hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Kendiliğinden ayarlanabilen bulanık mantık ile gemi kontrolü
Self organizing fuzzy logic control based ship control
Yazar: AZAT SHANANOV
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MUSA ALCI
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği = Electrical and Electronics Engineering
Dizin: Bulanık denetim algoritmaları = Fuzzy control algorithms ; Bulanık denetim sistemleri = Fuzzy control systems ; Bulanık doğrusal programlama = Fuzzy linear programming ; Bulanık mantık = Fuzzy logic

Özet:
Gemi kontrolcü alanında Orantılı, Integral ve Türevsel (PID) kontrol birimleri yaygın olarak kullanılır. Bununla beraber gittikçe artan bir şekilde yeni oto pilot stratejileri gündeme gelmektedir.Bulanık Mantık günümüzde pek çok uygulamada kullanılan tasarımı kolay, çağdaş bir kontrol tekniğidir. Bu çalışma Gemi Oto pilot tasarımında Referans Model Öz-Organize Bulanık Mantık Kontrol (RM-ÖOBMK), Bulanık Mantık Kontrol (BMK), Ters Gradyen Öz-Organize Bulanık Mantık Kontrol (TG-ÖOBMK) ve Bulanık Öz-Organize Bulanık Mantık Kontrol (BM-ÖOBMK)tabanlı kargo gemi oto pilotların sunar. Çalışmamızda BMK, TG-ÖOBMK, RM-ÖOBMK ve BM-ÖOBMK kontrol yöntemleri kullanılarak gemi oto pilotları tasarlandı ve geminin gerçek parametreleri ile MATLAB yazılımı kullanılarak benzetimleri yapıldı, performansları karşılaştırıldı. Kullandığımız kontrol yöntemleri içerisinde gemi oto pilot tasarımında en iyi performansı sağlayan kontrol yöntemi belirlendi. Belirlediğimiz RM-ÖOBMK tabanlı gemi oto pilotu tasarım kolaylığı, hedefe en kısa zamanda ulaşımı ve dümen ömrünün uzatımı gibi ölçütlerde diğer oto pilotlardan daha iyi performans sağladığı gösterildi.

Abstract:
In the field of ship control the Proportional plus Integral plus Derivative (PID) controllers remain common place. However, increasingly new autopilot strategies, promising higher levels of robustness and adaptive qualities, are being proposed as possible successors to the PID.Fuzzy logic is a modern control technique which is currently finding increasing novel applications. This work presents a Ship Autopilots based on MR-SOFC (model referens self-organizing fuzzy logic control). The Autopilots have advantages of the FLC (fuzzy logic control), NG-SOFC (negative gradient self-organizing fuzzy control) and F-SOFC (fuzzy self-organizing fuzzy logic control) methodologies: easy to construct, optimal control laws can be established based on reference model output. Therefore, the choosed Ship Autopilot can be well adapted with parameter variations and strong environment effects. Simulations using MATLAB software for a ship with real parameters in course keeping and course changing manoeuvres shows high effectiveness of the choosed autopilot in comparison with FLC, F-SOFC and NG-SOFC ship autopilots.
Organik tarımda bitki besleme ve toprak düzenleyici olarak kullanılan girdilerin kimyasal özelliklerinin incelenmesi
Assessment of chemical compositions of the commercial organic fertilizers and soil conditioners region olive areas
Yazar: BETÜL KARACALAR
Danışman: PROF. DR. DİLEK ANAÇ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Ziraat Bölümü / Toprak Ana Bilim Dalı / Toprak İlmi ve Ekoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Organik gübrelerin toprağın kimyasal özelliğini etkileyerek bitki besin maddesi kapsamlarını arttırdığı, aynı zamanda da toprakların fiziksel ve biyolojik özellikleri üzerine önemli ve olumlu etkide bulunduğu bilinmektedir. Organik maddenin ayrışması ile toprağın makro ve mikro bitki besin maddelerince zenginleşmesi yanı sıra su tutma kapasitesi de yükselir. Toprakların organik madde kapsamlarını korumak ve uygun duruma getirmek için organik gübreler kullanılır. Bu amaçla organik ürün piyasasında yetkili kuruluşlar tarafından sertifikalanmış olan bitki besleme preparatları; organik gübreler; Kompost Edilmiş Katı Hayvan Gübresi, Kompost Edilmiş Sıvı Hayvan Gübresi, Tavuk Gübresi, NK' lu sıvı Organomineral gübre formları, toprak düzenleyicileri; Leonardit (Hümik Asit), klinoptilolit (zeolit), deniz yosunu, tarım kireci, alüminyum silikat unu, sıvı fülvik asit ve amino asit karışımları, ve yapısı zenginleştirilmiş toprak düzenleyicileri olmak üzere üç grup altında toplanmaktadır.Bu çalışmanın amacı organik tarımda kullanılan girdilerin henüz tam olarak belirlenmemiş olan sınıflandırmasını tam olarak belirlemek ve kullanılan materyallerin organik tarımda önemli bir kriter olan ağır metal içeriği ile etiket değerlerinin ortaya konmasıdır.Anahtar Sözcük: organik tarım, organik gübre, toprak düzenleyicisi, ağır metal

