Kan kültürü ve kateter kan kültürlerinden izole edilen candıda albıcans izolatlarında EFG-1 geni varlığının biyofilm üretimi üzerine etkisi ve ekspresyon düzeylerinin real-time PCR ile araştırılması
The effect of the presence of EFG-1 gene on biofilm production in candida albicans isolats isolated from blood culture and catheter blood cultures and investigation of expression levels by real-time PCR
Yazar: MUHAMMET SAMET EMRE DAŞTAN
Danışman: PROF. DR. ASUMAN BİRİNCİ
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: Candida türlerinin çapları 3-5 µm, tomurcuklanarak üreyen maya mantarlarıdır. Candida'lar mukoza, deri ve gastrointestinal sistemin normal florasında bulunurlar. Doğumun hemen sonrasında mukozalarda kolonize olurlar, endojen enfeksiyonlar için risk yaratırlar. Çalışmamızda kan kültürü ve kateter kan kültürlerinden izole edilen Candida albicans suşlarının biyofilm oluşturma özellikleri ve bu suşlarda polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile EFG-1(Enhanced Filamentous Growth-1) geninin ekspresyon düzeyleri arasındaki ilişkinin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır.
GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmamızda, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına 01.01.2019-31.12.2022 tarihleri arasında gönderilen örneklerden izole edilen Candida albicans izolatları (n=60) kullanılmıştır. Kanlı agar ve Sabouraud Dextrose Agar (SDA)'a pasajlanarak elde edilen saf Candida albicans izolatlarında biyofilm oluşumunun tespiti mikrotitrasyon plak yöntemiyle yapılmıştır. EFG-1 geninin varlığının tespiti için real-time PCR yapılmıştır.
BULGULAR: Klinik örneklerden izole edilen Candida albicans izolatlarının (n=60) biyofilm oluşturma oranları %16,7 (n=10) bulunmuştur. Kateter kan kültüründen izole edilen suşların biyofilm oluşturma oranlarının (%20) kan kültüründen izole edilen suşların biyofilm oluşturma oranlarından (%13,4) yüksek olduğu bulunmuştur. Tüm izolatların (n=60) EFG-1 genine sahip olma oranları % 46,7 bulunmuştur. EFG-1 geniyle biyofilm oluşumu arasındaki ilişkiye bakıldığında çalışmamızda saptadığımız sonuçların istatistiksel olarak aradaki bu ilişkiyi açıklamadığı görülmektedir (p=1,00).
TARTIŞMA VE SONUÇ: EFG-1 geni biyofilm oluşturan ve oluşturmayan türlerde yüksek oranlarda tespit edilmiş olup; biyofilm oluşumu ile EFG-1 geni arasında anlamlı bir ilişki saptanmamıştır. Bu ilişkiyi değerlendirmek için başka çalışmaların yapılması gerekmektedir. Biyofilm oluşturan suşların tespiti ve bu mekanizmayı indükleyen genlerle transkripsiyon faktörlerini anlamak uygun antimikrobiyal tedavi gibi stratejik tedavi seçeneklerinin geliştirilebilmesine yardımcı olacaktır.

Abstract:
OBJECTIVE: Candida species are fungal microorganisms that are 3-5 µm in size, and reproduce through budding. Candida organisms are found in the normal flora of mucous membranes, skin, and the gastrointestinal system. They colonize mucosal surfaces shortly after birth, posing a risk for endogenous infections. Our study aims to investigate the biofilm-forming abilities of Candida albicans strains isolated from blood cultures and catheter blood cultures and to uncover the relationship between these strains' expression levels of the EFG-1 gene using polymerase chain reaction (PCR).
MATERIALS and METHODS: Candida albicans isolates (n=60) obtained from samples sent to the Ondokuz Mayıs University Hospital Medical Microbiology Laboratory between 01.01.2019 and 31.12.2022 were utilized. The detection of biofilm formation in pure Candida albicans isolates, which were subcultured on blood agar and Sabouraud Dextrose agar (SDA), was carried out using the microtiter plate method. Real-time PCR was performed to determine the presence of the EFG-1 gene.
RESULTS: The biofilm formation rate of Candida albicans isolates (n=60) obtained from clinical samples was found to be 16,7% (n=10). It was observed that the biofilm formation rate of isolates obtained from catheter blood cultures (20%) was higher than that of isolates from regular blood cultures (13,4%). The presence of the EFG-1 gene in all isolates (n=60) was determined to be 46,7%. When examining the relationship between the EFG-1 gene and biofilm formation, our study's results indicate that there is no statistically significant association between them (p=1.00).
CONCLUSION: The EFG-1 gene was detected at high rates in both biofilm-forming and non-biofilm-forming Candida species. However, a significant relationship between biofilm formation and the EFG-1 gene could not be established. To evaluate this relationship, further studies are required. Identifying biofilm-forming strains and understanding the transcription factors and genes that induce this mechanism will help in the development of strategic treatment options.