Porsuk çayı ve Seydisuyu'nda bulunan Cyanobacteri'lerin karakterizasyonu
Characterization of Cyanobacteria which are founded in Porsuk river and Seydisuyu
Yazar: MERAL YILMAZ
Danışman: PROF. DR. MERİH KIVANÇ
Anadolu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Cyanobacteria = Cyanobacteria ; Porsuk Baraj Gölü = Porsuk Dam Lake ; Seydi = Seydi

Özet:
Bu çalışmada Porsuk Çayı ve Seydisuyu'nda bulunan Siyanobakteri'lerin karakterizasyonu amaçlanmıştır.Porsuk Çayı'na ait 21, Seydisuyu'na ait olan 5 farklı istasyondan ve Eti-Boraks İşletmesine ait olan bor atık havuzundan 2006 yılı boyunca örnekleme yapılmıştır. BG-11 besiyeri kullanılarak 141 adet Siyanobakteri izolatı elde edilmiştir. Elde edilen izolatların mikroskobik analizleri yanında bu izolatlardan elde edilmiş olan genomik DNA ekstraksiyonu sonrasında 16S rRNA PCR ile çoğaltılarak moleküler tanımlama da yapılmıştır.Porsuk Çayı, Seydisuyu ve Bor havuzundan Ekim 2006'da alınan su örneklerinden ise kültür bağımsız testlerle kommunite analizine yönelik çalışmalar olan Denatüre edici gradient jel elektroforezi (DGGE) ve 16S rRNA klonları ile gen kütüphanesi oluşturulması metotları uygulanmıştır. Yapılan bu mikroskobik ve moleküler çalışmalar ile Porsuk Çayı ve Seydisuyu'nda bulunan Siyanobakterileri kompozisyonu ilk kez ortaya konmuştur.Kültürel yöntemler ile Porsuk Çayı'nda Synechococcus, Cyanobium, Anabaenopsis, Leptolyngbya, Microcoleus, Pseudanabaena, Synechocystis, Oscillatoria, Snowella, Nostoc, Phormidium ve Limnothrix cinslerine ait izolatlar, Seydisuyu'ndan Pseudanabaena, Anabaenopsis, Leptolyngbya, Phormidium, Synechocystis ve Nostoc genuslarına ait izolatlar Bor havuzundan ise sadece Leptolyngbya cinsine ait izolatlar elde edilmiştir.16S rRNA gen sekansı BLAST sonuçlarına dayalı olarak DGGE yöntemi ile Porsuk Çayı 100 no'lu istasyondan Arthrospira, Lyngbya, Planktothricoides, Microcystis genuslarına ait sekanslar, Seydisuyu'ndan Cyanobacterium, Lyngbya, Nostoc ve Phormidium genuslarına ait sekanslar, Bor havuzundan ise Nostoc, Phormidium, Arthrospira, Phormidium, Planktothricoides genuslarına ait sekanslar klonlama yöntemi ile Leptolyngbya, Merismopedia, Nostoc genuslarına ait olan sekanslar elde edilmiştir. Ayrıca BLAST ve filogenetik analiz sonuçlarına göre Seydisuyu ve bor havuzu'ndan çoğu henüz tanımlanamamış sekansları içeren DGGE bantları ve klonlar elde edilmiştir. Bu nedenle Seydisuyu ve Bor havuzunda yeni Siyanobakteri türeleri olabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
This study focused on the characterization of Cyanobacteria founded in Porsuk River and Seydisuyu.The sampling was performed during year 2006 from 21 different stations in the Porsuk River and 5 different stations in the Seydisuyu and boron waste pool of Etibor Establishment. 141 Cyanobacterial isolates were obtained with BG-11 medium. In addition to microscobic analysis, molecular analysis also was applied for identification of Cyanobacterial isolates by using 16S rRNA PCR amplification of genomic DNA.Water samples collected from Porsuk River, Seydisuyu and boron waste pool at 2006 October were analysed by using culture independent methods such as denaturating gradient gel electrophoresis (DGGE) and 16S clone library. Cyanobacterial composition found in Porsuk River and Seydisuyu was shown for the first time by using microscopic and molecular studies.With the cultural methods, strains belong to Synechococcus, Cyanobium, Anabaenopsis, Leptolyngbya, Microcoleus, Pseudanabaena, Synechocystis, Oscillatoria, Snowella, Nostoc, Phormidium, and Limnothrix genera in Porsuk River and Pseudanabaena, Anabaenopsis, Leptolyngbya, Phormidium, Synechocystis and Nostoc genera in Seydisuyu were obtained. The isolates belong to only Leptolyngbya genus was obtained from boron waste pool.Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) fingerprint analysis based on BLAST results of 16S rRNA gene sequences based on the revealed that Porsuk River water sample may have species from Arthrospira, Lyngbya, Planktothricoides, Microcystis genera, Seydisuyu water sample have Cyanobacterium, Lyngbya, Nostoc, Leptolyngbya and Phormidium genera where the boron pool water samples have representative species from Oscillatoria, Nostoc, Phormidium, Arthrospira, Planktothricoides, Aphanothece, and Leptolyngbya genera. With the cloning method Leptolyngbya, Merismopedia, Nostoc genera were obtained from boron pool. Phylogenetic and BLAST analysis of some representative partial sequences indicates that most of the 16S rRNA sequences were under currently unavailable nucleotide sequence databases. As a result, we conclude that novel Cyanobacterial species may be present in Seydisuyu and boron pool.