Pon1-L55M gen polimorfizminin diz osteoartriti ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of relationship between PON1-L55M gene polymorphism and knee osteoarthritis
Yazar: MİNE ÖZDEDE
Danışman: PROF. DR. AYŞE İNCİ ÖZDEN
Yeditepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Diz = Knee ; Diz eklemi = Knee joint ; Osteoartrit = Osteoarthritis ; Osteoartrit-diz = Osteoarthritis-knee ; Paraoksonaz = Paraoxonase ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Mine ÖZDEDE. PON1-L55M Gen Polimorfizminin Diz Osteoartriti ile İlişkisinin Araştırılması. Yeditepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Tıp Anabilim Dalı. Yüksek Lisans Tezi. İstanbul, 2018.
Gonartroz, çoğunlukla ileri yaşlarda diz eklemlerinde görülen ostoartrite verilen isimdir. Yapılan çalışmalarda, erişkin insanların yaklaşık %33' ünde, 65 yaş üstü kişilerin ise yaklaşık %90' ında bu hastalığın var olduğu gösterilmiştir. Bu süreç tek başına ilerleyici olmakla birlikte ek olarak cinsiyet, hipertansiyon gibi kalp ve damar hastalıkları, diyabet, obezite, sigara ve alkol tüketimi de osteoartrit oluşumu ve gelişiminde etkilidir. Osteoartritin yaşam biçimi ve beslenme alışkanlıklarıyla yakından ilişkisi olduğu bilinmekle birlikte genetik kökeni üzerine çalışmalar son zamanlarda ağırlık kazanmıştır. Özellikle paraoksonaz (PON) enzim aktivitesinin çevredeki kimyasallar, yaş, yaşam şekli, beslenme, fizyolojik, patolojik gibi çevre şartlarına bağlı olduğu ve osteoartritin oluşum ve gelişiminde önemli roller üstlendiğine dair az da olsa bir takım çalışmalar yapılmıştır Bu çalışmada diz osteoartriti ile PON1-L55M polimorfizmi arasında bir ilişki olup olmadığının araştırılması, çalışma içerisinde ortaya konan bilgilerle, osteoartritin risk faktörleri, belirtileri, tedavisi, osteoartritli hastaların yaşam kalitesinin geliştirilmesine yönelik yapılacak başka çalışmalara da yol göstermesi amaçlanmıştır.
Bu çalışma için, çalışma grubu kesin tanısı konulmuş 60 yaş üstü diz osteoartritli hastalardan (grup 1), kontrol grubu (grup 2) ise rastgele seçilmiş sağlıklı bireylerden oluşturulmuştur. Hastalardan alınan kan örneklerinde önce DNA izolasyonu sağlanmış, ardından DNA örneklerinde PON1-L55M gen lokusuna ait alleller PZR ile çoğaltılmıştır. Sonrasında PON1-L55M polimorfizminin belirlenebilmesi amacı ile NlaIII restrikrisyon enzimi kullanılmıştır. Restriksiyon ürünleri 50 bç'lik DNA marker ile yürütülmüş olup hasta ve kontrol gruplarının analizi, UV absorbsiyon cihazı kullanılarak yapılmıştır. NlaIII enzimi ile kesim yapılmadan önce elde edilen PZR ürünlerinin bant büyüklüğü (PON1-L55M ► 170 bç) belirlenmiştir. NlaIII enzimi ile kesim sonrasında; 170 bç,126 bç ve 44 bç büyüklüğünde bantlar görülmüştür. LL (homozigot doğal) genotip için 170 bç'lik bantlar, LM ( heterozigot mutant) genotip için 170 bç, 126 bç ve 44 bç' lik bantlar, MM (homozigot mutant) genotip için 126 bç ve 44 bç' lik bantlar gözlemlenmiştir.
