Pediyatrik AML hastalarında FMS like tyrosin kinase 3 (FLT3)  ve nücleophosmin 1 (NPM1)  mutasyonları
Fms-like thyrosine kinase 3 (FLT3) and nucleophosmin 1 (NPM1)  mutations in pediatric AML
Yazar: SEVGİ BAŞER
Danışman: YRD. DOÇ. DR. NÜKET YÜRÜR KUTLAY
Ankara Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Genler = Genes ; Lösemi-miyeloid-akut = Leukemia-myeloid-acute ; Mutasyon = Mutation ; Tirozin = Tyrosine ; Çocuklar = Children

Özet:
Akut lösemiler çocukluk çağı kanserleri içinde ölümcül etkisi bilinen en yaygın hastalıklardandır. Akut Myeloid Lösemi (AML) miyeloid, eritroid, megakaryositik ve monositik hücre dizi öncülerinin çoklu gen mutasyonları ve kromozomların yeniden düzenlenmelerinden kaynaklanan bir heterojen lösemi grubudur. AML çocukluk çağı lösemilerinin %15-20?sini oluşturur. Tedavi üzerindeki yoğun çalışmalara rağmen 5 yıl hastalıksız sağ kalım oranı %50?ler civarındadır. Lösemi tedavisinde daha iyi sonuçlar elde etmek için öncelikle hastalığın patogenezinin üzerinde çalışılması gerektiği belirtilmektedir. Bu araştırmalarda saptanan belli mutasyonlar hem hastalığın nedenlerinin anlaşılması hem de asıl amaç olan tedavi için yeni fırsatlar sunmaktadır.
       Pediatrik AML?de Fms-benzeri tirozin kinaz 3 (FLT3) ve nükleofosmin (NPM1) genlerinin mutasyonlarının çocukluk çağı AML?sinde tek başına sağ kalım ve tedavi düzenlenmesindeki etkisi belirlenmiştir. FLT3 gen mutasyonu pediatrik AML?de en sık görülen mutasyonlardan biri olup sıklığı %25-30 arasındadır. FLT3 hematopetik öncü hücrelerde eksprese olur ve hematopoezde önemli rol oynar.  FLT3 gen mutasyonuna sahip hastalar daha yüksek tekrarlama riski ve daha düşük sağ kalım oranına sahiptirler. Nükleofosmin (NPM1) geni mutasyonu yetişkin AML?li olgularda %50-60 oranında görülürken pediatrik AML?de bu oran %0-12 arasındadır. NPM1 multifonksiyonel, nükleositoplazmik mekik dokuyan bir protein olup, genomik yapının sürdürülmesinde önemli görevleri vardır. NPM1 mutasyonuna sahip hastalar daha düşük tekrarlama riski ve daha yüksek sağ kalım oranına sahiptir. 
       Bu çalışmadaki amacımız; 2007-2012 yılları arasında pediyatrik hematoloji ve onkoloji kliniklerinden polikliniğimize yönlendirilen yeni tanı veya relaps tanısı almış 23 kişilik pediatrik AML hastasında FLT3 ve NPM1 genlerinin mutasyonlarının sıklığını araştırmaktır. Elde edilen sonuçlar tez kapsamında rutin olarak yapılmış olan sitogenetik, moleküler sitogenetik ve moleküler genetik sonuçları ile birlikte değerlendirilerek hastaların klinik özellikleri ile ilişkilendirildi. FLT3 ve NPM1 genlerinin mutasyonlarının prognostik önemi bilinmekle beraber bu mutasyonlarla birlikte sitogenetik, moleküler sitogenetik ve moleküler genetik sonuçların hepsinin birlikte değerlendirildiği bir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada yeni tanı veya relaps AML tanısı almış 23 çocuk hastasına ait kan veya kemik iliği örneğinde NPM1 mutasyonunun tespiti için dizi analizi, FLT3-ITD için PZR ve FLT3 ?TKD mutasyonu için RFLP yöntemleri kullanıldı.
