0-5 yaş yabancı uyruklu çocuklarda saptanan gastroenterit olgularında rotavirüslerin moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of rotaviruses in gastroenteritis cases detected in foreign children aged 0-5 years
Yazar: SALAM CHARBAK
Danışman: PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Rotavirus (RV), çocukluk çağında görülen viral gastroenteritlerinin sebeplerindendir. Gelişmekte olan ülkelerde mortalite ve morbiditenin en yaygın nedenlerindendir. Bu çalışmada 0-5 yaş yabancı uyruklu çocuklarda saptanan gastroenterit olgularında rotavirüslerin moleküler tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışma Mayıs 2022- Kasım 2023 arasında Gaziantep bölgesinde 0-5 yaş arası 120 yabancı uyruklu çocuklardan dışkı örnekleri toplanarak yapılmıştır. İmmünokromatografik yöntem ile Rotavirus pozitif bulunan, 74 (33 kız,  41 erkek) hastanın örnekleri moleküler yöntemle tiplendirilmiştir.Çalışma Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında gerçekleştirilmiştir. Rotavirus VP7 ve VP4 genlerini amplifiye etmek için ileri (forward) ve geri (reverse) primerler (Macrogen, Kore Cumhuriyeti) kullanılmıştır. Genotiplendirme için de miRCURY LNA™ SYBR Green PCR Kitini kullanan (Qiagen, Hilden, Almanya) Tek Adımlı RT-PCR tekniği uygulanmıştır. Rotavirus antijen pozitifliği saptanan olguların cinsiyetler arasında dağılımı istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Çalışmaya alınan yabancı uyruklu çocukların (24) %32.4'ünde P4,(13)%17.6'sında P6,(28) %37.8'inde P8, pozitifliği saptanmıştır. G genotipleri ise örneklerin (24) %32.4'ünde G1, (14)%18.9'unda G4,(17) %23'ünde G9 olarak bulunmuştur. Hastaların hiçbirinde G8 pozitifliği bulunmamıştır. Hem G hem de P tipleri birlikte tespit edilen miks serotiplerde ise(15) %23.8 oranında G1P[8] genotip kombinasyonu görülmüş iken, (6) %9.5 G2P[4] ve G9P[6] saptanmıştır. VP7-G genotiplerinin dağılımı açısından yaş grupları arasında anlamlı farklılık saptanmadı. Kız çocuklarının %9'unda, erkek çocukların %22'sinde P9 genotipi saptanmış olup P9 genotip pozitifliği açısından kız ve erkek çocuklar arasındaki fark anlamlı bulunmuştur (p<0.05). Rotavirüs enfeksiyonu olan olgularda G1P[8], G2P[4], genotiplerinin en yaygın görülen genotiplerdi. Yabancı uyruklu çocuklarda bölgede yaygın görülen serotipler bulunmakla birlikte farklı serotiplerde saptanmıştır. Bu konuda daha detaylı çalışmaların yapılması gerekmektedir.

Abstract:
Rotavirus (RV) is one of the causes of viral gastroenteritis in childhood. It is one of the most common causes of mortality and morbidity in developing countries. The aim of this study was to determine the molecular typing of rotaviruses in gastroenteritis cases detected in foreign children aged 0-5 years. The study was conducted between May 2022 and November 2023 by collecting stool samples from 120 foreign children aged 0-5 years in Gaziantep region. The samples of 74 (33 girls, 41 boys) patients who were found positive for rotavirus by immunochromatographic method were typed by molecular method. The study was carried out in the Microbiology Laboratory of Gaziantep University Şahinbey Research and Application Hospital. Forward and reverse primers (Macrogen, Republic of Korea) were used to amplify rotavirus VP7 and VP4 genes. One Step RT-PCR technique using miRCURY LNA™ SYBR Green PCR Kit (Qiagen, Hilden, Germany) was used for genotyping. The distribution of rotavirus antigen positivity between genders was not statistically significant. P4, P6, P8 positivity was found in 32.4% (24), P6 in 17.6% (13), P8 in 37.8% (28) of the foreign children included in the study. G genotypes were G1 in 32.4% (24), G4 in 18.9% (14), G9 in 23% (17) of the samples. G8 positivity was not found in any of the patients. In mixed serotypes in which both G and P types were detected together, (15) 23.8% G1P[8] genotype combination was observed, (6) 9.5% G2P[4] and G9P[6] were detected. No significant difference was found between age groups in terms of the distribution of VP7-G genotypes. P9 genotype was found in 9% of girls and 22% of boys and the difference between girls and boys in terms of P9 genotype positivity was found to be significant (p<0.05). G1P[8] and G2P[4] genotypes were the most common genotypes in cases with rotavirus infection. Although there were common serotypes in the region, different serotypes were found in foreign children. More detailed studies should be carried out on this subject.