hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Moleküler modelleme yöntemleri ile ıntegrin inhibitörlerinin tasarlanması
Design of integrin inhibitors by using molecular modelling methods
Yazar: AYŞE BERÇİN BARLAS
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL HAKKI AKGÜN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Bu çalışmada hücrelerin yüzeye tutunmasından ve sinyal iletiminden sorumlu protein grubu olan integrinlerin kanser gelişimindeki etkisini inhibe etmek amacıyla, yılan zehrinden elde edilen disintegrinlerden yola çıkılarak moleküler modelleme yöntemleri ile yeni integrin inhibitörlerinin tasarlanması amaçlanmıştır.
Bu amaç doğrultusunda, RGD motifi içeren disintegrin moleküllerinin aminoasit dizileri UniProt veritabanından alınmış ve RGD motifinin sağında ve solunda bulunan aminoasitlerin bulunma oranları hesaplanmıştır. Hesaplanan bu oranlara göre RGD motifi, oluşturulacak siklik peptid sekansının başında, ortasında ve sonunda konumlandırılarak aminoasit kombinasyonları oluşturulmuştur. Doğal aminoasitlerin yanında, RGD motifinde R ve D aminoasitlerinin modifiye edilmesiyle oluşturulan 4 adet doğal olmayan aminoasit Rosetta veritabanına eklenmiş ve RGD içermeyen aminoasit kombinasyonları oluşturulmuştur. 
Yapılan kombinasyonlar için siklik peptidler, Rosetta 3.9 modelleme yazılımı kullanılarak oluşturulmuştur. Oluşturulan siklik peptidler, reseptör yapı olarak seçilen ve hazırlanan αvβ3 integrinin bağlanma bölgesinde hizalanmış ve Rosetta 3.9 yazılımında docking simülasyonları yapılmıştır. 
Docking simülasyonları sonucu en iyi bağlanma skoru veren 7 molekülün Gromacs 2018.3 yazılımında moleküler dinamik simülasyonları yapılmıştır.

Abstract:
In this study, we aimed to design novel integrin inhibitors by using molecular modelling methods based on disintegrins obtained from snake venom in order to inhibit effects of integrins, which protein group is responsible for cell adhesion and signal transduction on cancer development.
For this purpose, the aminoacid sequences of the disintegrin molecules which are containing RGD motif were taken from UniProt database. The ratios of aminoacids that take place in the right and left side of the RGD motif were calculated. According to these calculated ratios, aminoacid combinations were formed by positioning the RGD motif at the beginning, middle and end of the cyclic peptide sequences. In addition to natural aminoacids, 4 non-canonical aminoacids that were formed by modifying R and D aminoacids in RGD motif were added to Rosetta database and non-RGD combinations of aminoacids were formed.
Cyclic peptides were generated by using Rosetta 3.9 modelling software. The generated cyclic peptides were aligned at the binding site of αvβ3 integrin, which was selected and prepared as receptor structure, and docking simulations were performed in Rosetta 3.9 software. 
Molecular dynamics simulations of 7 molecules which gave the best binding score after docking simulations were performed on Gromacs 2018.3 software.
Değişken debili iklimlendirme sisteminin (VRF) bir otel projesinde uygulanması ve performans değerlendirmesi
Implementation and performance appraisal of variable refrigerant flow systems (VRF) in a hotel project
Yazar: ANIL ARZIK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZAY AKDEMİR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Makine Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Makine Mühendisliği = Mechanical Engineering

Özet:
Klima sistemleri, yaşam alanlarını istenilen ısıl konfora getirmek amacıyla günümüzde yaygın olarak kullanılan cihazlardır. Uygulamada kullanım alanlarına göre farklı birçok sistemi görmek mümkündür. Bunların başında da günden güne artan uygulama miktarıyla öne çıkan değişken soğutucu akışkan debili (VRF) iklimlendirme sistemleri gelmektedir. VRF sistemlerinin yaygın olarak kullanılmasının en büyük etkeni, bir tek dış üniteden ya da dış ünite modüllerinin birleşiminden birden fazla iç üniteyi çalıştırabilmesi olarak gösterilebilir. Bu sistemler bir ortamın soğutma, ısıtma ya da aynı anda hem soğutma hem de ısıtma ihtiyacını karşılayabilmektedir.
Otellerin iklimlendirilmesinde farklı birçok uygulama kullanılmasına rağmen değişken soğutucu akışkan debili sistemler en çok uygulanan sistemler olarak görülmektedir. Bu çalışma kapsamında, İzmir ilinde bulunan bir otelin iklimlendirmesinde uygulanan VRF sisteminin projelendirilmesi kapsamlı olarak aktarılarak teknik incelemeler ve değerlendirmeler yapılmıştır. Sistemin uygulama aşamaları irdelenerek sistemin performans değerlendirmeleri yapılmıştır.

