Kolon karsinoma doku ve hücrelerinde URG-4/URGCP geninin proliferatif ve metastatik genlerle ilişkisi
The relationship of URG-4/URGCP gene with proliferativ and metastatic genes in colon carsinoma tissues and cells
Yazar: TUNZALA ABDUSALAMOVA
Danışman: PROF. DR. FERAY KÖÇKAR ; DR. ESRA TOKAY
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Karsinoma = Carcinoma ; Sıçrama = Jump ; İntestinal hastalıklar = Intestinal diseases

Özet:
URG-4/URGCP'nin, kolon kanseri hücreleri ve dokularında yapılmış herhangi bir çalışma mevcut değildir. Bu amaçla çalışmalarımızda 15 adet taze kolon kanserli ve normal kolon dokularından RNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Hem URG-4/URGCP geninin hem de metastatik marker genlerin ifadesi mRNA düzeyinde qRT-PCR metodu ile araştırılmıştır. Hücre çalışmalarında ise kolon kanseri hücreleri (HT-29) kullanılmıştır. İlk olarak, URG-4/URGCP geninin ifadesi, shRNA vektör uygulama çalışmalarıyla kolon kanseri hücrelerinde susturulmuştur. mRNA ve protein düzeyinde genin susturulduğu doğrulanmıştır. Susturulmuş ve normal kolon kanseri hücrelerinde koloni formasyon ve yaralanma deneyleri gerçekleştirilmiştir. Aynı zamanda proliferatif kabiliyetinin belirlenmesi amacıyla MTT deneyleri yapılmıştır. URG-4/URGCP
geni susturulmuş olan ve normal kolon kanseri hücreleri kullanılarak, URG-4/URGCP geninin metastatik ve proliferatif marker genlerle (osteopontin, vimentin, E-kaderin, twist, p27 ve siklinD1) ilişkisi analiz edilmiştir. Bu analiz mRNA (qPCR) ve protein seviyesindewestern blotlama yöntemi ile yapılmıştır. Çalışmalarımız sonucunda URG-4/URGCP geninin tümörlü dokularda normal dokulara kıyasla ifadesinin arttığı, diğer genler için ise kişisel gen farklılıkların olmakla beraber genel olarak vimentin, E-kaderin, twist gen ifadelerinde artış, osteopondin ifadesinde ise azalış gözlemlenmiştir. URG-4/URGCP geninin susturulması hücrenin koloni formasyon oluşturma kabiliyetini azalttığı, proliferasyon ve metastatik kabiliyetini etkilemediği bulunmuştur. Metastatik marker primerler olan vimentin, E-kaderin, twist ifadelerinde azalış
gözlemlenmiştir. p27 ve siklinD1 gen ifadeleri de azalış göstermiştir.

ANAHTAR KELİMELER: URG-4/URGCP, kolon karsinoma, metastaz

Abstract:
There are no studies of URG-4/URGCP in colon cancer cells and tissues. For this purpose, RNA was isolated from 15 fresh colon cancer and normal colon tissues in our studies. Expression of both URG-4/URGCP gene and metastatic marker genes were
investigated at the mRNA level by qRT-PCR method. Colon cancer cells (HT-29) were used in cell studies.First, expression of the URG-4/URGCP gene was silenced in colon cancer cells by shRNA vector application studies.Gene silencing was confirmed at the mRNA and protein level. Colony formation and injury assays were performed on silenced and normal colon
cancer cells. At the same time, MTT experiments were carried out to determine its proliferative ability.The association of the URG-4/URGCP gene with metastatic and proliferative marker genes (osteopontin, vimentin, E-caderin, twist, p27, and cyclin D1) was analyzed using URG-4/URGCP gene silenced and normal colon cancer cells. This analysis was performed by mRNA (qPCR) and protein level dewestern blotting. As a result of our studies, an increase in the expression of the URG-4/URGCP gene in tumor tissues compared to normal tissues, and an increase in vimentin, E-cadherin, twist gene expressions and a decrease in osteopondin expression were observed in general, although there are individual gene differences for other genes. It was found that silencing the URG4/URGCP gene reduces the cell's ability to form colonies, but does not affect its proliferation and metastatic ability. A decrease was observed in the expression of metastatic marker primers vimentin, E-cadherin, twist. p27 and cyclin D1 gene expressions also decreased.

KEYWORDS:URG-4/URGCP, Colon carcinoma, metastatic, HT-29