Ağızda üreyen Candida türlerinin real time PCR ile belirlenmesi
Identification of Candida species growing in mouth by real time PCR
Yazar: ARDA DENİZ DOKUZOĞLU
Danışman: PROF. DR. MEHMET AKİF ÇÜRÜK
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Oral kandidoz ağızdaki mukozayı etkileyen en önemli mantar enfeksiyonlarından biridir. Bu lezyonlara Candida türleri sebep olur. Ağız boşluğunda sık görülen beş Candida türü (Candida albicans, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida parapsilosis ve Candida dubliniensis) vardır. Candida türlerinin doğru belirlenmesi antifungal tedavi ve epidemiyolojik yönden çok önemlidir. Bu çalışmanın amacı tıbbi önemi olan Candida türlerinin Real Time Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) ile belirlenmesi için basit bir yöntemi geliştirmekti.
Bu çalışmaya sağlıklı 50 kişi katıldı. Her gönüllü kişi 15 ml distile su ile ağzını çalkaladı, örnekler 3000 rpm de 10 dakika santrifüj edildi. Çökelti 200 µL steril distile su içinde karıştırılarak CHROMAgar Candida besiyerine ekildi. Genomik DNA Quick DNA Fungal/Bacterial Miniprep kiti ile yapıldı. Gen amplifikasyonu için iki çift spesifik primer kullanıldı. Candida türlerini belirlemek için yedi referans Candida (C. albicans,  C. dubliniensis,  C. glabrata,  C. krusei, C. parapsilosis, C. tropicalis ve C. inconspicua) DNA örneği kullanarak Real Time PCR ile değerlendirildi.
Candida türlerinin belirlenmesi, birbirinden ayrılması geleneksel yöntemler ile identifikasyon 2-3 gün sürebilmektedir. Candida türlerinin bir gün içinde Real Time PCR'ı takiben erime sıcaklığı (MTA) analizi basit, ucuz ve çabuk bir yöntemdir. Bu çalışmada RT-PCR işleminden sonra erime sıcaklığı temeline dayalı metod, tıbbi önemi olan Candida türlerinin belirlenmesi için optimize edildi.

Abstract:
Oral candidiasis is one of the most common fungal infections affecting the oral mucosa. These lesions are caused by Candida species. There are nearly five Candida species that are seen in the oral cavity (Candida albicans, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida parapsilosis and Candida dubliniensis). Correct identification of Candida species is important for targeted antifungal therapy and for epidemiological purposes. This study aims to develop a simple method for the detection and identification of medically important Candida species by Real Time Polymerase Chain Reaction (RT PCR).
A total of 50 healty adults participated in this study. Each volunteer gargled 15 ml sterile distilled water, and the samples were centrifuged at 3,000 rpm for 10 min. The pellets were suspended in 200 µL sterile distilled water and inoculated into a plate of CHROMagar Candida. Genomic DNA was purified by Quick DNA Fungal/Bacterial Miniprep kit. Two specific primers were used for gene amplification. We evaluated RT PCR assays for the detection of seven reference Candida species, namely, Candida albicans, Candida dubliniensis, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis and Candida inconspicua. 
The detection and identification of Candida species by conventional phenotypic methods take a few days. Real Time PCR followed by melting curve analysis (MCA) is a simple, rapid and inexpensive tool to identify Candida species in a day. In this study, a methodology employing RT PCR with melting curve analysis procedure was optimized for the detection of medically important Candida species.