hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Aspergillus sp. izolat 1352'ye ait sekonder metabolitlerin izolasyonu ve yapı tayinlerinin gerçekleştirilmesi
Isolation and structure elucidation of secondary metabolites from aspergillus sp. isolate 1352
Yazar: BEYZA EFE
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL HAKKI AKGÜN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı / Biyomühendislik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering
Dizin: Antimikrobiyal ajanlar = Antimicrobial agents ; Antimikrobiyal aktivite = Antimicrobial activity ; Aspergillus niger = Aspergillus niger ; Katı-sıvı ayırma = Solid-liquid seperation ; Küf mantarları = Mould fungus ; Metabolitler = Metabolites

Özet:
Bu tezde katı kültür ortamında büyütülen Aspergillus sp. izolat 1352 tarafından 
üretilen bazı sekonder metabolitlerin izolasyonu ve yapı tayinleri 
gerçekleştirilmiştir. 
Tez çalışması kapsamında sekonder metabolitler izole edilirken silika jel 
normal faz kromatografisi, C-18 ters faz kromatografisi ve çöktürme yöntemlerinden 
yararlanılmıştır. İzole edilen sekonder metabolitlerin yapıları nükleer manyetik 
rezonans (NMR) ve likit kromatografi – kütle spektroskopisi (LC-MS) yöntemleri 
kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
Tez çalışması kapsamında toplam beş adet molekül (1352_M_1, 1352_M_2, 
1352_M_3, 1352_M_4 ve 1352_M_5) izole edilmiştir. Yapılan yüksek performanslı 
sıvı kromatografisi (YPSK) ve LC-MS analizleri 1252_M_2 ve 1352_M_3 
moleküllerinin aynı moleküller olduğunu göstermiştir. Gerçekleştirilen yapı tayini 
çalışmalası sonucunda 1352_M_1'in Aurosperone F, 1352_M_2'nin
Rubrofusarin, 1352_M_4'ün Fonsecin, 1352_M_5'in ise Fonsecin B olduğu 
belirlenmiştir.

Abstract:
In this thesis, isolation and structure determination of some secondary 
metabolites produced by Aspergillus sp. isolate 1352 grown in solid culture medium 
were performed.
In the scope of the thesis study, while the secondary metabolites are isolated, 
silica gel normal phase chromatography, C-18 reversed phase chromatography and 
precipitation methods were used. The structures of the isolated secondary 
metabolites were determined using nuclear magnetic resonance (NMR) and liquid 
chromatography – mass spectroscopy (LC-MS) methods.
Within the scope of the thesis study, a total of five molecules (1352_M_1, 
1352_M_2, 1352_M_3, 1352_M_4 and 1352_M_5) were isolated. High 
performance liquid chromatography (HPLC) and LC-MS analyzes showed that 
1252_M_2 and 1352_M_3 molecules are the same molecules. As a result of the 
structure determination study, it was determined that 1352_M_1 was Aurosperone 
F, 1352_M_2 was Rubrofusarin, 1352_M_4 was Fonsecin, and 1352_M_5 was 
Fonsecin B.
Prostat kanseri hücre hatlarında yapısal ve sayısal kromozom anomalilerinin saptanması
Detection of structural and numerical chromosome anomalies in prostate cancer cell lines
Yazar: BÜŞRA CANSU ÖZGEL
Danışman: PROF. DR. KEMAL SAMİ KORKMAZ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering
Dizin: Hücre döngüsü = Cell cycle ; Kromozomlar = Chromosomes ; Prostat neoplazmları = Prostatic neoplasms

Özet:
Bu çalışmada prostat kanseri hücre hatları olan PC-3 pCW57.1 HMHN1 ve LNCaP pCW57.1 HMHN1 hücre hatları ile çalışma yapılmıştır. Hücre hatlarına doksisiklin uygulaması yapılarak HN1'in ifadesinin artması sağlanmaktadır. Çalışmada HN1 proteininin ifadesinin uyarılarak arttırıldığı hücrelerde BrdU inkorporasyonu ve Anti-BrdU (1:100) işaretlemesi sayesinde S fazında bulunan hücrelerin tespit edilmesi, G1 ve G2 evrelerinde bulunan hücreler ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Hücreler 2 µg/ml doksisiklin ile 24 saat, 10 µM BrdU ile 4 saat inkübe edilmiştir. 
Prostat kanseri hücre hatlarında ektopik HN1 proteininin olmasıyla birlikte hücre döngüsündeki G1, S ve G2 evrelerindeki popülasyonların yoğunluğunun değişip değişmediği test edilmiştir. Aynı zamanda kanser hücrelerinde elde edilen sonuçlar doğrultusunda HN1'in ifadesi arttırılmış olan hücrelerde, olmayan hücrelere oranla DNA hasarı varlığı araştırılmıştır. 
Bu çalışmada hücrenin kromozomal anomaliler doğrultusunda DNA hasarı olabileceği ve BrdU inkorporasyon yönteminin devamında yapılan IF ve akış sitometri deneylerinde HN1'in yüksek ifadesinin olduğu hücrelerde S fazı popülasyonunda anlamlı bir artış olduğu gözlemlenmiştir.

