Effüzyonlu otitis media patogenezinde Helicobacter pylori'nin rolü: Klaritromisin direnci, epıya motifleri ve baskın ap-polimeraz zincir reaksiyonu klonlarının sürece katkısının irdelenmesi
Role of Helicobacter pylori in the pathogenesis of otitis media with effusion: Analysing how clarithromycin resistance, epiya motifs, and dominant ap-polymerase chain reaction clones contribute to the disease process
Yazar: AYŞE YASEMİN GÜNDÜZ
Danışman: PROF. DR. MAHMUT TAYYAR KALCIOĞLU ; DR. ÖĞR. ÜYESİ SERDAL ÇELİK
İstanbul Medeniyet Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Kulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology ; Kulak Burun ve Boğaz = Otorhinolaryngology (Ear-Nose-Throat)
Dizin: Adenoidler = Adenoids ; Helicobacter pylori = Helicobacter pylori ; Klaritromisin = Claritromycin ; Otitis media-efüzyonlu = Otitis media with effusion ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Effüzyonlu otitis media polimikrobial bir hastalıktır. Vücutta kronik sistemik enfeksiyon yapan Helicobacter pylori'nin, ihtiyaç duyduğu özel yaşam koşullarına erişerek orta kulakta kolonize olup effüzyon gelişimine sebep olabileceği düşünülmüştür. Bakteri gastroözofageal reflü ile nazofarenkse ve Östaki tüpü aracılığıyla orta kulağa ulaşabilmektedir. Literatürde effüzyonlu otitis media patogenezi ve Helicobacter pylori ilişkisi birçok kez araştırılmış ancak birbirlerinden çok farklı sonuçlar bulunmuştur. Bu çalışmada effüzyonlu otitis mediası olan çocukların effüzyon ve adenoid dokuları ile sağlıklı orta kulağa sahip çocukların orta kulak ve adenoid dokularında Helicobacter pylori varlığı araştırılacak ve literatürde ilk defa bu dokulardaki suşlar kıyaslanarak klonal ilişkileri ortaya konulacaktır. Ayrıca yine ilk defa bu bakterilerin klaritromisin direnci ve virülans faktörlerinden EPIYA motifleri ortaya konularak effüzyon patogenezinde etkileri olup olmadığı araştırılacaktır.
Çalışmaya 1-12 yaş aralığında 300 çocuk hasta dahil edildi. Kronik effüzyonlu otitis media ve adenoid hipertrofisi nedeniyle ventilasyon tüp tatbiki ve adenoidektomi yapılan 100 çocuğun bir kulağından alınan 100 effüzyon örneği çalışma grubunu, adenoidinden alınan 100 adenoid örneği Kontrol 1 grubunu oluşturdu. Koklear implantasyon yapılan 100 çocuğun sağlıklı görünümlü bir kulağından alınan 100 orta kulak irrigasyon solüsyonu Kontrol 2 grubunu oluşturdu. Effüzyonu olmayıp sadece adenoidektomi yapılan 100 çocuktan alınan 100 adenoid örneği Kontrol 3 grubunu oluşturdu. Örneklerin DNA izolasyonu yapıldıktan sonra Helicobacter pylori 16s rRNA ve 23s rRNA klaritromisin direnç genleri gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (real time-polymerase chain reaction, RT-PCR) ile araştırıldı. EPIYA motif araştırması için cagA genine yönelik primerler ve uygun PCR protokolü belirlendi. Aynı bireye ait effüzyon ve adenoid örneklerindeki bakteri suşlarının klonal ilişkisini araştırmak için uygun primerler belirlenerek random başlatılmış polimeraz zincir reaksiyonu (arbitrarily primed-polymerase chain reaction, AP-PCR) yöntemi kullanılması planlandı.
Çalışmadaki 300 çocuğun medyan yaşı 5 (aralık, 1-12) olup 179'u erkek ve 121'i kız idi. Çalışılan 200 orta kulak ve 200 adenoid örneğinden oluşan toplam 400 örneğin hiçbirinde (%0) RT-PCR ile Helicobacter pylori saptanmadı. Helicobacter pylori ve klaritromisin direnç genlerinin araştırmasında pozitif sonuç alınamadığı için planlanan EPIYA motif çalışmaları ve AP-PCR ile klonal ilişki araştırmalarına geçilemedi.
