Bazı sığır pnömoni etkenlerinin tespiti, karakterizasyonu ve PFGE yöntemi ile genotiplendirilmesi
Detection, characterization of some bovine pneumonia agents and genotyping with PFGE
Yazar: MAHMUT NİYAZİ MOĞULKOÇ
Danışman: PROF. DR. MURAT YILDIRIM
Kırıkkale Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Elektroforez = Electrophoresis ; Genotip = Genotype ; Hayvan hastalıkları = Animal diseases ; Pnömoni = Pneumonia ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Sığırlar = Cattles ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine

Özet:
Sığırlarda dünya genelinde ciddi ekonomik kayıplara neden olan solunum yolu hastalıkları etiyolojisinde bakteriyel etkenler önemli rol oynamaktadır. Bakteriyel kökenli solunum yolu hastalığı etkenlerinin tanımlanmasında ve etkin yönetim metotlarının belirlenmesinde sistematik yaklaşım geliştirmek hastalıkla mücadelede önemli yer tutmaktadır. Sığır solunum yolu bakteriyel infeksiyonlarına neden olan en önemli etkenlerin büyük çoğunluğunu Pasteuerlla multocida, Mannheimia haemolytica ve Mycoplasma bovis oluşturmaktadır.
Bu tez çalışmasında, sığırların solunum sistemi hastalıklarının en yaygın etkenlerinden olan bu bakterilerin prevalansının belirlenmesi, izolatların antimikrobiyal duyarlılıklarının tespit edilmesi, izolatların virülens ve direnç profillerinin moleküler yöntemlerle karakterize edilmesi, PFGE ile izolatların genetik ilişkisinin ortaya konulması amaçlanmıştır.
Çalışma kapsamında 200 adet pnömonik sığır akciğerinden kültür sonrasında 9 adet P. multocida (%4.5), 8 adet M. haemolytica (%4) ve 22 adet M. bovis (%11) suşu qPZR ile tespit edilmiştir, 400 adet sağlıklı sığır akciğerinden ise ilgili etkenlerin izolasyonu sağlanamamıştır. M. bovis izolatları broth dilüsyon testi ile incelendiğinde ise izolatların gentamisin, tilosin ve oksitetrasiklin'e dirençli, enrofloksasin ve danofloksasin'e orta derecede duyarlı olduğu tespit edilmiştir. PFGE analizi ile Sivas bölgesinde BRD vakalarından izole edilen majör etkenlerin birbirinden farklı izolatlar olduğu anlaşılmıştır. M. bovis izolasyon oranının P. multocida ve M. haemolytica izolasyon oranlarına göre anlamlı olduğu (p<0.05) tespit edilmiştir.
Çalışma sonunda Sivas ilindeki sığır pnömoni vakalarında bahsedilen etkenlerin rolü ve direnç durumu ortaya konmuştur. M. bovis enfeksiyonları tedavisinde sadece antibiyotik kullanımının yeterli olamayacağı ve etkin mücadele için aşı uygulanması, stres faktörlerinin minimalize edilmesi ve bulaşın azaltılması gerektiği kanısına varılmıştır.

Abstract:
Bacterial agents play significant roles in the aetiology of bovine respiratory disease which substantial eceonomic losses occurring wordwide on cattle. To develop systematic approach has an important place on the fight against disease in identification of cattle respiratory disease bacterial agents and determination of efficient management practices. Most common bacterial causes of cattle respiratory disease are P. multocida, M. haemolytica and M. bovis.
In this thesis study; it was aimed that determination of prevalance of common bacterial agents responsible for bovine respiratory disease, determination of antimicrobial susceptibility status of strains, characterization of virulence and resistance profiles by molecular methods, to reveal the genetic relatedness of strains with PFGE method.
Within the study, following culture, 9 P. multocida (4.5%), 8 M. haemolytica (4%) and 22 M. bovis (11%) strains were detected with qPCR on 200 pneumonic lungs, no isolation of respective strains were performed upon healthy lungs. M. bovis isolates were examined with broth dilution test and it was determined that isolates were resistant to gentamycin, tylosin and oxytetracycline, moderate susceptible to enrofloxacin and danofloxacin. According to PFGE results, it was detected that major agents isolated from BRD cases were different from each other. Isolation rates of M. bovis was statistically significant (p<0.05) compared to isolation rates of P. multocida and M. haemolytica.
Consequently, the role and resistance status of respective agents on cattle pneumonia cases in Sivas province were unveiled. It was conluded that only antimicrobial usage is not sufficient on treatment of M. bovis infections and it will be essential to administer vaccination for effective struggling, to minimise of stress factors and to decrease of transmission.