Seqa geninin dört farklı salmonella serovaryetesinin biyofilm oluşturma özellikleri üzerinde etkilerinin belirlenmesi
Determination of the effects of seqa gene on biofilm production abilities of four salmonella serovarieties
Yazar: SİNEM UĞUR
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalıĢmada 4 farklı Salmonella serovaryetesinde, seqA geninin Salmonella biyofilmlerinin yapısal ve foksiyonel özellikleri üzerine etkileri araĢtırıldı. Salmonella suĢlarının seqA delesyonlu mutantları Lambda red rekombinaz sistemi kullanılarak elde edildi. Doğal Salmonella suĢları ve onların seqA mutantları biyofilm oluĢturma kapasiteleri açısından karĢılaĢtırıldığında, seqA mutantlarında biyofilm oluĢumunun istatistiki açıdan anlamlı bir Ģekilde azalıdığı saptandı (p<0,01). Doğal ve mutant suĢların oluĢturduğu biyofilmlerin morfotipi agar plakları üzerinde incelendiğinde; S. Virchow DMC11 doğal suĢunda RDAR olarak tespit edilen biyofilm morfotipinin BDAR'a, doğal biyofilm morfotipi RDAR olan S. Typhimurium suĢlar DMC4, S. Enteritidis 31 ve S. Typhimurium 14028 suĢlarının seqA mutantlarında ise PDAR'a dönüĢtüğü saptandı. Aynı suĢlar ve onların seqA mutantlarının sıvı hava ara fazında pelikül oluĢturma özellikleri incelendiğinde, seqA geninin pelikül oluĢumu ve peliküllerin yapısal özellikleri üzerinde etkili olduğu belirlendi. Doğal suĢ ve mutantların çelik ve polistiren yüzeylerde biyofilm oluĢturma özellikleri incelendiğinde de, seqA mutantlarında biyofilm üretme yeteğinin istatistiki açıdan anlamlı (p<0,01) oranlarda düĢtüğü tespit edildi. Son olarak; gerçek zamanlı kantitatif PZR denemeleri ile seqA geninin ifadesinin, biyofilm oluĢumunda etkin bir role sahip olan csgD, csgA ve bcsA genlerinin ifadeleri üzerinde pozitif etki göstediği saptandı.

Abstract:
In this study, the effects of seqA gene on the structural and functional properties of Salmonella biofilms were investigated in 4 different Salmonella serovars. seqA gene deletion mutants of Salmonella strains were obtained using the Lambda red recombinase system. When wild type Salmonella strains and their seqA mutants were compared in terms of biofilm formation capacities, biofilm formation in the seqA mutants was statistically significantly reduced (p <0.01). The end of the morphotype comparisans of the biofilms formed by wild type and mutant strains; The biofilm morphotype identified as RDAR in the wild type S. Virchow DMC11 was converted to BDAR; S. Typhimurium DMC4, S. Enteritidis DMC31, and S. Typhimurium 14028 strains, which are natural biofilm morphotypes RDAR, were converted to PDAR in the seqA mutants. Examining the ability of the same strains and their seqA mutants to form pellicles in the liquid-air interphase, it was determined that the seqA gene influences the formation of the pellicle and the structural properties of the pellicles. When biofilm formation properties of wild type and their mutants on steel and polystyrene surfaces were examined, it was found that the biofilm production rate in the seqA mutants was reduced statistically significant (p <0.01) rates. Finally; real time quantitative PCR experiments revealed that the expression of the seqA gene had a positive effect on the expression of csgD, csgA and bcsA genes, which have an active role in biofilm formation.