İdrar yolu enfeksiyonu (İYE) olan hastalardan ve ortamdan izole edilen çoklu ilaçlara dirençli E. coli arasında bazı virülans ve ilaca dirençli genlerin moleküler tespiti
Molecular determination of some virulance and drug-resistant genes between multi-drug-resistant E. coli isolated from patients with urinary tract infection (UTİ) and the environment
Yazar: ALI SALAM TAYEH TAYEH
Danışman: Prof. Dr. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışma, çoklu ilaca dirençli (ÇİD) Escherichia coli'nin üriner sistem enfeksiyonu olan hastalarda yayılımını ve çevre örneklerinde etmeni belirlemek amacıyla yapılmıştır. ÇİD E. coli'nin genetik çeşitliliği, bazı antibiyotik direnç genlerinin ve virülans faktörlerinin izolatlar arasındaki dağılımında araştırılmıştır. Toplanan 653 idrar örneğinden 52'sında çoklu ilaca dirençli E. coli saptanmıştır. 26 antibiyotik diski kullanılarak yapılan antibiyotik duyarlılık testine göre su örnekleri arasında 9 MDR-E coli tespit edilmiştir. Tüm izolatlar, seçilen virülans genlerinin ve bazı antibiyotik direnç genlerinin saptanması için bir polimeraz zincir reaksiyonuna (PCR) tabi tutulmuştur. Mutasyonları tespit etmek için seçilen izolatlaraın DNA dizilimi yapılmıştır. Adezyon (FimH ve PapG), kapsül (KpsmII) ve toksinler (HlyA ve Cnf1) gibi virülans faktörlerini kodlayan genleri ve antibiyotik direncinden sorumlu genişletilmiş spektrumlu beta-laktamazları (ESPL'ler) (blaOXA, blaTEM, blaCTX-M, blaSHV) saptamak için PCR uygulanmıştır. Beş fimH ve blaOXA PCR ürünü, Sanger dideoksi dizileme yöntemleriyle dizilenmiştir. Bununla birlikte, sonuçlarımız, izole E. coli arasındaki yaygın ilaç direnci (XDR) ve pan ilaç direnci (PDR) ile karşılaştırıldığında, E coli izolatlarının büyük çoğunluğunun çoklu ilaca dirençli E. coli olarak kabul edildiğini göstermektedir. FimH geni (%100) diğer virülans genleri arasında en yüksek prevalansa sahipken, Cnf1 (%26.9) en düşük prevalansa sahip olmuştur. BlaTEM kodlayan gen (%67,3), blaSHV kodlayan gen (%21,1) ile karşılaştırıldığında en yaygın olanı olmuştur. DNA sıralamasının sonuçları, NCBI GenBank'ta kayıt edilmiştir.

Abstract:
This study was aimed at determining the dissemination of multidrug-resistant Escherichia coli among patients with urinary tract infections and environmental samples. The genetic diversity of MDR E. coli was investigated in the distribution of some antibiotic-resistance genes and virulence factors among isolates. Out of 653 urine and 210 envıronmental specimens collected, 52 had multidrug-resistant uropathogenic E. coli, which was identified. And 9 MDR-E. coli were identified among the water samples, according to an antibiotic susceptibility test using 26 antibiotic disks. All isolates were subjected to a polymerase chain reaction (PCR) for the detection of selected virulence genes and some antibiotic resistance genes. DNA sequencing was done for selected isolates to detect mutations. PCR was applied to detect genes coding for virulence factors: adhesion (FimH and PapG), capsule (KpsmII), and toxins (HlyA and Cnf1). And extended-spectrum beta-lactamases (ESPLs) that are responsible for antibiotic resistance (blaOXA, BlaTEM, blaCTX-M, blaSHV). Five FimH and blaOXA PCR products were sequenced by Sanger dideoxy sequencing methods. However, our results show that the vast majority of E. coli isolates were considered multidrug-resistant E. coli, compared with extensive drug resistance (XDR) and pan drug resistance (PDR) among isolated E. coli. The FimH gene (100%) had the highest prevalence among other virulence genes, while Cnf1 (26.9%) had the lowest. The BlaTEM coding gene (67.3%) was the most prevalent compared with the blaSHV coding gene (21.1%). the results of DNA sequencing were submitted to the NCBI, registered in the NCBI GenBank.