İnflamasyonun oksidatif stres üzerine etkisinin fare böbrek dokusunda transkriptomik ve proteomik seviyede araştırılması
Investigation of the effect of inflammation on the oxidative stress at both transcriptomic and proteomic levels in mouse kidney tissue
Yazar: BURAK DAĞDELEN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HARUN BUDAK
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Hücresel homeostazisin devamı için hücre içi belirli bir serbest oksijen radikali (ROS) miktarının elzem olmasına rağmen, uygun olmayan çevre şartlarının etkisiyle hücre içi ROS miktarının artması oksidatif strese neden olarak DNA, proteinler ve lipitlere zarar verebilir. Organizmaya patojen veya patojen olmayan ajanların girişi ile tetiklenen ve bunlara karşı bir savunma mekanizması olan inflamasyon durumunda, organizma hücre içi ROS seviyesini arttırarak hücresel homeostazisi antioksidan molekül ve enzimler ile sağlamaya çalışır. Bu yüzden inflamasyon ve oksidatif stres arasında dolaylı veya doğrudan bir ilişki olabileceği düşünüldü. Bu tez çalışmasında bu durumu moleküler ve proteomik olarak araştırmak için, 6-8 haftalık erkek farelere intraperitonal olarak lipopolisakkarit (LPS) (2mg/kg) enjekte edilerek inflamasyon oluşturuldu. İnflamasyon modelimizin oluşup oluşmadığını belirlemek için inflamasyon markırı olarak kabul edilen Il-6 gen ekspresyon seviyesi fare böbrek dokularında araştırıldı. İnflamasyon durumunda ROS miktarlarındaki değişiklikler kantitatif olarak araştırıldı. Son olarak inflamasyon oluşumuyla Süperoksit dismutaz (SOD), Katalaz (CAT), Glutatyon peroksidaz (GPX), Glutatyon S-transferaz (GST), Glutatyon redüktaz (GR) ve Glukoz 6-fosfat dehidrogenaz (G6PD) gibi antioksidan sistem enzimlerinin moleküler ve proteomik olarak nasıl düzenlendiği araştırıldı. Sonuç olarak, inflamasyon durumunda ROS miktarlarında artış gözlemlendi. İnflamasyon durumda antioksidan sistemin hem moleküler hem de proteomik seviyede etkilendiği gösterildi.

Abstract:
Although intracellular reactive oxygen species (ROS) level is necessary to maintain cellular homeostasis, elevated intracellular ROS level with the impact of unfavorable environmental conditions leads to oxidative stress that may cause damage to DNA, proteins and lipids. In case of inflammation that triggered by the entry of pathogenic and non-pathogenic agent in organism and a defence mechanism against these agents, organism seeks to provide cellular homeostatis by increasing ROS levels via antioxidant molecules and enzymes. Therefore, it was thought that there can be a direct or indirect relation between inflammation and oxidative stress. In this thesis, inflammation was performed by intraperitoneal injection of lipopolysaccharide (LPS) (2mg/kg) in 6-8 weeks old male mice to investigate the transcriptomic and proteomic effects of inflammation on oxidative stress in mouse kidney tissue, to determine whether our inflammation model was performed with LPS treatment or not, gene expression level of interleukin (Il-6), which is accepted as a inflammation marker, was investigated in mouse kidney. Quantitative changes in the amount of ROS during the inflammation was observed. Finally, antioxidant enzymes such as Superoxide dismutase (SOD), Catalase (CAT), Glutathione peroxidase (GPX), Glutathione S-transferase (GST), Glutathione reductase (GR) and Glucose 6-phosphate dehydrogenase (G6PD) were investigated at the molecular and proteomic level and, how it is regulated during the inflamation process. In conclusion, increasing ROS level was observed in the inflammation process and, the antioxidant system was affected at the molecular and proteomic level.