Lncrna Erıcd'nin düzenlenmesinde arıd3a'nın rolü
Role of arid3A in the regulation of LNCRNA Ericd
Yazar: MOHAMMAD KAIFEE ARMAN
Danışman: PROF. DR. ECİR ALİ ÇAKMAK
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Antineoplastik ajanlar = Antineoplastic agents ; DNA = DNA ; DNA hasarı = DNA damage ; Gen ifadesi = Gene expression ; Gen susması = Gene silencing ; Genler = Genes ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA ; Transkripsiyon-genetik = Transcription-genetic

Özet:
ERICD (E2F1-Regulated Inhibitor of Cell Death) yakın zamanda kromozom 8'de bulunmuş uzun kodlanmayan bir RNA'dır. Transkripsiyon faktörü E2F1 tarafından düzenlenmektedir. ARID3A/DRIL1/Bright çeşitli biyolojik süreçlerde görev alan AT Rich Interaction Domain (ARID) DNA bağlanma proteinidir. ARID3A E2F trankripsiyon faktörüne bağlanarak E2F-bağımlı transkripsiyonu aktifleştirir. ERICD üzerinde ARID3A'nın varsayılan bağlanma bölgeleri bulunmaktadır. Bu tez çalışmasındaki hipotezimiz ARID3A ve ERICD'nin, kanserde, biyolojik süreçlerde birbirlerini düzenliyor olabilecekleridir. ARID3A ve ERICD'yi seçmemizin bir diğer sebebi DNA hasarı durumunda gelişen apoptotik süreçte ikisinin karşıt roller üstleniyor oluşudur. ARID3A'nın lncRNA ERICD'nin ifadesini düzenleyip düzenlemediğini araştırmak amacıyla ARID3A ve ERICD'de ifade edilen osteosarkom hücre hattı (U2OS) kullanılmıştır. DNA bağlayıcı protein geni ARID3A ve lncRNA ERICD arasındaki ilişkiyi ortaya koymak amacıyla susturma ve aşırı ifadelendirme deneyleri yapılmıştır. U2OS hücre hatlarında hücre göçü ve koloni oluşum deneyleri de yapılmıştır. ARID3A'nın ve ERICD'nin siRNA aracılığı ile susturulması, U2OS hücrelerinin göçünü ve kolonilerin oluşumunu belirgin bir şekilde baskılamıştır. Diğer bir taraftan, ARID3A'nın aşırı ifade edilmesi U2OS hücrelerinde yara kapanmasında önemli bir tetikleyici olduğunu doğrulamıştır ve U2OS hücrelerinin koloni oluşum kabiliyetini arttırdığı bulunmuştur. Özetle, ARID3A ve ERICD'nin E2F1 aracılığı ile birbirleri ile dolaylı olarak ilişkili olduğu, ARID3A ve lncRNA ERICD'nin osteosarkomda onkogenik işlevlerinin olduğu ortaya konulmuştur. ARID3A ve lncRNA ERICD arasında bulunan ilişki yeni bir bulgudur ve DNA bağlayıcı proteinleri hedefleyen lncRNA'lar hakkındaki önemli bir kilometre taşıdır.

Abstract:
ERICD (E2F1-Regulated Inhibitor of Cell Death) is a newly found lncRNA located on chromosome 8. ERICD is regulated by E2F1. ARID3A/DRIL1/Bright is a family member of the AT rich interaction domain (ARID) DNA-binding proteins that are involved in diverse biological processes. ARID3A binds to the E2F transcription factor and activates E2F-dependent transcription. I have found putative binding sites of ARID3A on ERICD. I think that ARID3A and ERICD might be regulated by each other for several biological processes in cancer. The other hypothesis for selecting these two in our study is that both of them have just opposite roles in apoptosis in case of DNA damage indicating a probability of reciprocal interaction between each other. To explore if ARID3A regulates expression of lncRNA ERICD, I took advantage of a human osteosarcoma cell line (U2OS) that each express conditionally active ARID3A and ERICD. Overexpression and knockdown experiments were carried out for ARID3A and knockdown experiment was done for ERICD.  Migration assay and colony formation assays were also performed in U2OS. siRNA-mediated knockdown of ARID3A and ERICD inhibited cell migration and reduced the formation of colonies in U2OS cells to a considerable degree. On the other side overexpression of ARID3A confirmed a significant induction in wound closure and increased colony forming ability of U2OS cells. In summary, the obtained data in my thesis suggest that ARID3A and ERICD interact with each other indirectly via E2F1. Moreover, ARID3A and lncRNA ERICD have oncogenic functions in osteosarcoma. The interaction that has been found between ARID3A and lncRNA ERICD is novel and adds a further milestone regarding lncRNAs targeting DNA binding proteins.