Abstract:
In this study, prostate cancer cell lines PC-3 pCW57.1 HMHN1 and LNCaP pCW57.1 HMHN1 cell lines were studied. Over-expression of HN1 is achieved by applying doxycycline to cell lines. In the study, it was aimed to detect the cells in the S phase of the cell and compare them with the cells in the G1 and G2 phases, thanks to BrdU incorporation and Anti-BrdU (1:100) labeling in cells with and without overexpression of the HN1 protein. Cells were incubated with 2 µg/ml doxycycline for 24 hours and with 10 µM BrdU for 4 hours. 
With the presence of HN1 protein in prostate cancer cell lines, it was tested whether the cellular density differed in the G1, S and G2 stages of the cell cycle. At the same time, in accordance with the results obtained in cancer cells, the presence of DNA damage was investigated in cells with overexpression of HN1 compared to cells without.
In line with this study, it was observed that the cell may have DNA damage in the direction of chromosomal anomalies and there was a significant increase in S phase cells in cells with overexpression of HN1 in IF and Flow experiments performed following the BrdU incorporation method.
Derin öğrenme ile yaya-araç tespiti ve mesafe kestirimi
Pedestrian-vehicle detection with deep learning and distance estimation
Yazar: OĞUZ BAŞOĞLU
Danışman: PROF. DR. MUSA ALCI
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Elektronik Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control ; Elektrik ve Elektronik Mühendisliği = Electrical and Electronics Engineering
Dizin: Bilgisayarla görme = Computer vision ; Derin öğrenme = Deep learning ; Gelişmiş sürücü yardım sistemi = Advanced driver-assistance system ; Mesafe ölçme = Distance measurement

Özet:
Dünya çapında, artan trafik kazalarını azaltmak için, yayaların ve sürücülerin güvenliğini sağlamak amacıyla geliştirilen ADAS sistemlerine olan ilgi her geçen gün artmaktadır.~Bu konuda gerçekleştirilen çalışmalardan bir tanesi de öndeki araçlarla veya yayalarla olan mesafenin tespit edilerek olası bir kazayı önlemek üzerinedir. Günümüzde bu mesafe ölçümleri Radar, LiDar, kamera, vb. araçlar kullanılarak yapılmaktadır. Yapılan tez kapsamında, insan ve araçlardan oluşan bir veri seti hazırlanmış ve YOLOv5s modeli kullanılarak eğitildikten sonra, insan ve araç tespiti için kullanılmıştır. Bu tespit edilen araç ve yayaların mesafeleri IPM metodu kullanılarak tahmin edilerek sürücüye uyarı verebilecek bir sistem geliştirilmiştir. Geliştirilen sistem, nesne tespiti ve mesafe tahminini 30 fps hızla yapmakta olup, nesne tespitini ortalama hassasiyetlerin ortalaması @0,5(Mean Avarage Precission - mAP) için 0,835 değeriyle gerçekleştirmektedir. Mesafe tahminleri de gerçek ölçümlerle kıyaslanmış ve gerçeğe çok yakın tahminlerde bulunulduğu görülmüştür.

Abstract:
The interest in ADAS systems, which are developed to reduce the increasing traffic accidents and to ensure the safety of pedestrians and drivers, is increasing day by day.~One of the studies carried out on this subject is to prevent a possible accident by measuring the distance to the vehicles or pedestrians in front.~Generally, these distance measurements are done by Radar, LiDar, camera, etc. Within the scope of the thesis, a data-set consisting of people and vehicles was prepared and this data-set was used to train the YOLOv5s model. After training,  this model was used for pedestrian-vehicle detection.A system has been developed to warn the driver by estimating the distances of these detected vehicles and pedestrians using the IPM method.~The developed system performs object detection and distance estimation at 30 fps and performs object detection with a value of 0.835 for mAP@0.5.~The distance estimates were compared with the actual measurements and it was seen that the estimates were very close to the truth.
Perovskit ince filmlerin ışıkla tavlanması, kristal kinetiğinin ve fotovoltaik performanslarının incelenmesi
The examination of the crystal kinetics and photovoltaic performance of light annealed perovskite thin films
Yazar: SEVDİYE BAŞAK TURGUT
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ BURAK GÜLTEKİN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Güneş Enerjisi Ana Bilim Dalı / Enerji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Enerji = Energy
Dizin: Fotovoltaik enerji = Photovoltaic energy ; Güneş enerjisi = Solar energy ; Perovskitler = Perovskite ; Yenilenebilir enerji = Renewable energy

