Meke Gölü ve Konya Acıgöl'ün prokaryotik çeşitliliğinin araştırılması
Investigation of prokaryotic diversities Meke Lake and Konya Acı Lake
Yazar: MİYESSER AYCAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU
Anadolu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, Meke Gölü ve Acı Göl'ün (Konya) prokaryotik çeşitliliği araştırılmıştır.Meke Gölü ve Acı Göl'den (Konya) 2010 yılı Ağustos ayı ve 2011 yılı Nisan ayında örnekler alınmıştır. İzolasyon Medyum A, B, C, D, E ve %12, %18, %23 MGM'de gerçekleştirilmiştir. Besi ortamlarından elde edilen saf kolonilerden 16S PCR yapılmış ve 16S PCR ürünlerine amplifiye ribozomal DNA restriksiyon analizi (ARDRA) uygulanmıştır. PCR ürünlerinin saflaştırılması ile nükleotid dizisi belirlenmiştir ve Acı Göl'e ait 46 izolattan 4 farklı strain, Meke Gölü'ne ait 220 izolattan 13 farklı strain dizilenmiştir. 16S rRNA gen dizileri NCBI'da BLAST programı kullanılarak referans diziler ile karşılaştırılmıştır. BLAST sonuçlarına göre, Acıgöl'den Bacteria domainine ait Halomonas, Marinobacter, Idiomarina, Thalassospira, Meke Gölü'nden Bacteria domainine ait Salinibacter, Salinivibrio, Halomonas, Idiomarina ve Marinobacter ve Archaea domainine ait Halorubrum belirlenmiştir.Denatüre edici gradient jel elektroforezi (DGGE) populasyon dinamiklerini çalışmak, zenginleştirme kültürlerini izlemek ve rRNA operon kopya sayısını belirlemek gibi çeşitli amaçlar için uygulanmıştır. DGGE'de zenginleştirme kültürlerinde Meke'ye ait Halorubrum sp. ve Haloterrigena limicola kültür edilebilir türler olarak belirlenmiştir. Meke Krater Gölü'ne ait Ağustos ve Nisan ayı örneklerinden dominant türler belirlenmiştir. Dizi analiz sonuçlarına göre Bacteria domainine ait kültüre alınmamış Salinibacter sp. ve Archaea domainine ait kültüre alınmamış Archaea üyesi Ağustos ayı örneğinde dominant olarak belirlenmiştir. Benzer olarak Archaea domainine ait kültüre alınamamış bir Archaea üyesi ve Bacteria domainine ait kültüre alınmamış bir üye Nisan ayı örneğinde dominant olarak tanımlanmıştır. rRNA operon kopya sayısını belirlemeye yönelik 11 bakteriyel izolatın DGGE sonuçları, bazı bakteriyel türlerin birden fazla rRNA kopya sayısına sahip olduğunu göstermiştir.Floresan in situ hibridizasyon (FISH) hem Acıgöl hem de Meke Gölü örnekleri için uygulanmıştır. Meke örneklerinde Archaea dominant olarak belirlenmiş, Acı Göl'de ise sadece bakteriyel floresan ışıma alınmıştır.Acı göl ve Meke Gölü'nün prokaryotik çeşitliliği ilk kez karakterize edilmiştir ve bazı strainlerin varlığı Türkiye'de ilk kez gösterilmiştir.Anahtar Kelimeler: Meke Gölü, Acı Göl, ARDRA, DGGE, FISH.

Abstract:
In this study, prokaryotic diversity of Meke Lake and Acı Lake (Konya) was investigated.Samples were taken from the Meke Lake and Acı Lake (Konya) on August 2010 and April 2011. Isolation was performed on Medium A, B, C, D, E and %12, %18, %23 MGM. 16S PCR was carried out for pure to colonies on media and amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) was applied the 16S PCR products. The nucleotid sequences of the purificated PCR products were sequenced and 4 different strains in 46 isolates for Acı Lake and 13 different strains in 220 isolates for Meke Crater Lake were identified. 16S rRNA gene sequences were compared with reference sequences at NCBI using BLAST. According to the BLAST results, Halomonas, Marinobacter, Idiomarina, Thalassospira in Bacteria domain for Acı Lake, Salinibacter, Salinivibrio, Halomonas, Idiomarina and Marinobacter in Bacteria domain and Halorubrum in Archaea domain for Meke Lake were identified.Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) was performed on samples for purposes that were studying population dynamics, monitoring enrichment cultures and determining rRNA operon copy number. Enrichment cultures of DGGE showed that there are Halorubrum sp. and Haloterrigena limicola in Meke Crater Lake as culturable species. Dominant species were identified on August and April samples of Meke Crater Lake by DGGE. Sequence analysis showed existence of uncultured Salinibacter sp. was dominant in Bacteria domain and uncultured archaeon was dominant in Archaea domain for August sample. Similarly, uncultured archaeon was dominant in Archaea domain and uncultured bacterium was dominant in Bacteria for April samples. 11 bacterial isolates were used for determination of rRNA operon copy number on DGGE and results showed that some of bacterial species have 16S operon copy number more than one.Fluoresceine in situ hybridization (FISH) was used both Acı Lake samples and Meke Lake samples. The community was dominated by Archaea on the Meke samples. Acı Lake was showed only bacterial fluorescent hybridization.Prokaryotic diversity of Acı Lake and Meke Lake was first time characterized and existence of some strains were showed first times in Turkey.Keywords: Meke Crater Lake, Acı Lake, ARDRA, DGGE, FISH.