hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Böbrek tümörlerinin ayırıcı tanısında S100-P ekspresyonunun rolü
The role of S100P expression in differential diagnosis of renal tumors
Yazar: AYŞE ÖTER ALMALI
Danışman: YRD. DOÇ. DR. REMZİ ERTEN
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Patoloji = Pathology
Dizin: Antikorlar = Antibodies ; Böbrek hastalıkları = Kidney diseases ; Böbrek neoplazmları = Kidney neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis testleri = Diagnostic tests ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential ; İmmünohistokimya = Immunohistochemistry ; İmmünohistokimya = Immunohistochemistry

Özet:
Amaç : Böbrek tümörlerinde S100P'nin immühistokimyasal ekspresyonu ile  ilgili literatürde yeterli çalıma bulunmamasına rağmen S100P'nin  kanser gelişiminde önemli bir role sahip olduğunu düşündüren kanıtlar giderek artmaktadır.  Çalışmamızda immünhistokimyasal olarak S100P'nin böbrek tümörü ve normal/kronik piyelonefritteki tanısal değerini araştırdık.
Gereç ve yöntem : Böbrek tümörü ve normal böbrek dokusu içeren patoloji preparatlarında S100P'nin ekspresyonu immünohistokimyasal olarak analiz edildi.
Bulgular : Böbrek tümörü ve normal böbrek dokusu içeren patoloji preparatlarının tamamında, diğer organ tümörlerinden ( pankreas, prostat, over, mesane vb.) farklılık göstererek, immünohistokimyasal olarak S100P negatif boyandı.  
Sonuç : Çalışmamız, S100P'nin böbrek tümörlerinin ayırıcı tanısında bir markır olarak kullanılmasının uygun olmayacağını düşündürmektedir. Bununla birlikte, S100P'nin böbrek tümörleri ve diğer organ kanserlerinin ayırıcı tanısındaki immünohistokimyasal öneminin belirlenmesi için daha ileri çalışmalar gerekmektedir.

Anahtar Kelimeler : S100P, Böbrek tümörü, immünohistokimya.

Abstract:
Objective: There isn't adequate research about immunohistochemical expression of S100P in kidney tumors but evidences that S100P has an important role in development of cancer are increasing. In our study we investigated the diagnostic value of S100P in the kidney tumors, normal kidney tissue and chronic pyelonefritis.
Materials and Methods: S100P was analyzed by immunohistochemistry in kidney tumors and the normal kidney tissue.
Results: All of the tissue preparation containing kidney tumors and normal kidney tissue, unlike other organ tumors ( pancreas, prostat, over, bladder etc.), S100P stained negative by immunohistochemistry.
Conclusions: In our study suggests that S100P isn't appropriate for use a markır in the differential diagnosis of renal tumors. At the same time further studies are required to determine the significance of S100P about differential diagnosis of kidney tumors and cancers of other organs.

Key words: S100P, Kidney Tumors, İmmunohistochemistry.
BEAGLE Genotip Atama Yönteminin değerlendirilmesi ve bir uygulama
Evaluation of BEAGLE Genotype Imputation Method and an application
Yazar: SİNEM İZDEŞ BARANSEL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. GAZEL SER
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Genetik = Genetics ; İstatistik = Statistics

