Bazı nocardioform izolatların 16S rRNA, rpoB ve gyrB gen dizi analizleri ile moleküler sistematiği
Moleculer systematic of some nocardioform isolates by 16S rRNA, rpoB and gryB gene sequencing analyses
Yazar: FADİME ÖZDEMİR KOÇAK
Danışman: DOÇ. DR. KAMİL IŞIK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Gordonia, Nocardia, Kribbella ve Nocardioides izolatlarının tanımlanması multilokus sekans analizleri (MLSA); 16S rRNA (16S), DNA girazın ß alt ünitesini kodlayan tip II DNA topoizomeraz (gyrB) ve RNA polimerazın ß alt ünitesini kodlayan (rpoB) bölgeleri ile gerçekleştirilmiştir. Yirmiüç nocardioform test izolattan 16'sı Nocardia, 2'si Gordonia, 4'ü Kribbella ve 1'i Nocardioides olan toprak izolatları ve akraba tip türleri çalışmaya dahil edilerek MLSA analizleri uygulanmıştır. İzolatların moleküler tiplendirilmesi, mikolik asit profili ve morfolojik özelliklerle de desteklenmiştir.İlgili gen bölgeleri için (16S rRNA, gyrB ve rpoB) tip türlerinin nükleotit sekans verileri, NCBI, DDBJ ve EMBL gibi veri bankalarından elde edilmiştir. MLSA veri seti least-squares, maximum-parsimony ve neighbour-joining algoritmlerı ile MEGA 4.1 ve PHYLIP programları kullanılarak analiz edilmiştir. Filogenetik analizlerde yüksek boostrap değerleri ile test suşları desteklenmiştir. MLSA gen bölgelerinin filogenetik analizleri sonucunda; FMN18, Nocardia speluncae'a, FSN27, N. takadensis tip türüne; FMN22, Kribbella swartbergensis'e, FSN23 K. hippodromi tip türlerine ve FMN08 nolu izolatında Nocardioides albus tip türüne akraba oldukları belirlenmiştir.MLSA yaklaşımları, toprak izolatlarının olası yeni birer tür olarak tanımlanmaları için başarıyla uygulanmış ve mevcut Nocardia, Kribbellla ve Nocardioides taksonomisine katkıda bulunması beklenmektedir. Aynı zamanda MLSA yaklaşımları, geleneksel yöntemlerle tanımlaması zor olan Nocardioform izolatların belirlenmesinde oldukça yararlı olduğu görülmüştür.

Abstract:
Identification of Gordonia, Nocardia, Kribbella and Nocardioides izolates were achieved through multilocus sequence analysis (MLSA) of 16S rRNA (16S), type II DNA topoisomerase coding DNA gyrase of the ß subunit (gyrB) and ß subunit of RNA polymerase (rpoB). Of the total 23 Nocardioform test organisms consist of 16 Nocardia, 2 Gordonia, 4 Kribbella ve 1 Nocardioides isolated from the soil samples including also releated type species were the subject of MLSA analyses. Molecular typing of the isolates were also supported by mycolic acid profile and morphological features.The nucleotide sequence information of the type strains for the corresponding gene locus (16S rRNA, gyrB and rpoB) are retrieved from universal databeses including NCBI, DDBJ and EMBL. MLSA datasets were cooperatively analysed using MEGA 4.1 and PHYLIP using least-squares, maximum-parsimony and neighbour-joining algoritms. Test organisms were supported to highest bootstrap value according to phylogenetic analysis. MLSA were unravelled close phylogenetic relationship for FMN18, FSN27 soil isolates to Nocardia speluncae and N. takadensis type strains respectively and FMN22, FSN23 isolates to the type strains Kribbella hippodromi and K. swartbergensis of genus Kribbellla and FMN08 isolate to Nocardioides albus type strains.MLSA approach was successfully applied for species identification from soil isolates and contributed present knowledge of Nocardia, Kribbella and Nocardioides taxonomy. At the same time, it is seen that MLSA approach is so convenient to idendify having the difficulties in conventional identification of Nocardioform izolates.