Rotavirusun 0-5 yaş arası çocuklarda polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile serotiplendirilmesi ve poliakrilamid jel elektroforezi ile elektroferotiplendirilmesi
Serotyping rotavirus by PCR method and electropherotyping by PAGE between 0-5 years old children
Yazar: MELDA MERAL
Danışman: DOÇ. DR. GÜLENDAM BOZDAYI
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Elektroforez-poliakrilamid jel = Electrophoresis-polyacrylamide gel ; Poliakrilamid jel elektroforezi = Polyarcrylamide gel electrophoresis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rotavirüsler = Rotaviruses ; Stereotip = Stereotyping

Özet:
Rotavirus tüm dünyada 0-5 yaş arası çocuklarda akut gastroenteritin en önemli etkenidir. Bu çalışmada hastanemize başvuran akut gastroenteritli 0-5 yaş arasındaki çocuklarda rotavirus enfeksiyonlarının prevalansının belirlenmesi ve bölgemizde yaygın olan rotavirus serotip ve elektroferotiplerin saptanması amaçlanmıştır.Çalışma Nisan 2009 ile Şubat 2010 tarihleri arasında gastroenterit ile hastanemize başvuran 0-5 yaş arasındaki 251 hastanın gaita örnekleri ile gerçekleştirilmiştir. Antijen pozitifliği ELISA ile saptanmış ve pozitif örneklerden fenol-kloroform-izoamil-alkol methodu ile dsRNA'lar izole edilmiştir. İzolatlar PAGE ile elektroferotiplendirilmiştir. Rotavirus G ve P serotipleri RT-PZR ve Nested PZR ile belirlenmiştir.Çalışmaya alınan örneklerin 53'ü (%21.1) ELISA pozitif bulunmuştur. Bunların 31'inde (%58.5) G tipleri ve 24'ünde (%45.3) P tipleri saptanmıştır. Çalışmamızda G tiplerini G1(%16.1), G2(%12.9), G3(%38.7), G4(%25.8) ve G9 (%6.5) serotipleri, P tiplerini de P[8]( %87.5), P[6] (%8.3) ve P[9] (%4.2) serotipleri oluşturmuştur. Rotavirus G/P(%34) kombinasyonlarından en sık G3P[8] serotipi (%38.9) saptanmıştır. Dört farklı elektroferotip gözlenmiş ve E (%43.4) tipi sıklığı; E1(%43.5), E2(%43.5), E3(%4.3) ve E5(%8.7) olarak saptanmıştır.Çalışmamızın sonucunda, bölgemizde G1-4 ve G9 tiplerinin yaygınlını koruduğu, ancak belirgin şekilde G1'den G3 ve G4'e geçiş olduğu ve G9'un azaldığı gözlenmiştir. Daha önce yaygın görülen G1P[8]`in yerini G3P[8]'in aldığı saptanmıştır. Önceki çalışmalarda tüm E tipleri görülebilmesine rağmen çalışmamızda 4 E tipi tespit edilmiştir. Globalleşmenin bir sonucu olarak önceki dönemlerde rastlanan sıklıklarda sapmalar olduğu gösterilmiştir.Anahtar Sözcükler: Rotavirus, Serotip, PAGE, Elektroferotip

Abstract:
Rotavirus is the major cause of gastroenteritis between 0-5 years old children worldwide. To determine the prevalance of rotavirus infection between 0-5 years old children attended our hospital with acute gastroenteritis and to confirm the prevalent serotypes and electropherotypes in our region was aimed in this study.This study is conducted with the stool speciments of 251 children between 0-5 years old, attended our hospital from April 2009 to February 2010. Rotavirus antigen was detected by ELISA and dsRNA was extracted from the positive samples using phenol-chloroform-isoamyl alcohol method. Isolates were electropherotyped by PAGE. Serotypes G and P were determined by RT-PCR and Nested PCR.Fifty-three of the collected samples (21.1%) were ELISA positive. In 31(58.5%) and in 24(45.3%) of the samples G and P types were detected respectively. Serotypes G1(16.1%), G2(12.9%), G3(38.7%), G4(25.8%) and G9(6.5%) constituted G types and P[8]( 87.5%), P[6](8.3%) and P[9](4.2%) types constituted P types. The most predominant serotype was G3P[8](38.9%) among the identified G/P(34%) combinations. Four different electropherotypes were observed (43.4%) and the prevalance of E types were detected as; E1(43.5%), E2(43.5%), E3(4.3%) and E5(8.7%).In conclusion, it was observed that G1-4 and G9 types are stil prevalent in our region, but there is a transition from the prevalance of G1 to G3 and G4, also a decrease in G9 prevalance. Instead of previously circulated G1P[8], G3P[8] was detected as the predominant combination. Althougt all E types were visible in previous studies, only four E types were detected in our study. As a result of globalisation a diversion in the previously observed ratio was presented.Key words: Rotavirus, Serotype, PAGE, Electropherotype