Alt solunum yolu enfeksiyonu ile hastanede yatan çocuklarda solunum panelinde multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile viral etkenlerin taranması
Screening of viral factors in respiratory panel by multiplexpolymerase chain reaction in children who hospitalized withlower respiratory tract infection
Yazar: GÜLŞEN CENGİZ
Danışman: DOÇ. DR. AYŞE KARAARSLAN
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Dr. Lütfi Kırdar Kartal Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Hastaneye yatırma = Hospitalization ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Solunum sistemi = Respiratory system ; Solunum yolları enfeksiyonları = Respiratory tract infections ; Yatan hastalar = Inpatients ; Çocuk hastalıkları = Child diseases ; Çocuklar = Children

Özet:
Giriş
Alt solunum yolu enfeksiyonları (ASYE) çocukluk çağında küresel boyutta mortalite ve morbiditenin en önemli sebeplerinden biridir. Özellikle beş yaş altı çocuklarda ASYE'ye bağlı her yıl yaklaşık 10 milyon ölüm ve yaklaşık 3 milyon hastaneye yatış gerçekleşmektedir. Etiyolojide viral etkenler olarak, sıklıkla, Respiratuar Sinsityal Virüs (RSV), İnfluenza A/B, Parainfluenza virüs tip 2-3-4 (PIV 2-3-4), Adenovirüsler ve Rhinovirüs/Enterovirüs rastlanmaktadır. Bunların dışında, son yıllarda İnsan Metapnömovirüsü (hMPV), Koronavirüs (HCoV) ve Bocavirüs gibi yeni viral patojenlerde
bu listeye eklenmiştir. Çalışmamızın amacı, ASYE tanısıyla hastaneye yatan çocuk hastalarda solunum panelinde mültipleks PCR yöntemi ile solunum virüslerinin varlığının, sıklığının ve risk faktörlerinin belirlenmesidir.
Gereç-Yöntem
S.B.Ü İstanbul Kartal Dr. Lütfü Kırdar Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Kliniğinde 01 Ocak - 31 Aralık 2018 tarihleri arasında ASYE nedeni ile hastaneye yatan çocuklar retrospektif olarak çalışmaya dahil edildi. Demografik özellikler, başvuru yakınmaları ve zamanı ile solunum sistemi muayene bulguları kaydedildi. Hastaların laboratuvar bulguları [lökosit sayısı, C-Reaktif protein (CRP)], posterior-anterior akciğer grafisi ve kan kültür sonuçları analiz edildi. Hastanede yatarken uygulanan tedaviler değerlendirildi. Hastaların nazofarengeal sürüntü örneklerinden yapılan multiplex PCR analizleri kaydedildi.
Bulgular
ASYE nedeni ile hastaneye yatırılan 153 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların %52.9'u kız, %47.1'i erkek (Kız/Erkek: 1.13/1) ve medyan yaşı 37 ay (min 12 ay-maks 298 ay) idi. Bir
yaşın altında 5 (%3.3) hasta varken, 44 (%28.8) hasta iki yaşın altında, 115 (%75.2) hasta ise beş yaş altındaydı. Başvuru yakınmaları, %63.4 ateş yüksekliği, %62.7 öksürük, %43.8 nefes darlığı ve %37.9 hırıltı şeklindeyken; muayene bulgularında %48.4 krepitan raller, %45.1 ekspiryum uzunluğu ve %20.9 kaba raller saptandı. Hırıltı ve nefes darlığı yakınmaları ve fizik muayenede ekspiryum uzunluğu iki yaş altı çocuklarda anlamlı derecede daha fazla saptandı (sırasıyla p<0.05, p<0.05, p<0.05). Hastaların tam kan sayımında medyan lökosit sayısı 12.300/mm3 ve medyan CRP değerinin 16 mg/L olduğu görüldü ve çekilen akciğer grafilerinin %51.6'sında infiltrasyon tespit edildi. Tek viral etken saptanma oranı %80.9 iken %17.6'sında iki viral etken, %1.5'inde ise üçlü viral etken saptandı. PCR örneklerinde %53.7 Rhinovirüs/Enterovirüs, %12.9 PİV, %12.9 Adenovirüs, %4.8 RSV, %5.4 İnfluenza, %4.3 Mycoplazma pneumoniae, %3.3 Koronavirus, %1.6 hMPV ve %1.1 Bordetella Pertussis tespit edildi.
