Asma çeşit ve anaçlarında kuraklık ve tuz stresi toleransına yönelik mikrodizin analizleri ve stres ile ilgili transkriptomların tespiti
Microarray analysis of grapevine cultivars and rootstocks intended for water deficiency and salt stress tolerances and determination of stress related transcriptomes
Yazar: MELİKE BAKIR
Danışman: PROF. DR. ALİ ERGÜL
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Asma çeşit ve anaçlarında kuraklık ve tuza tolerans mekanizmalarının farklılıklarını transkriptomik düzeyde belirlemek amacıyla 120 mM tuz ve su noksanlığı şeklinde kuraklık stresi, Cabernet Sauvignon, 5BB ve 41B genotiplerine dereceli olarak 7 gün süre uygulanmıştır. Transkriptom analizlerinde çeşit ve anaçlara özgü bulunan transkriptlerin yanı sıra her üç genotipte de çok sayıda ortak stres transkriptleri tespit edilmiştir. Genotipe özgü transkript oranları kuraklık stresinde Cabernet Sauvignon'da % 19.4, 5BB ve 41B'de ise sırasıyla % 13.3 ve % 1.1, tuzluluk stresinde ise Cabernet Sauvignon, 5BB ve 41B için sırasıyla % 14.9, % 43.2 ve % 3.3 oranında tespit edilmiştir. Üç genotipte ortak ifade olan transkript oranları kuraklık stresinde % 34.2, tuz stresinde % 13.4 olarak bulunmuştur. Çeşit ve anaçlarda her iki stres için de birçok fonksiyonel kategori birbirine paralellik gösterirken, kuraklık stresi transkript oranları tuza göre % 1-5 oranında daha yüksek bulunmuştur. Stresten en fazla etkilenen transkriptlerin yer aldığı kategoriler ise metabolizma, protein metabolizması ve hücresel transport kategorileri olarak tespit edilmiştir. Transkripsiyon faktörleri transkriptleri (NAC domain, Myb-related transcription factor), metabolit transkriptleri (1-prolin-5-karboksilat sintetaz, arjinin dekarboksilaz) ve hormonlarla ilgili transkriptlerin (ABA, oksin ve etilen) stresle indüklendiği, çeşit ve anaçlarda bu transkriptlerin oranlarının stres tipine bağlı önemli farklılıklar gösterdiği belirlenmiştir.

Abstract:
In order to identify the differences within the mechanisms of water deficiency and salt tolerance of grapevine cultivars and rootstocks in transcriptomic level, 120 mM salt and water deficiency stress in the form of water deficiency were applied to Cabernet Sauvignon, 5BB and 41B genotypes for 7 days gradually. Among the transcriptome analysis lots of common stress transcripts were determined within each of three genotypes other than the specific transcripts for cultivar and rootstocks. The transcript ratios specific to genotype were detected for water deficiency stress as % 19.4 for Cabernet Sauvignon, % 13.3 and % 1.1 for 5BB and 41B, respectively; for salt stress as % 19.4, % 43.2 and % 3.3 for Cabernet Sauvignon, 5BB and 41B, respectively. It was found that the transcript ratios which are common for all three genotypes are % 34.2 for water deficiency stress and % 13.4 for salt stress. The water deficient stress transcript ratio was found to be higher by % 1-5 in comparison to salt stress, apart from the fact that lots of functional categories for both stress within the cultivars and rootstocks behave in parallel. Metabolism, protein metabolism and cellular transport categories were determined to be the most stress affected categories. It was determined that; when the transcription factors transcripts ((NAC domain, Myb-related transcription factors), the metabolite transcripts (1-pyrolin-5-carboxylase synthetase, arginine decarboxylase) and the hormonal related transcripts (ABA, Auxin and Ethylene) were induced by stress within the cultivars and rootstocks and it was found that the transcript ratios show different but important behaviors differences, dependent on stress type.