Küçük hücre dışı akciğer kanserlerinde transkripsiyon faktörü NFKB-aracılı otofaji düzenlenme mekanizmalarının aydınlatılması
Elucidation of transcription factor NFKB-mediated autophagy regulation mechanisms in NON-small cell lung cancer
Yazar: ÖZGE ALVUR
Danışman: PROF. DR. HAKAN AKÇA
Pamukkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Onkoloji = Oncology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer hastalıkları-obstrüktif = Lung diseases-obstructive ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Nükleer faktör-kappa B = Nuclear factor-kappa B ; Otofaji = Autophagy ; Transkripsiyon faktörleri = Transcription factors

Özet:
Otofaji, tüm ökaryotlarda yüksek oranda korunmuş hücre içi degradasyon ve geri dönüşüm prosesidir. Otofaji mekanizmasında meydana gelen aksaklıklar kanser de dahil birçok hastalığın progresyonunda yer alır. Otofaji, kanserin doğasına bağlı olarak tümör baskılayıcı bir mekanizma olarak davranabildiği gibi onkogenik bir mekanizma olarak da davranabilir. Otofaji mekanizmasının düzenlenmesinde birçok hücre içi molekül, selüler proses ve yolaklar rol oynayabilir. Bu yolaklardan biri de NFKB yolağıdır. Bir transkripsiyon faktörü olan NFKB, önemli hücresel proseslerde rol oynayan çok fazla sayıda genin ekspresyonunu regüle eder. NFKB'nin otofajiyi indükleyici ya da otofajiyi inhibe edici olarak davrandığı bilinmektedir. Kullanımda olan birçok anti-kanser terapisinin hem otofajiyi hem de NFKB yolağını etkilediği bilinmektedir. NFKB yolağı ve otofaji arasındaki fonksiyonel ilişkiyi aydınlatmak kombine terapiler kullanılarak kanser tedavilerinin etkinliğinin arttırılmasına ve yeni stratejiler geliştirilmesine katkı sağlayabilecektir. Ancak literatürde, Küçük Hücre Dışı Akciğer Kanserlerinde (KHDAK) NFKB yolağının otofajiyi nasıl düzenlediği ve bu düzenlemenin ayrıntılı mekanizmasına ilişkin bilgi bulunmamaktadır. Bu nedenle tez çalışmamızda Küçük Hücre Dışı Akciğer Kanserlerinde NFB'nin otofaji mekanizması üzerindeki olası regüle edici etkisini ve NFKB-aracılı otofaji regülasyonunda rol oynayan olası genleri saptamayı amaçladık. Öncelikle KHDAK hücre hattında NFKB baskılanan ve overeksprese edilen gruplar oluşturduk ve bu gruplarda otofajiyi indüklediğimiz ve indüklemediğimiz alt gruplar oluşturduk. Bu örnek gruplarında otofaji düzeylerini western blot analizi ile belirledik. Bunun sonucunda Küçük Hücre Dışı Akciğer Kanserinde NFKB'nin otofajiyi pozitif regüle ettiğini ortaya koyduk. Sonrasında bu örnek gruplarında RNA sekans analizi ile gruplar arasında farklı ekspresyon profili sergileyen genleri saptadık. NFKB overeksprese edilen otofaji indüklü gruplarda ekspresyonu artarken NFKB baskılandığında ekspresyonu düşüş gösteren genleri NFKB-aracılı otofaji regülasyonunda rol oynayan aday genler olarak belirledik. RNA sekanslama sonuçlarını qRT-PCR analizi ile teyit ederek NFKB-aracılı pozitif otofaji regülasyonunda rol oynayan genleri saptadık. Çalışmamızın 'NFKB Küçük Hücre Dışı Akciğer Kanserlerinde otofajiyi nasıl regüle eder ve bu regülasyonda rol oynayan genler nelerdir?' sorusuna cevap bulabilmek adına literatüre katkı sunacağını düşünmekteyiz.

Abstract:
Autophagy, is an intracellular degradation and recycling process which has been highly conserved in eukaryotes. Dysfunctions in autophagy process take place in progression of various diseases including cancer. Depend on nature of cancer, autophagy may behave as an oncogenic mechanism as well as a tumor suppressor mechanism. Many intracellular molecules, cellular processes and pathways may play role in regulation of autophagy mechanism. One of them is NFKB pathway. NFKB, a transcription factor, regulates the expression of a large number of genes involved in important cellular processes. It is known that NFKB behaves an autophagy inducer or inhibitor. Many anti-cancer therapies in use effect both autophagy and NFKB pathway. Illuminating the functional relationship between the NFKB pathway and autophagy can contribute to increase of the effectiveness of cancer treatments by using combined therapies and to development of new strategies. However in the literature, there is no information about how NFKB pathway regulates autophagy in Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC) and detailed mechanism of this regulation. Therefore, in our thesis, we aimed to determine the possible regulatory effect of NFKB on autophagy mechanism and possible genes involved in NFKB-mediated autophagy regulation in NSCLC. Firstly, we constitued NFKB-suppressed and -overexpressed groups in NSCLC cells and subgroups which we induced and not induced autophagy. We determined autophagy levels in these groups by western blotting. As result, we revealed that NFKB positively regulates autophagy in NSCLC. After that, in these groups, we detected genes that display different expression profiles between the groups by RNA sequence analysis. We determined the genes that showed decreased expression when NFKB was suppressed while their expressions increased in NFB overexpressed autophagy-induced groups as candidate genes which play role in NFKB-mediated autophagy regulation. We detected genes which play role in NFKB-mediated positive autophagy regulation by confirming RNA sequencing results by qRT-PCR. We think that our study will contribute to the literature in order to find the answer to the question of "How does NFKB regulate autophagy in NSCLC and what are the genes involved in this regulation?"