Çukurova bölgesindeki ailevi akdeniz ateşi hastalarında MEFV geni 10.ekzon majör nokta mutasyonlarının incelenmesinde ARMS ve PCR-RFLP yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of ARMS and PCR-RFLP techniques used for the investigation of MEFV gene exon 10 point mutations in familial mediterranean fever patients living in Çukurova region
Yazar: RAMAZAN GÜNEŞAÇAR
Danışman: PROF. DR. HALİL KASAP
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2003
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
ÖZET Çukurova Yöresindeki Ailevi Akdeniz Ateşi Hastalarında MEFV Geni 10. Ekzon Majör Nokta Mutasyonları Sıklığının İncelenmesinde ARMS ve PCR- RFLP Yöntemlerinin Karşılaştırılması Ailevi Akdeniz ateşi (AAA) tekrarlayan ateş, abdominal ağrı, artrit ve plörit ile karakterize, otozomal resesif geçişli genetik bir hastalıktır. Hastalık Akdeniz havzası populasyonlarında oldukça, sık görülmektedir. Son yıllarda AAA hastalığından sorumlu olan gen (MEFV geni) klonlanmış ve günümüze kadar 29 MEFV gen mutasyonu tanımlanmıştır. Bu mutasyonlar içinde en sık görülenler 10. ekzon majör nokta mutasyonları olan M694V, M694I,* M680I ve V726A mutasy onlarının MEFV allellerinin % 85 'inde bulunduğu bildirilmiştir. Bu çalışmada Çukurova Yöresinde yaşayan ve aralarında akrabalık ilişkisi bulunmayan 50 AAA hastasında MEFV geni 10. ekzon majör nokta mutasyonları olan M694V, M694I, M680I ve V726A mutasyonlarının sıklığı ARMS ve PCR- RFLP yöntemleriyle incelendi ve mutasyonların belirlenmesinde kullanılan bu iki yöntem güvenilirlik, zaman ve ekonomik açıdan karşılaştırıldı. Çalışmaya alınan 50 hastanın bağımsız allellerinin %75'inde mutasyon bulundu ve hastalarımızın 12 farklı genotipe sahip oldukları gözlendi. Hastaların 31'inde (%62) her iki allelde de mutasyon saptandı. Aynı mutasyon yönünden homozigot mutant hasta sayısı 13 (%26), mutasyonların farklı kombinasyonlarını bir arada bulunduran (birleşik heterozigot) hasta sayısı 18 (%36), biri mutant diğeri bilinmeyen heterozigot hasta sayısı ise 13 (%26) olarak belirlendi. Altı hastada (%12) ise incelediğimiz mutasyonlardan herhangi biri saptanamadı. En sık görülen mutasyonlar sırasıyla M694V %43, M680I %20, V726A %9 ve M694I %3 olarak belirlendi. Mutasyonların araştırılmasında kullanılan ARMS ve PCR- RFLP yöntemlerinin her ikisinin de güvenilir oldukları, bununla birlikte ARMS yönteminin PCR-RFLP'ye göre daha hızlı, pratik ve ekonomik olduğu belirlendi. Anahtar sözcükler: Ailevi Akdeniz Ateşi, ARMS, MEFV, Mutasyon, PCR-RFLP

Abstract:
ABSTRACT Comparison of ARMS and PCR-RFLP Techniques used for the Investigation of MEFV Gene Exon 10 Point Mutations in Familial Mediterranean Fever Patients Living in Çukurova Region Familial Mediterranean fever (FMF) is an autosomal recessive inherited disease characterized by recurrent fever, abdominal pain, arthritis and pleurisy. The disease is highly prevalent in the Mediterranean basin populations. Recently, the gene responsible for FMF (MEFV) was cloned and 29 MEFV gene mutations have been identified up to now. The most frequently observed mutations in the MEFV gene are M694V, M694I, M680I and V726A mutations which occur within the exon 10 of the gene, and account for 85% of the MEFV alleles. In this study, we analyzed frequencies of the M694V, M694I, M680I and V726A major point mutations within the exon 10 of the MEFV gene of the 50 unrelated FMF patients living in Çukurova region using ARMS and PCR-RFLP techniques, and these two techniques were compared for their reliability, timing and economical view points. The ratio of independent alleles of 50 patients carrying one of the tested mutations was 75% and patients are consisted of 12 different genotypes. In 31 of 50 patients (62%) the mutations were observed in both alleles. It was determined that 13 patients (26%) were homozygous for the same mutation, 18 (36%) were compound heterozygous for different combinations of the mutations. Thirteen patients (26%) were heterozygous for one allele with one of the tested mutations but the other allele unknown. In six patients (%12) none of the searched mutations could be detected. The most frequently observed mutation was M694V as 43%, followed by M680I as 20%, V726A as 9% and M694I as 3%. It was also observed that both of the ARMS and PCR-RFLP techniques were reliable to detect the mutations. However, the ARMS technique was found to be more rapid, practical and economical than the PCR-RFLP. Key words: Familial Mediterranean Fever, ARMS, MEFV, Mutation, PCR-RFLP XI