Türkiye'de yetiştirilen bazı koyun ırklarında MHC (Major histocompatibility complex) gen bölgesinde genetik varyasyonun belirlenmesi
The identification of genetic variation in MHC (Major histocompatibility complex) gene region in some Turkish sheep breeds
Yazar: FATMA İLHAN
Danışman: DOÇ. DR. İSMAİL KESKİN
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Koyunlarda Major Histocompatibility Complex genleri (Ovar-MHC) diğer evcil hayvanlara oranla daha az çalışılmıştır. Ancak MHC'nin sınıf 1, sınıf 2 ve sınıf 3 bölgelerinden oluşan temel yapısı diğer memelilerle yüksek oranda benzerlik göstermektedir. Bu çalışmada Türkiye'de yetiştirilen sekiz koyun ırkının (Akkaraman, Dağlıç, İvesi, Sakız, Kıvırcık, Karayaka, Malya ve Morkaraman) Ovar- MHC sınıf 2 genlerinden DRB1 ve DRB3 gen bölgeleri, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltılmıştır. PCR ürünleri DRB1 gen bölgesinde 5 restriksiyon enzimi (NciI, SacI, SacII Hin1I ve DdeI) ile ve DRB3 gen bölgesinde ise 2 restriksiyon enzimi (NdeII ve BsaI)  ile kesilmiştir. DRB1 gen bölgesinin NciI, SacI, SacII, Hin1I enzimleri ile kesimi sonucu 3 genotip ve iki allel belirlenmiştir. DRB3 gen bölgesinde NciI, SacI, SacII ve Hin1I enzimleri ile kesim sonucu yaygın bulunan allel frekansları sırasıyla 0.69,0.65,0.91 ve 0.57 bulunmuştur. DRB1 gen bölgesinin DdeI restriksiyon enzimi ile kesimi sonucunda 4 genotip ve 3 allel belirlenmiş ve allel frekansları 0.62, 0.28 ve 0.10 olarak hesaplanmıştır DRB3 gen bölgesinin NdeII restriksiyon enzimi ile kesimi sonucunda 3 genotip ve 2 allel; BsaI restriksiyon enzimi ile kesimi sonucunda 2 genotip ve 2 allel belirlenmiştir. Her iki enzim için yaygın bulunan allel frekansları ise sırasıyla 0.72 ve 0.96 olarak tespit edilmiştir. Bu tez çalışmasında Türkiye'deki yerli koyun ırklarının MHC DRB1 ve DRB3 genlerinin ekzon 2 bölgesindeki genetik profili ortaya konmuş ve yerli koyun ırkları MHC genleri bakımından sınıflandırılmıştır.

Abstract:
The major histocompatibility complex (MHC) in sheep, Ovar-Mhc, is poorly characterised, when compared to other domestic animals. However, its basic structure is similar to other mammals, comprising class I, II and III regions. In this study, the Ovine MHC class II DRB1 and DRB3 genes were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) in eight sheep breeds (White Karaman, Dağlıç, Awassi, Sakız, Kıvırcık, Karayaka, Malya, Morkaraman) that are reared in Turkey. Informative Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)'s were obtained with five restriction enzymes (NciI, SacI, SacII Hin1I and DdeI) for DRB1 gene and with two restriction enzymes (NdeII and BsaI) for DRB3 gene. The digestion of exon 2 of DRB1 gene with NciI, SacI, SacII, Hin1I each resulted 3 genotypes, and two alleles viz., a and b with frequency range of 0.69 and 0.31; 0.65 and 0.35; 0.91 and 0.09; 0.57 and 0.43, respectively. The digestion of exon 2 of DRB1 gene with DdeI resulted 4 genotypes, and 3 alleles viz., a, b and c with frequency range 0.62, 0.28 and 0.10 respectively. On the oher hand the digestion of exon 2 of DRB3 gene with NdeII, BsaI each resulted 3 genotypes, and two alleles viz., a and b with frequency range 0.72 and 0.28; 0.96 and 0.04 respectively. This study presents the genetic profile of MHC gene region of exon 2 of DRB1 and DRB3 genes in native sheep breeds in Turkey.