Kraniosinositozlu hastalara moleküler genetik yaklaşım ve nonsendromik vakalarda array CGH ile tüm genom analizi
Molecular genetic approach to craniosynostosis patients and whole genome array CHG analysis of nonsyndromic cases
Yazar: ALPER GEZDİRİCİ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ÖZEN
İstanbul Üniversitesi / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Genetik = Genetics ; Genom = Genome ; Kraniyosinostozlar = Craniosynostoses ; Malformasyonlar = Abnormalities ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Mutasyon = Mutation

Özet:
Kraniosinositoz; kafatası üzerindeki bir veya daha fazla sütürün erken füzyonuyla karakterize bir kraniofasyal malformasyondur. Dünya genelinde canlı doğumların yaklaşık olarak 1/2000-2500'ü kraniosinositozdan etkilenir. Sütürlerin erken kapanması, şekil açısından bozukluk ortaya koyabildiği gibi, beyin gelişimini de doğrudan etkileyebildiği için, hastalığın erken ve doğru tanısı çok önemlidir. Kraniosinositoz tüm ırksal gruplarda görülür ve tüm vakaların %85'inden fazlası non-sendromiktir. Bugüne kadar TWIST, EFNB1, FGFR1, FGFR2 ve FGFR3 genlerindeki mutasyonların kraniosinositozda rol oynadıkları gösterilmişken, %85 non-sendromik vakalardaki genetik etkenler ise hala daha tam olarak çözüme kavuşturulabilmiş değildir.
Bu çalışmanın amacı, kraniosinositoz vakalarına genetik yaklaşım ve yüksek çözünürlüklü aCGH yöntemi kullanılarak nonsendromik kraniosinositoz izole vakalarda yeni gen ve gen bölgeleri tespit edebilmektir. 
Çalışmamıza dahil olan 10 hastadan 2'si kraniosinositoz sendromlarından sırasıyla Craniofrontonasal sendrom ve Apert sendromu tanısı aldı. Bu hastalarımıza sendromlarla ilgili olarak sırasıyla EFNB1 ve FGFR2 gen dizi analizleri Sanger sekans yöntemi ile uygulandı. Bu hastalardan ilkinde EFNB1 geninde literatürde daha önceden tanımlanmamış bir mutasyon (c.402 T>C) tespit edildi. Diğer hastamızda ise FGFR2 geninde sık görülen c.755 C>G mutasyonu tespit edildi. Geriye kalan 8 nonsendromik vakada ise 60 mer, toplamda 411.056 prob içeren, çözünürlüğü 5.3 KB olan "SurePrint G3 Human CGH Microarray Kit, 2x400K (Agilent Technologies)" çipi kullanılarak aCGH uygulandı ve çeşitli bölgelerde delesyon ve duplikasyonlar tespit edildi. Elde edilen verilerin, kraniosinositoza yol açan yolakları aydınlatabilmek adına ön bilgiler sağlayarak kraniosinositozla ilgili yapılacak olan gelecekteki çalışmalara katkı yapacağı öngörüldü.

Abstract:
Craniosynostosis is a craniofacial malformation in which one or more sutures of the cranial vault are fused prematurely. It is estimated that craniosynostosis affects 1 in 2,000 to 2,500 live births worldwide. Early and accurate diagnosis of craniosynostosis is very important since premature suture closure causes to not only a deformity of skull but also can directly affect the development of brain. Craniosynostosis occurs in all racial groups and more than 85% of all cases are non-syndromic. Until now, mutations in TWIST, EFNB1, FGFR1, FGFR2 and FGFR3 are shown to play role in craniosynostosis, whereas genetics factors of 85% non-syndromic cases haven't been fully identified yet.
The aim of this study is to identify novel genes and gene regions for non-syndromic craniosynostosis cases through utilizing a genetic approach to craniosynostosis cases and high resolution aCGH teqnique.
Out of 10 patients included in the study, 2 patients were diagnosed with Craniosynostosis syndrome and Apert syndrome. For these patients, molecular analysis of EFNB1 and FGFR2 gene were carried out using Sanger sequencing. Patient diagnosed with Craniosynostosis syndrome has been shown to carry a novel mutation (c.402T>C). Our other patient has been demonstrated to have one of the most common mutations of FGFR2; c.755 C>G. For remaining 8 non-syndromic cases, `SurePrint G3 Human CGH Microarray Kit, 2x400K (Agilent Technologies)` microarray chips, which are made up of 60 mer-long 411.056 probes with 5.3KB resolution, were used to perform aCGH analysis and various deletions and duplications were detected. Results of this study are estimated to provide preliminary information about pathways playing role in the pathogenesis of craniosynostosis, whıch contribiute to the further studies in the field.