Giardia intestinalis izolatlarının genotiplendirilmesi
Genotyping of giardia intestinalis isolates
Yazar: CEMAL ÇİÇEK
Danışman: PROF. DR. NERMİN ŞAKRU
Trakya Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Genotip = Genotype ; Giardia = Giardia ; Giardiasis = Giardiasis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Trakya bölgesi = Thrace region

Özet:
Giardia intestinalis su ve gıda kaynaklı salgınlara neden olabilen, insanlarda sık 
görülen protozoondur. Dünya'da ve Türkiye'de önemli bir halk sağlığı sorunudur. Bu 
çalışmanın amacı; insanlardan elde edilen Giardia intestinalis izolatlarının moleküler 
yöntemlerle analizidir.
01 Eylül 2011-31 Nisan 2013 tarihleri arasında Trakya Üniversitesi Sağlık Araştırma 
ve Uygulama Merkezi ve Edirne Devlet Hastanesine başvuran kişilerin dışkılarından elde 
edilen 39 izolat çalışmaya alındı. Örnekler ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma yöntemi ile 
analiz edildi. Ayrıca bu izolatlardaki beta giardin geni polimeraz zincir reaksiyonu ile 
çoğaltılıp, dizi analizi yapıldı. 
Otuz dokuz örneğin 32'sinde (%82) ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma yöntemi ile 
pozitiflik saptandı. Polimeraz zincir reaksiyonu ile pozitiflik saptanan 19 örneğin 17'si 
genotiplendirildi. Genotiplendirme sonucunda, örneklerin dokuzu Genotip A ve sekizi
Genotip B olarak belirlendi. Semptomatik olgularda Genotip B (%62.5), asemptomatik 
olgularda ise Genotip A (%66.7) daha fazla görüldü. Semptomatik/asemptomatik olgular ile 
genotipler arasında istatistiksel anlamlılık saptanmadı (p=0.347). Polimeraz zincir reaksiyonu 
pozitifliği ile kist yoğunluğu arasında anlamlı istatistiksel fark bulundu (p=0.0001). Ek olarak 
aynı farklılık polimeraz zincir reaksiyonu ile DNA konsantrasyonu arasında da bulundu 
(p=0.0001).
Sonuç olarak moleküler yöntemlerden, ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma ve polimeraz 
zincir reaksiyonu yöntemlerinin kullanılması Trakya bölgesinde ortaya çıkabilecek salgınların 
analizinde ve yapılacak epidemiyolojik çalışmalarda yol gösterici olacaktır.62

Anahtar kelimeler: Giardia intestinalis, Polimeraz zincir reaksiyonu, genotip, Trakya, Türkiye

Abstract:
Giardia intestinalis is a common protozoon that may elicit water and food-borne 
outbreaks in humans. It is regarded as a major public health problem worldwide and in 
Turkey as well. The purpose of the present study is to implement the molecular analysis and 
genotyping of the isolates of Giardia intestinalis obtained from human stool.
Overall, 39 isolates obtained from the stool of subjects who have been admitted to 
Trakya University Health Research and Application Center and State Hospital between 01 
September 2011-31 April 2013 have been included in the present study. The samples were 
then analyzed through loop-mediated isothermal amplification method. Additionally,
polymerase chain reaction method was also used to test beta-giardin gene on the isolates, and
subsequently, sequence analysis was performed.
Thirty-two out of thirty-nine samples (82%) were found to be positive for Giardia 
intestinalis via loop-mediated isothermal amplification method. Genotyping was implemented
in 17 out of 19 samples that were positive for polymerase chain reaction. Among the overall 
17 products, nine had the pattern of Genotype A while the rest harbored the features of
Genotype B. Symptomatic patients with Genotype B (62.5%) and asymptomatic patients with 
Genotype A (66.7%) were encountered more frequently. There was no significant association
between symptomatic status and genotypic patterns of subjects (p=0.347). A significant 
difference was found between positive polymerase chain reaction and the intensity of the cyst 
(p=0.0001). In addition, significant different was found between a positive polymerase chain 
reaction and concentration of DNA (p=0.0001).64
In conclusion, among the molecular methods, loop-mediated isothermal amplification 
and polymerase chain reaction might have the potential to provide a substantial guidance in 
the thorough analysis of outbreaks and epidemiological studies as well in the Thrace region.

Key words: Giardia intestinalis, polymerase chain reaction, genotyping, Thrace, Turkey