Acinetobacter türlerinde kolistin direncinin belirlenmesi ve mcr direnç genlerinin araştırılması
Determination of colistin resistance in acinetobacter species and investigation of mcr resistance genes
Yazar: SEMRA ŞENGÜL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE ÖZKAÇMAZ
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter = Acinetobacter

Özet:
Doğada oldukça yaygın bulunan Acinetobacter türleri birçok ortamda ve besinde yaşayabilen, sağlık sistemi ile ilişkilendirilen ve salgınlara yol açan ciddi bir patojendir. Acinetobacter spp. hastane enfeksiyonlarının en önemli etkenlerinden olup, hem hastane ortamında uzun süre kalabilmesi hem de antibiyotiklere hızlı direnç kazanabilmesi sebebiyle endişelere yol açmaktadır. Çoklu ilaca dirençli Acinetobacter spp. enfeksiyonlarının hızla yaygınlaşması kolistin kullanımını gündeme getirmiştir. Güncel çalışmalarda, Acinetobacter spp. izolatlarında, kolistine karşı artan direnç oranları dikkat çekmektedir. Kolistin direnci plazmid kaynaklı kolistin direnç (mcr) genleri ile ya da kromozomal olarak aktarılabilmektedir. Çalışmamızda Acinetobacter spp. İzolatlarında sıvı disk elüsyon ve broth mikrodilüsyon yöntemleri kullanılarak kolistin direncinin belirlenmesi ve PCR yöntemiyle mcr (1-5) direnç genlerininin saptanması amaçlanmıştır. Van YYÜ Dursun Odabaş Tıp Merkezi'ne başvuran hastalardan alınan çeşitli klinik örneklerden izole edilen 49 Acinetobacter spp. suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve diğer antibiyotiklere direnç durumları Phoenix M50 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile belirlenmiştir. Kolistin direnci için, Disk Elüsyon ve Broth Mikrodilüsyon Yöntemi ile çalışılarak sonuçlar karşılaştırılmıştır. 49 Acinetobacter spp. suşunda plazmidle aktarılan mcr (1-5) genlerinin varlığı PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Sonuç olarak Acinetobacter spp. suşlarında, amikasin, gentamisin, levofloksasin, siprofloksasin, trimetoprim-sülfometoksazol, imipenem ve meropeneme direnç oranlarının yüksek olduğu tespit edilmiştir. Kolistin direnci referans yöntem olan broth mikrodilüsyon ile %12,2 olarak bulunmuştur. Sıvı disk elüsyon yöntemi ile suşların tamamı duyarlı buulunmuştur. Sıvı disk elüsyon yöntemi BMD ile kıyaslandığında kolistin direncini belirlemede başarısız olmuştur. Kolistin direncinin plazmid aracılığıyla aktarıldığı mcr (1-5) direnç genlerine 49 suşun hiçbirinde rastlanmamıştır.

Abstract:
Acinetobacter species, which are quite common in nature, are serious pathogens that can live in many environments and foods, are associated with the health system and cause epidemics. Acinetobacter spp. is one of the most important causes of hospital infections and causes concerns because it can persist in hospital environments for a long time and can quickly become resistant to antibiotics. The rapid spread of multidrug-resistant Acinetobacter spp. infections has brought the use of colistin into question. In current studies, increasing resistance rates against colistin in Acinetobacter spp. isolates are noteworthy. Colistin resistance can be transmitted via plasmid-borne colistin resistance (mcr) genes or chromosomally. In our study, we aimed to determine colistin resistance in Acinetobacter spp. isolates using liquid disk elution and broth microdilution methods and to detect mcr (1-5) resistance genes by PCR method. 49 Acinetobacter spp. strains isolated from various clinical samples taken from patients applying to Van YYU Dursun Odabaş Medical Center were included in the study. Identification of strains and their resistance to other antibiotics were determined by Phoenix M50 (Becton Dickinson, USA) automated system. For colistin resistance, the results were compared by working with Disk Elution and Broth Microdilution Methods. The presence of mcr (1-5) genes transferred by plasmid in 49 Acinetobacter spp. strains was investigated by PCR method. As a result, it was determined that Acinetobacter spp strains had high resistance rates to amikacin, gentamicin, levofloxacin, ciprofloxacin, trimethoprim-sulfamethoxazole, imipenem and meropenem. Colistin resistance was found to be 12.2% by the reference method broth microdilution. All strains were found to be susceptible by the liquid disk elution method. The liquid disk elution method failed to detect colistin resistance when compared to BMD. The mcr (1-5) resistance genes, which are transmitted via plasmid for colistin resistance, were not found in any of the 49 strains.