Βάσει της συμφωνίας, ιδρύεται ένα κοινό δικαστήριο για την επίλυση διαφορών που αφορούν τα ευρωπαϊκά διπλώματα ευρεσιτεχνίας και τα ευρωπαϊκά διπλώματα ευρεσιτεχνίας με ενιαία ισχύ (δηλαδή ευρωπαϊκά διπλώματα ευρεσιτεχνίας με ενιαία ισχύ σε όλα τα συμμετέχοντα κράτη μέλη της ΕΕ, τα οποία θα παρέχουν ενιαία προστασία σε όλα τα συμμετέχοντα κράτη μέλη). Η συμφωνία για το Ενιαίο Δικαστήριο Διπλωμάτων Ευρεσιτεχνίας (ΣΕΔΔΕ) εφαρμόζεται για τα εξής: ευρωπαϊκά διπλώματα ευρεσιτεχνίας ενιαίας ισχύος· συμπληρωματικό πιστοποιητικό προστασίας που εκδίδεται για προϊόν το οποίο προστατεύεται με ευρωπαϊκό δίπλωμα ευρεσιτεχνίας· ευρωπαϊκά διπλώματα ευρεσιτεχνίας χωρίς ενιαία ισχύ· αιτήσεις ευρωπαϊκού διπλώματος ευρεσιτεχνίας οι οποίες εκκρεμούν κατά την ημερομηνία έναρξης εφαρμογής της παρούσας συμφωνίας ή οι οποίες κατατέθηκαν μετά τη συγκεκριμένη ημερομηνία. Στη συμφωνία μπορεί να προσχωρήσει οποιοδήποτε κράτος μέλος. Το Ενιαίο Δικαστήριο Διπλωμάτων Ευρεσιτεχνίας (ΕΔΔΕ) αποτελείται από το Πρωτοδικείο (CFI), το Εφετείο και τη Γραμματεία. Το Πρωτοδικείο θα έχει κεντρικά, περιφερειακά και τοπικά τμήματα. Το κεντρικό τμήμα θα εδρεύει στο Παρίσι, με ένα τμήμα στο Μόναχο (ένα επιπλέον τμήμα θα μπορούσε να οριστεί στο μέλλον). Το Εφετείο θα έχει την έδρα του στο Λουξεμβούργο μαζί με τη Γραμματεία. Θα τεθεί σε ισχύ επταετής μεταβατική περίοδος μετά την εφαρμογή της συμφωνίας. Η εν λόγω περίοδος μπορεί να παραταθεί για επιπλέον επτά χρόνια με απόφαση της διοικητικής επιτροπής. Κατά τη διάρκεια της εν λόγω μεταβατικής περιόδου: θα δύναται ακόμη να ασκηθεί αγωγή περί προσβολής ή ανάκλησης ενός ευρωπαϊκού διπλώματος ευρεσιτεχνίας (εξαιρουμένου του ευρωπαϊκού διπλώματος ευρεσιτεχνίας με ενιαία ισχύ) ενώπιον ενός εθνικού δικαστηρίου ή άλλων αρμόδιων εθνικών αρχών· θα δύναται ακόμη να ασκηθεί αγωγή περί προσβολής ή κήρυξης ακυρότητας ενός συμπληρωματικού πιστοποιητικού προστασίας που εκδόθηκε για ένα προϊόν το οποίο προστατεύεται από ευρωπαϊκό δίπλωμα ευρεσιτεχνίας ενώπιον ενός εθνικού δικαστηρίου ή άλλων αρμόδιων εθνικών αρχών· ο κάτοχος ή ο αιτών ευρωπαϊκού διπλώματος ευρεσιτεχνίας ή ο κάτοχος συμπληρωματικού πιστοποιητικού προστασίας έχει τη δυνατότητα να εξαιρείται από τις αποκλειστικές εξουσίες του ΕΔΔΕ, κοινοποιώντας την εξαίρεσή του στη Γραμματεία το αργότερο έναν μήνα πριν από τη λήξη της μεταβατικής περιόδου. Οι δικαστές διορίζονται από τη διοικητική επιτροπή. Ορισμένοι εξ αυτών έχουν νομική εξειδίκευση και άλλοι τεχνική εξειδίκευση. Η ομάδα δικαστών που θα επιλεγεί πρέπει να περιλαμβάνει τουλάχιστον έναν δικαστή με τεχνική εξειδίκευση για κάθε τομέα τεχνολογίας. Οι δικαστές θα διορίζονται στα τμήματα από τον Πρόεδρο του Πρωτοδικείου, εφόσον απαιτείται βάσει της συμφωνίας ή του σχετικού καταστατικού. Αυτό θα μπορούσε, για παράδειγμα, να πραγματοποιηθεί κατόπιν αιτήσεως του τοπικού ή περιφερειακού τμήματος σε περίπτωση ανταγωγής για ανάκληση ενός διπλώματος ευρεσιτεχνίας. Οι δικαστές δεν μπορούν να ασκούν άλλο επάγγελμα, αμειβόμενο ή μη. Μπορούν, ωστόσο, να ασκούν δικαστικά καθήκοντα σε εθνικό επίπεδο. Το ΕΔΔΕ θα βασίζει τις αποφάσεις του στα εξής: στη νομοθεσία της ΕΕ συμπεριλαμβανομένων των κανονισμών (ΕΕ) αριθ. 1257/2012 και (ΕΕ) αριθ. 1260/2012· στη ΣΕΔΔΕ· στη σύμβαση για τη χορήγηση ευρωπαϊκών διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας· σε άλλες διεθνείς συμφωνίες που ισχύουν για τα διπλώματα ευρεσιτεχνίας και είναι δεσμευτικές για όλα τα συμμετέχοντα κράτη μέλη· και στο εθνικό δίκαιο. Το ΕΔΔΕ θα έχει αποκλειστικές εξουσίες επί μιας σειράς θεμάτων στα συμμετέχοντα κράτη μέλη, συμπεριλαμβανομένων αγωγών περί: προσβολής ή απειλούμενης προσβολής ευρωπαϊκών διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας και συμπληρωματικών πιστοποιητικών προστασίας και σχετικών μέσων υπεράσπισης, περιλαμβανομένων ανταγωγών σχετικά με άδειες εκμετάλλευσης· λήψης ασφαλιστικών και συντηρητικών μέτρων· ανάκλησης ευρωπαϊκών διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας· και κήρυξης ακυρότητας των συμπληρωματικών πιστοποιητικών προστασίας.