Orta Anadolu kökenli mor havuç genotiplerinin AFLP ile karakterizasyonu
AFLP characterization of purple carrot originated from Central Anatolia
Yazar: AKİFE DALDA
Danışman: PROF. DR. ÖNDER TÜRKMEN ; DOÇ. DR. ERDOĞAN EŞREF HAKKI
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: AFLP = AFLP ; Havuç = Carrot ; Moleküler yapı = Molecular structure

Özet:
Bu çalışma, Türkiye kaynaklı ve farklı lokasyonlardan temin edilen 27 adet mor havuç genotipinin Amplified Fragment Length Polymorphism-Çoğaltılmış Parça Uzunluğu Farklılığı (AFLP)  yöntemi ile  karakterizasyonu yapılarak genetik çeşitliliğin boyutlarının moleküler belirteçler yardımıyla incelenmesi amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla Türkiyeden Hatay, Konya-merkez, Konya-Çumra, Konya-Ereğli bölgesinden temin edilen yerel mor havuç genotiplerinin moleküler karakterizasyonunu oluşturmak amacıyla yürütülmüş ve araştırmada materyal olarak 27 adet yerel havuç genotipi kullanılmıştır. PCR uygulamalarında 6 aflp primer kombinasyonundan veriler elde edilmiştir. PCR amplifikasyon sonucunda toplam 148 DNA bandının 138 i polimorfik bant olarak elde edilmiştir. Moleküler verilerin analizinde NTSYS pc 2.1 paket programı ile MINITAB 14 (temel koordinatlar analizinde (TKoA)) programı kullanılmıştır. Moleküler karakterizasyonda Jaccard (J) benzerlik katsayısı ile dendogram oluşturulup genotipler arasındaki akrabalık ilişkileri belirlenmeye çalışılmıştır. Ayrıca alt populasyonların yapıları Structure programı yardımıyla belirlenmiştir. Çalışma sonucunda dendograma göre, yerel mor havuç genotiplerinin kendi aralarındaki benzerlikleri 0.34 ile 0.93 arasında değişmiştir. Mevcut genotiplerimiz ağırlıklı olarak 0.8 civarında jacard benzerlik katsayısına sahip çıkarken, bazı genotiplerde bu oranın 0.7'nin altına düşmüş olması, tür içi varyasyondan belli ölçülerde yararlanılabileceğini göstermesi bakımından önemlidir. Structure programı ile yapılan analiz sonucunda 3 alt populasyon belirlenmiş olup, her populasyon için üyelik katsayıları belirlenmiştir.Yaptığımız bu çalışma ile yerel mor havuç genotiplerimizin genetik ilişkileri ortaya konmuştur.

Abstract:
The study was conducted to reveal the genetic diversity of purple carrot in central Anatolia  with AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism) method. Local purple carrot genotypes were collected from Hatay, Konya-merkez, Konya-Çumra, Konya-Ereğli Regions in Turkey was aimed to make molecular characterization and 27 local carrot genotypes were used in the study. The data was obtained from 6 aflp primer combinations in PCR application. In total, 148  DNA fragments were scored, 138 of which were polymorphic.  Molecular data were analysed using NTSYS pc 2.1 and MINITAB 14 (for Principle Coordinate Analysis, PCoA) softwares. Jaccard (J) was the coefficient utilized for similarity index and dendrogram generations while determining the genetic relationships of the genotypes. Moreover, structures of sub-populations were determined with Structure Program.  In the area in which purple carrot growing is common, while collecting of current populations and determination of their characteristics make guarantee for next studies, at the same time that is important for breeding studies. With our study, genetical characteristics of our local  purple carrot genotypes were determined.