Onkoloji hastalarında vankomisin dirençli enterokokların polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanmasının yeri ve değeri,
Comparison of the bd geneohm vanr assay to culture for identification of vancomycin-resistant enterococci in rectal and stool specimens in pediatric malignancy patients,
Yazar: FATMA DEVRİM
Danışman: DOÇ. DR. CANAN VERGİN
Sağlık Bakanlığı / İzmir Dr.Behçet Uz Çocuk Hastalıkları Ve Cerrahisi Eğt. ve Arş. Hast. / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2013
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases

Özet:
Hematoloji-onkoloji kliniklerinde yatan hastalar gibi yüksek riskli hastalarda antimikrobiyal direncin yayılmasını engellenmesi için Vankomisin rezistan enterokokların (VRE) rektal sürüntü ve gaitadan aktif taranması  önerilmektedir.
Bu çalışmanın amacı hızlı real-time PCR testi olan BD GeneOhm VanR assay (BD GeneOhm, San Diego, CA) ile VRE için konvansiyonel tarama yönteminin değerlendirilmesidir.
T.C. Sağlık Bakanlığı Kamu Hastaneleri Kurumu İzmir Dr. Behçet Uz Çocuk Hastalıkları ve Cerrahisi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Pediatrik Hematoloji-Onkoloji servisinde yatan hastalardan alınan 306 rektal sürüntü ve dışkı örneğinde Van A ve/veya Van B direnç genini tespit eden BD GeneOhm VanR assay (BD GeneOhm, San Diego, CA) test ile konvensiyonel VRE kültürü çalışılmıştır. Rektal sürüntüler doğrudan ChromID VRE agara (bioMerieux-France) ekilmiş ve enterokoklar standart biyokimyasal tetkikler ve VITEK 2 otomotize mikrobiyolojik sistem (bioMerieux-France) ile tespit edilmiştir. Enterokokların vankomisin ve teikoplanin hassasiyetleri E-test (Biomerieux-France) kullanılarak edilmiştir. Toplam 306 örnekten 37'sinde VRE  kültürde izole edilmiştir ve RT-PCR testi ise 51 örnekte pozitif bulunmuştur. RT-PCR'ın sensitivite ve spesifisitesi sıra ile  %91.8 (34/37) ve %93.6 (252/269) olarak tespit edildi. GeneOhm VanR metodun pozitif ve negatif prediktif değeri %66.6 ve %98,8 olarak tespit edilmiştir.
Vankomisin rezistan enterokoklar ile kolonizasyon önemli bir sağlık problem olmakla beraber özellikle hematoloji-onkoloji hastaları gibi yüksek riskli hasta gruplarda enfeksiyonlar daha sık görülmektedir. Vankomisin rezistan enterokok ile kolonize olan hastaların erken tespiti bu hastaların kohortlanması ve enfeksiyon kontrolünü geliştirecektir. Çalışmamızda  GeneOhm VanR metodu bu kullanım endikasyonu için yararlı olduğu ve spesifisitesinin sensitivitesine göre daha etkileyici ve kullanışlı olduğu  gösterilmiştir.

Abstract:
Active screening for vancomycin-resistant enterococci (VRE) in rectal and stool specimens has been recommended to limit the spread of antimicrobial resistance within certain high-risk populations including oncology-hematology wards.
The aim of this study is to compare the diagnostic performance of the rapid real-time PCR test; BD GeneOhm VanR assay (BD GeneOhm, San Diego, CA) with the conventional screening cultures for VRE.
306 rectal swabs and stool specimens were evaluated with  BD GeneOhm VanR assay (BD GeneOhm, San Diego, CA) that detects the presence of vanA and/or vanB genes. The rectal swaps were inoculated directly to ChromID VRE agar (bioMerieux-France) and enterococci were identified to the species using standard biochemical tests and VITEK 2 automated microbiology system (bioMerieux-France). The susceptibility of the enterococci to vancomycin and teicoplanin was determined using an Etest (bioMerieux-France). 
Vancomycin-resistant enterococci were initially isolated from 37 cultures, and the RT-PCR assay was positive in detected 51 of the 306 rectal swab positive cultures.  The sensitivity and spescificity of RT-PCR was  91.8% (34/37)  and 93.6% (252/269) respectively.  The positive and negative predictive values  for GeneOhm VanR assay  was 66.6% and 98,8%, respectively.
Vancomycin-resistant enterococci colonization is an important health-care problem however infections were mostly common in  high-risk patients including hematology-oncology patients. Early diagnosis of VRE colonization will help cohorting the patients, thus transmission of VRE patients and improving infection control measures. In our study; GeneOhm VanR assay is an useful tool for this usage; however its specifity was found to be more impressive compared to its sensitivity.