COVİD-19 hastalığında SARS-COV-2 IGM ve SARS-COV-2 IGG antikor düzeyleri ile SARS-COV-2 reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu döngü eşik değeri arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Evaluation of the relationship between sars-cov-2 igm and SARS-COV-2 İGG antibody levels and SARS-COV-2 reverse transcriptase polymerase chain reaction cycle threshold value in COVİD-19 disease
Yazar: PINAR ÖZAYDIN
Danışman: PROF. DR. AYŞEN BAYRAM
Sanko Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antikorlar = Antibodies ; COVID 19 = COVID 19 ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; SARS virüsü = SARS virus ; İmmünoglobülin G = Immunoglobulin G ; İmmünoglobülin M = Immunoglobulin M

Özet:
SARS-CoV-2 adı verilen virüsün neden olduğu COVID-19 hastalığı, 2019 yılı Aralık ayında Çin'de ortaya çıkıp, tüm dünyayı etkisi altına alan en büyük pandemilerden birisi olmuştur. COVID-19 hastalığının çok bulaşıcı olması ve olguların bir kısmının ölümle sonuçlanması nedeniyle enfeksiyonun erken teşhis ve tedavisi önem taşımaktadır. 
COVID-19 tanısında altın standart yöntem boğaz ve nazofarengeal sürüntüden yapılan gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) dur. PCR testi sonucunda elde edilen döngü eşik (Cycle treshold; Ct) değeri hastadan alınan örnekteki viral yükü temsil etmekte olup, Ct değerinin düşük olmasının enfeksiyonun şiddeti ile ters orantılı olduğu kabul edilmektedir. 
Pahalı ve deneyim gerektiren bu yöntemin dışında, COVID-19 tanısını destekleyen çeşitli serolojik yöntemler bulunmakta olup, bunlardan en sık kullanılanı SARS-CoV-2 ile karşılaşma sonrasında oluşan IgM ve IgG antikorlarının saptanmasıdır. Bu çalışmanın amacı, COVID-19 geçiren kişilerde oluşan SARS-CoV-2 IgM ve IgG antikorlarının hastalara ait Ct değerleri ile ilişkisini araştırmaktır.
Çalışmaya, SANKO Üniversitesi Hastanesine Ağustos 2020-Ocak 2022 tarihleri arasında COVID-19 nedeniyle başvuran 57 (%52,8)'si erkek, 51 (%47,2)'i kadın toplam 108 hasta dahil edildi. Hastalarda eş zamanlı olarak, kan örneklerinde kemiluminesans mikropartikül immunassay (CMIA) yöntemi ile SARS-CoV-2 IgM ve SARS-CoV-2 IgG testleri, boğaz ve nazofarengeal sürüntü örneklerinde ise SARS-CoV-2 RT-PCR testi çalışıldı. Hastalardan elde edilen IgM ve IgG antikor değerleri ile RT-PCR Ct ölçümleri incelenmiş ve sonuçlar arasındaki ilişki istatistiksel olarak değerlendirildi. 
Spearman'in rho sonuçlarına göre; SARS-CoV-2 Ct değerleri ile IgM ve IgG değerleri arasında pozitif yönlü ve anlamlı zayıf ilişki tespit edildi (sırasıyla, rho=0,216; p<0,05 ve rho=0,203; p<0,05). SARS-CoV-2 IgM ile IgG değeri arasında da pozitif yönlü ve anlamlı orta düzeyde bir ilişki tespit edildi (rho=0,683; p<0,001). ROC analizinde ise; Ct değerinin IgM test sonuçları doğrultusunda ayırt edici olmadığı (p=0,144), ancak Ct değerinin IgG sonuçları doğrultusunda zayıf bir ayrıma sahip olduğu değerlendirildi (p=0,037). 
Çalışmanın sonucunda, COVID-19 tanısında RT-PCR yöntemi ile karşılaştırıldığında, SARS-CoV-2 IgM ve IgG antikor saptama testlerinin daha ucuz ve hızlı olmakla birlikte, antikor değerlerinin hastalardan elde edilen Ct değerleri ile uyumlu olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
COVID-19, caused by the virus called SARS-CoV-2, emerged in China in December 2019, and became one of the biggest pandemics that affected the whole world. Early diagnosis and treatment are important because COVID-19 is very contagious infection and some of the cases result in death.
The gold standard method in the diagnosis of COVID-19 is real-time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) from throat and nasopharyngeal swabs. The cycle threshold (Ct) value obtained from the PCR test represents the viral load in the sample taken from the patient, and a low Ct value is considered inversely proportional to the severity of the infection. Apart from this expensive and experienced method, there are serological methods that support the diagnosis of COVID-19. Among them, the most frequently used method is the detection of IgM and IgG antibodies obtained after infection with SARS-CoV-2. The aim of this study is to investigate the relationship of SARS-CoV-2 IgM and IgG antibodies with Ct values in patients with COVID-19.
In this study, a total of 108 patients, 57 (52.8%) male and 51 (47.2%) female, who applied to SANKO University Hospital due to COVID-19 between August 2020 and January 2022, were included. SARS-CoV-2 IgM and SARS-CoV-2 IgG tests were performed via chemiluminescence microparticle immunoassay (CMIA) method in blood samples taken from patients, and SARS-CoV-2 RT-PCR test was studied from throat and nasopharyngeal swab samples. IgM and IgG antibody values and RT-PCR Ct values obtained from patients were examined and the relationship between the results was evaluated statistically.
According to Spearman's rho results; There was a weak positive and significant correlation between SARS-CoV-2 Ct values and IgM and IgG values (rho=0.216; p<0.05 and rho=0.203; p<0.05, respectively). A positive and moderately significant correlation was also found between SARS-CoV-2 IgM and IgG values (rho=0.683; p<0.001). In ROC analysis; It was evaluated that the Ct value was not discriminatory according to the IgM test results (p=0.144), but the Ct value had a weak discrimination according to the IgG results (p=0.037).
As a result of the study, it was determined that the SARS-CoV-2 IgM and IgG antibody detection tests were cheaper and faster, compared to the RT-PCR method in the diagnosis of COVID-19, and the antibody values were compatible with the Ct values obtained from the patients.