Gram negatif bakterilerde çeşitli toksin ve beta laktamaz direnç genlerinin sıklığı ile çeşitli antimikrobiyallere duyarlılıkları
Frequency of various toxin and beta lactamase resistance genes in gram negative bacteria and susceptibilities to antimicrobials
Yazar: İPEK YILMAZ
Danışman: PROF. DR. NİZAMİ DURAN
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Gram negatif bakterilerde direnç paternlerinin ve direnç mekanizmalarının bilinmesi, dirençli bakterilerle oluşan enfeksiyonların tedavisinde yol gösterici olmaktadır. Biz bu çalışmada çeşitli klinik örneklerinden etken olarak izole edilen Gram-negatif bakterilerde; (i) antimikrobiyal direnç profillerini fenotipik olarak belirlemeyi, (ii) bu mikroorganizmalardaki blaSHV, blaOXA, blaTEM, blaCTX-M-gp9, blaCTX-M-gp2, blaCTX-M-gp1 direnç genlerini ile pap, aer, sfa, hly, cnf1, cnf2 ve afaI virülans genlerinin varlığını PCRyöntrmiyle ile araştırmayı amaçladık. Mikroorganizmaların tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık testleri otomatize sistem ile fenotipik olarak, direnç ve virülans genlerinin varlığının araştırılması ise multipleks PCR ile araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen numunelerin %46.8'i idrar, %23.6'sı  yara, %13.6'sı solunum yolu ve %15.2'si ise kan kültürü örnekleri idi. İzolatların %54.2'si Türk hastalardan, %45.7'si Suriye uyruklu hastalardan izole edilmiştir. İzolatların %46.8'si E. coli, %26.3'ü K. pneumoniae, %3.15'i K. oxytoca, %16.3'ü Acinetobacter baumannii, %5.7'si P. aeruginosa, %1.5'i Proteus mirabilis kökenlerinden oluşmaktaydı. Çalışmada K. pneumoniae ve E. coli izolatlarında ampisilin direnci oldukça yüksek bulunmuştur. E. coli izolatlarının tamamı kolistine ve tigesikline karşı duyarlı iken, K. pneumoniae izolatlarında kolistin direnci %2 olarak tespit edilmiştir. K. oxytoca suşlarının tamamının ertapenem, meropenem, amikasin, siprofloksasin, tigesiklin ve kolistine karşı duyarlı olduğu tespit edilmiştir. Acinetobakter baumannii suşları çoğu antibiyotiklere (piperasilin/tazobaktam, seftazidim, meropenem, siprofloksasin ve imipenem) dirençli iken, kolistin direnci tespit edilmemiştir. Benzer şekilde P. aeruginosa suşlarında kolistin direnci tespit edilmezken, gentamisin, amikasin ve Trimetoprim/ sülfametaksazol direnci yüksek bulunmuştur. Türk hasta izolatlarında blaSHV en fazla E. coli'de %75.4 (40/53) saptanırken, K. oxytoca'da bu gen varlığı %33.3 olarak tespit edilmiştir. Suriye uyruklu hasta izolatlarında ise E. coli suşlarında blaSHV oranı %33.3 olarak tespit edilirken, K. oxytoca ve Proteus mirabilis suşlarında bu gene rastlanılmamıştır. BlaOXA geni varlığı ise Türk hasta izolatlarında E. coli'de %32.1, Suriye uyruklu hastalardan izole edilen E. coli suşlarında ise %33.3 olarak tespit edilmiştir. Türk hastalardan farklı olarak Suriye uyruklu hastalarda P. aeruginosa suşlarında blaOXA oranı %50 Proteus mirabilis suşlarında ise %33.3 olarak tespit edilmiştir. Çalışmada virülans genleri varlığı açısından bu genler bu iki hasta grubu arasında anlamlı derecede farklı oranlarda tespit edilmiştir. Gram negatif mikroorganizmlarda oldukça yüksek ilaç direnç profilleri tespit edilmiştir. Özellikle karbapenemlere ve kolistine karşı dirennçli kökenlerin tespiti endişe verici olup, antibiyotik direncinin artmasının önüne geçilebilmesi için akılcı antibiyotik kullanımı ve ilaç seçiminde direnç profillerine uyulması son derece büyük önem arz etmektedir.

Anahtar Kelimeler: Gram negatif bakteri, direnç, antibiyotik, gen, virülans.

Abstract:
Knowledge of resistance patterns and resistance mechanisms in gram negative bacteria is guiding in the treatment of infections caused by resistant bacteria. In this study, we aimed to investigate Gram-negative bacteria isolated from various clinical samples; (i) phenotypically determining antimicrobial resistance profiles, (ii) the resistance genes of blaSHV, blaOXA, blaTEM, blaCTX-M-gp9, blaCTX-M-gp2, blaCTX-M-gp1 in these microorganisms and presence of the pap, aer, sfa, hly, cnf1, cnf2 and afaI virulence genes by the PCR method. Identification of microorganisms and antibiotic susceptibility tests were investigated phenotypically by automated system and the presence of resistance and virulence genes by multiplex PCR. In the study 46.8% of the samples included were urine, 23.6% were wound, 13.6% were respiratory tract and 15.2% were blood culture samples. 54.2% of the isolates were isolated from Turkish patients and 45.7% were isolated from Syrian patients. 46.8% of the isolates were E. coli, 26.3% were K. pneumoniae, 3.15% were K. oxytoca, 16.3% were Acinetobacter baumannii, 5.7% were P. aeruginosa, 1.5% were Proteus mirabilis. Ampicillin resistance was found to be high in K. pneumoniae and E. coli isolates. All E. coli isolates were susceptible to colistin and tigecycline, while K. pneumoniae isolates had 2% colistin resistance. All K. oxytoca strains were found to be susceptible to ertapenem, meropenem, amikacin, ciprofloxacin, tigecycline and colistin. Acinetobacter baumannii strains were resistant to most antibiotics (piperacillin / tazobactam, ceftazidime, meropenem, ciprofloxacin and imipenem), but colistin resistance was not detected. Similarly, while colistin resistance was not detected in P. aeruginosa strains, gentamicin, amikacin and trimethoprim / sulfamethoxazole resistance were found to be high. BlaSHV was the most common in E. coli (75.4% (40/53)), while the presence of this gene in K. oxytoca was 33.3% in Turkish patients. While the blaSHV ratio in E. coli strains was 33.3% in Syrian isolates, this gene was not observed in K. oxytoca and Proteus mirabilis strains. The presence of blaOXA gene was 32.1% in E. coli strains isolated from Turkish patient isolates and 33.3% in E. coli strains isolated from Syrian patient isolates. Unlike Turkish patients, blaOXA ratio in P. aeruginosa and in Proteus mirabilis strains was 50% and 33.3%, respectively, in Syrian patients. In terms of the presence of virulence genes, these genes were found to be significantly different between these two groups of patients. Very high drug resistance profiles in gram negative microorganisms was determined. The detection of strains resistant to carbapenems and colistin is particularly alarming, rational antibiotic use to prevent increased antibiotic resistance and compliance with resistance profiles is very important in drug selection.

Key Words: Gram negative bacteria, resistance, antibiotic, gene, virulence