Wwox aracılı miR-182 regülasyonunun meme kanseri hücrelerinde cisplatin direnci ile ilişkisinin CRISPR/CAS9 knockout yöntemi ile araştırılması
Investigation of the relationship of wwox mediated miR-182 regulation with cisplatin resistance in breast cancer cells by CRISPR/CAS9 knockout method
Yazar: HÜLYA DÖNMEZ
Danışman: DOÇ. DR. BAHADIR BATAR
Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tümör Biyolojisi ve İmmünolojisi Ana Bilim Dalı / Tümör Biyolojisi ve İmmünolojisi Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Alerji ve immünoloji = Allergy and immunology ; Genetik = Genetics ; Meme hastalıkları = Breast diseases ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Sisplatin = Cisplatin ; dsRNA = dsRNA ; İmmünogenetik = Immunogenetics

Özet:
Tez projesinin amacı Wwox ifade etmeyen TNBC hücre hattında (MDA-MB-231) gelişen cisplatin direncinin miR-182 regülasyonuna bağlı olup olmadığını açıklığa kavuşturmaktır. Bu amaçla bir onkomiR olduğu bilinen miR-182'nin CRISPR yöntemi ile knockout ya da alternatif bir yöntem olarak düşündüğümüz miRNA inhibitörleri ile knockdown edilmesiyle cisplatinin etkisinin araştırılması hedeflenmiştir. miRNA knockout deneylerinde sıklıkla kullanılmayan fakat günümüzde gen tedavisi çalışmalarında sıklıkla kullanılan CRISPR knockout için miR-182 gen bölgesine spesifik rehberRNA'lar (gRNA) tasarlandı. Agoroz jelde knockout oluşumunu doğrulayacak bir indel (insersiyon/delesyon) gözlemlenmedi. Amacımızı gerçekleştirmek için alternatif bir yöntem olarak belirlediğimiz anti-miR (mikroRNA inhibitörü) kullanılarak knockdown yapılması kararlaştırıldı. Anti-miR182 inhbitörü MDA-MB-231 hücrelerine lipofektamin RNAimax ile transfekte edildi. cDNA sentezi ile Gerçek Zamanlı PZR yapılarak miR-182 geninin knockdown edildiği gösterildi. Anneksin V ile apoptoz testi gerçekleştirildi. Anti-miR182 ve cisplatin uygulanan hücrelerin hücrelerin %20,02'sinin apoptozda olduğunu %20,10'unun ise geç apoptozda olduğunu saptadık. Anti-miR182 ve cisplatin uygulanmayan hücrelerin %11,71'i apoptozda, %18,37'sinin geç apoptozda olduğunu saptadık. Ardından flow sitometri ile hücre döngüsü analizi çalışmaları yapıldı. miR-182 inhibitörü ve cisplatin uygulanan hücrelerde cisplatin ve anti-miR182 uygulanmayan MDA-MB-231 hücrelerine göre G2 fazında %12,23 oranında daha fazla artış saptandı. Sonuçlar, Wwox ifade etmeyen TNBC hücrelerindeki cisplatin direnci ve miR-182 arasındaki bu olası ilişkinin meme kanseri tedavisinde cisplatin direnci için yeni bir gen tedavisi stratejisinin geliştirilmesinde kullanabileceğini önermektedir.

Abstract:
The aim of the thesis project is to clarify whether cisplatin resistance developed in the TNBC cell line (MDA-MB-231) that does not express Wwox is due to miR-182 regulation. For this purpose, it was aimed to investigate the effect of cisplatin by knocking out miR-182, which is known to be an oncomiR, with the CRISPR method or knockdown with miRNA inhibitors, which we consider as an alternative method. For CRISPR knockout, which is not frequently used in miRNA knockout experiments but is frequently used in gene therapy studies today, guideRNAs specific to the miR-182 gene region were designed. No indel (insertion/deletion) was observed in the agarose gel, which would confirm knockout formation. In order to realize our aim, it was decided to knockdown using anti-miR (microRNA inhibitor), which we determined as an alternative method. Anti-miR182 inhibitor were transfected to MDA-MB-231 cells with lipofectamine RNAimax. It was shown that the miR-182 gene was knocked down by performing Real Time PCR with the cDNA synthesis. Apoptosis assay was performed by Annexin V. Analyzing the cells that were treated with anti-miR182 and cisplatin. Based on the data, 20.02% of the cells were in apoptosis and 20.10% were in late apoptosis. Analyzing the cells that were not treated with anti-miR182 and cisplatin. The data showed that 11.71% of cells were apoptosis and 18.37% of them are in late apoptosis. Then, cell cycle analysis studies were carried out by flow cytometry. Cells treated with miR-182 inhibitor and cisplatin had a 12.23% increase in G2 phase compared to MDA-MB-231 cells without cisplatin and anti-mir182 treatment. The results suggest that this link between cisplatin resistance and miR-182 in non-Wwox-expressing TNBC cells could be exploited in the development of a new gene therapy strategy for cisplatin resistance in breast cancer therapy.