Çocuklardaki genetik geçişli renal hastalıklarda hedef spesifik dizayn edilmiş yeni nesil sekanslama yönteminin klinik tanıdaki öneminin belirlenmesi
Determining the importance of a target-specific design new generation sequencing method in the clinical diagnosis of inherited renal diseases in children
Yazar: MURAT ÇETİN
Danışman: PROF. DR. HATİCE KİBRİYA FİDAN
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı / Çocuk Nefrolojisi Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Böbrek hastalıkları = Kidney diseases ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Genetik hastalıklar-doğuştan = Genetic diseases-inborn ; Çocuklar = Children

Özet:
Kalıtsal böbrek hastalıkları, çocuklarda kronik böbrek hastalığının önde gelen nedenlerinden biri olup, çocukluk renal patolojilerinin önemli bir bölümünü oluşturmaktadır. Renal patolojilerin genetik ilişkisi, kompleks kalıtım paterni, multigenik etyolojisi belirgin olarak görülebilmektedir. Bu genetik bozukluklar için kesin moleküler tanı testleri kullanılabilir hale gelmiştir. Bu çalışmada etiyolojisi bilinmeyen, genetik heterojeniteye sahip renal hastalıkların tanısının belirlenmesinde, erken tanı konulmasında, klinik prezantasyonun genetik sonuçlar ile karşılaştırılmasında hedef spesifik yeni nesil sekanslama yönteminin non-invaziv, hızlı ve uygun maliyetli sonuçlara ulaşılabileceğini göstermeyi amaçladık.
Çalışmaya Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Çocuk Nefroloji Bilim Dalına başvuran, genetik test istenmiş 225 hasta dahil edildi. Hastaların dosyaları ve genetik test sonuçları retrospektif olarak incelendi.
Çalışmamıza Ocak 2018- Ekim 2022 tarihleri arasında 112'si (%50) erkek, 113'ü (%50) kız, toplam 225 hasta dahil edildi. Hastalar etiyolojik tanılarına göre KBH, glomerüler, tübüler, taş ve kist hastaları olmak üzere yeniden gruplandırıldı. 57 hasta (%22) KBH, 97 hasta (%37) glomerüler, 43 hasta (%16) kistik, 23 hasta (%9) tübüler ve 43 hasta (%16) taş hastası olarak dağılım gösterdi. Genetik test sonucunda, KBH hastalarının 31'inde (%54,4), glomerüler hastaların 51'inde (%52,6), kist hastalarının 30'unda (%69,8), tübüler hastaların 19'unda (%82,6), taş hastalarının 22'sinde (%51,2) ilişkili gen mutasyonu saptandı. Ailesinde renal hastalık öyküsü bulunma durumunda ise ilişkili gen saptanma oranları tübül ve taş grubunda benzerken, diğer gruplarda arttığı dikkat çekmiştir. Saptanan genler dikkate alındığında 58 adet 'benign' karakterli mutasyonun 15'i (%25,8), 33 'likely benign' mutasyonun 11'i (%33,3), 179 'VUS' patojenitesine sahip mutasyonun 120'si (%67), 25 'likely patojenik' mutasyonun 15'i (%60) ve 46 'patojenik' mutasyonun 37'si (%80,4) klinik ile ilişkili olarak saptanmıştır.
Anahtar Kelimeler: Yeni Nesil Sekanslama, Kalıtsal Renal Hastalık, Renal Genetik

Abstract:
Determining the Importance of a Target-Specific Design New Generation Sequencing Method in the Clinical Diagnosis of Inherited Renal Diseases in Children
	Hereditary kidney diseases are one of the leading causes of chronic kidney disease in children and constitute an important part of childhood renal pathologies. The genetic relation, complex inheritance pattern and multigenic etiology of renal pathologies can be clearly seen. Certain molecular diagnostic tests for these genetic disorders have become available. In this study, we aimed to show that non-invasive, rapid and cost-effective results of target-specific next generation sequencing method can be achieved in the diagnosis of renal diseases with unknown etiology and genetic heterogeneity, early diagnosis and comparison of clinical presentation with genetic results.
	In the study, 225 patients who applied to Gazi University Faculty of Medicine, Department of Pediatric Nephrology and requested genetic testing were included. The files and genetic test results of the patients were retrospectively reviewed.
	A total of 225 patients, 112 (50%) male and 113 (50%) female, were included in our study between January 2018 and October 2022. Patients were regrouped according to their etiological diagnosis as CKD, glomerular, tubular, stone and cyst patients. 57 patients (22%) were CKD, 97 (37%) glomerular, 43 (16%) cystic, 23 (9%) tubular and 43 (16%) stone patients. As a result of genetic testing, in 31 (54.4%) CKD patients, 51 (52.6%) glomerular patients, 30 (69.8%) cyst patients, 19 (82.6%) tubular patients and 22 (51.2%) of the stone patients a related gene mutation was detected in. In the presence of a family history of renal disease, it was noted that while the associated gene detection rates were similar in the tubule and stone group, it increased in other groups. Considering the detected genes, 15 (25.8%) of 58 'benign' mutations, 11 (33.3%) of 33 'likely benign' mutations, 120 (67%)  of 179 'VUS' mutations, 15 (60%) of 25 'likely pathogenic' mutations and 37 (80.4%) of 46 'pathogenic' mutations were clinically associated.
Key Words: Next Generation Sequencing, Hereditary Renal Disease, Renal Genetics