hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Terapötik bir monoklonal antikorun karakterizasyonu
Characterization of a therapeutic monoclonal antibody
Yazar: BERNA HORUZ
Danışman: PROF. DR. ŞENAY ŞANLIER
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Antikorlar-monoklonal = Antibodies-monoclonal ; Biyobenzer ilaçlar = Biosimilar drugs ; Kromatografi = Chromatography ; Rituksimab = Rituximab ; Terapötik yöntemler = Therapeutics

Özet:
Ticari değeri yüksek monoklonal antikorların patent sürelerinin bitmesi piyasaya biyobenzer ürünlerin girmesini sağlamıştır. Biyobenzer monoklonal antikor ve orijinal monoklonal antikorların kalite profilleri, proses koşullarına, fizikokimyasal ve fonksiyonel kritik kalite özelliklerine büyük oranda bağlıdır. Biyobenzerlerin referans aldığı orijinal monoklonal antikorlar için tüm araştırmalar yapılarak kalite, güvenlik ve etkinlik bakımından benzerliği kanıtlaması gerekmektedir. Bir biyobenzer tıbbi ürün, fizikokimyasal ve biyolojik bakımdan referans tıbbi ürüne yüksek düzeyde benzer olmalıdır. Bulunan herhangi bir farklılığın, güvenlilik ve etkililik üzerindeki potansiyel etkileri açısından gerekçelendirilmesi gerekmektedir. Bu nedenle, Ritüxiamab monoklonal antikorun fizikokimyasal özellikleri ve karakterizasyonun belirlenebilmesi için, protein A kromatografisi, ters faz kromatografisi, hidrofobik etkileşim kromatografisi, boyut eleme kromatografisi, amino asit kompozisyon analizi, N-terminal sekans analizi, kapiler izoelektrik fokuslama, kapiler moleküler ağırlık tayini, kütle yapılmıştır.

Abstract:
The expiration date of the patents of the monoclonal antibodies with high commercial value has enabled biosimilar products to enter the market. diseases. Biosimilars which are referenced by the original monoclonal antibodies should be studied in all aspects and that studies must be conducted to prove similarity in terms of quality, safety and efficacy. The quality profiles of biosimilar monoclonal antibodies and original monoclonal antibodies are highly dependent on process conditions, physicochemical and functional critical quality attributes. A biosimilar medicinal product must be highly similar in physicochemical and biological terms to the reference medicinal product. Any differences found need to be justified in terms of potential effects on safety and efficacy.
Consequently, protein A chromatography, reversed phase chromatography, hydrophobic interaction chromatography, size elimination chromatography, amino acid composition analysis, N-terminal sequence analysis, capillary isoelectric focusing, capillary molecular weight determination, mass were performed to determine the physicochemical properties and characterization of Rituxiamab monoclonal antibody.
Thasos'ta Amphora üretimi
Amphora production in Thasos
Yazar: CANSU YÜNCÜLER
Danışman: PROF. DR. GONCA CANKARDEŞ ŞENOL
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Arkeoloji Ana Bilim Dalı / Klasik Arkeoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Arkeoloji = Archeology

Özet:
Güncel verilere göre MÖ 6. yüzyıl sonu MÖ 5. yüzyıl başından itibaren görüldüğü bilinen Thasos amphoralarının MÖ 2. yüzyılda son bulmadan önce en az 300 yıl boyunca büyük kesintiler olmadan üretildikleri bilinmektedir. Bu üretimin öznesi olan amphoralar ise Thasos'un şarap ticaretinin en büyük tanıkları olduklarından oldukça önemlidir. Antik metinlerde şarabından övgüyle bahsedildiği ve bunun kanıtı niteliğinde, şarabının taşındığı kaplar olan amphoraların birçok farklı merkezde ele geçtiği görülen Thasos'un Antik Yunan ekonomisindeki yerinin anlaşılması, adada gerçekleştirilen amphora üretiminin, adanın coğrafyası ve tarihi, antik metinler, üretim ve tüketim merkezlerindeki buluntular gibi birçok farklı faktörle birlikte ele alınmasıyla mümkündür. "Thasos'ta Amphora Üretimi" başlıklı söz konusu tez, bu bağlamda  hazırlanmış ve Thasos'un gerçekleştirdiği şarap ve amphora üretimini farklı açılardan inceleyerek bir bütünlük içerisinde ortaya koymayı amaçlamıştır.

