Bazaltik ana materyal ve üzerinde oluşmuş topraklardan aktinomiset izolasyonları ve polifazik taksonomisi
Isolation of actinomycetes from basaltic parent material and formed on it surface soils and polyphasic taxonomy
Yazar: SALİH SARICAOĞLU
Danışman: PROF. DR. KAMİL IŞIK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu tez çalışmasında Samsun ili Ondokuzmayıs ilçesinde yer alan bazaltik ana materyal ve ana materyal üzerinde oluşmuş yüzey toprak örneklerinin Actinobacteria biyoçeşitliliğinin belirlenmesi, olası yeni türlerin tüm genom analizlerinin yapılması ve bu türlerin polifazik yöntemlerle karakterizasyonu amaçlanmıştır. Bu amaçla 6 lokaliteden 16 toprak örneği toplanmıştır. Toprak örneklerinin pH, organik madde ve kil miktarları farklı yöntemlerle belirlenmiştir. Actinobacteria üyelerinin seçici izolasyonunda kullanılan besi ortamlarından 570 aktinobakteri suşu izole edilmiş ve bu izolatların 159'unun 16S rRNA gen bölgesi dizi analizi yapılmıştır. Dizi analizi yapılan suşların Actinomadura, Actinopolymorpha, Micromonospora, Nocardia, Nonomurae, Plantactinospora, Rhodococcus, Saccharopolyspora, Streptomyces ve Verrucosispora cinslerine ait olduğu belirlenmiştir. Yeni tür olma potansiyeline sahip Actinomadura, Micromonospora, Nonomurae, Rhodococcus ve Streptomyces izolatları iki farklı mikroorganizma kültür koleksiyonuna depolanmştır. Polifazik yöntemlerle tanımlanan Actinomadura sp. 14C53 ve Nonomuraea sp. 160415 izolatlarının fenotipik, filogenetik ve kemotaksonomik analizleri yapılmıştır. Bu izolatların ve en yakın tip türlerinin tüm genom dizileme analizleri de yapılarak sahip oldukları sekonder metabolit gen kümeleri antiSMASH bakteriyal versiyon uygulamasıyla belirlenmiştir. Polifazik karakterizasyonu tamamlanan bu suşlar yeni aktinobakteri türleri olarak ülkemiz mikrobiyotasına ve literatüre kazandırılacaktır.

Abstract:
In this thesis, it was aimed to determine Actinobacteria biodiversity of surface soil samples formed on basaltic parent material and parent material in Ondokuzmayıs district of Samsun province. In addition, all genome analyzes of the possible new species were made and the characterization of these species by polyphasic methods have also been aimed. For this purpose, 16 soil samples were collected from 6 different localities. The pH, organic matter and clay contents of soil samples were determined by applying varied methods. 570 Actinobacteria strains were isolated from the media used in selective isolation of Actinobacteria members and 16S rRNA gene region sequence analysis of 159 of these isolates were performed. It was determined that the strains belonging to Actinomadura, Actinopolymorpha, Micromonospora, Nocardia, Nonomurae, Plantactinospora, Rhodococcus, Saccharopolyspora, Streptomyces and Verrucosispora strains. Actinomadura, Micromonospora, Nonomurae, Rhodococcus and Streptomyces isolates with the potential to be new species have been stored in two different microorganism culture collection. Phenotypic, phylogenetic and chemotaxonomical analysis of Actinomadura sp. 14C53 and Nonomuraea sp. 160415 isolates identified by polyphytic methods were performed. Whole genomic sequencing analyzes of these isolates and their closest species were also made and their secondary metabolite gene clusters were determined by using antiSMASH bacterial version application. Completed by polyphasic characterization analysis of these strains will be gained to our country's microbiota and literature as new Actinobacteria species.