Kronik hepatit B ile infekte kişilerde X geni, prekor/kor bölgelerindeki mutasyonların araştırılması
X gene, precore/core region mutations in persons with chronic hepatitis B(HBV) infection
Yazar: MERT AHMET KUŞKUCU
Danışman: PROF. DR. KEMAL ALTAŞ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2002
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Kronik Hepatit B İnfeksiyonlu Kişilerde Prekor/Kor Bölgelerindeki Mutasyonlarının Araştırılması X geni, prekor ve kor bölgeleri HBV'nin replikasyon hızını ve hepatit B ile kronik infeksiyonlu kişilerde HBe durumunun kontrolünde önemli bir rol oynarlar. Bu çalışmada, bu bölgelerdeki mutasyonlar ve HBV durumu ile HBV-DNA düzeyleri arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlandı. Bu amaçla Ocak 2002 ile Mayıs 2002 tarihleri arasında kantitatif HBV-DNA tayini için Anabilim Dalımıza, Cerahpaşa Tıp Fakültesi' nin çeşitli birimlerinden ve İstanbul Okmeydanı SSK Hastanesi 'nden gönderilen hastaların serum örnekeri bölünerek -80°C'de saklandı. 4'ü HBeAg negatif, HBV DNA düzeyleri yüksek(>500pg / mi); 6'sı HBeAg negatif HBV DNA düzeleri düşük (<500pg / mi), HBV DNA düzeyleri düşük ve yüksek HbeAg'si pozitif 5 'er hastadan oluşan toplam 20 hasta çalışmaya seçildi. HBV DNA düzeyleri Hybrid Capture (DIGENE Hybrid Capture System, HBV DNA Assay) kiti ile belirlendi. 1727-2385. arası nükleotidler arasında yer alan 659 baz çift uzunluğunda bir sekansın PCR ile amplifikasyonundan sonra 376 baz uzunluğundaki bir kısmının aynı birinci primer ve bir başka ters primer kullanılarak dizi analizi yapıldı. Dizi analizleri big Dye terminator kiti kullanılarak ABI 310 dizi analizi cihazında gerçekleştirildi. Dizi analizi verileri DNA Star paketinde yer alan Seq MANİİ programı ile analiz edildi. Çoğul eşleştirme ve karşılaştırmalar Bioedit programında yapıldı. Sonuçlarımıza göre HBeAg negatif hastalarda %2.15, HBeAg pozitif hastalarda da %1.22'lik nükleotid değişikliği vardı. Söz konusu nükleotid değişiklikleri sırasıyla 41 ve 12 amino asitte değişikliğe yol açmıştı. HBeAg negatif hastaların %60'ında prekor stop kodonu bulunurken HBeAg pozitif hastaların hiçbirinde prekor stop kodonuna rastlanmadı. Ek olarak preC mRNA transkripsiyonu ve HBV replikasyonu açısından kritik olan 1762-1768. nükleotidler arasındaki diziyi ilgilendiren nükleotid değişiklikleri sadece düşük viremili HBeAg negatif hastalarda saptandı. Diğer nükleotid değişiklikleri hastalar arasında özel bir dağılım kalıbı sergilemedi. Elde edilen sonuçlar Türkiye'nin bir başka bölgesi ve dünyanın başka bölgelerinde özellikle Akdeniz ülkelerinde yapılmış olanların sonuçlarıyla uyumludur. '.

Abstract:
X Gene, Precore and Core Region Mutations in Persons with Chronic Hepatitis B (HBV) Infection X gene, precore and core regions play a major role in the control of the replication rate of HBV and HBe status in persons with chronic HBV infection. In this study, we aimed to study the sequence polymorphism in these regions and to explore their relationship with Hbe status and HBV-DNA levels. For this purpose, between January 2002 and May 2002, serum samples of patients with chronic HBV infection who were referred to our department for quantitative HBV-DNA measurements were aliqoated and stored at -80° C. Twenty patients consisting of 4 HbeAg(-) patients with high (> 500 pg/ml) HBV-DNA levels, 6 HbeAg(-) patients with low (< 500 pg/ml) HBV-DNA levels, 5 HbeAg(+) patients with high and low HBV-DNA levels each were selected for study. HBV-DNA levels were determined with hybride capture (Digene Hybride Capture System, HBV DNA assay) assay. Following the amplification of 659 bp long sequence spanning between nucleotides (nt) 1727-2385, a 376 bp long part of it was sequenced bidirectionally using the forward primer and an another reverse primer (nt 2158-2128) as sequencing primers with big dye terminator kit and ABI 310 sequencer). Sequencing data were analysed on SeqManll of DNASTAR software package. Multiple alignments and comparison of the sequences were performed on BipEdit software program. Our results revealed that 2.15 % nt divergence in HBeAg(-) patients and 1.22 % in HBeAg(+) patients, corresponding to 41 and 12 amino acid changes, respectively. Sixty percent of HBeAg(-) patients harbored precore stop codone, whereas no precore stop codone formation was determined in HBeAg (+) patients. In addition nucleotide changes involving the sequence between 1762 and 1768 which are critical for the preC mRNA transcription and HBV replication were exclusively found in HBeAg(-) patients with low level viremia. Other nucleotide changes were evenly distributed among the patients. These results are in accordance with the results of the previous studies conducted in a different region of Turkey and in other countries, especially with those performed in mediterranean countries.