ün akciğer kanseri patogenezinde önemli bir role sahip olduğu düşünülmektedir. Ancak miR-34a polimorfizmi rs35301225 ile insan akciğer kanseri arasında anlamlı bir ilişki saptanmamıştır.

Anahtar kelimeler: akciğer kanseri, miRNA, miR-34a, miR-34b/c, SNP, polimorfizm

Abstract:
Lung cancer is the most common cancer in the worldwide according to GLOBOCAN 2012. A number of factors play a role in lung cancer etiology. The expression level of some miRNAs in lung cancer has been associated with increased risk of cancer. MicroRNAs (miRNAs) are small (19-25 nucleotides), noncoding RNAs and known as negative gene regulators. miRNAs play an important role in the pathogenesis of human cancers. Because of that, miRNA polymorphisms can be important for carcinogenesis. miR-34 is a family of miRNAs known to have reduced levels of the expression in many human cancers including lung cancer. It functions like tumor suppressors and targets oncogenes like MET, RET and RAB43.
In this study we investigated two polymorphisms (rs35301225 C/T, A, rs4938723 T/C) in respectively miR-34a and miR-34b/c. The study population composed of 100 patient with lung cancer and 100 healthy controls. Blood was collected into EDTA-containing tubes and genomic DNA was extracted. Genetic polymorphisms were detected by using polymerase chain reaction- based restriction fragment length polymorphism (PCR- RFLP).
We found that miR-34b/c rs4938723 variant heterozygote CT was associated with a significant increase in the risk of lung cancer compared with their wild-type homozygote TT (ρ<0.001). There was no polymorphism in 100 controls but we found heterozygous polymorphism in 42 patients. rs4938723 polymorphism of miR-34b/c is thought to play an important role in the pathogenesis of lung cancer. However, no significant effects were observed in the relation between miR-34a polymorphism rs35301225 and human lung cancer.

Keywords: lung cancer, miRNA, miR-34a, miR-34b/c, SNP, polimorphism