Doğu Anadolu bölgesinde yetiştirilen yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarından izole edilen patojenik ve saprofitik bakteriyel organizmaların klasik ve moleküler metodlar ile tanısı ve biyolojik mücadele imkanlarının araştırılması
Isolation and identification of pathogenic and saprophytic bacterial organisms from pome fruits grown in Eastern Anatolia region of Turkey by commercial and molecular techniques, and researches on the biological control strategies
Yazar: RECEP KOTAN
Danışman: DOÇ.DR. FİKRETTİN ŞAHİN
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2002
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Biyolojik mücadele = Biological control ; Biyolojik mücadele = Biological control ; Erwinia amylovora = Erwinia amylovora ; Meyve ağaçları = Fruit trees ; Pseudomonas syringae = Pseudomonas syringae

Özet:
Elma, armut, ahlat, ayva, muşmula ve yenidünya; dünyanın birçok bölgesinde olduğu gibi Türkiye'de de ticari olarak yetiştiriciliği yapılan önemli yumuşak çekirdekli meyvelerdendir. Bu meyvelerde, bakterilerin de içinde bulunduğu birçok patojenin sebep olduğu Önemli hastalıklardan dolayı kalite ve verim kaybı olmaktadır. Bu çalışmada; Doğu Anadolu Bölgesi'nde yetiştirilen yumuşak çekirdekli meyvelerden izole edilen bütün bakteriyel organizmaların (patojenik ve saprofıtik) klasik ve mikrobiyal identifıkasyon sistemi (MIS), 16S-23S rDNA ve Eric-PCR gibi moleküler teknikler kullanılarak; bakteriyel strainlerin morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri, yağ asiti metil esterlerinin profilleri ve genetik parmak izleri belirlenmiştir. MİS sistemi kullanılarak 36 bakteriyel cinse ait 76 farklı tür ve toplam 324 strain tanılanmıştır. 12 türe ait (40 Erwinia amylovora, 20 Pseudomonas syringae pv. syringae, 6 Erwinia rhapontici, 4 Pseudomonas putida, 3 Pseudomonas huttiensis, 2 Chromobacterium violaceum, 2 Pantoea agglomerans, 1 Alcaligenes piechaudii, 1 Bacillus pumilus GC. Subgroup B, 1 Enlerobacler intermedins, 1 Pseudomonas aeruginosa ve 1 Pseudomonas cichorii) toplam 82 strain yumuşak çekirdekli meyvelerde patojenik bulunmuştur. Erwinia amylovora ve Pseudomonas syringae pv. syringae" nin dışındaki bu 10 türün yumuşak çekirdeklilerde patojen olduğu ilk defa bu çalışmada belirlenmiştir. 53 strainin tütünde aşırı duyarlılık testi sonucu pozitif ama patojenite testi sonucu negatif olarak tespit edilmiştir. 189 saprofıtik strain Erwinia amylovora ve Pseudomonas syringae pv. syringae patojenlerine karşı potansiyel biyokontrol ajan olarak in- vitro ve in-vivo'da test edilmiştir. In-vitro'da. etkili olduğu gözlenen potansiyel biyoajanlarm in- vivo denemeleri sonucunda ise 16'sının (9 Pantoea agglomerans, 1 Alcaligenes piechaudii, 1 Bacillus pumilus, 1 Chromobacterium violaceum, 1 Pseudomonas putida ve 1 Serratia liquefaciens) ateş yanıklığı ve/veya tomurcuk yanıklığı hastalığını önlemede önemli derecede etkili olduğu belirlenmiştir. 2002, 217 sayfa Anahtar kelimeler: Erwinia amylovora, Pseudomonas syringae pv. syringae, MIS, PCR, Biyokontrol

Abstract:
Apple, pear, montain pear, quince, madlar and loquat are some of the pome fruits commercially grown in many places in the world, including Turkey. There have been a number of pathogens, some of which are bacteria, know to cause economically important diseases and reduction in the quality and yield of pome fruit production. In the present study, all bacterial organism (pathogenic and saprophytic) have been isolated from pome fruits grown in Eastern Anatolia Region of Turkey were identified and their morfological, physiological and biochemical characteristics, fatty acid methyl ester profiles and genetic fingerprints have been studied by using commercial and molecular techniques including Microbial Identification System (MIS), 16S-23S rDNA and Eric-PCR. Of total 324 strains in 76 species of 36 bacterial genera were identified by MIS, 82 strains belong to 12 bacterial species (40 Erwinia amylovora, 20 Pseudomonas syringae pv. syringae, 6 Erwinia rhapontici, 4 Pseudomonas putida, 3 Pseudomonas huttiensis, 2 Chromobacterium violaceum, 2 Pantoea agglomerans, 1 Alcaligenes piechaudii, 1 Bacillus pumilus GC. Subgroup B, 1 Enterobacter intermedius, 1 Pseudomonas aeruginosa and 1 Pseudomonas cichorii) were found to be pathogenic on pome fruits. With the exception of Erwinia amylovora and Pseudomonas syringae pv. syringae 10 bacterial species including were first time identified as pathogens of pome fruits in this study. 53 strains were hypersensetivity positive on tobaco plant, but not pathogenic on pome fruits tested. Evaluation of the remaining 189 saprophytic strains in order to determine potential biocontrol agents against pathogenic strains of Erwinia amylovora and Pseudomonas syringae pv. syringae in in-vitro and in-vivo tests showed that 16 test strains (9 Pantoea agglomerans, 1 Alcaligenes piechaudii, 1 Bacillus pumilus, 1 Chromobacterium violaceum, 1 Pseudomonas putida and 1 Serratia liquefaciens) have great capacity to be used as biocontrol agent for management of fire blight and shot blight diseases. 2002, 217 pages Keywords: Erwinia amylovora, Pseudomonas syringae pv. syringae, MIS, PCR, Biocontrol ii