Tavuklarda infeksiyöz bronşitis virusunun (IBV) RT-PCR ile saptanması, izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve antikor yanıtının araştırılması
Isolation, molecular characterization, detection by real-time RT-PCR and antibody response investigation of infectious bronchitis virus (IBV) in chickens
Yazar: UTKU YUSUF ÇİZMECİGİL
Danışman: PROF. DR. HÜSEYİN YILMAZ
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Viroloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Bronşit = Bronchitis ; Enfeksiyöz bronşit virüsü = Infectious bronchitis virus ; Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Filogenetik = Phylogenetic ; Kümes hayvanları = Poultry ; Kümes hayvanları hastalıkları = Poultry diseases ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tavuklar = Chickens ; Virüsler = Viruses

Özet:
Kanatlı hayvanların infeksiyöz bronşitis (IB) hastalığı tavukçuluk sektöründe önemli ekonomik kayıplara neden olan, her yaş grubundaki tavukları etkileyen, hızlı yayılan viral bir hastalıktır. İnfeksiyon sonucu görülen kilo kaybı, yumurtacı ve damızlıklarda yumurta veriminde düşüş, yumurta kalitesinin bozulması ve mortalite gibi nedenlerle birlikte tavuklarda boşaltım ve reprodüktif sistem bozuklukları sebebiyle önemli ekonomik kayıplar şekillenmektedir. Son yıllarda varyant IBV suşlarının saptanması ve yayılması nedeniyle birçok ülkede IBV'nin kontrolünde ve tanısında sorunlar yaşanmaktadır.
Bu tez çalışmasında, IBV'nin izolasyonu, moleküler yöntemle saptanması, genetik olarak değişken ve immun yanıtta önemli bölgenin (S1) sekans analizi yapılarak ülkemizdeki varyant IB viruslarının ortaya konulması, varyant virusların broilerlerde görülme sıklığının belirlenmesi, aşılı hayvanlarda IBV'ye karşı oluşan antikor yanıtının araştırılması amaçlandı. Bu amaçlara yönelik olarak,  Marmara, Ege ve Batı Karadeniz'de lokalize olmuş tavuk çiftlikleri ziyaret edildi. IB belirtileri gösteren her yaş civciv-tavuklardan örnekler alındı. Moleküler saptama amacıyla real-time RT-PCR ile incelendikten sonra, pozitif bulunan örneklerden embriyolu tavuk yumurtasında virus izolasyonu yapıldı. S1 geninin filogenetik analizleri yapılarak soyağacı oluşturuldu. Broilerlerde IBV antikor yanıtı ELISA ile ölçüldü.
Çalışmada real-time RT-PCR incelemelerinde  180 tavuktan alınan örneklerin 165 (%91,66)'inde IBV saptandı. İnfeksiyöz bronşitis virusunun yüksek değişkenliğe sahip S1 geni hedeflenerek yapılan filogenetik analizler sonucunda örneklerin GI-1, GI-13 ve GI-23 genogruplarında bulundukları görüldü. Yapılan ELISA çalışması sonucunda ise 144 serumun 141'inde seropozitiflik saptandı.
Sonuç olarak, real-time RT-PCR ile IBV hızlı bir şekilde saptanabilmektedir. Ayrıca Israil variant-2 virusu izole edildi. Filogenetik çalışmaların bulgularına göre, Türkiye'de mevcut Israil varyant-2 (GI-23)'nin baskınlığını sürdürdüğü ve S1 geninde az bir düzeyde farklılık olduğu saptanmıştır. Gelecek yıllarda Türkiye'de IBV varyantlarının ve aşı suşlarının takibinin yapılmasında yarar vardır.

Abstract:
The infectious bronchitis (IB) of poultry is a rapidly spreading viral disease that causes important economic losses in the poultry industry and it affects different age groups of chickens. Symptoms like weight loss, decrease in egg yield in egg layers and breeders, deterioration of egg quality and mortality, as well as urinary and reproductive system disorders in chickens as a result of the infection, causes significant economic losses. Due to the detection and spreading of new variant IBV strains in recent years, problems in control and diagnosis of IBV have been experienced in many countries.
The aim of this PhD thesis was isolation of IBV, detection with molecular methods, determination of the variant IB viruses in our country by sequencing the S1 gene which is genetically variable and important for the immune response, determination of the prevalence of these variant viruses and investigation of antibody response to IBV in broilers. According to this aim, farms were visited which localized in Marmara, Aegean and Black Sea regions. Samples were taken from chick and chickens of all ages which shows IB symptoms. These samples were analyzed with real-time RT-PCR and after that virus isolation studies were performed in embryonated eggs from RT-PCR positive samples. Sequence analyses were performed in the S1 gene of IBV. Phylogenetic analysis were made based on the sequencing data and phylogenetic tree was generated. Antibody response to IBV was measured in sampled broilers.
In this study, IBV was detected in 165 (91,66%) of the 180 chicken samples with real-time RT-PCR. Phylogenetic analysis of IBV S1 gene sequences have shown that, the infectious bronchitis viruses detected in this study were found to be in GI-1, GI-13 and GI-23 genogroup. According to the results of the ELISA, seroconversion was detected in 141 of 144 sera.
In conclusion, IBV can be detected rapidly by real-time RT-PCR and Israeli variant-2 strain was isolated from the clinical samples. The current Israeli variant-2 IBV strain (G-23) have been found to be circulating in broilers as well as Mass and variant-1 strains and slight S1 gene variation was detected. In future, it is important to monitor the IBV variants and vaccine strains in Turkey.