Sığır karkaslarında Escherichia coli O157 ve O157:H7 prevelansı ile Stx1 ve Stx2 genlerinin belirlenmesi
The prevalance of Escherichia coli O157 and O157:H7 in cattle carcass with determination of Stx1 and Stx2 genes
Yazar: GÖKHAN İNAT
Danışman: DOÇ. DR. BELGİN SIRIKEN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Besin kirlenmesi = Food contamination ; Besinler = Foods ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Et = Meat ; Et ürünleri = Meat products ; Genler = Genes ; Karkas = Carcass ; Prevalans = Prevalence ; Rektum = Rectum ; Sığırlar = Cattles

Özet:
Bu çalışmada Samsun ilinde yer alan iki mezbahada Aralık 2006-Mart 2007 tarihleri arasında 100 sığır karkası ve aynı karkasa ait 100 rektal svap örneği olmak üzere toplam 200 örnek E. coli O157 ve E. coli O157:H7 izolasyonu amacıyla analiz edildi. İzolasyon amacıyla novobiosin içeren mTSB ve IMS yöntemi, katı agar olarak ise CT-SMAC agar kullanıldı. İzolatlarda stx1 ve stx2 gen varlıkları multipleks PCR'la belirlendi. Analiz bulguları çerçevesinde, E. coli O157 ve E. coli O157:H7 toplam 200 örneğin 52 (%26)'sinden izole edildi. Bu izolatların 49 (% 24,5)'u E. coli O157, 3 (%1,5)'ü ise E. coli O157:H7 olarak identifiye edildi. E. coli O157 sığır karkaslarının 24'ünden, rektal svap örneklerinin ise 25 'inden izole edildi. E. coli O157:H7 ise 2 sığır karkası ile bir rektal svap örneğinden identifiye edildi. İzole edilen toplam 49 (% 24,5) E. coli O157 izolatlarının alınan örneklere göre dağılımı ise; 8'i sadece sığır karkasından, 9'u sadece rektal svap örneğinden ve 16'şar izolat ise aynı sığırın hem karkas hem de rektal svap örneklerinden izole edildi. E. coli O157:H7 ise bir sığırın hem karkas hem de rektal svap örneğinden toplam iki izolat ile bir sığır karkasından identifiye edildi. Uygulanan PCR işlemi sonucu, 49 E. coli O157 izolatının 2 (% 4,08)'sinde yalnızca stx2, 35 (%71,42)'inde stx1 ve stx2 genlerin her ikisi de saptanırken, 12 (%24,48) izolatta bu iki gen saptanamadı. Üç (3) E. coli O157:H7 izolatının ise sadece karkastan izole edilen 1 (%0.5) E. coli O157:H7 izolatında stx1 ve stx2 genlerinin ikisi de saptandı.Sığır karkasından izole edilen 8 E. coli O157 izolatının 2'sinde stx2, 3'ünde stx1 ve stx2 genlerinin her ikisi de saptanırken, 9 rektal svap örneklerinden izole edilen E. coli O157 izolatının 3 'ünde stx1 ve stx2 genlerinin her ikisi de saptandı. Diğer 6 izolatta bu iki gen saptanamadı. Aynı sığıra ait 16'şar karkas ve rektal olmak üzere toplam 32 E. coli O157 izolatında bu iki gen varlığının dağılımı ise, aynı sığıra ait 13'er karkas ve rektal örneklerinde bu iki genin her ikisi de saptanırken, diğer 3 sığıra (6 izolat) ait karkas ve rektal örneklerinden sadece 1 sığır karkasından, diğer iki sığırın ise sadece rektal örneklerinden izole edilen E. coli O157 izolatlarında bu iki gen saptandı.Bu çalışma sonuçları ile Türkiye'de ve Dünya'da yapılan diğer çalışma bulguları sonucu sığır karkaslarının ve dışkılarının E. coli O157 ve E. coli O157:H7 açısından potansiyel bir tehlike oluşturabileceği, izolatlarda hastalıkta önemli role sahip virulens genleri taşıdığı görülmektedir. Bu çalışma bulguları sonucu kesimhanede çapraz kontaminasyonun meydana gelebileceğini de göstermektedir. Bu nedenle karkasların ve dolayısıyla karkastan elde edilecek etlerin E. coli O157 ve E. coli O157:H7 bulaşma riskini minimize etmek amacıyla HACCP sisteminin uygulanması gerekir.

Abstract:
In this stuy, a total 200 swaps samples obtained from 100 cattle (100 carcasses and 100 rectonal swaps belonged to same cattle) were investigated the for presence of E. coli O157 and E. coli O157:H7 and determined in stx1 and stx2 genes of the isolates. The swaps samples of each cattle carcass and rectum were taken from two commercial abattoirs in Samsun province, between December-March 2007. For the isolation, mTSB with novobiocine, IMS procedures and TC-SMAC agar were used. Multiplex PCR was performed for detection of stx1 and stx2 genes from E. coli O157 and E. coli O157:H7 isolates. According to analyses results, E. coli O157 and E. coli O157:H7 were detected in 52 (26%) out of 200 samples. E. coli O157 and E. coli O157:H7 were 49 (24.5%) and 3 (1.5%) isolates, respectively. E. coli O157 strains were isolated from 24 (24.0%) carcass and 25 (25.0%) rectonal swaps samples, respectively. E. coli O157:H7 were also isolated from 2 carcass and 1 rectonal swaps samples. Distribution of 49 E. coli O157 isolates according samples, they were isolated from to 8/49 isolates from alone carcass, 9/49 isolates from alone rectal and 32/49 isolates from both of rectal and carcasse samples of the same cattle. Two E. coli O157:H7 isolates were obtained one carcass and rectal swap samples of the same cattle and, one only carcass samples. While both stx1 and stx2 genes were detected in 35 (71.42) E. coli O157 and 1 (0.5%) E. coli O157:H7 strains (isolated from alone carcass), they were not detected in 12 (24.48%) E. coli O157.From 8 E. coli O157 strains isolated from alone carcasses, stx2 and both stx1 and stx2 genes were detected in 2/8 and 3/8 of E. coli O157 strains, respectively, and they were not detected from 3/8 E. coli O157 isolates. While both stx1 and stx2 genes were detected in 3/9 E. coli O157 isolates belonged to alone rectal swap samples. They were not detected other 6 E. coli O157 isolates. For 32 E. coli O157 isolates obtained from 16 each carcass and rectal swap samples, both stx1 and stx2 were detected in 13 each carcass and rectal samples. For the other 3 each carcass and rectal samples (n=6); they were detected in only 1 carcass and two rectal samples.According to this study and other study results reported from Turkey and other parts of the world, it is clear that cattle carcass and feces have potential risk for E. coli O157 and E. coli O157:H7. In addition, these isolates carry also some virulens factor. During to slaughtering and other steps in abattoir, cross contamination may occur. For these reason, HACCP system have to be applied at abattoir to prevent cross contamination source of E. coli O157 and E. coli O157:H7.