Akciğer ve akciğer dışı tüberkülozda xpert ve xpert ultra testlerinin tanısal verimliliği /
Yazar: İHSAN TOPALOĞLU
Danışman: PROF. DR. SERİR ÖZKAN
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / İzmir Dr.Suat Seren Göğüs Hastalıkları ve Cerrahisi Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Göğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Göğüs Hastalıkları = Chest Diseases
Dizin: Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Rifampisin = Rifampicin ; Teşhis = Diagnosis ; Teşhis teknikleri ve prosedürleri = Diagnostic techniques and procedures ; Teşhis teknikleri-solunum sistemi = Diagnostic techniques-respiratory system ; Teşhis testleri = Diagnostic tests ; Tüberkülin testi = Tuberculin test ; Tüberküloz = Tuberculosis ; Tüberküloz-pulmoner = Tuberculosis-pulmonary ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Giriş ve Amaç: GeneXpert MTB/RIF ve GeneXpert MTB/RIF Ultra testleri klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis' i ve rifampisin direncini konvansiyonel yöntemlere görece daha erken saptayarak, etkili tedavi protokolünün oluşturulmasına ve bulaş önlemlerinin erken dönemde alınmasına katkı sağlamaktadır. Bu çalışmanın amacı hastanemizde 2016 ve 2020 yılları arasında tüberküloz tanısı ve rifampisin direncinin belirlenmesi için kullanılan GeneXpert MTB/RIF ve GeneXpert MTB/RIF Ultra testlerinin tanısal verimliliğini ve klinik önemini araştırmaktır.
Gereç ve Yöntem: Bu retrospektif kohort çalışmasına, Sağlık Bilimleri Üniversitesi İzmir Dr. Suat Seren Göğüs Hastalıkları Ve Göğüs Cerrahisi Eğitim Ve Araştırma Hastanesinde Ocak 2016-Aralık 2018 (1. Dönem) ve Mart 2019-Haziran 2020 (2. Dönem) yılları arasında hastalardan alınan akciğer ve akciğer dışı materyellerde, GeneXpert MTB/RIF veya GeneXpert MTB/RIF Ultra moleküler tanı yöntemleri ve konvansiyonel tanı yöntemleri (mikroskopi, kültür, antibiyogram, histopatoloji) uygulanan, 18 yaş üstü hastalar dahil edilmişlerdir. Birinci dönemde uygulanan GeneXpert MTB/RIF ve ikinci dönemde uygulanan GeneXpert MTB/RIF Ultra testlerinin tanısal verimliliği; a) mikroskopi ve kültür pozitif akciğer tüberkülozlu hastalar , b) mikroskopi negatif kültür pozitif akciğer tüberkülozlu hastalar, c) total akciğer tüberkülozlu hastalar ve d) akciğer dışı tüberkülozu hasta gruplarında araştırılmıştırBulgular: Çalışmaya alınan hastaların 324' ü (%27.3) kadın 1042' si (%76.3) erkekti. Klinik, radyolojik ve labarotuvar verileri ile değerlendirilen hastaların 833' üne akciğer TB' u, 29' una akciğer dışı TB tanıları konulmuştur. Akciğer örneklerinin 719' unda, akciğer dışı örneklerin 19' unda kültürde üreme görülmüştür. Akciğer örneklerinin 510' u GeneXpert MTB/RIF, 770' i GeneXpert MTB/RIF Ultra ile çalışılmıştır. Kültür altın standart kabul edildiğinde GeneXpert MTB/RIF testinin tüm akciğer, ARB mikroskopisi negatif ve pozitif örneklerde sırasıyla duyarlılığı %99.29, %95.65, %99.50, özgüllüğü %49.23, %51.11, 47.62 saptanmıştır. GeneXpert MTB/RIF ile 18 hastada rifampisin direnci saptanmış ve rifampisin direncini

saptamadaki duyarlılığı %94, özgülüğü %99 bulunmuştur. GeneXpert MTB/RIF Ultra testinin tüm akciğer, ARB mikroskopisi negatif ve pozitif örneklerde sırasıyla duyarlılığı %98.56, %80, %98.97, özgüllüğü %89.66, %94.58, %48, saptanmıştır. GeneXpert MTB/RIF Ultra ile 11 hastada rifampisin direnci saptanmış ve rifampisin direncini saptamadaki duyarlılığı %100, özgülüğü %99 bulunmuştur. Akciğer dışı klinik örneklerinin 61' i GeneXpert MTB/RIF testi, 25' i GeneXpert MTB/RIF Ultra ile çalışılmış ve GeneXpert MTB/RIF testinin akciğer dışı TB' da duyarlılığı %90.91, özgüllüğü %98, GeneXpert MTB/RIF Ultra testinin duyarlılığı %100, özgüllüğü %70.59 saptanmıştır

