Türkiye sularındaki işkine (Sciaena umbra Linnaeus,1758) ve kötek (Umbrina cirrosa Linnaeus,1758) balıklarının populasyonlarının genetik analizi
Genetic analyses of brown meagre (Sciaena umbra Linnaeus,1758) and shi drum (Umbrina cirrosa Linnaeus,1758) distributed along Turkish coastal waters
Yazar: ŞİRİN FİRİDİN
Danışman: DOÇ. DR. İLHAN ALTINOK
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Filogeni = Phylogeny ; Genetik-popülasyon = Genetics-population

Özet:
2008-2010 tarihleri arasında Trabzon, Giresun, Artvin, Rize, Adana, Antalya, Muğla ve?zmir bölgelerinden toplam 254 adet kötek (Umbrina cirrosa) ve işkine (Sciaena umbra)balık türleri örneklenmiştir. Cyt-b, 16S rRNA gen bölgelerinin sekans ve Cyt-b, 16S rRNAve ND1 gen bölgeleri için RFLP analiz sonuçları irdelenerek filogenetik ve populasyonanalizleri yapılmıştır. Sekans analizi sonuçlarına göre Cyt-b geninde işkinede 25, kötekte20 haplotip belirlenirken, 16S rRNA geni için işkinede 4 ve kötekte 8 haplotipbulunmuştur. Ayrıca Cyt-b ve 16S rRNA gen bölgeleri için haplotip çeşitliği işkinedesırası ile %83,8 ve %52,6 ve kötek de ise %80,5 ve %73,6 olarak bulunmuştur. Yapılanmoleküler varyans analizi sonucuna göre Fst değeri 0,07364 (P < 0.001) olarak bulunmuşolup, Trabzon Rize popülâsyonu hariç diğer popülâsyonlar birbirinden ayrılmıştır. KötekCyt-b moleküler varyans analizi sonucunda Fst değeri 0,1881 ve (P < 0.001) dir. Rize-Artvin populasyonları yalnız kendi aralarında ayrılmaz iken Antalya tüm populasyonlarlaaynı özelliği göstermiştir. İşkine ve Kötek için hesaplanan Nükleotid çeşitliliği (Pi) venükleotid farklığı (k) Cyt-b geni için sırası ile % 2,97 ve 2,87 ve 16S rRNA geni için isesırası ile 1,54 ile 0,61 olarak belirlenmiştir. Filogenetik analizlerde genus düzeyindeayrışma sağlanamamıştır. Yapılan RFLP analiz sonucunda ise populasyon düzeyindepolimorfik bir yapılanma bulunamamıştır.Anahtar Kelimeler: Umbrina cirrosa, Sciaena umbra, Cyt-b, haplotip, RFLP, nükleotitçeşitliliği.

Abstract:
To analyze filogenetic and population structure of shi drum and brown meagre, 254 fishwere sampled from eight locations of Turkish coastal. The sequence analysis of Cyt-b, 16SrRNA and RFLP analysis of Cyt-b, 16S rRNA and ND1 gene sites were examined tofilogenetic and population structure of these fish. Based on sequence analyses, 25 and 20haplotypes were specified for brown meagre and for Shi Drum in Cyt-b gene and 4haplotypes for brown meagre and 8 haplotypes for shi drum in 16S rRNA. Nucleotidediversity in 16S rRNA and Cyt-b genes were found 83.8% and 52.6% for brown meagreand 80.5% and 73.6% for shi drum, respectively. Molecular variances analysis showed thatFST value was found 0.07364, Cyt-b molecular variances analysis for shi drum indicatedthat FST value was 0.1881 (P<0.001). The calculated nucleotide diversity (Pi) anddivergence (k) for brown meagre and shi drum were between 2.97% and 2.87% for Cyt-bgene and between 1.54% and 0.61% for 16S rRNA gene, respectively. Based onphylogenetic analysis no differentiation was achieved at the level of genus. According toRFLP analysis results, no polymorphic structure was found in population level.Key Words: Umbrina cirrosa, Sciaena umbra, Cyt-b, haplotype, RFLP, nucleotidediversities