Abstract:
Air conditioning systems are commonly used devices in order to bring the living spaces to the desired thermal comfort. In practice, it is possible to see many different systems according to their application areas. One of the most important of these is the variable refrigerant flow (VRF) air conditioning systems, which come to the fore with the increasing amount of applications. The major factor in the widespread use of VRF systems is that it can operate multiple indoor units from a single outdoor unit or a combination of outdoor unit modules. These systems can meet the cooling, heating or simultaneous cooling and heating requirements of an environment.
Although many different applications are used in the air conditioning of hotels, variable refrigerant flow rate systems are seen as the most applied systems. Within the scope of this study, the project design of the VRF system applied in the air conditioning of a hotel in İzmir was comprehensively transferred and the technical investigations and evaluations were made. The performance stages of the system were evaluated by examining the application stages of the system.
Mekanik alaşımlanmış ve sıcak preslenmiş Mg, Al ve MgO tozlarının sıcaklığa bağlı aşınma davranışlarının incelenmesi
Investigation of temperature-related wear behaviour of Mg, Al and MgO powders mechanically alloyed and hot pressed
Yazar: OKAN KARAKOÇ
Danışman: PROF. DR. RASİM İPEK
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Metalurji Mühendisliği = Metallurgical Engineering

Özet:
Bu tez çalışmasında; mekanik öğütülmüş Mg toz alaşımının mikroyapı ve mekanik özelliklerinin Pin-on disk aşınma test cihazında sıcaklığa bağlı deneysel araştırılması yapılmıştır. Test ekipmanlarının çalışır konuma getirilmesi için test cihazında bulunan dört adet yük sensörü ile bir adet sıcaklık sensörünün kalibrasyonları yapılıp, yük sensörlerinin verdiği elektriksel kuvvet değerlerinin Newton cinsinden kuvvet değerlerine göre grafikleri elde edilmiştir. Bu grafikler lineer davranış göstermiştir. Lineer doğruların denklemleri elde edilerek test cihazına bağlı bilgisayardaki LabView programına girilmiştir. Sıcaklık sensörünün katalogdan alınan elektriksel değer sıcaklık oranı da aynı şekilde girilmiştir.Toz metalürjisi ile üretilen takviyeli Mg parçaları aşınma test cihazında test edilmiş. Aşınma testi, 20N'luk yük altında ve motor devir hızı 30dev/dk'da gerçekleştirmiştir. Aşınma miktarları, aşınma farkı on binde bir hassaslıktaki terazi ile belirlenmiştir. 
Sonuçta; parçaların aşınma-zaman davranışları belirlenmeye çalışılmış, sürtünme katsayılarının zamanla değişimi gözlenmiştir. Ayrıca Pin-on disk aşınma mekanizmasına sıcaklık fişekleri eklenerek toz metalürjisi ile üretilen parçaların birbirine göre ve 100 °C sıcaklık artışına göre aşınma davranışları karşılaştırılmıştır.

Abstract:
In this thesis, microstructure and mechanical properties of mechanical milled Mg powder alloy were investigated experimentally depending on temperature in Pin-on disk wear test device. Four load sensors and one temperature sensor were calibrated and one of the temperature sensors were calibrated and the load sensors were calibrated. The electrical force values given by the force values in terms of Newton graphs were obtained. These graphs show linear behavior. Equations of linear lines were obtained and entered into the LabView program on the computer connected to the test device. The electrical value temperature ratio of the temperature sensor from the catalog is also entered.

Reinforced Mg parts produced by powder metallurgy have also been tested in the wear tester. The abrasion test was carried out under a load of 20N and the engine speed was 30 rpm. Wear amounts were determined by the scales with a sensitivity of ten thousandths.

