Çiğ sütlerden enterococcus spp. izolasyonu, antibiyotik dirençlilik ve bazı virulans faktörlerin belirlenmesi
Isolation of enterococcus spp., determination of antibioticresistance and detection of some virulence factors in rawmilk
Yazar: DENİZ MÜRŞİTOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. EBRU ŞEBNEM YILMAZ
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
ÖZET

ÇİĞ SÜTLERDEN ENTEROCOCCUS SPP. İZOLASYONU, ANTİBİYOTİK DİRENÇLİLİK VE BAZI VİRULANS FAKTÖRLERİNİN BELİRLENMESİ

Bu çalışmada Hatay ilinde satışa sunulan çiğ sütlerde enterokok türlerinin izolasyonu ve identifikasyonu, izolatların antibiyotiklere olan duyarlılıklarının, dirence aracılık eden mekanizmaların ve virülens genlerinin (asa1, gelE, cylA, esp ve hyl) belirlenmesi amaçlandı. Bu kapsamda incelenen 120 çiğ süt örneğinin 95'inden (%79.2) Enterococcus spp. izole edildi. Tür spesifik primerlerle yapılan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile izolatların 87'si (%91.6) E. faecalis, 5'i (%5.3) E. faecium, 2'si (%2.1) E. durans ve 1'i de (%1.1) E. gallinarium olarak identifiye edildi. İzolatların tamamı vankomisine duyarlı bulunurken, %41,1'i (n=39) tetrasikline, %33,7'si (n=32) rifampine, %27,4'ü ampisiline (n=26), %11,6'sı eritromisine (n=11), %5,3'ü yüksek düzeyde gentamisine (n=5), %3,2'si kloramfenikole (n=3) ve %2,1'i (n=2) de siproflaksasine dirençli bulundu. İzolatların 29'u (%30,5) ise incelenen tüm antibiyotiklere duyarlı bulundu. mPZR ile araştırılan virülens genleri izolatların 84'ünde (%88,4) saptandı. En yaygın virülens geni olarak gelE (67, %79,8) saptanırken; bunu sırasıyla asa1 (54, %64,3), esp (53, %63,1) ve cylA geni (9, %10,7) izledi. İzolatların hiçbirinde ise hyl geni tespit edilmedi. Tetrasiklin dirençli izolatların 32'inde tetM, 2'sinde tetK, 2'sinde tetL ve 4'ünde tetM ve tetK birlikte tespit edildi. Eritromisin direnç genlerinden ermB 8 izolatta ve ermA 1 izolatta, cat geni ise kloramfenikol dirençli izolatların sadece 1'inde tespit edildi. Aminoglikozid dirençli izolatların 3'ünde aac(6)-Ie-aph(2)-Ia geni, 1'inde ise aac(6')-Ie-aph(2'')-Ia + aph(3)-IIIa geni birlikte belirlendi.
Çalışmanın sonuçları çiğ sütlerin antibiyotik direnç ve virülens genleri yönünden önemli bir rezervuar olduğunu göstermiştir. Çiğ sütlerin tüketilmesi sonucunda gastrointestinal sistemde bulunan diğer bakterilere bu genlerin aktarılması halk sağlığı açısından potansiyel öneme sahiptir. Bu nedenle çiğ sütlerdeki bakterilerin antibiyotik direnç profillerinin ve virülens özelliklerinin sürekli izlenmesi önem arz etmektedir.

Abstract:
ABSTRACT

ISOLATION OF ENTEROCOCCUS SPP., DETERMINATION OF ANTIBIOTIC RESISTANCE AND DETECTION OF SOME VIRULENCE FACTORS IN RAW MILK

In this study, it was aimed to isolate and identify Enterococcus spp. in raw milks sold in Hatay province, to investigate antibiotic susceptibilities and resistance mechanisms implicated and presence of virulence genes (asa1, gelE, cylA, esp and hyl) of the isolates.  To this end, 120 raw milk samples examined and Enterococcus spp. was isolated in 95 (79.2%) raw milk samples. Of the 95 Enterococus spp., 87 (91.6%) were identified as E. faecalis, 5 (5.3%) as E. faecium, 2 (2.1%) as E. durans and 1 (1.1%) as E. gallinarium by using species spesific Polymerase Chain Reaction (PCR). While all isolates were susceptible to vancomycin, various rates of resistance to tetracycline (41.1%, n=39), rifampine (33.7%, n=32), ampicillin (27.4%, n=26), erythromycin (11.6%, n=11), gentamicin (5.3%, n=5), chloramphenicol (3.2%, n=3), and ciproflaxine (2.1%, n=2) were determined. Twentynine (30.5%) isolates were susceptible to all antibiotics tested. The virulence genes were detected in 84 (88.4%) of the isolates. The most common virulence gene was gelE (67, 79.8%), followed by asa1 (54, 64.3%), esp (53, 63.1%) and cylA gene (9, 10.7%) by mPZR. The hyl gene was not detected in any of the isolates. The most common gene detected in tetracycline-resistant isolates was tetM (n=32), followed by tetM-tetK (n=4), tetK (n=2) and tetL (n=2), respectively. Erythromycin resistance was associated with ermB (n=8) and ermA (n=1), whereas cat gene was only detected in one isolate. Among aminoglycoside-resistant isolates, three isolates carried aac(6')-Ie-aph (2'')-Ia gene, one carried both aac(6')-Ie-aph (2'')-Ia and aph (3)-IIIa,
The results of the study indicated that raw milk is an important reservoir for antibiotic resistance and virulence genes. Consumption of raw milk causes a potential risk to public health due to the transfer of these genes to the other bacteria in the gastrointestinal tract Therefore it is important to monitor the antibiotic resistance profiles and virulence characteristics of the bacteria in raw milk.