Rosaceae familyasindaki farklı bitki türlerinden elde edilen Erwinia amylovora (Burr.) Winslow et al.'nin biyokimyasal ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) testleriyle tanılanması
Identification of Erwinia amylovora (Burr.) Winslow et al. from the different plant species of Rosaceae family with biochemical and polymerase chain reaction (PCR) tests
Yazar: RÜVEYDA ATASAĞUN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. KUBİLAY K. BAŞTAŞ
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Botanik = Botany

Özet:
Erwinia amylovora (Burr.) Winslow et al.'ın sebep olduğu ateş yanıklığı hastalığı Rosaceae familyasına ait 39 genusta yer alan bitkilerin en ciddi ve tahripkar bakteriyel hastalığıdır. 2006 ve 2007 yıllarında, Konya ilinde Rosaceae familyasına ait farklı konukçulardan ve bu konukçuların farklı çeşitlerinden bakteriyel izolasyonlar yapılmıştır. E. amylovora' nın teşhisinde, 5% SNA, King B besiyerlerinde gelişim, oksidatif/fermentatif test, 36 °C'de gelişim, levan üretimi, sakkarozdan indirgenen bileşikler, asetoin üretimi, jelatinin sıvılaştırılması, nişasta, maltoz, inulin, gliserol ve mannitol, sorbitol 'den asit üretimi, ureaz aktivitesi, indol oluşumu, esculinin hidrolizi ve tütünde hipersensitif reaksiyon testleri esas alınmıştır. İzolatların moleküler karakterizasyonunda, plasmid pEA29'e göre sentezlenen oligonükleotit primerlerle yaklaşık 1 kb'lik fragment, PCR ile amplifiye edilmiştir. Patojenisite testlerinde, her izolat, elde edildiği konukçusunun fidanlarına ve ham armut meyvelerine 108 hücre/ml yoğunlukta bakteriyel süspansiyonun inokulasyonu ile gerçekleştirilmiştir. Çalışmada 213 adet bitki örneği toplanmış olup bunlardan 148 adet bakteri izole edilmiştir. Yapılan biyokimyasal, moleküler ve patojenisite testleri sonucunda 84 adedi Erwinia amylovora olarak tanılanmıştır. Elde edilen Erwinia amylovora izolatlarının 38 tanesi elma (Malus communis), 17 tanesi armut (Pyrus communis), 10 tanesi ayva (Cydonia vulgaris), 4 tanesi alıç (Crateagus sp.), 2 tanesi ateş dikeni (Pyracantha sp.), 3 tanesi dağ muşmulası (Cotoneaster salicifolius), 1 tanesi yayılıcı dağ muşmulası (Cotoneaster horizantalis), 9 tanesi de süs elması (Malus floribunda) olarak belirlenirken, İl genelinde farklı konukçulardaki etmenle bulaşıklılık durumları; Malus communis % 37.6, Pyrus communis % 39.5, Cydonia vulgaris % 47.6, Pyracantha sp. % 66.6, Cotoneaster sp. % 100, Crateagus sp. % 80 ve Malus floribunda % 27.2 olarak tespit edilmiştir.Anahtar Kelimeler: Ateş yanıklığı, Erwinia amylovora , pEA29, Rosaceae

Abstract:
Fire blight caused by Erwinia amylovora (Burr.) Winslow et al., is the most serious and destructive bacterial disease in 39 genus of the family Rosaceae. It was made bacterial isolations from different hosts belonging to Rosaceae family and their varieties in Konya Provinces in 2006 and 2007 years. In the identification of E. amylovora, growth on 5% SNA, King?s B media, oxidative/fermentative test, growth at 36 °C, levan production, reducing substances from sucrose, acetoin production, gelatin liquefaction, acid production from lactose, maltose, starch, mannitol, sorbitol, glycerol and inositol, urease activity, indol test, esculin hydrolysis and hypersensitive reaction on tobacco tests were based. In molecular characterization of isolates, fragment of approximately 1 kb amplified by PCR and with oligonucleotide primers derived from plasmid pEa29. Each isolate of E. amylovora was inoculated bacterial suspension with 108 cfu/ml concentrations to seedlings of which obtained host and immature pear slices in pathogenicity tests. In the study, 148 bacteria are isolated from the 213 collected materials. 84 Erwinia amylovora isolates were identificated by biochemical, molecular and patogenicity tests. It contains 38 Malus communis isolates, 17 Pyrus communis isolates, 10 Cydonia vulgaris isolates, 4 Crateagus sp. isolates, 2 Pyracantha sp. isolates, 3 Cotoneaster salisifolius isolates, 1 Cotoneaster horizantalis isolates and 9 Malus floribunda isolates. In Konya province, percent of infection with fire blight pathogen of Erwinia amylovora was found ; % 37.6 for Malus communis, % 39.5 for Pyrus communis, % 47.6 for Cydonia vulgaris, % 66.6 for Pyracantha sp., %100 for Cotoneaster sp. ,% 80 for Crateagus sp.,% 27.2 for Malus floribunda.Key Words: Fire Blight, Erwinia amylovora, pEA29, Rosaceae