Erken başlangıçlı inflamatuvar bağırsak hastalığı ve inflamatuvar bağırsak hastalığı benzeri kronik ishali olan çocukların sorumlu genler açısından araştırılması
Investigation of responsible genes for early inflammatory bowel disease and inflammatory bowel disease-like colitis in children
Yazar: DUYGU DEMİRTAŞ
Danışman: PROF. DR. FEYZİ İLHAN TEZCAN
Hacettepe Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı / İmmünoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Allerji ve İmmünoloji = Allergy and Immunology ; Gastroenteroloji = Gastroenterology ; Genetik = Genetics
Dizin: Diyare = Diarrhea ; Diyare-infantil = Diarrhea-infantile ; Dizi analizi = Sequence analysis ; Ekzom dizileme = Exome sequencing ; Genler = Genes ; Çocuklar = Children ; İmmün yetmezlik = Immun deficiency ; İnflamatuar bağırsak hastalıkları = Inflammatory bowel diseases

Özet:
İnflamatuvar bağırsak hastalığı (İBH), gastrointestinal sistemin kronik inflamatuvar bir hastalığıdır. Altı yaşından önce başlayan İBH çok erken başlangıçlı İBH, on yaşından önce başlayan İBH erken başlangıçlı İBH olarak sınıflandırılır. Özellikle çok erken başlangıçlı İBH'de genetik yatkınlığın önemli olduğu bilinmektedir. Erken başlangıçlı İBH ve benzeri hastalıkların patogenezinde monogenik nedenlerin daha sık olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızın amacı, erken başlangıçlı İBH ve İBH benzeri kronik ishal patogenezinde rol alan sorumlu genleri araştırmaktır. Çalışmaya, Hacettepe Üniversitesi Çocuk Gastroenteroloji, Hepatoloji ve Beslenme Ünitesi'nde erken başlangıçlı İBH veya İBH benzeri kronik ishal nedeniyle izlenmekte olan 0-18 yaş arasındaki hastalar dahil edildi. Çalışma başlamadan önce klasik Sanger dizileme çalışması ve yeni nesil dizileme ile monogenik hastalık tanısı almayan hastalara tüm ekzom dizi analizi yapıldı. Çalışmaya 47 hasta [14 kız (%29,8), 33 erkek (%70,2)] dahil edildi. Semptomların başlama yaşı ortancası 36 ay (IQR 10-72) ve İBH tanı yaşı ortancası 3,7 yıldı (IQR 1,5-7,6). Yirmi beş hastada (%53,2) Crohn hastalığı, 18 hastada (%38,3) ülseratif kolit ve dört hastada (%8,5) indetermine kolit vardı. Dokuz hasta Ailevi Akdeniz Ateşi, iki hasta glikojen depo hastalığı tip 1b, bir hasta XIAP defekti, bir hasta kronik granülomatöz hastalık, bir hasta DOCK8 defekti, bir hasta IL10 reseptör alfa defekti, bir hasta LRBA eksikliği ve bir hasta NFKB2 eksikliği tanısı aldı. Çalışmamızda on yedi hastada (%36,2), erken başlangıçlı İBH'ye neden olabilecek monogenik neden saptandı. Otuz altı hastada (%76,6) SLC29A3 geninde varyant saptanmış olup; daha önce İBH ile ilişkili literatürde yer almamıştır. Bu varyantın İBH'li hastalarda önemli olabileceği düşünülmüştür. Çalışmada bulunan diğer varyantların İBH'ye yatkınlık yaratabileceği düşünülebilir.

Abstract:
Inflammatory bowel disease (IBD) is a chronic inflammatory disease of the gastrointestinal tract. Very early onset IBD and early onset IBD are terms used to describe IBD that first presents before the age of six and before the age of ten, respectively. It is known that genetic predisposition is important especially in very early-onset IBD. Monogenic causes are thought to be more common in the pathogenesis of early onset IBD and IBD-like diseases. The aim of our study is to investigate the responsible genes involved in the pathogenesis of early-onset IBD and IBD-like chronic diarrhea. The study included patients aged 0-18 years who were being followed up in Hacettepe University Pediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition Unit for early-onset IBD or IBD-like chronic diarrhea. Whole exome sequencing was established for patients who were not diagnosed with monogenic disease with classical Sanger sequencing and next generation sequencing before the study started. The study included 47 patients [14 girls (29.8%), 33 boys (70.2%)]. The median age of onset of symptoms was 36 months (IQR 10-72), and the median age at diagnosis of IBD was 3.7 years (IQR 1.5-7.6). Crohn's disease was present in 25 patients (53.2%), ulcerative colitis in 18 patients (38.3%), and indeterminate colitis in four patients (8.5%). Nine patients were diagnosed with Familial Mediterranean Fever, two with glycogen storage disease type 1b, one with XIAP defect, one with chronic granulomatous disease, one with DOCK8 defect, one with IL10 receptor alpha defect, one with LRBA deficiency and one with NFKB2 deficiency. In our study, seventeen patients (36.2%) were diagnosed with a disease that could cause early-onset IBD. A SLC29A3 gene variant, which has not been previously associated with IBD was detected in 36 patients (76.6%). This variant was thought to be important in patients with IBD. It can be thought that other variants found in the study may predispose to IBD.