Böbrek transplantasyonu yapılan hastalarda polyomavirus BK alttiplerinin saptanması
Detection of BK polyomavirus subtypes in kidney transplant recipients
Yazar: ÖZLEM GÜVEN
Danışman: PROF. DR. OSMAN ŞADİ YENEN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Tıp Bilimleri Bölümü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Amino asitler = Amino acids ; Böbrek hastalıkları = Kidney diseases ; Böbrek nakli = Kidney transplantation ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Polyomavirüs = Polyomavirus

Özet:
Bu çalışmada, Türkiye?de BK Polyomavirus (BKPyV) genotiplerinin dağılımının belirlenmesi amacıyla böbrek transplantasyonu yapılmış hastaların idrar örneklerinden elde edilen 94 BKPyV suşunun alt tip ve alt grupları saptanmıştır. Ayrıca VP1?in BC kıvrımındaki aminoasit değişimleri analiz edilmiş ve olası klinik etkileri değerlendirilmiştir. 

BKPyV alt tip I %71,3 oranıyla baskın alt tip olarak belirlenmiştir; bu suşların %13,4?ü Ib-1, %86,6?sı Ib-2 alt grubunda saptanmıştır. BKPyV alt tip II %8,5, alt tip IV ise %20,2 oranlarında bulunmuş olup alt tip IV suşlarının tümü IVc-2 alt grubunda sınıflandırılmıştır. Alt tip III BKPyV suşu saptanmamıştır. Genotip dağılımı sonuçlarımız incelendiğinde, Avrupa ve Batı Asya?dan bildirilen sonuçlarla uyumlu olduğu görülmektedir.   

BKPyV suşlarının 18?inde BC kıvrımında aminoasit değişimleri belirlenmiştir. D60N, E61D, L68V, D77E, E82Q ve E82D olarak belirlenen değişimlerin saptandığı bu suşlar, polyomavirus ile ilişkili nefropati bulgusu olmayan hastalardan elde edilmiştir. Çalışmamızda, GenBank?ta bildirimi bulunmayan 11 dizi saptanmıştır.

İstanbul Üniversitesi, Tıbbi Mikrobiyoloji A.D.?nda kullanılmakta olan BKPyV real-time PCR testi, BKPyV DNA?sında görülen dizi çeşitliliği nedeniyle oluşabilecek yalancı negatif sonuçlara karşı BKPyV DNA?sının saptanmadığı 70 idrar örneği ile test edilmiştir. BKPyV VP1 ve VP2 gen bölgelerine özgül primerlerle iki ayrı PCR uygulanmıştır. Örneklerin tümünde negatif sonuç alınmıştır. Coğrafi bölgemizde bazı BKPyV genotipleri nadir bulunmakta ya da hiç bulunmamaktadır. Değerlendirmede, bu durumdan kaynaklanan kısıtlamalara rağmen real-time PCR testinin BKPyV DNA?sının saptanmasında güvenilir bir yöntem olduğu sonucuna ulaşılmıştır.

Abstract:
In this study, subtypes and subgroups of 94 BK Polyomavirus (BKPyV) strains obtained from urine specimens of the kidney transplant recipients were determined to gain data on the distribution pattern of BKPyV genotypes in Turkey. Also amino acid alterations in BC loop of VP1 were analysed and their possible clinical significance were evaluated.

BKPyV subtype I was found to be predominant subtype with 71.3% and subgroups Ib-1 and Ib-2 were detected with 13.4% and 86.6% of subtype I stains respectively. BKPyV subtype II was identified in 8.5% while subtype IV was present in 20.2% and all the subtype IV strains were classified as IVc-2 subgroup. BKPyV subtype III strain was not detected. Our genotype distribution pattern was found similar to that demonstrated previously in Europe and West Asia. 

Amino acid substitutions in BC loop were determined in 18 BKPyV strains. These strains with D60N, E61D, L68V, D77E, E82Q and E82D substitutions were obtained from the patients without polyomavirus-associated nephropathy. We detected 11 VP1 sequences which are not present in GenBank.

BKPyV real-time PCR assay that has been used in Medical Microbiology Department was examined with 70 BKPyV DNA negative urine specimens for the false negative results due to BKPyV DNA sequence variations. Two separate PCR were performed and BKPyV DNA was negative for all samples tested. In our geographic region some BKPyV genotypes are found rare or not detected.  In spite of these limitations in evaluation, real-time PCR assay was found as a reliable tool for BKPyV DNA detection.