Değişken alan jel elektroforezi yöntemi ile salmonella serotiplerinin tanısı
Identification of salmonella serotypes by pulsed field gel electrophoresis
Yazar: AHMET CANER SÖNMEZ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Salmonella = Salmonella

Özet:
Bu çalışmada Türkiye?den izole edilen ve tanımlanan Salmonella serotiplerinde, genetik farklılığın analizinde değişken alan jel elektroforezi (PFGE) yönteminin ülkemiz şartlarındaki kullanım olanakları araştırılmıştır. DNA?ları XbaI Fastdigest restriksiyon endonükleazı ile kesilerek PFGE analizi gerçekleştirilen 98 adet DMC kodlu Salmonella serotipi, evrensel standart suş S. Braenderup H9812 baz alınarak 36 farklı PFGE profil grubuna ayrılmıştır. Her profil grubu kendi içerisinde ve diğer profillerle karşılaştırılarak benzerlik (similarity) matrisleri oluşturulmuştur. Buna göre tüm suşların PFGE profillerinin birbirleriyle en az % 12,6 en fazla % 96,5 oranında benzerlik taşıdıkları tespit edildi. Profillerin filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi için NTSYS pc. ver. 2.2 paket programı ile kümelenme (Cluster) analizi yapılmış ve UPGMA (Unweighted pair group with mathematical averaging) dendogramı çizilmiştir. Elde edilen dendogram ile 98 adet suşun % 75,5?lik kısmı A kolunda; % 24,5?lik kısmı ise B kolunda olmak üzere 2 ana kolda gruplandılrmıştır. S. Bispebjerg suşunun A kolunda diğer suşlardan ayrı olarak tek dalda yer aldığı görülmüş ve çalışmamızda genotipik açıdan en az benzerliğe sahip suş olarak değerlendirilmiştir. En yüksek profil çeşitliliği S. Montevideo serotipinde (% 100) belirlenmiş; S. subsp. I Roughform serotipi S. Enteritidis ile; S. Group C1 serotipi S.Thompson ile yüksek oranda benzerlikler göstermiştir. Bu çalışma ile laboratuvarımızdaki DMC kodlu Salmonella suşları koleksiyonumuzda serotipi belirlenmemiş bulunan DMC 21 kodlu suş S. Infantis profiline (INF 2) sahip bulunmuştur. Ayrıca tiplendirme metotlarının ayrım gücünün tespitinde kullanılan Simpson nümerik ayrımlandırma indeksi, çalışmamız için % 95,6 olarak hesaplanmıştır. S. Corvallis, S. Enteritidis, S. Infantis, S. Group C1, S. Thompson ve S. Virchow suşlarının oluşturdukları PFGE profil gruplarının kendi içlerinde birbirlerine çok yakın oldukları (sırasıyla; % 93,3; % 89,6; % 97,4; % 96,1; % 96,1 ve % 94,1) tespit edilmiştir.
Haziran  2013,  78 sayfa
Anahtar Kelimeler: Salmonella, Değişken Alan Jel Elektroforezi, Tanı.

Abstract:
In this study, the capabilities of analyzing genetic differences of isolated and identified Salmonella serotypes originated from Türkiye by using pulsed field gel electrophoresis (PFGE) method, was investigated. All 98 Salmonella strains? DNA were digested by XbaI Fastdigest restriction endonuclease and  determined as of 36 different PFGE profile groups via using the universal size standard strain Salmonella Braenderup H9812. Similarity matrices were constituted by comparing every profile group within and between all the other groups. Accordingly, a minimum of 12,6 % and a maximum of 96,5 % similarity ratios were found among all the profile groups. In order to determine phylogenetic relationships of the profiles, cluster analysis and UPGMA (Unweighted pair group method with arithmetic mean) dendogram was constructed via using NTYSY pc. ver. 2.2 software. With the constructed dendogram, a two-main branched tree was shown and 75,5 % part of all the 98 strains were collected on A side of the branch, while 24,5 % part of the strains were collected on B side. In our study, S. Bispebjerg was considered as the most different strain of all serotypes and  it was constituted on a single branch next to the other strains of A side in the phylogenetic tree. The highest profile variability  was shown at S. Montevideo strain   with a 100 % score, and the highest similarity showing strains were S. subsp. I Roughform and   S. Enteritidis, S. Group C1 and S. Thompson. In this study, DMC 21 coded strain of our laboratory collection, which its serotype name was not known, has been identified as S. Infantis (INF 2) serotype. Simpson?s numerical index of discrimination; a calculation method which is used to determine the power of subtyping methods, was also applied for our study and resulted in 95,6 %. In addition, it was shown that S. Corvallis, S. Enteritidis, S. Infantis, S. Group C1, S. Thompson and S. Virchow strains had the highest similarity ratios within their profile group members;  the ratios were found such as; 93,3 %; 89,6 %; 97,4 %; 96,1 %; 96,1 %; and 94,1 %, respectively. 
June  2013, 78 pages   
Key Words:  Salmonella, Pulsed-Field Gel Electrophoresis, Identification.