Mersin bitkisinde (Myrtus communis L.) yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak transkriptom analizi ve SSR markırlarının geliştirilmesi
Transcryptom analysis and development of ssr marks by using new generation listening technology in Mersin plant (Myrtus communis L.)
Yazar: ÖZLEM ŞİMŞEK
Danışman: PROF. DR. YILDIZ AKA KAÇAR
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Mersin (Myrtus communis L.) Myrtaceae familyasına ait olan tıbbi aromatik açıdan önemli olan bir türdür. Mersin yaygın olarak parfüm, baharat ve tıbbi endüstride kullanılmakta, meyvesi taze olarak tüketilmektedir. RNA-Seq tekniği son zamanlarda geliştirilen ileri düzey transkriptom analiz tekniğidir. SSR markırlarının tespiti ve geliştirilmesi için son yıllarda sıklıkla yeni nesil dizileme teknolojilerinden faydalanılmaktadır. Bu çalışmada, mersin bitkisinde Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri kullanılarak SSR markırlarının geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla bir siyah meyveli ve bir beyaz meyveli olmak üzere iki mersin genotipinde Illumina HiSeq 2000 Sequencing cihazı kullanılarak RNA sekanslama çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Örneklerde 111.000'in üzerinde transkript elde edilmiştir. Transkriptlerin toplam uzunluğu 79.141.165-93.880.054 arasında değişmiştir. Örneklerde tespit edilen unigenlerin sayısı ise 68.476-79.802 olarak belirlenmiştir. RNA-Seq analizleri sonucunda, iki farklı mersin genotipinde gerçekleştirilen de novo analizleri ile genom üzerinde tekrar eden bölgeler tespit edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda, en yüksek tekrar motifinin 12.885 dinükleotid olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca 12-11776 arasında değişen sayıda farklı tekrar motifleri ortaya çıkarılmıştır. Belirlenen bu tekrar motiflerini çoğaltacak uygun SSR primerleri tasarlanmıştır. Tez çalışması sonucunda 10.000 üzerinde SSR primeri geliştirilmiştir.

Abstract:
Myrtle (Myrtus communis L.) is one of the important aromatic and medicinal species from the Myrtaceae family. Myrtle is a widely used spice that has many applications in the perfumery, food and pharmaceutical industries. The RNA-Seq technique is a recently developed advanced transcriptome analysis technique. Next generation sequencing technologies are often used to detect and develop SSR markers in recent years. In this thesis, it is aimed to develop SSR markers using next generation sequencing technologies. For this purpose, RNA sequencing studies were carried out using Illumina HiSeq 2000 Sequencing device on two myrtle genotypes, one with black fruits and one with white fruits. Over 111.000 transcripts were obtained in the samples. The total length of the transcripts ranged from 79.141.165 to 93.880.054. The number of unigenes detected in the samples was determined as 68.476-79.802. As a result of RNA-Seq analysis, repeating regions on the genome were determined by de novo analyzes performed on two different myrtle genotypes. As a result of the findings, the highest repeat motif was found to be 12.885 di-nucleotides. In addition, the number of different repeating motifs ranging from 12-11776 were revealed. Suitable SSR primers were designed to amplify these identified repeat motifs. As a result of this study, over 10.000 SSR primers were developed.