Fusarium graminearum izolatlarının CAPS markırlarıyla genotiplendirmesi
Genotyping of fusarium graminearum isolates with CAPS markers
Yazar: FUNDA KAYA
Danışman: DOÇ. DR. GÜLRUH ALBAYRAK
İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Fusarium graminearum tüm dünyada tür içi çeşitliliği yüksek olan bir bitki patojenidir. Bu nedenle, bu türe ait izolatların genotiplendirmesi büyük bir önem taşımaktadır. Bu Yüksek Lisans tez çalışmasında, farklı coğrafik bölgelerden sağlanan 45 F. graminearum izolatının genotiplendirmesi ve tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda, CAPS moleküler markır yöntemi dört genin (histon 3, ribozomal protein, aktin ve hipotetik protein genleri) ve bir RAPD markırının (hipotetik proteinle ilişkili D3G3) analizinde kullanıldı. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) çoğaltım ürünleri yedi farklı restriksiyon endonukleazı (Ava II, Rsa I, Fok I, Hae III, Eco RI, Cla I, Tfi I) ile kesilerek SNP'ler tarandı. 
Bu çalışmada, histon 3 ve aktin genlerinde polimorfizm gözlenemedi.  Ancak, F5 ve F7 izolatlarında ribozomal protein geninin Tfi I restriksiyon kesimi ile sırasıyla C'nin G'ye transversiyonu ve C'nin T'ye transisyonu belirlendi. Ek olarak, bu gen dizilerinde tekli (G) ve ikili baz delesyonu (AG) bulundu. Ayrıca, Sh15 izolatının D3G3 RAPD markırında bir SNP (C'nin T'ye dönüşümü) ve altı nukleotidlik delesyon(GCGGGG) görüldü. EcoR I restriksiyon kesimi bu farklılıkları ortaya koydu. Aynı zamanda, transisyon tipte bir mutasyon (GA) Sh14 izolatında hipotetik proteini kodlayan gen dizisinin Ava II restriksiyon kesimi ile belirlendi. Bu mutasyonların hiçbirinin çalışılan gen bölgelerinin okunma çerçevesi (ORF) ve markır dizilerinde dur kodonuna yol açmadığı gözlendi. Sonuç olarak bu çalışmada, temel hücresel süreçlerde görev alan genlerde ve RAPD markırında mutasyonlar –SNP'lerle birlikte delesyonlar- bulundu. Bu mutasyonların proteinlerle ilişkili amino asit dizilerinde değişime yol açabileceği öngörülmektedir.

Abstract:
Fusarium graminarum is a prevalent plant pathogen which has a high intraspecific diversity all over the world. Therefore, genotyping of isolates belonging to the species has a great importance. In this thesis, it was aimed to both genotype of 45 F. graminearum isolates obtained from different geographic regions and determine of single nucleotide polymorphisms (SNPs). In this context, CAPS molecular marker method was used in the analysis of four genes (histone 3, ribosomal protein, actin and hypothetical protein genes) and one RAPD marker (D3G3 related to hypothetical protein). SNPs were searched by digestion of polymerase chain reaction (PCR)  amplification products of them with seven different restriction endonucleases (Ava II, Rsa I, Fok I, Hae III, EcoR I, Cla I, Tfi I).
In this study, polymorphism was not obtained in histone 3 and actin genes. However, transversion of C to G and transition C to T as SNPs were determined with Tfi I restriction digestion of ribosomal protein gene in F5 and F7 isolates, respectively. In addition, single (G) and double base deletion (AG) were found in the gene sequences. Besides, one SNP (C to T transition) and an deletion with 6 nucleotides (GCGGGG) were seen in D3G3 RAPD marker of Sh15 isolate. EcoR I restriction digestion revealed these differences. Also, a transition type mutation (G to A) was determined with the Ava II restriction digestion of gene sequences encoding hypotheticial protein in Sh14 isolate. It was observed that none of these mutations resulted in stop codon in open reading frame (ORF) of studied gene regions and in marker sequences. As a result, mutations- deletions together with SNPs- were found in the genes which are participating in basic cellular process by employing both RAPD with CAPS marker analysis, in this study. It is estimated that these mutations could change amino acid sequence of related proteins.