İneklerde subklinik mastitis etkenlerinin multipleks PCR ile araştırılması
Investigation of subclinical mastitis pathogens by multiplex PCR in cows
Yazar: AIKERIM KUMONDOROVA
Danışman: PROF. DR. SERKAN İKİZ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: A Clergyman's Daughter = A Clergyman's Daughter ; Gıda mikrobiyolojisi = Food microbiology ; Mastit = Mastitis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sığırlar = Cattles ; İnekler = Cows

Özet:
Bu çalışmada, İstanbul ve çevre illerinde yetiştirilen laktasyon dönemindeki ineklerde
subklinik mastitise neden olan 5 kontagiyöz, 10 çevresel patojen olmak üzere toplam 15
patojen suşun ve Staphylococcal β-laktatamaz direnç geni Multipleks PCR ile tespit
edilmesi amaçlandı. Böylelikle mastitise neden olan yaygın patojenlerin
belirlenmesinde klasik kültür yöntemleri ile çoğunlukla gözardı edilebilen patojenlerin
de araştırılması amaçlandı.
Bu amaçla İstanbul ve çevre illerinden olmak üzere toplamda 4 farklı çiftlikten
laktasyon dönemindeki 108 hayvana ait 150 adet CMT pozitif süt örnekleri toplandı.
CMT pozitif süt numunelerinden total DNA ekstraksiyonu yapıldı ve ekstraktlar
multipleks real time PCR kullanılarak amplifiye edildi.
Çalışmada toplam 108 hayvandan alınan 150 adet süt örneğinden 131'i (%87,33)
araştırılan etkenler yönünden pozitif, 19'u (%12,67) negatif olarak değerlendirildi. 131
pozitif süt örneğinin 85'inde (%64,89) birden fazla mikroorganizma, 46'sında (%35,11)
birer mikroorganizma tespit edildi.
Toplam 278 mikroorganizmadan 76'sı (%27,34) Staphylococcus spp., 66'sı (%23,74)
Escherichiacoli, 46'sı (%16,55) Enterecoccus spp., 22'si (%7,92 ) Corynebacterium
bovis, 18'i (%6,47) Trueperella pyogenes, 14'ü (%5,04) Streptococcus uberis, 9'u
(3,23) Candida spp., 7'si (%2,51) Streptococcus dysgalactiae, 5'i (%1,80)
Staphylococcus aureus, 4'ü (1,44) Streptococcus agalactiae, 4'ü (%1,44) Prototheca
spp., 2'si (%0,72) Mycoplasma bovis, 2'si (%0,72 ) Mycoplasma spp., 2'si (% 0,72)
Klebsiella spp., 1'i (% 0,36) Serratia marcescens olarak tespit edilmiştir.
Staphylococcal β-lactamaz direnç geni 81 Staphylococcus spp.'nin 42'sinde (%51,8)
saptandı. Gram negatif ve Gram pozitif bakteriler karşılaştırıldığında istatistiki olarak negatif
bakterilerin görülme oranı daha yüksek bulundu (P<0,001). Kontagiyöz ve çevresel
patojenler karşılaştırıldığında çevresel patojenlerin görülme oranı daha yüksek saptandı
(P<0,001).
Bu tez çalışmanın sonuçları sağım hijyeni ve çiftliklerdeki zooteknik şartların
geliştirilmesi gerektiğini, aşılama başta olmak üzere koruyucu önlemlerin önemini bir
kez daha gösterdi. Bununla birlikte Prototheca spp.'nin subklinik mastitis olgularında
varlığı Türkiye'de ilk kez gösterildi. Ayrıca subklinik mastitislerde Candida spp.'nin
varlığının araştırılması gerektiğini bir kez daha ortaya çıkardı.

Abstract:
The scope of this study was to detect a total of 15 pathogenic strains, including 5
contagious, 10 environmental pathogens, and Staphylococcal β-lactamase resistant
gene, that cause subclinical mastitis in lactating cows raised in Istanbul and surrounding
provinces by Multiplex PCR. Thus, it was aimed to investigate common pathogens that
cause mastitis, and pathogens that could be ignored with classical culture methods.
For this purpose, 150 CMT positive milk samples belonging to 108 lactating animals
were collected from 4 different farms in total, from Istanbul and surrounding provinces.
Total DNA was extracted from CMT positive milk samples and the extracts were
amplified by using multiplex real time PCR.
In the study, 131 (87.33%) of 150 milk samples taken from a total of 108 animals were
evaluated as positive while 19 (12.67%) were evaluated as negative. Among 131
positive milk samples, more than one microorganism was detected in 85 (64.89%) and
one microorganism each of 46 (35.11%).
Of the total 278 microorganisms were determined as 76 (27.34%) Staphylococcus spp.,
66 (23.74%) Escherichia coli, 46 (16.55%) Enterecoccus spp., 22 (7.92%)
Corynebacterium bovis, 18 (6.47%) Trueperella pyogenes, 14 (5.04%) Streptococcus
uberis, 9 (3.23) Candida spp., 7 (2.51%) Streptococcus dysgalactiae, 5 (1.80%)
Staphylococcus aureus, 4 (1.44) Streptococcus agalactiae, 4 (1.44%) Prototheca spp., 2
(0.72%) Mycoplasma bovis, 2 (0.72%) Mycoplasma spp., 2 (0.72%) Klebsiella spp. and
1 (0.36%) Serratia marcescens.
Staphylococcal β-lactamase resistant gene was detected in 42 (51.8%) of 81
Staphylococcus spp.
When Gram-negative and Gram-positive bacteria were compared, the incidence of
negative bacteria was statistically higher (P <0.001). Comparing contagious and environmental pathogens, the incidence of environmental pathogens was found to be
higher (P<0.001).
The results of this thesis study showed once again the importance of milking hygiene
and zootechnical conditions in farms, and the importance of protective measures,
especially vaccination. Furthermore, Prototheca spp. that cause subclinical mastitis was
sturdied for the first time in Turkey. In addition, it has once again revealed that the
presence of Candida spp. in subclinical mastitis which shoud be also investigated.