Karbapenemaz üreten klebsıella spp. suşlarında oxa-48-lıke genlerinin araştırılması
Investigation of oxa-48-like genes in carbapenemase producing klebsiella spp. strains
Yazar: ELMAS PINAR KAHRAMAN
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
Sakarya Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antimikrobiyal aktivite = Antimicrobial activity ; Genler = Genes ; Karbapenemler = Carbapenems ; Klebsiella = Klebsiella ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: Son yıllarda karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae izolatlarının dünya genelinde giderek arttığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı, OXA-48 benzeri karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae izolatlarında OXA-232, OXA-181, OXA-162, OXA-204, OXA-244, OXA-163, OXA-245 gen bölgelerini tespit etmektir.
GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmamız için kullanılan izolatlar, SEAH Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonundan alınmıştır. İdentifikasyon ve antibiyotik duyarlılık analizleri VITEK 2 otomatize sistemi ile değerlendirilmiştir. Karbapeneme dirençli olan izolatların karbapenemaz üretimleri Modifiye Hodge Testi ile saptanmıştır. Her bir suşa ait MİK (Minimum İnhibitör Konsantrasyonu) değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Daha sonra bu izolatlardan, Real time PCR (qPCR) yöntemi ile OXA-48 gen bölgesini içerenler tespit edilmiştir. Sonrasında High Resolution Melting Analysis (HRMA) yöntemi ile OXA-48 varyantları olduğundan şüphelenilen suşlar hangi varyant olduğunu tespit etmek için Sanger dizi analizi yöntemi ile irdelenmiştir.
BULGULAR: Karbapenemaz üreten K. pneumoniae suşlarında imipenem için VITEK 2 ve mikrodilüsyon yöntemi arasında %82, meropenem için %77, ertapenem için %90 uyum saptanmıştır. qPCR yöntemi ile 100 K. pneumoniae suşunun 45 tanesinde OXA-48 gen bölgesi pozitif olarak tespit edilmiştir. OXA-48 varyantlarını belirlemek için PCR ile pozitif bulunan 45 suş HRMA metodu ile yorumlanmıştır. Sonrasında dizi analizi ile 41 suşun OXA-48/OXA-245 gen bölgelerini içerdiği, 2 suşun OXA-181 ve 2 suşun da OXA-244 gen bölgelerini içerdiği tespit edilmiştir. 
SONUÇ: Çalışmamız sonucunda OXA-48 pozitifliği %45 olarak bulunmuştur. Bu suşların da %4.4'ünün OXA-181, %4.4'ünün de OXA-244 bölgelerini içerdiği bulunmuştur. Ülkemizde OXA-48 varyantlarının geniş kapsamlı olarak irdelendiği ilk çalışma olması, epidemiyolojik çalışmalara katkı sağlaması, karbapenemaz tespiti ile ilgili yerli tanı kitlerinin yapımına zemin oluşturması, kliniklere doğru ve etkin sonuçların iletilmesi nedeniyle çalışmamız önem arz etmektedir.

Abstract:
INTRODUCTION AND OBJECTIVE: In recent years, increase of carbapenem resistant Enterobacteriaceae isolates is known worldwide. The aim of this study is to identify OXA-232, OXA-181, OXA-162, OXA-204, OXA-244, OXA-163 and OXA-245 gene regions in OXA-48 like carbapenemase producing Klebsiella pneumoniae isolates. 
MATERIALS AND METHODS: The isolates used for our study were taken from SEAH Medical Microbiology Laboratory collection. Identification and antibiotic susceptibility analyzes were evaluated with the VITEK 2 automated system. Carbapenemase production isolates was determined by the Modified Hodge Test. The MIC values of each isolates were determined by broth microdilution method. Afterwards in these isolates, and isolates containing the OXA-48 gene region were identified by qPCR. The strains suspected of owning OXA-48 variants by HRMA method were sequencing to determine which variants were present.
RESULTS: In carbapenemase producing K. pneumoniae strains, categorical agreement for VITEK 2 and microdilution were obtained for imipenem, meropenem and ertapenem, 82%, 77%, and 90% respectively. By qPCR method, OXA-48 gene locus was found to be positive in 45 of 100 K. pneumoniae strains. To identify OXA-48 variants, 45 strains that were positive by PCR were interpreted by HRMA method. Afterwars, Sanger sequencing revealed that 41 strains contained OXA-48/OXA-245 gene regions, 2 strains OXA-181 and 2 strains determined OXA-244 gene regions.
CONCLUSION:As a result of our study, OXA-48 positivity was found to be 45%.  These strains 4.4% were found to contain OXA-181 and 4.4% were found to contain OXA-244 regions. It is important that we study because OXA-48 variants in our country are the first to be comprehensively studied, epidemiological studies because of contribution, provide a basis for the establishment of indigenous diagnostic kits for carbapenemase detection, which saves time in the laboratory and improves clinical outcomes.