Bitki ıslahında genotip seçim tahminlerinin istatistik metotlarla oluşturulmasında çevrim içi bir uygulama
Online application of genotype selection estimations in plant breeding with statistical methods
Yazar: BENGÜ KOYUNCU
Danışman: DOÇ. DR. MURAT GÖK
Yalova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control ; Biyoistatistik = Biostatistics

Özet:
Bitki ıslahı, insanların yarar ve ihtiyaçları doğrultusunda, bitkiler üzerinde yapılan birtakım değişimlerin ve genetik gelişimlerin sanatı ve bilimidir. Başka bir deyişle bitki ıslahı, genetik ve sitogenetik prensiplerine dayalı bir bilimdir. Uygarlığın başlangıcından bu yana, bitki ıslahı binlerce yıldır uygulanmaktadır. Bu uygulamalar istenilen özelliklere sahip bitkilerin seçilmesinden daha karmaşık moleküler tekniklere kadar birçok farklı yöntemle gerçekleştirilmektedir. 
Bitki ıslahında yapılan çalışmalar, insanoğlunun neolitik veya geç taş devri döneminde bitkileri kültüre almasıyla başlamış ve 19. yüzyılda Darwin'in kendilemenin etkileri ve evrim teorisi ile devam ederek gelişen teknoloji ve değişen çevre şartlarıyla günümüze kadar gelmiştir. 
Değişen çevre şartları ve iklim koşulları, artan nüfus bitki ıslahının temel amacı olan verim değerinin yanında, hastalıklara karşı daha dirençli, oluşan değişimlere kolay adapte olan ve daha kaliteli bireyler oluşturmak gibi ek hedefleri getirmiş ve ıslahçı bu amaçlar doğrultusunda oluşan genotip kombinasyonları içeren yoğun veriler üzerinde çalışmak zorunda kalmıştır. Islahçı, bu yoğun verilerden anlamlı sonuçlar elde etmek ve en iyi genotipi seçmek için biyometri biliminden faydalanmaktadır. Biyometri, istatistiksel ilkelerin, tıp, halk sağlığı veya biyoloji ile ilgili soru ve sorunlarından elde edilen sayısal verilerin, toplanması, sunulması, analizi ve yorumlanması ile ilgilenen uygulamalı bir matematik dalıdır.
Son yıllarda sayısal dünyadaki hızlı gelişmeler, biyometri çalışmalarını da etkilemiş ve birçok yazılım araştırmacıların kullanımına sunulmuştur. Bu yazılımlardan bitki ıslahçıları, yeni bir birey (genotip) elde etmek için faydalanmaktadır. Ancak bu programların birçoğu ücretli, kullanımı zor, karmaşık ve yabancı kaynaklıdır. Ayrıca bu programlar ıslah araştırmacısının beklentileri doğrultusunda hazırlanmadıkları için pek çok analiz, farklı program parçacıkları bir araya getirilerek yapılmakta ve buda zaman, iş gücü vb. kaynakların kaybına neden olmaktadır. Bu ve benzeri kıstaslar bir araya getirilerek, tarımsal faaliyetlerde ıslah programlarının içerisinde yer alan ve en temel amaç olan genotip seçimi için alternatif çevrim içi bir uygulama olan, www.bresa.yalova.edu.tr adresinde yer alan BRESA yazılımı geliştirilmiştir. N katmanlı mimari kullanılarak tasarlanan yazılım ile bitki ıslahçısı elinde bulunan verim, lokasyon ve tekrar öznitelikleri ile genel ortalama analizi dışında varyasyon, asgari önemli farklılık, birleşik analizleri de yaparak elindeki genotiplerden en iyi genotipi görme ve istatistiki olarak değerlendirme imkânı bulmuştur. Ayrıca istatistik programlarında yer almayan ve sadece bitki ıslah programlarına özel olarak hazırlamış olduğumuz 'İdeal Çevre Analizi' ile ıslahçı mevcut lokasyonlardan iyi, kötü ve ideal çevreleri görebilmekte ve bu çevre şartlarına göre genotip verimlerini değerlendirebilmektedir. Yine çoklu lokasyonlarda çalışan araştırmacılar için tek bir menü kullanılarak stabil (farklı çevre şartlarından, verim parametresi ortalama bir değer aralığında olan genotip) genotipi seçme ve 'Birleşik Analiz Raporlama' ile elde bulunan tüm veriler doğrultusunda genotipleri kıyaslama imkanı sunulmuştur.

Abstract:
Plant breeding is the art and science of some changes and genetic developments on plants in line with the benefits and needs of humans. In other words, plant breeding is a science based on genetic and cytogenetic principles. Since the beginning of human civilization, plant breeding has been practiced for thousands of years. These applications can take place in a variety of techniques, from selecting plants with the desired properties to more complex molecular techniques. 
Studies on plant breeding began with the cultivation of plants during the Neolithic or late stone age of human beings and continued in the 19th century with the effects of Darwin's self-evolution and evolution theory, and have survived to the present day with developing technology and changing environmental conditions.
Changing environmental conditions and climatic conditions, as well as the main purpose of the growing population plant breeding yield value, more resistant to diseases, adapt to the changes that are easy to adapt and to create more quality individuals have brought additional targets and genotypes formed in accordance with these goals to work on intensive data. had to. The breeder uses biostatistics science to obtain meaningful results from these intense data and select the best genotype. Biostatistics is a branch of applied mathematics that deals with the collection, presentation, analysis and interpretation of statistical principles, numerical data from questions and problems related to medicine, public health or biology.
In recent years, the rapid developments in the digital world have affected the studies in biostatistics, and many software have been made available to researchers. Breeders make use of this software to obtain a new individual (genotype). However, many of these programs are paid, difficult to use, complex and foreign. In addition, since these programs are not prepared in line with the expectations of the breeding researcher, many analyzes are carried out by bringing together different program particles and this results in time, labor and so on. loss of resources. By combining these and similar criteria, BRESA software, which is an alternative web-based application for genotype selection, which is one of the main objectives of the breeding programs in agricultural activities, has been prepared by using n-tier architecture, and with the yield, location and repetition parameters In addition to the general average analysis, variation, minimum significant difference, combined analysis of the best genotype of genotypes in hand and the opportunity to see the statistical evaluation. In addition, with the  Ideal Environmental Analysis, which is prepared exclusively for breeding programs, which is not included in any statistical program, the breeder can see the good, bad and ideal environments from the existing locations and evaluate the genotype yields according to these environmental conditions. For researchers working in multiple locations, a single menu was used to select a stable and compare genotypes with all available data with 'Combined Analysis Reporting'.