Topraktan izole edilen bakterilerin tanımlanması ve tanımlanan bakterilerin roka bitkisinin (Eruca sativa) gelişmesine biyogübre olarak etkilerinin incelenmesi
Identification of bacteria isolated from soil and thei̇r effects on development of rucola (Eruca sati̇va)
Yazar: RACİ KELEŞ
Danışman: PROF. DR. İ. YAVUZ SEZEN
Gebze Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Bu çalışmada orman toprağından izole edilen karışık bakteri örneklerinin saflaştırması yapılarak 30 izolat elde edilmiştir. Elde edilen izolatların Gram boyama, spor boyama ve temel mikrobiyolojik testleri yapılmıştır. VITEK2 Kompakt otomatik tanımlama sistemi ile tanımlamak için farklı koloni özelliklerine göre 25 izolat seçilmiştir. 19 izolat tanımlanamazken, 6 izolat Kocuria kristinae/ Kocuria rosae, Faclamia hominis, Micrococcus luteus/ Micrococcus lylae ve B. laterosporus birbirinden farklı türler olarak tanımlanmıştır.
Bu aşamadan sonra VITEK2 kompakt otomatik tanımlama sistemi ile B. laterosporus bakterisi olduğu öngörülen izolat ile deneylere devam edilmiştir. Bu izolatın optimum büyüme sıcaklığı ve pH aralığı, çeşitli antibiyotiklere dirençliliği tespit edilmiştir. Bakterinin moleküler tanımlanması İontek firmasına yaptırılmıştır. Elde edilen dizi 16S rRNA gen nukleotit dizisi NCBI veri bankasındaki veriler ile BLASTN 2.2.28+ (Basic Local Alignment Search Tool) kullanılarak eşleştirilmiş ve eşleştirme sonucunda %92 benzerlik oranı ile Bacillus cereus, SZ2.gi|342359997|JN227670.1  olarak belirlenmiştir. 
Bakterinin biyogübre etkisini tespit için, CAS agar besi yerinde siderofor üretimi ve NBRIP, NBRIP-BPB, RPAM besiyerlerinde fosfor çözünürlüğü incelenmiştir. Fosfor çözünürlüğüne etki eden bakterinin ürettiği organik asitler, HPLC cihazı kullanılarak belirlenmiştir.
Daha sonra bu izolatın roka bitkisinin (Eruca sativa)  gelişmesine biyogübre olarak etkisi, bitki tohumlarına aşılanarak saksı çalışmalarıyla serada incelenmiştir. Elde edilen bitkiye ait (kök boyu, gövde boyu, yaprak boyu, bitki yaş ağırlığı, bitki kuru ağırlığı ve yaprak sayısı) parametrelerinin istatistik analizleri %5 hata olasılığı ile Post Hoc çoklu karşılaştırılmalı testi kullanılarak yapılmıştır.

Abstract:
In this work, 30 bacteria were isolated from forest soil. Gram and spor staining and also basic microbiological tests were performed on these isolates.  25 isolates were selected according to their colony morphology and then they further identified by using VITEK2 Compact Tool System. While 19 isolates were unidentified the others were identified as Kocuria kristinae/Kocuria rosae, Faclamia hominis, Micrococcus luteus/Micrococcus lylae and Brevibacillus laterosporus.
Examinations were continued with isolate predicted as B.laterosporus by VITEK2 System. Optimal growth temperature, pH scale was determined and antimicrobial activity tests were performed of this isolate. Molecular identification of this isolate is carried out by IONTEK firm. Partial similarity of 16 S rRNA gene nucleotide sequences with both nucleotide (nr/nt) and reference RNA sequence (refseq_rna) databases in the NCBI gene bank was determined with using BLASTN 2.2.28+ (Basic Local Alignment Search Tool). According to BLASTN results the isolate of B. laterosporus was identified with %92, similarity rate Bacillus cereus strain SZ2.gi|342359997|JN227670.1 respectively.
For biofertilizer effect of B. laterosporus, siderophores production was determined on CAS agar. The phosphate solubilization ability was surveyed on NBRIP, NBRIP-BPB, RPAM mediums. Organic acids which effecting on phosphate solubilization from bacterial production were determined with HPLC. And then, the effect on rucola plant (Eruca sativa) developing process of this isolate was examined on the greenhouse condition in flowerpot. Statistical analysis of data's (stem height, stem length, leaf length, plant fresh weight of plant dry weight and number of leaves) were carried out by the post hoc multiple comparisons test.