Akut ve kronik lösemili (AML, KML) ve myelodisplastik sendromlu (MDS) hastalardanup98-hox genlerinin oluşturduğu kimerik genlerin mrna ürünlerinin saptanması
Detection of mrna products which are products of chimeric genes occured by translocation between hox and nup98 genes in patients diagnosed as having acut/chronic leukemia (AML, CML) and myelodisplastic syndrome (MDS)
Yazar: GİZEM AYNA
Danışman: Y.DOÇ.DR. OGÜN SERCAN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Hematoloji = Hematology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
ÖZETAKUT VE KRON K LÖSEM L (AML,KML) VE MYELOD SPLAST K SENDROMLU(MDS) HASTALARDA NUP98-HOX GENLER N N OLUŞTURDUĞU K MER KGENLER N mRNA ÜRÜNLER N N SAPTANMASIGizem AYNAnsan lösemilerinde NUP98 geninin, translokasyonlar sonucunda kimerik genoluşturduğu pekçok gen bulunmaktadır. Tez kapsamında Dokuz Eylül Tıp FakültesiHastanesi, çevre iller ve zmir içindeki diğer hastanelerden laboratuarımıza gelen lösemi,myelodisplastik sendrom (MDS) ve myeloproliferatif hastalık (MPH) ön tanılı hastalarınkemik iliği örneklerinde NUP98'in homeobox genleri (HOXA9, HOXA11, HOXA13,HOXC11, HOXC13, HOXD11, HOXD13) ve RNA helikaz enzimini kodlayan (DDX10) geniile birlikte meydana getirdiği füzyon ürünlerinin varlığı araştırıldı. Hastaların kemik iliğiörneklerinden toplam RNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra RNA'lar komplementer DNA'ya(cDNA) çevrildi. Î²-aktin geni internal kontrol olarak kullanıldı. Hastaların cDNA örneklerikullanılarak yapılan RT-PCR deneyleri sonucunda, çalışılan tüm hastalarda Î²-aktin gen ürünüsaptandı. Hedeflenen genlerin varlığını araştırmak üzere literatürden araştırılarak 17 adetprimer ısmarlandı ve bu primerler kullanılarak cDNA örnekleri RT-PCR yöntemikullanılarak çoğaltıldı. NUP98-HOX genlerinin ürünlerinin tarandığı 34 hastada ve NUP98-DDX10 geninin ürününün tarandığı 30 hastada füzyon transkriptlerine rastlanmadı.Anahtar Kelimer: Lösemi, translokasyon, NUP98, HOX, DDX10, kimerik gen, RT-PCR.

Abstract:
SUMMARYDETECTION of mRNA PRODUCTS WHICH ARE PRODUCTS OF CHIMERIC GENESOCCURED BY TRANSLOCATION BETWEEN HOX AND NUP98 GENES INPATIENTS DIAGNOSED AS HAVING ACUTE/CHRONIC LEUKEMIA (AML,CML,)and MYELODISPLASTIC SYNDROME (MDS)Gizem AYNAAs a results of chromosomal translocations, NUP98 and various partner genes wereshown to form fusion products in human leukemias. Bone marrow samples of leukemia,myelodysplastic sendrome (MDS), and myeloproliferative disease (MPD) patients , sent toour laboratuary from the Dokuz Eylul University hospital and other hospitals in zmir, wereused in this study. The presence of NUP98- HOX (HOXA9, HOXA11, HOXA13, HOXC11,HOXC13, HOXD11, HOXD13) fusion products as well as NUP98-DDX10 fusion productswere investigated. Cellular total RNA was extracted from the bone marrow mononuclear cellsand complementer DNA reaction was set up to obtain double strand DNA. The Ã-actin geneproduct was used as internal control. The cDNA products were amplified by PCR using 17different primer sets selected from medical literature.The Ã-actin internal control was foundpositive in all reactions.In conclusion, NUP98-HOX fusion gene products were found to be negative in 34patients tested while the NUP98-DDX10 products were negative in the total of 30 patientstested.Key Words: Leukemia, translocation, NUP98, HOX, DDX10, chimeric gene, RT-PCR.