Balık kökenli mezofil Aeromonas ve Enterobacteriaceae izolatlarının tür düzeyleri ve genişlemiş spektrumlu beta laktamaz ve kolistin direnç profillerinin belirlenmesi
Determination of the species levels and expanded spectrum beta-lactamase and colistin resistance profiles of cultured fish origin mesophyle Aeromonas and Enterobacteriaceae isolats
Yazar: ONUR ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. BELGİN SIRIKEN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Su Ürünleri Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Su Ürünleri = Aquatic Products ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Aeromonas = Aeromonas ; Antibiyotik dirençliliği =   ; Balıklar = Fishes ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Kolistin = Colistin

Özet:
Çalışmada, kültür balıklarında Aeromonas ve Enterobacteriaceae'lerin tür 
düzeyleri ile antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu kapsamda 
toplam 100 Aeromonas ve Enterobacteriaceae izolatları 37 kültür balıklarından  
[levrek (n=14), çipura (n=14) ve gökkuşağı alabalık (n=9)] klasik kültür tekniği ile 
izole edildi ve MALDI- TOF MS sistemi ile tür düzeyleri belirlendi. Antibiyogramları 
CLSI guidelines (2021) ve EUROCAST (2023)'e göre yapıldı. İzolatlarda ayrıca 
Genişlemiş spektrumlu beta- laktamaz (GSBL) aktiviteleri çift disk sinerji testi ve 
blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M ile kolistin direnç genleri (mcr-1, mcr-2, mcr-3, mcr-4 ve 
mcr-5) PZR ile belirlendi. İzole edilen 100 izolattan 8 tür Aeromonas [n=79; A. 
molluscorum (n=1), A.caviae (n=1), A.hydrophila (n=4), A. media (n=6), A.veronii 
(n=7), A. salmonicida (n=7), A. bestriarum (n=24) ve A. eucrenophila (n=25), 4 
Aeromonas spp.] ve 11 tür Enterobacteriaceae [n=21; Providencia rustigianii (n=1), 
Lelliottia amnigena (n=1), Serratia (S.) liquefaciens (n=1), S. fronticola (n=1), 
Escherichia coli (n=1), Buttiauxella gaviniae (n=1), Morgonella morganii (n=1), 
Citrobacter (C.) brakii (n=1), C. gillenii (n=4), Moellerella wisconsensis (n=2) ve 
Hafnia alvei (n=7) ] identifiye edildi. İzolatlar  pensilin [AMP (%75), AMC (%16) ve 
SAM (%75)]; sefolosporin [FEF (%3), CTX (%2), CRO (%6), CAZ (%4) ve CFX 
(%13)]; karbapenem (IMP (%11), ETP (%10), MEM (%3)]; monobaktam (ATM 
(%5)]; florokinolon [CIP (%7), LEV (%10)]; aminoglokozit [CN (%11) ve TOB 
(%56)], tetrasiklin [TE (%18)], glisilsiklin [TGC (%10)]; kinolon (NAL (%23)]; 
amfenikol [(C (%6)]; fofomisin [FF (%4)]; sülfonomid [(SXT (%5)] grubu 
antibiyotiklere karşı dirençli idi. Çoklu antibiyotik direnç gösteren izolat sayısı 46 
(%46,n=100) idi. Bu izolatlardan 12'si  Enterobacteriaceae familyasına [7 H. alvei, 2 
C. gillenii, 1 C. brakii, 1 Buttiauxella gaviniae, 1 Morgonella morganii]  dahil iken, 
34 izolat ise Aeromonas türlerine (10 A. eucronophila, 9 A. bestriarum, 5 A. veronii, 4 
A. salmonocida, 1 A. media, 1 A. molluscorum, 1 A. hydrophila, 3 Aeromonas spp.) ait 
idi. Üç GSBL geninden en az biri 60 (%60) izolatta belirlendi. En yaygın GSBL geni 
blaTEM (%55) iken bu geni blaSHV (%11) izledi. blaCTX-M ise sadece %6 idi. En az iki 
geni birlikte içeren izolat sayısı ise %11 idi.  Her üç genden en az birini ihtiva eden 
Aeromonas izolat sayısı 46 (%58,23, n=79) iken en yaygın gen blaTEM (n=42), 
Enterobacteriaceae izolatlarında (n=19) bu üç genden en az birini ihtiva eden izolat 
sayısı 15 (%71,43, n=21) idi. Kolistin direnç genleri hiçbir izolatta saptanamadı. 
