Gıdalardan izole edilen gram pozitif bakterilerde biyosit ve antibiyotik direnç profilinin araştırılması
Investigation of biocide and antibiotic resistance profiles in gram positive bacteria isolated from food
Yazar: MERYEM BURCU KÜLAHCI
Danışman: PROF. DR. SUMRU ÇITAK
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Günümüzde hayvan yetiştiriciliğinde gerek hastalıkların tedavisi ve önlenmesi, gerekse hayvansal gıdaların verimini arttırmak amacıyla antibiyotik ve biyositlerin kullanımının oldukça yaygın olması ekonomi ve halk sağlığı açısından ciddi sorunlar yaratmaktadır. Araştırmamızda, Ankara ilinde çeşitli marketlerde satışa sunulan 132 et ve süt ürünü örneğinden izole edilen 77 Staphylococcus izolatında, antibiyotik ve biyosit direnç dağılımları ve antibiyotik direnç ve efluks pompa genlerinin varlığı araştırılmıştır. Ayrıca efluks pompa inhibitörü rezerpinin antimikrobiyal direncine etkisi araştırılmıştır. Staphylococcus izolatlarında en yüksek oranda direnç tetrasiklin (%24,7)'e karşı belirlenmiştir. İzole edilen 77 Staphylococcus izolatının 29'u bir veya birden fazla antibiyotiğe dirençli olarak tespit edilmiştir. Bu izolatların BBL crystal Gram pozitif tanımlama kiti ve 16S rDNA dizi analizi yöntemleriyle tür bazında tanımlamaları yapılmıştır.  Test edilen biyositlerin hepsine yüksek MİK değerleri gösteren izolatlar mevcuttur. Rezerpinin Staphylococcus'larda ampisilin duyarlılığını %25, tetrasiklin duyarlılığını %27,8, triklosan duyarlılığını %20,7, povidon iyodin duyarlılığını %34,5 arttırdığı belirlenmiştir. Çalışılan 29 Staphylococcus izolatında tetK (%88,9), bla (%53,8) antibiyotik direnç genleri yüksek oranda tespit edilmiştir. Ayrıca efluks pompa genlerinden acrB (%31), norE (%79,3), sugE (%44,8), smr (%86,2), efrA (%79,3), efrB (%72,4), mdeA (%82,8), sepA (%51,7) yüksek oranda tespit edilen genlerdir. Araştırmamızda tüketime sunulan hayvansal gıdalardan izole ettiğimiz Staphylococcus'ların antimikrobiyal direnç genleri bulundurmaları, bu direnç genlerinin kromozomal ve kromozom dışı genetik materyallerle patojenlere ve normal flora bakterilerine aktarmaları riski sebebiyle, halk sağlığı açısından önemli bir tehdit oluşturmaktadır. Efluks pompası kaynaklı antimikrobiyal direncinin, efluks pompası inhibitörü rezerpin kullanımı ile belli bir oranda azaltılabileceği fakat bu alanda daha kapsamlı çalışmaların yapılması gerektiği düşünülmektedir.

Abstract:
The widespread use of antibiotics and biocides in animal husbandry, both for the treatment and prevention of diseases and to increase the yield of animal foods, creates serious problems in terms of economy and public health. In this study, antibiotic and biocide resistance profile and antibiotic resistance and efflux pump genes were investigated in 77 Staphylococcus isolated from 132 meat and dairy products sold in various markets in Ankara. In this study, the effect of efflux pump inhibitor reserpine on antimicrobial resistance was investigated. The highest resistance was determined against tetracycline (24.7%) in Staphylococcus isolates. Of the 77 Staphylococcus isolated, 29 were found to be resistant to one or more antibiotics. These isolates were identified on the basis of species by BBL crystal Gram positive identification kit and 16S rDNA sequence analysis methods. Isolates showing high MICs to all of the biocides tested were available. Reserpine increased ampicillin sensitivity 25%, tetracycline sensitivity 27.8%, triclosan sensitivity 20.7%, povidone iodine sensitivity 34.5% in Staphylococcus isolates. The antibiotic resistance genes tetK (88,9%), bla (53,8%) were found to be high in 29 Staphylococcus isolates. Furthermore, among the efflux pump genes acrB (31%), norE (79.3%), sugE (44.8%), smr (86.2%), efrA (79.3%), efrB (72.4%), mdeA (82.8%), sepA (51.7%) are highly detected. The presence of antimicrobial resistance genes of Staphylococcus isolated from foods of animal origin presented in our study is an important threat to public health due to the risk that these resistance genes are transferred to pathogens and normal flora bacteria by chromosomal and extrachromosomal genetic materials. It is thought that animicrobial resistance from efflux pump can be reduced to a certain extent with the use of efflux pump inhibitor reserpine, but further studies are needed in this area.