Hasta ve taşıyıcılardan izole edilen grup A streptokoklarda emm geni tiplerinin, toksin gen profilinin ve klonal ilişkinin araştırılması
Evaluation of emm gene types, toxin gene profiles and clonal relatedness of group A streptococci obtained from patients and carriers
Yazar: FIRAT ZAFER MENGELOĞLU
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ELİF AKTAŞ
Zonguldak Karaelmas Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Streptococcus pyogenes = Streptococcus pyogenes

Özet:
Bu çalışmada, hasta ve taşıyıcılardan elde edilen grup A streptokok izolatlarının antibiyotik duyarlılığı, emm geni tipleri, toksin gen profillerinin belirlenmesi ve izolatlar arasındaki klonal ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. Hastanemize başvuran hastalardan endikasyon gereği alınan klinik örneklerden etken olarak izole edilen 79 klinik izolat ile üç ilköğretim okulunda öğrencilerden izole edilen 60 taşıyıcılık izolatı değerlendirilmiştir. emm geni tiplendirilmesi DNA dizi analizi, speA, speB, speC, speG ve smeZ genlerinin tespiti polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle yapılmıştır. İzolatlar arası klonal ilişki ?pulsed-field? jel elektroforez yöntemiyle araştırılmıştır. GAS taşıyıcılık oranı % 11,2 olarak bulunmuştur.Tüm izolatlar penisiline duyarlı iken eritromisin, klindamisin ve tetrasikline karşı değişen oranlarda direnç görülmüştür. Direnç oranlarında gruplar arasında anlamlı fark bulunamamıştır. Dizi analizi ile 139 izolatın 112'sinin emm geni tiplendirilebilmiştir. Toplam 21 farklı emm tipi bulunmuş, en sık saptanan emm tipleri; emm12, emm89, emm1, emm77, emm4 ve emm3 olarak belirlenmiştir. emm3 hasta izolatlarında daha yüksek oranda bulunmuştur. Hasta ve taşıyıcı grupları arasında diğer emm tiplerinin saptanma oranları bakımından anlamlı fark bulunamamıştır. Klinik ve taşıyıcı izolat gruplarında toksin genlerinin saptanma oranları arasında anlamlı fark bulunmamıştır. İnvazif izolatlarda speA saptanma oranı non-invazif izolatlardan anlamlı oranda yüksek bulunmuştur. PFGE ile tiplendirilebilen 133 izolat için 61 ayrı profil tespit edilmiştir; 105 izolat, eleman sayısı iki ile dokuz arasında değişen 33 küme oluşturmuş, 28 izolat özgün profil göstermiştir. Hasta ve taşıyıcı gruplarında kümelenme bakımından anlamlı fark bulunamamıştır. Taşıyıcılık oranının yüksek bulunduğu ilköğretim okulunda kümelenme oranı da yüksek bulunmuştur. emm1 tipi izolatlarda speA ve smeZ pozitiflik oranları anlamlı oranda yüksek bulunmuştur. smeZ pozitif emm1 tipi izolatların tümünün hasta grubunda olduğu gözlenmiştir. emm4 tipi izolatlardaki speG geninin pozitiflik oranı anlamlı olarak düşük bulunmuştur. emm1 tipi hasta izolatlarında saptanan ortalama gen sayısı taşıyıcı izolatlarına göre anlamlı olarak yüksek bulunmuştur. Çalışmamızda saptanan 21 emm tipinden 12'si, 26 değerlikli aşı kapsamında yer almaktadır, bunlar tiplendirilebilen izolatların % 77,7'sini oluşturmaktadır. Bununla birlikte, bu çalışmada en sık saptanan emm tiplerinden olan emm4 bu aşı kapsamında değildir.

Abstract:
The aim of this study is to evaluate antibiotic susceptibilities, emm gene types, toxin gene profiles and clonal relatedness of group A streptococci (GAS) obtained from patients and carriers. Seventy-nine clinical isolates obtained from clinically indicated samples from patients admitted to our hospital and 60 isolates from carriers in three primary schools were included in the study. DNA sequenceing was used for emm typing while polymerase chain reaction was used to detect speA, speB, speC, speG and smeZ toxin genes. The clonal relatedness of the isolates were assessed by pulsed-field gel electrophoresis. The rate of GAS carriage was 11,2 %. All of the isolates were susceptible to penicillin while resistance to erythromycin, clindamycin and tetracycline was found in varying rates. No significant difference was found between the groups with respect to resistance rates. Of the 139 isolates, 112 were typeable by DNA sequencing for emm types. A total of 21 distinct emm types were detected; the most common types being emm12, emm89, emm1, emm77, emm4 and emm3. The rate of emm3 type was significantly higher in patients than carriers while no significant difference was present for the other emm types. The detection rates of the toxin genes did not differ significantly between patients and carriers. The rate of speA detection was significantly higher in invasive isolates when compared to non-invasive ones. PFGE analysis yielded 61 profiles for the 133 typeable isolates; 105 isolates formed 33 clusters with 2-9 members while 28 of the isolates had unique profiles. The rate of clustering was not significantly different in patients and carriers. The clustering rate was higher in the school where the rate of carriers was higher when compared to the other schools screened. The presence of speA and smeZ was significantly higher in emm1 and the presence of speG was significantly lower in emm4 when compared to the other emm types. All of the smeZ positive, emm1 type isolates belonged to patient group. The mean number of genes detected was significantly high in emm1 type patient isolates compared to carriage isolates. Twelve of the 21 emm types detected in this study were covered by the 26-valent vaccine, constituting 77,7 % of the emm typeable isolates however the emm4 type, which is one of the most common types in the present study, is not among this coverage.