C# programıyla hazırlanan yeni bir yük terimini kullanarak biyo-aktif bileşiklerin CoMCET programıyla 6D-QSAR incelenmesi
6D-QSAR studies with CoMCET software of bio-active compounds using a new charge term prepared on the C# programming
Yazar: EMRE CEYHAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. İLHAN ÖZER İLHAN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
QSAR; organik ve inorganik kimya, tıbbi kimya, biyokimya, ilaç tasarımı ve maddebilimindeki kendi uygulamaları kadar bilgisayar destekli metotlar ve hesaplamalıteknikler yönünden hepsi üzerinde şimdi oldukça nitelikli sonuçları kapsayan uluslararası bir alandır. CoMCET'in başarısı, aktiviteyi optimize etmek için yapıdüzenlemelerini tahmin etmek ve üç boyutlu yapı-aktivite ilişkisini tanımlamak içinyöntem kullanılarak konvulsant/antikonvulsant bazı serisinde kanıtlanmıştır. Bu metotmoleküllerin aktivitelerini tahmin etmek kadar onların biyolojik etkileşim modellerininanlaşılmasında da önemli bir ilerleme sağlar. Daha fazla bilgi, bir 6DQSAR türetmekiçin istatistiksel analizin kullanıldığı sette moleküllerin tüm çiftleri arasındaki benzerindisleri, bir matristen elde edilebilir. Yeni yük terimi, 6DQSAR hesaplamalarında yapıve aktivite arasındaki ilişkinin daha verimli ve anlamlı olması için geliştirilmiştir. Bumetotta kısmi fonksiyonlara göre molekülü oluşturan atomların elektron yoğunluğuçekirdeğin çekme alanına bağlı olmaktadır. MO'in(moleküler orbital doğrusal bileşimi)enerjisi ve sıcaklığın bir fonksiyonu olarak her bir MO için Boltzmann dağılımınıdikkate alarak kısmi yüklü bir formül elde ettik. Öncelikle, bu yükü hesaplamak içinbütün işgal edilmiş MO'daki her bir atomun katsayılarının kareleriyle fonksiyonunçarpılmasıyla bir toplam, 1'e eşitlenmiştir. İkinci olarakta, valens electron dağılımı veonun enerjisine bağlı olan kısmi yüklerin toplamı nötral bir molekül için sıfırbulunmalıdır.Anahtar Kelimeler:İlaç etkileşimi, aktivite analizi, elektron topolojik yöntemi,orbitaller.

Abstract:
SAR is now the international forum covering high-quality results on all aspects ofcomputer-assisted methods and combinatorial techniques, as well as their applicationsin organic and inorganic chemistry, medicinal chemistry, biochemistry, drug design,and materials science. The success of CoMCET is attested to in the some series of theconvulsant/anticonvulsant using the procedure to describe three-dimensional structure-activity relationships and to predict structural modifications for optimizing activities.This method offers a significant advance both in the understanding of the model ofbiological interaction of the molecule as well as modeling and predicting its activity.More information can be obtained from a matrix of the similarity indices between allpairs of molecules in the set using the statically analysis to derive a 6D-QSAR. Newcharge term has been developed for more productive and meaningful conjunctionbetween structure and activity of 6D QSAR calculations. In this method, the electrondensity of the constituent molecular atoms according to a partitioning function isdepending on the field of nucleus. Taking into account the Boltzmann population foreach MO(Linear combination of molecular orbital) as a function of its energy andtemperature we get a formula of partial charges. To calculate this charge, firstly, a sumby multiplying the function with square of each atom?s coefficients in all occupied MOis setting to 1. Secondly, the sum of partial charges depending on the valence electrondistribution and its energy must be found as zero for neutral molecule.Keywords: Drug interactions, activity, electron topological method, orbitals.