Periferik arter hastalığında pelaton geni ile RNA hasarı arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the relationship between pelaton gene and RNA damage in peripheral arterial disease
Yazar: DİLAVER KILIÇ
Danışman: DOÇ. DR. BURCU BAYOĞLU
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Koroner arter hastalığı = Coronary artery disease ; Koroner arterler =   ; Moleküler biyoloji = Molecular biology

Özet:
Ateroskleroz; kronik inflamasyon, oksidatif stres, epigenetik ve metabolik disfonksiyonu içeren immüno-metabolik bir hastalıktır. Periferik arter hastalıkları (PAH), koroner arterler ve aort dışındaki arter hastalıklarını ifade etmektedir. PAH'ın ana nedenleri arasında ateroskleroz, vasküler darlık, inflamasyon ve endotelyal fonksiyon bozukluğu bulunmaktadır. Son yıllarda, uzun kodlanmayan RNA (lncRNA)'ların kardiyovasküler hastalıklardaki rolleri önem kazanmıştır. Yapılan çalışmalarda, bir lncRNA olan PELATON ekspresyonunun aterosklerotik plakların nekrotik, inflamatuvar ve makrofajdan zengin bölgelerinde konumlandığı gösterilmiştir. PELATON'un in vitro olarak makrofajlarda yıkımı sonucu, hücrenin fagositoz gerçekleştirme yeteneğinin önemli ölçüde azaldığı bildirilmiştir. Lipoproteinlerin veya eritrositlerin fagositozu, aterom plak ilerlemesinin ayrılmaz bir parçasıdır ve plak instabilitesinin gelişimi ile güçlü bir şekilde ilişkilidir. PELATON gibi fagositozu pozitif olarak düzenleyen bir lncRNA, bu hızı ve plak ilerlemesini azaltmada potansiyel bir hedef olabilir. Çalışmamızın amacı, PAH ve sağlıklı kontrollerde PELATON geninin ekspresyon düzeyini belirlemek ve DNA/RNA'nın oksidatif hasarında rol oynayan belirteçlerden 8-Hidroksi-2′-deoksiguanozin (8-OHdG), 8-hidroksiguanozin (8-OHG) ve 8-hidroksiguaninin plazma düzeylerini tespit etmektedir. Çalışmamızda PAH tanısı alan 100 hasta ve 100 sağlıklı kontrolde gen ekspresyonu düzeyleri Kantitatif Gerçek Zamanlı-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (qRT-PCR), DNA/RNA oksidatif hasar düzeyleri ELISA yöntemi ile belirlendi. Çalışmamızda, lncRNA PELATON ekspresyon düzeyi, PAH grubu ve sağlıklı kontrol grubu arasında kıyaslandığında anlamlı bir fark gözlenmedi (p=0.119). 8-OHG, 8-OHdG ve 8-hidroksiguanin düzeyleri iki grup arasında karşılaştırıldığında anlamlı bir fark tespit edilmedi (p = 0.31). PAH grubunda PELATON gen ekspresyonu ile CRP (r=0.024, p=0.83), total kolesterol (r=0.014, p=0.91), LDL kolesterol (r=0.117, p=0.36), kreatin kinaz MB (r= 0.273, p=0.391) düzeyleri arasında pozitif yönde korelasyon saptandı, ancak sonuçlarımız istatistiksel anlamlılık sınırına ulaşmadı. Bu durum sınırlı hasta sayısından kaynaklı olabilir. Çalışmamız, PAH hastalarında PELATON ekspresyonunun gerçekleştirildiği ilk çalışma özelliğini taşımaktadır. Sonuç olarak, PELATON ekspresyonunun PAH hasta grubunda yüksek bulunmasına rağmen istatistiksel anlamlılık sınırına ulaşmaması, PELATON geni ile PAH patogenezi arasında kuvvetli bir ilişki bulunmadığını düşündürmektedir.

Abstract:
Atherosclerosis is an immuno-metabolic disease involving chronic inflammation, oxidative stress, epigenetic and metabolic dysfunction. Peripheral arterial disease (PAD) refers to diseases of arteries other than coronary arteries and aorta. The main causes of PAD include atherosclerosis, vascular stenosis, inflammation and endothelial dysfunction. Recently, role of long non-coding RNAs (lncRNAs) in cardiovascular diseases has gained importance. Studies have shown that expression of PELATON, an lncRNA, is localized in necrotic, inflammatory and macrophage-rich regions of atherosclerotic plaques. PELATON degradation in macrophages in vitro causes reduced ability of the cell to perform phagocytosis. Phagocytosis of lipoproteins or erythrocytes is an integral part of atheroma plaque progression and is strongly associated with the development of plaque instability. An lncRNA that positively regulates phagocytosis, such as PELATON, may be a potential target in reducing this rate and plaque progression. The aim of our study was to determine the expression level of the PELATON gene in PAD and healthy controls and to determine the plasma levels of 8-Hydroxy-2′-deoxyguanosine (8-OHdG), 8-hydroxyguanosine (8-OHG) and 8-hydroxyguanine, which are markers involved in oxidative damage of DNA/RNA. In our study, gene expression levels were determined by Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) and DNA/RNA oxidative damage levels were determined by ELISA method in 100 patients diagnosed with PAD and 100 healthy controls. In our study, no significant difference was observed in PELATON expression levels between the PAD group and healthy control group (p=0.119). When 8-OHG, 8-OHdG and 8-hydroxyguanine levels were compared between the two groups, no significant difference was detected (p=0.31). There was a positive correlation between PELATON gene expression and CRP (r=0.024, p=0.83), total cholesterol (r=0.014, p=0.91), LDL cholesterol (r=0.117, p=0.36), creatine kinase MB (r=0.273, p=0.391) levels in the PAD group, but our results did not reach statistical significance. This may be due to the limited number of patients. Our study is the first study of PELATON expression in PAD patients. In conclusion, although PELATON expression was found to be high in the PAD patient group, it did not reach statistical significance, suggesting that there is no strong relationship between the PELATON gene and PAH pathogenesis.