Klinik örneklerden elde edilen candida parapsilosis izolatları arasındaki klonal ilişkilerin araştırılmasında kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması
A comparison of the methods used in investigation of clonal relationships between candida parapsilosis insulations from clinical samples
Yazar: ELİF SEREN TANRIVERDİ
Danışman: PROF. DR. BARIŞ OTLU
İnönü Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Candida parapsilosis kompleks izolatlarının neden olduğu enfeksiyonların klinik önemi bilinmesine karşın kolonizasyon, enfeksiyonun patogenezi ve epidemiyolojisi hakkında bilgiler halen sınırlıdır. Moleküler tiplendirme yöntemleri Candida enfeksiyonlarının epidemiyolojisinin değerlendirilmesinde önemlidir. Çalışmamızın amacı; hastanemizde kan dolaşımı enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen C. parapsilosis kompleks izolatlarının sıklığının belirlenmesi, suşlara ait antifungal duyarlılıkların tespit edilmesi, izolatlar arasında alt tür tayini yapılması ve izolatlar arasındaki klonal ilişkilerin araştırılmasıdır. Bu amaçla hastanemizde 2016-2022 tarihleri arasında yatan hastalardan laboratuvarımıza gönderilen kan kültürü örneklerinden izole edilen 115 adet C. parapsilosis kompleks izolatı çalışmaya dahil edildi. İzolatların flukonazol duyarlılığı gradient E test yöntemiyle belirlenmiş olup, minimum inhibitör konsantrasyon değerleri European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing önerilerine göre değerlendirildi. Candida parapsilosis kompleks izolatlarının alt tür tayini polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)- restriction fragment lenght polymorphism yöntemiyle araştırılmıştır. İzolatlar arasındaki klonal ilişkileri araştırmak amacıyla arbitrarily
primed -PCR, pulsed field gel electrophoresis- elektroforetik karyotiplendirme (PFGE-EK), PFGE-restriksiyon enzim analizi (PFGE-REA) yöntemleri kullanıldı. Yöntemlerin ayrım gücü Hunter ve Gaston'un geliştirdiği formül ile hesaplandı.
Çalışmamızda 115 C. parapsilosis kompleks izolatının AP-PCR yöntemi ile 34 farklı genotip, 15 kümeye; PFGE-REA ile 39 farklı genotip, 20 kümeye; PFGE-EK yöntemi ile 69 farklı genotip, 25 kümeye ayrıldığı saptandı. Yöntemlerin ayrım gücü AP-PCR için D=0.9393, PFGE-REA için D=0.9492, PFGE-EK için D=0.9875 olarak belirlendi. Sonuç olarak PFGE-EK yönteminin ayrılabilirlik indeksinin daha yüksek olduğu ve bu yöntemle daha fazla genotip tanımlandığı görülmüştür. Bu sonuçlar ile C. parapsilosis'e bağlı salgınlarından şüphelenildiği durumlarda salgın analizinde PFGEEK yönteminin uygun bir seçenek olarak düşünülebileceği gösterilmiştir.

Abstract:
Candida parapsilosis (C. parapsilosis) complex isolates are known to cause clinically serious infections. However, information about colonization, pathogenesis and epidemiology is limited. Molecular typing methods have an important place in the epidemiological evaluation of Candida infections. The aim of our study was to determine the frequency of C. parapsilosis complex isolates isolated in our hospital as a bloodstream infection agent, to determine the antifungal susceptibility of the strains, to determine the subspecies among the isolates and to investigate the clonal relationships between the isolates.
For this purpose, 115 C. parapsilosis complex isolates isolated from blood culture samples sent to our laboratory from inpatient clinics of our hospital between 2016-2022 were included in the study. The fluconazole susceptibility of the isolates was determined by the gradient E test method and the minimum inhibitory concentration values were evaluated according to the recommendations of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Subspecies determination of C. parapsilosis complex isolates was investigated by polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphism method. Arbitrarily primed-PCR, pulsed field gel electrophoresis-electrophoretic karyotyping (PFGE-EK), PFGE-restriction enzyme analysis (PFGE-REA) methods were used to determine clonal relationships among isolates. The discriminatory power of the methods was calculated with the formula developed by Hunter and Gaston.
In our study, 34 different genotypes of 115 C. parapsilosis complex isolates were differentiated into 15 clusters by AP-PCR method; 39 different genotypes into 20 clusters with PFGE-REA whereas 69 different genotypes were determined to be analysed into 25 clusters with the PFGE-EK method. The discriminatory power of the methods was determined as D=0.9393 for AP-PCR, D=0.9492 for PFGE-REA, and D=0.9875 for PFGE-EK. The separability index of the PFGE-EK method was higher than the other methods and more genotypes were identified with the PFGE-EK. In conlusion, PFGE-EK method can be considered as a suitable and reliable option in epidemic analysis in cases where outbreaks due to C. parapsilosis are suspected.