Diyarbakır bölgesinde beta talasemi taramasında belirlenemeyen mutasyon tiplerinin dizi analizi yöntemiyle araştırılması
?-thalassemia screening in diyarbakir with series analysis method unspecified types of mutation determination
Yazar: MURAT YURT
Danışman: PROF. DR. M.SABRİ BATUN
Dicle Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya ve Klinik Biyokimya Ana Bilim Dalı / Biyokimya Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Beta talasemi = Beta-thalassemia ; DNA analizi = DNA analysis ; Diyarbakır = Diyarbakır ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Mutasyon = Mutation ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Beta talasemi, özellikle Akdeniz ülkelerinde ve Türkiye'de görülen, mikrositoz ve hemolitik anemi tablosu ortaya koyan en yaygın kalıtsal bozukluklardan bir tanesidir.Çesitli ülkelerde ve aynı ülkenin farklı bölgelerinde dağılım bakımından heterojenite göstermektedir. ß -talasemide, gen üstünde veya etrafında meydana gelen mutasyonlar, beta globin zincir yapımının azalmasına ya da hiç sentez edilmemesine neden olur. Zincir yapımına göre ßº ve ß+ olmak üzere iki tipi bulunmaktadır. ßº- talasemide beta zinciri hiç yapılmamaktadır. ß+ talasemi de ise az miktarda beta zinciri yapımı vardır.ß-talasemi Türkiye'de önemli bir sağlık sorunu oluşturur. Bu hastalığın henüz kesin tedavisi yoktur, dolayısı ile moleküler tanı ve doğum öncesi erken tanı riskli aileler için büyük önem taşır. ß-talaseminin moleküler düzeyde çok heterojen olması, hastalık tanısı ve önlenmesinde Türkiye için çok önemli bir engel olarak nitelendirilirmiştir. Bugün otomatizasyona yönelik, tek aşamalı ve kit yapısında yöntemlerin devreye girmesi ile, bu zorluk büyük oranda aşılmıştır. 21. yüzyılda moleküler biyoloji ve genetiğin tıpta eşi görülmemiş bir devrimin öncüsü olduğuna şahit olmaktayız. Tam teşekküllü ve DNA analizine dayalı bir talasemi tanı programı, diğer Akdeniz ülkelerinde olduğu gibi, artık Türkiye'de de kullanılmaya başlanmıştır. Ülke çapında, güvenilir, etkili ve sistemli bir moleküler ve doğum öncesi erken tanı programı ve stratejisinin belirlenmesinde hükümete büyük görev düşmektedir. Sağlık Bakanlığı'nın talasemiyi ve hemoglobinin diğer kalıtsal bozukluklarını ülke sağlık politikaları çerçevesinde benimsemesi çok önemlidir.Bu programların gerçekleşmesi için, halkın yoğun şekilde eğitilmesi ve bilinçlendirilmesinin yanında, az sayıdaki araştırma merkezlerindeki bilgi birikimi, teknik altyapı ve tecrübenin klinik laboratuvarlara özveri ile aktarılması kaçınılmazdır.Bu aşamada, bu merkezlere, gerek tekniklerin aktarılması safhasında, gerekse de daha sonraki etaplarda danışman olarak önemli görevler düşmektedir.DNA dizi analizi,DNA'nın birincil yapısının en yüksek çözünülürlüğüdür. Diğer yöntemlerle tanımlanamayan mutasyonları incelemenin en etkin yoludur.Radyoaktiviteyle çalışılan manuel şekli, son yıllarda yerini floresan markalı kimyasallarla çalışılan otomatik yönteme bırakmıştır.Diyarbakır bölgesinde ß-talasemi mutasyon tiplerinin sıklığını tespit etmenin prenatal teşhis açısından yararı açıktır. Diyarbakır kent merkezi ve Diyarbakır'a bağlı 13 (onüç) ilçede (Çınar, Bismil, Hazro, Silvan, Kulp, Ergani, Eğil, Hani, Lice, Dicle, Çüngüş, Çermik ve Kocaköy) ilköğretim çocuklarında tarama çalışması yapıldı. Bu çalışmada ilköğretim okullarının 3. sınıflarından (ortalama 9 yaş) , 8. sınıflarına kadarki (ortalama 14 yaş) yaş gruplarından 10038 (onbin otuzsekiz) çocukta Beta-talasemi taraması gerçekleştirildi. Bu çocuklardan alınan örneklerin rutin Tam Kan Sayımı sonucunda MCV değerlerinin 79 fL'nin altında olduğu belirlenen örneklere HPLC uygulandı. HPLC ile HbA2 değerleri yüksek (?%3.5) bulunan örnekler Beta-talasemi taşıyıcısı olma ihtimali gözönüne alınarak; DNA mutasyonu açısından incelendiler. Bu amaçla, Diyarbakır bölgesinde yapılan talasemi taşıyıcılığı taramasında bilinmeyen mutasyon sıklığı %26.3 bulunmuştu. Bilinmeyen mutasyon grubuna giren 33 örnek DNA dizi analizi ile araştırıldı.Yapılan bu çalışmada,moleküler yöntemlerle belirlenemeyen mutasyonlar DNA dizi analizi yöntemiyle araştırılmış ve ; iki hastada ivs 110 homozigot mutasyonu,bir hastada 221.TTAGGC-TTACGC ıvs.1.130 mutasyonu,bir hastada ivs.110 heterozigot bulunmuş,diğer hastalar normal çıkmıştır.Anahtar Kelimeler: Diyarbakır ,ß-Talasemi, PCR, Mutasyon,DNA Dizi Analizi,Sekans.

