Mikozis fungoideste mİR-155 ve miR-34a ekspresyon düzeyi.
MiR-155 and miR-34a expression levels in mycosis fungoides.
Yazar: NEVİN GÜLER
Danışman: PROF. DR. GÜNSEL ÖZTÜRK
Ege Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Deri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Dermatoloji = Dermatology ; Genetik = Genetics
Dizin: Dermatoloji = Dermatology ; Gen ifadesi = Gene expression ; Lenfoma-T hücreli = Lymphoma-T cell ; Mikro RNA = Micro RNA ; Mycosis fungoides = Mycosis fungoides ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Amaç: Mikozis fungoides (MF), epidermotropik CD4+ T hücrelerinin monoklonal çoğalmasıyla karakterize, kutanöz T hücreli lenfomaların en sık görülen alt tipidir. MF'nin klasik tipi klinik olarak yama, plak ve tümör olmak üzere üç farklı evrede seyreder. Hastalığın yama evresinde histopatolojik bulgular belirleyici olmayabilir ve sıklıkla inflamatuvar dermatozlar ile karışabilir. Erken evrede tanı için tekrarlayan biyopsiler almak gerekebilir. Lezyonların başlangıcından itibaren kesin tanı konulana kadar ortalama 4-6 yıllık bir zaman geçmektedir. MF'nin etyopatogenezi halen net olarak bilinmemekle birlikte genetik, çevresel, enfeksiyöz ve immünolojik faktörlerin rol oynadığı kabul edilmektedir. Genetik çalışmalarda tümör baskılayıcı ve apopitozisi düzenleyici genlerde genetik ve epigenetik değişiklikler saptanmıştır. Literatürde kutanöz lenfomalarda epigenetik düzenleyicilerden biri olan miRNA'ların rolü ile ilgili yapılmış az sayıda çalışma yer almaktadır. MiR-155 ve miR-34a'nın MF'deki onkogenik rolünü destekleyen birkaç çalışma olmasına rağmen henüz güçlü verilere ulaşılamamıştır. Çalışmanın amacı; MF hastalarında ve kontrol grubunda deri biyopsi materyallerinde miR-155 ve miR-34a ekspresyonlarını analiz ederek MF hastaları ile kontrol grubunu ve ayrıca MF'nin farklı evrelerinde miRNA ekspresyon seviyelerini karşılaştırmak, hastalığın patogenezinin aydınlatılmasına katkı sağlamak ve MF'nin tanı ve tedavisinde bu mikroRNA'ların potansiyel biyobelirteç olarak kullanılabilmesi için gerekli verileri elde edebilmektir.
Gereç ve yöntemler: Çalışmaya Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Deri ve Zührevi Hastalıkları polikliniğine Ocak 2004 – Aralık 2018 tarihleri arasında başvuran yaşları 19-95 arasında değişen olgular dahil edilmiştir. Hasta grubu olarak klinik ve histopatolojik MF tanısı almış 40 hasta, kontrol grubu olarak MF dışı deri tümörü nedeniyle geniş reeksizyon yapılmış ve reeksizyon materyalinde tümör saptanmayan 40 olgu seçilmiştir. Çalışmada hasta ve kontrol grubunun arşivlenen eski biyopsi materyalleri kullanılmıştır. Hasta ve kontrol grubunun cinsiyet ve yaşı ile hasta grubunun hastalık süresi, lezyonların klinik tipi, histopatolojik bulgular ve mortalite değerlendirmeye alınmıştır. Örneklerden parafin uzaklaştırılarak total RNA izolasyonu, komplementer DNA (cDNA) sentezi yapılmış, Real-Time Kantitatif Revers Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-QPCR) ile miR-155 ve miR-34a ekspresyonları saptanmıştır. Elde edilen sonuçların istatistiksel analizi Δ/ΔCt metodu ile gerçekleştirilmiştir. 
Bulgular: Hasta grubunda kontrol grubuna göre miR-155 ekspresyonunda artış saptanmıştır. Klinik lezyonlara ve histopatolojik bulgulara göre ayrı ayrı gruplandırıldığında en büyük artışın plak lezyonları olan klinik grupta, histopatolojik olarak da plak evre MF hastalarında olduğu görülmüştür. Tümöral lezyonları olan klinik grup ve histopatolojik olarak tümör evre MF hastalarında ise miR-34a ekspresyonunda azalma olduğu saptanmıştır. Hastalık süresi uzadıkça miR-155 ekspresyonunda artış olduğu izlenmiştir. Hastalık süresi arttıkça plak lezyonları olan grupta miR-155; yama lezyonları olan grupta ise miR-34a kat değişimleri arasında anlamlı bir artış (p<0,00001, p<0,0001); tümöral lezyonları olan grupta da miR-34a kat değişimleri arasında anlamlı bir azalma saptanmıştır (p<0,001).
