Akciğer kanseri hastalarında solid biyopsi ve likit biyopsi yöntemlerinin hastalık tanısı üzerine etkinliğinin araştırılması
Investigation of the effect of solid biopsy and liquid biopsy methods on disease diagnosis in lung cancer patients
Yazar: AYŞEGÜL ŞAHİN
Danışman: DOÇ. DR. NACİ ÇİNE ; DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
Kocaeli Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akciğer = Lung ; Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Biyopsi = Biopsy ; Epidermal büyüme faktörü = Epidermal growth factor ; Gen analizi = Gene analysis ; Genler = Genes ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis teknikleri ve prosedürleri = Diagnostic techniques and procedures

Özet:
Amaç: Akciğer kanseri tüm dünyada insidans ve mortalite oranları bakımından bütün kanserler arasında ilk sırada yer alır ve sağkalım süresi, tedaviye yanıtın düşüklüğü gibi sebeplerle bireye özgü takip gerektirmektedir. Hastanın genetik bilgileri ışığında tedaviye olası yanıtın değerlendirilmesi hastalar için oldukça önemlidir. Bu çalışma ile akciğer kanseri hastalarında tanı ve tedavide büyük önem taşıyan moleküler hedeflerin ve buna bağlı olarak hedefleyici tedavilerin solid biyopsi ve likit biyopsi yöntemleri ile araştırılması ve her iki yöntemin etkinliğinin ortaya konulması amaçlanmıştır.
Yöntem: Çalışmamızda akciğer kanseri tanılı 30 hastada Likit Biyopsi (LB) testi kapsamında Yeni Nesil Dizi Analizi (NGS) yöntemiyle 11 gen taranmış ve analiz edilmiştir. Aynı hasta grubundan çeşitli girişimsel işlemler ile elde edilmiş biyopsi materyallerinde saptanan mutasyon verileri hasta dosyalarından temin edilmiştir. Belirlenen mutasyonların sıklığı ve varlığı üzerinden her iki yöntem araştırılmıştır. 
Bulgular: NGS tabanlı Likit Biyopsi testi kapsamında  hastaların EGFR, TP53, PIK3CA, MET, MAP2K1, ALK, KRAS, BRAF ve NRAS genlerinde çeşitli varyasyonlar saptanmıştır. Saptanan bazı varyasyonlar ilaçlarla ilişkilendirilmiştir. Solid biyopsi materyali ile yapılan çalışmalara ait veriler değerlendirilmiş, hastaların EGFR ve ROS1 genlerinde mutasyona rastlandığı kaydedilirken, solid biyopsi materyaliyle çalışma yapılan hiçbir hastada ALK geninde mutasyon gözlenmemiştir.   
Sonuç: Likit biyopsi çalışmaları günümüzde altın standart olarak kabul edilen solid biyopsiye alternatif oluşturmakta ve tümör genotipindeki değişikliklerin güncel durumunun izlenmesinde hasta bireylere avantaj sağlamaktadır. Yapılan çalışmanın sonucunda solid biyopsi ve likit biyopsi yöntemleri ile araştırılan mutasyonlar arasında bir uyum olduğu gözlenmiş olup hedef gen paneli analizlerinin tedavide hedefe yönelik ilaç önermede oldukça etkili bir yöntem olduğu tespit edilmiştir.
Anahtar Kelimeler: akciğer kanseri, solid biyopsi, likit biyopsi, gen

Abstract:
Objective: Lung cancer is the first stage among all cancers in terms of incidence and mortality rates all over the world. It is a disease that requires routine and individual follow-up due to reasons such as survival time, low response to treatment. Evaluation of the possible response to treatment in the light of the patient's genetic information is very important for patients. The aim of this study is to investigate the molecular targets that are of great importance in the diagnosis and treatment of lung cancer patients and accordingly the targeted therapies with solid biopsy and liquid biopsy methods and to reveal the effectiveness of both methods.
Method: In our study, 11 genes were screened and analyzed with the new generation sequence analysis method in 30 patients with lung cancer. The mutation data obtained from the biopsy materials obtained by various interventional procedures of the same patient group were obtained from the patient files. The frequency and presence of the identified mutations were investigated in both methods.
Results: Various variations of EGFR, TP53, PIK3CA, MET, MAP2K1, ALK, KRAS, BRAF and NRAS genes have been determined in the scope of NGS based Liquid Biopsy test. Some variations have been associated with drugs. Data on solid biopsy materials were evaluated and mutations were observed in EGFR and ROS1 genes. No mutation was observed in ALK gene in any patient with solid biopsy material.
Conclusion: Liquid biopsy studies are an alternative to solid biopsy which is accepted as the gold standard and it provides an advantage to patient individuals in monitoring the current status of changes in tumor genotype. As a result of the study, it was observed that there was a correlation between Solid Biopsy and Liquid Biopsy methods and the target gene panel analyzes were found to be a highly effective method
in the treatment of targeted drugs.

Keywords: lung cancer, solid biopsy, liquid biopsy, gene