Kekik ve çörek otu esansiyel yağlarının bazı klinik izolatlara karşı antimikrobiyal aktivitesinin belirlenmesi
Determination of antimicrobial activity of thyme and black cumin essential oils against some clinical isolates
Yazar: ÖZGE SELDA GÜRELİ
Danışman: DOÇ. DR. BİNNUR MERİÇLİ YAPICI
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Antimikrobiyal aktivite = Antimicrobial activity ; Bitki özütü = Plant extract ; Esansiyel yağlar =

Özet:
Bu çalışmada 22 farklı klinik izolata karşı çörek otu ve iki farklı ticari kekik uçucu yağı ile Origanum vulgare ve Nigella sativa bitkilerine ait etanol, metanol, kloroform, aseton ve sulu ekstraktlarının antimikrobiyal aktiviteleri karşılaştırmalı olarak araştırılmıştır. Bu amaçla antimikrobiyal aktivite deneylerinde disk difüzyon ve mikrodilüsyon yöntemleri kullanılmıştır. Önemli derecede antimikrobiyal aktiviteye sahip olan esansiyel yağların Minimum İnhibitör Konsantrasyonu belirlenmiştir. Ayrıca bakterilere karşı antibakteriyal aktivite sergileyen esansiyel yağların Gaz Kromatografisi-Kütle Spektrometrisi analizi ile kimyasal kompozisyonu belirlenmiş ve en etkili olan Thymus spp. uçucu yağının bir bakteri üzerinde antimikrobiyal aktivitesi Taramalı Elektron Mikroskobu ile de ortaya konulmuştur. 
Araştırmanın disk difüzyon bulgularına göre en yüksek inhibisyon zon değerleri Thymus spp. ve Origanum onites esansiyel yağından elde edilmiştir. Esansiyel yağların en düşük Minimum İnhibitör Konsantrasyonu değerleri yine Thymus spp. esansiyel yağından elde edilmiş ve bunu Origanum onites esansiyel yağı takip etmiştir. 
Ticari çörek otu esansiyel yağı ve ekstraktların etkinliğinin kullanılan bakterilere karşı yok denecek kadar az olduğu belirlenmiştir.
Gaz Kromatografisi-Kütle Spektrometrisi analizi ile elde edilen ana bileşenlerin Thymus spp. için %61,36 carvacrol, %26,72 linalool, %2,83 thymol, %2,46  ρ-cymene ve %2,44 γ-terpinene, Origanum onites için %85,09 carvacrol, %2,91 γ-terpinene ve %2,71 ρ-cymene ve Origanum vulgare etanol ekstraktı için %84,90 carvacrol ve %7,57 γ-terpinene  olduğu tespit edilmiştir.
Bu araştırmada son olarak Thymus spp. esansiyel yağının, Stapyhlococcus lugdunensis ATCC 43809 suşunun oluşturduğu biyofilm miktarında önemli derecede azalmaya neden olduğu taramalı elektron mikroskobu ile belirlenmiştir.

Abstract:
In this study, antimicrobial activities of black cumin seed oil, two different thyme essential oils, ethanol, methanol, chloroform, acetone and aqueous extracts of Origanum vulgare and Nigella sativa plants were investigated against 22 different clinical isolate. For this purpose disc diffusion method and microdilution methods were used in antimicrobial activity experiments. The Minimum Inhibitor Concentration of essential oils with significant antimicrobial activity has been determined. In addition, chemical composition of the essential oils exhibiting antibacterial activity against the bacteria was determined by Gas Chromatography-Mass Spectrometry analysis and the antimicrobial activity of Thymus spp. essential oil against a bacterium was also demonstrated by Scanning Electron Microscopy.
According to the disc diffusion findings of the study, the highest inhibition zone values were obtained from Thymus spp. and Origanum onites essential oils. The lowest Minimum Inhibitory Concentration values of the essential oil were also obtained from Thymus spp. essential oil, followed by Origanum onites essential oil. 
It has been determined that the effectiveness of commercial black cumin essential oil and extracts against the used bacteria is insignificant.
The main components obtained were found to be 61,36% carvacrol, 26,72% linalool 2,83% thymol, 2,46% ρ-cymene and 2,44% γ-terpinene for Thymus spp. essential oil, 85,09% carvacrol, 2,91% γ-terpinene and 2,71% ρ-cymene for Origanum onites essential oil, and 84,90% carvacrol and 7,57% γ-terpinene for Origanum vulgare ethanol extract by Gas Chromatography - Mass Spectrometry analysis analysis.
In the  present study, it was determined by scanning electron microscopy that Thymus spp. essential oil has been significantly reduced by the amount of biofilm produced by Stapyhlococcus lugdunensis ATCC 43809 strain.