Burkholderıa cepacıa kompleks türlerinin fenotipik ve genotipik  yöntemlerle tanımlanması ve antibiyotik duyarlılığı
Identification and antibiotic susceptibility of burkholderia cepacia complex species by phenotypic and genotypic methods
Yazar: YUNUS EMRE ALPDOĞAN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKAY BAHÇECİ ; PROF. DR. ZİHNİ AÇAR YAZICI
Sağlık Bakanlığı / Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Burkholderia cepacia kompleks türleri özellikle kistik fibrozis ve kronik 
granülomatöz hastalığı olan bireylerde ağır enfeksiyonlara neden olan, hastanede 
yatan ve bağışıklığı baskılanmış kişilerde yüksek morbidite ve mortalite ile seyreden 
fırsatçı bir patojendir. Burkholderia cepacia kompleks türlerini tanımlamada 
biyokimyasal ve fenotipik yöntemler kullanılsa da bu yöntemlerin tür düzeyinde 
tanımlamaları her zaman doğru olmamaktadır. Bu mikroorganizma grubu çeşitli 
virülans ve adaptasyon mekanizmaları ile antibiyotik direnci geliştirebilmektedir. 
Tanımlamada yaşanan zorluklar ve birçok antibiyotiğe doğal direncinin bulunması, 
klinik ve laboratuvar yönetimini zorlaştırmaktadır. Bu amaçla, Burkholderia cepacia 
kompleks grubu mikroorganizmaların biyokimyasal, otomatize ve moleküler 
yöntemlerle tanımlanması ve farklı yöntemlerle antibiyotik duyarlılıkları belirlenerek
mikrobiyolojik tanısının konması ve antimikrobiyal duyarlılığının belirlenmesi için 
en ideal yöntemlerin ortaya konması hedeflenmiştir. 
Gereç ve Yöntem: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim ve 
Araştırma Hastanesi'nde tanı ve tedavi amacıyla izlenen hastaların Mikrobiyoloji 
Laboratuvarı'na gönderilen çeşitli örneklerinden son 3 yıl içinde (2020 – 2023) izole 
edilen 55 adet Burkholderia cepacia kompleks bakteri grubu kullanıldı. VITEK® 2 
Compact (BioMerieux, Fransa) otomatize sistemi ile tanımlanan Burkholderia
cepacia kompleks izolatları çalışma yapılacak zamana kadar -80°C'de stoklandı. Bu 
mikroorganizmaların tanımlanması için MALDI-TOF MS (EXS 2600, Zybio, Çin) 
ve moleküler yöntemler kullanıldı. Antibiyotik duyarlılık testleri sıvı mikrodilüsyon, 
disk difüzyon ve E-Test yöntemleriyle yapıldı. Duyarlılık sonuçları CLSI (M100-
E33, 2023) rehberine göre değerlendirildi. İzole edilen mikroorganizmaların ait 
oldukları hasta bilgileri hastane bilgi sisteminden elde edildi.
Bulgular: Bu çalışmada, 55 klinik örnekten izole edilen Burkholderia cepacia
kompleks izolatlarının tanımlamasında PZR yöntemi altın standart olarak kabul 
edilmiştir. MALDI-TOF MS yöntemiyle 42 (%76.4) izolat B. cepacia, 2 (%3.6) 
izolat B. cenocepacia ve 9 (%16.4) izolat S. maltophilia olarak tanımlanmış, 2 
(%3.6) izolat tanımlanamamıştır. PZR yöntemiyle yapılan analizlerde ise, 48 (%87.3) 
izolat recA geni pozitif bulunmuş, 7 (%12.7) izolat negatif sonuç vermiştir.
Tüm izolatlar minosiklin, levofloksasin ve trimetoprim-sülfametoksazol 
antibiyotiklerine duyarlı bulunmuştur. Ancak, seftazidim ve meropenem 
antibiyotiklerine karşı direnç oranları farklılık göstermiştir. En yüksek direnç oranları 
tikarsilin-klavulanik asit için gözlenmiştir. Sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile izolatların 
%91.7'si (44 izolat) seftazidime duyarlı, %87.5'i (42 izolat) meropeneme duyarlı
bulunmuştur. Tikarsilin-klavulanik asit antibiyotiğine karşı E-Test yöntemiyle 
izolatların %16.7'si duyarlı (8 izolat) bulunurken, sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle 
%6.3'ü duyarlı (3 izolat) saptanmıştır.
