Perakende olarak satışa sunulan kanatlı etlerinde GSβl, AMP-C ve karbapenemaz üreten E. coli suşlarının antimikrobiyal direncinin MIC, klasik PCR ve LAMP PCR analizleri ile araştırılması
Investigation of ESBLŞ, AMP-C, carbapenemase-producing  E. coli strains antimicrobial resistance properties isolated from chicken meat in retail by MIC PCR and lamp analysis
Yazar: GÜLÇİN GÜVEN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİBEL KIZIL
Kırıkkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Ampisilin = Ampicillin ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Karbapenemaz = Carbapenemase ; Kümes hayvanları ürünleri = Poultry products ; Perakende sektörü = Retail sector ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tavuk eti = Chicken meat ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Kanatlı hayvanların yetiştirilmesi esnasında görülen bazı bakteriyel enfeksiyonları baskılamak amacıyla kullanılan antimikrobiyal ajanlar; yoğun bir şekilde ve bilinçsizce kullanıldığında kanatlı hayvanlarda da antibiyotiklere karşı direnç oluşturmaktadır. Kanatlılarda, E. coli normal bağırsak florasında mevcut olup, floranın bozulması sonucu çeşitli enfeksiyonlar neden olmaktadır. 
Bu çalışmada; marketlerde satılan farklı markalara ait tavuk göğüs etlerinden izole edilen GSβL, Amp-c ve Karbapenemaz üreten E.coli suşlarının antibiyotik direnç özelliklerinin disk difüzyon ve E test (MIC) ile belirlenmiş; antibiyotik direnç genlerinin ise Klasik PCR ve LAMP PCR metotlarıyla belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu kapsamda alınan 100 adet tavuk göğüs etinin (fileto), 7 tanesinden E.coli suşları izole edilmiş ve hızlı idendifikasyon sistemi (BBL Crystal) ile doğrulanmıştır. İzolatların disk difüzyon test sonuçları EUCAST ve CLSI'a göre değerlendirilmiş ve tetrasikline %100; ampisilin, ciprofloksasin, sefoksitin, nalidiksik asit, oksitetrasikline  %85; seftazidime %57, kloramfenikole %71, trimethoprim/ sulfomeametoksazol, sefotaksime %42; gentamisine  %14 oranında dirençlilik görülmüştür.  Ayrıca izolatların hepsi (%100)  meropeneme duyarlı bulunmuştur.  İzolatların E-Test (MIC) sonuçları EUCAST, CLSI ve EURL-AR'a göre değerlendirilmiş ve 1 adet izolatta GSβL, 4 adet izolatta ise Amp-c aktivitesi saptanmıştır. Karbapenemaz aktivitesi izolatların hiçbirinde saptanmamıştır. Antibiyotik direnç genlerinin tespiti için DNA'lar izole edildikten sonra Klasik PCR ve LAMP PCR testleri yapılmıştır. Klasik PCR için uygun primerler ile çalışılmış; elektroforezde oluşan bantlar değerlendirilmiştir. LAMP PCR metodunda ise uygun primerlerle hazırlanmış ekstraksiyonlar izotermal şartlarda (65°C), yaklaşık 40 dakika uygulanmış olup, elektroforezde yürütülerek sonuçlar elde edilmiştir. Klasik PCR sonuçlarına göre, izolatların hepsinde GSβL aktivitesi tespit edilmiş olup; sırasıyla en çok CTXM-1 (%71) ve SHV1 (%71), OXA-1 (%42,8), CTXM-9 (%28,5) ve TEM (%14,2) saptanmıştır. Piyasadan toplanan kanatlı etlerinden izole edilen E. coli'lerin GSβL, Amp-c ve karbapenemaz genleri yönünden risk teşkil edebileceği ve bu konu ile ilgili olarak sürekli izlenmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.
Anahtar Kelimer: Antimikrobiyal direnç, E. coli, E-test, PCR, GSβL, Amp-c, Karbapenemaz.

Abstract:
Antimicrobial agents used to suppress some bacterial infections during the rearing of poultry; When used intensively and unconsciously, it also creates resistance to antibiotics in poultry. In poultry, E. coli is present in the normal intestinal flora and causes various infections as a result of the deterioration of the flora. In this study; The antibiotic resistance properties of ESβL, Amp-c, Carbapenemase producing E.coli strains isolated from chicken breast meat of different brands sold in the markets were determined by disk diffusion and E test (MIC); It is aimed to determine antibiotic resistance genes by Classical PCR and Lamp PCR methods. In this context, E. coli strains were isolated from 7 of 100 chicken breast meat (fillets) and verified by rapid identification system (BBL Crystal). Disk diffusion test results of the isolates were evaluated according to EUCAST and CLSI, 100% to tetracycline; ampicillin, ciprofloxacin, cefoxitin, nalidixic acid, oxytetracycline 85%; ceftazidime 57%, chloramphenicol 71%, trimethoprim/ sulfomeamethoxazole, cefotaxime 42%; 14% resistance to gentamicin was observed.In addition all isolates (%100)  were susceptable to meropenem. E-Test (MIC) test results of the isolates were evaluated according to EUCAST, CLSI ve EURL-AR and ESβL activity was found in 1 isolates and Amp-c activity was detected in 4 isolates. Carbapenemase activity was not detected in any of the isolates. Classical PCR and LAMP PCR tests were performed after the DNAs were isolated for the detection of antibiotic resistance genes. Worked with primers suitable for classical PCR. In the LAMP PCR method, the extractions prepared with suitable primers were applied in isothermal conditions (65 °C) for approximately 40 minutes, and then the same results were obtained by conducting electrophoresis again. It has been concluded that E. coli isolated from poultry meat collected from the market may pose a risk in terms of ESβL, Amp-c, and carbapemase genes continuous monitoring is required in this regard. 
Key Words: Antimicrobial Resistance, E. coli, E-test, PCR, ESβL, Amp-c,  Carbapenemaz,.