Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen Enterococcus faecalis suşlarının plazmit profillerinin incelenmesi
The investigation of plasmid profiles of Enterococcus faecalis strains isolated from mastitic cow milks
Yazar: MEHMET ÖZTÜRK
Danışman: DOÇ. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterococcus faecalis = Enterococcus faecalis ; Hayvan hastalıkları = Animal diseases ; Mastit = Mastitis ; Plazmitler = Plasmids ; Süt = Milk ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine ; İnek sütü = Cow milk

Özet:
Plazmitler, bakteriden bakteriye antimikrobiyal direnç genlerini ve virülans faktör genlerini aktarabilen ekstrakromozomal genetik elementlerdir. Suşlardaki plazmit sayısının artması, suşun patojenitesinin arttığını göstermektedir. Aynı zamanda plazmit profil analizi klonal yayılımı belirleyebilmek için iyi bir moleküler tiplerndirme yöntemi olarak kullanılmaktadır.
Bu çalışmada mastitisli sığır sütlerinden izole edilen Enterococcus faecalis suşlarının plazmit profillerinin incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak, 600 mastititsli sığır sütünden izole edilen 56 Enterococcus faecalis izolatı kullanıldı. Enterokok izolasyonu, selektif besiyerleri kullanılarak gerçekleştirildikten sonra, tür düzeyinde identifikasyon polimeraz zincir reaksiyonu ile yapıldı. Ellialtı izolattan plazmit izolasyonunda alkali liziz yöntemi modifiye edilerek kullanıldı. Plazmid izolasyonu sonucunda, izolatların 19'unun 1 ile 7 arasında plazmit taşıdığı, plazmit boyutlarının da yaklaşık olarak 41 kb ile 1,7 kb arasında değiştiği tespit edildi. Çalışmada, 5 izolat tek plazmit,14 izolatın ise birden fazla plazmit taşıdığı belirlendi. Benzer plazmit profilinde olan, iki veya daha fazla suş içeren 6 küme oluşturuldu. Plazmid izolasyonunu takiben, profil içerikleri kontrol edilerek, benzer ve aynı plazmitler arasında kümeleme analizi yapıldı. Klonal yayılıma ilişkin ipuçları elde edildi. Bu çalışmada Türkiye'deki mastitisli sığırların sütlerinden izole edilen E. faecalis suşlarının plazmit profilleri ilk kez incelenmiştir. Yöredeki saha izolatları arasındaki plazmit yayılımı belirlenerek, izole edilen enterokok suşlarının patojenitesi ve klonal yayılımı hakkında bilgi sahibi olunmuştur

Abstract:
Plasmids are extrachromosomal elements have capable of transmitting antimicrobial resistance and virulence factor genes from bacteria to bacteria. An increase in the number of plasmids in strains shows patogenity of the strain is getting increased. Plasmid profile analysis is a one of the most practical molecular typing methods used for determining the clonal expansion in the flock.     
The purpose of this study was to investigate the plasmid profiles of Enterococcus faecalis isolated from cow milk samples with mastitis. As a material, 56 Enterococcus faecalis isolates isolated from 600 milk samples with mastitis were used. After the isolation of the enterococci in selective mediums, identifications on species basis were performed by polymerase chain reaction (PCR). Modified alkaline lysis method was used for plasmid isolation. Results revealed that 19 of 56 isolates have plasmids varying one to seven and lengths of those were ranged approximately between 1.7 kb and 41 kb. It was determined that five isolates have only one plasmid while the other 14 have more plasmids. Six clusters that containing two or more strains with similar plasmid profile were formed. Following the plasmid isolation, cluster analysis was performed between the same and similar plasmids after their profile contends checked. Some clues related to clonal expansion has been detected.    This study is the first in Turkey that plasmid profiles of E. faecalis strains isolated from cows' milk with mastitis have been investigated. Briefly, plasmid expansion in the field isolates was determined while the patogenity and clonal expansion traits of enterococ strains were also investigated.