Akut gastroenterit ön tanılı hastalarda campylobacter türlerinin yeri ve antimikrobiklere duyarlılıklarının araştırılması
Investigation of the prevalence and antimicrobial susceptibility of campylobacter species in patients prediagnosed with acute gastroenteritis
Yazar: NURULLAH ÇİFTÇİ
Danışman: PROF. DR. EMİNE İNCİ TUNCER
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Gastroenterit = Gastroenteritis ; Gastrointestinal hastalıklar = Gastrointestinal diseases ; Kampilobakter = Campylobacter ; Kampilobakter enfeksiyonları = Campylobacter infections ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Gastroenterit etkeni pek çok mikroorganizma bulunmasına rağmen günümüz şartlarında rutin laboratuvar testleri ile etken mikroorganizmaların bir kısmı belirlenememektedir. Bu durum ampirik tedavide başarısızlıklara ve yanlış antibiyotik kullanımından dolayı ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Bu çalışmada Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde akut gastroenterit ön tanısı almış hastalarda Campylobacter sıklığının ve antimikrobiklere duyarlılıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla 1 Haziran 2015- 31 Mayıs 2016 tarihleri arasında servis ve polikliniklerden gönderilen 379 dışkı örneği Campylobacter açısından değerlendirildi. Campylobacter izolasyonu için dışkı örnekleri Campylosel Agar besiyerine ekildi ve mikroaerofilik koşullarda 42 oC 48-72 saat inkübe edildi. Campylobacter şüpheli koloniler Gram boyama, katalaz, oksidaz, hippurat hidroliz testi, indoksil asetat testi, nalidiksik asit ve sefalotin duyarlılık testleri uygulandı. Bakteri türlerinin tanımlanması Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry yöntemi ile yapıldı. Toplam 379 dışkı örneğinin 67 (%17,7)'sinde patojen mikroorganizma izole edildi. Bunların 42 (%62,7)'si Campylobacter ve 25 (%37,3)'i Salmonella olarak tanımlandı. Çalışma süresi boyunca Shigella suşu izole edilemedi. Campylobacter suşlarının 41'i Campylobacter jejuni, 1'i Campylobacter coli olarak adlandırıldı.
Campylobacter türleri için antibiyotik duyarlılık testi Gradient test (bioMérieux, Fransa) yöntemi ile yapıldı ve The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) kriterlerine göre değerlendirildi. Campylobacter suşlarının 40'ı (%95,2) eritromisine, 28 (% 66,7)'i tetrasikline ve 16 (% 38,1)'sı siprofloksasine duyarlı olarak bulundu.
Bu çalışmada, Campylobacter türlerinin gastroenterit etkeni olarak en sık izole edilen bakteri olduğu görülmüştür. Çalışmanın sonuçlarına göre Campylobacter türlerinin rutin olarak araştırılması gerektiği ve tedavide eritromisin önerilebileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Altough there are many microogranisms that might be causative agent of gastroenteritis, with our current technology and techniques routine laboratory tests can not determine some of them. This situation on one hand leads to failure of empirical treatment and on the another hand to economical losses due to incorrect usage of antibiotics. In this study, we aim to investigate prevelance and antimicrobial susceptibility of Campylobacter from patients who have been prediagnosed with acute gastroenteritis. For this purpose, 379 stool samples were taken from clinics and policlinics between 1 June 2015- 31 May 2016 and evaluated for Campylobacter. For the isolation of Campylobacter, the stool samples were inoculated on Campylosel agar and incubated at 42°C for 48-72 hours in microaerophilic atmosphere. Gram staining, catalase, oxidase, hippurate hydrolysation, indoxyl acetate test, nalidixic acid and cephalothin susceptibility tests were applied for Campylobacter suspected colonies. Identification of bacterial species were perfomed with Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry method. In 67 (17,7%) of 379 stool culture, pathogenic microorganisms were isolated. 42 (62,7%) of them were identified as Campylobacter and 25 (37,3%) of them were identified as Salmonella. Shigella strain wasn't detected during the study period. The 41 of the 42 strains were identified as Campylobacter jejuni and 1 of the 42 strains was identified as Campylobacter coli. Antibiotic suscebtibility of Campylobacter species were carried out with gradient test (bioMérieux, Fransa) and evaluated according to The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) criteria. 40 (95,2%) of Campylobacter strains were susceptible to erythromicin, 28 (66,7%) were susceptible to tetracycline and 16 (38,1%) were susceptible to ciprofloxacin. In this study, Campylobacter species were the most common isolated bacteria as a causative agent of gastroenteritis. According to result of our study Campylobacter species should be investigated routinely and erythromicin treatment is recommended for the patients.