Yeni nesil  triazole grubu antifungal ilaçlardan tioconazole dirençlilik sağlayan genlerin bulunması
Finding genes that  resist thioconazole from new generation triazole group antifungal drugs
Yazar: SALMAN KOÇ
Danışman: PROF. DR. AHMET KOÇ
İnönü Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Antifungal ajanlar = Antifungal agents ; Genler = Genes ; Genom = Genome ; Mayalar = Yeasts ; Tiyokonazol = Tioconazole ; Triazoller = Triazoles ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Yeni Nesil  Triazole Grubu Antifungal İlaçlardan Tioconazole Dirençlilik Sağlayan Genlerin Bulunması
Amaç: Tıp alanındaki yeni gelişmeler: Kemik iliği nakli, kemoterapi, karaciğer ve böbrek transplantasyonları, yoğun bakımda tedavi gerektiren hasta sayısının artmasına neden olmaktadır. Tedavilerde kullanılan geniş spektrumlu antibiyotikler, kortikostereoitler, yoğun bakım sürecinin uzaması, organ ve doku nakillerinde organ reddini engellemek için kullanılan ümminsüpresiflere bağlı sistemik mantar enfeksiyonlarının morbidite ve mortalitesinde önemli artışa neden olmaktadır.
Hastanelerde antifungal duyarlılık testlerinin çıkması uzun sürdüğünden hastalara gerekli tedavinin verilmesinde gecikmelere ve antifungallerin etkili kullanılamamasına neden olmaktadır.
Amacımız maya mantarında uygulanabilen genetik/ genomik yöntemlerden yararlanarak mantar enfeksiyonlarının tedavisinde kullanılan tioconazole karşı hücrelerin nasıl dirençlilik kazandıklarının saptamaktır.
Materyal ve Metot: Çalışmamızda BY4741 S. cerevisiae maya suşu için YPD agar ortamında TIO için MIC dozunu belirledik. Tarama amacı ile gDNA transforme edilmiş hücreleri, ilacın öldürücü dozlarını içeren YNB plaklarına yaydık ilaca az duyarlı olan koloniden plazmitleri izole ettik. İlacın varlığında büyümeden sorumlu olduklarını kanıtlamak için taze yabanıl tiplerini trasforme etmek için kullandık. Onayladıktan sonra plazmitler Yep13F1 primeri kullanılarak sekanslandı.
Bulgular: Dirençli koloninin, Maya 12. Kromozomu üzerinde bir DNA bölgesini içermiş olduğu saptandı. Bu DNA sekans dizisi Yeast Genome Database (https://www.yeastgenome.org) veri tabanında BLAST analizi yapmak için kullanıldı ve YLR117w isimli gene tekabül ettiği anlaşıldı.
Sonuç: Bulduğumuz YLR177w geninin aşırı ekspresyonu, TIO duyarlılığını azalttığını gözlemledik. YLR177w'nin bulunmadığı delesyon mutantını, ilacın varlığında büyüme yeteneği açısından analiz ettik ancak YLR177w yokluğunda hücrelerin TIO'ya duyarlı hale gelmediğini gözlemledik.

Abstract:
Finding Genes That  Resist Thioconazole From New Generation Triazole Group Antifungal Drugs 
Aim: New developments in medicine, like bone marrow transplantation, chemotherapy, and liver and kidney transplantations, cause an increase in the number of patients requiring intensive care due to the broad-spectrum antibiotics and corticosteroids used in these treatments, prolonged intensive care processes, and the morbidity and mortality of systemic fungal infections due to the immunosuppressants used to prevent organ rejection in organ and tissue transplants.
Antifungal susceptibility tests take a long time to perform, which causes delays in giving the necessary treatment to patients and promotes the ineffective use of antifungals.
Our aim is to determine how the cells become resistant to thioclosole (TIO), which is used in the treatment of fungal infections, by using genetic/genomic methods that can be applied in yeast.
Material and Method: In our study, we determined the MIC dose for TIO in YPD agar medium for the BY4741 S. cerevisiae yeast strain. For the purpose of screening, we spread gDNA-transformed cells on YNB plates that contained lethal doses of the drug and isolated plasmids from the isolates that were less sensitive to the drug. We used it to transform fresh wild-types to prove that they were responsible for the growth in the presence of the drug. After confirmation, the plasmids were sequenced using the Yep13F1 primer.
Results: The resistant colony was found to contain a DNA region on the 12th Chromosome of Maya. This DNA sequence was used to perform a BLAST analysis in the Yeast Genome Database (https://www.yeastgenome.org) and it was found to correspond to the gene named YLR117w.
Conclusion: We observed that overexpression of the YLR177w gene reduced TIO sensitivity. We analyzed the deletion mutant without YLR177w in terms of its ability to grow in the presence of the drug, but we observed that cells were not susceptible to TIO in the absence of YLR177w.