BRCA1 geninde saptanan DNA varyantlarının protein fonksiyonları ile ilgisi
The relation of the protein functions with the DNA variants detected in the BRCA1 gene
Yazar: BERKAY KIRNAZ
Danışman: PROF. DR. AFİG BERDELİ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Moleküler tekniklerin gelişmesi ile hücre biyolojisi son yıllarda çok fazla önem kazanmıştır. Birçok hastalığın ve özelliklede çağımızın hastalığı olarak kabul edilen kanser hastalığının nedeni ve etkin tedavi yöntemlerinin araştırılımasında moleküler biyolojinin önemi artmıştır. Bu tez çalışmasında son yıllarda dünyada ve ülkemizde artan meme kanseri vakalarının kalıtsal ve moleküler kısmı çalışıldı.
Meme kanseri bir çok faktöre bağlı olarak gelişebilen bir kanser türüdür. Yapılan araştırmalarda meme kanserinin genetik faktörünün önemini ortaya çıkardı ve meme kanseri ile ilişkili mutasyon ve polimorfizmler saptanmaya başlandı. Bu çalışmada da meme kanserine bağlı varyantlar incelenmiştir.
 Son yıllarda meme kanseri üzerinde yapılan çalışmalar, BRCA1 adı verilen tümör baskılayıcı protein kodlayan bir gen bölgesi üzerinde yoğunlaşmıştır. BRCA1 17q21 kromozomu üzerinde bulunan 1863 amino asit kodlayan bir gen bölgesidir.24 tane ekzon bölgesi vardır. En önemli görevi  DNA tamir mekanizmasında görev almasıdır.. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi Moleküler Tıp birimine gelen kişilerden rastgele seçilen 25 kişinin DNA sı ile çalışıldı.
       İlk olarak kan ürünlerinden DNA izolasyonu yapıldı ardından PCR yöntemi ile ilgili gen bölgesi çoğaltıldı. Çoğaltılan bölgelere enzim kesimi uygulandı ve Sanger Dizi Analizi yöntemi ile BRCA1 ait sekanlar elde edildi. Kullanılan uygun bilgisayar programı ile bu sekansların araştırılması sağlandı. Bu çalışma sonucunda  14 farklı DNA varyantı saptandı. Bu saptanan DNA varyantları HGMD verilerine göre değerlendirildi ve 6 tane mutasyon 8 tane polimorfizm bulunduğu kaydedildi. Bulunan 8 polimorfizmden  4 tanesi ilk defa saptanan varyantlar oluduğu anlaşıldı. Bu 4 varyantın araştırılması meme kanseri hakkında bize yeni bilgiler kazandıracağı düşüncesindeyiz.
9  Pro871leu, 11 Glu1038Gly,  13 Lys1183Arg,  13  ser694ser, 8  leu771leu, 8  Gln356Arg, 5   Ser1436Ser, 4  Ser1636Gly, 10  Ser1613Gly, 5  3'UTR+421, 1 Ser1040Asn, 7  549-48 delT, 1 er tane IVS6+39, 41,44  varyantları tespit edildi. Ser1613Gly mutasyonu HGMD verilerinde bulunmamaktadır.
Sonuç olarak bu araştırmadan elde edilen veriler BRCA1 geni üzerinde yapılacak ileriki çalışmalarla desteklendiğinde meme kanserinin tedavisinde kişiye özel tedavinin geliştirilebileceği ve daha etkin bir tedavinin uygulanbileceğini düşünmekteyiz.

Abstract:
Cell biology has become more of an issue recently in conjunction with the development of the molecular techniques. The importance given to the molecular biology on the investigation of several diseases' and especially cancer's -the disease of our time- reasons and their effective treatment methods has been scaled up. In this thesis study the genetic and the molecular side of the breast cancer cases, which have been recently increased, were studied.
The breast cancer is a cancer type that is able to progress depending upon several impacts. The conducted studies have revealed that the genetic factors have a significant effect on the breast cancer. As a result of these studies it has been started to be detected some mutations and polymorphisms regarding the breast cancer. Therefore the variants related to the breast cancer were investigated in this study. The studies about the breast cancer in the recent years have focused more on a gene zone called BRCA1 that encodes tumor suppressor protein. BRCA1 is a gene region that is located on chromosome 17q21 and it encodes 1863 amino acids. There are 24 exons on the related gene. The most important role of the gene is that it is involved in DNA repairing mechanisms
14 different DNA variants have been detected in the study that was conducted with the randomized chosen 25 people who submitted to the Ege University Medical Faculty Children's Hospital – Department of Molecular Medicine. 4 of these variants have been detected for the first time and we consider that the detailed investigation of these 4 variants will provide new information about the breast cancer.
Firtly the DNA isolation was performed from the obtained samples and this related gene region was replicated with PCR method. The enzyme cutting was implemented on the replicated regions and the sequences belongs to the BRCA1 gene were obtained by using Sanger Sequence Analysis Method. As a result of this study 14 different DA variants were detected. The detected DNA variants were evaluated according to HGMD. It was recorded that 6 mutations and 8 polimorphisims had been found. 4 of these variants have been detected for the first time and we consider that the detailed investigation of these 4 variants will provide new information about the breast cancer.
9  Pro871leu, 11 Glu1038Gly,  13 Lys1183Arg,  13  ser694ser, 8  leu771leu, 8  Gln356Arg, 5   Ser1436Ser, 4  Ser1636Gly, 10  Ser1613Gly, 5  3'UTR+421, 1 Ser1040Asn, 7  549-48 delT, 1 er tane IVS6+39, 41,44 variants has been detected. Ser1613Gly mutation is not recorded in HGDM database.
       Finally we suggest that when the results regarding this study are supported with the further studies on BRCA1 gene, personalized treatment will be able to be developed for the breast cancer.