Anadolu Orta Çağ–Geç Osmanlı dönemine ait cüzzamlı bireylerde Mycobacterium leprae bakterisinin antik DNA yöntemleriyle analizi
Analysis of Mycobacterium leprae bacteria in leprosy-affected individuals from Anatolian Medieval-Late Ottoman period by using ancient DNA methods
Yazar: ARDA SEVKAR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FÜSUN ÖZER ; ÖĞR. GÖR. NEFİZE EZGİ ALTINIŞIK
Hacettepe Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Antropoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Antropoloji = Anthropology ; Genetik = Genetics ; Patoloji = Pathology
Dizin: Antropoloji = Anthropology ; Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections ; Enfeksiyon hastalıkları =   ; Genetik = Genetics ; Paleopatoloji = Paleopathology

Özet:
Enfeksiyon hastalıkları, tarihin çoğu döneminde pandemi veya epidemilere yol açarak, insan popülasyonlarının sosyal ve genetik arka planlarında köklü değişimlere sebep olmuştur. Bu nedenle enfeksiyon hastalıklarının tarihi, farklı disiplinlerden araştırmacıların ilgisini çekmiştir.
Cüzzam veya leprosi, etmenleri Mycobacterium leprae ve Mycobacterium lepromatosis bakterileri olan ve kronik enfeksiyon sonucunda çevresel sinir sistemi, iskelet sistemi ve deri yüzeyinde çeşitli lezyonların meydana geldiği, bulaşıcı bir hastalıktır. Özellikle Orta Çağ'dan bu yana farklı coğrafyalarda etkin bir yayılım göstererek popülasyonların geçmişlerinde derin izler bırakmıştır. Hastalığın kökeni ve yayılım rotalarına ilişkin çeşitli hipotezler ortaya atılmış olsa da henüz bu sorular tam olarak çözülememiştir.
Bu tez çalışmasında, Anadolu'daki kazı çalışmaları sonucunda İznik Roma Tiyatrosu (n=1), Salattepe Höyüğü (n=2), Kovuklukaya (n=5) ve Kadıkalesi'nden (n=1) elde edilen ve cüzzamla ilişkili kemik değişimleri taşıdığı düşünülen iskelet örnekleri, disiplinlerarası bir yaklaşımla hem paleopatolojik hem de arkeogenomik açıdan incelenmiştir. Örneklemde bulunan 4 bireyin ileri derecede cüzzama özgü lezyonlar taşıdığı tespit edilmiş, bunlardan 2'si Bizans Dönemi'ne, 1'i ise Geç Osmanlı tarihlenen toplam 3 örnekte 0,64x ile 4,19x kapsam aralığında antik M. leprae DNA'sı elde edilmiştir. Yapılan filogenetik analizler sonucunda, Bizans Dönemi örnekleri atasal suş tipi olan 3K-0 ile gruplanırken, Geç Osmanlı Dönemi Salattepe örneği ise 2F suşlarıyla birlikte iç dallarda konumlanmıştır. Literatürdeki antik DNA örnekleminin Avrupa Orta Çağında yoğunlaştığı düşünüldüğünde, bu tez çalışmasında ilk kez benzer döneme tarihlenen Avrupa dışından M. leprae tüm genomu sunulmuştur. Öte yandan, Geç Osmanlı dönemine tarihlenen Salattepe örneği de sınırlı sayıda bulunan Geç Modern Dönem örneklerinin bir temsilcisi olarak literatürdeki yerini alacaktır.

Abstract:
Infectious diseases have historically caused pandemics or epidemics, leading to significant social and genetic changes in human populations. As a result, the history of infectious diseases has attracted the interest of researchers from various disciplines. Leprosy, caused by the bacteria Mycobacterium leprae and Mycobacterium lepromatosis, is a chronic infectious disease that results in various lesions in the peripheral nervous system, skeletal system, and skin surface. It has had a significant impact on populations throughout history, leaving deep traces in their past, especially since the Middle Ages. Although several hypotheses have been proposed, questions regarding the origin and routes of spread of the disease have not yet been fully resolved. This thesis analyzes skeletal samples exhibiting bone changes associated with leprosy, which were obtained from archaeological excavations in Anatolia, namely the İznik Roman Theater (n=1), Salattepe Höyük (n=2), Kovuklukaya (n=5), and Kadıkalesi (n=1). These human remains were examined through an interdisciplinary approach, incorporating both paleopathological and archaeogenomic perspectives. Paleopathological analyzes show that four individuals in the sample set had advanced lesions that are specific to leprosy. Of these, three samples yielded ancient M. leprae DNA, with the genome coverage ranging from 0.64x to 4.19x. Among them, two samples were archaeologically dated to the Byzantine period, and one to the Late Ottoman period. Phylogenetic analysis revealed that the Byzantine period samples clustered with the most ancestral strain type 3K-0, while the Late Ottoman period Salattepe sample was positioned in internal branches along with 2F strains.  Considering that the ancient DNA sampling in the literature mostly focused on the European Medieval Era, this thesis provides the contemporary whole genome of M. leprae from outside Europe for the first time. Furthermore, the Salattepe sample from the Late Ottoman period contributes as a representative of Late Modern period samples which are limited in the literature.