Kavunda (Cucumis melo L.) sıcaklık stresine cevabın transkriptom düzeyinde araştırılması
Transcriptomic analysis of melon (Cucumis melo L.) under heat stres
Yazar: ŞULE ŞİRİN
Danışman: DOÇ. DR. ALİ TEVFİK UNCU ; DR. ÖĞR. ÜYESİ NECİBE KAYAK
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Biyoinformatik = Bioinformatics ; Kavun = Melon ; Moleküler biyoloji = Molecular biology

Özet:
Kavun (Cucumis melo L.) bitkisi ekonomik açıdan önemli bir bitkidir. Ülkemiz dünya genelinde kavun üretiminde ikinci sırada yer almaktadır. Kavunla ilgili birçok transkriptomik çalışma raporu farklı abiyotik stres koşullarında incelenmiştir. Fakat kavunda sıcaklık stresinin transkriptomik analizi ilişkin rapor eksikliği devam etmektedir. Bu nedenle, sıcaklık stresi altında kavun transkriptomunda meydana gelen değişiklikleri incelemek amacıyla mevcut araştırma yürütülmüştür. Transkriptomik çalışmalar bitkilerin karmaşık birçok özelliğinin ve işlevinin moleküler açıdan alt yapısının daha iyi anlaşılmasına olanak sağlamaktadır. Tez çalışması kapsamında kavun kısa okuma platformu kullanılarak sekanslanmıştır.  Sekans sonucunda elde edilen çift yönlü okumaları Galaxy platformu içerisinde bulunan çeşitli algoritmalar kullanarak kavun genomuna haritalanmış, sayılmış ve diferansiyel ekspresyonu değişen genler tespit edilmiştir. Analiz sonucunda sıcaklık stresine cevaben istatistiksel olarak anlamlı olarak 788 genin ifade düzeyi artış gösterdiği, 134 genin ifadesinin azaldığı tespit edilmiştir. Ekspresyon değişimi tespit edilen genler literatürde incelendiğinde abiyotik stres altında benzer yanıtlar verdiği gözlenmiştir. Gen ontoloji ve KEGG analizi yapılmış genlerin fonksiyonel anotasyonu yapılmıştır. Bu tez çalışması kapsamında elde edilen sonuçların yapılacak diğer çalışmalara ışık tutacak ve literatüre özgün katkı sağlayacaktır.

Abstract:
Melon (Cucumis melo L.) is an economically important plant, and our country ranks second in melon production globally. Numerous transcriptomic studies have examined melon under different abiotic stress conditions. However, there is still a lack of reports on the transcriptomic analysis of melon under heat stress. Therefore, this study was conducted to investigate the transcriptomic changes in melon under heat stress. Transcriptomic studies enable a better understanding of the molecular basis of many complex traits and functions in plants. In the context of this thesis, melon was sequenced using the Illumina HiSeq 2000 platform. The resulting paired-end reads were mapped to the melon genome, counted, and differentially expressed genes were identified using various tools available on the Galaxy platform. As a result of the analysis, it was determined that the expression levels of 788 genes increased and the expression of 134 genes decreased under heat stress. Upon reviewing the literature, the differentially expressed genes were found to exhibit similar responses under other abiotic stresses. Gene ontology and KEGG pathway analyses were performed, and the functional annotation of the identified genes was completed. The information obtained from this research will provide valuable insights for future studies.