Farklı gen bankalarından elde edilen yulaf hatlarının ssr (basit dizi tekrarları) markörleriyle karakterizasyonu
Moleculer characterization of oat lines obtained from different gene banks using ssr (simple sequence repeats) markers
Yazar: ERDEM ASLAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ZİYA DUMLUPINAR
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics

Özet:
Yulaf bitkisinde moleküler araçlar buğday, mısır ve arpa'ya göre daha az olmakla birlikte son zamanlarda, oldukça önemli miktarda SSR ve SNP markörleri geliştirilmiştir.
Bu çalışmada, SSR (basit dizi tekrarları) markörleri kullanılarak farklı gen bankalarından elde edilen Türkiye orijinli 384 yulaf genotipinin birbirlerine olan akrabalıkları incelenmiştir.
Materyal olarak farklı gen bankalarından getirilen 384 adet yulaf genotipi kullanılmıştır. Yulaf genotipleri saksılara ekilmiş ve yapraklarından DNA izolasyonu yapılmştır. PCR ve elektroforez işleminden sonra skorlama yapılarak elde edilen data, analiz programları kullanılarak filogenetik ağaç oluşturulmuştur. 
Moleküler karakterizasyon çalışmaları sonucunda, 384 yerel yulaf genotipi 40 SSR markörü ile genotiplenmiş ve 130 allel elde edilmiştir. Elde edilen bantlar kullanılarak oluşturulan dendograma bakıldığında ülkemiz genetik kaynaklarından olan yerel yulaflar oldukça geniş bir varyasyon gösterdikleri belirlenmiştir. Yerel yulaf çeşitleri arasındaki genetik benzerlik temelde % 51'lik bir oran göstermişlerdir. Araştırmada kullanılan SSR markörlerinden AB_AM_467, AB_AM_829 ve AB_AM_874 markörleri 5 allel ile en çok bant elde edien markörler olmuştur. Moleküler analizlerin en önemli sonuçlarından bir tanesi de genotiplerin birbirlerine akrabalılarının yanı sıra, TL462 ve TL464 genotiplerinin analizi sonucunda birbirine % 100 benzer bulunmasıdır.
Araştırmada, Türkiye orijinli yulaf genotiplerinin birbirlerine olan genetik mesafeleri belirlenmiş olup, sonuçlar yulaf ıslah programlarında kullanılarak özellikle birbirlerine uzak akrabaların melezlenmesi ile genetik varyasyonlar artırılabilir.

Abstract:
The molecular tools compared to wheat, maize and barley are less than oat however, in recent years a huge number of SSR and SNP markers were developed.
In this study, kinship of 384 Turkish origin oat genotypes obtained from different gene banks were investigated using SSR (simple sequence repeats) markers.
Three hundred and eighty four oat genotypes obtained from different gene banks were used as material. Oat genotypes were planted to the pots for DNA isolation from their leaves. After the PCR and electrophoresis the bands were scored and a dendogram was created.
Based on the molecular marker analysis, 384 oat genotypes genotyped by 40 SSR markers and those markers interrogated 130 loci. According to the dendogram generated by genotypic data, oat landraces showed a wide distribution and it is determined that oat landraces are basically 51% similar. Among the SSR markers used in the study, AB_AM_467, AB_AM_829 and AB_AM_874 were interrogated 5 loci thus, those markers were the most allelic ones. One of the most important results of the molecular analysis besides the kinship, the TL462 and TL464 were found identical as a result of 40 SSR markers with 130 loci.
In the research, the kinship of 384 Turkish origin oat lines was determined and crossing especially most diverse ones in the oat breeding programs might expand the genetic variations.