Ege bölgesi rektosigmoid kanserlerinde dominant K-RAS mutasyon tiplerinin belirlenmesi, ilgili mutasyonların protein fonksiyonu ve yanıtlarına etkisi
Determination of dominat K-RAS mutation type and the effect of determined mutations on protein function and response in Aegean region rectosigmoid cancers
Yazar: YUSUF KAĞAN DAĞDEVİREN
Danışman: DOÇ. DR. YASEMİN BASKIN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: Fenotip = Phenotype ; Genler = Genes ; Genler-RAS = Genes-RAS ; Genotip = Genotype ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Proteinler = Proteins ; Rektal neoplazmlar = Rectal neoplasms ; Sigmoid hastalıkları = Sigmoid diseases ; Sigmoid neoplazmları = Sigmoid neoplasms

Özet:
Rektum yerleşimli tümörler, tüm kolorektal grubunun ~%27-32?sini oluşturmaktadırlar. Bu bölge tümörlerinin; tümör davranışı ve metastatik süreçlerinin kolonun diğer bölgelerinden farklılandığı bildirilmektedir. Ancak bu bölge tümörlerinin gerek karsinogenez gerekse tedavi seçeneklerinde önemli bir hedef olan K-RAS mutasyon durumuna ilişkin literatürde ayrıntılı bilgi bulunmamaktadır.  
Amaç: Çalışmamızın amacı rektum yerleşimli tümörlerde K-RAS mutasyonlarının durumunu saptamak, bu mutasyonların protein fonksiyonları üzerine etkilerini belirleyerek tümör davranışları üzerine bilgi edinmektir. 
Yöntem: 2009-2011 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi?nde rektosigmoid kanser tanısı konulmuş, patoloji blokları uygun örneklerde, Temel Onkoloji AD?nda K-RAS mutasyon analizi yapıldı. Spin kolon tabanlı nükleik asit izolasyonu ile elde edilen DNA materyalinde K-RAS geni kodon 12 ve 13 bölgeleri RT-PCR yöntemi ile incelenerek elde edilen veriler mutasyon açısından değerlendirildi.  
Bulgular: Rektosigmoid grubun %11.4?ü G12D mutasyonuna, %8.6?sı G12V ve %5.7?si G12A mutasyonuna sahiptir. Olguların %65.7?si WT?dir. Buna karşın kolon grubunun %12.2?si G12D, %10.2?si G12V mutasyonuna sahiptir. Kolon grubunun %69.4?ü WT?dir. Kolon grubunda G12A ve G12S mutasyonları hiç saplanmazken, rektum grubunda G12C ve G13R mutasyonları hiç görülmemiştir.  Tüm olgu grubunda en sık rastlanan mutasyon G12D (%11.9) mutasyonudur. 
Sonuç: Moleküler düzeyde yapılan çalışmalar ve protein modelleme çalışmaları, mutant K-RAS proteinlerinin heterojen davranış modellerini kanıtlamaktadır. Buna bağlı olarak tümör spesifik mutant K-RAS proteinlerinin tümör davranışına ve sağıltım çıktılarının farklılığına yönelik klinik çalışmalar henüz bulunmamaktadır. 
Çalışmamız rektosigmoid ve kolon bölgelerinde, K-RAS mutasyon tiplerinden agresif ve daha yavaş seyirli olarak bilinen fenotiplerin farklı dağılım hızlarına sahip olduğunu göstermiştir. Bu olgularda tümör davranışı ve sağaltım çıktılarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamakla birlikte olgu sayımızın azlığı buna neden olmuş olabilir. Bu konuya odaklanan prospektif, iyi dizayn edilmiş ve daha fazla olgunun yer aldığı bir çalışmanın literatüre önemli katkısı olacağını düşünmekteyiz. 

Anahtar Sözcükler: Rektosigmoid kanserler, K-RAS genotipi, K-RAS fenotipi

Abstract:
Tumors located at the rectum constitute 27% - 32 of the all colorectal group cancers. Tumors in this anatomic region have different processes in tumor and metastases behavior from other parts of the colon tumors. There is no exhaustive information in literature about K-RAS mutation of tumors located in rectum region. 
Objective: Purpose of this study was to determine K-RAS mutation status and identifying these mutations on protein function and tumor behavior of rectum located tumors. 
Method: Recto sigmoid cancer diagnosed patients between 2009-2011 years in Dokuz Eylul University Hospital enrolled to this study.  DNA was isolated from paraffin embedded pathology blocks with spin column base DNA isolation method in Basic Oncology Department Laboratory. Isolated DNA was amplified with real time PCR to genetic analyses.
Results: Recto sigmoid groups offered 11.4% G12D, 8.6% G12V and 5.7% of G12A mutations. %65.7 of cases with rectum tumors were wild type for KRAS mutations. For all that, colon groups offered 12.2% G12D, 10.2% G12V mutations.  %69.4 of colon group was wild type for KRAS mutation. G12A and G12S mutations were not detected in colon groups like G12C and G13R mutations in rectum groups. The common mutation in the entire study group was G12D (%11, 9) mutation. 
Conclusion: Molecular and protein modeling studies demonstrate that KRAS mutant proteins have heterogeneous patterns of  behavior. Clinical trials have continued about this behavior differences relations with treatment outcomes. Aggressive and slowly progressing K-RAS mutation phenotypes in recto sigmoid and colon study showed different distribution rates. There were no istaticsel relations between tumor behavior and treatment outcome in our study. This could be related to small number of study group. A well designed prospective study with large number of patients contributes to the literature. 
	
Key Words: rectosigmoid cancers, K-RAS genotype, K-RAS fenotype