Prunus salicina'da markır destekli seleksiyona olanak sağlayabilecek meyve özellikleri ve çiçeklenme ile ilgili olası markırların araştırılması
Investigation of possible markers related to fruit characteristics and flowering that may allow marker- assisted selection in Prunus salicina
Yazar: ELİF SEYİTOĞLU
Danışman: PROF. DR. EMEL SÖZEN
Eskişehir Teknik Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı / Biyoteknoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Basit dizi tekrarları (SSR) = Simple sequence repeats (SSR) ; Erik = Plum ; Genetik varyasyon = Genetic variation ; Moleküler markerler = Molecular markers

Özet:
Bu çalışmada, kırmızı ve sarı kabuk rengine sahip 14 farklı erik çeşit ve genotipleri arasındaki genetik çeşitlilik seviyeleri ISSR, SCOT ve SSR markırları kullanılarak araştırılmıştır. 14 ISSR primeri, 186'sı polimorfik (%91.7) olmak üzere büyüklükleri 174 ile 3363 bç arasında değişen toplam 240 tekrarlanabilir bant profili oluşturmuştur. 11 SCOT primeri, 189'u polimorfik (%92.19), büyüklükleri 129 ile 3273 bç arasında değişen toplam 205 tekrarlanabilir bant amplifiye etmiştir. Ortalama PIC değeri ISSR primerleri için 0.293, SCOT için 0.316 olarak hesaplanmıştır. 5 SSR primeriyle ise büyüklükleri 123 bç ile 276 bç arasında değişen 50 allel oluşmuştur. SSR primerlerinde ortalama PIC değeri ise 0.57 olarak bulunmuştur. ISSR analizinden elde edilen en yüksek genetik benzerlik değeri Sarı Genotip-C ve Kırmızı Genotip-A arasında (0.660), en düşük genetik benzerlik değeri ise ise Sarı Genotip-C ve Angeleno (0.341) arasında tespit edilmiştir. SCOT analizi ise genetik olarak en yakın çeşitlerin Kırmızı Genotip-A ve Kırmızı Genotip-C (0.672), en uzak çeşitlerin ise Fortune ve Sarı Genotip-B (0.317) olduğunu göstermiştir. ISSR ve SCOT verilerinden elde edilen UPGMA dendrogramları, tescilli çeşitler ile genotipleri birbirinden ayıran 2 ana grup oluşmuştur. SSR primerleri ile sarı ve kırmızı erik çeşitleri tam ayrılmamıştır. Bununla birlikte meyve kabuk ve et rengi için dizayn edilen SSR markırlarının ISSR ve SCOT markırlara nazaran çeşitleri kabuk rengine göre nispeten daha iyi ayırdığı belirlenmiştir. Kullanılan markırlar çiçeklenme zamanına göre ayrım sağlamamıştır.

Anahtar Sözcükler: Erik, Genetik varyasyon, Moleküler markırlar, SCOT, ISSR, SSR

Abstract:
In this study, genetic diversity levels among 14 different plum cultivars and genotypes with red and yellow rind were investigated using ISSR, SCOT and SSR markers. 14 ISSR primers produced a total of 240 reproducible band profiles, 186 of which were polymorphic (91.7%), varying in size from 174 to 3363 bp. 11 SCOT primers amplified a total of 205 reproducible bands, of which 189 were polymorphic (92.19%), ranging in size from 129 to 3273 bp. The mean PIC value was calculated as 0.293 for ISSR primers and 0.316 for SCOT. With 5 SSR primers, 50 alleles with sizes ranging from 123 bp to 276 bp were formed. The mean PIC value in SSR primers was found to be 0.57. The highest genetic similarity value obtained from ISSR analysis was found between Yellow Genotype-C and Red Genotype-A (0.660), and the lowest genetic similarity value was found between Yellow Genotype-C and Angeleno (0.341). SCOT analysis showed that the genetically closest cultivars were Red Genotype-A and Red Genotype-C (0.672), while the farthest cultivars were Fortune and Yellow Genotype-B (0.317). UPGMA dendrograms obtained from ISSR and SCOT data formed 2 main groups that distinguish registered cultivars and genotypes. SSR primers and yellow and red plum cultivars were not completely separated. However, it was determined that SSR markers designed for fruit skin and flesh color discriminated the varieties relatively better than ISSR and SCOT markers. The markers used did not differentiate according to flowering time.

Keywords: Plum, Genetic variation, Molecular markers, SCOT, ISSR, SSR