Küçük hücreli olmayan akciğer kanserlerinde kras gen mutasyonlarının Real-Time PCR: yöntemi ile tespiti ve klinikopatolojik parametrelerle ilişkilerinin belirlenmesi
Determination of Kras Gene Mutations in Non-Small Cell Lung Cancer Using Real-Time PCR: Association with Clinicopathological Parameters
Yazar: LEVENT ELMAS
Danışman: DOÇ. DR. VİLDAN CANER ; PROF. DR. GÜLSEREN BAĞCI
Pamukkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Onkogenler = Oncogenes ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sarkom = Sarcoma

Özet:
Küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (KHOAK), dünyada hem kadınlarda hem de erkeklerde kanser nedeniyle ölümlerin en yaygın nedenlerinden biridir. Yaklaşık %30 oranında KHOAK oluşumunda Kras proto-onkogeninde meydana gelen mutasyonlar sorumlu tutulmaktadır. Kras, hücre sağkalımı ve proliferasyonu için kritik olan sinyal iletim ağlarını kontrol eder. Kras mutasyonları hem Kras'ın kendi kendini sürekli aktive etmesine hem de RAF/MEK/ERK ve fosfatidilinositol 3-kinaz/Akt sinyal kaskadları gibi sinyal iletim yolaklarınının aşırı uyarılmasına neden olur.Bu çalışmada KHOAK'li olgularda, Kras geninin kodon 12 ve kodon 13'deki mutasyonlarının sıklığının belirlenmesi ve bu mutasyonların olgulara ait yaş, cinsiyet, histolojik alt tip, TNM evre ve sigara öyküsünü içeren klinikopatolojik verilerle olası ilişkilerinin belirlenmesi amaçlandı.Bu çalışmaya 92 KHOAK olgusu dahil edildi. Ancak bazı olgulardan informatif verilerin elde edilememesi nedeniyle, Kras mutasyon analizi, 63 olguya ait formalinle fikse edilmiş parafine gömülü doku örneklerinde yapıldı. DNA izolasyonunu takiben, mutasyon analizi LNA problarının kullanıldığı LNA-clamp gerçek-zamanlı PCR yöntemi ile yapıldı. Bu yöntemle olguların %39,6'sında Kras geni kodon 12 mutasyonu saptandı. Bu mutasyon sıklığı, daha önce yapılan benzer çalışmalarda rapor edilen sıkılıktan daha yüksekti. Aynı zamanda mutasyon tipleri ile cinsiyet (p=0.041), histolojik alttip (p=0.001), sigara içme öyküsü (p=0.003) arasında istatistiksel olarak bir anlamlılık bulundu.Bu çalışma, LNA-aracılı gerçek-zamanlı PCR clamping ve mutant-özgün problar kullanılarak, KHOAK'de Kras mutasyonlarının varlığının belirlenebildiğini göstermektedir. Ancak, bu yöntemin mutasyon analizlerinde rutin kullanılabilirliği için diğer mutasyon analiz yöntemlerinden birinin de kullanıldığı daha detaylı çalışmalara gereksinim vardır.

Abstract:
Non-small cell lung cancer (NSCLC) is one of the most common causes of death due to cancer in both men and women throughout the world. Mutations in the Kras proto-oncogene are responsible for about 30% of non-small cell lung carcinogenesis. Kras controls signaling networks that are critical for cell survival and proliferation. Kras mutations cause its constitutively activation and aberrant upregulation of downstream signaling pathways such as the RAF/MEK/ERK and phosphoinositide 3-kinase(PI3K)/Akt signaling cascades.In this study, it was aimed to determine the frequency of Kras mutations in codon 12 and 13, and the relation between the Kras mutation and the clinicopathological characteristics including the age, gender, histological subtype, TNM stage and smoking in patients with NSCLC.Ninty two patients with NSCLC were included in this study. But, the analysis of Kras mutations was performed on 63 formalin fixed parafin embedded lung tissue samples because there were no informative results for some cases. Following DNA isolation, Kras mutations were analyzed by LNA-clamp real-time PCR assay using LNA probes. The assay identified Kras codon 12 mutations in 39.6% of NSCLC patients. The frequency of the mutations was higher than that reported in other similar studies. It was also found that there was a statistically significant association between the type of mutations and sex (p=0.041), histological subtype (p=0.001), and smooking history (p=0.003)This study indicate that Kras mutations in NSCLC can be detected using LNA-mediated real-time PCR clamping and mutant-specific probes. However, there is a need for further studies that include another assay for mutation analysis before rutin applications of the assay for mutation analysis.