Eş zamanlı primer endometrium ve over kanseri olgularında klinik, histopatolojik ve moleküler profillerinin prognoz üzerine etkilerinin değerlendirilmesi.
Effects of molecular and histological characteristics on prognosis in synchronous endometrial and ovarian cancer cases
Yazar: FERAH KAZANCI
Danışman: PROF. DR. ZERRİN ÇELİK YILMAZ
Başkent Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Genetik = Genetics ; Kadın Hastalıkları ve Doğum = Obstetrics and Gynecology ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Prognoz = Prognosis

Özet:
Kadın genital sisteminin en sık görülen eş zamanlı tümörleri, over(OC) ve endometrium'un(EC) senkron kanser (SEOC)'leridir. SEOC'lerde doğru tanı histopatolojik ve moleküler incelemelerin birlikte konulur. Böylece, optimal adjuvan tedavi ve hasta prognozunu belirlemek mümkün olacaktır. Amacımız, hitopatolojik olarak SEOC'lu hastalarda homolog rekombinasyon eksikliği (HRD) gen paneli kapsamında ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK12, CHEK1, CHEK2,  FANCL, PALB2, PPP2R2A, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L ve TP53 genlerini, yeni nesil dizileme yöntemi(YND) ile analiz ederek, tümörlerdeki genetik değişikleri ve prognoz üzerine etkilerini  değerlendirmektir. 
Temmuz 2005 ile Ağustos 2021 arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Jinekolojik Onkoloji Bilim Dalı'nda EC ve OC nedeni ile opere edilen 1673 hastadan histopatolojik olarak SEOC tanılı 5 yıl ve üzerinde yaşam süresi(OS) olan 7 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların formalinle sabitlenmiş parafine gömülü doku(FFPE) bloklarından DNA, Promega ReliaPrep FFPE gDNA Miniprep System kiti kullanılarak izole edildi. YND olan Illumina boyama temelli sekanslama yöntemi ile dizi analizi yapıldı. Örnekler Sophia homologous recombination solution DNA Kiti kullanılarak dizilendi. Data analizi Sophia DDM  platformu ve in siliko araçlar (Franklin, ClinVar), ile yapılıp varyantlar ACMG kriterlerine göre sınıflandırıldı.
EC ve OC en sık; ATM geninde [21  tane(%48.8), 24  tane(%60)] muhtemelen patojen(LP) ve patojen(P) mutasyon saptandı. EC'de OC'den farklı olarak, PALB2 geninde 2 tane(%4.6), CHEK2 geninde 2 tane(%4.6) ve OC'de EC'den farklı olarak RAD51D geninde 1 tane(%2.5), RAD54L geninde 2 tane (%5) LP ve P mutasyon saptandı.  Histopatolojik özelliklerin yanısıra DNA dizi analizi sonuçları da bir hasta haricinde hem endometrium hem de over dokusunda farklı özellikleri gösterip SEOC'ler tanısını doğruladı.
SEOC tanılı hastalar, metastatik OC veya EC (MC) kanserlerinden farklı olarak daha iyi bir prognoza sahiptirler. SEOC ve MC'yi ayırt etmede sadece patolojinin kullanılması hastaların yanlış evrelenmesi ve yönetilmesine neden olmaktadır. SEOC'de doğru tanı ve yönetim için genetik incelemeler yapılmalıdır. MC ve SEOC'lerden ayırmak için klonalite analizleri yapılmış fakat SEOC'lerdeki genetik değişikliklerin prognozu öngörücü olup olmadığına dair sınırlı çalışmalar bulunmaktadır. TP53, POLE ve CTNNB1 mutasyonlarının sıklığını fazla olduğu ve DNA mismatch repair (yanlış eşleşme onarımı) (MMR) eksikliğinin sağ kalımla anlamlı ilişkisi olmadığı saptanmıştır. Endometrioid tip  SEOC'lerinde mikro satellit instabilite, PTEN, ARID1A, PIK3CA , FGFR2 ,TP53 kaybı ve nükleer beta-katenin ekspresyonu saptanmıştır. Çalışmamızda aynı histopatolojik özelliği olan sadece bir olguda hem EC hem de OC'de ATM ve TP53 genlerinde aynı mutasyon izlendi ve HRD'deki gen panelindeki moleküler değerlendirme SEOC tanısını (tek hasta dışında) destekledi.
SEOC tümör  tanısı için ayrıntılı histopatolojik özellikleri ile birlikte genetik incelemelerin  yapılması önerilmektedir. Bizim çalışmamızda HRD gen paneli kapsamında saptanan mutasyonların prognozu olumsuz etkilemediği saptanmıştır. Ancak hasta sayısının azlığı gözönüne alındığında bu verilerin daha geniş hasta serileri ile desteklenmesi gerekmektedir.

Abstract:
The most common simultaneous tumors of  genital tract are synchronous cancers (SEOC) of the ovary (OC) and endometrium (EC). In SEOCs, the correct diagnosis is made both by histopathological and molecular examinations. Our aim in this study was to  investigate the patients with histopathological diagnosis of SEOC, with the homologuous recombination deficiency(HRD) gene panel analyzing, detecting genetic changes in tumors and evaluating their effects on the prognosis of the disease.
Among 1673 patients who were operated for EC and OC in Gazi University between July 2005 and August 2021, 7 patients with a histopathological diagnosis of SEOC with a life expectancy of 5 years or more were included in the project. DNA from patients' formalin-fixed paraffin-embedded tissue (FFPE) blocks was isolated using the Promega ReliaPrep FFPE gDNA Miniprep System kit. Sequence analysis was performed with Illumina staining-based sequencing method. Samples were sequenced using the Sophia homologous recombination solution DNA Kit. Panel genes consist of ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK12, CHEK1, CHEK2, FANCL, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, PALB2, PPP2R2A, TP53. Data analysis was performed with Sophia DDM platform and in silico vehicles (Franklin, ClinVar), and variants were classified according to ACMG criteria.
EC and OC most commonly had the Likely pathogen (LP) and pathogen (P) mutations, detected in the ATM gene (48.8%, 60%). Different from OC in EC, in PALB2 and CHEK2, and in OC, unlike EC, in the BIRP1, RAD51D, and RAD54L gene LP and P mutations were detected. In addition to histopathological features, DNA sequence analysis results confirmed the diagnosis of SEOC, except for one patient.
The use of pathology alone to distinguish between SEOC and MC may reveal potential risks such as misstaging and mismanagement of patients. Genetic studies are required for accurate diagnosis in SEOC. Clonality analyzes have been performed to differentiate between MCs and SEOCs, and there are limited studies on whether genetic changes in SEOCs are predictive of biological behavior. It was found that the frequency of TP53, POLE and CTNNB1 mutations was high and the lack of DNA mismatch repair (MMR) was not significantly associated with survival. In our study, molecular evaluation in the gene panel in HRD supported the diagnosis of SEOC (except for one patient), and the prognosis of these patients was good. 
For the diagnosis of SEOC tumor, detailed histopathological  and genetic examinations are required. Mutations that did not adversely affect the prognosis were detected in the HRD gene panel in SEOC patients.  However, these data should be supported by larger patient series.