Klinik örneklerden üretilen E.coli suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının ve "pulsed-field gel electrophoresis" genotipik profillerinin araştırılması
Klinik örneklerden üretilen E.coli suşlarinin antibiyotik duyarliliklarinin ve "pulsed-field jel elektroforezi" genotipik profillerinin araştirilmasi
Yazar: TUTKU ARSLANTAŞ
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ULUKANLIGİL
Fatih Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2011
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibakteriyel aktivite = Antibacterial activity ; Antibiyotikler = Antibiotics ; Antibiyotikler-kombine = Antibiotics-combined ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Elektroforez = Electrophoresis ; Elektroforez-agar jel = Electrophoresis-agar gel ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Antibiyotik direnci gerek toplum gerekse hastane kökenli infeksiyonların tedavisinde basarısızlıga yol açmakta ve giderek büyüyen bir sorun olarak karsımıza çıkmaktadır. Yeni antibakteriyel ilaçların klinik tedavide uygulanması bu ilaçlara karsı dirençli mikroorganizmaların ortaya çıkması ile sonlanmaktadır. Beta laktam antibiyotiklerin çok sık kullanılmaları tüm dünyada beta laktam antibiyotiklere karsı gelisen direncin giderek artmasına ve etkilerinin azalmasına neden olmuştur. Bakterilerin antimikrobiyal ilaçlara karsı gelistirdikleri direnç mekanizmalarından en sık görülenlerinden biri sentezledikleri enzimlerle ilacın inaktive edilmesidir. Beta laktam grubu antibiyotikleri hidroliz eden beta laktamaz enzimleri bu tip dirence en iyi örnektir.Bu çalışmada 2006 - 2008 yıllarında Fatih Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuarı'na ulaşan idrar örneklerinden izole edilmiş olan ESBL pozitif E.coli suşlarının fenotipik olarak antibiyotik duyarlılık paternlerinin belirlenmesi ve genotipik olarak PFGE yöntemiyle tiplendirilmesi amaçlandı. Elde edilen sonuçlarla E.coli kaynaklı idrar yolu enfeksiyonlarının ampirik tedavisinde en uygun antibiyotiği kullanmakta yön verebilecek E.coli'nin antibiyotik duyarlılık paternini elde etmek bunun yanında PFGE analizi ile izolatlar arasında muhtemel klonal ilişkiyi ortaya koyarak ortak bant profiline sahip suşların antibiyotik duyarlılıklarında da benzerlik olup olmadığı araştırıldı. Antimikrobiyal duyarlılık çalışmaları hastanemiz laboratuarında gerçekleştirilen araştırmanın moleküler kısmı Refik Saydam Hıfzısıhha Merkez Başkanlığı'na bağlı olan Moleküler Mikrobiyoloji Araştırma Laboratuarı'nda yapıldı.Çalışmamızda 2006, 2007 ve 2008 yıllarına ait 10'ar adet olmak üzere toplam 30 adet E.coli suşu fenotipik ve genotipik olarak incelenerek birbiriyle karşılaştırılması yapıldı. İzolatlar 21 farklı antibiyotiğe duyarlılıkları açısından değerlendirildi. İzolatların antibiyotik duyarlılık tablolarına göre dört farklı antimikrobiyal direnç paterni elde edildi. XbaI enzimiyle gerçekleştirilen restriksiyon işlemi sonunda yapılan PFGE analizi sonucunda 5 major PFGE profili elde edildi. Suşların antibiyotik direnç profillerinde benzerlikler olmasına karşın PFGE bant profilleri oldukça farklıydı.Hastanemizde özellikle E.coli kökenleri başta olmak üzere yüksek ESBL üretimi ve geniş spektrumlu sefalosporinlere karşı azalan duyarlılık söz konusudur. Geniş bir endikasyona sahip olan bu grup antibiyotiklerle ampirik tedavi tercih edildiğinde tedavi başarısızlıkları görülebilir. Problem halen sadece E.coli ve Klebsiella ile oluşan enfeksiyonlar için görülmektedir. Ancak direnç özelliklerinin farklı tür bakteriler arasında da yayılabildiği bilinmekte olup önümüzdeki yıllarda hastanemizde farklı bakterilerde de dirençle karşılaşılabilir.

Abstract:
Antibiotic resistance in both hospital and community acquired infections lead to treatment failure and appears to be a growing problem. Implementation of new antibacterial drugs in clinical treatment ends with the emergence of resistant organisms against these drugs. Frequently used of beta-lactam antibiotics leads to an increase in resistance to them and decrease in the effects of betalaktam antibiotics. Bacteria have developed resistance mechanisms against antimicrobial drugs and one of the most common mechanism is inactivating drug with enzymes. Hydrolysis of beta-lactam antibiotics with beta-lactamase enzymes is the best example for this type.In this study, E. coli strains isolated from urine samples reached to Fatih University Medical Faculty Hospital Microbiology Lab between the years 2006-2008 were studied as a phenotypic and genotypic determination of antibiotic susceptibility patterns and PFGE typing method was aimed. The results of antibiyograms giving way to the most appropriate antibiotic use fort the empirical treatment of E.coli caused ürinary tract infections and PFGE analysis revealed probable clonal relationship of putting the common band profile with antibiotic susceptibility was investigated. Antimicrobial susceptibility studies performed in our hospital laboratory on the other hand part of the molecular research was carried out in Refik Saydam Hygiene Center under the Department of Molecular Microbiology Research Lab.In our study 10 strains of the years 2006,2007 and 2008 were studied and totally 30 strains of E. coli were examined with each other as a comparison of phenotypic and genotypic structure. Isolates were evaluated for 21 different antibiotic susceptibilities. According to the table of antibiotic susceptibility of isolates there were obtained four different antimicrobial resistance patern. At the end of the process of restriction enzyme XbaI PFGE analysis revealed that in five major PFGE profile was obtained. Despite similarities in PFGE band profiles of the strains, antibiotic resistance profiles were quite different.In our hospital, especially the origins of E. coli, growing production of ESBL and reduced susceptibility to broad-spectrum cephalosporins were questioned. Treatment failures can be seen when empirical treatment with this group of antibiotics with a wide range of indication. The problem is still seen only for infections caused by E. coli and Klebsiella. However the spread of resistance among bacteria in different types of properties can lead to different resistance paterns occuring in our hospital in the coming years.