Türkiye'de eksfoliasyon sendromu glokomu ve primer açık açılı glokomda LOXL1 geni tek nükleotid polimorfizmlerinin analizi
Analysis of LOXL1 gene single nucleotide polymorphisms of exfoliation syndrome/glaucoma and primary open angle glaucoma in Turkey
Yazar: BURCU KASIM
Danışman: PROF. DR. MURAT İRKEÇ
Hacettepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2012
Konu: Göz Hastalıkları = Eye Diseases
Dizin: Eksfoliatinler = Exfoliatins ; Genler = Genes ; Glokom = Glaucoma ; Glokom-geniş açılı = Glaucoma-open angle ; Lizil oksidaz = Lysyl oxidase ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Bu çalışmadaki amaç Türk toplumunda, eksfoliasyon sendromu (ES), eksfoliasyon glokomu (EG) ve primer açık açılı glokom (PAAG) olgularında lizil oksidaz benzeri 1 (LOXL1) polimorfizmlerini değerlendirmektir. Bu amaçla, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Göz Hastalıkları Anabilim Dalı polikliniğine başvuran 100 ES, 100 EG, 100 PAAG ve 100 kontrol olgusunda LOXL1 geni rs1048661 (R141L) ve rs3825942 (G153D) tek nükleotid polimorfizmleri (SNP) genotiplendirildi ve incelenen SNP'lerin alel ve genotip dağılımları, gruplar arasında karşılaştırıldı. Her iki SNP için de G alelinin, ES ve EG hastalarında, kontrol grubu ile karşılaştırıldığında daha sık bulunduğu; rs1048661'in T alelinin (ES için, p=2.54x10-5, OR=0.334, %95 GA: 0.198-0.564 ve EG için, p=8.56x10-5, OR=0.366, %95 GA: 0.219-0.611) ve rs3825942 için A alelinin (ES ve EG için p=3.69x10-9, OR=0.025, %95 GA: 0.003-0.188) koruyucu aleller olduğu düşünüldü. Genotip dağılımlarına bakıldığında, rs1048661'in TT ve GT genotipi, ES (p=2.64x10-4) ve EG (p=3.20x10-4) hastalarında, kontrol grubuna göre anlamlı olarak daha az bulundu. Çalışmaya dahil edilen tüm ES ve EG olgularında, rs3825942'de GG genotipi tespit edildi (p=2.21x10-4). Lojistik regresyon analizi ile cinsiyet ve iki SNP değerlendirildiğinde, rs1048661'in etkisi anlamlı kalırken (p=8.45x10-7), rs3825942'nin etkisi anlamlı bulunmadı (p=0.997). Kadın cinsiyet, ES ve EG için koruyucu olarak değerlendirildi (p=0.001). ES ve EG grupları arasında alel ve genotip dağılımı açısından istatistiksel olarak anlamlı fark görülmedi. PAAG ve kontrol grubu karşılaştırıldığında, iki SNP'in alel ve genotip dağılımı açısından istatiksel olarak anlamlı fark saptanmadı. Sonuç olarak, LOXL1 polimorfizmleri Türkiye'de beyaz ırk ile uyumlu olarak ES ve EG ile anlamlı olarak ilişkili bulunmuş, ancak PAAG ile ilişki gösterilememiştir.

Abstract:
The purpose of this study was to evaluate the association between lysyl oxidase like 1 (LOXL1) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in exfoliation syndrome (XFS), exfoliation glaucoma (XFG) and primary open angle glaucoma (POAG) in Turkish population. One hundred XFS, 100 XFG, 100 POAG patients and 100 control subjects evaluated at Hacettepe University School of Medicine Ophthalmology Department were included in the study. LOXL1 gene SNPs rs1048661 (R141L) and rs3825942 (G153D), were genotyped and their frequencies were compared between groups. The G allele of both SNPs were more frequently observed in XFS/XFG when compared with control subjects indicating that the T allele for rs1048661 (p=2.54x10-5, OR=0.334, %95 CI: 0.198-0.564 for XFS and p=8.56x10-5, OR=0.366, %95 CI: 0.219-0.611 for XFG) and the A allele for rs3825942 (p=3.69x10-9, OR=0.025, %95 CI: 0.003-0.188) were found to be protective alleles for XFS/XFG. The TT and GT genotypes of rs1048661 were underrepresented in both patients with XFS (p=2.64x10-4) and XFG group (p=3.20x10-4) compared to control subjects. GG genotype of rs3825942 was detected in all subjects of both XFS and XFG groups (p=3.69x10-4). By using logistic regression analysis, the effect of rs1048661 remained significant (p=8.45x10-8) after controlling for the effect of rs3825942. Female gender was found to be protective against the disease (p=0.001). There were no statistically significant differences between subjects with XFS and XFG for both SNP frequencies. No statistically significant differences in allele and genotype frequencies of rs1048661 and rs3825942 were found between patients with POAG and control subjects. In conclusion, LOXL1 polymorphisms were found to be associated in XFS and XFG but not POAG in Turkish population.