Kolesteatomlu hastalarda NOD2 geni RS1077861 polimorfizmi ve ekspresyon düzeyinin araştırılması
Investigation of NOD2 general RS1077861 polymorphism and expression in patients with colesteatoma
Yazar: EREN DEMİR
Danışman: PROF. DR. ETEM AKBAŞ
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Kolestatoma = Cholesteatoma ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Kolesteatom çok katlı yassı epitelin keratinizasyonuna sebep olan epidermal inklüzyon kistidir. Önemli bir otolojik sorun olan kolesteatom etyolojisini ve etyapatogenizini aydınlatmak adına embriyogenezisde, yaşama ve çoğalma döngüsü ile birlikte apoptozis gibi farklı hücresel fonksiyonlara aracılık eden NOD2 (A/T) rs1077861 geni polimorfizmi ve ekspresyonu ile olası etkileri incelenmiştir. Örneklemimiz; Kolesteatom tanısı almış 100 birey ve bu grubun  yaş ve cinsiyet dağılımı göz önünde bulundurularak aile öyküsünde kolesteatom hikayesi bulunmayan 100 sağlıklı bireyden oluşmuştur. Kontrol ve deney grubuna ait bireylerden alınan periferik kan örneklerinden RNA ve DNA izalasyonlarını yaparak ekspresyon ve genotipleme analizlerini Real-Time PCR ile belirledik. Bulgularımızın istatistiksel analizi: ANOVA, aksi durumda KRUSKAL-WALLİS testinden yararlanılmıştır. Hastalık ile genotiplerin ve allellerin ilişkilerinde ki-kare testinden yararlanılmış olup genotip açısından hasta ve kontrol gruplarının dengeleri  "Hardy-Weinberg" kuralı ile kontrol edilmiştir. Kolesteatom hastalığı erkek cinsiyette daha sık görülmektedir (p<0,01).  Kolesteatom hastalarında NOD2 geni yabanıl A alleli kontrol grubunda % 60. 5, kolesteatom hastalarında % 67. 5'dir. Polimorfik T alleli kontrol grubunda % 39. 5, kolesteatom hastalarında % 32 5. dir (p=0,145). Kolesteatom hastalarında NOD2 gen yabanıl AA genotipi kontrol grubunda % 38, kolesteatom hastalarında % 50 olarak; Polimorfik AT genotipi kontrol grubunda % 45, kolesteatom hastalarında % 35 olarak; Polimorfik TT mutant genotipi kontrol grubunda % 17, kolesteatomlu hasta grubundada % 15'tir (p=0,222). NOD2 geninin ekspresyon düzeyi erkeklerde 639, 99, kadınlarda 117, 44'dür (p=0,734). AA genotipli bireylerde NOD2 gen ekspresyonu kontrol grubunda 91, 83'ken hasta grubunda 2213, 67'dir. AT genotipli bireylerin ekspresyon seviyesi kontrol grubunda 94, 65'ken hasta grubunda 2179, 98'dir. TT genotipli bireylerde kontrol grubu 93, 64 iken hasta grubunda 2248, 31'dir. Genel olarak NOD2 gen ekspresyonu kontrol grubunda 91, 01 seviyesindeyken hasta grubunda 2147, 33'e yükseldiği gözlenmiştir (p<0,001). NOD2 (A/T) rs1077861 geni allel/genotip oranlarımız ve ekspresyon değerleri bu haliyle; Mersin ili populasyonunda kolesteatom hastalığının genetik profillenmesine ve patolojisine katkıda bulunmaktadır.

Abstract:
Cholesteatoma is an epidermal inclusion cyst that causes keratinization of a multilayer flat epithelium. This is explained by apoptosis and controlled cell proliferation in healthy cells. In cholesteatoma, the balance of functions of these structures is impaired. In order to elucidate the etiology of cholesteatoma, which is an important autological problem, possible effects with the polymorphism and expression of the NOD2 (A / T) rs1077861 gene, which mediates different cellular functions such as apoptosis, along with the cycle of survival and proliferation.  Our sample; Consisting of 100 individuals diagnosed with cholesteatoma in the Department of Otorhinolaryngology in Mersin University Faculty of Medicine and 100 age-free individuals without a family history of cholesteatoma considering the age and gender distribution of this group. We determined the expression and genotyping analysis by Real-Time PCR by performing RNA and DNA isolations from the peripheral blood samples taken from individuals in the control and experimental group. Statistical analysis of our findings: ANOVA, otherwise KRUSKAL-WALLİS test was used. The chi-square test was used in the relationship between the disease and genotypes and alleles, and the balances of the patients and control groups in terms of genotype were controlled by the "Hardy-Weinberg" rule. Cholesteatoma disease is more common in male sex (p <0.01). The NOD2 gene in the cholesteatoma patients is % 60. 5 in the wild A allele control group and 67.5% in cholesteatoma patients. Polymorphic T allele is % 39. 5 in the control group and % 32 in cholesteatoma patients (p = 0.145). NOD2  gene wild AA genotype in cholesteatoma patients was % 38 in the control group and % 50 in cholesteatoma patients; Polymorphic AT genotype was % 45 in the control group and % 35 in cholesteatoma patients; Polymorphic TT mutant genotype is % 17 in the control group and % 15 in the cholesteatoma patient group (p = 0.222). The expression level of the NOD2 gene is 639, 99 in men and 117, 44 in women (p = 0.734). In individuals with AA genotype, NOD2 gene expression is 91, 83 in the control group and 2213, 67 in the patient group. The expression level of individuals with AT genotype is 94, 65 in the control group and 2179, 98 in the patient group. While the control group is 93, 64 in individuals with TT genotype, it is 2248, 31 in the patient group. In general, while NOD2 gene expression was 91 in the control group, it increased to 2147, 33 in the patient group (p <0.001).    Our NOD2 (A / T) rs1077861 gene allele / genotype ratios and expression values as such; It contributes to the genetic profiling and pathology of Cholesteatoma disease in the population of Mersin province.