Bazı Stereum hirsutum ve Schizophyllum commune Makrofungus türlerine ait örneklerden misel üretimi ve RAPD-PCR analizi ile genetik akrabalıklarının araştırılması
Mycelium growth of the macrofungi specimens  belonging to Stereum hirsutum, Achizophyllum commune and determining genetic relationship using RAPD-PCR analysis
Yazar: EBRU BALCI
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HAKAN ALLI
Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Schizophyllum commune (Fr.) ve Stereum hirsutum (Willd.) Pers. mantarları ekosistemde, ilaç sanayinde, gıda endüstrisinde ve biyodegredasyon gibi birçok alanda kullanılan genomu çıkartılmış tıbbi mantarlardır. Bu derece önemli türlerin genetik olarak tanımlanması, farklı coğrafik özelliklerden kaynaklanan değişimlerin aynı türün bireylerinin sahip olduğu genomlarında nasıl bir değişim göstereceğinin aydınlatılması, antiviral, antitümör ve antimikrobiyal gibi birçok önemli bileşiklere sahip olan bu gibi türler açısından oldukça önemlidir.
Bu çalışmada Kütahya, İzmir, Mersin, Bursa, Aydın, Balıkesir ve Muğla bölgelerinden alınan yedi farklı Schizophyllum commune ve Aydın-Kuşadası, Aydın-Çine, Muğla, Afyon, Balıkesir ve Bursa bölgelerinden alınan altı farklı Stereum hirsutum örnekleri kullanılmıştır. Kullanılan örnekler, Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Kriptogram laboratuvarından temin edilmiş olup, daha önceden fenotipik identifikasyonları gerçekleştirilmiştir. 
Çalışmalarda teşhis edilmiş kuru mantar örneği yerine kuru mantardan elde edilen misel ile çalışmalar yapılmıştır. İki türün moleküler olarak identifikasyonu için ITS (Internal Transcribed Spacer) gen bölgesi kullanılmış, %100 oranında kendi türleri ile benzerlik gösterdiği saptanmıştır.
Her iki tür de 14 rastgele seçilen 10 bazlık primer ile RAPD (Rastgele Arttırılmış Polimorfik DNA) PCR yapılmıştır. 13 primer hedef DNA'yı etkili bir şekilde çoğaltmıştır. Yapılan agaroz jel elektroforezi sonucunda Schizophyllum commune örneklerinde gözlemlenen bant sayısı 237 adet olup, %100 polimorfizm görülmüştür. Stereum hirsutum'da ise 226 bant tespit edilmiştir ve bunun 219'u polimorfik, 7 tanesi monomorfiktir ve %96,90 oranında polimorfizm gözlemlenmiştir. Primerlere ve örneklere bağlı olarak çoğaltılan bantların sayısı 0,1 ile 1,5 kb büyüklükleri arasında değişmektedir.  Bu çalışma sonunda, genetik çeşitliliğin örnekler arasında oldukça yüksek olduğu görülmüştür. Bunun nedenlerinden bazılarının coğrafi farklılık veya konak bitki çeşitliliği olabileceği önerilmiştir.

Abstract:
Schizophyllum commune (Fr.) and Stereum hirsutum (Willd.) Pers. are the fungi species with known genome sequences and are important in the ecosystem and utilized in various areas such as pharmacological industry and biodegradation. It is noteworthy to describe genetically such significant species, which have antiviral, antitumor and antimicrobial compounds and identify the changes on their genomes of the individuals belonging to the same species but collected from different geographical regions.
In this study, Schizophyllum commune specimens that were initially collected from seven different locations of Kütahya, İzmir, Mersin, Bursa, Aydın, Balıkesir and Muğla regions as well as Stereum hirsutum specimens collected from six different locations of Aydın-Kuşadası, Aydın-Çine, Muğla, Afyon, Balıkesir and Bursa were used. The specimens were obtained from Muğla Sıtkı Koçman University Cryptogram laboratory and their phenotypic identifications were done before.
The experiments were conducted with the mycelia obtained from the dry macrofungi species as a part of this study, instead of dried specimens themselves. Furthermore, two of the specimens were chosen and subject to molecular identification using ITS (Internal Transcribed Spacer) gene sequences and were found to be 100% similar to their corresponding species confirming the results of phenotypic identification.
RAPD-PCR (Randomly Amplified Polymorphic DNA) analyzes were conducted using a number of 14 different 10mer oligonucleotides for both species. 13 of the primers have efficiently produced the PCR bands of the corresponding target DNA regions. Following agarose gel electrophoresis analyzes, a number of 237 bands with a polymorphism ratio of 100% were detected for Schizophyllum commune specimens used in the study. Similarly with Stereum hirsutum specimens, a number of 226 bands were observed and 219 of the bands was polymorphic, while 7 bands were monomorphic, resulting in a polymorphism ratio of 96,9% for the specimens of this species. Depending on specific primers and specimens, the size of the amplified bands differed predominantly from 0,1 to 1,5 kb. As a result of this study, genetic diversity among the samples was found to be quite high.  It may be thought that the differences in geographical regions and the types of host plants may partly play roles in causing such high degrees of polymorphism.