Meme kanserinde uzun kodlamayan RNA FAM83H-as1'in proliferasyon üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of long non coding RNA FASM83H-AS1 on proliferation in breast cancer
Yazar: SERCAN KAPANCIK
Danışman: PROF. DR. VEYSEL KENAN ÇELİK
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Genler-tümör baskılayıcı = Genes-suppressor-tumor ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Onkogenler = Oncogenes ; RNA = RNA

Özet:
Meme kanseri, insidans ve prognoz açısından farklılık gösteren, farklı alt tipleri kapsayan, dünyada ve ülkemizde kadınlar arasında en fazla rastlanılan ve en sık ölümle sonuçlanan heterojen bir hastalıktır.
İnsan genom projesinin tamamlanmasının ardından, insan DNA'sının çoğunun protein kodlayan mesajcı RNA (mRNA) yerine kodlamayan RNA'lara (ncRNA) transkribe olduğu ortaya çıkmıştır. Kodlamayan RNA sınıfı olan uzun kodlamayan RNA'ların (lncRNA) işlevinin deşifre edilmesi, son yıllarda ortaya çıkan yeni bir araştırma alanıdır. LncRNA'lar kanser de dahil olmak üzere çeşitli patolojik hastalıklarda rol oynadığı bulunmuştur. LncRNA'lar hedef gen ekspresyonunu çeşitli mekanizmalar veya biyolojik moleküllerle etkileyebilmektedir. Bu nedenle, çalışmamızda meme kanserinde yüksek düzeyde eksprese edilen lncRNA FAM83H-AS1'in tümör süpresör genler ve onkogenler üzerinde etkilerinin olup olmadığını araştırmayı amaçladık.
Çalışmamızda meme kanseri hücre hattı MCF-7 kullanıldı. Dizayn edilen FAM83H-AS1-siRNA havuzunun transfekte edildiği hücreler (Grup 2) ile negatif kontrol siRNA'sının (Grup1) transfekte edildiği hücrelerden cDNA sentezlendi. Onkogenler ve tümör süpresör genler ile ilişkili proliferasyon genlerinin ifade edilme profilleri real-time PCR ile belirlendi. Proliferasyon ile ilişkili genlerin ifade edilme düzeyleri belirlendikten sonra, iki grup arasında bu genlerin ekspresyon düzeyleri arasındaki farklar belirlendi. Ayrıca MCF-7 hücre hattında her iki grup için 72 saatlik inkübasyonun ardından XTT hücre canlılığı analizleri yapıldı.
Tümör süpresör genler olan BAX, FOXD3, MLH1, RUNX3 ve SERPINB5'in, grup 1'e göre kıyaslandığında grup 2'de ekspresyonları anlamlı olarak arttı (p<0,05). MYCN ve REL onkogenlerinin grup 1'e göre kıyaslandığında grup 2'de ekspresyonları anlamlı olarak azaldı (p<0,05).
Sonuç olarak, lncRNA FAM83H-AS1 tümör süpresör ve onkogenlerin ekspresyon düzeylerini etkileyerek, proliferasyonu arttırdığı meme kanserinin oluşumunda ve ilerlemesinde etkili olduğu söylenebilir.

Abstract:
Breast cancer, is a heterogeneous disease which is the most common cause of death among women in our country and in the World, that shows the index of incidence and prognosis, with different subtypes,
Upon completion of the human genome project, it turns out that most of the human DNA is transcribed into non-coding RNAs (ncRNA) instead of the protein-encoding messenger RNA (mRNA).
Revealing the function of long non-coding RNAs (lncRNA), the class of non-coding RNAs, is a recently emerging area of research. It was found that, LncRNAs play a role in a variety of pathological diseases, including cancer.
LncRNAs can affect target gene expression by several mechanisms or biological molecules. Therefore, in our study, it was aimed to investigate whether the lncRNA FAM83H-AS1, which is highly expressed in breast cancer, has effects on tumor supressor genes and oncogenes or not.
The breast cancer cell line MCF-7 was used in our study. cDNA was synthesized from the designed siRNA-FAM83H-AS1 transfected cells (Group 2) and transfected cells of the negative control siRNA (Group1) .
The expression of proliferation genes, which are related with oncogenes and tumor supressor genes, was determined by real-time PCR. After determining the expression levels of proliferation related genes, the differences of expression levels between two groups were compared. Furthermore, XTT cell viability test was performed for both groups on MCF-7 cell line.
Expression of tumor supressor genes BAX, FOXD3, MLH1, RUNX3 and SERPINB5 were significantly increased in group 2 when compared to group 1 (p <0.05). When MYCN and REL oncogenes were compared to group 1, their expressions in group 2 decreased significantly (p <0.05).
As a result, it can be concluded that the lncRNA FAM83H-AS1 is effective in formation and progression of breast cancer by affecting the expression levels of oncogenes and tumor supressor genes.