Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde kinolon direncinin moleküler olarak saptanması
Use of molecular techniques for the detection of quinolone resistance in pseudomonas aeruginosa
Yazar: YASEMİN IŞIK
Danışman: DOÇ. DR. MELTEM YALINAY ÇIRAK
Gazi Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2008
Konu: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları = Clinical Microbiology and Infectious Diseases ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine
Dizin: Kinolonlar = Quinolones ; Ofloksasin = Ofloxacin ; Pseudomonas aeruginosa = Pseudomonas aeruginosa ; Pseudomonas enfeksiyonları = Pseudomonas infections

Özet:
Pseudomonas aeruginosa hastalarda ciddi seyirli enfeksiyonlara yol açan ve antibiyotik direncinin sorun olduğu bir patojendir. Son yıllarda, hem hastane hem de toplum kaynaklı enfeksiyonlardan izole edilen P. aeruginosa'da antimikrobiyallere karşı direnç artış göstermektedir.Bu çalışmanın amacı, P. aeruginosa suşlarında kinolon direncinin konvansiyonel ve moleküler yöntemler kullanılarak saptanmasıdır.Hastanemize gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen 93 nonfermentatif bakteri konvansiyonel yöntemlerle tiplendirilmiştir. Tiplendirilen 39 P.aeruginosa suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Bu P. aeruginosa suşlarına CLSI önerilerine uygun olarak agar dilüsyon yöntemi ile ofloksasine olan duyarlılıkları araştırılmıştır. P. aeruginosa'da kinolon direncine sebep olduğu düşünülen ve üzerinde en çok çalışılan bölge DNA giraz geninin A altünitesidir. Ofloksasine duyarlı ve dirençli tüm P. aeruginosa suşlarına gyrA gen bölgesinin dizi analizi yapılarak moleküler olarak incelenmiştir.Elde ettiğimiz verilere göre, agar dilüsyon metodu ile ofloksasine duyarlılıkları araştırılan 39 P. aeruginosa suşunun 14'ünde (%35,89) direnç görülürken, orta düzeyde direnç oranı 3 suşta (%7,69) tespit edilmiştir.gyrA geninde yapılan dizi analizinde farklı kodonlarda mutasyonlar saptanmıştır. gyrA gen bölgesinin dizi analizi sonuçları incelendiğinde, 83. kodonda treonin aminosidinin izolösin aminoasidine dönüşümü sonucu oluşan mutasyon yalnız ofloksasine dirençli 5 suşta (%12,82) saptanmıştır. Duyarlı suşlarda da çok sayıda sessiz mutasyon gözlenmiştir.gyrA geninde incelenen diğer kodonlarda da çok sayıda sessiz mutasyonlara rastlanmıştır. Çalıştığımız örneklerde en sık rastlanan sessiz mutasyon 132. kodonda gösterilmiştir. 6 P. aeruginosa (%15,38) suşunda ise hiçbir değişikliğe rastlanmamıştır.P. aeruginosa suşlarında kinolon direncinin gyrA gen bölgesinin moleküler analizi ile değerlendirildiği bilindiği kadarıyla ülkemizde yapılan ilk çalışmadır.P.aeruginosa'ya yüksek direnç görülmesi nedeniyle antimikrobiyal direncin aydınlatılabilmesi için bu gibi çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Dirençle ilişkili olabilecek gyrB, parC ve parD gen bölgelerininde araştırılması, direncin moleküler özelliklerinin ortaya konulabilmesi açısından gereklidir.

Abstract:
Pseudomonas aeruginosa is responsible for serious infections in critically ill patients. In recent years, increasing antimicrobial resistance in both nosocomial and community acquired P. aeruginosa isolates is alarming.The aim of study was to detect the quinolone resistance of P. aeruginosa strains isolated from various clinical specimens in our hospital, by conventional and molecular metods. Ninety ? three nonfermentative bacterial isolates were included in the study. Thirty ? nine of them was identified as P. aeruginosa by using conventional metods. Ofloxacin susceptibility of the stains were assessed by using agar dilution method according to the recommendations of CLSI and DNA sequencing of gyrA was done.Fourteen of 39 (35,89%) P. aeruginosa strains were resistant to ofloxacin. Further 3 (7,69%) strains were found intermediate ? resistant. The substitution of threonine to isoleucine was observed in 5 of 14 (35.71%) quinolone resistant strains. Various silent mutations had been detected in quinolone resistant and susceptible strains, where codon 132 was most frequently affected. None of the susceptible strains had missense or nonsense mutations in gyrA. Six of 39 (12,82%) of the strains did not have any gyrA mutations.These data confirm that the primary mechanism of quinolone resistance in P. aeruginosa is mediated through target site alterations, specifically leading to the amino acid substitution of an isoleucine for a threonine in gyrA.To our knowledge this is the first study which the quinolone resistance examined by molecular analyzes in the gyrA gene of the P. aeruginosa in Turkey.We requirement new studies for clarifying the antimicrobial resistance because of the high level resistance in P. aeruginosa. The gene region must examined which can be related with resitance this is necessary for showing molecular chracteristic.