Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi doku tipleme laboratuvarı'na başvuran bireylerin insan lökosit antijen (HLA) allellerinin ve haplotiplerinin frekansları
Allele and haplotype frequencies of human leukocyte antigen (HLA) of individuals applied to tissue typing laboratory in Tepecik Education and Research Hospital
Yazar: BURCU AKMAN
Danışman: PROF. DR. İBRAHİM PİRİM
İzmir Katip Çelebi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: Alleller = Alleles ; HLA antijenleri = HLA antigens ; HLA antijenleri = HLA antigens ; Haplotipler = Haplotypes ; Türk popülasyonu = Turkish population ; Türk toplumu = Turkish society ; İzmir = Izmir

Özet:
Bu çalışmada 2011-2015 yılları arasında Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Doku Tipleme Laboratuvarı'na başvuran bireylerin HLA allel ve haplotip freksanslarını belirlemeyi amaçladık. Bu amaçla, 2341 bireyin verisi tarandı. Daha sonra bu veri içerisinde aileler tanımlandı (391 aile, 1365 birey) ve haplotipler segregasyon analizi ile saptandı. Haplotiplerdeki HLA allellerine ek olarak, akrabalık ilişkisi bulunmayan 261 bireyin HLA genotipi HLA allel frekanslarının belirlenmesinde kullanıldı. Bireylerin HLA genotiplendirmeleri SSP (Olerup, Sweden), SSO (Lifecodes, United States) ve Sanger SBT (GenDX, Holland) yöntemleri ile gerçekleştirildi. HLA allel ve haplotip frekansları SPSS programı ile, Hardy-Weinberg ve bağlantı dengesizliği analizi ise (relative LD, D') Arlequin programı ile analiz edildi. HLA-A lokusunda A*02 (19,8%), A*24 (15,7%), A*03 (11,2%), HLA-B lokusunda B*35 (18,8%), B*51 (12,4%), B*44 (7,4%), HLA-DRB1 lokusunda DRB1*11 (21,2%), DRB1*04 (15,7%) ve DRB1*15 (10,6%) en sık alleller olarak gözlendi. A*24-B*35-DRB1*11 (1,7%), A*01-B*08-DRB1*03 (1,2%) ve A*03-B*44-DRB1*04 (1,1%) ise en sık haplotipler olarak saptandı. Aileler üç ayrı grupta analiz edildiler: (i)anne ile babanın ve en az bir çocuğun bulunduğu aileler, (ii) Anne ve babadan yalnızca biri ile en az bir çocuğun bulunduğu aileler, (iii) anne ve babanın olmadığı fakat en az iki çocuğun bulunduğu aileler. Bu üç grup analiz edildiğinde benzer sonuçlar bulundu. Ayrıca, sonuçlarımızı Türkiye'de yapılan diğer popülasyon çalışmaları ile karşılaştırdık ve benzer sonuçlar gözlemledik.

Abstract:
In this study, we aimed to identify HLA allele and haplotype frequencies of individuals who were tested in Tepecik Education and Research Hospital Tissue Typing Laboratory between 2011 and 2015. For this purpose, the data of 2,341 individuals were screened. Then the families were defined (391 families, 1365 members) and the haplotypes were determined by segregation.  In addition to HLA alleles in haplotypes, HLA genotypes of 261 individuals were used for calculating of HLA allele frequencies. HLA genotyping of individuals were performed by using SSP (Olerup, Sweden), SSO (Lifecodes, United States) and Sanger SBT (GenDX, Holland) methods. The allele and haplotype frequencies were calculated by using SPSS, and Hardy-Weinberg Equilibrium and relative LD (D') were evaluated by Arlequin. A*02 (19,8%), A*24 (15,7%), A*03 (11,2%) in HLA-A locus, B*35 (18,8%), B*51 (12,4%), B*44 (7,4%) in HLA-B locus and DRB1*11 (21,2%), DRB1*04 (15,7%) and DRB1*15 (10,6%) in HLA-DRB1 locus were observed as the most frequent alleles. A*24-B*35-DRB1*11 (1,7%), A*01-B*08-DRB1*03 (1,2%) and A*03-B*44-DRB1*04 (1,1%) were observed as the most frequent haplotypes.  Families were divided into three groups: (i) families with both parents and one or more children, (ii) families with one parent and one or more children, and (iii) families with no parents but having two or more children. When we analyzed the haplotypes of these three groups, we found similar results. We also compared our results with other studies that included Turkish populations and obtained similar results.