Tulum peynirinden izole edilen Enterococcus Faecium ve Enterococcus Faecalis suşlarının virülens faktörlerinin ve dekarboksilaz aktivitelerinin belirlenmesi
Determination of virulence factors and decarboxylase actives of Enterococcus Faecium and Enteroccus Faecalis strains isolated from tulum cheese
Yazar: ZEHRA NUR İNOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. YASİN TUNCER
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Enterococcus = Enterococcus ; Tulum peyniri = Tulum cheese

Özet:
Bu çalışmada, Yogurtcu ve Tuncer (2013) tarafından Türk Tulum peyniri örneklerinden izole edilen 28 adet Enterococcus suşunda (21 adet Enterococcus faecium ve 7 adet Enterococcus faecalis) 14 adet virülens genin (gelE, efaAfm, efaAfs, cpd, cob, ccf, cad, ace, espfm, espfs, agg, cylM, cylB ve cylA) varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırıldı. Bu suşların jelatinaz ve dekarboksilaz aktiviteleri de fenotipik yöntemlerle incelendi. PCR amplifikasyonu ile virülens faktörlerin araştırılması, bazı Enterococcus suşlarında jelatinaz (gelE), hücre duvarı adhezinleri (efaAfm ve efaAfs), seks feromonu (ccf), hücre duvarı ile ilişkili protein (espfm ve espfs) ve agregasyon maddesini (agg) kodlayan genlerin varlığını gösterdi. Ancak, varsayılan diğer virülens genler (cpd, cob, cad, ace, cylM, cylB ve cylA) bu suşlarda tespit edilemedi. PZR çalışmaları sonucu, enterokok suşlarının 1 ile 5 arasında değişen sayıda virülens faktör kodlayan gen içerdiği belirlendi. E. faecalis NYE15, E. faecium NYE24, NYE45, NYE59 ve NYE60 suşlarında sadece 1 adet virülens faktör tespit edildi. Diğer taraftan, E. faecalis NYE16, NYE46 ve NYE48 suşlarının test edilen enterokok suşları arasında en fazla virülens gen içeren suşlar oldukları bulundu. PZR sonuçları enterokok suşlarında en sık bulunan virülens genlerin ccf (% 85.7), efaAfm (% 75.0) ve gelE (% 32.1) olduğunu gösterdi. 4 adet E. faecalis suşu Todd-Hewitt Agarda jelatinaz aktivitesi gösterdi fakat, E. faecium suşlarından hiçbiri jelatinaz aktivitesi göstermedi. Fenotipik jelatinaz testi sessiz gelE geninin varlığını ortaya çıkardı. E. faecium NYE6, NYE23, NYE51, NYE52 ve E. faecalis NYE16 suşlarında sessiz gelE tanımlandı. Lisin, ornitin ve histidin enterokok suşlarının hiçbiri tarafından dekarboksile edilmedi. Ancak, enterokok suşlarının % 92.9?u tirozini dekarboksile etti. Bu çalışmanın sonuçları, fermente gıdaların üretiminde starter kültür olarak Enterococcus suşlarının kullanılmasının dikkatli bir güvenlik değerlendirilmesi gerektirdiğini göstermiştir.

Anahtar Kelimeler: Enterococcus, virülens faktör, jelatinaz, biyojen amin, genomik DNA, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR), Tulum peyniri

Abstract:
In this study, the presence of 14 virulence genes (gelE, efaAfm, efaAfs, cpd, cob, ccf, cad, ace, espfm, espfs, agg, cylM, cylB and cylA) in 28 Enterococcus strains (21 Enterococcus faecium and 7 Enterococcus faecalis), isolated from Turkish Tulum cheese samples by Yogurtcu and Tuncer (2013), were investigated by polymerase chain reaction (PCR). Gelatinase and decarboxylase activities of these strains were also investigated by phenotypic methods. Investigation of virulence factors by PCR amplification revealed the presence of genes encoding for gelatinase (gelE), cell wall adhesions (efaAfm and efaAfs), sex pheromone (ccf), cell wall-associated protein (espfm and espfs) and aggregation substance (agg) in some Enterococcus strains. However, other presumed virulence genes (cpd, cob, cad, ace, cylM, cylB and cylA) in these strains were not detected. Enterococcal strains were found to contain virulence encoding genes which number ranging from 1 to 5 by PCR studies. Only one virulence factor was detected in E. faecalis NYE15, E. faecium NYE24, NYE45, NYE59 and NYE60 strains. On the other hand, E. faecalis NYE16, NYE46 and NYE48 strains were found to be contain the maximum virulence genes among tested enterococcal strains. PCR results showed that most frequently present virulence genes in enterococcal strains are ccf (85.7 %), efaAfm (75.0 %) and gelE (32.1 %). Four E. faecalis strains showed gelatinase activity on Todd-Hewitt Agar but, none of the E. faecium strains showed gelatinase activity. Phenotypic gelatinase test revealed the existence of apparently silent gelE gene. Silent gelE gene was identified in E. faecium NYE6, NYE23, NYE51, NYE52 and E. faecalis NYE16 strains. Lysine, ornithine and histidine were not decarboxylated by any enterococcal strains. However, tyrosine was decarboxylated by 92.9 % of the strains. The results of this study suggest that the use of Enterococcus strains as starter cultures to production of fermented foods requires careful safety evaluation.
 
Keywords: Enterococcus, virulence factor, jelatinaz, biogenic amine, genomic DNA, polymerase chain reaction (PCR), Tulum cheese