Hastane ve toplum kaynaklı Staphylococcus aureus izolatlarında çeşitli virülans faktörlerinin real-time PZR yöntemi ile araştırılması
Investigation of various virulence factors among the hospital-acquired and community-acquired Staphylococcus aureus isolates by real-time-PCR method.
Yazar: SONER YILMAZ
Danışman: DOÇ. DR. ABDULLAH KILIÇ
GATA / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; Virülans = Virulence

Özet:
Staphylococcus aureus, toplumda görülen deri ve yumuşak doku enfeksiyonlarının en sık nedenlerinden biri ve hastane kaynaklı enfeksiyonların en önemli nedenidir. Bu tez çalışmasında 2007 ile 2010 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden elde edilen toplum ve hastane kaynaklı 147 S. aureus izolatında stafilokokkal enterotoksin A (SEA), stafilokokkal enterotoksin B (SEB), stafilokokkal enterotoksin C (SEC) stafilokokkal enterotoksin D (SED), toksik şok sendromu toksin-1 (TŞST-1), Panton-Valentin lökosidin (PVL) toksinlerinin varlığının ve SCCmec fenotiplerinin [Metisilin dirençli S. aureus (MRSA) izolatlarında] real-time PZR yöntemi ile tespit edilmesi amaçlandı. Buna ilave olarak 72 adet hastane-kaynaklı (%48.9) ve 75 adet toplum-kaynaklı (%51.1) izolat arasındaki genotipik ilişkiyi göstermek amacı ile multiple locus variable number of tandem repeat analysis (MLVA) yöntemi kullanıldı. Yüz kırk yedi izolatın 93'ünde (%63.2) en az bir adet (77 izolatta bir, 16 izolatta birden fazla) toksin görüldü. Toksin tespit edilen izolatların 55 tanesi (%59.1) hastane-kaynaklı 38 tanesi (%40.9) ise toplum-kaynaklı izolatlardı. SEA toksini toplam 147 izolatın 59'unda (%40.1), SEB toksini sekizinde (%5.4), SEC toksini 12'sinde (%8.1), SED toksini sekizinde (%5.4), TŞST-1 toksini 17'sinde (%11.5) ve PVL toksini altı izolatta (%4.0) tespit edildi. Çalışmamızda hastane-kaynaklı MRSA suşlarında %90.9 oranında SCCmec tip III, %2.2 oranında SCCmec tip IV bulunurken diğer yandan toplum-kaynaklı MRSA suşlarında %40 oranında SCCmec tip IV tespit edildi. Geri kalan izolatların tiplendirilmesi yapılamamıştır. SEA toksini tespit edilen izolatların çoğu hastane kaynaklı olup metisiline dirençli bulunmuştur (40/47, %85.1). MLVA yöntemine göre hastane ve toplum-kaynaklı grupların kümeleşme oranları, klon sayıları, özgün profil sayıları sırasıyla %73.6 ve %57.3, 34 ve 47, 19 ve 32 olarak bulunmuştur. Hastane-kaynaklı MRSA izolatlarında yüksek oranda SEA toksini tespit edilmesi bu toksinle direnç gelişimi arasında bir ilişki olabileceğini göstermektedir.

Abstract:
Staphylococcus aureus is the most common cause of skin and soft tissue infection in the community and the most important cause of nosocomial infection. In this research, it was aimed to explore the presence of staphylococcal enterotoxin A (SEA), staphylococcal enterotoxin B (SEB), staphylococcal enterotoxin C (SEC), staphylococcal enterotoxin D (SED), toxic shock syndrome toxin-1 (TSST-1), Panton Valentine leukocidin (PVL) and SCCmec phenotype by real-time PCR in 147 strains of S. aureus isolated from various clinical samples from Gulhane Military Medical Academy Hospital (GMMAH) between 2007 and 2010. In addition, Multiple Locus Variable number of tandem repeat Analysis (MLVA) was used to demonstrate the genotypic association between 75 hospital-acquired (51.1%) and 72 community-acquired (48.9%) isolates. Among 147 isolates, 93 (63.2%) possesed at least one toxin (77 strains carried one, and 16 strains carried more than one). The 55 (59.1%) of these 93 isolates were hospital-acquired and 38 (40.9%) were community-acquired. The SEA toxin was found in 59 isolates (40.1%), SEB in eight isolates (5.4%), SEC in 12 isolates (8.1%), SED in eight isolates (5.4%), TSST-1 in 17 isolates (11.5%), PVL toxin in six isolates (4.0%). In our study, SCCmec type III was detected in 90.9%, SCCmec type IV in 2.2% among hospital-acquired MRSA; on the other hand, SCCmec type IV was detected in 40.0% among community-acquired MRSA. The rest of the strains could not typed. Most of the strains (40/47; 85.1%) carrying SEA were hospital-acquired, and they were found as methicilline resistant. According to MLVA, hospital and community-acquired groups? clustering rates, number of clones, number of unique profile were found as; 73.6% and 57.3%; 34 and 47; 19 and 32, respectively. The high prevalence of SEA toxin in hospital-acquired MRSA isolates indicates that there would be an association between the presence of toxin and antimicrobial resistance.