Binoküler doğruluk ölçütleri için bir R paketi: Binocular
An R package for binocular accuracy measures: Binocular
Yazar: AFRA ALKAN
Danışman: DOÇ. DR. SERDAL KENAN KÖSE
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyoistatistik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyoistatistik = Biostatistics
Dizin: Biyoistatistik = Bioistatistics ; Görme-binoküler = Vision-binocular ; Göz hastalıkları = Eye diseases ; Teşhis testleri = Diagnostic tests ; İstatistiksel teknikler = Statistical techniques

Özet:
Sağlık hizmetlerinin etkin bir şekilde sağlanması, uygun tedavinin doğru zamanda ve uygun bir şekilde sunulması, toplumda koruyucu sağlık hizmetlerinin yerine getirilmesi ile hastalık etkenlerinin ve etiyolojisinin belirlenmesi için tanının doğru konulması gerekmektedir. Gelişen teknolojiyle beraber tanı koymaya yardımcı olan testlerin uygulama, kalite ve maliyet açısından çeşitlilik göstermesi, bu testlerin tanı koymadaki doğruluklarının araştırılmasını daha da önemli kılmıştır. Tanı doğruluğu çalışmalarında bir testin incelenen duruma sahip olan bireylerle olmayanları ayırma yeteneği incelenir. Göz hastalıkları alanında yapılan tanı doğruluğu çalışmaları bireylerin sağ ve sol gözlerine ait verileri içermektedir. Klinik uygulamada en az bir gözünde pozitif test sonucu olan bireyler hasta olarak, her iki gözünde de negatif test sonucu bireyler sağlıklı olarak sınıflanır. Bu anlamda klinikte yaklaşımı yansıtan ve gözler arası korelasyonu da dikkate alan yeni ölçütler, binoküler doğruluk ölçütleri tanımlanmıştır. Binoküler doğruluk ölçütlerinden binoküler duyarlılık, en az bir gözü hasta olan bireylerde en az bir doğru pozitif test sonucu olasılığı; binoküler seçicilik, her iki gözü sağlıklı olan bireylerde iki doğru negatif test sonucu olasılığı olarak belirtilmiştir. Binoküler kestirim değerleri benzer mantıkla ifade edilir. Literatürde binoküler doğruluk ölçütlerini kolayca elde etmeyi sağlayan herhangi bir yazılım, paket program veya istatistiksel paket bulunmamaktadır. Dolayısıyla, bu çalışmanın amacı genişletilmiş ortak korelasyon modeli (GOKM) altında binoküler doğruluk ölçütlerini kısa sürede ve kolayca elde etmeyi sağlayan binocular isimli bir R paket geliştirmektir. Bu pakette veri düzenlemeyi sağlayan, GOKM'nin parametrelerini kestiren, GOKM'nin genel korelasyon parametresi için tanımlanan koşulun sağlanıp sağlanmadığını inceleyen, eş gözlerin değişebilirliğini test eden, binoküler ve marjinal doğruluk ölçütlerini hesaplayan beş fonksiyon ile literatürde yer alan üç örnek veri setine yer verilmiştir. Literatürdeki tüm veri setleriyle yapılan uygulamalarda, literatürde verilen sonuçlardan genel olarak 0,001 düzeyinde farklı kestirimler elde edilmiştir. GOKM parametrelerini ve binoküler doğruluk ölçütlerini hesaplayan fonksiyonların 1 saniyeden de kısa sürede sonuç verdiği gösterilmiştir. Bu çalışmayla, binoküler doğruluk ölçütlerinin kestirimlerini GOKM'nin gerektirdiği türev işlemlerini yapmadan kolayca ve oldukça kısa sürede hesaplayan binocular R paketi oluşturulmuştur.

Abstract:
It is essential to establish a true diagnosis to provide effective health care, treat the patients properly on time, implement preventive health care services in society and determine the disease factors and etiology. Developments in technology have resulted in several diagnostic tests that vary in the terms of application, quality, and cost, consequently it has made investigating the diagnostic accuracy of these tests important. Diagnostic accuracy studies examine the test's ability to distinguish between patients with and without the condition of interest. Diagnostics accuracy studies conducted in ophthalmology include the data of fellow eyes of the individuals. In clinical practice, cases with at least one positive test result are classified as patients, while cases with two negative test results are classified as healthy. In this sense, binocular accuracy measures have been introduced, which reflect this clinical approach and consider the correlation between fellow eyes. Binocular sensitivity is defined as the probability of at least one correct positive test result in the patients with at least one diseased eye, while binocular specificity is the probability of two correct negative test results in patients whose both eyes are healthy. Binocular predictive values can be defined in a similar way. There is no software, package program, or statistical package that enables to obtain binocular accuracy measures easily. Therefore, the aim of this study is to develop an R package of binocular, that calculates effortlessly and simply the binocular diagnostic accuracy measures under the extended common correlation model (ECCM). The package includes the five functions that were composed to prepare data, estimate the parameters of ECCM, check whether common correlation parameter of ECCM satisfies the defined condition, test the exchangeability of fellow eyes, calculate binocular and marginal diagnostic accuracy measures, and three data sets obtained from literature as an example. Estimates obtained for all data sets were generally found to be different in 3 decimal points than those given in the literature. The functions that calculate the parameters of ECCM and binocular accuracy measures returned the results in less than a second. As a result, the binocular R package has been built, which enables one to get the estimates of binocular accuracy measures simply and in a very short time without any derivation.