Pneumocystis jirovecii'nin kantitatif PCR yöntemi ile tanımlanması ve diğer tanı yöntemleri ile karşılaştırılması
Detection of pneumocystis jirovecii BY quantitative pcr and comparison with other diagnostic methods
Yazar: TUBA SEYHAN
Danışman: PROF. DR. DUYGU FINDIK
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Azür boyaları = Azure stains ; Floresan antikor tekniği = Fluorescent antibody technic ; Pnömosistis = Pneumocystis ; Pnömosistis jirovecii = Pneumocystis jirovecii ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis-ayırıcı = Diagnosis-differential

Özet:
Pneumocystis jirovecii'nin neden olduğu Pneumocystis pnömonisi günümüzde yüksek mortalite hızıyla immünsüpresif tüm hastalarda korkulan bir hastalık haline gelmiştir. Pneumocystis pnömonisi HIV ile enfekte olan hastalarda daha fazla görülmesine rağmen diğer immün yetmezlikli hastalarda da görülebilmektedir. P. jirovecii kültürde üreyemediği için tanıda kültür dışındaki yöntemlerden yararlanılmaktadır. Son yıllarda rutin boyama ve direkt floresan antikor yöntemlerinin yanında, duyarlılığı daha yüksek olan kantitatif PCR yöntemi kullanılmaya başlamıştır.
Bu çalışmada Pneumocystis pnömonisi şüpheli 100 hastadan alınan solunum yolu örneklerinden kantitatif PCR, direkt floresans antikor yöntemi, Giemsa, Gomori metenamin gümüşleme boyama yöntemleri ile P. jirovecii saptanması amaçlanmıştır. Örneklerde kantitatif PCR yöntemi ile dört(%4), direkt floresans antikor yöntemi ile dört (%4), Gomori metanamin gümüşleme yöntemi ile bir örnekte P. jirovecii saptanmıştır. Giemsa yöntemi ile hiçbir örnekte P. jirovecii belirlenememiştir. Direkt floresan antikor ve Gomori metenamin gümüşleme yönteminde tespit edilen bir örnek (%1) dışında diğer bütün pozitif sonuçlar farklı hastalara ait örneklerden elde edilmiştir. 
Direkt floresan antikor yöntemi tanımlamada altın standart olarak kabul edilmekle birlikte tecrübe ve birikim gerektiren bir yöntemdir. PCR temelli yöntemler ise tanıda duyarlı ve altın stadartla uyumlu yöntemler olarak kullanıma girmiştir. Ancak bizim çalışmamızda testler arasında tam bir uyum bulunamamış bu da bize tanıda tek yönteme bağlı kalınmaması gerektiğini düşündürmektedir. Sonuç olarak bulgularımıza göre klinik şüphe varsa P.jirovecii tanısında en az iki yöntemin birlikte kullanılması, laboratuvar imkanları doğrultusunda hem direkt floresan antikor hem de PCR yöntemlerinin birlikte yapılması gerektiğini düşünmekteyiz.

Abstract:
In recent years, pneumonia caused by Pneumocystis jirovecii has become a dreadful disease in all immunosuppressive patients because of its high mortality rates. Although seen more often in HIV-infected patients, Pneumocystis pneumonia can also be seen among other immunocompromised hosts. Since P. jirovecii cannot grow, methods other than culture are utilized for its diagnosis. In addition to traditional staining and direct fluorescent antibody methods, quantitative PCR which is more sensitive than others has currently been used.
In this study, we aimed to identify P. jirovecii in the respiratory samples taken from 100 patients with suspected Pneumocystis pneumonia by quantitative PCR, direct fluorescence antibody, Giemsa, and Gomori methenamine silver staining methods. P. jirovecii was determined in four samples (4%) by quantitative PCR; four (4%) by direct fluorescence antibody; and in a sample  (1%) by Gomori methanamine silver staining method. All samples stained with Giemsa were negative for P.jirovecii. All positive results belonged to different patient samples except for a single specimen (1%) that was detected positive by both direct fluorescent antibody and Gomori methenamine silver staining methods.
Although direct fluorescent antibody method is considered gold standard, it requires experienced staff in laboratories. PCR-based techniques have lately been introduced as sensitive diagnostic methods and are compatible with the gold standard method. However, lack in full compliance among the assays used in our study suggests that the diagnosis should not be relied on a sole method. As a result, according to our findings, if there is a clinical suspicion for Pnemocystis pneumonia, we recommend utilization of at least two different diagnostic methods regarding available laboratory facilities, both the direct fluorescent antibody and the PCR methods.