Kırım kongo kanamalı ateş hastalığı (KKKAH) virüsü nükleoproteinin (NP) prokaryotik sistemde açıklanması ve biyolojik aktivitesinin araştırılması
Prokaryotic expression of crimean-congo hemorrhagic fever(CCHF) virus nucleoprotein (UP) and investigation of its biological activity
Yazar: HAZEL YETİŞKİN
Danışman: PROF. DR. AYKUT ÖZDARENDELİ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Biyolojik aktivite = Biological activity ; Hemorajik ateş-Kırım = Hemorrhagic fever-Crimean ; Hemorajik ateş-viral = Hemorrhagic fevers-viral ; Nükleoproteinler = Nucleoproteins ; Virüsler = Viruses

Özet:
Kırım-Kongo kanamalı ateş hastalığı (KKKAH) Bunyaviridae ailesinin Nairovirüs genusunda bulunan üç segmentli ve negatif anlamlı bir virüs tarafından oluşturulmaktadır. Virüs Asya, Afrika, Ortadoğu, ve Doğu Avrupa gibi geniş bir coğrafyada görülmektedir. Hastalığın taşınması kene ısırığı, viremik insan ve hayvanlarla direk temastır. KKKAH virüsü şimdiye kadar en az 31 kene türü türünden izole edildi. Mortalitesi 5% ile 50 % arasında değişen bu hastalık hemorajik ve toksik sendromlarla karakterizedir.
KKKAH virüsü ile yapılan çalışmaların yüksek güvenirlikli laboratuvarlarda yapılması zorunludur. Bu kısıtlama KKKAH virüs enfeksiyonun teşhisinde kullanılacak diagnostik materyallerin hazırlanmasını güçleştirmektedir. Bu problemin üstesinden gelmek için son yıllarda rekombinant protein tabanlı teşhis sistemleri geliştirilmiştir. Bu çalışmanın amacı, KKKAH virüsü Turkey Kelkit06 suşu nükleoproteinin (NP) E. coli sisteminde üretilmesi ve rekombinant proteinin biyolojik olarak aktif olup olmadığının saptanmasıdır. Bu amaçla, KKKA virüsü S geni GenScript tarafından kodon optimize olarak sentez edilmiş ve pCOLDTF vektörü içerisine klonlanarak elde edilen pCOLDTF-NP plasmidi E. Coli BL21 C43(DE3) bakteriyel hücrelerinde üretilerek konfirme edilmiştir. Rekombinant NP, fare KKKAH ELISA geliştirilmesinde antijen olarak kullanılmış ayrıca rekombinant NP ile farelerin immünizasyonları sonucu hiperimmün serumlar elde edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, rekombinant NP'nin biyolojik olarak aktif olduğunu ve gelecekte KKKAH virüsü enfeksiyonun teşhisinde kullanılabilme potansiyeli olduğunu göstermektedir.

Anahtar Kelimeler: Kırım-Kongo Kanamalı Ateş Hastalığı (KKKAH) virüsü, Nükleoprotein, Prokaryotik protein ekspresyon sistemi, Biyolojik aktivite.

Abstract:
Crimean-Congo hemorrhagic fever (CCHF) is caused by a trisegmented, negative-sense RNA virus of the genus of Nairovirus, of the family Bunyaviridae. This virus is found in various countries in Asia, Africa, Middle east and eastern Europe. The disease transmitted through tick bite or direct contact with viremic animals or humans. CCHFV has been isolated from at least 31 species of ticks. The disease is characterized by hemorrhagic and toxic syndrome, with case fatality rates ranging from 5 to 50%. 
CCHF virus must be handled in a high-containment laboratory. This restriction makes it difficult to prepare diagnostic materials for CCHF virus infections. To overcome this problem, recombinant protein-based diagnostic systems have been recently developed. The aim of this study is to express of the nucleoprotein (NP) of CCHF virus Turkey Kelkit06 strain in E. coli system and investigation of the recombinant NP whether it is biologically active or not. For this purpose, the S gene of CCHF virus was optimized by GenScript to improve codon usage bias and synthesis, and the recombinant plasmid, pCOLDTF-NP, was constructed and expressed in E. Coli BL21 C43(DE3) which was purified and confirmed. The recombinant NP was used as a antigen to develop the CCCHF ELISA system for mice and hyperimmune serum was raised against the expressed protein in mice. These results indicated that the recombinant NP is biologically active and might be used the establishment of diagnostic systems for CCHFV infections in the future.

Key Words : Crimean-Congo Hemorrhagic Fever (CCHF) Virus, Nucleoprotein, Prokaryotic protein expression system, Biological activity.