Kütle spektrometri yöntemi ile pozitif kan kültürü şişelerinden direkt bakteri identifikasyonunun araştırılması
Investigation of direct bacterial identification from positive blood culture bottles by mass spectrometry method
Yazar: ŞEYDA DURNA
Danışman: PROF. DR. MEHMET KÖROĞLU
Sakarya Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Sepsis = Sepsis

Özet:
Giriş ve amaç: Kan dolaşımı enfeksiyonlarında etken mikroorganizmanın hızlı ve doğru bir şekilde tespit edilmesi tedaviye erken başlanılmasına olanak sağlayacağından hayati önem taşımaktadır. Bu çalışmada kütle spektrometri yöntemi ile pozitif kan kültürü şişelerinden çeşitli ön hazırlıklar yapıldıktan sonra direkt bakteri identifikasyonunun araştırılması amaçlanmıştır.
 Materyal ve Metot: Bu çalışmada hazırlayıp cihaza yüklediğimiz 40 spike örnek pozitif sinyal verdikten sonra 5 ml kan jelli tüplere alındı. Çeşitli süre ve hızda santrifüj aşamasından geçirilen örnek peletleri ince tahta çubuk yardımıyla MALDI-TOF MS slaytlarında ki kuyucuklara inoküle edilip kuruması beklendi. Kuruduktan sonra üzerlerine 1 µl matriks ilave edildi. Bu karışım da kuruduktan sonra slaytlar cihaza yüklenerek identifikasyon sonuçları değerlendirildi.  
Bulgular: E. coli suşlarında %80, K. pneumoniae suşlarında %100, A. baumannii suşlarında %66, E. cloacae suşlarında %50, S. aureus suşlarında %66, S. epidermidis suşlarında %66, S. hominis suşlarında %50, S. haemolyticus suşlarında %25, E. faecalis suşlarında %100 koloniden identifikasyon ile uyumlu sonuç elde edilmiştir. Bu sonuçlar doğrultusunda gram negatif bakterilerde %80 uyumlu sonuç görülürken; gram pozitif bakterilerde %45 uyumlu sonuç görülmüştür
Sonuç: MALDI-TOF MS ile pozitif kan kültürlerinden yapılan direkt identifikasyon sonucunda gram-negatif bakterilerde %80 başarı elde edilirken farklı yöntemler denenmesine rağmen gram-pozitif bakterilerde bu oran %45 olmuştur. Bu konuda özellikle gram-pozitif bakteriler için geniş ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.
Anahtar Kelimeler: sepsis, kan kültürü, direkt identifikasyon, MALDI-TOF MS,

Abstract:
Introduction and aim: Rapid and accurate detection of the causative microorganism in bloodstream infections is of vital importance as it will allow early initiation of treatment. In this study, it was aimed to investigate the direct bacterial identification after various preliminary preparations were made from positive blood culture bottles with mass spectrometry method.
Materials and Methods: In this study, 40 pre-prepared spike samples were taken into 5 ml blood gel tubes after giving a positive signal. The sample pellets, which were passed through the centrifugation stage at various times and speeds, were inoculated into the wells in the MALDI-TOF MS slides with the help of a thin wooden rod and waited to dry. After drying, 1 μl of matrix was added to them. After this mixture was dried, the slides were loaded into the device and the identification results were evaluated.  
Results: Rapid identification results were consistent with the identification from the bakterial colonies with the following ratios: E. coli 80%, K. pneumoniae 100%, A. baumannii 66%, E. cloacae 50%, S. aureus 66%, S. epidermidis 66%, S. hominis 50%, S. haemolyticus 25%, E. faecalis 100%. In line with these results, 80% compatible results were seen in gram-negative bacteria; 45% consistent results were found in gram-positive bacteria
Conclusion: As a result of direct identification from positive blood cultures with MALDI-TOF MS, 80% success was achieved in gram-negative bacteria, while this rate was 45% in gram-positive bacteria despite different methods being tried. In this regard, large and comprehensive studies are needed, especially for gram-positive bacteria.
Keywords: sepsis, blood culture, direct identification, MALDI-TOF MS