Farklı illerden toplanan eurygaster maura popülasyonlarındaki genetik varyasyonun belirlenmesi
Determination of genetic variation of among different populations of eurygaster maura in turkey
Yazar: OLCAY CEYLAN
Danışman: DOÇ. DR. NURPER GÜZ
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2020
Konu: Genetik = Genetics ; Ziraat = Agriculture
Dizin: Eurygaster maura = Eurygaster maura

Özet:
Buğday insanlar için önemli bir gıda kaynağıdır. Eurygaster maura buğdayın en önemli ve ana zararlılarından biridir. Türkiye'nin 15 farklı bölgesinden E. maura popülasyonları arasındaki genetik varyasyonu belirlemek ve göç haritalarını çıkarmak amacıyla DNA barkodlama yöntemi ile mitokondriyal sitokrom oksidaz I (COI) dizi analizleri yapılmıştır. Elde edilen diziler hizalama ve veri analizleri Codoncode Aligner 3.5.6 programı kullanılarak gözle hizalanmıştır. Her bir gen bölgesi için popülasyon içi ve popülasyonlar arası çoklu nükleotid dizi hizalamaları yapılmıştır. Eşit olmayan diziler için FR_consesus.py yazılım programı kullanılarak konsensüs dizi elde edilmiştir. Konsensüs dizilerinin hizalanmasında ise Mega X programından yararlanılmıştır. Popülasyonlar arasındaki genetik farklılaşma düzeyinin belirlenebilmesi amacıyla ikili Fst indekslerinden yararlanılmıştır. Toplam 219 farklı örneğin analiz edildiği tez kapsamında genetik uzaklık değerleri incelendiğinde; Yozgat popülasyonları ve Karaman popülasyonları arasında %11.462 oranında genetik farklılaşma düzeyi belirlenmiştir. Karaman popülasyonlarının Uşak, Aksaray, Eskişehir, Balıkesir popülasyonları arasında genetik farklılaşma seviyelerinde anlamlı bir fark bulunamamıştır. Haplotipler arasındaki filogenetik ilişkiyi bulmak için Bayesian analizine dayalı yöntem kullanılmıştır. Dış grup olarak Eurygaster amerinda ile inşa edilen ağaç sonuçlarına göre haplotiplerin birbirleriyle akraba türler oldukları saptanmıştır. E. maura popülasyonlarında gen akışı ve popülasyonların nasıl yayıldığına ilişkin bilgi sunduğumuz çalışmada aynı zamanda elde edilen veriler ile gen bankasında biyoinformatik alt yapıya katkı sağlanmıştır.

Abstract:
Wheat is an important food source for humans. Eurygaster maura is one of the most important pests of wheat. In order to determine genetic variation and migration patterns of E. maura populations collected from 15 different regions of Turkey mitochondrial cytochrome oxidase I (COI) sequences were analyzed using DNA barcoding method. The obtained sequences were manually aligned and data were analyzed using Codoncode Aligner 3.5.6 program. Inter- and intra-population multiple nucleotide sequence alignment was performed for each gene region. The consensus sequence for unaligned sequences was generated using the FR_consensus.py software. The Mega X program was used to align consensus sequences. Binary Fst indices were used in order to determine the level of genetic differentiation between populations. A total of 219 different samples were analyzed in this thesis. The genetic differentiation level was determined as 11.462% between Yozgat and Karaman populations. No significant difference in genetic variation levels between the Uşak, Aksaray, Eskişehir, Balıkesir populations and Karaman populations. Bayesian analysis method was used to determine the phylogenetic relationship among haplotypyes. Eurygaster amerinda was used as an outer group in phylogenetic tree. According to the phylogenetic analysis results haplotypes were found to be related with each other. Data about gene flow and dispersal of E. maura populations were presented. It is assumed that the obtained data will provide sequence data to GenBank.