Bakteriofaj T4 lizozim geninin (Gen e) plazmid vektörler ile klonlanması
Cloning of bacteriophage T4 lysozyme gene (Gene e)with plasmid vectors
Yazar: ALİ İRFAN GÜZEL
Danışman: PROF. DR. HALİL KASAP ; DOÇ. DR. NUMAN ÖZCAN
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2000
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli ; Genetik vektörler = Genetic vectors ; Klon hücreleri = Clone cells ; Klonlama = Cloning ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
ÖZET Bakteriofaj T4 Lizozim Geninin (Gen e) Plazmid Vektörler ile Klonlanması Lizozim (EC 3.2.1.17), prokaryotik hücre duvarlarının peptidoglikan heteropolimerlerinde bulunan N-asetil glukozamin (NAG) ve N-asetil muramik asit (NAM) arasındaki p-1,4 glikosidik bağlarının hidrolize olmasını katalizleyen bir enzimdir. Bu çalışmada, bakteriofaj T4 lizozim geninin (gen e) pUC18 ve pRS416 vektörlerini kullanarak Escherichia colFde klonlanması amaçlanmıştır. Gen e'nin T4 genomundan PCR ile amplifikasyonu için Bam HI tanıma dizisine sahip primerler dizayn edildi. Vektörlerin ve PCR ürününün Bam HI endonükleaz ile kesiminden sonra ligasyon reaksiyonu ile iki rekombinant plazmid oluşturuldu ve pUC18L ve pRS416L olarak isimlendirildi. Bu plazmidleri taşıyan rekombinant E. coli hücrelerinin gen e'yi eksprese ettiği ve lizozim E olarak adlandırılan aktif T4 lizozimini besi ortamına salgıladığı tespit edildi. Aynı zamanda lizozim E'yi üreten E. coli klonlarının L ve LB besi ortamlarında lize olmaksızın ürediği gözlendi. Fakat, kültüre alınan rekombinant bakteri hücrelerinin, non-iyonik su veya 10 mM'lık Tris pH 8.0 gibi osmatik dengeleyicilerin olmadığı hipotonik bir ortama alındıklarında ozmatik basınca dayanamayarak kolayca patladığı görüldü. Rekombinant E. co/fnin hücre duvarının, üretilen lizozim E'nin etkisi ile zayıflatılmış olabileceği fakat besi ortamındaki tuz konsantrasyonuyla oluşturulan ozmatik basıncın ise duvarı zarar görmüş hücreleri lize olmaktan korumuş olabileceği düşünülmektedir. Bu sonuçlar, gen e'yi taşıyan her hangi bir E. coli plazmid vektörü ile EDTA, lizozim ve SDS gibi hücre duvarı ve hücre zarını parçalayıcı ajanlar kullanmaksızın plazmid veya kromozomal DNA izolasyonunun kolaylaştırabileceğini göstermektedir. pRS416L bu amaca yönelik olarak geliştirilmiş bir prototip mekik vektördür. Anahtar Sözcükler: E. coli, T4 Lizozim geni, Klonlama, PCR, Plazmid vektörler IX

Abstract:
ABSTRACT Cloning of Bacteriophage T4 Lysozyme Gene (Gene e) With Plasmid Vectors Lysozyme (EC 3.2.1.17) is an enzyme that catalyzes the hydrolysis of glycosidic bonds between N-acetyl glucosamine (NAG) and N-acetyl muramic acid (NAM) which are present in peptidoglycan heteropolymers of prokaryotic cell wall. In this study, it is aimed at the cloning of bacteriophage T4 lysozyme gene [gene e) in Escherichia coii using the pUC18 and pRS416 vectors. The primers with Bam HI recognition sites were designed for the PCR amplification of the gene e from T4 genome. After digesting the vectors and PCR product with Bam HI endonuclease, two recombinant plasmids were constructed by ligation reaction and called pUC18L and pRS416L. It is determined that, recombinant E. coli cells harboring these plasmids were expressed the gene e and secreted the active T4 lysozyme called lysozyme E in the culture medium. At the same time it was observed that, E. coli clones producing lysozyme E were grown in L and LB medium without lysis. But it is seen that cultured recombinant cells did not withstand against osmotic pressure and burst out easily in the hypotonic environment which does not contain osmotic stabilizers such as non-ionic water or 10 mM Tris-HCI pH 8.0. It is suggested that the cell wall of the E. coli may be weakened by the action of the lysozyme E, but the osmotic pressure created by the NaCI concentration in the medium may protect the damaged cells from lysis. These results show that the isolation of plasmid or chromosomal DNA may be facilitated with any E. coli plasmid vectors bearing gene e even in the absence of cell wall and cell membrane disruptive agents such as EDTA, lysozyme and SDS. For this purpose, pRS416L is constructed as a prototype shuttle vector. Key Words: Cloning, E. coii, PCR, Plasmid vectors, T4 Lysozyme gene