Fetal patolojilerde biyokimyasal tarama sonuçlarının yeni nesil dizileme ile elde edilen non-invaziv prenatal test sonuçları ile karşılaştırılması
Comparison of results biochemical screening in fetal pathologies and new generation sequencing based non-invasive prenatal test
Yazar: VAFA MUSLUMOVA
Danışman: PROF. DR. MUNİS DÜNDAR
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Fetüs = Fetus ; Prenatal teşhis = Prenatal diagnosis ; Teşhis teknikleri ve prosedürleri = Diagnostic techniques and procedures ; Teşhis testleri = Diagnostic tests

Özet:
Tüm gebeliklerin yaklaşık %2'si ve %4'ünde ya gebelik sırasında ya da doğumdan hemen sonra fetüste majör doğumsal patolojiler teşhis edilmektedir. Prenatal tanı veya taramanın görevi fetüste olası genetik sendromları ve nöral tüp defektlerini rutin olarak araştırmak olabilecek riskler hakkında ebeveynleri bilgilendirmektir.
Çalışmamızda Bakü Şafa Tedavi ve Tanı Merkezi'ne 01 Ocak 2019 ve 31 Haziran 2022 tarihleri arasında fetal yapı anomali tanısı ile baş vurmuş hastaların ikili, üçlü tarama ve dörtlü tarama testleri ve Yeni Nesil Dizileme (NGS) yöntemiyle yapılan Non-invaziv Prenatal Test (NİPT) sonuçlarının karşılaştırılarak incelenmesi ve analiz edilmesi ile NİPT`in öneminin açığa çıkarılması amaçlanmıştır. Çalışmamız retrospektif bir çalışma olup araştırmaya ikili tarama testi, üçlü tarama testi, ileri maternal yaş, daha önceki gebeliğinde patolojili çoçuk anamnezi veya anöploidili akraba öz geçmişi veya ultrasonografiyle görülmüş patoloji veya anöploidi akıla getiren belirteçi olan gebelerde NİPT testi yapılan 216 gebe kadın dahil edilmiştir. NİPT testiyle saptanamayan genetik anomaliler taşıyan ebeveynler bu çalışmaya dahil edilmemiştir.
Araştırma grubunun yaş ortalaması 32,07±7,59 (min 16, maks:55)'dir. Çalışmaya araştırma zamanında gebelik süresi minimum 10 hafta, maximum 32 hafta olan gönüllüler dahil edilmiştir.
Prenatal tarama yapılan 216 gebe kadının %57,4-ünde ikili, üçlü ve dörtlü tarama testinde yüksek risk saptanmışken, hastaların %0,46-ında NİPT tarama testinde yüksek risk saptanmıştır. 
Araştırmaya alınan 216 gebe kadının fetüslerinin 205-inde hiç bir kromozomal bozukluk saptanmamıştır. Amniyosentez yapılan 10 hastanın amniyon sıvısından elde edilen fetüsün hücreleri Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Microarray yöntemiyle analiz edilmiştir ve 6 hastaya Down sendromu tanısı, 2 hastaya Edwards sendromu, 1 hastaya Patau sendromu ve 1 hastaya Monozomi X tanısı konulmuştur. Bir hastaya ise doğumdan sonra bebeğinin venoz kanından sitogenetik analiz yapılarak Mozaik Down sendromu tanısı konulmuştur.
İkili, üçlü ve dörtlü tarama testinin yüksek risk verdiği 125 (%57,87) gebe kadının fetüsünün 7'sinde (%5,6) microarray yöntemiyle anöploidi saptanmıştır. Biyokimyasal serum tarama testlerinde düşük risk çıkan 3 gebede NİPT sonuçlarında yüksek risk çıkmıştır ve microarray yöntemiyle analiz edildiğinde 2 Down Sendromu ve 1 monosomi X vakası saptanmıştır.
 216 kadının hepsine NİPT testi yapılmıştır ve 10 kadında (%0,46) yüksek risk saptanmıştır. Bu gebe kadınların hepsine amniyosentez yapılmış ve mikroarray uygulanmıştır. Mikroarray testinin sonucu NİPT yüksek risk sonucu ile aynı çıkmıştır. Yalnız 1 gebe kadının bütün tarama testleri (aynı zamanda NİPT testi de) düşük risk göstermişken ve USG sonuçlarında da hiç bir patoloji saptanmamışken mozaik Down sendromlu bir vaka gözlenmiştir.

Abstract:
Approximately 2% and 4% of all pregnancies are diagnosed with major congenital pathologies either in the fetus during pregnancy time or right after birth. The mission of prenatal diagnosis or screening is to routinely investigate possible genetic syndromes and neural tube defects in the fetus and inform parents about the possible risks. The purpose of the study is to reveal the importance of NIPT by making a comparison and analysis the results of non-invasive prenatal test (NIPT) performed with Next Generation Sequencing (NGS) and double, triple and quadruple screening tests. This research was conducted as a retrospective study. In our study, between 01 January 2019 - 31 June 2022, at "Shafa" Treatment-Diagnosis Center; Duo-test screen, triple-test screen, advanced maternal age, a history of children with pathology in the previous pregnancy, or a relative history of aneuploidy, or pathology seen by ultrasonography or a marker suggestive of aneuploidy, and 216 pregnant women who underwent NIPT test were included. This study was planned as a retrospective study.
The mean age of the research group was 32.07±7.59 (min 16, max:55).  The duration of pregnancy of the research group throughout the research was minimum 10 and maximum 32 weeks of gestation. High risk was detected in double, triple and quadruple screening test in 57.4% of 216 pregnant women who underwent prenatal screening, while high risk was detected in NIPT screening test in 0.46% of patients.
While no chromosomal disorder was found in 205 out of 216 pregnant women, 7 patients were diagnosed with Down syndrome (1-i mosaic Down), 2 women with Edwards syndrome, 1 woman with Trisomy 13 and 1 woman with monosomy X.  These aneuploidies were diagnosed by microarray method by obtaining fetal material from amniocentesis method.
Aneuploidy was found in 7 (5.6%) of 125 (57.87%) pregnant women in whom double, triple and quadruple tests were at a high risk. In 3 pregnant women with low risk in biochemical serum screening tests, the NIPT results were at a high risk and 2 Down Syndrome and 1 monosomy X were detected during analysis conducted by microarray method.
All 216 women underwent NIPT testing, and 10 women (0.46%) were found to be at a high risk. Amniocentesis was performed and microarray was applied to all these pregnant women. The result of the microarray test was the same as the NIPT high-risk result. Only 1 pregnant woman gave birth to a baby with mosaic Down syndrome when all the screening tests (as well as the NIPT test) showed low risk and no pathology was detected in the USG results.