Kozmopolit bir yayılışa sahip Xanthoria parietina (L) Th. Fr. türünde morfolojik, anatomik ve genetik varyasyonun belirlenmesi
Determination of morphological, anatomical and genetic variation Xanthoria parietina (L) Th. Fr. in species with a cosmopolitan distribution
Yazar: MİTHAT GÜLLÜ
Danışman: DOÇ. DR. FATMA ÖZTÜRK KÜP
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışma; ülkemizde ve dünyada geniş yayılış gösteren Xanthoria cinsine ait olan Xanthoria parietina türünün morfolojik ve anatomik olarak incelenmek ve PCR yardımıyla ITS, IGS ve RAPD primerlerini kullanarak tür içi genetik varyasyonu belirlemek için yapılmıştır. Sonuçlar sekans analizleriyle ilgili bölgeleri incelemek ve X. parietina türleri arasındaki tür içi genetik varyasyonun ortaya çıkarılması amacıyla yapılmıştır. ITS ve IGS sekansları için filogetik analizler çalışılan örnekler ve aynı zamanda gen bankasından alınan örnekler ile birlikte yapılmıştır. Analizler, çalışılan örnekler arasındaki genetik benzerliği açıklamak için üç farklı method (NJ, UPGMA, ME) yardımıyla gerçekleştirilmiştir. Neighbor-Joining dendrogramı incelendiğinde, türlerin iki ana kola ayrıldığı gözlenmiştir. Grup dışı olarak alınan türler bir kolu oluştururken, X. parietina türlerinin ikinci kolda toplandığı görülmüştür. 8 RAPD primeri 40 adet X. parietina türündeki polimorfizm belirlemek için kullanılmıştır. UPGMA metodu kullanılarak yapılan kümeleme analizleri sonucu liken genotiplerinin türler bazında gruplandığı, grupların oluşmasında coğrafi orijinlerinin etkili olmadığı belirlenmiştir.Temel bileşenler analizi (PCA) ile de benzer sonuçlar elde edilmiştir. Genotipler arasında genetik varyasyon bakımından 3 ayrı küme belirlenmiştir. Moleküler Varyans Analizi (AMOVA) ile populasyonlar arasında %26.76, populasyonlar içinde %73.24 varyasyon oranı tespit edilmiştir.Çalışılan genotipler de genetik polimorfizm oranı oldukça yüksek bulunmuştur (% 94).

Keywords: Xanthoria parietina, polimorfizm, tür içi genetik varyasyon, ITS, IGS, 
RAPD, PCA, AMOVA

Abstract:
This study has been made to examine as morphological and anatomical of X. parietina species belong to genus Xanthoria, which widely spreaded in our country and the world, and to determine the intraspecific genetic variation by using ITS, IGS and RAPD primers with the help of PCR. Theresultsareusedtoinvestigatetherelatedregionsby sequence analysis and to reveal the intraspecific genetic variation betweenX. parietinaspecies.Thephylogeneticanalysis for ITS and IGS sequences areperformedwiththe investigated samples and also withthesamplesobtainedfromGenbank.The analysis are conducted by the help of three different methods in order to reveal the genetic similarities between our studied samples. WhenweexaminetheNeighbor-Joiningdendrogram, it is observed that species areseperatedintotwo main branches. The species which is considered out group forms one of thebranches, whileX. parietinaspeciesarecollected on the other branch. Eight RAPD primers were used to detect polymorphism in forty X. parietina species. Cluster analysisindicated a speciesbasedclusteringandgeographicalorigin of thegenotypeswas not foundto be significant in clustering.Principlecomponentanalysis (PCA) revealed similar results and created three different clusters. Analysis of moleculer variance (AMOVA) indicated %26.76 variation between population and %73.24 variation within population. Geneticpolymorphism rate wasfoundto be considerablyhigh in thegenotypesstudied (% 94).

Keywords: Xanthoria parietina, polymorphism, intraspecific genetic variation, ITS, 
IGS, RAPD, PCA, AMOVA