Η οδηγία καθορίζει κατευθυντήριες γραμμές βέλτιστης πρακτικής που καλύπτουν συστήματα πιστοποίησης ποιότητας για τα γεωργικά προϊόντα, τα τρόφιμα καθώς και τις συνδεόμενες μεθόδους παραγωγής και τα συστήματα διαχείρισης. Μολονότι ορισμένα συστήματα πιστοποίησης γεωργικών προϊόντων και τροφίμων καλύπτουν τη συμμόρφωση με τα υποχρεωτικά πρότυπα, οι παρούσες κατευθυντήριες γραμμές αφορούν ειδικά τα συστήματα εθελοντικής πιστοποίησης. Αυτά αποσκοπούν στη διασφάλιση επιπέδων ποιότητας σε τομείς όπως η γεύση, το χρώμα ή η οσμή καθώς επίσης, για παράδειγμα, η καλή κατάσταση του περιβάλλοντος, η καλή διαβίωση των ζώων ή οι παράγοντες "δίκαιου εμπορίου". Οι κατευθυντήριες γραμμές έχουν σχεδιαστεί έτσι ώστε να καταστούν αυτά τα εθελοντικά συστήματα πιστοποίησης πιο αποτελεσματικά με τους εξής τρόπους: τονίζοντας τις βέλτιστες πρακτικές· καθιστώντας σαφέστερες τις απαιτήσεις που επιβάλλουν τα συστήματα· αυξάνοντας τις ευκαιρίες της αγοράς και μειώνοντας το κόστος για τους γεωργούς και τους παραγωγούς· προστατεύοντας τη φήμη και περιορίζοντας τις ευθύνες των επιχειρήσεων χονδρικής και λιανικής σε σχέση με ισχυρισμούς που προβάλλονται για προϊόντα και σήματα· παρέχοντας αξιόπιστες και έμπιστες πληροφορίες στους καταναλωτές για τα προϊόντα· και διασφαλίζοντας τη συμμόρφωση με τους κανόνες της εσωτερικής αγοράς της ΕΕ, ιδίως σε σχέση με την αντιανταγωνιστική συμπεριφορά. Οι κατευθυντήριες γραμμές συμβουλεύουν ότι τα συστήματα, μολονότι έχουν δημιουργηθεί από ομάδες εμπειρογνωμόνων, θα πρέπει να διαρθρώνονται έτσι ώστε να ενθαρρύνουν τη συμμετοχή όλων των ενδιαφερομένων μερών, δηλ. των παραγωγών, αγροτών, δημόσιων αρχών, ομάδων συμφερόντων και πελατών. Τα συστήματα θα πρέπει να διαθέτουν τα ακόλουθα χαρακτηριστικά: η πιστοποίηση θα πρέπει να εκδίδεται από ανεξάρτητο φορέα· τα μέλη του συστήματος πρέπει να υπόκεινται σε τακτικές επιθεωρήσεις, με σαφή κριτήρια και καταλόγους ελέγχου· πρέπει να προσδιορίζονται όρια για την επιβολή κυρώσεων, με σαφείς διαδικασίες για την αντιμετώπιση της έλλειψης συμμόρφωσης· πρέπει να υπάρχουν μηχανισμοί αναπληροφόρησης, με διαρκή συμμετοχή στην μελλοντική εξέλιξη του συστήματος. Οι κατευθυντήριες γραμμές συνιστούν οι επισημάνσεις των τροφίμων να μην οδηγούν σε πλάνη ούτε να προβαίνουν σε ψευδείς ισχυρισμούς για ένα προϊόν σε σχέση με: τη φύση, την ταυτότητα, τις ιδιότητες, τη σύνθεση, την ποσότητα, τη διατηρησιμότητα, την καταγωγή, τον τρόπο παρασκευής ή λήψεως· την απόδοση στο τρόφιμο επενεργειών ή ιδιοτήτων που δεν έχει, ή ιδιαίτερων χαρακτηριστικών ενώ στην πραγματικότητα όλα τα παρόμοια τρόφιμα έχουν αυτά τα ίδια χαρακτηριστικά· τη διαφήμιση ή την προώθηση κατά τρόπο που δυσφημεί την ασφάλεια άλλων προϊόντων στην αγορά ή την αξιοπιστία των επίσημων ελέγχων.