Diyala (Irak) şehrindeki farklı klı̇nı̇k kaynaklardan ı̇zole edı̇len pseudomonas aerugınosa'da bazı dı̇renç ve vı̇rülans genlerı̇nı̇n moleküler tespı̇tı̇
Molecular determination of some resistance and virulance genes in pseudomonas aeruginosa isolated from different clinical sources in Di̇yala (Iraq)
Yazar: OMAR HUSSEIN ALI AL-OBAIDY
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞENUR KAYABAŞ AVŞAR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ ALYAA ABDELHAMEED
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Gümüş nanopartiküllerin (AgNPs) klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa'ya karşı antibakteriyel etkinliğini belirlemek için idrar, yanık ve yara dahil olmak üzere çeşitli klinik bölgelerden 150 numune alınmıştır. P. aeruginosa bakterisini izole etmek için Vitek II teknolojisi, geleneksel biyokimyasal ve kültür testleri kullanılmıştır. Vitek II sisteminin P. aeruginosa antibiyotik direnci analizine göre izolatların %100'ü (n=40) Siprofloksasin'e, %87,7'si (n=35) Tikarsilin'e, %87,7'si (n=35) Tikarsilin/Klavulanik Asit'e, %75'i (n=30) Piperasilin'e, %60'ı (n=24) Piperasilin/Tazobaktam'a, %72,5'i (n=29) Seftazidim'e, %57,5'i (n=23) Sefepim'e, 87,7'si (n=35) İmipenem'e, %70'i (n=28) Amikasin'e, %55'i (n=22) Gentamisin'e, %75'i (n=30) Meropenem'e, %30'u (n=12) Tobramisin'e ve %25'i (n=10) Kolistin'e direnç göstermiştir. İzolatların hepsi biyofilm oluşturma yeteneği göstermiştir. PCR amplifikasyon sonuçlarına göre algD, pelF ve pslD genleri P. aeruginosa izolatlarının sırasıyla %50, %40 ve %25'inde bulunmuştur. AgNps'nin MİK ile P. aeruginosa izolatları üzerindeki etkisini araştırmak için farklı gümüş nanopartikül konsantrasyonları (2, 4, 8, 16, 32, 64, 128 μg/ml) kullanılmıştır. Sonuçlar, 4 μg/ml konsantrasyonun en yüksek etkinliğe sahip olduğunu göstermiştir. Bu araştırmada, algD geni P. aeruginosa izolatlarında daha baskın olduğundan, AgNP'lerin P. aeruginosa izolatları üzerindeki etkilerini incelemek için RT-PCR yöntemi kullanılmıştır. AgNP'lerle işlem öncesinde ve sonrasında algD ekspresyonunun ortalama ΔCT (23.72±0.85) ve (18.32±0.61) seviyeleri elde edilmiştir. Ayrıca, ΔΔCT değerleri (-0.32±0.85) ve (-5.1±0.61) olarak bulunmuştur.

Abstract:
To identify the antibacterial efficacy of silver nanoparticles (AgNPs) against Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical samples, 150 samples from various clinical sites, including urine, burn, and wound, were collected for this study. Vitek II technology, traditional biochemical and culture tests were used to isolate P. aeruginosa. According to the P. aeruginosa antibiotic resistance analysis of the Vitek II system, 100% (n=40) of the isolates were Ciprofloxacin, 87.7% (n=35) Ticarcillin, 87.7% (n=35) Ticarcillin/Clavulanic Acid, 75% (n=30) Piperacillin, 60% (n=24) Piperacillin/Tazobactama, 72.5% (n=29) Ceftazidime, 57.5% (n=23) Cefepime 87.7 (n=35) Imipenem, 70% (n=28) Amikacin, 55% (n=22) Gentamicin, 75% (n=30) Meropenem, 30% (n=12) were resistant to Tobramycin and 25% (n=10) to Colistin. All of the isolates showed the ability to form biofilms. According to PCR amplification results, algD, pelF and pslD genes were found in 50%, 40% and 25% of P. aeruginosa isolates, respectively. Different silver nanoparticle concentrations (2, 4, 8, 16, 32, 64, 128 μg/ml) were used to investigate the effect of AgNps on MIC and P. aeruginosa isolates. The results showed that the 4 μg/ml concentration had the highest efficacy. In this study, RT-PCR method was used to examine the effects of AgNPs on P. aeruginosa isolates, since the algD gene is more dominant in P. aeruginosa isolates. Mean ΔCT (23.72±0.85) and (18.32±0.61) levels of algD expression were obtained before and after treatment with AgNPs. Also, ΔΔCT values were found as (-0.32±0.85) and (-5.1±0.61)