Bazı turunçgil anaçlarında kuraklık ile ilişkili bazı hareketli genetik elementlerin (Transpozon) aktivitelerinin karşılaştırılması
Comparison of the activities of some mobile genetic elements (Transposon) associated with drought in some citrus rootstocks
Yazar: MUHAMMET MUSTAFA SEZER
Danışman: PROF. DR. YILDIZ KAÇAR
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Turunçgiller, Rutaceae familyasının ticari olarak önemli bir cinsidir ve Dünyada yaygın olarak yetiştirilen meyve grubudur. Dünyada tarım alanlarına etki eden stres faktörleri göz önüne alındığında kuraklık stresi etki ettiği alan bakımından %26'lık payla en büyük orana sahiptir. Bu durumda kuraklığa dayanıklı genotiplerin geliştirilmesi oldukça önem kazanmaktadır.
	Transpozonlarca zengin turunçgil bitkilerinde transpozon çalışmaları önem kazanmıştır. Transpozonların, bitki genomlarının ortak bileşenleri olduğunu, transkripsiyon ve entegresyon seviyelerinde işlevsellik gösterdiklerini, transpozonların miktar ve transpoze etme yetenekleri onları potansiyel markör haline getirmiştir. Ayrıca transpozonlar zengin bir polimorfizm kaynağı olarak da hizmet ederler. Bu çalışmada; ilk defa Cs18SrR, Cs_Pol-1, CsCLCoy_1, CsCc1-8, Retro_Cc1_32, Sire_Cc1, Sire_Cc1_74 ve Sire_Cc1_83 transpozonlar, kuraklık stresi altında, turunçgil anaçları olarak kullanılan Tuzcu 31-31 turuncu, Kleopatra mandarin, Makrofilla ve Kaba limon turunçgil anaçlarında çalışılmıştır. İncelenen genotiplerin kök ve yaprak dokularından örnek alınmıştır. Kuraklık stresi uygulanmış 4 farklı anaç genotipinden gen fonksiyonu ve genom üzerinde önemli etkileri bulunan bazı transpozon genlerinin ifade seviyeleri eşzamanlı PCR ile ölçülmüştür.
	Sonuç olarak, bu tez çalışması ile kuraklık stresi altındaki bazı turunçgillerin geliştirdiği moleküler düzeyde değişimleri ile ilgili literatüre yeni bilgiler kazandırılmıştır. Elde edilen sonuçlarla, genotipler arasında kullanılan retrotranspozonların gen ekspresyon seviyeleri tartışılmıştır.

Abstract:
Citrus is a commercially important genus of the Rutaceae family and is a widely grown fruit group in the world. Considering the agricultural land used in the world, drought stress has the highest rate of 26% among the stress factors. In this case, it is very important to develop drought-resistant genotypes.
Transposon studies have gained importance in citrus plants rich in transposons. Transposons are common components of plant genomes, functioning at transcription and integration levels, and their quantification and transposing abilities make them potential markers. Transposons also serve as a rich source of polymorphism. In this study, Cs18SrR, Cs_Pol-1, CsCLCoy_1, CsCc1-8, Retro_Cc1_32, Sire_Cc1, Sire_Cc1_74 and Sire_Cc1_83 transposons were studied for the first time under drought stress, Tuzcu 31-31, Cleopatra mandarin, Macrophylla and Rough Limon used as citrus rootstocks plants were studied. Samples were taken from the root and leaf tissues of the examined genotypes. Expression levels of some transposon genes, which have important effects on gene function and genome, were measured by real-time PCR in different 4 rootstock genotypes that were subjected to drought stress.
As a result, with this thesis study, new information has been brought to the literature about the changes at the molecular level developed by some citrus fruits under drought stress. With the results obtained, the gene expression levels of the retrotransposons used between genotypes are discussed.