İnflamatuar bağırsak hastalığı tedavisinde biyomolekül bazlı terapötik uygulamalar
Biomolecule-based therapeutic applications for the treatment of inflammatory bowel disease
Yazar: ELİF ECEM FINDIK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVİL ERDOĞAN ; PROF. DR. İLKER DIBIRDIK
Trakya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyomühendislik = Bioengineering ; Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Antiinflamatuar ajanlar = Anti inflammatory agents ; Kolon hastalıkları = Colonic diseases ; Nitrik oksit = Nitric oxide ; Tümör nekroz faktörleri = Tumor necrosis factors ; İlaç keşifleri = Drug discoveries ; İnflamasyon = Inflammation ; İnterleukin 6 = Interleukin 6

Özet:
Dünya çapında yüksek bir prevalansa sahip olan inflamatuar bağırsak hastalığına
(İBH) yol açan etmenlerin ve inflamasyon sürecinde rol oynayan aracı moleküllerin
çok çeşitli olması nedeniyle, bu hastalığın tedavisi için çok hedefli stratejilere ihtiyaç
vardır. İnflamatuar sitokinlerin sinyal iletiminde görev alarak inflamasyon sürecinde
etkin bir rol oynayan Janus Kinaz enzimlerinin hedeflenmesi bu hastalığın
tedavisinde uygulanacak stratejilerden biridir. Bu çalışmada hem kendi monomerik
yapılarının, hem de yapılarında bulundukları birçok oligosakkaritin anti-inflamatuar
özelliğe sahip olduğu bilinen glukozamin veya N-asetilglukozamin gibi sakkarit
üniteleriyle modifiye edilmiş doğal bir JAK inhibitöründen oluşan ve inflamatuar
bağırsak hastalığını tedavi etme hedefinde yeni bir bileşik sentezlenecektir. Fourier
Dönüşümlü Kızılötesi Spektroskopisi (FTIR), Proton Nükleer Manyetik Rezonans
Spektroskopisi ( 1 H-NMR), Kütle Spektroskopisi (MS), Elementel analiz ve İnce
tabaka kromatografisi analizleri ile sentezlenen bileşiğin yapısı aydınlatılacaktır.
Sentezlenen yeni bileşiğin kolon hücre canlılığı üzerine etkisi HT-29 kolon hücreleri
üzerinde MTT testi ile belirlenirken, anti-inflamatuar etkileri ise LPS ile uyarılmış HT-
29 hücrelerinde inflamatuar sitokinlerin seviyelerini ölçerek in vitro olarak
belirlenecektir. Ayrıca sentezlenen bileşiğin inflamasyon gelişiminde katkısı olan
oksidatif stresin giderilmesi üzerine etkisi, lipid peroksidasyonunun sekonder ürünü
olan malonil dialdehit (MDA) seviyeleri ölçülerek belirlenecektir. Tez konusunda
planlanan bu tez çalışmasında JAK/STAT yolağı üzerinden İBH tedavisi için bir aday
molekül geliştirilmesi hedeflenmiştir.

Abstract:
Due to the wide variety of factors that cause inflammatory bowel disease (IBD),
which has a high prevalence worldwide, and the mediator molecules involved in the
inflammation process, multiple targeted strategies are needed for the treatment of
this disease. Targeting Janus Kinase enzymes, which play an active role in the
inflammation process by taking part in signal transmission of inflammatory cytokines,
is one of the strategies to be applied in the treatment of this disease. In this study, a
new compound which consists of a natural JAK inhibitor modified with saccharide
units such as glucosamine or N-acetylglucosamine, which is known to have anti-
inflammatory properties of both its monomeric structures and the many
oligosaccharides in which they are present, will be synthesized with the goal of
treating inflammatory bowel disease. The structure of the new compound will be
identified with Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR), Proton Nuclear
Magnetic Resonance Spectroscopy (H-NMR), Mass Spectroscopy (MS), Elemental
Analysis and Thin layer chromatography. While the effect of the synthesized new
compound on colon cell viability is determined by MTT test on HT-29 colon cells, its
anti-inflammatory effects will be determined in vitro by measuring the levels of
inflammatory cytokines in LPS-stimulated HT-29 cells. In addition, the effect of the
synthesized compound on the removal of oxidative stress, which has an impact on
the development of inflammation, will be determined by measuring malonyl
dialdehyde (MDA) levels, a secondary product of lipid peroxidation. In this study
planned on the thesis subject, it is aimed to develop a candidate molecule for IBD
treatment through the JAK/STAT pathway.