2018-2021 yılları arasında hastanemiz yoğun bakım ünitelerinden gönderilen kan kültürü ve alt solunum yolu örneklerinden izole edilen gram negatif bakterilerin antibiyotik duyarlılık verileri ve direnç profiline COVİD-19 pandemisinin etkisi
The effect of the COVİD-19 pandemic on the antibiotic susceptibility data and resistance profile of gram-negative bacteria isolated from blood cultures and lower respiratory tract samples sent from the intensive care units of OUR hospital between 2018-2021
Yazar: DİDEM ÖZKAN
Danışman: DOÇ. DR. AYFER BAKIR
Sağlık Bakanlığı / Ankara Etlik Şehir Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
1 / 11
TEŞEKKÜR
Uzmanlık eğitim ve tez sürecim boyunca bilgi ve tecrübelerini her daim benimle paylaşan, beraber çalışmaktan mutluluk duyduğum değerli hocam Doç. Dr. Ümmü Gül ERDEM'e;
Hem eğitim sürecimde hem de tez yapım aşamasında destekleri daim olan çok değerli hocam ve tez danışmanım Mik. Uzm. Mustafa ÇAĞATAY'a;
Eğitim sürecimde kısa süreliğine de olsa birlikte çalışma fırsatı bulduğum, tez yazım aşamasında desteklerini esirgemeyen Doç. Dr. Ayfer BAKIR'a;
Asistanlık sürecim boyunca birlikte çalışmaktan keyif aldığım, tecrübelerini benimle her daim paylaşan Dr. Zeynep DANSUK ve Dr. Nesrin CERYAN başta olmak üzere tüm uzmanlarımıza;
Asistanlık döneminde çalışma fırsatı bulduğum, beraber huzurlu ve keyifli vakit geçirdiğim, Dr. Gülşah MİROĞLU ve Dr. Melike ÇAĞLAR başta olmak üzere tüm asistan arkadaşlarıma;  
Asistanlığa beraber başladığımız günden bu yana, iyi veya kötü her anıma ortak olan canım dostum Dr. Elif Tuğçe GÜNER, tez sürecinde bilgi ve tecrübeleriyle bana yol gösteren değerli eşi Dr. Mehmet Ali GÜNER ve biricik kızları Gökçe'ye;  
Hayatımın her aşamasında varlığıyla bana destek olan, canım eşim Kürşat ÖZKAN'a;
Her zaman en büyük destekçim olan sevgili aileme teşekkür ederim.

