Genetiği değiştirilmiş ürünlerin çoklu real-time PCR ile belirlenmesi
Development of multiplex real-time PCR assays for screening of genetically modified organisms (GMOs)
Yazar: MORTAZA KHODAEİAMİNJAN
Danışman: PROF. DR. SALİH KAFKAS
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2012
Konu: Biyoteknoloji = Biotechnology

Özet:
Ticari değeri olan genetiği değiştirilmiş organizmaların (GDO) sayısı vebunları belirlemek için geliştirilen moleküler teknikler sürekli değişmektedir. Bununsonucunda GDO laboratuvarları ve gıda üretim endüstrisi ham materyallerde vekompleks işlenmiş gıda ürünlerinde güvenilir farklı yöntemleri uygulamayazorlanmaktadır. Bu çalışmada GDO analizlerinde çoğunlukla kullanılan 35S(karnabahar mozaik virüs promotörü), NOS (Agrobacterium tumefaciens'in nopalinsentez geni terminatörü), FMV (Sıracaotu mozaik virüsünün 35S promotörü) ve Bar(Streptomyces hygroscopicus toprak bakterisi) genlerini belirlemek için çoklu realtimePCR sistemlerinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bunlara ek olarak, PCRreaksiyonlarında engelleyici bir maddenin olup olmadığını kontrol edebilmek içindahili pozitif kontrol (IPC) ve bitki DNA'sının olup olmadığını belirlemek için bitkispesifik (18sR) probları kullanılmıştır. Real-time PCR reaksiyonlarında üç adet 35S,üç adet NOS, bir adet FMV ve 1 adet Bar genlerinin TaqManTM problarınınkombinasyonları test edilmiştir. Sonuç olarak, ikili, üçlü ve dörtlü real-time PCRyöntemleri IPC ve 18sR genlerini içerecek şekilde geliştirilmiştir. Tümkombinasyonlar hem Applied Biosystem (ABI 7500) hem de Strategene (Mx3005P)firmalarının Real-time PCR cihazlarında yapılmıştır. Geliştirilen yöntemlerin GDOlaboratuvarlarında tarama için ucuz ve uygun olduğu bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Genetiği değiştirilmiş organizma (GDO), Real-Time PCR,Multipleks.

Abstract:
The number of commerically available genetically modified organisms(GMOs) and molecular detection techniques have been constantly changing. As aresult, GMO laboratories and the food production industry currently are forced toapply many different methods to reliably test raw material and complex processedfood products. In this study, it was aimed to develop multiplex real-time PCRsystems to detect 35S (the promoter of the cauliflower mosaic virüs), NOS (theterminator of the nopaline synthase gene of Agrobacterium tumefaciens), FMV (the35S promoter from the figwort mosaic virüs), and Bar (from the soilbacteriumStreptomyces hygroscopicus) genes as the most widely used in GMO analysis.Additionally an internal positive control (IPC) indicating the presence or absence ofPCR inhibiting substances, and plant gene specific primer (18sR) for the detection ofplant gene was used in the PCR reactions. Combinations of three 35S, three NOS,one FMV and one Bar TaqManTM probes were tested in Real-time PCR reactions. Asa result, duplex, triplex and quadruflex real-time PCR assays were developedincluding IPC and 18sR genes. All the combinations were performed in both AppliedBiosystem (ABI 7500) and Stratagene (Mx3005P) Real-Time PCR systems. Thedeveloped methods were found to be inexpensive and suitable for fast screening inGMO labs.Keywords: Genetically modified organisms (GMOs), Real-Time PCR, Multiplex