Sağlıklı çocuklarda dışkıda kinolon dirençli Escherichia coli taşıyıcılığının ve direnç mekanizmalarının saptanması
Detection of quinolone resistant escherichia coli carriage and resistance mechanisms in the fecal flora of healthy children
Yazar: ÖZLEM GÜVEN
Danışman: PROF.DR. MUSTAFA SAMASTI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2007
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli

Özet:
Çalışmamızda 2006 yılının Mart ve Mayıs ayları arasında İstanbul'un Silivri ve Kağıthane ilçelerinden, yaşları 6 ile 16 arasında değişen 405 çocuktan dışkı örnekleri alınmış ve kültürleri yapılmıştır.Escherichia coli olarak tanımlanan bakterilerin nalidiksik asit ve siprofloksasin duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle belirlenmiştir. Toplam 462 kökenden 15'inde nalidiksik asit direnci (%3,7) ve bunların 10'unda nalidiksik asit ve siprofloksasin direnci (%2,5) birlikte saptanmıştır. Nalidiksik asit MİK değerleri Etest ile belirlenmiştir.Örneklerin alınması öncesinde geçen bir ay içinde antibiyotik kullanmadıkları belirlenen çocuklardan izole edilen nalidiksik asit ve siprofloksasin dirençli 6 Escherichia coli kökeninde, gyrA ve parC genlerindeki mutasyonlar PZR ve dizileme yöntemleri ile tanımlanmıştır. Siprofloksasin MİK değerleri Etest ile belirlenmiştir.Mutasyon belirlediğimiz, 6 Escherichia coli kökeninde gyrA'da 83'üncü kodondaki serinin yerine lösin ve 87'inci kodondaki aspartik asidin yerine asparagin geçişi görülmüş, ayrıca parC'de 80'inci kodondaki serinin yerine izolösin, 83'üncü kodondaki serinin yerine ise tirozin geçişi saptanmıştır. Kökenlerin 1'inde 84'üncü kodonda glutamik asidin yerine glisin, 1'inde ise valin geçişi belirlenmiştir.Kökenlerimizde belirlediğimiz, parC'nin 83'üncü kodonundaki serinin yerine tirozinin geçmesi, bildiğimiz kadarıyla daha önce bildirimi yapılan mutasyonlar arasında yer almamaktadır. Bu parC mutasyonunun, topoizomeraz IV enziminin aktivitesi ve kinolon bağlama kapasitesi üzerindeki etkisi bilinmemektedir.Nalidiksik aside dirençli, 15 Escherichia coli kökeninde PZR yöntemiyle, plazmid kaynaklı direnç genleri (qnrA, qnrB ve qnrS) araştırılmış, kökenlerin hiçbirinde qnr geni bulunmamıştır.Çalışmamızda, antibiyotik kullanımı olmayan kişilerde, dirençli bakterilerin florada taşınabildiği gösterilmiştir. Kinolon dirençli Escherichia coli kökenlerinin bu çocuklara hangi kaynaktan bulaştığını saptamak, araştırmamızın çerçevesini aşmaktadır. Çalışmamızda, antibiyotik kullanımı ve kentsel yerleşim ile kinolon direnci arasında bağlantı bulunmamıştır.

Abstract:
In our research, fecal samples were collected and cultured from 405 children at the age of 6 to 16 years in Silivri and Kağıthane districts of Istanbul between March and May of 2006.The susceptibilities of nalidixic acid and ciprofloxacin of the bacteria identified as Escherichia coli were determined by disk diffusion method. Fifteen of 462 isolates were found nalidixic acid resistant and of these 15 bacteria 10 organisms were also resistant to ciprofloxacin (%2.5). Nalidixic acid MIC?s were determined by Etest.The mutations of gyrA and parC genes in nalidixic acid and ciprofloxacin resistant Escherichia coli strains which were isolated from the children who haven?t had any antibiotic usage in a month before the samples were collected were identified by using PCR and sequencing. Ciprofloxacin MIC?s were determined by Etest.The strains which were analysed for mutations exhibited the serine to leucine substitution at codon 83 and aspartic acid to asparagine substitution at codon 87 in gyrA and all of these strains showed serine to isoleucine substitution at codon 80 and serine to tyrosine substitution at codon 83 in parC. Of these 6 strains 1 had glutamic acid to glycine substitution and 1 had glutamic acid to valin substitution at codon 84.To our knowledge, serine to tyrosine substitution at codon 83 in parC hasn?t been reported previously. The effect of serine to tyrosine change at codon 83 on topoisomerase IV enzyme activity and the capacity of quinolone binding isn?t known. Nalidixic acid resistant 15 Escherichia coli isolates were analysed for plasmid mediated quinolone resistance genes (qnrA, qnrB and qnrS) by using PCR. No qnr genes were detected.In our research, it?s shown that antibiotic resistant bacteria could be carried in floras of individuals who had not been exposed antibiotics. To determine the source of acquisition of the quinolone resistant Escherichia coli strains was out of our research area. In our research no association found between antibiotic usage or living in urban areas and quinolone resistance.