Abaza ve Gürcü keçilerinde kappa-kazein proteininin polimorfizmi
Kappa-casein polymorphism in abaza and gürcü goats
Yazar: HOUMAN ALLAHVERDIKHAN VAZIRI
Danışman: PROF. DR. OKAN ERTUĞRUL
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Genetik = Genetics ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: DNA mutasyon analizi = DNA mutational analysis ; Kazeinler = Caseins ; Keçi sütü = Goat milk ; Keçiler = Goats ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Proteinler = Proteins ; Süt = Milk

Özet:
Kappa-Kazein proteini süt misellerinin kararlılığına ve formasyonuna izin vererek bunların şekillerini ve görevini düzenlemektedir ve bu nedenle sütün kalitesini belirleyen en önemli proteinlerden birini temsil etmektedir. Kappa kazein varyantlarının belirlenmesinde çeşitli yöntemler geliştirilmiştir. Protein düzeyinde inceleme imkanı veren izolektrik odaklama (Isoelectric focusing, IEF) yöntemine göre Agrubu (AIEF) ve B grubu (BIEF) olarak 2 grup tanımlanabilirken; dizi analizi, Tek Zincir Konformasyon Polimorfizmi (Single Strand Conformation Polymorphism, SSCP) ve Restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP) yöntemlerine göre de AIEF grubu içinde 12 allel, BIEF grubu içinde 4 allel belirlenebilmektedir. Ayrıca yapılan çalışmalarla BIEF kappa kazein varyantlarının AIEF olan kappa kazein varyantlarına oranla sütte daha fazla protein ve kazein içeriği bulunmasına neden olduklarını gösterilmiş ve böylece peynir üretimi için BIEF varyantları bir seleksiyon kriteri olarak önerilmiştir.Sunulan çalışmada Türkiye'de yetiştirilmekte olan Abaza (n=32) ve Gürcü (n=38) keçi ırklarında, kappa-Kazein proteininin gen polimorfizminin ortaya konulması ve güncel literature katkı yapılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, CSN3 geni 4. Ekzonu PZR-RFLP ve DNA dizi analizileri kullanılarak genetik moleküler yöntemleriyle genotiplendirilmiştir. Çalışılan ırklarda 8 allelden oluşan 17 genotip belirlenmiştir. Bu allellerden B, D ve A alleli her iki ırkta da yüksek frekanslarda bulunmuştur. Çalışmada Abaza keçi ırkında A ve C allellerinden bir bazlık fark ile ayrılan iki yeni allel belirlenmiş ve sırasıyla A*, C* olarak adlandırılmıştır. Bu allellerin süt proteini yapısında bir değişikliğe neden olup olmadığı bilinmemektedir. İlerleyen çalışmalarda süt protein düzeyinde ve moleküler düzeyde yapılacak çalışmalarla bu allellerin etkisi daha detaylı ortaya konulabilecektir.

Abstract:
Cappa-Casein is essential for micelle formation and stabilization by allowing of the micelle shapes and manufacturing properties, therefore represents of the most important proteins in determining the quality of the milk. Various methods have been developed to determine Kappa casein variants. According to the Isoelectric focusing method (Isoelectric focusing, IEF) two varyants of milk proteins has identified in protein level witch has named az grup A (AIEF) and grup B (BIEF). Although according to the Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) and Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) methods, for grup A, 12 alleles and for grup B, 4 alleles has been determined. In addition, studies on ?-Casein proteins indicates that, in BIEF varyants, compared with AIEF varyants, there are more protein and casein content in milk; thus a selection criterion for cheese making, proposed for the BIEF varyants.The aim of the present study, is to reveal ?-Casein protein gene polymorphism in Abkhasian (n=32) and Georgian (n=38) goat breads which are breeding in Turkey, and contributed to the up to dated literature. For this purpose exon 4 of CSN3 gene has been genotyped using molecular genetics methods by PCR-RFLP and DNA sequence analysis. In this 17 genotype consisting of 8 alleles has identified on studied breeds. B, D and A alleles shows high frequencies in each both breeds. Two new alleles were identified on Abkhasian and Georgian goat breads which shows differences in one base from A and C alleles which separated to A* and C* respectively. It is not known whether these alleles are causing a change in the structure of milk protein. Later studies will be carried out more details on the effect of these alleles on the level of milk protein and molecular level.