Farklı kaynaklardan izole edilen listeria türlerinin moleküler epidemiyolojisi
Molecular epidemiology of listeria spp. isolated from different sources
Yazar: SEÇİL ABAY
Danışman: PROF. DR. FUAT AYDIN
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu araştırmada, farklı kaynaklardan alınan materyaller (sığır-koyun kıyma ve dışkısı, süt, silaj) Listeria türlerinin varlığı yönünden incelenerek, elde edilen izolatlar ile Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalından temin edilen insan kaynaklı L. monocytogenes izolatlarının Rep-PCR tekniği ile tiplendirilmesi ve genetik yakınlıklarının belirlenmesi amaçlandı.Listeria spp. izolasyonu amacıyla, Listeria selektif buyyon (Oxoid), immunomanyetik separasyon işlemi ve Listeria selektif agar (Oxoid) kullanıldı. Elde edilen izolatların identifikasyonu amacıyla Microbact 12L Listeria identifikasyon test kiti (Oxoid) kullanıldı. İzolatların genotiplendirilmesinde ise Rep-PCR tabanlı otomatik Diversilab Listeria DNA fingerprinting kiti (Bacterial Barcodes) kullanıldı.Bu çalışmada sığır dışkı örneklerinin 11'i (% 22), koyun dışkı örneklerinin 5'i (% 10); sığır kıyma örneklerinin 12'si (% 48) ve koyun kıyma örneklerinin 4'ü (% 16) Listeria spp. yönünden pozitif bulundu. Ancak koyun ve sığırlardan alınan süt ve tank sütü örnekleri ile silaj örneklerinde Listeria türleri izole edilemedi.Sığır dışkı izolatlarının 10'u L.innocua, 1'i L. monocytogenes olarak identifiye edilirken koyun dışkı izolatlarının 5'i L. monocytogenes; sığır kıyma izolatlarının 4'ü L. monocytogenes, 2'si L. innocua, 1'i L. welshimeri ve 5'i L. grayi; koyun kıyma izolatlarının ise 2'si L. monocytogenes, 1'i L. welshimeri ve 1'i de L. grayi olarak identifiye edildi.Genotiplendirmede izolatlar başlıca 3 genetik grupta değerlendirildi. Patojen (2 ve 3. grup) ve patojen olmayan Listeria türleri (1. grup) ayrı gruplarda yer aldı. Ancak, 1 adet sığır dışkı kaynaklı L. monocytogenes izolatı 1. grupta yer alırken 1 adet sığır kıyma kaynaklı L. innocua izolatı 3. grupta saptandı. Birinci grupta sığır dışkı kaynaklı L. innocua izolatları, sığır, koyun kıyma kaynaklı L. innocua, L. grayi ve L. welshimeri izolatları yer aldı. İkinci ve 3. grupta ise insan, sığır ve koyun kıyma ile koyun dışkı kaynaklı L. monocytogenes izolatları yer aldı. Bu gruplarda yer alan aynı tür izolatların Rep-PCR profillerine göre birbiriyle genetik olarak % 90-99 oranında benzer olduğu saptandı.Sonuç olarak; sığır-koyun kaynaklı dışkı ve kıyma örneklerinde saptanan L.monocytogenes izolatları ile insan kaynaklı izolatların; Rep-PCR profillerine göre genotipik yakınlıklarının yüksek olarak belirlenmesi, etkenin halk sağlığı açısından potansiyel bir tehlike oluşturduğunu göstermiştir.Anahtar Kelimeler: Listeria, sığır, koyun, immunomanyetik separasyon, Rep-PCR

Abstract:
The aim of study was to determine the presence of Listeria spp. from different sources (cattle-sheep minced meat, feces, milk and silage). A secondary objective was to detection of genotyping of Listeria spp. strains isolated from different sources and L. monocytogenes isolates obtained from Erciyes University Medical Faculty of Microbiology Department with Rep-PCR.Listeria selective broth (Oxoid), immunomagnetic separation technique and Listeria selective agar (Oxoid) were used for Listeria spp. isolation. Identification of obtained isolates were made with Microbact 12L Listeria identification test kit (Oxoid, England) and Rep-PCR based automatic Diversilab Listeria DNA fingerprinting kit was used for genotypingIn this study, Listeria spp. were isolated from cattle and sheep feces 11 (% 22), 5 (% 10), from cattle and sheep minced meat 12 (% 48) 4 (% 16) respectively. However Listeria spp. was not isolated from sheep and cow?s milks, bulk tank milks and silage samples.Cattle feces isolate were identified as L. innocua (10 strains) and L. monocytogenes (1 strain). All sheep feces isolates were identified L.monocytogenes (5 strains). Cattle minced meat isolates were identified L. monocytogenes (4 strains), L. innocua (2 strains), L. welshimeri (1 strain) and L. grayi (5 strains). In sheep minced meat samples two L. monocytogenes, one L. welshimeri, one L. grayi were determined.In genotyping isolates were evaluated in 3 genetic groups. Pathogen (2nd and 3rd groups) and non-pathogenic (1st group) Listeria spp. were take place in different groups in genotyping. Also, one L. innocua strain isolated from cattle minced meat was detected in group 3 while one L. monocytogenes strain isolated from cattle feces is taking place in group 1. In the first group, L.innocua strains isolated from cattle feces and L. innocua, L.grayi, L.welshimeri strains isolated from cattle-sheep minced meat were take place. Listeria monocytogenes strains isolated from cattle-sheep minced meats, sheep feces and human were take place in the 2nd and 3rd groups. According to Rep-PCR profiles it was seen that the same species in groups were detected in similar 90-99% genetically.In conclusion, therefore L.monocytogenes isolates which were determined from cattle-sheep feces and minced meat sources with the human isolates showed at high level genotypic relations according to Rep-PCR profiles, Listeria spp. a potential risk that considering public health.Key Words: Listeria, sheep, cattle, immunomagnetic separation, Rep-PCR