Bazı amfibi ve sürüngen türlerinin koleksiyon örneklerinden dna amplifikasyonu
Dna amplification of some amphibian and reptilian species from collection samples
Yazar: SELİN ERTÜRK
Danışman: PROF. DR. C. VAROL TOK
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoloji = Biology ; Müzecilik = Museology ; Zooloji = Zoology
Dizin: Anura =   ; DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; Lacertilia = Lacertilia ; Türkiye = Turkey ; Urodela = Urodela

Özet:
Bu çalışmada; ağırlıklı olarak Çanakkale ve civarından olmak üzere, yurdumuzda dağılış gösteren bazı amfibi ve sürüngen türlerinden örnekler içeren ve ÇOMÜ Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü'nde bulunan koleksiyon materyalinin, moleküler düzeyde incelenmesi amaçlanmıştır. Koleksiyonda bulunan amfibi ve sürüngen türlerinden 40'ına ait örneklerin DNA izolasyonları ve PCR yöntemi ile DNA çoğaltma işlemleri gerçekleştirilmiştir. Bunun yanı sıra; koleksiyona kayıtlı yarı zehirli (Telescopus fallax ve Malpolon monspessulanus) ve zehirli yılan türlerine ait örneklere (Montivipera xanthina ve Macrovipera lebetina) ileri moleküler teknikler uygulanarak DNA dizi analizleri yapılmıştır.Çalışmada moleküler düzeyde değerlendirilen koleksiyon, 2003-2010 yılları arasında farklı lokalitelerden toplanmış örnekleri içermektedir. Bu örneklerin 2003-2005 yılları arasında toplananları formaldehitli alkol karışımı ile tespit edilip alkol içerisinde korunurken, 2006 yılından sonra koleksiyona dahil edilen örnekler sadece alkol ile tespit edilip korunmuştur. Formaldehitin moleküler çalışmaları olumsuz etkilediği bilindiğinden, bu örnekler için literatürde tespit edilmiş 6 farklı DNA izolasyon protokolü uygulanmış, belirlenen en uygun protokol en iyi sonucu elde edecek şekilde düzenlenmiştir.Yapılan bu çalışmada; Türkiye Amfibi ve Sürüngen çeşitliliğinin üçte birlik kısmını kapsayan 40 türe ait örneklerin DNA'larının izole edilmesiyle ileride yapılacak moleküler çalışmaların alt yapısı oluşturulmuştur. Çalışmada zehirli ve yarı zehirli yılan türlerine ait örneklerin DNA dizi analizlerinin gerçekleştirilmiş olması; doğada nadir bulunan bu türlerin DNA envanterinin ortaya konulması açısından ayrıca önem arz etmektedir.Sonuç olarak; mevcut müze ve koleksiyon materyalinin önemli bir kısmının moleküler anlamda değerlendirilmesiyle, daha sonra yapılacak moleküler zootaksonomik çalışmalarda doğadan mümkün olduğunca az yeni materyal kullanılarak, çalışmalar gerçekleştirilebilecektir.Anahtar Sözcükler: Türkiye, DNA İzolasyonu, DNA Amplifikasyonu, DNA Dizi Analizi, Urodela, Anura, Lacertilia, Ophidia.

Abstract:
At this study, our target was to examine some amphibian and reptilian samples which were collected from Çanakkale and surroundings and protected in a collection of Biology Department of ÇOMÜ, at molecular level. DNA isolation and amplification with PCR technique steps were done with samples of 40 species of the collection. As well as DNA sequence analysis of the venomous (Montivipera xanthina and Macrovipera lebetina) and the semi-venomous (Telescopus fallax and Malpolon monspessulanus) species of the collection were made by using some advanced molecular techniques.This study contains collection samples which were collected between 2003-2009 years from different localities. The samples were collected between 2003-2005 years, were fixed by formaldehyde and preserved in ethanol. The other samples which were collected in 2006 and later, were fixed and preserved by ethanol. Six different DNA isolation protocol were determined from literature for the formalin fixed samples becaause of negative effects of formaldehyde on the molecular studies. The protocol which gave best results, was choosen anad arranged for our samples.At this study, with the DNA isolation of samples of 40 species which includes one-third part of Turkey?s Amphibian and Reptilian Biodiversity, the infrastructure of future studies were composed. These samples, considered in this sense, were collected from different localities and this would be useful for systematic and also phylogenetic studies. The performed DNA sequence analysis of venomous and semi-venomous species of collection would be important by determining DNA inventory of these rare species.As a result, it was contributed to carry on molecular zootaxonomic studies by using less living sample with the evaluation of existing collection material at molecular level.Keywords: Turkey, DNA isolation, DNA amplification, DNA sequence analysis, Urodela, Anura, Lacertilia, Ophidia.