Hayvansal kaynaklı esherichia coli izolatlarında bazı virulens genlerinin PCR ile saptanması
PCR detection of some virulence genes in escherichia coli isolates obtained from animal sources
Yazar: MOHAMMED KHIDER ABD ALRAHIM AHMED
Danışman: DOÇ. DR. ESRA BÜYÜKCANGAZ
Uludağ Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Virülans = Virulence

Özet:
Bu çalışmanın amacı, evcil hayvan orjinli E. coli izolatlarında PCR yöntemi ile Stx1, Stx2, eae, STa, F41 ve K99ʼu kodlayan virulens genlerinin varlığını belirlemekti. Bu çalışmada 2010-2015 yılları arasında başta Bursa ili ve çevresi olmak üzere farklı bölgelerden, sığır, koyun, keçi, at, kedi ve köpeklere ait toplam 233 adet E. coli izolatı incelendi. Sonuç olarak, sığırlardan izole edilen 111 adet E. coli izolatı %5,4 oranında Stx1, eae ve Stx2 genlerini, %0,9 oranında Stx1 ve eae genlerini birarada ve %0,9 oranında da yalnızca STa ve eae genini taşıyordu. Toplam 25 adet koyun kökenli E. coli izolatı, %12 oranında Stx1 ve Stx2 genlerini birarada, %16 oranında Stx1 genini ve %12 oranında Stx2 ve %12 oranında STa genini taşıyordu. Keçi kökenli toplam 45 adet E. coli izolatı ise %4,4 oranında Stx1 ve Stx2 genlerini birarada, %22,2 oranında Stx1, %6,7 oranında ise Stx2 genini taşıyordu. Toplam 35 adet köpek kökenli E. coli izolatı ise %11,4 oranında eae genini taşıyordu. İncelenen örneklerin hiçbirisi F41 ve K99 genlerini taşımamaktaydı. E. coli O157:H7 serotipinin varlığını araştırmak amacıyla süpheli izolatlar Rapid Latex Agglutination Wellcollex E. coli (Remel®) Testi ile araştırıldı ve izolatlarda E. coli O157:H7 serotipi saptanmadı. Sığır, koyun ve keçilerde diarajenik E. coli varlığının göstergesi olan virulens genlerinin oranları sırası ile; Shiga toksijenik E. coli (STEC) %6,3, %40 ve %33,3; Enterotoksijenik E. coli (ETEC) %0,9, % 12 ve % 0 olarak saptandı. At ve kedilerde ise diarejenik E. coli saptanmadı. Sığır ve köpeklerde Enteropatojenik E. coli (EPEC) sırasıyla %0,9 ve %11,4 olarak saptanırken koyun, keçi, at ve kedilerde EPEC saptanmadı.

Abstract:
The objective of this study was to determine the presence of virulence genes encoding Stx1, Stx2, eae, STa, F41 and K99 with PCR protocol from domestic animal E. coli isolates. In this study, a total of 233 E. coli isolates recovered from cattle, sheep, goat, horse, cat and dog between 2010-2015 from Bursa and surrounding provinces. As a result, among 111 cattle isolates, 5.4% carried Stx1, eae and Stx2 in combination, 0.9% carried Stx1 and eae, 0.9% carried STa, and 0.9% carried eae gene. Out of 25 sheep isolates, 16% carried Stx1, 12% carried Stx2, 12% carried Stx1 and Stx2 and 12% carried STa. Out of 45 goat isolates, 22.2% carried Stx1, 6.7% carried Stx2 and 4.4% carried Stx1 and Stx2 in combination. Out of 35 dog isolates, 11.4% carried eae. None of the tested samples were positive for F41 or K99 genes. To confirm the presence of E. coli O157:H7 serotype, suspected isolates were investigated by using rapid latex agglutination test Wellcollex E. coli (Remel®) and all isolates were negative. Virulence genes specific for diarrheagenic E. coli were detected in the following percentages of the cattle, sheep and goat: Shiga toxin- producing E. coli (STEC) in 6.3%, 40% and 33.3%; enterotoxigenic E. coli (ETEC) in 0.9%, 12% and 0% respectively. Diarrheagenic E. coli was not detected in horse and cat.  Enteropathogenic E. coli (EPEC) was detected only in cattle and dogs 0.9%, 11.4% respectively, and not detected in sheep, goats, and cats.