Özet:
Bu tez çalışmasında, perovskit aktif tabakasının tavlama yöntemleri üzerinde çalışılmıştır. Perovskit güneş hücrelerinin üretim prosesini hızlandırmak amaçlanmıştır. Uygulanan tavlama yöntemi ışıkla tavlama yöntemi (LA) olarak adlandırılmıştır.  Geleneksel tavlama (TA) yöntemine kıyasla aygıt performansları ve karakteristik analizleri incelenmiştir. Bu yöntem, perovskit güneş hücrelerinin (PSC) seri üretimi için tavlama süresini 1 saatten daha az süreye indirmiştir aynı zamanda enerji tüketimini azaltma potansiyeline sahiptir. Optimum koşulları belirlemek için farklı tavlama sürelerinde -1, 3, 5, 10, 15 dakika- LA yöntemiyle bir dizi perovskite film hazırlanmıştır. LA yönteminin, perovskit kristal yapısı ve morfolojisi üzerindeki etkisini değerlendirmek için X-ışını kırınımı (XRD), atomik kuvvet mikroskobu (AFM), taramalı elektron mikroskobu (SEM) ve UV-VIS absorpsiyon spektroskopisi teknikleri kullanılmıştır. Sonuç olarak, LA ve TA yöntemleri uygulanan perovskit güneş hücreleirnin aygıt performansları incelenmiştir ve 200 saat sonrası kararlılık kontrolleri yapılmıştır. 5 dk LA yöntem maksimum güç dönüşüm verimliliği (PCE)  %17,86 iken, ısıtıcı üzerinde 60 dakika boyunca tavlanan standart cihazda %16,74'lük bir güç dönüşüm verimliliği elde edilmiştir.

Abstract:
In this thesis, annealing methods of the perovskite active layer were studied. It is aimed to accelerate the production process of perovskite solar cells. The applied annealing method was named the light annealing method (LA). Device performances and characteristic analyzes were investigated compared to the conventional annealing (TA) method. This method has reduced the annealing time to less than 1 hour for mass production of perovskite solar cells (PSC), and it has the potential to reduce energy consumption. To determine the optimum conditions, a series of perovskite films were prepared by the LA method at different annealing times 1, 3, 5, 10, 15 minutes. X-ray diffraction (XRD), atomic force microscopy (AFM), scanning electron microscope (SEM) and UV-VIS absorption spectroscopy techniques were used to evaluate the effect of the LA method on perovskite crystal structure and morphology. As a result, device performances of perovskite solar cells applied LA and TA methods were investigated and stability controls were made after 200 hours. While the 5 min LA method's maximum power conversion efficiency (PCE) was 17.86%, a power conversion efficiency of 16.74% was obtained in the standard device annealed on the hotplate for 60 minutes.
MDA-MB-231 ve FUCCI MDA-MB-231 hücrelerinde sentrozomal proteinlerin yerleşimlerinin araştırılması
The investigation of the localization of centrosomal proteins in MDA-MB-231 and FUCCI MDA-MB-231 cell lines
Yazar: DOĞAN DURAN
Danışman: PROF. DR. KEMAL SAMİ KORKMAZ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Hücre döngüsü = Cell cycle ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Organeller = Organelles

Özet:
Sentrozomlar memeli hücrelerinde majör mikrotübül organizasyon merkezleri olarak hücrenin polarite, motilite, biçim ve bölünme düzeninde  önemli roller alır. Dinamik bir matrikse sahip olan sentrozom, yüzlerce proteinden oluşan yapısıyla multifonksiyonel çalışan makromoleküler kompleks bir makinedir. Bölünen memeli hücrelerinde interfaz boyunca G1-S geçişinde sentriyol biyogenezi, G2-M geçişinde ise sentrozomların ayrılması hücre için doğru mitozun gerçekleştirilip kromozomal kararlılığın korunması için önemli görülmektedir. Kromozomal kararsızlık ve hücre döngüsü kontrol ağının deregülasyonu kanserin başlıca özellikleridir. Bu tezde, moleküler biyoteknolojide her bir hücrenin proliferasyonunun görüntülenmesi amacıyla geliştirilmiş FUCCI genetik konstrüksiyonları, meme kanseri hücre dizisi MDA-MB-231 genomuna entegre edilerek interfaz ve mitoz boyunca sentrozomal proteinlerin yerleşimlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Üstelik bu hücrelerde sentrozom hataları da mercek altına alınarak kanserle olan ilişkisi değerlendirilmiştir.

