İnterferon regülatör faktör 3 (IRF3) geninin genetik analizi
Genetic analysis of interferon regulator factor 3 (IRF3) gene
Yazar: SOLMAZ MOSAYYEBİ
Danışman: PROF. DR. REYHAN ÖNER
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
İnterferon Düzenleyici Faktör 3 (IRF3) proteini IRF (Interferon Regulating Factor: IRF) ailesinin bir üyesidir. Birçok IRF, patojenlere karşı cevap oluşumunda, hematopoietik hücrelerin farklılaşmasında, gen ifadesinin düzenlenmesinde, hücre döngüsü ve apoptozisin düzenlenmesinde rol oynar. İnterferon düzenleyici faktör 3 (IRF3), bir transkripsiyon faktörüdür. IRF3 birçok hücrede, sitoplazma içerisinde inaktif formda bulunur. Virüs enfeksiyonu ardından aktif hale gelir; yer değiştirerek hücre çekirdeğine hareket eder ve hedef genlerin transkripsiyonunu başlatır. 
Bu çalışmada IRF3 genindeki genetik değişikliklerin Türk toplumundaki frekansını ve astım ile olan ilişkisinin ortaya konması hedeflenmiştir.
Astım, genetik ve çevresel faktörlerin birlikte rol oynadığı geri dönüşümlü hava yolu daralması, bronş aşırı duyarlılığı ve hava yolu inflamasyonu ile karakterize olan, mekanizması tamamıyla aydınlatılmamış kompleks bir hastalıktır.
Sunulan bu çalışmada ilk olarak IRF3 molekülünün 25 sağlıklı ve 25 astımlı bireyde yakın ve uzak promotor bölgesini içine alacak şekilde 1000 baza kadar promotor, 5' UTR, 8 ekzonun tümü, ekzon intron bağlantı bölgeleri ve 3'UTR bölgeleri DNA dizi analiz yöntemi ile gendeki nükleotit değişikliği tarandı. Yapılan bu tarama sonucunda, IRF3 genindeki SNPlerin 7 adedi Türk toplumunda saptandı ve hasta,  kontrol bireylerin genotip ve alel frekansları belirlendi. İkinci aşamada rs34739574 ve rs139412285 SNP'lerinin astımlı ve kontrol örnek sayısı artırılarak PZR-RFLP yöntemi ile Türk toplumunda görülme sıklıkları belirlendi.
Sonuç olarak tanımlanan rs3204440 SNPnin sıklığı astımlı ve sağlıklı bireyler arasında genotip ve alel frekansları dağlımı açısından anlamlı farklılık gözlenmiştir (p<0.05). Ancak tanımlanan diğer SNP lerin sıklığı astımlı ve sağlıklı bireyler arasında genotip ve alel frekansları dağlımı açısından farklılık gözlenmemiştir (p>0.05).

Abstract:
Interferon Regulating Factor 3 (IRF3) protein is a member of IRF (Interferon Regulating Factors) family. Most of IRFs play an important role in the constitution of responses to pathogens, differentiation hematopoietic cells, regulation of gene expression, the regulation of the cell cycle and apoptosis. Interferon regulatory factor 3 (IRF3) is a transcription factor. IRF3 is located in the cytoplasm as an inactive form in many cells. Upon virus infection, IRF3 is activated and is translocated to the nucleus, where it induces the transcription of target genes.
The purpose of this search is to show the association between frequency of genetic variation of IRF3 gene with asthma in Turkish population.
Asthma is a complex disease, whose mechanism has not been completely displayed, which is characterized by reversible airway contraction, extreme bronchial sensitivity, and airway inflammation. In the development of asthma, genetic and environmental factors are the most prominent effective risk factors. 
In this study, firstly in 25 healthy people and 25 asthma patients the promotor up to 1000 base pairs, the 5' UTR, all 8 exons, with the exon-intron boundaries and 3'UTR regions  of IRF3 molecule screened with DNA sequence analysis method in a manner including the near and distant promotor region.
As a result of DNA sequence analysis in Turkish population, 7 SNPs of IRF3 molecule were detected and genotype, allele frequency of patient and control groups are determined. Secondly, the prevalence of known 2 SNPs (rs34739574 and rs139412285) with increasing the number of samples in Turkish population were determined by the PCR-RFLP method.
Consequently, in our study the rs3204440 SNP showed significant genotype/
allele associations with Asthma (p<0.05).  But in other detected SNPs in IRF3 gene is no significantly different between of two groups (Asthma and Controls) (p>0.05).