Zeytin aldolaz ve ökaryotik translasyon başlatma faktörü 4e geninin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of olive aldolase and eukaryotic translation initiation factor 4e gene
Yazar: SÜMEYYE ALTUNOK
Danışman: DOÇ. DR. EKREM DÜNDAR
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Moleküler biyoloji = Molecular biology

Özet:
Zeytin (Olea europaea L.); Oleaceae familyasına ait, Akdeniz iklimine özgü, her dem yeşil ve uzun ömürlü, ekonomik değeri yüksek bir ağaç türüdür. Zeytin genlerinin ve bu genlerin işlevlerinin bilinmesini amaçlayan bir hedef doğrultusunda başlatılan bu çalışmada fruktoz 1,6-bifosfat aldolaz geninin ve ökaryotik translasyon başlatma faktörünün moleküler karakterizasyonu amaçlanmıştır. Genden protein elde edilirken Real-time PCR, klonlama, transformasyon, SDS-PAGE, Western Blot, Ni-NTA saflaştırma yöntemleri kullanılmıştır. Biyoinformatik analizler için ise; nükleotid ve protein BLAST (NCBI), BioEdit, ExPASy, FinchTV, CLC Genomics Workbench, Primer3, SOSUI, SignalP$ ve TMHMM programları kullanılmıştır. Biyoinformatik analizler sonucunda OeFBPA'nın; 314 aminoasitten oluştuğu ve en çok glisin aminoasitini içerdiği, 34 kDa moleküler ağırlığa sahip olduğu, hidrofobik bir protein olduğu, optimum pH değeri 7.94 olan ve OeEIF'ın 245 aminoasitten oluştuğu ve en çok glutamik asit ve lizin aminoasitlerini içerdiği, 27 kDa moleküler ağırlığa sahip olduğu, hidrofobik bir protein olduğu, optimum pH değeri 5 olduğu tespit edilmiştir. Dokusal ifade analizlerine göre OeFBPA'nın GAPDH'e göre en fazla çiçekte ifade olduğu ve "var yılı" yaprak ve pediselde de fazla oranda sentezlendiği görüldü. OeEIF'ın ubiqutine göre en fazla "var yılı" yaprakta ifade olduğu görüldü.

Abstract:
Olive (Olea europaea L.) is a fruit tree which belongs to the Oleaceae family. It's specific to the Mediterranean climate, evergreen, long-lasting and it has high a economic value. In this study, molecular characterizations of fructose 1,6-bisphosphate aldolase and eukaryotic translation initiation factor were aimed. To produce protein from the genes the following purification methods were used: Real-time PCR, cloning, transformation, SDS-PAGE, Western Blot, Ni-NTA. And for bioinformatics analysis; nucleotide and protein BLAST (NCBI), BioEdit, ExPASy, FinchTV, CLC Genomics Workbench, Primer3, SOSUI, SignalP and TMHMM. Bioinformatic analyses for OeFBPA revealed the following results: it's 314 amino acids long (it contains 314 aminoacids) and contains mostly glycine (rich in glycine). Its molecular mass is 34 kDa, it's an hydrophilic protein and it's optimum pH value is 7.94 pH. Bioinformatics analysis for OeEIF revealed it had 245 amino acids (it contains 245 aminoacids) and it was rich in glutamic acid and lysine. OeEIF's molecular mass was calculated as 27 kDa. It was predicted as an hydrophilic protein and its optimum pH value appeared 5. The spatial expression results revealed OeIF4E expressed about 30 fold more than the housekeeping gene (ubiquitin) in leaves. Comparing the "on year" and "off year" leaves, the gene appeared to express more in "on year" leaves suggesting a role in nutrition supply for fruit formation and / or fruit development.