Ağır kombine immün yetmezlikli hastalarda, hastalığa neden olan genetik defektlerin yeni nesil dizileme yöntemiyle araştırılması
Investigation of causitive genetic defects with next generation sequencing in severe combined immunodeficiency patients
Yazar: BARAN ERMAN
Danışman: PROF. DR. FEYZİ İLHAN TEZCAN
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Pediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı / İmmünoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Alerji ve immünoloji = Allergy and immunology ; DNA = DNA ; Genetik = Genetics ; Genetik teknikler = Genetic technics ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Teşhis = Diagnosis ; İmmün yetmezlik = Immun deficiency

Özet:
Ağır kombine immün yetmezlikler primer immün yetmezliklerin en ağır formudur. Hastalar yaşamın ilk yılında fatal bakteriyel, viral ve fungal enfeksiyonlarla karşılaşmaktadır. Erken tanı bu hastalar için yaşamsal önem taşımaktadır. Hastalığın tedavisinde tek küratif yöntem hematopoietik kök hücre naklidir ve genetik defektin bilinmesi tedavi şartlarının belirlenmesi açısından önemlidir. Çalışmada ağır kombine/kombine immün yetmezlik düşünülen fakat genetik tanısı bilinmeyen 27 hastada yeni nesil dizileme temelli HaloPlex paneli ile hastalığa neden olan mutasyonların bulunması amaçlanmıştır. Kullanılan panel primer immün yetmezliklerle ilgili olabilecek 356 geni hedeflemektedir. Dizileme işlemi için Illumina HiSeq 2000 (Illumina Inc., ABD)  sistemi kullanılmıştır. Çalışma sonunda 27 hastanın 24'ünde DNA zenginleştirme ve dizileme işlemleri başarılı olmuş, 8 hastada ağır kombine/kombine immün yetmezliğe neden olan genetik defektler saptanmıştır. Saptanan mutasyonların hepsi daha önce ağır kombine/kombine immün yetmezliğe neden olduğu bilinen genlerde bulunmuştur ve bunlardan 5 tanesi ilk defa tanımlanmıştır. Herhangi bir mutasyon bulunamamış diğer hastalar için tüm ekzom ya da genom dizileme yöntemleri ile araştırma yapılması gerektiği düşünülmektedir. Kullanılan panelin primer immün yetmezlikli hasta gruplarında genetik defektlerin araştırılması için güvenilir ve hızlı bir yöntem olduğu anlaşılmıştır.

Abstract:
Severe combined immunodeficiency is the most severe form of primary immunodeficiencies.  Patients with SCID present with high susceptibility to fatal bacterial, viral and fungal infections in their first year of life. Early diagnosis can be life-saving for the patients. The only curative therapy is hematopoietic stem cell transplantation and determination of the underlying genetic defect is crucial for conditioning regimens for HSCT. We aim to determine the causitive gen defects in 22 patients with SCID and 5 patients with CID by a new next generation sequencing based technology, HaloPlex. The HaloPLex panel includes primers for 356 genes associated with primary immunodeficiencies. Illumina HiSeq 2000 system was used for sequencing. Genomic DNA enrichment and sequencing were accomplished in 24 patients out of 27 and 8 causitive genetic defects were detected. All mutations were in known PID-related genes but 5 of them are novel mutations. The other patients should be investigated by whole genom or exom sequencing. The HaloPLex panel was thought to be fast and reliable method to determine the underlying genetic defects for PIDs.