Samsun ilinde yetiştirilen yazlık sebzelerde enfeksiyon oluşturan Cucumber mosaic virus (CMV) izolatlarının karakterizasyonu ve konukçu-simptom-satellit RNA ilişkilerinin araştırılması
Characterization of Cucumber mosaic virus (CMV) isolates infecting summer-grown vegetable crops in Samsun province and investigations on host-symptom-satellite RNA interactions
Yazar: SEVCAN SARI
Danışman: DOÇ. DR. MİRAY SÖKMEN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bitki virüsleri = Plant viruses ; Hıyar mozaik virüsü = Cucumber mosaic virus ; Sebzeler = Vegetables

Özet:
Cucumber mosaic virus (CMV), yazlık sebzelerde ekonomik kayıplara neden olan virüslerin başında yer almaktadır. CMV izolatları subgrup I ve II olarak iki ana alt gruba ayrılmaktadır. Subgrup I izolatları ise kendi içerisinde Subgrup IA ve Subgrup IB olarak gruplandırılmaktadır. Bu çalışmada, Samsun ilinde yazlık sebze yetiştirilen alanlarda CMV'nin subgruplarının belirlenmesi amacıyla 2012 ve 2013 yıllarında domates, biber, kavun, karpuz ve hıyar üretimi yapılan alanlardan toplam 661 yaprak örneği toplanmıştır. Alınan örnekler CMV'ye spesifik poliklonal antiserum kullanılarak DAS-ELISA yöntemi ile test edilmiştir. Test sonucunda 2012 yılına ait örneklerin % 31.1' inin, 2013 yılına ait örneklerin ise % 18.67' sinin CMV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. CMV enfeksiyonundan en fazla etkilenen ürün grubunun biber (% 31.1) olduğu, bunu sırasıyla hıyar (% 20.5), domates (% 15.2), karpuz (% 11.3) ve kavunun (% 2.8) takip ettiği saptanmıştır. 2013 yılına ait Samsun CMV izolatlarının % 27.8' i Subgrup I olarak ayrılmıştır. Örneklerin büyük bir kısmının (% 67.6)  subgrubu serolojik olarak belirlenememiştir. Sadece 2 örneğin (% 1.85) Subgrup II ve 3 örneğin (% 2.78) hem CMV Subgrup I hem de Subgrup II ile karışık enfekteli olduğu saptanmıştır. CMV ile enfekteli domates, kavun ve karpuz örneklerinin serolojik olarak subgruplarının belirlenmesi mümkün olmamıştır. Kılıf protein bölgesinin PCR-RLFP analizi, bir kavun ve bir hıyar izolatının subgrup II olarak tespitini sağlamıştır. Çalışmada ayrıca, CARNA-5 spesifik primerler ile CMV izolatlarının satellit RNA içerip içermediği RT-PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Karpuz bitkisinden izole edilen tek örnekte (VeKar-13-1) CARNA-5 spesifik primer için beklenen büyüklüğün (385 bp) üzerinde 500 bp'lik bir ürün elde edilmiştir.

Abstract:
Cucumber mosaic virus (CMV), is one of the most devastating virus causing infections in summer crops. CMV isolates are classified in two subgroups,    Subgroup I and Subgroup II. Also, CMV Subgroup I isolates were grouped as      Subgroup IA and IB. In this study, a total 661 leaf samples were collected from tomato, pepper, melon, watermelon and cucurbit grown areas in 2012 and 2013. Samples were tested by double antibody sandwich enyzme linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) by using virus-specific polyclonal antisera. Of the samples tested, 31.1% and 18.67% were found to be infected with CMV in 2012 and 2013, respectively. The most affected crops were pepper (31.1%), followed by cucumber (20.5%), tomato (15.2%), watermelon (11.3%) and melon (2.8%). Of the CMV isolates determined in Samsun province in 2013, 27.8% were identified as Subgroup I. Subgroups of the vast majority of the samples (67.6%) could not be determined by serologically. Only two samples (1.85%) were determined as subgroup II and 3 samples (2.78%) as mix-infected by both subgroups. Tomato, melon and watermelon samples did not react with subgroup-specific antisera. PCR-RFLP analysis of the coat protein gene region of CMV made possible to classify two more CMV isolates as Subgroup II.  In this study, CARNA-5 specific primers were used to determine satellite RNAs in CMV-infected samples by RT-PCR. An unexpected product of 500 bp, instead of 385 bp, was obtained in a sample of watermelon (VeKar-13-1).