Bazı yabani domates türlerinin önemli domates virüslerine dayanıklılıkla ilişkili moleküler markörler yardımıyla taranması
Screeening some wild tomato species for molecular markers associated with resistance to important tomato viruses
Yazar: DENİZ ERKAN
Danışman: PROF. DR. MEHTAP ŞAHİN ÇEVİK ; PROF. DR. BAYRAM ÇEVİK
Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Domates (Solanum lycopersicum) ekonomik açıdan önemli bir sebzedir ve yetiştiriciliğini olumsuz etkileyen faktörlerin başında virüsler gelmektedir. Virüsler ile etkin mücadele yöntemi dayanıklı çeşitlerin kullanılmasıdır. Virüslere dayanıklılık geliştirmek amacıyla dayanıklı genotiplerin kısa sürede belirlenmesinde markör yardımıyla seleksiyon (Marker Assisted Selection, MAS) tekniği etkin olarak kullanılmaktadır. Bu çalışma kapsamında seçilen bazı yabani domates türleri ve ticari çeşitlerinin domates üretimini etkileyen önemli virüslerden Domates lekeli solgunluk virüsü (tomato spotted wilt virüs, TSWV), Domates mozaik virüsü (tomato mosaic virus, ToMV), Domates sarı yaprak kıvırcıklığı virüsü (tomato yellow leaf curl virus, TYLCV) ve Domates torrada virüsü (tomato torrado virus, ToTV)'ne dayanıklılıkları MAS yöntemiyle araştırılmıştır. Bu amaçla öncelikle seçilen 10 farklı yabani domates türüne ait 48 yabani domates ve 25 ticari domates çeşidi tohumdan yetiştirilerek genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. Elde edilen genomik DNA'lar yukarıda belirtilen virüslere karşı sırasıyla dayanıklılık sağlayan Sw-5, Tm-2, Ty-3 ve ToTV genleriyle ilişkili markörlere spesifik primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction, PCR) yöntemiyle taranmıştır. Kullanılan yabani domates türleri ve ticari çeşitleri her dayanıklılık geni bakımından skorlanarak her birinin dayanıklılık geni taşıyıp taşımadıkları ve taşıyanların da söz konusu dayanıklılık geni bakımından homozigot ve/veya heterozigot oldukları belirlenmiştir. Tarama sonucunda bu virüslere dayanıklılık geni taşıyan domates yabani tür ve ticari çeşitleri belirlenmiş ve bazı domates yabani tür ve ticari çeşitlerinin birden fazla virüse karşı dayanıklılık geni taşıdıkları tespit edilmiştir. Bu çalışma sonucunda kullanılan primer ve markörlerin hem yabani domates tür ve çeşitlerinde virüslere dayanıklılık genlerinin belirlenmesinde, hem de bu tür ve çeşitlerin domateste virüslere dayanıklılık geliştirmek amacıyla yapılacak olan ıslahı çalışmalarında kullanılabileceği gösterilmiştir.

Abstract:
Tomato (Solanum lycopersicum) is one of the most grown vegetable crops in the world. Viruses are the leading factors adversely affecting the tomato production. Virus resistance genes have been identified in some of the wild tomato species and markers linked to these genes have been developed. In order to develop resistance to viruses, marker assisted selection (MAS) technique has been used in identifying resistant genotypes and effectively shortening the breeding process. In this study, the resistance of selected wild tomato species and commercial varieties to tomato spotted wilt virus (TSWV), tomato mosaic virus (ToMV), tomato yellow leaf curl virus (TYLCY) and tomato torrado virus (ToTV) was investigated. Genomic DNA was isolated from seedlings germinated from the seeds of selected tomato genotypes. These genomic DNAs were screened for markers associated with genes providing resistance to viruses mentioned above by polymerase chain reaction (PCR) method using specific primers for each marker. All wild tomato species and commercial varieties used were scored in terms of each resistance gene. Species and varieties carrying the resistance gene were identified as homozygous and/or heterozygous. As a result of this study, the markers used have been shown to determine the presence of virus resistance genes in wild tomato species and commercial varieties. In addition, results showed that these wild species and varieties can be used for developing virus resistance in tomato breeding studies.