Kanatlı etlerinde salmonella aranması için kapiller polimeraz zincir reaksiyonu
A capillary polymerase chain reaction for salmonella detection from poultry meat
Yazar: ELÇİN GÜNAYDIN
Danışman: PROF.DR. K. TAYFUN ÇARLI
Uludağ Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2005
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada, tavuk ve hindi etlerinden Salmonella aranması amacıyla kapillerpolimeraz zincir reaksiyonu (kPCR) geliştirildi. Çalışmanın ilk basamağında, safSalmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis 64K kültürü ile yapay kontamineTetrathionate Broth (TTB), Selenite Cystine Broth (SCB) ve Rappaport Vassiliadis (RVB)birincil zenginleştirmelerinden alınan örneklerden hazırlanan ?templeyt?lerle optimizeedilen kPCR'unun Salmonella arama limitleri saptandı. kPCR'unun arama sınırı TTB,RVB ve SCB ile sırasıyla 6, 60 ve 6x104 cfu ml-1 bulundu. Aynı şekilde, BAM(Bacteriological Analytical Manual)'da tanımlanan standart bakteriyolojinin saptama sınırıTTB ve SCB ile 6 cfu ml-1 ve RVB ile 6x10 cfu ml-1 olarak belirlendi. Optimize edilenkPCR ve standart bakteriyoloji ile 100 tavuk, 100 hindi eti örneği olmak üzere toplam 200örnek test edildi. kPCR ve standart bakteriyoloji ile tavuk etlerinden sırasıyla, % 8,bakteriyoloji ile %6 oranında Salmonella saptandı. Tavuk ve hindi etlerinin zenginleştirmekültürlerinden PCR için templeyt hazırlamada, TTB'un SCB ve RVB'a üstünlüğügözlendi. zole edilen 6 Salmonella suşunun 4'ü Serogrup D, 6'sı Serogrup B'ye aitti.Çalışmanın sonunda, TTB ile birincil zenginleştirme kültürlerinden templeyt hazırlanarakuygulanan ve toplam 25 dk zaman alan bir kapiller PCR optimize edildi ve kanatlıetlerinden Salmonella aranması amacıyla başarıyla uygulandı.Anahtar Sözcükler: Salmonella, kapiller polimeraz zincir reaksiyonu, kanatlı etiIII

Abstract:
In this study, capillary PCR (cPCR) was developed for Salmonella detection fromchicken and turkey meat. At the first step of this study, Salmonella detection limits of theoptimized cPCR were determined with the DNA templates from the samples ofTetrathionate Broth (TTB), Selenite Cystine Broth (SCB), Rappaport Vassiliadis Broth(RVB) artificially contaminated with the pure Salmonella enterica subsp. enterica serovarEnteritidis 64K culture. Detection limits of cPCR with TTB, RVB, SCB were found to be6, 60 and, 6x104 cfu ml-1, respectively. In addition, detection limit of standart bacteriologydescribed in BAM (Bacteriological Analytical Manual) was also determined as 6 cfu ml-1with TTB and SCB, and 6x10 cfu ml-1 with RVB. A total of 200 samples, consisting of100 chicken and 100 turkey meat samples were tested with the optimized cPCR and thestandart bacteriology. Salmonella was detected from the chicken meat samples at the ratesof 8 %, and 6 % by the cPCR and the standart bacteriology, respectively. Superiority ofTTB over SCB and RVB was observed in the PCR template preparation from enrichmentcultures of chicken and turkey meat samples. Of the isolated 6 Salmonella strains, 4belonged to serogroup D, 2 to serogroup B. Finally, cPCR using the template from TTBprimary enrichment broth culture and taking total 25 min was developed and this PCR testwas successfully used for Salmonella detection from poultry meat samples in this study.Key Words: Salmonella, capillary polymerase chain reaction, poultry meatIII