Karışmış örneklerde STR analizinin LR (Likelihood ratio) kullanılarak yorumlanması /
Yazar: TOLGA ZORLU
Danışman: YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Biyoistatistik = Biostatistics ; Genetik = Genetics
Dizin: Adli tıp = Forensic medicine ; DNA = DNA ; Genetik = Genetics ; Laboratuvarlar = Laboratories ; Olabilirlik dağılımı = Possibility distribution

Özet:
Adli bilimlerde DNA kanıtının yorumlanması, analitik sürecin en önemli kısmıdır. İlgili delilin ve referans materyal karşılaştırılması tecrübe ve dikkat gerektiren bir aşamadır. Analistler zaman zaman karışık DNA örnekleri ile karşı karşıya gelebilirler. Delil niteliği taşıyan bu örnekler birden fazla kişinin DNA'sını içerebilir. Karışım örneklerinde bazı faktörler DNA analizini daha da karmaşık hale getirebilir. Bunlar; katılımcı sayısının bilinmemesi sonucunda alel çakışmalarının olması, düşük kalitede veya bozunmuş örneklerde gözlenen stokastik dalgalanmalar, Taq polimeraz enziminin yarı kantitatif aktivitesi ve primer bölgelerinde mikrovaryantların oluşumu olarak sıralanabilir.  Ayrıca, DNA molekülünün yorumlanmasında ve davaların karar aşamasında gerekli olan istatistiksel değerlendirmeler de karşılaşılan diğer bir zorluktur. Karışık DNA örneklerinin yorumlanmasında kullanılan farklı yaklaşımlar mevcuttur. Son yıllarda çeşitli ülkelerdeki hukuk sistemleri bu istatistiksel hesaplama işlemlerinden faydalanmaktadırlar. Ülkemizde karışım DNA analizlerinde kullanılacak herhangi bir prosedür bulunmamaktadır. İlgili istatistiksel kavramları incelemek ve ülkemizde kriminal olgularda kullanmak büyük fayda sağlayacaktır. Bu tez çalışmasında ilk aşamada bir validasyon çalışması gerçekleştirilerek kullanılacak ticari kitin geçerli kılınması, laboratuvar parametrelerinin ve eşik değerlerinin belirlenmesi sağlanmıştır. Daha sonra belirlenen parametreler ile gönüllü bireylerde toplanan biyojik materyaller kullanılarak değişik oranlarda karışmış DNA örnekleri oluşturulmuştur. Karışım örnekleri valide edilen AmpFℓSTR® Identifiler kiti ile çalışıldı ve veri analizleri Genemapper® IDX v.1 programı kullanılarak yapıldı. Karışmış DNA örneklerinin yorumlanması İspanya Santiago de Compostela Üniversitesi Adli Tıp Enstitüsün'de LRmix ™ uygulaması gerçekleştirildi. Daha sonra ENFSI bünyesinde gerçekleşen karışmış DNA örneklerinin yorumlanmasında laboratuvarlar arası karşılaştırma pilot çalışmasına katılım gerçekleştirildi. Oluşturulan karışım örnekleri, İspanya Santiago de Compostela Üniversitesi Adli Tıp Enstitüsün'den elde edilen anonim karışmış örnek içeren olgu dosyaları ve ENFSİ bünyesindeki karışım örneği içeren pilot çalışma LRmix ™ modülü kullanılarak doğru bir şekilde değerlendirilmiştir. Karışım örneklerinde ve olgu dosyalarında en sık karşılaşılan alelik olay alel düşmesi olarak belirlenmiştir. Son olarak olabilirlik oranı yaklaşımı ve LRmix ™ uygulaması kullanılarak karışım örneklerinin hem gerçek olgu dosyalarında hem de kontrollü olarak oluşturulan örneklerde etkili bir şekilde karışmış örneklerde doğru bir DNA analizi yapılabildiği belirlenmiştir.

Abstract:
Interpretation of the DNA evidence is the most important part of the analytical process in forensic sciences. Comparison of the evidence and reference profiles requires both experience and caution. DNA analysts can generally encounter with mixed DNA samples. Related samples can include 2 or more individuals DNA profiles. Other factors can make DNA analysis more complex. These factors can arrange as; allele masking due to unknown number of contributors, stochastic fluctuations due to presence of samples with low quality or degraded, half quantitative activity of Taq polymerase enzyme on amplification and microvariant formation on primer binding sites. Besides statistical evaluation of DNA interpretation and court acceptance are also challenging situations for forensic analysts and researchers. Different approaches are available on mixture interpretation. These approaches are probability of inclusion of known genotypes, probability of exclusion and likelihood ratio. On last decade, most of the European countries and also in United States of America court systems benefit from these statistical approaches on forensic DNA analysis. There is no statistical procedure available on Turkey that can be used on court. Thus investigation of the statistical approaches and formation of appropriate procedures would contribute on both court system and forensic analyst in Turkey. In this study a brief validation process was performed in order to maintain commercial DNA typing kit, our laboratory parameters and thresholds. After the validation process mixed DNA samples were formed on different ratios from individuals with their informed consent. Mixed DNA samples were analyzed with AmpFℓSTR® Identifiler kit (Life Technologies) and analyzed with Genemapper® IDX v.1 software (Life Technologies) on ABI 3130 genetic analyzer (Life Technologies). The statistical interpretation of mixtures was performed with LRmix ™ module using likelihood ratio approach. Also different simulated cases from University of Santiago de Compostela Instıtute of Forensic Sciences and pilot inter-laboratory study for mixture interpretation were performed. Mixed DNA samples were successfully analyzed and interpreted. Also simulated cases from University of Santiago de Compostela Instıtute of Forensic Sciences and pilot inter-laboratory study for mixture interpretation were performed on LRmix ™ module correctly. The most frequent allelic disorientation was determined as allele drop-outs on the different mixture ratios and simulated cases. Finally likelihood ratio and LRmix module was determined as a useful and successful application on both mixture samples that composed on controlled conditions and anonymous forensic cases with mixture profiles.