Tüberküloz Hastalarında Sitokin Gen Polimorfizmi ve Genetik Yatkınlık
Cytokine Gene Polymorphism in Tuberculosis Patients and Genetic Susceptibility
Yazar: MAHMUT ÜLGER
Danışman: PROF. DR. GÜROL EMEKDAŞ
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Sitokinler = Cytokines ; Tüberküloz = Tuberculosis ; Tümör nekroz faktörleri = Tumor necrosis factors ; İnterferonlar = Interferons ; İnterlökin 10 = Interleukin 10 ; İnterlökin 12 = Interleukin 12 ; İnterlökin 4 = Interleukin 4

Özet:
Tüberküloz (TB) biyolojik, sosyoekonomik ve çevresel faktörlerin birlikte rol oynadığı karmaşık bir hastalıktır. Mycobacterium tuberculosis ile enfekte kişilerin sadece %10'unda aktif hastalık geliştiği için, konak genetiğinin TB için risk faktörlerini etkileyebileceği öne sürülmüştür. Bu çalışmada, hastalığa karşı duyarlılık veya direnç ile ilişkili olduğu belirtilen, sitokin üretiminden sorumlu gen bölgelerindeki tek nükleotid polimorfizm varlığının ?Amplification Refractory Mutational System (ARMS) Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ve PZR-Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) yöntemleri ile araştırılması amaçlanmıştır. Tek nükleotid polimorfizm varlığı tümör nekrozis faktör alfa (TNF-?) geni promoter -308 G/A bölgesinde, interferon gama (IFN-?) geni +874 T/A bölgesinde, interlökin (IL)-12B p40 geni 1188 A/C bölgesinde, IL-10 geni promoter -1082 G/A bölgesinde ve IL-4 geni promoter -590 C/T bölgesinde araştırılmıştır.Klinik materyalinde M. tuberculosis kompleks izole edilen 84 hastanın 71 (%84.52)'i erkek, 13 (%15.48)'ü kadındı (yaş ortalamaları 32.57±15.94). Sağlıklı kontrol grubunu oluşturan 110 kişinin 93 (%84.55)'ü erkek, 17 (%15.45)'si kadındı (yaş ortalamaları 29.40±11.56). Hastaların 76 (%90.48)'sı akciğer TB'u iken 8 (%9.52)'i akciğer dışı TB olarak tespit edildi. Hastaların 79 (%94.05)'u yeni tanı konmuş TB hastası iken, 5 (%5.95)'inde daha önceden geçirilmiş TB öyküsü (nüks TB) olduğu belirlendi. Hastaların 58 (%69.05)'inde asido rezistan basil pozitifliği belirlendi.Tek nükleotid polimorfizmi sonuçlarına göre TNF-? geni -308 G/A bölgesi polimorfizmi için sağlıklı kontrol grubumuz dengedeyken, hasta grubumuz dengede olmadığından bu iki grubun gen frekansları bakımından karşılaştırılması yapılamamıştır. IFN-? geni +874 T/A bölgesi, IL-12B p40 geni 1188 A/C bölgesi, IL-10 geni -1082 G/A bölgesi ve IL-4 geni -590 C/T bölgesi polimorfizmleri sonucu allel ve genotip dağılımlarında hasta ve sağlıklı kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır.Sonuç olarak, çalışılan bu grupta sitokin salınımından sorumlu gen bölgelerindeki tek nükleotid polimorfizm varlığı ile TB'a direnç ya da duyarlılık arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır. Bu çalışmada sadece sitokin salınımından sorumlu gen bölgelerindeki bazı tek nükleotid polimorfizmlerinin varlığı araştırılmıştır. Bu konunun daha iyi aydınlatılması için hasta ve kontrol grubunun genişletilerek insan lökosit antijeni (HLA) tiplerinin ve sitokin salınımından sorumlu gen bölgelerindeki diğer polimorfizmlerin de çalışılması gerekmektedir.

Abstract:
Tuberculosis (TB) is a complex disease with biological, socioeconomic and environmental factors. Since only 10% of individuals infected with Mycobacterium tuberculosis go on to develop active disease, it has been suggested that host genetics may influence the risk for TB. In this study, we aimed to investigate the presence of single nucleotide polymorphisms in the gene regions responsible for cytokine production, indicated to be associated with susceptibility or resistance against the disease, by Amplification Refractory Mutational System (ARMS) Polymerase Chain Reaction (PCR) and PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) methods. The presence of single nucleotide polymorphisms were analyzed in tumor necrosis factor alpha (TNF-?) gene promoter -308 G/A region, interferon gamma (IFN-?) gene +874 T/A region, interleukin (IL)-12B p40 gene 1188 A/C region, IL-10 gene promoter -1082 G/A region and IL-4 gene promoter -590 C/T region.Of the 84 patients from whose clinical material M. tuberculosis complex was isolated, 71 (84.52%) were males, 13 (15.48%) were females (mean age 32.57±15.94). Of the 110 healthy controls, 93 (84.55%) were males, 17 (15.45%) were females (mean age 29.40±11.56). Of the 84 patients, 76 (90.48%) were pulmonary TB while 8 (9.52%) were extrapulmonary TB. While 79 patients (94.05%) were newly diagnosed as TB, 5 patients (5.95%) had a TB history. It was detected that acid resistant bacilli were positive in 58 (69.05%) patients.According to the single nucleotide polymorphism results, comparison of the gene frequencies could not be done in TNF-? gene -308 G/A region because healthy controls were in equilibrium while the patients were not. There were no significant differences in allele and genotype distribution between the patients and healthy controls in IFN-? gene +874 T/A region, IL-12B p40 gene 1188 A/C region, IL-10 gene -1082 G/A region and IL-4 gene -590 C/T region.In conclusion, no statistically significant differences were found between the susceptibility or resistance to TB with single nucleotide polymorphisms in the gene regions responsible for cytokine production in the studied population. In this study, the existence of the some single nucleotide polymorphisms in the gene regions those are responsible from only cytokine production were investigated. For the clarification of this subject, with enlarged patients and healthy controls, human leukocyte antigen types and other polymorphisms in gene regions, responsible for cytokine production should be studied.