Hastane kökenli metisilin dirençli staphylococcus aureus (MRSA) izolatlarının pulsed field gel electrophoresis ve plazmid profil analizi yöntemleriyle moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of nosocomial meticillin resistant staphylococcus aureus (MRSA) isolates by using pulsed-field gel electrophoresis and plasmid profile analysis methods
Yazar: ABDULLAH KIRAN
Danışman: PROF. DR. AHMET ZEHİR ; PROF. DR. ALİ METİN OTKUN
Marmara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Çoklu dirençli gram-pozitif bakteriler tüm hastaneler ve toplumlarda büyüyen bir problemdir. Metisilin dirençli Staphylococcus aureus'un 1961'in başlarında Avrupa'da görülmeğe başlandığı ilk kez rapor edilmiş, sonraki onbeş yıldan günümüze dünya genelinde çoklu antibiyotik direncine sahip patojenler olarak çıkagelmişlerdir.Metisilin dirençli Staphylococcus aureus'lar önemli patojen bakterilerdir. Özellikle yoğun bakım ünitelerindeki hastalarda ciddi sağlık problemlerinde etkendirler. Türkiye ve dünyada yoğun bakım ünitelerindeki direnci düşmüş hastalarda ölümlere neden olabilmektedirler.Metisilin gibi güçlü antibiyotiklere direnç geliştirdiklerinden dolayı tedavi zorlukları vardır ve kontrol altında tutulmaları gerekir. Önemli nozokomiyal patojenlerden olan Staphylococcus aureus'un bulunduğu ortama uyum yeteneği yüksektir. Kuraklık gibi dış koşullara da dayanıklıdır. Ayrıca çoklu antibiyotik direncinin diğer bakterilere de aktarılmasında etken ajan bakteriler oldukları düşünülmektedir. Bunlar salgınlara neden olmaktadır. Bu yüzden epidemiyolojik takip gereklidir.Moleküler tiplendirme yöntemleri suşlar arasındaki klonal ilişkinin ortaya konulması yanında herhangi bir toplum, bölge, ülke veya dünya genelindeki yaygın genotipik klonların dağılımı hakkında da oldukça yararlı bilgiler sunmaktadır.Bu çalışmada, Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi, İ.Ü. Cerrahpaşa ve İstanbul Tıp Fakülteleri'nin farklı servislerindeki hastalardan izole edilmiş ve metisilin dirençli oldukları enfeksiyon laboratuvarında test edilmiş Staphylococcus aureus suşlarının plasmid profil analizi ve pulsed field jel elektroforezi yöntemleri kullanılarak moleküler tiplendirilmesi yapılmıştır. İzole edilen plasmid DNA ve kromozomal DNA'lar karşılaştırılarak epidemiyolojik çalışmalara katkı amaçlanmıştır.Plazmid profil analiziyle tiplendirmeye çalışılan 33 MRSA izolatından 11'inde (%33,4) plazmid saptanamadı. Çalışmaya alınan kökenlerin 22'sinde (% 66,6) bir yada iki plazmid saptanmıştır. Bu verilere göre PPA' nın tiplendirebilirliği % 66,6 olarak bulundu. MRSA kökenlerinde büyüklüğü yaklaşık 2-20 kb arasında değişen farklı konbinasyonlarda 11 farklı plazmid bulundu. Plazmid izole edilen 20 MRSA suşunda onbir farklı plazmidin oluşturduğu dokuz plazmid paterni gözlendi.PFGE yöntemiyle tez çalışmasında kullanılan otuzüç izolatın tamamı(%100) tiplendirildi. İzolatların kromozomal DNA'sı kesildiğinde büyüklükleri yaklaşık 32 ile 430 kb arasında değişen moleküler ağırlıklarda farklı bantların oluştuğu gözlendi. MRSA izolatları 15 farklı pulsotipe ayrıldı ve rakamlarla ifade edildi. İzolatların 6'sının (%18,4) aynı pulsotipte olduğu (P1), diğer pulsotiplerin ise sırasıyla P2,3 'ün 4(%18,4), P4,5 'in 3(%9,3), P6,7,8 'in 2(%2,2) ve P9,10,11,12,13,14,15 'in 1(%3,3) olmak üzere 1-6 izolattan meydana geldikleri saptandı.Sonuç olarak aynı tıp fakültelerinin farklı servislerindeki MRSA'ların ilişkili oldukları, bununda kontaminasyon etkisiyle olduğu anlaşıldı. Özellikle Cerrahi ve Yoğun Bakım Ünitelerinde MRSA kolonizasyonu en fazlaydı.

Abstract:
Multidrug-resistant gram-positive bacteria is a growing problem in both hospitals and community. Methicillin ?resistant Stapphylococcus aureus (MRSA) was first reported sporadically in Europe beginning in 1961 and over the span of the last 15 years has emerged as a major multidrug-resistant pathogen worldwide.Methicilline resistant Staphylococcus aureus is an important pathogenic bacterium. They cause serious health problems especially in the intensive care unit?s patients. They can cause the death of patients with low immunity in Turkey and around the world.Medical treatment is difficult because of meticillin and some other antibiotics? resistance, and they must be under control. Important nosocomial pathogens which from Staphylococcus aureus?s adaptation capacity is elevated against environmental conditions such as aridity. Besides, MRSA?s are agent bacteria for multiple-antibiotic resistance to the other bacteria. They have caused epidemics. For that reason, epidemiologic control is needed.Molecular typing methods supply useful information to detect the clonal relationships among the epidemic bacteria and information about the distribution of the common genotypic clones in a community, region, country and around the world.In this study, molecular typing of MRSA isolates isolated from patients in different care units of Trakya University Medicine Faculty, Istanbul University Cerrahpaşa and Istanbul Medicine Faculty were made by using plasmid profile analysis and pulsed-field gel electrophoresis techniques. Contribution to epidemiologic studies was aimed by comparing isolated plasmid DNA and genomic DNA?s.According to results of plasmid profile analysis, no plasmids were detected in 11(33,4%) MRSA isolates. In 22(66,6 %) MRSA isolates, one or two plasmids for each isolates were detected. Eleven different plasmids with molecular sizes ranging from 2 kilobases to 20 kilobases were found in MRSA isolates. Besides, nine plasmid patterns formed by eleven different plasmids were observed in the 20 MRSA strains.By PFGE methods, all of the 33 (100%) MRSA isolates were typified, and genomic parts between 32 kb and 430 kb sizes were obtained. MRSA isolates were classified into 15 different pulsotypes and they were expressed in numbers. It was determined that 6 (%18,4) isolates were in the same pulsotype(P1) and that the other pulsotypes consisted of 1-6 isolates; P2,3: 4(%18,4), P4,5: 3(%9,3), P6,7,8: 2(%2,2) and P9,10,11,12,13,14,15: 1(%3,3) respectively.In conclusion, related MRSA?s were observed at different clinics of the same medicine faculties by the effect of contamination. MRSA colonization was observed the most especially in surgical and intensive care units.