Uzun kodlamayan RNA ve mikro RNA'ların hepatoselüler karsinomunun erken tanısında önemi
The importance of long noncoding RNA and micrornas in the early diagnosis of hepatocellular carcinoma
Yazar: DUYGU BİRCAN KADIOĞLU
Danışman: PROF. DR. FATİH EREN
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Hepatit B = Hepatitis B ; Hepatoma =   ; Karsinoma = Carcinoma ; Mikro RNA = Micro RNA ; RNA = RNA

Özet:
Amaç: MikroRNA (miRNA/miR) ve uzun kodlamayan RNA (lncRNA), hepatosellüler karsinogenezde önemli bir rol oynar ve HCC için invaziv olmayan bir biyobelirteç olarak hizmet edebilir. Bu çalışma, Hepatit B virüsü (HBV) ile ilişkili HCC (HBV-HCC), HBV ile ilişkili Siroz (HBV-Siroz), Kronik Hepatit B hastaları (KHB) ve sağlıklı deneklerin serumunda miRNA-146b-5p, miRNA-4510 ve lncRNA-GAS5 ekspresyonunu değerlendirmeyi amaçlamıştır.
Gereç ve Yöntem: Bu kesitsel çalışmada 15 HBV-HCC, 15 HBV-Siroz, 16 KHB ve 16 sağlıklı denekten alınan serum kullanılmıştır. Toplam RNA, serumdan izole edildi ve miRNA ve lncRNA'ların ekspresyonu, qRT-PCR ile ölçüldü ve 2-ΔΔCt yöntemleri kullanılarak hesaplandı. MiR-TV ve UALCAN veri tabanları kodlamayan RNA (ncRNA)'ların ekspresyonunu analiz etmek için kullanılmıştır. MIENTURNET ve Network Analyst miRNA-hedef etkileşimlerini tahmin etmek ve fonksiyonel zenginleştirme analizini görselleştirmek için kullanılmıştır. 
Bulgular: MiRNA-4510'in sadece kontrol grubunda bulunan üç bireyde ekspresyonu görülmüştür. MiRNA-146b-5p ekspresyonu en az HBV-HCC grubunda, en çok da kontrol grubunda bulunmuştur. MiR-146b-5p ekspresyonu için HBV-HCC grubu ile HBV-Siroz grubu ve HBV-HCC grubu ile kontrol grubu arasında güçlü bir ilişki saptandı sırasıyla p=0,006 ve p=0,005 olarak bulundu. LncRNA-GAS5 ekspresyonu en az KHB grubunda olmuştur, en çok da kontrol grubunda olmuştur. LncRNA-GAS5 için gruplar ikili şekilde karşılaştırıldığında HBV-HCC grubu ile kontrol grubu arasında ve KHB grubu ve kontrol grubu arasında güçlü bir ilişki saptandı sırasıyla p=0,031 ve p=0,002 olarak bulundu. 
Sonuç: Sonuç olarak; serum miRNA-146b-5p ve lncRNA-GAS5 seviyelerinin HBV-HCC için non-invaziv tanısal biyobelirteçler olarak hizmet edebilecek potansiyele sahip olduğunu öne sürdük. Birlikte ele alındığında, bulgularımız HBV-HCC tanısı için potansiyel biyobelirteçlere ışık tutmaktadır.

Abstract:
Objective: MicroRNA (miR/miRNA) and long non-coding RNA (lncRNA) play an important role in hepatocellular carcinogenesis and may serve as a non-invasive biomarker for HCC. This study aimed to assess miRNA-4510, miRNA-146b-5p, and lncRNA-GAS5 expression in the serum of patients with hepatitis B virus (HBV)-related HCC (HBV-HCC), HBV-related cirrhosis (HBV-Cirrhosis), chronic hepatitis B (CHB), and healthy subjects.
Materials and Methods: This cross-sectional study used serum from 15 HBV-HCC, 15 HBV-Cirrhosis, 16 CHB, and 16 healthy subjects. The total RNA was isolated from serum, and the expression of miRNAs and lncRNAs were measured by qRT-PCR and calculated using 2-ΔΔCt methods. The MiR-TV and UALCAN databases aided in analyzing ncRNA expressions, while MIENTURNET and Network Analyst were utilized for predicting miRNA-target interactions and functional enrichment analysis visualization.
Results: miRNA-4510 was found exclusively in three control subjects. MiRNA-146b-5p levels were lowest in the HBV-HCC group and highest in controls. Significant correlations were observed between HBV-HCC and HBV-Cirrhosis (p=0.006), and HBV-HCC and controls (p=0.005). The lncRNA-GAS5 expression was the least in the CHB group and the most in the control group. A strong relationship was found between the HBV-HCC group and the control group, and between the CHB group and the control group, respectively, p=0.031 and p=0.002.
Conclusion: The serum levels of miRNA-146b-5p and lncRNA-GAS5 show promise as non-invasive diagnostic biomarkers for HBV-related HCC. These findings contribute to the identification of potential biomarkers for HBV-HCC diagnosis.