Bamyayı enfekte eden turnıp mosaıc vırus izolatının tüm genom dizi analizleri
Full‐length genome sequence of turnip mosaic virus isolate infecting okra
Yazar: GÖZDE DEMİR
Danışman: PROF. DR. SAVAŞ KORKMAZ
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Ülkemizde yaygın olarak yetiştirilen sebzelerden bir tanesi bamyadır. Bütün tarımsal üretimlerde olduğu gibi bamya üretiminde de bitki hastalıkları önemli bir sorun oluşturmaktadır. Bu hastalıklar arasından virüs hastalıkları kimyasal mücadelesi olmadığı için ayrı bir öneme sahiptir. Bu virüs hastalıklarından en önemlisi şalgam mozaik virüsü (turnip mosaic virus; TuMV)'dür. TuMV genel olarak Brassicaceae familyası üyelerinde enfeksiyon meydana getirmesine rağmen, bamyada da enfeksiyon meydana getirdiği ülkemizde yapılan son çalışmalar ile bildirilmiştir. Ancak ülkemiz bamya üretiminde enfeksiyon oluşturan TuMV izolatlarının tüm genom dizilimlerine yönelik herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Bu amaçla İzmir ve Manisa illerinden toplanan ve TuMV ile enfekteli olduğu daha önceden belirlenen bamya bitkileri içerisinden 3 izolat seçilmiştir. Seçilen 3 izolatın NIb+CP gen bölgeleri kullanılarak tüm genom dizilimi belirlenecek olan izolatın seçimi yapılmıştır. Seçilen örneklerden total nükleik asit izolasyonu yapılarak hedef gen bölgeleri RT-PCR ile çoğaltılmış ve sekansların sahip oldukları gen dizilimleri belirlenmiştir. Gerçekleştirilen çoklu dizi analizleri ve filogenetik analiz sonuçlarına göre içlerinden bir izolat tüm genom analizleri için kullanılmıştır. Tüm genom analizi yapılacak olan izolat belirlendikten sonra 5 farklı primer çifti ile bamya TuMV izolatının tüm genomu çoğaltılmış ve sekanslanarak sahip olduğu gen dizilimleri belirlenmiştir. Gerçekleştirilen analizler sonucunda bamya TuMV izolatlarının NIb+CP gen bölgelerine göre birbirleri ile yüksek oranda sekans homolojisi gösterdiği ve hepsinin basal-B grubunda olduğu belirlenmiştir. Tüm genom analizleri için seçilen izolatın gen dizilimlerinin dünya TuMV izolatları ile karşılaştırılması sonucunda bamya TuMV izolatının nükleotit düzeyinde     %77-93, amino asit düzeyinde ise %89-97 oranında benzerliklere sahip olduğu bulunmuştur. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise bamya TuMV izolatının basal-B filogenetik grubunda yer aldığı görülmüştür. Gerçekleştirilen bu çalışma ile dünyada ilk kez bamya bitkisinden elde edilen bir TuMV izolatının tüm genom analizleri gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
Okra is one of the vegetables commonly grown in Turkey. Plant diseases are an important problem in okra production as in all agricultural production. Viruses are more significant among plant diseases as there is no way to chemical control them. One of the most important plant virus diseases is turnip mosaic virus (TuMV). Although it generally causes infections in brassica plants, it has been recently reported that it also causes infection in okra. However, no studies targeting the full-length genome sequences of TuMV isolates infecting okra plants in Turkey have been done. For this purpose, NIb+CP gene regions of three isolates selected from okra plants known to be infected with TuMV collected from İzmir and Manisa provinces were used for the selection of the isolate whose full-length genome sequence was determined. Total nucleic acid isolation was performed from selected samples, and target gene regions were amplified by reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and then sequenced. Based on the results of multiple sequencing and phylogenetic analyses, one isolate was selected for full-length genome analyses. After choosing the isolate, the gene regions of this isolate were amplified by RT-PCR with five different primer pairs and sequenced. According to the analyses performed in this study, okra TuMV isolates showed high sequence homology with each other according to NIb+CP gene regions and all of them were in the basal-B group. The comparison of gene sequences of the selected isolate for the full-length genome analyses with TuMV isolates from around the world showed that that the okra TuMV isolate had 77–93% and 89–97% similarities at the nucleotide and amino acid levels, respectively. Moreover, with the phylogenetic analyses, it was found that the okra TuMV isolate was included in the basal-B phylogenetic group. Furthermore, full-length genome analyses of TuMV isolate infecting okra were carried out for the first time.