Sinop ve çevre illerdeki kliniklerden izole edilen Pseudomonas Aeruginosa suşlarının tanısı ve antibiyotik dirençliliğinin belirlenmesi
Identification and antibiotic susceptibilities of Pseudomonas Aeruginosa strains isolated from Sinop and environs provinces
Yazar: MELİKE TEKERCİ
Danışman: PROF. DR. İSMET BERBER
Sinop Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology ; Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Hastane enfeksiyonları; tedaviyi güçleştiren, morbidite ve mortalitede artışlara neden olan önemli bir sağlık sorunudur. Pseudomonas aeruginosa, özellikle immün sistemi baskılanmış hastalarda solunum ve üriner sistemin, yanık ve açık yaraların fırsatçı patojenidir. 
Bu çalışmada, Ocak 2014-Haziran 2014 tarihleri arasında Sinop ve çevre illerdeki üç farklı hastanenin çeşitli kliniklerinden izole edilen 54 yerel ve 1 referans olmak üzere toplam 55 Pseudomonas aeruginosa suşunun, fenotipik özellikleri, antibiyotik duyarlılıkları, plazmid DNA profilleri, toplam hücresel ve hücre dışı protein profillerine göre karakterizasyonu gerçekleştirildi.
Yerel izolatların izolasyon ve identifikasyonunda konvansiyonel biyokimyasal test prosedürleri kullanıldı. Morfolojik ve fizyolojik özelliklerine göre tüm yerel izolatların, hareketsiz, spor oluşturmayan, Gram-negatif, katalaz, oksidaz ve sitrat pozitif, DNaz, indol ve metil-red negatif oldukları belirlendi. Ayrıca, izolatların %41'inin jelatini hidrolize ettiği görüldü.
 İzole edilen tüm suşların 19 farklı antibiyotiğe karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi kullanılarak test edildi. Antibiyogram sonuçlarına göre; suşların antibiyotik dirençliliği, klindamisin (%100), penisilin G (%100), sulfametaksazol/trimetoprim (%100), tetrasiklin (%100), kloramfenikol (%100), sefotaksim (%98.1), kolistin (%70.4), ampisilin/sulbaktam (%61.1), siprofloksasin (%55.5), oflofloksasin (%46.3), gentamisin (%40.7), sefepime (%39), imipenem (%33.3), meropenem (%22.2), seftazidim (%22), piperasilin (%20.4), tazobaktam/piperasilin (18.5), aztreonam (%13), amikasin (%5.5) olarak belirlendi.
Toplam hücre protein profilleri esas alınarak yapılan nümerik analiz, test edilen suşların benzerlik düzeyi %76 ve üzerinde iki gruba (A ve B) ayrıldığını ortaya koydu. Grup A, referans suş ve 14 yerel izolatı içermekte olup benzerlik düzeyi %79 ve üzerinde iki alt gruba (A1-A2) ayrıldı.
Ayrıca, hücre dışı protein profilleri esas alınarak yapılan nümerik analiz ise suşlar arasındaki benzerlik düzeyinin %69 ve üzerinde iki gruba (C ve D) ayrıldığını gösterdi. Grup C, referans suş ile 14 yerel izolatı ve Grup D ise 4 yerel izolatı içermektedir.
Plazmid DNA analiz sonuçları, suşların tamamında 14.500-618 bp arasında değişen farklı plazmidlerin varlığını gösterdi. Molekül ağırlıkları 14.500 bp, 1.392 bp ve 983 bp olan plazmidlerin tüm suşlarda ortak olduğu görüldü.
Çalışmamızda, P. aeruginosa enfeksiyonları tedavisinde etkin olarak kullanılan imipenem ve meropenem direncinin sırasıyla %33.3 ve %22.2 oranında olması, imipenemin tercih edildiği tedavilerde başarısızlık oranlarının yüksek olacağını göstermektedir. Çalışmamızda en düşük direnç amikasine (aminoglikozit) karşı belirlenmiştir. Sonuç olarak, rasyonel olmayan ilaç kullanımını önlemek için alınan önlemler dikkatle incelenmeli ve direnç gelişimi düzenli olarak takip edilmelidir. Ayrıca, bu çalışmadan elde edilen morfolojik ve fizyolojik bulguların yanı sıra SDS-PAGE tekniğiyle elde edilen toplam hücre ve hücre dışı protein profilleri de Sinop ve çevre illerden izole edilen P. aeruginosa türlerinin tür altı seviyede ayrımı için oldukça faydalı epidemiyolojik bilgiler sağlamıştır.

