Hematolojik malignitelerin yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak genetik olarak değerlendirilmesi
Genetic evaluation of hematological malignities using the new generation sequencing method
Yazar: SÜMEYYE ÖZTÜRK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MELİKE KARAMAN ; DOÇ. DR. ÇİĞDEM YÜCE KAHRAMAN
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Genetik = Genetics ; Hematoloji = Hematology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine

Özet:
Amaç: Bu tez çalışmasında amacımız, hematolojik malignitelerde gözlenen belirli genlerdeki hotpoint mutasyonların (ASXL1, CALR, CBL, CEBPα, CSF3R, DNMT3A, EZH2, FLT3, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MPL, NPM1, NRAS, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SH2B3, SRSF2, TET2, TP53, U2AF1, ZRSR2) görülme sıklığı ve bu mutasyonların hastalık üzerine olan etkisini ortaya koymaktır.
Yöntem: Çalışmada kullanılan araştırma materyali, 2018- 2022 yılları arasında Atatürk Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi'nde Tıbbi Genetik Bölümü'ne başvuran hematolojik malignite öntanısı veya tanısı olan hastalardan alınan hemogram kanlarından izole edilen DNA'lardı. Çalışma methodu planlamsına göre hastalardan alınan kandan DNA izolasyonu QIAamp DNA Blood Mini QIAcube Kit (QIAGEN, Germany) kullanıldı. İzole edilen DNA kalitesi Qubit Florometre (Invitrogen) cihazında ölçüldü. PCR ve kütüphane oluşturma basamakları QIAact Myeloid DNA UMI Panel (QIAGEN, Germany) üreticinin talimatları doğrultusunda gerçekleştirildi. Oluşan PCR ürünlerinin sekanslanması GeneReader NGS cihazında gerçekleştirilecek olup, data analizi QIAGEN Clinical Insight platformunda yapıldı.
Bulgular: Erzurum ve çevresinden gelen, hematolojik malignite tanısı veya ön tanısına sahip hastaların yeni nesil dizileme yöntemiyle tespit edilen myeloid panelde, görülen mutasyonlar incelenmiştir. Gözlenen mutasyonlar, tanı, cinsiyet ve yaş dağılımları açısından incelendiğinde erkek hastalarda ve ileri yaşlarda bu hastalığa ait mutasyonların daha sık görüldüğü tespit edilmiştir.
Sonuç: Bulgular, hasta sayısının arttırılması ve hematolojik maligniteye neden olan genlerin daha detaylı araştırılmasıyla bu maligniteye sahip hastaların daha hızlı tanı almasına ve mutasyonlara özgü bireysel tedavi açısından takip altında olmasına fayda sağlayacağını göstermiştir.

Anahtar Kelimeler: Hematolojik malignite, myeloproliferatif hastalık, Yeni nesil dizileme, sekans analizi

Abstract:
Purpose: Our aim in this thesis study is to reveal the incidence of hotpoint mutations (ASXL1, CALR, CBL, CEBPα, CSF3R, DNMT3A, EZH2, FLT3, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MPL, NPM1, NRAS, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SH2B3, SRSF2, TET2, TP53, U2AF1, ZRSR2) in certain genes observed in hematological malignancies and the effect of these mutations on the disease.
Method: The research material used in the study was DNA isolated from hemogram blood taken from patients with pre-diagnosis or diagnosis of hematological malignancy, who applied to the Department of Medical Genetics at Atatürk University Health Research and Application Center between 2018 and 2022. The QIAamp DNA Blood Mini QIAcube Kit (QIAGEN, Germany) was used for DNA isolation from the blood taken from the patients according to the study method planning. The isolated DNA quality was measured on the Qubit Fluorometer (Invitrogen). PCR and library building steps were performed according to the manufacturer's instructions on the QIAact Myeloid DNA UMI Panel (QIAGEN, Germany). The sequencing of the resulting PCR products will be performed on the GeneReader NGS device, and data analysis was performed on the QIAGEN Clinical Insight platform.
Findings: The mutations seen in the myeloid panel, which was determined by the new generation sequencing method of patients with a diagnosis or pre-diagnosis of hematological malignancy from Erzurum and its surroundings, were examined. When the observed mutations were examined in terms of diagnosis, gender and age distribution, it was determined that the mutations of this disease were more common in male patients and in older ages.
Results: The findings have shown that increasing the number of patients and investigating the genes that cause hematological malignancy in more detail will help patients with this malignancy to be diagnosed more quickly and to be followed up in terms of individual treatment specific to mutations.

Keywords: Hematological malignancy, myeloproliferative disease, Next generation sequencing, sequence analysis