Çeşitli hayvan türlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterokok izolatlarında VANA, VANB, VANC1 ve VANC2 genlerinin moleküler yöntemle araştırılması
The investigation of vana, VANB, VANC1 AND VANNC2 GENES in vancomycin resistant enterococci isolates from various animal species by molecular method
Yazar: DEVRİM SARIGÜZEL
Danışman: PROF. DR. FUAT AYDIN
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Dışkı = Feces ; Enterococcus = Enterococcus ; Genler = Genes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Vankomisin = Vancomycin ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Bu çalışmada, Kayseri bölgesindeki çeşitli hayvan türlerinin dışkı örneklerinde vankomisine dirençli Enterococccus spp. varlığının incelenmesi, izole edilen suşların antibiyotik dirençlerinin saptanması ve izolatlarda vanA, vanB, vanC1 ve vanC2 genlerinin moleküler yöntemle araştırılması amaçlanmıştır.Mayıs- Ağustos 2010 ayları arasında her birinden 100'er adet olmak üzere sığır, broyler, yumurtacı tavuk ve köpeğe ait dışkı örnekleri çalışmada materyal olarak kullanılmıştır. Örneklerden izolasyon ve identifikasyon işlemi sonucu elde edilen enterokok suşlarının, disk difüzyon ve E-test yöntemi ile antibiyotik duyarlılıkları ve glikopeptid direnci belirlenmiştir. Multipleks PCR ile vanA, vanB, vanC1 ve vanC2 genlerinin araştırılması yapılmıştır.Örneklerden elde edilen 68 izolatın 63 (% 92,64)'nün E.faecium, 3 adetinin (% 4,41) E.gallinarum, 2 adetinin de (% 2,94) E.casseliflavus türlerine ait olduğu belirlenmiştir. İzolatların disk difüzyon yöntemiyle 64 (% 94)'ü qoinupristin/dalfopristine, 16 (% 23,53)'i eritromisine, 16 (% 23,53)'sı tetrasikline, 9 (% 13,33)'u siprofloksasine, 7 (% 10,2)'i streptomisine, 10 (% 14,70)'u vankomisine ve 5 (% 7,3)'nin teikoplanine dirençli olduğu saptanmıştır. E-test yöntemi ile 10 adet izolat vankomisine ve 5 adet izolat teikoplanine dirençli bulunmuştur. İzolatların 32 (% 47)'nin çoğul ilaç direncine sahip olduğu belirlenmiştir. Yapılan Multipleks PCR ile; tüm izolatların vanA ve vanB geni taşımadığı bunun yanında 3 adet suşun vanC1 ve 2 adet suşun da vanC2 geni taşıdığı tespit edilmiştir.Türkiye'de çiftlik hayvanlarında avoparsin kullanımının yasaklanmasından sonra glikopeptid dirençli enterokokların varlığının düşük seviyede de olsa devam ettiği düşünülmektedir.Anahtar Kelimeler: Antibiyotik dirençlilik, dışkı, enterokok, PCR, vankomisin.

Abstract:
In this study, it is aimed to investigate the occurrence of vancomycin resistance Enterococcus spp. in faecal samples of various animal species, to detect the antibiotic resistance of isolated strains and to examine vancomycin resistance genes (vanA, vanB, vanC1, vanC2) via molecular method in Kayseri region.The faecal samples of cattle, broiler, hens and dogs (100 animals from each species) were used as material between May and August of 2010. Antibiotic susceptibility and glycopeptide resistance of Enterococcus strains which was obtained after the isolation and identification process were detected by means of disk diffusion and E-test method. The investigation of vanA, vanB, vanC1, vanC2 genes was conducted via multiplex PCR.It was detected that 63 (92.64%) of 68 isolates, which were obtained from the samples, belong to E.faecium, 3 of them (4.41 %) belong to E.gallinarum, and 2 of them (2.94 %) belong to E.casseliflavus. It was determined via disk diffusion method that 64 (94 %) of isolates resistant to qoinupristin/dalfopristine, 16 of them (23.53 %) to erythromycsin, 9 of them (13.33 %) to ciprofloxacin, 16 of them (23.53 %) to tetracycline, 7 of them (10.2 %) to streptomycin, 10 of them (14.70 %) to vancomycin, and 5 of them (7.3 %) to teicoplanin. It was found out that 10 isolates were resistant to vancomycin and 5 isolates to teicoplanin. 32 isolates (47 %) have multiple antibiotic resistances. It was detected that none of the isolates carried vanA and vanB genes; however, 3 strains carried vanC1 and 2 strains carried vanC2 genes.It was concluded that after the ban of using avoporcin over farm animals in Turkey, the occurrence of Enterococcus resistant to glycopeptide continued even if it was at low level.Key Words: Antibiotic resistance, enterococci, feaces, PCR, vancomycin