Grad 2 ve Grad 3 astrositomlarda CDKN2A/B ve EGFR FİSH inceleme bulguları ile morfolojik özelliklerin prognozla ilişkisi
Relationship between CDKN2A/B ve EGFR FİSH findings and morfological features to predict prognosis in Grade 2 and Grade 3 astrocytomas
Yazar: AHMET YASİR YILDIRIM
Danışman: DOÇ. DR. GÖKÇEN ÜNVERENGİL
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Patoloji = Pathology
Dizin: Astrositom = Astrocytoma ; Merkez sinir sistemi hastalıkları = Central nervous system diseases ; Merkez sinir sistemi neoplazmları = Central nervous system neoplasms ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Prognoz = Prognosis ; Sağkalım = Survival

Özet:
Amaç: Grad 2 ve grad 3 astrositomlar MSS'de özellikle frontal lob yerleşimi gösteren 
erişkin ve genç erişkinlerde görülen tümörlerdir. Astrositomların sınıflandırılmasında eskiden 
beri kullanılan histopatolojik özelliklere dayanan derecelendirme sistemi hem patologlar 
arasında uyumsuzluğa neden olmuş, hem de hastaların tedavisini ve sağkalımını öngörmede 
anlamlı farklılıklar oluşturmamıştır. Son yıllarda özellikle tümörlerin histopatolojik özellikleri 
yanında başta İDH mutasyonu olmak üzere genetik özelliklerine de dayanan sınıflandırma 
biçimleri hız kazanmış ve hastaların sağkalımını öngörmede başarılı sonuçlar elde edilmiştir.
CDKN2A/B dokuzuncu kromozomun kısa kolunda yer alan, p16, p14, p15 gibi siklin 
bağımlı kinazları inhibe ederek hücre bölünmesini durduran proteinlerin sentezlenmesinde 
görev alan bir gendir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda CDNK2A/B geninde meydana gelen 
homozigot delesyonların kötü klinik seyirle ilişkili olduğu belirlenmiştir. Bunun yanında İDH 
mutasyonu göstermeyen astrositomlarda EGFR gen amplifikasyonlarının kötü klinik seyirle 
ilişkili olduğu belirlenmiş olup, İDH mutant astrositomlarda bu konu hakkında veri sınırlıdır.
Amacımız bahsedilen gen mutasyonlarıyla beraber 10 BBA'ya (2,37mm2) düşen mitoz 
sayılarını belirleyerek grad 2 ve grad 3 astrositomları daha objektif bir şekilde sınıflandırmak, hasta sağkalımını daha iyi bir şekilde öngörmektir.
Gereç ve yöntem: İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim 
Dalı'nda 2016-2020 yılları arasında astrositom tanısı almış İDH mutasyonu gösteren, ATRX 
ekspresyon kaybı ve/veya P53 mutasyonu gösteren 39 vaka çalışmaya alındı. Hastaların 
sağkalım verilerine ve radyoloji bilgilerine ulaşıldı. HE boyalı preparatlarda 10 BBA'ya 
(2,37mm2) düşen mitoz sayısı belirlendi, tümör yoğunluğu fazla olan alanlar işaretlendi. Doku 
microarray yöntemiyle dörder doku içeren bloklar oluşturuldu. Bloklar üzerinde CDKN2A/B, 
EGFR FİSH incelemeleri ve ATRX immünhistokimyasal incelemesi gerçekleştirildi. 
CDNK2A/B geninde delesyon varlığı-oranı, EGFR gen amplifikasyonu ve immünhistokimyasal olarak ATRX nükleer ekspresyon kayıpları belirlendi.
Bulgular: Tüm olgularda 10 BBA'ya (2,37mm2
) düşen mitoz sayısı 0 ile 3 arasında 
değişmekteydi. Mitoz sayısının genel sağkalıma ve hastalıksız sağkalıma anlamlı etkisi 
bulunmadı. Grad 2 ve grad 3 tümörlerin benzer yaş gruplarında görüldüğü, benzer genelsağkalım ve hastalıksız sağkalıma sahip oldukları belirlendi. İki vakada grad 4 astrositoma progresyon mevcuttu. CDKN2A/B FİSH incelemesinde 2 vakada yüksek oranda homozigot delesyon saptandı ancak hastalarda kötü klinik seyri düşündürecek bulgu yoktu. EGFR FİSH 
incelemesinde amplifikasyon saptanmadı.
