Farklı kaynaklardan izole edilen CTX-M-15 üreten escherichia coli izolatlarının plazmid replikon tipleri varlığı yönünden incelenmesi
Investigation of the presence of plasmid replicone types among CTX-M-15 producing escherichia coli isolates from different sources
Yazar: ÇAĞLA AZİZOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. CEMİL KÜREKCİ ; DR. ÖZLEM ÜNALDI
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Plazmitler = Plasmids ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Genişlemiş spektrumlu β-laktamaz (GSBL) üreten Escherichia coli'ler son yıllarda klinik örneklerden artan oranda izole edilmektedir. Hayvansal kaynaklı gıdaların ve su kaynaklarının GSBL üreten E. coli ile kontamine olmasından dolayı bu kaynakların insan enfeksiyonları için bir rezervuar olabileceği bildirilmiştir. Bu tez çalışmasında, 41 adet CTX-M-15 pozitif ve epidemiyolojik yönden ilişkisiz E. coli izolatının barındırdıkları plazmid replikon tiplerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırılmıştır. Buna ilaveten, tüm izolatların fenotipik fosfomisin direnç varlığı ve fosfomisin direncinden sorumlu plazmid aracılı fosA3 geninin varlığı araştırılmıştır. İzolatlar Türkiye'de daha önceki yıllarda yapılan çalışmalarda farklı kaynaklardan [tavuk eti ve çiğ süt, sürk peyniri, atık su (arıtma ve Asi Irmağı)] izole ve karakterize edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen insan klinik (n=8) izolatları ise; blaCTX-M-15 varlığı, klonal ilişkileri ve antimikrobiyal direnç profilleri yönünden bu çalışmada karakterize edilmişlerdir. Çalışmanın sonucunda, hiçbir izolatta fenotipik fosfomisin direncine ve fosA3 geninin varlığına rastlanılmamıştır. İncelenen 30 adet replikon tipi içerisinde toplamda 12 replikon tipinin (FIA, FIB, FIBKN, FII, X1, A/C, U, N, HI2, I2, I1α ve I1γ) varlığına rastlanılmıştır. Bulunan replikon tipleri arasında FIA, FIB, FIB KN ve FII'nın varlığı kaynaklar arasında istatistiksel olarak anlamlı oranda farklılık göstermiştir. FII replikon tipi toplamda 22 izolatta rastlanılmış olup, su ve tavuk eti izolatlarında diğer izolatlara göre istatistiksel olarak anlamlı oranda (P˂0,05) daha yaygın olduğu tespit edilmiştir. FIB replikon tipine tavuk eti, su ve klinik örneklerden soyutlanan izolatların %36.6'sında rastlanılmış olup çiğ süt ve peynir örneklerinden elde edilen izolatlarda rastlanılmamıştır. Benzer olarak, FIA replikon tipine su ve klinik örneklere ait izolatların %29.2'sinde rastlanılmış olup, diğer izolatlarda varlığına rastlanılmamıştır. Ancak, bu sonuçlardan farklı olarak, FIB KN replikon tipine sadece çiğ süt (n=6) ve Sürk peynirine ait izolatlarda (n=4) rastlanılmıştır (P=0,001). Sonuç olarak, incelenen izolatların çoğunda birden fazla replikon tipinin var olduğu ve kaynaklar arasında replikon tiplerinin istatistiksel olarak farklı olduğu ortaya koyulmuştur.

Abstract:
Recently, extended spectrum β-lactamase (ESBL) producing Escherichia coli has been frequently reported from human clinical samples. Foods of animal origin and water sources are found to be contaminated with this bacteria and is thefore recognised as possible reservuar. In this thesis, a total of 41 CTX-M-15 positive and epidemologically unrelated E. coli isolates were examined for the presence of plasmid replicon types by polymerase chain reaction (PCR). In addition, all the isolates were screened for the presence of phenotypic fosfomycin resistance and the plasmid-mediated fosA3 gene. The isolates included in the current study were obtained from various sources  [chicken meat and raw milk, Sürk cheese, waste water (wwtp and Asi River)] and were already characterized. Human clinical isolates (n=8) were characterized for the presence of blaCTX-M-15 gene, clonal relationships and antimicrobial resistance profiles in this study. As a result, none of the isolate were found to be resistant to fosfomycin and FosA3 gene was not found in any isolate. Among the 30 replicon types examined, a total of 12 replicon types (FIA, FIB, FIBKN, FII, X1, A / C, U, N, HI2, I2, I1α and I1y) were found. The presence of FIA, FIB, FIB KN and FII among the replicon types found showed a statistically significant difference between the sources. FII replicon type was found in 22 isolates in total, and it was found that water and chicken meat isolates were statistically significantly more common (P˂0.05) than other isolates. FIB replicon type was found in %36.6 of the isolates from chicken meat, water and clinical samples, but not in isolates from raw milk and cheese samples. Similarly, the FIA replicon type was found in %29.2 of the isolates of water and clinical samples, and its presence was not found in any other isolates. However, unlike these results, FIB KN replicon type was found only in raw milk (n = 6) and Surk cheese isolates (n=4) (P = 0.001). To sum up, the majority of isolates harbored more than one replicon types and replicon types differed statistically amonst the source of isolates.