Kars yöresindeki sığır, koyun ve insanlardan termofilik campylobacterlerin izolasyonu, identifikasyonu ve moleküler tiplendirilmesi.
Thermophlic campylobacters isolation, identification and molecular typing from cattle, ship and humans in Kars area.
Yazar: SİNAN KARAKUŞ
Danışman: DOÇ. DR. AHMET ÜNVER
Kafkas Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Kampilobakter = Campylobacter ; Kars = Kars ; Koyunlar = Sheep ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sığır hastalıkları = Cattle diseases ; Sığırlar = Cattles ; İnsan = Human

Özet:
Bu çalışmada, insanlarda akut bakteriyel gastroenteritisin en yaygın etkenleri olarak bilinen C. jejuni ve C. coli'nin, klinik olarak sağlıklı sığır ve koyunlar ile sağlıklı ve ishalli insanların dışkılarından multipleks zincirleme polimeraz reaksiyonu (mPCR) ile araştırılması ve izolatlar arasındaki genetik heterojenite düzeyinin Flagellin A (flaA) tiplendirme metodu ile belirlenmesi amaçlandı.Toplam 300 sağlıklı sığırdan elde edilen bağırsak içeriği ve safra sıvısı örnekleri Preston Zenginleştirme Buyyonu ve Preston Selektif Agara ekildi. İncelenen sığır örneklerinin 66 (%22) adedi konvansiyonel kültür metotları ile Campylobacter spp. pozitif olarak saptandı. mPCR ile incelenen izolatların % 45,45 (30/66)'i C. jejuni ve % 28,79 (19/66)'u C. coli olarak identifiye edildi. C. jejuni ve C. coli olarak identifiye edilen izolatlar, flaA geninin 1,7 kb amplikon bölgesinin Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) analizi (flaA tiplendirme) ile tiplendirildi. Sığırlarda, flaA tiplendirme metodu ile 19 adet DNA profili tanımlandı.Bu çalışmada 350 sağlıklı koyundan toplanan rektal svap örnekleri de C. jejuni ve C. coli yönünden incelendi. Konvansiyonel kültür metotları neticesinde incelenen koyun örneklerinin 119 (%34)'unda Campylobacter spp. izolasyonu gerçekleştirildi. mPCR analizi neticesinde izolatların % 31,93 (38/119)'ü C. jejuni ve % 42,86 (51/119)'sı C. coli olarak identifiye edildi. C. jejuni ve C. coli olarak identifiye edilen izolatlar, flaA tiplendirme yöntemi ile başarılı bir şekilde tiplendirildi ve 25 adet DNA profili elde edildi.Kasap, mezbahane çalışanları ve ishalli hastalardan alınan toplam 120 insan dışkı örneği C. jejuni ve C. coli yönünden incelendi. Konvansiyonel kültür metotları neticesinde incelenen örneklerin 3 (%2,5)'ünde Campylobacter spp. izolasyonu gerçekleştirildi. mPCR analizi neticesinde izolatların % 1,67 (2/120)'si C. jejuni ve % 0,83 (1/120)'ü C. coli olarak identifiye edildi. C. jejuni ve C. coli olarak identifiye edilen izolatlar, flaA tiplendirme yöntemi ile başarılı bir şekilde tiplendirildi ve 3 farklı DNA profili elde edildi.Sonuç olarak, sığır ve koyunlardan elde edilen C. jejuni ve C. coli izolatları arasında yüksek bir genetik heterojenitenin mevcut olduğu ve bazı DNA profillerinin diğer profillere göre daha dominant olduğu gözlendi. Ayrıca bu çalışmadan elde edilen veriler, C. jejuni ve C. coli'nin çevreyi ve gıda zincirini kontamine etmesinde sığır, koyun ve insanların önemli role sahip olduklarını ve bu durumun Campylobacter infeksiyonlarının epidemiyolojinde göz önünde bulundurulması gerektiğini ortaya çıkarmıştır.

Abstract:
The objectives of this study were to isolate C. jejuni and C. coli, which are recognized as the major agents of bacterial gastroenteritis in humans, from faecal samples of clinically healthy cattle and sheep and clinically healthy and diarrhoeic humans and to identify the isolates by multiplex Polymerase Chain Reaction (mPCR). In addition, the degree of genetic heterogeneity among these isolates was determined by using Flagellin A (flaA) typing assay.Intestinal content, gall bladder and rectal swab samples collected from a total number of 300 clinically healthy cattle were inoculated onto Preston Enrichment broth and Preston Campylobacter Selective agar. Of the cattle samples, 66 (22 %) were determined to be positive for Campylobacter spp. by conventional culture methods. In the analysis of the isolates by mPCR assay, C. jejuni and C. coli were identified from 45,45 % (30/66) and 28,79 % (19/66), respectively. The isolates identified as C. jejuni or C. coli were genotyped by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) analysis (flaA typing) of 1.7 kb amplicon portion of the flaA gene. The total number of DNA patterns defined by flaA typing were 19 in the isolates from cattle.The rectal swab samples collected from a total number of 350 clinically healthy sheep were examined for the presence of C. jejuni and C. coli strains. Of the sheep samples, 119 (34 %) were determined to be positive for Campylobacter spp. by conventional culture methods. In the analysis of the isolates by mPCR assay, C. jejuni and C. coli were identified from 31,93 % (38/119) and 42,86 % (51/119), respectively. All the isolates identified as C. jejuni or C. coli were successfully genotyped by flaA typing assay. The total number of DNA patterns defined by flaA typing were 25 in the isolates from sheep.The fecal samples collected from a total number of 120 clinically healthy butcher, slaughterhouse worker and diarrhoeic humans were examined for the presence of C. jejuni and C. coli strains. Of the these samples, 3 (2,5 %) were determined to be positive for Campylobacter spp. by conventional culture methods. In the analysis of the isolates by mPCR assay, C. jejuni and C. coli were identified from 1,67 % (2/120) and 0,83 % (1/120), respectively. All the isolates identified as C. jejuni or C. coli were successfully subtyped by flaA typing assay. The total number different of DNA patterns defined by flaA typing were 3 in the isolates from human.In conclusion, a high degree of genetic diversity was observed among C. jejuni and C. coli isolates of clinically healthy cattle and sheep and clinically healthy and diarrhoeic humans. Some of the flaA profiles were represented by remarkably high percentages of the isolates. The results of the present study also suggest that healthy cattle, sheep and human can play significant role in the contamination of environment and human food chain by Campylobacter spp. and these animals with humans should therefore be considered seriously in order to have a better understanding of the epidemiology of Campylobacter infections.