Astım ve KOAH' lı hastaların akut ataklarında viral solunum yolu infeksiyon etkenlerinin chip tekniğiyle araştırılması
Identifying the viral respiratory tract pathogens in an acute attacks of the patients with asthma and COPD by chip technology
Yazar: ASLI TEKER
Danışman: Y.DOÇ.DR. SİNEM AKÇALI
Celal Bayar Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2006
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
ÖZETAstım ve kronik obstruktif akciğer hastalığı (KOAH)' nda akut atak bu hastalıklardayaşam kalitesini azaltması ve mortalite-morbiditeye olan etkisinden dolayı önemlidir. Akutatakların %90' ından infeksiyonlar sorumlu tutulmaktadır. Bunların da yaklaşık %50' sindebakteriler, %30' unda virüsler, %10-20' sinde de atipik etkenler saptanmaktadır.Bu solunum yolu patojenlerini saptamaya yönelik en sık kullanılan konvansiyonel testler,virüsün hücre kültüründe izolasyonu (viral kültür) ve/veya immunfloresan (IF) yöntemiyleviral antijen saptanmasını içermektedir. Son yıllarda daha hızlı tanı amacıyla DNA?chip?lerinden yararlanılan yeni teknikler geliştirilmiştir. ?Chip?teki küçük bir yüzeye DNAfragmanları uygulanarak, bir mikroorganizmaya ait genlerin PCR ürünleri veya baz dizisibilinmeyen mikroorganizmanın tüm genom fragmanı, taşıyıcı bir yüzeye bağlanaraktranskripsiyon analizinde veya genom karşılaştırmalarında kullanılmaktadır.Bu araştırmada DNA chip teknolojisi kullanılarak astım ve KOAH' ı bulunan ve akutatakla hastaneye başvuran hastalarda akut atak etyolojisini saptamaya yönelik solunum yoluviral etkenleri araştırılmıştır.Bu amaçla 2005-2006 yılları arasında Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Acil Servisve Göğüs Hastalıkları Kliniği' ne akut solunum sıkıntısı ile başvuran, KOAH ve astım tanısıalmış ya da geldiği sırada bu tanıyı alan, 86 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Hastalardanalınan nazofaringeal sürüntü örneklerinde DNA ?chip? yöntemi ile (bcs Biotect S.p.A., Italy)SARS ( Severe Acute Respiratory Syndrome ), influenza virüs A, B, parainfluenza virüs tip1, 2, 3, adenovirus ve respiratuvar sinsityal virüs varlığı araştırılmıştır.86 akut ataklı hastanın ikisinde parainfluenza virüs tip 1 , birinde de influenza virüs Bolmak üzere %3.5' unda viral etken tespit edilmiştir.Henüz çok yeni geliştirilmiş bir yöntem olması nedeniyle, literatürde aynı hasta grubundabu yöntemle yapılan herhangi bir çalışmaya rastlanmadığından, saptanan pozitiflik oranınıngerçek pozitiflik oranını yansıtıp yansıtmadığı konusu tartışmalıdır. Ayrıca yönteminduyarlılığını ve özgüllüğünü belirleyebilmek amacıyla, viral solunum yolu etkenlerinisaptamada ?gold standart? yöntem olarak kabul edilen viral kültür ile örneklerinçalışılamamış olması, çalışmamızı kısıtlayan bir diğer önemli unsurdur. Bu nedenle DNA?chip? yöntemini solunum yolu virüslerinin rutin tanısında kullanmaya başlamadan önceözgüllük, spesifiklik ve tekrarlanabilirlik gibi değerlendirmelerin dikkatlice yapılmasıgerektiği ve rutin uygulamalarda mutlaka başka bir yöntemle eşzamanlı kullanılmasıgerektiği sonucuna varılmıştır.Anahtar kelimeler: Astım, KOAH, chip, solunum virüsleri

Abstract:
IDENTIFYING THE VIRAL RESPIRATORY TRACT PATHOGENS IN AN ACUTE ATTACKSOF THE PATIENTS WİTH ASTHMA AND COPD BY CHIP TECHNOLOGYAcute attacks in asthma and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) areimportant because of their effects on mortality, morbidity and reducing patient?s lifequality. Infections are responsible for 90 % of acute attacks. In these infections, about 50% there are bacteria, 30% viruses and 10-20 % atypical factors are found.Most common conventional tests to find these respiratory tract pathogens includes,isolation of the virus in cell culture (viral culture) and viral antigen determining byimmunflorescence (IF) methods. To diagnose in shorter time, in recent years new methodsusing DNA ?Chips? are developed. By applying DNA fragments to a small surface on the?Chip?, PCR products of a microorganism?s genome or all genome fragment of amicroorganism with unknown genome sequence are used in transcription analysis or ingenome comparing, by binding to a carrying surface.In current study, respiratory tract viral pathogens are investigated to determine usingDNA Chip technology acute attack aetiology in the patients who has asthma or COPD andadmitted to the hospital because of acute attacks.Sixty-eight patients were enrolled in the study, consisting of people consultedEmergency Service and Thorax Diseases Department of Celal Bayar University, Faculty ofMedicine, Manisa, in 2005-2006 for having respiratory distress; diagnosed earlier withasthma / COPD, or newly diagnosed with one of these diseases. Using the DNA ?Chip?method (bcs Biotect S.p.A., Italy); SARS (severe acute respiratory syndrome), influenzavirus A and B, parainfluenza virus type 1, type 2, type 3, adenovirus and respiratorysinsitial virus are investigated in the nasopharyngeal swabs of patients.Parainfluenza virus type 1 is found in two, and influenza virus B is found in one of the86 patients with acute attacks; totally viral aetiology is found in 3.5% of the patients.Since it?s a recently developed method and there isn?t any study with the same patientgroup and method such our study, it?s controversial whether our positive ratio is reflectingthe real ratio. Also to determine sensitivity and specifity of the method, the lack of viralculture which is accepted as ?gold standard? method for identifying viral respiratory tractpathogens, is another restricting and important factor for our study. Therefore, before usingDNA ?Chip? method to diagnose respiratory tract viruses as a routine, the valuations suchas sensitivity, specifity must be carefully done, and in routine practice another methodmust be used simultaneously.Key words: Asthma, COPD, chip, respiratory virusesII