Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezinde 2013-2018 yılları arasında izole edilen mycobacterıum tuberculosis kompleks izolatlarının değerlendirilmesi
Evaluation of mycobacterium tuberculosis complex isolates which isolated between year 2013 and 2018 at zonguldak Bülent Ecevit University Health Application and Research Center
Yazar: İLKNUR MİNDAŞ
Danışman: PROF. DR. FÜSUN CÖMERT
Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibakteriyel ajanlar = Anti-bacterial agents ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Etambutol = Etambutol ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Rifampin = Rifampin ; Streptomisin = Streptomycin ; Zonguldak = Zonguldak ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Bu çalışmada Ocak 2013-Şubat 2018 tarihleri arasında tüberküloz ön tanısıyla laboratuvara gönderilen hasta örneklerinden elde edilen Mycobacterium tuberculosis izolatlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. 
Yöntem: Hasta bilgileri kayıt defterleri ve hastane bilgi işletim sisteminden elde edildi. Örneklerin tümünün mikroskobik değerlendirmesi Erlich-Zielh-Neelsen, kültürleri Löwenstein Jensen ve BACTEC MGIT 960 sistemiyle, dört temel ilaç için duyarlılık testi BACTEC MGIT 960 ve PZR testi TB AMPLICOR (Roche Diagnostics) sistemiyle yapıldı. Veriler SPSS 19.0 programına girilerek tanımlayıcı değerlendirilmeleri yapıldı.  
Bulgular: Belirtilen tarihler arasında 7842 hasta örneği (%72.7 akciğer, %15.4 steril vücut sıvısı, %6.1 doku ve %5.7 idrar) incelenmiştir. Örneklerin %2.7'sinde EZN boyama ile pozitiflik belirlenmiştir. Kültür pozitif tespit edilen 380 örneğin 90 (%23.7)'ının kadın hastalara, 290 (%76.3)'ının erkek hastalara ait olduğu belirlenmiştir. Kültür pozitifliğinin erkek hastalarda ve 65 yaş üzeri hastalarda istatistiksel olarak belirgin düzeyde yüksek  (p<0.001) olduğu bulunmuştur. Akciğer örneklerinde %5.9, steril vücut sıvısı örneklerinde %1, doku örneklerinde %5.1 ve idrar örneklerinde %0.7 kültür pozitifliği belirlenmiştir. Her iki kültür yöntemi ile pozitiflik oranı %4.8 bulunmuş, 2013-2018 yılları arasında pozitif kültür oranlarında istatistiksel olarak anlamlı azalma olduğu belirlenmiştir. Kontaminasyon oranları LJ ve MGIT 960 için sırasıyla %1.9 ve %2.4 olarak belirlenmiştir.  PZR testi istemi olan 303 örneğin beşi pozitif bulunmuş ve tümünün kültüründe üremesi olmuştur. PZR negatif bulunan 9 örnek kültür pozitif tespit edilerek tüberküloz bildirimi yapılmıştır. Streptomisin (STR), etambutol (EMB), izoniazid (INH) ve rifampin (RIF) dirençleri sırasıyla %9.5, %1.5, %15.9 ve %1.1 olarak belirlenmiştir. Sekiz izolat STR+INH, 3 izolat RIF+INH, 1 izolat RIF+STR, 1 izolat STR+EMB, 4 izolat EMB+INH ve 1 izolat INH+RIF+STR'ye dirençli bulunmuştur.
Sonuç: 2013-2018 yılları arasında pozitif kültür oranlarında istatistiksel anlamlı azalma olduğu belirlenmiş, kültür pozitifliği erkek hastalarda ve 65 yaş üzeri hastalarda istatistiksel olarak belirgin düzeyde yüksek bulunmuştur. En yüksek direnç oranı izoniazide karşı bulunmuştur. Çok ilaca dirençli (INH+RIF)  üç izolat (%0.7) tespit edilmiştir. 
Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, Löwenstein Jensen, MGIT 960, ilaç duyarlılık testi

Abstract:
Aim: In this study, it was aimed to evaluate the Mycobacterium tuberculosis isolates obtained from the patients' specimens sent to the laboratory with the pre-diagnosis of tuberculosis between January 2013 and February 2018.
Method: Patients' information was obtained from registry and hospital information operating system. Microscopic evaluation of all specimens was performed with Erlich-Zielh-Neelsen, specimens were cultured with Löwenstein Jensen and BACTEC MGIT 960 system, tested by BACTEC MGIT 960 for sensitivity to four basic drugs and PCR test was performed with TB AMPLICOR (Roche Diagnostics) system. Data were entered into SPSS 19.0 program and descriptive evaluations were made. 
Results: Among the mentioned dates, 7842 patient specimens (72.7% lung, 15.4% sterile body fluid, 6.1% tissue and 5.7% urine) were examined. 2.7% of the specimens were positive with EZN staining. Of the 380 culture positive specimens, 90 (23.7%) were found to be female patients and 290 (76.3%) were male. Culture positivity was found to be statistically significantly higher in male patients and in patients 65 years and older (p <0.001). Tuberculosis positivity was 5.9% in lung specimens, 1% in sterile body fluid specimens, 5.1% in tissue specimens and 0.7% in urine specimens. The rate of positivity was found to be 4.8% by both culture methods, and it was determined that there was a statistically significant decrease in positive culture rates between 2013-2018. Seven patients who were found to be negative with LJ were positive with MGIT 960 culture method. Contamination rates were found to be 1.9% and 2.4% for LJ and MGIT 960, respectively. Five of the 303 specimens with the PCR test request were positive and all of them were grown in culture. Nine specimens with negative PCR were identified positive for culture and tuberculosis was reported. STR, EMB, INH and RIF resistances were determined as 9.5%, 1.5%, 15.9% and 1.1% respectively. 8 isolates were found to be resistant to STR + INH, 3 isolates RIF + INH, 1 isolate RIF + STR, 1 isolate STR + EMB, 4 isolates EMB + INH and 1 isolate INH + RIF + STR.
Results: There was a statistically significant decrease in positive culture rates between 2013-2018. Culture positivity was found to be statistically significantly higher in male patients and in patients 65 years and older. The highest resistance rate was found against isoniazide. Three isolates (0.7%) were found to be multidrug resistant (INH + RIF).
Keywords: Mycobacterium tuberculosis, Löwenstein Jensen, MGIT 960, drug susceptibility testing