Gekkonidae (Reptilia,Sauria) familyasının bir moleküler filogenisi
A molecular phylogenesis of gekkonidae (Reptilia,Sauria) family
Yazar: NESLİHAN BAŞGÖZ
Danışman: YRD. DOÇ. DR. EFKAN BAĞDA
Cumhuriyet Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2017
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışma, Gekkonidae familyasının filogenetik akrabalık ilişkisine ışık tutmaya çalışan moleküler çalışmayı içermektedir. Gekkonidae familyası ülkemizde dört cinse ait beş tür ile temsil edilmektedir. Çalışmada Türkiye de bulunan Gekkonidae'nin üç cinse ait dört türü (Cyrtopodion scabrum, Hemidactylus turcicus, Mediodactylus heterocercus, Mediodactylus kotschyi) çalışılmıştır. 21 bireyin mitokondri (12S rRNA ve Cyt b ) ve çekirdek (C-mos ve RAG-1) genomlarına ait gen bölgeleri verileri kullanılmıştır. Aynı zamanda analizlere Dünya' da yayılış gösteren bireylerin mitokondri (12S rRNA, Cyt b, ND2 ) ve çekirdek (C-mos, RAG-1, RAG-2, PDC) genomlarına ait gen bölgeleri de dahil edilmiştir. Çalışma her ne kadar, Türkiye Gekkonidae taksonlarının evrimsel hikayesine odaklanmış olsa da, Gekkonidae familyasının filogenetik akrabalık ilişkilerinin yeniden düzenlemesinede çalışılmıştır. Gekkonidae familyasına ait 55 cins, 126 tür, 146 örnek ve dış grup olarak Phyllodactylidae familyasına ait bir cins iki tür ile (Asaccus platyrhynchus ve Asaccus barani) analizler yapılmıştır. Toplamda yedi gen bölgesine ait 637 gen dizisi (291 dizi, 1874 bç mitokondri, 346 dizi, 2175 bç çekirdek) ile familyanın filogenisi inşa edilmiştir. Bu belirteçlerden elde edilen nükleotid dizi verileri Komşu-bağlama (NJ), Maksimum olasılık (ML), Bayesiyan çıkarsamalı (BI) olmak üzere üç farklı yöntem kullanılarak analiz edilmiştir. Sonuçlar değerlendirildiğinde NJ ve ML ağaçlarının düşük destek değerlere ve yüksek politomiye sahip olduğu görülmüştür. ML ve BI analiz sonuçları Gekkonidae familyasının iki ana klad altında toplandığını işaret etmektedir. Türkiye'de yayılış gösteren Gekkonidae taksonları i.kladda yer almaktadır. Gekkonidae taksonları içerisinde Microgecko helenae türü atasal olarak tespit edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda Gekkonidae familyasının monofilisi desteklenmiştir.

Abstract:
This study contains molecular research that try to shed a light phylogenetic relationship Gekkonidae family. Gekkonidae family contains five species belong to four genus in our country. Four species (Cyrtopodion scabrum, Hemidactylus turcicus, Mediodactylus heterocercus, Mediodactylus kotschyi) belonging to three genuses of Gekkonidae found in Turkey were studied in the study. Genomic region data of mitochondrial (12S rRNA ve Cyt b) and nuclear (C-mos ve RAG-1) genomes of 21 individuals were used. At the same time, gene regions belonging to the mitochondria (12S rRNA, Cyt b, ND2) and nuclear (C-mos, RAG-1, RAG-2, PDC) genomes of individuals spreading the world were also included in the analyzes. Although this study focused on evolutionary story of Gekkonideae taxa in Turkey, it was also studied that rearrange phylogenetic relationship of Gekkonidae family. 55 genera, 126 species, 146 samples and one genus, two species (Asaccus platyrhynchus ve Asaccus barani) belonging to Phyllodactylidae, as out group, were analyzed. In total, the phylogeny of this family was constructed with 637 gene sequences (291 sequences, 1874 mitochondrial bp; 346 sequences, 2175 nuclear bp) belonging to seven gene regions. The nucleotide sequence data obtained from these markers were analysed using three different methods: Neighbor-Joining (NJ), Maximum likelihood (ML), Bayesian Inference (BI). When the results were evaluated, it was seen that NJ and ML trees had low support and high polytomy values. The ML and BI analysis results indicate that the Gekkonidae family is divided two main clades. Gekkonidae taxa spreading in Turkey appear in Clade (i). Microgecko helenae species within the Gekkonidae taxa have been determined ancestorically. As a result of pylogenetic analysis, monophyly of the family was supported.