Çevre su örneklerinde Legionella pneumophila ve makrolid dirençlerinin araştırılması
Investigation of Legionella pneumophila and macrolide resistance in environmental water specimens
Yazar: AHMET AKTAŞ
Danışman: PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Legionella pneumophila, Legionellosiz olarak adlandırılan ciddi pnömoniye neden olabilir. Çalışmamızda Lpn serogrupları üzerinde makrolid grubu antibiyotiklerin etkinliği ve etkinlik derecesini belirleyen effluks pompasını kodlayan gen bölgeleri araştırıldı. Azitromisin, eritromisin ve klaritromisinin çevresel ve hastane su sistemlerinden izole edilen 43 Legionella spp. suşu üzerine etkileri değerlendirildi. Aglutinasyon kiti ile Lpn türlerinin serogrupları belirlendi. Serogrupları belirlenen 30 Lpn suşundan (15 Sg 1, 15 Sg 2-14) üç Sg 1 (no.10,13,30) ve 3 Sg 2-14 (no.16,17,26) suşlarında test edilen antibiyotiklere karşı DDT'nde zon oluşumu izlenmedi ve bu suşların MIC değerleri ≥ 256 µg/mL olarak tespit edildi. Bu 6 suş ile MIC değeri düşük olan (no.9) suşun effluks pompasını kodlayan gen bölgeleri olan lpp 2879 ve lpp 2880'in baz dizilimleri, RT-PCR kullanılarak kantitatif olarak yapılan analizlerinde Lpn Philadelphia 1 standart suşun Ct değeri 16,74 olarak bulundu. Zon oluşturan ve MIC değeri okunabilen suşumuzun Ct değeri 11,5 iken zon oluşturmayan ve MIC değeri ≥ 256 µg/mL olan suşların Ct değerleri sıfır olarak tespit edildi. Çalışmamız sonucunda, DDT'nde zon oluşturmayan ve MIC değeri ≥ 256 µg/mL olan suşlara ait effluks pompasını kontrol eden gen bölgelerindeki baz dizilerinin, MIC değeri okunabilen, zon oluşturan suşlardan farklı olduğu belirlenmiştir. Gen bölgelerindeki bu farklılığın, effluks pompasının yapısı ve işlevini değiştirdiği, böylece ilaç aktivite seviyelerinde farklılıklara neden olduğu düşünülmektedir.

Abstract:
Legionella pneumophila can cause severe pneumonia called Legionellosis. In our study, gene regions encoding efflux pump which determine the efficacy and efficacy of macrolide antibiotics on Lpn serogroups were investigated. The effects of azithromycin, erythromycin, clarithromycin on 43 Legionella-spp. strains isolated from environmental and hospital water systems were evaluated. Serogroups of Lpn species were determined by agglutination kit. Against the antibiotics tested in three Sg-1 (no.10,13,30) and 3 Sg2-14 (no.16,17,26) strains from 30 Lpn strains (15 Sg1, 15 Sg2-14) whose serogroups were determined No zone formation was observed in DDT and the MIC values of these strains were ≥256 µg/mL. The base sequences of the lpp2879 and lpp2880, the gene regions encoding the efflux pump of these 6 strains and the low MIC (no.9) strain, were quantitatively analyzed using RT-PCR and the Ct value of the Lpn Philadelphia 1 standard strain was found 16.74. While the Ct value of our strain-forming strain, whose MIC was readable, was 11.5, the Ct values of the non-zone-producing strains with MIC values ≥256 µg/mL were found to be zero. As a result of our study, it was found that the base sequences in the gene regions controlling the efflux pump of the strains that did not create zone in DDT and whose MIC value was ≥256 µg/mL were different from the zone forming strains whose MIC values could be read. This difference in gene regions is thought to alter the structure and function of the efflux pump, thereby causing differences in drug activity levels.