Çeşitli insan dokuları ve hücre hatlarında LINC00663 RNA'nın gen ifade profili
Expressional profiling of LINC00663 RNA in various human tissues and cell lines
Yazar: MEVAN F. SAMI JACKSI
Danışman: YRD. DOÇ. DR. YUSUF ZİYA İĞCİ
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Hücre dizisi = Cell line ; Neoplazm hücreleri-dolaşan = Neoplastic cells-circulating ; Neoplazmlar = Neoplasms ; RNA = RNA ; Yumuşak doku = Soft tissue

Özet:
İnsan genomu yaklaşık olarak 25.000 protein kodlayan gen içermektedir ve bu da toplam genomun yaklaşık olarak % 2 sine denk gelmektedir. Genomun geriye kalan %98'inin önemli bir kısmının proteine çevrilmeyen RNA(ncRNA)'ları kodladığı düşünülmektedir. ncRNA'ların kanser, merkezi sinir sistemi hastalıkları gibi birçok hastalık ile ilişkisinin olduğu bildirilmiştir. Birçok kanser dokusunda ncRNA'ların düzensiz gen ifadesi gösterdiği bilinmektedir. ncRNA'lar boyutlarına bağlı olarak uzun ncRNA (>200nt) ve kısa ncRNA (<200nt)'lar olmak üzere iki kısımda incelenmektedir. ncRNA'ların bir alttipi olan lincRNA'lar, 5' başlık ve 3' poli A kuyruğu gibi mRNA benzeri özellikler muhteva etmektedir. LincRNA'ların kesilim sinyallleri, yazılım düzenlenmesi ve kromatin değişiklikleri protein kodlayan genlere benzerlik göstermektedir. LINC00663 RNA geni üç ekzon ve 2 intron bölgesi içermektedir ve 19p13.11 kromozomal bölgesinde yer almaktadır. Bu çalışmada, LINC00663'ün gen ifade seviyesi çeşitli insan dokularında ve çeşitli hücre hatlarında belirlenmiştir. LINC00663, omurilik, tiroit bezi ve timüs gibi çeşitli insan dokularında yüksek seviyede ifade edilmektedir. Ayrıca, LINC00663, insan glioblastom ve HUVEC hücre hatlarında da aşırı yüksek seviyede edilmektedir. LINC00663 ifade seviyesi, kanserli hücrelerde normal hücrelere kıyasla yüksek bulunmuştur. LINC00663 RNA'nın birçok faklı kesilim varyantı vardır. Bu da, beklenenden farklı ürün büyüklerine ve çoklu bantlara sebep olmaktadır. Çoklu banlar için, dizileme ve BLAST analizleri yapılmıştır. Nükleotid dizilerinin BLAST analizleri ile karşılaştırma ile daha önce tanımlanmamış ekzon 2 ve 3 arasına yerleşik yeni bir ekzon bölgesi tanımlanmıştır.

Abstract:
Human genome encodes near to 25,000 protein coding genes representing <2% of the total genome. The majority of the rest of the 98% genome is thought to be encoding the non-coding RNAs (ncRNAs). The ncRNAs have strong relation to many diseases, such as; cancer and central nervous system disease, many ncRNAs display an abnormal expression level in many cancerous tissues. ncRNA are classified based on their length into long ncRNA (>200nt) and small ncRNA (<200nt). LincRNA, a subtype of ncRNAs, is carrying mRNA-like features which bearing a 5' end cap structure and 3' poly (A) tail. Splicing signals, transcriptional regulation and chromatin modification of lincRNAs are similar to those of protein-coding genes. The LINC00663 RNA gene is composed of three exons and two introns, it is located on 19p13.11. In this study, the expression levels of LINC00663 are evaluated in different human tissues and cell lines. LINC00663 are highly expressed in some human tissues such as spinal cord, thyroid gland, and thymus. Also high expression found in human glioblastoma cell lines and human umbilical vein endothelial cell line. The expression rate is higher in human cancerous cell lines than normal cells. The LINC00663 RNA has various different splice variants, resulting in different product size and multiple bands. Sequence and BLAST analysis were carried out for the samples with multiple bands. The comparison between nucleotide sequences product and BLAST analysis resulted in the determination of a novel exonic region between exon 2 and 3 in the LINC00663 RNA.