Hemofili B hastalarında faktör IX genindeki mutasyonların dizi analizi yöntemi ile ortaya konması
Detection of factor IX gene mutations in hemophilia B disease by the automatic DNA sequencing technique
Yazar: OĞUZ ÇİLİNGİR
Danışman: DOÇ.DR. SEVİLHAN ARTAN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2001
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
ÖZET Hemofili B hastalığının nedeni, kanın temel fonksiyonları arasında bulunan koagülasyon mekanizmasında etkin olan faktör IX'un konjenital eksikliği veya disfonksiyonel olmasıdır. Faktör IX'u kodlayan gen, X kromozomunun q27.1 bandında lokalize olup, 34 kilobaz (kb) uzunluğunda ve 8 ekzon ile 7 introndan oluşmaktadır. Hem genotipik hem de fenotipik olarak oldukça heterojen bir yapıda olan hemofili B hastalığının şiddeti, gendeki mutasyonun lokalizasyonu ve yapısıyla yakından ilgilidir. Bu çalışmadaki temel amaç, yüksek heterojenite gösteren faktör IX geninde, hızlı, efektif ve kesin sonuç veren otomatik kapiller jel elektroforezi ile DNA baz dizileme yöntemini kullanarak, kesin moleküler tanıya gidilmesi, yöntemin avantajlarının belirlenmesi ve Türk popülasyonundaki mutasyon profilinin ortaya çıkartılmasıdır. Yapılan çalışmada, klinik olarak tanısı konmuş 13 hemofili B hastasında, otomatik kapiller jel elektroforezi yöntemi ile DNA dizi analizi yapılarak mutasyonlar taranmış ve 2'si yeni olmak üzere 1 1 farklı mutasyon tanımlanmıştır. Tespit edilen mutasyonlar en çok ( %33 ) 8. ekzon bölgesinde gözlenmiştir. Ayrıca, faktör IX geninin CpG'den zengin bölgelerinde mutasyonlann daha çok ( %36 ) olduğu görülmüş ve missens mutasyonların faktör IX geninde hastalığa en fazla ( %46 ) neden olan mutasyon tipi olduğu literatürle de uyum gösteren bir şekilde ortaya konmuştur. Sonuç olarak, kapiller DNA dizi analizi yönteminin, faktör IX geni mutasyonlannın tanımlanmasında hızlı ve etkili bir yaklaşım olduğunu ve bu çalışmanın sonuçlarının, Türk popülasyonunun faktör IX geni mutasyon profilinin belirlenmesi ile ilgili başka çalışmalara da ışık tutacağım düşünmekteyiz. Anahtar kelimeler : Hemofili B, otomatik kapiller jel elektroforezi, DNA baz dizilemesi, mutasyon, heterojenite, moleküler tanı, faktör IX, koagülasyon

Abstract:
SUMMARY Hemophilia B is an X linked coagulopathy due to deficiency of clotting factor IX. The gene for factor IX is situated on the long arm of the X chromosome at band Xq27.1, and spans 34kb. It consist of eight exons and seven introns. The clinical and molecular basis of hemophilia B is heterogeneous and the clinical severty is related to the levels of factor IX activity. The main purpose of this study was to perform molecular diagnosis of hemophilia B disease by DNA sequence analyses of the promoter, poly A and coding regions of the factor IX gene. Evaluation of the usage of technique in the diagnosis of factor IX gene mutations will light up further studies that aim to obtain mutation profile of the factor IX gene spesific to Turkish population. By this aim, blood samples from thirteen clinically diagnosed hemophilia B patients were analysed by the automatic capiller gel electrophoresis tecnique. At least one mutation were identified in the patients, expect one case with mild hemophilia B of 1 1 identified molecular abnormalities, two were new mutations according to "Hemophilia B mutation bank" data of the recognised mutations, 33% were localised at the exon 8 of the factor IX gene. The frequency of mutations was higher in the CpG rich regions of the gene and missens mutations was regarded as the most common type of mutations causing severe hemophilia B and this conclusion was in accordance with the literature. In conclusion, we suggested that capiller DNA sequencing is a fast and efficient approach to identify mutations in the factor IX gene and the results of this study will light up further studies in obtaining the factor IX gene mutation profile of the Turkish population. Key words : Hemophilia B, automatic capiller gel electrophoresis, DNA sequence analyses, mutation, heterogeneity, molecular diagnosis, factor IX, coagulation VI