Klinik örneklerden izole edilen Streptococcus agalactiae izolatlarının antibiyotiklere karşı direnç durumları, genişlemiş spektrumlu beta laktamaz üretimi ve biyofilm özelliklerinin araştırılması
Investigation of antibiotics resistance properties, extended spectrum beta lactamase production and biofilm properties in Streptococcus agalactiae bacterium isolated from clinical samples
Yazar: ŞEYMA ERGİN
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA ONUR ALADAĞ
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Laboratuvar Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Biyofilmler = Biofilms ; Streptococcus agalactiae = Streptococcus agalactiae ; Üriner sistem = Urinary tract ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Streptococcus agalactiae (B grubu Streptokoklar- GBS) sindirim sistemi ve genitoüriner sistem florasında yaygın olarak bulunmaktadır. Gebe kadınlar, yenidoğanlar ve yaşlılar gibi yüksek riskli popülasyonlarda morbidite ve mortalite kaynağı olan patojen bir mikroorganizmadır. GBS üriner sistem enfeksiyonlarının da %2'sini oluşturur. Ayrıca; altta yatan hastalığı olan erişkinlerde ciddi enfeksiyonlara sebep olabilmektedir. GBS'ler penisiline duyarlı olduğu için tanı konduğunda tedavide ilk seçenek olarak kullanılır. Duyarlı olduğu diğer antibiyotikler vankomisin, ampisilin, birinci, ikinci ve üçüncü kuşak sefalosporinler, imipenem ve meropenemdir. GBS'lerdeki eritromisin ve klindamisin direnci %15-20 oranında olup bu oran giderek artmaktadır. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 114 S.agalactiae suşu on dört farklı antibiyotiğe duyarlıkları, genişlemiş spektrumlu beta laktamaz enzimi (GSBL) üretimleri ve biyofilm oluşturabilmeleri açısından değerlendirildi. Suşların 26'sı yenidoğan yoğun bakım ünitesinde, 1'i iç hastalıkları yoğun bakım ünitesinde, 5'i medikal onkoloji kliniğinde, 1'i pediatri onkoloji kliniğinde, 1'i genel cerrahi kliniğinde yatmakta olan hastalardan, 24'ü üroloji polikliniğine, 29'u kadın doğum polikliniğine, 5'i genel dahiliye polikliniğine, 6'sı nefroloji polikliniğine, 1'i pediatri polikliniğine, 4 erişkin acil, 1 nöroloji polikliniğine, 1 ortopedi ve travmatoloji polikliniğine, 1'i enfeksiyon hastalıkları  polikliniğine, 1'i aile hekimliği polikliniğine, 1'i KVC polikliniğine, 2'si psikiyatri polikliniğine, 1'i çocuk endokrinoloji polikliniğine, 1'i dermatoloji polikliniğine, 1'i geriatri polikliniğine, 1'i çocuk nefroloji polikliniğine başvuran hastalardan alınan örneklerden izole edilmiştir. S.agalactiae suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi için, disk difüzyon yöntemi kullanıldı. Suşlar arasında en yüksek direnç oranı %75,93 tetrasikline, bunu %16,7 ofloksasin, %15,8 levofloksasin, %14,82 eritromisin, %8,4 klindamisin takip etmiştir. Suşlar ampisilin, vankomisin, seftriakson, imipeneme %100, teikoplanin, kloromfenikol, tigesikline %99,07 , penisiline %94,4 , sulfamethaksazol / trimethoprim %90,7 duyarlı olduğu görüldü. GSBL üretiminin belirlenmesi için çift disk sinerji yöntemi kullanıldı. Fenotipik olarak GSBL negatif olarak tespit edildi. Biyofilm oluşturma özellikleri ise kongo kırmızılı agar yöntemi ve kristal viyole boyama yöntemi ile saptandı. Kongo kırmızılı agar yöntemiyle GBS 103'ünde (%95,37) biyofilm oluşumu pozitif, 5'inde (%4,63) negatif tespit edilmiştir. Bu yöntemin GBS'ler için uygun olmadığını düşündürmüştür. Kristal viyole boyama yöntemi ile yapılan biyofilm çalışmasında ise suşların %2,75 (3)'ü biyofilm pozitif, %97,25 biyofilm negatif olarak bulundu. 

Anahtar Sözcükler: Antibiyotik duyarlılığı; biyofilm; GSBL; Streptococcus agalactiae; üriner sistem infeksiyon

Abstract:
Streptococcus agalactiae (group B Streptococci-GBS) is commonly found in the flora of the digestive system and genitourinary system. It is a pathogenic microorganism that is a source of morbidity and mortality in high-risk populations such as pregnant women, newborns and the elderly. GBS also accounts for 2% of urinary tract infections. Moreover; It can cause serious infections in adults with underlying disease. Since GBSs are sensitive to penicillin, they are used as first-line therapy when diagnosed. Other antibiotics to which it is sensitive are ampicillin, vancomycin, first, second and third generation cephalosporins, imipenem and meropenem. Erythromycin and clindamycin resistance in GBS is 15-20%, and this rate is increasing. In our study, 114 S. agalactiae strains isolated from various clinical specimens were evaluated for their to susceptibility fourteen different antibiotics; extended-spectrum beta lactamase enzyme (ESBL) production and their ability to form biofilms. 26 of the strains were hospitalized in the neonatal intensive care unit, 1 in the internal diseases intensive care unit, 5 in the medical oncology clinic, 1 in the pediatric oncology clinic, 1 in the general surgery clinic, 24 in the urology outpatient clinic, 29' u were assigned to the obstetrics outpatient clinic, 5 to the general internal medicine outpatient clinic, 6 to the nephrology outpatient clinic, 1 to the pediatric emergency clinic, 4 to the adult emergency, 1 to the neurology outpatient clinic, 1 to the orthopedics and traumatology outpatient clinic, 1 to the infectious diseases polyclinic, 1 to the family medicine clinic. It was isolated from the samples taken from patients who applied to the outpatient clinic, 1 to the cardiovascular outpatient clinic, 2 to the psychiatry outpatient clinic, 1 to the pediatric endocrinology outpatient clinic, 1 to the dermatology outpatient clinic, 1 to the geriatrics outpatient clinic, and 1 to the pediatric nephrology outpatient clinic. Disc diffusion method was used to determine the antibiotic susceptibility of S. agalactiae strains. The highest resistance rate among the strains was 75.93% tetracycline, followed by 16.7% ofloxacin, 15.8% levofloxacin, 14.82% erythromycin, 8.4% clindamycin. The strains were 100% sensitive to ampicillin, vancomycin, ceftriaxone, imipenem, teicoplanin, chloromphenicol, 99.07% sensitive to tigecycline, 94.4% sensitive to penicillin, and 90.7% sensitive to sulfamethaksazol / trimethoprim. Double disk synergy method was used to determine ESBL production. It was determined that phenotypically, ESBL was detected as negative. Biofilm formation properties were determined by Congo red agar method and crystal violet staining method. Biofilm formation was positive in GBS 103 (95.37%) and negative in 5 (4.63%) using the Congo red agar method. It made us think that this method is not suitable for GBSs. In the biofilm study performed with the crystal violet staining method, 2.75% (3) of the strains were found to be biofilm positive and 97.25% biofilm negative.

Key words: Antibiotic sensitivity; biofilm; ESBL; Streptococcus agalactiae; urinary tract infection