Mersin'de avlanan Mullus spp.'de Mycobacterium spp. varlığı ve mikrobiyal yükün araştırılması
Investigation of presence of Mycobacterium spp. and microbial load in Mullus spp. fished in Mersin/Turkey
Yazar: PINAR SEVİM
Danışman: PROF. DR. FERİT RAD
Mersin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: Mikrobiyal = Mikrobial ; Mullus barbatus = Mullus barbatus ; Mycobacterium = Mycobacterium ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Ülkemizde gıda güvenliği bağlamında balıklarla ilgili mikrobiyolojik çalışmalar daha çok yetiştiriciliği yapılan türler üzerinde yoğunlaşmakta olup, avcılık yolu ile elde edilen türlerde yapılan araştırmalar sınırlıdır. Bu çalışmada, ihtyozoonotik etkiye sahip Mycobacterium spp. varlığı, ülkemizde özellikle Akdeniz ve Ege denizinde yaygın olarak avlanan Mullus cinsi balıklarda araştırılmıştır. Ayrıca, genel mikrobiyal yüklerinin belirlenmesi amacıyla balıkların deri, kas ve iç organlarında toplam mezofilik ve psikrofilik aerobik bakteri ve koliform bakteri sayımları yapılmıştır.Çalışma kapsamında Mersin İlinde Merkez-Karaduvar, Anamur ve Taşucu'nda faaliyet gösteren balıkçılardan temin edilen toplam 208 adet balık örneği kullanılmıştır. Mycobacterium spp. izolasyonu klasik yöntemlerle gerçekleştirilmiş, izolatlar PZR (polimeraz zincir reaksiyonu) ile cins düzeyinde ve PZR-RLFP (restriction fragment length polymorphism) ile de tür düzeyinde identifiye edilmiştir. Toplam mezofilik ve psikrofilik aerobik bakteri ve toplam koliform bakteri sayımları klasik yöntemlerle yapılmıştır.Toplam 13 adet balık örneğinde (% 6,25) 6 farklı türden 13 adet mikobakteri tanımlanmıştır. Bu mikobakterilerin 4'ü M. genavense, 3'ü M. fortuitum, 3'ü M. scrofulaceum, biri M. marinum, biri M. vaccae, biri M. aurum olarak belirlenmiştir. İzolatların 12'si balık örneklerinin derisinden, biri de iç organlarından izole edilmiştir. Mikobakterilerin tespit edildiği balık örneklerinde hastalık bulgusuna rastlanmamıştır.Toplam 208 adet balıkta toplam mikrobiyal yükün ortalama değerleri, mezofilik aerobik bakteri sayısı için deri örneklerinde 1,62x107 kob/g, kas örneklerinde 4,83x105 kob/g ve iç organlarda 2,60x106 kob/g; psikrofilik aerobik bakteri sayıları sırasıyla 9,10x106, 4,44x105 ve 4,49x105 kob/g ve toplam koliform bakteri sayıları ise sırasıyla 3,95x105, 1,83x 104 ve 1,86x105 kob/g olarak belirlenmiştir.Mikrobiyal yükün standartların üzerinde olması ve 13 örnekte Mycobacterium spp. tespit edilmesi daha ayrıntılı araştırmaların yapılması için zemin oluşturmaktadır.

Abstract:
Microbial studies associated with food safety issues are mainly focused on farmed fish and thereby scarce for wild fish in Turkey. Presence of ichtiyozoonotic Mycrobacterium spp. in Mullus spp., a widely caught species in Mediterranean and Aegean Sea, was investigated in this study. Total mesophilic and psychrophilic aerobic bacteria and coliform bacteria were further counted in skin, muscle and internal organs to determine the general bacterial loads in fish.To this end 208 fish samples, collected from fishermen in Centrum-Karaduvar, Anamur and Taşucu in Mersin province (Turkey), were studied. Mycobacterium spp. were isolated using conventional methods and identified at genus level with PCR (polymerase chain reaction) and at species level with PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism). Conventional methods were used for total mesophilic and psychrophilic aerobic bacteria and total coliform bacteria counts.A total of 13 mycobacteria (6.25 %) of six different species were detected in 13 fish samples. Of these, four were identified as M. genavense, 3 as M. fortuitum, 3 as M. scrofulaceum, one as M. marinum, one as M. vaccae and one was found to be as M. aurum. These mycobacteria were isolated from the skin (12) and internal organs (1) of sampled fish. No diseases symptoms were observed in fish samples infected by Mycobacterium spp.Mean values of total microbial loads of total 208 fish were determined as following; for mesophilic aerobic bacteria in skin as 1.62x107 cfu/g, in muscle as 4.83x105 cfu/g and in internal organs as 2.60x106 cfu/g; for psychrophilic aerobic bacteria as 9.10x106, 4.44x105 and 4.49x105 cfu/g, respectively and finally for coliform bacteria as 3.95x105cfu/g in skin, as 1.83x 104 cfu/g in muscle and as 1.86x105 cfu/g in internal organs.Microbial loads exceeding standards and detection of Mycobacterium spp. in 13 samples are provided a foundation for further research.