Plazminojen (PLG) geninin denatüre yüksek basınçlı sıvı kromatografi (DHPLC) ile mutasyon analizi ve olası mutasyonlu örneklerin DNA dizi analizi ile değerlendirilmesi
Mutation analysis of plasminogen gene (PLG) with denaturated high pressure liquid chromatography (DHPLC) and DNA sequence analysis of samples that expected to have mutation
Yazar: BUKET NEBİYE DEMİR
Danışman: DOÇ. DR. HİLAL ÖZDAĞ
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Plazminojen (PLG) geni altıncı kromozomun uzun kolu üzerinde 6q26 pozisyonunda yer almaktadır. PLG, kan pıhtısının eritilmesi yani fibrinolizis ile görevli plazmin enziminin inaktif proenzim formudur. PLG genindeki homozigot ya da birleşik heterozigot mutasyonlar, farklı vücut bölgelerinde çoğunlukla mukoz membranları etkileyen nadir görülen bir inflamatuvar hastalık olan Tip I plazminojen eksikliği ile ilişkilendirilmiştir. Rahatsızlığın en yaygın göstergesi, özellikle göz kapağına ait yüzeylerde normal mukozanın yerini alan odunsu yapıda beyaz, sarı-beyaz ya da kırmızı kalın kitleler ile karakterize psödomembranlar oluşturan lignöz (odunsu) konjuktivittir.Bu çalışmada lignöz konjuktivit hikayesi olan 16 indeks vaka PLG gen mutasyonları açısından incelenmiştir. Türk toplumu, muhtemelen aile içi evlilikler ve tarih boyunca çeşitli uygarlıklara ev sahipliği yaptığından PLG gen değişimleri açısından oldukça heterojendir. Bu kültürel miras yanında PLG geni ve Tip I plazminojen eksikliği ile ilişkili mutasyonların çoğunun ilk defa Türklerde tanımlandığı dikkate alınarak, Türk lignöz konjuktivit hastalarında daha önce rapor edilmemiş mutasyonları saptamak bu çalışmanın amacını oluşturmaktadır.Bu çalışmada PLG geni önce denature yüksek basınçlı sıvı kromatografisi (DHPLC) ile taranmış, daha sonra örnekler profil farklılıklarına gore sınıflandırılmıştır. Sınıflandırmadan sonrasında yabanıl tip profilden farklılık gösteren her bir profili temsil eden birkaç referrans örnek mutasyon taşıması olasılığı nedeniyle DNA dizi analizi ile incelenmiştir.Çalışmanın sonucunda literatürde daha önce yer almayan Cys30Ter anlamsız, +1 IVS6 G>A ayıklama bölgesi mutasyonu, Glu161Lys, Gly199Val, Tyr264Cys, Gly401Asp, Gly684Asp yanlış anlamlı ve 582 C>T eş anlamlı mutasyonları hastalıkla ilişkili olarak bu çalışmayla ilk defa tanımlanmıştır. Yeni tanımlanan bu değişimlerin yanında literatürde var olan Lys19Glu, Asp453Asn, Pro744Ser yanlış anlamlı 330 C>T, 771 T>C, 1083 A>G, 2286 T>G eş anlamlı ve c.*45 A>G 3'UTR mutasyonları da saptanmıştır.

Abstract:
The plg gene maps to long arm of chromosome 6 on location 6q26. PLG is inactive proenzyme form of plasmin that dissolve fibrin trombi by a process called fibrinolysis. It has been shown that homozygous or compound-heterozygous type I PLG deficiency is a major cause of a rare inflammatory disease affecting mainly mucous membranes in different body sites. The most common clinical manifestation is ligneous conjunctivitis, characterized by development of fibrin-rich, woodlike (?ligneous?) pseudomembranous lesions.In this study, 16 index cases with ligneous conjuctivitis were investigated for PLG gene mutations. Turkish population is heterogeneous for PLG gene variations probably because of intermarriage and beeing home to many civilizations throughout history. In addition to this cultural heritage most of mutations associated with PLG and Type I plg deficiency were first identified in Turks. So, the aim of this study is identifying new mutations on Turkish ligneous conjunctivitis patients that have not been identified before.In this study, PLG gene was scanned for mutations with denaturated high pressure liquid chromatography (DHPLC) and then samples that have different profile compairing with wild type sample were classified. After classification several reference samples belonging to each group were analyzed by DNA sequencing.In 16 Turkish index cases with type I plasminogen deficiency we identified Cys30Ter nonsense mutation; +1 IVS6 G>A splice site mutation; Glu161Lys, Tyr264Cys, Gly199Val, Gly401Asp, Gly684Asp, Lys19Glu (K19E), Asp453Asn, Pro744Ser non-synonymous mutations; 330 C>T, 582 C>T, 771 T>C, 1083 A>G, 2286 T>G synonymous mutations and c.*45 A>G 3?UTR mutation in PLG gene. To the best of our knowledge, the following PLG gene mutations are newly described: Cys30Ter, +1 IVS6 G>A, Glu161Lys, Gly199Val, Tyr264Cys, Gly401Asp, Gly684Asp and 582 C>T.