Kronik hepatit B'li hastaların adefovir tedavisi sırasında HBV polimeraz geninde gelişen ve adefovire karşı direnç oluşumuna sebep olan mutasyonların dizi analizi ile araştırılması
Characterization with sequence analyses of mutation developing within HBV polymerase gene and associated with resistance to adefovir during the adefovir treatment of patients with chronic hepatitis B virus
Yazar: FATMA EBRU BEKİROĞLU
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET SAMİ SERİN
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Hepatit B virüsü = Hepatitis B virus

Özet:
Son zamanlarda lamivudin (LAM), famsiklovir (FAM) ve adefovir (ADV) gibi nükleosid analoglarının geliştirilmesi ile Kronik hepatit B (KHB) infeksiyonun tedavisinde önemli antiviral etkinlik ve tolerans sağlanmış olmasına rağmen bu bileşikler ile uygulanan kısa süreli tedavi viral temizlenmenin sağlanabilmesi için yetersiz kalmaktadır. Tedavinin etkinliğinin arttırılması için uzun süreli (4-5) yıl tedaviler önerilmektedir. Bu ise dirençli mutantların ortaya çıkmasına sebep olmaktadır. LAM dirençli olan hastalarda ise ADV iyi bir alternatif olarak önerilmekteyken son zamanlarda yapılan çalışmalar ADV'ye dirençli virus izolatlarının da ortaya çıktığını rapor etmektedir. Planladığımız bu çalışmadaki amacımız, KHB infeksiyonlu hastaların antiviral tedavi sırasında, virusun polimeraz geninin D domaininde meydana gelen mutasyonların dizi analizi metodu ile araştırılması ve muhtemel direnç gelişimlerinin tespit edilerek yeni tedavi stratejilerinin oluşturulmasına ve daha etkili antiviral tedavi etkinliğinin sağlanmasına katkıda bulunulmasıdır. Çalışmaya HBV ile infekte 61 hasta dahil edilmiştir. Hastaların serum örneklerinden viral DNA ekstrakte edildi. Polimeraz geninin C ve D domainlerini kodlayan bölgeleri semi-nested PCR ile amplifiye edilerek saflaştırıldı, daha sonra ise gümüş boyama tabanlı DNA dizi analizi metodu ile analiz edildi. Elde edilen diziler, gen bankası veri tabanlarından temin edilen dizi kayıtları ile karşılaştırılarak, mutasyonların varlığı yönünden araştırıldı. Çalışılan toplam 61 örneğin 5 (%8.19)'inde ADV direncinden sorumlu mutasyonlar tespit edilmiştir. Bu mutasyonların %4.9'u K241E, %3.2'si ise N236T şeklindedir. Adevofir direnci ile ilişkili olduğu net olarak bilinen bu mutasyonlara ilaveten adefovir direnci ile muhtemel ilişkisi olabileceği ima edilen P237T (1 hasta, %1.6), P237H(1 hasta, %1.6), N238A (1 hasta, %1.6), N238R (2 hasta, %3.2), Y245H (2 hasta, %3.2) ve I233V (1 hasta, %1.6) mutasyon paternleri de çalışma grubumuzda tesbit edilmiştir.

Abstract:
Recently, although antiviral activity has been considerably obtain from treatment of chronic hepatitis B (CHB) infection with developing to nucleoside analogs as lamivudine (LAM), famciclovir (FAM) and adefovir (ADV), short term therapy with this compounds is being insufficient for viral clearance. Long term therapy (4-5 years) is recommended for the increase of treatment activity. This is also cause to appear of resistant mutant strains. ADV is recommended as suitable alternative in LAM resistant patients, but recently investigations suggest that came out of resistant strains to ADV. In this study, we aimed to analyzing of mutations by sequencing method within D domain of polymerase gene during the treatment of patients with CHB infection and detecting to most likely resistance development. Sixty-one patients with HBV were included in this study. Viral DNA extraction was performed form serum or blood samples of patients. Polymerase gene region is coding the C and D domain was amplified with semi-nested PCR method and following by purified and then these products were analyzed by Silver sequence DNA sequence analysis method. After the analysis, obtained sequences were investigated to aspect of presence of mutation as compared with GeneBank sequence database. We detected to nucleotide substitution which can be responsible to ADV resistance in 5 (8.19%) of 61 samples. This mutation patterns were as K241E in 3 patients (4.9%) and N236T in 2 patients (3.2%). In addition to these mutation patterns which are known as clearly associated to ADV resistance, we were detected to certain mutation patterns which are implicated of likely associated to ADV resistance in our study groups. These mutations are P237T (in 1 patient , 1.6 %), P237H (in 1 patient, 1.6%), N238A (in 1 patient, 1.6%), N238R (in 2 patients, 3.2%), Y245H (in 2 patients, 3.2%) and I233V (in 1 patient, 1.6%).