Doğu anadolu ve orta anadolu bölgesindeki bazı illerde doğal yaşam kemiricilerinde patojenik leptospira türlerinin varlığının araştırılması
Investigation of the presence of pathogenic leptospira species in wild rodents from some provinces in east anatolia and central anatolia regions
Yazar: BERKEN GÜR
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM MEHMET ALİ ÖKTEM
Dokuz Eylül Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Kemiriciler = Rodentia ; Leptospira = Leptospira ; PCR =

Özet:
Leptospiroz günümüzde en sık görülen bakteriyel zoonozlardandır. Hastalığın etkeni patojenik Leptospira türü bakterilerdir. Antarktika kıtası dışında tüm kıtalarda bu bakterilerin varlığı gösterilmiştir. Patojenik Leptospira türleri birçok memelide enfeksiyon yapabilse de hastalığın doğadaki temel konağı kemiricilerdir. Bakteri konağın vüducuna çeşitli yollarda girdikten sonra kan dolaşımı yoluyla böbreklere gelir ve proksimal tübül epiteline kolonize olur. Asemptomatik olarak enfekte olan konağın kolonizasyonu sonrası idrar yoluyla sürekli atılım gerçekleşir. İnsanlar en sık kontamine materyalin mukozalar veya bütünlüğü bozulmuş deri ile teması ile enfekte olur. İnsanlarda asemptomatik veya hafif hastalık tablosundan hayatı tehdit eden Weil Hastalığı veya pulmoner kanama gibi geniş bir yelpazede hastalık yapabilmektedir.
Patojenik Leptospira türü bakterilerin doğal yaşamdaki varlığının ve yayılımının gösterilmesi ileride oluşabilecek salgınlara karşı önlem alınması için önemlidir. Bu amaçla 2016 yılında Erzurum, Amasya, Kayseri, Malatya ve Elazığ illerinde doğal yaşam alanlarından toplanmış Apodemus spp., Microtus spp., Mus spp., Chionomys spp., Cricetulus spp., Crocidura spp., Meriones spp. ve Mesocricetus spp. türlerinden oluşan toplam 211 adet kemiriciye ait böbrek örnekleri polimeraz zincir tepkimesi yöntemi ile Leptospira spp. açısından tarandı. Yapılan testler sonucunda Amasya bölgesinden toplanan 80 örnekten beşi pozitif saptandı. Bu örneklerin üçü Microtus spp., ikisi Mus macedonicus kemiricilerinden olduğu görüldü. Sanger sekansı yöntemi ile çoğaltılan bölgelerin dizi analizi yapıldıktan sonra pozitif örneklerin yapılan filogenetik ağaçta Leptospira interrogans dizileri ile birlikte gruplandığı görüldü.
Birçok ülkede kemiricilerde ve çevresel materyalde çalışmalar yapılarak Leptospira ve diğer zoonoz etkenlerinin varlığı ve dağılımı araştırılmaktadır. Türkiye'de ise bu çalışmaların sayısı kısıtlıdır. Beş farklı il ve yedi farklı bölgeden toplanan birçok kemirici türüne ait örneklerin bulunduğu bu çalışmayla birlikte Türkiye'nin Amasya ilinden toplanan 80 kemiricinin beşinde patojenik Leptospira varlığı gösterildi. Leptospira spp. ve diğer zoonoz etkenlerinin Türkiye'deki dağılımının ve varlığının tespiti için daha çok çalışma yapılması gerekir.

Abstract:
Leptospirosis is one of the most common bacterial zoonosis. Causative agent of the disease are bacteria classified as pathogenic Leptospira species. Presence of the bacteria has been shown in all continents except Antarctica. Although they can infect most mammals, natural reservoirs of pathogenic Leptospira are rodents. After entering the host's body through many possible routes, bacteria reaches kidney via blood circulation and colonises at proximal tubule epithelium. Once colonised, bacteria is shedded continuously via urine. Humans usually get infected when contaminated material contacts with mucosa or damaged skin. Human infections can range from asymptomatic or mild illness to life threatening Weil's Disease or pulmonary hemorrhage.
Determining the prevalence and distribution of pathogenic Leptospira is crucial for preventing future outbreaks. In this study we analysed kidney samples of 211 wild rodents belonging to Apodemus spp., Microtus spp., Mus spp., Chionomys spp., Cricetulus spp., Crocidura spp., Meriones spp. and Mesocricetus spp., collected from Erzurum, Amasya, Kayseri, Malatya ve Elazığ provinces in 2016, with using polymerase chain reaction method. Five samples were found positive out of 80 samples collected from Amasya province. Three of the positives found in Microtus spp. and other two were found in Mus macedonicus. Nucleotide sequences of positive samples were established by Sanger sequencing method and found to be grouped with Leptospira interrogans in constructed phylogenetic tree.
Presence and distribution of Leptospira and many other zoonotic agents in rodents are being investigated in many countries. In Turkey, number of studies in this topic are limited. By testing samples from multiple rodent species obtained from five provinces and seven regions, we showed the presence of pathogenic Leptospira in five out of 80 samples from Amasya province. To determine presence and distribution of Leptospira spp. and other zoonotic agents in Turkey, more study are needed.