Kayısıda (Prunus armeniaca) plum pox virüs dayanıklılık lokusu ile ilişkili markörlerin keşfedilmesi
Determination of the resistant locus against plum pox virus in apricot(Prunus Armeniaca)
Yazar: DİLARA BOZDOĞAN
Danışman: DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Kayısı = Apricot ; Markörler = Markers ; Prunus armeniaca = Prunus armeniaca

Özet:
Kayısı (Prunus armeniaca L), dünya çapında önemli bir meyve türüdür. Şarka olarak da bilinen, Plum pox virüs (PPV) kayısıda verim kaybına neden olan önemli bir viral hastalıktır. Kayısıda Şarka dayanıklılığın genetik kontrolü birçok çalışmanın konusu olmuş ancak net bir şekilde çözülememiştir. Yapılan çalışmalarla dayanıklılığın, tek bir lokustan veya birkaç lokustan kaynaklanıyor olabileceği bildirilmiştir. Bağlantı Grubu 1'in (BG1) üst kısmında yer alan ve PPVres adı verilen majör lokusun Şarka dayanıklılığının %70'inden sorumlu olduğu rapor edilmiştir. Bu tez çalışmasında 17 adeti PPV'ye dayanıklı, 10 adeti hassas ve 5 adetinin dayanıklılık durumu tartışmalı olan toplamda 31 kayısıda, PPVres lokusunu çevreleyen 300 bin nt uzunluğundaki DNA dizisi elde edilmiş, hizalanmış, dayanıklılık ve hassaslık ile ilişkili varyasyonlar taranmıştır. Toplamda 404 adet varyasyonun (SNP, delesyon ve insersiyon) dayanıklılık/hassaslık ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Ondört indel bölgesi için primer tasarlanmış ve Kabaaşı x Zard ve 2243 x Hacıhaliloğlu melez popülasyonlarında taranmıştır. Yeni geliştirilen 14 PPVres lokusu daha önceden Decrooq ve ark. (2014) tarafından geliştirilen ZP002 lokusu kontrol olarak kullanılarak test edilmiştir. Yeni PPVres lokusları ile ZP002 lokusu kıyaslandığında PPVres 3, PPVres 8, PPVres 9, PPVres 10, PPVres 11, PPVres 12 lokuslarının ZP002 lokusu ile yüzde yüz benzerlik gösterdikleri belirlenmiştir. PPVres 1 lokusu %75 oranında ZP002 lokusu ile benzerlik göstermiştir. Diğer PPVres 2, PPVres 6, PPVres 7, PPVres 13 ve PPVres 14 lokusları ile ZP002 lokusu arasında benzerlik bulunamamıştır. PPVres 4 ve PPVres 5 lokusları ise çalışmamıştır. Bu çalışma sonucu dayanıklılık lokusu tespiti için ZP002 ile benzerlik gösteren 6 primer çifti moleküler destekli ıslah çalışmalarında kullanılabilecektir. Bu araştırma Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu tarafından desteklenmiştir (Proje no: 119O846).

Abstract:
Apricot (Prunus armeniaca L) is an important fruit species worldwide. Plum pox virus (PPV), also known as Sharjah, is an important viral disease that causes yield loss in apricots. Genetic control of orient resistance in apricot has been the subject of many studies but has not been clearly resolved. Studies have reported that resistance may be caused by a single locus or by several loci. The major locus, called PPVres, located at the top of Linkage Group 1 (BG1), has been reported to be responsible for 70% of Oriental resistance. In this thesis, a DNA sequence of 300 thousand kb surrounding the PPVres locus was obtained from a total of 31 apricots, 17 of which were resistant to PPV, 10 of which were susceptible, and 5 of which the resistance status was controversial, and the aligned, variations associated with durability and sensitivity were screened. A total of 404 variations (SNP, deletion, and insertion) were determined to be associated with durability/precision. Primers were designed for fourteen indel regions and screened in Kabaaşı x Zard and 2243 x Hacıhaliloğlu hybrid populations. The newly developed 14 PPVres loci previously described by Decrooq et al. (2014) were tested using the ZP002 locus as a control. When the new PPVres loci were compared with the ZP002 locus, it was determined that the PPVres 3, PPVres 8, PPVres 9, PPVres 10, PPVres 11, PPVres 12 loci showed 100% similarity with the ZP002 locus. The PPVres 1 locus was 75% like the ZP002 locus. No similarity was found between the other PPVres 2, PPVres 6, PPVres 7, PPVres 13, and PPVres 14 loci and the ZP002 locus. PPVres 4 and PPVres 5 loci did not work. As a result of this study, 6 primer pairs, which are similar to ZP002, can be used in molecular-assisted breeding studies for the determination of the resistance locus. This research was supported by the Scientific and Technological Research Council of Turkey (Project no: 119O846).