Abstract:
It is very well known that the physical, chemical and biological properties of soil enhance by organic fertilizer applications. Plant nutrients, their availabities in the soil and water holding capacities increase. In organic agriculture the increase of the soil organic matter is fulfilled by special certificated preparates such as composted farmyard manure, composted liquid farmyard manure, poultry manure, organo-mineral fertilizers enriched by N and K sources which are grouped under the name ?organic fertilizers?. As ?soil conditioners? Leonardite (humic acid), clinoptilolite (zeolite), sea weed and sea weed extracts, calcium carbonate of natural origin, aliminium silicate, liquid fulvic acid and amino acid. Under the name ?organic fertilizers and soil conditioners? some special preparates are present.Key word: organic agriculture, organic fertilizers, soil conditioners, heavy metal
Bazı idris (Prunus mahaleb L.) tiplerinin in vitro çoğaltma koşullarının optimizasyonu
Optimization in vitro conditions of some Prunus mahaleb L. typies
Yazar: ALI ASGHAR ZAİNAL
Danışman: PROF. DR. SERRA HEPAKSOY
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bahçe bitkileri = Horticultural crops

Özet:
Bu çalışma Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü Doku Kültürü Laboratuarında yürütülmüştür. Dört farklı idris tipine ait sürgün uçları eksplant olarak kullanılmıştır. Temel besin ortamı olarak MS kullanılmış, 30 g L-1 sakkaroz, 7 g L-1 agar eklenmiş; pH 5,6 olarak ayarlanmıştır. Dikimden sonra sıcaklığı 24 ± 1°C, ışıklanma süresi 16 saat ve 8 saat karanlık olan kültür odasına konulmuştur. Örnekler 1 ay aralıklarla alt kültüre alınmıştır. Her 20 günde bitki boyu, yaprak sayısı ve kardeşlenme sayısı gözlenmiştir.Çoğaltma aşamasında,hormon tipi ve konsantrasyonları farklı olan 10 farklı MS besin ortamı denenmiştir ve bunlardan en iyi 3 ortam seçilip çoğaltmaya devam edilmiştir. En iyi çoğalma MS ortamına 4,4 µM BAP + 0,49 µM IBA + 0,29 µM GA3 ilave edilmemsi durumunda elde edilmiştir. Köklenme aşamasında ise yine hormon tipi ve konsantrasyonları farklı olan 10 besin ortamı denenmiştir, en iyi köklenme 0,3 mg L-l NAA içeren MS besin ortamında elde edilmiştir.Anahtar kelimeler: İdris, Prunus mahaleb L., in vitro çoğaltma, optimizasyon.

Abstract:
This experiment was carried out in the tissue culture laboratory of the Department of Horticulture, Faculty of Agriculture- Ege University. Shoot tips of annual shoots were used as explants materials. MS medium was used as base nutrient with 30 g L-l sucrose, and 7 g L-l agar. pH was adjusted to 5,6. The explants were transferred onto MS medium after the culture. The explants were exposed to 16 h light and 8 h dark period at 24 ± 1°C, temperature in growth chamber. The explants were subcultured every 30 days. Explant length, number of leaves and multiplication was observed every 20 days.In multiplication stages, different in type and concentrations 10 mediums was tested and from these mediums 3 ones was selected and continued in experiment. The optimum medium of multiplication was obtained when used MS media supplemented with 4, 4 µM BAP+0, 49 µM IBA+0, 29 µM GA3. In rooting stage such as was used different in type and concentrations 10 mediums and the optimum rooting was obtained when used 0, 3 mg L-l NAA.Key words: Mahalep, Prunus mahaleb L., in vitro propagation, optimization.
Elektrolarinksteki konuşmanın iyileştirilmesi
Electrolarynx speech enhancement
Yazar: MUSTAFA EREN KIRMIZIGÜL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MEHMET ENGİN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği = Electrical and Electronics Engineering

