Koronavirus replikasyonunda kaspaz 8'i hedefleyen mir-4778-5p ve mir-371b-5p'nin ifade seviyelerinin araştırılması
Investigation of expression levels of mir-371b-5p and mir-4778-5p targeting caspase-8 in coronavirus replication
Yazar: AKHEENK MUSTAFA HASAN ZEWKİ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA ULAŞLI
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Apoptozis = Apoptosis ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Kaspazlar = Caspases ; Korona virüsler = Coronaviridae ; Mikro RNA = Micro RNA ; RNA virüsleri = RNA viruses

Özet:
Giriş ve Amaç: Koronavirüsler insanlarda ve çeşitli hayvanlarda önemli enfeksiyonlara neden olan pozitif zincirli RNA virüsleridir. Koronavirüslerin hücre kültürü ortamında replikasyon ve transkripsiyon mekanizmalarının ayrıntılı olarak anlaşılabilmesi icin fare hepatit virüs (MHV) model sistem olarak kullanılmaktadır. Yapılan çalışmalar Koronavirüs enfeksiyonlarının çeşitli hücre hatlarında programlı hücre ölümünü ciddi oranda artırdığını göstermektedir. MikroRNA'lar protein çevrimini baskılayan yada hedef mRNA'yı yıkarak gen ifadesini düzenleyen küçük kodlanmayan RNA'lardır. miRNA'lar hücre çoğalması, hücresel farklılaşma ve programlı hücre ölümünü de içeren birçok hücresel süreçte önemli roller vardır. Bu tez çalışmasında programlı hücre ölümünü başlatıcı bir protein olan kaspaz 8 ve kaspaz-8'i hedefleyen hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in koronavirüs enfeksiyonu sonrasında ifade seviyeleri araştırılmıştır. Gereç ve yöntem:  HeLa-CEACAM1ahücreleri fare hepatit virüsü MHV-A59 ile enfekte edilmiştir. Koronavirüs ile enfekte edilen HeLa-CEACAM1ahücreleri 3, 6, 12 ve 24 saat inkübasyona bırakılmıştır. HeLa-CEACAM1ahücrelerinden total RNA elde edilerek hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in ifade seviyeleri BioMark HD Real-Time PCR system kullanılarak tespit edilmiştir. Ayrıca kaspaz-8'in gen ifade seviyesi de RT-PCR yöntemi ile çalışılmıştır. Sonuçlar: Koronavirüs enfeksiyonu sonrasında kaspaz-8 mRNA ifade seviyesi anlamlı şekilde arttığı tespit edilmiştir. Kaspaz-8'i hedefleyen miRNA olan hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in de koronavirüs enfeksiyonu sonrasında arttığı belirlenmiştir. Tartışma: Koronavirüs enfeksiyonu ile programlı hücre ölümünün tetiklenmesi sonucu kaspaz-8'in anlamlı şekilde arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca elde edilen sonuçlar hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in kaspaz-8'i düzenleyebileceğini göstermektedir.

Abstract:
Giriş ve Amaç: Koronavirüsler insanlarda ve çeşitli hayvanlarda önemli enfeksiyonlara neden olan pozitif zincirli RNA virüsleridir. Koronavirüslerin hücre kültürü ortamında replikasyon ve transkripsiyon mekanizmalarının ayrıntılı olarak anlaşılabilmesi icin fare hepatit virüs (MHV) model sistem olarak kullanılmaktadır. Yapılan çalışmalar Koronavirüs enfeksiyonlarının çeşitli hücre hatlarında programlı hücre ölümünü ciddi oranda artırdığını göstermektedir. MikroRNA'lar protein çevrimini baskılayan yada hedef mRNA'yı yıkarak gen ifadesini düzenleyen küçük kodlanmayan RNA'lardır. miRNA'lar hücre çoğalması, hücresel farklılaşma ve programlı hücre ölümünü de içeren birçok hücresel süreçte önemli roller vardır. Bu tez çalışmasında programlı hücre ölümünü başlatıcı bir protein olan kaspaz 8 ve kaspaz-8'i hedefleyen hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in koronavirüs enfeksiyonu sonrasında ifade seviyeleri araştırılmıştır. Gereç ve yöntem:  HeLa-CEACAM1ahücreleri fare hepatit virüsü MHV-A59 ile enfekte edilmiştir. Koronavirüs ile enfekte edilen HeLa-CEACAM1ahücreleri 3, 6, 12 ve 24 saat inkübasyona bırakılmıştır. HeLa-CEACAM1ahücrelerinden total RNA elde edilerek hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in ifade seviyeleri BioMark HD Real-Time PCR system kullanılarak tespit edilmiştir. Ayrıca kaspaz-8'in gen ifade seviyesi de RT-PCR yöntemi ile çalışılmıştır. Sonuçlar: Koronavirüs enfeksiyonu sonrasında kaspaz-8 mRNA ifade seviyesi anlamlı şekilde arttığı tespit edilmiştir. Kaspaz-8'i hedefleyen miRNA olan hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in de koronavirüs enfeksiyonu sonrasında arttığı belirlenmiştir. Tartışma: Koronavirüs enfeksiyonu ile programlı hücre ölümünün tetiklenmesi sonucu kaspaz-8'in anlamlı şekilde arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca elde edilen sonuçlar hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in kaspaz-8'i düzenleyebileceğini göstermektedir.