Hayvansal kaynaklı gıdalarda diyarejenik e. coli'lerin varlığının belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Determination and molecular characterization of diarrheagenic e. coli in animal foods
Yazar: ZEHRA HEYBET
Danışman: PROF. DR. NURHAN ERTAŞ ONMAZ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology

Özet:
Bu çalışma, Kayseri'de hayvansal kaynaklı gıda örneklerinde diyarejenik Escherichia coli patotiplerinin (DEC) varlığının araştırılması için dizayn edildi.  Bu amaçla, çeşitli işletmelerden alınan 300 adet (süt 50, pastırma 25, peynir 50, köfte 25, kıyma 50, kuşbaşı et 50, sucuk 25, yoğurt 25) hayvansal kaynaklı gıda numunesi materyal olarak kullanıldı. Örneklerde E. coli varlığı konvensiyonel ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemleriyle trpA geninin belirlenmesi ile ortaya kondu. DEC patotipleri, spesifik virülans genlerini (bfpA, eaf, st, lt, ipaH, aggR, daaD, stx1, stx2, rfbO157, FlicH7) hedef alan multipleks PCR ile belirlendi. Analiz edilen 300 örneğin 215'inde (%72) E. coli varlığı belirlendi ve bunların 55'i (%26) DEC patotipleri için pozitifti. DEC pozitif 55 izolat arasında en baskın patotip EIEC idi (%47), bunu EPEC (%22), ETEC (%35) ve DAEC (%7) takip etti. En düşük prevalans ise STEC (%4) patotipi için belirlenirken, izolatların hiçbirinde EAEC patotipi ile ilgili aggR geni belirlenemedi. STEC patotipi pozitif olan ikisi E. coli O157 olduğu belirlendi. Sonuç olarak bu çalışma analiz edilen hayvansal kaynaklı gıda örneklerinin şiddetli enfeksiyon ve hatta ölümlere yol açabilen DEC patotipleri ile kontamine olduğunu ve bu tehlikeli patojen grubu için hayvansal kaynaklı gıdaların rezervuar görevi görebileceğini ortaya koydu.
Anahtar Kelimeler: Diyarejenik E. coli patotipleri; E. coli; Halk Sağlığı; Hayvansal gıdalar; Virülans genler

Abstract:
This study was designed to investigate the presence of diarrheagenic Escherichia coli pathotypes (DEC) in food samples of animal origin in Kayseri. For this purpose, 300 animal food samples (milk 50, bacon 25, cheese 50, meatball 25, minced meat 50, cubed meat 50, sausage 25, yoghurt 25) taken from various enterprises were used as material. The presence of E. coli in the samples was determined by conventional and polymerase chain reaction (PCR) determination of the trpA gene. DEC pathotypes were determined by multiplex PCR targeting specific virulence genes (bfpA, eaf, st, lt, ipaH, aggR, daaD, stx1, stx2, rfbO157, FlicH7). E. coli was detected in 215 (%72) of 300 samples analyzed, of which 55 (%26) were positive for DEC pathotypes. Among the 55 DEC positive isolates, the most predominant pathotype was EIEC (%47), followed by EPEC (%22), ETEC (%35), and DAEC (%7). While the lowest prevalence was determined for STEC (%4) pathotype, the aggR gene related to EAEC pathotype could not be detected in any of the isolates. Two of them were positive for STEC pathotype and were determined to be E. coli O157. In conclusion, this study revealed that the analyzed food samples of animal origin are contaminated with DEC pathotypes that can lead to severe infection and even death, and that animal-derived foods can act as a reservoir for this dangerous group of pathogens.
Keywords: DEC Pathotypes; E. coli; Public Health; Animal foods; Virulence genes.