Yenidoğan bağırsak mikrobiyatasının nekrotizan enterokolit (NEK) hastalığı ile ilişkisi
Relationship of neonatal gut microbiota with necrotizing enterocolitis (NEC)
Yazar: CEVHER KARACA
Danışman: PROF. DR. HATİCE AYSUN MERCİMEK TAKCI
Kilis 7 Aralık Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Patogenezde mikrobiyal disbiyoz ile ilişkili Nekrotizan Enterokolit (NEK) prematüre yenidoğanların yıkıcı bir hastalığıdır. Türkiye'de yenidoğan bakımındaki ilerlemelere rağmen NEK önemli bir mortalite ve morbidite oranına sahip gastrointestinal hastalık olmaya devam etmektedir. Gastrointestinal sistemde belirli bakterilerin kolonizasyonunun NEK patogenezine katkıda bulunduğu ifade edilmektedir. NEK ve erken doğmuş bebeklerde mikrobiyomu değerlendiren çalışmalar farklı bakteriyel türlere işaret etmektedir. Bu çalışmanın amacı öngörücü erken tanı ve tedavide öne çıkabilecek bakteriyel kompozisyonların moleküler tekniklerle belirlenmesidir. NEK yenidoğanın gaitasından alınan örnekte, kontrole göre daha yüksek total bakteri (17.9x107 cfu/g), total koliform (12.4x105 cfu/g) ve fekal koliform (32.7x104 cfu/g) yükler kantitatif PCR ile belirlenmiştir. NEK'li prematüre ve sağlıklı bebekten alınan dışkı mikrobiyomunun yeni nesil dizileme analizleri taksonomik profillerde farklılıklar ortaya konmuştur. NEK'li hastanın bakteri kompozisyonunda kontrolden farklı olarak Bacteroidia, Bacilli ve Clostridia'nın göreceli bolluğunun arttığı gözlenmiştir. Proteobacteria şubesinde Betaproteobacteria'nın dağılımda yer aldığı gözlenmektedir. NEK'li prematüre yenidoğanlarda 16 srRNA dizisi ve mikrobiyom dışkı analizini entegre eden Gaziantep bölgesindeki ilk çalışmadır ve NEK'in tekdüze bir bakteriyel imzaya sahip olmadığını gösterdik.

Abstract:
Necrotizing Enterocolitis (NEC) associated with microbial dysbiosis in pathogenesis, is a devastating disease of preterm newborns. Despite advances in neonatal care in Turkey, NEC continues a gastrointestinal disease having a significant mortality and morbidity rate. It is stated the colonization of specific bacteria in the gastrointestinal system contributes to the pathogenesis of NEC. Literature searches evaluating the microbiome in NEC and preterm babies are indicated to the different bacterial species. This study aims to determine bacterial compositions that may become prominent in predictive early diagnosis and treatment by molecular techniques. The higher total bacterial (17.9x107 cfu/g), total coliform (12.4x105 cfu/g), and fecal coliform (32.7x104 cfu/g) loads in stool sample obtained from preterm infant with NEC than control were determined by quantitative PCR. The next-generation sequencing analyses of the fecal microbiome yielded from healthy baby and preterm with NEC revealed the differences in taxonomic profiles. In fecal bacterial composition of preterm infant with NEC is observed to increase relative abundances of Bacteroidia, Bacilli, and Clostridia as consistently different from the control. Betaproteobacteria is observed to distribute in the Proteobacteria phylum. This is the first study to integrate 16 srRNA sequence and microbiome stool analysis in preterm neonates with NEC in Gaziantep, Turkey and we demonstrate that not have a uniform bacterial signature of NEC.