Kardiyovasküler hastalıklarda fragman analizi yöntemine dayalı genetik yatkınlık tanı kiti geliştirilmesi
Development of genetic predisposition diagnostic kit based on fragment analysis in cardiovascular diseases
Yazar: SELİN GÜL ÜNSAL
Danışman: PROF. DR. YELDA ÖZDEN ÇİFTÇİ
Gebze Teknik Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
DNA polimorfizminin en yaygın türü olan tek nükleotid polimorfizimleri (SNP)
yaygın hastalıkların genetik temellerini oluşturabilmekte ve bireyleri hastalıklara daha
yatkın hale getirebilmektedir. SNP'lerin sebep olduğu allel varyantlarının tespiti
genetik tanıda önemli bir araç olan SNP genotiplemesi yöntemi ile
gerçekleştirilebilmektedir. Bu sayede, hastalıklara yönelik genetik risklerin
tanımlanması mümkün olmaktadır. Uygulanan genetik testler, hastalığa genetik
yatkınlığı olan kişilerin tanımlanması, hastalıkların yönetimi ve önlenmesi için
klinisyenlere hasta için en uygun tedavi ve desteği seçmede rehberlik eder. SNP'leri
hedefleyen genotipleme panelleri, kardiyovasküler hastalıkların da dahil olduğu,
yaygın hastalıklara yatkınlığı araştırmak için kullanılan güçlü araçlardır.
Bu çalışmada amaç, kardiyovasküler hastalıklara genetik yatkınlığın teşhisi için
faydalı ve özgün bir SNP genotipleme kiti geliştirmektir. Günümüzde,
kardiyovasküler hastalıklarla bağlantılı olduğu bilinen, klinik açıdan anlamlı 23 SNP
bu tez kapsamında geliştirilen tanı paneli içeriğine dahil edilmiştir. Bu yönteme dayalı
olarak, yapılan tez çalışmasında kapiler elektroforez cihazında çalışmaya uygun,
fragman analizi yöntemine dayalı, kullanımı hızlı ve kolay bir teşhis kiti
geliştirilmesine odaklanılmıştır. Mevcut tez çalışmasında Değişken Fragman
Uzunluğu Allel Spesifik Polimeraz Zincir Reaksiyonu (VFLASP) ve Amplifikasyona
Dirençli Mutasyon Sistemi (ARMS) yöntemleri, allelik varyasyonları tespit etmek için
güvenilir yöntemler olarak seçilmiştir. Her iki tekniğin etkinliğini artırmak için yeni
ve özgün bir strateji geliştirilerek VFLASP-ARMS adı ile sunulmuştur.
Çalışmada elde edilen sonuçlar, bu tez kapsamında yenilikçi bir yöntem olarak sunulan
VFLASP-ARMS yönteminin SNP genotipleme analizlerine dahil edilebilecek etkin ve
verimli bir tasarım metodolojisi ortaya çıkardığını göstermiştir.
Tasarlanan bu kitin uzun vadede ticari faaliyetler ile ulusal ve uluslararası profesyonel
kullanıcılara ulaştırılması ve Türkiye'de yerli üretime katkıda bulunması
hedeflenmiştir.

Abstract:
The most common type of DNA polymorphism, single nucleotide polymorphisms
(SNPs), can form the genetic basis of common diseases and make individuals more
susceptible to these diseases. The detection of allele variants caused by SNPs can be
performed using SNP genotyping, an important tool in genetic diagnosis. Through this
method, it is possible to identify genetic risks for diseases. The applied genetic tests
guide clinicians in selecting the most appropriate treatment and support for patients,
aiding in the identification of individuals genetically predisposed to diseases, and in
the management and prevention of these diseases. Genotyping panels targeting SNPs
are powerful tools used to investigate susceptibility to common diseases, including
cardiovascular diseases.
The aim of this study is to develop a useful and specific SNP genotyping kit for
diagnosing genetic susceptibility to cardiovascular diseases. Currently, the diagnostic
panel developed within the scope of this thesis includes 23 clinically significant SNPs
known to be associated with cardiovascular diseases. Based on this method, the thesis
focused on developing a diagnostic kit suitable for use with a capillary electrophoresis
device, based on the fragment analysis method, and designed for quick and easy use.
In this thesis study, the Variable Fragment Length Allele Specific Polymerase Chain
Reaction (VFLASP) and Amplification Refractory Mutation System (ARMS)
methods were selected as reliable techniques for detecting allelic variations. A new
and original strategy was developed to enhance the efficiency of both techniques,
presented under the name VFLASP-ARMS.
The results obtained in the study demonstrated that the VFLASP-ARMS method,
presented as an innovative approach within the scope of this thesis, revealed an
effective and efficient design methodology that can be incorporated into SNP
genotyping analyses. It is aimed that this kit, designed for long-term commercial
activities, will reach national and international professional users and contribute to
domestic production in Turkey