Bovine leukemia virusun Env, LTR ve pX gen bölgelerinin moleküler analizi
Molecular analysis of Env, LTR and pX gene regions of bovine leukemia virus
Yazar: SELDA DURAN YELKEN
Danışman: PROF. DR. FERAY ALKAN
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Dizi analizi = Sequence analysis ; Gen analizi = Gene analysis ; Genetik = Genetics ; Genler = Genes ; Lösemi virüsü-sığır = Leukemia virus-bovine ; Moleküler analiz = Moleküler analysis

Özet:
Bu çalışmada, ülkemizdeki sığırlarda tespit edilen Bovine Leukemia Virus'un (BLV), env, LTR ve pX gen bölgesi dizinlerinin elde edilerek, var olan genotiplerin saptanmasının yanısıra, çalışmadaki virus dizinlerinin diğer BLV suşlarının dizinleri ile karşılaştırılması sonucunda tespit edilen mutasyonların, farklı enfeksiyon tablolarının oluşumu ve olası patogenetik mekanizmalar üzerine etkisiyle ilgili değerlendirmeler yapılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, Türkiye'nin çeşitli illerindeki sığır işletmelerinden temin edilen ve önceki çalışmalarda ELISA ile BLV'ye karşı antikor varlığı saptanan hayvanlara ait 179 retrospektif kan örneği moleküler analizler için kullanılmıştır. Örnekler, sahada sirküle olan genotip(ler)i ve olası mutasyonları tespit etmek amacıyla PCR ile env gen bölgesi yönünden test edilmiştir. BLV env gen bölgesi pozitif tespit edilen 126 adet örneğin 57'sinin kısmi env gen dizinleri elde edilerek yapılan filogenetik analizler sonucunda, çalışmadaki tüm yerel virusların genotip 1 (G1)'de yer aldıkları tespit edilmiştir. LTR ve pX gen bölgesi yönünden test edilen ve pozitif bulunan örneklerden ise 48 örneğin LTR gen bölgesi, 33 örneğin pX gen bölgesi dizinleri elde edilmiştir. Elde edilen nükleik asit ve amino asit dizinleri incelenerek yerel viruslarda saptanan, transaktivasyon ve patogenez ile ilgili olduğu bildirilen mutasyonlara yönelik değerlendirmeler yapılmıştır. Araştırmacılar tarafından bildirilen bu değişimlerin bir kısmının bu çalışmadaki yerel viruslarda da var olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma ile Türkiye'deki BLV'lerin LTR ve pX gen bölgesinin moleküler analizi ilk defa bildirilmiştir.

Abstract:
In this study, besides from determining genotypes by obtaining sequence data from the env, LTR, and pX gene regions of Bovine Leukemia Virus (BLV), the aim of this study was to detect mutations by comparing sequence data from other BLVs and to evaluate their effects on the formation of different infection patterns and possible pathogenetic mechanisms. For this purpose, total of 179 retrospective blood samples from cattle which were obtained from livestock farms in various provinces of Turkey and whose antibodies against BLV had previously been detected by ELISA in earlier studies were used. These samples were tested for the env gene region by PCR to detect the genotype(s) circulating in the field and possible mutations. Out of 126 env positive samples, 57, were sequenced and their phylogenetic analysis revealed that all local viruses were clustered in genotype 1 (G1). Subsequently, LTR gene region of 48 samples and pX gene region of 33 samples were sequenced from the positive samples. By examining the nucleic acid and amino acid sequences, evaluations were made for the mutations detected in local viruses, which were reported to be related to transactivation and pathogenesis. It was determined that some of these changes reported by the researchers were also present in the local viruses in this study. This study reports the molecular analysis of the LTR and pX gene region of BLVs in Turkey for the first time.