Dr. Didem ÖZKAN
Ankara, 2023

İÇİNDEKİLER
2 / 11

TEŞEKKÜR…………………………………………………………………….. i
İÇİNDEKİLER…………………………………………………………………. ii
KISALTMALAR……………………………………………………………….. iv
TABLOLAR DİZİNİ…………………………………………………………… vi
ŞEKİLLER DİZİNİ…………………………………………………………….. vii
ÖZET…………………………………………………………………………….. viii
ABSTRACT………………………………………………………………………x
1. GİRİŞ VE AMAÇ……………………………………………………………..1
2. GENEL BİLGİLER…………………………………………………………..3
     2.1. YOĞUN BAKIM ÜNİTESİ ENFEKSİYONLARI………………………3
2.1.1. Kan Dolaşımı Enfeksiyonları………………………………………. 4
     2.1.1.1. Kan Kültürü Örnekleri……………………………………….. 4
2.1.2. Alt Solunum Yolu Enfeksiyonları…………………………………. 6
     2.1.2.1. Alt solunum yolu örnekleri…………………………………... 7
     2.2. YOĞUN BAKIM ÜNİTESİ ÖRNEKLERİNDE İZOLE EDİLEN    ÖNEMLİ GRAM NEGATİF BAKTERİLER……………………..........8
     2.2.1. Acinetobacter baumannii………………………………………. 8
     2.2.2. Pseudomonas aeruginosa……………………………………… 9
     2.2.3. Escherichia coli………………………………………………... 10
     2.2.4. Klebsiella pneumoniae…………………………………………. 10
     2.3. GRAM NEGATİF BAKTERİLERDE ANTİMİKROBİYAL DİRENÇ...11
     2.4. SARS-CoV-2 ve COVID-19 PANDEMİSİ………………………………13
2.4.1. Tarihçe ve Epidemiyoloji……………………………………........... 14
2.4.2. Virolojik Özellikleri ve Sınıflandırma……………………………... 15
     2.4.2.1. Yapısal proteinler…………………………………………….. 16
3 / 11
     2.4.3. Patogenez………………………………………………………. 17
     2.4.4. Bulaş…………………………………………………………… 19
     2.4.5. Klinik Bulgular ve Komplikasyonlar…………………………... 20
     2.4.6. Klinik ve Mikrobiyolojik Tanı…………………………………. 21
3. GEREÇ VE YÖNTEM……………………………………………………….24
     3.1. ARAŞTIRMANIN YÖNTEMİ VE ÇALIŞMA GRUBU………………..24
     3.2. ARAŞTIRMANIN ETİK BOYUTU…………………………………….24
     3.3. İDENTİFİKASYON VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TESTLERİ…25
3.3.1. Kan Kültürleri……………………………………………………… 25
3.3.2. Alt Solunum Yolu Kültürleri………………………………………. 25
     3.4. SARS-CoV-2 RT-PCR TESTİ…………………………………………... 26
     3.5. İSTATİSTİKSEL VERİ ANALİZ YÖNTEMLERİ……………………..27
4. BULGULAR………………………………………………………………….. 28
5. TARTIŞMA……………………………………………………………………41
6. SONUÇLAR…………………………………………………………………...49
KAYNAKLAR…………………………………………………………………...52
EKLER…………………………………………………………………………... 63
     Ek-1: Etik Kurul Onayı……………………………………………………… 63
     Ek-2: Tez Konusu Onayı…………………………………………………… 64
ÖZGEÇMİŞ……………………………………………………………………... 73


KISALTMALAR VE SİMGELER
ABD  : Amerika Birleşik Devletleri
4 / 11
ACE-2 : Anjiyotensin Dönüştürücü Enzim-2
AMC  : Amoksisilin Klavulonat
ARDS  : Acute Respiratory Distress Syndrome
ASY  : Alt Solunum Yolu
BAL  : Bronkoalveolar Lavaj
CDC  : Center for Disease Control and Prevention  
CIM  : Carbapenem Inactivation Method
CN  : COVID-19 Negatif
CP  : COVID-19 Pozitif
DSÖ  : Dünya Sağlık Örgütü
EMB  : Eosin Metilen Blue
GSBL  : Genişlemiş Spektrumlu β-laktamaz
HBYS  : Hastane Bilgi Yönetim Sistemi
KDE  : Kan Dolaşımı Enfeksiyonları
