Koyun, sığır ve tavuk sakadatlarında Campylobacter spp. varlığı, izolatların antibiyotiklere duyarlılıkları ve klonal ilişkilerin belirlenmesi
Presence of Campylobacter spp. in sheep, cattle and chicken giblets, the determination of antibiotic susceptibilities and clonal proximities of the isolates
Yazar: ESRA NUR ÖZYÜREK
Danışman: DOÇ. DR. HARUN HIZLISOY
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Kampilobakter = Campylobacter ; Koyunlar = Sheep ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Sakatat = Offal ; Sığırlar = Cattles ; Tavuklar = Chickens ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Kampilobakterler, insanlarda ve hayvanlarda başta gastroenterit olmak üzere çok çeşitli hastalıklara neden olan zoonotik, gıda kaynaklı patojenlerdir. Bu çalışmada; Kayseri ilindeki farklı market ve satış yerlerinden toplanan koyun, sığır ve tavuk sakadatlarında Campylobacter spp. varlığı, izolatların belirlenen antibiyotiklere duyarlılıkları ve izolatların moleküler tiplendirilmesi amaçlanmıştır. 
Bu amaçla, Kayseri ilindeki farklı market ve satış yerlerinde satışa sunulan toplam 150 adet koyun, sığır ve tavuk sakadat örnekleri çalışmada materyal olarak kullanıldı. Toplanan örneklerden Campylobacter spp. izolasyonu ve identifikasyonu yapılmıştır. Campylobacter spp. izolasyonu için Modified Charcoal Cephoperazone Desoxycholate (mCCD) Agar (Oxoid CM739, İngiltere) ve Charcoal Desoxycholate (CCD) Agar Selective Supplement (Oxoid SR155E, İngiltere) kullanılmıştır. Petriler 37°C'de 48-72 saat süreyle mikroaerobik ortamda inkübe edilmiştir. İnkübasyon sonunda kampilobakter türlerine ait şüpheli kolonilerden blood agar base no:2 (Oxoid, CM0055, İngiltere)'ye pasaj yapılmıştır. Şüpheli koloniler seçilerek, Gram boyama, oksidaz testi, katalaz testi ve faz-kontrast mikroskobunda hareket testi uygulandı. Moleküler identifikasyon amacıyla mültipleks polimearz zincir reaksiyonu'ndan (mPCR) yararlanılmıştır. İzolatların çeşitli antibiyotiklerine duyarlılıkları, disk difüzyon yöntemi ile yapılmıştır. İzolatların klonal yönden birbirine yakınlıklarını belirlemek için Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) kullanılmıştır. 
Çalışma sonunda toplam 150 adet koyun, sığır ve tavuk sakadat örneğinden 19'u (%12.6) fenotipik testlerle Campylobacter spp. yönünden pozitif olarak tespit edildi. Yapılan mPZR testleri sonunda, 19 kampilobakter şüpheli izolatın tamamının Campylobacter spp. olduğu doğrulandı. Bu izolatların 11 (%57.9)'i C. jejuni, 7 (%36.8)'si C. coli ve 1 (%5.3)'i ise C. fetus olarak identifiye edildi. 
Disk difuzyon testi sonucunda en yüksek duyarlılık oranları amoksisilin-klavulanik asite %94.7, eritromisine %78.9, gentamisine %68.4, azitromisin ve streptomisine ise %63.2 olarak bulunurken, izolatların tamamı (%100) trimetoprim-sulfametoksazole dirençli bulundu. Çalışmada, 19 izolatın 17 (%89.5)'sinde çoklu ilaç direncine (multidrug resistance) rastlandı. İzolatların 3'ünde 3 antibiyotiğe karşı, 4'ünde 4 antibiyotiğe karşı, 4'ünde 5 antibiyotiğe karşı, 1'inde 6 antibiyotiğe karşı ve 5'inde 7 antibiyotiğe karşı direnç gözlendi. 
