Mide kanserinde polimorfik Helicobacter pylori vaca genotiplerinde miR-200a-3p, miR-223-5p AND miR-29a-3P miRNA'larının ekspresyon analizi
Expression analysis of miR-200a-3p, miR-223-5p AND miR-29a-3P miRNA in polymorphic Helicobacter pylorium vaca genotypes in gastric cancer
Yazar: FERHAT ERDOĞAN
Danışman: DOÇ. DR. MELİHA BURCU IRMAK YAZICIOĞLU
Haliç Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Helicobacter pylori = Helicobacter pylori ; Mide kanseri =   ; Mikro RNA = Micro RNA

Özet:
Mide kanseri insidansı ve mortalitesi oldukça yüksek olan bir kanser türüdür. Küresel çapta kansere bağlı ölüm oranlarında ikinci sırada yer almaktadır. H. pylori mide kanseri risk faktörü olarak bilinmektedir. H. pylori'den vakuol oluşturucu bir protein salınmaktadır. Vakuol oluşturucu proteinin vacA adı verilen gen tarafından kodlandığı bilinmektedir. VacA'nın kodladığı protein prekürsör halde 140 kDa boyutundadır. Salgılanan proteinden proteolotik prosesler sonucunda 88 kDa'lık aktif toksin bölgesi oluşmaktadır. Aktif toksin bölgesi p33 ve p55 adlı iki koldan meydana gelmektedir. Bu iki kol üzerinde s-, m- ve i- bölgeleri mevcuttur. H. pylori vacA toksin bölgelerinde farklı alleller (S1/M1/i1 veya S2/M2/İ2) içeren formlar bulunmaktadır. S1/M1/İ1 allelleri en polimorfik formlardır. H. pylori vacA'nın vakuol oluşturma yeteneği ile apoptozu tetiklemesi ve T lenfositlerinin proliferasyonunun baskılanması gibi diğer etkileri arasında doğrudan bir ilişki mevcuttur. H. pylori virülans faktör VacA'nın, let-7 dahil birçok miRNA ifadesini değiştirdiği tespit edilmiştir. Bu çalışmada kanserli mide dokularından izole edilen H. pylori suşlarında VacA geninin polimorfik bölgelerini saptamak üzere PZR analizi yapıldı. Farklı VacA formlarına sahip kanserli mide dokularında, miR-29a-3p, miR-200a-5p ve miR-223-3p miRNA'larının ifade değişimi kantitatif gerçek zamanlı PZR ile analiz edildi. Farklı VacA formlarının mide kanseri dokularında, çalışılan miRNA'ların ifade seviyesini etkileyebileceği gözlemlendi.

Abstract:
Gastric cancer is a type of cancer with a high incidence and mortality. It is the second largest cancer-related mortality in the global dimension. H. pylori is known as a stomach cancer risk factor. A vacuole-forming protein is released from H. pylori. It is known that the vacuole forming protein is encoded by the gene called VACA. The protein encoded by VacA is 140 kDa in size as a precursor. Proteolytic processes from secreted proteins result in an active toxin region of 88 kDa. The active toxin region comes from the two ponds called p33 and p55. There are s-, m- and i- regions on these two arms. In H. pylori vacA toxin regions there are forms containing different alleles (S1 / M1 / i1 or S2 / M2 / I2). The S1 / M1 / Il alleles are the most polymorphic forms. There is a direct relationship between the ability of H. pylori vacA to form vacuole and other effects such as apoptosis triggering and suppression of T lymphocyte proliferation. H. pylori virulence factor VacA has been found to alter many miRNA expressions, including let-7. In this study, PZR analysis was performed to detect polymorphic regions of VacA gene in H. pylori strains isolated from stomach cancer tissues. Expression changes of miR-29a-3p, miR-200a-5p and miR-223-3p miRNAs in cancerous stomach tissues with different VacA forms were analyzed by quantitative real-time PZR. It was observed that different VacA forms may affect the expression level of miRNAs studied in stomach cancer tissues.