Pc3 metastatik ve Lncap daha az metastatik prostat kanseri hücre soylarında Setd1 ve Setd2 histon metiltransferaz enzimlerinin ifade düzeylerinin belirlenmesi
Determination of the expression levels of Setd1 and Setd2 histone methyltransferase enzymes in Pc3 metastatic and Lncap less metastatic prostate cancer cell lines
Yazar: CANSU KIZILASLAN EKİM
Danışman: DOÇ. DR. SÜREYYA BOZKURT
İstinye Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Genetik = Genetics ; Prostat = Prostate

Özet:
Prostat kanseri (PK) dünya genelinde yayınlanan son istatistiklere göre, erkeklerde en sık teşhis edilen kanserler arasında ikinci sırada, kanserden kaynaklı ölümlerde beşinci sıradadır. PK'nin iyi bilinen risk faktörleri arasında, ilerleyen yaş, ırk ve etnik köken, bazı genetik mutasyonlar, aile öyküsü ve insülin benzeri büyüme faktörleri (IGF) yer almaktadır. PK'nın yukarıdaki risk faktörlerinin yanı sıra genetik ve epigenetik faktörlerde hastalık üzerinde etkilidir. Onkogenezi etkileyen başlıca epigenetik olaylar, anormal DNA metilasyonu, kromatin yapısındaki değişiklikler ve mikroRNA ekspresyonudur. Histon modifikasyonlarının, prostat kanserinin başlangıcında ve ilerlemesinde önemli rol oynar. En sık görülen modifikasyonlar asetilasyon, metilasyon ve fosforilasyondur.  Kanserde anormal histon modifikasyonları tümör baskılayıcı genlerin inaktivasyonuna veya onkogenlerin aktivasyonuna neden olabilir. Bu tez çalışmasındaki amaç, SETD1A ve SETD2 histon metiltransferaz enzimlerinin ifadeleri prostat kanseri hücre hatları, metastatik PC3 ve az metastatik LNCaP hücre hatlarında qPCR yöntemi ile belirlenmesi ve karşılaştırılmasıdır. Bu çalışmada hücre kültürü teknikleri, kit ile RNA izolasyonu, termal döngü cihazında cDNA sentezi ve gerçek zamanlı kantitatif PCR yöntemi kullanılarak SETD1A ve SETD2 genlerinin PC3 ve LNCaP hücre hatlarında ifade düzeylerine bakıldı.
Sonuç olarak her çalışma 3 tekrarlı eş zamanlı PCR sonuçlarının hesaplaması yapılarak SETD2 histon metiltransferaz enziminin PC3'ün LNCaP'e göre 1,67 kat, SETD1A'nın 1,72 kat daha fazla eksprese edildiği bulundu. Bu iki histon metiltransferaz enziminin PK'nın gelişiminde rol aldığı ve ileride yapılacak detaylı çalışmalarla prognostik öneme sahip olacağı ön görülmektedir.

Abstract:
According to the latest statistics published worldwide, prostate cancer (PC) is the second most frequently diagnosed cancer in men and the fifth in cancer-related deaths. Well-known risk factors for PC include advancing age, race and ethnicity, some genetic mutations, family history, and insulin-like growth factors (IGF). In addition to the above risk factors of PC, genetic and epigenetic factors also affect the disease. The main epigenetic events affecting oncogenesis are abnormal DNA methylation, changes in chromatin structure and microRNA expression. Histone modifications play an important role in the initiation and progression of prostate cancer. The most common modifications are acetylation, methylation and phosphorylation. Abnormal histone modifications in cancer can cause inactivation of tumor suppressor genes or activation of oncogenes. The aim of this thesis study is to determine and compare the expressions of SETD1A and SETD2 histone methyltransferase enzymes in prostate cancer cell lines, metastatic PC3 and less metastatic LNCaP cell lines using the qPCR method. In this study, the expression levels of SETD1A and SETD2 genes in PC3 and LNCaP cell lines were examined using cell culture techniques, RNA isolation with a kit, cDNA synthesis in a thermal cycler and real-time quantitative PCR method.
As a result, by calculating the results of simultaneous PCR with 3 replicates in each study, it was found that SETD2 histone methyltransferase enzyme was expressed 1.67 times more than PC3 and SETD1A was expressed 1.72 times more than LNCaP. It is predicted that these two histone methyltransferase enzymes play a role in the development of PC and will have prognostic importance with detailed studies to be conducted in the future.