Klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae izolatlarının antibiyotik direnç profilinin ve virülans faktörlerinin araştırılması
Investigation of antibiotic resistance profile and virulance factors of Klebsiella pneumoniae isolates from clinical samples
Yazar: ÖZGE KULAÇ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ CEREN BAŞKAN
Amasya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) hastane kaynaklı enfeksiyonlarda rol oynayan Gram negatif fırsatçı bir patojendir. Beta laktamaz enzimi varlığıyla antibiyotiklere karşı direnç kazanması ve biyofilm oluşturabilmesi nedeniyle K. pneumoniae kaynaklı enfeksiyonların tedavisi zor mortalitesi yüksektir. Bu bilgiler ışığında çalışmamızda etik kurul onayı alındıktan sonra Tokat Devlet hastanesi, Tokat Erbaa Devlet hastanesi ve Samsun Bafra Devlet Hastanesine başvuran ayaktan ve yatan hastalardan elde edilen K. pneumoniae (N=120) izolatlarının çeşitli antibiyotiklere karşı direnç profillerinin disk difüzyon, fenotipik GSBL oluşumun kombine disk yöntemiyle, GSBL genlerinin (blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M),  tip 1 adezin (fimH) virülans faktörünün, Class 1 integron (intI1) varlığının PZR yöntemiyle, ve biyofilm oluşumları mikrotitrasyon yöntemiyle belirlenmesi amaçlanmıştır. Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemine göre 120 izolatın 47'si (%39,1) meropenem'e, 43'ü (%35,8) imipenem'e, 72'si (%60) seftazidim'e, 48'i (%40) kloramfenikol'e, 107'si (%89,1) levofloksasin'e, 69'u (57,5) aztreonam'a, 71'i (%59,1) fosfomisin'e, 53'ü (%44,1) tobramisin'e, 47'si, (%39,1) gentamisin'e, 83'ü (69,1) amoksasilin klavunata'a, 65'i (54,1) piperasilin tazobaktam'a, 68'i (%56,6) nalidiksik asit'e dirençli olduğu tespit edilmiştir. GSBL oluşumunu fenotipik olarak tespit etmek için yapılan kombine disk yöntemine göre; 120 izolatın 28 tanesi (%23,3) GSBL pozitif olarak belirlenmiştir. Biyofilm oluşumunu belirlemek için yapılan mikrotitrasyon plağı yöntemine göre 120 izolatın 58'i (%48,3) biyofilm pozitiftir. Klinik izolatların blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, int1, fimH gen bölgesi varlığının tespiti için yapılan PZR değerlendirme sonuçları; 120 izolatın 10'u (%8,3) blaTEM, 42'si, (%35) blaSHV, 23' ü (%19,1) blaCTX-M, 70'i (%58,3) intI1, 27'si (%22,5) fimH pozitif şeklindedir. Sonuç olarak; Klebsiella kaynaklı enfeksiyonların tedavisi için antiyotik direnç profilin bilinmesi önemlidir ve biyofilm oluşumunu engellemeye yönelik çalışmaların yapılmasıyla da K. pneumoniae kaynaklı enfeksiyonların önüne geçileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) is a Gram-negative opportunistic pathogen that plays a role in hospital-acquired infections. Infections caused by K. pneumoniae are difficult to treat and have a high mortality because of the presence of beta-lactamase enzyme, resistance to antibiotics and biofilm formation. In the light of this information, in our study, the resistance profiles of K. pneumoniae (N=120) isolates obtained from outpatients and inpatients who applied to Tokat State Hospital, Tokat Erbaa State Hospital and Samsun Bafra State Hospital after obtaining ethics committee approval, showed that resistance profiles against various antibiotics were found to be associated with disc diffusion, phenotypic ESBL formation. It was aimed to determine the ESBL genes (blaTEM, blaSHV and blaCTX-M), type 1 adhesin (fimH) virulence factor, the presence of Class 1 integron (intI1) by PCR method, and biofilm formations by microtitration method. The resistance rates of clinical isolates according to the Kirby-Bauer disc diffusion method according to antibiotics; Of 120 isolates, 47 (39.1%) were treated with meropenem, 43 (35.8%) with ımipenem, 72 (60%) with ceftazidime, 48 (40%) with chloramphenicol, 107 (89.1%) to levofloxacin, 69 (57.5) to aztreonam, 71 (59.1%) to fosfomycin, 53 (44.1%) to tobramycin , 47 (39.1%) to gentamicin, 83 (69.1) to amoxacillin clavunata, 65 (54.1) to piperacillin tazobactam, 68 (56.6%) to It is resistant to nalidixic acid. According to the combined disk method to detect ESBL formation phenotypically; Of 120 isolates, 28 (23.3%) were ESBL positive. Biofilm formation results according to the microtitration plate method to detect biofilm formation; 58 (48.3%) of 120 isolates were biofilm positive. PCR evaluation results for the detection of clinical isolates blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, intI1, fimH gene region; Of 120 isolates, 10 (8.3%) were blaTEM, 42 (35%) blaSHV, 23 (19.1%) blaCTX-M, 70 (58.3%) intI1, 27 (22.5%) is fimH positive. In conclusion, It is important to know the antibiotic resistance profile for the treatment of infections caused by Klebsiella, and by conducting studies to prevent biofilm formation, infections caused by K. pneumoniae will be prevented.