Ankara'daki çiftliklerden izole edilen Escherichia coli' lerde antibiyotik duyarlılıklarının ve genişlemiş spektrumlu beta laktamaz varlığının belirlenmesi
Determination of antibiotic susceptibility and the presence of extended spectrum beta lactamase in Escherichia coli isolated from farms in ankara.
Yazar: DİDEM KARADEMİR
Danışman: DOÇ. DR. BANU KAŞKATEPE
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Antimikrobiyal direnç evrensel bir halk sağlığı sorunudur. Antibiyotiğe dirençli bakteriler, insanda, hayvanda ve çevrede bulunabilmektedir. Çevre antimikrobiyal direnç genlerinin bulunduğu sınırsız bir kaynak olmasından dolayı direnç genlerinin yayılımında önemli bir rol oynamaktadır. Escherichia coli(E. coli) direnç genlerini bulunduğu çevreden alabilir ve yayabilir. Geniş Spektrumlu Beta Laktamaz üreten (GSBL) E. coli birçok beta laktam antibiyotiğini hidroliz edebilmesinden dolayı küresel bir endişe kaynağıdır. Bu çalışmada Ankara ilinde hayvancılık faaliyetlerinin yoğun olarak gerçekleştiği üç ilçede bulunan çiftliklerden toplanan gaita ve toprak örneklerinden izole edilen E. coli izolatlarının fenotipik ve genotipik yöntemlerle antibiyotik duyarlılıklarının ve çift disk sinerji testi ile GSBL varlığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Toplam 120 E. coli izole edilmiş olup, Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri Komitesi (EUCAST) önerileri doğrultusunda antibiyotik dirençleri belirlenmiştir. E. coli izolatlarının direnç oranları; ampisilin %12,5, trimethoprim/sulfometaksazol %6,6, sefazolin %0,83, siproflaksasin %2,5, seftazidim %0,83, sefotaksim %1,6, seftriakson %1,6 olarak bulunmuştur. Sefozolin %99,1 ve trimethoprim/sulfometaksazol %0,83 orta duyarlılık olarak belirlenmiştir. Sadece bir E. coli izolatında fenotipik yöntemlerle GSBL pozitiflik bulunmuştur ve bu izolata tüm genom analizi yapılmıştır. Tüm genom analizi sonucunda plazmidlerde GSBL ile ilgili CTX-M-14 ve TEM-1 genleri bulunmuştur. Bu çalışma Ankara' da bulunan çiftliklerdeki toprak örneklerinden izole edilen E. coli'nin antibiyotik duyarlılığının ve GSBL varlığının belirlenmesi konusunda yapılmış ilk çalışmadır. Çevresel örneklerde antibiyotik dirençlerinin ve GSBL pozitifliğin belirlenmesi, anlaşılabilmesi için daha çok çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır. İnsan sağlığı ve hayvan sağlığı yaşadıkları ekosistemin sağlığına bağlıdır. Tek Sağlık, insanların, hayvanların ve ekosistemin sağlığının sürdürülebilmesi ve  dengelenmesini amaçlayan birleştirici bir yaklaşımdır. Bu sebeple Tek Sağlık yaklaşımı vurgulanmalıdır.

Abstract:
Antimicrobial resistance is a universal public health problem. Antibiotic-resistant bacteria can be found in humans, animals and the environment. The environment plays an important role in the spread of resistance genes as it is an unlimited source of antimicrobial resistance genes. Escherichia coli (E. coli) can acquire and spread resistance genes from its environment. Extended Spectrum Beta Lactamase producing (ESBL) E. coli is a global concern as it can hydrolyze many beta lactam antibiotics. In this study, it was aimed to determine the antibiotic susceptibility of E. coli isolates isolated from stool and soil samples collected from farms in three districts where livestock farming activities are intensively carried out in Ankara province by phenotypic and genotypic methods and the presence of ESBL by double disk synergy test. A total of 120 E. coli were isolated and their antibiotic resistances were determined in accordance with the European Committee for Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) recommendations. The resistance rates of E. coli isolates were as follows: ampicillin 12.5%, trimethoprim/sulfometaxazole 6.6%, cefazolin 0.83%, ciprofloxacin 2.5%, ceftazidime 0.83%, cefotaxime 1.6%, ceftriaxone 1.6%. Cefozolin 99.1% and trimethoprim/sulfometaxazole 0.83% were determined as intermediate susceptibility. Only one E. coli strain was found to be ESBL positive by phenotypic methods and whole genome analysis was performed on this strain. As a result of whole genome analysis, ESBL-related CTX-M-14 and TEM-1 genes were found in plasmids. This is the first study on the determination of antibiotic susceptibility and ESBL presence of E. coli isolated from soil samples of farms in Ankara. More studies are needed to determine and understand antibiotic resistance and ESBL positivity in environmental samples. Human and animal health depends on the health of the ecosystems in which they live. One Health is a unifying approach that aims to sustain and balance the health of humans, animals and the ecosystem. Therefore, the One Health approach should be emphasized.