Helicobacter pylori cagA ve vacA virülans genlerinin polimeraz zincir reaksiyonu ile tanımlanması
Detection of Helicobacter pylori cagA and vacA virulence genotypes by polymerase chain reaction
Yazar: CEREN ÖZKUL
Danışman: PROF. DR. YAKUT AKYÖN YILMAZ
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Cag A = Cag A ; Helicobacter = Helicobacter ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Dünya nüfusunun yarısından fazlası H. pylori ile enfektedir. H. pylori ile enfekte bütün bireyler kronik gastrik enflamasyon geliştirir ancak bu durum genellikle asemptomatiktir. Ayrıca gastrit, peptik ülser, gastrik kanser, mukoza ile ilişkili lenfoid doku (MALT) lenfoması gibi birçok gastroduodenal hastalıkla ilişkilendirilmiştir. Enfeksiyonun seyri, bakteriyel virülans faktörleri ve konak ile ilişkilidir. En önemli virülans faktörleri cagA ve vacA genleri tarafından kodlanan proteinlerdir. Genellikle cagA varlığı ve vacA allelik tiplerinin dağılımı belirgin bir coğrafi farklılık göstermektedir. Bu çalışmada cagA ve vacA allelik tiplerinin prevalansının belirlenmesi ve klinik bulgularla ilişkisinin değerlendirilmesi amaçlandı. DNA örneklerinin ekstraksiyonu için cetyltrimethyl-ammonium bromide (CTAB) yöntemi kullanıldı. Stok kültürlerde H. pylori varlığını doğrulamak amacıyla ureA geninin 411 bç'lik bölgesi PCR yöntemiyle çoğaltıldı. Daha sonra ureA geni bakımından pozitif olan 120 izolat cagA ve vacA allellerinin (s1a, s1b, s2, m1 ve m2) özgül dizilerini hedef alan primerler ile çoğaltıldı. Yüz yirmi suşun 64'ünde (%53.3) cagA saptandı. Sinyal bölgesinin s1a, s1b ve s2 varyantları sırasıyla %70.1, %2.8 ve %27.1 oranında saptandı. Orta bölge varyantlarından m2 (%65.5), m1'e (%33.6) göre daha yüksek oranda bulundu. Bir suşta hem m1 hem de m2 genotipleri birlikte bulundu. En sıklıkla s1a/m2 (%35.6) ve s1a/m1 (%33.6) allelik kombinasyonları görüldü. Ayrıca s2/m1 kombinasyonunda hiçbir suş bulunmadı. cagA pozitifliği, vacA allelleri ve klinik bulgular arasında belirgin bir ilişki bulunamadı. Ancak vacA allelik kombinasyonları ve cagA pozitifliği arasında bir ilişki saptandı.

Abstract:
More than half of the world?s population is infected with H. pylori. All H. pylori infected individuals develop chronic gastric inflammation but this condition is usually asymptomatic. It has been also associated with several gastroduodenal diseases such as gastritis, peptic ulcer disease, gastric cancer and Mucosa Associated Lenfoid Tissue lymphoma (MALT lymphoma). Prognosis of the infection is associated with the bacterial virulence factors and host factors. The most important virulence factors are proteins which are encoded by cagA and vacA gene. Generally, the presence of cagA and distribution of vacA allelic types has shown significant geographical variation. The aim of this study was to determine the prevalence of cagA and vacA allelic types and to evaluate the association between clinical findings. The cetyltrimethyl-ammonium bromide (CTAB) method was used for the extraction of the DNA templates. In order to confirm the presence of H. pylori in stock strains, a 411 bp fragment of the ureA gene was amplified by PCR method. After that, 120 isolates which are positive for ureA gene were amplified by primers which target specific sequences of cagA and vacA alleles (s1a, s1b, s2, m1 and m2). cagA was detected in 64 (53.3%) of the 120 strains. The s1a, s1b and s2 variants of signal(s) region were detected in 70.1%, 2.8% and 27.1%, respectively. Among middle(m) region variants, m2 (65.5%) was found more prevalent than m1 (33.6%). Only one strain was found to have both vacA m1 and m2. Both m1 and m2 genotypes were found together in one strain. The most frequently seen allelic combination was s1a/m2 (35.6%) and s1a/m1 (33.6%). Furthermore, no strain with the s2/m1 combination was found. There was no significant association between cagA positivity, vacA alleles and clinical findings. However, an association between vacA allelic combinations and cagA positivity was detected.