Non sendromik ailesel işitme kayıplı hastalarda genetik analiz
Genetic analysis in patients with nonsyndromic hearing loss
Yazar: HAYRİ YILDIRIM
Danışman: DOÇ. DR. MÜZEYYEN YILDIRIM BAYLAN
Dicle Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Kulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Kulak Burun ve Boğaz = Otorhinolaryngology (Ear-Nose-Throat)
Dizin: Aile = Family ; Fenotip = Phenotype ; Genetik = Genetics ; Genetik hastalıklar-doğuştan = Genetic diseases-inborn ; Genetik teknikler = Genetic technics ; Genotip = Genotype ; İşitme = Hearing ; İşitme bozuklukları = Hearing disorders ; İşitme kaybı = Hearing loss

Özet:
Amaç:
Bu çalışmada ailesel nonsendromik sensörinoral işitme kayıplı olan hastalar belirlenip bu hastaların genetik analizi ile bölgemize ait genetik verilerin prevelansının saptanması, fenotip ile genotipin ilişkilendirilmesi ve yeni genlerin bulunması amaçlanmıştır.
Materyal ve Metod
Dicle üniversitesi Kulak Burun Boğaz hastalıkları polikliniğine 2013 ile 2016 yılları arasında başvuran ailesel nonsendromik işitme kayıplı hastalar üzerinde çalışılmıştır. Hastaların ayrıntılı anamnezleri, yapılan muayeneleri, işitme eşikleri kaydedilmiştir. Ailelerin pedigrileri çizilip incelemeye dahil edilmiştir. Hastaların ve en az iki aile bireyinin kan örnekleri alınarak uygun şartlarda Ankara Üniversitesi Çocuk Genetik Bilim Dalı tarafından incelenmiştir. DNA dizi analizi yöntemi ile Konneksin 26 (GJB2) ve enzimle kesim yöntemi ile mitokondriyal gen mutasyonları taranmıştır. Konneksin 26 ve mitokondriyal gen mutasyonları saptanmayan hastaların DNA örnekleri Miami Üniversitesi John P. Hussman Institute of Human Genomics labaratuvarında yeni nesil sekanslama yöntemlerinden olan tüm ekzom sekanslama yöntemi ile diğer nonsendromik işitme kaybı yapan bilinen bütün gen mutasyonları taranmıştır. Gen mutasyonları tarandıktan sonra işitme kaybı açıklanamayan örneklerden ise bu ailelerin gen haritamaları yapılarak yeni gen mutasyonları araştırılmıştır.
Bulgular
Çalışmamız non sendromik ailesel işitme kaybı bulunan 57 aile üzerinde gerçekleştirilmiştir. Bu aileler içinden 244 birey değerlendirilmiştir. Bu 244 bireyin 92'sinde ailesel nonsendromik işitme kaybı saptanmıştır. Her aileden seçilen bir proband hasta üzerinde genetik analizlerimiz gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızın sonucunda 23 ailede (%40) işitme kaybının nedeni olarak genetik mutasyonlar tespit edilmiştir. Genetik mutasyon tespit edilen hastaların %82,6'sının ailesinde 3. derece akraba evliliği mevuttu. Genetik mutasyon saptanan hastaların %91,3'ünde ileri-derin işitme kaybı mevcuttu. Bu hastaların 7 tanesinde Konneksin26 (GJB2) (%12.2), 4 tanesinde TMIE (%7.01), 3 tanesinde MYO15A (%5.2), 2 tanesinde SLC26A4 (%3.5), 2 tanesinde ESRRB (%3.5), 2 tanesinde TMPRSS3 (%3.5), 1 tanesinde GIPC3 (%1.7), 1 tanesinde MYO6(%1.7), 1 tanesinde MYO7A(%1.7) gen mutasyonları tespit edildi. 
Sonuç 
Çalışmamızda en sık işitme kaybı nedeni olarak GJB2 mutasyonları tespit edildi. GJB2 mutasyonlarının en sık nedeni ise c.35delG olarak saptandı. Ailesel nonsendromik işitme kaybı yapan genetik mutasyonların bölgemizdeki prevelansı tespit edildi. Çalışmamız sırasında yeni gen mutasyonları tespit edilemedi.

Abstract:
Purpose:
In this study, our main aim has been to determine those patients with familial non-syndromic sensorineural hearing loss, to identify the prevalence distribution of genetic data known in regard to our region through these patients' genetic analyses, to establish the association between their phenotype and genotype and to find new genes.
Material and Method 
Patients who were diagnosed with familial non syndromic sensorineural hearing loss, and who applied to the Polyclinic of Otorhinolaryngologic diseases, Dicle University,  between 2013 and 2016, were included into the study. The patients' detailed anamnesis, examinations performed and their hearing threshold tests were recorded. The families' pedigrees were drawn and included in the review. Blood samples of the patients and of at least 2 family members were taken and reviewed under appropriate conditions by the department of Child Genetic Science, Ankara University. Connexin 26 (GJB2), identified by the DNA gene sequencing method, and the mitochondrial gene mutations by the cutting with enzyme method were scanned. The DNA samples of patients, whose Connexin 26 and mitochondrial gene mutations were not identified, were scanned at Miami University, John P. Hussman Institute of Human Genomics laboratory for other gene mutations, known to cause the other non-syndromic hearing losses, by using the whole exome sequencing method, which is one of the new generation sequencing methods. As to the samples, in whom hearing loss could not be explained after scanning for other gene mutations known to cause hearing loss, the families' genetic mappings were drawn,  and new gene mutations were researched. 
Findings
Our study was carried out on 57 families with familial nonsyndromic hearing loss. From among these families, 244 individuals were assessed. Familial nonsyndromic hearing loss was determined in 92 of those individuals. Our genetic analyses were performed on one proband patient chosen from each family. As a result of our study, genetic mutations were determined to be the main reason for hearing loss in 23 families (40%). There existed third degree consanguineous marriage in 82,6% and severe-to-profound hearing loss in 91,3% of those patients who were determined to have genetic mutations. 
Gene mutations were determined as follows: Connexin 26 (GJB2) (%12.2) in 7 patients; TMIE (%7.01) in 4; MYO15A (%5.2) in 3; SLC26A4 (%3.5) in 2; ESRRB (%3.5) in 2; TMPRSS3 (%3.5) in 2; GIPC3 (%1.7) in 1; MYO6 (%1.7) in 1; MYO7A (%1.7) in 1.
Result
In our study, Connexin 26 mutations were determined to be the most frequent reason for hearing loss. As the most common reason for Connexin 26 mutations, c.35delG was identified. The prevalence of genetic mutations leading to familial non-syndromic hearing loss was also determined for our region, During our study, we were not able to identify new gene mutations, however.