Türkiye bağ alanlarında Rhizobium vitis'in varlığı ve bazı genetik özelliklerinin belirlenmesi
Determination of presence and some genetic features of Rhizobium vitis in the vineyards of Turkey
Yazar: Didem CANİK OREL
Danışman: PROF. DR. FİLİZ ERTUNÇ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Bakteriyoloji = Bacteriology ; PCR =   ; PFGE = Pulsed field gel electrophoresis

Özet:
Türkiye bağcılığının yoğun olarak yapıldığı illerimizden olan İzmir, Manisa, Denizli, Tekirdağ, Edirne, Kırklareli, Çanakkale, Diyarbakır, Elazığ, Malatya, Mardin, Nevşehir ve Ankara illeri bağ alanlarına 2009-2010 yılları Temmuz-Eylül ayları arasında, Rhizobium vitis?in varlığının saptanmasına yönelik arazi çalışmaları ve örnekleme yapılmıştır. Kırklareli, Çanakkale, Malatya ve Mardin illerinde R. vitis ile  enfekteli asmaya rastlanmamıştır. Arazi çalışmaları sonucu elde edilen 103 izolat, klasik bakteriyolojik testler, patojenisite ve PCR  analizleri ile Rhizobium vitis olarak tanılanmıştır. İzolatlar biyokimyasal testlere verdikleri sonuçlara göre SPSS istatistik programıyla fenotipik olarak değerlendirilmiştir. İzolatların tümü yapılan patojenisite testlerinde tütün (Nicotiana tabaccum var. Samsun), ayçiçeği (Heliantus annuus), datura (Datura stramonium) ve kalonşe (Bryophyllum daigremontianum) bitkilerinde ur oluşturmuştur. İzolatlar ayrıca spesifik primerler ile opin  kullanımları yönüyle incelenmiş ve 103 izolattan 82?sinin oktopin, 18?inin nopalin ve 3?ünün vitopin tipi opin kullandığı tespit edilmiştir. İzolatların benzerlik oranı PmeI restriksiyon enzimi ile Pulsed Field Gel Elektroforezi (PFGE) profillerine göre yapılmıştır. Buna göre genotipik açıdan en fazla çeşitlilik Denizli, Ankara ve Nevşehir illerine ait izolatlar arasında bulunmuştur. Yapılan bu çalışma ile ülkemizde ilk defa Rhizobium vitis? in nopalin ve vitopin tipi opin kullanan izolatları saptanmıştır. Bu çalışma ile  ülkemizde PFGE ile Rhizobium vitis izolatlarının benzerlik oranları saptanmıştır.

Abstract:
Surveys were carried out to determine the occurance of Rhizobium vitis in İzmir, Manisa, Denizli, Tekirdağ, Edirne, Kırklareli, Çanakkale, Diyarbakır, Elazığ, Malatya, Mardin, Nevşehir and Ankara, the important vineyard provinces of Turkey, during July and September of 2009-2010. Infected grapevine was not detected in Kırklareli, Çanakkale, Malatya and Mardin provinces. 103 strains  were obtained after the surveys and isolates were identified as R. vitis by classical bacteriological techniques, pathogenicity tests and PCR. Isolates were evaluated phenotypically by SPSS statistical programme according to their results of the biochemical tests. All of the isolates found pathogenic on tobacco (Nicotiana tabaccum var. Samsun), sunflower (Heliantus annuus), datura (Datura stramonium) and kalonchoe (Bryophyllum daigremontianum) plants. Isolates were also examined for detect their use of opine. Among 103 isolates, 82 isolates were found as octopin type, 18 were found as nopalin and 3 were found as vitopin type. Similarity rate of the isolates were made according to the PFGE profiles of PmeI restriction endonuclease. The most genetical diversity was found in the isolates from Denizli, Ankara and Nevşehir provinces. Nopalin and vitopin types of  Rhizobium vitis isolates were detected by this research for the first time in Turkey. Depends of our knowledge this is the first and pioneer research for the similarity rates of R. vitis isolates by PFGE in Turkey.