Broyler karkas ve yenilebilir iç organ kaynaklı salmonella izolatlarının salmonella enteritidis ve salmonella typhimurium varlığı yönünden tiplendirilmesi
Typing of broiler carcass and edible organ salmonella isolates for the presence of salmonella enteritidis and salmonella typhimurium
Yazar: İREM UĞUR
Danışman: PROF. DR. SERAN TEMELLİ
Bursa Uludağ Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology

Özet:
Broyler kaynaklı Salmonella spp. izolatlarının S. Enteritidis ve S. Typhimurium varlığı yönünden tiplendirilmesi ve Gold Standart olan konvansiyonel serotiplendirmeye göre real time PCR'ın bu iki serovarın olası varlığının tespitindeki etkinliğinin belirlenmesi amacı ile gerçekleştirilen çalışmada, 2021-2022 yılları arasında ISO 6579-1:2017 metodu ile izole edilmiş ve Salmonella spp. oldukları doğrulanmış, 104 adet karkas ve 57 adet yenilebilir iç organ kaynaklı olmak üzere toplam 161 adet izolat ve aynı izolatlara ait PCR örnekleri analiz edildi. İzolatların tiplendirilmesinde konvansiyonel serotiplendirme ile S. Enteritidis ve S. Typhimurium spesifik real time PCR (SE/ST-rPCR) analizi uygulandı.
	Çalışmada, tüm örnekler birlikte değerlendirildiğinde, konvansiyonel serotiplendirme ile izolatların %6,83'ü, SE/ST-rPCR analizi ile de %6,21'i serovar Enteritidis yönünden pozitif bulunurken her iki yöntemle de Typhimurium serovarı negatif olarak tespit edildi. Geleneksel serotiplendirme ile sırasıyla S. Virchow (%81,99), S. Schwarzengrund (%9,32), S. Enteritidis (%6,83), S. Bredeney (%0,62) serovarları bulunmuş olup izolatlardan ikisinin tiplendirilemediği belirlendi. SE/ST-rPCR'ın relatif doğruluğu %99,37, duyarlılığı %90,91 ve özgünlüğü %100 ve her iki yöntem arasındaki uyumun (κ: 0,94) neredeyse mükemmel olduğu saptandı.
Sonuç olarak, yasal mevzuatta broyler örneklerinde aranması gereken iki serovardan S. Typhimurium'un bulunmaması ve S. Enteritidis'in ise çok düşük prevalans oranlarında saptanmış olması, dominant serovarın S. Virchow ve ikinci prevalan serovarın ise S. Schwarzengrund olarak tespit edilmesi, broylerlerin S. Enteritidis ve S. Typhimurium dışında günümüzde farklı patojen serovarları da taşıdığını göstermesi yönünden güncel ve orijinal veri oluşturarak literatüre katkı sağladı. Ayrıca, SE/ST-rPCR'ın Enteritidis ve Typhimurium serovarlarının belirlenmesinde konvansiyonel serotiplendirmeye alternatif olabileceği de belirlendi.

Abstract:
This study was conducted to determine the presence of S. Enteritidis and S. Typhimurium serovars within 161 total broyler Salmonella spp. isolates, originating from 104 carcasses and 57 edible internal organs, which were isolated and confirmed by ISO 6579-1:2017 method as Salmonella spp., and to evaluate the efficiency of real time PCR in comparison to Gold Standard conventional serotyping. Pure cultures and PCR products were used in conventional serotyping, and in S. Enteritidis and S. Typhimurium specific real time PCR (SE/ST-rPCR) analysis, respectively.
Overall, 6,83% and 6,21% of the isolates were determined as serovar Enteritidis by conventional serotyping, whereas no serovar Typhimurium was detected by either method. Conventional serotyping revealed serovars as S. Virchow (%81,99), S. Schwarzengrund (%9,32), S. Enteritidis (%6,83), S. Bredeney (%0,62), with 2 isolates untyped. There was almost perfect agreement between two methods (κ: 0,94), with a 99,37% relative accuracy, 90,91% sensitivity, and 100% specificity.
	Study results indicated that broilers do not carry S. Typhimurium, one of the two serovars mandated to be absent by current legal regulations, and have low prevalence of S. Enteritidis, and contributed original and up to date data to literature by showing S. Virchow and S. Schwarzengrund as the first and the second dominant serovars in broilers, revealing current pathogen serovar carriage in broilers other than S. Enteritidis and S. Typhimurium. Additionally, SE/ST-rPCR was determined as an alternative to conventional serotyping for the detection of Enteritidis and Typhimurium serovars.