Özet:
Bu çalışma, genotip atama yöntemlerinden olan BEAGLE programının tanıtılarak, oluşturulan üç farklı senaryoda atama performansının değerlendirilmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, 1000 Genom Projesi'nde dizilenmiş 191 bireyin 22. kromozomu üzerinde bulunan 1356 SNP belirteç bilgileri kullanılmıştır. Veri seti,  %20, %50 ve %70 oranlarında şansa bağlı olarak kesilerek üç farklı senaryo oluşturulmuştur. Birinci senaryo da veri setinin %20 oranında kesilmesi sonucunda 38 birey hedef veri setinde yer alırken, 153 birey referans veri setini oluşturmuştur. İkinci senaryo da veri seti %50 oranında kesilerek 96 birey hedef veri setinde yer alırken, 95 birey referans veri setinde yer almıştır. Son senaryo da ise veri seti %70 oranında kesilerek 134 birey hedef veri setinde yer alırken, 57 birey referans veri setinde yer almıştır. BEAGLE programı, genotip atamanın doğruluk derecesinin belirlenmesi amacıyla alelik-R2 istatistiğini vermektedir. Üç senaryo sonucunda elde edilen alelik-R2 değerleri, %90'dan büyük olarak elde edilmiş ve yüksek doğruluk derecesine sahip atamalar yapılmıştır. Bununla beraber, referans veri setlerinin büyüklükleri arasındaki farklılıkların, atama doğruluğu üzerine belirgin bir etkisi saptanamamıştır. Sonuç olarak, BEAGLE programı büyük ya da küçük örneklerde oldukça yüksek doğruluk derecesinde atamalar yapabilmektedir.

Abstract:
This study was conducted to introduce BEAGLE program, which is a method of genotype imputation, and evaluate the imputation performance in three different scenarios created. For this purpose, 1356 SNP marker information found on the 22nd chromosome of 191 individuals sequenced in 1000 Genome Project. Three different scenarios were created by dividing data set randomly in ratios of 20%, 50% and 70%. While 38 individuals were included in the target data set as a result of data set being divided in a ratio of 20% in first scenario, 153 individuals formed the reference data set. In second scenario, data set was divided in ratio of 50% and 96 individuals were included in the target data set, meanwhile 95 individuals were included in the reference data set. As for the last scenario, data set was divided in ratio of 70%, creating 134 individuals in target data set and 57 individuals in reference data set. BEAGLE program provides allelic-R2 statistic for the purpose of identifying the accuracy level of genotype imputation. Allelic-R2 values obtained as a result of three scenarios were higher than 90% and high accuracy level imputations were made. Nonetheless, no definitive effect of differences between the sizes of reference data sets on the imputations accuracy was detected. In conclusion, BEAGLE program can make considerably high accuracy level imputations in large or small samples.
Farklı döner eğe sistemlerinin apikalden taşan debris miktarı açısından karşılaştırılması
An in-vitro comparison of apically extruded debris using different rotary instrument systems
Yazar: MELİH KAYA
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ÖZGÜR GENÇ ŞEN
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Diş Hekimliği Fakültesi / Endodonti Ana Bilim Dalı
Derece: Diş Hekimliği Uzmanlık, 2016
Konu: Diş Hekimliği = Dentistry
Dizin: Dental aygıtlar = Dental instruments ; Endodonti = Endodontics ; Kök kanal tedavisi = Root canal therapy ; İrrigasyon = Irrigation

Özet:
Bu çalışmanın amacı farklı Nikel Titanyum döner aletlerin kullanımı esnasında apikalden taşan debris miktarlarının değerlendirilmesidir. Altmış adet çekilmiş insan alt kesici dişi her grupta 15 er adet diş bulunacak şekilde 4 gruba ayrıldı. Kök kanalları ProTaper Next, Reciproc, WaveOne ve Typhoon döner eğe sistemleri kullanılarak şekillendirildi. Enstrümantasyon esnasında apikalden taşan yıkama solusyonu ve debris önceden tartılmış Eppendorf tüplerinde biriktirildi. Tüpler 68 C° de 5 gün inkübatör içerisinde bekletildi ve yeniden tartıldı. Kuru debris ağırlıklarının belirlenmesi için boş tüplerin ağırlıkları son ağırlıklarından çıkarıldı. Veriler Kruskal-Wallis ve bağımsız t testleriyle istatistiksel olarak değerlendirildi. Çoklu karşılaştırmalar için Tukey testi kullanıldı. Typhoon grubu diğer gruplardan istatistiksel olarak anlamlı düzeyde daha fazla debris taşırdı (p<0.05). ProTaper Next, Reciproc ve WaveOne grupları arasında istatistiksel olarak fark bulunamadı (p>0.05). Bu çalışmada kullanılan bütün eğe sistemleri apikal foramenden bir miktar debris taşmasına sebep olmuştur. En fazla debrisi taşıran Typhoon grubu olmuştur. Devamlı rotasyonla çalışan aletler resiprokal hareketle çalışanlara göre daha fazla debris taşmasına yol açmıştır.

