Bop (cd8 beta opposite) geninin hipertrofik kardiyomiyopatili hastalarda mutasyon analizi
Mutation analysis of bop(cd8 beta opposite) gene in hyperthrophic cardiomyopathy patients.
Yazar: NESLİHAN ABACI
Danışman: PROF.DR. NİHAN ERGİNEL ÜNALTUNA
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Kardiyoloji = Cardiology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Bop geni CD8b geninin hemen yanındadır ve tersi yönde ekspresyon aktivitesinden dolayıBOP (CD8 Beta OPposite ) olarak adlandırılır. Bop geni insanda 2p11.2'ye lokalizedir ve 456 aminoasitlik (aa) protein kodlar. Genin T hücrelerinde eksprese olan formu t-Bop, iskelet ve kalp kasındaeksprese olan formuna skm-Bop (M-Bop) olarak adlandırılır. Bop null allel (Bop -/-) embriyoların, E9.5 embriyonik dönemde yapısal gerilik göstererek E10.5'inci embriyonik döneme kadaryasayabildikleri belirlenmistir. Bop -/- embriyolarda sag ventrikülün gelismedigi sol ventrikülün fazlagelistigi saptanmıstır. Hipertrofik kardiyomiyopati (HKMP), bir genetik hastalık olmasına ragmenhipertrofinin sebebi kesin olarak bilinmemektedir. Genin eksprese olmadıgı zaman sag ventrikülün hiçgelismemesi ve sol ventrikülün normalden daha fazla gelismesi HKMP ile iliskili olabileceginidüsündürmektedir. Çalısmamız kapsamında, BOP genindeki mutasyonların HKMP ile olası iliskisinigöstererek, bu hastalık için yeni tanı testlerinin gelistirilmesine katkıda bulunmayı amaçladık.?Subtractive hybridization? kütüphanesinden elde edilen klonlarla ilk önce `blast' analizi yapıldı. Aynıbölgeye giden klonlar birlestirilerek en uzun dizi elde edildi. Elimizdeki klonların kodladıgı anlamlıdizi Bop genine gittigi bulundu. Klonların kalpteki ekspresyonunu anlamak için northern blot analiziyapıldı. Bu analizlerden ve yayınlardan genin kalple iliskili oldugu tespit edildi. Çalısma grubumuzolan 50 HKMP'li hasta ve 50 saglıklı kontrolün PCR'ları yapıldı. Çogaltılan ekzon bölgeleri, tekiplikli konformasyonel polimorfizm (SSCP) analizi ile incelenerek farklı bantlara sahip örneklerdizilemeye gönderildi. Bop geninin 2., 6., 7. ve 9. örneklerinde tek nükleotid degisimleri (TND)belirlendi. Ekzon 2 ve 7'de tespit ettigimiz TND kontrol grubunda belirlenmedi. Diger iki ekzondakiTND'ne kontrol grubundaki örneklerde de rastlandı. Bu TND aa degisikligine sebep olmamasınaragmen gelecekte yapılacak RNA düzeyinde ki çalısmalar sayesinde HKMP ile olası baglantılarıkurulabilecektir.

Abstract:
Bop gene is located in close proximity to CD8b gene?s side and because of the reverseexpression direction , it is called bop. Bop gene is localized to 2p11.2 in human and codes for a protein456 aa long.The form of the gene expressed in T-cells is called t-Bop and the form expressed inskeletal and heart muscle is called skm-Bop(M-Bop). Bop null allele embryos can show structuralretardation during E 9.5 embryonic stage and can live up to E 10.5 embryonic stage. In Bop -/-embryos.In embryos right ventricle isn?t developed and left ventricle is developed too much. AlthoughHCM is a genetic disease, the exact reason of the hypertrophy isn?t known. When there?s noexpression of the gene, no development in the right ventricle and more development than normal inthe left ventricle may show the relation between the gene and HCM. In our study, we aimed to showthe probable relationship between Bop gene mutations and HCM to help to improve new diagnosistests. Firstly the blast analysis is made with the clones obtained from the subtractive hybridizationlibrary. The longest sequence is obtained by joining the clones, which are pointing the same area. It isfound that our clones point out the Bop gene. Northern blot analysis is made to understand theexpression of the clones in heart. From these analysis and papers, it is understood that the gene isrelated to the heart. PCR?s of the 50 HCM patients and 50 healthy controls are made. These PCRproducts are examined by SSCP analysis and samples with different banding patterns are sequenced.Single nucleotide changes are found in the 2nd, 6th, 7th and 9th exons. Silent mutations found in 2ndand 7th exons couldn?t be found in the control group. The single nucleotide base changes found inother two exons are also found in the control group. These single base changes don?t cause proteinchanges.