Karbon nanofiber temelli kompozitlere dayalı elektrokimyasal aptasensörlerin geliştirilmesi ve uygulamaları
Development and applications of electrochemical aptasensors based on carbon nanofiber composites
Yazar: MELTEM MARAL
Danışman: PROF. DR. KADRİYE ARZUM ERDEM GÜRSAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Kimya = Chemistry ; Mühendislik Bilimleri = Engineering Sciences
Dizin: Aptasensörler = Aptasensors ; Elektrokimyasal empedans spektroskopisi = Electrochemical impedance spectroscopy ; Nanolif = Nanofiber ; Protein C = Protein C ; İyonik sıvılar = Ionic liquids

Özet:
Çalışmamızda öncelikle karbon nanomalzeme temelli tek kullanımlık kalem grafit elektrotlar (PGE) geliştirilip ve optimize edilerek, ardından aktive edilmiş protein C (APC)'ye hedefli DNA aptameri ile APC'nin etkileşimine dayalı elektrokimyasal aptasensör geliştirildi. Bu kapsamda, kalem grafit elektrot yüzeyleri karbon nanofiber (CNF) ve iyonik sıvı (IL) nanokompoziti ile modifiye edilerek CNF-IL modifiye edilmiş tek kullanımlık grafit elektrotlar (CNF-IL/PGE) hazırlandı. CNF-IL/PGE elektrotların mikroskobik ve elektrokimyasal karakterizasyonuna yönelik deneyler gerçekleştirildi.  Tez çalışmamızda, APC'ye spesifik DNA aptamer (DNA-Apt) kullanılarak APC-aptamer ile etkileşimi çözelti fazında gerçekleştirildi. APC'nin elektrokimyasal tayininde CNF-IL/PGE elektrotlar ile elektrokimyasal empedans spektroskopisi (EIS) yöntemi kullanıldı. Böylece, APC'yi spesifik ve duyarlı bir şekilde algılayacak aptamerlere dayalı bir yöntem karbon nanomalzeme temelli elektrotlar kullanılarak geliştirildi. APC'ye spesifik DNA aptamerin hedefi olan APC ile etkileşiminin yanısıra aptamer-antidot çifti (AD22) ile APC etkileşimi geliştirilen CNF-IL/PGE kullanılarak impedimetrik yöntem ile araştırıldı. 
Aptamer ile etkileşimi sonrasında APC'nin hızlı, güvenilir ve seçimli şekilde impedimetrik tayinini mümkün kılacak CNF-IL temelli aptasensör teknolojisi ilk defa geliştirildi. Tez kapsamında elde edilen çıktılar benzer biyomoleküler etkileşimlerin hızlı ve güvenilir şekilde duyarlı ve seçimli tayinini mümkün kılacak yeni aptasensörlerin geliştirilmesine model olacaktır.

Abstract:
In this study, carbon nanomaterial-based disposable pencil graphite electrodes (PGE) were firstly developed and optimized. Accordingly, these electrodes were applied for the detection of  interaction of activated protein C (APC) with its DNA aptamer. In this context, CNF-IL modified disposable graphite electrodes (CNF-IL/PGE) were prepared by modifying the surface of pencil graphite electrode with carbon nanofiber (CNF) and ionic liquid (IL) nanocomposite. The experiments for microscopic and electrochemical characterization of CNF-IL/PGE electrodes were then carried out. In this study, interaction between APC and its aptamer was performed in solution phase using APC-specific DNA aptamer (DNA-Apt), and electrochemical impedance spectroscopy (EIS) method was used in combination with CNF-IL/PGE in order to monitor the detection of biointeraction. The interaction of APC with its DNA aptamer as well as the interaction of APC with aptamer-antidote pair (AD22) were performed in solution phase and then impedimetric detection was performed by using CNF-IL/PGE. CNF-IL-PGE was used for the first time in the literature to detect impedimetrically  the interaction of APC with its DNA aptamer, which will enable rapid, reliable and selective determination of APC in solution phase. The results obtained within the scope of the study will be a model for the development of new aptasensors that will provide the rapid and reliable sensitive and selective detection of similar biomolecular interactions.