Bazı Streptomyces spp.'lerden elde edilen pigmentlerin antimikrobiyal, antioksidan ve anti-quorum sensing inhibitör aktivitelerinin belirlenmesi
Determination of antimicrobial, antioxidant and antiquorum sensing inhibitors activities of some Streptomyces spp.
Yazar: CANSU ARTUÇ
Danışman: DOÇ. DR. ÖZGÜR CEYLAN
Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada, bazı Streptomyces spp.'lerden elde edilen pigmentlerin antimikrobiyal, antioksidan ve quorum sensing inhibitör aktiviteleri araştırılmıştır. Bu çalışmada Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi kültür koleksiyonunda bulunan ve pigment ürettiği daha önceki çalışmalarda tespit edilmiş olan Streptomyces OC.9-1, Streptomyces OC.73-5, Streptomyces OC.73-8, Streptomyces OC.73-9, Streptomyces OC.119-1, Streptomyces OC.119-2, Streptomyces OC.124-2 suşları kullanılmıştır. Bu suşlardan elde edilen olan pigmentlerin antimikrobiyal aktiviteleri, Staphylococcus aureus ATCC 25923, Bacillus subtilis ATCC 6633, Micrococcus luteus NRLL B-4375, Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 ve Candida albicans ATCC 10239 mikroorganizmalarına karşı disk difüzyon ve mikroplaka dilüsyon yöntemleri ile belirlenmiştir. Bu pigmentlerin quorum sensing (QS) inhibitör etkileri Chromobacterium violaceum CV026, CV12472 ve Pseudomonas aeruginosa PA01 suşları kullanılarak tespit edilmiştir. Anti-quorum sensing aktivite C.violaceum CV026 suşu kullanılarak kuyu difüzyon yöntemi ile tespit edilmiştir. Violacein pigment üretimi inhibisyonu kalitatif ve kantitatif olarak McLean vd. (2004) ve Choo vd. (2006) metotlarına göre test edilmiştir. Elde edilen pigmentlerin P.aeruginosa PA01 suşuna karşı Swimming (Yüzme)  ve Swarming (Kayma) hareketlerini indirgeme etkileri ise Packiavathy vd.(2012)'e göre tespit edilmiştir.
Pigment ekstraktlarının antioksidan aktivite tayini için 1,1-difenil-2-pikrildihidrazil (DPPH) ve β-karoten-linoleik asit metotları ve toplam fenolik madde tayini tespiti metotları kullanılarak tespit edilmiştir.
Pigmentler ince tabaka kromatografisinde gözlenmiştir. Antimikrobiyal aktivite sonuçlarında OC.124-2 pigmenti Micrococcus luteus NRLL B-4375 suşuna karşı 35 mm'den fazla zon oluşturmuştur. OC.124-2 ve OC.73-9 en iyi fenolik madde miktarına sahip pigmentlerdir. Anti-quorum sensing sonuçlarında OC.124-2 pigmenti 21.5 mm, OC.73-5 ise 19 mm zon oluşturmuştur. Tez çalışmasında elde edilen tüm pigmentlerin MIK ve MIK/2 değerlerinde % 100 violacein pigment giderimi sağladığı tespit edilmiştir. OC.124-2 pigmentinin 100 μg/mL konsantrasyonu % 33.82 swarming inhibisyonuna sahip olduğu gözlemlenmiştir. OC.73-9 100 μg/mL konsantrasyonunda % 77.11 swimming inhibisyon etkisi görülmektedir. 

Anahtar Kelimeler:  Streptomyces spp., Pigment, Antimikrobiyal Aktivite, Antioksidan Aktivite, Quorum Sensing, Violacein İnhibisyonu

Abstract:
This study aimed to determine antimicrobial, antioxidant and quorum sensing inhibitory activity of some pigments obtained from Streptomyces spp. In this study, Streptomyces strains (Streptomyces OC.9-1, Streptomyces OC.73-5, Streptomyces OC.73-8, Streptomyces OC.73-9, Streptomyces OC.119 -1, Streptomyces OC.119-2 and Streptomyces OC.124-2) were used.
Antimicrobial activities of these strains were determined via disc diffusion and microplate dilution methods against microorganisms of Staphylococcus aureus ATCC 25923, Bacillus subtilis ATCC 6633, Micrococcus luteus NRLL B-4375, Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 and Candida albicans ATCC 10239.
Detection of quorum sensing (QS) inhibitory effects of these pigments was performed using Chromobacterium violaceum CV026, CV12472 and Pseudomonas aeruginosa PA01 strains. Anti-quorum sensing activity was determined by well diffusion method using C. violaceum CV026. The inhibition of the production of violacein pigment was qualitatively and quantitatively determined. In addition to Reducing effects of swimming and swarming movements against P. aeruginosa PA01 strain were determined.
Antioxidant activity were detected by DPPH (1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl) free radical scavenging activity, β-carotene-linoleic acid methods and total phenolic content determination methods.
The pigments were observed by thin layer chromatography. In antimicrobial activity results, OC.124-2 pigment produced more than 35 mm zone against Micrococcus luteus NRRL B-4375 strain. OC.124-2 and OC.73-9 are pigments with the best phenolic content. In anti-quorum sensing results, OC.124-2 pigment produced 21.5 mm and OC.73-5 produced 19 mm zone. 100 % violacein removal was determined at minimum inhibition concentrations (MIK) and MIK / 2 concentrations of all pigments. The concentration of OC.124-2 pigment at 100 μg / mL has a 33.82 % Swarming inhibition. OC.73-9 shows a 77.11 % swimming inhibition effect. 

Keywords:  Streptomyces spp., Pigment, Antimicrobial Activity, Antioxidant Activity, Quorum Sensing, Violacein Inhibition