Yoğun bakım ve dışındaki servislerde yatan hastalardan izole edilen escherichia coli izolatlarında ST131 klonunun gerçek-zamanlı PZR ile araştırılması
The investigation of ST131  clon with the use of real-time PCR, in escherichia coli isolates sampled from intensive care and other service patients
Yazar: FIGEN HASLI
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ KEMAL BİLGİN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Yoğun bakım = Intensive care ; Yoğun bakım üniteleri = Intensive care units ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Amaç: Enfekte olan hastalarda tedavi başarısızlıklarının daha sık yaşandığı bilinen E. coli ST131 klonunun görülme sıklığı ve yayılım hızı, araştırılması gereken önemli bir konu olmaya devam etmektedir. Çalışmamızın amacı, hastanemizin yoğun bakımları ve diğer servislerinde yatan hastalarda izole edilen E. coli izolatları içinde ST131 klonunun Gerçek- Zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırılmasıdır. 
Materyal ve Metot: Çalışmaya yoğun bakım ve diğer servislerden izole edilen toplam 200 adet E. coli izolatı dahil edilmiştir. Türlerin tanımlanması, konvasyonel ve otomatize yöntemler kullanılarak yapılmıştır. GSBL varlığını göstermek için çift disk sinerji yöntemi kullanılmıştır. Gerçek-Zamanlı PZR yöntemi ile tüm E.coli örnekleri, ST131 klonunun belirlenmesi için araştırılmıştır.
Bulgular: Yoğun bakım örneklerinden izole edilen suşların (%51)'inin GSBL ürettiği, (%49) izolatın GSBL üretmediği saptanmıştır. Yoğun bakım dışındaki servislerden elde edilen örneklerden izole edilen suşların  (%35)'i GSBL pozitif, (%65)'i ise GSBL negatif olarak tespit edilmiştir. Toplam (%51) GSBL üreten E. coli izolatların 15 (%29.4)' i ST131 klonua sahip olduğu tespit edilmiştir. GSBL-negatif E. coli izolatların 2 (%4) tenesi pozitif olduğu belirlenmiştir. Yoğun Bakım dışından (%35) GSBL üreten E. coli izolatların 12 (%42)' i ST131 klonua sahip olduğu tespit edilmiştir. GSBL-negatif E. coli izolatların 1 (%1) tenesi pozitif olduğu belirlenmiştir.
Sonuç: Hastanemizde E. coli ST131 klonu tespit edilmiştir. Bu klonun görülmesinde yoğun bakım ya da dışı servislerde yatıyor olmak bir risk faktörü değilken, GSBL üreten izolatlarda anlamlı şekilde daha fazla rastlanmıştır. 
Anahtar Kelimeler: E. coli; ST131 klonu GSBL-pozitif; GSBL-negatif


Figen HASLİ, Yüksek Lisans Tezi
Ondokuz Mayıs Üniversitesi
Samsun, Nisan 2019

Abstract:
Objective: The prevalence and spread rate of the E. coli ST131 clone, which is known to be 'hard to cure' , continues to be an important issue to be investigated. The aim of our study is to investigate the ST131 clone in E. coli isolates from hospital intensive
care unit and other services, by real-time polymerase chain reaction.
Materials and Methods: A total of 200 E.coli isolates were included in the study. Species identification was made using conventional and automated methods. . Double disk synergy method was used to show the presence of ESBL. All isolates were examined by PCR method to investigate the presence of ST131 clone.
Findings: 51% of the strains isolated from intensive care samples produced ESBL and 49% did not. 35%  of the strains, isolated from the samples obtained from non-intensive care services were ESBL positive and 65% were ESBL negative. According to real-time PCR results; among ESBL-producing ST131 (51%) isolates, 15 (29.4%) and among ESBL-negative E.coli isolates (49%), 2 (4%) were positive. Out of Intensive Care (35%), 12 (42%) ESBL-producing E. coli isolates were found to have ST131 clone. 1 (1%) of ESBL-negative E. coli isolates were positive.
Result: E. coli ST131 clone was detected in our hospital. The presence of this clone in intensive care or outpatient services was not a risk factor, whereas ESBL-producing isolates were significantly more common.
Keywords: E. coli; ST131 clone; ESBL- positive; ESBL- negative



Figen HASLİ, M.Sc. Thesis
Ondokuz Mayis University
Samsun, 
June-2019