İntraabdominal enfeksiyonlarda sekonder ve tersiyer peritonit etkeni olan gram negatif bakterilerin moleküler sürveyansı
Moleculer surveillance of gram negative bacteria causung seconder and tertiary peritonitis in intraabdominal infections
Yazar: TÜLAY KANDEMİR
Danışman: YRD. DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Elektroforez = Electrophoresis ; Enfeksiyon = Infection ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Periton hastalıkları = Peritoneal diseases ; Peritonit = Peritonitis ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Risk faktörü bulunmayan toplum kökenli intraabdominal enfeksiyonlarda antimikrobiyal direnç önemli bir sorun değil iken, hastane kökenli enfeksiyonlarda yüksek mortalite oranlarına yol açmaktadır. Özellikle de, Escherichia coli, Klebsiella pneumonia, Acinetobacter baumannii ve Pseudomonas aeruginosa gibi tersiyer peritonit etkeni olarak sıklıkla izole edilen gram negatif bakterilerle yapılan güncel çalışmalar New Delhi Metallobetalaktamaz (NDM-1) gibi neredeyse bütün antibiyotiklere karşı direnç gelişmesine sebep olabilen yeni mekanizmalar açığa çıkarmaktadır. Hastanemizde de altta yatan hastalıkları daha fazla olan hasta grubunda cerrahi uygulanması yanı sıra daha komplike ameliyatların gerçekleştirilmesi nedeniyle, bölgemizdeki diğer üçüncü basamak hastanelere göre daha ağır abdominal sepsis olguları görülmektedir. Bu hastalarda kaynak kontrolü ile birlikte erken ve etkili antimikrobiyal tedavi hayat kurtarıcıdır. Bu sebeple, etken mikroorganizmaların fenotipik ve genotipik özelliklerinin birlikte değerlendirilmesi daha da önemli hal almaktadır.
Çalışmamızın amacı hastanemizde intraabdominal enfeksiyonlu hastalardan sekonder ve tersiyer peritonit etkeni olarak izole edilen gram negatif bakterilerin direnç paternlerinin tespiti ve aralarındaki filogenetik ilişkinin belirlenmesidir.
Çalışmamızda, Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesinin Genel Cerrahi Servisinde ve Cerrahi Yoğun Bakım Ünitesinde sekonder ve tersiyer peritonit klinik tanısı ile yatarak takip edilen ardışık hastalar iki grup halinde incelendi. Birinci grubu başka bir hastanede opere edilen hastalar; ikinci grubu ise çalışma yapığımız hastanede opere edilen hastalar oluşturdu. Her iki grup hastadan da kan kültürü ve/veya pürülan akıntısı varsa sürüntü örneği alındı. İzolatların tür düzeyinde identifikasyonu ve antibiyotik direnç paternlerinin tespiti VITEK-II otomatize sistemle yapıldı. Moleküler olarak dirençli olan suşlar arasındaki akrabalık ilişkisini bulmak için Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemi kullanıldı.
Çalışma sonunda; peritonit tanısı konan hastalardan izole edilen 32 Gram(-) suşun 20'si E.coli. 6'sı K. pneunmoniae. 3'ü P.aeruginosa. 1'i Proteus spp, 1'i A. baumannii ve 1'i Achromobacter xylosoxidans olarak belirlendi. Kullandığımız PFGE yöntemi izolatlarımız arasında önemli bir klonal ilişkinin bulunmadığını gösterdi.

Abstract:
Hospital acquired intraabdominal infections lead high mortality rates, while antimicrobial resistance is not important problem in Community-acquired infections having no risk factors. Recent studies performed on gram negative bacteria such as Escherichia coli, Klebsiella pneumonia, Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa, especially frequently isolated as causative agents of tertiary peritonitis reveal novel mechanisms such as New Delhi Metallo-β-lactamase (NDM-1) that may cause a resistance development against almost all antibiotics. Cases with abdominal sepsis occur to be more serious in our hospital than other tertiary hospitals of our region due to application of surgery in patients with more predisposing diseases as well as performing of more complicated operations. In those patients early and efficient treatment together with surveillance of sources is life-saving. Thus, collective evaluation of the phenotypic and genotypic characteristics of causative microorganisms is becoming more important.
In our study, we aimed to detect the resistance patterns of the gram negative bacteria isolated from patients with intraabdominal infection in our hospital as causative agents of secondary and tertiary peritonitis and to determine the phylogenetic relationships between these isolates.
In the study, consecutive patients hospitalized in the General Surgery Clinic and Surgical Intensive Care Unit due to clinical diagnosis of secondary and tertiary peritonitis were investigated in two different groups. While first group was consisted of patients operated in other hospitals, second group was consisted of patients operated in our hospital. Blood culture samples and/or swab samples from purulent discharge were obtained from patients of both groups. Species-level identification and antibiotic resistance patterns were carried out using VITEK-II automated system. For detection of molecular relationships between the resistant isolates the Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) method was used.
Among the 32 Gram(-) strains isolated from patients that diagnosed as peritonitis 20 E.coli, 6 K.pneumoniae, 3 P.aeruginosa, 1 Proteus spp, 1 A. Baumannii and 1 Achromobacter xylosoxidans isolates have been identified. PFGE method which we used revealed no significant clonal relationship between our strains.