Hıyar mozaik virüsü (CMV)'nün kavun (CMV-K), domates (CMV-D), biber (CMV-B) izolatlarının biyolojik, serolojik, moleküler yöntemlerle karakterizasyonu ve satellit-RNA'lerin virüs üzerindeki etkisi
Characterization of melon (CMV-K), tomato (CMV-D), pepper (CMV-B) isolates of cucumber mosaic virus (CMV) by biological, serological, molecular methods and effect of satellite-RNAs on virus
Yazar: BEHÇET KEMAL ÇAĞLAR
Danışman: PROF. DR. MEHMET ASİL YILMAZ
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Domates = Tomato ; Hıyar mozaik virüsü = Cucumber mosaic virus ; Kavun = Melon

Özet:
Hıyar Mozaik Virüsü (CMV) Bromoviridae familyası içerisinde Cucumoviruscinsinin en önemli üyelerinden birisidir ve IA, IB ve II olarak üç alt grup içerisindeçok çeşitli ırklara sahiptir. CMV konukçu dizisi geniş bir virüs olup 85 familyaiçerisinde 1000'den fazla bitkiyi enfekte edebilmektedir. Ayrıca CMV satellit-RNA'ler için yardımcı virüs olarak rol almaktadır.Araştırma Adana, Mersin, Hatay ve Şanlıurfa illerinde üretimi yapılan kavun,domates ve biberlerde zararlı CMV izolatlarının tanımlanmaları, sınıflandırılmaları,çoğalttıkları satellit-RNA'lerin büyüklerini ve satellit-RNA'ların virüs üzerindekietkisini araştırmak amacıyla yapılmıştır.Yapılan surveylerle toplanan örnekler ELISA ile testlenmiş ve CMV ileenfekteli oldukları belirlenen kavun, domates ve biber bitkilerinden alınan örneklermekanik inokulasyon yöntemi ile test bitkileri dahil olmak üzere kavun, domates,biber bitkilerine de aşılanmıştır. CMV izolatları enfekteli bitkilerden arılaştırılarakvirionların elektrik ortamındaki hareket hızları kontrol edilmiştir. İzolatların RNA-1,RNA-2, kılıf proteini ve 2a proteinini kodlayan genleri üzerinde bazı bölgeler RT-PCR ile çoğaltılmıştır. PCR ürünleri RFLP çalışmasında MluI, Eco RI, Hind III, BamHI ve Msp I endonükleaz restriksiyon enzimleri ile kesilmiş ve agaroz jeldegörüntülenmiştir. Sonuçlar CMV-K, CMV-D ve CMV-B izolatlarının alt grup IA' yaait olduğunu, üç izolatında 700 bp satellit-RNA'ni çoğalttıkları, CMV-K' nın zayıfırk olduğunu ve bu ırkta simptomun satellit-RNA'den kaynaklanabileceğini, CMV-K' nın çapraz koruma (cross-protection)'da kontrol ajanı olarak kullanılabileceğiniortaya koymuştur.Anahtar kelimeler: CMV, RT-PCR, RFLP, Alt grup, Satellit-RNAI

Abstract:
Cucumber Mosaic Virus (CMV) is a member of the genus Cucumovirus inBromoviridae family and has many different strains in the subgroup IA, IB and II.CMV may infect over 1000 plant species in 85 plant families and has a role as helpervirus for satellite-RNA.The research was undertaken to identify and classify CMV isolates in threesubgroups and determine molecular weight, and effects of satellit-RNA on virusinfectivity on melon, tomato and pepper in Adana, Mersin, Hatay and Şanlıurfacities.The collected melon, tomato and pepper samples during the survey of 2003-2006 were tested by ELISA separately and found to be infected with CMV. Laterthese samples were inoculated to indicator plants as well as melon, tomato, pepper.The virions of different CMV isolates were purified from the infected plants andspeed of virions was detected by electrophoresis. Some regions on RNA-1, RNA-2,coat protein and 2a protein genes of different isolates were amplified by RT-PCR.The PCR product fragments were digested by restriction enzymes MluI, Eco RI,Hind III, Bam HI and MspI in RFLP researches and bands observed on agarose gel.The results of research indicated that CMV-K, CMV-D and CMV-B isolatesare belong to subgroup IA. Three of them support satellite-RNA 700bp molecularweight, CMV-K is a mild strain, the reason of symptom expression is the satellite-RNA on CMV-K and this isolates can be used as control agent of cross-protection.Key words: CMV, RT-PCR, RFLP, Subgroup, Satellite-RNA.II