Klinik örneklerde PZR - RFLP (polimeraz zincir reaksiyonu - restriksiyon bölümünün uzunluk değişkenliği) yöntemi kullanılarak leıshmanıa parazitlerinin tür tayini
Identification of leishmania parasites using PCR-RFLP method in clinical samples
Yazar: KORAY GÜNEŞ
Danışman: PROF.DR. SERAY ÖZENSOY TÖZ
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Parazitoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Parazitoloji = Parasitology

Özet:
Klinik Örneklerde Pzr-Rflp (Polimeraz Zincir Reaksiyonu -Restriksiyon Bölümünün Uzunluk Değişkenliği) YöntemiKullanılarak Leıshmania Parazitlerinin Tür TayiniLeishmaniasis Leishmania genusunda yer alan parazitlerinin yol açtığıantropo-zoonotik bir infeksiyondur. Dünya Sağlık Örgütü verileri her yıl350 milyon insanın bu hastalığa yakalanma riskiyle karşı karşıya kaldığınıbildirmektedir. Hastalık AIDS ile birlikte görüldüğünde ölümcülolabilmektedir. Hastalığın klinik formları temelde visseral leishmaniasis(VL), kutanöz leishmaniasis (KL) ve mukokutanöz leishmaniasis (MKL)olarak incelenir. Bunlardan ilk ikisi ülkemizde görülmektedir. Birincisininbaşlıca rezervuarı köpek, ikincisinin ki de insandır. Bu çalışmada EÜTFParazitoloji AD'nda 1996 yılından beri NNN besiyerinde alt pasajlarlasürekliliği sağlanan ve ülkemizin farklı bölgelerinden elde edilen 37Leishmania izolatı incelenmiştir. Bu örneklerden fenol-kloroform yöntemiile DNA ekstraksiyonu gerçekleştirilmiş, ITS-PZR yöntemi kullanılarakribozomal DNA'nın protein kodlamayan ITS bölgesi çoğaltılmış, ardındanTaqI enzimi kullanılarak RFLP yöntemiyle ortaya çıkan DNA bantlarınınuzunlukları karşılaştırılmıştır. PZR sonucunda örneklerin hepsinde 1 kbp'likDNA bantları görülmüştür. RFLP ile beş farklı kesim modeli elde edilmiştir.Gerek insan, gerekse köpekten elde edilen 13 örneğin restriksiyonmodelleri benzerdir. Ancak üç adet köpek izolatının sonuçları insan vediğer altı köpek izolatından biraz farklı bulunmuştur. Kutanözleishmaniasisli olgulardan elde edilen PZR ürünlerinin restriksiyon enzimiile kesimi sonucu ortaya çıkan modeller VL'li olguların modelindentamamen farklı bulunmuş, 21 adet KL olgusundan 14 tanesiŞanlıurfa'dan, yedi tanesi Ege Bölgesi'nden elde edilmiş, Şanlıurfaörnekleri biri hariç son derece homojen bulunmuş, Ege bölgesine aitolanlarsa Şanlıurfa'dan farklı ancak kendi içinde homojen bulunmuş;ülkemizde bu bölgelerde VL'den sorumlu parazit Leishmania infantum veKL'den sorumlu parazitin de Leishmania tropica olduğu bir kez dahagörülmüş, ancak KL etkeninin farklı odaklarda farklı genotipe sahip olduğugörülmüştür. Bu sonucun epidemiyo-demografik açıdan incelenmesigerekmektedir.

Abstract:
Identification of Leishmania parasites in clinical samples usingPCR-RFLP methodABSTRACTLeishmaniasis is an infection that caused by the parasites belongingto the genus Leishmania. According to WHO, 350 million people confrontthe risk of having leishmaniasis every year. The disease can be fatal if it iscomplicated with AIDS. The clinical forms of the disease can besummarized in three topics: Visceral (VL), cutaneous (CL) andmucocutaneous (MCL) leishmaniasis. The first two of these forms are seenin Turkey and the reservoirs are the dog and the man respectfully. In ourstudy, 37 Leishmania isolates that have been cultivated in the NNNmedium in EUMF Parasitology Department since 1996 were analyzed byusing molecular tools comparing the restriction patterns of the DNA bandsbelonging to the ribosomal ITS region amplified with PCR method. Byusing one of the restriction nucleases, Taq I, different restriction patternswere obtained between the isolates from VL and CL, and also CL isolatesfrom Şanlıurfa and Ege Region. There were different patterns in three ofdog isolates while rest of the VL isolates that originated from the man andthe dog were similar. In addition to this, RFLP patterns of 14 Şanlıurfaisolates out of 21 CL isolates were almost totally homogenous except one.And the causative agents were confirmed as Leishmania infantum for VL,and Leishmania tropica for CL in these regions in Turkey. But the RFLPpatterns of the isolates obtained from the patients with CL in Şanlıurfawere not the same as the isolates from Ege Region except one incomparison by the genotype. Obviously it is necessary to analyze theseresults epidemio-demographically to reach the final epidemiologicalaspect.