Farklı kayısı genomlarını (Hacıhaliloğlu, stark early orange, zard, ordubatbenzeri) karşılaştırarak polimorfik ssr ve snp lokusların tespit edilmesi
Determination of polymorphic ssr and snp locations by comparing different apricot genomes (Hacihaliloğlu, stark early orange, zard, ordubatbenzeri̇)
Yazar: NECATİ ÇETİNSAĞ
Danışman: DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Kayısı (Prunus armeniaca), dünya çapında önemli bir meyve türüdür. Şarka olarak da bilinen, Plum pox virus (PPV) kayısıda verim kaybına neden olan önemli bir viral hastalıktır. Bu tez çalışmasında PPV'ye dayanıklı ve hassas 4 kayısı çeşidinde (Hacıhaliloğlu, Ordubatbenzeri,  Stark Early Orange (SEO), Zard) PPV dayanıklılık lokusu (PPVres) nükleotid (nt) dizisinin yüksek kapasiteli dizileme sistemleri ile belirlenmesi ve bu lokus üzerinde bulunan polimorfik bölgelerin keşfedilmesi hedeflenmiştir. DNA dizilmesi Illimuna High Seq 2000 sistemi ile gerçekleştirilmiştir. Ham veriler temizlenip ve filtrelendikten sonra SEO, Ordubatbenzeri, Zard çeşitleri için sırasıyla 94.975.040, 116.835.356, 113.792.588 okuma elde edilmiştir. Üç çeşidin okumaları, Şeftali ve Hacıhaliloğlu genomunda 1. kromozom üzerindeki 8400000-8700000. nükleotidler (nt) arasındaki 300 bin nt uzunluğundaki parçaya eşleştirilerek, üç çeşit için PPVres lokusu elde edilmiştir. Üç çeşidin 300.000 nt uzunluğundaki PPVres lokusu, Hacıhaliloğlu PPVres lokusu ile karşılaştırıldığında keşfedilen varyasyon/SNP sayısı SEO'da 26.155, Ordubatbenzeri'nde 25.891, Zard çeşidinde ise 25.516 olarak bulunmuştur.  Ayrıca 103 adet (-di, -tri, -tetra) SSR lokusu tespit edilmiş ve 58 tanesinin polimofik olduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen bu varyasyonlar PPVres lokusunda yer alan PPV dayanıklılık gen veya genlerinin keşfedilmesinde, markör destekli seleksiyon (MAS) çalışmalarında kullanılabilecek markörler geliştirilebilecektir.
Anahtar Kelimeler: Yüksek kapasiteli dizileme (HTS), Şarka, Tek Nükleotid polimorfizmi (SNP), Basit Tekrarlı Diziler (SSR)

Abstract:
Apricot (Prunus armeniaca) is an important fruit species worldwide. Plum pox virus (PPV), also known as Sharka, is an important viral disease that causes loss of yield in apricot.  In this thesis, we aimed to obtain the nucleotide (nt) squence of PPV resistence loci (PPVres) using high capacity sequencing systems and to explore the polymorphic areas on this loci, in four apricot accessions (Hacihaliloğlu, Ordubatbenzeri,  Stark Early Orange (SEO), Zard). DNA sequencing was conducted with Illimuna High Seq 2000 system. After the raw data was cleaned and filtered, 94.975.040, 116.835.356, 113.792.588 reads were obtained for SEO, Ordubatbenzeri and Zard species, respectively. The PPVres loci for the three varieties were obtained by aligning the reads to the 300,000 nt long fragment between 8400000 and 8700000th nucleotides (nt) on the first chromosome in the peach and Hacihaliloğlu genome. Comparision the 300,000 nt long PPVres loci to Hacihaliloğlu PPVres reveaeled 26.155 indels/SNPs for SEO, 25.891 in Ordubatbenzeri, 25.516 in Zard. In addition, 103 SSR loci (-di, -tri, -tetra) were ıdentified and out of the total, 58 were polymorphic. The polymorphic sites will be used in the discovery of the PPV resistance gene(s) located in the PPVres loci and in the development of markers that can be used in marker assisted selection (MAS) studies.
Key Words: High-Throughput Sequencing - HTS, Sharka, Single Nucleotide Polimorphism (SNP), Simple Sequence Repeats (SSR)