Sendromik olmayan otozomal resesif işitme kaybı ile ilgili yeni genlerin ortaya çıkarılması
Identifing novel genes for non syndromic autosomal recessive deafness
Yazar: İDİL ASLAN
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA TEKİN
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2008
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
İsitme kaybı dünya genelinde en sık görülen duyusal bozukluktur. Doğustan veya dilgelisimi öncesi ortaya çıkan isitme kaybı yaklasık her 1000 canlı doğumda 1-2görülmektedir. Genetik nedenler doğustan isitme kayıplarının yaklasık %50-60'ınıolusturmaktadır. Genetik nedenli isitme kayıplarının yaklasık %30'una baska klinikbulgular eslik etmekte olup bu olgular sendromik isitme kaybı olarak adlandırılır.Sendromik olmayan olguların yaklasık %80'inde otozomal resesif kalıtımbulunmaktadır. Sendromik olmayan isitme kaybı yapan 27 tane gen bulunmaktadır.Bu çalısmada insanda isitme kaybı nedeni olabilecek dört aday genin (TMHS,TRPA1, GJA7, SLC12A2) isitme engelli aileler taranarak, isitme kaybı geni olupolmadıklarının ortaya konulması amaçlanmıstır.Bu çalısmaya anne baba arasında akrabalık olan ve etkilenmis bireyde sendromikolmayan doğustan veya dil gelisimi öncesi ortaya çıkan ileri ve çok ileri sensorinöralisitme kaybı bulunan toplam 97 aile dahil edilmistir. Ailelerde GJB2 genimutasyonları daha önce taranmıs ve negatif bulunmustur. Ailelerden 66 tanesimikrosatellit belirteçleriyle ve 51 tanesi mikrodizin analiz yöntemiyle taranmıstır.TMHS geninde mikrodizin analizini takiben SSCP yapılmıs ve herhangi bir değisimsaptanamamıstır.TRPA1 geninde p.Arg3Cys (c.7C>T) değisimi bulunmustur. Bu değisimin daha öncebildirilmis bir polimorfizm olduğu görülmüstür.GJA7 geninde aralarında akrabalık olmayan iki ailede heterozigot p.Asp297Asndeğisimi saptanmıstır. Bu değisim daha önce bildirilmemis olmasına rağmen farklıtürlerde korunmamıs olması ve proteinin fonksiyonunu değistirmemesi nedeniylepolimorfizm olduğu düsünülmüstür.SLC12A2 geninde hiçbir DNA değisikliği saptanmamıstır.Sonuç olarak TMHS, TRPA, GJA7ve SLC12A2 genleri sensorinöral otozomal resesifisitme kaybının yaygın nedenleri arasında sayılamaz.Anahtar Sözcükler: ?sitme kaybı, TMHS, TRPA1, GJA7, SLC12A2,,SNP,mikrosatelit, mikrodizin

Abstract:
Hearing loss is the most common sensoineural disorder. Congenital or prelingualhearing loss occurs approximately in one case per 1000 live births. Genetic causesaccount for 50%of cases. Additional findings are present in 30%of cases, which arereferred to as having syndromic deafness. Autosomal recessive transmission occursin 80%of hereditary deafness. To date, 27 genes, in which mutations are responsiblefor autosomal recessive deafness have been identified.We aimed to identify novel genes for non-syndromic autosomal recessive deafnessby searching four candidate genes (TMHS, TRPA1, GJA7, SLC12A2) in deaffamilies.Ninety-seven families with parental consanguinity segregating autosomal recessiveprofound prelingual deafness were included in this study. Mutations in GJB2 werescreened and found to be negative in all families. Homozygous run flanking the fourstudied genes were evaluated with microsatellite and single nucleoted polymorphism(SNP) genotyping in 66 and 51 families respectively.Microstellite followed by SSCP and no change was found in TMHS gene.Ahomozygous p.Arg3Cys (c.7C>T) change was found in TRPA1 gene. However it wasassensed to be a polymorphism based on previously reported studies.Heterozygous p.Asp297Asn (c.889G>A) was detected in GJA7 gene in two unrelatedfamilies. Although this change has not been reported earlier, it was considered to be apolymorphism because this position is not conserved in different species and theamino acid change was not assensed to be not significant for the alteration of proteinfunction.No DNA sequence change was found in the SLC12A2 gene.In conclusion TMHS, TRPA1, GJA7 and SLC12A2 genes are not a common cause ofautosomal recessive sensorineural hearing loss.Key Words: Hearing loss, TMHS, TRPA1, GJA7, SLC12A2 SNP, microsatellites,microarray