Pozitif sinyal veren kan kültürü şişelerinden, antimikrobiyal duyarlılık testi sonuçlarının EUCAST RAST disk difüzyon yöntemi ile saptanması ve bu yöntemin standart diğer yöntemlerle karşılaştırılması
Detection of antimicrobial susceptibility test results from positive signal blood culture bottles by EUCAST RAST disk diffusion method and comparison of this method with other standard methods
Yazar: MUHAMMET RIDVAN TAYŞİ
Danışman: DOÇ. DR. GÖNÜL ÇİÇEK ŞENTÜRK
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Ankara Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim Ve Araştırma Hastanesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Dizin: Kan kültürü = Blood culture ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis teknikleri ve prosedürleri = Diagnostic techniques and procedures ; Şişe = Bottle

Özet:
Amaç: Dünyada kan dolaşımı infeksiyonlarında bakteriyel patojenlerin antibiyotik direncinin giderek artması nedeniyle uygun antibakteriyel tedavinin seçimi giderek zorlaşmaktadır. Bu nedenle, başlanan ampirik tedavinin doğruluğunun en kısa sürede analiz edilmesi ve tedavi revizyonu için hızlı bakteriyel tanımlama ve antimikrobiyal duyarlılık testleri (ADT) çok önemlidir. Bu çalışmada pozitif sinyal sonrası, doğrudan kan kültürü şişelerinden EUCAST RAST (hızlı antimikrobiyal duyarlılık testi) yönteminin hastanemizde uygulanabilirliği ve standart disk difüzyon yöntemine kıyasla bu yöntemin yeteneğinin test edilmesi planlanmıştır. Ayrıca EUCAST RAST 2020 yönergesinde bulunmayan bazı organizma-ajan kombinasyonları için inkübasyonun 4. 6. ve 8. saatlerinde ölçüm yapılarak literatüre katkı sağlanması amaçlanmıştır.
Yöntem: 30 Kasım 2020 ile 1 Haziran 2021 tarihleri arasında kan kültürü örneklerine RAST prosedürü uygulandı. İnkübasyonun 4. 6. ve 8. saatlerinde Gram boyama ve basit tanımlayıcı testler (BTT) ile öngörülen bakteri türlerine göre elde edilen kategorik sonuçlar, standart EUCAST 16-20 saatlik disk difüzyon sonuçlarıyla karşılaştırıldı ve bu yöntemin kategorik hata oranları belirlendi. Son bakteri tanımlamaları yapıldıktan sonra da yöntemin gerçek kategorik sonuçları belirlendi. Aynı zamanda EUCAST 2020 RAST yönergesinde bulunmayan bazı organizma-ajan kombinasyonları için inkübasyonun 4. 6. ve 8. saatlerinde zon çapı ölçümleri yapıldı.
Bulgular: Yöntemin gerçek kategorik sonuçlarını saptamak için toplam 111 izolat ve 22 antibiyotik değerlendirilerek, 4. saat için 982, 6. ve 8. saat için 998 antibiyotik-bakteri kombinasyonunun kategorik hata oranları araştırıldı. Okunabilen (%88,4, %98,8, %99,9) ve yorumlanabilen (%87,7, %91,2, %92,)  zon çapı oranları inkübasyon süresiyle (4. 6. ve 8. saat) artmıştı. Çok büyük hata (ÇBH) oranları inkübasyonun 4. 6. ve 8. saatlerinde sırasıyla % 0,7, %1,3, %1,2, büyük hata (BH) oranları %0,9, %0,9, %1 olmak üzere kabul edilebilir düzeydeydi. Yöntem Gram boyama ve BTT'ler ile öngörülen bakteri türlerine göre uygulandığında Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Streptococcus pneumoniae, Acinetobacter spp, Pseudomonas spp. izolatları için gerçek kategorik sonuçlarla aynı sonuçlar elde edilmiştir. Enterobacterales takımı için 80 izolat, 11 antibiyotik değerlendirilerek toplam 880 bakteri-antibiyotik kombinasyonu, E.coli ve K.pneumoniae'nin EUCAST RAST zon sınır değerlerine göre oluşturulan tablolarla test edildi. Buna göre ÇBH oranları 4. 6. ve 8. saatlerinde sırasıyla % 0,6, %1,4, %1,3, BH oranları %1,1, %0,8, %0,9  olmak üzere kabul edilebilir düzeydeydi. Koagülaz negatif stafilokoklar için S. aureus'un EUCAST RAST zon sınır değerleri kullanıldı. Buna göre ÇBH oranları inkübasyonun 4. 6. ve 8. saatlerinde sırasıyla % 0, %1,7, %1,2, BH oranları %0, %1,7, %0 saptandı.
