Gibbula rarilineata (sınıf: gastropoda) aktin geninin cDNA klonlaması ve filogenetik analizi
CDNA cloning and phylogenetic analysis of Gibbula rarilineata (class: gastropoda) actin gene
Yazar: ŞEYMA EREN
Danışman: PROF. DR. CİHAN DEMİRCİ TANSEL
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Zooloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Aktin, tüm ökaryotik hücrelerde en fazla miktarda bulunan proteinlerden biridir ve tek hücrelilerden insana kadar pek çok canlı grubunda yüksek korunmuşluk gösterir. Aktin, hücre iskeletinde ve kas kasılmasındaki geniş dağılımlı başlıca rolleri gereği en çok çalışılmış proteinlerden biridir. Bunun yanında, aktinlerin, kökeninin çok eski olduğu düşünüldüğünden, aktinin farklı taksonomik sınıflarda değişken sayıdaki izoformlarının sınıflandırılmasının ökaryotik hücrelerin evrimi hakkında öngörü sağlayacağı düşünülmektedir.
Omurgalı aktinleri iyi çalışılmıştır ve iki sınıflandırması mevcuttur. Ancak omurgasız aktinleriyle ilgili çalışmalar kısıtlıdır. Yetersiz genetik veri sebebiyle, omurgasız aktinlerine özel bir sınıflandırma mevcut değildir. Çalışmamızda Gibbula rarilineata aktinini klonlayarak mevcut protein veri bankasının içeriğine katkıda bulunmayı amaçladık.
Çalışmamızda G. rarilineata örnekleri Marmara Denizi'nden toplandı. Örneklerin ayak dokusundan total RNA izolasyonu yapıldı ve izolatlar cDNA sentezi için kullanıldı. G. rarilineata aktini, tasarlanan gen spesifik primerlerin PZR'de kullanımıyla çoğaltıldı. Elde edilen PZR ürünleri klonlandı ve G. rarilineata aktin nükleotid dizisi bölgesel olarak dizilendi. Nükleotid dizileri, amino asit dizilerine translasyonu yapıldı ve insan aktin izoformları ile GenBank'ten elde edilen diğer gastropod aktin amino asit dizileriyle hizalandı. Filogenetik analiz, G. rarilineata aktininin sınıfladırılması için kullanıldı.

Abstract:
Actin is one of the most abundant proteins found in eukaryotes and highly conserved in many taxa from prokaryotes to human. Actin is, also, one of the most studied proteins due to its primary roles in cytoskeleton, and muscle contraction. In addition, because of its so called ancient origins, classification of variable number of actin isoforms in different taxa is considered to have potential of being informative about evolution of eukaryotic cells.
Although vertebrate actins are well studied and there are two accepted classifications for vertebrate actins, the studies about invertebrate actins are very limited. Because of the lack of genetic data, there is not a specific classification for invertebrate actins. In our study, we aimed to extend the existing protein database of invertebrates by cloning Gibbula rarilineata actin gene. 
In our study, G. rarilineata specimen were collected from Marmara Sea. Total RNA was isolated from foot tissue of specimen and total RNA isolates were used for cDNA synthesis. PCR amplification of G. rarilineata was performed by using of designed gene specific primers. Obtained PCR products were cloned and sequenced. Partial nucleotide sequences were translated to amino acid sequences and aligned with human actin isoforms and other amino acid sequences of gastropoda collected from GenBank. Phylogenetic analysis was used for classification of G. rarilineata actin.