Kimliklendirme ve nesep tayini için otozomal snp lokuslarının belirlenmesi ve validasyonu
Determination and validation of autosomal snp loci for identification and paternity testing
Yazar: ÖZLEM BÜLBÜL
Danışman: YRD. DOÇ. DR. HAVVA ALTUNCUL
İstanbul Üniversitesi / Adli Tıp Enstitüsü / Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2009
Konu: Adli Tıp = Forensic Medicine ; Genetik = Genetics

Özet:
Adli bilimlerde kimliklendirme ?ngiliz Sir Francis Dalton'un parmakizi sırt modelanalizini bulması ile basladı. Daha sonra bu amaçla serolojik testler (kan grupları, HLA),polimorfik eritrosit enzim ve serum proteinleri (AK, GLO, GC vb.), RFLP (restriksiyon parçauzunluğu polimorfizmi), VNTR (değisik sayılı ardısık tekrar dizinleri, minisatellit) lokuslarıkullanılmıstır. Son yılarda ise çok yaygın olarak STR (kısa ardısık tekrar dizinleri,mikrosatellit) lokusları kullanılmaktadır. Ancak degrade örneklerle çalısırken her zaman STRlokuslarının genotipini tayin etmek mümkün olmamaktadır. Son zamanlarda karsılasılansorunların üstesinden gelmek üzere SNP'ler (tek nükleotid polimorfizmi) tercih edilmektedir.Bu tez çalısmasının amacı adli bilimlerde kullanımı giderek artmakta olan ve gelecekte STRlokuslarının yerini alacağı öngörülen SNP lokuslarının analizi için alt yapının olusturulmasıve validasyon çalısmalarının yapılmasıdır.Bu çalısmada 29 SNP (rs2831700, rs873196, rs1382387, rs2111980, rs2056277,rs1024116, rs727811, rs1413212, rs938283, rs1979255, rs1463729, rs2076848, rs1355366,rs907100, rs354439, rs2040411, rs737681, rs2830795,rs251934, rs914165, rs10495407,rs1360288, rs964681, rs1005533, rs8037429, rs891700, rs1335873, rs1028528, rs1528460)lokusunun validasyonu için AmpF?STR® Identifiler? PCR kitine ait miktarı bilinen 9947Akodlu pozitif kontrol DNA örneği (0.10 ng/?l) ve ?stanbul Üniversitesi Adli Tıp Enstitüsü AdliMoleküler Genetik Laboratuarına basvuran ve aydınlatılmıs onay formu vererek, adli bilimleralanında bilimsel çalısmalar yapılmasına izin veren rasgele seçilmis 29 kisiden alınan ağız içisürüntüsü (buccal swab) veya kan lekesi kullanılmıstır. Arastırmada DNA izolasyonu Fenol-Kloroform-?zoamil alkol yöntemi ve QIAamp® DNA Mini Kit kullanılarak yapıldı. DNAmiktarı spekrofotometre veya florometre yöntemi ile belirlendi. Genotip tayiniminisekanslama tekniğine dayalı SNaPshot reaksiyonu ile gerçeklestirildi.Validasyon çalısmasında hassasiyet, tekrar edilebilirlik, kesinlik parametreleri velaboratuarlar arası karsılastırmalar yapıldı. Ayrıca ?stanbul Üniversitesi, Adli Tıp Enstitüsü,Adli Moleküler Genetik laboratuarına basvuran gönüllü 29 sağlıklı bireyin genotipleriçıkarıldı ve dört aile için babalık testi yapıldı.Arastırma sonunda validasyon ve optimizasyon çalısması basarı ile gerçeklestirildi.Yirmi dokuz bireye ait genotip tayini yapıldı ve 29 SNP lokus ile kisilerin birbirindenayrılabildiği gözlendi. Ayrıca önceden STR analizleri ile akrabalık iliskileri belirlenmis 4 aileiçin yapılan babalık tayininde elde edilen sonuçların gerçeğe uygun olduğu tespit edildi.

Abstract:
Human forensic identity testing can trace its modern origins to the late 19th centuryBritish physician/geneticist Sir Francis Galton, recognized the utility of fingerprint ridgepattern analysis for forensic use. After That blood-group antigen typing (blood groups, HLA),and other laboratory techniques for detection of inherited variants in blood cell enzymes orserum proteins (AK, GLO, GC etc.), RFLP and VNTR loci were widely used for paternitytesting in both civil paternity and criminal paternity. In the last years STRs are usually used.But it is not possible to get the whole genotype especially we we confront a highly degradedsamples. Recently SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) are being used in ForensicSciences to solve such problems. The aim of this study is to validate SNPs loci in laboratoryconditions so that these may be use to replace STR system in future.In this study, parameters to test 29 SNP (rs2831700, rs873196, rs1382387, rs2111980,rs2056277, rs1024116, rs727811, rs1413212, rs938283, rs1979255, rs1463729, rs2076848,rs1355366, rs907100, rs354439, rs2040411, rs737681, rs2830795,rs251934, rs914165,rs10495407, rs1360288, rs964681, rs1005533, rs8037429, rs891700, rs1335873, rs1028528,rs1528460) loci have been validated using AmpF?STR® IdentifilerTM PCR Kit 9947APositive control DNA samples (0.10 ng/?l) in Istanbul University, Institute of ForensicSciences Molecular Genetics laboratory. DNA samples of whole blood and buccal swabsfrom 29 healthy induvidual were being collected from different part of Istanbul. In this study,DNA was extracted using phenol-chloroform-isoamyl alcohol method and QIAamp® DNAMini Kit method. Quantity of DNA was determined by using spectrophotometer andflourometer. Genotypic analysis was performed using minisequensing SNaPshot reaction kit.We tested and validated the accuracy, presicion, sensitivity, reproducibility, externalproficiency and material modifications. We also genotyped 29 healthy volunteers successfullyand 4 paternity cases from different families were tested using the validated method.We succesfully validated and optimized 29 autosomal SNPs. We not only genotyped29 indivudal for the described loci but also calulated the the discrimination power of 29 SNPs.Furthermore, the validated method and technique was being used on four paternity cases andobtained results shows that these validated 29 SNP loci can be used in laboratory successfullyfor genotyping.