Sedef hastalığı ile ilişkili bazı genlerdeki SNP'lerin in silico analizi
In silico analysis of SNPs in some psoriasis-associated genes
Yazar: VIDA AMIRI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA KAMAN
Üsküdar Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Genetik = Genetics

Özet:
Sedef hastalığı, vücudun bağışıklık sisteminin neden olduğu ve cilt hücrelerinin döngüsünü yok etmesiyle karakterize edilen yaygın bir genetik hastalıktır. Sedef hastalığı birkaç farklı klinik form içerir, en yaygın şekli (yaklaşık 90%) plak veya vulgaris'tir (Plaque Psoriasis). Her yaşta ortaya çıkabilir ancak en sık görüldüğü yaş 15 ile 35 yaş arasıdır, hastalığa yakalanma oranı kadın ve erkeklerde aynıdır. Ayrıca, ABD'li yetişkinlerin yalnızca %2'sinin hastalıktan etkilenmesi muhtemeldir. Tek nükleotid polimorfizmleri, kodlanan proteinin yapısını ve işlevini etkiler, bu fark fenotipik bir değişikliğe neden olabilir veya olmayabilir. Bu çalışmada RHOD ve SLC12A8 (PSORS5) olarak tanımlanan sedef hastalığı ile ilgili genler incelenmiştir. Bu genlerde SNP tespiti hastalığın erken teşhisi için önemlidir. Bu hastalığın erken teşhisi aynı zamanda bu hastalığın genini taşıyan veya aile öyküsü olan ve hastalığa maruz kalan birçok hastada, süreç hastalığın ilerlemesine doğru gitmeden önce gerekli tedavinin etkili olabilmesini sağlar. Çalışmanın amacı sedef hastalığına neden olduğu bildirilen RHOD ve SLC12A8 (PSORS5) genlerindeki zararlı SNP'leri in silico analiz ile tahmin etmektir. Bu amaçla, NCBI dbSNP veri tabanından RHOD ve SLC12A8 (PSORS5) genlerindeki yanlış anlamlı SNP'ler elde edildi. Yanlış anlamlı SNP'lerin analizi, çevrimiçi araçlar ile kullanılarak biyoinformatik yöntemlerle gerçekleştirildi. Tüm bu veri tabanlarından elde edilen sonuçlar değerlendirildi ve zararlı SNP'ler belirlendi. Yanlış anlamlı SNP'ler de zarar verici etkiye sahip olanların belirlenebilmesi için yapılan 5 programdan (SIFT, PolyPhen-2,  PANTHER, SNPs&GO, SNAP2) 6 sonuç (PolyPhen-2 Hum-Var ve Hum-Div) elde edildi. Tarama yapılan 6 programdan 5 ve üzeri ortak zarar verici olarak kabul edilerek stabilizasyon ve modelleme aşamasına dahil edilmiştir. RHOD ve SLC12A8 (PSORS5) genilerindeki yanlış anlamlı SNP'nin in siliko analizlerin sonucunda;  polimorfizmlerinin zararlı etkilerinin olabileceği tespit edilmiştir. Bu çalışma ile ortaya çıkan sonuçların, Sedef Hastalığıyla ilgili ileride yapılabilecek tanısal ve deneysel stratejilere rehberlik etmek amacıyla faydalı bilgiler sunacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Psoriasis is a common genetic disease caused by the body's immune system and characterized by the destruction of the skin cell cycle. Psoriasis includes several different clinical forms, the most common form (about 90%) being plaque or vulgaris. It can occur at any age, but it is most common between the ages of 15 and 35, and the incidence rate is the same for women and men. Also, only 2% of  US adults are likely to be affected by the disease. Single nucleotide polymorphisms affect the structure and function of the encoded protein, this difference may or may not result in a phenotypic change. In this study, RHOD and SLC12A8 (PSORS5) genes related to psoriasis disease were analyzed. In these genes, SNP detection is important for early diagnosis of the disease. Early diagnosis of this disease also allows many patients who carry the gene of this disease or have a family history and are exposed to the disease, to be able to get the necessary treatment before the disease progresses. The aim of this study is to estimate the deleterious SNPs in the RHOD and SLC12A8 (PSORS5) genes, which are reported to be the cause of Psoriasis disease, with in silico analysis. For this purpose, missense SNPs in RHOD and SLC12A8 (PSORS5) genes were obtained from NCBI dbSNP database. Analysis of missense SNPs was performed using bioinformatics methods using online tools. The results obtained from all these databases were evaluated and harmful SNPs were determined. From 5 programs (SIFT, PolyPhen-2, PANTHER, SNPs&GO, SNAP2, PolyPhen-2 (Hum-Var and Hum-Div) 6 results were obtained that made to identify with harmful effects on Missense SNPs. 5 or more of the 6 programs scanned were accepted as common harmers and were included in the stabilization and modeling phase. As a result of in silico analysis of missense SNP in RHOD and SLC12A8 (PSORS5) genes; It has been determined that polymorphisms may have harmful effects. It is thought that the results of this study will provide useful information to guide future diagnostic and experimental strategies for Psoriasis.