Çalışmamızın sonucunda PON1-L55M polimorfizmi genotip frekansları, gruplar karşılaştırıldığında; gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamıştır (x2=1.031, p=0,597). Grup 2 de yer alanların %38,2' si (n=21) LL genotipine, %50,9' u (n=28) LM genotipine, %10,9' u (n=6) MM genotipine sahip olduğu tespit edilmiştir. Yine Gnrup 1' de hastaların %47,2' si (n=25) LL genotipine, %41,2' si (n=22) LM genotipine ve %11,3' ü (n=6) MM genotipine sahiptir. PON1-L55M polimorfizmi toplum frekansı açısından değerlendirildiğinde; 46 bireyin LL (%42,6), 50 bireyin LM (%46,3) ve 12 bireyin MM (%11,1) genotipine sahip olduğu tespit edilmiştir. Mutant tip M alleli taşıyanların oranı Grup 1' de %32,08 (n=28), Grup 2' de %36,36 (n=34) olduğu gözlenmiş ancak gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanılmamıştır (p=0,345, x2:0,892, %95 CI 0,322-1,488). L alleli taşıyanların ise %67,92' si (n=47) Grup 1' de, %63,64' ü (n=49) Grup 2' de yer almakta olup istatistiksel olarak anlamlı fark tespit edilememiştir (p=0,946, x2:0,005, %95 CI 0,289- 3,185). Özet olarak, PON1-L55M polimorfizmi genotip ve allel frekansları açısından karşılaştırıldığında, istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlemlenmemiştir. Sonuç olarak yapılan istatistiksel analiz sonucu osteoartrit ile yaş arasında anlamlı bir ilişki olmadığı tespit edilmiştir (p > 0,05).
Anahtar Kelimeler: Diz Osteoartriti, PON1-L55M, Polimorfizm

Abstract:
Mine ÖZDEDE. Investigation of Relationship Between PON1-L55M Gene Polymorphism and Knee Osteoarthritis. Yeditepe University, Institute of Health Sciences, Department of Molecular Medicine. Master Thesis. Istanbul, 2018.
Gonarthrosis is the osteoarthritis of the knee joint seen in mostly older in age. Studies show that approximately 33% of adults and approximately 90% of people over age of 65 have been shown to have this disease. In addition, although this process alone is progressive, gender, cardiovascular diseases such as hypertension, diabetes, obesity, smoking and alcohol consumption also effective in the formation and development of osteoarthritis. Its is known that osteoarthritis has a close relationship with lifestyle and dietary habits additionally recently studies on the genetic origin have gained importance. Paraoxonase (PON) works in a number of ways, although the enzyme activity is highly dependent on environmental conditions such as the environment, age, lifestyle, physiological and pathological conditions and the important role of osteoarthritis in the formation and development of osteoarthritis. The aim of this study was to investigate whether there is a relationship between knee osteoarthritis and PON1-L55M polymorphism and to provide further information on the risk factors for osteoarthritis, diagnosis, treatment and improvement of the quality of life of patients with osteoarthritis.
For this study, the study group consisted of patients with knee osteoarthritis over 60 years (group 1) with definite diagnosis, and control group (group 2) from randomly selected healthy subjects. In the blood samples taken from the patients, DNA isolation was first obtained and then the allele of the PON1-L55M gene locus in the DNA samples was amplified by PZR. Afterwards, the polymorphism of PON1-L55M was determined and the NlaIII restriction enzyme was used. Restriction products were run with 50-bp DNA markers and analysis of patient and control groups was performed using UV absorbing device. The band size (PON1-L55M ► 170 bp) of the PZR products obtained before cutting with the NlaIII enzyme was determined. After cutting with NlaIII enzyme; Bands of 170 bps, 126 bps and 44 bps were seen. 170 bp bands for the LL (homozygous native) genotype, 170 bp, 126 bp and 44 bp bands for the LM (heterozygous mutant) genotype and 126 bp and 44 bp bands for the MM (homozygous mutant) genotype were observed.
As a result of our study, PON1-L55M polymorphism genotype frequencies were compared when groups were compared; There was no statistically significant difference between groups (x2 = 1.031, p = 0.597). 38.2% (n = 21) were found to have LL genotype, 50.9% (n = 28) to LM genotype and 10.9% (n = 6) to have MM genotype in Group 2. Also in Group 1, 47.2% (n = 25) of the patients have LL genotype, 41.2% (n = 22) LM genotype and 11.3% (n = 6) MM genotype. When the PON1-L55M polymorphism is evaluated in terms of population frequency; 46 individuals had LL (42.6%), 50 individuals had LM (46.3%) and 12 individuals had MM (11.1%) genotypes. There was no statistically significant difference between the groups (p = 0,345, x2: 0.892, 95% CI 0.322-1.488). The proportion of carriers with mutant type M alleles was 32.08% (n = 28) in Group 1 and 36.36% (n=34) in Group 2. 67.92% (n = 47) of the patients with L allele were in Group 1 and 63.64% (n = 49) were in Group 2 and there was no statistically significant difference (p = 0,946, x2: 0,005, 95% CI 0.289-3.185). In summary, no statistically significant difference was observed when PON1-L55M polymorphism genotype and allele frequencies were compared. As a result, there was no statistically significant relationship between age and osteoarthritis (p>0,05).
Key Words: Knee Osteoarthritis, PON1-L55M, Polymorphism