Glioblastoma olgularında PDL1, PDL2 ve JAK2 genlerinin ekspresyon paternlerinin ve genomik kopya sayısı değişikliklerinin değerlendirilmesi
Evolution of PDL1, PDL2 ve JAK2 genes expression patterns and genomic copy number changes in glioblastoma cases
Yazar: MERVE ÖZLÜ
Danışman: PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: FISH = FISH ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Glioblastoma = Glioblastoma ; JAK 2 = JAK 2 ; PD-L1 = PD-L1 ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Başlık: Glioblastoma olgularında PD-L1, PD-L2 ve JAK2 genlerinin ekspresyon paternlerinin ve genomik kopya sayısı değişikliklerinin değerlendirilmesi
Amaç: Glioblastoma en yaygın primer beyin tümörü olarak bilinmekte olup, yetişkinlerde insidansı ve nüks oranı yüksek olan bir kanser tipi olarak bilinmektedir. Tüm malign santral sinir sistemi (SSS) tümörlerinin %45'ini, tüm primer malign santral sistemi tümörlerinin %80'ini ve tüm malign gliomaların yaklaşık %54,4'ünü oluşturmaktadır. Fakat glioblastoma için  henüz etkili bir tedavi stratejisi olmadığı bilinmektedir. Programlanmış Ölüm Ligandı 1 (PD-L1,CD274)'in, glioblastoma, küçük hücreli dışı akciğer kanseri, melanoma, hematolojik maligniteler dahil olmak üzere birçok malign tümörde yaygın olarak bulunduğu ve yüksek ekspresyon gösterdiği belirtilmektedir. Programlanmış Ölüm Ligandı 2 (PD-L2,CD273)'nin ise gliolastoma, düşük dereceli gliomalar (LGG), akciğer, renal hücreli karsinomlarda da eksprese olduğu bilinmektedir. Janus Kinaz 2 (JAK2) geninin, birçok hücresel süreçte görev yaptığı bilinmektedir. Çalışmamızda diğer kanser tiplerinde oldukça önemli fonksiyonları olan PD-L1, PD-L2 ve JAK2 genlerinin glioblastomada genomik kopya sayısı değişiklikleri ile ekspresyon seviyeleri arasındaki ilişkinin ortaya konmasını amaçladık. 
Yöntem: 27 parafine gömülü glioblastoma doku örneği ile kontrol grubunu oluşturan 20 parafine gömülü düşük gradeli glial tümör (Grade 1, 2, 3) doku örneğinde PD-L1, PD-L2 ve JAK2 genomik kopya sayısı değişiklikleri FISH yöntemi, ilgili genlerin ekspresyon seviyeleri RT-PCR ile tespit edilip, iki yöntem arasındaki ilişki değerlendirilmiştir.
    Bulgular: Çalışma sonucunda, 47 olgunun 44'ü PD-L1, PD-L2 gen bölgeleri açısından en az bir aberasyon gösterirken, 25 olgu amplifikasyon açısından pozitif olarak saptanmıştır. JAK2 gen bölgesi 17 olguda yeniden düzenlenme pozitif olarak tespit edilmiştir. Glioma dereceleri ve PD-L2 gen ekspresyon seviyesi arasında anlamlı bir fark saptanmıştır. Ek olarak, grade 2 ve 3 olgularında PD-L2 gen amplifikasyonu ve ekspresyon düzeyi arasında ilişki saptanmıştır.
    Sonuç: Glioblastomadan bağımsız olarak PD-L2  gen amplifikasyon ve ekspresyon seviyelerine grade 2 ve 3 glial tümörlerde bakılması teşhis ve tedavi açısından etkili  olabileceğini düşündürmektedir.

Abstract:
Title: Evaluation of expression patterns and genomic copy number changes of PD-L1, PD-L2 and JAK2 genes in glioblastoma cases
Aim: Glioblastoma is known as the most common primary brain tumor and is known as a cancer type with a high incidence and recurrence rate in adults. It constitutes 45% of all malignant central nervous system (CNS) tumors, 80% of all primary malignant central system tumors and approximately 54.4% of all malignant gliomas. However, it is known that there is no effective treatment strategy for glioblastoma yet. It has been reported that Programmed Death Ligand 1 (PD-L1,CD274) is widely found and highly expressed in many malignant tumors, including glioblastoma, non-small cell lung cancer, melanoma, and hematological malignancies. Programmed Death Ligand 2 (PD-L2,CD273) is known to be expressed in gliolastoma, low-grade gliomas (LGG), lung, and renal cells. The Janus Kinase 2 (JAK2) gene is known to be involved in many cellular processes. In our study, we aimed to investigate the relationship between genomic copy number changes and expression levels of PD-L1, PD-L2 and JAK2 genes, which have very important functions in other cancer types, and to reveal their relationship with clinical data of the cases.
Method: PD-L1, PD-L2 and JAK2 genomic copy number changes in 27 paraffin-embedded glioblastoma tissue samples and 20 paraffin-embedded low-grade glial tumor (Grade 1, 2, 3) tissue samples in the control group FISH method, expression levels of related genes with RT -PCR was determined and the relationship between the two methods was evaluated.
Results: As a result of the study, 44 of 47 cases showed at least one aberration in terms of PD-L1, PD-L2 gene regions, while 25 cases were positive for amplification. Rearrangement was positive in 17 cases for the JAK2 gene region. A significant difference was found between glioma grades and PD-L2 gene expression level. In addition, a correlation was found between PD-L2 gene amplification and expression level in grade 2 and 3 cases.
         
Conclusion: As glioblastoma predicts predictability and predictability in PD-L2 gene amplification and expression levels in 2 and 3 class 2 and 3 insights.