Hemodiyaliz sürecinde DNA tamir enzim XPD ve ilişkili mikroRNA ekspresyonunun incelenmesi
Hemodialysis effect on XPD DNA repair enzyme and its associated micrornas
Yazar: ELİF ÇITAK
Danışman: PROF. DR. MEHMET GÜVEN
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Nefroloji = Nephrology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Böbrek hastalıkları = Kidney diseases ; Böbrek yetmezliği-kronik = Kidney failure-chronic ; DNA = DNA ; DNA onarımı = DNA repair ; Gen ifadesi = Gene expression ; Mikro RNA = Micro RNA ; RNA = RNA ; Renal diyaliz = Renal dialysis

Özet:
Kronik böbrek hastalığı (KBH) birçok farklı nedenlere dayandırılabilen ilerleyici bir hastalıktır ve 5 evresi bulunur. Evreler ilerledikçe böbreğin filtrasyon özelliği azalır ve zamanla çalışamaz duruma gelir. Beşinci evresi kronik böbrek yetmezliği (KBY) olarak adlandırılır. Böbrek hastalıklarında, birçok nedenden dolayı (reaktif oksijen türleri artışı, ilaç kullanımı, diyaliz süreçleri, hormon ve antioksidan enzim seviyelerindeki değişiklikler) DNA hasarlarının yüksek olduğu bilinmektedir. DNA hasarları hücre ölümüne ya da hücrenin tümör hücresine farklılaşmasına neden olarak, hastaların kanser gibi farklı hastalıklara eğilim göstermelerine neden olmaktadır. Bu durum DNA tamir sisteminin önemini ortaya koymaktadır. Bu doğrultuda gerçekleştirdiğimiz tez çalışmasında KBY hastaları (42 kişi) ve sağlıklı bireylerde (45 kişi) DNA tamir geni olan XPD ve XPD genini kontrol eden mikroRNA (miRNA) 145 ve 770'in seviyeleri incelenmiştir. XPD mRNA ve miRNAların ifade düzeyleri, kantitatif ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (RT qPCR) yöntemiyle tespit edildi. XPD mRNA ifade düzeyleri açısından kontrol grubu (2.06 ± 0,32) ile diyaliz öncesi grup (1.25 ± 0,26, p=0.02) karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir azalma gözlemlenirken, diyaliz sonrası grupta ifade düzeyleri (2.17± 0,47; p=0.39) istatistiksel olarak anlamlı bir azalma tespit edilmemiştir. miRNA-145 ifade düzeyleri açısından kontrol grubu (0,00011±0,0003) ile diyaliz öncesi (0,00026±stat0,00009; p=0.0001) ve sonrası gruplar (0,0029±0,0022; p=0.0001) karşılaştırıldığında, istatistiksel olarak anlamlı derecede artma tespit edilmiştir. miRNA-770 ifade düzeyleri açısından kontrol grubu (0,0005 ± 0,0001) ile diyaliz öncesi (0,0029±0,0018; p=0.004) ve sonrası gruplar (0,0126±0,0049; p=0.007) karşılaştırıldığında, istatistiksel olarak anlamlı derecede artma tespit edilmiştir. Sonuçlarımıza göre NER tamir mekanizmasındaki değişiklikler, DNA hasarlarının tamirinde düzensizliğe ve bunun neticesi olarak doku ve organ sistem bozukluklarına yol açabilir.

Abstract:
Chronic Kidney Disease (CKD) is a progressive disease that can be caused for many reasons. CKD has 5 stages, and as the stages progress, the filtration system of the kidney malfunctions and becomes inoperable in the last stage. The last stage (the 5th) is called kidney failure (KF). It is known that DNA damage occurs in kidney disease for many reasons, such as the increase of reactive oxygen species, hormonal changes, drug usage, and more. Cell DNA damage results in cell death or tumorigenesis, and this creates an increased chance of cancer and other diseases. This situation shows the importance of the DNA repair system. The right functioning repair systems can prevent these outcomes.
 Following this topic, in this thesis, we examined one of the DNA repair genes, XPD, and its controlling microRNAs (miR-145, miR-770) in 42 KF patients and 45 healthy people. XPD mRNA and miRNA levels were examined by reverse transcriptase quantitive polymerase chain reaction. XPD mRNA levels were examined in the control group (2.06 ± 0,32) and pre-dialysis group (1.25 ± 0,26, p=0.02) and showed a meaningful decrease in levels when compared to the post-dialysis group (2.17 ± 0,47; p=0.39). When miR-145 levels are compared between the control group (0,00011± 0,0003) and pre-dialysis (0,00026 0,00009; p=0.0001) group and the post-dialysis group (0,0029 ± 0,0022; p=0.0001), it shows an increased level of expression. And miR-770 levels increased significantly when compared to the control (0,0005 ± 0,0001), pre-dialysis (0,0029 ± 0,0018; p=0.004), and post-dialysis (0,0126 ± 0,0049; p=0.007)  groups. To our findings, changes in the NER System might cause instability in damage repair and could result in cellular, tissue, and organ damage.