Abstract:
Centrosomes, as major microtubule organization centers in mammalian cells, play important roles in the cell's polarity, motility, shape and division. The centrosome, which has a dynamic matrix, is a multifunctional macromolecular complex machine consisting of hundreds of proteins. In dividing mammalian cells, centriole biogenesis at the G1-S transition during the interphase and separation of the centrosomes at the G2-M transition is considered important for the correct mitosis for the cell and the preservation of chromosomal stability.
Chromosomal instability and deregulation of the cell cycle control network are major features of cancer. In this thesis, it is aimed to investigate the localization of centrosomal proteins during interphase and mitosis by integrating FUCCI genetic constructs developed for monitoring the proliferation of each cell in molecular biotechnology into the aggressive breast cancer cell line, MDA-MB-231 genome. Moreover, centrosome edefects in these cells were also examined and their relationship with cancer was evaluated.
Siltli zeminlerin tekrarlı yükler altındaki ve yükleme sonrasındaki davranışlarının belirlenmesi
Evaluating cyclic and postcyclic behavior of silty soils
Yazar: İREM BOZYİĞİT
Danışman: PROF. DR. SELİM ALTUN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı / İnşaat Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mühendislik Bilimleri = Engineering Sciences
Dizin: Gerilme dağılımı = Stress distribution ; Kesme modülü = Shear modulus ; Sönümleme katsayısı = Damping coefficient

Özet:
Bu tez çalışmasında, siltlerin davranış özellikleri tekrarlı yüklemeler sırası ve sonrasındaki değişimlere bağlı olarak incelenmiştir. Bu amaçla farklı plastisite indeksine sahip düşük plastisiteli siltler üzerinde dinamik ve statik üç eksenli deneyleri gerçekleştirilmiştir. 
Farklı plastisite indeksine sahip siltlerin düşük deformasyon seviyelerinde (<10-4) gerilme-şekil değiştirme davranışları elde edilmiş ve büyük deformasyon seviyesindeki (>10-4) davranışları ise sıvılaşma deneyleri ile belirlenmiştir. Sıvılaşma direncini belirlemek amacıyla yapılan dinamik deneyler neticesinde elde edilen veriler literatürde bulunan veriler ile derlenerek plastisite indeksine bağlı olarak temel mühendislik özelliklerine bağlı bir formül önerilmiştir. 
Düşük plastisiteli siltlerin tekrarlı yükleme sonrasındaki davranışlarını geniş bir kapsamda incelemek amacıyla farklı tekrarlı gerilme oranı değerlerinde yüklenen düşük plastisiteli silt örneklerin gerilme-şekil değiştirme davranışları, sıvılaşma dirençleri ve monotonik drenajsız dayanım özellikleri belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar göz önüne alındığında, tekrarlı yükleme sonrasındaki davranışın genel olarak rezidüel birim şekil değiştirme ve oluşan aşırı boşluk suyu basıncına bağlı olarak değiştiği gözlemlenmiştir.

Abstract:
In this thesis, the pre- and post-dynamic behavior of silts were investigated. In this regard, the response of silts under cyclic loading and changes in dynamic behaviour after cyclic loading were evaluated within an experimental framework. For this purpose, dynamic and static triaxial tests were carried out on silts with varying plasticity. 
Stress-strain behaviors of silts with different plasticity index values were obtained at low deformation levels, while large deformation behavior was determined by liquefaction tests. Liquefaction test results were merged with data available in the literature to propose a simple formulation establishing a relationship between cyclic stress ratio and plasticity index. 
For an extensive analysis of the behavior of lowly plastic silts after cyclic loading, stress-strain behavior, liquefaction resistance and monotonic undrained strength under different cyclic stress ratio levels were determined. Considering the results obtained, changes in behavior of lowly plastic silts after cyclic loading can be attributed to influences of residual strain and the excess pore water pressure.
Ülkemizde yetişen çay ve bitki çaylarına peyniraltı suyu eklenerek içecek üretimi
Beverage production by adding whey to tea and herbal tea grown in Turkey
Yazar: MERVE ERGANİ
Danışman: PROF. DR. HARUN RAŞİT UYSAL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Sürdürülebilir Tarım Gıda Sistemleri Ana Bilim Dalı /  Sürdürülebilir Tarım Gıda Sistemleri Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Bitki çayı = Herbal tea ; Peynir altı suyu = Whey ; Çay = Tea ; İçecekler = Beverages

