Mesane kanserli olgularda tüm genom metilom parmak izinin klinikopatolojik verilerle ilişkisinin incelenmesi
Investigation of the relationship of whole genome methylome fingerprint with clinicopathological data in cases with bladder cancer
Yazar: ÖZER KOÇAK
Danışman: PROF. DR. YILDIZ DİNÇER
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Comet tekniği = Comet assay ; DNA = DNA ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Genom = Genome ; Mesane hastalıkları = Urinary bladder diseases ; Mesane neoplazmları = Urinary bladder neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Amaç: Mesane kanseri hastalarının lenfositlerinde tüm genom DNA metilasyon düzeyinin belirlenerek, klinik evre, tümör grade'i, invazyon gibi klinikopatolojik verilerle ilişkisinin incelenmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Mesane kanseri tanısı açısından ilk kez değerlendirilmiş 39 hasta, 45 sağlıklı gönüllüden alınan kan örnekleri kullanıldı. Tüm genom metilasyon düzeyi 'EpiComet Assay-tek hücreli jel elektroforezi' tekniği kullanılarak belirlendi. İstatistiksel anlamlılık p<0,05 olarak belirlendi.
Bulgular: Mesane kanserli hastalarda tüm genom metilasyon durumunun göstergesi olan %DNA metilasyon hasarı kontrol grubuna göre anlamlı olarak yüksek bulundu. % DNA metilasyon hasarı testinin klinik performansını değerlendirmek için ROC analizi yapıldı. AUC (area under curve) 0,722 ve kesim değeri %6,5 olarak belirlendi. Duyarlılık: %92, özgüllük: %42, pozitif prediktif değer (PPD): %58, negatif prediktif değer (NPD): %86 olarak bulundu. %DNA metilasyon hasarı tümör derecesi ve hastalığın evresi ile ilişkili bulunmadı. Hasta ve kontrol gruplarında %DNA metilasyon hasarı ve yaş açısından korelasyon bulunmadı.
Sonuç : Mesane kanserli hastalarda DNA metilasyon düzeyi artmıştır. EpiComet tekniği ile belirlenen %DNA metilasyon hasarının mesane kanserinin tanı ve takibinde iyi bir aday biyobelirteç olabileceği sonucuna varıldı. 
Anahtar Kelimeler: Comet yöntemi, DNA metilasyonu, Mesane kanseri

Abstract:
Aim: It was aimed to determine the level of whole genome DNA methylation in lymphocytes of bladder cancer patients and to investigate its relationship with clinicopathological data such as clinical stage, tumor grade, invasion.
Materials and Methods: Blood samples taken from 39 patients and 45 healthy volunteers who were evaluated for the first time in terms of bladder cancer diagnosis were used. The whole genome methylation level was determined using the 'EpiComet Assay-single cell gel electrophoresis' technique. The statistical significance was determined as p<0.05.
Results: % DNA methylation damage, which is an indicator of whole genome methylation status, was found to be significantly higher in patients with bladder cancer compared to the control group. % ROC analysis was performed to evaluate the clinical performance of the DNA methylation damage test. The AUC (area under curve) was determined as 0.722 and the cut value was determined as 6.5%. Sensitivity: 92%, specificity: 42%, positive predictive value (PPD): 58%, negative predictive value (NPD): 86% were found. DNA methylation damage was not associated with the degree of tumor and the stage of the disease. There was no correlation in terms of DNA methylation damage% and age in the patient and control groups.
Conclusion: The level of DNA methylation increased in patients with bladder cancer. It was concluded that DNA methylation damage determined by EpiComet technique may be a good candidate biomarker in the diagnosis and follow-up of bladder cancer. 
Keywords: Bladder cancer, Comet method, DNA methylation,