hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Karnitin'in tuz stresine maruz bırakılan aba yoksun mutantların antioksidan savunma sistemi üzerindeki etkisinin araştırılması
Investigation of the effects of carnitine on the antioxidant defense system of aba deficient mutants under salt stress
Yazar: AZİME GÖKÇE
Danışman: DOÇ. DR. AŞKIM HEDİYE SEKMEN ESEN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Tuzluluk, bitki verim ve kalitesini olumsuz yönde etkilemektedir. Bitkilerin gösterdiği farklı adaptasyon mekanizmalarından biri de sitoplazmadaki ozmolit miktarının arttırılmasıdır.  Böylece hücre membran yapısının korunması ve stres esnasında oluşturulan reaktif oksijen türlerinin ortamdan uzaklaştırılması sağlanır. Bu ozmolitlerden biride karnitindir. Bitkilerin tuz stresine karşı verdiği savunma yanıtlarından biride absisik asit (ABA) miktarının artırılmasıdır. Ancak, ABA ile karnitin arasında antagonistik bir ilişki olduğu düşünülmektedir. Bu sebeple ABA-karnitin zıt ilişkisi ile ilgili mekanizmaları aydınlatmak üzere Arabisopsis thaliana col ve abi2-1 mutantlarına 4 gün süre ile tuz ve karnitin uygulanmıştır. Sonrasında hasat edilen bitkilerde; bağıl su içeriği,  bağıl büyüme hızı, ROS oluşumu (H2O2 miktarı, NADPH oksidaz (NOX) aktivitesi) lipit peroksidasyonu belirlenmiştir. Antioksidan savunma sistemi enzimlerinden SOD, CAT, POX, APX, GR, MDHAR, DHAR ve bu enzimlerden SOD ve CAT'ın izoenzimleride belirlenerek karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. 
Sonuç olarak; ilk kez bu çalışma ile karnitinin ABA ile antagonist ilişkisi belirlenmiştir ve karnitinin ABA cevapları olmadanda tuz stresinin hücreye verdiği hasarı azaltmada etkili olduğu bulunmuştur.  

Anahtar sözcükler: Arabidopsis thaliana, ABA mutantları (abi2-1), Karnitin, Antioksidan Enzimler, tuz stresi.

Abstract:
Salinity negatively impacts the plant yield and quality. One of the various plant adaptation mechanisms is the increment in the cytoplasmic osmolyte content. Thus, the preservation of cell membrane structure and the elimination of reactive oxygen species generated during stress is ensured. One of these osmolytes is carnitine. One of the defense responses against salt stress in plants is the rise of the abscisic acid (ABA) content. It is believed that there is an antagonistic relationship between carnitine and ABA. With this aim, to elucidate contrasting relationship mechanism between Arabisopsis thaliana col. and abi2-1 mutants, carnitine and salt were applied for 4 days. Relative shoot growth rate, relative water content, osmotic potential, H2O2 content, NADPH oxidase (NOX) activity and lipid peroxidations were measured after harvest. Antioxidant defense system SOD, CAT, POX, APX, GR, MDHAR, DHAR enzymes and their isoenzymes (SOD and CAT) were comparatively investigated. 
As a result, in this thesis antagonistic relation between carnitine and ABA was determined for the first time and carnitine has been found to be effective to reduce the salt stress induced damage in the cells without ABA response.

Keywords: Arabidopsis thaliana, ABA mutant (abi2-1), Carnitine, Antioxidant Enzymes, salt stress.
Prostat kanserinde 8-ohdg oluşumuna ve dna hasarına androjen yolağının etkisi
Effect of androgen pathway on 8-ohdg occured and dna damage onto prostate cancer
Yazar: AYKUT BOSTANCI
Danışman: PROF. DR. KEMAL SAMİ KORKMAZ
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoloji = Biology ; Onkoloji = Oncology
Dizin: 8-hidroksi deoksiguanozin = 8-hydroxy deoxyguanosine ; Androjenler = Androgens ; DNA hasarı = DNA damage ; Oksidatif hasar = Oxidative damage ; Prostat = Prostate

