Amilaz üretici fungusların izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Isolation and molecular characterization of amylase producing fungi
Yazar: ZEYNEP ÖRTÜCÜ
Danışman: PROF. DR. ÖZLEM BARIŞ
Atatürk Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2023
Konu: Biyoloji = Biology ; Biyoteknoloji = Biotechnology ; Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
Amaç: Amilaz enzimine olan endüstriyel talebin sürekli artışı nedeniyle rekombinant organizmaların kullanılmasını içeren uygulamalarda şablon olarak çoğunlukla yabanıl türler kullanılmaktadır. Bu nedenle tez çalışmasında amilaz enziminin üretim kapasitesini iyileştirmek ve kalitesini arttırmak için yeni üretici fungus türlerin keşfi amaçlanmıştır.
Yöntem: Amilaz üretici fungusların karbon kaynağı olarak nişasta içeren besiyerinde seçici izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Ardından saflaştırılan izolatlar oluşturdukları zon çaplarına göre sınıflandırılmış, enzim aktiviteleri belirlenmiş ve en iyi zon veren izolatlar ITS bölgelerine göre moleküler düzeyde tanılanmıştır. En yüksek aktivite gösteren izolata ait enzim TCA yöntemi ile saflaştırılmış ve enzim aktivitesinin optimum olduğu sıcaklık ve pH belirlenmiştir.
Bulgular: Sonuçta Rhizopus arrhizus OZ7, Plectosphaerella cucumerina OZ8 ve Actinomucor elegans OZ9 olmak üzere 3 filantöz fungus; Debaryomyces hansenii OZ1 ve Trichosporon sp. OZ2 olmak üzere 2 maya izolatı, toplam 5 fungus izole edilmiştir. Kültür filtratlarından yapılan enzim aktivite ölçümlerinde yalnızca Plectosphaerella cucumerina OZ8 ve Debaryomyces hansenii OZ1 izolatları pozitif sonuç vermiş olup; çalışmaya en yüksek aktivite gösteren izolat olan P. cucumerina OZ8 ile devam edilmiştir. 
Sonuç: OZ8 izolatına ait enzimin kısmi saflaştırması sonrasında yapılan SDS-PAGE, sıcaklık ve pH denemelerinde; enzimin yaklaşık 70 kDa boyutlarında olduğu, aktivitesinin 45 °C'de (201,84 U/ml) ve pH 5'te (227,03 U/ml) optimum aktivite gösterdiği belirlenmiştir.

Anahtar Kelimeler: Amilaz, Moleküler Karakterizasyon, Plectosphaerella cucumerina

Abstract:
Purpose: Wild species are often used as templates in applications involving the use of recombinant organisms for the continued increase in industrial demand for the enzyme amylase. For this reason, in the thesis study, it was aimed to discover new producer fungi species in order to improve the production capacity of the enzyme and increase its quality.
Method: Selective isolation of amylase producing fungi was carried out on a medium containing starch as a carbon source. Then, the purified isolates were classified according to the zone diameters they formed, their enzyme activities were determined, and the best zoning isolates were identified at the molecular level according to their ITS regions. The enzyme belonging to the isolate with the highest activity was partially purified by TCA method and the optimum temperature and pH of enzyme activity were determined.
Findings: As a result, a total of 5 fungi, Rhizopus arrhizus OZ7, Plectosphaerella cucumerina OZ8 and Actinomucor elegans OZ9; Debaryomyces hansenii OZ1 and Trichosporon sp. OZ2, were isolated. In enzyme activity measurements made from culture filtrates, only Plectosphaerella cucumerina OZ8 and Debaryomyces hansenii OZ1 isolates gave positive results; The study was continued with P. cucumerina OZ8, the isolate with the highest enzyme activity.
Results: In the SDS-PAGE, temperature and pH tests performed after partial purification of the enzyme of the OZ8 isolate; It was determined that the enzyme was approximately 70 kDa size and its showed optimum activity at 45 °C (201.84 U/ml) and pH 5 (227.03 U/ml).

Keywords:  Amylase, Molecular Characterization, Plectosphaerella cucumerina