Công bố quốc tế về Tin sinh học với chỉ số trích dẫn cao của nghiên cứu sinh trưởng thành từ Trường ĐHCN - Trường Đại học Công nghệ, ĐHQGHN - Univeristy of Engineering and Technology

Vừa là cựu sinh viên, lại vừa là cán bộ Trường Đại học Công nghệ (Đại học Quốc gia Hà Nội), TS. Hoàng Thị Điệp là một trong ít nữ tiến sỹ với điểm nổi bật về thành tích trong quá trình học tập, nghiên cứu. Đặc biệt Công bố quốc tế về Tin sinh học với chỉ số trích dẫn cao của nghiên cứu sinh trưởng thành từ Trường ĐHCN Bắt đầu End Vừa là cựu sinh viên, lại vừa là cán bộ Trường Đại học Công nghệ (Đại học Quốc gia Hà Nội), TS. Hoàng Thị Điệp là một trong ít nữ tiến sỹ với điểm nổi bật về thành tích trong quá trình học tập, nghiên cứu. Đặc biệt hơn nữa là lý do khiến nữ tiến sỹ đã gắn bó 18 năm với mái trường này từ khi còn là sinh viên cho đến nay. 1. Thưa Tiến sỹ, 18 năm gắn bó đã khiến chị có những tình cảm đặc biệt như thế nào đối với từng giảng viên, cán bộ và đồng nghiệp tại Trường ĐHCN? Năm 2006, tôi tốt nghiệp Trường ĐHCN và đạt danh hiệu Thủ khoa xuất sắc đầu ra của khoa Công nghệ Thông tin, vì vậy năm 2007 Nhà trường đã ưu tiên tuyển dụng tôi làm giảng viên tại khoa. Như vậy, từ lúc trở thành sinh viên của Nhà trường vào năm 2002 cho đến nay tôi đã nghiên cứu và làm việc tại Trường 18 năm. Trong thời gian này, có 2 năm tôi sang Mỹ du học thạc sĩ (theo học bổng 322), sau đó tôi trở về Việt Nam và làm nghiên cứu sinh tại Trường từ năm 2012 đến 2019. 18 năm đủ để tôi có thể khẳng định, Trường ĐHCN đã trở thành gia đình thứ hai của bản thân. Mà gia đình là nơi giúp chúng ta trưởng thành, do vậy gắn bó với gia đình là điều tất yếu. Tiến sỹ Hoàng Thị Điệp (đứng thứ ba từ phải sang) tại lễ trao bằng tốt nghiệp 2. Cảm nhận của Tiến sỹ về sự thu hút đối với môi trường học tập và nghiên cứu tại Trường ĐHCN như thế nào? Trong quá trình học tập, tôi được các thầy/cô chỉ dẫn và chọn lọc những chủ đề thời sự vào bài giảng và luôn khuyến khích người học phát triển tư duy phản biện. Nhiều bộ bài tập, nhiều phương pháp và công cụ phần mềm được dạy ở lớp đại học trong các môn lập trình, môn “Khai phá dữ liệu và tập thô” (thầy Nguyễn Hùng Sơn) hay môn “Học máy” (thầy Từ Minh Phương) đến tận bây giờ xem các bài giảng trực tuyến của nước ngoài tôi thấy vẫn còn phổ biến. Các môn học chuyên ngành cả cho đại học và sau đại học hầu hết có phần bài tập lớn, trong đó, khi hết môn,học viên cần trình bày và bảo vệ kết quả mình làm được trước giảng viên và lớp. Tuy nhiên, điểm đặc biệt của Nhà trường thu hút tôi từ những ngày đầu tiên chính là môi trường nghiên cứu, tinh thần nghiên cứu và làm việc theo nhóm được các thầy/cô chú trọng. Từ khi còn là sinh viên, tôi được tham gia vào nhóm của thầy Phạm Hồng Nguyên để làm nghiên cứu khoa học. Sau này, khi được làm giảng viên tại Trường, tôi tham gia nhóm seminar của thầy Hà Quang Thụy và nhóm của thầy Hoàng Xuân Huấn. Nhờ vậy, tôi có cơ hội tham gia các khóa học ở Thái Lan (nhóm thầy Thụy) và được tuyển chọn làm nghiên cứu nhóm ở Viện Nghiên cứu Cao cấp về Toán (nhóm thầy Huấn). Đặc biệt, trong suốt thời gian làm nghiên cứu sinh (NCS) tôi đã tham gia nhóm thầy Lê Sỹ Vinh hợp tác với thầy Arndt von Haeseler và thầy Bùi Quang Minh ở Đại học