İmmün disregülasyon bulguları olan hastalarda ilişkili yolakların RT-PCR ile değerlendirilmesi
Evaluation of associated pathways in patients with signs of immune dysregulation by RT-PCR
Yazar: HACER NESLİHAN BİLDİK
Danışman: PROF. DR. DENİZ NAZİRE ÇAĞDAŞ AYVAZ
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Pediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı / İmmünoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Allerji ve İmmünoloji = Allergy and Immunology ; Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases
Dizin: Alerji ve immünoloji = Allergy and immunology ; Birincil immün yetmezlik hastalıkları = Primary immunodeficiency diseases ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İmmünogenetik = Immunogenetics

Özet:
İmmün yolakların kontrolsüz aktivasyonu, yani immün disregülasyon, otoimmünite, lenfoproliferasyon ve maligniteye yol açabilir. Apoptozis, nükleer faktör-κB (NFκB) ve fosfoinositid 3-kinaz (PI3K) yolakları, immün disregülasyonda rol oynayan başlıca yolaklardır. Bu çalışmanın amacı, immün disregülasyon bulguları olan hastaları, seçilmiş inflamatuar genlerin ekspresyon analizleriyle değerlendirmektir. Bu nedenle, literatürde immün disregülasyon ile ilişkili olduğu daha önce bildirilen yolaklardan bazı moleküller seçilerek, gen ifadeleri kontrollerle karşılaştırılmıştır. İmmün disregülasyon bulguları olan hastalar, otoimmün lenfoproliferatif sendrom, immün sitopeni ve EBV ile ilişkili lenfoproliferasyon hastaları olarak gruplandırılarak değerlendirilmiştir. İnflamatuar yolaklardaki seçili genler (CASP8, CASP10, FAS, FASL, AKT, MAP3K7, MAP3K14, mTOR, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, TRAF3) için gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) analizi yapılmıştır. Gen ekspresyonundaki kat değişiklikleri logaritmik Delta-Delta Ct (2ˆ(–delta delta CT)) yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. Tüm hedef genlerin ekspresyonlarının rölatif kantifikasyon değerleri açısından hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur. Hedef gen ekspresyonları açısından farklı hasta grupları arasında anlamlı bir fark gözlenmemiştir. ROC eğrisi analizine göre hasta ve kontrolleri ayırt etme açısından en yüksek tanı oranına sahip hedef genler NFKB2, MAP3K7, AKT, mTOR, NFKB1 ve FAS'tır. Bu çalışma ile özellikle immün sitopeni ve lenfoproliferasyonu olan immün disregülasyon hastaları için, NFKB1, NFKB2, MAP3K7, AKT, mTOR ve FAS kullanılarak bir immün disregülasyon skoru/imzası oluşturulabileceği ve bu skorun hasta tanı ve takibinde kullanılabileceği düşünülebilir.

Abstract:
Uncontrolled activation of immune pathways, so called immune dysregulation may result in autoimmunity, lymphoproliferation, and malignancy. Apoptosis, nuclear factor-κB (NFκB), and phosphoinositide 3-kinase (PI3K) pathways are the major pathways involved in immune dysregulation. The aim of this study was to evaluate the patients with immune dysregulation with selected inflammatory genes' expression analyses. For this reason, some molecules from pathways previously reported to be associated with immune dysregulation in the literature will be selected and their gene expressions will be compared with controls. We evaluated the patients with immune dysregulation, grouped them as those with autoimmune lymphoproliferative syndrome, immune cytopenia, and patients with EBV-associated lymphoproliferation. Real-time quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) analysis was conducted for the selected genes (CASP8, CASP10, FAS, FASL, AKT, MAP3K7, MAP3K14, mTOR, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, TRAF3) in inflammatory pathways. The fold changes in gene expression were evaluated using the logarithmic Delta-Delta Ct (2ˆ(–delta delta CT)) method. A statistically significant difference was found comparing the total patient and control groups for relative quantification values of all target genes. No significant difference was observed between the patient groups in terms of target gene expression. According to ROC curve analysis, the target genes with the highest diagnostic rate in terms of distinguishing patients and controls are NFKB2, MAP3K7, AKT, mTOR, NFKB1 and FAS. With this study, we designed an immune dysregulation score/signature by using NFKB1, NFKB2, MAP3K7, AKT, mTOR and FAS for patients suffering from immunological dysregulation, particularly those with immune cytopenia and lymphoproliferation, and can be used in patient diagnosis and follow-up.