İnsan Xq21-Yp11.2 lokusunun akciğer kanseri ile ilgisi ve moleküler analizi
Molecular analysis of human Xq21-Yp11.2 locus with regard to polymorphism and lung cancer correlation
Yazar: SEVİLAY BARAK
Danışman: YRD. DOÇ. DR. EKREM DÜNDAR
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology
Dizin: Akciğer = Lung ; Genomik değişim = Genomic change ; Genotip = Genotype ; Nükleotid = Nucleotide ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Bu çalışmada insan cinsiyet kromozomlarında bulunan; biri X diğeri Y kromozomuna ait iki alelden oluşan bir lokusun polimorfizmiyle akciğer kanseri ilişkisi araştırılmış ve bu bölgenin moleküler analizi yapılmıştır.İlk bulgulara göre, daha önce yapılmış bir çalışmada anlamlı ve şaşırtıcı derecede yüksek olan korelasyonun, bu çalışma kapsamında yapılan analizler sonucunda yüksek olmadığı ancak beklenmedik derecede değişken olduğu tespit edilmiştir. Çalışılan DNA bölgesinin özellikle sağ ve sol kenarlarının çalışılan insan gruplarına göre oldukça farklı polimorfizme sahip olduğu tahmin edilmiş ve bu yüzden ilk çalışılan insan grubunda %100'e yakın başarı oranına sahip bir primer çifti optimize edilmiş olmasına rağmen daha sonraki çalışmalarda en az 4 primer çifti daha dizayn edilmiş ve kullanılmıştır. Bu anlamda oldukça ilginç olan bu DNA bölgesinin yaklaşık 250 nükleotit ilerisinde bir transpozonun bulunduğu yapılan biyoinformatik analiz sonucu ortaya çıkmış ve bu transposon biyoinformatik yönden analiz edilmiştir.Bu çalışmanın en önemli sonuçlarından birisi, iki farklı alelden oluşan bu lokusun, analiz edilen hiç bir bireyde kanserle korelasyon gösteren alel açısından homozigot durumda bulunmaması, dolayısıyla muhtemel bir letal genotipin tespit edilmiş olmasıdır. Bu tahminin testi için bu lokustaki her iki alel ayrı ayrı klonlanmış ve insan hücre hatlarına aktarılarak muhtemel promoter/enhanser potansiyelinin araştırılması için çalışmalar başlatılmıştır.ANAHTAR KELİMELER: Xq21, Yp11.2, akciğer kanseri, tek nükleotit polimorfizmi, transpozon, letal genotip.

Abstract:
In this study, polymorhism of human Xq21 / Yp11.2 locus was determined and a molecular analysis with regard to lung cancer was conducted.A surprisingly high correlation between the polymorphism of this locus and lung cancer that was observed based on initial results, was disappeared when the subject group was expanded to different study groups. The left and right border of the DNA sequence was predicted to be highly polymorphic and hence a primer pair optimised with around 100% success did not work for different study groups. Therefore at least 4 more primer pairs were used to complete the polymorphism analysis of the aimed groups. About 250 nuclotides ahead of this highly unusual DNA sequence, a transposon was identified through bionformatic analysis.One of the most important results of this study was the absense of a homozygous genotype consisting of the cancer correlated allel, in all the individuals studied, which suggested a possible lethal genotype. To explore this possibility, both alleles of the locus were cloned, and investigations to test promoter / enhancer potentials of this sequence were started.KEYWORDS: Xq21, Yp11.2, lung cancer, single nucleotide polymorphism, transposon, lethal genotype.