Diş çürüklerinden staphylococcus aureus izolasyonu ve identifikasyonu
Identification and isolation of staphylococcus aureus from tooth decay
Yazar: NEVRA ÇİNE
Danışman: DOÇ. DR. İSMET BERBER
Sinop Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Diş çürükleri = Dental caries ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus

Özet:
Staphylococcus aureus dünyadaki birçok ülkede en yaygın insan patojenlerinden birisidir. Bu çalışmada, Sinop ilindeki bazı diş polikliniklerine gelen hastalardan izole edilen 54 yerel ve 3 adet referans olmak üzere toplam 57 adet S. aureus suşu fenotipik özellikleri ve sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforez (SDS-PAGE) kullanılarak elde edilen toplam hücre ve hücre dışı protein profillerinin nümerik analiziyle karakterize edildi.Morfolojik ve fizyolojik özelliklerine göre, bütün yerel izolatların hareketsiz, spor oluşturmayan, Gram-pozitif, katalaz ve koagulaz pozitif, oksidaz negatif ve S. aureus türüne ait oldukları belirlendi. Bütün suşların 14 farklı antibiyotiğe karşı duyarlılıkarı disk difüzyon yöntemi kullanılarak test edildi. Antibiyogram sonuçlarına göre, suşlarda en yüksek direnç ampisilin (%83.6) ve polimiksin B (%43.6) antibiyotiklerine karşı belirlendi. Diğer taraftan, suşların hepsinin sülfametoksazol/trimetoprim, sefoperazon/sülbaktam, vankomisin ve imipenem antibiyotiklerine duyarlı oldukları bulundu.Toplam hücre protein profilleri esas alınarak yapılan nümerik analiz S. aureus suşlarının benzerlik düzeyi %66.29 ve üzerinde iki major gruba ayrıldığını ortaya koydu. Ayrıca suşların hücre dışı protein profilleri esas alınarak yapılan nümerik analizde ise benzerlik düzeyi %60.53 ve üzerinde iki major grup oluşturdu. Sonuç olarak, bu çalışma diş çürüklerinden izole edilen S. aureus suşlarının daha güvenilir identifikasyonu için morfolojik ve fiyolojik özellikleri esas alan konvansiyonel yöntemler ile toplam ve hücre dışı protein profillerinin nümerik analizinin birlikte kullanılmasının faydalı olacağını gösterdi.Anahtar kelimeler: S. aureus, Diş Çürüğü, İzolasyon, İdentifikasyon, Antibiyogram, SDS-PAGE, Protein Profili, Nümerik Analiz

Abstract:
Staphylococcus aureus is the most prevalent human pathogenic agent in many countries around the world. In the study, a total of 57 strains of S. aureus including 54 clinical isolates collected from some dental clinical sources in Sinop province and 3 reference strains were characterized by the phenotypic properties and the numerical analysis of whole-cell and extra-cellular protein profiles obtained by using sodium dodcyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE).According to the morphological and the physiological characteristics, all native isolates were non-motility, non-conneet to endospore forming, Gram-positive, catalase positive, coagulase positive and oxidase negative and they were consisted of S. aureus species. The susceptiblity of all strains were tested against 14 standard antibiotics by using disc diffusion procedure. In accordance with the antibiogram results, it was determined that whole strains had the highest resistance against ampicillin (83.6%) and polimixin B (43.6%). Hovewer, they were found susceptible to sulfamethoxazole/trimethoprim, sefoperazone/sulbactam, vancomycin and imipenem.The numerical analysis of whole-cell protein profiles of S. aureus strains revealed 2 major clusters at similarity levels of 66.29% or above. Furthermore, the numerical analysis of extra-cellular protein profiles of the strains yielded 2 major clusters at similarity levels of 60.53% or above. In conclusion, the sudy indicated that together use of conventional methods based on the morphological and the physiological properties and the numerical analysis of whole-cell and extra-cellular protein profiles might be usefull for the more reliable identification of S. aureus strains isolated from tooth decay.Keywords: S. aureus, Tooth Decay, Isolation, Identification, Antibiogram, SDS-PAGE, Protein Profiles, Numerical Analysis