hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
SMA tedavisinde kullanılan risdiplam molekülünün kısa nükleik asit dizileriyle etkileşimlerinin hesapsal yöntemlerle incelenmesi
Computational investigation of the interactions of the risdiplam molecule used in SMA treatment with short nucleic acid sequences
Yazar: GÜLDEN AYDIN
Danışman: PROF. DR. NURSEL AÇAR SELÇUKİ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Kimya = Chemistry ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: mRNA = mRNA

Özet:
Bu tez çalışmasında, SMA hastalığının tedavisinde kullanılan Risdiplam molekülü ile SMN2 genine karşılık gelen pre-mRNA Exon7 sekansının dinükleotidlere bölünerek (GG, UU, AA, UA, AG, GA, AC, CA, UC, GU, AU) oluşan 11 Ribodinükleotit arasındaki etkileşimler, bağlanma bölgeleri, enerjileri ve konformerlerindeki değişiklikler hesapsal olarak incelenmiştir. Risdiplam ile Ribodinükleotitlerin etkileşmesinden elde edilen sonuçlar doğrultusunda etkileşim mekanizmasının aydınlatılmıştır.
Hesapsal çalışmada, öncelikle Risdiplam'ın konformasyonel analizi yapılmıştır. Risdiplamın en kararlı konformeri ile 11 Ribodinükleotitin kombinasyonları oluşturulmuş (AA-R, GG-R, UU-R, AG-R, UA-R, AC-R, GA-R, CA-R, UC-R, GU-R, AU-R) her bir kombinasyondan 14 olası yapı, DFT /ωB97XD/6-31+G(d,p) baz seti kullanılarak su fazında optimizasyonları yapılmıştır ve en kararlı yapılar belirlenmiştir. Moleküller arasındaki bağlanma bölgeleri, bağ çeşitleri ve kuvvetleri hesaplanmıştır. Ayrıca Moleküler kenetleme çalışmaları ile bağlanma enerjileri elde edilmiştir. Sonuç olarak, Risdiplam molekülünün CA Ribodinükleotiti ile en iyi bağlanma ilgisini gösterdiği görülmüştür. Moleküler kenetleme sonuçları DFT sonuçları ile uyumlu çıkmıştır.

Abstract:
In this thesis, the interactions between Risdiplam molecule used in the treatment of SMA disease and 11 Ribodinucleotides formed by splitting the pre-mRNA Exon7 sequence corresponding to SMN2 gene into dinucleotides (GG, UU, AA, UA, AG, GA, AC, CA, UC, GU, AU), binding sites, energies and changes in their conformers were computationally analyzed. It was aimed to elucidate the interaction mechanism in line with the results obtained from the interaction of Risdiplam and Ribodinucleotides.
In the computational study, firstly, the conformational analysis of Risdiplam was performed. Combinations of the most stable conformer of Risdiplam and 11 ribodinucleotides (AA-R, GG-R, UU-R, AG-R, UA-R, AC-R, GA-R, CA-R, UC-R, GU-R, AU-R) were created and 14 possible structures from each combination were optimized in the water phase using the DFT /ωB97XD/6-31+G(d,p) basis set and the most stable structures were determined. The bonding sites, bond types and bond strengths between the molecules were calculated. In addition, binding energies were obtained by molecular docking studies. As a result, Risdiplam molecule showed the best binding affinity with CA Ribodinucleotide. Molecular docking results were in agreement with the DFT results.
Yaşlı bireylerde müziğin uyku kalitesi ve konfor düzeyine etkisi
The effect of music on sleep quality and comfort level in the elderly individuals
Yazar: DERİN FADİME KÖKSAL
Danışman: PROF. DR. YASEMİN YILDIRIM
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / İç Hastalıkları Hemşireliği Ana Bilim Dalı / Geriatri Hemşireliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Geriatri = Geriatrics
Dizin: Uyku kalitesi = Quality of sleep