Özet:
Kaynağı metabolik yolaklar gibi endojen ve eksojen kaynaklı olan reaktif oksijen türleri (ROS) hücre içinde DNA, lipid ve proteinlere zarar verebilmektedir. Genomda DNA lezyonlarını, tek zincir veya çift zincir kırıkları oluşturabilmektedir. Bilinen en yaygın baz hasarı olan 8-OHdG lezyonları onarılamadığı taktirde genomda mutasyonlara neden olabilmektedir. Androjen reseptörü sinyalizasyonu normal prostatik doku gelişiminde ve prostat kanseri progresyonunda oldukça önemlidir. Bu çalışmada oksidatif bir ajan olan menadion ile 8-OHdG odaklarının Aklides Nuc sistemde tanınması ve androjen reseptör sinyal yolağının 8-OHdG hasarına olan etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Yapılan çalışmalarda androjen reseptörü ve NKX3.1 susturulması ve NKX3.1 proteinin over-ekspresyonu sağlanmıştır ve genomda 8-OHdG odaklarının belirlenmesi gözlemlenmiştir. Bunun yanında 8-OHdG odaklarının Aklides Nuc sistemde tanınması ve analizlerinin yapılması sağlanmıştır. Sonuç olarak; androjen reseptörü sinyal yolağı ve NKX3.1 proteini genom çapında oksidatif hasarların onarımında ve prostat kanseri progresyonunda önemli bir faktördür.

Abstract:
Endogenous and exogenous reactive oxygen species, which originated as a source of metabolic pathways ( ROS), can cause damage to DNA, lipids and proteins in the cell. It can create DNA lesions, single stranded break and double stranded break in genome. 8-OHdG which is known the most common DNA lesion, when which is not repaired, it can cause mutations in genome. Androgen receptor signaling is very important to normal protate development and prostate cancer progression. In this study, it is aimed to investigate 8-OHdG foci recognition in Aklides Nuc system effect of androgen pathway on 8-OHdG occured and DNA damage onto prostate cancer. The studies show that 8-OHdG foci occur in genome by androgen receptor and NKX3.1 is silenced and it is provided NKX3.1 over expression.Besides, it is provided 8-OHdG recognition on Aklides Nuc system and analyzes.Consequently, androgen receptor pathway and NKX3.1 protein are very important factor for repaired oxidative damages in wide of genome and prostate cancer progression.
Kategorik veriler üzerinde kümeleme algoritmaları
Clustering algorithms on categorical data
Yazar: ELİF GÜLER
Danışman: DOÇ. DR. BURAK ORDİN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Bilim ve Teknoloji = Science and Technology
Dizin: Karar verici = Decision maker

Özet:
Kümeleme, veri madenciliği içerisinde yer alan önemli uygulamalara sahip olan bir veri analiz tekniğidir. Kümeleme probleminin çözümü için tasarlanan yaklaşımların uygulanması, verinin türüne göre farklılık göstermektedir. Literatürde sayısal nitelikli verilerin  analizinin yapılması için birçok nitelikli algoritma bulunmaktadır. Gerçek hayattaki kategorik verilerin sayısı oldukça fazla olmasına rağmen bu kategorik nitelikli verileri analiz eden algoritmalar sınırlıdır. 
Bu tezde, kümeleme problemi için çözüm yöntemleri incelenmiş, kategorik türden verilerin analizini yapan k mode kümeleme algoritması ve bu algoritmanın artımlı bir versiyonu ele alınmıştır. Algoritmalar C programlama dilinde kodlanıp, örnek veri seti üzerinde hesaplama denemeleri yapılmıştır.

