Çocuklarda üst solunum yolu enfeksiyon etkenlerinin multipleks pcr yöntemiyle araştırılması
Investigation of upper respiratory tract infection agents in children by multiplex pcr
Yazar: TUĞBA TEKEREK
Danışman: PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
ÖZET

ÇOCUKLARDA ÜST SOLUNUM YOLU ENFEKSİYON ETKENLERİNİN MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİYLE ARAŞTIRILMASI

Tuğba TEKEREK
Yüksek Lisans Tezi, Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü
Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Tez Danışmanı:Prof. Dr. Tekin KARSLIGİL
		56 Sayfa, Mayıs 2024
     
Tüm yaş gruplarında sık görülen solunum yolu enfeksiyonları, dünya genelinde önemli bir halk sağlığı sorunudur. Virüs ve bakteri kaynaklı solunum yolu enfeksiyonlarının, kliniğe ve radyolojik duruma göre birbirinden ayırt edilmesi zordur. Bakteriyel ve viral enfeksiyon ayrımının erken dönemde yapılması, tedavinin başlatılması, mortalite ve morbiditenin azaltılmasında fayda sağlamaktadır. Çeşitli virüsleri ve bakterileri aynı anda kısa sürede tanımlayabilen Multipleks PCR testleri, doğru tedavinin başlatılmasına yardımcı olabilir. Çalışmamıza, Kasım -Aralık 2023 tarihleri arasında Gaziantep Abdulkadir Konukoğlu ASM'ne üst solunum yolu enfeksiyonu şikayetleriyle gelen 0-18 yaş arası 100 hasta dahil edildi. Hastalardan alınan solunum yolu örneklerinde M-PCR ile Adenovirus, influenza A, influenza B, PİV (1, 2, 3, 4), RSV (A/B), hMPV, HBoV, HCoV (HKU, 229E, NL63, OC43), Sars-CoV-2, paraechovirus, enterovirus / rhinovirus, Streptococcus pneumoniae, Bordetella pertussis, Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae ve Legionella pneumophila olmak üzere 18 virüs, 6 bakteri toplam 24 etken araştırıldı. Çalışmada 62 (%62) hastada en az bir etken saptandı. Multipleks PCR sonuçlarına göre en çok tespit edilen bakteriyel etkenler sırasıyla S.pneumoniae (n:28), H. influenzae (n:21) en sık tespit edilen viral etkenler ise hCoV türleri (n:10), enterovirüs /rhinovirus (n:9)' dür. 38 (%38) hastada negatif sonuç alındı. Koenfeksiyon oranı %18 olarak saptandı. Sonuçlar incelendiğinde pozitif etkenlerin; 50'si (%61.73) bakteriyel, 31'i (%38.27) viral etkendi. Etkenlerin cinsiyete göre dağılımı incelendiğinde sadece H. influenzae 'da erkeklerde kadınlardan anlamlı derecede fazlalık görüldü. Solunum yolu enfeksiyonlarında etkenlerin hızlı moleküler testlerle saptanması antimikrobiyal tedavinin ivedilikle düzenlenmesine olanak sağlayacak ve gereksiz antibiyotik kullanımın engellenmesine katkıda bulunacaktır. Ayrıca, enfeksiyonun yayılımını engellemek için gerekli izolasyon önlemlerinin vakit kaybedilmeden alınmasını sağlayacaktır.




Anahtar Kelimeler: Multipleks PCR, üst solunum yolu enfeksiyonu, bakteri, virüs, etken.

Abstract:
ABSTRACT

INVESTIGATION OF UPPER RESPIRATORY TRACT INFECTIOUS AGENTS IN CHILDREN BY MULTIPLEX PCR METHOD

Tuğba TEKEREK
Master's Thesis, Gaziantep University Institute of Health Sciences
Department of Medical Microbiology
Supervisor: Prof. Dr. Tekin KARSLIGİL
56 Page, May 2024
     
Respiratory tract infections, which are common in all age groups, are an important public health problem worldwide. It is difficult to distinguish between respiratory tract infections caused by viruses and bacteria based on the clinical picture and radiological status. Differentiating between bacterial and viral infections at an early stage is beneficial in initiating treatment and reducing mortality and morbidity. Multiplex PCR tests, which can identify various viruses and bacteria simultaneously in a short time, can help with proper storage.In our study, 100 patients aged 0-18 years who came to Gaziantep Abdulkadir Konukoğlu Family Health Center with complaints of upper respiratory tract infection between November and December 2023 were included. Respiratory tract samples obtained from patients were analyzed by multiplex PCR for adenovirus, influenza A, influenza B, PIV (1, 2, 3, 4), RSV (A/B), hMPV, HBoV, HCoV (HKU, 229E, NL63, OC43), Sars-CoV-2, paraechovirus, enterovirus/rhinovirus, A total of 24 agents including Streptococcus pneumoniae, Bordetella pertussis, Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae and Legionella pneumophila, 18 viruses and 6 bacteria were investigated. At least one agent was detected in 62 (62%) patients. According to the results of multiplex PCR, the most frequently detected bacterial agents were S. pneumoniae (n:28), H. influenzae (n:21) and the most frequently detected viral agents were hCoV species (n:10), enterovirus/rhinovirus (n:9). 38 (38%) patients had negative results. The co-infection rate was 18%. When the results were analyzed, 50 (61.73%) of the positive agents were bacterial and 31 (38.27%) were viral. When the distribution of the agents according to gender was analyzed, only H. influenzae was significantly more common in males than females. Detection of the causative agents of respiratory tract infections by rapid molecular tests will enable the immediate organization of antimicrobial treatment and contribute to the prevention of unnecessary antibiotic use. It will also ensure that the necessary isolation measures are taken without delay to prevent the spread of infection.





Keywords: Agent, bacteria, multiplex PCR, upper respiratory tract infectious,virus.