Solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda sık görülen viral etkenlerin çeşitli yöntemlerle araştırılması
Investigation of viral agents often occured in children with respiratory tract infection by various methods
Yazar: ELA BAŞOK
Danışman: PROF. DR. SELMA GÖKAHMETOĞLU
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Solunum yolu enfeksiyonları, tüm dünyada çocuklarda enfeksiyonla ilişkili morbidite ve mortalitenin önemli nedenlerinden biridir. Bu çalışmamızın amacı alt solunum yolu enfeksiyonu (ASYE) tanısıyla takip edilen çocuklarda, solunum yolu etken viruslarının; multipleks PCR ve direkt ımmunofloresan antikor (DFA) yöntemleriyle araştırılmasıdır.
Gereç ve Yöntem: Aralık 2012-Şubat 2013 tarihleri arasında Erciyes Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi, Pediatri servislerinde ASYE tanısıyla takip edilen 5 yaş ve altındaki 35 çocuktan alınan Nazofaringeal aspirat (NFA) örneklerinde DFA (Monofluo BIO-RAD, Fransa) yöntemi ile Respiratuvar sinsityal virus (RSV), İnfluenza (FLU), Adenovirus (AV), Parainfluenza (PIV) virusları araştırıldı. Multipleks PCR (FTD Respiratory Patogens 33, Fas-Track Diagnostics, Luxembourg) yöntemi ile; FLU A, B, C, FLU A(H1N1); PIV 1.2.3.4; human coronavirus (HCoV); NL63, 229E, OC43, HKU1; human metapneumo (HMPV) A, B; human rhinovirus (HRV); RSV A, B; AV, enterovirus (EV); human parechovirus (HPeV), human bocavirus (HBoV) araştırıldı. Multipleks PCR yöntemi altın standart olarak kabul edilip, DFA yönteminin duyarlılık ve özgüllüğü hesaplandı.
Bulgular: NFA örneklerinde DFA yöntemi ile 35 hastanın 28 (%80) 'inde solunum yolu virusu tespit edildi. Çalışmaya dahil edilen 35 hastanın 30 (%85,7) 'unda multipleks PCR yöntemi ile solunum yolu virusu saptandı ve 30 hastanın 20 (%66,6) 'sinde tek virus bulunurken; 10 (%33,3) 'unda iki virus saptandı. DFA yöntemi ile sadece bir örnekte iki virus saptanmış olup, bu örnekte aynı etkenler multipleks PCR yöntemiyle de pozitif bulundu (RSV+AV). ASYE olan 35 hastanın tek ve ikili enfeksiyon şeklinde RSV enfeksiyonu 21 hastada (%60); HRV 1 (%2,8); HBoV 3 (%8,5); AV 3 (%8,5); PIV3 1 (%2,8); FLU A 5 (%14,2); H1N1 3 (%8,5); Cor43 1 (%2,8); PIV1 1 (%2,8); Cor63 1 (%2,8) hastada tespit edildi. 
DFA yönteminin duyarlılık ve özgüllüğü sırasıyla RSV için %85,7, %71,4; FLU için %60, %100; AV için %33,3, %96,8; PIV için %0, %93,9 bulundu.
Sonuç: Sonuç olarak çalışmaya dahil edilen hastaların NFA örneklerinin DFA yöntemi ile %80'inde, multipleks PCR yöntemi ile %85,7'sinde solunum yolu virusu saptanmıştır. Multipleks PCR yönteminin DFA yönteminde tespit edilemeyen virusları saptayabilmesi ve birden fazla örneğin aynı anda ve kısa sürede çalışılabilmesi nedeni ile multipleks PCR yönteminin rutin tanıda kolaylık ve avantaj sağlayacağı kanaatine varıldı. 
Anahtar Kelimeler: Solunum yolu virusları, multipleks PCR, direkt immunofloresan antikor

Abstract:
Aim: Respıratory tract infection is one of the most important reason of the morbidity and mortality, related with the children infections all over the world. The aim of this study is to investigate respiratory tract infections, in the children with lower tract respiratory infection (LTRI), by using multiplex PCR and direct İlmmunofloresan antibody (DFA) methods.
Materials and Methods: Respiratory sinsityal virus (RSV), Influenza (FLU), Adenovirus (AV), Parainfluenza (PIV) viruses in NFA samples, taken from 35 patients with LTRI who were 5-year-old and younger, followed at Pediatric  clinics  in  Erciyes University Health Practice and Research Center, between December  2012-February 2013 were investigated by DFA method (Monofluo BIO-RAD, Fransa)  FLU A,B,C, FLU A(H1N1); PIV 1.2.3.4; human coronavirus (HCoV); NL63, 229E, OC43, HKU1; human metapneumo (HMPV) A, B; human rhinovirus (HRV); RSV A, B; AV,  enterovirus (EV); human parechovirus (HPeV), human bocavirus (HBoV) were investigated  by multipleks PCR method (FTD Respiratory Patogens 33, Fas-Track Diagnostics, Luxembourg). The sensisivity and specificity of DFA method were calculated by accepting the multipleks PCR method as the gold standard.
Results: Respiratory tract viruses in NFA samples were detected in 28 of 35 patients (80 %) by DFA method.  Respiratory tract viruses were detected in 30 of the 35 patients (85,7 %), included in our study, by multiplex PCR method; while only a single virus was detected in 20 of the 30 patients (66,6 %), two viruses were detected in each 10 patients. (33,3 %). Only in one sample two viruses were detected by DFA method; in this sample the same agents were also detected by multiplex PCR method (RSV+AV). The viruses detected from 35 patients with LTRI; in single and double infection forms, are as follows: RSV infection in 21 (60%); HRV in 1 (2,8%); HBoV in 3 (8,5%); AV in 3 (8,5%); PIV3 in 1 (2,8%); FLU A in 5 (14,2%); H1N1 in 3 (8,5%); Cor43 in 1 (2,8%); PIV1 in 1 (2,8%); Cor63 in 1 (2,8%) patients. The sensitivity and specificity of DFA method were detected as 85.7% and 71,4% for RSV; 60%, 100% for FLU; 33.3%, 96.8% for AV; 0%, 93.9% for PIV respectively.
Conclusion: In conclusion, respiratory tract viruses were detected in 80 % and 85,7 % of the NFA samples taken from the patients included in our study, by DFA and PCR method respectively. With the reason that the multiplex PCR method can detect viruses that can not be detected by DFA method and that multiple samples can be run at the same time and in a short time; it was concluded that the multiplex PCR method would provide convenience and advantage in routine diagnosis.
Keywords: Respiratory tract viruses, multiplex PCR, direct immunofluorescence antibody