Kanser hücrelerinde genotoksik stres varlığında uydu DNA transkriptlerinin incelenmesi
Examination of satellite DNA transcripts in the presence of genotoxic stress in cancer cel
Yazar: EDA YİLMAZ
Danışman: DOÇ. DR. EBRU ESİN YÖRÜKER
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Onkolojik Biyoloji ve İmmünoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2022
Konu: Onkoloji = Oncology
Dizin: DNA = DNA ; Genotoksisite = Genotoxicity ; Neoplazm hücreleri = Neoplastic cells ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Transkripsiyon-genetik = Transcription-genetic

Özet:
Kanser dünya çapında kalp hastalıklarından sonra ölüme en çok yol açan hastalık olarak bilinmektedir. Kanser oluşumunda onkogenlerdeki ya da tümör baskılayıcı genlerdeki fonksiyonel değişikliklerle birlikte, epigenetik mekanizmalardan kaynaklanan değişiklikler de kanseri karmaşık bir hale getirmektedir. Uydu DNA'lar, kromozomların spesifik olarak perisentromerik ve subtelomerik bölgelerinde bulunan heterokromatinlerde lokalize olmuş, proteine kodlanmayan kısa tekrar dizileridir. Çalışmamızda incelediğimiz uydu DNA'ların,  insan ve hayvan kanserleri üzerinde yapılan araştırmalarda, bazı alttiplerinin  kansere özgün olduğu ve normal hücrelere oranla daha fazla ifade edildiği gösterilmiştir. Uydu DNA'lar, ardışık tekrarlardan oluşan  ve protein olarak kodlanmayan DNA dizileridir. Perisentromerik uydu DNA alttiplerinden olan HSATII(Human satellite II), çok çeşitli epitelyal kanserlerde aşırı ifade edilmektedir.  HSATII transkripsiyonunun uyarılması, bağımlı olmayan koşullar altında hücrelerin büyümesiyle tetiklenir. HSATII kopya sayısı fazlalığı primer insan kolon tümörlerinde ortak bir özelliktir ve düşük bir genel sağkalım ile ilişkilidir. HSATIII(Human satellite III)'ün ise strese cevaben kopyalandığını gösteren çalışmalar mevcuttur. İnsan hücrelerinde, ısı şoku yanıtı hem protein kodlayan ısı şoku genleriyle hem de perisentromerik heterokromatinlerde yerleşik protein olarak kodlamayan HSATIII dizilerinin transkripsiyonel aktivasyonu etkinleşmesi ile tanımlanır. HSATIII'ün HSF1(Heat Shock Factor 1) proteini tarafından transkripsiyonel aktivasyonu; ısı şoklu hücrelerde genom çapında bir gen ekspresyonunun hızlı bir şekilde yeniden yapılandırılmasını tetiklemenin bir yolunu temsil edebilir. Isı şokuna ek olarak, çeşitli hücresel streslerin uydu DNA'nın ekspresyonunu da etkileyebileceği düşünülmektedir. Yaptığımız çalışmada uydu DNA alt tipleri olan HSATII ve HSATIII'ün, HCT15 kolon kanseri ve MCF-7 meme kanseri hücre hatlarında, radyasyon ile oluşturulan genotoksik stres altında transkriptleri incelenmiştir.

Abstract:
Cancer is known worldwide as the disease that causes the most death after heart diseases. Along with functional changes in oncogenes or tumor suppressor genes in cancer formation, changes arising from epigenetic mechanisms also complicate cancer. Satellite DNAs are short non-protein coding repeat sequences localized in heterochromatin specifically located in the pericentromeric and subtelomeric regions of chromosomes. In studies conducted on human and animal cancers, it has been shown that some subtypes of the satellite DNAs we examined in our study are cancer-specific and are expressed more than in normal cells. Satellite DNAs are DNA sequences that consist of tandem repeats and are not encoded as proteins. HSATII (Human satellite II), one of the pericentromeric satellite DNA subtypes, is overexpressed in a wide variety of epithelial cancers. There are studies showing that HSATIII (Human satellite III) is replicated in response to stress. In human cells, the heat shock response is defined by activation of both protein-coding heat shock genes and transcriptional activation of non-protein-coding HSATIII sequences located in pericentromeric heterochromatins. Transcriptional activation of HSATIII by the protein HSF1(Heat Shock Factor 1); It may represent a way to trigger a genome-wide rapid remodeling of gene expression in heat shock cells. In addition to heat shock, it is thought that various cellular stresses may also affect the expression of satellite DNA. In our study, transcripts of satellite DNA subtypes HSATII and HSATIII in HCT15 colon cancer and MCF-7 breast cancer cell lines were investigated under genotoxic stress induced by radiation.