Fermente sucuktan izole edilen laktik asit bakterilerinin antibiyotik dirençlilikleri ve biyojen amin üretimlerinin belirlenmesi
Determination of antibiotic resistance and production of biogenic amines in lactic acid bacteria isolated from fermented Turkish sausage (sucuk)
Yazar: ÖZGE YÜCEER
Danışman: YRD. DOÇ. DR. BANU ÖZDEN TUNCER
Süleyman Demirel Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Et ürünleri = Meat products ; Fermente gıdalar = Fermented foods ; Laktik asit bakterileri = Lactic acid bacteria ; Sucuk = Sausage ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Bu tez çalışmasının amacı, geleneksel fermente Türk sucuklarından laktik asit bakterilerinin (LAB) izolasyonu ve bu bakterilerin antibiyotik dirençlilik ve biyojen amin üretim özelliklerinin belirlenmesidir. Planlanan çalışma kapsamında Afyonkarahisar ilinde starter kültür kullanılmadan üretim yapan işletmelerden temin edilen 20 adet sucuk örneğinden toplam 65 adet LAB izole edilmiş ve 16S rDNA dizi analizine göre Pediococcus acidilactici (% 47.7), Enterococcus faecium (% 36.9), Lactobacillus sakei ssp. carnosus (% 4.6), Lactobacillus sakei ssp. sakei (% 4.6), Pediococcus pentosaceus (% 3.1), Enterococcus faecalis (% 1.5) ve Weissella viridescens (% 1.5) olarak tanımlanmıştır. Antibiyotik dirençlilik denemeleri sonucunda izole edilen LAB'nin klinik tedavilerde kullanılan bazı antibiyotiklere karşı dirençli olduğu bulunmuştur. Enterococcus suşları en fazla dirençliliği % 72 oranı ile rifampisine karşı gösterirken, Pediococcus suşları % 96.97 ile norfloksasine ve Lactobacillus suşları ise % 83.33 ile siprofloksasin, norfloksasin, streptomisin ve vankomisine karşı göstermiştir. Aynı zamanda çalışmada izole edilen bazı LAB'nin çoklu antibiyotik dirençlilik profillerine sahip oldukları da tespit edilmiştir. Tez kapsamında izole edilen LAB'nin hiçbirinin histidin, lisin veya ornitin amino asitlerini dekarboksile etmediği tespit edilmiştir. Ancak, Enterococcus suşlarının % 68'inin tirozini dekarboksile ederek tiramin ürettiği belirlenmiştir. PZR denemeleri sonucu tiraminojenik olduğu tespit edilen Enterococcus suşlarının hepsinin tdc geni içerdiği bulunmuştur. Enterococcus suşlarında tiramin üretimi ile tdc geni varlığı arasında % 100 korelasyon saptanmıştır.

Abstract:
The aim of the thesis is isolation of lactic acid bacteria (LAB) from traditional fermented Turkish Sausages (Sucuk) and identifying biogenic amine production capabilities of the these bacteria with the antibiotic resistance properties. The planned scope of work, total of 65 LAB were isolated from 20 sausage samples produced without the use of starter cultures obtained from enterprises in province of Afyonkarahisar and identified as accordingly, Pediococcus acidilactici (47.7 %), Enterococcus faecium (36.9 %), Lactobacillus sakei ssp. carnosus (4.6 %), Lactobacillus sakei ssp. sakei (4.6 %), Pediococcus pentosaceus (3.1 %), Enterococcus faecalis (1.5 %) and Weissella viridescens (1.5 %) based on the 16S rDNA sequence analysis. Isolated LAB's were found to be resistant to some antibiotics used in human clinical treatments as a result of antibiotic resistance experiments. While Enterococcus strains showed maximum resistance to rifampicin with 72 % rate, the strains of Pediococcus demonstrated against to norfloxacin with 96.97 % rate and Lactobacillus strains demonstrated against to ciprofloxacin, norfloxacin, streptomycin and vancomycin with 83.33 % rate. It is also determined that some LAB isolated in this study have multiple antibiotic resitance profiles. It was found that none of the LAB isolated in this thesis not decarboxylated amino acids histidine, lysine or ornithine. However, it was determined that 68 % of Enterococcus strains produced tiramine by decarboxylating tyrosine. All of the Enterococcus strains identified as tyraminogenic were found to contain tdc gene after PCR test results. In Enterococcus strains 100 % correlation were detected between tyramine production and presence of tdc gene.