Sağ taraf ve sol taraf kolon kanserlerı arasındakı çoklu omik moleküler özelliklerin  kliniğe çevrilmesi
Clinical translation of multiple omic molecular features between RIGHT side and left side colon cancers
Yazar: HATİCE ÇİLEM BİNİCİER
Danışman: PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Onkoloji Ana Bilim Dalı / Translasyonel Onkoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Kolon hastalıkları = Colonic diseases ; Kolon neoplazmları = Colonic neoplasms ; Kolorektal neoplazmlar = Colorectal neoplasms ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Giriş:Dünya Sağlık Örgütü'ne göre kolorektal kanser (CRC), dünyadaki en yaygın üçüncü kanserdir. Lokasyona bağlı olarak, CRC'ler hastalığın ilerlemesi ve genel sağkalım açısından farklı davranırlar. Çalışmanın amacı, sağ ve sol taraflı CRC arasındaki çoklu omik moleküler özelliklerin halka açık transkriptom verilerini içeren portallardan bir in silico deneyi tasarlayarak tanımlanan gruplar arasındaki gen ekspresyon seviyelerini karşılaştırmaktı.
Method: Bu çalışmada, hastaların primer kolon dokusundan TCGA COAD veri tabanından elde edilen gen ekspresyon verileri kullanılmıştır. İfadesi istatistiksel olarak önemli ölçüde değişen genlerin biyolojik süreçlerini ve sinyal yollarını belirlemek için zenginleştirme analizi uygulandı.
Bulgular: Sağa göre sol KRK'da  yaşa göre(65 yaş üstü-altı) ,cinsiyete göre (kadın erkek) tüm gruplarda KEGG pathwayinde ortak yolak ;  Nöroaktive Ligand Receptor İnteraction ve   INSL5 geninin up-regüle olduğunu saptadık. Nöroaktif Ligand receptor yolağında cinsiyete göre sağa göre sol kolonda, PRRS2 geni ve Lep genleri tamamen zıt ekspresyon değişimi olduğunu tespit ettık. 65 yaş altı erkeklerde AİRE up regülasyonu olanlarda sol kolon kanseri sağa göre daha fazla görülmektedir.GO yolağında 65 yaş altı ve erkeklerde sağ göre sol KRK de epidermis development ilişkili yolaktaki genler EREG ve HOXB13 gen up regüle dolduğu saptadık.KRAS yolağındaki genlerin; tüm yaş grupları(65 yaş üstü-altı) ve cismniyette(erkek-kadın) KRK ile  ilişkili olduğunu saptadık.
Tartışma: Sağ ve  sol kolorektal kanserlerde moleküler düzeyde daha birçok farklılıklar olabileceği ve bu farklılıkların yeni hedefe yönelik tedavi seçenekleriyle birlikte bireyselleştirilmiş tedavilerde başarı sağlayacağı düşünülmektedir. Bu nedenle çalışmaların bu konuda derinleştirilmesi gerekmektedir.

Abstract:
Introduction: According to the World Health Organization, colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer globally. Depending on location, CRCs behave differently in disease progression and overall survival. The study aimed to compare gene expression levels between identified groups by designing an in silico experiment from portals containing publicly available transcriptome data of multiple ohmic molecular features between right- and left-sided CRC.
Method: In this study, gene expression data obtained from the primary colon tissue of patients from the TCGA COAD database were used. Enrichment analysis was applied to determine genes' biological processes and signaling pathways whose expression changed statistically significantly.
Results: Common KEGG pathway in all groups according to age (over 65 years-under-age) and gender (female and male) in left-right CRC; We found the Neuroactivated Ligand Receptor Interaction the INSL5 gene was up-regulated. In the neuroactive ligand-receptor pathway, we detected opposite expression changes of the PRRS2 gene and Lep genes in the left colon compared to the right according to gender. Left colon cancer is more common in men under 65 with AIRRE up-regulation than in the right. We found that the genes in the epidermis development-related pathway, EREG, and HOXB13, are up-regulated in the GO pathway and men under 65 years of age and the left CRC compared to the right. Genes in the KRAS pathway; We found that all age groups (over 65 years old and under) and physicality (male-female) were associated with CRC.
Discussion: It is thought that there may be many differences at the molecular level in the right and left colorectal cancers, and these differences will lead to success in individualized treatments with new targeted treatment options. Therefore, studies on this subject need to be deepened.