Matriks metalloproteinaz 1 (-1607 G/2G, 3 (-1171 5A/6A) ve 9 (-1562 C/T) promotor polimorfizmlerinin obstrüktif uyku apne sendromu ile ilişkisi
The relationship between matrix metalloproteinase 1(-1607 G/2G, 3 (-1171 5A/6A) and 9 (-1562 C/T) promotorpolymorphysms with obstructive sleep apneasyndrome
Yazar: MEVLÜT KOÇAK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLA SOLMAZ AVCIKURT
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Matriks metalloproteinazlar (MMP'ler), hücre dışı matriksin bileşenlerini ve sayısız matriks olmayan proteinleri parçalayabilen çinkoya bağlı proteinazlardır. Matriks Metalloproteinaz-1 (MMP1), fibril kollajenleri ve elastin, fibronektin, agrekan ve versikan gibi birkaç temel ECM bileşenini doğrudan parçalayabilir. MMP1 promotor bölgesi -1607 pozisyonunda G/2G olarak bilinen polimorfizm bir guaninin eklenmesi veya silinmesine bağlı olarak ekspresyon seviyesini etkilemektedir. MMP3 promotor bölgesi -1171 (-1612) pozisyonunda 5A/6A olarak bilinen polimorfizm bir adenin bazının delesyonundan kaynaklanmaktadır. MMP9 promotor bölgesi -1562 pozisyonunda C/T olarak bilinen polimorfizm, C nükleotidin T nükleotidi ile yer değiştirmesiyle meydana gelir. Uyku Apne Sendromu, uyku sırasında solunum duraklamaları ile karakterize birincil uyku bozukluğudur. Uyku Apne Sendromu'nun alt tipi olan obstrüktif uyku apnesi (OSA) gittikçe yaygınlaşan uyku ile ilgili solunum bozukluğudur. Henüz Uyku Apne Sendromu'na neden olan mekanizma kesin olarak bilinmemektedir. Bu çalışmada MMP-1, MMP-3 ve MMP-9'ün gen ekspresyon seviyesini etkileyen promotor polimorfizmlerinin uyku apne sendromu ile ilişkisi araştırıldı.
MMP-1 (-1607) G/2G, MMP-3 (-1171) 5A/6A ve MMP-9 (-1562) C/T genlerinin promotor bölgesindeki polimorfik bölgenin genotipini belirlemek için PZR-RFLP yöntemi kullanıldı. Hasta ve kontrol grubu yaş ve cinsiyet açısından değerlendirildiğinde anlamlı farklılık bulunmadı. Vücut Kitle İndeksi hasta grubunda anlamlı yüksek bulunmuştur (p=0,01**). MMP1 -1607 Genotip dağılımında G/G varyantı hastaların %43,5'inde görülmüştür. Kontrol grubunda ise G/2G varyantı %52,6'sında gözlenmiştir. Hasta ve kontrol grubu arasında varyant dağılımı istatistiksel olarak anlamlıdır (p=0,037). MMP3 -1171 genotip dağılımında 5A/6A varyantı kontrol grubunda %88,7 oranında görülmüş fakat gruplar arası varyant dağılımı anlamlı çıkmamıştır. MMP9 -1562 genotip dağılımında hem hasta hem de kontrol grubunda C/C varyantı daha sık izlendi. Gruplar arası varyant dağılımda istatistiksel olarak anlamlılık yoktu.

Abstract:
Matrix metalloproteinases (MMPs) are zinc-bound proteinases that can
disrupt the components of the extracellular matrix and numerous non-matrix
proteins. Matrix Metalloproteinase-1 (MMP1) can directly break down fibril
collagen and a few basic ECM components such as elastin, fibronectin, aggrecan
and versikan. The polymorphism, known as G/2G at the position of the MMP1
promoter region -1607, is affected by the expression or deletion of a guanine. The
polymorphism known as 5A/6A in the MMP3 promoter region -1171 (-1612)
originates from the deletion of an adenine base. Polymorphism, known as C / T in
the MMP9 promoter region at position -1562, takes place by replacing the C
nucleotide with the T nucleotide. Sleep Apnea Syndrome is a primary sleep
disorder characterized by respiratory pauses during sleep. Obstructive sleep apnea
(OSA), the subtype of Sleep Apnea Syndrome, is an increasingly common form of
sleep-related respiratory distress. The mechanism that causes the Sleep Apnea
Syndrome is not known exactly.
In this study, we investigated whether promoter polymorphisms that affect
the gene expression level of MMP-1, MMP-3 and MMP-9 are related to sleep
apnea syndrome. MMP-1 (-1607) G / 2G, MMP-3 (-1171) 5A/6A and MMP-9 (-
1562) PCR-RFLP method was used to determine the genotype of the polymorphic
region in the promoter region of the C/T genes. No significant difference was
found between the patient and control groups in terms of age and gender. Body
Mass Index was found to be significantly higher in the patient group (p=0,01**).
MMP1 -1607 G/G variant in genotype distribution was seen in 43.5% of patients.
In the control group, 52.6% of the G / 2G variant was observed. Variant
distribution was statistically significant between the patient and control groups (p
= 0.037). In the MMP3 -1171 genotype distribution, the 5A/6A variant was seen
as 88.7% in the control group, but the variance distribution among the groups was
not significant. MMP9 -1562 genotype distribution was observed more frequently
in both patient and control groups. There was no statistically significant difference
between the groups.