Kan ve solunum yolu örneklerinden izole edilenacınetobacter baumannıı suşlarının fenotipik vegenotipik yöntemlerle karşılaştırılması
Comparison of acinetobacter baumannii strains isolated from blood and respiratory tract samples with phenotypic and genotypic methods
Yazar: PINAR BEKDEMİR
Danışman: PROF. DR. AYŞEGÜL KARAHASAN
Marmara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Biyofilmler = Biofilms ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Jelatin = Gelatin ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Acinetobacter baumannii, dünya genelinde hastane enfeksiyonlarının en sıketkenlerinden biridir. Özellikle yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) gelişen çokluantibiyotiğe dirençli A.baumannii enfeksiyonlarının klinik öneminin bilinmesinekarşın, bakterinin virulans özelliklerine dair bilgimiz henüz temel düzeydedir.Acinetobacter baumannii'nin kapsül, lipopolisakkarit tabaka ve dış membran proteiniOmp A dışında, peptidleri hidrolize ederek doku hasarı oluşumunda etkili olanjelatinaz enzimini üretebildiği ve demirin sınırlı olduğu enfeksiyon bölgelerindesiderofor üreterek üreme yeteneğine sahip olduğu bilinmekte, cansız yüzeylerdeuzun süre hayatta kalabilme özelliği biyofilm üretimi ile ilişkili bulunmaktadır.Çalışmamızda 2005-2010 yılları arasında yoğun bakım ünitesinde yatanhastalardan izole edilen A. baumannii kökenleri ile iki çalışma grubu oluşturulmuştur.Derin trakeal aspirat (DTA) ve kan kültürlerinde üreme olan 41 hastanın DTA ve kankökenleri ile sadece DTA'da üreme olan 40 hastanın kökenleri antibiyotikduyarlılıkları ve virulans faktör üretimleri (biyofilm üretimi, jelatinaz üretimi ve sınırlıdemir içeren ortamda üreme yeteneği) bakımından karşılaştırılmış; aynı hastaya aitkökenler Repetitive Extragenomic Palindromic PCR (REP-PZR) ilegenotiplendirilerek hastaların DTA ve kan kökenleri arasında klonal ilişkiaraştırılmıştır. Tüm kökenler çoklu ilaca dirençli olup, sınırlı demir içeren ortamdaüreyebilmişlerdir. Kan kökenlerinde biyofilm üretimi (%61), DTA kökenlerinden(%47.5-51) daha yüksek oranda saptanmakla birlikte, bu fark istatistiksel olarakanlamlı bulunmamıştır. Kökenlerin sadece %11'inde jelatinaz üretimi saptanmışolup, örnek cinsine göre bir farklılık gözlenmemiştir. Kırk bir hastada DTA ve kandanizole edilen kökenlerin (n=82) bant profilleri birbirleriyle karşılaştırıldığında 32hastada kökenlerin birbiriyle aynı, 9 hastada ise kökenlerin farklı profil sergilediğigözlenmiştir. REP-PZR ile aynı bant profilini sergilediği halde, 4 hastanın DTA ve kankökenlerinde, biyofilm ve jelatinaz üretimi farklı saptanmıştır.Sonuç olarak çalışmamız, kan ve DTA örneklerinden izole edilen A. baumanniikökenlerinin virulans faktörleri üretimi açısından anlamlı bir farklılık göstermediğiniortaya koymuştur. Ayrıca REP-PZR ile elde ettiğimiz sonuçlar A. baumannii'ninYBÜ'de poliklonal enfeksiyona yol açabileceğini düşündürmektedir.Anahtar sözcükler: A. baumannii, REP-PCR, biyofilm, jelatinaz, siderofor

Abstract:
Acinetobacter baumannii is one of the most frequent pathogen triggering hospitalacquired infection, worldwide. Although the clinical importance of A.baumanniimultidrug resistant infection in intensive care unit (ICU) has been well known, theknowledge of Acinetobacter virulence factors is still at an elemantary stage. Inaddition to already known properties of A.baumannii such as the capsule,lipopolysaccharide and outer membran protein, A. baumannii?s ability to produce thegelatinase enzyme which is effective in tissue damage by hydrolising peptides, abilityto grow under iron-deficient conditions, are also defined as virulence factors. Abilityof A. baumannii to survive on dry surfaces for prolonged periods has been explainedwith its ability to form biofilms.In this study A.baumannii strains isolated from patients in the intensive careunit during the period 2005-2010 were divided into two groups. First group includedpatients (n:41) with A. baumannii strains isolated from both deep tracheal aspirate(DTA) and blood cultures and the second group (n:40) where A. baumannii wasisolated from DTA only. Two groups have been compared to each other in terms oftheir antibiotic susscebtibility and virulence factors (biofilm production, gelatinaseproduction and the ability of growth under iron limiting conditions), furtherlyA.baumannii strains of the same patient have been genotyped in order to search theclonal relationship between DTA and blood isolates in the first group. All isolateswere multi drug resistant and were able to grow under iron-deficient condition. Eventhough the biofilm production rate of blood isolates has been found higher than thatof DTA isolates either from same patients or from patients with DTA isolates only,the difference was not statistically significant. Gelatinase production has beendetected only in 11% of isolates and there was no difference by type of specimen.When band profiles of DTA and blood strains from 41patients (n=82) were comparedto each other; 32 patients strains from different samples were same, whereas 9patients strains different profile were exhibited. Although in 4 patients DTA and bloodstrains were exhibiting the same band profile, biofilm formation and gelatinaseproduction were different. As a result this study found no statistically significantdifference in virulence factors between DTA and blood isolates. Furtherly REP-PCRresults suggest that A. baumannii could lead to policlonal infections in ICU.Key words: Acinetobacter baumannii, REP-PCR, biofilm, gelatinase, siderophore