GbVe geninin allelik varyasyonu ve pamuk (Gossypium barbadense L.) bitkisinden izolasyonu
Allelic variation of gbve gene homolog and its isolation from cotton (Gossypium barbadense L.)
Yazar: AYSEL ÖZGÜL ŞİŞMAN
Danışman: PROF. DR. YÜKSEL BÖLEK
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Pamuk, Türkiye'de ve dünyada tarımsal üretimi yapılan ve tekstil sanayiinin hammaddesi olan lifi için üretilen önemli bir endüstri bitkisidir. Ancak diğer bitkilerde olduğu gibi pamukta da üretimi sınırlandıran ve kalitesinde azalmalara neden olan pekçok hastalık vardır. Bu hastalıkların başında toprak kökenli bir fungus olan Verticillium dahliae Kleb.'in neden olduğu solgunluk hastalığı gelmektedir. Bu çalışmada, Gossypium barbadense türünde GbVe genininin pamuk bitkisinden izolasyonun yapılması ve allelik varyasyonunun araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, GbVe geni üzerinde dizayn edilen primeler ile Gossypium hirsutum L. ve G. barbedense L. türlerinin yanısıra diploid pamuk türlerinine ait 32 adet pamuk genotipinde GbVe geninin amplifikasyonu yapılmıştır. Ayrıca, Gossypium barbedense L. türü içerisinde bulunan Aşkabat- 100 genotipinde, 1550 bç uzunluğunda homoloğu izole edilmiş ve sekanslanmıştır. Yapılan amplifikasyonlar sonucu farklı uzunlukta bantlar elde edilmiştir. Aşkabat- 100 genotipinden izole edilen sekans üzerinde ise 1836, 2059, 2853, 2944, 2945, 2946, 2949, 2952, , 2992, 3092, 3281 noktalarında tek nükleotid farklılıkları belirlenmiştir. Bununla birlikte, 1627. bazdan sonra 3 baz, 1503. ve 1803. bazlardan sonra birer baz eklendiği belirlenmiştir. Ayrıca, genotiplerde yapılan amplifikasyon sonucu 1000 bç büyüklüğünde bir bant elde edilmiş ve bu bantın solgunluk hastalığına dayanıklılıkları bilinen G. barbadense çeşitlerinde olmayıp, hastalığa hassas olan genotiplerde görüldüğü belirlenmiştir.

Abstract:
Cotton is an important crop cultivated in Turkey and World for its fiber needed in textile industry. There are a lot of diseases of cotton reducing quality and yield as it happens in other plants. Soil born fungi, Verticillium dahliae Kleb. causes wilt disease is the most devastating disease of cotton. The goal of this work is to isolate GbVe gene from cotton (Gossypium barbadense) and to investigate its allelic variations. For this, the primers designed from GbVe gene used to amplify 32 cotton genotypes belonging to Gossypium hirsutum L. and G. barbadense L. and some diploid cotton species. On the other hand, 1550 bp of GbVe gene homolog was isolated and sequenced from Aşkabat- 100 genotype belonging to G. barbadense. After all amplifications, polymorphic bands were obtained. Single nucleotide polymorphism was detected at nucleotides at 1836, 2059, 2853, 2944, 2945, 2946, 2949, 2952,, 2992, 3092 and 3281 of sequences from Aşkabat- 100. It was also determined that 3 bases after the point of 1627, 1 base after 1503 and 1803 were added to the sequence. Also, amplification of genotypes yielded 1000 bp bands in    G. hirsutum L. genotypes know as verticillium susceptible but no bands were in the G.barbadense L. genotypes  know as verticillium resistance.