Çevresel örneklerden Listeria monocytogenes'e özgü faj izolasyonu ve genotipik kararakterizasyonu
Listeria monocytogenes specific phage isolation from environmental samples and genotypic characterization
Yazar: NESLİHAN MUTLU
Danışman: PROF. DR. MİTAT ŞAHİN
Kafkas Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Bakteriyofaj grup belirlemesi = Bacteriophage typing ; Bakteriyofajlar = Bacteriophages ; Genotip = Genotype ; Kars = Kars ; Listeria enfeksiyonları = Listeria infections ; Listeria monocytogenes = Listeria monocytogenes ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Listeriozis ruminantlılarda abortus, ensefalomyelitis ve septisemi ile seyrederek, önemli ekonomik kayıplara yol açan zoonoz bir infeksiyondur. Listeria'ların doğal rezervuarlarının toprak ve memelilerin sindirim sistemi olması, Listeria'lar ile gıdaların kontaminasyon ihtimalini artırmaktadır. Teknolojinin gelişimiyle birlikte daha hızlı bir yaşam tarzının benimsendiği toplumlarda hazır gıda tüketiminin artması, buzdolabı ısısında üreyebilen Listeria'lara karşı daha dikkatli ve kontrollü tüketimi gerektirmektedir.
Bu çalışmada, Kars merkezde bulunan bazı ticari işletmelerden ve çevresel odaklardan toplam 45 örnek toplandı. Örneklerin toplanırken kirli alanlar, lağım sularının karıştığı alanlar ve kanatlı hayvanların temas ettiği çevresel örnekler tercih edildi. Yine Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji ABD Laboratuvarına getirilen 3 silaj örneği ve Listeria şüpheli 2 örnek değerlendirmeye alındı. Toplamda 50 örnekten litik faj izolasyonu ve mitomisin-C ile lizojenik faj izolasyonu gerçekleştirildi. Bu örneklerin 12 tanesinden 1 adetinden lizojenik, 11 adetinden ise litik faj izolasyonu yapıldı. İzolasyon, plak görünümleriyle doğrulandı.
İzolasyonu yapılan bakteriyofajları genotipik olarak tiplendirilmek için RAPD-PCR yöntemi kullanıldı. DNA'ların agaroz jel görüntülerinde 3 fajın daha önceki çalışmalarda tespit edilmiş vB¬_SepiS-philPLA7, vB¬_SauS-philPLA35 ve ΦH5 oldukları görüldü. Geriye kalan 9 fajın bant profilleri karşılaştırıldığında, 3 fajın bant profillerinin ve diğer 5 fajın bant profillerinin aynı oldukları görüldü.
Listeria infeksiyonlarının hayvan ve insan sağlığı açısından önemli  ve ekonomik kayıplara sebep olduğu düşünüldüğünde, mevcut çalışmanın yörede üretilecek olan silajların, hayvansal gıdaların dekontaminasyonu  ve diğer amaçlar için yol gösterici olabileceği kanısına varıldı.

Abstract:
Listeriosis is a zoonotic infection, causes abortion, encephalomyelitis and septicaemia in ruminants, leading to significant economic loss. The fact that soil and the digestive systems of mammals are the natural reservoirs for Listeria spp. increases the likelihood that food contamination will occur. In developed societies, the faster pace of life and technological advances have resulted in increased consumption of processed foods, making it necessary to take more precautions against Listeria spp., which propagate even under refrigeration.
In this study, 45 samples were collected from some commercial businesses and environmenral focus located in Kars center. Dirty areas, the area in contact with the mix of sewage and poultry environmental  were preferred while collecting samples. Again, 3 silage samples and two samples were suspicious of Listeria were evaluated that brougt to Kafkas University, Faculty of Veterinary Microbiology Laboratory. Isolation of lytic phage and lysogenic phage with mitomycin-C from total of 50 samples was performed.  From 1 out of 12 of these samples lysogenic, from the remaining 11 samples  lytic phage isolation were made. Isolation was confirmed by plaque view.
RAPD-PCR method was used to genotyping of  bacteriophages that were isolated. The agarose gel images of 3 phages view were observed to have been determined as  previous study vB¬_SepiS-philPLA7, vB¬_SauS-philPLA35 and ΦH5. When band profiles belong to remaining 9 phages  were compared, band profiles of 3 phages and the other 5 phages band profiles evaluated to be the same with  each other. 
This study is thought to be precursors for purposes such as the decontamination of silage will be produced in the region and animal food, since Listeria infections are important for animal and human health and cause considerable economic losses.