After all; wear-time behavior of the parts were tried to be determined, friction coefficients were observed to change over time and temperature changes were obtained. In addition, temperature flares were added to Pin-on disc wear mechanism and the wear behavior of the parts produced by powder metallurgy according to each other and temperature increase at 100 °C were compared.
Toplumsal cinsiyet rolleri açısından Erken Tunç Çağı'nda Ege dünyası
An assessment of gender roles in the Early Bronze Age Aegean
Yazar: ECE SEZGİN
Danışman: DOÇ. DR. ÇİLER ÇİLİNGİROĞLU ÜNLÜSOY ; DOÇ. DR. SİNAN ÜNLÜSOY
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Protohistorya ve Önasya Arkeolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Arkeoloji = Archeology ; Sosyoloji = Sociology
Dizin: Arkeoloji = Archaeology ; Arkeolojik yerleşim = Archaeological settlement ; Cinsiyet rolleri = Gender roles ; Ege bölgesi = Aegean region ; Erken Tunç Çağı = Early Bronze Age ; Mezarlar = Graves ; Tasvir = Description ; Toplumsal cinsiyet = Gender

Özet:
Toplumsal cinsiyet arkeolojisi geçmiş toplumlardaki bireylerin rollerini, aktivitelerini, ideolojilerini, kimliklerini ve bu bağlamlardaki farklılıklarını arkeolojik veriler aracılığıyla inceleyen kuramsal bir yaklaşımdır. 1980'lerden itibaren dünya arkeolojisinde uygulanan bu yaklaşımın Türkiye arkeolojisindeki tarihi yaklaşık son beş yıl ile sınırlıdır. 
Okumakta olduğunuz çalışma, Erken Tunç Çağı Ege toplumlarını toplumsal cinsiyet rolleri bakımından ele alan ilk çalışma olma özelliğine sahiptir. Bu hedefle, çalışma kapsamında yaş ve cinsiyete dayalı ayrımları belirleyebilmek için Erken Tunç Çağına ait mezarlar ve sanat tasvirleri incelenmiştir.

Abstract:
Gender archeology is a theoretical approach that examines the roles, activities, ideologies, identities and differences of gender groups in past societies through archaeological data. This approach has been applied in many countries since the 1980's, however in Turkish archaeology its use is only limited to the past five years.
In this study, the Early Bronze Age Aegean and Western Anatolian societies were discussed in terms of their gender roles. This is the first time western Anatolian Early Bronze Age groups are interpreted with a gender archaeology approach. To this end, I have examined EBA skeletal remains, grave goods and art representations to determine age and gender differences.
Turist rehberliği uygulama gezisi üzerine karşılaştırmalı bir araştırma
A comparative research on tourist guidance practice tour
Yazar: UĞUR KORKMAZ
Danışman: PROF. DR. İSMAİL GEZGİN
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Turizm Rehberliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Turizm = Tourism
Dizin: Eğitim programları = Education programs ; Eğitim programları = Education programs ; Gezi alanı = Promenade ; Turist rehberi = Tourist guides ; Uygulamalı eğitim = Applied education ; Yurt gezileri = Country tours

Özet:
2012 yılında yürürlüğe giren Profesyonel Turist Rehberliği Meslek Kanunu öncesinde üniversitelerden tarafından Kültür ve Turizm Bakanlığı kontrolünde gerçekleştirilen uygulama gezisi, meslek kanunu uyarınca Turist Rehberleri Birliği (TUREB) tarafından yürütülmektedir. Bu çalışma Türkiye'de turizm rehberliği mesleki kabul şartlarından biri olan zorunlu yurtiçi uygulama gezisinin hedef, ilke, işlev ve müfredatının paydaşlar tarafından değerlendirilmesini amaçlamaktadır. Nitel bir araştırma modeli olarak tasarlanan çalışmada, birbirinden farklı oluşturulan yarı yapılandırılmış görüşme formları TUREB yetkilileri ve akademisyenlere yöneltilmiştir. Ulaşılan bulgular ışığında iki paydaş arasında gereken iletişimin gerçekleşmediği ve kimi konularda görüşler örtüşürken, kimi konularda fikir ayrılıkları olduğu görülmüştür. Gezi müfredatı ve planlama sürecine dahil birtakım önerilerde bulunulmuş ve paydaşlar arası iletişimin sağlanması amaçlanmıştır.

