ADAM19, FAM13A, IREB2 genleri yaygın varyantlarının KOAH yatkınlığı ve şiddeti ile ilişkisi
Relationship between ADAM19, FAM13A, İREB2 genes common variants and COPD susceptibility and severity
Yazar: MERVE YUMRUKUZ ŞENEL
Danışman: PROF. DR. MEHMET ALİKAŞİFOĞLU
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer hastalıkları-obstrüktif = Lung diseases-obstructive ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Genler = Genes ; Hastalık şiddeti indeksi = Severity of illness index

Özet:
Kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), kalıcı hava akımı kısıtlaması ile karakterize, çevresel etkenler ile genetik yatkınlık neticesinde gelişen, heterojen bir hastalıktır. Bu çalışmada KOAH ile güçlü seviyede ilişkilendirilmiş genler olan; IREB2, FAM13A, ADAM19 yaygın polimorfizmleri ile KOAH yatkınlığı ve şiddeti ile ilişkisini incelemeyi amaçladık. İlk olarak GOLD'un KOAH tanımlamasına uygun olarak persistan hava akımı kısıtlaması olan toplam 110 hastanın klinik verileri elde edildi. Periferik kandan elde edilen DNA ve spesifik primerler ile PCR yapıldı ve sonrasında ABI Prism 3500 cihazında Sanger dizileme yöntemi ile ADAM19, FAM13A, IREB2 genleri dizi analizleri tamamlandı. IREB2 rs2568494 GA genotipi ile KOAH hastalık yatkınlığı arasında anlamlı ilişki saptandı. FAM13A rs2869967 TC genotipi olanlarda solunum yetmezliği görülmesi riski 3.758 kat, mMRC  2 olma riski 2.359, daha fazla olduğu görüldü. FAM13A TC olan hastalarda GOLD B+D oranı (%74,4), FAM13A TC olmayanlara göre (%55,2) anlamlı derecede yüksekti. ADAM19 AG varyantı olanlarda istatistiksel anlamlı olarak FEV1 değerinin daha düşük seyrettiği, veriler değerlendirildiğinde IREB2 heterozigot varyantın KOAH hastalığı ile ilişkisi olabileceği görüldü. FAM13A TC varyanta sahip bireylerde KOAH gelişmesi halinde daha semptomatik seyredebileceği görüldü. Benzer şekilde ADAM19 rs1422795 AG genotipi ile hastalığa yatkınlık arasında ilişkisi saptanmadı ancak FEV1 değerlerinin hastalarda daha düşük olduğu tespit edildi. Bu çalışma sonucunda ADAM19, FAM13A, IREB2 genlerinin KOAH patofizyolojisinde yer alabileceği gösterildi. Çalışmamızda gösterilen farklı yolaklardaki ilişkiler, KOAH heterojenitesini yansıtan yeni yolakları belirlemek için çok önemlidir.

Abstract:
Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a heterogenous disease characterized by persistent airwaylimitation caused by both genetic predisposition and environmental factors. In this study, we aimed to investigate relationship between ADAM19, FAM13A, IREB2 genes previously detected common variants and COPD susceptibility and severity. The clinical data of 110 patients having persistent airway limitation according to COPD definition of GOLD were collected. PCR was performed with the DNA extracted from peripheral blood and specific primers. Then, patients were screened for ADAM19, FAM13A, IREB2 genes common variants using Big Dye terminator on an ABI Prism 3500 genetic analyzer. COPD was significantly related with IREB2 rs2568494 GA genotype. In the patients with FAM13A rs2869967 TC genotype, respiratory insufficiency risk was 3.758 fold increase, mMRC  2 risk was 2.359 fold increase. GOLD B+D rate was higher in the patients with FAM13A TC variant (74.4%) compared to the patients without FAM13A TC variant (55.2%). FEV1 measure was observed to be lower statistically in the patients with ADAM19rs1422795AG genotype.IREB2 heterozygote variant may be related with COPD. In case COPD developed in a person with FAM13A TC variant, the disease pattern may be more symptomatic. Similarly, it was detected that ADAM19 heterozygote variant was not related with the disease susceptibility but FEV1 ratio was lower. As a result of this study it was shown that ADAM19, FAM13A, IREB2 genes may be contributor of COPD pathophysiology. Furthermore, associations in different pathways investigated in our study are so important to identify new pathways reflecting COPD heterogeneity.