Ο κανονισμός καθιερώνει έναν αποκλειστικό αναγνωριστικό κωδικό*, όμοιο με γραμμικό κώδικα, ειδικό για κάθε γενετικά τροποποιημένο οργανισμό* (ΓΤΟ) που φθάνει στην αγορά. Πρόκειται για ένα σημαντικό στοιχείο σε σχέση με την ανιχνευσιμότητα* και την επισήμανση τροφίμων και ζωοτροφών που προέρχονται από ΓΤΟ, με στόχο τη βελτίωση της επιλογής των καταναλωτών και την παροχή μέτρων κατοχύρωσης της υγείας και του περιβάλλοντος. Με στόχο τη συνοχή με τις εξελίξεις στα διεθνή φόρα, χρησιμοποιείται ένας μορφότυπος αποκλειστικού αναγνωριστικού κωδικού στη βάση δεδομένων για τηβιολογική παρακολούθηση του Οργανισμού Οικονομικής Συνεργασίας και Ανάπτυξης (BioTrack Product Database) και από τον οργανισμό για τον έλεγχο της βιολογικής ασφάλειας (Biosafety Clearing House) του πρωτοκόλλου της Καρταγένης για τη βιοασφάλεια και τη σύμβαση για τη βιοποικιλότητα. Για κάθε νέα αίτηση για έγκριση της διάθεσης ενός ΓΤΟ στην αγορά, ο υποβάλλων αίτηση πρέπει να ελέγχει τις βάσεις δεδομένων ούτως ώστε να διασφαλίζει ότι ο αναγνωριστικός κωδικός δεν έχει ήδη ανατεθεί προτού να δημιουργήσει αποκλειστικό αναγνωριστικό κωδικό στον προβλεπόμενο μορφότυπο. Εφόσον χορηγείται έγκριση για τη διάθεση στην αγορά ενός ΓΤΟ, ο αποκλειστικός αναγνωριστικός κωδικός κοινοποιείται στον οργανισμό για τον έλεγχο της βιολογικής ασφάλειας από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή και καταχωρίζεται στο αρχείο εγκεκριμένων ΓΤΟ της ΕΕ. Έχουν αποδοθεί αποκλειστικοί αναγνωριστικοί κωδικοί σύμφωνα με τον κανονισμό σε όλους τους ΓΤΟ που εγκρίθηκαν πριν από την εφαρμογή του κανονισμού. Ο μορφότυπος του αποκλειστικού αναγνωριστικού κωδικού ορίζεται στο παράρτημα του κανονισμού και περιλαμβάνει εννέα αλφαριθμητικούς χαρακτήρες. Τα πρώτα δύο ή τρία ψηφία αντιστοιχούν στην επωνυμία της εταιρείας ή την ονομασία του οργανισμού. Η δεύτερη συνιστώσα που περιλαμβάνει πέντε ή έξι ψηφία αντιστοιχεί στο συμβάν γενετικής μεταβολής* και η τελευταία συνιστώσα είναι ένα ψηφίο επαλήθευσης. Όλα χωρίζονται μεταξύ τους με παύλα, όπως για παράδειγμα: MON-00603-1.