İshalli sığırlarda eschericiıa fergusonii varlığının ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Detection of escherichia fergusonii agents from diarrhoeal 
cattle and their antibiotic susceptibilities
Yazar: SÜLEYMAN SEFA ARSLAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. UĞUR PARIN
Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Diyare = Diarrhea ; Escherichia = Escherichia ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sığırlar = Cattles ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Araştırmamızda E. fergusonii etkenlerinin, yetiştiriciliği yapılan sığır populasyonlarında fenotipik
ve genotipik olarak belirlenmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır.
Araştırma materyalini oluşturan hayvanlar sığır yetiştiriciliği yapılan çiftliklerden temin edilmiş,
toplam 100 adet ishal şikayeti olan hayvandan rektal svap alınmıştır. Alınan svaplar, soğuk zincirde
vakit kaybetmeden Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim
Dalına getirildikten sonra 5 ml Tryptic Soy Broth (TSB) içeren tüplerde 37°C'de 24 saat inkube
edilmiştir. TSB'de yapılan ön inkubasyondan sonra her bir sıvı besiyerinden bir öze dolusu
süspansiyon alınarak % 4 adonitol ilaveli Simmon Citrate Agara ekimi yapılmış, 37°C'de 24 saat
inkube edilmiştir. Üreme gözlenen kolonilerden adonitol pozitif olan koyu sarı ve turuncu koloniler
seçilerek Sorbitol-MacConkey agara ekim yapılmıştır. 37°C'de 24 saat inkube edilen SMAC agarda
sorbitol fermente etmeyen şeffaf Gram negatif küçük kokobasil koloniler seçilerek saflaştırıldıktan
sonra biyokimyasal özeliklerinin belirlenmesi için API 20E test kiti ile değerlendirilmiştir. API testi
sonucunda toplam 49 adet E. coli izole ve identifiye edilmiştir. API 20E identifikasyon testleri
sonucu E. coli olarak adlandırılan izolatların kontrol geni olan E. coli uidA ile moleküler olarak
doğrulanmış, ayrıca Efer 13 e Efer YP primerleri ile yapılan moleküler identifikasyon sonucunda,
çoklu ilaca dirençli E. fergusonii suşlarının bulunduğu ve bu suşların da uidA geni taşıdığı tespit
edilmiştir. API 20E identifikasyon testleri sonucu E. coli olarak adlandırılan izolatların kontrol geni
olan E. coli uidA ile moleküler olarak doğrulanmış, ayrıca Efer 13 e Efer YP primerleri ile yapılan
moleküler identifikasyon sonucunda, çoklu ilaca dirençli E. fergusonii suşlarının bulunduğu ve bu
suşların da uidA geni taşıdığı tespit edilmiştir. Antibiyogram testi sonucunda Saha suşlarına karşı
kullanılabilecek etkili antibiyotikler olarak Amoksisilin-Klavulanik Oksitetrasiklin, Florfenikol ve
Sefaperazon belirlenmiştir.

Abstract:
In our study, it was aimed to determine phenotypic and genotypic determinants of E. fergusonii
agents in cattle populations cultivated and to determine antibiotic susceptibilities. Animals that
constitute the research material were obtained from cattle breeding farms and a total of 100 rectal
swabs were collected from animals with diarrhea complaints. The swabs were incubated at 37 ° C
for 24 hours in tubes containing 5 ml of Tryptic Soy Broth (TSB) after being brought to the Adnan
Menderes University Veterinary Faculty Department of Microbiology without delay in the cold
chain. After preincubation in TSB, a whole volume of suspension from each liquid medium will
suspended and Simon Citrate Agar supplemented with 4% adonitol will incubated for 24 hours at
37 ° C. Sorbitol MacConkey agar was inoculated by choosing dark yellow and orange colonies
which were adonitol positive from the breeding observed colonies. Transparent Gram negative
small cocobacillus colonies that did not ferment sorbitol to SMAC agar which was incubated at 37 °
C for 24 hours and tested by API 20E test kit to determine their biochemical properties. A total of
49 E. coli isolates were identified and identified as a result of the API test. As a result of the
molecular identification of the isolates named as E. coli uidA, which is the result of the
identification tests of the API 20E, and the molecular identification with Efer 13 e Efer YP primers,
it was found that there were multiple strains of E. fergusonii strains and these strains were also
identified as uidA gene have been identified. As a result of the molecular identification of the
isolates identified as E. coli uidA, which is the result of the identification tests of the API 20E, and
the molecular identification with Efer 13 e Efer YP primers, it was found that there were multiple
strains of E. fergusonii strains and these strains were also identified as uidA gene have been
identified. As a result of the antibiogram test, Amoxicillin-Clavulanic Oxytetracycline, Florfenicol
and Cefoperazone were determined as effective antibiotics against field strains.