Türkiye'de yetişen yerel emmer buğday [Triticum turgidum L. ssp. dicoccon (Schrank) Thell.] popülasyonlarında genetik çeşitliliğin  moleküler yöntemlerle karakterizasyonu
Characterization of genetic diversity in emmer wheat [Triticum turgidum L. ssp. dicoccon (Schrank) Thell.] landraces populations grown in Turkey by molecular markers
Yazar: SEVİLAY DEMİR
Danışman: DOÇ. DR. ÖZLEM ÖZBEK
Hitit Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Biyoloji = Biology
Dizin: Genetik varyasyon = Genetic variation ; Moleküler özellikler = Molecular properties ; Yabani buğday = Wild emmer

Özet:
Bu çalıĢmada Türkiye‟de yetiĢen dokuz yerel emmer buğday  [Triticum turgidum  L.
ssp.  dicoccon  (Schrank)  Thell]  popülasyonu  basit  dizi  tekrarları  (SSR)  yöntemiyle 
araĢtırıldı.  ÇalıĢmada  kullanılan  tohumlar  Ege  Tarımsal  AraĢtırmalar  Enstitüsü 
Müdürlüğü‟nden  temin  edildi.  Bu  çalıĢmada  kullanılan  dokuz  SSR  primeri 
uzunlukları 57-376 bç  arasında değiĢen  ve  %100 polimorfik toplam 497 alel üretti. 
Elde edilen SSR verileri genetik  veri  analizi yazılım programı olan POPGENE (1.32 
versiyonu)  ile  analiz  edildi.  Lokus  düzeyindeki  genetik  veri  analizlerine  göre 
ortalama lokus baĢına düĢen alel sayısı (n
a), etkili alel sayısı (n
ea), genetik  çeĢitlilik 
değeri  (He.) ve  Nei‟nin  genetik  çeĢitlilik değerleri sırasıyla 40,89, 13, 0,9 and 0,89 
olarak belirlendi. En yüksek ortalama alel sayısı, etkili alel sayısı, geneti k  çeĢitlilik 
ve Nei‟Nin genetik çeĢitlilik değerleri sırasıyla n
a = 50 (X-gwm-186 için), n
e = 26.08 
(X-gwm-312 için),  He  = 0.97 (X-gwm-312 için) and Nei‟s  He  =  0.96 (X-gwm-312 
için)  olarak  hesaplandı.  En  düĢük  ortalama  alel  sayısı,  etkili  alel  sayısı,  genetik
çeĢitlilik ve Nei‟nin genetik çeĢitlilik değerleri sırasıyla n
a = 30 (X-gwm-408 için), n
e= 3,45 (X-gwm-577 için), He  = 0,71 (X-gwm-577 için) and Nei‟s He  =0,71 (X-gwm-577 için) olarak hesaplandı. Gözlenen en yüksek genetik çeĢitlilik  Heob.  = 0,24 ile H 
populasyonunda tespit edilirken gözlenen en düĢük genetik çeĢitlilik  Heob. 
= 0,08 ile 
L populasyonunda tespit edildi. Beklenen en yüksek genetik  çeĢitlilik  Heexp.  = 0,92 
ile L populasyonunda gözlenirken beklenen en düĢük genetik çeĢitlilik  Heexp.  = 0,76 
ile  H  populasyonunda  tespit  edildi.  Populasyonlar  arasında  genetik  farklılaĢma  ve
gen akıĢı değerleri sırasıyla  FST
= 0,15 ve  Nm  = 1,41 olarak hesaplandı. Populasyon 
içindeki  genetik  varyasyon  %85  iken  populasyonlar  arasında  %15‟tir.  En  yüksek 
genetik  uzaklık  B  ve  L  populasyonları  arasında  D  =  0,69  olarak  gözlenirken,  en 
düĢük  genetik  uzaklık  B  ve  M  ile  M  ve  N  arasında  D  =  0,46  olarak  gözlendi. 