Abstract:
According to current data, Thasian amphorae, which are known to exist from the end of the 6th-beginning of the 5th century BC, are known to have been produced without major interruptions for at least 300 years before disappearing in the 2nd century BC. The amphorae, which are the subject of this production, are very important as they are the biggest witnesses of the Thasian wine trade. A better comprehension of the place of Thasos in the Ancient Greek economy, whose wine is praised in ancient texts and whose amphoras, which are the containers of its wine, were found in many different centers, is possible by considering the amphora production on the island together with many different factors such as the geography and history of the island, ancient texts, and finds in the production and consumption centers. The thesis titled "Amphora Production in Thasos" was prepared in this context and aimed to present the wine and amphora production of Thasos as a whole by examining it from different perspectives.
Farklı elastan oranlarına sahip kumaşların birleştirme performanslarının değerlendirilmesi
Evaluation of joining performances of fabrics with different elasthane ratios
Yazar: YASEMİN ŞENTÜRK
Danışman: PROF. DR. ESRA DİRGAR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Tekstil Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Tekstil ve Tekstil Mühendisliği = Textile and Textile Engineering
Dizin: Dokuma kumaşlar = Woven fabrics ; Elastan = Elastane ; Kopma direnci = Rupture strength ; Kot = Denim ; Kumaş mukavemeti = Fabric strength

Özet:
Denim dünya pazarında üstün rol oynayan bir tekstil ürünüdür. Yaş, dil, din, ırk ve statü ayırt etmeden her kesimden kullanıcıya hitap etmektedir. Bu kumaşlar; gömlek, erkek ve kadın pantolonu, etek, elbise gibi giysilerin üretiminde kullanılmaktadır. Denim giysilerin en çok tercih edilme nedenlerinin başında sağlam olmaları gelmektedir. Kumaş mukavemetinin yüksek olması nedeniyle, denimden üretilen giysilerin kullanım ömrü de uzundur.
Konfeksiyon ürünlerine esneklik ve bu sayede rahatlık kazandırması nedeniyle, elastan lifleri tekstil sektöründe çok fazla kullanılmaktadır. Ancak bu kumaşların üretiminde dikkat edilmesi gereken birçok unsur mevcuttur. Kumaşların serimi, kesimi, birleştirmede kullanılacak iplik tipi, dikiş tipi ve dikiş makinesi ayarları gibi birçok kriter büyük önem taşımaktadır. Bu tez çalışmasıyla farklı elastan oranlarına sahip yedi adet denim dokuma kumaş temin edilerek birleştirmede kullanılan dikişin performans özellikleri incelenmiştir.
Çalışmada kullanılan farklı elastan oranlarına sahip denim kumaşlara, günümüzde kullanıcılar tarafından en çok tercih edilen taş yıkama işlemi uygulanmıştır. Bu yıkama işleminden sonra kumaşlara kopma mukavemeti, elastikiyet gibi bazı testler uygulanmış ve sonuçlar değerlendirilmiştir.

Abstract:
Denim is a textile product that plays a superior role in the World. It is suitable for everyone regardless of age, language, religion, race and status. These fabrics are used in various textile products such as shirts, men's and women's trousers, skirts, dresses. The reason why denim clothes are preferred so much is that they are durable. Due to the high strength of the fabric, the lifetime of the clothes  made of denim is also long.
The use of elastane yarns in the textile industry is very common, as they provide flexibility and thus comfort to apparel products. However, There are a lot of factors affecting the production of denim fabric. Many criteria such as laying and cutting of fabrics, to be used in joining; type of thread, sewing type and sewing machine settings  have great importance. In this thesis, seven denim woven fabrics with different elastane ratios were obtained and the performance properties of sewing in joining were examined.
The denim fabrics with different elastane ratios used in the study have been applied the stone washing process, which is the most preferred by the users today. After this washing process, some tests such as tensile strength and seam slippage were applied to the fabrics and the results were evaluated.
Kelime vektör temsilleriyle cümle üretme
Sentence generation with word vectors
Yazar: SAMET YILMAZ
Danışman: PROF. DR. BAHAR KARAOĞLAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Uluslararası Bilgisayar Ana Bilim Dalı / Bilgi Teknolojileri Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control
Dizin: Cümle kurma = Sentence frame ; Doğal dil işleme = Natural language processing ; Kelime grupları = Word groups

