Covid-19 hastalarında IFNAR2 ve TYK2 gen ekspresyonları ile serum IFN alfa düzeylerinin hastalık şiddeti üzerine etkisi
The effect of IFNAR2 and TYK2 gene expressions and serum IFN alfa levels on disease severity in Covid-19 patients
Yazar: BÜŞRA BULUT
Danışman: DOÇ. DR. HALİME HANIM PENÇE
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyokimya Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyokimya = Biochemistry

Özet:
Amaç: Bu çalışma ile tip-1 interferon yanıtının, hastalığı farklı klinikle geçiren hastalarda TYK2 ve IFNAR2 gen ekspresyon seviyeleri ile serum interferon α (IFN α) düzeyleri bazında değerlendirilmesi amaçlanmıştır. 
Gereç ve Yöntem: Hasta grupları; 40 yoğun bakım ünitesinde tedavi gören (YBÜ) gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) pozitif hasta, 40 serviste tedavi gören RT-PCR pozitif hasta, 38 RT-PCR pozitif poliklinik hastası ve PCR (-) grubuna ise 40 RT-PCR negatif semptomatik hastalar dahil edilmiştir. Periferal kan örneklerinden total RNA izolasyonu yapıldı. Komplementer DNA (cDNA) sentezi gerçekleştirilerek RT-PCR yöntemiyle IFNAR2 ve TYK2 ekspresyon düzeyleri belirlendi. Enzim bağlı immunosorbent analizi (ELISA) yöntemiyle serum IFN α seviyeleri belirlendi.
Bulgular: TYK2 ekspresyonu, YBÜ ile poliklinik (p=0,001) ve PCR (-) grubu (p=0,002) karşılaştırıldığında YBÜ grubunda anlamlı olarak azalmıştır. Servis ile poliklinik (p=0,031) ve PCR (-) grubu (p=0,049) karşılaştırıldığında ise servis grubunda anlamlı olarak azaldığı görülmüştür. IFNAR2 ekspresyon seviyeleri, YBÜ ile servis (p=0,016), poliklinik (p≤0,001) ve PCR (-) (p=0,001) grupları arasında karşılaştırıldığında YBÜ grubunda anlamlı olarak azalmıştır. Serum IFN α düzeyleri YBÜ ile PCR (-) grubu (p<0,001); servis ile poliklinik grubu (p=0,011); servis ile PCR (-) grubu (p<0,001) ve poliklinik ile PCR (-) grubu (p=0,012) arasında istatistiksel anlamlılık gözlenmiştir. 
Sonuç: Covid-19 hastalarında tip-1 interferon yanıtı TYK2 ekspresyon bazında değerlendirildiğinde YBÜ ve servis grubundaki hastalarda; IFNAR2 ekspresyonu bazında değerlendirildiğinde ise YBÜ grubundaki hastalarda bozulmuştur. IFN α seviyeleri RT-PCR (+) hastalarda daha düşük bulunmuştur.

Abstract:
Aim: The purpose of this study was to assess serum interferon (IFN) levels, TYK2 gene expression levels, and type-1 interferon response in individuals with various clinical conditions.
Materials and Methods: Patient groups; included were 38 RT-PCR positive outpatients, 40 RT-PCR positive patients treated in the service, 40 RT-PCR positive patients treated in the intensive care unit (ICU), and 40 RT-PCR positive patients in the PCR (-) group negative symptomatic patients. From samples of peripheral blood, total RNA was extracted. Complementary DNA (cDNA) synthesis was performed and IFNAR2 and TYK2 expression levels were determined by RT PCR method. Serum IFN α levels were determined by enzyme-linked immunosorbent analysis (ELISA).
Results: The ICU group had significantly lower TYK2 expression than the outpatient (p=0.001) and PCR (-) groups (p=0.002). When comparing the service and outpatient (p=0.031) and PCR (-) groups (p=0.049), it was discovered that it reduced significantly in the service group. IFNAR2 expression levels were significantly decreased in the ICU group when compared between the ICU and ward (p=0.016), outpatient (p≤0.001) and PCR (-) (p=0.001) groups. Serum IFN α levels in ICU and PCR (-) group (p<0.001); service and outpatient group (p=0.011); Statistical significance was observed between the service and PCR (-) group (p<0.001) and between the outpatient clinic and PCR (-) group (p=0.012).
Conclusion: When the type-1 interferon response in Covid-19 patients was assessed based on the expression of TYK2, it was found to be diminished in the ICU group of patients. In RT-PCR (+) patients, decreased IFN levels were discovered.