Klinik örneklerden izole edilen tüberküloz dışı mikobakteri TDM suşlarının tanımlanmasında MALDI-TOF MS yönteminin yeri
Place of MALDI-TOF MS method in the identification of non-tuberculous mycobacteria strains isolated from clinical samples
Yazar: MELDA DEMİR
Danışman: DOÇ. DR. DİLEK ŞATANA
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM) klinik örneklerden artan sıklıkta izole edilmeleri nedeniyle önem kazanmakta olan patojenlerdir. Özellikle bağışıklığı baskılanmış hastalar ve altta yatan kronik akciğer hastalığı olan kişiler TDM enfeksiyonları açısından risk altındadır. Klinik açıdan önem taşıyan TDM'lerin tür düzeyinde hızlı ve doğru olarak tanımlanması, uygun olmayan tedavi nedeniyle ilaçlara direnç gelişmesine ve gereksiz yere ilaç toksisitesine maruz kalmaya neden olabilmesinden dolayı çok önemlidir. Geleneksel tanı yöntemleri kültüre dayalı olduğu için zaman alıcıdır ve yeni türlerin identifikasyonunda yetersiz kalmaktadır. Bu nedenle TDM identifikasyonu için moleküler yöntemler daha yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada; retrospektif olarak klinik örneklerden izole edilmiş ve TDM olduğu belirlenen suşların tanımlanması MALDI-TOF MS, Geno Type Mycobacterium CM/AS ve altın standart olarak kabul edilen hsp65-PRA yöntemleri ile yapılmıştır. Hsp65-PRA ve GenoType CM/AS yöntemi arasındaki uyum %98 olarak belirlenmiştir. MALDI-TOF MS yöntemi ve hsp65-PRA ile tanımlama sonuçları değerlendirildiğinde; 92 suşun (%92; 92/100) sonuçlarının birbiri ile uyumlu olduğu, sekiz suşun (%8; 8/100) altısının MALDI-TOF MS yöntemi ile farklı tanımlandığı, birinin TDM olarak, birinin ise tanımlanamadığı saptanmıştır. Sonuç olarak, MALDI-TOF MS yönteminin TDM'lerin doğru, hızlı, ucuz ve kolay olarak tanımlanmasında etkili bir teknik olduğu belirlenmiştir. Bununla birlikte bu yöntem, bakteri kontaminasyonu veya birden fazla mikobakteri türünün varlığında ya da veritabanın kısıtlı olması durumunda yetersiz kalabilmektedir. Sonuçların klinik uygulamalarla validasyonunun sağlanması için daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulduğu düşünülmektedir.

Abstract:
Non-tuberculous mycobacteria (NTM) are emerging pathogens due to increased isolation from clinical specimens. Especially immunocompromised patients and those with underlying chronic pulmonary disease are at risk for NTM infections. Rapid and accurate identification of clinically relevant NTM isolates to the species level is crucial as improper treatment may lead to drug resistance and unnecessary exposure to drug toxicity. Because of traditional diagnostic methods are time consuming as they are based on culture and insufficient at identification of new species, molecular methods are more widely used for identification of NTM. In this study, identification of NTM strains isolated from clinical specimens retrospectively was performed by using MALDI-TOF MS, Geno Type Mycobacterium CM/AS and gold standard hsp65-PRA methods. The agreement between hsp65-PRA and GenoType CM/AS methods was determined as 98%. When the results of MALDI-TOF MS and hsp65-PRA methods were evaluated it was determined that the results of 92 strains (92%; 92/100) were compatible with each other, eight strains (8%; 8/100) were identified disparately by MALDI-TOF MS method, one strain was identified as NTM, and another one was not be able to identified. As a result, it was determined that MALDI-TOF MS is an effective technique capable of identifying NTM in accurate, rapid, inexpensive, and easy way. However, sometimes it is inadequate if there is contaminating bacteria or mixed mycobacteria and if the database is insufficient. Some further study is required to validate the results in clinical practice.