Üriner sistem enfeksiyonlarında enterobacterales ailesi etkenlerinin karbapenem direnci sıklığı ve direnç mekanizmalarının araştırılması
Investigation of carbapenem resistance frequency and resistance mechanisms of enterobacterales family in urinary tract infections
Yazar: MÜNEVVER SADUNOĞLU GÜLER
Danışman: PROF. DR. NEVRİYE GÖNÜLLÜ
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterobacter = Enterobacter ; Karbapenemler = Carbapenems ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Üriner sistem = Urinary tract ; Üriner sistem enfeksiyonları = Urinary tract infections ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Üriner Sistem Enfeksiyonlarında Enterobacterales Ailesi Etkenlerinin Karbapenem
Direnci Sıklığı ve Direnç Mekanizmalarının Araştırılması
Amaç: Çalışmamızda üriner sistem örneklerinden izole ettiğimiz karbapenem
dirençli Enterobacterales kökenlerinde, genotipik/fenotipik yöntemlerle direncin
belirlenmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: Temmuz 2019-2020 sürecinde üriner sistem örneklerinden izole edilen, 46
Enterobacterales kökeni karbapenem direnci tespiti için CIM ve modifiye CIM
uygulanmıştır. blaOXA-48, blaNDM, blaVIM, blaKPC, blaIMP genlerinin
saptanması multipleks PCR'la gerçekleştirilmiştir. Karbapenem dirençli olan ve
araştırılan karbapenem direnç geni saptanmayan olgulara tüm genom analizi
yapılmıştır.
Bulgular: 3242 Enterobacterales kökeninin 150 (%5)'si karbapenem dirençli
saptanmış, 46'sı çalışmaya alınmıştır. Kökenlere CIM uygulandığında, 2 ve 4
saatlikte 43 (%94) köken pozitif bulundu. Modifiye CIM uygulandığında 4 saatlikte
44 (%97), 2 saatlikte 43 (%94) köken pozitif bulundu. PCR'la araştırılan direnç
genlerinden blaOXA-48, blaNDM saptanırken blaVIM, blaKPC, blaIMP
bulunamadı. blaOXA-48 %54 (25), blaNDM %26 (12), blaOXA-48 ve blaNDM
birlikteliği %13 (6)'tü, %7 (3)'sinde ise araştırılan genlerden hiçbiri saptanmadı, bu
kökenlere tüm genom analizi yapıldı. 1.kökende blaOXA-534, blaCMY-99 ve
blaKPC-3, 2.kökende blaOXA-370 bulunurken 3.kökende direnç geni saptanmadı.
Sonuç: İdrar kültürlerindeki Enterobacterales üyelerinde karbapenem direnci yüksek
bulunmuştur. En sık direnç geni blaOXA-48 olmasına rağmen blaNDM-1 de sık
olarak saptanmıştır. Ülkemizde daha önce belirlenmeyen direnç genleri
belirlenmiştir. Direnç oranlarını takip etmek ve mekanizmaları saptamak bu
etkenlerin yayılımı konusunda ve tedavi yaklaşımı belirlenmesinde büyük önem
taşımaktadır.
IX
Anahtar Kelimeler: Üriner sistem enfeksiyonu, Enterobacterales, Karbapenem
direnci, CIM, PCR

Abstract:
Investigation of Carbapenem Resistance Frequency and Resistance Mechanisms of
Enterobacterales Family in Urinary Tract Infections
Objectives: To determine the carbapenem resistance in Enterobacterales strains
isolated from urinary system samples by genotypic/phenotypic methods.
Method: CIM and modified CIM were applied to 46 Enterobacterales strains
isolated from urinary tract samples between July 2019 and july 2020. blaOXA-48,
blaNDM, blaVIM, blaKPC, blaIMP genes were investigated by multiplex PCR.
Samples whithout resistance genes were analysed by whole genome sequensing.
Results: 150 (5%) of 3242 Enterobacterales strains were found to be carbapenem
resistant, 46 were included in the study. According to CIM, 43 (94%) strains were
found positive at 2 and 4 hours. According to modified CIM, 44 (97%) strains were
found positive in 4 hours and 43 (94%) in 2 hours. While blaOXA-48, blaNDM were
detected among the resistance genes investigated by PCR, blaVIM, blaKPC, blaIMP
were not found. blaOXA-48), blaNDM and blaOXA-48 and blaNDM combination
were found in 54% (25 strains), 26% (12 strains), 13% (6 strains) percentages,
respectively. In 7% (3) none of the investigated genes was detected and whole
genome sequencing was performed. blaOXA-534, blaCMY-99 and blaKPC-3 genes
in strain 1, blaOXA-370 gene in strain 2 and no resistance gene in strain 3 was
detected.
Conclusion: Carbapenem resistance was high in Enterobacterales strains isolated
from urinary samples. Although the most frequent resistance gene was blaOXA-48,
blaNDM-1 was also detected frequently. We identified resistance genes that were not
previously detected in our country. Following up the rates and mechanisms of
resistance is valuable to determine the spread and the therapeutic approach of these
pathogens.
XI
Keywords: Urinary system infection, Enterobacterales, Carbapenem resistance,
CIM, PCR