Tarım alanında çok boyutlu ölçekleme analizinin kullanımı
Application of multidimensional scaling analysis in agricultural science
Yazar: RABİA ALBAYRAK DELİALİOĞLU
Danışman: PROF. DR. ZAHİDE KOCABAŞ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Biyoistatistik = Biostatistics ; Ziraat = Agriculture ; İstatistik = Statistics
Dizin: Çok değişkenli istatistik = Multivariate statistic

Özet:
Çok Boyutlu Ölçekleme (ÇBÖ) analizi hem boyut indirgeme hem de bireyleri/değişkenleri farklılıklarına göre sınıflama yapan çok değişkenli bir analiz yöntemidir. ÇBÖ analizi, bireyler/değişkenler arasındaki ilişkilerin bilinmediği fakat aralarındaki uzaklıkların hesaplanabildiği durumlarda, bu uzaklıklardan yararlanarak bireyler arasındaki ilişkilerin ortaya koyulmasına olanak tanır ve herhangi bir varsayım gerektirmez. Grafiksel gösterim ile verilerin yapısını daha kolay anlaşılabilir bir hale dönüştürmeyi amaçlayan ÇBÖ yöntemi, metrik ve metrik olmayan olmak üzere iki başlık altında toplanabilir. İsimsel veya sıralı ölçekte elde edilmiş verilere metrik olmayan, aralık ya da oran ölçeğinde elde edilmiş verilere ise metrik ÇBÖ analizi kullanılır. Bu tez çalışmasında, metrik ve metrik olmayan ÇBÖ analizinin nasıl uygulandığı ve sonuçlarının nasıl yorumlandığı tarım alanından çeşitli örnekler verilerek gösterilmiştir.  Bu amaçla, bahçe bitkileri ve zootekni alanlarından örnek seçilmiş ve girdi verisi olarak, söz konusu alanlara ilişkin gerçek veriler referans alınarak simülasyon tekniği ile üretilen sayısal değerler kullanılmıştır. İlk uygulamada, 13 yağ asidi bakımından antepfıstıklarının ÇBÖ analiziyle sınıflandırılması amaçlanmış ve elde edilen sonuçların çok değişkenli varyans analizi (MANOVA) tekniği ile benzerliği ortaya koyulmuştur. İkinci uygulamada ana arıların yavru alanı ölçümleri bakımından 6 farklı dönem ÇBÖ analizi ile sınıflandırılmış ve elde edilen grafiksel gösterim ile tekrarlanan ölçümlü varyans analizi sonuçlarının benzerliği vurgulanmıştır. Üçüncü uygulamada ise genetik çalışmalarda ÇBÖ analizinin kullanımı gösterilmeye çalışılmıştır. Bu amaçla, NCBI'da kayıtlı bulunan G01547 lokusuna ait DNA diziliminin ilk 30 nükleotidi referans alınıp diğer tavuklara ait nükleotidler rasgele üretilmiştir. Yapılan ÇBÖ analizi sonucunda nükleotid diziliminde farklılık olan tavukların oldukça az boyutlu bir gösterimle ortaya koyulabildiği görülmüştür.

Abstract:
Multidimensional Scaling analysis (MDS) is one of the multivariate analysis methods that is used to reduce dimensions and to classify individuals / variables according to their dissimilarities. Even though the relationships between individuals / variables are not known, MDS allows to establish the relations by using the distances between them and does not require any assumption. MDS analysis, which aims to make the structure of the data more easily understandable by graphical representation, can be grouped under two headings as metric and non-metric. Non-metric MDS analysis is used for nominal and ordinal data, and metric MDS analysis is used for interval and ratio data. In this thesis, how metric and non-metric MDS analysis is applied and how the results are interpreted is shown by giving various examples in the field of agriculture. For this purpose, the examples from horticulture and animal sciences have been selected. The data used in this study was produced by simulation technique in accordance with the observed data from the experiments carried out in above-mentioned fields. In the first application, it was aimed to classify pistachios in terms of thirteen fatty acids by MDS analysis and the results were found to be similar with multivariate analysis of variance (MANOVA) technique. In the second application, six different periods were classified by using MDS analysis in terms of offspring area of queen bees. Subsequently, the similarity of the results between repeated measurements variance analysis and MDS analysis was emphasized. In the third application, it was aimed to exhibit the usability of MDS analysis in genetic studies. To do this, the first thirty nucleotides of the DNA sequence of the G01547 locus registered in NCBI were used as reference and the nucleotides of other chickens were randomly generated. As a result of the MDS analysis, it was shown that chickens having mutation in DNA sequence can be presented with lower dimensional representation.