Kan kültüründe üreyen karbapeneme dirençli klebsiella kökenlerinde direnç genleri ve tedavi başarısının değerlendirilmesi
Evaluation of resistance genes and treatment outcomes in carbapenem-resistant klebsiella strains isolated from blood cultures
Yazar: AHMET FURKAN KURT
Danışman: PROF. DR. NEŞE SALTOĞLU
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa / Cerrahpaşa Tıp Fakültesi / Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji = Infectious Diseases and Clinical Microbiology

Özet:
Amaçlar: Karbapeneme dirençli K. pneumoniae'ye (KDKP) bağlı gelişen bakteriyemi olgularının genel özelliklerini, mortalite risk faktörlerini değerlendirmek, direnç genlerini ve antibiyotiklere direncini belirlemek, klonal ilişkilerini saptamak ve bu faktörlerin yıllara göre değişimini ve mortalite üzerine etkisini incelemek.
Gereç ve Yöntem: Retrospektif-kesitsel planlanan çalışmaya Ocak 2015-Aralık 2021 yılları arasında hastanemizde hemokültürde KDKP izole edilen 18 yaş üstü hastalar dahil edildi; demografik, klinik ve laboratuvar verilerine otomasyon programı üzerinden ulaşıldı. Meropenem MİK düzeyleri gradiyent test, kolistin MİK düzeyleri disk elüsyon yöntemiyle belirlendi. Koloni PZR ile karbapenemaz genleri değerlendirildi. AP-PZR ile klonalite analizi yapıldı. 
Bulgular: Çalışmaya alınan 230 hastanın yaş ortalaması 63,1±15,9 olup, %58,7'si erkekti. Hastaların %74,8'inde OXA-48, %12,6'sında NDM, %7,8'inde OXA-48 + NDM ve %4,8'inde KPC saptandı. 14. gün, 30. gün mortaliteleri sırasıyla %57 ve %69,6 olarak belirlendi. Otuzuncu gün mortalite çok değişkenli analizinde bakteriyeminin YBÜ'de gelişmesi, 2020-2021 döneminde gelişen bakteriyemi, polimikrobiyal üreme, kalıcı damar içi kateter varlığı, trombositin ≤140.000/µl, prokalsitoninin ≥6 µg/L ve Charlson-komorbidite skorunun ≥3 olması anlamlı bulundu. 2020-2021 yılları arasında, OXA-48 ile KPC genleri anlamlı düzeyde artarken, NDM gen gruplarının anlamlı düzeyde azaldığı, 14. gün ve 30. gün mortalitelerinin anlamlı düzeyde arttığı saptandı. COVID-19 pandemisinden önceki dönemde kümeleşme oranı %68 iken, 2020-2021 yıllarında oran %85,7 düzeyine ulaştı. 
Sonuç: Merkezimizde en sık rastlanan karbapenemaz geni OXA-48 olup, baskın bir salgın kökenine rastlanmadı. 30. gün mortalite (≈%70) için, YBÜ'de gelişen  
bakteriyemi, polimikrobiyal üreme, kalıcı damar içi kateter risk faktörleri olarak belirlendi. COVID-19 pandemisi döneminde kümeleşme ve mortalite oranlarının artışı (%55,7'den %79,7'ye) enfeksiyon kontrol önlemlerine uyumun önemini vurgulamaktadır.
Anahtar Kelimeler: Bakteriyemi, direnç genleri, Karbapeneme dirençli K. pneumoniae, klonalite, OXA-48

Abstract:
Aim: To evaluate the general characteristics and mortality risk factors of bacteremia developing due to carbapenem-resistant K. pneumoniae (CRKP), to determine the resistance genes and susceptilibity to antibiotics, to determine their clonal relationships, and to analyze the alteration of these factors over the years and their effects on mortality.
Materials and Methods: Patients over 18 years of age with CRKP isolated in hemoculture in our hospital between January 2015 and December 2021 were included in the retrospective-cross-sectional study; demographic, clinical and laboratory data were accessed through the automation program. Meropenem MIC levels were determined by gradient test and colistin MIC levels were determined by disc elution method. Carbapenemase genes were evaluated by colony PCR. Clonality analysis was performed by AP-PCR.
Results: The mean age of 230 patients included in the study was 63.1±15.9 years, 58.7% of them were male. OXA-48 was detected in 74.8% of the patients, NDM in 12.6%, OXA-48 + NDM in 7.8%, and KPC in 4.8%. The 14-day and 30-day mortality rates were 57% and 69.6%, respectively. In the multivariate analysis of 30-day mortality, the development of bacteremia in the ICU, bacteremia developing in the 2020-2021 period, polymicrobial bacteremia, presence of indwelling intravenous catheter, platelet count of ≤140,000/µl, procalcitonin level of ≥6 µg/L, and Charlson-comorbidity score ≥3 were found significant. Rate of OXA-48 and KPC genes increased significantly between years 2020-2021, while NDM gene groups decreased, and 14-day and 30-day mortality increased significantly. While the clustering rate was 68% in the period before the COVID-19 pandemic, it reached 85.7% between 2020-2021.
Conclusion: The most common carbapenemase gene in our center was OXA-48, and no dominant epidemic origin was found. Bacteremia developing in the ICU, polymicrobial bacteremia and indwelling intravenous catheter were determined as  
risk factors for 30-day mortality (≈70%). The increase in clustering and mortality rates (55.7% vs 79.7%) during COVID-19 pandemic period highlights the importance of infection control measures.
Keywords: Bacteremia, resistance genes, carbapenem-resistant K. pneumoniae, clonality, OXA-48