Farklı ekolojilerdeki yem bitkilerinden laktik asit bakterisi izolasyonu ve tanılanması
Isolation and diognosis of lactic acid bacteria from forage crops in different ecologycal areas
Yazar: EDA SARIKEÇİLİ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA KÜSEK
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Lactobacillus = Lactobacillus ; Lactobacillus plantarum = Lactobacillus plantarum ; Moleküler tanı = Molecular identification ; PCR =  ; Pediococcus = Pediococcus ; Silaj = Silage

Özet:
Yem bitkilerinden izole edilen 70 adet LAB (Laktik Asit Bakterisi) izolatlarının biyokimyasal ve moleküler tanılaması yapılmıştır. LAB izolatlarının tamamı Gram pozitif, oksidaz negatif, katalaz negatif olduğu belirlenmiştir. Moleküler tanılama çalışmalarından BIOLOG GEN III tanılama sistemi ile 70 LAB izolatının: 21 tanesi Lactobacillus plantarum, 6 tanesi L. brevis, 3 tanesi L. bifermentas, 2 tanesi L. gasseri, 2 tanesi L. fructivorans, 1 tanesi L. aviarius ss araffinosus, 1 tanesi L. buchneri, 3 tanesi Enterococcus faecium, 3 tanesi E. gallinarum, 1 tanesi E. durans, 1 tanesi E. mundtii,   5 tanesi Pediococcus pentosaceus, 2 tanesi P. parvalus, 5 tanesi Leuconostoc citreum, 3 tanesi Brochotrix campestris, 2 tanesi Corynebacterium phocae, 2 tanesi Cornobacterium gallinarum, 1 tanesi Cornobacterium inhibens, 2 tanesi Weisella halotolerans, 1 tanesi Streptococcus suis serogroup, 1 tanesi S. salivarus, , 1 tanesi S. anginosus, 1 tanesi S. galolyticus ss galloyticus türleri olduğu tanımlanmıştır. BİOLOG GEN III Tanılama sistemi ile tanılanan LAB bakterilerden laktik asit üretme yeteneklerine göre 10 adet seçilmiş ve bu izolatların tamamında planF-pREV primeri 318 bç büyüklüğünde DNA parçasını çoğaltmıştır. WeiF-WeiR 5 izolatta 725 bç büyüklüğünde, 800R-27F primeri ise 7 izolatta 800 bç büyüklüğünde, FB-1492r primeri ise 3 izolatta 1200 bç büyüklüğünde bant oluşturduğu gözlenmiştir. Bakterilerin tanılamasında çalışmada kullanılan primerlerin, türlerin ayırımı için uygun olmadığı belirlenmiştir. Bundan dolayı çalışmada kullanılan izolatların ayrımı için farklı primerlerin ve tekniklerin geliştirilmesi gerektiği öngörülmektedir.

Anahtar Kelimeler: Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Moleküler Tanılama, 
Lactobacillus, Silaj, BIOLOG GEN III

Abstract:
Seventy LAB (lactic acit bacteria)  strains isolated from forage crops were dignosed by biochemical and molecular methods. All LAB isolates were determined as Gram-positive, oxidase negative, catalase-negative. Molecular diagnostic studies by BIOLOG GEN III diagnostic system with the 70 LAB isolates showed that: of which 21 Lactobacillus plantarum, 6 Lactobacillus brevis, 5 Pediococcus pentosaceus, 5 Leuconostoc citreum, 3 Lactobacillus bifermentas, 3 Enterococcus faecium, 3 Brochotrix campestris, 3 Enterococcus gallinarum, 2 Lactobacillus gasseri, 2 Lactobacillus fructivorans, 2 Pediococcus parvalus, 2 Corynebacterium phocaea, 2 Carnobacterium gallinarum, 2 Weisella halotolerans and one for each of Enterococcus durans, Streptococcus suis serogroup, Lactobacillus aviarius ss araffinosus, Enterococcus mundtii, Streptococcus salivarius, Carnobacterium inhibens, Lactobacillus buchneri, Streptococcus anginosus and Streptococcus galolyticus ss galloyticus. Of isolates diagnosed by BIOLOG GEN III LAB diagnostic system, randomly selected 10 isolates were found to produce primers planF - pREV 318 bp sized DNA fragment. Also, five of these 10 isolates consisted 725 bp in size bans with WeiF-WEiR prirmers.  Additionally, seven isolates of these ten isolates 800 bp sized band with 27F - 800R Primers and three of them produced 1200 bp size band wıth FB- 1492 primers. The primers used in diagnostics of bacterial species was determined to be unsuitable for the separation of species. Therefore, different techniques and primers need to be developed for the separation of isolates used in this study.

Key Words: Polimerase Change Reaction, Molecular Identification, Lactobacillus, 
Silage, BIOLOG GEN III