hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Türkiye'nin yerel kırsal kalkınma strateji içerisinde rekabet edilebilir bir tarım sektörü için finansal kaynakların planlanması üzerine bir araştırma
A research on the planning of financial resources for a competitive agriculture sector within the framework Turkey's local rural development strategy
Yazar: ONUR TERZİ
Danışman: PROF. DR. MEHMET METİN ARTUKOĞLU
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı / Tarım Politikası ve Yayım Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Ekonomi = Economics ; Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu tezde tarım sektörünün finanse edilmesi sürecinde nasıl bir yol izlenmesi gerektiği ve planlama yaklaşımlarında dikkat edilmesi gereken unsurlar incelenmiştir. Bu kapsamda saha araştırması yapılmış ve çok sayıda çiftçi ile görüşmeler yapılarak tarımsal üretim yapısı, gelir durumu, finansman kullanım alışkanlıkları ve sektöre ilişkin tutum ve tercihleri ortaya koyulmuştur.
Toplanan veriler ışığında tarım sektörünün finansman ihtiyacının dinamikleri tespit edilmiş ve çiftçilerin finansman kullanımına ilişkin durumları açıklanmıştır. Bu süreçte çiftçilerin yaşadığı sorunlar ve karşılaşılan problemlere dikkat çekilmiştir.
Araştırma kapsamında toplanan tüm veriler ışığında çiftçilerin gelirlerini artırma ve dolayısıyla kendi refahını artırma sürecine katkı yapabilecek, ülkenin rekabet gücüne olumlu katkı sağlayabilecek finansal kaynaklar önerilmektedir.

Abstract:
In this thesis, the way to follow the financing of the agricultural sector and the factors that should be considered in planning approaches are examined. In this context, field research has been conducted and the agricultural production structure, income status, financing usage habits and attitudes and preferences regarding the sector have been revealed by conducting interviews with many farmers.
With this data collected, the dynamics of the financing needs of the agricultural sector were determined and the situation of farmers regarding the use of financing was explained. During this process, attention was drawn to the problems experienced by farmers and the problems encountered.
As a result, within the scope of the research, financial resources that can contribute to the process of increasing the income of farmers and thus their own welfare and that can contribute positively to the competitiveness of the country are recommended.
Biyomedikal kullanım için gözenekli bakteriyel selüloz üretimi ve karakterizasyonu
Production and characterization of porousbacterial cellulose for biomedical use
Yazar: DORUK DENİZ İLMENÖZ
Danışman: PROF. DR. ELİF ESİN TUNA
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomedikal Teknolojiler Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Biyouyumlu, üretimi kolay, yüksek çekme dayanımı gösteren, nanofibril ağ yapısı ile
yüksek su tutma özelliğinde olan Bakteriyel selüloz (BS) bazı mikroorganizmalar tarafından
üretilen doğal bir polimerdir. Medikal uygulamalar için iyi bir aday olan BS, membran
yapısı nedeniye deri ikamesi çalışmalarında da potansiyel taşımaktadır. Ancak, sıkı olan
nanoselüloz fiberleri hücre tutunması ve göçüne imkân vermemektedir. Bu tez kapsamında
deri ikamesi olarak kullanılabilecek yeterli gözenek çapına sahip BS'nin in situ üretimi,
keratin ile modifikasyonu ve karakterizasyonu amaçlanmıştır.
Glucanoacetobacter xylinus ATCC 700178 suş kullanılarak iki farklı yöntemle (agar
parçalama ve agar damlatma) selüloz nanofibrilleri arasındaki gözenek çapı arttırılarak
üretilen BS daha sonra derinin önemli bir bileşeni olan keratin ile modifiye edilmiştir.
Keratin kaynağı olarak atık insan saçları kullanılmış ve Shindai özütlemesi ile keratin elde
edilmiştir. Keratin çözeltisi BS membranlarına emdirilerek malzemenin karakterizasyonu
FTIR (Fourier dönüşümlü kızıl ötesi spektrometresi), SEM (Taramalı elektron mikroskobu)
ve fiziksel dayanım testleri ile gerçekleştirilmiştir. Sonuçta, yeterli gözenek çapına sahip
(>100μm) yapısında keratin içeren ve 0,5- 1N dayanıma sahip, deri ikame adayı BS üretimi
gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
Bacterial cellulose (BS), which is biocompatible, easy to produce, has high
tensile strength, has high water retention with its nanofibrile network structure, is a
natural polymer produced by some microorganisms. Being a good candidate for
medical applications, BS also has potential in skin substitution studies due to its
membrane structure. However, dense nanocellulose fibers do not allow cell attachment
and migration. In this thesis, in situ production, modification and characterization of
BS with adequate pore diameter that can be used as skin substitution is aimed.
BS was produced by using Glucanoacetobacter xylinus ATCC 700178 strain
by two different methods (agar spliting and agar dropping) by increasing the pore
diameter between cellulose nanofibrils and then modified with keratin, an important
component of the skin. Waste human hair was used as the source of keratin and keratin
was obtained by Shindai extraction. The characterization of the material by absorbing
the keratin solution into BS membranes was carried out by FTIR (Fourier transform
infrared spectrometer), SEM (Scanning electron microscope) and physical strength
tests. As a result, BS was produced with a pore diameter (> 100 μm) containing keratin
and a 0,1-1N strength.
Deniz yapıları inşaat projelerinde risk yönetimi
Risk management in marine structure construction projects
Yazar: MEHMET EMRE ATLI
Danışman: DOÇ. DR. GÜLBEN ÇALIŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: İnşaat Mühendisliği = Civil Engineering

