NONO/ p54nrb geninin endotel hücrelerinde moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of NONO/ p54nrb gene in endothelial cells
Yazar: KÜBRA PASPAL EROĞLU
Danışman: PROF. DR. FERAY KÖÇKAR
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Endotelinler = Endothelins ; Hipoksi = Hypoxia ; Parabenekler = Paraspeckles ; Sitokinler = Cytokines

Özet:
Paraspecklelar oldukça yeni aydınlatılan memeli hücre çekirdeğinin interkromatin boşluğunda bulunan ribonükleoproteinlerdir. Paraspeckles proteinler, non-POU domain containing octamer binding (non-POU domain içeren oktomer bağlanma proteini), (NONO/p54nrb), paraspeckle protein 1 (PSPC1) ve splicing factor proline and glutamine rich (PSF/SFPQ)'i içeren memeli DBHS (Drosophila melanogaster behavior, human splicing) protein ailesi proteinleridir.Ayrıca paraspeckle yapısında kodlanmayan RNA, NEAT1 bulunmaktadır. NONO/p54 nrb kanserleşme, gen ekspresyonunun düzenlenmesi, inflamasyon, splicing, DNA sentezi ve onarımı, mRNA'nınçekirdekten sitoplazmaya geçişinin kontrolü de dâhil olmak üzere çeşitli biyolojik süreçlerde görev almaktadır. Bu tez çalışmasıyla ilk defa NONO/p54nrb geninin anjiyogenez ile ilişkisi aydınlatılmıştır. NONO/p54 nrb geninin ve diğer paraspeckle üyelerinin anjiyogenezin en önemli regülatörleri olan VEGF sitokini ve hipoksi ile ilişkili olduğu ilk defa bu çalışmada Real Time PCR ve westernblot deneyleriyle mRNA ve protein seviyesinde doğrulanmıştır. Hem normal koşullarda hemde hipoksik koşullarda VEGF sitokini uygulanan deney gruplarında m RNA ve protein seviyesinde artış gözlemlenmiştir. Bu veriler VEGF yoloğı inhibisyon deneyleri ile de desteklenmiştir. Ayrıca NONO/p54nrb promotorunun da VEGF yolağı ve hipoksi ile ilişkili olduğu lüsiferaz reporter deneyleri ile doğrulanmıştır. NONO/p54 nrb geninin paraspecle genleri için önemli ve gerekli olduğu NONO/p54nrb ifadesinin baskılanmasından ve aşırı ekspresyonundan diğer paraspeckle genlerinin de etkilendiği ilk defa bu tez çalışmasında overekspresyon ve knockdown deneyleri ile doğrulanmıştır. overekspresyon ve knockdown deneyleri sonrasında gerçekleştirilen MTT, çizik testi ve koloni formasyon deneyleri ile NONO/p54nrb geninin hücre sağkalımı, poliferasyonu, göçü gibi hücresel süreçlerde rol oynadığı doğrulanmıştır. Tüm bu çalışmalar NONO/p54nrb geninin anjiyogenezde önemli rolü olduğunu ve kanserleşme sürecinde görev aldığını göstermiştir. Bu verilerin daha ileri kanser araştırmalarında araştırmacılara ışık tutacağı öngörülmektedir.

Abstract:
Paraspeckles are ribonucleoproteins found in the interchromatin space of the mammalian cell nucleus that has been recently enlightened. Paraspeckles proteins are mammalian DBHS  protein family proteins consisting of non-POU domain containing octamer binding (NONO/p54nrb), paraspeckle protein 1 (PSPC1) and splicing factor proline and glutamine rich (PSF/SFPQ) proteins. In addition, there is an uncoded RNA, NEAT1, in the paraspeckle structure. NONO/p54 nrb is involved in a variety of biological processes.With this thesis study, the relationship of NONO / p54nrb gene with angiogenesis has been elucidated The association of NONO / p54 nrb gene and other paraspeckle members with VEGF cytokine and hypoxia, which are the most important regulators of angiogenesis, was confirmed by Real Time PCR and westernblot experiments. In both normal and hypoxic conditions, an increase in m RNA and protein levels was observed in experimental groups. These data are supported with VEGF pathway inhibition assays.Luciferase reporter experiments confirmed that the NONO / p54nrb promoter is also associated with the VEGF pathway and hypoxia. The fact that the NONO / p54 nrb gene is important and necessary for paraspecle genes has been confirmed by overexpression and knockdown experiments. It was confirmed that NONO / p54nrb gene plays a role in cellular processes experiments performed after overexpression and knockdown experiments. All these studies have shown that the NONO / p54nrb gene has an important role in angiogenesis and plays a role in the cancer process.