Sanger dizi analizi ile tür tayininde yetersiz kaldığı sonucuna varıldı.

Abstract:
The aim of the study was to determine the species levels and antibiotic resistance 
profiles of Aeromonas and Enterobacteriaceae in cultured fish. In this context, a total 
of 100 Aeromonas and Enterobacteriaceae isolates were isolated from 37 cultured fish 
[sea bass (n=14), sea bream (n=14) and rainbow trout (n=9)] by classical culture 
technique and their species levels were determined by MALDI-TOF MS. 
Antibiograms were performed according to CLSI guidelines and EUROCAST. 
Extended spectrum beta-lactamase (ESBL) activities were determined by double disc 
synergy test and blaTEM, blaSHV and blaCTX-M and colistin resistance genes (mcr-1, mcr
2, mcr-3, mcr-4 and mcr-5) were determined by PCR. In addition, sequence test 
applied. As a results,  isolates, 8 Aeromonas species [n=79; A. molluscorum (n=1), A. 
caviae (n=1), A. hydrophila (n=4), A. media (n=6), A. veronii (n=7), A. salmonicida 
(n=7), A. bestriarum (n=24), A. eucrenophila (n=25), 4 Aeromonas spp.] and 11 
Enterobacteriaceae species [n=21; Providencia rustigianii (n=1), Lelliottia amnigena 
(n=1), Serratia (S. ) liquefaciens (n=1), S. fronticola (n=1), Escherichia coli (n=1), 
Buttiauxella gaviniae (n=1), Morgonella morganii (n=1), Citrobacter (C.) brakii 
(n=1), C. gillenii (n=4), Moellerella wisconsensis (n=2), Hafnia alvei (n=7) ] were 
identified. The isolates were treated with pencillin [AMP (75%), AMC (16%) and 
SAM (75%)]; cefolosporin [FEF (3%), CTX (2%), CRO (6%), CAZ (4%) and CFX 
(13%)]; carbapenem (IMP (11%), ETP (10%), MEM (3%)]; monobactam (ATM 
(5%)]; fluoroquinolone [CIP (7%), LEV (10%)]; aminoglycoside [CN (11%) and TOB 
(56%)], tetracycline [TE (18%)], glycylcycline [TGC (10%)]; quinolone [NAL 
(23%)]; amphenicol [(C (6%)]; fofomycin [FF (4%)]; sulphonomide [(SXT (5%)] 
group antibiotics. The MDR isolates was 46 (46%). While 12 isolates belonged to 
Enterobacteriaceae family [7 H. alvei, 2 C. gillenii, 1 C. brakii, 1 Buttiauxella 
gaviniae, 1 Morgonella morganii], 34 isolates belonged to Aeromonas species (10 A. 
eucronophila, 9 A. bestriarum, 5 A. veronii, 4 A. salmonocida, 1 A. media, 1 A. 
molluscorum, 1 A. hydrophila, 3 Aeromonas spp.). At leat one ESBL genes was 
identified in 60 (60%) isolates. The most common ESBL gene was blaTEM (55%), 
followed by blaSHV (11%). blaCTX-M was only 6%. The number of isolates containing 
at least two genes together was 11%. The number of Aeromonas isolates containing at 
least one of the three genes was 46 (58.23%, n=79), the most common gene was blaTEM 
(n=42), and the number of Enterobacteriaceae isolates (n=19) containing at least one 
of the three genes was 15 (71.43%, n=21). Colistin resistance genes were not detected.  
Sanger sequence analysis was insufficient for species determination.