Karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında sınıf D beta laktamaz varlığının genotipik yöntemle araştırılması
Investigation of class-D beta-lactamases in carbapenem resistance acinetobacter baumannii isolates by genotypic method
Yazar: İCLAL AĞAN
Danışman: PROF. DR. ÜLKÜ ALTOPARLAK
Atatürk Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Genotip = Genotype ; Karbapenemler = Carbapenems ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Acinetobacter baumannii tüm dünyada hastane kaynaklı enfeksiyonların en önemli etkenleri arasında yer almaktadır. Özellikle son yıllarda çoklu ilaç direncine sahip gram negatif bakterilerin tedavisinde son çare olarak kullanılan karbapenemlere giderek artan direnç, Acinetobacter baumannii'ye bağlı enfeksiyonların tedavisini de oldukça zorlaştırmıştır. Bu tür enfeksiyonlarda altta yatan genetik direnç mekanizmalarının tespiti, özellikle yoğun bakım ünitesinde nozokomiyal enfeksiyonların kontrolü ve önlenmesi için uygun önlemlerin alınmasına yardımcı olabilir. Çalışmamızın amacı, A. baumannii karbapenem direncinden sorumlu OXA tipi karbapenemazları tespit edip hem hastanemiz hem de ilimiz için epidemiyolojik veri oluşturmak ve enfeksiyon kontrol önlemlerinin planlanmasına katkı sağlamaktır.
Yöntem: Ocak 2018- Eylül 2018 tarihleri arasında Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde çeşitli kliniklerde yatarak tedavi gören hastalardan izole edilen 78 A. baumannii izolatı konvansiyonel metodlar ve otomatize sistemle [BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD) ve Vitek-2 (bioMerieux, ABD)] tanımlandı. İzolatların antimikrobiyal duyarlılıkları otomatize sistem, Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ve Broth mikrodilüsyon yöntemiyle çalışıldı. Her üç yöntemde de karbapeneme dirençli bulunan izolatlarda DNA ekstaksiyonu sonrası konvansiyonel PCR ile blaOXA-23-like, blaOXA-24/40-like, blaOXA51-like, blaOXA-58-like ve blaOXA-143-like gen bölgeleri araştırıldı. Pozitif bulunan gen bölgeleri çift yön sekanslama ile doğrulandı.
Bulgular: Çalışmaya dâhil edilen izolatların tamamı siprofloksasin, imipenem ve meropeneme dirençli bulunmuştur. İn-vitro en etkin antibiyotik kolistin ikinci sırada ise trimetoprim-sulfametoksazol olarak tespit edilmiştir. İzolatların %98.7'sinde (77) blaOXA-23-like ve %98.7'sinde (77) blaOXA-51-like gen bölgeleri pozitif bulunmuştur. İzolatların %97.4'ünde (76) hem blaOXA-23-like hem de blaOXA-51-like pozitif tespit edilmiştir.
Test edilen izolatların hiçbirinde blaOXA-24/40-like, blaOXA-58-like blaOXA-143-like gen bölgeleri tespit edilememiştir.
Sonuç: Karbapenem direncine neden olan gen bölgesinin aktarılabilir veya yapısal olduğunun tespit edilmesi ilerde olabilecek salgınların önüne geçmek için önemlidir. Bizim hastanemizde A. baumannii izolatlarında sınıf D beta-laktamazlardan plazmidle aktarılabilir bir gen bölgesi olan blaOXA-23-like baskın olarak tespit edilmiştir.


Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, karbapenem direnci, sınıf D
betalaktamaz

Abstract:
Aim: Acinetobacter baumannii is one of the most important agents of hospital-acquired infections worldwide. In recent years, increasing resistance to carbapenems, which have been used as a last resort in the treatment of gram-negative bacteria with multiple drug resistance, has made the treatment of Acinetobacter baumannii infections very difficult. Detection of underlying genetic resistance mechanisms in such infections may help to take appropriate measures to control and prevent nosocomial infections, especially in the intensive care unit. The purpose of that study, determine OXA type carbapenems which is responsible of the Acinetobacter baumannii resistance, also generate epidemiological data for our hospital and our city and to contribute to the planning of infection control measures.
Method: Seventy-eight A. baumannii isolates which were taken from hospitalized patients who are in different clinics of Atatürk University Medical Faculty Hospital, between January 2018-September 2018, were identified by conventional methods and automatize systems [BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD) ve Vitek-2 (bioMerieux, ABD)]. Isolates' antimicrobial sensitivity were investigated by automatize system, Kirby-Bauer disk diffusion and microdilution method. After the extraction of DNA, on the isolates which are resistance to carbapenems in all three methods, blaOXA-23-like, blaOXA-24/40-like, blaOXA51-like, blaOXA-58-like and blaOXA-143-like gene regions were investigated. Gene regions which found out positive were confirmed by duplex sequence. 
Findings: All of the isolates which were included study was resistant to ciprofloxacin, imipenem and meropenem. Study detected that, invitro is the most effective antibiotic colistin, trimethoprim-sulfamethoxazole is second effective one. Isolates' 98.7% (77) blaOXA-23-like and 98.7% (77) blaOXA-51-like gene regions were detected as positive. Isolates 97.4% (76) in terms of both blaOXA-23-likeand blaOXA-51-like were determined positive. Gene regions; blaOXA-24/40-like, blaOXA-58-like blaOXA-143-like could not be detected none of the testified isolates.
Conclusions: It is important to determine whether the gene region that causes carbapenem resistance is transferable or structural, and to prevent future outbreaks. In our hospital, A. baumannii isolates were identified as class D carbapenemase OXA-23 which is a region of transferable gene in plasmid.


Keywords: Acinetobacter baumannii, carbapenem resistance, Class D betalactamase