Hastane kaynaklı ishallerde clostridioides (clostridium) difficile araştırılması
Investigation of clostridioides (clostridium) difficile in patients with hospital-acquired diarrhea
Yazar: EYYÜP KAYA
Danışman: PROF. DR. CANDAN ÖZTÜRK
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Anaerop kültür = Anaerobe culture ; Clostridium difficile = Clostridium difficile ; ELISA =   ; Enzime bağlı immünosorbent testi = Enzyme-linked immunosorbent assay ; Çapraz enfeksiyon = Cross infection

Özet:
Clostridioides difficile (C. difficile); kapsülsüz, düz, yuvarlak uçlu, subterminal sporlu, Gram pozitif anaerobik bir basildir. C. difficile enfeksiyonu (CDE), sağlık hizmetiyle ilişkili bir enfeksiyon olup özellikle hastanede yatan hastalar için önemli bir mortalite, morbidite ve nüks kaynağıdır.
 Çalışmamızda; hastane kaynaklı ishallerde C. difficile insidansını belirlemek için anaerobik kültür ile etkenin izolasyonu, toksijenik kültür yöntemi ile toksijenik ve non-toksijenik suşların tespiti ve ELISA toksin A/B kullanılarak gaitada toksin varlığının araştırılması amaçlanmıştır.
Çalışmaya, Ekim 2020 - Temmuz 2021 tarihleri arasında Mersin Üniversitesi Hastanesi'nde çeşitli servislere yatırılan, en az 2 gün boyunca günde 3'den fazla gevşek veya sulu dışkılama yapan, 2 yaş üzerindeki ve Bilgilendirilmiş Gönüllü Olur Formu'nu imzalayan 85 hasta dahil edilmiştir.  Sızdırmaz kaplarda toplanan gaita örneklerinde, 24-48 saat içinde 'Epilisa Fecal C. difficile Toksin A/B ELISA Kit"i kullanılarak C. difficile toksin A/B varlığı araştırılmıştır. Gaita örnekleri; sikloserin, sefoksitin, amfoterisin B içeren C. difficile agar (CLO), ChromID C. difficile agar (CDIF)  ve %5 koyun kanlı Columbia agar besiyerlerine ekilmiştir. Besiyerleri 37 °C'lik etüvde anaerobik ortamda 48-72 saat inkübe edildikten sonra değerlendirilmiştir. Katı besiyerlerinde üreyen ve C. difficile olarak tanımlanan kolonilerden Schaedler Anaerop Broth besiyerine ekim yapılmış ve 48-72 saatlik anaerobik inkübasyonun sonunda bu karışımdan ELISA yöntemiyle toksin varlığı araştırılmıştır.
Çalışmamızda ELISA toksin A/B pozitifliği %4.7(n=4) olarak bulunmuştur. Anaerop kültürde üreyen 6(%7.1) C. difficile izolatının, toksijenik kültür ile 3(%3.5)'ünde toksin varlığı saptanmış, 3(%3.5)'ünde saptanmamıştır. Kültürde üreyen 6(%7.1) C. difficile izolatının 3(%3.5)'nün toksijenik kültürü pozitif olarak değerlendirilmiştir. Toksijenik kültürü negatif olan 3 hasta ise, non toksijenik C. difficile olarak düşünülmüştür (p=1.000). Hasta popülasyonumuzda CDE sıklığının %3.5(n=3) olduğu belirlendi. Toksijenik kültür referans test olarak alındığında, ELISA Toksin A/B testinin duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değeri sırasıyla; %100, %98.8, %75 ve %100 olarak belirlenmiştir.
C. difficile enfeksiyonu, antibiyotik kullanımı ve hastane yatış ile ilişkili olup akılcı antibiyotik kullanımı ve uygun enfeksiyon kontrol önlemleriyle önlenebilir.

Abstract:
Clostridioides difficile (C. difficile); a Gram-positive anaerobic bacillus bacteria non-encapsulated, flat, round-tipped, subterminal spore forming. C. difficile infection (CDI) is a healthcare-associated infection and is an important source of mortality, morbidity and recurrence, especially for hospitalized patients. In our study; aimed to isolation of the agent with anaerobic culture to determine the incidence of C. difficile in hospital-acquired diarrhea, detection of toxigenic and non-toxigenic strains by toxigenic culture method and investigate the presence of toxin in stool using ELISA toxin A/B.
The study included 85 patients over the age of 2 who applied to Mersin University between October 2020 and July 2021 and were hospitalized in various services in this hospital, having more than 3 loose or watery stools per day for at least 2 days and signed the Informed Consent Form. The presence of C. difficile toxin A/B was investigated using the 'Epilisa Fecal C. difficile Toxin A/B ELISA Kit" in accordance with the manufacturer's recommendations within 24-48 hours of collection in the stool samples collected in sealed containers. Stool samples were inoculated on Clostridium difficile agar containing cycloserine, cefoxitin amphotericin B (CLO), ChromID C. difficile agar (CDIF), and Columbia agar with 5% sheep blood. The media were evaluated after 48-72 hours of incubation in an anaerobic environment in an oven at 37 oC colonies grown on solid media and defined as C. difficile were inoculated into Schaedler Anaerobic Broth medium and the presence of toxin was investigated from this mixture by ELISA method at the end of 48-72 hours of anaerobic incubation. 
In our study, ELISA toxin A/B positivity was found to be 4.7%(n=4). Toxin presence was detected in 3(3.5%)  of 6(7.1%) C. difficile isolates grown in anaerobic culture with toxigenic culture, and not in 3(3.5%)  of them. 3(3.5%) of 6(7.1%) C. difficile isolates grown in culture were evaluated as positive toxigenic culture. 3 patients with negative toxigenic cultures were considered as non-toxic C. difficile (p=1.000). The frequency of CDE in our patient population was found to be 3.5%(n=3). When the toxigenic culture is taken as a reference, the sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value of the ELISA Toxin A/B test are determined respectively; as 100%, 98.8%, 75% and 100%.
C. difficile infection is associated with antibiotic use and hospitalization and can be prevented with rational antibiotic use and appropriate infection control measures.