Abstract:
The aim of this study was to evaluate the weight of extruded debris apically from roots using different Nickel Titanium rotary instruments.  Sixty extracted human mandibular incisor teeth with similar diameters were divided into 4 groups of 15 teeth each. Root canals were instrumented using ProTaper Next, Reciproc, WaveOne and Typhoon rotary files. Irrigant and debris extruded during instrumentation were collected in pre-weighed Eppendorf tubes. The tubes were stored in an incubator at 68 °C for 5 days and weighed again. Initial weights of the tubes were subtracted from final weights to calculate the weight of dry debris. Data were statistically evaluated using Kruskal-Wallis and independent t tests. Tukey test was used for multiple comparisons. Typhoon group extruded significantly more debris than other groups (p<0.05). No significant difference was found among ProTaper Next, Reciproc and WaveOne groups (p>0.05). In this study, all instrumentation systems extruded debris through the apical foramen. Typhoon was associated with the highest debris extrusion. Continuous rotary instrumentation was associated with more debris extrusion as compared with reciprocating file systems.
Kablosuz ağ standartlarının karşılaştırılması
Comparison of wireless computer networks
Yazar: MEHMET CEVAT GÜLERYÜZ
Danışman: DOÇ. DR. RIDVAN SARAÇOĞLU
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği = Electrical and Electronics Engineering

Özet:
Bu tezde, IEEE tarafından geliştirilen bazı kablosuz ağ standartlarının karşılaştırmaları ve sınıflandırmaları OPNET üzerinden yapılmıştır. Bu karşılaştırmada IEEE 802.11a, 802.11b, 802.11g, 802.11n kablosuz ağ standartlarının performans karşılaştırmaları için veri yükü, iletim miktarı, gecikme, ortam erişim gecikmesi ve yeniden iletim denemesi parametreleri kullanılmıştır.

Yapılan karşılaştırma sonucunda, 802.11n' in en iyi, 802.11b' nin ise en kötü performanslara sahip olduğu görülmüştür.

Abstract:
In this thesis, some wireless standards developed by IEEE have been compared using OPNET. Comparison of IEEE 802.11a, 802.11b, 802.11g, 802.11n wireless standards was carried out across the following criteria: load, throughput delay, medium access delay, and retransmission attempt criteria.

At the end of the comparison, it has been seen that 802.11n was the best and 802.11b was the worst performance.
Kemal Bilbaşar'ın hikâyelerindeki halk edebiyatı ve halk kültürü unsurları üzerine bir inceleme
A study on the elements of folk li̇terature and folk culture i̇n Kemal Bi̇lbasar's stori̇es
Yazar: SABAHATTİN KAPUCU
Danışman: YRD. DOÇ. DR. YILMAZ ÖNAY
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Türk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı / Halk Edebiyatı Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Halk Bilimi (Folklor) = Folklore  ; Türk Dili ve Edebiyatı = Turkish Language and Literature
Dizin: Bilbaşar, Kemal = Bilbaşar, Kemal ; Halk bilimi = Folklore ; Halk edebiyatı = Folk literature ; Halk hikayeleri = Folk tales ; Halk kültürü = Folk culture ; Hikaye = Story ; Türk halk hikayeleri = Turkish folk stories

