Klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis saptanmasında kullanılan farklı homojenizasyon-dekontaminasyon yöntemlerinim kültür ve kantitatif PCR ile karşılaştırılması
Comparison of different homogenisation-decontamination methods that are used for detection of Mycobacterium tuberculsosis in clinical samples with culture and quantitative PCR
Yazar: NUR MERVE KAYA
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ZEYNEP SARIBAŞ
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Homojenleştirme = Homogenization ; Laboratuvar teknikleri = Laboratory techniques ; Laboratuvarlar = Laboratories ; Laboratuvarlar-hastane = Laboratories-hospital ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential ; Tüberküloz = Tuberculosis

Özet:
Tüberküloz tanısı Mycobacterium tuberculosis' in varlığının saptanması ile konmaktadır. Steril olmayan klinik örneğe tanı yöntemlerinden önce homojenizasyon-dekontaminasyon işlemleri yapılmaktadır. Bu ön işlemler, örneği homojenize etmek ve mikobakteri dışı mikroorganizmaları ortadan kaldırmak amacıyla uygulanmaktadır. Ancak kullanılan homojenizasyon-dekontaminasyon yöntemleri örnekte bulunan M. tuberculosis'e de toksik etki etmekte ve basil kaybına neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı Petroff, NALC-NaOH (N- asetil L sistein-NaOH) ve Evrensel örnek hazırlama `Universal Sample Processing' (USP) yöntemi olmak üzere üç farklı homojenizasyon dekontaminasyon yönteminin M. tuberculosis saptanmasına etkisinin gösterilmesidir. M. tuberculosis H37Ra' nın seri dilüsyonları hazırlanarak balgam örneklerine eklendi. Bütün dilüsyonlara üç farklı homojenizasyon dekontaminasyon yöntemi uygulandı. Kültür ve kantitatif gerçek zamanlı PCR ile üç farklı homojenizasyon dekontaminasyon yöntemi değerlendirildi. Kültür sonuçları karşılaştırıldığında en iyi sonuç USP yöntemiyle elde edilirken, kantitatif gerçek zamanlı PCR sonuçları incelendiğinde en iyi sonucun NALC-NaOH yöntemiyle elde edildiği görüldü. Sonuç olarak, üç homojenizasyon dekontaminasyon yöntemi değerlendirildiğinde Petroff yöntemin rutin tanıda kullanım için yeterli olmadığı; NALC-NaOH yönteminin hala etkin bir yöntem olduğu ve USP yönteminin de bu yönteme alternatif bir yöntem olarak kullanılabilir olduğu saptandı.

Abstract:
Definitive diagnosis of tuberculosis is based on the detection of Mycobacterium tuberculosis as the causative agent. Homogenization-decontamination methods are carried out for non-sterile clinical specimens before implementation of any of the diagnostic methods for mycobacterial investigation. Homogenisation and decontamination procedures are applied to homogenisate the clinical samples and eliminate microorganisms other than mycobacteria. However, the homogenization and decontamination procedures in case M. tuberculosis is to be toxic and also causes loss of bacilli. The aim of this study to demonstrate the effect of Petroff, NALC-NaOH (N-acetyl L cystein NaOH) and `Universal Sample Processing? (USP) homogenisation decontamination method on the detection of M. tuberculosis. Serial dilutions of M. tuberculosis H37Ra were prepared and added on sputum samples. Petroff, NALC NaOH and USP homogenisation and decontamination methods were applied on all dilutions. The effects of these methods were evaluated by culture and quantitative real-time PCR. When results of culture and quantitative real-time PCR were compared, the best results were obtained with the USP and NALC NaOH method, respectively. As a result, three homogenization- decontamination methods were evaluated and it was demonstrated that Petroff method is not usefull for routine diagnosis; NALC NaOH method is still an effective method, and the USP method can be used as an alternative method.