Nevşehir yöresindeki ishalli buzağılarda Cryptosporıdıum türlerinin moleküler prevalansı ve karakterizasyonu
The molecular prevalance and characterization of Cryptosporidium spp. in calves with diarrhoea in nevsehir district
Yazar: AHMET TUNCAY ŞİMŞEK
Danışman: PROF. DR. ABDULLAH İNCİ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Parazitoloji = Parasitology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Buzağılar = Calves ; Cryptosporidium = Cryptosporidium ; Diyare = Diarrhea ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Nevşehir = Nevşehir ; Prevalans = Prevalence ; Sığırlar = Cattles

Özet:
Bu çalışma, Nevşehir yöresindeki ishalli buzağılarda cryptosporidiosis prevalansının belirlenmesi ve pozitif örneklerin moleküler karakterizasyonlarının ortaya konulması amacıyla planlanmıştır. Bu amaçla 2010-2011 yılları arasında Nevşehir'in farklı ilçe ve köylerinden toplam 150 ishalli buzağıdan dışkı örneği toplanmıştır. Dışkı örneği alınan buzağıların yaş, cinsiyet ve ırk gibi çeşitli özellikleri örnek alma tarihi ile birlikte kayıt altına alınmıştır. Dışkılardan genomik DNA ekstraksiyonunu takiben elde edilen DNA'lar Cryptosporidium soy spesifik 18S rRNA partial gen bölgesini amplifiye eden JVAF, JVAR primerleri ve JVAP TaqMan probu ile, bunun yanında C. parvum spesifik JVAGF, JVAGR primerleri ve JVAGP2 probu ile Real Time PCR analizine tabii tutulmuştur. İncelenen örneklerin 23'ü (%15,3) C. parvum, 8`i (%5,3) ise Cryptosporidium sp olmak üzere toplam 31'inde (%20,7) pozitiflik belirlenmiştir. C. parvum ve Cryptosporidium sp. pozitifliği belirlenen örnekler 18S rRNA gen bölgesi yönünden Nested PCR analizine tabii tutulmuş ve DNA bant profili ve konsantrasyonu uygun olan C. parvum için 6 ve Cryptosporidium sp. için 4 örneğin sekans analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen DNA dizileri JN245616-25 aksesyon numaraları ile GenBank'a kaydedilmiş ve filogenetik analizleri yapılmıştır. Cryptosporidium sp. belirlenen 4 örneğin filogenetik analiz sonucunda 2'sinin C. ryanae ile %100, 1'inin C. bovis ile %100 identiklik gösterdiği belirlenmiştir. Diğer 1 izolatın ise Colpodellidae ailesinden bir izolatla %97,7 oranında identik olduğu görülmüştür. C. parvum izolatların birbirleri ile ve dünyadaki farklı konaklardan izole edilmiş benzer C. parvum izolatları ile %100 identiklik gösterdiği saptanmıştır. Bu sonuçlar Türkiye'de sığır cryptosporidiosis'ine yol açan türlerle ilgili ilk moleküler karakterizasyon verileridir.Anahtar kelimeler: Cryptosporidium spp., İshalli buzağı, Prevalans, Moleküler Karakterizasyon, Nevşehir

Abstract:
This study was carried out to determine the prevalance of cryptosporidiosis and the molecular characterization of positive samples. For this aim, during between 2010 and 2011 years, totally 150 fecal samples were collected from calves with diarrhoea in different localities of Nevsehir province. The ages, genders and breeds of calves were recorded with collection dates. After the genomic DNA extraction from the fecal samples, Real Time PCR analyses were carried out with Cryptosporidium sp. and Cryptosporidium parvum?s specific primer pairs (JVAF, JVAR primers , JVAP TaqMan prob and JVAGF, JVAGR primers, JVAGP2 prob, respectively) which were amplified to different size regions of partial 18S rRNA gene. 31 (20.7%) out of examined samples in which 23 (15.3%) were belong to C. parvum and 8 were belong to Cryptosporidium sp. were found to be positive. The samples which were positive with C. parvum and Cryptosporidium sp. were analysed for 18S rRNA gene region of Cryptosporidium by Nested PCR. Than 6 and 4 isolates which had suitable DNA band profile and concentration for C. parvum and Cryptosporidium sp., respectively were sequenced. GenBank records of sequence analyzed isolates (JN245616-25) were performed and phylogenetic analyses were made. 2 of 4 Cryptosporidium sp. isolates showed 100% identity with C. ryanae and 1 showed 100% identity with C. bovis. The other 1 isolate showed 97.7% identity with an isolate belongs to Colpodellidae family?s. The C. parvum isolates showed 100% identity with some other C. parvum isolates from the world. These results are the first molecular characterization data for the species which cause bovine cryptosporidiosis in TurkeyKey words: Cryptosporidium spp., Calf with diarrhea, Prevalance, Molecular characterization, Nevsehir