Hıyarda (Cucumis sativus L.) kabak sarı mozayik virüsü (ZYMV)'ne karşı dayanıklılığı kontrol eden genle bağlantılı moleküler işaretleyicilerin belirlenmesi
Determination of molecular markers linked to the resistancy control gene towards zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) in cucumber (Cucumis sativus L.)
Yazar: HASAN ÖZGÜR ŞIĞVA
Danışman: DOÇ. DR. AHMET İPEK
Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Biyoloji = Biology ; Ziraat = Agriculture
Dizin: AFLP = AFLP ; Hıyar = Cucumber ; Kabak sarı mozaik virüsü = Zucchini yellow mosaic virus

Özet:
Bu doktora tezi çalışmasında, hıyar (Cucumis sativus L.)'da önemli bir virütik hastalık etmeni olan Kabak Sarı Mozaik Virüsü (ZYMV)'ne karşı dayanıklılık sağlayan gene bağlantılı moleküler işaretleyicilerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla daha önceden bu hastalığa karşı belirlenen homozigot dayanıklı ve homozigot hassas iki hıyar çeşidi kullanılmıştır. Bu ebeveynler bire bir melezlenerek F1 hibritleri elde edilmişitir. Elde edilen F1 populasyonundan rastgele seçilen 5 adet birey, kendilenerek 5 adet F2 populasyonu oluşturulmuştur. Elde edilen 5 adet F2 populasyonundan 1 tanesi seçilmiş ve bu populasyon bireylerinin her biri ekilerek F3 aşamasına gidilmiştir. F3 aşamasında elde edilen bireylerden 10 ar adet tohum alınarak bu bireylerde patojenisite testi yapılmıştır. Yapılan patojenisite testi sonucunda dayanıklı, hassas ve heterozigot guruplar belirlemiştir.
Yapılan her bir kademede bitkiler 3-4 gerçek yaprak aşamasına geldiğinde bu bitkilerden tek tek yaprak numuneleri alınarak DNA izolasyonları yapılmıştır. F3 aşamasında yapılan patojenisite testi sonrasında belirlenen guruplar göz önünde alınarak hassas ana, dayanıklı baba, dayanıklı gurup-1, dayanıklı gurup-2, hassas gurup-1, hassas gurup-2 ve negatif kontrol (su) olmak üzere 8 gurup belirlenmiştir. Bu gurupların (negatif kontrol hariç) DNA ları alınarak, moleküler işaretleyiciler ile taramaları yapılmıştır. Moleküler işaretleyici taramalarında 170 adet SRAP, 586 adet SSR, 11 adet InDel ve 308 adet AFLP primer kombinasyonları kullanılmıştır. Yapılan moleküler tarama sonuçlarına göre, 170 adet SRAP primer kombinasyonlarından760 DNA bandı elde edilmiştir. Elde edilen bu DNA bandlarından 68 tanesi ilgili DNA larda polimorfizm göstermiş olup, polimorfizim oranı % 8,95' tir. 586 adet SSR primerlerinden 52 tanesi ilgili DNAlarda polimorfizm göstermiş olup, polimorfizim oranı % 8,87' dir. 11 adet InDel primerlerinden 32 adet DNA bandı elde edilmiş, elde edilen bu bantlardan 4 tanesi polimorfizm göstermiş olup polimorfizim oranı % 12,5'tir. Toplamda 308 adet AFLP kombinasyonu denenmiştir. Yapılan bu çalışmaların sonucunda E-ACA/MCA, EACA/M-CC, E/ACA/M-CT, E-AAC/M-CA, EAAC/M-CC, EAAC/M-CT, E-AAT/M-CAC, E-AAT/M-CAG, E-ACT/M-CAA primer kombinasyonları, daha önceden oluşturduğumuz ana, baba, F1 ve bulk guruplar üzerinde doğru açılımı verdiği gözlemlenmiştir.

Abstract:
In greenhouse cucumber (Cucumis sativus L.) cultivation, it is suggested that using of resistant variety is the most important method for battling to virus diseases. In this PhD thesis, we aimed that to determine of the genetic mapping via molecular markers of the resistancy toward Zucchini Yellow Mosaic Virus (ZYMV) in cucumber (Cucumis sativus L.). In view of this aim, we determined two parental lines that are resistant and susceptible to ZYMV. These parental lines were crossed in order to get F1 population. After we developed to F1 population, we selected 5 F1s randomly to get F2 populations. After developed 5 F2 populations, we selected only 1 F2 population and all of F2 progenies were selfed to get F3. In F3 stage, we selected randomly 10 F3 plants to do pathogenisity test. After pathogenisty test, we determined to resistant, susceptible and heterozygot plants in F2 population.
All of these stages, we collected to fresh leaf samples in order to do DNA isolation. We determined to 8 groups that were bulk groups (resistant group-1, resistant group-2, susceptible group-1, susceptible group-2) with susceptible mother, resistant father and negative control (water). We screened all of these group with 170 SRAP, 586 SSR, 11 InDel and 308 AFLP primer combinations. According to molecular screening results, there were acquired 760 DNA bands from 170 SRAP primer combinations. Within 760 DNA bands, only 68 DNA band patterns showed polymorphism and the ratio of polymorphism was 8,95 %. Within 586 SSR markers, only 52 SSRs showed polymorphism and the ratio of polymorphism was 8,87 %. From 11 InDel markers, tehere were acquired 32 DNA band patterns, within 32 DNA band patterns, only 4 showed polymorphism and the ratio of polymorphism was 12,5 %. Within 308 AFLP primer combinations were done and E-ACA/MCA, EACA/M-CC, E/ACA/M-CT, E-AAC/M-CA, EAAC/M-CC, EAAC/M-CT, E-AAT/M-CAC, E-AAT/M-CAG, E-ACT/M-CAA primer combinations showed correct segregation on our parental lines, F1s and bulk groups.