Tüberküloz hastalarında FokI ve TaqI vitamin D reseptörü polimorfizmlerinin araştırılması
Investigation of FokI and TaqI vitamin D receptor polymorphisms in tuberculosis patients
Yazar: DOĞAN CAN ASLAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MAHMUT ÜLGER
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology
Dizin: Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Tüberküloz = Tuberculosis ; Vitamin D = Vitamin D

Özet:
Tüberküloz (TB), her yıl 2 milyona yakın ölüme neden olan, insan sağlığını tehdit eden önemli bir hastalıktır. TB'nin etiyolojisi ile ilgili bilgi eksikliği, hastalığın tedavisi veya önlenmesi için etkili stratejilerin geliştirilmesini engellemektedir. İnsan genetiği ile ilgili çalışmalar, yaygın hastalıkların moleküler temelini anlamak için vazgeçilmez bir yaklaşımdır. Bazı genler Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonuna konakçı yanıtlarında, hastalığın oluşumu ve seyrini düzenlemede oldukça önemlidir. Nükleotid farklılıkları, TB hastalarının immün regülasyonunu etkileyerek TB'ye duyarlılığa neden olabilir. Vitamin D Reseptör (VDR), steroid-tiroid-retinoid asit reseptör ailesine ait hücre içi bir polipeptittir. Bir dizi biyolojik işlevi aktive eden veya gen transkripsiyonlarının baskılanmasına aracılık eden özel RNA kodlayan proteinlerin sentezini başlatmak için VDR hedef hücrelerdeki DNA'ya bağlanır. 12q12 kromozomunda VDR geni, en az beş promotor bölgesi, proteinleri kodlayan sekiz ekzon ve alternatif olarak eklenmiş altı çevrilmemiş ekzon ile bulunur. FokI (rs2228570), TaqI (rs731236), BsmI (rs154410) ve ApaI (rs7975232) gibi VDR geninde iyi çalışılmış polimorfizmler, TB'nin genetik yatkınlığı için umut verici adaylardır ve bazılarının VDR aktivitesini etkilediği gösterilmiştir. Bu çalışmada VDR'yi kodlayan genlerdeki (FokI ve TaqI) tek nükleotid polimorfizmlerinin TB'ye karşı duyarlılık ya da direnç ile ilişkisinin olup olmadığı ve ilişkili ise bu polimorfizmlerin TB hastalarında sıklığının ortaya koyulması amaçlanmıştır.
Çalışmaya 84 TB hastası ve 96 sağlıklı kontrol dahil edildi. Bu kişilerden elde edilen DNA örneklerindeki tek nükleotid polimorfizmini tespit etmek için "TaqMan® Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Assays" yöntemi kullanıldı. Çalışmanın istatistiksel analizleri IBM SPSS Statistics Free Download paket program kullanılarak gerçekleştirildi.
Çalışma sonucunda VDR geni FokI rs2228570 A/G tek nükleotid polimorfizmi için genotip (p=0,42) dağılımı bakımından hasta grubu ile sağlıklı kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamadı. FokI rs2228570 gen bölgesindeki tek nükleotid polimorfizm sonuçlarına göre G allelli hasta (%74,40) ve kontrol (%69,79) gruplarında daha sık bulunmaktadır. TaqI rs731236 A/G tek nükleotid polimorfizmi real time PZR sonuçlarının değerlendirilmesi sonrası, hasta grubundan 3 kişinin ve sağlıklı kontrol grubundan 3 kişinin tek nükleotid polimorfizm sonuçları cihaz tarafından belirlenememiştir. İstatistiksel analiz 81 hasta ve 93 sağlıklı kontrol grubu üzerinden yapıldı. VDR geni TaqI rs731236 A/G tek nükleotid polimorfizmi için genotip (p=0,23) dağılımı bakımından hasta grubu ile sağlıklı kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamadı. TaqI rs731236 gen bölgesindeki tek nükleotid polimorfizm sonuçlarına göre A allelli hasta (%61,11) ve sağlıklı kontrol (%67,74) grubunda daha sık bulunmaktadır.
VDR gen bölgesi ile TB'ye genetik yatkınlık arasında bir ilişkinin olup olmadığının belirlenmesi için daha fazla hasta ve sağlıklı kontrollerin dahil edileceği çalışmalar yapılarak bu konunun aydınlatılması sağlanmalıdır.

Abstract:
Tuberculosis (TB) is a significant disease that causes nearly 2 million deaths each year and threatens human health. Lack of knowledge about the etiology of TB hinders the development of effective strategies for treating or preventing the disease. Studies of human genetics are an integrated approach to understanding the molecular basis of common diseases. Some genes are essential in the host response to Mycobacterium tuberculosis infection in regulating the occurrence and course of the disease. Nucleotide differences may affect the immune regulation of TB patients, causing susceptibility to TB. Vitamin D Receptor (VDR) is an intracellular polypeptide belonging to the steroid-thyroid-retinoid acid receptor family. The VDR binds to the DNA in target cells to synthesize specific RNA-coding proteins that activate several biological functions or mediate the repression of gene transcriptions. On chromosome 12q12, the VDR gene is found with at least five promoter regions, eight exons encoding proteins, and six alternatively spliced untranslated exons. Well-studied polymorphisms in the VDR gene such as FokI (rs2228570), TaqI (rs731236), BsmI (rs154410), and ApaI (rs7975232) are promising candidates for genetic susceptibility to TB, and some have been shown to affect VDR activity. This study was aimed at determining whether single nucleotide polymorphisms in genes encoding VDR (FokI and TaqI) are associated with susceptibility or resistance to TB and if any, the frequency of these polymorphisms in TB patients.
In this study, 84 TB patients and 96 healthy controls were included. The "TaqMan® Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Assays" method was used to detect single nucleotide polymorphism in DNA samples obtained from these individuals. Statistical analysis of the study was performed using the IBM SPSS Statistics Free Download package program.
As a result of the study, no statistically significant difference was found between the patient and healthy control groups in terms of genotype distribution (p=0.42) for the VDR gene FokI rs2228570 A/G single nucleotide polymorphism. According to the results of single nucleotide polymorphism in the FokI rs2228570 gene region, the G allele is seen more frequently in the patient (74.40%) and healthy control (69.79%) groups. After the evaluation of TaqI rs731236 A/G single nucleotide polymorphism real-time PCR results, the results of three individual from the patient group and three individual from the healthy control group could not be determined by the device. Statistical analysis was performed on 81 patient and 93 healthy control groups. There was no statistically significant difference between the patient and the healthy control groups regarding genotype distribution (p=0.23) for the VDR gene TaqI rs731236 A/G single nucleotide polymorphism. According to the results of single nucleotide polymorphism in the TaqI rs731236 gene region, A allele is seen more frequently in patients (61.11%) and healthy controls (67.74%).
To determine whether there is a relationship between the VDR gene region and genetic susceptibility to TB, studies involving more patients and healthy controls should be conducted, and this issue should be clarified.