Safranda SSR (Simple sequence repeat) DNA 
markörlerinin geliştirilmesi ve yakın akraba 
türlere aktarılabilirliğinin araştırılması
Development of SSR (Simple sequence repeat) DNA markers in saffron (Crocus sativus L.) and their transferability to the closer relative species of saffron.
Yazar: AYSUN GEDİK
Danışman: PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2016
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Bu çalışma safran için SSR markörlerini geliştirmek ve bu markörlerin safranın yakın yabani akrabalarına aktarılabilirliğini araştırmak amacıyla yürütülmüştür.  Safranbolu bölgesinden toplanmış safran genotipine ait DNA kullanılarak farklı tekrar motifleriyle zenginleştirilmiş dört adet genomik kütüphaneden toplam 528 adet klon sekanslanmış, 350`sinde (%66.3) tekrar motifi belirlenmiş ve 235 adet (%67.1) klon için SSR primer çifti dizayn edilmiştir. Gradient PCR analizi sonucunda, 188 adet SSR primerinin (% 80.0) DNA`ya optimum bağlanma sıcaklığı belirlenmiş olup,  128 adet SSR primer çifti 27 adet safran genotipinde genetik çeşitliliği araştırmak için kullanılmıştır. Polimorfik bulunan 21 adet (%16,4) SSR primer çifti 27 adet safran genotipinde toplam 78 adet bant üretmiş, bunlardan 52 tanesi polimorfik bulunmuştur. Polimorfizm Bilgi İçeriği 0.071 ile 0.499 arasında değişmiş olup, ortalama 0.211 olarak bulunmuştur. Geliştirilen 138 adet SSR primer çiftinden; 114 tanesinin C.asumaniae`da, 129 tanesinin C.cartwrightianus`da, 121 tanesinin C. pallasi x C. mathewi`de, 124 tanesinin C. mathewi`de, 122 tanesinin C. pallasii ssp. pallasii`de, 122 tanesinin C. pallasii ssp. turcicus`da, 120 tanesinin C. pallasii ssp. dispathaceus`a PCR ürünü verdiği saptanmıştır. Crocus serisine ait taksonlarda yapılan filogenetik analiz sonucunda, kültürü yapılan safran genotiplerine en yakın yabani türün  C. cartwrightianus olduğu belirlenmiştir. Geliştirilen SSR primer çiftlerinin hem safran bitkisinde genetik çeşitliliğin belirlenmesinde hem de Crocus serisinin filogenetik ve evrimsel çalışmalarında kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
The aims of this study were to develop microsatellite markers for Crocus sativus (saffron) and to test them for the transferability into the close wild relatives of saffron. Four genomic libraries, which were enriched with different microsatellite motifs, were developed by using genomic saffron DNA of Safranbolu genotype. 350 of the 528 clones sequenced (% 66,3) contained microsatellites and 235 (%67,1) of the primers were designed. Optimum annealing temperature was determined for 188 (% 80.0) SSR markers with Gradient PCR protocol. The 21 (%16,4) out of 128 microsatellite primer pairs generated polymorphic bands among 27 saffron genotypes and 78 fragments were obtained.  52 of them were polymorphic. The average PIC value was 0.211, ranging from 0.071 to 0.499.  Out of 138 SSRs developed, 114 in C.asumaniae, 129 in C.cartwrightianus, 121 in C. pallasi x C. mathewi, 124 in C. mathewi,122 in C. pallasii ssp. pallasii,122 in C. pallasii ssp. turcicus and 120 in C. pallasii ssp. dispathaceus gave amplicons. The results of phylogenetic analysis in taxa of Crocus series showed that the closest relative wild species of saffron could be C. cartwrightianus. From the results of the study, it was concluded that themicrosatellite markers developed in this study could bee useful both for evaluating genetic diversity in saffron and phylogenetic, taxonomic and evolutionary studies in Crocus species.