Aksolotl kol rejenerasyonu sürecinde epitranskriptom değişiminin MRNA modifikasyonları seviyesinde araştırılması
Investigation of epitranscriptom exchange at the level of MRNA modifications in the process of aksolotl li̇mb regeneration
Yazar: PELİN TUĞLU
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ NEŞE AYŞİT ; DOÇ. DR. TURAN DEMİRCAN
İstanbul Medipol Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Aksolotl = Ambystoma mexicanum ; Aksolotl = Ambystoma mexicanum ; Gen ifadesi = Gene expression ; Mikro RNA = Micro RNA ; RNA = RNA ; Rejenerasyon = Regeneration

Özet:
Amfibi sınıfına ait bir semender olan Aksolotl, tetrapodlar arasında doku, organ ve tüm vücut parçalarını rejenere etme kabiliyeti konusunda "şampiyon" olarak nitelendirilen bir hayvandır. Beyin ve omurilik de dahil olmak üzere birçok organ ve uzuvlarını rejenere edebilme kapasitesi, düşük kanser insidansı, izsiz yara iyileşmesi gibi özelliklere de sahiptir. Ancak canlının sahip olduğu bu sürecin altındaki mekanizmalar hakkında hala pek çok soru işareti bulunmaktadır. Sekanslama teknolojisindeki gelişmeler ile epitranskriptom kavramına daha derin araştırmalar yapılmaya başlanmıştır. Epitranskriptom; RNA üzerinde meydana gelen modifikasyonları ve bunların gen ekspresyonu gibi biyolojik proseslerdeki rolünün incelendiği alandır. Yapılan araştırmalarda pek çok biyolojik sürecin epitranskriptom mekanizmasından etkilendiği göz önüne alındığında, son derece kompleks bir süreç olan sahip rejenerasyonun da etkilenebileceği düşünülmektedir. Bu tez kapsamında; klasik RNA dizilime ile Aksolotl rejenerasyonunun 0., 7. ve 14. günlerindeki transkriptom analizi çıkarılmış ve bununla birlikte; 0., 1., 7. ve 14 günlerindeki mRNA'da üzerinde m5C modifikasyon profiline bakılmıştır. İstatistiksel olarak anlamlı şekilde modifiye olan transkriptlerden ve zaman noktalaları arasında diferansiyel olarak yukarı ve aşağı ekpsrese edilen transkriptlerin Kyoto Genler ve Genom Ansiklopedisi (KEGG) ve Gen Ontolojisi (GO) zenginleştirme analizleri gerçekleştirildi.

Abstract:
The Aksolotl, a salamander belonging to the amphibian class, is an animal considered a "champion" among tetrapods for its ability to regenerate tissues, organs, and all body parts. It also has features such as the capacity to regenerate many organs and limbs, including the brain and spinal cord, low cancer incidence, and scarless wound healing. However, there are still many question marks about the mechanisms underlying this process of living things. With the developments in sequencing technology, deeper researches on the concept of epitranscriptome have begun. epitranscriptome; It is the field that examines the modifications that occur on RNA and their role in biological processes such as gene expression. Considering that many biological processes are affected by the epitranscriptome mechanism, it is thought that regeneration, which is an extremely complex process, may also be affected. Within the scope of this thesis; By classical RNA sequencing, transcriptome analysis at 0., 7.  and 14 days of Aksolotl regeneration was extracted. The m5C modification profile on the mRNA at day 0., 1. 7., and day 14 was examined. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome (KEGG) and Gene Ontology (GO) enrichment analyzes of statistically significantly modified transcripts and transcripts differentially up- and down-expressed across time points were performed.