Özet:
Deniz yapılarının inşaatı, inşaat faaliyetlerinin çoğu su altında gerçekleştirildiğinden, diğer inşaat türlerine kıyasla çeşitli yüksek risklere maruz kalmaktadır. Ayrıca, deniz yapıları şantiyelerinde ekstra malzeme, tesis veya işçiliğin bulunmaması ve sektörde teknik deneyim eksikliği risklerin etkisini artırarak maliyet aşımına, zaman gecikmesine ve kalitesizliğe neden olabilmektedir. Bu nedenle, deniz yapılarında risklerin azaltılması ve kontrol edilmesi yönetim faaliyetlerinin önemli bir parçasıdır. 
Bu çalışma, deniz yapıları inşası için sistematik bir risk analizi çerçevesi geliştirmeyi amaçlamaktadır. Bu kapsamda, bir alan çalışması gerçekleştirilmiş ve deniz projelerinde karşılaşılan önemli risk faktörleri belirlenmiştir. Riskler sekiz kategori altında gruplandırılmıştır: (1) politik, (2) finansal; (3) sözleşme ve onay, (4) çevresel, (5) dizayn, (6) işçi sağlığı ve iş güvenliği, (7) tedarikçi ve altyüklenici, (8) inşaat. Bunun yanında her bir riskin puanı ve maliyeti hesaplanmıştır. Ayrıca, risk azaltma stratejileri ve karşı önlemlerin maliyeti belirlenmiştir. Bu çalışmanın, inşaat profesyonellerine riskleri azaltma ve kontrol etme ve dolayısıyla deniz yapı inşaatında proje yönetimini etkin bir şekilde iyileştirme konusunda faydalı olacaktır.

Abstract:
Construction of marine structures is exposed to diverse high risks compared to other types of construction work since most part of construction activities are carried out underwater. Furthermore, unavailability of extra material, plant or labour in the marine structure construction sites as well as the lack of technical experience in the sector increase the impact of risks, which can cause cost overrun, time delay and poor quality. Therefore, reducing and controlling risks are important parts of the management activities in marine constructions. 
This study aims to develop a systematic risk analysis framework for marine structure constructions. Within this scope, a case study was carried out and major risk factors encountered in marine projects were identified. Risks were grouped under eight categories: (1) political, (2) financial; (3) contract and approval, (4) environmental, (5) design, (6) occupantional health and safety, (7) supplier and subcontractor, (8) construction – related. In addition, the risk scores as well as the cost of each risk factor were calculated. Besides, risk mitigation strategies and the cost of countermeasures were identified. This work will be beneficial to construction professionals in reducing and controlling risks, and, thus, effectively improving project management in marine structure construction.
Otantiklik problemi ve Heidegger'de otantikliğin zamansallıkla ilişkisi
Problem of authenticity and authenticity with relation to temporality in Heidegger
Yazar: BİLGE SALUR
Danışman: PROF. DR. CİHAN CAMCI
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Felsefe Ana Bilim Dalı / Felsefe Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Felsefe = Philosophy
Dizin: Dasein = Dasein ; Felsefi düşünce = Philosophical thought ; Heidegger, Martin = Heidegger, Martin ; Modernlik = Modernity ; Otantiklik = Authenticity ; Zamansallık = Temporality

