Kadın doğum kliniğine herhangi bir nedenle başvuran kadınlardan istenen vajinal kültür örneklerinde B grubu streptokokların PCR ve kültür yöntemleri ile araştırılması ve genotiplendirilmesi
Genotyping and investigation of group B streptococci by PCR and culture methods in vaginal culture samples requested from women admitted to clinic of gynecology and obstetrics by any reason
Yazar: FEYZA ALP
Danışman: PROF. DR. DUYGU FINDIK
Selçuk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Aglütinasyon = Agglutination ; Aglütinasyon testleri = Agglutination tests ; Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Koloni sayısı-mikrobiyal = Colony count-microbial ; PCR =  ; Streptococcus = Streptococcus

Özet:
Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi (SÜTF) Hastanesi Kadın Doğum Kliniğine 2012-2013 yıllarında başvuran 15-45 yaş arası, 215 gebe ve 285 gebe olmayan 500 kadının rektovajinal sürüntü örneği SÜTF Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda çalışılmıştır. Alınan örneklerin LIM sıvı besiyerinde (Becton Dickinson, USA) 16-24 saatlik inkübasyonundan sonra chromID Strepto B agar  (Biomerieux, Fransa) plaklarına subkültürleri yapılarak CAMP ve lateks aglütinasyon (SLIDEX, Biomerieux) testleri ile GBS olarak doğrulanmıştır. Ayrıca tüm örneklere direkt LIM sıvı besiyerinden PZR (Nanohelix, Güney Kore)  ve lateks aglütinasyon (SLIDEX, Biomerieux) testi yapılmıştır. Kültürden izole edilen GBS'lere CLSI önerileri doğrultusunda antibiyotik duyarlılık testi ve klonal ilşki araştırmak için PFGE çalışılmıştır.
Çalışmaya alınan 500 kadından 21'i (%9.76) gebe, 47'si (% 17.19) gebe olmayan toplam 68 kadında (%13.6) GBS kolonizasyonu saptanmıştır. İstatiksel olarak gebe ve gebe olmayan kadınlar arasında anlamlı fark gözlenmiştir (p=0.03). GBS kolonizasyonu ile gebelik yaşı, gebelik sayısı ve haftası, doğum sayısı, RİA varlığı, menstruasyon dönemi arasında anlamlı bir ilişki bulunamamış, EMR öyküsü ile GBS sıklığı arasında ise anlamlı bir ilişki bulunmuştur (p=0.022). Kültürde 500 örneğin 65'inde (%13) GBS pozitifliği saptanmış, kültürün duyarlılılığı %95.6, özgüllüğü %100, PPD %100 ve NPD % 99.3 olarak belirlenmiştir. LIM sıvı besiyerinden yapılan lateks aglütinasyon testi ile 500 örneğin 70'inde (%14) ve PCR ile 62'sinde (%12.4) GBS pozitifliği saptanmıştır. Lateks aglütinasyon testinin duyarlılığı %100, özgüllüğü %99.5, PPD ve NPD değerleri ise %97.1ve %100 olarak, PCR'ın duyarlılığı %91.2, özgüllüğü %98.6, PPD ve NPD değerleri ise %100 ve %98.9 olarak hesaplanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testinde penisilin, seftriakson, linezolid ve vankomisine direnç saptanmazken tetrasikline ise %oranında direnç gözlenmiştir. Çalışmada üretilen 63 suşun PFGE analizinde 13 farklı pulsotip belirlenmiştir. PT4'de on izolat, PT6'da ise altı izolat yer almıştır. 63 GBS'nin 46'sı 13 pulsotipin herhangi birinde yer alırken, 17'si ise sporadik suş olarak tanımlanmıştır. 
Çalışmadan elde edilen veriler ışığında GBS kolonizasyonunu göstermede LIM sıvı besiyerinden GBS grup lateks aglütinasyon testi konvansiyonel kültür yöntemlerine göre daha kısa zamanda ve yüksek duyarlılıkta sonuç vermekte fakat yalancı pozitifliğe neden olmaktadır. PZR testi hızlı olmasına karşın pahalıdır ve deneyimli eleman gerektirmektedir. Kültür zaman alıcı olmasına rağmen, antibiyotik duyarlılık testi ve genotiplendirme gibi diğer testlerin uygulanması için gereklidir. GBS'lerin gebelerde 35-37'inci gebelik haftalarında rektovajinal olarak taranması ve en kısa sürede kolonizasyonun saptanması ülkemizde yenidoğanlarda GBS'ye bağlı hastalık ve ölüm oranlarını azaltacağı düşünülmüş, profilaksi uygulama programını belirleyen ulusal kılavuzların ivedilikle hazırlanmasının gerekliliği anlaşılmıştır.

Abstract:
A total of 500 rectovaginal swab samples obtained from 215 pregnant and 285 nonpregnant women, aged between 15-45, applied to the Clinic of Obstetrics and Gynecolgy, Selcuk University, Faculty of Medicine in 2012-2013 were studied in Microbiology Laboratory.  The samples taken from were incubated in the LIM broth (Becton, Dickinson, USA) over night and then they were subcultered on the chromID Strepto B agar medium (Biomerieux France) after incubation. The GBS positivity was confirmed by using CAMP and latex agglutination tests (Slidex, Biomerius). PCR (NAnohelix, South Korea) and latex agglutination ( Slidex, Biomerieux) assays were carried  out for all LIM broths. Antimicrobial susceptibility testing for all GBS isolates is carried out by using instructions of CLSI. PFGE is used to characterize clonal relationship among GBS isolates.

In the study, colonization with GBS were detected in 68 women (13.6%, 68/500), of which 21 (9.76%) were pregnant and 47 (17.19%) were nonpregnant. A statistically significant difference was observed between pregnant and non-pregnant women (p <0.05). No signifigant relationship between GBS colonization rate and age of pregnant women, gravidity, gestational age, parity, IUD, and menstrual period was found. On the otherhand there was a significant relationship between GBS colonization and EMR (p=0.022). Sixty five GBS isolates grew on 500 samples (13%) by cultivation technique. Sensitivity of cultivation was found as 95.6%, while sensitivity, PPD and NPD were 100%, 100%, 99.3% respectively. Latex agglutination test positivity of Lim broths for GBS  was 70 (14%) and PCR positivity for GBS was 62 (12.4%). Sensitivity of latex agglutination test was 100%, its specificity was 99.5%, PPV and NPV values were 97.1%and 100% respectively. The sensitivity of PCR was 91.2%,and its specificity was 98.6%. PPV and NPV values were 100% and 98.9%, respectively. While all strains were susceptible to penicillin, ceftriaxone, linezolid and vancomycin, 87.3% of strains were resistant to tetracycline. Thirteen different pulso-types (PT) were determined in the PFGE study of 63 strains isolated. There was 10 isolates in PT4 and 6 isolates in PT6. Fourty six isolates out of 63 were included in any group of 13 PTs and the other 17 were identified as sporadic strains.	In the light of the data obtained from the study, GBS latex agglutination test of LIM broth media was found faster and more sensitive than cultivation method to demonstrate GBS colonization. However it could cause false positives. The PCR assay, while being fast, seems to be disadvantageous in being costly and requires experienced staff. Although the cultivation method is time consuming, it is necessary for performing antimicrobial susceptibility testing and  other assays like genotyping. It is thought that rectovaginal screening of GBS in pregnant women at 35th-37th weeks of gestation and determination of colonization as soon as possible will reduce neonatal GBS infections and mortality rates in Turkey. The need for an immediate preparation of national guidelines for prophylaxis application program is now well understood.