Akut gastroenteritli hastalarda rotavirus, adenovirus, norovirus tespiti ve rotavirüs genotip tayini
Detection of rotavirus, adenovirus, norovirus,and determination of rotavirus genotype in patients with acute gastroenteritis
Yazar: FATİME HABİBE CANERİĞİ
Danışman: DOÇ. DR. BİROL ŞAFAK
Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Adenovirüsler = Adenoviridae ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Gastrointestinal hastalıklar = Gastrointestinal diseases ; Genotip = Genotype ; Nörovirüs = Norovirus ; Rotavirüsler = Rotaviruses

Özet:
Akut enfeksiyöz gastroenterit, tüm dünyada görülen yaygın bir hastalıktır ve çoğu vakaya viral patojenler neden olur. Rotavirus (RV), Norovirus, Adenovirus (AdV) ve Astrovirusler dahil olmak üzere birçok farklı virus, çoğu akut viral gastroenterit vakasından sorumludur. Centers for Disease Control (CDC) göre, viral gastroenterit enfeksiyonları dünya çapında her yıl 200.000'den fazla çocuk ölümüne neden olmaktadır. Bunlardan RV, aşıyla önlenebilir bir hastalıktır. Ancak aşıların kapsamlarında farklılıklar bulunduğundan, bölgelere göre yerleşik genotipler için uygun aşı seçimi önemlidir. Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda RV, AdV ve Norovirus infeksiyonlarının tespiti ve RV genotip tayini yapmak amacıyla hastanemiz çocuk hastalıklarına ait birimlere başvuran çocuklara ait toplam 341 dışkı örneği çalışmaya dahil edildi. ELISA veya immunokromotografik yöntemlerle dışkıda antijen tespiti yapıldı. RV pozitif örneklerden ise genotip tayini yapıldı. Dışkı örneklerinde RV pozitifliği %23.1, Norovirus %7.3, AdV pozitifliği ise %12.9 olarak tespit edildi. Ülkemiz verileriyle karşılaştırıldığında RV görülme oranı ülkemizden bildirilen çalışmalara benzer, AdV görülme oranı daha yüksek ve NoV görülme oranı ise daha düşük bulunmuştur. RV genotip analizinde ise en sık görülen G tipi G2 (%52.5) olarak bulunmuştur. Bunun dışında G1, G9, G3, G4 genotipleri tespit edilmiştir. En sık görülen P tipi ise P4 (%83) olarak bulunmuştur. Ayrıca P9 ve P10 genotipleri tespit edilmiştir. G ve P genotipinin birlikte tespit edildiği numunelerin dağılımına bakıldığında; en sık olarak G1P [4], G2P [9], G9P [4] genotipleri görülmüştür. RV aşılarından Rota Teq®, ülkemiz ve bölgemizde görülen genotipleri en geniş olarak kapsayan aşı olarak görülmektedir. Bölgemizde rastlanan RV genotiplerini %87.5 oranında kapsamaktadır. Genotiplerin ülke ve bölgelere göre değişkenlik göstermesi nedeniyle RV hastalığının mevcut yükünü artırma potansiyeline sahip suşların ortaya çıkışı sürekli olarak izlenmelidir.

Abstract:
Acute infectious gastroenteritis is a common disease worldwide and most cases are caused by viral pathogens. Many different viruses are responsible for most cases of acute viral gastroenteritis, including Rotavirus (RV), Norovirus, Adenovirus (AdV), and Astroviruses. According to the Centers for Disease Control (CDC), viral gastroenteritis infections cause more than 200,000 child deaths worldwide each year. of these, RV is a vaccine-preventable disease. However, since there are differences in the scope of the vaccines, it is important to select the appropriate vaccine for the established genotypes according to the regions. A total of 341 stool samples from children who applied to the pediatric units of our hospital in order to detect RV, AdV and Norovirus infections in children with acute gastroenteritis in our region and to determine the RV genotype were included in the study. Antigen detection was performed in stool by ELISA or immunochromatographic methods. Genotype determination was made from RV positive samples. In stool samples, RV positivity was 23.1%, Norovirus 7.3%, and AdV positivity was 12.9%. When compared with the data of our country, the incidence of RV was similar to the studies reported from our country, the incidence of AdV was higher and the rate of NoV incidence was lower. In the RV genotype analysis, the most common G type was found to be G2 (52.5%). Apart from this, G1, G9, G3, G4 genotypes were determined. The most common P type was found to be P4 (83%). In addition, P9 and P10 genotypes were determined. Considering the distribution of the samples in which the G and P genotypes were determined together; the most common genotypes were G1P [4], G2P [9], G9P [4]. Among the RV vaccines, Rota Teq® is seen as the vaccine that covers the most genotypes seen in our country and region. It covers 87.5% of the Rotavirus genotypes found in our region. Because genotypes vary by country and region, emergence of strains with the potential to increase the current burden of RV disease should be continuously monitored.