Schizosaccharomyces pombe'de heksoz taşıyıcılarının düzenlenmesine katılan transkripsiyon faktörlerinin araştırılması
The investigation of transcription factors involved in the regulation of hexose transporters in Schizosaccharomyces pombe
Yazar: MERVE SEDA İBİŞOĞLU
Danışman: PROF. DR. BEDİA PALABIYIK ; PROF. DR. AYŞEGÜL SARIKAYA
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu tez çalışması kapsamında farklı karbon kaynaklarında üretilen Schizosaccharomyces pombe ırklarında, SPCC320.03 geninin (Saccharomyces cerevisiae'de Rgt1 transkipsiyon faktörünü şifreleyen RGT1 geninin ortoloğudur) heksoz taşıyıcılarını şifrelen ght 1-6 genlerinin transkripsiyonları üzerindeki etkisi incelendi. Farklı kaynaklarının karbon katabolit mekanizmasında transkripsiyon faktörü olarak görev alan scr1 geni ve glukoneogenesis yolağında görev alan fbp1 geninin transkripsiyonları üzerine olan etkisi deneyin etkinliğinin kontrolü olarak gerçekleştirildi. Bu amaçla SPCC320.03 geninin pSLF272 vektörü ile ligasyonu gerçekleştirildi ve iki S. pombe ırkına, EDD666 ve SPCC320.03Δ, transformasyonu yapıldı. Transformasyonun başarısı PCR ve western blot analizleri ile kanıtlandıktan sonra, %2 glukoz, %2 glukonat ve %2 gliserol + %0,1 glukoz içeren besiyerlerinde üretilen S. pombe ırklarında ilgili genlerin RNA ekspresyon seviyeleri Real-Time PCR yöntemi ile incelendi. EDD666 ırkına oranla SPCC320.03Δ ırkında; %2 glukonat ile %2 gliserol + %0,1 glukoz ortamında ght3, ght4 ve ght6 genlerinin gen anlatım düzeylerinin arttığı; %2 gliserol + %0,1 glukoz ortamında ise ght2 geninin ise anlatımının azaldığı gözlemlendi.  Elde edilen sonuçlar ile SPCC320.03 geninin glukoz açlığı durumda ght3, ght4 ve ght6 glukoz taşıyıcı genlerinin anlatımını negatif yönde düzenleyebilen; ght2 glukoz taşıyıcı geninin anlatımını ise pozitif yönde düzenleyebilen bir transkripsiyon faktörü olabileceği açısından güçlü kanıtlar sunulmuştur.

Abstract:
In this study, the effect of SPCC320.03 gene (which is the orthologist of the RGT1 gene encoding the Rgt1 transcription factor in Saccharomyces cerevisiae) on the transcription of the hexose transporters in Schizosaccharomyces pombe strains produced in different carbon sources was investigated. The effects of different sources on the transcription of the scr1 gene, which is a transcription factor in the carbon catabolite mechanism, and the fbp1 gene, which is involved in the gluconeogenesis pathway, was performed as a control of the efficiency of the experiment. For this purpose, the SPCC320.03 gene was ligated with the pSLF272 vector and transformed into two S. pombe strains, EDD666 and SPCC320.03Δ. The transformation proved successful by PCR and western blot analysis, followed by RNA expression levels of the relevant genes in S. pombe strains grown in medium containing 2% glucose, 2% gluconate and 2% glycerol + 0.1% glucose by Real Time PCR method. Compared to EDD666 gene expression rate, in SPCC320.03Δ gene expression rate; The gene expression levels of the ght3, ght4 and ght6 genes increased with 2% gluconate and 2% glycerol + 0.1% glucose; It was observed that expression of ght2 gene decreased in 2% glycerol + 0.1% glucose environment. With the results obtained, strong evidence is presented that the SPCC320.03 gene can be a transcription factor that can negatively regulate the expression of the ght3, ght4 and ght6 glucose transporter genes in glucose starvation and positively regulate the expression of the ght2 glucose transporter gene.