Gıda ve klinik kaynaklı enterokokların vankomisin direnç özelliklerinin, genetik orjinlerinin ve virülans faktörlerinin karşılaştırılması
Comparison of genotypic diversity, vancomycin resistance and virulence factors of enterococci from food and clinical sources
Yazar: MEVHİBE TERKURAN
Danışman: PROF. DR. ZERRİN ERGİNKAYA
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering

Özet:
Bu çalışmada,  Adana Bölgesinde gıdalardan izole edilen 51 Enterococcus spp. ile klinik orjinli 50 Enterococcus faecium türlerinin genetik karşılaştırılması, potansiyel virülans faktörleri ve vankomisin direnci ile virülans faktörleri arasındaki muhtemel ilişki araştırılmıştır. Tanımlama ve antimikrobiyel direnç testleri Vitek-II ve disk diffüzyon methodları ile araştırılmıştır. Klinik izolatların minimum inhibitör konsantrasyonları E-test ile doğrulanmış; tüm izolatlarda vanA ve vanB direnç genleri ile cylA, asa1, esp, gelE, hyl virülans genleri PCR metodu ile araştırılmıştır. Pulsed Field Gel Electrophoresis metodu ile genetik karşılaştırmada, 6 konizasyon kümesi ve 5 gıda kümesi kendi içlerinde yakın ilişkili bulunmuştur. Gıda ve klinik enfeksiyon izolatları arasında genetik ilişki saptanmamışken, 2 adet kolonizasyon ve gıda kümeleri arasında yakın ilişki bulunmuştur. cylA geni dışındaki test edilen diğer virülans genler ve vankomisin direnci klinik izolatlarda daha yüksek bulunmuştur. Tüm izolatlar arasında esp gen pozitifliği ile vankomisin direnci, E. faecium türlerinde ise esp, hyl gen pozitiflikleri ile vankomisin direnci arasında bir korelasyon olduğu görülmüştür. Sonuç olarak, Adana bölgesinde gıda kaynaklı vankomisine hassas E. faecium türlerinin insanlarda kolonize olabildikleri, vanA ve vanB direnç genleri kazanarak vankomisin direncinin yayılmasında rezervuar olabilecekleri görülmüştür. Ayrıca, gıda kaynaklı enterokokların, gelE, asa1 ve hyl virülans genlerinin yayılmasında potansiyel kaynak olabilecekleri kanısına varılmıştır.

Abstract:
In this research, genetic diversity and incidence of potential virulence factors, vancomycin resistance were studied and also  evaluated a possible correlation that can exist between vancomycin resistance and virulence factors between 51 Enterococcus spp. food and 50 human clinical originated Enterococcus faecium strains in Adana Region. Identification and antimicrobial susceptibility tests were performed by Vitek-II and disc diffusion method. Minimum inhibitory concentrations of clinical isolates were confirmed by E-test, and the presence of vanA and vanB as well as virulence genes cylA, asa1, esp, gelE, hyl were investigated by PCR method. Genetic diversity within the each groups; 6 clusters of colonization and 5 clusters of food isolates were found to be closely related. Although, no genetic relation was found among foods and human clinical infection isolates; 2 clusters of foods and human intestinal isolates were found to be closely related by Pulsed Field Gel Electrophoresis method. Except for the cylA gene, all other virulence genes and vancomycin resistance were higher in human strains, and a correlation was observed between multivirulence genes and hemolytic activity. For all strains, a correlation existed between the esp gene positivity and vancomycin resistance, while for only E. faecium, esp, hyl gene positivity and vancomycin resistance correlation could be seen. Finally, vancomycin sensitive E. faecium strains from food colonize in human, acquire vanA and vanB resistance genes and might be a reservoir for vancomycin resistance and food originated enterococci may be a potential source for dissemination of gelE, asa1 and hyl virulence genes.