miR-34a-5p ile olası hedef genlerinin HL-60 ve NB4 hücre hatlarında fonksiyonel olarak araştırılması
Functional investigation of possible target genes with miR-34a-5p in HL-60 and NB4 cell lines
Yazar: ÇAĞLA DÖNMEZ
Danışman: PROF. DR. ŞÜKRÜ ÖZTÜRK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; HL60 = HL60 ; Hücre dizisi = Cell line ; Lösemi = Leukemia ; Lösemi-miyeloid-akut = Leukemia-myeloid-acute ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Akut Miyeloid Lösemi, hematolojik hücresel üretimdeki anormalliklerden kaynaklanan lösemi çeşitlerinden biridir. Hastalığa hedefli yeni biyobelirteçlerin tespiti tanı, tedavi planı ve prognoz takibi için oldukça önem taşımaktadır. Birden fazla geni hedefleyerek kanser gelişiminde kritik rol oynayan miRNA'ların hastalıklara özgü biyobelirteç olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.
Bu nedenle bu tez projesi kapsamında HL-60 VE NB4 AML hücre hatlarında miR-34a-5p'nin lösemi hücrelerindeki fonksiyonel etkileri araştırılmıştır. miR-34a-5p'nin potansiyel aday hedef genleri olarak in silico analiz ile seçilen MEK1, KLF4, PGK1, PIM1 ve MDM4 genleri seçilmiştir. miR-34a-5p mimik transfeksiyonu yapılan AML hücre hatlarındaki ve kontrol gruplarındaki ifade seviyeleri karşılaştırmalı olarak araştırılmıştır. miR-34a-5p mimik transfeksiyonunun hücreler üzerindeki fonksiyonel etkisi proliferasyon ve apoptoz yöntemleri kullanılarak araştırılmıştır. Ayrıca miR-34a-5p'nin seçilen olası aday hedef genlerin anlatımına etkisi kantitatif gerçek zamanlı PZR (qRT-PCR) ile incelenmiştir. 
In vitro çalışmadan elde edilen sonuçlarla miR-34a-5p mimik transfeksiyonun HL-60 ve NB4 hücre hatlarında proliferasyonu düşürdüğü ve apoptozu indüklediği görülmüştür. miR-34a-5p mimik transfekte edilen hücreler ve kontrol grubu hücreleri arasında miR-34a-5p'nin aday gen ifade düzeyleri incelendiğinde HL-60 hücrelerinde MEK1, KLF4 ve PGK1 genlerinin ifade seviyelerinde düşüş olduğu; MDM4 ve PGK1 genlerinde ise istatistiki olarak anlamlı bir ifade değişiminin olmadığı tespit edilmiştir NB4 hücrelerinde de MEK1, KLF4 ve PGK1 genlerinin ifade seviyelerinin azaldığı, fakat MDM4 ve PIM1 genlerinin ifadesinin anlamlı şekilde değişmediği gözlemlenmiştir.
Seçilen aday onkogenlerin anlatımlarında görülen değişimler, bu genlerin miR-34a-5p'nin AML'deki tümör baskılayıcı mekanizması için önemli adaylar olabileceğini göstermektedir. AML patogenezinde miR-34a-5p tümör baskılayıcı etkisinin araştırılmasını amaçlayan bu çalışma ile hücresel süreçlerde önemli olabilecek yeni hedef genler belirlenmiştir.

Abstract:
One of the types of leukemia caused by abnormalities in hematological cellular proliferation is acute myeloid leukemia (AML). Detection of new disease-specific biomarkers is significant for prognosis monitoring, diagnosis, and treatment planning. It is thought that miRNAs, which target several genes and are crucial in the development of cancer, can be used as disease-specific biomarkers. 
The purpose of this thesis project is to investigate the functional effects of miR-34a-5p in HL-60 and NB4 cell lines as well as to compare the expression levels of MEK1, KLF4, PGK1, PIM1, and MDM4 genes that may be regulated by miR-34a-5p in AML. Using proliferation and apoptotic techniques, the functional impact of miR-34a-5p mimic transfection on cells was investigated. In addition, quantitative real-time PCR (qRT-PCR) was used to evaluate how miR-34a-5p affected the expression of a few potential candidate target genes. According to the in vitro study's findings, miR-34a-5p mimic transfection in HL-60 and NB4 cell lines reduced proliferation and induced on apoptosis. When the candidate miR-34a-5p target gene expression levels were compared between miR-34a-5p mimic transfected cells and control group cells, it was noticed that MEK1, KLF4, and PGK1 gene expression levels in HL-60 cells were decreased; however, MDM4 and PGK1 gene expression levels had no statistically significant change. In NB4 cells, it was shown that the expression of the genes MEK1, KLF4, and PGK1 was reduced, but that of the genes MDM4 and PIM1 did not alter significantly.
Changes in the expression of a few chosen potential oncogenes imply that these genes might be significant candidates for miR-34a-5p's in AML. By means of this study, which investigates at the role of miR-34a-5p as a tumor suppressor in the development of AML, additional targets that may be crucial for cellular functions have been discovered.