Farklı hasta gruplarında sitomegalovirus genotiplerininin araştırılması
Investigation of distribution of CMV genotypes in different patient groups
Yazar: NARGIZ IMAMOVA
Danışman: PROF. DR. KENAN MİDİLLİ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Genotip = Genotype ; Glikoproteinler = Glycoproteins ; Hastalar = Patients ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sitomegalovirüs = Cytomegalovirus ; Sitomegalovirüs enfeksiyonları = Cytomegalovirus infections

Özet:
Çalışmamızda farklı hasta gruplarından elde edilen farklı klinik örneklerde CMV glikoprotein B (gB) genotiplerinin araştırılması amaçlandı. 
Çalışmaya İstanbul Üniverstesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi'nin poliklinik ve servislerinde takip edilen ve CMV DNA'sı pozitif bulunan 46 hasta dahil edildi (21 kadın, 25 erkek; yaş aralığı 0-71, yaş ortalaması 34,29±20,22). Hastalara ait 49 örnekte CMV gB genotipleri çalışıldı. Hastalar transplant alıcıları, konjenital infeksiyon ve "diğer" olmak üzere üç ana gruba ayrıldı.
Genotiplendirme işleminde gB bölgesine ait PCR ürünlerinin DNA dizileri kullanıldı. 
 Klinik örneklerin 25'inde gB1 (%51,03), 14'ünde gB2 (%28,57), 5'inde gB3 (%10,2) ve 5'inde gB4 (%10,2) bulundu. Karışık genotip saptanmadı. 
Örnek türlerine göre genotip dağılımında istatiksel açıdan anlamlı bir fark bulunamadı (p>0,05). Hasta tanı gruplarına göre genotip dağılımı; transplant alıcılarında (KİT+SOT) (n=23) gB1 %30,5, gB2 %39,1, gB3 %13, gB4 %17,4, konjenital CMV tanı grubunda (n=9) gB1 %66,7, gB2 %22,2, gB3 %11,1, gB4 %0 ve "diğer" hasta grubunda (n=17) gB1 %70,6, gB2 %17,6, gB3 %5,9, gB4 %5,9 olarak saptandı. Genotip dağılımı transplant alıcıları ile konjenital infeksiyon tanı  grubu arasında  istatiksel açıdan farklı değildi. gB1 "diğer" hasta grubunda transplantasyon alıcılarına kıyasla anlamlı derecede daha yüksekti (sırası ile %70,59'a karşın %30,43, p=0,02).                 
Çalışmaya dahil edilen hastalarda en sık genotip gB1 saptandı. Hastalardan birinde ilk gelen örnekte gB1 saptanırken, ikinci örnekte gB2 bulundu. Bu durum farklı genotip ile reinfeksiyon oluşabileceğini göstermektedir.
Elde edilen sonuçlar, gB proteinin immunolojik yanıt açısından baskın rolünden dolayı gB genotiplerinin immunopatogenez ve klinik seyir üzerinde belirleyici bir role sahip olabileceğini ve konağın bağışıklık sisteminin durumuna bağlı olarak farklı dağılımlar gösterebileceğini düşündürmektedir.

Abstract:
The aim of our study was to investigate the CMV glycoprotein B (gB) genotypes in different clinical samples of different patient groups. 
Forty six patients (21 female, 25 male, aged between 0-71, mean age 34,29±20,22). who were referred to our laboratory from different clinics of Cerrahpaşa Medical Faculty of Istanbul University and found positive for CMV DNA were included to the study. CMV genotypes were determined in total 49 samples of 46 patients. Patients were categorised into three groups as transplant recipients, congenital infection and others.  
Genotyping was based on sequencing of partial sequencing of gB gene region. gB1 (51.03%) was found in 25 clinical samples;  gB2 (28.57%) in 14,  gB3 (10.2%) in 5 and gB4 (10.2%) in 5. No mixed genotype was found in any sample.
The distribution of CMV genotypes according to sample types was not different. The distribution of CMV genotypes according to patient diagnosis groups was as following: in transplant recipients (n=23) gB1 30.5%, gB2 39.1%, gB3 13%, gB4 17.4%, in congenital infection group (n=9) gB1 66.7%, gB2 22.2%, gB3 11.1%, gB4 0% and in "others" group (n=17) gB1 70.6%, gB2 17.6%, gB3 5.9%, gB4 5.9%. The distribution of genotypes in transplant recipients and congenital infection groups were similar but gB1 was a significantly more prevalent in "others" group compared to transplant recipients (70.59% vs.30.43% , respectively, p=0.02).
gB1 was the most frequently genotype. Two samples from the same patient obtained in different occasions harbored genotype gB1 and gB2 suggesting reinfection.
Considering the dominant role of gB protein regarding the host immune response, our results support that the gB genotypes may be critical in immunopathogenesis and clinical course of infection and may differently distributed in different patient groups according to the immune status of the host.