Şavak Akkaraman koyunlarında mastitise dirençle ilgili LAP3, MASP2 ve SIRT1 genlerinin moleküler analizi
Molecular analysis of LAP3, MASP2 and SIRT1 genes associated with mastitis resistance in Şavak Akkaraman sheep
Yazar: GAMZE DALĞA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FERİT CAN YAZDIÇ
Munzur Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Filogenetik = Phylogenetic ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; İmmünogenetik = Immunogenetics

Özet:
Koyunlar, dünya genelindeki tarımsal endüstrilerde et, süt ve yün üretimi için besi hayvanı olarak kullanılan geviş getiren memelilerdir. Genetik ve genomik bilgiler, büyüme hızı, et, süt, yün verimi ve hastalık direnci de dahil olmak üzere birçok üretim özelliklerini iyileştirmek için kullanılabilir. Ancak koyun genomundaki genlerin fonksiyonları hakkında önemli bilgiler hala eksiktir. Mastitis, büyük ekonomik kayıplara yol açan, hayvanın refahını etkileyen, süt koyunlarındaki en yaygın hastalıklardan birisidir. Hijyenik veya daha farklı yöntemler uygulanmasına rağmen hastalık tüm süt koyunu üretim sistemlerinde devam etmektedir. Genetik yaklaşımların çiftlik hayvanlarında sağlıkla ilgili özelliklerin ıslahında önemli katkılar sağlayacağı düşünülmektedir. Bu açıdan, bu tez çalışmasında, LAP3-intron-12, LAP3-ekzon-13, MASP2-ekzon-11, MASP2-ekzon-2&3 ve SIRT1-promotor gen bölgeleri polimorfizmleri Şavak Akkaraman koyun ırkında belirlenmiştir. Genomik DNA 150 baş Şavak Akkaraman koyun ırkına ait kan numunelerinden elde edilmiştir. Hedef gen bölgeleri için tüm örnekler, TasI, HindII, NmuCI, PstI, TaqI, HhaI, BstUI, BsrDI, BsrI, BsaJI, VspI, SmaI enzimleri kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyon-Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizm yöntemi ile genotiplendirilmiştir. LAP3-intron-12 bölgesi en yüksek heterozigotluğu sergilemiş ve orta düzeyde genetik çeşitliliğe sahip alellerin (C ve T) dengeli bir dağılımını ortaya koymuştur. LAP3-ekzon-13 tam homozigotluk göstererek genetik çeşitlilik olmadığını göstermiştir. MASP2-ekzon-11, AA genotipinin baskın olduğu yüksek genetik çeşitlilik sergilemiştir. MASP2-ekzon-2&3, çoğunluğu TT genotipine sahip olmak üzere orta düzeyde genetik çeşitlilik göstermiştir. SIRT1-promoteri orta düzeyde heterozigotluk sergilemiş ve bir C>G SNP lokusu polimorfik modeller ortaya koymuştur. Hardy-Weinberg Denge analizi, LAP3-intron-12 ve MASP2-ekzon-11 için sapmalar göstermiş, bu da rastgele olmayan çiftleşme veya genetik sürüklenmenin potansiyel etkilerini düşündürmüştür. Şavak Akkaraman koyunlarında genotipler ve süt verimi arasındaki korelasyon analizleri, LAP3-intron-12 CC genotipi ve daha yüksek süt üretimi için önemli pozitif ilişkiler ortaya koyarken, MASP2-ekzon-11 BB genotipi daha düşük süt verimi ile önemli bir negatif korelasyon göstermiştir. Bu bulgular, Şavak Akkaraman koyunlarında süt üretim özelliklerinin genetik temeline ilişkin bilgiler sağlamaktadır.

Abstract:
Sheepare ruminant mammals used as livestock form eat, milk, and wool production in agricultural industries around the world.Genetican genomic in formation can be used to improvem any production traits, including growth rate, meat, milk, wool yield, and disease resistance. However, importantin formation abouth the functions of genes in the sheep genome is stil lacking. Mastitis is one of the most common diseases in dairy sheep, causing huge economic losses and affecting animal welfare. The disease persists in all dairy sheep production systems despite the application of hygieni corother methods. Genetic approachesare thought to provide important contribution stotheb reeding of health-related traits in farm animals. In this respect, in this thesis, LAP3-intron-12, LAP3-exon-13, MASP2-exon-11, MASP2-exon-2&3,and SIRT1-promoter gene regions polymorphism swere determined by Savak Akkaraman sheep breed. Genomic DNA was obtained from blood samples of 150 sheep of the Savak Akkaraman sheep breed. All samples were genotyped fortarget gene regions by Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism method using TasI, HindII, NmuCI, PstI, TaqI, HhaI, BstUI, BsrDI, BsrI, BsaJI, VspI, SmaI enzymes.The LAP3-intron-12 region exhibited the highest heterozygosity and revealed a balanced distribution of all eles (C and T) with moderate genetic diversity. LAP3-exon-13 showed complete homozygosity, indicating no genetic diversity. MASP2-exon-11 showed high genetic diversity with the AA genotype being dominant. MASP2-exon-2&3 showed moderate genetic diversity with them ajority having the TT genotype. SIRT1-promoter exhibited moderate heterozygosity,and a C>G SNP locus revealed polymorphic patterns. Hardy-Weinberg Equilibrium analysis showed deviations for LAP3-intron-12 and MASP2-exon-11, suggesting potenti a leffects of non-random mating or genetic drift. Correlation analyses between genotypes and milkyield in Savak Akkaraman ewes revealed significant positive relation ships forth e LAP3-intron-12 CC genotype and higher milk production, while the MASP2-exon-11 BB genotype showed a significant negative correlation with lower milk yield. The sefindings provide in sights into the genetic basis of milk production traits in Savak Akkaraman ewes