Moleküler markörleri kullanarak çerezlik kabaklarda (Cucurbita pepo L.) saflık düzeylerinin tahmin edilmesi
Estimation of purity levels of pumpkin (Cucurbita pepo L.) using molecular markers
Yazar: NESLİHAN ASLAN
Danışman: PROF. DR. OSMAN GÜLŞEN
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışma moleküler markörler kullanılarak çerezlik kabaklarda (Cucurbita pepo L.) saflık düzeylerinin tahmin edilmesi amacıyla 2016-2018 yılları arasında Erciyes Üniversitesi Ziraat Fakültesi Araştırma Birimi Labaratuvarında gerçekleştirilmiştir.  Saflık düzeylerini tahmin etmenin pratik bir yolu bulunmamaktadır ve ancak arazide tohumlardan elde edilen bitkiler arasındaki morfolojik özellikleri dikkate alarak genetik açılım olup olmadığı anlaşılabilmektedir. Bununla ilgili moleküler markör kullanımı ile daha etkin olarak ebeveynlerin saflık düzeylerinin tanınması mümkün olabilmektedir. Bu nedenle moleküler markörler yardımıyla S1, S2, S3 ve S0 (hiç kendileme yapılmamış) kademesindeki kabaklar dominant ve kodominant markörler kullanılarak saflık düzeyleri ile heterozigotluk arasındaki ilişki tahmin edilmiştir. Çalışmada primer seçimi sonucunda 18 SSR ve 8 ISSR primer çifti belirlenmiştir. SSR analizleri sonucunda CMTm66 ve CMTp182 primerlerinde en yüksek ortalama PIC değeri 0,9 ve gen çeşitliliği 0,10 olarak bulunmuştur. ISSR analizleri sonucunda HVH(TCC)7, HVH(CA)7T VE BDB(CA)7C primerlerinde en yüksek ortalama PIC değeri 0,4 bulunmuş olup gen çeşitliliği sırasıyla 0.67, 0.61 ve 0.86 olarak belirlenmiştir. 
Sonuç olarak SSR ve ISSR primerlerinin çerezlik kabak araştırmalarında kullanıma uygun olduğu saptanmıştır. Saflaşma çalışmalarında yüksek polimorfizm nedeniyle SSR primerlerinin daha etkin olduğu saptanmıştır. Başarılı bulunulan primerler ilişki haritalaması, safiyet testlemesi ve yeni markır geliştirme çalışmalarında kullanılabilecektir. Yapılan analizler sonucunda S0, S1, S2 ve S3 kademeleri arasında heterozigot bant sayısı giderek azalan bir eğilim göstermiştir. En fazla heterozigot bant sayısı S0 kademesinde ve en az heterozigot bant sayısı S3 kademesinden elde edilmiştir. Bu da bize saflaşma oranı artıkça heterozigot bant sayısının azaldığını göstermiştir.

Abstract:
In this resarch study was carried out in Molecular Genetics Laboratory of the Research Unit of the Faculty of Agriculture of Erciyes University Seyrani Faculty of Agriculture between 2016-2018 in order to estimate the purity levels of pumpkins (Cucurbita pepo L.) using molecular markers. There is no practical way of estimating purity levels, but it can be understood that there is no genetic expansion taking into account the morphological characteristics of the plants obtained from the seeds in the field. With the use of the relevant molecular marker, it is possible to more effectively identify the purity levels of the parents. For this reason, the relationship between the purity levels and heterozygosity was estimated by using molecular markers using the dominant and codominant markers in the S1, S2, S3 and S0 (no in-plant) stages. 18 SSR primers and 8 ISSR primers were used in the study. As a result of SSR analysis, the highest mean PIC value of CMTm66 and CMTp182 primers was 0.9 and the gene diversity was 0.10. As a result of ISSR analysis, the highest average PIC value of HVH (TCC) 7, HVH (CA) 7T and BDB (CA) 7C primers was found as 0,4 and the gene diversity was found to be 0.67, 0.61 and 0.86 respectively. 
As a result, SSR and ISSR primers were found to be suitable for snack pumpkin research. In the purification studies, SSR primers were found to be more effective due to high polymorphism. Successful primers can be used in relationship mapping, purity testing and new marker development studies. As a result of the analyzes, the number of heterozygous bands between S0, S1, S2 and S3 stages showed a decreasing acceleration. The highest number of heterozygous bands was obtained from S0 and the least heterozygous bands were from S3. This showed us that the number of heterozygous bands decreased as the purification rate increased.