Sultan Sazlığı ekosisteminde anopheles (Dıptera: Culıcıdae) türlerinin DNA barkodlaması ve filogenetik karakterizasyonu
DNA barcoding and phylogenetic characterization of anopheles (Diptera: Culicidae) species in Sultan Marshes ecosystem
Yazar: MEHMET KÖRLÜ
Danışman: PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Anopheles = Anopheles ; Barkod = Barcode ; DNA = DNA ; Diptera = Diptera ; Ekosistem = Ecosystem ; Filogeni = Phylogeny ; Sultan sazlığı = Sultan marshy

Özet:
Bu çalışmada Sultan Sazlığı Ekosisteminde yayılış gösteren Anopheles türlerinin belirlenmesi ve DNA barkodlarının sağlanarak filogenetik yapılanmalarının ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmada, 2016 yılının Haziran-Ağustos ayları arasında araştırma bölgesinden CO2 beslemeli ışık tuzakları kullanılarak sivrisinek örneklemeleri yapılmıştır. Yakalanan insekt türleri içerisinden Anopheles sp.'ye ait olanlar ayrılmış ve morfolojik identifikasyonları sağlanmıştır. Araştırma periyodu boyunca toplam 1225 Anopheles örneği toplanmış olup bunlar arasında en yaygın tür An. sacharovi (%94,0) belirlenmiş bunu sırasıyla An. maculipennis (%5,0) ve An. claviger (%1,0) izlemiştir. Her tür için en yüksek dağılım oranları Ağustos ayında tespit edilmiştir. Morfolojik identifikasyonu sağlanan türlere ait örneklerin DNA barkodlaması ve filogenetik analizleri için genomik DNA izolasyonlarını takiben mitochondrial cytochrome oxidase I (mt-COI) gen bölgeleri PCR'da amplifiye edilmiştir. An. sacharovi için 15, An. maculipennis için 6 ve An. claviger için de 4 izolata ait PCR ürünü jel pürifiye edilerek sekanslanmıştır. İlgili Anopheles türlerine ait mt-COI sekansları arasında 558 (%84,8) identik bölge belirlenirken 9 farklı haplotipi ortaya koyan 100 polimorfik bölge saptanmıştır. An. sacharovi içinde 6, An. maculipennis içinde 2 ve An. claviger içinde de 1 haplotip karakterize edilmiştir. An. sacharovi ve An. maculipennis için intraspesifik nükleotid farklılığı sırasıyla %0,5 ve %2,1 saptanmıştır. Interspesifik nükleotid farklılıkları incelendiğinde An. claviger ve An. sacharovi arasında %14,7, An. claviger ve An. maculipennis arasında %14,6 ve An. sacharovi ile An. maculipennis arasında da %5,7 genetik farklılık belirlenmiştir. Karakterize edilen tüm türlere ait izolatların filogenetik ağaç üzerinde Dünyada çeşitli bölgelerden bildirilmiş homolog izolatlarla monofiletik küme oluşturduğu belirlenmiştir.

Abstract:
In this study, it was aimed to determine the prevalent Anopheles species in Sultan Marshes Ecosystem and to reveal their phylogenetic construction by providing DNA barcodes. Mosquito samplings were utilized between June and August of 2016 by using light traps with CO2 supply in the study. The specimens belonging to Anopheles sp. were separated from catched insect species and morphological identifications were done. A total of 1225 Anopheles specimens were collected during the research period and the most prevalent species was determined as An. sacharovi (94.0%) and this was followed by An. maculipennis (5.0%) and An. claviger (1.0%). The highest distribution rates were determined in August for each species. Mitochondrial cytochrome oxidase I (mt-COI) gene region was amplified in PCR following the genomic DNA isolations in order to DNA barcoding and phylogenetic analyses of the morphologically identified species. PCR products of 15, six and four isolates belonging to An. sacharovi, An. maculipennis and An. claviger, respectively were gel purified and sequenced. 558 (84.8%) identical sites were determined among the mt-COI sequnces belonged to related Anopheles species while 100 polimorphic sites were designated leading to detection of nine different haplotypes. Six, two and one haplotypes were characterized within the An. sacharovi, An. maculipennis and An. claviger, respectively. Intraspesific nucleotide differences of 0.5% and 2.1% were determined for An. sacharovi and An. maculipennis. When examine the interspecific nucleotide differences, 14.7%, 14.6% and 5.7% genetic distances were revealed between An. claviger and An. sacharovi, An. claviger and An. maculipennis, and An. sacharovi and An. maculipennis, respectively.  Isolates form all characterized species formed monophyletic clusters on the phylogenetic tree with the homologous isolates reported from several regions in the World.