Yabani ve kültüre alınan Cicer spp.'de Ascochyta Yanıklık etmeni Didymella rabiei (Anamorf: Ascochyta rabiei)'nin genetik, ekolojik ve patojenik açıdan popülasyon analizleri
Population analysis of Didymella rabiei (Anamorph: Ascochyta rabiei) causing ascochyta blight in wild and domesticated Cicer spp. in view of genetic, ecologic and pathogenic features
Yazar: HİLAL ÖZKILINÇ
Danışman: DOÇ. DR. CANAN CAN
Gaziantep Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Türkiye ve İsrail'den örneklenmiş yabani ve kültür nohudu orijinli Didymella rabiei izolatlarının genetik yapısı, in vitro'da sıcaklık-koloni hifsel gelişim ilişkisi ve saldırganlık özellikleri araştırılmıştır. 128 D. rabiei izolatının genetik varyasyonunu incelemek üzere altı STMS lokusu çalışılmıştır. En yüksek genetik çeşitlilik, kültür nohudu orijinli Türkiye popülasyonunda bulunmuştur (H=0,69). Yabani ve kültür nohudu orijinli D. rabiei izolatlarının EF1-? baz dizilim sonuçları, dört nükleotid polimorfizmiyle farklılık göstermiştir. Genetik açıdan birbirine uzak olduğu belirlenen yabani ve kültür nohudu orijinli popülasyonların bazı izolatları arasındaki genetik yakınlık, Bayes algoritması ve PCoA ile gösterilmiştir. STMS markırlara dayalı olarak saptanan popülasyon genetik farklılaşma değerleri kullanılarak, popülasyonlar arası gen/genotip akışları hesaplanmıştır. Yabani konukçu orijinli izolatlardan farklı olarak, kültür nohudu orijinli izolatların 25 °C'deki koloni çapları, 15 °C'dekinden daha büyük olmuştur. İn vitro'da saptanan sonuçlar, sıcaklık-koloni gelişim fenotipinin kalıtım dereceleri ile uyumlu bulunmuştur. Türkiye kültür nohudu orjinli izolatlar hariç, testlenen tüm izolatlar, orijinal konukçuları üzerinde daha yüksek saldırganlık ölçümleriyle konukçu adaptasyonu göstermiştir. Tüm veriler, yabani ve kültür ekosistemlerindeki farklı seçilim baskısının, D. rabiei popülasyonlarında ekolojik farklılaşmaya yol açtığını ortaya koymuştur.

Abstract:
Genetic structure, in vitro temperature growth response and aggressiveness traits of Turkish and Israeli Didymella rabiei isolates from wild and domesticated chickpea were studied. The six STMS loci were used to determine genetic variation of 128 D. rabiei isolates. Turkish isolates exhibited the highest genetic diversity (H=0.69) within the investigated D. rabiei populations. EF1-? sequences distinguished between D. rabiei isolates from domesticated and wild Cicer spp. by four nucleotid polymorphisms. While D. rabiei populations from domesticated and wild hosts genetically far away from each other, a few isolates from the different origins were genetically close to each other as demonstrated using the Bayesian algorithm as well as with the PCoA. Gene/genotype flows were estimated by using population genetic differentiation values among the populations from different origins. Isolates from domesticated chickpea had larger colony areas at 25 °C than at 15 °C while the isolates from wild hosts had the vice versa and these in vitro phenotypic observations were supported by the heritability values of the temperature growth response. Except for Turkish isolates from domesticated chickpea, isolates from different origins had higher aggressiveness on their original hosts indicating the host adaptation. All the data concluded that the distinct ecological selections of wild and domesticated chickpea systems result in ecological divergence of D. rabiei populations.