Ramlıç melezi kuzularda büyüme ve ultrasonik karkas özellikleriyle ilişkili aday genomik bölgelerin belirlenmesi
Determination of candidate genomic regions associated with growth and ultrasonic carcass traits in ramliç - cross lambs
Yazar: MUSTAFA DEMİRTAŞ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA TEKERLİ
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Zootekni (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu çalışmada farklı kan düzeylerindeki (F1, G1 ve G2) Ramlıç ve Merinos melezi kuzularda büyüme ve ultrasonik karkas özelliklerine ilişkin aday gen bölgelerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmanın verilerini Afyon Kocatepe Üniversitesi Veteriner Fakültesi Eğitim, Araştırma ve Uygulama Çiftliğinde yetiştirilen ve 2021 – 2022 sezonunda doğmuş 130 baş kuzudan farklı dönemlerde alınan canlı ağırlık, vücut ölçüleri ve ultrasonik karkas özelliklerine ilişkin ölçümler oluşturmuştur. Sütten kesim sonrasında 96 baş kuzuda kandan DNA izolasyonu yapılmıştır. Genotipik veriler DNA örneklerinden Illumina iScan cihazı yoluyla "OvineSNP 50K BeadChip" tüm genom genotipleme kiti ile elde edilmiştir. Araştırmada doğum, 60 ve 90. gün ile sütten kesim ağırlığına ilişkin en küçük kareler genel ortalamaları; sırasıyla 4,640 ± 0,068; 15,221 ± 0,247; 20,503 ± 0,279 ve 27,355 ± 0,342 kg tespit edilmiştir. Farklı dönemler için (60. gün, 90. gün ve sütten kesim) yapılan beden ve ultrasonik ölçümlere ilişkin ortalamalar ise; cidago yüksekliğinde sırasıyla 50,460 ± 0,202; 54,679 ± 0,188 ve 58,700 ± 0,221 cm; göğüs çevresinde 57,099 ± 0,338; 64,210 ± 0,351 ve 72,324 ± 0,341 cm; incik çevresinde 6,641 ± 0,041; 7,089 ± 0,042 ve 7,582 ± 0,047 cm; göğüs genişliğinde 13,452 ± 0,098; 15,018 ± 0,098 ve 16,949 ± 0,114 cm; sağrı genişliğinde 10,025 ± 0,080; 11,432 ± 0,079 ve 13,151 ± 0,092 cm; sağrı yüksekliğinde 50,790 ± 0,205; 54,968 ± 0,199 ve 59,049 ± 0,227 cm; vücut uzunluğunda 46,478 ± 0,236; 51,538 ± 0,235 ve 56,911 ± 0,261 cm; MLD alanında 5,020 ± 0,090; 6,293 ± 0,094 ve 7,718 ± 0,106 cm2; MLD derinliğinde 1,745 ± 0,020; 2,010 ± 0,021 ve 2,293 ± 0,024 cm ve deri altı yağ kalınlığında 0,395 ± 0,005; 0,423 ± 0,004 ve 0,432 ± 0,008 cm saptanmıştır. Bu çalışmada yapılan genom boyu ilişkilendirme analizlerinin tümünde Lambda (λ) değerleri 0,954'ten düşük bulunmuştur. Genom boyu ilişkilendirme analizi sonucunda fikir verici düzeyde (p<0,0001) 116, kromozom çapında (p<0,000026) 22 ve genom çapında önemli (p<0,000001) bir SNP bulunmuştur. Önemli SNP'lerin yakınında bulunan genleri tespit etmek amacıyla NCBI veri tabanında koyunlara ait Oar_3.1 derlemesi kullanılmıştır. Fikir verici düzeyde (p<0,0001) dahil olmak üzere önemli SNP'leri içeren veya yakın genlerden TMEM108, SOX14, PPP1R37, UBE2U, GRID2, NCAM2 ve CAMKMT'nin birden çok özellikle ilişkili olabileceği göz önünde bulundurularak bu genler üzerinde çalışılması gerektiği kanaatine varılmıştır.

Abstract:
This study aimed to identify candidate genomic regions associated with growth and ultrasonic carcass traits in Ramlıç and Merino cross lambs at different blood levels (F1, BC1 and BC2). The data for the study were obtained from live weight, body measurements, and ultrasonic carcass traits recorded at different terms from 130 lambs born during the 2021–2022 season at Afyon Kocatepe University, Faculty of Veterinary, Education, Research and Practice Farm. The DNA samples were isolated from the blood of 96 lambs after weaning. Genotypic data were obtained from the DNA samples using the Illumina iScan system with the OvineSNP 50K BeadChip whole genome genotyping kit. The overall least squares - means of the body weight at birth, 60th and 90th days, and weaning were 4.640 ± 0.068, 15.221 ± 0.247, 20.503 ± 0.279, and 27.355 ± 0.342 kg, respectively. The means for body and ultrasound measurements at different terms (60 days, 90 days, and weaning) were as follows: withers height 50.460 ± 0.202 cm, 54.679 ± 0.188 cm, and 58.700 ± 0.221 cm; chest circumference 57.099 ± 0.338 cm, 64.210 ± 0.351 cm, and 72.324 ± 0.341 cm; cannon bone circumference 6.641 ± 0.041 cm, 7.089 ± 0.042 cm, and 7.582 ± 0.047 cm; chest width 13.452 ± 0.098 cm, 15.018 ± 0.098 cm, and 16.949 ± 0.114 cm; rump width 10.025 ± 0.080 cm, 11.432 ± 0.079 cm, and 13.151 ± 0.092 cm; rump height 50.790 ± 0.205 cm, 54.968 ± 0.199 cm, and 59.049 ± 0.227 cm; body length 46.478 ± 0.236 cm, 51.538 ± 0.235 cm, and 56.911 ± 0.261 cm; Musculus longissimus dorsi (MLD) area 5.020 ± 0.090 cm², 6.293 ± 0.094 cm², and 7.718 ± 0.106 cm²; MLD depth 1.745 ± 0.020 cm, 2.010 ± 0.021 cm, and 2.293 ± 0.024 cm; and subcutaneous fat thickness 0.395 ± 0.005 cm, 0.423 ± 0.004 cm, and 0.432 ± 0.008 cm, respectively. Lambda (λ) values found in the study were lower than 0.954 in all GWAS analyses. We identified 116 suggestive (p <0.0001), 22 chromosome-wide (p<0,000026), and one genome-wide significant SNP's (p < 0.000001) in GWAS. The genes near significant SNPs were determined based on the genome version of reference to the Oar_3.1 assembly of the Ovis aries genome in the NCBI database. TMEM108, SOX14, PPP1R37, UBE2U, GRID2, NCAM2, and CAMKMT genes should be focused on considering their potential association with multiple traits due to containing or closing to the significant SNPs of suggestive evidence (p<0.0001) as well.