Çocukluk yaş grubunda başlayan sistinüri tanılı hastalarda genetik çalışma ve kliniğe yansıması
Genetic study and clinical presentation in patients with cystinuria in the childhood age group
Yazar: ÇAĞRI ÖZÇELİK
Danışman: PROF. DR. ALİ ANARAT
Çukurova Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Nefroloji = Nephrology
Dizin: Böbrek hastalıkları = Kidney diseases ; Böbrek taşları = Kidney calculi ; Genetik = Genetics ; Mutasyon = Mutation ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Sistinüri = Cystinuri ; Çocuk hastalıkları = Child diseases ; Çocuklar = Children ; Üriner sistem = Urinary tract ; Üriner taşlar = Urinary calculi

Özet:
Amaç: Bu çalışmada çocukluk yaş grubunda başlayan sistinüri tanısıyla takipte olan hastalarda genetik çeşitliliği belirlenmesi, genetiğin kliniğe etkisinin değerlendirilmesi hastaların genetik yapıları ile hastalığın seyri ve prognozu arasındaki ilişkiler tespit edilerek, literatüre katkı sağlanması amaçlandı.
Gereç ve Yöntemler: Bu çalışma Şubat 2017-Şubat 2018 tarihleri arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Nefrolojisi Bilim Dalında yapıldı. Çalışmanın birinci aşamasında; 2000-2018 yılları arasında çocukluk çağında başlayan sistinüri tanısıyla takibe alınan 62 hastanın dosyaları retrospektif incelendi, karakteristik verileri irdelendi. Çalışmanın ikinci aşamasında; kan verme, idrar toplama ve genetik analizler için 31 gönüllü sistinüri hastası belirlendi. Bütün hastaların taş etiyolojisi açısından biyokimyasal değerlendirme ve genetik analizlerinin yapılması için kan örnekleri alındı. Aynı hastalardan 24 saatlik idrar örnekleri toplanarak idrar biyokimyasal analizleri uygulandı. Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Genetik Bilim Dalında iki gen dizi analizleri ve sanger dizileme yöntemi ile analizleri yapıldı. Elde edilen verilerle; Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı'nda istatiksel analiz yapıldı.
Bulgular: Sistinüri tanısıyla izlemimizde olan 31 hastada SLC3A1 ve SLC7A9 genleri için bilinen 15 mutasyon saptanırken; 16 hastada da polimorfizme rastlandı. Herhangi bir yeni mutasyon saptanmadı. Mutasyon ve polimorfizm varyanta sahip her iki grup karşılaştırıldığında klinik başlangıç yaşı, ilaç kullanımı, başlangıç semptomları, operasyon öyküleri ile birlikte; idrar sistin atılımları, böbrek fonksiyonları ve diğer idrar biyokimyasal parametreleri açısından istatiksel olarak anlamlı farklılık bulunamadı. SLC3A1 ve SLC7A9 mutasyonu taşıyan grupların karşılaştırılmasında ise 24 saatlik idrarda sistin atılımları ve üriner sistinin kreatinine oranları SLC3A1 grubunda anlamlı derecede yüksek bulundu. Diğer parametrelerde anlamlı fark bulunamadı.
Sonuç: Çalışmamızda tedaviye rağmen hastaların idrar sistin atılımları önemli derecede yüksek bulundu. Hastaların genetik analizlerinde ise %51,6 (16/31) gibi yüksek bir oranda polimorfizm saptandı. Sistinüri etyolojisinde yeri bilinen SLC3A1 ve SLC7A9 genlerine ait bilinen mutasyon saptanamayan bu 16 hasta klinikleri ile birlikte değerlendirildi. Literatürle birlikte değerlendirildiğinde polimorfizm varyantları direkt hastalık etkeni sayılmamakla birlikte tekrarlayan taş oluşturan, şiddetli klinik seyir gösteren ancak patojenik mutasyon gösterilemeyen 16 hastada (%51,6) hastalığa yatkınlıkla ilişkilendirilmesinin yanısıra; hastalıktan sorumlu olabilecek başka genlerin varlığını da düşündürdü. Ayrıca bölgemizde ilk niteliğinde olan bu çalışma öncülüğünde ileri çalışmalara ihtiyaç olduğu görüldü.

Anahtar Kelimeler: Sistinüri, genetik analiz, sanger dizileme, SLC3A1, SLC7A9

Abstract:
Purpose: In this study, it was aimed to determine the genetic diversity in the follow-up patients with the diagnosis of cystinuria starting in the childhood age group and to evaluate the effect of the genetics clinic. It was also aimed to determine the relationship between the genetic structures of the patients and the course and prognosis of the disease to contribute to the related literature.
Material and Methods: This study was carried out between February 2017 and February 2018 at Çukurova University Faculty of Medicine Department of Pediatric Nephrology. In the first stage of the study; the files of 62 patients who were diagnosed as cystinuria starting in childhood between 2000-2018 were examined retrospectively and their characteristic data were analyzed. In the second stage of the study; 31 volunteer patients with cystinuria were identified for blood donation, urine collection and genetic analysis. Blood samples were taken from all of the patients for biochemical evaluation and genetic analysis in terms of renal calculi etiology. 24-hour urine samples were collected from the same patients and urine biochemical analyzes were performed on those samples. Analysis were done at Çukurova University Faculty of Medicine Department of Genetics through two gene sequence analysis and sanger sequencing method. Upon the obtained data, statistical analysis was carried out at Çukurova University Faculty of Medicine Biostatistics Department.
Findings: While 15 known mutations that are known for SLC3A1 and SLC7A9 genes were detected in 31 patients who were being monitored by us with cystinuria diagnosis; polymorphism was observed in 16 patients. No new mutations were detected. No statistically significant differences were found between these two groups having mutation and polymorphism variants when they were compared in terms of urinary cysteine excretion, renal function and other urine biochemical parameters together with clinical onset age, drug use, initial symptoms and operative history. In the comparison of the groups carrying SLC3A1 and SLC7A9 mutations, cysteine excretion and the rates of the urinary cystine to creatinine in the 24-hour urine were found significantly higher in the SLC3A1 group. No significant difference was found in other parameters.
Conclusion: In our study, urinary cystine excretion of patients was found significantly higher despite the treatment. In the genetic analysis of patients, polymorphism was detected in a group with a high rate of 51.6% (16/31). These sixteen patients in which any known mutations of the SLC3A1 and SLC7A9 genes which are known in cystinuria etiology were not detected were evaluated with their clinics. 
When evaluated together with the literature, polymorphism variants were not directly associated as disease factors but they were associated with disease susceptibility in 16 patients (51.6%) who had recurrent renal calculi formation, severe clinical course but no pathogenic mutation. It was also thought some other genes existed which might be responsible for the disease. Moreover, it was also seen that further studies are needed under the leadership of this study which is the first in our region.
Key words: Cystinuria, genetic analysis, sanger sequencing, SLC3A1, SLC7A9