Premenopozal ve postmenopozal dönem meme kanser olgularında genomik varyasyon analizi
Genomic variation analysis in premenopausal and postmenopausal breast cancer cases
Yazar: İBRAHİM HALİL ERDOĞDU
Danışman: DOÇ. DR. DUYGU GÜREL
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Patoloji = Pathology ; Sağlık Eğitimi = Health Education

Özet:
Menopoz durumu meme kanserinin prognozunu ve sonuçlarını etkiler. Bu retrospektif çalışma, premenopozal ve postmenopozal yaşlarda moleküler varyasyon profillerinin farklı olacağı hipoteziyle meme kanseri hastalarında menopozal durumlarına göre moleküler varyasyon profili farklılıklarını ortaya koymayı amaçlamıştır. 
2018-2022 yılları arasında moleküler alt tipleme ve QIAseq İnsan Meme Kanseri NGS Panel taraması yapılan meme kanseri hastaları (n=254) retrospektif olarak değerlendirildi. Menopoz durumları yaşa göre tanımlandı ve 50 yaş ve üzeri olanlar postmenopozal olarak kabul edildi. Olguların %59'u menopoz öncesi, %41'i menopoz sonrası dönemdeydi. Tüm hastaların tanı anında ortalama yaşı 49 olup, menopoz öncesi ve menopoz sonrası gruplar için sırasıyla 42 ve 59'du. 
Premenopozal hastalarda meme kanseri alt tiplerindeki (lüminal A, lüminal B-HER2(-), lüminal B-HER2(+), HER2 pozitif ve triple negatif) hastaların yüzdesi %35, %8, %26, %11 ve %20 olarak belirlendi. Menopoz sonrası grupta bu değerler sırasıyla %39, %16, %25, %7 ve %13 idi (p > 0,05). Menopoz durumu dikkate alındığında premenopozal hastalarda hormon reseptörlerinin dağılımı ER(+)/PR(+) %64, ER(-)/PR(-) %23, ER(+)/PR(-) %11 ve ER(-)/PR(+) sırasıyla %2 iken, menopoz sonrası kadınlarda bu dağılımın sırasıyla %74, %24, %4 ve %0 olduğu görüldü (p=0,008).
En sık mutasyona uğrayan gen 130 hastada (%51) TP53 iken, bunu 85 hastada (%33) PIK3CA, 56 hastada (%22) BRCA2 ve NF1, 54 hastada (%21) PTEN ve 53 hastada (%21) ATR ve CHEK2 takip etti. TP53, PIK3CA, NF1, BRCA2, PTEN ve CHEK2 mutasyonları menopoz öncesi hastalarda daha sık görülürken, menopoz sonrası hastalarda TP53, PIK3CA, BRCA2, BRCA1 ve ATR mutasyonları daha sık görüldü. 
Bu bulgular, menopoz durumuyla ilgili olarak meme kanserinin altında yatan nedenlerin daha derinlemesine anlaşılmasına katkıda bulunmaktadır. Bu çalışma, meme kanseri hastalarının menopoz durumuna göre moleküler alt tiplemesini ve somatik mutasyon profillerini yansıtan Türkiye'deki ilk çalışmadır.
Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, yeni nesil dizileme, moleküler sınıflama, gen varyasyonu

Abstract:
Menopausal status affects the prognoses and consequences of breast cancer. Therefore,  this retrospective study aimed to reveal the molecular variation profile differences in breast can cer patients according to their menopausal status, with the hypothesis that the molecular varia tion profiles will be different at premenopausal and postmenopausal ages. 
Breast cancer history (n=254) performed by expert subtyping and QIAseq Human Breast Cancer NGS Panel between 2018 and 2022 was evaluated retrospectively. Menopausal problems were defined according to life, and those aged 50 and over were considered postmenopausal. 59% of the cases were pre-menopausal and 41% were post-menopausal. The mean age of all patients at diagnosis was 49 years, 42 and 59 years for the premenopausal and postmenopausal groups, respectively. 
The percentage of patients in premenopausal nutritional Meme kanseri subtypes (luminal A, luminal B-HER2(-), luminal B-HER2(+), HER2 positive, and triple negative) was determined as 35%, 8%, 26%, 11%, and 20%. In the postmenopausal group, these values were 39%, 16%, 25%, 7% and 13%, respectively (p > 0.05). Evaluation of menopausal status in the course of premenopausal growth hormones: ER(+)/PR(+) 64%, ER(-)/PR(-) 23%, ER(+)/PR(-) 11% and ER(-)/PR( +) was observed in 2%, post-menopausal developments and 74%, 24%, 4% and 0% in general, respectively (p=0.008). The most frequently mutated gene was TP53 in 130 patients (51%), followed  by PIK3CA in 85 patients (33%), BRCA2 and NF1 in 56 patients (22%), PTEN in 54 patients  (21%) and ATR and CHEK2 in 53 patients (21%). It was seen in 53 patients (21%). TP53, PIK3CA, NF1, BRCA2, PTEN and CHEK2 options were more common before menopause, while registered TP53, PIK3CA, BRCA2, BRCA1 and ATR members were more common after menopause. These findings contribute to a broader understanding of the underlying causes of breast cancer related to menopausal status. This study is the first in Turkey to monitor the maintenance subtyping and somatic compatible profiles of breast cancer patients according to menopause.

Keywords: Breast cancer, next generation sequencing, complementary classification, gene variants