Kısraklarda maternal plazmada AMELY ve GAPDH genlerinin analizi ve kantitasyonu
Analysis and quantification of AMELY and GAPDH genes from maternal plasma in mares
Yazar: ELİF ZENGİNOL
Danışman: DOÇ. DR. BİLGE ŞADAN SELÇUK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Dolaşımdaki serbest hücre dışı fetal DNA (cell free fetal DNA, cffDNA) maternal kanda serbest olarak bulunan ve boyutu yaklaşık olarak 80-200 baz çifti (bç) uzunluğu arasında değişkenlik gösteren küçük DNA fragmentleridir. Kantitatif gerçek zamanlı PCR (qRT-PCR) tekniği kullanılarak maternal plazmada bulunan hücre dışı DNA'nın (cell free DNA, cfDNA) tespiti hassas ve doğruluğu yüksek şekilde gerçekleştirilebilmektedir.
Yarış atlarında ve damızlık atlarda fetal cinsiyetin tayin edilmesi, hayvan yetiştiriciliği alanında ve ekonomik alanda önem taşımaktadır. Amelogenin Y (AMELY), sex determining region Y (SRY) ve Zinc Finger (ZFX/ZFY) genleri kısraklarda fetal cinsiyet tayininde kullanılan genler arasında gösterilmektedir. 
Bu tez çalışması kapsamında, 15 gebe kısrağın maternal plazmasından izole edilen cfDNA örneklerinde, Touch-Down PCR (TD-PCR) ve kantitatif gerçek zamanlı PCR deneylerinin optimizasyonu ve AMELY ve Gliseraldehid 3-Fosfat Dehidrogenaz (GAPDH) genlerinin maternal plazmada kantitatif analizleri gerçekleştirilmiştir. Ek olarak, 15 kısrakta tüm gebelik süresince (1-11. aylar) izole edilen cfDNA örneklerinin gestasyonel aylara ve 8 kısrakta gebelik üçaylarına göre plazma konsantrasyonlarındaki değişimi analiz edilmiştir. Tez çalışması sonucunda, maternal kanda cfDNA'nın analizi ile erkek ve dişi fetüsler arasında AMEL geninindeki farklılığın tespit edilebildiği ancak bu tespitin cfDNA'nın kalitesi ile doğru orantılı olduğu belirlendi. Maternal cfDNA konsantrasyonlarının ortalamasının her bir üçayda farklı olduğu ve özellikle 3. ayda dişi fetüs taşıyan gebelerde erkek fetüs taşıyanlara göre anlamlı olarak yüksek olduğu tespit edilmiştir (p=0,024). 

Anahtar Kelimeler: Maternal plazma, cfDNA, AMELY, GAPDH, fetal cinsiyet, kısrak

Abstract:
Circulating cell free fetal DNA (ccffDNA) is small fragments that exist in maternal blood and vary in size from approximately 80-200 base pairs (bp) length. By using the quantitative real-time PCR (qRT-PCR) technique, the detection of cell free DNA (cfDNA) in maternal plasma can be performed sensitively and with high accuracy. 
Determination of fetal sex in race horses and stud horses is important in domestic and economic field. Amelogenin Y (AMELY), sex determining region Y (SRY) and Zinc Finger (ZFX/ZFY) genes are among the genes used in fetal sex determination in mares. 
In the scope of the thesis, we conducted, optimization of Touch-Down PCR (TD-PCR) and quantitative real-time PCR (qRT-PCR) experiments and quantitative analyzes of AMELY and GAPDH (Glyceraldehyde 3-Phosphate Dehydrogenase) genes in maternal plasma were performed using cfDNA samples isolated from maternal plasma of 15 pregnant mares. In addition, the change in plasma concentrations of cfDNA samples isolated during the whole pregnancy (1-11 months) in 15 mares according to gestational months and in 8 mares by trimesters were analyzed. In the result of the thesis study, it was determined that discrimination of AMEL gene between male and female fetuses could be performed in maternal blood cfDNA samples. However, this determination was directly proportional to the quality of cfDNA. It was found that the mean of maternal cfDNA concentrations were different in each trimester and it was significantly higher in pregnant women carrying a female fetus, especially in the 3rd month, compared to those carrying a male fetus (p=0.024).

Key Words: Maternal plasma, cfDNA, AMELY, GAPDH, fetal gender, mare