Kİ-KDE : Kateter ilişkili KDE
KKA  : Koyun Kanlı Agar
KKE  : Kişisel Koruyucu Ekipman
KPC  : K. pneumoniae Carbapenemase
LBYS  : Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi
MALDI-TOF MS: Matriks Assisted Lazer Desorption Ionization Time of Flight Massspectrometry
MDR  : Multiple Drug Resistance
MERS : Middle East Respiratory Syndrome
NAAT : Nükleik Asit Amplifikasyon Testleri
5 / 11
NS  : Nazofaringeal Sürüntü
OS  : Orofaringeal Sürüntü
PDR  : Pan Drug Resistant
PHEİC : Public Health Emergency of International Concern
PİP/TAZ : Piperasilin Tazobaktam
PMNL : Polimorf Nüveli Lökosit
PÖD  : Pandemi Öncesi Dönem
RBD  : Receptor Binding Domain
RT-LAMP : Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification
RT-PCR : Reverse Transkriptaz PCR
SARS  : Severe Acute Respiratory Syndrome
SARS-CoV-2 : Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
SHİE  : Sağlık Hizmeti İlişkili Enfeksiyon
TMP-SXT : Trimetoprim Sülfametoksazol
VİP  : Ventilatörle İlişkili Pnömoni
VTM  : Viral Transport Medium
XDR  : Extensively Drug Resistant
YBÜ  : Yoğun Bakım Ünitesi
TABLOLAR DİZİNİ
Tablo 1: YBÜ'lerde takip edilen hastaların demografik bilgilerinin ve        hastalardan gönderilen kültürlerin gruplara göre dağılımı……………………….. 28
Tablo 2: Kültür sonuçlarının örnek türüne göre gruplar arasında dağılımı……… 30
Tablo 3: Örneklerin boyanma türlerinin gruplar arasında dağılımı……………… 30
6 / 11
Tablo 4: Kültürlerde anlamlı etken mikroorganizma üremesi olan hastaların demografik özelliklerinin ve ölüm oranlarının gruplara göre dağılımı…………... 32
Tablo 5: Bakterilerin boyanma durumlarına göre hastaların demografik özelliklerinin dağılımı…………………………………………………………….. 32
Tablo 6: COVID-19 tanılı hastaların demografik özellikleri ve ölüm oranının           üreme durumuna göre dağılımı…………………………………………………… 33
Tablo 7: COVID-19 tanılı hastaların demografik özellikleri ve ölüm oranının            izole edilen bakterilerin Gram boyanma özelliklerine göre dağılımı…………….. 33
Tablo 8: İzole edilen gram negatif bakterilerin gruplar arasında dağılımı………. 34
Tablo 9: Gram negatif izolatların gruplar arasında örnek türüne göre dağılımı… 35
Tablo 10: COVID-19 tanılı hastalarda gram negatif bakterilerin yaşa göre            dağılımı…………………………………………………………………………… 36
Tablo 11: K. pneumoniae izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı…………………………………………………………. 37
Tablo 12: E. coli izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı………………………………………………………………….. 38
Tablo 13: Enterobacter spp. izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı……………………………………………………….… 39
Tablo 14: A. baumannii izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin     gruplar arasında dağılımı……………………………………………………….… 39
Tablo 15: P. aeruginosa izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin         gruplar arasında dağılımı…………………………………………………………. 40

