Anoxybacillus gonensis D-glukoz (D-ksiloz) izomeraz geninin klonlanması, izolasyonu ve karakterizasyonu
Cloning, isolation and characterization of D-glucose (D-Xylose) isomerase gene from Anoxybacillus gonensis
Yazar: HAKAN KARAOĞLU
Danışman: DOÇ.DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
Karadeniz Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2004
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
ÖZET Glukoz izomeraz, büyümek için karbon kaynağı olarak ksilozu kullanabilme yeteneğine sahip ve birçok bakteride bulunan hücre içi bir enzimdir. Glukoz izomeraz, D-ksilozun D-ksiluloza dönüşümünü katalizlediği gibi aynı zamanda D-glukozun D-fruktoza dönüşümünü de katalizlemektedir. Bu ikinci özelliği High Fructose Corn Syrup (HFCS; yüksek içerikli fruktoz şurubu) üretiminde endüstriyel alanda kullanılmaktadır. HFCS büyük oranda meşrubat, fırın, şeker ve konserve gibi sanayi ürünlerinde kuUanılmaktadır. Glukoz izomeraz, hücre içi bir enzim olması ve glukoza olan düşük Km değeri karşılamak için yüksek miktarlarda ihtiyaç duyulması sebebiyle pahalı bir enzim olarak dikkate alınabilir. Termofîlik bir bakteri olan Anoxybacillus gonensis G2T, glukoz izomeraz aktivitesine ve bu aktiviteyi sağlayan enzimin genine sahiptir. Bu çalışma; Anoxybacillus gonensis G2T glukoz izomeraz geninin klonlanması, gen ürününün İzolasyonu ve karakterizasyonunu içermektedir. Çalışmada glukoz izomerazı kodlayan xylA geninin 530 bp lik bir parçası klordandı ve baz dizilimi belirlendi. Maksimum aktivite 85°C'de pH 6,5'da gözlendi. Hücre özütünün 30 dakika, 85°C'de inkübe edilmesi sonucunda, glukoz izomeraz aktivitesi % 50 oranında azaldı. pH 5-9,5 aralığında 4°C'de 300 dakika bekletilen enzimin bu pH değerlerinde kararlılığını koruduğu tespit edildi. Glukoz için olan 15,24 mM Km değeri ile diğer glukoz izomerazlardan daha düşük bir Km değerine sahip olduğu belirlendi. Enzimin 85°C'deki ısıl kararlılığını Co+2nin artırdığı, Mg+2'nin değiştirmediği, Mn+2nin ise azalttığı gözlendi. Glukoz izomeraz aktivitesi için Co+2, Mg+2 ya da Mn+2 bivalent metal iyonlarından en az birini gerekli olduğu bulundu ve en yüksek aktivitenin Co+2 metal katyonu varlığında olduğu belirlendi. Cd+2, Ca+2, Sn+2, Hg+2, Ni+2, Zn+2, Fe+2 veya Cu+2 gibi bivalent metal katyonlan ile gerçekleştirilen denemeler, bu bivalent metal katyonlarının enzim aktivitesini inhibe ettiği gözlendi. Elektroforetik deneyler, Anoxybacillus gonensis G2T Gl'ımn alt birimlerinin moleküler ağırhklarmın 43 kDa civarında olduğunu gösterdi. Elde edilen veriler; Anoxybacillus gonensis G2T Gl'ının ısıl ve pH kararlı bir enzim olduğunu ve pH 6 gibi asidik ortamlarda aktivitesinin yüksek olduğunu göstermektedir. Bu sonuçlar ve diğer biyokimyasal verilerle, Anoxybacillus gonensis G2 Gl'ının önemli bir endüstriyel izomeraz olabiceceği söylenebilir. Anahtar Kelimeler: Anoxybacillus gonensis, Glukoz izomeraz, Ksiloz izomeraz, HFCS VI

Abstract:
SUMMARY Cloning, Isolation and Characterization of D-Glucose (D-Xylose) Isomerase Grene from Anoxybacillus gonensis Glucose isomerase (D-xylose ketol isomerase; EC 5.3.1.5) is an intracellular enzyme found in a number of bacteria that utilize xylose as carbon substrate for growth. Glucose isomerase converts D-xylose to D-xylulose in vivo and also catalyzes the conversion of D-glucose to D-fructose in vitro. The latter activity is used in industry for the production of high fructose corn syrup (HFCS). The major uses of HFCS are in the beverage, baking, canning, and confectionery industries. The use of glucose isomerase is expensive, because it is an intracellular enzyme and large quantities are needed to compensate for the high Km for glucose. Therefore, it is important to immobilize glucose isomerase for its industrial applications. Anoxybacillus gonensis G2T has glucose isomerase gene and activity. This work describes the cloning, isolation, and characterization of the glucose isomerase (E.C 5.3.1.5) from Anoxybacillus gonensis G2T' A 530 bp part of the xylA gene coding for glucose isomerase from Anoxybacillus gonensis G2 was cloned and sequenced. The glucose isomerase optimal temperature was 85°C and maximal activity was observed in pH 6,5.. It was found that the enzyme was stable in the range of pH 5-9,5 at 4°C for 300 hours. After incubation at 4°C and 30°C for 300 hours, the enzyme saved 80 % of its activity. It was determined that the enzyme had a lower Km (15,24 mM) for glucose than most of the glucose isomerases. It was observed that the enzyme thermostability at 85°C increased in the presence of metallic cation Co+2 and decreased by the effect of Mn+2, while it was not affected by Mg+2. It was found that at least one of the divalent metallic cations Co+2, Mg+2 or Mn+2 is essential for glucose isomerase activity Also, it was recorded that the maximum activiy of the glucose isomerase was in the presence of metallic cation Co+2. The experiment conducted with the metallic cations Cd+2, Ca+2, Sn+2, Hg+2, Ni+2, Zn+2, Fe+2, and Cu+2 shown that these divalent metallic cations inhibated the actvity of the enzyme. The weights of subunits of molecule were calculated as aproximatelly 43.000 Daltons. In the light of all data it has been suggested that the enzyme's biocatalytic properties proved to be one of the important industrial enzymes. Key Words: Anoxybacillus gonensis, Glucose Isomerase, Xylose Isomerase, HFCS vn