Anormal ultrason bulgusu olan gebeliklerde a-cgh uygulamaları
A-cgh implementation in pregnancies with abnormal ultrasound findings
Yazar: ESİN SABUNCU
Danışman: PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2018
Konu: Genetik = Genetics
Dizin: Fetüs = Fetus ; Gebelik = Pregnancy ; Hibridizasyon-genetik = Hybridization-genetic ; Kromozom düzensizlikleri = Chromosome aberrations ; Prenatal teşhis = Prenatal diagnosis ; Ultrasonografi = Ultrasonography

Özet:
Canlı doğumların yaklaşık %2-5'inde, şiddeti değişken olmakla birlikte tanımlanabilen bir konjenital anomali söz konusudur. Konjenital malformasyonlar; perinatal hastalık ve ölümlerin büyük bir kısmını oluşturmakta olup toplum sağlığı açısından önem taşımaktadır. Prenatal takipte ultrason kullanımının etkinliğinin artması, konjenital malformasyonların tanımlanmasını olanaklı hale getirmiştir. Ultrason ile saptanan tüm anomalilerin etyolojisi henüz tam olarak tanımlanamasa da günümüzde bazı sayısal/yapısal kromozom düzensizlikleri ile ultrason anomalilerinin ilişkileri bilinmektedir.

Prenatal/postnatal süreçlerde kromozomal anomalilerin saptanmasında konvansiyonel sitogenetik analiz (karyotipleme) halen altın standart özelliğini korumaktadır. Sitogenetik analiz; kromozomlardaki sayısal ve yapısal anomalileri saptama olanağı sunmakla birlikte, rezolüsyonu düşük olması nedeniyle 5-10 Mb'dan daha küçük anomalilerin belirlenmesinde yetersiz kalmaktadır. Bu nedenle 5 Mb'dan küçük değişimlerin saptanmasında Floresan In Situ Hibridizasyon (FISH), Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) ve Comparative Genomic Hybridization (=Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon CGH) gibi moleküler temelli teknikler kullanılmaya başlanmıştır.	

Tüm genomdaki genomik kopya sayısı değişimlerinin analizini sağlayan array CGH (aCGH) yöntemi, günümüzde genomik dengesizliklerin incelenmesini sağlayan, altın standart olan sitogenetik analizlere göre rezolüsyonu çok daha yüksek olan yöntemdir. aCGH, karyotipleme ile saptanamayan mikrodelesyon ve mikroduplikasyonları tek hibridizasyon ile tüm genom boyunca saptayabilmektedir. Ayrıca az miktarda DNA örneğinin çalışma için yeterli olması, fetal hücrelerin kültüre edilmesi ve metafaz plağında inceleme zorunluluğunun ortadan kalkması diğer tekniklere göre avantaj sağlamaktadır. 

Bu çalışmada; Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalında perinatolog tarafından anormal ultrason bulgusu nedeniyle Anabilim Dalımıza yönlendirilen, konvensiyonel kromozom analizi ve ultrason bulgularına yönelik sendromlarla ilişkilendirilebilecek bölgelere özgü FISH analizleri yapılan ve herhangi bir anomali saptanmayan 30 olgudan elde edilen fetal örneklerin aCGH tekniği ile incelenmesi amaçlanmıştır.
Çalışmamızda toplam 30 olgunun 11'inde (%36,6) kopya sayısı değişimleri (CNV'ler) saptanmıştır. On örnekte farklı bölgelerde toplam on CNV gözlenmiştir.

Literatürde, farklı grupların yaptığı çalışmalar göz önüne alındığında anomali saptama oranının önemli ölçüde arttığı (%9.3-39) ve ultrason anomalisi olan gebeliklerin a-CGH ile incelenmesi gerektiği görülmektedir.

Abstract:
About 2% to 5% of live births have at least one identifiable congenital anomaly at birth, ranging from mild to severe abnormalities. Congenital malformations have been showing importance as health of the population, accounting for a large percentage of perinatal morbidity and mortality. The effectiveness of ultrasonography in prenatal care allowed the identification of the congenital malformations. Although the etiology of ultrasound abnormalities has not been clearly identified yet, it is known that most of the ultrasound abnormalities are related to the chromosomal abnormalities.
	
The most common diagnostic test for chromosomal abnormalities is G banding-karyotyping. Karyotyping enables to detect numerical and structural abnormalities, but since its low resolution, karyotyping can not be able to detect the abnormalities smaller than 5-10 Mb. Therefore, for detecting the abnormalities smaller than 5 Mb, molecular-based techniques such as Fluorescent In Situ Hybridization (FISH), Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) and Comparative Genomic Hybridization (CGH) have been used.

Array CGH has emerged as a molecular test for chromosomal analysis and as the method of choice for fast and advanced detection of genomic unbalances. Array CGH is enable to detect microdeletions and microduplications that can not detected by karyotyping. Furthermore, aCGH also has the added advantages; minimal required amount of DNA, avoidance of culturing fetal cells and metaphase spread, and enables to analyze whole genome at once. 

In this study, it was aimed to perform aCGH technique in order to investigate 30 samples obtained from fetuses diagnosed by a perinatalogist that have ultrasound abnormalities but not have any chromosomal abnormalities detected by karyotyping or FISH.

In our study, CNVs were found in 11 samples of total 30 fetal samples, and 10 CNVs were found on distinct regions.

In the literature, when considered the different study groups, abnormality detection rate is significantly higher (9.3-39%) with a-CGH, and our study also supported the view that the pregnancies with abnormal ultrasound findings must be evaluated by aCGH.