Mercimekte (Lens culinaris Medik.) AG ve AC mikrosatellitlerince zenginleştirilmiş genomik kütüphanelerden yeni ssrs (simple sequence repeats) markörlerin geliştirilmesi ve diğer baklagil türlerine transfer edilebilirliğinin test edilmesi
Development of new ssr (simple sequence repeats) markers for lentils (Lens culinaris Medik.) from genomic library enriched with AG and AC microsatellites and transferabilitiy of other legume species
Yazar: ŞEHRİBAN DEMİR
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ MELİKE BAKIR
Erciyes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Simple sequence repeats (SSRs) markörler, bitki genetik ve genomik araştırmaları için yaygın olarak geliştirilen ve kullanılan önemli moleküler gereçlerdir. Ancak ekonomik olarak önemli olan serin iklim baklagillerinden mercimekte (Lens culinaris Medik.) bugüne kadar geliştirilen SSR markörlerin sayısı oldukça azdır. SSR markörlerin bu eksikliği, mercimek moleküler ıslah çalışmalarını sınırlayan başlıca faktörler arasında yer almaktadır. Bu nedenle, bu çalışmada, mercimekte SSR markörü geliştirmek için Lens culinaris cv Kafkas. çeşidi kullanılarak AG ve AC tekrarlarınca zenginleştirilmiş kütüphane tekniği ile yaklaşık 250 klon oluşturulmuştur. Bu klonlardan toplamda 120 adet SSR motifi içeren 33 adet yeni SSR markörü geliştirilmiş ve bu markörlerin 16 adedinin (%48.5) polimorfik olduğu tespit edilmiştir. Beklenen heterezigotluk oranının 0.095 (Lc_MCu90) ile 0.820 (Lc_MCu87) arasında değiştiği ve ortalama 0.541 olduğu, gözlenen heterozigotluk değerinin 0.100 (Lc_MCu90) ile 1.00 (birden fazla markör) arasında değiştiği ve ortalama 0.363 olduğu tespit edilmiştir. Polimorfizm bilgi içeriğinin (PIC) ise ortalama 0.46 olduğu tespit edilmiştir. Geliştirilen 33 adet mercimek SSR markörünün farklı baklagillere transfer edilebilme oranının %49.5 (Vicia) ile %3 (P. vulgaris) arasında değiştiği görülmüştür. Yeni mercimek SSR markörleri, moleküler temelli ıslah çalışmaları olmak üzere, haritalama çalışmaları, genetik çeşitlilik analizleri, populasyon genetiği çalışmalarında kullanılabilecek niteliktedir. Ayrıca, tespit edilen transfer edilebilir SSR markörleri tür içi ve türler arası genetik analiz çalışmaları için de önem taşımaktadır

Abstract:
Simple sequence repeat (SSR) markers is a major molecular tool for genetic and genomic research that has been extensively developed and used in major crops. However, few are available in lentil (Lens culinaris Medik.), which is an economically important cool-season legume. The lack of informative SSR markers in lentil has been a significant limitation on the lentil molecular breeding. Therefore, in this study, in order to develop SSR markers in lentil, two enriched genomic libraries for AC and AG repeats were constructed from the Lens culinaris cv Kafkas. A total of 250 clones were inquired for the detection of SSRs. Thirty-three new markers, which include 120 SSR motif, were developed from these clones. Of 33 markers, 16 markers (48.5%) were found polymorphic. Expected heterozygosity value were found to change between 0.095 (Lc_MCu90) and 0.820 (Lc_MCu87), mean 0.541, and observed heterozygosity value found to change between 0.100 (Lc_MCu90) and 1.00 (more than one marker), mean 0.363. Polymorphic information content (PIC) found mean 0.46. Transferability of the developed 33 lentil SSR markers to other legumes was found to change between 49.5% (Vicia) and 3% (P. vulgaris). Newly developed SSR markers in this study have the quality to use in molecular breeding researches, mapping researches, genetic analysis studies, and population genetics. Additionally, these SSR makers are important for genetic analysis of intraspecific and interspecific studies.