Pre-perinatal dönemde ayırıcı tanıda osteogenezis imperfekta düşünülen olgularda yeni nesil dizilemenin kesin tanıya katkıs /
Yazar: LEYLİ ŞENTÜRK
Danışman: PROF. DR. ZEHRA OYA UYGUNER ; DR. ÇAĞRI GÜLEÇ
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Kemik dansitesi = Bone density ; Osteogenez-imperfekta = Osteogenesis-imperfecta ; Prenatal teşhis = Prenatal diagnosis ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
Giriş: Osteogenezis İmperfekta, ISDS sınıflamasında 'azalmış kemik dansitesi' grubunda yer alan ve sıklığı 1/10,000-20,000 arasında bildirilen, şiddeti ve başlama yaşı perinatal letal formlardan, ilerleyen yaşlarda saptanan hafif formlara kadar değişkenlik gösteren bir hastalıktır. Major bulguları, azalan kemik kitlesi, kemik kırılganlığında artış, mavi sklera, dentinogenezis imperfekta, işitme kaybı, laksite, artmış eklem hareketliliği, kısa boy, kolay morarma, göz, kardiyo-pulmoner ve nörolojik anomalilerdir. Olguların %85'i Tip-1 kollajeni kodlayan genlerin dominant mutasyonlarıyla ilişkili olup, son 15 yılda sentez, katlanma, posttranslasyonel modifikasyonlar, şaperon fonksiyonları ve osteoblastik aktivite gibi farklı görevlere sahip proteinlerin resesif mutasyonlarıyla da ilişkilendirilmiştir.
Yöntemler: Bu çalışmada, İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik AD polikliniğinde, 2000- 2019 tarihleri arasında  pre/perinatal  dönemde  ayırıcı  tanıda  OI  tanısı  alan  26  fetal olguda, Ion Torrent platformunda özgün tasarlanan OI ve azalmış mineralizasyon ilişkili 26 geni kapsayan panel-gen testinde, yeni nesil dizileme tekniğiyle (YND) elde edilen varyantlar değerlendirildi.
Sonuçlar: ACMG kriterleri baz alınarak değerlendirilen 26 olguda 4 farklı gende (COL1A1, COL1A2, IFITM5, P3H1), toplam 17 varyant saptandı (tanı, %65,3). Olası patojenik varyantlar Sanger dizi ile doğrulandı, uygun ailelerde segregasyon analizi yapıldı. Patojenik varyant saptanmayan olgularda, MLPA analiziyle COL1A1 genindeki olası delesyon/duplikasyonlar dışlandı. Tüm olgu grubunda YND sonuçlarında kopya sayısı varyant (KSV) analiz programı kullanılarak büyük delesyon ve duplikasyonlar dışlandı.
Tartışma: Bu çalışmada, tasarlanan panel-gen testinin OI'nın moleküler tanısındaki etkinliği, olası genotip-fenotip korelasyonu ve letal iskelet displazilerinde genetik danışmanın önemi vurgulandı.
Anahtar Kelimeler: OI, YND, genetik danışma, letal

Abstract:
İntroduction: Osteogenesis Imperfekta (OI) incidence is reported to 1/10,000-20,000. The severity and age of onset of the disease may vary from severe forms that are fatal in the perinatal period to mild forms detected later in life. Major findings are decreased bone mass, increased bone fragility, blue sclera, dentinogenesis imperfecta, hearing loss, laxity, increased joint mobility, short stature, easy bruising. In the last 15 years, despite the discovery of new genes, 85% of cases are associated with dominant mutations in genes encoding type 1 collagen.

Methods: In this study, we evaluated 26 fetal cases with OI in differential diagnosis in pre / perinatal period between 2000 and 2019 in Istanbul Medical Faculty, Department of Medical Genetics, with panel-gene test through the next generation sequencing tecnics

Results: We have identified total of 17 pathogenic variants in four genes (COL1A1, COL1A2, IFITM5, P3H1) in 26 different cases. Gross deletions and duplications in COL1A1 gene are excluded by MLPA in cases with no identified known mutations, furthermore all samples are investigated and exluded for copy number variants (CNV) in Ion Reporter analysis program for genes in the panel.

Discussion: Our study conducted in our Medical Genetics department, efficacy and contribution of panel- gene test in molecular diagnosis of OI are evaluated, genotype-phenotype correlation and importance of providing complete genetic counseling is emphasized.









Key Words: OI, NGS, genetic counseling, lethal