Tüberküloz tanısında mikroskopi, kültür ve moleküler yöntemlerin karşılaştırılması
The comparison of microscopy, culture and molecular methods for diagnosis of tubercolosis
Yazar: ROJDA ASLAN
Danışman: PROF. DR. ZÜLAL AŞÇI TORAMAN
Fırat Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mikroskopi = Microscopy ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tüberküloz = Tuberculosis

Özet:
Çalışmamızda tüberküloz ön tanısı ile Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen, her biri farklı hastalardan alınmış 100 klinik örnek mikobakteriyolojik inceleme amacıyla çalışmaya dahil edilmiştir. Bu çalışmada tüberküloz tanısı alan hastaların örneklerinde kültür altın standart kabul edilerek Asido Rezistan Boyama (ARB), kültür ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemi ile tüberküloz basili varlığını araştırıp, bu üç yöntemin özgüllüğünü ve duyarlılığının karşılaştırılması amaçlanmıştır.  
Örneklerin 50 tanesi kültür altın standart kabul edilerek kültür pozitif hastalardan; diğer 50 örnek ise kültür negatif hastalardan mikroskopi ve moleküler yöntemler ile karşılaştırılmak üzere çalışmaya dahil edilmiştir. Asido Rezistan Boyama yöntemlerinden Ehrlich Ziehl Neelsen yöntemi, kültürde MGIT 960 Sistemi ve moleküler yöntem olarak da GeneXpert MTB/RIF cihazı kullanılmıştır. 
Kültür pozitif 50 örneğin mikroskopik değerlendirmesinde 39 örneğin ARB pozitif, 11 örneğin ise ARB negatif olduğu görülmüştür. ARB negatif olan 11 örneğin 10'unun PZR pozitif olduğu görülmüştür.  Bu örneklerin 49'u PZR pozitif, sadece 1'i PZR negatif olarak saptanmıştır. Kültür negatif 50 kontrol hasta örneğinin değerlendirmesinde ARB veya PZR pozitif örnek saptanmamıştır. ARB ve PZR'nin duyarlılıkları sırasıyla %76 ve %98, her iki yöntemin özgüllüğü ise %100 olarak saptanmıştır. Kültür pozitif 50 örneğin ilaç duyarlılık testinde RİF direnci görülmemiştir. Aynı örneklerin GeneXpert MTB/RIF cihazıyla değerlendirilmesinde benzer şekilde RİF direnci görülmemiştir.
Sonuç olarak, tüberküloz kültürü altın standart kabul ederek yaptığımız bu çalışmada PZR ve ARB'nin özgüllük oranlarının eşit olduğu fakat PZR'nin ARB'ye göre daha yüksek duyarlılık oranına sahip olduğu görülmüştür. Kısa sonuç verme süresi, yüksek duyarlılık ve özgüllük oranları nedeniyle GeneXpert MTB/RIF cihazının rutin kullanıma girmesinin tüberküloz tanısı ve ilaç direnci tespitine olumlu yönde katkı sağlayacağı düşünülmüştür.

Anahtar Kelimeler: Tüberküloz, PZR, Kültür, Mikroskopi, ARB.

Abstract:
In our study 100 clinical specimens sent to the Firat University School of Medicine Clinical Microbiology Laboratory that was taken from different patients with a preliminary diagnosis of tuberculosis were included for mycobacterial examination. In this study we aimed to investigate the presence of TB bacilli with smear, culture and PCR methods, and also aimed to compare the specificity and sensitivity of these three methods on the samples of tuberculosis diognosed patients by considering culture gold standard.
Culture positive 50 patients' samples and culture negative 50 patients' samples were included to the study for comparing the microscopic and molecular methods by considering culture the gold standard. In this study EZN was used for the microscopic examination, MGIT 960 System was used for the culture and GeneXpert MTB/RIF device was used for the molecular methods.
In microscopic evaluation of 50 culture positive samples, 39 samples were AFB positive and 11 samples were AFB negative. 10 of the 11 AFB negative samples were PCR pozitive. It was detected that 49 of these 50 culture positive samples were PCR pozitive and only one of them was PCR negative. In the  evaluation of 50 samples of  control patients,  AFB or PCR positive samples were not detected. The sensitivity of AFB and PCR were 76% and 98% respectively, and the specificity of both methods was 100%.  RIF resistance was not detected in the drug susceptibility testing of 50 culture positive samples. RIF resistance was not detected similary in the evaluation of the same samples with GeneXpert MTB/RIF device. 
In conclusion, in this study we found that the specificity ratio of PCR and AFB was equal to each other but the sensitivity ratio of PCR was higher than AFB by accepting the culture of tuberculosis gold standard. Entering the routine use of the genexpert MTB/RIF device thought to contribute at TB diagnosis and detection of drug resistance in a positive way due to short turn around time and high sensitivity, specificity rates.

Key Words: Tuberculosis, PCR, Culture, Microscopy, AFB