ülkemizde yaşayan rana cinsine dahil (R. dalmatina, R. macrocnemis, R. holtzi, R. tavasensis) kurbağa   türlerindeki antimikrobiyal peptidlerin bazı insan patojenleri üzerine etkilerinin araştırılması
İnvestigation of the effects on some human pathogens of ntimicrobial peptides in frog species included in rana genus (R. dalmatina, R. macrocnemis, R. holtzi, R. tavasensis) living in our country
Yazar: EBRU TANRIVERDİ O
Danışman: PROF. DR. DİNÇER AYAZ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Zooloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Zooloji = Zoology

Özet:
Kurbağa deri salgısı, antimikrobiyal peptitler (AMP) bakımından oldukça zengin bir kaynaktır. AMP'ler kurbağalarda deri yoluyla vücuda giren patojenlere karşı ilk savunma hattını oluşturan moleküllerdir ve doğal bağışıklığın önemli elemanlarıdır. AMP'ler farklı familyalar, cinsler, türler ve hatta alttürlerde bile farklılık gösteren türe özgü peptitler olarak bilinmektedir. Ribozomlarda sentezlenen bu peptitler ≤5 kDa olup geniş spektrumlu mikrobisidal aktiviteye sahip moleküllerdir. AMP' lerin sahip oldukları mekanizmaların fiziksel doğası mikroorganizmanın bu peptite karşı direnç geliştirmesini önler. Dolayısıyla bu peptitler potansiyel olarak terapötik ajanlar olarak kabul edilirler. Kurbağa derisindeki AMP'lerin ekspresyonundaki çarpıcı varyasyonlar, terapötik savunmanın az olduğu spesifik mikroorganizmaları hedef alan yeni moleküler ve yapısal motifleri keşfetmek için kullanılabilir.
Bu çalışmada ülkemizde yayılış gösteren Rana cinsine ait Rana dalmatina, Rana macrocnemis, Rana tavasensis ve Rana holtzi deri salgılarındaki protein profilleri Tricine SDS Page elektroforezi ile belirlenmiştir. Ayrıca Eshericha coli, S taphylococcus aureus, Salmonella typhimurium, Listeria  monocytogenes ve Bacillus cereus   bakterileri üzerindeki plaka çukur yöntemi kullanılarak inhibisyon zonları ölçülmüştür. Trisine Sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel (SDS PAGE) elektroforez sonuçlarına göre R. dalamatina, R. macrocnemis, R. tavasensis salgısından birer R. holtzi salgısında ise iki adet 5 kDa 'un altında peptit bulunmuştur. Plaka çukur aktivite sonuçlarına göre E. coli üzerinde hiçbir türün salgısının aktivite göstermediği B. cerus üzerinde tüm türlerin aktivite gösterdiği tespit edilmiştir. Bakteriler üzerinde en çok aktiviteyi R. dalmatina deri salgısı gösterirken, en az aktiviteyi ise R. holtzi' ye ait deri salgısı gösterdiği belirlenmiştir.

Abstract:
Frog skin secretion is a very rich source of antimicrobial peptides (AMPs). AMPs are molecules that form the first line of defense against pathogens that enter the body through the skin in frogs and are important elements of natu-ral immunity. AMPs are known as species-specific peptides that differ in diffe-rent families, genera, species and even subspecies. These peptides, synthesized in ribosomes, are ≤5 kDa and have broad-spectrum microbicidal activity. The phy-sical nature of the mechanisms possessed by AMPs prevents the microorganism from developing resistance to this peptide. These peptides are therefore conside-red potentially therapeutic agents. Striking variations in the expression of AMPs in frog skin can be used to discover new molecular and structural motifs that tar-get specific microorganisms for which therapeutic defenses are scarce.
In this study, protein profiles in the skin secretions of Rana dalmatina, Rana macrocnemis, Rana tavasensis and Rana holtzi, which belong to the rana genus widespread in our country, were determined by Tricine Sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel (SDS PAGE) electrophoresis. Additionally, inhibition zones were measured using the plate pit method on Esherica coli, Staphylococcus aureus, Salmonella typhimurium, Listeria monocytogenes and Bacillus cereus bacteria. According to the Trisine SDS Page electrophoresis results, one peptide under 5 kDa was found in the secretions of R. dalamatina, R. macrocnemis, and R. tavasensis, and two in the secretions of R. holtzi. According to the plate well activity results, it was determined that the secretions of no species showed acti-vity on E. coli, while all species showed activity on B. cerus. It was determined that the skin secretion of R. dalmatina showed the most activity against bacteria, while the skin secretion of R. holtzi showed the least activity.