Özet:
İnsanlar yaşadığı toplumun değerleriyle şekillenir ve geleceğini bu dinamikler üzerine inşa eder. Dönemin şartları gereği Çanakkale, Selanik, Eskişehir, Ankara, Kayseri, Edirne, Kırklareli, Aydın, İzmir, İstanbul gibi birçok şehirde yaşamını sürdüren Kemal Bilbaşar bu yörelerin kültürleriyle yoğrulmuştur. Farklı yöre halklarının dilini, gelenek göreneklerini, inançlarını, eğlencelerini, sevinçlerini, acılarını, mücadelelerini, mitlerini öğrenerek tüm halkbilimi unsurlarına vakıf olmuştur.
Bu çalışmada, Son Dönem Türk Edebiyatının önemli yazarlarından Kemal Bilbaşar'ın hikâyeleri, halk kültürü ve halk edebiyatı bakımından incelenmiş, folklorun bu eserlerdeki yansımaları tespit edilip değerlendirme yapılmıştır.
Üç ana bölüm halinde şekillenen bu çalışmanın birinci bölümünde yazarın hayatı, sanatı ve eserleri hakkında bilgilere yer verilmiştir. İkinci bölümde, hikâyelerde karşılaşılan halkbilimi unsurları, üçüncü bölümde ise halk edebiyatı unsurları ele alınarak değerlendirilmiştir.
Anahtar Sözcükler: Kemal Bilbaşar, hikâye, Halkbilimi, Halk Edebiyatı, folklor.

Abstract:
People are shaped by the society's values they live in. Having lived in many cities such as Gallipoli, Salonika, Eskişehir, Ankara, Kayseri, Edirne, Kırklareli, Aydın, İzmir and İstanbul due to the conditions of that period, Kemal Bilbaşar experienced a mix of cultures of these regions. He learnt the language, traditions, customs, beliefs, entertainment, joys, sufferings, struggles and myths of a variety of folks; in brief, he mastered all elements of the folklore.
In this study, the focus is on Kemal Bilbaşar, one of the important authors of the Recent Period of Turkish Literature. His stories were examined in terms of folk culture and folk literature and reflections of the folklore on his works were detected and evaluated.
This dissertation is presented in three main parts and the first part includes information about author's life, his art and works. The second part covers folklore elements detected in the stories and the last part contains an analysis of the elements of folk literature
Keywords: Kemal Bilbaşar, story, folklore, folk literature.
Tri ve tetraazanaftalin türevlerinin aromatikliğinin incelenmesi
Investigation of aromaticity of tri and tetraazanaphthaline derivatives
Yazar: MEHMET AVCI
Danışman: DOÇ. DR. SELÇUK GÜMÜŞ
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
Aromatiklik, kimyanın ve özellikle organik kimyanın ilgi alanına giren hakkında her yıl onlarca çalışma yayınlanan bir konudur. Bir molekülün aromatikliğinin belirlenmesi o molekülün hangi tepkimelerde kullanılabileceği, hangi özellikleri göstereceği konusunda önemli bilgiler sunmaktadır. Bu bağlamda aromatiklik tayini son derece önemlidir. Bir yapının aromatikliğinin belirlenmesi için bir kaç yöntem bulunmasına karşın, en basit uygulamaya sahip ve en doğru yaklaşımı sunan NICS (Çekirdekten Bağımsız Kimyasal Kayma) yöntemidir.
	Naftalin aromatik bir moleküldür. Halkaların üzerinde yapılan merkezi sübstitüsyonun naftalinin aromatikliğine etkisi olacağı aşikardır. Azot gibi elektronegatif bir atomun karbon ile yer değiştirmesi ile naftalin halkalarının aromatikliği azaltacaktır. Sübstitüe azotların pozisyonları değiştikçe aromatiklik de değişmelidir. Bu amaçla tüm tri ve tetraazanaftalin türevleri dikkate alınarak tez çalışması şekillendirilmiştir.
	Azot sübstitüsyounu sonucunda kaybedilen aromatikliği geri kazanmak için halka hidrojenleri nitro grupları ile yer değiştirilmiştir. Elektronegatif azot üzerindeki elektron yoğunluğunun nitro gibi kuvvetli bir elektron çekici grupla tekrar halkaya aktarılması hedeflenmiştir.