Özet:
Modernite otantik benlik konusunda tartışmaları da meydana getirmiştir. Modernlik tartışmalarından doğan otantiklik ideali, Romantik perspektif ve varoluşçu felsefe tarafından çeşitli biçimlerde ele alınmıştır. Bu çalışmada otantik benlik idealini ele alan düşünürlerde bu imkânın izi sürülmüştür. Çalışmanın merkezinde ise otantiklik konusunda kendisine dönmenin zorunlu sayılabileceği Heidegger'in felsefesi, özellikle otantiklik-zamansallık ilişkisindeki yorumunun bu probleme katkısı gösterilmiştir. Bu bağlamda, Heidegger'in otantik benlik anlayışı, farklı bir okuma sunarak bu sorunun çözümüne alternatif bir düşünmeyi sağlamaktadır.

Anahtar Kelimeler: Heidegger, otantiklik, Dasein, zamansallık, modernlik

Abstract:
Modernity has also brought about debates on the authentic self. The ideal of authenticity which arising from the discussions of modernity has been addressed in various ways by the Romantic perspective and Existentialist philosophy. In this study, this possibility has been traced in thinkers who deal with the authentic self -ideal. In the center of the study, the contribution of Heidegger's philosophy, especially his interpretation in the relationship between authenticity-temporality, which can be deemed necessary to return to him on authenticity, has been shown. In this context, Heidegger's understanding of the authentic self, providing a different reading and an alternative to the solution to this problem.

Key Words: Heidegger, authenticity, Dasein, temporality, modernity
Zedelenebilirlik ölçümü olarak baskınlık
Domination as a measure of vulnerability
Yazar: CEM ERKAL
Danışman: DOÇ. DR. AYSUN AYTAÇ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Matematik = Mathematics

Özet:
Graf teoride birçok zedelenebilirlik parametreleri vardır. Bu lar arasindan bağımsızlık ve baskınlık en çok çalışılan iki zedelenebilirlik parametresidir.

 Bu tez çalışmasında son zamanlarda yeni bir graf parametresi olan bağımsız kesişen baskınlık parametresi çalışılmıştır.

 Network modeli olarak olsukça fazla kullanılan graflardan yol graf, çevre graf, tam graf, yıldız graf, tekerlek graf, iki parçalı tam graf gibi bazı bilinen grafların tümleyen prizmalarının bağımsız kesişen baskınlık değerleri için bazı sonuçlar elde edilmiştir.

Abstract:
Many vulnerability parameters available in graph theory. Among these independent and domination are the two most studied parameters.
 
 In this thesis, the independent transversal domination number has been studied. 
The complementary prisms of some known graphs such as path graph, cycle graph, complete graph, star graph, wheel graph, complete bipartite graph and their independent transversal dominating parameters are studied.
İzmir ili konut inşaatlarında kullanılan çimento, kaolin ve tuğlalarda radyonüklid içeriğinin saptanması
Determination of radionuclide content in cement, kaolin and bricks used in housing constructions in İzmir proteince
Yazar: ARİF ÖZULUS
Danışman: PROF. DR. AYSUN UĞUR GÖRGÜN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Nükleer Bilimler Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Halk Sağlığı = Public Health ; Nükleer Mühendislik = Nuclear Engineering

