Balıklarda vibriozise neden olan Vibrio anguillarum türünün moleküler identifikasyonu, tiplendirilmesi ve antibiyogram taraması
Molecular identification, typing and antimicrobial susceptibility screening of Vibrio anguillarum causing vibriosis in fish
Yazar: YİĞİT TERZİ
Danışman: PROF. DR. FÜSUN BAHRİYE UÇAR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Su Ürünleri = Aquatic Products

Özet:
Vibriozis hastalığı, balık çiftliklerinde en sık oranda görülen ve ağır kayıplara neden olan bakteriyel bir hastalıktır. Hastalığın temel etkeni Vibrio anguillarum'dur. Vibrio ordalii ise V. anguillarumun en yakın biyotipidir. Bu nedenle bu iki biyotipi birbirinden ayırt etmek için birden fazla moleküler yöntem kullanmak ve identifikasyonu kesinleştirmek gerekmektedir. 
Bu çalışmada kullanılan, organizmalar Ege Üniversitesi Su Ürünleri bölümünün stoklarından temin edilmiştir. Bu izolatlar, Vibriozis hastalığına neden olan ve sadece fenotipik tanısı yapılmış olan izolatlardır. Bunların genus ve tür düzeyinde tanılarını kesinleştirmek için moleküler biyolojik yöntemler kullanılmıştır. Bu çalışmaya öncelikle izolatların 16s-rDNA sekans analizleri ile başlanmıştır. Sekanslar Genel ve genus spesifik 16s-rDNA primerleri kullanılarak yapılmıştır. Sekans sonucunda bütün izolatlar vibrio genusuna dahil edilmişlerdir. Vibrio anguillarum ve Vibrio ordalii genotipik olarak %97 nin üzerinde benzerlik göstermektedir. Bu nedenle bu iki türü birbirinden ayırt etmek için groEL gen bölgesinin RFLP 'si yapılmıştır. groEL gen bölgesinin 1117 bp lik kısmı vibrio genusuna spesifik primerler kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır.  Çoğaltılan groEL gen bölgesinin tür spesifik restriksiyon enzimleri ile kesimi sonucunda Vibrio anguillarum'a özgü fragmentlerin oluştuğu gözlemlenmiştir. Daha detaylı bir ayırım için groEL gen bölgesi sekanslanmıştır. Elde edilen sekans sonuçlarında bütün izolatlar %99 oranında V. anguillarum olarak belirlenmiştir.  Ayrıca groEL'in başka bir bölgesi ve amiB gen bölgesine özgü tür spesifik primerler kullanılarakta tanı doğrulanmıştır. İzolatların tamamı pozitif sonuç vermiştir. Ayrıca bu çalışmada, yukarıda belirtilen ve identifikasyonu yapılan Vibrio anguillarum strainleri ile balık hastalıkları tedavisinde kullanılan genel antibiyotikler antibiyogram taraması ile denenmiştir. Test sonucunda strainlerin tamamı kullanılan antibiyotiklere karşı hassas olarak belirlenmiştir.

Abstract:
Vibriosis is the most common bacterial fish disease in fish farms and causes severe losses. Vibrio anguillarum is the main effect of the disease. Vibrio ordalii is the closest biotype of the V.anguillarum. For this reason, it is necessary to use more than one molecular method to distinguish these two biotypes and to confirm the identification.
The organisms used in this study were obtained from stocks of Ege University Aquaculture Department. These isolates are isolates that cause Vibriosis disease and only phenotypic diagnosis has been made. Molecular biological methods have been used to ensure their diagnosis at the genus and species level. First of all, 16S-rDNA sequence analyzes of isolates have been started. Sequences were performed using Generic and genus specific 16s-rDNA primers. As a result of the sequence all isolates were included in the vibrio genus. Vibrio anguillarum and Vibrio ordalii are genotypically similar over 97%. For this reason, the RFLP of the groEL gene region was constructed to distinguish these two species. The 1117 bp region of the groEL gene region was amplified by PCR using primers specific for the vibrio genus. It has been observed that the genomic region of the replicated groEL gene has fragmentation of Vibrio anguillarum as a result of cutting with species-specific restriction enzymes. For a more detailed distinction, the groEL gene region has been sequenced. In the obtained sequence results, all isolates were identified as 99% V. anguillarum. In addition, the diagnosis was confirmed using species specific primers specific to another region of groEL and the amiB gene region. All of the isolates gave positive results. In addition, in this study, Vibrio anguillarum strains identified above and the general antibiotics used in the treatment of fish diseases have been tested by antibiogram screening. As a result of the test, all of the strains were  sensitive to the antibiotics used.