Kolesteatoma etiyopatogenezinde tümör supresör genlerin ve onkogenlerin etkisinin yeni nesil dizileme varyant analizi ile araştırılması
Evaluation of the roles of tumor suppressor genes and oncogenes in cholesteatoma etiopathogenesis by next generation variant analysis
Yazar: LEVENT ŞİMŞEK
Danışman: PROF. DR. MAHMUT SELMAN YILDIRIM
Necmettin Erbakan Üniversitesi / Meram Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Etyopatogenez = Etiopathogenesis ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Genler = Genes ; Kolestatoma = Cholesteatoma ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Onkogenler = Oncogenes

Özet:
Amaç: Kolesteatoma, timpanik kavite ve temporal kemiğin etkilendiği yüksek mortalite ve morbiditelere yol açabilen proliferatif bir hastalıktır. Şimdiye kadar yapılmış birçok araştırma ve ortaya atılmış çeşitli teorilere rağmen kolesteatoma etiyopatogenezi tam olarak aydınlatılamamıştır. İnvazyon, migrasyon, kontrolsüz proliferasyon, ve farklılaşma bozukluğu gibi özellikler hem kolesteatomada hem de kanser dokusunda gözlenmektedir. Bu bağlamda, kolesteatoma ve kanserin etiyopatogenez açısından taşıdğı ortaklıkları araştırmak önem kazanmaktadır. Bu projede; kanser patogenezinde rol oynayan 60 farklı gen, kolesteatoma dokusu ve normal dokuda karşılaştırmalı olarak analiz edilerek, kolesteatoma patogenezinde kanser ilişkili genlerin etkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: Kulak Burun Boğaz kliniğinde kolesteatoma tanısı almış ve operasyon endikasyonu konulmuş yetişkin hastalardan, kolesteatoma rezeksiyonu esnasında rutin olarak çıkarılan kolesteatoma dokusu ve normal epitel dokuya karşılaştırmalı olarak ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, DLC1, EGFR, ERBB2, ERBB4, ESR1, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FTSJ3, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KCNB2, KDR, KIT, KRAS, MET, MLH1, MYC, MYCN, NOTCH1, NRAS, NRXN1, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RBAK, RET, ROS1, SMAD4, SMARCB1, SMO, SMURF1, SRC, SSFA2, STK11, TP53, VHL, ve ZNF594 genlerine yönelik yeni nesil dizileme varyant analizi yapıldı. 
Bulgular: İncelenen genlerde tespit edilen varyantlar, biyoinformatik algoritmalar eşliğinde analiz edildi ve her bir varyant için sınıflandırma yapıldı. Klinik anlamı olabilecek somatik JAK3 c.2164G>A (p.Val722Ile), TP53 c.284delC (p.Ser95PhefsTer28), ve KRAS c.377A>T (p.Asp126Val) değişimleri, kolesteatoma dokusunda gözlenirken normal dokuda saptanmadı. Ek olarak, daha önce kolesteatoma ile ilişkilendirilmemiş, klinik önemi olabilecek 12 farklı germline varyant tespit edildi.
Sonuç: Çalışmamızda, kanser ilişkili genlerdeki değişimlerin kolesteatomadaki varlığı tespit edilmiş ve bu değişimler olası klinik uygulamalar açısından tartışılmıştır. Elde edilen veriler, literatüre sağlayacağı katkının yanında bu alanda gelecekte planlanacak araştırmalar için yol gösterici olabilir.

Abstract:
Background/Aim: Cholesteatoma is a proliferative disease that affects the tympanic cavity and temporal bone, which can lead to high mortality and morbidity. Despite many studies and various theories, the etiopathogenesis of cholesteatoma has not been fully elucidated. Features such as invasion, migration, uncontrolled proliferation, and lack of differentiation are observed in both cholesteatoma and cancer tissue. In this context, it is important to investigate the intersection between cholesteatoma and cancer in terms of etiopathogenesis. In this project; 60 different genes that play a role in the pathogenesis of cancer were analyzed comparatively in cholesteatoma tissue and normal tissue in order to evaluate the effect of cancer-related genes in the pathogenesis of cholesteatoma.
Methods: Cholesteatoma tissue and normal epithelial tissue, which were routinely removed during the cholesteatoma resection from adult patients diagnosed with cholesteatoma in the otorhinolaryngology clinic and indicated for operation, were comperatively analyzed for ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, DLC1, EGFR, ERBB2, ERBB4, ESR1, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FTSJ3, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KCNB2, KDR, KIT, KRAS, MET, MLH1, MYC, MYCN, NOTCH1, NRAS, NRXN1, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RBAK, RET, ROS1, SMAD4, SMARCB1, SMO, SMURF1, SRC, SSFA2, STK11, TP53, VHL, and ZNF594 genes using next generation sequencing variant analysis.
Results: The variants detected in the examined genes were analyzed with bioinformatics algorithms and classification was made for each variant. Somatic JAK3 c.2164G>A (p.Val722Ile), TP53 c.284delC (p.Ser95PhefsTer28), and KRAS c.377A>T (p.Asp126Val) changes that may have clinical significance were observed in cholesteatoma tissue but not in normal tissue. In addition, 12 different germline variants not previously associated with cholesteatoma, which may have clinical significance, were identified.
Conclusion: In our study, the presence of changes in cancer-related genes in cholesteatoma was determined and these changes were discussed in terms of possible clinical applications. The data obtained not only contribute to the literature, but also might be a guide for future research in this field.