COVID-19 pandemisinin solunum yolu viral etkenlerinin epidemiyolojisine etkisi
The effect of COVID-19 pandemic on the epidemiology of respiratory tract viral agents
Yazar: İPEK OLAM
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜNEŞ ÖZÇOLPAN
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Akut solunum yolu hastalıklarının en sık etkeni virüslerdir. Virüsler çoğunlukla üst solunum yolu enfeksiyonlarına neden olurlar; ancak küçük çocuklar, yaşlılar, altta yatan hastalığı olanlar ve immün sistemi baskılanmış kişilerde alt solunum yollarını da tutarak mortalitesi yüksek ciddi enfeksiyonlara yol açabilirler. Solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan viral etkenlerin belirlenmesi hem tedavinin şekillenmesinde hem de viral etkenlerin epidemiyolojik seyrinin takibinde önemlidir. Çalışmamızda COVID-19 pandemisinin solunum yolu viral etkenlerinin epidemiyolojisine etkisinin araştırılması amaçlanmıştır.
Bu çalışmaya 1 Ocak 2018-28 Şubat 2023 tarihleri arasında Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına, solunum yolu viral etkenlerinin moleküler yöntemle araştırılması amacıyla gönderilen ve uygun koşullarda saklanan tüm nazofaringeal sürüntü örnekleri dahil edilmiştir. Ülkemizde ilk COVID-19 vakasının açıklandığı 11 Mart 2020 tarihi pandeminin başlangıç tarihi olarak kabul edilmiştir. Çalışmada kullanılan veriler retrospektif olarak hastane bilgi yönetim sisteminden (HBYS) (MİA- MED otomasyon bilgi sistemi) elde edilmiştir. Çalışmada örneklerden nükleik asit ekstraksiyonu, 202 Magnesia Viral DNA/RNA Ekstaksiyon Kiti kullanılarak Magnesia 16 (Anatolia, Türkiye) cihazında yapılmıştır ve viral nükleik asit varlığı multipleks real-time PCR yöntemi ile Bosphore Solunum Patojenleri Panel Kiti v4 (Anatolia, Türkiye) kullanılarak araştırılmıştır. İstatistiksel veriler SPSS 21.0 programı kullanılarak ki-kare testi uygulanarak elde edilmiştir. İstatistiksel anlamlılık için p değerinin 0,05'den küçük saptanması koşulu aranmıştır.
 Çalışmamıza dahil edilen 2550 hastanın 1161'i (%45,5) kadın, 1389'u (%54,5) erkektir. Çalışma grubundaki hastaların yaş aralığı 0-99'dur. İncelenen 2924 örnekten 1422'sinde (%48,6) paneldeki en az bir virüse ait nükleik asit saptanmıştır. Her iki cinsiyette de Enterovirus/Rhinovirus, RSV A/B, Influenza A sırasıyla en sık saptanan solunum yolu virüsleridir. Çalışmamızda solunum yolu virüsü saptanma yüzdesi; pandemi öncesinde %60,6, pandemi döneminde %37,3 oranında saptanmıştır. Koenfeksiyona neden olan solunum yolu virüsleri sıklığına göre sırasıyla EV/RV, RSV A/B ve Influenza A'dır. Koenfeksiyon sıklığı 18 yaş altı hasta grubunda (ortalama %13) 18 yaş üstü hastalara (ortalama %1,8) göre istatistiksel anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur. Koenfeksiyon oranları, pandemi öncesi dönemde pandemi dönemine göre istatistiksel anlamlı derecede daha yüksek bulunmuştur. Çalışmamızda okulların kapatılması ile kısmi normalleşmenin başladığı tarihler arasında EV/RV'nin saptanmaya devam ettiği, diğer solunum yolu virüslerinin ise büyük oranda dolaşımdan çekildiği belirlenmiştir.
Çalışmamızın sonuçları: Solunum yolu enfeksiyonlarında viral etkenlerin görülme sıklığı, pandemi döneminde azalmıştır. EV/RV; iki yaş üzerindeki, yatan/ayaktan tedavi gören tüm hastalarda hem pandemi öncesi dönemde hem pandemi döneminde solunum yolu örneklerinde en sık saptanan viral etkendir. RSV A/B, 0-1 yaş aralığındaki hastalarda solunum yolu örneklerinde en sık saptanan viral etkendir. EV/RV ve Bocavirusların pozitif örnekler içindeki dağılımı, pandemi döneminde istatistiksel anlamlı olarak artmıştır. EV/RV en sık koenfeksiyona neden olan virüstür. Bu durum pandemi etkisiyle değişmemiştir. Çocuklarda viral koenfeksiyonlar daha sık görülmektedir. Pandemi döneminde viral koenfeksiyon sıklığı azalmıştır. Viral etkenler en fazla kış mevsiminde, en az yaz mevsiminde saptanmıştır. Pandemi etkisiyle bu durum değişmemiştir. Kış aylarında en sık saptanan viral etken RSV A/B; ilkbahar, yaz ve sonbahar aylarında ise EV/RV'dir. Pandemi etkisiyle bu durum değişmemiştir.
