Myeloproliferatif hastalık ön tanılı olgularda Next Generation Sequencing (NGS) panel testlerinin tanıya katkısının değerlendirilmesi
Evaluation of the contribution of Next Generation Sequencing (NGS) screening tests in the diagnosis of cases with suspected myeloproliferative neoplasms
Yazar: UTKUCAN GÜRSOY
Danışman: PROF. DR. OKTAY BİLGİR
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İzmir Bozyaka Eğt. ve Arş. Hast. / İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Hematoloji = Hematology

Özet:
Amaç: İlk olarak JAK2 mutasyonunun miyeloproliferatif hastalıklarda gösterilmesinin ardından MPL ve CALR mutasyonları da tanımlanmış, hastalık tanısında mutasyon varlığının gösterilmesi son yıllarda hızlıca majör kriterler arasında yer almıştır. Bu mutasyonların tanının dışında aynı zamanda prognoz tayininde de etkili olduğunun gösterilmesi nedeniyle günlük hematoloji pratiğinde birçok mutasyonun taranması miyeloproliferatif hastalıklarda bir ihtiyaç haline gelmiştir. NGS yöntemi eş zamanlı olarak birçok genetik mutasyonun çalışılabilmesine olanak sağlamaktadır. Bu çalışmada NGS panel taramalarının miyeloproliferatif hastalık ön tanısıyla tetkik edilen hastalarda tanı koymaya yararlılığının gösterilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve yöntem: Hastane bilgi yönetim sistemi üzerinden hasta verileri incelenerek son 7 yıl içerisinde (2016-2022) SBÜ Bozyaka Eğitim ve Araştırma Hastanesi Hematoloji kliniğince myeloproliferatif hastalık ön tanısıyla tetkik edilen, genetik mutasyon taraması yapılan ve bu amaçla NGS paneli çalışılmış 306 hasta dahil edildi. Hastaların yaş, cinsiyet, hemogram, abdominal görüntüleme, kemik iliği aspirasyon biyopsisi ve imprint, patoloji vb. tetkikler sonucunda konulan nihai tanıların incelemesi yapılmış ve NGS panel tetkiklerinin sonuçları not edilmiştir.
Bulgular: Hastalarının yaş ortalaması PV için 57,11±14,7, ET için 61,69±18,53 ve PMF için 59,86±15,29 hesaplanmıştır. PV hastalarından CALR mutasyonu olanların yaşı diğer hastalardan daha genç bulunmuştur. (p=0,01). JAK2 mutasyonu her üç miyeloproliferatif hastalıkta da en sık görülen mutasyondur. Genetik taramalar sonucu triple negatiflik oranı PV için %44,44, ET için %30,95, PMF için %21,43'tür. JAK2 mutasyonu RT-PCR ve NGS tetkik sonuçlarında %6,2 farklı sonuç saptanmıştır. JAK2 mutasyonu taramasında RT-PCR'ın sensitivitesi NGS'ten daha yüksek bulunmuştur. ET hastalarında CALR mutasyonu taşıyan grupta hemoglobin ve hematokrit düzeyleri anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur (sırasıyla p=0,036 , p=0,016). PV hastalarında trombosit sayısı JAK2 ve triple negatif hasta grubunda diğer hastalardan anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur (p=0,032). Lökosit sayısı ile mutasyon profili arasında hasta grupları arasında anlamlı farklılık bulunmamıştır. PV hastalarında serum EPO düzeyleri hastaların %51,9'unda düşük, %37'sinde normal saptanmıştır. MPN tanısı almamış polisitemisi olan hastaların serum EPO düzeyleri hastaların %17,1'inde düşük, %81,1'inde normal saptanmıştır. PV hastalarında JAK2 mutasyonu saptanan hastaların serum EPO düzeyleri, JAK2 mutasyonu saptanmayanlara kıyasla anlamlı olarak daha düşük sonuçlanmıştır (p=0,032)
Sonuç: NGS panel taramaları miyeloproliferatif hastalıkların tanısında yardımcı olmakla birlikte triple negatiflik oranlarının yüksek olması nedeniyle tek başına yeterli değildir. Miyeloproliferatif hastalıklarda mutasyon tipleriyle hemogram parametreleri, organomegali durumu ve serum eritropoetin düzeyleri arasında anlamlı ilişki mevcuttur.
Anahtar kelimeler: NGS, miyeproliferatif hastalık, polisitemia vera, esansiyel trombositemi, primer miyelofibroz

Abstract:
Aim of the study: After the identification of JAK2 mutation in myeloproliferative diseases, MPL and CALR mutations have also been described. In recent years, detection of mutations for the diagnosis of the disease has rapidly become one of the major criteria. Due to the demonstrated impact of these mutations on prognosis, simultaneous screening of multiple mutations has become a necessity in daily hematology practice for myeloproliferative neoplasms. NGS technique allows for the simultaneous analysis of multiple genetic mutations. The aim of this study is to demonstrate the usefulness of NGS panel screening in the diagnosis of patients undergoing investigation for suspected myeloproliferative diseases.
Material and methods: A total of 306 patients who underwent genetic mutation screening while being investigated for suspected myeloproliferative diseases at Bozyaka Training and Research Hospital, Department of Haematology, were included in this study by examining patient data from the hospital's information management system over the past 7 years (2016-2022). The analysis involved reviewing patients' age, gender, complete bloud count parameters, abdominal imaging, bone marrow aspiration biopsy and imprint assessments, pathology records, as well as NGS panel screening test results and other relevant tests to determine the final diagnosis.
Results: The average age of the patients was calculated as 57.11±14.7 for PV, 61.69±18.53 for ET, and 59.86±15.29 for PMF. PV patients with CALR mutation were found to be younger compared to the others (p=0.01). JAK2 mutation was the most frequently observed mutation in all three myeloproliferative neoplasms. The rate of triple negativity based on genetic screening was 44.44% for PV, 30.95% for ET, and 21.43% for PMF. There was a 6.2% discrepancy in JAK2 mutation results between RT-PCR and NGS testing. RT-PCR showed higher sensitivity in JAK2 mutation screening compared to NGS. ET patients carrying CALR mutation had significantly higher levels of hemoglobin and hematocrit levels (p=0.036 and p=0.016, respectively). Platelet counts in PV patients were significantly higher in the JAK2 mutation and triple-negative patient groups compared to the others (p=0.032). No significant difference found in leukocyte count among the patient groups based on mutation profile. Among PV patients, serum EPO levels were found to be low in 51.9% of patients and normal in 37%. Among patients having investigated polycythemia without a final diagnosis of MPN, serum EPO levels were low in 17.1% and normal in 81.1% of that group. PV patients with JAK2 mutation had significantly lower serum EPO levels compared to those without JAK2 mutation (p=0.032).
Conclusion: NGS panel screenings are helpful in assisting the diagnosis of myeloproliferative neoplasms, but they are not sufficient on their own due to the high rates of triple negativity. There are significant relationships between mutation types, complete blood count parameters, organomegaly status, and serum erythropoietin levels in myeloproliferative neoplasms.
Keywords: NGS, myeloproliferative disease, polycythemia vera, essential thrombocythemia, primary myelofibrosis