Kimerizm analizi için short tandem repeat PCR ve quantıtatıve real tıme PCR yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of short tandem repeat PCR and quantitative real time PCR methods for chimerism analysis
Yazar: FİGEN ABATAY
Danışman: PROF. DR. FATMA OĞUZ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Hücre nakli = Cell transplantation ; Kimerizm = Chimerism ; Kök hücreler = Stem cells ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sağkalım = Survival

Özet:
Amaç: Allojeneik Kan Kök Hücre Nakli (AKKHN) sonrası kimerizm durumunu, Short Tandem Repeat-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (STR-PZR) ve Kantitatif Gerçek Zamanlı-PZR (Q-RT-PZR) kimerizm yöntemlerinin kantitatif açıdan incelenmesidir. 
Metod: Kasım 2013- Şubat 2015 tarihleri arasında AKKHN olan 39 erişkin hasta ile vericileri çalışmaya dahil edildi. Periferal kandan elde edilen DNA kullanarak hastanın nakil sonrasına ait kimerizm durumu STR-PZR ve Q-RT-PZR yöntemleri ile karşılaştırılması yapıldı. İki yöntem sonucundaki analizler; klinik veriler ile değerlendirildi.
Bulgular: AKKHN olan hastalar ağırlıkla AML (%38,5 15/39) ve ALL (%35,9 14/39) tanısı almış olan hastalardır. aGVHH ile olaysız sağ kalım arasında istatistiksel olarak ileri derecede bir anlamlılık bulunmuştur (p=0,0001). STR-PZR ile 36 hastada (%92,3) tam kimerizm, 3 hastada (%7,7) karışık kimerizm, buna karşılık Q-RT-PZR ile 29 hastada (%74,4) tam kimerizm ve 10 hastada (%25,6) karışık kimerizm saptanmıştır. Tüm hastalarda nötrofil ile platelet engraftman günleri arasında pozitif yönlü bir korelasyon (p=0,017), verilen CD34+ hücre miktarı ile nötrofil engraftman günleri arasında negatif yönlü bir korelasyon (p=0,019) tespit edildi. STR-PZR ile Q-RT-PZR kimerizm yöntemleri uyumlu olduğu saptanmıştır.
Sonuç: Q-RT-PZR'nin, STR-PZR yöntemine göre daha hızlı, hassas sonuç veren bir yöntem olması ile birlikte tam kimerik vakalarda bile hasta ve verici hücre yüzdelerinin saptanmasının uzun takipli kimerizm izlemi için oldukça yararlı olabileceğini öngörmekteyiz. Bu anlamda kimerizm analizinin erken nüksün saptanmasında yetersiz kalan STR-PZR'ye göre tedavi seçiminde yol gösterici olabileceğini öngörmekteyiz. 

Anahtar Kelimeler: Kimerizm, allojeneik kan kök hücre nakli, STR-PZR, kantitatif gerçek zamanlı PZR, sağ kalım

Abstract:
Object: The main aim of this project is the assesment of Short Tandem Repeat-PCR (STR-PCR) and Quantitative Real Time-PCR(Q-RT-PCR) chimerism methods for quantitative intention after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation.
Method: 39 patients who were diagnosed hematological disease and underwent allogeneic hematopoietic stem cell transplantation were added to the study from November 2013 to February 2015. The DNA that was extracted from peripheral blood were used to compare chimerism analysis with STR-PCR and Q-RT-PCR. The results were assembled into two groups: Complete Chimerism (CC) and Mixed Chimerism (MC). We examined the results of methods with the clinical data.
Findings: The most of patients received acute leukemia and other hematological diagnosis (38,5% AML, 35,9% ALL, 5,1% CML, 5,1% CLL, 5,1% Lymphoma, 5,1% AA, 2,6% MM and 2,6% MDS). We determined 36 CC (92,3%) and 3 MC (7,7%) by STR-PCR, 29 CC (74,4%) and 10 MC (25,6%) by Q-RT-PCR. We determined statistically significance between aGVHD and EFS (p=0,0001). Neutrophil and platelet engraftment positively correlated (p=0,017) and CD34+ cells negatively correlated with neutrophil engraftment (p=0,019). It is found that STR-PCR and Q-RT-PCR chimerism methods compatible and feasible.
Conclusion: We suggested that Q-RT-PCR chimerism analysis is more rapid, sensitive than STR-PCR also it must be advantageous for the longtime-monitoring of CC cases to follow-up patient/donor cell percentages. Q-RT-PCR chimerism analysis may provide leading method for chosing treatment for early recurrence which is failed down for detecting the relapse with STR-PCR.

Key words: Chimerism, allogeneic hematopoietic stem cell transplantation, STR-PCR, quantitative real time PCR, survival