Kalori kısıtlı diyetle beslenen farelerin timus dokusunda yaşlanma ile ilişkili genlerin ifadelerinin araştırılması
Investigation of expression of genes associated with aging in thymus tissue of mice fed with calorie restricted diet
Yazar: EBRU KILIÇ
Danışman: PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Hücre yaşlanması = Cellular senescence ; Kalori kısıtlaması = Caloric restriction

Özet:
Diyet ve yaşlanma arasındaki ilişkiye ilgi her geçen gün artıyor. Araştırmalar kalori kısıtlı diyetler ve bazı antioksidanların çeşitli yaşlanma modellerinde yaşam süresini uzattığını gösteren çalışmalar mevcuttur. Timüs, diğer lenfoid organlar gibi besin eksikliğine hızlı cevap verir. Kalori kısıtlanması, yetersiz beslenme olmaksızın kalori alımının azaltılmasıdır. Yeditepe Üniversitesi ile bölümümüzde ortak yapılan bir çalışmada, 2 farklı kalori kısıtlı ve normal diyetle beslenen 18 haftalık Fare Tümörü Virüsü Dönüştürücü Büyüme Faktörü-α (MMTV TGF-α) farelerinin timüs dokularından yeni nesil dizileme teknolojisine göre 3 RNA-seq datası elde edilmiş ve biyoinformatik analizleri sonucu "totalde 6091 farklı şekilde ifade edilen genlere" (DEGs) (p<0.05) ulaşılmıştır. Bu çalışmada öncelikle gen data bankalarından belirlenen yaşlanma ile ilişkili 15 gen, üç farklı RNA-seq DEG dataları içinde araştırılmış ve ekspresyon seviyeleri belirlenmiştir. DEG sonucuna göre beslenme farklılığına göre ekspresyon seviyesi farklılık gösteren genlerin, dokular ekspresyonun validasyonu Real Time PCR ile yapılmıştır. Real Time PCR için 18, 51 ve 81. haftadaki fare timüs dokularından elde edilen total RNA dan cDNA sentezi yapılmıştır. Böylece farklı beslenme tarzı uygulamalarının, yaşlanma ile ilişkili olan genlerin ifadesinde, yaşamın erken, orta ve geç zamanlarında ekspresyon seviye farklılıkları gözlemlenmiştir.Aynı miktarda enerji girdisi olup farklı kalori kısıtlaması türleri uygulanmış farelerde gen ifadesinde farklılıklar olduğu kaydedildi. Böylece, kalori kısıtlamasının yanı sıra, beslenme tipinin de yaşlanmada etkili olduğu düşünülmektedir.

Abstract:
Interest in the relationship between diet and aging is increasing day by day. Studies have shown that calorie-restricted diets and some antioxidants prolong life in various aging models. The thymus, like other lymphoid organs, responds quickly to nutrient deficiency. Calorie restriction is the reduction of calorie intake without malnutrition. In a study conducted with Yeditepe University in our department, 3 RNA-seq data were obtained from thymus tissues of 18-week-old Mouse Tumor Virus Transforming Growth Factor-α (MMTV TGF-α) mice which were fed 2 different calorie restricted and normal diet. With RNAseq data by the new generation sequencing technology and according to result of the bioinformatic analysis "total 6091 expressed genes in different ways DEG (DEGs) (p <0.05)'' was reached. In this study, 15 genes related to aging determined primarily from gene data banks were investigated in three different RNA-seq DEG data and their expression levels were determined. The validation of the expression of the genes with different levels of expression according to the difference in nutrition according to DEG results was performed by Real Time PCR. For Real Time PCR, cDNA was synthesized from total RNA obtained from mouse thymus tissues at 18, 51 and 81 weeks. Thus, differences in expression levels of different nutrition styles, expression of genes associated with aging, early, middle and late times of life were observed. Differences in gene expression were noted in mice with the same amount of energy input and different types of calorie restriction. Thus, in addition to calorie restriction, the type of nutrition is thought to be effective in aging.