Primer ve metastatik melanom hücre hatlarında hotspot mutasyonların karşılaştırılması
Comparison of hotspot mutations in primary and metastatic melanoma cell lines
Yazar: CANAN DOĞAN
Danışman: DOÇ. DR. ENDER ŞİMŞEK
Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Kanser Biyolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Hücre dizisi = Cell line ; Melanom = Melanoma ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazm metastazları = Neoplasm metastasis ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Melanom, cildin yüzeyinde derinin pigment üreten hücreleri olan melanositlerde başlayan bir kanser tipidir. Bu hastalığın genetik temelini oluşturan değişikliklerin çoğu, melanositlerde rastgele elde edilen mutasyonlar olarak meydana gelmekte ve genomik değişikliklerin birikmesi, melanom gelişimine, ilerlemesine ve evrimine katkıda bulunmaktadır.
Çalışmamızda WM115/Primer Melanom ve SK-MEL30/Metastatik Melanom hücre hatlarındaki  hotspot mutasyonların Ion Ampliseq Cancer Hotspot DNA Panel v2 gen paneli kullanarak, çoğu insan kanseriyle ilişkili 50 gendeki (ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, GNA11, GNAS, GNAQ, HNF1A, HRAS, IDH1, JAK2, JAK3, IDH2, KDR, KIT, KRAS, MET, MLH1, MPL, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL) değişikliklerini tespit etmeyi amaçladık.
WM115/Primer Melanom hücre hattında 9 adet mutasyon SK-MEL30/Metastatik Melanom hücre hattında ise primer melanom hattından farklı olarak 26 adet mutasyon saptadık. Primer Melanom hücre hattı ile Metastatik Melanom hücre hattı arasında mutasyon artışının olması ve özellikle bu mutasyonların RET sinyal iletim yolağında MET geninde 7 adet, Notch sinyal iletim yolağında NOTCH1 geninde 4 adet RET sinyal iletim yolağında PIK3CA geninde 3 adet olmasının, Malign Melanom metastazında bunların etkin yolaklar olduğu ve bu mutasyonların özellikle ilgili yolaklardaki genlerde birikmesi nedeniyle metastazın gelişmesine katkı sağladığını düşündürmüştür. Bu bulgular göz önüne alındığında, ileri evre Metastatik Melanom tedavisinde bu yolakların seçilmesi hedefe yönelik tedavi açısından önemli bir tedavi alternatifi olabilir.

Abstract:
Melanoma is a type of cancer that begins in the melanocytes, the pigment-producing cells of the skin, on the surface of the skin. The mechanisms leading to malignant transformation of melanocytes and melanocytic lesions are a complex interaction of environmental and genetic factors. Most of the changes that underlie the genetic basis of this disease occur as randomly acquired mutations in melanocytes, and the accumulation of genomic changes contributes to the development, progression and evolution of melanoma.
In our study, hotspot mutations in WM115/Primary Melanoma and SK-MEL30/Metastatic Melanoma cell lines were examined using the Ion Ampliseq Cancer Hotspot DNA Panel v2 gene panel and we aimed to detect variations in 50 genes (ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, GNA11, GNAS, GNAQ, HNF1A, HRAS, IDH1, JAK2, JAK3, IDH2, KDR, KIT, KRAS, MET, MLH1, MPL, NOTCH1, NPM1, HRAS , PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL), most of which are associated with human cancer.
We detected 9 mutations in the WM115/Primary Melanoma cell line and 26 mutations in the SK-MEL30/Metastatic Melanoma cell line, unlike the primary melanoma line. We also detected increase in the number of mutations in the Primary Melanoma cell line and the Metastatic Melanoma cell line including 7 in the RET signal transduction pathway, MET gene, 4 in the Notch Signal Transmission Pathway, NOTCH1 gene, and 3 in the RET Signal Transmission Pathway, PIK3CA gene. 
These results suggest that these pathways are crucial in malignant melanoma metastasis and the identified mutations contribute to the development of metastasis, especially because of the accumulation of genes in the relevant pathways. In conclusion, choosing these pathways in the treatment of advanced metastatic melanoma may be a novel treatment alternative in terms of targeted therapy.