Skuamöz hücreli larenks karsinomlarında mikroRNA'ların ekspresyon seviyelerindeki değişimde DNA metilasyonunun rolünün  araştırılması
Investigation of the role of DNA methylation on the expression of microRNAs in laryngeal squamous cell carcinoma
Yazar: MURAT KAYA
Danışman: PROF. DR. KIVANÇ ÇEFLE
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: DNA = DNA ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Desitabin = Decitabine ; Hücre dizisi = Cell line ; Karsinoma = Carcinoma ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Laringeal neoplazmlar = Laryngeal neoplasms ; Metilasyon = Methylation ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Larenks kanseri baş boyun kanserleri arasında en sık görülen görülen ikinci kanser türüdür. miRNA (mikroRNA)'lar yaklaşık 18-22 nükleotid içeren, genlerin regülasyonunda görevli, kodlamayan tek zincirli RNA' lardır. Larenks kanseri dahil pek çok kanserde çok sayıda miRNA'nın farklı şekilde ifade edildiği gösterilmiştir. Aberran DNA metilasyonunun kanser dahil çeşitli hastalıkların oluşmasında ve ilerlemesinde oldukça önemli bir etken olduğu bilinmektedir. miRNA genlerindeki aberran DNA metilasyonun belirlenmesi kanserin erken dönemde tespit edilmesi ve tedavisi için önemli olabilir. 5-Aza-2'-deoxycytidine (Desitabin)'in DNA demetilasyon ajanı olduğu yapılan çok sayıdaki çalışma ile kanıtlanmıştır. Bu çalışmanın ilk aşamasında desitabin verilen Hep-2 hücreleriyle (larenks kanseri hücre hattı) ve desitabin verilmeyen Hep-2 hücrelerindeki miRNA ifade düzeylerinin değişimi mikroarray yöntemi ile araştırıldı. Yapılan mikroarray analizi sonucunda desitabin verilen Hep-2 hücrelerinde let-7b-3p'nin de dahil olduğu 30 miRNA'nın farklı şekilde ifade edildiğini tespit edildi. Mikroarray ile tespit edilen let-7b-3p'deki ifade artışı  qRT-PCR ile  de doğrulandı. Hep-2 hücrelerinden elde edilen bu sonuçların dokuda da konfirmasyonu için 36 larenks kanseri hastasından alınan kanserli ve normal doku hücrelerinde let-7b-3p'nin ifade düzeyi qRT-PCR ile araştırıldı ve Hep-2 hücrelerindeki ile benzer sonuç elde edildi. Desitabinin Hep-2 hücre hattında miRNA'ların ifade düzeylerine etkisi ilk defa bu çalışma ile gösterilmiştir ayrıca let-7b-3p'nin kanserlerde ifade düzeyinin arttığı ilk olarak bu çalışma ile ortaya çıkarılmıştır.


Anahtar Kelimeler : Desitabin, DNA metilasyonu, mikroRNA, Hep-2 hücre hattı,
Larenks Kanseri

Abstract:
Larynx cancer is one of the second most common head and neck malignancies. miRNAs (microRNA) are non-coding single-stranded RNAs comprised of around 18-22 nucleotides and considered as a class of gene regulators. A number of miRNAs have been demonstrated that several miRNAs are expressed differently in many cancer types including larynx cancer. It is well known that aberrant DNA methylation is a very important factor in the initiation and progression of various diseases including cancers. The discovery of aberrant DNA methylation in miRNA genes may be useful in terms of early detection and treatment of cancer. 5-Aza-2'-deoxycytidine (Decitabine) is a DNA demethylating agent which has been demonstrated by numerous studies. In this study, we aimed to investigate expression profiles of miRNA in treated with 5-AzaC azacytidine Hep-2 cells (larynx cancer cell line) compared to non-treated Hep-2 cell line. As a result of the microarray analysis, we have found that 30 miRNAs including let-7b-3p are differentially expressed. Further qRT-PCR analysis confirmed the upregulated expressions of let-7b-3p in azacytidine-treated Hep2 cells and LCa tissue samples obteined 36 cancer patients being compared with their matched noncancerous tissues. The effect of decitabine on the expression levels of miRNAs in the Hep-2 cell line was shown for the first time in this study also this study revealed that the level of expression of let-7b-3p could be increased in cancers.


Key Words: Decitabine, DNA methylation, microRNA, Hep-2 cell line, Larynx cancer