Fetal merkezi sinir sistemi anomalilerinde submikroskobik kromozom anomalilerinin moleküler tekniklerle araştırılması
İnvestigation of submicroscopic chromosomal abnormalities in fetus with central nervous system anomalies by molecular techniques
Yazar: SELVİ ERGİN
Danışman: DOÇ. DR. BİRSEN KARAMAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: FISH = FISH ; Fetüs = Fetus ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Malformasyonlar = Abnormalities ; Merkez sinir sistemi = Central nervous system ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis

Özet:
MSS anomalileri, tüm konjenital anomaliler arasında en sık görülen ve en ağır seyreden anomalilerdir ve yaklaşık olarak 100 canlı doğumda bir görülmektedir. Çoğu MSS anomalisinin etiyolojisi tam olarak bilinmese de çoğu bazı özgün kromozom anomalileri ile ilişkilendirilmektedir. Yapılan çalışmaların sonucunda MSS malformasyonlarına bağlı kromozom anomalilerinin oranının %5 ile %50 arasında olduğu görülmüştür.Klasik sitogenetik yöntemler ile sayısal ve 5-10Mb`a kadar yapısal kromozom anomalileri tanınabilmektedir. Son 10 yılda ise klasik sitogenetik yöntemler ile tespit edilemeyen 5Mb'dan küçük olan submikroskobik değişimlerin tanısında FISH, MLPA, CGH ve mikroarray teknikleri gibi yeni teknikler kullanılmaya başlanmıştır.A-CGH, genomik düzensizlikleri DNA düzeyinde ve tüm genom boyunca saptayabilen yeni bir tekniktir. Bu yöntem 50-100Kb arasında değişen kopya sayısı değişiklerini saptayabilmesi, metafaz plağına gerek duyulmaması, çalışma için az miktarda DNA örneğinin yeterli olması açısından klasik kromozom analiz tekniklerine göre avantaj sağlamaktadır.Bu çalışmada, fetal USG'de MSS anomalisi saptanan ancak klasik sitogenetik analizler ile herhangi bir kromozom anomalisi gösterilemeyen 20 olgudan invazif bir girişimle elde edilen doku örneklerinde (AS, FKÖ ve KVÖ) submikroskobik kromozom anomalilerinin A-CGH yöntemi ile araştırılması amaçlanmıştır.20 olgunun 3'ünde submikroskobik kromozomal bir değişim saptanmıştır. Bu değişimlerden sadece biri olgunun (olgu 1) USG bulguları ile uyumlu bulunmuştur. Geri kalan 2 değişimden birinde parental orjin çalışması yapılamadığından klinik önemi açıklanamamıştır. Diğer olgudaki değişimin ise paternal kalıtımlı ailesel bir varyant olduğu kanısına varılmıştır.Literatürde farklı çalışma gruplarında seçilen olgu ve kullanılan array formatına göre saptanan anomali sıklığı %1.8'ten %13.3'e kadar farklılık göstermektedir. CNV sıklıkları ise %2-61 arasında değişmektedir. Bizim çalışmamızda da 20 olguluk serimizde klinik olarak anlamlı anomali oranı %5 olarak saptanmıştır.

Abstract:
Congenital malformations of central nervous system (CNS) are the most common birth defects with a prevalence of about 1%. Although the etiology of most CNS malformations remains unknown, some CNS malformations are associated to specific chromosome anomalies. Previous studies showed that the incidence of chromosome abnormalities related to CNS malformations is between 5 - 50%.Conventional karyotyping enables to detect aneuploidies, large duplications, and deletions of at least 5-10Mb along with the structural rearrangements. In the last decade, FISH, MLPA, CGH and microarray techniques made it possible to detect the submicroscopic imbalances (<5 Mb).A-CGH is a new technique which can detect the genomic imbalances in DNA level and from all genome. This technique have a lot of advantages compared to classical chromosome analysis techniques on handling and also on the achieved results since former can detect copy number changes between 50-100Kb.In this study, it is aimed investigation of submicroscopic anomalies by microarray technique to the materials (amniocentesis (AC); Chorionic Villus Sampling( CVS); Fetal blood sampling (FBS) obtained by invasive technique from 20 cases, which shows normal chromosome in conventional cytogenetic analysis and which has CNS anomaly diagnosed by fetal USG.In 3 of these 20 cases it was detected submicroscopic chromosome abnormalities. Just one of these abnormalities is concordant with USG findings. In one of the others cases the clinical significance could not be explained because the parental origin test could not be performed. In the other case it was concluded the heredity is a paternal variant.In the litterature the abnormality rate, which is detected from chosen case or used array format in different study groups, is detected from 1.8% to 13,3%. In our study the clinically significant abnormality rate is detected 5%.