1998年7月、情報部工作員になっていたアルバートと共に幹部養成所の再利用計画を任されるが、派遣した第一次調査隊が復活したマーカスの操る実験体ヒルに襲われ全滅する。同月23日、再びアルバートと共に第二次調査隊としてU.S.S.デルタチームを派遣するが、またしてもマーカスのヒルによって部隊は全滅し、再利用計画は失敗する。この出来事からアンブレラを見限ったアルバートから離反を宣言されるが、友情があった為か見逃し、更に試作ウイルスを渡す。その後、復活したマーカスや事件の真相を調査しているS.T.A.R.S.隊員、T-ウイルスが流出した施設等、アンブレラにとって不利益になるものを全て消すために施設の爆破装置を起動させ、退散する。ちなみに、本作をガンシューティングゲームにリメイクした『UC』では、アルバートの離反宣言に対して大きく狼狽えていた。
1962年に誕生。後にアンブレラ社に入社し、1977年（当時15歳）に幹部養成所に配属され研修生として勤める。この際、養成所の所長であり後にT-ウイルスを発見するジェームス・マーカスや、2歳年上の同期にして生涯の親友・ライバルとなるアルバートと出会う。1978年、わずか16歳にしてアルバートと共にアークレイ研究所の主任研究員に抜擢され、「始祖ウイルス（Genesis Virus）」の研究を始める。1981年7月27日、アレクシアが僅か10歳にして「南極研究所」の主任研究員として配属されたことを知り、それ以降は彼女に猛烈なライバル心を抱き、無意味な実験を繰り返して研究を停滞させるが、二年後の1983年12月31日にアレクシアが事故死（実際には死亡していないが）したことを知り、落ち着きを取り戻す。1986年までの間に部下の研究員アネットと結婚し、娘シェリーをもうける。1988年、アンブレラ社会長のオズウェル・E・スペンサーの命令に従い、アルバートと共に傭兵部隊を率いて自らの恩師であるマーカスを暗殺する。その同年、自らが中心となって「タイラント計画」を始動する。同年7月、寄生生物「ネメシス・プロトタイプ」を吸収した不死身の被験体「リサ・トレヴァー」の細胞からG-ウイルスの原型を発見し、1991年、スペンサー卿から承認を得て「G-ウイルス計画」を始動、アルバートが情報部へ転勤するのとほぼ同時に、巨大地下研究施設に転属し、所長となる。この際、研究施設への入り口となるラクーン警察署（R.P.D.）の署長ブライアン・アイアンズと密約を交わし、賄賂による癒着関係となる。1995年7月31日、不死身の被験体リサを始末するために再びアークレイ研究所を訪れ、同じく同研究所にやって来たアルバートや、被験体のリサと再会し、更に自らの後任者であるジョンと出会う（結局リサは3日間かけても殺すことが出来ず、所長にどこかへ運ばれていった）。
アークレイ研究所で出会ったアネットとは夫婦であり、彼女には助手も任せている。また、アネットの間に一人娘のシェリー・バーキンをもうけたが、「研究に夢中」だったらしく、娘に愛情を抱いていたかは不明。アルバート・ウェスカーとは、幹部養成所の研修生時代からの親友であり、同時にライバルであった。アルバートがアンブレラを裏切って別の組織に転身する事を知った際も「バカな裏切り」と称しながらも本社に報告しなかった事からそれなりの友人としての感情は持っていた模様。養成所の副所長からは「ウィル」と呼ばれていた。
非常に残忍な性格で、自らの恩師のジェームス・マーカスを少しも躊躇せず殺害したり、研究施設で非人道的な人体実験を行っていた一方、才能がある故の屈折した性格も持ち合わせており、幹部養成所再利用計画が頓挫した際や遡ってアレクシア・アシュフォードが10歳で南極研究所の主任となった時もかなり苦悩していた。しかし、それらの出来事がT-ウィルスやG-ウィルスを生み出すバネとなった。
初期の追悼行事として、イスラエルのテルアビブで２本の木が植樹された。そして、ジョンストンの故郷のコミュニティー・センターが「ジョンストン・センター」と改名している。こういった行いは、1981年5月に噴火から１年を伝える新聞記事で紹介された噴火から２年を迎え、（1980年の噴火を受けて設立された）USGS のバンクーバー支局が、彼を記念してデイヴィッド・Ａ・ジョンストン・カスケード火山観測所 (CVO) と改名された。この火山観測所は、セント・ヘレンズ山の監視を最重要任務としており、1980年から1985年にかけてあらゆる火山について噴火予知の支援を行っていた。2005年の一般公開日には、CVO のロビーにジョンストンを追悼する展示が行われた。ジョンストンが学んだワシントン大学（彼はここで修士と博士号研究を行っている）は、地球科学と宇宙科学の分野で研究する大学院生を対象とした奨学金のための記念基金を設立している。彼の死から１年で、その資金額は30,000ドルを超過した。"David A. Johnston Memorial Fellowship for Research Excellence" と名付けられたこの奨学金は、立ち上げられてから何年にもわたって、数多くの奨学生を輩出している。噴火後、コールドウォーターII観測所があった一帯は所有権を区画分けされ、最終的にジョンストンの名を冠した観測所が建設されて、1997年に開所した。セント・ヘレンズ山の北麓からちょうど8キロメートル離れたところにある、ジョンストン・リッジ観測所  (JRO)  を訪れた人々は大きく開いた火口や新たな火山活動、そして広大な玄武岩の溶岩台地等を初めとする1980年の噴火の痕跡を目にすることができる。セント・ヘレンズ国立火山公園の一部として、JRO の建設には、配備された監視機器も合わせて1050万ドルの建設費を要している。JRO には館内ツアーやシアター、展示ホールが備えられ、年間数千人の観光客を出迎えている。ジョンストンの名が刻まれた、噴火による犠牲者を追悼する記念碑が複数設置されている。巨大な曲面の花崗岩で造られたそのひとつがジョンストン・リッチ観測所の屋外展望エリアにあり、2000年5月には、ホフスタッド・ブラフ・ビジター・センターに記念樹林の中へ配置する形で新たな碑文が設けられた。