Obstrüktif olmayan azospermi hastalarında genetik etiyolojilerin araştırılması
Investigation of genetic etiologies in patients with non-obstructive azoospermia
Yazar: KÜBRA ADANUR SAĞLAM
Danışman: DOÇ. DR. AYBERK TÜRKYILMAZ
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Giriş ve Amaç: Azospermi santrifüje edilmiş semen pelleti dahil ejekülatta hiç sperm olmamasıdır ve erkek infertilitesinin sık sebeplerinden olup olguların %10-15'ini oluşturur. Azospermiye eşlik eden küçük testis hacmi, normal semen hacmi ve yüksek FSH varlığında non-obstrüktif azospermiden (NOA) şüphelenilir. NOA'nın rutin genetik değerlendirilmesinde kromozom analizi ve Y kromozomu mikrodelesyon (YKM) analizi yapılmaktadır. Son 20 yılda gelişen dizileme teknolojileri erkek infertilitesi alanında da genetik sebepleri ortaya çıkarmaya katkı sağlamıştır. Bu çalışmada NOA hastalarında yeni genetik nedenler araştırmayı amaçladık.
Yöntem: 2022 kasım-2024 haziran tarihleri arasında KTÜ Farabi hastanesi tıbbi genetik polikliniğine NOA bulgusu nedeniyle başvurmuş 31 yetişkin erkek çalışmaya dahil edildi. Azospermiye sebep olabilecek sekonder sebepleri olan olgular çalışmaya dahil edilmedi. 31 hastanın tamamına öncelikle kromozom analizi ve YKM analizi yapıldı. Azospermiyi açıklayacak sebep saptanmayan 25 hastaya Tüm Ekzom Dizileme (TED) testi yapıldı. 
Bulgular: Toplam olguların genetik değerlendirme başvuru yaşı medianı 31 (22-46) yıldı. Olguların %61'inde ailesinde infertilite, %55'inde ebeveynler arasında akrabalık öyküsü vardı. Toplam 31 NOA olgusunun %16,1'inde kromozomal hastalıklar (47, XXY (3 olgu), 45,X/46,X,del(Y)(q11.23) (1 olgu), 46,X,der(Y) t(Y;?)(q12;p13) (1 olgu)) ve %3,2'sinde YKM (AZFc delesyonu) (1 olgu) saptandı. TED yapılan 25 NOA olgusunun %16'sında MSH4 (2 olgu), STAG3 (1 olgu) ve NR5A1 (1 olgu) genlerinde kliniği açıklayabilecek neden saptandı. MSH4 geninde novel c.2639_2640del, p.Pro880ArgfsTer14 varyasyonu iki farklı aileden iki ilişkisiz olguda homozigot olarak saptandı. STAG3 geninde novel c.671C>G, p.Ser224Ter varyasyonu homozigot olarak ve NR5A1 geni c.251G>T, p.Arg84Leu varyasyonu heterozigot olarak saptandı. 
Sonuç: NOA olgularında TED'nin kullanımı son yıllarda yaygınlaşmıştır. Bu çalışmada kromozom analizi, YKM ve TED ile NOA olgularında genetik tanı başarısı %32,2 (10/31) olmuştur. TED'in NOA olgularında kullanılması genetik tanı başarısını arttırmakta ve infertil çiftlere gebelik planı sürecinde yardımcı olmaktadır.

Abstract:
Introduction and Objective: Azoospermia is the absence of sperm in the ejaculate, including centrifuged semen pellet, and is a common cause of male infertility, accounting for 10-15% of cases. Non-obstructive azoospermia (NOA) is suspected in the presence of small testicular volume, normal semen volume and elevated FSH. Routine genetic evaluation of NOA includes chromosome analysis and Y chromosome microdeletion (YCM) analysis. Sequencing technologies developed in the last 20 years have contributed to revealing genetic causes in the field of male infertility. In this study, we aimed to investigate new genetic causes in NOA patients.
Methods: Between November 2022 and June 2024, 31 adult men admitted to the medical genetics outpatient clinic of KTU Farabi Hospital for NOA were included in the study. Patients with secondary causes of azoospermia were not included in the study. All 31 patients first underwent chromosome analysis and YCM analysis. Whole Exome Sequencing (WES) test was performed in 25 patients in whom no cause was found to explain azoospermia. 
Results: The median age at presentation for genetic evaluation was 31 (22-46) years. There was a family history of infertility in 61% of cases and consanguinity between parents in 55%. Chromosomal disorders (47, XXY (3 cases), 45,X/46,X,del(Y)(q11.23) (1 case), 46,X,der(Y) t(Y;?)(q12;p13) (1 case)) were detected in 16.1% of the 31 NOA cases and YCM (AZFc deletion) was detected in 3.2% (1 case). In 16% of 25 NOA patients who underwent WES, a cause that could explain the clinic was found in MSH4 (2 cases), STAG3 (1 case) and NR5A1 (1 case) genes. Novel c.2639_2640del, p.Pro880ArgfsTer14 variation in MSH4 gene was found homozygous in two unrelated cases from two different families. Novel c.671C>G, p.Ser224Ter variation in STAG3 gene was homozygous and NR5A1 gene c.251G>T, p.Arg84Leu variation was heterozygous. 
Conclusion: The use of WES in NOA cases has become widespread in recent years. In this study, the success rate of genetic diagnosis in NOA cases with chromosomal analysis, YCM and WES was 32.2% (10/31). The use of WES in NOA cases increases the success of genetic diagnosis and helps infertile couples in the process of pregnancy planning.