Tavuklarda salmonella infantis izolasyonu ve PCR tabanlı yöntemlerle tanısı
Isolation of salmonella infantis in chickens and  its detection by PCR based methods
Yazar: ÖZLEM ŞAHAN YAPICIER
Danışman: PROF. DR. BARIŞ SAREYYÜPOĞLU
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: ISO 6579 = ISO 6579 ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; Tavuklar = Chickens ; Tavukçuluk = Chicken farming ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
Tavuklarda Salmonella Infantis İzolasyonu ve PCR Tabanlı Yöntemlerle Tanısı
Bu araştırmada, broyler kümeslere ait 120 adet altlık, 240 adet sekal svap, 200 adet kloakal svap, 190 adet bağırsak içeriği, 59 adet yem ve 39 adet toz örneği olmak üzere toplam 878 adet örnek Salmonella Infantis varlığı yönünden incelendi. 
Salmonella izolasyon  ve identifikasyon çalışmaları ISO 6579:2002/Amd 1:2007, Ek D standardı uygulanarak gerçekleştirildi. Prosedür dahilinde ön zenginleştirme için Tamponlanmış Peptonlu Su (TPS), selektif zenginleştirme için Modified Rappaport Vasilliadis Semi Solid (MRSV) ve Muller Kauffmann Tetrathionat novobiocin Broth (MKTTn) ve izolasyon için selektif besiyeri olan , Xylose Lysine Deoxycholate (XLD) ve Xylose Lysine Tergitol 4 (XLT4) agar kullanıldı. Salmonella şüpheli bulunan kolonilerinin identifikasyonu, biyokimyasal ve serolojik yöntemlerle gerçekleştirildi. 
Çalışmada incelenen 878 materyalde (altlık, toz, sekal svap, kloakal svap, bağırsak içeriği ve yem) %14,8 Salmonella spp. izole ve identifiye edildi. Salmonella suşlarının 90,76'i S. Infantis, %2,3'u S. Agona, %1,53'ü S. Kentucky, S. Hadar ve S. Tenesee, %0,76'ı   S. Mbandaka, S. Montevideo, S. Enteritidis, S. Adelaide, S. Liverpool ve S.Derby bulundu. Çalışmadaki tüm materyallere direkt, TPS, MRSV, MKTTn, XLD ve XLT 4 aşamalarında inkübasyonun 6., 12., 18. ve 24. saatlerinde örnekleme yapılarak  invA, fljB , fliC konvansiyonel IMP1-IMP2-IMP3 primerleriyle multipleks PCR yapıldı. invA geninin varlığı %100 olarak tespit edilirken; tekli PCR ve m-PCR primerlerinin sonuçlarında S.Infantis'e  ait spesifik bant elde edilemedi. ISO prosedürünün izolasyon aşamasını takiben oluşan şüpheli kolonilere yeni dizayn primeri CyrF/R ile PCR yapıldı. S. Infantis suşlarının tamamı (%100) geliştirilen PCR ile doğru olarak saptandı 
S.Infantis'in moleküler tanısı için geliştirilen PCR tekniğinin altın standart yöntem olan ISO 6579 prosedürü ile karşılaştırılmalı değerlendirmesi sonucunda hızlı, tekrarlanabilir, ekonomik bir  alternatif olabileceği düşünülmektedir.

Anahtar Kelimeler: Broyler, ISO 6579, PCR, Salmonella Infantis

Abstract:
Isolation of Salmonella Infantis in Chickens and  its Detection by PCR Based Methods
In this research, Salmonella Infantis was examined from 120 litter, 240 ceacal swabs, 200 cloacal swabs, 190 intestinal contents, 59 feed and 39 dust samples.  Total of 878 samples were collected from poultry house. 
Salmonella isolation and identification procedure ISO 6579: 2002 / Amd 1: 2007, Annex D was performed. Pre-enrichment procedure within Buffered Peptone Water, selective enrichment with Modified Rappaport Vasilliadis Semi Solid (MRSV) and Mueller Kauffmann Tetrathionat novobiocin Broth and selective medium for the isolation of , Xylose Lysine Deoxycholate(XLD) and Xylose Lysine Tergitol 4 (XLT4) agar was used. The identification of suspect Salmonella colonies which were performed by biochemical and serological methods.
The study examined that total of 878 material's (litter, ceacal swabs, cloacal swabs, intestinal contents and feed) Salmonella isolate rate is 14.8%. It was identified that % 90,76 S. Infantis, %2,3 S. Agona, %1,53 S. Kentucky, S. Hadar ve S. Tenesee, %0,76 S. Mbandaka, S. Montevideo, S. Enteritidis, S. Adelaide, S. Liverpool and S. Derby of the isolated Salmonella strains. Materials was collected stage of  the BPW, MRSV, MKTTn, XLD and XLT4 agar incubation period of 6., 12., 18., 24 hours. Then conventional and multiplex PCR was performed with primer of invA, fljB , fliC and IMP1-IMP2-IMP3. Primer of invA was detected %100 Salmonella strains but the other primers couldn't detect the S.Infantis strains. Hence, a new primer was designed. All strains of S. Infantis was detected with developed PCR analysis.

	PCR technique for S. Infantis molecular diagnosis was developed that compared with the gold standard method ISO 6579 assessment procedure is thought to be an rapid, repeatable and economical alternative.

Key Words: Broiler, ISO 6579, PCR, Salmonella Infantis