Enterobacterıaceae suşlarında karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik olarak tanımlanması
Genotypic and phenotypic identification of the carbapenem resistant enterobacteriaceae strains
Yazar: AYŞE TEKİN
Danışman: PROF. DR. EMİNE SÖNMEZ
İstanbul Bilim Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Dahili Tıp Bilimleri Bölümü / Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Antibiyotikler-laktam = Antibiotics-lactam ; Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Karbapenemler = Carbapenems ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Bakterilerdeki antibiyotik direnci, tüm dünyada giderek artmaktadır.  Bu dirençli kökenler enfeksiyonların tedavisinde önemli sorunlara yol açmaktadır. Yaşamı tehdit eden ciddi, çoklu ilaç direnci gösteren GN bakterilerin yol açtığı enfeksiyonlarda karbapenem grubu antibiyotikler son seçenek durumunda olduğu için karbapenem direncinin ayrı bir önemi vardır. Bu çalışmada hastanemizde izole edilen karbapenem dirençli Enterobacteriaceae   fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması ve karbapenem direncine sebep olan genetik mekanizmaların incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya toplam 43 karbapenem dirençli suş alınmıştır. Vitek-2 (bioMérieux, Fransa) sistemi ile isimlendirilmiş ve antibiyotik duyarlılıkları belirlenmiştir. Karbapenem MIC değerleri ayrıca E-test ile de çalışılmıştır. Fenotipik  tanımlama için  MHT ve MBL E test kullanılmıştır. Direnç genlerinden olan IMP, VIM, KPC, NDM 1 ve OXA 48 Multipleks PCR (hyplex® SuperBug ID) ile çalışılmıştır. MHT % 81.4 oranında pozitif saptanmıştır. Kırk üç suşun 7'sinde OXA 48 geni, 1'inde NDM 1 geni pozitif bulunmuş, diğerlerinde ise hiç bir  direnç geni tespit edilememiştir. PCR sonuçları referans alınarak, fenotipik testlerle PCR uyumu karşılaştırılmıştır. MHT testi ile OXA 48 direnç geni pozitifliği ve MBL E test ile NDM 1direnç geni pozitifliği arasında uyum görülmüştür ( p < 0,05). Diğer antibiyotiklere karşı yüksek oranda direnç görülürken suşların %11.6'sında kolistin direnci görülmüştür. Karbapenem dirençli enterobactericeae izolatların hızlı ve erken tanımlanması bu çok dirençli patojenlerin neden olduğu enfeksiyonların engellenmesi ve bununla ilişkili mortalite oranlarının düşmesine katkı sağlayacaktır düşüncesindeyiz.

Abstract:
Emergence of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae is increasingly reported worldwide and cause therapeutic problems in health care facilities.
Carbapenems are often considered as a last therapeutic choice for the treatment of life threatining  of infections due to multidrug-resistant Gram-negative rods. For that reason Carbapenem resistance is extremely important. 
In the present study, It has been intended to examine the genotypic and phenotypic properties of the carbapenem resistant Enterobacteriaceae strains that are isolated from our hospital and the genetic mechanisms that cause the carbapenem resistance. A total of 43 carbapeneme resistant strains have been included in this study.Identification and antibiotic susceptibility tests were performed by Vitek-2 system.Carbapenem MIC values were also studied by E-test. Modified Hodge Test (MHT) and MBL E test were used for phenotypic detection, and PCR, Multipleks PCR (hyplex® SuperBug ID), by using specific primers for the detection of bla OXA-48 , bla KPC , bla NDM 1 and bla VIM type carbapenemases with specific primers were performed.
Carbapenemase production was demonstrated by modified Hodge test and 81.4 % of isolates were positive. Seven isolates of 43  were positive for blaOXA-48  and one for blaNDM-1 and there wasn't  any positivity  for the others. 
With PCR results as reference, PCR compliance with phenotypic tests were compared. There was  compatibility between OXA 48 positivity and MHT ( p < 0,05) and MBL E test between NDM-1 resistance gene.  Antimicrobial susceptibility testing showed that although carbapenem-non-susceptible strains exhibited high resistance rates to other antimicrobial agents. The rate of colistin resisctance were 11.6 %.An early and quick identification of carbapenemase-producing enterobactericeae, is mandatory to prevent the spread of these highly resistant pathogens.