ŞEKİLLER DİZİNİ
Şekil 1: SARS-CoV-2 virüsünün yapısı………………………………………….. 17
Şekil 2: İzole edilen mikroorganizmaların örnek türüne göre dağılımı………….. 31


7 / 11
















ÖZET
Amaç: Bu tez çalışmasında, Ankara Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi Yoğun Bakım Ünitelerinde tedavi gören hastalardan gönderilen kan kültürü/alt solunum yolu örneklerinden izole edilen etkenlerin dağılımını ve gram negatif bakterilerin antimikrobiyal direnç oranlarını incelemek; elde edilen bu verilere pandemi etkisini, COVID-19 tanılı hastaları COVID-19 dışı tanılarla takip edilen hastalarla karşılaştırarak gözlemlemek amaçlanmıştır.
8 / 11
Gereç ve Yöntem: 1 Ocak 2018 ve 31 Aralık 2021 tarihleri arasındaki dört yıllık dönemde hastanemiz YBÜ'lerde tedavi gören toplam 3880 hastadan Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen 20107 adet kan kültürü ve alt solunum yolu örneği geriye dönük incelendi. Hastaların demografik bilgileri Hastane Bilgi Yönetim Sistemi'nden elde edildi. Kültürde anlamlı olduğu düşünülen etken üremesi saptanan örnekler; Pandemi Öncesi Dönem (PÖD), COVID-19 Pozitif (CP), COVID-19 Negatif (CN) şeklinde ayrılan üç grup arasında karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. İzole edilen gram negatif bakterilerin, üç grup arasında antimikrobiyal duyarlılık verilerindeki değişimler tespit edildi.
Bulgular: PÖD'den gönderilen 9409, CP'den gönderilen 3831, CN'den gönderilen 6867 adet örnek incelendi. Kültürde üreme saptanmayan alt solunum yolu örnekleri CP grubunda diğer iki gruba göre yüksek; üreme saptanan örnekler ve kontaminasyon düşünülen örnekler ise CP grubunda düşük bulundu. Kan kültürlerinde üreme saptanan örnekler PÖD'de her iki gruba göre, kontaminasyon olarak değerlendirilen örnekler CP ve CN'de PÖD'e göre artmış olduğu tespit edildi. Candida spp. üreme oranları, CP ve CN'de PÖD ile karşılaştırıldığında yüksek olduğu belirlendi. CP grubunda en az bir etken üremesi olan hastalarda ölüm oranı, üreme olmayan hastalara göre belirgin olarak artmıştı. CP'de gram negatif bakteri üremesi olan hastalarda ölüm oranı, gram pozitif bakteri üremesi olan hastalara göre yükselmişti. CP'de A. baumannii izolatlarının oranı PÖD ve CN'ye göre artmıştı. P. aeruginosa izolatlarının oranı ise CP'de azalmış olduğu tespit edildi. K. pneumoniae izolatlarının ertapeneme duyarlılığınında CP'de CN'ye göre düşüş gözlendi. İmipenem duyarlılığı ise CP ve CN'de PÖD'e göre düşüktü. Amikasin ve gentamisin duyarlılığında CP'de diğer iki gruba göre, trimetoprim sülfametoksazol duyarlılığında ise CP'de PÖD'e göre azalma tespit edildi. E. coli izolatlarında amoksisilin klavulonik asitin duyarlılığı CP'de CN'ye göre azalmış bulundu. Enterobacter spp. izolatlarında CP'de levofloksasin duyarlılığı CN'ye göre düşük bulundu. A. baumannii izolatlarında siprofloksasin, trimetoprim sülfametoksazol duyarlılık yüzdesi CP ve CN'de PÖD'e göre düşmüştü. P. aeruginosa izolatlarında seftazidim, sefepim, piperasilin tazobaktam, imipenem, siprofloksasin, levofloksasin duyarlılıkları CN ve CP'de PÖD'e göre azalmıştı.
9 / 11
Sonuç: COVID-19 hastalarında hem kan kültürü hem de alt solunum yolu kültüründe üreme oranlarının diğer gruplara kıyasla düştüğü gözlendi. Ancak bu hastalarda ampirik antibiyotik kullanımının sık olması ve hasta başı gönderilen kültür sayısının azalması üreme saptanan örneklerin gerçek insidansını maskelemiş olabilir. CP grubunda üreme oranlarında düşüş gözlense de gram negatif bakterilerin dirençli suşlarında seçilim olması ve anlamlı etken üremesi tespit edilen hastalarda mortalitenin artması, bu hastalara yapılacak terapötik müdahalede dikkatli olunması gerektiğini göstermektedir. Sonuç olarak COVID-19 hastalarında sekonder bakteriyel enfeksiyon gelişiminde risk faktörleri iyi belirlenmeli, antimikrobiyal direnç konusunda YBÜ'lere özel sürveyans çalışmaları yapılmalıdır.  
Anahtar Kelimeler: Yoğun Bakım Ünitesi, SARS-CoV-2, kan dolaşımı enfeksiyonları, alt solunum yolu enfeksiyonları, antimikrobiyal direnç

Abstract:
1 / 11
TEŞEKKÜR
Uzmanlık eğitim ve tez sürecim boyunca bilgi ve tecrübelerini her daim benimle paylaşan, beraber çalışmaktan mutluluk duyduğum değerli hocam Doç. Dr. Ümmü Gül ERDEM'e;
Hem eğitim sürecimde hem de tez yapım aşamasında destekleri daim olan çok değerli hocam ve tez danışmanım Mik. Uzm. Mustafa ÇAĞATAY'a;
Eğitim sürecimde kısa süreliğine de olsa birlikte çalışma fırsatı bulduğum, tez yazım aşamasında desteklerini esirgemeyen Doç. Dr. Ayfer BAKIR'a;
Asistanlık sürecim boyunca birlikte çalışmaktan keyif aldığım, tecrübelerini benimle her daim paylaşan Dr. Zeynep DANSUK ve Dr. Nesrin CERYAN başta olmak üzere tüm uzmanlarımıza;
Asistanlık döneminde çalışma fırsatı bulduğum, beraber huzurlu ve keyifli vakit geçirdiğim, Dr. Gülşah MİROĞLU ve Dr. Melike ÇAĞLAR başta olmak üzere tüm asistan arkadaşlarıma;  
Asistanlığa beraber başladığımız günden bu yana, iyi veya kötü her anıma ortak olan canım dostum Dr. Elif Tuğçe GÜNER, tez sürecinde bilgi ve tecrübeleriyle bana yol gösteren değerli eşi Dr. Mehmet Ali GÜNER ve biricik kızları Gökçe'ye;  
Hayatımın her aşamasında varlığıyla bana destek olan, canım eşim Kürşat ÖZKAN'a;
Her zaman en büyük destekçim olan sevgili aileme teşekkür ederim.

