Bakteriyel enfeksiyonlara karşı kahverengi alabalıklarda gen ekspresyonunun belirlenmesi
Determination of brown trout gene expression after bacterial infection
Yazar: SEÇİL TURGUT
Danışman: PROF. DR. İLHAN ALTINOK
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Balıkçılık Teknolojisi = Fisheries Technology

Özet:
Bu çalışmada, kahverengi alabalıkların (Salmo trutta labrax, S. t. caspius ve S. t.  abanticus) ve bunların hibritlerinin Yersinia ruckeri ve Lactococcus garvieae'nın sebep oldukları hastalıklara karşı gösterdikleri tepkilerin gen ekspresyonu yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Antioksidan ve bağışıklık sistemi ile alakalı 12 farklı genle [Catalase (CAT), Superoxide dismutase (SOD), Glutathione peroxidase (GPx), Glutathione reductase (GR), Cold-inducible RNA-binding protein (CIRBP), Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A (CDKN2A), Prothymosin alpha 1 (ProT alpha 1), Transforming protein RhoA (RhoA), Immunoglobulin light chain (AL), Major histocompatibility complex class I (MHC class I), Hemoglobin subunit beta (HBB), Stanniocalcin precursor (STC)] birlikte internal kontrol olarakta bata aktin geninin ekspresyonundaki değişimler, Real-Time PZR ile EvaGreen kullanılarak analiz edilmiştir. Balıklar L. garvieae ile enfekte edildikten sonra oksidatif stres genleri ve bağışıklık sistemiyle ilgili genlerin rölatif gen ekspresyonu bazen artış bazen de azalış göstermesine rağmen, genel olarak CC grubu dışında ki gruplarda 14. günden sonra rölatif gen ekspresyonu azalmıştır. Lactococcus garvieae enfeksiyonuna en fazla tepki veren CC grubu olmasına rağmen Y. ruckeri enfeksiyonuna karşı ise en az tepki veren grup olduğu tespit edilmiştir. Balıklarda görülen gen ekspresyonu farklılıkları balıklara ve hastalık etkenine göre farklılıklar göstermiştir.

Abstract:
In the present study, brown trout species (Salmo trutta labrax, S. t. caspius and S. t.  abanticus) and their hybrids were exposed to Yersinia ruckeri causative agent of yersiniosis disease and Lactococcus garvieae causes lactococcosis diseases to test antioxidant and immune related genes expression. For this purpose, Catalase (CAT), Superoxide dismutase (SOD), Glutathione peroxidase (GPx), Glutathione reductase (GR), Cold-inducible RNA-binding protein (CIRBP), Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A (CDKN2A), Prothymosin alpha 1 (ProT alpha 1), Transforming protein RhoA (RhoA), Immunoglobulin light chain (AL), Major histocompatibility complex class I (MHC class I), Hemoglobin subunit beta (HBB) and Stanniocalcin precursor (STC) gene of the fish were tested with EvaGreen based real-time PCR. After exposing fish to L. garvieae, oxidative stress genes and immunity related genes relative gene expression sometime down-regulated and sometime up-regulated in 14 days of post exposure (dpe).  Furthermore, all relative gene expressions were downregulated after 14 dpe in all fish groups except S. t. caspius (CC). Although CC one of the most reacted fish after infecting with L. garvieae, Y. ruckeri infected CC was the least affected group. Therefore, gene expression was depending on fish and pathogenic bacteria.