SARS COV-2
influenza A & B / RSV multipleks PCR tarama yaklaşımının, pediatrik hasta grubunda tanıya ve hasta yönetimine etkisinin değerlendirilmesi / Impact of SARS CoV-2 / influenza A & B / RSV multiplex PCR screening on diagnosis and management of pediatric patients
Yazar: SULTAN GÜLBAHÇE ORHAN
Danışman: PROF. DR. AYŞE ESRA KARAKOÇ
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Amaç:
Akut solunum yolu enfeksiyonlarının (Acute Respiratory Infections, ARI) dünya genelinde çocuk ölümlerinin önde gelen sebeplerinden olması, çocuklarda erken müdahalenin önemini arttırmaktadır. Etiyolojide virüsler baskın olmakla birlikte, yalnız klinik bulgulara dayanarak bakteriyel enfeksiyonlar dışlanamadığı için antibiyotik kullanım sıklığı yüksektir. Mikrobiyolojik tanı testlerinin klinik karar verme süreçlerine etkili olabilmesi için etkenin hızlı tanımlanması kritik öneme sahiptir. Laboratuvarların duyarlı, özgül ve hızlı sonuç alınabilen bir yöntemin maliyet-etkin bir şekilde kullanılabilmesine yönelik algoritmaları oluşturması gerekir. Araştırmamızda; ARI tanılı çocuklarda SARS-CoV-2/Flu/RSV Rt-PCR panelinin tanı algoritmasına tarama testi olarak dahil edilmesinin, klinik yönetime ve test maliyetlerine etkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem:
Araştırma Sezon 1 ve Sezon 2 hasta gruplarında gerçekleştirildi. Sezon 1'e 1 Aralık 2021 – 7 Şubat 2022 tarihleri arasında SBÜ Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Çocuk Acil Kliniği'ne ARI semptomlarıyla başvuran ve rutin solunum yolu multipleks Rt-PCR testi (Bosphore Solunum Patojenleri Panel Kiti v1, Anatolia Geneworks, Türkiye) ile sonuç verilen 256 hasta retrospektif olarak dahil edildi. Sezon 2'ye, 1 Aralık 2022 – 7 Şubat 2023 tarihleri arasında aynı kliniğe ARI
semptomlarıyla başvuran 267 hasta prospektif olarak dahil edildi. Hastalardan Bosphore COVID-19 Örnekleme ve Viral RNA İzolasyon Kiti (Anatolia Geneworks, Türkiye) ile alınan solunum yolu sürüntü örneklerinde, Bosphore SARS-CoV-2/Flu/RSV Rt-PCR Panel Kit v1 (Anatolia Geneworks, Türkiye) ile SARS-CoV-2,İnfluenza ve RSV varlığı araştırıldı. Test tarama paneli olarak kullanıldı ve
klinisyene kritik sonuç bildirimi yapıldı. İki sezon, hastanede geçirilen süre; ek tetkikler; antibiyotik tedavi süreleri; sonuca göre antibiyotik tedavisini sonlandırma durumu; nöraminidaz inhibitörlerinin uygun kullanımı açısından karşılaştırılarak, uygulanan algoritma ve kritik sonuç bildiriminin klinik yönetime etkisi değerlendirildi. Sezon 2'deki algoritmaların birim test maliyetleri hesaplanarak, maliyet-etkinlikle ilgili yorum yapıldı.
Bulgular:
Sezon 2'de en sık saptanan üç virüs açısından test sonuçlandırma süreleri ortalama 20 saat kısaldı. Hastaların %45'ine test sonucu acil servisteki izlemleri esnasında bildirildi. Tarama testi negatif sonuçlanan 104 hastanın 50'sinde (%48), rutin solunum yolu PCR panelinde en az bir virüs için pozitiflik saptandı. Pozitif sonuç bildirilen hastalarda, kan ve idrar kültürü istem sayıları; ampirik antibiyotik kullanım sıklığı ve süresi bir önceki sezona göre anlamlı ölçüde azaldı. Ampirik
başlanan antibiyotik tedavilerinin sonuca göre sonlandırılma oranı arttı. İnfluenza pozitif bildirilen hastalarda özgül antiviral tedavi başlanma sıklığı artarken, antiviralin ilk dozunu almaya kadar geçen ortalama süre 29 saat kısaldı. Tarama algoritmasıyla birim test maliyetinde 12 USD tasarruf sağlandı. Birim test bazında maliyet-etkin olabilmesi için, bu algoritmanın üç virüsün toplam prevalansının %19,04'ün üzerinde olduğu dönemlerde uygulanmasının uygun olacağı yorumu yapıldı.
Sonuç:
Antibiyotik direncinin giderek yaygınlaşmasıyla, mikrobiyolojik tanıya hızlı ulaşılması önem kazanmıştır. Yüksek maliyetli sendromik testlerin gündemde olduğu günümüzde, nispeten hızlı sonuç alınabilen ve düşük maliyetli bir yöntem olarak; RSV, İnfluenza ve SARS-CoV-2'yi hedefleyecek şekilde kapsamı daraltılmış Rt-PCR testleri, tarama basamağı olarak kullanılabilir.

