Kanatlı kökenli escherichia coli'lerin filogruplandırılması
Phylogrouping of escherichia coli strains originated from poultry
Yazar: MEHMED OMEROVIC
Danışman: DOÇ. DR. HAMİT KAAN MÜŞTAK
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Filogenetik = Phylogenetic ; Genetik = Genetics ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Kümes hayvanları = Poultry ; Patojenler = Pathogens ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Filogruplandırma, E. coli suşlarının karakteristik özelliklerinin anlaşılması,
enfeksiyonların önlenmesi, kontrol edilmesi ve yeni tedavi yöntemlerinin
belirlenmesinde önemli rol oynamaktadır.
Bu çalışmada kanatlı kökenli E. coli (APEC ve AFEC) suşlarının
filogruplandırılması amaçlandı. Çalışmada identifiye edilen 150 adet APEC ve 150
adet AFEC suşunun filogruplandırılması kuadrupleks PCR (Clermont ve ark., 2013)
metodu ile araştırıldı. Filogruplandırma sonucu incelenen 150 adet APEC suşunun 4'u
A (% 2,66), 43'ü B1 (% 28,66), 38'i B2 (% 25,33), 2'si C (% 1,33), 18'i E (% 12), 5'i
F (% 3,33), 1'i Clade I (% 0,66), 2'si negatif (% 1,33) olarak gruplandırıldı ve
gruplandırılmayan 37 (% 24,66) suş tespit edildi. İncelenen 150 adet AFEC suşunun
5'i A (% 3,33), 8'i B1 (% 5,33), 16'si B2 (% 10,66), 16'si C (% 10,66), 1'i D (% 0,66),
27'si E (% 18), 9'u F (% 6), 3'ü Clade I veya Clade II (% 2) olarak gruplandırıldı ve
gruplandırılmayan 51 (% 34) suş tespit edildi.
Escherichia coli enfeksiyonlarının önlenmesi amacıyla geliştirilecek olan
aşılarda mutlaka yersel suşların kullanılması ve bu suşlara ait özelliklerin belirlenmesi
gerektiği anlaşıldı. Bununla birlikte genotipik olarak çok çeşitlilik gösteren E. coli
suşlarının, özellikle APEC suşlarının, daha detaylı genotipik analizler yapılarak yeni
filogrupların araştırılması gerektiği düşünüldü.

Abstract:
Phylogrouping has a major role to understand the characteristic features of E.
coli strains, control and establishment of new treatment methods.
This study was aimed to phylogrouping the strains of E. coli (APEC ve AFEC)
of avian origin. A total of 150 samples of APEC and 150 samples of AFEC were
analyzed and phylogrouped using quadruplex PCR (Clermont et al., 2013) method.
Among the APEC samples under study, 4 (% 2,66) belonged to group A, 43 (% 28,66)
belonged to group B1, 38 (% 25,33) belonged to group B2, 2 (% 1,33) belonged to
group C, 18 (% 12) belonged to E, 5 (% 3,33) belonged to group F, 1 (% 0,66) belonged
to Clade I, 2 (% 1,33) were negative and 37 (% 24,66) was ungrouped. On the other
hand among AFEC samples under study, 5 (% 3, 33) belonged to A group, 8 (% 5,33)
belonged to B1, 16 (% 10,66) belonged to B2 group, 16 (% 10,66) belonged to C
group, 1 (% 0,66) belonged to D group, 27 (% 18) belonged to E group, 9 (% 6)
belonged to F group, 3 (% 2) belonged to Clade I or Clade II and 51 (% 34) were
ungrouped.
The applications of local vaccine strains is unique in order to prevent E. coli
infections, but firstly the characteristics of these strains should be determined. In
addition, regarding E. coli strains, especially APEC, which show genotypic diversity,
more research needs to be done to investigate new phylogroups.