Bazı moleküllerin kristal yapı çözümleri
The analyses of crystal structures of some molecules
Yazar: CEMİLE DAĞ
Danışman: PROF. DR. NEZİHE ÇALIŞKAN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Fizik ve Fizik Mühendisliği = Physics and Physics Engineering

Özet:
Bu çalışmada oksim, tiyazol, siklobütan ve Schiff bazı işlevsel gruplarını içeren vekapalı formülleri sırasıyla Ni(C10H12N3O3)2 , C16H20N2S , C16H12 ClN3OS şeklinde olankristallerin, X-ışını kırınım yöntemiyle yapı analizleri yapılmıştır. Atomik parametrelerinarıtımı ise, en küçük kareler ve Fark-Fourier yöntemleri kullanılarak yapılmıştır.Birinci kristaldeki, Ni(C10H12N3O3)2 , oksim gruplarının nikel çevresindeki yerleşimiyaklaşık kare düzlemsel olup C2-C1=N1-O1 bükülme açısı -178. 7(2)Âº olarak gözlenmiştir. Ekonfigürasyonunda olan kristalin, hem molekül içi hem moleküller arası hidrojen bağlarısayesinde bir ağ görünümünde olduğu tespit edilmiştir.kinci kristal olan C16H20N2S molekülündeki tiyazol ve benzen halkaları arasındakidihedral açı 81.88(9)Âº olarak gözlenmiştir. Kristalde, moleküller arası N-Hâ¦N hidrojen bağısonucunda dimerik yapının oluştuğu gözlenmiştir. Dimerler arasındaki etkileşmeler de, ilginçhegzagonal boşlukların oluşmasına neden olmuştur.Üçüncü kristal, C16H12ClN3OS, (I) ve (II) yapılarında farklı renklerde kristallenmiş ve(I) yapısının asimetrik birimi bir molekül içerirken, (II) yapısının asimetrik biriminde ikimolekül bulunmuştur. (I) yapısı tamamen düzlemsel iken (II) yapısındaki moleküllerdüzlemsellikten sapmıştır. Molekül içi hidrojen bağlarının etkisiyle C = N azometinçevresinde E yerleşimine sahip her iki yapıdaki moleküller arası hidrojen bağları, R 2 (8)2formunda halkaların oluşumunu sağlamaktadır. Bu halkaları oluşturan çift zincir, (I) yapısındab ekseni boyunca uzanırken, (II) yapısında R 2 (8) halkalarının oluşturduğu dimerler a ekseni2boyunca istiflenmeyi oluşturmaktadırlar.Yapı analizi sonucunda, birinci kristalin ve üçüncü kristalin (I), (II) yapılarınınmonoklinik P21/c uzay grubunda, ikinci kristalin ise trigonal R 3 uzay grubunda olduğubelirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Oksim, Tiyazol, Siklobütan, Schiff Bazı, X-Işını Kırınımı.

Abstract:
In this study, analyses of crystal structures containing oxime, thiazole, cyclobutane andschiff base of Ni(C10H12N3O3)2, C16H20N2S, C16H12 ClN3OS have been determined by X-raydiffraction method. Atomic parameters were refined by least squares and Fourier teqniques.It is observed that the coordination of oxime groups around the Ni atom are distortedsquare planar with a C2-C1=N1-O1 torsion angle of -178. 7(2)Âº in the first crystal,Ni(C10H12N3O3)2. It is established that sight as a network through both intra and intermolecular hydrogen bonds for crystal have an E configuration.It is observed that the dihedral angle between the thiazole and benzene rings is 81.88(9)Âºin the second crystal, C16H20N2S. It is observed that dimeric structure occur result ofintermolecular N-Hâ¦N hydrogen bonds. Also the interactions between dimers causedforming interesting hexagonal cavities.The crystal , C16H12 ClN3OS, crystallizes two forms [(I), (II)] and there are one moleculein the asymmetric unit (I), while two independent molecules in the asymmetric unit (II).Structure (I) is strictly planar and molecules of (II) are significantly deviate from theplanarity. The intermolecular hydrogen bonds in both structure provided forming doublechains in the R 2 (8) formation. This double chains lies along the b axis in the structure (I),2while the crystal packing occured along the a axis by dimers which forming by R 2 (8) rings2in the structure (II).The crystal analyses have given that first crystal and (I), (II) structure of third crystal arein the monoclinic system with P21/c space group while second crystal is in the trigonal systemwith R 3 space group.Keywords: Oximes, Thiazole, Cyclobutane, Schiff Base, X-Ray Diffraction.