Böbrek kanserinde VHL, PBRM1 VE SETD2 genleri tanıya uygun belirteçmidir? moleküler yöntemlerle araştırılması
Are VHL, PBRM1 and SETD2 genes distinctive diagnostic markers for kidney cancer? a molecular investigation
Yazar: ROZHGAR ABDULLAH MOHAMMED
Danışman: YRD. DOÇ. MEHRİ İĞCİ
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Biyobelirteçler = Biomarkers ; Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Böbrek neoplazmları = Kidney neoplasms ; Gen analizi = Gene analysis ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Böbrek kanseri ürolojik kanserlerin en ölümcül olanıdır ve yetişkin malignitelerin % 3? ünü oluşturur. Böbrek kanseri tek bir hastalık olmakla birlikte renal hücreli tümörler dahil olmak üzere farklı birçok türü bulunmaktadır. VHL geni RCC ile ilişkisi olduğu bilinen tümör baskılayıcı bir gendir. VHL, hipoksi indüklenebilir faktörlerin bir negatif düzenleyicisi olarak fonksiyon gösterir. Son zamanlarda yapılan dizi analizi çalışmalarında, ccRCC?de histon modifikasyonunda ve kromatin şekillenmesinde görev alan PBRM1 ve SETD2 gibi genlerde birçok yeni ve sık görülen mutasyonlar tanımlanmıştır. PBRM1 geni, tümör baskılayıcı olan VHL geninden sonra en çok mutasyon görülen ikinci gendir. Bu gen, belirli genlerin trankripsiyonel aktivasyonununda ve baskılanmasında görev alan BAF180 proteinini kodlamaktadır. SETD2 geni, histon H3?ün 36. pozisyondaki lizin amino asitinin trimetilasyonundan sorumlu bir histon metiltransferazı kodlamaktadır. Aynı zamnda tümör gelişiminde baskılayıcı bir rol alabilir. Bu çalışmada, böbrek kanseri çeşidine ve hastaların cinsiyet, ortalama yaş gibi klinik özelliklerine göre gruplanan 30 çift örnek, gen ifadesi, SSCP ve Sanger dizileme teknikleri ile analiz edilmiştir. VHL, PBRM1, SETD2 genlerinin aşağı yönlü düzenlendiği bulunmuştur. Ancak, Wilcoxon testi ile yapılan istatistiksel analizlerde anlamlı bir sonuca varılamamaıştır (p>0,05). Yapılan mutasyon taraması sonuçlarına göre farklı bir genotip saptanamamıştır. Sonuç olarak, taranan üç genin mRNA seviyesinde düşüş görülmüştür. RCC?nin patogenezinde görev alan moleküler mekanizmaların anlaşılması, böbrek kanseri moleküler hedefli ilaçların geliştirilmesi adına önem arz etmektedir.

Anahtar Kelimeler: Böbrek kanseri, VHL, PBRM1, SETD2, Gen ifadesi analizleri, Mutasyon taraması

Abstract:
Kidney cancer is the most lethal urological cancer and accounts for 3% of adult 
malignancies. Kidney cancer is not a single disease; it is made up of a number of 
different types including renal cell tumours as the most common type. VHL gene is a 
tumor suppressor, it is best known with RCC. The VHL functions as negative regulator 
of hypoxia inducible factors. Recent sequencing efforts have identified several novel 
frequent mutations of histone modifying and chromatin remodeling genes in ccRCC 
including PBRM1 and SETD2. The PBRM1 gene is the second most common mutated 
gene after VHL, a tumor suppressor gene. It encodes the BAF180 protein, which 
involved in transcriptional activation and repression of selected genes.SETD2 encodes a 
histone methyltransferase, which is responsible for trimethylation of the lysine residue 
at position 36 of histone H3 and may play a role in suppressing tumor development. In 
this study, 30 paired tumor and normal samples that were grouped according to the 
types of kidney cancer and clinical characteristics of patients, including gender and 
average age were observed with gene expression analysis, SSCP and sequencing 
technique. Three of genes VHL, PBRM1 and SETD2 were relatively downregulated. 
However, statistically no significance found by Wilcoxon signed rank test (p>0,05). As 
a result of gene screening no mutation (no different genotype) was observed. In 
conclusion, the mRNA expression levels of three genes were insignificantly 
downregulated. Understanding the molecular mechanisms involved in the pathogenesis 
of RCC has aided the development of molecular-targeted drugs for kidney cancer. 
 
Keywords: Kidney cancer, VHL, PBRM1, SETD2, Expression analysis, Mutation 
screening