hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Hacıhaliloğlu kayısı (Prunus armeniaca) çeşidinde transkriptom analizi
Transcriptome analysis of apricot  (Prunus armeniaca) varriety "Hacıhaliloğlu"
Yazar: ONUR CANBULAT
Danışman: DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
HACIHALİLOĞLU KAYISI (Prunus armeniaca) ÇEŞİDİNDE TRANSKRİPTOM ANALİZİ

Onur CANBULAT

Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü 
Yüksek Lisans Tezi, Haziran 2019
Danışman: Doç. Dr. Kahraman GÜRCAN

ÖZET


Kayısı (Prunus armeniaca) başta olmak üzere sert çekirdekli meyveler ulusal ekonomimizde önemli yere sahiptir. Ülkemiz özellikle dünya kurutmalık kayısı pazarında lider konumdadır. Kayısıda genetik, genomik ve transkriptom çalışmaları son yıllarda giderek artmıştır. Bu çalışmada 'Hacıhaliloğlu' kayısı çeşidin de, genç meyve, yaprak, çiçek, kök ve kotiledon dokularında transkriptom profili oluşturulmuştur. Illumina Novaseq6000 sistemi ile 100 bazlık çift-uçlu (pair-end) okumalar üretilmiş, her bir örnek için 40 milyon temiz okuma elde edilmiştir. Okumalar NCBI veri tabanın da kayıtlı şeftali (Prunus_persica_NCBIv2) referans genomuna eşleştirilmiş, trankriptler elde edilmiştir. Toplam 26.358 unigen tespit edilmiştir. Doku spesifik ve ortak olarak ifade edilen genler belirlenmiş ve gen ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. Elde edilen transkriptom analiz sonuçlarının, kayısı ıslah ve genetik çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir. 
Anahtar Kelimeler: Kayısı (Prunus armeniaca), Transkriptom Analizi, RNA-seq

Abstract:
TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF APRICOT  (Prunus armeniaca) VARRIETY "HACIHALİLOĞLU"

Onur CANBULAT

Erciyes University, Institute of Science
M.Sc. Thesis, June 2019
Adviser: Doç. Dr. Kahraman GÜRCAN

ABSTRACT

Apricot (Prunus armeniaca) and other stone fruits are important in Turkish national economy. Turkey is especially the leader in the world dried apricot production. Genetic, genomic and transcriptome studies in apricot have increased in recent years. In this study, transcriptome profile of immature fruit, leaf, flower, root and cotyledon tissues of 'Hacıhaliloğlu' apricot cultivar were produced. Illumina Novaseq6000 system was used to obtain 40 million 100-base pair-end readings for each sample. The readings are mapped to the reference genome of Peach (Prunus_persica_NCBIv2) deposited in the NCBI to determine the transcript. A total of 26,358 unigene were detected. Tissue specific and co-expressed genes were identified. Gene expression levels at five tissues were compared. The results of transcriptome analysis will contribute to the apricot breeding and genetics.
Key Words: Apricot (Prunus armeniaca), Transcriptome analysis, RNA-seq
Kur'an'da sayılar bağlamında Abdülbaki Gölpınarlı'nın meali /
Yazar: ÖMER OKUYUCU
Danışman: PROF. DR. ERDOĞAN PAZARBAŞI
Erciyes Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı / Tefsir Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Din = Religion
Dizin: Gölpınarlı, Abdülbaki = Gölpınarlı, Abdulbaki ; Kur'an-ı Kerim = Koran ; Meal = Meaning ; Sayılar = Numbers ; Tefsir = Commentary ; Çeviri = Translation ; İslamiyet = Islam

Özet:
Kur'an-ı Kerim, insanları dünya ve ahirette iyilik ve gizelliğe ulaştırmak için Allah tarafından gönderilen ilahi kitapların sonuncusudur. Bu özelliği sebebiyle Kur'an-ı Kerim'in bütün dünya dillerine çevrilmesi ve evrensel mesajının tüm insanlara ulaştırılması zorunludur. Kur'an-ı Kerim'in meal ve tercümeleri ise bu iş için tek başlarına yeterli değildir. İzah ve tefsire ihtiyaçları vardır.
Dünyanın her yerinde olduğu gibi ülkemizde de bu amaçla yapılan çalışmaların sayısı günden güne artmaktadır. Biz de, bu alanda yapılan çalışmalardan bir tanesi olan Abdülbaki Gölpınarlı'nın mealini ele aldık. Cumhuriyet Döneminden günümüze kadar yapılan meal çalışmalarının kronolojik sıralamasını verdikten sonra Gölpınarlı'nın mealini ayetlerde geçen sayılar bakımından, metin-sayfa-ayet düzeni yönünden inceledik.

