Santral sinir sistemi enfeksiyonu ön tanılı hastaların beyin omurilik sıvısı örneklerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle incelenmesi
Examination of cerebrospinal fluid samples of patients with a pre-diagnosed central nervous system infection by conventional and molecular methods
Yazar: BENAN ÖZÇELİK
Danışman: DOÇ. DR. FATMA AVCIOĞLU
Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections ; Beyin = Brain ; Beyin omurilik sıvısı =   ; Menenjit-aseptik = Meningitis-aseptic ; Menenjit-bakteriyel = Meningitis-bacterial ; Menenjit-viral = Meningitis-viral ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Santral sinir sistemi enfeksiyonlarından biri olan menenjit, çeşitli mikroorganizmaların neden olduğu beyin zarlarının enflamasyonu sonucu oluşur. Menenjitin klinik tablosu hızlıca ilerleyebildiğinden dolayı ölüme ya da ciddi kalıcı sekellere yol açtığı için menenjitte erken ve hızlı tanı oldukça önemlidir. Günümüzde menenjitin varlığını ortaya çıkarmak için Beyin Omurilik Sıvısının (BOS) kültürü ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) gibi spesifik yöntemler kullanılmaktadır. Bu çalışmada, Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına santral sinir sistemi enfeksiyonu ön tanısı ile gönderilen 90 BOS örneği bakteriyel ve viral etkenleri tespit etmek için konvansiyonel (kültür vb) ve moleküler yöntemlerle (Multipleks PCR) incelendi. 90 adet BOS örneğinin 10'unda kültürde üreme gözlenirken, yedisinde PCR yöntemi ile bakteriyel ve viral etkenler tespit edildi. Kültür üremelerinin birinde Acinetobacter baumannii, birinde Nocardia spp, üçünde Metisiline Duyarlı Koagulaz Negatif Stafilacoc (MSKNS), üçünde Metisiline Dirençli Koagulaz Negatif Stafilacoc (MRKNS) ve kalan ikisinde Metisiline Dirençli Stafilacoccus aureus (MRSA) tespit edildi. PCR pozitif yedi örneğin; üçünde S. pneumoniae DNA'sı, üçünde HSV-1 DNA'sı ve birinde VZV DNA'sı saptandı. Kültür; bakteriyel menenjitin teşhisi ve tiplendirilmesi için altın standarttır. PCR yöntemi günümüzde kültür yöntemi ile tespit edilemeyen bakteriler, virüsler gibi menenjit etkeni mikroorganizmaların tespitinde hızlı ve güvenilir sonuç vermesinden dolayı daha çok tercih edilir olmuştur. Fakat PCR yöntemi istenen ajan için bir primer varsa bu ajanı saptayabilen bir tanı yöntemidir, aksi halde zaten istenen etken bulunamaz. Bu nedenle PCR ve kültür yönteminin bir bütün halinde hastanın klinik durumuyla beraber değerlendirilmesi kanaatindeyiz.

Abstract:
Meningitis, an infection of the central nervous system, is caused by inflammation of the membranes of the brain caused by various microorganisms. Since the clinical picture of meningitis can progress rapidly, leading to death or serious permanent sequelae, early and rapid diagnosis is very important in meningitis. Currently, specific methods such as culture of Cerebrospinal Fluid (CSF) and Polymerase Chain Reaction (PCR) are used to confirm the presence of meningitis. In this study, 90 CSF samples sent to Bolu Abant İzzet Baysal University Training and Research Hospital Microbiology Laboratory with a preliminary diagnosis of central nervous system infection were analyzed by conventional (culture, etc.) and molecular methods (multiplex PCR) to detect bacterial and viral agents. Of the 90 CSF samples, 10 showed growth in culture, while bacterial and viral agents were detected by PCR in seven. Acinetobacter Baumannii was detected in one culture, Nocardia spp in one, Methicillin Sensitive Coagulase Negative Staphylacocci (MSCNS) in three, Methicillin Resistant Coagulase Negative Staphylacocci (MRCNS) in three and Methicillin Resistant Staphylacoccus aureus (MRSA) in the remaining two. Of the seven PCR positive samples, S. pneumoniae DNA was detected in three, HSV-1 DNA in three and VZV DNA in one. Culture is the gold standard for the diagnosis and typing of bacterial meningitis. Today, PCR method has become more preferred because it provides fast and reliable results in the detection of meningitis-causing microorganisms such as bacteria and viruses that cannot be detected by culture method. However, PCR is a diagnostic method that can detect the desired agent if there is a primer for the desired agent, otherwise the desired agent cannot be found. Therefore, we believe that PCR and culture methods should be evaluated together with the clinical condition of the patient.