Meme kanserli hastalarda LOT1 geninin araştırılması
Investigation of LOT1 gene in breast cancer
Yazar: SEDA EKİZOĞLU
Danışman: PROF. DR. TURGUT ULUTİN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Genler = Genes ; Genler-LOT1 = Genes-LOT1 ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Meme kanseri kadınlar arasında görülen en yaygın kanser tipidir ve kansere bağlı ölümlerde, akciğer kanserinden sonra ikinci sırada yer almaktadır. Meme kanser gelişiminde rol oynayan genlerden bir tanesi LOT1 (lost-on-transformation-1) genidir.LOT1 geni insan genomunda kromozom 6q24-25 üzerinde yer alan yaklaşık 70 kb'lık alana yayılmış bir gendir. İnsan LOT1 geni, amino ucunda 7 tane C2H2 tipi çinko parmak motifi, karboksil ucunda ise prolin ve glutaminden zengin alanlar bulunan 463 amino asitlik bir protein kodlar. LOT1 proteininin işlevsel analizi, bu proteinin mitojenik sinyal yolağı üzerinden çoğalmayı baskılayan çekirdeğe ait bir yazılım etmeni olarak görev yaptığını göstermiştir.LOT1 geninin dizi analizi sonucunda birinci eksonda ve promotör bölgede CpG açısından zengin adacıkların var olduğu bulunmuştur. CpG açısından zengin adacıkların olması DNA metillenmesinin LOT1 gen ifadesini sessizleştirmekte yer alabilecek bir mekanizma olduğunu düşündürmüştür.Yaptığımız çalışmada meme kanseri tanısı almış 48 hastadan elde edilen tümör dokusu ve kontrol olarak aynı hastaların normal meme dokusunda LOT1 geninin promotör bölgesindeki metillenme oranı Sodyum Bisülfit Modifikasyonu ve Metillenmeye Özgü Polimeraz Zincir Tepkimesi ile incelendi.Çalışmanın sonucunda 48 tümör dokusundan 32'sinde (%66,6) metillenmenin normal dokuya kıyasla artmış olduğu, 16'sında (%33,4) ise metillenmenin değişmediği tespit edildi. Metillenmedeki artışın özellikle ileri evre meme kanserinde daha belirgin olduğu saptandı. Sonuç olarak meme kanserinde LOT1 geninin sessizleşmesinin promotör bölgesinin aşırı metillenmesi nedeniyle olabileceği gösterildi.

Abstract:
Breast cancer is the most common cancer among women. LOT1 (lost-on-transformation-1) gene is one of the genes that takes place in breast cancer development.LOT1 gene is localized at chromosome 6q24-25 and spans at least 70 kb. Human LOT1 encodes a 463 amino acid protein which contains 7 C2H2 type zinc-finger motifs at the amino terminal, as well as proline and glutamine rich areas at the carboxyl terminal. Functional analysis of LOT1 demonstrated that it may play a significant role as transcription factor modulating growth suppression through mitogenic signaling pathways.Genomic analysis of LOT1 gene revealed the presence of a CpG island in exon 1 that extends into the promoter region of the gene. This observation suggested that genomic DNA methylation is a mechanism of silencing the LOT1 gene expression.In this study, we analyzed the methylation profile of the promoter of LOT1 gene in 48 breast cancer tumor tissue samples and their normal tissues by Sodium Bisulphite Modification and Methylation Specific PCR.We found that the methylation of 32 of 48 tumor tissues have increased according to normal tissue samples and 16 of the tumor tissues have remained unmethylated. There was a significant methylation increase in advanced cases. As a result we showed that hypermethylation of promoter region of LOT1 gene causes LOT1 gene silencing in breast cancer.