Nörofibromatozis tip 1 olgularında DNA tamir genlerinin ekspresyonunun klinik önemi
Clinical significance of DNA repair genes expressions in neurofibromatosis TYPE 1 cases
Yazar: DUYGU DURSUN
Danışman: PROF. DR. NUR OLGUN
Dokuz Eylül Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: DNA = DNA ; DNA hasarı = DNA damage ; DNA onarımı = DNA repair ; Gen ifadesi = Gene expression ; Nörofibromatozis = Neurofibromatoses

Özet:
Nörofibromatozis Tip 1 Olgularında DNA Tamir Genlerinin Ekspresyonunun
Klinik Önemi
Duygu Dursun
DEÜ, Salık Bilimleri Enstitüsü, Onkoloji Enstitüsü, Temel Onkoloji Bölümü
Yazıma Adresi: Eitim Mah. / Ekrem Güer Sok. / No:42/5 / Murat Öz Apartmanı
Balçova/ZMR
AMAÇ: Nörofibromatozis Tip 1 (NF1), çeitli fenotiplere sahip, sık görülen otozomal
dominant genetik bir hastalıktır. NF1 hastalarının klinik çeitliliinin genetik nedeni
sorgulanmaktadır. DNA onarım genleri DNA? daki hataların onarımından sorumludur.
Biz DNA onarım genlerinin ekspresyonunu ve onların NF1 hastalarındaki klinik
önemini nörofibrom, hamartomatöz lezyon, dier tümörler ya da ailesel NF1 varlıı ile
karılatırarak analiz etmeyi amaçladık. Bu çalımanın dier amacı gen
ekspresyonları ile klinik bulgular arasında iliki olup olmadıını belirlemekti.
METOD: NF1? li hastalar ve NF1 ile birlikte malignitesi olan hastalar çalımaya
alındı. Kontrol grubu olarak da benzer ya grubundaki her hangi bir hastalıı
olmayan çocuklar ve NF1 ile ilgisi olmayan maligniteli olgular oluturdu. Çalıma
toplam 46 olgu içermekteydi: 36 NF1 hastası (30 çocuk; 6 ebeveyn), hiç bir hastalıı
olmayan 8 kontrol olgusu, rabdomiyosarkomlu NF1 olmayan 2 kontrol olgusuydu. 8
kontrol olgusunun ya ortalaması 17±7,03 (10-30 ya) (ortanca 13 ya) idi. NF1
olgularının 17? si kadın 19? u erkekti. NF1? li olgularımız için tanı anındaki ya
ortalaması 10,08±8,86 (9 ay- 38 ya) (ortanca 8 ya) iken hastalarımızın çalımaya
alınan ebeveynlerinin ya ortalaması 40,50±1,22 (39-42 ya) (ortanca40 ya) idi. 36
hastanın, 17? si nörofibromlu, 17? si hamartomatöz lezyonluydu. 1 hastada
rabdomiyosarkom gözlenmi, 1 hasta meme kanseri ve 4 hasta da optik gliomluydu.
Her bir hasta ve kontrol grubundan periferik kandan mononükleer hücre izolasyonu
yapıldı. RNA izolasyonu ve cDNA dönüümünden sonra, her bir olguda Real-Time
PCR ile DNA onarımı ile ilikili 84 genin ekspresyonu (standart array, SABiosciences)
belirlendi. Ekspresyonların kontrol grubuna göre kat deiiklikleri ve T test ile p
deeri karılatırmalı gruplarda deerlendirildi.
BULGULAR: Aratırma grubunu 36 NF1 hastası, kontrol grubunu ise 8 salam çocuk
ve 2 adet de NF1 ile ilikisi olmayan maligniteli olgu (rabdomiyosarkom)
oluturmaktadır. NF1 olgularında, PNKP, RAD18, XAB2, XRCC3, XRCC4 ve XRCC5
genlerinin ekspresyonu kontrol grup ile karılatırıldıında azaldı (p<0.05, T test).
Nörofibromlu NF 1 olgularında, nörofibromsuz NF 1 olgularıyla karılatırıldıında
POLB ekspersyonu artarken; ERCC3,LIG1,MGMT, MRE11A, MPG, MSH6, PARP2,
PRKDC, RAD51B, RAD52, RPA3, SMUG1, TREX1, UNG ekspresyonu azaldı.
RAD18 ailesel NF 1 varlıında ekspresyonu azalmı ve istatistiksel olarak önemli
olduu saptandı. Malign tümör olgularında NF 1? li ya da NF 1? siz gruplar
karılatırıldıında gen ekspresyonunda kat deiiklikleri vardı. DDB2, MGMT,
MLH1, POLB UNG, XPA ekspresyonları arttı. NF 1?li RMS olgusu ile NF 1? siz RMS
olguları karılatırıldıında DDB2, MGMT, MLH1, POLB, UNG, XPA olmak üzere 6
genin ekspresyonu 10 kattan fazla arttı.
SONUÇ: Bulgularımız NF 1 olgularındaki klinik bulguları öngörmek için DNA onarım
sistemi ilikili gen ekspresyon deiikliklerinin rolü olabileceini göstermitir.
ANAHTAR SÖZCÜKLER: Nörofibromatozis Tip 1, DNA onarım genleri, klinik iliki

