Doğu akdeniz bölgesinden toplanan bazı kekik türlerinin genetik farklılıklarının belirlenmesi
Determination of genetic diversity of same thyme species collected from eastern mediterranean region
Yazar: ŞEYMA ALĞAÇ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ADEM BARDAK
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics

Özet:
Kekik (Origanum spp), ticari ve tıbbi öneminden dolayı ön plana çıkan endemik bitkilerden bir tanesidir. Ülkemizde bu türler genellikle doğadan toplanarak pazara ulaşmaktadır. Fakat bilinçsiz toplamadan dolayı bu türler yok olma tehlikesiyle karşı karşıyadır. Dolayısıyla bu türlerin doğadan yok olmadan toplanarak koruma altına alınması gerekmektedir. Bu amaçla çalışmamızda Doğu Akdeniz Bölgesinden toplanan farklı 28 adet kekik genotipi 15 adet SRAP ve 10 adet ISSR primeriyle taranarak genotipler arasındaki genetik farklılıkları belirlenerek yerli gen kaynaklarının genetik özellikleri ortaya konmuştur. Çalışma sonucunda toplam da 138 bant elde edilirken elde edilen bu bantlardan 131 tanesinin polimorfik bant olduğu gözlenmiştir. Çalışmada kullanılan markörlerin hepsi polimorfik özellik göstermekle beraber ortalama polimorfizm değeri % 94.93 bulunurken, en fazla allel üreten primer kombinasyonu 14 bant ile EM17-ME11 olup, ortalama allel sayısı 4.93 olarak bulunmuştur. Polimorfizm bilgi içeriği (PIC) 0.04 ile 0.99 arasında değişmiş olup, ortalama PIC değeri 0.53 olarak belirlenmiştir. Tüm genotipler arasında en fazla genetik farklılık % 74 ile OV	V2 (O. vulgare sbp. hirtum) ve OVV5 (O. vulgare sbp hirtum) türleri arasında, en az genetik farklılık ise % 13 ile (Origanum. syriacum) genotipleri arasında gözlenmiştir. Kekik genotipleri arasındaki ortalama genetik farklılık değeri % 48 olarak bulunmuştur. Ayrıca kullanılan SRAP ve ISSR markör tekniği doğadan toplanacak materyallerin genetik karakterizasyonunda güvenli bir şekilde kullanılabileceği görülmüştür.

Abstract:
Oreganum (Origanum spp) is one of the most prominent endemic plants because of its commercial and medical importance. In our country, these species are reached to the market directly after being picked from the wild. However, since these collections are usually performed without care and knowledge, the species face the danger of becoming extinct.  Therefore, in order to avoid their disappearance from the nature, local thyme species need to be compiled and be taken under the protection. For this purpose, in our study, we determined genetic characteristics of native gene sources of the plant through detecting the genetic variations between 28 different thyme genotypes collected from Eastern Mediterranean Region by scanning them with 15 SRAP and 10 ISSR primers. A total of 138 bands were obtained at the end of the study. 131 of these bands were found to be polymorphic bands. In addition to the fact that all markers used in the study showed a polymorphism, thereby presenting the mean polymorphic value as 94.93%, the most allele-producing primer combination was determined as EM17-ME11 with 14 bands, whose avarage allele number was 4.9 . The polymorphism information content (PIC) ranged from 0.04 to 0.99, with a mean PIC value of 0.53. The highest genetic variation among all genotypes (74%) was observed between the species of (Origanum vulgare sbp. hirtum) and OVV2 (O. vulgare sbp. hirtum) ve OVV5 (O. vulgare sbp hirtum) the least genetic variation (13% ) was detected between Origanum. syriacum genotypes. The average genetic difference value of the thyme genotypes was found to be 48%. Moreover, it has been demonstrated that the SRAP and ISSR marker techniques can be used safely in the genetic characterization of the materials collected from nature.