İshalli köpeklerden elde edilen escherıchıa colıizolatlarının patotipik ve filogenetik özelliklerininincelenmesi
Investigation of pathotypic and phylogenetic characteristicsof escherichia coli isolates obtained from dogs with diarrhea
Yazar: ABDULLAH SERBEST
Danışman: PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Bu çalışmada evcil köpeklerden elde edilen intestinal patojenik Escherichia coli
(DEC) izolatlarının patotiplerinin, filotiplerinin ve antimikrobiyal direnç durumlarının
değerlendirilemesi ve arasındaki ilişkilerinin analiz edilmesi amaçlandı.
Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada, 40 ishal ve 40 ishal olmayan evcil köpekten alınan rektal
sürüntü örneklerinden elde edilen 200 E. coli izolatı materyal olarak kullanıldı. E. coli
izolasyonları klasik konvansiyonel yöntemler ile gerçekleştirildikten sonra identifikasyonlar
BD Phoenix 100 sistemi kullanılarak yapıldı. Genotipik olarak da polimeraz zindir reaksiyonu
(PZR) ile doğrulandı. İzolatların patotipleri grupları multipleks PZR ile belirlendi. Antibiyotik
duyarlılık testlerinde BD Phoenix 100 otomatize sistem kullanıldı.
Bulgular: Patotiplendirme çalışmaları tüm E. coli izolatlarının EHEC (%47,2), EPEC
(%34,5), ETEC (%12,8), EIEC (%5,5) patotiplerinde bulunduğunu; filotiplendirme
çalışmaları ise izolatların filogrup B2 ve C (%23,7), D (%20,0), B1 (%12,7), E (%9,0), F
(%3,6) ve A (%1,8) filotiplerinde yer aldığını gösterdi. Antibiyotik duyarlılık test sonuçları
izolatların tüm %78,2'sinin çoklu antibiyotik direncine (MDR) sahip olduğunu ortaya koydu.
Köpeklerin klinik durumu ile ampisilin, amoksisilin klavulonat, siprofloksasin ve tigesiklin
direnci arasında anlamlı bir istatistiksel ilişki tespit edilirken; izolatların çoklu antibiyotik
direnç durumları, patotipleri ve filotipleri arasında anlamlı bir istatistiksel ilişki saptanmadı.
Sonuç: Köpek izolatlarında DEC patotiplerine özgü virülans genlerinin varlığı ishal olan
köpekler kadar sağlıklı görünümlü evcil köpeklerin insan enfeksiyonlarının potansiyel bir
kaynağı olabileceğini ve çok farklı filogrupların varlığı E. coli popülasyon çeşitliliğini ortaya
koyarken; çoklu antibiyotik direnci taşıyan izolatların yüksek oranı enfeksiyonların tedavisi
ve kontrolü için antibiyotik seçiminin özenle yapılması gerekliliğini belirtmektedir

Abstract:
Objective: This study aimed to evaluate the pathotypes, phylogroups, and antimicrobial
resistance profiles of intestinal pathogenic Escherichia coli (DEC) isolates obtained from pet
dogs and analyze their relationships.
Material and Methods: In this study, 200 E. coli isolates obtained from rectal swab samples
taken from 40 diarrheal and 40 non-diarrheal domestic dogs were used as material. After E.
coli isolations were carried out using classical conventional methods, identifications were
made using the BD Phoenix 100 system. It was confirmed genotypically by polymerase chain
reaction (PCR). The pathotype groups of the isolates were determined by multiplex PCR. BD
Phoenix 100 automated system was used in antibiotic susceptibility tests.
Results: The pathotyping studies revealed that all E. coli isolates were found to be in EHEC
(47.2%), EPEC (34.5%), ETEC (12.8%), and EIEC (5.5%) pathotypes, while the
phylogenetic studies showed that the isolates belonged to phylogroups B2 and C (23.7%), D
(20.0%), B1 (12.7%), E (9.0%), F (3.6%), and A (1.8%). Antimicrobial susceptibility testing
results indicated that 78.2% of the all isolates exhibited multidrug resistance (MDR).
Significant statistical associations were found between the clinical status of dogs and
resistance to ampicillin, amoxicillin-clavulanate, ciprofloxacin, and tigecycline. However, no
significant statistical relationships were observed between the isolates' MDR, pathotypes,
phylogroups.
Conclusion: The presence of virulence genes specific to DEC pathotypes in canine isolates
suggests that not only diarrheic dogs but also apparently healthy domestic dogs could
potentially serve as a source of human infections. Additionally, the existence of various
phylogroups highlights the diversity within the E. coli population, and the high prevalence of
isolates carrying multiple antibiotic resistances underscores the necessity for careful antibiotic
selection in the treatment and control of these infections.