Türkiye'deki yerli Honamlı ve Kıl keçilerinin et verimi yönünden moleküler düzeyde tanımlanması
Definition of local Honamlı and Hair goats in Türkiye in terms of meat production on the molecular level
Yazar: ONUR VURAL
Danışman: DOÇ. DR. HASAN MEYDAN
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Hayvansal Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Artan dünya nüfusuna bağlı olarak çiftlik hayvanları sektörü günümüzde çok büyük bir potansiyele sahip olmasına rağmen, hala istenilen düzeyde bir üretim yapılamamaktadır. Araştırmacılar gıda zincirinde önemli bir yere sahip olan keçi eti tüketiminin daha etkin olabilmesi için büyüme özeliklerine etki eden genler ile ilgili çalışmalar yapmaktadır. IGF-I, GH1, POU1F1, LEP ve MSTN için büyüme özellikleri bakımından üzerinde en çok durulan aday genlerden bazılarıdır. 
Bu çalışmada, Antalya'nın Korkuteli ve Elmalı ilçelerinde yetiştirilen Honamlı ve Kıl keçi popülasyonlarından toplam 200 keçi materyal olarak kullanılmıştır. Bu keçilerde göğüs çevresi, sağrı yüksekliği, canlı ağırlık, vücut uzunluğu ve cidago yüksekliği ölçümleri yapılmıştır. Keçilerden alınan kanlardan tuz çöktürme yöntemi ile DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve GH1, IGF-I, POU1F1, LEP ve MSTN gen bölgeleri PCR ile amplifiye edilmiştir. Bu gen bölgelerindeki SNP'lerin belirlenmesi için DNA dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen DNA dizilerine göre her bir gen bölgesi için haplotipler, genetik çeşitlilik parametreleri ve bu iki popülasyonun genetik farklılık/benzerlikleri ortaya koyulmuştur. Tespit edilen SNP'ler ile üzerinde durulan fenotipik özellikler arasındaki ilişki Genel Lineer Model kullanılarak belirlenmiştir. 
Analizler sonucunda, çalışılan Honamlı ve Kıl keçileri birlikte ele alındığında GH1, IGF-I, LEP, POU1F1 ve MSTN için sırasıyla 23, 6, 14, 11 ve 8 haplotip tespit edilmiştir. En yüksek haplotip çeşitliliği ve nükleotit çeşitliliği değerleri sırasıyla 0.986±0.011 ve 0.012±0.001olarak hesaplanmıştır. Honamlı ve Kıl keçisi popülasyonları arasındaki genetik mesafe ve genetik farklılaşma katsayısı sırasıyla 0.0072-0.0207 ve 0.0008-0.0658 arasında hesaplanmıştır. Her bir gen bölgesi için yapılan AMOVA analizlerinde göre Honamlı ve Kıl keçilerinde görülen genetik farklılığın %93.33-100'ünün popülasyonların içindeki bireylerin birbirlerinden genetik olarak farklı olmasından kaynaklandığı görülmüştür. GH1, IGF-I, LEP ve POU1F1 genlerindeki bazı SNP'lerin büyüme özellikleri ile ilişkili olduğu tespit edilirken MSTN geninde herhangi bir ilişki tespit edilememiştir. Özellikle LEP'teki 1084G>A SNP'inin hem Honamlı hem de Kıl keçilerinde günlük canlı ağırlık artışı ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Üzerinde durulan ve büyüme özellikleri ile alakalı olan bu genlerin, keçilerde canlı ağırlık ve et verimi yönünde yapılacak olan ıslah ve seleksiyon çalışmalarında kullanılabileceği ortaya konmuştur.

Abstract:
Due to the increasing world population, the livestock sector has significant potential today; however, production levels are still not at the desired level. Researchers have been studied on the genes that affect growth characteristics to make goat meat consumption more efficient in the food chain. IGF-I, GH1, POU1F1, LEP, and MSTN genes are some of the candidate genes that are highly focused on in terms of growth characteristics.
In this study, a total of 200 goats from Honamlı and Kıl populations reared in Korkuteli and Elmalı region of Antalya were sampled. Measurements of chest circumference, withers height, live weight, body length, and withers height were taken from these goats. DNA isolation was carried out by salting out method from blood samples collected from the goats, and GH1, IGF-I, POU1F1, LEP, and MSTN gene regions were amplified by PCR. DNA sequence analysis were conducted to identify SNPs in these gene regions. Haplotypes, genetic diversity parameters, and the genetic differences/relationships between these two populations were determined based on the obtained DNA sequences of the genes. The association between the identified SNPs and the phenotypic traits of interest was determined by using General Linear Models.
As a result of the analyses, when Honamlı and Kıl goats were considered together, 23, 6, 14, 11, and 8 haplotypes were detected for GH1, IGF-I, LEP, POU1F1, and MSTN genes, respectively. The highest haplotype diversity and nucleotide diversity values were calculated as 0.986±0.011 and 0.012±0.001, respectively. The genetic distance and genetic differentiation coefficient between Honamlı and Kıl goat populations were calculated as 0.0072-0.0207 and 0.0008-0.0658, respectively. According to AMOVA analyses conducted for each gene region, it was observed that 93.33-100% of the genetic differences observed in Honamlı and Kıl goats were due to genetic differences among individuals within populations. While some SNPs in GH1, IGF-I, LEP, and POU1F1 genes were found to be associated with growth traits, no association was detected in the MSTN gene. Specifically, the 1084G>A SNP in the LEP was found to be associated with daily body weight gain in both Honamlı and Kıl goats. These genes that are related to growth traits can be used in breeding and selection programmes aimed at body weight and meat yield in goats.