Klinik örneklerde çeşitli yöntemlerle chlamydia trachomatis araştırılması
The investigation of chlamydia trachomatis in clinical samples with various methods
Yazar: OSMAN ÖZÜBERK
Danışman: PROF. DR. SELMA GÖKAHMETOĞLU
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Floresan antikor tekniği = Fluorescent antibody technic ; Hücre kültürü = Cell culture ; Klamidya trachomatis = Chlamydia trachomatis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Chlamydia trachomatis, tüm dünyada en yaygın seksüel geçişli bakteriyel enfeksiyon ajanı olarak bilinir. Bu mikroorganizma zorunlu hücre içi parazitidir. C.trachomatis, trahom gibi göz enfeksiyonlarına, yenidoğanlarda pnömonilere, genitoüriner sistem (GÜS) enfeksiyonlarına ve Lenfo Granüloma Venorum (LGV) suşları tarafından oluşturulan ve özellikle genital bölgedeki lenf düğümlerinde patoloji oluşturan LGV'a neden olmaktadır. Bu nedenle C. trachomatis enfeksiyonlarının hızlı ve güvenilir laboratuvar tanısı erken tedavi açısından önemlidir. Bu çalışmada klinik örneklerde Direk Floresan Antikor (DFA), Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ve hücre kültürü yöntemleri ile C. trachomatis'in araştırılması amaçlandı.Şubat 2010-Mart 2010 tarihleri arasında, Erciyes Üniversitesi Gevher Nesibe Araştırma ve Uygulama Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum poliklinikleri ile Üroloji polikliniklerine genital akıntı ön tanısıyla başvuran ve genital enfeksiyon düşünülen 50 hastadan alınan sürüntü örnekleri çalışmaya dahil edildi. Sürüntü örneklerinden C. trachomatis antijeni DFA (PathoDx, Remel, Amerika) yöntemiyle araştırıldı. C. trachomatis izolasyonunda McCoy hücre kültürü kullanıldı. Hücre kültüründe C. trachomatis'in üreyip üremediği DFA (PathoDx, Remel, Amerika) ve iyot boyama yöntemleri ile doğrulandı. Bütün örneklerden C. trachomatis-DNA belirlenmesi için PCR yöntemi (Sacace, İtalya) uygulandı. Hücre kültürü ?altın standart? kabul edilip DFA ve PCR yöntemlerinin duyarlılık ve özgüllükleri hesaplandı.Çalışmaya alınan 50 sürüntü örneğinin 4'ünde (%8) DFA ile C. trachomatis antijeni pozitif bulundu. McCoy hücre kültürüne ekimi yapılan 50 sürüntü örneğin 1'inde (%2) DFA ve iyot boyama yöntemleriyle üreme olduğu gösterildi. 50 sürüntü örneğin 1'inde (%2) C. trachomatis-DNA pozitif bulundu. Hücre kültüründe üreme görülen örnekte PCR ve DFA yöntemleriyle de C. trachomatis pozitif bulundu. Sadece DFA yöntemi ile pozitif bulunan 3 sürüntü örneğindeki pozitiflik yalancı pozitiflik olarak yorumlandı. DFA yöntemin duyarlığı %100, özgüllüğü %94, PCR yönteminin duyarlılığı ve özgüllüğü %100 olarak bulundu.DFA yöntemi ve PCR yöntemi hücre kültürü yöntemine kıyasla çabuk sonuç veren, hızlı tanı metodlarıdır. DFA yönteminde yalancı pozitiflikler görülebileceği için, sürüntü örneklerinde C. trachomatis daha duyarlı bir metod olan PCR ile araştırılabilir.Anahtar kelimeler: C. trachomatis, DFA, PCR, hücre kültürü.

Abstract:
Chlamydia trachomatis is known as the most common bacterial infection agent that passes with sexual transition. This microorganism is an obligatory intracellular parasite. C. trachomatis causes eye infections such as trachoma, pneumonias in new born babies, genito urinary system infections (GUS) and LGV (Lymphoid Granule Venorum) that is constituted by LGV strains causes pathology in the lymph nodes in the genital region. For this reason; the fast and reliable laboratory diagnosis of C. trachomatis infections is important in terms of early treatment. In this study, it has been aimed to investigate the C. trachomatis by using Direct Fluorescent Antichor (DFA), polymerase chain reaction (PCR) and cell culture methods.The swab samples that have been taken from 50 patients, who have applied to Erciyes University Gevher Nesibe Investigation and Application Hospital Obstetric and Gynecology Policlinics and Urology Policlinics with genital flow pre-diagnosis between February 2010 and March 2010 dates, have been included in this study. C. trachomatis antigens were investigated by DFA (PathoDx, Remel, USA) method. McCoy cell culture was used for isolation of C. trachomatis in there swab samples. Growing of C. trachomatis in the cell culture was confirmed by DFA (PathoDx, Remel, USA) and Iodine method. C. trachomatis DNA was investigated by PCR (Sacace, Italy) in the samples. Specificitys and sensitivitys of PCR and DFA methods were calculated considering cell culture as the gold standart.C. trachomatis antigen was found positive by DFA in 4 (8%) of 50 swab samples that has been included in the study. C. trachomatis isolation in McCoy cell culture was shown by DFA and Iodine method in 1 (2%) of 50 samples. C. trachomatis DNA was found positive in 1 (2%) sample of 50 samples. C. trachomatis DNA was found positive by PCR and DFA methods in the samples that C. trachomatis was isolated in the cell culture. C. trachomatis was found positive only by DFA method in 3 samples and this positivity was considered as false positivity of DFA method. The sensitivity and specificity were found as %100 and %94 respectively for DFA and %100, %100 respectively for PCR.DFA and PCR methods are rapid diagnosis methods that result more quickly than cell culture methods. As false positive results can be obtained by DFA in swab samples, C. trachomatis can be investigated in these samples by PCR that is more sensitive than DFA.Keywords: C. trachomatis, DFA, PCR, cell culture.