Abstract:
Aromaticity, is a subject of chemistry and especially organic chemistry on which dozens of articles have been published every year. Aromaticity of a compound gives important information about the possible reactions and other propeties of a molecule. In that point of view determination of aromaticity is very important. Although there are a few methods for the determination of aromaticity, NICS (Nucleus Independent Chemical Shift) calculations provide the easiest applicability  and best approach to the result.
 	Naphthalin is an aromatic molecule. It is obvious that centric substitution on the ring will affect the aromaticity of naphthalin Substitution of carbon atoms of the ring with electronegative nitrogen atoms will decrease the aromaticity of the system. Aromaticity should differ by the change in the positions of the nitrogens. Therefore, the thesis is formed by taking all the derivatives of tri and tetraazanaphthalin derivatives into consideration.
	In order to gain the lost aromaticity due to nitrogen substitution, ring hydrogens were replaced with nitro groups. Electron population on the electronegative nitrogens were aimed to be pulled back into the ring by very strong electron withdrawing nitro groups.
Bruselloz olgularında crp sedimantasyon ve prokalsitonin düzeylerinin karşılaştırılması
The comparison of sedimentation crp and procalcitonin level in brucellosis
Yazar: ASKANDAR MUSTAFA ABDULRAHMAN
Danışman: DOÇ. DR. YASEMİN BAYRAM
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
ABDULRAHMAN A.M., Bruselloz Olgularında Crp Sedimantasyon Ve Prokalsitonin Düzeylerinin Karşılaştırılması, Y.Y.U. Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji A.B.D. Bu çalışmada bruselloz tanısı almış 56 hastaya ait serum örnekleri Brusella, CRP, ESR ve PCT yönünden incelendi. Bu hastaların % 42.8'i (24) kadın, % 57.2'si (32) erkek olarak bulundu. Tüm hastaların yaş ortalaması 20.4, erkek hastaların yaş ortalaması 17.7, kadın hastaların yaş ortalaması 23.8 olarak bulundu. Hastalar yaş aralıklarına göre gruplandırıldığında; 0-10 yaş aralığında 14 (%25), 11-20 yaş aralığında 22 (%39,3), 21-30 yaş aralığında 7 (%12,5), 31-40 yaş aralığında 9 (%16,1),  41-50 yaş aralığında 1 (%1,8), 51-60 yaş aralığında 1 (%1,8) ve 61-70 yaş aralığında 2 (%3,6) hasta saptandı. PCT, ESR ve CRP sonuçları normal ve yüksek olarak gruplandırıldığında yüksek çıkan sonuçların oranları  sırasıyla %71.4, %83.9 ve %92.9 olarak hesaplandı. STA testi ile CRP ve ESR  arasında sırasıyla %1 ve %5 pozitif yönde ilişki CRP ile ESR arasında %1 pozitif yönde ilişki saptandı. PCT ile STA, CRP ve ESR arasında sırasıla %1, %5 ve %5 pozitif yönde ilişki saptandı. Sonuç olarak çalışmamızda istatistiksel olarak an¬lamlı bulunan PCT, CRP ve ESR'nin brusellozda tanıya spesifik test¬lerin yanında tanıyı destekleyici testler olarak

