Anaplastik beyin tümörlerinin tanı ve prognozunda tümör süpressör genlerin ve onkogenlerin önemi
The emphasis of the tumor suppressor genes and oncogenes in diagnosis and prognosis of anaplastic brain tumors
Yazar: ÇIĞIR BİRAY AVCI
Danışman: DOÇ. DR. CUMHUR GÜNDÜZ
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Beyin neoplazmları = Brain neoplasms ; Glioma = Glioma

Özet:
Anaplastik Beyin Tümörlerinin Tanı ve Prognozunda Tümör Süpressör Genlerin ve Onkogenlerin ÖnemiBeyin tümörü tanısı almış olgularda; beyin tümörü fenotipine neden olan tümör süpresör ve onkogen profillerinin saptanması, ilgili genlerin genetik ve epigenetik değişimlerin kantitasyonuyla kanserin prognozu arasındaki korelasyonun belirlenmesi ve kesin tanı almamış olgularda tanıya moleküler bir yaklaşım getirilmesi amaçlanmıştır.Bu amaçla, Nöroşirurji Anabilim dalında anaplastik beyin tümörü tanısı almış ve cerrahi girişim kararı verilmiş olguların rezeke edilmiş tümör dokusundan eksplant hücre kültürü yapılmıştır. Kültürde çoğalan kanser hücrelerinden DNA ve total RNA izolasyonları yapılmıştır. Tümör süpresör genlerin (p53, RB1, PTEN, MGMT, RUNX3, DMBT1, PIKE) ve onkogenlerin (EGFR, PIK3CA, MDM2, Olig2, GSTT1, COX?2 ve hTERT) ekspresyon analizleri RT-PCR ile ilgili prob ve primerler kullanılarak GAPDH geninin ekspresyonuna oranlanarak belirlenmiştir. DMBT1 hariç tümör süpresör genlerin promotör bölgenin metilasyonu, metilasyona spesifik primerler ve problar kullanılarak Q-PCR ile metile ve metile olmayan kopya sayıları belirlenip ve birbirlerine oranlanarak kantitasyonu gerçekleştirilmiştir. Tümör süpresör ve onkogenlerdeki kayıp ve kazanımlar için Q-PCR ile gen kopya sayıları elde edilerek, ortalama gen kopya sayısına oranlanarak kantitasyonları gerçekleştirilmiştir.Onkogenlerden; EGFR ve hTERT gen ekspresyonlarında olgu tümör gruplarında anlamlı fark saptanmıştır. hTERT gen ekspresyonu tümör dereceleri ile anlamlı fark göstermiştir. Tümör süpresör genlerden DMBT1 ekspresyonu tümör dereceleri ile anlamlı fark göstermiştir. Tümör süpresör gen kopya sayı aberasyonunda glioma grubunda belirgin bir azalma bulunmuştur. GSTT1 geninin, gen kopya sayısı ile gen ekspresyonu anlamlı korelasyonunda göstermiştir. RB1 ve MGMT promotör metilasyonu tümör olgu gruplarında anlamlı farklılık sergilemiştir. Onkogenlerden PIK3CA, EGFR ve COX-2' in aşırı ekspresyonu ve tümör süpresörlerden PTEN, RB1 ve RUNX3' ün gen kopya sayılarındaki kayıplar kısa sağ kalımla ilişkili bulunmuştur.Bu çalışma TÜBİTAK tarafından 107S364 nolu proje kapsamında desteklenmiştir.

Abstract:
The Emphasis of the Tumor Suppressor Genes and Oncogenes in Diagnosis and Prognosis of Anaplastic Brain TumorsThe aim of the study is to the determine the profiles of tumor suppressor genes and oncogenes which cause brain tumor, establishing the association between the prognosis of cancer and the quantitation of genetic and epigenetic changes, and bringing a molecular approach to definite diagnosis.For this purpose, explant cell cultures are performed from the reseked anaplastic brain tumor tissues of the cases who have been diagnosed as anaplastic brain tumor and taken the decision of surgical operation in the Neurosurgery Department. DNA and total RNA isolations were performed from the cultured cells.The expression analysis of the tumor suppressor genes (p53, RB1, PTEN, MGMT, RUNX3, DMBT1, PIKE) and oncogenes (EGFR, PIK3CA, MDM2, Olig2, GSTT1, COX?2 ve hTERT) were determined by comparing the expression of GAPDH housekeeping gene using the probe and primers associated with the realtime online RT-PCR. Except DMBT1, the promotor regions of all the tumor supressor genes? hypermethylation and also methylated and unmethylated copy numbers were determined with Q-PCR by using methylation spesific primer and probes and the quantitation was carried out by comparing with each other.A significant difference was determined among the oncogenes; EGFR and hTERT gene expression in patient tumor group. hTERT gene expression showed a significant with tumor grades. DMBT1 expression showed a significant difference with tumor grades. A prominent decrease was found in the aberation of tumor suppressor gene copy number in the glioma group.Gene copy number and gne expression of GSTT1 gene showed a significant corelation. RB1 and MGMT promotor methilation showed a significant difference in tumor patient group. Over expression of PIK3CA, EGFR ve COX-2 among oncogenes and loss of copy number of PTEN, RB1 and RUNX3 among tumor suppressor genes found associated with short survival.This study is supported by TUBITAK within the scope of the project numbered 107S364.