Farklı kaynaklardan izole edilen salmonella suşlarında virulans faktörlerin genotipik olarak incelenmesi
Genotypic investigation of virulence factors in salmonella strains isolated from different sources
Yazar: MERVE GÜLENER
Danışman: PROF. DR. AYTEN ERDEM
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Enterobacteriaceae üyesi olan Salmonella cinsi bakteriler, insan ve diğer birçok memeli türünde hastalık etkenidir. Salmonella serotipleri gastroenterit, tifo, bakteriyemi, lokal enfeksiyonlar ve yaşam boyu taşıyıcılık gibi geniş bir hastalık spektrumuna yol açabilmektedir. Salmonella serotiplerinin insan ve hayvanlarda enfeksiyon yapabilmesi virulans genlerin kodlanmasına bağlıdır. İnvazyondan, hücre içinde canlılığını sürdürebilmesinden ve ekstraintestinal yayılımdan sorumlu olan genler Salmonella patojenite adaları (SPA) içinde yer alır. 21 patojenite adası içinde yerleşim gösteren Salmonella virulans gen kümelerinden, enfeksiyonun intestinal fazını kapsayan virulans genleri SPA-1 ve SPA-2'de yer almakta; fimbriya oluşumu, magnezyum ve demir kazanımı, toksin üretimi, çoklu antibiyotik direnci ve sistemik enfeksiyon oluşumu için gerekli olan virulans faktörlerini kodlayan genler diğer SPA'lar içinde bulunmaktadır. 
Çalışmamız kapsamında, kıyma (18), deniz suyu (14) ve klinik örneklerden (3) izole edilmiş Salmonella bakterilerinin ve standart bakterisinde invA, prgH, spvC, sopB, iroN, sitC, sifA, pefA, spvB, stn, spvA ve spiC virulans genlerinin multipleks PZR yöntemi ile tespit edilmesi amaçlanmıştır. 
Kıyma, deniz suyu ve klinik örneklerden izole edilmiş Salmonella bakterilerinin % 100'ünün invA, prgH, iroN, sitC, sifA, spiC ve spvB genlerini taşıdığı tespit edilmiştir.
Deniz suyu ve klinik örneklerden izole edilmiş Salmonella  bakterilerinin % 100'ünün, kıymadan izole edilmiş 18 bakterinin 17'sinin (% 94.4) sopB genini taşıdığı saptanmıştır. 
Kıymadan izole edilmiş 18 Salmonella bakterisinin üç tanesinin (% 16.6) spvC genini taşıdığı ancak, deniz suyu ve klinik örneklerden izole edilmiş bakterilerinin hiçbirinin (% 0) ise bu geni taşımadığı tespit edilmiş tespit edilmiştir. 
Klinik örneklerden izole edilmiş Salmonella bakterilerinin pefA ve stn genlerini  taşıdığı, kıyma ve deniz suyundan izole edilmiş Salmonella bakterilerinin ise taşımadığı saptanmıştır. 
Kıyma, deniz suyu ve klinik örneklerden izole edilmiş Salmonella  bakterilerinin spvA genini taşımadıkları saptanmıştır.
Sonuçlar değerlendirildiğinde, bakterilerin taşıdıkları virulans genleri ve bu genlerin dağılımları izole edildikleri kaynağa göre farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. Klinik örneklerden izole edilmiş Salmonella suşlarına benzer olarak gıda ve çevresel kaynaklı suşların da insanlarda enfeksiyona neden olabileceği belirlenmiştir. Ayrıca, incelenen Salmonella bakterilerinde klinik örneklerden izole edilmiş suşların daha patojen olduğu saptanmıştır. 
Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar, patojen serovarların evriminin anlaşılmasına ve Salmonella patogenezindeki farklılıklarda Salmonella patojenite adalarının rolünün daha iyi anlaşılmasına ve daha sonraki epidemiyolojik çalışmalara katkıda bulunacaktır.

Abstract:
The genus Salmonella, which is a member of Enterobacteriaceae family, is a disease agent in human and many other mammalian species. Salmonella serotypes may cause a wide spectrum of diseases ranging from gastroenteritis, typhoid fever, bacteriemia, local infections, to lifetime carrier state. Salmonella serotypes infections in human and animals is depend on virulence genes encoded. The responsible virulence genes for invasion, survival, and extraintestinal spread are located in Salmonella pathogenicity islands (SPIs). Salmonella virulence gene clusters located in 21 SPI that are involved in the intestinal phase of infection are located in SPI-1 and SPI-2 and the remaining SPIs are required for intracellular survival, fimbrial expression, magnesium and iron uptake, multiple antibiotic resistance and the development of systemic infections.
The purpose of this study was to determine invA, prgH, spvC, sopB, iroN, sitC, sifA, pefA, spvB, stn, spvA and spiC virulence genes in standard Salmonella enterica serovar Typhimurium ATCC 14028 strain and in Salmonella bacteria which are isolated from minced meat samples (18), seawater samples (14), clinical sources (3) by using multiplex PCR.
invA, prgH, iroN, sitC, sifA, spiC and spvB genes were found in all of the Salmonella isolates from minced meat samples, seawater samples and clinical sources. 
It has been detected that sopB gene was found in all of the Salmonella isolates obtained from seawater samples and clinical sources whereas in all but one of the Salmonella isolates (% 94.4) was obtained from minced meat samples. 
It has been determined that spvC gene was present in the three out of the 18 Salmonella isolates (% 16.6) from minced meat samples but was not found in any Salmonella isolates from seawater samples and clinical sources. 
It has been established that pefA and stn genes were not present in any Salmonella isolates from minced meat samples and seawater samples but were found in Salmonella isolates from clinical sources. 
It has been detected that spvA gene was absent in any Salmonella isolates from minced meat samples, seawater samples and clinical sources. 
When the results are evaluated, it has been detected that the virulence genes in bacteria and the distribution of these genes in bacteria have differences depending on their source of isolation. It has been determined that as in the Salmonella isolates from clinical sources, isolates from food and seawater samples can cause the infection in human and animals. Additionally, Salmonella isolates from clinical sources were found out as the most pathogen. 
The results of obtained from this study will contribute to the understanding of the evolution pathogenetic serovars, the role of Salmonella pathogenicity islands in the differences of Salmonella pathogenesis and further epidemiological studies.