Sonuç: Tümör gradının ve mitoz sayısının genel sağkalım ve hastalıksız sağkalım 
üzerine etkisi olmadığı anlaşıldı. İki vakada CDKN2A/B geninde saptanan yüksek oranda 
delesyon saptandı ancak sağkalım konusunda yorum yapmak için takip süreleri yetersiz 
bulundu. EGFR geninde amplifikasyon belirlenmedi, İDH mutant tümörlerin patogenezinde 
etken bir genetik mekanizma olmadığı düşünüldü.

Abstract:
Objective: Grade 2 and grade 3 astrocytomas are tumors seen in adults and young adults, 
especially in the frontal lobe of the central nervous system. Grade 2 and grade 3 astrocytomas 
are central nervous system tumors of adults and young adults which frequently occurs frontal 
lob localisation. The classical grading system based on histopathological features, which has 
been used in the classification of astrocytomas, caused inconsistency among pathologists and 
did not created significant differences in predicting the treatment and survival of patients. In recent years, classification systems based on both genetic characteristics, especially IDH 
mutation, as well as histopathological features of tumors have gained momentum and successful 
results have been obtained in predicting the survival of patients.
CDKN2A/B gene is located on the short arm of the ninth chromosome that is involved in 
the synthesis of proteins that controls cell division by inhibiting cyclin-dependent kinases such as p16, p14 and p15. In recent years, multiple studies demonstrated that homologous deletions 
in CDKN2A/B gene is associated with poor clinical outcome. In addition, it has been 
determined that EGFR gene amplifications are associated with poor clinical outcomes in 
astrocytomas that do not show IDH mutations, altough data on this subject are limited in IDH 
mutant astrocytomas.
Our aim is to classify grade 2 and grade 3 astrocytomas more objectively by determining 
the number of mitoses per 10 high power field (2,37 mm2) with the mentioned gene mutations 
and to predict survival of patients more accurately.
Materials and methods: Thirty-nine cases with IDH mutation, loss of ATRX expression and/or P53 mutation, who were diagnosed with astrocytoma in Istanbul University, 
Istanbul Faculty of Medicine, Department of Pathology between 2016 and 2020 were included 
in the study. Survival datas and radiological findings of the patients obtained. The number of 
mitoses in 10 high power field (2,37mm2) were determined on HE stained slides, areas with 
high tumor density were marked. With the tissue microarray method, 10 blocks containing four 
tissues were created. CDKN2A/B, EGFR FISH analyses and ATRX immunohistochemistry 
analyses performed on these newly created blocks. CDKN2A/B deletion presence/rate, EGFR 
gene amplification and loss of ATRX nuclear expression immunohistochemically were 
determined.Results: The number of mitotic figures per 10 high power field (2,37mm2
) in all cases 
ranged between 0 to 3. The number of mitotic figures had no significant effect on overall 
survival and disease free survival. Grade 2 and grade 3 tumors were found to be seen in similar 
age groups and had similar overall survival and disease free survival. Two cases had
progression to grade 4 astrocytoma. CDKN2A/B FISH studies revealed high rate of 
homozygous deletion in two cases, but there was no evidence suggesting a poor clinical 
outcome. No amplifications was detected in EGFR FISH studies.
Conclusion: It was observed that tumor grade and mitotic figures per 10 high power 
field had no significant effect on overall survival and dissease free survival. In two cases, a high 
rate of homozygous deletion in CDKN2A/B gene was detected, but follow-up periods were 
insufficient to comment on survival. No amplification detected in EGFR gene, and it was 
thought that there was no effective genetic mechanism in the pathogenesis of IDH mutant 
astrocytomas.