Klinik örneklerden izole edilen çoklu ilaç dirençli Acinetobacter baumannii suşlarında bazı karbapenemazların genotipik yöntemlerle araştırılması
Investigation of some carbapenemases by genotypic methods in multi-drug resistant Acinetobacter baumannii strains isolated from clinical specimens
Yazar: NİDA ÖZCAN
Danışman: PROF. DR. KADRİ GÜL
Dicle Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Temel Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Karbapenemler = Carbapenems ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Son yıllarda karbapenemlerin de dahil olduğu çoklu ilaç direnci, Acinetobacter baumannii'ye bağlı enfeksiyonların tedavisini oldukça zorlaştırmıştır. Çalışmamızın amacı,  A. baumannii'nin antimikrobiyal duyarlılık paternini belirlemek ve karbapenem direncinin en önemli nedeni olan OXA tipi beta laktamaz genlerinin varlığını araştırmaktır.
Ekim 2012- Şubat 2013 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Hastaneleri yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardan izole edilen 80 A. baumannii izolatı konvansiyonel metodlar ve otomatize sistemle -BD Phoenix (Becton Dickinson, A.B.D)- tanımlandı; izolatların antimikrobiyal duyarlılıkları otomatize sistem ve Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle çalışıldı. Moleküler yöntem olarak hyplex® CarbOxa ID (Amplex, Almanya) test sistemi kullanıldı. Bu sistem ile blaOXA-51-like, blaOXA-23-like , blaOXA-58-like ve blaOXA-58-like gen kümelerinin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile amplifikasyonu ve elde edilen PZR ürünlerinin  enzim bağımlı immünosorbent testi (ELISA) temelli bir sitemde spesifik oligonükleotid problarla hibridizasyonunu sağlandı. İzolatların tamamı kolistine duyarlıydı. Tigesiklin, netilmisin, amikasin, trimetoprim-sulfametoksazol, gentamisin ve sefaperazon sulbaktam duyarlılıkları sırasıyla %27.5, %22.5 %16.25, %12.5, %8.75 ve %5 olarak saptandı. İki izolatın levofloksasine orta duyarlı olduğu, izolatların tamamının ise test edilen diğer antibiyotiklere (ampisilin-sulbaktam, piperasilin-tazobaktam, seftazidim, sefepim, seftriakson, sefotaksim, imipenem, meropenem, siprofloksasin) dirençli oldukları belirlendi.
A. baumannii'ye özgü olduğu kabul edilen blaOXA-51-like genleri 77 (%96)  izolatta, bla-OXA-23-like, blaOXA-58-like ve blaOXA-40 like gen grupları sırasıyla 48 (%60), 12 (%15) ve 8 (%10) izolatta gösterildi. Kırk yedi (%21.25) izolatın blaOXA-51-like ile blaOXA-23-like genlerini, 10 (%12.5) izolatın ise blaOXA-51-like ile blaOXA-58-like gen gruplarını bir arada taşıdığı saptandı.

Abstract:
In the last decades, mutiple drug resistance, including carbapenems, made it difficult to treat infections due to Acinetobacter baumannii. We aimed to determine the antimicrobial susceptibility of A. baumannii and investigate the presence of OXA type beta lactamase genes admitted as the most important reasons of carbapenem resistance in A. baumannii.
Eighty A. baumannii strains isolated from intensive care units of Dicle University Hospitals between December 2012 and February 2013 were identified with conventional methods and automated microbiology system BD Phoenix (Becton Dickinson, USA). The antibiotics susceptibility tests of the isolates were performed with both automated system and disc diffusion method. The hyplex® CarbOxa ID test system was used for amplification of blaOXA-51-like, blaOXA-23-like ,blaOXA-58-like and blaOXA-40-like gene clusters  by multiplex PCR and hybridisation of the polimerase chain reaction (PCR) products to specific oligonucleotide probes in an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)-based system. All isolates (100%) were found to be susceptible to colistin while the susceptibility rates of tygecycline, netilmicin, amikacin, trimethoprim-sulfamethoxazole, gentamicin and cefoperazone-sulbactam were 27.5%, 22.5%, 16.25%, 12.5%, 8.75% and 5% respectively. Two strains showed intermediate susceptibility for levofloxacin while all of the isolates were resistant against any remaining tested antibiotics (ampicillin-sulbactam, piperacillin-tazobactam, ceftazidime, cefepime, cefotaxime, ceftriaxone, imipenem, meropenem, ciprofloxacin).
Among 80 isolates, 77 (%96.25) of them were positive for blaOXA-51-like genes which were consistantly found and unique to A. baumannii. BlaOXA-23-like, blaOXA-58-like and blaOXA-40-like genes were demonstrated in 48 (%60), 12 (%15) and 8 (%10) isolates respectively. Fortyseven isolates (%58.75) were positive for both blaOXA-51-like and blaOXA-23-like genes, while 10 (%12.5) isolates for both blaOXA-51-like and blaOXA-58-like genes.