Hücre duvarı protein profillleri ve pilazmid içeriklerine göre laktik asit bakterilerinin moleküler tanısı
Molecular identification of lactic acid bacteria based on their cell wall protein profiles and plasmid contents
Yazar: FADİME KIRAN
Danışman: DOÇ. DR. ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Hazır gıdalardan izole edilen ve çeşitli kültür koleksiyonlarından temin edilen 88 adet farklı Laktik AsitBakterisinin (LAB) jel elektroforezi ile pilazmid DNA'larının analizi ve Sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jelelektroforezi ile (SDS-PAGE) hücre duvarı protein profillerinin analizi; gerçekleştirmiş olduğumuz fizyolojik,biyokimyasal/metabolik ve morfolojik testler üzerine kurulmuş olan geleneksel fenotipik tanımlamayöntemlerini desteklemek ve bu bakterileri tanımlamak amacı ile yapılmıştır.Farklı türlerin hatta aynı tür içindeki suşların değişen ve tipik olan protein bant patternleri sunmasından dolayı,hücre duvarı proteinleri ile tanımlama tür, bazen de suşa spesifik patternlerin tespiti ile mümkündür. Bu yöntemstandartı gerçekleştirilmiş koşullarda; tür ve alttür seviyesinde taksonomik ayrımda iyi sonuçlar vermesindendolayı tüm suşların tiplendirilmesinde ve protein patternlerinin oluşturulmasında dikkate alınabilir. Bu bağlamdahücre duvarı proteinlerinin SDS-PAGE'i birçok tür içeren fazla sayıda Laktik Asit Bakteri izolatlarınıntanımlanmasında kolay, oldukça hızlı ve güvenilir bulunmaktadır.Benzerliklerine bakıldığında pilazmid DNA'nın jel elektroforez bant patternleri; cins ve bazı durumlarda türbazında ayrım için kullanılmıştır. Laktik Asit Bakterilerinde pilazmid DNA profilleri değişkendir ve her cins içinkarakteristlik bantlar gözlenmiştir.2006, 130 sayfaAnahtar Kelimeler: LAB, identifikasyon, hücre duvarı proteinleri, pilazmid DNA

Abstract:
In order to complete and support our performed conventional phenotypic identification based on physiological, biochemical/ metabolic and morphological tests, analysis of cell wall protein profiles by sodium dodecyl sulphatepolyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) and analysis of plasmid DNAs profiles by gel electrophoresisof 88 lactic acid bacteria (LAB) strains, both isolated from several different ready-to-eat foods and differentculture collections, were carried out.Since different species presented varying and typical protein patterns; even among strains belonging to the samespecies, it is possible to identify different cell-wall protein profiles showing species- or sometimes strain-specificpatterns. Using highly standardized conditions the technique seems to have a good level of taxonomic resolutionat species or subspecies level and it seems to possible to generate fingerprints that allow typing of all strainsconsidered. In this sense, SDS-PAGE of cell wall proteins was found to be easy, fairly fast, and reliable way foridentification of large number of LAB isolates belonging to many species.Based on their similarities, agarose gel electrophoresis patterns of plasmid DNAs have been used to distinguishbetween genera and in some cases between species. The profiles of plasmid DNAs in LAB were diverse andcharacteristic patterns in each genus were observed.2006, 130 pagesKey words: LAB, identification, cell wall proteins, plasmid DNA