İstanbul ili ve çevresinde toplanan kenelerde nairo, flebo ve flavivirusların araştırılması
Investigation of nairo, phlebo and flavivurs in ticks collected around İstanbul province
Yazar: NERGİS EMANET
Danışman: PROF. DR. KORAY ERGÜNAY
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Flavivirüsler = Flaviviridae ; Keneler = Ticks ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Virüsler = Viruses ; İstanbul = Istanbul

Özet:
Bu çalışmada, İstanbul ili ve çevresinden toplanan örneklerde kene kaynaklı virüslerin taranması, kene kaynaklı hastalıkların epidemiyolojisinin belirlenmesi ve kene türlerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Arbovirüsler içerisinde Bunyavirales takımında Nairoviridae, Peribunyaviridae ailelerinde ve Flaviridae ailesinde yer alan Nairovirüs, Flebovirüs ve Flavivirüs cinsleri, kenelerle bulaşma gösteren, aralarında Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi (KKKAV), trombositopeni sendromlu yüksek ateş ve kene kaynaklı ensefalit virüsü gibi, tüm dünyada önemli sağlık sorunları oluşturmuş virüsleri içermektedir. Belirli bir bölgede vektör kaynaklı ya da patojen olmayan virüs aktivitesinin bilinmesi, hastalık riskinin değerlendirilebilmesi ve epidemiyolojik özelliklerin incelenebilmesi için, eklembacaklıların sürveyansı önem taşımaktadır. Bu çalışmada, ülkemizde nüfus yoğunluğu en fazla İstanbul ili ve çevresinden toplanan kene örneklerinde jenerik PZR yöntemleri ile nairo-, flebo- ve flavivirüsler araştırılmış, saptanan virüsler DNA dizi analizi ile tanımlanmış ve bulgular tartışılmıştır. Çalışma kapsamında 2013, 2014, 2015 ve 2018 yıllarında İstanbul, Kırklareli, Edirne ve Tekirdağ illerinden 37 lokasyondan bayraklama ve hayvan örneklemesi ile 7154 kene toplanmıştır. Morfolojik incelemeler, örnekler arasında en sık saptanan türün Ixodes sp. (%30,92) olduğunu göstermiş, bunu Hyalomma marginatum (%14,29), Hyalomma scupense (%13,45), Haemaphysalis parva (%9,40), Rhipicephalus turanicus (%8,17) ve diğerleri takip etmiştir. Toplanan örnekler; lokasyon, cinsiyet ve türe göre toplam 572 havuz olarak virüs taramasına alınmış, %0,7'sinde (4/572) nairovirüs ve %3,3'ünde (19/572) flebovirüs pozitifliği saptanmıştır. Ancak havuzlarda flavivirüs RNA'sı tespit edilememiştir. Bölgede KKKAV ve KKKAV-AP92 izolatı saptanmıştır. Bunun yanı sıra ülkemizden daha önce bildirilmiş olan yeni kene kaynaklı flebovirüslere dair veriler elde edilmiştir. Bu veriler kene kaynaklı flebovirüsler ile ilgili bölgeden yapılmış olan ilk bildirimdir.
Anahtar kelimeler: Kene, Nairovirüs, Flebovirüs, Flavivirüs, PCR

Abstract:
In this study, we aimed to screen tick-borne viruses, to determine the epidemiology of tick-borne diseases and to identify tick species in samples collected from around Istanbul province. Among arboviruses under the order Bunyavirales, Nairoviridae, Peribunyaviridae families and Flaviviridae family there are Nairovirus, Phlebovirus and Flavivirus genus which include tick-borne viruses with significant global health impact, such as Crimean- Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV), severe fever with thrombocytopenia syndrome virus and tick-borne encephalitis virus. Arthropod surveillance provides information on regional vector-borne or non-pathogenic virus circulation, for the understanding virus epidemiology and risk assessment. In this study, we carried out nairovirus, phlebovirus and flavivirus screening in ticks via generic PCR, around Istanbul province which has a significant part of the urban population of Turkey. The detected strains were characterized via sequencing. A total of 7154 ticks were collected by flagging and animal sampling from 37 localities in Istanbul, Kırklareli, Edirne and Tekirdağ provinces, during 2013, 2014, 2015 and 2018 years. Morphological identification revealed Ixodes sp. (30.92%) to be the most abundant species, followed by Hyalomma marginatum (14.29%), Hyalomma scupense (13.45%), Haemaphysalis parva (9.40%), Rhipicephalus turanicus (8.17%) and others. The individuals were pooled in a total of 572 specimens, according to species, sex and collection sites. Nairovirus screening provided positive results in 0.7% (4/572) and phlebovirus screening provided positive results in 3.3% (19/572) of the pools. However, flavivirus RNA could not be detected in any tick pools. CCHFV and CCHFV-AP92 isolates were detected in the region. In addition, we obtained data on new tick-borne phleboviruses previously reported from Turkey. This is the first report from the region of tick-borne phleboviruses.
Key words: Tick, Nairovirus, Phlebovirus, Flavivirus, PCR