Ülkemiz kiraz üretim alanlarında görülen bazı virüs hastalıklarının araştırılması ve moleküler karakterizasyonu
Investigation and molecular characterization of some virus diseases in cherry production areas in Turkey
Yazar: SİNEM ERDOĞAN
Danışman: PROF. DR. FİLİZ ERTUNÇ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Kiraz = Cherry ; Türkiye = Türkiye ; Virüsler = Viruses

Özet:
Dünya'da kiraz (Prunus avium L.) yetiştiriciliğinde öncü olan ülkemiz kiraz ihracatında da söz sahibi ülkeler arasındadır. Bu tez kapsamında meyvecilik açısından oldukça önem taşıyan kiraz bitkilerinde enfeksiyonlara neden olan, meyvede kalite ve verim kaybına sebep olan viral etmenler araştırılmıştır. Bu bağlamda, 2019-2021 yılları arasında vejetasyon dönemleri boyunca başta Denizli ve Isparta olmak üzere Afyonkarahisar, Eskişehir, Bilecik, Tokat, Ankara ve Çankırı illerinden 116'sı kiraz, 13'ü vişne olmak üzere toplam 129 simptomatik ve asimptomatik bitki materyali toplanmıştır. Prune dwarf virus (PDV), Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV), Little cherry virus-1 (LChV-1), Little cherry virus-2 (LChV-2), Cherry green ring mottle virus (CGRMV), Cherry necrotic rusty mottle virus (CNRMV) ve Cherry rusty mottle-associated virus (CRMaV) etmenlerinin varlığını tespit etmek amacıyla türe spesifik primerler kullanarak RT-PCR çalışmaları yapılmıştır. Moleküler test sonuçlarına göre LChV-1 15 örnekte, PDV 11 örnekte, CGRMV 3 örnekte ve PNRSV 1 örnekte tespit edilmiştir. Bu örneklerden 3'ünde ise PDV ve LChV-1'in karışık enfeksiyon yaptığı belirlenmiştir. Pozitif sonuç elde edilen tüm örneklerin PCR ürünleri dizileme çalışmaları için kullanılmıştır. Nükleotit dizisi çıkarılan örneklerin benzerlik kontrolleri BLAST analizleri ile yapılmıştır. Bu çalışmada PDV'nin RNA3 bölgesinden elde edilen diziler, yakın ilişkili genbank izolatı ile %99.62-91.54 oranlarında nükleotit homolojisi göstermişlerdir. Benzer şekilde, parçalı LChV-1 replikaz gen bölgesi ise yakın ilişkili genbank izolatlar ile %96.69- 87.97 oranlarında nt benzerliği göstermiştir. Bu çalışmadan elde edilen parçalı CGMRV CP gen bölgesi ise diğer izolatlar ile %91.64-96.22 oranlarında nt benzerliği göstermiştir. Son olarak bu çalışma kapsamında elde edilen tek bir PNRSV izolatının parçalı RNA 4 bölgesinin ilgili parçası KY883335 erişim numaralı Avustralya izolatı ile %99.67 oranında dizi özdeşliği göstermiştir. İzolatların ilgili gen bölgesi dizileri NCBI'ya yüklendikten sonra erişim numaraları alınmıştır. İzolatların moleküler karakterizasyonlarını yapmak amacıyla filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmadan elde edilen PNRSV izolatları Çin ve Kanada, CGRMV izolatları Amerika, PDV izolatları Türkiye, Polonya ve Kanada, LChV-1 izolatları ise Türkiye ve Avustralya varyantları ile kümelenmiştir.

Abstract:
Our country, which is a pioneer in the cultivation of cherry plants (Prunus avium L.) in the world, is also among the countries which cherry exports. Within this thesis, viral factors that cause infections in cherry plants, which are very important in terms of fruit growing and cause quality and yield loss in cherry fruits, were investigated.  In this context, a total of 129 symptomatic and asymptomatic plant materials, including 116 cherries and 13 sour cherries, were collected from Afyonkarahisar, Eskişehir, Bilecik, Tokat, Ankara and Çankırı provinces, mainly Denizli and Isparta, during the vegetation periods between 2019-2021. RT-PCR studies were performed by species specific primers for the presence of Prune dwarf virus (PDV), Prunus necrotig ringspot virus (PNRSV), Little cherry virus-1 (LChV-1), Little cherry virus-2 (LChV-2), Cherry green ring mottle virus (CGRMV), Cherry necrotic rusty mottle virus (CNRMV), Cherry rusty mottle-associated virus (CRMaV) agents. According to the molecular test results, LChV-1 was detected in 15 samples, CGRMV in 3 samples and PNRSV in 1 samples. In 3 of these samples, mixed infection of PDV and LChV-1 was determined. PCR products of all samples with positive results were used for sequencing studies. The similarity checks of the nucleotide sequenced samples were made by BLAST analysis. In this study, sequences obtained from the RNA3 region of PDV showed %99.62-91.54 nucleotide homology with the closely related genbank isolate. Similarly, the fragmented LChV-1 replicase gene region showed %96.69-87.97 nt similarity with closely related genbank isolates. The fragmented CGMRV CP gene region obtained from this study showed %91.64-96.22 nt similarity with other isolates. Finally, the relevant fragment of the fragmented RNA 4 region of a single PNRSV isolate obtained within the scope of this study showed %99.67 sequence identity with the Australian isolate with accession number KY883335. Accession numbers were obtained after the relevant gene region sequences of the isolates were uploaded to NCBI. Phylogenetic analyzes were carried out to make molecular characterizations of the isolates. PNRSV isolates from China and Canada, CGRMV isolates from America, PDV isolates from Turkey, Poland and Canada, LChV-1 isolates from Turkey and Australia were clustered.