Alabalıklarda görülen streptokkosis vakaları ile ilişkili bakteriyel patojenlerin multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (MPCR) ile tanımlanması
Identification of encountered bacterial pathogens related with streptococcosis cases by using multiplex polymerase chain reaction (MPCR) in trout
Yazar: SAADET GÜRPINAR
Danışman: DOÇ. DR. ŞÜKRÜ KIRKAN
Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Alabalıklar = Trouts ; Gökkuşağı alabalığı = Rainbow trout ; Kimliklendirme = Identification ; Lactococcus garvieae = Lactococcus garvieae ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Streptococcus = Streptococcus ; Streptococcus = Streptococcus

Özet:
Araştırma için alabalık yetiştiriciliği yapılan 4 farklı çiftlikten alınan 220 adet 50-60 g ağırlığındaki Gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) örnekleri multipleks PCR (mPCR) yöntemi ile incelenmiştir.
Multipleks PCR çalışması sonucunda identifiye edilen hedef patojenlerin toplam örneklerin % 62,71?inden Streptococcus spp. ve Lactococcus spp. identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. 220 adet örnekten yapılan Multipleks PCR identifikasyonu sonucundaki tür bazındaki yüzde dağılımları,  L. garvieae % 52,17, S. parauberis % 27,54 ve S. difficilis % 20,29?dir 
Multipleks PCR ile yapılan identifikasyonlarda hedef patojen türlerinin çiftlik bazındaki % dağılımları incelendiğinde, L. garvieae?nin % 45,45 oranı ile 1. çiftlikten en çok izole edildiği görülmektedir. Çiftlik bazında genel bir değerlendirme yapıldığında, 1. çiftlikten % 38,41; 2. çiftlikten % 25,36; 3. çiftlikten % 16,67 ve 4. çiftlikten % 19,56 oranlarında izolasyon gerçekleşmiştir.
Araştırmamızda, Gökkuşağı alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) Lactococcus garvieae, Streptococcus parauberis ve Streptococcus difficilis?in multipleks PCR ile varlığı belirlenmiştir. Araştırmamızda, Gökkuşağı alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) ölümlerle ekonomik kayıplara neden olan Streptokokkosis hastalığının bilinen başlıca etkenlerinden Streptococcus ineae idendifiye edilmemiştir. Bunun yanında, Streptokokkosis vakalarında Lactococcus garvieae, Streptococcus parauberis ve Streptococcus difficilis?in rol oynadığı multipleks PCR ile ortaya konulmuştur.

Anahtar Kelimeler: S. difficilis, S. parauberis, L. garvieae, S. iniae, gökkuşağı alabalığı, identifikasyon,
mPCR

Abstract:
For this research a number of 220, weighing in 50-60 g rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) samples from 4 different fish farm were examined by multiplex PCR (mPCR).  
At the end of multiplex PCR study, Streptococcus spp. and Lactococcus spp. target pathogens were identified at the rate of 62.71% from whole samples. The percentage distribution according to identified species were at the rate of L. garvieae 52.17%, S. parauberis 27.54% and S. difficilis 20.29%.
The identified target pathogens by multiplex PCR percentage distribution according to fish farms, L. garvieae was isolated at the highest rate of 45.45% from 1st fish farm. In general fish farm evaluations (1st, 2nd, 3rd, 4th) showed that performed isolations were at the rate of 38.41%; 25.36%; 16.67% and 19.56%, respectively.
In our study, Lactococcus garvieae, Streptococcus parauberis and Streptococcus difficilis presences in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) were determined by multiplex PCR. Streptococcus ineae; the main agent of streptococcosis which causes economic losses with mortality in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) was not identified. Moreover, Lactcoccus garvieae, Streptococcus parauberis and Streptococcus difficilis were found out by multiplex PCR which are main pothogens in streptococcosis.


Keywords: S. difficilis, S. parauberis, L. arvieae, S. iniae, rainbow trout, identification, mPCR.