Pseudomonas aeruginosa suşlarının antibiyotiplendirme ve farklı PZR yöntemleri ile tiplendirilmesi
Typing of Pseudomonas aeruginosa strains by antibiotyping and different PCR methods
Yazar: SİNEM DİKEN
Danışman: PROF. DR. NİLÜFER AKSÖZ
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; RAPD-PCR = RAPD-PCR ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple

Özet:
Pseudomonas aeruginosa, yüksek mortalite ve morbidite ile seyreden hastane enfeksiyonlarına neden olmaktadır. Pekçok antibiyotiğe doğal olarak dirençli olmasının yanı sıra genetik varyasyonlar ile de antibiyotiklere hızla direnç geliştirebilmektedir. Son yıllarda çoklu ilaç direnci görülen P. aeruginosa suşlarının etkeni olduğu nozokomiyal enfeksiyonlarda artış görülmektedir. Bu nedenle suşlar arasındaki klonal ilişkilerin ortaya konmasında hızlı ve güvenilir tiplendirme yöntemlerinin kullanılması gerekmektedir.Bu çalışmada 3 farklı hastanenin çeşitli servislerindeki hastaların farklı klinik materyallerinden izole edilen P. aeruginosa suşlarının fenotipik ve genotipik yöntemler ile tiplendirilmesi amaçlanmaktadır. Bu amaçla identifikasyonu gerçekleştirilen P. aeruginosa suşları antibiyotik profillerinin belirlenmesine dayanan antibiyotipleme yöntemiyle fenotipik olarak tiplendirildi. 74 P. aeruginosa suşu 14 farklı antibiyotip grubuna ayrıldı, ayrıca suşların 38'inde çoklu antibiyotik direnci saptandı. Antibiyotipleme işleminin ardından RAPD PZR ve ERIC PZR metodları kullanılarak suşların genotipik tiplendirilmesi gerçekleştirildi. RAPD PZR metodu ile suşların tamamının tiplendirilmesi gerçekleştirilebilirken ERIC PZR metoduyla 61 suşun klonal ilişkisi belirlenebildi. Elde edilen veriler değerlendirildiğinde RAPD PZR ile 22 farklı genotip belirlenirken, ERIC PZR yöntemi ile 27 farklı genotip belirlendi. Çalışmada genotipik tipleme ile antibiyotipleme arasında bir ilişki görülemedi. Bu durumun direnç genlerinin horizontal yayılmasından kaynaklandığı düşünülmektedir.

Abstract:
Pseudomonas aeruginosa is a cause of nosocomial infections that has high mortality and morbidity rates. Addition to its intrinsic resistance to many antibiotics, with genetic variations it may also rapidly develop resistivity to antibiotics. In recent years, nosocomial infections caused by multidrug resistant P. aeruginosa strains shows an increasing rise. Therefore, fast and reliable typing methods must be used for displaying the colonial relations between the strains.In this study, typing of P. aeruginosa strains, which were isolated from clinical materials from patients receiving treatment in different services of 3 different hospitals, is aimed. In order to achieve this aim, phenotypic typing of identified Pseudomonas strains were carried out by antibiotyping method and antibiotic profiles were formed (generated). 74 P. aeruginosa strains showed 14 different antibiotype profiles and 38 of these isolates were detected as multidrug resistant strains. Following the antibiotyping, genotypic typing of strains was carried out using RAPD PCR and ERIC PCR methods. While all of the strains were typed with RAPD PCR method, colonial relation of only 61 strains were detected by the ERIC PCR method. After assessment of the acquired data, 22 different genotypes with RAPD PCR method, and 27 different genotype with ERIC PCR were identified. According to our findings, no interrelation between genotipic typing and antibiotyping was detected. It is assumed that this situation is the result of the horizontal transfer of resistance genes.