TAF7 ekspresyonunun sirna ile baskılanması sonrasında apoptotik süreçteki değişikliklerin araştırılması
Study of the apoptotic process and the effects induced by TAF7 gene expression silencing using sirna
Yazar: DİLEK GÖKTÜRK
Danışman: Y.DOÇ.DR. ZEYNEP SERCAN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
HIV enfeksiyonunun biyoloji ve immunopatogenezini anlamak, terapötik stratejilerinve profilaktik aşıların geliştirilmesinde büyük önem taşımaktadır. HIV genomundaki 9 gendenbiri olan Tat, gen ekspresyonu için gerekli olup işlevlerini üç başlık altında toplayabiliriz: 1)Proviral genlerin transkripsiyonel transaktivasyonu, inisiyasyon ve elongasyon süreçlerinidesteklemek 2) Kimi konak hücre genlerinin ekspresyonlarını özellikle pre-inisiyasyonkompleks yapısını bozarak transkripsiyon düzeyinde baskılamak 3) Konak hücrelerdeapoptozu tetiklemek.Genel transkripsiyon faktörü TFIID'nin yapısında yer alan TAF7 geninin HIV Tat' ınökaryotik işlevsel homoloğu olduğu ileri sürülmüştür. TAF7, HIV Tat proteinine benzerşekilde elongasyonu destekleme veya transkripsiyonu baskılayabilme özelliklerinibarındırmaktadır. Ancak HIV Tat gibi programlanmış hücre ölümünde rolü olup olmadığıaraştırılmamıştır.Apoptoz yolaklarının tanımlanması büyük önem taşımaktadır. Fakat apoptoz sürecininparçası olan genel transkripsiyonun baskılanma mekanizması bilinmemektedir. Hipotezimiz,bir apoptoz bulgusu olan transkripsiyon durdurulmasının TAF7 üzerinden gerçekleştiğiyönündedir. Bunu test etmek amacıyla radyasyon, etoposit ve MGBG apoptotik uyarılarınıalan hücre kültürlerinde siRNA oligonükleotidleri kullanılarak TAF7'nin ekspresyonunubaskılanıp, apoptotik cevapları ölçüldü. TAF7 ekspresyonu baskılanan HeLa ve Kelly hücrehatlarında radyasyon, etoposit ve MGBG uygulamaları karşısında apoptotik davranışınkontrol grubu hücrelerine göre 4-6 kat azaldığı gözlendi. TAF7 over-ekspresyonu yaptığımızçalışmalarda, hücrelerde HIV Tat'a benzer şeklide mikrotübül stabilizasyonu yoluylaapoptozu tetiklediğini gösterdik. Ayrıca viral ekspresyonlarda interferon uyarımına cevabenprotein düzeyi artan CTIIA'in, HIV Tat proteini ile olduğu gibi TAF7 ile de ilişkili olduğunuimmün presipitasyon deneyleri ile gösterdik.Sonuç olarak TAF7'nin apoptotik süreçte rol aldığı ve apoptozun genel transkripsiyonmekanizması ile ilişkili olduğu ilk kez gösterilmiştir. TAF7'nin, HIV Tat proteini ile olanişlevsel benzerliklerinin farklı alanlarda gösterilmesi HIV araştırmalarına büyük katkısağlayacaktır.

Abstract:
Understanding the immunopathogenesis and biology of HIV infection is of greatimportance to introduce new therapeutic strategies and prophylactic vaccines. Tat is one ofthe nine genes encoded in the HIV genome and its functions are can be grouped under 3topics: 1) The transcriptional transactivation of the provirus 2) Inhibition of the host genes atthe transcriptional level mainly 3) Inducing apoptosis in host cells.It has been proposed that TAF7 ? a component of the general transcription factorTFIID - could be a functional homologue of HIV Tat. TAF7 has been shown to supportelongation and to inhibit transcription by mechanisms very similar to HIV Tat. But Tat thereare no studies reporting a role for TAF7 in apoptosis.The identification of the apoptotic pathways is very important to health sciences. Themechanism of the general transcriptional blockage observed during apoptosis remainsunknown. Previous reports have suggested that TAF7 acts as a transcriptional checkpointregulator. In accordance with this model we hypothesize that the transcriptional blockage isan integral part of the apoptotic process and is induced via TAF7. To test this hypothesisTAF7 expression was inhibited by siRNA in cell lines induced with radiation, MGBG andetoposide. A 4-6 fold reduction in apoptotic death was observed in the TAF7 siRNA groupwhen compared to controls. On contrast TAF7 induced apoptosis in cells when overexpressedby stabilizing microtubule polymerization; a mechanism very similar to HIV Tat.This is the first study reporting a role for TAF7 and the transcriptional machinery inapoptosis.