Miyelodisplastik sendrom tanılı hastalarda P53 genine ait polimorfizmlerin belirlenmesi ve hastalıkla ilişkilerinin ortaya konulması
Determination of P53 gene polymorphisms in patients with myelodysplastic syndrome and introducing their correlation with disease
Yazar: BAHAR VATANSEVER
Danışman: DOÇ. DR. BUKET KOSOVA
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Genler-P53 = Genes-P53 ; Lösemi-miyeloid-akut = Leukemia-myeloid-acute ; Miyelodisplastik sendromlar = Myelodysplastic syndromes ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Miyelodisplastik sendrom (MDS), azalmış hematopoez ve yüksek apoptozis ile karakterize; artmış akut miyeloid lösemi (AML) dönüşüm riski olan klonal bir hastalıktır. MDS'nin patogenezi henüz tam olarak aydınlatılmamıştır. Hastaların yaklaşık % 50'si anormal karyotiplidir ve bu oran sekonder MDS'de % 80'e çıkmıştır.
P53, hücre döngüsü düzenlenmesi, apoptotik ve enflamatuar yanıt ve genomik denetimi de içeren bir dizi hücresel fonksiyonları etkileyen, kök hücre homeostazının kilit düzenleyicisidir. P53 genomik bütünlüğün korunmasında yer aldığından, birçok kanser türünde en sık değişime uğramış genlerden biridir.
Çalışmamızda, p53 tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP'ler) MDS'nin anormal farklılaşması üzerindeki etkisini araştırmak için, MDS tanılı 100 hastadaki 4 yaygın polimorfizmi (rs35163653, rs35993958, rs1800371, rs1042522) inceledik.
MDS hastalarından alınan kan örnekleri DNA izolasyonundan sonra, her p53 polimorfizmi için erime eğrisi (melting curve) analizi ile PCR yapıldı. Sonuçlar LightCycler yazılımı ve IBM SPSS Statistics 25.0 kullanılarak değerlendirildi.
İncelenen 4 polimorfizm arasında, rs1042522 çalışma grubunda C/G (R72P) dönüşümü polimorfizminde anlamlı bir değişiklik bulundu. Çalışmamızda atasal olmayan allellerin rs1042522 polimorfizmi için daha yüksek olduğunu bulduk (C:0,303 G:0,697). rs1042522 polimorfizmi, bazı çalışmalarda hematolojik kanserler ile ilişkilidir; önceki bulgulara benzer şekilde, verilerimiz bu polimorfizmin MDS ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Allel frekans sonuçlarımız, Kafkas popülasyonu için HapMap allel veri tabanı ile uyumludur.
Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları, linkage SNP' lerinin p53 fonksiyonunu değiştirdiğini ve maligniteleri seçtiğini göstermiştir. Kodon 72' de bulunan ve en çok çalışılan nonsynonymous SNP'lerden biri olan rs1042522 (R72P), solid tümörlere yatkınlık ve duyarlılık ile ilişkilendirilmiştir. Bu nedenle, hematolojik bozukluklar üzerindeki etkisini araştırdık ve rs1042522 polimorfizmi olan kişilerin MDS açısından yüksek risk altında olduğu sonucuna vardık. Çalışmamız, ülkemiz literatüründe yapılmış rs1042522 polimorfizminin MDS hasta grubundaki etkisini gösteren ilk çalışmadır. Önerimiz, rs1042522 polimorfizminin gelecekte klinikle korele olmak üzere MDS teşhisinde bir belirteç olarak kullanılabileceği yönündedir.

Abstract:
Myelodysplastic syndrome (MDS) is a clonal disease with reduced hematopoiesis and elevated apoptosis and increased risk of acute myeloid leukemia (AML) conversion. The pathogenesis of MDS has not been fully elucidated. Approximately 50% of patients have a karyotype abnormality and this ratio is increased to 80% in the secondary MDS.
P53 is a key regulator of stem cell homeostasis that impacts an array of cellular functions including genomic surveillance, cell-cycle regulation and apoptotic and inflammatory response. Since P53 is involved in the maintenance of genomic integrity, it is one of the most frequently genetically altered genes in various cancer types. 
In our study, to investigate the effect of p53 single nucleotide polymorphisms (SNPs) on abnormal differentiation of MDS, we examined 4 common polymorphisms (rs35163653, rs35993958, rs1800371, rs1042522) of p53 gene in 100 patients diagnosed with MDS. 
After DNA extraction from blood samples of MDS cases, PCR analysis was performed via melting curve analysis for each p53 polimorphism. The results were evaluated using LightCycler software and IBM SPSS Statistics ver 25.0.
Among the 4 polymorphisms studied,  a significant change was found in the study group in rs1042522 C/G (R72P) convertion polymorphism.  In our study, we found that non-ancestral allele is higher for rs1042522 polymorphism (C:0,303 G:0,697). rs1042522 polymorphism is associated with hematologic cancers in some studies; similar to previous findings, our data shows that this  polymorphism is associated with MDS. Our allele frequency results are consistent with HapMap allele database for Caucasians population. 
Genome-wide association studies have shown linkage SNPs that alter p53 function and select malignancies. One of the most well-studied nonsynonymous SNPs, rs1042522 (R72P), located within codon 72 has been implicated in susceptibility and predisposition to solid tumors. Thus, we investigated its effect upon hematological disorders and concluded that people with the rs1042522 polymorphism are at increased risk of MDS. Our study is the first one in the literature showing the impact of rs1042522 polymorphism in the MDS patient group in Turkey. We may suggest that rs1042522 polymorphism can be used as a marker to diagnose MDS in the future with clinical correlations.