Levreklerden (Dicentrarchus labrax) izole edilen vibrio türlerinin moleküler tiplendirilmesi ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi
Molecular typing of vibrio species isolated from seabass (Dicentrarchus labrax) and detection of antibiotic resistance
Yazar: OĞUZHAN DOLGUN
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ KIRKAN
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Balıkçılık Teknolojisi = Fisheries Technology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Dicentrarchus labrax = Dicentrarchus labrax ; Levrek balığı = Sea bass ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Vibrio = Vibrio ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Bu araştırma levreklerden izole edilen Vibrio türlerinin moleküler yöntemlerle identifikasyonunun yapılması ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi amacı ile yapıldı.
Gereç ve Yöntem: Araştırma, Mayıs-Eylül 2021 tarihleri arasında, Ege bölgesi balık çiftliklerinden alının 100 levrek örneği ile gerçekleştirilmiştir. Örneklerden elde edilen izolatlar fenotipik ve genotipik olarak identifiye edildikten sonra antibiyotik dirençliliği disk diffüzyon yöntemi ve antibiyotik direnç genlerinin multipleks PCR ile tespitiyle yapılmıştır.
Bulgular: Araştırmada 100 levrek örneğinden konvansiyonel ve biyokimyasal yöntemle 46 (%46) Vibrio spp. izolatı elde edilmiştir. Elde edilen 46 izolatın16S rRNA PCR ile Vibrio spp. olduğu doğrulanmıştır. Multipleks PCR ile 22 (47,8) izolatın V. alginolyticus, 13 (%28,2) izolatın V. harveyi, 3 (%6,5) izolatın V. parahaemolyticus, 1 (%2) izolatın V. vulnificus, 7 (%15) izolatın Vibrio spp. olduğu belirlenmiştir. Antibiyogramda en yüksek direncin ampisiline (%84,8) karşı geliştiği belirlenirken tüm izolatların enrofloksasin ve sulfametoksazol-trimetoprime (%100) duyarlı olduğu tespit edilmiştir. İzolatlarda en yüksek direnç geninin trimetoprim direnç geni (%63), en düşük direnç geninin ise florokinolon direnç geni (%6,5) bulunmuştur. 
Sonuç: Bu çalışmada Vibrio türlerinin balık hastalıklarda primer erken olarak önemli bir rolü olduğu ve identifikasyonda moleküler yöntemlerin daha güvenilir sonuç verdiği, izolatlar arasında tekli ve çoklu antibiyotik direnci bulunduğu tespit edilmiştir.

Abstract:
Objective: This research was carried out to identify Vibrio species isolated from sea bass by molecular methods and to determine their antibiotic resistance.
Material and Methods:  The research was performed with 100 sea bass samples taken from fish farms in the Aegean region between May-September 2021. After the isolates obtained from the samples were phenotypically and genotypically identified, antibiotic resistance was determined by disc diffusion method and antibiotic resistance genes were determined by multiplex PCR.
Results: In this study, 46 (46%) Vibrio spp. isolates were obtained from 100 sea bass samples by conventional and biochemical methods. The obtained 46 isolates were confirmed to be Vibrio spp. by 16S rRNA PCR. From 46 isolates, 22 (47,8%) isolates were identified as V. alginolyticus, 13 (28,2%) isolates as V. harveyi, 3 (6,5%) isolates as V. parahaemolyticus, 1 (2%) isolate as V. vulnificus and 7 (15%) isolates as Vibrio spp. by Multiplex PCR. The highest resistance was found to ampicillin (84,8%) in the isolates in the antibiogram. All isolates were found to be susceptible to enrofloxacin and sulfamethoxazole-trimethoprim (100%). In isolates, the highest resistance gene was found to be trimethoprim resistance gene (63%), and the lowest resistance gene was found to be fluoroquinolone resistance gene (6,5%).
Conclution: In this study, it was determined that Vibrio species have an important role as a primary agent in fish diseases, molecular methods give more reliable results in identification, and there is single and multiple antibiotic resistance among isolates.