Entomopatojen nematodlarla simbiyotik yaşayan bakterilerin tanımlanması
The identification of symbiotic bacteria of entomopathogenic nematodes
Yazar: DİDEM ŞİMŞEK GÜNGÖR
Danışman: PROF. DR. NEVİN KESKİN
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2010
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada entomopatojenik nematodlarla simbiyotik yaşayan bakterilerin izolasyonu ve tanımlanması hem klasik hem de moleküler yöntemler kullanılarak yapılmıştır. Çalışmada Türkiye topraklarından izole edilen ve 18'i Heterorhabditidae familyasına, 31'i Steinernematidae familyasına ait toplam 49 entomopatojen nematod izolatı kullanılmıştır. Bu entomopatojen nematod izolatlarına ait simbiyotik bakteriler izole edilmiş ve bu bakterilerin 16S rRNA dizi analizi yapılarak tanımlanması amaçlanmıştır. Elde edilen ileri ve ters yöndeki sekanslar karşılaştırılarak konsensüs sekans elde edilmiş ve Chromas programı kullanılarak gen bankasındaki diğer türlerin dizi analizleriyle karşılaştırılmıştır. İzolatlara ait DNA dizi analizi sonuçları Clustal W2 programı kullanılarak sıralanmış ve müteakiben neighbour joining benzerlik algoritmasına göre filogenetik ağaçları oluşturulmuştur.Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus (Enterobakteriyal genler arası etkileşim)- Polimeraz Zincir Reaksiyonu (ERIC-PZR) yöntemi ile izolatların profilleri karşılaştırılarak izolatlar gruplandırılmaya çalışılmıştır.Moleküler çalışmalara ek olarak, izole edilen bakterilerin biyokimyasal analizleri için API20E ve API 50CH kitleri kullanılmıştır.Gen bankasında yapılan blast analizlerinde Heterorhabditidae familyasına ait 18 izolattan, 4'ü Photorhabdus luminescens subsp. laumondii, 8'i Photorhabdus luminescens subsp. kayaii, 6'sı Photorhabdus luminescens subsp. thracensis ile homolog olarak saptanmıştır. Steinernematidae familyasına ait 31 izolattan 4'ü Xenorhabdus nematophila, 27'si Xenorhabdus bovienii ile homolog olarak saptanmıştır.

Abstract:
In this study, the isolation and identification of the bacteria which are mutualistically associated with entomopathogenic nematodes were conducted through using both classical and molecular methods. 49 entomopathogenic nematodes which had been isolated from Turkish soil were used for this study. 18 and 31 of them belong to Heterorhabditidae and Steinernematidae family respectively. Symbiotic bacteria belonging to these entomopathogenic nematodes isolates were obtained and the identification of bacteria was aimed through 16S rRNA sequence analysis. Consensus sequence were obtained by comparing of forward and reverse direction sequences and were compared with the sequences of the other species in the gene bank through using Chromas program. DNA sequence analysis results belonging to isolates were aligned by using Clustal W2 programme and then phylogenetic trees were drawn according to the neighbour -joining algorithm.By using Enterobacterial repetitive intergenic consensus-Polymerase Chain Reaction (ERICPCR) method, isolates were studied to be grouped through comparing their profiles.In addition to molecular studies, API 20E and API 50CH kits were used for the biochemical analysis of the bacterial isolates.In the blast analysis which has been made in gene bank, 4 Photorhabdus luminescens subsp. laumondii, 8 Photorhabdus luminescens subsp. kayaii, 6 Photorhabdus luminescens subsp. thracensis out of 18 Heterorhabditis bacteriophora isolates belonging to Heterorhabditis species have been determined. Out of 31 isolates belonging to Steinernematidis were determined as homolog with 4 Xenorhabdus nematophila and 27 Xenorhabdus bovienii.