Türkiye'de HIV'e direnç ile ilgili mutant CCR5-?32 allel sıklığının araştırılması
Investigation of the frequency of mutant CCR5-?32 allel related to HIV resistance in Turkey
Yazar: GAMZE KARAKAYA
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRAN ÇAKIR ARICA
Kırıkkale Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: AIDS = AIDS ; HIV = HIV ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Popülasyon = Population

Özet:
Türkiye'de HIV'e direnç ile ilgili mutant CCR5-?32 allel sıklığının araştırılmasıKazanılmış İmmün Yetmezlik Sendromu, AIDS, HIV olarak adlandırılan bir virüsün immün sisteme saldırması ile ortaya çıkar. İnfeksiyon yapan bu virüsün hücrede kendini kopyalaması hücreye hasar verir. HIV çoğunlukla hastalıkla savaş sırasında immün sistemde oluşan CD4+ ya da T-yardımcı lenfosit hücreleri olarak bilinen beyaz kan hücrelerinden T lenfositlerini infekte eder.Bazı insanlar HIV'e karşı direnç ya da kısmen bağışıklık sağlayan bir genetik mutant kemokin 5 reseptörüne (CCR5) sahiptir. Mutant CCR5 alleli insan genomunda HIV'e dirençle ilgili olarak bilinir. İnsan kemokin reseptör 5 (CCR5) genindeki 32 baz çiftlik bir delesyon bundan sorumludur. HIV'in CD4+ T hücrelerini infekte etmesi için CCR5 reseptörüne saldırması gerekir. Bu mutasyona sahip insanlar ya CCR5 reseptörüne sahip değildir ya da ortalama bir kişidekinden az CCR5 reseptörüne sahiptir. Homozigot bireylerde CCR5-?32 allelinin varlığı HIV'in tekrar aktarılmasında çok güçlü bir koruma sağlamaktadır ve heterozigot bireylerde hastalığın tipik süreci iki yıl gecikir.Tahmin edilmektedir ki mutant CCR5-?32 için Avrupa'nın %81'i doğal-tip, %18'i heterozigot ve %1'i mutant homozigottur. Ne yazık ki Türkiye için bu allelin sıklığı hakkında yeterli veri yoktur. Bu çalışmanın amacı bu mutant allel frekansının Türkiye'nin tüm coğrafik bölgelerinden seçilen 400 bireyde PCR metodu ile belirlemektir. Örnekler Ankara Gazi Mustafa Kemal Devlet Hastanesinden temin edilmiştir. Bu çalışmada, Türkiye'de yabanıl allel sıklığı 0.9738, mutant allel sıklığı ise 0.0262 bulunmuştur. Bununla birlikte test edilen bireylerde hiçbir CCR5-?32 homozigot birey saptanmadı.En yüksek ?32 allel sıklığı İç Anadolu Bölgesi'nde bulundu (0.0726). En düşük ?32 allel sıklığı Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde ve Akdeniz Bölgesi'nde bulundu (0.0093). Bu mutant allel sıklığı Ege Bölgesi'nde 0.0175, Karadeniz Bölgesinde 0.0410, Doğu Anadolu Bölgesi'nde 0.0278 olarak bulundu. Marmara Bölgesi'nde mutant allel yoktu (0.000).Gözlenen ve beklenen genotipik sıklıklar benzerdi, test edilen popülasyonlar Hardy-Weinberg dengesinden önemli bir sapma göstermedi. Batı Avrupa'da genel olarak kuzeyden güneye doğru ?32 sıklığında gittikçe azalma olduğu bildirildi. Genel olarak, Türkiye'de yapılan bu çalışmanın sonuçları ile bu bulgular ilişki gösterdi.Anahtar Kelimeler: HIV, AIDS, CCR5-?32, Türkiye, popülasyon

Abstract:
Investigation of the frequency of mutant CCR5-?32 allel related to HIV resistance in TurkeyAIDS, Acquired Immune Deficiency Syndrome, is a condition caused by a virus called HIV which attacks the immune system. This virus damages the cell it replicates in and this is one of the reasons, which makes the infection. HIV mostly infects T-cells, also known as CD4+ cells or T-helper cells. These cells are white blood corpuscles that turn the immune system on to fight disease.Some people have a genetic mutant chemokine reseptör 5 (CCR5) that makes them resistant or partially immune to HIV. CCR5 mutant allel was known about HIV resistance in human genome. 32-base pair deletion (? 32) in the gene for the human chemokine receptor 5 (CCR5) is responsible for this. HIV needs to attack to the CCR5 receptor to infect CD4+ T cells. People with this mutation either have no CCR5 receptors or have far fewer CCR5 receptors than an average person. The existence of, CCR5-?32 allel very strongly protects against HIV-transmission in homozygous individuals and heterozygotes typically have a progression delay of two years.It is estimated that people of European descent are 81% wild-type, 18% heterozygote and 1% mutant homozygote for mutant CCR5-?32. Unfortunately there is no enough data about the frequency of this allel for Turkey. The aim of this study is to determine the frequency of this mutant allel in 400 individuals sampled from all geopraphic regions of Turkey by PCR method.The samples were obtained from Ankara Gazi Mustafa Kemal Public Hospitals. In this study, the frequency of the CCR5 wild allele was found as 0.9738 and mutant allele 0.0262 in Turkey. However, no homozygous CCR5-?32 individual was detected among the individuals examined.The highest frequency of ?32 allele was found in The Central Anatolia Region (0.0726). The lowest of ?32 allele frequency was found in The Southeast Anatolia Region and The Mediterranean Region (0.0093). The mutant allele frequency was found 0.0175 in The Aegean Region, 0.0410 in The Black Sea Region, 0.0278 in The Eastern Anatolia Region. There was no mutant allel in The Marmara Region (0.000).The observed and expected genotypic frequencies were similar to eachother, so the populations tested did not show a significant deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium. Generally from north to south, a gradual gradient of ?32 frequencies have been reported in West Europe. In general, the results of the present study showed a correlation with these findings for Turkey (0.0262).Keywords: HIV, AIDS, CCR5-?32, Turkey, population