Küçük molekül ağırlıklı sıçan idrar proteinlerinin karakterizasyonu
Characterization of small molecular weight rat urine proteins
Yazar: FATMA GÜL TANRIKULU
Danışman: YRD. DOÇ. SEVİL AKSU
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
Bu çalışma, Wistar tipi erkek sıçanın idrarında bulunan düşük molekül ağırlıklı proteinlerin ve bunların izoformlarının araştırılması amacıyla yapılmıştır. Deneyler için 2 adet sağlıklı erkek Wistar sıçanı kullanılmıştır. Sıçan idrarlarında bulunan proteinler iki boyutlu jel elektroforezi yöntemiyle birbirlerinden ayrılarak saflaştırılmıştır. İdrar örneklerinde bulunan düşük molekül ağırlıklı proteinlerden iki boyutlu jellerde görünür hale getirilebilen 29 adet spot tanımlanmıştır. Bunların tanımlanması için MALDI-TOF-kütle spektrometri yöntemi kullanılmıştır. Kütle ölçümleriyle her bir spot için peptid kütle parmak izi (PMF) spektrumları elde edilmiştir. Spektrumlardan yararlanarak bir protein veri tabanı olan Mascot?ta taramalar sonucunda, spotlarda bulunan proteinler tanımlanmıştır. 19 spot ?2u-globulin, diğer 10 spot çeşitli proteinler ile eşleşerek sonuç vermiştir.
Proteinlerin büyük bir çoğunluğu ?2u-globulin proteini ile eşleştiğinden dolayı, bunların sahip olabilecekleri sekans dizileri araştırılmıştır. Bu araştırma için NCBI (National Center for Biotechnology Information) veri tabanı kullanılmıştır. Bu veri tabanında, ?2u-globulin proteini için verilmiş olan ve aminoasit farklılıkları bulunan 15 adet kayıtın sekans dizilerine göre, spotların hangi sekansla eşleştiği araştırılarak tespit edilmeye çalışılmıştır. Spektrumlarda tespit edilen peptid piklerine göre farklı sekanslar arasından her bir spotun olası protein izoformları için ayırım yapılabilmiştir. Birçok spotun PMF sonuçları ile seçilmiş peptidleri alınan MS-MS sonuçları ile de desteklenmiştir.

Abstract:
In this study was made to investigate small molecular weight proteins and their isoforms were invetigated in male Wistar rat urine. Two healthy Wistar rats were used for the experiments. Proteins found in the urine of rats were separated and purified with the two-dimensional gel electrophoresis technique. Out of the small molecular weighted proteins found in the urine samples twenty nine of the spots visualised on two dimensional gels were identified. For identification of them MALDI-TOF mass spectrometry was used. Measuring masses we will get peptide mass fingerprint spectra for each spot. Proteins found in the spots were identified using the data reached from the spectra by searching in the protein database MASCOT. 19 spots matched with ?2u-globulin and the other 10 spots matched with various other proteins.
Because most of the proteins matched with ?2u-globulin, it was examined in which sequence they are. For this examination the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database was used. It was tried to determine the sequences matching with the proteins found in the spots according to the 15 recorded sequences for the ?2u-globulin protein with aminoacid differences. According to the detected peptide peaks in the spectra, for each spot separation of possible protein izoforms within different sequences could be done. For a lot of spots the PMF results were supported with the MS/MS results taken for selected peptides.