Özet:
Bu çalışma, 65 yaş ve üzeri bireylerde müziğin uyku kalitesi ve konfor düzeyine etkisini incelemeyi amaçlamaktadır. Araştırmanın örneklemi, Ocak 2023- Nisan 2023 tarihleri arasında Buca Seyfi Demirsoy Eğitim ve Araştırma Hastanesi Dahiliye servisinde yatmakta olan 30 kişiden oluşmaktadır. Deney grubundaki bireylere bir hafta boyunca üç gün, 30 dakika boyunca özel olarak bestelenmiş "MusiCure®" kompozisyonları dinletilmiştir. Uyku kalitesi ve konfor düzeyleri, Richard Campbell Uyku Ölçeği ve Genel Konfor Ölçeği Kısa Formu ile ilk ve dördüncü günlerde değerlendirilmiştir. Kontrol grubundaki bireylere herhangi bir uygulama yapılmadan aynı ölçümler gerçekleştirilmiştir.
Çalışma bulguları, müzik dinletilen deney grubunda uyku kalitesi ve konfor düzeylerinin anlamlı derecede arttığını göstermiştir. Deney grubundaki bireylerin uyku kalitesi ölçeği puan ortalaması ilk günde 50.33±25.11 iken, dördüncü günde 66.88±21.61 olarak tespit edilmiştir. Konfor düzeyi de benzer şekilde artmış ve deney grubunda müzik uygulaması sonrası konfor puan ortalaması anlamlı bir artış göstermiştir. Bu sonuçlar, müzik uygulamasının yaşlı bireylerin uyku kalitesi ve konfor düzeyini olumlu yönde etkilediğini ortaya koymaktadır.

Abstract:
This study aims to examine the effects of music on sleep quality and comfort levels in individuals aged 65 and above. The sample consists of 30 individuals hospitalized in the Internal Medicine service of Buca Seyfi Demirsoy Education and Research Hospital between January 2023 and April 2023. The individuals in the experimental group were exposed to specially composed "MusiCure®" compositions for 30 minutes, three days a week, for one week. Sleep quality and comfort levels were assessed on the first and fourth days using the Richard Campbell Sleep Scale and the General Comfort Scale Short Form. The same measurements were performed on the control group without any intervention.
The study findings showed that sleep quality and comfort levels significantly increased in the experimental group who listened to music. The average sleep quality scale score of individuals in the experimental group was 50.33±25.11 on the first day and increased to 66.88±21.61 on the fourth day. Similarly, comfort levels increased, with the average comfort score significantly improving after the music intervention in the experimental group. These results indicate that music application positively affects the sleep quality and comfort levels of elderly individuals.
Ud ses tablasında cila uygulamalarının ses özellikleri üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effects of polish applications on the sound properties of the oud soundboard
Yazar: RECEP ÖZDEMİR
Danışman: DOÇ. DR. ALİ MARUF ALASKAN
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Türk Müziği Ana Bilim Dalı / Türk Müziği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Müzik = Music

Özet:
Ahşap malzemenin müzik aletlerinin üretiminde kullanılması çok eskilere dayanmaktadır. Ahşap materyal estetik ve ses özellikleri açısından diğer malzemelere kıyasla müzik aleti yapımda kullanılan en önemli materyaldir. Kullanılan ağaç materyalin cinsine bağlı olarak müzik aletinin ses özelliklerinde değişiklik gözlemlenmektedir. Müzik aletlerinin ses tablalarında genellikle iğne yapraklı ağaçlar, gövde ve sap kısımlarında ise yapraklı ağaçların kullanımı tercih edilmektedir. Ses tablası yapımında kullanılan odunlarda düşük özgül ağırlık, yüksek elastikiyet modülü aranan başlıca özellikler arasındadır. Bu gerçekleştirilen çalışma da odun türünün akustik özelliklerinin iyileştirilmesi amacı ile kontrollü cilalama gerçekleştirilecektir. Odunun içerdiği rutubet miktarının akustik özellikleri üzerine etkisi büyük olup artması durumunda odunun akustik özelliklerini olumsuz etkilendiği bilinmektedir. Ayrıca rutubet içeriğine bağlı olarak müzik enstrümanlarının akort ve entonasyon ayarlarının bozulması da söz konusudur. Rutubet miktarının odunda istenen seviye de kalabilmesi için farklı cila türleri kullanılacaktır. Udun ses tablasında ki akustik özelliklerin en maksimum seviyede korunabilmesi için farklı cila türleri ile yüzeyleri kaplanarak ses analizleri yapılacaktır.

