Çeşitli klinik örneklerden izole edilen vankomisine direçli enterokok suşlarının fenotipik ve genotipik değerlendirilmesi
Phenotypic and genotypic evaluation of vancomycin-resistant enerococcal strains isolated from various clinical specimens
Yazar: SEMRA BİLEN
Danışman: DOÇ. DR. MEHMET PARLAK
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Enterococcus = Enterococcus ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; Vankomisin = Vancomycin ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Çalışmada çeşitli klinik örneklerinden elde edilen Vankomisine dirençli Enterokok suşlarında (VRE) fenotipik olarak vankomisin ve teikoplanin direnci belirlenmiş ve genotipik yöntemlerle VanA, VanB ve VanC varlığı araştırılmıştır. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2015-2018 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen Vankomisine dirençli 30 Enterococ spp. (VRE) suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi için otomatize sistem kullanılmıştır. Vankomisine ve teikoplanin direnci gradient test yöntemi ile belirlenmiştir. Direnç genleri, uygun primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile araştırılmıştır. İdentifikasyon tesleri sonucunda suşların 29'u E. faecium, bir tanesi E. faecalis olarak tanımlanmıştır. Otomatize identifikasyon sistemi ile suşların tümü vankomisin ve teikoplanine karşı dirençli bulunurken gradient test yöntemi izolatların üç tanesi duyarlı olarak bulunmuştur. Bu üç suşta moleküler yöntemle VanA, VanB ve VanC'nin hiçbirisine rastlanmamıştır. Moleküler yöntemle 27 suşta VanA, bir suşta VanB geni saptanırken hiçbir suşta VanC genine rastlanmamıştır. Enterokok izolatlarında vankomisin direncinin tespitinde Gradient test ve moleküler yöntemle direnç gen tespitinin %100 uyumlu olduğu görülmüştür. Klinik mikrobiyoloji laboratuarında enterokok izolatlarının glikopeptit direncinin saptanmasında Gradient test yöntemi çok önemli bir tarama testi olarak kullanılabilir.


Anahtar kelimeler: Vankomisine dirençli Enterokok, Gradient test, VanA, VanB ve VanC.

Abstract:
. In this study, vancomycin and teicoplanin resistance were determined phenotypically in Vancomycin resistant Enterococcus strains (VRE) obtained from various clinical samples and VanA, VanB and VanC were investigated by genotypic methods. 30 Vancomycin-resistant Enterococ spp. Strains isolated from various clinical specimens at Van Yuzuncu Yil University Faculty of Medicine Hospital Microbiology Laboratory between 2015 and 2018. (VRE) strain was included in the study. Automated system was used for identification of strains and determination of antibiotic resistance. Vancomycin and teicoplanin resistance were determined by gradient test method. Resistance genes were investigated by in-house PCR using appropriate primers. As a result of identification tests, 29 strains were identified as E. faecium and one as E. faecalis. While all strains were resistant to vancomycin and teicoplanin by the automated identification system, three of the isolates with gradient test method were found to be sensitive. Molecular method of these three strains VanA, VanB and VanC. It has not been demonstrated. While VanA gene was detected in 27 strains and VanB gene was detected in one strain, VanC gene was not detected in any strain. Resistance gene detection by Gradient test and molecular method was found to be 100% compatible with vancomycin resistance in enterococci isolates. Gradient test method can be used as an important screening test in the determination of glycopeptide resistance of enterococcal isolates in clinical microbiology laboratory


Anahtar kelimeler: Vancomycin resistant Enterococci, Gradient test, VanA, VanB and VanC.