Alhagi pseudoalhagi ve Colutea arborescens rizosferinden Streptomyces'lerin izolasyonu ve polifazik tekniklerle tanımlanması
The isolation of Streptomyces from Alhagi pseudoalhagi and Colutea arborescens legumens rhizosphere and the characterization with polyphasic techniques
Yazar: AYSEL VEYİSOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. NEVZAT ŞAHİN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Streptomyces = Streptomyces

Özet:
Bu çalışmada, Alhagi pseudoalhagi ve Colutea arborescens rizosferinden Streptomyces cinsi üyelerinin izolasyonu ve polifazik taksonomileri yapılmıştır.Dilüsyon plak tekniği uygulanan izolasyonda cycloheximide (50µg ml), nystatin (50µg ml) ve rifampicin (0.5µg ml) ilaveli nişasta kazein agar üzerinde 0.1ml toprak dilüsyonu ilave edilen izolasyon plakları 28°C'de 14 gün inkübe edildi. İzolasyon plaklarından saflaştırılan 17 izolat farklı besi ortamlarındaki morfolojik, kültürel ve pigmentasyon özelliklerine göre karakterize edildi.Test organizmalarına nümerik analizler için toplam 48 birim karakterden oluşan besinsel, biyokimyasal ve degredasyon testleri uygulanmış, sonuçlar NTSys-pc programında Jaccard-UPGMA algorithmasına göre analiz edilmiştir.PCR amplifikasyonları yapılan test organizmalarının 16S rRNA gen bölgeleri EcoR I, Pst I ve Sau3 AI restriksiyon endonükleaz enzimleri ile kesimi gerçekleştirilmiştir. Pst I, test organizmalarında iki ya da üç fragment oluşturarak farklılaşma sağlarken EcoR I ve Sau3 AI tüm test organizmalarında aynı sayı ve büyüklükte fragmentler verdiğinden farklılaşma sağlamamıştır.RAPD-PCR fragmentleri bakımından M13f universal primeri ile PCR amplifikasyonları gerçekleştirilen test organizmalarında filogenetik ve nümerik analizlerle uyumlu farklılaşma görülmüştür.Test izolatlarının 16S rRNA gen bölgeleri nükleotid dizileri ile NCBI, RDP-II RDP, DDBJ ve EMBL gibi databanklardan elde edilen Streptomyces tip türleri 16S rRNA nükleotid dizileri PHYDIT programında karşılaştırmalı olarak dizilenmiştir. 16S rRNA nükleotid dizi analizi filogenetik dendogramı, last-squares, maximum-parsimony ve neighbour-joining algorithmleri phylip programı kullanılarak oluşturulmuştur.

Abstract:
In this study, the isolation and polyphasic taxonomy of Streptomyces from Alhagi pseudoalhagi and Colutea arborescens rhizosphere were made.In dilution plate technique-applied isolations, isolation plates to which 1ml of soil dilution was added on cycloheximide (50 µg ml), nystatin (50 µg ml) and rifampicin (0.5 µg ml) supplemented starch casein agar were incubated at 28°C for 14 days. Seventeen isolates subcultured from isolation plates were characterized according to cultural, morphological and pigmentation features in different nourishment agars.For numerical analyses, total 48 tests containing of nutritional, biochemical and degradation tests on organisms and the results analysed according to Jaccard-UPGMA algorithms using NTSys-pc programme.PCR amplification 16S rRNA genes from the strains were digested by EcoR I, Pst I, Sau3 AI. While Pst I created differentiation in test organisms constituting two or three fragments, EcoR I and Sau3 AI created no differentiation in all tests organisms as they provided fragment with the same number and size.RAPD-PCR fingerprints of the test organisms were carried out by PCR amplification using the universal primer M13f and straing differentiated from each other accord with phenotypic and phylogenetic analysis.16S rRNA nucleotide base sequence of Streptomyces type strains obtained from databank such as NCBI, RDP-II, RDP, DDBJ, EMBL and base sequences of isolates were aligned comparatively by using PHYDIT program. Phylogenetic dendogram of 16S rRNA sequence analysis were made using the last-squares, maximum parsinomy and neighbour-joining algorithms.