Böbrek ve üriner sistem konjenital anomalisi (CAKUT) tanısı alan hastalarda STAT3 polimorfizmlerinin (c.-1915C>G, c.1671C>T, c.-1-13666T>C, c.273+314A>G/T) sıklıklarının belirlenmesi
Determination of the frequency of STAT3 polymorphisms (c.-1915C>G, c.1671C>T, c.-1-13666T>C, c.273+314A>G/T) in patients with kidney and urinary system congenital anomaly (CAKUT)
Yazar: MERT POLAT
Danışman: DOÇ. DR. YUNUS KASIM TERZİ
Başkent Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Böbrek = Kidney ; DNA restriksiyon enzimleri = DNA restriction enzymes ; Konjenital anomaliler = Congenital abnormalities ; Malformasyonlar = Abnormalities ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Üriner sistem = Urinary tract ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections

Özet:
Konjenital böbrek ve üriner kanal anomalisi (CAKUT) embriyonik dönemde meydana gelen konjenital böbrek malformasyonlarının tamamını içerir ve tüm konjenital malformasyonların yaklaşık %20-30'unu oluşturur. CAKUT, böbrek agenezisi, böbrek displazisi, böbrek hipoplazisi, hidronefroz, hidroüreter ve vezikoüreteral reflü dahil olmak üzere idrar yolu morfogenezindeki bozukluklardan kaynaklanan yapısal malformasyonları kapsar. Şimdiye kadar CAKUT fenotipi ile ilişkili olduğu düşünülen 36 farklı gen saptandı. Bununla birlikte, CAKUT veya ekstra böbrek belirtisi olan CAKUT hastalarının sadece %20'sinde söz konusu 36 gende mutasyon tespit edildi. Bu veriler CAKUT'ta yüksek genetik heterojenitenin varlığını göstermektedir.
STAT3, STAT protein ailesinin bir üyesidir. STAT protein ailesi kanser gelişimi, inflamasyonun düzenlenmesi, immün yanıt, apoptoz ve erken embriyonik gelişim gibi çok farklı mekanizmalarda görev almaktadır. STAT3'ün böbrek gelişiminde rol oynadığı ve böbrek hastalıkları ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Çalışma kapsamında STAT3 geninde yer alan dört farklı tek nükleotid polimorfizminin (SNP) CAKUT tanısı alan hastalardaki görülme sıklıkları araştırıldı. Bu SNP'lerden rs1053004 genin 3' kodlanmayan bölgesinde (UTR), rs4796793 ise 5' UTR da yer alır. rs744166 ekzon 1 ve ekzon 2 arasındaki intronik bölgede, rs3816769 ise ekzon 3 ve ekzon 4 arasındaki intonik bölgede yer alır. rs744166 ve rs4796793 polimorfizmleri PZR-RFLP, ve rs1053004 ve rs3816769 polimorfizmleri ise gerçek zamanlı PZR yöntemi ile çalışıldı.
Hasta ve kontrol grubunun seçimi Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi-Ankara Hastanesi Pediatrik Nefroloji Bilim Dalı ile ortak olarak gerçekleştirilmiştir. Bu tezde KA17/341 numaralı projede kullanılan 0-18 yaş arasındaki 145 CAKUT tanılı hasta ve 128 kontrol örneği kullanıldı. İstatistik analizler, çalışmaya dahil edilen polimorfizmlerin, konjenital böbrek ve üriner kanal anomalisi (CAKUT) ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkisi olmadığını gösterdi. 
Anahtar kelimeler: Konjenital böbrek ve üriner kanal anomalisi, CAKUT, STAT3, rs1053004, rs744166, rs3816769, rs4796793

Abstract:
Congenital anomalies of the kidney and urinary tract (CAKUT), collectively refers to various structural malformations characterized by renal developmental disorders in the embryonic period and this malformation accounts for approximately 20-30% of all congenital malformations. CAKUT includes various structural malformations resulting from abnormalities in the morphogenesis of the urinary tract, including renal agenesis, renal dysplasia, renal hypoplasia, hydronephrosis, hydroureter, and vesicoureteral reflux. Currently, 36 genes found to be related to CAKUT phenotype. However, only 20% of CAKUT patients have mutations in these 36 genes. These data indicate the presence of high genetic heterogeneity in CAKUT.
STAT3 is a member of the STAT protein family. The members of this protein family have roles in different cellular mechanisms such as cancer, inflammation, immune response, apoptosis, and early stage of embryonic development. It has been shown that STAT3 plays a role in kidney development and is associated with renal diseases. In this study, four different single nucleotide polymorphisms (SNP) localized in the STAT3 gene was investigated in patients diagnosed with CAKUT. rs1053004 is located in the 3' untranslated region (UTR) of the gene and rs4796793 is located in the 5 'UTR. rs744166 is located in the intronic region between exon 1 and exon 2, and rs3816769 is in the intronic region between exon 3 and exon 4. We used PCR-RFLP method for the analyses of rs744166 ve rs4796793, and melting curve analyses for rs1053004 and rs3816769. 
The selection of the patient and control groups was made in collaboration with Başkent University Faculty of Medicine Department of Pediatric Nephrology. In this study, we used previously isolated DNA samples (From KA17/341). Total of 145 CAKUT patients between 0-18 years old, and 128 control individuals enrolled in this study. As a result of statistical analysis, no polymorphism was found to be related to congenital anomalies of the kidney and urinary tract (CAKUT).
Keywords: Congenital anomalies of the kidney and urinary tract, CAKUT, STAT3, rs1053004, rs744166, rs3816769, rs4796793