Escherichia coli'nin farklı şekerleri kullanma yeteneği üzerine bir çalışma
A search on the use of different sugars by escherichia coli
Yazar: NURHAYAT SIĞIRTMAÇ
Danışman: DOÇ. DR. MURAT GÜLMEZ
Kafkas Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli ; Kimliklendirme = Identification

Özet:
E. coli hijyen indikatörüdür ve gıda ve su örneklerinden E. coli izolasyonu ve identifikasyonu standart bir işlemdir. Bu standart işlem için geçerli metotların son yıllarda detaylı epidemiyolojik araştırmalarda kullanılabilecek kadar E. coli'nin tüm suşlarını izole etmeyi garanti etmediği anlaşılmıştır. Besi yerleri spesifik hale getirildikçe ortaya koyduğu bakteriyel etkenler de bir suşa ve hatta bir alt suşa kadar düşmektedir. Bu durum epidemiyolojik araştırmalar için uygun değildir. E. coli'nin epidemiyolojik araştırılmasında bu türün tüm üyelerinin izolasyonunu sağlayacak bir katı besiyeri ile ilk izolasyona başlamak gerekir. Bunun için kullanılan besiyerleri içerisinde laktoz ve fenol red gibi renk indikatörü boyalar yer almaktadır. Bu besiyerinden koloni seçiminin ardından bu kolonilerin E. coli olup olmadığını doğrulamak için en az 18 saat gerekmektedir. Bu çalışma, ilk izolasyon besiyerinden elde edilen şüpheli koloniler arasından en ekonomik, basit ve hızlı bir şekilde tipik E. coli'nin izolasyonunu ve gruplandırılmasını sağlayabilecek şekerlerin tespit edilmesi amacıyla yapıldı. Sonuçta, süt örneklerinde E. coli izolasyonunda kullanılacak ilk izolasyon besiyerine laktoz yerine trehaloz katmanın bir seçenek; laktoz yerine selobiyoz, adonitol ve myo-inozitol (SAM) ilave etmenin ve bu besiyeri üzerinde üreyen renksiz kolonileri seçmenin başka bir seçenek; SAM besiyerinin ayırıcı agar olarak kullanılabileceği de seçeneklerden biri olarak tespit edilmiştir. Sakaroz, galaktoz, dulsitol, ksiloz, ramnoz ve sorbozun hepsi veya bir kaçı biyotip profilleri oluşturmada kullanılabilir. Bu testlerin katı besiyeri üzerinde yapılması her zaman elde koloni bıraktığı için daha avantajlıdır. Katı identifikasyon ve biyotiplendirme besi yerleri üzerine koloniden spot ekim, 3?6 saat inkübasyondan sonra renkli veya renksiz kolonilerin seçimi gerekmektedir. Bu yöntemler epidemiyolojik araştırmalar ve yoğun iş yükü olan laboratuarlar için kolay, ucuz ve kabul edilebilir düzeyde hızlı olarak değerlendirilmiştir. Daha detaylı araştırmalar ile türe ait serotip, biyotip ve genotipler arasındaki ilişki ile incelenen örneğin özellikleri arasındaki ilişkilerin net olarak ortaya çıkarılması gerekmektedir.

Abstract:
E. coli is a hygiene indicator, and isolation and identification of E. coli from foods and water is a standard procedure. It is understood in last years that the methods used in these standard procedures do not guarantee isolating alll strains of all strains of E. coli in detailed epidemiological investigations. When media became more spesific, then targeted organism became only one strain or substrain. This situation is not appropriate for epidemiologic invetigations. For epidemiologic invetigations E. coli, it is necessary to start with a plating medium that enable to isolation of all strains of this organism. For this reason, the medium contains lactose and color indicator dyes such as phenol red. A minimum 18 h is necessary for isolation and identification of strains selected from this plating medium. In this study, it is aimed to determine the fast, cheap and easy way of isolation and groupping of typical E. coli strains selected from primary isolation medium by using carbohydrates. Finally, it is determined that addition of trehalose to primary isolation medium for lactose may be one choise only for analysis of dairy samples; addition of cellobiose, adonitol and myo-inositol combination (CAM) for the lactose, then selection of colorless colonies from the medium may be another choise; and use of CAM medium as diferential medium may also be one another choise. Saccharose, galactose, dulcitol, xylose, rhamnose and sorbose may be used in combinations for making biotype profiles. Makimg these test on plating medium is advantageous since colony of strains remanis in hands after analysis. Spot inoculation from one plating medium to other biotyping or identification plating medium and selection of colored or colorless colonies after incubation of the medium for a 3 to 6 h is needed. These methods was evaluated as fast, easy and cheap for epidemiological investigations especially carried out in busy laboratories. More detailed investigations should be made for the determining corellations between serotypes, biotypes and genotypes comparisingly with type of sample analysed.