Nohut antraknozu (Ascochyta rabiei) hastalığına karşı direnç genlerinin belirlenmesi ve özgül belirteçlerin geliştirilmesi
Determination of resistance genes against anthracnose disease (Ascochyta rabiei) and developing of specific markers
Yazar: BURCU YANIK
Danışman: DOÇ. DR. İSMAİL POYRAZ
Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Dünya üzerinde oluşan çevre sorunları, üretim azlığı, hayvansal ürünlerin maliyetli olması vb. durumlardan dolayı bitkisel kaynaklı protein ihtiyacı çoğalmıştır. Bu ihtiyacı karşılamak için, içerdiği protein, vitamin, mineral ve aminoasit miktarı fazla olması nedeniyle tane baklagillerin kuru taneleri kullanımı tercih edilmektedir. Nohut, Dünya'da fasulye, soya fasulyesi ve bezelyeden sonra en çok tercih edilen dördüncü en önemli tahıl baklagilidir. Nohut bitkisi, Ascochyta rabiei (Pass) Lab.'ın neden olduğu Ascochyta yanıklığına duyarlıdır. Bu en yıkıcı nohut hastalığıdır. Hastalık, bitkinin tüm hava kısımlarını etkiler, gövdeler, deriler, baklalar ve tohumlarda nekrotik lezyonlara neden olur. Patojen için uygun koşullar oluştuğunda %100 varan kayıplara neden olabilmektedir. Bu çalışmada, ilk aşamada NCBI (National Center for Biotechnology Information Search database) veri tabanı ve literatür araştırma verileri kullanılarak, antraknoz yanıklığına karşı tanımlanmış direnç genleri ve dizi bilgileri elde edilmiştir. NCBI-Genome Data Viewer ile intron içermediği teyit edilen dizi bilgileri, MEGA 10.1.8 programında ClustalW ile hizalanmış ve Maximum Parsimony yöntemiyle genlerin benzerlik dendrogramı çizilmiştir. Dendrogramda belirlenen gen gruplarının her biri kendi içine ayrı hizalanarak, her gruba özgül yüksek oranda korunmuş özgül belirteçler tasarlanmıştır. Tasarlanan markörler, Eskişehir Geçit Kuşağı tarımsal araştırma enstitüsünden elde edilen otuz sekiz çeşit ve melez nohuttan ticari kit ile izole edilen DNA örneklerinin kalıp olarak kullanıldığı PZR yöntemiyle test edilmiştir. Agaroz jelde PZR ürün büyüklüklerine göre direnç genlerinin varlık/yokluk analizi gerçekleştirilmiştir. Nohut örneklerinin tarladaki dayanıklılık durumları ile özgül belirteç verileri karşılaştırılmış ve antraknoz hastalığına karşı mücadelede dayanıklı bireylerin tespitine yönelik çalışmalarda kullanılabilirliği analiz edilmiştir.

Abstract:
Environmental problems occurring in the world, lack of production, cost of animal products etc. Due to situations, the need for vegetable origin has increased. In order to meet this need, it is preferred to use dry grains of grain legumes due to the high amount of protein, vitamins, minerals and amino acids. Chickpeas are the fourth most preferred grain legumes in the world after beans, soybeans and peas. Chickpea is susceptible to ascochyta blight caused by Ascochyta rabiei (Pass) Lab. This is the most devastating chickpea disease. The disease affects all the air parts of the plant, causing necrotic lesions in stems, skins, broad beans and seeds. Fracture of stems and leaf stems is also an important symptom. In the area, infected plants are often seen as spots that reflect foci where the pathogen spreads. These spots are irregularly sized, ranging from light brown to blackish dark brown and are surrounded by the yellow circle. It can cause losses of up to 100% when favorable conditions occur for the pathogen. In order to spread the disease, it is sufficient to have a presence in the region raised. In our country, quite a lot of losses are given against Ascochyta rabiei pathogen. In our study, the localization of the sequences that may be resistant to anthracnose blight resistances genes (NBS-LRR gene family), and specific markers were designed using nucleotide sequences. Through the designed markers, the presence or absence of sequences that may be resistance genes in the genomes of the thirty-eight varieties / hybrid chickpeas obtained from the Eskişehir Crossing Agricultural Research Institute. As a result of the data we obtained, it is aimed to increase the studies on the use of beaten individuals in the fight against Chickpeas Anthracnose blight.