İnsan ve hayvan kaynaklı mycobacterium bovis suşlarının spoligotiplendirme ve MIRU-VNTR yöntemleri ile epidemiyolojik analizinin yapılması
Epidemiological analysis of human and animal originated mycobacterium bovis strains by spoligotyping and MİRU-VNTR methods
Yazar: DERYA ALTUN
Danışman: PROF. DR. HAKAN YARDIMCI
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Epidemiyoloji = Epidemiology ; Genotip = Genotype ; Mycobacterium bovis = Mycobacterium bovis ; Sığırlar = Cattles ; Tüberküloz-bovine = Tuberculosis-bovine ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Zoonotik tüberküloz, çoğunlukla M. bovis'in neden olduğu bir TB şeklidir. Sığır tüberkülozu etkeni M. bovis'in başta sığırlar olmak üzere diğer evcil hayvanlarda ve vahşi yaşamdaki varlığı; insanlara bulaşması ile insanlarda da hastalık oluşturması olasılığını artırmaktadır. Pastörize edilmemiş süt tüketimi, M. bovis'in en önemli bulaş kaynağıdır. Hasta hayvanlardan çıkan infeksiyöz aerosollerin inhalasyonu veya hasta hayvanlar ile direk temas ile bulaş gözlenmektedir. Hasta olan sığırlar tüm vücut sıvıları ile etkeni bulaştırabilirler. Az pişmiş et ürünlerini tüketen bireylerin yanı sıra enfekte sığırlarla yakın etkileşime giren kişilerde de zoonotik TB'ye yakalanma riski daha yüksektir. İnsandan insana bulaş, özelikle bağışıklık sistemi baskılanmış kişiler arasında bildirilmiştir ve çok nadirdir. Sığırlara TB enfeksiyonunun bulaşmasında insanlar da M. bovis kaynağı olarak davranabilir. Ülkemizde insan ve hayvanlardan M. bovis'in moleküler genotiplendirilmesine ilişkin çok az bilgi edinilmektedir. Bu çalışmada; toplam 108 M. bovis izolatı (50 hayvan, 58 insan) spoligotiplendirme ve 24 lokus MIRU-VNTR yöntemi ile analiz edildi. Spoligotiplendirme çalışmaları sonucunda, iki insan kaynaklı izolat tüm spacer'ları pozitif olduğu için; birer insan ve hayvan kaynaklı izolatta hiç spacer gözlenmediğinden dendogram oluşturulurken değerlendirme dışı bırakıldı. Sığır kaynaklı 49 izolat ile insan kaynaklı 55 izolat olmak üzere 104 izolat birlikte değerlendirildiğinde 8 farklı küme ve 30 farklı genotip gözlendi. Spoligotiplendirme ile hayvan ve insan kaynaklı izolatlarda görülen SIT1118/SB0989 (%19,23) en çok görülen genotipti. Elde edilen genotipler içerisinde insan ve hayvan izolatlarında, SIT482/SB0120 paternini gösteren M. bovis aşı suşu genotipi %16,35 oranında gözlendi. SIT685/SB0288 (%12,5) genotipi, hayvan ve insan kaynaklı izolatlarda saptanan bir diğer genotipti. Sadece hayvan kaynaklı izolatlarda (%12,5) görülen SB1593 ise insan kaynaklı izolatlarda saptanmadı. SIT3529/SB0920, SB2466, SIT1185/SB0897, SB0419, SIT3710/SB1595, SB1231, SIT688/SB0129, SIT3687/SB1625 ve SB2510 bu çalışmada gözlenen diğer genotiplerdi. 24 lokus MIRU-VNTR çalışmaları için yedi insan kaynaklı ve altı hayvan kaynaklı izolatta PCR çalışmalarında amplikon elde edilemedi ve MIRU-VNTR testi yapılamadı. Amplikon elde edilmeyen izolatlar dendogram oluşturulurken değerlendirme dışı bırakıldı. İnsan kaynaklı 51 izolat ve sığır kaynaklı 44 izolat olmak üzere 95 izolat birlikte 24 lokus MIRU-VNTR ile genotiplendirildi ve 9 farklı küme ve 55 farklı genotip gözlendi. 24 lokus MIRU-VNTR'nin sipoligotiplendirmeye göre ayrım gücünün daha yüksek olduğu görüldü. Bu çalışmada izolatların genotipik dağılımları incelendiğinde ülkemizde insan ve hayvan izolatları arasında benzer genotipler olduğu tespit edildi. 
Anahtar Sözcükler: Epidemiyoloji, Genotiplendirme, MIRU-VNTR, Mycobacterium bovis, Spoligotiplendirme.

Abstract:
Zoonotic tuberculosis is a form of TB mostly caused by M. bovis. The presence of M. bovis, the causative agent of bovine tuberculosis, in cattle, other domestic animals and wildlife; transmission to humans increases the likelihood of disease in humans. Consumption of unpasteurized milk is the most important source of transmission of M. bovis. Transmission is observed by inhalation of infectious aerosols from sick animals or by direct contact with sick animals. Sick cattle can transmit the agent with all body fluids. Individuals who consume undercooked meat products, as well as those who have close contact with infected cattle, are also at higher risk of contracting zoonotic TB. Human-to-human transmission has been reported, particularly among immunocompromised individuals, and is very rare. Humans may also act as a source of M. bovis in the transmission of TB infection to cattle. In our country, very little information is available on the molecular genotyping of M. bovis from humans and animals. In this study; A total of 108 M. bovis isolates (50 animals, 58 humans) were analyzed by spoligotyping and 24 loci by MIRU-VNTR method. As a result of spoligotyping studies, since all spacers of two human isolates were positive; Since no spacers were observed in each isolate of human and animal origin, it was excluded from the evaluation when creating the dendogram. When 104 isolates, 49 isolates of bovine origin and 55 isolates of human origin, were evaluated together, 8 different clusters and 30 different genotypes were observed. SIT1118/SB0989 (19.23%) seen in isolates of animal and human origin by spolygotyping was the most common genotype. Among the obtained genotypes, the M. bovis vaccine strain genotype showing the SIT482/SB0120 pattern was observed at a rate of 16.35% in human and animal isolates. SIT685/SB0288 (12.5%) genotype was another genotype detected in isolates of animal and human origin. SB1593, which was seen only in isolates of animal origin (12.5%), was not detected in isolates of human origin. SIT3529/SB0920, SB2466, SIT1185/SB0897, SB0419, SIT3710/SB1595, SB1231, SIT688/SB0129, SIT3687/SB1625 and SB2510 were other genotypes observed in this study. For the 24 locus MIRU-VNTR studies, seven human and six animal origin isolates could not obtain amplicons from PCR studies and the MIRU-VNTR test could not be performed. Isolates from which amplicon was not obtained were excluded when constructing the dendogram. 95 isolates, 51 isolates from human and 44 from cattle, were genotyped together with 24 loci MIRU-VNTR, and 9 different clusters and 55 different genotypes were observed. It was observed that 24 loci MIRU-VNTR had higher discriminatory power than cypolygotyping. In this study, when the genotypic distribution of the isolates was examined, it was determined that there was smilar genotypes between human and animal isolates in our country.
Keywords: Epidemiology, Genotyping, MIRU-VNTR, Mycobacterium bovis, Spoligotyping.