Çine çaparı koyunlarda genetik çeşitliliğin RAPD yöntemi ile belirlenmesi
Detection of genetic diversity in çine çaparı sheep by RAPD technique
Yazar: PELİN BİNBAŞ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM CEMAL
Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
ÖZETBu araştırma, soyları tükenme eğiliminde olan yerli gen kaynağı Çine Çaparı koyunırkında ırk içi çeşitliliğin mevcut durumunun DNA düzeyinde RAPD yöntemi ile ortayakonması yanında mevcut sürüler içi ve sürüler arası genetik benzerlik ve uzaklıklarıntanımlanması amacıyla yapılmıştır. Mevcut üç Çine Çaparı sürüsünden seçilen 72 hayvanda(Adnan Menderes Üniversitesi Çine Çaparı Koruma Programı (ADÜ-ÇÇKP) sürüsünden 26,Tatarmemişler köyündeki Erdoğan Aktürk'e ait sürüden (EA) 32 ve Dereköy köyündekiMustafa Vural'a ait sürüden (MV) 14 hayvan) toplam 24 primer kullanılarak genotiplemeyapılmıştır.Hayvanların alınan kan örneklerinden DNA izolasyonu yapılmıştır. Elde edilenDNA'lar RAPD-PCR tekniğiyle 10 baz uzunluğunda RAPD primerleri kullanılarakçoğaltılmıştır. PCR ürünleri agaroz jelde yürütülüp etidyum bromid ile boyandıktan sonrafotoğraflanmıştır. Fotoğraflama sonucunda bantların büyüklükleri hesaplanmış ve jeldekibantların varlığına göre bant varsa 1 yoksa 0 verilerek matris oluşturulmuştur. Elde edilenverilerin analizi Nei'nin genetik benzerlik ve uzaklık formülleri ile yapılmıştır.Bu analizler sonucunda sürü içi bireyler arası genetik benzerlikler; ADÜ-ÇÇKPsürüsünde 0.4468 ile 0,8511 arasında, EA sürüsünde 0.4894 ile 0.8723 arasında ve MVsürüsünde 0.5745 ile 0.8723 arasında bulunmuştur. Sürü içi bireyler arası genetik uzaklıklarise, ADÜ-ÇÇKP sürüsünde 0.1613 ile 0,8056, EA sürüsünde 0.1366 ile 0.7147 arasında veMV sürüsünde 0.1366 ile 0.5543 arasında bulunmuştur. Sürüler arası genetik benzerlikler0.8439 ile 0.9037 arasında, genetik farklılık ise 0.0902 ile 0.1698 arasında bulunmuştur.Bu sonuçlara göre ADÜ-ÇÇKP sürüsü ile EA sürüsündeki hayvanlar genetikbenzerlik bakımından MV sürüsüne oranla birbirlerine daha yakın bulunmuşlardır. Busonucun elde edilmesinde ADÜ-ÇÇKP sürüsü ile EA sürüsü arasında Çine Çaparı koçalışverişinin olması büyük önem taşımaktadır. Sürü içi hayvanlar arası ortalama genetikbenzerlik MV sürüsünde en yüksek değeri almıştır. Bu bulgu MV sürüsündeki lokuslarınüçte birinin sabitlenmesi sonucu ile de desteklenmektedir.

Abstract:
SUMMARYThe aim of this study was to determine within breed genetic diversity inendangered Çine Çaparı sheep by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)markers and to obtain genetic similarities and distances among animals within flock andalso between flocks. Seventy two animals from 3 flocks (26 animals from ADU-ÇÇKPconservation flock, 32 animals from Erdoğan Aktürk?s flock (EA) in Tatarmemişlervillage and 14 animals from Mustafa Vural?s flock (MV) from Dereköy village) weregenotyped with 24 arbitrary primers. Genetic similarities between and within flockswere investigated.DNA was extracted from blood. DNA amplification was realized by PCR using10?mer RAPD primers. PCR products was separated on agarose gels and photographedafter ethidium bromide staining. Band sizes and profiles were obtained from gelphotographs and a data matrix including band profiles were generated. Data wereanalyzed by using the formula of Nei for genetic similarities and distances.The genetic similarities between individuals within a flock are ranged between0.4468 and 0.8511 for ADÜ-ÇÇKP conservation flock, 0.4894 and 0.8723 for EA flock,and 0.5745 and 0.8723 for MV flock. Genetic distances were ranged between 0.1613 ile0.8056 for ADÜ-ÇÇKP flock, 0.1366 and 0.7147 for the EA flock, and 0.1366 and0.5543 for the MV flock. The similarities between flocks were ranged between 0.8439and 0.9037 and, genetic distances were ranged between 0.0902 and 0.1698.As a result, the similarity was highest between ADU-ÇÇKP conservation flockand the flock in Tatarmemişler than the flock in Dereköy village. This may be stem fromhigher animal flow between ADÜ-ÇÇKP conservation flock and flock in Tatarmemişlervillage. Mean genetic similarity between animals within flock were found highest forMV flock. This finding was also supported by fixation of frequency of nearly one-thirdof the loci in MV flock.