Kocaeli'de yaygınlık gösteren sivrisinek (Dıptera: culıcıdae) türlerinin filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of mosquito (Diptera: culicidae) species common in kocaeli
Yazar: SERKAN DEDE
Danışman: DOÇ. DR. FİKRİYE POLAT
Kocaeli Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada, Kocaeli yöresinden toplanan sivrisinek örneklerinin filogenetik analiz yöntemiyle tür bazında tayin edilmesi amaçlandı. Bunun için Haziran 2017-Eylül 2018 tarihleri arasında toplanan 54 sivrisinek örneğinin DNA'ları izole edildi. Ardından mitokondrial Sitokrom Oksidaz Altünite I (COI) barkod geni, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile amplifiye edilip DNA dizi analizleri yapıldı. Filogenetik analizler GeneBank'tan alınan dizilerle birlikte değerlendirilerek gerçekleştirildi ve türler arası ilişkiler belirlendi. COI barkod geni ile Aedes, Anopheles ve Culiseta cinsine ait sivrisinekler, tür bazında yüksek benzerlik oranları ile tespit edilirken Culex pipiens kompleksi türlerin ayrımı sağlanamadı. Yalnızca Culex torrentium yüksek benzerlik oranı ile tespit edilebildi. Culex pipiens kompleksi türlerin ayırımını yapmak için ikinci aşamada Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) gen bölgesi kullanıldı. Ancak ITS2 barkod geni de Culex türlerinde COI gibi yüksek ayırım gücüne sahip değildi. Çalışılan gen bölgelerine ait tüm diziler MEGA X programına yüklenerek modelleme yöntemleri ve mesafeleri belirlendi. Bootstrap 1000'de filogenetik ağaçları oluşturuldu. Sonuç olarak, Kocaeli ilinde yapılan bu çalışmada Aedes geniculatus (n=10), Aedes albopictus (n=7), Anopheles funestus (n=1), Anopheles plumbeus (n=1), Culiseta longiareolata (n=1), Culex torrentium (n=1) ve Culex pipiens kompleksi (n=33) sivrisinekler tespit edildi.

Abstract:
In this study, it was aimed to determine the species level of mosquito samples from a region of Kocaeli using phylogenetic analysis method. For this, DNAs of 54 mosquito samples collected between June 2017 and September 2018 were isolated. Then Mitochondrial Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) barcode gene was amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) technique and sequenced. Phylogenetic analyses were evaluated together with the sequences obtained from GenBank and relationships between species were determined. Mosquitoes belonging to the genus of Aedes, Anopheles and Culiseta were detected to be having high similarity rates on the basis of COI barcode gene, whereas the species of Culex pipiens complex were not distinguished. Only Culex torrentium was detected with a high similarity rate. For the second step, Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) gene region was used to detect the species of Culex pipiens complex. However, similar with COI, ITS2 barcode gene did not have high separation power in Culex species. After all sequences of the gene regions were loaded into MEGA X program, their modeling methods and distances were determined. Phylogenetic trees were created in Bootstrap 1000. In conclusion, in this study conducted in Kocaeli, mosquitoes were detected as follows: Aedes geniculatus (n = 10), Aedes albopictus (n = 7), Anopheles funestus (n = 1), Anopheles plumbeus (n = 1), Culiseta longiareolata (n = 1), Culex torrentium (n = 1) and Culex pipiens complex (n = 33).