Tavuk orijinli salmonella suşlarında antibiyotik dirençliliğinin konvansiyonel ve moleküler analizi
Molecular and conventional analysis of antibiotic resistance in salmonella strains isolated from chicken
Yazar: MERVE ÖZDAL SALAR
Danışman: PROF. DR. HAKAN YARDIMCI
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Salmonella = Salmonella ; Salmonella enteritidis = Salmonella enteritidis ; Salmonella typhimurium = Salmonella typhimurium ; Tavuk eti = Chicken meat ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-çoklu = Drug resistance-multiple

Özet:
Bu araştırmada, tavuk orijinli Salmonella suşlarında antibiyotik dirençliliğinin konvansiyonel ve moleküler olarak analiz edilmesi amaçlandı.
Çalışmada, tavuk orijinli 30 S. Infantis suşu, 30 S. Enteritidis ve 35 S. Typhimurium olmak üzere toplam 95 adet suş kullanıldı. Kirby-Bauer disk diffuzyon tekniğine esas alınarak gentamisin, kanamisin, streptomisin, eritromisin, tetrasiklin, siprofloksasin, nalidiksit asit, ampisilin, sefotaksim ve seftazidim, kloramfenikol, sulfonamid ve trimetoprim/sülfametaksazol antibiyotikleri çalışıldı. Antibiyotik dirençliliğin moleküler olarak analizi için tetrasiklin direncinde rol oynayan tet(A), kinolon direncinde rol oynayan gyrA ve aminoglikozid grubundan kanamisin direncinde rol oynayan aphA genlerine spesifik primerlerin kullanıldığı konvasiyonel PCR yöntemi uygulandı.
S. Infantis suşlarının 28 (%93)'i streptomisin'e, 29 (%96) 'u sülfanomid'e, 29 (%96) 'u eritromisin'e, 30 (%100)'u sefotaksim'e, 30 (%100)'u ampisilin'e, 30 (%100)'u ceftazidim'e, 27 (%90) 'si trimetoprim/sülfametaksazol'e, (%96) 'u tetrasiklin'e, 23 (%76)'ü gentamisin'e, 20 (%66) 'si kloramfenikol'e, 30 (%100)'u nalidiksik asit'e, 29 (%96) 'u kanamisin'e, 30 (%100)'u siprofloksasin'e dirençli bulunmuştur. S. Enteritidis suşlarının 29 (%96) 'u streptomisin'e, 29 (96)'u sülfanomid'e, 30 (%100)'u eritromisin'e, 30 (%100)'u sefotaksim'e, 29 (%96)'u ampisilin'e, 30 (%100)'u ceftazidim'e, 28 (%93)'i trimetoprim/sülfametaksazol'e, 30 (%100)'u tetrasiklin'e, 25 (%83)'i gentamisin'e, 23 (%83)'ü kloramfenikol'e, 30 (%100)'u nalidiksik asit'e, 28 (%93) 'i kanamisin'e, 30 (%100)'u siprofloksasin'e dirençli bulunmuştur. S. Typhimurium suşlarının 30 (%100)'u streptomisin'e, 30 (%100)'u sülfanomid'e, 30 (%100)'u eritromisin'e, (%100)'u sefotaksim'e, 30 (%100)'u ampisilin'e, 30 (%100)'u ceftazidim'e, 30 (%100)'u trimetoprim/sülfametaksazol'e, 30 (%100) 'u tetrasiklin'e, 30 (%100)'u gentamisin'e, 21 (%60)'i kloramfenikol'e, 30 (%100)'u nalidiksik asit'e, 30 (%100)'u kanamisin'e, 30 (%100)'u siprofloksasin'e dirençli bulunmuştur.
Aminoglikozid grubundan kanamisin direncinde rol oynayan aphA geni hiçbir S. Infantis suşunda tespit edilmezken, S. Enteritidis suşundan 5 tanesinde, 35 adet S. Typhimurium suşundan 3 tanesinde saptandı. Tetrasiklin direncinde rol oynayan tetA geni 30 adet S. Infantis suşundan 17 tanesinde, 30 adet S. Enteritidis suşundan 12 tanesinde, 35 adet S. Typhimurium suşundan 1 tanesinde saptandı. Kinolon direncinde rol oynayan gyrA 30 adet S. Infantis suşundan 7 tanesinde, 30 adet S. Enteritidis suşundan 14, 35 adet S. Typhimurium suşundan 22 (%63)'sinde saptandı.
