EPCR genindeki olası değişimlerin trombozlu olgularda sEPCR seviyeleri üzerindeki etkisinin araştırılması
Screening of EPCR gene on the effects of sEPCR in thrombotic patients
Yazar: AFİFE KARABIYIK
Danışman: PROF. DR. NEJAT AKAR
Ankara Üniversitesi / Biyoteknoloji Enstitüsü
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics

Özet:
Protein C yolağı, koagülasyonun düzenlenmesi için fizyolojik olarak önemli bir mekanizmadır. Bu yolak, trombin endotel hücre yüzey reseptörü trombomoduline bağlandığında harekete geçirilir. Trombin-trombomodulin kompleksi protein C'yi aktive eder. Aktive edilmiş protein C (APC), kofaktörü protein S ile birlikte faktör Va (FVa) ve faktör VIIIa'nın (FVIIIa) proteolitik inaktivasyonuyla koagülasyon kaskadının gelişmesini ve amplifikasyonunu sınırlandırır. Bu işlem, aktive edilmiş trombositlerin negatif yüklü yüzeyi üzerinde meydana gelir.Endotelyal protein C reseptörü (EPCR), bir tip I transmembran proteinidir ve daha çok geniş damarların endotelinde ifade edilir. Protein C'nin (PC) EPCR'ye bağlanması, trombin-trombomodulin kompleksi için PC'nin afinitesini arttırarak PC aktivasyonunu uyarır. EPCR, CD1 (major histocompatibility class I) ailesine yapısal olarak çok benzerdir. EPCR, ekstraselüler domainlerine ilavaten, bir transmembran domaini ve çok kısa bir sitoplazmik kuyruğa sahiptir. EPCR geni 20q11.2'de lokalizedir. Dört ekzondan oluşur. Bu reseptörün çözünmüş formu (sEPCR) ise plazmada dolaşır ve hem PC aktivasyonunu hem de APC'nin antikoagulant aktivitesini inhibe eder. Yüksek sEPCR seviyeleri tromboz için risk faktörüdür.Çalışmamızın amacı, tromboza yatkınlığa neden olduğu düşünülen genlerden biri olan EPCR geninde bulunan olası değişimlerin tespit edilmesi ve bu değişimlerin plazma sEPCR seviyeleri üzerindeki etkilerinin araştırılmasıdır. Bu çalışmada, sEPCR seviyeleri 50 ng / ?l'den düşük 42 trombozlu olgu ve 29 kontrol DNA'sı ve sEPCR seviyesi 130 ng / ?l'den yüksek 74 trombozlu olgu ve 24 kontrol DNA'sı kullanılmıştır. Kanlardan izole edilen DNA'lar sırasıyla PCR, SSCP, DNA Dizi Analizi teknikleri kullanılarak analiz edilmiştir. Çalışma sonucunda sEPCR seviyeleri bilinen hastalarda c.3998C>T ve c.4678C>G baz değişimleri saptanmıştır. 3'UTR'nin RNA stabilitesindeki rolü bilindiğinden, EPCR geni 3'UTR'da belirlediğimiz c.4678C>G değişimi tromboz riski açısından önem taşıyabilir.Anahtar Kelimeler: Koagülasyon, Tromboz, Endotelyal Protein C Reseptörü (EPCR), solubl EPCR (sEPCR)

Abstract:
The protein C pathway is a physiologically important mechanism for the regulation of the coagulation process. The pathway is triggered when thrombin binds to the endothelial cell surface receptor thrombomodulin. The thrombin-thrombomodulin complex activates protein C. Activated protein C (APC), together with its cofactor protein S, limits the amplification and progression of the coagulation cascade by proteolytic inactivation of factors (F)Va and FVIIIa. This process occurs on the negatively charged surface of activated platelets.Endothelial cell protein C receptor (EPCR) is a type I transmembrane protein that is almost exclusively expressed on the endothelium of large vessels. Binding of protein C (PC) to EPCR stimulates PC activation by increasing the affinity of PC for the thrombin-thrombomodulin complex. EPCR is similar to molecules of the class I major histocompatibility complex, in particular the CD1-subfamily. In addition to the extracellular domains, EPCR has a transmembrane domain and a very short cytoplasmic tail. EPCR gene is located on chromosome 20q11.2. It consists of four exons. A soluble form of this receptor (sEPCR) circulates in plasma and inhibits both PC activation and APC anticoagulant activity.The aim of this study was to investigate the detection of the variations in the EPCR gene which has a role for thrombosis and the effects of this variations on the plasma sEPCR levels. We have 42 thrombotic patients and 29 healthy subject samples that have lower sEPCR levels (sEPCR< 50 ng / ?l) and 74 thrombotic patients and 24 healthy subject samples that have higher sEPCR levels (sEPCR>130 ng / ?l). Following DNA extraction, PCR, SSCP and DNA sequencing analysis of EPCR gene were performed. We detected 3998C>T and 4678 C>G polymorphisms in patients that have known sEPCR levels. The role of 3?UTR at RNA stability is known. Thus, EPCR 3?UTR 4678G>C polymorphism might have important effect on the thrombotic risk.Key Words: Coagulation, Thrombosis, Endothelial Protein C Receptor (EPCR), soluble EPCR (sEPCR)