Buğday sarı pas (Puccinia striiformis f. sp. tritici) efektör  adaylarına ait RNAi parçalarının BSMV vektörüne klonlanması
Cloning of RNAi fragments of wheat yellow rust (Puccinia striiformis f. sp. tritici) effector candidates into BSMV vector
Yazar: ALPEREN DİLEKLİ
Danışman: PROF. DR. SEMRA HASANÇEBİ
Trakya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics

Özet:
Mantar hastalıkları, tarımsal üretimde büyük ölçekli verim kayıplarının ana etmenlerinden biridir. Bu patojenler için mantar ilaçlarının kullanımı pratik bir çözüm olsa da daha verimli, etkili ve çevre problemlerine duyarlı yaklaşımlara gereksinim duyulmaktadır. Bu nedenle bitki ve patojen arasındaki etkileşimleri anlamak, etkili bir mücadele yöntemi geliştirmek için patojenin virülensliğinden sorumlu molekül ve genleri tespit etmek büyük bir önem taşımaktadır. Bu yaklaşımla, son yıllarda bitki patolojisi alanındaki araştırmalar, patojenlerin virülesliğinden sorumlu olan efektör protein ve genlerine yönelmiştir. Özellikle omik teknolojileri ile çok sayıda efektör aday geni tespit edilmekte ancak doğrulamak için gerekli olan fonksiyonel analizleri aynı hızı gösterememektedir. RNAi yöntemi ile gen susturma, aday genlerin fonksiyonel analizi için oldukça etkili ve hızlı bir yöntemdir. 
Dünyanın temel gıdası olan buğdayda sarı pas hastalığına neden olan Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst) patojeni, ülkemizde de yaygın ve etkili bir patojendir. Bu tez çalışmasında, 2013 yılında tamamlanan TÜBİTAK COST projesi kapsamında (109T293) tespit edilen efektör adaylarından PGTG_07231T0, PGTG_11681T0 ve CBH50687.1 genlerinin fonksiyonel analizi için ilk adımın tamamlanması hedeflenmiştir. Fungal fitopatojen genlerinin fonksiyonel analizinde, Konak Aracılığıyla Gen Susturulması (HIGS) metodu oldukça etkin biçimde kullanılmaktadır. Bu nedenle tez çalışması kapsamında, PGTG_07231T0, PGTG_11681T0 ve CBH50687.1 efektör aday genlerine özgün DNA fragmentlerinin, buğdayda RNAi için etkin kullanılan Arpa Çizgili Mozaik Virüs (BSMV) vektörüne klonlanması hedeflenmiş ve rekombinant HIGS vektörleri hazırlanmıştır. Böylece daha sonra yapılacak adımlarla efektör aday genleri etkin biçimde susturulup gerçek efektörler olup olmadığı, hücre içi konumu, etkileşime geçtiği konukçul faktörleri belirleyebilmek mümkün olacaktır.

Abstract:
Fungal diseases are one of the main factors of large-scale yield losses in agricultural production. Although the use of fungicides for these pathogens is a practical solution, more efficient, effective and environmentally sensitive approaches are needed. For this reason, understanding the interactions between the plant and the pathogen and identify the molecules and genes responsible for the virulence of the pathogen in order to develop an effective control method is of great importance. With this approach, research in the field of plant pathology in recent years has focused on effector proteins and genes responsible for the virulence of pathogens. Especially with omics technologies, in large quantities of effector candidate genes are detected, but the functional analyzes required for validation cannot show the same progress. Gene silencing by RNAi method is a highly effective and rapid method for functional analysis of candidate genes. 
The pathogen Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), which causes yellow rust disease in wheat, which is the main food of the world, is a common and effective pathogen in our country too. In this thesis, it is aimed to complete the first step for the functional analysis of the PGTG_07231T0, PGTG_11681T0 and CBH50687.1 genes, three of the effector candidates identified within the scope of the TÜBİTAK COST project (109T293), which was completed in 2013. Host Induced Gene Silencing (HIGS) method is used quite effectively to gene silencing for functional analysis of the fungal phytopathogen genes. Therefore in the thesis, it is aimed to clone PGTG_07231T0, PGTG_11681T0 and CBH50687.1 effector candidate genes belonging to P. striiformis f. sp. tritici pathogen, to Barley Stripe Mosaic Virus (BSMV) vector which is effectively used for RNAi in wheat. Thus, recombinant HIGS vectors prepared to determine whether the effector candidates are true effectors, their intracellular location, and the host factors with which they interact by future study.