Helicobacter pylori caga geninin filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of helicobacter pylori caga gene
Yazar: BORA KAZIM BÖLEK
Danışman: DOÇ. DR. SOYKAN ARIKAN ; PROF. DR. SABRİ SÜMER
Marmara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Filogenetik = Phylogenetic ; Gen analizi = Gene analysis ; Helicobacter pylori = Helicobacter pylori

Özet:
Helicobacter pylori cagA geni ile farklı mide patolojileri ve izolatların coğrafik dağılımı arasındaki olası bir ilişkiyle alakalı olarak literatürde çelişkili sonuçlar bulunmaktadır. Biz bu tezde Türkiye'deki izolatların cagA genlerinin moleküler düzeyde analizini yapmayı amaçladık.Çalışmamızdaki 170 hastadan (126 gastrit, 12 mide ülseri, 27 oniki parmak bağırsağı ülseri, 5 mide kanseri) 151 izolat elde ettik (1 mide ülseri ve bir oniki parmak bağırsağı ülseri hastasından 2'şer farklı izolat elde ettik). DNA izolasyonu, polimeraz zincir reaksiyonu, agaroz jel elektroforezi, DNA dizi analizi ve filogenetik analizler yaptık.Elde ettiğimiz 151 H. pylori izolatından (106 adet G, 13 adet MÜ, 27 adet DÜ ve 5 adet SA) 101 tanesinde (%66.9) cagA geni tespit ettik. 106 adet G izolatından 62'si (%58,5), 13 adet MÜ izolatından 12'si (%92,3), 27 adet DÜ izolatından 25'i (%92,6) ve 5 adet SA izolatından 2'si (%40) cagA pozitif olarak bulundu. 101 adet cagA pozitif suştan 16'sında (%15,8) sadece cagA 5' uç bölgesi, 11'inde (%10,9) sadece cagA 3' uç bölgesi 74'ünde (%73,3) ise hem cagA 5' hem de cagA 3' uç bölgesini aynı anda tespit ettik. İzolatlarımızın hem cagA 5' hem de 3' uç bölgelerine göre hpEurope grubuna ait olduğunu belirledik. ?TCT TCC ATA AAG AGC TTT CAG AAA T? bazlarından oluşan ve tüm izolatlarımızın 5' uç bölgelerinde bulunan korunmuş bir bölge tespit ettik. Bu korunmuş DNA bölgesi, Batı tipi & Doğu Asya tipi izolatların ayırt edilmesinde kullanılabilir. cagA geninin tespitinde hem 5' hem de 3' uç bölgelerinin farklı bir çok primerle çoğaltılarak analiz edilmesi daha güvenilir sonuçlar vermektedir.

Abstract:
There are some discrepancies about the possible association of Helicobacter pylori cagA gene with the different gastric pathologies and the geographical distribution of H. pylori isolates in the literature. In this thesis we aimed to analyze cagA gene of Turkish isolates on molecular basis.We obtained 151 isolates from 170 patients (126 gastritis, 12 gastric ulcer, 27 duodenal ulcer and 5 gastric cancer patients). We could get 2 different isolates from one gastric ulcer patient and 2 different isolates from one duodenal ulcer patient. DNA isolation, polymerase chain reaction, agarose gel electrophoresis, DNA sequencing and phylogenetic analysis were applied.Among 151 isolates (106 gastritis, 13 gastric ulcer, 27 duodenal ulcer and 5 gastric cancer isolates) 101 (66,9%) were found to be cagA positive. 62 (58,5%) of 106 gastritis isolates, 12 (92,3%) of 13 gastric ulcer, 25 (92,6%) of 27 duodenal ulcer and 2 (40%) of 5 gastric cancer isolates were cagA positive. Our isolates were clustered in hpEurope population. We also detected a conserved region of ?TCT TCC ATA AAG AGC TTT CAG AAA T? in the 5? end region of cagA gene of our all isolates. The conserved region that we detected can be used to distinguish Western and East Asian isolates. We also state that using plenty of different primers for both 5? and 3? regions of cagA gives more reliable results for detection of cagA gene.