İran'da koyun ve keçilerde peste des petits ruminants virus (PPRV) enfeksiyonunun epidemiyolojisi
The epidemiology of PPRV infection in sheep and goats in İran
Yazar: ALİREZA FARAJİ MAJARASHİN
Danışman: PROF. DR. SEVAL BİLGE DAĞALP
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Keçiler = Goats ; Koyunlar = Sheep ; Peste des Petits ruminantlar = Peste des Petits ruminants ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İran = Iran

Özet:
Bu çalışmada, İran'ın farklı bölgelerinde bulunan (9 farklı il) işletmelerde yetiştirilen 6 ay yaşın üzerinde ve sağlıklı görünümlü ve PPR enfeksiyonuna karşı aşılanmadığı öğrenilen koyun ve keçilerden alınan kan serumu örnekleri ile Şehrekord Üniversitesi tanı laboratuvarında bulunan, son iki yıla ait serum örnekleri olmak üzere toplam 502 kan serum örnekleri PPRV spesifik antikorlarını belirlemek üzere C-ELISA ile kontrol edilmiş ve seropozitiflik oranı % 53,38 (268/502) olarak tespit edilmiştir. Örnek alınan illerin birisi (Gilan) hariç hepsi PPRV yönünden seropozitif olarak tespit edilmiş ve seropozitiflik oranlarının illere göre %12.5-96.29 oranları arasında değişim gösterdiği belirlenmiştir. Hayvan türlerine göre seropozitiflik değerlerine bakıldığında ise, örneklenen koyunların %53.6 sı (238/444), keçilerin %51.7 si (30/58) PPRV spesifik antikorları yönünden pozitif olarak bulunmuştur.Araştırmada ayrıca, son yıllarda enfeksiyonun hızlı ve duyarlı tanısında kullanılan N proteinini kodlayan gen bölgesini hedef alan rtRT-PCR metodu, PPRV nükleik asit tespiti amacıyla kullanılmıştır. PPRV enfeksiyonu şüphesiyle alınan toplam 341 saha materyali (296 kan, 5 nazal swap ve 40 doku örneği) Taqman rtRT-PCR tekniği ile test edilmiş ve söz konusu örneklerin %29.91 (102/341) i PPRV nükleik asiti yönünden pozitif olarak değerlendirilmiştir.İran'ın 4 farklı ilinden elde edilen 16 örnek dizin analiz çalışmasına dahil edilmiştir. Yapılan filogenetik analiz sonrasında, daha önceden moleküler çalışmalar ile de ortaya konulduğu gibi, İran'da sirküle eden PPR viruslarının IV.genetik hatta yer aldığı görülmüştür. Dört farklı ilden elde edilen 16 PPRV N kısmi gen dizinleri nükleotid düzeyinde kendi aralarında %96,8-100 benzerlik gösterirken; Türkiye 2000 referans dizinleri ile %97,6-100 ve İran'da aşı suşu olarak kullanılan Nigeria 75/1 dizinleri ile %88,2-89 oranında benzerlik göstermiştir. Bu çalışmada elde edilen N kismi gen dizinleri, İran'da 1998 yılında bildirilen dizinler ile karşılaştırıldığında aynı genetik hatta yer almalarına rağmen %95,2-96 oranında benzer bulunmuşlardır.PPRV enfeksiyonunun ülkede endemik olduğu bir kez daha ortaya konmuş; hayvan hareketlerinin sınırlandırılmasının zorluğuna dikkat çekerek, enfeksiyondan korunmada en etkili yolun duyarlı populasyonun aşılanması üzerinde durulması gerekliliği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
In this study, a total of 502 blood sera samples from goats and sheep over the age of 6 months, unvaccinated against PPR infection and healthy appearance in various region of Iran (9 province) and blood sera in diagnosis lab of Shahrekord University were tested by C-ELISA against PPRV spesific antibodies. All of provinces were found to be positive for PPRV antibodies except for Gilan. The seropositivity rates were determined as 53.38% (268/502) for tested samples. The seropositivity rates were ranged between 12.5% and 96.29% according to sampled provinces. According to animal species, the value of seroprevalance for PPRV infection were found as 53,6% (238/444) and 51,7% (30/58) in sheep and goats, respectively.Additionally, Taqman RT-real time PCR assay based on N protein coding gene region which is the rapid and sensitive for diagnosis of infection was used for detection of PPRV nucleic acid. For this purpose, a total of 341 field specimens (296 blood, 5 nasal swap, 40 tissue) from sheep and goats with suspicious PPRV infection has been tested by RT-rtPCR technique and resulting out of them, 29,91% (102/341) was detected as positive for PPRV nucleic acid.Sequence analysis were performed with the total of 16 samples from four different provinces of Iran. The phylogenetic tree based on the N partial gene sequences, PPR viruses circulating in Iran were seen in lineage IV and closely related to Turkey00 isolate as previously determined by the molecular studies in Iran. The data sequence analysis of 16 samples at nucleotid homology showed that 96,8-100% between them, 97,6-100% for reference isolate Turkey00 and 88,2-89% for strain Nigeria 75/1 used as a vaccine strain in Iran. The assessment of N partial sequences obtained with the same lineage reported in Iran1998, at nucleotid level showed 95,2-96% homology. Thus, classification of PPRV into lineages based on the N gene sequences appeared to yield better picture of molecular epidemiology for PPRV. PPRV infection once again emphasis to be endemic in the Iran; attention to the difficulty of limiting animal movement, it need to focus on the most effective way about vaccination of susceptible population for prevention of infection.