Solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan Mycoplasma pneumoniae türlerinin moleküler olarak belirlemesi
Molecular determination of Mycoplasma pneumoniae species caused by respiratory tract infections
Yazar: NAHD SHAREEF MADHLOOM MADHLOOM
Danışman: PROF. DR. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Hücre kültür teknikleri = Cell culture techniques ; Kültür teknikleri = Culture techniques ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Seroloji = Serology

Özet:
Mycoplasma pneumoniae toplum kökenli pnömoni vakalarının %10 ila %20'sinden sorumlu olup akut astım alevlenmeleri ile ilişkilendirilmiştir. Mycoplasma pneumoniae enfeksiyonunu tespit etmek amacıyla 16S rDNA bazlı polimeraz zincir reaksiyonunun (PCR) kullanımı araştırılmıştır. Çalışmamızda, yaşları 20 ile 70 arasında değişen, solunum yolu hastalığı ve pnömoni kanıtı olan 57 erkek ve 43 kadın olmak üzere 100 hastadan alınan balgam örnekleri PCR ile analiz edilmiştir. Aynı şekilde, kontrol grubunun %40'ini oluşturan 16 kadın ve toplam kontrol grubunun %60'sini oluşturan 24 erkek olmak üzere toplam 40 sağlıklı bireyden alınan balgam örnekleri de 20 ila 70 yaş aralığında olmuştur. Bu araştırmanın sonucunda klinik olarak solunum yolu enfeksiyonu teşhisi konan 100 hastadan 26'sı (%100) yani 26 hastadan 16'sı (%61,54) erkek ve 26 (%100) hastadan 10'u (%38,46) kadın olmak üzere Mycoplasma pneumoniae enfeksiyonu için pozitif sonuç göstermiştir. Başarılı bir singleplex PCR reaksiyonunda, jel elektroforezi üzerine 277 bp moleküler ağırlıklı 16S rDNA ürünü gözlenmiş olup, bandının 100 bp DNA merdiveninin 200-300 bp bantları arasında yer alması bu genin varlığını göstermektedir. Oysa ki, İnsan beta-globin geni, numune kalitesinin ve nükleik asit ekstraksiyonunun yanı sıra amplifikasyon işlemlerinin değerlendirilmesini sağlamak amacıyla iç kontrol olarak dahil edilmiştir. Elde ettiğimiz sonuçlar, farklı pnömoni vakaları ile ilişkili Mycoplasma pneumoniae tespiti için singleplex PCR tekniği ile 16S rDNA kullanımının uygun ve hızlı bir yöntem olduğunu göstermektedir.

Abstract:
Mycoplasma pneumoniae is responsible for 10 to 20% of community-acquired pneumonia cases and has been associated with acute asthma exacerbations. The use of a 16S rDNA- based polymerase chain reaction (PCR) for the detection of Mycoplasma pneumoniae infection was investigated. In our study, sputum samples from 100 patients divided into 57 male and 43 female their age's ranges from 20-70 years old, with respiratory illness and evidence of pneumonia were analyzed by PCR . Sputum samples from 40 healthy individuals that distributed into 16 females which formed 40% and 24 males which formed 60% from the total number of control group also their age's ranges from 20-70 years old. Result 26 out of 100 patients clinically diagnosed with respiratory tract infections were showed positive results for Mycoplasma pneumoniae infection included 16(61,54%) males out of 26(100%) patients, and 10(38.46%) females out of 26(100%) patients. In successful singleplex PCR reaction, the 16S rDNA product of 277 bp molecular weight was observed, upon gel electrophoresis, its band was located between 200-300 bp bands of the 100 bp DNA ladder indicating the presence of this gene. Human betaglobin gene was included as an internal control to allow assessment of the specimen quality and the nucleic acid extraction as well as the amplification processes. Our results indicate that the use of 16S rDNA by singleplex PCR technique suitable and rapid method for detection of Mycoplasma pneumoniae associated with different pneumonia cases.