Hastanede yatarak izlenen SARS-COV-2 PZR testi pozitif hastalarda fataliteye etki eden faktörlerin değerlendirilmesi
Evaluation of factors affecting fatality in hospitalized patients with positive sars-cov-2 PCR test
Yazar: ŞÜKRAN SEVİM
Danışman: DOÇ. DR. FATMA ŞEBNEM ERDİNÇ
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: COVID 19 = COVID 19 ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Risk faktörleri = Risk factors ; SARS virüsü = SARS virus ; Yatan hastalar = Inpatients

Özet:
Giriş ve Amaç: Aralık 2019'da Çin'in Hubei eyaletinin Wuhan şehrinde nedeni bilinmeyen viral pnömoni olgularının bildirilmesi üzerine yapılan araştırmalarda, yeni bir koronavirüs etkeni saptanmıştır. Başlangıçta "2019-nCoV" adı verilen virüs, Şubat 2020'de Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından SARS (Şiddetli Akut Solunum Yetmezliği Sendromu) virüsüne benzerliği nedeniyle "SARS-CoV-2", hastalık ise Koronavirüs Hastalığı 2019 anlamına gelen "COVID19" olarak adlandırılmıştır. Başka ülkelerde de aynı virüs ile enfekte olan olguların görülmesi ve alınan önlemlere rağmen hastalığın tüm dünyaya yayılması sonrası DSÖ tarafından 11 Mart 2020 tarihinde pandemi ilan edilmiştir. Hastalığın ve ölüm
riski yüksek olan hastaların erken tanınması önemlidir. Bu çalışmanın amacı; yatarak izlenen COVID-19 hastalarında demografik verilerin, komorbiditelerin, klinik,laboratuvar ve görüntüleme bulgularının ve uygulanan tedavilerin fataliteye etkisinin değerlendirilmesidir.
Gereç ve Yöntem: Sağlık Bilimleri Üniversitesi Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi, servis ve Anestezi ve Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi (ARYBÜ)'nde 14 Mart 2020- 31 Ağustos 2020 tarihleri arasında Sağlık Bakanlığı COVID-19 tanı rehberine göre hastaneye yatış endikasyonu olup yatarak izlenen 18 yaş ve üstü, SARS-CoV-2 PZR testi pozitif olan hastalar retrospektif olarak değerlendirildi. Hastalar servis hastaları ve YBÜ'ye yatış öyküsü olan hastalar olmak üzere iki gruba ayrıldı. Bu iki hasta grubunda fatalite için risk faktörleri araştırıldı. Çalışmaya dahil
edilen tüm hastaların demografik verileri (yaş, cinsiyet), komorbiditeleri, hastaneye kabul sırasında bakılan vital bulguları, laboratuvar parametreleri, toraks BT'deki tutulumları, aldıkları tedaviler ve YBÜ'ye yatışları retrospektif olarak hasta dosyaları ve hastane bilgi yönetim sistemi kayıtlarından incelendi. İstatistiksel değerlendirme IBM SPSS Statistics for Windows, version 22.0.
(IBM Corp. Armonk, NY: USA. Released 2013) programı kullanılarak yapıldı. Sürekli değişkenlerin normal dağılıma uygunluğu görsel ve analitik yöntemler(Kolmogorov-Smirnov/ Shapiro-Wilk testleri) kullanılarak incelendi. Fatalite oranları, Kaplan-Meier sağkalım analizi kullanılarak hesaplandı. Değişkenlerin fatalite üzerine etkileri log rank testi kullanılarak incelendi. Tek değişkenli analizlerde fataliteye etkisi belirlenen olası faktörler Cox regresyon analizi kullanılarak incelendi. Sonuçlar %95 güven aralığında, istatistiksel anlamlılık p<0,05 olarak kabul edildi.
Bulgular: Toplam 1441 hastanın 131 (%9)'inde hastanın YBÜ'de yatış öyküsü varken 1310 (%91) hastanın sadece servis yatışı bulunmaktaydı. Pandeminin ilk altı aylık dönemini kapsayan çalışmamızda genel fatalite oranı %7,6 olarak saptandı. YBÜ yatışı olan hastalarda olgu fatalite oranı %74,8 iken, invaziv mekanik ventilasyon ile takip edilen hastalarda %96,9 idi. Eksitus olan hastaların %72'sini erkek hastalar oluşturmaktaydı. Erkek hastalarda kadınlara göre 50-64 yaş, 65-79 yaş ve ≥80 yaş gruplarında fatalite oranı daha yüksek görüldü ve istatistiksel olarak anlamlı saptandı (sırasıyla p değeri 0,006, <0,001 ve 0,012). Yaş ilerledikçe fatalite oranının arttığı saptandı. Fatalite oranı 18-49 yaş, 50-64 yaş, 65-79 yaş ve 80 yaş ve üstü hastalarda sırasıyla %0,4, %6,2, %21 ve %35,4 idi. Komorbidite varlığının fatalite riskini 6,17 kat arttırdığı görüldü ancak tek başına fataliteyi öngörmediği saptandı. Antihipertansif tedavilerin fatalite üzerine etkisi saptanmadı (p>0,05).
