Candida parapsilosis kompleksine ait suşların moleküler karakterizasyonu ve antifungal direnç profilinin belirlenmesi
Molecular characterization of isolates belonging to candida parapsilosis species complex and determination of their antifungal resistance profiles
Yazar: CANER YÜRÜYEN
Danışman: PROF. DR. GÜLDEN ÇELİK
Yeditepe Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Antifungal duyarlılık testleri = Antifungal sensitivity tests ; Kandida = Candida ; Mayalar = Yeasts ; Mycosis fungoides = Mycosis fungoides ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Bu projenin amacı mayaların sebep olduğu sistemik mikozlarda en sık görülen etkenler arasında yer alan Candida parapsilosis kompleks suşlarının moleküler karakterizasyonu ile tür ayrımının yapılması ve bu türlerin antifungal duyarlılıklarının belirlenmesidir.
Gereç ve yöntemler: İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi ve Yeditepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarlarına 2009-2015 yılları arasında gönderilen klinik örneklerden izolen edilen ve bioMérieux ID 32C veya Vitek 2™ YST maya identifikasyon sistemleri ile Candida parapsilosis kompleks olarak tanımlanan 95 suş çalışmaya dahil edilmiştir. Moleküler karakterizasyon SADH gen bölgesinin PCR-RFLP yöntemi ile incelenmesi ile sağlanmıştır. İdentifikasyon aşamasında problem yaşanan ya da identifikasyonundan şüphe edilen suşlara ve referans suşlara ITS bölgesi dizilemesi uygulanmıştır. Antifungal duyarlılık deneyi Vitek 2™ AST-YS06 kitleri yapılmıştır.
Bulgular: Çalışılan 95 suşun 94 tanesi C.parapsilosis sensu stricto olarak saptanırken sadece bir tanesi C.orthopsilosis olarak saptanmıştır. C.orthopsilosis'in identifikasyonu deneyde kullanılan yöntemle elde edilemediği için identifikasyon dizileme ile sağlanmıştır. C.orthopsilosis denenen antifungallerin tamamına duyarlı saptanırken, C.parapsilosis sensu stricto'lar arasında bir suş amfoterisin B'ye, bir suş flukonazole, bir diğeri ise hem flukonazole hem de vorikonazole dirençli saptanmıştır.
Sonuç: Çalışmada sadece bir C.orthopsilosis saptanması ve hiç C.metapsilosis saptanmaması bu türlerin nadir rastlanan türler olduğunu göstermektedir. C.orthopsilosis'in identifikasyonunda, PCR-RFLP yönteminin yetersiz kalması bu yöntemin daha çok suşla test edilmesi gerekliliğini göstermektedir. C.parapsilosis sensu stricto dışında kalan türlerin sayıları yetersiz olduğundan antifungal duyarlılık açısından karşılaştırma yapılamamıştır. Bununla birlikte C.parapsilosis sensu stricto'lar arasında flukonazol ve amfoterisin-B'ye karşı dirençli suşların varlığı antifungal direnç konusunda dikkatli olunması gerektiğini göstermektedir. Bu türlerin identifikasyonu için genetik yöntemler kullanılarak yapılan çalışmaların rutin laboratuvar şartlarında anlamı tartışmalıdır. Yine de bu üç türün izolasyon oranları ve antifungal duyarlılıkları epidemiyolojik açıdan türlerin gösterdiği değişikleri takip edebilmek adına izlenmelidir.

Abstract:
Objective: This project's objective was to differentiate among species of Candida parapsilosis complex, which is one of the leading causes of systemic mycoses, through molecular characterization and was to determine their antifungal resistance pattern.
Materials and Methods: The 95 isolates, which were identified as Candida parapsilosis complex with bioMérieux ID 32C and Vitek 2™ YST yeast identification systems in clinical laboratories of İstanbul University İstanbul Medical Faculty and Yeditepe University Medical Faculty between 2009-2015, were included in this project. Molecular characterization was achieved with PCR-RFLP method of SADH gene region of isolates. Isolates whose experiment was not succesful or isolates whose identificaitons were doubtful were checked with ITS region sequencing along with type strains. Antifungal susceptibility testing was done with Vitek 2™ AST-YS06 card.
Results: Out of 95 isolates 94 were identified as Candida parapsilosis sensu stricto and only one isolate was identified as C.orthopsilosis and it was achieved through sequencing as PCR-RFLP method didnt yield any result. C.orthopsilosis was susceptible against all tested antifungal agents. One isolate among C.parapsilosis sensu stricto isolates was found resistant to amphotericin B, one to fluconazole and another one to both fluconazole and voriconazole.
Conclusions: Isolation rates of C.orthopsilosis and C.metapsilosis in this study shows that they are rare species. Due to the fact that PCR-RFLP was unsuccesful in identifying C.orthopsilosis more studies with this method and more isolates should be conducted. Unfortunately it was not possible to compare antifungal susceptibility patterns of different species given their isolation rates. However, resistance against fluconazole and amphotericin B among C.parapsilosis sensu stricto isolates shows the need to be careful about antifungal susceptibility. As a result it can be stated doing molecular identification tests for these species in a routine laboratory practice becomes arguable. Nevertheless following their isolation rates and antifungal resistance patterns holds its value for epidemiologic purposes.