Ruminantlardaki kist hidatidlerin moleküler genotiplendirilmesi ve protoskolekslerinin morfolojik yapılarının karşılaştırılması
Molecular characterization of hydatid cysts in ruminants and comparison of genotypes and morphological structures of protoscoleces
Yazar: GÖRKEM CENGİZ
Danışman: PROF. DR. BAHADIR GÖNENÇ
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Genetik = Genetics ; Parazitoloji = Parasitology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Echinococcosis = Echinococcosis ; Genotip = Genotype ; Geviş getiriciler = Ruminants ; Haplotipler = Haplotypes ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Morfolojik yapı = Morphological structure ; Ruminantlar = Ruminants

Özet:
Kistik ekinokokkozis dünyadaki gıda kaynaklı paraziter enfeksiyonlar listesinde ikinci sırada yer alan zoonotik karaktere sahip bir enfeksiyondur. Bu çalışmada Türkiye'nin üç farklı coğrafik bölgesinde toplam dört şehirde (Ankara, Ordu, Mersin, Adana) bulunan mezbahaneler belirli aralıklarla ziyaret edilmiş ve kistik ekinokokkozis oranı belirlenmiştir. Elde edilen kistlerin fertilite durumları belirlenmiş, mt-cox1 ve mt-nad5 bölgeleri kullanılarak fertil kistlere ait moleküler genotiplendirme çalışmaları yapılmıştır. Kistlere ait DNA dizinleri kendi aralarında haplotip analizine tabi tutulmuş ve aralarındaki nükleotid farklılıkları belirlenmiştir. Ayrıca fertil kistlerde bulunan protoskolekslerdeki belirli morfolojik kriterler ölçülerek genotiplerle arasındaki bağlantı analiz edilmiştir. 
Çalışma sonucunda enfeksiyonun anılan bölgelerde varlığını devam ettirdiği belirlenmiştir. Ankara, Mersin ve Adana'da sığırlarda kistik ekinokokkozis oranları sırasıyla % 4,98, % 23,33 ve % 40 olarak belirlenmişken, Ordu'da sığırlarda enfeksiyona rastlanmamıştır. Koyunlarda ise Ankara, Ordu, Mersin ve Adana illerinde enfeksiyon oranı sırasıyla % 2,30, % 48,03, % 0,81 ve % 3,33 olarak belirlenmiştir. Muayenesi yapılan keçi ve mandalarda enfeksiyon bulunmamıştır. 
Genotiplendirme çalışmalarınde ise Türkiye'de ilk defa mt-cox1 bölgesi kısmi olarak değil bütün olarak ele alınmış, aynı zamanda G1 ve G3 genotipleri iki farklı gen bölgesi üzerinde çalışılarak birbirinden kesin olarak ayrılmıştır. Sonuç olarak; Ankara'da G1 genotipi yaygınlığı sığırlarda % 66,6, koyunlarda % 60 olarak belirlenirken bu oran Ordu'da koyunlarda % 88,46, Mersin'de sığırlarda % 100, koyunlarda % 50, Adana'da koyunlarda % 42,85 olarak belirlenmiştir. G3 genotipinin yaygınlığı ise Ankara'da sığırlarda % 33,3, koyunlarda % 40, Ordu'da koyunlarda % 11,53, Mersin'de koyunlarda % 50, Adana'da koyunlarda % 57,14 olarak belirlenmiştir. 
Elde edilen morfometri bulguları ile genotipler arasındaki ilişki incelendiğinde, G1 ve G3 genotipine sahip örneklerdeki çengel sayıları, büyük ve küçük çengellerin toplam uzunlukları, büyük ve küçük çengellerin kılıç uzunlukları ile küçük çengel genişliği parametreleri arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmazken, büyük çengel genişliği parametresinde genotipler arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur.

Abstract:
Cystic echinococcosis is a zoonotic and the second most common foodborne parasitic infection in the world. In this study, slaughterhouses in four cities from three different geographical regions of Turkey (Ankara, Ordu, Mersin, Adana) were periodically visited and cystic echinococcosis ratio was determined. Fertility status of the obtained cysts were evaluated and two gene regions (mt-cox1, mt-nad5) were used for molecular characterization. In addition, the DNA sequences of the cysts were subjected to haplotype analysis and nucleotide differences were determined. In addition to this the relationship between genotypes and morphometry results was analyzed by measuring certain morphological criteria in protoscoleces in the fertile cysts.
As a result of the epidemiological findings, it was determined that the infection persisted in these regions. Cystic echinococcosis rates in cattle in Ankara, Mersin and Adana were determined as 4.98 %, 23.33 % and 40 %, respectively, but no infection was observed in Ordu. In sheep, the infection rate in Ankara, Ordu, Mersin and Adana provinces was determined as 2.30 %, 48.03 %, 0.81 % and 3.33 %, respectively. No infection was found in the goats and buffaloes examined. 
In this study, mt-cox1 gene region was evaluated completely not as partial and also G1-G3 genotypes were completely separated from each other by using two gene regions for the first time in Turkey. As a result of genotyping findings, the prevalence of G1 were found as 66 % and 60 %, prevalance of G3 were 33.3 % and 40 % for cattle and sheep, respectively in Ankara. In Ordu, Mersin and Adana, the prevalance of G1were found as 88.46 %, 50 % and 42.85,  the prevalance of G3 were 11.53 %, 50 %, 57.14 % in sheep, respectively. 
According to the obtained genotype and morphometry results, the differences between genotypes and the number of hooks, total lengths of large and small hooks, blade lengths of large and small hooks and small hook width parameters were not found statistically significant, but in large hook width parameter was found statistically significant.