Meme kanserinin moleküler alt tiplerinde C-MYC ve TNK2 genlerinin ekspresyon düzeylerinin incelenmesi
Investigation of the expression levels of C-MYC and TNK2 genes in molecular subtypes of breast cancer
Yazar: GAMZE TAŞKAN
Danışman: PROF. DR. MEHMET EMİN ERDAL
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Meme kanseri, dünya çapında kadınlarda en ölümcül malignitelerden biridir ve kadınlarda sıklık bakımından değerlendirildiğinde birinci sırada gelmektedir. Meme kanseri, meme dokusundaki hücrelerinin büyümesinden ve sağlıklı kalmasından sorumlu olan genlerdeki nokta mutasyonları, delesyonlar, translokasyonlar, kromozomal amplifikasyonlar, duplikasyonlar ve ekspresyon değişimlerini de içeren genetik anomaliklerin ilerleyen birikimi sonucu meydana gelmektedir. Meme kanseri oluşumunu tetikleyen moleküler mekanizmaların daha iyi anlaşılması, bu hastalığın teşhis, prognostik ve tedavisini geliştirmek için çok önemlidir. 

       Meme kanseri moleküler teknikler ile bazı genlerin ekspresyon özelliklerine dayanan dört moleküler alt tipe sahiptir. Bunlar; Lüminal A, Lüminal B, HER2-pozitif ve Üçlü Negatif Tümörler (Bazal benzeri) meme kanserleridir. Araştırmamızda meme kanserinin moleküler alt tiplerinde c-MYC ve TNK2 genlerinin ekspresyon düzeylerini belirlemeyi amaçladık. 

Çalışma grubunu, meme kanseri tanısı almış her dört alt gruptan 50 hasta olacak şekilde toplam 200 hasta birey ile bu tanıyı almamış 50 sağlıklı birey olmak üzere toplamda 250 birey oluşturdu. Bu bireylere ait parafin blok doku örnekleri Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı arşivinden temin edildi. Total RNA izolasyonu, cDNA sentezi ve qPCR yöntemiyle analiz edildi. Çalışmamızda, hasta ve kontrol grupları arasında, Mann Whitney U ve Kruskal Wallis analizlerine göre, c-MYC gen ekspresyon düzeyleri bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık görülmemiştir (p=0.371). TNK2 gen ekspresyon düzeyleri bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık olduğu görülmüştür (P=0.030).  Çalışmamızda; yapılan in siliko analiz sonucunda c-MYC ve TNK2 geninin etkileşimde olduğu genler gösterilmiştir. Bu genlerin meme kanseri patogenezinde rol oynadığı bilinen birden fazla biyolojik sürece ve çeşitli moleküler fonksiyona dahil olduğu görülmüştür.
  
    Sonuç olarak, elde ettiğimiz bulgulardan istatistiksel olarak anlamlı bulunan genlerin tanı belirteci ve ilaç hedefi adayı olarak değerlendirilip, gelecekte bu alanda yapılacak çalışmalara ön veri sunabileceğini düşünmekteyiz.

Abstract:
Breast cancer is one of the deadliest malignancies in women worldwide and ranks first in terms of frequency in women. Breast cancer occurs as a result of the progressive accumulation of genetic abnormalities, including point mutations, deletions, translocations, chromosomal amplifications, duplications and expression changes in the genes responsible for the growth and health of cells in the breast tissue. A better understanding of the molecular mechanisms that trigger breast cancer formation is crucial to improve the diagnosis, prognostication and treatment of this disease. 

     Breast cancer has four molecular subtypes based on molecular techniques and the expression characteristics of some genes. These; Luminal A, Luminal B, HER2-positive and Triple Negative Tumors (Basal-like) are breast cancers. In our research, we aimed to determine the expression levels of c-MYC and TNK2 genes in molecular subtypes of breast cancer. 

The study group consisted of a total of 200 patients, 50 patients from each of the four subgroups, who were diagnosed with breast cancer, and 50 healthy individuals who were not diagnosed with this diagnosis, a total of 250 individuals. Paraffin block tissue samples of these individuals were obtained from the archives of Mersin University Faculty of Medicine, Department of Pathology. Total RNA isolation was analyzed by cDNA synthesis and qPCR method. In our study, no statistically significant difference was observed between the patient and control groups in terms of c-MYC gene expression levels, according to Mann Whitney U and Kruskal Wallis analyzes (p = 0.371). It was observed that there was a statistically significant difference in terms of TNK2 gene expression levels (P = 0.030). In our study; As a result of the in silico analysis, the genes that c-MYC and TNK2 genes interact with were shown. These genes have been shown to be involved in multiple biological processes and various molecular functions known to be involved in breast cancer pathogenesis.

    As a result, we think that the genes found to be statistically significant from our findings can be evaluated as diagnostic markers and drug target candidates and provide preliminary data for future studies in this field.