Bazı makarnalık buğday çeşitlerinin allel spesifik DNA markörlerle karakterizasyonu
Characterization of some durum wheat cultivars by allele specific DNA markers
Yazar: ÖZGÜR KEKİLLİ
Danışman: DOÇ. DR. ZİYA DUMLUPINAR
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Araştırmada, 11 adet ticari makarnalık buğday çeşidinin (Güney Yıldızı, Sarı Başak, Sarıçanak 98, Zenit, Saragolla, Cesare, Zühre, Burgos, Levante, Svevo ve Dumlupınar) çeşitli hastalık ve kalite ile ilgili allelleri taşıyıp taşımadıklarını belirlemek için 9 farklı DNA markörü kullanılarak moleküler karakterizasyonu yapılmıştır.
Araştırmanın ortalama polimorfizm bilgi içeriği (PIC) değeri ortalama 0.85 olarak bulunmuştur. En yüksek PIC değeri 0.99 bulunurken, en düşük PIC değeri 0.10 bulunmuştur. Dendograma göre Güney Yıldızı, Sarı Başak ve Dumlupınar çeşitleri diğer çeşitlerden genetik olarak % 58 benzer bulunmuştur. Sarıçanak 98 ve Zenit çeşitleri allel spesifik markörler bakımından genetik olarak birbirlerine % 78 benzer bulunmuştur. Dokuz adet allel spesifik DNA marköründen 19 lokusta 78 bant edilmiş ve marker başına allel sayısı 2.11 bulunmuştur. En çok bant üreten markör 23 bant ile Xgwm131 olurken, en az bant üreten markörler 1 bant ile Xgwm18 ve Xgwm66 olmuştur.
Araştırmada kullanılan Sarıçanak 98, Zenit, Saragolla Cesare, Zühre, Burgos, Levante, Svevo ve Dumlupınar çeşitlerinde mumsuluk (Wx-Al) geni, Saragolla, Cesare ve Svevo çeşitlerinde sarı pas (Yr51) geni ve Sarıçanak 98, Zenit, Saragolla, Cesare ve Zühre çeşitlerinde yüksek protein genleri (Gpc-B1) belirlenmiştir. Ayrıca gluten mukavemeti markörlerinden Bx7OE'de Cesare ve Levante çeşitleri, külleme markörlerinden Xgwm66'da Burgos çeşidi, sarı pas markörlerinden Xgwm18'de Zenit çeşidi ve kara pas (Sr49) markörlerinden Sun 479'da Zühre, Svevo ve Dumlupınar çeşitleri bant vermiştir. Xgwm68 ve Xgwm131 markörlerinde tüm çeşitler bant vermiştir.

Anahtar Kelimeler: Makarnalık buğday, DNA markörleri, Genetik çeşitlilik, Markör yardımıyla seleksiyon

Abstract:
In this study, 9 different DNA markers were used for molecular characterization to determine whether 11 commercial wheat varieties (Güney Yıldızı, Sarı Başak, Sarıçanak 98, Zenit, Saragolla, Cesare, Zühre, Burgos, Levante, Svevo and Dumlupınar) carry some disease and quality related alleles. 
The average polymorphism information content (PIC) of the research was determined as 0.85. The highest PIC value was found 0.99, while the lowest PIC value was found 0.10. According to the dendogram Güney Yıldızı, Sarı Başak and Dumlupınar were found most 58% similar to other cultivars. Sarıçanak 98 and Zenit varieties were found similar with 78% according to the allele specific markers. Nine allel specific DNA markers were interrogated at 19 loci and produced 78 bands and the allele number per marker was 2.11. Xgwm131 marker was found highly polymorphic with 23 bands, while Xgwm18 and Xgwm66 markers produced one bands as the lowest ones.
In the study, allele specific markers related with the varieties were determined as; Sarıçanak 98, Zenit, Saragolla Cesare, Zühre, Burgos, Levante, Svevo and Dumlupınar varieties had the waxy (Wx-Al) gene, while Saragolla, Cesare and Svevo varieties has the stripe rust (Yr51) gene. However, Cesare and Levante varieties had gluten strength marker of Bx7OE, while Burgos variety had powdery mildew marker of Xgwm66 and Zenit variety had stripe rust marker of Xgwm18. Zühre, Svevo and Dumlupınar varieties had alleles for stem rust (Sr49) marker of Sun479, while Sarıçanak 98, Zenit, Saragolla, Cesare and Zühre varieties had high protein content gene (Gpc-B1). Among the markers, Xgwm68 and Xgwm131 interrogated alleles at all the varieties.

Key Words: Durum wheat, DNA markers, Genetic diversity, Marker assisted selection