Sığırlarda verim özelliklerini etkileyen bazı moleküler markır polimorfizmlerinin belirlenmesi ve verimle ilişkilendirilmesi
Determination and relationship of some molecular marker polymorphisms affecting production traits in cattle breed
Yazar: ZEYNEP SÖNMEZ
Danışman: DOÇ. DR. MEMİŞ ÖZDEMİR
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı / Biyometri ve Genetik Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyoistatistik = Biostatistics ; Genetik = Genetics

Özet:
Sığırlarda verim özelliklerini etkileyen ELF5 (E74-Like Faktör 5; Epitel-Spesifik ETS Faktör 5), BMP2 (Bone Morphogenetic Protein2; Kemik mineral yoğunluk proteini 2) ve FGF21 (Fibroblast Growth Factor 21; Fibroblast Büyüme Faktör 21) genlerin moleküler markır polimorfizmlerini belirlemek amacıyla yapmış olduğumuz çalışmada Esmer sığırlara ait DNA örnekleri kullanılmıştır. Farklı bölgelere ayrılmış her bir gen için PCR analizleri uygulanmış, sonrasında Yüksek Çözünürlüklü Erime Analizi (HRM) yöntemi ile örnekler kümelere ayrılmıştır. Her kümeden örnekler rastgele seçilerek sekans analizleri uygulanmış ve polimorfik bölgeler tespit edilmiştir.
ELF5, FGF21 ve BMP2 gen bölgeleri DNA dizi analizleri sonucu; ELF5 geni 2. intron bölgesi için g.65825359 C/T, g.65825499 G/A transisyonları ve g.65825371 A delesyonu tespit edilmiş, ELF5 geni 5. ekzon bölgesi için g.65825909 T/C, g.65826062 G/A, g.65826123 A/C, g.65826134 C/T ve g. 65826138 T/C olmak üzere 5 farklı polimorfik bölge tanımlanmış, FGF21 geni 1. ekzon bölgesi için g.55834828 C/G polimorfik bölgesi ve FGF21 3. ekzon bölgesi için g.55836088 G/T ve g.55836007. C/A polimorfizmleri belirlenmiş, BMP2 geni 2. ekzon bölgesinde g.49551963 T/C polimorfizmi ve BMP2 geni 3. ekzon bölgesi için g.49551337 G/A, g.49551405 G/T, g.49551428 G/C, g.49551433 A/C ve g.49551449 T/G polimorfik bölgeleri tanımlanmıştır.
ELF5 geninin 2. intron bölgesi için tanımlanmış polimorfik bölgeleriden g.65825371 -/A polimorfik bölgesi ile gerçek süt verimi (laktasyon süt verimi) ve pik süt verimi arasında, g.65825359 C/T polimorfizmi ile pik gün verim değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişkiler olduğu tespit edilmiştir (P<0.05).
ELF5 5. ekzon bölgesi, BMP2 ve FGF21 gen bölgeleri için belirlenmiş polimorfik bölgeler ile Esmer ırkı sığırına ait laktasyon süt verimleri, 305 günlük süt verimleri, günlük süt verimleri, laktasyon süreleri, pik süt verimleri, pik gün verimleri ve ortalama pik süt verimleri arasında anlamlı ilişki bulunamamıştır (P>0.05). Ancak, hayvan ıslahı alanında yapılacak farklı çalışmalarda, belirlenen polimorfik bölgelerin markır olabilme özelliklerinin araştırılması önerilmektedir. 

Anahtar Kelimeler: ELF5, BMP2 ve FGF21, HRMA, polimorfizm, süt verimi

Abstract:
In this study we aimed to determined molecular marker polymorphism in the ELF5 (E74-Like Factorr 5), BMP2 (Bone Morphogenetic Protein2) and FGF21 (Fibroblast Growth Factor 21) which effected the performance traits of cattle. We are used as material the Brown Swiss breed DNA samples. PCR analysis were made for the three different genes and then DNA samples were clustered by High Resolution Melting Analysis (HRM) method and sequence analysis were applied to some of the samples in each different cluster and were defined its polymorphic regions.
In the result of DNA sequence analysis for ELF5, FGF21 ve BMP2 gene regions: for the 2. intron of ELF5 gene; g.65825371A deletion, g.65825359 C/T and g.65825499 G/A transistions, for the 5. exon region of ELF5 gene; G.65825909 T/C, g.65826062 G/A, g.65826123 A/C, g.65826134 C/T; and g. 65826138 T/C polymorphic region, for the 1. exon region of the FGF21 gene; G.55834828 C/G polymorphic region, for the 3. exon region of FGF21 gene; g.55836088 G/T and g.55836007 C/A polymorphisms, for the 2. exon region of BMP2 gene; g.9551963. T/C polymorphism and for the 3. exon region of BMP2 gene; g.49551337 G/A, g.49551405 G/T, g.49551428 G/C, g.49551433 A/C and g.49551449. T/G polymorphic regions were defined.
There was non-significant as statistically the relationship between the polymorphic regions determined for the ELF5, BMP2 and FGF21 gene and lactation milk yields, 305-days milk yields, daily milk yields, lactation times, peak milk yields, peak day yields and average peak milk yields of Brown Swiss breed (P>0.05). However, it is suggested to investigate the marker ability of polymorphic regions determined for future studies in the animal breeding.

Keywords: ELF5, BMP2 and FGF21, HRMA, polymorphism, milk yield