Dr. Didem ÖZKAN
Ankara, 2023

İÇİNDEKİLER
2 / 11

TEŞEKKÜR…………………………………………………………………….. i
İÇİNDEKİLER…………………………………………………………………. ii
KISALTMALAR……………………………………………………………….. iv
TABLOLAR DİZİNİ…………………………………………………………… vi
ŞEKİLLER DİZİNİ…………………………………………………………….. vii
ÖZET…………………………………………………………………………….. viii
ABSTRACT………………………………………………………………………x
1. GİRİŞ VE AMAÇ……………………………………………………………..1
2. GENEL BİLGİLER…………………………………………………………..3
     2.1. YOĞUN BAKIM ÜNİTESİ ENFEKSİYONLARI………………………3
2.1.1. Kan Dolaşımı Enfeksiyonları………………………………………. 4
     2.1.1.1. Kan Kültürü Örnekleri……………………………………….. 4
2.1.2. Alt Solunum Yolu Enfeksiyonları…………………………………. 6
     2.1.2.1. Alt solunum yolu örnekleri…………………………………... 7
     2.2. YOĞUN BAKIM ÜNİTESİ ÖRNEKLERİNDE İZOLE EDİLEN    ÖNEMLİ GRAM NEGATİF BAKTERİLER……………………..........8
     2.2.1. Acinetobacter baumannii………………………………………. 8
     2.2.2. Pseudomonas aeruginosa……………………………………… 9
     2.2.3. Escherichia coli………………………………………………... 10
     2.2.4. Klebsiella pneumoniae…………………………………………. 10
     2.3. GRAM NEGATİF BAKTERİLERDE ANTİMİKROBİYAL DİRENÇ...11
     2.4. SARS-CoV-2 ve COVID-19 PANDEMİSİ………………………………13
2.4.1. Tarihçe ve Epidemiyoloji……………………………………........... 14
2.4.2. Virolojik Özellikleri ve Sınıflandırma……………………………... 15
     2.4.2.1. Yapısal proteinler…………………………………………….. 16
3 / 11
     2.4.3. Patogenez………………………………………………………. 17
     2.4.4. Bulaş…………………………………………………………… 19
     2.4.5. Klinik Bulgular ve Komplikasyonlar…………………………... 20
     2.4.6. Klinik ve Mikrobiyolojik Tanı…………………………………. 21
3. GEREÇ VE YÖNTEM……………………………………………………….24
     3.1. ARAŞTIRMANIN YÖNTEMİ VE ÇALIŞMA GRUBU………………..24
     3.2. ARAŞTIRMANIN ETİK BOYUTU…………………………………….24
     3.3. İDENTİFİKASYON VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TESTLERİ…25
3.3.1. Kan Kültürleri……………………………………………………… 25
3.3.2. Alt Solunum Yolu Kültürleri………………………………………. 25
     3.4. SARS-CoV-2 RT-PCR TESTİ…………………………………………... 26
     3.5. İSTATİSTİKSEL VERİ ANALİZ YÖNTEMLERİ……………………..27
4. BULGULAR………………………………………………………………….. 28
5. TARTIŞMA……………………………………………………………………41
6. SONUÇLAR…………………………………………………………………...49
KAYNAKLAR…………………………………………………………………...52
EKLER…………………………………………………………………………... 63
     Ek-1: Etik Kurul Onayı……………………………………………………… 63
     Ek-2: Tez Konusu Onayı…………………………………………………… 64
ÖZGEÇMİŞ……………………………………………………………………... 73


