Meme kanserli hastalarda ARSA, CXCR4, HGS, HPRT1, HDAC1, HTT, SNCA, SQSTM1 VE INS genlerinin ifadelerinin araştırılması
Research of ARSA, CXCR4, HGS, HPRT1, HDAC1, HTT, SNCA, SQSTM1 and INS genes expressions in patients with breast
Yazar: HASAN ERKURT
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ERSİN BORAZAN
Gaziantep Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Genel Cerrahi = General Surgery ; Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Hipoksantinler = Hypoxantines ; Histon deasetilaz = Histone deacetylases ; Kemokinler = Chemokines ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Otofaji = Autophagy

Özet:
Otofajinin bozulmasının kanser hastalıkları başta olmak üzere birçok patolojiye sebep olabileceği ileri sürülmektedir. Bu araştırmada meme kanser hücrelerinde otofajik gen ailesinin ifade düzeylerinin incelenmesi amaçlandı. Böylece meme kanserinin dokularda henüz klinik değişiklikler oluşmadan gen analizleri ile erken teşhisi ve yakın gelecekte kanser için gen tedavisinin moleküler temellerinin daha fazla aydınlatılmasına destek olunması hedeflendi.
Meme kanserli 71 hastanın ameliyat sırasında tümörlü ve sağlam meme dokularından örnekler alındı. Dokular Tıbbi Biyoloji ve Genetik labaratuarında taze doku örneklerinden "Qiagen " RNA izolasyon kiti kullanılarak RNA elde edildi. Nano teknoloji temelli yüksek kapasiteli Real Time Polymerase Chain Reaction(PCR) ile gen ekspresyon çalışması BioMark™ HD System ile yapıldı. ARSA, CXCR4, HGS, HPRT1, HDAC1, HTT, SNCA, SQSTM1 ve INS otofajik genlerinin expresyon düzeyleri ölçüldü. Otofaji gen ekspresyonu analizi için oluşturdukları pikler, Ct değerleri ve kopya sayıları ayrı ayrı analiz edilerek 2–ΔCt metodu kullanılarak istatistiksel analiz yapıldı.
Çalışmaya 71 kadın hasta dahil edildi. Yaş ortalaması 47,6 idi. Hastaların 62(%87, 3)'sinin patolojisi invaziv duktal karsinom olarak tespit edildi. Tüm evrelerden hastalar mevcuttu.
Tümör dokusunda CXCR4, HPRT1, HDAC1 gen ekspresyonlarında anlamlı artış, ARSA, HGS, HTT, SNCA, SQSTM1, INS gen ekspresyonlarında azalma saptandı.
Otofajinin kanser gelişiminde ve ilerlemesinde apopitosiz gibi rol oynadığı aşikardır.Bu önemli yolağın sonraki çalışmalarda araştırılmaya devam edilmesi kanserin erken tanı ve tedavisine katkı sağlayabileceği fikrini akla getirmektedir.

Anahtar kelimeler: Chemokine Receptor Type 4, Histone Deacetylase 1, Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase 1, Gen Ekspresyonu, Meme Kanseri, Otofaji

Abstract:
A disorder in autophagy can cause very pathologies, especially cancers. In this study we wanted to search the expression rates of autophagic gene family in cancer cells. Our purpose is to detect cancer before clinic changes with gene analysis to be able to make early diagnosis and to help molecular bases of gene treatments for cancer in future.
We collected normal and cancer tissues of 71 patients in operations. From fresh tissues samples, we derivated RNA with "Qiogen" kits in Medical Biyology and Genetic laboratories. With Real Time Polymerase Chain Reaction (PCR) which have high capacity of nano tecnology, research of gene expression was done with BioMark™ HD System. Expression levels of ARSA, CXCR4, HGS, HPRT1, HDAC1, HTT, SNCA, SQSTM1 and INS autophagic genes were measured. We analysed Copy counts, Ct values and peaks off gene expressions individually, with 2–ΔCt method and statistical analysis were done.
71 female patients were included. The main age was 47,6. Pathologic diagnosis was invasive ductal carcinoma for 62(%87,3) patients. All stages existed in study. There was an increase of expression in tumor tissue for CXCR4, HPRT1, HDAC1 genes and a significantly decrease for ARSA, HGS, HTT, SNCA, SQSTM1, INS genes.
It is clear that autophagy has a role in cancer development and progression as well as apoptosıs. We think that more researches about this mechanism can help for early diagnosis and treathment of cancer.

Key Words: Chemokine Receptor Type 4, Histone Deacetylase 1, Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase 1, Geneexpression, Breast Cancer, Autophagy