Kalıtsal aritmojenik hastalıklarla ilişkili yeni genlerin, gen haritalama, pozisyonel klonlama, ve aday gen tarama yöntemleri ile tanımlanması
Identification of new genes involved in hereditary arrhythmogenic diseases by gene mapping, positional cloning and candidate gene screening
Yazar: ECE SELEN ŞAHİN
Danışman: PROF. DR. SEHER BAŞARAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Aritmi-kardiyak = Arrhythmia-cardiac ; Genetik haritalama = Genetic mapping ; Genetik hastalıklar-doğuştan = Genetic diseases-inborn ; Genler = Genes ; Mutasyon = Mutation

Özet:
Bu çalışmada, aritmi ile ilişkili yeni genlerin ve bilinen genlerdeki yeni mutasyonların tanımlanması amaçlandı. Öncelikle, farklı formda kardiyak aritmisi bulunan 52 olgu ve ailesinde tanımlanmış genlerde mutasyon taraması yapıldı. Saptanan yeni mutasyonlar olası etkileri açısından fonksiyonel olarak incelendi. Mutasyon saptanmayan ailelerde ise genom-boyu bağlantı analizi, kritik bölge analizleri ve aday genlerde mutasyon analizleri gerçekleştirildi.Jervell Lange Nielsen (JLN)ve Romano Ward (RW) sendromlu olgularda KCNQ1, KCNH2, KCNE1, KCNE2 ve SCN5A genlerinde tanımlanmış ve tanımlanmamış mutasyonlar saptandı. RW sendromlu bir olguda KCNE2 geninde saptanan tanımlanmamış g.G209A (p.S70N) mutasyonunun CHO hücrelerinde yama kıskaç metoduyla gerçekleştirilen fonksiyonel analizinde, mutasyonunun IKr kuyruk akımında ve IKr akım yoğunluğunda azalmaya neden olduğu gözlendi.Yapısal kalp anomalisi bulunmayan farklı formlarda aritminin (sınıflandırılamayan ventriküler fibrilasyon, katekolaminerjik polimorfik ventriküler taşikardi gibi) görüldüğü 18 olguda RyR2 geninin dizi analizinde. yeni p.I217V, p.V2132L, p.M2175I, p.I3872M ve p.L4105F mutasyonları saptandı. p.I217V mutasyonunun tanımlanmış p.V4771I mutasyonu ile beraber bileşik heterozigot kalıtıldığı belirlendi. Ayrıca bu 18 olguda MLPA analizi gerçekleştirildi. MLPA analizinde bir olguda PKP2 geninde bilinen mutasyonlar için bileşik heteozigotluk saptandıARVC'li indeks olgu ve ailelerinde SNP panelleri ile gerçekleştirilen bağlantı analizlerinde Naxos benzeri sendromlu bir olgu ve ailesinde hastalık 6p25'e haritalandı. Kritik bölgedeki 31 aday gende herhangi bir mutasyon saptanamadı. Naxos sendromlu akraba evliliği olan iki ailenin bağlantı analizinde, saptanan kritik bölgelerden 19p13.3'deki LMNB2 geninde herhangibir mutasyon saptanamadı.Daha önce 3p22.2-p13'ye bağlantısı yapılan sağ ve sol kardiyomiyopatinin birlikte görüldüğü olguda, SLMAP, CMYA1(XIRP1), MYL3, TNNC1, UQCRC1, SCN5A ve Wnt5A aday genleri hastalık açısından dışlandı.

Abstract:
This study aimed the identification and characterization of novel mutations in the known arrhythmia genes as well as identification of novel arrhythmia associated genes. Primarily, 52 index patients with various forms of cardiac arrhythmias were screened for mutations in the known arrhythmia genes. Novel mutations identified were further analyzed for their functional effects. In the families, where no mutation was found, genome wide linkage analysis, analysis of the critical region and candidate gene screening were performedMutation screening in patients with Jervell Lange Nielsen (JLN) and Romano Ward (RW) syndrome revealed novel and known mutations in KCNQ1, KCNH2, KCNE1, KCNE2, SCN5A genes. Novel KCNE2 mutation, g.G209A (p.S70N), showed suppression of IKr current density and tail current in CHO cells by patch clamp analysis.Sequence analysis of RyR2 gene in 18 patients with different forms of cardiac arrhythmia without any structural anomaly disclosed novel p.I217V, p.V2132L, p.M2175I, p.I3872M and p.L4105F mutations. MLPA analysis in these patients revealed compound heterozygosity for the known PKP2 mutations in one caseGenome-wide linkage analysis in ARVC group revealed a novel locus on 6p25 in a family with Naxos-like findings. Critical region analysis excluded causative role of 31 candidate genes in this family. Linkage analysis in two consanguineous families with Naxos syndrome disclosed several loci; one harboring LMNB2 gene in 19p13.3, showed no mutation. Previously, a family with right and left ventricular cardiomyopathy was linked to 3p22.2-p13. Mutation screening excluded the causative role of SLMAP, CMYA1 (XIRP1), MYL3, TNNC1, UQCRC1, SCN5A and Wnt5A genes.