Non-invazif prenatal test (NIPT) tekniğinde, maternal kandaki fetal DNA (cffdna)  fraksiyonu yüzdesi (%) üzerine etki etmesi muhtemel faktörlerin retrospektif olarak araştırılması
"retrospective investigation of potential factors affecting the fetal dna (cffdna) fraction percentage (%) in non-invasive prenatal testing (NİPT) technique from maternal blood"
Yazar: MAHMUT YILMAZ
Danışman: PROF. DR. EMRE GÖKSAN PABUÇCU
Ufuk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Kadın Hastalıkları ve Doğum = Obstetrics and Gynecology

Özet:
Amaç: Bu tez çalışmamızda Ufuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Doktor Rıdvan Ege Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Bölümünde takip edilen gebelere uygulanan non-invaziv prenatal test (NIPT) tekniğinde, maternal kandaki fetal DNA fraksiyonu yüzdesi (%) üzerine etki etmesi muhtemel faktörlerin retrospektif olarak araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntemler: Bu tez çalışmasına Aralık 2015 ve Şubat 2022 tarihleri arasında Ufuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Doktor Rıdvan Ege Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum polikliniğinde takipli kromozomal anomalilerin tarandığı  gebeler dahil edilmiştir. 230 gebeye ait maternal ve paternal veriler incelenmiş, 42 gebe çalışmaya dahil edilme kriterleri sağlayamadığı için çalışmadan çıkarılmış ve geriye kalan 188 gebe çalışmaya dahil edilmiştir.
Tez çalışmamıza dahil edilen gebelere ait maternal vücut kitle indeksi (VKİ), gebelik haftası, gebelik yaşı, maternal yaş, baba yaşı, NIPT için kanın alındığı gebelik haftası,  fetüs cinsiyeti, spontan ve/veya invitro fertilizasyon gebelik olması, USG ile NT ölçümü alınan gebelik haftası, antikoagülan kullanımı, immünoterapi, antikor tedavisi, kök hücre tedavisi, organ transplantasyonu, ultrasonda anomali, ilaç kullanımı, anormal reprodüktif öykü, malign/bening tümör öyküsü, kan/diğer kan ürünleri transfüzyonu ait veriler elektronik veri tabanından elde edilmiştir. Tekil gebeliği olan ve  NIPT uygulanan, canlı doğum yapan gebelere ait maternal plazmanın analizinden elde edilen veriler incelenmiştir
Tez çalışmamıza ait verilerinin değerlendirilmesinde Statistical Package For Social Sciences (SPSS) MAC version 21 (IBM, Armonk, NY, USA) yazılım programı kullanılmıştır. İstatistiksel anlamlılık düzeyi %95 güven aralığında p değerinin 0,05 ve 0,05'ten küçük olması durumu olarak kabul edilmiştir.
Bulgular: Çalışma grubunun genel yaş ortalaması 35,2±4,7 olarak saptandı. Fetal DNA bakılanların ortalama gebelik haftası 14,3±2,8 ve gebelik aralığı 10-24 hafta ve ortalama  fetal DNA  fraksiyon düzeyi 8,64±3,20 (referans aralığı 3,54-22,53) olarak tespit edilmiştir.
 
Antikoagülan kullanan gebelerin ortalama fetal fraksiyon oranı  8,56±2,83, kullanmayanların ise 8,71±3,48 olarak saptandı ve bu fark istatistiksel olarak anlamlıydı (p=0,049). VKİ 25'ten küçük olan  gebelerin ortalama fetal fraksiyon oranı 9,41±3,48, VKİ 25'ten yüksek olanların ise 7,70±2,53 olarak saptandı ve bu fark istatistiksel olarak anlamlıydı (p=0,0001). Maternal serumda bakılan fetal DNA fraksiyonu, fetüs cinsiyetinin erkek olmasıyla daha yüksek ilişkili bulunmuştur.
Sonuç: Maternal serumda bakılan fetal DNA fraksiyonu yüzdesi, maternal kilo ve vücut kütle indeksi ile istatistiksel olarak anlamlı ve  ters ilişkili olduğu görüldü. Vücut kitle endeksi 25'ten büyük olan gebelerde maternal kan örneğinin daha geç gebelik haftasında alınması yolu ile yetersiz fetal fraksiyon (FF) oranından uzaklaşılarak yeterli ve/veya yüksek bir FF oranına ulaşılabilir.
Antikoagülan kullanan gebelerin ortalama fetal fraksiyon oranı, kullanmayan göre daha düşük olarak saptandı ve bu fark istatistiksel olarak anlamlıydı. Çalışmamıza göre NIPT uygulanmadan önce düşük molekül ağırlıklı heparin (DMAH) kullanımından kaçınılması önerilir.
Çalışmamızda maternal serumda bakılan fetal cfDNA fraksiyonu, fetüs cinsiyetinin erkek olmasıyla daha yüksek ilişkili bulunmuştur. Ancak literatürde yapılan incelemede FF kız fetüslü gebeliklerde daha yüksek bulunmuştur. Bu konuda daha fazla araştırma yapılması gerekmektedir.

