Sütlerde bulunan metisiline dirençli Staphylococcus aureus'un PCR yöntemi ile tespit edilmesi ve SCCmec tiplendirilmesi
Determination of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in milk by PCR method and SCCmec typing
Yazar: GHASSAN ISSA AHMAD NASSASRA
Danışman: PROF. DR. HARUN AKSU
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2011
Konu: Besin Hijyeni ve Teknolojisi = Food Hygiene and Technology
Dizin: Metisilin = Methicillin ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Staphylococcus aureus = Staphylococcus aureus ; Süt = Milk ; İlaçlara direnç = Drug resistance ; İlaçlara direnç-mikrobiyal = Drug resistance-microbial

Özet:
Staphylococcus aureus, mastitisin en önemli nedenlerinden biridir ve insanlarda nozokomiyal ve toplum kaynaklı enfeksiyonlara neden olmaktadırlar. Özellikle metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) enfeksiyonları temas veya hayvansal kökenli gıdaların tüketimiyle bulaşabilmektedir. S. aureus'ta metisiline direnç, mecA geni tarafından kodlanmakta ve stafilokoksik kaset kromozomu mec (SCCmec) adı verilen hareketli genetik eleman üzerinde bulunmaktadır.Bu çalışma ile kültürel ve moleküler biyolojik teknikler kullanılarak direkt sütten veya sütten izole edilen MRSA suşlarından mecA geninin tespit edilmesi ve SCCmec tiplendirilmesi amaçlanmıştır. İstanbul bölgesinden 406 çiğ süt örneği farklı dönemlerde toplanmıştır. Örnekler iki gruba bölünmüş, birinci gruptakilerde kültürel yöntemlerin ardından, ikinci gruba girenlerde ise direkt sütten PCR yöntemi ile mecA tespiti ve SCCmec tiplendirilmesi yapılmıştır.406 süt örneğinden 119 (% 29,31) S. aureus suşu izole edilirken bunlardan sadece birinin (% 0,84) MRSA olduğu, PCR ile yapılan moleküler çalışmalar sonucunda ise 406 örneğin 11 (% 2,70)'inde direkt genotipik olarak mecA geni tespit edildiği saptanmıştır. İzolat kaynaklı tek suşun Tip IV olduğu belirlenirken, sütten tespit edilen 11 mecA geninden iki (% 18,18) adedi Tip II, yedi (% 63,63) adedi Tip IV, iki (% 18,18) adedi ise Tip V olarak belirlenmiştir. S. aureus izolatı kaynaklı tek mecA geninin (Tip IV) toplum kökenli MRSA olduğu, süt kaynaklı 11 mecA geninden iki (% 18,18) adedinin hastane kökenli MRSA (Tip-II), 9 (% 81,82) adedinin ise toplum kökenli MRSA olduğu değerlendirilmiştir.Bu sonuçlar doğrultusunda, genotipik yöntemlerin fenotipik yöntemlere nazaran daha yüksek oranda MRSA tespitini sağladığı, direkt gıda maddesinden genotipik yöntemle mecA geni tespit etmek suretiyle daha güvenilir sonuçların elde edileceği değerlendirilmiş, bu konuda çalışmaların yaygınlaştırılmasının, daha güvenilir gıdaların tüketimi ve halk sağlığının korunması açısından büyük önem taşıdığı sonucuna varılmıştır.Anahtar Kelimeler: Süt, PCR, S. aureus, MRSA, SCCmec.

Abstract:
Staphylococcus aureus is one of the causal agents of mastitis and can cause nosocomial and community-acquired infections. Especially, methicillin-resistant S. aureus (MRSA) have become recognized that eating and handling of contaminated food is a potential vehicle for transmission. The MRSA strains carry staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec), a mobile genetic element harboring mecA gene that encodes methicillin resistance in staphylococci.In this study, it was aimed to obtain MRSA species from milk by using both conventional and molecular technics. Also, it was aimed to determine mecA gene and typing of the mentioned gene. According to this purpose, 406 raw milk samples were collected from Istanbul and divided into 2 groups. In the first group, conventional microbiological analysis and molecular analysis were applied while in the second group were applied the molecular analysis directly from milk. For determining mecA gene from milk both conventional and molecular methods by PCR were used and finally SCCmec typing was performed.S. aureus were isolated from 119 (29.31%) of 406 samples analyzed. Only one (0.84%) of 119 strain was detected as MRSA. This strain was belong to Type IV. On the other hand, PCR results directly from milk showed that mecA gen was found in 11 (2.7%) of 406 samples. Typing of the genes were Type II (%18.18 / 2 samples of 11), Type IV (%63.63 / 7 samples of 11), and Type V (%18.18 / 2 samples of 11). In addition, only one mecA gene (Type IV) positive MRSA was determined as community-acquired. However, 2 (18.18%) type were determined as healthcare-associated and 9 (81.82%) type were determined as community-acquired MRSA directly from milk.According to the results, genotyping methods by using PCR provide more precise detection of MRSA than the fenotyping methods. Also, more reliable results were obtained to detect mecA from food. In conclusion, studies on this topic should be expanded for food safety and public health.Keywords: Milk, PCR, S. aureus, MRSA, SCCmec.