Farklı evre kolorektal tümörlerde bazı genlerin ifadelenme düzeylerinin araştırılması
Investigation of the expression levels of some genes in different stage colorectal tumors
Yazar: ZAFER SÖYLEMEZ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA SOLAK
Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Genel Cerrahi = General Surgery ; Genetik = Genetics
Dizin: Biyobelirteçler = Biomarkers ; Gen ifadesi = Gene expression ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Neoplazm evreleri = Neoplasm staging ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Kolorektal kanser dünyada en çok gözlenen kanserlerdendir. Dünya çapında tahmini 1.8 milyon yeni vaka ile önemli bir sağlık sorunudur. Kolorektal kanser, kolon, rektum ve/veya devamında kanserli büyümelerle tanımlanır. Kolorektal kanserin kaynağı, kolorektal epitelyumda adenom adı verilen, yavaş yavaş büyüyerek malign bir fenotipe dönüşene kadar hücre içi organizasyonunda gittikçe daha düzensiz hale gelen küçük, iyi huylu bir tümör veya poliptir. Kolon kanseri gelişimi sırasında çeşitli gen ekspresyonu farklılıklarının tespit edilebileceği iyi bilinmektedir. Tüm genom ekspresyon çalışmaları temelinde, klinik olarak kullanışlı biyobelirteçlerin tanımlanması ve daha sonra geliştirilerek tümör sınıflandırılmasında rutin teşhisin bir parçası olarak kullanılması amaçlanmaktadır. 
	Çalışmamızda, CPEB4, APC, TRIP13, EIF2S3, EIF4A,  IF , PIK3CA ve CTNNB1 genlerinin mRNA ekspresyon seviyeleri, kolorektal kanser tanısı alan 45 olgunun tümör dokuları ve periferik kan örnekleri ile 5 sağlıklı bireye ait kolon dokuları ile periferik kan örneklerinde belirlendi. Analizler için Eş-Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi kullanıldı. Elde edilen sonuçlar, REST 2009 software programıyla değerlendirilmiştir. Çalışmamızda tüm kolorektal tümör dokularında CPEB4 genininmRNA düzeyi kontrol grubu verilerine göre önemli derecede azalmışken (down regülasyon) (P0,05), kolorektal kanserli olgularınperiferik kanlarında önemli derecede artmıştı (up regülasyon) (P0,05). Evreler bakımından karşılaştırma yapıldığında da periferik kanda Evre I ve Evre II'de bu artış önemliyken (P0,05), evre I tümör dokularında azalma önemliydi (P0,001). Tüm kolorektal tümör dokularında APC genininmRNA düzeyi kontrol grubu verilerine göre önemli derecede azalmışken (P0,05), kolorektal kanserli olgularınperiferik kanlarında önemli derecede artmıştı (P0,05). Evreler bakımından karşılaştırma yapıldığında da Evre III periferik kanda bu artış önemliyken (P0,05), evre IV tümör dokularında azalma önemliydi (P0,05). TRIP13 mRNA düzeyi kontrol grubu verilerine göre hem kolorektal tümör dokuları ve hem de periferik kanda önemli seviyede artmıştır (P0,05). Özellikle periferik kanda evre I-II ve III'de bu artış önemlidir (P0,05). EIF2S3 mRNA düzeyi hem kolorektal tümör dokularında hem de periferal kanda kontrol grubu verilerine göre artmıştır. Bu artış sadece periferal kanda ifade (eksprese) edilen EIF2S3 düzeyi için önemlidir (P0,05). Evre I ve III periferal kanda da özellikle bu artış önemlidir (P0,05).  PIK3CA mRNA düzeyi kolorektal kanser tümör dokularında kontrol grubu verilerine göre azalmışken, periferik kanda kontrole göre artmıştır. Ancak bu değişimler istatistiksel olarak önemli değildir (P0,05). Kolorektal kanser tümör dokularında EIF4A1 mRNA düzeyi kontrol grubu verilerine göre azalmışken (P0,05), periferik kanda kontrollere göre artmıştır (P0,05). Bu artış periferik kan Evre I ve III'de önemlidir (P0,05). CTNNB1 mRNA düzeyi tümör dokularında kontrol grubu verilerine göre azalmışken (P0,05), periferik kanda artmıştır (P0,05). Özellikle Evre I kolorektal kanser dokularında azalmışken (P0.05) periferik kan Evre I'de artmıştır (P0.05).IFmRNA düzeyi hem kolorektal kanser tümör dokularında hem de periferik kanda kontrol grubu verilerine göre artmıştır. Ancak bu artış önemli değildir (P0,05). Evreler bakımından değerlendirildiğinde de mRNA düzeylerinde farklı sonuçlar gözlenmiştir.