ERIC-PCR sonucuna göre izolatların benzerlik derecesi >80% olarak belirlenmiştir. İzolatların bant sayıları 2-18 arasında değişmektedir. Analiz sonucu oluşan bantların 100-1500 bp aralığında olduğu belirlenmiştir. Elde edilen Campylobacter spp. izolatları (A-E) olmak üzere beş ana grup oluştururken, bir adet (A1) alt grup oluşturmuştur. Ayrıca (I-II) iki adet singleton meydana gelmiştir. Çalışmada, PCR analizi sonucu elde edilmiş olan pozitif Campylobacter spp. izolatları önemli oranda heterojenite gösterdi.
Çalışma sonucunda insanlar tarafından sıklıkla tüketilen sakadatlarda kampilobakterlerin varlığının ve bu izolatların güncel antibiyotiklerin birçoğuna dirençli olmasının ve çoklu ilaç direnci göstermesinin ortaya konması halk sağlığı açısından önem arz etmektedir. Bu ürünlerin eldesinden sofraya kadar her aşamada hijyenik tedbirlerin titizlikle yerine getirilmesi gerekmektedir. 
Anahtar Kelimeler: Campylobacter spp., Koyun, Sığır, Tavuk, Sakadat, Klonal İlişkiler.

Abstract:
Campylobacter spp. are zoonotic, foodborne pathogens that cause a wide variety of diseases, especially gastroenteritis, in humans and animals. In this study, sheep, beef and chicken giblets were collected from different markets and sales points in Kayseri province. The presence of Campylobacter spp., susceptibility of the isolates to the determined antibiotics and molecular typing of the isolates were aimed.
For this purpose, a total of 150 sheep, cattle and chicken giblet samples offered for sale in different markets and sales points in Kayseri were used as material in the study. The isolation and identification of Campylobacter spp. from collected samples. Modified Charcoal Cephoperazone Desoxycholate (mCCD) Agar (Oxoid CM739, UK) and Charcoal Desoxycholate (CCD) Agar Selective Supplement (Oxoid SR155E, UK) were used for isolation of Campylobacter spp.. Petri dishes were incubated at 37 ° C for 48-72 hours under microaerobic condition. At the end of the incubation, passages were made from suspicious colonies of Campylobacter spp. to blood agar base no: 2 (Oxoid, CM0055, UK). Suspect colonies were selected and Gram staining, oxidase test, catalase test and motion test under phase-contrast microscope were performed. Multiplex polymerase chain reaction (mPCR) was used for molecular identification. The susceptibilities of the isolates to various antibiotics were carried out by disk diffusion method. Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) was used to determine the clonal proximity of the isolates.
At the end of the study, 19 (12.6%) out of 150 sheep, beef and chicken giblet samples were determined to be positive in terms of Campylobacter spp.. As a result of the mPCR tests, all 19 Campylobacter suspecious isolates were confirmed as Campylobacter spp.. Eleven (57.9%) of these isolates were identified as C. jejuni, 7 (36.8%) as C. coli and 1 (5.3%) as C. fetus.
As a result of disk diffusion test, the highest susceptibility rates were found to be 94.7% to amoxicillin-clavulanic acid, 78.9% to erythromycin, 68.4% to gentamicin, and 63.2% to azithromycin and streptomycin, while all of the isolates (100%) were resistant to trimethoprim-sulfamethoxazole. In the study, multidrug resistance was found in 17 (89.5%) of 19 isolates. Resistance was observed in 3 isolates against 3 antibiotics, 4 isolates against 4 antibiotics, 4 isolates against 5 antibiotics, 1 isolate against 6 antibiotics and 5 isolates against 7 antibiotics. 
According to the result of ERIC-PCR, the degree of similarity of the isolates was determined as> 80%. Band numbers of the isolates vary between 2-18. It was determined that the bands formed as a result of the analysis were in the range of 100-1500 bp. The obtained Campylobacter spp. isolates formed five main groups as (A-E) and one (A1) subgroup. In addition, two singletons (I-II) were formed. Positive Campylobacter spp. isolates showed significant heterogeneity in the study.
As a result of the study, it is of utmost importance for public health to demonstrate the presence of campylobacters in giblets, which are frequently consumed by humans, and the resistance of these isolates to many of the current antibiotics and to show resistance to multiple drugs. Hygienic measures must be meticulously followed at every stage from the production of these products to the table.
Keywords: Campylobacter spp., Sheep, Cattle, Chicken, Giblet, Clonal Relationships.