Tekrarlayan gebelik kaybı öyküsü olan kadın hastalarda genetik etiyolojinin yeni nesil dizi analizi yöntemi ile araştırılması
Investigation of genetic etiology in female patients with a history of recurrent pregnancy loss by new generation sequence analysis method
Yazar: FULYA DÜŞENKALKAN
Danışman: PROF. DR. HAKAN GÜRKAN
Trakya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Tekrarlayan gebelik kaybı = Recurrent pregnancy loss ; Trakya bölgesi = Thrace region ; Trombofili = Thrombophilia

Özet:
Tekrarlayan gebelik kaybı (TGK), en az iki ardışık gebeliğin 20. gebelik haftasından önce istemsiz olarak uterin boşluktan atılması ile gebeliğin sonlanması durumudur. Üreme çağındaki kadınların yaklaşık %2'si TGK yaşamaktadır. TGK etiyolojisinde rol oynayan farklı nedenler olmakla birlikte, genetik faktörlerin (kalıtsal trombofili varyantları, tek gen mutasyonları ve kromozomal anomaliler) etkisi %2-5 oranında bildirilmiştir (Chackraborty vd., 2013; Dimitriadis vd., 2020). Ancak halen daha genetik etkiler tam olarak aydınlatılamamıştır.
Çalışmamızda, literatür bilgileri ışığında TGK ile doğrudan ilişkili olan ve ilişkili olduğu düşünülen 43 geni (ACE, CBS, CPB2, CCDC39, CHD7, DNAH1, LHCGR, NLRP7, F10, F11, F12, F13A1, F13B, F2R, F3, F7, F8, F9, FGA, FGB, GP1BA, GP1BB, GP5, GP9, ITGA2, ITGB3, KLKB1, MTHFR, MTR, MTRR, PLAT, PLAUR, PLG, PROCR, SERPINE1, SERPINF1, TFPI, THBD, F2, F5, PROC, PROS1, SERPINC1) içeren, tarafımızca tasarlanan çoklu gen paneli kullanılarak yeni nesil dizi analizi (NGS) teknolojisi ile hastalığın genetik etiyolojisi araştırıldı.
Trakya Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi polikliniğine TGK şikâyeti ile başvuran 40 kadın hasta dahil edildi. Hastaların çalışmaya dahil edilme kriterleri: en az 3 kuşaktır Trakya Bölgesinde yaşıyor olmak, eşi ile akrabalık ilişkisi bulunmamak, 46,XX kromozom yapısına sahip olmak, trombofili panelinde Faktör II (Protrombin) ve Faktör V Leiden varyantına sahip olmamak olarak belirlendi.
Çalışmamız sonucunda, çalışmış olduğumuz 40 kadın hastadan 32 tanesinde (%80) bir ve/veya daha fazla varyant saptandı. Bulgularımızdan altısı patojenik, üçü olası patojenik, otuz ikisi klinik önemi belirsiz ve yirmisi iyi huylu/olası iyi huylu varyant olarak bildirildi. Olası patojenik olarak saptanan DNAH1 genindeki NM_015512.5:c.10123_10126dupCAGC (p.Leu3376ProfsTer6) ve THBD genindeki NM_000361.3:c.1335C>A (p.Cys445Ter) varyasyonları ve klinik önemi belirsiz olarak saptanan NM_181446.3(FSHR):c.1127G>A (p.Cys376Tyr), NM_001312675.2(F10):c.257-12C>G, NM_005957.5(MTHFR):c.273A>C (p.Ile91Ile), NM_000313.4(PROS1):c.574A>G (p.Met192Val), NM_000789.4(ACE):c.2059-9T>A, NM_000233.4(LHCGR):c.55_56insTGCCGC (p.Gln18_Pro19insLeuPro) ve NM_000133.4(F9):c.177C>G (p.Asn59Lys) varyantları daha önce literatürde ve açık erişim sağlayan veri tabanlarında bildirilmediğinden novel (yeni) varyant olarak değerlendirildi.
Özetle; tekrarlayan gebelik kaybı hastalığının daha geniş bir örneklem grubunda, hedefe yönelik çoklu gen panelleri kullanılarak yeni nesil dizileme yöntemi ile çalışılması sonucunda klinik tanıya önemli bir katkı sağlayacağı ön görüsündeyiz.

Abstract:
Recurrent pregnancy loss (RPL) is the termination of pregnancy by involuntary expulsion of at least two consecutive pregnancies from the uterine cavity before the 20th g midwifery week. Approximately 2% of women of reproductive age experience RPL. Although there are different causes that play a role in the etiology of RPL, the effect of genetic factors (hereditary thrombophilia variants, single gene mutations and chromosomal abnormalities) has been reported at a rate of 2-5% (Chackraborty et al., 2013; Dimitriadis et al., 2020). However, genetic effects are still not fully elucidated.
In our study, the genetic etiology of the disease was investigated with new generation sequence analysis (NGS) technology using the multi-gene panel designed by us, which includes 43 genes (ACE, CBS, CPB2, CCDC39, CHD7, DNAH1, LHCGR, NLRP7, F10, F11, F12, F13A1, F13B, F2R, F3, F7, F8, F9, FGA, FGB, GP1BA, GP1BB, GP5, GP9, ITGA2, ITGB3, KLKB1, MTHFR, MTR, MTRR, PLAT, PLAUR, PLG, PROCR, SERPINE1, SERPINF1, TFPI, THBD, F2, F5, PROC, PROS1, SERPINC1) that are directly and/or indirectly related to RPL.
40 female patients who applied to the outpatient clinic of Trakya University Hospital Medical Genetics Department Genetic Diseases Evaluation Center with TGK complaint were included. The criteria for the inclusion of patients in the study: to have lived in the Thrace Region for at least 3 generations, not related to their wife not to have
a relationship with their spouse, to have a chromosome structure of 46,XX, not to have Factor II and Factor V variant in the thrombophilia panel.
As a result of our study, one or more variants were detected in 32 of the 40 female patients (80%). Six of our results were pathogenic, three were likely pathogenic, thirty-seven variants of uncertain clinical significance, and twenty were benign/likely benign were reported.
Likely pathogenic variants in DNAH1 (NM_015512.5:c.10123_10126dupCAGC (p.Leu3376ProfsTer6)) and THBD (NM_000361.3:c.1335C>A (p.Cys445Ter)) genes and variants of uncertain clinical significance in the NM_181446.3(FSHR):c.1127G>A (p.Cys376Tyr), NM_001312675.2(F10):c.257-12C>G, NM_005957.5(MTHFR):c.273A>C (p.Ile91Ile), NM_000313.4(PROS1):c.574A>G (p.Met192Val), NM_000789.4(ACE):c.2059-9T>A, NM_000233.4(LHCGR):c.55_56insTGCCGC (p.Gln18_Pro19insLeuPro) ve NM_000133.4(F9):c.177C>G (p.Asn59Lys) genes have not been previously reported in the literature and open access databases, so they were considered as "novel variant".
In summary, we anticipate that new generation sequencing method studies using targeted multi-gene panels with a larger sample group will make an important contribution to the clinical diagnosis of recurrent pregnancy loss disease.