#NEWLINE# def get_regions( self ) : #NEWLINE# #INDENT# total = 0 #NEWLINE# for ( chrom , chrom_len ) in self . chrom_lens : #NEWLINE# #INDENT# total += ( chrom_len / self . binsize ) #NEWLINE# if ( ( chrom_len % self . binsize ) != 0 ) : #NEWLINE# #INDENT# total += 1 #NEWLINE# #UNINDENT# #UNINDENT# eta = ETA ( total ) #NEWLINE# pos_acc = 0 #NEWLINE# for ( chrom , chrom_len ) in self . chrom_lens : #NEWLINE# #INDENT# pos = ( - 1 ) #NEWLINE# for bin in xrange ( 0 , chrom_len , self . binsize ) : #NEWLINE# #INDENT# if ( pos > ( - 1 ) ) : #NEWLINE# #INDENT# eta . print_status ( pos_acc , extra = ( '%s:%s[+]' % ( chrom , bin ) ) ) #NEWLINE# ( yield ( chrom , [ pos ] , [ bin ] , '+' , [ chrom , pos , bin , '+' ] , None ) ) #NEWLINE# if self . stranded : #NEWLINE# #INDENT# eta . print_status ( pos_acc , extra = ( '%s:%s[-]' % ( chrom , bin ) ) ) #NEWLINE# ( yield ( chrom , [ pos ] , [ bin ] , '-' , [ chrom , pos , bin , '-' ] , None ) ) #NEWLINE# #UNINDENT# #UNINDENT# pos = bin #NEWLINE# pos_acc += 1 #NEWLINE# #UNINDENT# eta . print_status ( pos_acc , extra = ( '%s:%s[+]' % ( chrom , bin ) ) ) #NEWLINE# ( yield ( chrom , [ pos ] , [ chrom_len ] , '+' , [ chrom , pos , chrom_len , '+' ] , None ) ) #NEWLINE# if self . stranded : #NEWLINE# #INDENT# eta . print_status ( pos_acc , extra = ( '%s:%s[-]' % ( chrom , bin ) ) ) #NEWLINE# ( yield ( chrom , [ pos ] , [ chrom_len ] , '- ' , [ chrom , pos , chrom_len , '-' ] , None ) ) #NEWLINE# #UNINDENT# #UNINDENT# eta . done ( )