Covid-19 tanısı için SARS-CoV-2 hızlı antijen test kitinin performansının RT-qPCR testi ile karşılaştırılması
Comparison of performance of SARS-CoV-2 rapid antigen test kit with RT-qPCR Test for diagnosis of Covid-19
Yazar: SENA ÖLÇER
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ KENAN TUNÇ
Sakarya Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antijenler = Antigens ; COVID 19 = COVID 19 ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Günümüzün pandemisi olarak tarihe geçen SARS-CoV-2 virüsünün sebep olduğu
COVID-19 salgınının, SARS-CoV-2 özelinde rutin mikrobiyolojik tanıda altın
standartı, uygun klinik örneklerde viral RNA varlığının tespitini yapan gerçek
zamanlı revers transkriptaz-polimeraz zincir reaksiyonu (q-RT-PCR)'dur. COVID-19
hastalığının serolojik tanısında viral proteinlerin saptanması amacıyla geliştirilen
antijen testleri de yaygınlaştırılmaya başlanmıştır. Bu çalışmanın amacı, SARS-CoV2 antijeninin saptanması için hızlı bir immünokromatografik test olan Hızlı Antigen
test performansının PCR'a kıyasla değerlendirilmesidir.
Bu amaç kapsamında gönüllülerden nazofarengeal sürüntü yöntemiyle alınan
numuneler, eş zamanlı olarak çalışıldı ve çıkan sonuçlar, yaş, cinsiyet, Ct değeri,
görülen semptomlar gibi parametreler ışığında değerlendirildi. 185 kişilik çalışma
grubumuzdan 148 kişinin PCR ve Hızlı Antijen test sonuçları uyumluluk gösterirken,
37 kişinin sonuçlarında uyumsuzluk görülmüştür. Genel olarak antijen testinde
SARS-CoV-2 enfeksiyonun saptanması için duyarlılığına ve özgüllüğüne
bakıldığında sırasıyla %63 ve %100 olduğu görülmüştür. Antijen testinin
doğruluğunun %80 (Cohen's K=0,690, %95,p<0,001) olduğu saptanmıştır.
Covid-19 pandemisinde, negatif-pozitif sonuçların teşhisi için, RT-PCR testinin
yüksek duyarlılığı ile Rapid antijen testinin duyarlılığı ve özgüllüğünün araştırılması
ve bu çalışmaların verilerinin genişletilmesine yardımcı olmak adına önemli bir veri
literatüre kazandırılmıştır. Enfekte bireylerin erken teşhis edilmesi, tedavisi,
izolasyonu ve temaslıları da içeren hasta yönetimi gibi stratejiler, virüsün yayılım
hızını yavaşlatmak, enfeksiyonu kontrol altında tutmak gibi yararlar sağlar. Bu
bakımdan,
COVID-19'un zamanında ve doğru laboratuvar tanısının konması için yeni
yöntemlerin geliştirilmesine ve yeni yöntemlerin duyarlıklarının araştırılmasına
ihtiyaç olduğu düşüncesindeyiz.

Abstract:
Real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (q-RT), which detects the
presence of viral RNA in appropriate clinical samples, is the gold standard in routine
microbiological diagnosis of the COVID-19 epidemic, which is caused by the SARSCoV-2 virus, which has gone down in history as today's pandemic. -PCR). Antigen
tests developed to detect viral proteins in the serological diagnosis of COVID-19
disease have also started to become widespread.
The aim of this study is to evaluate the performance of the Rapid Antigen test, which
is a rapid immunochromatographic test for the detection of SARS-CoV-2 antigen,
compared to PCR. For this purpose, samples taken from volunteers by
nasopharyngeal swab method were studied simultaneously and the results were
evaluated in the light of parameters such as age, gender, Ct value, and symptoms.
While the PCR and Rapid Antigen test results of 148 people from our study group of
185 people were compatible, the results of 37 people were inconsistent. In general,
the sensitivity and specificity for the detection of SARS-CoV-2 infection in the
antigen test were 63% and 100%, respectively. The accuracy of the antigen test was
found to be 80% (Cohen's K=0.690, 95%, p<0.001).
In the Covid-19 pandemic, an important data has been brought to the literature in
order to investigate the sensitivity and specificity of the Rapid antigen test with the
high sensitivity of the RT-PCR test for the diagnosis of negative-positive results and
to help expand the data of these studies.
Strategies such as early detection, treatment, isolation of infected individuals and
patient management including contacts provide benefits such as slowing the spread
of the virus and keeping the infection under control. In this regard, we believe that
there is a need to develop new methods and investigate the sensitivities of new
methods for timely and accurate laboratory diagnosis of COVID-19.