Akciğer kanseri hastalarında Likit Biyopsi yönteminin hastalık tanısı üzerine etkinliğinin araştırılması
Investigation of the efficacy of Liquid Biopsy method on the diagnosis of lung cancer patients
Yazar: MALİKE İNCE
Danışman: DOÇ. DR. NACİ ÇİNE ; DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Biyopsi = Biopsy ; DNA = DNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis teknikleri ve prosedürleri = Diagnostic techniques and procedures

Özet:
Amaç: Akciğer kanseri ülkemizde ve dünyada sık rastlanan bir kanser türüdür. Akciğer kanserinde biyopsinin yeri önemlidir. Doku biyopsisi yöntemleriyle elde edilen dokunun yeterli tümör hücresi içermeme olasılığı, tekrarının zorluğu yeni tanı yöntemlerine yöneltmektedir. Yeni nesil dizileme (NGS) tabanlı Likit biyopsi testi, periferik kanda serbest dolaşan DNA'dan (cfDNA) olası varyasyonları tanımlamayı sağlayan bir genetik tarama yöntemidir. Amacımız; yeni bir yöntem olan likit biyopsi testinin akciğer kanseri hastalarında tarama, tanı ve tedavi için büyük önem taşıyan tümör genetik özelliklerinin belirlenmesi ve bu testin tanı üzerine olan etkinliğinin araştırılmasıdır.
Yöntem: Çalışmamıza Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na 2018-2019 yılları arasında başvuran 50 akciğer kanseri hastası alınmıştır ve bu hastalara Likit biyopsi testi çalışılmıştır. Elde edilen veriler analiz programları ile analiz edilmiştir.
Bulgular: Likit biyopsi testi ve analizi sonucunda hastaların %48,8'inde EGFR ve TP53, %20,9'unda PIK3CA, %18,6'sında MET ve KRAS, %16,2'sinde ALK ve MAP2K1, %9,3'ünde BRAF, %6,9'unda NRAS, %2,3'ünde ROS1 genlerinde varyasyonlar saptanmıştır. EGFR, KRAS, NRAS ve BRAF genlerindeki bazı varyasyonlar ilaç ilişkili olarak değerlendirilmiştir.
Sonuç: Yapılan çalışma Likit biyopsi testi ile plazmada düşük oranda görülen mutasyonların saptanabilme kabiliyeti ve tümör genotipindeki değişikliklerin güncel durumunun izlenmesinde hasta bireylere avantaj sağlamaktadır. Ayrıca hedef gen paneli analizlerinin tedavide varyasyona yönelik ilaç önermede oldukça etkili bir yöntem olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
Objective: Lung cancer is a common cancer type in our country and in the world.The role of biopsy in lung cancer is important.The likelihood that tissue obtained by tissue biopsy methods does not contain enough tumor cells leads to new diognostic methods for  the difficulty of recurrence.The next generation sequencing (NGS) based Liquid biopsy test is a genetic screening method that allows to identify  possible variations of cell free circulating DNA(cfDNA) in peripheral blood.Our aim; the new method of liquid biopsy test is to determine the tumor genetic characteristics which are of great importance for screening, diagnosis and treatment in lung cancer patients and to investigate the effectiveness of this test on diagnosis.

Method: Fifty lung cancer patients who were admitted to Kocaeli University Medical Faculty Medical Genetics Depertmant between 2018¬¬¬-2019 were included in our study and Liquid biopsy tests were performed in these patients. The obtained data were analyzed with analysis programs.

Results: As a result of liquid biopsy testand analysis, 48,8% of the patients had EGFR and TP53, 20,9% had PIK3CA, 18,6% had MET and KRAS, 16,2% had ALK and MAP2K1, in 9,3% BRAF, in 6,9% NRAS and in 2,3%  ROS1 genes variations were found. Some variations in EGFR, KRAS, NRAS and BRAF genes were evaluated as drug-related.

Conclusion: The study provides an advantage to the patient individuals in monitoring the current status of the changes in tumor genotype and the ability to detect mutations in the plasma with a liquid biopsy test. In addition, it has been determined that target gene panel analysis is a highly effective method in drug prescription for variations.