Klinik örneklerden izole edilen Candida albicans kökenlerinin moleküler analizi
Molecular analysis of Candida albicans isolates from clinical specimens
Yazar: MELAHAT GÜRBÜZ
Danışman: PROF. DR. İLKNUR KALELİ
Pamukkale Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2008
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Candida albicans = Candida albicans ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Son yıllarda özellikle HIV infeksiyonu, kemoterapi, transplantasyon gibi nedenlere bağlı immun sistemi baskılanmış hasta sayısında artış olması mantar infeksiyonları sıklığında artışı da beraberinde getirmiştir. Etkenler arasında, Candida türleri, özellikle de C.albicans ilk sıradaki yerini korumaya devam etmektedir.Bu çalışmada, Pamukkale Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Merkezi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen, çeşitli klinik örneklerden izole edilen 194 C.albicans suşu 25S rDNA'daki grup-1 intron bölgesini hedefleyen CA-INT-R ve CA-INT-L primer çifti kullanılarak tiplendirildi. Genotip A, B, C ve D sıklıkları sırasıyla %51.0, %29.4, %19.1 ve %0.5 olarak tespit edildi. Bu yöntemle gösterilebilen ve C.dubliniensis'e ait diğer genotip olan Genotip E bulunmadı. İnvaziv (kan kültürü, n=28) ve non-invaziv (bronko alveolar lavaj, balgam, idrar ve trakeal aspirat, n=166) izolatlar ayrı ayrı değerlendirildiğinde; genotip sıklıkları sırasıyla Genotip A %32.1-%54.2, Genotip B %21.4-%30.7 ve Genotip C %46.4-%14.5 olarak tespit edildi. İnvaziv grupta istatistiksel olarak anlamlı oranda Genotip C baskın bulunurken, non-invaziv grupta Genotip A baskın idi (p<0.001). Aktarılabilir grup-1 intron taşıyıp taşımamalarına göre değerlendirildiğinde, invaziv ve non-invaziv grup arasında anlamlı fark saptandı (p=0.031).Sonuç olarak hastanemizde invaziv izolatlarda, intron bulunduran Genotip B ve C anlamlı şekilde daha yüksek bulundu. Klinik örneklerinden C.albicans izole edilen hastalarda bu yöntemle genotiplendirme yapılması, birbiriyle çelişen sonuçlar vermesi nedeniyle invazivliği değerlendirmek için tek başına yeterli görünmemektedir. 25S intron genotipleme yönteminin ek bir avantajı da, fenotipik yöntemlerle C.albicans izolatları içerisinde yanlış tanımlanan C.dubliniensis kökenlerini dizi analizine gerek kalmaksızın ayırabilmesidir.Genotiplerle anatomik lokalizasyon ve invazivlik arasındaki ilişkinin belirlenmesi, antifungal duyarlılık ve virülans faktörleri arasında bağlantı olup olmadığının araştırılması için suş sayısı ve çeşitliliğinin arttırılarak daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır. Böylece etkenin epidemiyolojik özelliklerinin belirlenmesi ile uygun tedavi ve korunma protokolleri geliştirilmesine katkıda bulunulabilir.Anahtar Sözcükler: Candida albicans, Genotiplendirme, PCR, 25S

Abstract:
The increasing population of immunocompromised patients due to HIV infection, chemotherapy, organ transplantation and the common use of indwelling intravascular devices have significantly increased the incidence of fungal infections. Candida species, especially Candida albicans is still the most frequently isolated pathogen.In this study, a total of 194 C.albicans strains, isolated from various clinical specimens sent from Research and Training Center of Pamukkale University, were genotyped by using CA-INT-R and CA-INT-L primer pairs designed to span the region that includes the side of the transposable group-1 intron in the 25S rDNA gene. The frequencies of Genotypes A, B, C and D were found as 51.0%, 29.4%, 19.1% and 0.5%, respectively. Genotype E, the other genotype which represents C.dubliniensis was not found. When invasive (blood culture isolates, n=28) and non-invasive (broncho alveolar lavage, sputum, urine and tracheal aspirate, n=166) isolates were compared, the genotype frequencies were as follows; Genotype A: 32.1%-54.2%, Genotype B: 21.4%-30.7% and Genotype C: 46.4%-14.5%. Statistically significant difference was observed between invasive and non-invasive groups (p<0.001), genotype C was more prevalent among invasive isolates whilst genotype A in non-invasive ones. When compared according to the presence of the group-1 intron, significant difference has been found between invasive and non-invasive groups (p=0.031).As a result, Genotype B and C which carry group-1 intron were found significantly more prevalent among invasive isolates in our hospital. Genotyping C.albicans isolates from clinical specimens of patients only by using this method, was not seem to be an adequate marker to determine invasiveness with those conflicting outcomes. The additional advantage of 25S intron analyse was the differentiation of C.dubliniensis from C.albicans isolates, without the need for sequence analysis.Large scale studies must be performed on isolates from various clinical specimens in order to understand the relation between anatomical localization and invasiveness, and association between antifungal susceptibility and virulence factors. It may contribute to develop appropriate therapy and conservation protocols by determining epidemiological features of the ethiological agent.Key Words: Candida albicans, Genotyping, PCR, 25S