Konak/kepek oluşumunda sorumlu Malassezia furfur'un inhibisyonunda aday bitki etken moleküllerinin ın-silico olarak tespiti
The in-silico identification of candidate plant active molecules for the inhibition of Malassezia furfur responsible for cradle cap/dandruff formation
Yazar: KÜRŞAT KOLAY
Danışman: DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Kimya = Chemistry ; Kimya Mühendisliği = Chemical Engineering

Özet:
Yetişkinlerde kepek, bebeklerde konak olarak adlandırılan problemin başlıca nedeni ciltte deformasyona sebep olan ve insan doğal florasının bir parçası olan Malassezia furfur mantarıdır. Bu mantar enfeksiyonunun tedavi sürecinde ise antifungal etkiye sahip molekül/ajanlar kullanılmaktadır. Bu amaçla üretilmiş çeşitli markaların çeşitli etkilere sahip cilt bakım ürünleri, şampuanları bulunmaktadır.
Bu tez çalışmasında, Malassezia furfur mantarının, CYP-450 enzim ailesinden CYP-51'in inhibe edilmesiyle birlikte Lanosterol-Ergosterol biyosentezinin engellenmesine bağlı olarak zar bütünlüğünün bozulması ve doğal yaşam sürecinin olumsuz etkilenmesiyle kepek oluşumuna neden olmasının engellenmesi hedeflenmiştir.
Kepek tedavisinde etkenleri azaltmaya yönelik kullanılan, anti-fungal etkili ilaç Ketoconazole ve Climbazole, yapılan in-silico çalışmalarda referans değer olarak kabul edilmiştir. Bu ilaçlar, öncelikle yapısal olarak 2D ve 3D olarak görselleştirilmiş ve kenetlenme için hazırlanmıştır. Daha sonra aday bitki etken moleküllerine dair bilgiler, referans moleküller ile karşılaştırmak üzere DR. Duke veri tabanında anti-fungal etkili moleküller kategorisinden elde edilmiştir. Elde edilen 600 adet ligand içerisinden, kenetlenme işleminde kullanmak üzere beş Lipinski kuralına uyanlar listelenmiş ve sonuç olarak 149 adet ligand elde edilmiştir. 
Elde edilen ligandlar öncelikle, 2D ve 3D olarak görselleştirilmiş, daha sonrasında CYP-51 ile kenetlenme değerlerinin ölçümleri yapılmış ve son olarak meydana gelen aminoasit etkileşim haritaları çıkartılmıştır. Yapılan in-silico çalışmalarda 149 adet ligandın QSAR parametre değerleri hesaplanmıştır.

Abstract:
The primary cause of the condition known as dandruff in adults and cradle cap in infants is the fungus Malassezia furfur, which is part of the human natural flora and causes skin deformation. The treatment process for this fungal infection involves the use of molecules/agents with antifungal effects. Various skincare products and shampoos with different effects, produced by various brands for this purpose, are available.
In this thesis study, the aim is to prevent the formation of dandruff by inhibiting the biosynthesis of Lanosterol-Ergosterol through the inhibition of CYP-51 from the CYP-450 enzyme family of the Malassezia furfur fungus, thereby disrupting membrane integrity and negatively affecting the natural life cycle.
Ketoconazole and Climbazole, antifungal drugs used to reduce factors causing dandruff, were accepted as reference values in the conducted in-silico studies. These drugs were first structurally visualized in 2D and 3D and prepared for docking. Subsequently, information on candidate plant active molecules was obtained from the DR. Duke database under the category of antifungal effective molecules to compare with reference molecules. Out of the 600 obtained ligands, those adhering to the five Lipinski rules were listed for docking, resulting in 149 ligands.
The obtained ligands were first visualized in 2D and 3D, followed by measurements of their docking values with CYP-51, and finally, amino acid interaction maps were created. In the conducted in-silico studies, QSAR parameter values of the 149 ligands were calculated.