Abstract:
Holy Qur'an is the last of the divine books, sent by Allah to deliver the people of goodness and beauty in the world and the afterlife. Because of it's this feature, through the translation of the Holy Qur'an to teh all world languages, the transmittal of its universal message to the  wole mankind is a must. Maal and translations of the Holy Qur'an alone, are not enough for that mission; these are in need of explanation and tafseer. 
As in every part of the world, the number of studies for this purpose in our country is increasing day by day. We also discussed the meaning of Abdülbaki Gölpınarlı, one of the works in this field. After giving the chronological order of the meal of the Republic Period to the present, we examined the meaning of Gölpınarlı terms of the numbers mentioned in the verses, in terms of the text-page-verse order.
Tek bindirme yapıştırıcı bağlantılarının burkulma ve ileri burkulma analizi
Buckling and post buckling analysis of adhesively bonded single lap joints
Yazar: AHMET SAYGI
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA KEMAL APALAK
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Makine Mühendisliği = Mechanical Engineering

Özet:
Bu tezde, yapıştırıcı ile birleştirilmiş alüminyum tek bindirme bağlantılarının burkulma ve ileri burkulma davranışları incelenmiştir. Yapıştırıcı ile birleştirilmiş tek bindirme bağlantılarının özdeğerlerinde, elastik geometrik bakımdan lineer olmayan ileri burkulma davranışlarında bağlantı boyutlarının tesirleri araştırılmıştır. Ayrıca lineer olmayan ileri burkulma analizleri yapışan ve yapıştırıcı malzemelerinin lineer olmayan davranışları dikkate alınarak tekrarlanmıştır. 
Lineer ve lineer olmayan ileri burkulma analizleri sonlu elemanlar yöntemi ile gerçekleştirilmiştir (ABAQUS). Düzeltilmiş Newton-Raphson metodu ve Arc Length metodu lineer olmayan yer değiştirme ve kuvvet eğrilerinin yollarını takip etmede uygulanmış ve başarıları değerlendirilmiştir. Yapıştırıcı ile birleştirilmiş alüminyum numunelerin burkulma deneyleri analizlerdeki uç şartları altında gerçekleştirilmiştir. Yüksek ve düşük dayanıma ve farklı plastik deformasyon kabiliyetine sahip alüminyum alaşım tek bindirme yapıştırıcı bağlantılarının imalinde kullanılmış, yapışan ve yapıştırıcı malzemelerinin plastik deformasyon kabiliyetlerinin bağlantıların ileri burkulma davranışındaki tesirleri incelenmiştir. Elastik lineer olmayan ve elasto-plastic lineer olmayan analizlerden elde edilen kritik burkulma yükleri ve en yüksek yük değerleri deneylerden elde edilen yükler ile makul bir uyumluluk göstermiştir.

Abstract:
In this thesis, buckling and post buckling behaviors of adhesively bonded aluminum single lap joints were investigated. The effects of geometrical parameters on linear (eigenvalues), elastic geometric nonlinear post buckling behaviors of adhesive single lap joints were investigated. In addition, the nonlinear post buckling analyses were repeated by considering the material nonlinearities of both adherends and adhesive materials.
These linear and nonlinear analyses were carried out by the linear and non-linear finite element methods (ABAQUS). The modified Newton-Raphson and Arc length methods were implemented in order to search the nonlinear path of load and displacements, and their success was discussed. Adhesively bonded aluminum specimens were prepared and tested in the buckling end conditions used in the finite element analyses.  Two aluminum alloys having low and high strengths and plastic deformation capability were used to prepare single lap joint specimens in order to determine the effect of plastic deformation capability of adhesive and adherends on the post buckling behavior of the adhesive lap joints. The critical buckling loads and maximum loads calculated based on the elasto-plastic and elastic geometrical nonlinear analyses were in good agreement those obtained from buckling tests.
Bilge Karasu'nun eserlerinde özne
The subject in the works of Bilge Karasu
Yazar: KÜBRA GEDİK
Danışman: DOÇ. DR. ŞAHİKA KARACA
Erciyes Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Türk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı / Yeni Türk Edebiyatı Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Dilbilim = Linguistics ; Türk Dili ve Edebiyatı = Turkish Language and Literature
Dizin: Dil bilgisi = Grammar ; Dil bilim = Linguistics ; Karasu, Bilge = Karasu, Bilge ; Türk edebiyatı = Turkish literature ; Yeni Türk edebiyatı = New Turkish literature ; Ölüm = Death ; Özne = Subject

