Türkiye'de SARS-CoV-2 virüsünün s geni mutasyonlarının araştırılması ve filogenetik analizler
Investigation of s gene mutations of SARS-CoV-2 virus in Turkey and phylogenetic analyses
Yazar: ASLI AĞAR
Danışman: PROF. DR. LEYLA AÇIK
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Aralık 2019'un sonlarında, Çin'in Wuhan şehrinde tanımlanamayan bir mikrobiyal ajan nedeniyle viral pnömoni ile başvuran hastalar bildirilmiştir. Daha sonra bu patojen yeni bir koronavirüs olarak tanımlanmış ve SARS-CoV-2 olarak adlandırılmıştır. Genom dizisi olarak 2019-nCoV'un Doğu Çin'in Zhoushan kentinde 2018'de toplanan iki yarasa kaynaklı bat-SL-CoVZC45 ve bat-SL-CoVZXC21 ile yakından ilişkili ancak SARS-CoV ve MERS-CoV'den daha uzak ilişkili olduğu bulunmuştur. Çalışmamız Türkiye'deki COVID-19 mutasyonlarının seyrinin belirlenmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. COVID-19 hastalık etkeni SARS CoV-2 virüsünü saptamak için önerilen mevcut laboratuvar testi stratejisi, SARS-COV-2'ye özgü gen bölgelerinin varlığını tespit etmek amaçlı yapılan SARS CoV-2 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) testidir. Gerçekleştirilmiş olan RT-PCR testi sonuçlarında; CT (eşik döngüsü) 20-25 aralığında bulunan ve yüksek pozitif olarak belirlenen virüs örnekleri kullanılmıştır. Hastalık etkeni SARS CoV-2 virüsünü tespit etmek için 2021 ve 2022 yılları boyunca Covid-19 pozitif tanısı konulan ve eşik döngüsü koşullarını sağlayan, rastgele 30 hastadan elde edilmiş olan viral RNA (sürüntü örneklerinden izole edilmiş) izolatları kullanılmıştır. Dünya Sağlık Örgütü SARS-CoV-2'nin varyantlarını, dikkate alınması gereken varyantlar (VOI) ve endişe verici varyantlar (VOC) olarak ikiye ayırmaktadır. Endişe verici varyantlardan; en az değişikliğe uğradığı belirtilen ve virüsün hücreye girişi açısından önemli olan S "spike" proteininde ve de özellikle bu proteinin reseptör bağlanma bölgesinde olan değişimler üzerindeki mutasyonlar VOI grubu içindedir. Çalışmamızda, Spike bölgesini hedefleyen spesifik primer çiftleri kullanılarak yapılan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) çalışmaları sonrasında elde edilen ürünler Yeni Nesil Dizileme (NGS) tekniği kullanılarak DNA dizi analizi yapılmış ve elde edilen S geni mutasyonları karşılaştırılmıştır. Elde edilen verilerin analizinden çıkan sonuçlar numune alım zamanları ve aynı nokta mutasyonları ile karşılaştırmalı olarak incelenmiştir.

Abstract:
In late December 2019, patients presenting with viral pneumonia due to an unidentified microbial agent were reported in Wuhan, China. Later, this pathogen was identified as a new coronavirus and named SARS-CoV-2. As the genome sequence, 2019-nCoV was found to be closely related but more distantly related than SARS-CoV and MERS-CoV, two bat-derived bat-SL-CoVZC45 and bat-SL-CoVZXC21 collected in 2018 in Zhoushan, eastern China. Our study was carried out to determine the course of COVID-19 mutations in Turkey. The current laboratory testing strategy recommended for detecting the COVID-19 disease agent SARS CoV-2 virus is the SARS CoV-2 Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) test to detect the presence of gene regions specific to SARS-COV-2. In the results of the RT-PCR test performed; Virus samples with CT (threshold cycle) in the 20-25 range and determined as high positive were used. To detect the disease agent SARS CoV-2 virus, viral RNA isolates (isolated from swab samples) obtained from 30 randomly diagnosed patients who were diagnosed as Covid-19 positive and met the threshold cycle conditions during the years 2021 and 2022 were used. The World Health Organization divides variants of SARS-CoV-2 into variants to be considered (VOI) and variants of concern (VOC). Of the worrying variants; Mutations in the S "spike" protein, which is stated to be the least modified and important for the virus to enter the cell, and especially on the changes in the receptor binding region of this protein, are in the VOI group. In our study, the products obtained after PCR studies using specific primer pairs targeted the spike region. The S protein mutations obtained were sequenced using the Next Generation Sequencing (NGS) technique and compared. The analysis of the obtained data was compared with the sampling times and the same point mutations.