ATP2B4 ve ATP5B genlerinin kolorektal kanser ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of the association between ATP2B4 and ATP5B genes with colorectal cancer
Yazar: ESRA GEYİK
Danışman: YRD. DOÇ. DR. YUSUF ZİYA İĞCİ
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Adenosin trifosfatazlar = Adenosine triphosphatases ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Kolorektal kanser (KRK), proto-onkogenler, tümör baskılayıcı genler ve DNA tamir genlerinde kademeli olarak gelişen mutasyon birikimleri sonucu çok aşamalı bir süreçte oluşmaktadır. KRK?ya bağlı ölüm oranı oldukça yüksektir. Bu nedenle, hastalığın erken evrede teşhis edilmesinde kullanılabilecek alternatif tanı metotlarının geliştirilmesi önem arz etmektedir. ATP2B4 geni; kalsiyum iyonlarının hücre dışına atılması sürecinde rol alarak hücre içi kalsiyum dengesinin sağlanmasında kritik öneme sahip, ATPaz olarak işgören PMCA enziminin 4 izoformundan birini kodlamaktadır. ATP5B geni ise mitokondriyal ATP sentaz enziminin bir alt ünitesini kodlamaktadır. Bu çalışmada Anabilim Dalı laboratuvarımızda KRK dokularında yapılan bir ön çalışma neticesinde elde edilen bulgulara dayalı olarak, ATP2B4 ve ATP5B genlerinin KRK ile gen ifadesi yönünden ilişkisi araştırılmıştır. Çalışma grubu, yaş ortalaması 55.68±11.68 olan, 25?i kadın, 25?i erkek olmak üzere toplam 50 KRK hastasından oluşturulmuş, hastaların sağlıklı ve kanserli dokularındaki ATP2B4 ve ATP5B genlerinin ifade seviyeleri kısmi miktarlara dayalı (RT-PCR) ve Real-Time PCR yöntemleri kullanılarak karşılaştırılmıştır. Buna göre, tümörün rektumda yerleşik olduğu hastalarda ATP2B4 gen ifadesi ile tümörün yerleşim yeri arasında anlamlı bir ilişki olduğu ve RT-PCR yöntemi ile yapılan gen ifadesi analizinde, 45 yaş altı hasta grubunda ATP5B gen ifadesinde tümörlü dokularda anlamlı bir artış olduğu bulunmuştur. Ancak tüm veriler analiz edildiğinde, KRK hastalarının kanserli ve sağlıklı dokularında ATP2B4 ve ATP5B genlerinin gen ifade değişimleri yönünden anlamlı bir fark bulunamamıştır. ATP2B4 ve ATP5B genlerinin KRK patogenezinde dolaylı ilişkileri olabileceği gibi, bu genlerin DNA tamir genleri ve ilişkili diğer genlerle olabilecek etkileşimlerinin araştırılması KRK oluşumunun daha iyi anlaşılmasında faydalı olabilir.

Abstract:
Colorectal cancer (CRC) develops as a multi-step process which results from gradual accumulation of mutations in proto-oncogenes, tumor suppressor and DNA repair genes. Mortality rates of CRC are very high. Therefore, development of alternative diagnostic methods which can be used in the early diagnosis is crucial. ATP2B4 gene encodes PMCA, an ATPase enzyme, isoform among 4 others which is critical in maintaining calcium hemostasis by taking part in exporting calcium outside of the cell. ATP5B gene encodes a subunit of mitochondrial ATP synthase enzyme. In this study, the relationship between ATP2B4 and ATP5B genes and CRC regarding gene expression was investigated based on the findings of a preliminary study which was held previously. Study group was constructed from a number of 50 patients (25 males, 25 females) with the mean age of 55.68±9.4 and the gene expression levels in the healthy and cancerous tissues of the patients were compared by using semi-quantitative and Real-Time PCR methods. Accordingly, in patients with rectum tumors, there was a significant relationship between ATP2B4 gene expression and the tumor location and in patients younger than 45 years, ATP5B gene expressions were detected significantly higher by using RT-PCR. However, no significant relationship was detected in terms of expression differences ofATP2B4 and ATP5B genes between cancerous and healthy tissues of the CRC patients in overall. ATP2B4 and ATP5B genes might have indirect associations in CRC pathogenesis and the investigation of their interactions with DNA repair and other related genes may help in understanding of CRC formation.