Özet:
Bu tezde İzmir ili inşaat yapımında kullanılan çimento, tuğla, granit ve kaolin örneklerindeki %K eU(Ra) (ppm) ve eTh (ppm) konsantrasyonları ile 226Ra, 232Th ve 40K aktivite konsantrasyonları, yüksek enerjili gama spektrumlarının analizi ile hesaplandı. Çalışmada 6 ayrı çimento,3 tuğla, 3 granit ve 9 ayrı kaolin örnekleri incelenmiştir.
Sonuçlarda tuğla örneklerinde konsantrasyonların hammaddelerin orijinlerine bağlı olarak değiştiği bulundu. Çimento örneklerinde konsantrasyonların çimentonun içindeki katkı maddelerine göre değiştiği gözlendi. Balıkesir ili Sındırgı ilçesine bağlı Düvertepe kaolin ocaklarından alınan kaolin örneklerindeki aktivite konsantrasyonlarının standartlara uygun olduğu ve kullanımının sakıncalar doğurmayacak durumda olduğu gözlendi. Materyallerde çeşitli ülkelerde verilen aktivite sınırlamalarının aşılmadığı gözlendi. Ayrıca materyallerden kaynaklanabilecek yıllık doz oranları (mrem/yıl) tahmini yapıldı. Sonuçlar literatürdeki değerlerle karşılaştırıldı.

Abstract:
In this thesis,% K eU (Ra) (ppm) and eTh (ppm) concentrations and 226Ra, 232Th and 40K activity concentrations of cement, brick, granite and kaolin samples used in the construction of İzmir province were calculated by the analysis of high energy gamma spectra. In this study, 6 different cement, 3 brick, 3 granite and 9 different kaolin samples were examined.
As a result, it was found that the concentrations of brick samples vary depending on the origin of the raw materials. It was observed that the concentrations in the cement samples changed according to the additives in the cement. It was observed that the activity concentrations in kaolin samples taken from Düvertepe kaolin quarries of Balıkesir province Sındırgı district were in compliance with the standards and their use was in a condition that would not cause any problems. It was observed that the activity limits given in various countries were not exceeded in the materials. In addition, annual dose rates (mrem / year) that may be caused by materials were estimated. The results were compared with the values in the literature.
Nöronlarla makrofajların ın vıtro etkileşiminin incelenmesi
Investigation of in vitro interaction of macrophages with neurons
Yazar: ZEHRA GÜL MORÇİMEN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLİN ŞENDEMİR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Apoptotik hücrelerin, makrofajların oluşturacağı anti-inflamatuar ve pro-inflamatuar yanıtları düzenlediği düşünülmekte, fakat her bir hücre tipi için bu etkinin hangi yönde olduğu tam olarak bilinmemektedir. Buna bağlı olarak yapılan tez çalışmasında apoptotik nötrofillerin ve nöronların ve hücre sayısının artmasının makrofaj fenotipine etkisi belirlenmeye çalışılmıştır. Yüksek lisans tezi kapsamında yapılan çalışmada, makrofajların merkezi sinir sistemi (MSS) hasarındaki hücresel tepkisine bakılarak nöral doku hasarı onarımına olumlu veya olumsuz etkilerinin aydınlatılması, doku iyileşmesine katkısının belirlenmesi ve apoptotik nöronlar ve nötrofillerle makrofajların kokültürü ile apoptotik sürecin makrofaj fenotipine etkisi incelenmiştir. Anti-inflamatuar gen ifadelerinin değişimiyle incelenen makrofaj fenotiplerinin apoptotik hücrelerin varlığında M0, M1 ve M2 fenotiplerinden farklı olduğu ortaya konmuştur. Bu farklı fenotipin (Mx) hasarlı dokuların iyileşme sürecinde rol oynadığı, M1 fenotipinden M2'ye geçişte belirleyici faktör olduğu ve MSS hasarlarında hücresel artıkların artmasıyla inhibe edilmesinin iyileşmeyi de geciktirdiği belirlenmiştir.  Kronikleşen veya geç iyileşen MSS yaralanmalarında Mx fenotipinin indüklenmesiyle iyileşme süreci hızlandırılabilecektir.

