Haemophilus influenzae suşlarında beta laktam antibiyotik direncinin genotipik yöntemlerle araştırılması
Haemophilus influenzae suşlarinda beta laktam antibiyotik direncinin genotipik yöntemlerle araştirilmasi
Yazar: OSMAN ÇIBIK
Danışman: DOÇ. DR. ZERRİN AKTAŞ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Ampisilin = Ampicillin ; Ampisiline direnç = Ampicillin resistance ; Antibiyotikler-laktam = Antibiotics-lactam ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Hemofilus influenzae = Haemophilus influenzae ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Çıbık O, Haemophilus influenzae suşlarında beta laktam antibiyotik direncinin genotipik yöntemlerle araştırılması, İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mikrobiyoloji Programı,Yüksek Lisans Tezi İstanbul, 2014
Amaç: Bu çalışmada ana amaç Haemophilus influenzae suşlarında antibiyotiklere duyarlılık oranlarını belirlemek ve beta laktam antibiyotiklere direncin mekanizmasını genotipik yöntemlerle araştırmaktır. 
Yöntem: Bu çalışmada, İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji AD'na gönderilen  balgam ve bronkoalveoler lavaj örneklerinden izole edilen toplam 80 H. influenzae suşu çalışmaya alınmıştır. İzolatların antimikrobiyal duyarlılıkları disk difüzyon ve E test yöntemleri kullanılarak incelenmiştir, sonuçlar CLSI standartlarına göre yorumlanmıştır.  Ampisiline dirençli, beta laktamaz pozitif yedi suş,  ampisiline orta duyarlı veya dirençli, beta laktamaz negatif sekiz suş, TEM-1, ROB-1 ve fts1 genlerini PCR yöntemiyle belirlemek  amacıyla  ileri incelemeye alınmıştır. Suşların beta laktamaz üretimi nitrosefin diski ile araştırılmıştır. 
Bulgular: Çalışmaya alınan suşların yedisi (%8.75) ampisiline dirençli, sekizi ampisiline orta duyarlı (%10) bulunmuştur. İzolatların antibiyotiklere duyarlılıkları;  seftriakson ve sefpodoksim için %100, sefuroksim için %99, amoksisilin/klavulanik asid ve azitromisin için %96, levofloksasin için % 93,  sefaklor için %88  ve ampisilin  için % 80 olarak bulunmuştur. Beta laktamaz pozitifliği ise %8.75 olarak saptanmıştır. Ampisiline dirençli, beta laktamaz pozitif olarak belirlenen suşların altısının TEM-1 genini (%7.5)  bir suşun ise ROB-1 genini  (%0.8) taşıdığı PCR yöntemiyle tespit edilmiştir. Ampisiline orta duyarlı suşlarda bu genler ve beta laktamaz aktivitesi saptanmamıştır. Fts1 genleri ampisiline orta duyarlı ve dirençli bütün suşlarda pozitif olarak bulunmuştur. 
Sonuç: Bu çalışmanın sonuçları, hastanemizden izole edilen H. influenzae suşlarında amoksisilin/klavulanik asid, seftriakson, sefuroksim, sefpodoksim,  azitromisin ve levofloksasin direncinin (<%90) hala düşük düzeylerde olduğunu, beta laktamaz negatif, ampisiline orta düzeyde dirençli suş sayısında ise artış olduğunu  göstermektedir. Bu çalışma ile ROB-1 genini taşıyan H. influenzae suşu ülkemizden ilk defa bildirilmektedir. Ayrıca moleküler çalışmalarından elde edilen bilgiler, antimikrobiyal direncin mekanizmalarını anlamak ve küresel düzeyde ortaya çıkan dirençli patojenlerin ulusal ve uluslar arası seviyede tespit edilmeleri için önem taşımaktadır. 

Anahtar kelimeler: Haemophilus influenzae, TEM-1, ROB-1, fts1, PBP-3

Abstract:
Çıbık O, Investigation of beta lactam antibiotic resistance in Haemophilus influenzae isolates by genotypic methods, Istanbul University, Istanbul Faculty of Medicine, Instiute of Health Sciences, Department of Clinical Microbiology, Microbiology Programme, Master Thesis.
Objectives: Our main goal was to investigate the antibiotic susceptibility rates and beta-lactam resistance mechanism of  Haemophilus influenzae strains.
Methods: In the present study, total 80 H. influenzae isolates obtained from sputum and broncoalveolar lavage specimens in Department of Clinical Microbiology, Istanbul Faculty of Medicine, from 15 April 2013 to 2014  were studied. Antimicrobial susceptibility testing was performed using disk diffusion and E Test methods and interpreted by CLSI breakpoints. For seven ampicillin resistant, beta lactamase positive and eight ampicillin nonsusceptible (MIC 2 µg/ml), beta lactamase negative H. influenzae   were further analyzed for TEM-1, ROB-1 and fts1 genes by PCR.  Beta lactamase activity was determined by nitrocefin disk method.
Results: In general, seven  strains (8.75%) were resistant to ampicillin and  eight strains (%10) were intermediate resistant  to ampicillin.  Susceptibilities of isolates were 100% for ceftriaxone and cefpodoxime, were 99% for cefuroxime, were 96% for amoxicillin/clavulanate and azithromycin,  were 93% for levofloxacin, were 88% for cefaclor and were 80% for ampicillin. Beta lactamase positivity was % 8.75. Of the six (7.5%) beta lactamase positive H. influenzae, were positive TEM-1, one (0.8%) for ROB-1, and all  ampicillin  intermediate and resistant isolates (20%) were positive for fts1 genes.
Conclusions: According to our study results, amoxicillin/clavulanate, ceftriaxone, cefuroxime, cefpodoxime,  azithromycin and  levofloxacin resistance appears to be low and an increase numbers of β-lactamase negative and  ampicillin-intermediate strains has been observed in our hospital. We report on the first detection of the  ROB-1 beta lactamase harboring H. influenzae  in our country, as well.  Information obtained from antimicrobial moleculer studies is important for establishing trends in pathogen antimicrobial resistance and for identifying emerging pathogens at the national and global levels

Key words: Haemophilus influenzae, TEM-1, ROB-1, fts1, PBP-3