Ruminantlarda Listerial abortların tanısı için PCR tekniklerinin optimizasyonu
Optimization of PCR techniques for detection of Listerial abortion in ruminants
Yazar: AMER TALİÇ
Danışman: PROF. DR. BARIŞ SAREYYÜPOĞLU
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Abortus = Abortion ; Listeria = Listeria ; Listeria enfeksiyonları = Listeria infections ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Ruminantlar = Ruminants ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
Ülkemiz hayvancılığında ruminant yetiştiriciliğinin önemli bir yeri bulunmaktadır. Ruminant yetiştiriciliğinde görülen en önemli problemlerden birisi yavru atmadır. Ülkemizde ruminantlarda abortusa neden olan bakteriyel hastalıklar arasında en sık rastlananlardan birisi de Listeriozis'tir. Yavru atmaya neden olan başlıca patojen Listeria türleri L. monocytogenes ve L. ivanovii'dir. 
Bu çalışmada, ruminantlarda patojen Listeria türlerinin (Listeria monocytogenes, Listeria ivanovii) neden olduğu yavru atmaların tanısında kullanılmak üzere bir multiplex-PCR tekniği geliştirilmiştir. Tekniğin sadece bakteri sulandırmalarıyla belirlenen deteksiyon limiti 3 CFU/25 µl iken, yapay kontamine dokulardaki deteksiyon limiti 75-750 CFU/25 µl arasında değişmiştir. Multiplex-PCR tekniği fötal mide içeriği, fötal karaciğer ve kotiledon örneklerinde L. ivanovii'yi L. monocytogenes'e oranla daha hassas olarak saptamış, etkenlerin saçılımının araştırılmasında ideal örneklerden biri olması nedeniyle yapay kontaminasyon çalışmalarına dahil edilen süt örneklerinde ise geliştirilen teknikle her iki etken de eşit duyarlılıkla saptanmıştır.
Ruminant abortuslarına neden olan Listeria türlerinin moleküler tanısında multiplex-PCR tekniğinin kullanılmasına ilişkin bir literatüre rastlanmamış olması nedeniyle tez çıktılarının orijinal olduğu düşünülmektedir.

Anahtar Sözcükler: Abort, identifikasyon, Listeria, multiplex-PCR, teşhis.

Abstract:
Ruminants play an important role in livestock breeding in our country. In ruminant breeding, abortion is one of the leading problems, and one of the most important abortifacient diseases in Turkey is undoubtedly listeriosis. The main pathogens among Listeria species that cause abortion are L. monocytogenes and L. ivanovii. 
In this study, development of a PCR technique for the detection of pathogenic Listeria species (Listeria monocytogenes, Listeria ivanovii) causing listerial abortions in ruminants was described. The determined detection limit from bacterial dilutions was only 3 CFU/25 µl, while the detection limit from the artificial contaminated tissue ranged between 75-750 CFU/25 µl. Results obtained with the multiplex-technique from foetal abomasal fluid, fetal liver, and cotyledon samples were found to be more sensitive in case of L. ivanovii rather then L. monocytogenes. Milk is known as a source of bacterial shedding, therefore milk samples were included for artificial contamination research and the results were of equal sensitivity and ideal for both pathogens.
A multiplex-PCR technique for the detection of Listeria species causing abortion in ruminants was not found in the literature; therefore, this thesis is considered to be original. 

Key Words: Abortion, diagnosis, identification, Listeria, multiplex-PCR.