HLA-DR53 haplotiplerindeki PRKRAP1 psödogeninin akut lenfoblastik lösemi ile ilişkisi
The relationship of PRKRAP1 pseudogene in HLA-DR53 haplotypes with acute lymphoblastic leukemia
Yazar: ÇAĞLA YAVUZ
Danışman: PROF. DR. FATMA SAVRAN  OĞUZ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: HLA DR antijenleri = HLA DR antigens ; Haplotipler = Haplotypes ; Lösemi = Leukemia ; Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma = Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma

Özet:
Akut Lenfoblastik Lösemi (ALL) lenfoblastların anormal bir şekilde kontrolsüz ve aşırı çoğalmasından oluşur. Gen yeniden düzenlenmeleri, kromozom sayısındaki değişiklikler ve anormal karyotip ALL'de risk faktörleridir. Pek çok çalışmada İnsan Lökosit Antijen (HLA) genlerinin sınıf II gen bölgesine ait HLA-DRB4 alel ve homozigot sıklığının çocukluk çağı ALL'sinde erkeğe özgü olarak yüksek oranda olduğu gözlenmiştir. 
Çalışmamızda ALL hastalığının HLA-DRB4 alel sıklığı ve İnterferon İndükleyici Çift Zincirli Ribonükleik Asit Bağlayan Protein Kinaz A Psödogen 1 (PRKRAP1) ile ilişkisinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Ayrıca hasta ve sağlıklı grupta Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile PRKRAP1 psödogen pozitifliğinin incelenmesi ve HLA-DRB4 haplotiplerinin bir diğer belirteci olan Tek Nükleotit Polimorifizmi (SNP) rs2395185'in gerçek zamanlı PZR ile tanımlanması hedeflenmiştir.
Çalışmamızda tüm grupta PRKRAP1 psödogen pozitifliği HLA-DRB4 haplotipine spesifik olarak gösterilmiştir. HLA-DRB4 alel ve HLA-DRB4 homozigot sıklığı çocukluk çağı ALL hastalarında erkeklerde anlamlı olarak yüksek bulunmuştur.  rs2395185'in HLA-DRB4 haplotiplerine özgü olduğu saptanmıştır ve örneklerdeki HLA-DRB4 homozigotluğu SNP tiplemesi seviyesinde kanıtlanmıştır.
Çalışmamızda, HLA-DRB4 homozigotluğu ve HLA-DRB4 belirteci ile ALL ilişkisinin temelinde HLA-DRB4 haplotiplerinde henüz karakterizasyonu yapılmamış ilave DNA'nın olabileceği düşünülmektedir. HLA-DRB4 haplotiplerine spesifik olarak tanımladığımız PRKRAP1 psödogeninin yeni tanımlanabilecek spesifik bir transkripsiyon haritasındaki moleküler mekanizması araştırılıp ALL ile ilişkisi belirlenebilir.

Abstract:
Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) consists of abnormally uncontrolled and excessive proliferation of lymphoblasts. Gene rearrangements, changes in chromosome number and abnormal karyotype are risk factors in ALL. In many studies Human Leukocyte Antigen (HLA)-DRB4 allele and homozygote frequency of class II gene region of HLA genes was observed that there was a high rate of male specificity in childhood ALL. 
In our study, it was aimed to show  the relationship between ALL disease and HLA-DRB4 allele frequency and Protein Kinase, Interferon-Inducible Double Stranded RNA Dependent Activator Pseudogene 1 (PRKRAP1). In addition, in the patient and healthy group, the aim of this study was to investigate the PRKRAP1 pseudogen positivity by Polymerase Chain Reaction (PCR) and to identify Single Nucleotide Polymorphism (SNP) rs2395185 which is another marker of HLA-DRB4 haplotypes, by the real time PCR. PRKRAP1 pseudogene positivity in the whole group was shown to be specific to HLA-DRB4 haplotype. The frequency of HLA-DRB4 allele and HLA-DRB4 homozygosity were significantly higher in male patients with childhood ALL. rs2395185 was found to be specific for HLA-DRB4 haplotypes and HLA-DRB4 homozygosity in the samples was demonstrated at the level of SNP typing.
In our study, an additional non-characterized DNA in the HLA-DRB4 haplotypes for HLA-DRB4 homozygosity and HLA-DRB4 marker association is considered for ALL. The molecular mechanism of PRKRAP1 pseudogene, which we defined specifically for HLA-DRB4 haplotypes, can be investigated in a specific transcription map, that can be identified in a novel, and its relationship with ALL can be determined.