Trabzon ve Rize illerinde bulunan bazı alabalık işletmelerinde görülen bakteriyel hastalıkların tespiti ve bazı etkenlerinin çoklu PCR ile teşhisi
Bacterial fish diseases in some of the trout farms in Trabzon and Rize and identification of some of their agents by multiplex PCR
Yazar: ŞEVKİ KAYIŞ
Danışman: DOÇ. DR. İLHAN ALTINOK
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Balıkçılık Teknolojisi = Fisheries Technology
Dizin: Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections ; Balıkçılık = Fisheries ; Balıkçılık = Fisheries

Özet:
Doğu Karadeniz Bölgesi'nde bulunan 34 farklı alabalık işletmesi, 2007 ve 2008 yılları arasında bakteriyel patojenler açısından incelenmiş ve bazı etkenlerinin teşhisi amacıyla çoklu PCR protokolü oluşturulmuştur. Bu amaçla, toplam 558 balık örneklenmiş ve 40 farklı bakteri türü fenotipik olarak izole edilmiştir. Çalışmada yersiniosis, furunkulosis, vibriosis, hareketli Aeromonas septisemi, bakterial soğuk su hastalığı ve Pseudomonas enfeksiyonları kaydedilmesine karşın, Yersinia ruckeri, Aeromonas hydrophila, ve A. salmonicida salmonicida'dan kaynaklanan enfeksiyonların oldukça yoğun olduğu belirlenmiştir. Pseudomonas putida, Flavobacterium psychrophilum ve P. luteola kaynaklı enfeksiyonlara ise nadir olarak rastlanmıştır. Tür çeşitliliğine bakıldığında bakterilerin İlkbahar ve Yaz mevsimlerinde yoğunluk gösterdiği belirlenmiştir. Bakterilerin %50 den daha fazla bir kısmının ampisilin, sepholatin, eritromisin, neomisin, sulfamethokzasol ve tetrasiklin'e karşı dirençli olduğu gözlemlenirken, en etkin antibiyotiklerin oksolinik asit ve florfenikol olduğu belirlenmiştir.Bakteriyel balık patojenleri arasında önemli yeri olan Aeromonas hydrophila, Aeromonas salmonicida, Flavobacterium columnare, Renibacterium salmoninarum ve Yersinia ruckeri'nin aynı anda teşhisine olanak sağlayacak çoklu PCR potokolü oluşturulmuştur. Bu çoklu PCR ptorokolü balıklarda meydana gelen doğal enfeksiyonların teşhisinde başarıyla kullanılmıştır. Fenotipik karakterlerin kullanımına dayalı metotlarla karşılaştırıldığında oluşturulan PCR protokolünün daha hassas olması bu metodun geleneksel teşhis metotlarına alternatif olabileceğini göstermiştir.Anahtar Kelimeler: Alabalık, bakteri, mevsimsel dağılım, hastalık, PCR

Abstract:
Thirty four freshwater trout farms, in The Eastern Black Sea Region of Turkey were surveyed seasonally for bacterial pathogens and diseases between 2007 and 2008. And also a multiplex polymerase chain reaction (PCR) method was designed for five pathogens. A total of 558 fish were examined and 40 bacterial isolates were identified phenotypically. Yersiniosis, furunculosis, vibriosis, motile Aeromonas septicemia, bacterial cold water disease, and Pseudomonad infection were recorded. Infections caused by Yersinia ruckeri, Aeromonas hydrophila, A. salmonicida salmonicida, occurred most frequently, but only one and two outbreak of Pseudomonas putida, Flavobacterium psychrophilum and P. luteola infection were recorded, respectively. Most of the bacteria were isolated in spring and summer. Numbers of isolated bacteria were reduced in fall and winter. The disc susceptibility pattern was fairly consistent regardless of geographic areas or year of isolation. Fifty percent or more bacteria were resistant to ampicillin, cephalothin, erythromycin, neomycin, sulfamethoxazole, and tetracycline. The most effective antibiotics were oxolinic acid and florefenicol.A multiplex polymerase chain reaction (PCR) method was designed for the simultaneous detection of the five major fish pathogens, Aeromonas hydrophila, Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida, Flavobacterium columnare, Renibacterium salmoninarum, and Yersinia ruckeri. The multiplex PCR assay was useful for the detection of the bacteria in naturally infected fish. This assay is a sensitive and specific and reproducible diagnostic tool for the simultaneous detection of five pathogenic bacteria that cause disease in fish. Therefore, it could be a useful alternative to the conventional culture based method.Key Words: Trout, bacteria, seasonality, disease, PCR