Otizm spektrum bozukluğu olan ikizlerde kopya sayısı değişikliklerinin vitamin D reseptörü ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of the relationship between the number of copy differences with the vitamin D receptor in twins with autism spectrum disorders
Yazar: TUBA KÖSE
Danışman: DOÇ. ENDER MEHMET ÇOŞKUNPINAR
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Otistik bozukluklar = Autistic disorder ; Otizm spektrum bozukluğu = Autism spectrum disorder ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Reseptörler = Receptors ; Vitamin D = Vitamin D ; İkizler = Twins

Özet:
Amaç: Otizm spektrum bozukluğu (OSB), tüm dünyada yaklaşık 1/59 sıklıkla görülen nörogelişimsel bir bozukluktur. Hastalık genellikle yaşamın ilk üç yılı olan bebeklik döneminde ortaya çıkmaktadır. D vitamini metabolizması, katabolizması ve transportu ile ilgili genlerdeki varyasyonların otizm spektrum bozukluklarının potansiyel bir risk faktörü olduğu düşünülmektedir. Otizm etiyolojisinin aydınlatılması için yapılan ikiz araştırmaları, kopya sayısı değişiklikleri (CNV) ve genom boyu ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) otizm spektrum bozukluğunun etiyolojisinde genetik faktörlerin önemli bir rol oynadığına dair güçlü kanıtlar sunmaktadır. Ancak çoğu hastada hastalığın altında yatan genetik neden bilinmemektedir. Bu çalışmada, CNV değişikliklerine bağlı olarak VDR geninin OSB'li ikizlerdeki varyant analizlerini yaparak hastalık oluşum mekanizmalarının aydınlatılması amaçlandı. 
Gereç ve Yöntemler: Çalışmaya 64 otizm spektrum bozukluğuna sahip dizigotik ikiz hasta ve 100 sağlıklı birey dahil edilmiştir. Periferik kan örneklerinden, genomik DNA izole edildi. Spektrofotometrik ölçümleri yapılan DNA'ların ApaI, TaqI ve FokI bölgelerine özgü tasarlanmış primerler ile PCR işlemi gerçekleştirildi. Uygun enzimler ile RFLP işlemi gerçekleştirilerek genotipleme yapıldı. Sonuçların değerlendirilmesinde kategorik verilerin karşılaştırılması için Ki-Kare Testi ve ilgili bölgelerin lokalizasyonuna bağlı olarak da lojistik regresyon ve haplotip analizi yapıldı.  
Bulgular: Çalışmamıza göre FokI (rs2228570 T/C) genotipleri açısından hasta grubunda mutant CC genotipi taşıma frekansı, ApaI (rs7975253 G/T) genotipleri açısından hasta grubunda mutant TT genotipi taşıma frekansı ve TaqI (rs731236 T/C) genotipleri açısından hasta grubunda mutant CC genotipi taşıma frekansı kontrol grubuna göre anlamlı farklılık göstermiştir (p:0,019, p:0,039, p:0,037). 
Sonuç: Bu çalışmada OSB görülen çocukluk çağı dizigotik ikiz olgulardan oluşan bir Türk popülasyonunda VDR geninin üç ayrı varyantındaki tek nükleotid değişimleri incelendi ve hastalık oluşumu ile ilişkileri belirlendi. Genotipik olarak her üç bölge içinde hastaların kontrollere oranla istatistiksel olarak anlamlılık gösterdiği ortaya kondu. SNP'lerin allel frekansları açısından bakıldığında ise ApaI ve TaqI allel frekanslarının OSB olan dizigotik hastalarla sağlıklı kontroller arasında istatistiksel açıdan anlamlılık gözlenirken FokI varyantı için hasta ve sağlıklı bireyler arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık olmadığı tespit edildi.

Abstract:
Objective: Autism spectrum disorder (ASD) is a neurodevelopmental disorder with a prevalence of approximately 1/59 in the world. The disease usually occurs in infancy during the first three years of life. Variations in genes related to vitamin D metabolism, catabolism and transport are thought to be a potential risk factor for autism spectrum disorders. Twin studies to clarify the etiology of autism, copy number variations (CNV) studies, and genome-wide association studies (GWAS) provide strong evidence that genetic factors play an important role in the etiology of autism spectrum disorder. However, the genetic cause of the disease is not known in most patients. In this study, we aimed to clarify the pathogenesis and pathophysiology of VDR gene in the twins with ASD, especially in the literature due to CNV changes.
Material and Methods: The study included 64 patients with dizygotic twins with autism spectrum disorder and 100 healthy subjects. Genomic DNA was isolated from blood samples taken into hemogram tubes with EDTA. DNA spectrophotometric measurements were performed with PCR designed with region-specific primers. After PCR procedure, RFLP was performed with appropriate enzymes to determine genotypes. The results were statistically evaluated by Chi Square Test and Haplotype analysis.
Results: When the results of our study were examined, the frequency of the variant CC genotype of FokI(rs2228570 T / C), the frequency of the variant TT genotype of ApaI(rs7975253 G / T) and the frequency of the variant TT genotype of TaqI(rs731236 T / C) was significantly higher than control group (p: 0,019, p: 0,039, p: 0,037).