Türkiye kaynaklı Salmonella izolatlarının antibiyotik direnç özelliklerinin genomik analizi
Genomic analysis of antibiotic resistance properties of Salmonella isolates originated from Turkey
Yazar: MİNE GÜNEŞ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Çalışmamızda Türkiye'den izole edilen ve White-Kauffmann-Le Minor antijenik şemasına göre S. enterica serovar Typhimurium 4,[5],12:i:1,2 sınıfına dahil edilen iki izolat ve aynı sınıfa dahil olan bir S. Typhimurium suşu, Salmonella spp. suşunda, disk difüzyon ve mikrodilüsyon yöntemleri kullanılarak antibiyotik dirençlilik düzeyleri belirlenmiştir. Yapılan çalışma sonucunda tüm suşlar için sulfametaksazol direnci (R>1024), yalnızca bir S. Typhimurium suşu için spektinomisin (R=512 µg/ml), streptomisin (R=128 µg/ml), sulfanilamid (R=512 µg/ml) ve sulfadiazin (R=512 µg/ml) dirençleri saptanmıştır. Antibiyotik dirençliliğin genetik bağının araştırılması amacıyla sınıf I integron analizleri, PZR yöntemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Sınıf 1 integron varlığı tespit edilen suşlar arasında bant büyüklükleri açısından karşılaştırma yapılmış ve sonuçlar dizi analizi ile de desteklenmiştir. S. Typhimurium spesifik olan IS200 elementinin belirlenmesi amacıyla fljA-fljB intergenik bölgelerinde PZR yöntemi kullanılarak analiz yapılmış ve bu analiz sonucunda IS200 elementi taşıyan S. Typhimurium suşlarında 1000 bç büyüklüğünde bir bölge, Salmonella spp. suşunda ise 250 bç büyüklüğünde bir bölge tespit edilmiştir. Dizi analizi sonucunda bu bölgelerin istenilen bölge ile eşleştiği görülmüştür. Ayrıca; evrimsel süreçte kazanılan patojenite adalarının varlığı baz alınarak S. Typhimurium suşlarında; tRNA bölgelerine özgü primerler ile tRNA thrW bölgesi PZR yöntemi kullanılarak taranmış ve bu tarama sonucunda S. Typhimurium suşlarında thrW bölgesinin uç kısmında 18 kb büyüklüğünde bir genomik adayla eşleşen bir bölge tespit edilmiştir.

Abstract:
In our studies, antibiotic resistance patterns of three Salmonella isolates originated from Turkey classified as S. enterica serotype Typhimurium 4,[5],12:i:1,2 according to White Kauffmann-Le Minor antigenic formula two isolates and a S. Typhimurium strain in the same class, a Salmonella spp. strain were analyzed with disc diffusion and dilution methods. We have determined resistance for sulfamethoxazol in all strains (R>1024 µg/mL), while spectinomycin (R=512 µg/mL), streptomycin (R=128 µg/mL), sulfanilamid (R=512 µg/mL) and sulfadiazine (R=512 µg/mL) resistances determined in only one S. Typhimurium strain. These Class I integron analysis were used to investigate the genetic basis of antibiotic resistance by using polymerase chain reaction (PCR) method. Sizes of amplicons were compared between strains which were determined to have class I integron and these results were verified with sequence analysis. The fljA-fljB intergenic region was analyzed to determine S. Typhimurium specific IS200 element with PCR. This analysis revealed a 1000 bp amplicon in S. Typhimurium strains which carried IS200 element and a 250 bp amplicon was detected in Salmonella spp. strain. Sequence analysis confirmed that these regions matched to the estimated regions. Moreover, anticipated pathogenesis islands that occurred during evolution of S. Typhimurium strains were analyzed with PCR using primers specific to the tRNA and tRNA thrW regions. Results revealed a region matching to a 18 kb island at the edge of the thrW region of S. Typhimurium strains.