Reboksetin kullanımının bağırsak florası üzerine etkisinin biyoinformatik analizi
Impact of using reboxetine on gut flora with bioinformatic analyze
Yazar: SİNEM TEKİNKOCA
Danışman: YRD. DOÇ. HÜLYA KARACA GENÇER ; DR. ÖĞR. ÜYESİ CEREN ÖZKUL KOÇAK
Anadolu Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Biyoloji = Biology ; Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology
Dizin: Bağırsaklar = Intestines ; Gastrointestinal mikrobiyom = Gastrointestinal microbiome ; Mikrobiyota = Microbiota ; Reboksetin = Reboxetine ; İşlemsel biyoloji = Computational biology

Özet:
Mikrobiyom insan vücudunun en karmaşık bileşenleri arasında yer almaktadır. İkinci beyin olarak adlandırılan bağırsak florası en fazla sayıda ve çeşitlilikte mikrorganizma barındırmaktadır. Hastalıklar ve hastalıkların tedavisine olanak sağlayan ilaçlar mikrobiyata çeşitliliğinde ve metabolizma üzerinde etki göstermektedir. Bu tezde ise diyabetle birlikte sıkça gelişen depresyon tedavisinde kullanılan antidepresanlardan seçici noradrenalin geri alım inhibitörü bir antidepresan olan Reboksetinin farklı iki doz kullanımının ve sağlıklı-diyabetik kontrol gruplarının bağırsak florasının üzerindeki etkisinin biyoinformatik analizle ortaya koymayı amaçlamaktadır. Bu amaçla diyabetik ve sağlıklı farelere 8 mg/kg ve 16 mg/kg reboksetin uygulması sonrası gaita örneklerinden DNA izole edilmiştir. Amplikasyon işlemi için 16S rRNA bölgesine spesifik V3-V4 primerler kullanılmış ve Illumina Miseq ile sekanslama yapılmıştır. Önişlemlerden sonra QIIME 1.90 biyoinformatik analiz programı kullanılmış olup alfa metrikler açısından fark gözlenmemiştir. Beta çeşitlilik tüm deney gruplarında, diyabetik-sağlıklı kontrol gruplarında, diyabetiklere uygulanan ilaç dozlarında ( p<0,005) istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur. LefSe Analizleri sonrası Lactobacillus, Turicibacter, Streptococcus anlamlı (p<0,05) olarak ilaçsız grupta artış gösterirken, Prevotella, Parabacteroides, Bacteroides, Flexispira, Desulfovibrio anlamlı olarak (p<0,05) reboksetin ilacı uygulanmış grupta artış gösterdiği ortaya konmuştur. Sonuçlar doğrultusunda reboksetinin mikrobiyotada diyabetik vakalara benzer disbiyozise neden olabileceği ortaya koyulmuştur.

Anahtar Sözcükler: Reboksetin, Bağırsak florası, Biyoinformatik mikrobiyata              analizi.

Abstract:
Microbiome is one of the most complex components of the human body. The intestinal flora called the second brain contains the largest number and variety of microrganism. Drugs that enable the treatment of diseases and diseases have an impact on microbiology and metabolism. The aim of this thesis is to reveal the effects of two different doses of reboxetine, one of the selective noradrenaline reuptake inhibitors, and the effect of healthy-diabetic control groups on the gut flora with bioinformatics analysis. After the administration of 8 mg/kg and 16 mg/kg reboxetine to diabetic and healthy rats, DNA was isolated from stool samples. V3-V4 primers specific to the 16S rRNA region were used for the application procedure and sequencing was performed with Illumina Miseq. After the preprocesses, alpha diversity beta diversity and relative taxa distributions were determined by using QIIME 1.90 bioinformatics analysis program. There was no difference in alpha metrics. Beta diversity was found statistically significant in all experimental groups, diabetic-healthy control groups, and in drug doses administered to diabetics (p<0,005). After the LefSe analyzes, Lactobacillus, Turicibacter, Streptococcus significantly increased (p<0,05). The analyze showed that Parabacteroides, Bacteroides, Flexispira and Desulfovibrio increase significantly (p<0,05) in the group treated with reboxetine. According to the results, it was shown that reboxetine may cause dysbiosis similar to diabetic cases in microbiota.

Keywords: Reboxetin, Gut flora, Bioinformatics microbiata analysis.