Fermente ve ısıl işlem uygulanmış sucuklarda bazı lactobacıllus ve patojen bakterilerin antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi
Determination of antibiotic resistance of some pathogen bacteria and lactobacillus species in fermented and heat treated sucuks
Yazar: MUHAMMET ALİ CEBİRBAY
Danışman: PROF. DR. AHMET GÜNER
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Bakteriler = Bacteria ; Lactobacillus = Lactobacillus ; Patojenler = Pathogens ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sucuk = Sausage ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Araştırma, Konya il merkezinde satışa sunulan fermente ve ısıl işlem uygulanmış 100 sucuk numunesine fiziko-kimyasal analizler ile bazı Lactobacillus cinsi bakteriler, S. aureus, E. coli ve E. faecium'un belirlenmesi ve izolatların antibiyotik dirençliliklerinin ve mecA, tetM ve vanA genlerinin tespit edilmesi amacıyla gerçekleştirildi. Fermente sucuk numunelerinin TMAM, S.aureus, koliform ve Enterococcus ssp. sayı ortalamaları sırasıyla 10,84±0,68, 1,84±0,34, 1,07±0,31 ve 2,88±0,42 log10 kob/g olarak belirlendi. Isıl işlem uygulanmış numunelerde ise TMAM, koliform ve Enterococcus ssp. sayı (log10 kob/g) ortalamaları sırasıyla 5,72±0,41, 0,26±0,11 ve 0,70±0,23 olarak saptandı. Fermente ve ısıl işlem uygulanmış numunelerin laktik asit bakteri sayı ortalamaları sırasıyla 10,59±0,81 ve 2,75±0,76 log10 kob/g olarak tespit edildi. Laktik asit bakteri izolatları arasından en yaygın izole edilen türlerin L. brevis (%22,0), L. plantarum (%19,7) ve L. curvatus (%12,7) olduğu, diğer izolatların (%45,6) L. salivarius, L. delbrueckii, L. lactis, L. paracasei ve Weissella confusa türlerden oluştuğu saptandı.

S. aureus izolatlarının oksasilin, penisilin G, sefalothin ve eritromisine sırasıyla %100, %100, %55,6 ve %44,4 oranında dirençli, E. faecium izolatlarının ise oksasilin, kanamisin, trimethoprim/sulfamethakzol, siproflaksosin ve gentamisine sırasıyla %100, %91,7, %75,0, %58,4 ve %58,4 oranında dirençli oldukları belirlendi. S. aureus izolatlarında oksasilin MİK değerinin 4-64 µg/ml, E. coli izolatlarında tetrasiklin MİK değerinin 1-4 µg/ml, E. faecium izolatlarında vankomisin MİK değerinin ise 1-4 µg/ml aralığında olduğu tespit edildi.

L. plantarum ve L. curvatus izolatlarının %46,5'inin kanamisine, %42,9'unun siproflaksosine, %64,3'ünün trimethoprim/sulfamethakzole ve oksasiline, %53,6'sının vankomisine karşı dirençli oldukları belirlendi. L. plantarum izolatlarının MİK değerinin oksasilin ≤0,012-32 µg/ml, tetrasiklin ≤0,012-32 µg/ml, vankomisin 0,25-≥256 µg/ml, L. curvatus izolatlarının ise oksasilin ≤0,012-1 µg/ml, tetrasiklin ≤0,012-0,5 µg/ml ve vankomisin 0,25-1 µg/ml arasında olduğu saptandı. PCR analizi sonucunda tüm izolatlarda mecA, tetM ve vanA genleri tespit edilmedi. 

Sonuç olarak sucuklarda patojen bakterilerin izole edilmesi mikrobiyolojik kalite açısından önem arz etmektedir. Sucuklardan izole edilen patojen bakteriler ile birlikte L. plantarum ve L. curvatus izolatlarının yüksek antibiyotik dirençlilik düzeyleri halk sağlığı açısından önem arz etmektedir. Konu ile ilgili ileri düzeyde moleküler çalışmaların yanı sıra halk sağlığını korumak üzere gerekli tedbirlerin alınması gerekmektedir.
Anahtar Sözcükler: Antibiyotik Dirençliliği;  Lactobacillus; Patojen;  PCR; Sucuk.

Abstract:
The study was performed physico-chemical analysis and the isolation of the some Lactobacillus bacteria species, S. aureus, E. coli and E. faecium and in order to identify the antibiotic resistance of isolates and mecA, tetM and vanA genes in fermented and heat-treated 100 sucuk samples offered in Konya city center. The average (log10 cfu/g) TMAM, S. aureus, coliform and Enterococcus bacteria counts of fermented sausage samples were found as 10,84±0,68, 1,84±0,34, 1,07±0,31, 2,88±0,42 respectively. In heat treatment applied samples, the average (log10 cfu/g) TMAM, coliform and Enterococcus ssp. counts (log10 cfu/g) were determined as 5,72±0,41, 0,26±0,11 and 0,70±0,23 respectively. The average lactic acid bacteria counts (log10 cfu/g) of fermented samples were found 10,59±0,81 and 2,75±0,76 respectively. Most common species among the lactic acid bacteria was detected L. brevis (22,0%), L. plantarum (19,7%) ve L. curvatus (12,7%) respectively, and other isolates (45,6%) were generated by L. salivarius, L. delbrueckii, L. lactis, L. paracasei ve Weissella confusa species. 

The S. aureus isolates resistant to oxacillin, penicillin G, cefazolin and erythromycin were 100%, 100%, 55,6%, 44,4% respectively, the resistance of E. faecium isolates to oxacillin, kanamycin, trimethoprim/sulfamethoxazole, ciprofloxacin, gentamicin were determined as 100%, 91,7%, 75,0%, 58,4%, 58,4%,  respectively. The oxacillin MIC values in S. aureus isolates were between 4-64 µg/ml, the tetracycline MIC values in E. coli isolates were between 1-4 µg/ml, the vancomycin MIC values in E. faecium were found between 1-4 µg/ml ranges.

	L. plantarum and L. curvatus isolates were found to have 46,5% resistance to kanamycin, 42,9% to ciprofloxacin, 64,3% to trimethoprim/sulfamethoxazole and oxacillin, and 53,6% to vancomycin. The oxacillin MIC values of L. plantarum were ≤0,012-32 µg/ml, tetracycline MIC values were ≤0,012-32 µg/ml, vancomycin MIC values were 0,25-≥256 µg/ml, and the oxacillin MIC values of L.curvatus were ≤0,012-1 µg/ml, tetracycline MIC values were ≤0,012-0.5 µg/ml, and vancomycin MIC values were found as 0,25-1 µg/ml. mecA, tetM ve vanA genes could not be detected in all isolates with PCR analysis.

In conclusion, the isolation of pathogenic bacteria in sausages is crucial in terms of microbiological quality. Along with these isolated pathogenic bacteria, the high antibiotic resistance levels of L. plantarum and L. curvatus isolates are also of great importance as regards the public health. It is essential for sanitation that necessary measures be taken as well as advanced molecular studies conducted into the issue. 
 
Keywords: Antibiotic Resistance; Lactobacillus; Pathogen; PCR; Sucuk.