Adnan Menderes Üniversitesi, Tıp Fakültesi parazitoloji laboratuvarında izole edilen blastocystis alt tiplerinin sekanslama yöntemi ile belirlenmesi
The identification of blastocystis subtypes by sequencing in Adnan Menderes University, Faculty of Medicine parasitology laboratory
Yazar: ERDOĞAN MALATYALI
Danışman: PROF. DR. SEMA ERTUĞ
Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Altgrup = Subgroups ; Aydın = Aydın ; Blastocystis = Blastocystis ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Endoparazitler = Endoparasites ; Paraziter hastalıklar = Parasitic diseases ; Parazitler = Parasites ; Parazitoloji = Parasitology ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis teknikleri ve prosedürleri = Diagnostic techniques and procedures

Özet:
Bu çalışmanın başlıca amacı Adnan Menderes Üniversitesi, Eğitim ve Uygulama Hastanesi, Parazitoloji Laboratuvarı'nda saptanan Blastocystis izolatlarının alt tip dağılımını belirlemektir. Ayrıca Blastocystis'in laboratuvar tanısında direkt mikroskobik inceleme (DM), kültür ve polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemlerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Son olarak Blastocystis enfeksiyonu ve klinik bulgular arasında retrospektif bir analiz yapılması hedeflenmiştir. 
Çalışmanın başlangıcında direkt mikroskobik inceleme sonuçlarına göre toplam 200 dışkı örneği (100 pozitif ve 100 negatif) seçilmiştir. Tüm dışkı örnekleri Jones besiyerine ekilmiş ve PZR yöntemiyle çalışılmıştır. Ribozomal RNA küçük alt ünite (SSU rRNA) geni kısmi sekanslarına göre Blastocystis alt tipleri (dışkı örneklerinin tamamında ve kültür pozitif izolatların bir kısmında) belirlenmiştir. Bu şekilde alt tipi belirlenemeyen örnekler sequence tagged site-PZR (STS-PZR) ile tekrar çalışılmıştır. Son olarak Blastocystis saptanan ve saptanmayan olgular arasında demografik özellikler ve klinik bulgular karşılaştırılmıştır. Ayrıca alt tipler ve klinik bulgular değerlendirilmiştir. 
Çalışmamızda DM yöntemiyle pozitif 100 dışkı örneğinin 81'inde (%81) kültür yöntemiyle, 86'sında (%86) ise PZR yöntemiyle pozitiflik saptanmıştır. Aynı yöntemle negatif saptanan 100 dışkı örneğinin beşinde (%5) kültür yöntemiyle, yedisinde (%7) PZR ile pozitif sonuç elde edilmiştir. Sekans analizi ve STS-PZR sonucu toplam 95 örnekte Blastocystis alt tipi belirlenmiş olup Blastocystis alt tip dağılımı:  ST3 (n=50,	%52,6), ST2 (n=21, %22,1), ST1 (n=17, %17,9), ST7 (n=4, %4,2), ST2+ST3 (n=2, %2,1) ve ST1+ST3 (n=1, %1,1) şeklinde bulunmuştur. Blastocystis saptanan ve saptanmayan olgularda semptomların görülme sıklığı açısından farklılık saptanmamıştır. Benzer şekilde semptomlar ile alt tipler arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır.
Blastocystis rutin laboratuvar tanısında direkt mikroskopi yöntemi, hem yalancı pozitiflik hem de yanlış negatif sonuçlara neden olması nedeniyle yetersiz görülmekte olup kültür veya PZR gibi ikinci bir yönteminde tanıda kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmektedir. Aydın'daki alt tip dağılımı hem dünya genelindeki hem de ülkemizdeki çalışmalarla örtüşmektedir. Blastocystis ve semptomlar arasında ilişki bulunmaması Blastocystis kolonizasyonunun daha çok normal flora ile ilgili olduğu fikrini desteklemektedir

Abstract:
The aim of this study was to determine subtype distribution of Blastocystis isolates from Adnan Menderes University, Parasitology Laboratory. Moreover, it was aimed to evaluate direct microscopy (DM), culture and polymerase chain reaction (PCR). Finally, we aimed to analyse clinical findings in relation to Blastocystis infection, retrospectively. 
A total of 200 faecal samples were selected with DM (100 positive and 100 negative). All were cultured and studied with PCR. Subtypes were determined by sequencing of the partial small sub-unit ribosomal RNA gene of Blastocystis (all of faecal samples and some of culture positives). The samples, which were not able to be subtyped by sequencing were further studied with sequence tagged site-PCR (STS-PCR). Finally, the clinical findings between Blastocystis infected and non-infected cases as well as subtypes were compared. 
Of the 100 DM positive samples 81 (81%) were positive with culture and 86 (86%) were positive with PCR. Additionally, positivity was five (5%) and seven (7%) with culture and PCR in DM negative group, respectively. Subtypes of 95 isolates were determined by sequencing or STS-PCR, the distribution was as follows:  ST3 (n=50, 52,6%), ST2 (n=21, 22,1%), ST1 (n=17, 17,9%), ST7 (n=4, 4,2%), ST2+ST3 (n=2, 2,1%) and ST1+ST3 (n=1, 1,1%). There was no statistically significant difference between Blastocystis positive and negative groups in terms of any symptoms and also subtypes.  
In conclusion, direct microscopy seems to be an ineffective method for Blastocystis diagnosis as it causes false negativity and positivity. Thus it would be useful to use additional diagnostic tools such as culture or PCR. The subtype distribution of Blastocystis in Aydin was in accordance with the previous data, globally. Finally, our clinical findings support the idea of asymptomatic colonization of Blastocystis in human gut and being a flora member.