Tiyazol, 2-hidroksidiarilamit ve pirimidin türevleri üzerinde mcet metodu ve moleküler docking çalışmaları
Mcet method and molecular docking studies on thiazole, 2-hydroxydiarylamide and pyrimidin derivatives
Yazar: BURÇİN TÜRKMENOĞLU
Danışman: PROF. DR. YAHYA GÜZEL
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
Tiyazol, 2-hidroksidiarilamit ve pirimidin türevlerinden oluşan üç ayrı seri üzerinde 'moleküler docking've 4D-Quantative Yapı Aktivite İlişkisi (4D-QSAR) analizi kullanılarak reseptör bağlanma bölgesindeki etkileşim noktalarının bulunması amaçlanmıştır. Bunun için, Ligand-Reseptör (L-R) arasındaki etkileşim enerjisinden doğan aktivite değerleri Levenberg-Marquardt (LM) algoritması ile doğrusal olmayan en küçük kareler (Non-linear Least Square-NLLS) yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Molekül Karşılaştırmalı Elektron Topolojisi (Molecular Comparative Electron Topogical-MCET) yönteminde farklı tipte lokal reaktif tanımlayıcılarına (LRT) arasından yeni olarak geliştirdiğimiz Klopman indeks tanımlayıcısı kullanılarak 4D-QSAR analizleri yapılmıştır. Moleküllerin hizalanarak üst üste binmesinden sonra 3D koordinat sisteminde düzenlenen atomların oluşturduğu kümeler arasından Genetik Algoritmanın (GA) uygulanmasıyla 3 boyutlu farmakofor modeli (3D-PhaM) elde edilmiştir. Reseptördeki 3D-PhaM'e ait öngörülen parametreler vesilesiyle aktiviteler hesaplanmış ayrıca moleküler docking yöntemiyle 3D-PhaM doğrulanmıştır. Eğitim ve test setindeki moleküller, yeni geliştirmiş olduğumuz algoritma ile optimum olarak yarılmıştır. Sadece bir veri dışarıda bırakılarak çapraz doğrulama (Leave One Out-Cross Validation LOO-CV) yöntemi ile en iyi tahminler, dâhili eğitim setindeki bileşikler için q2 ve harici test setindeki bileşikler için r2 değerleri bulunmuştur. 
Anahtar Kelimeler:	Tiyazol, 2-Hidroksidiarilamit, Pirimidin, 4D-QSAR, MCET, Moleküler docking, 3D-PhaM

Abstract:
It was aimed to find the interaction points in the receptor binding side by using 'molecular docking' and 4D-Quantative Structure Activity Relationship (4D-QSAR) analysis on three separate series consisting of thiazole, 2-hydroxydiarylamide and pyrimidine derivatives. For this purpose, the activity values arising from the interaction energy between the Ligand-Receptor (L-R) were determined by the Levenberg-Marquardt (LM) algorithm using the non-linear Least Square (NLLS) method. In the Molecular Comparative Electron Topogical (MCET) method, 4D-QSAR analyzes were performed using the newly developed Klopman index idescriptor among different types of local reactivite descriptors (LRD). After aligning and overlapping the molecules, the 3D pharmacophore model (3D-PhaM) was obtained by applying the Genetic Algorithm (GA) from the clusters formed by the atoms arranged in the 3D coordinate system. The activities were calculated on the basis of the predicted parameters of 3D-PhaM in the receptor and 3D-PhaM was confirmed by molecular docking method. Molecules in the training and test set are optimally cleaved by our newly developed algorithm. Using the Leave One Out-Cross Validation (LOO-CV) method, the best estimates were found to be q2 for the compounds in the internal training set and r2 for the compounds in the external test set.
Keywords:	Thiazole, 2-Hydroxydiarylamide, Pyrimidine, 4D-QSAR, MCET, Molecular docking, 3D-PhaM