Türkiye'de yetiştirilen bazı sığır ırklarında genetik çeşitliliğin mikrosatellit marker yöntemiyle belirlenmesi
Determination of genetic diversity in some cattle breeds raised in Turkey using microsatellite markers method
Yazar: EYMEN DEMİR
Danışman: PROF. DR. MURAT SONER BALCIOĞLU
Akdeniz Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışmada FAO tarafından tavsiye edilen 20 farklı mikrosatellit marker kullanılarak Türkiye yerli sığır ırklarından Boz Irk (BI), Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK), Yerli Kara (YK) ve kültür ırkı olarak Siyah Alaca (SA) da genetik çeşitlilik incelenmiştir. Her ırktan 30 bireyin incelendiği çalışmada toplam 204 allel tespit edilmiştir. Lokus başına ortalama allel sayısı 7.100 (SA) ile 8.500 (YK) aralığında değişmiştir. En fazla allel sayısı ETH185 (17) lokusunda, en az allel sayısı ise TGLA227 (5) lokusunda tespit edilmiştir. Lokus başına düşen ortalama allel sayısı 10.2, ortalama etkili allel sayısı 5.163 olarak gözlemlenmiştir. Araştırmada belirlenen özgün allel sayısının (31) frekansları düşük olduğu ve ırk ayırt etmede kullanılamayacağı tespit edilmiştir. Ortalama gözlenen ve beklenen heterozigotluk değeri tüm populasyonlar seviyesinde 0.628 ve 0.773 olarak hesaplanmıştır. Marker seviyesinde gözlenen heterozigotluk değeri 0.303 (DRBP1) ile 0.983 (ILSTS011) aralığında değişirken beklenen heterozigotluk değeri ise 0.564 (INRABERN172) ile 0.912 (SPS113) arasında değişmiştir. Akrabalı yetiştirme katsayısı BI, DAK, YK ve SA populasyonları için sırasıyla 0.216, 0.202, 0.128 ve 0.069 olarak bulunmuştur. Dört sığır ırkında ortalama FIT ve FST değerinin sırasıyla 0.185 ve 0.055 olduğu tespit edilmiştir. En düşük FST değeri (0.030) BI ve YK populasyonu arasında, en yüksek FST değeri ise  (0.070) ise BI ve SA populasyonu arasında belirlenmiştir. Araştırmada elde edilen tüm ikişerli FST değerlerinin istatistiki açıdan önemli (P<0.05) olduğu belirlenmiştir. Yapılan structure analizine göre çalışılan bütün populasyonların birbirinden ayrı kümeler oluşturduğu ancak DAK, YK ve SA populasyonlarında genetik bir karışımın olduğu belirlenmiştir. AMOVA analizi sonuçlarına göre toplam genetik varyasyonun büyük bir kısmının bireyler arasındaki farktan (%94.814),  % 5.186'sının ise populasyonlar arasındaki farktan kaynaklandığı tespit edilmiştir.  
Yerli sığır ırklarında görülen sayısal azalma genetik çeşitliliği olumsuz etkilediği gibi akrabalığın artmasına da neden olmuştur. Akrabalı yetiştirme katsayıları ve bottleneck test sonuçları göz önüne alındığında Türkiye yerli sığır ırklarında koruma programlarının genişletilmesi ve özellikle sayısal varlığı en az olan BI üzerine daha fazla yoğunlaşılması gerektiği önerilmektedir.

Abstract:
In this study, genetic diversity in Turkey native cattle breeds of Turkish Grey Steppe (TGS), Eastern Anatolian Red (EAR), Anatolian Black (AB) and also Holstein Friesian (HF)  were examined using mikrosatellite marker method by 20 microsatellite markers recommended by Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO). A total of 204 alleles were detected in 30 individuals from each breed. Average number of allele per locus ranged from 7.1 (HF) to 8.5 (AB). The highest number of alleles was found in ETH185 (17) and the least number of alleles in TGLA227 (5) locus. The average number of alleles per locus was 10.2 and the average number of effective alleles was 5.163. It was determined that private alleles (31) which were determined at low frequencies could not be used to seperate breeds. The average observed and expected heterozygosity values at level of all populations were found as 0.628 and 0.773, respectively. Observed heterozygosity at the markers level ranged from 0.303 (DRBP1) to 0.983 (ILSTS011), while expected heterozygosity ranged from 0.564 (INRABERN172) to 0.912 (SPS113). Inbreeding coefficient values for TGS, EAR, AB and HF were found as 0.216, 0.202, 0.128 and 0.069, respectively. The average FIT and FST values in four cattle breeds were detected as 0.185 and 0.055, respectively. The lowest pairwise FST value (0.030) was determined between TGS and AB breeds, while the highest value was determined between TGS and HF breeds. In this study, all obtained pairwise FST values were found to be significant (P <0.05). Although studied populations constitued sepererate clusterS from each other according to structure analysis, it was determined that there was genetic admixture in EAR, AB and HF breeds. According to the result of AMOVA analysis, a large part of the genetic variation (%94.814) was due to difference between individuals and  % 5.186 due to difference between populations.  
Decreasing in number of domestic cattle breeds has affected genetic diversity negatively and also led to increase kinship. It is suggested that conservation programs should be expanded in Turkey native cattle breeds especially focusing on TGS breed which has the lowest number of individuals when inbreeding cofficients and results of bottleneck analysis take into consideration.