Kayseri yöresindeki hayvan barınaklarından toplanmış pirelerin morfolojik ve moleküler karakterizasyonları
Morpological and molecular characterization of fleas collected from barns in kayseri province
Yazar: NURSAFA ATİŞ
Danışman: PROF. DR. ABDULLAH İNCİ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Hayvan barınakları = Animal housisng ; Kayseri = Kayseri ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Morfoloji = Morphology ; Paraziter hastalıklar = Parasitic diseases ; Parazitler = Parasites ; Pireler = Fleas ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Bu çalışma, Kayseri yöresinde pire enfestasyonuna uğramış hayvan barınakları ile binaların bodrum ve sığınak alanlarından toplanan pirelerin morfolojik identifikasyonunu takiben moleküler karakterizasyonlarını yaparak DNA barkodlamalarını sağlamak ve filogenetik yapılanmalarını ortaya koymak amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla, 2015-2016 yılları arasında Kayseri yöresinde pire enfestasyonuna maruz kalmış hayvan barınakları ile binaların bodrum ve sığınaklarından toplam 100 adet pire örneği toplanmıştır. Morfolojik teşhisler sonucunda, toplanan pirelerin 45'i Ctenocephalides canis, 20'si Ctenocephalides felis ve 35'i Pulex irritans olarak identifiye edilmiştir. Örneklenen türlerden genomik DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve sonrasında genomik DNA izolatlarının mitochondrial cytochrome oxidase subunit I (mt-COI) gen bölgesini amplifiye eden primer çiftleriyle PCR analizleri yapılmıştır. C. canis için 5, C. felis için 2 ve P. irritans için 4 olmak üzere toplam 11 izolata ait amplikonlar sekans ve filogenetik analizler için klonlanmış ve plazmid pürifikasyonları gerçekleştirilmiştir. Elde edilen plazmidler vektör spesifik primerlerle sekans analizine tabii tutulmuş ve hedef gen bölgesi dizilimleri elde edilmiştir. Nükleotit dizileri saptanan izolatların moleküler karakterizasyonları belirlendikten sonra GenBank'a kaydedilmiş (KY865409-19) ve Dünya'daki diğer pire izolatları ile çoklu ve ikili hizalamaları yapılarak filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. Mt-COI sekans analizlerine göre C. canis izolatları arasında % 0,1, C. felis izolatları arasında % 1,3 ve P. irritans izolatları arasında ise % 2,6 genetik farklılık olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışma ile Türkiye'de ilk kez pirelerin morfolojik ve moleküler teşhisleri birarada kullanılarak moleküler karakterizasyonları yapılmış ve filogenileri ortaya konmuştur. 

Anahtar kelimeler: Pire, Morfolojik Teşhis, Kayseri, Moleküler karakterizasyon

Abstract:
This study was carried out to provide DNA barcoding by molecular characterization and establish phylogenetic constructions following the morphological identification of fleas collected from basement and shelter of building and animal barns exposed to flea infestation in Kayseri region. For this aim, a total of 100 flea samples were collected from animal barns and basement and shelter of building exposed to flea infestation between 2015-2016 in Kayseri region. The collected fleas were morphologically identified as Ctenocephalides canis in 45, as Ctenocephalides felis in 20 and as Pulex irritans in 35. Genomic DNA isolation from specimens was performed and PCR analyzes of the obtained isolates were done with the primer pairs that amplify the mt-COI gene region. The amplicons of 11 isolates belong to 5 for C. canis, 2 for C. felis and 4 for P. irritans, were cloned for sequence and phylogenetic analysis and plasmid purification was performed. The obtained plasmids were sequenced with the vector specific primer pairs and the sequences of the target gene regions were obtained. The molecular characterization of obtained isolate were determined, then they were deposited to GenBank (KY865409-19) and the phylogenetic analyses of the isolates recorded in GenBank (KY865409-19) were carried out by multiple alignments of the isolates with the similar flea ones available in GenBank in the world. According to mt-COI sequence analyses, genetic difference were determined as 0.1%,  between C. canis isolates, 1.3% C. felis isolates and 2.6%. P. irritans isolates. In conclusion,  the molecular characterizations and phylogenetic analyses of the fleas using together morphological and molecular analyses were firstly performed in Turkey with this study.
Key words: Flea, Morphological identification, Kayseri, Molecular characterization