İnsan PUF60'ın biyoinformatik araçların kullanımıyla ileri analizi
Further analysis of human PUF60 via bioinformatic tools
Yazar: İREM BRENNAN
Danışman: DOÇ. DR. BUKET KOSOVA
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Sağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı  / Biyoinformatik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
İnsan PUF60'ın Biyoinformatik Araçların Kullanımıyla İleri Analizi
Arka Plan/Amaç: Alternatif eklenme (α-EJ), insan genlerinin yaklaşık %95'inde meydana gelir ve hastalık gelişiminde kritik bir rol oynayabilir; örneğin, kanser hücrelerinin çoğalması, istilası, göçü ve apoptozunu doğrudan etkileyebilir. Yakın zamanda, pre-mRNA eklenmesi ve transkripsiyonel düzenlemede önemli rolleri olan PU60 adlı bir proteini, genom çapında CRISPR-Cas9 tabanlı genetik tarama yöntemi ile, küçük hücreli olmayan akciğer kanseri CR-Calu1 hücrelerinde sisplatin direncini indükleyen aday gen olarak tanımladık. Bu çalışmanın amacı, bu nedenle, PUF60'ı daha detaylı analiz etmek ve biyoenformatik yöntemlerle kanser biyolojisindeki ek rollerini belirlemektir.
Materyal ve Yöntem: Analizler, UniProt, cBioportal, TCGA, NCBI, PDB, BLAST, CLUSTAL Omega, String ve Gepia gibi çeşitli biyoenformatik araçlar ve veritabanları kullanılarak gerçekleştirildi. Kanserle ilişkili mutasyonlar ve fonksiyonlar analiz edildi. Yüksek derecede korumayı göstermek için homoloji modelleme çalışmaları yapıldı. Protein-protein etkileşim ağları, PUF60'ın hücresel süreçlerdeki rollerine dair destekleyici kanıtlar sağlamak için kullanıldı.
Sonuçlar: PUF60'ın anormal ekspresyonu ve mutasyonları çeşitli kanser türleri için ortaya çıkarıldı. PUF60 aşırı ekspresyonu, kanser hücrelerinin artan canlılığı ve koloni oluşumu ile ilişkilendirilmiştir. Bazı PUF60 izoformlarının, MYC ekspresyonunu artırarak ve apoptoza karşı direnci artırarak tümör progresyonunda rol oynadığı bulundu. Homoloji modelleme çalışmaları, PUF60'ın yüksek derecede korunduğunu ortaya koymuştur.
Varılan Sonuç: PUF60'ın biyoenformatik analizleri, onun kanser biyolojisindeki önemini vurgulamaktadır. Diğer proteinlerle olan etkileşimlerini ve bunların hücresel süreçler üzerindeki etkilerini belirlemek gibi ileri fonksiyonel çalışmalar, onun kanser tedavisinde potansiyel yeni bir terapötik hedef olarak kullanılabilirliğini ortaya çıkaracak ve destekleyecektir.
Anahtar Kelimeler: PUF60, Biyoinformatik, Kanser, Mutasyon, Protein Etkileşimleri.

Abstract:
Further Analysis Of Human PUF60 Via Bioinformatic Tools
Background/Aim: Alternative splicing (α-EJ) occurs in ~95% of human genes and can play a critical role in disease development; e.g. by directly affecting cell proliferation, invasion, migration and apoptosis of cancer cells. We recently have identified PU60, a protein with important roles in pre-mRNA splicing and transcriptional regulation, as candidate gene for inducing cisplatin resistance in non-small cell lung cancer CR-Calu1 cells by a genome-wide CRISPR-Cas9-based genetic screening method. The aim of this study, therefore was to further analyse PUF60 and determine its additional roles in cancer biology by means of bioinformatics.
Materials and Methods: Analyses were carried out with various bioinformatics tools and databases such as UniProt, cBioportal, TCGA, NCBI, PDB, BLAST, CLUSTAL Omega, String and Gepia. Cancer-related mutations and functions were analysed. Homology modelling studies were performed to demonstrate high degree of conservation. Protein-protein interaction networks were used to provide supporting evidence for PUF60's roles in cellular processes.
Results: Abnormal expression and mutations of PUF60 have been revealed for various cancer types. PUF60 overexpression has been linked to increased viability and colony formation of cancer cells. Some PUF60 isoforms were found to be involved in tumor progression by conferring increased MYC expression and greater resistance to apoptosis. Homology modelling studies revealed its high degree of conservation.
Conclusion: Bioinformatics analyses of PUF60 highlighted its importance in cancer biology. Further functional studies, like determining its interactions with other proteins and their effects on cellular processes, will reveal and support its potential as novel therapeutic target in cancer treatment.
Keywords: PUF60, Bioinformatics, Cancer, Mutation, Protein Interactions.