Morchellaceae üyelerini doğal olarak enfekte eden RNA mikovirüslerinin tanımlanması ve moleküler olarak nitelendirilmesi
Identification and molecular characterization of RNA mycoviruses naturally infecting members of Morchellaceae
Yazar: HATİCE SAİF
Danışman: PROF. DR. ILGAZ AKATA ; DOÇ. DR. ERGİN ŞAHİN
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: dsRNA = dsRNA

Özet:
Bu tez çalışmasında, Türkiye'nin farklı bölgelerinde yayılış gösteren Morchellaceae üyelerini enfekte eden mikovirüslerin tespit edilmesi, genom dizilerinin tüm veya tüme yakın halde belirlenmesi, moleküler özelliklerinin, biyoçeşitliliklerinin ve filogenetik özelliklerinin ortaya çıkartılması araştırılmıştır. Morchellaceae üyelerinin genomik DNA'ları CTAB yöntemi kullanılarak izole edilmiştir. ITS gen bölgelerini belirlemek amacıyla polimeraz zincir reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve sanger dideoksi zincir sonlanma yöntemi ile diziler elde edilmiştir. Sonrasında, diziler BLASTn ile analiz edilerek Morchellaceae üyelerinin moleküler tür teşhisleri gerçekleştirilmiştir. Fungus örneklerinden dsRNA ekstraksiyonu yapılarak virüs ile enfekte olmuş örnekler tespit edilmiş, cDNA'ya çevrilmiş ve rastgele polimeraz zincir reaksiyonu ile diziler çoğaltılmıştır. Yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak, enfekte örneklerdeki virüslerin dizileri elde edilmiştir. Virüs ile ilişkili dizilerin tüm genomunun elde edilmesi için RNA ligasyonu ve ardından RACE yöntemi uygulanmıştır. Biyoinformatik ve filogenetik olarak analiz edilen diziler sonucunda; Morchella sp.'yi enfekte eden bir yeni mikovirüsün tüm genomu ortaya çıkartılmıştır (Morchella mitovirus 1). Morchella mitovirus 1'in, 3167 nükleotitlik bir genom uzunluğuna sahip olduğu ve RNA'ya bağımlı bir RNA polimerazı (RdRp) kodlayan tek bir açık okuma çerçevesini (ORF) kapsadığı belirtilmiştir.

Abstract:
In this thesis, it was investigated to identify the mycoviruses infecting members of Morchellaceae distributed in different regions of Türkiye, to determine their complete or near-complete genome sequences, to reveal their molecular properties, biodiversity and phylogenetic characteristics. The genomic DNA of Morchellaceae members was isolated using the CTAB method. Polymerase chain reaction was performed to determine the ITS gene regions and sequences were obtained by Sanger dideoxy chain termination method. Subsequently, the sequences were analyzed by BLASTn, and molecular species identification of Morchellaceae members was performed. Virus-infected samples were identified by dsRNA extraction from fungal samples, translated into cDNA and sequences were amplified by random polymerase chain reaction. Sequences of viruses in infected samples were obtained using next generation sequencing. RNA ligation followed by the RACE method was applied to obtain the whole genome of virus-associated sequences. Bioinformatics and phylogenetic analysis of the sequences revealed the whole genome of a novel mycovirus infecting Morchella sp. (Morchella mitovirus 1). Morchella mitovirus 1 has a genome length of 3167 nucleotides and encompasses a single open reading frame (ORF) encoding an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp).