Sefoksitin dirençli Staphylococcus aureus izolatlarında SCCmec tiplerinin real time PCR yöntemi ile araştırılması
Investigation of SCCmec types using the real time PCR method in cefoxitin resistant Staphylococcus aureus isolates
Yazar: MUSTAFA SAĞLAM
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM HALİL KILIÇ ; PROF. DR. YASEMİN ZER
Gaziantep Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) toplum ve hastane kökenli birçok enfeksiyona neden olabilen bir patojendir. Bu tez çalışması MRSA izolatlarında, metisilin direncinden sorumlu olan SCCmec gen tiplerinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na 2021-2022 tarihleri arasında gönderilen örneklerden çalışma kriterlerine uygun 116 izolat çalışmaya dahil edildi. Sefoksitin (FOX) direnci disk diffüzyon yöntemi ile belirlendi. PBP2́ lateks aglütinasyon testi ile FOX direnci doğrulandı. İzolatlarda Real-Time PCR yöntemi ile mecA, mecC, coa, nuc, PVL, ccrC2, class A mec, SCCmec tipleri (I, II, III, IVa, IVb, IVc, IVd, IVg, IVh, IVi, IVj, V, VI, VII, VIII, IX, X, XI, XII ve XIII) araştırıldı. Tüm izolatlarda nuc ve coa genleri saptandı. İzolatlarının tamamında mecA geni saptanırken hiçbir izolatta mecC geni tespit edilmedi. İzolatlarda SCCmec Tip I (%2.6), Tip II (%28.4), Tip III (%12.9), Tip IVa (%11.2), Tip IVb (%3.4), Tip IVc (%3.4), Tip IVg (%12.1), Tip V (%0.9), Tip VII (%4.3), Tip VIII (%18.1), Tip IX (%0.9) ve Tip XII (%1.7) olarak bulunurken, Tip VI, X, XI ve XIII'e hiçbir izolatta rastlanmadı. MRSA izolatlarının %3.4 PVL geni taşıdığı tespit edildi. MRSA izolatlarında hem beta-laktam, hem de diğer antibiyotik gruplarına direnç yaygındır. Direnç mekanizmalarının moleküler boyutta irdelenmesi, tedavi seçeneklerine rehber olacaktır.

Abstract:
Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a pathogen that can cause many community-acquired and hospital-acquired infections. This thesis study was conducted with the aim of investigating the SCCmec gene types responsible for methicillin resistance in MRSA isolates. A total of 116 isolates, meeting the study criteria, were included in the study from samples sent to the Microbiology Laboratory of Gaziantep University Faculty of Medicine Hospital between 2021-2022. Resistance to cefoxitin (FOX) was determined using the disk diffusion method. FOX resistance was confirmed with the PBP2' latex agglutination test. In the isolates, mecA, mecC, coa, nuc, PVL, ccrC2, class A mec, and SCCmec types (I, II, III, IVa, IVb, IVc, IVd, IVg, IVh, IVi, IVj, V, VI, VII, VIII, IX, X, XI, XII and XIII) were investigated using the Real-Time PCR method. The nuc and coa genes were detected in all isolates. While the mecA gene was found in all isolates, the mecC gene was not detected in any isolate. The SCCmec types were identified as Type I (2.6%), Type II (28.4%), Type III (12.9%), Type IVa (11.2%), Type IVb (3.4%), Type IVc (3.4%), Type IVg (12.1%), Type V (0.9%), Type VII (4.3%), Type VIII (18.1%), Type IX (0.9%) and Type XII (1.7%), while Types VI, X, XI, and XIII were not found in any isolate. It was determined that 3.4% of the MRSA isolates carried the PVL gene. Resistance to both beta-lactam and other antibiotic groups is common in MRSA isolates. Examining resistance mechanisms at the molecular level will guide treatment options.