hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Eliptisin türevlerinin insan DNA topoizomeraz enzimleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Investigation of effects of ellipticine derivatives on human DNA topoisomerases enzymes
Yazar: MELİS KUŞKUCU
Danışman: PROF. DR. ZEKİ TOPÇU
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyokimya = Biochemistry ; Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
DNA topoizomerazlar replikasyon, transkripsiyon, rekombinasyon gibi hayati öneme sahip hücresel basamaklarda fonksiyonlara sahip olan enzimlerdir. Bu enzimler, DNA üzerinde geçici kırıklar oluşturarak molekülün kimyasal yapısını etkilemeden üç boyutlu yapısını değiştirirler. Tek zincir üzerinde veya çift zincir üzerinde kırık oluşturmalarına göre tip I ve tip II olarak iki alt sınıfa ayrılan bu enzim grubu, antikanser tedavilerde önemli hedef moleküller olarak nitelendirilmektedir. Özellikle tip II sınıfına ait topoizomeraz II enzimi proliferasyonda oynadığı rol sebebiyle tümör hücrelerinin büyümesini engellemek adına uygulanan tedavilerde kimyasal ajanların öncelikli hedefi durumundadır. Çalışmamızda antikanser etkinliği kanıtlanmış eliptisin maddesinin sentetik türevlerinin topoizomeraz enzimleri üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Enzimlerin temel reaksiyonları olan relaksasyon ve dekatenasyon reaksiyonlarına etkileri ayrı ayrı irdelenmiş, inhibisyon mekanizmalarını aydınlatmak amacıyla DNA üzerinde enzim-aracılı kırık oluşumuna neden olup olmadıkları test edilmiştir. Ardından maddelerin interkalatör özellikleri incelenerek çalışmamız ayrıntılandırılmıştır.

Abstract:
DNA topoisomerases are among the most important group of enzymes having vital cellular roles in  replication, transcription and recombination. These enzymes change the three dimensional structure of DNA without affecting chemical structure through transient breaks. Topoisomerases, which are classified as type I and type II according to whether they produce single or double strand breaks in their reaction mechanisms are qualified as popular targets for anticancer drugs. In particular, topoisomerase II enzyme that belongs to type II class comprises preferential targets in chemotherapy due to their roles in cellular proliferation. In this study, newly synthesized ellipticine derivatives were investigated to assess their effects on topoisomerases. Their effects on main reactions of topoisomerases, relaxation and decatenation, have been examined with the experiments to reveal whether they affect the rate of DNA cleavage by topoisomerases. Our study was detailed by investigating their intercalative properties.
2000`li yıllar sonrası küreselleşme hareketinin popüler kültüre yansıması: Japon "Manga" ve "anime"lerinde kimlik temsilleri üzerine bir inceleme
The reflection of the globalization movement after the 2000s on the popular culture: an examination of identity representation in the Japanese "Manga" and "Ani̇me"
Yazar: AİDA SHIRIYEVA
Danışman: YRD. DOÇ. DR. PINAR ÖZGÖKBEL BİLİS
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Radyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Radyo-Televizyon = Radio and Television ; Sahne ve Görüntü Sanatları = Performing and Visual Arts ; Sosyoloji = Sociology
Dizin: Anime = Anime ; Canlandırma = Animation ; Japon = Japanese ; Japon kültürü = Japanese culture ; Kimlik = Identity ; Kimlik duygusu = Sense of identity ; Küreselleşme = Globalization ; Manga = Squad ; Popüler kültür = Popular culture ; Çizgi romanlar = Comic strips

