Tiroid kanseri patogenezinde insan LINE-1 retrotranspozonlarının mutajenik rollerinin araştırılması
Investigation of mutagenic roles of human LINE-1 retrotransposons in the pathogenesis of thyroid cancer
Yazar: ÇAĞRI GÜMÜŞKAPTAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÜMMET ABUR
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Parafine gömme-doku kesitleri = Paraffin embedding ; Retrotranspozon = Retrotransposon ; Tiroid hastalıkları = Thyroid diseases ; Tiroid neoplazmları = Thyroid neoplasms

Özet:
Tiroid kanseri dünya çapında en yaygın endokrin malignite olup yeni görülen tüm kanser vakaları arasında 9. sırada yer almaktadır. Son 30 yılda papiller tiroid karsinomu insidansında önemli bir artış görülmektedir. TC-PTK (Tall Cell alt tip Papiller Tiroid Karsinomu)'nda gözlemlenen insidans artışı ise klasik PTK (K-PTK)'den daha yüksektir. Bu nedenle, K-PTK ve TC-PTK genomlarını etkileyen hücre içi mutajenik faktörlerin açığa çıkarılması önem arz etmektedir. Literatürde, insana özgü LINE-1 (L1HS) retrotranspozonlarının birçok farklı kanser tipinin patogenezinde rol oynadığı bildirilmiş; ancak tiroid kanseri patogenezindeki rolü henüz tartışılmamıştır.
Histopatolojik olarak sınıflandırılmış klasik ve TC-PTK hastalarına ait tümör ve kontrol FFPE (Formalinle Fikse edilmiş Parafine Gömülmüş) doku örneklerinden izole edilen DNA'larda, en genç / aktif L1 retrotrotranspozonları olan L1HS alt ailesinin insersiyon profilleri, TE-NGS (Transpoze olabilen Element Yeni Nesil Dizileme) yöntemi kullanılarak karşılaştırılmıştır. K-PTK ve TC-PTK örneklerinin hem tümör hem de kontrol dokularında tespit edilen L1HS insersiyonlarının sıklıkla intronik bölgelerde lokalize olduğu görülmüştür. K-PTK ve TC-PTK gruplarında, kanserlerde yanlış uç birleştirme mutasyonları raporlanmış birçok gende L1HS insersiyonları tespit edilmiştir. Tümör doku örneklerinde saptanan L1HS'lerin kanser-ilişkili sinyal yolaklarındaki dağılımları, her iki grupta da benzer bulunmuştur. Bununla birlikte L1HS'lerin K-PTK kontrol dokularında RTK-RAS sinyal yolağı proto-onkogenlerinde birikim gösterdiği, TC-PTK'de ise Hippo sinyal yolağının tümör baskılayıcı genlerinde zenginleştiği saptanmıştır. Doku tipinden bağımsız olarak gruplarda aynı sinyal yolaklarının proto-onkogenlerinde görülen L1HS insersiyonlarının K-PTK grubunda sıklıkla intronik bölgelerde, TC-PTK grubunda ise sonucunda hedef proto-onkogenlerin upregülasyonuna neden olabilecek 5'Komşu gen bölgelerinde lokalize olduğu görülmüştür.   
Sonuçlar, L1HS retrotranspozonlarının klasik ve tall cell alt tip PTK'nin hem kontrol hem de tümör dokusu genomlarında aktif olduğunu ve neoplastik transformasyon için gerekli arka plan genetik kararsızlığına katkı sağladığını göstermektedir. Ayrıca, K-PTK ve TC-PTK gruplarının sahip olduğu farklı L1HS insersiyon profillerinin özgün histopatolojik ve klinik sonuçların oluşmasında rol oynayabilecek nitelikte olduğu görülmektedir. Buradaki bulgular, L1HS retrotranspozonlarının tiroid kanserinde potansiyel bir terapötik hedef olarak önemini ortaya koymaktadır.

Abstract:
Thyroid cancer is the most common endocrine malignancy worldwide and ranks 9th among all new cancer cases. There has been a significant increase in the incidence of papillary thyroid carcinoma in the last 30 years. The incidence increase observed in TC-PTC (Tall Cell subtype Papillary Thyroid Carcinoma) is higher than in classical PTC (C-PTC). Therefore, identifying intracellular mutagenic factors affecting C-PTC and TC-PTC genomes is essential. It has been reported in the literature that human-specific LINE-1 (L1HS) retrotransposons play a role in the pathogenesis of many different cancer types; however, its role in the pathogenesis of thyroid cancer has not yet been discussed.
Insertion profiles of the L1HS subfamily, the youngest / most active L1 retrotransposons, in DNAs isolated from tumour and control FFPE (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded) tissue samples of histopathologically classified classical and TC-PTC patients were compared using TE-NGS (Transposable Element Next Generation Sequencing) method. L1HS insertions detected in both tumour and control tissues of C-PTC and TC-PTC samples were frequently localised in intronic regions. In the C-PTC and TC-PTC groups, L1HS insertions were found in many genes with mis-splicing mutations reported in cancers. The distribution of L1HS insertions in cancer-associated signalling pathways was found to be similar in both C-PTC and TC-PTC tumour tissue samples. Nevertheless, it was determined that L1HSs accumulated in the RTK-RAS signalling pathway proto-oncogenes in C-PTC control tissues, while in the TC-PTC, they were enriched in tumour suppressor genes of the Hippo signalling pathway. Regardless of tissue type, L1HS insertions seen in proto-oncogenes of the common signalling pathways in the groups were frequently localised within the intronic regions in the C-PTC group, and in the TC-PTC group, they mainly were at 5' flank regions, which could result in upregulation of the target proto-oncogenes.
The results suggest that L1HS retrotransposons are active in both control and tumour tissue genomes of classical and tall cell subtype PTC and contribute to the background genetic instability required for neoplastic transformation. In addition, it is observed that the different L1HS insertion profiles of the C-PTC and TC-PTC groups may play a role in forming of unique histopathological and clinical results. The findings here reveal the importance of L1HS retrotransposons as a potential therapeutic target in thyroid cancer.