KISALTMALAR VE SİMGELER
ABD  : Amerika Birleşik Devletleri
4 / 11
ACE-2 : Anjiyotensin Dönüştürücü Enzim-2
AMC  : Amoksisilin Klavulonat
ARDS  : Acute Respiratory Distress Syndrome
ASY  : Alt Solunum Yolu
BAL  : Bronkoalveolar Lavaj
CDC  : Center for Disease Control and Prevention  
CIM  : Carbapenem Inactivation Method
CN  : COVID-19 Negatif
CP  : COVID-19 Pozitif
DSÖ  : Dünya Sağlık Örgütü
EMB  : Eosin Metilen Blue
GSBL  : Genişlemiş Spektrumlu β-laktamaz
HBYS  : Hastane Bilgi Yönetim Sistemi
KDE  : Kan Dolaşımı Enfeksiyonları
Kİ-KDE : Kateter ilişkili KDE
KKA  : Koyun Kanlı Agar
KKE  : Kişisel Koruyucu Ekipman
KPC  : K. pneumoniae Carbapenemase
LBYS  : Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi
MALDI-TOF MS: Matriks Assisted Lazer Desorption Ionization Time of Flight Massspectrometry
MDR  : Multiple Drug Resistance
MERS : Middle East Respiratory Syndrome
NAAT : Nükleik Asit Amplifikasyon Testleri
5 / 11
NS  : Nazofaringeal Sürüntü
OS  : Orofaringeal Sürüntü
PDR  : Pan Drug Resistant
PHEİC : Public Health Emergency of International Concern
PİP/TAZ : Piperasilin Tazobaktam
PMNL : Polimorf Nüveli Lökosit
PÖD  : Pandemi Öncesi Dönem
RBD  : Receptor Binding Domain
RT-LAMP : Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification
RT-PCR : Reverse Transkriptaz PCR
SARS  : Severe Acute Respiratory Syndrome
SARS-CoV-2 : Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
SHİE  : Sağlık Hizmeti İlişkili Enfeksiyon
TMP-SXT : Trimetoprim Sülfametoksazol
VİP  : Ventilatörle İlişkili Pnömoni
VTM  : Viral Transport Medium
XDR  : Extensively Drug Resistant
YBÜ  : Yoğun Bakım Ünitesi
TABLOLAR DİZİNİ
Tablo 1: YBÜ'lerde takip edilen hastaların demografik bilgilerinin ve        hastalardan gönderilen kültürlerin gruplara göre dağılımı……………………….. 28
Tablo 2: Kültür sonuçlarının örnek türüne göre gruplar arasında dağılımı……… 30
Tablo 3: Örneklerin boyanma türlerinin gruplar arasında dağılımı……………… 30
6 / 11
Tablo 4: Kültürlerde anlamlı etken mikroorganizma üremesi olan hastaların demografik özelliklerinin ve ölüm oranlarının gruplara göre dağılımı…………... 32
Tablo 5: Bakterilerin boyanma durumlarına göre hastaların demografik özelliklerinin dağılımı…………………………………………………………….. 32
Tablo 6: COVID-19 tanılı hastaların demografik özellikleri ve ölüm oranının           üreme durumuna göre dağılımı…………………………………………………… 33
Tablo 7: COVID-19 tanılı hastaların demografik özellikleri ve ölüm oranının            izole edilen bakterilerin Gram boyanma özelliklerine göre dağılımı…………….. 33
Tablo 8: İzole edilen gram negatif bakterilerin gruplar arasında dağılımı………. 34
Tablo 9: Gram negatif izolatların gruplar arasında örnek türüne göre dağılımı… 35
Tablo 10: COVID-19 tanılı hastalarda gram negatif bakterilerin yaşa göre            dağılımı…………………………………………………………………………… 36
Tablo 11: K. pneumoniae izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı…………………………………………………………. 37
Tablo 12: E. coli izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı………………………………………………………………….. 38
Tablo 13: Enterobacter spp. izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı……………………………………………………….… 39
Tablo 14: A. baumannii izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin     gruplar arasında dağılımı……………………………………………………….… 39
Tablo 15: P. aeruginosa izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin         gruplar arasında dağılımı…………………………………………………………. 40

ŞEKİLLER DİZİNİ
Şekil 1: SARS-CoV-2 virüsünün yapısı………………………………………….. 17
Şekil 2: İzole edilen mikroorganizmaların örnek türüne göre dağılımı………….. 31


