Hayvan orjinli escherichia coli suşlarında antibiyotik direnç genlerinin araştırılması
Investigation of antibiotic resistance genes in escherichia coli strains of animal origin
Yazar: CİHAN ÖZ
Danışman: DOÇ. DR. SEYDA CENGİZ
Atatürk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Escherichia coli = Escherichia coli ; Escherichia coli enfeksiyonları = Escherichia coli infections ; Genler = Genes ; Genotip = Genotype ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Bu çalışma çeşitli hayvan türlerinde farklı infeksiyonlardan izole edilmiş olan E. coli suşlarında antibiyotik direnç genlerinin PCR ile araştırılması ve yaygın olan direnç geni/genlerinin belirlenmesini amaçlamıştır.Çalışma kapsamında farklı hayvan türlerinin farklı infeksiyonlarından izole edilen 250 adet E. coli suşu kanlı agar, TSB ve MacConkey besiyerlerinde canlanadırılarak pasajlandıktan sonra biyokimyasal olarak E. coli olarak doğrulandı. Ardından suşlara kayantma yöntemi ile DNA ekstraksiyonu gerçekleştirildi. Ekstraksiyon sonrasında antibiyotik direnç genlerini belirlemek amacıyla PCR işlemleri yapıldı. Elektroforez ile PCR sonuçları değerlendirildikten sonra UV görüntüleme sisteminde sonuçlar görüntülendi.PCR analizleri sonucunda aadA geni (streptomisin) geni taşıyan 1 adet suş, tet-B geni taşıyan 40, tet-C geni taşıyan 6, sul1(sulbaktam) taşıyan 11, sul2 (sulbaktam) taşıyan 34, sul3 (sulbaktam) taşıyan 15, cat1 (florfenikol) taşıyan 123, floR (florfenikol) taşıyan 76, bla-Tem taşıyan (Beta laktam) 15, bla-shv (beta laktam) 33, ant (30)-1a (aadA1) (streptomisin) taşıyan 27, dhfr1 (trimetoprim) taşıyan 18, dfrA1-like (trimetoprim) taşıyan 23 adet suş olduğu belirlenmiştir. İzolatların antimikrobiyal direnç sonuçlarına bakıldığında izolatların çoğunda catI ve floR direnç genlerinin bulunduğu, 66 adet (%38.37) bakterinin ise her iki direnç genini birlikte taşıdığı tespit edilmiştir.Antibiyotik direnci veteriner hekimlikte ve insan hekimliğinde gittikçe artan bir problem haline gelmektedir. Çevresel bir epidemiyolojiye sahip olan E. coli'nin hayvanlarda oluşturduğu infeksiyonların tedavisinde antibiyotiklerin yaygın kullanımı bu bakterinin neden olduğu infeksiyonların tedavisini zorlaştırmakta, farklı tedavi seçeneklerinin oluşturulmasına neden olmaktadır. Özellikle tedavisi sağlanamayan infeksiyonlara bağlı hayvan kayıpları da şekillenmektedir. Bu çalışma ile izole edilen suşlarda yaygın kullanım alanına sahip florfenikol, tetrasiklin, sulbaktam, beta laktam ve streptomisin antibiyotiklerine karşı direnç genlerinin fazla sayıda olduğu belirlenmiştir.

Abstract:
This study aims to investigate antibiotic resistance genes by PCR in E. coli strains isolated from different infections in various animal species and to identify common resistance gene(s).Within the scope of the study, 250 strains of E. coli isolated from different infections of different animal species were biochemically confirmed as E. coli after being resuscitated in blood agar, TSB and MacConkey media. Then, DNA extraction was carried out on the strains by the boiling method. After extraction, PCR processes were performed to identify antibiotic resistance genes. After the PCR results were evaluated by electrophoresis, the results were displayed on the UV imaging system.PCR analysis aadA gene (streptomycin) gene 1 strain, tet-B gene 40, tet-C gene expression 11 strains, sul2 (sulbactam) 34 strains, 15 sul3 (sulbactam) , cat1 (florfenicol) 123, floR (florfenicol) 76, bla-Tem (Beta lactam) 15, bla-shv (beta lactam) 33, ant (30)-1a (aadA1) (streptomycin) 27, dhfr1 (trimethoprim) ) strains and dfrA1-like (trimethoprim) 23 strains. From the images of the isolate antimicrobial markers, it was seen that the isolates had catI and floR genes and 66 (38.37%) bacteria had two target genes together.Antibiotic resistance is becoming a growing problem in veterinary and human medicine. The widespread use of antibiotics in the treatment of infections caused by E. coli, which has environmental epidemiology in animals, complicates the treatment of infections caused by this bacterium and causes different treatment options. Especially animal losses due to untreated infections are also shaped. In this study, resistance genes against commonly used florfenicol, tetracycline, sulbactam, beta-lactam and streptomycin antibiotics were determined to be high in isolated strains.