Sonuç olarak çalışmaya dahil edilen Türkiye'nin farklı bölgelerinde faaliyet gösteren işletmelerden elde edilen Salmonella suşlarının seçilen antibiyotiklere karşı önemli oranda dirence sahip olduğu ve benzer şekilde çoklu antibiyotik direncine taşıdığı belirlenmiştir.

Abstract:
In this study, it was aimed to analysed antibiotic resistance via conventional and molecular methods in Salmonella strains originated from chickens.
In the study, bedding materials were collected for Salmonella isolation from 523 broiler and laying chicken coops in different region in Turkey. Totally, isolated 95 strains including strains of S. Infantis (n=30), S. Enteritidis (n=30) and S. Typhimurium (n=35) were used as a material. Gentamicin, kanamycin, streptomycin, erythromycin, tetracycline, ciprofloxacin, nalidixic acid, ampicillin, cefotaxime and ceftazidime, chloramphenicol, sulfonamide and trimethoprim/sulfamethoxazole were investigated for antibiotic susceptibility tests of strains based on the Kirby-Bauer method. Analysing for the antibiotic resistance, conventional Polymerase Chain Reaction method was applied with using specific primers against tet(A) gene related with tetracycline resistance, gyrA gene related with quinolone resistance and aphA gene related with kanamycin resistance in aminoglycoside.
It was found that out of the 30 strains, 28 (93%), 29 (96%), 29 (96%), 30 (100%), 30 (100%), 30 (100%), 27 (90%), 29 (96%), 23 (76%), 20 (66%), 30 (100%), 29 (96%), and 30 (100%) of the S. Infantis strains were resistant to streptomycin, sulfonamide, erythromycin, cefotaxime, ampicillin, ceftazidime, trimethoprim/sulfamethoxazole, tetracycline, gentamycin, chloramphenicol, nalidixic acid, kanamycin and ciprofloxacin, respectively. It was found that out of the 30 strains, 29 (96%), 29 (96%), 30 (100%), 30 (100%), 29 (96%), 30 (100%), 28 (93%), 30 (100%), 25 (83%), 23 (83%), 30 (100%), 28 (93%), and 30 (100%) of the S. Enteritidis strains were resistant to streptomycin, sulfonamide, erythromycin, cefotaxime, ampicillin, ceftazidime, trimethoprim/sulfamethoxazole, tetracycline, gentamycin, chloramphenicol, nalidixic acid, kanamycin and ciprofloxacin, respectively. It was found that out of the 30 strains, 30 (100%), 30 (100%), 30 (100%), 30 (100%), 30 (100%), 30 (100%), 30 (100%), 30 (100%), 30 (100%), 21 (60%), 30 (100%), 30 (100%), and 30 (100%) of the S. Typhimurium strains were resistant to streptomycin, sulfonamide, erythromycin, cefotaxime, ampicillin, ceftazidime, trimethoprim/sulfamethoxazole, tetracycline, gentamycin, chloramphenicol, nalidixic acid, kanamycin and ciprofloxacin, respectively.
aphA gene related with kanamycin resistance in aminoglycoside were detected in 5 strains out of the 30 S. Enteritidis strains and 3 strains out of the 35 S. Typhimurium strains, however, the gene were not detected any S. Infantis strain. tet(A) gene related with tetracycline resistance were detected in 17 strains out of the 30 Salmonella Infantis, 12 strains out of the 30 Salmonella Enteritidis strains and 1 strain out of the 35 S. Typhimurium strains. gyrA gene related with quinolone resistance were detected in 7 strains out of the 30 S. Infantis, 14 strains out of the 30 S. Enteritidis strains and 22 strains out of the 35 S. Typhimurium strains.
As a conclusion, Salmonella strains isolated from chicken coops in different region in Turkey had higher resistance rate against to the selected antibiotics and multiple antibiotic resistance.