Çocuklarda sürmekte olan birinci büyük azı dişlerinin dişeti oluğu sıvısının proteomik analizi
Proteomic analysis of gingival crevicular fluid in the presence of permenant TOOTH eruption in children
Yazar: SELİN YILDIRIM ALBAT
Danışman: PROF. DR. SERAP HATİCE AKYÜZ
Marmara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Pedodonti Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Diş Hekimliği = Dentistry
Dizin: Azı dişleri = Molar ; Diş sürmesi = Tooth eruption ; Elektroforez-jel-iki boyutlu = Electrophoresis-gel-two dimensional ; Kütle spektrometri = Mass spectrometry ; Çocuk diş hekimliği = Pediatric dentistry

Özet:
Amaç: Dişeti oluğu sıvısı (DOS) periodonsiyumdaki değişiklikleri kendi protein bileşimine yansıtma konusunda benzersiz bir kapasiteye sahiptir ve bu onu ideal bir biyobelirteç kılar. Diş sürme mekanizması hakkında sınırlı bilgi vardır ve DOS'un bu mekanizma hakkında değerli bilgiler taşıdığı düşünülmektedir. Bu çalışma diş sürmesinin kemik dışı iki ayrı dönemindeki daimi azı dişlerinden alınan DOS'un protein bileşimini proteomik bir yaklaşımla araştırmayı amaçlamıştır.
Gereç ve Yöntem: Daimi azı dişleri dişetini yeni yarmış (5-8 yaş) ve oklüzal dengelenme döneminde (9-12 yaş) olan toplam 26 sağlıklı çocuktan DOS örnekleri alındı. Proteinler Bio-Rad Rehidrasyon Tamponunun ardından Zeba™ Spin Tuz Çözme Kolonları kullanılarak ekstrakte edildi. DOS örnekleri iki boyutlu jel elektroforezi (2D-PAGE) ile ayrıştırıldı ve ardından kütle spektrometresi tabanlı proteomik analizle proteinler tanımlandı.
Bulgular: DOS örnekleri için optimize edilmiş yeni bir protein ekstraksiyon protokolü geliştirildi. Diş sürmesi ile ilişkili birtakım proteinler tespit edildi. Sürmekte olan dişlerde oklüzal dengelenmede olanlara göre DOS protein içeriğinde keratin tip II cytoskeletal 4 ve keratin tip I cytoskeletal 9'un azaldığı, keratin tip II cytoskeletal 2 epidermal ve albüminin arttığı belirlendi.
Sonuç: Dişeti oluğu sıvısı örnekleri için uyguladığımız bu 2D-PAGE metodolojisi diğer çalışmalara kaynak olabilir. Kütle spektrometresi teknolojileri büyük bir teşhis potansiyeli taşmaktadır ve bu çalışma farklı yaklaşımlarda ileri taşınabilir.

Abstract:
Objective: Gingival crevicular fluid (GCF) is a biological fluid that has the unique capacity to reflect changes in periodontium to its protein composition, making it ideal for potential biomarkers. There is limited information about the mechanism of tooth eruption, for which GCF might provide valuable knowledge. This study aimed to provide a proteomic approach to investigate the composition of GCF obtained from two different supraosseous tooth eruption stages of permanent molars changes.
Material and Methods: GCF samples were taken from a total of 26 healthy children, whose permanent molar just emerged from the gingiva (5-8 years old) and the occlusal equilibrium stage (9-12 years old). Proteins were extracted with Bio-Rad Rehydration Buffer followed by Zeba Spin Desalting Column. GCF samples were separated with two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D-PAGE) followed by mass spectrometry-based protein identification.
Results: A new optimized protocol with enriched protein extraction from GCF samples was developed. Several proteins related to tooth eruption were detected. It was determined that keratin type II cytoskeletal 4 and keratin type I cytoskeletal 9 decreased, keratin tip II cytoskeletal 2 epidermal and albumin increased in GCF protein content in erupting teeth compared to those in the occlusal equilibrium phase.

Conclusion: This methodology, which we have applied for 2D-PAGE of GCF, can also be a source for other studies. There is huge diagnostic potential in mass spectrometry technologies, this study can be carried forward by using other approaches.