Kolorektal adenokarsinom tanılı olgularda yeni nesil dizileme ile saptanan mutasyon profili ve klinikopatolojik korelasyonu
Mutation profile determined by NGS and clinicopathological correlation in colorectal adenocarcinoma cases
Yazar: SİBEL OSMAN
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM METEOĞLU
Adnan Menderes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Patoloji = Pathology
Dizin: Adenokarsinom = Adenocarcinoma ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Kolon hastalıkları = Colonic diseases ; Kolon neoplazmları = Colonic neoplasms ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Kolorektal kanser (KRK) dünya çapında en sık görülen üçüncü malignite ve kanser ilişkili ölümlerin en sık ikinci nedenidir. KRK homojen bir hastalık değildir ve moleküler profilini ortaya koyan son çalışmalar KRK'nın heterojenitesini göstermektedir. KRK'ya özgü genomik değişikliklerin karakterizasyonu, hastaya ve tümör tipine özgü daha başarılı ve hedefe yönelik tedavi protokolleri oluşturmak açısından önem taşımaktadır. KRK'ların moleküler profilinin tedavi sürecine ek olarak kanser patogenezinin, tedaviye direnç mekanizmalarının anlaşılmasında ve prognoz tespitinde de önemli bir yeri bulunmaktadır. Kapsamlı bir mutasyon profili sağlayan NGS yöntemi ile aynı anda birçok genin ve genler içindeki birçok bölgenin analizi yapılabilmektedir. Zaman, maliyet ve tümör dokusu bakımından ekonomik bir şekilde hastanın klinik yönetimi ile ilgili önemli veriler elde edilebilmektedir.
Çalışmaya Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı'nda 2018-2020 yılları arasında incelenen KRK tanılı ve NGS yöntemiyle moleküler analizi yapılan 73 olgu dahil edilmiştir. Çalışmada KRK'ların prognozunda rol oynayan klinikopatolojik parametreler ve NGS yöntemi ile 32 adet gende saptanan patojenik mutasyonlar arasındaki ilişki değerlendirilmiştir. Analizler sonucunda sağ kolon yerleşimi ile BRAF V600E mutasyonları, az diferansiye tümörler ile BRAF mutasyonları, iyi diferansiye tümörler ile KRAS ekzon 3 mutasyonları, müsinöz morfolojideki tümörlerle KRAS ekzon 2 mutasyonları arasında istatistiksel olarak anlamlı pozitif bir ilişki saptanırken, LVİ ile MSH6 mutasyonları; PNİ ile MSH6, FBWX7, PIK3CA mutasyonları; lenf nodu metastazı ile BRCA1, BRCA2 mutasyonları arasında istatistiksel olarak anlamlı negatif bir ilişki bulunmuştur. Çalışma sonucunda Türk popülasyonunda literatüre göre daha yüksek oranda BRAF, BRCA1, BRCA2, CDC27, KRAS, PIK3CA, PMS2 ve PTEN gen mutasyonları bulunurken, NRAS gen mutasyonu ise literatüre göre daha düşük oranda saptanmıştır. KRAS ve BRAF mutasyonları literatürdekiyle benzer şekilde birbirini dışlayıcı mutasyonlar şeklinde bulunmuştur. Birlikteliği anlamlı bulunan önemli gen mutasyonları arasında APC-BRCA2, APC-MLH3, APC-PTEN, APC-TP53, APC-TGFBR2, BRCA2-PTEN, MLH3-MSH3, MLH3-PTEN, MLH-TGFBR2, MSH3-PTEN, MSH3-TGFBR2, PMS2-PTEN ve PTEN-TGFBR2 bulunduğu saptanmıştır.
Mutasyonların klinik olarak daha doğru yorumlanması için KRK olgularının genomik değişikliklerini içeren kapsamlı bir veri tabanının gerekliliği açıktır. KRK'larda bulunan mutasyonların sıklığına ilişkin Türk popülasyonuna ait yeterli sayıda çalışma bulunmamakta, takip ve tedavi protokolleri Avrupa ve Amerika veri tabanlarına ve kılavuzlarına göre düzenlenmektedir. Türk hasta kohortunda KRK'lı  hastalarda mutasyon profilinin NGS yöntemi ile kapsamlı biçimde ortaya konması terapötik, prognostik ve prediktif açıdan önemli verilen elde edilmesi Türk popülasyonu için daha başarılı tedavi ve takip stratejilerinin oluşturulabilmesine yardımcı olacaktır.

Abstract:
Colorectal cancer is the third most common malignancy and the second most common cause of cancer-related death worldwide. CRC is not a homogeneous disease, and recent studies which is revealing its molecular profile demonstrate the heterogeneity of CRC. Characterization of genomic alterations specific to CRC is important in terms of creating more successful and targeted treatment protocols specific to the patient and tumor type. In addition to its effect on treatment, the molecular profile of CRCs also has an important role in understanding the pathogenesis of cancer, mechanisms of resistance to treatment, and determining prognosis. The NGS method provides a comprehensive mutation profile by analyzing many genes and many regions within the genes at the same time. Essential and important data about the clinical management of the patient can be obtained economically in terms of time, cost and tumor tissue.
    This study includes 73 cases diagnosed with CRC and analyzed by NGS method between 2018-2020 at Adnan Menderes University Faculty of Medicine, Department of Pathology. In the study, clinicopathological parameters affecting the prognosis of CRCs and the relationship between pathogenic mutations detected in 32 genes by NGS method were evaluated. As a result of statistical analysis, a statistically significant relationship was found between some of the clinicopathological parameters and some gene mutations. A statistically significant positive correlation was found between right colon location and BRAF V600E mutations, poorly differentiated tumors and BRAF mutations, well-differentiated tumors and KRAS exon 3 mutations, mucinous morphology and KRAS exon 2 mutations. A statistically significant negative correlation was found between LVI and MSH6 mutations, PNI and MSH6, FBWX7, PIK3CA mutations, lymph node metastasis and BRCA1, BRCA2 mutations. As a result of the study BRAF, BRCA1, BRCA2, CDC27, KRAS, PIK3CA, PMS2 and PTEN gene mutations were identified at higher percentages in Turkish population compared to the literature, while NRAS gene mutations were found at a lower rate. In addition, the coexistence of some gene mutations and the absence of some gene mutations were found to be statistically significant as a result of the analysis. KRAS and BRAF mutations were found as mutually exclusive mutations similar to those in the literature. APC-BRCA2, APC-MLH3, APC-PTEN, APC-TP53, APC-TGFBR2, BRCA2-PTEN, MLH3-MSH3, MLH3-PTEN, MLH-TGFBR2, MSH3-PTEN, MSH3-TGFBR2, PMS2-PTEN and PTEN- TGFBR2 mutations were found to be the most common gene mutations with statistically significant association.
    It is clear that a comprehensive database of genomic alterations of CRCs is required for more accurate clinical interpretation of mutations. There are not enough studies on the frequency of mutations in CRCs within the Turkish population, and follow-up and treatment protocols are organized according to European and American databases and guidelines. Revealing the mutation profile in patients with CRC with NGS method and obtaining important data in terms of therapeutic, prognostic and predictive aspects may help to create more successful treatment and follow-up strategies for the Turkish population.