Bazı mantarlarda siderofor varlığının gösterilmesi
Demonstrating presence of siderophore in some fungi
Yazar: AYŞE SEYER
Danışman: DOÇ. DR. AYŞE KALKANCI
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Aspergillus = Aspergillus ; Kandida = Candida

Özet:
Bu çalışmada, kültür koleksiyonundan seçilen çeşitli Candida ve Aspergillus suşlarında çeşitli besiyerleri ve moleküler yöntemler aracılığı ile siderofor varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Besiyerleri aracılığı ile siderofor varlığının araştırılması aşamasında, CASAD besiyeri, CAS/ MEA besiyeri ve O-CAS besiyeri olmak üzere üç besiyeri kullanılmıştır. CAS/ MEA besiyerinde denenen örneklerin hiçbirinde CAS reaksiyonu gözlenmezken, CASAD besiyerinde %33.3 oranında pozitif sonuç elde edilmiştir. Bu üç besiyeri arasında O-CAS besiyerinden %75 oranında pozitif sonuç elde edilmiş ve diğer besiyerlerine kıyasla daha basit, duyarlı, ekonomik ve başarılı bulunmuştur. İkinci aşama olan moleküler yöntemlerle siderofor varlığının belirlenmesi aşaması, TaqMan® Probe yöntemine kıyasla, ekonomik oluşu ve kısa sürede sonuç vermesinden dolayı SYBR Green yöntemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bu aşamaya 14 örnek ( Candida ve Aspergillus) dahil edilmiş ve CaSIT1 primerleri (forward ve reverse) kullanılarak siderofor kodlayan genler tanımlanmaya çalışılmıştır. Real-Time PCR- SYBR Green yöntemiyle elde edilen sonuçlar, konvansiyonel yöntemlerle elde edilen sonuçlarla benzer bulunmuştur. 14 örneğin 12'sinde (% 85.7) CaSIT1 primeri ile pozitif sonuçlar elde edilmiştir. CaSIT1 primerleri (forward ve reverse) kullanıldığı için C. tropicalis ve A. niger kontrol suşlar olarak kullanılmıştır. Bu çalışmanın sonucuna göre; belirlenen standart değerler doğrultusunda (St. 1.03 E1< St. 1.14 E1< St. 1.28 E1< St. 1.52 E1< St. 1.85 E1< St. 4.59 E1) bir standart eğri elde edilmiş ve bu standart eğri esas alınarak diğer örneklerdeki sidA gen ifadesi miktarı belirlenmiştir.Anahtar kelimeler: Candida, Aspergillus, siderofor.

Abstract:
The aim of this study, was to demonstate the presence of siderophores in Candida and Aspergillus strains, by using several mediums and molecular methods. For demonstrating siderophores by using mediums, we used three mediums; CASAD medium, CAS/ MEA medium and O-CAS medium, respectively. We couldn't recognize any CAS reaction in CAS/ MEA medium, in which we realised %33.3 percentage positive results in CASAD medium. We obtained % 75 percentage positive results in O-CAS medium. So in comparison with other two mediums, O-CAS medium was more simple, more sensitive, economic and more successful. Demonstrating presence of siderophores by molecular methods, was the second step of this study. We verified this step by using Real-Time PCR- SYBR Green method, which is more economic and gives results in shorter time then TaqMan® Probe. We operated this step by CaSIT1 primers ( forward and reverse), with fourteen samples (Candida and Aspergillus strains). Results obtained from nonnuclear methods and Real-Time PCR SYBR Green method was similar. By this method, we obtained positive results in twelve (% 87.5) of fourteen samples. As we used CaSIT1 primers (forward and reverse) C. tropicalis and A. niger was used as negative control strains. According to the results of this study, we defined some standard values (St. 1.03 E1< St. 1.14 E1< St. 1.28 E1< St. 1.52 E1< St. 1.85 E1< St. 4.59 E1) and obtained a standard curve. Due to this standard curve we defined, sidA gene expression amounts of the other samples.Key word: Candida, Aspergillus, siderophore.