Doğu akdeniz bölgesi yayla ve ova bölgesindeki Ceratitis capitata Wiedeman (Diptera: Tephritidae) popülasyonlarının mitokondriyal DNA bölgelerindeki (COI-COII) varyasyonların araştırılması
Eastern mediterranean region highland and plain area Ceratitis capitata Wiedemann (Diptera: Tephritidae) in mitochondrial DNA region of population (COI-COII) investigation of variation
Yazar: ADNAN TUSUN
Danışman: PROF. DR. SERDAR SATAR
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada, Doğu Akdeniz Bölgesi'nde Adana, Mersin ve Hatay illerinin yayla ve ova kesimindeki 27 farklı meyve bahçesinden toplanan vuruklu meyvelerden elde edilen Ceratitis capitata Wied. (Diptera: Tephritidae) türünün moleküler sistematik analizi yapılmıştır. Filogenetik analiz için nükleotit dizileri DNA'nın mitokondriyal sitokrom oksidaz (CO) geninin iki bölgesi'nden 914 bp'lik bölge (COI-COII) elde edilmiştir. İzole edilen genomik DNA örnekleri C1-J-2792 (George) ve TK-N-3772 (Eva) primer çiftleri kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır. Sekanslamaya 72 örnek gönderilmiş bunların 67 tanesinde güzel okuma olup bu örnekleri Mega 6.0 ve DnaSP 5 software programı yardımıyla yapılan analizlerde 7 haplotip elde edilmişir. Arlequin programı yardımıyla gen akımı (Nm) ve ikili genetik uzaklık (Fst) degerleri hesaplanmıştır. Adana, Mersin ve Hatay illerinin yayla ve ova kesimindeki popülasyonların genetik farklılıkları bölge bazında karşılaştırıldığında popülasyonlar arasındaki ikili genetik uzaklık (Fst) değeri en yüksek -0.00486 olarak Hatay ile Mersin arasında bulunurken en düşük -0.01604 olarak Hatay ile Adana illeri arasında olduğu görülmüştür. Popülasyonlar arası hesaplamalarda Adana ve Mersin illeri arasında sonsuz bir gen akımı görülürken Hatay ile Mersin arasında 604.84 olarak elde edilmiştir. Bu durum bize Adana ve Mersin illeri arasındaki popülasyonların birbirine karıştığı yani gen akımının olduğu, Hatay ile Mersin arasında ise gen akımının daha az olduğunu göstermektedir. Yayla kesiminden elde edilen haplotipler her üç il içinde ayrı ayrı olmuştur. Yüksek kesimdeki popülasyonlarda genetiksel çeşitliliğin (Hd) ova kesimindeki popülasyonlara göre daha fazla olduğu saptanmıştır. NCBI web sitesinden alınan C. capitata'nın COI-COII bölgesine ait referans genlerin (Çin, ABD, Avustralya, Yunanistan) mevcut örnekler ile çizilen filogenetik ağaç üzerinde karşılaştırıldığında Türkiye'deki popülasyonların diğer ülkelerdeki popülasyonlar ile birbirine karışmadığı saptanırken Türkiye'nin yayla kesimi popülasyonunda Türkiye'nin diğer popülasyonları içinde ayrı bir dal oluşturduğu görülmüştür.

Abstract:
In this study, highland and lowland regions of Adana, Mersin and Hatay provinces of the Eastern Mediterranean Region were surveyed to collect infected fruit with Ceratitis capitata Wied. (Diptera: Tephritidae). As a result, C. capitata individulas were obtained from 27 different orchards an thet were used in molecular systematics analysis. Mitochondrial DNA cytochrome oxidase (CO) gene were used for phylogenetic analysis. The isolated genomic DNA samples was amplified by using PCR, totaly 914 bp nucleotide sequences of COI-COII region were obtained via C1-J-2792 (George) and TK-N-3772 (EVA) primer pairs. 72 samples were sent for sequencing. Out of 67 samples were give good reading and after that alligment and correction of sequences by Mega6.0. Sequences were analyzed to obtain number of haplotypes by using DnaSP 5 which is calculated seven haplotypes. Arlequin program were used in calculation of gene flow (Nm) and binary genetic distance (Fst) values. Genetic differences between populations in lowland and highland parts of Adana, Mersin and Hatay provinces were assed and 0.00486 value obtained as highest Fst values between Hatay and Mersin Provinces, and lowest one observed as -0.01604 between Hatay and Adana. Nm value was observed as limitless (∞) between Adana and Mersin provinces but 604.84 was seen between Hatay and Mersin. These values clearly show us that; the population of Adana and Mersin provinces has mixed population of C. capitata compare to between Hatay and Mersin provinces. Haplotytpes of highland population of three provinces is become differeent each other. Moreover, genetical diversity (Hd) in populations of higher elevations is greater than the populations in lowland areas. Phylogenetic tree drawn by existing examples with referance gene of COI-COII region which are obtained from NCBI website and they are the populations of China, USA, Australia, Greece show that Turkey's poulation has different branch than other countries, and furhermore highland population has aslo different branch in Turkey populations.