Kronik lenfositik lösemide 13q14.3 delesyonunun sitogenetik analiz ve FISH yöntemi ile; mirna-15A ve mirna-16-1'in real time pcr ile incelenmesi
Investigation of 13q14.3 deletion by cytogenetic analysis and fish technique and mirna-15A and mirna-16-1 BY real time PCR in cll
Yazar: MELİKE YILMAZ
Danışman: PROF. DR. SENİHA HACİHANİFİOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: FISH = FISH ; Kromozom delesyonu = Chromosome deletion ; Lösemi = Leukemia ; Lösemi-lenfositik-kronik-B hücreli = Leukemia-lymphocytic-chronic-B-Cell ; Mikro RNA = Micro RNA ; Mikroskopik analiz = Microscopic analysis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; RNA = RNA

Özet:
Kronik Lenfositik Lösemi (KLL) klinik olarak heterojen bir hastalıktır ve rutin tanıda gözlenen sitogenetik anomaliler klinik öneme sahiptir. KLL'de en sık gözlenen sitogenetik anomali 13q14.3 delesyonudur. Bu delesyon monoallelik, biallelik ve mozaik formlarda gözlenmektedir. KLL hücrelerinin mitotik indekslerinin çok düşük olması, tanı çalışmalarında DSP30 gibi indükleyici ajanların ve FISH gibi moleküler tekniklerin kullanımını gerekli kılmıştır. 13q14.3 kromozom bölgesinden kodlanan hsa-miR-15a ve hsa-miR-16-1 miRNA'ları tümör baskılayıcı miRNA'lardır. Çalışmamızda DSP30+IL-2 ile indüklenmiş ve indüklenmemiş KLL tanılı 30 olgunun perifer kanı materyalleri kullanılmıştır. İndüklenen materyallere, 13q14.3 delesyonunun tespiti için konvansiyonel sitogenetik ve interfaz FISH (iFISH) tekniği uygulanarak sonuçların kıyaslanması ve bunun yanısıra qRT-PZR yöntemiyle tespit edilen, hsa-miR-15a/miR-16-1 ifade seviyelerinin iFISH ile saptanmış olan delesyonlarla ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Elde edilen sonuçlar ışığında miRNA ifade seviyeleri ile KLL patogenezi arasında ilişki olup olmadığının belirlenmesi hedeflenmektedir. 13q14.3 delesyonu konvansiyonel sitogenetik yöntemlerle olguların %8,6'sında, iFISH ile %65,3'ünde saptanmıştır. Olguların %50'sinde mozaik form gözlenmiştir. Olgularımızda; KLL'de gözlenen add(2)(q37), t(2;7)(p11.2;q22) del(6)(q13q21), del(6)(q25), add(9)(q21), del(11)(q23), t(11;14)(q13;q32), del(13)(q11q12), del(13q)(q12q14), add(14)(q23), del(14)(q23), t(14;19)(q32;q13.1), del(15)(q23), del(17)(p12), t(18;22)(q21;q11.2), add(21)(p13), t(17;21)(q11.2;q22), anomalilerinin yanısıra, daha önce bildirildiğini saptayamadığımız t(1;13)(q32;q34), inv(2)(p25q21), del(13)(q22q32), t(14;19)(q24;q13), dup(17)(q21q23), rob(21;21)(p13;p13) gibi yapısal kromozom anomalileri de tespit edilmiştir. Mitotik indeks verileri istatistiksel olarak anlamlı bulunmuş ve DSP30+IL-2'nin mitotik indeksi 2,5 kat arttırdığı saptanmıştır. Hsa-miR-16-1 ifadesindeki azalışlar ile delesyonlar arasındaki ilişki istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Çalışmamız; FISH ve sitogenetik analizlerin birbirini tamamladığını, KLL hücrelerindeki mitotik indeksin artmasında ve kromozom anomalilerin saptanmasında DSP30+IL-2 kullanımının verimli olduğunu ve 13q14.3 kromozom bölgesinin kaybı veya olası diğer düzenleyici mekanizmalarla azalan hsa-miR-16-1'in KLL patogenezinde etkili olduğunu göstermiştir.

Abstract:
Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is a clinically heterogeneous disease and cytogenetics abnormalities detected in routine diagnosis are clinically valuable. The most frequent cytogenetic aberration is 13q14.3 deletion and is observed as monoallelic and biallelic types in CLL. Immunostimulatory agents as DSP30 and moleculer techniques as FISH are used in diagnosis due to very low mitotic index of CLL cells. Hsa-miR15a and hsa-miR-16-1 are tumor supressor miRNAs coded from 13q14.3 region. In this study we used peripheral blood materials of 30 CLL patients who were induced and noninduced with DSP30+IL-2. In induced materials we aimed to compare results of conventional cytogenetic and interphase FISH (iFISH) to determine 13q14.3 deletion. Also, we measured expression levels hsa-miR-15a/miR-16-1 by qRT-PCR and compared with deletions detected by iFISH. 13q14.3 deletion was detected  in 8.6% of cases by conventional cytogenetic and in 65,3% by iFISH. Mozaic form was observed in 50% of cases. Besides determining common chromosome abnormalities such as add(2)(q37), t(2;7)(p11.2;q22) del(6)(q13q21), del(6)(q25), add(9)(q21), del(11)(q23), t(11;14)(q13;q32), del(13)(q11q12), del(13q)(q12q14), add(14)(q23), del(14)(q23), t(14;19)(q32;q13.1), del(15)(q23), del(17)(p12), t(18;22)(q21;q11.2), add(21)(p13), t(17;21)(q11.2;q22), we also determined t(1;13)(q32;q34), inv(2)(p25q21), del(13)(q22q32), t(14;19)(q24;q13), dup(17)(q21q23), rob(21;21)(p13;p13) which have not been reported previously. Mitotic index data was statistically significant and DSP30+IL-2 increases mitotic index by 2.5 fold. Association between decreased miR-16-1 expression and deletions was statistically significant. We suggest that cytogenetic and FISH analyses are complementary and use of DSP30+IL-2 is effective in detecting chromosomal abnormalities. Decreased expression of hsa-miR-16-1 due to loss of 13q14.3 or other regulatory mechanisms is effective in CLL pathogenesis.