Abstract:
The practice tour, which was held by universities before the Professional Tourist Guidance Occupational Law that went into effect in 2012, is currently held by the Union of Tour Guides (TUREB) in accordance with the law. This study aims the assessment of the objectives, principles and curriculum of the compulsory domestic practice tour which is one of the occupational requirements for tour guiding in Turkey. In the study, designed as a quantitative research, two different semi-structured interview forms were addressed to TUREB officers and academicians. As a result of the findings reached, it has been revealed that the necessary communication between two partners have not been created and some of their views overlap while others are in contrast. Some suggestions have been made on the tour curriculum and planning process, and communication between partners was aimed to be established.
Geri dönüşüm agrega ve polimer kullanımın poroz betonların özelliklerine etkisi
The effect of recycled concrete aggregate and polymer usage on porous concrete characteristics
Yazar: ŞEVKET ORHAN
Danışman: PROF. DR. ŞEMSİ YAZICI
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: İnşaat Mühendisliği = Civil Engineering

Özet:
Tez çalışması kapsamında poroz betonlarda geri dönüşüm agrega (GDA) ve polimer kullanımının betonların mekanik, durabilite ve fiziksel özellikleri üzerindeki etkileri incelenmiştir. Bu amaçla 300 kg/m3 çimento dozajına sahip, su çimento oranı 0.35 olan, kireç taşı esaslı iri agrega yerine hacimce %0, %25, %50, %75 ve %100 oranlarında geri dönüşüm agrega (GDA) ve çimento yerine ağırlıkça %0, %5, %10 ve %15 oranlarında polimer kullanılarak poroz beton karışımları hazırlanmıştır. Üretilen poroz beton karışımlarının üzerinde basınç ve yarmada çekme dayanımı, toplam boşluk miktarı, su geçirgenlik katsayısı ve donma çözülme deneyleri uygulanmıştır.  Deney sonuçları incelendiğinde poroz betonların mekanik özelliklerinin geri dönüşüm agrega (GDA) ikame oranının artışıyla olumsuz olarak etkilendiği belirlenmiştir. Polimer oranının %10 seviyesine kadar olan artışının poroz beton örneklerinin mekanik özellikleri üzerinde olumlu bir etki sağladığı, ancak bu seviyenin üzerinde olumsuz bir etkiye neden olduğu gözlenmiştir. GDA ikame oranının artışıyla poroz betonların toplam boşluk miktarı ve geçirgenlik katsayılarının da yükseldiği belirlenmiştir. Çimento ile yer değiştirilerek kullanılan polimer yüzdesinin artışı ile poroz betonların toplam boşluk miktarlarının ve geçirgenlik katsayılarının azaldığı gözlemlenmiştir. Çalışmanın sonucunda ise optimum polimer dozajı %10 olarak belirlenmiştir.

Abstract:
In this thesis, the effects of recycled concrete aggregate (RCA) and polymer usage on the mechanical, durability and physical properties of concretes were investigated. For this purpose, styrene butadiene rubber latex was used as a polymer. 300 kg/m3 cement dosage and 0.35 water/cement ratio were chosen for the control specimens. A total of 20 different porous concrete mixes were prepared. In these mixtures 0, 25, 50, 75 and 100 volume percent of 15/25 mm size fraction coarse limestone aggregate was replaced with RCA. Besides 0, 5, 10 and 15% by weight of cement was replaced witg styrene butadiene rubber latex. For mechanical properties compressive strength, splitting tensile strength were examined. For physical properties total void ratio and water permeability, for durability properties freezing-thawing resistance were examined. The results showed that increasing the amount of recycled aggregate decreased mechanical properties. Increasing the amount of polymer also increased the mechanical properties to some degree. Increasing the amount of RCA increase both the total void ratio and permeability of concrete. However, increasing the amount of polymer decreased the total void ratio and permeability of concrete at all levels of usage. At the end of the study optimum polymer dosage were determined as %10.
Aspergillus brasiliensis'ten sıvı kültür koşullarında üretilen sekonder metabolitlerin taranması
Screening of secondary metabolites produced in liquid culture conditions from aspergillus brasiliensis
Yazar: HATİCE CEMRE ÜNVER
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL HAKKI AKGÜN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı / Biyomühendislik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
Bu tezde sıvı kültür fermantasyonunda değişen kültür koşulları ve ortam bileşenleri sonunda Aspergillus brasiliensis tarafından üretilen sekonder metabolitler ve çeşitlilikleri incelenmiştir.

Üç farklı sıcaklık, çalkalama hızı, pH ve C/N oranı değerleri için deneysel tasarım uygulanarak YES broth ortamında yapılan üretimlerde hangi koşulların sekonder metabolit üretimi ve çeşitliliği üzerinde daha etkili olduğu taranmıştır. Tarama sonrasında sonuçlar değerlendirildiğinde beklenen en iyi sonucun sıcaklık 25 °C, çalkalama hızı 210 rpm, pH 6 ve C/N oranı 32 olduğunda elde edildiği görülmüştür.
  
