Çevre enterokoklarında linkozamidlere inaktivasyon yoluyla direnç
Resistance to lincosamides by inactivation among environmental enterococcus
Yazar: EMİNE BİLİR BAŞ
Danışman: DOÇ. DR. BÜLENT BOZDOĞAN
Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; Enterococcus faecium = Enterococcus faecium ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Bu çalışmada Enterococcus faecium ADU1 suşunda tespit edilen linkozamid direncinin mekanizmasının belirlenmesi ve transfer tespiti amaçlanmıştır. Gots' testiyle linkozamidlere direncin inaktivasyon yoluyla olduğu tespit edilmiştir. Çevreden izole edilen Enterococcus faecium ADU1 suşunda linkozamidlere direnç sağlayan linA, linB, lnu(C) ve lnu(D) genlerinin varlığı PCR yoluyla araştırılmış ve linB geni için bu suşun pozitif olduğu saptanmıştır. Direnç geni Enterococcus faecalis JH2-2 suşuna konjugasyonla aktarılmış ve transkonjugantlarının PFGE profili analizi sonucu plazmidik bir geçiş olduğu düşünülmüştür. Invers PCR yöntemi kullanılarak linB geninin üzerinde bulunduğu genetik elemanın tespitine çalışılmıştır. Invers PCR ile elde edilen amplikonun DNA dizi analiz sonucu Enterococcus faecium ADU1 izolatındaki linB geninin üzerinde bulunduğu genetik elemanın, daha önce Enterococcus faecalis'de tanımlanmış olan pEF418 plazmidi ile sekans homolojisi gösterdiği belirlenmiştir. Konfirmasyon amacıyla pEF418 plazmidine özgü genlerin Enterococcus faecium ADU1 izolatında varlığı spesifik primerlerle PCR yapılarak ve amplikon sekanslanarak araştırılmış ve doğrulanmıştır.Sonuç olarak çevre suşundan ilk kez linkozamidlerin inaktivasyonuna bağlı direnç tespit edilmiş ve şimdiye dek yalnızca insanda ve hayvanda enfeksiyon etkeni olan suşlarda görülen nükleotidiltransferazların çevre suşlarında da olabileceği gösterilmiştir. Bu genin transfer edilebilir bir plazmid üzerinde olması enfeksiyon etkeni olan suşlara geçişini ve direncin yaygınlaşmasını kolaylaştıracaktır.

Abstract:
The aim of this study was to determine the mechanism of lincosamide resistance of Enterococcus faecium ADU1 strain. Transferability of lincosamide resistance was also tested. Lincosamide inactivation of this strain was determined by Gots? test. Presence of lincosamide inactivation genes linA, linB, lnu(C) and lnu(D) genes in ADU1 strain was tested and this strain was found positive for linB. Transferability of inactivation gene to Enterococcus faecalis JH2-2 strain was investigated by conjugation. Analysis of transconjugant?s PFGE profile indicated a a plasmidic transfer of resistance. Inverse PCR method was used to determine the genetic environment of linB gene. Sequence analysis of amplicon obtained by inverse PCR indicated that linB gene was carried on a previously described plasmid, pEF418. Using specific primers for pEF418E amplicons were obtained and sequence analysis confirmed that ADU1 carries pEF418.Lincosamide inactivation genes were reported previously only in strains isolated from human and animal samples. To the best of our knowledge for the first time we showed presence of a lincosamides inactivation gene in an environmental sample. As a result presence of nucleotidyl transferases gene in environmental isolates was confirmed with our study. The fact that this gene is carried on a transferable plasmid indicates the possibility of quick dissemination of this gene in the environment.