Mycobacterium bovis izolatlarının MIRU - VNTR ve spoligotyping ile surveyansı
The surveillance of mycobacterium bovis isolates with MIRU - VNTR and spoligotyping
Yazar: NEVİN TUZCU
Danışman: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
Çukurova Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2013
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Genotip = Genotype ; Hastalık = Disease ; Mycobacterium bovis = Mycobacterium bovis ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Tüberküloz = Tuberculosis ; Tüberküloz-pulmoner = Tuberculosis-pulmonary ; İmmünite = Immunity

Özet:
İnsan ve hayvan tüberküloz olgularından izole edilen M. bovis suşlarının epidemiyolojik özelliklerinin belirlenmesi, kaynağı hayvan ve hayvan ürünleri olan bir grup tüberküloz olgusunun kontrolü ve etkin kontrol tedbirleri ile en aza indirilmesini sağlayacaktır. Bu çalışmada Çukurova bölgesinde pulmoner tüberküloz ön tanılı hastaların balgam örnekleri ile Adana mezbahasında et üretimi amacı ile kesilen hayvanların akciğer ve lenf nodlarının makroskopik incelemelerinde tüberküloz şüphesi yaratacak lezyona sahip olan dokulardan izole edilen M. bovis suşlarının muhtemel bir bulaşa delil teşkil etmek üzere klonal düzeyde irdelenmeleri ve bu amaçla kullanılan yöntemlerin tek başlarına veya birlikte kullanılmaları halindeki ayırım güçlerinin tespiti amaçlandı. Çalışmaya Mart 2011-Haziran 2012 tarihleri arasında izole ve identifiye edilen hayvan kökenli 32 ile insan kökenli 10 M. bovis izolatı dahil edildi. Klonal ilişkinin belirlenmesinde 12 lokus MIRU-VNTR yöntemi ile spoligotyping yöntemi kullanıldı. Test izolatlarının tamamının spoligotipleme ile 6, MIRU-VNTR ile 10 farklı patern gösterdikleri, her iki yöntemin birlikte kullanılması halinde ise patern sayısının 28'e çıktığı, MIRU lokusları içerisinde MRU4, MIRU26, MIRU31 ve MIRU40'ın ayırım gücü en yüksek lokuslar olduğu, spoligotiplemede de izolatların % 42.85 oranı ile SB0120 paterninde yoğunlaştıkları, aynı yöntemle 7 izolatın M. bovis ssp caprae paterni, 2 insan izolatının da M. bovis BCG paterni sergiledikleri, 5 insan izolatının spoligotyping ve MIRU-VNTR kalıplarının sığır kökenli izolatlar ile % 100 uyumlu olduğu yani ortak kökenden enfekte edildikleri görüldü. Bu çalışmada M. bovis izolatlarının epidemiyolojik analizinde spoligotyping ve MIRU-VNTR yöntemlerinin birlikte kullanılması halinde ayırım güçlerinin her iki yöntemin tek başına kullanılmasına oranla daha yüksek olduğu, bölgemizde bir kaynaktan köken alan suşların hem insanları hem de hayvanları enfekte ettiği bu sebeple de M. bovis moleküler epidemiyolojisine yönelik çalışmaların sürdürülerek elde edilen sonuçların Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı ile paylaşılmasının uygun olacağı kanaatine varılmıştır.Anahtar Kelimeler: M. bovis, MIRU-VNTR, Spoligotyping

Abstract:
To determine the epidemiological characteristics of M. bovis strains, isolated from human and animal tuberculosis cases, will be minimized by controlling a group of tuberculosis cases which is the source of animals and animal products and with effective control measures. In this study, It was aimed the investigation of M. bovis strains isolated from sputum samples of patients with pulmonary tuberculosis in Çukurova region and lungs and lymph nodes of slaughtered animals for meat production in Adana slaughterhouse on clonal level and determination of separation forces of methods used for this purpose, either alone or together, to be evidence of a possible transmission.Thirty-two M. bovis isolates of animal origin and 10 of human origin, isolated and identified between March 2011-June 2012, were used. 12 locus MIRU-VNTR and spoligotyping method was used for determining the clonal relationship. Six different pattern by spoligotyping and 10 by MIRU-VNTR was determined. When both methods were used together, the number of pattern was found to be 28 and MIRU4, MIRU26, MIRU31, MIRU40 discrimination power was the highest loci. The isolates concantrated in SB0120 pattern in the rate of 42.85 % in spoligotyping. By the same method, it was seen of 7 isolates were M bovis ssp caprae pattern and of 2 human isolates wereM. bovis BCG pattern. Neverthless, spoligotyping and MIRU-VNTR patterns were competible with isolates originated from cattle. The use of spoligotyping and MIRU-VNTR methods together was found more sensitive in epidemiological analysis of M. bovis isolates when compared to the use of either method alone. It is concluded that strains, sourced from same source in our region, infect both humans and animals. Therefore, continuation of studies on the molecular epidemiology of M. bovis and would be appropriate to share with the Ministry of Food Agriculture and Livestock.