"COVİD-19 hastalarında uzun süren PCR pozitifliğinin araştırılması"
"investigation of prolonged PCR positivity in COVİD-19 patients"
Yazar: AYTAJ ALLAHVERDIYEVA
Danışman: PROF. DR. ALİ AĞAÇFİDAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
2019 yılında ortaya çıkan ve 2020 yılında Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından Pandemi olarak ilan edilen şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüs-2 (SARS-CoV-2) tüm dünyada sağlık sistemini ciddi anlamda yıpratmıştır. Sağlık hizmetlerinde insan gücüne ve kıt kaynaklar üzerine olan tahribatı göz önüne alındığında SARS-CoV-2 enfeksiyonunun hızlı, doğru ve basit testlerle teşhis edilmesinin önemi tespit edilmiştir. SARS-CoV-2 enfeksiyonlarının tanısında gerçek zamanlı ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR) testi altın standart olarak kabul edilmektedir. Pandemi sürecinde yaygın olarak kullanılan rRT-PCR testi, kimi vakalarda uzun süreli pozitif sonuçlar ile seyretti. COVID-19 vakalarında uzun süreli PCR pozitifliğinin, viral dinamikler, hasta yönetimi ve halk sağlığı önlemlerinin geliştirilmesi konusunda önemli etkileri vardır. Öte yandan hızlı ve kolay uygulanan hızlı antijen testleri (HAgT), toplum taramalarında ve hasta başı/self uygulamalarında kullanılmaktadır. Düşük duyarlılığa sahip olan HAgT'den alınan pozitif sonuç genellikle canlı virüsün varlığını gösterir ve bu da bir bireyin bulaşıcı olup olmadığını belirlemek için kullanışlı bir araç haline getirir. Ayrıca bu çalışmada, SARS-CoV-2 HAgT'nin, COVID-19 hastalığı olgularının tanısındaki performansı, altın standart olan  rRT-PCR yöntemi ile mukayeseli olarak değerlendirilmesi hedeflenmiştir. İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesine PCR testi için başvuran 82 gönüllü hastadan alınan nazofarengeal ve orofarengeal sürüntü örnekleri aynı zamanda     COVID-19 HAgT ile çalışıldı ve SARS-CoV-2 RT-PCR testi ile hızlı antijen test sonuçları arasındaki uyum karşılaştırıldı. Hastalara ilk pozitiflik tarihlerine müteakiben 7-10'uncu günde, 14-20'inci günde ve 28-30'uncu günler arasında olmak üzere toplamda 3 kontrol testi yapıldı ve her testte hem altın standart SARS-CoV-2 RT-PCR hem de HAgT uygulandı. Test sonuçları pozitif ya da negatif olarak kaydedildi.
Sonuç olarak SARS-CoV-2 PCR testi ile COVID-19 HAgT uyumunun yüksek olması nedeniyle; okullar, toplu yaşam yerleri, iş yeri ve fabrikalar gibi kalabalık alanlarda, Nükleik asit amplifikasyon testlerinin (NAAT) kısıtlı olduğu veya bulunmadığı yerlerde COVID-19 HAgT kullanımının uygun olduğu değerlendirildi.
Anahtar Kelimeler: COVID-19, SARS-CoV-2, RT-PCR, HAgT.

Abstract:
The severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2), which emerged in 2019 and was declared a pandemic by the World Health Organization (WHO) in 2020, has seriously damaged the healthcare system all over the world. Considering its devastating impact on manpower and scarce resources in healthcare services, the importance of diagnosing SARS-CoV-2 infection with rapid, accurate and simple tests has been identified. The real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) test is recognized as the gold standard for the diagnosis of SARS-CoV-2 infections. The rRT-PCR test, which has been widely used during the pandemic, has shown prolonged positive results in some cases. Long-term PCR positivity in COVID-19 cases has important implications for viral dynamics, patient management and the development of public health measures. On the other hand, rapid and easy-to-administer rapid antigen tests (RAgT) are used in community screening and bedside/self-administration. A positive result from RAgT, which has low sensitivity, usually indicates the presence of live virus, making it a useful tool to determine whether an individual is infectious or not. In addition, this study aimed to evaluate the performance of SARS-CoV-2 RAgT in the diagnosis of COVID-19 disease cases in comparison with the gold standard rRT-PCR method.Nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples from 82 volunteer patients admitted to Istanbul University Istanbul Medical Faculty Hospital for PCR testing were also tested with COVID-19 RAgT and the concordance between SARS-CoV-2 RT-PCR test and rapid antigen test results were compared. Patients underwent a total of 3 control tests on days 7-10, 14-20 and 28-30 following the date of initial positivity, and both gold standard SARS-CoV-2 RT-PCR and RAgT were performed in each test. Test results were recorded as positive or negative.
As a result, due to the high concordance between SARS-CoV-2 PCR test and COVID-19 RAgT, it was evaluated that the use of COVID-19 RAgT is appropriate in crowded areas such as schools, collective living places, workplaces and factories, where nucleic acid amplification tests (NAAT) are limited or unavailable.
Keywords: COVID-19, SARS-CoV-2, RT-PCR, RAgT.