Skuamoz hücreli larenks kanserli hastaların periferik kanında dolaşan mikrorna'ların profilinin oluşturulması
Identification of micrornas profile in circulating peripheral blood of patients with laryngeal squamous cell cancer
Yazar: SEDA SALMAN YILMAZ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ÖZEN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Deneysel Tıp Araştırma Bölümü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Kan = Blood ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Laringeal neoplazmlar = Laryngeal neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis

Özet:
Larenks kanseri, baş-boyun bölgesinde en sık görülen kanserdir. Uygun tanı ve yeterli tedavi yaklaşımları uygulandığında, baş-boyun bölgesinin tedaviye en iyi yanıt veren tümörüdür ve çeşitli faktörler tarafından kontrol edilir. Bu kanserlerin gelişmesinde en önemli risk faktörleri sigara ve alkol alışkanlığıdır. Skuamoz hücreli karsinomlar, larenks kanserleri içinde % 95'den fazlasını oluşturmaktadır. Larenks kanserli hastalarda erken tanı yaşam kalitesini önemli ölçüde yükseltirken sağkalım süresini olumlu yönde etkilemektedir.  
MikroRNA'lar (miRNA'lar) küçük, protein kodlamayan RNA molekülleridir. Son zamanlarda keşfedilmiş ve üzerinde birçok çalışma yapılmaya ihtiyaç duyulan bir RNA çeşididir. Gen ifadesinin düzenlenmesinde görevli olan miRNA'ların Skuamoz Hücreli Larenks Kanseri (SHLK) gibi birçok kanserin patogenezinde önemli rol oynadığı gösterilmiştir.
Bu çalışmada, SHLK'lı vakalarda ameliyat öncesinin, sağlıklı kontroller ve ameliyat sonrası örnekleri ile karşılaştırıldığında, kullanılabilecek spesifik miRNA ifade değişimlerinin tespiti amaçlanmıştır. Otuz SHLK'lı hasta ve 30 sağlıklı kontrol bireyin periferik kanından elde edilen plazma örneklerinde, miRNA profillemesi için 4 SHLK ve 3 sağlıklı kontrol örneğiyle mikrodizin çalışması yapıldı. Sonrasında, ifade değişimleri anlamlı olan miRNA'lardan dördü seçilerek kantitatif ters-transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PZR) yöntemiyle doğrulama çalışması gerçekleştirildi. Tüm hasta grubu karşılaştırılarak, istatistiksel analizler Student's t-test kullanılarak yapıldı.
Mikrodizin sonuçlarına göre SHLK'lı hastaların plazmalarında mir-221'in ifade düzeyi sağlıklı bireylere göre artış gösterdiği, mir-133b'nin ifade düzeyinin ise kanserli hastalarda azaldığı tespit edildi. Bu miRNA'ların ifadelerindeki değişimler, 30 SHLK'lı hasta ve 30 sağlıklı kontrol bireyin plazma örnekleri kullanılarak qRT-PZR yöntemiyle analiz edildi. Sonrasında tespit edilen değişimin ameliyat sonrasında normal seviyeye geri döndüğü 20 SHLK'lı hastadan ameliyat sonrasında temin edilen plazma örneklerinde doğrulandı. Değişimlerin anlamlılıkları Student's t-test analizi ile gösterildi. Elde edilen sonuçlar SHLK'lı hasta ve sağlıklı bireylerin ayırdedilmesinde mir-221'in güçlü bir belirteç olduğunu ortaya koydu. 
Sonuç olarak, SHLK'de ameliyat öncesi ve ameliyat sonrası miRNA'ların ifade değişimlerinin tespiti literatürde ilk kez tarafımızdan gösterilmiştir. Çalışmamızın, periferik kanda uygulanabilir olması, rutin muayenede SHLK tanısı için güçlü bir aday yapmaktadır. Sonuçlarımız, SHLK'nde farklı eksprese olan miRNA'ların tanı belirteci olarak kullanılabilme potansiyeli olduğunu göstermiştir.

Abstract:
Laryngeal Squamous Cell Carcinoma (LSCC)  is the most common cancer type of the head and neck region. LSCC is known as one of the the most positively responding cancer types to the treatments when appropriate diagnosis and treatment aproaches are applied. The most important risk factors in the development of LSCC are smoking and alcohol consumption. Squamous cell carcinomas, constitutes more than 95% in laryngeal cancers. Early diagnosis in patients with laryngeal cancer significantly increase the quality of the life and affects positively the survival.
MicroRNAs (miRNAs) are small, non-coding RNA molecules. The were recently found and more studies need to be perfomed to better understand their functions. MiRNAs, involved in the regulation of gene expression, play important roles in the pathogenesis of many type of cancers including LSCC.
In this study, differential expression of certain miRNAs in pre-operative and post-operative plasma samples of patients with LSCC were investigated. Plasma samples of 30 LSCC patients and 30 healthy control subjects were collected from the peripheral blood samples. 4 LSCC and 3 healthy control samples were used for for miRNA profiling study. Subsequently, the expression changes of miRNAs that are significantly deregulated in the microarray experiment were confirmed by quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction. Statistical analysis was performed using Student's t-test. 
According to the results of the microarray, expression level of mir-221 of LSCC patients increased and expression level of mir-133b decreased compared to the healthy subjects. Changes in the expression of these miRNAs, were analyzed by qRT-PCR method using plasma samples 30 LSCC patients and 30 healthy control subjects. 20 plasma samples obtained after surgery has been used to verify whether the level of deregulated miRNAs return to the level of normal individuals. Our results showed that mir-221 may serve as a strong marker for LSCC.
As a result, we profiled miRNAs in preoperative and postoperative plasma samples of LSCC patients for the first time in the literature. Our study showed the feasibility of certain circulating miRNAs as strong candidates for the diagnosis of LSCC.