Türkiye'nin farklı bölgelerinden elde edilen kestane kanseri etmeni Cryphonectria parasitica ve Cryphonectria hypovirus izolatlarının karakterizasyonu
Characterisation of Cryphonectria parasitica, the casual agent of chesnut blight, and Cryphonectria hypovirus isolates obtained from different regions of Turkey
Yazar: DENİZ ÇAKAR
Danışman: PROF. DR. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Ormancılık ve Orman Mühendisliği = Forestry and Forest Engineering
Dizin: Cryphonectria parasitica = Cryphonectria parasitica ; Mikorvirüs = Mycovirus ; Vejetatif uyum = Vegetative compatibility

Özet:
Ülkemizde kestane üretiminin yaygın olduğu 13 farklı ilden kestane kanseri etmeni Cryphonectria parasitica ile enfekteli olması muhtemel 215 ağaçtan örnekler alınmış ve bu örneklerden 183 adet C. parasitica izolatı elde edilmiştir. Kültürel özelliklerine göre değerlendirildiğinde, bu izolatların 40'nın hipovirülent, 143'ünün ise virülent olduğu tespit edilmiştir. Klasik yöntemler kullanılarak yapılan vejetatif uyumluluk testleri sonucunda; 135 izolatın EU-1 (%82,32), 29 izolatın EU-12 (%17,68) Avrupa uyum tipi olduğu belirlenmiş fakat 19 izolatın uyum tipi belirlenememiştir. Moleküler markörler yöntemiyle yapılan çalışmalarda ise 149 izolatın EU-1 (%81,42), 34 izolatın ise EU-12 (%18,58) Avrupa uyum tipi olduğu bulunmuştur. Mating type (eşey tipi) testlerinde 134 izolatın (%73,2) MAT-1 ve 44 izolatın (%24) MAT-2 eşleşme tipi olduğu, 5 izolatta ise (%2,8) her iki eşleşme tipi ile benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Hipovirülent izolatların içerdiği hipovirüslerin sekans analizleri sonucunda 19 virüs izolatının hepsinin Avrupa Cryphonectria hypovirus 1 (CHV1) olduğu, virüslerin Italyan alt tipi (Subtype I) olduğu belirlenmiştir. Hipovirülent izolatların hepsi tek bir uyum tipi (EU-1) içerisinde yer almıştır. EU-1 uyum tipinde yer alan 10 hipovirülent izolattan sadece bir allel farklılığı bulunan 6 diğer Avrupa uyum tiplerine (EU-2, EU-3, EU-5, EU-7, EU-26 ve EU-44) hipovirüs aktarımı gerçekleştirilmiştir. Ayrıca bu çalışma ile EU-12 Avrupa uyum tipine ülkemizden elde edilen hipovirülent izolattan hipovirüs aktarımı ilk defa gerçekleştirilmiştir. Hipovirüs aktarımını, vejetatif uyumsuzluğu belirleyen vic lokuslarındaki farklılığın etkilediği tespit edilmiştir. Uyum tipleri arasındaki farklı allelin hangi vic lokusunda olduğu aktarım çalışmaları için önemli bulunmuştur. Ayrıca C. parasitica izolatlarında tür içi polimorfizmi belirlemek amacıyla iki farklı markör (iPBS ve SCoT) sistemiyle çalışılmış ve izolatların klonal bir yapıda olduğu, tür içinde polimorfizm bulunmadığı belirlenmiştir.

Abstract:
Hundred-eighty-three Cryphonectria parasitica isolates were obtained from 215 infected chestnut bark samples collected from 13 different locations having significant chestnut production. Based on the cultural characteristics, 143 of these isolates were classified as virulent and the rest 40 were hypovirulent. Majority of the C. parasitica isolates, 135 out of 183 (82.32%) morphologically determined as EU-1 of the European vegetative compatibility type, while 29 (17.68%) were EU-12. The remaining nineteen isolates did not match any of the two vc types (EU-1 and EU-12). Molecular vc distinction of the isolates gave almost similar results, 149 (81.42%) of them being EU-1 and 34 (18.58%) of them EU-12. Mating types of the C. parasitica isolates were also determined by using molecular methods and 73.2% (134 isolates) was belong to MAT-1 and 24% (44 isolates) was MAT-2 while 2.8% (5 isolates) showed both of the MAT types. Sequence analysis showed that all 19 viral isolates belonged to Italian subtype I of Cryphonectria hypovirus 1 (CHV1). All the hypovirulent isolates were EU-1 vc type. 
The hypovirus, found in 10 Turkish EU-1 isolates was transmitted to the isolates of six vc types; EU-2, EU-3, EU-5, EU-7, EU-26 and EU-44, which were found in Turkey at low percentages and has one different allele in turn in the six known di-allelic vic loci. By this way, Turkish CHV1 subtype I was also transmitted to the European vc type EU-12 for the first time. Two different markers systems (iPBS ve SCoT) were used to evaluate the polymorphism among the C. parasitica isolates, all of them were found structurally clonal without any polymorphism.