Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus enfeksiyon insidansı ve genotiplerinin araştırılması
Investigation of rotavirus infection incidence and genotypes in children with acute gastroenteritis
Yazar: GÖKHAN ÖZTÜRK
Danışman: PROF. DR. FÜGEN YARKIN
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Gastroenterit = Gastroenteritis ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rotavirüs enfeksiyonları = Rotavirus infections ; Rotavirüsler = Rotaviruses ; İnsidans = Incidence

Özet:
Rotavirus bütün dünyada yenidoğan ve küçük çocuklarda ciddi akut gastroenteritin en yaygın sebebidir. Bu çalışmanın amacı akut gastroenterit sebebi ile hastaneye başvuran 5 yaş ve altındaki çocuklarda rotavirus enfeksiyon insidansını ve genotiplerini tespit etmektir.
Ocak-Aralık 2017 tarihleri arasında akut gastroenteriti olan 400 çocuğa ait dışkı örnekleri toplanmıştır. Rotavirus antijen varlığı Ridascreen Rotavirus ELISA (R-Biopharm AG, Germany) testi ile araştırılmıştır. Rotavirus pozitif örneklerden High Pure Viral RNA kiti (Roche Diagnostics, Germany) kullanılarak viral RNA ekstraksiyonu yapılmıştır. Rotavirus G ve P genotiplerinin tespiti için RT-PCR testi VP7 ve VP4 bölgesine spesifik konsensus primerler kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Daha sonra semi-nested multipleks PCR testi ile yedi rotavirus spesifik G genotipi ( G1-4, G8-10) ve altı rotavirus spesifik P genotipi (P[4], P[6], P[8]-[11])  araştırılmıştır.
Rotavirus antijen pozitiflik oranı %22.7 (91) olarak tespit edilmiştir. Rotavirus antijen pozitifliği 0-24 ay yaş grubunda daha yüksek (%76.9) bulunmuştur. Rotavirus enfeksiyonu en fazla sonbahar mevsiminde, özellikle Kasım ayında (%38.5) görülmüştür. Rotavirus antijen pozitif 91 örneğin RT-PCR testi ile 89'u (%22.2) pozitif bulunmuştur. Toplam 89 dışkı örneğinde rotavirus G1 genotipi en fazla tespit edilen (%50.5) G genotipi olup bunu sırasıyla G2 (%21.3), G3 (%14.6) ve G9 (%3.4) takip etmiştir. En baskın P genotipi ise P[8] (%36) olup bunu sırasıyla P[6] (%22,5), P[4] (%19), P[9] (%4.5), P[10] (%3.4) ve P[11] (%1) izlemiştir. En yaygın görülen G/P kombinasyonu %21.3 ile G1P[8] olup diğerleri G2P[4] %12.4, G1P[6] %6.7, G2P[8] %4.5 ve G3P[8] %3.4 oranlarında gözlenmiştir. Rotavirus miks enfeksiyon insidansı %7.9 (7) olarak tespit edilmiştir.
Sonuç olarak bu çalışmada tespit edilen rotavirus P ve G genotipleri mevcut rotavirus aşıların genotipleri ile uyumlu bulunmuştur. Bölgemizde rotavirus genotiplerinin belirlenmesi ve her yıl düzenli sürveyansı rotavirus aşı uygulamasını yaygınlaştırmak, aşı etkinliğini tespit etmek ve gelecekte alternatif rotavirus aşılarının geliştirilebilmesi için önemlidir.

Anahtar sözcükler: Akut gastroenterit, rotavirus, RT-PCR, semi-nested
multipleks PCR, genotipleme

Abstract:
Rotavirus is the most common cause of severe acute gastroenteritis in newborns and young children worldwide. The aim of this study is to determine the incidence and genotypes of rotavirus infection in children under and 5 years of age who were admitted to hospital due to acute gastroenteritis.
Between January and December 2017, stool samples were collected from 400 children with acute gastroenteritis. The presence of rotavirus antigen was investigated by the Ridascreen Rotavirus ELISA test (R-Biopharm AG, Germany). Viral RNA extraction from rotavirus positive samples was performed using High Pure Viral RNA kit (Roche Diagnostics, Germany). The RT-PCR test for identification of rotavirus G and P genotypes was carried out using consensus primers specific for the VP7 and VP4 regions. Then, seven rotavirus specific G genotypes (G1-4, G8-10) and six rotavirus specific P genotypes (P[4], P[6], P[8]-[11]) were detected by semi-nested multiplex PCR test.
The rate of rotavirus antigen positivity was 22.7% (91). Rotavirus antigen positivity was higher (76.9%) in 0-24 months age group. Rotavirus infection was most prevalent during the autumn, especially in November (38.5%). Out of 91 rotavirus antigen positive samples, 89 (22.2%) were found to be positive by RT-PCR test. Rotavirus G1 genotype was the most common (50.5%) G genotype in 89 stool specimens, followed by G2 (21.3%), G3 (14.6%) and G9 (3.4%). The most predominant P genotype was P[8] (36%), followed by P[6] (22.5%), P[4] (19%), P[9] (4.5%), P[10] (3.4%) and P[11] (1%). The most common G/P combination was G1P[8] with 21.3%, followed by G2P[4] (12.4%), G1P[6] (6.7%), G2P[8] (4.5%) and G3P[8] (3.3%). The incidence of mixed rotavirus infection was detected in 7.9% (7).
As a result, the rotavirus P and G genotypes identified in this study were found to be compatible with the genotypes of the existing rotavirus vaccines. Identification and annual surveillance of rotavirus genotypes in our region are important to widespread rotavirus vaccination, to determine vaccine efficacy and to develop alternative rotavirus vaccines in the future.


Key Words: Acute gastroenteritis, rotavirus, RT-PCR, semi-nested multiplex
PCR, genotyping