Peptid protein kovalent konjugasyonu
Peptide protein covalent conjugation
Yazar: SERAP ACAR
Danışman: Y.DOÇ.DR. ZEYNEP AKDESTE
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Peptidlerin taşıyıcı proteinlere bağlanması, zayıf immunojenik özellikteki peptidlere karşı antikoroluşturmak için gerekmektedir. Sulu çözeltideki moleküllerin karboksil gruplarının aktivasyonu veaktive olmuş karboksil gruplarına amino gruplarının kovalent bağlanması, bu tez çalışmamızın konusuolan globular yapıdaki protein ile sentetik peptidlerin konjugasyon reaksiyonunun temelinioluşturmaktadır.Karbodiimidler heterobifonksiyonel özellikteki direkt (zero-length) çapraz bağlama reaktifleridir vekarboksil gruplarının amino gruplarına bağlanmasında kullanılırlar. Bu tez çalışmamızda karbodiimidyöntemi ile suda çözünen 1-etil-3-(3-dimetilaminopropil) karbodiimid hidroklorid (EDC) kullanılarak,Peptid-Protein konjugatları hazırlandı. Konjugasyonda bir protein molekülü için peptidin farklıoranları (npeptid/nBSA) ile çalışıldı ve bu orantılara ait biyokonjugatlar sentezlendi. Sentezlenmişbiyokonjugatlar farklı kolonlardan geçirilerek saflaştırıldı.Saflaştırılan biyokonjugatların; sentetik peptid, BSA ve BSA-sentetik peptid fiziki karışımları ilekarşılaştırmalı olarak karakterizasyonu ve bağlanma mekanizmasının incelenmesi, HPLC, GPC-VISCOTEK (Gel Permeation Chromatography; UV, Refraktif ndeks, Vizkozite ve Işık SaçılmasıDetektörlerine Sahip Kromatografik Sistem), Fluoresans Spektrofotometre ve Zetasizer (Partikülboyutu ve Zeta Potansiyel ölçümü için) cihazları kullanılarak gerçekleştirildi. Fiziko-kimyasal analizsonuçlarına dayanarak globular BSA moleküllerinin lineer yapılı peptid molekülleri ile kovalentbağlanması sonucu elde edilen biyokonjugatların oluşum mekanizması, elektrik yükü ve üç boyutluyapısı incelenmiştir.Anahtar kelimeler: Peptid, Protein, BSA, Kovalent Bağlanma, Karbodiimid, EDC

Abstract:
Coupling of the peptides to carrier protein is required to producing of anti-peptide antikor which areweak immunogenic peptides. In aqueuos solution carboxyl grups activation and binding the aminogroups to activated carboxyl group with covalent bond is formed our thesis main subject?sfundamental which is conjugation of globular proteins with synthetic peptides.Carbodiimides are heterobifonctional (zero-length) cross linkers reagents and used for coupling ofcarboxyl groups and amino groups. In this thesis study we prepare Peptide-Protein conjugates whitcarbodiimide method by using 1-ethyl -3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide hydrochloride. Forconjugation we study with different ratio of peptides for one protein molecule (npeptid/nBSA) andsynthesed the conjugates for this ratio. Conjugates are purified by using different column .Purified conjugates are characterized and the mechanism of the binding process is investigatedcomparatively with synthetic peptide, BSA and BSA-synthetic peptide physical mixture by HPLC,GPC-VISCOTEK (Gel Permeation Chromatography, The system has UV, Refractive Index,Viscometer and Right Angle Light Scattering detectors), Fluoresans Spectrophotometer, Zetasizer (Z-Ave, Zeta Potential). Formation mechanism, electrical charge and three dimensional structure ofbioconjugates are investigated based on physicochemical analysis results.Key words: Peptide, Protein, BSA, Covalent Coupling, Carbodiimide, EDC