Özet:
Gırtlak kanseri sonucunda gırtlağın tamamının alınması insanın konuşma özelliğini yitirmesine neden olmaktadır. Elektrolarinks (EL) adı verilen bir cihaz sayesinde larengektomi (laryngectomy) hastalarının ses rehabilitasyonu sağlanmaktadır. Bu cihaz titreşimler üreterek insanların elektronik bir ses üretmesini sağlamaktadır. EL konuşmasının klinik yönden önemli bir metod olduğu ispatlanmasına karşın, EL konuşması ile ilgili birçok problem halen çözülmüş değildir. Özellikle konuşma sırasında üretilen sesdeki azalma ve bozukluk önemli bir problemdir. Çalışmamızda spektral filtreleme, altuzay algoritmaları ve istatistiki metotlar kullanılarak gürültü atılması gerçekleştirilmiştir. Ayrıca Z dönüşümü tabanlı yaklaşım ile konuşmanın kalitesi yükseltilmeye çalışılmıştır.

Abstract:
Removal of larynx because of cancer causes lack of speech capability. Device named Electrolarynx gives voice rehabilitation to laryngectomees. This device supports electronical voices to users by its vibration. Although it is proven that EL speech is a clinical important method, there are lots of problems about EL speech that have not been solved. Especially decrease and malfunction of produced voice in fonation is an important problem. In this study spectral filtering, subspace algorithms and statistical methods are used in noise cancellation and then voice quality is increased by using Z transform based method.
Biyomedikal işaretlerin ayrıştırılması
Separation of biomedical signals
Yazar: ÇİĞDEM SERDENGEÇTİ
Danışman: YRD. DOÇ. MEHMET ENGİN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Mühendislik Bilimleri = Engineering Sciences
Dizin: Bağımsız bileşen analizi = Independent component analysis ; Dalgacık analizi = Wavelet analysis ; Karmaşıklık = Complexity ; Kör kaynak ayırımı = Blind source seperation ; İzdüşüm = Projection

Özet:
Vücut yüzeyinden örselemesiz yöntemlerle alınan biyomedikal işaretler, gürültü ve diğer fizyolojik işaretlerle karışma sorunları içerirler. Fetal EKG çıkartımında bu iki sorunla belirgin şekilde karşılaşılır. İşlem sırasında, elektrotlar anne karnına yerleştirilir. Dolayısıyla anneye ait güçlü EKG işaretleri, fetal EKG üzerinde bastırıcı etki yapar.Karışmış ve gürültülü biyomedikal işaretlerde, ayrıştırma amacıyla genellikle Kör kaynak Ayrıştırması yöntemi, gürültü temizleme amacıyla da Dalgacık Dönüşümü Tabanlı yöntem tercih edilmektedir.Bu çalışmada amaç, Kör Kaynak Ayrıştırması yönteminin üç farklı yaklaşıma sahip algoritmalarını kıyalasyarak fetal EKG çıkartımı için en uygun olanı saptamaktır. Bağımsız bileşenler analizi, izdüşüm tabanlı yöntem ve karmaşıklık tabanlı yöntem olarak adlandırılan bu algoritmalar EKG işaretlerinden elde edilen yapay karışımlar üzerinde ve gürültü eklenerek sınanmıştır. Daha sonra dalgacık dönüşümü yöntemi, işaretlerdeki gürültüyü temizleme amaçlı olarak kullanılmıştır. Bir sonraki aşamada, uygulamalar sonucunda düşük hata oranı veren algoritmalar fetal EKG çıkartımı için kullanılmıştır.Anahtar kelimeler: Kör kaynak ayrıştırması, fetal EKG, bağımsız bileşenler analizi, izdüşüm tabanlı yöntem, karmaşıklık tabanlı yöntem, dalgacık dönüşümü, gürültü temizleme.

