Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında CTX-M tipi geniş spektrumlu ß-laktamaz genlerinin PCR, PCR-RFLP, dizi analizi yöntemleri ile identifikasyonu ve suşlar arasındaki klonal ilişkinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi
Identification of CTX-M type Extended Spectrum ?-Lactamase Genes in Escherischia coli and Klebsiella pneumoniae Isolates by PCR, PCR-RFLP, DNA Sequencing methods and determination of clonal relation between these strains by PFGE method
Yazar: MÜMTAZ GÜRAN
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler-laktam = Antibiotics-lactam ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Elektroforez = Electrophoresis ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
CTX-M tipi GSBL üreten E.coli ve K.pneumoniae suşları tüm dünyada giderek artan prevalans oranları ile gerek toplum kökenli gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda tedavi başarısızlıklarının önemli bir sebebi haline gelmiştir. Alternatif tedavi seçeneklerinin başarısızlıkları ile çoklu ilaç dirençli hale gelen CTX-M tipi GSBL üreten suşların kontrolünde, en önemli alternatif klonal düzeyde etkin sürveyanstır.Ülkemizde CTX-M tipi Geniş Spektrumlu ß-laktamaz enzimi üreten E.coli ve K. pneumoniae türlerinin varlığı sınırlı sayıda çalışma ile gösterilmiştir. Ancak bölgemizde GSBL üreten suşların varlığı bilinmekle beraber CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşlar ve görülen subtipler hakkında bilgi mevcut değildir.Bu çalışmada hastanemizin Merkez Laboratuarında, hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlara ait klinik materyallerden izole edilen, G.S.B.L. üreten E.coli ve K. pneumoniae suşları arasında, moleküler epidemiyolojik yöntemlerle, CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşların prevalansının, enzim tiplerinin ve bu suşlar arasındaki muhtemel klonal ilişkinin belirlenmesi amaçlandı.Çalışma sonunda; PCR yöntemi ile CTX-M tipi enzimleri, G.S.B.L. üreten E. coli izolatları arasında %87,31 (69/79), K. pneumoniae izolatları arasında da %88,88 (24/27) oranında belirlendi. Ayrıca Grup Spesifik PCR, PCR-RFLP ve Dizi Analizi çalışmalarıyla suşlarımızın % 94.6 (88/94)'sının CTX-M-1 grubu/CTX-M-15 alttipi enzim üreten suşlar olduğu, kalan 5 (%5.3) suşun da CTX-M-9 grubu/CTX-M-14 alt tipi enzim üreten suşlar oldukları belirlendi. İzolatlarımız arasındaki muhtemel klonal ilişkinin tespiti amacıyla kullandığımız PFGE yöntemi CTX-M tipi enzim üreten suşlar arasında klonal bir ilişkinin bulunmadığını gösterdi.

Abstract:
CTX-M type ESBL producer E.coli and K.pneumoniae strains have become an important cause of treatment failures both in nosocomial and community acquired infections with increasing prevelance ratios all over the world. In control of CTX-M type ESBL producer strains which became multi drug resistant because of failure of alternative treatment options, the most important option is effective surveillance in clonal level.The presence of CTX-M type ESBL producing E.coli and K.pneumoniae species has been shown by limited number of studies in our country. Although the presence of ESBL producing strains is known in our region, there is no data regarding the CTX-M type ESBL producing strains and their subtypes observed.Aim of this study was to investigate the prevelance of CTX-M type ESBL producing strains, types of enzymes and probable clonal relation between these strains isolated from clinical material belonging to both nosocomial and community acquired infections at the central laboratory of our hospital.At the end of the study; CTX-M type enzymes among ESBL producing E.coli isolates have been identified at a ratio of 87,31% (69/79) and 88,88% (24/27) between K.pneumoniae isolates with PCR method. Moreover, group specific PCR, PCR-RFLP and DNA Sequencing assays showed that 94.6% (88/94) of our strains are CTX-M-1 group/CTX-M-15 subtype enzyme producers and the other 5 (5.3%) are CTX-M-9 group/CTX-M-14 subtype enzyme producers. PFGE method which we used to identify clonal relations among our isolates demonstrated that there is no serious clonal dissemination between our strains.