10 STR lokusunun multipleks analizi ve Çukurova popülasyonunda allel frekanslarının saptanması
Multiplex analysis of 10 STR loci and detection of allele frequencies in Çukurova population
Yazar: AYÇA ULUBAY
Danışman: DOÇ. DR. AYŞE SERİN
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Adli Tıp Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2016
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine
Dizin: Adli bilimler = Forensic sciences ; Adli tıp = Forensic medicine ; Alleller = Alleles ; Babalık belirleme = Paternity ; DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; Kimlik tespiti = Identity establishing ; Kısa ardışık tekrar = Short tandem repeat ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Çukurova bölgesi = Çukurova region

Özet:
Kısa ardışık tekrarlar (Short Tandem Repeats = STRs) insan genomunda 2-6 baz çifti uzunluğunda baz bloklarının, birbirlerine baş-kuyruk olacak şekilde ardışık tekrarından oluşan DNA dizileridir. Ardışık tekrar sayılarının kişiden kişiye değişiklik göstermesi, PCR ile çoğaltılabilmeleri ve degrade DNA örneklerinde analiz edilebilmeleri, onları adli amaçlı kimliklendirme ve soy bağını tespitte ideal belirteçler yapmaktadır.
STR lokuslarının kimliklendirme ve akrabalık ilişkileri tayininde kullanılabilmesi için öncelikle popülasyon çalışması yapılarak, ilgili popülasyonda allel frekans dağılım oranlarının belirlenmesi gerekmektedir.
Bu çalışmanın amacı 10 STR lokusunun (D10S1248, D1S1656, D2S1338, D22S1045, D19S433, TH01, D2S441, D6S1043, D12S391 ve AMEL) multipleks analizi ve bu lokusların Çukurova popülasyonunda allel frekanslarının araştırılması ve popülasyon verisinin ortaya çıkarılmasıdır.
Çalışmada, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı Adli Genetik Laboratuvarı'nda bir başka popülasyon çalışması kapsamında alınan örneklerden hazırlanan genomik DNA'lar kullanıldı. Bu kişiler, aralarında akrabalık bağı bulunmayan ve rastgele seçilen 100 gönüllü vericiden oluşmaktaydı. İzole örneklerin analizinde 10 STR lokusunu multipleks çoğaltmaya olanak tanıyan Verifiler Kit kullanıldı. PCR reaksiyonu sonrasında PCR ürünleri kapiller elektroforezde yürütüldü. 
Çalışmada, 8 D10S1248 alleli (11-18), 16 D1S1656 alleli (8-21), 11 D2S1338 alleli (14-25), 9 D22S1045 alleli (10-18) , 11 D19S433 alleli (12-17.2), 6 TH01 alleli (6-10), 8 D2S441 alleli (10-16), 12 D6S1043 alleli (9-21) ve 14 D12S391 alleli (15-25) tanımlandı.
Çalışılan 9 sistemin allel frekans dağılımları Hardy-Weinberg dengesi ile uyumlu bulundu. Lokusların heterozigotluk oranı 0.50 ve 0.90 arasında olup, kombine eşleşme olasılığı 1.7x10-11, kombine ayrım gücü 0.999999 ve kombine dışlama gücü 0.9998 olarak hesaplandı.
Çukurova yöresi için hesaplanan yüksek ayrım gücü nedeniyle, 9 STR sisteminin birlikte bu yörenin adli amaçlı analizlerinde kullanılabilecek geçerli genetik işaretler olabileceği düşünülmektedir.

Abstract:
Short Tandem Repeats (STRs) are DNA sequences consist of 2-6 base pair length blocks that repeat like head and tail in human genome. Showing difference in tandem repeat number among individuals, being amplified by PCR and being analyzed in degraded DNA samples make them ideal markers in forensic individualization and kinship analysis.
In order to use STR loci in individualization and kinship analysis, first a population study must be done, and allele frequency distribution related to the population must be determined. 
Purpose of this study is to carry out the multiplex analysis of 10 STR loci (D10S1248, D1S1656, D2S1338, D22S1045, D19S433, TH01, D2S441, D6S1043, D12S391 and AMEL) and to study allele frequencies of these loci in Çukurova population and detection of population data.
In this study, genomic DNAs prepared from samples which had been collected within the scope of another population study in Çukurova University Faculty of Medicine Forensic Medicine Department Forensic Genetics Laboratory were used. These people consisted of randomly chosen 100 volunteer individuals whom don't have a kinship. In analysis of isolated samples, Verifiler Kit which enables multiplex amplification of 10 STR loci was used. PCR products obtained after PCR reaction were conducted on capillary electrophoresis.

In the study, 8 D10S1248 allele (11-18), 16 D1S1656 allele (8-21), 11 D2S1338 allele (14-25), 9 D22S1045 allele (10-18), 11 D19S433 allele (12-17.2), 6 THO1 6 allele (6-10), 8 D2S441 allele (10-16), 12 D6S1043 allele (9-21) and 14 D12S391 allele (15-25) were determined.
Allele frequency distribution of 9 studied systems was found consonant with Hardy-Weinberg equilibrium. Heterozygosity ratio of loci was calculated as between 0.50 and 0.90, combined matching probability as 1.7x10-11, combined discrimination power as 0.999999 and combined power of exclusion as 0.9998.
Due to high discrimination power that has been calculated for Çukurova region, it is believed that 9 STR systems together would be the valid genetic markers used in forensic analysis of this region.