Hemodiyaliz ara yoğun bakım ünitesi ve nefroloji servisi hastalarından izole edilen vankomisin rezistan enterokok suşlarının direnç genlerinin saptanması ve klonal kökenlerinin araştırılması
Searching clonal origin and identification of resistant genes of vancomycin resistant enterococcus strains which were isolated from patients from the department of nephrology service and high dependency haemodialysis unit
Yazar: ÜLKÜ DABAN
Danışman: DOÇ. DR. YASEMİN ZER
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterococcus = Enterococcus ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Vankomisin = Vancomycin ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Enterokoklar, birçok bakteri türünde var olan virülans faktörlerine sahip olmamalarına rağmen, çevre şartlarına dayanıklı, çeşitli antibiyotiklere intrensek dirençli ve yeni direnç geliştirme yeteneklerinden dolayı, son on yılda hastane enfeksiyonlarının önemli nedenleri arasındadır. Bu amaçla rektal sürüntü kültürlerinin yapılması önerilmektedir. Bu çalışma Eylül 2010-Eylül 2011 tarihleri arasında hastanemiz Hemodiyaliz Ara Yoğun Bakım Ünitesi (HAYBÜ) ve nefroloji servisinde kronik böbrek yetmezliği tanısıyla yatmakta olan 100 hastanın rektal sürüntülerinden izole edilen enterokok suşları ile çeşitli cansız ortamlardan izole edilen suşların karşılaştırılması ve bakterinin bulaşında çevresel alanların kaynak olup olmayacağının araştırılması amacıyla yapıldı. İzole edilen vankomisine dirençli enterokok (VRE) suşları ile çalışıldı. Tür ve cins düzeyinde tanımlama konvansyonel yöntemler ve Vitek 2 (bioMerieux, Fransa) ile yapıldı. Disk difüzyon yöntemiyle vankomisin duyarlılığı araştırıldı. Dirençli suşların E test ile MİK değerleri belirlendi. Genotiplendirme rep-PCR yöntemiyle, DiversiLab (bioMerieux, Fransa) cihazında yapıldı. Örnek toplama süresi içerisinde 100 hastanın rektal sürüntü örneğinden 28'inde, 900 çevre örneğinden 6'sında olmak üzere toplam 34 VRE suşu izole edildi. VRE olarak izole edilen suşların 29'u (% 85) E. faecium ve 5'i (% 15) E. gallinarum olarak saptandı. Çalışma vankomisin dirençli enterokoklarla yapılmak üzere planlanmışken, 5 örnekte orta duyarlılıkta E. gallinarum suşu izole edildi ve onlar da çalışmaya alındı. DNA parmak izi analizinde, çevreden izole edilen suşlarla hasta örneklerinden izole edilen suşlar arasında bir örnekte benzerliğe rastlandı. Hastalardan alınan örneklerde saptanan 28 VRE suşunun ise 5'inin identik olduğu görüldü. Çevresel kaynaklardan çok, hastadan hastaya bulaşın daha sık olması, dezenfeksiyon önlemlerinin hastanemizde iyi uygulandığını, bununla beraber izolasyon önlemlerinin uygulanmasında aksaklık olduğu sonucuna varıldı.

Abstract:
Although enterococci have not virulence factors, which many types of bacteria have, they are resistant to environment conditions, intrinsically resistant to various antibiotics, and also capable of acquiring new mechanisms of resistance. Thus, these bacteria have become one of the most important causes of hospital infections during the last decade. Rectal swab cultures are recommended for this purpose. This study aimed to compare the enterococci strains obtained from the rectal swab of 100 patients with chronic renal failure in the our high dependency haemodialysis unit and the department of nephrology service between September 2010 and September 2011 to enterococci strains obtained from various inanimate environment and to investigate whether environmental conditions would be a source of spreading out of the bacteria. The isolated vancomycine resistant Enterococcus (VRE) strains were studied. Species and class level were defined by conventional methods and Vitek 2 (bioMerieux, France). Vancomycine susceptibility was explored by disk diffusion method. Minimum Inhibitory Concentration (MIC) of resistant strains was determined by E test. Genotyping was performed by DiversiLab (bioMerieux, France) device with rep-PCR method. During the collecting of samples, totally 34 VRE strains were isolated, twenty-eight of them from the rectal swap of 100 patients and 6 of them from 900 environmental samples. Twenty-nine of these isolated VRE strains were found to be as E. faecium (85 %), remain was identified as E. gallinarum (15 %). While the study aimed to include vancomycine resistant enterococci, moderately susceptible E. gallinarum strains were isolated in 5 samples and they were also included the study. DNA fingerprint analysis revealed a similarity between the strains isolated from environmental sources and a sample which was isolated from patients. It showed that 5 of 28 VRE strains isolated from the patients were also identical. It was concluded that transmission from patient to patient was more frequent than that of environment sources, and disinfection measures in our hospital were implemented properly, however, there was some defects with regard to implementation of isolation measures.