Abstract:
Data Clustering is an important part of data mining. Different algorithms are needed to solve the clustering problems which consist of numerical or categorical data because of difference data types. In the literature a lot of algorithms have been found to solve clustering problems with numerical attributes. However, these algorithms are mostly designed to handle numerical data.
In this thesis, k mode algorithm and its incremental version are expressed for solving clustering problems in data sets with categorical attributes. It is implemented the algorithms in C and presented the result of the numerical experiments on an example dataset.
Isı geri kazanımlı havalandırma ünitesine ait ısı ve akış analizlerinin hesaplamalı akışkanlar dinamiği ile belirlenmesi
Determination of air flow and heat transfer analysis of a heat recovery unit with computional fluid dynamics
Yazar: MELTEM ALTIN
Danışman: DOÇ. DR. HÜSEYİN GÜNERHAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Makine Mühendisliği = Mechanical Engineering

Özet:
Isıtma-soğutma ve havalandırma uygulamalarında ısı geri kazanımı, işletme masraflarını düşürerek taze havalı sistemlerin kullanılabilirliğini artırmaktadır. Isı geri kazanımlı havalandırma cihazlarının verim hesaplamalarında çoğunlukla bileşenlerin seçim yazılımları kullanılmakta ve kataloglarda bu değerler belirtilmektedir. Bu yazılımlar, her ne kadar yapılan testlerin sonucunda oluşturulsa da, bileşenler gövde içine yerleştirildiğinde hava akış farklılıklarından dolayı çoğunlukla aynı performansı göstermemektedirler. Günümüzde teknolojinin gelişmesiyle hesaplamalı akışkanlar dinamiği (HAD) programları kullanılmaya başlanmıştır. Özellikle optimizasyon çalışmalarında HAD programları ile kısa zamanda doğru sonuçlar alınabilmektedir.
Bu tez çalışmasında bir ısı geri kazanımlı havalandırma cihazının tasarımı, imalatı, testleri ve Ansys Fluent programında hesaplamalı akışkanlar dinamiği analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler karşılaştırılmış, HAD programının hata yüzdeleri hesaplanmıştır.

Abstract:
Heat recovery in heating, ventilating and air conditioning applications, reduces operating costs and increases the availability of fresh air system. Catalogue values are mainly used for heat recovery efficiency calculations. Although these softwares generated as a result of tests, components do not indicate the same performance when they are inserted into the body due to the uneven air flows. The right way for determining performance is testing. Especially for optimization studies, accurate results can be obtained in a short time.
In this study, a heat recovery unit had been designed, manufactured, tested and analized by Ansys Fluent computational fluid dynamics program. Obtained data are compared, between theorical, test and analyses. Error percent of CFD software has been calculated.
Klasik ve nano formülasyonlu bazı bitkisel kökenli insektisitlerin Tuta absoluta (Meyrick) (Lepidoptera: Gelechiidae) ve Bemisia tabaci (Genn.) (Hemiptera: Aleyrodidae) üzerine etkilerinin belirlenmesi
Determination of the effects of some classical and nano formulated plant-based insecticides to Tuta absoluta (Meyrick) (Lepidoptera: Gelechiidae) and Bemisia tabaci (Genn.) (Hemiptera: Aleyrodidae)
Yazar: HASAN BALCI
Danışman: PROF. DR. ENVER DURMUŞOĞLU
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Son yıllarda nanoteknoloji konusundaki gelişmeler tarım konusunda da farklı bakış açılarının gelişmesine ve uygulanmasına neden olmuştur. Günümüzde özellikle bitkisel kökenli preparatların standardizasyonundaki zorlukları aşmak ve kısa sürede parçalanmalarını önlemek amacıyla geliştirilen nanoformülasyon teknolojisi üzerindeki çalışmalar artmaktadır. Bu tez kapsamında, klasik ve nanoformülasyonlu bazı bitkisel kökenli preparatların Türkiye'de sorun olan önemli zararlılardan Tuta absoluta (Meyrick) ve Bemisia tabaci (Gennadius)'ye karşı biyolojik etkinlikleri ve etki süreleri karşılaştırmalı olarak belirlenmiştir. Çalışma sonuçlarına göre, denemelerde kullanılan tüm formülasyonlar ticari neem preparatlarına göre daha az etkili bulunmasına rağmen; eşit miktarda biyoaktif konsantrasyonuna sahip preparatlardan neem preparatlarının çay ağacı preparatlarına göre her iki zararlı üzerinde genelde daha etkili oldukları, her iki bitkisel kökenli preparatın nanoformülasyonlarının da klasik formülasyonlarından hem biyolojik etkinlik hem de etki süresi açısından genelde daha etkili oldukları belirlenmiştir.