Abstract:
Clinical Significance of DNA Repair Genes Expressions in Neurofibromatosis
Type 1 Cases
Duygu Dursun
DEU, Institute of Health Sciences, Oncology Institute, Fundamental Oncology
Departure
Corresponding Adress: Egitim Quarter/ Ekrem Guer street No:42/5
Murat Oz Apartment Balcova IZMIR/ TURKEY
OBJECTIVE: Neurofibromatosis Type 1 (NF1) is a a common autosomal dominant
genetic disorder that has a variable phenotype. The genetical causes of clinical
variability of NF1 patients is questioned. DNA repair genes are responsible for
proofreading the missing in the DNA. We aimed to analyze expression of DNA repair
genes and their clinical significance in NF1 patients; comparing exsistance of
neurofibroma or hamartomatous lesions or other tumours or existance of NF1 in the
family. The other aim of this study was to determine whether any relationship
between gene expressions and clinical findings.
METHOD: NF1 patients and malignancy with NF1 pateints were included and in this
study. In the control gruop children that they are in the similar age group and they
have no disease and no malignacy group were included. This study included total 46
cases. 36 NF1 patients (30 children; 6 parents), 8 control cases without any disease,
two control cases with rhabdomyosarcoma without NF1 were included in this study.
The mean age of control group was 17±7,03 (10-30 age) (median 13 age). In the
NF1 pateints gruop 17 of them are female, and 19 are male. The mean age at
diagnosis is 10,08±8,86 (9 months- 38 age)(median age 8) for children and
40,50±1,22 (39-42 age) (median age 40) for parents. Among 36 patients, 17 had
neurofibromas, 17 had hamartomatous lesions. Rhabdomyosarcoma (RMS) was
observed in one patient, breast cancer in one patient and four patients suffered optic


glioma. Peripheral blood was obtained from each cases and mononuclear cells were
separated. After RNA isolation and cDNA converting, expressions of 84 genes
related with DNA Repair in standard array (SABiosciences) were determined by
Real-Time PCR for each case. Fold changes and p values compared with control
groups and fold changes evaluated with T test and p value in the comperative
groups.
RESULTS: 36 NF1 patients, 8 healty children as a control and 2 cases no NF1
realtionship with malignancy (rhabdomyosarcoma) were included in the study group.
In NF1 cases PNKP, RAD18, XAB2, XRCC3, XRCC4 and XRCC5 genes were
downregulated compared with control group. In NF1 cases having neurofibromas,
POLB was overexpressed; while ERCC3, LIG1, MGMT, MRE11A, MPG, MSH6,
PARP2, PRKDC, RAD51B, RAD52, RPA3, SMUG1, TREX1, UNG were
downregulated compared with the NF1 cases without neurofibromas (p<0.05, T test).
RAD18 is the downregulated and statistical significant gene for existance of NF1 in
the family. There are gene expression fold change differences determined when
malign tumor cases with/without NF1 were compared. DDB2, MGMT, MLH1, POLB
UNG, XPA are increased.
CONCLUSION: Our results may point toward a role of gene expression changes of
DNA repair system to be predictive for clinical manifestations in NF1 cases.
KEY WORDS: neurofibromatosis type 1, DNA repair genes, clinical relationship