Türkiye'deki tavuk orijinli salmonella enteritidis suşlarının MLVA ve PFGE  ile genotiplendirilmesi ve antimikrobiyal direncin saptanması
Antimicrobial resistance and genotyping by MLVA and PFGE of chicken originated salmonella enteritidis in Turkey
Yazar: SEYYİDE SARIÇAM İNCE
Danışman: DOÇ. DR. HAMİT KAAN MÜŞTAK
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: PFGE = Pulsed field gel electrophoresis ; Salmonella = Salmonella ; Salmonella enteritidis = Salmonella enteritidis ; Tavuklar = Chickens

Özet:
Salmonellozis enfeksiyonu, nontypfoidal Salmonella serovarlarının neden olduğu zoonoz bir enfeksiyondur. Dünya çapında yaygın, gıda kaynaklı zoonoz enfeksiyonların başında gelmektedir. Kontamine gıda ve içme suyu ile gıda zincirine bulaşmanın olması, halk sağlığında ciddi riskler oluşturmaktadır. İnsanlarda yıllık ortalama 94 milyon gastroenterit vakası ile 155,000 ölüm meydana gelmektedir. EFSA 2019 yılı zoonotik etkenler raporuna göre, insanlarda en yaygın gözlenen Salmonella serovarı, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis'dir (%50,3). Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (S. Enteritidis) için major bulaşma yolunun kontamine yumurta ve kanatlı eti tüketimi olduğu bilinmektedir. Bu nedenle, kanatlı orijinli S. Enteritidis suşlarının çeşitlilik ve epidemiyolojilerinin belirlenmesi salmonellozis enfeksiyonunun izlenmesi ve kontrol altına alınması için oldukça önemlidir. Günümüzde salmonellozis salgın epidemiyolojisinin belirlenmesi amacıyla sıklıkla genotiplendirme yöntemleri kullanılmaktadır. Bu yöntemlerden biri Multiple Locus Variable Number of Tandem Repeats Analysis (MLVA)'dır. MLVA, Salmonella etkenlerinin moleküler epidemiyolojisinin saptanmasında kullanılan altın standart Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) ile kıyaslanabilir düzeyde yüksek ayırım gücüne sahip bir genotiplendirme yöntemidir. Bu çalışmada, Türkiye'deki farklı illerde yer alan tavuk kümeslerinden izole edilmiş 200 adet S. Enteritidis suşunun MLVA ile PFGE genotiplendirildi ve AMR (antimicrobial resistance) profilleri belirlendi. AMR testi sonucunda %21 oranda MDR (multi-drug resistant) S. Enteritidis tespit edildi. Ülkemizde ilk kez bu çalışma ile tavuk orijinli S. Enteritidis suşları için MLVA ile genotiplendirme gerçekleştirildi. PFGE ile 32 PFGE genotipi (PT), MLVA ile 34 MLVA genotipi (MT) saptandı. Baskın genotiplerin PT6 ve MT22 olduğu belirlendi. İki yöntemin de belirli örnek gruplarında izolatların kümes yetiştirme tipi, izolasyon yılı ve coğrafik lokasyona göre ayırımına olanak sağladığı anlaşıldı. PFGE'e kıyasla MLVA yönteminin kolay ve kısa sürede tamamlanabilen bir genotiplendirme yöntemi olduğu belirlendi. Ayrıca MLVA'nın geniş örnek gruplarında kullanılabilir bir yöntem olduğu tespit edildi.

Abstract:
Salmonellosis is a zoonotic infection caused by nontyphoidal Salmonella serovars. It is one of the leading food-borne zoonosis infections worldwide. Transmission to the food chain poses serious risks to public health with contaminated food and drinking water. In humans, an average of 94 million gastroenteritis cases occur annually, with 155.000 deaths. According to the EFSA 2019 zoonotic agents report, the most common Salmonella serovar in humans is Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (50.3%). The consumption of contaminated eggs and poultry meat is known to be the major transmission route for Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (S. Enteritidis). Therefore, determination of diversity and epidemiology of poultry strains is important in monitoring and controlling salmonellosis infection. Nowadays, genotyping methods are frequently used to determine epidemiology of salmonellosis outbreaks. Multiple Locus Variable Number of Tandem Repeats Analysis (MLVA), is one of these methods. MLVA is genotyping method that is used to reveal the molecular epidemiology of Salmonella agents and has a high discriminatory power comparable to the gold standard Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). In this study, a total of 200 S. Enteritidis strains genotyped by MLVA and PFGE and determined AMR (antimicrobial resistance) profiles which were isolated from chicken coops in different cities in Turkey. As result of the AMR test, MDR S. Enteritidis was detected with rate of 21%. For the first time in our country, genotyping was performed by MLVA for chicken originated S. Enteritidis strains. 32 PFGE genotypes (PT) were detected with PFGE, and 34 MLVA genotypes (MT) were detected with MLVA. Dominant genotypes were determined to be PT6 and MT22. It was understood that both methods allowed the separation of isolates according to poultry breeding type, isolation year and geographical location in some sample groups. Compared to PFGE, the MLVA method was determined to be an easy and short-term genotyping method. In addition, MLVA was detected to be a useful method in large sample groups.