Geniş spektrumlu beta - laktamaz üreten klebsıella pneumonıae izolatlarının rep - PCR genomik parmak izi tekniği kullanılarak moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of extended -spectrum beta-lactamase-producing klebsiella pneumonia isolates using rep-PCR genomic fingerprinting technique
Yazar: NIHAD SHAHADHA ABED ABED
Danışman: PROF. DR. ERGİN KARİPTAŞ
Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae

Özet:
Enterobakteriyel "tekrarlayan intergenik konsensüs (ERIC) dizi analizi, bakteri türlerinin epidemiyolojik analizi için güçlü bir araçtır. Çoklu ilaç direnci, önemli insan patojenlerinde bu antimikrobiyallere karşı içsel ve/veya kazanılmış direncin önemli belirleyicileridir. Bu çalışma, ERIC-PCR yaklaşımı kullanılarak Irak'ın batısındaki Ramadi hastanelerinden elde edilen K. pneumoniae suşlarının antimikrobiyal duyarlılığını ve genetik ilişkisini belirlemek için tasarlanmıştır. Bu çalışma ile ilk kez Irak/Anbar'da β-laktama dirençli Klebsiella pneumoniae izolatları arasında K. pneumoniae suşlarının genetik ilişkisi bildirilmektedir. 51 tane β-laktam – sefalosporin K. pneumoniae suşu Anbar Eğitim Hastanelerinin yanık, yara, kan, idrar ve balgam gibi farklı klinik kaynaklarından toplandı. Tüm izolatlar konvansiyonel yöntem ve Vitek-2 sistemi ile tanımlandı. Farklı antibiyotiklere duyarlılık testi AST-kart ile Vitek-2 sistemi ve Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapıldı. Klebsiella pneumoniae'nın en yüksek izolasyon oranı sırasıyla idrarda %62.745, balgamda %29.411 iken yara, kan, ve yanık kaynaklarında %5.88, %1.96 ve 5/75 olarak belirlendi. Farklı izolasyon kaynaklarından sırasıyla Klebsiella pneumoniae'nin suşları izole edilmiştir. En yüksek izolasyon oranı idrardan %62.745 olmuştur. Balgam %29.411, yara, kan, yanık oranı sırasıyla %5.88, %1.96 ve 5/75 idi. Yapılan bu çalışmada K. pneumoniae. suşlarının, direnç yüzdesinin sırasıyla Augmentin %96, Sefotaksim %92, Seftriakson=Seftazidim %88, Amikasin %48, Levofloksasin %42 ve Meropenem %26 olduğunu gösterdi. Yine bu çalışmada Çoklu İlaç Dirençli (MDR), Yaygın İlaç Dirençli (XDR) ve Pan İlaç Dirençli (PDR) yüzdesi sırasıyla 44 (%88), 4 (%8), 2 (%4) olarak belirlendi. Geniş Spektrumlu β-laktamaz enzimlerinin fenotipik tespiti, Modifiye Hodge Testi, mCIM, eCIM ile gerçekleştirildi. Tüm izolatların sefalosporin gen üreticisi olduğu mCIM ve SBL ile pozitif (%100) ve modifiye Hodg testi (MHT) ile %4'ü için pozitif sonuç verdi. On izolatın %100 oranında ESBLS ürettiği tespit edildi. İzolatların ESBlS değerlerine yönelik enzimatik aktivite değerleri (0.11-0.7) arasında değişmektedir. ERIC-PCR sonuçları ve veri analizi 23 farklı ERIC tipi olduğunu gösterdi. Bu çalışmanın bulguları, incelenen hastanelerde multidirençli K. pneumoniae prevalansında bir artış olduğunu göstermektedir. ERIC PCR sonuçları, Anbar Hastanelerinde K. pneumoniae izolatlarının poliklonal olduğunu göstermiş olup K. pneumoniae suşları arasında yüksek düzeyde genetik çeşitlilik ortaya koydu. Bazı izolatlar benzer ERIC profiline sahip olup iki tanesi idrardan (13, 14), iki tanesi balgamdan (11 ve 12) ve yine iki tanesi idrardan (1,3) olan izolatlar genetik olarak homojen profil gösterdi.

Abstract:
Enterobacterial"repetitive intergenic consensus (ERIC) sequence analysis is a powerful tool for epidemiological analysis of bacterial species. Multidrug resistance are important determinants of intrinsic and/or acquired resistance to these antimicrobials in important human pathogens. The present study was designed to study determine the antimicrobial susceptibility" and genetic relatedness of K. pneumoniae strains obtained from Ramadi Hospitals, Western Iraq, using the ERIC–PCR approach. For the first time, this study reports genetic relatedness of K. pneumoniae strains among β-lactam resistant Klebsiella pneumoniae isolates in Anbar Governance/ Iraq. Fifty one of β-lactam – cephalosporins K. pneumoniae was collected  from different clinical sources such as (burns, wounds, sputum, blood and urine isolates) from Anbar Teaching Hospitals. All isolates were identified by conventional method and Vitek-2 System. The susceptibility test to different antibiotics was done by AST- card using Vitek-2 System and Kirby – Bauer disk diffusion method. The highest isolation rate of Klebsiella pneumoniae was from urine source 62.745%, sputum 29.411%, while rate wound, blood, burn were 5.88%, 1.96 %, and 5/75, respectively. The current study showed that resistance percentage was Augmentin (96%), Cefotaxime (92%), Ceftriaxone = Ceftazidime (88%), Amikacin (48%), Levofloxaccin (42%), and Meropenem (26%). Percentage of Multi - Drug Resistant (MDR), In this study Extensively Drug Resistant (XDR), and Pan Drug Resistant (PDR) in were with ratio 44 (88%), 4 (8%), 2 (4%), respectively. The phenotypic detection of Extended-Spectrum β-lactamases enzymes were performed by Modified Hodge test, mCIM, eCIM. All isolates are cephalosporins gene-producing, (100%) gave positive result with mCIM and SBL, and 4% gave positive result for modified Hodg test(MHT). It was found that ten isolates produced ESBLS in percentage 100%.The enzymatic activity for ESBls values of isolates ranged between values(0.11-0.7). ERIC-PCR results and data analysis indicate that there are 23 distinct ERIC types. The findings of this study show an increase in the prevalence of multiresistant K. Pneumoniae in the hospitals studied. The ERIC PCR results revealed a high level of genetic diversity across K. Pneumoniae strains, showing that K. Pneumoniae isolates are polyclonal in Anbar hospitals. Some isolates had similar ERIC profile, two from urine (13, 14), two from sputum (11 and 12) and two from urine (1,3) showed genetically homogeneous profile.