Populasyonlar arasındaki genetik uzaklığa göre UPGMA yöntemiyle bir dendrogram 
oluĢturuldu. Dendrogramda populasyonlar iki ana gruba ayrıldı. L populasyonu tek 
baĢına  bir  ana  grupta  kümelenirken  populasyonların  geri  kalanı  ikinci  grupta 
kümelendi.  SSR  marker  sistemi  T.  dicoccon  populasyonları  arasında  genetik
çeĢitliliği  verimli  Ģekilde  belirledi  ve  farklı  populasyonları  birbirinden  baĢarılı 
Ģekilde ayırt etti.  Bu çalıĢmanın sonuçlarına göre SSR marker sisteminin populasyon
genetiği  analizlerinde  genetik  çeĢitliliği  ve  populasyon  yapısını  belirlemede 
kullanılabileceği önerilmektedir.

Abstract:
Genetic  diversity  among  nine  emmer  wheat  [Triticum  turgidum  L.  ssp.  dicoccon 
(Schrank)  Thell]  landraces  populations,  grown  in  Turkey  was  screened  by  simple 
sequence  repeats  (SSR)  technique.  The  seed  samples,  used  in  this  study  were 
provided by Aegean Agricultural Research Institute Izmir. Nine SSR primers, used in 
this  study,  produced  497  alleles,  which  ranged  57-376  bp  and  were  100  % 
polymorphic. The  SSR  data obtained was  analyzed  using  POPGENE (version 1.32) 
genetic data analysis software program.  Genetic diversity  data at locus level,  mean 
number of allele per locus (n
a), effective allele (n
ea), value of genetic diversity (He.)
and  value  of  Nei‟s  genetic  diversity  were  determined  as  40.89,  13,  0.9  and  0.89
respectively.  The  mean number of alleles, effective alleles,  value of genetic diversity 
and  value of  Nei‟s genetic diversity were calculated as  n
a  =  50 (for X-gwm-186),  n
e= 26.08 (for X-gwm-312),  He  = 0.97 (for X-gwm-312) and Nei‟s  He  = 0.96 (for X-gwm-312) respectively. The lowest mean number of allele, effective  allele,  value of 
genetic diversity and value of Nei‟s genetic diversity were detected as n
a = 30 (for X-gwm-408),  n
e  =  3.45  (for  X-gwm-577),  He  =  0.71  (for  X-gwm-577)  and  Nei‟s  He
=0.71  (for  X-gwm-577)  respectively.  The  highest  observed  genetic  diversity  was 
detected as Heob.  = 0.24 in population H, while the lowest observed genetic diversity 
was detected as Heob.  = 0.08 in population L.  The highest expected genetic diversity 
was  observed  as  Heexp.  =  0.92  in  population  L,  while  the  lowest  observed  genetic 
diversity was observed as  Heexp.  = 0.76 in population  H. The genetic differentiation 
and  gene  flow  between  populations  were  calculated  as  FST
=  0.15  and  Nm  =  1.41
respectively.  Genetic  variation  within  population  and  between  was  %85  and  %15 
respectively.  The  highest  genetic  distance  was  observed  as  D  =  0.69  among
populations  B  and  L,  while  the  lowest  genetic  distance  was  observed  as  D  =  0.46 
between  populations  B  and  M,  and  N  and  M.  A  dendrogram  based  on  genetic 
distance  between  populations  was  using  according  to  UPGMA  (unpaired  group 
mathematical  average)  method.  That,  populations  separated  into  two  main  groups. 
The  populations  L  were  clustered  alone  in  one  main  group,  while  the  rest  of  the 
populations were clustered in the second main group. SSR marker system determined 
efficiently  the  genetic  diversity  among  the  T.  dicoccon  populations  and  it  was 
successful to differentiate the different populations from each other.  Ġt is concluced
that SSR marker system can be  successfully  used for population genetics analysis to 
investigate genetic diversity and population structure.