Fare genomunda bulunan kolesterol ve safra asitleri sentezinde görev alan bazı enzim genlerinin cDNA'larının üretilmesi ve in situ hibridizasyonu ile gen ekspresyon analizi
cDNA?s production of cholesterol and biile acid synthesis genes encoding enzymes in mouse genome and analysis of genes expression by in situ hybridization
Yazar: MELDA ŞİŞECİOĞLU
Danışman: PROF. DR. HASAN ÖZDEMİR
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Organizmalar çok sayıda gen ihtiva eder ve genlerin çoğunluğu düzenleyici proseslerde görev alan proteinleri şifrelemektedir. Gen ekspresyonunun yüksek çözünürlükteki analizi moleküler düzeyde metabolik yolların anlaşılması ve genlerin biyolojik prosesleri nasıl düzenledikleri hakkında önemli bilgiler sağlar. Gen ekspresyonunu belirlemede kullanılan pek çok metot olmakla birlikte mRNA düzeyinde uygulanan ve güçlü bir teknik olan in situ hibridizasyon bu yöntemlerin en önemlilerinden birisidir.Bu çalışmada kolesterol sentezinde görev alan Hmgcr, Pmvk, Mvd, Idi1, Ggps1, Fdps, Fdft1, Sqle, Lss, Dhcr24, Cyp51, Tm7sf2, Sc4mol, Nsdhl, Hsd17b7, Ebp, Sc5d, Dhcr7, Cyp27b1; safra asitleri sentezinde görev alan Cel, Lip1, Soat2, Cyp7a1, Srd5a2, Cyp27a1, Adh1, Adh7, Adh5, Aldh2, Aldh3a2, Aldh9a1, Aldh1b1, Slc27a5, Hadhb, Acaa1b enzim genleri için spesifik primerler dizayn edildi. Bu primerler kullanılarak spesifik cDNA kalıpları hazırlandı. Daha sonra bu cDNA kalıpları ile antisens mRNA'lar (In vitro transkripsiyon) üretildi. Üretilen antisens mRNA'lar kullanılarak 14,5 günlük fare embriyo dokularında in situ hibridizasyon yapıldı ve bu enzim genlerinin ekspresyona uğradıkları dokular belirlendi. Ekspresyon sonuçları mikroskopta incelenerek internet ortamına (www.genepaint.org) aktarıldı.

Abstract:
Organisms contain in large quantities gene and most of these genes encode proteins that have function in regulatory processes. High-resolution analysis of gene expression provides important information about how genes regulate biological processes and understanding of metabolic pathways at molecular level. Investigation of expression genes has been developed quite a few techniques. In addition, in situ hybridization (ISH) that is a powerful method is one of the important methods for gene expression.In this study, specific primers were arranged for genes of enzymes that have function in cholesterol synthesis (Hmgcr, Pmvk, Mvd, Idi1, Ggps1, Fdps, Fdft1, Sqle, Lss, Dhcr24, Cyp51, Tm7sf2, Sc4mol, Nsdhl, Hsd17b7, Ebp, Sc5d, Dhcr7, Cyp27b1) and gene of enzymes that have function in bile acid synthesis (Cel, Lip1, Soat2, Cyp7a1, Srd5a2, Cyp27a1, Adh1, Adh7, Adh5, Aldh2, Aldh3a2, Aldh9a1, Aldh1b1, Slc27a5, Hadhb, Acaa1b). Specific cDNA templates were prepared with these specific primers. Then antisense mRNAs (in vitro transcription) was produced with specific cDNA templates. In situ hybridization in which was used carried out antisense mRNAs tissue of mouse embryo (14.5 days) was made and tissue was determined which these enzyme genes were expressed. Automated microscopic scanning of gene expression data was investigated and these results were transferred in internet (www.genepaint.org).