Atlarda rhodococcus equi varlığının PCR ile araştırılması ve antimikrobiyel duyarlılıklarının belirlenmesi
Detection of rhodococcus equi by PCR from foals and determination of antimicbobial susceptibility
Yazar: ELİF OYA ORAL
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ KIRKAN
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Atlar = Horses ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Pnömoni = Pneumonia ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rhodococcus equi = Rhodococcus equi ; Taylar = Colts

Özet:
Rhodococcus equi hem çeşitli hayvan türlerinde hem de insanlarda; pulmoner ve ekstrapulmoner piyogranulomatöz enfeksiyon oluşturabilen ve toprakta bulunan patojen bir bakteridir. Veteriner hekimlikte önemini genç tayların hastalığa özellikle duyarlı olması ve Rhodococcus equi pnömonisinin tanı, koruma ve tedavi yöntemlerinin istenilen düzeyde geliştirilememiş olması nedeniyle oluşturduğu ekonomik kayıplardan almaktadır. 
Çalışmamızda, 0-5 aylık 90 taydan alınan nazal svap numunelerinde Rhodococcus equi etkeni varlığının hem bakteriyolojik hem moleküler olarak araştırılması ve Rhodococcus equi izolatlarının antimikrobiyel duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Örneklerin 10 (%11,1)'undan otomatize identifikasyon sistemi ile Rhodococcus equi identifiye edilmiştir. İzolatlar 16S rRNA PCR ile moleküler olarak doğrulanmıştır. Araştırmamızda identifiye edilen 10 Rhodococcus equi izolatının 2 (%20)'sinde vapA geni varlığı ortaya çıkarılmıştır. Rhodococcus equi izolatlarına yapılan antibiyogram testi sonucunda, 10 Rhodococcus equi izolatının 4 (%40)'ünün 11 antibiyotiğe çoklu direnç gösterdiği tespit edilmiştir. 
At yetiştirme çiftliklerinde kontrol amaçlı ultrasonografık taramalar sonrası uygulanan antibiyotik tedavileri sonucu, makrolid ve rifampin dirençli Rhodococcus equi suşlarının dünya genelinde görülme sıklığı artmaktadır. Çalışmamızda elde edilen sonuçlar, makrolid ve rifampin dirençli Rhodococcus equi suşlarının varlığını bir kere daha ortaya koymuştur. 
Araştırmamız sonucunda, antibiyotik dirençli Rhodococcus equi suşlarının oluşturduğu tehdide karşı, uygulanması kolay, maaliyeti düşük ve tanı değeri yüksek yeni metotların geliştirilmesi, dirençlilikle ilgili gen ekspresyonlarının daha iyi anlaşılması, dirençli suşların spesifik antijenik özelliklerin belirlenmesi ve hastalıktan korunmada etkili immunizasyon tekniklerinin geliştirilmesi önerilmektedir.


Anahtar Kelimeler: Tay Pnömonisi, Rhodococcus equi, PCR, vapA, Antimikrobiyel
Duyarlılık

Abstract:
R. equi is a pathogenic soil actinomycete that causes pulmoner and/or extrapulmoner pyogranulomatous disease in many animal species as well as humans. Its importance in veterinary medicine comes from young foals being highly susceptible to this pathogen and the economic loss it generates due to techniques such for screening, prevention, immunization and treatment of Rhodococcus equi foal pneumonia are yet not developed well enough. 
In this research, we aimed to study the presence of R. equi both with bacteriological and molecular techniques in 90 nasal swab samples collected from foals aged between 0-5 months and to determine the antimicrobial susceptibility of those isolates. 10 out of 90 samples (11,1%) were identified as R. equi with automated identification system. Molecular confirmation for identification of those isolates with 16S rRNA spesific PCR has been performed. 2 out of 10 20(%) R. equi isolates were found to be positive for vapA gene. 4 out of 10 isolates (40%) were found to have multi drug resistance after the anibiogram that has been performed against 11 antimicrobial agents.
The R. equi strains that show resistance to both macrolides and Rifampin is increasing world wide due to the increased application of those antibiotics in many breeding farms based on the results of routine ultrasonographic screenings. Findings in this study exhibits the presence of those resistant strains one more time. 
Concluding our study, development of a diagnostic technique which is labor, time and cost friendly and also has high diagnostic value, better understanding of expression of genes related to resistance, antigenic spesifications of resistant strains, development of effective immunization techniques can be suggested fields of studies against the threat of resistant strains of R. equi.

Key words: Foal Pneumonia, Rhodococcus equi, PCR, vapA, Antimicrobial Susceptibility