Gastrointestinal şikâyeti olan hastalarda bağırsak patojeni protozoonların prevalansının mikroskopi ve multipleks real-time PCR ile araştırılması
Investigation of the prevalence of pathogenic intestinal protozoans in patients with gastrointestinal complaints via microscopy and multiplex real-time PCR
Yazar: BURAK KARACAN
Danışman: PROF. DR. ÖZDEN BORAL ; PROF. DR. GÜLAY İMADOĞLU YETKİN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Parazitoloji = Parasitology
Dizin: Bağırsak patojenleri = Intestine pathogens ; Mikroskopi = Microscopy ; PCR =   ; Prevalans = Prevalence ; Protozoonlar =

Özet:
Bu çalışmanın amacı, hem gastrointestinal şikâyeti olan hastalarda bağırsak patojeni protozoonların prevalansını tespit ederek sürveyans verilerine katkı sağlamak hem de mikroskopi ve multipleks real-time PCR yöntemlerinin performansını karşılaştırmalı olarak değerlendirmektir. Çalışmaya, en az bir gastrointestinal şikâyeti olan 40 yetişkin (18 yaş ve üzeri) ve 40 çocuk (5-12 yaşları arasında) gönüllü hasta dâhil edilmiştir. Her hastadan günaşırı olarak üç kez alınan gaita örnekleri; Nativ-Lugol, modifiye formol-eter çöktürme, Wheatley'in trikrom boyama ve modifiye Ziehl-Neelsen boyama teknikleri uygulandıktan sonra ışık mikroskobunda incelenmiştir. Ayrıca, ilk olarak alınan gaita örnekleri, DNA ekstraksiyon prosedürü uygulandıktan sonra Allplex™ GI Parasite Assay paneli kullanılarak multipleks real-time PCR ile test edilmiştir. Mikroskopi ve multipleks real-time PCR yöntemlerinin duyarlılıkları ve özgüllükleri arasındaki farklılıklar, Fisher'in kesin ki-kare testiyle analiz edilmiştir. p değerinin <0,05 olması, istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Bağırsak patojeni protozoonların prevalansının yetişkin grubunda %25, çocuk grubunda ise %35 olduğu belirlenmiştir. Yöntemlerin duyarlılıkları ve özgüllükleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlemlenmemiştir (p = 0,999). Allplex™ GI Parasite Assay paneli kullanılarak gerçekleştirilen multipleks real-time PCR yönteminin performansının yalnızca ilk örneğin test edilmesiyle bile etkili bulunmuş olması, bu yöntemin bağırsak patojeni protozoonların rutin tanısında kullanılabileceğini düşündürmektedir.

Abstract:
This study aimed to contribute to surveillance data by determining the prevalence of pathogenic intestinal protozoans in patients with gastrointestinal complaints and by comparatively evaluating the performance of microscopy and multiplex real-time PCR methods. Forty adults (18 years and older) and 40 children (aged 5 to 12 years), all of whom had at least one gastrointestinal complaint and who volunteered, were included in the study. Three stool samples, collected every other day from each patient, were examined under a light microscope using Native-Lugol, modified formol-ether concentration, Wheatley's modified trichrome staining, and modified Ziehl-Neelsen staining techniques. In addition, the first stool samples were tested using multiplex       real-time PCR with the Allplex™ GI Parasite Assay panel after DNA extraction. Differences in the sensitivities and specificities of the methods were analysed using Fisher's exact test. A p-value of <0.05 was considered statistically significant. The prevalence of pathogenic intestinal protozoans was determined to be 25% in adults and 35% in children. No statistically significant differences in the sensitivities or specificities between the methods were observed (p = 0.999). The performance of multiplex real-time PCR using the Allplex™ GI Parasite Assay panel was found to be effective even with just the first sample tested, suggesting that this method could be used for the routine diagnosis of pathogenic intestinal protozoans.