Bazı Orthrias (Çöpçü balığı) türlerinin biyoinformatik ve deneysel karakterizyonu
Some Orthrias (Scavenger fish) species experimental and bioinformatics characterization
Yazar: CEM ÖZİÇ
Danışman: DOÇ. DR. FİLİZ SUSUZ ALANYALI
Anadolu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Taksonomi, biyolojinin genişlemesinde büyük bir payı olan ve bir bütün olarak biyoloji bilimi içinde dengenin kurulmasına yardımcı olan bir bilim koludur. Bu çalışmada Türkiye'de belirli havzalarda Orthrias cinsi türlerinin morfolojik ve moleküler veriler kullanılarak tanımlanması amaçlanmıştır. Yeni morfolojik karakterler tanımlanarak morfotipler elde edilmiş ve bu morfotipleri temsil eden örneklerin mitokondri DNA'sı cox1 ve 18S rRNA gen bölgelerinin dizisi çıkarılmıştır. Yapılan deneysel karakterizasyon sonucunda elde edilen genlerin cox1 ve 18S rRNA genleri olduğu belirlenmiştir. Ancak gen bankasında Orthrias türleri cox1 ve 18S rRNA genlerine ait dizi bilgileri mevcut olmadığından, karşılaştırılamamıştır. Gen bankası analizinde, Orthrias türlerinin içinde bulunduğu aile olan Balitoridae ailesi üyelerine benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Bu çalışmada cox1 geninin 650 bç'lik kısmının DNA barkodu olarak kullanılabileceği belirlenmiştir. Elde edilen tüm sonuçlar morfolojik sistematik çalışmalarının genetik temelli çalışmalarla desteklenmesi gerekliliğini ortaya koymaktadır.Glutatyon-S-transferaz (GST) ve Katalaz enzimleri canlılarda endojen ve ekzojen bileşiklerin detoksifikasyonu sağlarlar. OaGSTz ve OaCat'nın kirletici unsurlar altında mRNA miktarının zamana bağlı değişimi, yarı-kantitatif RT-PZR yöntemiyle analiz edilmiştir. Histopatolojik çalışmalar ışık ve elektron mikroskobik seviyede gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
Taxonomy is a field of science having a great role in the development of biology as well as contributing to the stabilization of the field as a whole. In this study, it was aimed to describe Certain basins in Turkey species of the genus Orthrias on the basis of morphological and molecular findings. Morphotypes are described from an analysis of new morphological characters and 18S rRNA and Cox1 gene of mtDNA is sequenced representing each morphotype. Gens which were obtained as a result of experimental characterization were determined as cox1 and 18S rRNA. However, as no sequence information of cox1 and 18S rRNA of Orthrias species was available at the gene bank, they weren?t compared. In the analysis of gene bank, it was determined that family showed similarity to Balitoridae, a family including Orthrias species. In this study, it was determined that 650 bp of cox1 gen can be used as a DNA barcode. All the results obtained proved that studies of systematic morphological should be supported with genetic based studies.Enzymes of Glutathione-S-transferase (GST) and Catalase help to detoxificate effects of endogen and exogenous toxic compounds in living organisms. Change in expression of OaGSTz and OaCat mRNA level under the stresses with time intervals was analyzed with semi-quantitative RT-PCR method. Histopathological examinations were conducted on light and electron microscopic levels.