İdrar yolu enfeksiyonu olan hastalardan izole edilen klebsiella pneumoniae ve escherichia coli bakterilerinin antibiyotik direncinin moleküler açıdan değerlendirilmesi
The molecular study for evaluation of antibiotic resistance of klebsiella pneumoniae and escherichia coli bacteria isolated from patients with urinary tract infection
Yazar: WASAN JASIM MOHAMMED AL-MAHFOODH
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FİLİZ SARIKAYA PEKACAR
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
İdrar yolları enfeksiyonu, sıklıkla mesanenin ve dolayısıyla üriner sistemin etkilendiği bakteriyel bir enfeksiyondur. İdrar yolları enfeksiyonuna neden olan üropatojenik bakterilerin başında E. coli gelmektedir. Üropatojenik E. coli, biyofilm oluşumu ve ürotelyal hücre invazyonu mekanizmaları ile idrar yolları enfeksiyonuna yol açmada oldukça etkin ve başarılıdır. İdrar yolları enfeksiyonlarına neden olan diğer organizamalar arasında Enterobacteriaceae ailesinin üyeleri, streptococci ve staphylococci türleri ve levürler bulunmaktadır. Ayrıca, K .penumoniae de idrar yolları enfeksiyonuna neden olan bir diğer önemli bakteridir. İdrar yolları enfeksiyonlarına yol açan bakterileri türlerinin tespitinde PCR yönteminden yararlanılmaktadır. PCR yöntemi ile standart klinik mikrobiyoloji yöntemleri kullanılarak görülemeyen bakteri türleri tespit edilebilmektedir. Bu çalışmada, İdrar yolu enfeksiyonuna neden olan K. penumoniae ve E. coli bakterilerinin antibiyotik direnci PCR yöntemi ile analiz edilmiştir. Çalışmamız kapsamında yürütülen deneyler sonucunda E.coli suşlarının virulans faktörlerinden fimA ile GSBL oluşturan genlerden CTX-M'in ilişkili olduğu, GSBL pozitif ve negatif suşlarda aynı anda birden fazla virulans faktörünün bulunabileceği, GSBL pozitif suşlarda CTX-M geni ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunduğu bu genin GSBL negatif suşların hiç birinde saptanmadığı görülmektedir. CTX-M geninin betalaktam grubu antibiyotiklere direnç gelişiminde daha baskın olduğu görülmektedir. Çalışmamız kapsamında yürütülen deneyler sonucunda K.pneumoniae suşlarının B-laktamaz genleri (blaTEM, blaSHV, ve blaCTX-M) direnç genlerinin yüksek prevalansı ile K. pneumoniae suşlarının--laktam ve kinolon antimikrobiyallerine artan direnci arasında pozitif ilişki olduğu görülmektedir. Öte yandan, K. pneumoniae suşlarında dirençle ilişkili farklı gen üretiminin varlığını saptamak için fenotipik ve genotipik yöntemlere ihtiyaç vardır.

Abstract:
Urinary tract infection is a bacterial infection that often affects the bladder and thus the urinary system. E.coli is one of the leading uropathogenic bacteria that cause urinary tract infections. Uropathogenic E.coli is highly effective and successful in causing urinary tract infections through biofilm formation and urothelial cell invasion mechanisms. Other organisms that cause urinary tract infections include members of the Enterobacteriaceae family, streptococci and staphylococci species and perch. In addition, K. penumoniae is another important gram negative bacterium that causes urinary tract infections. PCR technique is used to detect the types of bacteria that cause urinary tract infections. With the PCR technique, unseen bacterial species can be detected using standard clinical microbiology methods. In this study, antibiotic resistance of K.penumoniae and E.coli bacteria causing urinary tract infection was analyzed by PCR technique. As a result of the experiments conducted within the scope of our study, we found that fimA, one of the virulence factors of E.coli strains, and CTX-M, one of genes that produce ESBL, are associated with CTX-M, ESBL positive and negative strains can have more than one virulence factor at the same tim. a statistically significant relationship with the CTX-M gene in ESBL positive strains. It appears that this gene is not detected in any of the ESBL negative strains. It seems that the CTX-M gene is more dominant in the development of resistance to betalactam group antibiotics. As a result of the experiments conducted within the scope of our study, it is seen that there is a positive relationship between the high prevalence of the B-lactamase genes (blaTEM, blaSHV, and blaCTX-M) resistance genes of K. pneumoniae strains and the increasing resistance of K. pneumoniae strains to lactam and quinolone antimicrobials. On the other hand, phenotypic and genotypic methods are needed to detect the presence of different resistance-related gene production in K. pneumoniae strains.