Akut lenfoblastik lösemi hücre hatlarında wnt sinyal yolağı yeni nesil RNA dizileme analizleri
RNA sequencing analysis of wnt signaling pathway on acute lymphoblastic leukemia cell lines
Yazar: EDA GÜNGÖRÜRLER
Danışman: PROF. DR. MÜGE SAYİTOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Dizi analizi-RNA = Sequence analysis-RNA ; Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma = Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma ; Sinyal nakli = Signal transduction

Özet:
Akut lenfoblastik lösemi, B ve T lenfosit gelişiminin erken safhasında meydana gelen somatik genetik değişiklikler ve gen anlatımlarının deregüle olması ile ortaya çıkan ve lenfositlerin aşırı artışı ile sonuçlanan bir lösemi tipidir. T-ALL hastaları için prognostik öneme sahip ve hastalığın takibinde kullanılabilecek güvenilir bir genetik belirteç bulunmamakla birlikte, doğrudan tedavi protokolünü ve tedavide yararlanılacak yeni hedef proteinleri belirlemede esas olacak moleküler alt yapı ve sınıflandırma da bilinmemektedir. 
Bu çalışma ile yeni nesil transkriptom (RNA) dizileme ile LiCL kullanılarak WNT yolağı aktive edilmiş Jurkat ve Molt4 hücre hatlarının dizilenmesi ve kötü prognoza sebep olduğu daha önceki çalışmalarımızla gösterilen WNT yolağının hedef genlerinin  anlatım analizlerini gerçekleştirilmiştir. Böylece, LiCl muamelesi ile WNT yolağı aktive olmuş ALL hücre hatları, seçtiğimiz uygun kontroller ve açık veritabanlarından elde ettiğimiz T-ALL hasta örnekleri ile (GSE49601) karşılaştırılıp kötü prognozda olası rolü olan genler araştırılmıştır. 
Analizlerimiz sonucunda, WNT yolağında görevli genlerin anlatım düzeylerindeki değişimler ve bu genler içinde kritik önemi bulunun LEF1'in alternatif kırpılma varyantlarından onkogenik özellikte olan ürününün uyarılmış hücre hatlarında ve hastalarda anlatımın arttığı gösterilmiştir. Ayrıca anlamlı olarak anlatımının değiştiğini gösterdiğimiz mir-1296-5p miRNA'sının hastalık modelimiz için tümör baskılayıcı terapötik olabileceğini düşünmekteyiz. 
Elde ettiğimiz moleküler bulgulara ek olarak, çalışmadaki amaçlarımızdan biri de iş akışı ve yorumlaması zor olan transkriptom datasının analiz algoritmasını oturtulması hedeflenmiş ve literatürde tanımlanmış verilerin konfirmasyonuyla uygulanan analiz algoritmasının doğruluğunu gösterilmiştir.

Abstract:
WNT signaling takes part in the development of T and B cells that derive from hematopoietic stem cells. T-ALL is one of the most aggressive and treatment resistant form of leukemia. Our group previously detected abnormal activation of WNT signaling in acute leukemia patients. There is no reliable genetic modification for T-ALL patients with prognostic screening and follow-up of the disease. The molecular basis and classification to determine the direct treatment protocol and the new target proteins to be used in treatment are also unknown.
In our work, we selected two different T-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia (T-ALL) cell lines, Jurkat and Molt4, that shows different stages of disease. We stimulate WNT pathway with LiCl of these cell lines, we have selected suitable control samples and we have acquired patient samples from open sources database (GSE49601). In this group, we aimed to investigate genes that play a role in poor prognosis. Expression of alternative splicing variant of LEF1 which have oncogenic property, increased in patients and stimulated cell lines. Additionally, we believe that mir-1296-5p, which we have shown to be significantly altered in expression, may be tumor suppressor therapeutic for our disease model.
Over and above to these molecular findings that we have achieved, one of our goals in this study was to develope an algorithm of transcriptomic data, which is difficult to work with and to interpret, and showed the correctness of our algorithm by confirming the data described in the literature.