Çiğ pet mamalarında mikrobiyota analizi, insan sağlığını tehdit eden bazı zoonoz bakterilerin ve antibiyotik dirençliliğinin tespiti
Microbiota analysis in raw pet foods, detection of some zoonotic bacteria that threaten human health and antibiotic resistance
Yazar: GULAN A. ZAINALABIDEEN ZAINALABIDEEN
Danışman: DOÇ. DR. ÖZGÜR KUZUKIRAN
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Araştırmanın konusu insan sağlığı açısından risk oluşturan ciddi enfeksiyonlara neden olan 4 zoonoz bakteri olan E. coli, Salmonella spp., S. aureus ve A. baumannii'nin piyasadan toplanan BARF'lardaki varlığı ile sağaltımda yaygın olarak kullanılan 9 antibiyotiğe karşı 15 direnç geninin bu mamalardaki varlığının tespiti; farklı etlerden üretilen BARF'ların mikrobiyotasının araştırılmasıydı. Bunun için piyasadan alınan 20 BARF örneğinde farklı oranlarda olmak üzere bu 4 bakteri de tespit edildi. Kedi BARF'larında sadece Salmonella spp. ve A. baumannii saptanırken köpeklerinkinde 4'ü de mevcuttu. Kedi mamalarının sadece birinde antbiyotik direnç genleri tespit edilirken köpek mamalarının üçünde tespit edildi. Tüm mamalarda en sık görülen direnç geni gyrA ile kodlanan siprofloksasine karşıydı. Bunun dışında amoksisilin-klavulanik asit, kinolonlar, kolistin, metisilin ve sefepime karşı da direnç geni tespit edildi. Mikrobiyota analizlerinde endokarditis, amnionitis, artritis, meningitis ve bakteriyemiye neden olabilen bakteriler tespit edildi. Kuzu ve kuzu/sığır eti karışımı kullanılan BARF'ta insanların tükürük ve vaginasında bulunan türler daha fazlaydı. Bu durum üretim aşamasında hijyenik koşulların yeterli olmadığını gösterir nitelikteydi. Paketlenmiş gıdalarda bozulmadan sorumlu Lactobacillus spp.'lerin fazlalığı ürünlerin raf ömrünün daha üretim aşamasından itibaren kısıtlı olduğunu göstermekteydi.

Abstract:
The subject of the research was the detection of four zoonotic bacteria, E. coli, Salmonella spp., S. aureus, and A. baumannii, which pose serious risks to human health, their presence in collected BARF products, and the identification of 15 resistance genes against 9 commonly used antibiotics in these products. For this purpose, in the 20 collected BARF samples from the market, all four bacteria were detected in varying proportions. Only Salmonella spp. and A. baumannii were found in cat BARFs, while all four bacteria were present in dog BARFs. Antibiotic resistance genes were detected in only one of the cat food samples, while they were found in three of the dog food samples. The most commonly detected resistance gene in all samples was gyrA, which confers resistance to ciprofloxacin. Additionally, resistance genes against amoxicillin-clavulanic acid, quinolones, colistin, methicillin, and cefepime were also identified. Bacteria capable of causing endocarditis, amnionitis, arthritis, meningitis, and bacteremia were detected in the microbiota analysis. BARFs containing lamb and lamb/beef mixture had a higher presence of species found in human saliva and vagina, indicating inadequate hygiene conditions during production. The abundance of Lactobacillus spp., responsible for food spoilage, in packaged foods suggested that the shelf life of the products was limited from the production stage.