Enterobacteriaceae klinik izolatlarında beta laktamaz aktivitesinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Investigation of beta lactamase activity in enterobacteriaceae clinic isolates with phenotypic and genotypic methods
Yazar: GÜL BAYRAM ABİHA
Danışman: PROF. DR. NURAN DELİALİOĞLU
Mersin Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Fenotip = Phenotype ; Genotip = Genotype ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Klebsiella pneumoniae = Klebsiella pneumoniae ; Pnömoni = Pneumonia ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Enterobacteriaceae türlerinde bulunan beta-laktamaz enzimi beta-laktam antibiyotikleri hidrolize ederek birçok antibiyotiğe dirence sebep olmaktadır.  
Çalışmada,  109 E. coli ve 24 K. pneumoniae suşunun GSBL aktivitesinin çeşitli fenotipik yöntemlerle tespit edilmesi ve genotipik yöntemlerle beta laktamaz ve kinolon direncinden sorumlu gen bölgelerinin belirlenmesi, ek olarak da GSBL pozitif olarak saptanan 100 E. coli suşunun rep-PZR ile klonal ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. 
Çift sinerji testi ile E.coli suşlarının 107?si (%96,4) pozitif ve ikisi  (%3,6) negatif, K. pneumoniae suşlarının 23?ü pozitif (%95,7) ve biri (%4,3) negatif, E-test ile E.coli suşlarının 102?si (%93) pozitif ve yedisi  (%7) negatif, K. pneumoniae suşlarının 22?si (%92) pozitif, 2?si (%8) negatif, kombine disk difüzyon testi ile E.coli suşlarının 108?i (%99,08) pozitif, biri (%0,92) negatif,  K. pneumoniae suşlarının 23?ü (%95,7) pozitif ve biri (%4,3) negatif olarak saptandı. Suşların 114?ünde (%85) CTX-M grup 1 enzimi, 43?ünde (%32,1) TEM tipi, 44?ünde (% 32,8) OXA tipi, 31?inde hem TEM hem OXA tipi ve bir izolatta hem TEM hem SHV tipi beta laktamazlar saptandı. Kinolon direncinden sorumlu  aac(6')-Ib-cr gen bölgesi ise 82 E. coli (%75,3), 15 K. pneumoniae (%62,5) suşunda pozitif olarak saptandı.  Rep-PZR Diversilab yöntemi ile tiplendirilen 100 E. coli izolatından ikisi ana klon (1 ve 2) olmak üzere toplam 5 farklı klon (1-5) elde edildi. 	Sonuç olarak, klinik örneklerden izole edilen enterik bakterilerin çoğunluğunda beta-laktamaz ve kinolon direnç genleri saptanmıştır. Bu direnç genlerinin bakteriler arasında klonal olarak yayılımının önlenmesi için gerekli tedbirlerin alınması gerekmektedir. 

Anahtar kelimeler: E. coli, K. pneumoniae, geniş spektrumlu beta laktamaz, polimeraz zincir reaksiyonu, rep-PZR.

Abstract:
Beta lactamase enzyme, found in Enterobacteriaceae species, hydrolyze beta lactam antibiotics and causes antibiotic resistance. 
In this study, we aimed to detect ESBL activity with several phenotypic methods in 109 E. coli and 24 K. pneumoniae strains and determine gene regions responsible for beta lactamase and quninolone resistance with genotypic methods, in addition to this, investigation of clonal relationship in ESBL positive 100 E. coli strains with rep-PCR.
With double disc synergy test 107 E.coli  (96,4%) strains were positive and  two were (3,6%) negative, 23 K. pneumoniae strains were positive (95,7%) and one was (4,3%) negative, with E-test 102 E.coli strains were (93%) positive and seven were  (7%) negative, 22 (92%) K. pneumoniae strains were positive, two (8%) negative, with combine disc diffusion test  108 (99,08%) E.coli strain were  positive, one (0,92%) was negative,  23 (95,7%) K. pneumoniae strains were positive and one (4,3%) was negative.  CTX-M group 1 enzyme was in 14 (85%) strains, TEM was in 43 (32,1%) strains, OXA in 44 (32,8%), both TEM and OXA in 31 strains, and both TEM and SHV were in one strain  detected. aac(6')-Ib-cr gene region responsible for quinolone resistance was found positive in 82 E. coli (75,3%), 15 K. pneumoniae (62,5%) strains. 100 E. coli  isolates identified by rep-PCR Diversilab method, was acquired in totaly five different clons (1-5) including  two main clones. Finally, beta-lactamase and quinolone resistance genes were established in most of the enteric bacteria isolated from clinic samples. It is required to take necessary precautions to prevent clonal spread of these resistance genes in bacteria.

Key words: E. coli, K. pneumoniae, extended spectrum beta lactamase, polymerase chain reaction, rep-PCR.