Modifiye atmosfer paketli sığır kıyma ve kuşbaşı örneklerinde clostridium difficile ve toksin genlerinin pcr ile belirlenmesi
Detection of clostridium difficile and toxin genes in samples of modified atmosphere packaged minced and cubed meat by pcr
Yazar: FATMA ATASOY
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ALİ GÜCÜKOĞLU
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Clostridium difficile = Clostridium difficile ; Et = Meat ; Et ürünleri = Meat products ; Genler = Genes ; Kıyma = Ground meat ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sığırlar = Cattles ; Toksinler = Toxins ; Toksisite = Toxicity ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: Bu yüksek lisans tez çalışmasında konvansiyonel yöntem ve PCR tekniği ile modifiye atmosfer paketli (MAP) sığır kıyma ve kuşbaşı örneklerinde Clostridium difficile prevalansı, izolatlardaki toksin gen tipinin belirlenmesi ve metronidazol, vankomisin ve klindamisin antibiyotiklerine dirençliliklerinin tespiti amaçlanmıştır. 
Materyal ve Metot: Çalışmada sığır orjinli modifiye atmosfer paketli 50 kuşbaşı ve 50 kıyma örneği Samsun ili kasap ve marketlerinden rastgele toplanmıştır. C. difficile'nin izolasyon ve identifikasyonu Boer ve ark. (2011)'nın belirledikleri klasik kültür tekniğine göre, izolatlarının doğrulanması ve toksin genlerinin tespiti Lemee ve ark. (2004)'nın belirledikleri yöntemlere göre multipleks PCR (mPCR) ile tamamlanmıştır. İzolatların antibiyotik direnç profilinin belirlenmesinde ise CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute, 2012) standartları esas alınmıştır. 
Bulgular: 50 sığır kıyma örneğinin 2'sinde (% 4), 50 sığır kuşbaşı örneğinin 1'inde (% 2), C. difficile etkeni saptanmıştır. mPCR ile yapılan moleküler değerlendirmede ise, konvansiyonel yöntemle belirlenen toplam 5 izolat mPCR ile tpi geni üzerinden C. difficile olarak doğrulanmıştır. İzolatlarının toksijenik özelliklerine bakıldığında 5 izolatın 3 tanesi toksijenik karakterde olup 2'sinde C. difficile tip B (tdcB), 1'inde ise C. difficile tip A (tdcA) toksin geni tespit edilmiştir. Fenotipik antibiyotik direnç profilinde ise klindamisine karşı yalnızca C. difficile tip A (tdcA) toksin genini içeren izolat dirençli bulunurken, tüm izolatlar vankomisine ve metronidazole karşı duyarlı bulunmuştur. 
Sonuç: Araştırma sonucunda modifiye atmosfer paketli (MAP) sığır kıyma ve kuşbaşı örneklerinde C. difficile etkeni, toksin tipi ve antibiyotik dirençlilik profili Türkiye'de ilk kez belirlenmiştir. Çalışma sonucunda hayvansal orjinli gıdalarda tespit edilen C. difficile etkenin halk sağlığı için potansiyel bir tehlike olabileceği ortaya konmuştur. 
Anahtar Kelimeler: Antibiyotik dirençlilik, Clostridium difficile, MAP kıyma, MAP kuşbaşı, Multipleks PCR.

Abstract:
Aim: In this master thesis conventional methods and PCR technique is used to know the prevalence of Clostridium difficile in samples of modified atmosphere packaged (MAP) minced and cubed meat, determining the genotype of toxins in the isolates and aimed determination of sensitivity to metronidazole, vancomycin and clindamycin antibiotics.
Matherial and Method: In the study 50 modified atmosphered packaged minced meat and 50 cubed meat samples of bovine origin were collected randomly from the butcher and market in Samsun. Isolation and identification of C. difficile with classical culture technique performed according to Boer and others (2011), confirmation of isolates and toxin genes with multiplex PCR (mPCR) conducted according to Lemee and others (2004). Antibiotic resistance profile of isolates determined based on CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute, 2012) standarts. 
Results: Such that in 2 of 50 (4 %) minced meat samples and in 1 of 50 (2 %) cubed meat samples C. difficile strains has been identified. With the mPCR molecular evaluations, a total of five isolates known by conventional method were confirmed by mPCR was verified C.difficile type gene. When C. difficile isolated properties evaluated 3 out of 5 shows toxigenic character, 2 in the C. difficile type B (tdcB), 1 in C. difficile type A (tdcA) toxin genes have been identified. When antibiotic resistance profile phenotypically analysed, only C. difficile type A (tdcA) toxin gene was found resistant against clindamycin all isolates were sensitive to vancomycin and metronidazole.
Conclusion: As results of research in modified atmosphere packaged (MAP) minced and cubed meat samples strain, toxin type and antibiotic resistance profile is determined for the first time in Turkey. The result of this study demonstrated that C. difficile strain detected in food of animal origin could be a potential danger to public health. 
Keywords: Antibiotic resistance, Clostridium difficile, MAP cubed beef, MAP minced beef, Multiplex PCR.