SSR markörleri kullanarak Türkiye'nin farklı yerlerinden toplanan yonca (Medicago sativa L) popülasyonları arasındaki genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
Determination of genetic diversity among clover populations (Medicago sativa L) collected from different parts of Turkey using SSR markörs
Yazar: BÜŞRA NUR AKGÜL
Danışman: DOÇ. DR. İSMAİL BEZİRĞANOĞLU
Erzurum Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Basit dizi tekrarları (SSR) = Simple sequence repeats (SSR) ; Bitki ıslahı = Plant breeding ; Medicago sativa = Medicago sativa ; Yonca = Alfalfa ; Çeşitlilik = Diversity

Özet:
Medicago sativa, Baklagiller (Fabaceae) ailesine mensup çok yıllık, besin değeri yüksek yem bitkisidir. Yonca baklagil bitkileri içerisinde uzun ömürlü olması ve farklı çevresel koşullara karşı dayanıklı olması nedeniyle en çok tercih edilen türlerden biridir. Bu çalışmada yonca yetiştiriciliğinde büyük paya sahip olan Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan yonca populasyonlarının genetik çeşitliliğin SSR markörları kullanılarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Böylece ülkemiz açısından ekonomik önemi olan, bölgeye uygun yonca çeşitleri geliştirmeye yönelik ıslah programlarına katkıda bulunmak hedeflenmiştir. Tez çalışmamızda, Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanmış olan 72 yonca populasyonu kullanılmış ve basit dizi tekrarları (SSR) kullanılarak populasyonlar arasındaki genetik uzaklık belirlenmiştir. Farklı bölgelerden alınan tohumlar MS ortamına ekimi yapılıp, fidelerden alınan genç yaprak örneklerinden CTAB metoduna göre DNA izolasyonu yapılmış ve seçilmiş SSR primerleri ile yapılmış PCR işlemleri sonucunda oluşan bantlarda populasyonların genetik çeşitlilik analizleri gerçekleştirilmiştir. Analizlerden elde edilen sonuçlar Türkiye'de yetiştirilen yerel yonca popülâsyonlarının yerel kültüvarlar ve ticariler şeklinde 2 ana gruba ayrıldığını göstermiştir. Elde edilen sonuçlar STRUCTURE, PCA ve filogenetik analizlerle doğrulanmıştır. Çeşitlilik analizleri neticesinde bu popülâsyonlarda 0.28'lik heterozigotluk oranı elde edilmiştir. Ayrıca, bu çalışmada kullanılan SSR markörlerinin ilgili genotipler için bilgi verici olduğu sonucuna da varılmıştır. Çalışma sonucunda Türkiye'nin farklı yerlerine ait yonca populasyonlarının sahip olduğu genetik çeşitlilik SSR markörleri ile ortaya konulmuştur.

Abstract:
Medicago sativa is a perennial forage plant with high nutritional value belonging to the Legumes (Fabaceae) family. Alfalfa is one of the most preferred species among leguminous plants due to its longevity and resistance to different environmental conditions.In this study, it was aimed to determine the genetic diversity of alfalfa populations collected from different regions of Turkey, which has a large share in alfalfa cultivation, by using SSR markörs.Thus, it is aimed to contribute to breeding programs for developing alfalfa varieties suitable for the region, which are economically important for our country.In our thesis study, 72 alfalfa populations collected from different regions of Turkey were used and genetic distance between populations was determined by using simple sequence repeats (SSR).Seeds taken from different regions were planted in MS medium, DNA isolation was made from young leaf samples taken from seedlings according to the CTAB method, and genetic diversity analyzes of populations were performed in the bands formed as a result of PCR processes with selected SSR primers. The results obtained from the analyzes showed that the local alfalfa populations grown in Turkey are divided into 2 main groups as local cultivars and commercial ones. The results obtained were confirmed by STRUCTURE, PCA and phylogenetic analysis. As a result of diversity analysis, a heterozygosity rate of 0.28 was obtained in these populations. In addition, it was concluded that the SSR markörs used in this study were informative for the relevant genotypes. As a result of the study, the genetic diversity of alfalfa populations belonging to different parts of Turkey was revealed by SSR markörs.