Mir-96 ifadesinin otofaji üzerinde etkisinin meme kanseri hücre hatlarında araştırılması
Investigation of the effect of mir-96 expression on autophagy in breast cancer cell lines
Yazar: SEVİL KIRKBEŞ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA ULAŞLI
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Antikorlar-monoklonal = Antibodies-monoclonal ; Everolimus = Everolimus ; Hücre dizisi = Cell line ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Otofaji = Autophagy

Özet:
Kanser hücrelerinde mikroRNA'ların (miRNA) ifade seviyelerindeki farklılıklar kanser araştırmacıları için ciddi bir araştırma konusu olmuştur. Tüm kanserlerde olduğu gibi meme kanserinde de kanserleşmeyi teşvik eden veya kanserinin oluşmasını baskılayan miRNA'lar bulunmaktadır ve her geçen gün bunlara yenileri eklenmektedir. miRNA'ların günümüzde meme kanserinin teşhisi, tedavisi, ilerleyişi ve kanserin ilaca verdiği cevap konusunda kullanılabileceği düşünülmektedir. miR-96 meme kanserinde kanserin seyrinin kötüleşmesine sebep olduğu bulunmuştur. Meme kanserinde otofaji yolağının rolünün aydınlatılması kanserin tedavisinde ve ilaçların etkileşimlerinde büyük önem arz etmektedir. Her2 pozitif meme kanserinde trastuzumab ilacı sıklıkla kullanılmaktadır fakat bu ilaç çok fazla etkin değildir. Ayrıca özellikle üçlü negatif meme kanserinde de etkin bir ilaç henüz bulunamamıştır. Everolimus ilacı da mTOR baskılayıcı, dolayısıyla otofaji yolağını uyarıcı rolü olan bir ilaçtır ve meme kanserinde faz çalışmaları yapılmaktadır. Bu çalışmada meme hücre hatlarında miR-96 ifadesi ve miR-96'nın tahmini olarak hedeflediği otofaji ile ilişkilendirilen ATG16L1, ATG9A, ATG7, CTSB, TP73 genlerinin gen ifade seviyeleri ilaç verilmeden, trastuzumab ve everolimus ilaçları ayrı ayrı ve birlikte verilerek araştırılmıştır. miR-96 RT-PCR,   ATG16L1, ATG9A, ATG7, CTSB, TP73 genleri fluidigm cihazı ile qRT-PCR yöntemi kullanılarak ifade seviyelerine bakılmıştır. Yapılan gen ifade analizlerinde miR-96'nın normal epitelyum hücre hattına göre MCF-7 ve SKBR-3 meme kanseri hücre hatlarında anlamlı bir artış saptanmıştır.  MiR-96'nın tahmini hedeflediği genlerde normal epitelyum hücre hattına göre: SKBR-3'te ATG16L1, ATG9A, ATG7 genlerinde düşüş; CTSB geninde her iki hücre hattında da düşüş;  TP73 geninde ise sadece MCF-7'de aşırı bir artış anlamlı olarak gözlemlenmiştir. Everolimus ilacı verildiğinde MiR-96'da bütün hücre hatlarında anlamlı bir artış saptanmış; everolimus ve trastuzumab ilaçlarının her ikisi verildiğinde ise sadece MCF-7'de anlamlı bir artış gözlemlenmiştir.

Anahtar Kelimeler: MiR-96, otofaji, meme kanseri hücre hatları, trastuzumab, everolimus.

Abstract:
The difference of microRNAs (miRNA) expression level in cancer cells has been an important subject of cancer researchers. As in all cancers, miRNAs promoting or suppressing tumorigeneses in breast cancer were found and additional miRNAs are still being included. miRNAs are thought to be able to use in the subjects of breast cancer diagnosis, treatment, prognosis and also response of cancer to drug. The elucidation of the role of autophagy pathway in breast cancer is greatly important for cancer treatment and drug interactions. Overexpression of miR-96 was associated with poor prognosis in breast cancer. The drug, Trastuzumab, is often used in HER2 positive breast cancer but this drug is not effective enough. Moreover, no drug which is effective in especially triple negative breast cancer has been found yet. The drug, Everolimus, suppresses mTOR pathway, thus stimulates the autophagy pathway, and phase trials have been conducted in breast cancer. In this study, the expression levels of miR-96 and its theoretically targets associated with autophagy, ATG16L1, ATG9A, ATG7, CTSB, TP73 genes were investigated in breast cell lines. In addition, the expression levels were measured in the absence drug treatment and after treatment of trastuzumab and everolimus combination. qRT-PCR for miR-96 and qRT-PCR in fluidigm device for ATG16L1, ATG9A, ATG7, CTSB, TP73 genes were used to measure the expression levels. According to the gene expression analysis, a significant increase in miR-96 expression were detected in MCF-7 and SKBR-3 breast cancer cell lines, compared to normal epithelial cell line. Among genes theoretically targeted by miR-96, significant decrease in ATG16L1, ATG9A, ATG7 genes' expressions in SKBR3, significant decrease in CTSB gene expression in both cell lines and significant increase in TP73 gene expression in only MCF-7 were detected, compared to normal epithelial cell line. When everolimus was administered, miR-96 expression was found significantly increased in all cell lines; when everolimus and trastuzumab were administered together, a significant increase in miR-96 expression was measured in only MCF-7.

Key Words: Mir-96, autophagy, breast cancer cell lines, trastuzumab, everolimus.