Malign melanomlu ve meme kanserli hastalara ait primer tümör dokusundaki metilasyon değişikliklerinin 2 ve 3 boyutlu doku kültür ortamında araştırılması.
Investigation of methylation changes in primary tumor tissue, 2 and 3-dimensional tissue culture environment of malignant melanoma and breast cancer patients.
Yazar: ÖZGE ŞÜKRÜOĞLU
Danışman: PROF. DR. HÜLYA YAZICI ÖZBEK
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Onkolojik Biyoloji ve İmmünoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2011
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: Doku kültürü = Tissue culture ; Genler = Genes ; Melanom = Melanoma ; Meme neoplazmları = Breast neoplasms ; Metilasyon = Methylation ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Histon modifikasyonları ve DNA metilasyonu gibi epigenetik değişiklikler normal gelişimde ve gen ekspresyonunun programlanmasında kilit rol oynamaktadır. Bu çalışmanın gerçek hedefi, tümör dokusuna yönelik metilasyon inhibitörlerinin tümör dokusundaki etkileşimlerini anlamak amacıyla in vitro bir model sistem geliştirmektir. Bu nedenle sunulan çalışmada öncelikle meme ve malign melanom primer tümör dokuları, 2 ve 3 boyutlu kültür ortamında çoğaltılarak, primer tümör dokusunun taşıdığı metilasyon özelliklerinin diğer iki farklı kültür ortamında değişip değişmediği araştırılmıştır. Kültür ortamlarındaki söz konusu farkın ortaya koyulabilmesi için çalışmada daha önce meme ve malign melanom kanser hücre soylarında %60'dan fazla oranda metile olduğu bildirilen ancak primer tümör dokusunda hiç araştırılmamış genler seçilmiştir. Gerek primer dokudan, gerekse iki farklı kültür sisteminde üretilmiş hücrelerden izole edilen DNA, bisulfit reaksiyonu ile modifiye edilerek ß-Aktin kontrol geni varlığında SBDS, TMPRSS2 ve PAX5 olmak üzere 3 farklı gendeki metilasyon durumları uygun primer ve floresan işaretli TaqMan problar kullanılarak gerçek zamanlı PZR yöntemi ile belirlenmiştir. Yapılan istatistiksel analizler sonucunda, meme dokusunda PAX5 geninde 2 ve 3 boyutlu kültür ile primer tümör dokusu arası metilasyon oranlarında anlamlı derecede fark bulunurken, TMPRSS2 geninde metilasyon oranlarında farklılık gözlenmemiştir. SBDS geninin ise tamamen unmetile olduğu gözlenmiştir. Malign melanomda ise PAX5 ve TMPRSS2 genlerinde kültür ortamları ile primer tümör dokusu arasında anlamlı bir fark gözlenmemiştir. SBDS geninin malign melanomda da unmetile olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak malign melanom için PAX5 geninin in vitro 5-azasitidin inhibitör uygulamaları için, SBDS geninin ise DNA metilleyici ajan uygulaması için uygun bir gen olduğu saptanmıştır.

Abstract:
Epigenetic changes like histon modifications and DNA methylation have an important role in normal development and programming of gene expression. The real goal of this study is to develop an in vitro model system to understand the interaction of methylation inhibitors on tumor tissue. Thus, first of all primary tumor tissues of breast cancer and malignant melanoma are cultured in 2 and 3 dimensional culture environment, then investigated for changes of methylation levels. The genes were previously investigated in breast cancer and malignant melanoma cell lines and reported to be methylated more than %60. However, these genes have never been studied in primary tumor tissue. DNA, isolated from tumor tissue and culture environments are modified with bisulfite reaction. The methylation levels of PAX5, TMPRSS2 and SBDS genes are measured with real time PCR in the precense of ß-Actin control gene. Statistical analysis showed that the methylation levels of PAX5 gene is significantly different in primary tumor tissue of breast cancer from 2 and 3 dimensional culture systems. But no difference were observed at methylation levels of TMPRSS2 gene in both primary tissue and culture systems. No difference were observed in primary tissue and culture systems for PAX5 and TMPRSS2 gene in malignant melanoma tissues. SBDS gene seemed to be unmethylated in malignant melanoma too. It is suggested that PAX5 gene is a good marker to measure the effects of methylation inhibitor at in vitro system for malignant melanoma tissue.