Akciğerin sarkomatoid karsinomlarında met genetik değişiklikleri analizinde tanısal yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of diagnostic methods in the analysis of met genetic alterations in pulmonary sarcomatoid carcinomas
Yazar: CANSU YOL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEBNEM BATUR
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Patoloji = Pathology
Dizin: Akciğer = Lung ; Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Eksonlar = Exons ; Gen analizi = Gene analysis ; Karsinoma = Carcinoma ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Mutant = Mutant ; Teşhis = Diagnosis ; İmmünohistokimya = Immunohistochemistry

Özet:
Amaç: 
Sarkomatoid karsinomlarda MET ekzon 14 atlama mutasyonları ve MET amplifikasyonlarının yüksek oranda pozitif olduğu saptanmıştır ve anti-MET tedavilere yanıtlar bildirilmiştir.
Çalışmamızda, sarkomatoid karsinomlarda, İHK, FISH ve RT-PCR yöntemleri ile MET genetik değişikliklerini analiz edildi ve yöntemler birbirleriyle karşılaştırıldı.
Materyal Metot:
2000-2018 yılları arasında tanı almış 55 olgu çalışmaya dahil edildi. Sonuçların birbiriyle ve klinikopatolojik özellikler ile ilişkisi değerlendirildi. MET genetik değişikliklerinin prognostik özelliklerine bakıldı. İstatistiksel analiz SPSS 21.0 programı kullanılarak yapıldı.
Bulgular:
Olguların İHK değerlendirmesinde, sarkomatoid komponnette METMab skorlamasına göre 13 (%23,6); H-skorlamasına göre 12 (%21,8) olgu İHK pozitifti. Diferansiye karsinom komponenti de değerlendirmeye dahil edildiğinde METMAb skorlamasına göre 15 (%27,2); H-skorlamasına göre 14 (%25,5) olgu İHK pozitifti. Tümörde, eşlik eden AK komponentinin olması ile İHK pozitifliği arasında anlamlı ilişki bulundu (p=0,013).
Olguların 47'si FISH ile değerlendirildi. 47 olgunun 15' inda (%31,8) FISH (+) bulundu ve bunların 5' i (%10,6) amplifikasyondu. İHK boyanması gösteren alanlarda gen kopya sayılarında anlamlı artış görüldü (p=0,027).
MET İHK pozitifliği ile FISH pozitifliği arasında zayıf korelasyon görüldü (Rho=0,253). Amplifikasyon gösteren olgular için, İHK duyarlılığı %60, özgüllüğü %73,8, pozitif prediktif değeri %21,4 ve negatif prediktif değeri %93,9 bulundu. 
40 olguda MET ekzon 14 atlama mutasyonu analizi yapıldı. Formalinle fikse parafine gömülü dokudan izole edilen RNA konsantrasyonları ortalama 457,23 ± 306,69 idi. Tüm olgular MET ekzon 14 atlama mutasyonu için negatifti. 
Sonuç: 
İHK' nın düşük duyarlılığı nedeniyle FISH pozitif veya amplifikasyon pozitifliği için tarama testi olarak kullanılamayacağı düşünüldü. Ancak FISH değerlendirmesinin, İHK'da kuvvetli pozitiflik gösteren sarkomatoid morfolojideki alanlarda yapılmasının yararlı olacağını düşünüldü.

Abstract:
Aim:
MET exon 14 skip mutations and MET amplifications are highly positive in sarcomatoid carcinomas and responses to anti-MET treatments have been reported.
In our study, we aimed to analyze MET genetic alterations with immunhistochemistry (IHC), fluorescence in situ hybridization (FISH) and reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) methods and compare these methods in sarcomatoid carcinoma cases.
Material and Method:
55 cases of pulmonary sarcomatoid carcinoma diagnosed between the years 2011-2018 were included in the study. The relationship between the results and clinicopathological characteristics was evaluated. Analyzed with the tests selected from SPSS 21.0 statistical program.
Results:
IHC was positive in 15 (27.2%) cases for METMab scoring, and 14 (25.5%) for H-scoring. When the accompanying adenocarcinoma component, a significant correlation was found comparing with IHC positivity in the tumor (p = 0.013).
47 of the cases were evaluated by FISH. FISH positivity was found in 15 cases (31.8%). Amplification was detected in 5 (10.6%) of these cases. IHC positive staining showed a significant increase in gene copy numbers (p = 0.027).
Weak correlation was observed between MET IHC positivity and FISH positivity (R = 0,253). For cases showing MET amplification, IHC sensitivity was 60%, specificity was 73.8%, positive predictive value was 21.4%, and negative predictive value was 93.9%. 
40 cases, MET exon 14 skip mutation analysis was evaluated. All cases was negative for the MET exon 14 skip mutation. 
Conclusion:
IHC can not be used as a screening test for FISH positivity or amplification positivity. However, it was thought that it would be beneficial to perform FISH assessment in the areas  which is shows strong positivity in IHC.