Kültepe-Kaniş kazılarında bulunan insan kemiklerinden antik DNA izolasyon çalışmaları
Studying ancient DNA isolation on human bones found in Kültepe-Kanesh excavations
Yazar: SEMİH ÖZEN
Danışman: PROF. DR. FERHAT ALTUNSOY ; PROF. DR. HANDAN ÜSTÜNDAĞ
Eskişehir Teknik Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Zooloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Antropoloji = Anthropology ; Biyoloji = Biology ; Zooloji = Zoology

Özet:
Bu tez çalışması kapsamında, Kayseri'de bulunan Kültepe-Kaniş Ören Yeri'nde 2006 ila 2020 yılları arasında yürütülen arkeolojik kazı çalışmalarında açığa çıkartılmış Tunç Çağı'na ait insan iskelet kalıntılarından antik DNA izolasyonu amaçlanmıştır. Antik DNA izolasyonu için, iskelette DNA'nın en iyi korunduğu yer olan petrus kemiği kullanılmıştır. Petrus kemiği iyi korunmuş olan 56 birey çalışmaya dâhil edilmiş ve bir bireyden ise diş örneği çalışılmıştır. Örneklerin ait olduğu iskeletler arasında 36 erişkin ve 21 erişkin olmayan birey vardır. İskeletler ören yeri içerisinde Tepe (Höyük) ve Karum (Aşağı Şehir) olarak adlandırılan iki alandan ele geçmiştir. 11 örnek Erken Tunç Çağı'na ve 46 örnek ise Orta Tunç Çağı'na aittir. İskeletlerin bulunduğu mezarlar basit toprak, küp ve taş sanduka olmak üzere üç farklı tiptedir. 
Örneklerin izolasyon sürecinin ardından kütüphaneleri hazırlanmış ve ön dizilemeye gönderilmişlerdir. Ön dizileme sonuçları elde edilen örnekler içerdikleri insan DNA oranı bakımından başarılı (‰5'in üzeri) ve başarısız (‰5'in altı) olarak sınıflanmıştır. Buna göre, 29 örnek (örnek grubunun %59,9'u) elde edilen insan DNA içeriği bakımından başarılı bulunmuştur. Başarısız örnek sayısı ise 28'dir. Elde edilen bu sonucu belirleyen bölgenin iklimi ve Kültepe'deki toprağın pH derecesi gibi etkenler tartışılmıştır. Ayrıca örneklerin DNA oranları arasındaki fark da dönem, alan, mezar tipi, mezar içerisinde metal objeler bulunup bulunmaması, bireylerin ölüm yaşı ve kemiklerin korunma durumu gibi faktörler bakımından değerlendirilmiştir. Bu faktörler ile DNA oranı arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamakla birlikte, örneklerin görece eskiliğinin ve mezarda metal obje bulunmasının DNA korunumunu olumsuz olarak etkileyebileceğini gösteren farklar gözlemlenmiştir.

Abstract:
This thesis focuses on the isolation of ancient DNA from Bronze Age human skeletal remains excavated at the Kültepe-Kanesh site in Kayseri between the 2006-2020 archaeological excavation seasons. Petrous bones, which are the best preservers of DNA among skeletal remains, were used to isolate ancient DNA. 56 individuals whose petrous bones were well-preserved were included in the study and a tooth was sampled from an individual. These samples belonged to 36 adult and 21 non-adult individuals. The skeletons to which the samples belong were recovered from two areas within the site: Tepe (Mound) and Karum (Lower City). 11 samples dated to the Early Bronze Age and 46 samples dated to the Middle Bronze Age. These skeletons were found in three different burial types: simple inhumations, jar burials, and stone cist graves.
After the isolation process of the samples, their libraries were prepared and sent for preliminary sequencing. Based on the ratio of human DNA they contained, the preliminary sequencing results of the samples were classified as successful (above 5 ‰) and unsuccessful (below 5 ‰). According to these results, 29 samples (50.9% of the sample group) were found to be successful in terms of extracted human DNA content. The number of unsuccessful samples was 28. Factors affecting this result, such as the climate of the region and the pH level of the soil in Kültepe, are discussed. The possible reasons for the difference between the DNA ratios such as period, area, grave type, presence or absence of metal objects in the graves, age at death of the individuals, and the state of preservation of the bones were evaluated. Although no statistically significant relationship was found between these factors and the DNA ratio, some differences observed indicate that the relative old date of the samples and the presence of metal objects in the graves may negatively affect DNA preservation.