Trabzon yöresinde yetiştirilen gökkuşağı alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792)  Ichthyophthirius multifiliis yaygınlığı  ve moleküler karakterizasyonu
Prevalence and molecular characterization of ichthyophthirius multifiliis in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792) cultured in Trabzon region
Yazar: ELİF AYGÜR
Danışman: PROF. DR. ŞİNASİ UMUR
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Veterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Parazitoloji = Parasitology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Dış parazitler = Ectoparasites ; Gökkuşağı alabalığı = Rainbow trout ; Moleküler genetik = Molecular genetic

Özet:
Bu çalışmada, Trabzon ilinde farklı ilçelerde bulunan 4 farklı balık çiftliğinden
alınan gökkuşağı alabalıklarında salgınlara ve ölümlere neden olan bir protozoon
parazit, Ichthyophthirius multifiliis'in farklı parametrelere göre yaygınlığı ve saha
suşlarının 18S rRNA gen bölgesi temelinde moleküler yapılarının belirlenmesi ve
moleküler karakterizasyonlarının yapılması amaçlanmıştır. Çalışmada Kasım 2021-
Ekim 2022 tarihleri arasıında bir yıl boyunca dört farklı işletmeden toplam 480 adet
gökkuşağı alabalığı I. multifiliis varlığı yönünden incelenmiş ve bulunan parazitler
%85'lik etanol ile tespit edilerek -20 °C'de muhafaza edilmiştir. Tespit edilen I.
multifiliis'lerin gDNA'sı ticari DNA izolasyon kiti ile ekstrakte edilmiştir.
Ichthyophthirius multifiliis izolatlarına ait gDNA'ların, 18S rRNA gen bölgesini
hedefleyen primer çifti ile PCR amplifikasyonu yapılmıştır. PCR ürünlerinin DNA
nükleotid dizilemesi, Sanger sekanslama yöntemiyle PCR amplifikasyonunda
kullanılan aynı primer çifti kullanılarak iki yönlü şekilde yapılmıştır. Filogenetik
ağaç, Jukas-Cantor modeli ile UPGMA metodu kullanılarak MEGA11 programında
oluşturulmuştur. Tespit edilen I. multifiliis izolatlarının 18S rRNA gen bölgesine ait
elde edilen sekans dizileri, belirlenen erişim numaraları ile GenBank veri tabanına
kaydedilmiştir. Ayrıca araştırma sonucunda tespit edilen I. multifiliis'lere ait
enfeksiyon oranı (prevalans), enfeksiyon yoğunluğu ve toplam parazit sayısı gibi
istatistiki verilerin ay, mevsim, balık boyu, balık ağırlığı ve su sıcaklığı gibi
parametrelere göre dağılımları belirlenmiştir. Çalışma sonucunda Trabzon ilindeki
gökkuşağı alabalıklarında salgınlara sebep olan dört adet I. multifiliis izolatı
tanımlanmıştır. Ichthyophthirius multifiliis türüne ait elde edilen izolatların (ImTR1,
ImTR2, ImTR3, ImTR4), 18S rRNA gen bölgesi yönünden Türkiye'de ilk kez
moleküler karakterizasyonu ortaya koyulmuştur. Bunun yanında izole edilen I.
multifiliis parazitlerinin 18S rRNA gen bölgesi yönünden Türkiye'de ilk kez Sanger
sekanslama yöntemiyle moleküler analizleri yapılmıştır. Tespit edilen I. multifiliis
izolatlarının, hem kendi aralarında hem de GenBank'ta yer alan diğer I. multifiliis
izolatları ile %100 oranında genotipik olarak benzer olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca
araştırma sonucunda enfeksiyon oranı ve yoğunluğunun en fazla yavru balıklarda,
20-25 °C su sıcaklığında ve Ağustos ayında görüldüğü belirlenmiştir.

Abstract:
This study aimed to determine the prevalence of Ichthyophthirius multifiliis, a
protozoan parasite that causes epidemics and deaths in rainbow trout from four
different fish farms in different districts in Trabzon, according to various parameters,
and to determine the molecular structures and molecular characterizations of field
strains based on the 18S rRNA gene region. In the study, a total of 480 rainbow trout
from 4 different farms were examined for the presence of I multifiliis for a year
between November 2021 and October 2022, and the parasites found were detected
with 85% ethanol and stored at -20 °C. The gDNA of detected I. multifiliis was
extracted with a DNA isolation kit. gDNAs of Ichthyophthirius multifiliis isolates
were amplified by PCR with a primer pair targeting the 18S rRNA gene region. DNA
nucleotide sequencing of PCR products was done bi-directionally using the same
primer pair used in PCR amplification by Sanger sequencing. The phylogenetic tree
was created in the MEGA11 program using the Jukas-Cantor model and the UPGMA
method. The obtained sequences of the 18S rRNA gene region of the identified I.
multifiliis isolates were recorded in the GenBank database with the determined
accession numbers. In addition, the distribution of statistical data such as infection
rate (prevalence), infection density and total number of parasites of I. multifiliis
determined as a result of the research, according to parameters such as month,
season, fish size, fish weight and water temperature were determined. As a result of
the study, four isolates of I. multifiliis that caused epidemics in rainbow trout in
Trabzon province were identified. Molecular characterization of the isolates (ImTR1,
ImTR2, ImTR3, ImTR4) of the Ichthyophthirius multifiliis genus was presented for
the first time in Turkey regarding the 18S rRNA gene region. In addition, molecular
analyses of the isolated I. multifiliis were performed for the first time in Turkey using
the 18S rRNA gene region and the Sanger sequencing method. It was determined
that the detected I. multifiliis isolates were 100% genotypically similar among
themselves and with other I. multifiliis isolates in GenBank. In addition, the research
determined that the infection rate and intensity were most observed in juvenile fish at
a water temperature of 20-25 °C and in August.