Şerbetçi otu ve turunçgil bitkilerinde bulunan viroidlerin araştırılması, biyolojik, moleküler karakterizasyonu ve bu bitki gruplarında viroid gen bankası oluşturulması
Study of viroids in hop plants and citrus plants, biological and molecular characterization of these viroids and formation of a gene bank
Yazar: PAKİZE GÖK GÜLER
Danışman: PROF. DR. NÜKET ÖNELGE
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Gen bankası = Gene bank ; Moleküler karakterizasyon = Molecular Characterisation ; Turunçgiller = Citrus fruits ; Viroidler = Viroids ; Şerbetçiotu = Hops

Özet:
Bu çalışma; 2016-2018 yılları arasında Adana, Hatay, Mersin ve Osmaniye illerinde Turunçgil üretimi yapılan alanlarda ve Bilecik ili Pazaryeri ilçesi Şerbetçi otu üretimi yapılan alanlarda viroid hastalık etmenlerinin varlığını tespit etmek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Güdümlü survey çalışmaları ile toplanan örneklerde moleküler karakterizasyon çalışmaları yürütülmüştür. Çalışma kapsamında, turunçgil örneklerinin Citrus exocortis viroid (CEVd), Citrus bent leaf viroid (CBLVd), Hop stunt viroid (CVd II) (CCaVd: Cachexia ve HSVd: Non-Cachexia), Citrus dwarfing viroid (CDVd; CVd III), Citrus bark cracking viroid (CBCVd: CVd-IV), Citrus viroid V (CVd-V), Citrus viroid VI (CVd-VI) viroidleri ile ve Şerbetçi otu örneklerinin Hop latent viroid (HLVd) ve Hop stunt viroid (HSVd) viroidleri ile enfekteli olduğu her etmene ait spesifik primerler ile RT-PCR yöntemleri ile tanılanmiştir. Turunçgil viroidleri açısından incelenen örneklerin Adana'da %70, Mersin'de %78, Hatay'da %77,5 ve Osmaniye'de %80 oranında kontamine olduğu RT-PCR analizi ile belirlenmiştir. Şerbetçi otu bitkilerinde Bilecik'in Pazaryeri ilçesinden toplanan 214 örneğin %66'sı HLVd, %23,8'i HSVd ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Moleküler olarak tanımlanmış ve nükleotid dizilimleri belirlenen izolatlar, NCBI kayıtlı izolatlarla %96-99 benzerlik göstermiştir. Bu çalışmada tanımlanan dizilimler, NCBI gen bankasına kaydedilmiştir. Bu çalışmada belirlenen HLVd ülkemiz için ilk kayıt olarak bildirilmiştir.

Abstract:
This study was carried out to determine the latest status of citrus viroid agents in citrus growing areas of Adana, Hatay, Mersin, Osmaniye between 2016-2019 and to investigate for the first time viroid disease agents in hops production areas in Pazaryeri districts of Bilecik province. In the other part of the study, identification and molecular characterization of the obtained isolates were performed. Within the scope of the study, all viroid pathogens found in citrus and hop plants were investigated with agent-specific primers. Respectively, were determined in the isolates examined by RT-PCR method. Citrus exocortis viroid (CEVd), Citrus bent leaf viroid (CBLVd), Hop stunt viroid (CVd II), CCaVd: Cachexia and HSVd: Non-Cachexia, Citrus dwarfing viroid (CDVd; CVd III), Citrus bark cracking viroid (CBCVd), Citrus viroid V (CVd-V), Citrus viroid VI (CVd-VI),  Hop latent viroid (HLVd) and Hop stunt viroid (HSVd) were found on examined isolates. It was determined by RT-PCR analysis that the samples examined in terms of citrus viroids were 70% contaminated in Adana, 78% in Mersin, 77.5% in Hatay, and 80% in Osmaniye. In hop plants, 66% of 214 samples collected from Pazaryeri district of Bilecik were infected with HLVd and 23.8% with HSVd. Molecularly identified and sequenced isolates showed 96-99% similarity with the NCBI registered isolates. Sequences identified in this study were registered in the NCBI gene bank. HLVd was reported as the first record for our country.