Mesane kanserli hastalarda uzun kodlamayan RNA-ATB ve MiR-200c ekspresyonlarının incelenmesi
Investigation of long non-coding RNA-ATB and MiR-200c expressions in bladder cancer patients
Yazar: ARİF MURAT KAYTAZ
Danışman: PROF. DR. SEMRA DOĞRU ABBASOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
Amaç: Mesane kanserinin (MK) görülme sıklığı dünyada yaygındır, ancak oluşumu ve progresyonuna ilişkin ayrıntılı mekanizmalar halen tam olarak anlaşılamamıştır. Genetik değişiklikler MK gelişimi ile sıkı bir şekilde ilişkilidir. Son zamanlarda, kodlamayan RNA'ların (ncRNA'lar) birçok farklı hastalıkta önemli bir rol oynadığı gösterilmesi nedeniyle kanser araştırmalarında umut verici bir alandır. NcRNA'ların iki ana sınıfı, mikroRNA'lar (miRNA'lar) ve daha yakın zamanda tanımlanan uzun ncRNA'lardır (lncRNA'lar). Her iki ncRNA sınıfınında kanser oluşumu ve gelişiminde etkili olduğu gösterilmiştir. MK'nın karsinogenez süreci ve progresyonunda ncRNA'ların rolü ve altında yatan moleküler mekanizmalar halen büyük ölçüde belirsizliğini korumaktadır. MK'lı hastaların tümörlü ve tümöre komşu normal dokuları arasındaki farklı ncRNA'ların ekspresyonunun gösterilmesi yeni tanısal ve prognostik belirteçlerin keşfedilmesiyle sonuçlanabilir. Bu nedenle çalışmamızda esas olarak MK'li hastaların tümör dokularında TGF-β tarafından aktive edilen lncRNA (lncRNA-ATB) ve mikroRNA-200c (miR-200c)'nin ekspresyonlarını belirleyerek bu ncRNA'ların hastaların histopatolojik ve klinik özellikleri arasındaki ilişkinin incelenmesi amaçlanmıştır. 
Metod: Mayıs 2022 ve Nisan 2023 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Üroloji Anabilim Dalı, Ürolojik Onkoloji Bilim Dalı'na başvuran MK tanısı alan 50 hasta dahil edildi. Hastaların tümörlü dokuları ve bitişik normal dokuları transüretral mesane tümörü rezeksiyonu (TUR-MT) işlemi sırasında elde edildi. LncRNA-ATB ve miR-200c ekspresyonları kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) yöntemiyle belirlendi. Ardından uygun istatiksel yöntemlerle saptanan ekspresyonların hasta özellikleri ile ilişkisi incelendi.
Bulgular: Çalışmamızda, MK'lı hastaların tümör dokularındaki LncRNA-ATB ekspresyonun tümöre bitişik normal doku ile kıyaslandığında istatiksel olarak anlamlı düzeyde arttığını saptadık. Ayrıca yüksek dereceli tümörlerde LncRNA-ATB ekspresyonlarında düşük dereceli tümörlere göre istatistiksel olarak anlamlı bir artış vardı. Tümörlü dokulardaki miR200c ekspresyonlarını komşu normal doku ile karşılaştırdığımızda ise, lncRNA-ATB'de olduğu gibi bir artış olduğunu saptadık. LncRNA-ATB ekspresyonunun aksine, yüksek dereceli tümöre sahip olanlardaki ekspresyon düzeyi düşük dereceli olanlara göre istatistiksel olarak daha düşük olarak bulundu. Her iki ncRNA ekspresyonlarının tümörün farklı evrelerindeki gösterdiği değişimler incelendiğinde istatiksel olarak anlamlı fark bulunmadı. Yapılan ROC analizi sonucunda tümörlü dokuyu bitişik normal dokudan ayırt etmede LncRNA-ATB'nin %72 duyarlılık ve %68 özgüllüğe, mir-200c'nin ise %68 duyarlılık ve %64 özgüllüğe sahip olduğunu gösterdi. Bu bulgulara karşın tümörlü dokularda lncRNA-ATB ve miR-200c ekspresyonları arasında korelasyon gözlenmedi. 
Sonuç: Çalışmamız MK'de lncRNA-ATB ve miR-200c ekspresyonlarının beraber değerlendirildiği ilk çalışmadır. Kasa invaziv olmayan MK hastaları için lncRNA-ATB ve miR200c'nin erken bir biyobelirteç olabileceğini düşündürmektedir. Bununla birlikte, hasta sayısı arttırılarak, kasa invaziv, yakın ve uzak metastazlı hastaların da dahil edildiği daha kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır. 
Anahtar kelimeler: mesane kanseri, miRNA, lncRNA, ncRNA, miR-200c, lncRNA-ATB, biyobelirteç

Abstract:
Aim: The incidence of bladder cancer (BC) is widespread worldwide, but the detailed mechanisms of its occurrence and development are not yet fully understood. Genetic alterations are strongly associated with BC development. Recently, non-coding RNAs (ncRNAs) have been shown to play an important role in many different diseases, making them a promising area in cancer research. The two main classes of ncRNAs are microRNAs (miRNAs) and the more recently identified long ncRNAs (lncRNAs). Both classes of ncRNAs have been shown to be involved in cancer formation and development. The role of ncRNAs in the carcinogenesis and progression of BC and the underlying molecular mechanisms remain largely unclear. Demonstration of differential expression of ncRNAs between tumor and adjacent normal tissues of patients with BC may result in the discovery of new diagnostic and prognostic markers. Therefore, the aim of this study was to determine the expression of TGF-β-activated lncRNA (lncRNA-ATB) and microRNA-200c (miR-200c) in tumorous tissues of BC patients and to investigate the relationship between these ncRNAs and histopathological and clinical features of patients with BC.
Methods: Between May 2022 and April 2023, 50 patients diagnosed with BC who were admitted to the Department of Urology, Division of Urologic Oncology, Istanbul Faculty of Medicine, Istanbul University were included. Tumorous tissues and adjacent normal tissues were obtained during transurethral bladder tumor resection (TUR-BT) procedure. LncRNAATB and miR-200c expressions were determined by quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR). Then, the relationship between the expressions and patient characteristics was analyzed by appropriate statistical methods.
Results: In our study, we found that lncRNA-ATB expression in tumor tissues of patients with BC was statistically significantly increased compared to normal tissue adjacent to the tumor. There was also a statistically significant increase in lncRNA-ATB expression in high-grade tumors compared to low-grade tumors. An increase was found in miR-200c expression as in lncRNA-ATB. In contrast to lncRNA-ATB, the expression level in those with high-grade tumors was statistically lower than in those with low-grade tumors. When the changes of both ncRNA expressions at different stages of the tumor were examined, no statistically significant difference was found. ROC analysis showed that lncRNA-ATB had 72% sensitivity and 68% specificity and miR-200c had 68% sensitivity and 64% specificity in distinguishing tumor tissue from adjacent normal tissue. Despite these findings, no correlation was observed between lncRNA-ATB and miR-200c expression in tumor tissues.
Conclusion: Our study is the first study in which lncRNA-ATB and miR-200c expressions were evaluated together. It suggests that lncRNA-ATB and miR-200c may be an early biomarker for non-muscle invasive BC patients. However, more comprehensive studies including patients with muscle invasive, near and distant metastases are needed.
Keywords: bladder cancer, miRNA, lncRNA, ncRNA, miR-200c, lncRNA-ATB, biomarker