Helicobacter pylori pozitif ve negatif bireylerde NİR-155, MİR-21,MİR-146A ve MİR-223 ekspresyonlarının araştırılması
The investigation of MİR‐155, MİR‐21, mir146A and MİR-223 expressions in helicobacter pylori positive and negative individuals
Yazar: NİSA UYAR ALPASLAN
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM ÖMER BARLAS
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Gen ifadesi profili = Gene expression profiling ; Helicobacter enfeksiyonları = Helicobacter infections ; Helicobacter pylori = Helicobacter pylori ; Mikro RNA = Micro RNA ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; RNA = RNA

Özet:
Helicobacter pylori (H. pylori, 1983), gram-negatif, mikroaerofilik, gastrik mukozada kolonize patojen bir bakteridir. MikroRNA'lar (miRNA) yaklaşık 22 nükleotid uzunluğunda, kodlamayan, tek iplikli ribonükleikasit (RNA) molekülüdür. miRNA'lar hedef genlerin ekspresyonunu regüle ederek H. pylori enfeksiyonun oluşturduğu inflamatuvar hücrelerinin enfiltrasyonun azaltılmasında veya kanser oluşum sürecinde etkili olabileceği düşünülmektedir. Çalışmamızda H. pylori pozitif ve H. pylori negatif bireylere ait serum örneklerinde, bakterinin yol açtığı enfeksiyon ile oluşan inflamasyon ve karsinogenezde görevli genleri hedefleyen hsa-miR-155-5p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-146a-5p ve hsa-miR-223-5p miRNA ekspresyon analizinin, hastalık üzerindeki etkisini araştırmayı hedefledik. Çalışmamızda Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı Gastroenteroloji Bilim Dalı biriminde bireylere endoskopi sırasında Clo testi ile H. pylori pozitif (n=46) ve negatif (n=49) tanısı konuldu. Bireylere H. pylori enfeksiyonu ile ilişkili olabileceği düşünülen demografik anket yapıldı. Bu bireylere ait serum örneklerinden Qiagen miRNeasy Serum Plasma Kit ile miRNA izolasyonu yapıldı. SDS 2.0.3 yazılımı ile ABI Prism 7500 Real-Time PCR System ile karşılaştırmalı 2-ΔΔCT değerleri kullanılarak ekspresyon seviyeleri belirlendi. H. pylori pozitif ve negatif bireylerde hsa-miR-155-5p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-146a-5p ve hsa-miR-223-5p miRNA ekspresyon analizi sonucu istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamadı. Yapılan anketlerde gruplar arasında, yaşanılan yer ve ailede hipertansiyon öyküsü bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunurken, diğer kategorilerde istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmedi. H. pylori enfeksiyonunun gastrik epitel hücrelerde immün sistemi aktive ederek bu sistemde görevli miRNA ekspresyonlarını regüle edebileceği ve bu enfeksiyon sonucu artan inflamasyon ile ilişkili hsa-miR-155-5p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-146a-5p ve hsa-miR-223-5p'nin gastroduedonal hastalıkları etkileyebileceği düşünülmektedir. H. pylori pozitif ve negatif bireylerde bakterinin yol açtığı enfeksiyon ile oluşan inflamasyon artışında görevli genleri hedefleyen hsa-miR-155-5p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-146a-5p ve hsa-miR-223-5p miRNA ekspresyon analizinin, H. pylori enfeksiyonun oluşturabildiği kanser vakalarında, kanserleşme süreci başlamadan H. pylori eradikasyonu ile pro-kanseröz progresyonunu engelleyebilmesi bakımından literatüre katkı sağlayabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Helicobacter pylori (H. pylori) is a gram-negative, microaerophilic bacteria that colonizes the gastric mucosa. miRNAs are small, non-coding RNAs ∼22 nucleotides in length, which function as critical post-transcriptional regulators of gene expression. miRNAs regulating the inflammatory and carcinogenic processes induced by bacteria. In our study, using serum specimens, expression patterns of hsa-miR-155-5p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-146-a and hsa-miR-223-5p (regulating the inflammatory and carcinogenic processes induced by H. Pylori) were determined by Real-Time Polymerase Chain Reaction (Real-Time PCR). In our study, H. pylori positive (n = 46) and negative (n = 49) were diagnosed by Clo test during endoscopy in Mersin University Faculty of Medicine, Department of Gastroenterology. We conducted a demographic questionnaire that was thought to be associated with H. pylori infection for each group. Serum specimens of patients, considered positive for H. pylori infection and patients were defined as H. pylori-negative, were taken for miRNA isolation. miRNA isolation of each group was performed using the Qiagen miRNeasy Serum Plasma Kit. Hsa-miR-155-5p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-146a-5p and hsa-miR-223-5p expressions level were determined using comparative 2-ΔΔCT analysis by using ABI Prism 7500 Real-Time PCR Systems, SDS 2.0.3 software programme. Statistical analysis of miRNAs between H. pylori positive and negative groups were compared with the Mann–Whitney U test. p < 0.05 was considered statistically significant. The relationship between categorical variables were tested using Pearson's chi-square test. There was no statistically difference between H. pylori positive and negative individuals in the analysis of hsa-miR-155-5p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-146a-5p and hsa-miR-223-5p miRNA expressions level. In surveys, there was a statistically significant difference between the groups in terms of living place and family history of hypertension, no statistically significant difference was observed in the other categories. H. pylori infection can activate the immune system in gastric epithelial cells to regulate miRNA expression levels and hsa-miR-155-5p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-146a-5p and hsa-miR-223-5p which are associated with increased inflammation as a result of this infection, are thought to affect gastroduedonal diseases. This study may contribute to the literature in terms of preventing H. pylori eradication and pro-cancerous progression in the cases of cancer resulting from H. pylori infection before the onset of the cancer process.