Veteriner mikrobiyolojide salmonellanın tanısında PCR ve bakteriyolojik yöntemlerin meta-analize uygunluğunun belirlenmesi
Evaluation of usage meta-analysis for diagnosis of salmonella spp. using PCR and bacteriological methods in veterinary microbiology
Yazar: MUHAMMET UĞUR NURALOĞLU
Danışman: PROF. DR. HAKAN YARDIMCI
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Biyoistatistik = Biostatistics ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Biyoistatistik = Bioistatistics ; Meta analizi = Meta analysis ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Salmonella = Salmonella ; Teşhis = Diagnosis ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Bu tez çalışmasında, veteriner mikrobiyolojide salmonellaların tanısında kullanılan bakteriyoloji ve PCR tekniklerine ait sonuçların, tutarlılık yönünden değerlendirilmesi için meta-analiz metodunun kullanılabilirliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
Çalışmada, belirlenen "Salmonella, PCR" anahtar kelimeleri ile yapılan taramada 1472 kaynağa ulaşıldı. Elektronik kütüphanenin duplikasyonları elemesinden sonra 698 literatür de ayıklandı ve kalan makaleler, verilerin elde edilmesi için kabul ve red kriterleri dikkate alınarak ayrıca mikrobiyoloji alanında iki uzman tarafından da bağımsız şekilde okundu.
Makaleler, çalışmaların yapıldığı hayvan türü, kullanılan numune türü, çalışmada uygulanan PCR tekniği ve makalede araştırılan Salmonella türü açısından değerlendirilerek veriler çıkarıldı. Bütün literatürlerin incelenmesi sonucunda sadece tavuklarda yapılan 2 çalışmada piliç etinde kültür ve klasik PCR tekniği kullanılarak Salmonella spp. arandığı saptandı. İncelenen ve veri çıkarılan hiçbir makalede herhangi bir istatistiki yöntem kullanılmadığı belirlendi. Elde edilen verilerin herhangi bir tanımlayıcı istatistik yöntemiyle değerlendirilmesi mümkün olmadı.
Sonuç olarak, çalışmada değerlendirilen makalelerin materyal ve metot yönünden birbirinden tamamen farklı bulunması nedeniyle verilerin standart yapıda olmadığı ve okunan makalelerdeki bu heterojenlik nedeniyle meta-analiz yönteminin, PCR ve bakteriyolojik teknikler gibi yöntemlerle elde edilen sonuçların tutarlılık yönünden karşılaştırılması amacıyla kullanılamayacağı kanısına varıldı.

Abstract:
In this thesis, the determination of usage meta-analysis was aimed in regard to consistency of results of bacteriological and PCR technics for Salmonella spp. diagnosis in veterinary microbiology.
In this study, a total of 1472 sources were reached through internet by using the key words  "Salmonella,  PCR".  Then, after the electronic library eliminated duplications, a total number of 698 articles were removed and the rest of the articles were reviewed. Finally, two expert reviewers in the field of microbiology independent of each other verified the remaining articles within the articles by the approval and refusal norms to obtain utilizable data.
Articles were evaluated according to the animal species, sample type, PCR technique and species of Salmonella and related data were generated. 
After all the available literature were investigated, only two articles were found in which culture technique and PCR were used for determination of Salmonella spp. in chicken meat. None of the articles that was examined and used for data included any relevant statistical method. Therefore, it was not possible to evaluate the obtained data by descriptive statistical methods. 
In conclusion, evaluated articles in this study was found totally different in materials and methods used in these articles. For this reason, it was thought that because of the non standart and heteregenous data in these articles, meta-analysis could not be used for comparison PCR and bacteriological methods because of lack of consistency of the obtained results.