Kromofob renal hücre karsinomlarında bazı aday tümör baskılayıcı genlerin epigenetik analizi
Epigenetic analysis of several candidate tumor suppressor genes in chromophobe type renal cell carcinomas
Yazar: ÖZGE ATAKER
Danışman: DOÇ. DR. FİLİZ ÖZBAŞ GERÇEKER
Gaziantep Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2014
Konu: Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics

Özet:
Renal Hücre Karsinomları (RHK) böbrek kanserlerinin yaklaşık %80-85'ini oluşturmakta olup, geri kalan %15-20 ise genel olarak renal pelvisin ürotelyal karsinomlarıdır. Kromofob tip renal hücreli kanser (kRHK), tüm RHK'ların yaklaşık %5'inde görülmektedir. Berrak hücreli renal karsinom hastalarında bazı aday tümör baskılayıcı genlerin promotor bölgelerinde hipermetilasyon tespit edilmiş, ancak kromofob tip RHK ile ilişkili genler net olarak belirlenmemiştir. Bu çalışmanın amacı, berrak hücreli renal kanserlerde hipermetile olduğu bildirilmiş olan CST6 ve GREM1 genlerininmetilasyon durumunun kromofob tipi renal hücre karsinomunda belirlenmesidir. Toplam 39 hastanın parafine gömülü tümör dokusu ve bitişik normal dokusundan izole edilen DNA örneklerinde bisülfit dönüşümü gerçekleştirilmiş ve daha sonra metilasyon spesifik PCR (MS-PCR) yöntemi uygulanmıştır. GREM1 metilasyon sıklığı tümör dokularında (%51)  normal dokulara (%23) göre önemli ölçüde yüksek bulunmuştur [p=0.012, OR (%95CI)=3.51 (1.32-9.29)]. Benzer şekilde, CST6 metilasyonu da tümör dokularında (%23) normal dokulara (%2) kıyasla anlamlı derecede fazla gözlenmiştir [p=0.02, OR (%95CI)=11.4 (1.36-95.04)]. Ancak, metilasyon durumu ile yaş, cinsiyet veya patalojik evre arasında anlamlı bir ilişki saptanamamıştır (p>0.05). Bu sonuçlar, GREM1 ve CST6 genlerindeki hipermetilasyonun kromofob tip renal hücre karsinom gelişiminde rol alabileceği düşüncesini desteklemiştir.

Abstract:
Renal Cell Carcinomas (RCCs) accounts for 80-85% of all renal cancers, the remaining 15-20% are generally urothelial cancers of renal pelvis. Chromophobe type renal cell carcinoma (chRCC) is observed in 5% of all RCCs. Promoter hypermethylation in several candidate tumor suppressor genes were determined in clear cell renal carcinoma patients, but the genes associated with chromophobe type RCC were not clearly determined. The aim of this study was to determine the metyhlation status of the CST6 and GREM1 genes, reported to be hypermetilated in clear cell renal carcinoma, in chromophobe type renal carcinoma. Bisulfite conversion was performed in DNA samples isolated from the paraffin embedded tumor tissues and adjacent normal tissues of 39 patients and afterwords Methylation Specific PCR (MS-PCR) was performed. The prevalence of GREM1 methylation in tumor tissues (51%)  was found to be significantly higher than normal tissues (23%) [p=0.012, OR (%95CI)=3.51 (1.32-9.29)]. Similarly, CST6 methylation was also observed significantly higher in tumor tissues (23%) compared to the normal tissues (2%). [p=0.02, OR (%95CI)=11.4 (1.36-95.04)]. However, no significant association was determined between the metyhlation status and age, sex or pathological stage of patients (p>0.05). These results supported the idea that hypermethylation in CST6 and GREM1 genes may play role in the development of chromophobe type renal cell carcinoma.