Türkiye Erinaceus (Erinaceomorpha: Mammalia) cinsinin moleküler filocoğrafyası
Molecular phylogeography of genus erinaceus (Erinaceomorpha: Mammalia) in Turkey
Yazar: SADIK DEMİRTAŞ
Danışman: PROF. DR. İSLAM GÜNDÜZ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Zooloji = Zoology
Dizin: Türkiye = Turkey

Özet:
Bu çalışma, Türkiye'deki Erinaceus roumanicus ve E. concolor'un yayılış modellerini, populasyon yapısını, demografisini ve evrimsel genetiğine ışık tutan morfolojik ve moleküler çalışmaları içermektedir. Çalışmada, bölgesel seviyede Türkiye'deki iki kirpi türünün (E. roumanicus ve E. concolor) kolonileşme tarihini belirlemek için `filocoğrafya' yaklaşımı kullanılmıştır. Bunun için ülke boyunca toplanmış 179 bireyin mitokondrial DNA (sitokrom b geninin tamamı, 1140 bç) ve nüklear DNA (beta fibrinojen intron 7, bfibr, 693-708 bç) dizileri incelenmiştir. Aynı zamanda analizlere üç E. europaeus (İsveç), iki E. amurensis (Rusya) ve bir Hemiechinus auritus (Türkiye) dahil edilmiştir. Her ne kadar özellikle Türkiye'deki E. roumanicus ve E. concolor'un kolonileşme tarihi ve evrimsel genetiğinin önemi verilse de tür içi ve türler arası filogenetik ilişkiyi yeniden düzenlemek, kirpi soy hatlarının ayrılma zamanlarını hesaplamak ve kıtasal coğrafik skalada Palearktik'teki kirpi türlerinin genetik varyasyon ve filocoğrafyasına ait genel bir görünüm elde etmek amacıyla, bu iki tür ve aynı zamanda E. europaeus için daha önce çalışılan iki genin (kısmi sitokrom b, 383 bç ve bfibr, 693 bç) sekanslarına ilaveten yeni sekanslarda kullanılmıştır. Yapılan çalışmanın sonuçları aşağıdaki çıkarsamaları yapmamıza imkan verir: (i) Tüm veriler Türkiye'de iki kirpi türünün bulunduğunu destekler (E. roumanicus ve E. concolor) (ii) her iki tür de kuzeybatı Anadolu'da parapatrik dağılıma sahiptir (iii) hem sitokrom b hem de bfibr belirteçleri iki tür arasında derin farklılığı önermektedir (iv) her iki türde de dominant ve merkezde toplanmış yakın ilişkili haplotiplerin varlığının da önerdiği gibi Türkiye'de hem E. roumanicus hem de E. concolor soy hatları/kladlarında ani demografik genişleme meydana gelmiştir, buna göre populasyonların muhtemelen çoklu sığınaklardan genişlemesi muhtemeldir (v) üç kirpi türünün (E. roumanicus, E. concolor ve E. europaeus) kıtasal filocoğrafik modelleri, bilinen sığınakların içerisindeki uzun süreli parçalanmalar veya ilave kriptik sığınakların varlığıyla hemen hemen uyuşmaktadır.

Abstract:
This study combines molecular and morphometric studies to provide insights into the distribution patterns, population structure, demography and evolutionary genetics for the hedgehogs Erinaceus roumanicus and Erinaceus concolor in Turkey. This study uses a `phylogeographic? approach to examine the colonisation history of two hedgehogs species (E. roumanicus and E. concolor) in Turkey at regional level, making use of mitochondrial DNA (complete cytochrome b gene, 1140 bp) and nuclear DNA (intron 7 of the beta-fibrinogen gene, bfibr, 693-708 bp) sequences of 179 individuals of the two species sampled across the country. Also, three individuals of E. europaeus (Sweden), two of E. amurensis (Russia) and one of Hemiechinus auritus (Turkey) were included in the analysis. Although particular emphasis was given to the colonisation history and evolutionary genetics of E. roumanicus and E. concolor in Turkey, publicly available sequences of the two genes (partial cytochrome b, 383 bp and bfibr, 693 bp) for these two species plus E. europaeus along with the new sequences were used to reconstruct within and between species phylogenetic relationships, to calculate divergence times for the hedgehog lineages and to have a comprehensive picture of genetic variation and phylogeography of the hedgehog species in Palearktic at continental geographic scale. The results of the present study allows us to draw the following conclusions: (i) all the data support occurance of two hedgehog species (E. roumanicus and E. concolor) in Turkey (ii) the two species have a parapatric distribution in north west Anatolia (iii) both cytochrome b and bfibr markers suggest a deep divergence between the two species (iv) sudden demographic expansions occurred both in E. romanicus and in the linages/clades of E. concolor in Turkey, as suggested by the occurrences of the closely related haplotypes connected to central and dominate ones in both species, this is probably populations expansion from multiple refugia (v) Continental phylogeographic patterns of three hedgehog species (E. roumanicus, E. concolor and E. europaeus) almost fitted well with a long-standing fragmentation within well know refugia or the presence of further cryptic refugia.