Amilaz enzimi üreten yerli fungus izolatlarının DNA barkodlaması
DNA barcoding of the native fungi isolates producing amylase enzyme
Yazar: MERVE EROĞLU PARİM
Danışman: DOÇ. DR. ARZU ÜNAL
Iğdır Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Amilazlar = Amylases ; Aspergillus niger = Aspergillus niger ; DNA analizi = DNA analysis ; DNA dizileme = DNA sequencing ; DNA hasarı = DNA damage

Özet:
Hem Biyoteknolojik potansiyelleri hem de termostabilite çalışmalarında kullanılmak üzere iyi bir model olmaları nedeniyle hipertermofilik, termofilik ve mezofilik funguslardaa amilolitik enzimlerin karakterize edilmesine verilen önem gün geçtikçe artmaktadır. Ülkemizde giderek gelişmekte olan gıda endüstrisi de amilaz enzimine olan ilginin artmasına neden olmaktadır.
Fungus türlerinin tanımlanmasında morfolojik yöntemler yeterli değildir. Bu nedenle hızlı ve doğru tanımlamada DNA verilerine dayalı yeni tekniklerin kullanılması ön plana çıkmaktadır. Bu kapsamda çalışmamızda yerli Aspergillus niger fungus izolatımızın pleomorfik doğası nedeniyle DNA barkodlamasının yapılması amaçlanmıştır
Bu çalışmada Afyon, Eskişehir, Uşak ve Ankara illerine ait termal alanlarındaki toprak ve su örneklerinden elde edilen yerli fungus izolatlarımızdan en yüksek amilaz enzim aktivitesi gösteren Aspergillus niger türünün DNA barkodlaması yapılmıştır. Bakanlık destekli proje kapsamında Türkiye'deki Ege Bölgesi ve İç Anadolu Bölgesi orijinli termal alanlardan elde ettiğimiz yerli ve milli alfa-amilaz enzim aktivitesi 38.6 U\mg olan Aspergillus niger G 2-1 (Ünal vd., 2022) fungus izolatımızın patent sürecinde DNA Barkodlamasına ihtiyaç duyulması nedeniyle bu çalışma planlanmış olup ilk kez gerçekleştirilmiştir. Bu tez çalışmasından elde edilen sonuçlar doğrultusunda mikrobiyal gen bankalarına fungus genetik materyali oluşturulması, elde edilen yerli fungal enzimin gıda endüstrisinde uygulamaya ve ekonomiye aktarılmasına yönelik Ar-Ge çalışmalarının yapılması planlanmaktadır.

Abstract:
The importance given to the characterization of amylolytic enzymes in hyperthermophilic, thermophilic and mesophilic fungi is increasing day by day due to their biotechnological potential and being a good model to be used in thermostability studies. The food industry, which is gradually developing in our country, also causes an increase in the interest in the amylase enzyme.
Morphological methods are not sufficient for the identification of fungal species. For this reason, the use of new techniques based on DNA data for rapid and accurate identification comes to the fore. In this context, in our study, it was aimed to perform DNA barcoding due to the pleomorphic nature of our native Aspergillus niger fungus isolate.
In this study, DNA barcoding of Aspergillus niger species, which has the highest amylase enzyme activity, was performed from our native fungus isolates obtained from soil and water samples in the thermal areas of Afyon, Eskişehir, Uşak and Ankara. DNA in the patent process of our Aspergillus niger G 2-1 (Ünal vd., 2022) fungus isolate with a local and national alpha-amylase enzyme activity of 38.6 U\mg, which we obtained from the thermal areas originating in the Aegean Region and Central Anatolia Region in Turkey within the scope of the Ministry-supported project. Due to the need for barcoding, this study was planned and carried out for the first time.
In line with the results obtained from this thesis, it is planned to carry out R&D studies for the creation of fungal genetic material for microbial gene banks and the transfer of the obtained local fungal enzyme to the application in the food industry and economy.