Özet:
Bu çalışmada küreselleşmenin yaratmış olduğu popüler kültür ürünleri olan Manga ve Anime‟nin anlaşılmasında kullanılan metodolojiler ve kavramsal çerçevelerin sonucunda oluşturulmuş olan hareketli karakterler, değişik betimlemeler, sert renkli grafiklerle karakterize olmuş genellikle fantastik veya fütüristik temalar içeren görüntüler ve bunların izleyicileri büyülemesi araştırılmaya çalışılmıştır. Kuşkusuz kullanılan görüntüler kişinin kimliğine de önemli bir katkı sağlamaktadır. Oluşturulan karakterler kadın veya erkek olarak toplumsal cinsiyet kavramlarını da gündeme getirmektedir. Batı‟nın çizgi film bilgisinden yararlanarak kendi karakterlerini oluşturan Japonlari bugün birçok ülke piyasasına ürünlerini takdim etmekte ve fan evresiyle ilgi odağını da artırmaktadır. 
 Çalışmamızda, rengârenk görsel özellikleri olan Manga ve Anime‟nin tarihsel gelişimi ele alınmış ve oluşturulmuş hikâyelerin perspektiflerine dayalı olarak kavramsal analiz yapılmıştır. Bu çalışmanın sonuçları, anlatısal çözümleme yardımıyla gerçekleştirilmiştir.

Abstract:
It has been tried to investigate the fascination of methodologists and conceptual frameworks used in the understanding of manga and anime, variant descriptions, generally fantasy or futuristic themes, which are characterized by tough color graphics, and present viewer fascination. Of course, the modeller also makes an important contribution to the identity of the person viewing it. The concept of gender as a woman or a man is also on the agenda. The Japanese, who have created their own characters by taking advantage of the cartographic information of the West, present their products to the country of today's market and are increasing their focus on the fan business. 
In our work, the historical development of Manga and Anime has been handled and calculated according to the perspectives of the stories. The results of this study were made with the help of narrative analysis.
Farklı metamorfik birimlerde aktif karbonla toprak gazı radon ölçümü ve radon potansiyelini etkileyen parametrelerin incelenmesi
Soil gas radon measurement using activated charcoal canisters on various types of metamorphic rock and investigation of parameters affecting radon potential
Yazar: SERKAN GÜRLEYEN
Danışman: DOÇ. DR. MÜSLİM MURAT SAÇ
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Nükleer Bilimler Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Nükleer Mühendislik = Nuclear Engineering

Özet:
Jeolojik kökenli (jeojenik) radon potansiyeli, bina yapım özelliklerinden bağımsız, bina içi radonun en olası kaynağı olarak tanımlanmaktadır. Ana kayaç/ toprağın Ra içeriği, toprak gazı radon ve ana kayaç/topraktan radon salınım hızı, yeryüzüne radon göçü ve radon riski için iyi bir jeokimyasal işarettir. Jeolojik radon potansiyeli aynı jeolojik birim içinde küçük değişimler göstermekte, ancak yerel ölçekte, pedolojik  (toprakların, nem, geçirgenlik, parçacık boyutu gibi fiziksel özellikleri) faktörlerden etkilenmektedir. 
Bu çalışmada, Batı Anadolu'ya özgü bütün yapısal ve litolojik unsurları içeren Çine yöresinde, farklı metamorfik birimlerde jeolojik radon potansiyeli ve/veya yer seviyesinde antropojenik aktivitelerden bağımsız radon konsantrasyonu; jeolojik bilgi, jeokimyasal analiz, arazi ve laboratuvarda aktif karbon kolektörü kullanılarak değerlendirilmiş ve jeolojik radon potansiyelini etkileyen parametreler incelenmiştir.

Abstract:
The geogenic radon potential is the essential parameter describing the subsurface as the main source for the indoor radon concentrations independent on the construction features of buildings. In general, uranium/ radium contents of soils, radon activity in soil gas and also radon emanation are all good geochemical indicators of radon risk. In the same lithology, noticeable differences in radon levels can occur independently of lithology (possibly caused pedological factors such as moisture content, permeability, particle size and etc.). 
The aim of the study is therefore evaluation of the geological radon potential on the basis of the interpretation of the geological, geochemical and pedological data and radiometric measurements including soil gas radon measurements using activated charcoal canister for the Çine region as representative of  West Anatolia lithology.
Telekomünikasyon problemlerinin modellenmesi üzerine
On the modeling of telecommunication problems
Yazar: RUSLAN ASLANOV
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ARİF GÜRSOY ; YRD. DOÇ. DR. FİDAN NURİYEVA
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Matematik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Matematik = Mathematics

