Anadolu Yaban ve Ankara Keçilerinde tüm genom dizilenmesi ve biyoinformatik analizler
Whole genome sequencing and bioinformatic analysis of Anotalian Wild and Angora Goats
Yazar: SAFFET TEBER
Danışman: DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Dünya'da yaygın olarak yetiştiriciliği yapılan evcil keçi (Capra hircus), en eski evcil hayvanlardan birisidir. Keçiler yaklaşık olarak 10.000 yıl önce Bereketli Hilal'de evcilleştirilmiş ve bunu takiben insan hareketiyle dünya geneline yayılmış, farklı karakterler bakımından yetiştiriciliği yapılan çok sayıda keçi ırkı ortaya çıkmıştır. Bu tez çalışmasında Ankara keçisinin genomu hibrit yöntemle de novo olarak birleştirilmiştir ve anotasyonu yapılmıştır. Elde edilen kontig seviyedeki genom birleştirme ~2,6 Gb uzunluğunda ve N50 değeri ~11 Mb olup, toplam 1.738 kontigden oluşmaktadır. Ankara keçisi genomunun skafoldlanması sonucunda 710 skafold, BUSCO değeri %95,7 olarak elde edilmiştir. Ankara keçisi genomunun tekrar içeriği %41,66 olarak belirlenmiş ve homoloji temelli yaklaşımla yapılan gen tahmininde toplam 21.645 gen tahmin edilmiştir. Ülkemizde doğal yayılış gösteren ve evcil keçinin atası olan Anadolu yaban keçisinin (Capra aegagrus) tüm genomu ise Illumina kısa okumaları kullanılarak de novo birleştirilmiştir. Birleştirilen genom 181.575 kontig içermekte olup, yaklaşık 2,7 Gb boyutundadır. Yaban keçisi genomunun skafoldlanması sonucunda BUSCO değeri %94,7 olan 68.461 skafold elde edilmiştir. Yaban keçisi genomunun tekrar içeriği %42,13 olarak belirlenmiş ve homoloji temelli yaklaşımla yapılan gen tahmininde toplam 21.409 gen tahmin edilmiştir. Kısa okumaların referans keçi genomlarına haritalanması ile Ankara keçisi keçisinde 11.168.617 ve yaban keçisinde 10.935.456 varyant tespit edilmiştir. Ankara keçisi ve yaban keçisi genomları arasında yapılan karşılaştırma ile kromozomal skafoldlar arasında oldukça yüksek sintenik bloklar tespit edilmiştir.
Anahtar Kelimeler: Ankara Keçisi, Capra hircus, Yaban keçisi, Capra aegagrus, Tüm genom dizileme

Abstract:
The domestic goat (Capra hircus), which is widely cultivated around the world, is one of the oldest domestic animals. Goats, which serve as many resources for humans, domesticated in the Fertile Crescent approximately 10,000 years ago and subsequently spread around the world with human movement, resulting in a large number of breeds with different characteristics. In this thesis, the genome of Angora goat was de novo assembled and annotated by hybrid method. The resulting contig-level genome assembly is ~2.6 Gb in length and has an N50 value of ~11 Mb and consists of a total of 1,738 contigs. As a result of the scaffolding of the Angora goat genome, 710 scaffolds and a BUSCO value of 95.7% were obtained. The repeat content of the Angora goat genome was determined as 41.66% and a total of 21,645 genes were predicted in gene prediction using homology-based approach. The whole genome of Anatolian wild goat (Capra aegagrus), another goat distributed in Turkey, was assembled de novo using Illumina short reads. The assembled genome contains 181,575 contigs and is ~2.7 Gb in size. Scaffolding of the wild goat genome resulted in 68,461 scaffolds with a BUSCO value of 94.7%. The repeat content of the wild goat genome was determined as 42.13% and a total of 21,409 genes were predicted by homology-based gene prediction. By mapping short reads to reference goat genomes, 11,168,617 and 10,935,456 variants were identified in Angora goat and wild goat, respectively. Comparison between Angora goat and wild goat genomes revealed very high syntenic blocks between chromosomal scaffolds.
Keywords: Angora Goat, Capra hircus, Wild goat, Capra aegagrus, Whole genome sequencing