Organik koşullarda yetiştirilmiş fasulyede (Phaseolus vulgaris L.) anlatımı artan genlerin SSH yöntemiyle izolasyonları
Analysis of genes isolated from common bean grown under organic conditions using SSH method
Yazar: ÖZLEM TURAN
Danışman: YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT ; DR. ESRA YÜCA
Yıldız Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2015
Konu: Genetik = Genetics

Özet:
Fasulye, yemeklik tane baklagiller arasında ekim alanı ve üretim miktarı bakımından dünyada ilk sırayı almaktadır. 2013 yılı verilerine göre Dünya'da 21.365.119 ton, ülkemizde ise 632.301 ton fasulye üretilmiştir. Fasulye önemli bir besin kaynağı olmasının yanı sıra hayvan yemi olarak kullanılabilmesi ve azot fiksasyonu yapabilmesinden dolayı hem ekonomik açıdan hem de bilimsel araştırmalarda kullanılması açısından öneme sahiptir.
Çevre kirliliğinin önlenmesi, biyoçeşitliliğin korunması, fosil yakıtlarının tüketiminin azaltılması ve daha besleyici ürünlerin yetiştirilmesi gibi avantajları nedeniyle organik tarıma olan ilgi artmaktadır. Organik ürünlerin besin içerikleriyle ilgili yapılmış çalışmalar olmasına rağmen bunlara temel oluşturan moleküler farklılıkları ortaya çıkaran araştırma yok denecek kadar azdır. 
Bu çalışmada, organik şartlarda yetiştirilmiş fasulyede (Phaseolus vulgaris L.) konvansiyonel olarak yetiştirilmiş fasulyeden farklı anlatım yapan genlerin izolasyonu yapılmıştır. Baskılayıcı çıkarım hibridizasyon yöntemi kullanılarak, Phaseolus vulgaris yapraklarından cDNA çıkarımlı cDNA kütüphanesi kurulmuştur. Kütüphaneden 94 klon için dizin analizi yaptırılmıştır. cDNA dizinlerinin EST dizinleri olarak değerlendirilebilmesi için biyoinformatik analizler yapılmıştır. Dizinler NCBI' a ait (National Center for Biotechnology Information)  GenBank veritabanıyla BlastN, BlastP ve BlastX uygulaması kullanılarak karşılaştırılmıştır.
BLAST sonuçları incelendiğinde elde edilen cDNA dizilerinin Fruktoz aldolaz, Rubisco, tRNA ligaz, Hidrolaz, Işık düzenleyiciler, F-box, ADP-ribosilasyon, Protein kinaz, Tümör proteinleri, Isı şoku proteinleri, Klorofil bağlayıcı protein ve Glisin dehidrogenaz kodlayıcı genlere önemli derecede benzerlik gösterdiği bulunmuştur.

Anahtar kelimeler: Fasulye (Phaseolus vulgaris L.), Organik Tarım, Baskılayıcı Çıkarım Hibridizasyonu (SSH), Gen İfadesi

Abstract:
In terms of growth area and production amount common bean have the first place in the world among the other granular leguminous seeds which are used for cooking. According to 2013 statistics, 21.365.119 tons in the world and 632.301 tons of beans are produced in our country. Beans as well as being an important food source it has importance for economic point and use in scientific research because of the animal can be used as feed and nitrogen fixation.
Interest in organic agriculture has been increasing globally because of its advantages such as prevention of environmental pollution, biodiversity conservation, reduced fossil fuel consumption and more nutritious products. Although there are studies on nutritional value of organic products, extensive researches which are related to revealing the underlying molecular differences are almost negligible.
In this study common bean ( Phaseolus vulgaris L.) genes which are differentially expressed in common bean grown under organic conditions compared to conventional plants were isolated. cDNA library was constructed from leaves of Phaseolus vulgaris L. Using Suppressive Substracted Hybridization (SSH) method. 94 clones were sequenced. Bioinformatic Analysis were performed to convert raw sequence data to EST data. The sequences were compared to the GenBank database of NCBI using BlastN, BlastP and BlastX tool.
Blast results indicated that cDNA sequeces showed significant similarity to Fructose-bisphosphate aldolase, Rubisco, tRNA ligase, Hydrolase, Light regulated protein, F-box, ADP-ribosylation factor, Protein kinase, Tumor protein, Heat shock protein, Chlorophyll a/b binding protein, Glycine dehydrogenase protein encoding coding genes.