Muğla/Kötekli bölgesinden toplanan bazı makrofungus örneklerinin fenotipik identifikasyonu ve ITS Gen dizilerinin belirlenmesi
Phenotypic identification and determination of ITS Gene sequences of some macrofungi samples collected from Muğla/Kötekli̇ region
Yazar: DİLEK AKKANAT
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HAKAN ALLI
Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu tez çalışmasında, Muğla/Kötekli bölgesinde özellikle üniversite kampüsünde yetişen bazı makrofungus türlerinin fenotipik identifikasyonu, sistematik ve moleküler yöntemlerle belirlenerek ülkemiz makrofungus biyoçeşitliğinin belirlenmesine katkı amaçlanmıştır. Moleküler ve sistematik çalışmalar sonucunda, 2 sınıfa ait 24 familya, 37 cins ve 61 tür tespit edilmiştir. Seçilen 27 adet örnek üzerinde ITS gen dizisi çalışmaları yapılmıştır. Bu açıdan moleküler yöntemle yapılan tür teşhisleri, BlastN analiz çıktıları olarak, yüzde benzerlik olarak ifade edilmiştir. Ayrıca 16 adet filogenetik ağaç çizilerek, bazı türlerin akrabalık durumları gösterilmiştir.
Tespit edilen taksonlardan Inocybe rufuloides'in teşhisi sadece moleküler yöntemle sağlanabilmiş ve Türkiye için yeni kayıt olduğu görülmüştür. Diğer türlerin ise ITS gen sekansları GenBank veri tabanlarına girilecek ve ülkemizdeki gen çeşitliliği hakkında da bilgi verecektir.
Bu çalışmada makrofungus tür analizinde hem klasik sistematik yöntemlerin kullanılması ve burada moleküler yöntem olan ITS gen sekansının yardımcı olarak kullanılması başarıyla sonuçlandırılmıştır. Bundan sonraki çalışmalarda, özellikle teşhisi zor olan türler için, ITS gen sekansının tür teşhis çalışmalarına entegre edilmesinin çok önemli ve gerekli olduğu kanısına varılmıştır.
Anahtar Kelimeler: Muğla Kötekli, Makrofungi, Moleküler Sistematik, Biyoinformatik, ITS gen

Abstract:
The objective of this thesis is to contribute to the macrofungi diversity of our country by identifying the species of some macrofungi samples collected from Muğla/Kötekli region and especially focusing on the university campus area using both systematic and molecular methods. As a result of molecular and systematic studies, a number of 61 different species belonging to 37 genus, 24 family and 2 classes were found. The molecular studies were carried out on selected 27 samples in order to determine ITS gene sequences. The species identifications done with molecular approaches were expressed as percent identities as a result of BlastN hits. Furthermore, a number of 16 phylogenetic trees were drawn to display the genetic relationship of some of the selected species. Among the taxons found in this study, the identification of Inocybe rufuloides could only be done via the molecular approach and this species is presented as a new record for Turkey. ITS gene sequences of the other species will be submitted to GenBank databases and hence provide information regarding gene diversity in our country.
In this study, using both classical approaches and the ITS gene sequence information as an aid in identification has yielded successful results. In conclusion, we suggest for the future studies that ITS gene sequence information should be integrated into the efforts of macrofungi species identification studies for especially the ones that are hard to identify. Keywords: Muğla-Kötekli, Macrofungi, Molecular Systematic, Bioinformatics, ITS gene