Foliküler lenfomalarda sirtuin gen ifade profili
Gene expression profiling of sirtuins in follicular lymphoma
Yazar: LALEH MADAYEN SHISHEVAN
Danışman: PROF. DR. GÜLŞAH KAYGUSUZ
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Epigenetik = Epigenetic ; Foliküler lenfoma = Follicular lymphoma ; Gen ifadesi = Gene expression ; Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Prognoz = Prognosis ; Sirtuin = Sirtuin

Özet:
Foliküler lenfoma (FL) germinal merkez B hücrelerinden kaynaklanan Hodgkin dışı lenfomanın (NHL) ikinci en yaygın türüdür. Süreçte vakalar klinik seyri artan ve azalan bir seyir izlese de vakaların birçoğu zaman içerisinde nüks edip sonuçta %30'u DBBHL gibi daha agresif lenfomalara dönüşürler. Hastalık histolojik olarak FL 1, 2, 3A (düşük derece) ve 3B (yüksek derece) olarak derecelendirilir. t(14;18)(q32;21) translokasyonu FL hastalarında en sık rastlanan genetik değişikliktir. Ancak hastalığın klonal gelişiminde başka genetik değişimlerin de bulunduğu bilinmektedir. Benzer vakaların zaman içerisinde farklı prognoz göstermesi bu hastalığın bireylerde farklı moleküler değişiklikler üzerinde geliştiğini göstermektedir. FL patogenezinde bulunan moleküler değişikliklerin anlaşılması, saptanması ve klinik risk faktörleri ile korelasyonu, bu hastalığın prognozunun öngörülmesinde faydalı olabilir. Son yıllardaki çalışmalar, FL patogenezinde epigenetik bileşenlerde oluşan deregülasyonların özellikle FL'nin başlangıcında katkıda bulunduğunu göstermiştir. Nikotinamid adenin dinükleotit (NAD+) bağımlı enzimlerin bir ailesi olan sirtuinler histonların ve transkripsiyon faktörlerinin hedeflenmesiyle epigenetik düzenlenmede rol oynar. Sirtuinlerin rolü hematolojik malignitelerde solid kanserlere kıyasla daha az araştırılmıştır. Diğer yandan bugüne dek insanda yedi sirtuin geni tanımlanmıştır ancak bu genlerin FL'de etki ve rolleri henüz belirsizdir.
Bu bilgilere dayanarak, FL patogenezi ve prognozunda katkısı olduğu düşünülen SIRT1-7 genlerin qRT-PCR yöntemiyle mRNA düzeyindeki ifade değişimleri, 32 FL vakası ve kontrol grubunu oluşturan 10 foliküler hiperplazi vaka üzerinde incelenmesi ve elde edilen sonuçların hastaların klinikopatolojik parametreler ile ilişkilerinin saptanması hedeflenmiştir. Bu analizler sonucunda, SIRT6 geninde yüksek dereceli hastalarda düşük dereceli ve kontrol grubuna göre ifade artışı gözlenmiştir. 65 yaş ve üstü hastalarda SIRT6 geninin artmış ifadesi saptanmıştır. Korelasyon analizleri sonucu SIRT6 geni, FLIPI prognostik faktör ile pozitif ve CD10 markeri ile negatif korelasyon göstermiştir. Diğer genler için herhangi anlamlı sonuç saptanmamıştır. SIRT5 geninde hastalarda kontrollere göre ifade değişimi olmamakla birlikte hastalığın evresi ve sistemik semptomlarla negatif korelasyon ortaya koymuştur. Ki-67 proliferasyon indeksi ve SIRT1, 2, 4, 5 ve 6 ifadeleri arasında pozitif korelasyonlar saptanmıştır. Ek olarak, qRT-PCR deneylerinin doğrulanması için GEO veri setinden çekilen verilerde FL hastalarının meta-analizleri yapılmıştır. Sonuçlar FL'de farklı sirtuin'lerin farklı ifade profilini ortaya koymuştur.

Abstract:
Follicular lymphoma (FL) is the second most common type of non-Hodgkin-lymphoma (NHL) derived from germinal center B-cells. Despite relapsing and remitting course of disease, most patients experience multiple relapses over time. 30% of cases have eventually been reported transform into more aggressive lymphomas. Based on histology, FL is graded as 1, 2, 3A (low grade) and 3B (high grade). The t(14;18)(q32;21) translocation is the genetic hallmark of FL. However, additional genetic alterations play pivotal role in the clonal development of disease. Presence of various clinical features between individuals during the course of disease, represents the existence of distinct molecular alterations. Understanding the molecular events involved in the pathogenesis of FL and their correlation with clinical risk factors can be beneficial in predicting the prognosis of disease. Recent studies have revealed that dysregulation in epigenetic elements are contributed to the pathogenesis of FL. Sirtuins, a family of Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) dependent enzymes, are involved in epigenetic regulation by targeting histones and transcription factors. To date, seven human sirtuins (SIRT1–7) have been identified, but their roles in FL are still uncertain.
According to literature survey, present study aims to investigate the expression level of SIRT1-7 genes, by qRT-PCR on 32 FL and 10 follicular hyperplasia cases as control to assess expression changes between grades and correlation with clinicopathological parameters of patients. Obtained results demonstrated that the expression level of SIRT6 was significantly increased in high grade samples compared to low grade and controls. No significant differences were observed for other genes. Upregulation of SIRT6 was detected in patients aged ≥65. Elevated SIRT6 expression was correlated with high FLIPI prognostic index. However, SIRT6 expression was inversely correlated with CD10 marker. Although there was no significant change in the SIRT5 expression between patient and controls, negative correlation with the stage of disease and also B-symptoms with this gene was detected. Positive correlations between the ki-67 proliferation index and SIRT1, 2, 4, 5 and 6 expressions were observed. For validation of qRT-PCR experiment results analysis of FL patients from microarray datasets of FL patients from GEO database revealed differentially expression profile of different sirtuins in FL.