İstanbul ili sınırları içinde satışa sunulan sebze örneklerinde Escherichia coli'nin real-time PCR yöntemi ile Shiga benzeri toksin genleri varlığı bakımından incelenmesi
Screening of Escherichia coli in vegetable samples marketed in different districts of Istanbul in consideration of occurence of Shiga-like toxin genes by real-time PCR assay
Yazar: BURÇİN TURAN
Danışman: PROF. HAYDAR ÖZPINAR
İstanbul Aydın Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Gerçek zaman = Real time ; Gıda güvenliği = Food safety ; Gıda mikrobiyolojisi = Food microbiology ; Mikrobiyolojik analiz = Microbiological analysis ; Mikrobiyolojik yöntem = Microbiological method

Özet:
Bu çalışmada, İstanbul ilindeki çeşitli semt pazarlarında satışa sunulan havuç, salatalık, domates, marul, maydanoz ve ıspanak örneklerinin her birinden 30' ar tane olmak üzere satın alınarak patojen Esherichia (E.) coli taraması yapıldı. Araştırmada toplam 180 sebze örneği kullanıldı. Tüm örneklerde ilk önce E. coli varlığı kültürel mikrobiyolojik metotlarla incelendi. E. coli üreyen sebze örneklerinde, iki farklı yöntem ile stx1, stx2 ve eae genleri varlığı incelendi. DNA izolasyonları; Eurofins GeneSpin DNA İzolasyon Kit prosedürüne göre ve kolonilerin sulandırılması yöntemi ile yapıldı. Kültür bazlı mikrobiyolojik yöntemle E. coli üremesi; ıspanakta % 93.3, marulda % 93.3, maydanozda % 86.6, havuçta % 43.3, salatalıkta % 33.3 ve domateste % 13.3 oranında saptandı. Real-Time PCR taraması sonunda stx1, stx2 ve eae genlerinin varlığı ve bu alanda yapılan literatür bilgileri dikkate alınarak STEC O157:H7 havuç ve marulda; STEC O26:H11 ve STEC O111:NM havuçta; STEC O119:H16 havuç, marul, salatalık ve maydanozda; STEC O157:NM marulda ve EPEC O119, EPEC O111:H2, EPEC O26:NM havuç, salatalık, domates, marul, maydanoz ve ıspanak örneklerinde olduğu tespit edilmiştir.Sonuç olarak; İstanbul ili sınırları içinde satışa sunulan sebze örneklerinde yapılan incelemede, kültür bazlı yöntem ve Real Time PCR ile doğrulama sonucunda; E. coli' nin varlığı ve bu E. coli' lerin patojen stx1, stx2 ve eae genlerini taşıdığı tespit edilerek, halk sağlığını tehdit ettiği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
In this study the presence of Escherichia (E.) coli in some selected vegetable samples such as carrot, cucumber, tomato, lettuce, parsley and spinach were studied in consideration of occurence of Shiga-like toxin genes by Real-Time PCR. 30 samples from each of the vegetables, totally making 180 were collected in different districts of İstanbul. The samples were initially investigated for E. coli by culture-based microbiology. Those with a positive E. coli occurence were also examined for stx1, stx2 and eae genes according to two different methods by Real-Time PCR assay. DNA isolations were made by following up the instructions in Eurofins GeneSpin DNA Isolation Kit and by diluting the colonies. The obtained results by culture-based microbiology showed that occurrence of E. coli in the samples was found as 93.3% in spinach; 93.3% in lettuce; 86.6% in parsley; 43.3% in carrot; 33.3% in cucumber and 13.3% in tomato. On the other hand, screening by Real-Time PCR was also performed for these positively contaminated samples in order to understand serotype of E. coli by stx1, stx2 and eae genes. The Real-Time PCR study resulted in STEC O157:H7 in carrot and lettuce; STEC O26:H11 and STEC O111:NM in carrot; STEC O119:H16 in carrot, lettuce, cucumber and parsley; STEC O157:NM in lettuce and EPEC O119, EPEC O111:H2, EPEC O26:NM in carrot, cucumber, tomato, lettuce, parsley and spinach, respectively.In conclusion, it was shown that vegetable samples marketed in different districts of İstanbul were positively contaminated by E. coli according to the culture based microbiology. The results were also validated by Real Time PCR and pathogen stx1, stx2 and eae genes significantly harmful to the public health were detected by Real-Time PCR assay