Erken çocukluk çağı çürüklerinde supragingival plak mikrobiyomunun yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi
Investigation of supragingival plaque microbiome using next generation sequencing in early childhood caries
Yazar: İLKNUR TAŞDEMİR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞİRİN GÜNER ONUR
Trakya Üniversitesi / Diş Hekimliği Fakültesi / Çocuk Diş Hekimliği Ana Bilim Dalı
Derece: Diş Hekimliği Uzmanlık, 2020
Konu: Diş Hekimliği = Dentistry
Dizin: Ağız florası = Mouth flora ; Dental plak = Dental plaque ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Diş çürükleri = Dental caries ; Dişler = Teeth ; Gingiva = Gingiva ; Mikrobiyota = Microbiota ; Çocuklar = Children

Özet:
Bu çalışma, Edirne ilinde yaşayan erken çocukluk çağı çürükleri görülen ve çürüksüz çocuklarda supragingival plak mikrobiyomunun incelenmesi ve çürük gelişimi ile ilişkili potansiyel mikroorganizmaların tanımlanması amacı ile yapılmıştır. 
Araştırmaya, Trakya Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi, Çocuk Diş Hekimliği Anabilim Dalı'na başvuran, yaşları 36-71 ay arası olan, herhangi bir sistemik hastalığı olmayan, son 3 ay içinde antibiyotik terapisi almayan, erken çocukluk çağı çürükleri görülen ve çürüksüz toplam 60 çocuk dahil edilmiştir. Ebeveynler tarafından sosyodemografik bilgiler ile birlikte çocuğun oral hijyen ve beslenme alışkanlıklarına dair sorular içeren anket formu doldurulmuştur. Ağız içi muayenenin ardından diş yüzeylerinden supragingival plak örnekleri toplanmıştır. Supragingival plak örnekleri İllümina MiSeq yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmiştir. 
Dizileme sonucu; 40 bakteri filumu, 1032 cins ve 2977 tür tespit edilmiştir. 136 cins ve 349 tür her iki grup arasında anlamlı olarak farklı göreceli bolluklarda temsil edilmiştir. Veillonella parvula, Rothia dentocariosa ve Streptococcus mutans'ı içeren bakteri türlerinin sayısı erken çocukluk çağı çürükleri görülen grupta anlamlı derecede daha yüksek bulunmuştur. Roseburia intestinalis, Ilyobacter polytropus ve Fusobacterium periodonticum'u içeren bakteri türlerinin sayısı çürüksüz grupta anlamlı derecede daha yüksek bulunmuştur. Bildiğimiz kadarıyla erken çocukluk çağı çürükleri görülen grupta anlamlı olarak daha sık tespit edilen,  Comamonas thiooxydans, Cupriavidus metallidurans ve Thermobispora bispora türleri ile diş çürüğü arasındaki ilişki daha önce bildirilmemiştir. Çürük ile ilişkili bulunan bakteriler erken çocukluk çağı çürüklerinin potansiyel biyobelirteçleri olabilmektedir. 
   Çalışma sonucunda elde edilen verilerin, çürük riskinin değerlendirmesinde ve çürük önleyici ajanlar geliştirilmesinde yol gösterici olacağı düşünülmektedir.

Anahtar Kelimeler: Diş çürüğü, supragingival plak, mikrobiyom, yeni nesil dizileme

Abstract:
The purpose of this study was to investigate the supragingival plaque microbiome in children with early childhood caries and caries free children living in Edirne,Turkey and identify potential microorganisms associated early childhood caries.
A total of sixty children were recruited from the Pediatric Dentistry Clinic at the Trakya University School of Dentistry. Oral examinations were performed by the same examiner according to diagnostic criteria of World Health Organisation (WHO) and The International Caries Detection and Assessment System (ICDAS). Mothers' completed a structured questionnaire on the socio-demographic informations, child's feeding practices and oral hygiene habits. After dental examination, supragingival plaque samples were collected from the posterior tooth surfaces. Supragingival plaque samples were examined with the Illumina MiSeq new generation sequencing method.
After sequencing were assigned to 40 bacterial phyla, 1032 genera and 2977 species. 136 genera and 349 species indicated significantly difference between groups. Significantly higher levels of Veillonella parvula, Rothia dentocariosa and Streptococcus mutans were identified in the early childhood caries group. Significantly higher levels of Roseburia intestinalis, Ilyobacter polytropus and Fusobacterium periodonticum were identified in the caries-free group. To our knowledge, Comamonas thiooxydans, Cupriavidus metallidurans and Thermobispora bispora which were identified significantly in higher amounts in the early childhood caries group has not been previously associated with dental caries. 
In conclusion, the results of this study will guide new strategies to improve caries risk assessment and development of cariostatic agents.
Key Words: Dental caries, supragingival plaque, microbiome, next generation sequencing