Hematoloji kliniklerinde takip edilen hastalardan elde edilen cytomegalovirus (CMV) suşlarında antiviral ilaç direncinin araştırılması
Investigation of antiviral drug resistance in cytomegalovirus(CMV)strains obtained from patients followed up in hematology clinics
Yazar: ŞERİFE ÇEVİK
Danışman: PROF. DR. SELMA GÖKAHMETOĞLU
Erciyes Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antiviral ajanlar = Antiviral agents ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Gansiklovir = Ganciclovir ; Hasta takibi = Follow up studies ; Kan hastalıkları = Hematologic diseases ; Sitomegalovirüs = Cytomegalovirus ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Amaç: CMV enfeksiyonları immün sistemi normal olan kişilerde çoğunlukla asemptomatik geçirilirken; transplant alıcıları gibi immün yetmezlikli hastalarda önemli bir morbidite ve mortalite nedenidir. Bu çalışmada; kemik iliği transplantasyon (KİT) ünitesi ve hematoloji kliniklerinde takip edilen hastalardan elde edilen CMV suşlarında antiviral ilaç direncinin araştırılması amaçlandı.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Erciyes Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Hematoloji ve KİT ünitesi bölümlerinde takip edilen 48 hastaya ait 51 kan örneği dahil edildi. Hastaların 21'i çocuk, 27'si ise erişkin hastaydı. CMV DNA viral yükü 1000 IU/ml ve üzeri olan hastalar çalışmaya dahil edildi. CMV suşlarında antiviral ilaç direncinin belirlenmesinde UL97 gen bölgesi için 835bp'lik; UL54 gen bölgesinde ise 979 bp'lik ve 904 bp'lik bölgelere Sanger dizi analizi yöntemi uygulandı. Sekans işlemi ABI 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, ABD) cihazında Erciyes Üniversitesi Genom ve Kök Hücre Merkezinde gerçekleştirildi. Dizilerin değerlendirme işleminde web sitesinden yararlanıldı (www.informatik.uni-ulm.de/ni/staff/Hkestler/hcmv/).
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 48 hastanın 6 (%12.5)'sında antiviral direnç mutasyonu bulundu. Antiviral direnç bulunan tüm hastalar KİT alıcısı idi. Çalışmaya dahil edilen 48 hastanın 42'si KİT alıcısı olup 6 (%14.2)'sında antiviral direnç bulundu. Bu 6 hastanın 3'ü çocuk ve 3'ü erişkin hasta idi. Çalışmada pediatri KİT alıcısı olan toplam 18 hastanın 3 (%16.6)'ünde; erişkin KİT alıcısı olan toplam 24 hastanın 3 (%12.5)'ünde antiviral direnç bulundu. Tek başına UL97 gen bölgesinde 4 hastada antiviral direnç mutasyonu saptandı. İki hastada E596G mutasyonu, iki hastada ise sırasıyla C603W ve A591V mutasyonu bulundu. Ayrıca bir hastada UL97 gen bölgesinde M460I ve C592G mutasyonları ve eş zamanlı olarak UL54 gen bölgesinde F412L mutasyonu tespit edildi. Bir hastada ise UL97 gen bölgesinde mutasyon olmadan tek başına UL54 gen bölgesinde L957F mutasyonu bulundu. Çalışmaya dahil edilen 27 hastada literatürde bildirilen ve fenotipik testlerle ilaçlara duyarlı olduğu belirlenen 11 varyant sekans (UL54'te V355A, V450A, ins885S, S897L, D898N, G474R, V927M, C961R ve K947E; UL97'de D605E ve A427V mutasyonu) saptandı. Ayrıca daha önceki yayınlarda bildirilmeyen çok sayıda varyant sekans bulundu.
Sonuç: Sonuç olarak hastalardan elde edilen CMV şuşlarının %12.5'inde antiviral ilaç direnci saptandı. Bu oranın daha önceki çalışmalara kıyasla yüksek olduğu dikkati çekmektedir. Antiviral direnç tayini, hastaların takibinde önemli olup; tedavinin planlanmasında klinisyeni yönlendirecektir. Ayrıca saptanan varyant sekansların antiviral ilaç direncindeki rolünün belirlenmesi için daha ileri çalışmalara ihtiyaç olduğu sonucuna varıldı. 
Anahtar kelimeler: CMV, gansiklovir, antiviral direnç, dizi analizi

Abstract:
Aim: CMV infections are mostly asymptomatic in individuals with normal immune system; ıt is an important cause of morbidity and mortality in immunocompromised patients such as transplant recipients. In this study it is aimed to investigate the antiviral drug resistance in CMV strains obtained from patients followed up in bone marrow transplantation (BMT) unit and hematology clinics.
Materials and Methods: Fifty one blood samples obtained from 48 patients who were monitored in Department Hematology and BMT unit in Erciyes University Health Practice and Research Center were included in the study. Twenty one of patients were children and 27 were adults. Patients with CMV DNA viral load 1000 IU / ml and above were included in the study. Sanger sequence analysis method was applied for determination of antiviral drug resistance in CMV strains, 835bp for the UL97 gene region; 979 bp and 904 bp regions for the UL54 gene region. Sequencing was performed on the ABI 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA) at Erciyes University Genome and Stem Cell Center. The website was used for the evaluation of the sequences (www.informatik.uni-ulm.de/ni/staff/Hkestler/hcmv/).
Results: Antiviral resistance mutation was found in 6 (12.5 %) of 48 patients included in the study. All patients with antiviral resistance were BMT recipients. Of the 48 patients included in the study, 42 were BMT recipients and 6 (14.2%) had antiviral resistance. Of these 6 patients, 3 were children and 3 were adult patients. In this study, antiviral resistance was found in 3 (16.6%) of 18 pediatric BMT recipients; 3 (12.5%) of 24 adult BMT recipients. Antiviral resistance mutation was detected in 4 patients in the UL97 gene region alone. E596G mutation was found in two patients and C603W and A591V mutation in two patients, respectively. In addition, M460I and C592G mutations in the UL97 gene region and F412L mutation in the UL54 gene region were detected in one patient. In one patient, L957F mutation was found in the UL54 gene region alone without mutation in the UL97 gene region. Eleven variant sequences (V355A, V450A, ins885S, S897L, D898N, G474R, V927M, C961R and K947E in UL54; D605E and A427V mutation in UL97) were identified in 27 patients included in the study, which were reported in the literature to be susceptible to drugs by phenotypic testing. In addition, a large number of variant sequences that have not been reported in the literature were found.
Conclusion: In conclusion, antiviral drug resistance was found in 12.5% of CMV strains obtained from patients. This ratio is high compared to previous studies. Determination of antiviral resistance is important in following up the patients and guiding the clinician in planning the treatment. In addition, further studies are needed to determine the role of variant sequences in antiviral drug resistance.
Key words: CMV, ganciclovir, antiviral resistance, sequence analysis