İç Batı Anadolu bölgesinde örtü altı alanlarda yetiştirilen domateslerde görülen virüslerin tespiti ve moleküler karakterizasyonu
Detection and molecular characterization of viruses infecting tomatoes grown in greenhouses in Western Central Anatolia
Yazar: TUĞBA USLU
Danışman: PROF. DR. BAYRAM ÇEVİK
Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Ülkemiz ekonomisinde çok önemli bir yeri olan domates, çiftçilerin önemli gelir kaynaklarındandır. Örtü altı domates yetiştiriciliği faaliyetlerinin yoğun olarak yapıldığı kıyı bölgelerde aşırı sıcaklar nedeniyle üretimin bittiği yaz döneminde bir boşluk oluşmaktadır. Bu dönemde ekonomik açıdan üretimin devamlılığını sağlamak için son yıllarda yayla koşullarında seralarda domates yetiştiriciliği yaygın olarak yapılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada yayla seracılığı yapılan Afyonkarahisar, Burdur, Denizli, Isparta, Kütahya, Uşak illerinde domates seralarından arazi çalışması yapılmış, virüs belirtileri gösteren 282 örnek toplanmıştır. Örnekler SYBR Green bazlı iki aşamalı RT-qPCR yöntemi ile 18 farklı virüs için ayrı ayrı test edilerek domates virüslerinin tanılaması yapılmıştır. Test edilen örneklerden 224'ünün virüsle bulaşık olduğu ve örneklerden 98 tanesinin birden fazla virüs ile karışık enfeksiyon içerdiği tespit edilmiştir. Çalışma alanları içerisinde en çok virüs bulunan bölge Burdur olurken en çok bulunan virüsler ise TSWV, ToBRFV, ToMV, TMV, PVY ve PepMV olarak belirlenmiştir. Daha sonra RT-qPCR sonucunda pozitif olduğu tespit edilen virüsleri ve farklı örnekleme alanlarını temsil eden 4 izolat seçilmiştir. Seçilen TSWV ve ToBRFV virüslerinin kılıf protein (CP) genlerinin tamamı iki aşamalı RT-PCR yöntemi ile çoğaltılmış, saflaştırılmış, klonlanarak CP gen dizilimleri belirlenip moleküler karakterizasyonları yapılmıştır. Bu diziler analiz edilerek farklı bölgelerden elde edilen virüs izolatlarının CP gen dizilimleri genbankası veri tabanından alınan, dünyanın farklı üretim bölgelerinden elde edilen virüs izolatlarının CP genleriyle karşılaştırılarak benzerlik oranları ve filogenetik ilişkileri ortaya konmuştur. Ayrıca 4 virüsün tanılanmasına yönelik TSWV, ToMV, ToBRFV ve PVY virüslerinin hassas, güvenilir ve hızlı bir şekilde eş zamanlı olarak aynı reaksiyon içerisinde tespit edilmesine olanak sağlayan TaqMan probe bazlı multipleks one-step RT-qPCR yöntemi geliştirilmiştir.

Abstract:
Tomato, is very important place in agricultural economy and one of the important sources of income for farmers in Turkey. In recent years, tomato productions in greenhouses in highland conditions has started in order to ensure the continuity of production. The highland greenhouse production eliminates the gap in tomato production due to the excessive heat in the summer in the coastal regions of Turkey where intensive greenhouse tomato produced. In this study, surveys were conducted in the highland tomato greenhouses in Afyonkarahisar, Burdur, Denizli, Isparta, Kütahya ve Uşak, provinces and 282 samples were collected from plants showing virus-like symptoms. The samples were tested separately for 18 different viruses infecting tomato by SYBR Green-based two step RT-qPCR method, and 224 of the samples tested were infected at least with one virus. In addition, mixed infections of more then one viruses were detected in 98 samples. Burdur, was the region with the most virus infected samples and TSWV, ToBRFV, ToMV, TMV, PVY and PepMV were the most common viruses in the survey area. Up to 4 isolates representing each most commonly detected viruses and different areas were selected and the coat protein (CP) genes of the selected TSWV and ToBRFV isolates were amplified by RT-PCR. The amplified CP genes were purified and cloned and their sequences were determined. The CP gene sequences of virus isolates from different regions were compared with that of virus isolates from different production regions of the world obtained from the GenBank database. The similarity and phylogenetic relationships of virus isolates determined.  In addition, TaqMan probe-based RT-qPCR method was developed for the multiplex detection of TSWV, ToMV, ToBRFV and PVY viruses in a sensitive, reliable and rapid manner in the same reaction in one tube.