Bazı karpuz hatlarında mikrosatellite analizi
Microsatellli̇te analysis i̇n some watermelon lines
Yazar: SOLMAZ KAMAŞAK
Danışman: PROF. DR. OSMAN GÜLŞEN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmanın amacı, gereksiz tekrarlardan arındırılmış çekirdek karpuz (Citrullus lanatus) koleksiyonunda mikrostaellite markörleri yardımıyla genetik ilişkileri ortaya koymak ve çeşitli kabakgillerde geliştirilmiş SSR primerlerlerinin profilleme kabiliyetlerini ortaya koymaktır. Bu araştırma Erciyes Üniversitesi Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü labaratuvarında yürütülmüştür. Çalışmada Türkiye'nin değişik bölgelerinden toplanmış ve 4-6 kendilenerek saflaştırılmış genotipler içerisinden, nitelikli özelliklere sahip olan 250 adet karpuz hattı arasından daha önce yürütülen bir proje çerçevesinde seçilen 96 adet karpuz hattı kullanılmıştır. Bu karpuzlardan CTAB metoduna göre genç yapraklardan DNA izole edilmiştir. Karpuz genotipleri arasındaki genetik ilişkiyi belirlemek amacıyla daha önceki çalışmalarda çeşitli kabakgillerde çalışılmış 79 adet SSR primer çifti kullanılmıştır. Bant veren ve skorlanabilen primerlerle tüm DNA örnekleri ile PCR yapılmıştır.  PCR ürünleri Li-Cor firmasına ait olan 4300 DNA Analyzer cihazında akrilamid jele yüklenerek büyüklüklerine göre ayrılmış ve tüm jel görüntülerinde bantlar var (1) ve yok (0) şeklinde skorlanarak bunlara ait dosyalar oluşturulmuştur. PCR çalışmaları ile elde edilen ürünlerin analizleri sonuçları NTYS ve UPGMA programlarında analiz edilmiştir. Yürütülen bu çalışmada test edilen 79 adet SSR primer çiftinden sadece 33 adedi kaydedilebilir bantlar üretmiştir ve bu 33 primer çifti bütün karpuzlara uygulanmıştır. PCR çalışmaları sonucunda SSR primerleri ile toplamda 67 bant elde edilmiş ve polimorfizm oranı 0.79 olarak belirlenmişitir. Yapılan  UPGMA analizleri sonucunda genotipler  0.84-1.00 düzeyinde benzerlik göstermiştir. Primer başına tespit edilen allel sayıları 1 ile 6 arasında farklılık göstermiştir. Elde edilen toplam allel sayısı bakımından CMCT44 (5 adet) ve Cgb4767 (6 adet) lokusları en fazla alleli üretmişitir.
Anahtar kelimeler: SSR, Citrullus lanatus, NTSYS, UPGMA

Abstract:
The aim of this study is to reveal the genetic relationships with microstaellite markers in the collection of unnecessary repetitive kernel watermelons (Citrullus lanatus) and to demonstrate the profiling capabilities of SSR primers developed in various cucurbitaceae. This research was carried out in the molecular biology laboratory of the Horticulture Department of the Faculty of Agriculture of Erciyes University. The study collected from different regions of Turkey and 4-6 in self-fertilization the purified genotype, which features 250 pieces of watermelon qualified in the framework of a project carried out line has been used previously selected 96 pieces of watermelon line. DNA was isolated from young leaves according to CTAB method. In order to determine the genetic relationship between watermelon genotypes, 79 SSR primer pairs were used in previous studies. PCR was performed with all DNA samples with banding and scoring primers. PCR products were separated according to their size by loading on acrylamide gel in 4300 DNA Analyzer device of Li-Cor company and all gel images were scored as bands (1) and none (0) and files were created. The results of the analyzes obtained by PCR studies were analyzed in NTYS and UPGMA programs. In this study, only 33 of the 79 SSR primer pairs tested produced recordable bands and these 33 primer pairs were applied to all watermelons. As a result of PCR studies, a total of 67 bands were obtained with SSR primers and the polymorphism rate was determined as 0.79. As a result of the UPGMA analysis, genotypes showed similarity at the level of 0.84-1.00. The number of alleles detected per primary ranged from 1 to 6. In terms of total allele number, CMCT44 (5) and Cgb4767 (6) loci produced the most allele.

Keywords:  SSR, Citrullus lanatus, NTSYS, UPGMA