DNA onarım mekanizması ile ilişkili; XRCC1, PARP1, OGG1 ve APE1 gen polimorfizmleri ile diyabetik nefropati arasındaki ilişkinin araştırılması
The association of XRCC1, PARP1, OGG1 and APE1 polymorphisms with DNA repair mechanism in diabetic nephropathy
Yazar: LOKMAN KARATAŞ
Danışman: PROF. DR. MAHMUT ÇARİN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA = DNA ; Diabetik nefropatiler = Diabetic nephropathies

Özet:
Diyabetik nefropati (DN), Diabetes Mellitus'un (DM) en yaygın mikrovasküler komplikasyonudur. DN'nin patogenezinde rol oynayan glikotoksisite sonucunda, reaktif oksijen türleri (ROS) ortaya çıkar ve bu serbest radikaller DNA hasarına neden olabilir. Hasar sonrası DNA'nın tamirinde XRCC1, PARP1, OGG1 ve APE1 genlerinin kodladığı proteinler önemli rol oynar. Çalışmalarda; DNA tamir genlerinden XRCC1 kodon 399, PARP1 kodon 762, OGG1 kodon 326 ve APE1 kodon 148'deki tek baz değişimleri sonucu oluşan polimorfizmlerin, enzim aktivasyonunu etkilediği gösterilmiştir. Bu bilgilerin ışığında çalışmamızda onarım mekanizmasında görevli enzimlerden olan XRCC1, PARP1, OGG1 ve APE1 polimorfizmleri ile DN arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçladık.Çalışmamızda 116 diyabetik nefropatili hasta (DN), 116 diyabet hastası ve 116 sağlıklı kontrolden (K) temin edilen DNA örneklerinde belirtilen polimorfizmler Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (PZR-RFLP) metodu ile belirlendi. Çalışmamızda XRCC1 (kodon 399) ve PARP1 (kodon 762) polimorfizmlerini DN, D ve K grupları arasında karşılaştırdığımızda istatistiksel olarak anlamlı bir sonuç elde edemedik. APE1 gen polimorfizminin tespitinde referans makalelerdeki protokol uygulanmasına rağmen 148.kodonda amplifikasyon gözlenememiştir. OGG1 (kodon 326) polimorfizmi için DN ile K grupları istatistiksel olarak karşılaştırıldığında Ser/Ser genotipi anlamlı olarak kontrol grubunda yüksek (p=0.026) bulunurken Ser/Cys genotipi ise DN grubunda anlamlı olarak yüksek (p=0.015) bulundu. DN ile D grupları istatistiksel olarak karşılaştırıldığında Ser/Ser genotipi anlamlı olarak D grubunda yüksek bulunurken Ser/Cys genotipi ise DN grubunda anlamlı olarak yüksek bulundu.Çalışmamız, Türk popülasyonunda diyabetik nefropati ile XRCC1, PARP1, OGG1 ve APE1 polimorfizmleri arasındaki ilişkinin incelendiği ilk çalışmadır.

Abstract:
Diabetic nephropathy (DN) is considered to be the most common microvascular complication of diabetes mellitus. As a result of glicotoxicity taking part in the pathogenesis of DN, reactive oxygen species (ROS) emerge and these free radicals might lead to DNA damage. Proteins coded by XRCC1, PARP1, OGG1 and APE1 genes play significant roles in DNA repair mechanisms. Studies have demonstrated that polymorphisms occuring as a result of single base changes in DNA repair genes including XRCC1 codon 399, PARP1 codon 762, OGG1 codon 326 and APE1 codon 148 have effect on enzyme activation. On the basis of this information, we aimed at investigating the association between DN and polymorphisms in DNA repair genes such as XRCC1, PARP1, OGG1 and APE1.Our study included 116 patients with diabetic nephropathy (DN), 116 patients with diabetes (D) and 116 healthy individuals as the control group (C). PCR-RFLP method was used for the identification of the above mentioned polymorphisms. When the polymorphisms of XRCC1 (codon 399) and PARP1 (codon 762) in DN, D and control groups were compared, no significant correlation could be established. Although, the protocols in the related articles were performed for the detection of APE1 gene polymorphisims in codon 148, no amplification could be observed. In addition, when the polymorphism of OGG1 (kodon 326) DN and the control group were compared Ser/Ser genotype was significantly higher in the control group (p=0.026) whereas Ser/Cys genotype was significantly high in DN group (p=0.015). The comparision between DN and D groups revealed that Ser/Ser genotype was statistically high in D group while, Ser/Cys genotype was statistically high in DN group.To our knowledge, this study is the first study exploring the association pf XRCC1, PARP1, OGG1, APE1 polymorphisms and diabetic nephropathy in Turkish population.