Şanlıurfa bölgesinde görülen sıtma olgularının nested PCR yöntemi ile tür tayini ve PCR-RFLP ile plasmodium vivax alt tür tayini
Determination the species of plasmodium in malaria cases seen in Şanliurfa region by nested PCR and determination the sub-species of plasmodium vivax by PCR-RFLP
Yazar: NEBİYE YENTÜR DONİ
Danışman: PROF. DR. ADNAN SEYREK
Fırat Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Plasmodium = Plasmodium ; Plasmodium vivax = Plasmodium vivax ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sıtma = Malaria ; Şanlıurfa = Şanlıurfa

Özet:
Sıtma, tropikal ve subtropikal ülkelerde her yıl bir milyon kişinin ölümüne neden olan büyük bir halk sağlığı sorunudur. Plasmodium vivax, Türkiye'de ve Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde en sık görülen Plasmodium türüdür. Parazit suşlarının lokal ya da global epidemiyolojisini anlamak için parazit farklılıklarını ve alt türlerini tanımlamak bir zorunluluktur.Bu çalışmada, sıtma tanısında, nested PCR'nin geçerliğinin ve yerinin belirlenmesi, nested PCR ile sıtma tespiti, Plasmodium türlerinin ve PCR-RFLP ile P. vivax alt türlerinin belirlenmesi hedeflenmiştir.Metodolojik tipteki bu epidemiyolojik araştırma, Şanlıurfa'nın sıtmanın endemik olarak görüldüğü ilçelerinde gerçekleştirilmiştir. Tarım işçisi olarak çalışan sıtma şüpheli 153 bireyden parmak ucundan kan alınmıştır. İnce yayma ve kalın damla preparatlar , Giemsa ile boyandıktan sonra mikroskopta incelenmiştir. Filtre kağıtlarına emdirilen kanlardan DNA ekstrakte edilmiştir. Plasmodium tespiti ve Plasmodium tür tayini için Snounou ve ark. nın geliştirdiği 18S rRNA gen bölgesi hedeflenen oligonükleotidler kullanılarak nested PCR yapılmıştır. Plasmodium vivax'ın genotiplemesinde Imwong ve arkadaşlarının tanımladığı circumsporozoit protein gen bölgesine ait oligonükleotidler kullanılarak nested PCR yapılmıştır. P. vivax circumsporozoit proteinin iki önemli varyantını (VK210 ve VK247) ayırt etmek için Alu1 ve Bst NI restriksiyon enzimleri kullanılarak PCR-RFLP yapılmıştır.Amplifiye edilen PCR DNA ürünleri %2'lik agaroz jel elektroforezde yürütülmüş, etidyum bromürde 30 dakika boyandıktan sonra ultraviyole transluminatör ile görüntülenmiştir.Mikroskobik tanıya göre, çalışmaya katılan 153 bireyin 11'inde (%7.2), genus spesifik primerlerin kullanıldığı nested PCR'ye göre ise 15'inde (%9.8) sıtma saptanmıştır. Plasmodium türe spesifik primerlerin kullanıldığı nested PCR'ye göre 15 Plasmodium'un 14'ü P.vivax olarak tanımlanmıştır. Pvcs gen bölgesini hedefleyen primerlerin kullanıldığı nested PCR sonrası yapılan PCR-RFLP'ye göre ise 14 P. vivax'ın 2'sinin (%14.3) VK210, 12'sinin ise (%85.7) VK247 olduğu görülmüştür.Nested PCR'nin mikroskobik tanıya göre duyarlılığı %100, özgüllüğü %97.2, pozitif prediktif değeri %73.3 olarak bulunmuştur.Bu çalışmanın, sıtmanın doğru ve hızlı tanısında, düşük parazitemili P. vivax sıtma olgularının tanısında, miks ve asemptomatik enfeksiyonların saptanmasında, CSP bazlı P. vivax aşı çalışmalarında, ilaç direnci ve in vivo ilaç etkinliği çalışmalarında, gerekli epidemiyolojik verilerin sağlanmasında ışık tutacağı düşünülmektedir.Anahtar Kelimeler: Sıtma, Plasmodium vivax, circumsporozoit, VK210, VK247

Abstract:
Malaria imposes a huge public health burden in tropical and subtropical countries with one million deaths each year. Plasmodium vivax is the most prevalent of the Plasmodium species in Southeastern Anatolia Region in Turkey. It is necessity to determine the varieties and subspecies of parasites in order to understand the global and local epidemiology of parasite strains.In this study, it was aimed to determine the validity and location of the nested PCR for malaria diagnosis. It was also aimed to detect the Plasmodium, to determine the species of Plasmodium by nested PCR and to identify the variants of P.vivax by PCR-RFLP.This methodological type of epidemiological study was carried out in malaria endemic towns of Şanlıurfa province. Fingerprick blood samples were collected from 153 malaria suspected participants working as farmworkers. Giemsa-stained thick and thin smears were examined by microscopic examination for malaria diagnosis. Plasmodium DNA samples were extracted from blood spotted filter-papers. The extracted DNA was used as template to amplify the 18S ssrRNA gene of Plasmodium with specific primers by nested PCR described by Snounou et al. The amplified PCR products were digested with restriction enzymes Alu I and Bst NI by PCR-RFLP to distinguish between two important variants of P.vivax, VK210 and VK247 (Imwong et al.). The DNA fragments obtained following nested PCR were analysed by electrophoresis in 2% agarose gels and the DNA was visualised on an ultraviolet transilluminator following ethidium bromide staining for 30 minutes.11 of 153 specimens (7.2%) were detected as Plasmodium by microscopy. 15 of 153 (9.8%) participants were detected as Plasmodium by using genus specific primers by nested PCR. 14 of 15 Plasmodium specimens were identified as P. vivax by using species-specific primers. The primers targeted circumsporozoite protein gene of P.vivax amplified by nested PCR. According to the PCR-RFLP analysis, 2 of 14 P. vivax specimens (14.3%) were VK210 and 12 of them (85.7%) were VK247.Compared to microscopy, the sensitivity, specifity and positive predictive values of nested PCR were found 100%, 97.2%, 73.3%, respectively.It is considered that, this study may be useful for rapid and accurate diagnosis of malaria, the diagnosis of P. vivax malaria cases with low parasitemia, the detection of the mixed and asemptomatic infections, the CSP-based vaccine trials of P. vivax, discriminating re-infection from relapse and recrudescence, the trials of drug resistance, in vivo drug efficacy and epidemiologic.Key words: Malaria, Plasmodium vivax, circumsporozoite, VK210, VK247