Over kanserli aile bireylerinde tüm genom mirna moleküllerinin araştırılması
Investigation of whole genome mirna molecules in ovarian cancer patients and their family members
Yazar: ŞEREF BUĞRA TUNÇER
Danışman: PROF. DR. HÜLYA YAZICI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Kanser Genetiği Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: BRCA1 = BRCA1 ; BRCA2 = BRCA2 ; Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; DNA-neoplazm = DNA-neoplasm ; Genom = Genome ; Mikro RNA = Micro RNA ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Over neoplazmları = Ovarian neoplasms ; Over neoplazmları = Ovarian neoplasms

Özet:
Over kanseri, jinekolojik kanser türleri arasında malignite ve mortalite oranı yüksek olan ve en sık görülen ikinci jinekolojik kanserdir. Hastalar genellikle ileri evrelerde teşhis edilir ve 5 yıllık sağkalım oranı %40'dan azdır. Bu nedenle, günümüzde erken teşhisi sağlayacak biyobelirteçlerin ve daha akıllı tedavi seçeneklerinin geliştirilmesine acil bir ihtiyaç vardır. BRCA1 ve BRCA2 genomik stabilite ve bütünlükte, hücre döngüsünün kontrolünde ve apoptozda birbirlerinden ayrılamaz roller oynamaktadır. BRCA1 sendromu %87 oranında kadın meme kanseri gelişimiyle, %44 oranında da over kanseri gelişimi ile ilişkilidir. BRCA2 sendromu ise %84 oranında kadın meme kanseri gelişimiyle, %7 erkek meme kanseri gelişimiyle ve %27 oranında da over kanseri gelişimiyle ilişkilidir. Kodlamayan RNA'ların bir alt kümesi olan mikroRNA (miRNA)'lar, genellikle 19-24 nükleotid uzunluğunda tek iplikçikli, proteine dönüştürülmeyen, hedef mesajcı RNA'ların (mRNA) oluşumunu post-transkripsiyonel olarak düzenlediği düşünülen veya translasyonu baskılayan RNA molekülleridir. Over kanseriyle ilgili yapılan çalışmalarda da miRNA ifade düzeyinin farklılıklar gösterdiği rapor edilmiştir. Buradan yola çıkarak çalışmamızda BRCA genleri açısından taranmış yüksek riskli over kanser ailesinde over kanseri hasta ve sağlıklı monozigotik ikizi başta olmak üzere tüm aileye miRNA mikroarray analizi yapıldı. Hasta ve sağlıklı aile bireyleri arasında yapılan karşılaştırmalar ve gruplamalar sonrası anlamlı olarak ekspresyonları artan ve azalan miRNA'lar tespit edildi. Elde edilen veriler doğrultusunda BRCA1 mutasyon taşıyıcılığı ve epitelyal over kanseri ile ilişkili, istatistiksel olarak anlamlı, ekspresyonu artan toplam 38 miRNA olduğu saptandı. Bu miRNA'lar sırasıyla let-7a-5p, let-7b-5p, miR-1260a, miR-1260b, miR-1273g-3p, miR-1305, miR-16-5p, miR-17-5p, miR-181a-5p, miR-181b-5p, miR-197-3p, miR-21-5p, miR-223-3p, miR-23a-3p, miR-26b-5p, miR-27a-3p, miR-3651, miR-3653-3p, miR-425-5p, miR-4281, miR-4286, miR-4449, miR-4653-3p, miR-486-5p, miR-5100, miR-572, miR-5739, miR-574-5p, miR-6127, miR-6131, miR-6165, miR-6840-3p, miR-7114-5p, miR-7641, miR-7975, miR-7977, miR-874-3p, miR-92a-3p'den oluşmaktadır. İstatistiksel olarak anlamlı, ekspresyonu azalan ise toplam 61 miRNA saptandı. Bu miRNA'lar sırasıyla let-7i-5p, miR-1225-5p, miR-125a-5p, miR-126-3p, miR-142-3p, miR-15b-5p, miR-150-5p, miR-22-3p, miR-26a-5p, miR-2861, miR-29a-3p, miR-30d-5p, miR-3135b, miR-3196, miR-320a, miR-320b, miR-320c, miR-320d, miR-320e, miR-324-3p, miR-328-3p, miR-342-3p, miR-3656, miR-3665, miR-3960, miR-4284, miR-4428, miR-4430, miR-4466, miR-451a, miR-4516, miR-4530, miR-4687-3p, miR-4697-5p, miR-4741, miR-4787-5p, miR-484, miR-494-3p, miR-5001-5p, miR-5006-5p,  miR-564, miR-5787, miR-6068, miR-6087, miR-6088, miR-6089, miR-6090, miR-6124, miR-6125, miR-638, miR-664b-5p, miR-6510-5p, miR-6800-5p, miR-6869-5p, miR-6891-5p, miR-7107-5p, miR-766-3p, miR-7704, miR-7847-3p, miR-8063, miR-8069'dan oluşmaktadır. Bu miRNA'ların ileriki çalışmalarla genel popülasyonda hasta ve sağlıklı kontroller ile korelasyonu ve validasyonu yapılacaktır. Validasyonun ardından, epitelyal over kanserinin tanısında ve izlenmesinde kullanılabilecek girişimsel olmayan yeni biyobelirteçler belirlenmiş olacaktır.

