Primer immün yetmezliğe sahip çocuk hasta grubunda, allojenik kemik iliği transplantasyonu öncesi mikrobiyata analizi
Analysis of the microbiata before allogenic bone marrow transplantation in the patient group of children with primary immune deficiency
Yazar: İREM NUR ARSLAN
Danışman: PROF. DR. VEYSEL SABRİ HANÇER
İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Kemik iliği = Bone marrow ; Kemik iliği nakli = Bone marrow transplantation ; Kök hücre taransplantasyonu = Stem cell transplantation ; Mikrobiyota = Microbiota ; Çocuklar = Children ; İmmün yetmezlik = Immun deficiency

Özet:
Bu çalışmada, primer immün yetmezlik tanısı almış 7 çocuk hastada allojenik kök hücre nakli öncesi bağırsak mikrobiyota kompozisyonunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Nakil öncesi mikrobiyata analizleri yapılan çocuklarda mikrobiyota kompozisyonunun akut GIS-GVHH gelişimi ile olan ilgisinin araştırılması hedeflenmiştir. Çalışmaya dahil edilen hastaların primer immün yetmezlik tanılarının tespiti için IUIS kriterleri kullanılmıştır. Tanı alan ve takip edilen 7 hastanın hastalık gruplarına göre sınıflandırmasına bakıldığında 2 hastanın tanısı SCID (Ağır Kombine İmmün Yetmezlik Sendromu), 1 hastanın tanısı HLH (Hemofagositik Lenfohistiyositoz), 1 hastanın tanısı GATA2 mutasyonu olan fagositik immün yetmezlik defekti, 1 hastanın tanısı OMENN sendromu, 1 hastanın tanısı Wiscott Aldrich Sendromu, 1 hastanın tanısı SMARD CD2'dir. Çalışma grubunda 7 hastadan mikrobiyata analizlerini yapmak üzere gaita örnekleri toplanmış olup, örnekler NGS'de 16S metagenomik sekanslama yapılarak mikrobiyata çeşitliliği belirlenmiştir. Hastalara ait mikrobiyata analiz sonuçları ile hastaların yaşı, tanıları, klinik özellikleri, uygulanan nakil öncesi hazırlık rejimleri ve  immün supresif tedavileri  karşılaştırılmıştır. Böylece mikrobiyata da tespit edilen bakteri genus ve phylum'larının nakil sonrasındaki septomların gelişmesinde, nakil öncesi hastaların klinik bulgularına eşlik edip etmediği incelenmiştir. Sonuç olarak 7 hastanın 2'sinde disbiyozis belirlenmiş ve bu hastalarda da GVHH gelişimi gözlenmiştir.

Abstract:
In this study, it was aimed to determine the intestinal microbiota composition before allogeneic stem cell transplantation in 7 pediatric patients diagnosed with primary immunodeficiency. It was aimed to investigate the relationship of microbiota composition with the development of acute GIS-GVHD in children whose microbiota analyzes were performed before transplantation. IUIS criteria were used to determine the primary immunodeficiency diagnoses of the patients included in the study. Considering the classification of 7 patients diagnosed and followed up according to disease groups, 2 patients were diagnosed with SCID (Severe Combined Immunodeficiency Syndrome), 1 patient was diagnosed with HLH (Hemophagocytic Lymphohistiocytosis), 1 patient was diagnosed with phagocytic immunodeficiency defect with GATA2 mutation, and 1 patient was diagnosed with OMENN syndrome. Diagnosis of 1 patient was Wiscott Aldrich Syndrome, and diagnosis of 1 patient was SMARD CD2. Stool samples were collected from 7 patients in the study group to analyze their microbiota, and microbiota diversity was determined by 16S metagenomic sequencing in NGS. The results of the microbiota analysis of the patients were compared with the age, diagnosis, clinical characteristics, pre-transplant preparation regimens and immunosuppressive treatments of the patients. Thus, it was investigated whether the bacterial genus and phylum detected in the microbiota accompanied the clinical findings of the pre-transplant patients in the development of post-transplantation symptoms. As a result, dysbiosis was detected in 2 of 7 patients and the development of GVHD was observed in these patients.