Kronik spontan ürtiker hastalarında bağırsak mikrobiyomunun metagenomik DNA profili
Investigation of the relationship between chronic spontaneous urticaria and gut microbiome DNA
Yazar: GÜLCAN YÜKSEKAL
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ BAHAR SEVİMLİ DİKİCİER
Sakarya Üniversitesi / Tıp Fakültesi / Deri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı
Derece: Tıpta Uzmanlık, 2019
Konu: Dermatoloji = Dermatology
Dizin: Bağırsaklar = Intestines ; DNA = DNA ; Kronik hastalık = Chronic disease ; Mikrobiyota = Microbiota ; RNA = RNA ; Ürtiker = Urticaria

Özet:
Giriş ve Amaç: Bağırsak mikrobiyomu (mikroorganizmaların genetik materyalinin tamamı); gastrointestinal sistemimizde (GİS) bulunan geniş bir bakteri, virüs, mantar ve protozoa topluluğudur. İntestinal mikrobiyotanın yararlı bakterilerinin bazı vitamin ve aminoasitlerin üretimi, bağışıklık sisteminin gelişmesi ve aktif halde tutulması gibi pek çok önemli görevi vardır. Disbiyozis, herhangi bir nedenle mikrobiyota kompozisyonunun değişmesi veya bozulması ve buna bağlı olarak fonksiyonlarının kaybolmasıdır. Diyet, ilaçlar (antibiyotikler, proton pompa inhibitörleri vb.), alkol, sigara ve beslenme alışkanlıkları gibi çeşitli etkenler intestinal mikrobiyotayı olumsuz etkileyebilmekte ve disbiyozise neden olmaktadırlar. Yapılan çalışmalarda bağırsak disbiyozisi; diyabet, hipertansiyon, obezite, otizm, inflamatuar bağırsak hastalıları ve depresyon gibi birçok hastalıkla ilişkilendirilmektedir. Mikrobiyom analizleri; akne vulgaris, sedef hastalığı ve atopik dermatit gibi bazı dermatolojik hastalıkların patogenezini açıklamak için de kullanılmıştır. Dermatolojik hastalıkların patogenezinde deri mikrobiyomunun dışında bağırsak mikrobiyomunun da rol oynadığı ortaya konulmuştur.
Kronik ürtiker altı haftadan uzun süren, eritemli, ödemli, kaşıntılı plaklarla seyreden, bazen anjiyoödemin eşlik ettiği bir deri hastalığıdır. Toplumun neredeyse %1'ini etkiler, bu hastaların yaklaşık 2/3'ünü kronik spontan ürtiker (KSÜ) hastaları oluşturur. Kronik spontan ürtiker etiyolojisinde ilaçlar, gıdalar, enfeksiyonlar, sistemik hastalıklar gibi pek çok neden yer alabilirken idiyopatik de olabilir. Kronik spontan ürtiker, uyku bozukluğu ve iş gücü kaybına neden olarak yaşam kalitesini olumsuz etkilemektedir. Bu çalışmada, etiyolojisi açıklığa kavuşmamış olan KSÜ hastalığı ile bağırsak mikrobiyomu arasındaki olası ilişkinin sağlıklı bireylerle karşılaştırılarak belirlenmesi, KSÜ patogenezine ışık tutulması, yeni tanı ve tedavi yaklaşımlarına yardımcı olunması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Bilinen bir sistemik ve/veya dermatolojik hastalığı olmayan, benzer yaş grubunda olan, en az 4 haftadır ilaç (antibiyotik, proton pompası inhibitörü vb), probiyotik/prebiyotik kullanmamış olan 20 KSÜ hastası ve kontrol grubu olarak aynı şartları taşıyan 10 sağlıklı birey bu çalışmaya dahil edilmiştir. Fekal örneklerden nükleik asit izolasyonunu takiben bakteriyel 16S ribozomal RNA (rRNA)  geni hedef dizilemesi,  universal bakteri 16S primerleri (V3-V4) kullanılarak Illumina MiSeq sistemi ile gerçekleştirilmiştir. Biyoinformatik işlemlerden sonra istatistiksel analizler (LefSe, alfa ve beta çeşitlilik) yapılmıştır. Varsayılan ayarlarla (p<0.05 ve LDA skoru>2) gruplar arasında önemli farklılık gösteren taksonlar belirlenmiştir.
Bulgular: Kronik spontan üriker hastalarındaki Firmucites/Bacteroidetes oranının sağlıklı kontrol grubuna göre daha düşük olduğu saptandı (KSÜ hastalarında;0.95, sağlıklı gönüllülerde;1,69). Kronik spontan ürtiker hastalarında; Bacteroidetes Filumu ile Lachnospiraceae, Ruminococcaceae, Clostridiaceae family ve Intestinibacter, Megasphaera, Sutterella genus üyesi bakterilerin anlamlı düzeyde artmış olduğu görüldü (p<0.05 ve LDA skoru>2). Sağlıklı gönüllülerde ise; Bifidobacteriaceae, Lachnospiraceae, Ruminococcaceae, Veillonellaceae, Prevotellaceae, Coriobacteriacea family ile Clostridiales order ve Succinivibrio genus üyesi bakteriler istatistiksel olarak anlamlı düzeyde daha yüksek oranda saptanmıştır (p<0.05 ve LDA skoru>2). Alfa çeşitlilik analizinde, iki grup arasında anlamlı bir fark görülmemiştir (PD, Shannon ve Simpson indekslerine göre). Beta çeşitlilik analizinde iki grup arasında farklılık saptanmıştır (PC1 maksimum varyasyon oranı; Bray-Curtis Plot; %22.23, Bray Curtis Plot (Genus Level); %35.79).
