Aksolot kol rejenerasyonunda fungus ve bakteri profillerinin boylamsal değişimlerinin incelenmesi
Investigation of longitary changes of fungus and bacteria profiles in axolotl arm regeneration
Yazar: KEVSER HANNE ALTIN
Danışman: PROF. DR. SÜLEYMAN YILDIRIM
İstanbul Medipol Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Aksolotl = Ambystoma mexicanum ; Bakteriler = Bacteria ; Dizi analizi-RNA = Sequence analysis-RNA ; Mikrobiyota = Microbiota ; Profil belirleme = Profile evaluation ; RNA = RNA

Özet:
Amfibiler sınıfında bulunan omurgalılar rejenerasyon mekanizmasına sahiptirler. Fakat amfibilerden urodole grubunda semender ailesinde yer alan aksolotlar, amfibi sınıfında ki diğer omurgalı canlılar arasında yüksek rejenerasyon kapasitesine sahip olan tek canlıdır. Günümüzde yapılan araştırmalarla, Aksolotlardaki bu yüksek rejenerasyon mekanizması derinlemesine araştırılıp, gözlemledikleri mekanizmayı memelilerdeki rejenerasyon mekanizmasıyla bağdaştırıp, gelecekte buldukları verilerle insanlardaki uzuv hasarını azaltmayı hedeflemişlerdir.  Rejenerasyon mekanizmasını anlama adına birçok araştırma yapılmasına rağmen, günümüzde araştırmacıların odak noktası olan mikrobiyota ile kaynak yeteri kadar yoktur. Mikrobiyota konak ile birlikte yaşayan, çeşitli mekanizmalarla konak ile etkileşim halinde olan fungus, protozoa, virüs ve bakteri türlerini içeren kommensal mikroorganizma topluluğudur. Yapılan araştırmalar sonucu, aksolotl uzuv rejenerasyon sürecinde baskın olarak Bacterioidetes, Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria ve Verrucomicrobia bakteri filum profili gözlenmektedir. Ampütasyon sonrası uzuv rejenrasyon sürecinde ki fungal mikrobiyota topluluk profili halen bilinmemektedir. Bu nedenle, bu çalışmada ampütasyon sonrası, blastema öncesi sürecinden blastema oluşumu evresinin sonlarına kadar görülen mikobiyom topluluğu internal ara bölge (ITS) dizinleme yöntemiyle analiz edildi. Çıkan sonuçlara göre deney gruplarından elde edilen fungal topluluklar üç ana filum olan Ascomycota, Basidiomycota ve Zygomcyota gözlendi

Anahtar Kelimeler: Blastema, ITS, 16S rRNA, Mikobiyom, Mikrobiyota

Abstract:
Vertebrates in the class of amphibians have a regeneration mechanism. Axolotls in the urodole group have high regeneration capacity among other vertebrates in the amphibian class. This high regeneration mechanism has been investigated. Researchers aimed to reduce limb damage in humans by using this mechanisim. Although a lot of research has been done to understand the regeneration mechanism, there is not enough resource with microbiota. Microbiota is a community of commensal microorganisms, including fungi, protozoa, viruses and bacteria that live with the host and interact with the host through various mechanisms. Although the profile of bacterial microbiota on axolotl's limb during regeneration has been investigated, composition of fungal microbiota on regeneration is still unknown. As a result of research, Bacterioidetes, Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria and Verrucomicrobia bacterial phylum profile are observed predominantly during axolotl limb regeneration process. In this research, after limb amputation samples are taken from pre-blastema and during blastema formation process. Community of mycobioma is analyzed by ITS sequencing method. According to the results, three main phyla Ascomycota, Basidiomycota and Zygomcyota were observed.

Key Words: Blastema, ITS sequencing, 16S rRNA, Mycobiome, Microbiota