Abstract:
Apoptotic cells are thought to regulate anti-inflammatory and pro-inflammatory responses from macrophages, but it is not exactly known in which direction each cell type affect. In this study, the effects of apoptotic neurons and neutrophils, as well as increase in the number of apoptotic cells on macrophage phenotype was determined. The purpose of the study carried out within the scope of the master's thesis is the illumination of the positive or negative effects of macrophages on central nervous system tissue damage repair by looking at their cellular response, determination of their contribution to tissue healing, and examination of the effects of apoptotic neurons and neutrophils on macrophage phenotype by their in vitro coculture. It has been demonstrated that macrophage phenotypes examined by the change of anti-inflammatory gene expressions are different from M0, M1 and M2 phenotypes in the presence of apoptotic cells. It is stated that this different phenotype (Mx) is the determining factor in the transition from M1 phenotype to M2, in which damaged tissues play a role in the healing process, and inhibition of Mx with increasing cellular residues in CNS damage causes delayed healing. Healing process can be accelerated by inducing Mx phenotype in CNS injuries that become chronic or heal late.
P-laplacian operatörlü karışık türev içeren kesirli sınır değer probleminin pozitif çözümleri
Positive solutions for fractional boundary value problem including mixed derivative with P-laplacian operator
Yazar: İLAYDA ÖZBAŞAK
Danışman: DOÇ. DR. NÜKET AYKUT HAMAL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Matematik = Mathematics

Özet:
Bu tez çalışması giriş bölümü dışında üç bölümden oluşmaktadır.
 İkinci bölümde, tez çalışmasında kullanılacak olan temel tanımlara ve teoremlere yer verilmiştir.
 Üçüncü bölümde, p-Laplacian operatörlü karışık türev içeren kesirli sınır değer probleminin çözümü incelenmiş ve  Avery-Peterson sabit nokta teoremi kullanılarak en az üç pozitif çözümün var olduğu ispatlanmıştır.
 Son bölümde ise bu çalışmalar doğrultusunda elde edilen bilgilerin sonucuna yer verilmiştir.

Abstract:
Without the introduction, the thesis comprises of three chapters.
 In the second chapter, basic notions which will be used in the thesis are given.
 In the third chapter, solutions of p-Laplacian mixed derivative fractional boundary value problem are demonstrated and by using Avery-Peterson fixed point theorem, existence of problem at least three positive solutions are proved.
 In the last chapter, the results obtained from these studies are given.
Türkmen yazarı Hıdır Deryayev'in "Ikbal" romanı üzerinde dil incelemesi (İnceleme-metin-dizinler)
A linguistic analysis on Turkmen author Hıdır Deryayev's novel "Ikbal" (Analysis-text-indexes)
Yazar: ERDEM TAZEGÜL
Danışman: PROF. DR. GÜRER GÜLSEVİN
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Türk Dili ve Lehçeleri Ana Bilim Dalı / Türk Dili ve Lehçeleri Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Türk Dili ve Edebiyatı = Turkish Language and Literature
Dizin: Deryayev, Hıdır = Deryayev, Hıdır ; Dil özellikleri = Language features ; Roman = Novel ; Türkmen edebiyatı = Turkoman literature ; Türkmence = Turkoman language

Özet:
Bu çalışmada Türkmen edebiyatının önde gelen isimlerinden Hıdır Deryayev'in Ikbal isimli romanı (birinci cilt) Türkiye Türkçesine aktarılmış ve dil yönünden incelenmiştir. Çalışmamız temel olarak Giriş, Dil İncelemesi, Metinler, Dizinler ve Sonuç olmak üzere beş ana bölümden oluşmaktadır. Giriş kısmında XX yüzyıl'dan bağımsızlık dönemine kadar Türkmen Edebiyatının tarihi kısaca anlatılmıştır. Hıdır Deryayev'in hayatı, eserleri ve incelememize konu olan metin ele alınmıştır. Dil İncelemesi bölümünde eser Ses Bilgisi ve Şekil Bilgisi alt başlıklarında ayrıntılı bir biçimde incelenmeye çalışılmıştır. Örnek cümlelerin aktarılmış şekilleri de verilmiştir. Metin bölümünde eserin transkripsiyonu ve Türkiye Türkçesine aktarması verilmiştir. Dizinler kısımında söz dizini ve özel adlar dizini bulunmaktadır. Sonuç bölümünde tüm bu çalışmaların neticesinde elde ettiğimiz bulgular maddeler halinde değerlendirilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Türkmen Türkçesi, Hıdır Deryayev, Ikbal, Dil İncelemesi, Dizin

