Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesinde kan kültürlerinden izole edilen bakteriler ve antimikrobiyal direnç durumlarının irdelenmesi
Investigation of bacterial pathogens isolated from blood cultures and antimicrobial profile in Gulhane Training and Research Hospital
Yazar: VALBONA MATAJ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA GÜNEY
Sağlık Bilimleri Üniversitesi / Gülhane Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriler = Bacteria ; Enfeksiyon = Infection ; Kan kültürü = Blood culture ; Sepsis = Sepsis ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesinde Kan Kültürlerinden İzole Edilen Bakteriler ve Antimikrobiyal Direnç Durumlarının İrdelenmesi


Kan dolaşımı  enfeksiyonları  (KDE)  sağlık  hizmetleri  ile  ilişkili  mortalite ve morbiditenin  başlıca  nedenlerindendir.  Kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmaların sıklığının ve antibiyotik duyarlılıklarının incelenmesi, klinisyenlere hastaların ampirik tedavisine ilişkin bilgiler sağlayabilmektedir. Çalışmanın amacı Ocak 2007- Aralık 2016 tarihleri arasında Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesinde kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmaların sıklığının ve antimikrobiyal ajanlara duyarlılığının araştırılmasıdır. Kan kültürleri BACTEC/9050 (Becton Dickinson, Maryland, ABD) (2007-2015) ve Bact/Alert (bio-Merieux, Fransa) (2014-2016)  otomatize sistemlerinde inkübe edildi.  Besiyerlerinde üreme gözlenen mikroorganizmaların tanımlanmasında PhoenixTM 100 otomatize sistemi  (BD Phoenix System,  Becton Dickinson,  ABD) (2007-2014) ve MALDI-TOF MS (Bruker, Almanya) (2015-2016) ile konvansiyonel yöntemler kullanıldı.  Antibiyotik duyarlılık testleri, Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) (2007-2014) ve European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) (2015-2016) ölçüt doğrultusunda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ve PhoenixTM 100 otomatize sistemi (BD Phoenix System, Becton Dickinson, ABD) ile yapılmıştır. Çalışma sürecinde 31380 kan kültürü örneğinin 7367'si (%23,5) pozitif sonuçlanmıştır. Bu pozitifliklerin dışında, 503 (%6,4) kan kültürü örneğine ait üreme sonucu kontaminasyon olarak değerlendirilmiştir ve çalışma dışı bırakılmıştır.
İzole edilen 7367 mikroorganizmanın 3680  (%50,0)'i Gram-negatif bakteri, 3303 (%44,8)'i Gram-pozitif bakteri ve 384 (%5,2)'i mantar olarak tanımlanmıştır. Gram pozitif mikroorganizmalardan en sık koagülaz negatif stafilokoklar  (KNS)  (n=2075; %28,2),  gram negatiflerden ise en sık E.coli (n=978; %13,3) tespit edilmiştir. S.aureus suşlarının %31,7'si ve KNS'lerin  %90,3'ü metisilin dirençli olarak belirlenmiştir. Enterococcus türleri içinde sadece 75 izolat (%12,1) vankomisine dirençliydi. E. coli suşlarının %40,6'sında, Klebsiella spp. suşlarının %30,7'sinde GSBL (Genişlemiş Spektrumlu Beta Laktamaz) tespit edilmiştir.
İzolasyon oranı açısından ilk beş yıl ve son beş yıl kıyaslandığında, anlamlı derecede farklılık bulunan üç bakterinin (Acinetobacter spp., Enterococcus spp. ve Streptococcus spp.) sadece bir tanesinin (Enterococcus spp.) izolasyonunda artış görülmüştür. Ayrıca bazı bakterilerin belirli antibiyotiklere karşı dirençleri (Klebsiella türlerinde karbapenem direnci ve Enterococcus türlerinde vankomisin direnci gibi) ilk ve son beş yıl olarak kıyaslandığında kaygı verici gelişmeler olarak değerlendirilmiştir.

Anahtar kelimeler: Kan kültürü,  antimikrobiyal direnç,  kan dolaşımı enfeksiyonu.

Abstract:
Investigation of Prevalance of Bacterial Pathogens from Blood Cultures and Evalution of Antimicrobial Resistance Rates in Gulhane Training and Research Hospital



Bloodstream infections  (BSIs)  are one of the major causes of healthcare-associated morbidity  and  mortality. Investigation of prevalance on isolated microorganisms from blood cultures and antibiotic susceptibilities may give the physicians information about empiric therapies that are applied to the patients.  The aim of this study is to investigate the prevalance of the microorganisms isolated from blood cultures and to evaluate susceptibilities to antimicrobial agents in Gulhane Training and Research Hospital. Blood cultures were incubated in BACTEC/9050 (Becton Dickinson, Maryland, USA) (2007-2015) and Bact/Alert (bio-Merieux, France) (2014-2016) automated systems. PhoenixTM 100 automated system  (BD Phoenix System,  Becton Dickinson,  USA) (2007-2014), MALDI-TOF MS (Bruker, Germany) (2015-2016) and conventional techniques were used for identification of isolated microorganisms. According to Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) (2007-2014) and European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) (2015-2016) criteria, Kirby-Bauer disc diffusion method and PhoenixTM 100 automated system (BD Phoenix System, Becton Dickinson, USA) were applied for antimicrobial susceptibility testing. From the overall evaluated 31380 blood cultures, 7367 cultures (23.5%) were positive. Except these positive cultures, other 503 blood cultures (6.4%) were interpreted as contamination and excluded from the study.
Of 7367 isolated microorganisms, 3680 (50.0%) of them were gram negative bacteria, 3303 (44.8%) of them were gram positive bacteria and 384 (5.2%) of them were fungi. Coagulase negative staphylococci (CoNS) were predominantly isolated (n=2075; 28.2%) among gram positives, E.coli (n=978; 13.3%) was the most isolated microorganism among gram negatives. 90.3% of CoNS and 31.7% of Staphylococcus aureus were methicillin resistant. Only 75 strains of Enterococcus spp. (12.1%) were vancomycin resistant. Extended spectrum beta lactamase (ESBL) were detected in 40.6% of E. coli strains and 30.7% of Klebsiella spp.
Only one genus (Enterococcus spp.) of three major bacteria (Enterococcus spp., Acinetobacter spp., Streptococcus spp.), which were isolated significantly different between the first and the last five-year period,  showed increased isolation rates. It is also stated that arising condition of antimicrobial resistance rates of some strains to especially some particular antimicrobials while comparing between the first and the last five year-period was interpreted as very threatening and concerning.  

Keywords: Blood cultures, antimicrobial resistance, bloodstream infections