Özet:
Metinlerin işlenmesiyle çıkarılan dil modelleri, doğal dilin özelliklerini ve metindeki kelimelerin birbirleriyle olan ilişkilerini içermektedir. Kelime vektörleri de anlamsal olarak özellikler barındıran, kelime uzayındaki gösterimlerdir. Dil modelleri ve kelime vektörlerinin sağladığı bu özellikler sayesinde DDİ'deki problemlere çözüm sağlayan modeller geliştirilebilir.
Metin üretimi, DDİ'nin başlıca çalışma alanlarından biridir. Metin üretiminde karşılaşılan bir zorluk ise sıralama işlemidir. Özellikle dil öğretimi ve makine çevirisi çalışmalarında sırasız bir şekilde verilen kelimelerin dizilerek anlamlı, uyumlu bir cümle oluşturması gereklidir. Bu tez çalışmasında da karışık bir şekilde verilen kelimelerin sıralanması üzerine çalışılmıştır. Bunun için iki farklı dil modeli kullanılarak sıralama yapılmıştır. Bir kelimenin, hangi kelime veya kelimelerden sonra gelebileceğine dair olasılıksal değerleri verebilen istatiksel dil modeli ve sinir ağı tabanlı dil modeli bu amaç doğrultusunda çalışmada uygulanmaktadır. Elde edilen bu olasılıksal değerler kullanılarak, ışın araması algoritması ile dizilim yapılmıştır. Her iki modelden elde edilen farklı sonuçlar karşılaştırılmalı olarak verilmiştir.

Abstract:
Languages models extracted by proccessing texts include the features of natural language and relations between words. Also, word vectors are space representations that comprise the semantic features. Solutions are created to solve challenges in NLP (Natural Language Processing) thanks to these features provided by language models and word vectors.
Text generation is one of the main study fields of NLP. Word ordering is a challenge in text generation. It needs to generate a meaningful and coherent sentence from a given bag of words especially in language teaching and machine translation.  The subject of this thesis is word reordering (aka sentence linearization) of given bag of words. Two different language models are used to reorder words. Statistical language model and neural based language model which gives probabilistic values of word sequences  are implemented in line with this objective. Beam search is used for ordering task with this probabilistic values. Comparative results from two different models are presented.
Endemik Campanula phitosiana Yıldırım & Şentürk türünün In vitro rejenerasyon olanaklarının araştırılması
Investigation on the possibilities of In vitro regeneration of endemic species Campanula phitosiana Yıldırım & Şentürk
Yazar: EBRU SEVİNDİK
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ADEMİ FAHRİ PİRHAN ; DR. ÖĞR. ÜYESİ BAŞAR SEVİNDİK
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Botanik Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoloji = Biology ; Botanik = Botany
Dizin: Campanula = Campanula ; Endemikler = Endemics ; Rejenerasyon = Regeneration ; İn vitro = In vitro ; İzmir = Izmir

Özet:
Bu çalışmanın amacı; Campanulaceae familyasına ait, kritik düzeyde tehlike altında olan endemik Campanula phitosiana için etkili in vitro rejenerasyon protokolünü belirlemektir. Kallus oluşumu ve sürgün proliferasyonu için etkin ortam ve bitki büyüme düzenleyici kombinasyonlarını belirlemek için yaprak ve yaprak sapı eksplantları,  NAA (0.3 mg/l), TDZ (0.5, 1, 2, 3 mg/l), BA (0.5, 1, 2, 3 mg/l) ve GA3 (0.5, 1, 2, 3 mg/l) kombinasyonlarını içeren MS ortamlarında kültüre alınmıştır. Denemeler 5 tekerrürlü ve her tekerrürde 5 eksplant olacak şekilde tekrarlanarak tamamen tesadüfi desene göre  kurulmuştur.
Çalışma sonucunda; kallus oluşumu ve sürgün proliferasyonu incelenmiştir. Etkili kallus oluşumu yaprak sapı eksplantlarında %100 olarak elde edilmiştir. 0.3 mg/l NAA- 2  mg/l GA3 içeren MS besiyerinde sürgün proliferasyonu gözlenmiştir.

Abstract:
The aim of this study was to determine the efficient in vitro regeneration protocol for critically endangered endemic Campanula phitosiana belongs to Campanulaceae family. To determine the efficient medium and plant growth regulator combinations for callus initiation and shoot proliferation, leaf and petiole explants were cultured on MS medium including NAA (0.3 mg/l), TDZ (0.5, 1, 2, 3 mg/l ), BA (0.5, 1, 2,3 mg/l ) ve GA3 (0.5, 1, 2, 3 mg/l) combinations.  Experiments were conducted according to completely randomized design repeated with 5 replicates and each replicates including 5 explants.
As a result of the experiment; callus initiation and shoot proliferation were investigated. Efficient callus initiation was obtained petiole eksplants as 100% rate. Shoot proliferation was observed on MS medium including 0.3 mg/l NAA - 2 mg/l GA3.
Oxyfluorfen'in ayçiçeğinde yanlış uygulanmasından oluşan potansiyel fitotoksisite riskinin azaltılmasında bitki aktivatörünün etkisinin araştırılması
Minimazing potential phytotoxicity risk of oxyfluorfen misused on sunflower by plant activator
Yazar: PINAR ÖZKUL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRKAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı / Fitopatoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Aktivatör = Activator ; Ayçiçeği = Sunflower ; Fitotoksiklik = Phytotoxicity

