JAK2 ekzon 12 gen polimorfizmlerinin geriye dönük analizi
Retrospective analysis of JAK2 exon 12 gene polymorphisms
Yazar: MEHMET NİYAZ
Danışman: PROF. DR. ZERRİN ÇELİK
Başkent Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Myeloproliferatif neoplaziler (MPN)'nin alt grubu olan polistemia vera (PV), esansiyel trombositemi (ET) ve primer myelofibrozis (PMF)'de JAK2 V617F mutasyon frekansı sırasıyla %95, %50-70 ve %40-50'dir. JAK2 V617F mutasyonu görülmeyen PV'lerin %5'inde JAK2 ekzon 12'de mutasyon ve polimorfizmler saptanmıştır. Ekzon 12 mutasyonlarının ve polimorfizlerin, JAK2 aracılı hücre içi sinyalleşmenin daha güçlü bir aktivasyonu ile sonuçlandığı gösterilmiştir. Bu çalışmada MPN ön tanılı hastalarında JAK2 geni ekzon 12 polimorfizm görülme oranlarının araştırılması amaçlanmıştır.
Başkent Üniversitesi Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalında geriye dönük olarak Ocak 2014 – 30 Haziran 2022 tarihleri arasında, JAK2 geni ekzon 12 bölgesi sekans karşılaştırmalı analizi için Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) aracı ve Ensembl (https://www.ensembl.org) genom tarayıcısı kullanılarak tekrar analiz edildi. Varyantların ACMG'ye göre sınıflandırılmasında ve in silico araçlar ile varyant etkisinin değerlendirilmesinde Genoox tarafından sunulan Franklin aracı kullanıldı (https://franklin.genoox.com/about-franklin). İstatistiksel analizler IBM SPSS V210 (SPSS, Inc., Chicago, IL) programında yapıldı.
Çalışmaya toplam 302 olgu alındı. Olguların yaş ortalaması 46,0±19,2 yıl, %76,8'i erkek, %23,2'si kadındı. Polisitemi (P), ET ve PMF ön tanılı hastalarında yaş ortalaması birbirine benzerdi. %10 olgu 16 yaşın altında saptandı. Analizler sonucu daha önce tanımlanmamış genin psödokinaz bölgesinde bir adet yeni varyant (JAK2:c.1587TA>CT/p.Thr530Ser) saptandı. In silico analizlerde bu pozisyondaki aminoasit değişiminin benign olarak sınıflandırıldığı görülmüş ve bu varyantı taşıyan hastamızda klinik değişiklik saptanmamıştır. Bu varyant dışında ekzon 12'de önceki analizlerden farklı bir mutasyon veya polimorfizm saptanmamıştır. Saptanan diğer polimorfizmlerin intronik varyant olduğu gözlenmiştir. Bu varyantlara özgü klinik etki olgularımızda belirlenmemiştir. Organomegali, en sık PMF ön tanılılarda bulunmuştur. Hepatomegalinin laboratuvar testlere etkisi saptanmamıştır. Splenomegalisi olan olgularda lökosit, trombosit, hemoglobin ve hematokrit değerleri anlamlı oranda düşük bulunmuştur.
Sonuç olarak, JAK2 V617F negatif P, ET ve PMF ön tanılı olguların %73.8'inde polimorfizm saptanmıştır. Bir olguda klinik etkisi olmayan yeni bir varyant izlenmiştir. Genetik test imkanlarının artması ve yaygınlaşması, yeni varyasyonların tanımlanmasını kolaylaştırmakla birlikte bu varyasyonların klinik öneminin anlaşılması verilerin birikmesi sonucu olabilmektedir. Bu nedenle saptanan varyasyonlara ait klinik etkilerin bildirilmesi varyanta sahip hastaların gelecekteki takiplerinin düzenlenmesine katkı sağlayacaktır.

Abstract:
Polycythemia vera (PV), essential thrombocythemia (ET), and primary myelofibrosis (PMF), which are subgroups of myeloproliferative neoplasms (MPN), have JAK2 V617F mutation frequencies of 95%, 50-70%, and 40-50%, respectively. In 5% of PV cases without the JAK2 V617F mutation, mutations and polymorphisms in JAK2 exon 12 have been detected. It has been shown that exon 12 mutations and polymorphisms result in a stronger activation of JAK2-mediated intracellular signaling. This study aimed to investigate the rates of JAK2 gene exon 12 polymorphisms in MPN suspected patients.
The comparative sequences of the JAK2 gene exon 12 reanalyzed using Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) and the Ensembl (https://www.ensembl.org) genome browser in the Department of Medical Genetics at Başkent University between January 2014 and 30 June 2022. Franklin tool (https://franklin.genoox.com/about-franklin) offered by Genoox was used for classifying variants according to ACMG and for assessment of variant impact with in silico tools. Statistical analyzes were performed using IBM SPSS V210 (SPSS, Inc., Chicago, IL).
A total of 302 cases were included in the study. The mean age of the cases was 46.0±19.2 years, with 76.8% being male and 23.2% female. The mean age was similar among patients with preliminary diagnosis of Polycytemia (P), ET, and PMF. 10% of the cases were under the age of 16. As a result of the analysis, one new variant (JAK2:c.1587TA>CT/p.Thr530Ser) was identified in the pseudokinase region of a gene not previously described. In silico analysis classified the amino acid change at this position as benign, and no clinical changes were observed in the patient carrying this variant. Apart from this variant, no mutation or polymorphism different from previous analyses was detected in exon 12. The other detected polymorphisms were observed to be intronic variants. No specific clinical effects associated with these variants were identified in our cases. Organomegaly was most frequently found in patients with preliminary diagnosis of PMF. The impact of hepatomegaly on laboratory tests was not determined. Leukocyte, platelet, hemoglobin, and hematocrit values were found to be significantly lower in cases with splenomegaly.
In conclusion, polymorphism was detected in 73.8% of JAK2 V617F-negative cases with preliminary diagnosis of P, ET, and PMF. A new variant without clinical impact was observed in one case. Although the increasing availability and prevalence of genetic testing facilitate the identification of new variations, understanding the clinical significance of these variations require more data. Therefore, reporting the clinical effects of detected variations will contribute to organizing future follow-ups for patients with these variants.