Akciğer adenokarsinom ve skuamöz hücreli karsinomda bazı UBE2 gen ekspresyon düzeylerinin araştırılması
The study of expression levels for some USE2 genes in LUNG adenocarcinoma and squamous cell carcinoma
Yazar: OSAMA ASVAD
Danışman: PROF. DR. MEHMET EMİN ERDAL
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Karsinoma-yassı hücreli = Carcinoma-squamous cell ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Akciğer kanseri, akciğer fibrozisine ve insan ölümüne yol açan tehlikeli ve yaygın bir türüdür. Bu kanser türü, dünya çapında ölüme yol açan farklı kanser türleri arasında ilk sırada yer almaktadır. Histolojik olarak Akciğer Kanseri; küçük hücreli ve küçük hücreli dışı olmak üzere iki ana gruba ayrılmaktadır. 
Bu çalışmanın amacı; Akciğer Kanseri ile bazı UBE2 genlerin ekspresyon düzeyleri arasındaki ilişkinin araştırılmasıdır.
En yaygın Akciğer Kanseri türleri Adenokarsinom ve Skuamöz tanılı bireylerde UBE2A, UBE2C, UBE2I, UBE2F ve UBE2S genlerinin ekspresyon düzeylerini belirlemeyi amaçladığımız çalışmamızın araştırma grubuna dâhil edilen bireylere ait doku örnekleri Cerrahi Tıp Bilimleri Bölümü Patoloji Anabilim Dalının arşivinden alındı. Çalışma grubu 28'i Adenokarsinom, 28'sı Skuamöz tanılı olmak üzere 56 hastadan oluşturuldu. Aynı hastaların tümör içermeyen sağlıklı akciğer doku örnekleri (56 örnek) kullanılarak kontrol grubu oluşturuldu. Doku örneklerinden sırasıyla total RNA eldesi ve cDNA sentezi yapıldı. Hedeflenen UBE2 genlerin ekspresyon düzeylerini saptamak amacıyla TaqMan problarının kullanıldığı Real-Time PCR gerçekleştirildi ve karşılaştırmalı CT (ΔΔCT) yöntemi aracılığıyla ilgili genlerin ekspresyon analizi yapıldı. Real-time PCR analizleri sonucunda elde edilen veriler istatistiksel olarak Wilcoxon testi ile Mann-Whitney U testi kullanılarak analiz edildi.
Çalışmamızda; Akciğer Adenokarsinomlu doku örneklerinde, UBE2C ve UBE2F genlerinin ekspresyon düzeylerinin, kontrol doku örneklerine göre, istatistiksel olarak anlamlı düzeyde artış olduğu gözlemlendi (p˂0.001, p=0.014 sırayla). Skuamöz Karsinomlu doku örneklerinde, kontrol doku örneklerine göre UBE2I geninin ekspresyon düzeyinde anlamlı bir artış olduğu gözlemlendi (p=0,016). Ayrıca UBE2F geninin, Akciğer Adenokarsinom dokularında Skuamöz Hücreli Akciğer Karsinomu dokularına kıyasla, yüksek bir ekspresyon seviyesine sahip olduğu gözlemlendi (p=0.002).
Sonuç olarak elde ettiğimiz verilere göre, UBE2C ve UBE2F'nin Akciğer Adenokarsinom ile, UBE2I'nın ise Skuamöz hücreli karsinom ile ilşkili olduğu sonucuna varıldı. Ayrıca UBE2C ve UBE2F'nin Akciğer Adenokarsinom için terapötik bir hedef olabileceğini, UBE2I'nın ise Skuamöz hücreli karsinom için terapötik bir hedef olarak kullanılabileceğini düşünülebilir. Ayrıca yüksek UBE2F geni ekspresyonu, Akciğer Adenokarsinomunun ayırt edici özelliği olarak kabul edilebilir. Buna ek olarak UBE2F geninin ekspresyon değişimi, Skuamöz Hücreli Akciğer Karsinomundan ve sağlıklı bireyden ayırt etmede kullanılabilir.

Abstract:
Lung cancer is a dangerous and common type of cancer that causes lung fibrosis and death. This type of cancer ranks as a first among the different types of cancer causing death worldwide. Histologically, Lung Cancer is divided into two main groups: small cell and non-small cell lung cancer.
The purpose of this study was aimed to investigate the relationship between Lung Cancer and expression levels of some UBE2 genes.
The study group of our research, in which we aimed to determine the expression levels of the UBE2A, UBE2C, UBE2I, UBE2F and UBE2S genes at individuals who were diagnosed with the most common types of Lung Cancer Adenocarcinoma and Squamous, were collected from the archive of the Department of Surgical Sciences, Department of Pathology, Mersin University, Faculty of Medicine. The study group consisted of 56 patients, in which 28 of them were diagnosed with Adenocarcinoma and another 28 with Squamous Cell Carcinoma. Control group was formed by using healthy lung tissue samples without tumor (56 samples) from the same patients. Total RNA and cDNA synthesis were performed from tissue samples respectively. The expression levels of the targeted UBE2 genes were determined by using TaqMan probes at Real-Time PCR. In addition, the expression analysis of the relevant genes were performed by using the comparative CT (ΔΔCT) method. The obtained expression levels as a result of the Real-time PCR analyzes were statistically analyzed by using the Wilcoxon test and the Mann-Whitney U test.
In our study, it was observed that the expression levels of UBE2C and UBE2F genes in  Lung Adenocarcinoma tissue samples were higher than control tissue samples, with statistically significant (p˂0.001, p=0.014 ). Also, a significant increase in the expression level of the UBE2I gene was observed in squamous carcinoma tissue samples compared to the control lung tissues (p=0.016). Furthermore, High expression level of the UBE2F gene was significantly increased in Lung Adenocarcinoma tissues compared to Squamous Cell Carcinoma tissues (p=0.002).
In conclusion, according to the obtained data, we think that UBE2C and UBE2F genes were associated with Lung Adenocarcinoma, while UBE2I gene was associated with Squamous cell carcinoma. We also think that UBE2C and UBE2F genes could be a therapeutic target for Lung Adenocarcinoma, and UBE2I gene could be used as a therapeutic target for Squamous cell carcinoma. Furthermore, we conclude that the high UBE2F gene expression can be considered as a hallmark of Lung Adenocarcinoma. In addition, we think that the change of UBE2F gene expression can be used to differentiate Adenocarcinoma from Squamous Cell Lung Carcinoma and healthy people.