Hacettepe Üniversitesi klinik mikoloji laboratuvarında fungemi etkeni olarak izole edilen candida parapsilosis kompleks izolatlarında türlerin belirlenmesi, bu türlerde azollere direnç durumunun ve direncin moleküler mekanizmalarının incelenmesi
Investigation of the distribution of species, detection of the susceptibility to azoles, and molecular mechanisms of resistance to azoles in candida parapsilosis complex fungemia isolates in hacettepe university clinical mycology laboratory, Hacettepe University Faculty of Medicine
Yazar: SELAY DEMİRCİ DOS SANTOS DUARTE
Danışman: DOÇ. DR. DOLUNAY GÜLMEZ KIVANÇ
Hacettepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Azoller = Azoles ; Candida parapsilosis = Candida parapsilosis ; Fungemi = Fungemia ; Mutasyon = Mutation ; Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi = Restriction fragment length polymorphisms ; İlaçlar = Drugs

Özet:
Candida parapsilosis kompleks, biyokimyasal ve fenotipik olarak ayrılamayan ve direnç profilleri, tedavi yanıtları ve prevalansları farklı olan Candida parapsilosis sensu stricto, Candida orthopsilosis ve Candida metapsilosis türlerinden oluşan önemli bir fungemi etkenidir. Tedavide sıklıkla kullanılan azollere duyarlılık azalmaktadır. Bu çalışmada, kan kültüründen izole edilen C. parapsilosis kompleks suşlarında tür dağılımı, azollere duyarlılık durumu ve moleküler mekanizmaların ortaya konması amaçlanmıştır. Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri Mikoloji Laboratuvarı'nda 1997-2017 yıllarında periferik kan ve kateter kanı örneklerinden üretilen C. parapsilosis kompleks izolatlarında sekonder alkol dehidrogenaz (SADH) geni "Restriction Fragment Lenght Polymorphism"(RFLP) yöntemiyle türler belirlenmiş, flukonazol, vorikonazol ve posakonazole ait minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri 'European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing' (EUCAST) önerilerine göre saptanmış ve değerlendirilmiştir. Direncin moleküler mekanizmaları için ERG11 ve MRR1 genlerine ait DNA dizileri incelenmiştir. Çalışmaya alınan 181 izolatın 180'inin Candida parapsilosis sensu stricto, birinin ise C. orthopsilosis olduğu görülmüştür. Flukonazol direnç oranı %13,2'dir (24/181). ERG11 geninde 53 izolatın yüksek dozda duyarlı ve dirençli olan 37'sinde A395T (Y132F), altısında G1372A (G458S) mutasyonları saptanmıştır. Ayrıca iki izolatta daha önce bildirilmemiş olan G1261A (D421N) mutasyonu bulunmuştur. Sessiz T591C (I197I) mutasyonu, duyarlı ve dirençli 52 izolatta gösterilmiştşr. MRR1 genindeyse 29 izolatta G1214A (R405K) ve dört izolatta G2779T (G927D) mutasyonları saptanmıştır. Yıllar içinde azollere artan direncin görüldüğü ve dirence sebep olan moleküler mekanizmaların literatür ile uyumlu olduğu gözlenmiştir. Daha önce bildirilmeyen G1261A (D421N)  mutasyonunun da azol direnci ile ilişkisinin daha başka çalışmalar ile ortaya konması gerekmektedir.

Abstract:
Candida parapsilosis complex is important in fungemia, consisting of Candida parapsilosis sensu stricto, Candida orthopsilosis and Candida metapsilosis species, which cannot be separated biologically and phenotypically and have different resistance profiles and prevalence. Susceptibility to azoles is decreasing in this species. In this study, it was aimed to determine the species distribution in C.parapsilosis complex fungemia isolates and to reveal molecular mechanisms causing decreased susceptibility to azoles. Species-level identification was determined by the secondary alcohol dehydrogenase (SADH) gene Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP) method in these isolates obtained from peripheral and catheter-drawn blood samples in 1997-2017 at Hacettepe University Hospitals Mycology Laboratory. The minimum inhibitory concentration (MIC) values of fluconazole, voriconazole and posaconazole were determined and interpreted according to the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). DNA sequences of ERG11 and MRR1 genes were analyzed for molecular mechanisms of resistance. In 181 isolates per patient, 180 were C.parapsilosis sensu stricto, and one was C. orthopsilosis. The fluconazole resistance rate was 13.2% (24/181). For the ERG11 gene, 37 non-susceptible isolates of 53 isolates had A395T (Y132F) mutation and six isolates had G1372A (G458S) mutation. In addition, G1261A (D421N) mutation, which was not previously reported, was found in two isolates. The silent T591C (I197I) mutation was demonstrated in 52 of 53 isolates including susceptible and resistant isolates. In the MRR1 gene, G1214A (R405K) mutation was detected in 29 isolates and G2779T (G927D) mutation was found in four isolates. The resistance to azoles increased over the years and the molecular mechanisms causing the resistance were compatible with the literature. The relationship of G1261A (D421N) mutation, which has not been previously reported, with azole resistance should be demonstrated with further studies.