Rekombinant böcek iridovirüsünün oluşturulması ve karakterizasyonu
Construction and characterization of a recombinant insect iridovirus
Yazar: ARZU ÖZGEN
Danışman: DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: DNA-rekombinant = DNA-recombinant

Özet:
Chilo iridescent virus (CIV), zararlı böcekler arasında oldukça geniş konak spektrumuna sahip olan Iridoviridae familyasına ait bir böcek virüsüdür. DNA genomunun dizin analizi gerçekleştirilmiş ve genom uzunluğu 212,482 nükleotit olarak belirlenmiştir. Hücre kültürüne uyarlanabilmiş ve çok sayıda hücre suşunda düşük seviyede de olsa replike olduğu belirlenmiştir. Virüs genomuna yabancı bir geni yerleştirebilmek için genomda bir yer açılması yani genomdan mevcut bir genin/bölgenin çıkarılması gerekmektedir. Ancak genomdan çıkarılacak genin yokluğu virüs replikasyonunu veya virüse ait önemli diğer bir mekanizmayı etkilememelidir. Biyoinformatik analizlere göre apoptozis inhibitör genleri arasında bulunmasına rağmen ORF 157L'nin fonksiyonel olmadığı belirlenmiştir. Bu tezde, ilk defa bir rekombinant iridovirüsün oluşturulması ve karakterize edilmesi gerçekleştirilmiştir. Homolog rekombinasyon ile oluşturulan rekombinant (rCIVΔ157L-gfp)  iridovirüs CIV mcp pormotoru altında bir raportör gen olan yeşil floresan proteini geni (gfp)'ni başarılı bir şekilde ifade etmiştir. 157L geni yerine yerleştirilen gfp'nin virüs replikasyonunu etkilemediği gösterilmiştir. Rekombinant CIV ile enfeksiyon esnasında viral replikasyon ve üretim yaban tip CIV ile benzer bir durum oluşturmuştur. Sonuç olarak CIV 157L gen bölgesinin biyolojik mücadele ve biyoteknolojik amaçla yabancı DNA'ların yerleştirilebileceği bir bölge olarak kullanılabileceği söylenebilir.

Abstract:
Chilo iridescent virus (CIV) is an insect virus belongs to the Iridoviridae family and has wide host spectrum among pest insects. Sequence analysis of the DNA genome was carried out and length of the genome was determined as 212,482 base pair. CIV was able to be adapted to the cell culture and determined to be replicated in a number of cell strains though at low levels. For placing a foreign gene into virus genome a suitable place should be opened means a gene or region must be deleted from the genome.  However deleting a gene from the genome should not effect the viral replication or any other mechanism of the virus. Based on bioinformatics analysis, ORF 157 was determined to be non-functional although it exist among apoptosis inhibitor gene. In this thesis, construction and characterization of a recombinant insect iridovirus is generated first time. This recombinant (rCIVΔ157L-gfp) generated by homologous recombination in cell culture successfully expressed the reporter gene gfp (green fluorescent protein gene) under control of the CIV mcp promoter at the 157L locus. This study also showed that virus replication was not affected by replacing the 157L gene with gfp. Virus replication and production during rCIVΔ157L-gfp infection was similar to that of wt-CIV. Consequently, it can be said that the CIV 157L locus can be used as a site for insertion of foreign DNAs for insect biocontrol and biotechnological.