Van ili kabakgil üretim alanlarındaki bazı kabakgil virüslerinin multipleks RT-PCR yöntemi ile araştırılması ve virüs izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Investigation of some cucurbit viruses using multiplex RT-PCR method and molecular characterizations of detected viruses in cucubit plantations in van province
Yazar: VOLKAN MİNAZ
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA USTA
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
2021 yılında Van ili ve ilçelerinde kabakgil üretim alanlarında PCR temelli yöntemler kullanılarak kabakgil virüslerini (ZYMV, WMV, CMV, PRSV-W) belirlemek amacıyla 440 örnek toplanmıştır. PCR testleri 68 (% 15.45) örneğin 44'ünde ZYMV (% 10), 21'inde WMV (% 4.77) ve 3'ünde ZYMV+WMV (% 0.68) karışık infeksiyonu ortaya çıkarmıştır. Van ilinde CMV (cucumber mosaic virus) ve PRSV-W (papaya ringspot virus-W) virüsleri tespit edilememiştir. Virüs izolatlarını daha fazla karakterize etmek için her pozitif örnekten rastgele iki kişi seçilmiş ve kılıf proteini (CP) gen bölgeleri analiz edilmiştir. ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) izolatları genbankasına (NCBI) OQ910198 ve OQ910199 erişim numaralarıyla, WMV (watermelon mosaic virus)  izolatları ise OQ915352 ve OQ910200 erişim numaralarıyla kaydedilmiştir.
Çalışma sonucu elde edilen Van-WMV izolatlarının CP nükleotit dizileri genbankasındaki diğer izolatlarla yüksek benzerlik (%99-%85) göstermiştir. Yürütülen analizler WMV izolatlarının en yüksek Suriye izolatı (MK614762) ile en düşük ise İran izolatı (JN166711) ile nükleotit benzerliği gösterdiğini ortaya çıkarmıştır. 
Van-ZYMV izolatları dünyadaki diğer izolatların CP dizileriyle karşılaştırıldığında % 83-100 arasında değişen benzerlik oranlarda benzerlik göstermiştir. Analizler bu izolatların en yüksek dizi benzerliğinin Türkiye izolatıyla (%99), en düşük benzerliğin (%83) ise İran (KX495620) ve Pakistan (MK848237) izolatlarıyla olduğunu ortaya çıkarmıştır. Yürütülen bu çalışma ile Van ilinde kabakgilleri infekteleyen ZYMV ve WMV etmenlerinin varlığı belirlenmiş ve CP genine dayalı filogenetik ilişkileri incelenmiştir.

Abstract:
In 2021, 440 samples were collected in cucurbit production areas in Van province and its districts to detect cucurbit viruses (ZYMV, WMV, CMV, PRSV-W) using PCR-based methods. PCR tests revealed ZYMV (10%) in 44 of 68 (15.45%) samples, WMV in 21 (4.77%), and ZYMV+WMV (0.68%) in 3. CMV (cucumber mosaic virus) and PRSV-W (papaya ringspot virus-W) were not detected in Van province. To further characterize the virus isolates, two were randomly selected from each positive sample, and their coat protein (CP) gene regions were analyzed. The ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) isolates were recorded in the GenBank (NCBI) with the accession numbers OQ910198 and OQ910199, and WMV (watermelon mosaic virus) isolates with OQ915352 and OQ910200.
The nucleotide sequences of the CP gene in Van-WMV isolates exhibited a high degree of similarity, ranging from 99% to 85%, when compared to other isolates in the GenBank. Detailed analysis revealed that WMV isolates displayed the highest nucleotide similarity with a Syrian isolate (MK614762) and the lowest similarity with an Iranian isolate (JN166711). When compared to CP gene sequences of isolates from different parts of the world, Van-ZYMV isolates showed varying levels of nucleotide similarity, ranging from 83% to 100%. This analysis indicated that these isolates had the highest sequence similarity with a Turkish isolate (99%) and the lowest similarity (83%) with Iranian (KX495620) and Pakistani (MK848237) isolates.
This study identified the presence of ZYMV and WMV agents infecting cucurbits in Van province and examined their phylogenetic relationships based on the CP gene.