Çerezlik kabaklarda (Cucurbita pepo L.) genetik polimorfizmin AFLP markörleri ile tanımlanması
Identification of genetic polymorphism in pumpkins (Cucurbita pepo L.) with AFLP markers
Yazar: ESRA AYSOY
Danışman: DOÇ. DR. FUNDA ŞENTÜRK AKFIRAT
Gebze Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Çerezlik kabak (Cucurbita pepo L.) kabakgiller (Cucurbitaceae) familyasına ait bir kabak türüdür. DNA birimindeki polimorfik kısımların belirlemesi temeline dayanan moleküler markör teknikleri, yüksek doğruluk oranına sahip olduğundan genom analizlerinde sıklıkla kullanılmaktadır. Bu tez çalışmasında 14 farklı bölgeden temin edilen 27 adet çerezlik kabak genotipi arasındaki genetik benzerlik düzeyi, hızlı ve güvenilir sonuç veren ve genomik DNA ile ilgili bir ön bilgiye gerek duyulmadığından dolayı 7 farklı AFLP markör kombinasyonu kullanılarak araştırılmıştır. PCR ürünlerinin, floresan temelli kapiller elektroforez analizleri sonucunda büyüklükleri 56-655 bp olan toplam 581 alel (pik) elde edilmiştir. Bunlar arasından polimorfik olan alel sayısı 207 (%35,6) olarak belirlenmiştir. Elde edilen 581 adet alel MVSP ve XLSTAT programları kullanılarak analiz edilmiştir. MVSP Programı kullanılarak elde edilen benzerlik indeksi ile genetik benzerliğin 0,004-0,763 aralığında olduğu belirlenmiştir. XLSTAT programı ile genetik benzerliğin 0,073-0,958 aralığında olduğu belirlenmiştir. Aynı programlar kullanılarak 27 kabak genotipinin genetik akrabalık düzeyini gösteren dendrogramlar çizilmiştir. PBİ değeri incelendiğinde 0.977623 değeri ile en yüksek PBİ değerinin M-CAg primerine; en düşük PBİ değerinin ise 0.959798 değeri ile M-CAC primerine ait olduğu belirlenmiştir. 
Çalışma sonucu elde edilen moleküler veriler, yeni geliştirilecek kabak çeşit ve hatlarının elde edilmesinde kullanılacak ebeveynlerin seçilmesinde yol gösterici olabilecek ve yeni yapılacak moleküler markör çalışmalarına da hizmet edecektir.

Abstract:
Pumpkin (Cucurbita pepo L.) is a type of squash that belongs to the Cucurbitaceae family. Since molecular marker methods are based on the principle of detecting polymorphic regions in the DNA molecule and have a high accuracy rate, they are widely used in genome analysis. 
In this thesis, the genetic similarity level between 27 pumpkin genotypes obtained from 14 different regions was investigated using 7 different AFLP marker combinations, which give fast and reliable results and don't require prior knowledge of genomic DNA. As a result of fluorescence-based capillary electrophoresis analyzes of PCR products, a total of 581 alleles (peaks) with sizes 56-655 bp were obtained. Among them, the number of polymorphic alleles was determined to be 207 (35.6%). The 581 alleles obtained were analyzed using MVSP and XLSTAT programs. It was determined that genetic similarity was in the confines of 0.004-0.763 with the similarity index obtained using the MVSP Program. Genetic similarity was determined to be in the confines of 0.073-0.958 with the XLSTAT program. Using the same programs, dendrograms were drawn showing the genetic affinity of 27 pumpkin genotypes. When the PBI value was examined, the highest PBI value with 0.977623 was found to be the M-CAg primary; The lowest PBI value was determined to belong to M-CAC primer with 0.959798 value.
Molecular data accessed as a arise of the study can guide the selection of parents to be used in obtaining the new pumpkin varieties and lines and will also serve for the new molecular marker studies.