Yaygın değişken immün yetersizlik (CVID) hastalarında CD19, ICOS, TACI, BAFF-R gen mutasyonlarının araştırılması
CD19,ICOS,TACI,BAFF-R genes mutations analyse in common variable immundeficiency patients
Yazar: SINEM SISKO
Danışman: PROF. DR. UĞUR ÖZBEK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Yaygın Değişken İmmün Yetersizlik (YDİY), ESID kayıt sistemine göre en sık gözlenen antikor eksikliğidir (Common Variable Immunodeficiency – CVID) (%20). YDİY, Mendel kalıtımı göstermekte olup tek gen kusurları ile karşımıza çıkan, fenotipik ve genetik olarak da heterojenite gösteren bir immün sistem hastalığıdır. YDİY azalmış serum IgG, düşük IgA ve/veya IgM düzeyleri, sık tekrarlayan üst ve alt solunum yolu enfeksiyonları, bozulmuş antikor yanıtı ile karakterize edilen, heterojen bir primer immünyetmezliktir. Her iki cinsiyetin de eşit olarak etkilendiği YDİY hastalığı genellikle sporadiktir fakat yaklaşık %10-20'si ailesel özellik gösterir.  

Bu tez çalışmasında,  primer immün yetersizliklerin en sık tipi olan YDİY klinik fenotipini sergileyen hastalarda, ICOS, TNFRSF13B (TACI), CD19 ve TNFRSF13C (BAFF-R) gen varyasyonlarının incelenmesi hedeflenmiştir. Bu çalışmata YDİY ön tanısı alan toplam 25 örnek  dahil edilmiştir. Hasta ve yakınlarından aldığımız periferik kandan DNA izolasyonu, ardından ICOS, TACI, CD19 ve BAFF-R genlerinin kodlayan bölgelerine özgün tasarlanmış primer çiftleri ile polimeraz zincir reaksiyonu yapılmış ve elde edilen PZR ürünlerini Sanger dizileme yöntemiyle dizilenerek hastalara ait patojenik varyantlar tespit edilmiştir. Ayrıca akım sitometrisi ile hücre alt tipleri incelenmiştir. ICOS, TACI, CD19 genlerinde mutasyon taradığımız 25 hastanın 3'ünde (%12) olası paojenik varyant tespit edilmiştir. Bunlardan ikisi  CD19 geninde bulunmuş olup daha önce tanımlanmamıştır (p.Arg490Trp ve  c.1084+1G>T). Diğer varyant ise TACI (p.C104R) geninde belirlenmiş olup literatürde YDİY hastalığı ile ilişkilendrilmiştir. Varyant belirlenen hastaların ayrıca aile bireyleri de incelenmiş ve ebeveynlerinin aynı varyasyonu heterozigot formda taşıdıkları belirlenmiştir. Ülkemizde, YDİY hastalarında her üç genin de incelendiği ilk çalışmadır.

Abstract:
Common variable immune deficiency (CVID) is one of the most commonly diagnosed primary immunodeficiencies according to the ESİD registration system. CVID, is a single gene disorder with Mendelian inheritance pattern but a very few gene defects have been characterized despite the heterogeneous phenotype. Generally, patients have a history of recurrent sinopulmonary infections, hypogammaglobulinemia of two or more immunoglobulin isotypes, and impaired functional antibody responses. It effects the both gender equally. CVID is generally sporadic but 10-20 % show familial transition. In this thesis we aimed to analyze ICOS  ,TNFRSF13B (TACI), CD19 and TNFRSF13C (BAFF-R) gene variations in the most common type  of primary immunodeficiencies, CVID.

Here we studied 25 patients samples with CVID. We received peripheral  blood samples  from the patients and their family members and isolate, DNA. ICOS, TACI, CD19 and BAFF-R  genes were amplified with specific primers and analyzed with direct sequencing. Furthermore, we investigated B cell subsets by Flow cytometry. We found three pathogenic (12%) variants in 25 samples. Two of them, were found in CD19 gene and they were novel mutations (p.Arg490Trp ve  c.1084+1G>T). The other variant was detected in TACI (p.Cys104Arg) gene and it was associated with CVID in literature. Also  parents  of  these patients were studied and found that they were heterozygous for the same variations. To our knowledge this is the first study in Turkey  among CVID patients to investigate all three genes .