Türkiye'deki bazı deniz hıyarı (Aspidochirotida: Holothuroidea) türlerinin genetik yapısının MtDNA COI ve 16S rRNA gen bölgelerinin dizi analizi ile belirlenmesi
Determination of genetic structure of some sea cucumber species (Aspidochirotida: Holothuroidea) in Turkey by sequence analysis of MtDNA COI and 16S rRNA gene regions
Yazar: OZAN ŞEN
Danışman: DOÇ. DR. YILMAZ ÇİFTCİ
Ordu Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Balıkçılık Teknolojisi = Fisheries Technology

Özet:
Bu çalışmada, Holothuriidae ailesine ait ve Ege denizlerinden örneklenen Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata ve Holothuria sanctori türleri incelenmiştir. Türlerin mtDNA üzerinde bulunan 16S rRNA ve COI gen bölgeleri PZR ile amplifiye edilmiş ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler GenBank'tan alınan verilerle birlikte değerlendirilerek türler arası ilişkiler belirlenmiştir.
Filogenetik analizlerde COI gen bölgesi için Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata olarak 3 farklı türde çalışılmış olunup 6 haplotip belirlenmiştir. 16S rRNA gen bölgesi için Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata, Holothuria sanctori olarak 4 farklı tür çalışılmış ve 6 haplotip belirlenmiştir.   
COI ve 16S rRNA gen bölgeleri için haplotip çeşitliliği ve nükleotit çeşitliliği sırasıyla Hd: 1,000, Pi:  0,09590; Hd: 0,9290, Pi: 0,10408 olarak bulunmuştur.  Elde edilen matrikslerde baz kompozisyonları COI gen bölgesi için A:%27.98, C:%26.43, G:%18.93 ve T:%26.64 ve 16S gen bölgesi için A: %29.88, C: %23.13, G: %21.30 ve T: %25.67 olarak belirlenmiştir.
Sonuç olarak bu çalışmada, ülkemiz sularında yayılış gösteren ve önemli ticari türleri de içerisinde barındıran Holothuroidea ve Stichopodidae familyaları hakkında oldukça yetersiz ve eksik olan moleküler filogenetik araştırmaların, çalışmada değerlendirilmiş COI gen bölgesi için 3 türün ve 16S rRNA gen bölgesi için 4 türün bireyleri mtDNA üzerindeki iki gen bölgesi açısından giderilmiştir. Ayrıca bu çalışmada bazı türler için ilk kez elde edilmiş ve sonraki çalışmalar için referans olabilecek sekans verileri GenBank'a yüklenecektir.

Abstract:
In this study, the species belongs to the Holothuriidae family which sampled from Turkish waters (Aegean sea); Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata and Holothuria sanctori have been examined. 16S rRNA and COI gene regions which found on the mtDNA were amplified by PCR and sequence analysis has been performed. The obtained data were evaluated together with the data obtained from GenBank have been carried inter-species relationships were determined.
In the study, 6 haplotypes for COI gene region, and 6 haplotypes for 16S rRNA gene region have been identified. Haplotype diversity and nucleotide diversity has been found for the region COI and 16S rRNA gene, respectively; Hd: 1,000, Pi: 0,9590; Hd: 0,9290, Pi: 0,10408. On the resulting matrices base compositions for the COI gene region A:%27.98, C:%26.43, G:%18.93, T:%26.64 and for the 16S rRNA gene region: A: %29.88, C: %23.13, G: %21.30,T: %25.67 has been determined.
According to phylogenetic analysis, the species of Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata have been researched and 6 haplotypes detected for COI gene region and for 16S rRNA gene region, 4 species Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata and Holothuria sanctori have been researched and for these species 6 haplotypes detected as well.  
As a result of the study, data deficiency of families of Holothuriidea and Stichopodidae which including the commercially important species from Turkish waters has been improved with this study in terms of three gene regions on mtDNA for 5 species.  In addition, sequence data obtained the first time for some species will be uploaded to the GenBank in order to be a reference for future studies.