Memeli grainy head-like 3 (Grhl3) promotör bölgesinin işlevsel tanımı /
Yazar: İLKİN AYGÜN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Epigenez-genetik = Epigenesis-genetic ; Epitel = Epithelium ; Epitel hücreleri = Epithelial cells ; Gen ürünleri = Gen products ; Genetik = Genetics ; Genler = Genes

Özet:
Epitelyalden mezenkimale dönüşüm (EMT) ve mezenkimalden epiteyale dönüşüm (MET) aşamaları, düzgün bir embriyonik gelişim için çok hayati olmanın yanı sıra, kanser oluşumu sırasında tümör hücreleri tarafından farklı aşamalarda kullanılırlar. Son yıllarda yapılan çalışmalar MET'in yalnızca EMT'nin tersi olmadığını, kendi başına da karmaşık bir süreci ifade ettiğini göstermiştir. Bu verilerden yola çıkarak MET'i kontrol eden yeni tanımlanacak transkripsiyon ağları oluşturabileceği hipotezini kurmak mümkündür.EMT-MET modeli (NMuMG hücreleri) kullanılarak yapılan çalışmalarda, Grhl3 ve Hnf4a'nın E-cadherin'in ekspresyonu için önemli rol üstlendikleri ve MET sürecinin başlaması için çok gerekli oldukları gösterilmiştir. EMT - MET süreçlerinde kritik bir role sahip olan Grhl3 geninin bu süreçlere ne gibi bir katkı sağladığını aydınlatabilmek amacıyla, Grhl3 genini karakterize etmenin önemli olduğunu düşünmekteyiz. Bu tez kapsamında da Grhl3 promotör bölgesi karakterize edilmeye çalışılmıştır. Öncelikle gen üzerindeki daha sonra promotör bölge üzerindeki korunmuş sekanslar belirlenmiştir. Biyoinformatik analizlerden elde edilen promotör bölgesi üzerindeki TATA kutusu ve Sp1 elementlerin işlevsel olup olup olmadıklarını, promotör bölgesi üzerinde kısaltmalar yaparak lusiferaz aktiviteleri ile gösterilmiştir. Daha sonra yine biyoinformatik analizlerle belirlenen Elf3'ün Grhl3 promotör bölgesi ile ilişkili olduğu ve, Grhl3 promotör bölgesini 2 kat aktive ettiği gösterilmiştir. Ayrıca Elf3'ü susturulduğunda ve aşırı eksprese edildiğinde Grhl3 ekspresyonunun da doğru orantılı olarak azalıp arttığını gösterilmiştir. Elf3 Grhl3'ün regülatörü gibi davranmaktadır.
lacaktır.

Abstract:
Epithelial to mesenchymal transition(EMT) and mesenchymal to epithelialtransition (MET) are very vital for proper embryonic development, as well as being used at different stages by tumor cells during cancer formation. Studies conducted in recent years have shown that MET is not only the opposite of EMT, but also is a complicated process on its own. It is possible to establish the hypothesis that these data could lead to the establishment of newly defined transcriptional networks controlling the MET process. Studies carried out using the EMT-MET model (NMuMG cells) showed that Grhl3 and Hnf4a play an important role in the expression of E-cadherin, as well as fort he initiation of proper MET. We think it is important to characterize the Grhl3 gene in order to elucidate the contribution of the Grhl3 gene, which has a critical role in EMT - MET processes. In this thesis we tried to characterize the Grhl3 promoter region. We first identified the conserved sequences in the promoter region of Grhl3. Using luciferase reporter assays we demonstrated that the TATA box and Sp1 elements on the promoter region were functional and gross deletions of the promoter region led us to identify the minimum required  sequence for a functional promoter. We next found that Elf3, which is related to the Grhl3 promoter region we determined by bioinformatic analysis, activated the Grhl3 promoter region 2 fold. Moreover, we performed both loss and gain of function experiments and as a result have identified Efl3 as a regülatör of Grhl3 both in vitro and in vivo.