Baş-boyun kanserine neden olan genlerin genefishing tekniği kullanılarak tanımlanması
Identification of genes contributing to head and neck cancer using genefishing technique
Yazar: SEDA EKİZOĞLU ERATAK
Danışman: PROF. DR. ALİ NUR TURGUT ULUTİN
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Gen ifadesi = Gene expression ; Genler = Genes ; Kafa ve boyun neoplazmları = Head and neck neoplasms ; Laringeal neoplazmlar = Laryngeal neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Larenks kanseri dünya genelinde görülen baş-boyun kanserleri arasında en sık görülen 2. tiptir. Bu çalışmada larenks tümörlerinde farklı ifade edilen genleri saptamak için GeneFishing deneyi yaptık ve 27 farklı ifade edilen gen saptadık. Bunlardan iki tanesi PRR4 ve SLC22A23 genleridir. PRR4 proteini insan lakrimal bezin asiner hücrelerinde sentezlenir ve öküler yüzeyi ve ağız içini koruyan antimikrobiyal protein olarak işlev görmektedir. SLC22A23 ise; çeşitli dokularda birçok ilacın, ksenobiyotiklerin ve endojen metabolitlerin emilimi veya atılımından sorumlu olan organik iyon taşıyıcı ailesine aittir. SLC22A23 birçok dokuda ifade olmaktadır fakat substratı veya işlevi tanımlanmamıştır. SLC22A23 genindeki tek nükleotit polimorfizmleri bazı hastalıklar ve antipsikotik ilaçların atılımı ile ilişkilendirilmiştir.
PRR4 ve SLC22A23 genlerinin larenks kanserindeki rolünü anlamak için, larenks tümör dokularında ve bu dokulara komşu normal dokularda gerçek zamanlı nicel polimeraz zincir tepkimesi ile bu genlerin ifade seviyelerini araştırdık. Aynı zamanda SLC22A23 genindeki bazı polimorfizmler (rs4959235, rs6923667, rs9503518) için genotipleme analizi yaptık.
İfade analizi sonucunda; PRR4 gen ifadesinin 90 tümör dokusunun 65'inde (%72,2) normal dokuya kıyasla azaldığını ve SLC22A23 gen ifadesinin 83 tümörlü dokunun 46'sında (%55,4) normal dokuya kıyasla arttığını saptadık. SLC22A23'teki polimorfizmler için genotip analizi yapılan hastaların %77,2'sinin rs9503518 için AA genotipine sahip olduğunu ve bu hastaların daha çok histolojik derecesi 2 ve 3 tümörlere sahip olduğunu saptadık. Ayrıca rs9503518-AA genotipinin artmış SLC22A23 gen ifadesi ile ilişkili olduğunu tespit ettik.
Yaptığımız bu çalışma sonuçları PRR4 ve SLC22A23 genlerinin larenks kanserinin gelişiminde önemli rolü olabileceğini göstermektedir.

Abstract:
Larynx cancer (LC) is the second most common subtype in head and neck cancers. To identify differentially expressed genes (DEGs) in larynx tumors, we performed GeneFishing Assay and identified 27 DEGs. Two of these DEGs were PRR4 and SLC22A23 genes. The PRR4 protein is synthesized in the acinar cells of the human lacrimal glands and act as an antimicrobial protein protecting both the ocular surface and the oral cavity. SLC22A23 belongs to a family of organic ion transporters which are responsible for the absorption or excretion of many drugs, xenobiotics and endogenous compounds in a variety of tissues. SLC22A23 is expressed in various tissues but no substrates or functions have been identified for it. Single nucleotide polymorphisms which are located in SLC22A23 gene were associated with some diseases and the clearance of the antipsychotic drugs. 
To understand the role of the PRR4 and SLC22A23 genes in LC, we investigated their expression level in laryngeal tumor and adjacent non-cancerous tissue samples by qRT-PCR and genetic variations in SLC22A23 gene (rs4959235, rs6923667, rs9503518) were genotyped.
We found that PRR4 expression was decreased in 65 of 90 tumor tissues (72.2%) and SLC22A23 expression was increased in 46 of 83 tumor tissues (55.4%) compared to normal counterparts. 77.2% of patients were homozygous for rs9503518-AA and they most frequently had histological grade 2 and 3 tumors. We also found that rs9503518-AA genotype is associated with increased SLC22A23 expression.
Our results indicate that PRR4 and SLC22A23 may play an important role in the development of LC.