Ankilozan spondilit patogenezinde HLA-b27 dışı genetik faktörlerden endoplazmik retikulum aminopeptidaz (ERAP1) 1'in rolünün araştırılması
To investigate the role of endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (ERAP1), the genetic factor of non-HLA-B27, in the pathogenesis of ankylosing spondylitis
Yazar: MUHAMMET ÇINAR
Danışman: PROF. DR. HAKAN ERDEM
GATA / Tıp Fakültesi / İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Romatoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Yan Dal Uzmanlık, 2012
Konu: Romatoloji = Rheumatology
Dizin: Spondilit-ankilozan = Spondylitis-ankylosing

Özet:
Bu çalışmada, ankilozan spondilit (AS) patogenezinde HLA-B27 dışı genetik faktörlerden ERAP1?in rolü ve klinik bulgular ile olan ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır.
Çalışmaya, Modifiye New York sınıflama kriterlerini karşılayan ardışık 150 AS hastası ve 150 sağlıklı gönüllü dahil edilmiştir. Katılımcılardan alınan EDTA?lı kan örneklerinin BioRobot® EZ1 istasyonu ile otomatik olarak DNA izolasyonu yapılmış ve yarışmalı allel spesifik PCR yöntemi ile de ERAP1 geni single nükleotit polimorfizm (SNP)?leri (rs30187, rs27044, rs26653, rs27037, rs2287987, rs10050860, rs17482078, rs7711564, rs27980, rs27529) araştırılmıştır.
Hasta grubunun 36?sında (%24.0) ve kontrol grubunun 21?inde (%14.0) rs26653 SNP?i C/C homozigot bulunmuştur. Gruplar arasında rs26653 SNP?i C/C homozigot genotip frekans dağılımları arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0.015). Hasta grubunda rs26653 SNP?inin riskli C alleli sıklığı (%50.0), kontrol grubundan (%38.3) daha yüksek saptanmıştır (OR 1.609, %95 CI 1.163-2.226, p=0.004). rs26653 SNP?inin riskli C allelinin toplam AS genetik riskine katkısı %23.4 olarak saptanmıştır.
Çalışmamızda, daha önce farklı popülasyonlarda yapılmış çalışmalarda AS genetik yatkınlığı ile ilişkili bulunan 10 ERAP1 geni SNP?inden rs26653 SNP?i AS genetik yatkınlık riski ile ilişkili bulunmuştur. Çalışma grubunda rs26653 SNP?inin toplam AS genetik riskine katkısı %23.4 olup sonuç literatür ile (%26) uyumludur.

Abstract:
In this study, we aimed to investigate the role of endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (ERAP1), the genetic factor of non-HLA-B27 in the pathogenesis of ankylosing spondylitis (AS) and its relationship between clinical findings. We included 150 AS patients consecutively who were fulfilled the Modified New York classification criteria and 150 healthy volunteers in this study. DNA isolation was performed automatically from the participants blood samples with EDTA, by the BioRobot® EZ1 station and we investigated the presence of ERAP1 gene single nucleotide polymorphisms (SNPs) (rs30187, rs27044, rs26653, rs27037, rs2287987, rs10050860, rs17482078, rs7711564, rs27980, rs27529) by using the method of competitive allele-specific PCR.
We determined rs26653 SNP C/C homozygotes at 36 (24.0%) participants at the patient group, and 21(14.0%) participants at the control group. The frequency distributions of rs26653 SNP C/C homozygous genotype between the groups was found statistically significant difference (p=0.015). We determined the frequency of rs26653 SNP's risky C allele higher in the patient group (50.0%) than the control group (38.3%) (OR 1.609, %95 CI 1.163-2.226, p=0.004). The contribution of rs26653 SNP's risky C allele to the total AS genetic risk was calculated 23.4%.
In our study, rs26653 SNP, from 10 ERAP1 gene SNPs which was determined associated with genetic predisposition to AS at previous studies in different populations, was found associated with the risk of genetic predisposition to AS.
The contribution of rs26653 SNP to the total AS genetic risk in the study group was 23.4% and it was compatible with the literature (26%).