Klinik mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen kan kültürlerinin prospektif olarak değerlendirilmesi
Prospective assesment of blood cultures which were sent to clinical microbiology laboratory
Yazar: SİBEL AYDIN BOLUKÇU
Danışman: PROF. DR. A.ATAHAN ÇAĞATAY
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Bakteriyolojik teknikler = Bacteriological technics ; Kuluçka = Incubation ; Kültür teknikleri = Culture techniques ; Laboratuvarlar = Laboratories ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Mikrobiyolojik teknikler = Microbiological techniques ; Prospektif çalışmalar = Prospective studies ; İnokulum = Inoculum

Özet:
1 Mart 2011?1 Temmuz 2011 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi hastanesinde yatmakta olan hastalardan İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarına gelen kan kültürü şişeleri kabul edildi. Örnekleri kabul edilen hastalardan ?Centers for Disease Control and Prevention? (CDC)'ın ?klinik sepsis? tanımına uyan ve ateşleri 38?C ve üzerinde olanlar çalışmaya alındı.Hastalar kliniklerinde ziyaret edilerek yaş, cinsiyet, örneğin geldiği servis, yatış tarihi, yatış nedeni, immünosüpresif ilaç kullanımı, kronik hastalık varlığı, üretral sonda ve santral venöz kateterizasyon, antibiyotik kullanımı yönünden özellikleri prospektif olarak kaydedildi.Kan kültürü alınırken herhangi bir protokol belirtilmeyip servis rutinlerinin uygulanması istendi. BacT/Alert® (bioMérieux, Durham, NC) devamlı monitorize otomatize kan kültürü sistemi kullanıldı. Bir kan kültürü seti 2 aerop veya bir aerop ve bir anaerop şişe olarak kabul edildi. Materyalin nereden alındığı (santral venöz kateter, arteriyel kateter, periferik ven gibi), şişelere kan inokülasyonu arasındaki zaman aralığı (aynı anda, 5-60 dakika gibi) ve kaçıncı sette üreme olduğu not edildi. Birden fazla sette üreme olan hastaların ilk seti vaka grubuna alındı. Diğer setlerdeki üremeler kendi arasında yorumlandı. Kontrol grubunu kan kültüründe üreme olmayan hastalar oluşturdu. Laboratuvara gelen örnekler içine konulan kan miktarı kaydedilerek cihaza yerleştirildi. Aerop ve anaerop şişeler 10 gün süre ile inkübe edildi. Bu süre zarfında cihazın pozitif sinyal vermediği şişeler negatif olarak kabul edildi. Yalancı negatiflik açısından değerlendirilmedi. Pozitif sinyal veren şişelere Gram boyaması yapıldı ve %5 koyun kanlı agara pasajları yapıldı. %5 koyun kanlı agarda üreme olmayanlar yalancı pozitif olarak kabul edildi. Anaerop kültür yapılmadı. Konvansiyonel bakteriyolojik yöntemlerle bakteri tanımlaması yapıldı. Gerektiğinde API® (bioMérieux, Hazelwood, MO) idantifikasyon sistemleri ile ileri idantifikasyon yapıldı. Germ tüp testi pozitif olan Candida suşları Candida albicans olarak idantifiye edildi. C. albicans dışı suşların tür düzeyinde idantifikasyonu yapılmadı. Bakterilerin antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile CLSI M100-S20'da tanımlandığı biçimde yorumlandı. İki şişede aynı etken üremesi durumunda bu setteki üremeler hastanın yattığı servise bildirildi. Pozitif kan kültürlerinde mikroorganizmaların üreme sıklıkları, antibiyotik duyarlılıkları ve servislere göre dağılımları ayrıca değerlendirildi.Klinik sepsis tanısı ile kan kültürü gönderilen 251 hasta çalışmaya dahil edildi ve hastalara ait veriler ileriye dönük olarak toplandı. Hastalardan 10 günlük inkübasyon süresi içinde üreme olan 122 kişi vaka grubunu oluştururken, üreme olmayan 129 kişi kontrol grubu olarak alındı. 122 olgudan 44 tanesi yaşamını yitirdi. Vaka grubunu oluşturan hastaların 54'ü (%44.2) dahili tıp birimleri, 52'si (%42.6) cerrahi tıp birimleri, 16'sı (%13.2) yoğun bakım ünitesi (YBÜ)'dendi.Çok değişkenli regresyon analizi ile veriler değerlendirildi. Sonuç olarak, farklı periferik venlerden, aynı anda veya 5-10 dakika ara ile kan alınmasının ve kronik hastalık varlığının üreme üzerinde etkili olduğu bulundu. 10 günlük inkübasyon süresinin, özel tanımlanmış hasta grupları dışında 8 güne çekilebileceği; Gram-negatif çomakların ilk 24-48 saatte ürediği; KNS, maya ve enterokoklarda 8. güne kadar etkenin izole edilebileceği görüldü. ?klinik sepsis? tanısı ile izlenen hastaların empirik antimikrobik yaklaşımlarının erken üreme sonuçları da gözönüne alınarak dinamik olarak ilk 24 saatte tekrar değerlendirilmesi ve gerekiyorsa tedavi spektumunun değiştirilmesi mortalite ve morbiditeyi önemli oranda azaltılacağı öngörülebilir. İnokülüm hacmi arttıkça üreme zamanının kısaldığı görüldü. En sık Klebsiella pneumoniae, ikinci sıklıkta metisiline dirençli KNS (MRKNS), üçüncü sıklıkta Escherichia coli izole edildi. Candida spp. arasında en sık Candida albicans dışındaki türler üredi.Anahtar kelimeler : Kan kültürü, inokulüm hacmi, inkübasyon zamanı

