İzovalerik asidemi hastalığına neden olan mutasyonların tanısı
The diagnosis of the mutation which cause isovaleric acidemia disease
Yazar: ÖZGÜL KÜÇÜK
Danışman: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, Hacettepe Üniversitesi Çocuk Hastalıkları Hastanesi Metabolizma Bölümünde tanısı konan ya da takip edilen hastalardan elde edilen ve aynı hastanenin DNA/ Doku Bankasında muhafaza edilen 15 IVA (izovalerik asidemi) hastasına ait DNA örnekleri üzerinde mutasyon araştırması yapıldı. Mutasyon araştırması için, IVD (izovaleril-CoA dehidrogenaz) geninin protein kodlayıcı tüm 12 ekzonu ile birlikte ekzon-intron bağlantısında yer alan nükleotid dizileri PZR tekniği ile çoğaltılarak doğrudan dizi analizi yöntemi ile tarandı. 10 hasta mutasyonu homozigot, 4 hasta ise mutasyonu bileşik heterozigot durumda taşımaktadır. Türkiye' de ilk kez gerçekleştirilen IVD geninde mutasyon araştırması sonucunda daha önce literatürde yer almayan yedi yeni mutasyon ile birlikte daha önce tanımlaması yapılan üç mutasyon saptanmıştır. Daha önce tanımlanan üç mutasyon c.DNA 149G>A (Arg21His), c.DNA 149G>C (Arg21Pro), IVS4+2T>C, ilk kez tanımlanan yedi mutasyon ise, insersiyon tipte c.DNA 506_507insT mutasyonu, yanlış işlenmeye neden olan IVS2+3G/C mutasyonu ve yanlış anlamlı c.DNA817C>T (Asp212Asp), c.DNA890C>T (Ala268Val), c.948C>G (Ile297Met), c.DNA1124G>A (Gly346Asp) ve c.DNA1222G>A (Glu379Lys) mutasyonlarıdır. Yeni mutasyonlar birbiriyle akrabalık ilişkisi bulunmayan 50 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubu kullanılarak taranmış olup, bu mutasyonların sağlıklı bireylerde bulunmadığı DNA dizi analizi ile doğrulanmıştır. Söz konusu mutasyonlara ek olarak, 2. ve 10. intronlarda yer alan ve daha önce tanımlaması yapılmış olan IVS2+14T?C ve IVS+41G?T polimorfizmleri ile 5. intronda bulunan ve ilk kez tanımlanan IVS5+57A>G polimorfizmide saptanmıştır.

Abstract:
Mutation screening of DNA samples obtained from 15 IVA patients who have been biochemically and clinically diagnosed or followed by Hacettepe University, Faculty of Medicine, İhsan Doğramacı Children Hospital, Metabolism Unit and conserved in the same Hospital?s DNA/Tissue Bank carried out. For mutation screening, all the nucleotide sequence of 12 protein encoding exons and the nucleotide sequences in exon-intron boundaries for IVD (isovaleryl-CoA dehydrogenase) gene was carried out by amplifying with PCR technique and direct DNA sequencing analysis. Ten patients are carrying mutations as a homozygous, four of the patients are compound heterozygote state. As a result of screening mutation analysis in IVD gene which is first in Turkey, seven novel mutations and three known mutations determined which have been reported previously. Previously identified mutations are c.DNA 149G>A (Arg21His), c.DNA 149G>C (Arg21Pro) and IVS4+2T>C. For the first time identified seven novel mutations are c.DNA 506_507insT mutation which is insertion type, IVS2+3G>C mutation which cause splicing error and c.DNA817C>T (Asp212Asp), c.DNA890C>T (Ala268Val), c.948C>G (Ile297Met), c.DNA1124G>A (Gly346Asp) and c.DNA1222G>A (Glu379Lys) mutations which are missense mutation type. Novel mutations have been screened by using 50 healthy individuals, who have no relationship with each other, used as control group and it has been verified that these mutations do not exist in healthy individuals by the direct sequencing analysis. Addition to these mutations, previously identified IVS2+14T>C, IVS10+41G>T polymophisms which are present in 2nd,10th introns, respectively and one novel polymorphism IVS5+57A>G which is present in 5th intron, have been found in the patients.