Staphylococcus aureus suşlarının PFGE (pulsed field jel elektroforez) tekniğiyle moleküler  ilişkilendirilmesi
Molecular association of Staphylococcus aureus strains by PFGE  (pulsed field gel electrophoresis) technique
Yazar: GÖKSEL TEKİNASLAN
Danışman: PROF. DR. HAKKI TAŞTAN
Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology

Özet:
S.aureus   toplum ve hastane kaynaklı enfeksiyonlara neden olan önemli patojenlerden biridir. Moleküler tiplendirme metotlarından olan PFGE, çeşitli patojenlerin epidemiyolojisi, genom büyüklüklerinin belirlenmesi, bakteri kromozomlarının fiziksel ve genetik haritalandırılmasında altın standart olarak kabul edilen bir metottur. Bu çalışmada çeşitli klinik örneklerinden izole edilmiş S.aureus   suşlarının antibiyotik duyarlılıkları ve PFGE yöntemiyle klonal ilişkilerinin saptanması amaçlanmıştır. Çalışmaya 55 hastanın yara, kan, steril vücut sıvısı, aspirat örneklerinden izole edilen 60 S.aureus   dahil edildi. Konvansiyonel metotlarla ve MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics) cihazı ile izolatların tür tayini yapıldı. Antimikrobiyallere duyarlılıkları disk difüzyon metodu ile EUCAST 2019 önerileri doğrultusunda yapıldı. Suşların klonal ilişkisinin değerlendirilmesinde SmaI restriksiyon endonükleaz kullanılarak PFGE yöntemi kullanıldı. Çalışmaya dahil edilen 60 izolatın %60'ı yara,%28,3'ü kan,%11,7'si diğer klinik örneklerden izole edildi. Çalışmaya alınan örnekler en sık deri ve yumuşak doku lezyonlarından (n= 33;%63.5) ve kan örneklerinden (n=10; %19.2) izole edildi. Örneklerin antibiyotik direnç dağılımları değerlendirildiğinde %96'sı ampisiline, %11.5'i eritromisine, %9.6'sı tetrasikline, %5.8'i klindamisin/siprofloksasine, %3.8'i trimetoprim/sulfametoksazol/Amoksisilin-klavulanik asit/fusidik asite, %1.9'u amikasin/ gentamisin/rifampin/sefalotine dirençli olarak saptandı. Bir izolatta metisilin direnci tespit edildi ve bu izolat tüm antimikrobiyallere dirençli olarak belirlendi. Bir izolatta indüklenebilir klindamisin direnci saptanırken, hiçbirinde QD, linezolid, vankomisin direnci tespit edilmedi. PFGE analizinde büyüklükleri yaklaşık 32 ile 736 kb arasında değişen en az 10 en fazla 17 bant oluştuğu izlendi. Buna göre izolatlar 5 ana grupta (A-E) 12 farklı pulsotipe ayrıldı. PFGE analizine göre suşların yakın ilişkili olmadığı ve salgın niteliği taşımayan hastane ve ya çeşitli kaynaklardan kazanılmış toplum kaynaklı izolatlar olduğu belirlenmiştir. İzolatların neredeyse tamamının penisiline dirençli olduğu, bu nedenle ampirik terapide penisilin yerine amoksisilin-klavulanik asitin etkili olacağı izlenmiştir. Sağlık kuruluşlarında lokal izolatların PFGE paternlerinin düzenli olarak takibinin başta S.aureus   olmak üzere hastane ilişkili enfeksiyonların kontrolü açısından yararlı olabileceği ve salgın durumunda salgın suşlarının sporadik suşlardan ayırt edilmesinde faydalı olabileceği düşünülmüştür.

Abstract:
S.aureus   is an important pathogen causing community and nosocomial infections. Pulsed field gel electrophoresis, which is one of the molecular typing methods, is accepted as the gold standard in the epidemiology of various pathogens, determination of genome sizes and physical and genetic mapping of bacterial chromosomes. The aim of this study was to determine the antibiotic susceptibility and clonal relationships of S.aureus   strains isolated from various clinical specimens by PFGE method. Fifty-five S.aureus   isolated from wound, blood, sterile body fluid and aspirate samples of 55 patients were included in the study. Species were determined by conventional methods and MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics). Antimicrobial susceptibility was determined by disc diffusion method according to EUCAST 2019 recommendations. Strains isolated from wound, blood and other clinical specimens were included in the study. Most of the samples were isolated from skin and soft tissue lesions (n = 33; 63.5%) and blood samples (n = 10; 19.2%). When antibiotic resistance distributions of the samples were evaluated, 96% ampicillin, 11.5% erythromycin, 9.6% tetracycline, 5.8% clindamycin / ciprofloxacin, 3.8% trimetoprim / sulfamethoxazole / Amoxicillin-clavulanic acid / fusidic acid, 1.9% u amikacin / gentamicin / rifampin / cephalotin resistant. Methicillin resistance was detected in one isolate which was resistant to all antimicrobials. While inducible clindamycin resistance was detected in one isolate, none of them had QD, linezolid and vancomycin resistance. PFGE analysis showed that at least 10 and 17 bands were formed between 32 and 736 kb in size. Accordingly, the isolates were divided into 12 different pulsotypes in 5 main groups (A-E). According to PFGE analysis, the strains were not closely related and were non-epidemic and community-acquired isolates obtained from various sources. Almost all of the isolates were resistant to penicillin, so amoxicillin clavulanic acid was effective instead of penicillin in empirical therapy. It is thought that regular follow-up of PFGE patterns of local isolates in health care facilities may be useful for controlling hospital-related infections, particularly S.aureus  , and may be useful in differentiating outbreak strains from sporadic strains.