Soğan bakteriyel hastaklık etmenlerinin fenotipik karakterizasyonu ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)ile tanısı
Phenotypic characterization of onion bacterial diseases and diagnosis by polymerase chain reaction (PCR)
Yazar: EMİNE ŞENAY
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZAHİDE ÖZDEMİR
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu tez çalışmasında soğan bitkisinde çürüklük meydana getiren bakteriyel etmenlerin fenotipik karakterizasyonu ve PCR yöntemi ile tanılanması yapılmıştır. Eskişehir ili soğan tarlalarından toplanan hastalıklı soğan örneklerinden izolasyon yapılmıştır. Otuz dört bakteriyel izolatın biyokimyasal testler ile fenotipik karakterizasyonu yapılmıştır. İzolatların patojenisiteleri soğan yumru kesitlerinin inokulasyonu ile belirlenmiştir. Biyokimyasal testler sonucu izolatların Pantoea (16), Pseudomonas (11 floresan ve 1 floresan olmayan) ve Enterobacter (4) cinslerine ait olduğu belirlenmiş iki izolatın ise tanısı yapılamamıştır. İzolatlar farklı derecelerde soğan kesitlerini çürütmüş dört izolat ise patojenik bulunmamıştır. Biyokimyasal testlerle Pseudomonas aeruginosa olduğu belirlenen ve yüksek patojenisiteye sahip bir izolatın tanısı, PCR ile çoğaltılan16S rDNA bölgesinin sekans analizi ile teyit edilmiştir. Pantoea cinsine ait iki izolatın PCR ile tanısı desteklenmiştir. Enterobacter cinsine ait 4 izolatın tRNA-ITS bölgesinin çoğaltımı ile 3 izolatın Enterobacter cloacae ATCC 13047 ile aynı band profili oluşturduğu bulunmuştur. Bilgimize göre ülkemizde, Pantoea, Pseudomonas ve Enterobacter türleri tarafından oluşturulan soğan bakteriyel hastalıklarının varlığı hakkında daha önce bir rapor bulunmamaktadır. Ülkemizde, Pantoea, Pseudomonas ve Enterobacter cinsine ait soğan bakteriyel hastalık etmenlerin varlığı ilk kez bu tez çalışması ile belirlenmiştir.

Abstract:
In this thesis, phenotypic characterization and PCR detection of the bacterial agents that cause rotting in onion plants were done. Isolations were made from the diseased samples collected from onion fields in Eskişehir. The thirty-four bacterial isolates were characterized phenotypically by biochemical tests. Pathogenicity of the isolates was determined by the inoculation of onion scales. As a result of the biochemical tests the isolates were determined as Pantoea (16), Pseudomonas (11 fluorescent and 1 nonfluorescent) and Enterobacter (4) and the two isolates could not be identified. The isolates rot onion scales in variable degrees and four of them were found nonpathogenic. The isolate identified as Pseudomonas aeruginosa by the biochemical tests and with high pathogenicity was confirmed by PCR detection of the 16S rDNA region. Identification of the two isolates that belong to Pantoea genus was supported by PCR detection. tRNA-ITS region of the four isolates that belong to Enterobacter genus was amplified and found that the three isolates shown the same banding pattern with Enterobacter cloacae ATCC 13047. To our knowledge there is no previous report in Turkey about presence of the bacterial diseases of onion caused by the species of Pantoea, Pseudomonas and Enterobacter. In Turkey, presence of the onion bacterial disease agents that belong to Pantoea, Pseudomonas and Enterobacter genus was determined for the first time in this thesis study.