Meme karsinomlarında "Yeni Nesil Dizileme Yöntemi (Next Generation Sequencing – NGS)" ile PIK3CA mutasyonlarının belirlenmesi ve klinikopatolojik verilerle karşılaştırılması
Determination of PIK3CA mutations in breast carcinomas using "Next Generation Sequencing - NGS" and comparison with clinicopathological data
Yazar: MERVE TURAN
Danışman: DOÇ. DR. ÖZGÜR EKİNCİ
Gazi Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2023
Konu: Patoloji = Pathology

Özet:
Meme kanseri ülkemizde ve dünyada kadınlarda en sık görülen malign tümör olup kadınlarda kanserden ölümlerin ikinci sebebidir. Geniş genetik heterojenitesi nedeniyle moleküler tedavi potansiyeli oldukça yüksektir. Son yıllarda meme karsinomu patogenezindeki bilgilerin artmasıyla hücre içi sinyal yolaklarını hedefleyen ajanlar geliştirilmiştir. PIK3CA mutasyonlarının meme neoplazmlarının patogenezinde ve ilerlemesinde önemli bir rol oynadığı gösterilmiştir. Hedef tedavide ve prognoz göstergesi olarak kullanılma potansiyeline sahiptir. 
Çalışmamızda 2021-2022 yılları arasında başvuran 58 meme karsinomu tanılı hastalara ait tümör dokusu örneğinin gen değişiklikleri QIAGEN GeneReader YND sistemi kullanılarak analiz edildi. PIK3CA mutasyon varlığı ile klinikopatolojik verilerin ilişkisi literatür ile karşılaştırıldı.
Meme karsinomlarında %27,6 oranında PIK3CA mutasyonu tespit edildi. PIK3CA mutasyonları olguların %50' sinde ekzon 20' de %25' inde ekzon 9' da görüldü. PIK3CA mutasyonu pozitif olan olgularda istatiksel anlamlı olarak ER ve PR daha sık pozitif bulunmuş olup Ki67 oranı daha yüksekti (sırasıyla p=0.01, 0.00 ve 0.024).
Sonuç olarak, tümörlerin mutasyon profilininin doğru ve hızlı bir şekilde değerlendirilmesini, düşük düzeylerde bile ortaya çıkan gen değişikliklerininin tespit edilmesini ve akılcı tedavi kararları alınmasını sağlayan YND yöntemi ile çalışmamızda, meme karsinomlarında PIK3CA mutasyonunun ve klinik verilerle olan ilişkisinin literatürdeki bazı çalışmalar ile benzer olduğu görüldü.

Anahtar Kelimeler: YND, meme kanseri, PIK3CA

Abstract:
Breast cancer is the most common malignant tumor in women in Turkey and in the world, and it is the second cause of cancer deaths in women. Due to its wide genetic heterogeneity, its molecular therapy potential is quite high. In recent years, with the increase in knowledge about the pathogenesis of breast carcinoma, agents targeting intracellular signaling pathways have been developed. PIK3CA mutations have been shown to play an important role in the pathogenesis and progression of breast neoplasms. It has the potential to be used in target therapy and as a prognosis indicator.
In our study, the gene alternations of 58 tumor tissue with breast cancer who applied between 2021-2022 years were analyzed using the QIAGEN GeneReader NGS system. The relationship between the presence of PIK3CA mutation and clinicopathological data was compared with the literature.
PIK3CA mutation was detected in 27.6% of breast carcinomas. PIK3CA mutations were detected in exon 20 in 50% of the cases and in exon 9 in 25% of the cases. In cases with positive PIK3CA mutation, ER and PR were found to be positive more frequently and the Ki67 ratio was higher (p = 0.01, 0.00 and 0.024, respectively).
Finally, we detected that the genomic profile of breast cancer and its relationship with clinical data was nearly similar to other studies in the literature.

Keywords: NGS, breast cancer, PIK3CA