Kars şeker fabrikasındaki bakterilerin çeşitliliğin tanımlanması, karakterizasyonu ve hidrolaz enzim üretebilme potansiyelerinin belirlenmesi
Determination of bacterial diversity, characterization and production potentials of hydrolase enzymes in Kars sugar factory
Yazar: ÜNAL ALKAŞİ
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ORHAN ULUÇAY
Kafkas Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Biyoteknoloji = Biotechnology ; Enzimler = Enzymes ; Hidrolazlar = Hydrolases ; Kars = Kars ; PCR =   ; RNA = RNA ; Termofilik bakteriler = Thermophilic bacteria ; İzolasyon =   ; Şeker fabrikaları = Sugar factories

Özet:
Gelişen ve büyüyen dünya pazarında enzimlerin kullanımı ve gereksinimi oldukça
yaygınlaşmıştır. Günümüzde ürün maliyetinin yüksek olması ve girdi işlemlerinin
maliyetinin fazla olması enzimlere olan ilginin artmasını zorunlu kılmaktadır. Artık
enzimler için standart olan 25-40 °C sıcaklıklarda sıklıkla kullanılmaktadır. Bazı hassas
işlemlerde genellikle yüksek sıcaklıklara adapte edilmiş enzimler tercih edilmektedir.
Bu, termofilik özelliklere sahip enzimlerin sık sık çalışılmasının bir nedeniydi. Doğu
Anadolu bölgesinde yer alan Kars şeker Fabrikası'nda işlenen Ģeker pancarı ve
kamışından elde edilen şeker ve posa atıklarından alınan termofilik özellikli su ve çamur
örneklerinden bakteri izolasyonu yaptık. Bu kapsamda alınan örneklerden izole edilen
bakterilerin identifikasyonu için mobilite, gram boyama ve spor oluşumu gibi
mikroskobik testler yapılmıştır. Seçilen bakteri örneklerinin kolonileri gram boyama
yöntemi ile belirlendi. Daha sonra Genomik DNA izolasyon protokolü uygulanarak elde
edilen DNA örneklerinden 16s rRNA bölgesi PCR ile amplifiye edilmiş ve hizmet alımı
ile dizi analizi yapılmıştır. Veriler şenBank verileri ile karşılaştırılarak türler arası
ilişkiler belirlenmiş ve filogenetik analizler yapılmıştır. Yapılan analizler sonucunda 35
farklı tip bakteri (Acinetobacter baumannii, Acinetobacter sp., Aeribacillus pallidus,
Anoxybacillus sp., Anoxybacillus tunisiense, Bacillaceae bactenum, Bacillus flexus,
Bacillus haynesii, Bacillus licheniformis, Bacillus paralicheniformis,Bacillus pumilus,
Bacillus safensis, Bacillus sinesaloumensis, Bacillus sp., Bacillus subtilis, Bacillus
zhangzhouensis, Brevibacillus aydinogluensis, Brevibacillus borstelensis, Brevibacillus
parabrevis, Brevibacillus sp., Brevibacillus thermoruber, Brevundimonas aurantiaca, 
Caldibacillus hisashii, Enterococcus durans, Enterococcus faecium, Escherichia coli,
Geobacillus sp., Geobacillus thermodenitrificans, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella
sp., Rhizobium sp., Serratia marcescens,Sphingobacterium thermophilum,
Staphylococcus sp., Ureibacillus thermosphaericus) elde edilmiĢtir.

Anahtar Kelimeler: Kars şeker Fabrikası, 16S rRNA dizi analizi, Ġzolasyon, Hidrolaz enzim, Termofilik bakteri

Abstract:
In the developing and growing world market, the use and requirement of enzymes has
become quite widespread. Today, the high cost of the product and the high cost of input
processes necessitate an increase in the interest in enzymes. It is now frequently used at
temperatures of 25-40 °C, which is the standard for enzymes. In some sensitive
processes, enzymes adapted to high temperatures are generally preferred. This was one
reason why enzymes with thermophilic properties were often studied. To obtain bacteria
from thermophilic water and mud samples taken from sugar and pulp wastes obtained
from sugar beet and cane processed in Kars Sugar factory located in the Eastern
Anatolia region. In this context, microscopic tests such as motility, gram staining and
spore formation were performed for the identification of bacteria isolated from the
samples taken. Colonies of selected bacterial samples were determined by gram staining
method. Then, the 16s rRNA region from the DNA samples obtained by applying the
Genomic DNA isolation protocol was amplified by PCR and sequence analysis was
performed with service procurement. Interspecies relationships were determined by
comparing the data with GenBank data and phylogenetic analyzes were performed. As a
result of the analyzes made, 35 different types of bacteria (Acinetobacter baumannii,
Acinetobacter sp., Aeribacillus pallidus, Anoxybacillus sp., Anoxybacillus tunisiense,
Bacillaceae bactenum, Bacillus flexus, Bacillus haynesii, Bacillus licheniformis,
Bacillus paralicheniformis,Bacillus pumilus, Bacillus safensis, Bacillus
sinesaloumensis Bacillus sp., Bacillus subtilis, Bacillus zhangzhouensis, Brevibacillus
aydinogluensis, Brevibacillus borstelensis, Brevibacillus parabrevis, Brevibacillus sp.,
Brevibacillus thermoruber, Brevundimonas aurantiaca, Caldibacillus hisashii,
Enterococcus durans, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Geobacillus sp.,
Geobacillus thermodenitrificans, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella sp., Rhizobium sp.,
Serratia marcescens,Sphingobacterium thermophilum, Staphylococcus sp., Ureibacillus
thermosphaericus) has been obtained.

Keywords: Kars Sugar Factory, 16S rRNA sequence analysis, Isolation, Hydrolase enzyme, thermophilic bacteria