Malatya ili kavun ekiliş alanlarında görülen bazı önemli virüs hastalıklarının moleküler yöntemlerle araştırılması ve karekterizasyonu
Molecular investigation and characterization of some important virus diseases in melon cultivation areas in Malatya province
Yazar: FATİH ÖRS
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ HATİCE DİĞDEM OKSAL
İnönü Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Malatya ili kavun yetiştiricilik alanlarında görülen virüs hastalıkları ve yaygınlık oranları moleküler yöntemler ile araştırılmıştır. Bu amaçla Malatya ili önemli kavun üretim alanları olan Arapkir ve Arguvan'dan tesadüfi örnekleme yöntemine göre kavun numuneleri toplanmış, Battalgazi ilçesinden ise az sayıda Cucurbit türünden örneklemeler yapılmıştır. Toplanan örneklerde Hıyar mozaik (Cucumber mosaic cucumovirus, CMV), Kabak sarı mozaik (Zucchini yellow mosaic potyvirus, ZYMV), Karpuz mozaik (Watermelon mosaic potyvirus, WMV) ve Kabak mozaik (Squash mosaic comovirus, SqMV) virüslerinin varlığı ve yaygınlık oranları moleküler yöntemler ile araştırılmıştır. Yürütülen RT-PCR testleri sonucunda kavunlarda herhangi bir virüs infeksiyonuna rastlanmazken Battalgazi ilçesinden alınan hıyarda CMV, kabakta ZYMV ve karpuzda WMV virüsleri tespit edilmiştir. Moleküler olarak tespit edilen ZYMV ve WMV virüslerinin nükleotid dizilemesi yapılarak moleküler karakterizasyonları gerçekleştirilmiştir. ZYMV-Malatya izolatının kısmi kılıf protein geni dünyadaki diğer ZYMV izolatları ile %95-100 arasında benzerlik gösterirken tespit edilen gen dizisinde herhangi bir nükleotid mutasyonuna rastlanmamıştır. WMV-Malatya izolatının kısmi kılıf protein geni ise dünyadaki diğer WMV izolatları ile %94-99 arasında benzerlik göstermiş ve kılıf protein geni dizisisinde 1 nükleotid mutasyonu tespit edilmiştir.

Abstract:
The presence and prevalence of virus diseases in melon cultivation areas in Malatya was investigated by molecular methods. For this purpose, melon samples were collected from Arapkir and Arguvan, which are important melon production areas of Malatya province, and samples of Cucurbit species were collected from Battalgazi district. Presence and prevalance rates of Cucumber mosaic cucumovirus (CMV), Zucchini yellow mosaic potyvirus (ZYMV), Watermelon mosaic potyvirus (WMV) and Squash mosaic comovirus (SqMV) were investigated by molecular methods. Nucleotide sequence analysis of molecularly determined ZYMV and WMV viruses and their molecular characterization was performed. As a result of the conducted RT-PCR tests no virus infection was found in melons. However, in Battalgazi district, CMV was found in cucumber, ZYMV in pumpkin and WMV in watermelon. Molecularly determined ZYMV and WMV were sequenced and their molecular characterization was performed. The partial coat protein gene of the ZYMV-Malatya isolate was found similar with other world ZYMV isolates with 95-100%. No nucleotide mutations were found in determined gene sequence. The similarity of the partial coat protein gene of WMV-Malatya isolate with other WMV world isolates was 94-99% and 1 nucleotide mutation was detected in the coat protein gene sequence.