Zeytin UDP glukoz 4 epimeraz geninin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterisation of olive UDP glucose 4 epimerase gene
Yazar: ÖZGÜN SALI ALPTEKİN
Danışman: PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoloji = Biology

Özet:
Zeytin (Olea europaea L.) yılın tüm zamanlarında yeşil yapraklı, yaklaşık 10 metreye kadar uzayabilen, çalı halli, sık dalları olan bir ağaçtır. Akdeniz iklimine sahip bölgelerde tarıma elverişli olması sebebiyle ülkemize ekonomik olarak fayda sağlamaktadır. Ayrıca sağlık sektöründeki kullanım alanlarının genişliğiyle de değerli bir ağaçtır. Daha önce Balıkesir Üniversitesi Biyoloji Bölümünde yapılan çalışmalar sonucu oluşuturulan Zeytin cDNA kütüphanesinden Yüksek Lisans tez çalışması kapsamında karakterize edilmek üzere cDNA dizisi seçilmiştir. Seçilen dizinin biyoinformatik analizleri ve moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. gDNA dizisi ile yapılan analizlerde zeytin tahmini UDP Glukoz 4 Epimeraz dizisinin en çok Vitis vinifera bitkisine benzediği görülmiştür. Protein dizisi olarak karşılaştırma yapıldığında ise en çok Theobroma cacao bitkisiyle benzerlik gösterdiği görülmüştür. Gen Bankasından diğer bitkilere ait UDP Glukoz 4 Epimeraz cDNA dizileri ile oluşturulan filogenetik ağaçta ise en çok Solanum lycopersicum ve Solanum tuberosum ile benzerlik görülmüştür. Biyoinformatik çalışmalar kapsamında yapılan diğer araştırmalarda genin aminoasit içeriği, hidrofilik özelliği, nükleotit kompozisyonuna (BLAST, BioEdit, FinchTV, Primer3) bakılmıştır. Aminoasit kompozisyonunda en fazla Glisin aminoasitine rastlanmıştır. Genin polimorfizm çalışması UDP Glukoz 4 Epimeraz cDNA dizisi ve gen bankasından diğer bitkilere ait UDP Glukoz 4 Epimeraz cDNA dizileri ile karşılaştırılarak yapılmıştır. Gen ifadesi çalışmalarında cDNA dizisi pLATE51 vektörü kullanılarak E.coli (DH10B ve BL21) bakteri suşlarına transforme edilip, gen ekspresyonu IPTG ile indüklenme sonucu sağlanmıştır. Elde edilen protein Western Blot ile gözlenmiştir. Saflaştırma çalışmalarında ise afiniteye dayalı Ni-NTA Native saflaştıtrma method kullanılarak SDS-Page ile protein varlığı gözlenmiştir. Çalışmalar sonucunda tahmini zeytin UDP Glukoz 4 Epimeraz genin 348 aminoasit kodladığı, 38 kDA büyüklüğünde olduğu görülmüştür.

Abstract:
Olive (Olea europaea L.) is a kind of tree which has intense branches and green leaves all year, can reach up to 10 meter long and forms a bushy state. As it is suitable for agriculture in regions with Mediterranean climate, it provides economic benefit to our country. It is also a valuable tree with its wide range of uses in the health sector. The cDNA sequence was selected from the Olive cDNA library, which was formed as a result of the studies carried out in the Department of Biology at Balıkesir University in order to be characterized within the scope of the master's thesis. Bioinformatics analysis and molecular characterization of the selected sequence was studied. The analysis of the gDNA sequence showed that olive predicted UDP Glucose 4 Epimerase sequence was most similar to Vitis vinifera plant. When the protein sequence was compared, it was seen that it was most similar to Theobroma cacao plant. In the phylogenetic tree generated by UDP Glucose 4 Epimerase cDNA sequences from other plants from Gen Bank, most similarities were observed with Solanum lycopersicum and Solanum tuberosum. In other studies conducted within the scope of bioinformatics studies, amino acid content, hydrophilic property, nucleotide composition (BLAST, BioEdit, FinchTV, Primer3) of the gene were examined. Glycine amino acid was the most common in the amino acid composition. The polymorphism study of the gene was carried out by comparing the UDP Glucose 4 Epimerase cDNA sequence with the UDP Glucose 4 Epimerase cDNA sequences from other gene banks. In gene expression studies, the cDNA sequence was transformed into E.coli (DH10B and BL21) bacterial strains using pLATE51 vector and gene expression was induced by IPTG. The resulting protein was monitored by Western Blot. In the purification studies, the presence of protein by SDS-Page was observed by using affinity-based Ni-NTA Native purification method. As a result of the studies, it was found that the estimated olive UDP Glucose 4 Epimerase gene encodes 348 amino acids and is 38 kDA in size.