Sendromsuz dudak damak yarıklı Türk hastalarda, MSX1 gen P278S polimorfizminin belirlenmesi
Determination of MSX1 gene which is P278S polymorphism in Turkish patients with nonsyndromic cleft lip and/or palate
Yazar: TUBA AKSOYLU
Danışman: PROF. DR. HAKKI TAŞTAN
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2013
Konu: Tıbbi Biyoloji = Medical Biology

Özet:
Yarık dudak ve/veya damak en yaygın doğum kusurlarından biridir. Bu anomali genetik ve çevresel faktörlerin etkileşimi ile meydana gelir. Genetik faktörlerin başında embriyonik gelişim sırasında yer alan MSX1 gibi genler gelmektedir. Biz bu çalışmada; sendromsuz dudak damak yarığının, hastalarda ortaya çıkmasında; aday olan gen ve bölgelerin bazı mutasyon analizlerini yaparak; incelenecek genin dudak damak yarığı oluşumu üzerindeki riskte etkili olup olmadığının ortaya konulmasını ve daha sonra yapılacak araştırmalara da katkı sağlamasını amaçladık.Çalışmamızda kullanılan kan örnekleri, Ankara Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi'ne başvuran sendromsuz dudak damak yarıklı Türk hastalardan gönüllü onam formları imzalatılarak elde edilmiştir. Hastalardan alınan periferal kan örneklerinden Fenol-kloroform yöntemiyle genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. MSX1 geni üzerinde P278S polimorfizmini belirleyecek polimeraz zincir reaksiyonu yapılmıştır. Elde edilen polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerine; RFLP metodu uygulanmıştır. RFLP metoduyla çalışılan örneklerde P278S mutasyonunu belirleyecek olan restriksiyon endonükleazlar kullanılarak gen ürünlerinin kesimi yapılmıştır. Bu enzim kesim ürünlerinin %2'lik agaroz jelde elektroforezleri yapılmıştır ve jel görüntüleme cihazında fotoğrafları çekilmiştir. Çalışma grubuna alınan sendromsuz dudak damak yarıklı hastalarda, MSX1 geninde P278S değişimleri moleküler yöntemlerle ortaya konulmuştur ve elde edilen veriler istatistiksel olarak değerlendirilmiştir. İstatistiksel analiz için Pearson Ki-Kare testi ve Hardy-Weinberg Equilibrium testi kullanılmıştır. Bu testlere göre, MSX1 genindeki P278S polimorfizmi için herhangi bir anlamlı fark saptanmamıştır.Anahtar Kelimeler : Dudak yarığı, damak yarığı, sendromsuz dudak yarığı ve/veya damak yarığı, PCR-RFLP, DNA, mutasyon, polimorfizm

Abstract:
Cleft lip and/or cleft palate is one of the most common congenital malformation. This abnormality arise both with the combination of genetic and environmental factors. Genetic factors are the genes like MSX1, which takes place during embryological development. In this study, we planned to evaluate the effect of the candidate gene and regions on the incidence of nonsyndromic cleft lip-palate by mutation analyzes, therefore reveal the risks of the development of the nonsyndromic cleft lip-palate and contribute the oncoming studies.The blood samples used in our study, were obtained with signed voluntary consent forms from Turkish patients with nonsyndromic cleft lip/palate admitted to Ankara University Faculty of Dentistry. Genomic DNA was isolated with phenol-chloroform method from peripheral blood samples from the patients. Polymerase chain reaction method was used to determine P278S polymorphism on MSX1 gene. RFLP method was applied to the polymerase chain reaction products. Restriction Endonuclease enzymes were used to cut the gene into fragments to determine P278S mutation in the samples. These gene fragments were analyzed with %2 agarose gel electrophoresis and photos were taken in gel imaging device. In patients with nonsyndromic cleft lip/palate received the study group, P278S changes in MSX1 gene were revealed by molecular methods and the datas which were obtained were evaluated statistically. For statistical analysis, Pearson chi-square test and Hardy- Weinberg Equilibrium test were used. According to these tests, no significant difference was observed for P278S polymorphism in MSX1 gene.Key Words : Cleft lip, cleft palate, nonsyndromic cleft lip and/or palate, PCR-RFLP, DNA, mutation, polimorphism