Baş-boyun kanserlerinin anatomik alt gruplarında set- domain containing 2(SETD2) geninin ekspresyon düzeylerinin incelenmesi ve klinikopatolojik parametreler ile ilişkisinin değerlendirilmesi
Investigation of expression levels of set-domain containing 2(SETD2) gene in anatomic sub-groups of head-neck cancers and evaluation of its relationship with clinicopathological parameters
Yazar: SEYFETTİN ASLAN
Danışman: DOÇ. DR. MURAT ULUSAN ; PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
İstanbul Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Kulak Burun Boğaz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2022
Konu: Kulak Burun ve Boğaz = Otorhinolaryngology (Ear-Nose-Throat)
Dizin: Biyobelirteçler = Biomarkers ; Biyobelirteçler-tümör = Biomarkers-tumor ; Gen ifadesi = Gene expression ; Kafa ve boyun neoplazmları = Head and neck neoplasms ; Neoplazmlar = Neoplasms

Özet:
Amaç: Baş-boyun kanserleri (BBK), malin hastalıkların yüksek derecede heterojen bir grubu
olup çeşitli anatomik bölgeleri ve farklı etiyolojileri kapsayan karmaşık bir kanser grubudur.
Hastalığın gelişiminde çevresel ve genetik faktörler birlikte görev alır, fakat altında yatan
mekanizmalar hala net değildir. BBK için hastalığın tanısını, klinik yanıtını, nüksünü ya da
hasta sağkalımını öngören biyobelirteçler bulunmamaktadır. BBK'nin erken tespiti için yeni
özgül biyobelirteçlerin tanımlanması sağkalım oranlarını büyük ölçüde arttırabilir ve
prognostik belirteç olarak da yardımcı olabilir. SET Domain Containing 2 (SETD2), 3.
kromozomun p kolunda yer alır, histon lizin metiltransferaz aktivitesine sahip bir gen olup p53
ile etkileşime girer ve histon H3K36Me3'ü etkiler. Literatürde SETD2 geninin ekspresyon
seviyesini birçok kanser tipinde inceleyen çalışmalar bulunmaktadır. Ancak, BBK hastalarının
alt gruplarında SETD2 geninin ekspresyon durumlarındaki farklılıkları inceleyen çalışma
bulunmamaktadır. Çalışmamız kapsamında (İ.Ü.BAP-TTU-2022-38915), BBK tanılı hasta ve
sağlıklı gönüllülerin doku ve vücut sıvısı örneklerinde SETD2 geninin ifadesi tespit edilip klinik
parametreler ile arasındaki ilişki araştırıldı. Ayrıca, SETD2 geninin invaziv ve/veya noninvaziv
yöntemlerle baş-boyun kanserlerinin tanı ve erken teşhiste biyobelirteç olarak
kullanılabilirliğinin belirlenmesi hedeflendi.
Gereç ve Yöntem: BBK tanısı almış ve cerrahi olarak tedavisine karar verilmiş 95 hastanın
tümör, eşlenik normal doku, serum ve tükürük örnekleri ile 33 sağlıklı bireyin normal mukoza,
serum ve tükürük örneklerinden sırasıyla RNA izolasyonu ve cDNA sentezleri
gerçekleştirilerek SETD2 geninin ekspresyon değişimleri incelendi. Ekspresyon düzeyinin
belirlenmesinde kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (QRT-PCR) yöntemi
uygulandı. Sonuçlar klinik parametreler ile karşılaştırıldı.
Bulgular: Hastaların tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre %47'sinde ekspresyon
seviyesinde azalma, %27'sinde ise artma gözlendi. BBK tanılı hastaların tümör örneklerinde
eşlenik normal dokuya göre SETD2 geninin ekspresyon seviyesinde 2,3 kat azalma gözlenirken
ekspresyon artışında anlamlı bir kat değişimi tespit edilmedi. Hastalara ait kat-değişim (foldchange)
değerleri ile klinik parametreler karşılaştırıldı ve erken evre ile ekspresyon
2
seviyelerindeki azalma arasında istatistiksel anlamlılık tespit edildi (p<0,001). Hastaların tümör
dokusu ile eşlenik normal dokusundaki ΔCt değerleri arasında (p=0,038) ve hastalara ait tümör
dokusu ve sağlıklı bireylere ait normal mukoza örneklerindeki ΔCt değerleri arasında Wilcoxon
Rank testine göre istatistiksel anlamlılık tespit edildi (p=0,001). Hastaların doku ve vücut
sıvılarına ait ΔCt değerlerinin birbirleri ile korelasyon durumları incelendi, tümör örnekleri ile
eşlenik normal doku örnekleri arasında orta dereceli (p<0,001) ve serum örnekleri ile tükürük
örnekleri arasında zayıf ilişki (p=0,003) gözlendi.
