Türk toplumunda HBB genindeki polimorfizmlerin sıklığının araştırılması
Study on the frequency of the HBB gene polymorphism in Turkish population
Yazar: DİLARA YILDIZ
Danışman: DOÇ. DR. MELİKE BOR ; PROF. DR. FERDA ÖZKINAY
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Dünyada en yaygın genetik hastalıklardan biri olan beta talasemi, 11. kromozomun kısa kolunda küme olarak lokalize olan beta globin genindeki genellikle nokta mutasyonların neden olduğu otozomal resesif bir hastalıktır. Hemolitik mikrositik anemiyle ortaya çıkan beta talasemi, diğer Akdeniz ülkelerinde olduğu gibi Türkiye' de de en yaygın görülen genetik bozukluklardan biridir. Bugüne kadar beta talasemiye neden olan 200' den fazla beta globin geni mutasyonu tanımlanmış olup, bu mutasyonların ülkemizde 30' dan fazla tipine rastlanmıştır. Son yıllarda, tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNPs) de, beta talasemiye olan yatkınlığı öngörmede etkili olup olmadığı araştırmalara konu olmuştur.Çalışmamızda, toplumda görülme oranı yadsınamayacak sıklıkta olan, beta talasemi tanılı Türk hastalarda, HBB genindeki polimorfizmlerin sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, beta talasemi tanısı konulmuş 55 Türk hastanın DNA dizi analizi sonrası elde edilen verileri, CLC Genomics Workbench 3 programına yüklenerek polimorfizmler araştırılmıştır. Bunun sonucunda 4 farklı tip polimorfizme rastlanmıştır. Bunlar; rs7480526 (T->G), rs7946748 (C->T), rs10768683 (G->C) ve rs1609812 (C->T) polimorfizmleridir. Bu polimorfizmler homozigot ya da heterozigot formlarda karşımıza çıkmıştır.Saptanan polimorfizmler arasında; homozigot polimorfizmlerin görülme sıklıkları, heterozigot polimorfizmlerin görülme sıklıkları, tüm polimorfizmlerin görülme sıklıkları, homozigot polimorfizmlerin cinsiyete göre görülme sıklıkları, heterozigot polimorfizmlerin cinsiyete göre görülme sıklıkları ve tüm polimorfizmlerin cinsiyete göre görülme sıklıklarının yanı sıra, HBB geninde saptanan polimorfizmlerin genotip çeşitlilikleri ile HBB geninde saptanan polimorfizmlerin allel sıklıkları belirlenmiştir. Tüm bunlara ek olarak, saptanan polimorfizmlerle çeşitli mutasyonların birlikteliklerine değinilmiştir.Bu çalışmanın, Türkiye' nin beta talasemi polimorfizm haritasına katkısı olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Beta thalassemia is one of the most common genetic diseases in the world. It is an autosomal recessive disease that emerges due to point mutation on beta globin gene, which is localized on short arm of 11. chromosome as cluster. Beta thalassemia, which occurs together with hemolytic anemia, is a very frequently observed genetic disorder in Mediterranean countries, as well as in Turkey. Up to date, 200 thalassemia causing beta globin genes have been discovered and more than 30 different types of those have been identified in Turkey. In recent years, the importance of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in predicting the susceptibility to beta thalassemia has also been a research topic.In this study, we aim to investigate the frequency of HBB gene polymorphisms in Turkish patients who have been diagnosed as beta thalassemia. For this purpose, DNA sequence analysis data of 55 beta thalassemia diagnosed Turkish patients were analyzed by CLC Genomics Workbench 3 to detect polymorphisms. As a result, four types of polymorphism were detected, which are rs7480526 (T->G), rs7946748 (C->T), rs10768683 (G->C) and rs1609812 (C->T). These polymorphisms were appeared in homozygous or heterozygous forms.In detected polymorphisms, we investigated the incidence of homozygous polymorphisms, the incidence of heterozygous polymorphisms, the incidence of all types of polymorphisms, the incidence of homozygous polymorphisms according to gender, the incidence of heterozygous polymorphisms according to gender and the incidence of all types of polymorphisms according to gender; as well as the diversity of polymorphisms and allele frequencies of polymorphisms in HBB gene. In addition, we discuss several mutations and their relations with the detected polymorphisms.We think that, the results of this study would contribute to the map of Turkey?s beta thalassemia polymorphism.