SARS-CoV-2 enfeksiyonunda SERINC3 ve SERINC5 gen bölgelerinin antiviral rolleri ve moleküler analizleri
Antiviral roles and molecular analysis of SERINC3 and SERINC5 gene regions in SARS-CoV-2 infection
Yazar: KEVSER GECEKUŞU
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ FERİT CAN YAZDIÇ
Munzur Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Antiviral etki = Antiviral effect ; Ekspresyon = Expression ; Gerçek zaman = Real time ; Moleküler analiz = Moleküler analysis ; PCR =   ; SARS virüsü = SARS virus

Özet:
SERINC genleri tüm ökaryotlarda bulunmakla birlikte bilinen moleküler fonksiyonları 
transmembran proteinlerini kodlamalarıdır. İnsan genomunda, transmembran topolojisine 
sahip homolog proteinleri kodlayan beş SERINC geni mevcuttur. SERINC3, poliomavirüs 
karşı etkinken, SERINC5'in antiretroviral aktivitesi göstermektedir. Yukarıda bahsedilen 
bilgiler ışığında dünya'da ve ülkemizde insan sağlığındaki yıkıcı etkilerinin belirlenmesi için 
covid-19 ile ilgili yapılacak bu tez çalışması ülkemizde SERINC bölgeleri ile yapılan ilk 
çalışma özelliğine sahiptir. Bu açıdan önemli bir yerde bulunmakla beraber gelecekteki 
yapılacak çalışmalara basamak niteliğindedir. SERINC3 ve SERINC5 genlerinin 
ekspresyon seviyelerinin belirlemek için, DNA ve cDNA sekans analizlerinden elde edilen 
veriler kullanılmıştır. Dizi çalışmaları sonunda, kullanılan hasta örneklerin de Serin3 için 
671 mutasyonun 301 amaino asit değişikliğine neden olurken, Serin5 için 333 mutasyonun 
105amaino asit değişikliğine neden olduğu belirlenmiştir. Gen ekspresyon çalışmaları 
sonunda elde edilen Ct değerleri Gene Globe program ile analiz edilmiştir. Çalışmada 
kullanılan genlerin verileri GAPDH geniyle normalize edilip 2-ΔΔCt formülünden çıkan 
verilerle istatistiksel analiz gerçekleştirilmiştir. Ekspresyon kat değişimi analizi için gruplar 
parametrik olmayan Mann-Whitney testi (p < 0.05) kullanılmıştır. Her iki gen içinde farklı 
genotipler ve hastalığın seyrini değiştirebilecek genetik özellikler belirlenmiştir.

Abstract:
SERINC genes are ubiquitous in all eukaryotes, but their only known molecular 
function is to encode transmembrane proteins. The human genome has five SERINC genes, 
which encode homologous proteins with a transmembrane structure. SERINC3 has 
antiretroviral activity, whereas SERINC5 is anti-polyomavirus. In view of the foregoing 
information, this thesis study on covid-19 to assess its disastrous impacts on human health 
in the globe and in our country has the distinction of being the first study undertaken in our 
country with SERINC areas. In this regard, while it has an important place, it is merely a 
stepping stone for future research. The expression levels of the SERINC3 and SERINC5 
genes were determined using data from DNA and cDNA sequence analyses. In the patient 
samples analyzed, sequence analysis showed that 333 serine5 mutations caused 105 amino 
acid changes while 671 serine3 mutations caused 301 amino acid changes. The Gene Globe 
program was used to assess the Ct values received at the end of gene expression studies. The 
data from the genes used in the study were normalized using the GAPDH gene, and statistical 
analysis was performed using the 2-ΔΔCt formula data. The non-parametric Mann-Whitney 
test (p 0.05) was used to compare groups for expression fold change analysis. In both genes, 
different genotypes and genetic characteristics that can alter the course of the disease have 
been identified.