Kars yöresindeki sığırlarda metisilin dirençli staphylococcus aureus (MRSA) nazal taşıyıcılığının kültürel ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of nasal methicillin-resistant staphylococcus aureus (MRSA) carriage in cattle with cultural and molecular methods in Kars, Turkey
Yazar: KADİR YILMAZ
Danışman: PROF. DR. ÖZGÜR ÇELEBİ
Kafkas Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Kars ilinde yetiştirilen sağlıklı görünümlü 400 adet sığırın nazal sürüntü örneklerinde
metisilin dirençli Staphylococcus aureus'un (MRSA) tespiti ve yaygınlığının
belirlenmesi hedeflendi. MRSA'nın ilk izolasyonunda CHROMagar MRSA
kullanıldı. Biyokimyasal testler ve Prolex Staph Latex Kit ile Staphylococcus
aureus'un identifikasyonu gerçekleştirildi. MRSA'nın fenotipik olarak tespiti,
sefoksitin disk difüzyon yöntemiyle araştırıldı. nucA-PCR Staphylococcus aureus'un,
mecA-PCR ve mecC-PCR ise metisilin direncinin doğrulanması amacıyla uygulandı.
MRSA ve metisilin duyarlı Staphylococcus aureus (MSSA) izolatlarının
antibakteriyel duyarlılıkları disk difüzyon ve gradient testle araştırıldı. 1 MRSA
izolatının tüm genom dizilemesi (WGS) gerçekleştirilerek tiplendirmesi yapıldı.
Küresel benzer genomlarla dendogram oluşturuldu. Fenotipik testlerle 12 adet (%3)
Staphylococcus aureus saptandı, MRSA oldukları belirlendi. 12 adet Staphylococcus
aureus nucA-PCR'de doğrulandı. 7 adet MRSA, mecA-PCR'de saptandı. İzolatlarda
mecC genine rastlanmadı. Çalışmanın MRSA prevalansı %1,75 (7/400) olarak
belirlendi. 5 adet Staphylococcus aureus, MSSA olarak tanımlandı. MRSA
izolatlarının %100'ünün sefoksitine ve penisiline, %14,2'sinin mupirosine,
%28,5'inin gentamisine, %28,5'inin eritromisine, %28,5'inin ise trimetoprim
sülfametoksazole dirençli olduğu saptandı. MSSA izolatlarının %100'ünün sefoksitine
ve penisiline, %20'sinin klindamisine, %20'sinin gentamisine dirençli olduğu
belirlendi. MRSA'ların %14,2'si, MSSA'ların ise %20'si çoklu ilaç direnci gösterdi.
MRSA ve MSSA'ların seftarolin, siprofloksasin, vankomisin ve linezolide duyarlı
oldukları saptandı. WGS sonucunda izolat, ST22, CC22, SCCmec IVa (2B), spa tip t223 biçiminde tiplendirildi. İzolatın, toplum kaynaklı MRSA (CA-MRSA) ilişkili,
epidemik MRSA-15 (EMRSA-15) klonunun UK-EMRSA-15 [tst 1+] Orta Doğu
varyantı olduğu belirlendi. Küresel genomlar ve WGS örneğimiz 2 klanlı monofiletik
ağaç oluşturdu. Avustralya'da kronik rinosinüzitli insandan elde edilen izolat, MRSA
izolatımızla %99,99 sekans eşleşmesiyle kardeş takson oluşturdu.
Anahtar Sözcükler: Kromojenik Agar, MRSA, PCR, Sığır, WGS

Abstract:
It was aimed to determine the detection and prevalence of methicillin-resistant
Staphylococcus aureus (MRSA) in nasal swab samples of 400 healthy cattle raised in
Kars province. CHROMagar MRSA was used for the initial isolation of MRSA.
Identification of Staphylococcus aureus was performed using biochemical tests and
Prolex Staph Latex Kit. Phenotypic detection of MRSA was investigated by cefoxitin
disc diffusion method. nucA-PCR was used to confirm Staphylococcus aureus, mecAPCR and mecC-PCR were used to confirm methicillin resistance. Antibacterial
susceptibility profiles of MRSA and methicillin-sensitive Staphylococcus aureus
(MSSA) isolates were determined by disc diffusion and gradient test. 1 MRSA isolate
was typed by whole genome sequencing (WGS). A dendogram was created with
globally similar genomes. Phenotypic tests revealed 12 (3%) Staphylococcus aureus,
which were identified as MRSA. 12 Staphylococcus aureus were confirmed by nucAPCR. 7 MRSA were detected by mecA-PCR. No mecC gene was found in the isolates.
MRSA prevalence of the study was determined as 1.75% (7/400). 5 Staphylococcus
aureus were identified as MSSA. It was determined that 100% of MRSA isolates were
resistant to cefoxitin and penicillin, 14.2% to mupirocin, 28.5% to gentamicin, 28.5%
to erythromycin and 28.5% to trimethoprim sulphamethexazole. It was determined that
100% of MSSA isolates were resistant to cefoxitin and penicillin, 20% to clindamycin
and 20% to gentamicin. Multidrug resistance was found in 14.2% of MRSA and 20%
of MSSA isolates. MRSA and MSSA isolates were susceptible to ceftaroline,
ciprofloxacin, vancomycin and linezolid. As a result of WGS, the isolate was typed as
ST22, CC22, SCCmec IVa (2B), spa type t-223. The isolate was identified as UKEMRSA-15 [tst 1+] Middle East variant of the community-acquired MRSA (CAMRSA)-associated, epidemic MRSA-15 (EMRSA-15) clone. Global genomes and our
WGS sample formed a monophyletic tree with 2 clades. The isolate from a human with
chronic rhinosinusitis in Australia formed a sister taxon with 99.99% sequence identity
with our MRSA isolate.
Keywords: Cattle, Chromogenic Agar, MRSA, PCR, WGS