Farklı Daucus türlerinde genetik farklılığın belirlenmesinde iPBS retrotranspozon markırlarının etkinliğinin belirlenmesi
iPBS retrotransposon markers efficiency in taxonomic identification of Daucus species
Yazar: GÖKHAN SADIK
Danışman: DOÇ. DR. MEHTAP YILDIZ
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Havuç [Daucus carota L. Subsp. Sativus (Hoffm.) Thell.] üretim alanı ve market değeri olarak dünyadaki en değerli 10 sebze türü arasında yer almaktadır. Havucun taze ve işlenmiş olarak farklı değerlendirme şekillerinin bulunması, tüketici tarafından bilinçli ve sağlıklı beslenme alışkanlıklarının yaygınlaşması ile tüketim potansiyeli giderek artmaktadır. Düşük maliyetli ve daha az iş gücü gerektiren basit tekniklere sahip moleküler markır tekniklerinin kullanımı genetik ve ıslah çalışmalarında tercih edilmektedir.  iPBS retrotranspozonlar son zamanlarda geliştirilmiş ve bitki ve hayvan genomu çalışmalarında başarılı bir şekilde kullanılmaktadır. iPBS retrotransposon markır tekniği 7 farklı Daucus türüne ait 17 genotipte genetik farklılığı değerlendirmek için ilk kez test edilmiştir. Yedi Daucus türüne ait 17 genotipte kullanılan 24 polimorfik iPBS primeri ile toplam 201 skorlanabilir bant elde edilmiştir. Primer başına ortalama polimorfik bant sayısı 8.3 ve en yüksek bant sayısı (12 bant) iPBS2277, en düşük bant sayısı (5 bant) iPBS2238, iPBS2251 ve iPBS2388 numaralı primerlerden elde edilmiştir. En düşük PIC değeri 0.74 (iPBS2388) olarak ve en yüksek PIC değeri 0,97 (iPBS2374) ve ortalama PIC değeri 0.89 olarak hesaplanmıştır. En düşük ve en yüksek genetik uzaklıklar sırası ile 0.23 (D. Pusillus, Oregon/ABD ve D. Pusillus Florida, Uruguay) ve 0.95 (D. Carota, Kahramanmaraş/Türkiye ve D. Pusillus, California/ABD) olarak gözlenmiştir. UPGMA sınıflandırma temelli gruplandırma 7 türe ait tüm genotipleri iki ana gruba ayırmıştır. İlk grup Daucus carota türlerinden oluşurken ikinci grup diğer Daucus türlerinden oluşmuştur. Bu gruplandırma popülasyon yapısı analiziyle de açıkça örtüşmektedir. Elde edilen sonuçlar iPBS markır sisteminin Daucus türlerinde genetik farklılık ve taksonomik çalışmalarda güvenilir bir şekilde kullanılabileceğini göstermiştir.

Anahtar Kelime: Daucus, Genetik farklılık, iPBS

Abstract:
Carrot [Daucus carota L. Subsp. Sativus (Hoffm.) Thell.] is one of ten most valuable plants in the world due to its consumption in manufacturing yard and commercial value. Carrot has high consumptions in different forms such as fresh and processed foods because of conscious consumer preferences due to its health benefits. Molecular markers with low cost, less labor requirement and having minimum technical complexity are always preferred by geneticists and breeders to use them in their breeding and genetic studies. iPBS retrotransposons has been developed recently and successfully applied in plant and animal genome. Therefore, iPBS retrotransposons markers were first time tested to evaluate the genetic diversity and taxonomic relationship in 17 accessions belonging to 7 different Daucus species. Totally 201 scorable bands were obtained in 7 Daucus species with 24 polymorphic iPBS primers. The average polymorphic bands was 8.3 with highest bands (12 bands) amplified by iPBS2277 primer and lowest (5 bands) by iPBS2238, iPBS2251, and iPBS2388 primers. The PIC changed between 0.74 (iPBS2388) and 0.97 (iPBS2374) with an average of 0.89. The lowest and the highest genetic distances, (0.23) was observed between D. pusillus (Oregon/ABD) and D. pusillus (Florida, Uruguay) and highest (0.95) was seen between D. carot (Kahramanmaraş/Turkey) and D. pusillus (California/ABD). Clustering based on UPGMA classified all accession belonging to 7 species into two main groups and further subgroups according to their taxonomic relationship with cultivated carrot separated by other wild species. This grouping was clearly mirrored in population structure analysis based on membership of coefficient among accessions. The results indicated that iPBS marker system can successfully used for genetics and taxonomic studies with full trustability in Daucus species.

Keywords: Daucus, Genetic differences, iPBS