Plasmodium vivax'ın laktat dehidrogenaz enzimini kodlayan geninin polimeraz zincir reaksiyonu ile izolasyonu ve klonlanması
Isolation and cloning of Plasmodium vivax lactate dehydrogenase gene by polymerase chain reaction
Yazar: EKREM AKBULUT
Danışman: YRD. DOÇ. DR. DİLEK TURGUT BALIK
Fırat Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2003
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Laktat dehidrogenaz = Lactate dehydrogenase ; Plasmodium vivax = Plasmodium vivax ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sıtma = Malaria

Özet:
ÖZET YÜKSEK LİSANS TEZİ Plasmodium vivax'ın LAKTAT DEHIDROGENAZ ENZİMİNİ KODLA YAN GENİNİN POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU İLE İZOLASYONU VE KLONLANMASI Ekrem AKBULUT Fırat Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı 2003, Sayfa : 50 Varolan antimalarial lara karşı ilaç direncinin oluşması yeni ilaçların geliştirilmesinin gerekliliğini vurgulamaktadır. Bu amaçla bu tezde Plasmodium vivax Belein soyu (FRANSA) genomik DNA'sından laktat dehidrogenaz enzimini kodlayan gen (/>vLDH) klonlanmış ve dizi analizi yapılmıştır. PvLDH geni günümüze kadar klonlanan ikinci insan malarial laktat dehidrogenaz'ıdır. DNA dizisi, /VLDH'ın Plasmodium falciparum LDH'ı (P/LDH) gibi 316 amino asitlik bir proteini kodlayan 951 bp açık okuma çerçevesini içerdiğini gösterdi. PvLDH'ın P/LDH ve bilinen diğer bazı LDH'lar amino asit dizi kıyaslaması, PvLDH'ın sırası ile PJLDH ile %90,1, Plasmodium berghei LDH'ı ile %90,8, Plasmodium yoelii LDH'\ ile %90,5, insan-M4 LDH'ı ile %26, insan-H4 LDH'ı ile %25 benzer olduğunu gösterdi. Ayrıca PvLDH'ın Glutamat-48 ve Glisin-217 olmak üzere iki tek amino asit delesyonuna sahip olduğu gösterildi. En çok dikkat çeken aktif bölge halkasında 5 amino asit ilavesidir. Önceden P/LDH'dan elde edilen yüksek çözünürlüklü X ışını yapısı bu bölgenin enzim inhibitörleri için cazip bir hedef olabileceğini gösterdi. Anahtar Kelimeler: Sıtma, Plasmodium vivax, Laktat Dehidrogenaz, Polimeraz Zincir Reaksiyonu. VIII

Abstract:
ABSTRACT MASTER THESIS ISOLATION AND CLONING OF Plasmodium vivax LACTATE DEHYDROGENASE GENE BY POLYMERASE CHAIN REACTION Ekrem AKBULUT Fırat University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology 2003, Page : 50 Emergence of drug resistance to the existing antimalarials emphasizes the need for the development of new drugs. To this aim, in this thesis, a lactate dehydrogenase gene was cloned and sequenced from genomic DNA of Plasmodium vivax Belem strain (PvLDH). This is the second human malarial lactate dehydrogenase cloned to date. DNA sequence showed that like Plasmodium falciparum LDH (P/LDH), PvLDH contains a 951 bp open reading frame, coding for a 3 16 aminoacid protein. Aminoacid sequence alignment of PvLDH to P/LDH and to some other known LDHs indicated that PvLDH has %90,1 residue identities with P/LDH and 90,8%, 90,5%, 26%o, 25%), P. berghei, P. yoelii, insan-M4, insan-H4 LDHs respectively. It was also shown that PvLDH has two single aminoacid deletions, which are Glutamat-48 and Glisin-217. Most remarkable is a five residue insertion in the active site loop region. The high resolution X- ray structure previously obtained from P/LDH showed that this site might be an attractive target for inhibitors. Keywords : Malaria, Plasmodium vivax, Lactate Dehydrogenase, Polymerase Chain Reaction. IX