Çeşitli klinik örneklerden izole edilen candida albicans suşlarının genotipik dağılımı
Genotypic distribution of clinical isolates of candida albicans
Yazar: ZEYNEP CEREN KARAHAN
Danışman: PROF.DR. NEJAT AKAR
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2004
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Patoloji = Pathology ; Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases

Özet:
Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Candida albicans Suşlarının Genotipik Dağılımı Son yıllarda, özellikle kanser ve transplantasyon hastalarına daha yoğun kemoterapi protokolleri uygulanması, AİDS hastalarının sayısındaki artış ve bağışıklığı baskılanmış bireylerin daha uzun süre yaşatılabilmesi sonucunda, bu hastalarda tespit edilen mantar enfeksiyonlarında önemli bir artış olmuştur. Etkenler arasında C. albicans ilk sırayı almaktadır. Etkenin moleküler tiplendirmesi, epidemi yolojik çalışmalar ve uygun tedavi ve korunma protokollerinin geliştirilmesi açısından önemlidir. Bu çalışmada, McCullough ve ark. (1999) tarafından geliştirilen 25S intron analizi yöntemi kullanılarak; 8Ei invaziv (kan kültürü ızolatı) ve 320'si non- ınvaziv (balgam, yara, idrar, vajen, dışkı ve boğaz kültürü izolatları) olmak üzere toplam 401 C. albicans susu, 25S rDNA geninde aktarılabilir grup-1 intron varlığına göre tiplendirilmişlerdir. Genotip A, B ve C sıklıkları sırasıyla %51,9, %65 ve %3 1,9 olarak tespit edilmiştir. C.dubliniensis'e ait olan genotip D ve E bulunmamıştır. İnvaziv ve non-invaziv izolatlarda tespit edilen genotip sıklıkları sırasıyla; Genotip A: %65,4-%48,4; Genotip B: °/o8.6-%18,l; Genotip C; %26-%33,4 olarak bulunmuştur. Tespit edilen genotıpler, izole edildikleri bölgelere göre karşılaştırıldıklarında gruplar arasında anlamlı fark bulunmuştur (p=0,07). İnvaziv ve non-invaziv izolatlar karşılaştırıldığında invaziv izolatlarda genotip A sıklığı, non-invaziv izolatlarda ise genotip B ve C sıklıkları anlamlı yüksek bulunmuştur (p=0,015). Aktarılabilir grup-1 intron varlığına göre gruplar karşılaştırıldığında, gerek izole edildikleri yere göre (p=0,001), gerek invaziv/ non-invaziv olmaları açısından (p=0,006) gruplar arasında anlamlı fark bulunmuştur. Bu sonuçlar, değerlendirilen bu bölgenin invaavliği belirlemede önemli olabileceğini ve grup-1 intron varlığının, flusitozin direnci yanısıra invazıvlik açısından da bir öneme sahip olabileceğini göstermektedir. Çalışmada, genotip A izolatları arasında farklı moleküler büyüklüklere sahip alt gruplar olduğu gözlemlenmiş ve restriksiyon endonükleaz ve DNA dizi analizi yöntemleri ile bu subtipler belirlenmiştir. Subtiplerin kolayca belirlenmesi için HaeHI ve MspI enzimleri ile bir tiplendirme şeması geliştirilmiştir. Elde edilen verilerle, genotip A içerisinde 8 subtip (subtip a- >h) ayırt edilmiş ve bu subtiplerin dizileri Gen bankasına girilmiştir. PCR ile 460bç ürün veren subtip a'nın daha önce Gen bankasında verilen dizi ile aynı olduğu; yine 46übç ürün veren subtip c ile bir bazlık bir delesyon taşıması nedeniyle 459bç ürün veren subtip e'nın sadece tek nükleotid değişimleri ile subtip a'dan ayrıldığı anlaşılmıştır. 478bç ürün veren subtip b, g ve h ile 468bç ürün veren subtip d'nin bu bölgenin çeşitli noktalarında bazı ınsersiyonlar taşıdığı; 447bç ürün veren subtip fnin ise 13bçTik bir delesyon yanısıra, birçok tek nükleotid değişimi taşıdığı tespit edilmiştir. Subtipler, hastaların yattığı hastaneler ve izolasyon yerleri göz önüne alınarak değerlendirildiğinde, bütün hastanelerden izole edilen subtip a, b, ve c'nin izolatların %86.rini oluşturduğu gözlenmiştir. Tüm izolatların %6,2'sıni oluşturan subtip d sadece kan kültürlerinden izole edilmiş olup tüm kan kültürü izolatlarının %25'ini oluşturmaktadır. Bu subtip, invazivlik açısından özel bir öneme sahip gibi görünmektedir. Subtip e ve g aynı hastane ünitelerinde yatmakta olan hastalardan izole edilmiştir. Subtip hin da sadece bir hastadan izole edilmiş olması nedeniyle bu üç subtipin genel karşılaşılan subtipler olmaktan çok, mikroevnm geçiren ve aynı hastane departmanında enfeksiyon oluşturan suşlar olabileceği üzerinde durulmuştur. Sonuç olarak, genotip dağılımı açısından Türkiye, özellikle genotip C suşlarının sıklığından kaynaklanan kendine has bir dağılım göstermektedir. İnvaziv izolatlarda genotip A'nın anlamlı şekilde daha yüksek bulunması, bu genotipin izole edildiği hastalarda tedaviyi yönlendirirken flusitozin direnci ve invazyon riskinin göz önünde bulundurulması gerekliliğini göstermektedir. Genotip A subtipleri içerisinde yer alan farklı subtiplerin klinik veya epidemiyolojik önemini ortaya koymak için daha detaylı çalışmalar yapılması uygun olacaktır. Anahtar Sözcükler : Candida albicans, DNA dizi analizi, Genotiplendirme, PCR, Restriksiyon endonükleaz analizi.

