Dianthus rinaceus Boiss. Var. Erinaceus bitkisinden endofitik mikroorganizmaların izolasyonu, tanımlanması ve antimikrobiyal özelliklerinin belirlenmesi
Isolation and identification of endophytic microorganism from Dianthus rinaceus Boiss. Var. Erinaceus and determination of their antimicrobial properties
Yazar: EZGİ TAN
Danışman: PROF. DR. ATAÇ UZEL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada, endemik bir bitki olan Dianthus erinaceus'tan endofitik mikroorganizmaların izole edilmesi, tanımlanması ve bunların antimikrobiyal aktivitelerinin değerlendirilmesi hedeflenmiştir. D. erinaceus bitkisi Nif dağından toplanmış ve uygun koşullarda laboratuvara getirildikten sonra yaprak, gövde ve kökleri içeren farklı bitki parçalarından yüzey sterilizasyonundan sonra endofitik fungus ve bakteri izolasyonu yapılmıştır. D. erinaceus bitkisinin farklı dokularından 6 fungus ve 10 bakteri olmak üzere toplamda 16 izolat elde edilmiştir. Endofitik fungus ve bakteri izolatları polifazik yaklaşımlar kullanılarak tanımlanmıştır. Bakteriyal tanımlamalar Bacillus, Kocuria, Stenotrophomonas, Pseudomonas ve Ralstonia türlerini içeren 5 farklı genusu açığa çıkartmıştır. Fungal tanımlamada ise Eurotiomycetes grubuna ait 2 tür (Aspergillus spp. ve Penicillium spp.) ve Dothideomycetes grubuna ait 1 tür (Alternaria spp.) olmak üzere 3 farklı genus tanımlanmıştır. Aynı zamanda bitkiden izole edilen fungus ve bakterilerin antimikrobiyal bileşik üretme kapasiteleri araştırılmıştır. İzolatların fermentasyon sıvılarından elde edilen Etil asetat (EtOAc) ve bütanol ekstrelerinin aktiviteleri disk difüzyon ve broth mikrodilüsyon yöntemleriyle belirlenmiştir. Buna göre 8 bakteri ve 4 fungus türünün test organizmalarına karşı iyi bir antimikrobiyal etkisinin olduğu saptanmıştır. Özellikle fungal izolatlardan Dek20f gram negatiflere karşı yüksek aktivite gösterirken, bakteriyal izolatlardan Deg11b C.albicans'a karşı antifungal etki göstermiştir.

Abstract:
Therefore the aims of this study were to isolation and identification of the endophytic microorganisms from an endemic plant, Dianthus erinaceus and evaluate their antimicrobial activities. The whole plant samples of D. erinaceus were collected from Nif Mountain, İzmir in July 2016. Different plant parts including leaves, stems and roots were subjected to surface sterilization with bleach and ethanol to eliminate the surface microorganisms. Then the outer tissues are removed with a sterilized scalpel and inner tissues are sliced thinly than placed on isolation media. Plates were incubated at 27°C for 6 weeks. A total of 10 bacterial and 6 fungal endophytes were isolated from the different tissues of the D. erinaceus, the endemic plant species of the Nif Mountain in the Aegean Region. Endophytic fungi and bacteria isolates were identified using polyphasic taxonomy. Bacterial identifications revealed 5 different bacterial genera including Bacillus, Kocuria, Stenotrophomonas, Pseudomonas and Ralstonia. Identification of fungal strains revealed that 3 of the fungal isolates were belonging to the Eurotiomycetes classis (Aspergillus spp. and Penicillium spp.) and 1 belong to the Dothideomycetes classis (Alternaria spp.). Furthermore all isolates were subjected fermentation in 250 ml erlenmeyer flasks in order to assess their antimicrobial activities. Cell free culture filtrates were extracted three times with an equal volume of ethylacetate and butanol (1:1, v/v) separately. Some gram negative, gram positive and yeast were used test organisms. Antimicrobial activities of the crude extracts were determined by disc diffusion and broth microdilution method. Butanol extracts showed considerable activity against test microorganisms. A total of 8 bacteria and 4 fungi showed activity against test microorganisms. Fungal strain DEK20f was shown to be more effective against gram-negative bacteria than gram positive. On the other hand, bacterial isolate DEG11b showed a strong antifungal activity against C. albicans.