Pankreatik kanser ve lenfoma hasta serumlarında antikor mikroarray yöntemi ile biyomarkır taraması
Biomarker screening with antibody microarray in the plasma of pancreatic cancer and lymphoma patients
Yazar: ADEM YILDIRIM
Danışman: PROF. DR. ERSAN KALAY
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Antikorlar = Antibodies ; Biyobelirteçler = Biomarkers ; Lenfoma = Lymphoma ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Pankreas hastalıkları = Pancreatic diseases ; Pankreas neoplazmları = Pancreatic neoplasms ; Plazma = Plasma ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
Kanser kardiyovasküler hastalıklardan sonra insan ölümlerinde ikinci sırada yer almaktadır ve kontrolsüz hücre bölünmesiyle gelişen heterojen bir hastalıktır. Beş yıllık sağkalım oranı %5?in altında olan Pankreatik kanser (PK) en ölümcül kanser türlerinden biridir. Erken teşhiş araçları, tedavi seçeneklerini ve sonuçlarını önemli ölçüde geliştirebilecektir. Ayrıca B hücre lenfomalarının farklı türlerinin tanısının geliştirilmesine ihtiyaç vardır. Bu malignant tümörler lenfositlerde meydana gelen ve yüksek derecede hetorojen olan kanser tipidir.
Çalışmamızda, potansiyel diagnostik biyomarkırların ve terapötik hedeflerin tanımlanması hedeflenerek, kan örneklerinin profillenmesi için, antikor mikroarray teknolojisi kullanıldı. Bu sebeple, çeşitli kanser türlerinde eksprese olduğu bilinen 46 farklı gene ait 100 splise varyantı kullanılarak bir antikor mikroarray çipi geliştirildi. Bu çipe karsinogenez ilişkili mekanizmalarda rol oynayan 31 proteine spesifik antikor ilave edildi.
Tüm antikorlar, özgünlüklerinin değerlendirilmesi amacıyla western blotlama yöntemi ile hücre hattı ve doku örneklerinde dikkatlice valide edildi. Bu validasyonda tümör ve normal örneklerde, farklı bağlanma paternine sahip olanlar, dolayısıyla tanısal potansiyeli olanlar belirlendi. Ayrıca lenfoma ve pankreatik kanser hastalarından elde edilen serum örnekleri antikor mikroarrayde sağlıklı kontrollerle karşılaştırılarak analiz edildi.
Pankreatik kanserde, MAPK8 ve MAPK9 protein izoformlarının ekpresyon seviyesinde anlamlı bir değişiklik gözlenirken, kronik pankreatitiste CYP1A1v, PLD1-114, XBP-1S izoformları da değişmiş seviyede görüldü. Difüz büyük B-hücre lenfomasında da FGFR3 potansiyel biyomarkır olarak belirlendi.
Böylece, antikor mikroarrayin etkili ve güçlü kullanımıyla serum örneklerinin profillenmesi gerçekleştirildi. Ek olarak, bazı splise varyantları kanserin tanısının gelişmesi için potansiyel biyomarkır olarak belirlendi.

Abstract:
Cancer has the second position in the human deaths after cardiovascular diseases. It is a heterogeneous disease group, which develops by uncontrolled cell division. With a 5-year survival rate of less than 5% pancreatic cancer (PC) is one of the most lethal types of all cancers. Means for an early diagnosis would improve the treatment options and outcome dramatically. There is also a need to improve differential diagnosis in B-cell lymphoma. These malignant tumors occur in lymphocytes and are an highly heterogeneous cancer type.
In our study, we did use antibody microarray technology for a profiling of blood samples with the aim to identify potential diagnostic biomarkers as well as therapeutic targets. Therefore, an antibody microarray was build, which targets 100 splice variants of 46 distinct genes known to be expressed in various cancer types. This set was supplemented by antibodies against 31 proteins which play a role in carcinogenesis associated mechanisms.
All antibodies were carefully validated by western blotting on cell line as well as tissue samples in order to judge their specificity. In this validation antibodies were identified which had a differential binding pattern in tumor and normal samples and thereby might have a diagnostic potential. In addition, plasma samples from lymphoma patients as well as from patients suffering from pancreatic cancer were analysed on antibody microarrays and compared with healthy controls.
For pancreatic cancer, a significantly differentiation was observed in the expression of protein isoforms for MAPK8 and MAPK9, while isoforms of CYP1A1v, PLD1-114, XBP-1S occurred at alterated levels in chronic pancreatitis. In diffuse large B-cell lymphoma patients FGFR3 was identified as a potential marker.
Thereby, the effective and robust use of antibody microarrays for a profiling of plasma samples was demonstrated. In addition, certain splice variants were identified as potential biomarker candidates to improve the diagnosis in cancer.