Klinik örneklerden izole edilen candida'ların karakterizasyonu ve antifungal duyarlılıkları
Characterization and antifungal susceptibilities of candida species isolated from clinical samples
Yazar: MİNE AYDIN KURÇ
Danışman: PROF. DR. KIYMET GÜVEN
Anadolu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Klinik örneklerden izole edilen maya türlerinin tanımlanarak,  antifungal duyarlılık profillerinin belirlenmesi, hızlı ve doğru tedavi için önemlidir. Bu çalışmanın amacı; vajinal sürüntü ve idrar örneklerinden izole edilen Candida cinsi maya türlerinin klasik yöntemler, kromojenik besiyerleri, otomatize sistemler kullanılarak tanımlanması; tanıda moleküler yöntemlerin yerinin araştırılması; ayrıca Candida infeksiyonlarının tedavisinde kullanılan çeşitli ajanlara karşı antifungal duyarlılıkların izolatların minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK) düzeylerinin saptanarak belirlenmesidir.
Çalışmamızda toplam 100 izolat; germ tüp oluşumu, mısır unlu (corn meal) - tween 80 agar morfolojisi;  kromojenik besiyerlerinden CHROMagar Candida, Candida ID, Brillance Candida Agar, BIGGY Agar ile tanımlanmış ve identifikasyonları VITEK 2-YST kart ile karşılaştırılmıştır. İzolatların fenotipik akrabalık ilişkileri yağ asidi metil esterleri (FAME) analizi ile cluster analizi yapılarak belirlenmiştir. Ayrıca farklı türlerin DNA dizi analiziyle türler arası yakınlık veya uzaklıkları izolatların ITS ve 26S D1/D2 bölgeleri PCR-Restriksiyon Enzim Analizi (REA) ile kesilerek oluşan farklı profillerden tespit edilmiş ve izolatlar; Candida albicans, C. glabrata, C. kefyr, C. krusei, C. lusitaniae ve C. dubliniensis olarak tanımlanmıştır.
İzolatların in vitro antifungal duyarlılık profilleri, Mikrodilüsyon Yöntemi (MDY) ve VITEK 2 AST-Y06 kart yöntemleri ile çalışılmış, sonuçlar karşılaştırılmıştır. Flukonazol dışındaki tüm antifungallerde %100 duyarlılık tespit edilmiş; ancak flukonazol için izolatlarda %5,1 oranında direnç belirlenmiştir. Ayrıca bazı antifungallerde MİK değerlerinin kullanılan yönteme göre daha farklılık gösterdiği görülmüştür.
Çalışmada elde edilen sonuçlar, moleküler yöntemlerin Candida türlerinin tanımlanmasında alternatif oluşturabileceğini göstermekle birlikte, bu konuda daha fazla çalışmaya gereksinim bulunmaktadır. İzolatların test edilen antifungal ajanlara çoğunlukla duyarlı olmasına rağmen, flukonazol direncinin saptanması mayaların tür düzeyinde tanımlanmasının ve antifungal duyarlılık testi yapılmasının önemini bir kez daha ortaya koymaktadır.

Abstract:
Identification of yeast isolates from clinical specimens and determination of antifungal susceptibilities are essential for rapid and accurate treatment. The aim of this study was, to identify Candida species isolated from vaginal swabs and urine samples by conventional methods, chromogenic media, automated systems and determine the role of molecular methods for diagnosis and to investigate antifungal susceptibilities of isolates against various agents by determining minimal inhibition concentration (MIC) levels.  
A total of 100 isolates were isolated and identified by germ tube formation, corn meal - tween 80 agar morphology; CHROMagar Candida, Candida ID, Brillance Candida Agar, BIGGY Agar as chromogenic media, VITEK 2-YST commercial kits werw used for identification and the results were compared. Fatty Acid Methyl Esters (FAME) of isolates were analyzed to determine relationship of isolates in regard to fatty acids by cluster analysis. In addition, different profiles which were obtained from cutting of ITS and 26S D1/D2 regions of isolates by PCR- Restriction Enyzme Analysis were determined and the distance among species was examined by DNA sequence analysis. According to the results, isolates were identified as; Candida albicans,          C. glabrata, C. kefyr, C. krusei, C. lusitaniae and C. dubliniensis.
In-vitro antifungal susceptibility profiles of isolates were studied by using Microdilution Method and VITEK 2 AST-Y06 card methods and the results were compared. 100 % sensitivity was detected for all antifungals except fluconazole;   but 5.1 % of isolates were resistant to fluconazole. In addition, MIC values showed differences due to the method used, for some antifungals.  
Our results demonstrated, molecular techniques to be an alternative for identification of Candida species, but more studies are needed. The majority of the isolates were found to be susceptible to the tested antifungal agents, but the presence of fluconazole resistance in some isolates showed the importance of identification of the yeasts to species level and determine antifungal susceptibility testing results, in daily practice.