Let-7C ifadesinin çeşitli meme kanser hücre hatlarında otofaji ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of the effect of LET-7C expression on autophagy in breast cancer cell lines
Yazar: SEÇİL DEMİRAL
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA ULAŞLI
Gaziantep Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Hücre dizisi = Cell line ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Mikro RNA = Micro RNA ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Otofaji = Autophagy ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Otofaji, uzun ömürlü proteinlerin, hasarlı organellerin ve katlanmamış proteinlerin oluşturduğu çökeltilerin yıkımı için var olan lizozomal katabolik bir yolaktır. Otofajinin, kanser, otoimmün ve nörodejeneratif hastalıklar gibi birçok hastalıkta rol oynadığı bilinmektedir. MikroRNA'lar (miRNA), 19-25 nükleotid uzunluğunda tek zincirli kodlanmayan RNA'lardır ve gen ifadesinde transkripsiyon sonrasında görev almaktadır. miRNA'ların tümör gelişiminde, metastazında ve istilasında tümör baskılayıcı veya onkogen olarak rol aldıkları bilinmektedir. miRNA'ların ifadelerindeki düzensizlikler meme kanserinde de gözlemlenmektedir. Let-7c, çeşitli kanserlerde ifade seviyesi düşük bulunmuş ve tümör baskılayıcı olarak hareket ettiği düşünülmektedir.  Bu çalışmada SKBR-3, MCF-7, CRL-2329 meme kanseri hatlarında ve CRL-4010 normal meme epitelyum hücre hattında let7c ifade seviyesi ve otofaji yolağındaki etkisi qRT-PCR, GFP-LC3, western blot teknikleri kullanılarak araştırılmıştır. Let7c ifadesi MCF-7 ve CRL2329'da normal meme epitel hücre hattına göre qRT-PCR yöntemine göre belirgin şekilde düşük bulunmuştur. Let7c ifadesinin arttırılması ile SKBR-3 ve CRL-2329'da GFP-LC3 tekniğiyle incelendiğinde otofagazom sayısında artış gözlemlenmiştir. Western blot tekniği ile ATG9A seviyesi SKBR-3 ve CRL4010'da azalış göstermiş, LC3II/LC3I oranı ise sadece CRL4010'da yüksek bulunmuştur. İleriki yapılacak çalışmalarla Let7c ve tahmini hedefi ATG9A arasındaki ilişki ve meme kanserinde let7c'nin terapötik potansiyeli çok daha iyi anlaşılacaktır.

Abstract:
Autophagy is a lysosomal catabolic pathway of degradation of long-lived proteins, damaged organelles and unfolded protein aggregates. It has been known that autophagy plays a role in certain diseases such as cancer, autoinflammatory diseases and neurodegenerative disorders. MicroRNA(miRNA) is defined 19-25 nucleotids in length, single stranded, small non-coding RNA molecules. MiRNA's have a role post-transcriptional regulation of gene expression. MiRNAs are known to take roles in tumor development, metastasis and invasion as tumor suppressor or oncogene. The deregulation of miRNA expression has been observed in breast cancer. Let-7c acts as a tumor suppressor and has been found to be lower in many tumors. In this study, it has been investigated levels of let-7c expression in SKBR-3, MCF-7, CRL-2329 breast cancer cell line and CRL-4010 normal breast epithelial cell line and its effects on autophagy using qRT-PCR, GFP-LC3, western blotting technique in this study. It was found that levels of let-7c expression are markedly lower in MCF-7 and CRL-2329 than normal breast epithelial cell line using qRT-PCR. Over-exspression of let-7c was shown to increase autophagosom in SKBR-3 and CRL-2329 by GFP-LC3 technique. Furthermore, levels of Atg9A were significantly decreased in SKBR-3 and CRL-4010 and the ratio of LC3II/I was higher in CRL-4010. In further studies, the relationship between Let7c and its predicted target ATG9A, and the therapeutic effects of let7c might be better understood in breast cancer.