Mercimek genomunda rekombinant kendilenmiş hatları kullanarak AFLP and SNP markırlarının haritalanması
Mapping AFLP and SNP markers in lentile genome by using recombinant inbred lines
Yazar: DENİZ GÖL
Danışman: PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Precoz X WA8649041 çaprazlanmasıyla elde edilen mercimek RIL haritalama popülasyonunun 101 bireyi SNP ve AFLP markörler kullanılarak genotiplendirilmiştir. Çalışma sonucunda SNP ve AFLP markörlerinden oluşan,   RIL mercimek popülasyonuna ait yüksek çözünürlüklü genetik bağlantı haritasının oluşturulması hedeflenmiştir. RIL popülasyonu ve ebeveynlerinde (Precoz ve WA8649041) Illumina platform sekanslama ile GBS protokolü uygulanarak SNP keşfi yapılmıştır. Sekanslama sonucunda elde edilen 7758 SNP markörden 6688 SNP markörün skorlaması yapılmış ve bu tez çalışmasında bu SNP'lerin ilk 400 tanesi haritalamada kullanılmıştır. Çalışmada 6 adet AFLP kombinasyonundan toplam 194 polimorfik bant elde edilmiş ve haritalamada kullanılmıştır. Precoz X WA8649041 populasyon genomu Joinmap 4.0 programı kullanılarak haritalanmış ve toplam 413 cM uzunluğunda harita elde edilmiştir. Çalışmada uzunlukları 16,9 cM ile 73,8 cM arasında değişen 9 farklı bağlantı grubu elde edilmiştir. Bağlantı gruplarının ortalama uzunluğu 45,9 cM ve bağlantı grubu başına düşen ortalama markör sayısı 37 olarak tespit edilmiştir. Harita üzerinde ortalama markör yoğunluğu her 0.9 cM'da 1 markör olarak saptanmıştır. Skorlanan markörlerden 321 SNP (%77) ve 162 AFLP (%9) markörü bağlantı grupları üzerinde yer almıştır. Bağlantı grubundaki maksimum markör sayısı 77 (LG3), minimum sayı ise 10'dur (LG9).  
RIL popülasyonu ve ebeveynlerinde SNP ve AFLP markörler kullanılarak oluşturulan genetik bağlantı haritası büyük genoma (~4 Gbp) sahip mercimeğin haritalanması çalışmalarına önemli katkı sağlamıştır. Çalışma sonucunda elde edilen bu harita, mercimek ıslahında marköre dayalı ıslah  (MAS) analizlerinde kullanılabilir.

Abstract:
One hundred one individuals from RIL mapping population derived from a cross between Precoz X WA8649041 were genotyped by using SNP and AFLP markers. This study aimed to develop high-density genetic linkage map of lentil RIL population composed of SNP and AFLP markers.  SNP markers were determined by using Illumina sequencing platform-GBS protocol in RIL population and its parents. As a result of sequencing, 6688 SNP out of 7758 SNP markers were scored and in this thesis study first 400 SNPs were used to make linkage map. In this study, a total of 194 polymorphic band were obtained from 6 AFLP primer combinations and used in mapping. Precoz X WA8649041 population genome was mapped by using Joinmap 4.0 software and covered 413 cM. In this study, 9 different linkage group of which sizes were ranging from 73.8 cM to 16.9 cM were obtained. The mean length of linkage groups were determined as 45.9 and 37 markers were obtained per linkage group. An average marker density of 1 marker per 0.9 cM were provided. Among the scored markers, 321 SNP (77%) and 162 AFLP (9%) markers were able to be mapped on linkage groups. The maximum number of markers in one linkage group was 77 (LG3), the minimum was just 10 (LG9).
This map made by using SNP and AFLP markers in RIL populations and its parents can be a reference linkage map for lentil mapping studies which has large genome size (~4 Gbp). The linkage map obtained as a result of this study can be used for marker assisted selection (MAS) analysis in lentil breeding studies.