Çocukluk çağı sarkomlarında WASF3 geninin ekspresyon, metilasyon ve miRNA profilinin araştırılması
Investigation of WASF3 gene expression, methylation and mirna profile in childhood sarcomas
Yazar: FAZİLET ÖZDENOĞLU
Danışman: PROF. DR. NECAT VAKUR OLGAÇ ; PROF. DR. HÜLYA YAZICI
İstanbul Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı / Kanser Genetiği Bilim Dalı
Derece: Doktora, 2022
Konu: Genetik = Genetics ; Onkoloji = Oncology ; Tıbbi Biyoloji = Medical Biology
Dizin: DNA = DNA ; DNA metilasyon = DNA methylation ; Gen ifadesi = Gene expression ; Metilasyon = Methylation ; Mikro RNA = Micro RNA ; Osteosarkom = Osteosarcoma ; RNA = RNA ; Sarkom = Sarcoma ; Sarkom-Ewing = Sarcoma-Ewing

Özet:
Sarkomlar çocuklarda ve genç erişkinlerde oldukça agresif seyreden, hızlı metastaz yapan malign bir tümördür. Sarkomlarda non-invaziv nitelikte diyagnostik, prognostik biyobelirteçlere gereksinim olmaktadır. WASF3' ün normal hücrelerde invazyonu desteklediği kanser hücre soylarında ise delete olduğu durumda invazyon ve metastazı baskıladığı gösterilmiştir. Çalışma sarkom tanısı almış toplam 25 hasta ve hasta popülasyonuyla yaş, cinsiyet ve etnik köken olarak eşleştirilmiş 22 sağlıklı çocuktan oluşturulan çalışma popülasyonunda yapılmıştır. Ayrıca 4 hastanın tümör dokusu ve 2 hastanın tümöre yakın eşlenik dokusu da çalışmaya dahil edilmiştir.Tedavi öncesi kanı alınan bir hastanın da tümör doku ile birlikte operasyon esnasında, tedavi sırasında ve sonrası periferik kanları çalışmaya dahil edilmiştir.Periferik kan ve doku numunelerine ait RNA örneklerinde WASF3 ekspresyon düzeyi ile miR-218-5p ifade seviyesi gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu(RT-PCR) yöntemi ile analiz edilmiş, DNA ile de metilasyon spesifik PCR tekniği kullanılarak hastaların metile ve unmetile durumları araştırılmıştır.  
Tedavi almamış sarkomlu pediyatrik hastalar ile sağlıklı kontrol grupları arasında yapılan incelemede, WASF3 ifade düzeyinin hasta gruplarında 3,6 kat azaldığı saptandı.Tümörü ve tedavi sonrası değerleri incelenen hastada ise tümör ve operasyon esnasında alınan periferik kan değerlerinde WASF3 ekspresyonunun yüksek ve birbirine yakın değerlerde olduğu, tedavi sonrasında ise WASF3 gen ekspresyon düzeyinin ise düştüğü saptanmıştır.miR-218-5p ifade düzeyinin sağlıklı kontrollere göre 6,3 kat arttığı ve bu artışın istatistiksel olarak anlamlı olduğu saptanmıştır.Çalışmada incelenen dört farklı tümör dokusunda DNA metilasyon kaybı görülürken, hastalara ve sağlıklı kişilere ait periferik kan örneklerinde metilasyon saptandı.Sonuç olarak miR-218-5p'nin kan ve tümör dokusunda araştırılan ifade düzeyinin, yüksek diyagnostik değere sahip olduğu,sarkomlarda hem terapötik hem de prognostik belirteç olarak kullanılabileceğini düşündürmektedir.

Abstract:
Sarcomas are a very aggressive, rapidly metastatic malignant tumor in children and young adults.Non-invasive diagnostic and prognostic biomarkers are needed in sarcomas. WASF3 has been shown to support invasion in normal cells and suppress invasion and metastasis in cancer cell lines when deleted. The study was performed on a study population consisting of 25 sarcoma patients and 22 healthy children matched for age, sex, and ethnicity. In addition, tumor tissue from 4 patients and connective tissue near the tumor from 2 patients were included in the study. Peripheral blood and tumor tissue during surgery, during and after treatment were included in the study. WASF3 expression and miR-218-5p expression level in the RNA samples of peripheral blood and tissue samples were analyzed by real-time polymerase chain reaction(RT-PCR).The methylated and unmethylated status of the patients was analyzed with DNA using the methylation-specific PCR technique.
When investigated between untreated pediatric sarcoma patients and healthy control groups, it was found that the expression of WASF3 decreased 3.6-fold in the patient groups. After treatment, the level of WASF3 gene expression was found to decrease. The expression of miR-218-5p increased 6.3-fold compared to the healthy control groups, and this increase was found to be statistically significant. Loss of DNA methylation was detected in four different tumor tissues examined in the study, as well as in patients and healthy individuals.In conclusion, the expression level of miR-218-5p studied in blood and tumor tissues suggests that it has high diagnostic value and can be used as both a therapeutic and prognostic marker in sarcomas.