Klinik örneklerden izole edilen candida, trichosporon, geotrichum ve rhodotorula kökenlerinin dna dizi analizi yöntemli ile tanımlanması
Identification of candida, trichosporon, geotrichum and rhodotorula strains that are isolated from the clinical samples by DNA sequencing analysis method
Yazar: MERVE AYDIN
Danışman: PROF. DR. SEMRA KUŞTİMUR
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: DNA analizi = DNA analysis ; Geotrichum = Geotrichum ; Kandida = Candida ; Rhodotorula = Rhodotorula ; Trichosporon = Trichosporon

Özet:
İmmunsupresif hastalarda en sık rastlanan fungal patojenlerin mayalar olduğu, bunlar arasında da en sık Candida'ların saptandığı bildirilmektedir. Candida'lara ek olarak son yıllarda Trichosporon, Geotrichum, Rhodotorula, Saccharomyces gibi maya benzeri mantarlara bağlı enfeksiyonlarda artış görüldüğü belirtilmektedir. Cins düzeyinde tanımlama birçok maya mantarı için yeterli olabilirken, özellikle antifungal ajanlara dirençli olan bazı mayaların tür düzeyinde identifikasyonu önemli bir gereksinimdir.Çalışmamızın amacı klinik örneklerden izole edilen ve klasik yöntemler ile tanımlanan Candida, Trichosporon, Geotrichum ve Rhodotorulatürlerinin daha hızlı ve güvenilir identifikasyonu amacıyla DNA dizi analizi yönteminin uygulanması ve sonuçların karşılaştırılmasıdır.Bu amaçla çalışmaya 2010-2012 yılları arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mikoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen 45 maya kökeni ile beş referans köken dahil edilmiştir. ITS ve D1-D2 bölgesinin DNA dizi analizi sonuçları ile konvansiyonel metodlardan ID 32C ve mısır unu-tween 80 agar sonuçları kıyaslandığında C.krusei, C.parapsilosis, C.lusitaniae, C.kefyr, T.asahii, C.pelliculosa, C.tropicalis, G.capitatum, T.inkin ve R.muciloginosa türüne ait kökenler tüm yöntemlerle aynı tanımlanmıştır.ID 32 C metodu ile tanımlanan dokuz C.glabrata kökeninin ise ikisi hariç yedi kökeni tür düzeyinde doğru tanımlandığı saptanmıştır. ID 32 C yöntemi ile C.glabrata olarak tanımladığımız iki köken dizi analizi sonucuna göre sırasıyla Candidapelliculosa ve Pichiakluyveri olarak tanımlanmıştır. Mısır unu tween 80 agar'da iki kökenin C.glabrata ile uyumsuz morfoloji gösterdiği gözlenmiştir.Klasik yöntemler ile tanımlamada sorun yaşanan ve nadir rastlanan maya türlerinin identifikasyonunda veya çok hızlı tanımlama gerektiren durumlarda DNA dizi analizi yönteminin kullanabileceği sonucuna varılmıştır.

Abstract:
It has been determined that yeasts are the most commonly encountered fungal pathogens in immunosuppressive patients and the Candida are the most dominant ones among these pathogens. Also it is stated that there has been an increase in infections related to yeast-like fungi such as Trichosporon, Geotrichum, Rhodotorula, Saccharomyces in recent years in addition to Candida. Though genus level identification might be sufficient for many yeasts, species level identification of certain yeasts which are resistant particularly for antifungal agent is significantly needed.The aim of our study is the application of DNA sequencing analysis method and comparison of the results in order to identify Candida, Trichosporon, Geotrichum and Rhodotorula strains that are isolated from clinical samples and identified through conventional methods.So as to achieve this aim, 45 yeast origins and five reference origins isolated from clinical samples, which were sent to Gazi University, Faculty of Medicine, Medical Microbiology Department?s Mycology Laboratory between the years 2010-2012, have been included in the study. When the DNA sequencing analysis results of ITS and D1-D2 area and the results of the conventional method ID 32C and cornmeal-tween 80 agar are compared; all origins belonging to C.krusei, C.parapsilosis, C.lusitaniae, C.kefyr, T.asahii, C.pelliculosa, C.tropicalis, G.capitatum, T.inkin and R.muciloginosa have been identified identically, by means of the all methods.As for the nine C.glabrata origins, it is found out that except for two, seven origins have been identified correctly on the basis of variety by means of the ID 32C method. Two origins, which we identify as C.glabrata through the ID 32C method, have been identified as Candida pelliculosa and Pichiakluyveri respectively, in accordance with the result of the DNA sequencing analysis method. In cornmeal-tween 80 agar, two origins have been observed to have inconsistent morphology with C.glabrata.It is concluded that the DNA sequencing analysis method can be used for the identification of rarely encountered yeast strains that are difficult to identify through conventional methods or when a rather quick identification is required.