Abstract:
ß- thalassemia, especially in the Mediterranean Countries and Turkey, and hemolytic anemia mikrositoz table sets out is one of the most common inherited disorders. Various countries and different regions of the country in terms of distribution is heterogeneous .In ß- thalassemia, gene mutations that occur on or around the beta globin chain of production to low or no reason not to be synthesized. Chain ß+and ßº to the construction according to the two types are available. ßº beta chain in the thalassemia, ever is done here. ß+-thalassemia in beta chain of the construction is only slightly.ß-thalassemia in Turkey is an important health problem. Yet there is no definitive treatment of this disease, because the molecular diagnosis and early prenatal diagnosis is very important for families at risk. Be very heterogeneous of the ß- thalassemia molecular level, disease diagnosis and prevention is very important for Turkey as an obstacle. Today, the automation, single-stage structure and kit to take effect with the methods, these difficulties were largely overcome. 21. century molecular biology and genetics of the leader of a revolution in medicine is unprecedented to witness. Based on DNA analysis and a fully recognized thalassemia program, as well as in other Mediterranean countries, is now being used in Turkey. Country-wide, reliable, effective and systematic molecular and early prenatal diagnosis program and strategy to the government in determining the major task is dropped.Other inherited disorders of hemoglobin from the Ministry of Healthand thalassemia health policy within the framework of the country is very important to adopt.For the fulfillment of this program, public education and awareness been intensified in addition, knowledge of the few research centers, technical infrastructure and transfer of experience with self-sacrifice is inevitable in the clinical laboratory. At this stage, these centers, both during the transfer of techniques, and more important role as a consultant for the next stage is.DNA sequence analysis, the primary structure of DNA highest resolution. Radioactivity is working with the manual method, in recent years, working with the fluorescent chemical branded gave way to the automated methods. ?-thalassemia mutations in Diyarbakir types of determining the frequency of prenatal diagnosis is clear benefits. Diyarbakir and Diyarbakir city center connected to the 13 (thirteen) in the county (Cinar, Bismil, Hazro, Silvan, Kulp, Ergani, Egil, Hani, Lice, Dicle, Cungus, Cermik and Kocakoy) screening study was done in primary school children. In this study, 3 of primary schools classes (average 9 years), 8 classes to date (average 14 years) age groups 10038 (ten thousand thirty-eight) in children with beta-thalassemia screening was performed. This routine of samples taken from children as a result of Full Blood Count MCV values that are determined to be under 79 fL'nin HPLC samples were performed. HPLC with HbA2 values high (? 3.5%) contained examples of beta-thalassemia carriers taking into account the probability that DNA mutation analyzed. This end, the thalassemia carrier screening in Diyarbakir region of unknown %26.3 frequency of mutation was found. DNA sequence analysis of 33 samples of unknown mutations with the group entered was invetigated.This study can not be identified by molecular methods for mutation by DNA sequence analysis methods have been investigated and two ivs 110 in patients with homozygous mutations, in a patient 221.TTAGGC-TTACGC ıvs.1.130 mutation, found in a patient has ivs.110 heterozigot other patients were normal.Key Words:Diyarbakir, ß-Thalassemia, PCR, mutations, DNA sequence analysis, sequence.