Kistik fibrozlu hastaların solunum yolu etkenlerinin                                                                                                          araştırılması
Investigation of respiratory pathogens in patients with cystic fibrosis
Yazar: AYNURA ALISHOVA
Danışman: PROF. DR. NEVRİYE GÖNÜLLÜ ; DR. ÖĞR. ÜYESİ KÜBRA CAN KURT
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Kistik fibrozis (KF) beyaz ırkta en çok görülen, otozomal resesif kalıtım gösteren genetik bir hastalıktır. KF hastalarında mortalitenin en önemli nedeni, sık görülen akciğer enfeksiyonlarıdır. Mukozadaki genetik bir bozukluk, farklı mikroorganizmaların öncelikle üst solunum yolunda, ardından alt solunum yolunda kolonize olmasına yol açar. Bu çalışma da 100 hasta örneği ile çalışılmış, bunlardan 19 hastanın örneğinden ya hiç bakteri üremedi ya da sadece flora bakterileri üredi. Bu KF'li hastaların 54'ü (%54) kadın, 46'sı (%46) erkekti.  Kadın/Erkek oranları 1,17'dır. Çalışmamızda bakteriyel solunum yolu patojenleri saptandı. Bu patojenlerin antibiyotik duyarlılık testleri yapıldı. Çalışmaya aldığımız örneklerden 68'i balgam örneği, 32'i ise transtrakeal aspirasyon örneği olarak kabul edildi. Pozitif bakteri kültürlerinden %49,38 S.aureus, %32,09 P.aeruginosa, %16,04 Moraxella, %6,17 S.pneumoniae, %1,23 B.cepacia, %1,23 E.coli, %7,40 H.influenzae, %4,93 Corynebacterium ve %1,23 Klebsiella pneumoniae üredi. Çalışmamızda en çok S.aureus ve P.aeruginosa izole edildi. S. aureus izolatlarından 13'ü MRSA olarak saptanmıştır. Burada en yüksek direnç oranı eritromisine (%50) karşı bulunmuştur. P. aeruginosa izolatlarında ise en etkili antibiyotik meropenem olduğu görüldü. İzole edilmiş P. aeruginosa suşlarından 10 izolatın mukoid yapıda olduğu saptandı. S. aureus ve P.aeruginosa'da ele alınan 2 yaş grubunda antibiyotikler arasında anlamlı bir ilişki olup olmadığını belirlemek için Pearson Ki-kare testi kullanıldı. Bu testte p-değeri 0.05'in altında olduğu zaman sonuç anlamlı kabul edilir. P.aeruginosa'da tüm veri gruplarında p-değerleri 0.05'in üzerinde bulunduğu için anlamsız bir ilişki olduğu görüldü. S.aureus için ise Pearson Ki-kare testi sonuçlarına baktığımızda P.aeruginosa'dan farklı olarak eritromisin ve ciprofloksasin antibiyotiklerinde anlamlı sonuçlar elde edilmiştir. Bu hastalar, genellikle çoklu ilaç dirençli ya da tüm ilaçlara dirençli P. aeruginosa suşlarıyla enfektedirler. Bu problemler nedeniyle, bakteriyofaj tedavisi gibi alternatif tedavi yöntemlerine yönelme eğilimi artmıştır. Bu çalışmadaki KF'li hastalardan izole edilen P.aeruginosa suşlarından 2 adet faj izolasyonu gerçekleştirildi. İzole edilen fajların genom analizi yapıldı. Fajlara ait filogenetik ağaçlar ve genom haritaları çıkarıldı.

Abstract:
Cystic fibrosis (CF) is a genetic disorder most commonly seen in Caucasians, inherited in an autosomal recessive manner. The leading cause of mortality in CF patients are frequently lung infections. This genetic disorder leads to the colonization of the mucosa with various microorganisms, initially in the upper respiratory tract and later in the lower respiratory tract. This study was conducted with 100 patient samples, 19 of which showed no bacterial growth or only flora bacteria. Among these CF patients, 54 were female (54%) and 46 were male (46%), with a male-to-female ratio of 1.17. This study focused on bacterial respiratory pathogens and their antibiotic susceptibility testing. Of the samples, 68 were sputum samples, and 32 were transtracheal aspiration samples. Bacterial cultures yielded 49.38% Staphylococcus aureus, 32.09% Pseudomonas aeruginosa, 16.04% Moraxella, 6.17% Streptococcus pneumoniae, 1.23% Burkholderia cepacia, 1.23% Escherichia coli, 7.40% Haemophilus influenzae, 4.93% Corynebacterium, and 1.23% Klebsiella pneumoniae. S. aureus and P. aeruginosa were the most frequently isolated pathogens. Among the S. aureus isolates, 13 were found to be MRSA. The highest resistance was observed against erythromycin (50%). For P. aeruginosa isolates, meropenem was found to be the most effective antibiotic. Of the P. aeruginosa isolates, 10 were found to have a mucoid phenotype. The association between antibiotics and two age groups of S. aureus and P. aeruginosa was evaluated using the Pearson Chi-square test. In this test, a p-value below 0.05 indicates statistical significance. For P. aeruginosa, p-values were above 0.05 in all data groups, indicating no significant relationship. However, for S. aureus, significant results were obtained with erythromycin and ciprofloxacin. These patients are typically infected with multidrug-resistant or pan-resistant P. aeruginosa strains. Due to these issues, there has been an increasing trend toward alternative treatment methods, such as phage therapy. In this study, two P. aeruginosa isolates from CF patients were subjected to phage isolation. Genomic analysis of the isolated phages was performed, and phylogenetic trees and genomic maps of the phages were generated.