Karacabey merinosu koyunlarında meme konformasyon özellikleri ile ilişkili olabilecek genlerin genom boyu ilişkilendirme analizleri (GWAS) ile araştırılması
An investigation of genes that would be associated with udder conformation characteristics in karacabey merino sheep by genome wide association analysis (GWAS)
Yazar: ZEYNEP ÖNAL
Danışman: PROF. DR. MUHİTTİN ÖZDER ; DOÇ. DR. YALÇIN YAMAN
Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı / Zootekni Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Çalışmada Karacabey Merinosu koyunlarında meme konformasyon özelliklerini etkileyen genlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 228 baş Karacabey Merinosu koyunundan oluşan bir populasyondan 10 meme özelliğine ilişkin fenotipik veriler toplanmış ve tüm hayvanlar için genotiplendirme yapılmıştır. Elde edilen verilerin genom boyu ilişkilendirme analizleri (GWAS) sonrasında 10 meme konformasyon özelliği ile genom boyu ilişkili 24 SNP, kromozom boyu ilişkili 9 SNP olmak üzere toplam 33 SNP bölgesi tespit edilmiştir. Tanımlanan 33 SNP'in, 29 farklı genin 500 KB içerisinde veya yakınında olduğu ve 10 farklı meme konformasyon özelliği ile ilişkili bulunduğu görülmüştür. Meme özelliklerine ilişkin genler arasında meme başı uzunluğu için ROR1, COLEC12, GRID1; meme başı genişliği için KCNN2, RBMS3, ENSOARG00020013095, TMEM241; iki meme başı arası uzaklık için SDR16C5; meme başı yerleşimi için HSF2BP, DIRAS2, SLC26A4, ENSOARG00020012980; meme derinliği için TFEC, SLC2525A13; iki yarının ayrılma derecesi için UBXN10, TMEM182, USP46, CACNA2D3, ENSOARG00020034008; meme başı tipi için ENSOARG00020035000, SMAD3, GRHL2; meme formu için ADRA1A, SLC25A21; meme bağlantısı için MRPL3, MTHFD1L, ANKH, SRRM4 ve SLC25A21 genleri tespit edilmiştir. Bu çalışma sonuçları Karacabey Merinosu koyunlarında meme özellikleri bakımından erken dönemlerde damızlık seçimi için microarray SNP çip teknolojisinden yararlanılması ile meme konformasyonuna etkili olası SNP'lerin ortaya çıkarılması ve genomik seleksiyonda kullanılma olanaklarının belirlenmesi açısından önem arz etmektedir.

Abstract:
The aim of study was identify genes affecting udder conformation traits in Karacabey Merino sheep. Phenotypic data of 10 udder traits were collected from a population of 228 Karacabey Merino sheep, and genotyping was performed on all animals by this aim. After conducting genome-wide association studies (GWAS) on the obtained data, a total of 33 SNP regions were identified: 24 SNPs associated with udder conformation traits on a genome-wide association and 9 SNPs associated with chromosomal-wide association. It was observed that 29 of the identified 33 SNPs are located within or near 500 KB of 29 different genes and are associated with 10 different udder conformation traits. Among the genes related to udder conformation traits, ROR1, COLEC12, GRID1 were identified for teat length; KCNN2, RBMS3, ENSOARG00020013095, TMEM241 for teat width; SDR16C5 for distance between teats; HSF2BP, DIRAS2, SLC26A4, ENSOARG00020012980 for teat placement; TFEC, SLC2525A13 for udder depth; UBXN10, TMEM182, USP46, CACNA2D3, ENSOARG00020034008 for udder quarter separation; ENSOARG00020035000, SMAD3, GRHL2 for teat type; ADRA1A, SLC25A21 for udder shape; and MRPL3, MTHFD1L, ANKH, SRRM4, and SLC25A21 for udder attachment.  The results of this study was indicated that the using of microarray SNP chip technology in early-stage breeding selection based on udder traits in Karacabey Merino ewes is importand for identifying potentially influential SNPs for udder conformation, and determination of possibilities for their use in genomic selection.