Moğolistan tilkilerinin (Vulpes, Canıdae, Carnıvora) mitogenom karakterizasyonu ve filogenetik ilişkileri
Mitochondrial genome characterization and phylogenetic relationships of Mongolian foxes (Vulpes, Canidae, Carnivora)
Yazar: BAT-ONOL BAT-ERDENE
Danışman: DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Carnivora takımı, Canidae familyası içerisinde yer alan ve Dünya genelinde geniş bir yayılış alanına sahip olan Vulpes cinsi tilkiler, günümüzde 12 tür ile temsil edilmektedir. Moğolistan'da günümüzde iki tilki türü (V. vulpes ve V. corsac) yayılış göstermektedir. Moğolistan tilkileriyle ilgili moleküler verilere dayalı çalışmalar bulunmamaktadır. Bu çalışmada Moğolistan tilkilerinin mitogenom karakterizasyonunun yapılması ve filogenetik ilişkilerinin orta çıkarılması amaçlanmıştır. Moğolistan, Türkiye ve Irak'tan V. vulpes, V. corsac, V. rueppellii, ve Canis lupus örneklerinin komple mitogenomu yeni nesil sekanslama platformları ile dizilenerek elde edildi. Vulpes cinsi için elde edilen komple mitogenomlar, dairesel, 13 protein kodlayan gen, 22 taşıyıcı RNA, 2 ribozomal RNA ve bir kodlama yapmayan kontrol bölgesi içermekte olup yaklaşık 16 kb uzunluğundadır. Mitogenomların ortalama nükleotid kompozisyonları, memeli mitogenomları aralığında olup A+T oranı G+C oranından daha fazladır. Gen yapıları, genom organizasyonu ve kompozisyonu diğer kanidlere benzerlik göstermektedir. NCBI veri tabanında mevcut Vulpes cinsine ait 21 mitogenom verisi alınarak analizlere dahil edilmiş, Maksimum-Likelihood ve Bayesian Inference yöntemiyle filogenetik analizi yapılmıştır. Analizler kızıl tilkiler (V. vulpes) içerisinde nispeten yüksek bir genetik çeşitlilik olduğunu, V. corsac ve V. rueppellii içerisinde ise nispeten daha düşük bir genetik çeşitlilik olduğunu göstermiştir. Filogenetik analizine göre BI (Bayesian Inference) ve PhyML (Maksimum-Likelihood) ağaçlarında V. vulpes dizileri beş haplogrup içerisinde yer almıştır. V. rueppellii haplotipleri, Gen Bankası'na Mısır'dan kaydedilen V. rueppellii haplotipi ile birlikte monofiletik bir grup olarak kümelendi. V. corsac haplotipleri de iki alt soy hattı içerisinde monofiletik bir grup olarak kümelendi. Yapılan analizler Rüppell tilkisinin (V. rueppellii), kızıl tilki ile kardeş takson olduğunu ve bu yakın ilişkinin daha iyi anlaşılabilmesi için daha fazla moleküler çalışmaya ihtiyaç olduğunu önermektedir.
Anahtar Kelimeler: Vulpes vulpes, Vulpes corsac, Mitogenom, Filogeni, Yeni Nesil Dizileme (NGS)

Abstract:
The foxes of the genus Vulpes, which is part of the family Canidae within the order Carnivora, are represented by 12 species worldwide. Currently, two species of foxes (V. vulpes and V. corsac) are distributed in Mongolia. There are no molecular data-based studies on Mongolian foxes to date. This study aims to characterize the mitogenomes of Mongolian foxes and reveal their phylogenetic relationships. The complete mitogenomes of V. vulpes, V. corsac, V. rueppellii, and Canis lupus samples from Mongolia, Türkiye, and Iraq were sequenced using next-generation sequencing platforms. The complete mitogenomes obtained for the genus Vulpes are circular, containing 13 protein-coding genes, 22 transfer RNAs, 2 ribosomal RNAs, and a non-coding control region, with a length of approximately 16 kb. The average nucleotide compositions of the mitogenomes are within the range of mammalian mitogenomes, with the A+T content being higher than the G+C content. The gene structures, genome organization, and composition are similar to other canids. The mitogenome data of 21 Vulpes species available in the NCBI database were included in the analyses, and phylogenetic analysis was conducted using Maximum-Likelihood and Bayesian Inference methods. The analyses showed relatively high genetic diversity within red foxes (V. vulpes) and relatively lower genetic diversity within V. corsac and V. rueppellii. According to the phylogenetic analysis, V. vulpes sequences were placed within five haplogroups in both BI (Bayesian Inference) and PhyML (Maximum-Likelihood) trees. V. rueppellii haplotypes clustered as a monophyletic group along with the V. rueppellii haplotype recorded from Egypt in the GenBank. V. corsac haplotypes also clustered as a monophyletic group within two sublineages. The analyses suggest that Rüppell's fox (V. rueppellii) is the sister taxon to the red fox and that further molecular studies are needed to better understand this close relationship.
Keywords:  Vulpes vulpes, Vulpes corsac, Mitogenome, Phylogeny, Next Generation Sequencing (NGS)