2012年10月22日、SGホールディングスグループの2013年度からの中期経営計画策定にあたり、「JFLで3回の優勝を果たし、『仕事とサッカーを両立させ、企業スポーツとしてアマチュア最高峰であるJFLで活躍する』というチーム設立時の理念について一定の成果を果たした」として、トップチームの活動を停止することを決定、10月18日のJFL理事会でJFL退会が承認された ことが発表された。2013年1月31日をもって、トップチームの活動を停止したことを公式ホームページにて告知した。なお、小学生を対象にした「SAGAWA SHIGA FOOTBALL ACADEMY」、および中学生を対象にした「SAGAWA SHIGA FOOTBALL ACADEMY ジュニアユースチーム」については、2013年以降も運営サポートを継続するとした。2013年3月、発足以後6シーズンにわたって異議による警告をゼロとした取り組みが評価され、日本サッカー協会より『Respect Award 2012』が授賞された。
この年も引き続き中口雅史が指揮をとった。前年の優勝メンバーから主力がほぼ残留し、大量8名の新人が加入。さらに、2007年のJFL得点王である御給匠が3年ぶりにチームに再加入して、初の連覇を狙った。開幕から9戦して4勝5分と引き分けが多く、無敗ながら勝ちきれない試合が目立った。前期第10節のMIOびわこ草津戦からは接戦を制して連勝するものの、前期第14節のHonda戦で初黒星を喫した。しかしその翌節は同じく無敗で首位のガイナーレ鳥取に快勝して初黒星をつけ、前期を2位で折り返して天皇杯出場権（JFLシード）を獲得。後期に入るとパスワークを中心とした攻撃に御給がうまく適応して攻撃陣が調子を取り戻し、7戦で5勝1分1敗と勝ち星を伸ばした。約1カ月のブランクをおいて、9月5日に行われた第90回天皇杯2回戦では水戸ホーリーホックと対戦。試合開始直後に御給、さらに後半に岡村政幸がゴールを奪い、2点のリードで優位に立ったが、その後終盤に逆転を許し、2-4と敗退した。その後のリーグ戦では、勝ち点差5で迎えた9月18日の首位鳥取戦で敗れ（鳥取に対しての合併後初の敗戦）、優勝の望みをほぼ失うと、その後も負けが込むようになり、10月下旬に鳥取の独走優勝を許した。その後もさらに順位を落とす可能性もあったものの、町田ゼルビアとの直接対決に引き分け、辛うじて2位を確保してシーズンを終えた。引き分け数がリーグで2番目に多く、鳥取、町田、V・ファーレン長崎、松本山雅のJリーグ準会員勢に対して2勝3分3敗と分が悪い結果となった。この年、新人右サイドバックとして先発に定着した奈良輪雄太がJFL新人王を獲得し、御給が2度目の得点王を獲得したほか、中村、山根、旗手がベストイレブンに選ばれた。
パイク郡の名前はゼブロン・パイクに因んで名付けられた。1814年3月26日にウェイン郡から分離して設立された。この地域の元々の住人はレナペ族インディアンであり、後にはデラウェア族と呼ばれた。1694年、ニューヨーク植民地総督のベンジャミン・フレッチャーがアレント・スカイラー大尉を派遣し、フランスがイギリスに対抗するために同盟インディアンを集めているという噂を確認させた。1696年、フレッチャーは、ニューヨークのアルスター郡の多くの住民が、ニューヨークとの国境に近い土地をインディアンから購入することを承認した。その子孫がパイク郡では初のヨーロッパ人開拓者になった。1725年、ニコラス・デピュイが地域初の開拓者になった。1733年、トマス・クィックが後にミルフォードとなる地域に入ってきた。1735年、アンドリュー・ディングマンが後のディングマンズフェリーとなるデラウェア川沿いの土地に入植した。これら初期の開拓者はインディアンとうまく付き合っていた。しかし、開拓者の数が増えると土地の争いが起こった。1737年、悪名高いウォーキング・パーチェイス（1日歩いた土地を購入する）によって現在のパイク郡領域の半分以上からインディアンを追い出すことになり、暴力沙汰に繋がった。19世紀初期、カーボンデールの町となる地域の近くで石炭が発見された。米英戦争の後でイギリスが石炭輸出を制限したために、急速に拡大するニューヨーク市で燃料不足が発生していただけに、これは特に重要なことになった。ニューヨーク市まで石炭を運ぶために、カーボンデールからホーンズデールまでの重力式鉄道が提案され、またホーンズデールからハドソン川のキングストンには運河も提案された。この運河の計画は1823年にニューヨーク州から承認された。1825年に総延長108マイル (174 km) のデラウェア・アンド・ハドソン運河の工事が始まり、1828年には完工した。現在のキングストン近くのハドソン川が終点となるこの運河は利益がでることが分かった。しかし、艀を「潮だまりダム」を越える綱引きフェリーを使ってデラウェア川を渡す必要があったために、運河の通行が滞留し、輸送費が大きく上がった。ジョン・ローブリングが、吊り橋と導水路で川を越えさせる提案をした。この革新的な構造は通常なら橋脚が5本必要なところに3本だけでまかなえた。流氷や筏は橋に傷を付けずに下を通過させることができた。この運河にはその後も3か所で吊り橋型導水路が造られた。ローブリングのデラウェア導水路は今も残っており、おそらくアメリカでは最古の吊り橋である。アメリカ合衆国国定歴史建造物に指定されている。この運河を通じて51年間石炭がニューヨーク市に運ばれた。しかし鉄道が開発され、運河よりも速く、安く、運河が凍っているときでも運行できたので、運河の時代は終わった。ニューヨーク・アンド・エリー鉄道が運河の代替となり、運河は1898年に放棄された。1926年、ウォレンポーパック・クリーク沿い、元はウィルソンビルの村で、現在はウォレンポーパック湖に沈んでいる場所で、ペンシルベニア電力照明会社が水力発電所を建設した。2,700人の労働者が2年間働いてダムを完成させ、建設費は1,026,000米ドルに上った。このために100か所近い土地、多くの農園、納屋、家屋が壊されるか移動した。延長17マイル (27 km) の道路と通信線が移設され、墓地も移設された。1990年から2000年、パイク郡の人口は65.2%増加した州内最速となり、2000年から2004年の4年間でも16.9%増加した。この地域は州税や郡税が比較的安く、手頃な住宅価格、さらには州間高速道路80号線や同84号線でニューヨーク市の北部郊外にすぐに行けるという利点があった。