Türkiye'nin farklı coğrafik bölgelerinden toplanan mycobacterıum tuberculosıs izolatlarının IS6110 rflp (restrıctıon fragment length polymorphısm) ve spoligotip profillerinin belirlenmesi
Detection of is6110 rflp and spoligotype profiles of mycobacterium tuberculosis collected from different regions of Turkey
Yazar: SELAMİ GÜNAL
Danışman: PROF. DR. RIZA DURMAZ
İnönü Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2007
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Althought improvements in diagnosis, treatment and living condition, tuberculosishas still continued to be one of the most important infectious diseases. According toWorld Health Organisation (WHO), Turkey with an insidence of 26/100.000 isamong the countries having moderate tuberculosis incidence. In order to determinegenotypic characteristics of Turkish isolates, a total of 450 M. tuberculosis strainscollected from Malatya, Marmara, Mediterranean and Aegean Regions in a periodof 6 years (2000-2005) were typed by IS6110 RFLP and spoligotyping. IS6110 RFLPyielded 304 different profiles including 57 cluster having 203 strains (45.1%), 175unique (38.9%), and 72 (16%) similar profiles. Clusters included 2-36 strains. Therate of low copy number strains was established as 28.6%. A total of 113spoligotyping patterns were observed. Forty-seven spoligotyping-defined clusterstotaling 384 patients (85.3%) and 66 (14.7%) unique patterns were found. Aftercomparison with the SpolDB4 database, a total of 49 (10.9%) orphan strains weredetermined. The major shared-types (STs) encountered in the present study wereST 41 with 87 strains (19.3%), ST53 with 85 strains (18.8%), ST 47 with 20 strains(4.4%), ST 50 with 18 strains (4%), ST 284 with 18 strains (4%), and ST 196 with 10strains (2.2%). ill-defined T superfamily, Latin-America & Mediterranean (LAM),and Haarlem are the frequently observed three major clades. Beijing genotypewhich is related to multidrug resistance was detected as 0.9%. By the using of bothtyping methods, 68 cluster having 219 strains (48.7%) and 231 unique profiles wereobtained. Thirty-nine of the 72 strains with similar RFLP profiles and 73 of the 96strains having low copy number of IS6110 were defined as cluster by spoligotyping.There was no a major genotype which was specific for regions. Also there was nodifference among the clustering rates of the regions. The high clustering and drugresistant rates indicate that control and prevention measurements are ineffective inthis region.Key Words: Spoligotyping, M. tuberculosis, IS6110 RFLP, Molecular epidemiology, MDR

Abstract:
Tanı, tedavi ve yasam kosullarındaki ilerlemelere ragmen, tüberküloz günüzde halahalk saglıgını tehdit eden en önemli enfeksiyon hastalıgıdır. DSÖ verilerine göreTürkiye orta insidansa (26/100.000) sahip ülkeler arasında yer almaktadır. Ülkemizizolatlarının genotipik özelliklerini belirlemek amacıyla Malatya, Marmara,Akdeniz ve Ege Bölgelerinden 2000-2005 yıllarında izole edilen 450 M. tuberculosissusu IS6110 RFLP ve spoligotipleme yöntemleri ile tiplendirildi. IS6110 RFLP ile304 farklı patern belirlendi. Elli yedi küme (%45.1), 175 özgü (%38.9) profilbelirlenirken 72 örnekte (%16) benzer bulundu. Küme içindeki sus sayısı 2-36 vedüsük kopya sayılı susların oranıda %28.6 olarak tespit edildi.Spoligotipleme ile 384 susun yer aldıgı 47 küme (%85.3) ve 66 özgü (%14.7) profilelde edildi. Veriler SpolDB4 veri bankasındaki suslarla karsılastırıldıgında hiçbirsusla eslesmeyen 49 (%10.9) yalnız sus tespit edildi. En sık rastlanan kümelersırasıyla PT41 (87/450) % 19.3, PT 53 (85/450) % 18.8, PT47 (20/450) % 4.4, PT50(18/450) % 4, PT284 (18/450) % 4, PT196 (10/450) % 2.2. Spoligotipfamilyalarından geçici tanımlanmıs T süper familyası, LAM ve Haarlem en sıkgörülen üç familyadır.Çogul ilaç direnciyle ilskili oldugu belirlenen Beijinggenotipinden %0.9 oranında tespit edildi.Her iki yöntem birlikte kullanılarak 68 küme (%48.7) ve 231 özgü sus elde edildi.IS6110 RFLP ile benzer olan 72 sustan 39?u ve düsük kopyalı 96 sustan da 73?üküme olusturdu. Bölgelere özgü majör bir genotip bulunmazken kümelesmeaçısından da anlamlı bir farklılık farklılık gözlenmedi. Kümelesme oranımızın veilaç direncimizin yüksek olması tüberkülozdan korunma ve kontrol önlemlerimizinyetersizligine isaret etmektedir.Anahtar Sözcükler: Spoligotipleme, M. tuberculosis, IS6110 RFLP, Molekülerepidemiyoloji, ÇD