Topraktan ve insandan izole edilen bazı dermatofitlerin moleküler tanısı
Molecular identification of some dermatophytes isolated from soil and man
Yazar: MERVE YAVUZ
Danışman: DOÇ. DR. H. HALİL BIYIK ; PROF. DR. FEVZİ BARDAKÇI
Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Küf mantarları = Mould fungus ; Mikrofunguslar = Microfungus ; PCR =

Özet:
Dermatofitler; keratin substratı parçalayabilen funguslardır. Keratin gibi güçlü bir materyalı istila edebilmeleri keratinolitik aktiviteleri sayesindedir. Microsporum, Trichophyton ve Epidermophyton genuslarını içeren bu funguslar hayvanlarda ve insanlarda deri infeksiyonlarına sebep olabilmektedir. Anthropofilik (insan), zoofilik (hayvan) ve geofilik (toprak) olmak üzere 3 ekolojik nişe ayrılırlar. Ülkemizde insan ve hayvanlardan dermatofit izolasyon çalışmalarına birçok örnek vardır. Ancak topraktaki dermatofit florasına dair çalışma azdır. Bu çalışmada topraktan ve insandan izole edilen dermatofitlerin moleküler tanısı ve enzim potansiyellerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında 50 toprak örneği alınmıştır.  Toprak örnekleri saç tuzağı tekniği ile incelenmiştir. Deride kaşıntı, kızarıklık, tırnakta kalınlaşma ve renk değişikliği olan 20 gönüllüden sürüntü alınmıştır. Topraktan 41, insanlardan 7 adet olmak üzere 48 adet fungus izole edilmiştir. Bu funguslardan genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. Tanılamada belirteç olarak ITS tercih edilmiştir. PCR ürünlerinin sekansları CLUSTALW, BLAST programlarıyla analiz edilmiştir. İzole edilen keratinofilik ve dermatofit genusları; Debaryomyces, Chrysosporium, Arthroderma, Galactomyces, Paecilomyces, Trichophyton, Microsporum, Aphanoascus, Geotrichum, Lecanicillium, Beauveria, Penicillium, Scedesporium, Purpureocillium, Uncinocarpus, Acremonium, Pseudallescheria?dır. Elde edilen fungusların % 23?ü dermatofittir. 48 izolattan; 7 adet Arthroderma fulvum, 2 adet Microsporum gypseum, 2 adet Trichophyton rubrum olmak üzere 11 adet dermatofit elde edilmiştir. Funguslardan 25 tanesi katı besiyerinde proteaz, lipaz, fosfolipaz, elastaz ve keratinaz üretimi açısından incelenmiştir. Fungusun büyüme çapı ve oluşturduğu zon çapı esas alınarak Pz değeri hesaplanmıştır. Dermatofitler yüksek fosfolipaz ve lipaz üretimi göstermişlerdir. B. bassiana ve P. lilacinus türleri yüksek elastaz ve keratinaz aktiviteleriyle dikkat çekmiştir.

Abstract:
Dermatophytes are fungi which can break down the keratin substrate. Invasion of a strong material such as keratin is due to their keratinolytic activity. These fungi including genera Microsporum, Trichophyton and Epidermophyton can cause skin infections in animals and human. 
It is divided into three ecological niches such as antropophilic (human), zoophilic (animal) and geophilic (ground).In our country, there are many examples of dermatophytes isolation studies from human beings and animals. But there is relatively less studies on the flora of dermatophytes in soil. In this study, the molecular diagnosis and enzyme potential of dermatophytes isolated from soil and human were aimed. Fifty soil samples were collected for the purpose of this study. Soil samples were examined with hair trap technique. Swab was taken from 20 volunteers who have skin itching, redness, thickening and discoloration of the nail. A total of 48 fungi, 41 from soil and 7 from human, were isolated. Genomic DNA was isolated from these fungi. ITS has been preferred as a marker for identification. Sequences of the PCR products have been analyzed by ClustalW, BLAST programs. Isolated keratinophilic and dermatophytes genera were Debaryomyces, Chrysosporium, Arthroderma, Galactomyces, Paecilomyces, Trichophyton, Microsporum, Aphanoascus, Geotrichum, Lecanicillium, Beauveria, Penicillium, Scedesporium, Purpureocillium, Uncinocarpus, Acremonium, Pseudallescheria. Twenty three per cent of fungi obtained were dermatophyte. Eleven dermatophytes were obtained from 48 isolates of which 7 Arthroderma fulvum, 2 Microsporum gypseum and 2 Trichophyton rubrum. 25 of fungi were examined for production of protease, lipase, phospholipase, elastase and keratinase. Pz value was calculated based on the diameter of the zone formed and the growth diameter of fungus. Dermatophytes displayed high production of phospholipase and lipase. B. bassiana and P. lilacinus species drew attention with high elastase and keratinase activities.