Vienna, Cộng hòa Áo. Khi tham gia nhóm nghiên cứu, tôi được chứng kiến trực tiếp các thầy làm việc vô cùng nghiêm túc và khẩn trương, nhờ đó, tôi thấy bản thân tất yếu cũng phải phải trở nên nghiêm túc và nghiên cứu có kết quả. Qua đó, có thể thấy khi tham gia nhóm nghiên cứu có thể mang lại những kết nối giá trị và giúp bản thân tìm đến những chủ đề nghiên cứu được quốc tế quan tâm. Văn hóa trong sinh hoạt nhóm nghiên cứu (ở các nhóm tôi từng tham gia) là văn hóa phản biện và dân chủ, chuyện học trò chỉ ra lỗi của thầy cô giáo ở Trường ĐHCN là chuyện bình thường, thậm chí được các giảng viên khuyến khích. 3.Thưa Tiến sỹ, trong quá trình làm NCS lý do nào chị lại thực hiện đề tài “Các phương pháp nhanh xây dựng cây bootstrap tiến hóa”? Qua thời gian du học tại Mỹ, tôi nhận ra tầm quan trọng đặc biệt của khoa học sự sống vì những ứng dụng thiết thực của nó tới nhiều vấn đề toàn cầu (y tế toàn cầu, đa dạng sinh học chẳng hạn). Tuy nhiên, tại Việt Nam lĩnh vực này còn khá mới mẻ và ít nghiên cứu. Nhưng tôi rất may mắn khi ở Khoa CNTT có nhóm của PGS.TS. Hoàng Xuân Huấn và PGS.TS. Lê Sỹ Vinh đang thực hiện nghiên cứu về tin sinh học. Nói một cách đơn giản, đây là nghiên cứu vận dụng khoa học tính toán để phân tích và khai phá dữ liệu sinh học. Ngay khi được khoa phân công giảng viên hướng dẫn từ năm thứ nhất, thầy Lê Sỹ Vinh và thầy Bùi Quang Minh đã đồng hành và định hướng cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài NCS. Đề tài của tôi nghiên cứu việc xây dựng cây tiến hóa, là một bài toán trung tâm và có nhiều ứng dụng trong tin sinh học. Cụ thể là trong việc định danh một con virus mới, người ta sẽ cần xây dựng cây tiến hóa để xem nó có họ hàng với những con virus nguy hiểm không. Chẳng hạn như việc phân tích virus Corona mới để thấy nó liên hệ thế nào với các chủng đã biết trong phân họ Coronavirus, nghiên cứu này làm nhanh và chính xác là rất cần thiết. Chưa kể, tôi còn có thuận lợi khi thực hiện đề tài này tại Trường bởi vì khoa CNTT có hệ thống tính toán hiệu năng cao FIT-HPT không thua kém gì các trường nước ngoài, có tài khoản miễn phí cho NCS. Bởi vì, toàn bộ phần thực nghiệm của luận án tôi đều thực hiện trên hệ thống này. Khoa CNTT nói riêng và Nhà trường nói chung luôn đầu tư và tạo điều kiện cho NCS thực hiện nghiên cứu đề tài có kết quả, nếu không có hệ thống này thì tôi phải chạy nhờ thực nghiệm trên máy của nhóm nghiên cứu tại Cộng hòa Áo, khi đường truyền không tốt thì công việc có thể bị ảnh hưởng. Điều này giúp NCS tự tin hơn rất nhiều khi tiếp cận xử lý dữ liệu lớn. 4. Tiến sỹ có thể tóm tắt những điểm nổi bật và kết quả của đề tài? Kết quả chính của luận án công bố trong 2 bài tạp chí ISI Q1 (IF=14.8 và IF=3.0) và 01 báo cáo ở kỷ yếu hội nghị quốc tế uy tín có phản biện. Trong đó đã đề xuất 2 phương pháp là UFBoot2 và MPBoot xây dựng cây bootstrap tiến hóa nhanh và chính xác hơn các phương pháp trước đó. Các phương pháp đề xuất được tôi và nhóm cài đặt trong các phần mềm mã nguồn mở để phục vụ cộng đồng nghiên cứu. Đặc biệt, bài báo đề xuất phương pháp UFBoot2 đã 2 năm liên tục được tạp chí ISI Q1 Molecular Biology and Evolution vinh danh trong danh sách các bài có trích dẫn cao: MBE Citation Classics 2019 và MBE