Çeşitli klinik örneklerden izole ediLen Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii ve Pseudomonas aeruginosa izolatlarında kolistin direncinin saptanmasında otomatize sistem ve sıvı mikrodilüsyon sonuçlarının karşılaştırlıması
Comparison of automated system and liquid microdilutionresults in determination of colistin resistance in isolates ofKlebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii andPseudomonas aeruginosa isolated from various clinicalsamples
Yazar: BEGÜM ZEYNEP ŞEREFOĞLU
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM KİRİŞÇİ
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Çoklu ilaca dirençli Gram negatif bakterilerin ortaya çıkışı ve yayılması, dünya çapında halk sağlığı için önemli bir tehdit oluşturmaktadır. Bu patojenler arasında Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa ve Acinetobacter baumannii, kolistin gibi son çare antibiyotiklere karşı direnç kazanma özellikleri nedeniyle dikkat çekmiştir. Kolistin direncinin doğru ve zamanında belirlenmesi, uygun tedavi kararlarının yönlendirilmesi için çok önemlidir. Çoklu ilaca dirençli bakteriyel enfeksiyonlarda kolistin kullanımına duyulan ihtiyaç arttıkça kolistin duyarlılık testleri de önem kazanmıştır. Bu çalışmayla çoklu ilaca dirençli Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında otomatize sistemle saptanan kolistin minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerlerinin, sıvı mikrodilüsyon (SMD) ile saptanan MİK değerleriyle karşılaştırılması amaçlanmıştır. 
Çalışmaya Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarına gönderilen klinik örneklerden üreyen A. baumanni (118 izolat), K. pneumoniae (131 izolat), P. aeruginosa (117 izolat) dahil edilmiştir. İzolatların antimikrobiyal duyarlılık testleri (ADT) , BD Phoenix 100 otomatize tanımlama sistemi(Becton, Dickinson and Company )ve SMD yöntemiyle çalışılmıştır. SMD yöntemi referans kabul edilerek BD PhoenixTM 100 otomatize sisteminin kolistin duyarlılığını saptama durumu, kategorik uyum, büyük hata ve çok büyük hata oranları saptanmıştır.
Toplam 366 izolatta, SMD ile 176 (%48,1),  BD PhoenixTM 100 sistemi ile 249 (%68) izolatta kolistin dirençli olarak saptanmıştır. A. baumannii, K. Pneumoniae, P. aeruginosa izolatlarında sırasıyla %55,1, %77,1, %11,1 oranında kolistine direnç saptanmıştır. İki yöntem karşılaştırıldığında otomatize sistem için kategorik uyum (KU) oranı tüm izolatlar için %74,6, K. pneumoniae için %77,09, A. baumannii için %55,8 ve P. aeruginosa için %91,45 olarak bulundu. Tüm izolatlar için büyük hata (BH) oranı %43,7, K. pneumoniae için %100, A. baumannii için %100 ve P. aeruginosa için %0 olarak bulundu. Tüm izolatlar için çok büyük hata (ÇBH) oranı %5,7, K. pneumoniae için %0, A. baumannii için %0 ve P. aeruginosa için %100 olarak bulundu. Otomatize sistem ile incelenen izolatların minimum inhibitör konsantrasyon değerleri (MİK50 ve MİK90) sırasıyla 4 μg/ml ve 4 μg/ml olup SMD yöntemi ile elde edilen sonuçların MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla 4 μg/ml ve 16 μg/ml olarak bulunmuştur.
Çoklu ilaca dirençli bakteriyel enfeksiyonlarda kolistin direnç testlerinin sonuçları uygun antibiyotik seçimi için çok önemlidir. BD PhoenixTM100 sisteminin A. baumannii ve K. pneumoniae izolatlarında kolistin duyarlı olan izolatları atladığı, kolistin duyarlılığını yeterince saptayamadığı görülmüştür. P. aeruginosa izolatlarında ise kolistine dirençli izolatların gözden kaçabileceği görülmektedir. Çalışmamız ile BD PhoenixTM100 sisteminin beklentileri tam olarak karşılamadığı, kolistin duyarlılığında EUCAST'ın önerdiği SMD yönteminin kullanılmasının gerekliliği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
The emergence and proliferation of multidrug-resistant Gram-negative bacteria pose a significant threat to public health worldwide. Among these pathogens, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, and Acinetobacter Baumannii have been noted for their ability to acquire specific resistance to last-care antibiotics such as colistin. Accurate and timely determination of colistin resistance is very important for guiding appropriate treatment decisions. Susceptibility testing of colistin has gained importance as the need for colistin use in multidrug-resistant bacterial infections increases. This study aimed to compare the minimal inhibitory concentration (MIC) values of colistin determined by the automated system and by liquid microdilution (SMD) in clinical isolates of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, and Klebsiella pneumonia.
A. baumanni (118 isolates), K. pneumoniae (131 isolates), P. aeruginosa (117 isolates) reproduced from clinical samples sent to Kahramanmaraş Sütçü İmam University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Bacteriology Laboratory were included in the study. Antimicrobial susceptibility tests (ADT) of the isolates were performed using the BD PhoenixTM 100 automated identificated system (Becton, Dickinson and Company) and liquid microdilution (SMD) method. By using the SMD method as a reference, colistin sensitivity detection status of the BD PhoenixTM 100 automated system, categorical agreement, major error and very large error rates were determined.
Of a total of 366 isolates, 176 (48.1%) were found to be colistin-resistant by SMD and 249 (68%) by the BD Phoenix 100 system. Colistin resistance was found in 55.1%, 77.1%, 11.1% of A. baumannii, K. pneumoniae and P. aeruginosa isolates, respectively. When the two methods were compared, the automated system's categorical agreement (KU) rate was 74.6% for all isolates, 77.09% for K. pneumoniae, 55.8% for A. baumannii and 91.45% for P. aeruginosa. Major error (ME) rate for all isolates was 43.7%, 100% for K. pneumoniae, 100% for A. baumannii and 0% for P. aeruginosa. The very major error (VME) rate for all isolates was 5.7%, 0% for K. pneumoniae, 0% for A. baumannii, and 100% for P. aeruginosa. The minimum inhibitory concentrations (MIC50 and MIC90) of the isolates examined with the automated system were 4 μg/ml and 4 μg/ml, respectively, and the MIC50 and MIC90 values of the results obtained by the SMD method were 4 μg/ml and 16 μg/ml, respectively.
In multidrug-resistant bacterial infections, the results of colistin resistance tests are very important for appropriate antibiotic selection. The BD PhoenixTM 100 system was observed to miss colistin-susceptible isolates in A. baumannii and K. pneumoniae isolates and could not adequately detect colistin susceptibility. In P. aeruginosa isolates, colistin-resistant isolates may be overlooked. Our study concluded that the BD PhoenixTM100 system did not fully meet the expectations and that the SMD method recommended by EUCAST should be used in colistin susceptibility.