Yüksek dereceli T1 evre mesane tümör dokusu örneklerine ait proteom profilinin LC-MS/MS ile analiz edilmesi
Analysis of the proteome profile of high-grade T1 stage bladder tumor specimens by LC-MS/MS
Yazar: TUNAY DOĞAN
Danışman: PROF. DR. AYSEL ÖZPINAR
Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Kromatografi-sıvı = Chromatography-liquid ; Kütle spektroskopisi = Mass spectroscopy ; Mesane neoplazmları = Urinary bladder neoplasms ; Neoplazm evreleri = Neoplasm staging ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Proteomikler = Proteomics

Özet:
Mesane kanseri dünya genelindeki en yaygın kanser türlerinden biridir ve erkeklerde görülme sıklığı kadınlara oranla 3.5 kat daha fazladır. Tüm mesane tümörleri içerisinde yüksek dereceli T1 evre tümörlerin (Hg-pT1) klinik olarak belirgin derecede heterojenite, nüks, progresyon ve kansere özgü mortalite gösterdiği bildirilmiştir. Mesane tümör dokusunu oluşturan hücrelere ait progresif özelliklerin moleküler düzeyde aydınlatılabilmesi için proteomik yaklaşımların faydalı olacağı açıktır. Buna karşılık, literatüre bakıldığında bu konudaki dozu bazlı çalışmaların oldukça sınırlı olduğu ve idrar bazlı biyobelirteç çalışmalarının gölgesinde kaldığı görülmektedir. Sadece Hg-pT1 tümör dokusunu hedef alan bir çalışma da bulunmadığından bu çalışmanın faydalı olacağı düşünülmektedir. Çalışma kapsamında 4 erkek hastadan alınan Hg-pT1 tümör dokuları ve tümöre komşu sağlıklı mesane dokuları FASP metoduyla hazırlanmış ve LC-MS/MS ile analiz edilmiştir. Tanımlanan proteinlerden istatistiksel olarak anlamlı olan 90 tanesi biyoinformatik araçlarla değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, tümör dokularında Heteronükleer RNA metabolizması, translasyonel regülasyon aktivitesi, Endoplazmik Retikulum stresi, Mitokondriyal stres ve Warburg etkisine bağlı aerobik glikolizi tarif eden proteinlerin artış gösterdiği, hücresel adezyon ve hücre iskeletinin regülasyonundan sorumlu proteinlerin ise azalış gösterdiği anlaşılmıştır. Tanımlanan tüm proteinler arasından tümör dokularında artış gösteren Galektin-3, S100A11, Fibronektin, HSP60, HSP70 ile HSP90'ın analogları olan HSP90AB1 ve HSP90B1 proteinlerinin literatürden de hareketle Hg-pT1 tümörleri için prognostik önem taşıdığı görülmüştür. Bu bağlamda ilgili proteinlerin ileride mesane kanseri tedavisinde potansiyel terapötik hedefler ve biyobelirteçler olarak değerlendirilebileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Bladder cancer is one of the most common types of cancer in the world and its incidence is 3.5 times higher in men than in women. Among all bladder tumors, high-grade T1-stage tumors (Hg-pT1) are known to have clinically significant heterogeneity, recurrence, progression, and mortality. It is evident that proteomic approaches will be useful in order to elucidate the invasion of the cells forming the bladder tumor tissue at the molecular level. However, there are limited studies that target the non-muscle invasive bladder tumor tissues for the investigation to biomarker discovery and understand tumor progression. Therefore we aimed to assess the proteomic profiles o Hg-pT1 bladder tumor tissues. Hg-pT1 bladder tumor tissues obtained from 4 male patients and healthy bladder tissues near the tumor were prepared by FASP method and samples were analyzed by LC-MS/MS. The identified proteins were analyzed by bioinformatic approaches. In total, 1166 proteins were identified. Of these, 90 proteins were statistically significant (p< 0.05) between control and tumor tissues. Proteins that were found to be increased in tumor tissues (n= 55) were belonged to Heteronuclear RNA metabolism, translational regulation activity, Endoplasmic Reticulum Stress, Mitochondrial stress, and aerobic glycolysis. Whereas decreased proteins in tumor tissues (n= 35) were involved in cellular adhesion and regulation of the cell skeleton. Among all proteins, Galectin-3, S100A11, Fibronectin, HSP60, HSP70, and HSP90's analog HSP90AB1 and HSP90B1 proteins were found to increase in Hg-pT1 tumor tissues (p< 0.05). Proteomics studies based on LC-MS/MS can provide powerful information to understand the progression of bladder cancer. The proteins described in this study can be evaluated in the future as potential therapeutic targets and biomarkers for Hg-pT1 bladder tumors.