Marker kromozomlu olguların ileri moleküler genetik analizleri ile genotip - fenotip korelasyonu
Genotype-phenotype correlation of marker chromosome cases with advanced molecular genetic analyses
Yazar: YAVUZ BAYRAM
Danışman: PROF. DR. MEHMET ALİKAŞİFOĞLU
Hacettepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2012
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: FISH = FISH ; Fenotip = Phenotype ; Genetik belirteçler = Genetic markers ; Genotip = Genotype ; Kromozom analizi = Chromosome analysis ; Kromozomlar = Chromosomes ; Moleküler biyoloji = Molecular biology

Özet:
BAYRAM, Y. Marker kromozomlu olguların ileri moleküler genetik analizleri ile genotip - fenotip korelasyonu. Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilimdalı Uzmanlık Tezi, Ankara, 2012. Marker kromozomlar, ?tek başına konvansiyonel sitogenetik bantlama yöntemleri ile karakterize edilemeyen ve çoğunlukla aynı metafaz sahasındaki 20. kromozoma eşit büyüklükte ya da daha küçük olan yapısal olarak anormal kromozomlar? olarak tanımlanmakta ve sSMC (small Supernumerary Marker Chromosomes) olarak isimlendirilmektedirler. Marker kromozomların prenatal olarak saptanma sıklığı % 0.075, yenidoğanlarda görülme sıklığı %0.044'tür. Zihinsel yetersizliği bulunan hastalarda % 0.28 oranında gözlenirken infertilite olgularının %0.125'inde marker kromozom taşıyıcılığı gösterilmiştir.Bu çalışmada zihinsel yetersizliği ve dismorfik bulguları olan, sitogenetik analizlerinde marker kromozom saptanan 7 olgu ayrıntılı olarak incelendi. Hastaların Affymetrix® 250K SNP array ve SubcenM-FISH (Subcentromer-specific multicolor FISH) yöntemleri ile analizleri yapılarak marker kromozomların kökeni, yapısı ve başlangıç-bitiş noktaları tespit edildi. 4 olguda tetrazomi 18p, 2 olguda inv dup(15), 1 olguda da min(15) kuruluşuna sahip marker kromozom varlığı gösterildi. Tetrazomi 18p hastalarında zihinsel yetersizlik, gelişimsel gecikme, mikrosefali, strabismus, tipik dismorfik yüz görünümü (belirgin burun kökü, kulak anomalileri, mikrostomi) ortak klinik bulgulardı. sSMC(15) hastalarında saptanan ortak klinik bulgular zihinsel yetersizlik, gelişimsel gecikme, nöbetler, davranış bozuklukları ve konuşmada gerilikti.Bu çalışmada marker kromozomunun orijini belirlenen hastaların klinik bulguları daha önce literatürde sınırlı sayıda bildirilen olgular ile karşılaştırılarak literatüre katkı sağlandı. Tetrazomi 18p ve sSMC(15) hastalarının klinik takibi için önerilerde bulunuldu. 15. kromozom üzerindeki genlerin fonksiyonları incelendi ve sSMC(15) hastalarındaki klinik bulguların, marker kromozom üzerinde bulunan dozaj-duyarlı genlerdeki kopya sayısı artışı ile ilişkili olduğu düşünüldü.Anahtar Kelimeler: Marker kromozom, sSMC, tetrazomi 18p, inv dup(15), min(15)

Abstract:
ABSTRACTBAYRAM, Y. Genotype-phenotype correlation of marker chromosome cases with advanced molecular genetic analyses. Hacettepe University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics, Thesis, Ankara, 2012. Marker chromosomes are defined as ?structurally abnormal chromosomes which cannot be identified unambiguously by conventional cytogenetics alone, and are equal in size to or smaller than a chromosome 20 of the same metaphase spread? and named as sSMC (small Supernumerary Marker Chromosomes). Marker chromosomes are present in 0.075% of unselected prenatal samples and in 0.044% of newborns. 0.125% of people with problems in conceiving are sSMC carriers and this rate is 0.28% in intellectually disabled patients.Seven cytogenetically described marker chromosome cases with intellectual disability and dysmorphic findings are examined in detail. The origin, structure and start-end position of marker chromosomes determined with Affymetrix® 250K SNP array and SubcenM-FISH (Subcentromere-specific multicolor FISH) analyses. The structures of marker chromosomes are revealed as tetrasomy 18p in 4 patients, inv dup(15) in 2 patients and min(15) in 1 patient. Intellectually disability, microcephaly, strabismus, typical dysmorphic face appearance (prominent nasal root, ear anomalies, microstomia) were common clinical findings in tetrasomy 18p patients. In sSMC(15) patients the common clinical findings were determined as developmental delay, mild intellectually disability, seizures, behavioral disorders and speech delay.Contribution to literature was made by comparing clinical findings of marker chromosome patients with the limited published cases in the literature. Follow-up protocols for patients with tetrasomy 18p and sSMC(15) were established. The functions of genes on chromosome 15 were investigated and we considered that the clinical findings of sSMC(15) patients are associated with copy number alteration of dosage-sensitive genes on marker chromosome.Key Words: Marker chromosome, sSMC, tetrasomy 18p, inv dup(15), min(15)