Antepfıstığı türlerinde Alternaria yanıklık etmeni Alternaria spp.'nin popülasyon genetik analizleri
Population genetic analysis of Alternaria spp. causing Alternaria blight in Pistacia species
Yazar: ÜNAL SEVİNÇ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HİLAL ÖZKILINÇ
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Alternaria alternata ve A. tenuissima, Alternaria cinsi içerisinde alternata-tür grubunda yer alan ve geniş bir konukçu aralığına sahip fungal patojenlerdir. Bu patojenler, Antepfıstığı ve yabani akrabalarını içeren Pistacia türlerinde "Alternaria yanıklık" hastalığına yol açmaktadır. Patojen popülasyonların genetik yapılarının bilinmesi, bitki hastalıklarıyla mücadele için oldukça önemlidir. Bu açıdan ülkemizde Antepfıstığı ve yabani akrabalarında Alternaria yanıklık etmeni Alternaria spp. patojenlerinin Güneydoğu Anadolu ve Ege/Marmara Bölgeleri'ndeki popülasyonlarının genetik çeşitliliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu kapsamda 4 farklı konukçuya (Pistacia vera, P. terebinthus, P. lentiscus, P. atlantica) ait 50 izolat seçilmiş, OPA1.3 anonim DNA bölgesi ve protein kodlayan Alternaria major allergen a1 (Alt_a_1), endopolygalacturonase (EndoPG), histon-3 genlerine ait sekans verileri elde edilmiştir ve bu veriler üzerinden Neighbour-Joining ve Maksimum Parsimony ağaçları çıkarılmıştır. Yaygın klonal yapı ile beraber çeşitli dallanmalar görülmüş, ancak filogenetik açıdan kuvvetle ayrılan hatlar bulunmamıştır. Ayrıca aseksüel üreme yapısına rağmen MAT1 lokusunda farklı eşey tiplerini temsil eden Mat1.1 ve Mat1.2 genlerinin 1:1 oranındaki dağılımı da bu popülasyonlardaki genetik çeşitliliğe işaret eden diğer bir kanıt olmuştur. Mevcut genetik çeşitlilik ile coğrafik lokasyon veya konukçu gibi patojen orijin kaynakları arasında ilişki görülmemiştir. Ayrıca, EndoPG üzerinde TaqI restriksiyon kesim bölgelerine göre A. alternata/A. tenuissima ve Alternaria Yanıklık hastalığıyla ilgili diğer bir yakın tür olan A. arborescens'in ayrılabildiği tespit edilmiştir. Bu çalışma, TÜBİTAK-TOVAG 112O554 projesi desteği ile gerçekleştirilmiştir.

Anahtar sözcükler: Alternaria, Genetik varyasyon, Sekans analizi, Eşey tipi

Abstract:
Alternaria alternata and A. tenuissima, within alternata-species group of Alternaria genus, are fungal pathogens showing a broad host-range. These pathogens cause "Alternaria blight" disease on Pistacia species including pistachio and its wild relatives. It is important to know about population genetic structures of pathogens to manage plant diseases. Thus, it is aimed to investigate population genetic variations of Alternaria spp. from pistachio and its wild relatives from Southeastern and Aegean/Marmara Regions of Turkey. Fifty isolates from four host species (Pistacia vera, P. terebinthus, P. lentiscus, P. atlantica) were sequenced for OPA1.3 (an anonymous DNA region) and three protein-coding genes, Alternaria major allergen a 1 (Alt_a_1), endopolygalacturanase (EndoPG), histon-3, and Neighbour-Joining and Maksimum Parsimony trees were obtained based on sequence data. Besides dominantly clonal structure, some genetic clusters were visualized, but none of these branches were supported as a divergent phylogenetic lineage. In addition to that, even though asexuality, 1:1 ratio of Mat1.1 and Mat1.2 genes, which indicate different mating types at Mat1 locus, is another evidence for genetic variability within populations. There was no relation about these genetic variabilities and pathogen origin sources such as geographic region or host species. Furthermore, it is found that A. alternata/A. tenuissima and A. arborescens which is another closely related species causing Alternaria blight could be distinguished based on a TaqI restriction site in the EndoPG region. This study was supported by TUBITAK-TOVAG 112O554 project. 

Keywords: Alternaria, Genetic variation, Sequence analysis, Mating type