Abstract:
Biomedical signals taken from body surface by non-invasive methods include problems such as mixing with other physiological signals and noise. These problems appear evidently during the extraction of fetal ECG. Electrods are placed on mother abdomen in this process. Therefore the signal is contaminated by maternal ECG signal and noise.Blind Source Separation (BSS) is a new and most commonly used method on biomedical signals separation. Wavelet Transformation based de-noising method has good performance on de-noising biomedical signals.In this study, the purpose is to determine the best algorithm for fetal ECG extraction. As the first step, artificially mixed ECG signals were used. Three main algorithms of BSS; Independent Component Analysis, Projection Pursuit and Complexity Pursuit were compared for this purpose. Wavelet Transformation based de-noising was chosen as de-noising method. The algorithms which had best results and least error on artificially mixed ECG signals were used for fetal ECG extraction.Keywords: Blind source separation, fetal ecg(fecg), independent component analysis(ica), projection pursuit, complexity pursuit, wavelet transformation de-noising.
Kosova eski konutları ve Osmanlı sivil mimarisindeki yeri
The old hauses in Kosova and place in Ottoman civil architecture
Yazar: REZARTA LOXHA
Danışman: DOÇ. DR. YÜKSEL SAYAN
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Türk Dünyası Araştırmaları Ana Bilim Dalı / Türk Sanatı Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Sanat Tarihi = Art History

Özet:
Tarih boyunca pek çok kavmin istilasına tanık olduğu bilinen Balkan yarımadasında yaklaşık beş yüzyıllık Osmanlı hâkimiyetinin pek çok alanda olduğu gibi maddi kültürü de etkilediği bilinir. Bugünkü Kosova toprakları ise, Osmanlıların Balkanlardaki ilk fethettikleri bölge olmasıyla ayrı bir öneme sahiptir. Bugün Kosova'da Osmanlı döneminde inşa edilmiş dini ve sivil mimariye ait çok sayıda eser bulunmaktadır. Bu eserler içerisinde konutlar, toplumun kültür yapısı ve yaşam tarzı hakkında fikir veren önemli kültür varlıkları olarak karşımıza çıkmaktadır.?Kosova Eski Konutları ve Osmanlı Mimarisindeki Yeri? başlıklı araştırmamız, Kosova'da Osmanlı döneminde inşa edilmiş konutların incelendiği bir katalog çalışmasıdır. Fotoğraf ve planların metnin içine yerleştirildiği tek ciltten oluşan bu çalışmada, 18. ve 19. yüzyılda inşa edilmiş olan yedisi mevcut dördü ise temellerine kadar yıkılmış olan toplam 11 adet konut incelenmiştir. Rölöve ve fotoğraflarıyla ayrıntılı olarak tanıtılan eserler, plan ve plan elemanlarına göre gruplandırılıp kendi içinde değerlendirilmiştir.

Abstract:
As it is known, Balkan Peninsula has witnessed to the invasions of different tribes throughout history and during the five hundred years lasted Ottoman domination the material culture of the peninsula was also effected. Today?s Kosovo borders have a special importance while that geography was the first conquest of the Ottomans in Balkans. Today there have been several artworks which were built in the Ottoman period and belonged to the religious and civil architecture. Among these artworks, the houses are revealed as the important cultural assets which gave us an idea about the cultural structure and way of lives of the society.Our research named ?Old Kosovan Housing and its Place in Ottoman Civil Architecture? is a catalogue work, which analyze the housing built during Ottoman period in Kosovo. This is one volume work in which the photographs and the plans were placed within the texts. In this work eleven of the housings of the 18th and 19th centuries were analyzed, seven of which is still available while four of which were totally destroyed. These artworks were introduced in details with statistical surveys and photographs and were analyzed within groups according to their plans and elements of plans.
Domates fide kök çürüklüğü etmenlerine (Pythium spp., Rhizoctonia spp., Fusarium spp.) karşı bazı dezenfektanların etkinliğinin araştırılması
Efficacies of some disinfectants in control of root rot pathogens (Pythium spp., Rhizoctonia spp.,Fusarium spp.) of tomato
Yazar: AHMET FAİK VAROL
Danışman: PROF. DR. NECİP TOSUN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Ziraat Bölümü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Dezenfektanlar = Disinfectants ; Domates = Tomato ; Fungusitler = Fungicides ; Fusarium = Fusarium ; Fusarium oxysporum = Fusarium oxysporum ; Fusarium solgunluğu = Fusarium wilt ; Hastalık = Disease ; Hidrojen peroksit = Hydrogen peroxide ; Kök boğazı çürüklüğü = Root crown rot ; Kök çürümesi = Root rot

