Çocukluk çağı otoinflamatuar  hastalıklarında mvk, NLRP3, TNFRFN1A ve mefv gen mutasyon dağılımı: Kuzey Anadolu deneyimleri
Screening of mutations in the mvk, NLRP3, TNFRSF1A and MEFVgenes in children with autoinflammatory diseases: North Anatolian experience
Yazar: ENGİN ALTUNDAĞ
Danışman: PROF. DR. METHİYE GÖNÜL OĞUR
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2016
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Ailesel akdeniz ateşi = Familial mediterranean fever ; Ateş = Fever ; Genler = Genes ; Mutasyon = Mutation ; Tümör nekroz faktörleri = Tumor necrosis factors ; Çocuk = Child ; İmmünoglobülinler = Immunoglobulins ; İnflamasyon = Inflammation

Özet:
GİRİŞ: Otoinflamatuar Hastalıklar(OİH) enfeksiyon olmaksızın tekrarlayan ateş, inflamasyon ataklarıyla karakterize hastalıklardır [Ailevi Akdeniz Ateşi(AAA), Tümör Nekroz Faktör Alfa Reseptör İlişkili Periyodik Ateş Sendromu(TRAPS), Hiper-IgD/MevalonatKinaz Yetmezlik sendromu (HIDS/MKD), Kriyopirin ilişkili periyodik ateş sendromu(CAPS)]. Bu hastalıklarla ilişkili genler sırası ile MEFV, TNFRSF1A, MVK ve NLRP3'tür.
Materyal-Metod: Çalışma retrospektif dosya taraması yöntemiyle yapıldı. Hastaların epidemiyolojik, klinik bulguları ve tedaviye yanıtları, hastane dosya arşiv kayıtlarından elde edildi. OİH ön tanısıyla başvuran 286 çocuk hastada MEFV, NLRP3, TNFRSF1A ve MVK gen mutasyonları dizi analizi gerçekleştirilmişti. Çalışmamızda,  194 hasta OİH grubunu ve 92 hasta   MEFV geninde mutasyon saptanmayan (AAA-WT) grubunu oluşturmaktaydı. 
Bulgular: 286 olguda MVK geni 10 ekzonunun (2-11) dizi analizinde: 6'sı (%2) patolojik olmak üzere 68 hastada mutasyon saptandı(%24). 5'i V377I mutasyonu heterozigottu; birinde ise N205S c.614A>G yeni bir mutasyon gözlendi.  62 hastada S52N varyantı gözlendi (%22).  CAPS hastalarında, NLRP3 geni 3. Ekzonu sekanslandı. 38 hastada mutasyon (%13) gözlendi; 2 hastada I313V mutasyonu saptandı. Düşük penetranslı mutasyonlardan olan V198M 6 hastada, Q703K 30 hastada saptandı. TRAPS ilişkili TNFRFS1A geni 6 ekzon(2-7) sekanslandı. 12 mutasyon (%4) (11'i R92Q, 1'i N116S)  saptandı. 194 hastada ekzon 2, 3, 5 ve 10 taranarak MEFV gen mutasyonlarına bakıldı. 62 hastada (%32) (M694V, E148Q,  V726A, M680I, A744S, K695R, R761H, L649V, P369S, R408Q, T267I, Q778Sf*4, 761_764 dup CCGC)  mutasyon saptandı.
FMF, MVK, CAPS, TRAPS  birlikte bakılan  OİH grubunda, olguların 62'sinde MEFV, 20'sinde NLRP3, biri patolojik olmak üzere 12'sinde TNFRFS1A, 5'i patolojik olmak üzere 41'inde MVK gen mutasyonları saptandı. OİH 'de tüm panelin mutasyon 
belirleme oran %69 idi.  MEFV geni dışlandığında ise bu  oran %38 olarak belirlendi. Patolojik mutasyonlarda ise bu oran %3 idi.                                                 
AAA-WT grupta ise olguların 2'si patolojik olmak üzere 18'inde NLRP3 ve biri patolojik olmak üzere 27'sinde MVK mutasyonları vardı.                                                                 Bu grupta mutasyon saptama oranı % 41 idi. Patolojik mutasyon oranı ise %3 idi. İki grup arasında fark yoktu.
TARTIŞMA:OİH grubu örtüşen klinik bulguları nedeni ile zor tanı konulan bir hastalık grubudur. MVK, NLRP3, TNFRFS1A ve MEFV gen mutasyon analizleri, son yıllarda ilgili hastalıkların ayırıcı tanısında önemli rol almaktadır. Mutasyonların dağılımı etnik gruplarda farklılıklar göstermektedir. Ülkemizdeki oranlar henüz bilinmemektedir. Çalışmamızın verileri diğer benzer literatür çalışmaları ile polmorfik varyantların dağılımı açısından örtüşmekteydi; patolojik mutasyon temelinde ise özellikle NLRP3, TNFRSF1A ve MVK gen mutasyon sonuçlarımız literatürdeki çalışmalardan düşük bir mutasyon oranı yansıtmıştı. Bizim çalışmada mutasyon yelpazesi de dardı. 
Çalışmamız ülkemizde pediatrik OİH popülasyonu MEFV, NLRP3, MVK ve TNFRSF1A gen mutasyon dağılımı ilişkili ilk sonuçları yansıtmaktadır.

