Bitkisel patojenlerin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)'a dayalı yöntemlerle genetik tiplendirmesi
Genotyping of plant pathogens by Polymerase chain reation (PCR)-based methods
Yazar: FATMA ELİF ÇEPNİ
Danışman: DOÇ.DR. FİLİZ GÜREL
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Fusarium = Fusarium ; Pseudomonas syringae = Pseudomonas syringae

Özet:
Bu çalışmada farklı stratejilere dayalı PCR uygulamaları ile mikroorganizmaların genetik tiplendirmesi amaçlanmıştır. Hedef organizma olarak, ülkemizde ekonomik öneme sahip bitkilerde hastalık yapan bakteri ve mantar türleri kullanılmıştır. Bunlar Pseudomonas syringae'nin fasulye, domates ve zeytinde hastalık yapan üç patovarı ile Fusarium'un buğday ve arpada hastalık yapan Fusarium graminearum ve Fusarium culmorum ırklarıdır. Zeytin ağacında hastalık yapan Pseudomonas syringae pv. savastanoi tümörlü dallardan izole edilmiş, diğer tüm ırklar ise araştırıcılardan sağlanmıştır.Bu türlere ait ırkların genetik tiplendirmesi gerek özel gen dizilerine ve gerekse gen dışı tekrarlı dizilere (REP, ERIC ve BOX) özgü primerler kullanılarak yapıldı. Pseudomonas syringae'nin fasulye, domates ve zeytinde hastalık yapan üç patovarındaki BOX dizilerinin çoğaltımı ile her üç patovarı ayırt edici nitelikte genomik parmak izleri elde edildi. Pseudomonas syringae pv. savastanoi bakterisinin Orhangazi ve Akhisar orijinli izolatlarında çoğaltılan tüm tekrarlı dizilerde yüksek polimorfizm gözlendi.Fusarium'un ülkemiz kökenli ırkları ilk kez bu çalışmada genetik olarak tiplendirildi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile bu ırklar arasındaki benzerlik/farklılıkları ortaya koymada yeterli düzeyde genomik parmak izleri elde edildi. Her üç tipteki PCR (REP, ERIC, BOX) verilerinin Jaccard benzerlik indeksine göre değerlendirilmesi sonucu, Fusarium graminearum'un Sakarya orijinli iki ırkı arasında %76; F. graminearum (Sakarya ırkı) ve F. culmorum (Marmara ırkı) arasında ise %27 benzerlik olduğu belirlendi.

Abstract:
In this study, genotyping of microorganisms by PCR applications based on different strategies was aimed. Bacteria and fungus species which cause diseases on economically important plants in our country were used as target organisms. These are the pathovars of Pseudomonas syringae which cause disease on bean, tomato and olive; and Fusarium graminearum and Fusarium culmorum strains which are disease agents of both barley and wheat. Pseudomonas syringae pv. savastanoi which cause disease on olive trees was isolated from branches with galls while the other strains were provided from researchers.Genotyping of the strains belong to these species were achieved by using specific primers to genes and primers of extragenic repetitive sequences (REP, ERIC and BOX). Genomic fingerprints which can distinguish each pathovars of Pseudomonas syringae which cause disease on bean, tomato and olive were obtained by amplification of BOX sequences. High polymorphism were observed between the isolates of Pseudomonas syringae pv. savastanoi originated from Orhangazi and Akhisar.Strains of Fusarium which are originated from our country were genotyped for the first time. Sufficient amounts of genomic fingerprints were obtained by polymerase chain reaction (PCR) for revealing the similarity/differences between these strains. As a result of the evaluation of data from each type of PCRs (REP, ERIC and BOX), similarity between two Fusarium graminearum strains originated from Sakarya was 76% while the similarity of F. graminearum (Sakarya strain) and F. culmorum (Marmara strain) was 27 % according to Jaccard similarity index.