Türkiye'de izole edilen L. tropica suşlarının "Multilocus microsatellit typing" (MLMT) yöntemi ile epidemiyolojik analizi
Epidemiological analysis of L. tropica strains isolated from Turkey using multilocus microsatellite typing (MLMT) method
Yazar: MEHMET KARAKUŞ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. SAMİYE DEMİR ; PROF. DR. YUSUF ÖZBEL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Parazitoloji = Parasitology

Özet:
Türkiye, Asya ve Avrupa arasında bağlantı noktası olması ve yedi farklı coğrafi bölge içermesi nedeniyle vektörlerle bulaşan enfeksiyon hastalıklarının epidemiyolojisi açısından önemli bir coğrafi konuma sahiptir. Klinik olarak kutanöz, visseral ve mukokutanöz şeklinde ayrılan leishmaniasis, Dünya'nın en önemli 6 tropikal hastalığı arasında yer almaktadır. Leishmaniasis etkenleri Leishmania cinsinde yer alan protozoon parazitlerdir. Leishmaniasis etken parazitin türüne bağlı olarak antroponotik ve zoonotik tipte görülmektedir. Türkiye'de Antroponotik Kutanöz Leishmaniasis (AKL) başta Güneydoğu Anadolu Bölgesi olmak üzere, Batı Anadolu ve Akdeniz Bölgesi'nin doğusunda yaygın olarak bildirilmekte ve etken olarak da sıklıkla genetik açıdan oldukça heterojen olduğu bilinen Leishmania tropica saptanmaktadır. 
Türkiye'de leishmaniasis modern moleküler yöntemlerle henüz yeteri kadar çalışılmamıştır ve hastalığın endemik olduğu diğer ülkelerle karşılaştırıldığında bilgi konusunda önemli eksiklikler bulunmaktadır. Leishmaniasis epidemiyolojisinde karşılaşılan problemlerin ve değişikliklerin ortaya çıkarılmasında, yaygın olarak kullanılan "microsatellit marker"lar parazit farklılaşmasını izlemek açısından önemlidir.
Bu nedenle Türkiye'nin çeşitli illerinden izole edilmiş toplam 33 izolat ve Türkiye'de bulunan Suriyeli mültecilerden izole edilmiş 5 adet izolat çalışma kapsamındaki 12 özgül mikrosatellite markır kullanılarak moleküler yapısı bakımından incelenmiştir.
Elde edilen spesifik sinyaller kullanılarak popülasyon içi ve arası farklılıklar, kısa tekrarların belirlenmesi ile ortaya konmuştur. Farklı genetik popülasyonların tanımlanması ile ülkemizde Ege ve Güneydoğu izolatları arasındaki belirgin farklılık ortaya konulmuştur. Bayesian Cluster yöntemi kullanılarak yapılan STRUCTURE analizi sonrasında Şanlıurfa kökenli izolatların, Aydın ve Manisa kökenli izolatlardan tamamen farklı bir genetik yapıda olduğu belirlenmiştir.
Çalışma kapsamındaki Aydın kökenli izolatların LIST7010 bölgesine sahip olmadığı gözlenmiş ve bunun coğrafi engel sonucu ortaya çıkmış bir farklılaşma olduğu sonucuna varılmıştır. Bu farklılık küçük ölçekte Aydın, Manisa ve Şanlıurfa izolatlarından ayrılmasına sebep olmakla birlikte ayrı bir sub-popülasyon yapısını da ortaya koymaktadır. 
Çalışma kapsamında bulunan visseral leishmaniasis hastasından izole edilmiş Manisa kökenli L. tropica izolatı ise diğer Aydın kökenli izolatlardan hiçbir markır açısından farklılık göstermediği belirlenmiştir. 
Bu tez çalışması ile L. tropica izolatlarının genetik varyasyonlarının ve popülasyon yapısının ortaya konmasında önemli veriler sağlanmıştır. İzolatlar arasındaki gen akışının ve popülasyon yapılarının belirlenmesi ile hastalığın coğrafi dağılımı ve epidemiyolojik çalışmalar için de önemli veriler elde edilmiştir.

Abstract:
Turkey has an important geographic location by being the link between Asia and Europe in terms of epidemiology and infectious vector-borne diseases. Leishmaniasis is classified as cutaneous, visceral and mucocutaneous by clinically and it is among the world's six major tropical diseases. The causative agent of leishmaniasis is a protozoon parasite belongs to Leishmania genus. Depending on the type of causative agent, leishmaniasis can be antroponotic and zoonotic. In Turkey, Antroponotic Cutaneous Leishmaniasis (ACL) particularly reported in Southeastern Anatolia and east of the Mediterranean region and the causative agent is Leishmania tropica, which is known as highly heterogeneous in genetical terms. 
Leishmaniasis agents, especially L. tropica, in Turkey has not been studied enough yet by modern molecular techniques and there are signifficant gaps in the knowledge compared to other countries where the disease is endemic. To reveal changes and the problems encountered in epidemiology of leishmaniasis, Multilocus Microsatellite Typing (MLMT) is an important tool to monitor the parasite differentiation.
Therefore 33 strains isolated from different parts of Turkey and 5 imported strains from Syrian refugees were studied using 12 highly specific microsatellite markers to reveal the genetical structure of Leishmania tropica.
Specific peak signals of these strains were used to identify intra and inter population diversity by using short tandem repeats. With the identification of different genetical populations, significant differences between Aegean and Southeastern strains were demonstrated. Four main population structure were revealed in this study and Syrian strains were found highly similar (99%) to those  isolated from Şanlıurfa while they totally differs from Aydın strains.
Aydın strains were failed to amplify the LIST7010 region and that makes these strains differs from others in minor level. One of strains that isolated from visceral leishmaniasis patient from Manisa does not show any differences compared to Aydın strains that isolated from cutaneous leishmaniasis patients.
The data obtained from this study will help to demonstrate the genetical structure of the disease and to improve the treatment methods. Determining the gene flow and differences among strains will provide important data to the geographical distribution of the disease.