Gram pozitif anaerop kokların antibiyotiklere duyarlılıklarının fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Phenotypic and genotypic antibiotic sensitivity investigation  of gram positive anaerobic cocci
Yazar: ÖNCÜ AKGÜL
Danışman: PROF. DR. NURVER ÜLGER
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Anaerobik bakteriler = Anaerobic bacteria ; Antibakteriyel ajanlar = Anti-bacterial agents ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Bakteriler = Bacteria ; Genler = Genes ; Gram pozitif bakteriler = Gram positive bacteria ; RNA = RNA ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Amaç: Gram pozitif anaerop koklar (GPAK'lar), anaerop enfeksiyonlarında ikinci sıklıkla izole edilen bakteridir. Çalışmalar sınırlı olmakla beraber, GPAK'ların antimikrobiyal ilaçlara direnç geliştirdiği bildirilmiştir. Patojenlerin antimikrobiyallere dirençli olması ve uygun olmayan antimikrobiyal ile tedavi olumsuz klinik sonuçlara yol açar. Bu nedenle merkezlerin, klinik öneme sahip anaerop  bakterilerin direnç eğilimlerini periyodik olarak izlenmeleri önerilmektedir. Çalışmamızda GPAC'ların antimikrobiyal duyarlılıklarını belirlemeyi amaçladık.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 2013-2015 yılları arasında Marmara Üniversitesi Hastanesi'nden izole edilen, tekrar etmeyen 100 patojen GPAC dahil edilmiştir. İzolatlar, geleneksel yöntemler, VITEK MS (v3.0) ve 16S rRNA gen dizilemesi ile tanımlanmıştır. Antimikrobiyal duyarlılık testi, CLSI klavuzuna göre agarda dilüsyon yöntemine göre gerçekleştirilmiştir. Penisilin, amoksisilin / klavülonik asit (AMC), sefoksitin, meropenem, klindamisin, eritromisin, tetrasiklin, tigesiklin, kloramfenikol, moksifloksasin ve metronidazol anti mikrobiyalleri çalışılmıştır.
Bulgular: Yüz izolatın 5 farklı GPAC cinsinden oluştuğu saptanmıştır; Finegoldia (%34), Parvomonas (%40), Peptoniphilus (%14), ve Peptostreptococcus (%10). Organizmaların tamamı metronidazole duyarlı bulunmuştur. İzolatların penisilin, AMC, sefoksitin, meropenem ve kloramfenikole oldukça duyarlı oldukları ve duyarlı olmama oranı %6'dan az bulunmuştur. Klindamisin, tetrasiklin ve moksifloksasine duyarlı olmayanların oranları ise sırasıyla %15, %31 ve %39 elde edilmiştir.
Sonuç: Bu çalışma, Türkiye'de bugüne kadar yapılmış olan GPAC konusunda en büyük duyarlılık çalışmalarından biridir. Sonuçlarımızın hastanemiz ve ülkemiz için de iyi bir sürveyans verisi olacağına inanıyoruz.

Abstract:
Objective: Gram positive anaerobic cocci (GPAC) are the second most frequently isolated bacterial in anaerobic infections. Although studies are limited, GPAC have been reported to develop resistance to antimicrobial drugs. The resistance of pathogens to antimicrobials and improper therapy cause poor clinical outcomes. Therefore, periodic monitoring the resistance trends of regional clinically important anaerobic bacteria is reccommended. In our study, we aimed to determine the antimicrobial susceptibility profiles of clinically important GPAC.
Material-Method: A total of 100 non-duplicated pathogenic GPAC isolates were collected from Marmara University Hospital between 2013 and 2015. The isolates were identified by using conventional methods, VITEK MS (v3.0) and 16S rRNA gene sequencing. Antimicrobial susceptibility test was carried out by the agar dilution method according to the CLSI guidelines. The following antimicrobials were tested: penicillin, amoxicillin/clavulonic acid (AMC), cefoxitin, meropenem, clindamycin, erythromycin, tetracycline, tigecycline, chloramphenicol, moxifloxacin and metronidazole. 
Results: The identification results showed that the collection of 100 strains consisted out of 5 different GPAC genus; Finegoldia (34%), Parvomonas (40%), Peptoniphilus (14%), and Peptostreptococcus (10%). All of the organisms were susceptible to metronidazole. The isolates were highly susceptible to penicillin, AMC, cefoxitin, meropenem and chloramphenicol, as their nonsusceptibility rates to these antimicrobials were lower than 6%. The nonsusceptibility rates to clindamycin, tetracycline and moxifloxacin were %15, %31 and %39, respectively.
Conclusions:
This study is one of the largest susceptibility studies specifically on GPAC carried out to date in Turkey. We believe that our results will provide good surveillance data for our hospital and our country, as well..