Literatürde halen tartışmalı olan effüzyonlu otitis media patogenezinde Helicobacter pylori'nin rolünü aydınlatmak amacıyla yapılan ve bu kadar geniş örneklem ile en güncel moleküler yöntemleri bir araya getiren bu çalışmada hiçbir örnekte bakterinin saptanmaması, Helicobacter pylori'nin effüzyonlu otitis media polimikrobialitesinde aktif bir patojen olarak rol almadığını ve adenoid dokunun da Helicoacter pylori için bu süreçte bir rezervuar görevi görmediğini ortaya koymuştur. Buna bağlı olarak bakterinin başta EPIYA olmak üzere virülans faktörlerinin de effüzyon oluşumunda etkili olabileceği düşüncesi de bu çalışma ile ortadan kalkmıştır.

Abstract:
Otitis media with effusion is a polymicrobial disease. It has been thought that Helicobacter pylori, which causes chronic systemic infection in the body, may reach the specific conditions it reqiures for its survival and colonize in the middle ear and give rise to collection of effusion. Bacteria can reach the nasopharynx with gastroesophageal reflux and then the middle ear through the Eustachian tube. Relationship between the pathogenesis of otitis media with effusion and Helicobacter pylori has been investigated many times in the literature, but conflicting results have been achieved. In this study, presence of Helicobacter pylori in the effusion and adenoid samples of children having otitis media with effusion and in the middle ear and adenoid samples of children with healthy middle ears will be investigated, and for the first time in the literature, the strains in these tissues will be compared and their clonal relationships will be shown. In addition, again for the first time, clarithromycin resistance and EPIYA motifs of virulence factors of these bacteria will be revealed to see whether they have an effect on the pathogenesis of effusion.
In the study, 300 pediatric patients between the ages of 1-12 years were included. 100 effusion samples collected from one ear of 100 children who underwent ventilation tube insertion and adenoidectomy due to chronic otitis media with effusion and adenoid hypertrophy formed the study group, and 100 adenoid samples collected from the adenoids of these children formed the Control 1 group. 100 middle ear irrigation solutions collected from one healthy-looking ear of 100 children who underwent cochlear implantation formed the Control 2 group. 100 adenoid samples collected from 100 children who had no effusion and only underwent adenoidectomy formed the Control 3 group. After performing DNA isolation of the samples, Helicobacter pylori 16s rRNA and 23s rRNA clarithromycin resistance genes were investigated by real time-polymerase chain reaction (RT-PCR). For EPIYA motif analysis, primers for the cagA gene were identified and appropriate PCR protocol was determined. To investigate the clonal relationship of bacterial strains in the effusion and adenoid samples from the same individual, appropriate primers were identified and arbitrarily primed-polymerase chain reaction (AP-PCR) method was determined to be used.
The median age of the 300 children in the study was 5 years (range, 1-12), and 179 of them were boys and whereas 121 were girls. Helicobacter pylori was detected by RT-PCR in none (%0) of the 400 samples consisting of 200 middle ear and 200 adenoid samples. Since no positive results were obtained in the analysis of Helicobacter pylori and clarithromycin resistance genes, EPIYA motif studies and clonal relationship studies with AP-PCR which were planned in the beginning could not be performed.
This study, which was conducted to elucidate the role of Helicobacter pylori in the pathogenesis of otitis media with effusion, which is still controversial in the literature, comprised the most updated molecular methods with a large sample. The fact that no bacteria was detected in any of the samples in this study indicates that Helicobacter pylori does not play a role as an active pathogen in the polymicrobiality of otitis media with effusion, and adenoid tissue do not serve as a reservoir for Helicoacter pylori in this process. Accordingly, the idea of virulence factors, especially EPIYA motifs, of the bacteria may be effective in the formation of effusion has been eliminated with this study.