Behçet Hastalığında rs4402765 Varyantının IL-1A Ve IL-1B genleri ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of the relationship of the rs4402765 variant with IL-1A and IL-1B Genes in Behçet's Disease
Yazar: BÜNEYAN TÜZÜN
Danışman: PROF. DR. NESLİHAN ABACI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Behçet hastalığı (BH), üveitin eşlik ettiği oro-genital ülserler ile karakterize, çoklu organ tutulumuyla seyreden kronik inflamatuar bir hastalıktır. BH etyopatogenezinde genetik yatkınlık ve tetikleyici faktörlerin rolü olduğu bilinmektedir; ancak biyolojik süreçler hala tam olarak netleşmemiştir. Günümüze kadar bu amaç doğrultusunda birçok genom çapında ilişkilendirme çalışması (GWAS) yapılmıştır. Birkaç GWAS'da, BH ile ilişkili olabileceği düşünülen ve bir sitokin grubu olan interlökinlerde (IL'ler) çeşitli varyantlar raporlanmıştır. Türk popülasyonunda BH ile ilişkili genetik bileşenleri tanımlamaya yönelik gerçekleştirilen bir GWAS, IL-1A/IL-1B lokusu olarak adlandırılan intergenik bölgede rs4402765 varyantını tespit etmiştir.  Tez çalışmamızın amacı, BH'de ile ilişkili olduğu saptanan rs4402765 varyantının monosit ve nötrofil hücrelerindeki IL-1A ve IL-1B  gen ekspresyon profillerini tanımlamak ve inflamatuar süreçlere katkılarını araştırmaktır. Bu amaçla 15 (onbeş) sağlıklı kontrolden elde edilen kan örneklerinden monosit ve nötrofil izolasyonu gerçekleştirilerek; homozigot, heterozigot ve yabanıl tip genotipik alele sahip genotipler tayin edildi. İzole hücreler, LPS ve ALUM ile uyarıldıktan sonra RNA izolasyonu ve cDNA sentezi sonrasında kantitatif gerçek-zamanlı PCR yöntemiyle IL-1A ve IL-1B   gen ekspresyon analizi gerçekleştirildi. Sonuçlarımıza bakıldığında LPS ile uyarılmış monositlerde heterozigot kontrollerde IL-1B  genlerinin ekspresyonunun istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde arttığı gösterilmiştir. ALUM ile uyarılan monositlerde ise yabanıl tip kontrollerin hem IL-1A ve hem de IL-1B   gen ekspresyonun arttığı gösterilmiştir. Nötrofillerde ise IL-1B   gen ekspresyonun LPS uyaranın varlığında yabanıl tiplerde arttığı; ALUM varlığında ise genotipten bağımsız olarak azaldığı istatistiksel olarak belirlenmiştir. Bulgularımız sonucunda, rs4402765 CC alelline sahip sağlıklı kontrollerde yüksek/şiddetli birinflamatuar yanıtının gerçekleştiğini; ayrıca rs4402765 varyantının nötrofil ve monositlerde IL-1A ve IL-1B  genleri için düzenleyici bir rolü olduğu düşünmekteyiz.

Abstract:
Behçet's disease (BD) is a chronic inflammatory disease characterized by oro-genital ulcers accompanied by uveitis, with multi-organ involvement. Though genetic and environmental factors are known to play a role in the BD etiology, mechanisms underlying the BD pathogenesis remain to be clarified. To date, many genome-wide association studies (GWAS) have been conducted for this purpose and identified various variants in the genes encoding interleukins (ILs), a group of cytokines, to be associated with BD. A GWAS performed in the Turkish population detected a BD-associated variant, rs4402765 located in the intergenic region between IL-1A and IL-1B locus. The aim of our thesis study was to define the effect of the rs4402765 variant genotypes on the IL-1A and IL-1B expression in monocytes and neutrophil cells, and to investigate the contribution of this effect to the inflammatory processes. For this purpose, monocytes and neutrophils were isolated from blood samples obtained from 15 healthy controls with three genotypes of the rs4402765. After stimulation of the cells with LPS and ALUM, RNA isolation and cDNA synthesis were performed. IL-1A and IL-1B gene expression levels were measured by quantitative-real-time PCR. Our results have shown that the IL-1B expression was significantly increased in LPS-stimulated monocytes with heterozygous genotype. In ALUM-stimulated monocytes, both IL-1A and IL-1B were increased in wild-type genotype, while in LPS-stimulated neutrophils, IL-1B expression was increased. In neutrophil, ALUM-stimulation caused a decrease independently from genotype. Our results suggested that the rs4402765 variant has a regulatory role for IL-1A and IL-1B genes in neutrophils and monocytes.