Biber'de (Capsicum anuum) tütün mozaik virüsü (TMV -Tobacco Mosaic  Virüs) ve domates lekeli solgunluk virüsü (TSWV -Tomato Spotted Wılt Vırus)'ne karşı moleküler Markır yardımlı (MAS) seleksiyon ile dayanıklı hatların geliştirilmesi
Development of pepper (Capsicum anuum) lines for resistance against Tomato Mosaic Virus (TMV) and Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV) via molecular Marker Assisted Selection (MAS)
Yazar: CANSERİ BOZKUŞ
Danışman: PROF. NEDİM MUTLU
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Biberin tüketim alışkanlığında önemli bir yerinin olması ve Dünya yaş sebze ticaretinde önemli bir yer alması sebebiyle yoğun ıslah çalışmalarına konu olan türler arasındadır. Fakat her sebze türünde olduğu gibi hastalık/zararlı baskısı dayanıklı genetik materyal geliştirme,  dolayısıyla dayanıklı hibrit geliştirme, çalışmalarına ivme kazandırmıştır. Mekanik / klasik testlemenin zorlukları nedeniyle de ilgili patojenlere karşı dayanım sağlayan gen(ler)e bağlı moleküler markır kullanımı hızla yaygınlaşmıştır. Hastalık ve zararlılar arasından biber için  ilk sırada TMV(Tobacco mosaic virüs) ve TSWV(Tomato Spotted Wilt Virus) gelmektedir. Bu nedenle çalışmada TMV ve  TSWV dayanıklılık genleri bakımından açılım gösteren biber populasyonlarında (F2 ve F3) dayanıklı bitkilerin ilgili moleküler markırlar yoluyla tesbiti ve çoklu dayanımlı hatların geliştirilmesi amaçlanmıştır. 
Çalışmada markır destekli seleksiyon (MAS) yöntemi kullanılmış, 12 adet ticari çeşit(F1 hibrit) 2012 guz sezonunda dikilmiş, kendilenmiş ve F2 tohumları alınmıştır. Açılım gösteren F2 generasyonunda seçilen bitkilerde TMV dayanımı için L3 ve L4 alleleri, ve TSWV dayanımı için de Tsw genlerinin varlığı tespit edilmiştir. F2 generasyonunda seçilen bitkilerin F3 projenilerinde seçilen bitkilerde bu dayanımlar ilgili moleküler markırlar ile takip edilmiştir. Çalışmada TSWV dayanımı için kodominant CAPS markırı SCAC568 kullanılmış, TMV dayanımında; L3 alleli için 189D23M, L4 allelinin amplifikasyonu içinde 060I2END dominant markerları kullanılmıştır. L3 ve L4 dayanımları dominant markırla takip edildiği için F2 popülasyonunda beklenen segregasyon 3:1, Tsw dayanımı ise kodominant markırla takip edildiği için segregasyon 1:2:1 olmuştur. İlgili markır lokuslarının F2 açılımları için kikare(χ2) analizleri yapılmıştır. Kodominant markır beklenen 1:2:1 açılımı göstermiş olmasına rağmen L3 ve L4 lokuslarını temsil eden dominant markırlar beklenen 3:1 açılımından önemli derecede sapma göstermiştir. MAS kullanımının biber ıslahı için önemi ve sonuçları tartışılmıştır.

Abstract:
Pepper have an important place in consumption habits and taking in a big place in world's vegetable exports. As a result  when seed companies decided to start breeding activities  pepper is among the preferred species. Disease pressure has accelerated the development of resistant material/line and resistant hybrids, because of the difficulties of mechanical testing, the use of molecular markers in plant breeding has accelareted in the last decade.
In this study, the marker assisted selection (MAS) method was used. In 2012 autumn season 12 commercial hybrid variety planted, selfed and obtained F2 seeds  . The presence of L3, L4 alleles for TMV resistance, and Tsw gene for TSWV resistance were detected using the molecular markers linked to the gene of interests in the selected F2 plant, and  among the F3 progenies of the selected plants. The markers were co-dominant CAPS marker SCAC568 for TSWV resistance, and dominant markers 189D23M for the L3 allele and 060I2END for the L4 allele. Two dominant markers linked to L3 and L4 alleles were dominant with an expected segregation ratio of 3: 1 , and a co-dominant marker linked to Tsw resistance with an expected segregation ratio of 1:2:1 in F2 population. Kisquare (X2) analysis was performed to test segregation distortion in the F2 population for both dominant and co-dominant marker results. The codominant marker linked to the Tsw gene segregated 1:2:1 as expected. However, dominant markers linked to L3 and L4 alleles showed significant distortions. Ramification of MAS in pepper breeding is discussed.