Halofilik ve halotolerant aktinomisetlerin izolasyonu, karakterizasyonu, NRPS ve PKS Gen kümelerinin moleküler tanımlanması
Isolation, characterization of halophilic and halotolerant actinomycetes and molecular identification of their NRPS and PKS Gene clusters
Yazar: DEMET TATAR
Danışman: PROF. DR. NEVZAT ŞAHİN
Ondokuz Mayıs Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2014
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
Bu çalışmada halofilik ve halotolerant aktinomisetlerin izolasyonu, karakterizasyonu, NRPS ve PKS gen kümelerinin moleküler tanımlanması gerçekleştirildi.
Halofilik ve halotolerant aktinomiset izolatları Türkiye'de Tuz Gölünün farklı bölgelerinden alınan toprak ve sediment örnekleri ile Çamaltı Tuzlası ve Şirvan tuzlu toprağından alınan örnekler  dilüsyon plak yöntemi ile % 5 ile % 20,6 arasında değişen oranlarda NaCl ilaveli 11 farklı besiyerinden izole edildi. Test izolatlarının 16S rRNA gen bölgesi PZR amplifikasyonu 27f ve 1525r primerleri ile gerçekleştirildi. Filogenetik ağaçlar MEGA 5.2 yazılımı kullanılarak Neighbour Joining algoritması ile gerçekleştirildi. Filogenetik verilere göre en yakın ilişkili akraba türler ile en fazla nükleotit farkı bulunan suşların DNA-DNA hibridizasyon çalışmaları yapıldı. Tüm izolatların morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal ve antimikrobiyal aktivite testleri gerçekleştirildi. Ayrıca test izolatlarının NRPS, PKS-I ve PKS-II gen bölgelerinin varlığı ilgili primerler ile araştırıldı. Yeni tür olan ve yeni tür olma ihtimali bulunan antimikrobiyal aktiviteye sahip bazı izolatların NRPS, PKS-I ve PKS-II gen bölgeleri klonlanarak amino asit dizileri belirlendi.
Farklı tuz oranlarına sahip 11 seçici besiyerinden toplam 38 organizma izole edildi ve  38 izolatın 16S rRNA gen bölgesi dizi analiz sonuçlarına göre 11'i Actinopolyspora cinsi üyesi, 1'i Amycolatopsis, 2'si Nocardiopsis cinsi üyesi, 1'i Prauserella, 19'u Saccharomonospora cinsi üyesi, 1'i Streptomonospora cinsi üyesi ve 3 tanesinin de Streptomyces cinsi üyesi olduğu tespit edildi.
Polifazik taksonomik verilere göre Cihanbeyli izolatı olan BNT52T, Amycolatopsis cihanbeyliensis sp. nov. BNT52T adı ile yayınlandı.

Abstract:
In this study, isolation, characterization of halophilic and halotolerant actinomycetes and molecular identification of their NRPS and PKS gene clusters were carried out.  
Halophilic and halotolerant actinomycetes isolates were isolated from soil and sediment samples from different region near The Salt lake, Camalti saltern and Sirvan saline soil using a dilution plate on eleven selective media with % 5 - % 20,6 NaCl. PZR amplification of 16S rRNA gene region of test isolates were performed with primers of 27f and  1525r. Phylogenetic trees were constructed with the neighbour joining algorithm with MEGA 5.2 software. According to phylogenetic data, DNA-DNA hybridizations of test isolates having the most nucleotide difference with the nearest neighbour strain were carried out. Morphological, physiological, biochemical tests and antimicrobial activity of all isolates were performed. In addition, NRPS, PKS-I ve PKS-II gene regions of all isolates were investigated with related primers.  Amino acid sequences were determined with cloning  of NRPS, PKS-I and PKS-II gene regions of new species and possible new species having antimicrobial activity.   
All thirty eight organism were isolated on eleven selective media with different salt proportions and according to 16S rRNA gene sequence analysis of 38 isolates, eleven Actinopolyspora isolates, one Amycolatopsis, two Nocardiopsis isolates, one Prauserella, nineteen Saccharomonospora isolates one Streptomonospora isolate and three Streptomyces isolates were determined. 
Based on the polyphasic taxonomic data, isolate BNT52T from Cihanbeyli with the name  Amycolatopsis cihanbeyliensis sp. nov. BNT52T were published.