Hastane enfeksiyon etkeni olarak acinetobacter baumannii epidemiyolojisinin rep-PCR ile araştırılması
Epidemiological investigation of nosocomial acinetobacter baumannii infection with rep-PCR
Yazar: HARUN GÜLBUDAK
Danışman: PROF. DR. GÖNÜL ASLAN
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Bu çalı?mada, hastane kaynaklı Acinetobacter baumannii su?larının klonal yakınlıklarının, rep-PCR yöntemiyle belirlenmesi amaçlanmı?tır. Çalı?maya, Ekim 2011-Mayıs 2012 tarihleri arasında yatan hastaların klinik örneklerinden izole edilerek saklanan olan toplam 75 Acinetobacter su?u dahil edilmi?tir. 75 Acinetobacter baumannii kompleks su?unun 74 tanesi A. baumannii ve 1 tanesi A.pittii olarak tanımlandı. Acinetobacter su?larının antibiyotik duyarlılıklarına, CLSI önerileri doğrultusunda, Kirby Bauer disk difüzyon yöntemiyle bakıldı. Test edilen su?lara kar?ı en etkili antibiyotikler kolistin (%100) ve tigesiklin (%65,3) ; en fazla direncin ise piperasilin (%96), seftriakson (% 97,3), sefepim (%97,3), imipenem (%96) ve meropeneme (%94,6) kar?ı olduğu saptandı. Üç veya daha fazla grup antibiyotiğe dirençli su? sayısı 73 (%97), kolistin ve tigesiklin hariç diğer antibiyotiklere dirençli su? sayısı 24 (%32) olarak bulundu, fakat bu 24 su?un 9?utigesikline de orta duyarlı olarak tespit edildi. Çalı?mamızda rep-PCR analizi sonucunda iki ana klon [A (7 alt tip), B (3 alt tip)] ve altı farklı klon (C-H) olmak uzere toplam 8 farklı klon tespit edilmi?; A klonunun baskın tip olduğu belirlenmi?tir. 75 Acinetobacter su?unun %72 (n=54)?sinin A klonuna ait olduğu tespit edilmi?tir; B klonuna ait 13 su?, klon C ve D 2??er su?, diğer klonlarda (E, F, G, H) ise birer su? saptanmı?tır. A klonu, reanimasyon yoğun bakım ünitesi örneklerinin % 71 (20/28)?inden, cerrahi servisinden gönderilen örneklerin %70 (7/10)?inden ve dahiliye yoğun bakım ünitesi örneklerinin (6/6) tamamından izole edilmi?tir. ?lk ve son su?un izolasyon tarihleri arasında 8 aylık fark olduğu belirlenmi?tir. Sonuç olarak, çalı?ma sürecinde hastanemizde A klonunun hakim olduğu ve Acinetobacter su?larının klonal yayılım gösterdiği ortaya konmu? ve repPCR yönteminin epidemiyolojik çalı?malarda ve enfeksiyon kontrolünde kullanılabilecek kolay uygulanabilen, hızlı ve ba?arılı bir yöntem olduğu dü?ünülmü?tür.Anahtar sözcükler: Acinetobacter baumannii, antimikrobiyal direnç, klonal ili?ki, rep-PCR, genotiplendirme.

Abstract:
The aim of this study was to detect the clonal relationship between nosocomial Acinetobacter baumannii strains by using rep-PCR method. A total of 75 Acinetobacter strains that had been isolated from various clinical samples of hospitalized patients between October 2011-May 2012 were included in the study. Of the 75 Acinetobacter baumannii complex isolates, 74 were A baumannii and 1 were A. pitti. Antibiotic susceptibilities of Acinetobacter isolates were investigated by Kirby Bauer disk difusion method according to CLSI guidelines. Minimumresistance among performed strains were detected in colistin (%100) and tigecycline(65,3%), whereas maximum resistance were at piperacilline (96%), ceftriaxone (97,3%), cefepim (97,3%), imipenem (96%) and meropenem (94,6%). The number of strains that were resistant to three or more antibiotics were 73 (97%) and the number of strains that resistant to all antibiotics except colistin and tigecycline were 24 (32%), however; 9 of these 24 strains were intermediate susceptible to tigecycline. Rep-PCR analysis have shown the presence of a total 8 clones, including 2 major clones [A (7subtypes), B (3 subtypes)] and 6 unique clones (C-H). Clone A was found to be the dominant type. Seventy-two percent (n=54) of the 75 Acinetobacter strains belonged to clone A, 17,3% (n=13) belonged to clone B, 2 strains belonged to clone C and D and one of each belonged to the other clones (E, F, G, H). Clone A was isolated from 71% (20/28) of the samples sent from reanimation intensive care unit, from 70% (7/10) of the samples sent from surgery sevice ward, and all strains (6/6) of the samples sent from internal diseases intensive care unit. The isolation dates of these strains were 8 months between the first isolation and last one. In conclusion, Acinetobacter strains showed clonal dissemination in our hospital, clone A being the predominant one during the study period. Rep-PCR which is a rapid and reliable method, can easily be applied for molecular epidemiological purposes and aid to infection control measures.Key words: Acinetobacter baumannii, antimicrobial resistance, clonal relationship, rep-PCR, genotyping