Arkeolojik kazı toprağından izole edilen endospor oluşturan Basillerin bazı özelliklerinin incelenmesi.
Investigation some proporti̇es of basil isolated from the land of archaeologi̇cal excavati̇ons and endospore-formi̇ng
Yazar: YASEMİN YEŞİLTAŞ
Danışman: DOÇ. DR. FERDAĞ ÇOLAK
Dumlupınar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada, toprak örnekleri Batman il merkezinin 14 km güneyinde, Oymataş Köyü'nün yaklaşık 1 km güney-batısında ve Batman Çayı'nın Dicle Nehri'ne birleştiği noktadaki Kuriki Höyük'ten alınmıştır. Kazı alanında bulunan silodan, ocak kalıntısından ve mezar toprağından 27 adet endospor oluşturan Bacillus suşu izole edilmiştir. Suşlar biyokimyasal ve VITEK identifikasyon testlerine tabii tutulmuş ve 8 izolat  Brevibacillus borstelensis, 7 izolat B. cereus, 6 izolat B. subtilis, 1 izolat Paenibacillus macerans, 1 izolat B. popillia, 1 izolat B. polymyxa, 2 izolat B. coagulans, 1 izolat B. larvae olarak belirlenmiştir. İdentifiye edilen suşlarda; ağır metal toleranslılığı, antibiyotik dirençliliği, antimikrobiyal aktivite, enzim aktivitesi ve PHB varlığı araştırılmıştır.
Yapılan ağır metal toleranslılık (MİK) deneyinde, ağır metallere karşı en yüksek MİK değeri referans suş (B. subtilis NRRL B-209) ile kıyaslandığında, Mangan ağır metaline karşı belirlenmiştir (16 mM). Çalışmamızdaki Basillerin toleranslı oldukları ve duyarlı oldukları ağır metalleri sıraya koyduğumuzda Mn > Cd > Fe = Ni = Pb = Cr = Cu = Zn = Co olduğu görülmüştür. İzolatların antibiyotik dirençlilik testinde en yüksek antibiyotik dirençlilik düzeyini sefotaksim antibiyotiğine karşı gösterdiği, en düşük antibiyotik dirençliliğini ise gentamisin antibiyotiğine gösterdiği tespit edilmiştir. 
İzole edilen Basillerin sekonder metabolit üretme yetenekleri Gram pozitif, Gram negatif, maya ve küf ve klinik mikroorganizmalara karşı agar kuyucuk yöntemi ile belirlenmiştir. Gram pozitif bakterilerden en fazla B. cereus'a karşı antimikrobiyal aktivite görülmüştür. 27 Basil izolatının B. cereus'a karşı (A2, A3, A4, A6, A7, A11, B1, B3, C2, C4, D7, D8, D10, D11, D13, D14, E2 ve E3) antimikrobiyal aktivite gösterdiği belirlenmiştir. Sırasıyla S. epidermidis'e karşı A2, A6, A11, B3 ve B. subtilis'e karşı ise sadece A2 ve B3 izolatları antimikrobiyal aktivite göstermiştir. Dirençli ve klinik suşlardan en fazla Acinetobacter spp.'ye karşı antimikrobiyal aktivite görülürken VRE'ye karşı hiçbir antimikrobiyal aktivite görülmemiştir. Basil izolatları, maya ve küflere karşı (S. cerevisia, S. baulardi ve R. rubra) antifungal aktivite göstermiştir. A.fumigatus ve A.flavus'a karşı herhangi bir antifungal aktivite belirlenememiştir.
A2, A3, A4, D1, D5, D7, D13 ve E3 izolatları amilaz aktivitesi gösterirken en yüksek amilaz aktivitesini 15 mm zon çapı ile D13 ve E3 göstermiştir. Proteaz aktivitesi gösteren izolatlar ise A2, C2, C4, D4, D5, D7 ve D13'dür. Proteaz aktivitesi en yüksek olan Basil izolatı ise, 20 mm zon çapı ile C2'dir. İzolatların PHB varlığı incelendiğinde A1, C2, D4 ve D7 suşlarının dışında tüm izolatlarda PHB varlığına rastlanmıştır. 
Anahtar kelimeler: Arkeoloji, Antibiyotik Dirençliliği, Ağır metal, Bacillus spp., Enzim, PHB, Sekonder metabolit.

Abstract:
In this study, soil samples are taken from the 14 km south of the city of Batman, 1 km South-West of  Oymataş village and from Kuriki mound, the confluence of the river Tigris and the rivulet Batman. 27 units of endospore -forming Bacillus strains are isolated from the silos existin at the excavation area, furnace remains and grave soil. Strains are subjected to biochemical and VITEK identification tests and are identified as 8 isolate Brevibacillus borstelensis, 7 isolate B. cereus, 6 isolate B. subtilis, 1 isolate Paenibacillus macerans, 1 isolate B. Popillia, 1 isolate B. polymyxa, 2 isolate B. coagulans, 1 isolate B. larvae. Heavy metal tolerance, antibiotic resistance, antimicrobial activity, enzyme activity and PHB presence are investigated.
	The highest heavy metal tolerance (MIC) value is determined in the MIC experiment against the heavy manganese (16mm) in comparison to the reference strain (B. subtilis NRRL B-209). In case of the heavy metals that Bacillus'in our study are tolerant and sensitive to needed to be ranked, Mn> Cd> Fe = Ni = Pb = CR = CI = Zn = Co is found out. During the Isolates antibiotic resistance test, the highest level of antibiotic resistance is determined against cefotaxime while the lowest antibiotic resistance is exhibited to gentamycin.
	The secondary metabolite production ability of isolated Bacillus against Gram positive, Gram negative, yeasts, moulds and clinical microorganisms is determined by agar wells method. The highest antimicrobial activity is observed against B. cereus among Gram positive bacterias. The antimictobial activity of 27 Bacillus isolates (A2, A3, A4, A6, A7, A11, B1, B3, C2, C4, D7, D8, D10, D11, D13, D14, E2 and E3) are determined between 12-30 mm B. cereus. Antimicrobial activity is demonstrated by A2, A6, A11 and B3 isolates against S. epidermidis and A2 and B3 isolates against Bacillus subtilis respectively. Bacillus isolates has demonstrated antifungal activities against yeasts, moulds (S. cerevisia, S. baulardi ve R. rubra). No antifungal activity is identified against A.fumigatus and A.flavus.
	As A2, A3, A4, D1, D5, D7, D13 and E3 isolates show amylase activity, D13 and E3 demonstrates the highest amylase activity with zone diameter of 15 mm. The isolates indicating Protease activity are found to be A2, C2, C4, D4, D5, D7 and D13. The Bacillus isolate with the highest Protease activity is determined as C with a zone diameter of 20 mm. Considering the PHB presence of isolates, PHB presence is not found in all of the isolates other than A1, C2, D4 and D7 strains.
Key words: Archaeology, Antibiotic resistance, Antimicrobial Activity, Bacillus sp., Enzymes, Heavy metal, PHB, Secondary metabolite.
.