Türkiyedeki bazı kedi ırklarının genetik yapılarının mikrosatellitlerle incelenmesi
Investigation of genetic structure of various cat breeds by using microsatellites in turkey
Yazar: TEKİN EROĞLU
Danışman: DOÇ. DR. VAHDETTİN ALTUNOK
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Genetik = Genetics
Dizin: Genetik = Genetics ; Genetik benzerlik = Genetic similarity ; Genetik ilişki = Genetic relationship ; Genetik yapı = Genetic structure ; Kediler = Cats ; Mikrosatelitler = Microsatellites

Özet:
Genetik karaktarizasyon çalışmaları populasyon içi ve populasyonlar arası genetik çeşitliliğin seviyesinin belirlenmesi dolayısıyla, koruma programlarının geliştirilmesi, evcilleştirilme ve göç yollarının tespiti gibi çalışmalar için oldukça önemlidir. DNA markörleri özellikle polimorfik mikrosatellit lokusları bu amaçla yaygın olarak tercih edilmektedir. Bu çalışmaya konu olan 5 kedi ırkının (Van kedisi, Ankara kedisi, Siyam kedisi, İran kedisi ve Tekir kedisi) 10 farklı mikrosatellit markeri (FCA069, FCA075, FCA105, FCA149, FCA220, FCA229, FCA240, FCA310, FCA441, FCA678) kullanılarak genetik karaktarizasyonu yapılmıştır.Van kedisi, Ankara kedisi, Siyam kedisi, İran kedisi ve Tekir kedisi populasyonlarına ait toplam 96 DNA örneği izole edilmiş ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile 10 mikrosatellit lokusu kullanılarak yükseltgenmiştir. PZR ürünleri CEQ-8000 Beckman Coulter Genetik Analiz Sistemi kullanılarak kapiller elektroforez ile ayrıştırılmış ve her bir lokusa ait alleller belirlenmiştir. Toplam 274 farklı allel gözlemlenmiş ve her lokus için tespit edilen ortalama allel sayısının 8,3 (Van kedisi) ile 3,7 (Siyam) arasında değiştiği gözlenmiştir.Populasyonlara göre her bir lokus için heterozigotluk değerlerine bakıldığında gözlenen (Ho) ve beklenen heterozigotluk (He) düzeylerinin sırasıyla 1,0000 ile 0,1667 ve 0,8939 ile 0,4394 değerleri arasında değiştiği belirlenmiştir. En yüksek ortalama Ho 0,6901 ile Van kedisinde tespit edilmiştir. En düşük gözlenen ortalama heterozigotluk değeri ise 0,4833 ile Siyam kedisinde tespit edilmiştir.Bu çalışmada Ankara kedisinin Fıs değerlerinin istatistiksel olarak önemsiz diğerlerinin ise önemli olduğu görülmüştür. Van ile Ankara kedisinin ve Ankara ve Tekir kedisinin istatistiksel olarak FST değerlerinin anlamsız olduğu görülmüştür. Diğer ırklar arasında FST değerlerinin önemli olduğu görülmüştür.Farklı kedi ırklarına ait bireylerin genetik olarak birbirine ne derece benzedikleri, diğer ırklara ait bireylerden farklı olarak ayrılıp ayrılmadığını araştırmak için allel paylaşım uzaklığı metodu (FCA) ölçüt olarak alınmış ve komşu birleştirme ağacı ile bireylerin ilişkileri sergilenmiştir.FCA grafiğinde İran, Siyam, Ankara ve Van kedileri birbirlerinden ayrılarak kendi gruplarını oluşturmuşlar ve ancak yerli olan Van, Ankara ve Tekir kedilerinin birbirleri ile yakın oldukları, Siyam ve İran kedilerinin ise ayrı birer grup oluşturdukları gözükmektedir. Tekir kedisi ise aralara dağılmış durumda görülmektedir.Beş farklı kedi populasyonunda genetik karaktarizasyonun yapıldığı bu çalışmada genetik çeşitliliğin seviyesinin saf olarak yetiştirilen populasyonlarda düşük olduğu tespit edilmiştir. Özellikle son yıllarda tespit edilen mutasyonların sayısında gözlenen artışa bağlı olarak kedi ıslah çalışmalarının daha dikkatli yapılması anlamlı olacaktır.

Abstract:
Genetic characterization of animal populations and thereby determination of genetic level diversity between populations and in a breed are critically important for development of management programs for genetic resources and determination of population migrations in the history. Microsatellite DNA markers, which are known highly polymorphic, are widely preferred and used in genetic characterization efforts. In this study, five cat populations including, Turkish Van, Turkish Angora, Turkish Tekir, Siamese and Persian were genetically characterized at the DNA level by using 10 microsatellite loci including FCA069, FCA075, FCA105, FCA149, FCA220, FCA229, FCA240, FCA310, FCA441 and FCA678).A total of 96 DNA samples were isolated from these cat populations and were amplified by use of Polimerase Chain Reaction (PCR) using 10 microsatellite markers. The resulting PCR products were separated by capillary electrophoresis using a CEQ-8000 Beckman Coulter Genetic Analysis System and alleles were determined. In this presenting study, a total of 274 different alleles were observed. Average number of alleles were determined as ranging from 8.3 (Turkish Van) to 3.7 (Siamese).When levels of heterozygosity were inspected for each locus, the observed heterozygosity (HO) and expected heterozygosity (HE) were ranged from 1.0000 to 0.1667 and from 0.8939 to 0.871, respectively. Based on populations, the highest HO was observed in Turkish Van (0,6901); however, the lowest HO was seen in Siamese (0,4833).In this study, FIS values were calculated and were found statistically unimportant in all cat population except the Turkish Angora. FST values between Turkish Van and Turkish Angora, and Turkish Angora and Turkish Tekir were found to be statistically unimportant. However, statistically important FST values were determined between other analyzed cat populations.In order to asses whether cats from different populations are genetically similar and distinguished each other, Factorial Correspondence Analysis (FCA) was performed and the genetical relationships of cat populations were investigated by Neighbor-joining tree analyses.In FCA, it is observed that Persian, Siamese, Turkish Van and Turkish Angora Cats were totally separated to create their own groups. Also, there were close localization between Turkish local cat populations including Turkish Van, Angora and Tekir. Persian and Siamese cats were located separately.In this presenting study, five cat populations were genetically dissected, and lower genetic diversity was observed in pure breeds. It is well known that recently an increased number of deleterious mutations are observed in pure cat breed and population, it is therefore suggested that attention should be paid in cat breeding efforts.