β-giardin ve glutamate dehydrogenase geni kullanılarak giardia intestinalis'in genotiplendirilmesi ve filogenetik analizi
Genotyping of giardia intestinalis using β-giardin and glutamate dehydrogenase gene: A phylogenetic analysis
Yazar: HÜLYA KUTLU
Danışman: PROF. DR. SALİH KUK
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Parazitoloji = Parasitology
Dizin: DNA analizi = DNA analysis ; Genotip = Genotype ; Giardiasis = Giardiasis ; Glütamat dehidrogenaz = Glutamate dehydrogenase ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Giardiosis; çocuklarda, malabsorbsiyon ve malnütrisyona bağlı olarak akut ve kronik ishal, zihinsel-bedensel gelişme geriliği, karın ağrısı, alerji; yetişkinlerde ise yine akut/kronik ishaller gibi çeşitli klinik tablolarla ortaya çıkarken bazı bireylerde ise asemptomatik enfeksiyonlara neden olmaktadır. Klinik belirtilerin değişkenlik göstermesinde Giardia intestinalis farklı genotiplerinin sorumlu olabileceği düşünülmektedir. Moleküler biyolojik ve izoenzim çalışmaları ile G. intestinalis genotipleri belirlenebilmektedir. G. intestinalis'in genotiplendirilmesini ve filogenetik analizini yapmak amacıyla; proje kapsamında G. intestinalis'in gdh genine ait 432 kb uzunluğundaki bölge ve β-giardin genine ait 753 bp uzunluğundaki bölgeler PCR yapılarak amplifiye edilmiştir. gdh genine ait PCR ürünü Rsa I ve Nla IV enzimi ile kesilmiş ve bant profilleri elde edilmiştir. β- giardin geninin uzun parçasına ait PCR ürünü HaeIII, kısa  parçasına ait PCR ürünü ise Hha I enzimi ile kesilmiş ve bant profili elde edilmiştir. Buna göre gdh geni bakımından 24 izolat BIII ve BIV alt gruplarına benzer profil verirken, β-giardin geni bakımından kesim enzimlerine göre 20 izolat A grubuna benzer profil vermiştir. Ayrıca, laboratuarımıza gelen izolatlara ait PCR ürününden gdh ve β-giardin genlerinin dizi bilgisini elde etmek için DNA dizi analizi yapılmıştır. Filogenetik analiz sonucunda ise; incelenen tüm örneklerin, A genotipine dahil oldukları tespit edilmiştir. Sonuç olarak; gdh ve β-giardin genlerini hedef alan çalışmamızda bu genlerin filogenetik açıdan Giardia genotiplerini belirlemede yeterli ve güvenilir olduğu sonucuna varılmıştır.

Abstract:
Giardiosis; In children, malabsorption and malnutrition due to acute and chronic diarrhea, mental-physical growth retardation, abdominal pain, allergies; In adults still acute / chronic diarrhea elicited various clinical manifestations in some individuals with asymptomatic infection causes. We thought that display the variety of clinical symptoms of Giardia intestinalis due to the fact that different genotypes. G. intestinalis genotypes could detect with molecular biology and isoenzyme study. In order to be genotyped and phylogenetic analysis of G. intestinalis; within the project, 753 bp in length regions of β-giardin gene and 432 bp in length regions of gdh genes belonging to G. intestinalis were amplified by PCR. PCR product of gdh, long and small phragment of β-giardin genes were cut with Rsa I, HaeIII, HhaI enzymes, respectively. Then band profiles were obtained. Accordingly, in terms of gdh gene in 24 isolates have similar profiles with subgroups B III and B IV while, in terms of β-giardin gene in 20 isolates have a similar profile with group A according to the enzyme digestions. In addition to, DNA sequence analysis was done for because of learning knowledge of gdh and β-giardin genes diversity. As a result of phylogenetic analysis; of the total samples, were found to be included in the genotype A. As a result; in our study which is targeted gdh and β-giardin genes, these genes were concluded that are sufficient and reliable in determining Giardia genotypes phylogenetically.