Bazı mavi-yeşil bakteri suşlarının RAPD-PCR yöntemiyle genetik karakterizasyonu
Geneti̇c characterization of some blue-green bacterial strains with RAPD-PCR
Yazar: KADİR ARICAK
Danışman: YRD. DOÇ. MEHMET KARACA
Aksaray Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Siyanobakteriler; geniş yaşam alanına sahip, yüksek çeşitlilik gösteren, ekolojik açıdan önemli organizmalardır. Bu canlıların tanımlanmaları, sınıflandırılmaları oldukça zor ve karmaşıktır. DNA fingerprint ve diğer PCR temelli moleküler yaklaşımlar, son yıllarda bu canlıların moleküler sistematik ve genetik karakterizasyonunda benimsenmeye ve kullanılmaya başlanmıştır.
Bu çalışma kapsamında toplamda 7 bakteri izolatı, 15 farklı rastgele seçilen primerler kullanılarak RAPD-PCR tekniği ile analiz edilmiştir. Bakteri izolatları, tamamı polimorfik olan 306 adet RAPD-PCR ürünü oluşturmuştur. Seçilen primerlerin %100 polimorfik fragmanlar ortaya çıkardığı ve bakteri türlerinin tanımlamasında  yüksek verimlilik sağladığı tespit edilmiştir.
En az 12 ve en fazla 35 farklı PCR fragmanı sırasıyla OPA-14 ve HİP-GC primerleri ile elde edilmiştir. RAPD-PCR ürünlerinin fragman büyüklüğü 175-3000 bç arasında değişmektedir.
Bakteri izolatları arasındaki genetik akrabalık ilişkisini ortaya çıkarmak için Nei's Genetik Uzaklık değerleri kullanarak iki farklı dendrogram (UPGMA ve Neighbor Joining) oluşturulmuştur. Bu verilere göre Synechoccus elongatus ve Pseudoanabaena moniliformis en uzak türler, Anabaena affisinis ve Arthrospira sp. ise birbirine en yakın türler olarak tespit edilmiştir.
Sonuç olarak, çalışmalarımızda kullandığımız RAPD-PCR yönteminin ve kullanılan random primerlerin farklı Siyanobakteri izolatlarının genetik karakterizasyonunda ve moleküler sistematiğinde başarılı bir şekilde kullanılabileceği görülmüştür.

Abstract:
Cyanobacteria are the ecologically important organisms with their spacious living areas and highly diverse properties. Identification and classification of these organisms is quite difficult and complex. DNA fingerprint and many other PCR-based molecular approaches have being adopted and well used in the molecular systematics and genetic characterization of Cyanobacteria.In this study 7 bacterial isolates were analyzed through the RAPD-PCR method using 15 different randomly selected primers. All the bacterial isolates were produced completely polymorphic 306 RAPD-PCR products. Selected primers have generated 100% polymorphic fragments and have been found to provide high efficiency in the characterization of bacterial species. A minimum 12 and maximum 35 different PCR fragments were produced by the OPA-14 and HIP-GC primers respectively. The fragment size of RAPD-PCR products were varied between 175-3000 bp. Using Nei's Genetic Distance values; two different dendrogrames (UPGMA ve Neighbor Joining) were created to identify genetic relationships among analyzed bacterial isolates. According to the results, the Synechoccus elongatus and Pseudoanabaena moniliformis are the most distant species, while the Anabaena affisinis and Arthrospira sp. are the closest species. Consequently, the RAPD-PCR method and randomly selected RAPD primers used in this study can successfully be utilized for genetic characterizations and molecular systematics of different Cyanobacteria isolates.