Kirazda bakteriyel kansere neden olan etmenlerin moleküler tanısı ve mücadelesine yönelik biyolojik yaklaşımlar
Molecular diagnosis of the causal agents of bacterial canker on sweet cherry and biological approaches to their control
Yazar: MUSTAFA AKBABA
Danışman: PROF. DR. HATİCE ÖZAKTAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı / Fitopatoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) ve Pseudomonas syringae pv. morsprunorum (Psm ırk-1/Psm ırk-2)'un neden olduğu "Bakteriyel Kanser ve Zamklanma Hastalığı'', ülkemizde kiraz yetiştiriciliği yapılan alanlarda önemli düzeyde ürün ve verim kayıplarına neden olmaktadır. Bu tez çalışmasında, İzmir ili ve çevresinde kiraz yetiştiriciliği yapılan yerlerde, bakteriyel kanser belirtisi gösteren bitkilerden alınan örneklerden patojen bakteriler izole edilmiştir. Patojenlerin kesin tanısı, LOPAT (Levan, Oksidaz, Pektinolitik aktivite, Arginin dehidrolizasyonu, Tütünde aşırı duyarlılık reaksiyonu), GATTa (Jelatinin hidrolizi, Aesculin hidrolizi, Tyrosinase aktivitesi, Tartaric asit kullanımı) testleri gibi klasik yöntemler ve patojen bakteriler için ayırt edici olan toksin üretiminden sorumlu gen bölgelerine [syringomisin (SyrB), koronatin (cfl) ve yersinibaktin (irp1)] özgü primer setleri kullanılarak yapılan klasik-PCR yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Tanısı yapılan patojenlere karşı, bakteriyofajlar ve yararlı bakteri (YB)'ler kullanılarak iklim odası koşullarında biyolojik savaş çalışmaları yürütülmüştür. Bakteriyel kanser belirtisi gösteren kiraz bahçelerinden alınan 44 hastalıklı bitki örneğinden 11 patojen bakteri izole edilmiştir. Tanı testleri sonucunda izolatların 10 tanesi Pss olarak tanılanmıştır. YB'ler ve bakteriyofajlar ile mikroçoğaltım kiraz bitkileriyle yapılan iklim odası çalışmalarında, Pss ile inokule edilen kontrol bitkilerinde hastalık şiddeti % 48,1 saptanmıştır. Pss inokulasyonundan 10 gün sonra, YB uygulamalarının % 30'u ve bakteriyofaj uygulamalarının % 66'sı hastalık şiddetini pozitif kontrole göre, % 50'nin üzerinde azaltmıştır.

Abstract:
Bacterial canker and gummosis disease were caused by Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) and Pseudomonas syringae pv. morsprunorum (Psm race-1/Psm race-2) results to yield and crop loses significantly on the sweet cherry cultivation areas in our country. In this thesis, pathogen bacteria were isolated from the diseased samples taken from plants showing bacterial cancer symptoms in sweet cherry cultivation areas in Izmir and it's all around. Identifications of the pathogen isolates were performed by classical methods such as LOPAT (Levan production, Oxidase, Pectinolytic activity, Arginine dihydrolase, hypersensitivity on Tobacco), GATTa (Gelatine hydrolysis, Aesculin hydrolysis, Tyrosinase activity, Tartrate utilization) tests and classic-PCR method which were used primer sets designed to gene regions responsible from toxine production [syringomycin (SyrB), coronatine (cfl) and yersiniabactin (irp1)] to discriminate for pathogen bacteria. Biocontrol studies against the identified pathogens were carried out using bacteriophages and beneficial bacteria (BB) under growth chamber conditions. Out of eleven pathogenic bacteria were isolated from 44 infected plant samples taken from cherry orchards showing bacterial canker symptoms. As a result of diagnostic tests, 10 of the isolates were identified as Pss. In plant growth chamber studies with BB and bacteriophages on micropropagated sweet cherry seedlings, disease severity was detected on the control plants inoculated with Pss as 48.1 %. Ten days after patogen inoculation, 30 % of BB treatments and 66 % of bacteriophage treatments reduced disease severity more than 50 % with respect to that of positive control.