      Çalışmamızda FLT3-ITD ve FLT3-TKD mutasyonu hiçbir olguda tespit edilmedi. NPM1 mutasyonu ise bir olguda tespit edilmiş olup mutasyon sıklığı %4,35 oranında bulunmuştur. Ayrıca iki olguda aynı NPM1 22917. lokalizasyonda aynı nokta mutasyon saptandı. Genin 3?UTR bölgesindeki bu değişiklik, tanımlı SNP ve miRNA?larla ilişkilendirilemediğinden hücre düzeyindeki fenotipik etkisi öngörülememiştir. Bu çalışma aynı zamanda ülkemizde çocukluk çağı AML?li olgularda FLT3 ve NPM1 mutasyonlarının birlikte araştırıldığı bir çalışmadır. Bu çalışmanın ülkemizde AML hastalarının izleminde FLT3 ve NPM1 mutasyonlarının varlığının araştırılması ve sonuç olarak hastaların tedavilerinin belirlenmesine yol gösterici olarak önemli katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Acute leukemias are one of the most common diseases among the childhood cancers of which mortal effects are known. Acute myeloid leukemia (AML) is a heterogeneous leukemia group that can stem from multiple gene mutations and chromosomal rearrangements of myeloid, erythroid, megakaryocytic and monocytic cell line precursors. AML constitute 15-20% of childhood leukemias. Despite the intensive efforts on treatment, 5-year disease-free survival rate is around 50%. To acquire better results on leukemia treatment, first of all the disease pathogenesis must be studied on. Therefore certain mutations assigned on leukemia pathogenesis offer new opportunities for both understanding the causes of disease and also for tHe treatment which is the main aim.
       The effect of Fms-like thyrosine kinase 3 (FLT3) and nucleophosmin (NPM1) gene mutations in pediatric AML in terms of survival and treatment arrangement was determined. FLT3 is the most frequent mutation in pediatric AML and its frequency is between 25-30%. FLT3 is expressed in hematopoietic precursor cells and plays important role in hematopoiesis. Patients that have FLT3 gene mutations have higher recurrence risks and lower survival rates. While nucleophosmin (NPM1) gene mutation is observed at 50-60% in adult AML cases, in pediatric AML cases this rate is between 0-12%. This is a multifunctional nucleocytoplasmic shuttling protein which has important roles at maintaining genomic structure. Patients that have NPM1 mutations have lower recurrence rates and higher survival rates. 
       Our aim in this study is the investigation of the frequencies of FLT3 and NPM1 gene mutations at 23 newly diagnosed or relaps diagnosed pediatric AML patients oriented from pediatric hematology and oncology clinics between the years 2007-2012. Routinely made cytogenetics, molecular cytogenetics and molecular genetics results of these patients have been assessed together with the determined mutations and have been associated with the clinical features of patients. Though the prognostic significances of FLT3 and NPM1 gene mutations are known, there is yet no study in which cytogenetics, molecular cytogenetics and molecular genetics results were all together evaluated with these mutations. In this study for the purpose of determination of   NPM1 gene mutations at 23 newly diagnosed or relaps diagnosed pediatric AML patients sequence analysis, PZR method for FLT-3 ITD and RFLP method for FLT3 ?TKD mutation   have  been used.
       In this study, in no case FLT3-ITD and FLT3-TKD mutation have been determined. In one case NPM1 mutation has been determined and its frequency has been found as 4,35%. In addition in two cases, same spot mutation has been determined in the same NPM1 22917 localisation. Since the difference in the 3?UTR region of the gene has not been correlated with the defined SNP and miRNAs, phenotypically affect at cell level could not been proposed. This is the first study of searching FLT3 and NPM1 mutations in cases with pediatric AML in our country. This study is considered to provide important contributions and guidance for observation of the patients for investigating the existence of FLT3 and NPM1 mutations and consequently for determining the treatments of patients.