Acinetobacter baumannii suşlarında OXA-23 ve OXA-58 tipi genişlemiş spektrumlu Beta laktamaz varlığının araştırılması ve PFGE yöntemi ile klonal yakınlığının incelenmesi
Detection of extended spectrum Beta lactamase type OXA-23 ve OXA-58 from the acinetobacter baumannii species and investigation of clonal relationship by PFGE
Yazar: ŞERAFETTİN KEYİK
Danışman: DOÇ. DR. UĞUR ARSLAN
Selçuk Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Acinetobacter baumannii = Acinetobacter baumannii ; Beta laktamazlar = Beta lactamases ; Elektroforez = Electrophoresis ; Karbapenemler = Carbapenems

Özet:
Acinetobacter baumannii sağlık kuruluşlarında hastane enfeksiyonlarına yol açan fırsatçı ve çoklu ilaç direncine sahip önemli bir patojendir. Son on yıldır, D sınıfı beta-laktamazların yayılması nedeniyle A. baumannii?de karbapenemlere dirençte önemli ve tehdit eden bir artış tüm dünyada bildirilmektedir. Bu çalışmanın amacı karbapenemlere dirençli A. baumannii suşlarında OXA tipi ß-laktamazların (OXA-23 ve OXA-58) varlığının ve klonal ilişkilerinin araştırılmasıdır.
Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Meram Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında 2007-2012 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 204 A. baumannii suşu çalışmaya alındı. Bakteri identifikasyonu konvansiyonel yöntemler ve Phoenix 100 BD (Becton Dickinson, Sparks) ve VITEK 2 (bioMerieux, France) otomatize sistemleri ile yapıldı. Karbapenem duyarlılık testi Clinical and Laboratory Standards Institute önerilerine göre Kirby-Bauer disk-difüzyon yöntemi ile saptandı. OXA 23-like, OXA-58-like ve OXA-51-like genleri multipleks PCR yöntemi ile araştırıldı ve klonal ilişki pulsed field gel electrophoresis (PFGE) yöntemi ile belirlendi. 
A. baumannii izoltlarının 105?i imipenem ve meropeneme dirençli idi. Karbapenemlere dirençli A. baumannii izolatlarının hepsi intrensek OXA-51-like geni taşıyordu. blaOXA-23 ve blaOXA-58 genleri sırasıyla izolatların %46.6 ve %53.3?ünde saptandı. blaOXA-23 geni hem Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi hem de Meram Tıp Fakültesi?nde izole edilen suşlarda saptanırken blaOXA-58 geni sadece Meram Tıp Fakültesi suşlarında tespit edildi.  A. baumannii izolatlarının ApaI ile kesilen genomik DNA?sına yapılan PFGE yöntemi ile OXA-23 üreten A. baumannii suşlarında 32 farklı grup ve OXA-58 üreten A. baumannii suşlarında 23 farklı grup belirlendi. İki hastane arasında ortak bir salgın izolatı saptanmadı.
Bu çalışmada A. baumannii izolatlarında görülen karbapenem direncinde OXA-51 ile birlikte OXA-23 ve blaOXA-58 genlerinin önemli bir rol oynadığı görülmüştür.  Karbapenemlere dirençli OXA-23 ve OXA-58 üreten A. baumannii hastane suşlarının epidemik bir potansiyele sahip olduğu ve izolatların epidemiyolojik ilişkisini tanımlamak için moleküler yöntemlerin gerekliliği gösterilmiştir

Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, OXA tipi Beta laktamazlar, Pulsed Field Jel Elektroforezi

Abstract:
Acinetobacter baumannii is an important opportunistic and multidrug-resistant pathogen causing nosocomial infections in health facilities. Over the last 10 years, a significant and threatening increase in resistance to carbapenems in A. baumannii, mainly due to dissemination of class D beta-lactamases, has been reported worldwide. The aim of this study was to investigate the presence of OXA type ß-lactamases (OXA-23 and OXA-58) in A. baumannii strains resistant to carbapenems and their clonal relatedness.
A total of 204 non-duplicate A. baumannii isolated from various clinical samples in the Microbiology Laboratories of Selcuk University Faculty of Medicine and Faculty of Meram between 2007-2012 were included in this study.  The isolates were identified by conventional methods and Phoenix 100 BD (Becton Dickinson, Sparks) and VITEK 2 (bioMerieux, France) automated systems. Carbapenem susceptibility test was performed by Kirby-Bauer disk-diffusion method according to the standards of Clinical and Laboratory Standards Institute. OXA 23-like, OXA-58-like and OXA-51-like genes were amplified by multiplex PCR assay and clonal relatedness was investigated by pulsed field gel electrophoresis (PFGE).
One hundred five isolates were resistant to imipenem and meropenem. All carbapenem resistant strains, A .baumannii isolates carried the intrinsic OXA-51-like gene. The blaOXA-23 and blaOXA-58 genes were detected in 46.6% and 53.3% of isolates, respectively. blaOXA-23 gene determined in both Faculty of Medicine and Faculty of Meram but blaOXA-58 gene only determined in Faculty of Meram.  In the PFGE analysis of A. baumannii isolates for genomic DNA that was restricted with ApaI, 32 different groups have been found in OXA-23 producing A. baumannii strains and 23 different groups have been found in OXA-58 producing A. baumannii strains. Any common epidemic isolates have not been found between two hospitals.
In this study it is shown that OXA-23 and blaOXA-58 genes found with OXA-51 has a significant role in A. baumannii carbapenem resistance. Carbapenem-resistant OXA-23 and OXA-58 producing A. baumannii strains showed the epidemic potential of this nosocomial pathogen and the requirement of molecular typing methods to identify the epidemiologic relationship of the isolates.

Keywords: Acinetobacter baumannii, OXA type Beta lactamases, Pulsed Field Gel Electrophoresis