p53 yolağında yer alan mdm2 ve p53 genlerinde görülen tek nükleotid polimorfizimlerinin meme kanserli hastalarda araştırılması
Research of single nucleotide polymorphisms found in MDM2 and p53 genes in p53 pathway on patients with breast cancer
Yazar: BAHADDİN ARI
Danışman: DOÇ. DR. HATİCE KORKMAZ GÜVENMEZ ; PROF. DR. HİKMET AKKIZ
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Biyoloji = Biology ; Onkoloji = Oncology

Özet:
Kadınlarda meme kanseri dünya çapında en yaygın malignansidir. Sporadik insidansın yüksek olmasına karşın ailesel oran düşüktür. TP53 tümör suppressor geni kromozom 17 üzerinde lokalize olmuştur ve muhtelif malignasilerle ilişkilidir. Yeni ortaya çıkarılmış bir polimorfizm olan MDM2 promotor bölgesi polimorfizmi de yine bir çok kanserle ilişkilidir. Kodon 72 TP53 ve MDM2 SNP309 polimorfizmi meme kanserli hastalar üzerinde çalışıldı. Polimorfizim çalışması ve allel frekansları için 75 meme kanserli hastadan ve kontrol için 75 sağlıklı kan vericisinden kan alındı. Periferal mononüklear kan hücrelerinden DNA ekstrakte edilerek PZR tabanlı RFLP işlemi uygulandı. Meme kanserli hastalar ve Kontrol grupları arasında sırayla kodon 72 için frekans; homozigot arjinin %38,7 ve %45,3, homozigot prolin %13,3 ve %12, heterezigot Arg/Pro %48 ve %42,7 şeklinde bulunmuştur. Hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı bir allel freaknsları açısından anlamlı bir farklılık yoktur. Buna gore TP53 kodon 72 polimorfiziminin türk popülasyonu açısından meme kanseriyle ilişkisi yoktur. Meme kanserli hastalar ve Kontrol grupları arasında sırayla SNP309 için frekans; homozigot GG %28 ve %20, homozigot TT %20 ve %26,7 heterezigot T/G %52 ve %53,3 şeklinde bulunmuştur. Hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı bir allel freaknsları açısından anlamlı bir farklılık yoktur. Buna gore MDM2 SNP309 polimorfiziminin türk popülasyonu açısından meme kanseriyle ilişkisi yoktur.Anahtar kelimeler: Meme Kanseri, Polimorfizim, TP53, Kodon 72, MDM2, SNP309, PZR, Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RFLP).

Abstract:
Breast cancer is the most common female malignancy worldwide. Despite the high incidence of sporadic cases, the rate of familial breast cancer is low. The tumor suppressor gene TP53 (alias p53), located on chromosome 17, has been involved in various malignancies. A novel polymorphism in the promoter region of MDM2 was associated with cancers. Polymorphisms in codon 72 of TP53 and MDM2 SNP 309 have been studied in breast cancer. For study of polymorphisms and allele frequency, 75 female patients with breast cancer and 75 healthy blood donors as control group were recruited. DNA from peripheral blood mononuclear cells was extracted and amplified using RFLP based polymerase chain reaction. Frequency of homozygotic arginine at codon 72 was %38,7 in patients and %45,3 in controls, for homozygotic proline it was %13,3 and %12, and for heterozygotic Arg/Pro it was %48 and % 42,7, respectively. No significant difference was found between patients and controls regarding allele frequencies. Polymorphism in codon 72 of TP53 gene was not associated with breast cancer in Turkish patients. Frequency of homozygotic GG at SNP309 was %28 in patients and %20 in controls, for homozygotic TT it was %20 and %26,7, and for heterozygotic T/G it was %52 and %53,3, respectively. No significant difference was found between patients and controls regarding allele frequencies. Polymorphism in SNP309 MDM2 gene and was not associated with breast cancer in Turkish patients.Key words: Breast cancer, Polymorphism,TP53, Codon 72, MDM2, SNP309, , PCR, Restriction Fragment length polymorphism (RFLP).