BRCA1 VE BRCA2 mutasyonlarının araştırılmasında yeni nesil moleküler yöntem sonuçlarının konvansiyonel dizi analizi yöntemi ile karşılaştırılması
Comparison of next generation moleculer technique results and convantional sequence analysis in BRCA1 ve BRCA2 mutation analysis
Yazar: TAHA BAHSİ
Danışman: PROF. DR. E. FERDA PERÇİN
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı / Genetik Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2014
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: DNA analizi = DNA analysis ; Genler = Genes ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Bu tez çalışmasında, ailesel meme kanserinden sorumlu olan BRCA1 ve BRCA2 genlerinin mutasyonlarının gösterilmesinde altın standart genetik tanı yöntemi olan konvansiyonel dizi analizi yönteminin sonuçları ile, mikroarray ile yeniden dizileme ve yeni nesil dizileme (next generation sequencing) yöntemlerinin sonuçları karşılaştırılmıştır. Çalışmaya, konvansiyonel dizi analizi yöntemi ile BRCA1 geninde mutasyon saptanmış altı hasta ile, BRCA2 geninde mutasyon saptanmış bir hasta, MLPA yöntemiyle BRCA1 geninde mutasyon saptanmış bir hasta ve BRCA1 ve BRCA2 genlerinde mutasyon saptanmamş iki kontrol örneği dahil edilmiştir. Bu hasta ve kontrol örneklerine önce, mikroarray ile yeniden dizileme yöntemiyle analiz yapılmış ancak hastaların hiçbirinde önceden saptanmış olan mutasyonlar tespit edilememiştir. Bu olgulardan dördüne yeni nesil dizileme yöntemi uygulanmıştır. Bu yöntemle, hastaların tümünde daha önce saptanmış olan mutasyonlar tespit edilmiştir. Sonuç olarak; BRCA1/BRCA2 genlerindeki mutasyonların araştırılmasında, next generation sequencing yönteminin, konvansiyonel dizi analizi yöntemi gibi güvenilir bir yöntem olduğu, ancak homopolimer dizilerinin neden olabildiği yanlış pozitif sonuçlara karşı bulunan mutasyonların konvansiyonel bir yöntemle doğrulanması gerektiği görüşüne varılmıştır.
Anahtar kelimeler: Ailesel meme kanseri, BRCA1, BRCA2, mutasyon, mikroarray, yeni nesil dizileme

Abstract:
In this thesis, we compared the "gold standard" conventional DNA sequencing with microarray re-sequencing and next generation sequencing methods in terms of accuracy for detecting BRCA1 and BRCA2 gene mutations in familial breast cancer. Totally ten patients suferring from breast cancer; seven with BRCA1 mutations and one with BRCA2 mutation (confirmed by using conventional DNA sequencing and MLPA technique) and two with no mutations were enrolled in this study. In the first step, both of them were resequenced by the usage of microarray technique and no mutation was found. Secondly via the next generation sequencing technique the confirmation of the previously known mutations of the four patients were performed. The present study confirmed that, the next generation sequencing is a reliable technique similar with conventional DNA sequencing for detecting the BRCA1/BRCA2 gene mutations regardless from the disadvantages of the homopolymer sequences which may cause false positive result. As a conclusion next generation sequencing can be use for screening these mutation by the help of the confirmation of conventional DNA sequencing.
Key words: Familial breast cancer, BRCA1, BRCA2, mutation, microarray, next generation sequencing