Toplum ve hastane kaynaklı klebsiella pneumoniae suşlarında oxa-48 ve alt türevlerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle belirlenmesi
Determining OXO-48 and its variants with conventional and molecular methods in klebsiella pneumoniae isolates originated from community and hospital
Yazar: ARZU UYANIK PARLAK
Danışman: DOÇ. DR. HÜSEYİN GÜDÜCÜOĞLU
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler-laktam = Antibiotics-lactam ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Karbapenemler = Carbapenems ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Hastane enfeksiyonları içinde karbapenem dirençli Gram negatif bakterilerin etken olduğu enfeksiyonların sayısı giderek artmaktadır ve bu bakteriler genellikle diğer grup antibiyotiklere de dirençli olduklarından dolayı ciddi bir tehdit oluşturmaktadırlar. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen K. pneumoniae izolatlarında OXA-48 tipi (OXA-48 ve alt türevleri) karbapenemaz direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle belirlenmesi amaçlanmıştır. Fenotipik olarak karbapenem direnci sergilemeyen izolatlarda genotipik olarak OXA-48 gen bölgesinin var olup olmadığının araştırılması hedeflenmiştir. 
Çalışmaya Mart 2015-Mart 2016 yılları arasında polikliniklere başvuran veya çeşitli servis ve yoğun bakım ünitelerinde tedavi gören hastalardan izole edilen 127  K. pneumoniae izolatı dâhil edilmiştir. BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemiyle identifikasyonu ve antibiyogramı yapılan izolatların antibiyotiklere duyarlılıkları ayrıca Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle de tespit edilmiştir. OXA-48 tipi enzimlerin varlığını gösterdiği kabul edilen temosilin diski ile fenotipik olarak direnç varlığına bakılmıştır. Tüm izolatlarda in-house Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile OXA-48 tipi enzimin varlığı araştırılmış ve pozitif saptanan izolatlara DNA dizi analizi yapılarak OXA-48 varyant varlığına bakılmıştır. 
Hastanemizde izole edilen K. pneumoniae izolatları arasında karbapenem direnç oranı % 35 ve GSBL pozitifliği ise % 46 olarak tespit edilmiştir. Temosilin disk yönteminin K. pneumoniae suşlarında OXA-48 gen varlığını saptamadaki duyarlılığı % 88; özgüllüğü % 89 olarak bulunmuştur ve literatürde bazı yayınlarda bahsedildiği kadar (% 100) yüksek olmadığı görülmüştür. OXA-48 varlığına bağlı gelişen karbapenem direncini saptamada duyarlılık ve özgüllük dengesi en iyi karbapenemin ertapenem olduğu gözlenmiştir. Otomatize sistemle karbapenemlere dirençli olarak tespit edilen K.pneumoniae izolatlarındaki blaOXA-48 gen bölgesi varlığı % 80 olarak bulunmuştur ve bu durum ülkemizde OXA-48 üreticilerinin yaygın olduğunu göstermektedir. OXA-48 pozitif olarak saptadığımız 42 izolatta yapılan DNA dizi analizi ile elde edilen tüm dizilerin OXA-48 olduğu ve diziler içinde varyant OXA-48 geni bulunmadığı tespit edilmiştir. Genotipik olarak OXA-48 gen bölgesine sahip üç izolatta direncin fenotipik olarak yansımasının hemen ortaya çıkmadığı gözlenmiştir ve tedaviye rağmen iyileşmeyen hastalarda bu tip izolatların olabileceği akılda tutulması gerekmektedir.

Abstract:
Among nosocomial infections, the number of infections affected by carbapenem resistant gram negative bacteria is increasingly rising and these bacteria pose a serious threat as they are resistant to other antibiotic groups as well. This study aims to identify OXA-48 type (OXA-48 and its sub-derivatives) carbapenemase resistance in K. pneumoniae isolates isolated from various clinical samples through phenotypic and genotypic methods. It is aimed to study whether the OXA-48 gene zone exists genotypically in isolates that do not exhibit carbapenem resistance phenotypically. 
127 K. pneumoniae isolates isolated from patients who had been to policlinics from March 2015 to March 2016 or treated in various services and intensive care units were included in this study. The isolates were identified and antibiogrammed with BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD) automated system and also their antibiotic susceptibility identified with Kirby-Bauer disk diffusion method. Temocillin disk, regarded as reflecting the presence of OXA-48 type enzymes, and the existence of resistance phenotypically were checked. In all isolates, in-house Polimerase Chain Reaction (PCR) and the presence of OXA-48 type enzyme were investigated and DNA sequence analysis was made in isolates identified to be positive and the presence of OXA-48 variant was checked.    
Among K. pneumoniae isolates isolated in our hospital, carbapenem resistance rate was identified to be 35 % and GSBL positivity as 46 %. The sensitivity of temocillin disk method in identification of OXA-48 gene presence in K. pneumoniae strains was found to be 88 %, and specificity 89 % and it was seen that it is not as high as mentioned in some publications in the literature (i.e. 100 %). It was observed that the carbapenem with the best sensitivity and specificity balance in identifying carbapenem resistance that develops based on the presence of OXA-48 is ertapenem. With the automated system, the presence of blaOXA-48 gene zone in K. pneumoniae isolates identified to be resistant to carbapenem types was found as 80 % and this shows that OXA-48 producers are common in our country. It was found out that all series obtained by DNA sequence analyses made in 42 isolates found to be OXA-48 positive are OXA-48 and variant OXA-48 gene does not exist in the series. It was observed that phenotypical reflection of resistance does not emerge immediately in 3 isolates that have OXA-48 gene zone genotypically and it must be kept in mind that such types of isolates may exist in the case of some patients who do not recover despite treatment.