EGFR gen varyasyonlarının akciğer kanseri patogenezindeki rolünün araştırılması
Investigation of the role EGFR gene variations in the pathogenesis of lung cancer
Yazar: EMİN ALİ ŞEN
Danışman: DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı / Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; DNA = DNA ; Epidermal büyüme faktörü = Epidermal growth factor ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Patojenler = Pathogens

Özet:
Amaç: Akciğer kanseri Dünya'da ve ülkemizde kanser kaynaklı ölümlerin birinci, hastalık kaynaklı ölümlerin ikinci en büyük nedenidir. EGFR geni dört farklı ekson bölgesinde, çeşitli mutasyonlar sonrası gösterdiği varyasyon çeşitleri ile akciğer kanserinde tanı ve tedavi için anahtar bir hedef bölgedir. Bu çalışmada EGFR gen varyasyonlarının hasta kliniğine olan etkisinin belirlenmesi amaçlanmaktadır.

Yöntem: Çalışmamızda Kocaeli Üniversitesi Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı'na akciğer kanseri ön tanısı ile gelen 2013-2020 yılları arasında solid biyopsi yöntemiyle alınan dokudan izole edilen DNA ile rtPCR yöntemi kullanılarak mutasyon analizi yapılan 157 hasta ve 2018-2020 yılları arasında likid biyopsi yöntemiyle periferik kandan izole edilen cfDNA ile NGS yöntemi kullanılarak mutasyon analizi yapılan 105 hastanın EGFR gen mutasyon sonuçları ve hasta onkoloji dosyalarından temin edilen klinik verileri kullanılmıştır. Elde edilen veriler IBM SPSS Statistics 22 paket programı ile analiz edilip değerlendirilmiştir.

Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 262 hastanın 159'u (%60,7) erkek, 103'ü (%39,3) kadın hastalardı. Hastalardaki akciğer kanseri tanısı alma yaşı ortalama 62,3 iken hastaların %54'üne 46-65 yaş aralığında tanı konulmuştur. Tanı sonrası 5 yıllık sağ kalım oranı %2 iken ortalama sağ kalım süresi 13,9 aydı. EGFR gen varyasyonu saptanan hastalarda ortalama sağ kalım oranı 24,9 iken EGFR mutasyonu saptanmayan negatif sonuçlu hastalarda bu oran %34'e çıkmaktadır. Hastalar arası iki farklı moleküler yöntem ile analiz edilen EGFR gen varyasyonları arasında anlamlı benzerlikler saptanmıştır. Hastalar arasında en sık rastlanan gen varyasyonları rtPCR yönteminde ekson 19 ve ekson 21'de iken likid biyopsi yönteminde ekson 19 ve ekson 20'dir.

Sonuç: EGFR gen varyasyonları akciğer kanserinde hedeflenebilir gen tedavi noktalarından biridir. EGFR hedefli uygulanan TKI'ler klasik kemoterapiye göre hastalara avantaj sağlamasının yanı sıra çeşitli ikincil ve üçüncül mutasyonların meydana gelmesine sebep olmaktadır. Bununla beraber EGFR'nin hücre içi sinyal yolaklarının anlaşılması ve mutasyonlarının hasta patogenezine olan etkisinin belirlenmesi akciğer kanserinin gelecek tedavisi için mühimdir. 

Anahtar Kelimeler: Akciğer Kanseri, EGFR, cfDNA

Abstract:
Objective: Lung cancer is the first cause of cancer-related deaths and the second largest cause of disease-related deaths in the world and in our country. The EGFR gene, with its variations in four different exon regions after various mutations, is a key target region for diagnosis and treatment in lung cancer. This study aims to determine the effectiveness the EFGR gene variants have on patients.

Method: In our study, 157 patients who were admitted to Kocaeli University Medical Genetics and Molecular Biology Department with a preliminary diagnosis of lung cancer, who underwent mutation analysis using DNA isolated from the tissue taken by solid biopsy method between 2013-2020 and rtPCR method, and between 2018-2020, peripheral biopsy was performed with liquid biopsy method. EGFR gene mutation results of 105 patients who underwent mutation analysis using the NGS method with cfDNA isolated from blood and clinical data obtained from patient oncology files were used. The obtained data were analyzed and evaluated with the IBM SPSS Statistics 22 package program.

Results: Of the 262 patients who participated in the study, 159 (60.7%) were male and 103 (39.3%) were female. While the average age at which patients were diagnosed with lung cancer was 62.3, 54% of the patients were diagnosed between the ages of 46-65. The 5-year survival rate after diagnosis was 2%, while the mean survival time was 13.9 months. While the average survival rate is 24.9 in patients with an EGFR gene variation, this rate rises to 34% in patients tested negative without EGFR mutations. Significant similarities were found between the EGFR gene variations analyzed using two different molecular methods between patients. The most common gene variations among patients are exon 19 and exon 21 in the rtPCR method, while exon 19 and exon 20 are the most common gene variations in the liquid biopsy method.

Conclusion: EGFR gene variations are one of the targetable gene therapy points when it comes to lung cancer. EGFR-targeted TKIs not only give patients an advantage over conventional chemotherapy but also cause various secondary and tertiary mutations. However, understanding the intracellular signaling pathways of EGFR as well as determining the effect of its mutations on patient pathogenesis is important for the future treatment of lung cancer.

Keywords: Lung cancer, EGFR, cfDNA