CCDC124 ve makromolekül fus protein etkileşiminin belirlenmesi
Determination of the interaction between macromolecule fus and CCDC124
Yazar: TUĞBA DURAN
Danışman: PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY ; DR. HASAN ÜMİT ÖZTÜRK
Gebze Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyomühendislik = Bioengineering ; Genetik = Genetics

Özet:
Ccdc124 (Coiled-coil domain containing 124) proteini ökaryotlarda korunmuş bir sentrozom ve midbody proteini olarak tanımlanmıştır. Ccdc124'ün sitokinez sırasında midbody yapısına metafaz, profaz, anafaz safhasında ise sentrozoma giderek hücre bölünmesinde yer aldığı bilinmektedir. Daha sonraki bir çalışmada ise Ccdc124 proteininin stres durumunda duraklamış ribozomlara bağlandığı ve stres sonrası translasyonel yeniden başlamada rol oynadığı gösterilmiştir. Bunlardan başka, Ccdc124'ün aynı zamanda bir RNA bağlayıcı protein olduğu yumurtalık, endometriyal ve idrar kesesi kanserleri gibi bazı kanser türlerinde ekspresyonunun arttığı bildirilmektedir. Aynı çalışmada stres granülleri ile yapılan deneylerde CCDC124'ün stres granül proteini TIA1 ve G3BP1ile aynı granülde yer aldığı tespit edilmiştir.
Ccdc124'ün hem RNA bağlayıcı bir protein olduğunun gösterilmesi hem de stres granüllerinin varlığı, onun nörodejeneratif hastalıklarda bir rolü olabileceğini düşündürmektedir. Ccdc124'ün, Bio-ID testinde ve protein etkileşim ortakları bulmak için yapılan immünopresipitasyon (IP) çalışmalarında FUS (Fused in Sarcoma) proteini ile etkileşime girebileceği gözlemlenmiştir. Bu görüş, nörodejeneratif bir hastalık olan ALS'de FUS proteininin rolü ile desteklenmiştir. RNA'ya bağlanan protein FUS'da meydana gelen mutasyonlar, çekirdekten sitoplazmaya lokalizasyonunu değiştirerek ALS hastalığındaki protein kümeleşmesine sebep olmaktadır. Ayrıca hücrede strese cevaben oluşturulan stress granüllerinde yer alarak bağlı olduğu mRNA'ların translasyonunu önlemektedir.
ALS hastalığının patofizyolojisinde Ccdc124'ün potansiyel yeni işlevini değerlendirmek için yapılan bu tez çalışmasında FUS ve Ccdc124 proteinleri, hücresel proteinlerden uzaklaştırılmak amacıyla farklı kromatografi teknikleri ile saflaştırılmıştır. Pürifiye edilen proteinlerin birbirleriyle etkileşimleri Far Western Blot analiziyle incelenmiştir.

Abstract:
The Ccdc124 (Coiled-coil domain containing 124) protein has been identified as a conserved centrosome and midbody protein in eukaryotes. It is known that Ccdc124 is involved in cell division by turning to the midbody structure during cytokinesis, and to the centrosome during metaphase, prophase and anaphase. In addition, it is reported that Ccdc124 is also an RNA-binding protein and its expression is increased in some cancer types. In the same study, in experiments with stress granules, CCDC124 was found to be located in the same granule as stress granule protein TIA1 and G3BP1.
Its RNA binding protein properties and its presence in stress granules suggest that Ccdc124 protein may have a role in neurodegenerative diseases. It has been observed that the Ccdc124 protein can interact with the FUS (Fused in Sarcoma) protein with the help of Bio-ID test and immunoprecipitation (IP) studies applied for protein interactions. This view was supported by the determination of the role of the FUS protein in ALS, a neurodegenerative disease. Mutations in the structure of the FUS protein, another protein that binds to RNA, change the localization of RNA molecules from the nucleus to the cytoplasm, causing protein aggregation in ALS. 
In this thesis study to evaluate the potential novel function of Ccdc124 in the pathophysiology of ALS disease, recombinantly produced FUS and Ccdc124 proteins were purified by different chromatography techniques to separate them from cellular proteins. The interactions of the purified proteins with each other were investigated by Far Western Blot analysis.