Anahtar Kelimeler: Fetal DNA fraksiyonu, non-invaziv prenatal test, fetal cfDNA

Abstract:
ABSTRACT
Objectıve:  The purpose of this thesis is retrospectively investigate the factors that ,likely to affect the percentage of fetal DNA fraction in maternal blood in the non-invasive prenatal test (NIPT) technique applied to pregnant women followed in the Ufuk University Faculty of Medicine, Doctor Rıdvan Ege Hospital, Department of Obstetrics and Gynecology.
Materıals and Methods: Pregnant women who were followed up in the Obstetrics and Gynecology outpatient clinic of Ufuk University Medical Faculty Doctor Rıdvan Ege Hospital between December 2015 and February 2022 were included in the study. Maternal and paternal data of 230 pregnant women were examined, 42 pregnant women  who did not meet the inclusion criteria were  excluded from the study; and the remaining 188 pregnant women were included.
Maternal body mass index (BMI), gestational week, gestational age, maternal age, paternal age, gestational week when blood sample was taken for NIPT, fetus gender, spontaneous and/or in vitro fertilization pregnancy,  gestational week  when NT measurement by using USG  , anticoagulant use, immunotherapy, antibody treatment, stem cell therapy, organ transplantation, anomaly in ultrasound, drug use, abnormal reproductive history, malignant/bening tumor history, blood/other blood product transfusion were obtained from the electronic database. The data obtained from the analysis of maternal plasma of pregnant women who had a singleton pregnancy and underwent NIPT and had a live birth were examined.
Statistical Package For Social Sciences (SPSS) MAC version 21 (IBM, Armonk, NY, USA) software program was used to evaluate the data of our thesis study. The statistical significance level was accepted as the p value being less than 0.05 and 0.05 at the 95% confidence interval.
Results: The average age of the study group was found to be 35.2±4.7. December 20, 2016 The mean gestational week of fetal DNA subjects was determined as 14.3±2.8 and the gestational interval was 10-24 weeks and the mean fetal DNA fraction level was 8.64±3.20 (reference December 3.54-22.53).
The average fetal fraction rate of pregnant women using anticoagulants was found to be 8.56±2.83, and those who did not use it was 8.71±3.48, and this difference was statistically significant (p=0.049). The average fetal fraction ratio of pregnant women with BMI less than 25 was found to be 9.41±3.48, and those with BMI higher than 25 were found to be 7.70±2.53, and this difference was statistically significant (p=0.0001). The fetal DNA fraction examined in maternal serum was found to be more highly associated with the male sex of the fetus.
Conclusıon: It was found that the percentage of fetal DNA fraction examined in maternal serum was statistically significantly and inversely related to maternal weight and body mass index. In pregnant women with a body mass index greater than 25, a sufficient and/or high FF rate can be achieved by moving away from the insufficient fetal fraction (FF) rate by taking a maternal blood sample later in the gestational week.
The average fetal fraction rate of pregnant women using anticoagulants was found to be lower than those who did not use them, and this difference was statistically significant. According to our study, it is recommended to avoid the use of low molecular weight heparin (DMAH) before applying NIPT.
In our study, the fetal cfDNA fraction examined in maternal serum was found to be more highly associated with the male sex of the fetus. However, in a review conducted in the literature, FF was found to be higher in pregnancies with female fetuses. More research needs to be done on this issue.

Keywords: Fetal DNA fraction, non-invasive prenatal test, fetal cfDNA