Kültür mercimeğinde (Lens culinaris Medik.) geliştirilen genomik SSR Markörlerinin yabani mercimek türlerine transfer edilebilirliğinin belirlenmesi
Determination of transferability of genomic SSR Markers developed in cultured lentil (Lens culinaris Medik.) to wild lentil species
Yazar: MERVE KEKLİK
Danışman: DOÇ. DR. MELİKE BAKIR
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Basit Dizi Tekrarı (SSRs) bir başka ismi ile mikrosatellit markörler, bitki genetik ve genomik araştırmaları için yaygın olarak geliştirilen ve kullanılan önemli moleküler gereçlerdir. Ancak mikrosatellitlerin geliştirilmesi yüksek maliyeti ve iş gücü nedeniyle bitkilerde yaygın olarak kullanımını sınırlamaktadır. Bu nedenle bir türde geliştirilen SSR markörün, tür içi ve türler arası aktarılabilirliğinin tespiti, genetik ve genomik çalışmalara kolaylık sağlamaktadır. Bu çalışmanın amacı, kültür mercimeğinde geliştirilen SSR markörlerin yabani mercimek türleri L. nigricans, L. lamottei, L. ervoides, L. culinaris subsp. tomentosus, L. culinaris subsp. orientalis, L. culinaris subsp. odemensis'e transfer edilebilirliğini araştırmaktır. Bunun için kültür mercimeğinde geliştirilen 100 genomik SSR markörü test edilmiştir. Test edilen bu markörlerin yabani mercimek türlerindeki polimorfizm oranları sırasıyla % 41 (L. nigricans), %40 (L. culinaris subsp. tomentosus), %39 (L. culinaris subsp. orientalis), %34 (L. culinaris subsp. odemensis), %34 (L. ervoides)  ve %31 (L. lamottei) olarak belirlenmiştir. Polimorfizm gösteren 41 adet markörün %51 (21 adet)'inin ise tüm türlerde ortak polimorfizm göstermiştir. Ortak polimorfizm gösteren bu markörlerin beklenen heterozigotluk (He) oranının ortalama 0.657 olduğu, gözlenen heterozigotluk oranının (Ho) ortalama 0.14 olduğu, polimorfik bilgi içeriği (PIC) değerinin ise, ortalama 0.61 olduğu tespit edilmiştir. Genetik benzerlik analizleri sonucu en yüksek benzerliğin L. culinaris subsp. orientalis ile L. nigricans (%81) türleri arasında olduğu, en düşük benzerliğin ise L. ervoides ile L. nigricans (%10) türleri arasında olduğu görülmüştür. Belirlenen aktarılabilir SSR markörlerinin tür içi veya türler arası çalışmalara, genetik çeşitlilik, gen akışı, filogenetik ve evrimsel ilişkileri araştırmak için bilimsel literatüre katkı sağlayabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Simple Sequence Repeats (SSRs), also known as microsatellite markers, are commonly used essential molecular tools for plant genetic and genomic research. However, the development of microsatellites is limited for common use in plants due to high cost and labor requirements. Therefore, determining the transferability of an SSR marker developed in one species to other species or within a species can facilitate genetic and genomic studies. The aim of this study was to determine the transferability of SSR markers developed in cultivated lentil to wild lentil species including L. nigricans, L. lamottei, L. ervoides, L. culinaris subsp. tomentosus, L. culinaris subsp. orientalis, and L. culinaris subsp. odemensis. For this aim, 100 genomic SSR markers developed in cultivated lentil were tested pn wild types. The polymorphism rates of these markers in wild lentil species were determined as 41% (L. nigricans), 40% (L. culinaris subsp. tomentosus), 39% (L. culinaris subsp. orientalis), 34% (L. culinaris subsp. odemensis), 34% (L. ervoides), and 31% (L. lamottei), respectively. Of the 41 markers that showed polymorphism, 51% (21 markers) showed common polymorphism in all species. The expected heterozygosity (He) was determined to be 0.657 on average for these common polymorphic markers, while the observed heterozygosity (Ho) was 0.14 on average. The polymorphic information content (PIC) value was also found to be 0.61 on average. Genetic similarity analysis showed the highest similarity between L. culinaris subsp. orientalis and L. nigricans (81%), while the lowest similarity was between L. ervoides and L. nigricans (10%). The transferable SSR markers identified in this study can contribute to scientific literature on genetic diversity, gene flow, phylogenetic and evolutionary relationships in intra- or inter-specific studies.