Hepatosellüler kanserde TGF-Β'nın nono/p54nrb  gen ifadesine etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of TGF-Β on the expression of nono/p54 nrb gene in hepato-cell
Yazar: SALİHA DERYA KESKİN
Danışman: PROF. DR. FERAY KÖÇKAR
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology

Özet:
p54nrb/NONO, PSPC1 ve PSF/SFPQ olmak üzere memeli DBHS (Drosophila melanogaster behavior, human splicing) protein ailesinin üyeleridir. Bu proteinler subnükleer bölgede birlikte bulunmaktadırlar. p54nrb/NONO gen ekspresyonunun düzenlenmesi, DNA sentezi ve onarım işlemleri de dahil olmak üzere çeşitli biyolojik işlemlerde yer almaktadır. Başlangıçta bir RNA bağlayıcı protein olarak tanımlanan p54nrb/NONO çift sarmallı DNA, tek sarmallı DNA ve RNA ile etkileşime girer ve gen transkripsiyonu, RNA splicing ve homolog olmayan DNA uç birleştirme tamir mekanizmasının birçok aşamasında yer alır. Gen transkripsiyonundaki, RNA işlemedeki ve DNA onarımındaki rolleri nedeniyle, p54nrb/NONO kanser ilerlemesinde rol oynamaktadır. Bu tez çalışmasında insan hepatosellülar karsinom modeli Hep3B hücre hattında TGF-β aracılı p54nrb/NONO gen regülasyonunu belirlemeyi amaçladık. Tez çalışması sonucunda TGF-β sitokini uyarımı ile p54nrb/NONO ekspresyonunun mRNA ve protein seviyesinde arttığı qRT-PCR ve western blot analizleriyle belirlendi.Yolak inhibisyon deneyleri ile hem mRNA hem de protein seviyesinde p54nrb/NONO geninin SMAD-bağımsız TGF-β sinyal yolağını kullandığı gösterildi. Ayrıca, TGF-β'nın p54nrb/NONO transkrpsiyonel aktivitesini en büyük konstrakt P1(-730/+529)'de arttırdığı belirlendi. Hep3B hücre hattında TGF-β'nın SMAD-bağımsız yoldan MAP2K1, PI3K, JNK, SMAD3 ve NFKB sinyal yolaklarını kullanarak p54nrb/NONO transkrpsiyonel aktivitesini düzenlediği belirlendi.

Abstract:
p54nrb/NONO, PSPC1 and PSF / SFPQ are members of the mammalian DBHS (Drosophila melanogaster behavior, human splicing) protein family. These proteins coexist in the subnuclear region. p54nrb/NONO is involved in a variety of biological processes including regulation of gene expression, DNA synthesis and repair processes. p54nrb/NONO, originally defined as an RNA binding protein, interacts with double-stranded DNA, single-stranded DNA and RNA, and takes place in several stages of gene transcription, RNA splicing and non-homologous end joining DNA repair mechanism. Due to their role in gene transcription, RNA processing and DNA repair, p54nrb/NONO is involved in cancer progression. In this study, we aimed to determine TGF-β mediated p54nrb/NONO gene regulation in the human hepatocellular carcinoma model Hep3B cell line. As a result of the thesis, it was determined that the expression of p54nrb/NONO by TGF-β cytokine stimulation was increased at mRNA and protein levels by qRT-PCR and western blot analyzes. Pathway inhibition experiments demonstrated that the p54nrb/NONO gene uses the SMAD-independent TGF-β signaling pathway at both the m RNA and protein levels. In addition, it was determined that TGF-β increased p54nrb/NONO transcriptional activity in the largest construct P1 (-730/+529). It was determined that TGF-β regulates p54nrb/NONO transcriptional activity by using MAP2K1, PI3K, JNK, SMAD3 and NFKB signaling pathways from the SMAD-independent pathway in the Hep3B cell line.