Hasta örneklerinden izole edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin moleküler yöntemlerle tanımlanması /
Yazar: ORHAN BEDİR
Danışman: DOÇ. DR. ALİ ALBAY
GATA / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2003
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
VI-OZET 1980'lerin başından itibaren MOTT'lann sebep olduğu hastalıklarda bir artış söz konusudur. Bu mikrorganizmalar immün yetmezlikti ve sağlam kişilerde enfeksiyon oluşturabilmekte ve özellikle AlDS'li hastaların tehdit altında olduğu bilinmektedir. MOTT infeksiyonlarının insidansının artması ve tedavi stratejileri ile epidemiyolojik belirsizlikler yüzünden klinik açıdan önem kazanmaları nedeniyle, etken mikobakterilerin hızlı ayrımı önemlidir. Klinik izolallardan mikobakterilerin saptanması ve tanımlanması, öncelikli olarak kültür ve biyokimyasal testlerle yapılmaktadır. Bu geleneksel testler uzun sürmekte (3-4 hafta), çok fazla iş gücüne mal olmakta, sonuç olarak tüm mikobakteri türlerinin tanısında bazen yetersiz kalmaktadır. Klinik laboratuvarlarda BACTF.C 460-TB sistemi gibi sıvı kültür sistemlerinin kullanılması, mikobakterilerin üreme kabiliyetini arttırmıştır. Son yıllarda geliştirilen DNA dizi analizi, PRA, SSCP, DNA prob'ları gibi birçok moleküler yöntem, MOTT'lann katı besiyerlerinde üremelerinden önce, pozitif sıvı besiyerlerinden tanımlanması olanağını sunmuştur. BACTEC 460-TB sistemi ile tez süresince izole edilen dört MOTT ve daha önceki yıllara ait 13 MOTT susu PRA yöntemi ile çalışmaya alınmış ve tür düzeyinde tanımlaması yapılmıştır. Laboratuvarımızdaki MOTT prevalansının oldukça düşük olması tüm izole edilen mikobakterilerin PRA yöntemi ile tanımlanması, maliyet ve iş gücünü artıracaktı. Bu yüzden, MTK ön tanısı için son derece basit, ucuz ve güvenilir bir yöntem olan kord oluşumunun gösterilmesini de çalışmamıza ekledik. Çalışma süresince tüm MTK ve MOTT izolatlarını, kord oluşumu ile doğru olarak tanımladık. Bu çalışmanın sonunda, 17 izolattan 1 Tinin M.gordonae, birinin M.abscessus tip 1, birinin M.intracellulare tip I, birinin M.nonchromogenicum tip 2, ikisinin M.genavense ve bir izolatın ise M.thermoresistible olduğunu saptadık. Sonuç olarak; PRA yöntemi; gelişmiş mikrobiyoloji laboratuvarlarında MOTT'lann tanımlanmasında kullanılabilecek, hızlı, kolay uygulanabilen, güvenilir ve tek uygulama ile bir çok mikobakteri türünün tanımlanmasına izin veren bir yöntemdir. Diğer taraftan, kord oluşumunun değerlendirilmesinin MOTT prevalansının düşük olduğu laboratuvarlarda, moleküler yöntem seçiminde faydalı olacağı ve maliyeti azaltacağı sonucuna vardık. 40

Abstract:
VII-SUMMARY Since ıhe early 1980s there has been an increase in disease caused by MOTT. They affect both immune-competent and immune-compromised persons, and the patients with the human immunudeficiency virus are known to be especially vulnerable. Because of the increasing incidence of MOTT infections and their clinical importance, in terms of strategies for treatment and the epidemiological implications, the rapid differentiation of causative mycobacteria is important. Identification of clinical isolates of mycobacteria to the species level is primarily based on cultural characteristics and biochemical tests. These conventional tests take several weeks, and sometimes fail to provide precise identification. The use of liquid culture systems like BACTEC 460-TB system in the clinical laboratory improves the ability to detect the growth of mycobacteria. Recently developed moleculer methods, such as DNA sequence analysis, PRA, SSCP, and DNA prob tests, offer identification of this MOTT from a positive liquid culture medium prior to detection of growth on solid media. Previously identified 13 MOTT isolates and 4 MOTT isolates isolated using BACTEC 460 TB during the thesis period were analyzed by PRA method for identification of MOTT subspecies. Due to the low MOTT prevalence in our laboratory, the identification of all mycobacterium by PRA method would increase cost and labor. So, we also added the evaluation of cord formation to our study as a simple, cheap and reliable method for the preliminary diagnosis of MTK. All MTK and MOTT isolates were identified definitely by cord formation in this study. At the end of this study, we detected 11 of 17 isolates as M.gordonae, one as M.abscessus type I, one as M.intracellulare type 1, one as M.nonchromogenicum type 2, 2 as M.genavense and one isolate as M.thermoresistible. As a conclusion. PRA method is a rapid, easy and reliable method that provides detection of multiple subspecies in a single step for identification of MOTTs in developed microbiology laboratories. On the other hand, the evaluation of cord formation is cost- effective in the laboratories with low MOTT prevalence and helpful for the selection of molecular study method. 41