Yaş tayininde kullanılan DNA metilasyon belirteçlerinin yapay oluşturulmuş olay yeri kan örneklerinde uygulanabilirliği
Applicability of DNA methylation markers used in age determination in artificial constructed crime scene blood samples
Yazar: BÖRTE MÜGE ŞAŞMAZ
Danışman: DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa /  Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin: Adli genetik = Forensic genetics ; Epigenetik = Epigenetic

Özet:
Son zamanlarda birçok alanda kullanılan epigenetik mekanizmalardan biri DNA metilasyonudur. Adli araştırmalarda, DNA metilasyonu doku/hücre tipi tanımlaması, cinsiyet tayini, yaş tahmini ve monozigotik ikizlerin ayırt edilmesinde kullanılabilmektedir. Son yıllarda yaş tahminiyle ilgili çeşitli araştırmacılar tarafından farklı vücut dokularına özgü yaş tahmin panelleri geliştirilmiştir. Bu çalışmalarda geliştirilen panellerin genellikle farklı çevresel koşullarda çalışılarak olay yerinden gelen örneklerin profilleme başarısı test edilmektedir. Çünkü adli vakalarda toplanan biyolojik deliller genellikle eser miktarda, uzun süre beklemiş ve çeşitli çevresel faktörler nedeniyle bozunmuş DNA içerebilmektedir. 
Bu tez çalışmasında İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa-Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü AR-GE laboratuvarında geliştirilen 8 CpG bölgesini içeren yaş tahmin panelinin yaşı farklı 3 kişiden alınan kan örnekleri ile 3 farklı yüzeyde farklı sürelerde bekletilen örneklerdeki başarısı ve UV, ısı gibi çeşitli çevresel faktörlerin sınır aralıklarının bulunmasının yanında PCR inhibitörlerinin önemli konsantrasyon miktarları tespit edilmiştir. Tasarlanan tüm bu örnekler, geliştirilmiş olan 8 CpG bölgeli (ELOVL2, ASPA, TOM1L1, C1orf132, RASSF5, FHL2, CCDC102B ve cg07082267) yaş tayin modeli ile SNaPshot yöntemi kullanılarak metilasyon profilleri belirlenerek yaş tahmini yapılmıştır. 
Elde edilen sonuçlara göre 6 aya kadar farklı yüzeylerde beklemiş örneklerden yaş tahmin analizi yapılabildiği, 30 dakika UV'ye maruziyette bir örnek için lokus kayıpları görülmesinden kaynaklı yaş tahmini yapılamamasına rağmen diğer iki örnekte kayıp olmadığı için yaş tahmini yapıldığı, 60 dakika UV'ye maruziyette bir örnek hariç yaş tahmini yapılamadığı, 95 °C'ye 15 dakikalık maruziyette de lokus kayıpları nedeniyle yaş tahmini yapılamadığı görülmüştür. 4mM'dan 100mM'lık indigo konsantrasyonuna kadar çalışılan her konsantrasyonda yaş tahmini yapılırken, hümik asidin 125 ng/μL konsantrasyonu ve üstünde kosantrasyonlarda yaş tahmini yapılamamıştır. 100ng/µl hümik asit konsantrasyonunda ise sonuç alınmasına rağmen yaş tahminindeki sapma oranı yüksek olduğu için güvenilir bir sonuç alınamamıştır.
Sonuç olarak elde edilen veriler göz önüne alındığında 6 ay boyunca bekleyen örneklerden sonuç alınabilmektedir. İnhibitörlerin etkisine baktığımızda ise hümik asidin az miktardaki kosantrasyonları bile büyük etki gösterirken indigoda yüksek konsantrasyonlarda dahi sonuç alınabilmiştir. 95 °C'lik ısıya maruziyet ise yaş tahmin analizini UV'ye oranla daha fazla etkilemektedir. Farklı çevresel faktörler açısından daha kapsamlı bir çalışma yapılması gerektiği düşünülmektedir.

Abstract:
One of the epigenetic mechanisms that has been used in many fields recently is DNA methylation. In forensic research, DNA methylation can be used in tissue/cell type identification, gender determination, age estimation and discrimination of monozygotic twins. In recent years, age estimation panels specific to different body tissues have been developed by various researchers regarding age estimation. The panels developed in these studies are generally tested under different environmental conditions to test the profiling success of samples from the crime scene. Because biological evidence collected in forensic cases often contains trace amounts of DNA that has been stored for a long time and has been degraded due to various environmental factors.
In this thesis study, the success of the age estimation panel containing 8 CpG sites developed in the R&D laboratory of Istanbul University-Cerrahpaşa-Forensic Medicine and Forensic Sciences Institute on blood samples taken from 3 people of different ages and samples kept on 3 different surfaces for different periods of time and the success of various environmental factors such as UV and heat. In addition to finding limit ranges, significant concentrations of PCR inhibitors have been determined. The age of all these designed samples was estimated by determining their methylation profiles using the SNaPshot method with the developed age determination model with 8 CpG sites (ELOVL2, ASPA, TOM1L1, C1orf132, RASSF5, FHL2, CCDC102B and cg07082267).
According to the results obtained, age estimation analysis was performed on samples stored on different surfaces for up to 6 months. Although age estimation could not be made for one sample due to locus losses observed in 30 minutes of UV exposure, age estimation was made in the other two samples because there was no loss. It was observed that after 60 minutes of exposure to UV, age estimation could not be made except for a single sample, and after 15 minutes of exposure to 95 °C, age estimation could not be made due to locus losses. While age estimation was made at every concentration examined from 4 mM to 100 mM indigo concentration, age estimation could not be made at humic acid concentrations of 125 ng/μL and above. Although results were obtained at a humic acid concentration of 100ng/μl, a reliable result could not be obtained due to the high rate of deviation in age estimation.
Considering the data obtained, results can also be obtained from samples kept for 6 months. When we look at the effect of inhibitors, even small concentrations of humic acid have a great effect, while results can be obtained even at high concentrations of indigo. Exposure to 95 °C heat affects age estimation analysis more than UV. It is thought that a more comprehensive study should be conducted in terms of different environmental factors.