F2-NH-DABOs ve S-DABOs bileşik serilerinin HIV-1 inhibitörü olarak EC yöntemi (elektron konformasyonel) ile QSAR incelenmesi
QSAR studies with EC method (Electron conformational) on 2-F2-NH-DABOs and S-DABOs compounds as HIV-1 inhibitor
Yazar: SİBEL GÖKTAŞ
Danışman: PROF.DR. EMİN SARIPINAR
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Kimya = Chemistry

Özet:
5-alkil-2-alkilamino-6-(2,6-diflorofenilalkil)-3,4-dihidroprimidin-4(3H)-on (F2-NH-DABOs) ve dihidro-alkiloksi(alkiltiyo)-benzil-oksoprimidin(S-DABOs) bileşik serilerinin "Elektron Konformasyonel -EC" metotu ile kantitatif aktivite tahmini yapılmıştır.Bu metot ile Pha, aktiviteyi artıran (AG) ve aktiviteyi azaltan (APS) grupların parametrelerinin bir fonksiyonu olarak kantitatif aktivite hesaplanabilir ve moleküllerin biyolojik maddelerle etkileşim mekanizmasının açıklanmasına yardımcı olur. Bu çalışmada konformasyonel analiz, elektronik yapı hesaplamaları ve matris karşılaştırması F2-NH-DABOs serisi için 53, S-DABOs serisi için ise 65 tane bileşik için yapılmıştır. Her iki seri için elektron konformasyonel matrisi (ETMC) ESCP VI.0 programında hazırlandı. Farmakofor grubu belirlemek için elektron-konformasyonel alt matrisi (ECSA). F2-NH-DABOs serisinde farmakofor grup C7, C8, CIO, Cll, N2 VE Ol atomları , S-DABOs serisinde ise farmakofor grup C5, N2, Sİ, Ol, Nl ve H9 atomları bulunmuştur. Bu bileşik serileri için bileşiklerin elektronik, geometrik ve fizikokimyasal özelliklerini gösteren parametreler Delphi programlama dilinde yazılan EMRE 1.0 programında hazırlandı. Hazırlanan değişkenlerden yararlanarak Matlab programında genetik algoritma optimizasyon tekniği kullanılarak aktivite hesaplamaları yapıldı. Teorik olarak çıkan sonuçların deneysel sonuçlarla uyum içinde olduğunu görülmüştür. Her iki seride de en aktif bileşiğin yanı sıra farklı bileşikler referans alınarak bileşiklerin aktivitesini en iyi veren parametreler bulunmuştur. F2-NH-DABOs serisinde en iyi sonuç 60 parametre (kappa ) değeri ile elde edilmiş ve R2 değeri 0,99673 olarak hesaplanmıştır. S-DABOs serisinde en iyi sonuç tek 30 kappa değeri ile elde edilmiş ve R2 değeri 0,99998 olarak hesaplanmıştır.Anahtar Kelimeler: Farmakofor, , QSAR, elektron konformasyonel metot. DABO, Genetik algoritma, İlaç Tasarımı.

Abstract:
Quantitative activity prediction for a series of 2-Alkylamino-6-[l-2,6-difluorophenyl)alkyl]-3,4-dihyro-5-alkylprimidin-4(3H)-ones (F 2-NH-DABOs) a n d dihyro-alkoxy-benzyl-oxopyrimidine (S-DABOs) derivatives are revealed by "Electron Conformational" EC method.Quantitative activite can calculate as a function of Pha, APS groups that decrease the activity and AG groups that increase the activity with this method and this method conduce to explain of the model of biological interaction of the molecule.The main features of this method is that in addition to revealing the activity by Pha groups, explains activity as set of atomic electronic features, superimposing in a special geometry and explains to 3D structure-activity relationship. This method allows for prediction of the parameters of the Pha, APS groups that decrease the activity and AG groups that increase the activity and offers a signifıcant advance both in the understanding the model of biological interaction of the molecule and in the predicting its activity.In this study conformational analysis, electronic structure calculations and matrix comparisons are performed for the 53 (F2-NH-DABOs) , 65 (S-DABOs) serials. ETMC was prepared for each of these two series. ECSA was prepared in ESCP in order to determine Pha group. While C7, N2, Sİ, Ol, Nl, H9 atoms of Pha gruop are present in F2-NH-DABOs, C5, N2, Sİ, Ol, H9 atoms of pha group are present in S-DABOs. Parametres was prepared in EMRE VI.0 programme which was foematted in Delphi Programme by depending on Pha atoms. The activity calculation was made by using prepared parametre in Matlab programme by englaying genetic algoritma optimization. We that saw it was confirmed that the theorical results. The best result in F2-NH-DABOs series was found by using d49 and d2 compounds as referance with 60 kappa level and R2 value was calculated as 0,99673. The best result in S-DABOs series was found s56 compound as the single referance with 30 kappa level and R2 value was calculated as 0,99998.Keywords:Pharmacophere, Auxilary Group, Anti Pharmacophere Shielding Group, QSAR, electron conformational method.