Tavuklardan izole edilen Avibacterium paragallinarum suşlarının moleküler tanısı ve tiplendirilmesi
Molecular diagnosis and typing of Avibacterium paragallinarum strains isolated from chickens
Yazar: SİBEL GÜNGÖRDÜ
Danışman: PROF. MEHMET AKAN
Ankara Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2009
Konu: Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tavuklar = Chickens

Özet:
Tavuklardan İzole Edilen Avibacterium paragallinarum Suşlarının Moleküler Teşhisi ve Tiplendirilmesi.Bu çalışmada solunum sistemi problemi olan yumurtacı, broyler ve broyler damızlık sürülerde A. paragallinarum'un izolasyonu, identifikasyonu, moleküler teşhis ve tiplendirilmesi amaçlandı. Bu amaçla toplam 95 kümesten toplam 500 adet tavuğun infraorbital sinuslarından alınan svap örnekleri kültür ve PCR ile incelendi. Alınan svap örnekleri izolasyon amacıyla özel besiyerlerine ekildi ve uygun koşullarda inkube edildi. İnkubasyon sonrasında şüpheli koloniler makroskopik ve mikroskopik morfolojileri ile biyokimyasal özellikleri incelenerek identifiye edildi. İzole edilen saha suşlarının ve Kume referans suşlarının PCR ile doğrulanmasından sonra moleküler tiplendirmeleri ERIC-PCR ile gerçekleştirildi.İncelenen 95 kümesin 3 (% 3,15)'ünden A. paragallinarum izole edildi. İzolasyon sadece yumurtacı kümeslerden gerçekleştirilirken, broiler damızlık ve broiler sürülere ait materyallerden izolasyon ve PCR ile etken tespiti yapılamadı. Direct-PCR ile yapılan çalışmalarda 11 yumurtacı sürü/30 hayvanda A. paragallinarum pozitifliği belirlendi. ERIC-PCR ile tiplendirilen Kume referans suşları ve A. paragallinarum izolatlarının ERIC paternleri arasında farklılıklar saptandı. Aynı kümesten izole edilen A. paragallinarum izolatlarının ERIC paternlerinin aynı olduğu tespit edildi.Sonuç olarak, İnfeksiyöz Koriza şüpheli tavuklarda PCR ile izolasyona göre daha yüksek oranda pozitiflik saptanması, A. paragallinarum infeksiyonlarının rutin teşhisinde PCR tekniğinin kullanılabilirliğini ve yararlılığını ortaya koydu. Ayrıca izolasyon yapılan ve PCR ile pozitif bulunan materyallerin yumurtacı sürülere ait olması, A. paragallinarum infeksiyonunun yumurtacılar için daha önemli bir infeksiyon olduğunu gösterdi. Elde edilen bulgular, A. paragallinarum infeksiyonuna bağlı kayıpların ortadan kaldırılmasında aşılamalarında yer aldığı koruma ve kontrol önlemlerinin eksiksiz yürütülmesi gerektiğini ortaya koydu.Anahtar sözcükler: A. paragallinarum, izolasyon, PCR, tavuk

Abstract:
Molecular Diagnosis and Typing of Avibacterium paragallinarum Strains Isolated from Chickens The aim of this study was isolation, identification, molecular diagnosis and typing of Avibacterium paragallinarum isolated from broiler, broiler breeder and layer flocks with suspect of a respiratory disease. For this purpose, a total of 500 infraorbital sinus swab samples from 95 farms were examined by both culture and PCR. The swap samples were cultivated on special growth media for isolation and incubated in suitable conditions. After incubation colonies showing typical macroscopic and microscopic morphology were purified and subjected to confirmatory biochemical testing for identification. After confirmed by PCR, Kume reference strains and field isolates of A. paragallinarum were tested by ERIC-PCR for molecular fingerprinting.A. paragallinarum was isolated from 3 (3,15 %) layer flocks of 95 flocks investigated. Therefore, A. paragallinarum isolation was accomplished only from layer flocks. Neither culture nor direct PCR detected any positive chicken amongst broiler breeder and broiler flocks. Direct PCR detected 30 chickens / 11 layer flocks as A. paragallinarum positive. Typing of Kume reference strains and A. paragallinarum isolates by ERIC-PCR revealed different ERIC patterns. ERIC patterns of isolates from same farm were found to be same.In conclusion, higher positive rate obtained by PCR compared with culture from chickens with suspect Infectious coryza, indicated the usefullness and applicability of PCR technique in routine diagnosis of A. paragallinarum. The finding that PCR and culture positive samples originated from only layer flocks showed the importance of the infection to be much more in layer chickens. Obtained results showed that to prevent from loses due to A. paragallinarum infections, control and prevention measures containing vaccinations must be taken accurately.Key words: A. paragallinarum, isolation, PCR, chicken