Özet:
Bu çalışmada, domates fide kök çürüklük etmenlerine (Pythiumspp., Rhizoctonia spp., Fusarium spp.) karşı, hidrojen peroksit veperasetik asit bazlı dezenfektanlar kullanarak hastalığın kontrol edilipedilemeyeceği Bitki Koruma Bölümü serasında araştırılmıştır.Denemeler, saksı koşullarında suni olarak inoküle edilmiş toprak ile2007 ve 2008 yıllarında aynı koşullarda gerçekleştirilmiştir.Yapılan uygulamalar sonunda fidelerin fitotoksite olmadan sağlıklıbir şekilde büyüdüğü gözlenmiştir. Her iki deneme sonuçlarıdeğerlendirildiğinde karşılaştırma ilacı olarak kullanılan MaximXL isimlifungisit en etkili bulunmuştur. Bunu Peras ve Sanosil Super 25 isimlidezenfektanlar izlemiştir. Dezenfektanlar içerisinde ise, Peras ve SanosilSuper 25 arasında istatistik açıdan bir fark bulunmamıştır. Oxy isimlidezenfektan ise en düşük etkiyi göstermiştir. Dezenfektanların bitkihastalıklarının savaşımında fungisitler gibi yüksek etki göstermese deçevre dostu olmalarından dolayı alternatif olarak kullanılabileceğikanısına varılmıştır. Çalışmaların doğa koşullarında da devamettirilmesinde yarar bulunmaktadır.Anahtar kelimeler: Fusarium, dezenfektan, hidrojen peroksit, perasetikasit, hastalık kontrolü

