PKD1 gen varyantlarının PC1 proteinin yapısı ve fonksiyonu üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effects of PKD1 gene variants on the structure and function of the PC1 protein
Yazar: BERKAY KIRNAZ
Danışman: PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ ; PROF. DR. AFİG BERDELİ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Bir Renal Silyopati olan Otozomal Dominant Polikistik Böbrek hastalığı (ODPBH) dünyadaki en yaygın kalıtsal böbrek hastalığıdır. Dünyadaki Prelevansı 1:400/1000 şeklindedir. Sıklıkla yaşamın 60. Yılında son dönem böbrek hastalıklarına (ESRD) yol açmaktadır. Yapılan çalışmalarda Polikistin1 geninde (PKD1) meydana gelen DNA varyantlarının ODPBH hastalıkla ilişkili olduğu bilinmektedir. 
ODPBH hastalığı ve şüphesi ile gelmiş 232 kişiden alınan periferik kan örnekleri ile, yeni nesil dizileme tekniği ile popülasyonumuzda PKD1 DNA varyantları ortaya konulmuştur. Ayrıca missense DNA varyantlarının PC1 proteini üzerindeki yapısal ve fonksiyonel etkileri farklı in silico yaklaşımlar ile ortaya koyduk.
Çalışma sonucunda 232 kişinin 105'inde PKD1'e ait DNA varyantları saptadık. Bu 105 kişide 17 tanesi daha önce saptanmamış 49 farklı DNA varyantına rastlanmıştır. Missense mutasyonların PC1 proteini üzerindeki meydana getirdiği yapısal ve fonksiyonel değişikleri araştırma sonucuna göre Bening olarak kabul edilen mutasyonların aslında bu yaklaşım ile önemli olabileceği ve dikkate alınması gerektiğini belirttik. PC1 proteinin mekanosensör özelliği ile çevresel uyarıları hücre içersine iletmektedir.  Özellikle yapısal düzenleme ve sinyal iletiminden sorumlu olan REJ, GCPR, PKD bölgelerinde meydana gelen ve konformasyonel değişiklikler oluşturan varyantların önemli olabileceğini ortaya çıkartık.

Abstract:
Autosomal Dominant Polycystic Kidney disease (ADPBD), a Renal Ciliopathy, is the world's most common inherited kidney disease. Its prevalence in the world is 1:400/1000. It often leads to end-stage renal disease (ESRD) in the 60th year of life. Studies show that DNA variants occurring in the Polycystin1 gene (PKD1) are associated with ADPKD disease. PKD1 DNA variants in our population were revealed by the new generation sequencing technique, with peripheral blood samples taken from 232 individuals who came with ADPKD disease and suspected. We also demonstrated missense DNA variants' structural and functional effects on the PC1 protein with different in silico approaches. As a result of the study, we detected DNA variants of PKD1 in 105 of 232 individuals. In these 105 individuals, 49 DNA variants were found, 17 of which had not been detected. According to the results of the research on the structural and functional changes caused by missense mutations on the PC1 protein, we stated that mutations  considered as Bening may be significant with this approach and should be considered.
PC1 transmits environmental stimuli into the cell with the mechanosensory feature of the protein. We revealed that variants that occur in REJ, GCPR, and PKD regions responsible for structural regulation and signal transduction and producing conformational changes might be necessary.