Çalışmamızın kısıtlılığı olarak, tek bir merkeze ait veriler sunulmuştur. Bununla birlikte sonuçlarımız hasta semptomları ve klinik bulgularıyla birlikte değerlendirilememiştir. Bu nedenle özellikle koenfeksiyonlar değerlendirilirken saptanan virüslerin etken olup olmadığı konusunda net bir sonuca ulaşılamamıştır. Ayrıca çalışmamızda pandemi döneminde hasta örneklerinde eş zamanlı SARS-CoV-2 incelemesi yapılamamıştır. Bu nedenle SARS-CoV-2 verileri sunulamamış, pandemi dönemindeki koenfeksiyonlara SARS-CoV-2'nin eşlik edip etmediği belirlenememiştir.
Solunum yolu viral etkenlerinin dağılımının hasta semptom ve klinik bulgularının da irdelenerek araştırıldığı çalışmaların devamlılığının önemli olduğu düşünülmektedir. Ancak hasta örneklerinde moleküler yöntemlerle saptanan virüslerin enfeksiyon etkeni olup olmadığının tam olarak anlaşılabilmesi için, solunum yolu viral mikrobiyotasının belirlenmesi amacıyla kurgulanan çalışmalara ihtiyaç olduğu düşünülmektedir.

Abstract:
Acute respiratory tract infections are most commonly caused by viruses. Viruses primarily cause upper respiratory tract infections; however, they can also cause infections with high mortality in small children, the elderly, people with underlying conditions, and immunocompromised individuals by affecting the lower respiratory tract. The identification of viral agents causing respiratory tract infections is critical for both guiding treatment and monitoring viral agent epidemiology. The aim of this study was to investigate at the impact of the COVID-19 pandemic on the epidemiology of respiratory tract viral agents.
This study comprised all nasopharyngeal swab samples that were sent between January 1, 2018, and February 28, 2023, to the Medical Microbiology Laboratory of Aydın Adnan Menderes University Hospital for the molecular investigation of respiratory tract viral agents and stored under appropriate conditions. The first COVID-19 case reported in our country was reported on March 11, 2020, and this day was officially recognized as the pandemic's beginning. Retrospective data from the hospital information management system (HBYS) (MIA-MED automation information system) were used in the study. The 202 Magnesia Viral DNA/RNA Extraction Kit on the Magnesia 16 (Anatolia, Turkey) device was used in the study to extract nucleic acid from the samples, and presence of viral nucleic acid was investigated by multiplex Real time PCR method using the Bosphore Respiratory Pathogens Panel Kit v4 (Anatolia, Turkey). Statistical data were obtained by applying the chi-square test using the SPSS 21.0 program. For statistical significance, a p value less than 0.05 was required.
Of the 2550 patients included in our study, 1161 (45.5%) were female and 1389 (54.5%) were male. The age range of the patients in the study group was 0-99 years. Nucleic acid belonging to at least one virus in the panel was detected in 1422 (48.6%) of the 2924 samples analyzed. Enterovirus/Rhinovirus, RSV A/B, Influenza A were the most frequently detected respiratory viruses in both sexes, respectively. In our study, the percentage of respiratory virus detection was 60.6% before the pandemic and 37.3% during the pandemic. The percentage of respiratory tract virus detection was found to be statistically significantly lower during the pandemic period compared to the pre-pandemic period. Respiratory viruses causing co-infection were EV/RV, RSV A/B and Influenza A, respectively. The frequency of co-infection was statistically significantly higher in patients under 18 years of age (mean 13%) than in patients over 18 years of age (mean 1.8%). Co-infection rates were statistically significantly higher in the pre-pandemic period compared to the pandemic period. In our study, it was determined that EV/RV continued to be detected between the dates when schools were closed and partial normalization began, while other respiratory viruses were largely withdrawn from circulation.
Results of our study: The frequency of viral agents in respiratory tract infections decreased in the pandemic period compared to the pre-pandemic period. EV/RV is the most frequently detected viral agent in respiratory tract infections in both the pre-pandemic and pandemic periods in all patients over two years of age, hospitalized/outpatient. In patients aged 0-1 years, the most frequently detected viral agent is RSV A/B. The detection frequency of EV/RV and Bocavirus among all viruses increased statistically significantly in the pandemic period. Enterovirus/Rhinovirus is the most common viruses causing co-infection. The pandemic had little effect on this circumstance. Viral co-infections are more common in children. The frequency of viral co-infection decreased during the pandemic period. Viral agents were detected most in winter and least in summer. This situation has not changed with the pandemic. The most frequently detected viral agent in winter is RSV A/B; in spring, summer and autumn, it is EV/RV. This situation has not changed with the pandemic.
As a limitation of our study, data from a single center were presented. In addition, our results could not be evaluated together with patient symptoms and clinical findings. Therefore, it was not possible to reach a clear conclusion as to whether the viruses detected were causative or not, especially when evaluating co-infections. In addition, in our study, simultaneous SARS-CoV-2 examination could not be performed in patient samples during the pandemic period. Therefore, SARS-CoV-2 data could not be presented and it could not be determined whether SARS-CoV-2 accompanied co-infections during the pandemic period.
It is considered important to continue studies investigating the distribution of respiratory viral agents by examining patient symptoms and clinical findings. However, it is thought that studies designed to determine the respiratory viral microbiota are needed in order to fully understand whether the viruses detected by molecular methods in patient samples are infectious agents.