Benzotiyenopirimidin bileşik serisinin elektron konformasyon-genetik algoritma (EC-GA) yöntemiyle 4D-QSAR incelenmesi
4D-QSAR analysis of benzotienopyrimidin compounds by electron conformation-genetic algorithm (EC-GA) method
Yazar: HARUN KESKİN
Danışman: PROF. DR. EMİN SARIPINAR
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
Bu çalışmada grubumuz tarafından geliştirilen Elektron Konformasyonel Genetik Algoritma (EC-GA) metodu kullanılarak Pim-1 ve Pim-2 inhibisyonu gösteren 96 adet benzotiyenopirimidin türevi bileşiklerin biyolojik aktivitesinden sorumlu farmakofor grubu bulunmuş ve nicel aktivite tahmini yapılmıştır. Bileşiklerin kuantum kimyasal hesaplamaları HF 3-21 G* metodu kullanılarak (sulu ortamda) yapıldıktan sonra yük, mesafe, bağ derecesi, kartezyen koordinatları ve konformasyon analiz bilgilerinden faydalanılarak serideki bileşiklerin bütün konformerleri için Elektron Konformasyonel Uygunluk Matrisleri (ECMC) hazırlanmıştır. EMRE programı kullanılarak ECMC'ler belirli tolerans değerleri içerisinde karşılaştırılıp benzotiyenopirimidin bileşikleri için aktiviteden sorumlu farmakofor grubu bulunmuştur. Bu bileşikler için inhibisyon aktivitelerine etki eden parametre gruplarının belirlenmesi ve teorik aktivite değerlerinin bulunması için EMRE yazılımı içinde olan genetik algoritma metodu kullanılmıştır. Ayrıca bileşikler eğitim ve test seti olarak sınıflandırılarak seride modeller kullanılmıştır. Modellerin doğruluğu çapraz doğrulama ve istatistiksel olarak yapılmıştır. Benzotiyenopirimidin serisi Pim-1 inhibisyonu için q2, R2eğitim, R2test değerleri sırasıyla 0,9170; 0,9519; 0,8326 olarak hesaplanmıştır. Pim-2 inhibisyonu için  ise q2, R2eğitim, R2test  değerleri sırasıyla 0,8859; 0,9265; 0,9311 olarak hesaplanmıştır.

Abstract:
In this study, the pharmacophore group responsible for the biological activity of 96 benzothienopyrimidine derivative compounds showing Pim-1 and Pim-2 inhibition using the Electron Conformational Genetic Algorithm (EC-GA) method developed by our group was found and quantitative activity was estimated. After the quantum chemical calculations of the compounds were made by using HF 3-21 G * (in aqueous medium) method. Electron Conformational Compatibility Matrices (ECMC) were prepared for all conformers of the compounds in the series by using load, distance, bond degree, cartesian coordinates and conformational analysis information. Using the EMRE program, the ECMCs were compared within specific tolerance values and the pharmacophore group responsible for the activity for the benzothienopyrimidine compounds was found. The genetic algorithm method used in EMRE software was used to determine the parameter groups affecting the inhibition activities and the theoretical activity values for these compounds. In addition, the compounds were classified as training and test set and the models were used in the series. The accuracy of the models was cross-validated and statistically done. For benzotienopyrimidin series Pim-1  inhibition q2, R2training, R2test values are 0,9170; 0,9519; 0,8326 respectively. For benzotienopyrimidin series Pim-2 inhibition q2, R2training, R2test  values are 0,8859; 0,9265; 0,9311 respectively.