Meme kanseri hastalarında sirküler RNA seviyelerinin belirlenmesi
Determination of circular RNA levels in breast cancer patients
Yazar: ŞENOL ENDER
Danışman: DOÇ. DR. SÜLEYMAN BADEMLER
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Genel Cerrahi = General Surgery ; Genetik = Genetics

Özet:
Amaç: Meme kanseri tanılı hasta grubunda ve sağlıklı kontrol grubunda serum circRNA ekspresyon düzeylerinin belirlenerek karşılaştırılması ve meme kanseri progresyonundaki rollerinin incelenmesi amaçlanmıştır.
Gereç Yöntem: Ocak-Haziran 2023 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Meme Cerrahisi kliniğine başvuran meme kanseri tanılı hasta grubuyla ve kanser tanısı olmayan sağlıklı kontrol gruplarında kan serum örneklerinde circRNA (sirküler RNA) ekspresyon değerleri prospektif olarak araştırıldı. Tanı konulan meme kanseri hastalarından ve kontrol grubundan uygun kan örnekleri alındı. Alınan örnekler santrifüj edilerek serumları ayrıldı. Serum örneklerinden total RNA izolasyonu yapıldı. Total RNA'yı takiben bu materyalden komplementer DNA (cDNA) sentezlendi. cDNA analizini takiben circABCB10, circFbxw7 ve circ0103552 circRNA'ların qRT-PCR (gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemiyle ekspresyon düzeyine bakıldı. qRT-PCR ile elde edilen Ct değerleri üzerinden (2-AVG ΔCt) ve katlı değişim değerleri Mann-Whitney U testine ve Pearson korelasyon analizine dayalı hesaplanarak analiz edildi.
Bulgular: Çalışmamızda circABCB10, circFbxw7 ve circ0103552'nin değişen menopoz, doğurganlık, oral kontraseptif (OKS) kullanımı ve kötü alışkanlık hikayesi (sigara, alkol, madde kullanımı) durumlarına göre ekspresyon değerlerinin aşağı ya da yukarı regüle olabildiği görülmüş, ancak bu değerlerin istatistiksel bir anlamı taşımadığı tespit edilmiş, sadece circABCB10'un OKS kullanım öyküsüne göre meme kanseri hastalarının kendi aralarında yapılan analizinde, OKS kullanım öyküsü olmayan hastalarda yukarı gen ekspresyonu istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0,046). Elde ettiğimiz verilere göre meme kanseri hasta grubunun gen ekspresyonları sağlıklı kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, circABCB10'un yukarı regülasyonu (p=0.0009), circFbxw7'nin (p=0.0102) ve circ0103552'nin (p=0.0002) aşağı regülasyonu istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. 
Sonuç: Çalışmamızda, hasta ve kontrol grubu kıyaslandığında, hasta grubunda circABCB10 yukarı regüle olurken circFbxw7 ve circ0103552'nin aşağı regüle olduğu tespit edildi. Yukarı regüle circABCB10 ekspresyon düzeyi hasta grubunda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Aşağı regüle circFbxw7 ekspresyon düzeyi hasta grubunda ve kontrol grubuna göre istatistiksel açıdan anlamlı olarak belirlendi. circ0103552 ekspresyon düzeyi ise hasta ve kontrol grubu analizi sonucunda ise istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Sonuç olarak, bu çalışmaya dahil ettiğimiz circABCB10, circFbxw7 ve circ0103552 circRNA'larının ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi ve işlevlerinin ortaya konulmasıyla meme kanserinin moleküler mekanizmalarının aydınlatılması ve yeni tedavi stratejileri geliştirilmesi konusunda literatüre önemli katkılar sunacağı görüşünü paylaşmaktayız.
Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, kodlamayan RNA, circRNA, circABCB10, circFbxw7, circ0103552

Abstract:
Aim: The aim of this study was to determine and compare serum circRNA expression levels in breast cancer patients and healthy controls and to investigate their role in breast cancer progression.
Materials and Methods: circRNA expression values were investigated prospectively in blood serum samples of a group of patients diagnosed with breast cancer who applied to the General Surgery Breast Surgery clinic of Istanbul University Istanbul Faculty of Medicine between January and June 2023, and healthy control groups without a diagnosis of cancer. Appropriate blood samples were taken from diagnosed breast cancer patients and the control group. The samples taken were centrifuged, and their serum was separated. Total RNA was isolated from serum samples. Following total RNA, complementary DNA (cDNA) was synthesized from this material. Following cDNA analysis, the expression levels of circABCB10, circFbxw7 and circ0103552 circRNAs were examined by the qRT-PCR method. Based on the Ct values obtained by qRT-PCR, 2-AVG ΔCt and fold change values were calculated and analyzed using the Mann-Whitney U test and Pearson correlation analysis-based method.
Results: In our study, we observed that the expression values of circABCB10, circFbxw7 and circ010103552 could be up- or down-regulated according to varying menopause, fertility, oral contraceptive (OCS) use and history of bad habits (smoking, alcohol, substance abuse), However, these values were found to have no statistical significance, but only in the analysis of circABCB10 among breast cancer patients according to the history of OCS use, upregulation of gene expression was found to be statistically significant in patients without a history of OCS use (p=0.046). According to our data, when the gene expressions of the breast cancer patient group were compared with the healthy control group, upregulation of circABCB10 (p=0.0009), downregulation of circFbxw7 (p=0.0102) and circ0103552 (p=0.0002) were found to be statistically significant.
Conclusions: In our study, the circABCB10 expression level was found to be statistically significant as a result of patient and control group analyses. The circFbxw7 expression level was determined to be statistically significant according to patient and control group analyses. 
The expression level of circ0103552 was found to be statistically significant as a result of the analysis of the patient and control groups. When the patient and control groups were compared, circABCB10 was found to be upregulated, while circFbxw7 and circ0103552 were found to be down regulated. As a result, we share the view that determining the expression levels and revealing the functions of the circRNAs circABCB10, circFbxw7 and circ0103552, which we included in this study, will make significant contributions to the literature in elucidating the molecular mechanisms of breast cancer and developing new treatment strategies.
Key Words: Breast Cancer, non-coding RNAs, circRNAs, circRNA, circABCB10, circFbxw7, circ0103552