İnsan kanser hücre hatlarında peroksizom proliferatör ile etkinleşen reseptör gamma genindeki pro12ala polimorfizminin araştırılması
Investigation of pro12ala polymorphism in the peroxisome proliferator-activated receptor-gamma gene in cancer cell lines
Yazar: HATİCE KURNAZ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ HANDE KOÇAK
Demiroğlu Bilim Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Hücre dizisi = Cell line ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Peroksizomlar = Peroxisome ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Tek Nükleotit polimorfizmleri (SNP), DNA dizisinde tek bir nükleotitte meydana gelen değişikliklerdir. SNP'ler gemomda en sık görülen genetik varyasyonlar olup gen ifadesini ve fonksiyonunu etkileyebildikleri bilinmektedir.
Peroksizom Proliferatör ile Etkileşen Reseptör Gamma (PPARγ) geninin 12. kodonunun 34. nükleotidinde meydana gelen C->G dönüşümü ile oluşan prolin amino asitinin alanin amino asitine değişimi sonucunda Pro12Ala polimorfizmi oluşmaktadır. Son zamanlarda yapılan birçok çalışma Pro12Ala polimorfizminin obezite, diyabet, bazı kanser türleri gibi birçok hastalık ile ilişkili olabileceğini göstermiştir. Hücresel düzeyde ise kanser ile Pro12Ala polimorfizmi ilişkisini inceleyen bir çalışmaya rastlanmamıştır. 
Bu çalışmada kanser hücre hatları ile normal hücre hatlarında Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RFLP) yöntemi ile Pro12Ala polimorfizmi incelenmiş ve Pro12Ala polimorfizminin PPARγ mRNA ekspresyonu üzerindeki etkisi Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (GZ-PZR) yöntemi ile araştırılmıştır. 
Araştırma sonucunda, taranan 13 hücre hattı içerisinde sadece AGS ve Caki-1 hücre hatlarında Pro12Ala polimorfizmi tespit edildi. Bu hücre hatlarının PPARγ mRNA ifadesinin, Pro12Ala polimorfizmi bulunmayan MCF10A, SK-BR-3, MDA-MB-453, MDA-MB-458 hücre hatlarına kıyasla daha düşük olduğu bulundu.

Abstract:
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the variations in single nucleotide in the DNA sequence. They are the most common genetic variations in genome. It is known that SNPs may have effects on gene expression and function.
The Pro12Ala polymorphism is the change of proline amino acid to alanine amino acid by the conversion of cytosin(C) to guanine (G) at 34th nucleotide of the 12th codon in the Peroxisome Proliferator Receptor Gamma (PPARγ) gene. Several recent studies have shown that Pro12Ala polymorphism may be associated with many diseases, such as obesity, diabetes, and some types of cancer. At the cellular level, there were no studies investigating the relationship between cancer and Pro12Ala polymorphism.
In this study, Pro12Ala polymorphism in PPARγ gene was investigated in cancer cell lines and normal cell lines via using restriction fragment length polymorphism (RFLP) method and the effect of Pro12Ala polymorphism on PPARγ mRNA expression was investigated via using Real Time Polymerase Chain Reaction method.
In conclusion; amongst 13 cell lines that are screened, Pro12Ala polymorphism was detected in only AGS and Caki-1 cell lines. PPARγ mRNA expression of these cell lines was found to be lower than PPARγ mRNA expression of cell lines without Pro12Ala polymorphism such as MCF10A, SK-BR-3, MDA-MB-453, MDA-MB-458 cell lines.