Santral sinir sistemi infeksiyonu etkeni Enterovirüslerin RT-PZR ve hücre kültür yöntemleri ile saptanması
Detection of Enterovirus in patients with central nervous system infections by RT-PCR and cell culture methods
Yazar: İLKNUR KILIÇ
Danışman: DOÇ. DR. İMRE ALTUĞLU
Ege Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2009
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterovirüsler = Enteroviruses ; Hücre kültürü = Cell culture ; Merkez sinir sistemi = Central nervous system ; Merkez sinir sistemi enfeksiyonları = Central nervous system infections ; Merkez sinir sistemi hastalıkları = Central nervous system diseases ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Santral Sinir Sistemi İnfeksiyonu Etkeni Enterovirüslerin RT-PZR ve Hücre Kültür Yöntemleri ile SaptanmasıAmaç: Menenjit ve ensefalit santral sinir sisteminin sık görülen infeksiyonlarıdır. Klinikleri akut seyirlidir ve hızlı ilerler. Yüksek oranda ölüm ve kalıcı ciddi sekel sebebidirler. Bu nedenle tanıları doğru ve hızlı bir şekilde koyulmalıdır. Virüsler, akut menenjit ve ensefalitin en sık saptanan etkenidir. Etiyolojinin belirlendiği aseptik menenjit olgularının %80-95'inden polio dışı enterovirüsler sorumludurlar. Bu çalışmada, viral santral sinir sistemi infeksiyonu şüpheli hastaların beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde viral kültür ve RT-PZR yöntemleri ile enterovirüs varlığını araştırmak, ticari bir RT-PZR kitinin rutin laboratuvarımız için uygunluğunu araştırmak ve enteroviral menenjit epidemiyolojisine katkıda bulunmak amaçlandı.Gereç-Yöntem: Ocak 2007-Aralık 2008 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarları'na klinik ve BOS biyokimyasal bulguları açısından viral santral sinir sistemi infeksiyonu şüpheli hastalardan tanı testleri için gönderilen ve etken saptanmayan BOS örnekleri çalışma için seçildi. Enterovirüs RNA'sını saptamak amacıyla RT-PZR yöntemi (Enterovirus Consensus Kit, Argene, Varilhes, Fransa) kullanıldı. Shell vial hücre kültürü yönteminde ise RD, Vero, HEp?2 hücre dizileri (DSMZ, Almanya) ve üreyen patojenlerin saptanmasında FITC ile işaretlenmiş enterovirüs poliklonal antikoru (Enterovirus Screening Set, Light Diagnostic, Chemicon International, Temecula, ABD) kullanıldı.Bulgular: Viral santral sinir sistemi infeksiyonu şüpheli 66 beyin omurilik sıvısı örneğinin 61'i (%92.4) yapılan RT-PZR ve shell vial hücre kültürü sonuçlarına göre enterovirüs negatif olarak bulundu. Üç (%4.5) BOS örneğinde hücre kültürü ile pozitiflik saptandı. Bu örneklerden biri RT-PZR yöntemi ile de pozitif olarak saptanırken kalan iki örnek negatif olarak saptandı. Hücre kültürü ile negatif olarak saptanan iki örnek (%3) RT-PZR ile ara değer olarak elde edildi.Sonuç: Enterovirus Consensus Kit'in laboratuvarımız rutin kullanımı için emek yoğun olduğu ve hücre kültüründen üstün olmadığı saptandı. Ayrıca aradeğer olarak saptanan bazı sonuçlar nedeni ile kesin sonuca ulaşılamadı ve hücre kültürü ile pozitif olan iki örneği saptayamadı. Diğer taraftan NAT'ların yüksek duyarlılıkları nedeniyle enteroviral SSS infeksiyonu tanısındaki yararı bilindiğinden alternatif bir NAT yönteminin viral SSS infeksiyonundan şüphelenilen özellikle çocuk yaş grubu hastaların BOS örneklerinde hücre kültürü ile paralel değerlendirilmesinin yararlı olacağı kanısına varıldı.Anahtar Kelimeler: SSS infeksiyonu, Enterovirüs, Hücre Kültürü, RT-PZR.

Abstract:
Objectives: Meningitis and encephalitis are common infections of the central nervous system. They have an acute onset and advance rapidly. Rapid diagnosis is necessary since they have high rates of death and cause permanent serious sequelae. Viruses are the major cause of the acute meningitis and encephalitis. Nonpolio EVs account for 80 to 95% of all cases of aseptic meningitis for which an etiologic agent is identified. The aims of the present study are to diagnose enteroviral meningitis by viral culture and RT-PCR methods, to evaluate the suitability of a commercial RT-PCR kit for our routine laboratory by comparing it with viral culture and to obtain epidemiological data about enteroviral meningitis.Material and methods: Sixty six CSF samples from patients with suspected viral central nervous system infection by clinical and biochemical findings, sent to Ege University Medical Faculty Department of Microbiology and Clinical Microbiology for routine tests between January 2007-December 2008 were included in the study. A commercial RT-PCR kit (Enterovirus Consensus Kit, Argene, Varilhes, France) was used to determine enteroviral RNA. RD, Vero, HEp-2 cell lines (DSMZ, Germany) with shell vial method were used for the cell cultures and FITC coupled polyclonal antibodies (Enterovirus Screening Set, Light Diagnostic, Chemicon International, Temecula, USA) were used to detect positive cultures.Results: Sixty one of 66 (92.4%) samples from patients with suspected viral central nervous system infection were found to be negative for enterovirus both with RT-PCR and shell vial cell culture methods. Three samples (4.5%) were positive by shell vial culture method. In one CSF sample that was culture positive, RT-PCR was also positive. On the other hand, in the remaining two culture positive samples RT-PCR was negative. Intermediate results with RT-PCR were obtained in two samples (3%) that were identified as negative by cell culture.Conclusion: As a conclusion, the commercial assay Enterovirus Consensus Kit is labor intensive, not practical, gave indeterminant results in some cases and missed two culture positive samples. Since it didn?t have an advantage over the cell culture method used, it is not suitable for routine diagnosis in our laboratory. On the other hand, it is known that NAT has markedly improved the diagnosis of enterovirus infections by increasing the sensitivity compared with cell culture methods, an alternative NAT method should be evaluated in parallel with cell culture method especially in CSF samples of children with suspected viral central nervous system infections.Key Words: CNS infection, Enterovirüs, Cell Culture, RT-PCR.