Türkiye'de yetişen Lisaea boiss. (Apiaceae) cinsine ait türlerin kloroplast DNA dizilerine (trnL-F, trnL-intron ve matK) dayalı filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of Lisaea boiss. (Apiaceae) species in Turkiye based on chloroplast DNA (trnL-F,trnL-intron and matK) sequences
Yazar: FADİME EFE
Danışman: DOÇ. DR. EMRE SEVİNDİK
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Adenin nükleotidler = Adenine nucleotides ; DNA = DNA ; EDTA = EDTA ; Filogenetik = Phylogenetic

Özet:
Amaç: Bu çalışma ile Türkiye'de yayılış gösteren Apiaceae familyasına ait Lisaea türlerinin
kloroplast genomunda yer alan trnL-F, trnL-intron ve matK gen bölgeleri incelenerek
moleküler sistematik analizleri yapılmıştır.
Materyal ve Yöntem: Çalışmada kullanılan bitki örnekleri DNA izolasyon kiti ile izole
edilip ardından üç farklı primer (trnL-F, trnL-intron ve matK) ile PZR işlemi uygulanmıştır.
Elde edilen PZR ürünleri her bir primer için ayrı ayrı elektroforez cihazında yürütülmüştür.
Elektrofofez işlemi sonucunda jel görüntüsü incelendiğinde bantların varlığı tespit edilmiştir.
Kullanılan PZR ürünlerinin seansları yapıldıktan sonra ise MEGA 6.0, BioEdit ve Finch TV
programları kullanılarak çeşitli parametreler ile filogenetik analizler yapılmıştır.
Bulgular :Çalışmadaki filogenetik ağaçlar ML (Maximum Likelihood) yöntemi ile
oluşturulmuştur. Üç farklı primer ile çalışılan DNA örneklerine ait her bir primer için
parametreler oluşturulmuştur. trnL-F için oluşturulan ağaç 3 gruba, trnL-intron için
oluşturulan ağaç 4 gruba ve matK için oluşturulan ağaç 3 gruba ayrılmıştır.
Sonuç: Analizler yapılırken oluşturulan karakter temelli algoritma olan maximum likelihood
ağaç topolojisi kullanılarak filogenetik ilişkileri incelenmiş, önceki çalışmalardaki veriler ile
kıyaslanmıştır. Bu bilgiler doğrultusunda elde etmiş olduğumuz verilerin güvenilir sonuçlar
verdiği doğrulanmıştır.

Abstract:
Objektive: In this study, the trnL-F, trnL-intron and matK gene regions in the chloroplast
genome of Lisaea species belonging to the Apiaceae family distributed in Türkiye were
examined and molecular systematic analyzes were made.
Materyal and Methods: The plant samples used in the study were isolated with a DNA
isolation kit and then PCR was applied with three different primers (trnL-F, trnL-intron and
matK). The obtained PCR products were carried out separately for each primer in an
electrophoresis device. The presence of bands was detected when the gel image was examined
as a result of the electrophoresis process. After the sessions of the PCR products used,
phylogenetic analyzes were made with various parameters using MEGA 6.0, BioEdit and
Finch TV programs.
Resulun: The phylogenetic trees in the study were created by the ML (Maximum Likelihood)
method. Parameters were created for each primer of the DNA samples studied with three
different primers. The tree created for trnL-F was divided into 3 groups, the tree created for
trnL-intron was divided into 4 groups, and the tree created for matK was divided into 3
groups.
Conclusion: Phylogenetic relationships were determined by molecular systematic analyzes
of trnL-F, trnL-intron and matK gene regions of Lisaea genera distributed in Turkey. It has
been verified that the data we have obtained in line with this information gives reliable
results.