Isparta'da yetiştirilen kabak (Cucurbita pepo)'ta hıyar mozayik virüsü (Cucumber mosaic Virus, CMV)'nün biyolojik, serolojik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Identification of Cucumber mosaic Virus (CMV) on squash plants by using biological, serological and molecular methods in Isparta provinces
Yazar: AYNUR KESKİN
Danışman: DOÇ. DR. NEJLA YARDIMCI
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışma, Isparta ilinde yetiştirilen kabak üretim alanlarında Hıyar Mozayik Virüsü (Cucumber Mosaic Virus, CMV)'nün biyolojik, serolojik ve moleküler tanısının yapılması amacıyla 2011- 
2012 yılları arasında yürütülmüştür. Üretim alanlarında yürütülen sürveyler sırasında kabak bitkilerinde yoğun bir şekilde virüs enfeksiyonlarına özgü belirtileri gözlenmiştir.  Virüsün tanılama çalışmalarında; mekanik inokulasyon denemeleri, DAS-ELISA (Double-antibody sandwich enzyme linked immunosorbent assay) testleri, dsRNA (Double stranded RNA) analizi ve RT-PCR (Reverse transcription polimerase chain reaction) çalışmaları  gerçekleştirilmiştir. 

Araziden toplanan ve virüslü olduğundan şüphelenilen bitkiler, öncelikle ELISA yöntemi ile testlenmiştir. Testlenen toplam 268 örneğin 54 adedinin CMV ile enfekteli olduğu saptanmıştır. Testlenen örneklerdeki hastalık oranı ise % 20.149 olarak belirlenmiştir. 

ELISA testlerinde pozitif sonuç veren örnekler mekanik inokulasyon çalışmalarında kullanılmıştır.  İndikatör bitkiler üzerinde 12- 15 gün gibi bir sürede simptom çıkışı gözlenmiştir. 

ELISA testleri sonucunda CMV negatif sonuç veren ancak pozitife yakın absorbans değere sahip olan 35 bitki örneğinden total RNA ekstraksiyonu yapılmış ve bunlar RT- PCR yönteminde kullanılmıştır. Agaroz jel elektroforezde 35 örneğin tamamında beklenen seviyede ve CMV'ye özgü 678 bp'lik bve büyüklüğü gözlenmiştir.

CMV'nin dsRNA izolasyonu ve analizi çalışmalarında, mekaniksel inokulasyon çalışmalarında sistemik enfeksiyon sergileyen Nicotiana tabacum Xanthii bitkisinin yaprakları kullanılmıştır. Virüse özgü RNA'lar % 1.2'lik agaroz jelde 100Volt akım altında 2.5- 3 saat elektroforetik ayırıma tabi tutulduğunda virüse spesifik 3 RNA profili elde edilmiştir.

Anahtar kelimeler: Kabak, Kabakgiller, Cucumber mosaic virus, ELISA, Mekanik inokulasyon, RT-PCR, dsRNA analizi.

Abstract:
This study was conducted to determine of Cucumber mosaic virus (CMV) in squash production areas by using biological, serological and molecular methods  in Isparta province between 2011 ve 2012. During the field surveys, intensively  virus spesific symptoms in squash plants  were observed. For this purpose, different identification methods including mechanical inoculation to indicator plants, DAS-ELISA (Double-antibody sandwich enzyme linked immunosorbent assay), dsRNA (Double stranded RNA)  analysis and RT-PCR (Reverse transcription polimerase chain reaction) were used in this study.

Collected samples suspected to be CMV were firstly tested with ELISA test. ELISA tests showed that among 268 samples, 54 were infected with CMV and infection ratio for CMV was determined as 20.149 of the field samples. 

As a results ELISA tests, CMV positives samples were used for mechanical inoculation studies. The symptoms were observed on indicator plants in 12- 15 days after inoculation. 

İn the study ELISA, negative 35 plant samples were used for total RNA extraction and tested by RT-PCR for CMV. The respected size of band with 678 bp was observed on agarose gel electrophoresis for CMV. 

For CMV dsRNA isolation ve analysis studies, showing sistemically infection Nicotiana tabacum Xanthii plants leaves were used. Virus spesific RNAs were analyzed in 1.2 % agarose gel by electophoresis at 100 volt for 2.5-3 hr. As a result of ds RNA analysis, spesific 3 CMV RNA profiles were obtained.  

Key Words: Squash, Cucurbits, Cucumber mosaic virus, ELISA, Mechanical Inoculation, RT- PCR, dsRNA analysis.