Anahtar Kelimeler: Akut solunum yolu enfeksiyonu, İnfluenza, multipleks
PCR, RSV, SARS-CoV-2, tanı algoritması

Abstract:
Objectives:
Acute respiratory infections (ARIs) are the leading causes of child mortality
worldwide. Early and appropriate treatment is critical for children. Although viruses
predominate the etiology, antibiotic prescribing rates are high, because bacterial
infections cannot be excluded based on clinical findings alone. Rapid identification
of the causative microorganism is critical in order to put an impact on the clinical
decision-making. Because rapid identification tests are expensive, laboratories need
to develop cost-effective algorithms to implement these panels in routine diagnosis.
In this retro-prospective cohort, it was aimed to evaluate the clinical outcomes of
implementing the SARS-CoV-2/Influenza/RSV Rt-PCR panel as a screening test for
pediatric patients with ARI, and to determine the cost-savings of the algorithm.
Materials and Methods:
This study was conducted in two consecutive seasons: Season 1 and Season
2. In Season 1, 256 patients admitted to the University of Health Sciences, Ankara
Training and Research Hospital, Pediatric Emergency Department with symptoms of
ARI between December 1st, 2021 and February 7th, 2022, and tested for respiratory
viruses using the routine respiratory multiplex Rt-PCR test (Bosphore Respiratory
Pathogens Panel Kit v1, Anatolia Geneworks, Turkey) were included.
In Season 2, 267 patients who were admitted to the same clinic with ARI
symptoms between December 1st, 2022 and February 7th, 2023 were included. To
shorten test turnaround time, respiratory tract samples were collected with Bosphore
COVID-19 Sampling and Viral RNA Isolation Kit (Anatolia Geneworks, Turkey)
and were tested with a single tube SARS-CoV-2/Flu/RSV Rt-PCR Panel Kit v1
(Anatolia Geneworks, Turkey). This test was also used as a screening panel. All
results were reported as critical result to the clinician. Impact of implementing the
screening panel and critical result reporting on patient care were evaluated. The
outcomes were hospital length of stay, microbiology test (blood, urine, throat
cultures) and chest radiography utilization, antibiotic and antiviral prescribing and
discontinuation rates. Cost-saving per-test was calculated and cost-effectivity of the
algorithm was discussed.
Results:
Median turn around time was 20 hours shorter in Season 2. Of the patients
45% received test results during their stay in the emergency department. Of the 104
patients whose screening tests were negative, 50 (48%) were positive for at least one
virus in the routine respiratory PCR panel. For patients with positive results, the
number of blood and urine cultures; prescription and duration of empirical antibiotic
therapy decreased significantly compared to Season 1. Discontinuation of antibiotic
therapy following the results has increased. Neuraminidase inhibitor prescription was
increased in patients positive for influenza. Time to first dose of antiviral was
shortened by 29 hours. Cost-saving per-test was 12 USD with the screening
algorithm. In order to implement this algorithm cost-effectively, it was considered
that it should be implemented during periods when overall prevalence of the three
viruses is above 19,04%.
Conclusion:
As antibiotic resistance is increasing tremendously, rapid microbiological
diagnosis has become critical. Today, rapid syndromic panels are popular but high 
cost is an obstacle for their routine use. Targeted Rt-PCR panels like SARS-CoV-2/Flu/RSV can be used as a screening step. It would be a low-cost method that can provide results relatively fast.

Keywords: Acute respiratory infection, Influenza, multiplex PCR, RSV,
SARS-CoV-2, diagnostic algorithm