Hastanemiz yoğun bakım ünitelerinden izole edilen çoklu ilaç dirençli acinetobacter ve pseudomonas izolatlarında metallobetalaktamaz (MBL) varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Investigation of the phenotypic and genotypic methods of the metallobetalactamase presence in multidrug resistance acinetobacter and pseudomonas isolates from an intensive care unit infections in our hospital
Yazar: CENNET RAĞBETLİ
Danışman: DOÇ. DR. HÜSEYİN GÜDÜCÜOĞLU
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Hastaneler-üniversite = Hospitals-university ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; Van = Van ; Yoğun bakım üniteleri = Intensive care units ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) gelişen enfeksiyonlarda nonfermentatif bakterilerin görülme sıklığı artmaktadır. Birçok antibiyotiğe karşı dirençli oldukları bilinen bu bakterilerde karbapenemlere de yüksek oranda direnç gözlenmektedir. Çalışmada, YBÜ'deki hastalardan izole edilen nonfermentatif bakterilerde karbapenem direncine neden olan Metallo Beta Laktamaz (MBL) varlığının fenotipik ve genotipik analizler ile belirlenerek Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) ile izolatlar arası ilişkinin ortaya konması amaçlanmıştır.
Nisan 2014-Aralık 2014 tarihleri arasında Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi Mikrobiyoloji Laboratuvarında imipenem veya meropenem dirençli 51 Acinetobacter baumannii ve 51 Pseudomonas aeruginosa izolatı çalışmaya dâhil edilmiştir. İzolatlarının antimikrobiyal duyarlılıkları, Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ve BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile belirlenmiştir. MBL varlığı, çift disk sinerji testi (ÇDST), kombine disk testi (KDT), Modifiye Hodge testi (MHT) ile tespit edilmiştir. Tüm izolatlarda karbapenem direncine yol açan IMP, VIM, GES, GIM, SPM, OXA-10, OXA-23 ve OXA-51 gen bölgeleri Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile belirlenmiştir. Ayrıca tüm izolatlarda pulse field gel electrophorez (PFGE) ile klonal ilişki ortaya konmuştur.
Toplam 102 izolatın hiç birinde IMP, VIM, GES, GIM gen bölgeleri tespit edilmemiştir. A. baumannii izolatlarının tamamında en az bir gen bölgesi pozitif olmak üzere %98'i OXA-51, %77'si OXA-23 ve %4'ünde SPM geni pozitif bulunmuştur. Bu izolatlarda; %77 oranında OXA-23 ile OXA-51 ve %4 oranında OXA-23, OXA-51 ile SPM birlikteliği saptanmıştır. P. aeruginosa izolatlarında ise OXA-51 %18 ve OXA-10 ise %14 oranında tespit edilmiştir. A. baumannii için duyarlılığı en yüksek fenotipik test olarak KDT (%94.1) bulunmuştur. ÇDST'nin duyarlılığı % 0 olduğu ve MBL analizi için uygun bir fenotipik test olmadığı görülmüştür. P. aeruginosa için ise duyarlılığı en yüksek testler sırasıyla ÇDST (%93.7), KDT (%87.5) ve MHT (56.2) olarak bulunmuştur. PFGE yöntemi ile klonal ilişki analizi sonuçlarına göre A. baumannii izolatlarının kümeleşme oranı % 80 olarak belirlenirken P. aeruginosa da bu oran % 53 olarak belirlenmiştir. 
Sonuç olarak, tüm izolatlarda ülkemizde daha önce bildirilen gen bölgeleri çalışmamızda da benzer olarak bulundu. Fenotipif testlerden A. baumannii için en uygun KDT bulunurken P. aeruginosa için ise ÇDST bulunmuştur. 
Anahtar Kelimeler: A. baumannii, P aeruginosa, metallobetalaktamaz

Abstract:
Nonfermentative bacterias have increased gradually infections of the intensive Care Units. Nonfermentative bacterias are highly resistant to most of the antibiotics especially carbapenems. This study aimed that the phenotypic and genotypic tests were evaluated of screening MBL-producing nonfermentative bacterias of resistant to carbapenems in patients at our hospital's İntansive Care Units (ICU) and investigate the relationship between strains by Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE).
In study, imipenem or meropenem resistant 51 Acinetobacter baumannii and 51 Pseudomonas aeruginosa isolates were included at during April 2014 - December 2014 Microbiology Laboratory of Dursun Odabas Medical Center in Yuzuncu Yil University. Antimicrobial susceptibility testing of the isolates were performed by Kirby-Bauer disk diffusion method and BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD) automated system at intensive care units in our hospital. MBL presense was investigated by Double Disk Synergy Test (DDST),  the Combined Disk Test (CDT) and Modified Hodge test (MHT). All strains that cause carbapenem resistance by IMP, VIM, GES, GIM, SPM, OXA-10, OXA-23 and OX-51 gene regions was determined with Polymerase Chain Reaction (PCR). PFGE was used to investigate of the clonale relationship.
The highest specificity is determined by MHT. IMP, VIM, GES, GIM gene regions have not been detected of of PCR evaluation in any of totaly 102 isolates. The genes of OXA-51 (98 %), OXA-51 (77 %), OXA-23 (77%) and SPM (4 %) were found in A. baumannii isolates. In these strains, We identified together with OXA-23&OXA-51 % 77 and OXA-23&OXA-51&SPM % 4 genes. The genes of OXA-51 (18 %) and OXA-10 (14 %) detected in P. aeruginosa isolates. CDT (% 94) was found to be most sensitive for A. baumannii. DDST sensitivity was found 0 % for MBL analysis and it wasn't suitable analysis of phenotypic assays. Respectively DDST (94%), CDT (88 %) and MHT (56 %) sensitivity was found to be highest sensitivity for the Pseudomonas aeruginosa. According to PFGE clonal analysis results determined of clustering rate of A. baumannii 80 % and P. aeruginosa isolates were 53 %. For most of our hospital carbapenem resistance was found to be responsible for production of MBL. 
As a result, in all regions of the gene are found similarly as previously reported in our country's study, but the OX-48 gene was detected firstly.
Key Words: A. baumannii, P aeruginosa, metallobetalactamase.