Tavuk etlerinden izole edilen E.coli ve K.pneumoniae suşlarının antibiyotik direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of antibiotic resistance genes of E.coli and K.pneumoniae strains isolated from chicken meat
Yazar: SATUK BUĞRA HAN
Danışman: DOÇ. DR. TÜLİN GÜVEN GÖKMEN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Antibiyotiklerin insanlarda ve hayvanlarda irrasyonel, profilaktik ve büyümeyi hızlandırma amacıyla kullanımı, özellikle bağırsaklarda kommensal olarak yaşayan enterik patojen bakterilerin zamanla bu antibiyotiklere karşı direnç geliştirmesine neden olmuştur. Enterobacteriaceae familyasından olan Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında son yıllarda özellikle Beta-laktam, kinolon, kolistin ve karbapenem grubu antibiyotiklere karşı ciddi direnç gözlenmektedir. Çalışmamızda 25 farklı satış noktasından toplanan kanat, but, göğüs ve baget etleri olmak üzere toplam 100 tavuk eti örneğinden toplamda 38 E.coli ve 12 K.pneumoniae izole edilmiştir. Antibiyotik direnç profilleri incelendiğinde en fazla direnç oranının E.coli için ampisiline (%86,8) karşı, K.pneumoniae için amoksisilin-klavulonik asit ve gentamisin (%58,4) karşı olduğu gözlemlenmiştir. Çift disk sinerji testi ile 3 E.coli izolatında Genişletilmiş Spektrumlu Beta Laktamaz (GSBL) fenotipi, kolistin broth dilüsyon testinde 4 E.coli izolatında direnç gözlemlenmiştir. Kinolon direnci incelenirken birden fazla kinolon grubu antibiyotiğe direnç fenotipi gösteren 4 K.pneumoniae ve 16 E.coli izolatında plazmit kökenli kinolon direnci araştırılmıştır. Bu izolatlarda GSBL pozitif izolatlarda blaTEM geni, kolistin direncli izolatta mcr-1 geni ve kinolon dirençli izolatlarda qnrS, qnrD ve qnrB genleri gözlemlenmiştir. Gıda alanında antibiyotik direnç genlerinin moleküler boyutta izlenmesinin toplum sağlığına oldukça katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Abstract:
The irrational, prophylactic and growth-accelerating use of antibiotics in humans and animals has caused enteric pathogenic bacteria, especially those living as commensals in the intestines, to develop resistance to these antibiotics over time. In recent years, serious resistance has been observed in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolates, which belong to the Enterobacteriaceae family, especially to Beta-lactam, quinolone, colistin and carbapenem group antibiotics. In was against ampicillin (86.8%) for E.coli and against amoxicillin-clavulonic acid and gentamicin (58.4%) for K.pneumoniae. Extended Spectrum Beta Lactamase (ESBL) phenotype was observed in 3 E.coli isolates with the double disk synergy test, and resistance was observed in 4 E.coli isolates with the colistin broth dilution test. While examining quinolone resistance, plasmid-borne quinolone resistance was investigated in 4 K.pneumoniae and 16 E.coli isolates that showed resistance phenotype to more than one quinolone group of antibiotics. In these isolates, the blaTEM gene was observed in ESBL-positive isolates, the mcr-1 gene was observed in colistin-resistant isolates, and the qnrS, qnrD and qnrB genes were observed in quinolone-resistant isolates. It is thought that monitoring antibiotic resistance genes in the field of food at the molecular level will contribute greatly to public health.our study, a total of 38 E.coli and 12 K.pneumoniae were isolated from a total of 100 chicken meat samples, including wing, leg, breast and drumstick meat collected from 25 different sales points. When antibiotic resistance profiles were examined, it was observed that the highest resistance rate