Farklı karbon ve azot kaynaklarının etkisinin incelenebilmesi için YES broth ortamı baz alınarak bir önceki denemede belirlenen koşullar altında, altı farklı karbon ve beş farklı azot kaynağının kombinasyonları ile üretimler gerçekleştirilmiştir. En fazla sekonder metabolit çeşitliliği sükroz & CSL kullanılan ortamda gözlenmiştir.
 
İz elementlerin etkisinin görülebilmesi için belirlenen koşullar altında ve sükroz & CSL içeren ortamlarda demir, mangan, bakır ve çinko elementlerinin kombinasyonları denenmiştir. Sonuç olarak sekonder metabolit profilleri açısından ortamlar arasında ciddi bir fark olmadığı ortaya konmuştur.

Anahtar sözcükler: Aspergillus brasiliensis, sekonder metabolitler, sıvı kültür fermantasyonu, deneysel tasarım.

Abstract:
In this thesis, effects of variable culture conditions and media components on secondary metabolites produced by Aspergillus brasiliensis in liquid culture fermentation were investigated.

Experimental design was applied for three different values of temperature, agitation speed, pH and C/N ratio to determine which conditions were more effective on secondary metabolite production and diversity.  After screening, the best results were obtained when the temperature was 25 °C, shaking speed 210 rpm, pH 6 and C/N ratio 32.

In order to examine the effect of different carbon and nitrogen sources, the productions were made with combinations of six different carbon and five different nitrogen sources based on YES broth medium. The highest secondary metabolite diversity was observed in sucrose and CSL medium.

Combinations of iron, manganese, copper and zinc were tested in sucrose & CSL medium under the determined conditions in order to see the effect of trace elements. In conclusion, there is no significant difference between the media in terms of secondary metabolite profiles.

Keywords: Aspergillus brasiliensis, secondary metabolites, submerged fermentation, experimental design.
HBBTV uygulamaları ile ilgili platformların ve standartların incelenmesi ve bu standartlara uygun HBBTV uygulama havuzunun geliştirilmesi
A study on standards and platforms for HBBTV applications and developing an application pool conforming these standards
Yazar: İLHAN GÜMÜŞ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ CENGİZ GÜNGÖR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Uluslararası Bilgisayar Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control
Dizin: Avrupa standartları = European standards ; World wide web =

Özet:
HbbTV, TV yayını ile genişbant interneti birlikte kullanarak izleyicilere eğlence, bilgi, sosyal paylaşım servisleri sunan bir yayın standardı girişimidir. HbbTV uygulamaları, set üstü kutu ve internet uyumlu televizyonlar aracılığı ile izleyiciye ulaşmaktadır. HbbTV standardına uyumlu televizyonlar ve set üstü kutular Avrupa'da yaygınlaşmaya başlamıştır. Bununla birlikte HbbTV, Avrupa'da birçok ülkede standart olarak kabul edilmektedir. Almanya, Fransa, Hollanda ve Avusturya'dan sonra İspanya da HbbTV'yi Internet TV'ler için standart olarak kabul etmiştir. 
Bu tez çalışmasında, HbbTV uygulaması geliştirebilmek için mevcut standartlar analiz edilmiş, geleneksel web programlama ile olan farklılıkları irdelenmiş ve geniş bir uygulama içeriğine sahip olan, hedef alınan TV kanallarına ve dijital platformlara göre içeriği şekillenebilecek, kullanıcı dostu, çoğu HbbTV uyumlu cihazda sorunsuz çalışabilecek bir HbbTV uygulama platformunun geliştirilmesi amaçlanmıştır.

Abstract:
HbbTV is an initiative serving entertainment, information and social networking services to end users by combining the broadcast and broadband. HbbTV applications are delivered to end users through connected TVs and set-top boxes. HbbTV compatible TVs and set-top boxes are becoming widespread in Europe. Moreover, in many countries in Europe, HbbTV is accepted as a standard. In addition to Germany, France, Holland and Austria, Spain has agreed to adopt HbbTV has its systems of choice for connected TVs. 
In this thesis, those existing standards needed to develop HbbTV applications are analysed, the differences between normal WEB programming and HbbTV application programming are explicated and it is aimed to develop a HbbTV application pool that is user-friendly, having various content of services, its contents can be configured to different digital platforms and TV channels and working problem-free in all of the HbbTV compatible TVs and set-top boxes.