Kanatlı patojenik escherichia coli'lerin antimikrobiyal direnç ve integron profillerinin araştırılması
Investigation of antimicrobial resistance and integron profiles of poultry pathogenic escherichia coli
Yazar: TAYLAN EĞİLMEZ
Danışman: PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı / Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Escherichia coli = Escherichia coli ; Kümes hayvanları = Poultry ; Mikrobiyal duyarlılık testleri = Microbial sensitivity tests ; İlaçlara direnç-bakteriyel = Drug resistance-bacterial ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial ; İntegronlar = Integrons

Özet:
İntegronlar antimikrobiyal direnç genlerinin kazanılmasında ve yayılmasında önemli rol oynayan mobil DNA elemanlarıdır. Bu çalışmanın amacı, solunum sistemi hastalığı bulunan integronların broyler tavukların iç organlarından izole edilen kanatlı patojen Escherichia coli'lerde varlığını incelemek ve bu mikroorganizmalardaki antimikrobiyal dirence olan katkılarını değerlendirmektir. Bu amaçla kolibasillozis şüpheli 135 broyler tavuğun iç organlarından izole edilen toplam 112 (%82.9) E. coli izolatı materyal olarak kullanıldı. İzolatların antibiyotik direnci disk difüzyon yöntemi ile belirlenerken ve integron sınıf 1,2,3 varlığı polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı. Veriler ki-kare testi kullanılarak analiz edildi ve P <0.05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Çalışmada sırasıyla ampisiline (%70.5), tetrasikline (%68.8),  trimethoprime sulfamethoxazole (%58.9), siprofloksasine (%54.5) karşı direnç belirlendi. Çalışmadaki tüm izolatların %14.3 (16/112)'si kullanılan tüm antibiyotiklere duyarlı iken  %85.7 (96/112)'sinde en az bir antibiyotik direnci;  %64.3'ünde ise çoklu antibiyotik dirençi (MDR) saptandı. İzolatların %52.7 integron taşıyor iken  %47.3'ü integron taşımıyordu. Bu çalışmada antibiyotik duyarlı izolatların hiç birisinde integron tespit edilmemiş iken; antibiyotik direncine sahip izolatların %61.4 (59/96)'ü; MDR olmayan izolatların %33.3  (8/24)'ü; MDR izolatların %70.8 (51/72)'i integron taşıyordu. İntegron pozitifliği trimethoprime sulfamethoxazole, ampisilin, tetrasiklin, gentamisin, florfenikol ve siprofloksasin dirençli izolatlarda anlamlı olarak yüksek olduğu saptandı. İntegronların APEC izolatlarının antimikrobiyal ilaçlara karşı direncinde önemli rol aldığı saptanmasına rağmen, antimikrobiyal ajanlara dirençli tüm izolatlarda da integron bulunmadığını gözlemledik. Direnç genlerinin transferinde yer alan integronların oluşumuna odaklanan çalışmalar, yalnızca direnç mekanizmalarının daha iyi anlaşılması için değil, aynı zamanda antimikrobiyallerin kullanım politikalarının geliştirilmesi için de faydalı bilgiler elde edilmesine katkı sağlayacaktır.

Abstract:
Integrons are mobile DNA elements that play an important role in the acquisition and dissemination of antimicrobial resistance genes. The aim of this study was to evaluate the presence of integrons in poultry pathogenic Escherichia coli's isolated from internal organs of broiler chickens with respiratory system complaints and to determine their contribution to antimicrobial resistance in these microorganisms For this purpose, a total of 112 (82.9%) E. coli isolates isolated from the internal organs of 135 colibacillosis suspected broiler chickens were consisted the material of this study. Antibiotic resistance of the isolates were determined by disk diffusion method and the presence of integron class 1,2,3 was investigated by polymerase chain reaction. Data were analyzed using Chi-square test and P <0.05 was considered statistically significant. Resistance was determined to ampicillin (70.5%), tetracycline (68.8%), trimethoprime sulfamethoxazole (58.9%) and ciprofloxacin (54.5%), respectively. Resistance to at least one antibiotic used in 85.6% of isolates was determined. 64.3% were multiple resistant. While 52.7% of the isolates were carrying the integron 47.3% of them have no integron. In this study, 33.3% of the non-resistant strains; 70.8% of the multi-resistant isolates carried the integron. Integron positivity was significantly higher in trimethoprime sulfamethoxazole, ampicillin, tetracycline, gentamicin, fluorfenicol and ciprofloxacin resistant isolates. Although it was found that integrons had an important role in the resistance of APEC isolates to antimicrobial drugs, we observed that there was no integron in isolates resistant to all antimicrobial agents. Studies focusing on the formation of integrons involved in the transfer of resistance genes can provide not only a better understanding of the mechanisms of resistance, but also useful information for the development of antimicrobial use policies.