Adıyaman ilinde tüberküloz şüphesi olan sığırlarda mycobacterium bovis varlığının araştırılması ve epidemiyolojik tiplendirilmesi
Investigation and epidemiological typing of mycobacterium bovis in cattle with suspected tuberculosis in Adiyaman province
Yazar: HALİL CİNOĞLU
Danışman: PROF. DR. GÜLNUR TARHAN
Adıyaman Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Adıyaman = Adıyaman ; Epidemiyolojik faktörler = Epidemiologic factors ; Mycobacterium bovis = Mycobacterium bovis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sığırlar = Cattles ; Tüberküloz = Tuberculosis ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Amaç: Sığır tüberkülozu etkeni M. bovis zoonoz karakterde olması nedeni ile insan sağlığını tehdit etmektedir. Bu çalışma, Adıyaman ilinde bir yıllık süreçte nokta sürveyans yöntemi ile et üretimi için kesilen hayvanlardan M. bovis 'in izolasyonu ve spoligotiplendirme ile profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
Materyal ve Metot: Çalışmada Adıyaman ilinde 10.10.2017- 31.12.2018 tarihleri arasında kesimi yapıldıktan sonra, tipik granülamatöz lezyonu saptanan sığır karkaslarından alınan, 44 doku örneği incelenmiştir. Bu örnekler %4 NaOH-NALC yöntemi ile DHK (Dekontaminasyon Homojenizasyon Konsantrasyon) işlemi yapılmıştır. DNA izolasyonu Mickle DNA izolasyon cihazı (Mickle Tissue Disintegrator) kullanılarak yapılmıştır. DHK işleminden önce ve sonra mikroskobik inceleme EZN boyama ile yapılmıştır. Konvansiyonel kültür (pirüvatlı ve pirüvatsız Löwenstein Jensen) besiyerine ekim yapılmış ve In-House PCR yöntemi ile değerlendirilmiştir. Kültürlerden toplanan koloniler spoligotiplendirme metodu ile epidemiyolojik tiplendirmesi yapılmıştır.
Bulgular: İncelenen 44 doku örneğinde pozitiflik oranı DHK işleminden önce mikroskopi pozitfiliği %34.09 (15/44), DHK işleminden sonra mikroskopi %40.90 (18/44 ), pirüvatlı Löwenstein Jensen besiyerinde kültür %54.54 (24/44) ve pirüvatsız Löwenstein Jensen besiyerinde kültür %68.18 (30/44) ve PCR testleri %90.90 (40/44 ) oranında saptandı. Spoligotiplendirme sonucunda ise 4 farklı epidemiyolojik tip saptanmıştır (SB1197, SB1197, SB2508, SB2513).
Sonuç: Nokta surveyans yöntemi ile yaptığımız çalışmada tüberkülozun Adıyaman ilinde yaygın olduğu, sığırlardan alınan doku örneklerinin 4 farklı epidemiyolojik tip de M. bovis olduğu tespit edilmiştir.

Abstract:
Aim: The causative agent of bovine tuberculosis, M. bovis, threatens human health due to its zoonotic character. In this study, it was aimed to isolate M. bovis from animals slaughtered for meat production by point surveillance method in one year period in Adıyaman province and to determine profiles by spoligotyping.
Materialandmethod: In the study, 44 tissue samples taken from cattle carcasses with typical granulomatous lesions after slaughtering between 10.10.2017 and 31.12.2018 in Adıyaman were examined. These samples were DHK (Decontamination Homogenization Concentration) treated with 4% NaOH-NALC method. DNA isolation was done using the Mickle DNA isolation device (Mickle Tissue Disintegrator). Microscopic examination was performed with EZN staining before and after DHK treatment. Conventional culture (Löwenstein Jensen with and without pyruvate) was inoculated on medium and evaluated by In-House PCR method.Colonies collected from the cultures were typed epidomiologically using the spoligotyping method.
Results:The positivity rate of 44 tissue samples examined was microscopy 34.09% (15/44) before the DHK procedure, microscopy 40.90% (18/44 ) after the DHK procedure, culture 54.54% (24/44) in Löwenstein Jensen medium with pyruvate, and culture in Löwenstein Jensen medium without pyruvate 68.18% (30 / 44 ) and PCR tests were 90.90% (40/44). As a result of spoligotyping, 4 different epidemiological types were found (SB1197, SB1197, SB2508, SB2513). 
Conclusion: In the study we conducted with the point surveillance method, it was determined that tuberculosis was common in Adıyaman and that the tissue samples taken from cattle were M. bovis in 4 different epidemiological types.