Ülseratif kolitte Wnt sinyal yolağında rol oynayan bazı genlerin metilasyonu ve gen ekspresyonu
The expression and metylation of some Wnt signaling pathway genes which plays a role in ulcerative colitis
Yazar: ZUHAL MERT ALTINTAŞ
Danışman: PROF. DR. MEHMET EMİN ERDAL
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Ekspresyon = Expression ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Kolit-ülseratif = Colitis-ulcerative ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Ülseratif kolit; gastrointestinal yolağın kronik inflamatuvar hastalığı olup, kolorektal kanser için artmış riske sahiptir. Ülseratif kolitle ilişkili neoplazide Wnt sinyal yolağının rolü son yayınlarda bildirilmiştir. Bu çalışmada ülseratif kolitle ilişkili neoplazide Wnt sinyal yolağı genlerinin metilasyon ve ekspresyon durumlarının incelemesi amaçlandı.Hasta grubu distal tip ülseratif kolit tanısı almış ve sürveyans kolonoskopisi yapılan 20 bireyden; kontrol grubu kolon kanseri taraması yapılan herhangi bir yakınması ve endoskopik patolojisi olmayan 15 bireyden oluşturuldu. Hasta ve kontrollerin kolonik biyopsilerinden DNA ve RNA elde edildi. SFRP2, SFRP4, SFRP5, APC1, APC2 ve ACTB gen ekspresyonları Real-Time PCR ve ?Comparative CT (??Ct)? analizi ile belirlendi. Metilasyon spesifik PCR ile bu genlerin metilasyon durumlarına bakıldı.APC2 geninin metilasyonu için hasta grubunda 8 kişi metile (%40) ve 12 kişi unmetile (%60) iken kontrollerin 1'i metile (%6,7), 14'ü unmetile (%93,3) idi (p=0,018). Hasta grubunda SFRP5 geni için metilasyon durumu ve ekpresyonları arasında anlamlı bir ilişki bulundu (p=0,015). Hasta ve kontroller arasında diğer genler için metilasyon, ekspresyon ve inflamasyon durumu arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmadı.Ülseratif kolitte APC2'nin metilasyonunun arttığı, SFRP5 metilasyon artışının ekspresyonu azalttığı bulgusunun inflamasyonla ilişkisi olduğu ileri sürülebilir. Ülseratif kolit ilişkili neoplazi ile ilişkisini söyleyebilmek için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.Anahtar Kelimeler: Ekspresyon, metilasyon, neoplazi, ülseratif kolit, Wnt Yolağı.

Abstract:
ABSTRACTUlcerative colitis, being chronically inflammatory disease of gastrointestinal pathway, has increased risk of colorectal cancer. The role of WNT signaling pathway in neoplasia related with ulcerative colitis has been indicated in recent publications. In this study, it is aimed to investigate the methylation and expression status of WNT signaling pathway genes in neoplasia related with ulcerative colitis.Patient group composed of 20 people diagnosed with distal type ulcerative colitis and having surveillance colonoscopy, control group composed of 15 people having colon cancer screening, not having any complaints or endoscopic pathology. DNA and RNA are obtained from the biopsies of the patient and control groups. SFRP2, SFRP4, SFRP5, APC1, APC2 and ACTB gene expressions are determined by Real-Time PCR and ?Comparative CT (??Ct)? analysis. The methylation status of the genes are studied by using methylation specific PCR.For APC2 gene methylation; in patient group 8 people are methylated (%40) and 12 are unmethylated (%60) whereas in the control group 1 is methylated (%6.7), 14 are unmethylated (93.3%) (p=0.018). In patient group, for SFRP5 gene, a significant relationship is observed between the methylation status and expressions (p=0.015). Regarding the other genes, no significant statistical relationship is observed among the methylation, expression and inflamation status between the patient and control groups.In ulcerative colitis, it is suggested that the findings of the increase in the methylation of APC2, and the decrease in the expression due to the incease of SFRP5 methylation both have a relationship with inflamation. However, further studies are needed in order to suggest its relationship with ulcerative colitis related neoplasia.Keywords: Expression, methylation, neoplasia, ulcerative colitis, WNT pathway.