Evcil köpeklerde (Canis lupus familiaris) mitokondrial DNA analizinin adli amaçlı kullanımı
Use of mitochondrial dna analysis as forensic purpose in domestic dogs
Yazar: ITIR ERKAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. E. HÜLYA YÜKSELOĞLU
İstanbul Üniversitesi / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2012
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Genetik = Genetics
Dizin: Adli tıp = Forensic medicine ; DNA = DNA ; DNA analizi = DNA analysis ; DNA-mitokondrial = DNA-mitochondrial ; Köpekler = Dogs

Özet:
Köpekler evcilleştirilebilir olabilmeleri sebebiyle adli bilimler açısından önemli bir yere sahiptir. Olay yerinde köpeğe ait biyolojik materyalin saldırgan/mağdur üzerinde tespit edilmesi ya da köpeğe ait materyal üzerinde saldırgan/mağdura ait delilin saptanması olayın çözümünde etkili olmaktadır. Bu çalışmanın amacı Canis lupus familiaris kan örneklerinden mtDNA'nın HV-I ve HV-II bölgelerinin analiz edilmesi yoluyla olayın çözümünde önemli bir delil kaynağı olacağını kanıtlamaktır. Bu amaçla DNA izolasyonu sonrası yapılan birinci PCR aşamasında hedef bölge çoğaltıldı, Exo-Sap yöntemi ve ChargeSwitch®-Pro PCR Cleanup kiti ile saflaştırma işlemi yapıldı. İkinci PCR aşamasında Applied Biosystem BigDye v3.1 Cycle Sequencing kiti kullanıldı, Sefadex yöntemi ve ABI Big Dye XTerminator kiti ile saflaştırma saflaştırma işlemi yapıldı. Dizin analizi ise ABI3130 kapiler elektroforezcihazında gerçekleştirildi. Ham verilerin analizi SeqScape 3.7 (Applied Biosystems), BioEdit ve ClustalX programları kullanılarak yapıldı. Elde edilen sonuçlar, 1998 yılında Kim veark.'nın yayınladıkları referans dizi ile karşılaştırılarak analiz edildi. En yüksek polimorfizmler, HV-I bölgesinin 15627, 15639, 15800, 15814, 15945, 15955, 16003, 16025pozisyonlarında; HV-II bölgesinin 16431, 16439, 16495, 16611, 16619, 16624, 16637, 16658,16672 pozisyonlarında saptandı. Elde edilen sonuçlar önceki çalışmalarla örtüşmekte olup, HV-I bölgesinin 15543 (%4,03), 15640 (%3,23), 15756 (%6,45), 15945 (%8,87), 15951 (%4,03), 15960 (%3,23), HV-II bölgesinin 16495 (%16,94), 16585 (%7,26), 16611 (%15,32), 16619 (%17,74), 16624 (%12,90), 16628 (%4,84), 16635 (%8,06), 16637 (%11,29), 16652(%4,84), 16654 (%4,03), 16658 (%13,71), 16676 (%4,03) pozisyonlarındaki polimorfizmler ilk kez tespit edilmiştir. HV-I bölgesine ait 16 haplotip tespit edilmiş; ayrım gücü 0.98,genetik çeşitlilik 0.96 olarak bulunmuştur. HV-II bölgesine ait 12 haplotip tespit edilmiş, ayrım gücü 0.89, genetik çeşitlilik ise 0.79 olarak saptanmıştır. Sonuç olarak en fazla haplotip sayısının HV-I bölgesinde tespit edilmesi ve genetik çeşitliliğin yüksek olması, bu bölgenin HV-II'ye göre bireyleri birbirinden daha yüksek oranda ayrım gücüne sahip olduğunu göstermektedir.Bu çalışma Türkiye'de adli bilimler alanında ilk kez uygulanmış olmakla birlikte uluslararası yayınlarda kullanılan metodlara göre farklı optimize edilerek çalışma süresi ve maliyet azaltılmıştır. Gerçekleştirilen bu düzenleme ile yapılacak kimliklendirme çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Abstract:
Dogs play an important role in terms of forensic science due to become reclaimable. It is effective incident resolution that detection of dogs biological material at the crime scene on aggressive / victim material or detection of aggressive / victim materials on dogs material. The aim of this study analysis of HV-I and HV-II regions in mtDNA from Canis lupusfamiliaris blood samples and it demonstrate that it will be an important evidence source in illumination of the incident. For this purpose, after the isolation of the DNA target regions were amplified in the first PCR step, Exo-Sap method and ChargeSwitch ®-Pro PCR Cleanup kit purification was performed. The second stage of PCR v3.1 Cycle Sequencing kit was usedand ABI Big Dye XTerminator and Sefadex method purification kit was performed. Index analysis was performed in the ABI3130 capillary electrophoresis instrument. Analysis of theraw data SeqScape 3.7 (Applied Biosystems), and the ClustalX, BioEdit programs was used. The results obtained in 1998, Kim et al. were analyzed by comparison with published reference number. It was established high polimorfic positions 15627, 15639, 15800, 15814, 15945, 15955, 16003, 16025 (HV-I region), 16431, 16439, 16495, 16611, 16619, 16624, 16637, 16658, 16672 (HV-II region). The results is converged of previous studies, 15 543 (4.03%) 15640 (3.23%) 15756 (6.45%), 15945 (8.87), 15951 (4.03%) , 15960 (3.23%) in HV-I region, 16495 (16.94), 16585 (7.26%), 16611 (15.32%), 16619 (17.74%), 16624(12.90% ), 16628 (4,84%), 16635 (8.06%), 16637 (11.29) 16652 (4.84%) 16654 (4.03%) 16658 (13.71) 16676 (4.03%) in HV-II region. 16 haplotypes have been identified in HV-Iregion; the distinction power is 0.98, the genetic diversity is 0.96. 12 haplotypes have been identified in HV-II region, the distinction power is 0.89, genetic diversity is 0.79. As a result, up to the number of haplotypes in HV-I region is identified and genetic diversity is high in this area, HV-I region is according to the members of each other the higher rate of distinction power to HV-II region. These polymorphisms are seen for the first time.This study was performed for the first time in Turkey, but in the field of forensic science methods used in international publications have been optimized according to different working hours and the cost is reduced. Performed with this arrangement is considered to contribute to the identification study.