Sonuç: : GeneXpert MTB/RIF ve GeneXpert MTB/RIF Ultra testleri akciğer örneklerinde Mycobacterium tuberculosis' in saptanmasında duyarlılığı yüksek testlerdir ve akciğer tüberkülozunun hızlı tanısında yararlıdır. Ayrıca az sayıda basil içeren akciğer ve akciğer dışı TB' un ve rifampisin /çok ilaca dirençli TB' un klinik yönetiminde önemli bir etkisi olmuştur

Anahtar kelimeler: Akciğer tüberkülozu, akciğer dışı tüberküloz, GeneXpert MTB/RIF, GeneXpert MTB/RIF Ultra, Mycobacterium tuberculosis, rifampisin direnci.

Abstract:
Introduction and Objective: GeneXpert MTB / RIF and GeneXpert MTB / RIF Ultra tests are detecting Mycobacterium tuberculosis and rifampicin resistance in clinical specimens. By detecting it relatively earlier than conventional methods, it contributes to the establishment of an effective treatment protocol and to taking contamination precautions at an early stage. The purpose of this study is to investigate the diagnostic efficiency and clinical significance of GeneXpert MTB / RIF and GeneXpert MTB / RIF Ultra tests those used for the diagnosis of tuberculosis and determination of rifampicin resistance between 2016 and 2020 in our hospital.
Material and Method: In this retrospective cohort study we included patients aged 18 years and older, who tested with GeneXpert MTB / RIF, GeneXpert MTB /
RIF Ultra and conventional diagnostic methods (microscopy, culture, antibiogram, histopathology) in lung and extrapulmonary 1materials between January 2016-December 2018 (1st Period) and March 2019-June 2020 (2nd Period) in University of Health Sciences, Dr. Suat Seren Chest Diseases and Surgery Medical Practice and Research Center. The diagnostic efficiency of GeneXpert MTB / RIF tests applied in the first period and GeneXpert MTB / RIF Ultra tests applied in the second period were investigated in patient groups; a) patients with microscopy and culture positive pulmonary tuberculosis, b) patients with microscopy negative culture positive pulmonary tuberculosis, c) patients with total pulmonary tuberculosis and d) extrapulmonary tuberculosis.
Results: In this study 324 (%27.3) were female and 1042 (%76.3) were male. Among all patiens 833 were diagnosed with pulmonary TB and 29 were diagnosed with extrapulmonary TB. Culture growth was observed in 719 of the lung samples and 19 of the extrapulmonary samples. With GeneXpert MTB / RIF 510 and with GeneXpert MTB / RIF Ultra 770 of the lung samples were studied. When the culture is accepted as the gold standard method, for GeneXpert MTB / RIF test respectively in all lung samples, ARB microscopy negative samples and ARB microscopy positive samples, we found the sensitivity rate %99.29, %95.65, %99.50 , specificity rate %49.23, %51.11, %47.62. Rifampicin resistance was detected in 18 patients with GeneXpert MTB / RIF and its sensitivity in detecting rifampicin resistance was %94.12 and specificity was %99.56. For GeneXpert MTB / RIF Ultra test; respetively in all lung samples, ARB microscopy negative samples and ARB microscopy positive samples, we determined the sensitivity rate %98.56, %80, %98.97, specificity rate %89.66, %94.58, %48. Rifampicin resistance was detected in 11 patients with GeneXpert MTB / RIF Ultra, the sensitivity of the test in detecting rifampicin resistance was %100 and specificity was %99.61. In this study 61 of the extrapulmonary clinical samples were studied with the GeneXpert MTB / RIF test, 25 with the GeneXpert MTB / RIF Ultra and the sensitivity of the GeneXpert MTB / RIF test in extrapulmonary TB was %90.91, specificity %98, and the sensitivity of the GeneXpert MTB / RIF Ultra test was %100, specificity 70.59%

Conclusion: GeneXpert MTB / RIF and GeneXpert MTB / RIF Ultra tests are highly sensitive in detecting Mycobacterium tuberculosis in lung samples and they are

useful in the rapid diagnosis of pulmonary tuberculosis. In addition, it has had a significant effect on the clinical management of pulmonary and extrapulmonary TB which is containing a small number of bacilli and rifampicin / multidrug-resistant TB