Prematür overyan yetmezlikli (POY) bireylerde FMR1 geni CAG tekrar dizi analizi, kromozomal mikroarray ve multigenetik panel analizi verilerinin değerlendirilmesi ile genetik etiyolojinin retrospektif olarak araştırılması
Retrospective investigation of genetic etiology by evalution of FMR1 gene CAG repeat sequence analysis chromosomal microarray and multigenetic panel analysis data individuals with premature ovarian insuffiency (POY)
Yazar: ASMAR NAGHIYEVA
Danışman: PROF. DR. NURAY BOZKURT
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Kadın Hastalıkları ve Doğum = Obstetrics and Gynecology
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Etyoloji = Etiology ; Genler = Genes ; Karyotip = Karyotype ; Mikrodizin = Microarray ; Mutasyon = Mutation ; Over yetmezliği-prematür = Ovarian failure-premature ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies

Özet:
Prematür Overyan Yetmezlikli (POY) Bireylerde FMR1 Geni CAG Tekrar Dizi Analizi, Kromozomal Mikroarray ve Multigenik Panel Analizi Verilerinin Değerlendirilmesi ile Genetik Etiyolojinin Retrospektif Olarak Araştırılması Çalışmamızın amacı  Mikroarray, FMR1 gen premutasyonu saptanmayan Prematür  Overyan Yetmezlikli (POY) Bireylerde Multigenetik Panel Araştırılarak mevcut genetik  mutasyonları ortaya koymayı, tedavi  metodunu belirlenmesini ve hastaların  bilgilendirilmesini amaçlıyor. Prematür Overyan Yetmezlikli (POY) Bireylerde multigenetik panel araştırılarak  MikroARRAY, FMR1 geni dışındakı mutasyonları belirleyip istatiksel veriler elde ederek, literature katkıda bulunmaktır. Retrospektif planlanan bu çalışmaya Ocak 2019  ve Ekim 2020 tarihleri arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın  hastalıkları ve doğum polikliniğine başvurup  Prematüre  Overyan Yetmezlik tanısı alan, Tıbbi Genetik Anabilim dalına refere edilmiş olup ,  FMR1mutasyon analizi, kromozomal mikroarray (KMA) ve yeni nesil dizileme ile panel analizi yapılmış  Prematür Overyan Yetmezlikli (POY) 19 hastanın verilerinin incelenmesi planlanmıştır.
Hastaların yaşları, sigara, alkol kullanımları, menarş yaşı, HRT alıp almadıkları, ek hastalıkları, obstetrik öyküleri, dosya bilgilerinden taranmıştır. POF açısından  soygeçmişleri- anne, anneanne, teyze, kız kardeş menopoz yaşları, ailede MR'li birey öyküsü  kaydedilmiştir.
Hastaların laboratuar sonuçları dosya bilgilerinden kaydedilmiştir. FSH, LH, Estradiol, Prolaktin, TSH, fT3, fT4, Anti-TPO, Anti-TG, TRAB, Kortizol, ANA, İnsülin, Açlık Glikoz  değeri, LDL, HDL, Trigliserit, Total Kolesterol, Anti Müllerian Hormon değerleri, DEXA  ölçümleri ve mamografi sonuçları dosya bilgilerinden kaydedilmiştir. Karyotip, FMR1, ARRAY CGH ve NGS sonuçları dosya bilgilerinden kaydedilmiştir. 
Çalışmamıza klinik ve genetik değerlendirmeleri yapılan, yaş ortalaması 32,20±7,02 olan, primer amenoresi bulunan 2 olgu ve sekonder amenoresi bulunan 18 olgu toplam 20 POY olgusu dâhil edilmiştir. Hastalardan 1 tanesinde mos 45X(37)/46XY(38) saptanmıştır. Klinik  genetik değerlendirme sonrası sendromik olmayan ve normal kromozom dizilimine sahip olan  19 olguda, FMR 1 premutasyon değerlendirmesi için FMR1 geni fragman analizi  gerçekleştirilmiştir. 1 olguda CGG tekrar sayısı intermediate aralığında bulunmuştur.
