Antibiyotiklere dirençli bakteri suşlarında bakteriyofaj izolasyonu
Bacteriophage isolation from antibiotic-resistant bacterial strains
Yazar: KHADIJA NARIMANOVA
Danışman: PROF. DR. ERDAL POLAT
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Antibiyotik direnci, antibiyotiklerin uzun süreli ve tekrarlayan kullanımı sonucu oluşan,
geçmişten günümüze tedavide zorluklar yaratan ciddi bir halk sağlığı sorunudur. Hastane
enfeksiyonları ise, genellikle bağışıklık sistemi zayıflamış hastalarda, cerrahi işlemler
sonrasında ya da yoğun bakım ünitelerinde kateter, solunum cihazı veya diğer invaziv
araçların kullanımı esnasında meydana gelir. Bu ortamlar, antibiyotiklere dirençli bakterilerin
yayılması ve kolonizasyonu için elverişli koşullar oluşturur. Antibiyotiklere dirençli
bakterilerin oluşturduğu hastane enfeksiyonlarının tedavisi zor hatta da imkansızdır. Bundan
dolayı, antibiyotiklere dirençli bakterilerin oluşturduğu enfeksiyonların tedavisinde
kullanılarak alternatif yöntemlerden birisi olan bakteriyofajlar, gelecek için umut vaat
etmektedir. Fajların hedefe yönelik etkileri ve antibiyotikler ile birlikte kullanımı, gelecekte
hastane enfeksiyonlarının tedavisinde yeni bir çığır açabilir. Ancak, faj tedavisinin güvenli ve
etkili bir şekilde uygulanabilmesi için daha fazla klinik çalışmalar yapılmalı; tedavinin
güvenliği, etki mekanizması ve uygulanabilirliği açısından kapsamlı bir şekilde
incelenmelidir.
Bu çalışmada Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına değişik servis,
yoğun bakımdan, Geleneksel ve Tamalayıcı Tıp Uyulama ve Araştırma Merkezi larva
debridmanı polikliniğinden gelen materyallerden üretilmiş ve stoğa kaldırılmış dirençli
Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Staphylococcus aureus,
Enterococcus faecalis, Acinetobacter baumannii, Streptococcus pyogenes, Morganella
morgannii, Enterebacter cloacae suşları konakçı bakteriler olarak kullanılmış ve bu
bakterilerden faj izolasyonu yapılması planlanmıştır.Hastane kökenli dirençli bakterilerden faj izalasyonu için kullandığımız yöntem ile ilgili
litaratürde yapılmış bir çalışmaya rastlanmamıştır. Kullandığımız yöntem orjinal olup;
bakterilerin ısı değişimi ve mekanik etkilere mağruz bırakılarak hücre duvarının bütünlüğünü
bozulması ve fajların serbesleşerek ortama salınması hedeflendi.
Yapılan çalışma sonucu P. aeruginosa, K. pneumoniae, E. coli bakterilerinden faj izolasyonu
yapıldı. Elde ettiğimiz "kirli"fajlara birçok kez saflaştırma prosedürü uygulandı. Saflaştırma
sonucu P. aeruginosa ve K. pneumoniae bakterilerinden saf, litik fajlar elde edildi.
İlk kez denenen, başarı oranı öngörülemeyen yöntem yeniliklere ve geliştirilmeye açık bir
yöntemdir. Antibiyotiklere alternatif tedavi yöntemi olarak düşünülen fajların dirençli
bakterilerden izolasyonunun yapılması ilk kez olduğundan önemli olup, daha kapsamlı
çalışmalar gerektirmektedir.

Abstract:
Antibiotic resistance is a serious public health problem that has caused increasing difficulties
in treatment over time, resulting from the prolonged and repeated use of antibiotics. Hospitalacquired infections typically occur in patients with weakened immune systems, after surgical
procedures, or in intensive care units (ICUs), where the use of catheters, ventilators, or other
invasive devices creates favorable conditions for the spread and colonization of antibioticresistant bacteria. The treatment of hospital infections caused by antibiotic-resistant bacteria is
often difficult and even impossible. Therefore, bacteriophages, which are used as an
alternative method in treating infections caused by antibiotic-resistant bacteria, hold promise
for the future. The targeted action of phages, especially when used in combination with
antibiotics, could open new avenues for the treatment of hospital infections in the future.
However, more clinical studies are needed to ensure the safety and effectiveness of phage
therapy, and the safety, mechanisms of action, and applicability of the treatment must be
thoroughly investigated.
In this study, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli,
Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Acinetobacter baumannii, Streptococcus
pyogenes, Morganella morganii, and Enterobacter cloacae strains, which were resistant and
isolated from various departments, intensive care units, and the Larval Debridement Clinic of
the Traditional and Complementary Medicine Application and Research Center at Cerrahpaşa
Medical Faculty, were used as host bacteria, and the isolation of phages from these bacteria
was planned.No study in the literature has reported a method for isolating phages from hospital-origin
resistant bacteria similar to the one used in this work. The method employed is original; it
involves exposing the bacteria to thermal changes and mechanical stresses to disrupt their cell
wall integrity, allowing phages to release and be liberated into the environment.
As a result of the study, phages were isolated from P. aeruginosa, K. pneumoniae, and E. coli
bacteria. The "dirty" phages obtained underwent several rounds of purification. After
purification, lytic phages were successfully isolated from P. aeruginosa and K. pneumoniae.
This novel method, with an uncertain success rate, is open to improvements and
developments. Given that the isolation of phages from resistant bacteria is being attempted for
the first time, this study is significant and requires further comprehensive research.