Sığırlarda blastocystis sp.'nin moleküler prevalansı ve genotiplendirilmesi ahmet tavur
Molecular prevalence and genotyping of blastocystis SP. in cattle
Yazar: AHMET TAVUR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZUHAL ÖNDER
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Blastocystis = Blastocystis ; Blastocystis enfeksiyonları = Blastocystis infections ; Genotip = Genotype ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Prevalans = Prevalence ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Bu çalışmada, Kayseri yöresinde çeşitli mezbahalarda kesimi yapılan sığırlarda Blastocystis sp. enfeksiyonlarının direkt mikroskobik inceleme ve PCR analizleri ile araştırılması ve belirlenen izolatların moleküler karakterizasyonlarının yapılması amaçlanmıştır. Aralık 2018-Mayıs 2019 yılları arasında Kayseri yöresinde çeşitli mezbahalarda kesimi takiben farklı yaş ve ırkta toplam 150 sığırdan dışkı örnekleri toplanmıştır. Laboratuvarda dışkı örnekleri Blastocystis sp. yönünden Nativ-lugol yöntemi ile incelenmiştir. Tüm dışkı örneklerinden genomik DNA (gDNA) izolasyonları yapılmıştır. gDNA izolatlarında Blastocystis sp. DNA'sının aranmasında SSU rRNA gen bölgesini amplifiye eden spesifik primerlerle PCR analizleri gerçekleştirilmiştir. İncelenen sığır dışkılarının mikroskobik incelemesinde 52 örnekte Blastocystis sp. pozitifliği belirlenmiş ve Blastocystis sp. enfeksiyonlarının prevalansı %34,7 olarak tespit edilmiştir. PCR analizlerinde ise sığırların 88'i Blastocystis sp. yönünden pozitif belirlenmiş ve ilgili protozoonun moleküler prevalansı %58,7 olarak saptanmıştır. Pozitif belirlenen 35 izolat genotiplendirme ve filogenetik analizler için sekanslanmıştır. Sekans analizleri sonucu izolatların üç ayrı haplotipte oldukları belirlenmiş ve bu haplotipler ERU-Blast1-3 olarak isimlendirilmiştir. SSU rRNA gen bölgesi filogenetik analizinde ERU-Blast1-3 izolatlarının ruminant spesifik alt tip ST10'da bulundukları ve aynı alt tipte yer alan Türkiye ve çeşitli ülkelerde sığırlardan rapor edilmiş izolatlarla birlikte monofiletik küme oluşturdukları tespit edilmiştir.
Sonuç olarak bu çalışma ile Kayseri yöresinde mezbahada kesimi yapılan sığırlarda Blastocystis sp. enfeksiyonlarının yaygınlığı belirlenmiş ve enfeksiyondan sorumlu parazitler üzerine moleküler epidemiyolojik veriler sağlanmıştır. 
Anahtar kelimeler: Alt tip, Blastocystis, moleküler karakterizasyon, prevalans, sığır

Abstract:
In this study, it was aimed to investigate Blastocystis sp. infections in cattle from various slaughterhouses in Kayseri region by direct microscopic examination and PCR analysis and to perform molecular characterization of the isolates. A total of 150 stool specimens from cattle with different ages and breed were collected from different slaughterhouses in Kayseri region between December 2018 and May 2019. Fecal samples were examined with Nativ-lugol method for the presence of Blastocystis sp. in the laboratory. Genomic DNA (gDNA) was isolated from all fecal samples. PCR analyses were carried out with specific primers amplifying the SSU rRNA gene region in order to identify gDNA of Blastocystis sp. Blastocystis sp. were found positive in 52 of the examined cattle with microscopic examination and the prevalence of Blastocystis sp. infections was determined as 34.7%. In the PCR analysis, 88 of the examined cattle were detected as positive for Blastocystis sp. and the molecular prevalence of the related protozoa was found as 58.7%.  35 of the Blastocytis sp. positive isolates were sequenced for genotyping and phylogenetic analyzes. As a result of sequence analysis, isolates were determined in three different haplotypes, and these haplotypes were named as ERU-Blast1-3. In the phylogenetic analysis of SSU rRNA gene region, ERU-Blast1-3 isolates were clustered in the ruminant specific subtype ST10, and these haplotypes formed monophyletic clade with the isolates reported from cattle in Turkey and various countries in the same subtype.
In conclusion, the prevalence of Blastocystis sp. infections was determined in slaughtered cattle in Kayseri region, and molecular epidemiological data on parasites responsible from this infection was provided with this study.
Key words: Blastocystis, cattle, molecular characterization, prevalence, subtype