Farklı klinik prezentasyondaki SARS-COV-2 ile enfekte  hastaların moleküler, serolojik ve laboratuvar parametrelerinin değerlendirilmesi
Evaluation of molecular, serological and laboratory parameters of patients infected with SARS-COV-2 in different clinical presentations
Yazar: HALE AHSEN YARDİBİ DEMİR
Danışman: PROF. ALİ KUDRET ADİLOĞLU
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Hastalık şiddeti = Disease severity ; Mortalite = Mortality ; SARS virüsü = SARS virus ; Seroloji = Serology

Özet:
Amaç: Bu çalışma ile, farklı hastalık şiddetine sahip COVID-19 hastalarının immün cevabını anlayabilmek ve prognozun göstergesi olabilecek belirteçleri saptayabilmek için  hastaların serolojik ve laboratuvar bulgularının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Eylül 2020-Ocak 2021 tarihleri arasında hastanemiz servis ve yoğun bakımında takipli 91 COVID-19 hastası çalışmaya dahil edildi. Dahil edilen hastalardan semptom başlangıcından 14 gün sonra kan örneği alındı. Alınan örnekler santrifüj edilip çalışma gününe kadar -80 °C'de  saklandı. Tüm hasta örnekleri ticari anti-Spike IgG ELISA ve belirlenen 83 örnek anti-Spike IgM CMIA testi ile çalışıldı. Gruplar arasında eşit olarak seçilen IgG antikor testi pozitif 46 örnek, spike1, spike2 ve nükleokapsit antijenleri ile kaplı IgG konfirmasyon ELISA testi ile çalışıldı. Hastaların rutin olarak bakılan hematolojik ve biyokimyasal test sonuçları değerlendirildi. Elde edilen veriler servis ve yoğun bakım hasta grupları arasında, ayrıca ölen ve hayatta kalan hasta gruplarında değerlendirildi.
Bulgular: Yoğun bakım ve ölen hasta grubunun yaş ortalaması daha yüksek bulunurken (p<0.05), cinsiyete göre hastalık şiddeti veya mortalite oranında bir fark saptanmadı (p>0.05). En sık görülen başlangıç semptomu, hastarın %60,4'ünde olan  nefes darlığıydı. Ölen hasta grubunda nefes darlığı hayatta kalanlara göre daha fazla görülmekteydi (p<0.05). Semptom başlangıcından 14 gün sonra bakılan antikor testlerinde seropozitiflik oranları servis hastalarında IgM ve IgG için sırasıyla %97,6 ve %95,6, yoğun bakım hastalarında sırasıyla %95,2 ve %100 olarak bulundu. Ölen hastalarda bu oranlar IgM ve IgG için sırasıyla %93,8 ve %100, hayatta kalan hastalarda ise %98 ve %96,5 olarak saptandı. Gruplar arasında serokonversiyon oranları için anlamlı bir farklılık yoktu (p>0.05). Yapılan IgG ve konfirmasyon IgG ELISA testlerinin S/Co değerleri gruplarda karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmadı (p>0.05). Yoğun bakım hastalarında beyaz küre, nötrofil sayısı, nötrofil/lenfosit oranı, LDH, direkt bilirubin, total bilirubin, AST, üre, kreatin kinaz, PTsn, INR, CK-MB, D-dimer, troponin T, CRP, prokalsitonin ve ferritin değerleri servis hastalarına göre daha yüksek (p<0,05); hemoglobin, lenfosit sayısı, albumin ve total protein değerleri ise daha düşük olarak bulundu (p<0,05). Ölen hasta grubunda bu değerlere ek olarak kreatinin, APTTsn, NT pro-BNP ve IL-6 seviyeleri hayatta kalanlara göre daha yüksek (p<0,05), trombosit ve GFR değerleri ise daha düşük olarak bulundu (p<0,05).
Sonuç: SAR-CoV-2 enfeksiyonu ilerleyen yaşla beraber daha şiddetli seyretmekte ve hastalarda mortalite oranı artmaktadır. Başlangıç semptomlarında nefes darlığının olması ölüm riskini arttırmaktadır. Semptom başlangıcının 14. gününde bakılan serolojik test sonuçlarına göre serokonversiyon oranı ve antikor seviyelerinde gruplar arası anlamlı bir farklılık yoktur. 
Anahtar Kelimeler: SARS-CoV-2, COVID-19, 2019-nCoV, seroloji, hastalık şiddeti, mortalite

Abstract:
Background: In this study, we evaluated serological and laboratory findings of patients  to understand the immune response of COVID-19 patients with different severity diseases  and aimed to detect an indicator that may give an idea about  prognosis.
Material and Method: Ninety-one COVID-19 patients who admitted to our hospital needed for ward or intensive care unit treatments were included in this study. Blood samples were drawn after 14 days from the onset of symptoms.  The samples were centrifuged and stored at -80 °C until analysis. Antibodies against SARS-CoV-2 were studied with commercial anti-Spike IgG ELISA, and selected 83 samples were further studied with anti-Spike IgM CMIA test. Forty-six samples of which were selected equally from the patient groups were studied with confirmation kit; containing spike1, spike2, and nucleocapsid IgG antibodies. Some of the routine hematological and biochemical parameters of patients were also evaluated. The data which were obtained from analysis were compared between ward and intensive care patient groups. It was also compared between patients who died and survived.
Results: The average age of the intensive care and died patient group was higher when compared with ward group  (p<0.05), but disease severity or mortality rates did not differ according to gender (p>0.05) The most frequent symptom was shortness of breath which was recorded in 60,4 % of the patients. Shortness of breath was more frequent in died patient group when compared with survived group (p<0.05). Seropositivity rates were found 97,6% (IgM) and 95,6% (IgG) in ward group, and 95,2% (IgM) and 100% (IgG) in intensive care patients, which were analyzed after 14 days from the onset of symptoms. Seropositivity rates were found 93,8% (IgM) and  100% (IgG) for died patients, and 98% (IgM) and 96,5% (IgG) for survived. There wasn't any significant difference between groups for seroconversion rates (p>0.05). The S/Co values of IgG and IgG confirmation tests did not differ statistically between groups (p>0.05).
White blood counts, neutrophil numbers, neutrophil/lymphocyte ratio, LDH, direct bilirubin, total bilirubin, AST, urea, creatine kinase, PTsn, INR, CK-MB, D-dimer, troponin T, CRP, procalcitonin and ferritin values was higher in intensive care patients than wards (p<0.05). Contrarily, Hb, lymphocyte numbers, albumin and total protein values was lower in intensive care patients when compared with wards (p<0.05). In addition, APTTsn, NT pro-BNP and IL-6 levels was higher in died group compared with survived paitents. (p<0.05), while thrombocyte and GFR values were lower (p<0.05).
Conclusion: SARS-CoV-2 infection was more severe and mortality rates were higher in older ages. Detection of shortness of breath as first symptoms increased the risk of death. There wasn't any significant difference between groups in seroconversion rates and antibody levels after the 14th day of the onset of symptoms.
Keywords: SARS-CoV-2, COVID-19, 2019-nCoV, serology, disease severity, mortality