Çiğ sütlerden Staphylococcus spp. izolasyonu, identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Determination of Staphylococcus spp. isolation, identification and antibiotic sensitivity from raw milk
Yazar: MUSTAFA ÇELİK
Danışman: DOÇ. DR. EBRU ŞEBNEM YILMAZ
Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, Hatay ilinde satışa sunulan çiğ inek sütlerinden stafilokok türlerinin izolasyonu/identifikasyonu, izolatların antibiyotiklere olan duyarlılıkları ve dirence aracılık eden mekanizmaların belirlenmesi amaçlanmıştır. Bunun için, 120 çiğ inek sütü stafilokok yönünden incelenmiştir. Bu kapsamda araştırılan 120 çiğ inek süt örneklerinin 110'undan (%91,6) Staphylococcus spp. izole edildi. Türe özgü primerlerle yapılan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile izolatların 54'ü (%49,1) Stapylococcus epidermidis, 19'u (%17,2) S. sciuri, 17'si (%15,4) S. aureus, 6'sı (%5,4) S. simulans, 6'sı (%5,4) S. saprophyticus, 4'ü (%3,6) S. chromogenes, 2'si (%1,8) S. xylosis, 1'i  (%0,9) S. haemolyticus ve 1'de (%0,9) S. arlettae olarak tanımlandı. İzolatların tamamı vankomisine duyarlı iken; %58,1'i (n:64) ampisiline, %56,3'ü (n:62) penisiline, %23,6'sı (n:26) sefoksitine, %12,7'si (n:14) trimethoprim-sulfometoksazole, %12,7'si (n:14) amoksisiline, %11,8'si (n:13) tetrasikline, %10'u (n:11) gentamisine, %9'u (n:10) klindamisine, %4,5'u (n:5) eritromisine, %1,8'i (n:2) kloramfenikole, %0,9'u (n:1) rifampisine, %0,9'u (n:1) siprofloksasine dirençli bulundu. Penisiline dirençli izolatların 33'ünde blaZ geni, oksasiline dirençli izolatların 13'ünde mecA geni belirlendi. Eritromisin dirençli izolatlarda, direnç genlerinden ermB+ermC 1 izolatta, ermC ise 1 izolatta tespit edildi. Tetrasikline dirençli izolatların 6'sında tetK ve tetM ise 3 izolatta belirlendi. Aminoglikozid direncinden sorumlu genler ise izolatların 1'inde ant(4')-la, 1'inde aph(3')-IIIa, 2'sinde aac(6')-aph(2''), 2'sinde aac(6')-aph(2'')+ aph(3')-IIIa ve1izolatta aac(6')-aph(2'')+ aph(3')-IIIa+ ant(4')-la kombinasyonu şeklinde belirlendi.
Bu tez çalışması ile çiğ inek sütlerinin, stafilokok izolatları arasında antibiyotik direnç genlerini barındırması açısından önemli bir kaynak olduğu gösterilmiştir. Horizontal olarak diğer bakterilere bu genlerin aktarımı halk sağlığı açısından sürekli bir risk teşkil etmektedir. Bu nedenle, her çeşit çiğ sütteki mikroorganizmaların antibiyotik direnç sürveyansı önem arz etmektedir.

Abstract:
In this study, it was aimed to isolate/identify staphylococci species from raw cow milk sold in Hatay province, to determine the susceptibility of isolates to antibiotics and the mechanisms mediating resistance. For this, 120 raw cow's milk was examined for staphylococcus. In this context, 110 (91,6%) Staphylococcus spp. were isolated from 120 raw cow milk samples. By Polymerase Chain Reaction (PZR) performed with species-specific primers, 54 (49,1%) of isolates were defined Stapylococcus epidermidis, 19 (17,2%) S. sciuri, 17 (15,4%) S. aureus, 6 (5,4%) S. simulans, 6 (5,4%) S. saprophyticus, 4 (3,6%) S. chromogenes, 2 (1,8%) S. xylosis, 1 (0,9%) S. haemolyticus, 1 (0,9%) S. arlettae. While all of the isolates were sensitive to vancomycin; 58,1% (n:64) ampicillin, 56,3% (n:62) penicillin, 23,6% (n:26) cefoxitin, 12,7% (n:14) trimethoprim-sulfamethoxazole, 12,7% (n:14) amoxycillin, 11,8% (n:13) tetracycline, 10% (n:11) gentamicin, 9% (n:10) clindamycin, 4,5% (n:5) erythromycin, 1,8% (n:2) chloramphenicol, 0,9% (n:1) rifampine, 0,9% (n:1) found resistant to ciprofloxacin. The blaZ gene was found in 33 of the penicillin-resistant isolates, and the methicillin-resistance gene mecA was detected in 13 isolates. In erythromycin resistant isolates, ermB+ermC resistance genes were detected for 1 isolate and ermC was detected in 1 isolate. Among the tetracycline resistance genes, tetK was detected in 6 and tetM in 3 isolates. The genes responsible for aminoglycoside resistance were detected ant(4')-la in 1 isolates, aph(3')-IIIa in 1 isolates, aac(6')-aph (2'') in 2 isolates, aac (6')-aph(2'')+ aph(3')-IIIa in 2 isolates and aac(6')-aph(2'')+ aph(3')-IIIa+ ant(4')-la combination in 1 isolate.
In this thesis, it has been shown that raw cow milk is an important source of antibiotic resistance genes among staphylococcal isolates. Horizontal transfer of these genes to other bacteria is hazardous for public health. For this, antibiotic resistance surveillance of microorganisms in all kinds of raw milk is important.