Akciğer hastalığı tanısı alan bireylerde Pneumocystis jirovecii araştırılması
Investigation of Pneumocystis jirovecii in patients diagnosed with lung disease
Yazar: BURCU SAPMAZ
Danışman: PROF. DR. DİLEK ŞATANA
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Mantarlar = Fungi ; Mutasyon = Mutation ; Pnömoni = Pneumonia ; Pnömosistis jirovecii = Pneumocystis jirovecii ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Fırsatçı mantarlar grubunda yer alan Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii)'nin akciğer hastalıklarındaki kolonizasyonu güncel araştırmalarda popüler bir konu haline gelmiştir. Bu çalışmada akciğer hastalığı tanısı alan kişilerde konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile P. jirovecii varlığının araştırılması ve tedaviyi negatif yönde etkileyen Dihidropteroat sentaz (DHPS) mutasyon varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya Eylül 2018-Eylül 2020 tarihlerinde akciğer hastalığı nedeni ile izlenen 20-85 yaş aralığındaki (53,22±16,47)toplamda 94 hastadan (%38,4 kadın; %61,7 erkek) alınan bronkoalveolar lavaj (BAL) örneği dahil edilmiştir. BAL örneklerindeki P. jirovecii varlığı konvansiyonel olarak İndirekt Floresan Antikor (IFA) testi ile, moleküler olarak mtLSU gen bölgesinin hedeflendiği kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu (qPCR) ile belirlenmiş, olası ilaç direnç durumu ise DHPS fas gen bölgesini hedefleyen qPCR ile araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 94 BAL örneğinin PCR ile 22 (%23,4)'sinde, IFA ile ise 20 (%21,3)'sinde P. jirovecii tespit edilmiş ve yöntemlerin orta derecede uyumlu olduğu belirlenmiştir (κ= 0,387; p<0,001). PCR ile P. jirovecii varlığı saptanan hastaların 12'sinin (%54,5) akciğer kanseri, 8'inin (%36,4) KOAH, 1'inin (%4,5) interstisyel akciğer hastalığı ve yine 1'inin (%4,5) pnömoni tanısı aldığı (p<0,001) ve DHPS amplifikasyon profili ile bu 22 hastanın 12'sinde (%54,5) wild tip P. jirovecii var olduğu belirlenmiştir. Bu araştırma ile kronik akciğer hastalığı olan kişilerde saptanan %23,4'lük P. jirovecii pozitifliği ağırlıklı olarak kolonizasyon lehine değerlendirilmiş olsa da immün sistemin baskılanması ile bu kişilerin PCP gelişimi için risk altında olabileceği düşünülmüştür. Ayrıca, çalışmada sadece wild tip P. jirovecii saptanmış olması ülkemiz için umut verici bir bulgu olmakla birlikte hem P. jirovecii varlığı hem de ilaç direnç durumlarının inceleneceği ileri araştırmalara ihtiyaç olduğu açıktır.

Abstract:
Colonization with Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii), which is in the group of opportunistic fungi, in patients with lung diseases has become a popular topic in current research. In this study, it was aimed to investigate the presence of P. jirovecii with conventional and molecular methods and to perform Dihydropteroate synthase (DHPS) mutation analysis. Bronchoalveolar lavage (BAL) samples taken from a total of 94 patients (38.4% female; 61.7% male) between the ages of 20-85 (53.22±16.47) who were followed-up for lung diseases between September 2018 and 2020 were included in this study. The presence of P. jirovecii in BAL samples was conventionally determined by Indirect Fluorescent Antibody Test (IFA) and by quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) with targeted mtLSU gene region, and the possible drug resistance status was investigated by qPCR with DHPS primers. P. jirovecii was detected in 22 (23.4%) of 94 BAL samples by PCR and in 20 (21.3%) by IFA, and the methods were found to be moderately compatible (κ=0.387; p <0.001). It was determined that P. jirovecii PCR positive patients have diagnosed with lung cancer in 12 (%54.5), COPD in 8 (%36.4), interstitial lung disease in 1 (%4.5) and pneumonia in 1 (%4.5) (p <0.001), and only wild type P. jirovecii was detected in 12 of these 22 patients (54.5%) with the DHPS amplification profile. Although the P. jirovecii positivity of 23.4% found in people with chronic lung disease was predominantly evaluated in favor of colonization, it was thought that these patients might be at risk for the development of PCP with suppression of the immune system. Moreover, despite the fact that only wild type P. jirovecii was detected in this study is a promising finding for our country, it is clear that further studies are needed to evaluate both the presence of P. jirovecii and drug resistance status.