Şeftali latent mozaik viroidi (Peach latent mosaic pelamoviroid-PLMVd)'nin güvenilir teşhisi için uygun zaman ve uygun bitki dokusunun RT-PCR yöntemi ile belirlenmesi
Determination of suitable plant tissue and sampling time for reliable detection of plmvd by RT-PCR method
Yazar: MERT BARAN
Danışman: DOÇ. DR. HATİCE DİĞDEM OKSAL
Malatya Turgut Özal Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Viroidler protein kodlama özelliğine sahip olmayan, 246-401 nt uzunlukta olan, dairesel tek iplikçikli RNA molekülünden oluşan ve bitkileri hastalandırma yeteneğine sahip en küçük patojenlerdir. PLMVd Avsunviroidae familyasının Pelamoviroid cinsinin tip üyesidir. Bu tez çalışmasında PLMVd ile bulaşık bitkilerde uygun örnekleme zamanının ve uygun örnekleme dokusunun tespiti amaçlanmıştır. Çalışma daha önce PLMVd ile bulaşık olduğu tespit edilmiş olan TH7 (erişim no:MZ289071) ve TH9 (erişim no:MZ289070) numaralı 2 adet Trabzon hurması ağacında yürütülmüştür. Örneklemeler 2021 yılı Mart ve 2022 yılı Şubat ayları arasında aylık periyotlar halinde yapılmış, her ay mevcut olan bitki dokuları alınarak önce TRNA ekstraksiyonuna sonrasında RT-PCR testine tabi tutulmuştur. Çalışma sonucunda mevsimsel sınırlama olduğunda en güvenilir testleme organlarının ve zamanlarının Nisan ayında bitkide bulunan çiçek tomurcuğu, kabuk ve yaprak dokusu, Mayıs ayında bitkide bulunan çiçek, yaprak, kabuk ve meyve dokusu, Eylül ayında ise bitkide bulunan kabuk, yaprak ve meyve dokusu olduğu sonucuna varılmıştır. Mevsimden bağımsız olarak ise kabuk, yaprak ve meyve dokusu örneklerinin güvenilir sonuç verdiği görülmüştür. İklim verilerinin PLMVd konsantrasyonunun pozitif veya negatif sonuç verme olasılığının tespit edilmesinde bağımsız örneklem t testi kullanılmış ve anlamlılığı belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre; sıcaklığın 14.40-20.90 °C olduğu, nem oranının %41.40-49.30 olduğu dönemde, ortalama toprak sıcaklığının 7.35-11.875 °C olduğu, güneşlenme süresinin 223.10–345.00 saat olduğu zamanlarda, güneşlenme şiddetinin ise 223.56–313.33 cal÷cm² dönemlerde örnekleme yapılmasının daha uygun olduğu tespit edilmiştir. Örneklemenin viroidin biyolojisinin, konukçunun fenolojik döneminin ve bölgesel iklim koşullarının göz önüne alınarak yapılması gerektiği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Viroids are the smallest pathogens with no protein-coding properties, made up of a circular single-stranded RNA molecule, 246-401 nt length causing plant diseases. PLMVd is the type member of the Pelamoviroid genus of the Avsunviroidae family. This thesis study aimed to find out the optimal sampling time and tissue in plants infected with PLMVd. The study was conducted on two persimmon plants number TH7 and TH9 with NCBI accession numbers MZ289071 and MZ289070, respectively, which had previously been shown to be infected with PLMVd. Sampling was performed monthly between March 2021 and February 2022, and all available plant tissues were extracted and tested for TRNA using RT-PCR. The study concluded that the most reliable testing organs and times when there is a seasonal limitation are the flower bud, bark, and leaf tissue in April, the flower, leaf, bark, and fruit tissue in May, and the bark, leaf, and fruit tissue in September. It has been concluded that bark, leaf, and fruit tissue samples provide consistent results regardless of season. The independent sample T test was used to estimate the likelihood that the PLMVd concentration in climatic data would yield positive or negative findings and its significance. According to the study results, sampling is recommended between 14.40-20.90 °C, humidity rate 41.40-49.30%, average soil temperature 7.35-11.875 °C, sunshine duration 223.10-345.00 hours, and insolation intensity 223.56-313.33 cal÷cm². It was determined that sampling should be conducted by the viroid's biology, the host's phenological phase, and regional meteorological circumstances.