7 / 11
















ÖZET
Amaç: Bu tez çalışmasında, Ankara Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi Yoğun Bakım Ünitelerinde tedavi gören hastalardan gönderilen kan kültürü/alt solunum yolu örneklerinden izole edilen etkenlerin dağılımını ve gram negatif bakterilerin antimikrobiyal direnç oranlarını incelemek; elde edilen bu verilere pandemi etkisini, COVID-19 tanılı hastaları COVID-19 dışı tanılarla takip edilen hastalarla karşılaştırarak gözlemlemek amaçlanmıştır.
8 / 11
Gereç ve Yöntem: 1 Ocak 2018 ve 31 Aralık 2021 tarihleri arasındaki dört yıllık dönemde hastanemiz YBÜ'lerde tedavi gören toplam 3880 hastadan Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen 20107 adet kan kültürü ve alt solunum yolu örneği geriye dönük incelendi. Hastaların demografik bilgileri Hastane Bilgi Yönetim Sistemi'nden elde edildi. Kültürde anlamlı olduğu düşünülen etken üremesi saptanan örnekler; Pandemi Öncesi Dönem (PÖD), COVID-19 Pozitif (CP), COVID-19 Negatif (CN) şeklinde ayrılan üç grup arasında karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. İzole edilen gram negatif bakterilerin, üç grup arasında antimikrobiyal duyarlılık verilerindeki değişimler tespit edildi.
Bulgular: PÖD'den gönderilen 9409, CP'den gönderilen 3831, CN'den gönderilen 6867 adet örnek incelendi. Kültürde üreme saptanmayan alt solunum yolu örnekleri CP grubunda diğer iki gruba göre yüksek; üreme saptanan örnekler ve kontaminasyon düşünülen örnekler ise CP grubunda düşük bulundu. Kan kültürlerinde üreme saptanan örnekler PÖD'de her iki gruba göre, kontaminasyon olarak değerlendirilen örnekler CP ve CN'de PÖD'e göre artmış olduğu tespit edildi. Candida spp. üreme oranları, CP ve CN'de PÖD ile karşılaştırıldığında yüksek olduğu belirlendi. CP grubunda en az bir etken üremesi olan hastalarda ölüm oranı, üreme olmayan hastalara göre belirgin olarak artmıştı. CP'de gram negatif bakteri üremesi olan hastalarda ölüm oranı, gram pozitif bakteri üremesi olan hastalara göre yükselmişti. CP'de A. baumannii izolatlarının oranı PÖD ve CN'ye göre artmıştı. P. aeruginosa izolatlarının oranı ise CP'de azalmış olduğu tespit edildi. K. pneumoniae izolatlarının ertapeneme duyarlılığınında CP'de CN'ye göre düşüş gözlendi. İmipenem duyarlılığı ise CP ve CN'de PÖD'e göre düşüktü. Amikasin ve gentamisin duyarlılığında CP'de diğer iki gruba göre, trimetoprim sülfametoksazol duyarlılığında ise CP'de PÖD'e göre azalma tespit edildi. E. coli izolatlarında amoksisilin klavulonik asitin duyarlılığı CP'de CN'ye göre azalmış bulundu. Enterobacter spp. izolatlarında CP'de levofloksasin duyarlılığı CN'ye göre düşük bulundu. A. baumannii izolatlarında siprofloksasin, trimetoprim sülfametoksazol duyarlılık yüzdesi CP ve CN'de PÖD'e göre düşmüştü. P. aeruginosa izolatlarında seftazidim, sefepim, piperasilin tazobaktam, imipenem, siprofloksasin, levofloksasin duyarlılıkları CN ve CP'de PÖD'e göre azalmıştı.
9 / 11
Sonuç: COVID-19 hastalarında hem kan kültürü hem de alt solunum yolu kültüründe üreme oranlarının diğer gruplara kıyasla düştüğü gözlendi. Ancak bu hastalarda ampirik antibiyotik kullanımının sık olması ve hasta başı gönderilen kültür sayısının azalması üreme saptanan örneklerin gerçek insidansını maskelemiş olabilir. CP grubunda üreme oranlarında düşüş gözlense de gram negatif bakterilerin dirençli suşlarında seçilim olması ve anlamlı etken üremesi tespit edilen hastalarda mortalitenin artması, bu hastalara yapılacak terapötik müdahalede dikkatli olunması gerektiğini göstermektedir. Sonuç olarak COVID-19 hastalarında sekonder bakteriyel enfeksiyon gelişiminde risk faktörleri iyi belirlenmeli, antimikrobiyal direnç konusunda YBÜ'lere özel sürveyans çalışmaları yapılmalıdır.  
Anahtar Kelimeler: Yoğun Bakım Ünitesi, SARS-CoV-2, kan dolaşımı enfeksiyonları, alt solunum yolu enfeksiyonları, antimikrobiyal direnç







