İntrakraniyal anevrizma ile ilişkili gen polimorfizmlerinin Türk hastalarda incelenmesi
Investigation of gene polymorphisms associated with intracranial aneurysm in Turkish patients
Yazar: AYŞEGÜL ERDEMİR
Danışman: PROF. DR. DİLEK TURGUT BALIK
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering ; Genetik = Genetics
Dizin: Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; İntrakraniyal anevrizma = Intracranial aneurysm

Özet:
İntrakranial anevrizmalar (IA) beyindeki intrakraniyal arter duvarının baloncuk şeklinde genişlemesidir. Birçok genetik ve çevresel risk faktörlerinden kaynaklanan sebepler ile toplumun %2-5'ini etkilemektedirler. Tek nükleotid polimorfizmleri (SNP) DNA dizilimindeki bir pozisyonda görülen varyasyonlardır ve bireylerin belirli hastalıkları geliştirme durumlarına karşı genetik yatkınlığını belirleme ile ilişkilendirilmektedirler. Son zamanlarda, genom boyu araştırma çalışmaları ile birkaç tek nükleotid polimorfizmi intrakraniyal anevrizma ile ilişkilendirilmiştir. Bilgimiz dahilinde, Türk populasyonundaki etkileri henüz değerlendirilmemiş olan bu SNP'lerin çalışılmasına büyük ihtiyaç doğmaktadır. Bu tez çalışması ile farklı toplumlarda IA ile ilişkilendirilen 15 farklı polimorfizmin Türk toplumunda genetik risk yatkınlığını belirlemek amacıyla genotiplemesi ve analizi gerçekleştirilmiştir. 15 SNP'nin 208 örnekte (105 hasta, 103 kontrol) genotiplenmesi iPLEX yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. 15 SNP'nin her biri için Hardy Weinberg Dengesi test edilmiştir ve tüm genotip frekanslarının dengede olduğu belirlenmiştir (p≤0,05). SNP allel ve genotiplerinin intrakraniyal anevrizma ile ilişkisi araştırılmıştır ve çalışılan SNP'lerin istatistiki olarak toplumumuzda intrakraniyal anevrizma ile ilişkili olmadığı tespit edilmiştir. SNP genotipleri ile hastaların bazı klinik-demografik değişkenlerinin ilişkisi araştırıldığında; kardiyovasküler hastalık öyküsü ile rs6538595; ailede intrakraniyal anevrizma öyküsü ile rs9315204 ve rs 10757278; sigara kullanımı ile rs1333040, rs1429412, rs10757272 ve rs10757278 polimorfizmlerine ait genotiplerin hastalık ile istatistiki olarak ilişkisinin anlamlı olduğu belirlenmiştir (p≤0,05). Lojistik regresyon analizi ile klinik-demografik faktörler ve genotiplerin hastalık riski üzerine etkileri analiz edilerek, bu değerlendirmede çalışma grubunda cinsiyet, ailede intrakraniyal anevrizma öyküsü ve sigara kullanımının intrakraniyal anevrizma için anlamlı risk faktörleri olduğu sonucu elde edilmiştir. Sonuç olarak; yapılan çalışma ile toplumumuzda ilk defa çoklu örnekte, çoklu SNP intrakraniyal anevrizma ile ilişkilendirilerek, örneklerin yüksek doğrulukta genotiplenmesini sağlayan bir uygulama gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
Intracranial aneurysms (IA) are balloon like dilation of the intracranial arterial wall in the brain. It affects %2-5 of the general population and arise from the action of multiple genetic and environmental risk factors. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are variations at a single position in a DNA sequence among individuals and they are associated with certain diseases to evaluate an individual's genetic predisposition to develop a disease. Recently, several SNPs associated with IA have been identified in genome-wide association studies. To our knowledge, the effects of these SNP's in Turkish population has not been studied and this arises great necessity to study them. With this thesis study it is aimed to genotype and analyze 15 different polymorphisms, known to be associated with IA in different populations, to determine genetic risk predisposition of these SNPs in Turkish population. Genotyping of 15 SNPs was performed in 208 samples (105 patients, 103 controls) by iPLEX method. Hardy Weinberg Equilibrium was tested for each of 15 SNPs and it is obtained that all genotype frequencies was at HWE (p≤0,05). The association of SNP alleles and genotypes with intracranial aneurysm was investigated and it is found that SNPs which studied in this thesis have no statistically association with intracranial aneurysm in our population (OR>1, p≤0,05). Associations between genotypes of SNPs and clinical-demographic variables were investigated and SNPs that found to be statistically associated with history of cardiovascular diesease was rs6538595; with family history of intracranial aneurysm were rs9315204 and rs10757278; with smoking were rs1333040, rs1429412, rs10757272 and rs10757278 (p≤0,05). Logistic regression analyses were used to ascertain the effects of clinical-demographic factors and genotypes in the intracranial aneurysm susceptibility and with this assessment gender, family history of intracranial aneurysm and smoking were found to be significant risk factors for intracranial aneurysm in study group. Consequently, with this study multiple SNPs in multiple sample associated with intracranial aneurysm for the first time in our population.