İzmir ilindeki bazı endemik bitki türlerinin endofitik mikroorganizma profillerinin DGGE ile belirlenmesi
Determination of the endophytic microorganism profiles of the some endemic plants in the İzmir province using DGGE
Yazar: DİLEK EROĞLU
Danışman: PROF. DR. ATAÇ UZEL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Biyolojik çeşitlilik = Biological diversity ; Endofitik bakteri = Endophytic bacteria ; Mikrobiyota = Microbiota ; Moleküler tanı = Molecular identification

Özet:
Bu çalışmada, Styrax officinalis ve Dianthus erinaceus endemik bitki türlerinin kök kısımlarındaki bakteriyal ve fungal endofit çeşitliliğinin, kültürden bağımsız bir yaklaşım olan DGGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Bitkilerin köklerindeki endofitik bakteri ve fungus çeşitliliği 16S rDNA, ITS DGGE parmak izi ve filogenetik analizler kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Bitki örnekleri İzmir ilinin Kemalpaşa ilçesinden toplanmış ve aynı gün içinde laboratuvara getirilmiştir. Köklerin yüzeyleri sterilize edildikten sonra sterilite kontrolü yapılmıştır. Akabinde bitki örneklerinden total DNA izolasyonu, 16S rDNA ve ITS DGGE amplikonlarının jelden geri kazanımı ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. İki bitki örneğinden toplam 10 bakteriyel ve 13 fungal filotip elde edilmiştir. Filotipler NCBI-GenBank veribanındaki bakteri ve funguslara ait diziler ile benzerlikleri bakımından karşılaştırılmıştır. Bitki örneklerinin kök kısımlarındaki dominant endofitik bakteri çeşitliliğinin çoğunluğunu Protobacteria filum ve alt filumlarının oluşturduğu belirlenmiştir. Bitkilerdeki endofitik fungus çeşitliliğinin ise Ascomycota filumuna dahil  Penicillium sp., Alternaria sp. ve kültürü yapılmamış Cladosporium sp. gibi fungus genuslarından oluştuğu belirlenmiştir. Çalışmamızda D. erinaceus'un endofitik bakteri ve fungus çeşitliliğinin S. officinalis'e göre daha yüksek olduğu saptanmıştır.

Abstract:
This study was aimed to evaluate the bacterial and the fungal endophyte diversity of the root parts of Styrax officinalis and Dianthus erinaceus endemic plant species by culture independent DGGE method. The endophytic bacterial and fungal communitiy structures in the roots of the plants were revealed using 16S rDNA, ITS DGGE fingerprinting and phylogenetic analysis. Plant samples were collected from Kemalpaşa district of İzmir province and brought to the laboratory at the same day. The surface of the roots were subjected to sterilization and cheched for their sterility. Following the total DNA isolation from plant samples, recovery of 16S rDNA and ITS DGGE of the amplicons from the gel and sequence analysis were performed. A total of 10 bacterial and 13 fungal phylotypes were obtained from two plant samples. Phylotypes were compared with NCBI-GenBank database in terms of their similarities to the bacterial and fungal sequences. It has been determined that the majority of the dominant endophytic bacterium diversity in root parts of plant specimens is constituted by Protobacteria phylum and subfilums. The fungal diversity is constituted by Penicillium sp., Alternaria sp. and uncultured Cladosporium sp. belonging to the Ascomycota phylum. In our study, the endophytic bacterial and fungal diversity of D. erinaceus was found to be higher than S. officinalis.