Rektum kanserinde memeli rapamisin hedefi protein yolağı gen profilinin çıkarılması
Removal of mammalian rapamycin target protein pathway gene profile in rectum cancer
Yazar: PELİN YONAR KAPLAN
Danışman: DOÇ. DR. PINAR MEGA TİBER
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyofizik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyofizik = Biophysics
Dizin: Apoptozis = Apoptosis ; Genler = Genes ; Mammalian target of rapamycin = Mammalian target of rapamycin ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Rapamisin = Rapamycine ; Rektal hastalıklar = Rectal diseases ; Rektal neoplazmlar = Rectal neoplasms

Özet:
Amaç: Bu çalışmada ileri evredeki rektal kanser hastalarında mTOR yolağına ait bazı genlerin ekspresyon profili incelenmiştir. mTOR aşırı aktivitesinin tümör başlangıcı ve gelişimine anlamlı düzeyde katkıda bulunduğu gösterilmiştir. Burada bir tümör supresör olan PTEN genindeki mutasyonların önemli rol oynadığı belirlenmiştir. Bu nedenle çalışmada mTOR ile her iki mTOR kompleksinde ortak mLST8 ekspresyonu ile PTEN ekspresyonları öncelikli olarak hedeflenmiştir. Radyasyon tedavisinde tetiklenen serbest radikal ve DNA hasarı oluşumunda rol alan proteinlerden biri olan REDD1 (DDIT1) protein ekspresyonuna ve REDD1/ PTEN korelasyonuna bakılmıştır.
Gereç ve Yöntemler: Histolojik değerlendirme ile ileri düzeyde rektum karsinom tanısı konan 32 hastandan doku örnekleri toplanmıştır. Biyopsilerden toplam RNA izole edilmiş, bu RNA' lardan da cDNA sentezi yapılmıştır. Bu cDNA' nın kullanılmasıyla gerçek zamanlı PZR reaksiyonları gerçekleştirilerek gen ekspresyon seviyeleri belirlenmiştir.
Bulgular: Sağkalım analizlerinde çalışmamızdaki proteinler bakımından anlamlı bir ilişki görülmemiştir. Sağkalım ilişkisi bakımından en düşük anlamlılık değeri mLST8 için elde edilmiştir. (p= 0.196). Korelasyon analizlerinde beklenebileceği gibi mTOR ekspresyonu ile mLST8 ekspresyonu arasında korelasyon saptanmıştır (p= 0.000). REDD1 ile PTEN arasında korelasyon saptanmıştır (p= 0.001). Ancak ekspresyon seviyeleri ve sağkalım süreleri arasında bir bağlantı görülmemiştir.
Sonuçlar: Sonuç olarak KRT' ye verilen bireysel yanıtta mTOR, REDD1 ve PTEN proteinlerinin bazal ekspresyon seviyelerin yanıtı öngörmede bir katkısı olmadığını, yalnızca mLST8'in böyle bir potansiyel taşıyor olabileceğini söyleyebiliriz. mLST8 için daha geniş bir grupta tekrarlanması yerinde olacaktır.
Anahtar Sözcükler: Apoptoz, mTOR Yolağı, Rektum Kanseri, NOXA, SAG

Abstract:
Aim: In this study, gene expression profile of several genes in mTOR pathway were examined in advanced stage rectal cancer patients. mTOR is a member of serine/ threonine protein kinase considering its role in the integration of extracellular and intracellular signals to regulate cell growth, proliferation and apoptosis. It is a known contributor to tumor initiation and development. Mutations of PTEN, a tumor suppressor, play an important role. Main objective of the study was to determine relative levels of mTOR, mLST8 which is a common component of both mTORC1 and mTORC2 complexes and PTEN. REDD1 gene as a contributor to DNA damage and ROS formation following radiotherapy applications, was also examined and correlation between REDD1/ PTEN was determined.
Methods: Tissue samples were collected from 32 patients who had histologically advanced cell carcinoma of rectum. Total RNA was extracted from biopsies, total RNA was reverse transcribed using cDNA and used as a template in real¬time PCR reactions.
Results: There was no linkage between survival analyses and proteins of interest. The lowest p- value was for mLST8 (p= 0.196).  Correlation analyses showed an expected correlation between mTOR and mLST8 levels (p= 0.000). Similarly a correlation existed between REDD1 and PTEN gene expressions (p= 0.001). However, there was no relation between expression levels and survival periods.
Conclusion: This study showed that basal levels of mTOR, PTEN and REDD1 proteins do not have any significant contribution to estimate individual responses to CRT, but mLST8 can be a possible candidate.
Key Words: Apoptosis, mTOR Pathway, Noxa, Rectum Cancer, SAG