Sonuç: BBK hastalarında yapılacak daha geniş hasta içeren çalışmalar ile desteklendiği
takdirde SETD2 geninin, hastaların erken tanı ve taramasında invaziv veya non-invaziv
biyobelirteç olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Ayrıca SETD2 geninin ekspresyon
profili BBK'inde hastalığın evresini öngörmede değerlendirilebilir.
Anahtar Kelimeler: baş-boyun kanserleri, ekspresyon, biyobelirteç, SETD2

Abstract:
Objective: Head and neck cancers (HNC) are a highly heterogeneous group of malignant
diseases and consist of a complex group of cancers covering various anatomical regions and
different etiologies. Environmental and genetic factors are involved in the development of the
disease, but the underlying mechanisms are still unclear. There are no biomarkers for HNC that
can be used routinely in clinical practice to predict the diagnosis, clinical response, recurrence
or patient survival of the disease. The identification of new specific biomarkers for the early
detection of HNC can greatly increase the survival rates and may also be helpful as a prognostic
marker. SET Domain Containing 2 (SETD2) is the gene with histone lysine methyltransferase
activity located in the p arm of chromosome 3, interacts with p53 and affects histone
H3K36Me3. In the literature, there are studies examining the expression level of the SETD2
gene in many cancer types. However, there are no studies examining the differences in the
expression status of the SETD2 gene in HNC subgroups. Within the scope of our study
(İ.Ü.BAP-TTU-2022-38915), the expression of the SETD2 gene in tissue and body fluid
samples of patients diagnosed with HNC and healthy volunteers was determined and the
relationship between clinical parameters was investigated. In addition, it was aimed to
determine the usability of the SETD2 gene as a biomarker in the early diagnosis and screening
of head and neck cancers with invasive and/or non-invasive methods.
Materials and Methods: The expression changes of the SETD2 gene were investigated by
RNA isolation and cDNA synthesis from tumor, conjugate normal tissue, serum and saliva
samples of 95 patients diagnosed with HNC and surgically treated, and normal mucosa, serum
and saliva samples of 33 healthy individuals, respectively. Quantitative real-time polymerase
chain reaction (QRT-PCR) method was used to determine the expression level. The results were
compared with clinical parameters.
Results: In the tumor tissue of the patients, compared to the conjugated normal tissue, the
expression level was decreased in 47% and increased in 27%. While a 2.3-fold decrease in the
expression level of the SETD2 gene was observed in tumor samples of patients with a diagnosis
of HNC compared to the conjugated normal tissue, no significant fold change was detected in
the increase in expression. Fold-change values of the patients were compared with clinical
parameters, and statistical significance was found between the early stage and the decrease in
expression levels (p<0.001). Statistical significance was found between the ΔCt values in the
tumor tissue and its conjugate normal tissue (p=0.038), and between the ΔCt values in the tumor
tissue and normal mucosa samples of the healthy individuals according to the Wilcoxon Rank
4
test (p=0.001). Correlations between the ΔCt values of the tissues and body fluids of the patients
were examined, a moderate correlation was observed between tumor samples and conjugated
normal tissue samples (p<0.001), and a weak correlation was observed between serum samples
and saliva samples (p=0.003).
Conclusions: It is thought that the SETD2 gene can be used as an invasive or non-invasive
biomarker in the early diagnosis and screening of patients, provided that it is supported by
studies involving larger patients in HNC patients. In addition, the expression profile of the
SETD2 gene can be evaluated in predicting the stage of the disease in HNC.
Keywords: head and neck cancer, expression, biomarker, SETD2