Bazı Ribes L. (Grossulariaceae) taksonlarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of some Ribes L. (Grossulariacea) taxa
Yazar: AYŞE GÜL ÇELENK
Danışman: DOÇ. DR. TAMER ÖZCAN
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Botanik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Botanik = Botany
Dizin: Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Dünya'da çeşitli Ribes L. taksonları ve kültür varyetelerinde; mikrosatellit (SSR) ISSR, RAPD, AFLP ve diğer markör çeşitlerine dayalı genotip analizleri ve zararlı böceklere dirençli ırkların seleksiyonuna ilişkin birçok araştırma yayınlanmış olmasına karşın, Türkiye'de doğal yayılış gösteren taksonlar ile ilgili çalışmalar oldukça kısıtlıdır.
 
Bu nedenle ülkemizde geniş yayılış gösteren ve farklı türlere ait zengin yerel populasyonlar ve çeşitli kültür varyeteleriyle temsil edilen Ribes taksonlarında, söz konusu çeşitliliğin PZR'ye dayalı SSR moleküler markör tekniği kullanılarak aydınlatılması ve cinsin moleküler karakterizasyonuna katkı sağlanması amaçlanmıştır.

Çalışma kapsamında; arazi gezileri düzenlenmiştir. Ulaşılabilen taksonlardan alınan örnekler preslenerek kurutulmuş, dekontaminasyon işleminden geçirilerek herbaryum materyali haline getirilmiştir. Taksonlara ait tohum numunelerinin yüzey mikromorfolojileri SEM (Taramalı Elektron Mikroskobu)  kullanılarak incelenmiştir. Elde edilen bulgular; yeterince araştırılmamış taksonların kimliklendirilmesinde sabit ve güvenilir veriler sunmuştur.

Bu çalışma kapsamında doğal populasyonlarından toplanan 5 Ribes alpinum L., 2 Ribes bieberstenii Berl. ex DC., 1 Ribes uva-crispa L. ve ZTBB'den alınan 2 Ribes rubrum L. taksonlarının yaprak örneklerinden taksonomik sınırları ve tür içi varyasyonları gözlemlemek amacıyla genomik DNA'lar izole edilmiş, SSR primerleri kullanılarak genetik materyal PZR ile çoğaltılmış, poliakrilamid jel elektroforezinde yürütülmüş, bant profillerindeki farklılıklar analiz edilerek dendrogramları hazırlanmış, taksonlar arasındaki polimorfizm ve genotipik varyasyonlar ortaya konmuştur. Çalışmadaki verilere dayanarak, Ribes örneklerinin türler arası ve tür içi düzeylerde taksonomik ve filocoğrafik ilişkilerini gösteren bir ayırımı sağlanmıştır. Elde edilen bulguların Ribes cinsinin taksonomisine katkı sağlamasının yanısıra, Anadolu'daki Ribes gen havuzunun karakterizasyonunda ve ıslah çalışmalarında uygun genotiplerin seçilmesi amacıyla tamamlayıcı veriler olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Although a vast number of studies on genotype analysis based upon microsatellite (SSR), ISSR and RAPD, AFLP and other marker kinds, and the selection of races that are resistant to harmful insects have been made in diverse Ribes L. taxa and culture varieties around the world, studies on naturally growing taxa in Turkey have been quite limited.

For this reason, the aim of this study is that the diversity of the species are to be clarified by using SSR molecular marking techniques based upon PCR, and the molecular characterization of the species are to be contributed in the rich local populations belonging to different species and showing a wide spread in Turkey, and moreover Ribes taxa represented in diverse culture varieties. 

Field excursions were organized in the focus and scope of the study. Samples taken from reached taxa were dried by pressing operation and transformed into herbarium material by passing through decontamination process. The surface micromorphologies of the taxa seed samples were analyzed by use of SEM (Scanning Electron Microscope). The findings of this study have presented stable and reliable data regarding the identification of the taxa that have not been studied sufficiently until today.

In the scope of this study, for the purpose of observing the taxonomic boundaries and intraspesific variations, the genomic DNA's were extracted, the genetic material was reproduced with PCR by use of SSR primers and amplified on the polyacrylamide gel electrophoresis, the differences on the tape profiles were analysed and their dendrograms were prepared, and finally the polymorphism amongst the taxa and the genotypic variations were determined through the leaf samples of 5 Ribes alpinum L., 2 Ribes bieberstenii Berl. ex DC., 1 Ribes uva-crispa L., all obtained from natural populations and 2 Ribes rubrum L. taxa taken from ZTBB. On the basis of the findings of this study, a segregation showing the taxonomical and phylogeographical relationships of the Ribes samples at specific and intraspesific levels has been suggested. The findings of this study have contributed to the taxonomy of the Ribes species and are considered to be useful information to be applied as complementary data to select the proper genotypes in the breeding programs and for the characterisation of the Ribes gen pool in Anatolia as well.