Real-time PCR kullanılarak Eğirdir Gölü ve çevresinde iki amfibi patojeninin (Batrachochytrium dendrobatidis ve Ranavirus) yaygınlığının ilk kez saptanması
First time determination of prevalence of the two amphibian pathogen(Batrachochytri̇um dendrobati̇di̇s ve Ranavi̇rus) around Eği̇rdi̇r Lake using real-time PCR
Yazar: DİLAY YUMUK
Danışman: DOÇ. DR. SAFİYE ELİF KORCAN
Afyon Kocatepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu araştırmada, Türkiyenin önemli tatlı su göllerinden biri olan Eğirdir Gölü ve çevresinde IUCN kriterlerine göre Kırmızı Liste'de (Red List) "Nesli tehlike altında bulanan hayvanlar" kategorilerinde yer alan ve azalmakta olduğu ifade edilen Pelophylax caralitanus türü üzerinde Real- Time PCR tekniği kullanılarak ölümcül hastalıklara neden oldukları bilinen iki amfibi patojeni Batrachochytrium dendrobatidis ile Ranavirüs genom equivalentlerine ait primeler kullanılarak ilk tespitinin yapılması ve B. dendrobatidis' in laboratuvar ortamında ilk kez kültüre alınması amaçlanmıştır.
Arazi çalışmaları 2012 ve 2013 yılı olmak üzere 6 lokalite üzerinde iki tekrar halinde yapılmıştır. 2012 yılında yapılan çalışma sonuçlarında %17,02 oranında B. dendrobatidis,   % 0 Ranavirüs pozitif sonuçları  elde edilirken, 2013 yılı çalışmalarında % 45,00 oranında B. dendrobatidis ve % 5,00 oranında Ranavirüs pozitif sonuçlarına ulaşılmıştır. Ayrıca B. dendrobatidis kültür çalışmaları yapılarak mikroskop altında incelenerek sporangia, genç ve olgun sporahif, zoosporangia ve haploid zoospor yapılarına rastlanmıştır. 
Sonuç olarak, tüm dünyada amfibiler için ölümcül hastalıklarla bağlantılı olduğu bilenen ve popülasyon azalmalarına neden olan B. dendrobatidis' in gerek moleküler gerekse mikrobiyal analiz ile diğer polikilotherm hayvanlara kolaylıkla bulaşabilen Ranavirus' ün tarama çalışması yapılarak ülkemizin ilk kayıtları oluşturulmuştur.

Abstract:
In this study, two amphibian pathogens were identified on endemic Pelophylax caralitanus which is located in Eğirdir Lake in Isparta and listed as Near Threatened (NT) on Red List by IUCN and also known as to be decreasing, using the Real – Time PCR (quantitative PCR, qPCR) technique. That two amphibian pahtogens are Batrachochytrium dendrobatidis and Ranavirus (Frog virüs, FV-3). In Eğirdir Lake, that pathogen organisms was determined for  the first time using qPCR technique with specific primers. And also we aimed grow B. dendrobatidis in the medium in laboratuar conditions.
P. caralitanus samples were collected with swab technique for twice between 2012 and 2013 years from 6 localities in field. Results of experiment of 2012 yaer were %17,02 positive for Batrachochytrium dendrobatidis and totaly negative for Ranavirus. On the other hands, results of 2013 were %45 positive for Batrachochytrium dendrobatidis and %5 positive for Ranavirus. Furthermore, we have examined B. dendrobatidis cultures under light microscope and we have detected sporangia, mature and immature sporahifas, zoosporangiums and hapolid zoospores.
Consequently, that two deadly pathogens which responsible deadly disases and decreasing on amphibian populations; determinations of Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) and Ranavirus (Iridoviridae) have been srudied and first records of that pathogens in Eğirdir Lake have determined.