Holstein buzağılarda Pit-1 Ve CSN3 genleri polimorfizmi ve buzağı doğum ağırlığı üzerine etkileri
Polymorphism of Pit-1 and CSN3 genes in Holstein calves and its effects on calf birth weight
Yazar: İSMAİL FINDIK
Danışman: PROF. DR. MEMİŞ ÖZDEMİR
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Zootekni Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Buzağılar = Calves ; Doğum ağırlığı = Birth weight ; Genler = Genes ; Holştayn sığırı = Holstein cattle ; Polimorfizm = Polymorphism

Özet:
Amaç: Bu çalışmada, Gümüşhane'nin Kelkit ilçesinde özel bir işletme'de yetiştirilen Holstein ırkı buzağılara ait Pit-1 ve CSN3 genleri polimorfik yapılarının incelenmesi, genotip ve allel frekanslarının dağılımının belirlenmesi, tespit edilen polimorfik yapıların buzağılara ait doğum ağırlığı üzerine etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: Çalışmada kullanılan kan örnekleri 100 baş Holstein ırkı buzağılardan alınmıştır. Alınan kan örneklerinden izole edilmiş DNA'larda, PCR-RFLP yöntemi kullanılarak Pit-1 ve CSN3 genlerine ait Hinf1 polimorfizmleri tanımlanmıştır. PCR-RFLP ürünleri elektroforez ortamında yürütülerek sonuçlar ultraviyole (UV) cihazında bantlar halinde görüntülenmiştir. Araştırmada genotip, allel frekans dağılımları ve popülasyonun Hardy-Weinberg genetik denge testleri yapılmıştır. Pit-1/Hinf1 ve CSN3/Hinf1 polimorfik yapılarının buzağı doğum ağırlığı üzerine etkileri araştırıldı.
Bulgular: Çalışılan popülasyonda Hardy-Weinberg genetik denge testine göre Pit-1 genine ait Hinf1 polimorfizmi genotip frekansları dağılımının dengede olduğu (P>0.05) ancak incelenen CSN3 gen polimorfizmi bakımından dengede olmadığı (P<0.05) gözlenmiştir. Popülasyondaki Pit-1 genine ait AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla %13.4, %40.2 ve %46.3, A allelinin frekansı 0.34 ve B allelinin frekansı 0.66 olarak tespit edilmiştir. CSN3 genine ait AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla %24.5, %36.7ve %38.8, A allelinin frekansı 0.43 ve B allelinin frekansı 0.57 olarak tespit edilmiştir. Yapılan ilişkilendirme analizlerinde hem Pit-1/Hinf1 hemde CSN3/Hinf1 polimorfizmine ait genotipler ile incelenen buzağı doğum ağırlığı arasında istatistiksel olarak önemli farklılıkların olmadığı görülmüştür.
Sonuç: Holstein ırkı buzağılardan alınan kan örneklerinden PCR-RFLP yöntemi ile Hinf1 enzimi kullanılarak Pit-1 ve CSN3 genotipleri tespit edilmiştir. İncelenen Holstein buzağı popülasyonunda Pit-1 gen lokusu dağılımının Hardy-Weinberg prensibine göre genetik dengede olduğu, ancak CSN3 gen lokusu dapılımının dengede olmadığı görülmüştür. Pit-1 ve CSN3 gen polimorfizmi bakımından belirlenen genotip ve allel frekansları buzağı populasyonunun genotip çeşitliliğini ortaya koymada yeterli olduğu görülmüştür. Her iki polimorfik bölge genotipleri ile Buzağı doğum ağırlığı arasında istatistiksel olarak herhangi bir ilişki bulunamamıştır.

Anahtar Kelimeler:  Pit-1, CSN3, polimorfizm, PCR-RFLP, Holstein buzağı, Hinf1

Abstract:
Purpose: In this study, it was aimed to examine the polymorphic structures of Pit-1 and CSN3 genes of Holstein calves bred in Gümüşhane, to determine the distribution of genotype and allele frequencies, and to examine the effects of determined polymorphic structures on some performance characteristics of calves.
Method: HinfI polymorphisms of Pit-1 and CSN3 genes were identified in DNA isolated from blood samples of 100 Holstein calves used in the study, using the PCR-RFLP method. PCR-RFLP products were run in electrophoresis medium and the results were visualized as bands in an ultraviolet (UV) device. In the study, genotype, allele frequency distributions and Hardy-Weinberg genetic equilibrium tests of the population were performed. The effects of Pit-1/Hinf1 and CSN3/Hinf1 polymorphism on calf birth weight were investigated.
Findings: According to the Hardy-Weinberg genetic equilibrium test, it was observed that the distribution of genotype frequencies of HinfI polymorphisms of Pit-1 genes in the studied population was in equilibrium (P>0.05), but not in equilibrium in terms of CSN3 gene location (P<0.05). The AA, AB and BB genotype frequencies of the Pit-1 gene in the population were 13.4%, 40.2% and 46.3%, respectively, the frequency of the A allele was 0.34 and the frequency of the B allele was 0.66. The AA, AB and BB genotype frequencies of the CSN3 gene were found to be 24.5%, 36.7% and 38.8%, respectively, the frequency of the A allele was 0.43 and the frequency of the B allele was 0.57. In the association analysis, there were no statistically significant effects on the calf birth weight examined with the genotypes of both Pit-1/Hinf1 and CSN3/Hinf1 polymorphisms.
Results: Pit-1 and CSN3 genotypes were determined from blood samples taken from Holstein calves by PCR-RFLP method using HinfI enzyme. It was observed that the distribution of Pit-1 gene locus in the examined Holstein calf population was in genetic equilibrium according to the Hardy-Weinberg principle, but the distribution of the CSN3 gene locus was not in equilibrium. Genotype and allele frequencies determined in terms of Pit-1 and CSN3 gene polymorphisms were found to be sufficient to reveal the genotype diversity of the calf population. No statistically significant relationship was found between the genotypes of both polymorphic regions and calf birth weight.

Keywords: Pit-1, CSN3, polymorphism, PCR-RFLP, Holstein calf, Hinf1