Bazı elemet ve organik moleküllerin X-ışınları kırınımı yöntemiyle tek kristal yapı analizi ve Hirshfeld yüzey analizi
Single crystal structure analysis and Hirshfeld surface analysis of some element and organic molecules by X-ray diffraction
Yazar: EBRAR NUR ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. ERTAN ŞAHİN
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kriminalistik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
Bu çalışmada yedi adet element ve organik molekülden oluşan kristal yapı incelenmiştir. Bu organik moleküllerin Kristalografik ve moleküler yapısı X-ışınları tek kristal kırınım yöntemiyle belirlenmiştir. Yapısı çözülen kristallerin x-ışını kırınım verileri Rigaku R-axis rapid-S difraktometresi ile elde edilmiş, yapı faktörü verileri analiz edilerek, moleküllerin geometrik ve termal parametreleri ile molekül içi ve moleküller arası etkileşimler belirlenmiştir. DL-4,5-Dibromo-4,5-Dideoksi-3,6-0-Metil-chiro-inositol (C12H18Br2O6) bileşiği monoklinik P21/c uzay grubunda çözülmüş ve birim hücre parametreleri a=6.819(4)Å, b=13.207(8)Å, c=18.275(12)Å ve α=γ=90° ve  β=93.590°(19), Siklooktasülfür (α-Ortorombik Sülfür) (S8) elementi ortorombik Fddd uzay grubunda çözülmüş ve birim hücre değişkenleri a=10.4645(9)Å, b=12.8664(9)Å, c=24.496(2)Å ve α=β=γ=90°,1-(2-Etoksi-2-metil-2H-kromen-3-il)-etanon (C28H32O6) bileşiği monoklinik C2/c uzay grubunda çözülmüş ve birim hücre parametreleri  a=20.1989(17)Å, b=7.3837(6)Å, c=18.8593(17)Å ve α=γ=90° ve β=120.887°(3), [(E-4 -{[2- (4-hidroksibenzoil) hidrazin-1-il-iden]metil}Piridin-1-ium nitrat (C20H20N4O5) bileşiği monoklinik P21/n uzay grubunda çözülmüş  birim hücre parametreleri a=8.335(3)Å, b=13.929(5)Å, c=12.184(4)Å ve α=γ=90° ve β=95.902°(10),3-Hiroksi-2-fenil-2,3,3a,4,7,7a-hekzahidro-1H-izoindol-1-on (C14H15NO2) kristali  P-1 triklinik uzay grubunda çözülmüş birim hücre parametreleri a=6.5380(2)Å, b=7.2161(2)Å, c=12.8184(4)Å ve α=95.944°(2), β=99.4460°(10) ve γ=101.4860°(10),6-bromo-3-(4-metoksifenil)-3a,4,7a-tetrahidro-4,7-methanobenzo[d]izoksazol (C15H14BrNO2) bileşiği P21/c monoklinik uzay grubunda çözülmüş ve birim hücre parametreleri ise a=20.490(4)Å, b=6.8976(15)Å, c=9.7335(15)Å ve α=γ=90° ve β=102.532°(9) ve son olarak  N-((3-amino-1,4-diokso-1,2,3,4-tetrahidro naftalen-2-il) karbomotioil)-2,6-diflorobenzamid (C18H11F2N3O3S) kristali P21/n monoklinik uzay grubunda çözülmüş ve birim hücre parametreleri ise a=6.2281(7) Å, b=13.7328(17)Å, c=19.485(3)Å  ve α=γ=90° ve  β=96.771°(5) olarak belirlenmiştir.
Kristallere ait tek kristal kırınım verileri Olex2-2017 paket programı ile analiz edilmiş ve yapıların grafik sunumları için Mercury 3.1 programı kullanılmıştır. Crystal Explorer programı yardımıyla tüm yapıların Hirshfeld yüzeyi belirlenerek kristal örgü incelenmiş, molekül içi ve moleküler arası etkileşimler görüntülenerek parmak izi haritaları elde edilmiştir.

Anahtar Kelimeler; X-ışınları kırınımı, Hirshfeld yüzey analizi, Olex2, Moleküler modelleme, Parmak izi haritası.

Abstract:
In this study, crystal structure consisting of seven elements and organic molecules were investigated. Crystallographic and molecular structure of these organic molecules were determined by X-ray single crystal diffraction method. X-ray diffraction data of the crystals dissolving obtained by Rigaku R-axis rapid-S diffractometer, by analyzing structure factor data, the intermolecular and intermolecular interactions between the geometric and thermal parameters of the molecules were determined. The compound DL-4,5-dibromo-4,5-dideoxy-3,6-o-methyl-chiro-inositol (C12H18Br2O6) was dissolved in the monoclinic P21/c space group and the unit cell parameters a=6.819(4)Å,b=13.207(8)Å, c=18.275(12)Å ve α=γ=90° ve  β=93.590°(19), Cycloctasulfide (α-Orthorombic Sulfide) (S8) compound dissolved in the orthorhombic Fddd space group, unit cell parameters a=10.4645(9)Å, b=12.8664(9)Å,c=24.496(2)Å ve α=β=γ=90°,1-(2-Ethoxy-2-methyl-2H-chromen-3-yl)-ethanone(C28H32O6) compound dissolved in the monoclinic C2/c space group and the unit cell parameters a=20.1989(17)Å, b=7.3837(6)Å,c=18.8593(17)Å ve α=γ=90° ve β=120.887°(3),[(E)-4-{[2-(4-hydroxybenzoyl) hydrazin-1-yl-yl-idene] methyl}Pyridin-1-yl nitrate (C20H20N4O5) compound dissolved in a monoclinic P21/n space group unit cell parameters a=8.335(3)Å, b=13.929(5)Å, c=12.184(4)Å ve α=γ=90° ve β=95.902°(10),3-Hidroxy-2-phenyl-2,3,3a, 4,7,7a-hexahydro-1H-isoindol-1-one (C14H15NO2) crystal dissolved in P-1 triclinic space group, unit cell parameters a=6.5380(2)Å, b=7.2161(2)Å, c=12.8184(4)Å ve α=95.944°(2), β=99.4460°(10) ve γ=101.4860°(10),6-bromo-3-(4-methoxyphenyl)-3a,4,7a-tetrahydro-4,7 methanobenzo [d] isoxazole (C15H14BrNO2) is dissolved in the P21/c monoclinic space group and the unit cell parameters a=20.490(4)Å, b=6.8976(15)Å, c=9.7335(15)Å ve α=γ=90° ve β=102.532°(9)and finally N-((3-amino-1,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydro-naphthalen-2-yl)carbamoyl)-2,6-difluorobenzamide (C18H11F2N3O3S) crystal in the P21/n monoclinic space group dissolved and unit cell parameters were determined as a=6.2281(7) Å, b=13.7328(17)Å, c=19.485(3)Å ve α=γ=90° ve β=96.771°(5).

The single crystal diffraction data of the crystals were analyzed by the Olex2-2017 package program and the Mercury 3.1 program was used for the graphical presentation of the structures. With the help of the Crystal Explorer program, the Hirshfeld surface of all structures was determined, and the crystal lattice was examined.

Keywords; X-ray diffraction, Hirshfeld surface analysis, Olex2, Molecular modeling, Fingerprint map.