Samsun yöresindeki tavuklarda eımerıa türlerinin real time PCR ile araştırılması
Investigation of eimeria species in chickens in Samsun region by real time PCR
Yazar: ÇAĞRI ASLAN
Danışman: PROF. DR. ABDULLAH İNCİ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Koksidiyozis = Coccidiosis ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Parazit hastalıkları-hayvan = Parasitic diseases-animal ; Parazitler = Parasites ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prevalans = Prevalence ; Samsun = Samsun ; Tavuklar = Chickens ; Tavukçuluk = Chicken farming

Özet:
Bu çalışma, Samsun yöresinde salma tip (free-range) tavuk yetiştiriciliği yapılan çeşitli işletmelerdeki tavuklarda coccidiosis'e yol açan Eimeria türlerinin moleküler prevalansını ortaya koymak amacıyla planlanmıştır. Bu amaçla Eylül 2015 ve Mart 2016 tarihleri arasında, salma tip tavukçuluk işletmeciliği yapılan ve her biri yaklaşık 15000 adet Hubbard Isa Red Ja ırkı tavuk barındıran 11 kümesten tekniğine uygun olarak toplam 390 adet dışkı örneği toplanmıştır. Dışkı örnekleri laboratuvarda Eimeria ookistleri yönünden incelenmiş ve pozitif örneklerde gram dışkıdaki ookist sayısı (OPG) belirlenmiştir. Eimeria ookistleri ile pozitif belirlenen örneklere ait genomik DNA izolatları Eimeria türlerinin identifikasyonu için Real Time PCR analizlerine tabii tutulmuştur. İncelemesi yapılan dışkı örneklerinin 240'ı (%61,5) Eimeria ookistleri yönünden pozitif bulunmuştur. Eimeria ookistleri ile pozitif belirlenen 240 örneğin OPG değerlerinin 100,00 ile 300000,00 arasında değiştiği belirlenmiştir. Real Time PCR analiz sonuçlarına göre en yaygın tür %95,8 ile E. tenella olarak belirlenmiş bunu sırasıyla %83,3 ile E. maxima, %58,3 ile E. acervulina ve %4,1 ile E. praecox izlemiştir. Ayrıca incelemeye alınan 390 dışkı örneğinin 200'ü (%51,2) miks enfekte belirlenirken bu oran sadece pozitif örnekler baz alındığında %83,3 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak bu çalışma ile Samsun yöresindeki salma tip tavukçuluk işletmelerinde coccidiosis'e yol açan Eimeria türleri belirlenerek moleküler prevalansı ortaya konmuştur. 
Anahtar kelimeler: Tavuk, Coccidiosis, Real Time PCR, Moleküler prevalans, Salma tip, Samsun

Abstract:
This study was conducted to determine the molecular prevalence of Eimeria species that cause coccidiosis in free-range chicken farms in Samsun district of Black Sea region in Turkey. For this aim, between September 2015 and March 2016, a total of 390 fecal samples were collected from 11 different free-range chicken farms that contain approximately 15000 Hubbard Isa Red Ja chickens. The collected fecal samples were investigated in terms of Eimeria ookists at the laboratory and the oocystes per gram of feces (OPG) were calculated in the positive samples. Real Time PCR analyses of the the samples were carried out on the genomic DNA isolates from the Eimeria oocytes positive samples in order to identification of Eimeria species. Two hundered forty (61.5%) out of examined fecal samples were found to be positive with Eimeria ooycstes. The OPG values of Eimeria oocytes positive fecal samples were determined between 100.00 and 300000.00. According to the results of Real Time PCR analyses, E. tenella was found to be the most prevalent species with the ratio of 95.8% and this was followed by E. maxima, E. acervulina and E. praecox with the ratios of 83.3%, 58.3%, 4.1%, respectively. Mix infections were determined in 200 (51.2%) of the 390 fecal samples and 83.3% of positive samples.  In conclusion, the molecular prevalence of Eimeria species that cause coccidiosis in the free-range chicken farms in Samsun district were displayed with this study. 
Key words: Chicken, Coccidiosis, Real Time PCR, Molecular prevalence, Free-range, Samsun