Biber Hafif Benek Virüs'üne (Pepper mild mottle virus, PMMoV) Karşı L4 dayanıklılık durumunun taranması ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonu
Screening the l4 resistance status of Pepper mild mottle virus, (PMMoV) and its characterization withmolecular methods
Yazar: MURAT BARUT
Danışman: ÖĞR. GÖR. HAKAN FİDAN
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Biber hafif benek virüsü (Pepper mild mottle virus- PMMoV) Tobamovirüsler içerisinde yer alan dünya genelinde biber üretim alanlarında en sık karşılaşılan virüslerden biridir. Bu virüs çoğu zaman hasat dönemine kadar gizli kalabilmekte ve en büyük zararlarını hasat döneminde meyveler üzerinde meydana getirebilmektedir. Bölgemizde son yıllarda biber üretim alanlarında sıklıkla karşılaşılan bir problem olarak karşımıza çıkmaktadır. L4 geni vasıtasıyla sağlanan dayanıklılığın, dünyanın farklı bölgelerinde dayanıklılığı kıran izolatın rapor edilmesiyle, ülkemizde de bu hastalığın epidime durumunun araştırılması gerekliliğini ortaya koymuştur. L4 dayanıklılığının etkinliğini belirleyebilmek için bölgemizden biber üretim alanlarında PMMoV ile şüpheli örnekler toplanmıştır. RT-PCR tekniği ile doğrulanan bu örnek PMMoV-Kum olarak kodlanmıştır. ve Gen bankasına kaydı yapılarak erişim numarası (MK806437) alınmıştır. PMMoV-Kum izolatı 1 hassas (B1) ve 5 dayanıklı (L4B1,L4B2,L4B3,L4B4,L4B5) bitkilerine mekanik inokulasyon yöntemi ile bulaştırılmıştır. Yapılan fenotipik gözlemler neticesinde PMMoV-Kum izolatının L4 genine bağlı dayanıklılığın üstesinden gelmediği biyolojik testler ile doğrulanmıştır. Dayanıklı olarak seçilen bitkiler üzerinde herhangi bir PMMoV simptomunun oluşmaması üzerine en başarılı çalışan L4 markırlarını belirlemeye yönelik primerlerin belirlenmesi tez çalışmasının seyrini belirlemiş ve en başarılı markırın AP-7/AP-8 ve P118/119primer çiftleriolduğu tespit edilmiştir.

Abstract:
Pepper mild mottle virus (PMMoV) is one of the most common viruses found in Tobamoviruses worldwide. This virus, which has the potential to cause economic losses, can be kept secret until the time of the harvest and it can cause the biggest damages on pepper fruits in this period. During the 2016-2019 production period in our region, it has been a problem that is frequently seen in pepper areas. To report the isolation of isolate from different regions of the world in terms of the resistance obtained by the L4 gene which is preferred in the fight against this disease, the necessity to investigate its share in the increase in the incidence of this disease in our country. In order to determine the effectiveness of L4 resistance, PMMoV and suspicious samples were collected from our region in pepper production areas. This sample, which was confirmed by RT-PCR technique, coded PMMoV-Kum and the gene bank was registered and the access number (MK806437) was obtained. PMMoV-Kum isolate 1 is transmitted to the sensitive (B1) and 5 resistant (L4B1, L4B2, L4B3, L4B4, L4B5) plants by mechanical inoculation. As a result of the phenotypic observations, PMMoV-Kum and isolate was confirmed by biological tests that it did not overcome the resistance due to L4 gene.The determination of primers to determine the most successful L4 markers upon the non-occurrence of any PMMoV symptoms on the selected plants was determined as the most successful AP-7 / AP-8 primer. After determining that PMMoV isolate was not an isolator that breaks the L4 strength, phylogenetic analyzes were performed to determine the location of this isolate in the world isolates. As a result of the filoegenetic analyzes.