Marmara bölgesindeki ruminant atık fötuslarında toxoplasma gondii ve neospora caninum'un moleküler, patolojik yöntemlerle araştırılması ve etkenin moleküler karakterizasyonu
Investigation of toxoplasma gondii and neospora caninum in ruminant foetuses in marmara region by molecular and pathological methods and the molecular characterisation of the agents
Yazar: MESUT ŞENEL
Danışman: PROF. DR. ATİLA AKÇA
Kafkas Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Abortus = Abortion ; Marmara bölgesi = Marmara region ; Neospora caninum = Neospora caninum ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Toxoplasma gondii = Toxoplasma gondii ; İmmünohistokimya = Immunohistochemistry

Özet:
Türkiye'de çiftlik hayvan yetiştiriciliğinin en önemli sorunlarının başında yavru atıkları, neonatal yavru ölümleri ve bunlara ilişkili ekonomik kayıplar gelmektedir. Toxoplasma gondii ve Neospora caninum ruminantların başta gelen protozoer abort etkenleri arasında sayılmaktadır. Bu çalışma ile Marmara bölgesindeki ruminant atık fötuslerinde moleküler (Real-Time PCR ve sekans) ve patolojik yöntemlerle (Hematoksilen Eozin ve Immunohistokimya boyama) T. gondii ve N. caninum varlığının araştırılması amaçlanmıştır. 
Çalışma kapsamında Marmara bölgesinde yer alan şehirlerinden 84'ü sığır ve 222'si koyundan olmak üzere toplam 306 adet abort fötusa ait iç organ numuneleri toplanmıştır. Tüm abort fötuslara ait organlar HE, IHC, Real-Time PCR yöntemiyle incelenmiş olup; PCR pozitif bulunan örneklere sekans analizi yapılmıştır. Abort fötuslara ait organların bazı doku kesitlerinde HE boyama ile protozoan enfeksiyonla uyumlu lezyonlar saptanmıştır, fakat N. caninum veya T. gondii takiziotlerine veya bradizoitlerine rastlanılmamıştır. Tüm fötuslara ait organ ve dokular IHC boyama yöntemi ile incelenmiş olup; T. gondii ve N. caninum antijenlere rastlanmamıştır. Real-Time PCR yöntemi ile sığır abort fötuslarının 22'sinde (%26,19) N. caninum DNA'sı, koyun abort fötuslarının ise 4'ünde (%1,8) T. gondii DNA'sı tespit edilmiştir. Diğer yandan, sığır fötuslarında T. gondii ve koyun fötuslarında ise N. caninum DNA'sı Real-Time PCR yöntemiyle tespit edilememiştir. Real-Time PCR ile pozitif bulunan örnekler sekans işlemlerine tabii tutulmuş ve Maximum-Likehood metodu ile filogenetik ağaçları oluşturulmuştur.
Sonuç olarak Marmara bölgesindeki ruminant abortlarında T. gondii ve N. caninum'un varlığı kapsamlı bir şekilde farklı tanı yöntemleriyle belirlenmiş ve bölgedeki küçükbaş ve büyükbaş hayvancılık yetiştiriciliğinde bu enfeksiyonların tam boyutunu belirlemek için son konakları da içeren daha geniş çapta çalışmalar yapılmasına ihtiyaç olduğu kanaatine varılmıştır.

Abstract:
Amongst the most important problems affecting farm animal breeding in Turkey are abortions, neonatal deaths, and the consequent economic losses. Toxoplasma gondii and Neospora caninum are considered to be the leading protozoan parasites causing abortion in ruminants. The aim of this study was to investigate the presence of the agents T. gondii and N. caninum in the aborted foetuses of ruminants in the Marmara region, using molecular (Real-time PCR and sequencing) and pathological methods (Hematoxilant Eozin and Immunohistochemistry staining) 
Within the scope of the study, a total of 306 aborted foetuses were collected from cities in the Marmara region, 84 from cattle and 222 from sheep. The organs of all aborted foetuses were examined by the HE, IHC, and Real-Time PCR methods, and sequence analysis was performed on the samples found to be positive by PCR. HE staining of the organs of the aborted foetuses revealed lesions consistent with protozoan infection in some tissue sections. However, neither N. caninum nor T. gondii tachyzoites or bradyzoites were detected. Likewise, IHC staining of the organs did not detect T. gondii or N. caninum antigens. By the Real-Time PCR method, N. caninum DNA was detected in 22 (26.19%) bovine aborted foetuses and T. gondii DNA was detected in 4 (1.8%) of the sheep aborted foetuses. In contrast, Real-Time PCR did not detect T. gondii in the bovine aborted foetuses or N. caninum in the sheep aborted foetuses. Samples found to be positive by the Real-Time PCR method were sequenced and a phylogenetic tree was produced by the Maximum Likelihood method.
To sum up, the presence of T. gondii and N. caninum in ruminant abortions in the Marmara region was extensively investigated in the study, using various diagnostic methods. It was concluded that more comprehensive studies are needed, including the final hosts, in order to determine the full extent of these infections in sheep and cattle in the Marmara region.