Formaldehit ile fikse edilmiş psoas kası ve karaciğer dokularından dna ekstraksiyonuna zamanın ve metodun etkisi hakkında bir çalışma
A study about effect of time and method on dna extraction from formaldehyde fixed psoas muscle and liver tissues
Yazar: OKAN BAKŞİ
Danışman: PROF. DR. YAŞAR BİLGE
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Disiplinlerarası Adli Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine
Dizin: Adli tıp = Forensic medicine ; DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; Delil = Evidence ; Formaldehit = Formaldehyde ; Karaciğer = Liver ; Kaslar = Muscles ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Bu çalışmada; formaldehit ile tespit süresinin elde edilen DNA miktarına ve STR tiplendirmesine olan etkisinin belirlenmesi amaçlandı. Adli Tıp Kurumu Ankara Grup Başkanlığında otopsisi yapılan ve henüz çürüme başlamamış 5 cesetten karaciğer ve psoas kası örnekleri alındı. % 10 formaldehit solüsyonu eklendi ve oda ısısında tespit edildi. Her bir dokudan 1. gün, 2. gün, 5. gün, 10. gün, 20. gün ve 30. gün sonunda numuneler alınarak DNA izolasyonuna geçildi. DNA izolasyonunda manyetik partikül tekniği ve kolon-filtrasyon tekniğine dayalı iki farklı izolasyon yöntemi kullanıldı . Miktar tayininin ardından 15 STR lokusu PCR ile çoğaltıldı ve genetik analizörler yardımıyla tiplendirildi.Kolon-fitrasyon tekniğine dayalı yöntemle elde edilen ortalama DNA miktarı manyetik partikül tekniğine dayalı yöntemle elde edilen ortalama DNA miktarından tüm tespit günleri için daha fazladır. Bu fark 1, 2, 5, 10 ve 20. günler için istatistiksel olarak anlamlıdır. Karaciğer dokularından elde edilen DNA miktarı da psoas dokularından elde edilen DNA' ya göre daha yüksektir. Tespitin 1. ve 2. günü sonunda dokuların tüm STR bölgeleri çoğaltılmıştır. Tiplendirilebilen bölgeler 5. gün ve sonrasında giderek azalmıştır. Bu sonuçlara göre; Formaldehit ile tespit süresi uzadıkça karaciğer ve psoas dokularından elde edilen DNA miktarı ve kalitesi azalmaktadır. Kolon filtrasyon tekniğine dayalı izolasyon yöntemi manyetik partikül tekniğine dayalı yönteme göre formaldehit ile tespit edilmiş dokulardan DNA izolasyonu için daha güvenilir bir yöntemdir. Beş günden fazla formaldehit ile tespit edilmiş karaciğer ve psoas dokuları adli DNA analizleri için uygun değildir. Dokuların formaldehit ile tespit edilmeden DNA analizine gönderilmesinin gerektiği anlaşıldı.

Abstract:
In this study, it was aimed to determine effect of fixation with formaldehyde on amount of DNA obtained and STR typing. Liver and psoas samples were obtained from 5 dead cadavers, who had no signs of decay and were previously undergone autopsy in Ankara Group Management, Council of Forensic Medicine. Ten percent formaldehyde solution was added and it was fixed at room temperature. Sample were obtained from each tissue at the end of Day 1, Day 2, Day 5, Day 10, Day 20 and Day 30 and DNA isolation was started. Two different isolation methods, including magnetic particle technique and column-filtration technique based methods, were used for DNA isolation. Following amount quantification, 15 STR loci were replicated using PCR and they were typed using genetic analyzers.Mean amount of DNA obtained using column-filtration technique based method was higher than mean amount of DNA obtained using magnetic particle technique based method for all sampling days. The difference was statistically significant for Day 1, 2, 5, 10 and 20. Amount of DNA obtained from liver tissues was also higher than amount of DNA obtained from psoas muscle. At the end of post-fixation Day 1 and 2, all STR regions of tissues were replicated. Number of typed regions gradually decreased at and following Day 5. Based on these results, as formaldehyde fixation period prolongs, amount and quality of DNA obtained from liver and psoas tissues reduce. In comparison with magnetic particle technique based method, column filtration technique based isolation method is a safer approach for isolating DNA from tissues fixed using formaldehyde. Liver and psoas tissues, fixed using formaldehyde 5 days before analysis, are not suitable for forensic DNA analysis. It is understood that tissues should be sent to DNA analysis without formaldehyde fixation.