Balarılarındaki Amerikan yavru çürüklüğü hastalığı etkeni olan Paenibacillus larvae'nın larvalı petek ve bal örneklerinden konvansiyonel ve moleküler biyolojik yöntemlerle teşhisi
Diagnosis of honeybees' American foulbrood's causative agent Paenibacillus larvae from suspicious brood and honey by molecular and conventional methods
Yazar: MEHMET ÖZDEN
Danışman: PROF. DR. ATAÇ UZEL
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
Ülkemizde AYÇ hastalığı teşhisi, Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'nın
"Laboratuarlar Arası Metot Birliği" kitapçığına göre, konvansiyonel kültür yöntemi
ile yapılmaktadır. Konvansiyonel kültür yöntemi ile teşhis, uzun sürmekte ve
maliyeti yüksek olmaktadır. Bazı ülke ve laboratuarlarda OIE tarafından da tavsiye
edilen moleküler yöntemler kullanılarak daha hızlı sonuçlar alınabilmektedir. Bu
çalışma ise, teşhis prosedüründe uygulanabilirliği açısından konvansiyonel kültür
yöntemi, Konvansiyonel PCR ve Real-Time PCR yöntemlerinin paralel olarak
uygulanacağı bir metot karşılaştırma projesi olarak tasarlanmıştır.
Bu amaçla farklı kaynaklardan 96 adet larvalı petek, ballı petek ile az sayıda
kabartılmış petek ve ergin arı örnekleri toplanmıştır. Örnekler önce konvansiyonel
kültür metodu ile incelenmiş, daha sonra örneklerden DNA izolasyonu yapılarak
Konvansiyonel PCR ve Real-Time PCR metotları ile incelenmiştir. Moleküler
çalışmalar için, literatürlerde belirtilen primer çiftleriyle sonuç alınamamış, üç
başarısız denemeden sonra ancak dördüncü çalışmada PCR için farklı, Real-Time
PCR için farklı primerler kullanılarak metotlar optimize edilebilmiştir. Sonuç
olarak, konvansiyonel kültür metodu ile 10, konvansiyonel PCR ile 16, Real-Time
PCR ile 25 örnek pozitif olarak bulunmuştur. Kültür yöntemi ile pozitif bulunan
tüm örnekler, moleküler yöntemlerle de pozitif bulunmuştur. Çalışmamız
sonucundaki bulgular ışığında, AYÇ şüpheli bir örnek, moleküler yöntemlerle
muayene edilip negatif bulunursa menfi olarak değerlendirilebilir. Moleküler
yöntemlerle pozitif bulunursa, kültür yöntemi ile muayeneye alınıp, konvansiyonel
kültür yöntemi sonuçlarına göre değerlendirilmesinin uygun olacağı belirlenmiştir. 

Anahtar sözcükler: Balarısı, Amerikan Yavru Çürüklüğü, Teşhis, PCR,
Real-Time PCR

Abstract:
In Turkey, diagnosis of American Foulbrood Disease (AFB) is carried out
with conventional bacteriological methods according to the "Laboratory Method
Unification Manual" of Ministry of Food, Agriculture and Livestock. Diagnosis
with conventional culture method is time consuming and expensive. In some
countries and laboratories, molecular methods recommended by OIE could be
used for faster results. This research was designed as a method comparison work
where conventional methods, PCR and Real Time PCR methods will be applied
parallel regarding to application on the diagnosis process.
For this purpose, 96 samples consisting of larval broods, honey broods and
phenomenal amounts of harvested broods and adult bees were taken from
different sources. Samples were initially examined by culture methods, and then
by conventional PCR and real time PCR methods. In molecular studies
optimization was achieved with different primers for conventional PCR and real
time PCR methods. As a result, 10 samples were found to be positive with
conventional culture methods, 16 were positive with PCR and 25 were positive
with Real-Time PCR. All samples found positive with culture method were also
found to be positive with molecular methods. According to the findings of our
work, an AFB suspicious sample can be considered as negative if it is also was
found negative with molecular methods. If it is found to be positive with
molecular methods, it would be appropriate that the sample should be examined
and results should be evaluated with culture methods.

Keywords: Honeybee, American Foulbrood, Diagnosis, PCR, Real-Time
PCR