Kronik lenfositik lösemi hastalarının prognozunda floresan in situ hibridizasyon (FISH) ve CLLU1 ekspresyon çalışmalarının önemi
Impact of fluorescent in situ hyridization (FISH) aberrrations and CLLU1 expression  on the prognosis of chronic lymphocytic leukemia (CLL)
Yazar: ÜMMET ABUR
Danışman: PROF. DR. METHİYE GÖNÜL OĞUR
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2015
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: FISH = FISH ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Lösemi-lenfositik-kronik-B hücreli = Leukemia-lymphocytic-chronic-B-Cell ; Prognoz = Prognosis

Özet:
AMAÇ: Bu çalışmada Kronik Lenfositik Lösemide gözlenen FISH anomalilerin dağılımı, prognostik etkileri ve KLL deki diğer prognostik faktörler ile ilişkisinin değerlendirilmesi amaçlandı. Ayrıca  hastaların CLLU1 ekspresyon düzeyleri değerlendirilerek,  CLLU1'in  KLL hastaları için diagnostik ve prognostik öneminin saptanması amaçlandı.
METHOD: 156 KLL hastasında Floresan İn Situ Hibridizasyon Yöntemiyle (FISH) LSI D13S139, LSI 13S25, LSI ATM, LSI P53, CEP 12, IGH (14q32 breakapart) probları kullanılarak FISH çalışmaları uygulandı. Ayrıca Real-Time PCR Yöntemi ile 47 hasta ve 35 sağlıklı kontrolün CLLU1 ekspresyon düzeyleri değerlendirildi.
SONUÇLAR: 103 erkek, 53 kadın toplam 156 KLL hastası mevcuttu. Ortalama hasta yaşı 68 yıl olarak saptandı. 156 hastanın 96'sınde (%62) FISH anomalisi saptandı. FISH anomalilerinin sıklıkları sırasıyla, 64 hastada (%66,6) delesyon 13q14, 26 hastada (%27) trizomi 12, 18 hastada (%19) delesyon 11q22, 8 hastada ise (%8) delesyon 17p13 olarak gözlendi. 14q32 (IGH)  FISH analizinde  ise 71 hastadan 14 ünde (%20) aberasyon gözlendi. 
Delesyon 11q22 ve delesyon 17p (Tp53)  saptanan 10 hastadan 4'ü (%40), delesyon 13q14 saptanan 39 hastadan 11'i (%28), trizomi 12 saptanan 20 hastadan 3'ü (%15) excitus olmuştu. 13q14 delesyonu gözlenen hastaların ortalama sağkalım süresi 98 ±22 ay, trizomi 12 gözlenen hastaların  74 ±7 ay, delesyon 11q22  gözlenen hastaların 69 ±19 ay, delesyon 17p (Tp53) gözlenen hastaların 89 ay, normal karyotip gözlenen hastaların ise 123 ±22 ay olarak saptandı. İlaç kullanım açısından değerlendirildiğinde delesyon 13q14 olan hastaların %42' sinde, trizomi12 olan hastaların %40'ında, delesyon 11q22 ve delesyon 17p13 olan hastaların %89'unda, normal hastaların ise %40'ında ilaç kullanımı mevcuttu.
Delesyon 11q22 ve delesyon 17p (Tp53)  görülen hastaların, normal karyotip görülen hastalara göre excitus oranının iki kat fazla olduğu, sağkalım süresinin belirgin olarak kısaldığı, ilaç kullanımının da anlamlı olarak  arttığı gözlendi. Delesyon 11q22 ve delesyon 17p ile beyaz küre sayısı ve absolü lenfosit sayısı açısından ilişki gözlenirken, Rai evre, LDH ve B2-mikroglobulin düzeyi açısından  ilişki gözlenmedi. 
14q32 break apart pozitif  hastalarda, normal hastalara göre ileri evre hasta sayısı ve ilaç kullanımı oranında iki kat oranında artış saptandı. Heterozigot delesyon 13q14 ile homozigot delesyon 13q14 olan hastalar karşılaştırıldığında, sağkalım süresi heterozigot delesyon 13q14 grubunda 98 ay, homozigot delesyon 13q14 grubunda ise 47 ay olarak saptandı. Homozigot delesyon 13q14 hastalarında sağkalım süresi daha kısa olduğu ve  ileri evre hasta sayısının ise anlamlı olarak fazla olduğu gözlendi. 
