Gıda kaynaklı escherichia coli kökenlerinde toksin genlerinin multiplex PCR yöntemiyle araştırılması
Investigation of the toxin genes in food-borne escherichia coli strains by multiplex PCR technique
Yazar: CANSU ÖNLEN
Danışman: DOÇ. DR. NİZAMİ DURAN
Mustafa Kemal Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Besinler = Foods ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Hemoliz = Hemolysis ; Hemolizin proteinleri = Hemolysin proteins ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Toksinler = Toxins

Özet:
Escherichia coli (E. coli) O157:H7 önemli bir insan patojenidir. Shiga toksin (stx1 ve stx2) ve enterohemolizin (hlyA) üreten E.coli hayvansal kaynaklı gıdaların kontaminasyonu ile ortaya çıkan önemli bir halk sağlığı sorunu haline gelmiştir. Bu çalışmada Hatay?da faaliyet gösteren lokantalardan alınan salata örneklerinde E.coli O157:H7 frekansı ile bu suşlarda stx1 ve stx2 toksin varlığının multipleks PCR yöntemiyle araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya 327 salata örneği dahil edildi. Mikrobiyolojik değerlendirme Türk Gıda kodeksi Mikrobiyolojik Kriterlerine uygun olarak yapıldı. Sınır değerin üzerinde E.coli izolasyonu yapılan örneklerde DNA izolasyonu yapıldı. Çalışmada 150 E.coli izolatında ait karakteristik virulans genlerinin (stx1, stx2, hlyA) varlığı multipleks PCR yöntemiyle araştırıldı. Ayrıca E.coli O157:H7 olarak tespit edilen tüm izolatlarda eritromisin, ampisilin, gentamisin, sefuroksim, streptomisin, tetrasiklin, sefoperazon, siprofloksasin ve streptomisin duyarlılıkları CLSI kriterleri doğrultusunda disk difüzyon yöntemiyle araştırıldı. Çalışmaya dahil edilen 327 salata örneğinde 150 (%45.8)?sinde E. coli izolatı saptanmıştır. Bu 150 izolatın32 (%21.3)'sinde multipleks PCR yöntemi ile hly-A geni varlığı tespit edilmiştir. Bu 32 hly-A pozitif izolattan 5 (%15.6)?inin stx2, 2 (%6.3)?sinin stx1 ve 1 (%3.1) izolatın ise hem stx1 hem de stx2 geni açısından pozitif olduğu tespit edilmiştir. Otuz iki E.coli O157:H7 suşunun tamamının eritromisine dirençli olduğu tespit edilmiştir. Eritromisin dışında en yüksek direncin ampisiline karşı (%68.8; 22/32) görüldüğü tespit edilirken, sefuroksim, siprofloksasin ve sefaperazonda antimikrobiyal direnç tespit edilememiştir.Tüm kökenlerin bu üç antibiyotiğe (sefuroksim, siprofloksasin ve sefaperazon) karşı duyarlı oldukları saptanmıştır. Bunlar dışında streptomisin gentamisine ve tetrasiklinlere karşı antimikrobiyal direncin sırasıyla %15.6 (5/32), %6.3 (2/32) ve %3.1 (1/32) olduğu tespit edilmiştir. Sonuçlarımız ilimizdeki lokantalardan alınan salata örneklerinden izole edilen E.coli suşlarının stx1, stx2 ve hlyA gibi önemli virulans genlerine sahip olduğunu göstermiştir. Restoranlarda tüketilen salataların sağlık açısından potansiyel bir tehlike oluşturabileceği görülmektedir. Gıda kaynaklı E.coli O157:H7 enfeksiyonlarının önüne geçmek için salatalık malzemelerinin yıkanması ve hazırlanması hususunda yıkanma ve hijyen kurallarına uyulması önem arz etmektedir.

Anahtar Kelimeler:E.coli O157:H7, stx1, stx2, hly-A, PCR

Abstract:
Escherichia coli (E. coli) O157:H7 is important pathogen for human health. Shiga toxin (stx1 and stx2 genes) and enterohemolysin (hlyA gene)  producing E.coli have emerged as human pathogens and contamination of foods of animal origin has been a major public health concern. It was aimed to determine the frequency of E. coli O157:H7 and the stx1 and stx2 gene in salad samples taken from various restaurant which is located in Hatay province. A total of 327 salad samples were included to the study. Microbiological evaluation was performed according tothe Turkish Food Codex, Microbiological kriteria. If the number of isolated bacteria were higher than the limit in the Turkish Food Codex and Codex Alimentarius, nükleic acid isolation was made. The presence of the virulence genes (stx1, stx2, hlyA) in a total of 150 E.coli isolates were searched by multiplex PCR methods. Antibiotic susceptibility to erythromycin, ampicillin, gentamicin, cefuroxime, streptomycin, tetracycline, cefoperazone, ciprofloxacin, and streptomycin was determined via disk diffusion tests with antibiotic-containingdisks on Mueller-Hinton agar plate. The results were expressed as susceptible or resistant according to criteri are commended by the Clinical and Laboratory Standards Institute. A total of 327 salad samples were analyzed. E. coli O157:H7 was detected in150 (45.8 %) out of 500 analyzed samples.Of these 150 isolates, the presence of hly-A gene has been detected in 32(21.3%) samples by multiplex PCR technique. A total of five (15.6%) isolates in this 32 hly-A-positive isolates had stx2 gene, two(6.3%) of them had stx1 gene and one(3.1%) of the isolates were found to be positive for both stx1 and stx2 genes. It was found that all E. coliO157:H7 isolates were resistant to erythromycin. While the highest rates of antibiotic resistance were observed for ampicillin (68.8%, 22/32) after erythromycin, any antibiotic resistance against to cefuroxime, ciprofloxacin, and cephaperasone has not been identified. All isolates were found to be susceptible to these three antibiotics (cefuroxime, ciprofloxacin and cefoperazone). Other than this, antimicrobial resistance to streptomycin, gentamicin, and tetracycline were determined 15.6% (5/32), 6.3% (2/32) and3.1% (1/32), respectively. The results obtained in our province showed that E.coli strains isolated from salad samples were found to have important virulence genes such as stx1, stx2, and hlyA. Salads are consumed in restaurants could be found a potential threat to health. The results obtained in our provice and food joints salad isolated from E.coli O157: H7 strains of different stx, stx2, and just as important virulence genes were found to have hly-A. To prevent food-related E. coli O157:H7 infections, washing and food hygiene rules should be followed during the preparing the salad components.

Keywords:E.coli O157:H7, stx1, stx2, hly-A, PCR