Anahtar Kelimeler : P. aeruginosa, Antibiyogram, SDS-PAGE, Protein Profilleri, Plazmid

Abstract:
Nosocomial infections are a major health problem that complicates treatment, causing increased morbidity and mortality. Pseudomonas aeruginosa, is especially in patients with suppressed immune system, respiratory and urinary tract, burns and open wounds of an opportunistic pathogen.
In this study were carried out the characterization of the total of 55 strains of Pseudomonas aeruginosa including 54 local and one reference from various clinics of three different hospitals in Sinop and neighboring provinces according to phenotypic characteristics, antimicrobial properties, plasmid DNA profiles, the characterization of total cellular and extracellular protein profile between January 2014-June 2014.
Conventional biochemical testing procedures were used for the isolation and identification of local isolates. According to morphological and physiological characteristics, all local isolates were motile, spore-forming, Gram-negative, catalase, oxidase and citrate positive, whereas they were DNase, indole and methyl red negative.  Furthermore, the 41% isolates hydrolysis to gelatin. 
The antibiotic susceptibility of all strains against 19 standard drugs was tested using disc diffusion method. According to antibiogram results, it was determined that antibiotic susceptibilites of all strains; were clindamysin (100%), penicillin G (100%), sulfamethoxazole/trimethoprim (100%), tetracyclin (100%), chloramphenicol (100%), cefotaxsime (98.1%), colistin (70.4%), ampicillin/sulbactam (61.1%), ciprofloxacin (55.5%), ofloxacin (46.3%), gentamicin (40.7%), cefepime (39%), imipenem (33.3%), meropenem (22.2%), ceftazidime (22%), piperacillin (20.4%), tazobactam/piperacillin (18.5%), aztreonam (13%) and amikacin (5.5%), respectively.
The numerical analysis of whole total cell protein profiles revealed that the tested strains separated to two groups at similarity levels 76% and above it. The Group A includes reference strains and 14 local isolates were divided into two subgroups (A1-A2) on the level of similarity and 79%. In addition, the numerical analysis of extracellular protein profiles of strains has showed that the level of similarity in 69% and created two (C-D) groups were formed. The group C, includes 14 local strain and Group D, includes the 4 local isolates.
Plasmid DNA analysis results showed that the change different plasmids in all strains between 14.500-618 bp. In the tested strains, molecular weight 14.500 bp, 1.392 bp and 983 bp plasmid, this case was determined to be common to all strains.
As a result, the resistance of isolates the imipenem and meropenem are orderly 33.3% and 22.2%, the treatments in which imipenem is preferred shows that it will be high failure results. Isolates has showed the lowest resistance against to amikacin (aminoglycosides). Although aminoglycosides which are still preferred antibiotics in the treatment of infections caused by P. aeruginosa, it should be taken cure that the increasing rates of resistance for this group and the other majority of antibiotics groups. Therefore, the measures that have taken to prevent irrational drug use should be examined carefully and the development of resistance should be followed regularly. Moreover, in addition to the morphological and the physiological findings obtained from this study, the total cell and extracellular protein profile obtained from SDS-PAGE technique can also provide useful epidemiological information for discrimination of P. aeruginosa species isolated from Sinop and environs provinces at the subspecies level.

Key Words : P. aeruginosa, Antibiogram, SDS-PAGE, Protein Profiles, Plasmid