Özet:
Türk edebiyatının postmodern döneminde Bilge Karasu'nun eserlerindeki özne oluşumu, toplumsal ideoloji içerisinde ürettiği birey kimlikleri ile hikâyelerde öne çıkan öznelliğin görünür kılınmasını sağlayan bir psikanalitik oluşumdur. Döneminde herhangi bir topluluğun içinde yer almamayı tercih etmiş Bilge Karasu'nun eserlerinde insanın kendi olma yolundaki serüvenin aşamaları anlatılmıştır. Karasu, eserlerinde kahramanların karakterlerini, bireyselliklerini, dil ve anlatımda kullandığı resim-musiki tekniğiyle destekler. Bu çalışmada modern özne oluşumu edebiyat, psikoloji, psikanaliz, felsefe, antropoloji, fenomenoloji gibi çeşitli bilimlerden faydalanılarak disiplinlerarası bir incelemeye tabi tutulmuştur. Tezde Batılı düşünürlerin özne konusundaki görüşlerine başvurulmuş Karasu'nun on üç eseri ayrıntılı olarak okunmuştur. Elde edilen veriler betimsel analiz yöntemi ile aile, arkadaşlık, din, özlem, ölüm gibi temalar etrafında ele alınmıştır. 
Bireyin iç çözümlemelerinin yoğun olarak yapıldığı eserlerde öznenin önce kendine sonra topluma yabancılaşması ardından da varoluş sorununun gerçekleştirilme çabası Karasu'nun eserlerinde özne anlayışını ortaya koymuştur.
Anahtar Kelimeler: Bilge Karasu, Özne, Varoluş, Ölüm, Bilinçdışı.

Abstract:
In the postmodern period of Turkish literature, the formation of the subject in the works of Bilge Karasu is a psychoanalytic formation that enables the visible subjectivity of the individual identities produced in the social ideology and in the stories.In the works of Bilge Karasu, which has chosen not to be included in any community during the period, the stages of the adventure of human beings are described. .He used the characters, individuality, language and narrative of heroes in Karasu works; Picture-musical technique. In this study, the formation of modern subject is subjected to interdisciplinary examination by utilizing various sciences such as literature, psychology, psychoanalysis, philosophy, anthropology and phenomenology. The thirteen works of Karasu, who had been admitted to the subject of Western thinners in the thesis, were read in detail. The data obtained has been addressed around themes such as family, friendship, religion, longing, death with the method of analyzing the script.
In the works where the internal analyses of the individual were carried out intensely, the subject was first to yourself, and the society, and then the existence of the problem revealed the understanding of the subject in Karasu.
Key Words:  Bilge Karasu, Subject, Existence, Death, Unconscious.
Farklı dozlarda kalsiyum ve bor uygulamalarının patates yumru verimleri ve kalitesi üzerine etkilerinin belirlenmesi
Determination of the effects of calcium and boron applications on yi̇eld and quality of potato
Yazar: CENGİZ TEZCAN
Danışman: PROF. DR. OSMAN SÖNMEZ
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
"FARKLI DOZLARDA KALSİYUM VE BOR UYGULAMALARININ PATATES YUMRU VERİMLERİ VE KALİTESİ ÜZERİNE ETKİLERİNİN BELİRLENMESİ"
Cengiz TEZCAN
Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Yüksek Lisans Tezi, Ekim 2019
Danışman: Prof. Dr. Osman SÖNMEZ 
ÖZET
Patates verim ve kalitesi üzerine Kalsiyum (Ca) ve Bor (B) elementlerinin etkisi oldukça önemlidir. Nevşehir bölgesinde patateslerde yaygın uygulanan farklı gübreleme alışkanlıkları bulunmaktadır. Bölge çiftçilerinin uyguladığı klasik gübreleme ile toprak analiz sonuçlarına göre belirlenen modern gübreleme metodu karşılaştırılmıştır. Klasik ve Analize dayalı bilimsel, uygulanan bitki besin maddelerinin verim ve kaliteye etkisinin ortaya konması hedeflenmiştir. Bu uygulamalar ile Ca (0, 3, 6, 9 kg Ca/da) Kalsiyum Nitrat[Ca(NO3)2] olarak ve B (0, 0,3, 0,6 kg B/da)  Borik asit [H3BO3] olarak, gübrelerinin patates verim ve kalitesi üzerine etkisi 2 yıllık tarla denemesi ile araştırılmıştır.
Sonuçlar, uygulanan farklı Ca ve B dozları bitkinin verim ve kalitesi üzerine istatistiksel olarak bir artışın olmadığı göstermiştir. Her ne kadar bazı artışlar olsa da bunlar istatistiki olarak bir anlam ifade etmemiştir.
Anahtar Kelimeler: Patates, Kalsiyum, Bor, Verim

