Şeker pancarından izole edilen yumuşak çürüklüğüne neden olan pectobacterium betavsculorum'un biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonu
Characterization of pectobacterium betavasculorum isolated from sugar beet by biochemical and molecular methods
Yazar: BELGACEM HATTAB
Danışman: DOÇ. DR. KUBİLAY KURTULUŞ BAŞTAŞ
Selçuk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Şeker pancarı (Beta vulgaris L.), endüstriyel ürünler arasında en önemli mahsullerden biri olarak kabul edilir. Bakteriyel yumuşak çürüklük hastalıkları oldukça tahrıpkardır ve şeker pancarında önemli kayıplara neden olmaktadır. Bu çalışmada, Türkiye'de Konya ilinden 2016-2017 yetiştirme mevsimlerinde hastalıklı şeker pancarından izole edilmiş olan Pectobacterium ızolatları ile çalışmıştır. Bu izolatların tanımlanması ve karakterizasyonu için biyokimyasal, fizyolojik, morfolojik ve moleküler temelli testler yapılmıştır. elde edilen izolatlar, 37° C'de, % 5 NaCl'de ve CVP ortamında gelişim göstermişlerdir. Pektolitik aktivite ve patojenite testlerinde olduğu gibi tütün yapraklarına aşırı duyarlılık testinde (HR) pozitif reaksiyon vermişlerdir. Katalaz pozitif, oksidaz negatif. İndol üretimi ve fosfataz testleri negatif reyaksyon vermişlerdir. Ek olarak izolatlar, glikoz, laktoz, maltoz, trehaloz ve α -metil glukositten asit üretimi için pozitiflik gösterirken, melibiozdan asit üretiminde negatif olmuştur. Tüm izolatların 16S-23S ITS bölgesi için Ll / G1 primerleri kullanılarak PCR analizleri yapılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre; 13 adet Pectobacterium betavsculorum biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle karakterize edilmiştir. İyi karakterize edilmiş patojenler konukçu - patojen etkileşimlerinin daha iyi anlaşılmasına yardımcı olurdur, şeker pancarı üzerindeki bakteriyel hastalıkların mücadelesinde yardımcı olacaktır.

Anahtar Kelimeler: Şeker pancarı, Pectobacterium, PCR,  Karakterizasyon, Yumuşak çürük.

Abstract:
Sugar beet (Beta vulgaris L.) is considered to be one of the most important crops among industrial products. Bacterial soft rot diseases are highly destructive and cause significant losses in sugar beet. In this study, In Konya province (Turkey), Pectobacterium isolates that were isolated from diseased sugar beet during growing season on 2016-2017. Biochemical, physiological, morphological and molecular based tests were performed for the identification and characterization of these isolates. obtained isolates showed growth at 37 ° C, 5% NaCl and CVP medium. They reacted positively to tobacco leaves hypersensitivity test (HR) as well as pectolytic activity and pathogenicity tests. Catalase positive, oxidase negative. Indole production and phosphatase tests showed negative reaction. In addition, the isolates were positive for acid production from glucose, lactose, maltose, trehalose, and α-methyl glucoside, but were negative in acid production from meliboside. PCR analysis of all isolates were performed using L1 / G1 primers for 16S-23S ITS region. According to the results obtained; 13 Pectobacterium betavsculorum were characterized by biochemical and molecular methods. Well-characterized pathogens help to better understand host-pathogen interactions, will help in the fight against bacterial diseases on sugar beet.

Keywords: Characterization, PCR, Pectobacterium, Soft rot, Sugar beet.