Pseudomonas aeruginosa klinik izolatlarında beta-laktamaz direnç genleri ile integronların belirlenmesi ve bazı bitki ekstrelerinin dirençli izolatlar üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of beta-lactamases genes and integron cassettes in Pseudomonas aeruginosa clinical isolates and effects of some plant extract on resistant isolates
Yazar: ESMA AKYILDIZ
Danışman: YRD. DOÇ. FATİH ŞABAN BERİŞ
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu doktora tez çalışmasında, 91 Pseudomonas aeruginosa klinik izolatında β-laktamaz direnç genleri ve integronlar araştırıldı. Ayrıca dirençli izolatlar üzerinde bazı bitki ekstrelerinin etkileri agar kuyucuk yöntemiyle belirlendi. blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1, blaCTX-M2, blaGES, blaVEB, blaPER-2, blaPER-1-3-4-5, blaPER-6, blaKPC, blaIMP, blaVIM, blaNDM-1, blaOXA-23, blaOXA-40, blaOXA-48, blaOXA-51, blaOXA58, blaGIM-1, blaSIM-1, blaSPM-1 ve blaCMY'yi içeren β-laktamaz direnç genleri Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile araştırıldı.  Sınıf 1 ve Sınıf 2 integronlarını tespit etmek için sırasıyla 5'-CS/3'-CS, hep51/hep74 değişken bölge primerleri kullanılarak PZR yapıldı. PZR çalışmaları sonucunda blaTEM-1, blaPER-1, blaVIM-2 blaVIM-38 blaNDM-1 genleri tespit edildi ve baz dizin analizi ile doğrulandı. 91 P. aeruginosa izolatının 33'ünde Sınıf 1 integron gen kaseti tespit edildi. Tespit edilen integronların AacA4, AacA4/OXA-2 benzeri, AAC(6')-Ib/AacA4/AadA7e, AacA4/"AAC6'IB", GcuD/AAC(6')-I/QacK, AacA4/AadA1, VIM-38/AAC(6')-Ib/EmrE/aadA1 gen kasetlerini içerdikleri baz dizin analizi ile belirlendi. Bir P. aeruginosa klinik izolatında 3,239 bp büyüklüğünde metallo β-laktamaz (MBL) geni içeren yeni bir gen kaseti blaVIM-38/AAC(6')-Ib/EmrE/aadA1 gen kaseti tespit edildi.  İzolatların hiçbirinde Sınıf 2 integron belirlenmedi. REP-PZR ile tüm izolatlar 9 farklı grup altında toplandı. Ribes rubrum, Prunus divaricata ve Duchesnea indica'nın meyve,  Punica granatum'un yaprak ve Vitis vinifera'nın taze sürgün kısımlarının metanol özütlerinde direnç genleri ve direnç gen kasetlerini taşıyan klinik P. aeruginosa suşları üzerine inhibisyon etkisinin bulunduğu belirlendi.

Abstract:
β-lactamase genes and integrons in clinical isolates of 91 Pseudomonas aeruginosa were investigated for in this PhD thesis. And also, inhibitory effects of 15 plant extracts on resistant isolates were determined by the agar well method. β-lactamase resistance genes including blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1, blaCTX-M2, blaGES, blaVEB, blaPER-2, blaPER-1-3-4-5, blaPER-6, blaKPC, blaIMP, blaVIM, blaNDM-1, blaOXA-23, blaOXA-40, blaOXA-48, blaOXA-51, blaOXA58, blaGIM-1, blaSIM-1, blaSPM-1 ve blaCMY were determined by PCR. Class I and Class II integron cassette were amplified by PCR with 5'-CS /3'-CS and hep51/hep74 variable region primers, respectively. blaTEM-1, blaPER-1, blaVIM-2, blaVIM-38, and blaNDM-1 were determined and verified by DNA sequenced. Class I integron casette including 91 isolates as AacA4, AacA4/OXA-2 like,  AAC(6')-Ib/AacA4/AadA7e, AacA4/"AAC6'IB", GcuD/AAC(6')-I/QacK, AacA4/AadA1 and VIM-38/AAC(6')-Ib/EmrE/aadA1 was found in 33 isolates but no Class II ones. A novel gene cassette array blaVIM-38/AAC(6')-Ib/EmrE/aadA1 with an metallo β-lactamase (MBL) gene was detected in a P. aeruginosa clinical isolate as 3,239 bp. All isolates were classified into 9 different groups by REP-PCR. Extract from fruits, leaves, flowers, and/or young branches parts of 15 different plants were used to determine growth inhibitory effect on resistant isolates. Extract from R. rubrum fruit, P. divaricata fruit, D. indica fruit, P. granatum leaf, and V. vinifera young branches were observed against clinical P. aeruginosa strains which carrying resistance genes and resistance gene cassette