Emerging Classics 2020. TS. Hoàng Thị Điệp trình bày nghiên cứu tại hội thảo nghiên cứu khoa học dành cho NCS được Nhà trường tổ chức 5. Đối với Tiến sỹ, các công bố quốc tế có ý nghĩa như thế nào trong quá trình học tập và nghiên cứu chuyên môn? Công bố quốc tế là thước đo khách quan để đánh giá chất lượng của nghiên cứu, điều này luôn được Nhà trường khuyến khích ngay từ đầu chương trình đào tạo. ĐHQGHN nói chung và Nhà trường nói riêng đã có nhiều chính sách hỗ trợ tài chính cho người học có công bố quốc tế là một minh chứng cụ thể cho điều này. Ở mức cao hơn, ĐHQGHN và Trường luôn chủ trương phát triển nhóm nghiên cứu mạnh. Quan trọng nhất là yếu tố quyết định đối với các công bố quốc tế của tôi chính là việc tham gia sớm vào các nhóm nghiên cứu của thầy Huấn, thầy Thụy và hiện nay là thầy Vinh. Việc tôi tốt nghiệp với thương hiệu Trường ĐHCN và luận án có công bố quốc tế giúp tôi tự tin đảm nhận các nhiệm vụ chuyên môn thử thách hơn. Đến nay, tôi vẫn đang tiếp tục tìm hiểu các hướng phát triển như đề xuất trong luận án. Hiện tại, nhóm tập trung vào song song hóa để có thể xử lý hiệu quả dữ liệu hệ gen. Cảm ơn Tiến sỹ! Tuyết Nga (UET-News) Thành tích: -Là tác giả chính của 02 bài tạp chí SCI/SCIE. Hoang, Diep Thi, Olga Chernomor, Arndt von Haeseler, Bui Quang Minh, and Sy Vinh Le. 2018. “UFBoot2: Improving the Ultrafast Bootstrap Approximation.” Molecular Biology and Evolution 35 (2): 518–22. doi:10.1093/molbev/msx281. Tạpchí ISI Q1; 5-Year Impact Factor: 14.558. Công trình đã nhận được 654 lượt trích dẫn; được vinh danh trong MBE Citation Classics 2019 và MBE Emerging Classics 2020 Hoang, Diep Thi, Sy Vinh Le, TomášFlouri, Alexandros Stamatakis, Arndt von Haeseler, and Bui Quang Minh. 2018. “MPBoot: Fast Phylogenetic Maximum Parsimony Tree Inference and Bootstrap Approximation.” BMC Evolutionary Biology 18 (1): 11. doi:10.1186/s12862-018-1131-3. (ISI Q1) – Là tác giả chính của 01 bài hội nghị quốc tế có uy tín. Hoang, Diep Thi, Sy Vinh Le, T Flouri, A Stamatakis, A von Haeseler, and B Q Minh. 2016. “A New Phylogenetic Tree Sampling Method for Maximum Parsimony Bootstrapping and Proof-of-Concept Implementation.” In 2016 Eighth International Conference on Knowledge and Systems Engineering (KSE), 1–6. doi:10.1109/KSE.2016.7758020. – Thành viên nhóm nghiên cứu được tuyển chọn làm việc tại Viện Nghiên cứu Cao cấp về Toán (VIASM), 1-4/2014 Khen thưởng: – Vinh danh trong MBE Emerging Classics 2020 của tạp chí ISI Q1 Molecular Biology and Evolution; MBE Citation Classics 2019 của tạp chí ISI Q1 Molecular Biology and Evolution. – Danh hiệu “Gương mặt trẻ tiêu biểu cấp cơ sở”, Trường ĐHCN. – Giải Nhất – Giải thưởng Công trình, Sản phẩm Khoa học Công nghệ Xuất sắc; Trường Đại học Công Nghệ 2018. – Giải nhì bài báo xuất sắc cho học viên (Runner up Best Student Paper). Eighth International Conference on Knowledge and Systems Engineering (KSE)2016. + GOOGLE CALENDAR + ICAL IMPORT Thêm mô tả Sự kiên khác “Bản đồ nồng độ bụi PM 2.5 toàn quốc” hỗ trợ quản lý chất lượng không khí tại Việt Nam “Chàng trai Vàng” Olympic Tin học Quốc tế 2020 lựa chọn học tập tại Trường Đại học Công nghệ, ĐHQGHN “Cú liều” của nam sinh viên giành 5 suất học bổng toàn phần tại Mỹ