Mitokondri (orfB - cox3) ve kloroplast (trnD-TpolyT) organel gen bölgeleri arasındaki dizileri kullanarak  Muğla ili anakarası ve adalarındaki yabani zeytin (olea europaea subsp. europaea var. sylvestris) populasyonlarının ve yaygın kültür zeytini (O. europaea subsp. europaea var. europaea) çeşitlerinin moleküler karakterizasyonlarının yapılması
Molecular characterization of wild olive (Olea europaea subsp. europaea var. sylvestris) populations from Muğla province mainland and ıslands and common cultivated olive (O. europaea subsp. europaea var. europaea) varieties by using sequences between mitochondria (orfB- cox3) and chloroplast (trnD- TpolyT) organelle gene regions
Yazar: ERTUĞRUL GÜNGÖR
Danışman: PROF. DR. BELGİN GÖÇMEN TAŞKIN
Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Zeytin, Akdeniz Havzası'nın en önemli ekonomik bitkisidir ve çok eski zamanlardan beri tarımı yapılmaktadır. İki formu vardır: kültür formu (Olea europaea subsp. europaea var. europaea) ve yabani formu (O. europaea subsp. europaea var. sylvestris). Yoğun tarım nedeniyle genetik erozyona uğrayan zeytin, yabani formlarını baskılamış ve birçok bölgede yabani zeytinler yok olmuştur. Ülkemiz ve özellikle Muğla yöresi, kısıtlı kalan yabani zeytin popülasyonları açısından özel bir konuma sahiptir. Değişen iklim koşulları, Akdeniz Havzası'nda zeytin tarımını olumsuz etkilerken, yabani zeytin varlıklarının ıslah programlarında kullanımı, kayıt ve koruma altına alınması büyük önem taşımaktadır. Bu nedenle, bu çok değerli gen kaynağı populasyonlardaki genetik çeşitliliğin saptanması ise birinci önceliktedir. Bu çalışma ile Muğla ili ana karasında ve bu ilin kıyı şeridindeki 89 adada bulunan yabani zeytin varlığı ilk kez değerlendirilmiş ve kayıt altına alınmıştır. Tüm ana kara ve yabani zeytin varlığının saptandığı tüm adalardan örneklenen populasyonlardaki genetik çeşitlilik mitokondri (orfB - cox3 analizi ile) ve kloroplast (trnD-TpolyT analizi ile) genomlarının her ikisinde birden ortaya konulmuştur. Ayrıca, ülkemizde yaygın olarak kullanılmakta olan 28 kültür zeytini çeşidi de aynı genom bölgeleri bakımından karakterize edilmiştir.
Mitokondri ve kloroplast genom bölgeleri için tüm populasyonlarda ve çeşitlerde saptanan haplotip sayısı (h) sırasıyla 17 ve 26 olmuştur ve bu haplotiplerle gerçekleştirilen network analizleri populasyonlar ve çeşitler arasındaki ağı ortaya koymuştur.  Populasyonların bu her iki genomda da haplotip sayısı (h), haplotip çeşitliliği (Hd), nükleotid çeşitliliği (π), polimorfik bölge sayısı (S) parametreleri ile değerlendirilmeleri sonucunda ortaya çıkan bulguların birbirleriyle uyumlu oldukları görülmüştür.
Çalışılan bölgenin özel ekolojik ve antropojenik özellikleri, elde edilen bulgular ile birlikte değerlendirildiğinde, tarımı yapılan kültür çeşitlerinin baskısı altında olan ve parçalanmış küçük populasyonlar halinde varlıklarını sürdürmeye çalışan ana kara populasyonları ve ada populasyonları için "in-situ" ve "ex-situ" koruma stratejilerinin bir arada ve ivedilikle uygulanmasının, bunda da hem mitokondri hem de kloroplast gen bölgeleri için yüksek çeşitlilik parametreleri saptanmış olan populasyonlara öncelik verilmesinin büyük önem arz ettiği düşünülmektedir. 
Kültür çeşitlerinde ise, her iki plastid genomu analizlerinde tüm parametreler bakımından en yüksek değerleri Ege Bölgesi çeşitlerinin, buna karşılık en düşük değerleri ise Marmara Bölgesi çeşitlerinin almış olduğu saptanırken, çeşitlerin her biri ayrı şekilde dikkate alındığında kültür formlarında ciddi bir genetik erozyondan söz etmek mümkündür.

Abstract:
The olive is the most economically important plant of the Mediterranean Basin and has been cultivated since ancient times. It has two forms: the cultivated form (Olea europaea subsp. europaea var. europaea) and the wild form (O. europaea subsp. europaea var. sylvestris). Due to intensive cultivation, olives have experienced genetic erosion, suppressing wild forms and causing wild olives to disappear in many regions. Our country, and especially the Muğla region, holds a special position in terms of the limited wild olive populations. With changing climate conditions negatively impacting olive cultivation in the Mediterranean Basin, it is of utmost importance to evaluate, record, and conserve wild olive resources for use in effective breeding programs. Therefore, determining the genetic diversity within these highly valuable gene resource populations is a top priority.
This study evaluated and recorded, for the first time, the presence of wild olives on the mainland of Muğla and on 89 islands along its coastline. Genetic diversity within populations sampled from all mainland and island wild olive resources was revealed through the analysis of both mitochondrial (orfB - cox3 analysis) and chloroplast (trnD-TpolyT analysis) genomes. Additionally, 28 commonly used cultivated olive varieties in our country were characterized for the same genomic regions.
The number of haplotypes (h) detected in all populations and varieties for mitochondrial and chloroplast genomic regions were 17 and 26, respectively, and network analyses conducted with these haplotypes illustrated the relationships among populations and varieties. The findings from evaluating the populations based on haplotype number (h), haplotype diversity (Hd), nucleotide diversity (π), and the number of polymorphic sites (S) parameters in both genomes were consistent with each other.
Considering the unique ecological and anthropogenic characteristics of the studied region along with the findings obtained, it is deemed crucial to urgently implement both "in-situ" and "ex-situ" conservation strategies for the mainland and island populations, which struggle to survive as fragmented small populations under the pressure of cultivated varieties. Priority should be given to populations exhibiting high diversity parameters for both mitochondrial and chloroplast genomic regions.
For cultivated varieties, it was observed that the varieties from the Aegean Region had the highest values for all parameters in both plastid genome analyses, whereas the varieties from the Marmara Region had the lowest values. When each variety is considered individually, significant genetic erosion in the cultivated forms is evident.