Karadeniz Bölgesi'nden izole edilen avian influenza (H5N1) izolatlarının moleküler epidemiyolojisi
Molecular epidemiology of avian influenza (H5N1) isolates isolated from Black Sea Region
Yazar: HAMZA KADI
Danışman: PROF. DR. AHMET YILMAZ ÇOBAN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Hemaglütininler = Hemagglutinins ; Karadeniz bölgesi = Black Sea region ; Kuş gribi = Influenza in birds ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Amaç: Bu çalışmada 2006 yılında ülkemizde görülen Avian Influenza H5N1 izolatlarının Hemaglutinin geninin bazı moleküler karakterizasyonları yapılmıştır. Bu sayede eldeki izolatların patojenite seviyeleri ve insandan-insana bulaşabilme yeteneklerinin olup olmadığının tespit edilmesi amaçlanmıştır.
Materyal ve Metot: Bu çalışma kapsamında 2006 yılında çeşitli kanatlı hayvanlardan izole edilen 27 adet  AI H5N1 izolatı kullanılmıştır. Öncelikle izolatlar spesifik patojen free (SPF) embriyolu tavuk yumurtalarında tekrar canlandırılıp üretildikten sonra yumurtaların koriyo allantoyik sıvıları toplanmış ve bu sıvılardan RNA ekstraksiyonu yapılmıştır. Bu işlemden sonra eldeki RNA'lardan öncelikle H5N1 spesifik primerler ve probla Real Time RT-PCR işlemi yapılarak izolatların H5N1 alt tipi olduğu gösterilmiş; hemen ardından ise hemaglutinin geninin enzim kesim bölgesini ve reseptör bağlanma bölgesini RT-PCR ile çoğaltmak için kullanılmıştır. 
Bulgular: Çalışmalarımızın sonucunda  elimizde bulunan 17 adet izolatın hepsinin de Yüksek Patojen Avian Influenza virüsü olduğu tespit edilmiştir. Bunun yanında reseptör bağlanma bölgesinin sekans araştırmaları sonucunda bu 17 adet izolatın ilgili aminoasit pozisyonlarında herhangi bir mutasyon olmadığı tespit edilmiştir.
Sonuç: Çalışma sonucunda elimizde bulunan izolatların insandan insana bulaşma özelliğinde olmadığı; ancak virüsün karakterinden dolayı ve son verilere göre hala dünyanın bazı bölgelerinde sirküle olması ve göçmen kuşlarla nakledilebilir bir virüs olduğu için hastalık çıkan yerlerde virüsun moleküler ve antijenik karakterlerinin belirlenmesi gerektiğinin sonucuna varılmıştır.
Anahtar Kelimeler: RT-PCR; Avian Influenza; Hemaglutinin; İzolat

Abstract:
Objective: In this study, molecular characterizations of Hemagglutinin gene of Avian Influenza (AI) H5N1 isolates which was seen in our country in 2006 were made. By this means, the objective of the study was to find out the pathogenicity levels and whether they had the ability to be transmitted from person to person. 
 Material and Method:  Within the context of this study, 27 AI H5N1 isolates isolated from various poultry in 2006 were used. After isolates were revived in chicken eggs with specific pathogen free embryo, chorioallantoic fluids of the eggs were collected and RNA extraction was made from these fluids. Following RNA extraction, first Real Time RT-PCR was conducted on especially H5 sub type with specific primers and probe and later enzyme cut-off area and receptor binding area of hemagglutinin gene were reproduced with RT-PCR. 
Results : As a result of our study, positivity was found in 17 of the 27 isolates we had and all of them were found to have High Pathogen Avian Influenza Virus (HPAI). In addition, as a result of sequence analysis of receptor binding area, no mutations were found in the related amino acid positions of these 17 isolates. 
Conclusion: As a result of the study, it was concluded that the isolates we had did not have the feature to transmit from person to person; however, due to the character of the virus and the fact that it is still circulated in some places of the world according to latest data and since it is a virus that can be transmitted to migratory birds, it is necessary to determine molecular and antigenic characteristics of the virus in places where the disease is seen in terms of following the potential of AI H5N1 virus to transmit to human beings in the future. 
Key Words: RT-PCR; Avian Influenza; Hemagglutinin; Isolate