Kinolon dirençli escherichia colı klinik izolatlarında plazmidik direnç mekanizmalarının araştırılması
Investigation of plasmid-mediated resistance mechanisms in quinolone resistant clinical escherichia coli isolates
Yazar: PINAR AKÇAY ÖZLÜER
Danışman: DOÇ. DR. MURAT TELLİ
Adnan Menderes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Antienfektif ajanlar-kinolon = Anti infective agents-quinolone ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Genler = Genes ; Plazmitler = Plasmids ; İlaç alerjisi = Drug hypersensitivity ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Kinolonlar, Escherichia coli gibi Gram negatif mikroorganizmaların oluşturduğu
enfeksiyonların tedavisinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak kinolon direnci bu grup
antibiyotiklerin ampirik tedavide sıkça kullanılması nedeniyle hızlı bir artış göstermektedir.
Bu çalışmanın amacı 2012 Ocak ve 2013 Aralık tarihleri arasında Adnan Menderes
Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı'nda kinolon
direnci tespit edilen Escherichia coli suşlarında plazmid aracılı qnr, aac(6')-Ib ve qepA direnç genlerinin araştırılmasıdır.
Çeşitli klinik örneklerden elde edilen kökenlerin disk difüzyon yöntemiyle ampisilin,
ampisilin/sulbaktam, sefazolin, seftazidim, sefotaksim, sefoksitin, sefuroksim, gentamisin,
tobramisin, amikasin, siprofloksasin, levofloksasin, norfloksasin, ofloksasin, nalidiksik asit, piperasilin-tazobaktam, ertapenem, imipenem, meropenem, trimetoprim-sülfometoksazol
antibiyotik duyarlılıklarına bakıldı. Bu kökenlerin siprofloksasin, levofloksasin, ofloksasin ve norfloksasin MİK değerleri mikrodilüsyon yöntemi ile tespit edildi. Daha sonra qnrA, B, S, C, aac(6')-Ib ve qepA direnç genleri PZR ile araştırıldı. 
Kinolon dirençli Escherichia coli kökenlerinden 62' sinde (%60,19) plazmid aracılı kinolon direnç geni tespit edilmiştir. Dirençten sorumlu plazmid genleri içinde en sık aac(6')-Ib (%52,42) bulunmuştur. Daha sonra sırasıyla qnrS (%3,88), qepA (%1,94) ve qnr B (%0,97)
tespit edilmiştir. Bir izolatta (%1), qnrS ve aac(6')-Ib birlikte bulunmuştur. İzolatların
hiçbirinde qnrC ve qnrA direnç genleri bulunamamıştır. En fazla tespit edilen plazmid aracılı direnç geni yapılan çalışmalarla korele olarak, aac(6')-Ib genidir. Bu gen pozitif tespit edilen suşlardaki anlamlı GSBL pozitifliği, tobramisin ve ampisilin sulbaktam direnci, bu direnç geninin diğer direnç paternlerine sıklıkla eşlik ettiğini desteklemiştir.

Abstract:
Quinolones are commonly used for treating infections caused by Gram-negative
microorganisms such as Escherichia coli. However, quinolone resistance has spiked up due to
this very common empirical utilization of these antibiotics. The aim of this study is to
investigate the presence of plasmid mediated quinolone resistance genes qnr, aac(6')-Ib ve
qepA in 103 Escherichia coli isolates which were revived in Bacteriology Laboratory of
Medical Microbiology Division of Adnan Menderes University Medicine Faculty Teaching
Hospital between January 2012 and December 2013.
Izolates from various clinical specimens have been examined for ampicillin,
ampicillin/sulbactam, cefazolin, ceftazidime, cefotaxime, cefoxitin, cefuroxime, gentamicin, tobramycin, amikacin, ciprofloxacin, levofloxacin, norfloxacin, ofloxacin, nalidixic acid, piperacillin-tazobactam, ertapenem, imipenem, meropenem, trimethoprim-sulphamethoxazole antibiotic susceptibilities via disc diffusion method. Ciprofloxacin, levofloxacin, ofloxacin ve norfloxacin MIC values of these isolates have been established via microdilution method. Then, qnrA, B, S, C, aac(6')-Ib and qepA resistance genes have investigated by PCR.
Plasmid-mediated quinolone resistance genes have been found in 62 (%60,19) of
quinolone resistant Escherichia coli isolates. Most common found plasmid-mediated
resistance gene was aac(6')-Ib (%52,42). qnrS (%3,88), qepA (%1,94) and qnr B (%0,97)
have been established respectively. qnrS and aac(6')-Ib have been found in one isolate at the same time (%1). Neither qnrC nor qnrA resistance genes have not been found in our isolates.
In correlation with the literature, the most common plasmid-mediated resistance gene
was aac(6')-Ib in our study. Since a significant ESBL positivity and tobramycin and
ampicillin resistance have been revealed in aac(6')-Ib positive isolates, it has been
substantiated that other resistance patterns frequently accompany this resistance gene.