Sonuç: MiR-155'in ve miR-34a'nın yama evreden plak evreye geçişte etkili bir rolü olduğu ve bulgularımızın önceki çalışmaların sonuçlarından farklı olmasının nedeninin popülasyonlar arası genetik farklılıklar ile genler arasındaki etkileşimlere bağlı olabileceği düşünülmüştür. Hastalık süresinin uzaması ile mikroRNA ekspresyonlarında artış saptanması, lezyonlardaki klonal T hücre yoğunluğunun artışına bağlanmıştır. Hastalık süresine göre klinik gruplardaki mikroRNA ekspresyonlarının anlamlı düzeyde değişime uğraması, miR hedefli tedavilerin uygulanacağı hastaların seçiminde yol gösterici olabilir. Hastalık süresi ile mikroRNA ekspresyon değişimi arasındaki ilişkinin tam olarak değerlendirilebilmesi yapabilmek için daha ileri çalışmalara gereksinim duyulmaktadır.

Abstract:
Aim: Mycosis fungoides (MF) is the most common subtype of cutaneous T-cell lymphomas, characterized by monoclonal proliferation of epidermotropic CD4+ T cells. The classic type of MF is clinically seen in three different stages as patch, plaque and tumor. Histopathological findings may not be decisive in the patch stage of the disease and can often be confused with inflammatory dermatoses. It may be necessary to take recurrent biopsies for diagnosis at an early stage. An average time of 4-6 years passes from the onset of lesions until the definitive diagnosis is made. Although the etiopathogenesis of MF is not clearly known, it is accepted that genetic, environmental, infectious and immunological factors play a role. Genetic studies have shown genetic and epigenetic changes in tumor suppressor and apoptosis regulating genes. There are few studies in the literature about the role of miRNAs, one of the epigenetic regulators in cutaneous lymphomas. Although there are some studies supporting the oncogenic role of MiR-155 and miR-34a in MF, no strong data have been published yet. The aim of this study is; to analyze miR-155 and miR-34a expression levels  in skin biopsy materials of MF patients and control group, to compare MF patients with control group, as well as to compare miRNA expression levels at different stages of MF, to contribute to the elucidation of the pathogenesis of the disease, to obtain the necessary data to use microRNAs as a potential biomarkers.
Material and Methods: The study included patients aged between 19-95 years who were admitted to Ege University Faculty of Medicine Hospital Dermatology and Venerology Outpatient Clinic between January 2004 and December 2018. The study group consisted of 40 patients who were clinically and histopathologically diagnosed with MF and as a control group, 40 patients who had a large re-excision due to non-MF skin tumor, without tumor in the re-excision material. Archived biopsy materials of the patient and control groups were used in the study. The gender and age of the patient and control groups and the duration of disease, clinical type, histopathological findings and mortality were evaluated. After removing paraffin from samples, total RNA isolation, complementary DNA (cDNA) synthesis were performed and miR-155 and miR-34a expressions were evaluated by Real-Time Quantitative Revers Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-QPCR). The statistical analysis of the obtained results was performed by Δ / ΔCt method.
Results: There was an increase in miR-155 expression in the patient group compared to the control group. When grouped separately according to clinical lesions and histopathological findings, it was found that the greatest increase was in plaque lesions and histopathologically in patients with plaque stage MF. There was a decrease in the expression of miR-34a in clinical group with tumors, and histopathologically in patients with tumor stage MF. It was observed that miR-155 expression increased as the disease duration increased. As the disease duration increased, there was a significant increase in miR-155 fold changes in the group with plaque lesions and miR-34a fold changes in the group with patch lesions (p <0.00001, p <0.0001); there was a significant decrease in miR-34a fold changes in the group with tumoral lesions (p <0.001).
Conclusion: It was thought that miR-155 and miR-34a may have effective roles in the transition from patch stage to plaque stage, and the difference between the results of previous studies may be related to genetic differences between populations and interactions between genes. An increase in microRNA expression with prolongation of disease duration was attributed to increased clonal T cell density in the lesions. Significant changes in microRNA expression in clinical groups according to the duration of disease may be guiding in the selection of patients in whom miR-targeted therapies will be administered. Further studies are needed to make a complete assessment of microRNA expression change according to disease duration.