Karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii klinik izolatlarında direnç genlerinin moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation into clinical isolates of resistance genes in carbapenem resistant Acinetobacter baumannii by using molecular methods
Yazar: HÜSEYİN BURAK ÖZÇELİK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖNDER İDİL
Amasya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
En önemli hastane enfeksiyon etkenlerinden Acinetobacter baumannii, Gram negatif, aerobik, nonfermentatif, çoğunlukla yoğun bakım ünitelerinde salgınlara neden olan, özellikle son yıllarda çoklu antibiyotik direnci özelliğiyle tedavide zorluklar oluşturan fırsatçı bir patojendir. Dünya çapında giderek artan direnç oranlarıyla rapor edilen karbapenemler, Acinetobacter baumannii tedavisinde kullanılan β-laktamazlar grubunun önemli temsilcilerindendir. Acinetobacter baumannii, karbapenem direncinden sorumlu en yaygın OXA tipi (OXA-23, OXA-24, OXA-51 ve OXA-58) gen ailesine sahiptir. Çalışmada, T.C. Sağlık Bakanlığı Amasya Üniversitesi Sabuncuoğlu Şerefeddin Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde yoğun bakım servisinde tedavi gören hastalardan Haziran 2017 – Ocak 2018 tarihleri arasında toplanan solunum yolu örneklerinden elde edilen Acinetobacter baumannii izolatları VITEK-2 cihazı ile tanımlandıktan sonra bu örneklerde mikrobiyolojik ve moleküler analizler gerçekleştirildi. Yapılan disk difüzyon ve minimum inhibisyon konsantrasyon (MİK) testleri sonrası karbapenem dirençli suşların, seftazidim, siprofloksasin, levofloksasin, amikasin, gentamisin, tetrasiklin, tigesiklin ve kolistin antibiyotiklerine direnç profilleri belirlendi. Karbapenem direncinden sorumlu OXA-23, OXA-24, OXA-51 ve OXA-58 genlerinin anlatımları da RT-PZR (ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu) ve gerçek zamanlı PZR yöntemleri ile incelendi. Tanımlanan 50 Acinetobacter baumannii izolatı, imipenem, meropenem, sefepim, seftazidim ve siprofloksasine %100, levofloksasine %94, amikasine %68, gentamisine %78, tetrasikline %88 ve tigesikline %6 oranında dirençli bulundu. Tüm örneklerin kolistine duyarlı olduğu ve çoklu antibiyotik direnci gösterdiği tespit edildi. Moleküler analizler sonucunda izolatların tümünde sadece OXA-23 ve OXA-51 genlerinin anlatım yaptığı belirlendi. Bu çalışma, RT-PZR ve gerçek zamanlı PZR yöntemi ile Acinetobacter baumannii'de OXA genlerinin araştırıldığı bölgemizdeki ilk raporlardan biridir. Elde edilen bulguların ampirik tedavilere katkı sağlaması beklenmektedir.

Abstract:
Acinetobacter baumannii, one of the most important infectious agents spread in hospitals, is an opportunistic, Gram-negative, aerobic, and nonfermentative pathogen that causes outbreaks often in intensive care units, causing difficulties in treatments due to multiple antibiotic resistance characteristics. Carbapenems reported with increasing resistance rates worldwide are significant representatives of the group β-lactamases that are used in the treatment of Acinetobacter baumannii. Acinetobacter baumannii has the most common type of OXA gene family(OXA-23, OXA-24, OXA-51 and OXA-58) responsible for carbapenem resistance. In this study, Acinetobacter baumannii isolates collected from the respiratory tract samples obtained from the patients receiving treatment between June 2017 and January 2018 at the intensive care unit in T. C. Ministry of Health Amasya University Sabuncuoğlu Şerefeddin Training and Research Hospital were identified by VITEK-2 device and microbiological with molecular analyses were performed in collected samples. Resistance profiles of carbapenem resistant strains against to ceftazidime, ciprofloxacin, levofloxacin, amikacin, gentamicin, tetracycline, tigecycline and colistin antibiotics were determined by disk diffusion and minimum inhibition concentration (MIC) tests. The expressions of OXA-23, OXA-24, OXA-51, and OXA-58 genes responsible for carbapenem resistance, were investigated by RT-PCR (reverse transcriptase olymerase chain reaction) and real-time PCR methods. Identified 50 Acinetobacter baumannii isolates were found to be 100% resistant to imipenem, meropenem, cefepim, ceftazidime and ciprofloxacin, 94% for levofloxacin, 68% for amikacin, 78% for gentamicin, 88% for tetracycline and 6% for tigecycline. It was detected that all samples are susceptible to colistin and showed multiple antibiotic resistance. As a result of molecular analyses, it was determined that the expressions of only OXA-23 and OXA-51 genes in all isolates. This study is one of the first reports in our region where OXA genes are investigated in Acinetobacter baumannii by RT-PCR and real-time PCR method. The obtained findings are expected to contribute to empirical treatments.