Alzheimer hastalığıyla ilişkilendirilen NAE1 ve APBB1 genlerindeki yanlış anlamlı SNP'lerin in siliko analizi
In silico analysis of missense SNPs in the NAE1 and APBB1 genes associated with Alzheimer's disease
Yazar: RIZA BİLGİN
Danışman: DOÇ. DR. MESUT KARAHAN ; DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA KAMAN
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı / Biyomühendislik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyomühendislik = Bioengineering ; Genetik = Genetics

Özet:
ALZHEİMER HASTALIĞIYLA İLİŞKİLENDİRİLEN NAE1 VE APBB1 GENLERİNDEKİ YANLIŞ ANLAMLI SNP'LERİN İN SİLİKO ANALİZİ
Alzheimer Hastalığı; genetik ve çevresel risk faktörleri ile ilişkili olan çok faktörlü bir hastalıktır. Alzheimer hastalığının tanımlayıcı bir karakteristiği olan nöritik plaklar; Amiloid öncü proteininin (APP) ardışık proteolizinden türetilen Amiloid Beta (Aβ) peptitlerinin progresif serebral birikimi sonucu meydana gelir. APP, NAE1 ve APBB1 genlerinin kodlamış oldukları proteinleri ile etkileşim halindedir. Bu çalışmada, in siliko yöntemler kullanılarak NAE1 ve APBB1 genlerindeki yanlış anlamlı tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) protein yapısı, fonksiyonu ve stabilizasyonu üzerindeki olası zararlı etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yanlış anlamlı SNP'lerin olası zararlı etkilerini tahmin etmek için; SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, Mutation Assesor, SNAP2, PhD-SNP, I-Mutant 3.0, MUpro ve HOPE yazılım araçları kullanılmıştır.
NAE1 genindeki 299 adet yanlış anlamlı SNP'nin in siliko analizlerin sonucunda; rs77699528 (N73I), rs369298591 (C483S), rs370458994 (C153Y), rs370972971 (R184Q), rs372481628 (P234A), rs373487567 (G444V) ve rs377197078 (G327R) polimorfizmlerinin zararlı etkilerinin olabileceği tespit edilmiştir.
APBB1 geninde bulunan 462 adet yanlış anlamı SNP'nin in siliko analiz sonuçlarına göre rs139600801 (R470H), rs147235391 (P556S), rs184224900 (R483C), rs200270654 (V606G), rs368805217 (R373C), rs371824310 (V372M), rs373986403 (G692V), rs374186284 (S695L) ve rs376108082 (R506L) polimorfizmlerinin zararlı etkilerinin olabileceği tespit edilmiştir.
Bu çalışma ile ortaya çıkan sonuçların, Alzheimer Hastalığıyla ilgili ileride yapılabilecek tanısal ve deneysel stratejilere rehberlik etmek amacıyla faydalı bilgiler sunacağı düşünülmektedir.

Abstract:
IN SILICO ANALYSIS OF MISSENSE SNPS IN THE NAE1 AND APBB1 GENES ASSOCIATED WITH ALZHEIMER'S DISEASE
Alzheimer's Disease is a multifactorial disease associated with genetic and environmental risk factors. Neuritic plaques that a defining characteristic of Alzheimer's disease, result from progressive cerebral accumulation of Amyloid Beta (Aβ) peptides derived from sequential proteolysis of the Amyloid precursor protein (APP). APP interacts with the proteins encoded by the NAE1 and APBB1 genes. In this study, it was aimed to determine the possible deleterious effects of missense single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NAE1 and APBB1 genes on protein structure, function and stabilization using in silico methods. SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, Mutation Assesor, SNAP2, PhD-SNP, I-Mutant 3.0, MUpro and HOPE software tools were used to predict the possible deleterious effects of missense SNPs.
As a result of in silico analysis of 299 missense SNPs in the NAE1 gene; It has been determined that rs77699528 (N73I), rs369298591 (C483S), rs370458994 (C153Y), rs370972971 (R184Q), rs372481628 (P234A), rs373487567 (G444V) and rs377197078 (G327R) polymorphisms may have deleterious effects.
According to the in silico analysis results of 462 missense SNPs in the APBB1 gene; It has been determined that rs139600801 (R470H), rs147235391 (P556S), rs184224900 (R483C), rs200270654 (V606G), rs368805217 (R373C), rs371824310 (V372M), rs373986403 (G692V), rs374186284 (S695L) and rs376108082 (R506L) polymorphisms may have deleterious effects.
It is thought that the results of this study will provide useful information to guide future diagnostic and experimental strategies for Alzheimer's Disease.