Mesane kanserlerinde kromozom 13q33-34 bölgesinin mikrosatellit haritalaması, ING1 geninin mutasyon analizi ve gen ifade düzeyinin araştırılması
Microsatellite mapping of chromosome 13q33-34 region, mutation screening of ING1 gene and analysis of ING1 mRNA expression in bladder cancers
Yazar: MEHRİ İĞCİ
Danışman: PROF. DR. AHMET ARSLAN
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Heterozigotlar = Heterozygote ; Kromozom haritaları = Chromosome mapping ; Mesane neoplazmları = Urinary bladder neoplasms ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Nükleotid = Nucleotide

Özet:
Ülkemizde mesane kanseri sık kar?ıla?ılan kanserler arasında üçüncüdür. Kanser çe?itli genetik ve epigenetik deği?ikliklerin hücrede birikmesiyle ortaya çıkmaktadır. Bu genetik deği?iklikler onkogenlerin etkinliğinde artı?a veya tümör baskılayıcı genlerin etkinliğinde azalmaya neden olabilir. Tümör baskılayıcı genlerin kaybı veya etkinliğinin bozulması tümör olu?umuna yol açabilmektedir. ING ailesi genlerinin çe?itli kanser tiplerinde önemli rol alan tümör baskılayıcı genler olduğu bilinmektedir. Bu çalı?mada mesane kanseri 30 hastadan alınan normal ve tümörlü dokular kullanılarak, kromozom 13q33-34 bölgesinde mikrokayıp analizi, ING1 geni ifade analizi ve ING1 geninde dizin analizi ile mutasyon taraması gerçekle?tirilmi?tir. Yanısıra ING1 geninin özendirici bölgesi hakkında bilgi bulunmadığı için TFSEARCH ve Genomatix-MatInspector gibi çevrimiçi programlarla buraya bağlanan transkripsiyon faktörleri ara?tırılmı?tır. 13q33-34 bölgesi için seçilen DS belirleyiciler D13S285, D13S1315, D13S796, D13S278, D13S158 ve D13S779?dur. Elde edilen heterozigotluk kaybı oranları ise sırası ile %23.3, %20, %6.7, %3.3, %6.7 ve %0 ?eklindedir. En fazla heterozigotluk kaybı ING1 genini çevreleyen D13S285 ve D13S1315?te gözlenmi?tir. Gen ifade analizleri neticesinde ise 30 hastadan 7?sinin ING1 gen ifadesinde deği?iklik gözlenmi?tir. Fakat dizin analizi yöntemiyle incelenen ING1 geninin ekzonlarında mutasyona rastlanmamı?tır. Deği?ik kanser tiplerinin baskılanmasında rol alan ING1 geninin mesane kanserinde önemli bir tümör baskılayıcı gen olmadığı görülmektedir. Heterozigotluk kaybı bulgularından yola çıkarak mesane kanserinde 13q33-34 bölgesinin farklı ?aday? tümör baskılayıcı gen veya genler barındırdığı dü?ünülebilir. ??levsel özellikleri dikkate alındığında bu genlerin COL4A1, COL4A2 veya SOX1 olabileceği söylenebilir. Transkripsiyon faktörü analizleri ise ING1 geni özendirici bölgesine bağlanan faktörlerden bazılarının, ING1 i?levi ile ili?kili olabilecek, c-Rel, c-Ets gibi çe?itli faktörler olduğunu göstermi?tir. ING1 özendirici bölgesinin moleküler açıdan incelenmesinin gerekliliği görülmektedir.

Abstract:
In Turkey, the frequency of bladder cancer is the third among other cancer types. Cancer is a result of the accumulation of genetic and epigenetic alterations in the cell which can lead to activation of oncogenes or inactivation of tumor suppressor genes (TSG). Loss or inactivation of TSGs can lead formation of tumors. Members of ING family are discovered as TSGs in different cancer types. In this study 30 paired normal and tumor tissue samples were used for microdeletion analysis of chromosome 13q33-34 region, ING1 expression analysis and ING1 mutation screening via nucleotide sequence analysis. Because there is no data available about the transcription factors which bind to ING1 promoter, the promoter sequence was analyzed via Genomatix-MatInspector and TFSEARCH programs. DS markers used for 13q33-34 region were D13S285, D13S1315, D13S796, D13S278, D13S158, and D13S779 where loss of heterozygosity (LOH) results were as 66.7%, 20%, 6.7%, 3.3%, 6.7%, and 0%, respectively. The highest LOH scores were obtained with markers D13S285 and D13S1315 which were flanking the ING1 gene. Seven of 30 cases showed alterations in expression analysis. However, no mutation was detected in the exons of ING1. A significant TSG activity of ING1 in bladder cancer was not observed while higher activity was reported in different cancer types. As for the LOH data 13q33-34 region may contain different candidate TSGs like COL4A1, COL4A2 and SOX1. As a result of promoter analysis, some factors like c-Rel, c-Ets were associated with the promoter region. Molecular analysis of ING1 promoter warrants further analysis.