Buzağı ishallerinde rol oynayan enterotoksijenik escherichia coli türlerinin araştırılması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Investigation of enterotoxigenic  escherichia coli species which take role in calf diarrhea and detection of their antimicrobial susceptibility
Yazar: İHSAN BARIŞ AŞCI
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ KIRKAN
Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Aydın = Aydın ; Buzağılar = Calves ; Diyare = Diarrhea ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Hayvan hastalıkları = Animal diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sığırlar = Cattles

Özet:
Araştırmamızda Aydın ili, buzağı işletmelerinde bulunan ishal gibi klinik bulguları mevcut olan buzağılardan enterotoksijenik Escherichia coli identifikasyonunun fenotipik ve genotipik yöntemlerle tespiti, izole edilen suşların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Araştırma materyalini Eylül-Aralık 2015 tarihleri arasında, Aydın ili ve çevresinde bulunan sığır işletmelerinde bulunan ishal semptomu gözlenen 50 adet buzağı oluşturmuştur. İshalli buzağılardan alınan toplam 50 adet dışkı svabı soğuk zincir altında Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarlarına getirilmiştir. Svap örneklerinden fenotipik yöntemlerle E. coli identifikasyonları yapılmıştır. E. coli olarak identifiye edilen izolatlar genotipik olarak PCR ile doğrulanmış ve enterotoksijenik E. coli varlığı da PCR ile araştırılmıştır. Araştırmanın son aşamasında identifiye edilen E. coli suşlarının disk difüzyon yöntemi ile antibiyogramları yapılmıştır. İncelenen 50 adet rektal svap örneğinin 47 (% 94) adedinden E. coli izolasyon ve identifikasyonu gerçekleştirildi. E. coli spesifik primerler kullanılarak gerçekleştirilen PCR sonrasında incelenen toplam 47 E. coli izolatının hepsi (% 100) uidA geni açısından pozitif olarak saptanmıştır. Moleküler olarak doğrulanan E. coli suşları, ETEC spesifik est1B gen varlığı açısından araştırıldığında sadece 1 (% 2) adet suş enterotoksijenik E. coli olarak saptanmıştır.  Antibiyogram testleri sonucunda E.coli izolatlarının Gentamisin'e % 89, Sefoperazon'a % 61, Amoksisilin- Klavulanik asit'e % 51, Danofloksasin'e % 44, Enrofloksasin'e % 42 oranlarında duyarlı ve Penisilin G'ye ve Eritromisin'e % 100, Tetrasiklin'e ve Trimetoprim-Sulfometoksazol'e % 80, Kanamisin'e ise % 76.5 oranlarına dirençli olduğu saptanmıştır. 
Sonuç olarak araştırmamızda ishalli buzağılardan alınan rektal svap örneklerinden fenotipik ve genotipik yöntemlerle % 94 oranında E. coli ve bu izolatların  % 2'sinden ETEC identifiye edilmiştir. E. coli izolatların antibiyogram testleri sonucunda çoklu antibiyotik direnci geliştiği gözlemlenmiştir.

Abstract:
The scope of this study was determination of enterotoxigenic Escherichia coli identification by detection of phenotypic and genotypic methods and determination of antibiotic susceptibilities of isolated strains from animals which had clinical findings such as diarrhea in Aydın province. Between September-December 2015, 50 calves with diarrhea symptoms were found in cattle farms in and around Aydın province. A total of 50 stool swabs taken from diarrheal calves were brought to the laboratory of the Department of Microbiology and Microbiology at the Adnan Menderes University Veterinary Faculty under the cold chain. Identification of E. coli was carried out by phenotypic methods from swab samples. The isolates identified as E. coli were genotypically confirmed by PCR and the presence of enterotoxigenic E. coli was also investigated by PCR. Antibiograms of E. coli strains identified in the last phase of the study were made by disk diffusion method. Isolation and identification of E. coli from 47 (94%) of 50 rectal swab samples examined. A total of 47 E. coli isolates (100%) examined after PCR using E. coli specific primers were found to be positive for uidA gene. Molecularly confirmed E. coli strains were identified as only 1 (2%) strains of enterotoxigenic E. coli when examined for the presence of ETEC-specific est1B gene. Antibiogram tests revealed that E. coli isolates were sensitive to 89% for Gentamycin, 61% for Cefoperazone, 51% for Amoxicillin-Clavulanic Acid, 44% for Danofloxacin, 42% for Enrofloxacin and Penicillin G and Erythromycin 100%, tetracycline and trimethoprim-sulfomethoxazole to 80% and Kanamycin to 76.5%. 
As a result, 94% of  E. coli and 2% of these isolates were identified by phenotypic and genotypic methods from rectal swab samples taken from diarrheal calves in our study. In conclusion of antibiogram tests of E. coli isolates, multiple antibiotic resistance development was observed.