Yeni nesil dizileme yöntemi ile brca1 ve brca2 genlerinde tespit edilmiş varyantların biyoinformatik yöntemlerle analizleri: Retrospektif çalışma
Bioinformatics analyses of identified variants in the brca1 and brca2 genes by next generation sequencing: Retrospective study
Yazar: NİYAZİ KAYA
Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ DİLEK PİRİM ; DOÇ. DR. ŞEHİME GÜLSÜN TEMEL
Bursa Uludağ Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Genetik = Genetics ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: BRCA1 = BRCA1 ; BRCA2 = BRCA2

Özet:
BRCA1 ve BRCA2 tümör baskılayıcı genler olarak DNA hasarı ve onarımında önemli bir role sahiptirler. BRCA1 geni 24 ekzondan oluşur ve 1863 amino asit içeren bir protein kodlar. BRCA2 geni ise 27 ekzona sahiptir ve 3418 amino asitlik BRCA2 proteinini kodlar. BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki germline mutasyonlar meme ve yumurtalık kanseri ile ilişkilendirilmiştir bu sebeple meme ve yumurtalık kanseri riski, prognozu ve tanısında BRCA1 ve BRCA2 gen taramaları büyük önem taşır. Çalışmamızda kullanılan veriler Bursa Uludağ Üniversitesi Tıbbi Genetik ABD'na BRCA1 ve BRCA2 gen taraması için başvuran 125 kişinin yeni nesil dizileme yöntemi ile oluşturulan genotip sonuçlarından elde edilmiştir. Yapılan yeni nesil dizileme sonucunda bulmuş olduğumuz varyantları çeşitili veri tabanları ve in silico algoritmalar tarafından patojenitesi, MAF değerleri, regülatör önemleri ve post-translasyonel modifikasyonlara etkileri açısından değerlendirilmiştir. Çalışmamız sonucunda BRCA1 ve BRCA2 geninde 16 tanesi daha önce toplumsal dizileme projelerinde (1000G, ExAC, gnomAD) rastlanmayan toplamda 96 varyant bulunmuştur. Ek olaral tespit etmiş olduğumuz novel varyantlarımızdan 3 tanesi kodlama yapan bölgede bulunurken diğerleri intronik bölgede bulunmaktadır. Çalışmamızda meme ve yumurtalık kanseri ile ilişkili olabilecek protein fonksiyonuna etkisi yüksek varyantları tespit ederken gen regülasyonunda da önemli olabilecek varyantlar da gösterilmiştir.

Abstract:
The BRCA1 and BRCA2 genes play an important role in DNA damage and repair as tumor suppressor genes. The BRCA1 gene consists of 24 exons and encodes a protein containing 1863 amino acids. The BRCA2 gene has 27 exons and encodes a 3418 amino acid BRCA2 protein. The germline mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes have been associated with breast and ovarian cancer so BRCA1 and BRCA2 gene scans are of great importance in the risk, prognosis and diagnosis of breast and ovarian cancer. The data used in this study were obtained from the genotype results of 125 individuals who applied to Bursa Uludag Unıversıty, Department of Medical Genetics created by the next generation sequencing method. As a result of the next generation sequencing, the variants were evaluated by various databases and in silico tools in terms of pathogenicity, minor allele frequencies, regulator importance and impacts on post-translational modifications. As a result of our study, a total of 96 variants were found in the BRCA1 and BRCA2 genes of which 16 were not previously found in the sequencing projects (1000G, ExAC, gnomAD). In addition, three of our novel variants were located in the coding region and the others were located in the intronic region. In this study, we both show several variants that may affect the protein functions and associated with breast and ovarian cancer and also multiple variants were shown to potential role in gene regulation.