Hastane enfeksiyonu etkeni pseudomonas aeruginosa suşları arasındaki klonal ilişkinin araştırılması
Investigation of clonal relatedness among the nosocomial pseudomonas aeruginosa isolates
Yazar: AYŞE BİLGE SİPAHİ
Danışman: PROF. DR. KAYHAN ÇAĞLAR
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Genotip = Genotype ; Kümeleme analizi = Cluster analysis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Bu çalışmada Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Yoğun Bakım Ünitelerinde yatan hastalardan izole edilen hastane kökenli ve çevresel Pseudomonas aeruginosa suşları arasındaki klonal ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır.
Ocak 2010 - Ağustos 2011 tarihleri arasında Çocuk Hastalıkları, Genel Cerrahi, Anestezi ve Reanimasyon, İç Hastalıkları, Beyin Cerrahisi, Nöroloji ve Göğüs Hastalıkları Yoğun Bakım ünitelerinde hastane kökenli enfeksiyon tanısı alan hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen 50 ve çevresel örneklerden izole edilen dört adet, toplamda 54 Pseudomonas aeruginosa suşu çalışmaya dahil edilmiştir.
Çalışmaya dahil edilen 54 suş otomatik tanımlama cihazı (MicroScan autoSCAN-4, Almanya) ile tür düzeyinde tiplendirilmiş ve antibiyotik duyarlılık testleri yapılmıştır.
Rep-PZR yöntemi ile çalışmaya dahil edilen klinik ve çevresel suşlar arasındaki klonal ilişki araştırılmıştır.
Çalışmaya alınan suşlara karşı en az direncin amikasin (%12); en fazla direncin ise seftriakson (%100), seftazidim (%100), sefotaksim (%100) ve tazobaktam-piperasiline (%100) karşı olduğu saptanmıştır. Test edilen antibiyotiklerden gentamisin ve tobramisine %26, siprofloksasin ve levofloksasine %30, imipenem ve meropeneme %34, aztreonam ve sefepime %98 oranında direnç saptanmıştır. 
Rep-PZR ile tiplendirilen 52 suştan 14 tanesinin incelenen diğer suşlarla klonal ilişkisinin olmadığı saptanmıştır. İncelenen suşların 13 küme oluşturduğu saptanmıştır. Kümeleşmede suş aralığı 2-6 arasında değişmektedir. Tiplendirilen suşların %73?ünün klonal ilişkili olduğu saptanmıştır. Çalışmaya alınan Pseudomonas aeruginosa suşlarının Rep-PZR tiplendirmesi sonucunda 27 ayrı DNA bant profili saptanmıştır.

Abstract:
In this study,our aim was to investigate of clonal relatedness among the nosocomial and enviromental Pseudomonas aeruginosa strains isolated from patients treated in intensive care units of Gazi University Medical School Hospital.
A total of 54 Pseudomonas aeruginosa consisting of 50 clinical strains isolated from patients diagnosed with nosocomial infections and four strains from environmental samples between January 2010 - August 2011 from general surgery, anesthesiology and reanimation, pediatric, internal medicine, neurology, chest disease and neurosurgery intensive care units were included in the study.
Antibiotic susceptibility tests and identification of Pseudomonas aeruginosa strains (n:54) included in the study were performed with an automated identification system (MicroScan autoSCAN-4, Germany). Clonal relatedness among environmental and nosocomial strains were investigated with Rep-PCR method.
Minimal resistance among performed strains were detected in amikacin (12%), where as maximum resistance were at ceftriaxone (100%), cefotaxime (100%) and tazobactam-piperacilline (100%). Resistance rates for other tested antibiotics were; 26% for gentamycine and tobramycin, 30% for ciprofloxacin and levofloxacin, 34% for imipenem and meropenem and 98% for aztreonam and cefepime.
Rep-PCR typing of the 52 strains showed that 14 strains were not clonally related to any other strains included in the study. Clonally related strains (n:38) were grouped in 13 clusters. The number of strains that generated these clusters were between 2-6. The strains genotyped were determined as clonally related with a high rate of 73%. It had been determined that there were 27 spesific Rep-PCR patterns among 52 Pseudomonas aeruginosa strains.