Türkiye'den izole edilen Salmonella suşlarının biyofilm oluşturma özelliklerinin tanımlanması
Identification of biofilm forming abilities of Salmonella strains isolated from Turkey
Yazar: BAŞAR KARACA
Danışman: PROF. DR. CUMHUR ÇÖKMÜŞ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada; serotiplendirmesi yapılmış 99 ve cins düzeyinde tanımlanmış 41 adet Türkiye kökenli Salmonella suşunun biyofilm oluşturma karakteristikleri araştırıldı. 140 adet suşun biyofilm oluşturma özellikleri incelendiğinde % 56.4'nün ?rdar?, %40.7'sinin ?bdar? ve %2.1'nin ise ?pdar? morfotipinde biyofilm ürettiği belirlendi. 1 adet S. Agona suşu daha önce belirtilen hiçbir morfotipe dahil edilemedi. 79 adet ?rdar? morfotipi içeren suşun 72'sinde; 57 adet ?bdar? morfotipi içeren suşun ise 41'inde sıvı-hava arafazında pelikül yapısına rastlandı. Suşlar, oluşturdukları pelikül yapılarına, pelikülün fiziksel farklılıklarına ve pelikül oluşumuyla birlikte besi ortamlarında meydana gelen değişimlere göre değerlendirildi. ?Rdar? morfotipi içeren suşların rijit yapıda; ?bdar? morfotipi içeren suşların ise kırılgan yapıda pelikül oluşturduğu saptandı. Biyofilm matriks yapılarındaki selüloz varlığının araştırılmasında, 79 adet ?rdar? ve 3 adet ?pdar? morfotipi içeren suşun kalkofloru bağlayıp UV ışık altında florosan özellik gösterdiği; 57 adet ?bdar? ve 1 adet tanımlanamayan morfotip içeren suşun ise kalkofloru bağlamadığı dolayısıyla UV ışık altında florosan özellik göstermediği belirlendi. Kongo kırmızısı içeren ortamda yoğun ?rdar? morfotipi içerdiği saptanan 38 adet suşun ve her morfotipi temsilen seçilen birer suşun polistiren ve paslanmaz çelik gibi abiyotik yüzeyler üzerinde biyofilm oluşturma kabiliyetleri araştırıldı. Polistiren plaklarda seçilen suşların biyofilm üretme miktarlarının ölçülmesi sonucunda en yoğun biyofilm üretimi Salmonella Typhimurium suşunda belirlendi (OD: 3,418). İdeal biyofilm üretimi koşularının belirlenmesi amacıyla farklı sıcaklık, su aktivitesi ve pH değerlerinde gerçekleştirilen çalışmalar sonucunda, biyofilm oluşumu için en uygun sıcaklığın 20 °C, NaCl konsantrasyonunun % 0.0 olduğu belirlenirken; pH'nın farklı morfotip içeren suşların biyofilm oluşturma özellikleri üzerindeki etkisinin değişkenlik gösterdiği saptandı. Matriks yapısında bulunması muhtemel hücre dışı DNA'nın varlığı ?bdar? morfotipi içeren S. Infantis suşunda tespit edildi.

Abstract:
In this study; the biofilm forming characteristics of the 99 serotyped and 41 genus level identified Salmonella strains originated from Turkey was investigated. When screening biofilm forming abilities of 140 Salmonella strains, 56.4 % were able to express ?rdar?, 40.7 % were able to express ?bdar? and 2.1 % were able to express ?pdar? morphotype. 1 S. Agona strain could not be classified in any morphotype previously identified. Pellicle formation at the air-liquid ineterface was investigated at 91.1 % of strains containing ?rdar? morphotype and 72 % of strains containing ?bdar? morphotype. Strains were evaluated according to their pellicle structure forming, physical differences of pellicle, and the alterations in the media along with the pellicle forming. It was detected that the strains containing ?rdar? morphotype had rigid, the strains containing ?bdar? morphotype had fragile pellicle structure forming. In the analysis of cellulose existence in biofilm matrix structures, 79 of ?rdar? and 3 of ?pdar? morphotyped strains showed fluorescence features under UV light by binding calcoflour; whereas 57 of ?bdar? and 1 unidentified morphotyped strains showed no fluorescence feature under UV light since could not binding calcoflour. Biofilm forming abilities on abiotic surfaces like polystyrene and stainless steel of the strains which had highly ?rdar? morphotype in media that contained Kongo red and one strain representing each morphotype were investigated. As a result of measuring biofilm producing amounts of strains, selected on polystyrene microtiter plates, S. Typhimurium was determined as the best biofilm producer (OD: 3,418). As a result of experiments conducted in different temperatures, water activities and pH values in order to determine optimum biofilm producing conditions, the optimum temperature for biofilm producing was determined as 20 °C and the optimum NaCl concentration was 0.0 %; whereas pH values showed variable effects on biofilm forming feature. Extracellular DNA that may exist in biofilm matrix structure was detected in S. Infantis strain with ?bdar? morphotype.