Nöral tüp defektli (spina bifidalı) hastalarda ZIC5 genindeki mutasyonların araştırılması
The investigation of ZIC5 gene mutations in patients with neural tube defects (spina bifida)
Yazar: YASEMİN AŞKIN
Danışman: PROF. DR. VAHİT KONAR ; YRD. DOÇ. EBRU ÖNALAN
Fırat Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Genel Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Nöral tüp defektleri (NTD), merkezi sinir sisteminin heterojen ve kompleks konjenital anomalilerindendir. Nöral tüpün be? kapanma bölgesi farklı genler tarafından kontrol edilmektedir. Annenin yetersiz beslenmesi, yüksek ateş, hipertansiyon, diabetesmellitus, obezite gibi sağlık sorunları, kullandığı bazı ilaçlar ve maruz kaldığı çevreselkirleticiler gibi bazı faktörler de nöral tüpün hatalı kapanmasına neden olmaktadır. ZIC5 geninin nöral tüp kapanmasında rol oynadığı nakaft deney hayvanlarında yapılan analizlerle gösterilmiştir. ZIC5 yetersizliği farelerde nöral tüp defektlerini içeren pek çok anomalilere neden olmaktadır.  insanda NTD?li hastalarda henüz ZIC5 geni için mutasyon taraması yapılmamıştır. Bu çalışmada spina bifidalı hastalarda ZIC5 genindeki mutasyonların araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada spina bifida teşhisi konmuş 100 hasta ve 100 sağlıklı kontrol bireyinden periferal kan örnekleri alınarak DNA izolasyonu gerçekleştirildi. Gendeki 2 ekzon bölgesindeki mutasyonların taranması için DNA dizileme yöntemi kullanıldı. Ekzon spesifik primerler kullanılarak elde edilen PZR ürünlerinden DNA dizileme yapıldı.Genin ilk ekzonunun untransle bölgesinin 38. bazında G?A değişimi tespit edildi. 2. ekzon için herhangi mutasyon ya da polimorfizim bulunmadı. G?A değişimi 100 NTD?li hastanın 68?inde (%68) GG genotipi, 18?inde (%18) AG genotipi, 14?ünde de (%14) AA genotipi tespit edildi. Kontrol grubunda ise 100 sağlıklı bireyin 66sında (%66) GG genotipi, 15?inde (%15) AG genotipi, 19?unda da (%19) AA genotipi belirlendi. Hasta ve kontrol grupları arasında ZIC5 genotipleri veya allel sıklıkları açısından anlamlı bir farklılık tespit edilmedi (X2= 1.06, df=2, p=0.5; X2= 0.008, df=1, p=0.93). Sonuç olarak NTD etyopatogenezinde içinde genetik faktörlerin de rol oynadığı multifaktöryel nedenler rol oynamaktadır. Yapılan bu çalışmada bölgemizde, NTD gelişiminde ZIC5 allel sıklıklarındaki deği?ikliklerin etkili olabileceğini dü?ünmekteyiz. Bu allel sıklığının oluşmasında ise çevresel faktörler etkili olmuş olabilir. Bu açıdan nöraltüp defekti etyolojisinin aydınlatılmasında daha fazla ara?tırma yapılmasına ihtiyaç duyulmaktadır.Anahtar kelimeler: Nöral Tüp Defekti, ZIC5 geni, Spina bifida, Konjenital anomali

Abstract:
Neural tube defects (NTD) are a group of heterogenous and complex congenital anomalies of the central nervous system (CNS). Neural tube of five closure sites are controlled by different genes. Mother's malnutrition, high fever, hypertension, diabetes mellitus, obesity, using drugs and environmental pollutants are leading to the closure of theneural tube incorrect. Analysis demonstrate in nacaft experiment animals that ZIC5 gene plays a role in neural tube closure. ZIC5 deficiency causes many anomalies which contain neural tube defects in mice. Mutation screening hasn?t been done for ZIC5 gene in patients with NTD in humans. In this study, it has been intented to investigate mutations in ZIC5 gene in patients with spina bifida. In this study, isolation of DNA were performed from 100 patients who had beendiagnosed with spina bifida and 100 healthy individuals?s peripheral blood samples. DNA sequencing method was used for the screening of mutations in ZIC5 gene for two exon regions. DNA sequencing was performed from PCR products using the exon-specific primers. G ? A change has been detected in thirty eight basis in untranslated region (UTR) of first exon of the gene. There was no mutation or polymorphism for second exon. G ? A change, the rates of GG, AG and AA genotypes 100 NTD disease were calculated as 68 in 100 (%68) GG genotypes, 18 in 100 (%18) AG genotypes, 14 in 100 (%14) AA genotypes, The rates of TT, TA and AA genotypes 100 control groups were calculated as 66 in 100 (%66) GG genotypes, 15 in 100 (%15) AG genotypes, 19 in 100 (%19) AA genotypes. There were no statistically significant differences between the patient and control groups with regard to genotypes and allel frequencies (X2= 1.06, df=2, p=0.5; X2= 0.008, df=1,p=0.93). In conclusion, multifactoriel prosesses including genetic factors play role in etiopathogenesis of NTD. Results of the present study indicate that alterations in ZIC5 allel frequencies may influence development of NTD and that environmental factors may contribute to these alterations. Further studies are required to enlighten etiology of SB.Keywords : Neural tube defect, ZIC5 gene, Spina bifida, kongenital anomaly