Crohn hastalığında anti-inflamatuar süreç ve hastalığın progresyonuyla ilişkili mirna'ların ekspresyon düzeylerinin araştırılması /
Yazar: ELİF ORHAN DİCLE
Danışman: DOÇ. DR. HAYRİYE ŞENTÜRK ÇİFTÇİ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Crohn hastalığı = Crohn disease ; Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) = Reverse transcription polimerase chain reaction ; Hastalık şiddeti indeksi = Severity of illness index ; Mikro RNA = Micro RNA ; Retrospektif çalışmalar = Retrospective studies ; İnflamatuar bağırsak hastalıkları = Inflammatory bowel diseases

Özet:
AMAÇ: Bu tez çalışmasında Crohn hastalığına özgü anti-inflamatuar süreçler ve hastalığın progresyonu ile ilişkilendirilen miRNA'lar arasında yer alan miRNA-149-5p, miRNA-4284, miRNA-223-5p, miRNA-27a-5p ve miRNA-192-5p'nin referans miRNA olarak miRNA-16-5p alınarak insan serumundaki ekspresyon düzeylerindeki farklılıkların belirlenmesi ve bu miRNA'ların hastalığın klinik fenotipi, yaş, cinsiyet, CDAI ve tanı süresi gibi parametrelerle ilişkisinin incelenmesi amaçlanmıştır.
GEREÇ YÖNTEM: Çalışmaya İstanbul Tıp Fakültesi Dahili Tıp Bilimleri Bölümü Gastroenterohepatoloji Bilim Dalı'nda Crohn hastalığı tanısı konulan 90 hasta ve 30 sağlıklı kontrol gruplarının kan örneklerindeki ekspresyon değerleri retrospektif olarak çalışıldı. Total miRNA'dan sentezlenen cDNA'lardan miRNA-149-5p, miRNA-4284, miRNA-223-5p, miRNA-27a-5p, miRNA-192-5p ve referans miRNA-16-5p miRNAlarının RT-PCR yöntemiyle ekspresyon düzeyine bakıldı.
BULGULAR: Elde ettiğimiz sonuçlara göre; hasta grubunda kontrol grubuna göre miRNA-223-5p, miRNA-27a-5p ve miRNA-149-5p ekspresyon düzeylerinin aşağı regüle olarak bulundu. Crohn hastalarında miRNA-27a-5p (p= 0.0000) ve miRNA-223-5p'nin (p= 0.0128) ekspresyon düzeyleri anlamlı olarak tespit edildi. Hasta ve kontrol gruplarındaki cinsiyetlere bağlı olarak miRNA-27a-5p ve miRNA-149-5p'nin ekspresyon düzeylerinin aşağı regüle olduğu, miRNA-4284, miRNA-192-5p ve miRNA-223-5p'nin ise yukarı regüle olduğu tespit edildi. Çalışmamızda, miRNA-27a-5p'nin hem hafif-orta (p= 0.013080) hem de orta-şiddetli (p= 0.039361) CDAI skoru gruplarında yukarı regüle olduğu ve istatistiksel olarak anlamlı olduğu tespit edildi. miRNA-27a-5p'nin genç yetişkin yaş grubunda istatistiksel olarak anlamlı olduğu (p=0.024775) belirlendi. miRNA-27a-5p, hem penetran hem de stenozan fenotip için aşağı regüle iken miRNA-4284, penetran grupta yukarı regüle, stenozan grupta aşağı regüle olduğu bulundu. miRNA-223-5p, hem penetran grup hem de stenozan grupta yukarı regüle olarak belirlenirken miRNA-149-5p, penetran grupta aşağı regüle, stenozan grubu ise yukarı regüle olarak tespit edilmiştir. miRNA-192-5p, penetran grupta (p= 0.010485) yukarı regüle iken, stenozan grupta da (p= 0.029553) yukarı regüle olarak belirlenerek istatistiksel açıdan anlamlı bulundu.
SONUÇ: Çalışmamızda CH ilişkili miRNA'ların CH patogenez süreçlerindeki etkisi ortaya konulmuştur. Bu verilerin, seruma özgü miRNA'ların düzenlenmesine dayalı olarak CH'de kişiselleştirilmiş terapötik yaklaşımların uygulanması ve hastalığın moleküler mekanizmalarının incelenmesine ışık tutacağı görüşündeyiz.
Anahtar Kelimeler: Crohn hastalığı, miRNA ekspresyonu
Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2023-40365

Abstract:
AIM: This thesis aims to determine the expression level differences of miRNA-149-5p, miRNA-4284, miRNA-223-5p, miRNA-27a-5p, and miRNA-192-5p, which are among the miRNAs associated with anti-inflammatory processes specific to Crohn's disease and its progression, in human serum using miRNA-16-5p as a reference miRNA. Additionally, it aims to investigate the association of these miRNAs with clinical phenotypes, age, gender, CDAI, and the duration of diagnosis.
MATERIAL METHOD: The study retrospectively investigated the expression levels of miRNAs in the blood samples of 90 Crohn's disease patients diagnosed at the Gastroenterohepatology Department of Internal Medicine Sciences, Istanbul Faculty of Medicine, and 30 healthy control groups. The expression levels of miRNAs-149-5p, miRNAs-4284, miRNAs-223-5p, miRNAs-27a-5p, miRNAs-192-5p, and reference miRNAs-16-5p, synthesized from total miRNA-derived cDNA, were determined using the RT-PCR method.
RESULTS: Our results showed that the patient group had down-regulated miRNA-223-5p, miRNA-27a-5p, and miRNA-149-5p expression levels compared to the control group.Patients with Crohn's disease showed significant expression levels of miRNA-27a-5p (p= 0.0000) and miRNA-223-5p (p= 0.0128).The study revealed that the patient and control groups exhibited down-regulated expression levels of miRNA-27a-5p and miRNA-149-5p, and up-regulated expression levels of miRNA-4284, miRNA-192-5p, and miRNA-223-5p, depending on gender. Both the mild-moderate (p= 0.013080) and moderate-severe (p= 0.039361) CDAI score groups showed statistically significant upregulation of miRNA-27a-5p in our study. The young adult age group showed statistically significant miRNA-27a-5p (p= 0.024775). Both the penetrating and stenosing phenotypes showed downregulation of miRNA-27a-5p, while the penetrating group showed upregulation and the stenosing group showed downregulation of miRNA-4284. Both the penetrating and stenosing groups showed upregulation of miRNA-223-5p, while the penetrating group showed downregulation and the stenosing group showed upregulation of miRNA-149-5p. The penetrating group (p= 0.010485) and the stenosing group (p= 0.029553) showed statistically significant upregulation of miRNA-192-5p.
CONCLUSION: In our study, the effect of CH-associated miRNAs on CH pathogenesis processes was revealed. We believe that these data will shed light on the application of personalized therapeutic approaches in CH based on the regulation of serum-specific miRNAs and the study of the molecular mechanisms of the disease.
Key Words: Crohn's disease, miRNA expression
The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. TYL-2023-40365