Sert çekirdekli meyve türlerinde viral hastalık etmenlerinin RT-PCR yöntemi kullanılarak belirlenmesi
RT-PCR method of viral disease agents in stone fruit speciesdetermining using
Yazar: MERVE KAFA
Danışman: DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Meyve ağaçları gibi çok yıllık odunsu bitki türleri vejetatif çoğaltma ve aşılama yoluyla bulaşan birçok virüs tarafından enfekte edilir. Viral hastalıklar ürün kalitesi ve verimde düşüşe neden olmakta, meyve bahçelerinin ekonomikömrünü kısaltıp ciddi kayıplara yol açmaktadır. Bu çalışmada, sert çekirdekli meyve ağaçlarında enfeksiyon yapan, 17 adedi son yıllarda yüksek kapasiteli dizileme ile keşfedilmiş, 30 farklı virus etmeni, Türkiye'nin 8 ilinden (Aksaray, Ankara, Bursa, Çanakkale, Edirne, İstanbul, Kayseri, Konya) toplanan kiraz, vişne, badem, kayısı, erik ve şeftali örneklerinde Reverse Transkriptaz-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi kullanılarakaraştırılmıştır. Toplam 293 bitki test edilmiş olup, bunlardan 49'unun (% 16,72) 11 virüs türüiçin pozitif olduğu belirlenmiştir. Örneklerde apricot vein clearingassociated virus (AVCAV) (14 pozitif örnek), prunus virus F (PRVF) (7), apple mosaic virus (APMV) (7),peach associated luteo virus (PaLV) (7), apricot latent virus (APLV) (5), asian prunus virus 2 (APV2) (3), prunus necrotic ring spot virus (PNRSV) (1), plum bark necrosis stem pitting associated virus (PBNSPaV) (1), cherry green ring mottle virus (CGRMV) (1), prunus dwarf virus (PDV) (1), american plum line pattern virus (APLPV) (1) tespit edilmiştir. RT-PCR'da kontrol olarak; ribulose-1,5-bisphospate carboxylase/oxygenase (rubisco) gene (RBCLgene) (685-868 nt) ve plum pox viru s(PPV) (9196-9506 nt) kullanılmıştır. Bu çalışmada tespit edilen AVCAV, PRVF, PaLV, APLPV ve APV2 Türkiye'de ilk kez tespit edilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Sert Çekirdekli, Virüs, RT-PCR, Sanger Dizileme

Abstract:
Perennial woody plant species such as fruit trees are infected by many viruses transmitted through vegetative propagation and grafting. Viral diseases cause a decrease in product quality and yield, shorten the productive life of orchards and cause serious economic losses. In this study, 30 different virus agents infecting stone fruit trees, 17 of which have been discovered by high capacity sequencing in recent years, were studied. Samples were collected from cherries, sour cherries, almonds, apricots, plums and peaches from 8 provinces of Turkiye (Aksaray, Ankara, Bursa, Çanakkale, Edirne, İstanbul, Kayseri, Konya). Samples were screenedusingthereversetranscriptasepolymerasechainreaction (RT-PCR) method. A total of 293 plants were tested and 49 of them (16.72%) were found to be positive for 11 virus types. Examp lesinclude apricot vein clearing–associated virus (AVCAV) (14), prunus virus F (PRVF) (7), apple mosaic virus (APMV) (7), peach associated luteovirus (PALV) (7), apricot latent virus (APLV) (5), asian prunus virus 2 (APV2) (3), prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) (1), plum bark necrosis stem pitting associated virus (PBNSPaV) (1), cherry green ring mottle virus (CGRMV) (1), prunus dwarf virüs (PDV) (1), american plum line pattern virus (APLPV) (1) were detected using RT-PCR. As control, ribulose-1,5-bisphospate carboxylase/oxygenase (rubisco) gene (rbclgene) (685-868 nt) and plum pox virus (ppv) (9196-9506 nt) wereused. The viruses AVCaV, PRVF, PaLV, APLPV and APV2 were first time reported in Turkiye. 

Keywords: Stone Fruıt, Virus, Rt-Pcr, Sanger Sequencing