Çalışmamızın  olgu örneklerinde aCGH analizleri yapılmış, son aşamasında multigenetik  panel analizi kullanılmıştır. Güncel veritabanları değerlendirmesine tabi tutulan verilerin analizi sonucunda her olguda en az bir olmak üzere toplam 6 vakada klinikle uyumlu olabilecek genetik varyant saptandı. Değerlendirilen 6 olguda klinik olarak anlamlı olabilecek genetik varyant saptanmadı. POY patogenezinde primer olarak bildirilen 2 olguda kanser yatkınlığına neden olan genler tespit edilmiştir. Sonuç olarak, moleküler etiyolojik tetikleyicilerin önemli ölçüde heterojenlik  gösterdiği Prematür overyan yetmezlikte doğru ve etkin tanı için NGS yönteminin sağladığı  faydanın yanı sıra, elde edilen verilerin Tıbbi Genetik alanında tanı amaçlı kullanılan ileri test ve yöntemlerle korele edilmesi ve seçilmiş olgularda hasta ve varyantların takibi ve belirli aralıklarla tekrardan değerlendirilmesi, bu doğrultuda genetic danışma planlanmasının yararlı olacağı önerilmiştir. Bütün bunların sonucunda POY'un  etyopatogenezinde rol oynayabileceği bildirilen aday genler çalışmamızda ortaya konmuş,  bunların yanı sıra ileri analizlerin yapılması gereken yeni genler de literatüre kazandırılmıştır. 
Anahtar Kelimeler: POY, FMR1 premutasyonu,  Mikroarray,  Karyotip analizi,  Yeni nesil dizileme

Abstract:
Retrospective Investigation of Genetic Etiology by Evaluation of FMR1 Gene CAG Repeat Sequence Analysis, Chromosomal Microarray and Multigenic Panel Analysis Data in Individuals with Premature Ovarian Insufficiency (POY)
The aim of our study is to investigate the Multigenetic Panel in Individuals with Premature Ovarian Insufficiency (POY) without Microarray, FMR1 gene premutation, to reveal the existing genetic mutations, to determine the treatment method and to inform the patients.
To contribute to the literature by investigating the multigenetic panel in individuals with premature ovarian failure (POY), determining the mutations other than the MicroARRAY, FMR1 gene and obtaining statistical data.
In this retrospective study  is planned to analyze the data of 19 patients with Premature Ovarian Failure (POY) who were referred to the Department of Medical Genetics, diagnosed with Premature Ovarian Failure, and panel analysis was performed with FMR1 mutation analysis, chromosomal microarray (CMA) and next generation sequencing at Gazi University Faculty of Medicine, Gynecology and  Obstetrics Clinic between January 2019 and October 2020. 
Patients' age, smoking, alcohol use, age at menarche,  whether they took HRT, additional diseases, obstetric histories, file information were scanned.  Family histories in terms of POF. The menopause ages of the mother, grandmother, aunt, sister, and the history of an individual with MR in the family were recorded. The laboratory results of the patients were recorded from the file information. FSH, LH,  Estradiol, Prolactin, TSH, fT3, fT4, Anti-TPO, Anti-TG, TRAB, Cortisol, ANA, Insulin,  Fasting Glucose value, LDL, HDL, Triglyceride, Total Cholesterol, Anti Müllerian Hormone  values, DEXA measurements and mammography results were recorded from the file  information. Karyotype ,FMR1, ARRAY CGH and NGS results are recorded from the file  information. 
A total of 20 POI cases, whose clinical and genetic evaluations were made, mean age 32.20±7.02, 2 cases with primary amenorrhea and 18 cases with secondary amenorrhea were included in our study. In one of the patients, mos 45X(37)/46XY(38) was detected.
FMR1 gene fragment analysis was performed for the evaluation of FMR 1 premutation in 19 cases with non-syndromic and normal chromosome sequences after clinical genetic evaluation.
In 1 case, the number of CGG repeats was found to be in the intermediate range.
In the case samples of our study, aCGH analyzes were performed, and in the final stage, multigenetic panel analysis was used.
As a result of the analysis of the data subject to the evaluation of current databases, at least one in each case, a total of 6 cases, genetic variants that may be compatible with the clinic were detected.
No clinically significant genetic variant was detected in 6 evaluated cases.
Genes causing cancer susceptibility were detected in 2 cases reported as primary in the pathogenesis of POI.
As a result, in addition to the benefit of NGS method for accurate and effective diagnosis in premature ovarian failure, where molecular etiological triggers are significantly heterogeneous, it has been suggested that the obtained data should be correlated with advanced tests and methods used for diagnostic purposes in the field of Medical Genetics, and the follow-up of patients and variants in selected cases and their re-evaluation at regular intervals, and in this direction, it would be beneficial to plan genetic counseling.
As a result of all these, candidate genes that have been reported to play a role in the etiopathogenesis of POI have been revealed in our study, as well as new genes that require further analysis have been brought to the literature.
Keywords: POY, FMR1 premutation, Microarray, Karyotype analysis, New generation sequencing