The investigation of the prognostic and therapeutic effects of the mutation detection of genetic mutations BRAF, KRAS, NRAS ve PIK3CA in lung cancer patients
Akciğer kanserli hastalarda BRAF, KRAS, NRAS ve PIK3CA gen mutasyonlarının belirlenmesinin prognostik ve terapötik etkisinin araştırılması
Yazar: CEM GÜL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Genetik = Genetics ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Prognoz = Prognosis ; Tıbbi onkoloji = Medical oncology

Özet:
Amaç: Akciğer kanseri ülkemizde ve dünyada kansere bağlı ölümlerin en büyük nedenidir. Akciğer kanserinde en yaygın mutasyona uğrayan onkogenler KRAS, EGFR, BRAF, PIK3CA, NRAS yer almaktadır. Bu genlerin tamamı kanser gelişimi için önemli bir serin/treonin kinaz sinyal yolağı olan MAPK ile PIK3/AKT/mTOR sinyal yolaklarının aktivasyonunda rol oynamaktadırlar. KRAS akciğer kanseri hastalarında varyasyonları en sık rastlanan ikinci gen olup, KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA tedaviye dirençli akciğer kanseri hastalarında oldukça sık rastlanmaktadır. Bu çalışmada KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA gen varyasyonlarının görülme sıklığı, hastalığın sağ kalımına etkisi ile prognostik ve terapötik etkisinin araştırılması amaçlanmaktaıdır. 
Yöntem: Çalışmamızda Kocaeli Üniversitesi Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı'na akciğer kanseri ön tanısı ile gelen 2018-2020 yılları arasında likit biyopsi yöntemiyle periferik kandan izole edilen hdDNA ile YND metodu kullanılarak varyant analizi yapılan 363 hastanın varyant sonuçları ile  hastaların klinik verileri değerlendirilmiştir. Elde edilen veriler IBM SPSS Statistics 22 paket programı ile analiz edilmiştir.. 
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 363 hastanın 250'si (%68,87) erkek 113'ü (%31,13) kadın hastalardı. Hastalardaki akciğer kanseri tanısı alma yaşı ortalama 63,7'dir. Hastalarımıızn genel sağ kalım oranı 11,5 aydı. Likit biyopsi analizi yapılmış hastalarımızın %32'sinde (n=117) incelenen genlere ait varyant saptandı. Varyant saptanan hastalarımızın %63'ünde KRAS, %10'unda NRAS, %20'sinde BRAF ve %43'ünde PIK3CA genine ait varyant saptanmıştır. 
Sonuç: Varyant sıklıklarımız literatürle uyum göstermektedir. KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA gen varyantları klinik veriler ile birlikte incelendiğinde, henüz hastaların  tedavi süreçlerini etkileyecek ve sağ kalımlarını arttıracak bir ilaç etkileşimi olmadığı saptanmıştır. Bu veri, incelenen genlerin hastalığın tedavisinde direnç oluşturarak etki gösterdiğini düşündürmekle beraber, bu genlerin yeni hedefe yönelik tedaviler için hedef molekül niteliğinde olduğunu göstermektedir.
Amaç: Akciğer kanseri ülkemizde ve dünyada kansere bağlı ölümlerin en büyük nedenidir. Akciğer kanserinde en yaygın mutasyona uğrayan onkogenler KRAS, EGFR, BRAF, PIK3CA, NRAS yer almaktadır. Bu genlerin tamamı kanser gelişimi için önemli bir serin/treonin kinaz sinyal yolağı olan MAPK ile PIK3/AKT/mTOR sinyal yolaklarının aktivasyonunda rol oynamaktadırlar. KRAS akciğer kanseri hastalarında varyasyonları en sık rastlanan ikinci gen olup, KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA tedaviye dirençli akciğer kanseri hastalarında oldukça sık rastlanmaktadır. Bu çalışmada KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA gen varyasyonlarının görülme sıklığı, hastalığın sağ kalımına etkisi ile prognostik ve terapötik etkisinin araştırılması amaçlanmaktaıdır. 
Yöntem: Çalışmamızda Kocaeli Üniversitesi Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı'na akciğer kanseri ön tanısı ile gelen 2018-2020 yılları arasında likit biyopsi yöntemiyle periferik kandan izole edilen hdDNA ile YND metodu kullanılarak varyant analizi yapılan 363 hastanın varyant sonuçları ile  hastaların klinik verileri değerlendirilmiştir. Elde edilen veriler IBM SPSS Statistics 22 paket programı ile analiz edilmiştir.. 
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 363 hastanın 250'si (%68,87) erkek 113'ü (%31,13) kadın hastalardı. Hastalardaki akciğer kanseri tanısı alma yaşı ortalama 63,7'dir. Hastalarımıızn genel sağ kalım oranı 11,5 aydı. Likit biyopsi analizi yapılmış hastalarımızın %32'sinde (n=117) incelenen genlere ait varyant saptandı. Varyant saptanan hastalarımızın %63'ünde KRAS, %10'unda NRAS, %20'sinde BRAF ve %43'ünde PIK3CA genine ait varyant saptanmıştır. 
Sonuç: Varyant sıklıklarımız literatürle uyum göstermektedir. KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA gen varyantları klinik veriler ile birlikte incelendiğinde, henüz hastaların  tedavi süreçlerini etkileyecek ve sağ kalımlarını arttıracak bir ilaç etkileşimi olmadığı saptanmıştır. Bu veri, incelenen genlerin hastalığın tedavisinde direnç oluşturarak etki gösterdiğini düşündürmekle beraber, bu genlerin yeni hedefe yönelik tedaviler için hedef molekül niteliğinde olduğunu göstermektedir.

Abstract:
Objective: Lung cancer is the most common cancer-related cause of death in Turkey and in the world. The most common mutated oncogenes, regarding lung cancer, are KRAS, EGFR, BRAF, PIK3CA, NRAS.
These cancer-related genes play a major role in activating the MAPK- und PIK3/AKT/mTOR- Signaling pathways. While KRAS is the second most common gene among the gene variations in lung cancer patients, KRAS, NRAS, BRAF and PIK3CA were found quite frequently in treatment-resistant lung cancer patients. The goal of this study is to research the incidence of KRAS, NRAS, BRAF, and PIK3CA gene variations influence on the survivability of the patients of the disease, as well as their prognostic and therapeutic effects.
Method: In our study, variant results of 363 patients who were admitted to Kocaeli University Medical Genetics Department with a preliminary diagnosis of lung cancer between 2018 and 2020, for whom variant analysis was performed using cfDNA isolated from peripheral blood by liquid biopsy method and NGS method, and clinical data obtained from oncology patient files. analyzed using The obtained data were analyzed with the IBM SPSS Statistics 22 package.
Results: Of the 363 patients included in the study, 250 (68.87%) were male and 113 (31.13%) were female. The average age at diagnosis was 63.7 years. The overall survival rate of our patients was 11.5 months. Gene variants were found in 32% (n = 117) . Variant of KRAS gene was found in 63% of our patients, NRAS in 10%, BRAF in 20% and PIK3CA gene in 43% of our patients.
Conclusion: Our variant frequencies are consistent with the literature. KRAS, NRAS, BRAF and PIK3CA gene variants were examined together with clinical data, it was determined that there was no drug interaction that would affect the treatment processes of the patients and increase their survival. This data suggested that the examined genes may cause resistance to treatment and  additionally these genes are target molecules for new targeted therapies.