Abstract:
In this study, whether if some disinfectants with active ingradientshydrogen peroxide and peracetic acid could control the root rotpathogens (Pythium spp., Rhizoctonia spp., Fusarium spp.) of tomatoseedling was evaluated in greenhouse of Department of Plant Protection,Ege University, İzmir. The trials with artificial inoculated soil with thepathogens in pot conditions were conducted in both 2007 and 2008 at thesame conditions.Disinfectant treatments didnot cause any phytotoxicity on theseedlings at tested doses. In the results of both trails, Maxim XL as acomparison fungicide had the highest efficacy following Peras andSanosil Super 25. There was no statistically significance between Perasand Sanosil Super 25. Oxy had the lowest efficacy in control of thepathogens with tested dose. It was concluded that disinfectant even withless efficacies could be alternative to the fungicides due to theirenvironmental friendly properties. More studies should be needed to usethe disinfectants in practice.Key words: Fusarium, disinfectant, hydrogen peroxide, peracetic acid,disease control
Açık ve kapalı besleme sistemlerinde domatesin farklı tuzluluk düzeylerine tepkisi
Tomato response to salinity in open and closed systems
Yazar: ULAŞ TUNALI
Danışman: PROF. DR. İ. HAKKI TÜZEL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Yapılar ve Sulama Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışma, 2006-2007 yıllarında sonbahar ve ilkbahar üretim dönemlerinde, sera topraksız domates yetiştiriciliğinin açık ve kapalı sistemde farklı tuzluluk düzeyleri altında gerçekleştirilmesi durumunda, verim ve bitki su tüketimi değerlerinin değişiminin saptanması amacıyla gerçekleştirilmiştir.Tesadüf bloklarında bölünmüş parseller deneme desenine göre dört tekrarlı olarak düzenlenen çalışmada; açık ve kapalı besleme sistemlerinde yetiştirilen domates bitkilerinde, besin çözeltisi tuzluluk düzeylerinin 2 (kontrol), 4 ve 6 dS.m-1 olduğu 3 tuzluluk düzeyi denenmiştir. Farklı tuzluluk düzeyleri uygulamaları dikimden üç hafta sonra, besin çözeltisine NaCl ilave edilerek elde edilmiştir. Kapalı sistemde her bir tuzluluk düzeyi için EC değeri 2 birim yükseldiğinde çözelti yenilenmiştir. Gün içerisinde sulamaların zamanlamasında 2 MJ.m-2 'lik sera içi toplam solar radyasyon seviyesi esas alınmıştır.Sonbahar döneminde elde edilen toplam verim açık besleme sisteminde 8.05 kg.m-2 ile 11.23 kg.m-2, kapalı besleme sisteminde ise 6.62 kg.m-2 ile 11.00 kg.m-2 arasında değişmiştir. Verim, ilkbahar döneminde ise açık besleme sisteminde 5.240 kg.m-2 ile 10.340 kg.m-2 arasında değişirken, kapalı besleme sisteminde 5.007 kg.m-2 ile 10.440 kg.m-2 arasında değişim göstermiştir. Yapılan bu çalışma ile tuzlu suların kullanılmasının gerektiği koşullarda kapalı sistemlerde ?özellikle ilkbahar döneminde- gerekli önlemler alındığı taktirde domates yetiştiriciliğinin yapılabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
This study was carried out during the autumn and spring growing seasons of the years between 2006 and 2007 in order to determine the effects of different salinity levels on yield, fruit quality and water consumption of tomatoes grown by soilless culture.In this study, tomato plants were grown in open and closed nutrition systems. Plants were fed with a complete nutrient solution at the electrical conductivity levels of (1) 2.0 (control), (2) 4.0 and (3) 6.0 dS.m-1. Salinity level of the nutrient solution was increased three weeks after planting by NaCl. Irrigation was based on indoor solar radiation level of 2 MJ.m-2. Recirculating solution was replaced if the EC level was found to exceed the initially set level by 2 dS.m-1 for each treatment.Yield obtained in autumn from open system was between 8.05 kg.m-2 - 11.23 kg.m-2 and 6.62 kg.m-2 - 11.00 kg.m-2 in closed system. In spring yield obtained from open system changed between 5.240 kg.m-2 - 10.340 kg.m-2. And in closed system yield was between 5.007 kg.m-2 - 10.440 kg.m-2. The results showed that in saline water conditions, closed system can be used to grow tomato if necessary precautions taken.
Sert çekirdekli meyve ağaçlarında görülen Peach latent mosaic viroid (PLMVd) ve hop stunt viroid (HSVd)'lerinin RT-PCR yöntemi ile tanılanmasına yönelik çalışmalar
Studies on the detection of peach latent mosaic viroid (PLMVd) and hop stunt viroid (HSVd) on stone fruits by using reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR)
Yazar: KAMİL DUMAN
Danışman: DOÇ. DR. MUSTAFA GÜMÜŞ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Sert çekirdekli meyve ağaçlarında önemli sorun teşkil eden viroidlerden, Peach latent mosaic viroid (PLMVd) ve Hop stunt viroid (HSVd) etmenlerinin farklı nükleik asit ekstraksiyon metodları kullanılarak RT-PCR yöntemi ile tanılanmalarına çalışılmıştır. İzmir ilinin farklı meyve bahçelerinde hastalık belirtileri gösteren sert çekirdekli meyve ağaçlarından yaprak örnekleri alınarak, Silica capture metot, Citric buffer metot, Lithium chloride metot ve Ames buffer metot uygulanarak total nükleik asit ekstraksiyonları yapılmıştır. RT-PCR aşamasından sonra nükleik asitler agaroz jele yüklenerek elektroforezde koşturulmuştur. Sonuçların agaroz jelde oluşturdukları görüntüler incelenerek üzerinde çalışılan dört ekstraksiyon metodu birbiri ile karşılaştırılmıştır. 64 sert çekirdekli bitki örneği ile yapılan çalışmada sadece silica capture metod ile RT-PCR sonrası nükleik asit tespit edilebilmiş diğer ekstraksiyon metodları ile nükleik asit ekstraksiyonu elde edilememiştir. Tüm örnekler içerisinde, Peach latent mosaic viroid 12 bitkide ve Hop stunt viroid 8 bitkide tespit edilmiştir.

Abstract:
RT-PCR method performed with using different nucleic acid extraction methods for identification of viroids; Peach latent mosaic viroid (PLMVd) and Hop stunt viroid (HSVd) which causes serious problems on stone fruits. Leave samples are taken from different fruit gardens which show viroid disease indications in İzmir province, total nucleic acids have been extracted with Silica capture method, Citric buffer method, Lithium chloride method and Ames buffer method. After RT-PCR stage, nucleic acid extractions are loaded on the agarose gel and ran in the electrophoresis. Images composed by results on agarose gel are evaluated and four of the extraction methods used during the assay, have been compared with each other. In 64 stone fruit tree samples, only Silica capture method indicated the presence of nucleic acids after RT-PCR, with other methods nucleic acids couldn?t be detected. In all samples, Peach latent mosaic viroid was detected in 12 plants and Hop stunt viroid was detected in 8 plants.