Abstract:
The use of wood in the production of musical instruments dates back to ancient times. Wooden material is the most important material used in making musical instruments compared to other materials in terms of aesthetics and sound properties. Depending on the type of wood material used, changes in the sound characteristics of the musical instrument are observed. Coniferous trees are generally preferred in the soundboards of musical instruments, and leafy trees are preferred in the body and neck parts. Low specific gravity and high modulus of elasticity are among the main features sought in the wood used in soundboard construction. In this study, controlled polishing will be carried out in order to improve the acoustic properties of the wood type. It is known that the amount of moisture contained in wood has a great impact on its acoustic properties, and if it increases, the acoustic properties of wood are negatively affected. In addition, depending on the moisture content, the tuning and intonation settings of musical instruments may deteriorate. Different types of polish will be used to keep the moisture content in the wood at the desired level. In order to preserve the acoustic properties of the oud's soundboard at the maximum level, its surfaces will be coated with different types of polish and sound analyzes will be carried out.
Yassıtepe Höyüğü Erken Tunç Çağı I mimarisi
The Early Bronze Age I architecture of Yassıtepe Höyüğü
Yazar: ÖZGEN ÇELİK
Danışman: DOÇ. DR. ZAFER DERİN
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Arkeoloji Ana Bilim Dalı / Protohistorya ve Önasya Arkeolojisi Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Arkeoloji = Archeology
Dizin: Arkeoloji = Archaeology ; Batı Anadolu = West Anatolia ; Erken Tunç Çağı = Early Bronze Age ; Hanehalkı = Household ; Mekan = Space ; Mekansal analiz = Spatial analysis ; Mimari = Architectural

Özet:
Bu çalışma, İzmir Yassıtepe Höyüğü'nün Erken Tunç Çağı I sürecinde mimarisini ve yapıların mekân analizlerini ele almaktadır. Çok katmanlı yapıya sahip olan yerleşimde yapılar inşa, kullanım ve terk süreçlerini içeren bir döngüyü ortaya koymaktadır. Bu döngünün inşa aşamasında mimarinin fiziksel unsurları ve yapım teknikleri incelenmiştir. Tezin en kapsamlı kısmını oluşturan kullanım aşamasında yapılar için arkeolojik mekân analizleri uygulanmıştır. Bu analizler, yapıların genel mimarisi, mimari döşemler ve yapıların içerdikleri buluntuların nitelik ve nicelik bakımından mekânsal dağılımlarını içeren bir dizi değerlendirmeden oluşmaktadır. Terk süreçleri ise benzer verilerin kullandığı yorumlamaları içermektedir. 
Mekânsal analizler ile Yassıtepe yerleşimcilerinin faaliyet alanları ve türlerinin belirlenmesi yoluyla başta gündelik yaşantıları olmak üzere sosyal yapılanmalarının ortaya koyulması hedeflenmiştir. Gerçekleştirilen çalışma, Batı Anadolu'nun MÖ. 3. bin yılın başındaki sosyo-kültürel yapısının anlaşılmasına katkı sağlayacaktır.

Abstract:
This study examines the architecture and spatial analyses of structures from the Early Bronze Age I period at İzmir Yassıtepe Mound. The settlement, characterized by a multi-layered structure, reveals a cycle that includes the buildings' construction, use, and abandonment phases. In the construction phase of this cycle, the physical elements of the architecture and building techniques were examined. The most comprehensive part of the thesis is the use phase, during which archaeological spatial analyses were applied to the buildings. These analyses consist of a series of evaluations, including the general architecture of the buildings, architectural floors, and the spatial distributions of the artefacts contained within the structures in terms of their quality and quantity. The abandonment phases include interpretations using similar data.
The spatial analyses aim to determine the activity areas and types of the Yassıtepe settlers, thereby revealing their social structures, particularly their daily lives. This study will contribute to the understanding of the socio-cultural structure of Western Anatolia at the beginning of the 3rd millennium BC.
Hellenistik Dönem'de Kos Adası'nda amphora üretimi ve mühürleme sistemleri
Amphora production and stamping systems of Kos Island during Hellenistic period
Yazar: GÖKMEN ELMALI
Danışman: PROF. DR. GONCA CANKARDEŞ ŞENOL
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Arkeoloji Ana Bilim Dalı / Klasik Arkeoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Arkeoloji = Archeology
Dizin: Klasik arkeoloji = Classical archeology

