Hakkari ili bal arılarında (Apis mellifera L.) görülen önemli arı  
virüslerinin RT-PCR yöntemi ile araştırılması ve moleküler  
karakterizasyonlarının yapılması
Molecular characterization and the investigation of  
important honey bee (Apis mellifera L.) viruses in Hakkari  
province (Turkey) by using RT-PCR
Yazar: MUSTAFA RÜSTEMOĞLU
Danışman: PROF. DR. HİKMET MURAT SİPAHİOĞLU
Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Yürütülen bu çalışma ile; Hakkari ili bal arılarındaki Deforme kanat virüsü (Deformed wing virus; DWV), Siyah kraliçe hücre virüsü (Black queen cell virus; BQCV), Akut arı felç virüsü (Acute bee paralysis virus; ABPV), İsrail akut felç virüsü (Israeli acut paralysis virus; IAPV), Torba yavru çürüklüğü virüsü (Sacbrood virus; SBV), Kaşmir arı virüsü (Kashmir bee virus; KBV) ve Kronik arı felç virüsü (Chronic bee paralysis virus; CBPV) infeksiyonlarının varlığı ve yaygınlıkları RT-PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Moleküler teşhiste kullanılmak üzere araştırılacak her bir virüs genomuna spesifik primerler tasarlanmıştır.
Toplam 90 arılıkta araştırılan virüslerden BQCV %32,2, DWV %23,3, SBV %12,2, CBPV %8,8 ve ABPV ise %2,2 oranında tespit edilmiştir. Testlenen örneklerin hiçbirinde KBV ve IAPV infeksiyonuna rastlanmamıştır. Teşhis çalışmaları arıların tekil, ikili ve üçlü infeksiyonlara maruz kaldığını ortaya koymuştur. Test edilen arılıklardaki tekil infeksiyonlar %35,5, ikili infeksiyonlar %20, üç virüsle infeksiyon olanı ise %1,1 olarak tespit edilmiştir. Teşhisi gerçekleştirilen beş virüs (BQCV, DWV, CBPV, ABPV ve SBV) Hakkari ili için, bunlardan SBV ve ABPV ise ülkemiz için ilk kayıt niteliğindedir. 
Tespit edilen her virüs türünden rastgele seçilen birer izolatın kısmi genom karakterizasyonları gerçekleştirilmiştir. DWV ve CBPV izolatlarının RdRp genlerine, BQCV, ABPV ve SBV izolatlarının ise kılıf protein (CP) genlerine ait kısmi dizileri tasarlanan genom spesifik primerler ile çoğaltılmış ve moleküler klonlamaları gerçekleştirilmiştir. Gen bankasında yer alan dünyadaki diğer izolatlarla yapılan karşılaştırmalar sonucunda; BQCV'nin %89-90 oranında, DWV'nin %96-99 oranında, SBV'nin %77-90 oranında, CBPV'nin % 85-86 oranında ve ABPV'nin ise %85-97 oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir.

Abstract:
The present study investigates the existence and prevalence of the infections of Deformed wing virus (DWV), Black queen cell virus (BQCV), Acute bee paralysis virus (ABPV), Israeli acut paralysis virus (IAPV), Sacbrood virus (SBV), Kashmir bee virus (KBV) and Chronic bee paralysis virus (CBPV) by RT-PCR method in Hakkari province of Turkey. Specific primers were designed for the genome of each virus in order to use for the molecular detection of these viruses.
These seven viruses were investigated in 90 apiaries in total. KBV and IAPV could not be detected in any apiaries, the other five viruses' frequencies are varied: BQCV was detected in 32,2% of apiaries, DWV in 23,3%, SBV in 12,2%, CBPV in 8,8% and ABPV in 2,2%. The identification tests showed that many apiaries were infected with one or more viruses: 35.5% of apiaries were positive for a single infection, 20% a double infection and 1.1% a triple infection. In Hakkari province of Turkey, this is the first report for the five viruses. This is also the first record of SBV and ABPV in Turkey.
For each identified virus species, a virus isolate was selected randomly, and its partial genomes were characterized. For BQCV, ABPV and SBV partial coat protein (CP) codons and for DWV and CBPV partial RdRp codons were characterized, cloned and sequenced with the specific primers.
As a result of blast analysis of NCBI database, the sequenced Hakkari's isolates of BQCV, DWV, SBV, CBPV and ABPV heve been showed nucleic acid similarity as compared to the other regions in the world: 89-90%, 96-99%, 77-90%, 85-86% and 85-97% respectively.