Türk populasyonunda gastrointestinal sistem kanser olgularında fosfatidilinositol-3-kinaz katalitik alfa (PIK3CA) gen mutasyonları ve metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR) C677T polimorfizminin incelenmesi
Analysis of phospathidylinositol-3-kinase catalytic alfa (PIK3CA) gene mutations and methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) C677T polymorphisms in gastrointestinal cancer cases in Turkish population
Yazar: ÖZGE ÖZCAN
Danışman: DOÇ. DR. FERAY KÖÇKAR ; PROF. DR. LEYLA AÇIK
Balıkesir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Gastrointestinal sistem = Gastrointestinal system ; Metilentetrahidrofolat = Methylenetetrahydrofolate ; Mutasyon = Mutation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Metilentetrahidrofolat Redüktaz (MTHFR) ve Fosfatidilinositol-3-kinaz katalitik alfa (PIK3CA) genlerinin ikisi de gastrointestinal sistem kanserleri ile bağlantılı bulunmaktadır. MTHFR tek karbon metabolizmasında bir anahtar enzimdir. Özellikle MTHFR C677T ve A1298C polimorfizmleri mide kanseri ve kolon kanseri ile bağlantılı bulunmuştur. PIK3CA fosfatidilinositol-3-kinazın katalitik alt birimi p110?'yı kodlar. Artmış fosfatidilinositol-3-kinaz (PI3K) aktivitesine bağlı olarak geniş farklılıklarda tümörlerde PIK3CA mutasyonları gözlemlenmektedir.Çalışmamızda periferik kan örnekleri 103 Gastrointestinal sistem (GİS) kanserli (38 kolorektal, 29 mide, 15 pankreas ve 21 karaciğer) ve 105 kontrol grubu bireyden temin edilmiştir. Bu örneklerden DNA izolasyonu yapılmıştır. MTHFR 677. bç. bölgesi ve PIK3CA 21. ekzon bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmıştır. MTHFR C677T varyantları RFLP (Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi) yöntemi ile belirlenmiştir. Buna göre 677CC, 677CT ve 677TT frekansları GİS kanserli olgularda 54(%52,4), 45(%43,7) ve 4(%3,9) ve kontrol grubunda 52(%49,5), 40(%38) ve 13(%12,4) olarak belirlenmiştir. 70 GİS kanserli örnek için PIK3CA'nın çoğaltılan bölgesinin dizi analizi, otomatik dizi analizi ile çıkarılmıştır. Çalışılan örneklerin mutasyon durumları ilgili dizilerin iliki karşılaştırmaları yapılarak sunulmuştur. PIK3CA geninin 21. ekzon bölgesinde her hangi nükleotit polimorfizmi bulunamamıştır.Anahtar Sözcükler: MTHFR \ PIK3CA \ gastrointestinal \ kanser \ mutasyon

Abstract:
Both the methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) and Phosphathydilinositol-3-kinase catalytic alfa (PIK3CA) genes are associated with gastrointestinal system cancers. MTHFR is a key enzyme in one-carbon metabolism. Especially MTHFR C677T and A1298C polymorphisms has been linked to gastric and colon cancers. Phosphatidilinositol -3- kinase catalytic alfa (PIK3CA) encodes the catalytic subunit p110? of phosphotidilinositol kinases (PI3K). A wide variety of tumours show PIK3CA mutations leading to increased PI3K activity.In our study, peripheral blood samples were obtained from 103 Gastrointestinal (GIS) cancer (38 colorectal, 29 stomach, 15 pancreas and 21 liver cancers) cases and 105 healthy controls. DNA was extracted from these samples. 677 bp region of MTHFR and exon 21 of PIK3CA were amplified by polymerase chain reaction. MTHFR 677C?T, variant alleses were determined by RFLP (Restiction Fragment Length Polymorphism) assay. Frequencies of MTHFR 677CC, 677CT and 677TT genotypes were 54(%52,4), 45(%43,7) and 4(%3,9) in the GIS cancer?s cases and 52(%49,5), 40(%38) and 13(%12,4) in the controls. The sequences of the amplified regions for PIK3CA for 70 GIS cancer cases were determined by automated-sequencing. The mutations statues of the samples were determined through bioinformatics analyses by performing the multiple alignments of the related sequences. No nucleotide polymorphism were found at PIK3CA exon 21.Keywords: MTHFR \ PIK3CA \ gastrointestinal \ cancer \ mutation