Kastamonu eğitim ve araştırma hastanesinden izole edilen seftazidime dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarında PER-1 ve OXA-10 benzeri genişlemiş spektrumlu βeta-laktamaz varlığının araştırılması
Investigation of the presence of PER-1 and OXA-10 like extended spectrum βeta-lactamases in ceftazidime resistant Pseudomonas aeruginosa strains from Kastamonu training and research hospital
Yazar: SARAH AKAR ALI AL-OGAILI
Danışman: DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
Kastamonu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) direnç mekanizmasının tespiti enfeksiyon kontrolü ve halk sağlığı için önemlidir. Bu çalışmada, Nisan 2018-Mart 2020 tarihleri arasında Kastamonu Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde çeşitli klinik örneklerden izole edilen seftazidime dirençli P. aeruginosa izolatlarında GSBL sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya farklı hastalardan izole edilen 42 seftazidim dirençli P. aeruginosa izolatı dahil edilmiştir. İzolatların tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık profillerinin belirlenmesi standart bakteriyolojik yöntemlerin yanı sıra 01/06/2019 tarihine kadar MicroScan WalkAway Plus, bu tarihten sonra VİTEK 2 otomatize sistemleri ile yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri, Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi (EUCAST) standartlarına göre değerlendirilmiştir. İzolatların GSBL pozitifliği fenotipik olarak kombine disk testi ile blaPER-1 ve blaOXA-10 grup genlerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile araştırılmıştır. Otomatize sistemler kullanılarak, seftazidim dirençli 42 izolatın amikasin, gentamisin, meropenem, sefepim, imipenem, piperasilin-tazobaktam ve siprofloksasine olan duyarlılıkları sırasıyla %81; %19; %11; %9.5; %9.5; %4.8 ve %4.8 olarak belirlenmiştir. GSBL üretimi fenotipik olarak 27 (%64,3) izolatta tespit edilmiştir. blaPER-1 geni sadece P. aeruginosa KPA-10 olarak adlandırılmış bir izolatta belirlenmiştir. blaOXA-10 grup geni ise hiçbir izolatta saptanmamıştır. Fenotipik testler, seftazidim dirençli P. aeruginosa suşlarında GSBL üretimini belirlemek için kullanılabilir. Ancak, sonuçların moleküler testlerle doğrulanması ve ilgili genlerin gösterilmesi epidemiyolojik açıdan önemlidir.

Abstract:
The detection of the extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) resistance mechanism is significant for infection control and public health. This study was aimed to analyse the frequency of ESBL in ceftazidime-resistant P. aeruginosa isolates obtained from various clinical samples in Kastamonu Training and Research Hospital between April 2018-March 2020. Forty-two ceftazidime-resistant P. aeruginosa isolated from different patients were included in the study. Determination of the strains and antibiotic susceptibility patterns were made with conventional bacteriological methods as well as MicroScan WalkAway Plus until 01/06/2019, and VITEK 2 after this date. The antibiotic susceptibility tests were evaluated by the European Antimicrobial Susceptibility Test Committee (EUCAST) standards. The ESBL positivity of the strains was searched by the combined disk test phenotypically. The presence of blaPER-1 and blaOXA-10 group was revealed by the polymerase chain reaction (PCR) method. Of the 42 ceftazidime-resistant strains, 81%, 19%, 11.9%, 9.5%, 9.5%, 4.8%, and 4.8% were found susceptible to amikacin, gentamicin, meropenem, cefepime, imipenem, piperacillin-tazobactam, and ciprofloxacin, respectively, using the automated systems. The ESBL production was detected in 27 (64.3%) strains phenotypically. The blaPER-1 gene was determined in only a strain designed as P. aeruginosa KPA-10. The blaOXA-10 group gene was not identified in any strains. Phenotypic tests can be used as a screening test for the determination of ESBL activity in ceftazidime-resistant P. aeruginosa strains. Besides, verification of the results by molecular tests and identification of the genes related for resistance is considerable epidemiologically.