Tabiat parkında geyik üretim istasyonunda serbest olarak yaşayan geyiklerden izole edilen escherichia coli izolatlarında antibiyotik direnç varlığının araştırılması
Investigation of the presence of antibootic resistance in escherichia coli isolated from deer living freely in the DEER production station in  the nature park
Yazar: YALÇIN ABUL
Danışman: PROF. DR. ARZU FUNDA BAĞCIGİL
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antibiyotik dirençliliği =   ; Escherichia coli = Escherichia coli

Özet:
Bu tez çalışmasında; İstanbul ili Sarıyer ilçesinde bulunan, Bahçeköy Geyik Üretim İstasyonunda bir tabiat parkında serbest olarak yaşayan geyiklerden bir yıl boyunca, her ay düzenli olarak toplam 120 adet taze geyik dışkı örnekleri toplandı. Dışkı örneklerinden elde edilen 224 E. coli şüpheli koloniden, identifikasyon amacıyla spesifik primerler ile yapılan PCR sonucunda; 216 E. coli izolatı identifiye edildi. Tüm izolatların antibiyotik duyarlılıklarını belirlemek amacıyla yapılan disk difüzyon yöntemiyle fenotipik olarak direnç profilleri ortaya çıkarıldı. Antibiyotik duyarlılık testlerinin sonuçlarına göre, üç veya daha fazla antibiyotik etken maddesine duyarlılıkları farklı olan izolatlar, aynı hayvana ait farklı suş olarak kabul edildi ve bu değerlendirme kriterine göre belirlenen 123 E. coli izolatı ile çalışmaya devam edildi. 14 farklı antibiyotik ile yapılan antibiyotik duyarlılık testi sonuçlarına göre en yüksek oranda direnç sırasıyla; sulfonamid 67 (%54,47), ampisilin 20 (%16,26), tetrasiklin 14 (%11,38) ve streptomisin 14 (%11,38)'e karşı belirlendi ve 10 (%8,13) izolatta çoklu antibiyotik direnci saptandı. İzolatların hiçbirinde fenotipik olarak siprofloksasin, enrofloksasin ve imipeneme karşı direnç saptanmadı. Fenotipik olarak sulfonamid, tetrasiklin ve streptomisine karşı orta duyarlı ve dirençli bulunan izolatların antibiyotik direnç genleri PCR yöntemi ile incelendi. Genotipik değerlendirme sonucu; 3 (% 21,42) izolatta tet (A) gen varlığı, 7 (%50) izolatta tet (B) gen varlığı, 3 (%5,55) izolatta aadA gen varlığı ve 3 (%5,55) izolatta strA-strB gen varlığı belirlendi. İzolatların hiçbirinde tet (C), sul1, sul2 ve sul3 gen varlıkları tespit edilmedi. İzole edilen E. coli suşlarının filotiplendirmeleri yapıldı ve izolatların %30,89' unun filogrup D' ye ait olduğu ardından izolatlar sırasıyla, filogrup B1 (%28,45), A (%9,75), B2 (%7,31), E (%6,50), Clade I (%6,50) ve filogrup F (%3,25) oranlarında saptandı.

Abstract:
In this thesis study; A total of 120 fresh deer feces samples were collected regularly every month for a year from deer living freely in a nature park at Bahçeköy Deer Production Station in Sarıyer district of Istanbul. As a result of PCR performed with specific primers for identification from 224 E. coli suspected colonies obtained from stool samples; 216 E. coli isolates were identified. Resistance profiles of all isolates were investigated phenotypically by the disk diffusion method which was used to determine the antibiotic susceptibility of all isolates. According to the results of the antibiotic susceptibility tests, the isolates with different susceptibility to three or more antibiotic active substances were accepted as different strains of the same animal, and the study was continued with 123 E. coli isolates determined according to this evaluation criteria. According to the results of the antibiotic susceptibility test performed with 14 different antibiotics, the highest rate of resistance was; sulfonamide 67 (%54,47), ampicillin 20 (%16,26), tetracycline 14 (%11,38) and streptomycin 14 (%11,38) were found, and multiple antibiotic resistance was found in 10 (%8,13) isolates. None of the isolates were phenotypically resistant to ciprofloxacin, enrofloxacin, and imipenem. Antibiotic resistance genes of isolates that were phenotypically intermediate (I) and resistant (R) to sulfanamide, tetracycline, and streptomycin were investigated by PCR method. Genotypic evaluation result; Presence of tet (A) gene in 3 (%21,42) isolates, presence of tet (B) gene in 7 (%50) isolates, presence of aadA gene in 3 (%5,55) isolates and 3 (%5,55) isolates the presence of the strA-strB gene was found. Tet (C), sul1, sul2 and sul3 genes were not found in any of the isolates. Phylotypes of isolated E. coli strains were investigated and %30,89 of the isolates were assigned to phylogroup D, then the isolates were classified respectively as phylogroup B1 (%28,45), A (%9,75), B2 (%7,31), E (%6,50), Clade I (%6,50), and phylogroup F (%3,25).