Postmortem interval tayininde kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile hücre dışı serbest DNA ve miRNA analizi
Cell free DNA and miRNA analysis by quantitative real-time polymerase chain reaction in postmortem interval determination
Yazar: DUYGU YAVUZ KILIÇASLAN
Danışman: PROF. DR. NACİYE LALE TUFAN
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Disiplinlerarası Adli Bilimler Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2023
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine
Dizin: Adli tıp = Forensic medicine ; DNA = DNA ; Mikro RNA = Micro RNA ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Postmortem değişmeler = Postmortem changes ; Ölüm = Death

Özet:
Fransız bilim insanı Emanuelle Fodere ilk olarak ölümün tanısını somatik ölüm olarak adlandırmış ve spontan dolaşım, spontan solunum ve merkezi sinir sisteminin geri dönüşümsüz olarak kaybı olarak tanımlamıştır. Ölüm sonrası geçen zaman ise postmortem interval (PMİ) olarak tanımlanmaktadır. Ölüm zamanının bilinmesi adli vakalarda olayların aydınlatılmasında büyük önem taşımaktadır. Postmortem değişiklikler genel olarak erken ve geç dönem olmak üzere iki ayrı grupta değerlendirilmektedir. Farklı nedenlerle gerçekleşen ölüm sonrasında vücutta algor mortis, rigor mortis, livor mortis ve pütrefikasyon gibi benzer değişiklikler meydana gelmektedir. Adli Tıp'ta ölüm zamanı tayininde kanın donma derecesi, sakal ve kılların ölçümü, mide muhtevası, kan şekeri ölçümü, kemik iliği hücreleri, kan pH sının ölçümü gibi fizyolojik ve biyokimyasal değişimler geleneksel yöntemler olarak kullanılmakta ayrıca da adli entomoloji alanın da kullanılmaktadır. Geleneksel yöntemler ve entomolojik veriler çevre şartlarından etkilenebilmekte ve ölüm zamanı tayininde yanılgıya neden olabilmektedir. Çevre şartlarından daha az etkilenen genetik materyaller, son dönemlerde PMİ çalışmalarına dahil edilmiştir. Bu doktora tezi çalışmasında, farklı zaman aralıklarında ratlardan alınan serum örneklerinde, hücre dışı serbest DNA ve seçilen miR-122, miR-133, miR-1; miR-16, let-7e düzeylerinin kantitatif analizleri yapılmış, ölüm sonrası geçen süre arasındaki olası korelasyon ile postmortem interval tayininin araştırılması yapılmıştır. Analiz sonuçları Ct, ΔCt ve ΔΔCt ve fold change ayrı ayrı değerlendirilmiş olup mir-16 ve mir-122'nin diğer miRNA'lara göre istatistiksel olarak tüm zamanlarda daha düşük ΔCt ortalamasına sahip olduğu; mir-16'nın 24. ve 48. saatlerde daha düşük ΔΔCt ortalamasına sahip olduğu; fold chage değişimlerinde ise mir-16'nın 24. saatte en yüksek ortalamaya sahip olduğu görülmüştür. Ölüm sonrası geçen zamanla birlikte hücre dışı serbest DNA tayini için yapılan çalışmada referans genlerimiz olan GAPDH ve ACTB'nin zamanla azaldığı, 0., 6., ve 12. saatlerde, 24 ve 48. saatlere göre istatistiksel olarak daha yüksek ortalamaya sahip olduğu görülmüştür. Bu çalışma postmortem interval tayininde hücre dışı serbest DNA'nın olası etkisi ile ilgili kantitatif olarak yapılan ilk araştırma niteliğindedir.

Abstract:
For the first time, French scientist Emanuelle Fodere named the diagnosis of death as somatic death and defined it as irreversible loss of spontaneous circulation, spontaneous breathing and central nervous system. The time after death is defined as the postmortem interval (PMI). Knowing the time of death is important in forensic cases. Postmortem changes are evaluated in two separate groups as early and late period. After death due to different reasons, similar changes occur in the body such as algor mortis, rigor mortis, livor mortis and putrefication. Physiological and biochemical changes such as the degree of freezing of the blood, measurement of beard and hair, measurement of stomach content, blood sugar measurement, bone marrow cells, measurement of blood pH and also used in the field of forensic entomology are used as traditional methods in forensic medicine. Traditional methods and entomological data can be affected by environmental conditions and cause errors in the determination of time of death. Genetic materials that are less affected by environmental conditions have been included in PMI studies recently. In the study, quantitative analyzes of the levels of extracellular free DNA and selected miRNAs were made in serum samples taken from rats at different time intervals, and the possible correlation between the postmortem period and the postmortem interval determination were investigated. Analysis results Ct, ΔCt and ΔΔCt and fold change were evaluated separately, and mir-16 and mir-122 had a statistically lower ΔCt mean than other miRNAs at all times; mir-16 had lower mean ΔΔCt at 24 and 48 hours; In the fold chage changes, it was observed that mir-16 had the highest mean at the 24th hour. In the study conducted for the elapsed time after death and extracellular free DNA determination, it was observed that our reference genes, GAPDH and ACTB, decreased over time and had a statistically higher mean at 0, 6, and 12 hours than at 24 and 48 hours. This study is the first quantitative study on the possible effect of extracellular free DNA in postmortem interval determination.