Çoruh Vadisi'ndeki armutların (Pyrus spp.) moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of Coruh Valley pears (Pyrus spp.)
Yazar: MEHMET RAMAZAN BOZHÜYÜK
Danışman: PROF. DR. RAFET ASLANTAŞ
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı / Meyve Yetiştirme ve Islahı Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu araştırmada 1994 yılında başlayan "Doğu Anadolu Bölgesi Meyve ve Bağ Genetik Kaynaklarının Araştırılması" projesi kapsamında 2011-2012 yılları arasında Çoruh Vadisi biyoçeşitliliği içerisinden selekte edilmiş ve Erzincan Bahçe Kültürleri Araştırma İstasyonu'ndaki koleksiyon parselinde muhafaza edilmekte olan 65 adet armut genotipi ile yerli ve uluslararası çeşitler arasındaki genetik ilişkinin moleküler düzeyde karakterize edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada ülkemizin önemli çeşitlerinden Mustafabey, Limon, Ankara ve Deveci çeşitleriyle, yabancı orijinli Santa Maria, Coscia B PLMO, Williams ve Kieffer çeşitleri referans çeşit olarak kullanılmıştır. 
Moleküler karakterizasyon için SSR yöntemi kullanılmıştır. Armut genomundan geliştirilen NH0021a, NH0027a, BGT23b, NH004A, KA4B, KA14 lokuslarının yanı sıra elma genomundan geliştirilen CH02d11, CH02b10, CH02f06 lokusları polimorfizm ve tanımlaycı özellikleri yüksek olduğundan dolayı kullanılmıştır. 
Çalışmada kullanılan 74 armut genotipi (standart çeşitler dahil) için 9 SSR lokusunda ortalama beklenen heterozigotluk değeri 0,552 olurken, ortalama gözlenen heterozigotluk değeri 0,425 olarak bulunmuş, ortalama Shannon Sabiti değeri 0,892 olarak hesaplanmıştır. CH02f06 lokusu en tanımlayıcı lokus olmuştur (PIC:0,557, Shannon sabiti:1,073, FIS:0,047). 2 genotipte (Arpa Armudu, Boşkova Armut) üçlü allellere rastlanılmıştır. Genotipler arasındaki genetik ilişki dendogramı (soyağacı) UPGMA metoduna göre oluşturulmuştur. Dendogramda birbirine yakın ve uzak genotiplerin yer aldığı 6 alt grup oluşmuştur. Çalışmada 2 sinonim durum (12-21 nolu ve 51-56 nolu genotipler) ve 5 homonim durum (3-21-23-43, 31-41, 51-56, 57-58 ve 26-38 nolu genotipler) tespit edilmiştir.
Bu çalışmayla Çoruh Vadisi armut genetik kaynaklarının birbiri ve bazı önemli standart çeşitlerle aralarındaki genetik ilişkiler belirlenmiştir. Elde edilen veriler ışığında sonraki genetik orijin çalışmalarına, ileri ıslah çalışmalarına, ülke ekonomisi açısından genetik çeşitliliğin korunmasına ve genetik kaynakların yönetimine katkı sağlanacağı düşünülmektedir.

Abstract:
In this research it was aimed to characterize genetic relationship between 65 Coruh Valley pear genotypes and standart cultivars at molecular level. Pear genotypes were selected from Coruh Valley biodiversity between 2011-2012 years within the scope of the project "Investigation of Fruit Genetic Resources in Eastern Anatolian Region" which started in 1994 year. These genotypes preserved in the collection parcel in Erzincan Horticultural Research Station. Some international pear cultivars (Santa Maria, Coscia B PLMO, Williams and Kieffer) and Turkish local pear cultivars (Mustafabey, Limon, Ankara and Deveci) were used as referance cultivars.
SSR method was used for molecular chracterization. SSR markers NH0021a, NH0027a, BGT23b, NH004A, KA4B and KA14 which were derived from pear genome and CH02d11, CH02b10, CH02f06 which were derived from apple genome were used because of their high polymorphism and defining properties.
For 74 pear genotypes (including standard cultivars) used in the study, the average expected heterozygosity value was found 0,552, the average observed heterozygosity value was found 0,425 and the mean Shannon Information Index value was calculated as 0,892. CH02f06 loci was the most identifying loci (PIC:0,557, Shannon Information Index:1,073, FIS:0,047). Triple allelles were observed in 2 genotypes (Arpa Pear, Boşkova Pear). The genetic relationship dendogram between genotypes was constructed according to UPGMA method. In the dendogram, 6 subgroups were formed. 2 synonyms (genotypes 12-21 and 51-56) and 5 homonymous (genotypes 3-21-43, 31-41, 51-56, 57-58 and 26-38) were identified.
In this research genetic relationships between Coruh Valley pear germplasm and some important standard cultivars were determined. It is considered that the obtained data will contribute to the study of next genetic origin studies, advanced breeding studies, protection of genetic diversity in terms of country economy and management of genetic resources.