Özet:
Telekomünikasyon alanının hızlı gelişmesi ve veri trafiğinin artması ile bu alanda yeni problemlerin ortaya çıkması yeni çözüm arayışlarını kaçınılmaz yapmıştır. İletişimin hızlı yapılabilmesi için modern teknolojide "fiber optik" kabloların kullanılması bu alanda yeni bir çığır olarak görülmektedir. 
Bu tezde, telekomünikasyon problemlerinin çözümü ile ilgili olarak kesme ve paketleme problemleri, Bandpass problemi ve Band Collocation problemi ele alınmış; değişik yöntemlerle bu problemlerin modellenmesi, karşılaştırılması ve çözüm yöntemleri incelenmiş, bahsedilen problemlerin matematiksel modelleri analiz edilerek daha kapsamlı matematiksel modeller gösterilmiştir.

Abstract:
The emergence of new problems as a result of the rapid development of the telecommunication field and the increase of the data traffic have made the search for new solutions inevitable. The use of "fiber optic" cables in modern technology is seen as a new era in this field to solve the existing problems.
Problems such as Cutting and Packing, Band Collocation and Bandpass have been dealt with in regard with the solution of the above mentioned problems; the modeling, comparison and solution methods of these problems have been investigated with different methods and more comprehensive mathematical models have been presented by analyzing the mathematical models of the problem.
Tavuk tüylerinden büyük ölçekte keratinaz üretimi ve ayırma saflaştırma işlemleri
Large scale keratinase prduction from chicken feathers and seperation and purification processes
Yazar: İREM DENİZ
Danışman: PROF. DR. FAZİLET VARDAR
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2017
Konu: Biyomühendislik = Bioengineering

Özet:
İçeriğinin büyük kısmı keratin proteininden oluşan tavuk tüyünün, proteolitik aktiviteye karşı dirençli olması hammadde olarak kullanımını sınırlamaktadır. Bazı fungus üyeleri ile Bacillus ve Streptomyces türleri tarafından üretilen keratinaz enzimi doğada yaygın olarak her organizma tarafından sentezlenmemektedir. Bu çalışmada, Streptomyces sp. 2M21 kullanılarak keratinazın 2 L'lik biyoreaktörlerden başlayarak kademeli olarak 5, 10 ve 20 L'lik biyoreaktörlerde üretilmesi, saflaştırılması ve karakterizasyonu hedeflenmiştir. Bu kapsamda 2 L'de 351 U/ml keratinaz üretilmiş, ardından sabit bıçak ucu hızı ve sabit kütle transfer katsayıları dikkate alınarak 5, 10 ve 20 L'lik biyoreaktörlere ölçek büyütülerek sırasıyla 353, 358 ve 346 U/ml enzim elde edilmiştir. Ardından keratinaz ultrafiltrasyon ile konsantre edilerek DEAE iyon değişim kromatografisinde adım-adım tuz gradienti kullanılarak saflaştırılmıştır. Karakterizasyon çalışmaları sonucunda enzimin serin proteaz grubunda yer aldığı, molekül kütlesinin yaklaşık 44.8 kDa ve +4 °C'de 30 gün sonra aktivitesini %90 oranında koruduğu belirlenmiştir. Enzimin optimum aktivite sıcaklığının 30°C, optimum pH'sının 9.0 olduğu yüzey yanıt yöntemiyle belirlenmiş ve 20 L'lik üretim bazında maliyet ve verim analizleri yapılmıştır.

