Güney Irak'ta gebe kadınlarda idrar yolu enfeksiyonuna neden olan bakterilerin izolasyonu ve antibiyotik direnç genlerinin moleküler teknikler ile tanımlanması
The isolation and identification of bacteria causing urinary tract infection in pregnant women and the identification of antibiotic resistance genes by molecular technique in Southern Iraq
Yazar: MUQDAD JABBAR ALI AL-RIKABI
Danışman: DOÇ. DR. ŞİNASİ AŞKAR ; DR. ÖĞR. ÜYESİ WİSAM JASİM ABED ALI
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Bakteriler = Bacteria ; Filogenetik = Phylogenetic ; Gebelik = Pregnancy ; Irak = Iraq ; Viteksin = Vitexin ; İdrar yolları enfeksiyonla =

Özet:
Bu tezde, gebe kadınlarda İYE'lerin nedensel ajanlarını kültür, vitek 2 ve multipleks PZR ile tanımlamak, izolatların antibiyotik direnç/duyarlılık durumunu belirlemek, bazı direnç genlerinin varlığını araştırmak, mecA ve CTX-M genlerinin dizi ve filogenetik analizlerini yapmak amaçlanmıştır. Bu amaçla, Eylül 2021- Şubat 2022 tarihleri arasında Güney Irak bulunan Dhi Qar şehrindeki özel laboratuvarlar ve Al-Rifai Hastane'sinde idrar yolu enfeksiyonuna (İYE) sahip olan 18 ile 47 yaşları arasında 320 adet gebe kadından idrar örneği alınmıştır. Alınan 320 idrar numunesinden 50 (%15,6)'sinde bakteri üremesi pozitif iken 270 (%84,4) örnekte bakteri üremesi görülmemiştir. Alınan örneklerden bakterileri tanımlamak için geleneksel morfolojik, biyokimyasal testler ve VITEK2 sistemi kullanılmıştır. İYE'ye neden olan bakteriyel patojenlerin sıklığı; Escherichia coli 18 (%36), Staphylococcus aureus 12 (%24), Klebsiella pneumoniae 9 (%18), Proteus mirabilis 6 (%12) ve Pseudomonas aeruginosa 5 (%10) olarak tespit edilmiştir. Bu çalışmada yer alan bakteri izolatlarının antibiyotik duyarlılıkları; benzil penisilin ve oksasilin (%100), eritromisin (%88,8), sulfametoksazol (%80,55), levofloksasin (%72,22), fusdik asit (%65,55), gentamisin (%66,7) ve amoksisilin (%63,2) olarak belirlenmiştir. TEM, SHV, AMpC mecA ve CTX-M direnç genlerinin tespiti PZR tekniği kullanılarak yapılmıştır. Bakteri izolatlarinda -TEM -28 (%73,6), SHV 1 (%2,6), CTX-M- 26 (%68,4), AmpC- 9 (%23,6) ve mecA geni-12 (%100) olarak bulunmuştur. Bu çalışma, gebelerde idrar yolu enfeksiyonunu (İYE) değerlendirmek ve GSBL gibi dirençli bakterileri saptamak için idrar kültürü ve duyarlılık testine ihtiyaç olduğunu ve bu hastaların bu hastalığın tedavisinde güvenli ve etkili tedavi almalarının önemli olduğunu göstermektedir.

Abstract:
In this thesis, it was aimed to identify the causative agents of UTIs in pregnant women with vitek 2 and multiplex PCR, to determine the antibiotic resistance status of isolates, to investigate the presence of some resistance genes, and to perform sequence analyzes of mecA and CTX-M genes. For this purpose, urine samples were taken from 320 pregnant women with urinary tract infection (UTI) in private laboratories and Al-Rifai Hospital in Dhi Qar, Southern Iraq, between September 2021 and February 2022. The ages of the patients ranged from 18 to 47. While bacterial growth was positive in 50 (15.6%) of 320 urine samples, no bacterial growth was observed in 270 (84.4%) samples. Traditional morphological and biochemical tests and the VITEK2 system were used to identify bacteria from the samples. The frequency of bacterial pathogens causing UTI; Escherichia coli 18 (36%), Staphylococcus aureus 12 (24%), Klebsiella pneumoniae 9 (18%), Proteus mirabilis 6 (12%) and Pseudomonas aeruginosa 5 (10%) were detected. Antibiotic susceptibility of bacterial isolates included in this study; benzyl penicillin and oxacillin (100%), erythromycin (88.8%), sulfamethoxazole (80.55%), levofloxacin (72.22%), fusdic acid (65.55%), gentamicin (66.7%) and amoxicillin (63.2%) was determined. Detection of TEM, SHV, AMpC mecA and CTX-M resistance genes was done using PCR technique. Bacterial isolates -TEM -28 (73.6%), SHV 1 (2.6%), CTX-M- 26 (68.4%), AmpC-9 (23.6%) and mecA gene-12 (%) 100) was found. This study shows that urine culture and susceptibility testing is needed to evaluate urinary tract infection (UTI) among pregnant women and to detect resistant bacteria such as ESBL, and it is important for these patients to receive safe and effective treatment in the treatment of this disease.