Elma kara lekesi hastalığı etmeni Venturia inaequalis [(Cooke) G. Winter 1875]'in Türkiye izolatlarının moleküler karakterizasyonu ve patojenisitelerinin belirlenmesi
Apple scab disease caused by Venturia inaequalis [Cooke) G. Winter 1875] Turkey isolates determination of molecular characterization and pathogenicity
Yazar: SUAT KAYMAK
Danışman: PROF. DR. NUH BOYRAZ
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bitki hastalıkları = Plant diseases ; Elma = Apple ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Kara leke hastalığı = Scab disease ; Moleküler markerler = Molecular markers ; Patojenite = Pathogenicity

Özet:
Bu çalışma ile elmacılığın yaygın olduğu, 22 ilden elma kara lekesi hastalığı ile bulaşık yaprak ve meyve örnekleri toplanmış, toplanan bu örneklerden 117 adet Venturia inaequalis'in tek spor izolasyonları yapılmıştır. RAPD, ISSR, SSR ve SRAP moleküler markırlar yardımıyla izolatların akrabalık ilişkilerine ve genetik çeşitliliğine bakılmıştır. Örnekler Türkiye ve Isparta olarak iki ayrı gruba ayrılmış, verilerin analizinde her grup ayrı olarak değerlendirilmiştir. Coğrafik olarak farklı yerlerde bulunan bahçelerden toplanan izolatların ırk oluşturma ve patojenisite potansiyelleri araştırılmıştır. Isparta (Eğirdir, Gelendost), Denizli (Çivril), Karaman (Merkez) ve Kayseri (Yahyalı)'den toplanan izolatların, patojenisitelerinin ve virülentliğini belirlemek için ayırıcı elma hatlarına inoküle edilmiştir.İlk defa bu çalışmada V. inaequalis izolatlarının moleküler karakterizasyonu için ISSR ve SRAP markırları kullanılmış, grupların analizinde ise genetik benzerlikler birbirine yakın bulunmuş, konukçu seçimi ve çoğrafi farklılıklar tespit edilememiştir. SSR ve SRAP markırları diğer markırlara göre, uygulamanın kolaylığı, tekrarlanabilirliği ve spesifikliği gibi konular bakımından daha bilgilendirici bulunmuştur. Patojenisite çalışmalarında, en fazla hastalık şiddeti %35.2 ile Starking Delicious çeşidinde gözlenirken, tüm izolatların Juliet ve Prima elma çeşidi ile yapılan yapay inokulasyonlarında hiçbir enfeksiyon belirtisi tespit edilememiştir. İzolatların alınış yerlerine göre yapılan değerlendirmede, en fazla hastalık şiddetinin Eğirdir'den (%20.4) alınan izolatda olduğu bulunmuş, en düşük enfeksiyon şiddeti de Denizli izolatında %16.9 olarak ortaya çıkmıştır. İzolatlar arasındaki fark istatistiki olarak önemli bulunurken (P > 0.01), patojenisite çalışmalarında elde edilen sonuçlara göre; en virülent ırk olan 6 nolu ırk ve 7 nolu ırkın henüz ülkemizde, elma yetiştiriciliği yapılan alanlara yayılmadığı tespit edilmiştir. Bu çalışma, ülkemizde Venturia inaequalis' in moleküler markırlarla yapılan populasyon genetiği hakkındaki ilk rapordur.

Abstract:
In this search, 117 isolates of Venturia inaequalis were collected from leaves and fruits of infected on commercial apple growing areas in 22 provinces to estimate differences in pathogen population using RAPD, ISSR, SSR, and SRAP markers. Samples were divided two groups which were Isparta and Türkiye groups. Every groups were calculated as individual. Collected isolates from orchards differents regions where Isparta (Eğirdir, Gelendost), Denizli (Çivril), Karaman (Centrum), and Kayseri (Yahyalı), investigated race and patojenity of capacity. The virulence pattern of isolates, obtained by isolation of single conidia, was assessed by differential resistance hosts. The first marker technique which called SRAP, and ISSR were used to genotype isolates of V. inaequalis. There is no relationship between groups and geographic or source of cultivar pattern. Variance analysis obtained molecular datas after clustering from the isolates at district level showed highly genetic similarity among population. Also, SSR and SRAP markers were found more information, and more consistency than others.There were noticeable differences in the virulence of isolates of V. inaequalis toward cultivars in each region. All the isolates which was tested as artificially, could infect all of susceptible cultivars except Prima, Juliet varities. The proportion of infection on Starking Delicious (35.2 %) was significantly greater than others cultivars. Cultivars were infected the most severity disesase Isolate from Eğirdir (20.4%), the least severity disease isolate from Denizli 16.9 %, were statistically (P > 0.01) different in the proportion of infection between isolates from two regions when it was evaluated as obtained regions of isolates. It was found important differences among isolates statistically (P > 0.01). It was shown by based on pathogenicity experiment, the most virülent races 6 and 7 have not yet spread on apple growing areas. Population genetic analysis of V. inaequalis has published the first report molecular analysis of this pathogen from Türkiye.