Anahtar sözcükler: Bemisa tabaci, Tuta absoluta, Azadirachta indica, Melaleuca alternifolia, bitkisel kökenli insektisit, nanoformülasyon.

Abstract:
In recent years, developments in nanotechnology have led to the development of different perspectives in agriculture. Recently, especially to overcome difficulties in the standardization of plant based preparations and in order to prevent fragmentation in a short time, the number of the studies on nanoformulation technology are increasing. In this thesis, classical and nanoformulations of some plant-based preparations' efficacy were assessed comparatively against Tuta absoluta (Meyrick) and Bemisia tabaci (Gennadius). Within this study biological efficacy and impact period to T. absoluta and B. tabaci were investigated using nanoformulated preparations or formulations of Neem and Tea Tree extracts. According to the results, although all formulations used in trials were found less effective than commercial neem preparations; neem preparations were generally more effective on both insect pests compared to tea tree preparations, which have an equal amount of bioactive concentration preparations. It was determined that nanoformulations of both plant-based preparations were more effective than classical formulations in terms of biological activity and duration of action as well, in general.

Keywords: Bemisa tabaci, Tuta absoluta, Azadirachta indica, Melaleuca alternifolia, plant-based insecticide, nanoformulation.
Tarım traktörlerinde periyodik bakım uygulamaları, arızalar ve arıza kaynaklarının Ceylanpınar tarım işletme müdürlüğü örneğinde belirlenmesi
Studying periodic maintenance programs, failures and their sources for agricultural tractors, Ceylanpınar agricultural enterprise a case of study
Yazar: MAHFOUZ YAHYA
Danışman: PROF. DR. ERDEM AYKAS
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarım Makineleri ve Teknolojileri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Bilim ve Teknoloji = Science and Technology ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada; Ceylanpınar Tarım İşletme Müdürlüğü'nde 10 yılı aşkın bir süre ile kaydı tutulan 2003 model toplam 11 adet VALTRA 8400 serisi traktör deneme materyali olarak alınmıştır. Bu traktörlerin periyodik bakım ve onarım kayıtları incelenip traktör kullanım süresince bakım maliyetleri, oluşmuş arızalar ve arıza giderilme maliyetleri belirlenmiştir. Belirlenmiş olan bakım ve onarım maliyetlerinin analizleri yapılmıştır. Bunun yanı sıra traktör bakım-onarım maliyetlerini tahmin edebilmek için birikimli bakım-onarım maliyetleri, dört farklı şekilde bağımsız değişken olarak birikimli çalışma saatlerine dayanarak modellenmiştir. Geliştirilmiş modeller bazı ülkelerde daha önce geliştirilmiş modeller ile karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma sonuçlarından yola çıkılarak ve traktör kullanım durumlarına bağlı olarak, traktör birikimli bakım-onarım maliyetlerini tahmin edebilmek için birtakım model önerilerinde bulunulmuştur. Ayrıca, traktör kullanım süresince toplam arıza gözlem ve arıza oranı analizleri yapılmıştır. Son olarak arıza oranlarının traktör birikimli çalışma saatleri ve birikimli bakım-onarım maliyetleri ile ilişkisi değerlendirilmiştir.

