COL4A1 ve COL4A2 gen polimorfizmleri ile serebral palsi'nin ilişkisi
Association of COL4A1 and COL4A2 gene polymorphisms with cerebral palsy
Yazar: ORHAN GÜVENER
Danışman: PROF. DR. MELEK SEZGİN
Mersin Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2018
Konu: Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon = Physical Medicine and Rehabilitation
Dizin: Genler = Genes ; Hastalık şiddeti indeksi = Severity of illness index ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; Risk faktörleri = Risk factors ; Serebral palsi = Cerebral palsy

Özet:
Bu çalışmada Serebral Palsi (SP) ile COL4A1 rs1961495 ve COL4A2 rs9521733 gen polimorfizmlerinin SPgelişme riski ve/veya SP fenotipi ve klinik şiddetiile ilişkisini araştırmayı amaçladık. 
Çalışmaya SP tanısı konulmuş 176 hasta ile yaşı ve cinsiyeti eşleştirilen 178 sağlıklı çocuk alındı.
Periferik kandan genomik DNA elde edilmesinin ardından Real Time-PCR ile COL4A1 (rs1961495) ve COL4A2 (rs9521733) polimorfizmlerine yönelik ilgili polimorfik sekansa ait primer problar kullanılarak genotipleme çalışması yapıldı. Elde edilen verilerden hasta ve kontrol grubunun genotip dağılımları ve allel frekansları, Ki-kare ve Cochran-Armitage Trend testi ile karşılaştırıldı sürekli değişkenlerin (yaş vb.) gruplara göre farklı olup olmadığının tespiti için Student t testi, kategorik verilerin (cinsiyet vb.) analizi için Ki Kare testi kullanıldı.
Çalışma popülasyonu 176 (75 kız, 101 erkek, 71.8 ± 37.9 ay) SP ve 178 (88 kız, 90 erkek 69.3 ± 55.2 ay) sağlıklı  kontrollerden oluşmaktaydı (p> 0.05). Grupların genotip dağılımı  Hardy-Weinberg dengesindeydi (p> 0.05). COL4A1 ve COL4A2 gen polimorfizmleriningenotip dağılımı ve allel frekansı bakımından gruplar arasında istatistikselanlamlı farklılık yoktu (p>0.05). Ayrıca SP'nin fenotipik özellikleri ve klinik şiddeti ile her 2 gen polimorfizmi arasında anlamlı ilişki saptanmadı (p>0.05).Ayrıca bu iki gen polimorfizminin  genotiplerinin birlikteliğinin dağılımı gruplar arasında incelendi ve istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmadı.Sadece, COL4A2 polimorfizmi ile büyüme geriliği arasında anlamlı bir ilişki saptanmıştır. Büyüme geriliği olmayan SP'li çocuklara göre, büyüme geriliği olan SP'li çocuklarda TT genotipi CC ve CT genotiplerine göre (sırasıyla, %57.1, %38.1, %4.8, p = 0.03) ve T alleli, C alleline göre daha yüksekti (sırasıyla %76.2, % 23.8, p = 0.01).
Sonuç olarak bu bulgular COL4A1 ve COL4A2 gen polimorfizmlerinin bir grup Türk popülasyonunda SP' ye yatkınlık ile ilişkili olmadığını, ancak COL4A2 gen polimorfizminin SP' li hastalarda büyüme geriliği ile ilişkili olabileceğini düşündürmektedir.

Anahtar Kelimeler:Serebral palsi, COL4A1 gen polimorfizmi, COL4A2 gen polimorfizmi

Abstract:
In this study, we aimed to investigate the relationship between the polymorphisms of Cerebral Palsy (CP) and COL4A1 rs1961495 and COL4A2 rs9521733 gene polymorphisms with the risk of developing CP and / or the phenotype and clinical severity of CP.
One hundred seventy six  patients diagnosed with CP were included in the study and 178 healthy children matched age and gender.
After obtaining the peripheral blood genomic DNA, genotyping studies were performed using Real Time-PCR primer probes for the relevant polymorphic sequence for COL4A1 (rs1961495) and COL4A2 (rs9521733) polymorphisms. The genotype distributions and allele frequencies of the patient and control group were compared with Chi-square and Cochran-Armitage Trend test. Student's t test was used to determine whether continuous variables (age, etc.) were different according to groups, and Chi square test was used to analyze categorical data (sex, etc.).
The study population consisted of 176 (75 girls, 101 boys, 71.8 ± 37.9 months) and 178 (88 girls, 90 boys, 69.3 ± 55.2 months) healthy controls (p> 0.05). The genotype distribution of the groups was in the Hardy-Weinberg equilibrium (p> 0.05). There was no statistically significant difference between the groups in terms of genotype distribution and allele frequency of COL4A1 and COL4A2 gene polymorphisms (p> 0.05). In addition, there was no significant relationship between phenotype and clinical severity of SP and 2 gene polymorphisms (p> 0.05).In addition, the distribution of the coexistence of these two gene polymorphisms was examined among the groups and no statistically significant difference was found.Only, a significant relationship was found between COL4A2 polymorphism and growth retardation. In CP patients with the growth retardation TT genotype and T allele were higher than CC and CT genotypes (57.1%, 38.1%, 4.8%, p = 0.03, respectively) and C allele 76.2%, 23.8%, p = 0.01).
As a result, these findings suggest that COL4A1 and COL4A2 gene polymorphisms are not associated with susceptibility to CP in a group of Turkish populations but COL4A2 gene polymorphism may be associated with in CP patientswith growth retardation.
 
Key words: Cerebral palsy, COL4A1 gene polymorphism, COL4A2 gene polymorphism