Türk populasyonunda adenomatous polyposis coli (APC) geninde 3920 T>A (I 1307 K) nokta mutasyonu sıklığının araştırılması
Screening of the 3920 T>A (I 1370 K) point mutation on adenomatous polyposis coli (APC) in Turkish population
Yazar: HATİCE KARACA
Danışman: PROF.DR. MUNİS DÜNDAR
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2004
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
IV TÜRK POPULASYONUNDA ADENOMATOUS POLYPOSIS COLİ (APC) GENİNDE 3920 T>A (1 1307 K) NOKTA MUTASYONU SIKLIĞININ ARAŞTIRILMASI ÖZET Çalışmada adenomatous poliposis coli (APC) geninin 3920 T>A (I1307K) nokta mutasyonu sıklığının araştırılması için kolon ve mide karsinomalı 113 hasta ve kontrol amaçlı 36 kişi taranmıştır. APC geni I1307K nokta mutasyonu üzerinde yapılan çalışmalarda genellikle Aslıkenazi ırkı kullanılmış ve bu ırkı mutasyonu taşıma oranı yaklaşık % 6 bulunmuştur. Bizim amacımız ise genin kolon ve mide karsinomalarındaki taşıyıcılık sıklığını bulmaktır. Çalışmamızda hastalardan kan ve doku, kontrol grubundan ise sadece kan örnekleri alındı. DNA izolasyonu yapıldı. Hastalardan alman doku örnekleri, kolon bölgesinde yer alan polip adı verilen oluşumların çıkartılması ile elde edildi. Doku örneklerinden de DNA izolasyonu yapıldı. DNA'lar elde edildikten sonra aynı yoldan çalışmalara devam edildi. Beşinci kromozomun 5q21-5q22 bölgesinde oturan ve otozomal dominant kalıtım gösteren bir tümör supressör geni olan APC gen bölgesinin 3920 pozisyonundaki 290 baz çiftlik (bp) kısmı çoğaltmak için PCR işlemi yapıldı. Bu PCR ürünü daha sonra çeşitli solüsyonlarla inkübasyona tabi tutuldu. İnkübasyon sonrası oluşan yeni ürün platelere aktarılarak antijen- antikor ilişkisine dayanan bir metodla, substratla etkileştirilerek spektrofotometrede 620 nm dalga boyunda ölçümler yapıldı. Ölçümlerde bir kuyucuk optik dansisite değeri 0.5 'den fazla ise pozitif, 0.35 yada daha az ise negatif kabul edildi. Çalışmada kullanılan 57 mide karsinomlu hasta grubunun 7 tanesinde 3920 T>A (I1307K) heterezigot sonuç bulundu. Bu grubun 1 8 kontrol ile istatistiksel karşılaştırılmasında, hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı fark olmadığı bulundu (p>0.05). 56 kolon karsinomalı hastanın 30'unda 3920 T>A (I1307K) heterezigot sonuç bulundu ve 18 kontrol ile karşılaştırdı. Kolon karsinomlu hasta ve kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark vardır (p<0.05). Heterezigot (taşıyıcılık) bulunmayan hastalarda karsinom varlığı, kalıtım dışı faktörlerden olabildiğini düşündürdü. Anahtar kelimeler: APC, mide kanseri, kolorektal kanser, I1307K

Abstract:
SCREENING OF THE 3920 T>A (I1307K) POINT MUTATION ON ADENOMATOUS POLIPOSIS COLI (APC) IN TURKISH POPULATION ABSTRACT In this study, 113 patients who have colon and stomach carcinoma and 36 controls were screened for researching of APC genes 3920 T>A (I1307K) point mutation frequency. In APC gene I1307K point mutation studies, usually Ashkenazi Jewish had been used and the mutation frequency had been found about 6 %. Our aim has found carrier frequency of the gene in colon and stomach carcinomas. In our study, only blood samples were taken from control group but both of blood and tissue samples were taken from patients. The tissue samples taken from patients were obtained from polips in colon area. DNA isolation was carrier out from tissue samples. After DNA isolation, the studies were continued from same way. To amplify 290 bp apart where 3920 position of APC gene which is a tumor supressor gene, PCR was carried out. This gene take part on 5q21-22 area of chromosome five and show autosomal dominant hereditary. Then this PCR product was incubated with several solution. The new product which occured after incubation was tranferred for antigen-anthicor interaction in plate and was interacted with substrate and measured with 620 nm in spechtrophotometer. In the measurement a well was accepted "pozitive" if its O.D. is 0.5 or higher or "negative" if its O.D. is 0.35 or lower. The 3920 T>A (I1307K) heterezygote was found in 7 of 57 stomach carcinoma patiens and contrasted with 18 control group. According to this situation, there weren't diffefences as a statistically between patients and control group (p>0.05). The 3920 T>A (I1307K) heterezygote was found 30 of 56 colon carcinoma and contrasted with 18 control group. There were differences as a statistically between colon carcinoma patients and control group(p<0.05). It was thought that occurence of the carcinoma could be caused with non- hereditary factors in the patients who hadn't heterezygote. Key words: APC, stomach cancer, colorectal cancer,! 1307K