Diffüz ve yüksek dereceli glial tümörlerde miRNA ekspresyon değişimlerinin belirlenmesi
Detection of miRNA expression changes in diffuse and high grade glial tumors
Yazar: SUNDE YILMAZ SÜSLÜER
Danışman: PROF. DR. CUMHUR GÜNDÜZ
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Beyin tümörleri hastalıkların heterojen bir spektrumunu kapsar. Malin gliomlar yetişkinlerde en agresif ve en sık görülen gruptur ve astrositik veya oligodendroglial farklılaşmanın değişen dereceli çeşitli alttiplerini kapsar. Bu çalışmada diffüz ve anaplastik beyin tümörlü olgularda miRNA ekspresyon profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroşirurji Anabilim Dalı' nda 2007-2011 yılları arasında beyin tümörü tanısı almış (32 glioblastoma multiforme, 10 diffüz astrositom ve 8 anaplastik oligodendrogliom) 50 (19K, 31E) olgunun ve beyin tümörü hücre hatlarının (U-87 MG, U-118 MG ve LN18) miRNA ekspresyon profilleri mikroarray yöntemi ile çalışıldı. Anlamlı değişim gösteren miRNA' ların varsayılan hedef genleri 7 veri tabanı kullanarak belirlendi. miR-21 ekspresyonunun tüm olgularda yüksek düzeyde olduğu ve mir-124 ekspresyonunun olmadığı bulundu.GBM tanısı almış olguların miRNA ekspresyonları beyin tümörü hücre hatları ile karşılaştırıldığında miR-495 ve miR-432 ekspresyonları 2 kat anlamlı artma ve miR-708-3p, mir-339-5p ve miR-4286 ekspresyonları 4 kat, mir-331-3p, miR-625-3p ve miR-20a-3p 5 kat azalma gösterdi.AO tanısı almış olguların miRNA ekspresyonları GBM tanısı almış olguların miRNA ekspresyonları ile karşılaştırıldığında miR-34c-3p, miR-132-5p, mir-605, miR-3130-3p, miR-3127, mir-517a-pre, mir-548b-3p, miR-921, miR-769-5p' de anlamlı artma saptandı.AO tanısı almış olguların miRNA ekspresyonları beyin tümörü hücre hatları ile karşılaştırıldığında mir-204 ekspresyonunun 6 kat anlamlı olarak azaldığı belirlendi.DA tanısı almış olguların miRNA ekspresyonları beyin tümörü hücre hatları ile karşılaştırıldığında 18 miRNA ekspresyonu anlamlı artma ve 7 miRNA ekspresyonu anlamlı azalma gösterdi.AO tanısı almış olguların miRNA ekspresyonları DA tanısı almış olguların miRNA ekspresyonları ile karşılaştırıldığında anlamlı değişim saptanmadı. DA, AO ve GBM olgularının miRNA ekspresyonları karşılaştırıldığında 29 miRNA ekspresyonunun anlamlı farklılık gösterdiği bulundu.Sonuç olarak miRNA ekspresyon profilleri GBM tanılı olgular ile AO tanılı olgularda arasında anlamlı farklılıklar sergilemiştir. Tümör gelişiminde miRNA' ların regüle ettiği varsayılan yeni genlerin etkili olabileceği vurgulanmıştır. Gen ekspresyonlarının düzenlenmesinde kopya sayısı, metilasyon ve transkipsiyon faktörlerinin ortaklaşa rol aldığı hatırlanarak bu çalışma, anlamlı olabilecek miRNA regülasyonuna açıklama getirmiştir. miRNA' nın ekspresyonunun regülasyonu beyin tümöründe spesifik bir gen hedefini olumlu bir şekilde etkileyebilir. miRNA tedavi yönteminin başarılı şekilde uygulanabilmesi için geniş kapsamlı yeni araştırmalara gereksinim olduğunu önermekteyiz.

Abstract:
Brain tumors include a heterogeneous spectrum of diseases. Malignant gliomas are the most aggressive and the most common group in adults and include various subtypes of varying degrees of astrocytic and oligodendroglial differentiation. In this study, it was aimed to determine the expression profiles of miRNAs in patients with diffuse and anaplastic brain tumors.miRNA expression profiles of 50 cases (19F, 31M) diagnosed with brain tumor (32 glioblastoma multiforme, 10 diffuse astrocytoma, 8 anaplastic oligodendroglioma) between the years 2007-2011 in Ege University Faculty of Medicine, Department of Neurosurgery and of brain tumor cell lines (U-87 MG, U-118 MG and LN18) studied by the microarray method. Significant changes in miRNAs? putative target genes were identified by using 7 data base. In all cases miR-21 expression level was high and no mir-124 expression was detected.When miRNA expressions of patients who were diagnosed GBM, compared to brain tumor cell lines, miR-495 and miR-432 expression showed significant 2-fold increase, and miR-708-3p, mir-339-5p and miR-4286 expressions 4-fold, mir-331-3p, miR-625-3p, and miR-20a-3p showed 5-fold reductionmiRNA expressions compared with patients who were diagnosed GBM and AO, it was detected that miR-34c-3p, miR-132-5p, mir-605, miR-3130-3p, miR-3127, mir-517a-pre, mir-548b-3p, miR-921, miR-769-5p were significantly increased.It was detected that mir-204 expression was significantly decreased 6 times in cases who were diagnosed with AO compared to brain tumor cell lines.miRNA expression profiles of patients diagnosed with DA compared with brain tumor cell lines, miRNA expression was significantly increased at 18 of total and significantly decreased in 7 of all.No statistically significant change was detected miRNA expression of cases diagnosed with AO compared with DA. miRNA expressions of DA, AO and GBM cases compared and significant differences were found in 29 miRNA expression.As a result, miRNA expression profiles of cases with GBM showed significant differences between patients diagnosed with AO. It was emphasized that, new genes could be effective in tumor development supposed to be regulated by miRNAs. In the regulation of gene expression; copy number, methylation and transcription factors having roles was recollected, this study may be significant in the regulation of miRNA to account. Regulation of miRNA expression can affect a specific gene target in brain tumors in a positive way. To implement miRNA treatment method successfully, we suggest a wide range of new research.