Kahramanmaraş ilinde gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss, walbaum 1792) kafes işletmelerinde Vagococcus salmoninarum izolatlarının izolasyonu ve tanımlanması
Identification and isolation of izolates Vagococcus salmoninarum cage business rainbow trouts (Oncorhynchus mykiss) of Kahramanmaras city
Yazar: YASEMİN BARIŞ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. MİKAİL ÖZCAN
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Su Ürünleri = Aquatic Products
Dizin: Fenotipik parametreler = Phenotypic parameters ; Gökkuşağı alabalığı = Rainbow trout ; Oncorhynchus mykiss = Oncorhynchus mykiss ; PCR =

Özet:
Bu çalışma Kahramanmaraş ilindeki Gökkuşağı Alabalığı (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) kafes işletmelerinde Vagococcus salmoninarum izolatlarının izole edilmesini, fenotipik ve genotipik özelliklerinin incelenmesini kapsamaktadır. Bu amaçla Haziran 2013 ve Temmuz 2014 tarihleri arasında 20 farklı alabalık işletmelerinden 250-300 gr ağırlığındaki Gökkuşağı alabalıklarından göz, karaciğer, dalak, böbrek ve bağırsaklardan örnekler alınmıştır.
Vagococcus salmoninarum izolasyonu için; Tryptic Soy Agar (TSA), Nutrient Broth (NB) ve Brain Heart (Infusion) Agar (BHIA) kullanılmıştır. Bu besiyerleri 24 ⁰C'de 48 saat süreyle inkübatörde inkübe edildi. Üreyen saf kolonilere antibiyogram duyarlılık testi disk difüzyon yöntemine göre yapılmıştır. 
Alabalık işletmelerinden alınan bu örneklerden elde edilen saf suşlara biyokimyasal tanımlama testleri; Biolog Sistemi (The biolog GENIII micro plate) uygulanıp fenotipik özellikleri incelenmiştir.
Bakterinin fenotipik ve biyokimyasal özelliklerine göre belirlenen 48 adet Vagococcus salmoninarum suşunun Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) tekniğiyle teyit edilmesinde genel primer kullanıldı. Takiben bu suşların tamamının moleküler olarak Vagococcus salmoninarum olduğu teyit edildi.
Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile doğrulanan suşların RFLP (Restriction Fragment Length polymorphism-Restriksiyon Parçacık Uzunluk Polimorfizmi) tekniği ile genetik özeliklerine bakıldı. Elde edilen Vagococcus salmoninarum örneklerinden bir tanesinin sekans analizi yapıldı ve analiz sonucu elde edilen bilgiler yorumlandı.
Sonuç olarak bu çalışmada, Kahramanmaraş ilinde yirmi farklı işletmede Vagococcus salmoninarum bakterisini taşıdığı tespit edildi. Vagococcus salmoninarum kültür yöntemiyle identifikasyonu üç hafta sürer iken, Polimeraz Zincir Reaksiyon tekniği kısa sürede yapıldı. RFLP (Restriction Fragment Length polymorphism-Restriksiyon Parçacık Uzunluk Polimorfizmi) tekniği ile Vagococcus salmoninarum'un alt tiplendirilmesi başarılı bir şekilde gerçekleştirildi.

Abstract:
In this study, it was included to identify and investigate phenotypic and genotypic charecteristics the isolation of Vagococcus salmoninarum in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) farms the cage of Kahramanmaraş province. For this purpose, farms twenty different trout between July 2014 and June 2013 were  taken in samples the gut   and kidney, spleen, liver, eye rainbow trout weighing 250-300 g.
For isolation of Vagococcus salmoninarum; Tryptic Soy Agar (TSA), Nutrient Broth (NB) ve Brain Heart (Infusion) Agars (BHIA) were used. This medium was incubated at an incubator for 48 hours in 24⁰C. Antibiogram sensitivity test was also applied according to disk diffusion method.
The pure strains obtained from these samples from trout farms were evaluated phenotypic characteristics applied with Biolog System Connection (The Genie biolog micro plate) and Biochemical tests.
General primer were used to confirm 48 Vagococcus salmoninarum with PCR after determined according to bacteria the phenotype and genotype characteristics. Subsequently, these strains were confirmed as Vagococcus salmoninarum with DNA.
The RFLP (restriction fragment length polymorphism-Restriction Particle Length Polymorphism) the strain of confirmed Polymerase Chain Reaction (PCR) were measured of features gene by the technique.
Vagococcus salmoninarum was made from sequence analysis one of the resulting sample and the analysis result was interpreted from data obtained.
Consequently In this study, Vagococcus salmoninarum was determined in twenty fish farms Kahramanmaraş province. While the identification period of Vagococcus salmoninarum with culture method was taken three weeks, it was performed in 24 hours. Sub-typing Vagococcus salmoninarum with RFLP (Restriction Fragment Length polymorphism) technique was performed successfully.