Ailesel meme kanseri olgularında BRCA1 ve BRCA2 dışı yatkınlık genlerinin yeni nesil dizileme ile analizi
Analysis of non-BRCA1/2 predisposition genes by next generation sequencing in familial breast cancer cases
Yazar: HAKAN AKKURT
Danışman: DOÇ. DR. AYŞE ESRA MANGUOĞLU
Akdeniz Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Aile = Family ; DNA mutasyon analizi = DNA mutational analysis ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Genler = Genes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Moleküler genetik = Molecular genetic ; Neoplazm sendromları-herediter = Neoplastic syndromes-hereditary ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Amaç: Meme kanseri kadınlar arasında görülen en yaygın kanserlerden biridir. Ailesel kalıtım gösteren olgularda BRCA1 ve BRCA2 patojenik mutasyonları öne çıkmaktadır. Güçlü aile öyküsü olmasına rağmen bazı hastalarda bu genlerde patojenik mutasyon tespit edilememektedir. Bu çalışmada ailesel kanser sendromlarında rol oynadığı düşünülen BRCA1 ve BRCA2 dışı genlerdeki patojenik mutasyonların tespit edilmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: BRCA1/BRCA2 genlerinde patojenik mutasyon saptanmamış ve güçlü aile öyküsü olan 15 olgu çalışmaya dahil edilmiş olup, ailesel kanser sendromları ile ilişkilendirilen 14 genin (ATM, BARD1, BRIP1, CDH1, CHEK2, MRE11A, MSH6, NBN, PALB2, PTEN, RAD51, RAD51C, STK11, TP53) tüm kodlayıcı bölgelerinin yeni nesil dizileme ile analizi yapılmıştır. Saptanan patojenik mutasyonlar Sanger dizileme ile doğrulanmıştır. Elde edilen veriler mevcut veri tabanları ve literatürle karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. 
Bulgular: Yapılan çoklu gen paneli dizilemesi sonucunda olguların toplam %26'sında CHEK2 ve MSH6 genlerinden birinde patojenik mutasyon tespit edilmiştir. Çalışmada her biri farklı hastada olmak üzere; CHEK2 geninde c.1312G>T ve c.470T>C yanlış anlamlı mutasyonları ve c.715G>T anlamsız mutasyonu, MSH6 geninde c.1628A>C yanlış anlamlı mutasyonu tespit edilmiştir. MSH6 geninde saptanan mutasyon ilk defa bu çalışmada tespit edilmiştir. Ayrıca klinik önemi kesin olarak bilinmeyen ve meme kanseri için daha düşük risk oluşturduğu bilinen bazı varyantlar olgularda tespit edilmiştir.
Sonuç: Ailesel meme kanseri genetik olarak heterojen bir hastalıktır. Olguların genetik yapısı ve çevrenin etkisi sonucunda multifaktoriyel kalıtım modeli ile uyumlu olarak farklı mekanizmalarla ortaya çıkabilmektedir. Elde ettiğimiz bulgular Türk toplumunda ailesel meme kanserinin genetik etiyolojisinin anlaşılmasında, genetik danışmada ve klinik tanısında önemli rol oynamaktadır. Hastalığın daha iyi anlaşılması için geniş çaplı popülasyon çalışmaları ve ileri fonksiyonel çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.

Abstract:
Objective: Breast cancer is one of the most common cancers among women. In the familial cases, the most prominent pathogenic mutations belong to BRCA1 and BRCA2 genes. However, pathogenic mutations cannot be detected in some patients, in spite of the presence of strong family history. In this study, we have aimed to detect pathogenic mutations in non-BRCA1/2 genes which thought to be involved in familial cancer syndromes.
Method: Fifteen eligible patients having a strong family history and not carrying any pathogenic mutation in BRCA1/2 genes were involved in this study. All the coding regions of 14 genes (ATM, BARD1, BRIP1, CDH1, CHEK2, MRE11A, MSH6, NBN, PALB2, PTEN, RAD51, RAD51C, STK11, TP53) related to familial cancer syndromes were sequenced by next-generation sequencing and detected pathogenic mutations were confirmed via Sanger method. The results were evaluated by comparing with current literature and databases. 
Results: As a result of multiple gene panel sequencing, pathogenic mutations were detected in CHEK2 and MSH6 genes in about 26% of cases. In this study, c.1312G> T and c.470T>C missense mutations, and c.715G> T nonsense mutation in CHEK2 gene, also c.1628A> C missense mutation in MSH6 gene were detected in different patients. To our knowledge, the mutation in MSH6 gene was detected for the first time in this study. In addition, certain variant of uncertain significance and low-risk variant for breast cancer were detected.
Conclusion: Familial breast cancer is a heterogeneous disease. It can occur in several mechanisms depending on the genetic background of the cases and the effect of the environment. Our findings might have a significant impact on understanding of genetic etiology of familial breast cancer, genetic counseling and diagnosis. To understand disease mechanism further studies large population-based and functional studies are required.