Özet:
Yapılan çalışmaların gösterdiği üzere Kos ve çevresi MÖ 4. yüzyılın ikinci yarısından itibaren mühürlü amphora üretimi gerçekleştirmiştir. Hellenistik Dönem boyunca mühürlü amphora üretimi gerçekleştirilmiştir ancak mühürleme mekanizmasının Knidos, Rhodos ve Thasos yerleşimlerinden biraz farklı işlediği anlaşılmaktadır. İlk bakışta Kos ve çevresinde üretilen amphoralara yapılan mühürleme işlemi seyrek ve gelişigüzel gibi gözükse de çalışmanın gelişimi neticesinde bu işlemin bir sisteme bağlı gerçekleştirildiği anlaşılmıştır. Çalışmamız içerisinde 5000'e yakın mühür değerlendirilmiş, bu mühürler üzerinden 280 farklı isim ve 1208 adet kalıp tespit edilmiştir. Antik çağ ekonomisinin değerlendirilmesinde önemli bir yeri olduğu düşünülen mühürlerin ve mühürler üzerinde görülen isimlerin bize sunabilecekleri farklı açılardan incelenerek arkeolojik yöntemlerden uzaklaşmadan bilimsel etik çerçevesinde ortaya koyulmaya çalışılmıştır.

Abstract:
According to the academic studies done on Kos and its "circle" has begun to put stamp on the amphorae as early as the second half of the 4th century BC. Production of stamped amphorae continued during the Hellenistic Period, since the mechanism of the stamping differed from the likes of Knidos, Rhodes and Thasos it deemed to be tough to interpret it. Amphorae produced on Kos and its "circle" might seem to be stamped scarcely and in a haphazard way, our study has shown that stamping was indeed a purposeful and systematic process. In this dissertation roughly 5000 stamps were studied. Through these stamps 280 different personal names and 1208 dies that were used for the stamps were identified. Stamps and names that appear on stamps are regarded highly for their importance for adding to our understanding of the ancient economy, in this dissertation those two elements were examined from different perspectives without distancing from the methods of archaeology and scientific ethics.
Roma döneminde pişirme düzeneği ve gereçleri
Cooking installation and utensils in Roman period
Yazar: ŞERİFE EDA ALTIPARMAK
Danışman: PROF. DR. HÜSEYİN CEVİZOĞLU
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Arkeoloji Ana Bilim Dalı / Klasik Arkeoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Arkeoloji = Archeology

Özet:
Mutfak kültürü ve mutfak gereçleri, antik toplumları anlamak adına son derece önemli verilerdir. Roma dönemi, mutfak kültürü ve teknolojileri; özellikle Hellen kültürü olmak üzere birçok farklı kültüründen etkilenmiştir, aynı zamanda hem antik hem modern dünyadaki çeşitli kültürleri de etkisi altında bırakmıştır. Roma dönemi mutfak kültürü, mutfak düzenek ve gereçlerinin kronolojik ve tipolojik olarak incelemeleri, arkeolojik veriler, antik metinler ve modern çalışmaları birleştiren yaklaşımla sunulmuştur. Roma mutfaklarının düzeni ve tasarımı, kullanılan yemek pişirme olanakları tartışılmıştır. Romalıların mutfak mekânlarındaki düzenlemeleri, mutfak kapları ve antik metinleri arasındaki ilişki Klaros Kutsal Alanı YK Sektörüne ait verilerle desteklenmiştir.

Abstract:
The culture of cuisine and kitchen utensils are crucial data for understanding ancient societies. The Roman period was significantly influenced by various cultures, particularly Hellenistic culture, and it also impacted a wide range of cultures in both ancient and modern worlds. The study of Roman-era kitchen culture, equipment, and technologies is presented chronologically and typologically, integrating archaeological evidence, ancient texts, and modern research. The layout and design of Roman kitchens, along with cooking methods employed, are discussed. The arrangement of Roman kitchen spaces and the relationship between kitchen utensils and ancient texts are supported by data from the Klaros Sanctuary YK Sector.
Topluluk öğrenmesi tabanlı yöntemler üzerine
On ensemble learning based methods
Yazar: ELİF HAZAL KARA DUMAN
Danışman: PROF. DR. BURAK ORDİN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı / Bilgisayar Bilimleri Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control ; Matematik = Mathematics