Abstract:
The given study presents linguistic analysis and translation into Turkish of the first chapter of Hidir Deryayev's novel, which was one of the first works in Turkmen literature. The dissertation is structured in five main chapters: Introduction, Linguistic analysis, Texts and Conclusion. Introduction part briefly describes the history of Turkmen literature from the beginning of 20th century till the independence period. There is also aimed to study Hidir Deryayev's biography, works and texts which are the main part of our investigation. There is made an attempt to analyze phonetic and morphologic structures of this work, which are seperately titled. It also includes the samples of the translated sentences. Textual part has transcription and Turkish variant of translation of the work. The index section is alphabetically organized and contains phrase and proper noun indexation. In conclusion we listed all the results of analysis we have reached.

Keywords: Turkmen Language, Hidir Deryayev , Ikbal, Linguistic Analysis, Index
Biyolojik sistemlerdeki Schiff bazlarının model sistemler üzerinde hesapsal yöntemlerle incelenmesi
Investigation of Schiff bases present in biological systems on model systems by computational methods
Yazar: GÜLİN ÜRGENÇ TÜRKAY
Danışman: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology

Özet:
Bu tezde biyolojik model sistemlerde lizin ve bazı isatin türevlerinin Schiff bazı oluşum mekanizmalarının hesapsal yöntemlerle incelenmesi amaçlanmıştır. 
Muhtemel yüklü ve kanonik lizin yapıları ile literatürdeki bilgiler ile belirlenen isatin türevlerinin detaylı konformasyonel analizi yapılmıştır. Konformasyonel analizden elde edilen konformerler B3LYP/cc-PVTZ ve ωB97XD/cc-PVTZ seviyelerinde tamamen optimize edilmiş ve frekans analizinin öznesi olmuşlardır. Bu optimize olan lizin ve isatin yapıları, yukarıda belirtilen seviyelerde, Schiff bazı oluşum reaksiyon mekanizması önermek için kullanılmıştır. Lizin-isatin Schiff bazı oluşum reaksiyon mekanizmasının potansiyel enerji yüzeyindeki reaksiyon koordinatları, farklı optimizasyon prosedürleri kullanılarak elektronik enerji, dipol moment, harmonik titreşim frekansları hesaplanmıştır. 
Sonuç olarak, fizyolojik koşullarda ve nötral reaksiyon koşulları için, biyolojik modellerde lizin ve imin bağının önem arzettiği, basamaklı bir mekanizma önerisi yapılmıştır.
Anahtar sözcükler: Lizin, İsatin, Schiff Bazı, Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi, Moleküler Modelleme, Reaksiyon Mekanizması.

Abstract:
The aim of the study to investigate the reaction mechanism of Schiff base formation between lysine and some isatin derivatives in biological model systems by using computational methods.
Detailed conformational analysis has been carried out for possible charged and canonical lysine structures along with isatin derivatives, that have been determined from literature. Conformers that have been obtained from conformational analysis, were fully optimized and subjected to a frequency analysis at B3LYP/cc-PVTZ and ωB97XD/cc-PVTZ levels of theory. Fully optimized structures of lysine and isatin derivatives have been used for proposing Schiff base formation reaction mechanism at same levels of theory mentioned as above. Reaction coordinates at potential energy surface of lysine-isatin Schiff base formation mechanism have been computed by different optimization procedures. 
In conclusion, at physiological conditions and for neutral reaction conditions, a stepwise reaction mechanism isa proposed based on lysine and imine bond formation reaction in biological models.
Keywords: Lysine, Isatin, Schiff Base, Density Functional Theory, Molecular Modeling, Reaction Mechanism.