前田利家の死後、加藤清正・福島正則らが三成を襲撃するという事件が起こり、家康の仲裁によって三成は奉行を辞し佐和山城に蟄居することになった（石田三成襲撃事件）。三成が佐和山城への護送役を務めた結城秀康に「無銘正宗」を贈ると、秀康はこれを喜び、「石田正宗」と名付けて終生大切にしたという。この「正宗」は三成が秀吉から拝領したものといわれるが、江戸時代の享保期に出版された書物『刀剣名物帳』では、毛利若狭守が所持していたものを宇喜多秀家が買い取り、三成に贈ったと記されている。現在は東京国立博物館が所蔵（重要文化財、e国宝の画像と解説）。関ヶ原の戦いで田中吉政配下の田中吉忠（田中伝左衛門）と沢田少左衛門に捕縛された時は、無銘の打刀と短刀を差していた。捕らえられる直前、三成は名誉ある死である切腹を田中伝左衛門に願ったが、伝左衛門はそれを無視して捕縛、三成は士の道に背くと憤って伝左衛門を呪っている（『石卵余史』）。打刀（備後貝三原正真作）の方は徳川家に没収された後、家康からの恩賞として吉政を介して捕縛の実行者である伝左衛門の手に渡り、後に「さゝのつゆ」の号を与えられた（『甲子夜話』巻之九十一）。一方、三成は吉政父子には非常に手厚く扱われ、その礼として自ら愛用する短刀の方を贈呈した。この時に贈ったのは名物「切刃貞宗」だという伝説が有名だが、『寛政重修諸家譜』によると実際は手掻包永の短刀で、吉政本人ではなく、長男の田中吉次に手渡したらしい。
少なくとも3種類から4種類程度確認されているが、ここでは特に、三成自身（と伝えられる）の頭蓋骨から復顔した肖像画を取り上げる。関ヶ原の戦いから約300余年を経た明治40年（1907年）、時事新報社と実業家・朝吹英二の呼びかけで、東京帝国大学の渡辺世祐が三成の伝記執筆のために、三玄院にある三成のものと思しき墓を発掘した。この時発見されたのは頭蓋骨や大腿骨、上腕骨など一体分の骨が揃っていた。京都帝国大学解剖学教室の足立文太郎が遺骨を鑑定調査し、損傷が激しい頭蓋骨を丹念に接合・復元し、遺骨の正確な記録・写真・計測表・透視図を作成し鑑定文を執筆した。調査の結果は「優男の骨格・頭形は木槌型・反っ歯・没年41歳相当」で、この時頭蓋骨の石膏模型も作られた。なお、三成の遺骨は当初の場所と位置を変えて、再び三玄院に埋葬された。下って昭和51年（1976年）、末裔の一人である石田多加幸（写真家）からの依頼を受け、東京科学警察研究所元主任技官・長安周一が先の鑑定調査を元に石膏復顔を行った。更にそれを元に関西医科大学の石田哲郎の指導の下、昭和55年（1980年）3月、日本画家・前田幹雄の手によって石膏の復顔肖像画が制作された。この肖像画は4幅制作され、現在、大阪城天守閣、長浜城歴史博物館、大徳寺三玄院、石田家に所蔵されている。同時に身長の推測も行い、156cmと試算された。小柄であるとされていた石田三成であるが、当時の男子の平均身長は160cm程度であり、骨格から考えると取り立てて小柄であったとは言いにくい。
巨大台風8号が日本を通過した翌日、毎朝新聞の記者である酒井と助手の純子は、高潮の被害を受けた倉田浜干拓地で虹色に光る肉片のような物体を見つける。一方、静之浦の海岸には巨大な卵が漂着する。ハッピー興行社の熊山は漁民から卵を買い取り、静之浦の海岸に孵化施設を兼ねたレジャーランド「静之浦ハッピーセンター」の建設を始める。三浦博士と酒井らは巨大な卵を調査するが、彼らの目の前に小美人が現れる。小美人によると、巨大な卵はインファント島に唯一残っていたモスラの卵で、卵を失った島の人々は悲しんでいるという。酒井たちは卵を返還するよう抗議活動を始めるが、熊山はそれに応じないどころか、小美人まで売るように言い放つ。実は大興行師・虎畑二郎が熊山の後ろ盾となっており、抗議活動は頓挫する。落胆した小美人は、インファント島に帰ってしまう。そんな折、酒井と純子は三浦に呼び出され、放射能洗浄を受ける。倉田浜で見つけた物体から、放射能が検出されたのだ。酒井たちは調査のために倉田浜干拓地へ赴くが、その眼前でゴジラが出現し、四日市のコンビナート地帯と名古屋市を蹂躙する。酒井たちはインファント島に飛び、原住民たちにモスラの力を借りたいと懇願するが、「悪魔の火」と呼ぶ核実験によって島を荒らされ、モスラの卵の返還をも拒まれた原住民たちと小美人は激しい人間不信を抱いていた。しかし、酒井たちの必死の訴えを聞き入れたモスラは、寿命が近づく身を押して日本へ飛び立つ。ゴジラは、金銭トラブルから熊山を射殺してしまった虎畑が滞在するホテルを破壊し、虎畑もその際に逃げ遅れて落命する。ゴジラがモスラの卵がある静之浦に迫ったところへモスラが飛来し、寿命と引き換えの武器である毒鱗粉をも用いた戦いを繰り広げるが、ゴジラへの決定的なダメージとはならず、モスラは最後の力で卵をかばうように着地し、絶命してしまう。モスラに勝利したゴジラに対し、自衛隊は3000万ボルトに達する放電作戦で挑む。ゴジラは凄まじい電圧にもがき苦しむが、装置は限界を超えた放電を強行したために故障してしまったうえ、ゴジラの反撃によって特車隊も壊滅させられる。無敵となったゴジラが小学校の教師と生徒たちが残された岩島に迫り、小美人が祈りの歌を歌う中、モスラの卵が孵化し始める。孵化した双子の幼虫モスラは岩島に向かい、ゴジラに糸を吹き付けて動きを封じ、撃退する。まもなく、無事に教師と生徒たちを救出した酒井たちは、インファント島に帰っていく幼虫たちと小美人を見送りながら、人間不信のない社会を作ることを決意するのだった。