Klinik örneklerden izole edilen çoklu ilaca dirençli mycobacterium tuberculosis izolatlarının birincive ikinci kuşak antitüberküloz ilaçlara karşı direnç mutasyonlarının in house PCR yöntemi ile karakterizasyonu ve direnç profillerinin karşılaştırılması
The comparison of resistance profiles and characterization of resistancemutations by molecular methods of resistance mutations aganist first-line andsecond-line antituberculosis drugs of multiple drug resistant mycobacteriumtuberculosis strains isolated from clinical specimens
Yazar: SÜMEYYA ÇAPUK
Danışman: PROF. DR. GÜLNUR TARHAN
Adıyaman Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2021
Konu: Mikrobiyoloji = Microbiology
Dizin: Mutasyon = Mutation ; Mycobacterium tuberculosis = Mycobacterium tuberculosis ; Polifarmasi = Polypharmacy ; Polimeraz zincirleme reaksiyonu = Polymerase chain reaction ; İlaçlara direnç = Drug resistance

Özet:
Klinik Örneklerden İzole Edilen Çoklu İlaca Dirençli Mycobacterium tuberculosis
İzolatlarının Birinci ve İkinci Kuşak Antitüberküloz İlaçlara Karşı Direnç
Mutasyonlarının In House PCR Yöntemi ile Karakterizasyonu ve Direnç Profillerinin
Karşılaştırılması
Amaç: Çoklu ilaca dirençli tüberküloz (ÇİD-TB) önemli bir halk sorunu olarak
güncelliğini korumaktadır. Etkenin hızlı tanısı ve direnç durumunun belirlenmesi doğru tedavi
protokolünün oluşturulmasında kritik önem taşımaktadır. Bu çalışma solunum yolu
örneklerinden izole edilen ve konvansiyonel yöntemler ile ÇİD-MTB saptanan kökenlerde
birinci ve ikinci kuşak ilaçlara karşı direnç mutasyonlarının belirlenmesi amacı ile yapılmıştır.
Materyal ve Metot: Çalışmamıza Adıyaman Üniversitesi Eğitim ve Araştırma
Hastanesi ve gönüllülük esasına göre Atatürk Göğüs Hastalıkları ve Göğüs Cerrahisi Eğitim
Araştırma Hastanesi'nden Dr. İsmail Ceyhan'dan temin edilen 33 adet ÇİD-MTB izolatı dahil
edildi. Bu suşların Löwenstein – Jensen besiyerine ekilerek, subkültürü yapıldıktan sonra, DNA
izolasyonu kaynatma yöntemine göre yapıldı. DNA izolatları çalışma gününe kadar -40 0C' de
bekletildi. İzoniyazid, rifampisin, kinolon ve aminoglikozid direncini belirlemek için rpoB,
InhA, katG, gyrA, eis ve rrs bölgelerine özgün primer dizileri kullanıldı.
Bulgular: İncelenen 33 ÇİD-TB izolatında in-house PCR yöntemi ile rpoB, InhA, katG,
gyrA, eis ve rrs pozitiflik oranı 27 (% 81.8), 31 (% 93.9), 25 (% 75.7), 25 (%75.7), 20 (% 60.6)
ve 14 (% 42.4) olarak tespit edildi. Duyarlı izolatlarda direnç mutasyonları tespit edilmedi.
Sonuç: Çalışmadan elde edilen verilere göre konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile
ÇİD-TB olarak tanımlanan izolatlarda florokinolon direnç mutasyonlarının daha yüksek
olduğu, in-house PCR yönteminin hızlı direnç tespitinde yararlı bir yöntem olduğu saptandı.
Anahtar Kelimeler: ÇİD-TB, Mutasyon, Mycobacterium tuberculosis, ilaç direnci, PCR.

Abstract:
The Comparison of Resistance Profiles and Characterization of Resistance
Mutations by Molecular Methods of Resistance Mutations Aganist First-Line and
Second-Line Antituberculosis Drugs Of Multiple Drug Resistant Mycobacterium
Tuberculosis Strains Isolated From Clinical Specimens
Aim: Multi-drug resistant tuberculosis (MDR-TB) is still an important public problem.
Rapid diagnosis of the agent and determination of resistance status are critical in establishing
the correct treatment protocol. This study was conducted with the aim of determining resistance
mutations against first and second generation drugs in strains isolated from respiratory tract
specimens and detected by conventional methods.
Material and method: Adıyaman University Medical Faculty Training and Research
Hospital and obtained from Dr. İsmail Ceyhan from Atatürk Chest Diseases and Thoracic
Surgery Training and Research Hospital on a voluntary basis 33 MDR-MTB isolates were
included in this study. After the subculture of these strains in Löwenstein - Jensen medium,
DNA isolation was performed according to the boiling method. DNA isolates were kept at -40
0C until the working day. Primer sequences specific to rpoB, InhA, katG, gyrA, eis and rrs
regions were used to determine isoniazid, rifampicin, quinolone and aminoglycoside resistance.
Results: The positivity rate of rpoB, InhA, katG, gyrA, eis and rrs in 33 MDR-TB
isolates by in-house PCR method was 27 (81.8 %), 31 (93.9 %), 25 (75.7 %), 25 (75.7 %), 20
(60.6 %) and 14 (42.4 %). Resistance mutations were not detected in susceptible isolates.
Conclusion: According to the data obtained from the study, it was found that
fluoroquinolone resistance mutations were higher in isolates defined as MDR-TB by
conventional and molecular methods, and in-house PCR method was a useful method for rapid
resistance detection.
Key words: MDR-TB, Mutation, Mycobacterium tuberculosis, drug resistance, PCR