Sonuç: Dizi analizi sonuçlarında göre; KSÜ hastalarında Bacteroidetes, sağlıklı gönüllülerde ise Actinobacteria filumu üyeleri anlamlı oranda yüksek ve Firmucites/Bacteroidetes oranı ise KSÜ hastalarında daha düşük bulunmuştur. Sonuçta; KSÜ hastalığı ile bağırsak disbiyozisi arasında ilişki olduğu saptanmış olup, KSÜ patogenezinde disbiyozis önemli bir etken olarak değerlendirilebilir ve tedavide prebiyotik veya probiyotikler denenebilir. Literatürde bu konuyu irdeleyen yalnızca bir çalışmaya ulaşılabildiğinden, daha büyük ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.

Abstract:
Introduction and Aim: Intestinal microbiome (all of the genetic material of microorganisms) is a large collection of bacteria, viruses, fungi and protozoa in our gastrointestinal (GIS) tract. The beneficial bacteria of intestinal microbiota have many important tasks such as the production of certain vitamins and amino acids, the development and maintenance of the immune system.  Dysbiosis can occur if the gut microbiota changes or is damaged for any reason. Various factors such as diet, drugs (antibiotics, proton pump inhibitors, etc.), alcohol and smoking can affect gut microbiota negatively and cause dysbiosis. According to studies, gut dysbiosis is associated with many diseases such as diabetes, hypertension, obesity, autism, inflammatory bowel diseases and depression. Microbiome analyzes were also used to reveal the pathogenesis of some dermatological diseases such as acne vulgaris, psoriasis and atopic dermatitis. In addition to the skin microbiome, gut microbiome has a role in the pathogenesis of dermatological diseases.
Chronic urticaria is a dermatologic disease with erythematous, edematous, itchy plaque, sometimes accompanied by angioedema, lasting more than six weeks. It affects almost 1% of the population and approximately 2/3 of these patients form chronic spontaneous urticaria (CSU). Etiologic factors such as drugs, foods, infections, systemic diseases may lead to CSU, or it may also be idiopathic. CSU affects the quality of life seriously in terms of causing sleep disorder and loss of labor.
In this study, we aimed to determine the possible relationship between CSU and gut
microbiome, regarding the pathogenesis of CSU and to help new diagnosis and treatment approaches. 
Material and Method: 20 patients with CSU and 10 age and sex matched healthy individuals were included in the present study. Both groups had not used a drug (antibiotics, proton pump inhibitors, etc.) or a probiotic/prebiotic that could affect gut microbiota for at least 4 weeks. After nucleic acid isolation from faecal samples, bacterial 16S ribosomal RNA (rRNA) gene target sequencing was performed with the Illumina MiSeq system using universal bacterial 16S primers (V3-V4). Statistical analyzes (LefSe, alpha and beta diversity) were performed after bioinformatics. The default settings (p <0.05 and LDA score> 2) identified taxa that differed significantly between the groups.
Results: The rate of Firmucites/Bacteroidetes in CSU patients was found to be lower than in the healthy control group (0.95 in CSU patients, 1.69 in healthy volunteers). Patients with CSU; Bacteroidetes phylum and Lachnospiraceae, Ruminococcaceae, Clostridiaceae family and Intestinibacter, Megasphaera, Sutterella genus member bacteria were significantly increased (p <0.05 and LDA score> 2). In healthy volunteers, Bifidobacteriaceae, Lachnospiraceae, Ruminococcaceae, Veillonellaceae, Prevotellaceae, Coriobacteriacea family and Clostridiales order and Succinivibrio genus bacteria were found to be statistically significantly higher (p <0.05 and LDA score> 2). There was no significant difference at the alpha diversity between the two groups. Beta diversity analysis showed a difference between the two groups (PC1 maximum variation rate; Bray-Curtis Plot; 22.23%, Bray Curtis Plot (Genus Level); 35.79%).
Conclusion: According to the results of series analysis; Bacteroidetes in patients with CSU and Actinobacteria phylum in healthy volunteers were significantly higher and Firmucites/Bacteroidetes ratio was lower in CSU patients. 
As a result, there is a relationship between CSU disease and gut dysbiosis. Dysbiosis can be considered as an important factor in the pathogenesis of CSU and prebiotic or probiotics may be included in the treatment. In the English literature, only one study is published examining the association of CSU and gut microbiota.