Oral skuamöz hücreli karsinomda znf238 geninin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin incelenmesi /
Yazar: ÖNDER ERYILMAZ
Danışman: PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Deneysel ve Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: Ağız mukozası = Mouth mucosa ; Ağız neoplazmları = Mouth neoplasms ; Biyobelirteçler = Biomarkers ; Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Epigenez-genetik = Epigenesis-genetic ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Baş-boyun kanserleri dünyada en yaygın 6. kanser tiplerinden biridir ve bu gruptaki kanserlerin yaklaşık yarısını oral skuamöz hücreli karsinomlar (OSCC) oluşturmaktadır. Kanser gelişiminde genetik değişiklikler kadar epigenetik değişikliklerin de rol oynadığı bilinmektedir. Karsinogenezde, tümör supressör genlerin promoter bölgelerindeki CpG adacıklarının metillenmesi sonucu gen ekspresyonun baskılanması en sık rastalanan epigenetik değişimlerden biridir.
Literatürde, ZNF238 (Zinc Finger Protein 238) proteininin hücre gelişiminde rol oynayan genleri transkripsiyonel olarak düzenlediği bildirilmiştir. OSCC'de ZNF238 geninin metilasyon ve ekspresyon düzeylerini inceleyen bir çalışmaya rastlanmamıştır. Ancak Prof. Dr. Semra Demokan ve arkadaşlarının yapmış olduğu TÜBİTAK-SBAG-114S497 numaralı çalışmada OSCC hastalarında ZNF238 (Zinc Finger Protein 238) geninin metillenmiş olduğu ve buna bağlı olarak ekspresyon seviyelerinde azalma olduğu gözlemlenmiştir. Tez çalışmamızda bu projeden elde edilen bu genin ileri validasyon deneyleri gerçekleştirilmiştir. Projemizde, 50 OSCC tanısı konmuş hastaya ait tümör, normal doku ve serum örnekleri ile ailesinde ve kendisinde malin/benin tümör hikayesi bulunmayan 10 sağlıklı kişiye ait normal doku ve serum örneklerinde ZNF238 geninin mRNA ekspresyon seviyeleri QRT-PCR ve kantitatif metilasyon oranı QMSP yöntemleri ile belirlenmiş ve klinikopatolojik verilerle karşılaştırılmıştır. Buna ek olarak ZNF238 geninin OSCC'nin erken tanısında da potansiyel biyobelirteç olarak kullanılabilirliğini araştırılmıştır.
Çalışmamızda %42 hastada ZNF238 gen promoter metilasyon varlığı, %34 hastada ise bu genin ekspresyonunda azalma gözlenmiştir. Hastaların %18'inde metilasyona bağlı ekspresyon kaybı gözlenmiştir. Ağız tabanı alt grubunda bu oranların daha yüksek olduğu saptanmıştır.   Ayrıca genin metilasyon ve ekspresyon düzeyindeki değişikliklerin kötü prognoz, metastaz ve differansiyasyon derecesi ile ilişki olduğu görülmüştür. Sonuç olarak ZNF238 gen metilasyonunun OSCC tanısı almış özel bir alt grupta biyobelirteç  potansiyeli olduğu düşünülmektedir.
Anahtar Kelimeler: metilasyon, ekspresyon, OSCC, epigenetik biyobelirteç, ZNF238
Bu çalışma İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından desteklenmiştir. (Proje numarası: İÜ-BAP-TYL-2017-26789)

Abstract:
Head and neck cancer is the sixth  common type of cancer in the world. Oral Squamous Cell Carcinoma (OSCC)  constitutes half of head and neck cancers. Epigenetic changes as well as genetic changes are known to play important roles in cancer development. Suppression of gene expression by methylation of the CpG islands observed in the promoter regions of tumor suppressor genes is one of the most common epigenetic mechanisms in OSCC carcinogenesis.
It has been reported in literature that the ZNF238 gene regulates transcriptionally the genes involved in cell development. There was no study investigating the methylation and expression levels of the ZNF238 gene in the OSCC patients in literature. Professor Dr. Semra Demokan and her colleagues observed that expression of ZNF238 (Zinc Finger Protein 238) gene was reduced by promoter methylation in OSCC patients' tumor tissues performed by methylation and gene expression arrays reported in our project "TUBITAK-SBAG-114S497". Advanced validation experiments of this gene were performed in our thesis. We investigated the quantitative methylation and mRNA expression levels of the ZNF238 gene in 50 OSCC patients' tumor and matched normal tissues and serum samples of 10 healthy individuals' tissue and serum samples by QMSP and QRT-PCR, respectively. In addition, ZNF238 has been studied for use as a potential biomarker in the early diagnosis of OSCC. 
In our study, ZNF238 gene promoter methylation was present in 42% of patients and gene expression decreased in 34% of patients. Methylation-dependent loss of ZNF238 expression was observed in 18% of the patients. These ratios were found to be higher in the subgroup of the floor of mouth. ZNF238 gene methylation status and expression decrease were found to be associated with poor prognosis, metastasis and differentiation. In conclusion, ZNF238 gene methylation is thought to a be potential biomarker in a special subset of OSCC-diagnosed subtypes.
Key Words: methylation, expression, oral cancer, epigenetic biomarker, ZNF238
The present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. İÜ-BAP-TYL-2017-26789