Alternaria türlerindeki genetik varyasyonların tespit edilmesinde RAPD-PCR tekniğinin kullanımı
Use of RAPD-PCR technique in detection of genetic variation among Alternaria species
Yazar: SERKAN KIZILIRMAK
Danışman: PROF. DR. FATMA SARA DOLAR
Ankara Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Ziraat = Agriculture
Dizin: Alternaria = Alternaria ; Fındık = Hazelnut ; Havuç = Carrot ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; RAPD = RAPD

Özet:
Alternaria cinsi, dünyada çok sayıda bitki türünde hastalığa neden olan önemli bir bitki patojenidir. Morfolojik özellikleri esas alınarak yapılan tür ayırımı oldukça karmaşık olup klasik teşhis yöntemleri her zaman başarılı sonuçlar vermemektedir. Son yıllarda diğer bitki patojenlerinde olduğu gibi bu cinsin türlerinin ayrımında da moleküler yöntemlerin kullanımı giderek artmıştır. Ülkemiz, önemli bir fındık ve havuç üreticisi konumunda olup bu her iki konukçuda Alternaria türlerinin neden olduğu hastalıklar önemli düzeyde zarara yol açmaktadır. Bu nedenle özellikle bu konukçulardan izole edilen Alternaria türlerinin teşhisinde RAPD-PCR (Random Amplified Polymophic DNA-Polymerase Chain Reaction) tekniğinin kullanılabilirliğinin araştırılması bu çalışma kapsamında amaçlanmıştır. Fındık ve Havuç başta olmak üzere farklı konukçulardan elde edilmiş doksan iki Alternaria izolatının kültür ve konidi morfolojisi detaylı olarak incelenmiştir. Bu izolatlardan Alternaria alternata, A. tenuissima, A. radicina, A. carotiincultae, A. brassicicola'nın teşhisleri yapılmıştır. Bununla birlikte bu izolatlar arasından seçilmiş olan otuz altı izolat ile otuz iki farklı primer RAPD-PCR analizi ile değerlendirilmiş ve OPI-9, OPR-2, OPA-4, OPA-9, OPF-10 ve OPR-16 primerlerinin en iyi polimorfizmi sağladığı tespit edilmiştir. UPGMA algoritması kullanılarak oluşturulan dendogramda alternata tür grubu, tenuissima tür grubu, radicina tür grubu, brassicicola tür grubunun oluştuğu gözlemlenmiştir.

Abstract:
The genus Alternaria is an important plant pathogen that causes disease in many plant species around the world. Species classification based on morphological characteristics is very complex and classical diagnostic methods do not always give precise results. In recent years, as in other plant pathogens, the use of molecular methods to differentiate species of this genus has gradually increased. Our country is an important hazelnut and carrot producer and the diseases caused by Alternaria species cause significant damage in both hosts. Therefore, The aim of this study was to investigate the usefulness of RAPD-PCR (Random Amplified Polymophic DNA - Polymerase Chain Reaction) technique in the identification of Alternaria species isolated from these hosts. The culture and conidia morphology of ninety-two Alternaria isolates obtained from different hosts, especially hazelnut and carrot, were examined in detail. Alternaria alternata, A. tenuissima, A. radicina, A. carotiincultae and A. brassicicola were identified from these isolates. However, thirty-six isolates selected from these isolates were evaluated by thirty two different primers primary with RAPD-PCR analyze and then OPI-9, OPR-2, OPA-4, OPA-9, OPF-10 and OPR-16 primers were found to provide the best polymorphism. It was observed that alternata species group, tenuissima species group, radicina species group, brassicicola species group were seperately clustered in the dendogram created using UPGMA algorithm.