Abstract:
INTRODUCTION: Autoinflammatory diseases (AID) are characterised by recurrent fever and inflammation without an apparent infectious cause [ Familial Meditteranean Fever (FMF),   Tumour Necrosis Factor Receptor-Associated Periodic Syndrome (TRAPS), Hyper-IgD/ Mevalonate Kinase Deficiency Syndrome (HIDS/MKD), Cryopyrin-Associated Periodic Syndromes (CAPS)]. The genes associated with these diseases are MEFV, TNFRSF1A, MVK and NLRP3 respectively.
MATERIAL-METHOD: A retrospective study was performed which included analysis of patients epidemiology, clinical findings and treatment responses.  MEFV, TNFRSF1A, MVK and NLRP3 genes mutations sequence analysis were performed of 286 pediatric patient prediagnosed with AID. In our study, AID group consisted out of 194 patients and the group without MEFV gene mutation(FMF-WT) consisted out of 92 patients.
RESULTS: Sequence analysis of 10 exons (2-11)  of the MVK gene in the total population of 286 patients, revealed 68 mutations (%24) of which 6 (%2) were pathological. Five were V377I heterozygous mutation, 1 was N205S c.614A>G a novel mutation. In 62 patients the S52N variant was detected. In CAPS patients, exon 3 of the NLRP3 gene was sequenced. In 38 patients (%13) a mutation was detected and 2 patients had the pathological I313V mutation. Low penetrance mutations V198M and Q703K, were detected in 6 and 30 patients respectively. Six exons (2-7) of the TRAPS related TNFRSF1A gene were sequenced. In 12 patients, TNFRSF1A mutations (%4) were detected (11 were R92Q, 1 was N116S). In 194 patients, MEFV gene mutations were screened by sequencing exons 2, 3, 5 and 10. MEFV gene mutations were detected in 62 (%32) patients.
We analysed the gene mutations associated with FMF, MVK, CAPS, TRAPS in the AID group. We found MEFV mutations in 62 patients, NLRP3 in 20 patients, TNFRFS1A mutations in 12 patients (of which 1 was pathological),  and MVK                              IV

mutations in 41 patients (of which 5 were pathological). In AID, mutation detection rate was determined to be  %38 and the pathological mutation rate  	was %3. In the FMF-WT group, 18 NLRP3 mutations were found (of which 2 were pathological), 27 MVK mutations were found (of 1 was pathological). In the FMF-WT group mutation detection rate was determined to be %41 and the pathological mutation rate was %3 and not significantly different from the AID group. 
DISCUSSION: Autoinflammatory diseases are a group of diseases that are hard to be differentially diagnosed due to overlapping clinical features. In the recent years, the analysis of MVK, NLRP3,  TNFRFS1A and MEFV gene mutations got an important role in the differential diagnosis. The distribution of mutations vary according to the ethnicity of the patient groups. The distribution and mutation rates in our country are unknown. The results of this study are consistent with similar studies that were performed in other countries, in terms of distribution of mutations. With respect to pathological mutations we found lower mutation rates in this study than that has been reported in the literature. The mutation spectrum was also limited in this study.
This study is the first study to describe the distributions of mutations in the MEFV, NLRP3, MVK and TNFRFS1A genes in the pediatric AID population in Turkey.