Hücre dışı plazma DNA'nın prostat kanserinde kantitatif tayini ve değerlendirilmesi
Evolution and quantitation of cell free DNA in prostate cancer
Yazar: ZEYNEP ÖZLEM DOĞAN
Danışman: DOÇ.DR. CUMHUR GÜNDÜZ
Ege Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
HÜCRE DIŞI PLAZMA DNA' NIN PROSTAT KANSERİNDE KANTİTATİFTAYİNİ VE DEĞERLENDİRİLMESİZeynep Özlem DoğanYüksek Lisans Tezi, Tıbbi Biyoloji Anabilim DalıTez Danışmanı: Doç.Dr. Cumhur GündüzAğustos 2006, 95 sayfaÇalışmamızda, prostat karsinomu ön tanılı ve tanılı olgularda dolaşımdaki serbest DNA' nınkantitatif tayinini yapmak ve prostat kanserinde noninvaziv bir yöntemle tanıya yardımcı olmakamaçlanmıştır.Çalışmamızda, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Üroloji Anabilim Dalı' nda prostat kanseri tanısıalan 40 olgulardan serbest DNA kantitasyonu çalışılmıştır. Kantitasyon, Taqman 5' ekzonükleazmetoduna göre Real time kantitatif PCR LightCycler cihazında hTERT ve SRY geni primer ve prolarıile gerçekleştirilmiştir. Her iki gen bölgesi için konsantrasyonları bilinen standartlar kullanılarakkonsantrasyon / döngü sayısı eğrisi oluşturulmuştur. Saptanan kopya sayıları çevrim formülükullanılarak ng/ml' ye çevrilmiştir.hTERT kopya sayısını ng/ml çevrildiğinde çalışma grubunun ortalaması 334,63Â±1189,41 (2,08 -7590,00 median 89,43) bulunurken, kontrol grubunun ng/ml değerinin ortalaması ise 113,68Â±76,72(21,23-192,19, median 120,65) bulunmuştur. SRY kopya sayısı ng/ml çevrildiğinde çalışmagrubunun ortalaması 145,59Â±514,80 (0.22-3.267,00 median 26,37) iken, kontrol grubunun ng/mldeğerinin ortalaması ise 32,63Â±20,64 (3,46-51,32, median 37,86) dir. hTERT ve SRY kopya sayısı /miktarları arasındaki korelasyon % 98 ilişkili olup, anlamlı olarak saptanmıştır (R=0,991, p=0,000).Kontrol grubunda hTERT ve SRY kopya sayısı ve miktarları arasındaki arasındaki korelasyon % 89ilişkili olup istatistiksel olarak anlamlıdır (R=0,948, p=0,004). Gleason skoru 8 / 10 olan grupta hTERTkopya sayısı belirgin olarak yüksektir. SRY kopya sayısı ile Gleason skoru arasında istatistiksel farksaptanamamıştır.Günümüzde kullanılan tümör markırları, gerekli spesifite ve sensitivitenin eksikliğinden dolayıkanser hastalarının tedavilerinin düzenlenmesinde tatmin edici olmamaktadır. Plazma serbest DNA'nın yeni bir tümör markırı olabileceğini düşünmekteyiz. Dolaşımdaki serbest DNA' nın kantitatif analiziyönteminin uygulanabilir hale gelmesiyle birçok kanser türünde tanının konmasında yardımcıolabilecektir. Ayrıca birçok kanser türü için de tarama testi olarak kullanılabilecektir.

Abstract:
EVOLUTION AND QUANTITATION OF CELL FREE DNA IN PROSTATECANCERZeynep Özlem DoğanMaster Degree Thesis, Department of Medical BiologySupervisor: Associate Prof. Cumhur GündüzAugust 2006, 95 pagesIn our study, we aimed to contribute the diagnosis with a non-invasive method in prostatecancer and make the quantitative detection of cell-free DNA in pre-diagnosed and diagnosed patients.In our study, quantification of cell-free DNA from 40 patients who were diagnosed with prostatecancer in Urology Department of Ege University Medical Faculty. Quantitative analysis was actualizedby using TaqMan 5? exonuclease method with SRY and hTERT primers and probes on Real-timequantitative PCR in LightCycler device. For both of the gene regions by using standards which hadknown concentrations, the curve of concentration / cycle number was constituted. By using formula ofconversion, the determined copy numbers was converted to ng/ml.While the copy number of hTERT were converted to ng/ml, the average of the study group wasfound 334,63Â±1189,41 (2,08-7590,00 median 89,43), the average of the ng/ml value of the controlgroup was found 113,68Â±76,72 (21,23-192,19, median 120,65). When the copy of number SRYconverted to ng/ml, the avarage of the study group was 145,59Â±514,80 (0.22-3.267,00 median26,37) and the avarage of the ng/ml value of the control group was 32,63Â±20,64 (3,46-51,32, median37,86). The correlation between the hTERT and SRY copy number amount was 98% related and ithad a significant difference (R=0,991, p=0,000). In the control group, the correlation between thehTERT and SRY copy number and amounts was 89% related and is statistically significant (R=0,948,p=0,004). In the group which have 8/10 Gleason score, the hTERT copy number is significantly high.Any statistically significant correlation between SRY copy number and Gleason score was appointed(p>0,005).Current tumor markers are not entirely satisfactory in managing cancer patients because of thelack of sufficient specificity and sensitivity. It is possible that serum cell-free DNA might be new tumormarkers which have the enhanced specificity that is sought.