Ramalina cinsine ait bazı liken türlerinin rDNA ITS dizi analizine göre moleküler filogenisi
Molecular phylogeny of some lichen species of Ramalina genus by rDNA ITS sequence analysis
Yazar: BİRKAN AÇIKGÖZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. GÜLŞAH ÇOBANOĞLU
Marmara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Likenler = Lichens ; Moleküler sistematik = Molecular systematic

Özet:
Günümüzde moleküler belirteçler yardımıyla taksonlar arasındaki benzerlik ve farklılıkları ortaya çıkarmak amacıyla gerçekleştirilen moleküler filogeni çalışmaları önem kazanmıştır. Çalışmamızda bu amaçla, Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanmış Ramalina cinsine ait 7 tür; Ramalina calicaris, Ramalina canariensis, Ramalina capitata, Ramalina chondrina, Ramalina farinaceae, Ramalina fraxinea, Ramalina polymorpha örneklerinden hedef DNA bölgesi ITS1F-ITS4 primerleri kullanılarak PZR ile çoğaltılmıştır. Hedef DNA bölgelerine ait diziler analiz edilerek türler arasındaki evrimsel yakınlık ve genetik akrabalık oluşturulan farklı dendrogramlarla ortaya çıkarılmıştır. Filogenetik analiz sonuçlarına göre Neighbour Joining ile çizilen filogramda Ramalina chondrina ve Ramalina canariensis; Ramalina farinacea ve Ramalina calicaris kendi aralarında gruplaşmışlardır. Ramalina polymorpha filogramda diğer türlerden uzaklaşmıştır. Türkiye'den toplanan Ramalina chondrina ile İspanya'dan toplanan Ramalina chondrina örneklerinin dendrogramda farklı türlerle gruplar oluşturdukları ve genetik olarak uzaklaştıkları görülmüştür. GenBank'tan indirilen veriler kullanılarak Türkiye'den toplanan örneklerin familya ve cins içindeki yeri belirlenmiştir. İncelediğimiz Ramalina cinsine ait Türkiye örneklerinin familya içinde bir araya gelerek gruplaştıkları görülmüştür. Türlerin her biri cins içindeki diğer türlerle farklı gruplaşmalar gösterirken, Ramalina polymorpha cins içinde hiçbir türle gruplaşma göstermemiştir.

Abstract:
Molecular phylogeny studies to show similarities and differences among taxa have been come into prominence in recent years. In this study, 7 species of Ramalina genus collected from different places in Turkey, Ramalina calicaris, Ramalina canariensis, Ramalina capitata, Ramalina chondrina, Ramalina farinaceae, Ramalina fraxinea, Ramalina polymorpha, target DNA regions obtained from the samples were amplified with PCR by using ITS1F-ITS4 primers. Following the sequence of DNA analysis, the evolutionary proximity and genetic relationship between the species were introduced by constructing dendrograms. According to phylogenetic analysis, Ramalina chondrina with Ramalina canariensis and Ramalina farinaceae with Ramalina calicaris were grouped into each other in Neighbour Joining phylogram. Ramalina polymorpha was become distant from the other species. Turkish sample of Ramalina chondrina and Spanish sample of Ramalina chondrina were made different groups with different species in the dendrogram and genetically regarded as far away. The data obtained from GenBank was used to determine the place of the samples collected from Turkey in the family and in the genus. The investigated Turkish samples of Ramalina were recognized gathering a group in the family. Although each species showed different groupings with other species in the genus, Ramalina polymorpha did not show any grouping with any other species in the genus.