Türkiye'de organik süt sığırı işletmeleri için seleksiyon indeksi geliştirilmesi
The development of selection index for organic dairy cattle farms in Turkey
Yazar: SÜLEYMAN CAN BAYCAN
Danışman: DOÇ. DR. SERDAR DURU
Bursa Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Islah programları = Breeding programs ; Kalıtım dereceleri = Heritability ; Seleksiyon = Selection ; Siyah alaca sığırlar = Holstein friesian cattles ; Süt sığırcılığı = Dairy herds

Özet:
Araştırmada Türkiye'de organik süt sığırcılığı yapan işletmeler için süt verimi, dış görünüş, ömür uzunluğu, meme sağlığı, sağım ve döl verimi gibi bazı verim ve fonksiyonel özellikler kullanılarak seleksiyon indeksi geliştirilmiştir. Çalışma, Türkiye'nin Güneybatısında bulunan Aydın ilinde Siyah Alaca ile organik süt sığırcılığı yapılan 500 baş kapasiteli özel bir işletmede yürütülmüştür. İneklerin dış görünüşe göre değerlendirmesi ICAR kurallarına göre gerçekleştirilmiş olup, meme yüzey sıcaklığı kızılötesi termometre ile belirlenmiştir. İşletmede 3 ve üzeri yavrusu bulunan 72 babanın döllerine ait bilgiler kullanılmış ve pedigri dosyasına 4212 hayvan dâhil edilmiştir. Özelliklere etkili faktörlerin belirlenmesinde varyans analizi, çoklu karşılaştırma testleri için Fisher'in LSD testi, varyans komponentlerinin tahmininde REML ve damızlık değerleri tahmininde BLUP Animal Model, akrabalı yetiştirme için Wright'ın yöntemi kullanılmıştır. Veri analizinde Minitab, CFC ve MTDFREML isimli programlar kullanılmıştır. İndekslerin oluşturulmasında, öncelikle tüm hayvanların her özellik için tahmin edilen damızlık değeri, Almanya'da kullanılan standartlaştırma yöntemiyle ortalaması 100 ve standart sapması 12 olan normal dağılıma dönüştürülmüştür. Toplam Performans İndeksinin oluşturulmasında işletmenin ıslah hedefi gözetilerek 5 farklı senaryo geliştirilmiştir. Bunlar, TPİ1: Dengeli indeks, TPİ2: Verim ağırlıklı indeks, TPİ3: Döl verimi ağırlıklı indeks, TPİ4: Dış görünüş ağırlıklı indeks, TPİ5: Ömür uzunluğu indeksi şeklindedir. Alt ve ara indeksler ile bileşik indekslerin oluşturulmasında organik ve geleneksel süt sığırcılığı işletmeleri için Almanya başta olmak üzere bazı ülkelerde kullanılan indekslerin yapıları incelenmiş ve araştırmaya uyarlanmıştır. Araştırma sonunda organik süt sığırcılığı için dengeli yapıya sahip TPİ1 önerilmektedir.

Abstract:
The aim of this thesis is to develop a selection index for organic dairy farms in Türkiye by using traits such as milk yield, conformation, longevity, udder health, milking and reproductive efficiency; which can be considered as yield or functional traits. The research was conducted on a private organic dairy cattle farm, that has a capacity of 500 Holstein cows, located in Aydın Province, Southwestern Türkiye. Conformation traits were scored according to the ICAR recommendations, and the udder surface temperatures were determined with an infrared thermometer. The progeny informations of 72 bulls with 3 or more offsprings in the herd, were gathered and included in the pedigree file consisted of 4212 animal. ANOVA was used to determine the factors affecting the traits, Fisher's LSD test was used for multiple comparison tests, REML was used for the estimation of variance components, BLUP AM was used for the EBVs, and Wright's method was used to calculate inbreeding. Minitab, CFC and MTDFREML softwares were used in data analysis. While composing indexes, as the method used in Germany, the estimated breeding value of all animals for each trait was determined and standardized by converting to a normal distribution with a mean of 100 and a standard deviation of 12. Considering the farm management's breeding goals, 5 different composite index scenarios were developed to constitute the Total Performance Index. These are TPI1: Balanced index, TPI2: Yield weighted index, TPI3: Fertility weighted index, TPI4: Conformation weighted index, TPI5: Longevity index. The selection index structures for organic and conventional dairy cattle farms of some leading countries, especially Germany, were examined and adapted for this study in order to create sub and composite indexes. As a result of the research, TPI1 with a balanced structure is recommended for organic dairy cattle breeding.