Hayvansal gıdalardan izole edilen vankomisin dirençli Enterococcus, Pediococcus ve Weissella suşlarının potansiyel risk faktörlerinin fenotipik ve genotipik olarak araştırılması
Phenotypic and genotypic investigations of potantial risk factors of vancomycin resistant Enterococcus, Pediococcus and Weissella strains isolated from animal foods
Yazar: DİDEM AKPINAR KANKAYA
Danışman: PROF. DR. YASİN TUNCER
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Biyofilmler = Biofilms ; Enterococcus = Enterococcus ; Pediococcus = Pediococcus

Özet:
Bu çalışmanın amacı Türkiye genelinde farklı illerden temin edilen çeşitli hayvansal gıdalardan (340 adet) vankomisin dirençli enterokokların (VRE) izolasyonu ve izolatların antibiyotik direncinin, virülens faktörlerinin, biyofilm ve biyojen amin üretim özelliklerinin fenotipik ve genotipik olarak belirlenmesidir. Bu amaçla hayvansal gıdalardan izole edilen 47 adet muhtemel VRE izolatı 16S rDNA sekans analizi ve türe özgü primerler ile E. casseliflavus (3 suş), E. gallinarum (21 suş), E. casseliflavus/E. gallinarum (2 suş), P. acidilactici (6 suş), P. pentosaceus (12 suş), W. cibaria (1 suş), W. confusa (1 suş) ve W. minor (1 suş) olarak tanımlandı. Disk difüzyon test sonuçlarına göre Enterococcus izolatlarının % 53.85'inin 2 ile 6 arasında, Pediococcus ve Weissella izolatlarının tamamının sırasıyla 3 ile 8 arasında ve 4 ile 5 arasında antibiyotiğe karşı çoklu direnç gösterdiği tespit edildi. İzolatların % 57.45'inin siprofloksasin, % 53.19'unun norfloksasin, % 44.68'inin vankomisin, % 44.68'inin teikoplanin antibiyotiklerine karşı dirençli oldukları belirlendi. İzolatlarda en yaygın gözlenen antibiyotik direnç genlerinin gyrA (% 87.23), vanC1 (% 46.81), tetM (% 23.40) ve ermB (% 19.15) olduğu tespit edildi. Enterococcus izolatlarında gözlenen en yaygın virülens genler hyl (% 80.77), ccf (% 38.46), gelE (% 30.77) ve acm (% 30.77), Pediococcus izolatlarında cylM (% 44.44) ve gelE (% 33.33) olarak tespit edilirken, Weissella izolatlarında kullanılan primerlerle herhangi bir virülens genin varlığı tespit edilmedi. İncelenen izolatların % 97.87'sinde biyofilm üretimi tespit edilmiş olmakla birlikte 4 adet izolatın (E. gallinarum DYE7, DYE8, DYE13 ve W. confusa DYE25) güçlü biyofilm üretici olduğu belirlendi. İncelenen 8 adet biyofilm üretim geninden epaB 4 adet Enterococcus izolatında, epaE 1 adet Enterococcus izolatında tespit edildi. İzolatlardan sadece E. gallinarum DYE22 suşunda tiramin üretimi tespit edilirken, aynı izolatta tdc geninin varlığı belirlendi. Diğer izolatlarda fenotipik olarak biyojen amin üretimi belirlenmediği gibi, kullanılan primerlerle de herhangi bir biyojen amin üretim geninin varlığı tespit edilmedi.

Abstract:
The aim of this study was to isolate vancomycin resistant enterococci (VRE) from various animal foods (340) provided from different cities in Turkey and determine phenotypic and genotypic characteristics of antibiotic resistance, virulence factors, biofilm and biogenic amine production of isolates. For this purpose, 47 presumptive VRE isolates, isolated from animal foods, were identified at species levels as E. casseliflavus (3 strains), E. gallinarum (21 strains), E. casseliflavus/E. gallinarum (2 strains), P. acidilactici (6 strains), P. pentosaceus (12 strains), W. cibaria (1 strain), W. confusa (1 strain) and W. minor (1 strain) by 16S rDNA sequence analysis and species-specific primers. The disc diffusion test results showed that 53.85 % of the Enterococcus isolates had multiple antibiotic resistance between 2 to 6 and all of the Pediococcus and Weissella isolates showed multiple antibiotic resistance between 3 to 8 and 4 to 5, respectively. It was determined that 57.45 % of isolates were resistant to ciprofloxacin, 53.19 % of isolates norfloxacin, 44.68 % of isolates vancomycin and 44.68 % of isolates teicoplanin antibiotics. The most common antibiotic resistance genes in the isolates were determined gyrA (87.23%), vanC1 (46.81%), tetM (23.40%) and ermB (19.15%). The most common virulence genes were observed hyl (80.77 %), ccf (38.46 %), gelE (30.77 %) and acm (30.77 %) in Enterococcus isolates, cylM (44.44 %) and gelE (33.33 %) in Pediococcus isolates while no virulence gene was detected with the primers used in Weissella isolates. Biofilm production was detected in 97.87 % of examined isolates in addition four isolates (E. gallinarum DYE7, DYE8, DYE13, and W. confusa DYE25) were found to be high biofilm producers. The epaB gene was observed in four Enterococcus isolates and epaE gene was in one Enterococcus isolate from the 8 biofilm production genes examined. Tyramine production was detected only in E. gallinarum DYE22 strain while the tdc gene was determined in the same isolate. The production of biogenic amine was not detected in other isolates as phenotypically as well as any biogenic amine production gene was found with primers used in none of the isolates.