Thi-Qar ilinde idrar yolu hastalarından izole edilen Staphylococcus aureus'un bakteriyolojik ve moleküler çalışması
Bacteriological and molecular study of Staphylococcus aureus isolated from patients with urinary infection in Thi-Qar province
Yazar: AHMED SABAH MOHAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ESİN KIRAY ; DR. AMRAN MEZHER
Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı / Biyomühendislik ve Genetik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections

Özet:
İdrar yolu enfeksiyonu (İYE), insanlarda görülen en yaygın bulaşıcı hastalıklardan biridir.  Gram pozitif bir bakteri olan Staphylococcus aureus İYE' nın en sık görülen etkenlerindendir.  
Çalışmamızda İYE hastalarından izole edilen S. aureus'un izolasyonu ve identifikasonu sonrasında, kültürel ve biyokimyasal incelemeler ile moleküler genotiplendirmesi ve genetik varyasyonunu araştırılmıştır. Türlerin idendifikasyonunda API-20 ve Vitek2    kompakt sistemleri kullanılmıştır.
Çalışmamızda, Şubat-Haziran 2021 ayları arasında Güney Irak, AL-Nasiriyah Şehrindeki AL-Hussein Eğitim Hastanesinde İYE şikayeti ile başvuru yapan 200 hastadan alınan idrar örnekleri değerlendirilmiştir. Alınan 200 hasta örneğinin 133'ünde (%66.5) Staphylococcus aureus pozitif olarak bulunmuştur.
Suşların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesinde klinikte sık olarak kullanılan on dört antibiyotik kullanılmıştır.  Suşların en yüksek direnç oranları Ampisilin (%100), Sefoksitin (%97.7), Tetrasiklin (%76.6), Klindamisin (7%1.4) ve Trimetoprim-Sülfametoksazole (%54.1) olarak belirlenirken Eritromisin (%43.6) ve Doksisiklin (%42.8) olarak tespit edilmiştir. Diğer yandan, test edilen suşlar, Vankomisin ve Novobiyosine karşı yüksek derecede duyarlılık göstermiştir.
İYE hastalarından izole edilen S. aureus'un virülans geni olarak (spa) geninin varlığını belirlemek için PCR tekniği kullanılmıştır. Tüm S. aureus izolatları (n=55), spa genine karşı (260-1400 bp) %100 oran ile pozitif reaksiyonla amplifiye edilmiştir. Ayrıca, bu genin genotiplenmesinde moleküler boyutu (538 bp) olan tst-1 geni tüm S. aureus suşlarının %20' sinde tespit edilmiştir.
Bir DNA dizileme analizi yönteminde, S. aureus izolatları (IQ-İYE.1-IQ-İYE.2) ve NCBI-Blast ile ilgili v immünoglobulin G bağlayıcı protein A (spa) genindeki genetik varyasyon  (ikame Mutasyonları) analizi  S. aureus izolatı, (IQ-İYE.3)  ve NCBI-Blast ile ilgili  S. aureus izolatı, toplam genetik varyasyon yüzdesi (%0.23) aralığında bir ikame mutasyonu buldu.

Abstract:
Urinary tract infection (UTI) is one of the most common infectious diseases in humans both in the clinical and community settings. involvement of Gram-positive bacteria cannot be ruled out in relation to UTI. Staphylococcus aureus is one of such agents involved in the infection that is capable of invading the urinary tract. Although S. aureus accounts to 0.5–6% of UTI.
This study aims to detect the molecular genotyping and genetic variation of S. aureus isolated from UTIs patients after its isolation and diagnosis, depending on the cultural and biochemical examinations and confirmation by API-20 and Vitek2    compact systems.
Two hundred  clinical (urine) specimens were collected during the period (February to June 2021); from patients who were complained from İYEs at AL-Hussein Teaching Hospital in AL-Nasiriyah City, South Iraq. diagnostic results show that 133 out of the 200 specimens gave positive bacterial cultures  as Staphylococcus aureus.
According to gender, females recorded the high İYE rates with 136 cases (68%) (p≤0.01). the antibiotic susceptibility profile for these isolates was examined against Fourteen types of antibiotics. Highest resistance was recorded against Ampicillin, Cefoxitin, Tetracycline, Clindamycin and Trimethoprim-Sulfamethoxazole with a percentages of (100%), (97.7%), (76.6%), (71.4%), and (54.1%), respectively while Erythromycin (43.6%) followed by Doxycycline (42.8%). On the other hand the tested isolates showed a high degree of susceptibility towards vancomycin and novobiocin.
 PCR technique was used to detect the presence of (spa) gene as a virulence gene in S. aureus isolated from İYE patients. 
All S. aureus isolates (n=55) were amplificated to (spa) gene at (1400-260 bp) with a positive reaction of 55 (100%), with note the genotyping of this gene. also, (tst-1) gene detected in (20%) of all S. aureus isolates with a molecular size of (538 bp).
In a DNA sequencing analysis method , the genetic variation  (substit UTI on Mutations) analysis in v immunoglobulin G binding protein A (spa) gene between local  S. aureus  isolates (IQ-UTI.1-IQ-UTI.2)  and NCBI-Blast related S. aureus isolate were   find 4 into 5 substitİYEon mutations at total genetic variation percentage ranged (0.84-1.05%).While the genetic variation   analysis in toxic shock syndrome toxin- 1 (tsst-1) gene between local  S. aureus  isolates (IQ- UTI.3)  and NCBI-Blast related  S. aureus isolate were find one substit UTI on mutation at total genetic variation percentage ranged (0.23%).