Gökkuşağı alabalıklarında görülen motil aeromonas (aeromonas hydrophila, A. sobria, A. caviae), yersinia ruckeri ve lactococcus garvieae bakterilerinin antimikrobiyal duyarlılıkları ve duyarlılıkta rol oynayan genlerin tespiti
Determination of antimicrobial senstivity and antimicrobial resistance genes of motile aeromonads (aeromonas hydrophila, A. sobria, A. caviae), yersinia ruckeri and lactococcus garvieae in rainbow trout
Yazar: MUHAMMED DUMAN
Danışman: PROF. DR. SONER ALTUN
Uludağ Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı / Hastalıklar Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Aeromonas = Aeromonas ; Aeromonas hydrophila = Aeromonas hydrophila ; Alabalıklar = Trouts ; Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Gökkuşağı alabalığı = Rainbow trout ; Lactococcus garvieae = Lactococcus garvieae ; Sepsis = Sepsis ; Yersinia = Yersinia ; Yersinia ruckeri = Yersinia ruckeri ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Bu araştırmada, farklı kökenlere sahip Motil Aeromonas spp. (Aeromonas hydrophila, A. sobria, A. caviae), Yersinia ruckeri ve Lactococcus garvieae izolatlarının moleküler karakterizasyonu, antimikrobiyal duyarlılıkları ve antimikrobiyal direnç gelişiminde rol oynayan genlerin tespiti yapılmıştır. 
Çalışmada hareketli Aeromonas, Y. ruckeri ve L. garvieae izolatlarının biyokimyasal özelliklerinin belirlenmesinde klasik mikrobiyolojik testler (gram boyama, hareketlilik, oksidaz, katalaz, O/F vb.) ve hızlı teşhis kitleri (API 20NE, API 32 STREPT ve API 32E) kullanılmıştır. Hareketli Aeromonas türlerinin identifikasyonu gyrB bölgesinin dizi analizi ile Y. ruckeri ve L. garvieae izolatlarının identifikasyonu ise sırasıyla YER8-YER10, pLG primerleri kullanılarak PCR analizi ile gerçekleştirilmiştir. Y. ruckeri ve L. garvieae izolatlarının genotiplendirilmesi RAPD-PCR, hareketli Aeromonas izolatlarının genetik yakınlıkları ise gyrB bölgesinin dizi analizi ile (Bionumerics 7.0 yazılımı kullanılarak) yapılmıştır. Ayrıca çalışmada kullanılan tüm izolatların sulfanomid, tetrasiklin, florfenikol ile sulfamethoksazol-trimetoprim antimikrobiyallerinde minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK) ve bu antimikrobiyallere karşı geliştirdikleri direnç genleri (PCR ve dizi analiziyle) tespit edilmiştir.
Araştırmada 6 adedi ülkemizde ilk bildirim olmak üzere toplam 13 motil Aeromonas türü, 18 farklı Y. ruckeri ve 5 farklı L. garvieae genotipi belirlenmiştir. Hareketli Aeromonas türlerinin yaygın olarak sulfanomid ve florfenikole; Y. ruckeri izolatlarının sulfanomid ve tetrasiklin'e; L. garvieae izolatlarının ise sulfonamid ve florfenikol'e direnç geliştirmiş olduğu görülmüştür. Ayrıca Aeromonas türlerinde sulI, tetA, tetE, flor; Y. ruckeri izolatlarında sulI; L. garvieae izolatlarında ise ermA ve tetS genlerinin yaygın olduğu tespit edilmiştir.

Abstract:
"Determination of Antimicrobial senstivity and antimicrobial resistance genes of Motile Aeromonads (Aeromonas hydrophila, A. sobria, A. caviae), Yersinia ruckeri and Lactococcus garvieae in rainbow trout"
Determination of molecular characteristics, antimicrobial susceptibility and resistance genes in motile Aeromonas spp. (Aeromonas hydrophila, A. sobria, A. caviae), Yersinia ruckeri and Lactococcus garvieae isolates that isolated from different origin were performed in this study. 
The classical biochemical tests (gram stain, motility, oxidase, catalase, O/F etc.) and rapid test kits (API 20NE, API 32 STREPT ve API 32E) were used for determination of biochemical characteristics of motile Aeromonas spp., Yersinia ruckeri and Lactococcus garvieae isolates in our study. Identification of motile Aeromonas isolates were performed with sequence analayses of gyrB gene region, Y. ruckeri and L. garvieae isolates were identified with YER8-YER10, pLG primer pairs, respectively. Yersinia ruckeri and Lactococcus garvieae isolates were genotyped using RAPD-PCR method, and also motile Aeromonas isolates were genogrouped based on sequence of gyrB gene region (using Bionumerics 7.0 software). Beside, all isolates were investigated for susceptibility of sulfonamide, tetracycline, florfenicole and sulfamethoxazole-trimetoprime using minimum inhibitor concentration (MIC) test and antimicrobial resistance genes related to these compounds were detected using PCR and sequence analyses.
There are 13 different motile Aeromonas species that were six of them firstly reported in our country, 18 Y. ruckeri and 5 different L. garvieae genotype were identified in this study. Motile Aeromonas species are commonly found in sulfanomide and florfenicole; Y. ruckeri isolates to sulfanomide and tetracycline; L. garvieae isolates were found resistance to sulphonamide and florfenicole. In addition, sulI, tetA, tetE, floR in Aeromonas species; sulI in Y. ruckeri isolates; ermA and tetS genes in L. garvieae isolates, were commonly detected resistance genes.