Anadolu dağ kurbağalarının genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
Determination of genetic variation in Anatolian mountain frogs
Yazar: TUĞBA ERGÜL KALAYCI
Danışman: DOÇ. DR. NURHAYAT ÖZDEMİR
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Filogeni = Phylogeny ; Genetik-popülasyon = Genetics-population

Özet:
Anadolu dağ kurbağaları (Rana macrocnemis, Rana camerani, Rana holtzi ve Rana tavasensis) Kafkasya, İran, Irak'ın bazı bölgeleri ve Anadolu'da yayılım göstermektedir. Literatürde türlerin taksonomik durumlarını belirten çalışmalar çoğunlukla morfolojik özelliklere dayalı olup, bu gruba ait populasyon genetiği çalışması ise bulunmamaktadır. Bu çalışmada Anadolu'dan 31 farklı populasyondan toplanan 132 örneğin mtDNA (cyt b ve COI) ve nDNA (RAG1 ve POMC) baz sıralarına dayalı filogenetik ve 6 farklı mikrosatellit lokusuna dayalı populasyon genetiği analizleri yapılmıştır. Her iki mtDNA gen bölgesi maksimum tutumluluk, bayesiyan çıkarsama yaklaşımı ve maksimum benzerlik analizleri yüksek seç-bağla ve posterior olasılık değerleri ile (cyt b için; 99/1,0/88; MP/BI/MB, COI için; 100/1,0/100; MP/BI/MB) R. tavasensis türü diğer Anadolu dağ kurbağalarından ayrılırken, R. holtzi, R. camerani ve R. macrocnemis türleri arasında herhangi bir genetik farklılık elde edilmemiştir. İncelenen nDNA genleri bakımından bu tür grubunun üyeleri arasında farklılık arz eden bir genetik yapılanma tespit edilmemiştir. Populasyon genetiği analizleri sonucunda, Anadolu dağ kurbağaları arasında incelenen mikrosatellit DNA lokusları bakımından benzer genetik yapılanma gözlenmiştir. Elde ettiğimiz temel bilgiler ışığında; R. tavasensis türü de dahil bazı gruplarımızda etkili populasyon büyüklüğünün yeterli olmadığı ve bazı lokuslarda anlamlı darboğaz tespit edilmiştir. Genetik uzaklık analizleri sonucunda, coğrafik yapı ile genetik yapı arasında anlamlı bir korelasyon tespit edilmemiştir. Sonuç olarak, mtDNA bakımından Anadolu dağ kurbağaları iki türe ayrılmıştır. nDNA bakımından ise  genetik bir yapılanma göstermemiştir.

Abstract:
Anatolian mountain frogs (Rana macrocnemis, Rana camerani, Rana holtzi and Rana tavasensis) are distributed in some regions of the Caucasus, Iran, Iraq and Anatolia. The studies that indicate the taxonomic status of species in the literature are mostly based on morphological characteristics and there is no population genetic study of this group. In this study, we collected 132 specimens from 31 different populations of Anatolia and phylogenetic and population genetic analyzes were performed based on base sequences of mtDNA (cyt b and COI) and nDNA (RAG1 and POMC)  and 6 different microsatellite locus. The high bootstrap and posterior probability values of the Maximum parsimony, Bayesian inferences and Maximum likelihood analyzes of both mtDNA gene regions (for cyt b: 99/1.0/72; MP / BI / MB, for COI: 100/1.0/100; MP / BI / MB) shows that the while R. tavasensis species separated from other Anatolian mountain also, no genetic difference was obtained among  other Anatolian mountain frogs R. holtzi, R. camerani and R. macrocnemis species. No distinct genetic structuring has been identified among the members of this group in terms of the nDNA genes examined. As a result of the population genetic analysis, a similar genetic structure was observed among Anatolian mountain frogs in terms of microsatellite DNA locus examined. In the light of the basic information we have obtained, including R. tavasensis species; in some of our groups, effective population size was not sufficient and significant bottlenecks were identified in some locus. As a result of genetic distance analysis, no significant correlation between geographical structure and genetic structure was found. As a result, Anatolian mountain frogs are divided into two species in terms of mtDNA. In terms of nDNA, it has not shown a genetic structuring.