Yeni InDel panelinin Türkiye'deki polimorfizmi ve önemi
Polymorphisms of the novel panel of InDel in Turkey and its importance
Yazar: SEBAHAT TAŞ
Danışman: DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa /  Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine
Dizin: Adli bilimler = Forensic sciences ; Adli genetik = Forensic genetics ; Adli tıp = Forensic medicine ; Delesyon = Deletion ; Kimliklendirme = Identification ; Polimorfizm = Polymorphism

Özet:
Teknolojinin her geçen gün artan ivmeyle gelişmesi diğer bilimsel alanlarda olduğu gibi Adli bilimlerde de yeni teknik ve yöntemlerin kazanımını sağlamıştır. Günümüzde Adli vakalarda DNA profili belirlemede STR ve SNP olmak üzere iki yaygın sistem kullanılmaktadır. STR nin yüksek mutasyon oranlarına sahip olmasıyla birlikte büyük amplikonlara ihtiyaç duyması ve SNP'lerin de pahalı ve yüksek teknolojilere ihtiyaç duyması son zamanlarda keşfedilen insersiyon/delesyon polimorfizmine (InDeL) olan ilgiyi büyük oranda arttırmıştır. 36- InDelpleks (34 otozomal InDel lokusu,  1 Y InDel lokusu ve amelogenin)  paneli ''Ulusal Yeni Fikirler ve Ürünler Araştırma Destek Programı" kapsamında 217S586 numaralı "Adli Kimliklendirmede Kullanılmak Üzere InDel Lokuslarına Ait Kit Geliştirilmesi" başlıklı proje kapsamında geliştirilmiştir. Bu çalışmanın amacı 36- InDelpleks panelinin adli laboratuvarlarda genetik kimliklendirmede ve nesep tayininde kullanılabilmesi için Türkiye popülasyonundaki gen sıkları ve adli istatistiki parametreleri belirlenerek dünya popülasyonlarıyla karşılaştırmaktır. Bunun için Türkiye'nin tüm bölgelerini homojen bir şekilde temsil eden 250 kişiden alınan sıvap örnekleri kullanıldı.
Örneklerin, DNA izolasyonu ve miktarı (0,5-1 ng/ul) belirlendikten sonra optimize edilmiş 36- InDelpleks paneli kullanılarak PCR'ı yapıldı. PCR ürünleri, ABI PRISM® 3130 genetik analizör cihazında yürütüldü ve Genemapper® v.4 programında analiz edilerek 250 kişinin 36 InDel lokusunun genotipi belirlendi.
Arlequin v.3.5.1.2 yazılım programı kullanılarak 36- InDelpleks'in alel frekansları, popülasyonlar arası farklılaşması (Fst) ve Hardy-Weinberg dengesi hesaplandı. Filogenetik ağaç çizimi için Mega X v.10.0.5 programı kullanıldı. Hesaplanan gen sıklıklarının Bonferonni düzeltmesi uygulandıktan sonra bir lokus haricinde diğer lokuslarda Hardy-Weinberg dengesinden sapma gözlenmedi. 34 InDel lokusunun Avrupa, Afrika, Amerika, Güney Asya, Doğu Asya popülasyonlarına ait Fst verileri Türkiye popülasyonu Fst verileriyle karşılaştırılması sonucunda Türkiye popülasyonunun en çok Avrupa popülasyonuyla genetik olarak benzer olduğu görüldü.
36- InDelpleks panelinin adli istatistiksel parametreleri PowerStats (Promega) Microsoft® Excel dosyası kullanılarak hesaplandı. Buna göre panelin ortalama heterozigotluk oranı 0,48, dışlama olasılığı (Cumulative Probability of Exclusion, CPE) 0,9987572351 ve ayrım gücü (Combined discrimination power, CPD) 0,999999999999988 olarak hesaplandı. Söz konusu panel tek başına çalışıldığında hem kimliklendirmede hem de nesep tayininde kullanılabilecek güçte gerekli dışlama ve ayrım gücüne ulaşılabildiği görüldü.

Abstract:
Two common systems, STR and SNP, are used for DNA profiling in forensic cases today. The fact that STR has high mutation rates and needs large amplicons, and SNPs require expensive and high technologies have significantly increased the interest in the recently discovered insertion/deletion polymorphism (InDeL). 36- InDelplex panel (34 autosomal InDel loci, 1 Y InDel locus, and amelogenin) was developed within the scope of the "Development of InDel Loci Kit for Use in Forensic Identification" project numbered 217S586 within the scope of the National New Ideas and Products Research Support Program. The aim of this study is to determine the gene frequencies and forensic statistical parameters in the Turkish population and compare them with the world populations so that the 36- InDelplex panel can be used in in genetic identification and paternity testing in forensic laboratories. Thus, swab samples taken from 250 people representing all regions of Turkey homogeneously were used.
Following DNA isolation and determination of the sample amount (0.5-1 ng/ul), PCR was performed using the optimized 36-InDelplex panel. PCR products were run on ABI PRISM®  3130 genetic analyzer, analyzed in the Genemapper®  v.4 program, and the genotypes of 36 InDel locus of 250 people were determined.
Allele frequencies, inter-population differentiation (Fst), and Hardy-Weinberg equilibrium of 36- InDelplex were calculated using the Arlequin v.3.5.1.2 software. Mega X v.10.0.5 program was used for the phylogenetic tree drawing. Following the Bonferonni correction of the calculated gene frequencies, no deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium was observed in other loci, except for one locus. As a result of the comparison of the Fst data of 34 InDel loci from European, African, American, South Asian, and East Asian populations with the Fst data of the Turkish population, it was seen that the Turkish population was genetically most similar to the European population.
The statistical parameters of the 36-InDelplex panel were calculated using a Powerstats (Promega) Microsoft® Excel file. Accordingly, the mean heterozygosity ratio of the panel was 0.48, the cumulative probability of exclusion (CPE) was 0.9987572351, and the combined discrimination power (CPD) was 0.999999999999988. When the panel in question was studied alone, it was observed that the necessary exclusion and discrimination power can be achieved, which can be used both in identification and in paternity testing.