Psoriazis hastalarında bağırsak mikrobiyomunun metagenomik DNA profili
Metagenomic dna profile of intestinal microbiome in psoriasis patients
Yazar: BÜŞRA AYDIN
Danışman: DOÇ. DR. BAHAR SEVİMLİ DİKİCİER
Sakarya Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Deri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Dermatoloji = Dermatology
Dizin: Bağırsaklar = Intestines ; DNA = DNA ; Gastrointestinal mikrobiyom = Gastrointestinal microbiome ; Gen ifadesi profili = Gene expression profiling ; Mikrobiyota = Microbiota ; Psoriyazis = Psoriasis ; RNA = RNA

Özet:
Giriş ve Amaç: Bağırsak mikrobiyomu; gastrointestinal sistemde (GİS) bulunan geniş bir bakteri, virüs, mantar ve protozoa topluluğudur. Bu topluluğun yararlı bakterileri; konakçı tarafından sindirilemeyen bitki polisakkaritlerini sindirerek doğal sindirim organları olarak işlev görürler. Bazı gıdaların sindirim ve emilimine yardımcı olarak ilave enerji oluşumunda, B ve K2 vitamini ve aminoasit üretiminde, immün sistemin gelişmesi ve aktif halde tutulmasında görevlidirler. Disbiyozis bağırsak mikrobiyotasında var olan dengedeki bozulmadır. Yaş, genetik, beslenme alışkanlıkları, coğrafi konum ve antibiyotik kullanımı gibi çeşitli faktörlerden etkilenir. Yapılan çalışmalarda disbiyozis; diyabetes mellitus (DM), obezite, inflamatuar bağırsak hastalığı (İBH), spondiloartrit, kardiyovasküler hastalıklar, otizm, anksiyete, depresyon, otoimmün ve inflamatuar hastalıklarla ilişkilendirilmiştir. Mikrobiyom analizleri; akne vulgaris, atopik dermatit gibi sık görülen bazı dermatolojik hastalıkların patogenezini açıklamak için de kullanılmıştır. Dermatolojik hastalıkların patogenezinde deri mikrobiyomunun dışında bağırsak mikrobiyomunun da rol oynadığı ortaya konulmuştur. Psoriazis, farklı şiddette klinik tabloları ve fenotipleri olan, çoğunlukla keskin sınırlı eritemli, skuamlı plaklarla karakterize immün aracılı kronik inflamatuar bir hastalıktır. Hastalığın etyopatogenezi tam olarak bilinmemekte birlikte genetik, çevresel ve immünolojik faktörlerin etkili olabileceği düşünülmektedir. Cilt tutulumu ile birlikte gastrointestinal, kardiyovasküler ve kas-iskelet sistemi dahil olmak üzere diğer birçok organ sistemi ile ilişkili komorbiditelere neden olabilir. Günümüzde henüz net bir tedavisi mevcut değildir. Bu tez çalışmasında, birçok hastalığın aydınlatılması için önemli hale gelmiş olan bağırsak mikrobiyomu, hasta ve kontrol gruplarında analiz edilmiş ve psoriazis ile bağırsak mikrobiyota değişiklikleri arasında bir ilişki olup olmadığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Ayrıca psoriazis hastalığının patofizyolojisinin daha iyi anlaşılmasına ve tedavisinin en doğru şekilde planlanmasına katkı sunulması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Bilinen bir sistemik ve/veya dermatolojik hastalığı olmayan, benzer yaş grubunda olan, en az 4 haftadır ilaç (antibiyotik, proton pompası inhibitörü, non-steroidal antiinflamatuar, immunsupresifler, metformin), probiyotik/prebiyotik kullanmamış, rezidü bırakan gastrointestinal cerrahi operasyon geçirmemiş 24 psoriasis hastası ve kontrol grubu olarak aynı şartları taşıyan 16 sağlıklı birey bu çalışmaya dahil edilmiştir. Fekal örneklerden nükleik asit izolasyonunu takiben bakteriyel 16S ribozomal RNA (rRNA) geni hedef dizilemesi, universal bakteri 16S primerleri (V3-V4) kullanılarak Illumina MiSeq sistemi ile gerçekleştirilmiştir. Biyoinformatik işlemlerden sonra istatistiksel analizler (LefSe, alfa ve beta çeşitlilik) yapılmıştır. Varsayılan ayarlarla (p<0.05 ve LDA skoru>2) gruplar arasında önemli farklılık gösteren taksonlar belirlenmiştir.