Abstract:
Ovarian cancer is the second most common gynecologic cancer with high rate of malignancy and mortality among gynecological cancers. Patients are usually diagnosed at advanced stages and the 5-year survival rate is less than 40%. As result, Methods for early-detection and tailored treatment options need to be developed and new biomarkers will be provided to monitoring disease. BRCA1 and BRCA2 have important roles regulating genome stability and integrity, and also controlling the cell cycle and apoptosis. BRCA1 syndrome is associated with 87 % risk of female breast cancer development and 44% of ovarian cancer development. Whereas, BRCA2 syndrome is associated with 84 % of female breast cancer development, 7% male breast cancer development and 27% ovarian cancer development.  MicroRNAs(miRNA), a subset of the non-coding RNAs, that are single-stranded, usually 19-24 nucleotides in length, untransformed to protein and are thought to be regulated cleavage of target mRNAs, post-transcriptionally and translationally repressed mRNA molecules.  In our study, miRNA array analysis was performed in high risk-BRCA mutation carrier ovarian cancer family with including one healthy and one ovarian cancer monozygotic twin and the rest of family members. The levels of miRNA expressions have been reported in ovarian cancer in many studies. the increased or decreased miRNAs were determined after the comparisons of between patient and healthy family members and also between different groups. In the obtained data, 38 miRNAs were shown statistically significant high expression levels related to the epithelial ovarian cancer with carriers of BRCA1 mutation.  These miRNAs were let-7a-5p, let-7b-5p, miR-1260a, miR-1260b, miR-1273g-3p, miR-1305, miR-16-5p, miR-17-5p, miR-181a-5p, miR-181b-5p, miR-197-3p, miR-21-5p, miR-223-3p, miR-23a-3p, miR-26b-5p, miR-27a-3p, miR-3651, miR-3653-3p, miR-425-5p, miR-4281, miR-4286, miR-4449, miR-4653-3p, miR-486-5p, miR-5100, miR-572, miR-5739, miR-574-5p, miR-6127, miR-6131, miR-6165, miR-6840-3p, miR-7114-5p, miR-7641, miR-7975, miR-7977, miR-874-3p, miR-92a-3p. Conversely 61 miRNAs were shown statistically significant decreased expression levels and these were let-7i-5p, miR-1225-5p, miR-125a-5p, miR-126-3p, miR-142-3p, miR-15b-5p, miR-150-5p, miR-22-3p, miR-26a-5p, miR-2861, miR-29a-3p, miR-30d-5p, miR-3135b, miR-3196, miR-320a, miR-320b, miR-320c, miR-320d, miR-320e, miR-324-3p, miR-328-3p, miR-342-3p, miR-3656, miR-3665, miR-3960, miR-4284, miR-4428, miR-4430, miR-4466, miR-451a, miR-4516, miR-4530, miR-4687-3p, miR-4697-5p, miR-4741, miR-4787-5p, miR-484, miR-494-3p, miR-5001-5p, miR-5006-5p,  miR-564, miR-5787, miR-6068, miR-6087, miR-6088, miR-6089, miR-6090, miR-6124, miR-6125, miR-638, miR-664b-5p, miR-6510-5p, miR-6800-5p, miR-6869-5p, miR-6891-5p, miR-7107-5p, miR-766-3p, miR-7704, miR-7847-3p, miR-8063, miR-8069. The miRNAs were found will be validated in large cohorts having ovarian patients and healthy controls in future study.  After the study of validation, new non-invasive biomarkers will be identified for diagnosis and prognosis of epithelial ovarian cancer.