Mesane kanserlerinde miRNA'ların ekspresyonlarının belirlenmesi
Determination of miRNAs' expressions in bladder cancers
Yazar: KEMAL MURAT CANTÜRK
Danışman: PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2010
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology ; Üroloji = Urology
Dizin: Karsinoma = Carcinoma ; Mesane neoplazmları = Urinary bladder neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Mesane kanseri gelişmiş ülkelerde genitoüriner sistemde 2. Sıklıkta görülen kanserdir. Ürotelyal karsinom mesane kanserinin en sık (% 90) görülen hitolojik türüdür. Bir çok güncel tedavi yaklaşımına rağmen ileri evre mesane kanserinde 5 yıllık sağ kalım % 20-40 kadardır. Günümüzde miRNA'ların ürotelyal karsinom patogenezindeki rolleri ve potansiyel terapotik etkileri araştırılmaya devam etmektedir.Çalışmamızda 17 ürotelyal karsinom örneği ve 6 normal mesane dokusu miRNA ekspresyon profilleri açısından karşılaştırılmıştır. T-test sonrası mir-143 (27 kat ?), mir-145 (16 kat ?), mir-125b (11 kat ?), mir-99a (11 kat ?), mir-133b (10 kat ?), mir-100 (6 kat ?), mir-497 (4.9 kat ?), mir-139-5p (3.7 kat ?), mir-18a (3.1 kat ?) ürotelyal karsinomda normal ürotelyuma göre farklı eksprese olduğu belirlenmiştir (p<0.01). Farklı eksprese olan miRNA'ların hedef genleri internet tabanlı biyoinformatik programlarla değerlendirilmiştir. Derece ve evreye göre ürotelyal karsinom dokuları karşılaşılaştırıldığında mir-10a, mir-34a, mir-141 ve mir-210'un derece ve evre arttığında azalan ekspresyon paternleri olduğu belirlenmiştir (p<0.05). Özellikle bu miRNA'lar ürotelyal karsinom prognozunu tahmin etmede kullanılabilirler. Farklı eksprese olan miRNA'larla hiyerarşik kümeleme analizi yaptığımızda, tümör örnekleri patolojik derece ve evrelerine göre ayrılabilmiştir. Sonuç olarak ürotelyal karsinomda mikroRNA ekspresyon patternini belirlemede mikroarray yöntemi etkin bir yöntemdir. Ürotelyal karsinomda mikroRNA'ların normal ürotelyoma göre farklı eksprese olmalarından dolayı ürotelial karsinom patogenezinde önemli rolleri olabilir. Özellkile belirgin şekilde azalan miRNA'lar tümörsüpresör miRNA'lar olabilirler. MiRNA'ların ürotelyal karsinom yolağındaki net rollerinin ortaya konulması için ayrıntılı fonksiyonel çalışmalar yapılması gerekmektedir.Anahtar Kelimeler: Ürotelyal karsinom, miRNA, mikroarray

Abstract:
Bladder cancer is the second malignancy of genitourinary system in developed countries. Urothelial carcinoma is the most frequent (%90) histological type of bladder cancer. Although several treatment options, 5 year survival is nearly %20-40 in the advanced stage bladder cancer. Nowadays microRNAs? functions in the pathogenesis of urothelial carcinoma and therapeutic effects have been investigated. In our study microRNA expression profiles of 17 urothelial carcinomas and 6 normal bladder tissues were compared. After t-test mir-143 (27 fold ?), mir-145 (16 fold ?), mir-125b (11 fold ?), mir-99a (11 fold ?), mir-133b (10 fold ?), mir-100 (6 fold ?), mir-497 (4.9 fold ?), mir-139-5p (3.7 fold ?) and mir-18a (3.1 fold ?) were determined that differently expressed in urothelial carcinoma than normal urothelium. Target genes of differently expressed miRNA were evaluated by web based bioinformatic programmes. According to grade and stage urothelial carcinoma samples were compared and determined that mir-10a, mir-34a, mir-141, mir-210 had decreased expression patterns if stage and grade increased (p<0.05). Especially these miRNAs might be use to predict prognosis of urothelial carcinoma. When we perform hiyerarshic clustering analisis with differently expressed miRNAs, tumor samples could be distinguished according to grade and stage. In conclusion, microarray is efficient method for determining expression pattern of miRNAs in urothelial carcinoma. MiRNAs are differently expressed in urothelial carcinoma than normal urothelium so, they might be have very important roles in the pathogenesis of urothelial carcinoma. Especially distinctly decreased miRNAs might be tumorsupresor miRNAs. Detailed functional studies are necessary to identify real roles of miRNAs in urothelial carcinoma pathway.Key Words: urothelial carcinoma, miRNA, microarray