Küçük hücreli dışı akciğer karsinomlu olgularda tümör doku örneklerinde EGFR, kras ve braf gen mutasyonlarının biofilm çipe dayalı mikroarray yöntemi ile belirlenmesi
Determination of epidermal growth factor receptor (EGFR), kras and braf mutation in non small cell lung cancers using biofilm chip based microarray technology
Yazar: ÖZLEM CEREN UZUN
Danışman: PROF. DR. GÜLAY ÖZBİLİM
Akdeniz Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Patoloji = Pathology
Dizin: Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Epidermal büyüme faktörü = Epidermal growth factor ; Genler = Genes ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Çalışmamızda küçük hücreli dışı akciğer kanseri tanısı almış 96 olguda, biofilm çipe dayalı mikroarray yöntemi (Infiniti Autogenomics®) ile EGFR, KRAS ve BRAF gen mutasyonlarının belirlenmesi, mutasyonların sigara içiciliği, hastanın cinsiyeti, tümör tipi ve hastalığın evresi ile ilişkisi, bu genlerdeki mutasyonların Türk populasyonuna özgü sıklığının belirlenmesi ve kullanılan yöntemin güvenilirliğinin belirlenmesi amaçlandı.
96 olgunun 58 tanesi Adenokarsinom, 30 tanesi yassı epitel hücreli karsinom ve 8 tanesi büyük hücreli nöroendokrin karsinom grubundan oluşmaktaydı. Adenokarsinom tanılı hastaların 58 tanesinden 14 tanesinde (%24,1) EGFR mutasyonu saptanırken, 12 tanesinde (%20,6) KRAS mutasyonu saptandı. Yassı epitel hücreli karsinom tanılı 30 vakadan yalnızca 1 tanesinde (%3,3) KRAS mutasyonu izlendi. Büyük hücreli nöroendokrin karsinom olan 8 vakadan ise sadece 1 vakada (%12,5) KRAS mutasyonu görüldü.
EGFR mutasyonu, kadın cinsiyet ve sigara içme öyküsü bulunmayan hastalarda literatürle uyumlu olarak daha yüksek oranda izlendi. EGFR mutasyonu, adenokarsinom tanılı olgularda yassı epitel hücreli karsinom tanılı olgulara göre, anlamlı olarak yüksek bulundu. KRAS mutasyonu ile cinsiyet farkı ve sigara içiciliği arasında anlamlı ilişki bulunamadı. KRAS mutasyonu, Adenokarsinom grubunda yassı epitel hücreli karsinom grubuna göre, anlamlı olarak yüksek bulundu. Her üç mutasyon varlığı ile tümör boyutu, lenf nodu metastaz varlığı, uzak metastaz varlığı ve hastalığın evresi arasında korelasyon görülmedi

Anahtar Kelimeler: EGFR, KRAS, BRAF, mikroarray, akciğer kanseri.

Abstract:
In our study, 96 patients diagnosed with non-small cell lung cancer with biofilm chip-based microarray method (Infiniti Autogenomics®) in the identification of EGFR, KRAS and BRAF gene mutations. The relationship with smoking, patient gender, tumor type and stage of the disease in the Turkish population and mutations in these genes determine the frequency and reliability used to determine the specific of the method.
In our study, we have 96 patient with 58 cases were adenocarcinoma, 30 cases were squamous cell carcinoma, and 8 cases of them large-cell neuroendocrine carcinoma group. Grain of 58 patients with adenocarcinoma of 14 patients (24.1%) were detected EGFR mutations, and in 12 patients (20.6%) KRAS mutations were found. Only 1 out of 30 cases diagnosed with squamous cell carcinoma (3.3%) had KRAS mutation. In large cell neuroendocrine carcinoma group only 1 case of 8 cases (12.5%) had KRAS mutations.
EGFR mutation were higher in female gender patients with no history of smoking and consistent with the literature. EGFR mutations, patients diagnosed with adenocarcinoma were found to be significantly higher than in patients diagnosed with squamous cell carcinoma. KRAS mutation had no relationship between gender and smoking. In adenocarcinoma group KRAS mutation were found to be significantly higher than in squamous cell carcinoma group. With the presence of all three mutations was not observed between tumor size, lymph node metastasis, distant metastasis and stage of the disease

Key words: EGFR, KRAS, BRAF, microarray, lung cancer