Aspergillus fumigatus kompleksi suşlarının identifikasyonu, aspergillus fumigatus'da azol direncinin belirlenmesi ve TR/l98H ile ilişkisi
Identification of aspergillus fumigatus complex strains, determination of azole resistance in aspergillus fumigatus and association with TR/l98H.
Yazar: ÖZGE GÜNGÖR
Danışman: PROF. DR. ZAYRE ERTURAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Aspergillus fumigatus = Aspergillus fumigatus ; Azoller = Azoles ; Fibroz = Fibrosis ; Kistik fibroz = Cystic fibrosis ; Küf = Mould ; Mutasyon = Mutation ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Aspergillus fumigatus (A.fumigatus) kistik fibroz (kf) hastalarının solunum yolu sekresyonlarından en sık izole edilen küftür. Son yıllarda A.fumigatus'a benzer yeni türler tanımlandığından, Section Fumigati içerisinde bulunan küflerin moleküler yöntemlerle identifikasyonu önerilmektedir. 
Yakın zamanda azollere dirençli A.fumigatus suşlarının varlığı ve dirençten, başta TR34/L98H olmak üzere, Cyp51A genindeki mutasyonların sorumlu olduğu rapor edilmiştir. Kf' lu hastalarda yapılan az sayıdaki çalışma  itrakonazole dirençli veya azalmış duyarlılığa sahip A.fumigatus suşlarının ve bu suşlarda vorikonazol ve posakonazol ile çapraz direncin varlığı belirlenmiştir. Bu çalışmanın amacı, kf'lu hastaların solunum yolu örneklerinden izole edilen A.fumigatus kompleks suşlarının identifiye edilmesi, A.fumigatus olarak belirlenen suşların üç azole antifungal duyarlılıklarının saptanması ve direncin TR34/L98H mutasyonu varlığı ile ilişkisinin belirlenmesidir. 
Bu çalışmada altı kf'lu hastanın balgam örneklerinden izole edilen 31 Aspergillus fumigatus kompleks suşu mikrosatellit yöntemi ile genotiplendirilerek  tür düzeyinde tanımlanmış ve farklı olan suşlar ayırt edilmiştir. A.fumigatus oldukları tanımlanan ve farklı genotiplere sahip olan tüm suşların itrakonazol (ITC), vorikonazol (VOR) ve posakonazole (POS) minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri E-test yöntemi ile belirlenmiştir. En az bir azole dirençli oldukları saptanan suşlar cyp51A geninde mutasyon varlığı açısından değerlendirilmiştir.
İncelenen Aspergillus fumigatus kompleks suşlarının hepsinin A.fumigatus olduğu ve 14 farklı genotipi kapsadıkları belirlenmiştir. Bu farklı genotiplere ait 14 suşun biri (%7,1) itrakonazol, vorikonazol ve posakonazole karşı dirençli saptanmıştır. Bu suşta TR34/L98H mutasyonu dahil cyp51A geninde mutasyon saptanmamıştır. Sonuç olarak, fakültemizde takip edilen kf hastalarının solunum yolu örneklerinden izole edilen A.fumigatus suşlarında pan-azol direnci varlığı belirlenmiştir.  Bu dirençten sorumlu cyp51A geni dışındaki genlerdeki mutasyonlar ve dirençten sorumlu başka mekanizmaların araştırılması gerekmektedir.

Abstract:
Aspergillus fumigatus (A.fumigatus) is the most frequently isolated mold from the respiratory tract of  patients with cystic fibrosis (CF). In recent years, new species have been identified similar to A.fumigatus and it is recommended  to identify  the molds which are belonging to the section Fumigati by molecular methods. 
Recently, the presence of azole-resistant  A.fumigatus strains and that mutations in the Cyp51 gene, particularly TR34/L98H, were responsible for this resistance has been reported. Few studies with cf patients determined the presence of A.fumigatus strains which were resistant or reduced susceptible to itraconazol and the presence of cross-resistant to voriconazole and posaconazole. The aim of this study was to identify A.fumigatus complex strains which were isolated from respiratory tract samples of cf patients, detect the antifungal susceptibility of the strains which were identify as A.fumigatus to three azoles and to determine the relation of resistance with the presence of TR34/L98H mutations.
In this study, 31 A. fumigatus complex strains which were isolated from sputum samples of 6 cf patients were identified to species level by microsatellite genotyping. The minimal inhibitory concentrations (MIC) to itraconazole (ITC), voriconazole (VOR) and posaconazole (POS) were determined by the E-test method for all different genotypes which were identified as A.fumigatus. Strains which were resistant to at least one azole were evaluated for the presence of mutations in the cyp51A gene.
All A. fumigatus complex strains were determined as A. fumigatus and were found to involve 14 different genotypes. One of these 14 different genotypes (%7,2) was found to be resistant to itraconazole, voriconazole and posaconazole. In this strain mutations in the cyp51A gene including TR34/L98H were not detected. In conclusion, pan-azole resistance was found in A.fumigatus strains isolated from respiratory samples of CF patients which were followed up in our faculty. Mutations in genes other than cyp51A gene and other mechanisms responsible for this resistance need to be investigated.