Hepatosellüler kanserde MIR100HG'nin KLF7 transkripsiyon faktörü ile regülasyonu
Regulation of MIR100HG by KLF7 transcription factor in hepatocellular carcinoma
Yazar: RÜMEYSA ALAÇAM
Danışman: PROF. DR. FERAY KÖÇKAR
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
MIR100HG geni, insanda 11. kromozomun q kolunda lokalize olan bir lncRNA'dır. MIR100HG, çeşitli kanserlerde anormal olarak ifade edilir ve tümör hücre biyolojisi ile kanserle bağlantılı birçok yolakta yer alarak onkojenik ya da tümör baskılayıcı bir rol üstlenir. Literatürde hakkında çok az çalışma bulunan MIR100HG geni kolorektal kanserde, larengeal skuamöz hücreli karsinomada, mide kanserinde ve hepatosellüler karsinomada ifade olan bir gendir. 

Bu tez çalışması kapsamında MIR100HG'nin KLF7 transkripsiyon faktörü tarafından transkripsiyonel regülasyonu aydınlatılmıştır. İnsan MIR100HG promotor bölgesine ait kısaltılarak hazırlanan 5 farklı delesyon konstraktı (1244 bç -1013/+231, 1046 bç -815/+231, 909 bç -678/+231, 628 bç -397/+231 ve 419 bç -188/+231) klonlanmıştır. Bu tez çalışması kapsamında, bu konstraktlardan 1046 bç (-815/+231) ve 909 bç (-678/+231) promotor konstraktlarının klonlanması gerçekleştirilmiştir. Geçici transfeskiyon deneylerinde, insan hepatosellüler karsinoma hücre modelinde (Hep3B) tüm promotor konstraktarının aktif olduğu ve 628 bç (-397/+231), 1046 bç (-815/+231) ve 1244 bç (-1013/+231) promotor parçalarının en yüksek bazal aktiviteyi gösterdiği belirlenmiştir. 

Yapılan biyoinformatik analizler sonucunda MIR100HG'nin promotor bölgesinde olası KLF7 bağlanma bölgelerini içerdiği tespit edilmiştir. Promotor parçalarının KLF7 transkripsiyon faktörü ile kotransfeksiyonu MIR100HG'nin transkripsiyonel seviyesini arttırmıştır. Ayrıca KLF7'nin overekspresyonunun, MIR100HG'nin ifadesini mRNA düzeyinde normoksik ve hipoksik koşullarda arttırdığı qRT-PCR ile gösterilmiştir. Kromatin İmmünopresipitasyonu (ChIP) analizi ile KLF'nin MIR100HG promotorunda fonksiyonel olarak farklı bağlanma bölgeleri olduğu doğrulanmıştır. KLF7'nin overekspresyonunun doğrulanması, normoksik ve hipoksik koşullarda, mRNA düzeyinde qRT-PCR, MTT, Koloni Formasyon, Scratch (Migrasyon) ve IFC deneyleri ile gösterilmiştir.

Abstract:
The MIR100HG gene, located on the q arm of chromosome 11 in humans, is a long non-coding RNA (lncRNA). MIR100HG is abnormally expressed in various cancers and plays an oncogenic or tumor-suppressive role by participating in multiple pathways associated with tumor cell biology and cancer. Although there are few studies on MIR100HG in the literature, it is a gene expressed in colorectal cancer, laryngeal squamous cell carcinoma, gastric cancer, and hepatocellular carcinoma.

In this thesis, the transcriptional regulation of MIR100HG by the KLF7 transcription factor has been elucidated. Five different deletion constructs of the human MIR100HG promoter region (1244 bp -1013/+231, 1046 bp -815/+231, 909 bp -678/+231, 628 bp -397/+231, and 419 bp -188/+231) were prepared and cloned. Among these, the cloning of the 1046 bp (-815/+231) and 909 bp (-678/+231) promoter constructs was accomplished within this thesis study. In transient transfection experiments using the human hepatocellular carcinoma cell model (Hep3B), it was determined that all promoter constructs were active, and the promoter fragments of 628 bp (-397/+231), 1046 bp (-815/+231), and 1244 bp (-1013/+231) showed the highest basal activity.

Bioinformatic analyses identified potential KLF7 binding sites within the MIR100HG promoter region. Co-transfection of promoter fragments with the KLF7 transcription factor increased the transcriptional level of MIR100HG. Additionally, qRT-PCR demonstrated that KLF7 overexpression increased MIR100HG expression at the mRNA level under both normoxic and hypoxic conditions. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) analysis confirmed that KLF7 functionally binds to different regions of the MIR100HG promoter. The validation of KLF7 overexpression, under normoxic and hypoxic conditions, was shown at the mRNA level through qRT-PCR, MTT, colony formation, scratch (migration), and IFC assays.