Abiotik stres aday genlerinin üzüm çeşit ve anacında ifade profillerinin araştırılması
Research on grape cultivar and rootstock expression profiles of the predicted abiotic stress genes
Yazar: MOHAMMED EBRAHİME
Danışman: PROF. DR. ALİ ERGÜL
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Kuraklık ve tuz stresine toleransta rol oynayan aday genlerin belirlenmesi ve klonlanması, abiyotik stres yolaklarının aydınlatılmasında büyük önem taşımaktadır. LEA (Late Embryogenezis Abundant) gen ailesi ve bu ailenin alt grubunda yer alan Dehidrin (DHN) genlerinin kurak/tuz stres cevabında pozitif korelasyon gösterdiği bilinmekle birlikte, üzüm çeşit/anaçlarında konu ile ilgili aday genlerin belirlenmesi/klonlanması konusunda yürütülen araştırmalar sınırlıdır.
Bu çalışmada, Cabernet Sauvignon (CS) çeşidi ve Solonis X riparia 1616 C anacına tuz (120 mM NaCl) ve kuraklık stresi (%20 PEG) uygulamalarında, Vitis vinifera- LEA (VvLEA) ve Vitis vinifera- Dehidrin (VvDHN) olmak üzere iki aday genin ifadeleri Real Time PCR ile analiz edilmiştir. Çalışma sonucunda; VvDHN aday geninin ifadesi çeşitte kuraklık stresinde 24. saatte, anaçta ise daha erken (2. saat) devreye girerken, tuzluluk koşullarında ise anaçta 12. saatte yüksek artış göstermiştir. VvLEA aday genin ifadesi ise çeşitte hem kurak hemde tuzluluk koşullarında 6. saatte anaçta ise 12. saatte yüksek artış göstermiştir.
Sonuç olarak, iki gen bölgesinin ifade düzeyinde iki farklı türde (çeşit-anaç) ifade varyasyonları belirlenmiş ve bu genlerin klonlanmaya aday stres genleri olduğu kanıtlanmıştır. Araştırma asmada LEA gen ailesinin ifadesine yönelik ilk çalışma olup DHN genlerine yönelik çalışmalara da katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
2013, 98 Sayfa
Anahtar kelimeler: Vitis, 16-16C, Cabernet Sauvignon, late embryogenesis abundant (LEA), dehydrin (DHN), gen ekspresyonu

Abstract:
The identification and cloning of candidate genes involved in drought and salt stress tolerance, is of a great importance in elucidation of abiotic stress pathways.
LEA (Late Embryogenesis Abundant) gene family and the family's sub-group of the dehydrated (DHN) genes are known to be positively correlated with drought / salt stress response; however, the research conducted in determination and cloning of candidate genes in the grape cultivar / rootstocks is limited.
In this study, Cabernet Sauvignon (CS) variety and Solonis X riparia 1616 C rootstock were treated under salt (120 mM NaCl) and drought stress (20% PEG); then by using Real Time PCR, expression of two candidate genes, VvLEA and VvDHN were determinated. The study showed that, in CS gene expression of VvDHN has increased at 24th hour after drought stress treatment; however, in 1616 C, it has showed the highest increase in salinity conditions at 12th hour post treatment. Gene expression of VvLEA increased at 6th hour after treatment for both salinity and drought conditions, but for the rootstock increased at 6th hour.
As a result, gene expression level of the two various regions of the two species (variety -rootstock) were determined and these genes have proven to be a candidate stress genes for cloning.
The research is the first in the study of the LEA gene family expression in grapevine and DHN genes are also thought to contribute to its efforts in the area.
2013, 98 Pages
Keywords: Vitis, 16-16C, Cabernet Sauvignon, late embryogenesis abundant (LEA), dehydrin (DHN), gen expression