Buğdayda kök ve kök boğazı çürüklüğü hastalığına yanıttaki genlerin ifade düzeylerinin mikroarray analizi ile belirlenmesi
Determining the level of gene expression by microarray analysis of the response of with root and crown rot diseases
Yazar: EMRE İSHAKOĞLU
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ERAYMAN
Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Buğday dünya için olduğu kadar ülkemiz için de oldukça önemli bir kültür bitkisidir. Buğdayın bu önemini göz önünde bulundurarak biyotik ve abiyotik stres faktörlerinden dolayı azalan verimin yeniden ekonomiye kazandırılması büyük önem arz etmektedir. Bir fungus hastalığı olan Kök ve Kök Boğazı Çürüklüğü hastalığı buğdayda önemli verim kayıplarına neden olmaktadır. Bu verim kayıplarını azaltabilmek için bitki ıslahçıları, klasik yöntemlerle mücadele edebileceği gibi moleküler yöntemlerle de mücadele edebilmektedir.
	Bu tez çalışmasında buğdayda kök ve kök boğazı çürüklüğü hastalığının etken patojeni Fusarium graminearum Schwabe'a karşı orta derecede hassas ( cv. "Mızrak- 98" ) ve hassas ( cv.  "Gün-91" ) buğday çeşitlerinde Fusarium graminearum enfeksiyonuna maruz kaldıktan sonra transkripsiyonel profillemeye tabi tutulmuştur. Hassas ve orta derecede hassas olan buğday çeşitlerin köklerine patojen uygulamasından 12 saat sonra 12X135K mikroarray çip kullanarak genlerin ifade değişiklikleri ölçülmüştür. Mikroarray analizi için 39,179 oligonükleotid prob kullanılmıştır. 3668 gen karşılaştırma sürecinde en az bir kere farklılaşma göstermektedir. Farklı olarak düzenlenmiş transkriptlerin büyük çoğunluğu hastalığa duyarlılığı ve genlerin ifade düzeyi ile ilişkilidir. Çeşitler karşılaştırıldığında transkript ve ifade değişiklikleri çeşitler içinde değişebilir. Özellikle membran transkriptleri farklı şekilde tespit edilmiştir. Ayrıca transkripsiyon faktörleri'de çeşitler arasında önemli değişim göstermiştir. 
	Bu çalışmada seçilen çeşitlerin Fusarium graminearum enfeksiyonuna 12. saatte ilk tepkisini anlamak için yeni bir anlayış olmuştur. KEGG (Genler ve Genomlarının Kyoto Ansiklopedisi) analizi sayesinde, en değişmiş transkript nişasta, sükroz metabolizması ve glukoneogenez yolları ile ilişkili olduğu görülmüştür.

Abstract:
Wheat is an important cultural plant for our country as well as it is for the world. Considering the importance of wheat, it is essential for lessened yields just because having been effected by the biotic and abiotic factors, to bring them in the economy again and again. Root and crown rot disease, which is an illness of fungi, causes great yield loses on wheat. In order to diminish, the yield loses, plant breeders are able to struggle with the classiscal methods along with the molecular methods. 
In this thesis, Fusarium graminearum Schwade which is the causative pathogen of the illness known as root and crown rot was shmade a transcriptional profiling against to Schwabe after having been exposed to Fusarium graminearum exposition in mid sensitive ( cv. "Mızrak- 98" ) ve sensitive ( cv.  "Gün- 91" ) wheat samples. After 12 hours from the pathojen implementation of sensitive and moderate sensitive wheat samples, using 12X135K microarray chip, gene's microarray changes were measured. 39.179 oligonucleotide probes were used for microarray analysis. In the process of the comparision of 3668 genes, at least one differentation was detected. Most of the transcripts that organised differently, related to the gene expression mechanism and sensitive to the illness. When the samples compared, the transcription and expression changes in wheat samples. Membrane transcripts especially diagnosed different. In addition, transcription factors showed great change within the samples. 
	 This study shows a new perspective to discover the prima response of Fusarium graminearum infection within the first 12 hours. By the KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analysis it has found out that the most changed transcript starch is related to the sucrose metabolism and gluconeogenesis ways.