Gökçeada keçilerinin mikrosatellit belirteçler yardımıyla genetik yapılarının incelenmesi
Genetic research on the Gökceada goat breed using microsatellite markers
Yazar: RABİA ISAKSSON
Danışman: DOÇ. DR. HARUN CERİT
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Zootekni (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Keçiler = Goats ; Mikrosatelitler = Microsatellites ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çanakkale-Gökçeada = Çanakkale-Gökçeada

Özet:
Gökçeada keçileri Türkiye'de Çanakkale ilinde sınırlı bir alanda yetişen bir keçi populasyonudur. Doğal seleksiyon yoluyla varlığını sürdürmüş olan bu keçi ırkı üzerinde bir genetik çalışma yapılmıştır. OARCP34, ILSTS008, BM4621, ILSTS005, ILSTS011 ve BM1818 mikrosatellit lokusları çalışma için belirlenerek analizler bu lokuslar üzerinden yapılmıştır. Bu çalışmada Gökçeada'da yaşayan keçilerden toplamda 55 hayvan olmak üzere kan örnekleri toplanmış, Chelex ve Fenol- Kloroform İzoamil alkol yöntemleri ile DNA ekstraksiyonu ve izolasyonu yapılmıştır. Genomik DNA %2'lik agaroz jel elektroforezi ile UV kaynağı altında görüntülenmesi ardından DNA'ların saflıkları spektrofotometre ile belirlenmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) çalışması için fenol kloroform izoamilalkol yöntemi ile elde edilen DNA'ların kullanımı tercih edilmiştir. Mikrosatellit lokusların allel dağılımları %4'lük poliakrilamid jel üzerinde gümüş boyama yöntemi ile görünürleştirilmiştir. Üzerinde çalışılan lokusların allel frekansları, gözlenen ve beklenen heterozigotluk değerleri ve Hardy-Weinberg dengesine uyumları tespit edilmiştir. Bunların yanı sıra bu mikrosatellit lokuslar için uyum olasılığı, ayrımlama gücü, dışlama gücü, polimorfik bilgi içeriği, kombine ayrımlama gücü, kombine dışlama gücü değerleri de hesaplanmıştır. Araştırma sonunda ILSTS008 ve BM4621 lokusları haricinde Hardy-Weinberg dengesine uyumsuzluk gözlenmemiştir. 6 lokus için elde edilen kombine ayrımlama gücü 0,9999 ve kombine dışlama gücü 0,9862 ve polimorfik bilgi içeriği ortalaması da 0,7985 olarak hesaplanmıştır. Elde edilen veriler doğrultusunda OARCP34, ILSTS011 ve BM1818 mikrosatellit lokuslarının daha ileriki çalışmalarda kullanılmasının uygun olduğu söylenebilir.Anahtar Kelimeler : Belirteç, keçi, lokus, mikrosatellit, PZR, Gökçeada Keçisi

Abstract:
Gökçeada goats are a local goat population which lives in a confined space in Çanakkale province of Turkey. This study was carried on Gökçeada goat population which existed through natural selection. OARCP34, ILSTS008, BM4621, ILSTS005, ILSTS011 and BM1818 are the microsatellite markers attended and all the analyses carried on these loci. In this study there were 55 Gökçeada goats used for collecting blood samples. Chelex and Fenol-Chloroform Isoamylalcohol methods were used to exctract and to isolate the DNA. Genomic DNA was visualised by gel electrophoresis under UV source and DNA purification was tested by spectrophotometer. DNA extraction by the phenol choloroform isoamylalcohol method was chosen to use in polymerase chain reaction (PCR). The allelic distribution of microsatellite markers were visualised by silver staining method on 4% polyacrylamide gel. Allelic frequencies, observed and expected heterozygosity values and Hardy-Weinberg equilibrium compliance was tested on the loci were studied. Also matching probability, power of discrimination, power of exclusion, polymorphic information content, combined power of exclusion and combined power of discrimination values were calculated. The results showed that there were no other loci than ILSTS008 and BM4621 not matching with Hardy-Weinberg equilibrium. The combined power of exclusion value calculated for all the loci was 0,9999 and the combined power of discrimination value was 0,9862 and the average polymorphic information content value was 0,7985. By the guidance of the data gained with this study the microsatellite loci of OARCP34, ILSTS011 and BM1818 can be considered to use in the further studies.Key Words: Marker, goat, locus, microsatellite, PCR, Gökçeada goat