Staphylococcus aureus kökenlerinin multilokus dizi tiplendirmesi
Multilocus sequence typing of staphylococcus aureus strains
Yazar: ŞULE KIRCA YILMAZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM ÇAĞATAY ACUNER
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Epidemiyoloji = Epidemiology ; Genotip = Genotype ; Hücre dizisi = Cell line ; Moleküler biyoloji = Molecular biology ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus

Özet:
Staphylococcus aureus hastane kökenli ve toplum kökenli çeşitli infeksiyonlara yol açan önemli bir insan patojenidir. Hastanelerde ve toplum içinde metisilin-dirençli S. aureus (MRSA) epidemik kökenlerinin prevalansındaki artış infeksiyon kontrol önlemleri açısından büyük önem taşımaktadır. Hedeflenen kontrol önlemlerinin alınması için MRSA' nın genotiplendirilmesi gereklidir.Bu çalışmanın temel amacı; multi-lokus dizi tiplendirme (MLST) ile Staphylococcus aureus bölgesel suşlarının uzun dönemli epidemiyolojik ve evrimsel ilişkilerinin belirlenmesidir.OMÜ-SUVAM (Ondokuz Mayıs Üniversitesi-Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi) hastanesi, Türkiye'nin kuzeyinde Karadeniz kıyı bölgesinde yer alan ve Samsun ve çevresindeki 3,665,000 kişilik nüfusa hizmet eden bir bölge hastanesi niteliğindedir. Bölgedeki komşu illerden (Ordu, Tokat, Çorum, Amasya ve Sinop) çok sayıda hasta kabul edildiğinden izolat örneklemi tüm bölgeyi temsil etmektedir. OMÜ-SUVAM hastanesine kabul edilen yatan hastalardan Aralık 2006-Şubat 2007 tarihleri elde edilen izolatlar prospektif olarak, ardışık ve tekrarlardan arındırılarak toplandı. Çalışmaya, İnfeksiyon Kontrol Komitesi tarafından kolonizasyon veya nozokomiyal infeksiyon tanısı alan hastalardan izole edilen MRSA izolatları (n=48) ve yalnızca nozokomiyal infeksiyon tanısı alan hastalardan izole edilen MSSA (metisilin-duyarlı S. aureus) izolatları (n=7) olmak üzere, toplamda, 55 izolat dahil edildi. İzolatların klonal ilişkileri, PFGE (pulsed-field gel electrophoresis), spa (stafilokokal protein A) tiplendirme ve MLST ile araştırıldı.PFGE sonuçlarının analizi ile MRSA izolatlarında 14 farklı pulsotip ortaya çıktı. MSSA izolatlarının ise, her birinin ayrı bir pulsotip paternine sahip olduğu görüldü. MRSA izolatları arasında, ikisi hariç hepsi t30 spa tipindeydi. Farklı spa tiplerinin multilokus dizi analizi sonucunda tek sekans tipi (ST239) belirlendi. MSSA izolatları arasında, 7 farklı spa tipi ve 7 farklı sekans tipi saptandı. Bu çalışmanın sonucunda, nozokomiyal MSSA izolatlarının uzun dönemli klonal çeşitlilik sergilediği ve hastanemizdeki hiper-endemik çevre ortamında, kolonize olan ve nozokomiyal infeksiyona maruz kalan hastalarda, uzun süredir baskın olan MRSA klonunun, beş büyük pandemik MRSA klonundan biri olan, epidemik ST239 klonu olduğu belirlendi.Bu çalışmanın sonuçları, çeşitli nozokomiyal infeksiyonlara yol açan Staphylococcus aureus kökenlerinin, lokal (bölgesel), ulusal ve uluslararası uzun dönemli surveyansı için temel oluşturmaktadır.Anahtar Sözcükler: Staphylococcus aureus, dizi analizi, moleküler epidemiyoloji

Abstract:
Staphylococcus aureus is an important human pathogen causing various healthcare-associated and community-acquired infections. The increase in the prevalance of epidemic strains of methicillin-resistant S. aureus (MRSA) in hospitals and even in community require special attention of infection control. Genotyping of MRSA is important for targeted control measures.The main objective of this study is to determine lacking recent evolutionary history of the biogeographically local strains of Staphylococcus aureus through their characterization by the use of multi-locus sequence typing (MLST).OMU-SUVAM university hospital is the most advanced in the province Samsun and its hinterland serving a total population of ca. 3,665,000 at the Black Sea shore region of north Turkey. Many patients from the neighbouring 5 cities (namely Ordu, Tokat, Çorum, Amasya, and Sinop) of the region are being admitted to the hospital. Thus, the sources of the isolate sampling is representative of the region. Staphylococcus aureus strains isolated from the specimens of the inpatients who have admitted to the inpatient clinics of OMU-SUVAM were collected prospectively, sequentially (i.e. non-selected), and non-repetitively. A total of 55 S. aureus isolates, including 48 of MRSA and 7 of MSSA, were used in this study. The clonal relationship of the isolates was investigated by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) typing, spa typing and MLST.According to the analysis of PFGE results 14 different pulsotypes were determined for MRSA strains and all of seven MSSA strains had different PFGE patterns. All of the MRSA strains except for two, were t30 by spa typing. ST239 was the only sequence type among the MRSA strains. All of the MSSA strains were of different sequence types by spa typing and MLST. In conclusion, ST239, one of the five major globally epidemic MRSA clones, was the evolutionarily long-term predominant clone circulating in our hospital in a hyper-endemic setting.The results of this study provide the local baseline information for local and national long-term surveillance of the Staphylococcus aureus strains that are responsible for various significant healthcare associated infections.Key Words: Staphylococcus aureus, sequence typing, molecular epidemiology