Canine parvovirus enfeksiyonlarının teşhisinde PCR, elısa ve hızlı testin karşılaştırılması
Comparative diagnosis of canine parvovirus with methods of PCR, elisa and rapid test
Yazar: IRMAK DİK
Danışman: PROF. DR. ATİLLA ŞİMŞEK
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Hayvan hastalıkları = Animal diseases ; Parvovirüs enfeksiyonları = Parvovirus infections ; Parvovirüsler = Parvoviridae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis testleri = Diagnostic tests ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Tüm dünyada yer alan köpek popülasyonlarında yüksek mortaliteye sahip, bulaşma olasılığı oldukça fazla olan canine parvovirus tip 2 (CPV-2) enfeksiyonlarının kısa bir süre içinde, çabuk ve güvenilir bir biçimde teşhis edilebilmeleri önemli bir unsurdur. Bu araştırma ile klinik olarak gastroenteritis semptomları gösteren köpeklerde CPV-2 enfeksiyonlarının teşhisi için kullanılan polymerase chain reaction (PCR), enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) ve hızlı test yöntemlerinin duyarlılıklarının ve güvenilirliklerinin değerlendirilmesi hedeflenmiştir. 
Araştırmada CPV-2'ye karşı hiç aşılama yapılmamış, 0-12 aylık, farklı cinsiyet ve ırkta, ishal belirtilerine sahip toplam 100 adet köpekten dışkı örnekleri alındı. Hayvanlardan elde edilen örnekler ticari ELISA ve hızlı test kiti ile protokollerine uygun olarak incelendi. Buna ilaveten her bir dışkı örneği CPV-2ab'nin VP-2 proteinini kodlayan gene spesifik primerler kullanılarak PCR testine tabi tutuldu. PCR testi ile 66 adet (%66), hızlı test ile 24 adet (%24), ELISA ile 16 adet (%16) örnekte CPV-2 yönünden pozitiflik belirlendi. Daha sonra, kullanılan testlerin duyarlılıkları (sensitivite) ve özgüllükleri (spesifite) hesaplandı. PCR yöntemi ile karşılaştırıldığı zaman hızlı testin duyarlılığı %36,36, ELISA'nın ise %24,24; her iki testin özgüllükleri ise %100 olarak tespit edildi. Bu üç testin sonuçları değerlendirildiğinde aralarında istatistiksel olarak önemli bir fark bulundu (p<0.05). Bununla beraber yaş ve cinsiyetin hastalık üzerine önemli bir etkiye sahip olmadığı görüldü (p>0.05).    
Sonuç olarak CPV-2'nin teşhisinde ELISA ve hızlı testin duyarlılıklarının oldukça düşük seviyede olduğu saptandı. Bu nedenle ishalli köpeklerden elde edilen dışkılarda CPV-2'nin kesin teşhisinin yapılabilmesi için özellikle diğer teşhis yöntemleri ile negatif olarak belirlenen sonuçların PCR gibi moleküler temele dayalı yöntemlerle mutlaka doğrulanması gereklidir.

Abstract:
Early, quick and reliable detection of canine parvovirus type 2 (CPV-2) infections, highly contagious viral disease causing mortality in dog population all over the world, is very important. The aim of this study was to evaluate the differences among the polymerase chain reaction (PCR), enzyme linked immunosorbent assay (ELISA), and rapid test methods that are used for CPV-2 diagnosis with clinical signs of gastroenteritis. 
A total of 100 fecal samples were obtained from unvaccinated dogs with diarrhea, from newborns to 12 months old dogs, of both sexes.  The collected fecal samples were analyzed by commercially antigen ELISA and rapid tests in accordance with standard procedures. In addition, each fecal specimen was subjected to PCR analysis using specific primers that amplify the gene coding of the VP-2 protein of CPV-2ab. Finally, the sensitivity and specificity of the tests were determined.  Among the samples, 66 (66%), 24 (24%) and 16 (16%) samples were detected as positive for CPV-2 by PCR, rapid test and ELISA, respectively. The sensitivity of rapid test and ELISA were found to be 36.36% and 24.24%, respectively. Specificity of both tests was 100% when compared to the PCR technique. When the results of all three methods were evaluated, they were statistically significant (p<0.05). However, statistical analysis of the effect of age and sex on the test results revealed no significant difference (p>0.05).
In conclusion, the sensitivity of ELISA and rapid tests for diagnosis of CPV-2 infections is low.  For this reason, negative results from other diagnostic tests should be confirmed by molecular-based methods, such as PCR, for definitive diagnosis of CPV-2 based on fecal samples from dogs with diarrhea.