İnsan akciğer kanseri hücre hattında traıl ve bortezomib'in apoptoz yolağı genlerinin MRNA ve protein ekspresyonları üzerine etkilerinin araştırılması
Researching effects of trail and bortezomib on apoptosis pathway genes MRNA and protein expressions human lung cancer cell line
Yazar: MEHMET ALİ ERKOÇ
Danışman: PROF. DR. DAVUT ALPTEKİN
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer nakli = Lung transplantation ; Apoptozis = Apoptosis ; Bortezomib = Bortezomib ; Hücre dizisi = Cell line ; Karaciğer hastalıkları = Liver diseases ; Karaciğer neoplazmları = Liver neoplasms ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Akciğer kanseri görülme sıklığı ve mortalitesi en yüksek oranda görülen bir hastalıktır. Uzun yıllardır yapılan çalışmalarda çoğu akciğer kanserinde kullanılan tedaviler başarısız olmuştur.
Bu çalışmada; küçük hücreli akciğer kanser hücre hattı olan A549 hücrelerinde, TNF-bağımlı apoptoz-uyarıcı ligand (TRAIL) ile uyarılan apoptoz yolağında görev alan genlerin ekspresyon profillerinin ve bu genlerle ilgili protein miktarlarının incelenmesi; rekombinant TRAIL (rTRAIL) ve Bortezomib antitümör ajanların çeşitli kombinasyonlarının bu yolak gen ekspresyonunu ve protein miktarlarını nasıl etkilendiğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Amacımıza yönelik olarak insan akciğer kanser hücre hattı (A549)'nın hücre kültürleri yapılmış, hücre kültürleri 3 gruba ayrılarak sürdürülmüştür. İlk grup kontrol grubudur. İkinci gruba dışardan rekombinant TRAIL proteini (rTRAIL) uygulaması yapılmış, üçüncü grup ise rTRAIL ve Bortezomib ile muamele edilmiştir. Bunun sonucunda TRAIL bağımlı apoptoz yolağında görevli genlerin ekspresyon düzeyleri ve protein seviyeleri belirlenmiştir. TRAIL bağımlı apoptoz yolağında görev alan genlerin ekspresyon düzeyleri Real Time PCR, protein seviyeleri ise Western Blot yöntemiyle belirlenmiştir. Ayrıca kültür hücrelerinde apoptoz oranı apoptoz assayle kontrol edilmiştir. 
Çalışmamızda TRAIL ve Bortezomib uygulaması yapılan hücrelerde TRAIL, TRAIL-R1, TRAIL-R2, TRAIL-R3, TRAIL-R4, OPG, Bcl-2, Bax, Bcl-XL genlerinin RNA ve protein ekspresyonları kontrol grubu ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık görülmemiştir.

Anahtar Kelimeler: Gen ekspresyonu, NSCLC, Real Time PCR, TRAIL, Western
Blot

Abstract:
Lung cancer is the most common disease with the highest incidence and mortality rate. Many years of studies have failed in most lung cancer treatments.
In this study; examination of the expression profiles of genes involved in the apoptosis pathway induced by the TNF-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) and the genes related to these genes in A549 cells. The aim of this study was to determine how various combinations of recombinant TRAIL (rTRAIL) and Bortezomib antitumor agents affected this pathway gene expression and protein quantities. For this purpose, expression and protein profiles of TRAIL-related apoptosis pathways were investigated which is plays important role on pathogenesis of lung cancer. Also effects of antitumoral agents TRAIL and Bortezomib has been investigated on apoptosis pathway. Human lung cancer cell line (A549) cell cultures was make fora aim of the study and, the cell cultures divided into 3 groups; first group is control, TRAIL protein applied externally to the second group, TRAIL protein and Bortezomib applied to the third group. Then, protein and expression levels of genes, which are functionary in apoptosis pathway, determined by Western Blot method. Ratio of apoptosis controlled by apoptosis assays. The aim of study is to acquire more information about effect of apoptosis pathway dependent TRAIL induced on obtained data in emphysema and lung cancer and effects of antitumoral agents on apoptosis pathways.
In our study, no significant statistical difference were observed between the control and treatment groups for TRAIL, TRAIL- R1, TRAIL-R2, TRAIL-R3, TRAIL-R4, OPG, Bcl-2, Bax, Bcl-XL gene and protein expressions.


Key Words: Gene expression, NSCLC, Real Time PCR, TRAIL, Western Blot