Özet:
Veri sınıflandırma, makine öğrenimi alanında çalışılan önemli problemlerdendir. Bu problem tıp, finans, mühendislik ve pazarlama gibi çok çeşitli alanlarda hastalık teşhisi, kredi risk analizi, müşteri segmentasyonu gibi önemli uygulamalara sahiptir. Bu nedenle problemin etkin çözümü için sürekli bir arayış söz konusudur. Problemin çözümü için Karar Ağaçları, Destek Vektör Makinaları ve Rastgele Orman gibi geleneksel sınıflandırma yöntemleri üzerinde pek çok çalışma mevcut iken, daha etkin çözümler elde edebilmek adına, yeni arayışlar sonucu topluluk öğrenme teknikleri geliştirilmiştir. 
Bu tezde, yukarıda sözü edilen topluluk öğrenmesi tabanlı yöntemler ayrıntılı olarak incelenmiştir. AdaBoost topluluk öğrenme yöntemi ele alınıp, farklı ölçeklerdeki veri setlerindeki performansları analiz edilmiştir. Bir veri setinin büyüklüğü, dengesi ve kalitesi gibi faktörlerin modelin başarı oranı üzerindeki etkisi incelenip, kullanılan modelin genelleştirme kabiliyeti ve güvenilirliği üzerine de bulgular araştırılmıştır. Hesaplama denemeleri, Python programlama dili kullanılarak UCI Machine Learning Repository ve Kaggle'dan elde edilen altı veri seti üzerinde gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
Classification of data is one of the significant problems studied in the field of machine learning. This problem has critical applications in various fields such as medicine, finance, engineering, and marketing, including disease diagnosis, credit risk analysis, and customer segmentation. Therefore, there is a constant search for effective solutions to this problem. While there have been numerous studies on traditional classification methods such as Decision Trees, Support Vector Machines, and Rastgele Ormans, ensemble learning techniques have been developed as new approaches to achieve more effective solutions.
In this thesis, the aforementioned ensemble learning-based methods are examined in detail. The AdaBoost ensemble learning method is addressed, and its performance on datasets of different scales is analyzed. Factors such as the size, balance, and quality of a dataset and their impact on the model's success rate are examined, and findings on the generalization capability and reliability of the model used are also investigated. Computational experiments were conducted on six datasets obtained from the UCI Machine Learning Repository and Kaggle using the Python programming language.
Basketbol kulüplerinde diyalojik halka ilişkiler: Türkiye ve NBA karşılaştırmalı analizi
Dialogical public relations in basketball clubs: Comparative analysis of Türkiye and NBA
Yazar: HÜSEYİN DEMİR
Danışman: PROF. DR. MİNE SARAN
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Halkla İlişkiler ve Tanıtım Ana Bilim Dalı / Halkla İlişkiler ve Tanıtım Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Halkla İlişkiler = Public Relations

Özet:
Basketbol kulüplerinde diyalojik halkla ilişkiler, kulüplerin taraftarları ve kamuoyuyla etkin bir şekilde iletişim kurmalarını sağlamak için kullanılan bir stratejidir. Türkiye ve NBA arasında bu konuda yapılan karşılaştırmalı analiz, iki farklı kültürel ve kurumsal yapıdaki kulüplerin diyalojik halkla ilişkiler uygulamalarını incelemektedir. Türkiye'deki basketbol kulüpleri genellikle daha geleneksel iletişim yöntemlerine ve yerel medya kanallarına yönelirken, NBA kulüpleri dijital platformları ve sosyal medyayı daha yoğun ve etkileşimli bir şekilde kullanmaktadır. NBA, küresel bir marka olarak, daha geniş bir kitleye hitap etme kapasitesine sahipken, Türkiye'deki kulüpler genellikle yerel ve bölgesel düzeyde etkinlik göstermektedir. Bu bağlamda, NBA kulüplerinin halkla ilişkiler stratejileri, taraftar katılımını artırmak ve marka sadakati oluşturmak için ileri teknolojileri ve veri analizini kapsamlı bir şekilde kullanırken, Türkiye'deki kulüpler, yerel kültürel dinamikleri ve geleneksel medya kanallarını daha çok dikkate almaktadır. Bu karşılaştırmalı analiz, her iki yapıdaki kulüplerin diyalojik halkla ilişkiler uygulamalarını anlamak ve geliştirmek için önemli ipuçları sunmaktadır.

Abstract:
Dialogical public relations in basketball clubs is a strategy used to ensure that clubs communicate effectively with their fans and the public. The comparative analysis conducted between Turkey and the NBA on this subject examines the dialogic public relations practices of clubs with two different cultural and institutional structures. While basketball clubs in Turkey generally turn to more traditional communication methods and local media channels, NBA clubs use digital platforms and social media more intensively and interactively. While the NBA, as a global brand, has the capacity to appeal to a wider audience, clubs in Turkey generally operate at a local and regional level. In this context, while the public relations strategies of NBA clubs extensively use advanced technologies and data analysis to increase fan participation and create brand loyalty, clubs in Turkey take more into account local cultural dynamics and traditional media channels. This comparative analysis offers important clues to understand and improve the dialogic public relations practices of clubs in both structures.