X kromozomuna bağlı 8 STR lokusunun polimorfizmi ve adli bilimlerdeki önemi
Polymorphism and importance in forensic sciences of eight X-STRs loci
Yazar: ERHAN AÇAR
Danışman: YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine
Dizin: Babalık belirleme = Paternity ; Optimizasyon = Optimization ; X kromozomu = X chromosome

Özet:
Adli bilimlerde kimliklendirme ve nesep tayinlerinde somatik STR lokuslarıkullanılmaktadır. Son yıllarda ise gonozomal STR lokusları kullanılmaya baslanmıstır. Buçalısmada X kromozomona özgü 8 STR lokusu (DXS8378, HPRTB, DXS7423, DXS7132,DXS10134, DXS10074, DXS10101 ve DXS10135) ve cinsiyet belirtimi için Amelogeninlokusu içeren ticari Mentype® Argus X?8 kiti kullanıldı. Öncelikle kitin ?stanbul ÜniversitesiAdli Tıp Enstitüsü Adli Moleküler Genetik laboratuarında optimizasyonu gerçeklestirildi.Optimizasyon 4 asamada gerçeklesti. X-STR kiti için uygun DNA izolasyon yöntemleribelirlenmis, DNA miktar tayinleri florimetre (Invitrogen Qubit) ile ölçülmüs ve daha sonrahassasiyet çalısması ile kitin hangi DNA miktarında iyi sonuçlar verdiği saptanmıstır. Bunutakiben PCR reaktiflerinin miktarları belli oranlarda azaltılarak optimum PCR toplam hacmi,PCR ürünlerinin miktarları da azaltılarak ABI 310 genetik analizör için uygun elektroforezyükleme hacmi ortaya konmustur. Daha sonra kitin karısık örneklerde (erkek-kadın) ayrımgücünün saptanması için 1:1, 1:2, 1:5 oranlarında karısık örnekler çalısıldı. 1:1, 1:2'likkarısım örneklerinde ayrım yapılabilirken, 1:5 oranındaki örnekte ayrım yapılamıstır. Aileçalısması ile de X-STR'ların babaanne, baba, anne ve kız çocuk arasındaki kalıtımıgösterilmistir.Populasyon çalısmasında ise X'e özgü 8 STR lokusunun Türkiye toplumundaki alelsıklığı hesaplanmıstır. Bunun için bütün Türkiye'yi temsil edecek sekilde 130 gönüllü kisidenalınan kanlar ile izolasyon yapılmıstır. Elde edilen verilerle alel sıklığı POPGENE Version1.32 programı kullanılarak hesaplanmıstır. PIC, MEC, HET, PD değerleri gibi istatistikseldeğerler adli kromozom X arastırma grubu (The Forensic ChrX Research Group) tarafındangelistirilen web sitesinde bulunan programla, alel sıklıkları girilerek bulunmustur. Daha sonraTürkiye populasyonuna ait veriler Alman, Japon ve Gana populasyonları ile karsılastırıldı.Sonuçta populasyonlar arasındaki karsılastırmada Türkiye populasyonun Avrupapopulasyonuna benzerlik gösterdiği saptandı.

Abstract:
Autosomal short tandem repeat (STR) markers are widely applied to forensicindividual identification and kinship testing. Nowadays, gonosomal markers are used toforensic applications. The Mentype® Argus X-8 kit is a commercial multiplex system whichcontains Amelogenin for gender determination as well as gonosomal STR markers(DXS8378, HPRTB, DXS7423, DXS7132, DXS10134, DXS10074, DXS10101 andDXS10135). Optimization studies take form 4 steps at Moleculer Genetic Laboratory ofForensic Science Institute, ?stanbul University. In this study, the following parameters weretaken under consideration for optimization studies: DNA extracted using different protocols,quatitated by using commercially available Invitrogen Qubit Fluorometer, sensitivity tests,reaction volume optimization of Master Mix ABI 310 genetic analyser parameters. Analysisof mixture samples (male-female, 1:1, 1:2, 1:5) were performed. We study family that isincluded grandmother, father, mother and daughter for X-STRs? inheritance.Allele frequency distribution and analysis of biostatistical parameters of eight XchromosomeSTR loci, determined in a sample of 130 unrelated volunteer individuals (maleand female) from Turkey. Allele frequencies were calculated with program POPGENEVersion 1:32. PIC, MEC, HET, PD values were calculated automaticly by entering allelefrequencies, using the software in the web page that has been developed by forensicchromosome X research group (ChrX The Forensic Research Group). These gene loci werecompared between general Turkish gene frequencies and different races such as; Europe-Germany, Asia-Japan, Africa-Ghana. It has been observed that there is a huge differencebetween races but with German population similarities has been observed.