Klinik örneklerden izole edilen escherichia coli, klebsiella pneumoniae ve pseudomonas aeruginosa suşlarında kolistin direnç oranlarının mikrodilüsyon yöntemiyle araştırılması
Investigation of colistin resistance rates in escherichia coli, klebsiella pneumoniae and pseudomonas aeruginosa strains isolated from clinical samples by microdilution method
Yazar: ELANUR VELİOĞLU
Danışman: PROF. DR. OSMAN AKTAŞ
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Doğu Anadolu bölgesi = Eastern Anatolia region ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Kolistin = Colistin ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Amaç: Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae ve Pseudomonas aeruginosa çoklu ilaç direnci kazanabilen ve enfeksiyonlarının tedavisinde sorunlar yaşanan bakterilerdendir. Böyle durumlarda son çare antibiyotik olarak kullanılan kolistin direncinin tespiti enfeksiyonun tedavi açısından önemlidir. Bu çalışma, yöremizdeki enfeksiyonlardan da sıklıkla izole edilen bu üç bakterinin kolistin direnci hakkında ilk bilgileri elde etmek için plânlanmıştır.
Materyal ve Metot: Çalışmaya, farklı olguların çeşitli klinik örneklerinden ardışık olarak izole edilen 91 E. coli, 69 K. pneumoniae ve 37 P. aeruginosa olmak üzere toplam 197 suş dâhil edilmiştir. Bakteri izolatlarının kolistin direnci mikrodilüsyon yöntemiyle araştırıldı. Diğer antibiyotiklere duyarlılık Mueller-Hinton agarda disk difüzyon yöntemi ya da VITEK® 2 cihazı ile otomatize duyarlılık test sistemiyle araştırılmıştır.
Bulgular: Kolistinin 32 µg/ml'lik dilüsyonunda sadece 1 (%1.1) E. coli suşunda direnç gözlenmiştir.  Klebsiella pneumoniae suşlarında kolistin direnci 16 µg/ml'de; Pseudomonas aeruginosa suşlarında ise 4 µg/ml ve daha düşük konsantrasyonlarda gözlendi. Sonuçta, E. coli suşlarının %12.1'i; Klebsiella pneumoniae suşlarının %11.6'sı ve Pseudomonas aeruginosa suşlarının da %5.4'ü kolistin direnci gösterdi. Bu üç bakteride toplam kolistin direncinin %10.7 olduğu tespit edildi. Bu bakterilere en etkili antimikrobikler imipenem, meropenem, amikasin olmuş ancak sefalosporin grubu antibiyotiklere E.coli suşlarının ¼'ü, Klebsiella pneumoniae suşlarının yarısından fazlası ve Pseudomonas aeruginosa suşlarının sefepim hariç yine yarısından fazlası dirençli bulundu.
Sonuç: Gram-negatif bakterilerde kolistin direnci dikkat çekici boyutlardadır. Erzurum'da idrar yolları enfeksiyonları başta olmak üzere çeşitli mikrobik hastalıklardan sıklıkla izole edilen E. coli, Klebsiella pneumoniae ve Pseudomonas aeruginosa suşlarının diğer antibiyotiklere de dirençli oluşu tedavi seçeneklerini kısıtlayan bir sonuçtur. Kolistin direncinin yaygınlaşmaması için öncelikli olarak diğer antimikrobiklere direnç gelişiminin önüne geçilmesi gerekmektedir.

Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal direnç, E. coli, Klebsiella pneumoniae, kolistin, Mikrodilüsyon yöntemi, Pseudomonas aeruginosa, Erzurum.

Abstract:
Aim: Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa are bacteria that can acquire multi-drug resistance and problems may occur in the treatment of their infections. In such cases, determining colistin resistance used as a last resort antibiotic is important in terms of the treatment of the infection. This study was planned to obtain the first information about the colistin resistance of these three bacteria, which are frequently isolated from infections in our region.
Material and Method: A total of 197 strains, 91 E. coli, 69 K. pneumoniae and 37 Pseudomonas aeruginosa, which were isolated consecutively from various clinical specimens of different patients, were included in the study. Colistin resistance of bacterial isolates was investigated by the microdilution method. Susceptibility to other antibiotics was investigated by disc diffusion method on Mueller-Hinton agar or by automated susceptibility testing system with VITEK® 2 device.
Results: Colistin resistance was observed in only 1 (1.1%) E. coli strain at a 32 µg/ml dilution of colistin. Colistin resistance in Klebsiella pneumoniae strains at 16 µg/ml; it was observed in Pseudomonas aeruginosa strains at 4 µg/ml and lower concentrations. As a result, 12.1% of E. coli strains, 11.6% of Klebsiella pneumoniae strains and 5.4% of Pseudomonas aeruginosa strains also showed colistin resistance. Total colistin resistance was found to be 10.7% in these three bacteria. The most effective antimicrobials against these bacteria were imipenem, meropenem, and amikacin, but ¼ of the E.coli strains, more than half of the Klebsiella pneumoniae strains, and more than half of the Pseudomonas aeruginosa strains, excluding cefepime, were found to be resistant to cephalosporin group antibiotics.
Conclusion: Colistin resistance is remarkable in the Gram-negative bacteria. The resistance of E. coli, Klebsiella pneumoniae, and Pseudomonas aeruginosa strains, which are frequently isolated from various microbial diseases, especially urinary tract infections in Erzurum, to other antibiotics is a result that limits treatment options. In order for colistin resistance not to become widespread, it is necessary to prevent the development of resistance to other antimicrobials.

Key Words: Antimicrobial resistance, colistin, E. coli, Klebsiella pneumoniae, microdilution method, Pseudomonas aeruginosa, Erzurum