Üriner sistem enfeksiyonu olan ıraklı hastalardan üropatojenik escherichia coli'de (UPEC) sitotoksik nekrotizan faktör, kolibaktin, sitoletal distansiyon toksinin moleküler analizi
Molecular analysis of citotoxic necrotizing factor, colibactin, cytoletal distension toxin in uropatogenic escheri̇chia coli (UPEC) from iraqi patients with urinary system infection
Yazar: HIBA NASER ALI ALSAHO
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKER ŞİMŞEK
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışma, hemolizin aktivitesi olan Üropatojenik Escherichia Coli (UPEC) izolatlarında virülans toksin genlerinin (cnf1, clb ve cdt) dağılımını belirlemeyi amaçladı. Ek olarak, hemolizin aktivitesi ve sitotoksik nekrotizan faktör ile UPEC izolatında düzenleyici küçük RNA, RfaH'nin ekspresyon seviyesinin araştırılması hedeflendi. Farklı yaşlarda idrar yolu enfeksiyonu (İYE) şüphesi olan erkek, kadın ve çocuk hastalardan idrar örnekleri (248) toplandı. Bu örneklerin farklı bakteriyolojik besiyerlerinde kültürlenmesinden sonra, 93 (%37,5) örneğin E. coli ile enfekte olduğu ve 91 (%36,69) örnekte üreme olmadığı, 157 örneğin patojenik bakteri ile enfekte olduğu tespit edildi. Risk faktörü olarak cinsiyete göre kadınlarda (%70,97) erkeklere göre (%29,03) İYE insidansının anlamlı farklılık (16,35, p≤ 0,0001) olduğu bulundu. Yaşa göre ise yetişkinlerin (%75,27) İYE'lere çocuklara (%24,7) göre daha duyarlı oldukları ve anlamlı farklılıklarla (23,75, p≤0.0001) bulundu. UPEC izolatlarının hemolizin üretimi incelendi. Sonuçlar E.coli izolatlarının (%5,1) izolatlarının (H22, H33, H40, H48 ve H53) insan kanlı agar üzerinde hemolizin üretildiğini gösterdi. UPEC izolatları, ampisilin ve amoksisilin/klavulanik aside yüksek direnç (%100) ve siprofloksasine duyarlı (%91) idi. Beş Hemolitin Üreten UPEC izolatında cnf 1, cdtIII ve clbA dâhil olmak üzere virülans genlerinin prevalansı PCR ile tespit edildi. Bu izolatlardan dördü arasında (H22, H40, H48 ve H53) toksin kodlayan genleri (cnf 1 ve clbA) yüksek frekansta (%100) barındırdığı, bir izolatın ( H33) her iki gen için de negatif olduğu, cnf1 ve cnf1 olduğu belirtilmiştir. clbA, beş izolatın hepsinde cdtIII geni yoktu. Ayrıca, hemolizin aktivitesine ve sitotoksik nekrotizan faktöre sahip UPEC izolatlarında düzenleyici küçük RNA, RfaH'nin ekspresyon düzeyi RT-qPCR kullanılarak araştırıldı. Hly ve cnf1 genlerinin ekspresyonu, RfaH geni ile korele edildi; katlama değeri sırasıyla 2,51, 5,89 ve 4,19 idi.

Abstract:
This study was aimed at determining the distribution of virulence toxin genes (cnf1, clb, and cdt) in UPEC isolates with hemolysin activity. In addition, investigating the expression level of regulatory small RNA, RfaH, in UPEC isolate with hemolysin activity and cytotoxic necrotizing factor. Urine samples (248) were collected from male, female, and children patients suspected of urinary tract infections (UTIs) at different ages. After culturing these samples on different bacteriological media, it was found that 157 samples were infected with pathogenic bacteria in which 93 (37.5%) samples were infected with E. coli, and 91(36.69 %) samples had no growth. According to the gender as risk factors, it was found UTIs are more incidences in females (70.97%) than males (29.03%) with significant differences (16.35, p≤ 0.0001). However, according to the age it was found adults were more susceptible (75.27%) to UTIs than children (24.7%), with significant differences (23.75, p≤0.0001). The hemolysin production of UPEC isolates was examined, results indicated that (5.1%) isolates (H22, H33, H40, H48, and H53) of E.coli isolates were produced hemolysin on human blood agar. The UPEC isolates were high resistance (100%) to ampicillin and amoxicillin/clavulanic acid, and sensitive (91%) to ciprofloxacin. The prevalence of virulence genes including cnf 1, cdtIII, and clbA in five Hemolytin-Producing UPEC isolates was detected by PCR. It was indicated among four of these isolates (H22, H40, H48, and H53) harbor toxin encoding genes (cnf 1 and clbA) with high frequency (100%), one isolate ( H33) was negative for both genes, cnf1, and clbA, while all five isolates had no cdtIII gene. Moreover, the expression level of regulatory small RNA, RfaH, in UPEC isolates with hemolysin activity and cytotoxic necrotizing factor was investigated by using RT-qPCR. The expression of Hly and cnf1 genes was correlated with the RfaH gene; the folding value was 2.51, 5.89, and 4.19 respectively.