Çok ilaca dirençli mycobakterium tuberculosis suşlarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of multidrug resistant mycobacterium tuberculosis strains
Yazar: ÜMİT ALANBAYI
Danışman: PROF. RIZA DURMAZ
Kırıkkale Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Temel Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genotip = Genotype ; Mutasyon = Mutation ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Tüberküloz = Tuberculosis ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Tüberküloz kontrolünde uygun antibiyotik tedavisi ve bulaş zincirinin kırılması en önemli hususlardır. Bu çalışmada Çok İlaca Dirençli (ÇİD) tüberküloz kontrolünde direncin mekanizmasının anlaşılması ve suşlar arasındaki çapraz bulaşın ortaya konması amaçlanmıştır. Çalışmaya 52 Mycoobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) suşu alınmıştır. ÇİD suşlarda rifampsin (RIF) ve izoniazid (INH) direncinden sorumlu mutasyonlar DNA (Deoksiribo nükleik asit) dizi analizi yöntemiyle belirlenmiştir. Suşlar arasındaki filogenetik ilişki spoligotiplendirme yöntemiyle belirlenmiştir. Çapraz bulaşı ortaya koymada 24 lokuslu Mycobacterial Intersperspersed Repetitive Unit?Variable Number Tandem Repeats (MIRU-VNTR) yöntemi kullanılmıştır. Mutasyon analizi yapılan 52 izolatın %98?inde rpoB gen bölgesinde mutasyon saptandı. İzolatların %57?sinde 531. kodonda, %23?ünde  516. kodonda, %17?sinde  526. kodonda mutasyon saptandı. rpoB gen bölgesinde oluşan en sık aminoasit değişikliği ise Ser531Leu aminoasidi değişikliği olarak belirlenmiştir. İzoniazide dirençli 52 suşun %86?sında katG gen bölgesinde mutasyon saptandı. İzolatların %84?ünde 315. kodonda, bir suşta ise 273. kodonda mutasyon kaydedildi. Spoligotipleme profilleri çıkarılan suşlar, on beş farklı spoligotipi sergilemiş olup bunlardan 11 tanesi küme oluşturan suşları bulundurmaktadır. Toplam 48 suş (%92.3) küme içerisinde yer almıştır. Suşların 21? inin (%40.3) T ailesinden, 14?ünün (%26.9) LAM (Latin Amerika Akdeniz) ailesinden, 4?ünün H (Haarlem) (%7.6) ailesinden, üçer suşun (%5.7) X, S ailelerinden, ikişer tanesinin (%3.8) Beijing ve U ailelerinden, oluştuğu görüldü. Üç suş (%5.7) özgü profil sergilemiştir. MIRU-VNTR yöntemiyle tiplendirmesi yapılan 52 M. tuberculosis suşundan 49 farklı genotip saptandı. Bu genotiplerden üç tanesi küme oluşturan suşları içermektedir. Toplam altı suş (%11.5) küme içerisinde yer aldı.
Sonuç: İncelenen suşlarda saptanan mutasyonlar dünya genelinde yaygın olan mutasyonlardır. Suşlar arasındaki %11?lik çapraz bulaş kontrol önlemlerinin etkinliğini göstermektedir.

Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, spoligotiplendirme, MIRU- VNTR, katG, rpoB, inhA, klonal İlişki, mutasyon

Abstract:
Suitable antibiotic treatment and interruption of the cross- contamination are the most important subjects in the tuberculosis control. In this study, it is aimed to understand the mechanizm of drug resistance to point out cross contamination among the Multi Drug Resistance tuberculosis (MDR). This study was carried on 52 M. tuberculosis strains among MDR strains mutations responsible for RIF and INH resistance were detected by the DNA sequencing. Phylogenetic relationship among the strains was searched by Spoligotyping method. To reveal cross contamination, 24 locused MIRU- VTNR method were used. After mutation analyses, it was observed that 98% of 52 isolates had the mutation at their rpoB gen locations. Mutation was detected at 57% of isolates in 531th codon, 23% in 516th codon, 17% in 526th codon. The most frequent aminoacid alteration was detected as Ser531Leu. katG Mutation was detected in 86% of the 52 M. tuberculosis strains having INH resistance. The frequence of mutation detected at codon 315 was predominant (84%) followed by codon 273 (2%). Spoligotyping demonstrated 15 different spoligotype and 11 of them contains clustered strains. Totally 48 strains (92.3%) were existed in cluster and it was observed that 21 of them (40.3%) derived from T family, 14 of them (26.9%) from LAM family, 4 of them (7.6%) from H family, 3 each strain (5.7%) from X, S families, two each (3.8%) derived from Beijing and U families. 3 strains (5.7%) demonstrated unique profile. MIRU-VNTR yielded 49 different genotypes among the 52 M. tuberculosis strains. Three of these genotypes included clustered strains, totally six (11,5%) strains were in cluster.
In conclusion: Detected mutations from observed strains are world wide common ones. The low rate (11%) of cross- contamination between strains supports the efficiency of control precautions.

Keywords: Mycobacterium tuberculosis, spoligotyping, MIRU-VNTR, katG, rpoB, inhA, clonal relationship, mutation