36-InDelpleks paneli kullanılarak Azerbaycan popülasyonunda gen sıklıklarının belirlenmesi ve adli parametrelerinin değerlendirilmesi /
Yazar: AYTAKIN MAMMADOVA
Danışman: DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa /  Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine
Dizin: Adli bilimler = Forensic sciences ; Adli genetik = Forensic genetics ; Eklenti = Insertion ; Popülasyon biyolojisi = Population biology

Özet:
Son yıllarda, adli genetikde olay yerinden gelen az miktarda ve degrade olmuş DNA örneklerinden tam profil elde edilememesinden dolayı amplikon boyutları daha kısa olan genetik markırların arayışına girilmiştir. InDel'ler heterozigotluk oranlarının ve ayrım gücünün yüksek olması, mutasyon oranlarının düşük ve amplikon boyutlarının küçük olmasıyla beraber az maliyetle analiz edilebilmesi gibi avantajlarından dolayı adli bilimlerde tek başına veya diğer markırlara tamamlayıcı olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bu araştırmada, otozomal kromozomlar üzerinde olan 34 InDel (rs34660708, rs34495360, rs2308135, rs2307789, rs2307521, rs2308112, rs2308163, rs1610919, rs2308137, rs16646, rs144389514, rs56168866, rs16671, rs33972805, rs25549, rs16722, rs2067304, rs140861207, rs1160981, rs4646006, rs6480, rs28369942, rs2307838, rs3062629, rs10590424, rs16458, rs10623496, rs1610937, rs16363, rs2067147, rs1160965, rs2307656, rs2308101, rs2308072, rs2067191) lokusu, Y kromozomu üzerinde bulunan (rs2032678) 1 InDel lokusu ve amelogenin (AMG-XY) lokusunun Azerbaycan popülasyonunda polimorfizminin belirlenmesi ve 36-InDelplex panelinin Türkiye'de ve Azerbaycan'da adli laboratuvarlarda olgu çözümünde kullanımını sağlamak amaçlanmıştır.
Bunun için, ilk aşamada Azerbaycan'nın her bölgesinden homojen şekilde 182 gönüllüden (92 kadın, 90 erkek) ağız içi sürüntü örnekleri toplandıktan sonra, DNA izolasyonu ve miktar tayinleri yapılmıştır. İkinci aşamada, optimizasyonu ve validasyonu yapılan panelin protokolüne uygun şekilde 0.5-2ng/μl DNA ile PCR yapıldı. Üçüncü aşamada, Applied Biosystems™ 3500 genetik analizör cihazında PCR ürünlerinin elektroforezi gerçekleştirildi. Elde edilen veriler GeneMapper v.5.0 programında analiz edilerek 182 kişinin genotipleri belirlendi. En son aşamada, alel frekansları, popülasyonlar arası genetik uzaklık (FST) ve Hardy-Weinberg dengesi Arlequin v.3.5.1.2 programı kullanılarak hesaplandı. PowerStats (Promega) Microsoft® Excel dosyası kullanılarak her bir lokus için adli istatistik parametreler belirlendi ve elde edilen FST değerleri ile Mega X v.10.0.5 programında filogenetik ağaç çizimi yapıldı.
Tüm lokusların ortalama heterozigotluğu 0.4807, 36 lokus birlikte çalışıldığında ayrım gücü %99.999999999999375124 olarak bulunmuştur. Çalışmanın bulgularına göre, sözkonusu panel tek başına çalışıldığında adli kimliklendirme ve nesep tayininde kullanılması için gerekli olan ayrım ve dışlama gücüne ulaşılabildiği saptanmıştır. Çalışılan 34 InDel lokusunun Azerbaycan ve dünyanın çeşitli popülasyonlarına (Afrika, Amerika, Güney Asya, Avrupa, Doğu Asya) ait verileri karşılaştırıldığında Azerbaycan popülasyonun Avrupa popülasyonu ile genetik olarak daha yakın olduğu söylenebilir.

Anahtar Kelimeler: adli genetik, adli bilimler, insersiyon-delesyon polimorfizmi (InDel), popülasyon genetiği, adli kimliklendirme

Abstract:
In recent years, genetic markers with shorter amplicon sizes have been sought in forensic genetics due to the inability to obtain a full profile from the small number of degraded DNA samples from the crime scene. InDels have started to be used alone or as a complement to other markers in forensic sciences due to their advantages such as high heterozygosity and discrimination power, low mutation rates, small amplicon sizes, and low-cost analysis. In this study, it was aimed to determine the polymorphism of 34 InDel loci (rs34660708, rs34495360, rs2308135, rs2307789, rs2307521, rs2308112, rs2308163, rs1610919, rs2308137, rs16646, rs144389514, rs56168866, rs16671, rs33972805, rs25549, rs16722, rs2067304, rs140861207, rs1160981, rs4646006, rs6480, rs28369942, rs2307838, rs3062629, rs10590424, rs16458, rs10623496, rs1610937, rs16363, rs2067147, rs1160965, rs2307656, rs2308101, rs2308072, rs2067191) on autosomal chromosomes, 1 InDel locus on Y chromosome (rs2032678) and amelogenin (AMG-XY) locus in Azerbaijan population and to use the 36-InDelplex panel in case resolution in forensic laboratories in Turkey and Azerbaijan.
For this, in the first stage, after collecting homogeneously oral swab samples from 182 volunteers (92 female, 90 male) from every region of Azerbaijan, DNA isolation and quantification were performed. In the second step, PCR was performed with 0.5-1.5ng/μl DNA by the protocol of the optimized and validated panel. In the third step, electrophoresis of PCR products was performed on the Applied Biosystems™ 3500 genetic analyzer device. The genotypes of 182 individuals were determined by analyzing the obtained data in GeneMapper v.5.0 program. In the final step, allele frequencies, inter-population genetic distance (FST) and Hardy-Weinberg equilibrium were calculated using the Arlequin v.3.5.1.2 program. Forensic statistical parameters were determined for each locus using PowerStats (Promega) Microsoft® Excel file and the phylogenetic tree was drawn in Mega X v.10.0.5 program with the obtained FST values.
The mean heterozygosity of all loci was 0.4807, and the discrimination power was 99.999999999999375124% when 36 loci were studied together. According to the findings of the study, it was determined that the power of discrimination and power of exclusion required for its use in forensic identification and paternity-kinship test could be achieved when the said panel was studied alone. When the data of 34 InDel loci studied in Azerbaijan and various populations of the world (Turkey, Africa, America, South Asia, Europe, East Asia) are compared, it can be said that the Azerbaijani population is genetically closer to the European populations.

Keywords: forensic genetics, forensic sciences, insertion-deletion polymorphism (InDel), population genetics, forensic identification