Şanlıurfa, Diyarbakır, Mardin ve Adıyaman illerinde biber (Capsicum annuum L.) bitkilerinden endofitik bakterilerin karakterizasyonu ve önemli bazı hastalıklara karşı antagonistik aktivitelerinin belirlenmesi
Characterization and identification of endophytic bacteria isolated and antagonistic activity to some important pathogens from pepper (Capsicum annuum L.) Plants in Sanlıurfa, Diyarbakır, Mardin and Adıyaman
Yazar: İNCİ GÜLER GÜNEY
Danışman: PROF. DR. MEHMET ERTUĞRUL GÜLDÜR
Harran Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Bacillus = Bacillus ; Bakteriler = Bacteria ; Bitki hastalıkları = Plant diseases ; Bitki koruma = Plant protection ; Biyolojik mücadele = Biological control ; Endofitik bakteri = Endophytic bacteria ; Fungal hastalıklar =   ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Pseudomonas = Pseudomonas ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa

Özet:
Bu çalışmada, Şanlıurfa, Mardin, Diyarbakır ve Adıyaman il ve ilçelerinde biber kök ve kök boğazından 89 endofitik bakteri izole edilmiĢ ve bunların belli başlı fungal patojenlere (Fusarium solani, Rhizoctonia solani, Fusarium oxysporum ve Macrophomina phaseolina) karşı antagonistik aktivitelerini belirlenmiştir. Laboratuvar koşullarında etkinliği tespit edilen bakteri suşlarının in vivo koşullarda iklim odasında saksı denemeleriyle ve tarla denemeleri ile etkinlikleri test edilmiştir. Endofitik izolatların patojenlere karĢı % inhibisyon oranları Macrophomina phaseolina'ya karşı % 98.15 ile % 2.77, Fusarium solani'ye karşı %96,66 ile % 0, F. oxysporum'a karşı %95,23 ile %0, Rhizoctonia solani'ye %95 ile % 0 arasında farklılık göstermişlerdir. Matriks yardımlı lazer desorpsiyon iyonizasyon-uçus süreli kütle spektroskopi (MALDI-TOF MS) cihazı ile in-vitro çalışmalar sonucu etkili bulunan A4E14, B20 ve S1E izolatlarının Stenotrophomonas maltophilia olduğu; BSÇ8, S2E9, U2E5, K1E11, A5E11ve U2E4'ün Bacillus cereus; H4E4, A5E10, H4E8, H3E3, S1E16 ve H2E10'un Pseudomonas aeruginosa; ve A1E2'nin Pseudomonas thivervalensis olduğu tespit edilmiştir. İn-vivo yapılan çalışmalar sonucunda toprağa inokule edilen izolatlardan Pseudomonas aeruginosa, Bacillus cereus ve Pseudomonas thivervalensis‟in karışımlarının ve Stenotrophomonas maltophilia izolatının diğer endofitik bakteri izolatlarına ve kontrole göre verime ve hastalıklara karşı daha etkili olduğu gözlemlenmiştir. Etkili bulunan bakteri suşları daha sonra ticari olarak kullanılmak üzere değerlendirilecektir.

Abstract:
In this study, 89 endophytic bacteria were isolated from pepper root and collar tissues in Sanlıurfa, Mardin, Diyarbakır ve Adıyaman in provincial and district and their antagonistic activity against major fungal pathogens (Fusarium solani, Rhizoctonia solani, Fusarium oxysporum and Macrophomina phaseolina) were determined. Bacterial strains found effective under laboratory conditions were tested for their effectiveness in vivo pot experiments in growth chamber and under field conditions. The % inhibition rates of endophytic isolates against pathogens varied from 98.1 to 2.77% for Macrophomina phaseolina, 96.66 to 0% for Fusarium solani, 95,23 to 0% for F. oxysporum, and 95 to 0% for Rhizoctonia solani. Isolates found fffective in-vitro studies were identified by matrix-assisted laser desorption of ionization-time-of-flight mass spectroscopy (MALDI-TOF MS). Accordingly, A4E14, B20 and S1E1 isolates were identified as Stenotrophomonas maltophilia; BSC8, S2E9, U2E5, K1E11, A5E11 and U2E4 as Bacillus cereus; H4E4, A5E10, H4E8, H3E3, S1E16 and H2E10 as Pseudomonas aeruginosa; and A1E2 as Pseudomonas thivervalensis. As a result of the in-vivo study, it was observed that the the mixture of Pseudomonas aeruginosa, K1E11 and A1E2 endophytic isolates and B20 inoculated to the soil were more effective against the diseases and resulted higher yield compared to other isolates and the control. Effective bacterial strains will then be evaluated for commercial use.