ABSTRACT
Aim: In this study, it is aimed to examine the distribution of factors isolated from blood culture/lower respiratory tract samples sent from patients treated in intensive care units of Ankara Dışkapı Yıldırım Beyazıt Training and Research Hospital as well as the antimicrobial resistance rates of gram-negative bacteria and to observe the pandemic effect of these data by comparing patients with COVID-19 diagnosis to the patients with non-COVID-19 diagnoses.
10 / 11
Material and Method: In the four-year period between January 1, 2018 and December 31, 2021, 20107 blood culture and lower respiratory tract samples sent to the Microbiology Laboratory from a total of 3880 patients treated in the ICUs of our hospital were retrospectively examined. Demographic information of the patients was obtained from the Hospital Information Management System. Examples of factor reproduction that are thought to be meaningful in culture were evaluated comparatively between the three groups divided into Pre-Pandemic Period (PPD), COVID-19 Positive (CP) and COVID-19 Negative (CN). Changes in the antimicrobial susceptibility data of isolated gram-negative bacteria among the three groups were determined.
Results: İn our study, 9409 samples sent from PPD, 3831 samples sent from CP, 6867 samples sent from CN were examined. Lower respiratory tract samples without culture reproduction were higher in the CP group than in the other two groups; Samples with reproduction and samples with suspected contamination were found to be low in the CP group.  It was determined that the samples that were found to be reproduced in blood cultures were increased in PÖD compared to both groups, and the samples evaluated as contamination were increased in CP and CN compared to PPD. Fungus reproduction rates were found to be high in CP and CN compared to PPD. In the CP group, the mortality rate in patients with at least one-factor reproduction was significantly increased compared to non-reproductive patients. The mortality rate in patients with gram-negative bacterial reproduction in CP was higher than in patients with gram-positive bacterial growth. The proportion of A. baumannii isolates in CP increased compared to PPD and CN. The rate of P. aeruginosa isolates was found to be low in CP. The sensitivity of K. pneumoniae isolates to ertapenem was observed to be decreased in CP compared to CN. Imipenem sensitivity was lower in CP and CN compared to PPD. Decrease was detected in amikacin and gentamicin sensitivity in CP compared to the other two groups, and in trimethoprim sulfamethoxazole sensitivity in CP compared to PPD. The sensitivity of amoxicillin clavulonic acid in E. coli isolates was found to be reduced in CP compared to CN. In Enterobacter spp. isolates, the sensitivity of levofloxacin in CP was lower than in CN. In A. baumannii isolates, the sensitivity percentage of ciprofloxacin, and trimethoprim-sulfamethoxazole was lower in CP and CN compared to PPD. In P. aeruginosa isolates, the sensitivities of ceftazidime, cephapirin, piperacillin,
11 / 11
tazobactam, imipenem, ciprofloxacin, levofloxacin were reduced in CN and CP compared to PPD.
Conclusion: In COVID-19 patients, both blood culture and lower respiratory tract culture showed lower reproduction rates compared to other groups. However, the frequent use of empirical antibiotics in these patients and the decrease in the number of cultures sent per patients may have masked the true incidence of reproductive samples. Although there is a decrease in reproduction rates in the CP group, the selection of resistant strains of gram-negative bacteria and the increase in mortality in patients with at least one factor reproduction indicate that caution should be exercised in the therapeutic intervention to be performed in these patients. As a result, risk factors for the development of secondary bacterial infections in COVID-19 patients should be well determined and ICUs-specific surveillance studies should be conducted on antimicrobial resistance.  
Keywords: Intensive Care Unit, SARS-CoV-2, bloodstream infenctions, lower respiratory tract infections, antimicrobial resistance