Şanlıurfa ili biber yetiştirme alanlarında bulunan fitoplazmaların yabancı ot konukçularının belirlenmesi ve karakterizasyonu
Characterization and determination of weed hosts of phytoplasmas in the pepper growing areas of Şanlıurfa province
Yazar: NESİBE KILIÇ
Danışman: PROF. DR. MEHMET ERTUĞRUL GÜLDÜR
Harran Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Türkiye biber üretimi açısından önemli bir yere sahip olan Şanlıurfa ili biber üretim alanlarında fitoplazma etmeni daha önce rapor edilmiştir. Bu çalışma, Şanlıurfa ili biber üretim alanlarındaki fitoplazma hastalığının alternatif yabancı ot konukçularının tespit edilmesi amacıyla yürütülmüştür. Birecik ve Haliliye ilçelerindeki biber üretim alanlarında bulunan, şiddetli kloroz, bir noktada birden fazla sürgün ve cadı süpürgesi oluşumu, sararma ve küçük yaprak oluşumu biçiminde simptom gösteren Semizotu (Portulaca oleracea), Çukurova Fenerotu (Physalis angulata L.), Tarla Sarmaşığı (Convolvulus arvensis L.), Adi Eşek Marulu (Sonchus oleraceus L.), Köpek Üzümü (Solanum nigrum L.), Horoz İbiği (Amaranthus albus L.) ve Domuz Pıtrağı (Xanthium strumarium L.) yabancı otlarından farklı sayılarda toplamda 82 adet örnek toplanmış ve fitoplazmaların saptanması için testlenmiştir. Toplanan örneklerden elde edilen total nükleik asitler R16F1/R16R0 üniversal primer çifti ile Direkt-PCR, R16F2n/R2 primerleri ile Nested-PCR ve RFLP testi yapılarak fitoplazmaların varlığı belirlenmiştir. Simptom gösteren farklı yabancı ot türlerinde toplamda 19 pozitif sonuç elde edilmiş ve toplanan örneklerdeki bulaşıklık oranı % 23.17 olarak bulunmuştur. R16F2n/R2 ürünleri çift yönlü olarak DNA dizilemesine tabi tutulmuş ve Genbank'ta kontrol edilmiştir. Sekans analizi sonuçlarına göre Tarla Sarmaşığı (Convolvulus arvensis L.) ve Semizotu (Portulaca oleracea)  örneğinden elde edilen nükleotid dizilimleri Candidatus Phytoplasma solani ile %99, Çukurova Fenerotu (Physalis angulata L.) örneğinden elde edilen nükleotid dizilimi Candidatus Phytoplasma asteris ile %99 benzerlik göstermiştir. Bu fitoplazmalar biber bitkisinde önemli enfeksiyonlar oluşturduğundan bu yabancı otların patojenin ara konukçusu olmasındaki rolü değerlendirilerek fitoplazmaların erken saptanması, fitoplazma hastalıklarının ekonomik açıdan önemli diğer kültür bitkilerine yayılmasının engellenmesinde önem arz etmektedir. Bu çalışma ile Şanlıurfa ili biber üretim alanlarında bulunan Semizotu, Çukurova Fenerotu ve Tarla Sarmaşığı bitkilerinde fitoplazma etmeninin varlığı Türkiye'de ilk kez saptanmıştır.

Abstract:
Phytoplasma agent has been reported previously in pepper cultivation areas of Şanlıurfa province, takes an important place in Turkey. This study was carried out to determine the weed hosts of phytoplasma disease in pepper production areas in Sanliurfa province.  In total, 82 samples from the weeds such as Semizotu (Portulaca oleracea), Cutleaf groundcherry (Physalis angulata L.), bindweed (Convolvulus arvensis L.), Sow thistle (Sonchus oleraceus L.), Black nightshade (Solanum nigrum L.), Pigweed amaranth (Amaranthus album L.) and Cocklebur (Xanthium strumarium L.) exhibiting symptoms such as severe chlorosis, broom withches in many shoots, small leaf formation etc. were collected. The samples were tested for the possible phytoplasma identification.  Total nucleic acid from the samples were tested via direct-PCR with R16F1/R16R0 universal primer pairs and with the nested-PCR with R16F2n/R2 primer pairs for the possible presence of phytoplasmas.  A total of 19 positive results were obtained from 82 weed samples and the infestation rate was found to be 23.17% through the collected samples. Nested-PCR products were cut with EcoRI enzyme to confirm the presence of phytoplasma agent, then R16F2n/R2 products were subjected to DNA sequencing and it was checked by BLAST analysis in GenBank. According to BLAST analysis, the nucleotide sequence of phytoplasma from purslane (Portulaca oleracea) and bindweed (Convolvulus arvensis L.), samples were 99% similar to Candidatus Phytoplasma solani, the nucleotide sequence obtained from cutleaf groundcherry (Physalis angulata L.), sample showed 99% similarity with Candidatus phytoplasma asteris. Since these phytoplasmas constitute important infections in pepper plants, the early detection of the disease has prime importance in preventing the spread of phytoplasma diseases to other economically important crop plants. The presence of phytoplasma in purslane, bindweed and cutleaf groundcherry was determined for the first time in Turkey.