Kolon poliplerinde ve kolon adenokanserlerinde uzun kodlamayan RNA'ların ekspresyon düzeylerinin karşılaştırılması
Comparison of expression levels of long non-coding RNAs in colon polyps and colon adenocarcinomas
Yazar: SAMET EBİNÇ
Danışman: DOÇ. DR. ESRA GÜZEL TANOĞLU
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik  Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, kolorektal kanser (KRK) ile ilişkili olarak karsinom (CA), adenomatöz polip (A) ve hiperplastik poliplerinde (HP) uzun kodlamayan RNA'lardan (lncRNA) CCAT1, CCAT2, HOTAIR, HOTTIP, GAS5, LNCp21, H19 ve MALAT1'in ekspresyon seviyelerinin gruplar arasında karşılaştırılması ve anlamlı değişime uğrayan lncRNA'ların biyokimyasal değerler ile olan ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. 

Gereç ve Yöntem: Çalışmada, hiperplastik polip, adenomatöz polip ve adenokarsinom dokularında lncRNA ekspresyon seviyeleri analiz edilmiştir. Hastaların tam kan değerleri, C-reaktif protein (CRP), WBC, nötrofil, lenfosit, hemoglobin (HGB), platelet (PLT), MPV, CA 19-9, CEA ve yaş-cinsiyet verileri ile lncRNA ekspresyon seviyeleri arasındaki korelasyonlar incelenmiştir.

Bulgular: HOTTIP, MALAT1, LNCP21, HOTAIR ve H19'un ekspresyon seviyelerinin karsinom dokularında anlamlı derecede yüksek olduğu bulunmuştur. Bu lncRNA'ların yüksek ekspresyon seviyeleri, yüksek CRP ve CA 19-9 seviyeleri gibi inflamatuvar biyomarkırlar ile pozitif korelasyon göstermiştir. GAS5'in ise karsinom dokularında düşük ekspresyona sahip olduğu ve düşük HGB seviyeleri ile negatif korelasyon gösterdiği tespit edilmiştir. CCAT1 ve CCAT2, yüksek platelet ve MPV seviyeleri ile pozitif korelasyon göstermiştir.

Sonuç: Çalışmamız, lncRNA'ların KRK'nin erken teşhisinde ve prognozunda aday biyobelirteç olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Özellikle HOTTIP, MALAT1, LNCP21, HOTAIR ve H19'un yüksek ekspresyon seviyeleri, bu lncRNA'ların KRK'nin tanı ve tedavisinde önemli rol oynayabileceğini ortaya koymaktadır. Biyokimya kan değerleri ile olan anlamlı korelasyonlar, lncRNA'ların klinik uygulamalarda kullanılabilirliğini desteklemektedir. Bu lncRNA'ların klinik uygulamalarda kullanılması, KRK'nin erken teşhisi ve tedavi stratejilerinin geliştirilmesi için kritik öneme sahiptir.

Anahtar Kelimeler: Adenomatöz polip, biyobelirteç, hiperplastik polip, kolon kanseri, uzun kodlamayan RNA

Abstract:
Aim: In this study, it was aimed to investigate the expression levels of long non-coding RNAs CCAT1, CCAT2, HOTAIR, HOTTIP, GAS5, LNCp21, H19 and MALAT1 in colorectal cancer, adenomatous polyp and hyperplastic polyp colon tissues and the correlation of significantly changed lncRNAs with biochemical values. 

Materials and Methods: In this study, the expression levels of lncRNAs were analyzed in tissues from hyperplastic polyps, adenomatous polyps, and adenocarcinomas. Correlations between lncRNA expression levels and patients' complete blood counts (C-reactive protein (CRP), WBC, neutrophil, lymphocyte, hemoglobin (HGB), platelet, MPV, CA 19-9, CEA) as well as age and gender data were examined.

Results: It was found that the expression levels of HOTTIP, MALAT1, LNCP21, HOTAIR, and H19 were significantly higher in carcinoma tissues compared to adenoma and hyperplasia tissues. These high expression levels of lncRNAs showed a positive correlation with inflammatory markers such as high CRP and CA 19-9 levels. GAS5 was found to have low expression in carcinoma tissues and showed a negative correlation with low HGB levels. CCAT1 and CCAT2 showed a positive correlation with high platelet and MPV levels.

Conclusion: This study shows that lncRNAs can serve as biomarkers for early cancer diagnosis and prognosis. The high expression levels of HOTTIP, MALAT1, LNCP21, HOTAIR, and H19, in particular, suggest that these lncRNAs may be important in the identification and management of colorectal cancer. The potential clinical utility of lncRNAs is supported by the substantial correlations observed with biochemical blood parameters. Subsequent studies ought to investigate more into the distinct roles of long noncoding RNAs and their connections to biochemical blood values. These lncRNAs' clinical applicability is crucial for the early detection of colorectal cancer (CRC) and the development of personalized treatment strategies.

Key Words: Adenomatous polyp, biomarker, colon cancer, hyperplastic polyp, long non-coding RNA