Bal peteklerinden izole edilen sporlu basillerin karakterizasyonu ve antimikrobiyal duyarlılıkları
Characterization and antimicrobial susceptibility of spore-forming bacilli isolated from honeycomb
Yazar: YILDIZ BAŞ
Danışman: PROF. DR. ŞENGÜL ALPAY KARAOĞLU
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Anzer balı = Anzer honey

Özet:
Çalışmada, Amerikan Yavru Çürüklüğü hastalığı şüpheli peteklerde, etken mikroorganizmaların (Paenibacillus larvae) izolasyonu, geleneksel ve moleküler yöntemlerle tanımlanması, antibiyotik direnci ve bitki ekstraktlarına olan duyarlılıklarının belirlenmesi planlanmıştır. Mikroorganizmaların üretimi için Mueller–Hinton, maya ekstresi, potasyum fosfat, glukoz ve sodyum piruvat besiyerleri (MYPGP) kullanıldı. Alınan 9 örnekten toplam 21 adet Gram pozitif basil izole edildi. İzolatların tanısı için bir dizi fiziksel ve biyokimyasal testler yapıldı. Geleneksel yöntemde yapılan tanıyı doğrulamak için 16S rRNA ITS gen bölgesi sekans analizi metodu kullanılarak moleküler tanı yapıldı ve soy ağacı oluşturuldu. İzolatların 9'u Paenibacillus larvae, 7'si Paenibacillus sp. ve 3'ü Bacillus sp. olarak tanımlandı. Geleneksel tanımlamada iki suş (PB2a ve PB3.2b2) Bacillus sp. olarak tanımlanırken, moleküler yöntemle Paenibacillus sp. olarak doğrulandı. Üç suşta (PB1b, PB3.3a1 ve PB3.3b) ise cins düzeyinde tanımlama farklı bulundu. Bu şekilde, geleneksel yöntemle de büyük oranda tanımlanabileceği belirlendi. Dokuz örnekten 4'ünde AFB etkeni olan Paenibacillus larvae tespit edilmiştir. Suşların antibiyotik direncine bakıldığında iki suşun (PB5b ve PB3.2b2) test edilen tüm antibiyotiklere duyarlı olduğu, 3 suş hariç (PB5b, PB2a, PB3.2b2) tümünde çoklu antibiyotik direncin taşıdığı gözlendi. Paenibacillus larvae suşlarının (9 adet) 6'sında gentamisine, 5'i orta 2'si dirençli olmak üzere amikasine ve 1 suşta trimetoprim/ sulfametoksazol'a karşı orta dirençli olduğu tespit edildi. Toplam 31 farklı bitkiye (8'i çiçekli, 23'ü kara yosunu) ait sulu ve metanol ekstraktları suşlara karşı test edildi. Sulu ekstraktansa metanol ekstraktların daha etkili olduğu belirlendi. En etkili ekstraktın Thymus cilicicus, T. spicata ve Clinopodium umbrosum'a ait oldukları gözlendi.

Abstract:
Aims of this study are isolation of effective microorganism, identification with conventional and molecular methods, antibiotic resistance, determination of sensitivity of the microorganism to the plant extracts in AFB disease suspected honeycomb. Muller Hinton, Yeast Exstract, potassium phosphate, glucose and sodium pyruvate medium (MYPG) was used for the production of microorganisms. Received from the 9 sample total of 21 gram-positive bacilli were isolated. For identification of isolates some physical and biochemical properties were tested. To confirm the diagnosis made in the traditional method, 16S rRNA ITS gene sequence analysis was performed using molecular diagnostic methods and family tree was created. The isolates 9 P.larvae, 7 Paenibacillus sp. and 3 Bacillus sp. were identified. Two strains (Pb2a, Pb3.2b2) were identified as Bacillus sp. with traditional identification, but they were identified as Paenibacillus sp. with molecular methods. Three strains (PB1b, PB3.3a1 and PB3.3b) were different in the genus level identification. Largely similarity between the molecular diagnosis and conventional diagnosis was observed. 4 of the 9 samples which AFB factors P.larvae have been identified. When we look at antibiotic resistance for two strains (PB5b and PB3.2b2) as sensitive to all antibiotics tested, it was observed that in all but three strains (PB5b, PB2a, PB3.2b2) carriying the multiple antibiotics resistance. Six of Paenibacillus larvae strains resistance to gentamicin, 5 strains modarate, 2 strains resistance to amikacin and one strain moderately resistant to trimethoprim/sulfamethoxazole were found.31 different aqueous and methanol extracts of plants (8 phanerogam, 23 moss) were tested against strains. Methanol extracts was determined to be more effective than the aqueous extracts. Thymus cilicicus, T. spicata ve Clinopodium umbrosum extracts was determined to be the most effective.