Giresun ve Samsun illerinden alınan su örneklerinde Cryptosporidium spp.'nin moleküler teknikler kullanılarak araştırılması
Investigation on Cryptosporidium spp. by using molecular technics in water samples collected from provinces of Giresun and Samsun in Turkey.
Yazar: EMİNE AYAZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ZEYNEP KOLÖREN
Ordu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, 2012, 2013 sonbahar; 2013, 2014 ilkbahar aylarında Giresun ve
Samsun illerinde belirlenen toplam 45 istasyondan 420 çevresel, 120 içme suyu
örneği alınmıştır. Alınan su örneklerinden DNA izole edilerek Nested PZR ile 18S
rRNA geni, İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) yöntemiyle SAM-1
hedef geni kullanılarak Cryptosporidium parvum'un varlığı araştırılmıştır. Kullanılan
iki metotla, Samsun ve Giresun illerinden alınan içme suyu örneklerinin hiç birinde
Cryptosporidium DNA'sına rastlanılmamıştır. Samsun il ve ilçelerinden alınan 240
çevresel su örneğinin 101'i (%42) LAMP yöntemi ile, 92'si (%38.3) Nested PZR
yöntemi ile Cryptosporidium'un varlığı açısından pozitif bulunmuştur. Giresun il ve
ilçelerinden alınan 180 çevresel su örneğinde LAMP yöntemiyle 74 (%41.1), Nested
PZR ile 70 (%38.8) örnekte Cryptosporidium DNA'sı tespit edilmiştir.
Nested PZR yöntemiyle pozitif olan örnekler PZR-RFLP tekniği kullanılarak RsaI
restrüksiyon enzimiyle kesilmiştir. Elde edilen kesim ürünleri değerlendirildiğinde
tüm pozitif örneklerin C. parvum türüne ait olduğu gözlenmiştir. 18S rRNA gen
bölgesinin çoğaltıldığı PZR ürünlerinden 18 örneğin sekansı alınmıştır.
Samsun ve Giresun il sınırlarında yer alan çevresel ve içme suyu kaynaklarında su
kökenli protozoonlar ile ilgili çalışmalar yok denecek kadar azdır. Bu çalışmayla
araştırma alanında su kirliliğine neden olan su kökenli protozoon Cryptosporidium
türlerinin tespiti uluslararası kabul görmüş moleküler tekniklerle sağlanmıştır. Gerek
bölgedeki halk sağlığı için tehlikeli protozoonun varlığının tespitiyle halk sağlığını
korumaya yönelik temel bir çalışma olması gerekse yapılacak diğer çalışmalar için
kaynak oluşturması bu çalışmanın önemini vurgulamaktadır.
Anahtar Kelimeler: Cryptosporidium parvum, Moleküler teknikler, Samsun,
Giresun

Abstract:
In this study, 420 environmental samples and 120 drinking water samples were
collected from a total of 45 stations of Samsun and Giresun provinces in the period
of 2012, 2013 falland 2013, 2014 spring. DNA isolated from water samples were in
vestigated by Nested PCR for 18S rRNA gene and Loop mediatediso thermal
amplification (LAMP) for SAM-1 target gene. There are not any Cryptosporidium's
DNA by this two methods was found in drinking water samples collected from
Samsun and Giresun Provinces. One hundred one (%42), 92 (%38.3) of 240
environmental samples has been found positive by LAMP, Nested PCR respectively
in the province of Samsun. Seventy four (%41.1), 70 (%38.8) of 180 environmental
samples were positive by LAMP, Nested PCR respectively in the province of
Giresun.
The samples of which are positive by Nested PCR has been cut with RsaI restriction
enzyme by using PCR-RFLP method. When there sulting of cut product sevaluated,
all positive samples have been observed as C. parvum. These quence of twenty one
samples which are 18S rRNA gene PCR products has been obtained.
There are a few study about water-borne protozoans in environmental and drinking
water resources of Samsun and Giresun Province. The water-borne protozoan G.
intestinalis which are causes of water pollution in the in vestigated region were
determined by the internationally accepted molecular techniques in this research. The
importance of this study was to establish both a basic work for protecting public
health by detecting the presence of the danger ous protozoan in the in vestigated area
and the source for other next studies.
Key Words: Cryptosporidium parvum, Molecular methods, Samsun, Giresun