İdrar yolu enfeksiyonu hastalarında bazı immünolojik değişkenler ile üropatojenik escherıchıa colı virülans genleri, biyofilm oluşumu ve antibiyotik direnci arasındaki ilişki
Correlation between some immunological variables and uropathogenic escherichia coli virulence genes, biofilm formation, and antibiotic resistance in urinary tract infection patients
Yazar: MOHAMMED YOUSIF ABDULLAH
Danışman: PROF. DR. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK
Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2024
Konu: Biyoloji = Biology

Özet:
İdrar yolu enfeksiyonu, genellikle üriner sistemin çeşitli bölgelerini etkileyen bakteriyel bir hastalıktır. İdrar yolu enfeksiyonlarından çok çeşitli türler sorumlu olup, Escherichiacoli komplike olmayan idrar yolu enfeksiyonu vakalarının başlıca nedenidir. Bu çalışmada,Irak-Salah Al-Din Genel Hastanesi Üroloji Ünitesindeki ürologlar tarafından idrar yolu enfeksiyonu tanısı konulan 200 hastadan (79 erkek ve 121 kadın)alınan sabah orta akım idrar ve venöz kan örnekleri incelenmiştir. Ayrıca, kontrol olarak kullanmak amacıyla 84 sağlıklı bireyden(29 erkek ve 55 kadın) sabah orta akım idrarı ve venöz kan örnekleri alınmıştır. Hastaların ve kontrol grubunun yaş ortalaması sırasıyla 42,82±6,22 ve 40,65±8,5 yıldır. Kontrol ve hasta gruplarına göre kadınların sayısı sırasıyla 55 (%65,5) ve 121 (%60,5) olup, bu sayı erkeklerin sayısından sırasıyla 29 (%34,50) ve 79 (%39,5) daha yüksektir. 200 idrar örneği arasında en yüksek yüzde 157 (%78,5) E. coli izolatlarında tespit edilmiştir. 157 E. coli izolatından yalnızca 122'si biyofilm oluşturmuştur; İzolatların 42'si (%26,75) kuvvetli, 48'i (%30,57) orta, 32'si (%20,38) zayıf, 35'i (%22,29) biyofilm oluşturmadı. İzolatların 92'sinde papC geni pozitif, 90 izolatta fimH pozitif, 57 izolatta sfa geni pozitif ve 70 izolatta cnf1 geni pozitifti.. Sonuç olarak, UPEC biyofilm oluşumu ve antibiyotik direnci gibi yüksek virülans sıklıkları nedeniyle İYE'lere neden olan en yaygın patojenlerdir. papC, fimH, sfa ve cnf1 genleri UPEC'in patojenitesinde önemli bir rol oynamakta ve IL-8 ve IL-17A gibi pro-enflamatuar sitokinlerin yüksek seviyelerde uyarılmasına neden olmaktadır.

Abstract:
Urinary tract infection is a bacterial disease that usually affects various parts of the urinary tract. A wide variety of species are responsible for urinary tract infections, with Escherichia coli being the leading cause of uncomplicated urinary tract infections. Morning midstream urine and venous blood samples were collected from 200 patients (79 males and 121 females) with clinical and laboratory diagnosis of urinary tract infection by consultant urologists at the Urology Unit of Salah Al-Din General Hospital, Iraq. In addition, mid-morning midstream urine and venous blood samples were collected from 84 healthy controls (29 males and 55 females) to compare with the patients for interleukin testing. The mean ages of the patients and the control group were 42.82±6.22 and 40.65±8.5 years, respectively. The number of females was 55 (65.5%) and 121 (60.5%) in the control and patient groups, respectively, and this number was 29 (34.50%) and 79 (39.5%) higher than the number of males, respectively. Among 200 urine samples, the highest percentage was 157 (78.5%) E. coli isolates. Of the 157 E. coli isolates, only 122 isolates formed a biofilm; 42 isolates (26.75%) were strong, 48 isolates (30.57%) were moderate, 32 isolates (20.38%) were weak, and 35 isolates (22.29%) did not form biofilm. The papC gene was positive in 92 isolates, the fimH was positive in 90 isolates, the sfa gene was positive in 57 isolates and the cnf1 gene was positive in 70 isolates. In conclusion, UPEC are the most common pathogens causing UTIs due to their high virulence frequencies such as biofilm formation and antibiotic resistance. papC, fimH, sfa and cnf1 genes play an important role in the pathogenicity of UPEC and induce high levels of pro-inflammatory cytokines such as IL-8 and IL-17A.