Doğu Akdeniz bölgesinde turunçgil Tristeza virüsünün yeni izolatlarının belirlenmesi ve bu izolatların moleküler karakterizasyonu
Determination of new citrus Tristeza virus isolates in the Eastern Mediterranean region, and molecular characterization of these isolates
Yazar: JOHANA YICETH MEDINA GIL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ORHAN BOZAN
Çukurova Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Ziraat = Agriculture

Özet:
Bu çalışma, Doğu Akdeniz Bölgesi Adana, Mersin ve Hatay illerinde Turunçgil tristeza virüsünün (CTV) yeni izolatlarının saptanması amacıyla yapılmıştır. Toplam 11 tane turunçgil bahçesinden CTV simptomları gösteren ağaçlardan 75 tane örnek toplanmıştır. Bahçelerde bulunan bu örnekler turunç anacı üzerine aşırı portakal, altıntop, mandarin, kamkat ve kalamondin çeşitlerini içermektedir. Örneklerin moleküler karakterizasyonu belirlemek için TT-PZR uygulanmış ve primer olarak CTV-CPU primeri kullanılmıştır. Toplam 75 örnekten 8 tanesi örnek CTV ile pozitif olarak bulunmuştur. Bu örneklerden Karataş ve Mersin'den toplanan CTV-T1, CTV-T2 CTV-T3 ve CTV-T4 olarak belirlenen 4 izolat için sekans analizi yapılmış, çalışmalar sonrası elde edilen bu 4 izolat Genbank verileri ile karşılaştırılarak % 96 ile % 99 oranında eski Türkiye izolatları ile benzerlik saptanmıştır. Tüm örnekler Kaliforniya T525 izolatı ile aynı grupta kendini göstermiştir. Daha önce yapılan çalışmalarda T525 izolatı T30 ve T36 ılımlı ve şiddetli genotiplerini. İçermektedir. Ek olarak Türkiye izolatları Adriyatik bölgesinde Bosna, Hırvatistan, Karadağ ve Sırbistan ile yakın ilişkide olduğu saptanmıştır. Ayrıca P. trifoliata CTV dayanıklılık kırılması gösteren Yeni Zelanda izolatı da bu izolatlar benzer özellikler göstermiştir. Bu çalışma daha önce Çevik tarafından yapılan çalışmayı doğrulamaktadır. Bu veriler turunçgillerde gelecekte cross protection çalışmalarında kullanılması açısından faydalı olacağı düşünülmektedir.

Abstract:
This study was carried out to determine the occurrence of new isolates of the Citrus tristeza virus (CTV) in the eastern Mediterranean region of Turkey, specifically in Adana, Mersin and Hatay provinces. 75 samples from 11 citrus orchards in which were observed symptoms of CTV were collected. Orange, grapefruit, mandarin, kumquat and calamondin most grafted on sour orange were present at the orchards. For the samples' molecular characterization, the RT-PCR test was applied using the CTV-CPU primers. 8 of the amplified samples showed positive results for CTV. These samples were designated as CTV-T1, CTV-T2, CTV-T3, and CTV-T4 and came from Karatas and Mersin orchards. The results revealed that the samples had an identity of 96-99% between our isolates and the Turkish isolates found in the GenBank databases. All our samples were grouped within the first clade together with the isolated T525 from California, which has been previously reported as containing mild and severe genotypes T30 and T36 respectively (Wang et. al. 2013). Additionally, Turkish isolates showed closeness with isolates from the eastern part of the Adriatic region (Bosnia, Croatia, Montenegro, and Serbia) which are closely related to New Zealand isolates that have been reported broken resistance in Poncirus trifoliata. This study confirms reports previously made by Cevik et al 2013,  which suggest that Turkish isolates are a mixture of severe and mild strains of CTV. These data can be useful for the application of cross-protection programs and to avoid futures CTV epidemics in regions where rootstocks such as P. trifoliata are used.