Abstract:
This study depended on examining kept periodic records of maintenance and repair costs collected over ten years of continuous working of 11 Valtra 8400-2003 tractors in Agricultural Enterprise of Ceylanpinar. The data of observed failures and repair and maintenance costs were obtained and repair and maintenance costs were analyzed mathematically. In order to predict the accumulated repair and maintenance costs precisely, mathematical models were developed by studying their relations with the accumulated working hours of tractor which were adopted as an independent variable in four different values. Furthermore, the developed models were compared with other similar ones developed in other countries of the world. Depending on the results of this comparison and taking tractor working conditions into consideration, a group of mathematical models were suggested in order to develop the accumulated repair and maintenance costs. Moreover, the total observed failures and failure rates were analyzed mathematically. Finally, the relation between of the failure rates of tractors and the accumulated repair and maintenance costs and the accumulated working hours was determined.
Sınırsız zaman skalasında yüksek mertebe lineer olmayan sınır değer preblemleri
Higher order nonlinear boundary value problems on infinite time scales
Yazar: ELÇİN MANAP
Danışman: DOÇ. DR. FATMA SERAP TOPAL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Matematik = Mathematics

Özet:
Bu tez esas olarak üç bölümden oluşmaktadır.
Birinci bölümde, tez konusu ve tezde yapılan çalışmalar hakkında kısaca bilgi
verilmiştir.
İkinci bölümde, zaman skalası teorisi ile ilgili temel tanım ve teoremlere
yer verilerek, zaman skalası teorisi tanıtlmıştır.
Üçüncü bölümde, sınırsız bir zaman skalasında tanımlı 2. mertebe lineer
olmayan m-noktalı dinamik denklemin en az üç çözümünün varlığı üzerine
koşullar incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar verilen örneklerle desteklenmiştir.

Abstract:
This thesis essentially consists of three chapters. In the first chapter,
information concerning the subject of the thesis and works which are related
with this subject are shortly given.
In the second chapter, firstly basic definitions and theorems related
with time scales theory are involved.
In the third chapter, existence of at least three positive solutions of second
order m-point nonlinear dynamic equations has been considered on infinite
time scale. The results were confirmed in the examples.
Türkiye Türkçesi ve Başkurt Türkçesinin karşılaştırmalı söz dizimi
The comparative syntax of Turkish Turkey and bashkir Turkish
Yazar: FATMA ERTÜRK
Danışman: PROF. DR. ZEKİ KAYMAZ
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Türk Dili ve Lehçeleri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Dilbilim = Linguistics ; Türk Dili ve Edebiyatı = Turkish Language and Literature
Dizin: Başkurtca = Bashkir language ; Karşılaştırmalı dil bilgisi = Comparative grammar ; Karşılaştırmalı dil bilim = Comparative linquistics ; Söz dizim = Syntax ; Türkiye Türkçesi = Türkiye Turkish

Özet:
Çalışmamızın birinci bölümü olan "giriş" bölümünde Başkurt kelimesinin tarihteki yeri, Başkurt tarihi ve kısa dil bilgisi verilmiştir. Başkurt Türkçesi ve Türkiye Türkçesi söz dizimi çalışmalarına yer verildikten sonra incelemede uygulanan yöntem açıklanmıştır. 
"İnceleme" bölümünde ise; Türkiye Türkçesinde ve Başkurt Türkçesinde kelime grubu, cümle ve ögeleri, cümlenin türleri olmak üzere üç ana başlık belirlenmiştir. Her iki lehçenin söz dizimi anlayışını ortaya koymak amacıyla her bölümde Türk ve Başkurt gramercilerin görüşlerine yer verilmiştir. Daha sonra çalışmalardaki genel terim eğilimi tespit edilmiştir. Çalışmamızda en fazla kullanılan terim tercih edilmiştir. Bu sayede, çalışmamızda sadece söz dizimi yapılarının değil aynı zamanda bu iki lehçenin söz dizimi anlayışlarının da çerçevelerini belirlemeye çalışılmıştır. Her iki lehçede de taradığımız edebi eserlerden örnekler belirlenmiş ve konunun genel özellikleri ortaya konulmuştur. Daha sonra konunun benzerlik ve farklılıkları karşılaştırmalı biçimde her konunun sonunda ortaya koymaya çalışılmıştır. 
Çalışmadan elde ettiğimiz genel değerlendirmeler "sonuç" bölümünde verildi.

