Aksolotl'da kuyruk rejenerasyonunu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemi ile tanımlanması
Characterization of molecular mechanisms providing tail regeneration in axolotl BY the proteomics method
Yazar: MAHMUT ERHAN AVŞAROĞLU
Danışman: YRD. DOÇ. DR. TURAN DEMİRCAN
İstanbul Medipol Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Sinir Bilimi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Omurga = Spine ; Proteomikler = Proteomics ; Rejenerasyon = Regeneration ; Semendergiller = Salamanders ; Spinal kord = Spinal cord

Özet:
Ambystoma mexicanum(aksolotl) su semenderleri sınıfından yaşamı boyunca neotenik
 özelliğe sahip olan bir canlıdır. Deneysel araştırmalarda sahip olduğu yüksek rejenerasyon 
yeteneği ve kansere karşı gösterdiği dayanıklılık sebebiyle model organizma olarak 
kullanılmaktadır. Aksolotlar maruz kaldıkları hasarlar sonrası iç organlarını, ekstremitelerini,
 merkezi sinir sistemlerini ve omuriliklerini eski fonksiyonel özelliğini tekrardan gösterecek
 şekilde yenileyebilmektedirler. Sahip oldukları bu özelliğin moleküler ve hücresel sinyal 
mekanizmaları geçmiş dönemlerde teknolojik imkanların yetersiz olması sebebiyle tam olarak
anlaşılamamıştır. Günümüzün çığır açan omiks teknolojisi insanlığa bu durumun üstesinden 
gelebilecek imkanlar sunmaktır. Omiks teknolojisinin en çok çalışılan dallarından birisi olan 
proteomiks teknolojisi; hücresel olayların ve etkileşimlerin protein düzeyinde anlaşılması için 
kullanılmaktadır. Bu çalışmada aksolotl canlısının sahip olduğu rejenerasyon yeteneğini 
anlaşılması için canlının omurilik içeren kuyruk bölgesi ampüte edilmiştir. Rejenerasyon 
süresince 0. gün, 1. gün , 4. gün ve 7. gün olacak şekilde farklı zaman aralıklarında alınan 
örneklerden hücresel olaylar ve etkileşimlerde görev alan proteinler proteomiks yöntemi ile 
tanımlanmış, aksolotl proteom veritabanı genişletilmiştir. Anlamlı düzeyde değiştiği 
tanımlanan proteinler içerisinden omurilik yenilenmesinde görev alabilecek sinirsel görev ile 
ilgili proteinler seçilerek gen ontoloji analizleri yapılmış; moleküler fonksiyon süreçlerinde, 
hücresel bileşen olarak katıldıkları süreçlerde ve biyolojik süreçlerde aldıkları görevler analiz 
edilmiştir.

Abstract:
Ambystoma mexicanum(Mexican axolotl) is an aqueous salamander that posses 
neoteny during whole life. Axolotls are useful experimental models in laboratories due to 
their unique regeneration capacity and resistance to cancerous diseases. Axolotls can 
regenerate their missed extremities, internal organs, brains, and spinal cords with full recovery 
of function after damages or amputations. The molecular and cellular signaling mechanisms 
of this speciality they possess have not been fully understood in the past due to the 
insufficient technological possibilities. Today's groundbreaking omics technology provides 
humanity with the opportunities that can come from its superiority. One of the most studied 
branches of Omics technology is proteomics which is using for understanding cellular events 
and interactions at protein level. In order to understand the regenerative ability of 
experimental model axolotl in this study, we amputated the tail containing spinal cord region 
to observe cellular events and interactions during tail regeneration in different time intervals. 
According to our results, axolotl proteomics database was expanded by identifying proteins 
detected on day 0, day 1, day 4 and day 7 samples by proteomics method. By using 
significantly changed proteins, neuron related proteins that can serve in spinal cord 
regeneration were selected. Selected neuronal proteins were analyzed in gene ontology 
analysis that contain molecular functional processes, cellular components, and biological 
processes.