Gastroenterit etkeni virüslerin immünokromatografik ve moleküler yöntemlerle saptanması
Detection of gastroenteritis viruses by immunochromatographic methods and moleculer methods
Yazar: MÜCAHİDE TOPÇU
Danışman: PROF. DR. MEHMET KÖROĞLU
Sakarya Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı /  Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Gastroenterit = Gastroenteritis ; Gastrointestinal hastalıklar = Gastrointestinal diseases ; Kromatografi = Chromatography ; Nörovirüs = Norovirus ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Rotavirüs enfeksiyonları = Rotavirus infections ; Rotavirüsler = Rotaviruses ; Teşhis = Diagnosis

Özet:
GİRİŞ VE AMAÇ: Bu tez çalışmasında Sakarya'da Rotavirus, Adenovirus ve Norovirus enfeksiyonunun tanısında immünokromatografik ve gerçek zamanlı PCR yöntemleri ile elde edilen sonuçlar analiz edilerek bu testlerin mukayesesi ve tanıdaki yerinin incelenmesi amaçlanmıştır.
GEREÇ VE YÖNTEM: Hastanemize ishal şikayetiyle başvuran hastalardan alınan 84 örnek çalışmaya dahil edilmiştir. Bunlardan 67'si, immünokromatografik test (ICT) ile Rotavirus ve Adenovirus'tan en az biri pozitif örneklerdir. Rota/Adenovirus ve bakteri/parazit yönünden negatif bulunan 17 örnekte alınmıştır. Tüm örnekler mültipleks-RT-PCR yöntemi kullanılarak test edilmiştir.
BULGULAR: ICT yöntemi ile 84 örneğin 62'si (%74) Rotavirus pozitif, 22'si (%26) negatif iken; 5'inde Adenovirus (%6) pozitif, 79'unda (%94) negatif bulunan örnekler idi. Tüm örneklerden yapılan gerçek zamanlı PCR analizlerinde; 49'unda (%58.5) Rotavirus pozitif, 35'inde (%41.5) negatif, 40'ında (%48) Adenovirus pozitif, 44'ünde (%52) negatif olarak tespit edilmiştir. Gerçek zamanlı PCR ile Norovirus için 11(%13) pozitif, 73(%87) negatif sonuç alınmıştır. 
Rotavirus ve Adenovirus için ICT ve PCR yöntemleri arasında anlamlı, orta ve düşük düzeyde uyum olduğu gözlenmiştir (Rotavirus-ICT/Rotavirus-PCR; r:0.540, p<0.001, Adenovirus-ICT/Adenovirus-PCR; r:0.264, p<0.016). RT-PCR referans yöntem kabul edildiğinde;  Rotavirus ICT duyarlılığı; %93, özgüllüğü; %54.3, PPD;%74, NPD;%76.4 ve Adenovirus ICT duyarlılığı; %12.5, özgüllüğü; %100, PPD;%100, NPD;%55.7 olarak hesaplanmıştır. 
SONUÇ: Rotavirus ve Adenovirus için ICT ve gerçek zamanlı RT-PCR yöntemleri arasında anlamlı ve orta ve düşük düzeyde uyum olduğu saptanmıştır. ICT; ucuz, hızlı sonuç alınan, kullanışlı, pratik, donanım gerektirmeyen, küçük laboratuvarlara ve kitle taramalarına uygun bir testtir. Gerçek zamanlı PCR daha duyarlı ve özgül bir yöntem olsa da pahalı, daha yavaş, donanım gerektiren ve her laboratuvarda kullanılamayan bir yöntemdir.
Anahtar kelimeler: Gastroenterit, Rotavirus, Adenovirus, Norovirus, PCR.

Abstract:
Introduction and Aim: In this thesis, the results of immunochromatographic and real-time PCR methods in the diagnosis of Rotavirus, Adenovirus and Norovirus infection in Sakarya were analyzed, and the results of these tests were compared.
Materials and Methods: 84 samples from patients presenting to our hospital with diarrhea complaints were included in the study. Of these, 67 were positive samples with immunochromatographic test (ICT) for Rotavirus and Adenovirus. 17 samples which were negative for Rota/Adenovirus and bacteria/parasites were taken as control group. All samples were tested using multiplex-RT-PCR method.
Results: Out of 84 samples 62 were Rotavirus positive (%74) and 22 were Rotavirus negative (%26), 5 were Adenovirus positive (%6) and 79 were Adenovirus negative (%94) with the ICT method. Real-time PCR analysis of all samples; Rotavirus was found to be positive in 49 (58.5%), negative in 35 (41.5%) and Adenovirus was positive in 40 (48%), and negative in 44 (52%). Real-time PCR showed 11 (13%) positive and 73 (87%) negative results for Norovirus.
There were significant, medium and low level agreement for Rotavirus and Adenovirus among ICT and PCR methods (Rotavirus-ICT/Rotavirus-PCR; r: 0.540, p <0.001, Adenovirus-ICT/Adenovirus-PCR; r: 0.264, p <0.016 ). When RT-PCR is accepted as reference method; Rotavirus ICT sensitivity; 93%, specificity; 54.3%, PPD, 74%, NPD, 76.4% and Adenovirus ICT sensitivity; 12.5%, specificity; 100%, PPD, 100%, NPD, 55.7%.
Conclusion: A significant but medium and low level of compliance was found between the ICT and real-time RT-PCR methods for Rotavirus and Adenovirus. ICT; It is a test suitable for small labs, suitable for screening and cheap, fast, useful, practical, no hardware. Although real-time PCR is a more sensitive and specific method, it is expensive, slower, requires hardware and is not available in every laboratory.
Key words:   Gastroenteritis, Rotavirus, Adenovirus, Norovirus, PCR.