Kanatlı hayvanlarda newcastle hastalığı virüslerinin reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) ile teşhisi ve moleküler karakterizasyonu
Diagnosis of newcastle disease viruses using reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) and molecular characterisation
Yazar: MEHMET FATİH BARUT
Danışman: PROF. DR. NEJAT AYDIN
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2006
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine

Özet:
ÖZETKanatlı Hayvanlarda Newcastle Hastalığı Viruslarının Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) ile Teşhisi ve Moleküler Karakterizasyonu: Buçalışmada; sahadan izole edilerek embriyolu tavuk yumurtalarında üretilen ve konvansiyonelyöntemlerle teşhis edilmiş ancak tiplendirilmemiş olan Newcastle diesease virus (NDV)suşlarının RT-PCR ile teşhisi ve genetik yapılarının DNA Sequencing yardımı tespit edilmesiböylelikle bu suşların patojen-velojenik ya da apatojen-lentojenik olup olmadığınınanlaşılması, Dünya Gen Bankası'na Türkiye'de bulunan suşların genetik yapısı hakkında yeniverilerin eklenmesi, bunun yanında elde edilen sonuçların dünyanın çeşitli bölgelerinden dahaönce izole edilerek DNA dizinleri tespit edilen diğer NDV virusları ile karşılaştırılarak olasıbulaşma kaynaklarının tespit edilmesi amaçlandı.Çalışmada; daha önce Türkiye'den izole edilen 14 adet NDV suşuna ait 400 bp'lik DNAdizinleri tespit edildi, farklı illerden elde edilen bu suşlardan 11 adedinin velojenik, 3 adedininlentojenik olduğu görüldü. İlgili dizinlerin Aldous ve ark. (2003) tarafından ?NDVviruslarınının moleküler karakterizasyonu? üzerinde yapılan dünya çapındaki bir araştırmadakullanılan NDV virusları ile karşılaştırılması sonucu Türkiye'den izole edilen bu suşlarınAldous'un yaptığı genetik gruplandırmada; 4a (VIa-VIe), 4b (VIb), 5b (VIIb), 5d (VIId) ve 2(II) gruplarına dahil edildiği tespit edildi.Genetik yapıda oluşan mutasyonların aminoasit düzeyinde sebep olduğu farklılaşmalar vebunların füzyon proteininin üç boyutlu yapısı üzerindeki yerleri Cn 3D 4.1 Programı yardımıile görüntülendi.Anahtar kelimeler: Newcastle Hastalığı Virusu, NDV, RT-PCR, DNA dizin analizi,filogenetik, moleküler çalışma.

Abstract:
SUMMARYDiagnosis of Newcastle Disease Viruses Using Reverse Transcriptase-Polymerase ChainReaction (RT-PCR) and Molecular Characterisation: In this study; differential diagnoseof the Newcastle disease virus (NDV) patotypes using RT-PCR and partial Fusion (F) genecDNA sequences of the isolated field viruses were aimed in order to add new informationabout Turkey's NDV types' genotypic structures into the World Gene Bank.Moreover, revealing of the possible original source of the virus via comparative phylogeneticanalysis between Turkey's NDV strains and NDV isolates from other countries was anotherpurpose of this study.At the end of the study; 400 bp long, 14 partial cDNAs were recovered and found out that 11of them were pathogen/velogenic and 3 of them were non-pathogen/lentogenic. Comparingthe obtained partial cDNAs with the NDV strains, used in the study of Aldous et al. (2003)which is about ?Worldwide molecular epidemiological analysis of variant ND viruses? it isrevealed that Turkey?s NDV strains are in the group 4a (VIa-VIe), 4b (VIb), 5b (VIIb), 5d(VIId) and 2 (II).Using an artificial crystallographic protein structure program, Cn3D 4.1, mutations in thevirus's fusion (F) protein is displayed in 3 dimensional structure.Key words: Newcastle Disease Virus, NDV, RT- PCR, nucleotide sequence analyze, DNAsequencing, phylogenetic, molecular study.