Karadeniz'in Türkiye kıyılarında dağılım gösteren mersin balığı türlerinin (Acipenser stellatus PALLAS, 1771, Acipenser gueldenstaedtii BRANDT, l833, Huso huso LINNAEUS, 1758)mitokondrial DNA sekans analizi yöntemiyle tanımlanmas
Characterization of three sturgeon species (A. stellatus Pallas, 1771, A. gueldenstaedtii Brandt, 1833, H. huso Linnaeus, 1758 ) from Black Sea Coasts of Turkey by mtDNA sequence analysis
Yazar: OĞUZHAN EROĞLU
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM OKUMUŞ
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Balıkçılık Teknolojisi = Fisheries Technology ; Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: DNA analizi = DNA analysis ; Filogeni = Phylogeny ; Karadeniz = Black Sea ; Mersin balığı = Sturgeon ; Mitokondriler = Mitochondria ; Türkiye = Turkey

Özet:
ÖZETMersin balıklarının Tethis Denizi kökenli olduğu ve farklılaşma merkezinin Karadeniz olduğu düşünüldüğünde Türkiye çok önemli bir yere sahiptir. Türün tehlikede olmasından dolayı son yıllarda koruma ve yetiştiricilik faaliyetleri hız kazanmıştır. Karadeniz'deki mersin balığı türleri hakkında yapılmış çalışmalar bulunmasına rağmen Türkiye kıyılarından örnekleme yapılmamıştır.2005-2007 yılları arasında Türkiye kıyılarından örneklenen 4 türe ait (Acipenser stellatus, A. gueldenstaedtii, H. huso, A. baerii/benzeri) 82 bireyde mtDNA tRNAproD-loop geni boy varyasyonu ve heteroplazmi oranlarının belirlenmesinde kullanılmıştır. Ayrıca 28 örnekte Cyt-b geni sekans verilerinden genetik mesafeler ve filogenetik dendogramlar oluşturulmuş ve kladistik analizler yapılmıştır.Cyt-b geninde 19 haplotip ve % 81,8 - % 96,4 arasında değişen haplotip çeşitliliği belirlenmiştir. Türler arasında 7 yerde aminoasit kodlamasında değişim meydana geldiği belirlenmiştir. A+T oranı tüm türler için %52,6 ila 53,8 arasında bulunmuştur. Ti/Tv oranı A. gueldenstaedtii'de (9:1), A. stellatus'ta (7:2) ve Huso huso için (6:0) olarak bulunmuştur. Nükleotid çeşitliliği ve nükleotid farklılığının sırasıyla %0,167 - %0,378 ve 1,89 ? 4,2 arasında değiştiği belirlenmiştir. Türler arası mesafe Kimura-2 parametresine göre % 1,258 ? 5,288 arasında hesaplanmıştır. Filogenetik ağaçlar sonucunda %100'lük seç-bağla değeri ile türler ayrılmıştır.Karadeniz'de 1 adet A. baerii/benzer birey tespit edilmiştir. A. gueldenstaedtii örneklerinin Karadeniz soy grubu içerisinde yer aldığı ve 2 farklı gruba (A ve B) ayrıldığı belirlenmiştir. Benzer olarak A. stellatus örneklerinin de 2 gruba (S1 ve S2) ayrıldığı tespit edilmiştir. H. huso örneklerinde ayrılma görülmemiştir. Tüm türlerde heteroplazmik bireyler görülmüştür (%2,17-45,45) ve her tür için tekrar bölgesinin sayısı 2-6 olarak belirlenmiştir. Tekrar bölgesinin uzunluğu 82 bp olarak belirlenmiştir. En çok görülen tekrar ise % 39,5 ile 3 tekrarlı yapı olmuştur. Boy varyasyonu (Gıp) 0,656 -0,9871 olarak bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Mersin Balığı, Türkiye, Karadeniz, MtDNA, Sekans analizi,Filogenetik, Heteroplazmi, Boy varyasyonu,

Abstract:
SUMMARYCharacterization of Three Sturgeon Species (A. stellatus Pallas, 1771, A. gueldenstaedtii Brandt, 1833, H. huso Linnaeus, 1758 ) from Black Sea Coasts of Turkey by mtDNA Sequence AnalysisIt has been thought that sturgeons originated from Tethys Sea, the Black Sea is the most important diversification center for them. Hence Turkey has a significant place through history. Recently, aquaculture and conservation activities have been increased due to being endangered species. Although there are some genetic studies about sturgeon species inhabiting the Black Sea, these studies don?t include samples from Turkey.In this study, length variation and heteroplasmy rates were determined from control region (D-loop) of mtDNA of 4 sturgeon species (n = 82), collected from Turkish coast of the Black Sea between 2005 and 2007. Besides, 28 specimen Cyt-b gene sequences were used to investigate phylogenetic relationship, and find out cladistic positions and genetic variation.Nineteen haplotypes and haplotypes diversity ranging from 81.8% to 96.4% were detected from Cyt-b sequences. Amino acid sequence changes were determined on 7 codon among species. Studied A+T rates were found between 52.6 and 53.8% for all species. Ti/Tv rates were estimated for each species; A. gueldenstaedtii (9:1), A. stellatus (7:2), and H. huso (6:0). Nucleotide diversity and nucleotide differences calculated for three species varied from 0.167 % - 0.378 % and 1.89 - 4.2 respectively. Genetic distances were calculated (1.258 - 5.288 %). Each species were separated between by phylogenetic reconstruction with high bootstrap value (100%). We determined A. baerii/like individual in A. gueldenstaedtii samples from the Black Sea. We found that all our A. gueldenstaedtii samples replaced in the Black Sea Linage and were separated 2 clades (A and B). Similarly A. stellatus samples were separated into 2 clades but H. huso samples were not separated. In each species heteroplasmic individuals (2. 17 - 45.45 %) and repeat units ranging from 2 to 6 with 82 bp length copies were observed. The most observed repeat units rate was 41.5% in 3 repeats morph. Length variation GIP were found between 0.656 -0.9871.Key Words: Sturgeon, Turkey, Black sea, mtDNA, Cyt-b, Sequence Analysis,Phylogenetics, Heteroplasmy, Length Variation