Türkiye Spermophilus cuvier, 1825 (Mammalia:Rodentia) türlerinin filocoğrafyası, filogenisi ve soy hattı sınırlarının detaylı incelenmesi
Phylogeograpy, phylogeny and detailed examination of lineages limits of Spermophilus cuvier, 1825 (Mammalia:Rodentia) in Turkey
Yazar: DUYGU TİRYAKİ DENER
Danışman: PROF. DR. İSLAM GÜNDÜZ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Zooloji = Zoology
Dizin: Spermophilus = Spermophilus ; Spermophilus xanthoprymnus = Spermophilus xanthoprymnus

Özet:
Yakın zamana kadar Türkiye'de iki yer sincabının varlığı biliniyordu; Anadolu'da Anadolu yer sincabı, Spermophilus xanthoprymnus (Bennett,1835) ve Trakya'da Avrupa yer sincabı Spermophilus citellus (L. 1766). Ancak geçmişte moleküler genetik belirteçler, morfometrik ve sitogenetik verileri kullanarak yapılan çalışmalarda S. xanthoprymnus ve S. citellus'dan ayrılan, Güney Anadolu'da Toros Dağları'nda küçük bir alanda yaşayan populasyonları Toros yer sincabı (Spermophilus taurensis) olarak tanımlanmıştır. Aynı zamanda türler içerisinde en yakın akrabalığın S. citellus ve S. taurensis arasında olduğu gösterilmiştir. 
Bu çalışmanın amacı (i) coğrafik örnekleme alanını ve örnek sayısını artırarak Türkiye'deki yer sincabı üzerinde yapılmış daha önceki çalışmalardan bilinenlere daha fazla moleküler bilgi eklemek (ii) tür ayrımını ve dolayısı ile de Spermophilus'ta türleşmeyi anlamak, (iii) Türkiye'deki üç türün varlığını teyid etmek, (iv) her bir türün filocoğrafik yapısını analiz etmektir. 57 lokaliteden 157 bireyin mitokondrial DNA (sitokrom b genin tamamı, tRNA-Thr (Threonyl-tRNA), tRNA-Pro (Proline-tRNA) ve D-loop bölgesinin sol tarafı) sekansları (S. xanthoprymnus: 42 lokaliteden, 126 birey; S. citellus: 6 lokaliteden, 14 birey ve S. taurensis:10 lokaliteden, 17 birey) tür içi ve türler arası genetik çeşitliliğin iç yüzünü göstermek için ve her bir tür içerisinde gizli bir soy hattı ya da alt türü ortaya çıkarmak için analiz edilmiştir. Bunun yanı sıra 45 lokaliteden 74 bireyde üç Y kromozom intron bölgesi, 41 lokaliteden 67 bireyde iki X kromozom intron bölgesi Türkiye Spermophilus'larındaki alt türleri daha fazla test edebilmek için sekanslanmıştır. 
Daha önceki mtDNA çalışmalarında önerildiği gibi sonuçlarımız Türkiye'de üç yer sincabının varlığını desteklemektedir. Çok geniş bir dağılım gösteren S. xanthoprymnus kısıtlı alanda bulunan diğer türlerden (S. citellus ve S. taurensis), daha yüksek genetik çeşitlilik göstermesi, Toros ve Avrupa yer sincabı populasyonunun koruma biyolojisinin önemine işaret etmektedir.

Anahtar Kelimeler: Spermophilus, Mitokondrial DNA, Eşey kromozom DNA'sı, Filogeni, Filocoğrafya

Abstract:
Until recently, two ground squirrel species have been known to occur in Turkey, the Anatolian ground squirrel, Spermophilus xanthoprymnus (Bennett,1835) in Anatolia and the European ground squirrel, Spermophilus citellus (L. 1766) in Thrace. However, it was described in past studies, using molecular markers, morphometrics and cytogenetics data, a new endemic species named the Taurus ground squirrel, Spermophilus taurensis, which is distinctive from both S. xanthoprymnus and S. citellus and has a restricted range in the Taurus Mountains in South West Anatolia. They also showed that the species most closely related to S. taurensis is S. citellus.
The aims of the present study are (i) to, by broadening geographic sampling and by increasing the sample size, add more molecular information to what is already known from previous studies on ground squirrel species in Turkey, (ii) to gain better understanding of species subdivision and ultimately to understand speciation in Spermophilus, (iii) to confirm the presence of three species in Turkey and (iv) to analyse the phylogeographic structure of particular species. Mitochondrial DNA (complete cytochrome b gene, tRNA-Thr (Threonyl-tRNA), tRNA-Pro (Proline-tRNA) and the left end of D-loop region) sequences of 157 individuals collected from 57 new localities (S. xanthoprymnus: 42 localities, 126 individuals; S. citellus: 6 localities, 14 individuals ve S. taurensis:10 localities, 17 individuals) were analyzed to provide insight into intra-inter specific genetic diversity and uncover any hidden lineage or sublineage within each species. Moreover, three-Y chromosome introns were sequenced for 74 individuals obtained from 45 localities and two-X chromosome introns were sequenced for 67 individuals obtained from 41 localities in order to carry out further test subdivisions within Turkish Spermophilus. 
The results support the presence of three ground squirrel species in Turkey and show, as suggested by the earlier mtDNA study, that widely distributed S. xanthoprymnus has higher genetic diversity than the other restricted distributed ground squirrel species (S. citellus and S. taurensis), pointing a particular attention to the conservation biology of the European and Taurus ground squirrel populations.

Key Words: Spermophilus, Sex Chromosome DNA, Mitochondrial DNA, Phylogeny, Phylogeography