Hedef gen yeni nesil dizileme yöntemi ile Subakut sklerozan panensefalit (SSPE) hastalığı ilişkili gen mutasyonlarının tespiti
Detection of Subacute sclerosing panencephalitis (SSPE) disease associated gene mutations with targeted genome microarray analysis
Yazar: BAHADIR KONUŞKAN
Danışman: PROF. DR. DENİZ NAZİRE ÇAĞDAŞ AYVAZ
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / İmmünoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Genler = Genes ; Kızamık = Measles ; Mutasyon = Mutation ; Subakut sklerozan panensefalit = Subacute sclerosing panencephalitis

Özet:
Subakut sklerozan panensefalit (SSPE) çocuk ve genç erişkinlerde kızamık infeksiyonu sonrası görülen ilerleyici nörodejeneratif hastalıktır. İlk bulgular bilişsel fonksiyonlarda kayıp, miyokloni ve davranış değişiklikleri şeklinde başlar. Daha sonra denge bozukluğu eklenerek hastalar yatağa bağımlı hale gelerek kaybedilir. Primer immün yetmezlik hastalıklarının her geçen gün farklı tabloları tanımlanmaktadır. Bu çalışmada SSPE'nin gelişiminde immünolojik mekanizmaların ortaya konulabilmesi için primer immün yetmezliklere yönelik olarak yeni nesil dizileme yapılması amaçlandı. Hacettepe Çocuk Nöroloji Bölümü'nde takip edilen 53 SSPE hastası çalışmaya dahil edildi. Tanıları klinik bulgulara, BOS kızamık indeksine ve EEG bulgularına göre konuldu. Dizileme işleminde Illumina 5 sistemi kullanıldı. Hastaların 42'si erkek, 11'i kadın olup  ortalama yaş 16±3.2 yıldır. Hastalarda ortalama kızamık geçirme yaşı 24±18 aydır. Yapılan değerlendirmede 15 hastada hastalık yapıcı olduğu düşünülen varyant tespit edildi. MCM4 varyantı 5 hastada, TNFRSF13B varyantı 3 hastada, , IRF3 varyantı 2 hastada görüldü. Sadece bir hastada görülen varyantlar; SERPING1, TTC7A, DOCK8, LRBA, C1q, TYK2, LRRC8A mutasyonlarıdır. Çalışma sonucu bulunan varyantlar kızamık virüsü ile ilişkili olabilecek immün mekanizmaların belirlenmesinde yeni çalışmalara ışık tutacaktır.

Abstract:
Subacute sclerosing panencephalitis (SSPE) is a chronic progressive neurodegenerative disease of the central nervous system effecting children and young adults. First symptoms are mental deterioration, myoclonia and behavioral changes progresing to  gait disturbances. Later on patients become beddridden and comatose. The disease eventually cause death of the patient in several years. In this study, new generation sequencing designed for primary immunodeficiencies was used to reveal the immunological mechanisms in the development of SSPE. Fifty three patients who were diagnosed with SSPE in Section of Pediatric Neurology, Hacettepe University, İhsan Doğramacı Children's Hospital were included in this study.  Diagnosis was based on clinical findings, CSF measles index and EEG findings. Illumina 5 system was used for sequencing. Twenty two patient were male and 11 patient were female. The mean age of the patients was 16±3.2 years. The mean age for measles was 24 ± 18 months. Interpretation of the results revealed that polimorphisms that are likely disease causing were detected in 15 patients. Five patient had MCM4 variant, 3 patients had TNFRSF13B variant,  2 patient had IRF3 variant and SERPING1, TTC7A, DOCK8, LRBA, C1q, TYK2, LRRC8A vatiants were detected only at one patient. The variants found in the study will assist on new studies in determining the immune mechanisms that may be related to measles virus pathogenesis.