Bipolar bozukluk (BD) olgularında CALHM1 (Kalsiyum Homeostaz Düzenleyici Faktör) geninin SNP (Mutasyon/Polimorfizm) ler yönünden incelenmesi
Examination of the gene CALHM1 (Calcium Homeostasis Modulator Factor) in terms of SNPS (Mutation/Polymorphism) in patients with bipolar disorder (BD)
Yazar: DUYGU AYBAY ARSLANTAŞ
Danışman: PROF. DR. MERAL SAKIZLI
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Bipolar bozukluk = Bipolar disorder ; Homeostaz = Homeostasis ; Mutasyon = Mutation ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Bipolar bozukluk, mani/hipomani ve depresyon dönemleri ile seyreden ve genetik geçiş gösterebilen psikiyatrik bir hastalıktır. Toplumda  % 1,3 oranında görülmektedir. Bipolar bozukluk tip I toplumda kadınlarda ve erkeklerde aynı sıklıkla görülür. Bipolar bozukluk tip II erkeklere kıyasla kadınlarda daha yaygın görülür. Hastalığın etiyolojisi henüz net olarak gösterilememiştir.
Amacımız bipolar bozukluğa neden olabileceğini düşündüğümüz CALHM1 (kalsiyum homeostaz düzenleyici faktör 1) genini mutasyon ve polimorfizmler yönünden araştırmak ve eğer varsa, hastalıkla ilişkilerini yorumlamaktır.
Hipotezimiz, 'Endoplazmik retikulum zarında ve hücre membranında bulunan ve hücrelerde kalsiyum dengesinin düzenlenmesinde önemli rol oynayan CALHM1 gen ürününün işlevini etkileyebilecek mutasyon veya polimorfizmlerin bipolar bozukluk ile ilişkili olabileceği' şeklindedir.
Ekson 1 için DSM-IV-TR bipolar bozukluk tanı kriterlerine uygun olarak tanı konmuş 40 hasta, onların 10 birinci derece akrabası ve 39 sağlıklı kontrol çalışmaya alındı. Ekson 2 için 40 hasta, onların 10 birinci derece akrabası ve 38 sağlıklı kontrol çalışmaya alındı Her birinden alınan kanlardan DNA izolasyonu yapıldı. Bu örneklerde PCR yöntemi ile CALHM1 geninin birinci ve ikinci eksonu amplifiye edilerek DNA dizi analizi yapıldı. Bu eksonlardaki SNP'ler Mutation Surveyor V4.0.9 programı ile incelendi. İstatistiksel analiz SHEsis programı kullanılarak yapıldı.
Gende altı adet tanımlanmış dokuz adet yeni bulunmuş toplam 15 adet SNP saptandı. Bunlardan 360G>GA SNP'nin allel frekansı hasta grubu ve kontrol grubu arasında anlamlı fark gösterdi. Çalışmada en sık rastlanılan ve MAF değeri en yüksek olan SNP'ler rs729211ve rs4918016 idi.
360G>GA SNP proteinde aminoasit değişimine neden olmaktadır. Fakat bu SNP'nin bipolar bozukluklu hastalarda CALHM1 proteininin fonksiyonunu etkilediğini gösterebilmek için örneklem grubunun genişletilmesi şarttır.


Anahtar Sözcükler: Bipolar bozukluk, CALHM1, SNP

Abstract:
Bipolar disorder is a psychiatric disease with the periods of mania/hypomania and depression and showing genetic transition. It has been seen 1,3 % in population. Bipolar disorder type 1 is seen in women and men in same frequencies.  Bipolar disorder type 2 is more common in women than men. Etiology of this disorder hasn't been clearly shown yet.
Our aim is to study in terms of mutations and polymorphisms of CALHM1 (calcium homeostasis modulator factor 1) gene which we think can cause bipolar disorder and if  possible is to  interpret association with disorder.
Our hypothesis is, ' Mutation or polymorphisms that might affect the function of CALHM1 gene product which exist in endoplasmic reticulum membrane and cell membrane and plays an important role on modulating calcium homeostasis in cells can be related to bipolar disorder'.
40 patients which have been diagnosed according to bipolar disorder diagnosis criteria of DSM-IV-TR, their 10 first degree-relatives and 39 healthy controls are being taken to study for exon 1. 40 patients, their 10 first degree-relatives and 38 healthy controls are being taken to study for exon 2. DNA isolation was carried out from blood obtained from each subject. DNA sequence analysis was performed being amplified first and second exons of CALHM1 gene by PCR. SNP's located on these exons were examined by Mutation Surveyor V4.0.9 programme. Statistical analysis was carried out by using SHEsis programme.
15 numbers of SNPs including six numbers of identified SNPs and nine numbers of novel SNPs in this gene was determined. Of these SNPs, allele frequency of 360G>GA SNP indicated a significant difference between case and control groups. SNPs which were most frequently seen and had a highest MAF value in this study were rs729211 and rs4918016.
360G>GA SNP causes amino acid alteration in protein. However, sample group must be expanded to show that this SNP affects a function of CALHM1 protein in patients with bipolar disorder.



Keywords: Bipolar disorder, CALHM1, SNP