Poaceae (Gramineae) familyasinin bazı taksonlarında coğrafik dağılımın sitoplazmik analiz yöntemiyle (mtDNA-cpDNA) incelenmesi
Investigation of geographic distribution in some Poaceae (Gramineae) taxa by using cytoplasmic analysis method (mtDNA-cpDNA)
Yazar: ERTUĞRUL FİLİZ
Danışman: DOÇ. DR. HİKMET BUDAK ; PROF. DR. SABRİ SÜMER
Marmara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Genetik çeşitlilik, bir türün genetik karakterlerinin toplamıdır ve bitki yaşamı için hayati öneme sahiptir. Genetik çeşitlilik bazı ölçülerle değerlendirilebilir ki bunlardan bazıları gen çeşitliliği, heterozigotluk ve lokus başına düşen alel sayısıdır. Genetik çeşitliliği etkileyen önemli faktörlerden biride biyocoğrafik dağılımdır. Biyocoğrafik dağılım, bitkilerin gen akışını ve tohum dağılımını etkileyebilir ve genetik çeşitliliği değiştirebilir. Bu çalışmada amaç, biyocoğrafik dağılım ile genetik çeşitlilik arasındaki ilişkinin incelenmesidir.Bu çalışmada buğdaygiller (Poaceae) familyasından Brachypodium distachyon (L.) P.Beauv. ile Triticum aestivum L. bitkileri kullanılmıştır. Genetik analizler için moleküler markır tekniklerinden cpDNA-mtDNA PCR-RFLP, SRAP ve SSR kullanılmıştır. Elde edilen veriler Phylip, MVSP ve Popgene yazılımları kullanılarak analiz edilmiştir.cpDNA-mtDNA PCR-RFLP analizleri sonucunda B. distachyon bitkisinin mitokondri DNA'sındaki polimorfizm oranı % 29 bulunurken kloroplast DNA'sındaki polimorfizm oranı % 9.6 bulunmuştur. Genetik farklılaşma katsayısı (Gst) 0.62 bulundu. SRAP analizleri sonucunda, B. distachyon türünde polimorfik lokus oranı % 31.40, T. aestivum bitkisinde polimorfik lokus oranı % 82.61 tespit edildi. SSR analizlerinin sonucunda, T. aestivum türünde PIC değeri 0.66 bulundu.Bu çalışmanın sonuçlarına göre biyocoğrafik dağılımla genetik çeşitlilik arasında zayıf bir ilişki tespit edilmiştir.

Abstract:
Genetic diversity is the total number of genetic characteristics of a species and it has vital importance for plant life. Genetic diversity can be assessed by some parameters which are gene diversity, heterozygosity and alleles per locus. One important changing effect of genetic diversity is biogeographic distribution. The biogeographic distribution can affect gene flow and seed distribution of plants and it may change genetic diversity. The aim of this study was to investigate the relationship between biogeographic distributions and genetic diversity.In this study, Brachypodium distachyon (L.) P.Beauv. and Triticum aestivum L. were used from Poaceae family. For genetic analysis cpDNA-mtDNA PCR-RFLP, SRAP and SSR were used as molecular markers. Data were analyzed using Phylip, MVSP and Popgene software.cpDNA-mtDNA PCR-RFLP analysis showed that mitochondrial DNA polymorphism ratio was found to be 29 % and chloroplast DNA polymorphism was found to be 9.6 %. Genetic differentiation coefficient (Gst) was found to be 0.62. SRAP analysis showed that polymorphic loci ratio was 31.4% in B. distachyon while 82.61% in T. aestivum . In the results of SSR analysis, PIC value of T. aestivum was found to be 0.66.According to the results of this study, there is a weak correlation between biogeographic distribution and genetic diversity.