Nevşehir Bölgesi ʼnde satışa sunulan tavuk karkaslarından izole edilen campylobacter jejunı izolatlarının moleküler karakterizasyonu ve antibakteriyel duyarlılıklarının belirlenmesi
Determination of molecular characterization and antibacterial sensitivities of campylobacter jejuni isolated from chickhen carcasses offered for sale in Nevşehir Region
Yazar: CAN YAMAN
Danışman: DOÇ. DR. HARUN HIZLISOY
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı / Veri Bilimi Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
NEVŞEHİR BÖLGESİ ʼNDE SATIŞA SUNULAN TAVUK KARKASLARINDAN İZOLE EDİLEN CAMPYLOBACTER JEJUNI İZOLATLARININ MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU VE ANTİBAKTERİYEL DUYARLILIKLARININ BELİRLENMESİ
Can YAMAN

Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Anabilim Dalı
Doktora Tezi, Haziran 2024
Danışman: Doç. Dr. Harun HIZLISOY
ÖZET

Bu çalışmada; Nevşehir ilindeki farklı market ve satış yerlerinden alınan toplam 100 adet (25 adet bütün tavuk, 25 adet tavuk kanat, 25 adet tavuk but ve 25 adet tavuk göğüs eti) tavuk karkas örneğinde Campylobacter jejuni izolasyonu ve identifikasyonu, izolatların belirlenen antibiyotiklere duyarlılıkları ve virülens genlerinin tespiti, izolatların genetik yakınlıklarının tespiti ve izolatların detaylı genetik yapıları hakkında tüm genom dizileme yöntemi ile bilgi edinilmesi amaçlanmıştır.
Sunulan projede, tavuk karkaslarından, Kampilobakterin tür düzeyinde izolasyonu ve identifikasyonu yapılmıştır. Fenotipik identifikasyon yöntemleriyle Kampilobakter olarak belirlenen izolatlar multipleks Polimer Zincir Reaksiyonu (mPZR) ile konfirme edilmiştir. Antibiyotik duyarlılık için Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılmış olup, izolatların virülensinde rol oynayan genler PZR ile tespit edilmiştir. İzolatların moleküler tiplendirilmesi için Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) ʼden yararlanılmıştır. Ayrıca, izolatların detaylı genetik yapıları tüm genom dizileme yöntemi ile ortaya konmuştur.
Çalışmanın, izolasyon ve identifikasyon aşamasında, toplam 100 örneğin 43ʼünde (%43) kampilobakter türü tespit edilmiştir. Söz konusu 43 örneğin; 22 ʼsi (%51) C. jejuni, 8 ʼi (%19) C. coli ve 13 ʼü (%30) Genus pozitif olarak belirlenmiştir. Yapılan antibiyotik duyarlılık tespitinde, C. jejuni yönünden pozitif bulunan izolatlarda; %68.18 aztreonam, %59.09 rifampin, %31.82 linezolid ve klindamisin, %22.73 eritromisin, %18.18 tetrasiklin, %13.64 azitromisin ve florfenikol, %9.09 kloramfenikol ve enrofloksasin ve %4.55 gentamisin direncinin gelişmiş olduğu görülmüştür. Ayrıca C. jejuni yönünden pozitif bulunan izolatların virulenslerinde rol oynayan genlerin tespitinde ise, toplam 22 izolatın; 18 ʼinde (%81.81) cdtA ve ceuE, 16 ʼsında (%72.72) cdtC, 13 ʼünde (%50.09) cadFR1B, 21 ʼinde (%91.45) iam genlerine rastlanmıştır. 
Bu çalışma Nevşehir ʼde satışa sunulan tavuk karkaslarında bulunması muhtemel C. jejuni olarak identifiye edilmiş bakterilerin virülensinde rol oynayan genlerin ve izolatlar arasındaki genetik ilişkilerin belirlenmesine yönelik güncel ve en son bilgileri kapsaması bakımından önem arz etmektedir.

Anahtar Kelimeler: Campylobacter jejuni; Tavuk; Virülens; Klonal İlişki; Tüm Genom Dizileme.

Abstract:
DETERMINATION OF MOLECULAR CHARACTERIZATION AND ANTIBACTERIAL SENSITIVITIES OF CAMPYLOBACTER JEJUNI ISOLATED FROM CHICKHEN CARCASSES OFFERED FOR SALE IN NEVŞEHİR REGION
Can YAMAN

Erciyes University, 
Food Hygiene and Technology Department of Veterinary Faculty
Phd. Thesis, June 2024
Supervisor: Doç. Dr. Harun HIZLISOY
ABSTRACT

In this study; it is aimed to isolation and identification of Campylobacter jejuni, susceptibilty of the isolates to the determined antibiotics and determination of virulence genes, determine the genetic affinities of the isolates and to obtain information about the detailed genetic structures of the isolates by whole genome sequencing in a total of 100 chicken carcasses (25 whole chickens, 25 chicken wings, 25 chicken legs and 25 chicken breast meat) taken from different markets and sales places in Nevşehir province.
In the presented project, Campylobacter spp. isolation and identification was done. By phenotypic identification methods, the isolates identified as Campylobacter spp. were confirmed by multiplex Polymer Chain Reaction (mPCR). Kirby-Bauer disk diffusion method was used for antibiotic susceptibility and the genes involved in virulence of isolates were determined by PCR. Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) was used for molecular typing of isolates. In addition, detailed genetic structures of the isolates were revealed by whole genome sequencing.
During the isolation and identification phase of the study, Campylobacter spp. Detected for the 43 examples in question; 22 (51%) C. jejuni, 8 (19%) C. coli and 13 (30%) genus positive. In the antibiotic susceptibility determination, in the isolates that were positive for C. jejuni; 68.18% aztreonam, 59.09% rifampin, 31.82% linezolid and clindamycin, 22.73% erythromycin, 18.18% tetracycline, 13.64% azithromycin and florfenicol, 9.09% chloramphenicol and enrofloxacin, and 4.55% gentamicin resistance has been shown to be enhanced. In addition, it was determined that the genes playing a role in the virulence of the isolates that were positive for C. jejuni were detected in a total of 22 isolates; 18 (81.81%) cdtA and ceuE, 16 (72.72%) cdtC, 13 (50.09%) cadFR1B, 21 (91.45%) iam genes were found.
This study is important in that it covers the current and latest information on the genes that play a role in the virulence of bacteria identified as C. jejuni, which are likely to be found in chicken carcasses sold in Nevşehir, and the genetic relationships between isolates.

Keywords: Campylobacter jejuni; Chicken; Virulence; Clonal Relationship; Whole Genom Sequence.