Atlardan izole edilen streptococcus equı suşlarının moleküler identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının saptanması
The molecular identification and antibiotic sensitivity of streptococcus equistrains isolated from horses
Yazar: ABDULLAH BURAK ÇALIŞKAN
Danışman: PROF. DR. OSMAN YAŞAR TEL
Harran Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2019
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology ; Veteriner Hekimliği = Veterinary Medicine
Dizin: Antibiyotikler = Antibiotics ; Hayvan hastalıkları = Animal diseases ; Lenfadenit = Lymphadenitis ; Moleküler yapı = Molecular structure ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; Streptococcus equi = Streptococcus equi ; Veteriner hekimlik = Veterinary medicine ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Su sakağısı, atlarda S.equi (S.equi subsp. equi)'nin neden olduğu akut seyirli, bulaşıcı ve irinli lenfadenitisle karakterize bir hastalıktır. Hastalık genellikle genç taylarda görülür ve hastalıkta üst solunum yolu ile ilgili bölgesel lenf nodüllerinde veya ender olarak da generalize formda apseleşme görülür.
Hastalık tüm yaşlardaki tektırnaklıları etkiler. Bu çalışma da atlardan kültür yoluyla S. equi izolasyonu ve bu suşların PCR ile moleküler olarak identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık profillerinin saptanması amaçlandı. Bu amaçla 60 attan alınan burun svabı ve trakeal yıkantı sıvısı örnekleri kullanıldı. 60 örneğin kültür yoluyla incelenmesi sonucunda 22'sinden (%36) Streptokok izolasyonu gerçekleştirildi. İzole edilen 22 suşun, 3'ü (%19,1) S. equi, 19'u (%20,6) S. zooepidemicus olarak identifiye edildi. İzole edilen suşların SodA gen bölgesinin amplifikasyonu sonucunda 3 adet S. equi ve 19 adet S. zooepidemicus suşlarının tamamında 230 bp'lik bantlar gözlendi. S. equi etkenlerinin tür düzeyinde identifikasyonu için yapılan, SeeI gen bölgesinin amplifikasyonu sonucunda 520 bp'lik bant görüldü. İzole edilen 22 adet suşun tamamı moleküler olarak olarak doğrulandı. Bu suşların yapılan antibiyogram testi sonucunda Trimetoprim-Sulfametoxazol, Enrofloxacin, Teicoplanin, İmipenem'e, bütün suşlar duyarlı bulundu. Clindamycin, Neomycin, Vancomycin, Gentamicin, Cefoxitin, Penicilin G, Kanamycin, Streptomycin, antibiyotiklerine ise daha az oranda duyarlılık saptandı.
Sonuç olarak, S. zooepidemicus'un hastalığın etiyolojisinde rol oynayabileceği ve bu nedenle etkenin göz ardı edilmemesi gerektiği, S. zooepidemicus ve S. equi'nin identifikasyonunda PCR testinin yararlı olduğu görüldü. Antibiyogram testi sonucunda, özellikle aminoglikozidlere karşı bir direncin bulunduğu tespit edildi.

Abstract:
Strangles is a contagious and acut disease of horses characterized by suppurative lymphadentis and caused by Streptococcus equi subsp. equi. The disease is usually seen in young foals and there is abscessation in lymph nodes of upper respiratory system and rarely it is in generalized abscessation form. 
Strangles affects equines of all ages. In this study, it was aimed to isolate S. equifrom horses and perform molecular identification of the agent by PCR. It was also planned to determine antibiotic sensitivity profiles of the isolates. For this purpose, tracheal washings and nasal swabs were collected from 60 horses. At the end of cultural studies, a total of 22 (36%) Streptococci isolation were made. Out of 22 isolated strains tested, 3 (19.1%) and 19 (20.6%) were identified as S.equi and S.  zooepidemicus, respectively. All isolates were verified by PCR. Amplification of SodA gen region of isolated strains yielded 230 bp DNA bands in agarose electrophoresis in both 3 S.equi and 19 S.zooepidemicus isolates. For species level molecular identification, amplification of SeeI gen region was made by using specific primers and 520 bp DNA bands were observed in gels under UV light. According to the antibiotic sensitivity test results, all isolates were sensitive to Trimetoprim-Sulfametoxazol, Enrofloxacin, Teicoplanin, Imipenem, sensitivity to Clindamycin, Neomycin, Vancomycin, Gentamicin, Cefoxitin, Penicilin G, Kanamycin, Streptomycin was found relatively less.
At the end of the study, it was concluded that S. zooepidemicus could play a role in the disease besides S.equi and therefore, this should be taken for consideration. It was also noted that PCR for molecular identification for S.equi and S.zooepidemicus might be a useful tool. Antibiotic sensitivity test showed that there is a resistance to especially aminoglycosides.