Bakteriyolojik identifikasyonda konvansiyonel yöntemler ile otomatize sistemlerin karşılaştırılması.
Comparison of the conventional methods and automated systems for identification of bacteria.
Yazar: ÖZGÜL KISA
Danışman: PROF. DR. HÜSEYİN GÜN
GATA / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 1995
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteri grup belirleme teknikleri = Bacterial typing techniques ; Bakteriler = Bacteria ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria

Özet:
ÖZET Bakteri identifikasyonunda konvansiyonel yöntem hala çok yaygın olarak kullanılmakla beraber, bu yöntemlerin modifiye edilmesiyle geliştirilen otomatize identifîkasyon sistemleri sayesinde laboratuvarlar daha kısa sürede sonuç verme şansım yakalamışlardır. Çalışmamızda, ATB İD 32 GN ve ATB rapid ED 32 E stripleri kullanılarak API sistemi, konvansiyonel yöntem identifîkasyon yöntemi ve bakterilerin biyokimyasal reaksiyon tabloları kullanılarak ardışık Bayesiyan olasılık hesaplama yöntemi ile hazırlanmış ENTERIC.EXE bilgisayar programı ile 271'i Enterobacteriaceae familyasına ait, 75'i non-fermantatif gram negatif bakteri olmak üzere toplam 346 bakteri değerlendirilmiştir. Enterobacteriaceae'lann üç sistemle identifîkasyon sonuçlarına göre uyum yüzdesi cins düzeyinde % 87.0, tür düzeyinde % 84.5 olarak bulunmuştur. Sistemlerin arasındaki tanımlama yüzdeleri birbirleriyle karşılaştırıldığında, konvansiyonel yöntem ile API sistemi arasındaki uyum cins düzeyinde % 93.0, tür düzeyinde % 91.1, konvansiyonel yöntem ile bilgisayar programı arasındaki uyum cins düzeyinde % 90.0, tür düzeyinde % 87.8 ve bilgisayar programı ile API sistemi arasındaki uyum cins düzeyinde % 88.9, tür düzeyinde % 85.0 olarak saptanmıştır. Non-fermantatif gram negatif bakteriler, değişken özellikleri nedeniyle uygun bir bilgisayar programı oluşturulamadığından sadece API sistemi ve konvansiyonel yöntem ile değerlendirilmiş ve ikisi arasındaki uyum cins düzeyinde % 84.0, tür düzeyinde % 74.7 olarak bulunmuştur. Enterobacteriaceae'lann bilgisayar programı %1.8'i, konvansiyonel yöntemle ve API sistemi ile % 1.1'i, non-fermantatif bakterilerin ise konvansiyonel yöntemle % 4.0'ü, API sistemiyle % 2.7'si tanımlanamamıştır. 76

Abstract:
SUMMARY At present, in addition to the widespread use of conventional method for bacteriological identification, the laboratories also have the chance of relatively more rapid reporting by using automatized identification system which had been developed by modifying conventional method. In our study, using ATB ID 32 GN and ATB rapid ID 32 E strips (API System), conventional identification method and a computer program (ENTERIC.EXE) prepared by sequence Bayesiyan probability calculation method for evaluating biochemical reactions, 271 gram negative bacteria belonging to Enterobacteriaceae family and 75 non- fermentative gram negative bacteria (totally 346) were evaluated. According to the identification results of enteric bacteria using all three system, compatibility was found to be 87.1 % for genus and % 84.5 for species level. When the identification percentages of system were compared with each other, the compatibility of conventional method and API system was 93.0 % (genus) and 91.1 % (species); of conventional method and computer program it was 90.0 % (genus) and 87.8 % (species); and of computer program and API system the compatibility was 88.9 % (genus) and 85.0 % (species). Because of the variability of the features of non-fermentative gram negative bacteria, a suitable computer program could not be employed. For this reason, only the conventional method and API system was evaluated. The compability was found to be 84.0 % and 74.7 %, for genus and species level, respectively. 1.8% of enteric bacteria could not be identified by computer program; and 1.1 % remained unidentified using API system and the conventional method. For the non-fermentative bacteria the unidentification rate was 4 % for the conventional method and 2.7 % for the API system. 77