Broyler tavuklardan elde edilen Salmonella infantis izolatlarının integron, antimikrobiyal direnç ve virülens gen profillerinin incelenmesi
Investigation of integron, antimicrobial resistance and virulence gene profiles of Salmonella infantis isolated from broyler chickens
Yazar: MELİKE BEKÖZ YARAR
Danışman: PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antibiyotik dirençliliği =   ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple ; İntegronlar = Integrons

Özet:
Amaç: Broyler tavuklardan elde edilen Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis izolatlarında integron, antimikrobiyal direnç ve virülens gen profillerinin araştırılmasıdır.
Gereç ve Yöntem: Broyler tavuklardan elde edilen toplam 255 Salmonella izolatı kullanıldı.
Salmonella izolasyonu, TS EN ISO 6579-1:2017 standardına göre yapıldı. İzolatların cins
(invA) ve tür (serovar Enteritidis için sefA, serovar Typhimurium için spy, serovar Infantis için
fljB) düzeyinde doğrulanması, integron (int1, int2) ve virülens gen (sopB, pipD, sopE, sifA, stn,
spaN, spvC, slyA, hilA, spvR) profillerinin belirlenmesi için polimeraz zincir reaksiyonu (PZR)
kullanıldı. İzolatların sekiz antimikrobiyal aileye ait sekiz antibiyotiğe karşı direnç profilleri
disk difüzyon yöntemi ile incelendi. İzolatların çoklu antibiyotik direnç (MDR) durumları ile
integron ve virülens genlerinin varlığı arasındaki ilişki; ayrıca, integron genlerinin varlığı ile
virülens genlerinin varlığı ve antimikrobiyal direnç arasındaki ilişki Pearson Ki-Kare (χ2) testi
kullanılarak incelendi.
Bulgular: Tür spesifik PZR sonuçlarına göre izolatların %62,3'ü S. Infantis olarak identifiye
edildi. S. Infantis izolatları arasında en yüksek direnç trimetoprim/sülfametoksazol, tetrasiklin
(%89,3) ve amoksisilin/klavulanik aside (%62,9) karşı belirlenirken en etkili antibiyotikler
ampisilin ve gentamisin olarak belirlendi. S. Infantis izolatlarının %61,0'i MDR'ye sahip iken
%96,8'i integron geni taşıyordu. İzolatların, bazı virülens genlerini (sopB, pipD, sifA, stn, spaN,
slyA, hilA) yüksek (%93,7-%96,8) yüksek, bazı virülens genlerini ise (sopE, spvC, spvR) daha
düşük oranlarda (%11,9-%3,1) taşıdıkları tespit edildi. Yapılan istatistiksel analiz sonrasında,
integron genlerinin varlığı ile bazı antibiyotiklere (gentamisin ve ampisilin) karşı direnç ve belirli virülens genlerinin (sopB, pipD, spaN, spvC, slyA, hilA, spvR) varlığı arasında anlamlı
bir ilişki saptandı.
Sonuç: Broyler tavuklardan elde edilen MDR'ye sahip S. Infantis izolatlarında yüksek düzeyde
integron ve virülens genlerinin belirlenmesi; bu patojenin ilaç direncini ve hastalık yapma
potansiyelini anlamak için önemlidir ve etkili tedavi stratejilerinin geliştirilmesine yardımcı
olabilir.
Anahtar kelimeler: Çoklu antibiyotik direnci, İntegron, Salmonella Infantis, Virülens gen.

Abstract:
Objective: The aim of the study was to investigate integron, antimicrobial resistance and
virulence gene profiles in Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis isolates
obtained from broiler chickens.
Materials and Methods: Two hundred fifty five Salmonella isolates obtained from broiler
chickens were used in the study. Salmonella isolation was carried out according to the TS EN
ISO 6579-1:2017 standard. Polymerase chain reaction (PCR) was used for the confirmation of
the isolates at the genus level (invA) and species level (sefA for serovar Enteritidis, spy for
serovar Typhimurium, fljB for serovar Infantis), determination of integron (int1, int2) and
virulence gene (sopB, pipD, sopE, sifA, stn, spaN, spvC, slyA, hilA, spvR) profiles. The
isolates' resistance profiles against eight antibiotics belonging to eight antimicrobial families
were examined using the disk diffusion method. The relationship between multiple antibiotic
resistance (MDR) status the presence of integron genes and virulence genes; in addition, the
relationship between the presence of integron genes and the presence of virulence genes and
antimicrobial resistance was examined using the Pearson Chi-Square (χ2) test.
Results: According to the species-specific PCR results, 62,3% of the isolates were identified
as S. Infantis. The highest resistance among S. Infantis isolates was observed against
trimethoprim sulfamethoxazole, tetracycline (89,3%), and amoxicillin clavulanic acid (62,9%),
while the most effective antibiotics were ampicillin and gentamicin. While 61,0% of S. Infantis
isolates were MDR; 96,8% carried the integron gene. The isolates carried some virulence genes
(sopB, pipD, sifA, stn, spaN, slyA, hilA) at high rates (93,7%-96,8%) and some virulence genes
(sopE, spvC, spvR) at lower rates (11,9%-3,1%). After the statistical analysis a significant
relationship was found between the presence of integron genes and resistance to some
xvi
antibiotics (gentamicin and ampicillin) and the presence of certain virulence genes (sopB, pipD,
spaN, spvC, slyA, hilA, spvR).
Conclusion: The high level of integron genes and virulence genes identified in MDR S. Infantis
isolates obtained from broilers is important for understanding the drug resistance and disease
potential of this pathogen and can aid in the development of effective treatment strategies.
Keywords: Integron, Multidrug antimicrobial resistance, Salmonella Infantis, Virulence gene.