Escherichia coli, Klebsiella ve Acinetobacter suşlarında plazmit veya kromozomal kaynaklı genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz varlığının araştırılması ve moleküler yönden incelenmesi
Molecular investigation of plasmid or chromosomal mediated extended spectrum beta-lactamases existance in Escherichia coli, Klebsiella and Acinetobacter strains
Yazar: ELİF BURCU BALİ
Danışman: PROF. DR. LEYLA AÇIK
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Akridinler = Acridines

Özet:
Bu çalışmada Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına başvuran hastalara ait çeşitli kültür örneklerinden izole edilen toplam 94 suş incelenmiştir. Suşların %53,2'si Escherichia coli, %20,2'si Acinetobacter baumanniii, %18,1'i Klebsiella pneumoniae, %4,3'ü Klebsiella oxytoca, %2,1'i Klebsiella terrigena, %2,1'i ise Klebsiella ornithinolytica olarak adlandırılmıştır. Suşlardaki genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) varlığı çift disk sinerji testi (ÇDST) ile tespit edilmiştir. ÇDST sonucunda suşların %69'unun GSBL enzimi ürettiği, %31'inin ise üretmediği saptanmıştır. Suşların plazmit DNA'ları izole edilmiştir. 71 izolatta plazmit DNA tespit edilmiş, 23 izolatta ise plazmit DNA'ya rastlanmamıştır. İzolatların 0,4 kb ile 19,3 kb arasında değişen büyüklüklerde 1?10 adet plazmit DNA taşıdıkları belirlenmiştir. Plazmit taşıyan GSBL pozitif 58 izolat akridin oranj (AO) çözeltisi (mg/ml) ile muamele edilmiş ve tekrar plazmit DNA izolasyonuna alınmıştır. AO uygulanan suşların %81'inde plazmit DNA bantlarının AO uygulanmayanlara göre daha ince olduğu görülmüştür. ÇDST sonucunda AO uygulanan izolatların %6,9'unda antibiyotik direncinin azaldığı saptanmıştır. Bu nedenle suşların %6,9'unda GSBL üretiminin plazmit kaynaklı olabileceği düşünülmüştür. Geriye kalan suşlarda (%93,1) GSBL yapımının plazmit kaynaklı olmadığı belirlenmiştir. Bu durumun AO'nun tüm suşların plazmitlerini gideremediğinden kaynaklandığı düşünülmektedir. İzolatların GSBL enzim tiplendirilmesi için TEM, SHV, CTX-M ve OXA primerleri tasarlanmış ve bu primerler kullanılarak Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile hedef diziler çoğaltılmıştır. PZR ürünlerinin dizi analizleri yapılarak DNA gen veritabanında BLAST yazılımı ile karşılaştırılmaları yapılmış ve buna göre suşların %50'sinde TEM, %14,87'sinde SHV, %11,7'sinde CTX-M tipi GSBL olduğu tespit edilmiştir. %23,43'ünde GSBL tiplerine rastlanmamıştır. PZR'de ÇDST'de tespit edilemeyen iki izolatın GSBL pozitif olduğu bulunmuştur.

Abstract:
In this study, total of 94 strains isolated from various culture samples which belong to patients applied to Microbiology Laboratory of Gazi University Medical Faculty Hospital were investigated. 53,2%, 20,2%, 18,1%, 4,3%, 2,1% and 2,1% of isolates were termed as Escherichia coli, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Klebsiella terrigena and Klebsiella ornithinolytica respectively. In strains existence of extended spectrum beta lactamase (ESBL) was determined by double disk sinergy test (DDST). In a result of DDST, it was detected that 69% of strains produced ESBL, 31% of strains didn?t produce ESBL. Plasmid DNAs of the isolates were isolated. 71 of the isolates contained from 1 to 10 plasmid DNA changing from 0,4 kb to 19,3 kb in size while 23 isolates had no plasmid DNA. ESBL positive 58 strains were treated with acridine orange (AO) solution and plasmid DNA reisolated. Plasmid DNA bands which 81% of strains treated with AO were thinner than plasmid DNA bands not threated with AO. In a result of DDST, antibiotics resistance of 6,9% of strains were more less than strains not treated with AO. So, it was thought that existence of ESBL was as a plasmid origin in 6,9% of strains. 93,1% of strains were thought to be as a chromosomal origin because of all plasmids weren?t cured with AO. TEM, SHV, CTX-M and OXA primers were designed for enzyme typing of isolates. Target sequence were amplified by polimerase chain reaction (PCR). PCR products were sequenced and they were compared with DNA gene bank sequences in BLAST software. According to this, 50%, 14,87% and 11,7% of strains were detected as TEM, SHV and CTX-M types ESBL respectively. There is no ESBL types in 23,43% of strains. In PCR two isolate which couldn?t detected in DDST were found ESBL positive.