Abstract:
Chicken feather with regards to its high keratin content can be considered as a potential raw material for industrial applications. However its rigid structure giving degradation resistance with common proteases, limits its direct usage as a substrate. There are few microorganisms like fungi, Bacillus and Streptomyces strainshave the ability to degrade feathers using keratinase enzymes. The aim of this study was to produce keratinase using Streptomyces sp. 2M21 in different bioreactors starting with 2L and scaling step by step using 5, 10 and 20 L bioreactors and to perform enzyme purification and characterization. Keratinase production in 2 L bioreactor was 351 U/ml. Keeping impeller tip speed and oxygen mass transfer coefficient constant, scaling up to 5, 10 and 20 L bioreactors were performed with a detected keratinase activity of 353, 358 and 355 U/ml respectively. Following the bioreactor productions keratinase concentrated via ultrafiltration and purified using DEAE ion exchange chromatography with step by step salt gradient elution. Characterization studies showed that the keratinase belongs to the serine protease group, having a molecular weight of 44.8 kDa, with an optimum activity temperature of 30 oC and optimum pH of 9 which were determined by response surface methodology. On the other hand enzyme can protect its activity up to 90% for 30 days under +4 oC storage conditions. The cost analysis and product yields were also determined based on 20 L scale.
Dîvânu Lugâti't-Türk'teki coğrafȋ terimlerin tarihî ve çağdaş Türk lehçeleriyle fonetik ve semantik açıdan karşılaştırması
The phoneti̇c and semanti̇c compari̇son of geographi̇cal terms i̇n Dîvânu Lugâti̇'t-Turk from the poi̇nt of hi̇stori̇cal and contemporary of Turki̇sh di̇alects
Yazar: NADIRA TURDUBAI KYZY
Danışman: DOÇ. DR. İBRAHİM ŞAHİN
Ege Üniversitesi / Sosyal Bilimler Enstitüsü / Türk Dili ve Lehçeleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Dilbilim = Linguistics
Dizin: Anlam bilim = Semantics ; Coğrafya = Geography ; Dilbilgisi = Grammar ; Dilbilim = Linguistics ; Divanü Lugati't-Türk = Divanü Lugati't-Türk ; Lehçeler = Dialects ; Ses bilgisi = Phonetic ; Terimler = Terms ; Türk lehçeleri = Turkish dialects

Özet:
"Dȋvȃnu Lugȃti't-Türk'teki Coğrafȋ  Terimlerin Tarihî ve Çağdaş Türk Lehçeleriyle Fonetik ve Semantik Açıdan Karşılaştırması" bir yeradbilimi çalışmasıdır.
	Tezin giriş bölümü coğrafȋ  terimler ile ilgili bilgileri içermektedir. Tezin birinci bölümünde DLT'de geçen coğrafȋ  terimler tespit edilerek yeradbilimin alt kollarına göre agroonimik (bağadcıl), anemonimik (rüzgâradcıl), dromonimik (yoladcıl), hidronimik (suadcıl), oronimik (dağadcıl), oykonimik (orunadcıl) ana başlıkları altında incelenmiştir. Tezin ikinci ve üçüncü bölümlerinde söz konusu leksik birimler ses ve anlam açıdan incelenmiş, Eski Türkçeden günümüz Türk lehçelerine kadarki yaşanan ses ve anlam değişiklikleri ortaya konmuştur. Tezin son bölümünde DLT'de geçen coğrafȋ  terimlerin tarihȋ ve çağdaş Türk lehçelerindeki (Türkiye Türkçesi, Kırgızca, Özbekçe ve Tıvaca'daki) karşılıkları anlam ve kaynaklarıyla beraber sunulmuştur. Tezin sonuç kısmında elde edilen bilgi ve bulgulardan yola çıkarak genel bir değerlendirme yapılmıştır.
	Anahtar Kelimeler: DLT, yeradbilim, yeradı, coğrafȋ  terim.