Abstract:
DETERMINATION OF THE EFFECTS OF CALCIUM AND BORON APPLICATIONS ON YİELD AND QUALITY OF POTATO
Cengiz TEZCAN
Erciyes University, Graduate School of Natural and Applied Sciences
Master Thesis, November, 2019
Supervisor: Prof. Dr. Osman SÖNMEZ
ABSTRACT
The effects of Calcium (Ca) and Boron (B) elements on potato yield and quality are very important. There are different fertilizing habits widely applied in potatoes in Nevşehir region. The classical fertilization method applied by the farmers of the region and the modern fertilization method determined according to soil analysis results were compared. The aim of this course is to determine the effect of scientific and applied plant nutrients on yield and quality of potato. Our studies were conducted as a field experiment with two years using treatments; doses of Ca (0, 3, 6, 9 kg Ca /da) as Calcium Nitrate [Ca (NO3) 2] and doses of B (0, 0.3, 0.6 kg B /da) as boric acid [H3BO3].
As a result, it was determined that there was statistically no effect of different Ca and B doses on yield and quality of potate. Although there were some increases on the yield upon the treatments, however, those increases were not statistically significant.

Keywords: Potato, Calcium, Boron, Yield
Yeni nesil DNA dizileme teknolojileri ile hızlı patojen tanıma yapabilen algoritmaların geliştirilmesi
Development of rapid pathogen detection algorithms using next- generation DNA sequenci̇ng
Yazar: MERYEM ALTIN KARAGÖZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZKAN UFUK NALBANTOĞLU
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control

Özet:
Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri (YNDT), mikrobiyal organizmanın tüm genetik materyaline ulaşabilme ve daha uzun okumalarla daha derin dizilim elde edebilme yetenekleri sayesinde kompozisyon temelli taksonomik sınıflandırma algoritmalarının daha doğru sonuç elde etmesine katkı sağlamıştır. Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri ile üretilen verilerin genom sınıflandırma algoritmalarında eğitilmesi için sayısal olarak temsili gerekmektedir. Bu çalışmada DNA dizilerin sayısal olarak temsili için spektral gösterim yöntemleri ve one-hot kodlayıcı (ohe) kullanılmıştır. Sayısal olarak temsil edilen veri, daha sonra patojen tespiti için zaman-doğruluk-maliyet açısından avantaj sağlayacak DNA kompozisyonuna dayalı yöntemlerden Bağıl Bolluk İndeksi (RAI) temelli patojen tanıma algoritması, Derin Öğrenme algoritmalarından Konvolüsyonel Sinir Ağları (CNN) ve Derin İnanç Ağlarına (DBN) dayalı modeller ile eğitilmiştir. Farklı okuma uzunlukları için eğitilen modeller test edilerek doğruluk, standart sapma değerleri cins seviyesinde hesaplanmış ve sonuçlar karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak hızlı ve doğru bir şekilde patojen tespiti yapılmıştır.

Abstract:
Next-generation sequencing (NGS) obtain massively deep sequencing with longer reads as it can reach all the genetic material of the microbial organism which has contributed more accurate results of composition based-methods in taxonomic classification algorithms. Spectral representation methods and one-hot encoder (ohe) were used for numerical representation of the data generated with Next Generation Sequencing Technologies for genome classification algoritms as an input vector. Then, numerically represented input data was trained with DNA composition based-methods respectively Relative Abundance Index (RAI) based methods, Deep Learning algorithms as Convolutional Neural Networks (CNN) and Deep Belief Networks (DBN), which are advantageous in terms of time-accuracy-cost. After the generated models were used to test,  accuracy and standard deviation values were calculated, and results were compared for each different reading lengths in terms of genus level. In conclusion, fast and accurate pathogen detection algorithms have been performed.
Codex Cumanicus'un söz dizimi
Syntax of Codex Cumanicus
Yazar: ÜMMÜHAN ÜNSAL
Danışman: DOÇ. DR. GALİP GÜNER
Erciyes Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Türk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı / Eski Türk Dili Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Dilbilim = Linguistics
Dizin: Dilbilgisi = Grammar ; Dilbilim = Linguistics ; Kodeks Kumanikus = Codex Cumanicus ; Kıpçakca = Kıpcaks language ; Söz dizim = Syntax ; Türk lehçeleri = Turkish dialects