Bulgular: Psoriazis hastalarında Firmucites/Bacteroidetes oranının sağlıklı kontrol grubuna göre daha yüksek olduğu saptandı (Psoriazis hastalarında; 4,91, sağlıklı gönüllülerde;1,85). Psoriazis hastalarında kontrol grubuna göre Lachnospiraceae, Peptostreptococcaceae, Bacteroidaceae, Prevotellaceae aile, Prevotella, Megasphera, Blautia, Dorea, Lachnoclostridium, Fusicatenibacter, Terrisporobacter ve Bacteroides cins, Prevotella copri ve Faecalibacterium prausnitzii, Bacteroides plebeius türü bakterin anlamlı düzeyde yüksek olduğu saptandı (p<0.05 ve LDA skoru>2). Christensenellaceae, Ruminococcaceae, Victivallaceae, Oxalobacteriaceae, Porphyromonadoceae aile, Ruminococcus, Oxalobacter, Victivallis, Alistipes ve Odoribacter cins üyesi bakterilerin ise istatistiksel olarak anlamlı düzeyde düşük olduğu saptandı (p<0.05 ve LDA skoru>2). Alfa çeşitlilik analizinde, psoriazis hastalarında kontrol grubuna oranla azalmış mikrobiyom çeşitliliği saptanmıştır (PD ve Chao1 indekslerine göre). Beta çeşitlilikte ise Bray-Curtis analizleri sonucunda iki grupta tespit edilen tür içeriğinin birbirlerinden farklılaştığı saptandı (Amplikon sekans varyantına göre PC1: % 15.82). Cins düzeyine göre PC1: %40.31)
Sonuç: Sekans analizi sonuçlarına göre; psoriazis hastalarında filogenetik çeşitliliğin azalmış olduğu görüldü. Psoriazis ile bağırsak disbiyozisi arasında ilişki olduğu saptanmış olup, psoriazis patogenezinde disbiyozis önemli bir etken olarak değerlendirilebilir ve tedavide prebiyotik veya probiyotikler seçenekler arasına eklenebilir. Literatürde bu konuyu irdeleyen az sayıda çalışma olduğu için daha fazla sayıda hastaların incelendiği daha kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.
Anahtar Kelimeler: psoriazis, mikrobiyota, 16s rRNA, disbiyozis, mikrobiyom

Abstract:
Introduction and Aim: The gut microbiome is a large colonization of bacteria,
viruses, fungi, and protozoa found in the gastrointestinal tract. Beneficial bacteria of
this community function as natural digestive organs by digesting plant
polysaccharides that cannot be digested by the host. They are responsible for vitamin
B and K2 and amino acid production, development of the immune system, and
keeping it active, additional energy formation by helping digestion and absorption of
some foods. Dysbiosis is the disruption in balance in the intestinal microbiota. It is
influenced by various factors such as age, genetics, nutritional habits, geographic
location, and antibiotic use. Dysbiosis has been associated with autoimmune and
inflammatory diseases such as diabetes mellitus, obesity, inflammatory bowel
disease, spondyloarthritis, cardiovascular diseases, autism, anxiety, depression in
various studies. Microbiome analysis has also been used to explain the pathogenesis
of some common dermatological diseases such as acne vulgaris, atopic dermatitis. It
has been demonstrated that the gut microbiome plays a role in the pathogenesis of
dermatological diseases in addition to the skin microbiome.
Psoriasis is an immune-mediated chronic inflammatory disease with clinical
manifestations and phenotypes of different severity, often characterized by
demarcated erythematous, scaled plaques. Although the etiopathogenesis of the
disease could not be clarified, genetic, environmental, and immunological factors
have been investigated to be involved. Psoriasis may be associated with
comorbidities involving the gastrointestinal, cardiovascular, and musculoskeletal
systems. There is no clear treatment yet. In this study, we aimed to determine the
possible relationship between psoriasis disease and the gut microbiome comparing
with healthy individuals to contribute to psoriasis pathogenesis which may help to
introduce new diagnosis and treatment approaches.
Material and Method: 24 psoriasis patients without any other systemic and/or
dermatological diseases, medication, probiotic/prebiotic use, and history of recent
gastrointestinal surgery, and 16 healthy individuals with the same conditions as the
control group were included in this study. Following nucleic acid isolation from fecal
samples, bacterial 16S ribosomal RNA (rRNA) gene target sequencing was
performed with the Illumina MiSeq system using universal bacteria 16S primers.
After bioinformatics procedures, statistical analyzes were done. Taxons that differ
significantly between groups were determined with the default settings.
Results: The ratio of Firmucites / Bacteroidetes was found to be higher in patients
with psoriasis than in the healthy control group (in patients with psoriasis; 4.91, in
healthy volunteers; 1.85). Lachnospiraceae, Peptostreptococcaceae, Bacteroidaceae,
Prevotellaceae family, Prevotella, Megasphera, Blautia, Dorea, Lachnoclostridium,
Fusicatenibacter, Terrisporobacter ve Bacteroides genus, Prevotella copri ve
Faecalibacterium prausnitzii, Bacteroides plebeius species amounts were found to be
higher and Christensenellaceae, Ruminococcaceae, Victivallaceae,
Oxalobacteriaceae, Porphyromonadoceae family, Ruminococcus, Oxalobacter,
Victivallis, Alistipes, and Odoribacter genus were found to be lower with a
statistically significance for both, in psoriasis patients (p <0.05 and LDA score> 2).
In alpha diversity analysis, decreased microbiome diversity was found in psoriasis
patients compared to the control group (according to PD and Chao1 indexes). In Beta
variety, it was determined that the content of the species determined in two groups
differed from each other as a result of Bray-Curtis analyzes (PC1 15.82% according
to the amplicon sequence variant. PC1 40.31% by genus level).
Conclusion: According to the results of the sequence analysis; phylogenetic
diversity was decreased in psoriasis patients. There is a relationship between
psoriasis and intestinal dysbiosis, and dysbiosis can be considered as an important
factor in the pathogenesis of psoriasis, and prebiotics or probiotics can be introduced
or supplemented in treatment modalities. Since there exist limited number of studies
examining this issue in the literature, more comprehensive studies are needed to
achieve more data in order to make accurate statements.
Keyword: microbiota, psoriasis, 16S rRNA, dysbiosis, microbiome