Multiple Miyeloma hastalarında Dek geninin kopya sayısı ve ekspresyon seviyesinin belirlenmesi
Determination of copy number and expression level of the Dek gene in Multiple Myeloma patients
Yazar: TÜRKAN ÇAKAR
Danışman: DOÇ. DR. AYTEN KANDİLCİ
Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü / Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Multiple miyeloma (MM) olgun B hücrelerinin klonal çoğalmasıyla ortaya çıkan bir kanser türüdür. Hematolojik kanserlerin %10'unu, tüm kanser türlerinin %1'ini MM oluşturmaktadır. MM hastalarının %20'sinde, DEK geninin de bulunduğu kromozom 6p22.3 bölgesinde kopya sayısı artışı olduğu tespit edilmiştir, ancak bu artışın DEK genini etkileyip etkilemediği bilinmemektedir. Bu tez çalışmasında, MM'de sıklıkla hasara uğrayan kromozom 6p22.3 bölgesinde yerleşim gösteren aday genlerden biri olan DEK'in ekspresyon seviyesinin ve kopya sayısının tespit edilmesi amaçlanmıştır. 
Bu amaçla, MM hastalarının parafin blok veya dondurulmuş/taze kemik iliği örneklerinde DEK mRNA ekspresyonu RT-qPCR yöntemi ile incelendi. Analiz sonucunda, sağlıklı kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, MM hastalarında DEK mRNA ekspresyonunun anlamlı oranda azaldığı tespit edildi. Ayrıca, 41 MM hastasının 4'ünde DEK geninin kopya sayısında, kontrol kemik iliğine göre 1.5 kat (3 kopya) veya üzerinde artış olduğu, ancak kopya sayısındaki artışın, aynı hücrelerdeki DEK mRNA ekspresyonunu etkilemediği gösterildi. Kopya sayısındaki artışın, MM hastalarının sadece kanserli hücrelerine özgün olduğu ve bu hastaların kanserli olmayan hücrelerinde DEK'in iki kopya halinde bulunduğu tespit edildi. Son olarak, MM hastalarının parafin blok kesitleri, DEK ve CD138 antikorlarıyla immunohistokimyasal (İHK) yöntemle incelendi ve CD138 pozitif olan normal plazma hücrelerinin ve MM hücrelerinin bu yöntemle tespit edilebilecek düzeyde DEK proteini eksprese etmediği gösterildi.
Özetle, elde ettiğimiz sonuçlar, DEK mRNA ekspresyonunun, DEK geni kopya sayısından bağımsız olarak, normal plazma hücrelerinde ve MM hücrelerinde azaldığını ve  DEK'in MM'nin ayırıcı tanısında negatif bir immünohistokimyasal belirteç olarak kullanılabileceğini göstermektedir.

Abstract:
Multiple Myeloma (MM) is a cancer of plasma cells in which about 20% of patients carry increased copy number in chromosome 6p22.3. Although the DEK gene is localized to the chromosome 6p22.3 region, it is not known whether its copy number and expression is affected in MM patients. In this thesis, we aimed to determine the expression and copy number of DEK gene in MM patients. 
We analyzed the expression of DEK mRNA in formalin-fixed parafin-embedded (FFPE) or fresh/frozen bone marrow tissues of MM patients using RT-qPCR. Our results showed that DEK mRNA was significantly downregulated in MM patients compared to the healthy controls. Additionally, although the copy number of the DEK gene was increased in 4 out of 41 MM patients, this increase was not reflected in the DEK  mRNA expression. Immunohistochemical analysis of FFPE samples of MM patients and healthy controls indicated that DEK is widely expressed in myeloid and erithroid series. However, there was not detectable DEK protein neither in normal nor in myeloma cells. 
In summary, our  results showed that, regardless of the copy number of the gene, DEK mRNA expression is downregulated in both normal and malignant (MM) plasma cells. Lack of detectable DEK protein in MM cells might be a useful negative immunohistochemical marker for the differential diagnosis of MM.