Şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüsü-2'nin (SARS-COV-2) klinik COVİD-19 tanı yöntemlerinde kantitatif RT-PCR (q-RT-PCR) analiz metodunun ters transkripsiyon döngü aracılı izotermal amplifikasyon (rt-lamp) analiz metoduna göre effektivesinin karşılaştırılması /
Yazar: YAKUP ARTİK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ALP AYAN
İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Akut hastalık = Acute disease ; SARS virüsü = SARS virus ; Solunum yolları hastalıkları = Respiratory tract diseases

Özet:
Yeni koronavirüs/şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs-2'nin neden olduğu Coronavirus hastalığı-2019 veya COVID-19 (SARS-CoV-2 veya 2019-nCoV), küresel etkileri ile ortaya çıkan, hızlı ve güvenilir tanı testleri gerektiren ve günümüzde devam eden bir pandemidir. Kantitatif ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (q-RT-PCR), SARS-CoV-2 tespitleri için altın standart yöntemdir. Öte yandan, yeni yaklaşımlar tanı güçlüklerini yavaş yavaş gidermektedir. Bu yeni yaklaşımlardan biri olarak ters transkripsiyon döngüsü aracılı izotermal amplifikasyon (RT-LAMP) tekniği ile daha hızlı ve ucuz testlere katkıda bulunabilir. Bu çalışma, 30-45 dakikada sonuç verebilen hızlı tarama tanı testini değerlendirmek ve RT-LAMP'nin etkinliğini q-RT-PCR ile karşılaştırmak için tasarlanmıştır. Rastgele seçilen 30 pozitif hasta numunesi, SARS-CoV-2 nükleik dizisinin bir kısmı ile nazofaringeal sürüntülerle oluşturulmuştur. Kantifikasyon döngüsü (Ct) değerleri örneği, RT-LAMP ve ayrıca geleneksel q-RT-PCR kullanılarak test edildi. Hasta numuneleri dört farklı kit (SENSObiz COVID‐19 [SARS‐CoV‐2] RT-LAMP Assay kiti, QIAprep & amp Viral RNA UM kiti, Biospeedy SARS‐CoV‐2 Variant Plus kiti ve CoVirion‐CV19‐2 SARS‐CoV‐2 OneStep RT‐PCR kiti) ve iki farklı PCR cihazı (GDS Rotor‐Gene Q Thermocycler PCR cihazı ve İnovia Technologies GenX series PCR cıhazı) ile test edildi. Pozitif/Negatif (P/N) oranı rastgele seçilen 30 pozitif hasta numunesine dayalı olarak ilk gün yapılan deneylerde; İnovia cihazında çalışılan numuneler için Biospeedy kiti ve Covirion kiti %100 (30/0) pozitifliği yakalarken, Qiagen Kiti ile %93,3 (28/2) pozitiflik yakalamıştır. Rotor-Gene cihazında ise Biospeedy kiti ve Covirion kiti %100 (30/0) pozitifliği yakalarken, Qiagen Kiti ile %96,7 (29/1) pozitiflik yakalamıştır. Aynı örnekler üzerinde beşinci günde yapılan deneylerde ise İnovia cihazında Biospeedy kiti %90 (27/3), Covirion kiti %93,3 (28/2), Qiagen kiti %53,3 (16/14) oranında pozitiflik yakalamıştır. Bu örnekler beşinci günde Rotor-Gene cihazında incelendiğinde ise Biospeedy kiti ve Covirion kiti %96,7 (29/1), Qiagen kiti %63,3 (19/11) oranında pozitiflik yakalamıştır. Aynı örnekler RT-LAMP yöntemi ile karşılaştırıldığında ilk gün %63,3 (19/11) pozitiflik elde edilirken beşinci günde ise %60 (18/12) pozitiflik bulundu. Bu çalışmada elde edilen sonuçlar ile SARS‐CoV-2 test çalışmaları RT-LAMP tekniği ile hızlı teşhis sistemlerinin geliştirilmesine yönelik proaktif bir yaklaşıma katkı sağlayacaktır.

Abstract:
The novel coronavirus called severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS‐CoV‐2 or 2019‐nCoV) causes the Coronavirus disease 2019 or COVID‐19 an ongoing pandemic that has risen globally. For the reliable and rapid diagnosis, quantitative reverse transcription‐polymerase chain reaction (q‐RT‐PCR) has been chosen as a gold standard method. However, new approaches remedy the diagnosis difficulties step by step. The reverse transcription loop‐mediated isothermal amplification (RT‐RT-LAMP) is one of them and contributes to faster, effective, and cheaper field‐based testing. In the presented thesis, the RT-LAMP technique, which is effective and can give the results in 30–45 min, is compared with q‐RT‐PCR. The nasopharyngeal swabs of 30 randomly chosen patients' were analyzed and quantification cycle (Ct) values were evaluated using RT‐RT-LAMP as well as by conventional q‐RT‐PCR. The four different kits were utilized to test the patients' samples as; (SENSObiz COVID‐19 [SARS‐CoV‐2] RT-LAMP Assay, the QIAprep & amp Viral RNA UM kit, Biospeedy SARS‐CoV‐2 Variant Plus kit, and CoVirion‐CV19‐2 SARS‐CoV‐2 OneStep RT‐PCR kit) and two different PCR devices (GDS Rotor‐Gene Q Thermocycler and Inovia Technologies GenX series). Based on 30 patient samples, the Pozitif/Negatif ratio (P/N) was 30/0 as Biospeedy and Covirion (positivity 100%), 28/2 as Qiagen kit (positivity 93.3%) for the samples studied on the Inovia device while the same samples on the Rotor‐Gene device were 30/0 as Biospeedy and Covirion (positivity 100%), 29/1 as Qiagen kit at the first day (96.7%). On the fifth day, the samples were analyzed in the Inovia device and the respective results were obtained as; 27/3 as Biospeedy (positivity 90%), 16/14 as Qiagen (positivity 53.3%), 28/2 as Covirion kit (positivity 93.3%). When these samples were studied in the Rotor‐Gene device, it was 29/1 in Biospeedy and Covirion (positivity 96.7%), 19/11 in the Qiagen kit (positivity 63.3%). When these samples were compared with the RT-LAMP method it was found to be 19/11 (positivity 63.3%) on the first day and 18/12 (positivity 60%) on the fifth day. With this thesis data, new proactive approaches will be generated to develop rapid diagnosis systems. Furthermore, RT-LAMP will be one of the novel methods that will present promising results to monitor exposed individuals and contributes to screening efforts in potential ports of entry.