Özet:
Bu çalışmada oxyfluorfen etkili maddesine sahip herbisitin yanlış uygulanması sonucu sebep olduğu olumsuz (fitotoksisite) etkileri ortaya koyarak, oluşan olumsuzluğun giderilmesinde bitki aktivatör etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Bitki koruma ürünü 2 farklı oxyfluorfen etki maddeli ve su miktarı (20 ve 40 L/da), uygulama günleri (0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, ve 7.gün) ve aktivatör (Crop Set) 4 tekrarlamalı olarak uygulanmıştır. Uygulamadan sonra 5, 10 ve 15.günlerde fitotoksisite değerlendirmeleri yapılmıştır. Birim alandaki bitki sayısı ve fitotoksisite skalası kullanılarak değerlendirmeler gerçekleştirilmiştir. Oxyfluorfen etkili maddesinin ekimle birlikte ilk 4 günde uygulanması fitotoksisite bakımından daha az risk taşıdığı saptanmıştır. Tohuma uygulanan aktivatör madde, aktivatörsüz uygulama ile karşılaştırıldığında %48,30-%93,5 oranında fitotoksisite riskini azalttığı gözlenmiştir. İlk gerçek yaprakların çıkışından sonra yapılan aktivatör uygulaması ise %60,61-%93,31 oranında etkili bulunmuştur.

Abstract:
In this study, since oxyfluorfen can be applied due to its effective content, negative (phytodenal exploitation) use is used, and a supportive tool can be used in the success that occurs. Plant protection with 2 different oxyfluorfen active ingredients and water amount (20 and 40 L/da), application type (0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, and 7th day) and activator (Crop Set) with 4 repetitions aspect. Phyto assessments were made on the 5th, 10th and 15th days after the application. The number of unit settlements and suitable conditions cannot be considered. With oxifluorfen effective first sowing, less risk application than once every 4 days. The activating agent applied to the seed is compensated by the application without activator. 48.30% - 93.5% were observed after phytodene. If it is done after the first application, it was 60%, -93.31% effective.
Sultamisilin yüklü biyouyumlu nanopartiküllerin sentezlenmesi ve ilaç salınım kapasitelerinin değerlendirilmesi
Preparation of sultamicillin loaded biocompatible nanoparticles andevaluation of drug release capacity
Yazar: CANSU ÖZGÜL TURAN
Danışman: DOÇ. DR. KÜBRA DURKAN
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı / Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Biyopolimerler = Biopolymers ; Kitosan = Chitosan ; Uzun etkili ilaçlar = Delayed action preparations

Özet:
Bu çalışmada biyoyararlanımı iyileştirerek plazma ilaç konsantrasyonunu optimize etmek için uzatılmış etkiye ve yüksek yükleme kapasitesine sahip, mikron altı düzeyde sultamisilin yüklü kitosan nanopartikülleri sentezlemiştir. Nanopartiküller literatüre uygun olarak optimum şartlarda hazırlanmış, HPLC sonuçlarına göre enkapsülasyon verimliliği %91 olarak belirlenmiştir. Sentezlenen sultamisilin yüklü nanopartiküllerin zeta potansiyel analizi, dinamik ışık saçılımı (DLS), fourier dönüşümlü kızılötesi spektroskopisi (FT-IR), taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile karakterizasyonu yapılmıştır. SEM görüntüleri ve zeta potansiyel analizine göre 166-242 nm boyutlarında sultamisilin yüklü kitosan nanopartiküller sentezlenmiştir. FTIR analizine göre sultamisilin kitosan nanopartiküllerin içinde kimyasal bağlanma olmaksızın tutulmuştur. Nanopartiküllerden sultamisilin salımı, ince bağırsak ve mide ortamı simüle edilerek (pH 7 ve pH 1,2) membran diyaliz metodu ile gerçekleştirilmiştir ve sonuçlar HPLC ile saptanmıştır. Nanopartiküllerden sultamisilin salımına ait in vitro salım profilleri Korsmeyer-Peppas kinetik modeline uygunluk göstererek uzatılmış salım profili sergilemiştir.