Abstract:
ABDULRAHMAN A.M., The Comparison of, Sedimentation, CRP and Procalcitonin level in brucellosis , University of Y.Y.U.Institute of Medical Sciences, Department of Medical Microbiology, Master Thesis, Van, 2016. In this study; serum samples of 56 patients with brucellosis were analyzed in terms of brucella, CRP, ESR and PCT. % 42.8 (24) of these patients were famele, and % 57.2 (32) were males . Average age of all patients were 20.4, average age of male patients were 17.7, average age of females were 23.8. When the patients were grouped according to their age range, 14 (%25) patients were determined in the age range of 0-10, 22 (%39,3) in the age range of 11-20,7 (%12,5) in the age range of 21-30, 9 (%16,1) in the age range of 31-40, 1 (%1,8) in the age range of 41-50, 1 (%1,8) in the age range of 51-60, and 2 (%3,6) in the age range of 61-70. When the results of PCT, ESR and CRP are grouped as normal and high rates were calculated as respectively %71.4, %83.9 and %92.9.The test of STA,CRP and ESR positive relationship between %1 and %5, 1% revealed a positive correlation was found between ESR and CRP. In conclusion, In terms of our study found a statistically significant result of PCT, CRP and ESR diagnosis of brucellosis in addition to the specific test was concluded could be used as supplementary tests.
Van ilinin merkez Tuşba İpekyolu ve Edremit 
ilçelerinde doğal olarak yetişen mera bitkileri ve 
kullanım alanlarının araştırılması
The research of meadow plants and their usage naturally growing in Van province and the town in Edremit, Tuşba and İpekyolu town
Yazar: BÜŞRA AKDAĞ
Danışman: DOÇ. DR. ÖMER TERZİOĞLU
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Çayır ve meralar bir bölgenin önemli doğal kaynaklarındandır. Yurdumuz zengin bir florastik yapıya sahiptir. Doğu Anadolu Bölgesi çayır mera varlığı bakımından yurdumuzun kaba yem ihtiyacının büyük bir kısmının karşılandığı bölgedir. Sadece hayvanlarımıza kaba yem karşılamakla kalmaz, insan için yüzyıllardan beri gıda, tedavi, yakacak ve daha birçok alanda kullanılır.
Bu çalışmada, zengin bir florastik yapıya sahip olan, Van ilinin meralara yakın olan bölgeleri özellikle seçilmiş ve yöre halkıyla yüz yüze anket çalışması yapılmıştır. Araştırma sonucunda, mera alanlarından toplanıp tüketilen otların literatür kullanımına bakılıp pek çok kültür bitkisinden daha fazla yararlı bileşenler içerdiği ve insan sağlığına olumlu etkilerinin yüksek olduğu belirlenmiş,araştırmaya muhtaç bir konu olduğu anlaşılmıştır.Ayrıca halk dilinde kalkan(Cirsium pubigerum (Desf.) DC. var. spinosum Pet.), papatya (Tripleurospermum oreades(Boiss.)Rech. fil. var.oreades),ve hardal(Sisymbrium loeselii L.) olarak bilinenbitkilerin tüketilebilirliği ilk defa bu çalışmada tespit edilmiştir.

Anahtar kelimeler: Çayır ve mera, Geleneksel kullanılabilen yabani otlar,Hastalık tedavisinde kullanılan otlar, Yenilebilen otlar

Abstract:
Meadow and forages are the important natural resources of an area. Our country has a rich florastic structure. Eastern Anatolian Region is the region where the huge proportion of our country's need for rough feed is met. It doesn't only provide roughage for our animals but it has been used by people for centuries in many fields such as treetment, food, burning material and many more as well.
In this Project, Van region close to the rich pastures of the province that has fluorescent structures were especially selected and face to face survey was conducted with local people. As a result of research, it was determined collected from pasture and consumed grassess by looking at the literature use have more beneficial cotained companents then many crops that it has high positive impact on human health. It also understood that it is an issue that needs to be investigated. Morever, edibility of plants that colloguial language known as thistle(Cirsiumpubigerum (Desf.) DC. var.spinosum Pet.), daisy(Tripleurospermum oreades (Boiss.) Rech. fil. var. oreades) and mustard(Sisymbrium loeselli L.) have been made firm first time in this study.

Key Words: Meadow and pasture, The weeds can be using as a traditional, The grasses can be useal about treatment of the disease, consumeal grasses.