Yanık ve solunum sıstemı enfeksıyonlarından ızole edilen staphylococcus aureus'takı iki vırülans faktör geninin moleküler çalışması
Molecular study of two virulence factors genes in staphylococcus aureus isolated from burn and respiratory system infections
Yazar: MUTHANNA SHAREEF TAHIBUL AL RADHI
Danışman: DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology
Dizin: Dizi analizi-DNA = Sequence analysis-DNA

Özet:
Bu çalışma, aşağıdakileri izole etmeyi ve tanımlamayı amaçlamaktadır: S.aureus'un yanık ve bademcik iltihabı örneklerinden toplanan klinik izolatları, S. aureus genlerinin polimeraz zincir reaksiyon tekniği (PCR) ile araştırılması, S. aureus'un kümelenme faktörü A (clfA) ve fibronektin bağlayıcı protein A (fnbA) genlerinin genetik polimorfizmlerinin belirlenmesi. Gözlemlenen varyantlar, ilgili genomik DNA dizileri içindeki konumlarına göre lokalize edilmiştir. Bu çalışma, Irak'ın Thi-Qar eyaletindeki Al-Hussein Eğitim Hastanesinde Şubat-Temmuz 2020 döneminde yanık hastalarından ve bademcik iltihabı olan hastalardan alınan sürüntülerden toplanan 80 sürüntüyü içermektedir. Staphylococci'nin tam izolatları mikroskobik, morfolojik ve biyokimyasal testlerle tanımlanır. Mannitol tuzlu agarda sadece 65 izolat (% 81,25) pozitif üreme gösterdi ve S. aureus tanısı aldı. Sonuçlar, S. aureus oranının yüksek olduğunu ve en yüksek sonuçların (≤ 10 yaş) yaş grubunda kayıt altına alındığını açıklarken, yanık ve bademcik iltihabı örneklerinde en düşük sıklığın 2 (% 2,5) ile (51-60 yaş) yaş grubundaki hastalarda görüldüğü tespit edilmiştir. Moleküler tanı sonuçları, S. aureus'un % 81.54'ünün A genine sahip olduğunu, fnb geninin prevalansının ise % 18.46 olduğunu göstermiştir. Clf A ve fnb genlerinin yüzdesi, izolasyon bölgesi ile ilişkili olarak farklılık gösterir; bu, izolatların % 82.86'sına bölünmüştür ve izolatların % 80'i yanık ve bademcik iltihabı örneklerinin clf A geni için pozitif sonuçlar verirken, fnb geni % 20 ve 16.67'ye bölünmüştür. Yanıktan 7/35, yanık ve bademcik iltihabı örneklerinden 5 / 30'a bölünmüştür. Mevcut sonuçlar, clfA geninin büyütülmüş 288 bp fragmanında saptanabilir herhangi bir nükleik asit varyasyonunun olmadığını göstermektedir. Bununla birlikte, fnbA geninde birkaç mutasyon tanımlanmaktadır. Hem üretilen clfR tabanlı hem de fnbA tabanlı filogenetik ağaçlar, incelenen her iki numuneye göre doğru konumlandırmayı göstermektedir. Bu kapsamlı ağaçlar, belirlenen mutasyonları ilgili organizmalarla paylaştırmak için yapılmıştır. Halihazırda inşa edilen filogenetik, S. aureus örneklerinin doğru konumlandırılması ve ilgili dizileri açısından bilgilendirici kapsamlı veriler sağlar. Bu nedenle, hem üretilen clfA tabanlı hem de fnbA tabanlı filogenetik ağaçlar, incelenen örnekler arasındaki filogenetik ilişkiler açısından doğrulanmış bir kimlik sağlar.

Abstract:
The present study is aimed at isolating and identifying: the clinical isolates S. aureus collectng from burn and tonsillitis samples, investigating two virulence factors genes of S.aureus by polymerase chain reaction technique (PCR) technique, identifying the genetic polymorphisms of the clumping factor A (clfA) and fibronectin-binding protein A (fnbA) genes in the of S. aureus. The observed variants have been localized according to their positions within the referring genomic DNA sequences. The current study includes 80 swabs that are collected from burn patients and swabs extracting from patients with tonsillitis during the period from February to July 2020 at Al-Hussein Teaching Hospital in Thi-Qar province, Iraq. The complete isolates of Staphylococci isidentified by microscopic, morphological, and biochemical tests. Only 65 isolates (81.25 %) have showed positive growth on mannitol salt agar and diagnosed as S. aureus. The results explain a high rate of S. aureus and they are registered in the age group of (≤ 10 years), while the lowest frequency for burn and tonsillitis samples  has observed in (51-60 years) age group of with 2 (2.5 %) patients. The results of molecular diagnosis have displayed that 81.54 % of S. aureus isolates and have clf A gene, while the prevalence of fnb gene is 18.46 %. The percentage of clf A and fnb genes relates with site of isolation is differenced, which has been divided to 82.86 % and 80 % of isolates recovers from burn and tonsillitis samples gaving positive results for clf A gene, while fnb gene present in 20 % and 16.67 %, which divides to 7/35 from burn and 5/30 from burn and tonsillitis samples. The current results indicate the absence of any detectable nucleic acid variations in the amplified 288 bp fragment of the clfA gene. Meanwhile, several mutations are identified in the fnbA gene. Both generated clfR-based and fnbA-based phylogenetic trees indicate accurate positioning with regard to both investigated samples. These comprehensive trees have been constructed to allocate the identified mutations with their related organisms. The currently constructed phylogenetic provides informative comprehensive data, in terms of the accurate positioning of S. aureus samples and their relative sequences. Therefore, both generated clfA-based and fnbA-based phylogenetic trees provide a confirmed identity with respect to the phylogenetic relationships among the investigated samples.