Kronik lenfositik lösemi B hücreleri ve normal B hücrelerinin karşilaştirmali proteomik analizi ile yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi
Determination of new biomarkers by comparative proteomic analysis of chronic lymphocytic leukemia B cells and normal B cells
Yazar: AYŞE CANER
Danışman: PROF. DR. AYFER HAYDAROĞLU
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2019
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: Apolipoproteinler E = Apolipoproteins E ; Biyobelirteçler = Biomarkers ; Biyoinformatik = Bioinformatics ; Lösemi = Leukemia ; Lösemi-lenfositik-kronik-B hücreli = Leukemia-lymphocytic-chronic-B-Cell ; Mikrodizilim analizi = Microarray analysis ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Proteomikler = Proteomics ; Tanı koyma =

Özet:
Kronik Lenfositik Lösemi (KLL) batı ülkelerinde en yaygın olarak görülen erişkin lösemi tipi olup geniş bir klinik spektrum gösteren heterojen bir B hücresi kanseridir. 
KLL hastalarında genomik değişiklikler büyük oranda bildirilmiş ve genomik-transkriptomik teknikler hastalığın tedavisi, prognozu, sınıflaması ve progresyonu ile ilgili yönleri incelemek için temel bir araç olarak kullanılmıştır. Bununla birlikte, gen ekspresyonu her zaman B hücresindeki proteinlerin ekspresyonunu gerçekten temsil etmediği için proteomik yaklaşımlar konusunda ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu tez çalışmasında, DNA-bazlı protein afinite reaktifleri kullanılarak karşılaştırmalı proteomiks analizler ile KLL hastası ve sağlam kişilerin B hücre örnekleri arasındaki proteom seviye farklılıklarının saptanması ile bu proteinlerin etkin olduğu metabolik yolakların, hastalığın tanı ve tedavisinde kullanılabilecek biyobelirteçlerin ve yeni ilaç hedeflerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Proteomik test platformu ile 1129 protein araştırılmış ve 132 proteinin ekspresyon seviyesinin anlamlı olarak değiştiği saptanmıştır. Bu proteinlerin içinde en anlamlı seviyede azalan ve artan proteinlerin validasyonu moleküler testler ile yapılmıştır. Bulgular KLL hastaların ve sağlam kişilerin B hücre örneklerinde belirgin bir proteom farklılıkların olduğunu göstermiştir. Analizler ile en anlamlı oranda değişen proteinler içinden başta APOE4 ve ACY1 olmak üzere SPOCK2, GZMH, GNLY, ANXA1, LTA4H, CST2, CST6, PROS1, F9 ve THBS1 proteinlerin KLL tanısında biyobelirteç için aday olabileceği tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmada farklı biyoinformatik araçların kombine olarak kullanılması ile proteinlerin ekspresyon seviyelerindeki farklılıklar KLL hastalığı'nın LXR/RXR sinyal yolağı ve trombosit mekanizması ile ilişkili değişikliklerle bağlantılı olabileceğini göstermiştir.

Abstract:
Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is a heterogeneous B cell carcinoma that is the most common type of adult leukemia in western countries with a broad clinical spectrum. Genomic changes have been reported to a large extent in CLL patients and genomic-transcriptomic techniques have been used as a basic tool to study aspects of the treatment, prognosis, classification and progression of the disease.  However, further studies are needed on proteomic approaches since gene expression does not always represent the expression of proteins in B cell. In this thesis, we aimed to determine the biomarkers that can be used in the diagnosis and treatment, new drug targets and metabolic pathways in which these proteins are effective by identifying the proteomic level differences between the KLL patient and the B cell samples of the intact individuals by using DNA-based protein affinity reagents by comparative proteomics analyzes. 1129 protein was investigated with proteomic test platform and it was determined that the expression level of 132 protein significantly changed. Among these proteins, The most significant decreased and increased proteins were validated by molecular tests. The findings showed that there was a significant difference in proteome differences between CLL patients and intact B cell samples. It has been determined that SPOCK2, GZMH, GNLY, ANXA1, LTA4H, CST2, CST6, PROS1, F9 and THBS1 proteins were found to be candidates for biomarkers in the diagnosis of CLL, mainly APOE4 and ACY1. among proteins that change most significantly with the analyzes. In addition, the differences in expression levels of proteins have shown that CLL disease may be associated with changes associated with LXR/RXR signaling pathway and platelet mechanism by the use of different bioinformatics tools.