Metisilin dirençli staphylococcus aureus suşlarının spa typıng ve pulsed fıeld gel electrophoresıs yöntemleriyle klonal ilişkilerinin tespiti
Detection of clonal relationship of methicillin resistant staphylococcus aureus strains with spa typing and pulsed field gel electrophoresis methods
Yazar: YILDIZ KALAYCI
Danışman: PROF. DR. AKGÜN YAMAN
Çukurova Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Epidemiyoloji = Epidemiology ; Metisilin = Methicillin ; Stafilokok protein A = Stafilokok protein A ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus

Özet:
Amaç: İlk olarak İngiltere'de ortaya çıkan Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus enfeksiyonu başta diğer Avrupa ülkeleri olmak üzere bütün dünyada hızla yayılmıştır. Hem toplumda hem de hastanelerde görülen Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus nedenli enfeksiyonların risk yönetiminde, etkenin kaynağının ve bulaş yollarının moleküler yöntemlerle hızlı tespiti enfeksiyon kontrolünde anahtar veriler sağlamaktadır. Çalışmamızda hastanemizde izole edilen Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus suşlarının klonal ilişkileri Pulsed Field Gel Electrophoresis ve spa tiplendirme yöntemi ile tespit edilerek, hastanemizde ve bölgemizde baskın olan klonların isimlendirilmesi ve yöntemlerin kıyaslanması amaçlanmaktadır.
Gereç ve yöntem: Hastanemizde rutin olarak kullanılmakta olan Vitek 2 sistemi ile tanımlanan 75 Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus izolatı SmaI enzimi kullanılarak Pulsed Field Gel Electrophoresis ile tiplendirildi. spa gen bölgeleri amplifiye edilerek sekans analizi yapıldı. Elde edilen veriler StaphType (Ridom) yazılım programıyla değerlendirildi ve spa tipleri tespit edildi. 
Bulgular: İncelenen 75 örneğin Pulsed Field Gel Electrophoresis ile 11 küme içerisinde toplandıkları ve birbirlerine % 84,1 oranında benzeyen A (n:19) ve B (n:27) kümelerinin tüm suşların % 61,3'ünü oluşturduğu tespit edildi. Tüm izolatlar spa tiplendirme ile de değerlendirildiğinde suşların 18 spa tipine dağıldığı tespit edildi. En büyük spa kümesi 31 izolat (% 41,3) ile t030 iken, bunu 9 izolat ile t223 (% 12) tipinin izlediği görüldü.
Sonuçlar: İzolatların genotipik incelemeleri, antibiyotik direnç profilleri ve hastane enfeksiyonu olarak tanımlanan olgulardan izole edilme oranları değerlendirilerek t030'un % 41,3'lük insidans ile dominant genotip olduğu ve bu gen kümesinin hastane klonu olduğu düşünülmüştür. Toplum kökenli olduğu düşünülen spa tiplerinin ise t223 ve t127 oldukları ve sırasıyla % 12 ve % 9,3 oranlarında görüldükleri tespit edildi. Kısa dönemli salgın incelemelerinde ve uzun dönemli soy ilişkisi araştırmalarında spa tiplendirme yönteminin Pulsed Field Gel Electrophoresis ile birlikte kullanılmasının ve bu çalışmanın daha uzun süre ve daha fazla örnek kullanılarak toplum ve hastane klonlarının takibinde kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmüştür.

Abstract:
Aim: Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus infection, first emerged in England, has spread rapidly throughout the world including other European countries primarily. Rapid detection of agent sources and transmission routes by molecular methods, provide a key data about the infection control for active risk management of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus-induced infections in both community and also hospitals. This study aims to refer the dominant clones of our region and compare methods by determining clonal releationship of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus strains, that have been isolated from our hospital, using Pulsed Field Gel Electrophoresis and spa typing methods. 
Material and Methods: Seventy five Methicillin Resistant Staphylococcus aureus isolates identified by Vitek 2 system, which has been routinely usen in our hospital, were typed by Pulsed Field Gel Electrophoresis using SmaI enzyme. Sequence analysis was performed after amplification of spa gene regions. Obtained data was evaluated by StaphType (Ridom) software and spa types were identified. 
Results: It is found that 75 samples analyzed by Pulsed Field Gel Electrophoresis, were gathered in 11 clusters and also A (n = 19) and B (n = 27) clusters which were similar to each other in the ratio of 84,1% were constituted the 61,3% of all strains. It is detected that all isolates were also distributed in 18 spa types when evaluated by spa typing. It is observed that the largest spa cluster was t030 with 31 isolates (41.3%) and it was followed by t223 type with 9 isolates (12%). 
Conclusions: By evaluation of the genotypic investigations of the isolates, antibiotic resistance profiles and isolation rate from cases defined as hospital infection, it is was considered that t030 was dominant genotype with the incidence rate of 41,3 % and this gene cluster generated the hospital clones. t223 and t127 were considered  to be community-associated spa types and they were determined in ratio of 12 % and 9,3% respectively. It is thought to be beneficial using spa typing methods with Pulsed Field Gel Electrophoresis in short-term epidemic studies, in the research of long-term clonal relations and also using this study with more examples and for longer time to monitor community and hospital associated clones.