Hıyarda kök-ur nematodlarına karşı moleküler markırların geliştirilmesi
Development of molecular markers for root-knot nematode resistance in cucumber
Yazar: ZÜBEYİR DEVRAN
Danışman: PROF.DR. İBRAHİM HALİL ELEKÇİOĞLU
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Ziraat = Agriculture

Özet:
ÖZDOKTORA TEZİHIYARDA KÖK-UR NEMATODLARINA KARŞI MOLEKÜLERMARKIRLARIN GELİŞTİRİLMESİZübeyir DEVRANÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİFEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜBİTKİ KORUMA ANABİLİM DALIDanışman : Prof. Dr. İbrahim Halil ELEKÇİOĞLUYıl : 2006, Sayfa : 116Jüri : Prof. Dr. İbrahim Halil ELEKÇİOĞLUProf. Dr. Namık Kemal KOÇProf. Dr. Hüseyin Avni ÖKTEMProf. Dr. Nebahat SARIYrd. Doç. Dr. Galip KAŞKAVALCIBu çalışmada Kök-ur nematodlarına (M. arenaria ırk 1 ve ırk 2; M. javanica; M. hapla)dayanıklı olan Lucia, Shelby ve Manteo rekombinant inbred hatları ile duyarlı olan Batem1 veBatem2 saf hatları melezlenerek F1 bitkileri, F1'ler de kendilenerek F2 bitkileri elde edilmiştir.Ebeveynler, F1 ve F2 bitkileri M. javanica ırk 1 ile test edilerek dayanıklı ve duyarlı bireylerbelirlenmiştir. M. javanica ırk 1 ile test edilen F2 bireylerinin 3:1 (3 duyarlı, 1 dayanıklı) açılımgösterdiği ve dayanıklılığın resesif tek gen tarafından kontrol edildiği belirlenmiştir.Dayanıklılık sağlayan mj genine bağlı moleküler markır geliştirmek için, RAPD (37 adetprimer), SCAR (14 adet primer), SSR (23 adet primer), AFLP (100 adet EcoRI-MseI primer) veSRAP (112 adet primer) markırları kullanılmıştır. 37 adet RAPD primerinden 11 tanesinden PCRürünü elde edilmemiş, 26 tanesinden ise PCR ürünü elde edilmiş fakat ebeveynler arasındapolimorfizm belirlenememiştir. 14 adet SCAR primerinden 7 tanesinden PCR ürünü elde edilmişancak ebeveynler arasında polimorfizm gözlemlenmemiştir. 23 adet SSR primeri kullanılmış vebunlardan bir tanesi ebeveynler arasında polimorfizm vermiş fakat mj geni ile bağlantılı olmadığıbelirlenmiştir. 100 adet AFLP primerinden 92 tanesinde PCR ürünü elde edilmiş ve bunlardan 2 taneprimer kombinasyonu (E-ATT/M-CAA ve E-AAC/M-CTG) mj genine bağlı olduğu belirlenmiştir. Buiki DNA bandı poliakrilamid jelden kesilmiş, klonlanmış ve dizilim analizi yapılmıştır. Dizilimanalizleri kullanılarak geliştirilen primerler dayanıklı ve duyarlı ebeveynlerde PCR yapılmış fakatebeveynler arasında polimorfizm görülmemiştir. E-ATT/M-CAA AFLP primer kombinasyonudayanıklı ve duyarlı ebeveynler arasında dizilim farklılığı vermiştir. Bu dizilim farklılığı herhangi birenzim tanıma bölgesine sahip olmadığından CAPS'a çevrilememiş ve ebeveynler birbirlerindenayrılamamıştır.AFLP markır sistemiyle geliştirilen hıyar genomuna ait 4 adet seçici primer (D1F, D1R,D17F, D17R) SRAP forward ve reverse primerleriyle birlikte PCR yapılarak ebeveynler arasındafarklılık araştırılmıştır. 11 adet primer kombinasyonu ebeveynler arasında polimorfizm vermiş olupbunlar F2 bireylerinde taranmıştır. MAPMAKER/EXP Version 3.0 programı kullanılarak yapılananalizde bunlar içerisinden iki tane markırın mj genine 16.3 cM ve 19.3 cM uzaklıkta olduğubelirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Hıyar, Meloidogyne javanica ırk 1, dayanıklılık, mj geni, moleküler markırlarI

Abstract:
ABSTRACTPhD THESISDEVELOPMENT OF MOLECULAR MARKERS FOR ROOT-KNOTNEMATODE RESISTANCE IN CUCUMBERZübeyir DEVRANDEPARTMENT OF PLANT PROTECTIONINSTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCESUNIVERSITY OF ÇUKUROVASupervisor : Prof. Dr. İbrahim Halil ELEKÇİOĞLUYear : 2006, Pages : 116Jury : Prof. Dr. İbrahim Halil ELEKÇİOĞLUProf. Dr. Namık Kemal KOÇProf. Dr. Hüseyin Avni ÖKTEMProf. Dr. Nebahat SARIAssist. Prof. Dr. Galip KAŞKAVALCIIn this study, segregating F2 populations were obtained from crosses of M. arenaria race 1,race 2, M. incognita, M. hapla resistant recombinat inbred lines Lucia, Shelby and Manteo withsusceptible lines Batem1 and Batem2. F2 indivuduals were phenotyped with M. javanica race 1 in atest including parents and F1 plants of the corresponding crosses. Resistance segregated 1:3 in F2populations, indicating the presence of an recessive resistance gene.In order to determine molecular markers linked to mj gene, 37 RAPD, 14 SCAR, 23 SSR,100 AFLP (EcoRI-MSeI) and 112 SRAP were used to screen the parents for polymorphism. 26 of the37 RAPD resulted with amplification product but none were polymorphic. Smilarity, 7 of the 14SCAR gave bands but none were polymorphic. 23 SSR primers with known map locations were usedto scren parents. Only one gave polymorphism but it was not linked to mj gene. Of the 100 AFLPprimers, 92 produced bands and two yielded candidate markers (E-ATT/M-CAA ve E-AAC/M-CTG)linked to mj gene. These two bands were cut of polyacrylimide gel, cloned and sequence analysed.Primers designed from the sequences did not yield polymorphic bands between parents. In addition,the sequences did not contain any restriction site which could have been used to convert them toCAPS markers.The two sequences obtained from AFLP polymorphic marker were used premiarly to designD1F, D1R, D17F and D17R primers. SRAP forward and reverse primers were used in combinationwith these four spesific primers to search for polymorphism between parents. Of the 112 primercombination 11 yielded polymorphism between parents and F2 individuals were screened with thesemarkers. MapMaker Exp 3.0 software was used to analyze the 11 markers. Two markers linked to mjgene 16.3 cM and 19.3 cM..KeyWords: Cucumber, Meloidogyne javanica race 1, resistance, mj gene, molecular markersII