Kavun ve hıyar patojeni Fusarium oxysporum izolatlarının patojenisite, ırk, vejetatif uyum grubu ve aflp teknikleriyle karakterizasyonu ve dağılımları
Characterization of Fusarium oxysporum isolates from melon and cucumber by pathogenicity, races, vegetative compatibility groups and aflp techniques, and their distributions
Yazar: FATİH MEHMET TOK
Danışman: DOÇ. DR. ŞENER KURT
Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmanın amacı, kavun ve hayır bitkilerinden elde edilen Fusarium oxysporum izolatlarının patojenisite, fizyolojik ırk, vejetatif uyum grubu ve AFLP yöntemleri ile karakterize edilmesidir. 2007 ve 2008 yıllarında kavun ve hıyar yetiştiricilik dönemlerinde, Akdeniz Bölgesinde Adana, Antalya, Hatay ve Mersin, Güneydoğu Anadolu Bölgesinde ise Adıyaman, Batman, Diyarbakır, Mardin ve Şanlıurfa illerine bağlı alanlarda hastalık surveyi gerçekleştirilmiştir. Örnekleme yapılan alanlardan alınan hasta bitki örneklerinden yapılan izolasyonlar sonucu, kavun bitkisinden 114, hıyardan 47 F. oxysporum izolatı elde edilmiştir. Patojenisite çalışmaları, kavun ve hıyar fidelerinin ilk gerçek yaprak döneminde, kök daldırma yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Kavundan elde edilen 114 F. oxysporum izolatının 89'u kavun fidelerinde hastalık belirtisi oluşturmuş ve Fusarium oxysporum f.sp. melonis (Fom) olarak tanımlanmıştır. Hıyar bitkilerinden elde edilen 47 F. oxysporum izolatının ise 40'ı hıyar fidelerinde hastalık belirtisi oluşturmuş ve bunlar Fusarium oxysporum f.sp. radicis-cucumerinum (Forc) olarak tanımlanmıştır. Diferansiyel çeşitlerle yürütülen patojenisite çalışmalarında, 89 Fom izolatının 67'si (%75) ırk 1, 17'si (%19) ırk 0 ve 5'i (%6) ırk 1-2 olarak bulunmuştur. Vejetatif uyumluluk grubu (VUG) analizlerinde, nitratı kullanamayan mutantlar (nit) minimal ortamda tüm kombinasyonlarda eşleştirilmiş ve 89 Fom izolatının 71'i (%79) VCG0138, 13'ü (%15) VCG0134, 5'i (%6) VCG0133 olarak tespit edilmiştir. 40 Forc izolatından 38'i (%95) VCG0260 iken 2'si (%5) VCG0261 grubu ile uyumlu oldukları belirlenmiştir. Temsili 76 Fom ve 30 Forc izolatının AFLP analizlerinin sonucunda, Fom izolatları 3 farklı AFLP grubuna ayrılmıştır. AFLP II grubu 14 Fom izolatından oluşmuş ve tamamı VUG 0134, AFLP III 57 izolat ve tamamı VCG0138, AFLP IV grubu 5 izolat ve tamamı VUG0133 grubundan meydana gelmiştir. Forc izolatlarının ise AFLP analizi ile 2 farklı grupta toplandıkları tespit edilmiştir. Birinci grup 28 izolattan oluşmuş ve tamamı VCG 0260 iken, VUG 0261 grubu 2 izolat ise diğer AFLP grubunda yer almıştır. Bu çalışma ile, AFLP analizinde oluşan grupların tamamının VUG ile bağlantılı olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
The objective of this study was to characterize F. oxysporum isolates from cucumber and melon in Turkey in terms of pathogenicity, race, vegetative compatibility (VC) and AFLP variation. In the 2007 and 2008 melon and cucumber growing seasons, surveys were conducted in Adana, Antalya, Hatay and Mersin provinces of the Mediterranean Region and Adıyaman, Batman, Diyarbakır, Mardin and Şanlıurfa provinces of the Southeastern Anatolian Region of Turkey. After isolations from samples taken from relative survey areas, a total of 114 Fusarium oxysporum isolates from melon and 47 from cucumber were recovered. The pathogenicity of each isolate was tested on cucumber and melon seedlings at the first-true-leaf stage by the root dip inoculation method. 89 out of 114 isolates from melon were virulent on melon seedlings and these were accordingly identified as Fusarium oxysporum f.sp. melonis (fom). 40 out of 47 isolates from cucumber were virulent on cucumber seedlings and identified as Fusarium oxysporum f.sp. radicis-cucumerinum (Forc). In the differential tests carried with 89 Fom isolates, 67 isolates (75%) were race 1, 17 (19%) were race 0 and 5 (6%) were race 1-2. In the VCG tests, nitrate non-utilizing mutants (nit) were paired on minimal medium in each combination. Out of 89 Fom isolates, 71 (79%) belonged to VCG0138, 13 (15%) to VCG0134 and 5 (6%) to VCG0133. Among 40 Forc isolates, 38 (95%) were in VCG0260 and 2 (5%) in VCG0261. AFLP analysis was conducted with 76 and 30 representative Fom and Forc isolates, respectively. Based on AFLP data, Fom isolates were separated into 3 groups. AFLPs II, III and IV contained 14, 57 and 5 Fom isolates in VCG0134, VCG0138 and VCG0133, respectively. Forc isolates were separated into 2 groups. While AFLP group 1 included 28 isolates from VCG0260, group 2 included two isolates from VCG0261. In this study, all AFLP groups were correlated with VCGs.