Akciğer tümörlerinde ras p21 protein aktivatör2 (RASA2) geninin rolünün araştirilmasi
Investigation of role of ras p21 activator (RASA2) gene in lung tumours
Yazar: HAVVA NUR ERYILMAZ
Danışman: PROF. DR. ÇETİN SAATÇİ
Erciyes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Akciğer hastalıkları = Lung diseases ; Akciğer neoplazmları = Lung neoplasms ; Genler = Genes ; Genler-RAS = Genes-RAS ; Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer = Carcinoma-non small cell-lung ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Dünya genelinde insan hayatını tehdit eden en önemli sebeplerden biri kanserdir. Kanser çeşitli faktörlerin genetik materyal üzerinde yaptığı değişiklik sonucu hücrenin proliferasyon ve diferansiyasyon kontrolünün kaybolduğu klonal bir hastalıktır. Dünya genelinde erkeklerde ölüme en çok sebep olan akciğer kanseridir ve kadınlarda da 3. sırada yer almaktadır. Akciğer kanserleri içinde adenokarsinomlar son yıllarda en çok görülen histolojik alt tiptir.
Genellikle kanser, hücre çoğalmasını kontrol altında tutan tümör süpressör genlerinde oluşan mutasyonlar sonucu oluşmaktadır. Yine aynı şekilde insan tümörlerinin %30'unda Ras / Raf / MEK / ERK yolunun aşırı aktivasyonu söz konusudur. Bu oran tümörlerdeki Ras mutasyonu sıklığı ile uyumludur.
Rand Arafeh ve arkadaşları tarafından Melonoma kanseri ile yapılan araştırmada RASA2'nin melonoma için tümör süpresör gen olduğu bildirilmiştir. RASA2'deki fonksiyon kaybı mutasyonlarının RAS aktivasyonunu etkilediği ve melonama hücresinin büyümesini ve göçünü arttırdığı bulunmuştur. Aynı zamanda yapılan başka araştırmalarda Ras genlerinin mutasyona uğramış alelleri akciğer, kolon ve mesane kanseri hücre hatlarında tespit edilmiştir.
RASA2 tarafından kodlanan protein GTPaz aktive edici bir proteindir ve RASA2'de meydana gelen mutasyonlar RAS aktivasyonunu etkilemektedir. RASA2'nin akciğer adenokarsinomlarının etiyolojisine katkısını anlamak için 36 hastanın tümör ve komşu normal dokuları mRNA ekspresyonu revers transkripsiyon - kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) yöntemi ile karşılaştırıldı. Ayrıca RASA2'deki ekspresyon farklılığını anlamak için ekspresyon çalışması sonucundaki verilerin delta delta Ct'leri hesaplanarak kalibrasyona göre en fazla artış ve azalış gösteren 5'er örneğin hem tümörlü hemde normal dokularından DNA izolasyonu yapıldı. Sanger sekans yöntemi ile RASA2 geninin 2, 10, 11, 12 ve 15. ekzonları dizilenerek normal ve tümörlü dokudaki baz değişimleri incelendi.
Çalışmaya dahil olan 36 olgunun yaş ortalaması 60.89±8.815 idi. Hastaların cinsiyetlerine göre dağlımı; erkek 26 (%72.22), kadın 10 (%27.78) şeklindeydi. Hastaların tümör dokularında normal akciğer dokularına göre istatistiksel olarak anlamlı bir ekspresyon farkı saptanmadı (p>0.05). Olguların tümör dokularındaki RASA2 / β-Actin mRNA ekspresyon düzeyleri ile tümör durumu / boyutu (TNM evrelemesindeki T faktörü) değişkenleri arasındaki ilişkiyi incelemek için pearson korelasyon analizi yapıldı. Negatif korelasyon gösterdiği için anlamlı derecede tümör boyutu büyüdükçe RASA2 / β-Actin mRNA ekspresyonu azaldığı tespit edildi (p<0.05). Normal ve tümörlü dokularda incelediğimiz ekzonlarda değişim bulunamadı. Fakat intron kısımlarında iki farklı değişim ( c.1484-64T>A, c.864-98A>G) tespit edildi.

Abstract:
One of the leading factors threatening human life is cancer. Cancer is a clonal disease in which the loss of cellular proliferation and differentiation control occurred due to the various factors affecting genetic material. It is the lung cancer that is the most common cause of death in men all over the world and it is in the 3rd place between women. Among lung cancers, adenocarcinomas are the most common histologic subtype observed in recent years. Generally, cancer is the result of mutations in tumour suppressor genes that control cell proliferation. Likewise, 30% of human tumours have overactivation of Ras / Raf / MEK / ERK pathway. This rate is consistent with the frequency of RAS mutations in tumours.
In a study conducted by Rand Arafeh et al. RASA2 was reported to be a tumour suppressor gene for melanoma. It has been found that the loss of function mutations in RASA2 affect RAS activation and increase melanoma cell growth and migration. In other conducted studies, mutated alleles of Ras genes were detected in the lung, colon and bladder cancer cell lines. The protein encoded by RASA2 is a GTPase activating protein and mutations in RASA2 affect RAS activation.
In order to investigate the contribution of RASA2 to the aetiology of lung adenocarcinomas, the expression of RASA2 gene were compared with mRNA expression reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) method in tumour and adjacent normal tissues from 36 patients. In addition, to understand the expression difference in RASA2, the delta delta Ct of the data of the expression result was calculated and DNA isolation was performed from both tumour and normal tissues of five samples showing the maximum increase and five samples showing maximum decrease of expression in comparison with calibrator. Normal and tumorous tissues were examined by sequencing 2., 10., 11., 12. and 15. exons of RASA2 gene by Sanger sequence method.
The mean age of the 36 cases included in the study was 60.89 ± 8.815. Distribution of patients according to gender; 26 (72.22%) were male and 10 (27.78%) were female. There was no statistically significant difference in expression of RASA2 between tumour tissue and normal lung tissues (p>0,05). Pearson's correlation analysis was performed to examine the relationship between RASA2 / β-Actin mRNA expression levels in tumour tissues and tumour status / size (T factor in TNM stage) variables. Statistically significant negative correlation was obtained between RASA2 / β-Actin mRNA expression and tumour size (p<0.05), with decreasing expression, increase in tumour size was observed. No changes were found in the examined exons neither in normal nor in tumorous tissues. However, two different changes in the intronic regions (c.1484-64T>A, c.864-98A>G).