Küçük hücreli olmayan akciğer kanserlerinde "Excision Repair Cross-Complementing Group 1" (ERCC1) Geni T19007C ve C8092A tek nükleotid polimorfizmlerinin klinikopatolojik parametrelerle ilişkilerinin belirlenmesi
The determination of relationship between "Excısıon Repaır Cross-Complementıng Group 1" (ERCC1) Gene T19007c And C8092a single nucleotide polymorphisms and clinicopathological parameters in non-small cell lung cancer
Yazar: ESİN KOÇ
Danışman: DOÇ. DR. VİLDAN CANER
Pamukkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; DNA onarımı = DNA repair ; Genler = Genes ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Kanser gelişimi çok aşamalı bir olaydır ve bugüne kadar elde edilen verilerle, akciğer karsinogenez sürecinde başlıca tümör baskılayıcı genler, onkogenler ve `'Excision Repair Cross-Complementing Group 1'' (ERCC1)'in de içinde yer aldığı DNA tamir mekanizmasından sorumlu genler olmak üzere farklı türdeki genlerin etkili olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (NSCLC)'nde ERCC1 mRNA stabilitesini etkiledikleri bilinen T19007C (rs11615) ve C8092A (rs3212986) tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) belirlenmesi ve bu polimorfizmlerin yaş, cinsiyet, sigara içimi, TNM evre ve histolojik tip olmak üzere klinikopatolojik parametrelerle olası korelasyonlarının araştırılması amaçlanmıştır.Bu çalışmada, histopatolojik olarak incelenen ve NSCLC tanısı alan 80 olguya ait formalinle fikse edilmiş, parafine gömülmüş arşiv doku örnekleri kullanılmış ve T19007C ve C8092A SNP'leri gerçek-zamanlı PCR ile analiz edilmiştir. ERCC1 geni T19007C SNP ile ilişkili TT, TC ve CC genotiplerinin dağılımı sırasıyla %40, %44, %16 olarak belirlenirken, C8092A SNP ile ilişkili CC, CA, AA genotiplerinin dağılımı sırasıyla %38, %51, %11 olarak belirlenmiştir. C8092A SNP'nin klinikopatolojik parametrelerle ilişkili olmadığı, ancak T19007C SNP'inin TNM evre ile anlamlı olarak ilişkili olduğu bulunmuştur (p=0.046). Bu bulgular, T19007C SNP'ne özgü genotip dağılımının Avrupa populasyonunda gözlenen dağılımla büyük bir benzerlik gösterdiğini ve aynı zamanda bu polimorfizmin NSCLC'nde progresyonla ilişkili olduğunu desteklemektedir.

Abstract:
The development of cancer is a multistep process and it has been reported that the different types of genes such as tumor supressor genes, oncogenes and DNA repair genes including ?Excision Repair Cross-Complementing Group 1?? (ERCC1) are involved in human lung carcinogenesis. In this study, the determination of T19007C (rs11615) and C8092A (rs3212986) single nucleotide polymorphisms (SNP) thought to affect mRNA stability of ERCC1 and the determination of any correlation between the profiles and clinopathological parameters including age, sex, the history of smoking, TNM stage and histological subtypes were aimed.In this study, the archival formalin-fixed, paraffin-embedded tissues of 80 cases which were histopathologically diagnosed as non-small cell lung cancer were used and T19007C and C8092A SNPs were analyzed using real-time PCR. Regarding T19007A SNP, the distribution of TT, TC, and CC genotypes was 40%, 44% and 16%, respectively. As for C8092A SNP, the distribution of CC, CA, and AA genotypes was 38%, 51% and 11%, respectively. No relationship was observed between C8092A SNP and clinicopathological parameters, but T19007A SNP was significantly associated with TNM stage (p=0.046). This study indicated that T19007A SNP genotypes in this study was similar to those in Europe. It was also supported that the SNP may associated with tumor progression in NSCLC.