Bazı maya türlerinde trehaloz ve glikojen metabolizmasına etki eden faktörlerin analizi
Analysis of factors affecting metabolism of trehalose and glycogen metabolisms in some yeast species
Yazar: HÜLYA KARACA GENÇER
Danışman: PROF. DR. MERİH KIVANÇ
Anadolu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: DNA analizi = DNA analysis ; Glikojen = Glycogen ; Mayalar = Yeasts ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Stres = Stress ; Trehaloz = Trehalose

Özet:
Trehaloz ve glikojen bakteri, maya, bitki ve böceklerin bulunduğu yaygın organizma gruplarında yer alan depo karbonhidratlarıdır. Bu glikoz depoları glikolitik akışın kontrolünde de düzenleyici olarak rol oynamaktadırlar. Aslında trehaloz ve glikojen çeşitli çevresel stres şartlarına cevapta, hücresel içeriği korumak amaçlı biriktirilmektedirler.Bu çalışmada, C. albicans, C. rugosa, M. fructicola, P. stipitis, Y. lipolytica, Z. bailii, Z. rouxii ve S.cerevisiae gibi maya suşlarının trehaloz ve glikojen içerikleri besinsel stres, oksidatif stres, sıcak şok ve metal stresi gibi farklı stres koşulları altında incelenmiştir. Bu maya suşlarının stres koşullarına cevap olarak, trehaloz ve glikojen içerikleri ile ilgili benzerlikler ve farklılıklar belirlenmiştir. Özellikle sıcaklık stresinde mayalarda trehaloz ve glikojenin önemli derecede biriktiği gözlenmiştir. Tüm stres koşullarında C. rugosa'nın yüksek seviyede glikojen biriktirdiği bulunmuştur. C. rugosa, C. albicans, S. cerevisiae'nın TPS1 ve GSY1 gen anlatım profilleri RT-PZR yöntemi ile belirlenmiştir. Enzimatik yöntem ile belirlenen trehaloz ve glikojen birikimi, moleküler teknikle karşılaştırılmıştır. C. albicans'ın GSY1 gen anlatımının kadmiyum stresinde stressiz koşula göre 78,13 kat fazla olduğu gösterilmiştir. Araştırmada kullanılan maya türlerinde pseudohifsel gelişim ile depo karbonhidratları olan trehaloz ve glikojen metabolizması arasında bir metabolik bağlantı olup olmadığı biyokimyasal yöntemle incelenmiştir. Pseudohifsel gelişim zaman aralıklı olarak mikroskobik yöntem ile izlenmiştir. Bu çalışmada aynı zamanda vajenden izole edilen izolatlar C. glabrata olarak dizi analizi yöntemi ile belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Maya, stres, trehaloz, glikojen, RT-PZR, dizi analizi

Abstract:
Trehalose and glycogen are common carbohydrates in many organisms including bacteria, yeasts, plants and invertebrates. These glucose stores also have a regulatory role in the control of glycolytic flux. Infact, trehalose and glycogen accumulate in response to various environmental stress conditions to protect cellular components.In this study, the trehalose and glycogen contents of C. albicans, C. rugosa, M. fructicola, P. stipitis, Y. lipolytica, Z. bailii, Z. rouxii and S. cerevisiae were investigated in response to different stress condition such as nutritional stress, oxidative stress, heat shock and metal stress. There were similarities and differences between these yeast species in response to stress conditions regarding their trehalose and glycogen contents. It is found that the heat shock results in a significant level of glycogen and trehalose accumulation in these yeasts. Moreover, high levels of glycogen accumulations were detected in C. rugosa in response to all stress conditions. It is determined expression of TPS1 and GSY1 in C. rugosa, C. albicans, S. cerevisiae with RT-PZR. Accumulation of trehalose and glycogen, which was determined by enzymatic methods was compared with that determined by molecular techniques. C. albicans GSY1 is induced (78,13) by cadmium stress according to stress-free condition. In this research, possible metabolic connections between pseudohypeal development and reserve carbohydrate metabolism are investigated by biochemical methods in yeasts used in this research. Pseudohypeal development was followed microscopically in different time intervals. In addition, we have also identified the species at yeast samples obtained from vagina as C.glabrata with sequencing analysis.Keywords: Yeast, stress, trehalose, glycogen, RT-PCR, sequencing analysis