Prenatal tanıda sık görülen anöploidilerin multiplex ligation-dependent amplification (mlpa) yöntemi ile saptanması
Determining the common prenatal aneuploidies by using multiplex ligation-dependent amplification (mlpa) technique
Yazar: HÜSEYİN YURDAKUL
Danışman: DOÇ. M. HAMZA MÜSLÜMANOĞLU ; Y.DOÇ. BEYHAN DURAK
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2007
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Gelismis ülkelerde kromozom anomalilerinin sebep oldugu sendromların prenataltanısı obstetrik takibin önemli bir parçasıdır. Anöploidi tanı testlerinde altın standart, klasikkromozom analizidir (karyotipleme). Bununla birlikte Florasan In Situ Hibridizasyon ( FISH )ve short tandem repeats (STRs) analizleri moleküler sitogenetik ve moleküler genetik testlerolarak spesifik anomalilerin tanısında rutin uygulamada kullanılmaktadır.MLPA; farklı DNA dizilerinin tek bir reaksiyonda relatif kantitasyonuna imkan verenyeni bir teknik olarak ortaya çıkmıstır. Retrospektif ve prospektif olarak yapılan çalısmamızdaanöploidi riski tasıyan 500 gebeden alınan amniyon sıvısında MLPA teknigi kullanılarak 13.,18., 21., X ve Y kromozomlarının doz tayini yapılmıstır.Çalısmamızda, riskli gebelerden alınarak Ana Bilim Dalı'mıza gönderilen amniyotiksıvıdan 2 cc ayrılarak fetal hücrelerin DNA ları ekstrakte edilmistir. Fetal DNA daki 13., 18.,21., X ve Y kromozomlarının dozajlarının belirlenmesi amacı ile bu kromozomlara spesifikprobların PCR ile amplifikasyonu yapılmıstır. Elde edilen PCR ürününde 310 Prizm GeneticAnalyzer cihazında Gene Mapper programı kullanılarak amplifiye olan probların miktarınıgösteren pikler elde edilmistir. Piklerin alanları Coffalyser programı ile analiz edilerek adıgeçen kromozomların doz tayini yapılmıstır.MLPA teknigi ile elde edilen sonuçlar rutin yöntemlerle elde edilen sonuçlar ilekarsılastırılarak testin sensitivitesi ve spesifitesi belirlenmistir. MLPA tekniginin rutindekullanılabilirligi sınanmıs ve yeni yöntemin rutinde kullanılan yöntemlere göre avantaj vedezavantajları belirlenmistir.Yapılan çalısma sonrasında örneklerin 480 tanesinde MLPA yöntemi ile sonuçlar tayinedilebilmistir. Triploidi saptanan bir olgu (69,XXX) dısındaki, tüm olgu örneklerinde karyotipsonuçları ile MLPA sonuçları uyumlu bulunmustur.

Abstract:
Prenatal diagnosis of chromosome syndromes is a long established part of obstetriccare in developed countries. Karyotyping has provided the gold standard as a diagnostic test.Nevertheless, molecular tests, such as fluorescent in situ hiybridisation (FISH) and shorttandem repeats (STRs) analysis, are now in common practice for the diagnosis of spesificabnormalities.MLPA is a new technique, that provides relative quantification of different DNAsequences by a single tube reaction. In our study, we determined retrospectively andprospectively the dosages of 13., 18., 21., X and Y chromosomes from amniocentesis samplesof 500 pregnants by using MLPA technique.The DNA is extracted from 2 ml amniotic fluid samples of pregnancies at increasedrisk of aneuploidy that are referred to our department. The PCR reactions by usingchromosomes 13., 18., 21., X and Y specific probes performed to quantify the amounts ofthese chromosomes in fetal DNAs. The amount of peaks related with the amplified probesanalysed by using Gene Mapper Programme in 310 ABI Prism Genetic Analyser System andthen each peak area analysed by the Coffalyser programme to determine doses ofchromosomes 13., 18., 21., X and Y.By comparing the MLPA-detected results and the findings from conventionalcytogenetic analyses, we determined the specifity and sensitivity of the MLPA technique andthe usage of the MLPA technique as a routine diagnostic method for aneuploidy detection.There was 480 conclusive MLPA tests. Results were concordant with those ofkaryotyping with the exception of the 69, XXX karyotyped sample.