Anaplastik beyin tümörlerinde baskılayıcı element 1 susturucu transkripsiyon faktörü ve baskılayıcı element 1 susturucu transkripsiyon kofaktörü genlerinin araştırılması
Repressor element 1 sılencıng transcrıptıon factor and repressor element 1 sılencıng transcrıptıon co-factor gene promotor actıvatıon research ın anaplastıc braın tumors
Yazar: MÜSTEYDE YÜCEBAŞ
Danışman: DOÇ. DR. CUMHUR GÜNDÜZ
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2010
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Beyin neoplazmları = Brain neoplasms ; Beyin neoplazmları = Brain neoplasms ; Genler = Genes ; Merkez sinir sistemi neoplazmları = Central nervous system neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Sinapsin I = Synapsin I

Özet:
Bu çalışmada, merkezi sinir sistemi tümörlerinin gelişiminde transkripsiyon faktörü olan ?Baskılayıcı Element 1 Susturucu Transkripsiyon Faktörü? (REST) ve onun ortak baskılayıcısı ?Baskılayıcı Element 1 Susturucu Transkripsiyon Kofaktörü? (CoREST)' nün aktivasyonlarının, Synapsin I geninin promotor bölgesindeki nicelik bakımından yansımalarının kromatin immunopresipitasyon (ChIP) yöntemi ile belirlenmesi ve kanser fenotipi ile REST ve CoREST gen ekspresyonu arasındaki ilişkinin belirlenmesi amaçlanmıştırEge Üniversitesi Nöroşirurji Anabilim Dalı'nda beyin tümörü tanısı almış 49 olguya (11 olgu Diffüz Astrositom, 8 olgu Anaplastik Oligodendrogliom ve 30 olgu Glioblastom) ait rezeke edilen tümör dokusu örnekleri ile eksplant hücre kültürü yapılmıştır. Kültürde çoğalan kanser hücrelerinden DNA, total RNA ve protein izolasyonları yapılmıştır. Gen ekspresyonları QRT-PCR, gen kopya sayıları ve ChIP analizleri Q-PCR ile gerçekleştirilmiştir.Ortalama REST gen ekspresyonu oranları Diffüz Astrositom, Anaplastik Oligodendrogliom ve Glioblastom gruplarında benzer olarak bulunurken, REST ekspresyonu medyan değerinin altında olan olguların yüzdesi Grade II' de % 27, III' te % 50 ve IV' te % 60 olarak belirlenmiştir. CoREST ekspresyonu ise Glioblastom grubundaki olguların % 93'ünde düşük olarak saptanmıştır.Anaplastik Oligodendrogliom ve Glioblastom'lu olguların % 25'inde Sinapsin I genin eksprese olmadığı tespit edilmiş olup, bu bulgu ilk kez çalışmamızda gösterilmiştir. ChIP analizi ile elde edilen REST kopya sayısı ile Sinapsin I gen ekspresyon oranları karşılaştırıldığında, Anaplastik Oligodendrogliom grubunda % 30 oranında bir korelasyon saptanmıştır. Bu bulgu REST' in Sinapsin I gen ekspresyonu baskılamasından ziyade regüle ettiği şeklinde değerlendirilmiştir.Sonuç olarak, REST, CoREST ve Sinapsin I' in gen ekspresyonları, gen kopya sayıları kromatin immunopresipitasyon kantitatif analiz sonuçlarının, Diffüz Astrositom, Anaplastik Oligodentrogliom ve Glioblastom gibi beyin tümörü fenotiplerini belirgin bir şekilde tanımlayabilmekte yardımcı olacağı ortaya konmuştur.Anahtar sözcükler: Beyin Tümörü, REST, CoREST, Sinapsin I, ChIPe-mail: mustyucebas@gmail.com

Abstract:
In this study we aimed to determine the quantitative response in the promoter region of Synapsin I, by the activation of the repressor element-1 silencing transcription factor (REST) and repressor element-1 silencing transcription corepressor (CoREST), which are the transcription factors in development of central nervous system tumors, using chromatin immunoprecipitation (ChIP) method. The relation between cancer phenotype and REST-CoREST gene expression is analyzed.Tissue samples from 49 confirmed brain tumor cases (diffuse astrocytoma n=11, anaplastic oligodendroglioma n=8, glioblastoma n=30) were incubated in explant cell culture and DNA, total RNA and proteins were isolated from the grown cells. QRT-PCR was performed for gene expression, while Q-PCR was used to determine the gene copy numbers and ChIP analysis.Average REST gene expression ratios were found to be similar in diffuse astrocytoma, anaplastic oligodendroglioma and glioblastoma groups. The percentage of cases with REST values lower than the median was 27, 50, and 60 percent for Grades II, III and IV, consequently. CoREST expression ratio was found to be low in 93% of the cases with glioblastoma.No expression of the Synapsin I gene is found in 25% of the anaplastic oligodendroglioma and glioblastoma cases, to be reported for the first time. In comparison of the REST results by ChIP with Synapsis I gene expression ratios, 30% correlation was found. These results indicated that, REST is responsible for regulating, rather than repressing, the expression of the Synapsin I gene.Key words: Brain tumors, REST, CoREST, Synapsin I, ChIPe-mail: mustyucebas@gmail.com