Mastitisli sığır sütlerinden E. durans ve E. hırae'nin izolasyon ve identifikasyonu
Isolation and identification of E. durans and E. hirae from mastitic bovine milks
Yazar: ELİF SEZGİN KAYA
Danışman: PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
Adnan Menderes Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Enterococcus = Enterococcus ; Kimliklendirme = Identification ; Mastit = Mastitis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Süt = Milk ; Sığır hastalıkları = Cattle diseases ; Sığırlar = Cattles

Özet:
Bu çalışmada, mastitisli süt örneklerinden izole edilen ve çok yüksek 16S rRNA benzerliği nedeniyle sıklıkla birbiriyle karıştırılan Enterococcus durans ve Enterococcus hirae'nin moleküler yöntemler kullanılarak identifikasyonlarının yapılması amaçlandı. Çalışma materyalini 620 klinik veya subklinik mastitisli süt örneği oluşturdu. Fenotipik yöntemlerle 96 enterokok şüpheli izolat elde edildi. Bu izolatların cins spesifik primerler kullanılarak gerçekleştirilen polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sonucu hepsinin Enterococcus spp. olduğu doğrulandı. Tür spesifik primerler kullanılarak uygulanan PZR sonucunda izole edilen 96 enterokokun 9 (%9.3)'unun E. hirae ve 5 (%5.2)'inin E. durans olduğu belirlendi. İzolatların 16S rRNA fragmentleri üniversal 16S primerleri kullanılarak çoğaltıldı ve sekans analizi ile identifikasyonlar doğrulandı. 16S rRNA benzerliği yüksek olan bu iki türün geleneksel fenotipik yöntemler kullanılarak birbirinden ayırt edilmeleri oldukça zor olup, bu çalışmayla türe özgü primerler kullanılarak uygulanan moleküler yöntemlerle bu gibi türlerin kolayca ayırt edilebileceği gösterilmiştir. Özellikle mastitisli sığır sütlerinden sık izole edilen enterokokların tanımlanmasıyla ilgili kesin sonuç veren, kolay ve zaman tasarrufu sağlayan yöntemlerin laboratuvarlarda uygulanmasının faydalı olduğu sonucuna varılmıştır. Bu iki enterokok türünün virulens faktörleri ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi üzerine yapılacak olan çalışmaların bu mikroorganizmaların patogenezlerinin daha iyi anlaşılmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Abstract:
In this study, the identification of Enterococcus durans and Enterococcus hirae which are mostly interfering with each other because of very high 16S rRNA similarity that were isolated from mastitic milk samples with using molecular methods was aimed. The material was consisted of milk samples taken from 620 cows suspected of clinical or subclinical mastitis. Firstly, ninety six enterococci suspected isolates were obtained with phenotypic methods. Then it was confirmed that all these isolates were Enterococcus spp. by PCR with using specific primers. The results of PCR with using species-spesific primers showed that out of 96 enteroccocci isolates 9 (9.3%) were E. hirae and 5 (5.2%) were E. durans. 16 S ribosomal RNA fragments were amplified with using universal 16 S primers and these identifications were also confirmed with sequence analysis. It's difficult to differentiate these two species by using phenotypic methods from each other because of their high 16S rRNA similarities and it was also showed that these species could be easily differentiated by molecular methods with using specific primers. It's concluded that this method could be useful for routine laboratory procedures of the identification of enterococci isolated from mastitic bovine milk because of its time-saving, easiness and reliability. It's thought that further studies on the determination of virulence factors and antibiotic resistance of these two enterococci spp. should be designed to understand the pathogenesis of these microorganisms