Oküler yüzey epitelinde bulunan prekursör hücrelerde ifade bulan genler
The Genes of the Precursor Cells for the Ocular Epithelia
Yazar: M. A. MURAT AKINCI
Danışman: DOÇ. DR. HATİCE ILGIN RUHİ ; PROF. DR. J. MARİO WOLOSIN
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Göz = Eye ; Konjonktiva = Conjunctiva

Özet:
Oküler Yüzey Epitelinde Bulunan Prekursör Hücrelerde İfade Bulan GenlerLimbus ve konjunktiva epitelinden izole edilmiş kenar popülasyon (side population (SP)) hücreleri, doku kök hücresi olarak bilinen, in vivo olarak yavaş bölünen hücrelerden türemektedirler. Bu çalışmanın amacı; global diferansiyel gen ifadesini ve markerleri tanımlamak ve bu hücrelerin fenotipleri ile ilişkili sinyal yolakları ile konjunktival SP hücrelerinin moleküler imzasını ortaya koymaktadır.?Hoechst? 33342 ile boyanan gece boyunca kültüre edilmiş taze olarak izole edilmiş insan konjunktival epitelyal hücreleri SP ve n-SP grupları olarak ?flow? sitometri aracılığı ile ayrıştırılmıştır. İzole edilmiş RNA oligonükleotid yerleştirilmiş dizin (array) kullanılarak mikro-array analizi için yürütülmüştür. Sonuçların kantitatif PCR ve immünolojik yöntemler ile gen ve protein seviyelerinde geçerlilikleri denetlenmiştir. Veri ayrıştırma yöntemleri kök hücre fonksiyonu ile ilgili hücresel işlemleri tanımlamak için kullanılmıştır.Mevcut/namevcut programa dayalı transkriptlerin ifadesinin karşılaştırmalı analizi dizinde temsil edilen 24 000 özgün genden 10 266 sını içeren 16 993 tanımlanmış konjunktival epitelyal transkriptlerin 4'lü olarak tekrarlanmış çalışmalarında kullanılmıştır. Bu genlerin 1 254 ve 393 tanesi SP içinde sırasıyla; fazla ifade (>2-kat) veya (<0,5-kat) daha az ifade bulmaktadır. Fazla ifade bulan grup; a) kök hücresinin kendini yenilemesi b) hücrenin sağ kalımı c) bölünme oranları ve ifadeleri epitel için tipik olmayan genler ile ilişkili (ör., CD62E) proteinleri kodlayan genleri içermektedir.Konjunktival SP hücrelerinin moleküler imzası kök hücre fenotipi ile uyumludur. Gen ifade modelleri doku kök hücreleri ile ilişkili nitelikler olan yavaş bölünmeyi ve plastisiteyi destekler. Sonuçlar epitelyal kök hücrelerinin korunması ve/veya genişlemesi hakkında değerli anlayışlar sağlar.Anahtar söcükler: CD62E, dual spesifik fosfatazlar, Konjunktival epitelyum, kök hücreleri, SP hücreleri

Abstract:
The Genes of the Precursor Cells for the Ocular EpitheliaSide population (SP) cells isolated from limbal and conjunctival epithelia derive from cells that are slow cycling in vivo, a known feature of tissue stem cells. The purpose of this study was to define the molecular signature of the conjunctival SP cells by global differential gene expression and identify markers and signaling pathways associated with the phenotype of these cells.Overnight cultures of freshly isolated human conjunctival epithelial cells stained with ?Hoechst? 33342 were sorted by flow cytometry into SP and non-SP cohorts. Isolated RNA was processed for microarray analysis using a commercial oligonucleotide spotted array. Results were validated at the gene and protein levels by quantitative PCR, and immunological methods. Data mining methods were used to identify cellular processes relevant for stem cell function.Comparative analyses of transcripts expression based on present/absent software calls across 4 replicate experiments identified 16 993 conjunctival epithelial transcripts including 10 266 unique known genes out of ~24 000 represented in the array. Of those genes, 1 254 and 363 were over expressed (> 2-fold) or under expressed (< 0,5-fold), respectively, in the SP. The over expressed set included genes coding for proteins that have been associated with a) stem cell self renewal and b) cell survival; c) cycling rate and genes whose expression is not typical of epithelia (e.g., CD62E).The molecular signature of conjunctival SP cells is consistent with a stem cell phenotype. Their gene expression patterns underpin slow cycling and plasticity, features associated with tissue stem cells. The results provide valuable insights for the preservation and/or expansion of epithelial stem cells.Keywords: CD62E, Conjunctival epithelium, dual specificity phosphatases, stem cells, SP cells