Düzce ili içme ve kullanma sularında atipik mikobakterilerin izolasyon ve tanımlanması
Identification and isolation of atypical mycobacteria from drinking and using water in Düzce
Yazar: DURSUN ATİK
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ ÖKSÜZ
Düzce Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Atipik bakteri formları = Atypical bacterial forms ; Düzce = Düzce ; Kullanma suyu = Potable water ; Mycobacterium = Mycobacterium ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Su = Water ; İçme suyu = Drinking water

Özet:
Mycobacterium tuberculosis kompleksi  dışında kalan tüm mikobakteriler tüberküloz  dışı mikobakteriler diye bilinir. NTM'ler çevrede yaygın olarak bulunmakta olup insan enfeksiyonlarının çoğunda bulaş kaynağının su olduğu kabul edilmektedir. Bu çalışmada Düzce bölgesinde içme kullanma sularında NTM varlığı araştırılmıştır. Bu   amaçla Düzce bölgesinde çeşitli şebeke suyu, depo suyu, kaynak suyu ve çeşme suyu kaynaklarından 120 farklı su örneği alınmıştır. Örnekler steril 1(bir) litrelik kaplara, aynı kaynaktan iki steril kap olacak şekilde alınmış ve alınırken su sıcaklıkları ölçülerek kaydedildi. Bu şekilde laboratuvara ulaştırılan numunelerinin klor ve pH'larının ölçüldü. Daha sonra örneklere önce bir düzenek vasıtasıyla filtrasyon, ardından dekontaminasyon işlemi uygulanmıştır, sonra düzenekte kullanılan filtreler steril bir öze ve steril bir pens yardımı ile alınarak LJ, Middlebrook 7H11  ve MGİT besiyerlerine yerleştirilerek ekim işlemi tamamlandı. Besiyerlerinde üreme varlığı 5-7 gün aralıkla takip edildi. Örnekler, LJ ve Middlebrook 7H11  agar besiyerilerinde sekiz hafta sonuna kadar, MGIT besiyeri ise altı hafta boyunca izlendi. Bu sürenin sonunda  üreme sinyali vermeyen MGIT besiyerleri değerlendirmeye alınmadı. Üreme sinyali veren MGIT besiyerinden yada koloni oluşumu gözlenen LJ ve Middlebrook 7H11 besiyerlerinden alınan mikroorganizmalar aside dirençli boyama (ARB) yöntemi  ile asido-rezistans bakteriler varlığı açısından incelendi. Asido rezistans boyanma özelliği göstermeyen numuneler kontaminant olarak değerlendirildi. Aside dirençli olarak izole edilen mikroorganizmlara  GenoType Mycobacteria CM ve GenoType Mycobacteria AS kitleri kullanılarak  moleküler  yöntemlerle identifikasyonu yapılmıştır. İdentifikasyonu yapılan örneklerin dokuz tanesi M.fortuitum, üç tanesi M.gordonae, üç tanesi M.szulgai, iki tanesi M.lentiflavum, iki tanesi M.chelonae, bir tanesi ise M.pregrinum olarak tanımlanmıştır.
Sonuç olarak NTM'lerin kaynaklarına yönelik epidemiyolojik çalışmaların sınırlı olduğu ülkemizde, araştırmamızın hem bölgemiz hem de ülkemiz için önemli olduğunu düşünmekteyiz. Ayrıca araştırmamızda ülkemizde daha önce benzer çalışmalarda hiç bildirilmeyen NTM kökenlerinden M. szulgai'nin saptanması bu tür çalışmaların yapılmasının ve sayıca da arttırlmasının gerekliliğini ortaya koymakytadır.

Anahtar kelimeler: Non tüberküloz mikobakteri (NTM) , Polimeraz zincir reaksiyou (PZR), Su

Abstract:
All mycobacteria other than Mycobacterium tuberculosis complex are known as non-tuberculous mycobacteria. NTMs are commonly found or can be found in water in the majority of human infections. In this study, the presence of NTM was investigated in the waters where drinking was conducted in the flat zone. For this purpose, 120 different water samples were taken in various municipal water, storage water, spring water and tap water sources in Düzce. Samples were stored in sterile 1 (one) liter containers, measuring the same leakage. They can reach the laboratory in this way, measuring the chlorine and pH of the samples. Later, the decontamination procedure was once again applied to the specimens, and in the apparatus, the seeds were placed in LJ, Middlebrook 7H11 and MGIT mediums with the aid of a sterile device and a sterile syringe. The medium was filled in 5-7 days intervals. The samples were monitored for up to eight weeks in LJ and Middlebrook 7H11 agar media and six weeks in MGIT medium. MGIT mediums that did not produce a reproductive signal at the end of this study were not evaluated. The microorganisms from LJ and Middlebrook 7H11 medium, which show colony formation from the hope signaling MGIT medium, or aside resistance bacteria (ARB) method aside from the presence of microorganisms. Samples without aside resistance staining were evaluated as contaminants. The microorganisms isolated from the genus Escherichia coli are genotypically characterized by molecular methods such as GenoType Mycobacteria CM and GenoType Mycobacteria AS. Nine of the samples were identified as M. fortuitum, three as M. gordonae, three as M. szulgai, two as M. lentiflavum, two as M. chelonae and one as M. pregrinum. 
As a result, epidemiological studies on the sources of NTM In our country, where we are limited, we are thinking of things that are important for our country as well as our region. The discovery of M. Szulgai from the NTM origins reveals the necessity of carrying out such studies and of multiplying them.
Key words:Non-tuberculous mycobacteria (NTM), Polimerize chaing reaktion (PCR), Water