İnfertilite tanısı alan erkek hastalarda cftr geni sekans varyantlarının frekansı ve genotip – fenotip korelasyonunun araştırılması
Investigation of cftr gene sequence variants frequency and genotype – phenotype correlation in male patients with infertility
Yazar: MEHMET ERCAN
Danışman: PROF. DR. ÇETİN SAATÇİ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Erkek infertilitesi genetik nedenleri olan bir hastalıktır. Spermatogenik bozukluk, kromozomal anormallikler ve tek gen mutasyonları dahil olmak üzere genetik nedenler erkek infertilitesinin %10-15'ini oluşturmaktadır. Konjenital duktus deferens agenezisi (KDDA) obstrüktif azoospermiye (OA) neden olan yaygın bir infertilitesinin nedenidir. CFTR geni fonksiyonu bozukluğu ile ilişkisi ispatlanmış KDDA olan hastaların nerdeyse yarısında homozigot mutasyonlar saptanmıştır.

Çalışmamızda 187 infertilite tanısı alan hastaların CFTR geni Sanger ve Yeni Nesil Dizileme (YND) sonuçlarına ve klinik verilerine ulaşılmış ve bu iki parametre arasında korelasyonun varlığına bakılmıştır. Bulunan varyantlar Amerikan Tıp Genetiği Koleji 2015 kılavuzuna göre sınıflandırılmıştır. Klinik olarak hastalar Bilateral Duktus Deferens Agenezisi (BDDA), Tek Taraflı Duktus Deferens Agenezisi (TDDA) ve Ejakülat Hacminin Azalması (EHA) saptanmasına göre üç gruba bölünmüştür.

BDDA grubunda 35, TDDA grubunda 24, EHA grubunda 68 olmak üzere hastalar üç gruba ayrılmıştır. BDDA tanılı %34,3, TDDA tanılı %4,2 hastada klinik bulgularla korelasyon olduğu saptanmıştır. Non-obstruktiv ejakülat hacminin azalması olan hastalarda CFTR geni homozigot P, LP ve VUS varyanta rastlanılmamıştır. Çalışmamızda daha önce literatürde raporlanmayan p.Leu997Leu, p.Ile1295Ser ve intronik c.3368-2_3368delAGG, c.2989-69C>G, c.3963+81A>T ve c.870-1154T>C varyantları YND yöntemiyle saptanmıştır.
 
Sonuç olarak Sanger yöntemi ile sadece belli ekzonlara bakılmasının yetersiz olmasının ve kesinlikle YND yöntemine öncelik verilmesinin önemini vurgulamak istedik. 

BDDA tanılı hastalarda kesin bir genotip fenotip korelasyonu saptanmıştır. TDDA tanılı hastalar için bunu söyleyebilmemiz için YND yöntemiyle taranmış hasta sayının artırılmasına ihtiyaç vardır. EHA ile heterozigot varyantlar arasında bir korelasyonun olduğunu düşündürebilir ve bu teoriyi ispatlamak için bu hastaların klinik ve genetik bulgularının taşıyıcı bireylerin bulguları ile kıyaslanması gerekmektedir.
Anahtar Kelimeler: CFTR , infertilite, Genotip, Fenotip

Abstract:
Male infertility is a disease with genetic causes. Genetic reasons, including spermatogenic disorder, chromosomal abnormalities and single gene mutations, account for 10-15% of male infertility. Congenital vas deferens agenesis (CVDA) is the common cause of the infertility due to obstructive azoospermia (OA). Homozygous mutations which have been associated with CFTR gene dysfunction have been found in nearly half of patients with CVDA.
In this study, CFTR gene Sanger and Next Generation Sequencing (NGS) results and clinical data of 187 patients with infertility were obtained and the correlation between these two parameters was investigated. Found genetic variants are classified according to the American College of Medical Genetics 2015 guidelines. Clinically, patients were divided into three groups according to having Congenital Bilateral Vas Deferens Agenesis (CBVDA), Congenital Unilateral Vas Deferens Agenesis (CUVDA) and Decreased Ejaculate Volume (DEV).
Patients were divided into 3 groups; 35 patients in CBVDA, 24 in CUVDA 24, and 68 in EHA group. Genetic results explaining diagnosis detected in 34.3% of CBVDA patients and in 4,2% of CUVDA patients.  In our study, CFTR gene homozygous P, LP and VUS variants were not found in patients with non-obstructive DEV patients. Novel variants detected in this study are p.Leu997Leu, p.Ile1295Ser and intronic c.3368-2_3368delAGG, c.2989-69C>G, c.3963+81A>T and c.870-1154T>C variants were detected via NGS method. 

As a result, we would like to emphasize that to test only certain exons via Sanger method is not enough and it is definitely important to give priority to NGS method. A definite genotype phenotype correlation was found in patients with CBVDA. For the patients with CUVDA, we need to increase the number of patients tested by NGS method. It may be suggested that there is a correlation between DEV and heterozygous variants, and to prove this theory, clinical and genetic findings of these patients should be compared with the findings of the carrier individuals.

Key Words: CFTR, infertility, genotype, phenotype