Moleküler yöntemler kullanılarak farklı işlem görmüş etlerde tür tayini ve işlem koşullarının optimizasyonu
Identification of species and optimization by using molecular methods in various treated meat
Yazar: NURSEL SÖYLEMEZ MİLLİ
Danışman: PROF. DR. ÖMER EREN
Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2021
Konu: Gıda Mühendisliği = Food Engineering
Dizin: Domuz = Swine ; Domuz eti = Pork ; Isıl işlem = Heat treatment ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction

Özet:
Bu çalışmada, sığır (Bos taurus) etine farklı oranlarda karıştırılan domuz (Sus scrofa) etinin tespiti, SYBR Green temelli gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (SG-qPCR) yöntemiyle yapılmıştır. Domuz ve sığır türü için türe spesifik primerler, mitokondriyal DNA üzerindeki Adenozin trifosfat sentaz alt birimi 8 ve 6 gen bölgelerinden tasarlanmıştır. Domuz primer setinin; sığır, tavuk, at ve eşek türleriyle çapraz reaksiyon vermediği görülmüştür. Çiğ ikili karışım örneklerine; dijital kumpas yardımıyla 6 cm çapında, 0.5 cm yüksekliğinde köfte şekli verilmiştir. Şekillendirilen her 14 grup et örneğinden 10'ar adet köfte elde edilmiştir. Her gruptan 5 adet köfte örneğine 121 0C'de 15 psi'de 30 dakika boyunca otoklavlama işlemi uygulanmıştır. Çiğ ve ısıl işlem uygulanmış tüm et örneklerinden DNA izolasyonu, ticari bir kitle yapılmıştır. Domuz ve sığır türüne spesifik tasarlanan primerler, çiğ ve ısıl işlem görmüş etler için ayrı ayrı optimize edilmiştir. Optimizasyon sonunda protokol koşulları: ısıl işlem görmüş örneklerde; 15 μL reaksiyon hacmi, 300 nmol primer konsanstrasyonu, 50 ng/4 μL DNA konsantrasyonu ve 40 döngü, çiğ et örneklerinde ise; 10 μL reaksiyon hacmi, 250 nmol primer konsanstrasyonu, 50 ng/4 μL DNA konsantrasyonu ve 40 döngü olacak şekilde belirlenmiştir. Çalışma, her bir örnek grubu için 3 tekrarlı ve her tekrar 3 teknik tekrarlı olarak yürütülmüştür. Tüm deneme gruplarına ait örneklerin SG-qPCR ürünleri, %2'lik agaroz jelde yürütülerek hedef bantlar görüntülenmiştir. Buna göre SG-qPCR'de domuz etinin tespit düzeyi ve tespit limiti; ısıl işlem görmüş karışım örneklerinde %0.5 (a/a) ve 0.25 ng/μL, çiğ et karışımlarında ise %0.1 (a/a) ve 0.05 ng/μL olarak tespit edilmiştir.

Abstract:
In this study, the detection of pork (Sus scrofa) meat mixed into beef (Bos taurus) in different proportions was made by SYBR Green-based real-time Polymerase Chain Reaction (SG-qPCR) method. Species-specific primers for porcine and bovine species were designed from the Adenosine triphosphate syntase subunit 8 and 6 gene regions on the mitochondrial DNA. It was observed that the porcine and bovine primers didn't cross-react with each other. Raw binary meat mixture samples were shaped as 6 cm diameter and 0.5 cm high meatballs with the help of a digital caliper. 10 pieces of meatballs were obtained from every 14 groups of meat samples. Autoclaving was applied to 5 meatball samples from each group at 121 oC at 15 psi for 30 minutes. DNA isolation from all raw and heat-treated meat samples was performed with a commercial kit. Primers designed specifically for porcine and beef were optimized for both raw and heat-treated meats. At the end of the optimization conditions for heat-treated meats; 15 μL reaction volume, 300 nmol each primer concentration, 50 ng /4 μL DNA concentration and 40 cycles, in raw meat samples; 10 μL reaction volume, 250 nmol each primer concentration, 50 ng/4 μL DNA concentration and 40 cycles were determined and analyzes were carried out in SG-qPCR. The study was conducted in 3 repetitions for each sample group and 3 techniques in each repeat. SG-qPCR products of samples belonging to all experimental groups were run on a 2% agarose gel to visualize target bands. In conclusion, the detection level and detection limit of pork in binary meat mixtures by using SG-qPCR were determined as 0.5% (w/w) and 0.25 ng/ μl in heat-treated meats, 0.1% (w/w) and 0.05 ng/μL in the raw meat mixture, respectively.