Abstract:
Genotypic Distribution of Clinical Isolates of Candida albicans With the emergence of more aggresive chemotherapy protocols to cancer patients and transplant recipients, and the increase in the number of AIDS patients and long term survival of these immunsuppressed patients, an increase in the number of fungal infections was observed, with Candida albicans as the leading etiological agent. Molecular typing of the infectious agent is especially important for epidemiological studies and for the development of appropriate infection control strategies. In this study, a total of 401 C. albicans isolates, 81 invasive (blood culture isolates) and 320 non-invasive (sputum, wound, urine, vagen, feaces and throat culture isolates), were genotyped according to the presence of the transposable group 1 mtron in the 25S rDNA gene according to the method developed by McCullough et al. (1999). The frequencies of genotypes A, B and C were found to be 51.9%, 65% and 31.9% respectively. Genotypes D and E which belong to C dubliniensis were not found. When the isolates were evaluated as invasive and non-invasive, the genotype frequencies were found as follows: Genotype: 65.4%-48.4%; Genotype B: 8.6%- 18.1%; Genotype C: 26%-33.4%. Statistically significant differences were observed between the isolation sites (p=0.07) and between invasive and non-invasive isolates (p=0.015), genotype A being more prevalent among invasive isolates and genotypes B and C being more prevalent among non-invasive isolates. When the groups were compared according to the presence of the group 1 intron, the differences became even more significant (p=0.001 and p=0.006 respectively). These results show that, this region can be important in determining invasiveness and the presence of group 1 intron may have an importance in determining invasiveness besides resistance to flucytosine. In this study, different subgroups with slightly different molecular wights were observed among genotype A isolates. These groups were identified by restriction endonuclease and sequence analayses and an easy differentiation scheme using HaeE and Mspl restriction andonucleases was made. As a result, 8 different subtypes (subtype a-»h) were identified among genotype A isolates and the sequences of these subtypes were submitted to the Genbank. Subtype a, which gives a 460bp PCR product, was found to carry the same sequence with the previously submitted sequence. The 46()bp subtype c and 459bp subtype e (which carries a lbp deletion), differed from subtype a with single base substitutions. The 478bp subtype b, h and h, and 468bp subtype d were found to carry some insertions among their sequences. Subtype f, which gives a PCR product of 447bp, was found to carry a 13bp deletion among with many single base substitutions. When the subtypes were evaluated according to their isolation sites and the hospitals which they were recovered; subtypes a, b, and c were found to account for 86.1% of the isolates, and recovered from various infection sites of the patients hospitalized in different hospitals. Subtype d was recovered only from blood cultures and this subtype accounted for 6.2% of all isolates, and 25% of blood culture isolates. This subtype may be important for its invasive nature Subtypes e and g were obtained from patients hospitalized in the same department and subtype h was isolated from only one patient. These three subtypes were thought to be strains causing infection in the same hospital department with microevalutionary changes As a result, the genotypic distribution of C. albicans isolates has a unique pattern in Turkey, the main difference being the high frequency of genotype C isolates. Among invasive isolates, genotype A was found to be significantly more prevalent; for this reason in determining the therapy protocols of patients with genotype A C. albicans as the ethnological agent, resistance to flucytocine and risk for invasiveness must be taken into consideration. In order to understand the role of different genotype A subtypes in different infection types and their importance in epidemiological studies, more sophisticated and large scale studies must be performed. Key Words : Candida albicans, DNA sequence analysis, Genotyping, PCR, Restriction endonuclease analysis.