Antepfıstığında (Pistacia vera L.) ilişkili haritalama yöntemi kullanılarak bazı biyokimyasal parametreler ile bağlantılı lokusların belirlenmesi
Determination of loci related to some biochemical parameters using association mapping method in pistachio (Pistacia vera L.)
Yazar: GÖZDE NOGAY
Danışman: PROF. DR. NESİBE EBRU KAFKAS
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Antep fıstığı = Pistachio ; Fenolik bileşikler = Phenolic compounds ; İlişkili haritalama = Associated mapping

Özet:
Antepfıstığı Pistacia cinsi içerisinde Anacardiceae familyasında ve Pistacia cinsi içerisinde yer alan türler arasında tek ekonomik değeri olan türdür.  Latince adı Pistacia vera L.'dır ve içerdiği besin değerleri bakımından insan sağlığı açısından oldukça önemli sert kabuklu bir meyve türüdür. Antepfıstığı ıslah çalışmalarını sınırlayan faktörlerin başında periyodisite göstermesi, çok uzun bir gençlik kısırlığı döneminin olması ve dioik çiçek yapısına sahip olması gelmektedir. Islah programlarında bu tür kısıtlamaların üstesinden gelebilmek için markör destekli seleksiyon oldukça önemlidir. Bu çalışmada toplam 150 dişi çeşit ve genotip kullanılarak meyve kalite özelikleri ile ilişkili lokusların belirlenmesi hedeflenmiş ve fenolik bileşik (gallik asit, kateşin, kersetin, naringenin, klorojenik asit, ferrulik asit, p-kumarik, rutin, luteolin), şeker (fruktoz, glikoz, sakkaroz), renk (L,a,b,C,hº) ve klorofil (klorofil a, klorofil b, toplam klorofil) analizleri 2018 ve 2020 üretim yıllarında hasat edilen meyveler kullanılarak yapılmıştır. Toplam 150 antepfıstığı çeşit ve genotipine ait genotipik veri kullanılarak ölçümü yapılan toplam 30 adet fenotipik veri ile ilişkili SNP lokusları R programının GAPIT fonksiyonu kullanılarak MLM (mixed linear model) yaklaşımıyla belirlenmiştir. Minor allel frekansı MAF=0.05 olarak uygulanmıştır. Öncelikle önemli ilişkileri belirlemek için Bonferroni testi p=0.01 olarak uygulanmış ve analiz sonrasında p=10-4 seviyesinde yüksek ilişkili lokuslar seçilmiştir. İlişki haritalama sonucunda toplam 11 adet fenotipik özellik ile ilişkili 2018 yılında 65,386 adet, 2020 yılında 51,467 adet her iki yılda da ortak toplamda 249 adet bağlantılı lokus tespit edilmiştir. Elde edilen SNP lokusları doğrulamaları yapıldıktan sonra bu özellikler bakımından antepfıstığı ıslah programlarında markör destekli seleksiyon çalışmalarında kullanılabilecektir.

Abstract:
Pistachio is a species in the Anacardiceae family within the genus Pistacia and  only species with economic value among the species in the genus Pistacia. Its Latin name is Pistacia vera L. and a type of hard-shelled fruit that is very important for human health in terms of nutritional values. The main factors limiting pistachio breeding studies are periodicity, a very long juvenile period, and its dioecious flower nature phenomena. In order to overcome such limits in breeding programs, marker assisted selection is very significant. In the present study, it was aimed to detect loci associated with fruit quality traits by using a total of 150 female cultivars and genotypes. Firstly, phenolic compound (gallic acid, catechin, quercetin, naringenin, chlorogenic acid, ferulic acid, p-coumaric, rutin, luteolin), sugar (fructose, glucose, sucrose), color (L,a,b,C,hº) and chlorophyll (chlorophyll a, chlorophyll b, total chlorophyll) analyzes were performed using pistachio nuts harvested in 2018 and 2020 production years. SNP loci associated with a total of 30 phenotypic data calculated using genotypic data of a total of 150 pistachio cultivars and genotypes were detected by MLM (mixed linear model) approach using the GAPIT function of the R program. Minor allele frequency was applied as MAF=0.05. Bonferroni test was applied as p=0.01 to determine important relationships, and after the analysis, highly associated loci at p=10-4 level were applied. As a result of the association mapping, a total of 249 linked loci were identified in both years, 65,386 loci in 2018, 51,467 loci in 2020, associated with a total of 11 phenotypic traits. Once the obtained SNP loci are verified, they can be used in marker assisted selection studies in pistachio breeding programs in terms of these traits.