Venöz tromboembolizme proteomik yaklaşım
A proteomic approach to venous thromboembolism
Yazar: AFSAR ABBASİ TAGHİDİZAJ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. DUYGU ÖZEL DEMİRALP
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Venöz tromboembolizm (VTE) morbidite-mortalite oranları yüksek olabilen ve batı toplumlarında 1-2/1000/yıl sıklığında görülen bir klinik tablodur. Derin ven trombozu (DVT) ve pulmoner emboli (PE) aynı klinik tablonun farklı evreleri olarak değerlendirildiğinden, genellikle venöz tromboembolizm olarak (VTE) adlandırılmaktadır. Faktör V Leiden (FVL) ve Faktör II Protrombin G20210A heterozigot gen mutasyonları beyaz ırkta sırasıyla %5-10 ve %2 oranında görülmektedir ve VTE'ye neden olan en sık genetik defektlerdir. Literatüre göre; inflamasyon ile ilişkili bazı abundant proteinlerin ve polimorfik akut faz proteinlerinin serumdaki konsantrasyonlarının artışı inflamasyon ile ilişkisi olan; aterosklerosis, eklem iltihabı, kalple ilgili hastalıklarda ve VTE'de tespit edilmiştir.Bu tez çalışmasının amacı, venöz tromboembolizm için risk faktörü olarak bilinen FVL ve Protrombin 20210 gen değişimlerinin, hasta ve kontrol gruplarında plazmadaki özellikle inflamasyona duyarlı abundant (bol) protein profiline etkisinin belirlenmesi ve bu gen değişimlerinin miyokard infarktüs (kalp krizi, MI) öyküsü ile ilişkisinin proteomik olarak araştırılmasıdır.Bu amaçla yapılan çalışmada; 1/9 ml EDTA'lı tüp içerisine alınan kan örneklerinden proteom çalışmalarında kullanılacak plazma kısmı ayrılmış ve kalan kısım üzerinden geleneksel fenol-koloroform yöntemi ile DNA izolasyonu yapılmıştır. Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile hasta (130) kontrol (130) grupları Faktör V Leiden ve protrombin 20210 nükleotid değişimleri açısından taranmıştır. Mutasyon taşıyan ve taşımayan hasta/kontrol gruplarında iki boyutlu jel elektroforezi ile protein profillenmesi ve MALDI-TOF kütle spektrometresiyle proteinlerin kimliklendirlmesi (PMF) yapılmıştır. Çalışmaya dahil edilen farklı hasta ve kontrol grupları arasında altı farklı abundant proteinin ifadesinin genotipe bağlı değişim gösterdiği tespit edilmiştir.Anahtar Kelimeler: Venöz tromboembolizm, Faktör V Leiden, Protrombin G20210A, 2 boyutlu jel elektroforezi, MALDI-TOF kütle spektrometresi.

Abstract:
Venous thromboembolism (VTE) is a disease with high morbidity and mortality rates with an incidence of 1-2/1000 in Western societies. Deep vein thrombosis (DVT) and pulmonary embolism (PE) are considered as the clinical stages of the same disorder, and are collectively called as venous thromboembolism. The prevalence of Factor V Leiden and Factor II prothrombin gene mutations was reported at about 5-10% and 2% respectively (as heterozygous mutations), in whites. The factor V Leiden allele and protrombin allele are the most common cause for hereditary thrombophilia. According to the literature, increased serum concentrations of some abundant plasma proteins related with inflammation and polymorphic acute phase proteins have been associated with inflammation-related atherosclerosis, arthritis, heart-related disorders and also VTE diseases.The aim of this study is to determine the effect of the FVL and Prothrombin 20210 gene mutations, which are known as a risk factor for venous thromboembolism, to the inflammation-sensitive abundant plasma proteins in control and patient groups and also to investigate the relationship between these mutations and MI history by proteomic methods.In this preliminary work, plasma was seperated from whole blood samples collected in tubes with EDTA (1/9 ml) and the remaining sample was used for DNA isolation with conventional phenol-chloroform method. Genetic analysis were done for patient (130) and control (130) individuals in terms of FVL and Prothrombin 20210 gene mutations by RT-PCR. Protein profiling by two dinemsional gel electrophoresis and peptide mass fingerprinting (PMF) by MALDI-TOF MS were done for patient and control groups. Six abundant proteins were found differentially expressed depending on the genotype between the diffenent patient and control groups.Key Words: Venous Thromboembolism, factor V Leiden, prothrombin, 2D gel electrophoresis, MALDI-TOF mass spectrometry.