İdrar kültürüne bütüncül yaklaşım: Kontaminasyon oranı düşürülebilir mi?
A holistic approach to urine culture: Can contamination rate be reduced?
Yazar: EBRU FİDAN
Danışman: PROF. DR. AYŞEGÜL KARAHASAN
Marmara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Bakteriyoloji Bilim dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Kültür teknikleri = Culture techniques ; Mikrobiyal kontaminasyon =   ; Ürinasyon = Urination ; İdrar tahlili = Urinalysis

Özet:
Çalışmamızda idrar kültürlerinde kontaminasyonun belirleyicilerini ve kontaminasyon oranlarının azaltılması için yapılabilecek düzeltici-önleyici faaliyetlerin etkinliğini araştırmayı amaçladık. Ayrıca Gram boyalı mikroskopik incelemeye alternatif olarak kullanılabilecek otomatize sistemleri değerlendirdik.
Marmara Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına 1 Ocak- 31 Aralık 2019 tarihleri arasında 28.912 (%54,8)'si çocuk ve 23.857(%45,2)'si erişkin hastalardan gönderilen toplam 52.769 idrar örneğine ait kültür sonuçları analiz edildi.  Örneklerin 6.582 (%13)'si anlamlı üreme, 24.378 (%46)'i kontaminasyon ve 21.809 (%41)'u üremesiz olarak değerlendirildi. Anlamlı üreme saptanan örneklerde en sık izole edilen etken mikroorganizmalar sırasıyla Escherichia coli (%43,9), Klebsiella türleri (%15,3), mayalar (%10,3) ve Enterococcus faecalis (%8,7) idi. Kontaminasyon oranı erişkin erkeklerde %21,5 ve kadınlarda %59,8 olarak saptanırken erkek çocuklarında %35,6 ve kızlarda %60,2 olarak belirlendi. Erişkinlerde en yüksek kontaminasyon oranı polikliniklere başvuran kadınlarda (%67,3) saptanırken gebelerde bu oran (%89,6) belirgin olarak daha yüksekti (p<0,05). Çocuklarda en yüksek kontaminasyon oranı acil polikliniklerinden gönderilen örneklerde (ort:%62; kız:%72,5; erkek:%49) belirlendi. Kontaminasyon olarak sonuçlanan idrar kültürlenin %65,5'i 24 saatlik inkübasyon, %34,5'i ise 48 saat inkübasyon sonrası raporlanmıştı ve idrar örneklerini 18-24 saat inkübe ettiğimizde kontaminasyon oranımız %46'dan %30'a düşmekteydi. Kontaminasyon oranlarını azaltmak için 1 Şubat-30 Haziran 2020 tarihleri arasında polikliniklere başvuran kadınlara yönelik orta akım idrarı toplama yönteminin anlatıldığı yazılı talimatlar ve akabinde video tabanlı talimat olmak üzere iki farklı düzeltici-önleyici faaliyet uygulandı. Ancak kontaminasyon oranlarında anlamlı bir düşme saptanamadı. 
Gram boyalı mikroskopik incelemeye alternatif olarak kullanılabilecek akış sitometrisi temelli otomatik idrar analiz cihazı UF-5000 (Sysmex Co Japonya)   ve dijital görüntü tanıma temelli bir analizör ile otomatik strip okuyucunun entegre edildiği FUS-200/H-800 (Dirui Industrial Co. Ltd, Çin) platformu ile çalışılan tam idrar tetkikinin (TİT) performansı değerlendirildi. Kültür sonuçları altın standart kabul edildiğinde, Sysmex UF-5000 cihazının 'Gram negatif?' işaretinin duyarlılığı %78,4, pozitif öngörü değeri  %99,4; 'Gram pozitif?' işaretin duyarlılığı %87, pozitif öngörü değeri %69,1 olarak hesaplandı.  Aynı gün içinde çalışılmış TİT ve idrar kültürü olan 1.195 örnek değerlendirildiğinde ise; Gram boyamada lökosit görülmeyen ya da nadir lökosit görülen 1.132 örneğin  %12,3 'ünde   >5 lökosit/HPF (high power field) , %11,9 'unda lökosit esteraz (LE) pozitifliği saptandı.  Gram boyamada orta-yoğun lökosit görülen 63 örneğin ise %84,1 'inde  >5 lökosit/HPF ve %82,5'inde LE pozitifliği saptandı.

Abstract:
In this study we aimed to search determinants of urine culture contamination and effectiveness of preventive measures that implemented to lower high contamination rates. Furthermore we evaluated the performance of automated urinalysis systems as alternative methods to Gram stain.
Culture results of 52.769 urine samples (children: 28.912; adults: 23.857) that sent to Marmara Universty Medical Microbiology Laboratory from 1 January to 31 December 2019 have analysed. There were 6.582 (13%) samples with significant uropathogen growth, 24.378 (46%) samples with contamination and 21.809 (41%) samples with no growth. In samples with significant growth, most common isolated microorganism was Escherichia coli (43,9%) followed by Klebsiella spp. (15,3%), yeasts (10,3%) and Enteroccus faecalis (8,7%). The contamination rate was 59,8% for female adults and 21,5% for male adults whereas it was 60,2% for girls and 35,6% for boys. Highest contamination rates for adults had seen in outpatient clinics for females (67,3%) and pregnant women significantly had higher rates (89,6%) (p<0,05). For children the highest contamination rates had seen in emergency department with an average rate of 62% (girls:72,5%; boys:49%). Among the 24.378 contaminated urine cultures 65,5% had reported after 24h of incubation and 34,5% after 48h of incubation. With an 18-24 h incubation period our average contamination rate declined to 30% from 46%. Starting from 1 February to 30 June 2020 firstly written, than video based clean-catch mid-stream urine collection instructions implemented for female patients who applied to outpatient clinics to lower contamination rates. However we couldn't achive a significant decline in contamination rates post implementation for both written and video based instructions. 
As possible alternative methods to Gram stained manual microscopy, we evaluated the performance of an automated flow cytometry urine analyser UF-5000 and urinalysis (UA) performed on FUS-200/H-800 platform (Dirui Industrial Co., Ltd, China) which is digital image recognition based automated urine analyser that entegrated with automated dipstick analyser. Regarding the performance of UF-5000 'Bact Info Flag' option, sensitivity and positive predictive value (PPV) of 'Gram neg?' flag calculated as 78,4% and 99,4% and sensitivity and PPV of 'Gram pos?' flag calculated as 87% and 69,1% respectively by using culture results as gold standard. Within the 1.195 urine samples that tested on the same day for both UA and culture; of 1.132 samples with no or trace leucocytes (leu) in Gram stain, 12,3% had > 5 leu/HPF and 11,9% had leucocyte esterase (LE) posivitivity with UA. Medium or high amount leucocytes had seen with Gram stain in 63 samples of which 84,1% had > 5 leu/HPF and 82,5% had a positive LE with UA.