Mide kanseri dokularında hedeflenmemiş metabolomiks teknolojileri yardımıyla alternatif tanı ve yöntemlerin geliştirilmesi
Development of alternative diagnosis and methods with the assistance of metabolomics technologies in stomach cancer tissues
Yazar: NURGÜL KIZILTAŞ
Danışman: PROF. DR. YÜCEL KADIOĞLU
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Analitik Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology
Dizin: Adenokarsinom = Adenocarcinoma ; Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Kromatografi-sıvı = Chromatography-liquid ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Metabolik ağlar = Metabolic networks ; Metabolomikler = Metabolomics ; Mide neoplazmları = Stomach neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Sinyal nakli = Signal transduction ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
Amaç. Bu çalışmada, kanser kaynaklı ölümlerde  ikinci sırada yer alan mide kanserinin tanı ve tedavisinde ayrıca bu kanser türünün mekanizmalarının aydınlatılmasında etkili bir alan olan metabolomiks çalışmaları ile potansiyel biyobelirteçlerin keşfi ve metabolik yolakların karakterize edilmesi amaçlanmaktadır..
Materyal ve Metot. Alınan doku örnekleri sıvı azot içerisinde dondurularak -80 ° C'de saklandı. Ekstraksiyon işlemi için çıkarılan doku örneklerinin tartımı yapıldıktan sonra elektrik homojenizatörde parçalandı. Santrifüj sonrası toplanan süpernatantları vakumlu konsantratörde tamamen kuruyuncaya kadar uçurma işlemi gerçekleştirildi. Doku örnekleri mobil faz içerisinde çözüldükten sonra Q-TOF LC/MS cihazı ile pozitif iyon modunda analiz edildi. Analiz sonuçları çoklu değişkenli veri analiz yöntemleri kullanılarak değerlendirildi.
Bulgular: LC/QTOF-MS ile analiz edilen kanserli ve kontrol gruplarının sonuçları karşılaştırıldı ve istatistiksel olarak anlamlı 31 metabolit tanımlandı. Metabolitlerin ilişkili olduğu yolaklar analiz edildiğinde aminoaçil t-RNA biyosentezi, alanine, aspartat, glutamat metabolizması, glisin, serin, treonin metabolizması ve valin, lösin, izolösin biyosentezi ve yağ asidi biyosenteziyle anlamlı derecede ilişkili olduğu görüldü.
Sonuç: Tanımlanan 31 tane anlamlı metabolitin tümörlü dokulardaki glutamin seviyesindeki değişiklikler, l-alanin, l-asparajin, l-lösin, l-valin, glisin, l-treonin, gibi amino asitlerin seviyelerindeki değişiklikler, glukoz konsantrasyonunda meydana gelen değişiklikler, miristik asit, palmitik asit, oleik asit gibi yağ metabolizmasında etkili olan değişiklikler ve C16 sfingan seviyesindeki artışın ileri dönemde yapılacak araştırmalara yol göstereceği kanaatindeyiz.

Anahtar Kelimeler. Adenokarsinom, biyobelirteç, , metabolomiks, metabolik yolak,
omiks teknolojisi, Q-TOF LC/MS

Abstract:
AİM:.  The aim of this study is to identify the potential biomarkers and metabolic pathways in the diagnosis and treatment of gastric cancer which is the second most common cause of cancer-related deaths.
Materials and Methods: Tissue samples were frozen in liquid nitrogen and stored at -80 ° C. After weighing the extracted tissue samples for the extraction process, the electricity was disintegrated in the homogenizer. After centrifugation, the supernatants were collected in the vacuum concentrator until complete drying. Tissue samples were analyzed in the positive ion mode with the Q-TOF LC / MS device after dissolving in the mobile phase. Analysis results were evaluated using multivariate data analysis methods
Results: Results of cancer and control groups analyzed by QTOF-LC/MS were compared and 31 metabolites were identified statistically significant. When the pathways associated with metabolites were analyzed, it was seen that aminoacyl t-RNA biosynthesis, alanine, aspartate, glutamate metabolism, glycine, serine, threonine metabolism and valine, leucine, isoleucine biosynthesis and fatty acid biosynthesis were significantly related.
Conclusion: Changes in glutamine levels in tumor tissues of 31 significant metabolites identified, changes in levels of amino acids such as 1-alanine, 1-asparagine, 1-leucine, 1-valine, glycine, 1-threonine, changes in glucose concentration, myristic acid, palmitic acid We believe that changes in fat metabolism like oleic acid and increase in C16 sfingan level will lead to further research.

Keywords. Adenocarcinoma, biomarker, metabolomics, metabolic pathway, QTOFLC/MS omix technology,