MT-DNA'nın kodlama bölgesindeki 10 SNP lokusunun adli örneklerde kullanımı
Analysis of 10 SNP loci in MT-DNA coding region from forensic samples
Yazar: AYŞEGÜL MERVE ÖLÇEN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Genetik = Genetics
Dizin: Adli tıp = Forensic medicine ; DNA = DNA ; DNA-mitokondrial = DNA-mitochondrial ; Genotip = Genotype ; Kanıt = Argument ; Nükleotid = Nucleotide ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic

Özet:
Adli bilimlerde kimlik ve nesep tayininde genellikle nükleer DNA'daki STR lokusları kullanılmaktadır. Ancak her zaman söz konusu lokuslardan başarılı sonuçlar elde etmek mümkün değildir. Özellikle miktar ve nicelik bakımından bozulmuş nükleer DNA içeren biyolojik örneklerde büyük sıkıntılar yaşanmaktadır. Bu gibi vakalarda, mitokondriyal DNA (MtDNA)'dan yararlanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, MtDNA genomundaki 10 SNP noktasını (3010, 3915, 5004, 6776, 8592, 10394, 10754, 11864, 15340, 16519) belirlemek, polimorfizm gösteren noktaları ayırt etmek ve yeterli miktarda nükleer DNA içermeyen biyolojik örneklerde de rutin olarak kullanılabilecek şekilde optimize etmektir. Çalışmada kolay multipleks edilebilmesi, duyarlılığı, güvenirliliği, optimizasyonunun kolay olması, tekrarlanabilir oluşu, heteroplazmi ve karışım örnekleri için iyi bir ayrım sağlaması avantajları nedeniyle SNaPshot yöntemi tercih edildi. Çalışmanın optimizasyonunu takiben 30 gönüllüden alınan kan örnekleriyle SNP noktaları incelendi. Daha sonra gönüllüler arasından seçilen 5 kişiden alınan eser miktarda DNA içeren biyolojik örneklerde (saç, tırnak, küpe, diş fırçası, kulak temizleme çubuğu, bardak kenarınden alınan sürüntü, sakız, jilet, sigara izmariti, sümüklü mendil) incelemeler yapıldı. Yapılan analizlerde 1-0,1 ng/µl DNA konsantrasyonu aralığında başarılı sonuçlar alınarak, hem kan örneklerinde hem de eser miktarda DNA içeren örneklerde 9 SNP noktası başarıyla genotiplendi. 3915. SNP noktası ya çok az ya da hiç sinyal vermediği için değerlendirme dışı bırakıldı. 30 kişide yapılan genotip tayinleri sonucu Türk toplumu için 3010 ve 16519. SNP noktalarında polimorfizm, tüm bireylerde ise 15340. SNP noktasında Cambridge Referans (rCRS) dizisinden farklılık tespit edildi.

Abstract:
Forensic scientists often use nuclear STR loci for identification. But it?s not always possible to obtain clear results from nuclear DNA, especially when nuclear DNA is degraded or deficient. In these cases forensic scientists tend to mitochondria?s, a cell organelle with its own DNA (mtDNA). The aim of this work is identification of the 10 mitochondrial SNP sites (3010, 3915, 5004, 6776, 8592, 10394, 10754, 11864, 15340, 16519) and the polymorphic sites within these SNP?s in Turk population, a routine procedure that is optimized to analyze degraded samples. The SNaPshot method is chosen for this work, because of its advantages like: the ease of multiplexing and optimizing, high sensitivity, high reliability, high repeatability and its capability to detect mixed samples and heteroplasmic samples. After optimize the procedure, blood samples from 30 volunteers and samples taken from 5 volunteers, chosen among 30 volunteers, are analyzed. These samples contain trace amounts of DNA and consist of hair, nails, earrings, toothbrushes, q-tip, glass edge swabs, gum, razors, cigarette butts and hankies with mucus on it. After the isolation of DNA, the samples which has 1-0,1 ng/µl DNA concentrations give satisfying results and 9 SNP sites can be typed from these samples (3915. site doesn?t give satisfying signal). The result of 30 volunteers shows that the SNP sites 3010 and 16519 are polymorphic sites among Turks, and the 15340. site is different than the rCRS (revised Cambridge Reference Sequence) at all volunteers.