Genel olarak sonuçlarımız değerlendirildiğinde ve literatürle karşılaştırıldığında, kolorektal kanserli olguların periferik kanında TRIP13 ve CPEB4 mRNA düzeylerindeki artışın, erken evre teşhisinde potansiyel bir bulgu olabileceğini düşünmekteyiz. Bu değerlendirmeye ek olarak, kolorektal kanserli olgularda EIF2S3 veEIF4A1 mRNA değişimleriyle ilgili fazla çalışma olmamasına rağmen, sonuçlarımız değerlendirildiğinde periferik kanda EIF4A1 mRNA artışı dikkat çekmektedir. Bu veriler yeni geniş kapsamlı çalışmalara ışık tutacaktır.  
Anahtar Kelimeler:Biyobelirteç, farklı evre, gen ekspresyonu, kolorektal tümör

Abstract:
Colorectal cancer is one of the most observed cancers. It is a major health problem with an estimated 1.8 million new cases worldwide. Colorectal cancer is defined by cancerous growths colon, rectum and/or subsequent. The source of colorectal cancer is a small benign tumor or polyp called adenoma in the colorectal epithelium, which gradually grows into an malignant phenotype, gradually becoming more irregular in its intracellular organization. It is well known that various gene expression differences can be detected during colon cancer development. On the basis of all genome expression studies, it is intended to identify clinically useful biomarkers and then be developed and used as part of routine diagnosis in tumor classification.
	In our study, the mRNA levels of the CPEB4, APC, TRIP13, EIF2S3, EIF4A, IF, PIK3CA and CTNNB1 genes were determined in tumor tissues and peripheral blood samples of 45 patients with colorectal cancer and colon tissues belonging to 5 healthy individuals and peripheral blood samples. Real Time Polymerase Chain Reaction method was used for the analysis. The results were evaluated with the REST 2009 software program. In our study, the mRNA level of the CPEB4 gene was significantly down regulated in all colorectal tumor tissues relative to the controls  (P0,05), while it was significantly up regulated in the peripheral blood of patients with colorectal cancer (P0,05). When compared in terms of stages, up regulation was important in stage I and stage II in peripheral blood (P0,05) while down regulation was important in stage I tumor tissues (P0,001). The mRNA level of the APC gene was significantly down regulated in all colorectal tumor tissues relative to the controls (P0,05), while it was significantly up regulated in the peripheral blood of patients with colorectal cancer (P0,05). When comparing in terms of stages, up regulation was important in Stage III peripheral blood (P0,05), while down regulation was important in stage IV tumor tissues (P0,05). TRIP13 mRNA level was significantly up regulated in both colorectal tumor tissues and peripheral blood relative to the controls (P0,05). Especially this up regulation is important in stages I-II and III in peripheral blood (P0,05).  EIF2S3 mRNA level was up regulated in both colorectal tumor tissues and peripheral blood relative to the controls. This up regulation is important only for EIF2S3 mRNA expressed in peripheral blood (P0.05). This up regulation is also important in stage I and III peripheral blood (P0.05). While, PIK3CA mRNA level was down regulated in colorectal tumor tissues relative to the controls, it was up regulated in peripheral blood. However, these changes are not important (P0,05). While EIF4A1 mRNA level was down regulated relative to controls in colorectal tumor tissues (P0.05), it was up regulated in peripheral blood (P0.05). This up regulation was important in peripheral blood stages I and III (P0.05).  CTNNB1 mRNA level was down regulated in tumor tissues relative to the controls (P0,05), while it was up regulated in peripheral blood (P0,05). Especially it was down regulated in Stage I colorectal cancer tissues (P0.05), while it was upregulated in Stage I peripheral blood (P0.05). IF mRNA level was up regulated in both colorectal cancer tumor tissues and peripheral blood relative to the control. However, this up regulation was not important. When evaluated in terms of stages, different results were observed in mRNA levels.
In general, when our results are evaluated and compared with the literature, we think that TRIP13 and CPEB4 mRNA up regulation in the peripheral blood of patients with colorectal cancer may be a potential target for early stage diagnosis. In addition to this evaluation, although there is not much study on EIF2S3 and EIF4A1 mRNA changes in cases with colorectal cancer, upregulation in peripheral blood draws attention in our study. These data will shed light on the these data will shed light on the new comprehensive studies.
Keywords: Biomarker, colorectal tumor, different stage, gene expression.