Sonuç: Bu çalışmanın bulguları, Burkholderia cepacia kompleksinin yüksek doğal 
antibiyotik direncine sahip olmasının klinik önemini vurgulamaktadır. Ayrıca, 
kullanılan tanımlama yöntemleri arasındaki tutarsızlıklar, doğru tanı ve tedavi 
stratejilerinin geliştirilmesinde önemli zorluklar yaratabileceğini göstermiştir.
Çalışmada antibiyotik duyarlılık testleri arasında belirgin farklılıklar 
gözlemlenmemiştir. Literatürde bu konuda çeşitli farklılıklar rapor edilmiştir. Bu 
durum, klinik pratiğe yönelik daha tutarlı ve güvenilir yöntemlerin geliştirilmesinin 
önemini göstermektedir.
Anahtar Kelimeler: Antibiyotik direnci, Burkholderia cepacia kompleksi,
Mikrobiyal tanımlama yöntemleri

Abstract:
Objective: Burkholderia cepacia complex species is an opportunistic pathogen that 
causes severe infections especially in individuals with cystic fibrosis and chronic 
granulomatous disease, with high morbidity and mortality in hospitalised and 
immunocompromised individuals. Although biochemical and phenotypic methods 
are used to identify Burkholderia cepacia complex species, these methods are not 
always accurate at the species level. This group of microorganisms can develop 
antibiotic resistance through various virulence and adaptation mechanisms. 
Difficulties in identification and the presence of natural resistance to many 
antibiotics make clinical and laboratory management difficult. For this purpose, it 
was aimed to identify Burkholderia cepacia complex group microorganisms by 
biochemical, automated and molecular methods and to determine their antibiotic 
susceptibilities by different methods and to reveal the most ideal methods for 
microbiological diagnosis and determination of antimicrobial susceptibility. 
Materials and Methods: A total of 55 Burkholderia cepacia complex bacterial 
groups isolated in the last 3 years (2020 - 2023) from various samples of patients 
followed up for diagnosis and treatment sent to the Microbiology Laboratory (Recep 
Tayyip Erdoğan University Faculty of Medicine Training and Research Hospital)
were used. Burkholderia cepacia complex isolates identified by VITEK® 2 Compact 
(BioMerieux, France) automated system were stored at -80°C until the time of the 
study. MALDI-TOF MS (EXS 2600, Zybio, China) and molecular methods were 
used for the identification of these microorganisms. Antibiotic susceptibility tests 
were performed by the liquid microdilution, disc diffusion and E-Test methods. 
Susceptibility results were evaluated according to CLSI (M100-E33, 2023) 
guidelines. Patient information of the isolated microorganisms was obtained from the 
hospital information system.
Results: In this study, the PCR method was considered as the gold standard for the 
identification of Burkholderia cepacia complex isolates isolated from 55 clinical 
samples. By MALDI-TOF MS method, 42 (76.4%) isolates were identified as B. 
cepacia, 2 (3.6%) as B. cenocepacia and 9 (16.4%) as S. maltophilia, while 2 (3.6%) 
isolates could not be identified. In the analyses performed by PCR method, 48 
(87.3%) isolates were positive for recA gene and 7 (12.7%) isolates were negative.
All isolates were susceptible to minocycline, levofloxacin and trimethoprimsulfamethoxazole antibiotics. However, resistance rates to ceftazidime and 
meropenem antibiotics differed. The highest resistance rates were observed for 
ticarcillin-clavulanic acid. By the liquid microdilution method, 91.7% (44 isolates) of 
the isolates were susceptible to ceftazidime and 87.5% (42 isolates) were susceptible 
to meropenem. While 16.7% (8 isolates) of the isolates were susceptible to 
ticarcillin-clavulanic acid antibiotic by E-Test method, 6.3% (3 isolates) were 
susceptible by liquid microdilution method. 
Conclusion: The findings of this study emphasise the clinical significance of the 
high natural antibiotic resistance of the Burkholderia cepacia complex. Furthermore, 
inconsistencies between the identification methods used showed that it may create 
significant difficulties in the development of accurate diagnostic and therapeutic 
strategies. In this study, no significant differences were observed between antibiotic 
susceptibility tests. Various differences have been reported in the literature in this 
regard. This situation shows the importance of developing more consistent and 
reliable methods for clinical practice.
Keywords: Antibiotic resistance, Burkholderia cepacia complex, Microbial 
identification methods