Manda süt ve süt ürünlerinde vankomisine dirençli enterococcus faecalis ve enterococcus faecium türleri ile izolatlarda direnç profilinin genotipik olarak belirlenmesi
Vancomycin-resistant enterococcus faecalis and enterococcus faecium species in buffalo milk and dairy products and genotypical determination of resistance profile in isolates
Yazar: SERAY DÜZTAŞLAR
Danışman: DOÇ. DR. ALİ GÜCÜKOĞLU
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; Enterococcus faecium = Enterococcus faecium ; Genotip = Genotype ; Manda sütü = Buffalo milk ; Mandalar = Buffaloes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Süt ürünleri = Milk products ; Vankomisin = Vancomycin

Özet:
Bu çalışmada, Samsun ilinde yerel pazar ve marketlerde satışa sunulan çiğ manda sütü (n:30), manda sütü orijinli peynir (n:30), yoğurt (n:30), kaymak (n:30) ve dondurma (n:30) örneklerinde (toplam:150) Enterococcus spp. klasik kültür bazlı MALDI-TOF tekniği ile izole edildi, PCR yöntemiyle izolatların tuF geni üzerinden konfirmasyonu tamamlandı, konfirmasyonu tamamlanan Enterococcus spp. izolatlarından E. faecalis ve E. faecium türleri ile VanA ve VanB gen varlığı multipleks PCR yöntemiyle tespit edildi, vankomisine dirençli E. faecalis ve E. faecium izolatlarının farklı antibiyotiklere direnç profili fenotopik olarak saptandı, E test yöntemi ile vankomisine dirençli izolatların MIC değeri belirlendi. Bu kapsamda incelenen 150 örneğin 60'ından (%40) Enterococcus spp. izole edildi. Etkenin örnek dağılımı süt örneklerinde 8/30 (%26,6), yoğurt örneklerinde 17/30 (%56,6), peynir örneklerinde 11/30 (%36,6), kaymak örneklerinde 16/30 (%53,3), dondurmalarda ise 9/30 (%30) olarak saptandı. Serotip dağılımında ise toplam 85 Enterococcus spp. izolatının 28 (%32,9)'i E. faecalis, 41 (%48,2), E .faecium olarak identifiye edildi. Toplamda 7 izolat VanA ve VanB gen varlığı yönünden pozitif (3/7-%42,8 VanA, 3 izolatın tamamı E. faecalis; 4/7-%57,1 VanB, 4 izolatın 2'si E. feacium diğer 2'si ise E .faecalis) olarak belirlendi. Genotipik olarak vankomisine dirençli toplam 7 izolatın tamamının fenotipik analizi sonucu vankomisine %100 dirençli olduğu, süt örneğinden elde edilen 1 adet E. faecium izolatının vankomisine karşı MIC değerinin≥4 mg/l, peynir örneklerinden elde edilen 2 adet E. faecalis izolatlarının ≥16 mg/l ve ≥32 mg/l, kaymak örneklerinden elde edilen 2 adet E. faecium izolatının ≥2 mg/lve≥2 mg/l, dondurma örneklerinden elde edilen 2 adet E. faecium izolatının ise ≥4 mg/l ve ≥16 mg/l olarak saptandı. Bu çalışma sonucunda kaymak ve yoğurt örneklerinde kontaminasyonun diğer örneklere göre daha yüksek olduğu tespit edilmiş olup, sağım hijyeni başta olmak üzere taşıma ve depolama işlemlerinde soğuk zincir parametrelerine uyulması ve üretimden kaynaklanacak teknolojik işlemler ile personel kaynaklı kontaminasyona sebebiyet verecek hataların en aza indirilmesi hususunda üretici ve tüketicilerin bilinçlendirilmesi gerekliliği sonucuna ulaşılmıştır.

Abstract:
In this study, raw buffalo milk (n:30), buffalo milk origin cheese (n:30), yoghurt (n:30), cream (n:30) and ice cream (n:30) offered for sale in local markets and markets in Samsun. samples (total: 150) Enterococcus spp. was isolated by classical culture-based MALDI-TOF technique, confirmation of the isolates over the tuF gene was completed by PCR method, Enterococcus spp. Among the isolates E. faecalis and E. faecium species and VanA and VanB genes were detected by multiplex PCR method, the resistance profile of vancomycin-resistant E. faecalis and E. faecium isolates to different antibiotics was determined phenotopically, MIC values of vancomycin-resistant isolates were determined by E test method. Enterococcus spp. isolated. Sample distribution of the agent is 8/30 (26.6%) in milk samples, 17/30 (56,6%) in yogurt samples, 11/30 (36,6%) in cheese samples, 16/30 (53,3%) in cream samples and 9/30 (30%) in ice creams. In the serotype distribution, a total of 85 Enterococcus spp.of the isolates, 28 (32.9%) were identified as E. faecalis, 41 (48.2%) as E. faecium. A total of 7 isolates are positive for the presence of VanA and VanB genes (42.8%-3/7VanA, all 3 isolates E. faecalis; 57.1 %-4/7VanB, 2 of 4 isolates E. feacium the other 2 were determined as E. faecalis). The phenotypic analysis of all 7 isolates that were genotypically resistant to vancomycin showed 100% resistance to vancomycin, the MIC value of 1 E. faecium isolate obtained from milk sample against vancomycin ≥4 mg/l, 2 E. faecalis isolates obtained from cheese samples ≥16 mg/l and ≥32 mg/l, 2 E. faecium isolates obtained from cream samples ≥2 mg/l and ≥2 mg/l, 2 E. faecium isolates obtained from ice cream samples ≥4 mg/l and ≥16 mg/l. As a result of this study, it was determined that the contamination was higher in cream and yoghurt samples compared to other samples, and compliance with the cold chain parameters in transportation and storage processes, especially milking hygiene, and technological processes resulting from production and personnel-related errors are the least likely. It has been concluded that it is necessary to raise the awareness of producers and consumers about.