Hatay ili nar alanlarında olası fitoplazma hastalıklarının moleküler yöntemlerle araştırılması
Studies on possible phytoplasma diseases in pomegranate plantations in Hatay province by molecular techniques
Yazar: KIVILCIM SARI
Danışman: PROF. DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN
Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bitki hastalıkları = Plant diseases ; Fitoplazma = Phytoplasma ; Nar = Pomegranate

Özet:
Dünyada nar üretiminde Türkiye önemli bir paya sahip olup 2012 yılında 315.000 ton nar üretimi ile lider üretici ve ihracatçı konumundadır. Son yıllara kadar narlarda virüs ve benzeri etmen olarak sadece Cucumber mosaic virüs ve Hop stunt viroid saptanmıştır. Son yıllarda ise ülkemizde yürütülen çalışmalarla gerek Türkiye gerekse dünya için yeni kayıt niteliğinde olan Hatay ili nar alanlarında Grapevine leafroll associated virus-1, Aydın ilinde ise Aster yellows (16SrI-B) ve Stolbur (16SrXII-A)  grubu fitoplazmalar saptanmıştır. Bu çalışmanın amacı, nar yetiştiriciliğinde önemli bir il olan Hatay'da ticari ve yabani nar plantasyonlarında olası fitoplazmaların varlığının moleküler yöntemlerle (PCR-RFLP analizleri) araştırılmasıdır. Bu çalışma kapsamında 2013-2014 yıllarında Hatay ilindeki 19 ticari nar bahçesi ile ev bahçelerinde bulunan nar ağaçlarından 154 bitkiden yaprak ve sürgün örnekleri toplanmıştır. Gözlenen en yaygın simptomlar ağaç tacında genel sararma, kızarma, gelişme geriliği, çoklu sürgün oluşumu,  yapraklarda klorotik lekeler, meşe yaprağı oluşumu ve meyvelerde deformasyonlardır. Fitoplazma simptomu gösteren ağaçlardan toplanan yaprak ve sürgün örneklerinden kaliteli DNA izolasyonu amacıyla dört farklı yöntem denenmiştir. Nar dokularında bulunan yoğun fenolik bileşiklerden dolayı DNA izolasyonlarında saf ve kaliteli DNA elde etmede çok büyük sıkıntılar yaşanmıştır. Kullanılan yöntemlerden en uygunu Prince ve ark. (1993) tarafından geliştirilen yöntem olarak tespit edilmiş ve sadece bu yöntem ile kaliteli DNA izolasyonu mümkün olabilmiştir. En kaliteli DNA'lar kullanılarak yapılan PCR analizlerinde ise testlenen nar bitkilerinin hiçbirisinde herhangi bir fitoplazma tespit edilememiştir. Bununla birlikte gerek Hatay ilindeki narlarda fitoplazma benzeri belirtilerin gözlenmesi gerekse yürütülen başka bir çalışmada aydın ili  nar alanlarında "Aster yellows" ve "Stolbur" grubu fitoplazmaların tespit edilmesi nedeniyle narlarda fitoplazma çalışmalarına devam edilmesinin gerekli olduğu düşünülmektedir.

Abstract:
Turkey is one of the leading producers and exporter for pomegranate and the production reached 315.000 tons in 2012 that corresponds to one of the largest pomegranate economies in the World. To date only Cucumber mosaic virüs and  Hop stunt viroid as a virus and virus-like agents have been reported to infect pomegranates. Recently some studies from our country showed the presence of Grapevine leafroll associated virus-1 in Hatay province , Aster yellows (16SrI-B) and Stolbur (16SrXII-A) group of phytoplasmas in Aydın  pomegranate plantations which were the first report both for Turkey and also for the other countries. The aim of this study was to detect the presence of possible phytoplasmas in pomegranate trees grown in commercial orchards and home gardens by PCR/RFLP analysis. In frame of this study, 154 plant samples (leaves and shoots) were collected from 19 commercial pomegranate orchards and as well as from the homegardens in 2013-2014. The most common symptoms were general yellowing, reddening, less vigour growth, proliferation of the shoots, chlorotic spots and oak-leaf apperance on the leaves and fruit deformations. Four different methods were used for DNA isolation from symptomatic pomegrante leaves and shoots.  Due to high content of polyphenols in pomegranate tissues, it was not easy to obtain pure and good quality DNA during the isolation process. Among the DNA isolation techniques, used in this study, the most suitable one was found as  Prince et al. (1993) only from which good quality DNA was able to be isolated. When these DNAs were used in PCR analysis, not any phytoplasma was detected in tested pomegranate samples. However, phytoplasma surveys in pomegranate plantations should be carried on because of the recent reports of aster yellows and stolbur group of phytoplasmas in pomegranate samples collected from Aydın province and observing phytoplasma-like symptoms on pomegranates in Hatay.