Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezinde 2015-2017 yıllarında izole edilen karbapenem dirençli escherıchıa coli ve klebsiella pneumonıae izolatlarının değerlendirilmesi
Evaluation of carbapenem-resistant e. coli and klebsiellapneumoniae isolates isolated at Zonguldak Bülent Ecevit University Health application and research center between 2015 and 2017,
Yazar: GÜLHAN AVCİ
Danışman: PROF. DR. FÜSUN CÖMERT
Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Gram negatif bakteriler = Gram negative bacteria ; Karbapenemler = Carbapenems ; Klebsiella = Klebsiella ; Klebsiella enfeksiyonları = Klebsiella Infections ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; Zonguldak = Zonguldak ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, Temmuz 2015-Aralık 2017 tarihleri arasında laboratuvarımızda elde edilen karbapenem dirençli E. coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarının incelenmesi, bu izolatların elde edildiği hastaların değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: İzolat bilgileri ve hastaların demografik özellikleri hastane bilgi işletim sisteminden yararlanılarak belirlendi. Bakteri tanımlaması konvansiyonel yöntemler ve gerektiğinde otomatize sistem kullanılarak, antimikrobiyal duyarlılık testleri Kirby-Bauer disk diffüzyon yöntemi ve/veya tam otomatize sistem kullanılarak yapıldı. İmipenem ve/veya meropenem duyarlılık doğrulaması için gerek duyulduğunda gradiyent test uygulandı. İzolatların epidemiyolojik analizi için Arbitrarily primed PZR (AP-PZR) yöntemi uygulandı. Bakterilerde karbapenemaz enzim tipleri PCR ile gösterildi.
Bulgular: Belirtilen tarihler arasında değerlendirilen 4354 izolatta (%70,9 E. coli, %29 Klebsiella spp.) karbapenem direnci % 2,8 (% 93,4 Klebsiella spp.), E. coli ve Klebsiella spp. izolatlarında ise sırasıyla %0,25 ve %9 bulundu. İzolatlarda imipenem ve meropenem direnci sırasıyla %30,5 ve %84,61 idi. Bakterilerin elde edildiği hastaların yaşlarının 5-94 (Mean 63 ve SD±17), erkek/kadın oranının 56/41 olduğu belirlendi. Hastaların %39'u yoğun bakım, %16'sı hematoloji-onkoloji ve gerisi muhtelif servislerde tedavi almıştı. Hastalarda altta yatan hastalık olarak kanser (%36,6), diabetes mellitus (%28,7), yüksek tansiyon (%19) ve KOAH (%11) bulunduğu, %41,23'ünün tedavi sırasında öldüğü belirlendi. Hastaların %44'ü üç veya daha fazla grup antibiyotik tedavisi aldığı gözlendi.
Karbapenem dirençli izolatların AP-PCR ile kümeleşme oranı oldukça yüksek olarak bulundu. Benzerlik gösteren 21 farklı kümeden seçilen temsili 32 izolata en sık görülen karbapenemaz gen bölgeleri araştırıldı. Çalışılan izolatların biri dışında tümünde OXA-48 enzimi belirlendi. 
Sonuç: Bölgemizde E. coli ve Klebsiella spp. için karbapenem direnci sırasıyla %0,25 ve %9 bulunmuştur. İzolatların elde edildiği hastaların genel olarak ileri yaşlı, altta yatan ciddi hastalığı bulunan ve daha önce hastane yatış ve birden fazla antibiyotik grubu kullanım öyküsü olan hastalar olduğu gözlenmiştir. İzolatlarımızda OXA-48 enziminin bulunduğu belirlenmiştir. İzolatlarda belirlenen yüksek kümeleşme oranı enfeksiyon kontrol önlemlerinin önemine dikkat çekmiştir.

Anahtar Kelimeler: Enterobactericeae, karbapenem direnci, karbapenemaz

Abstract:
Aim: The aims of this study is to investigate the carbapenem resistant E. coli and Klebsiella pneumoniae isolates and to evaluate the patients from whom these isolates were obtained in our laboratory between July 2015-December 2017.
Method: The isolate information and demographic characteristics of the patients were determined using the hospital information operating system. Bacterial identification was made by conventional methods and automated system when necessary, and antimicrobial susceptibility tests were performed using Kirby-Bauer disc diffusion method and/or full automatizated bacterial identification system. Gradient test was performed to confirmation of imipenem and/or meropenem susceptibility when necessary. Arbitrarily primed PCR (AP-PCR) method was applied for epidemiological analysis of the isolates. PCR was used for determination carbapenemase enzyme types.
Resuls: Carbapenem resistance was found to be 2,8% (93,4% Klebsiella spp.) in 4354 (70,9% E coli, 29% Klebsiella spp.) isolates examined within the specified dates and this resistance was found to be 0,25% and 9% in E. coli and Klebsiella spp isolates respectively. The imipenem and meropenem resistance of the isolates were 30,5% and 84,61%, respectively. The age of the patients from whom the bacteria were obtained was 5-94 years old (Mean 63 and SD ± 17), the male/female ratio was 56/41. Of the patients, 39% was intensive care unite, patient, while 16% of them received treatment in hematology-oncology unites and the rest of them received treatment in various services. The underlying diseases of the patients were cancer (36.6%), diabetes mellitus (28,7%), high blood pressure (19%) and COPD (11%), and 41,23% of the patients died during their treatment. It was observed that 44% of the patients received three or more groups of antibiotics. 
The clustering rate of carbapenem resistant isolates with AP-PCR was found to be quite high.The most common carbapenemase gene regions were investigated in 32 isolates selected from 21 different clusters showing similarity. Except one of the isolates which was evaluated, OXA-48 enzyme was found in all.
Conclusion: Carbapenem resistance for E. coli and Klebsiella spp was found to be 0,25% and 9%, respectively in our region. Patients that the isolates were obtained were generally old, had an underlying disease, history of hospitalization and used more than one group of antibiotics. OXA-48 enzyme was found in our isolates. The high clustering rate of the isolates highlighted the importance of infection control measures.

Keywords: Enterobacteriaceae, carbapenem resistance, carbapenemase