Bazı fasulye genotipleri arasındaki genetik çeşitliliğin SSR AND ISSR markırlarıyla belirlenmesi
Determination of genetic diversity between some beans genotypes by SSR and ISSR markers
Yazar: MEHMET ŞERİF YASAK
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ÇEKNAS ERDİNÇ
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada, Türkiye'nin farklı bölgelerinden ve Van Gölü Havzası'ndan toplanmış, daha önce moleküler karakterizasyonu yapılmış genotiplerden oluşturulan bir çekirdek kolleksiyonun SSR ve ISSR primerleri ile moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Ayrıca antraknoz hastalığı etmeninin ırk teşhisinde kullanılan ve gen havuzu bilinen 8 ayırım seti çeşidi ile 2 ticari çeşitte bu çalışmaya dahil edilmiştir. Moleküler karakterizasyon için SSR yönteminde 15 ve ISSR yönteminde ise 38 olmak üzere toplamda 53 adet primer denenmiştir. Genotipler arasındaki genetik uzaklıklar, Jaccard katsayısı yardımıyla belirlenmiş ve SSR, ISSR ve her iki yöntemin verileri birleştirilerek elde edilen matrisler kullanılarak UPGMA (Ağırlıklı Olmayan Aritmetik Ortalama Eş Grup Metodu) metoduna göre dendogramlar oluşturulmuştur.
PCR reaksiyonları sonucunda net okunabilir bant veren 5 SSR ile 8 ISSR primerine ait veriler kullanılmış; SSR yönteminde 28 ve ISSR yönteminde ise 53 polimorfik bant elde edilmiştir. Ortalama polimorfik bant sayısının SSR yönteminde 6.63, ISSR yönteminde ise 5.6 olduğu belirlenmiştir. ISSR yönteminde ortalama PIC değeri 0.70, SSR yönteminde 0.86 olarak tespit edilmiştir.
SSR ile ISSR verilerinin birlikte kullanılarak elde edilen dendogramlar birbirine benzerlik göstermiş ve genel olarak Andean ve Mesoamerican gen havuzuna ait olduğu düşünülen genotiplerin daha belirgin ayrıldığı gözlenmiştir. SSR dendogramında da iki grup oluşmuş ancak genotiplerin gen havuzuna göre belirgin bir şekilde ayrılmadıkları belirlenmiştir.

Abstract:
In this study, it was aimed to perform molecular characterization with SSR and ISSR primers of a core collection collected from different regions of Turkey and Van Lake Basin genotypes previously practiced their molecular characterization. In addition, 8 differential set cultivars used to determine race of agent of antracnose disease and known gene pool and 2 commercial varieties were included in this study. For molecular characterization, a total of 53 primers, 15 for SSR and 38 for ISSR, have been tested.
Genetic distance among the genotypes were determined using the Jaccard coefficient and dendograms were generated according to UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic Average) method using matrices obtained by data of SSR, ISSR and combining both methods.
In a result of the PCR reactions, 5 SSR and 8 ISSR primers giving clear readable band were used; also SSR and ISSR method were obtained 28 and 53 polymorphic bands, respectively. The mean number of polymorphic bands was 6.63 in the SSR method and 5.6 in the ISSR method. The mean PIC value was 0.70 in the ISSR method and 0.86 in the SSR method.
Dendograms obtained by using the datas of SSR and ISSR together showed similarity and it was observed that genotypes that are thought to belong to the Andean and Mesoamerican gene pools were more clearly distinguished generally. Two groups were also formed in the SSR dendogram, but it was determined that the genotypes did not distinguish clearly according to the gene pool.