Stem-loop RT-polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile mikro RNA (miRNA) gen anlatım farklılıklarının tespiti
Micro RNA (miRNA) gene expression discrepancy determination with stem-loop RT polymerase chain reaction (PCR) method
Yazar: NURHAN MAVİ
Danışman: PROF. DR. UĞUR ÖZBEK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Katenin = Catenin ; Lösemi = Leukemia ; Mikro RNA = Micro RNA ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma = Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma

Özet:
MikroRNA lar (miRNA), 19-23 nükleotid uzunluğunda küçük, tek iplikli ve fonksiyonel protein kodlamayan RNA?lardır. miRNA lar gelişim, hücre farklılaşması, apoptoz ve proliferasyon gibi önemli biyolojik süreçlerde görev yaparlar. Gelişim esnasında ve gen anlatımında büyük roller üstlendiklerinin bilinmesine rağmen normal ve neoplastik hücrelerdeki anlatım düzeyleri ve fonksiyonları hakkında sınırlı sayıda bilgi mevcuttur. Ayrıca miRNA, hem tümör baskılayıcı genleri (TS) hem de onkogenleri regüle etmektedirler, bu fonksiyonları bakımından oncomiR veya TS miRNA olarak adlandırılırlar. miRNA lar hematopoetik hastalıklarda rol oynamaktadır. miRNA gen anlatımlarının farklı kanser türlerinde belirlenmesi, kanser tanı ve tedavisinde de kullanılabilecek önemli bir araç olarak görülmektedir.
Çalışmamızda ALL hastalarının (n=42) kemik iliği örnekleri ve ALL açısından sağlıklı bireyin (n=3) periferik kanlarından elde edilen CD19+ örneklerin daha önce yapılan çalışmalar sonucu lösemi hastalarında gen anlatımının aşırı derecede artmış olduğu belirlenen Beta-katenin (CTNNB1) genini hedef alan miR-214 mikroRNA'sı, Stem Loop Ters Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Stem-Loop RT-PZR) ile incelenmiştir.
Yayınlarda miR-214'ün CTNNB1'i direkt olarak hedeflediği bildirildiğinden CTNNB1 seviyesi artarken miR-214 seviyesinin azalması beklenirdi fakat çalışmamız sonucu hasta grubumuzda her iki mRNA düzeyinin, miR-214 (p=0,6989) ve CTNNB1(p=0,5027), yüksek olduğu belirlendi. Bu nedenle, diğer hastalıklardan farklı olarak B-ALL hastalarında miR-214'ün CTNNB1'i dolaylı yoldan etkilediği düşüncesine varılmıştır. Ayrıca farklı klinik özellikler ile miR-214 anlatımı arasındaki ilişkiler araştırılmıştır. Bunun yanında çalışmada işlevselliği ve yüksek hassasiyeti nedeniyle seçilen Stem-Loop RT qPZR yöntemi ilk defa B-ALL patogenezi ve miRNA ilişkisinin araştırılmasında uygulanmış ve bu çalışma ile yöntem bölümümüzde farklı araştırmalarda kullanılmaya başlanmıştır.

Abstract:
MicroRNAs (miRNAs) are small (~19/23 nt in length), non-protein coding RNAs and play important roles in biological processes like development, cell differentiation, proliferation and apoptosis. Their role in development and gene expression are well known where as limited evidence is published on their roles in normal and neoplastic cells regulations. miRNAs which are associated with various cancers, are located especially in fragile regions of chromosomes. In addition, miRNAs are regulate the tumor suppressor and oncogenes therefore they called as