Muğla ili, Datça ilçesinde badem ağaçlarında dal ve sürgünlerde kuruma ve yanıklıklara neden olan fungal etmenlerin saptanması
Determination of fungal pathogens causing twig, shoot blight and drying on almond trees in Datça town of Muğla province
Yazar: CANAN ERDEM
Danışman: PROF. HATİCE SEHER BENLİOĞLU
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Badem = Almond tree ; Diaporthe ambigua = Diaporthe ambigua ; Fungal hastalıklar =   ; Muğla-Datça = Muğla-Datça

Özet:
Çalışma, Muğla İli Datça ilçesinde badem ağaçlarında sürgün ve dal yanıklıklarına, geriye doğrum ölüme ve verim kayıplarına neden olan Botryosphaeriaceae familyasında yer alan türlerin ve Diaporthe spp.'nin varlığını ortaya koymak ve neden olan etmenleri klasik ve moleküler yöntemler ile tanılamak amacıyla ele alınmıştır. 2018 ve 2019 yıllarında 8 köyde toplam 25 badem bahçesinden alınan hastalıklı bitki örneklerinden toplam 78 izolat elde edilmiştir. Tüm izolatlardan 36 tanesi (%46) Botryosphaeriaceae, 42 (%54) adet izolat Diaporthe spp. olarak belirlenmiştir. Bir yıllık badem sürgünlerinde (Nurlu badem çeşiti) yapılan patojenisite testinde tüm izolatların patojen olduğu saptanmıştır. Moleküler tanılamalar, patojen tek hif ucu izolatlardan elde edilen genomik DNA'ların Internal Transcribed Spacer (ITS) bölgesi, translation elongation factor 1-α (TEF-1α) geni ve β-tubulin (BT) genlerine özgü primer çiftleri ile PCR'da çoğaltılarak ürünlerinin baz dizilerinin belirlenmesi şeklinde yapılmıştır. Her izolata ait 3 farklı gene özgü baz dizileri Gen Bankası veri tabanı ve BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yöntemi ile orijini belirli izolatların dizileri ile karşılaştırılarak analiz edilmiştir. Sonuç olarak, 14 Botryosphaeriaceae izolatından 5 izolat Neofusicoccum mediterraneum, 4 izolat Fusicoccum aesculi (Telemorph: Botryosphaeria dothidea), 4 izolat Dothiorella iberica (Telemorph: Botryosphaeria iberica), 1 izolat Dothiorella sarmentorum (Telemorph: Botryosphaeria sarmentorum) olarak tanılanmıştır. Bu türlerin hepsi bademde ülkemiz için ilk kayıt niteliğindedir. Ayrıca 38 Diaporthe spp. izolatından 37 izolatın Diaporthe amygdali, 1 izolatın Diaporthe ambigua olduğu belirlenmiştir. Bademde Phomopsis spp. nin varlığı ülkemizde daha önce saptanmakla birlikte tür düzeyinde tanımlanmamıştır. Etmen bu çalışma ile moleküler ve morfolojik olarak ilk kez Diaporthe amygdali olarak belirlenmiştir. Bilindiği kadarıyla bademde sürgün ve dal yanıklığına neden olan Diaporthe ambigua'nın varlığı dünyada ilk kayıt niteliğindedir. Çalışmada tüm Botryosphaeriaceae izolatları ile temsilci olarak seçilen 5 D. amygdali ve 1 D. ambigua izolatının morfolojik karakteristikleri de belirlenmiştir.

Abstract:
The study was undertaken to reveal the existence of the species in the Botryosphaeriaceae family and Diaporthe spp., causing twig and shoot blight, dieback and yield losses in almond trees in Datça town of Muğla province, and to identify the causal agents by classical and molecular methods. In 2018 and 2019, 78 isolates were obtained from diseased plant samples taken from 25 almond orchards in 8 villages. 36 (46%) out of the all isolates were determined as Botryosphaeriaceae and 42 (54%) was as Diaporthe spp. Pathogenicity tests revealed that all isolates were found to be pathogenic on year almond shoots (cv Nurlu). Molecular identification was carried by amplifying of genomic DNA from single hyphal tips of all isolates with the specific primer pairs of the Internal Transcribed Spacer (ITS), the Translation Elongation Factor 1-α (TEF-1α) and the β-tubulin (BT) genes using polymerase chain reaction (PCR), and sequencing of PCR products. All DNA sequences of three different genes from each isolate were analyzed and compared with those of known origin using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and the GenBank database. As a result, the 14 Botryosphaeriaceae species were identified as Neofusicoccum mediterraneum (5 isolates), Fusicoccum aesculi (Telemorph: Botryosphaeria dothidea) (4 isolates), Dothiorella iberica (Telemorph: Botryosphaeria iberica) (4 isolates), Dothiorella sarmentorum (Telemorph: Botryosphaeria sarmentorum) (1 isolate). All of these species are the first records for our country in almonds. Of 38 Diaporthe spp. isolates, 37 isolates were identified as Diaporthe amygdali and 1 isolate was Diaporthe ambigua. Although the presence of Phomopsis spp in almonds has been previously determined in our country, it has not been identified at the species level. The agent was determined molecularly and morphologically for the first time as Diaporthe amygdali with this study. As far as is known, this is the first report of D. ambigua causing twig and shoot blight on almond in the World. Morphological characteristics of 5 D. amygdali and 1 D. ambigua isolate selected as representative with Botryosphaeriaceae isolates were also determined in the study.