Sigara içmeyi bırakan hastaların fatalite riski halen sigara içen ve hiç sigara içmeyen hastalara göre istatistiksel olarak yüksek saptandı (p=0,017). Hastalarda hastaneye yatış sırasında belirtilen semptomlardan, fatalite üzerine en etkili semptomların nefes darlığı, ateş ve halsizlik olduğu görüldü. Semptom süresi uzadıkça (≥5 gün) fatalite oranının arttığı görüldü. Hastaneye yatış sırasında hipoksi ve akciğer görüntülemesinde multilober tutulum varlığının fatalite riskini artırdığı saptandı. Hastanede yatışı süresince hidroksiklorokin alan hastaların (n=945) bir ay sonu olgu fatalite oranı %0,8 saptanırken, favipiravir alan hastaların (n=388) %18,8, hidroksiklorokin ile eş zamanlı veya takiben favipiravir alan hastaların (n=108)%25,9 olarak saptandı. Çok değişkenli cox regresyon analizinde D-dimer (>1000 µg/L), CRP (100 mg/L) ve ferritinde (>500 µg/L) artış olması fatalite ile ilişkili saptandı.
Sonuç: Çalışmamızda çok değişkenli analizde 65 yaş üstü olmanın, erkek cinsiyetin ve hastaneye yatış sırasında SpO2≤93 olmasının fatalite riskini artırdığı saptandı. Yine laboratuvar parametrelerinden CRP (>100 mg/L), D-dimer (>1000 µg/L) ve ferritin (>500 µg/L) düzeylerinde yükseklik olması fatalite ile ilişkili bulundu. Sonuç olarak çalışmamızda yüksek olgu fatalite hızı ile ilişkili saptanan parametrelerin COVID-19 hastalarında değerlendirilmesi mortalite açısından yüksek riskli hasta grubunu belirleme açısından faydalı olacaktır.
Anahtar kelimeler: COVID-19, SARS-CoV-2, PZR, risk faktörleri, fatalite

Abstract:
Introduction: A novel coronavirus was identified as the cause of a cluster of
pneumonia cases in Wuhan, a city in the Hubei Province of China İn December of
2019. The virus, initially called "2019-nCoV", was named "SARS-CoV-2" in
February 2020 by World Health Organization (WHO) because of its similarity to the SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) virus, and the disease was named "COVID-19" which mean Coranavirus Disease19, in Februaray 2020. A pandemic was declared by WHO on March 11, 2020, with observation of cases infected with the same virus in other countries and the disease spread all over the world despite the measures taken. Early recognition of the disease and patients at high risk of death is important. The aim of this study is evaluation the effects of demographic features, comorbidities, treatments, clinical, laboratory and imaging findings on fatality in COVID-19 patients who are followed up in hospital.
Material and Method: 1441 SARS-CoV-2 PCR test positive patients older than 18-year-old who was hospitalized in either ward or intensive care units of Ankara Training and Education Hospital in reference to COVID-19 Guideline of Ministry of Health in between 14 March 2020 and 31 August 2020 were evaluated.The patients were grouped as ward patients and patients with a history of hospitalization in the ICU. Risk factors for fatality were investigated in two groups. Patients records were examined retrospectively in terms of demographic features (age,gender), comorbidities,vital signs on admission to hospital, laboratory results, imaging findings on thoracic computed tomography, treatments of patients and whether admission to ICU or not. 
Data were analyzed using IBM SPSS Statistics for Windows, version 22.0.(IBM Corp. Armonk, NY: USA. Released 2013). Normally and abnormally distributed quantitative variables were compared using the visual and analytical methods (Kolmogorov-Smirnov / Shapiro-Wilk tests). Fatality rates were calculated using Kaplan-Meier survival analysis. The effects of variables on fatality were analyzed using the log rank test. Possible factors that effect on fatality were determined in univariate analyzes were analyzed using Cox regression analysis. A P value of < 0,05 was considered statistically significant.
Results: While 131 (9%) of 1441 patients had a history of hospitalization in the ICU, 1310 (91%) patients had only hospitalization in ward. In our study covering the first six months of the pandemic, the overall fatality rate was found to be 7.6%. The case fatality rate was 74.8% in patients who were hospitalized in the ICU and it was 96.9% in patients followed up with invasive mechanical ventilation. 72% of the patients who died were male patients. The rate of fatality was higher in male patients compared to women in the 50-64 age, 65-79 age and ≥80 age groups and was statistically significant (respectively p value 0,006, <0,001 ve 0,012). It was determined that the fatality rate increased as the age got older. The fatality rate was 0.4%, 6.2%, 21% and 35.4% in patients aged 18-49 years, 50-64 years, 65-79 years and 80 years and over, respectively. It was observed that the presence of comorbidity increased the risk of fatality 6.17 times, but it was found that it alone did not predict fatality. Antihypertensive treatments had no effect on fatality (p> 0.05). The fatality risk of the patients who stopped smoking was found to be statistically higher than the patients who currently smoke and never smoke (p:0.017). Among the symptoms stated during hospitalization, the most effective symptoms on fatality were shortness of breath, fever and weakness. The longer the symptom duration (≥5 days), the higher the fatality rate was observed. It was found that hypoxia on admission to hospital and the presence of multilobar involvement on thoracic imaging increased the risk of fatality. While the one-month case fatality rate of patients who received hydroxychloroquine during their hospitalization was 0.8%, it was 18.8% in patients who received favipiravir and 25.9% in patients who received favipiravir in combination or following hydroxychloroquine treatment. In multivariate cox regression analysis, high D-dimer (> 1000 µg/L), CRP (100 mg/L) and ferritin (>500 µg/L) were found to be associated with fatality.
Conclucion: In our study, multivariate analysis revealed that being over 65 years old, male gender, and having SpO2≤93 on admission to hospital increased the risk of fatality. High levels of CRP (> 100 mg/L), D-dimer (> 1000 µg/L) and ferritin (> 500 µg/L) were found to be associated with fatality as laboratory markers. In conclusion, in our study, evaluation of the parameters associated with the high case fatality rate in COVID-19 patients will be useful in determining the patient group with high risk for mortality.
Keywords: COVID-19, SARS-CoV-2, PCR, risk factors, fatality