Helicobacter pylori tedavisinin mikrobiyota üzerine etkisi
The effects of Helicobacter pylori treatment on microbiota
Yazar: SERAP SÜZÜK
Danışman: PROF. DR. AYŞE MELTEM ÇIRAK
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Bakteriyoloji Bilim dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Antienfektif ajanlar = Anti infective agents ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Helicobacter = Helicobacter ; Helicobacter pylori = Helicobacter pylori ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tedavi = Treatment

Özet:
Bağırsak florasının, insan sağlığı ve çeşitli hastalıkların patogenezi üzerindeki önemi ve etkisi insan mikrobiyom projesinin de gündeme gelmesiyle daha da önem kazanmıştır. Bağırsak mikrobiyotası hem mikroorganizma sayısı hem de türleri bakımından bireysel farklılıklar gösteren dinamik bir sistemdir. Diyet alışkanlıkları, yaşam tarzı, yaş, konağın genetik yatkınlıkları ve antibiyotik kullanımı da barsak florasını etkilemektedir. Bu çalışmanın amacı Helicobacter pylori (HP)'si pozitif olan ve tetrasiklin ile metronidazol antibiyotik tedavisi alan hastalarda, antibiyotik kullanım öncesi ve sonrası bağırsak mikrobiyotasının önemli bakteri türleri olan Bifidobacterium spp, Bacteroides fragilis,Lactobacillus spp, Akkermansia mucinophilia ve Fecalobacterium prausnitzii bakımından kantitatif karşılaştırmasını yapmak ve antibiyotik kullanımının mikrobiyota değişimi üzerine etkisini belirlemektir. Çalışmaya Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji kliniğine başvuran ve HP pozitif tanısı alan 39 hasta dahil edildi. Hastaların 39'u antibiyotik öncesi gaita örneği vermesine rağmen ancak 18 hasta antibiyotik sonrası gaita örneği verdi. Çalışmada hastalardan alınan 200 mg gaita örneği değerlendirmeye alındı. Gaitada fazla miktarda DNA izolasyon inhibitörlerinin varlığından dolayı DNA izolasyon işlemi için, özel gaitadan ekstraksiyon kiti kullanıldı (QIAmp DNA Stool Mini Kit, QIAgen, Almanya). Hedef bölge amplifikasyonu için çalışmada yer alan bakterilerin 16S rRNA bölgesine spesifik primerler kullanıldı. Kantitasyon işleminin optimizasyonu ve primerlerin özgüllüğünün doğrulanması için ilgili bakterilerin ATCC suşları ile değerlendirme yapıldı. Ekstraksiyon örneklerinde bakterilerin hem HP pozitif hem de sağlıklı gönüllülerden alınan gaita örneklerinden yapılan ekstraksiyon işlemi sonrası tüm bakterilerin gerçek zamanlı PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi ile kantitasyon işlemi Rotor-Gene® 6000 cihazında (Qiagen, Almanya) yapıldı. HP tedavisi alan hastalarda antibiyotik kullanım öncesi ve sonrası yapılan kantitasyon sonucunda Bifidobacterium spp (p=0,000), Bacteroides fragilis (p=0,000), Lactobacillus spp (p=0,000), A. mucinophilia (p=0,000) ve F. prausnitzii için istatistiksel olarak anlamlı düşüş gözlendi. Elde edilen veriler doğrultusunda HP tedavisinde kullanılan tetrasiklin ve metronidazolün mikrobiyotada disbiyozise neden olabilecek bir zemin oluşturabileceğini söylemek mümkündür.

Abstract:
The importance and effect of the intestinal flora on human health and pathogenesis of various diseases have been gained even more importance with the human microbiome project coming into the agenda.The intestinal microbiota is a dynamic system showing individual differences in both the number and species of microorganisms. Dietary habits , lifestyle, age, genetic predisposition of the host and use of antibiotics also affect the intestinal flora. The aim of this study is to carry out a quantitative comparison as regards the Bifidobacterium spp, Bacteriodes fragilis, Lactobacillus spp, Akkermansia mucinophilia and Fecalobacterium prausnitzii, which are the important bacterial species of the intestinal microbiota before and after antibiotic therapy with tetracycline and metronidazole in patients who are positive for Helicobacter pylori (HP) and to determine the effects of antibiotic use on the microbiota. 39 patients who applied to the Gastroenterology Clinic of Gazi University Medical Faculty and were diagnosed as HP-positive were included in this study. While 39 of the patients did not give stool sample before antibiotic therapy, 18 patients gave stool sample after antibiotic therapy. The stool samples of 200 mg in weight were collected from the patients who were included in the evaluation. A special extraction kit (QIAmp DNA Stool Mini Kit, QIAgen, GERMANY) was used for DNA isolation procedure because of the presence of DNA isolation inhibitors in large amount in stool. Primers specific for the 16S rRNA region of the bacteria included in the study were used for the amplification of the target region. ATCC strains of the related bacteria were evaluated for optimization of the quantification procedure and verification of the specificity of primers. Following the extraction of bacteria on the stool samples collected from both HP-positive patients and healthy volunteers, all the bacteria were subjected to real-time quantification procedure with PCR (Polymerase Chain reaction) method on Rotor-Gene® 20 device (Qiagen, Germany). As a result of the quantification before and after antibiotic use in patients receiving HP treatment, statistically significant decreases were observed in Bifidobacterium spp (p=0,000), Bacteriodes fragilis (p=0,000), Lactobacillus spp (p=0,000), A. mucinophilia (p=0,000) and F. prausnitzii. Based on the data obtained, it can be said that tetracycline and metronidazole used to treat HP can prepare the ground that could result in dysbiosis in microbiota.