CACO2 kolon kanseri hücrelerinde ultra performanslı sıvı kromatografisi-kütle spektroskopisi bazlı proteomik çalışmalar
Ultra performance liquid chromatography-mass spectroscopy based proteomics studies on CACO2 colon cancer cells
Yazar: ENGİN KOÇAK
Danışman: PROF. DR. SACİDE ALTINÖZ
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Analitik Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology ; Kimya = Chemistry
Dizin: Hemostatikler = Hemostatics ; Kolon neoplazmları = Colonic neoplasms ; Kromatografi-yüksek basınçlı-sıvı = Chromatography-high pressure-liquid ; Manyetik rezonans spektroskopi = Magnetic resonance spectroscopy ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Proteomikler = Proteomics

Özet:
Kanser günümüz dünyasında teşhis ve tedavisi en zor hastalıkların başında gelmektedir. Yeni geliştirilen omik teknolojilerinden proteomik çalışmalar  özellikle kanser üzerine yapılan genomik çalışmaları tamamlamakta ve kanseri protein seviyesinde inceleyerek kanser oluşum mekanizmalarının aydınlatılmasında, hastalığın teşhis ve tedavisinde klinik çalışmalara destek vermektedir. Bugün dünyada sıvı kromatografisi bazlı proteomik çalışmalar nano sıvı kromatografisi ile yapılmaktadır. Nano sıvı kromatografisi yüksek duyarlılık sağlamasına karşın kontrol edilmesi oldukça güç sistemlerdir. Bu tez çalışması temel olarak iki kısımdan oluşmaktadır; birinci kısımda nano sıvı kromatografisinin gösterdiği dezavantajları ortadan kaldırarak daha güvenilir sonuçlar verebilen standart protein sığır serum albumin kullanılarak ultrabasınçlı sıvı kromatografik yöntem geliştirilmesi ve valide edilmesi planlanmıştır. Geliştirilen ve valide edilen bu yöntem kullanılarak CaCo2 kolon kanseri hücrelerinde bulunan protein ve peptitlerin nitel ve yarı nicel analizleri yapılmıştır. Tez çalışmasının ikinci kısmında bitkisel temelli hemostatik ajanın CaCo2 kolon kanseri hücreleri üzerindeki çoğalmayı durdurucu etkileri geliştirilen ultra basınçlı sıvı kromatografisi ile birlikte kuadrupol uçuş zamanlı kütle spektroskopisi yöntemi kullanılarak incelenmiştir. Sonuçlar Maxquant programı ile değerlendirilmiştir.Yapılan analizler sonucunda tez çalışmasının amaçları içinde yer alan bitkisel temelli hemostatik ajanın CaCo2 kolon kanseri hücreleri üzerinde hangi yolakları etkilediği ve hangi önemli kanser hedefleri üzerinde hücre proliferasyonu etki gösterdiği, bu etkiye karşı hücrenin hangi savunma yolaklarını kullandığı ve bu ajana karşı nasıl direnç geliştirdiği proteomik açıdan incelenmiştir. Çalışmalarda bitkisel temelli hemostatik ajan kullanılması ile bir çok proteinin  azalarak ve çoğalarak etkilendiği ve miktarının  değiştiği saptanmıştır.

Abstract:
Cancer is the one of the most difficult disease to detect and treat. By omic technologies it has been analyzed at molecular level about cancer. Among the omic technologies Proteomic, has been studied intensively worldwide, is a interdisciplinary area. Especially proteomics studies, which investigate about cancer at protein level, provide more information to support genomics results and clinic studies for cancer progression, detection and treatment. Liquid chromatography based proteomics researches have been making by using nano liquid chromatography. Although it gives more sensitivity, it has some drawbacks and is very difficult to control. In this thesis there are two man objectives. Firstly it has been tried to develop new ultra pressure liquid chromatography method to correct the drawbacks of nano liquid chromatography and to get reliable results. Bovine serum albumin was used as a standard protein to develop new analytical method and insight of the bovine serum albumin results CaCo2 colon cancer cell line was investigated. In second part of thesis effect of plat based hemostatic agent on colon cancer was investigated with new developed analytical method. Ultra pressure liquid chromatography was followed quadruple time of flight mass spectrometry. Mass spectroscopy results were evaluated with Maxquant. It was evaluated cancer targets and cancer pathways that are affected by hemostatic agent in colon cancer cells.