Fosfomisin dirençli enterobacteriaceae izolatlarında fosfomisin direncinin genotipik olarak araştırılması
Investigation of fosfomycin resistance in fosfomycin resistant enterobacteriaceae isolates
Yazar: KÜBRA HACIEMİNOĞLU
Danışman: DOÇ. DR. YELİZ TANRIVERDİ ÇAYCI
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterobacteriaceae = Enterobacteriaceae ; Fosfomisin = Fosfomycin ; Genler = Genes ; Genler-FOS = Genes-FOS ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial

Özet:
Amaç: Çalışmaya, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıp Laboratuvarları Tıbbi Mikrobiyoloji Bölümü Bakteriyoloji Laboratuvarına gönderilmiş idrar yolu örneklerinden izole edilen 185 Enterobacteriaceae izolatı dahil edildi. Çalışmaya dahil edilen Enterobacteriaceae izolatlarında, fosfomisin direncinden sorumlu olduğu bilinen genlerden fosA3 ve fosC2 genlerinin varlığının moleküler olarak tespit edilmesi planlandı.
Materyal ve Metot: İzolatların tanımlanması Vitek MS (bioMérieux, Fransa)  otomatize sistemi kullanılarak yapıldı. Antibiyotik duyarlılığı Vitek 2 Compakt (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ve disk difüzyon yöntemleri ile test edildi. Enterobacteriaceae izolatları moleküler çalışmaya kadar -20°C'de saklamaya alındı. Fosfomisin dirençli izolatların kaynatma yöntemiyle DNA ekstraksiyonu yapıldı. DNA ekstraksiyonundan sonra özgün primerler kullanılarak optimizasyon işlemi yapıldı. Optimizasyon işleminin ardından Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemiyle Enterobacteriaceae izolatlarında fosA3 ve fosC2 genlerinin varlığı araştırıldı. PZR işleminin ardından sekans analizi yapıldı.
Bulgular: Çalışmaya dahil edilen Enterobacteriaceae izolatlarının en çok Dahiliye (%23,2), Üroloji (%19,5) ve Nöroloji (%18,9) servislerinden gönderildiği belirlendi. Enterobacteriaceae izolatları ile yapılan PZR işlemi sonucunda izolatların 2'sinde fosA3 geni yönünden pozitif olarak bulunurken, izolatların hiçbirinde fosC2 geni tespit edilemedi. 
Sonuç: Yaptığımız çalışmaya dahil edilen Enterobacteriaceae izolatlarının %1,1'i fosA3 geni yönünden pozitif bulundu. Ancak izolatların hiçbirinde fosC2 geni tespit edilemedi.
Anahtar Kelimeler: Fosfomisin direnci; Enterobacteriaceae; fosA3; fosC2.

Abstract:
Aim: This study was included 185 Enterobacteriaceae, which isolated from clinical samples and sent to Bacteriology Laboratory of Medical Microbiology Department of Medical Faculty of Ondokuz Mayıs University Medical School. We aimed to investigate the presence of fosA3 and fosC2 genes that cause fosfomycin resistance in Enterobacteriaceae isolates which were included in the study.
Material and Method: Identification of isolates were performed in Vitek MS (bioMérieux, Fransa) automated system. The antibiotic susceptibility was tested with the Vitek 2 Compact (bioMérieux, Fransa) automated system and disc diffusion method. Enterobacteriaceae isolates were stored at -20 ° C until the molecular study. DNA extraction of fosfomycin resistant isolates was performed by boiling method. After DNA extraction, optimization was performed using the original primers. After optimization, fosA3 and fosC2 genes were investigated by polymerase chain reaction (PCR) method. Sequence analysis was done for the positive isolates after PCR.
Results: It was determined that the Enterobacteriaceae isolates included in the study were sent mostly from Internal Medicine (23.2%), Urology (19.5%) and Neurology (18.9%) services. As a result of the PCR and seqeunce, 2 of the 185 Enterobacteriaceae isolates were positive in the fosA3 gene, fosC2 gene was not detected. 
Conclusion: As a result 1.1% of Enterobacteriaceae isolates included in the study were positive for fosA3 gene. However, no fos C2 was detected in any of the isolates.
Keywords: Fosfomycin resistance; Enterobacteriaceae; fosA3; fosC2.