Bazı biber genotiplerinin hıyar mozaik virüsüne tepkileri ve Kilis izolatlarının HRMA (high resolutıon meltıng) yöntemi ile ayrımı
The response of some pepper genotypes to cucumber mosaic virus and discrimination of Kilis isolates by HRMA (high resolution melting) method
Yazar: MELİSA ÖZKAN
Danışman: DOÇ. DR. BEKİR BÜLENT ARPACI
Kilis 7 Aralık Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı / Bahçe Bitkileri Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Biber = Pepper ; Capsicum annuum = Capsicum annuum ; Hıyar mozaik virüsü = Cucumber mosaic virus ; Seleksiyon = Selection

Özet:
Bu çalışmada, Kilis ili biber üretim alanlarından toplanan Hıyar Mozaik Virüsü (Cucumber mosaic virus, CMV) izolatlarının kılıf protein bölgelerinin genetik yapısı, ile bu bölgelerin yüksek çözünürlüklü erime eğrisi (High Resolution Melting=HRMA) yöntemi ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. CMV izolatları tütün bitkisinde çoğaltılmış, izolatların kılıf protein bölgelerinin kısmi dizinleri gen bankasında kayıtlı diğer CMV izolatlarının dizinleriyle karşılaştırılması yapılmıştır. Nükleotid dizileri belirlenen CMV izolatları filogenetik olarak gruplanmış, bu izolatların yer aldığı HRM grafiği ile karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma sonucunda HRM grafiği sekans dizilerine benzer şekilde gruplanmış Kilis 3 ve Kilis 4 izolatları diğer izolatlardan ayrılmıştır. Çalışmada HRM analizlerinin sekans dizilerinin belirlenmesi öncesi izolatlar arasındaki farklılıkların belirlenmesinde kullanılabileceği belirlenmiştir. Biber izolatlarınının gen bankasında karşılaştırılması sonucunda Kilis CMV izolatları diğer izolatlardan ayrılmışlardır. İzolatlar İran'da Kına çiçeği'nden (Impatiens balsamina) izole edilen LC066478 izolatı ile Türkiye'de Turptan (Raphanus sativus) izole edilen LC066505.1 izolatı ile Kedi turbundan (Rapistrum rugosum) izole edilen LC066514, LC066511 ve LC066517 izolatları ile benzer bulunmuştur. Çalışmada Kilis 7 CMV izolatı yerel popülasyondan seçilmiş 24 adet biber genotipine (C. annuum) mekanik olarak bulaştırılmıştır. Kilis ili Elbeyli popülasyonundan geliştirilen 24 hattın CMV'ye duyarlı oldukları belirlenmiştir.
Anahtar Sözcükler:CMV, HRM, Biber,Capsicum annuum L., Seleksiyon

Abstract:
In this study, it was aimed to reveal the genetic structure of coat protein regions of the Cucumber mosaic virus (CMV) isolates collected from pepper fields in Kilis provinces, and to reveal the comparison of high resolution melting analysis. CMV isolates were multiplied in tobacco plant, partial sequences of coat protein regions of isolates were compared with sequences of other CMV isolates registered in the gene bank (NCBI). Nucleotide sequences of CMV isolates were grouped phylogenetically and compared with the HRM analysis of these isolates. As a result of the comparison, Kilis 3 and Kilis 4 isolates, which were grouped similarly to the HRM analysis were separated from the other isolates. It was determined that HRM analyzes could be used to determine the differences between isolates before the sequencing. As a result of comparison of pepper isolates in gene bank, Kilis CMV isolates were separated from other isolates. Isolates LC066478 isolated from Impatiens balsamina in Iran and LC066505.1 isolated from Radish (Raphanus sativus) in Turkey and LC066514, LC066511 and LC066517 isolates isolated from Rapistrum rugosum. In the study, CMV 7 isolate from Kilis was mechanically inoculated to 24 pepper genotypes (C. annuum) selected from the local population. It was determined that 24 lines developed from the Elbeyli population of Kilis province were susceptible to CMV.
Key words:CMV, HRM, pepper, Capsicum annuum L., Selection