Türkiye'de yayılış gösteren Echinops spinosissimus türünün nuklear DNA (ITS) dizileri kullanılarak genetik varyasyonlarının belirlenmesi
In the nuclear distributed Echinops spinosissimus type of Turkey DNA (ITS) the determination of the sequence using genetic variations
Yazar: GÜLSÜN GÜÇLÜ
Danışman: PROF. DR. CEM VURAL
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
TÜRKİYE'DE YAYILIŞ GÖSTEREN ECHINOPS SPINOSISSIMUS TÜRÜNÜN NUKLEAR DNA (ITS) DİZİLERİ KULLANILARAK GENETİK VARYASYONLARININ BELİRLENMESİ

Gülsün GÜÇLÜ
Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Yüksek Lisans Tezi, Haziran 2019
Tez Danışmanı: Prof. Dr. Cem VURAL
ÖZET
Nüklear Ribozomal DNA'nın ITS1 ve ITS4 gen dizileri filogeni çalışmalarında ve türlerin tanımlanmasında ve tür içi varyasyonların belirlenmesinde kullanılan etkili araçlardan biridir. Bu çalışmada Echinops spinosissimus örneklerine ait Türkiye örnekleri ile Gen Bankası'ndan alınan örnekler birlikle analiz edilerek genetik varyasyonları belirlenerek filogenetik ilişkilerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Türkiye'ye ait çalışılan 18 örnek, ITS1 ve ITS4 primerleri kullanılarak bu bölgelere ait gen dizilimleri elde edildi. Maksimum Likelihood (ML), Bayasian ve Neighbour-Joining (NJ) metodları hem Türkiye örnekleri hem de Gen Bankasın'dan alınan örneklerle filogenik ağaçlar oluşturuldu. Türkiye örnekleri tüm ağaçlarda benzer dallanmalar gösterirken iki ana grup oluştuğu gözlemlendi. Batı Anadolu'yu temsil eden örnekler birlikte kümelenirken Türkiye'nin diğer bölgelerini temsil eden örnekler birlikte diğer grubu oluşturdu. Gen Bankası örnekleri ile birlikte yapılan analizler sonucunda, Türkiye örneklerinin Orta Doğu örnekleri ile nispeten bir arada kümelendiği ancak Şanlıurfa-Birecik'e ait olan örneğin Afganistan, Tacikistan ve Kırgızistan örnekleri ile birlikte daha yakın kümelenme gösterdiği tespit edildi.
Çalışmamızda tek türün iki alttüre ait popülasyonları iki markır yardımı ile değerlendirilmeye çalışılmıştır. Örneklem sayısı ve coğrafik kapsama alanı açısından tatmin edici olmadığı, ancak eldeki bulgular değerlendirildiğinde çalışmamız sonuçlarının türün daha önce diğer araştırıcılar tarafından yapılmış morfolojik değerlendirmeleri desteklediği görülmüştür. İki alttürün morfolojik olduğu kadar kullandığımız markırlar içinde belli oranda farklı olduğu bulunmuştur. 
Çalışmamız göstermiştir ki; Echinops spinosissimus türüne ait popülasyonların filogenetik durumlarını daha iyi açıklığa kavuşturmak için, kullanılan markırlar ve örnek sayısı arttılarak nüklear DNA ve kloroplast DNA'dan elde edilecek büyük veri setlerinin kullanılması gerekmektedir.

Anahtar Kelimeler: Echinops spinosissimus, ITS1, ITS4, filogeni, Gen Bankası, Türkiye

Abstract:
IN THE NUCLEAR DISTRIBUTED ECHINOPS SPINOSISSIMUS TYPE OF TURKEY DNA (ITS) THE DETERMINATION OF THE SEQUENCE USING GENETIC VARIATIONS

Gülsün GÜÇLÜ

Erciyes University, Graduate School of Natural and Applied Sciences
M.Sc. Thesis, June 2019
Thesis Supervisor: Prof. Dr.  Cem VURAL

ABSTRACT
The ITS1 and ITS4 gene sequences of nuclear ribosomal DNA are used in phylogeny studies and in the identification of species and in one of the means used by the method of intra-species variations. Examples of this study Echinops spinosissimus of samples of the Turkey is supplied with the Gene Bank with examples aimed to determine the phylogenetic relationships determined by analyzing genetic variation. Studied 18 samples of the Turkey, using ITS1 and ITS4 primers for these regions of the gene sequence was obtained. Maximum Likelihood (ML), Bayas and Neighbor-Joining (NJ) method are both examples of Turkey was created phylogenetic trees with samples taken from the Gene Bank. Turkey examples was observed that all the trees in the two groups showed similar branching occurs. Representative examples of western Anatolia, the samples representing the cluster in other regions of Turkey was created other groups together. Gene result of the analysis carried out in conjunction with the Bank of samples, Turkey examples of the Middle East instances where relatively stacking together but Sanliurfa Birecik belonging eg Afghanistan, it was found that Tajikistan and show closer clustering with Kyrgyzstan samples.

In this study, populations of two subspecies of one species were evaluated with two markers. It was found to be unsatisfactory in terms of sample size and geographical coverage, but when the available findings were evaluated, it was found that the results of our study supported the morphological evaluations made by other researchers. It was found that the two subspecies were morphologically different as well as the markers we used.
Our study showed that; In order to clarify the phylogenetic status of populations of Echinops spinosissimus species, it is necessary to use large data sets from nuclear DNA and chloroplast DNA to increase the number of markers used and the number of samples used.


Keywords: Echinops spinosissimus, ITS1, ITS4, phylogeny, Gene Bank, Turkey