Tavuk dışkıları ve çevresel örneklerden salmonella infantis fajlarının izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of salmonella infantis phages from poultry faces and environmental samples
Yazar: EBRU TORUN
Danışman: DOÇ. DR. HAMİT KAAN MÜŞTAK
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Bakteriyofajlar = Bacteriophages ; Salmonella = Salmonella ; Salmonella enfeksiyonları-hayvan = Salmonella infections-animal ; Tavuk gübresi = Poultry manure ; Tavuklar = Chickens ; Tavukçuluk = Chicken farming ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Bu tez çalışmasında, Türkiye'de en çok izole edilen kanatlı Salmonella serotipi olan S. Infantis'in bakteriyofajlarının izolasyonu ve bu fajların konak spektrumunun belirlenmesi ayrıca bu fajların su yem ve altlık materyallerindeki etki, yaşam süreleri ve saklama sürelerinin saptanması hedeflendi. 
Çalışmada, Ankara ve Bolu illerinde yer alan kanatlı işletmelerinden ve kanatlı mezbahalarından toplanan 50 adet dışkı-altlık ve 50 adet atık su örneğinden agar overlay metodu ile 38 adet S. Infantis fajı izole edildi. Bu fajların, Rutin Test Dilüsyonları ve 200 adet S. Infantis suşunda litik spektrumları ve litik profilleri agar-overlay ve spot test metodları kullanılarak belirlenendi ve ayrıca genotipik karakterizasyon amacıyla RAPD-PCR metodu uygulandı. 
Çalışmalar sonucunda tüm veriler analiz edildi. Bu analiz sonucunda, litik profilleri ve RAPD homoloji düzeyleri birbirinden farklı olup en yüksek litik spektruma sahip (SF-In7, %94,5; SF-In20, %94) olan fajlarının faj-bakteri dinamikleri çalışmaları yapıldı. Bu fajların adsorbsiyon oranı 20 dk da %95 ve latent dönelerim sırasıyla 57 dk ve 65 dk olarak belirlendi. Deneysel çalışmalarda SF-In7 ve SF-In20 fajlarının 24 saatte canlı S. Infantis sayısını su materyalinde 4 log10 cfu/ml  (p<0,001), altlık ve yem materyalinde 2-3 log10 cfu/ml  (p<0,001), azalttığı, konak hücre bulundurmayan su materyalinde 4 hafta, altlık ve yem materyallerinde ise 3 hafta yaşadığı tespit edildi. Ayrıca çalışmada, SF-In7 ve SF-In20 fajlarının oda ısında (20-22°C) 6 hafta, +4 °C'de 9 ay, -20°C ve -80°C'de ise 4 yıldan fazla canlılıklarını korudukları belirlendi.
Çalışma sonucunda, SF-In7 ve SF-In20 fajlarının S. Infantis kontaminasyonunu azaltmada biyokontrol ajanı olarak kullanılabileceği, geniş saklama ısısı ve uzun yaşam süresi sebebiyle saha, kümes, kesimhane gibi ortamlarda uygulanmadan önce uzun süre kolaylıkla saklanabileceği, bununla beraber özellikle ticari olarak faj üretimi esnasında da uzun yıllar faj preparatlarının kaybedilmeden korunabileceği sonucu çıkarılmıştır.

Abstract:
In this study, isolation of bacteriophage of S. Infantis which is the most isolated Salmonella serotype of Turkey in poultry, and detection of its host spectrum were aimed. It was also aimed to determine the effect, lifespan and retention time of these phages on the water, feed and substrate materials.
In the study, 38 S. infantis phages were isolated by the agar overlay method from 50 stool-underlays and 50 wastewater samples collected from poultry farm and slaughterhouses in Ankara and Bolu provinces. These phages were determined using routine test dilutions and lytic spectra and lytic profiles in 200 S. infantis strains using agar-overlay and spot test methods and also the RAPD-PCR method for genotypic characterization.
As a result of the studies, all data were analyzed. As a result of this analysis, the phage-bacterial dynamics of the phage, whose lytic profiles and RAPD homology levels were different and with the highest lytic spectrum (SF-In7, 94.5%; SF-In20, 94%) were studied. The adsorption rate of these phages was found to be 95% at 20 minutes. And latent periods were determined as 57 minutes and 65 minutes, respectively. In experimental studies, it was determined that the phages of SF-In7 and SF-In20 decreased the live S. infantis number in 24 hours by 4 log10 cfu/ml  (p<0,001),  in water and 2-3 log10 cfu/ml  (p<0,001),  in substrate and feed materials. It was determined that these bacteriophages live for 4 weeks in the water material with no host cells, and 3 weeks on the substrate and feed materials without host cells. Furthermore, in the study, it was determined that the phages of SF-In7 and SF-In20 survived for 6 weeks at room temperature (20-22 °C), 9 months at +4 °C, and 4 years at -20 °C and -80 °C.
As a result of the study, it was determined that SF-In7 and SF-In20 phages can be used as biocontrol agents in reducing S. infantis contamination. Because these phages have a wide storage temperature and a long lifespan, they can be easily stored for long periods of time before being used in environments such as poultry or slaughterhouses. In addition, it was concluded that phage preparations could be preserved without a loss for many years during commercial phage production.