Gölhisar-İbecik yöresi Kızılçam gençleştirme alanında heterobasidion annosum'un populasyon yapısı
Population structure of heterobasidion annosum in Turkish pineregeneration area in Gölhisar-İbecik district
Yazar: REFİKA CEYDA BERAM
Danışman: PROF. DR. HATİCE TUĞBA DOĞMUŞ LEHTİJARVİ
Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Orman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Ormancılık ve Orman Mühendisliği = Forestry and Forest Engineering

Özet:
Basidiomycota şubesine ait olan Heterobasidion annosum (Fr.) Bref., Kuzey
Yarımküre'de yer alan tüm ılıman ülkelerde, özellikle ibreli ağaçlarda kök ve alt gövde
çürüklüğüne neden olan tahripkar bir hastalık etmenidir. Ormancılık sektöründe neden
olduğu yüksek ekonomik kayıplar nedeniyle, dünyada orman patologlarının en çok
çalıştığı orman fungusu olarak bilinmektedir. Bu doktora tezi kapsamında, Burdur ili
Gölhisar-İbecik ilçesi Kızılçam gençleştirme alanında H. annosum'un populasyon
yapısı araştırılmıştır. Tespit edilen hastalık ocaklarında, örneklemelerin yapıldığı
kızılçam ağaçlarından toplam 182 adet izolat elde edilmiştir. Yapılan eşleştirme
testleri sonucunda tüm Heterobasidion spp. izolatlarının, H. annosum s.s. test izolatları
ile %96,9 oranında uyumluluk gösterdiği tespit edilmiştir. Türe özgü MJ primer çifti
ile gerçekleştirilen PCR amplifikasyonları ile morfolojik teşhis çalışmaları
desteklenmiştir. Genetik çeşitliliğin belirlenmesi amacıyla yapılan somatik eşleştirme
testi sonuçlarına göre, H. annosum izolatlarının 34 farklı genete ait olduğu tespit
edilmiştir. RAMS ve M13 markörleri ile gerçekleştirilen PCR tabanlı moleküler
analizlerin sonuçları bir bütün olarak değerlendirildiğinde toplam moleküler
varyasyonun %49'unun hastalık ocakları arasında gerçekleştiği, %51'inin
populasyonlar içindeki bireysel farklılıklardan kaynaklandığı sonucuna varılmıştır.
Söz konusu primerler ile amplifikasyon sonucunda elde edilen DNA bant uzunlukları
350-1500 bp arasında değişmektedir. Allellerin genel polimorfizm oranı %53,2'dir.
Elde edilen toplam allel sayısı bakımından (CCA)5 ve (TCG)5 RAMS primeri en fazla
polimorfik bandı üretirken, en az sayıda bant M13 primeri tarafından üretilmiştir.
Etmenin populasyon yapısının değerlendirilmesi aşamasında AMOVA, UPGMA,
PCOA, Cluster ve TWINSPAN analiz yöntemlerinden faydalanılmıştır. Ayrıca
çalışmada, MAXENT yaklaşımı yardımıyla hastalığın yayılışını etkileyebilecek
çevresel faktörlere ait verilerin ilişkilendirilmesi suretiyle potansiyel dağılım
haritalaması gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
Basidiomycetes belonging to the Heterobasidion annosum (Fr.) Bref. are some of the
most destructive disease agents of conifers in all temperate countries in the Northern
Hemisphere causing root and butt rot. Significant economic losses by Heterobasidion
species in forestry make them the most widely studied forest fungi in the world. In this
thesis, population structure of H. annosum in Turkish pine regeneration area in
Gölhisar-Ibecik district was investigated. A total of 182 isolates were obtained in
disease centers in which the agent was observed. As a result of the pairing tests, all of
the Heterobasidion isolates were found to be 96.9% compatible with the H. annosum
s.s. test isolates. Morphological diagnostic studies were supported by PCR
amplifications performed with species specific MJ primer pair. According to the
results of somatic pairing test to determine genetic diversity, H. annosum isolates were
found to belong to 34 different genets. When the results of PCR-based molecular
analyzes performed with RAMS and M13 markers were evaluated as a whole, it was
concluded that 49% of the total molecular variation occurred between the disease
centers and 51% was caused by individual differences within the populations. The
DNA band lengths obtained from amplification with these primers varied between
350-1500 bp. The overall polymorphism rate of alleles was 53.2%. In terms of the total
number of alleles obtained, (CCA)5 and (TCG)5 RAMS primers produced the most
polymorphic bands, while the least number of bands were produced by the M13
primer. AMOVA, UPGMA, PCoA, Cluster and TWINSPAN analysis methods were
used in the evaluation of the population structure of the pathogen. Also in this study,
potential distribution mapping for the study area was carried out by associating the
data related to environmental factors that may affect the spread of the disease with the
help of MAXENT approach.