Lokal agresif iğsi hücreli tümörlerde, tedavi hedefi olan NTRK mutasyonlarının dağılımının patogenez ile ilişkisinin araştırılması
The distribution of NTRK mutations and their relationship with pathogenesis of the local agresive spindle cell tumors
Yazar: HALE KIVRAK
Danışman: PROF. DR. IŞINSU KUZU
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Patoloji = Pathology

Özet:
NTRK gen füzyonları, sık karşılaşılan tümörlerde nadir görülen ancak, tedavi hedefi olan genomik değişikliklerdir. NTRK füzyonarını hedefleyen tirozin kinaz inhibitörleri FDA'nın onay verdiği ikinci tümör ve doku agnostik ilaç olamsı bakımından büyük önem taşımaktadır. Güncel literatürde NTRK füzyonarının farklı tümör gruplarında hangi yöntem ve hangi algoritmayı kullanarak araştırılması gerektiği en büyük sorunu oluşturmakta ve halen güncel olarak tartışılmaktadır.
Bu tez çalışmasında, yumuşak dokunun lokal agresif iğsi hücreli tümörleri grubuna dahil olan 17 Dermatofibrosaroma protuberans (DFSP), 30 Soliter fibröz tümör (SFT) ve 29 İnflamatuar myofibroblastik tümör (İMT) vakasında NTRK gen füzyonu varlığı araştırılmıştır. Bu araştırma için literatürde kullanılan immünhistokimya (IHK), floresan insitu hibridizasyon (FISH) ve hedeflenmiş RNA dizileme (RNA-Seq) yöntemleri kullanılmıştır. Ayrıca literatürden faklı olarak kantitiatif revers transkritaz polimeraz zincir reasksiyonu (qRT-PCR) analizinde 3'5' imbalance analizi ile füzyon tespiti yapılıp yapılamayacağı irdelenmiştir. Sayılan bu dört yöntem içerisinden en ideal yöntemin ne olacağı belirlenmeye çalışılmıştır. 
Her dört yöntemin birlikte değerlendirmesinde 17 DFSP vakası içerisinde fibrosarkomatöz transformasyon gösteren 1 (%5,8) vakada, santral sinir sistemi yerleşimli 9 SFT vakasının 2'sinde (%22,2) ve 29 İMT vakasının 1'inde (%3,4) NTRK gen füzyonu tespit edilirken, periferik yerleşimli 21 SFT vakasının hiçbirinde NTRK gen füzyonu izlenmemiştir.
Yöntemlerin birbirleri ile kıyaslanması sonucunda NTRK gen füzyonunun eski arşiv materyalnden incelenmesi durumunda en ideal yöntemin FISH analizi olduğu, RNA tabanlı olan NGS yönteminin negatif prediktif değerlerinin düşük olması nedeni ile çok ideal bir yöntem olmadığı sonucuna varılmıştır. İmbalance analizinin son 2 yıllık arşiv materyalinde daha sağlıklı sonuçlar verdiği görülmüş, primer sayısı arttırılarak geliştirilebilmesi halinde NTRK gen füzyonu saptamada alternatif bir yöntem olarak kullanılabileceği düşünülmüştür.

Abstract:
NTRK gene fusions are rare but therapeutic target genomic changes in common tumors. Tyrosine kinase inhibitors targeting NTRK fusions are of great importance as they are the second tumor and tissue agnostic drug approved by the FDA. In the current literature, which method and which algorithm should be used to investigate NTRK fusions in different tumor groups constitutes the biggest problem and is still currently being discussed.
In this thesis, the presence of NTRK gene fusion was investigated in Dermatofibrosaroma protuberans (DFSP), Solitary fibrous tumor (SFT) and Inflammatory myofibroblastic tumor (IMT) groups, which are included in the group of locally aggressive spindle cell tumors of soft tissue. For this research, immunohistochemistry (IHC), fluorescent in situ hybridization (FISH) and targeted RNA sequencing (RNA-Seq) methods used in the literature were used. In addition, unlike the literature, it has been examined whether fusion detection can be performed with 3'5' imbalance analysis in quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR) analysis. It was tried to determine what would be the most ideal method among these four methods.
In the evaluation of all four methods together, 1 (5.8%) case with fibrosarcomatous transformation among 17 DFSP cases, 2 (22.2%) of 9 SFT cases with central nervous system and 1 (3.4%) of 29 IMT cases. NTRK gene fusion has been detected. NTRK gene fusion was not observed in any of the 21 peripherally located SFT cases.
As a result of comparing the methods with each other, it was concluded that FISH analysis is the most ideal method in the case of examining the NTRK gene fusion from old archive material, and the RNA-based NGS method is not an ideal method due to its low negative predictive values. It was seen that the imbalance analysis gave healthier results in the last 2 years archive material, and it was thought that it could be used as an alternative method for detecting NTRK gene fusion if it could be improved by increasing the number of primers.