Mikrosatellitler kullanılarak Sakız, İmroz, Kıvırcık ve İvesi koyun ırklarının genetik farklıklarının saptanması.
Determination of Genetic Diversity for Chios, İmrose, Kivircik and Awassi Sheep Breed Using Microsatellites
Yazar: NECLA FULYA MEYDAN
Danışman: PROF. DR. AHMET MENGİ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2008
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: DNA parmak izi = DNA fingerprinting

Özet:
Bu çalışmada, Türkiye'deki Sakız, İmroz, Kıvırcık, İvesi koyun ırklarındaki genetik farklılık araştırılmıştır. Tüm hayvanların genotiplendirilmesi FAO tarafından önerilen 7 mikrosatellit markır kullanılarak yapılmıştır. Kan örnekleri 180 hayvandan toplanmıştır. Genomik DNA izolasyonu, Amonyum asetat ile çöktürme yöntemi (Salting out prosedür) kullanılarak yapılmıştır. 7 DNA loci PCR ile amplifiye edilmiştir. Amplifikasyon ürünleri önce Ethidium Bromide ile boyanarak %2'lik agaroz jel elektroforezinde yürütülmüşlerdir. Daha sonra poliakrilamid jel elektroforezinde yürütülmüşler ve gümüş boyama ile görünür hale getirilmişlerdir. Bütün lokuslar için gözlenen heterozigotluk, ırklar arası genetik uzaklık ve soyağacı tüm ırklarda belirlenmiştir. En yüksek heterozigotluk derecesi Kvırcık ırkında OarFCB128 mikrosatellitinde 1.000 olarak bulunmuştur. En düşük değerler ise İmroz ırkı için OarHH41 ve OarHH35 mikrosatellitinde 0.200 olarak bulunmuştur.Sakız ırkı için de en düşük değer 0.200 olarak, OarHH47 mikrosatellitinde ve İvesi ırkı içinde 0.200 olarak OarHH64 mikrosatellitinde görülmüştür. En yüksek genetik uzaklık değeri Sakız ve İvesi ırkı arasında (0.673) görülürken, en düşük genetik uzaklık değeri Kıvırcık ile Sakız ırkı arasında (0.028) görülmüştür. En yüksek heterozigotluk derecesi 1,000 olarak Kıvırcık ırkında ve OarFCB128 mikrosatellitinde gözlenmiştir. OarHH64 mikrosatellitinde en yüksek heterozigotluk derecesi (0,700) Sakız ırkında gözlenmiştir. En düşük heterozigotluk değeri OarHH35 ve OarHH41 lokuslarında 0,200 olarak görülmüştür. OarAE129 ve OarFCB48 lokusları Sakız ırkında polimorfisim göstermemiştir. OarHH47 lokusu İvesi ırkında polimorfisim göstermemiştir.Anahtar Kelimeler: Mikrosatellit, genetik farklılık, DNA, genetik uzaklık, koyun ırklarıBu çalışma İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri tarafından desteklenmiştir. Proje No: T-680/30062005

Abstract:
In this study, we investigated the genetic diversity of Sakız, Kıvırcık, İmroz, İvesi sheep breeds in Turkey. All animals were genotyped with seven microsatellite markers purposed by FAO (Food and Agricultural Organization United Nations). We collected blood samples from 180 animals. Genomic DNA was isolated from blood samples following salting out procedure. Seven DNA loci were amplified by polymerase chain reaction (PCR). The amplification products were seperated using denaturated polyacrylamide gel electrophoresis and visualized by silver staning. For each breed, heterozygosity values, genetic distance and phylogenetic trees were estimated for all loci. The highest genetic distance value was 0.673 between Chios and Awassi. The lowest value was 0,028 between Kivircik and Chios. In seven microsatellites loci the highest heterozygosity value was 1.000 in OarFCB128 locus for Kivircik and OarHH64 locus had observed high heterozygosity (0,700) for Chios. The lowest value was 0.200 in OarHH41 and OarHH35 locus for İmrose. OarAE129 and OarFCB48 had no polymorphism for Chios, OarHH47 had no polymorphism for Awassi sheep breed.Key Words: Microsatellites, genetic diversity, DNA, genetic distance, sheep breedsThe present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. T-680/30062005