Salmonella ınfantis suşlarının oluşturduğu biyofilm üzerine çevresel ve genetik faktörlerin etkisinin araştırılması
Effect of environmental and genetic factors on biofilm formation of the salmonella infantis strains in turkey
Yazar: HAFİZE DİLŞAD AÇIKALIN
Danışman: DOÇ. DR. H.KAAN MÜŞTAK
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Biyofilmler = Biofilms ; Genetik = Genetics ; Kümes hayvanları = Poultry ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Salmonella = Salmonella ; Çevre faktörleri = Environmental factors

Özet:
Biyofilm oluşumu, endüstriyel, çevresel, halk sağlığı ve tıbbi alanlarda ciddi sorunlara neden olmaktadır. Salmonella serotipleri arasında biyofilm oluşturma yeteneği ve miktarı arasında farklılıklar vardır ve bu özellikler çeşitli çevresel ve genetik faktörlere bağlı değişiklikler göstermektedirler. Son yıllarda yapılan çalışmalarda Salmonella Infantis'in ülkemizdeki kanatlı kümes ve kesimhanelerinde en sık gözlenen serotip olduğu belirlenmiştir. Bu tez çalışmasında, 100 S. Infantis suşu ile bazı Salmonella serotiplerinin (5 Salmonella Kentucky, 5 Salmonella Hadar, 5 Salmonella Enteritidis, 5 Salmonella Typhimurium) biyofilm morfotipleri belirlenerek biyofilm oluşumu üzerine sıcaklık, pH, tuz konsantrasyonu gibi çevresel etkilerin ve bazı genetik faktörlerin etkisi araştırıldı. Morfotip olarak S. Infantis'te rdar (%96), S. Typhimurium (%100), S. Kentucky (%100) ve S. Enteritidis (%100) serotiplerinin biyofilm morfotipleri rdar, S. hadar (%100) ise bdar morfotipinde bulundu.


S. Infantis için biyofilm oluşturma süresi uygun şartlar altında 72 saat olarak belirlenirken, optimum sıcaklık 20°C, pH 6,6 ve tuz konsantrasyon oranı %0,5 olarak belirlendi. pH 4,5'te ve %0,5'in üzerindeki tuz konsantrasyonlarında ise tüm serotiplerin biyofilm oluşturmadığı görüldü. Bu tez çalışmasında daha önce S. Infantis için araştırılmamış olan csrB, csrC, fimA ve fimB genleri hem S. Infantis serotip hem de S. Typhimurium, S. Enteritidis, S. Hadar ve S. Kentucky serotipleri için araştırılarak bu genlerin tüm serotiplerde var olduğu belirlendi. Salmonella Infantis için ilk kez yapılan bu araştırma sonucu elde edilen bulguların, bu serotipin biyofilm yapılarının eradikasyonu için yapılacak çalışmalarda, doğru parametrelerin belirlenmesi açısından yol gösterici olacağı düşünüldü.

Abstract:
Biofilm formation causes serious problems in industrial, environmental, public health and medical fields. There are differences between Salmonella serotypes' ability to form biofilm quantity; these characteristics change due to various environmental factors. Because of the existing of Salmonella Infantis as the most common poultry serotype in recent years, it is a need to investigate the genetic and environmental factors' effects on the biofilm formation of this serotype. In this thesis, the environmental impacts such as different salt concentrations, temperature and pH and some of genetic factors on biofilm formation of Salmonella Infantis and other 4 different serotypes (S. Enteritidis, S. Kentucky, S. Typhimurium, S. Hadar) which is the most common serotype in poultry in Turkey were used to show the environmental impacts such as different salt concentrations, temperature and pH and some of genetic factors on biofilm. The most common morphotype was shown as rdar at rate of %96 for S. Infantis, rdar for S. Typhimurium (%100), S. Kentucky (%100) and S. Enteritidis (%100), bdar for S. Hadar (%100).


For the S. infantis, the optimal temperature was 20°C, pH 6,6, and the salt concentration ratio was 0.5%, while the biofilm formation time was 72 hours under appropriate conditions. At pH 4,5 and salt concentrations above 0,5%, all serotypes did not form biofilms. In this thesis study, csrB, csrC, fimA and fimB genes which have not been previously investigated for S. Infantis were investigated for both S. Infantis serotype and S. Typhimurium, S. Enteritidis, S. Hadar and S. Kentucky serotypes and found that these genes exist in all serotypes determined. The findings of this first study for Salmonella Infantis will show the determination of the correct parameters in studies to eradicate this serotype biofilm constructs.