Türkiye'de ekimi yapılan bazı domates tohumları ile taşınan bakteriyel patojenlerin belirlenmesi ve en yaygın patojenin karakterizasyonu
Determination of seed-borne bacterial pathogens and characterization of the most common pathogen from some tomato seeds cultivated in Turkey
Yazar: AYŞEGÜL GEDÜK
Danışman: DOÇ. DR. KUBİLAY KURTULUŞ BAŞTAŞ
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Dünyada yaygın olarak yetiştirilen bir sebze olan domates (Solanum lycopersicum L.), insan sağlıği için önemli bir vitamin ve mineral kaynağıdır. Domatesin sera ve tarla koşullarında ciddi ekonomik kayıplara neden olan en önemli bakteriyel hastalıkları; Pseudomonas syringae pv. tomato (bakteriyel benek), Xanthomonas vesicatoria (bakteriyel leke), Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (bakteriyel kanser ve solgunluk)'dir.  Bu çalışmada, Türkiye'nin 6 bölgesini temsilen 10 farklı ilden 50 domates tohumu örneği toplanmıştır. Tohumlardaki patojenin varlığı HR, patojenite, biyokimyasal, fizyolojik, fenotipik ve moleküler testler kullanılarak belirlenmiştir. Genetik karakterizasyon, spesifik oligonükleotit primerleri, ISSR ve SRAP markerlerı kullanılarak PCR temelli analizlerle yapılmıştır. Yapılan bu çalışmalar sonucunda 10 adet Xanthomonas vesicatoria, 6 adet Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis ve 5 adet Pseudomonas syringae pv. tomato izolatı elde edilmiştir. En yaygın patojen olarak belirlenen X. vesicatoria izolatları arasındaki genetik çeşitliliği belirlemek için yedi ISSR ve dokuz SRAP markerı kullanılmıştır.  Domates çeşitlerinde hastalığa dayanıklılık, her biri spesifik bir patojen veya patojen ırkına dayanıklılık gösteren tekli genlerle ilişkilidir. Bitki patojenlerinde genetik çeşitliliğin belirlenmesi, üreticiler için arzu edilen özelliklerde çeşitlerin geliştirilmesine ve özellikle hastalıklara karşı dayanıklı çeşitlerin elde edilmesine imkan sağlayacaktır.

Abstract:
Tomato (Solanum lycopersicum L.), a widely grown vegetable in the world, is an important source of vitamins and minerals for human health. The most important bacterial diseases of tomato which cause serious economic losses in greenhouse and field conditions; Pseudomonas syringae pv. tomato (bacterial spot), Xanthomonas vesicatoria (bacterial spot), Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (bacterial Canker and wilt). In this study, 50 tomato seed samples representing the 6 regions of Turkey were collected from from 10 different provinces.  Presence of pathogen on seeds was confirmed using HR, pathogenicity, biochemical, physiological, phenotypical and molecular tests. Genetic characterization was performed by PCR-based analysis using specific oligonucleotide primers, ISSR and SRAP markers. As a result of these studies, 10 Xanthomonas vesicatoria, 6 Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis and 5 Pseudomonas syringae pv. tomato isolates were obtained. Seven ISSR and nine SRAP markers were used to determine the genetic diversity among the most common pathogen identified X. vesicatoria isolates. Disease resistance in tomato cultivars is related by single genes, each conferring resistance to a specific pathogen or pathogen race, strain. Understanding of genetic diversity in plant pathogens provides opportunity for plant breeders to develop improved cultivars with desirable characteristics and especially resistant cultivars to diseases.