Klinik numunelerden izole edilen karbapenem dirençli klebsıella pneumonıae  kökenlerinin rektal sürüntü kökenleri ile karşılaştırılması
Comparison of carbapenem resistance klebsiella pneumoniae origins in the clinical numbers with rectal swab transplantation
Yazar: NAZİFE AKMAN
Danışman: PROF. DR. HÜSEYİN KILIÇ ; DR. ÖĞR. ÜYESİ AYCAN GÜNDOĞDU
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışma ile üniversitemiz hastanesinde yatan hastaların rektal tarama kültürleri ile diğer klinik numunelerden izole edilecek olan karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae izolatlarının, antimikrobiyal direnç profillerinin ortaya konulması, karbapenem direncinden sorumlu genlerin tanımlanması ve bu suşların tarama/klinik numume karşılaştırılmasının yapılması amaçlanmaktadır. 
Aralık 2016- Ağustos 2017 tarihleri arasında Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanelerinde yatan hastaların rektal sürüntü kültürleri ile klinik numunelerinden izole edilmiş olan karbapenem dirençli Klebsiella pneumonia (CR-Kp) suşları ile çalışıldı. Proje kapsamında toplam 81 hastadan izole edilmiş 100 suş (50'si rektal sürüntü 50'si klinik numunelerden izole edilmiş olmak üzere) ile çalışıldı -Hastalardan19'unun hem rektal sürüntü kültürlerinde hem de klinik numunelerinde üremiş olan toplam 38 CR-Kp suşu çalışmaya dahil edildi-. Bakteri identifikasyonu konvansiyonel yöntemler ve/veya otomatize sistemler kullanılarak yapıldı. Tüm K. penumonia suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST 2018) önerileri doğrultusunda yapıldı. İzolatların  trimetoprim/ sulfametoksazol, ertapenem, amoksisilin/ klavulanikasit, siprofloksasin, sefotaksim, seftriakson, seftazidim, sefepim, gentamisin, amikasin, piperasillin/ tazobaktam ve imipenem için antibiyogram; plakta GSBL doğrulaması çift disk sinerji yöntemi; kolistin direnci sıvı mikrodilüsyon yöntemi; karbapenem, GBSL ve kolistin direncinden sorumlu genlerin belirlenmesi polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi; izolatlar arasındaki ilişkinin belirlenmesinde pulsed field jel elektroforezi (PFGE) yöntemi kullanıldı.
Bakterilerin direnç oranları %76'sı trimetoprim/ sulfametoksazole, %100'ü ertapeneme, %100'ü amoksisilin/ klavulanikasite, %89'u siprofloksasine, %95'i seftriaksona, %94'ü seftazidime, %100'ü sefepime, %41'i gentamisine, %25'i amikasine,  %100'ü piperasillin/ tazobaktama , %48'i imipeneme, %100'ü sefotaksime dirençli bulundu. GSBL direnci  42 suşta doğrulandı. 46 suş için MİK 24, 49 suş içinse  MİK 48'e göre kolistin (2<) dirençli bulundu. Suşların % 58'i karbapenem direncinden sorumlu olan OXA-48 varlığı bakımından pozitif bulundu. GSBL direncinden sorumlu olan genlerin % 91'i CTX-M-tip, % 71'i SHV-tip, % 68'i TEM-tip olarak belirlendi. Birbirleriyle %85'in üzerinde benzeyen suşlar aynı klon olarak değerlendirildi ve 67 suş 3'ü major klon (I, II ve XII) olmak üzere toplam 13 klon içerisinde yer alırken geriye kalan 33 suş özgü izolat olarak raporlandı. Farklı zamanlarda farklı ünite ve farklı klinik numunelerden izole edilmiş 12 suş I nolu klon içerisinde, 13 suş II nolu klon içerisinde ve 14 suş ise XII nolu klonda yer aldı.
Karbapenem dirençli K. pnemoniae 'nin tespiti halinde; direnç durumunun belirlenmesi ampirik tedavide klinisyene yol göstermesi ve akılcı antibiyotik kullanım politikalarının oluşturulması; klonal ilişkilerin değerlendirilmesi mortal seyredebilen bu nozokomiyal enfeksiyonlar ile mücadelede izlenebilecek stratejiler ve alınabilecek önlemlere dair kanıta dayalı bilgi birikiminin artırılması açısından önemlidir.
Anahtar Kelimeler: CR-Kp, rektal sürüntü, karbapenem direnci, PFGE

Abstract:
The aim of the study is to determine antimicrobial resistance profiling, identification of genes responsible for carbapenem resistance and screening / clinical sample comparison of these strains through carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae, which is to be isolated from rectal screening cultures and other clinical specimens of hospital patients in our university hospital. 
This experiment was studied with carbapenem resistant Klebsiella pneumonia (CR-Kp) strains, which had been isolated from rectal swab cultures and clinical samples of hospital patients at Erciyes University Medical Faculty Hospitals between December 2017 and August 2018.   
Within the scope of the project, 100 strains isolated from a total of 81 patients (50 of these were isolated rectal swabs, the remaining 50 examples were isolated from clinical specimens) were studied. Moreover, a total of 38 CR-Kp strains, 19 of them were produced in both rectal swab cultures and clinical specimens, were included in this study. Bacterial identification was performed using conventional methods and / or automated systems. The determination of antibiotic susceptibility of all K. penumonia strains was carried out in accordance with the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST 2018). 
Antibiogram method for isolates; trimethoprim / sulfamethoxazole, ertapenem, amoxicillin / clavulanic acid, ciprofloxacin, cefotaxime, ceftriaxone, ceftazidime, cefepime, gentamycin, amikacin, piperacillin / tazobactam and imipenem,  double disk synergy method for GSBL validation in plate,  colistin resistance with liquid microdilution method,  to be identification of genes responsible for carbapenem, GBSL and colistin resistance applied polymerase chain reaction (PZR) method, pulsed field gel electrophoresis (PFGE) in determining the clonal relationship between isolates, were used.
The resistance rates of bacteria have been found as the percent of 76 for trimethoprim / sulfamethoxazole, ertapeneme %100, amoksisilin / klavulanikasite %100, cefepime %100, piperacillin / tazobactam %100, cefotaxime %100, and ciprofloxacin 89%, ceftriaxone 95%, ceftazidime 94%, gentamicin 41%, amikasine 25%  , imipenem 48%. 
The GSBL resistance was confirmed in 42 strains. 46 strains were resistant to MIK 24, 49 strains were resistant to colistin (2 <) according to MIK 48. Of the strains, 58% were positive for OXA-48, which is responsible for carbapenem resistance. 
91% of genes responsible for GSBL resistance were identified as CTX-M-type, 71% as SHV-type and 68% as TEM-type. The strains resembling more than 85% of each other were evaluated as the same clone and 67 strains, 3 of which were major clones (I, II and XII) in included 13 clones and the remaining clones were reported as 33 strains completely have different genomic. At different times, 12 strains isolated from different units and different clinical specimens were included in the clone I. Similarly, after isolation, obtained 13 strains took part in the clone II and also 14 strains were in the clone XII.
In case of detection of carbapenem resistant K. pneumoniae; determination of the resistance status lead off the clinician in empirical treatment and establishing rational antibiotic usage policies; evaluation of clonal associations is important for strategies that can be pursued in combating these mortal nosocomial infections and  increasing evidence- based knowledge to be taken measures.
Key words: CR-Kp, rectal swab, carbapenem resistance, PFGE