Klinik örneklerden izole edilen mikobakterilerin iki farklı yöntemle tanımlanması
Identification of the mycobacteria isolated from clinical samples with two different methods
Yazar: FİGEN KAYSERİLİ
Danışman: PROF. DR. AYŞE ESİN AKTAŞ
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antijenler = Antigens ; Mycobacterium = Mycobacterium ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Teşhis = Diagnosis ; Tüberküloz = Tuberculosis

Özet:
Günümüzde tanı ve tedavi yöntemlerindeki ilerlemelere rağmen önemini korumaya devam eden tüberkülozun tanısı klasik olarak klinik belirtiler, radyolojik görünüm, tüberkülin deri testi, klinik örneklerden hazırlanan preparatlarda tüberküloz basilinin görülmesi ve etkenin kültürde üretilmesi ile mümkün olmaktadır. Klasik tanı yöntemlerinden mikroskobinin duyarlılığının düşük olması, kültürün ise uzun zaman alması gibi nedenler araştırmacıları bu hastalığın erken tanısında kullanılabilecek hızlı sonuç veren duyarlılığı ve özgüllüğü yüksek kolay uygulanabilir yeni tanımlama sistemlerine yöneltmiştir.Bu çalışmada Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tüberküloz Laboratuvarı'nda değişik klinik örneklerden (31 balgam, 10 bronş lavajı, 10 BOS, 4 idrar, 4 açlık mide sıvısı, 3 apse, 2 PBB, 2 trekeal aspirat, 1 plevral mayi, 1 periton mayi, 1 CAPD mayi ve 1 perikardiyal mayi) izole edilen 70 mikobakteri suşu klasik yöntemler ve otomatize bir sistem olan Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) yöntemi ile tiplendirildi.Suşların klasik yöntemlerle tiplendirilmesinde; üreme hızı, ışıkta ve karanlıkta pigment üretimi, koloni yapısı ve boyanma özellikleri incelendi; biyokimyasal özelliklerin belirlenmesi için de nitrat, niasin ve katalaz testleri yapıldı. Gerek klasik yöntemlerle ve gerekse MGIT 960 otomatize sistemi ile suşlar Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) ve nontüberküloz mikobakteri (NTM) şeklinde tanımlandı. Nontüberküloz mikobakteri olarak belirlenen suşlar klasik yöntemler yardımıyla tür düzeyinde de tanımlandı.Klasik yöntemler kullanılarak yapılan identifikasyon sonucunda 70 mikobakteri suşunun 63'ü (%90.0) MTC, 5'i (%7.1) NTM olarak belirlenirken 2 suş (%2.8) tiplendirilemedi. 5 NTM suşunun 1'i M. fortuitum, 2'si M. avium-intracellulare, 1'i M. xenopi ve 1'i M. kansasi olarak tanımlandı. MGIT 960 otomatize sistemi ile yapılan tiplendirme sonucunda ise 70 mikobakteri suşunun 59'u (% 84.2) MTC, 11'i (%15) de NTM olarak belirlendi.Çalışma sonucunda; mikobakteri suşlarını MTC ve NTM şeklinde tanımlama konusunda klasik yöntemlerle hızlı sistemlerden MGIT 960 otomatize sisteminin birbirine yakın sonuçlar verdiği saptandı. MGIT 960 sisteminin MTC ve NTM tiplendirilmesinde klasik yöntemlere göre daha kısa sürede sonuç vermesine rağmen NTM suşlarının tür düzeyinde tiplendirilememesinin klasik yöntemlere göre dezavantaj olduğu görüldü.

Abstract:
Despite there are a lot of advances in diagnosis and treatment methods of tuberculosis, it keeps maintaining its importance. At the present day making a diagnosis of tuberculosis involves evaluating of clinical symptoms, radiological findings and tuberculin skin test results as well as some laboratory tests. However the disease is diagnosed definitively by identifying the causative organism, Mycobacterium tuberculosis, in a clinical sample by either microscopic examination or culturing. Among the traditional laboratory tests microscopic examination provides results much faster than a culture but is less accurate, and the culture gives more accurate result but takes a long time. So researches directed to new, easy applicable identification systems which detect the growth of Mycobacterial species in a short time and also have high sensitivity and specifity.In this study; 70 mycobacteria strains isolated from various clinic samples (31 sputum, 10 bronchial lavage, 10 cerebrospinal fluid, 5 urine, 4 gastric fluid, 3 abscess, 2 PBB, 2 tracheal aspirates, 1 pleural effusion material, 1 peritoneal effusion material, 1 CAPD, 1 pericardial effusion material) sent to Tuberculosis Laboratory of Microbiology and Clinic Microbiology Department of Atatürk University School of Medicine were identified by means of traditionally methods and Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) method.In the typing of the strains by traditional methods, following characteristics such as the rate of growth, colonial morphology, staining features and pigment production in the light and dark were examined. As for the determination of biochemical features of the strains, nitrate, niacin and catalase activity tests were done. All the tested strains were identified as Nontuberculosis mycobacteria (NTM) and Mycobacterim tuberculosis complex (MTC) by both classical methods and MGIT 960 automatic system. Those defined as Nontuberculosis mycobacteria were also identified to the species level by classical methods.At the end of the test results of classical methods, 63 out of 70 mycobacteria strains (90%) were determined as MTC and 5 were determined as NTM. Two strains couldn?t be identified by these methods. Of the 5 NTM strains, one was detected as M. fortuitum, 2 were M. avium-intracellulare, one is M. xenopi, and one was M. kansasii.In the result of typing carried out by the method of MGIT 960 automotızed system, 59 of (84.2%) 70 mycobacteria was defined as MTC and 11 (15%) was NTM.In conclusion; it was found that MIGIT 960 automatic culture system and traditionally methods were in accordance with each other in terms of identification of the Mycobacteria strains as MTC or NTM. Although MGIT 960 system gives faster result in determining the Mycobacteria in patients sample and in identifying the strains as MTC or NTM, failure to identify the strains to the species level is the disadvantage of the method.