Abstract:
The aim of the present thesis was to synthesis of sultamicillin-loaded chitosan nanoparticles at submicron level with high entrapment efficiency and prolonged effect for optimizing the plasma drug concentration enhancing bioavailability. Nanoparticles were prepared by ionic gelation method in optimum conditions in accordance with the literature, and the encapsulation efficiency was calculated as 91%. Zeta potential analysis, dynamic light scattering (DLS), fourier transform infrared spectroscopy (FT-IR) and scanning electron microscope (SEM) were used to characterize the synthesized sultamicillin-loaded nanoparticles. According to SEM images and zeta potential analysis, 166-242 nm sultamicillin-loaded chitosan nanoparticles were synthesized. According to the FTIR analysis, sultamicillin was encapsulated successfully in the chitosan nanoparticles without chemical bonding. The release of sultamicillin from nanoparticles was carried out by membrane dialysis method, simulating the small intestine and stomach environment (pH 7 and pH 1.2) and analysed by HPLC. In vitro release behavior of sultamicillin from nanoparticles indicated prolonged release, followed to the Korsmeyer-Peppas kinetic model.
Kyme'de nekropolis kazıları ve araştırmaları ışığında ölü gömme gelenekleri
Burial customs of Kyme in the light of excavations and researches
Yazar: MUSTAFA ÜNAL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYTEKİN ERDOĞAN
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Arkeoloji Ana Bilim Dalı / Klasik Arkeoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Arkeoloji = Archeology

Özet:
Bu tez çalışmasında, günümüzde İzmir'in Aliağa İlçesi sınırları içerisinde yer alan
Kyme Antik Kenti'nin nekropolis alanları detaylı olarak incelenmiş ve tek çalışma altında
toplanmıştır. İlk bölümde, Kyme Antik Kenti'nin kısa tarihçesi ve kent çevresinde yürütülen
kazı çalışmaları hakkında bilgiler verilmiştir. İkinci bölümde, Kyme Antik Kenti çevresinde
tespit edilen nekropolis alanlarının konumu, bulunduğu alanların topoğrafik özellikleri,
alanlar içerisinden ele geçen mezar sayıları ve tipolojileri ile alanlar içerisinde görülen ölü
gömme uygulamaları hakkında kısaca bilgiler verilmiştir. Üçüncü bölümde, Kyme Antik
Kenti'nin çevresinde bulunan nekropolis alanları içerisinde tespit edilen mezar tipleri ve
sayıları, mezarlar içerisinden ele geçen buluntular, mezarların yapısal özellikleri ve
mezarların tarihlendirilmesi detaylı olarak anlatılmıştır. Dördüncü ve son bölümde ise kent
çevresinde yer alan nekropolis alanlarında görülen ölü gömme gelenekleri hakkında bilgiler
verilmiştir.
Bu tezde genel olarak, Kyme Antik Kenti çevresindeki nekropolis alanları ve bu
nekropolis alanlarından ele geçen mezarların tipolojik ayrımı, mezarların yapısal özellikleri,
mezarların buluntular yardımıyla tarihlendirilmesi, ele geçen toplam mezar sayıları ve son
olarak nekropolis alanlarında görülen ölü gömme gelenekleri hakkında kapsayıcı bilgiler
vermek amaçlanmıştır.

Abstract:
In this thesis, the necropolis areas of the ancient city of Kyme, which is located within
the borders of Aliağa District of İzmir, were examined in detail and gathered under a single
study. In the first part, information about the short history of the ancient city of Kyme and the
excavations carried out around the city is given. In the second part, brief information is given
about the location of the necropolis areas found around the ancient city of Kyme, the
topographic features of the areas where they are located, the number of tombs and typologies
found in the areas, and the burial practices seen in the areas. In the third chapter, the types and
numbers of tombs found in the necropolis areas around the ancient city of Kyme, the finds
recovered from the tombs, the structural features of the tombs and the dating of the tombs are
explained in detail. In the fourth and last chapter, information is given about the burial
customs seen in the necropolis areas around the city.
In this thesis, it is aimed to give comprehensive information about the necropolis areas
around the ancient city of Kyme and the typological distinction of the tombs recovered from
these necropolis areas, the structural features of the tombs, the dating of the tombs with the
help of finds, the total number of tombs uncovered and finally the burial customs observed in
the necropolis areas.