Gökkuşağı alabalıklarından (Oncorhynchus mykiss) izole edilen Lactococcus spp. izolatlarının API 20 strep testi ile tanımlanması
Identification of Lactococcus spp. strains, isolated from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), by API 20 strep test
Yazar: MUHAMMED YAĞMUR
Danışman: PROF. DR. FİKRİ BALTA
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: Lactobacillus = Lactobacillus ; Lactococcus garvieae = Lactococcus garvieae ; Test sistemleri = Test systems

Özet:
Doğu Karadeniz Bölgesindeki 6 farklı gökkuşağı alabalık işletmesinden 2019-2021 yılları arasında kok enfeksiyonu şüphesi ile Fakültemiz Hastalıklar Laboratuvarına getirilen gökkuşağı alabalık örneklerinden izole edilen bakteri izolatları bu tez çalışmasında kullanıldı. Bu tez çalışması kapsamında alabalık üretim çiftliklerinden laboratuvara gönderilen tipik hastalık  semptomları gösteren balık numunelerinden izole edilen bakteri 25 izolatı kullanıldı. Hastalık etkenlerin tanımlanmasında moleküler, histolojik ve serolojik yöntemler dışında özellikle biyokimyasal metotlar oldukça yaygındır. Lactococcus garvieae bakterisi son yıllarda gökkuşağı alabalıklarından izole edilen ve tanımlamada bazı hataların yapıldığı bir türdür. Biyokimyasal tanımlamada gram pozitif olan bu bakteri için API 20 Strep tanımlama kiti kullanılmaktadır. Bu kitin kullanımında inkübasyon sıcaklığındaki farklılıklar, bakteri üreme problemleri gibi sorunlar nedeniyle hatalı sonuçlar oluşabilmektedir. Bu tez çalışmasında API 20 Strep testi yapılan izolatların çoğunluğu 7143111 ve 7143511 profili gösterdiği görüldü. Referans suşu ile birebir uyuşan bir izolatın (D-372) olduğu tespit edilmiştir. Gökkuşağı alabalıklarından elde edilen izolatların antimikrobiyal ajanlara direnç ve hassasiyetlerini belirlemek için disk diffüzyon yöntemi ile antibiyogram testi uygulanmıştır. Yapılan test sonucuna göre tüm izolatların Sulfamethoksazol ve Streptomisin'e %100 dirençli olduğu gözlenmiştir. Lactococcus spp. izolatlarına karşı Amoksisilinin %100, Doksisiklinin %76, Florfenikolun %64 tesirli olduğu gözlendi.

Abstract:
Bacterial isolates isolated from rainbow trout samples brought to the Diseases laboratory of our Faculty between 2019-2021 from 6 different rainbow trout farms in the Eastern Black Sea Region were used in this thesis study. Within the scope of this thesis, 25 bacterial isolates isolated from fish samples showing typical disease symptoms sent to the laboratory from trout farms were used. Apart from molecular, histological and serological methods, especially biochemical methods are quite common in the identification of disease agents. Lactococcus garvieae is a species that has been isolated from rainbow trout in recent years and some mistakes have been made in its identification. API 20 Strep identification kit is used for this gram positive bacteria in biochemical identification. In the use of this kit, erroneous results may occur due to problems such as differences in incubation temperature and bacterial growth problems. In this thesis study, it was seen that the majority of isolates tested for API 20 Strep showed 7143111 and 7143511 profiles. It was determined that there was an isolate (D-372) that exactly matched the reference strain. In order to determine the resistance and susceptibility of isolates obtained from rainbow trout to antimicrobial agents, antibiogram test was applied by disc diffusion method. According to the test results, it was observed that all isolates were 100% resistant to Sulfamethoxazole and Streptomycin. It was observed that Amoxicillin was 100%, Doxycycline 76%, Florfenicol 64% effective against Lactococcus spp. isolates.