Parafine gömülü pankreas kanseri doku örneklerinde sirkadiyen ritim genlerinin ekspresyonlarının araştırılması
Investigation of expressions of circadian rhythm genes in parafined embedded pancreas cancer tissue samples
Yazar: UĞUR KESKİN
Danışman: DOÇ. DR. AYŞE ESRA MANGUOĞLU AYDEMİR
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Pankreas = Pancreas ; Pankreas neoplazmları = Pancreatic neoplasms ; Parafin = Paraffin ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sirkadiyen ritim = Circadian rhythm

Özet:
Amaç: Sirkadiyen ritim genleri hücrelerde önemli yolakların kontrolünü sağlar. Pankreas kanseri, tedavisi en zor kanserlerden birisi olup, 5 yıllık sağkalım ortalama %7 kadardır. Bu çalışmada pankreas kanseri dokularındaki sirkadiyen ritim genlerinin ekspresyon seviyelerindeki farklılıkların araştırılması amaçlanmıştır. 
Yöntem: Parafine gömülü pankreas tümörü ve tümör dokusuna bitişik normal dokulardan total RNA izolasyonu yapılarak cDNA'ya çevrilmiştir. Daha sonra revers transkriptaz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ve kuantitatif (quantitative) gerçek zamanlı (real-time) PZR (qRT-PCR) yapılarak, seçilen sirkadiyen ritim genlerinin BMAL1, CLOCK, PER1, PER2, CRY1, CRY2 ekspresyon seviyeleri değerlendirilmiştir. Ekspresyon seviyeleri istatistiksel olarak analiz edilmiştir.
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen pankreas kanseri tanılı 22 hastanın 11'i kadın, 11'i erkek olup 43 ile 85 yaş aralığında dağılım göstermiştir. Üç tekrarlı olarak yapılan qPCR çalışması sonucunda elde edilen 2-ΔΔCT değerleri doğrultusunda Wilcoxon testi uygulanmıştır. Tümör ve tümör dokusuna bitişik normal dokularda seçilen genlerin ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. Bu doğrultuda BMAL1 için p=0,529 (p>0,05), CLOCK için p=0,538 (p>0,05), PER1 için p=0,947 (p>0,05), PER2 için p=0,827 (p>0,05), CRY1 için p=0,886 (p>0,05), CRY2 için p=0,938 (p>0,05) değerlerine ulaşılmıştır.
Sonuç: Pankreatik Duktal Adenokarsinom tanısı almış 22 hastanın tümör dokusu ve tümör dokusuna bitişik normal dokusunun sirkadiyen ritim genlerinin ekspresyon farklılıkları incelenmiştir. Ekspresyon düzeyleri 22 hastada toplu olarak karşılaştırıldığında istatistiksel olarak bir değişim bulunmadığı sonucuna varılmıştır. Ancak, her hasta tek tek incelendiğinde, ekspresyonlarında bir takım değişimler saptanmıştır.

Abstract:
Objective: Circadian rhythm genes control important pathways in cells. Pancreatic cancer is one of the most difficult cancers to treat. The aim of this study was to investigate the differences in expression levels of circadian rhythm genes in pancreatic cancer tissues.
Method: Total RNA was isolated from paraffin-embedded pancreatic tumor and normal tissues adjacent to tumor tissue and transformed into cDNA. BMAL1, CLOCK, PER1, PER2, CRY1, CRY2 expression levels of selected circadian rhythm genes were evaluated by performing reverse transcriptase chain reaction (RT-PCR) and quantitative real-time PCR (qRT-PCR). Expression levels were analyzed statistically and clinically.
Results: Of the 22 patients with pancreatic cancer included in the study, 11 were female and 11 were male and their ages ranged from 43 to 85 years. The Wilcoxon test was applied in line with the 2-ΔΔCT values obtained as a result of the qPCR study performed in triplicate. Expression levels of selected genes in normal tissues adjacent to tumor and tumor tissue were compared. Accordingly, p = 0.529 (p> 0.05) for BMAL1, p = 0.538 (p> 0.05) for CLOCK, p = 0.947 (p> 0.05) for PER1, p = 0.827 (p> 0 for PER2), 05), p = 0.886 (p> 0.05) for CRY1, p = 0.938 (p> 0.05) for CRY2 values were reached.
Conclusion: Tumor tissue of 22 patients with pancreatic ductal adenocarcinoma and normal tissue adjacent to tumor tissue were examined for differences in expression of circadian rhythm genes. When the average expression levels were compared in 22 patients, no statistically significant change was found. However, when each patient was examined individually, some changes in their expression were detected.