Abstract:
Blood cultures which were withdrawn from inpatients in Istanbul Faculty of Medicine in University of Istanbul from March 1 to July 1, and were sent to laboratory of clinical microbiology in department of Infectious Diseases and Clinical Microbiology, were accepted. Cultures, which were from patients whose diagnosis fulfilled clinical sepsis criteria according to ?Centers for Disease Control and Prevention? (CDC), and whose fever were above 38?C were included to the study. The patients were visited at their wards and following parameters were noted: age, gender, the ward from which the culture is accepted, date of application to the hospital, the reason for which the patient is staying at the hospital, immunosupresive drug use, chronical diseases, uretral and central venous catheters, antibiotic use.The routine protocol of the ward was wanted to perform while the cultures were being withdrawn. BacT/Alert® (Organon Teknika, Durham, N. C.) continuos monitoring automated blood culture system was used. A blood culture set was defined as 2 aerob bottles or 1 aerob + 1 anaerob bottle. Following parameters were noted: through where the sample was withdrawn (central venous catheter, arterial catheter, peripheric veins), the time interval between inoculation of the blood into each bottle in the same culture set (at the same time, 5-60 minutes eg.) and in which set the growth was detected first. The first set of the cultures of the patients, in whose culture sets there were more than one growth, was included into the case group. Patients who had not growth in their blood cultures were chosen as the control group.The samples which delivered to the laboratory were put into the device after measuring the amount of the blood . Incubation time was 10 days for aerob and anaerob bottles. The bottles, for which the device did not detect growth in incubation time, were accepted as negative. Negative bottles were not subcultured in order to analyse the false negatives. Positive bottles were stained by Gram method and subcultured in 5 % blood agar. Agars, in which there was no growth, were labelled as false positives. Anaerob cultures were not performed. Bacterias were identificated by conventionel methods. API ® (bioMérieux, Inc., Hazelwood, MO) identification system was used if required. Candida strains which had positive germ tube test were identificated as Candida albicans. Strains except C. albicans were not identificated by species level. Antibiotic susceptibility tests were performed by disc diffusion method described in CLSI M 100-S20. In cases which the same bacteria was detected in two bottles, the ward was informed. Furthermore, frequency of growing microorganisms, antibiotic susceptibilities and distribution according to the wards were analysed in positive blood cultures.251 patients, whose blood cultures were sent with the diagnosis of ?clinical sepsis?, were included to the study and the data of the patients was collected prospectively. Of 251 patients, 122 of them in whose bottles growth was detected in 10 day incubation period were included into case group and the rest 122 were included into control group. 44 of 122 patients were died. Of case group, 54 (44.2 %) of them were from department of internal medicine, 52 (42.6 %) of them were from department of surgery and 16 (13.2 %) were from intensive care unit.Research data was analysed by multiple variable regression analyses. Presence of chronical diseases and withdrawing of blood from different peripheric veins at the same time or in 5 or 10 minute intervals, were found to have significant effect on growth. It is observed that incubation period might be diminished from 10 days to 8 days except particular individuals, Gram-negative rods grew in first 24-48 hours and CoNS, yeasts and enterococcusses could be isolated until 8th day of incubation. It may be predicted that the dynamical rearrangment and if required changing the spectrum of empirical antimicrobial therapy of patients whose diagnosis are clinical sepsis by taking into consideration the early growth results in first 24 hours could decrease morbidity and mortality significantly. It is observed that the more volumes of blood inoculated into the bottles, the earlier the microbial growth was detected. The most common microorganism was Klebsiella pneumoniae, after that MRCoNS and Escherichia coli, were detected respectively. Non-albicans Candida was the most common microorganism among Candida spp.Key words: Blood culture, inoculum volume, incubation time