Plazma hücre farklılaşması gösteren düşük dereceli B hücreli lenfomalarda MYD88 l265P mutasyonunun dağılımı
MYD88 l265P mutation distribution in plasma cell differentiation in low grade B-cell lymphoma
Yazar: SHAGHAYEGH REZAPOURBEHNAGH
Danışman: PROF. DR. IŞINSU KUZU
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Nokta mutasyonu olan MYD88 L265P ∼%90 Lenfoplazmasitik Lenfoma (LpL) / Waldenström Makroglobulinemi (WM) ve / veya tanı olarak belirsiz immünoglobulin M (IgM) monoklonal gamopati vakalarda (MGUS) bildirilmiştir. Bu mutasyon LPL / WM için spesifik olmamakla birlikte diğer laboratuar ve klinik verilerle rutin uygulamalarda ayırıcı tanıda kullanılabilir. Bir sorun olarak mevcut numune içinde neoplastik hücrelerin miktarı hassasiyet etkilemektedir. Başka bir sorun DNA parçalanması veya kalitesidir etkileyen dokuların formalin fiksasyonudur.  Farklı yöntemler mutasyon analizi için gerçekleştirilebilir. DNA dizileme metodu allel yükü % 20-30 daha az ise mutasyonu kaçırma olasılığı mümkündür. RT-PCR yöntemi daha duyarlı ve % 1 sınırı içinde hedef nokta mutasyonları tarama özelliği vardır. Bu çalışmada amacımız, plazma hücre farklılaşması gösteren B hücreli lenfomalarda MYD88 mutasyon dağılımı, mutasyona tespiti için kullanılan arşiv preparatlarda DNA kalitesi ve doku tespit işlemlerin etkisini incelenmiştir. RT-PCR ve dizi analizleri sonuçlarını karşılaştırarak, %70 oranda RT-PCR pozitif vakalarda dizi analizi yöntemiyle yakalamak mümkün olmamıştır. MYD88 (L265P) mutasyonu (% 91) 11/12 WM, (% 27) 3/11 NMZL ve (% 20) 2/10MZL NOS ve (% 10) 2/19 SMZL hastada ile saptandı. İki yöntem arasındaki mutasyon tespit farkı bulunmasının en önemli faktörleri DNA konsantrasyonu (p = 0.034) ve kullanılan materyal türü (FFP/Yayma) (p = 0.008) bulunmuştur. Bu çalişmada mutasyon tespiti başarısı için bağımsız bir faktör olarak tümör yükü bulunmadı. Yapılan çalışmanın sonuçlarını kullanarak güvenilir mutasyon sonuçları için daha hassas yöntemler ve korumalı patolojik materyal en önemli faktörler olduğunu onaylanmış.

Abstract:
MYD88 L265P single amino-acid mutation has been reported in ∼90% of Lymphoplasmacytic lymphoma /Waldenström's Macroglobulinemia (LPL/WM) and /or immunoglobulin M (IgM) monoclonal gammapathies of uncertain significance (MGUS). Although this mutation is not specific for LPL/WM, it can be used for differential diagnosis with the other laboratory and clinical data on routine practice considering the sensitivity of detection methods. One problem effects the sensitivity is the amount of the neoplastic cells within the available sample. The other problem is the DNA fragmentation or quality which is effected by the formalin fixation of the tissues. Different methods can be performed for mutation analysis. Sanger sequencing could miss the mutation if the allele burden status is less than 20-30%. Allele specific real time PCR is more sensitive and can target safely point mutations within the limit of 1%. Our aim in this study is to see the distribution of MYD88 mutation in indolent B cell lymphoma with plasma cell diferentiation in our series and also the effect of fixation and DNA quality for detecting the mutation in our archives material. We perfemed to compare the resuls of RT-PCR and DNA sequence analysis. MYD88 mutation detection was not possible by DNA sequence analysis for 70% of RT-PCR positive cases. MYD88 (L265P) was detected in (91%) 11/12 patients with WM, (27%) 3/11 NMZL and (20%) 2/10 MZL NOS and (10%) 2/19 SMZL. The most significent factors effect the diffirence of mutation detection between two methods are DNA concentration (p=0.034) and type of material (FFP/Aspiration)(p=0.008). we could not demonstrate the tumor burden status as an independent factor for the succes in mutation detection. Our results confirmed that using more sensitive methods and protected pathological matheryal are the most importent factors for reliable mutation results.