Cevizin SSR, SNP ve DArT  markörleri ile yoğun genetik bağlantı haritasının oluşturulması
Construction of high density genetic linkage map of walnut by SSR, SNP AND DArT  markers
Yazar: SINA KEFAYATI
Danışman: PROF. DR. SALİH KAFKAS ; PROF. DR. MEHMET SÜTYEMEZ
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Ceviz (Juglans regia L.) dünyada en önemli sert kabuklu meyve türlerinden biridir. Ceviz aynı zamanda ülkemiz için de çok önemli bir meyve türüdür. Uzun gençlik kısırlığı nedeniyle cevizde ıslah programları uzun zaman almaktadır. İşte bu zorluğun üstesinden gelmek için moleküler yöntemlerin kullanılması gerekmektedir. Bu nedenle, bu çalışma cevizin (1) ilk SSR esaslı genetik haritasını oluşturmak, (2) SSR, SNP ve DArT markörlerini kullanarak cevizde yüksek yoğunlukta haritalar elde etmek amaçlamıştır. Genetik haritalama da Chandler x Kaplan-86 F1 populasyonu kulanılmıştır. Toplamda 1,438 adet SSR primer çifti taranmış ve 505 adet açılım gösteren SSR markörü F1 populasyonunda analiz edilmiştir. Chandler genetik haritasında 279 markör haritalanırken, Kaplan-86 genetik haritasında 274 SSR markörü haritalanmıştır. Birleştirilmiş genetik harita 166 adedi ortak markör olmak üzere toplamda 387 adet markör içermiştir. Birleştirilmiş genetik haritanın toplam uzunluğu 1,569.9 cM olmuş ve ortalama LG uzunluğu 98.1 cM olmuştur. Cevizin yüksek yoğunluktaki genetik haritası sekanslama yöntemiyle genotiplendirme metodu kullanılarak mevcut SSR genetik haritasına SNP ve DArT markörlerinin eklenmesiyle elde edilmiştir. Chandler genetik haritası 3,483 markör içerirken, Kaplan-86 genetik haritası ise 4,275 SSR, SNP ve DArT markörü içermiştir. Chandler genetik haritasının toplam uzunluğu 1,248.9 cM iken, Kaplan-86 genetik haritasının toplam uzunluğu 1,826.5 cM olmuştur. Chandler ve Kaplan-86 genetik haritalarında cM başına sırasıyla 3.0 ve 2.4 markör düşmüştür. Chandler genetik haritasında herbir LG ortalama 234.7 markör içerirken, Kaplan-86 genetik haritası 267.2 markör içermiştir. Sonuç olarak, bu çalışma kapsamında cevizde ilk olarak SSR esaslı genetik harita elde edilmiş ve yüksek yoğunlukta genetik haritalar oluşturulmuştur. Bu tez kapsamında elde edien veriler cevizde bundan sonra yapılacak QTL analizleri, ıslah ve genetik çalışmaların altyapısını oluşturacaktır.

Abstract:
Walnut (Juglans regia L.) is one of the most important nut tree species in the world. It is also an important tree species in Turkey. Cultivar breeding programs in walnut take long time due to its extensive juvenile period. So, it is necessary to use molecular approach to overcome such problem. Therefore, this thesis aimed (1) to construct the first SSR-based genetic linkage map, (2) to construct a high-density genetic linkage map based on SSR, DArT and SNP markers in walnut. Chandler x Kaplan-86 F1 population was used in genetic linkage mapping. A total of 1,438 SSR primer pairs were screened and 505 segregating ones were analyzed in whole F1 population. Chandler genetic map included 279 markers, while Kaplan-86 genetic map consisted 274 SSR markers. The SSR-based consensus map was constructed with 387 SSR markers and 166 of them were common markers. The total length of SSR-based consensus map was 1,569.9 cM with an average length of 98.1 cM. High density genetic linkage maps were constructed by adding DArT and SNP markers to the SSR linkage maps by genotyping by sequencing approach. Chandler genetic map included a total of 3,483 SNP, DArT and SSR markers, while Kaplan-86 map consisted 4,275 markers. The total length of Chandler map was 1,248.9 cM, while Kaplan-86 map was 1,826.5 cM length. There were 3.0 and 2.4 markers per cM in Chandler and in Kaplan-86 genetic maps, respectively. Chandler map had 234.7 markers per LG, while Kaplan-86 map had 267.2 markers per LG. In conclusion, the first SSR based genetic linkage map and high density genetic linkage map of walnut was constructed in this study. The data produced in this thesis will be very useful and framework for QTL analysis, breeding and genetic studies in the future for walnut.