İnterlökin-6 ve interlökin-10 genlerindeki polimorfizmler ile şiddetli COVID-19 enfeksiyonu arasındaki ilişkinin belirlenmesi
Determination of the relationship between polymorphisms in interleukin-6 and interleukin-10 genes and severe COVID-19 infection
Yazar: AHMED HADI DAKHEEL DAKHEEL
Danışman: DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN ; PROF. DR. ABBAS DAKHEEL MATE
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Mevcut COVID-19 salgını, hastalığın duyarlılığına ve şiddetine katkıda bulunabilecek genetik değişkenlerin bulunması için acil bir gereklilik yaratmıştır. Bu çalışmanın amacı, interlökin-6 (IL-6) (rs7802307 ve rs7802308) ve interlökin -10 (IL-10) (rs1800896) gen polimorfizmleri ile SARS-COV-2 arasındaki ilişkiyi incelemektir. Bu doğrultuda çalışmaya 50 COVID-19'lu birey ve 50 sağlıklı kontrol grubu olmak üzere toplamda 100 kişi katılmıştır. Hasta grubunun yaşları 15 ile 72 arasında değişen 38 erkek ve 12 kadın iken kontrol grubunun yaşları 19 ile 54 arasında değişen 34 erkek ve 16 kadından oluşmaktadır. Çalışma Nisan-Ağustos 2022 tarihleri arasında Al-Hussain Eğitim Hastanesi'nde yürütülmüştür. Her iki grubun C-Reaktif Protein ve D-dimer düzeyleri belirlenmiş ve hasta grubunun sağlıklı gruba kıyasla önemli ölçüde daha yüksek değerlere sahip olduğu bulunmuştur, IL-6 ve IL-10 genetik dizisi, 25 hasta örneği (S1'den S25'e kadar) ve 25 kontrol örneği (C1'den C25'e kadar) olmak üzere 50 örnekte analiz edilmiştir. IL-6 geninin belirli bir bölgesini çoğaltmak için 708 bp'lik ve IL-10 geninin belirli bir bölgesini çoğaltmak için 781 bp'lik bir PCR parçası oluşturulmuştur. Amplifiye edilen segment, IL-6 geninde (rs7802307 ve rs7802308, T540A, T541A) ve IL-10 geninde (rs1800896, T327C) tek nükleotid polimorfizmi (SNP) içerecek şekilde dikkatle tasarlanmıştır. İncelenen örneklerde, IL-6 geninde homozigot AA, heterozigot TA ve homozigot TT paterni belirlenmiştir. rs7802307 için homozigot AA varyantı çoğu vakada ve kontrollerde bulunmuştur. rs7802308 için, vakaların ve kontrollerin çoğunda homozigot TT varyantı bulunmuştur. Bu araştırmanın bulguları, rs7802307 (rs7802307 T>A=0,33 için p-değeri) ve rs7802308 SNP (rs7802308 T>A=0,45 için p-değeri) ile SARS-COV-2 gelişimi arasında anlamlı bir sonuç olduğunu belirleyememiştir. IL-10 geninin üç formu CC, TC ve CC genotipini içermektedir. Bulgulara dayanarak, rs1800896 T>C IL-10 gen varyantı ile SARS-COV-2 riskinin ilişkili olabileceği görülmektedir.

Abstract:
The current COVID-19 pandemic has created an urgent requirement to find genetic variants that may contribute to the susceptibility and severity of the disease. The aim of this study was to examine the association between interleukin-6 (IL-6) (rs7802307 and rs7802308) and interleukin-10 (IL-10) (rs1800896) gene polymorphisms and SARS-COV-2. In this direction, a total of 100 people, 50 individuals with COVID-19 and 50 healthy controls, participated in the study. The patient group consisted of 38 men and 12 women aged between 15 and 72, while the control group consisted of 34 men and 16 women aged between 19 and 54. The study was conducted at Al-Hussain Teaching Hospital between April and August 2022. C-Reactive Protein and D-dimer levels of both groups were determined and it was found that the patient group had significantly higher values compared to the healthy group. IL-6 and IL-10 genetic sequence was analysed in 50 samples, 25 patient samples (S1 to S25) and 25 control samples (C1 to C25). A PCR fragment of 708 bp was generated to amplify a specific region of the IL-6 gene and 781 bp to amplify a specific region of the IL-10 gene. The amplified segment was carefully designed to contain single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IL-6 gene (rs7802307 and rs7802308, T540A, T541A) and IL-10 gene (rs1800896, T327C). For rs7802307, the homozygous AA variant was found in most cases and controls. For rs7802308, the homozygous TT variant was found in most cases and controls. The findings of this study failed to identify a significant outcome between the rs7802307 (p-value for rs7802307 T>A=0.33) and rs7802308 SNP (p-value for rs7802308 T>A=0.45) and the development of SARS-COV-2. The three forms of the IL-10 gene include the CC, TC and CC genotype. Based on the findings, it appears that the rs1800896 T>C IL-10 gene variant may be associated with SARS-COV-2 risk.