Düşük materyallerinde kromozomların subtelomerik bölgelerinin MLPA yöntemiyle araştırılması
Investigation with MLPA method of the subtelomeric regions of chromosomes in abortion materials
Yazar: AKIN TEKCAN
Danışman: PROF. DR. MEHMET ELBİSTAN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Genetik = Genetics ; Kadın Hastalıkları ve Doğum = Obstetrics and Gynecology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Abortus = Abortion ; Amplifikasyon = Amplification ; Gebelik = Pregnancy ; Gebelik komplikasyonları = Pregnancy complications ; Genetik teknikler = Genetic technics ; Genetik-medikal = Genetics-medical ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Sitogenetik = Cytogenetics

Özet:
Amaç: Düşük materyallerinden; kromozom analizi yapılması, subtelomerik bölgelerle ilgili kromozomal abnormalitelerin saptanması ve Multipleks Ligation-dependent Prob Amplification (MLPA) yönteminin prenatal tanı uygulamalarına uyarlanması amacıyla bu araştırma gerçekleştirildi. 
Materyal ve Metot: Araştırılması amacıyla laboratuvara gönderilen 60 düşük materyalinden; koryonik villus hücre kültürleri ve DNA izolasyonları yapıldı. Maternal kontaminasyon analizi yapmak amacıyla, düşük yapmış annelerin periferik kanından DNA izole edildi. Düşük materyallerinin ve düşük yapmış annelerin kantitatif floresan polimeraz zincir reaksiyonundan (QF-PCR) sağlanan kısa ardışık tekrar (STR) pik profilleri karşılaştırılarak maternal kontaminasyon analizi yapıldı. Maternal kontaminasyon olmadığı saptanan 43 düşük materyalinin 30?unda ve düşük öyküsü olmayan sağlıklı çocuk sahibi 20 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubunda kromozomların subtelomerik bölgeleri MLPA yöntemi ile değerlendirildi. 
Bulgular: Maternal kontaminasyon saptanmayan ve sitogenetik analizi yapılan 43 düşük materyalinin 19?unda normal karyotip (%44,2), 10?unda sayısal (%23,3) ve 2?sinde yapısal kromozom abnormalitesi (%4,7) ve MLPA yöntemiyle araştırılan 30 düşük materyalinin 2'sinde de subtelomerik 16q duplikasyonu saptandı (%6,6). 
Sonuç: Düşük materyali ile kontrol grubu bulgularının istatistiksel analizi, düşüklerle subtelomerik abnormaliteler arasında anlamlı bir ilişkinin olmadığını gösterdi (p>0,05). Ancak, düşük materyallerinde %6,6 oranında saptanan subtelomerik abnormalitelerin kontrollerde saptanmaması, daha ileri araştırmalar yapılmasına ihtiyaç olduğunu göstermiştir.

Abstract:
Purpose: This study was performed for chromosome analysis, to detect chromosomal abnormalities related to subtelomeric regions and to adapt prenatal diagnostic applications of Multiplex Ligation-dependent Prob Amplification (MLPA) method in abortion materials.
Material and Method: The cell cultures and DNA isolations were performed from 60 abortion material sent to laboratory in order to investigate. To perform the maternal contamination analysis, DNA isolations were done from peripheric blood of mothers who had abortions. Maternal contamination analysis were made by comparing the quantitative fluorescent polymerase chain reaction (QF-PCR) provider short tandem repeat (STR) peak profiles of abortion materials and mothers who had abortion. The subtelomeric regions of the chromosomes in 30 of the 43 abortion materials without maternal contamination and 20 healthy persons who have healthy children and without history of abortion were assessed using the MLPA method. 
Results: Of 43 abortion materials which underwent cytogenetic analysis and without maternal contamination, 19 were found to have normal karyotype (44.2%), 10 numerical (23.3%), 2 structural abnormalities (4.7%) and subtelomeric 16q duplication was determined in 2 of the 30 abortion materials investigated with MLPA method (6.6%). 
Conclusion: Statistical analysis of abortion materials and control group findings showed no significant relationship between abortions and subtelomeric regions abnormalities (p>0.05). However, the fact that the 6.6% subtelomeric abnormalities found in abortion materials that was not found in controls showed that further studies is required.