Sığır dışkı ve karkaslarından clostrıdıoıdes dıffıcıle'nin izolasyonu ve elde edilen izolatların moleküler karakterizasyonu
Isolation of clostridioides difficile from cattle faeces and carcasses and molecular characterization of the isolates recovered
Yazar: EMRAL FEVZİ AHMED
Danışman: DOÇ. DR. SEÇİL ABAY
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Bu çalışmada, sığır dışkı, karkas ve kesimhane materyallerinden C. difficile'nin izolasyonu ve elde edilen izolatların moleküler karakterizasyonu amaçlandı. Bu amaçla, 100 adet sığır dışkı, 100 adet sığır karkas yüzey örneği ve 20 adet kesimhane örneği (10 kesimhane çalışma alanı yüzey örneği ve 10 atık su) olmak üzere toplam 220 örnek materyal olarak kullanıldı. C. difficile izolasyonu için, C. difficile moxolactam-norfloxacin (CDMN) buyyon ve CDMN agar kullanıldı. Elde edilen izolatların; identifikasyonu, fenotipik ve moleküler (PCR, tpi geni) testler ile, tcdA ve tcdB toksin genleri yönünden analizi, mPCR ile, genotiplendirilmesi ise Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) ile gerçekleştirildi. İncelenen 100 adet sığır dışkı örneğinin 11 (%11)'i ve kesimhane örneklerinin 1 (%5)'i olmak üzere toplam 12 (% 5.45) örnek C. difficile yönünden pozitif bulundu. Karkas örneklerinin tamamı ise C. difficile yönünden negatif olarak saptandı. 10 dışkı izolatı ve 1 kesimhane atık suyu izolatı olmak üzere toplam 11 (% 91.66) izolat, tcdA ve tcdB genlerinin varlığı yönünden pozitif bulunurken, 1 dışkı izolatı her iki toksin geni yönünden negatif saptandı. İzolatların genotiplendirme sonuçlarına göre, 11 dışkı izolatında 3 farklı ERIC-PCR profili elde edildi. Kesimhane atık suyu izolatına ait ERIC-PCR profilinin, dışkı izolatlarında elde edilen ERIC profillerinden birine benzer olduğu saptandı. Sonuç olarak, etkenin sporlu olması ve dışkı ile saçılımı göz önünde bulundurulduğunda, çalışmada toksin geni taşıyan ve farklı genotiplere sahip C. difficile izolatlarının saptanmasının, etkeni taşıyan dışkı ve kesimhane atık suyunun, kesimhanede karkasların kontaminasyonu açısından risk oluşturabileceğini düşündürmektedir. Ayrıca kesimhanelerde hijyen koşullarının azami ölçüde yerine getirilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır. 
Anahtar Kelimeler: tcdA, tcdB, Clostridioides difficile, sığır dışkı, sığır karkas

Abstract:
In this study, the isolation of C. difficile from cattle faeces, carcass and slaughterhouse samples and the determination of the molecular characterization of the isolates were aimed. For this purpose, a total of 220 sample including 100 cattle faeces, 100 cattle carcass surface samples and 20 slaughterhouse samples (10 slaughterhouse working area surface samples and 10 waste water) was used as materials. For C. difficile isolation, C. difficile moxolactam-norfloxacin (CDMN) broth and CDMN agar were used. The isolates obtained were identified by phenotypic and molecular (PCR, tpi gene) tests. Analyses of the tcdA and tcdB toxin genes and genotyping of the isolates were performed by mPCR and Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR), respectively. A total of 12 (% 5.45) samples including 11 (11%) of 100 bovine faeces samples, and 1 (5%) of slaughterhouse samples were found to be positive for C. difficile. Also all carcass samples were found to be negative for C. difficile. A total of 11 (% 91.66) isolates consisting of 10 faeces isolates and 1 slaughterhouse waste water isolate, were found to be positive for the presence of tcdA and tcdB genes, while 1 faeces isolate was found to be negative for both toxin genes. According to the genotyping results of the isolates, 3 different ERIC-PCR profiles were obtained in 11 faeces isolates. The ERIC-PCR profile of the slaughterhouse waste water isolate was found to be similar to one of the ERIC-PCR profiles obtained from faeces isolates. In conclusion, considering the agent is spore-forming and shedding with feces, the detection of C. difficile isolates carrying toxin gene and different genotypes in the study, suggests that faeces and slaughterhouse wastewater carrying the bacteria may pose a risk for contamination of carcasses. It was also concluded that hygiene conditions in slaughterhouses should be apply to the maximum extent.
Key words: tcdA, tcdB, Clostridioides difficile, cattle faeces, cattle carcass