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Anche in questo Lombroso fu scorretto come scienziato, in quanto lasciò centinaia di crani anonimi senza protocolli di ricerca che dicessero a chi fossero appartenuti e come fossero stati raccolti. L'assenza di accurati protocolli di ricerca è sempre stata considerata prova sufficiente di mancanza di metodo scientifico; atteso che: nel gennaio 2013 finanche il Comune di Torino, attraverso l'approvazione in Consiglio di una mozione sulla necessità della legittima, etica e cristiana sepoltura delle spoglie trattenute nel museo Lombroso, aveva impegnato il sindaco e l'amministrazione comunale a promuovere ogni iniziativa affinché venissero restituite le spoglie trattenute nel museo ai discendenti o amministrazioni comunali di origine che avessero fatto richiesta. Oltre al Comune di Torino sono ben 300 i Comuni d'Italia che hanno manifestato la stessa volontà di restituire la giusta tutela alla pietas verso i defunti; in occasione del citato sopralluogo, invece, il Consiglio comunale di Torino sembra aver cambiato indirizzo. Il 7 giugno 2021, con una strana concomitanza temporale, il Consiglio comunale ha approvato un ordine del giorno in cui si legge: "Si confonde la memoria storica e la narrazione di una ricerca con il racconto di questa storia, come se si chiedesse di abolire il museo di Auschwitz perché si tratta di razzismo, invece si tratta del contrario". Ma non è la stessa cosa. Il museo di Auschwitz è un museo degli orrori e delle mostruosità. Non si può mettere sullo stesso piano il museo Lombroso con il museo di Auschwitz. Anche perché non esiste ad Auschwitz una sezione dedicata al dottor Josef Rudolf Mengele, laureato in antropologia e medicina, in cui si presentino i suoi esperimenti sui gemelli come errori scientifici. Di lui non si dice che è stato uno scienziato che ha fatto degli esperimenti e che ha sbagliato nel metodo. Di lui si dice, giustamente, che è stato un militare e criminale nazista. La validità degli esperimenti di Mengele ad Auschwitz non è mai stata presa in considerazione, data l'abnormità delle sue teorie; tenuto conto che: alla luce delle imprecisioni e omissioni evidenziate, la funzione di propaganda del museo è ancora attuale e alimenta odio e razzismo che violano il principio europeo di non discriminazione. Lombroso propagandò intenzionalmente idee razziste per fare gli interessi della classe dominante. La questione più profonda è dunque anche di natura politica, come dimostra bene il professor Gangemi nel già citato libro. Lombroso era perfettamente organico a una classe intellettuale che faceva gli interessi della classe dominante e pur di portare avanti la propaganda voluta dal neonato Stato unitario fu disposto a distorcere o inventare "di sana pianta" teorie che furono rifiutate con orrore dai suoi colleghi, tutto affinché la gente semplice non si lasciasse convincere a seguire progetti politici alternativi; per accreditare questa dominazione, Lombroso non esitò a: a) teorizzare la teoria dell'atavismo criminale sulla base della ormai celebre fossetta occipitale, che è stato peraltro dimostrato essere un falso; l'atavismo criminale non identifica i criminali, è una teoria sballata e razzista a prescindere dall'origine geografica; è razzista nei confronti della razza umana; b) teorizzare l'esistenza di due razze in Italia: quella ariana al Nord e quella africana al Sud; c) falsificare i dati pur di consolidare la teoria del cannibalismo sociale esibito dei meridionali; d) utilizzare un metodo scientifico intrinsecamente sbagliato, ma soprattutto arretrato rispetto agli altri scienziati dell'epoca che usavano tutti i canoni logici sperimentali di John Stuart Mill, come aveva insegnato a fare nelle scienze umane Charles Darwin, mentre Lombroso ne usava uno solo, il meno affidabile, quello della concordanza; ancora oggi si sente parlare di questo personaggio nei libri di scuola, nelle università e nella toponomastica stradale. In un momento in cui sono molto forti le nuove teorie lombrosiane (vedi le recenti teorie di Richard Lynn), il museo contribuisce a tramandare lo stereotipo razzista attraverso simboli efficaci e non ambigui, per esempio il riconoscimento di un museo dedicato esclusivamente a un antropologo che ha teorizzato una chiara separazione tra razze buone e cattive; rilevato che: la scienza non è solo teorie e prove sperimentali. Essa è anche tradizione di pensiero e riceve reputazione dal potersi presentare come una generazione di scienziati che può guardare più lontano perché sta "sulle spalle" dei predecessori. Richard Lynn sarebbe stato più facilmente liquidato come fascista o razzista se non avesse potuto appoggiarsi sulla reputazione di "scienziato" che, a torto, ha ricevuto Cesare Lombroso che ha avuto tanto carisma da riuscire a portare un falso mito razzista a diventare realtà per alcuni pochi scienziati, per un crescente numero di politici e per molte masse che ancora oggi danno credito all'idea della supposta inferiorità dei meridionali; tuttora la comunicazione del museo diffonde assai discutibili teorie che potrebbero ingenerare nuove forme di fenomeni razzisti tra le nuove generazioni; l'immagine che viene trasmessa al visitatore induce a pensare che la supposta inferiorità dei meridionali sia concreta e attuale; ancora oggi intere comunità di italiani si sentono offese per un grosso equivoco scientifico e storico che continua e che il museo non aiuta certo a smascherare; la "diversità" del Meridione, celebrata dal museo, entra e si fissa nell'immaginario del visitatore del museo stesso, nel segno dell'inferiorità antropologica e dell'incomprensione culturale; tenuto, inoltre, conto che: nel decreto legislativo 9 luglio 2003, n. 215, recante "Attuazione della direttiva 2000/43/CE per la parità di trattamento tra le persone indipendentemente dalla razza e dall'origine etnica" ( Gazzetta Ufficiale 12 agosto 2003, n. 186), è stata introdotta una precisazione di estrema importanza: "L'Unione europea respinge le teorie che tentano di dimostrare l'esistenza di razze umane distinte". Con questa precisazione, finalmente, l'Unione europea prende una chiarissima posizione ufficiale in materia, che dovrebbe applicarsi anche al museo Lombroso, fonte di razzismo scientifico; le tesi razziste del museo Lombroso potrebbero presupporre altresì una violazione dell'articolo 14 (divieto di discriminazione) in combinato disposto con altri articoli della Carta europea dei diritti dell'uomo; le autorità italiane non hanno fatto tutto ciò che ci si poteva attendere da loro al fine di indagare sui fatti, tenendo conto in particolare della natura razzista fondata su basi antiscientifiche. L'Italia ha omesso di indagare sull'ipotesi di un movente razzista; si è di fronte a sentimenti anti meridionali asseritamente espressi in un museo finanziato dallo Stato italiano e la possibilità di restituire i resti del calabrese Giuseppe Villella è stata negata; le istituzioni statali devono farsi carico di queste giuste rivendicazioni così come avvenuto all'estero per altre comunità. In Europa e nel mondo ci sono infatti diversi casi sovrapponibili.