Abstract:
The thesis of "The Phonetic and Semantic Comparison of Geographical Terms in Dīvānu Lugāti't-Turk from the point of Historical and Contemporary of Turkish Dialects" is a toponymy study. 
        The intoduction to the thesis contains information about geographic terms. In the first chapter of this thesis geographic terms in DLT were classified according to sub-types of toponymy as Agronim, Anemonim, Dromonim, Horonim, Oronim and Oykonim. In the second and third chapter of this thesis the subjects were examined in terms of sound and meaning and the changes in the voice and meaning of the Old Turkic lived until today's Turkish dialects. In the last chapter of this thesis the equivalents of geographical terms in DLT were given with meaning and bibliography in Old and Contemporary Turkish dialects (Turkey Turkish, Kyrgyz Language, Uzbek Language and Tyva Language). In conclusion general assessment was made in the light of the obtained information and findings.
        Keywords: DLT, toponym, toponymy, geographic terms.
Sıçanlarda yeni bir penis allotransplantasyonu modeli
A new penile allotransplantation model in rats
Yazar: YAKUP IŞIK
Danışman: PROF. DR. ZEYYAT CÜNEYT ÖZEK
Ege Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Plastik Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2017
Konu: Plastik ve Rekonstrüktif Cerrahi = Plastic and Reconstructive Surgery

Özet:
Bu çalışmanın amacı, sıçanda gerek deneysel cinsiyet değişimi çalışmalarında gerekse deneysel penis replantasyonu çalışmalarında kullabilecek bir penis allotransplantasyonu modeli oluşturmaktır.
Çalışma iki gruptan oluşmaktadır. Birinci grupta (n=14), dişi ve erkek sıçan genital ve inguinal bölge anatomisi araştırılmış, sonrasında erkek sıçanlardan alınan penis kompozit grefti herhangi
bir mikrovasküler anastomoz yapılmaksızın dişi sıçanlara transplante edilmiştir. İkinci grupta (n=14) ise erkek sıçanlardan alınan penis kompozit grefti, mikrovasküler anastomozla dişi sıçanlara
transplante edilmiş, takibinde üretra anastomozu da yapılmıştır. Transplante edilen penis dokularının viabiliteleri direk gözlem, mikroanjiyografi ile değerlendirilmiştir. Allogreft olarak transplante edilen penis dokularının tamamı nekroza giderken (n=7), vaskülarize
penis dokularının tamamının postoperatif 14.günde yapılan değerlendirme ile viabilitelerini koruduğu gösterilmiştir.
Bu çalışmayla, daha önce tanımlanmamış cinsiyetler arası penil allotransplantasyon modeli tanımlanmıştır.

Abstract:
The aim of this study is to describe a penile allotransplantation model in rats which can be used in both sex-change and penile replantation experimental studies.
The study divided into two groups. In the first group of study (n=14), anatomical dissection was performed in genital and inguinal regions of male and female rats, and penile composite grafts
harvested from male rats transplanted as grafts to female rats without any microvascular anastomosis. In the second group (n=14), penile composite grafts harvested from male rats
transplanted to female rats with microvascular anastomosis between saphenous artery and vein and bulbus penis and dorsal penile vein respectively. After completition of vascular anastomosis, uretral anastomosis also performed.
Direct observation and microangiography were used to assess the viability of the transplanted penile tissues. All of the penile tissues transplanted as grafts (n=7) necrosed while all of the penile
tissues transplanted with microvascular anastomosis survived after postoperative 14th day.
In this study, a penile allotransplantation model between sexes has been introduced which has never been described in the literature before.
Kesme çiçek amacıyla yetiştirilen lilium bitkisinin besin maddesi alınımı ve gelişiminin tespiti
A research on some quality parameters and nutritional status of lily plant growth as cut flower
Yazar: PINAR ÖZTÜRK
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HAKAN ÇAKICI
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Araştırma İzmir-Bozdağ bölgesinde sera koşullarında ''Oriental'' hybrid 'Lilium Casablanca' ve ''Asiastic'' hybrid 'L. Connecticut King' çeşitlerinde yürütülmüştür. Çalışmalarda aynı seviyelerde uygulanan gübrelemenin (26 gN m2, 12 g P2O5 m2, 48 g K2O m2, 24 g CaO m2 ve 12 g MgO m2) beslenme ve kimi kalite özellikleri üzerine etkisi incelenmiştir. Deneme tesadüfü blokları desenine göre 5 tekrarlamalı olarak kurulmuştur. Sabit seviyelerde uygulanan azot, fosfor ve potasyum dozları ile iki farklı lilium çeşidinin kimi fiziksel özellikleri ve beslenme durumu arasındaki ilişkiler değerlendirilmiştir. Deneme sonuçlarına göre; aynı seviyelerde uygulanan gübrelemenin iki lilium çeşidinin bitki boyu, gonca sayısı, vazo ömrü, boğum sayısı gibi kalite özellikleri yanında N, P, K, Ca ve Mg besin elementleri içerikleri arasında istatistikî açıdan önemli farklar bulunmuştur.