Özet:
Söz dizimi, bir dildeki cümle ve kelime gruplarını oluşturan kuralları, kelimelerin bir araya gelme koşullarını, kelimeler ve cümleler arasındaki ilişkiyi inceleyen dilbilgisi dalına verilen addır. Bu çalışmada, Kuzey Kıpçak Türkçesine ait olan Codex Cumanicus adlı sözlüğün söz dizimi incelemesi yapılmıştır.
Çalışmanın giriş bölümünde, Kıpçak ve Kuman adı ile ilgili bilgilerden sonra Kıpçakların tarihteki yeri hakkında bilgiler verilmiştir. Kıpçaklarla ilgili tarihî bilgiler verildikten sonra Kıpçak Türkçesi ve bu dille yazılmış olan eserler hakkında bilgiler, söz dizimi ile alakalı görüşler ortaya konmuştur. Giriş kısmında son olarak bu çalışmaya konu olan Codex Cumanicus hakkında ayrıntılı bilgiler verilip daha sonra inceleme kısmına geçilmiştir. İnceleme kısmında ise Codex Cumanicus'ta bulunan kelime grupları tespit edilip örneklendirildikten sonra metindeki cümle yapısı incelenmiştir. Cümleler de ayrıntılı bir şekilde incelenmiş ve örneklendirilmiştir. 

Anahtar kelimeler: Kıpçak Türkçesi; Codex Cumanicus; Söz dizimi

Abstract:
Syntax is the name given to the field of linguistics dealing with the rules to constitute sentences and phrases in a language; the patterns that words follow to be used together; the relationship between words and sentences. In this study, Codex Cumanicus, a dictionary belonging to the North Kipchak Turkish, will be analyzed in terms of syntax.

In the introduction part of the work, after some information concerning the names Kipchak and Cuman, the role of the Kipchak in history will be concentrated. After the Kipchaks is elaborated, the Kipchak Turkish and works written in the Kipchak Turkish and the syntax in Kipchak Turkish are focused and different points of views on the syntax are presented. Eventually, in the introduction part, detailed information on Codex Cumanicus is given and then the discussion starts. In the discussion part, once the phrases in Codex Cumanicus are identified and exemplified, the syntax in sentences is analyzed. The sentences are analyzed and exemplified as well.

Key Words: Kipchak Turkish; Codex Cumanicus; Syntax
Düğüm teorisi üzerine
On knot theory
Yazar: MUSA KERİM KILIÇ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ NAZMİYE ALEMDAR
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Matematik = Mathematics

Özet:
Bu tez çalışmasında düğüm teorisi ve düğüm teorisinin matematik, fizik, kimya ve biyoloji bilim dallarında kullanım amaçları verilmiştir. Bu tez üç bölümden oluşmaktadır.

Birinci bölümde düğüm teorisinin bazı temel tanımları, teoremleri ve örnekleri verilmiştir.

İkinci bölümde düğümlerden manifoldlar oluşturma, örtü uzayı, devirli örtü uzayı konuları verilmiştir.

Üçüncü bölümde ise devirsel örtü uzayı yöntemini kullanarak, tek bir düğümden (veya bağlantıdan) sayısız kapalı yönlendirilebilir irtibatlı 3-manifold oluşturabiliriz. Ne yazık ki, bu methotla her 3-manifoldu inşa etmek mümkün değildir. Örneğin 3-boyutlu torus bu yöntemle oluşturulmuştur. Bu nedenle, keyfi bir 3-manifold oluşturmak için, devirsel örtü uzayından bile daha karmaşık örtü uzayı düşünmemiz gerekebilir. Bununla birlikte, karamsarlığa kapınılmamalıdır. Aslında gerekli olan örtü uzayının şaşırtıcı bir şekilde beklenenden daha basit olduğunu Alexander Teoremi verilmiştir.

Abstract:
In this thesis, knot theory and the use of knot theory in mathematics, physics, chemistry and biology are given. This thesis consists of three chapters.

In the first chapter, some basic definitions, theorems and examples of knot theory are given.

In the second chapter, creating manifolds from knots, covering space, cyclic covering space are given.

In the third chapter, Alexander Theorem is given.
By using the cyclic covering space method, we can from a single knot (or link) construct countless closed orientable connected 3manifolds.Sadly, however, it is not possible to construct every 3-manifold by this method; an example is the 3-dimensional torus. Therefore, in order to construct an arbitrary 3-manifold, it would seem that we will need to consider even more complicated covering spaces than the cyclic covering space. However, before we spiral into a shroud of doom, actually we will find that the required covering space is surprisingly (relatively speaking) more simple than might be expected.