Cryptosporidium parvum genotiplerinin ishalli çocuklarda çeşitli yöntemlerle tanımlanması
Identification of cryptosporidium parvum genotypes in children with diarrhea by using various techniques
Yazar: HANDE ŞİMŞİR
Danışman: DOÇ. DR. SİBEL SÜMER
Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Derece: Yüksek Lisans, 2006
Konu: Biyoloji = Biology ; Parazitoloji = Parasitology

Özet:
Cryptosporidium cinsine ait protozoan parazitler, insanların, evcil hayvanların ve
diğer omurgalıların gastrointestinal yollarını infekte eder. Sağlıklı insanlarda
infeksiyon kendi kendine geçerken,C. parvum, yetersiz beslenen çocukların ve
immün sistemi baskılanmış hastaların hayatlarını tehdit edebilen kronik ishale sebep
olabilir. İnsanda infeksiyon yapan etkenlerinin büyük bir kısmını, C. parvum Tip 1
veya Tip 2 olarak adlandırılan iki genotipten biri oluşturmaktadır. Bu genotipler son
zamanlarda farklı türler olarak tanımlanmış olup değişik konakçılarda farklılıklar
göstermektedir. Doğada Tip 1 yalnızca insanlarda bulunmuş iken Tip 2 geviş getiren
ve kemirgenleri içeren farklı memeli türlerini infekte etmektedir. Sadece son birkaç
yıldır, temeli moleküler biyolojiye dayanan metotlar, Cryptosporidium türlerinin ve
genotiplerinin tanımlanmasına izin vermiştir. Bu çalışmanın amacı, Cryptosporidium'
un tanısında moleküler tekniklerin güvenirliğini saptamak ve bunların duyarlılık
açısından da geleneksel mikroskopik boyama tekniklerine göre üstünlüğünü ortaya
koymaktır. Bu çalışma için, Ankara Dışkapı Çocuk Hastalıkları Eğitim ve Araştırma
Hastanesi'nde bulunan ishalli 256 çocuktan dışkı örnekleri toplanmıştır. Toplanan
dışkı örneklerinde Modifiye Asit-Fast boyama metodu ile ooskistler tespit edildikten
sonra, örneklerin görüntülenmesi için ELISA ve Kromotografik Lateral Flow
Immunassay yöntemleri kullanılmıştır. COWP ve SSUrRNA genleri PCR yöntemi
kullanarak çoğaltılmış ve sonra RFLP analiz yöntemiyle örneklerde Cryptosporidium
türlerinin ayırt edilmesi gerçekleştirilmiştir. RFLP analizinde Cryptosporidium' un
türleri ve genotipleri tanımlamak için Rsa I, Ssp I ve Vsp I enzimleri kullanılmıştır.
Çalışılan örneklerde, sadece C. parvum türü ve bunun iki genotipi tespit edilmiştir.
Cryptosporidium'un pozitiflik prevelansı yaklaşık % 4.7 olarak bulunmuştur. 
Anahtar Kelimeler : Cryptosporidium parvum, COWP, 18S rRNA, PCR-RFLP,
ELISA, Kromotografik Lateral Flow Immunassay
Danışman : Doç. Dr. Sibel Sümer, Hacettepe Üniversitesi, Biyoloji Bölümü, Moleküler
Biyoloji Anabilim Dal

Abstract:
Protozoon parasites of the genus Cryptosporidium, infect the gastrointestinal tract of
humans, domestic animals and other vertebrates. While the infection is self-limiting in
otherwise healty people, in malnourished children and immunocompromised patients
C. parvum may cause a chronic diarrhea that can be life threatening. The vast
majority of human infections are caused by one of two genotypes, varyingly
designated as C. parvum Type 1 or Type 2.They have recently been assigned to
different species and differ in their host range. In nature, Type 1 has only been
detected in humans, whereas Type 2 infects many mammalian species, including
ruminants and rodents. Only in the last few years, molecular biology-based methods
have allowed the identification of Cryptosporidium species and genotypes. The aim of
this study was to determine the reliability of molecular techniques and to show that
the molecular techniques are more sensitive than conventional microscobic staining
techniques in the diagnosis of Cryptosporidium. For this study, we collected feces
samples from 256 children with diarrhea from Ankara Dışkapı Education and
Research Hospital of Child Diseases. After detecting the oocysts by modified acidfast staining method, we also used ELISA and Chromotographic Lateral Flow
Immunassay methods to screen the samples. COWP and SSUrRNA genes
encompassing the hypervariable region was amplified by PCR and then RFLP
analysis was performed for distinguishing the Cryptosporidium species in the
samples. In RFLP analysis Rsa I, Ssp I and Vsp I enzymes were used to identify the
species/genotypes of Cryptosporidium. In the samples studied, we have determined
only Cryptosporidium parvum and its two genotypes. The prevalance of
Cryptosporidium positivity was about 4.7%.
Keywords : Cryptosporidium parvum, ,COWP, 18S rRNA , PCR-RFLP, ELISA,
Chromotographic Lateral Flow Immunassay
Advisor : Assoc. Prof. Sibel Sümer, Hacettepe University, Department of Biology,
Molecular Biology Section