Naringenin ve Timokinon'un TFEB geninin ekspresyonuna etkilerinin HepG2 ve fibroblast hücrelerinde analizi
Analysis of the effects of Narigenin and Thymoquinoe on the expression of the TFEB gene in HepG2 and fibroblast cells
Yazar: VİLDAN SARAÇ
Danışman: DOÇ. ŞENAY VURAL KORKUT
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Kanser =   ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Kanser hücrelerin kontrolsüz büyümesi ve çoğalması sonucu ortaya çıkan bir hastalıktır. Hücrelerin bozulmuş büyüme ve bölünme mekanizmalarının altında birçok genetik, epigenetik ve çevresel faktör yer almaktadır. Karaciğer kanseri, dünya genelinde ölüm oranının yüksek olduğu kanser türleri arasındadır. Hepatoselüler karsinoma (HCC) ise en sık karşılaşılan karaciğer kanseri tipidir. Diğer kanser türlerinde olduğu gibi HCC'de de otofaji ve apoptoz mekanizmalarının düzensizleştiği bilinmektedir. Otofaji ve apoptoz mekanizmalarının düzensizleşmesi hücrelerin kontrolsüz bölünmesine sebebiyet veren sebeplerden biridir. Transkripsiyon Faktörü EB (TFEB)'nin otofaji ve apoptozu düzenlediği, ekspresyonunun otofajiyi ve apoptozu indüklediği bilinmektedir. Bu çalışma kapsamında önceki çalışmalarda anti-kanser özellikleri gösterilmiş Timokinon ve Naringenin'in ayrı ayrı ve kombine olarak in vitro sitotoksik analizleri yapılarak IC50 değerleri Fibroblast hücrelerinde Timokinon muamelesi sonucu 24, 48 ve 72 saat sonunda sırasıyla 45.12 μM, 46.10 μM, 24.43 μM; Naringenin muamelesi sonucu 24, 48 ve 72 saat sonunda sırasıyla 76.43 μM, 53.61 μM, 46.76 μM olarak; kombine muamele sonucu 24, 48 ve 72 saat sonunda sırasıyla 47.85 μM, 52.28 μM, 33.28 μM olarak hesaplanmıştır. HepG2 hücrelerinde Timokinon muamelesi sonucu 24, 48 ve 72 saat sonunda sırasıyla
88.26 μM, 82.95.10 μM, 84.93 μM; Naringenin muamelesi sonucu 24, 48 ve 72 saat
sonunda sırasıyla 85.34 μM, 63.55 μM, 66.05 μM olarak; kombine muamele sonucu 24,
48 ve 72 saat sonunda sırasıyla 108.01 μM, 69.21 μM, 68.51 μM olarak hesaplanmıştır.
Saptanan konsantrasyon değerleri baz alınarak HepG2 ve insan Fibroblast hücreleri
Timokinon ve Naringenin ile ayrı ayrı ve kombine olarak 24, 48 ve 72 saat boyunca
muamele edilmiştir. Belirlenen sürelerin sonunda Real-Time PCR ile TFEB geninin
ekspresyon seviyelerindeki değişimin analizi yapılmıştır.

Abstract:
Cancer is a disease that arises from uncontrolled growth and proliferation of cells. Many genetic, epigenetic, and environmental factors are involved in the disrupted growth and division mechanisms of cells. Liver cancer is among the types of cancer with high mortality rates worldwide. Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common type of liver cancer. As with other types of cancer, it is known that autophagy and apoptosis mechanisms are dysregulated in HCC. Dysregulation of autophagy and apoptosis mechanisms is one of the causes leading to uncontrolled cell division. It is known that Transcription Factor EB (TFEB) regulates autophagy and apoptosis, and its expression induces autophagy and apoptosis. In this study, in vitro cytotoxicity analyses of The in vitro cytotoxic analyses of Thymoquinone and Naringenin, both separately and in combination, were conducted. The IC50 values for Fibroblast cells treated with Thymoquinone were determined to be 45.12 μM, 46.10 μM, and 24.43 μM at 24, 48, and 72 hours, respectively. For Naringenin treatment, the IC50 values were 76.43 μM, 53.61 μM, and 46.76 μM at 24, 48, and 72 hours, respectively. For the combined treatment, the IC50 values were 47.85 μM, 52.28 μM, and 33.28 μM at 24, 48, and 72 hours,respectively. In HepG2 cells, the IC50 values for Thymoquinone treatment were found to
be 88.26 μM, 82.95 μM, and 84.93 μM at 24, 48, and 72 hours, respectively. For
Naringenin treatment, the IC50 values were 85.34 μM, 63.55 μM, and , 66.05 μM at 24,
48, and 72 hours, respectively. For the combined treatment, the IC50 values were 108.01
μM, 69.21 μM, and 68.51 μM at 24, 48, and 72 hours, respectively. Based on the
determined concentration values, HepG2 and human Fibroblast cells were treated with
Thymoquinone and Naringenin, both separately and in combination, for 24, 48, and 72
hours. At the end of these time periods, the changes in the expression levels of the TFEB
gene were analyzed using Real-Time PCR.