Toxoplasma gondii rekombinant ROP6 proteininin Saccharomyces cerevisiae INVSc.1 suşunda ekspresyonu ve saflaştırılması
Expression and purification of Toxoplasma gondii Recombinant ROP6 protein in saccharomyces cerevisiae INVSc.1 strain
Yazar: TUĞBA KARAKAVUK
Danışman: PROF. DR. MERT DÖŞKAYA ; DOÇ. DR. HÜSEYİN CAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Rekombinant protein üretimi = Recombinant protein production

Özet:
Toxoplasma gondii (T. gondii), neredeyse tüm sıcakkanlı hayvanları ve insanları enfekte ederek toksoplazmozise neden olan zorunlu hücre içi parazittir. Parazitle karşılaşan kişilerden, immün sistemi sağlam olanlarda çoğunlukla hiçbir bulgu görülmezken, immün sistemi baskılanmış kişilerde ölüme varan ciddi klinik tablolar gözlenmektedir. T. gondii hayvancılık sektöründe de koyun ve keçi gibi çiftlik hayvanlarında düşük ya da ölü doğumlara neden olarak büyük boyutlu ekonomik kayıplara yol açmaktadır. Toksoplasmozisli kişilerde kullanılan günümüzdeki hiçbir ilaç tedavi edici özelliğe sahip değildir. Sadece hastalığın ilerlemesini durdurmada etkili olmaktadır. Erken teşhis ve tedavi bu nedenle çok önem kazansa da ne yazık ki çoğunlukla hastalığın teşhisi hastalık %85-90 asemptomatik seyrettiği için çoğunlukla arzu edilen sürede yapılamamaktadır. İlaçların kronik toksoplazmoziste ise hiçbir etkisi gösterilememiştir. Bu nedenlerle, T. gondii'ye karşı aşı geliştirmek büyük önem taşımaktadır. Bu tez çalışmasında aşı formülasyonlarında kullanılmak üzere T. gondii rekombinant ROP6 proteininin Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) hücrelerinde ekspresyonu ve saflaştırılması hedeflenmiştir.
Bu amaçla, mikroarray taraması sonucu güçlü bir aşı adayı olabileceği belirlenen ROP6 proteini biyoinformatik ve immünoinformatik analizler gerçekleştirilmiştir. Bu tasarımın ardından rekombinant ROP6 proteininin güçlü bir aşı adayı olabileceği saptanmış ve ilk kez S. cerevisiae hücrelerinde eksprese edilmiştir. Altakım aşamasında dört farklı hücre duvarı yıkma yöntemi denenerek maya hücrelerinde üretilen protein elde edilmiş ve aralarındaki farklılıklar değerlendirilmiştir. Elde edilen rekombinant ROP6 proteini, sonrasında affinite kromatografi ile saflaştırılmış ve bu proteinin T. gondii'ye karşı aşı formülasyonunda kullanılabileceği saptanmıştır.

Abstract:
Toxoplasma gondii (T. gondii) is an obligate intracellular parasite that infects almost all warm-blooded animals and humans, causing toxoplasmosis. Generally, when a person encounters with T.gondii,  no symptoms are observed in individuals with intact immune system, contrarily serious clinical symptoms even death can be seen in immunosuppressed individuals. T. gondii causes miscarriages or stillbirths in farm animals such as sheep and goats, which are also economically important in animal husbandry. Currently, available drugs are only effective in controlling the progression of the disease if administered as early as possible. Although early diagnosis and treatment are very important for this reason, unfortunately, the diagnosis of the disease is mostly not made in the desired time since the disease progresses 85-90% asymptomatically. Medical therapy has no use during the chronic phase of the disease. For these reasons, it is of great importance to develop a vaccine against T. gondii. In this thesis, we aimed to express and purify T. gondii recombinant ROP6 protein in Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) cells to be used in vaccine formulations.
To achive our goal, ROP6 protein, which was found to be a strong vaccine candidate by using microarray scanning, was evaluated with various bioinformatic and immunoinformatic analyses. Following this design, we believed that the recombinant ROP6 protein could be a potent vaccine candidate and for the first time in literatüre it was expressed in S. cerevisiae cells for the first time. In order to obtain the protein produced in yeast cells in the downstream stage, four different cell wall destruction methods were applied and the differences between them were evaluated. After these procedures, the recombinant ROP6 protein was purified by affinity chromatography. As a result of our research, we accredit recombinant ROP6 protein to be used in vaccine formulation against T. gondii.