CLLU1 ekspresyonu hasta ve sağlıklı kontrol arasında anlamlı farklılık vardı. CLLU1 yüksek ekspresyon grubunda sağkalım süresi 48 ay, düşük ekspresyon grubunda ise 82 ay olarak gözlendi.Yine düşük ekspresyon grubunda 19 hastadan 4'ü (%21), yüksek ekspresyon grubunda 28 hastadan ise 13'ü (%46) ilaç kullanmakta olduğu saptandı. Yüksek ekspresyon grubunda sağkalım süresinın belirgin şekilde kısa, ilaç kullanımı oranının da artmış olduğu gözlendi. 
TARTIŞMA: Çalışmamız FISH analizlerinin KLL de prognostik değeri olabileceğini bir kez daha göstermiştir. Özellikle delesyon 11q22 ve delesyon 17p(Tp53)'nin  progresif hastalık göstergesi olabileceği, trizomi 12 ve delesyon 13q14' ün ise stabil hastalığı yansıttığı vurgulanmıştır. Verilerin literatürde kısıtlı olduğu, homozigot delesyon  13q14'ün ileri evre hastalık ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Ek olarak ülkemizde  CLLU1 ve KLL ile ilgili ilk veriler elde edilmiş, FISH grupları ile ilişkisi saptanamazken, yüksek CLLU1 ekspresyon  grubunda sağkalım süresinin daha kısa, ilaç kullanımının daha fazla, beyaz küre sayısının daha yüksek bulunduğu gösterilmiştir.

Abstract:
AIM: The aim of this study was to establish the incidence of genetic changes using FISH probes and to quantify the CLLU1 expression in CLL patients and to evaluate their prognostic implications. 
MATERIAL-METHOD: 156 patients were analyzed by FISH using LSI D13S139, LSI 13S25, LSI ATM, LSI P53, CEP12, IGH (14q32 breakapart) probes for the detection of 13q14 deletion, trisomy 12, ATM deletion, TP53 deletion and rearrangements of IGH (evaluated in 71 patients). FISH abnormalities were correlated with age, sex, white blood cell count, Rai stage, survival, LDH, β2 miccroglobulin and treatment. Additionally, in 47 patients and 35 healthy controls the CLLU1 expression was quantified using real time PCR method. 
RESULTS: There were 103 men and 53 women within the patient population. Mean age was detected as 68 years. FISH aberrations were found in 62% of CLL patients. The frequencies of abnormalities were as follows: 13q14 deletion, 66.6%; trisomy 12, 27%; ATM deletion, 19%, TP53 deletion, 8% and IGH rearrangement 20%. 
Excitus rates were, 4 out of 10 patients (40%) with del 11q22 and del 17p (Tp53), 11 out of 39 patients (28%) with del 13q14, 3 out of 20 (15%) patients with trisomy 12. Overall survival was 98 ±22 months for del 13q14, 74 ±7 months for trisomy 12,  69 ±19  months for del 11q22, 89 months for del 17p (Tp53) and 123 ±22 months for normal karyotype (FISH) patients. Need of medication was 42% for del 13q, %40 for trisomy12, 89% for del 11q22 and del 17p and 42% for normals.
The most frequent abnormality in patients with progressive disease was ATM and TP53 deletion. Patients with ATM and TP53 deletion yielded an increased rate of advanced stage and treatment and a decreased overall survival. 	
There was significant correlation with WCB and absolute lymphocytosis yet no correlation existed with Rai staging, LDH and   B2-microglobulin levels. Majority of the patients with stable disease showed heterozygous 13q14 deletion. However patients with homozygous 13q deletions yielded a shorter overall survival (98 months versus 48 months) and more advanced stage patients. Patients with IGH rearrangements yielded a double increase with regard to rate of mortality and treatment rate and a shorter overall survival. Trisomy 12 also correlated with stable disase.
CLLU1 expression was significantly different in patients and the control group. There was almost no expression within the healthy controls where as in the patient group a mean of  1x 10-4 CLLU1 expression was detected.  In the patient group with higher CLLU1 expression, the overall survival was shorter (48 months versus 82 months) and more patients needed medication (46% versus 21%).
CONCLUSION: Routineusage of FISH analysis in CLL using LSI D13S139, LSI13S25, LSI ATM, LSIP53, CEP12, IGH (14q32 break apart) probes is still indicated for prognostic evaluation of the patients. Special consideration is needed for the poor prognostic implication of del 11q22, del 17p, IGH rearrangement and homozygous del 13q14. CLLU1 expression seems to have correlation with poor prognosis yet more patient studies are needed for clearification.