Sistemik Kandidoz Şüpheli hasta örneklerinden Candida türlerinin izolasyonu tanımlanması ve genotiplendirilmesi
Specıes ısolatıon, ıdentıfıcatıon and genotypıng of candıda samples recovered systemıc candıdıasıs suspected patıents
Yazar: ASLIHAN GÜLTEKİN
Danışman: PROF. DR. A. NEDRET KOÇ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Mantarlar benzer morfolojik, biyokimyasal ve fizyolojik özelliklerinden dolayı karışabilmektedir. Bu nedenle genotipik yöntemler; mantarların isimlendirilmelerinde, taksonomilerinde ve epidemiyolojik çalışmalarda önem kazanmaktadır. Bu çalışmada; sistemik kandidoz şüpheli hasta örneklerinden Candida türlerinin izolasyonu, tanımlanması ve DiversiLab Candida sistemi kullanılarak rep-PCR yöntemi ile genotiplendirilmesi amaçlandı.Kasım 2007-Aralık 2008 tarihleri arasında Erciyes Üniversitesi Gevher Nesibe Araştırma Hastanesi kliniklerinde sistemik mantar infeksiyonu ön tanısıyla takip edilen 48 hastadan alınan çeşitli örnekler (BAL, BOS, steril vücut sıvısı, doku, kan) çalışmaya alındı. Laboratuvarda morfolojik ve biyokimyasal testlerle Candida tanısı koyulan örnekler kromojenik besiyerine (CHROMagar ID Candida, Biomerieux) ekildi. Candida rep-PCR kiti (Biomerieux) kullanılarak rep-PCR yapıldı. İnternet tabanlı yorumlama ve yazılım programı olan DiversiLab sistemi ile sonuçların değerlendirilmesi yapıldı.Çalışmaya alınan 48 Candida izolatından morfolojik ve biyokimyasal yöntömlerde 22'si C. albicans, 5'i C. keyfr, 1'i C. rugosa, 6'sı C. tropicalis, 7. C. glabrata, 6'sı C. parapisilosis, 1'i C. krusei olarak tanımlandı.Kromojenik besiyerinde örneklerden 22'si C. albicans, 11'i C.topicalis/C. keyfr, 15'ide diğer Candida türleri olarak değerlendirildi. Rep-PCR yönteminde ise örneklerden 23'ü C. albicans, 1'i C. krusei, 8'i C. tropicalis, 7'si C. glabrata, 9'u C. parapisilosis olarak değerlendirildi. Candida DiversiLab kütüphanesinde C. keyfr ve C. rugosa olmadığından en yakın komşularıyla benzerlikleri değerlendirildi. Hastaların kayıtları incelendiğinde örneklerin laboratuvara gönderiliş tarihleri, hastaların yaşı, cinsiyeti, örneklerin gönderildiği poliklinik ve servisleri arasında bir ilişki kurulamadı. Kromojenik besiyerinin (CHROMagar ID Candida ) C. albicans'ı ayırmada kullanılabileceği ancak diğer Candida türleri için ise kesin sonuç verilemeyeceğini düşünmekteyiz.Genotiplendirmede kullanılan yöntemlerden biri olan rep-PCR kullanım kolaylığı ve zaman bakımından kolaylıkla kullanılabilecek bir yöntem olarak gösterilmesine rağmen kendi veri tabanında bulunmayan suşları tanımlayamama sından dolayı bazı kısıtlamaları olduğu belirlenmiştir. Bundan dolayı rep-PCR'ın veri tabanını oluşturulan kütüphanenin geliştirilmesi gerektiğini düşünmekteyiz.Anahtar kelimeler : Candida, rep-PCR, DiversiLab, sistemik kandidoz

Abstract:
Moulds can often be confused owing to similarities of their morphological, biochemical and physiological properties. Accordingly genotypic methods gain importance in nomenclature, taxonomy and epidemiologic research. The aim of this study was to isolate identify of Candida samples which are recovered systemic candidiasis suspected patients and genotyping with Diversi-Lab Candida system using rep-PCR method.Between 2007 November and 2008 December 48 different samples (BAL, cerebrospinal fluid, sterile body fluids, tissue, blood) recovered from systemic candidiasis suspected patients have been included in this study. Samples which identified as Candida with morphological and biochemical tests were inoculated on to choromogenic medium (CHROMagar ID candida.Biomeriux) and analyzed with rep-PCR using rep-PCR Candida kit (biomeriux).A total number of 48 Candida isolates were identified as 22 C. albicans, 5 C. keyfr, 1 C. rugosa, 6 C. tropicalis, 7 C. glabrata, 6 C. parapisilosis, 1 C. krusei with morphological and biochemical methods.In chromogenic medium, results were 22 C.albicans, 11 C. tropicalis/C.keyfr and 15 other Candida species. In rep-PCR method samples were identified as 23 C. albicans 1 C. krusei, 8 C. tropicalis, 7 C. glabrata, 9 C. parapisilosis. Since Candida DiversiLab does not include C. keyfr and C. rugosa, evaluated the similarity most similar species. When the registration of patients were assessed there was no correlation in respect of dispatching to laboratory date, age and sex of patients, and sender clinics.In conclusion; our study demonstrates that chromogenic medium (CHOROMagar ID Candida) can be useful to distinguish C. albicans but not certain results for other Candida species.Rep-PCR, one of the method of genotyping, permitted time-efficient, easy-to-use but have limitations because of the strains not included in library. For this reason we thought PCR database needs to be improved.Key words: Candida, rep-PCR, DiversiLab, systemic candidiasis