Anahtar sözcükler: Lilium Casablanca, L.Connecticut King, beslenme durumu, kalite özellikleri.

Abstract:
This research was conducted in a greenhouse with ''Oriental'' hybrid Lilium 'Casablanca' and ''Asiatic'' hybrid L.'Connecticut King' varieties which is located in Bozdağ province of İzmir. The effects of fix doses of fertilizers (26 g N m-2, 12 g P2O5 m-2, 48 g K2O m-2, 24 g CaO m-2 ve 12 g MgO m-2) were investigated on plant nutrition and some quality parameters. Experiment was planned as randomized block experiment desing with 5 replications. The relations between some physical properties and nutritional status of 2 different lilium varieties were evaluated under a fix dose of nitrojen, phosphorus and potassium. As a result of this study, statistically significant differences regarding to plant length, vase life and flower bud quantity in addition to the concentration of N, P, K, Ca and Mg plant nutrients were found in both 2 lilium varieties.

Keywords: Lilium 'Casablanca', L.'Connecticut King', nutritional status, quality properties.
Karada hareket edebilen mikrorobotun tasarımı, analizi ve 3 boyutlu yazıcı yardımıyla üretimi
Design, analysis and 3D printer aided manufacturing of terrestrial locomoted microrobot
Yazar: VOLKAN KORKUT
Danışman: YRD. DOÇ. DR. AYSUN BALTACI
Ege Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Makine Teorisi ve Dinamiği Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Makine Mühendisliği = Mechanical Engineering

Özet:
Bu tez çalışmasında, piezoelektrik tabanlı mikrorobotların hareket davranışları incelenmiştir. Piezoelektrik özellikli seramik malzeme kullanılarak, inertial drive prensibiyle hareket edebilen bir aktüatör tasarlamak ve aktüatörün hareketini kontrol altına alabilmek amaçlanmıştır.
Çalışmada kullanılan mikrorobotlar; piezoelektrik seramik disk ve 3 boyutlu yazıcılar aracılığıyla farklı malzemeli filamentlerle ve farklı geometrilerde üretilen gövde yapılarının birleştirilmesiyle elde edilmiştir. Laboratuvar koşullarında üretimi ve hareket davranışına dair deneysel çalışmaları yapılan 5 adet mikrorobotun elektriksel gerilim altındaki hareketleri kayıt altına alınmıştır. Aktüatör formunda üretilen mikrorobotların hareket davranışlarına ait deneysel veriler ile sanal ortamda yapılan analiz sonuçları karşılaştırılarak, mikrorobot hareketinin aktif bir şekilde kontrol edilebilmesi sağlanmaya çalışılmıştır.

Abstract:
In this study, motion properties of piezoelectric ceramic based microrobots have been investigated. The main case of the study is to design an inertial driven actuator by using piezoelectric ceramic material as an actuation source. The goal is to get full control of this piezoelectric actuator with appropriate inputs simultaneously.
Disc shaped piezoelectric ceramic material has been attached to 5 different bodies which are 3D printed in different geometries and filament materials. Motion behaviours of 6 different microrobots have been which has been produced and driven by electrical voltage under laboratorial circumstances. The results have been combined and compared between datas obtained from finite element analysis software and experimental session. It is aimed to be achived the best motion control of piezoelectric microrobot as an actuator.