Akdeniz ve Ege Bölgesi'nde biber yetiştiriciliği yapılan alanlarda fusarium solgunluk hastalığının yaygınlığı ve etmenin moleküler karakterizasyonu
Prevalence of fusarium wilt disease and molecular characterization in the fields grown pepper in the Aegean and Mediterranean Regions of Turkey
Yazar: GAMZE YÜKSEL
Danışman: DOÇ. DR. HACER HANDAN ALTINOK
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Ülkemizde Akdeniz ve Ege Bölgesi'nde Solanaceae familyasında yer alan domates,
biber ve patlıcanda patojenik Fusarium oxysporum tür kompleksi (FOSC) önemli verim
kayıplarına neden olmaktadır. Biber yetiştiricilik alanlarında son yıllarda Fusarium
solgunluk etmeni Fusarium oxysporum f. sp. capsici (Foc) yaygınlaşmıştır. Akdeniz ve
Ege Bölgesi'nde 2015 ve 2016 yıllarında biber sera ve tarlalarında sörvey çalışmaları
yapılarak, biberde Fusarium solgunluk hastalığının yaygınlık durumu belirlenmiş ve
elde edilen Foc izolatlarının virülenslikleri saptanmıştır. Her iki sörvey yılında da
seraların %30, tarlaların ise %60 oranında solgunluk hastalığı ile enfekte olduğu
saptanmıştır. Morfolojik olarak tanımlanan biber F. oxysporum izolatlarının moleküler
tanısı da yapılmıştır. Makroskobik, mikroskobik incelemeler ve patojenisite denemeleri
sonucunda toplam 64 izolat F. oxysporum f. sp. capsici (Foc) olarak saptanmıştır.
Domates ve patlıcan fidelerine inoküle edilen Foc izolatları, çapraz inokulasyon
denemelerinde solgunluk simptomu göstermemişlerdir. Hastalık şiddeti yüzdesine göre,
2015-2016 yılı sörveylerinden elde edilen 64 Foc izolatında üç ana virülenslik grubu
tespit edilmiş ve bunların 17'si düşük-virülens, 24'ü orta-virülens ve 23'ü yüksekvirülens
olarak değerlendirilmiştir. Toplam 40 adet Foc izolat seti ile birlikte konukçu
dışı F. oxysporum izolatlarının tür içi ve türler arası filogenetik ilişkileri TEF1-alpha,
Actin, Beta-tubulin, Calmodulin ve Chitin synthase primerleri ile belirlenmiştir. Bu gen
bölgelerine ait sekans verileri üzerinden yapılan analizler sonucunda, Foc izolatları
arasında sınırlı genetik varyasyon saptanmış ve F. oxysporum'un farklı f. spp. grupları
birbirinden ayırt edilememiştir. Dendrogramda Foc izolatları aynı dalda yer alarak
monofiletik bir grup oluşturmuştur. Bu çalışma, Türkiye'de biber üretim alanlarında
Foc izolatlarının patojenik ve filogenetik analizine yönelik ilk kapsamlı araştırmadır.
Anahtar Kelimeler: Biber, Fusarium solgunluğu, Patojenisite, TEF1-alpha, Actin

Abstract:
Pathogenic Fusarium oxysporum species complex (FOSC) in tomato, pepper and
eggplant in the Solanaceae family in the Mediterranean and Aegean regions of Turkey
cause significant yield losses. In recent years, Fusarium wilting agent, Fusarium
oxysporum f. sp. capsici (Foc), in pepper cultivation areas has become widespread. The
prevalence of Fusarium wilt disease and the virulence of Foc isolates obtained was
determined by carrying out surveys in pepper greenhouses and fields in the
Mediterranean and Aegean Region in 2015 and 2016. In both survey years, Fusarium
wilt disease was detected with a prevalence of 60% of the fields and 30% of
greenhouses. Fusarium oxysporum isolates were determined by both morphological and
molecular diagnosis. A total of 64 isolates were identified as Foc based on macroscopic
and microscopic studies and pathogenicity tests. Tomato and eggplant seedling from the
Solanaceae family were used in cross-pathogenicity experiments with the obtained Foc
isolates and no-wilting symptoms were recorded. Three main virulence groups were
determined in 64 Foc isolates obtained from 2015-2016 surveys according to the
percentage of disease severity and 17 isolates were evaluated as low-virulence, 24 were
moderate-virulence and 23 were high-virulence. Intraspecies and interspecies
phylogenetic relationships of a total of 40 Foc isolates together with non-host F.
oxysporum isolates in pepper was established by using TEF1-alpha, Actin, Beta-tubulin,
Calmodulin and Chitin synthase primers. Different groups of F. oxysporum f. spp. could
not be distinguished from each other and limited genetic variation among Foc isolates
was detected based on the analysis of the sequence data of these gene regions. Foc
isolates were located in the same branch and formed a monophyletic group in the
dendrogram. This study is the first comprehensive research on the pathogenic and
phylogenetic analysis of Foc isolates in pepper cultivation areas of Turkey.
Key words: Pepper, Fusarium wilt, Pathogenicity, TEF 1-alpha, Actin