Kist nematodu populasyonları arasındakı genetik farklılıkların farklı moleküler yöntemlerle araştırılması
Investıgatıon of genetıc varıatıon among cyst nematode populatıons usıng molecular tools
Yazar: DENİZ DAĞLI
Danışman: PROF. MUSTAFA İMREN
Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Moleküler tanı = Molecular identification ; Morfolojik analiz = Morphological analysis ; Tahıl kist nematodu = Cereal cyst nematodes

Özet:
Tahıl kist nematodu (TKN), Heterodera spp. dünyada ve ülkemizde buğday üretim alanlarında ürün kayıplarına neden olabilen ana zaralılardan biridir. Bu çalışmada, Doğu Akdeniz (Adana, Osmaniye, Hatay, Kahramanmaraş) ve Güneydoğu Anadolu (Gaziantep, Kilis ve Mardin) Bölgesi buğday üretim alanlarından elde edilen 24 adet Tahıl kist TKN popülasyonunun morfolojik ve moleküler olarak tanımlanması ve popülasyonlar arasındaki farklılıkların araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada, TKN popülasyonlarına ait ikinci dönem larva (vücut uzunluğu, stylet uzunluğu, kuyruk uzunluğu, hyaline uzunluğu) ve dişi bireylerin (fenestral uzunluk, semi fenestral genişlik, vulval bridge genişlik ve vulval slit uzunluk) karakterleri esas alınarak klasik teşhis yapılmıştır. RFLP yönteminde Alul, PstI, BsuRI (HaeIII) ve Rsal olmak üzere dört farklı endonükleaz enzimi, türe özgü AvenF-COI/AvenR-COI, HfF/HfR ve H-LatF/H-LatR SCAR primerler ve rDNA-ITS gen bölgesi dizileri kullanılarak TKN popülasyonları moleküler düzeyde teşhis edilmiş ve genetik farklılıkları belirlenmiştir. Çalışma sonucunda, klasik ve moleküler teşhis sonuçlar birbirini teyit etmiş olup, Adana, Osmaniye, Hatay ve Gaziantep popülasyonları Heterodera avenae, Kahramanmaraş ve Bolu popülasyonları H. filipjevi ve Kilis ve Mardin popülasyonları ise H. latipons olarak tanımlanmıştır. Ayrıca, moleküler teknikler (SCAR primers, RFLP, rDNA-ITS sekansı) ile TKN popülasyonlarının teşhisinde hızlı ve güvenilir sonuç alınabileceği kanaatine varılmıştır.

Abstract:
Cereal cyst nematode (CCN), Heterodera spp. is one of the main pests that can cause crop losses in wheat production areas in the world and in our country. In this study, it was aimed to identify 24 Cereal cyst nematode populations on morphologically and molecularly obtained from wheat production areas of Eastern Mediterranean (Adana, Osmaniye, Hatay, Kahramanmaraş) and Southeastern Anatolia (Gaziantep, Kilis and Mardin) regions and to investigate the differences between populations. In the study, classical diagnosis was achieved based on the characteristics of the second stage juveniles (body length, stylet length, tail length, hyaline length) and female individuals (fenestral length, semi fenestral width, vulval bridge width and vulval slit length) of CCN populations. In the RFLP method, CCN populations were identified at the molecular level and their genetic differences were determined using four different endonuclease enzymes, specifically Alul, PstI, BsuRI (HaeIII) and Rsal, species-specific AvenF-COI/AvenR-COI, HfF/HfR and H-LatF/H-LatR SCAR primers and the sequences of rDNA-ITS gene region. As a result of the study, classical and molecular diagnostic results confirmed each other, Adana, Osmaniye, Hatay and Gaziantep populations were identified as Heterodera avenae, Kahramanmaraş and Bolu populations were identified as H. filipjevi, and Kilis and Mardin populations were defined as H. latipons. In addition, it was concluded that molecular techniques (SCAR primers, RFLP, rDNA-ITS sequence) are rapid and reliable method to diagnose CCN populations.