Özofagus kanserlerinde P53 genindeki heterozigosite kaybının PCR ile tesbiti /
Yazar: TÜLAY TOS
Danışman: YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM PİRİM
Atatürk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2000
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Genler-P53 = Genes-P53 ; Heterozigotlar = Heterozygote ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Özofagus neoplazmları = Esophageal neoplasms

Özet:
Özofagus kanseri dünyada sık rastlanan kanserlerden biridir. Kanserin insidansına ve mortalite oranına bakıldığında Türkiye'de özellikle de doğu bölgesinde çok sık rastlanmaktadır. Cerrahi, radyoterapi ve kemoterapi gibi tedavi metodları uygulanmasına rağmen, hastalığın survisi beş yıl kadar kısadır. Bu sebepten dolayı, tedavi ve korunmanın yanında hastalığın moleküler temelini anlamak önemlidir. Tümör supressör genlerde meydana gelen anormallikler, özellikle p53 genindeki mutasyonlar özofagus kanserinde çok yaygındır. Yapılan çalışmalar p53 tümör supressör gen inaktivasyonunun kanserin ilerki safhalarında tespit edildiği yönündedir. Bununla beraber heterozigosite kaybı ve bunu takibinde mutasyonlara meylin arttığı bulunmuştur. Bu sebeble LOH tespiti özofagus kanserinin kliniğini anlama açısından faydalı bir bilgi verecektir. Biz çalışmamızda PCR/RFLP tekniği kullanarak özofagus kanserli olgularda 4. ekzon 72. kodonda heterozigosite kaybının tespitini hedefledik. Çalışmaya; 1998 ile 1999 tarihleri arasında Göğüs Cerrahisi Anabilim Dalı ve Patoloji Anabilim Dalında özofagus tanısı konan 33 ila 74 yaşları arasında değişen 13(%37,2) kadın ve 22(%62,8) erkek olmak üzere toplam 35 hasta üzerinde çalışıldı. Alınan numunelerden DNA izolasyonu yapıldı, izole edilen genomik DNA'lar p53 geninin 4. ekzonundaki 72. kodonu içine alan bölgeyi amplifiye eden iki çift primer (G-H, l-J) kullanıldı. G-H primerleri kullanılarak 66 bp'lik l-J primerleri kullanılarak 247 bp'lik fragmentler elde edildi. Bu fragmentler Bst U1 enzimiyle muamele edilerek LOH pozitifliğine bakıldı. Çalışmanın sonunda 35 hastanın 14'ünde(%40) heterozigosite bulundu. Bunun da 10(%71,4) squamoz hücreli karsinom, 4'ü(%28,5) adeno karsinomda tespit edildi. Parafin dokulardan ve inoperabl vakalardan aldığımız periferik kan örneklerinden heterozigosite kaybı tespit edilemedi. Bu çalışma Anabilim Dalımızda PCR/RFLP ile p53 gen lokusunda heterozigosite kaybını taramaya yönelik bir ön araştırmadır. Bu ön araştırmanın daha geniş çaplı çalışmalara temel oluşturması amaçlanmış olup, daha sonraki basamaklarda LOH pozitifliği tespit edilmiş vakalarda mutasyon analizleri yapılması hedeflenmiştir. ^C YÜKSEKÖĞRETİM KÜRDÜ! DOKÜMANTASYON MERKEZİ

Abstract:
Esophageal carcinome is one of the most common human cancers world-wide Esophageal cancer cases were found to be higher in Turkey particularly in the region of east. The incidence and mortality rate is particularly high in that region of Turkey. Despite various therapeutic interventions, including surgery, radiotherapy and chemotherapy, the 5 year survival rate for this disease remains low. Thus, to improve therapeutie and preventive interventions, a molecular nature of the disease is assential. Inactivation of the p53 tumor supressor gene is considered to be late event involved in the malignant transformation of esophegeal adenoma to cancer. In addition at the begining LOH was observed, the later increased mutation incidances were reported. Thus LOH detection is thouhgt to provide useful information for the clinical management of esophegeal neoplasms. In our study, we aimed to detect LOH in 72. codon of 4th. exon of p53 gene locus of samples from patients with esophegous cancers by using PCR/RFLP technique. We evaluated 35 samples from patients enrolled chest surgery department from 1998 to 1999. DNA was purified from all these samples. 4th. exon of p53 gene region was amplified by two set of primers called G-H and l-J. Amplified PCR products were treated with Bst U1 restriction enzime. According to fragmentation LOH was evaluated. 14 of 35 patients were exhibited LOH positivity (40 %). Amoung this 10 (71.5%) was squamous cell carcinoma and 4 (28.5 %) was adeno carsinoma. LOH positivity was not observed in samples of blood and parraffin. By this study, LOH was shown in esophegeal samples, next step will be examining of LOH positive samples for mutation screening for future study.