Atriyal fibrilasyon gelişen yaşlılarda tek nükleotid gen polimorfizmlerinin araştırılması
Investigation of snps during development of atrial fibrilation in elderly patients
Yazar: AKILE TUNCAL
Danışman: PROF. DR. HANDAN AK
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2018
Konu: Biyokimya = Biochemistry
Dizin: Atriyal fibrilasyon = Atrial fibrillation ; Kalp = Heart ; Kalp hastalıkları = Heart diseases ; Matriks metalloproteinaz 2 = Matrix metalloproteinase 2 ; Polimorfizm-genetik = Polymorphism-genetic ; İnsülin benzeri büyüme faktörü I = Insulin like growth factor I ; İnterleukin 6 = Interleukin 6

Özet:
Atriyal fibrilasyon (AF), kardiyolojik patolojiler içerisinde en sık gözlenen aritmi tipidir. AF patogenezinde birçok faktör rol oynamaktadır. Güncel literatür bilgileri hastalığın etiyopatolojisini tam olarak aydınlatamamaktadır. Tezin amacı, 65 yaş ve üzeri olan ve AF gelişen hastalarda aday proteinlere ait tek nükleotid gen polimorfizmlerinin araştırılarak AF'nin moleküler açıdan daha iyi anlaşılmasıdır. 
Bu tez projesi için, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Kardiyoloji Anabilim Dalı'na başvuran ve AF tanısı alan 151 hasta ve 150 sağlıklı gönüllüden alınan kan örnekleri kullanılmıştır. Alınan kan örneklerinden total DNA izole edilmiş, real time PCR (RT-PCR) yöntemi ile belirlenen mutasyonların genotiplendirilmesi yapılmış ve sonuçlar istatistiksel açıdan değerlendirilmiştir. AF ile ilişkisi araştırılacak aday genlerin tek nükleotid polimorfizm "Single nükleotide polymorphism (SNP)" varyantları çalışılmıştır. Bunlar, SMAD3 rs138550573, IGF-1 rs202145836, MMP2 rs243865 ve GJA1 rs13216675 ve IL6R rs4845625 polimorfizmleridir.
Bu çalışmada araştırılan MMP2 (rs 243865) polimorfizminde için, hasta grubu ile kontrol grubu arasında C ve T allellerinin frekanslarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmuştur (p=0.0053). Çalışılan diğer polimorfizmlerde ise hasta ve kontrol grupları arasında genotip ve allel frekansları açısından istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilmemiştir. 
Elde ettiğimiz sonuçlar, MMP2 rs243865'in AF ile ilişkisini desteklemektedir. Bu sonuç, matriks metalloproteinazların yaş ve atriyal fibrilasyon arasındaki ilişkinin açıklanmasında ayrıntılı incelenmesi gereken bir faktör olabileceğini düşündürmektedir.

Anahtar kelimeler: Atriyal fibrilasyon; SNP; Gen polimorfizmi; SMAD3;
IGF-1; MMP2; GJA1; IL6R

Abstract:
Atrial Fibrillation (AF) is the most commonly observed type of arrhythmia among all cardiological pathologies. Several factors are involved in the pathogenesis of AF. Current knowledge existing in the literature cannot elucidate the exact etiopathology of the disease. The aim of this thesis is to investigate the single nucleotide gene polymorphisms of the candidate proteins who are over the age of 65 and who developed atrial fibrillation and thereby to have a better understanding of AF from a molecular perspective.
For this thesis project, blood samples taken from 150 healthy volunteers and from 151 patients, who applied to the department of Cardiology, Ege University Medical Faculty and diagnosed with AF, were used. From the blood samples, total DNA was isolated, genotyping of the determined mutations using real time PCR (RT-PCR) was performed and the results were statistically analysed and evaluated. Single Nucleotide Polymorphism (SNP) variants of the candidate genes thought to be associated with AF were determined. These are SMAD3 rs138550573,  IGF-1 rs202145836, MMP2 rs243865 and GJA1 rs13216675 and IL6R rs4845625 polymorphisms.
In the MMP2 (rs 243865) polymorphism studied in this study, a statistical significance was found in C and T allele frequencies between patients and controls (p=0.0053). There are no statistically significant differences determined for genotype and allele frequencies in other polymorphisms studied.
The results we obtained support the association of MMP2 rs243865 with AF. This result suggests that matrix metalloproteinases could be a factor that needs to be studied in more detail to explain the relationship between age and atrial fibrillation.

Keywords: Atrial fibrillation; SNP; Gene polymorphism, SMAD-3; IGF1;
MMP2; GJA1; IL6R