Blueberry red rıngspot vırus (BRRSV)'ünün maviyemiş türlerinde ve olası diğer konukçularında moleküler yöntemlerle tanılanması ve karakterizasyonu
Detection and characterization of blueberry red ringspot vi̇rus (BRRSV) in blueberries and other possible hosts
Yazar: ŞAHA GÜNEŞLİ
Danışman: PROF. DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Dünyanın birçok bölgesinde antioksidan kapasitesi ve antikanserojen etkileri nedeni ile Vaccinium türleri gün geçtikçe daha popüler olmaktadır. Türkiye'de birçok yabani Vaccinium türü yanında kültür çeşidi olan V. arctostaphyllos Marmara, Karadeniz ve Doğu Anadolu bölgeleri de dahil olmak üzere birçok bölgede yetişmektedir. Vaccinium türlerinde görülen en önemli virüslerden birisi de blueberry red ringspot virus (BRRSV) olup "kırmızı halkalı leke hastalığının" etmeni olarak tanımlanmıştır. Ülkemizde bu virüsün maviyemişlerde bulunduğuna dair bir kayıt bulunmamakta olup bu tez kapsamında Karadeniz bölgesindeki önemli maviyemiş plantasyonlarının bulunduğu iller ile Bursa ve Mersin'den toplanan örnekler, BRRSV genel tanı primerleri (BRRSV3F/4R) ve narlarda saptanan ve henüz adlandırılmamış olan BRRSV-benzeri olası yeni bir virüse karşı geliştirilen primer çifti (27 F/R) kullanılarak PCR ve DNA sekans analiz yöntemleriyle testlenmiştir. Testlenen 179 maviyemiş örneğinin hiç birisinde her iki primer çifti ile de BRRSV saptanamamıştır. Buna karşın BRRSV3F/4R primer çifti ile testlenen 90 adet narın 3 tanesinde beklenen düzeyde bir amplifikasyon meydana gelmiş ve PCR ürünleri sekans analizine gönderildiğinde gen bankasında kayıtlı BRRSV genomu ile çok küçük bir gen bölgesinin eşleştiği görülmüştür. 27F/R nar primerleri ile yapılan RT-PCR analizlerinde ise testlenen 179 maviyemiş örneğinin 3 tanesinde beklenen düzeyde bir amplifikasyon gözlenmiş ancak sekans analizi sonuçlarına göre bu örneklerin tamamı bitki genomu ile eşleştiği için negatif olarak değerlendirilmiştir.  Narlarda ise aynı primer çifti ile testlenen 90 nar örneğinin 3 tanesinde beklenen düzeyde bir amplifikasyon meydana gelmiştir. Bu primer çiftiyle çoğaltılan PCR ürünleri sekans analizine gönderildiğinde genomun oldukça büyük bir bölgesi tanımlanmış BRRSV izolatları ile yüksek oranda homoloji göstermiştir. Yapılan bu çalışma kapsamında maviyemişlerde BRRSV saptanmazken narlarda hem BRRSV-genel tanı primeri hem de narlar için geliştirilen 27F/R primeri ile BRRSV-benzeri virüs genomu tespit edilmiştir. Narların BRRSV ve/veya BRRSV-benzeri olası yeni bir virüsün konukçusu olma olasılığı oldukça yüksek görülmekte ve bu konuda çalışmalara devam edilmesi önerilmektedir.

Abstract:
Due to their antioxidative properties and anticanceroguous effects, Rubus and Vaccinium species are getting more popular in almost all parts of the world. In Turkey, beside many wild Vaccinium species naturally growing, cultivated blueberry, V. arctostaphyllos, can also be grown in many provinces including Blacksea, Marmara and Eastern Anatolia regions. One of the most important viruses in Vaccinium spp. is blueberry red ringspot virus (BRRSV) which is related to "blueberry red ringspot disease". There has been no any report for BRRSV in Turkey, therefore in this project the blueberry samples were collected from different provinces in Blacksea, Bursa and Mersin and tested for BRRSV using detection primers (BRRSV3F/4R) and 27F/R which was developed for a recently detected BRRSV-like virus in pomegranates by PCR and sequencing analyses. BRRSV was not detected in tested 179 blueberry samples by both primers. However, amplification as expected size was observed in 3 samples when 90 pomegranate samples were tested by BRRSV3F/4R primer pairs. When these PCR products were sequenced and compared with the other BRRSV isolates deposited in GeneBank, it showed homology with a small part of BRRSV genome. Among tested 179 blueberry samples by 27F/R pomegranate primers, expected size amplicons were observed in 3 samples but when PCR products were sequenced, sequences were found belong to the plant genome. Therefore, blueberry samples were regarded as negative for BRRSV with 27F/R primers as well. However, among 90 pomegranate samples 3 were found infected by BRRSV-like virus with the same primer pairs and sequencing results showed that they had a high homology with the BRRSV isolates deposited in GeneBank. In frame of this study, BRRSV was never detected in blueberries but a BRRSV-like virus genome was detected in pomegranates both primer pairs. As a result, there is a high possibility that pomegranates could be a new host for possible BRRSV-like virus and these studies should be continued.