Sonuç: EUCAST RAST yöntemi ucuz, kolay ve güvenilir olması nedeniyle birçok laboratuvarda rahatlıkla kullanılabilir. Ancak izolatların erken tanımlanması için pahalı otomatize sistemlerin gerekmesi, yöntemi çoğu laboratuvar için zorlaştırmaktadır. Çalışmamızda Gram boyama ve BTT'ler vasıtasıyla EUCAST RAST yönteminin güvenle uygulanabileceği gösterilmiştir. 
Anahtar Kelimeler: 	RAST, EUCAST, Kan kültürü, Basit tanımlama yöntemleri

Abstract:
Aim: Due to the increasing antibiotic resistance of bacterial pathogens in bloodstream infections around the world, the selection of appropriate antibacterial therapy is becoming increasingly difficult. Therefore, rapid bacterial identification and antimicrobial susceptibility tests (AST) are very important to analyze the accuracy of the empirical treatment as soon as possible and for treatment revision. In this study, it is planned to test the feasibility of the EUCAST RAST (rapid antimicrobial susceptibility test) method directly from blood culture bottles in our hospital after a positive signal and the ability of this method compared to the standard disc diffusion method. In addition, it is aimed to contribute to the literature by measuring at the 4th, 6th and 8th hours of incubation for some organism-agent combinations that are not included in the EUCAST RAST 2020 directive.
Method: Between 30 November 2020 and 1 June 2021, RAST was performed to blood culture samples. The categorical results obtained according to the bacterial species predicted by Gram stain and simple descriptive tests (SDTs) at the 4th, 6th and 8th hours of the incubation were compared with the standard EUCAST 16-20 hour disk diffusion results, and the categorical error rates of this method were determined. At the same time, zone diameter measurements were made at the 4th, 6th and 8th hours of incubation for some organism-agent combinations that are not included in the EUCAST 2020 RAST directive.
Results:In order to determine the true categorical results of the method, a total of 111 isolates and 22 antibiotics were evaluated, and the categorical error rates of  982 antibiotic-bacteria combinations at the 4th hour and 998 antibiotic-bacteria combinations at the 6th and 8th hours were investigated. The number of readable (88.4%, 98.8%, 99.9%) and interpretable (87.7%, 91.2%, 92%) zone diameters increased with incubation time (4th, 6th and 8th hours). Very major error (VME) rates were at acceptable levels at the 4th, 6th and 8th hours of incubation, 0.7%, 1.3%, 1.2%, and majör error (ME) rates of 0.9%, 0.9%, and 1%, respectively. When the method was applied according to the bacterial species predicted by Gram stain and SDTs, the same results were obtained with the true categorical results for Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Streptococcus pneumoniae, Acinetobacter spp, Pseudomonas spp. isolates. For Enterobacterales, evaluating 80 isolates and 11 antibiotics, a total of 880 bacteria-antibiotic combinations were tested with tables created according to EUCAST RAST breakpoints of E.coli and K.pneumoniae. According to this method, VMErates were at acceptable levels at the 4th, 6th and 8th hours of incubation, 0.6%, 1.4%, 1.3%, and ME rates of 1.1%, 0.8%, 0.9%, respectively. EUCAST RAST breakpoints of S. aureus were used for coagulase negative staphylococci. According to this, VME rates were 0%, 1.7%, 1.2%, and ME rates were 0%, 1.7% and 0% at the 4th, 6th and 8th hours of incubation, respectively.
Conclusion: EUCAST RAST method can be used easily in many laboratories because it is cheap, easy and reliable. However, the need for expensive automated systems for early identification of isolates makes the method difficult for most laboratories. In our study, it has been shown that the EUCAST RAST method can be applied safely by Gram staining and SDTs.
Keywords: RAST, EUCAST, Blood culture, Simple descriptive tests