Bordetella pertussis'in inceleme materyalinden araştırılmasında polimeraz zincir reaksiyonunun duyarlılık ve özgüllüğün artırılması /
Yazar: DİLEK GÜLDEMİR
Danışman: UZMAN EFSUN AKBAŞ
Sağlık Bakanlığı / Ankara Refik Saydam Hıfsısıhha Merkezi / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2008
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Boğmaca, her yaştaki duyarlı bireyi etkileyebilen, özellikle çocukluk çağında ağır klinik tablo ile seyreden, akut, bulaşıcı bir solunum sistemi enfeksiyonu olup, etkeni Bordetella	dir. Boğmaca
tanısında kullanılan klasik kültür yöntemi özgül olmasına rağmen yeterince duyarlı değildir. Bu nedenle Boğmaca tanısında hızlı, özgül ve duyarlı bir tanı metoduna ihtiyaç vardır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), hastalığın tanısında son yıllarda kullanılmaya başlanan yeni bir yaklaşımdır ve kültürden çok daha duyarlı olduğu gösterilmiştir. PCR için seçilen hedef gen bölgeleri arasında; Pr, IS ve IS adenilat siklaz gen, yapısal genlerden porin gen ile flagellin gen yer almaktadır. Bu araştırmamızda Pr ve IS48J gen bölgelerine yönelik primerler kullanılarak, in-house PCR'nin tanı yöntemi olarak kullanılabilmesi amacıyla standardize edilmesi hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Kasım 2007-Nisan 2008 tarihleri arasındaki 6 aylık süre boyunca Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Salgın Hastalıklar Araştırma Müdürlüğü bünyesindeki Ulusal Boğmaca Referans Laboratuvarında yürütülen bu çalışmamızda, pertussis toksin [PT] Sİ promoter gen bölgesini (ptxA-Pr) hedef alan PTpl/PTp2 primer çifti ve insersiyon sekans [IS] 481 gen bölgesini (IS481) hedef alan Pipi/PIp2 primer çifti ile in-house PCR yönteminin özgüllüğü ve duyarlılığı çeşitli standart bakteri suşları kullanılarak standardize edilmeye çalışılmıştır. Buna ilaveten, hasta örneğini incelediğimiz zaman in-house PCR yönteminin duyarlılığı ne olacağını araştırmak için bizim tarafımızdan oluşturulan klinik örnekler (temsili nitelikteki klinik örnekler) ile bir duyarlılık çalışması daha yapılmıştır. "Temsili nitelikte klinik örnekleri" hazırlamak için; sağlıklı bireylerden rayon uçlu eküvyonlar ile 45 adet boğaz sürüntüsü ve azalan konsantrasyonlarda	standart bakteri suşu
kullanılmıştır. Bulgular: PTpl/PTp2 primer çifti kullanıldığında in-house PCR yönteminin özgüllüğünün yüksek, duyarlılığının ise 34.4 bakteri konsantrasyonu/reaksiyon karışımı ([bak]/reak.) karışımı olduğu, PIpl/PIp2 primer çifti kullanıldığında ise B.pertussis ile B.hronchiseptica arasındaki çapraz bant pozitifliği nedeniyle özgüllüğünün daha düşük, duyarlılığının 1.12 [bak]/reak. olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca, hazırladığımız temsili nitelikteki klinik örneklerle yaptığımız in-house PCR çalışmaları da bu verileri destekler niteliktedir. Sonuç: Bu konu üzerine yapılan pek çok araştırmada olduğu gibi, bu çalışmamızda da \S481 gen bölgesini hedef alan primer çifti kullanıldığında duyarlılık yüksek bulunmuş ve Pr gen bölgesini hedef alan primer çifti kullanıldığında yeterli özgüllük sağlanmıştır. Bu doğrultuda Boğmaca'nın moleküler tanısı için, IS481 gen bölgesini hedef alan PCR yöntemi ile ön tanı konulmasını, Pr gen bölgesini hedef alan PCR ile de konfirmasyon yapılmasını önermekteyiz. Sonuç olarak B.pertussis'ln PCR ile tanısına yönelik standart bir yöntem henüz tanımlanmamış olmasına rağmen şartları tam olarak optimize edildiğinde PCR'nin Boğmaca'yı da içine alan pek çok enfeksiyon hastalığının tanısında duyarlı bir yöntem olarak ve doğrulama gerektirmeksizin kullanılabileceğini düşünmekteyiz.

Abstract: