Pamukkale üniversitesi çocuk hematoloji kliniğinde Ocak 2018 – Aralık 2023 yılları arasında akut lenfoblastik lösemi tanılı hastalarda ıkzf1 gen delesyonu ve CRLF2 overekspresyonunun prognoza etkisinin değerlendirilmesi /
Yazar: EMİNE TÜN
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ SELİN YAKARIŞIK
Pamukkale Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2024
Konu: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları = Child Health and Diseases

Özet:
Amaç: Akut lenfoblastik lösemi (ALL) tanısı alan hastalarda risk temelli
tedavi yaklaşımı uygulanmaktadır. Ancak halen uzun süreli ve yoğun tedavinin
toksisite ve mortaliteye neden olabildiği gibi yeterince tedavi edilmeyen hastalarda da
relaps görülmeye devam etmektedir. Bu nedenle doğru bir risk sınıflaması prognoz
açısından çocukluk çağı ALL tedavisinde önemli bir rol oynamaktadır. BCR/ABL
füzyon onkogenine yol açan t(9;22) ve MLL/AF4 füzyon onkogeninin oluşumuna
neden olan t(4;11) gibi bilinen genetik anormallikler prognostik öneme sahiptir. Son
yıllarda yapılan moleküler çalışmalar, başka genetik bozuklukların da prognoz üzerine
olumsuz etkisi olduğunu göstermektedir. IKZF1 delesyonu ve CRLF2
overekspresyonu prognoz üzerine etkili olduğu öngörülen genetik mutasyonlardandır.
Bu çalışmada bilinen klasik prognostik faktörlere göre takip ve tedavisini
planladığımız hastalarda IKZF1 delesyonu ve CRLF2 overekspresyonunun prognoz
üzerine etkisini değerlendirmeyi amaçladık.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ocak 2018 ile Aralık 2023 tarihleri arasında
hastanemizde tanı alan, yeterli miktarda deoksiribonükleik asit (DNA) materyaline
sahip 24 ALL hastası dahil edildi. Toplam 24 hastada IKZF1 delesyonu multipleks
ligasyon bağımlı prob amplifikasyonu (MLPA) ile çalışıldı. Ribonükleik asit (RNA)
materyaline ulaşılabilen 4 hastanın ek olarak CRLF2 ekpresyon seviyesi Real Time
PCR ile çalışıldı ve 8 sağlıklı kontrol ile karşılaştırıldı.
Bulgular: Çalışmamızda IKZF1 delesyonu saptanan hastalarda ortalama yaş
8,6 ± 4,7 iken, IKZF1 delesyonu saptanmayan hastalarda 6,6 ± 4,3 idi. Delesyon
izlenen 1 hasta 1-6 yaş arasında, 3 hasta ise 6 yaş ve üzerindeydi. Delesyon saptanan
4 hastadan 3'ünün lökosit (WBC) sayısı>50.000/mm3
iken, 1'inde <20.000/mm3
idi.
Ortalama WBC sayısı tüm grupta 43.767 ± 78.102/mm3, delesyon saptanan hastalarda
145.370 ± 124.653/mm3
iken, saptanmayanlarda 17.030 ± 26.820/mm3
idi.
Prednizona kötü yanıt veren 7 hastadan 2'sinde (%28.6) IKZF1 delesyonu varken, iyi
yanıtlı 17 hastadan 2'sinde (%11.8) IKZF1 delesyonu mevcuttu. IKZF1 delesyonu
saptanan 4 hastadan 3'ünün 15. gün kemik iliği (Kİ) değerlendirmesi M3, 1'inin ise
M2 saptandı. M1 izlenmedi. On beşinci gün Kİ değerlendirmesi M3 olan bir hastanın
33. gün Kİ değerlendirmesi M2 olup, delesyon izlenen diğer 3 hastanın M1 idi.
Sonuç: ALL hastalarında IKZF1 delesyonu, prognostik belirteçlerden yüksek
yaş, tanı anında yüksek WBC sayısı, prednizona kötü yanıt, 15. gün Kİ
değerlendirmesinde yüksek blast oranı ile ilişkili bulundu. Sonuç olarak; çalışmamız
Türkiye'de ALL hastalarında IKZF1 delesyonu ve CRLF2 overekspresyonunun
prognoz üzerine etkisinin değerlendirildiği ilk çalışmalardan biridir ancak vaka
sayımızın az olması nedeniyle istatistiksel değerlendirme yapılamamıştır. IKZF1
delesyonu ile CRLF2 overekspresyonunun prognoz üzerine etkisininin
gösterilebilmesi için daha fazla hasta sayısına sahip çalışmalara ihtiyaç vardır.
Anahtar kelimeler: Akut lenfoblastik lösemi, IKZF1 delesyonu, CRLF2
overekspresyonu, moleküler belirteç, prognostik faktör

Abstract:
Objective: A risk-based treatment approach is applied to patients diagnosed
with acute lymphoblastic leukemia (ALL). However, long-term and intensive
treatment can still cause toxicity and mortality, and relapse continues to occur in
patients who are not adequately treated. Therefore, an accurate risk classification plays
an important role in the treatment of childhood ALL in terms of prognosis. Known
genetic abnormalities such as t(9;22), which leads to the BCR/ABL fusion oncogene,
and t(4;11), which causes the formation of the MLL/AF4 fusion oncogene, have
prognostic significance. Molecular studies conducted in recent years show that other
genetic disorders also have a negative impact on prognosis. IKZF1 deletion and
CRLF2 overexpression are genetic mutations predicted to be effective on prognosis.
In this study, we aimed to evaluate the effect of IKZF1 deletion and CRLF2
overexpression on prognosis in patients whose follow-up and treatment were planned
according to known classical prognostic factors.
Materials and Methods: 24 ALL patients with sufficient DNA material who
were diagnosed in our hospital between January 2018 and December 2023 were
included in the study. IKZF1 deletion was studied by multiplex ligation-dependent
probe amplification (MLPA) in a total of 24 patients. In addition, the CRLF2
expression level of 4 patients for whom RNA material was available was studied with
Real Time PCR and compared with 8 healthy controls.
Results: In our study, the average age of patients with IKZF1 deletion was 8,6
± 4,7 years, while it was 6,6 ± 4,3 years in patients without IKZF1 deletion. One patient
with a deletion was between the ages of 1 and 6, and 3 patients were aged 6 and over.
While the leukocyte (WBC) count of 3 of the 4 patients with a deletion was
>50.000/mm3
, 1 of them was <20.000/mm3
. The mean WBC count was 43.767 ±
78.102/mm3
in the entire group, 145.370 ± 124.653/mm3 in patients with a deletion,
and 17.030 ± 26.820/mm3
in those without a deletion. While 2 of 7 patients (28.6%)
who responded poorly to prednisone had IKZF1 deletion, 2 of 17 patients (11.8%) who
responded well to prednisone had IKZF1 deletion. The 15th day bone marrow
evaluation of 3 of the 4 patients with IKZF1 deletion was found to be M3, and 1 was
found to be M2. M1 was not monitored. The 15th day bone marrow evaluation of a
patient was M3, and the 33rd day bone marrow evaluation was M2, and the other 3
patients with deletions were M1.
Conclusion: In ALL patients with IKZF1 deletion was found to be associated
with prognostic markers such as higher age, high WBC count at diagnosis, poor
response to prednisone, and high blast rate at day 15 bone marrow evaluation. In
conclusion; Our study is one of the first studies in Turkey to evaluate the effect of
IKZF1 deletion and CRLF2 overexpression on prognosis in ALL patients, but
statistical evaluation could not be made due to our small number of cases. Studies with
a larger number of patients are needed to demonstrate the effect of IKZF1 deletion and
CRLF2 overexpression on prognosis.
Keywords: Acute lymphoblastic leukemia, IKZF1 deletion, CRLF2
overexpression, molecular marker, prognostic factor