Şanlıurfa yöresindeki küçükbaş hayvanların filogenetik yapılarının moleküler tekniklerle belirlenmesi çalışmaları
Studies on phylogenetic profiles of small ruminant animals in Sanliurfa region using molecular techniques
Yazar: SELAHADDİN KİRAZ
Danışman: PROF. DR. MEHMET SAİT EKİNCİ
Harran Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada, Şanlıurfa yöresindeki küçükbaş hayvanların filogenetik yapıları moleküler tekniklerle belirlenmeye çalışılmıştır. Araştırmanın hayvan materyalini, Şanlıurfa ve yöresinde yetiştirilen Akkaraman (AK) ve İvesi (IV) koyunları ile Kıl (KL) ve Kilis (KS) keçi ırkları oluşturmuştur. Koyun ve keçilerden genomik DNA izolasyonu için kıl örnekleri toplanmış ve tüm örneklerden genomik DNA izole edilmiştir. Koyun ve keçi DNA örneklerinde mitokondriyal D-loop bölgesi, 12S rRNA ve Sitokrom b (Cyt b) gen bölgelerini çoğaltmak için gerekli ileri ve geri primerler tasarlanmıştır. Koyun ve keçi 12S rRNA, Cyt b ve D-loop gen bölgeleri polimeraz zincir reaksiyonu tekniği (PZR) ile çoğaltılmıştır. PZR ürünlerinin gen dizi bilgileri elde edilmiştir. Populasyonlar için toplam bölge sayısı, G+C oranı, polimorfik bölge sayısı (S), haplotip sayısı (h), haplotip farklılığı (Hd) ve nükleotid farklılığı (?) değerleri hesaplanmıştır. Bu çalışmadaki keçi haplotiplerin D-loop dizileri ve referans dizi (A, B, C, D, F ve G soyları için) ile birlikte oluşturulan Neighbor-Joining (N-J) filogenetik ağaçta, 31 haplotipin, 29'u A soyunda, 2'si (KL05 ve KS16) G soyunda yer almıştır. Bununla beraber Kıl ve Kilis keçilerinde G soyunun varlığı ilk kez bu çalışmada tespit edilmiştir. Koyun haplotiplere ait Cyt b gen dizileri ile referans diziler (A, B, C, D, ve E soyları) birlikte oluşturulan N-J filogenetik ağaçta, 16 haplotipten, 6'sı B soyunda (IV01, AK13, AK09, IV06, AK16, IV05), 1'i A soyunda (IV12), 1'i E soyunda (AK04) 5'i C soyunda (AK12, AK02, IV16, AK01, IV08, IV03) yer almış, AK06 ve IV13 farklı kümelenmiştir. Koyun haplotiplere ait D-loop diziler ile referans dizilerle birlikte oluşturulan N-J filogenetik ağaçta, 27 haplotipten, 9'u B soyunda (IV14, IV08, AK04, AK06, IV13, IV06, IV02, IV07, IV01), 9'u A soyunda (IV16, AK07, AK15, IV12, IV09, IV05, IV03, IV11, AK14), 7'si C soyunda (AK02, IV04, AK05, IV10, AK11, IV15, AK01) yer almıştır. AK03 ve AK09 ise birlikte diğer gruplardan ayrılmıştır ve sadece E grubu ile yakınlaşmıştır. Benzer şekilde AK14 koyunu filogenetik ağaçta A grubuna yakınlaşmıştır. Sonuç olarak, Şanlıurfa yöresi Akkaraman ve İvesi koyunları ile Kıl ve Kilis keçilerinde; 12S rRNA, Sitokrom b, D-loop bölgesi gen dizileri belirlenmiştir. Gen dizi bilgilerine göre koyun ve keçileride mtDNA polimorfizmi, mtDNA haplotipleri ve haplogrupları (soylar), haplotipler ve yabani türler arasında filogenetik ilişkiler belirlenmiştir.

Abstract:
In this research, determination of phylogenetic tree of sheep and goats in Şanlıurfa province using molecular techniques was the main goal. White Karaman (AK) and Awassi sheep (IV) breed, and Kilis (KS) and Hair (KL) goat breeds raised in Şanlıurfa province were used as the animal materials. Fleece and hair samples were collected for genomic DNA isolation in sheep and goats, and genomic DNAs were isolated in all the samples. In DNA samples, necessary forward and reverse primers were designed to amplify mitochondrial D-loop, 12S rRNA and Cytochrome b (Cyt b) gene region. Mitochondrial D-loop, 12S rRNA and Cyt b gene region were amplified by applying polymerase chain reaction (PCR) technique, and gene sequence information of PCR products were obtained. The rate of G+C, number of polymorphic site (S), number of haplotypes (h), haplotype diversity (Hd), nucleotide diversity (?) and total number of region for all populations were calculated. Neighbor-Joining (N-J) phylogenetic tree formed in this research using goat haplotype D-loop sequences and 22 reference sequences (for A, B, C, D, F and G lineages), 29 haplotypes of 31 haplotypes were in A lineage, and 2 haplotypes (KL05 and KS16) were in G lineage. In addition, the existence of G lineage in Hair and Kilis goats was determined first in this research. N-J phylogenetic tree formed in this research using sheep haplotype Cyt b sequences and reference sequences ( for A, B, C, D and E lineage), 6 haplotypes (IV01, AK13, AK09, IV06, AK16, IV05) out of 16 haplotypes were in B lineage, 1 haplotype (IV12) were in A lineage, 1 haplotype (AK04) were in E lineage, 5 haplotypes (AK12, AK02, IV16, AK01, IV08, and IV03) were in C lineage, and AK06 and IV13 were in different group. N-J phylogenetic tree formed in this research using sheep haplotype D-loop sequences and reference sequences, 9 haplotypes (IV14, IV08, AK04, AK06, IV13, IV06, IV02, IV07, IV01) out of 27 haplotypes were in B lineage, 9 haplotypes (IV16, AK07, AK15, IV12, IV09, IV05, IV03, IV11, AK14) were in A lineage, 7 haplotypes (AK02, IV04, AK05, IV10, AK11, IV15, AK01) were in C lineage. AK03 and AK09 were in different group, and they were closer to E lineage. Similarly, AK14 sheep in phylogenetic tree were closer to A lineage. In conclusion, in White Karaman and Awassi sheep, and Hair and Kilis goats raised in Şanlıurfa province; gene sequences of 12S rRNA, Cyt b, D-loop regions were determined. Based on gene sequences information, sheeps and goats, the phylogenetic relationship among mtDNA polymorphism, mtDNA haplotypes and haplogroups, haplotypes and wild strains.