Abstract:
In the first chapter of our thesis, that is the "Introduction" part, brief information about the place of the "Bashkir" word in history, Bashkir's history and Bashkir's grammar were given. After having mentioned on the studies about Bashkir Turkish and Turkey Turkish's syntaxes, the methodology of our thesis was explored. 
In the "Analysis" part of our thesis, three main titles, that are word groups in Turkey Turkish and Bashkir Turkish, sentence and its items and types of sentences, were defined. Turkish and Bashkir grammarian's views were included to each part with the aim of presenting the understanding of syntax in each dialect.  Then the general tendency of term was defined. In our thesis the most frequently used term was preferred. In doing so, not only the syntax structures but also the general framework of syntax understanding in these two dialects were tried to be determined.  The samples collecting from the literal works from each of the two dialects were determined and the general characteristics of the subject were explored. Then the similarities and the differences were tired to be presented in a comparative manner at the end of the each part. 
The general assessments of our thesis were given in the "Conclusion" part.
Bazı sıvı kristal-sıvı arayüzeylerinin moleküler dinamik simülasyon yöntemi ile incelenmesi
The investigation of some liquid crystal-liquid interfaces by molecular dynamics simulation method
Yazar: OĞUZ GÜRBULAK
Danışman: PROF. DR. EMİNE CEBE
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering

Özet:
4-n-alkil-4'-siyanobifenil (nCB) serisinin iki üyesinin (n=5 ve 8) hava-su arayüzeyindeki adsorbsiyonu detaylı atomistik moleküler dinamik (MD) simülasyonlar ile incelenmiştir. Her bir mezojen için farklı yüzey konsantrasyonları içeren dört sistem seçilmiştir. Su molekülleri, sıvı kristal moleküller ve sıvı kristaldeki belirli atom tipleri için arayüzey normali boyunca kütlece ve sayıca yoğunluk profilleri verilmiştir. Siyano grupları arayüzeyin su tarafına, metil grupları ise sudan uzak tarafa doğru yönelme eğilimindedir. Yoğunluk profilleri sırası ile hiperbolik tanjant ve Gaussian formundaki fonksiyonlara fit edilerek arayüzeyin ve adsorbe edilen tabakanın kalınlıkları tahminlenmiştir. Hesaplanan P2, P4 ve P6 düzen parametreleri, mezojenlerin arayüzeyde daha organize yapıları nedeni ile hacimsel faz için daha önce rapor edilmiş olan deneysel verilerden epeyce büyüktür. Farklı atomlar arasındaki radyal dağılım fonksiyonları, self-difüzyon katsayıları, tek tabaka normaline göre eğim açıları ve muhtelif büyüklüklerin histogramları hesaplanmıştır.

Abstract:
Adsorptions of two members of 4-n-alkyl-4'-cyanobiphenyls (nCB) with n=5 and 8 at the air-water interface were studied by detailed atomistic molecular dynamics (MD) simulations. For each mesogen, four systems containing different surface coverages were selected. The mass and number density profiles of the water and liquid crystal molecules and of several different atom types along the interface normal axis were presented. At the interface, the cyano groups tend to point toward the waterside of the interface, with the methyl groups pointing farther away from water. The thicknesses of the interface and the adsorbed layer were estimated by fitting the density profiles into a hyperbolic tangential and Gaussian functional form, respectively. The calculated orientational order parameters P2, P4 and P6 were generally much greater than the experimental data previously reported for the bulk phase, because of more organized structure of mesogens at the interface. The radial distribution function among different atoms, self-diffusion coefficients, tilt angles with respect to the monolayer normal and the histograms of the various quantities were calculated.