Çiğ ve tüketime hazır gıda örneklerinde adenovirusun moleküler tanısı
Molecular diagnosis of adenovirus in raw and ready to eat food samples
Yazar: DENİZ ZEYNEP ERMAN
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA HASÖKSÜZ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı / Viroloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Adenovirüs enfeksiyonları = Adenoviridae infections ; Adenovirüsler = Adenoviridae ; Besinler = Foods ; Hazır gıdalar = Prepared foods ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çiğ besinler = Raw foods

Özet:
İnsanlarda görülen, salgınlara ve hatta ölümlere neden olan gıda kaynaklı enfeksiyonların patojen etkenleri arasında virusların da bulunduğu hem Türkiye'de hem de dünyada yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Bu virusların içerisinde en sık rastlanılan etkenler olarak rotavirus, norovirus, hepatitis A virusu, hepatitis E virusu, enterovirus ve adenoviruslar (AdV) karşımıza çıkmaktadır. 
Türkiye'de, gıdalarda norovirus, hepatit A virusu ve rotavirus yönünde çok sayıda araştırma mevcuttur. Ancak deniz ürünlerinde human adenovirusların (HAdV) varlığı yönünde araştırmalar oldukça sınırlı olup, kırmızı et ve beyaz et ürünlerinde HAdV varlığına yönelik araştırmaya rastlanılmamıştır.
Adenoviridae familyasında bulunan Mastadenovirus cinsine ait HAdV'ların 68 tipinin neden olduğu hastalıklar arasında akut solunum yolu enfeksiyonu, pnömoni, idrar yolu enfeksiyonları, gastrointestinal sistem enfeksiyonları, konjonktivit, meningoensefalit ve obezite gösterilebilir. Bu enfeksiyonlar çoğunlukla çocuklarda, yaşlılarda ve ciddi şekilde zayıf bağışıklık sistemine sahip kişilerde görülür.
HAdV tipleri içerisinde HAdV 40 ve HAdV 41'in şiddetli gastroenterit tablosuna neden olması sebebiyle, bu çalışmada çiğ ve tüketime hazır hayvansal gıda örneklerinde HAdV 40 ve HAdV 41 varlığının PCR ile araştırılması ve pozitif bulunan örneklerde virus izolasyonunun yapılması amaçlandı. 
Bu çalışmada incelemek üzere, balık pazarlarından, süper marketlerden, kasaplardan ve restoranlardan deniz ürünleri (taze balık, dondurulmuş balık, taze midye, dondurulmuş midye, dondurulmuş kalamar ve ton balığı), beyaz et (göğüs eti, tavuk kanat, dökme piliç, soslu kanat, şinitzel, piliç jambon, piliç sosis ve piliç salam) ve kırmızı et ürünlerinden (kıyma, paketli kıyma, paketli köfte, sucuk, dana salam, dana sosis) oluşan toplam 100 adet örnek toplandı. Örnekler PCR yöntemi ile HAdV 40 ve HAdV 41'in varlığı yönünden incelendi. HAdV tespit edilen örneklerden HEp-2 hücre kültürüne ekim yapıldı. Pozitif bulunan örneklerin tiplendirilmesi için DNA dizilimi ve filogenetik haritalandırma gerçekleştirildi.
Bu çalışmada, panadenovirus primerleri kullanılarak yapılan PCR analizleri sonucunda 2 şinitzel, 2 soslu kanat ve 1 midye örneğinde HAdV tespit edildi. HAdV yönünden pozitif olduğu tespit edilen bu örneklerden, HAdV 40 ve HAdV 41 pozitif kontrolleri kullanılarak yapılan PCR analizlerinde yalnızca 2 soslu kanat örneğinde HAdV 40 ve HAdV 41 varlığı tespit edildi. HAdV 40 ve HAdV 41 yönünden pozitif saptanan 2 soslu kanat örneğinden, 81 no.lu örneğin  hekzon gen bölgesinin DNA dizilimi sonucunda F grubunda yer alan HAdV 40 ile yakın benzerlik gösterdiği ancak 82 numaralı soslu kanat örneğinin F grubunda yer alan HAdV 40 ve HAdV 41 ile yakın benzerlik göstermediği tespit edildi. Panadenovirus PCR analizlerinde HAdV varlığı tespit edilen 5 örneğin hücre kültürü çalışmalarında sitopatik etki (CPE) oluşmadığı saptandı. 
Özellikle küçük çocuklarda diyareye sebep olan HAdV 40 ve HAdV 41'in kaynağı kesin olarak bilinememekle birlikte, gıda kaynaklı olabileceği göz önüne alındığında, gıda hijyeni konusunda daha ciddi tedbirlere ihtiyaç vardır.

Abstract:
Pathogens of foodborne infections that cause epidemia and even death in humans include viruses as well as shown in studies both in Turkey and in the world. Among these viruses the most common agents are rotavirus, norovirus, hepatitis A virus, hepatitis E virus, enterovirus and adenoviruses (AdV).
In Turkey, there are many studies with regard to foodborne norovirus, hepatit A virus and rotavirus. Research on the presence of human adenovirus (HAdV) in seafood is quite limited and no research was found on the presence of HAdV in red meat samples. and poultry meat samples. 
Among the diseases caused by 68 types of HAdV which belongs to the genus of Mastadenovirus belonging to the Adenoviridae family, there are respiratory tract infections, urinary tract infections, gastrointestinal system infections, conjunctivitis, pneumonia, meningoencephalitis and obesity. Most of these infections occur in children, the elderly and people with a severely weak immune system.
Among the HAdV types, HAdV 40 and HAdV 41 causes severe gastroenteric. Therefore, in our study it was aimed to investigate the presence of HAdV 40 and HAdV 41 in raw and ready-to-eat food samples by PCR and to isolate the virus in positive samples.
In this study, a total of 100 samples consisting of seafood (fresh fish, frozen fish, fresh mussels, frozen mussels, frozen squid and tuna), white meat (breast meat, wings, bulk chicken, sauced wings, schnitzel, chicken ham, chicken sausage and chicken salami) and red meat (minced meat, packed minced meat, packed meat balls, soudjouk, salami, sausage)  were collected from fish markets, super markets, bucthers and restaurants. The samples were examined for the presence of  HAdV 40 and HAdV 41 by PCR method. HEp-2 cell culture was inoculated with HAdV positive samples. DNA sequencing and phylogenetic mapping were performed for typing of positive samples.
In our study, HAdV was detected in 2 schnitzels, 2 sauced wings and 1 mussel samples as a result of PCR analyzes using panadenovirus primers. Among these samples, which were found to be positive for HAdV, PCR analyzes using HAdV 40 and HAdV 41 positive controls showed the presence of HAdV 40 and HAdV 41 only in 2 sauced wings samples. Of the 2 sauced wing samples those were positive for HAdV 40 and HAdV 41, the hexone gene region of sample no. 81 showed close similarity to HAdV 40 in F group, but the sauced wing sample no. 82 did not show close similarity to HAdV 40 or HAdV 41 in F group. In the cell culture studies of 5 samples, in which the presence of HAdV was detected in Panadenovirus PCR analyzes, cytopathic effect (CPE) was not detected.
Although the exact source of HAdV 40 and HAdV 41 which causes diarrhea in young children is not known, there is a need for food hygiene precautions, considering that it may be foodborne.