M694V mutasyonu taşıyan ailevi akdeniz ateşi hastalarında pirin ve onunla ilişkili proteinleri kodlayan genlerin ifade düzeylerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the expression levels of genes encoding pyrin and related proteins in patients with familial mediterranean fever carrying the M694V mutation
Yazar: MEHMET KÖSEM
Danışman: PROF. DR. YUSUF TUNCA
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Gülhane Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Ailesel akdeniz ateşi = Familial mediterranean fever ; Gen ifadesi = Gene expression

Özet:
Amaç	: Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA) ülkemizdeki en yaygın otoinflamatuvar hastalıklardan birisidir. Bu çalışmada, sağlıklı kontroller ile M694V mutasyonu pozitif ataklı ve ataksız dönem AAA hastalarına ait, doğal bağışıklığın en önemli hücre grubu olan nötrofil hücrelerinde MEFV, PKN1, ACTN1 ve HMGB1 genlerinin ifade düzeylerinin karşılaştırılması amaçlandı.
Gereç ve Yöntem: Deneysel araştırma, Şubat 2021 ve Haziran 2023 tarihleri arasında Gülhane EAH Romatoloji Polikliniği/Kliniği ve Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi Polikliniğine başvuran ve gönüllü olarak çalışmaya katılan kişilerden alınan EDTA'lı periferik tam kan örnekleri üzerinde yürütüldü. Hasta grubunda: M694V mutasyonu taşıyan ataklı ve ataksız dönemdeki AAA hastaları, sağlıklı kontrol grubu olarak ise: MEFV geni mutasyonu taşımayan ve herhangi bir otoinflamatuvar hastalığı olmayan kişiler alındı. Tam kan örneklerinden önce nötrofil hücreleri ayrıldı. Hemen sonra bu hücrelerden total RNA izole edildi. Daha sonra her örnekten önce cDNA sentezi ve sonrasında TaqMan problar kullanılarak GAPDH genine karşı ACTN1, HMGB1, MEFV ve PKN1 genlerinin ifade düzeyleri farklı zamanlarda iki ayrı ölçüm yapılarak analiz edildi. Değerlendirmeye esas olarak aynı örneğe ait iki ölçüm değerinin ortalaması alındı.
Bulgular: Çalışmaya 24 AAA hastası Ataklı (n=14, ortalama yaş= 34,78±13,48 yıl), Ataksız (n=10, ortalama yaş=37,60±10,67 yıl) ve 11 sağlıklı kontrol (ortalama yaş=44,33±12,95 yıl) dahil edildi. Çalışma gruplarının ortalama gen ifade düzeyleri ACTN1 geni (Ataklı: 2,94±4,55, Ataksız: 2,24±2,99, Kontrol: 2,35±4,81, χ2 =0,177, p=0,915), HMGB1 geni (Ataklı: 1,08±1,47, Ataksız: 3,11±4,75, Kontrol: 1,22±0,69, χ2 =2,957, p=0,228), MEFV geni (Ataklı: 3,20±5,38, Ataksız: 1,60±1,76, Kontrol: 2,51±3,91, χ2 =0,307, p=0,858), PKN1 geni (Ataklı: 5,48±11,34, Ataksız: 2,60±3,54, Kontrol: 1,47±1,05, χ2 =0,192, p=0,909) arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmadı.
Sonuç: Bu çalışmada, AAA Ateşi hastalarında ataklı ve ataksız dönemde oluşan klinik tabloda MEFV, ACTN1, HMGB1 ve PKN1 genlerinin ifade düzeylerinin anlamlı düzeyde değişmediği görülmüştür.
ANAHTAR KELİMELER: Ailevi Akdeniz Ateşi, Gen İfadesi, İnflamatuvar Yanıt, Nötrofil, Pirin İnflamazomu

Abstract:
Objective: Familial Mediterranean Fever (FMF) is one of the most common auto-inflammatory diseases in Turkey. The aim of this study was to compare the expression levels of MEFV, PKN1, ACTN1 and HMGB1 genes in neutrophil cells, the most important cell group of innate immunity, of healthy controls and FMF patients with and without FMF attacks carrying the M694V mutation.
Materials and Methods: The experimental study was conducted between February 2021 and February 2022 on EDTA peripheral whole blood samples obtained from patients who applied to Gülhane EAH Rheumatology Outpatient Clinic/Clinic and Genetic Diseases Evaluation Center Outpatient Clinic and voluntarily participated in the study. The patient group consisted of AAA patients with and without AAA attacks carrying the M694V mutation, and the healthy control group consisted of individuals who did not carry the MEFV gene mutation and did not have any autoinflammatory disease. Neutrophil cells were first separated from whole blood samples. Immediately after, total RNA was isolated from these cells. Then, cDNA synthesis was performed from each sample and the expression levels of ACTN1, HMGB1, MEFV and PKN1 genes against GAPDH gene using TaqMan probes were analyzed by two separate measurements at different times. The average of the two measurements of the same sample was taken as the basis for evaluation. 
Results : The study included 24 FMF patients with (n=14, mean age= 34.78±13.48 years), without (n=10, mean age=37.60±10.67 years) and 11 healthy controls (mean age=44.33±12.95 years). Mean gene expression levels of the study groups were analyzed for the ACTN1 gene (Attack: 2.94±4.55, Non-attack: 2.24±2.99, Control: 2.35±4.81, χ2 =0.177, p=0.915), HMGB1 gene (Attack: 1.08±1.47, Non-attack: 3.11±4.75, Control: 1.22±0.69, χ2 =2.957, p=0.228), MEFV gene (With Attack: 3.20±5.38, Without Attack: 1.60±1.76, Control: 2.51±3.91, χ2 =0.307, p=0.858), PKN1 gene (With Attack: 5.48±11.34, Without Attack: 2.60±3.54, Control: 1.47±1.05, χ2 =0.192, p=0.909), no statistically significant difference was found.
Conclusion: In this study, it was observed that the expression levels of MEFV, ACTN1, HMGB1 and PKN1 genes did not change significantly in the clinical picture of AAA patients with and without attacks.
KEY WORDS: Familial Mediterranean Fever, Gene Expression, Inflammatory Response, Neutrophil, Pirin Inflammasome