Tuzluluk stresi ve indol butirik asit (IBA) etkisinin fasulyede (Phaseolus vulgaris  L.) epigenetik değişimlerinin moleküler yöntemle belirlenmesi
Determination of the effect of salt stress and indole buyric acid (IBA) in bean (Phaseolus vulgaris L.) by molecular method of epigenetic changes
Yazar: SAMET AKEL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH DEMİREL
Iğdır Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Epigenetik = Epigenetic ; Metilasyon = Methylation ; Phaseolus vulgaris = Phaseolus vulgaris

Özet:
Bu çalışmada, Akman-98 kuru fasulye çeşidi kullanılarak durgun su kültüründe bitki yetiştirilmiştir. Bitkiler, torf:perlit (2:1) karışımı içeren viyollerde çimlendirilmiş ve daha sonra yetiştirme ortamına alınmıştır. Tuz stresi oluşturmak için sodyum klorür (NaCl) kullanılmıştır ve farklı konsantrasyonlarda (0 mM, 25 mM, 50 mM ve 75 mM) NaCl solüsyonları hazırlanmıştır. Ayrıca, farklı konsantrasyonlarda bitkilere indol bütirik asit (IBA) uygulanmıştır (0 mM, 0,5 mM ve 1 mM). Bu çalışmada, tuz (NaCl) ve IBA'nın durgun su kültüründe yetiştirilen kuru fasulyede DNA'da meydana gelen sitozin metilasyon değişikliklerini incelemeyi amaçlanmıştır. Bu değişiklikler, CRED-iPBS yöntemi kullanılarak belirlenmiştir ve 7 iPBS markörü kullanılmıştır. Fasulye bitkilerinden farklı uygulama sayılarına sahip yaprak örnekleri alınmış ve her birine genotip numarası verilmiştir. Ardından, toplamda 24 genotip için HpaII ve MspI enzimleri ile kesim yapılmış, PCR ve elektroforez işlemleri uygulanmıştır. Elde edilen bant bilgileri analiz edilmiştir. Bulgulara göre, NaCl uygulamasının HpaII için polimorfizm oranları farklı konsantrasyonlarda değişmiştir, en yüksek polimorfizm oranı 50 mM NaCl uygulamasında bulunmuştur. IBA uygulaması ise polimorfizm oranlarını etkilemiş, en düşük polimorfizm oranı 1 mM IBA konsantrasyonunda tespit edilmiştir. MspI için de benzer şekilde NaCl ve IBA uygulamalarının polimorfizm oranları üzerinde etkileri olmuştur. Bu sonuçlar, tuz ve IBA'nın kuru fasulye bitkilerinde sitozin metilasyonu değişimlerini göstermektedir.

Abstract:
In this study, plants were grown in stagnant water culture using Akman-98 dry bean variety. The plants were germinated in viols containing peat:perlite (2:1) mixture and then transferred to the growing medium. Sodium chloride (NaCl) was used to induce salt stress and NaCl solutions of different concentrations (0 mM, 25 mM, 50 mM and 75 mM) were prepared. Also, different concentrations of indole butyric acid (IBA) were applied to the plants (0 mM, 0.5 mM and 1 mM). In this study, it was aimed to examine the cytosine methylation changes in DNA of dried beans grown in stagnant water culture of salt (NaCl) and IBA. These changes were determined using the CRED-iPBS method and 7 iPBS markers were used. Leaf samples with different application numbers were taken from bean plants and each was given a genotype number. Then, cutting with HpaII and MspI enzymes for a total of 24 genotypes, PCR and electrophoresis processes were applied. The obtained band information was analyzed. According to the findings, polymorphism rates for HpaII in NaCl application changed at different concentrations, the highest polymorphism rate was found in 50 mM NaCl application. IBA application affected the polymorphism rates, and the lowest polymorphism rate was found at 1 mM IBA concentration. Similarly for MspI, NaCl and IBA applications had effects on polymorphism rates. These results show the changes in cytosine methylation of salt and IBA in dry bean plants.