Konya, Karaman ve Aksaray illeri kabakgil ekim alanlarında görülen virüs hastalıklarının serolojik ve moleküler yöntemlerle tespiti ve enfeksiyon kaynaklarının belirlenmesi
Detection of virus diseases of cucurbits in Konya, Karaman and Aksaray provinces by serologic and molecular methods and determination of infection sources
Yazar: SERKAN YEŞİL
Danışman: PROF. DR. FİLİZ ERTUNÇ
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bitki hastalıkları = Plant diseases ; Bitki koruma = Plant protection ; Bitki patolojisi = Phytopathology ; Bitki virüsleri = Plant viruses

Özet:
Bu çalışma, Konya, Karaman ve Aksaray illeri kabakgil ekim alanlarındaki virüs enfeksiyonlarını ve bunların enfeksiyon kaynaklarını belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. 2009 ve 2010 yıllarında, toplam olarak virüs hastalığı belirtileri gösteren 652 kabakgil bitki örneği, 92 tohum örneği ve 85 yabancı ot örneği toplanmıştır. Virüsler DAS-ELISA ve RT-PCR ile tanımlanmıştır. Sonuçlar, bitki örneklerinin %83,4?ünün, yabancı ot örneklerinin %50,6?sının ve tohum örneklerinin ise %8,7?sinin Zucchini yellow mosaic Potyvirus (ZYMV), Watermelon mosaic Potyvirus-2 (WMV-2), Cucumber mosaic Cucumovirus (CMV), Papaya ringspot Potyvirus-watermelon strain (PRSV-W) veya Squash mosaic Comovirus (SqMV) ile enfekteli olduğunu göstermiştir. Test sonuçlarına gore, bitki örnekleri için ZYMV (%51,7), WMV-2 (%45,2) ve CMV (%21,3), tohum örnekleri için ZYMV (%4,3), WMV-2 (%3,3) ve CMV (%1,1) ve yabancı ot örnekleri için CMV (% 36,5), WMV-2 (%22,3) ve ZYMV (%15,3) hâkim virüslerdir. Bunun yanında, özellikle bitki örneklerinde karışık enfeksiyonların, oldukça yaygın olduğu belirlenmiştir. Testi yapılan hiçbir örnekte ise Cucumber green mottle mosaic Tobamovirus (CGMMV) enfeksiyonu saptanmamıştır. 
Aynı zamanda, bu çalışmada, kabakgil bitkilerinden toplanan 17 afid örneği RT-PCR testine tabi tutulmuştur. Bu örneklerde ise CMV, ZYMV (%17,6) ve WMV-2 (%11,7) enfeksiyonları tespit edilmiştir. 
Çalışmanın sonraki aşamasında ise 5 ZYMV, 3 WMV-2 ve 2 CMV izolatının dizileri belirlenerek, WMV-2 (KF021298, KF021299 ve KF021300) ve CMV (KC989614 ve KC989615) izolatlarının dizileri GenBank?a kaydettirilmiştir.

Abstract:
This study was conducted in order to determine the virus infections and their infection sources in major cucurbit growing areas in Konya, Karaman and Aksaray provinces. In total, 652 cucurbit plant samples with common symptoms of virus infections, 92 seed samples and 85 weed samples were collected during 2009 and 2010. The viruses were identified by DAS-ELISA and RT-PCR. The results showed that 83,4% of plant samples, 50,6% of weed samples and 8,7% of seed samples were infected with Zucchini yellow mosaic Potyvirus (ZYMV), Watermelon mosaic Potyvirus-2 (WMV-2), Cucumber mosaic Cucumovirus (CMV), Papaya ringspot Potyvirus-watermelon strain (PRSV-W) or Squash mosaic Comovirus (SqMV). According to the test results, predominant viruses were ZYMV (51,7%), WMV-2 (45,2%) and CMV (21,3%) for plant samples, ZYMV (4,3%), WMV-2 (3,3%) and CMV (1,1%) for seed samples and CMV (36,5%), WMV-2 (22,3%) and ZYMV (15,3%) for weed samples. Also mixed infections were determined commonly especially in plant samples. Cucumber green mottle mosaic Tobamovirus (CGMMV) was not determined in any of the tested samples.
In this study, also, 17 aphid samples were collected on cucurbit plants and  RT-PCR test was performed. CMV, ZYMV (17,6%) and WMV-2 (11,7%) infections were detected from aphid samples.
In the further stage of the study, isolates of ZYMV (5), WMV-2 (3) and CMV (2) were sequenced and CMV (KC989614-KC989615) and WMV-2 (KF021298-KF021299-KF021300) sequences were submitted to GenBank database.