Otomatize kültür sistemlerinde üreme sinyali alınan steril sıvı kültür şişelerinden maldı-tof MS ile hızlı bakteri tanımlanması
Rapid identification of bacteria with maldi-tof MS from sterile liquid culture bottles with reproductive signal in automatized culture systems
Yazar: FATİH ÇUBUK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜRŞİT HASBEK
Sivas Cumhuriyet Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Eklem sıvısı = Joint fluid ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Plevral efüzyon = Pleural effusion ; Serebrospinal sıvı = Cerebrospinal fluid ; Teşhis = Diagnosis ; Tween® 80 = Tween® 80

Özet:
MALDI-TOF MS (Matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi) ile birçok mikroorganizma konvansiyonel yöntemlere kıyasla çok daha kısa sürede tanımlanabilmektedir. Son yıllarda, pozitif kan kültürü şişelerinden MALDI-TOF MS ile doğrudan etken mikroorganizma tanımlanmasını amaçlayan çalışmalarda başarılı sonuçlar elde edilmektedir. Bununla birlikte, literatürde BOS, plevral sıvı ve eklem sıvısı gibi diğer steril vücut sıvısı örneklerine ait pozitif kültür şişelerinden doğrudan mikroorganizma tanımlanmasını hedefleyen kısıtlı sayıda çalışma bulunmaktadır. Bizim çalışmamızda, pozitif kültür şişesinden doğrudan mikroorganizma tanımlanması amacıyla kullanılacak bir hızlı tanımlama protokolünün geliştirilmesi ve bu protokolün steril vücut sıvısı kültürlerinde kullanılabilirliğinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya toplam 97 pozitif steril sıvı kültür şişesi dahil edilmiştir. Çalışmamızda kullanılan hızlı tanımlama protokolü ile tür düzeyinde %53.6 ve cins düzeyinde ise %81.4 başarı elde edilmiştir.  Bu protokol gram pozitif ve gram negatif bakteriler için tür düzeyinde %44.6 ve %71.9; cins düzeyinde ise %80 ve %84.4 başarı sağlamıştır. Cins düzeyinde tanımlama başarısı her iki grup açısından birbirine yakın olmakla birlikte (p>0.05); çalışmamızda kullanılan hızlı tanımlama protokolü, özellikle gram negatif bakteriler için tür düzeyinde daha başarılı sonuçlar vermiştir (p<0.05). Pozitif kan kültürü şişelerinden MALDI-TOF MS ile doğrudan mikroorganizma tanımlanmasını amaçlayan çalışmalarda başarılı sonuçlar elde edilmesi, sepsis tanı süreçleri için umut verici olmuştur. Benzer şekilde, pozitif kültür şişelerinden doğrudan etken mikroorganizma tanımlanmasını hedefleyen protokoller ile bakteriyel menenjit, parapnömonik plevral efüzyon ve septik artrit gibi ciddi enfeksiyonların tanı süreçlerinin hızlandırılması amaçlanabilir. Çalışmamızda BOS, plevral sıvı ve eklem sıvısı örneklerine ait kültür şişelerinden hızlı mikroorganizma tanımlanma işlemleri gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızın bu yönü ile önemli olduğunu ve çalışmamızda elde edilen sonuçların literatüre katkı sağlayacağını düşünüyoruz.

Abstract:
With MALDI-TOF MS, many microorganisms can be identified in a much shorter time compared to conventional methods. In recent years, successful results have been obtained in studies aiming to directly identify the causative microorganism with MALDI-TOF MS from positive blood culture bottles. However, there are a limited number of studies in the literature targeting the direct identification of microorganisms from positive culture bottles of other sterile body fluid samples such as CSF, pleural fluid and joint fluid. In our study, it was aimed to develop a rapid identification protocol to be used to directly identify microorganisms from positive culture bottles and to evaluate the usability of this protocol in sterile body fluid cultures. A total of 97 positive sterile liquid culture bottles were included in the study. With the rapid identification protocol used in our study, 53.6% success was achieved at the species level and 81.4% at the genus level. This protocol was 44.6% and 71.9% at the species level for gram positive and gram negative bacteria; at the genus level, 80% and 84.4% success were achieved. Although the success of identification at the genus level was close to each other in terms of both groups (p>0.05); the rapid identification protocol used in our study gave more successful results at the species level, especially for gram negative bacteria (p<0.05). Obtaining successful results in studies aiming to directly identify microorganisms from positive blood culture bottles with MALDI-TOF MS has been promising for sepsis diagnosis processes. Similarly, protocols targeting the identification of causative microorganisms directly from positive culture bottles can be aimed at accelerating the diagnosis processes of serious infections such as bacterial meningitis, parapneumonic pleural effusion and septic arthritis. In our study, rapid microorganism identification processes were performed from culture bottles of CSF, pleural fluid and joint fluid samples. We think that our study is important in this respect and that the results obtained in our study will contribute to the literature.