Özet:
Bu tez çalışmasında, ülkemizde yetiştirilen siyah çay ve bitki çaylarının atık değerlendirme kapsamında peynir altı suyuna katılarak fiziko-kimyasal ve duyusal özelliklerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Amaca bağlı olarak peynir altı suyuna eklenecek çay ve bitki çaylarının seçimi yapılmıştır. Yapılan ön duyusal analiz sonuçlarına göre %15 oranında siyah çay, %10 oranında rezene, %5 oranında tarçın, %15 oranında kuşburnu ve %10 oranında adaçayı olacak şekilde belirlenmiştir. Üretilen içeceklerin istatistik analizleri IBM SPSS Statictics programı kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
İçeceklerin üretimi üç farklı günde yapılarak analizler tekrarlanmıştır. İçeceklere yapılan fiziko-kimyasal analizler sonucunda adaçayı ile yapılan içecek diğer örneklere göre oldukça fazla antioksidan içeriği ile ön plana çıkmıştır. Panelistlerce gerçekleştirilen duyusal değerlendirmeler sonucunda en beğenilen içecek çeşidi tarçınlı olmuştur.

Abstract:
In this thesis, it is aimed to evaluate the physico-chemical and sensory properties of black tea and herbal teas grown in our country, by adding them to whey, whitin the scope of waste evaluation.
Depending on the purpose, tea and herbl teas to be added to the whey were selected.  According to the results of the preliminary sensory analysis, it was determined as 15% black tea, 10% fennel, 5% cinnamon, 15% rosehip and 10% sage. Analyzes of produced beverages were analyzed and interpreted in IBM SPSS Statictics 25 data program.
Beverages were produced on three different days and analyzes were repeated. As a result of the physico-chemical analyzes of the beverages, the beverage made with sage came to the fore with its antiokxidant content compared to other samples. As a result of the sensory evaluation performed by panelists, the most popular beverage type was cinnamon.
Karma kullanımlı bir uygulama projesinde proje yönetimi süreçlerinin incelenmesi
Investigetion of project management processess apllied on a mixed-use project
Yazar: ALİ DEMİRLEK
Danışman: DOÇ. DR. SELİM BARADAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı / İnşaat Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: İnşaat Mühendisliği = Civil Engineering
Dizin: Kompleks sistemler = Complex systems ; Proje yönetimi = Project management ; Yapı sistemleri = Structure systems ; İnşaat yönetimi = Construction management

Özet:
Bu tezde karma kullanımlı projelerde proje yönetiminin nasıl yapılabildiği Proje Yönetimi Enstitüsü tarafından hazırlanan kılavuz öncülüğünde adım adım işlenmiştir. Uygulama projesi örneğinde neler yapıldığı, faydalı bulunan yöntemler ve daha çok katkı sağlayabilecek öğeler incelenmiştir.
Karma kullanımlı projelerde proje yönetimi, projenin başlangıcından bitişine dek geçen süreçte aktivitelerin tespitinden başlanarak proje raporlamaları süreci de dahil olmak üzere projenin teslimine kadar sürmektedir. 
Yönetim stratejisinin en uygun yolu her proje için özel olduğundan proje yönetimi süreçleri genel hatları ile tanımlanmış ve uygulama projesi örneğiyle somutlaştırılarak anlatılmıştır. Sonraki projelerde yol gösterici olması temennisiyle ana süreçler ayrıntılı olarak incelenmiştir.

Abstract:
In this thesis, how project management can be done in complex projects is covered step by step under the guidance of the Project Management Institute. What was done in the example of the implementation project, the methods that are found useful, and the items that could contribute more are examined.
In complex projects, project management starts from the determination of the activities from the beginning to the end of the project and continues until the delivery of the project, including the project reporting processes.
Since the most appropriate management strategy is specific for each project, the project management processes are described in general terms and concretized with an implementation project example. The main processes have been examined in detail, with the hope that they will guide the next projects.