Dermatofitlerin çabuk tanısında (Gaca)4, Its1 ve Its2 bölgelerini hedef alan primerlerin etkinliğinin karşılaştırılması
Comparison of efficiency of (Gaca)4 and primers targeting Its1-Its2 regions in rapid identification of dermatophytes
Yazar: TUBA YÜKSEL
Danışman: PROF. DR. MACİT İLKİT
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dermatofitler = Dermatophytes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sporlar-mantar = Spores-fungal ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
Dermatofitozların patogenezinin ve klinik öneminin tam olarak anlaşılabilmesi için dermatofit grubu mantarların doğru identifikasyonu gereklidir. Rutin çalışmalarda, dermatofit grubu mantarların doğru sınıflandırılması ve tanısı kolay değildir. Uygun in vitro koşullar altında bol miktarda üretilebilen makrokonidiyum morfolojisi dermatofitlerin sınıflandırılmasında önemli bir kriterdir. Ancak, bazı dermatofit türleri, M. audouinii, M. ferrugineum, T. concentricum, T. schoenleinii, T. soudanense, T. verrucosum, T. violaceum, ve T. yaoundei, nadiren makrokonidiyum oluşturur ve identifikasyonları güçtür. Bu çalışmada, real-time PCR yönteminin dizaynı, optimizasyonu ve değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Testin performansı, nadiren makrokonidiya üreten ve yukarıda bahsedilen 8 türü temsil eden 26 standart köken ile laboratuvarımızda izole ve identifiye edilen, M. canis (n = 4), T. mentagrophytes (n = 2), T. rubrum (n = 20), T. rubrum morfotip "raubitschekii" (n = 2) ve T. tonsurans (n = 1 )'ın dahil olduğu 29 klinik izolat olmak üzere toplam 55 dermatofit suşu ile değerlendirilmiştir. Çalışmada real-time PCR 12 dermatofit türünü de doğru tanıdı. Sonuç olarak, real-time PCR yüksek özgüllük ve duyarlılığı ile dermatofit türlerinin, özellikle nadiren makrokonidiya oluşturan türlerin tanısını kolaylaştırdı ve çabuklaştırdığı görüldü. Bu yöntemin en önemli avantajı dermatofit grubu mantarların doğru ve güvenilir tanısına olanak sağlamasıdır.

Abstract:
It is essential to correctly identified the dermatophytic fungi in order to well-understand the pathogenicity and clinical significance of such tinea. In routine practice, reliable identification of dermatophytic fungi are notoriously difficult to classify and identify. The morphology of macroconidia, which are produced abundantly under suitable conditions, in vitro, has provided useful criteria for classifying dermatophytes. However, several dermatophytic fungi, e.g., M. audouinii, M. ferrugineum, T. concentricum, T. schoenleinii, T. soudanense, T. verrucosum, T. violaceum, and T. yaoundei are rarely produce macroconidia and cannot be easily identified. The objective of this study was to analyse the design, optimization, and evaluation of real-time PCR assay in the laboratory setting. The performance of the assay was evaluated with 55 dermatophyte isolates; 29 clinical strains from our laboratory including M. canis (n = 4), T. mentagrophytes (n = 2), T. rubrum (n = 20), T. rubrum with the "raubitschekii" morphotype (n = 2), and T. tonsurans (n = 1 ) as well 26 rare macroconidia producing reference strains including above mentioned eight species. Real-time PCR correctly identified the all 12 dermatophyte species. Finally, real-time PCR assay facilitated the identification of dermatophytic species with excellent sensitivity and specificity, particularly for rare macroconidia producing species. The advantage of the assay is to provide accurate and reliable diagnosis of dermatophytic fungi.