Sporadik amyotrofik lateral skleroz (ALS) tanısı alan olgularda C9ORF72, SOD1, tardbp, fus ve ubqln2 gen mutasyonlarının araştırılması
C9ORF72, SOD1, tardbp, fus and ubqln2 gene mutations screening in patients who diagnosed with sporadic amyotrophic lateral sclerosis(ALS)
Yazar: VİLDAN ÇİFTÇİ
Danışman: PROF. DR. SİBEL KARAÜZÜM
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics ; Nöroloji = Neurology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Amyotrofik lateral skleroz = Amyotrophic lateral sclerosis ; DNA mutasyon analizi = DNA mutational analysis ; Genetik = Genetics ; Genetik hastalıklar-doğuştan = Genetic diseases-inborn ; Genler = Genes ; Mutasyon = Mutation ; Skleroz = Sclerosis

Özet:
Amaç: Sporadik ALS tanısı alan olgularda literatürde en sık gözlenen C9orf72, SOD1, TARDBP, FUS ve UBQLN2 genlerinde mutasyon olup olmadığının ve belirlenen mutasyonun sıklığının saptanması amaçlanmıştır.
Yöntem: Sporadik ALS tanısı alan 10 olgunun periferal kan örneklerinden genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. C9orf72 geni hekzanükleotid tekrar sayısı artışı fragman analizi yöntemi ile çalışılmıştır. SOD1, TARDBP, FUS ve UBQLN2 genlerinin tüm kodlayan dizileri DNA dizi analizi yöntemiyle taranmıştır.
Bulgular: 10 olgunun 2'sinde C9orf72 geninin birinci intronunda (% 20 oranında) heterozigot formda c.-45+162_-45+163insGGGGCC değişimi; SOD1 geninin birinci intronunda 4 olguda (% 40 oranında) heterozigot formda c.72+133C>T değişimi; TARDBP geninin beşinci intronunda 6 olguda (% 60 oranında) homozigot formda c.714+67_714+68insG değişimi tespit edilmiştir. FUS genine ait mutasyon taramasında 3.ekzonda 3 olguda (% 30 oranında) heterozigot formda c.147C>A; 4.ekzonda ise 5 olguda (% 50 oranında) heterozigot, 4 olguda homozigot formda c.288C>T olmak üzere 2 farklı genomik değişim belirlenmiştir. UBQLN2 geninde herhangi bir genomik değişim tespit edilmemiştir.
Sonuç: 10 olgunun 2'sinde (% 20 oranında) belirlenen ve daha önce hastalıkla ilişkilendirilmiş olan C9orf72 hekzanükleotid tekrar sayısı artışı bu genomik değişikliğin sporadik ALS'nin ortaya çıkmasında en belirgin genetik defekt olduğunu desteklemektedir.
Diğer taraftan C9orf72 hekzanükleotid tekrar sayısı artışı gözlenen olgulardan birinde çalışma kapsamında diğer olgularda gözlenen genomik değişimlerin her birini içermesi, bu varyasyonların patojenik olmadığını desteklemektedir.
Bunun yanında 10 olgudan 9'unda FUS geninde varyasyon tanımlanmış olması bu genin oldukça polimorfik olduğunu kuvvetlendirmektedir.
Anahtar Kelimeler: ALS, sporadik ALS, gen mutasyonu

Abstract:
Objective: The aim of this study is to determine existence and frequency of the mutation in C9orf72, SOD1, TARDBP, FUS and UBQLN2 genes which are most frequently observed in sporadic ALS diagnosed cases.
Method: Genomic DNA isolation was performed from peripheral blood samples of 10 patients with sporadic ALS. In these patients the C9orf72 gene repeat number was checked by triplet-primer PCR method amplification. All sequences encoding the SOD1, TARDBP, FUS and UBQLN2 genes were screened by DNA sequencing.
Results: In 2 of 10 cases c.-45+162_-45+163insGGGGCC change was detected in the first intron of C9orf72 gene as 20 % heterozygous form; in 4 cases c.72+133 C>T change was detected at the first intron of SOD1gene as heterozygous form; in 6 cases c.714+67_714+68insG change was detected in the fifth intron of TARDBP gene as % 60 homozygous form. In the FUS gene mutation screening revealed 2 different genomic changes as c.147C>A change in exon three with 30 % heterozygosity in 3 cases, also in exon four with % 50 heterozygosity in 5 cases and as c.288C>T change with homozygous form in 4 cases. Any genomic change could not have been detected in UBQLN2 gene.
Conclusion: An increase in the recurrence rate of C9orf72 hexanucleotide repeat number which is determined as 20 % (2 of 10 cases), suggests that this genomic variation is the most obvious genetic defect in the emergence of sporadic ALS.
On the other hand, having one case carrying the increase in C9orf72 hexanucleotide repeat number with carrying genomic changes observed in other cases suggests that these variations are not pathogenic.
In addition, a variation in the FUS gene in 9 out of 10 cases strengthens that this gene is highly polymorphic.
Key words: ALS, sporadic ALS, gene mutation