Pseudomonas aeruginosa ve acinetobacter baumannii  izolatlarında çeşitli antibiyotik duyarlılıkları ve pulsed field gel electrophoresis (PFGE) yöntemiyle tiplendirilmesi
Antibiotic susceptibility and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) typing of pseudomonas aeruginosa and acinetobacter baumannii  isolates
Yazar: ZEHRA YÜRÜKEN
Danışman: DOÇ. DR. LATİFE İŞERİ
Kırıkkale Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter ; Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Elektroforez = Electrophoresis ; Genotip = Genotype ; Pseudomonas = Pseudomonas ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity

Özet:
2009-2010 yılları arasında hastanemiz Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına gelen  çeşitli materyallerden izole edilen 33 adet Pseudomonas aeruginosa ve 48 adet Acinetobacter baumannii suşu çalışma kapsamına alındı.
Bakterilerin tanımlanması standart klinik mikrobiyolojik yöntemler ile yapılmış, bu yöntemlere ek olarak daha iyi tanımlamanın yapılaması için API 20NE (Biomerieux) sistemleri kullanılmıştır. Bakterilerin invitro koşullarda antibiyotiklere direnç durumları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Bakterilerin klonal ilişkisi epidemiyolojik tiplendirmenin altın standardı olarak tanımlanan PFGE ile araştırıldı. P. aeruginosa suşlarının % 30,3?ü imipenem, % 39,4?ü aztreonama, % 30,3?ü amikasin, % 36,4?ü seftazidim, % 33,3?ü meropenem, % 30,3?ü sefepim, % 27,3?ü gentamisin,  % 30,3?ü piperasilin-tazobaktama dirençli bulunmuştur. A. baumannnii suşlarının %93,8?i piperasilin-tazobaktama, %77,1?i amikasine, %47,9?u gentamisine, %83,3?ü sefepime, %72,9?u imipeneme, %72,9?u meropeneme, %87,5?i seftazidime, %91,7?i aztreonama dirençli bulunmuştur. Bu çalışmada izole ettiğimiz suşların %40?ı çoklu antibiyotik direncine sahipti. %60?ı tüm antibiyotiklere duyarlı bulundu.  En duyarlı oldukları antibiyotik ise %70 oranıyla CN, AK ve TPZ?ye olduğu saptandı. PFGE yöntemiyle tiplendirilen 33 adet P. aeruginosa suşundan 18 (%54,5) genotip saptandı. Bu genotiplerden 5 adeti küme oluşturan suşları içermektedir. Her kümedeki suş sayısı 2-8 arasında değişmektedir. Toplam 17 (%51,5) suş küme oluşturmaktadır. Bu suşlardan 4 adeti yakın ilişkili olarak değerlendirildi. Üç veya daha az bant farkı oluşturma kriteri dikkate alındığında suşların 21 (%63,6)?i klonal yönden ilişkili bulundu. İzolatların 12 adeti (%36,3) özgü PFGE profili gösterdi. Kırksekiz adet A. baumannii suşundan ise 13 (%27.08) genotip saptandı. Genotiplerden 8 adeti küme oluşturan suşları içermektedir. Herbir kümedeki suş sayısı 2 ile 12 arasında değişmektedir. Toplam 41 (%85,4) suş küme oluşturmaktadır. Bu suşlardan 2 adeti yakın ilişkili olarak değerlendirildi. Üç ya da daha az bant farkı oluşturma kriteri dikkate alındığında suşların 43 (%89,5)?ü klonal yönden ilişkili olarak değerlendirildi. İzolatların 5 adeti (%10,4) özgü PFGE profili gösterdi.
Sonuç olarak yoğun bakım ünitesinden izole edilen 33 P. aeruginosa ve 48 A. baumannii suşunun çapraz geçişi gösterilmiştir. Bazen bir hasta bir iki ay ara ile aynı tür bakterinin farklı genotipiyle, bazende farklı hastalar aynı genotiple enfekte olmuştur. Çapraz bulaşın yüksek derecede saptanması ve özellikle A. baumannii suşlarının birçok ilaca karşı yüksek direnç oranları göstermesi yoğun bakım ünitelerinde acil önlemler alınması gerektiğini göstermektedir.

Anahtar Kelimeler: P. aeruginosa, A. baumannii, PFGE, klonal ilişki, genotip, bant farkı

Abstract:
A total of 33 Pseudomonas aeruginosa and 48 Acinetobacter baumannii strains isolated from the various materials at our hospital medical microbiology laboratory between 2009 -2010 include our study.
The identification of bacteria were done with standart clinic microbiological methods  and  API 20NE (Biomerieux) methods were used for the better characterization. The antibiotic resistance of isolates  was defined with disc diffusion method by following Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) advices. The clonal relationship of  the strains were investigate with the PFGE which is the most important methods for epidemiologic classification.  The rate of antibiotic resistance of P. aeruginosa are 30,3% to imipenem, 39,4% to aztreonam, 30,3% to amikasin, 36,4 % to ceftazidim, 33,3%  to meropenem, 30,3 % to cefepim, 27,3% to  gentamicin, 30,3% to  piperacilin tazobactam. The rate of resistance of A. baumannnii strains are 93,8% to piperacilin-tazobactam, 77,1% to amikasine, 47,9% to  gentamicine, 83,3% to  cefepim, 72,9% to  imipenem, 72,9% to meropenem, 87,5% to ceftazidim, 91,7% to aztreonam. In this study 40 %of the isolates had a multiple antibiotic resistance. Sixty percent of the isolates showed resistance to all antibiotics. The most effective antibiotic is CN, AK and TPZ with the rate of 70%. PFGE yielded 18 genotype ( % 54,5 ) among the 33 P. aeruginosa strains. Five of these genotypes included the clustered strains, each cluster included 2 to 8 strains.  The total clustering rate was 51,5% (17/33 strains). Four strains were defined as closely related. A total 21 isolates showed PFGE profiles having less than four DNA bant differences from each other. This result indicated 63,6% clonal relationship among the P. aeruginosa strains. Twelve strains 36,3(%) showed unique PFGE profile. We determined 13 PFGE types (27,08%)  among 48 A. baumannii strains. Of these geneotypes, 8 were cluster including  41 (85,4%) strains, 5 (10,4%) were unique.. The range of cluster varied from 2 to 12 strains. Two strains were defined as  closely relationship. If three or less DNA band differences criteria is considered, 43 of these strains (89,5% ) were classified  in clonal relationship.
In conclusion;  we founf cross-transmission among the 33  P. aeruginosa  and 48  A. baumannii strains isolated from intensive care unit in a six-month period. Sometimes, it was found that a patient was infected with the different genotypes of the same bacteria within a mounth or two mounth and someties different patients were infected by the same genotypes. The high crosss-transmisson rates among the tested isolates and high antibiotic resistance among the and, A. baumannii strains indicates the necessity of emergancy precaution to keep infection off in the intensive care unite. 

Keywords: P. aeruginosa, A. baumannii, PFGE, clonal relationship, geneotype, band differences