Sonuç
ASYE'de solunumsal virüsler PCR yöntemiyle erken dönemde saptanabilir. Mevsimsel ve yaş dönemlerine bağlı olarak ASYE'ye neden olan viral etkenler değişmektedir. Viral etkenlerin saptanması ve tiplendirilmesi hem ampirik başlanan antibiyotik tedavilerin önlenmesini hem de hastaların doğru yönetilmesi açısından oldukça önemlidir.
Anahtar kelimeler
Alt solunum yolu enfeksiyonu, viral etkenler, solunum paneli, multipleks PZR

Abstract:
Introduction
Lower tract respiratory infections (LRTI) is one of the most important causes of global mortality and morbidity in childhood. Approximately 10 million deaths and approximately 3 million hospitalizations each year due to LRTI were seen in children under 5 years. Respiratory syncytial virus (RSV), İnfluenza A / B, Parainfluenza virus type 2-3-4 (PIV 2-3- 4), Adenoviruses and Rhinovirus/Enterovirus are determined as an etiologic viral agents. Also, new viral pathogens such as Human metapneumovirus (hMPV), Coronavirus (HCoV) and Bocavirus have also been added to this list. The aim of our study is to determine the presence, and risk factors of LTRI and frequency of respiratory viruses by multiplex PCR in hospitalized patients with LRTI. 
Material and methods
Patients who admitted to SBU Istanbul Kartal Dr. Lütfü Kırdar Education and Training Hospital, department of pediatrics between 01 January-31 December 2018 with LTRI were retrospectively identified. Demographic features, complaints and admitted times, and clinical findings were recorded. Laboratory findings [leukocyte count, C-Reactive protein (CRP)], posterior-anterior chest x-ray and blood culture results were recorded. Treatments during the admittion at the hospital were evaluated and multiplex PCR analyzes from the nasopharyngeal swab samples were recorded.
Results
A total of 153 patients were included in the study. The median age of the cases was 37 months(minimum 12- maximum 298) and 52.9 % were female, 47.1% were male (female/male ratio
1.13/1). Five patients (3.3%) were under 1 year, 44 (28.8%) patients were under 2 years and 115 (75.2%) patients were under 5 years. Patients' complaints were 63.4% fever, 62.7% cough, 43.8% shortness of breath and 37.9% wheezing; 48.4% crepitan rales, 45.1% long expirium and 20.9% rough rales were detected in the examination findings. Wheezing, dyspnea and long expirium were found to be significantly higher in children under 2 years of age (p <0.05, p <0.05, p <0.05). The median leukocyte count was 12.300/mm3 and the median CRP value was 16 mg/L in the complete blood cunt, and infiltration was detected in 51.6% of the chest x-rays. The rate of single viral agent was 80.9%, two viral agents were 17.6% and three viral agents were 1.5%. In PCR samples, 53.7% Rhinovirus/Enterovirus, 12.9% PIV, 12.9% Adenovirus, 4.8% RSV, 5.4% İnfluenza, 4.3% Mycoplasma pneumoniae, 3.3% Coronavirus, 1.6% hMPV and 1.1% Bordetella Pertussis were detected. 
Conclusion
Respiratory viruses can be detected by earlier with PCR methods in LRTI. Viral agents which cause LRTI were depending due to seasonal and age periods. The detection and typing of viral agents is very important both for the preventing unnecessary antibiotic use and to do correct managements.