長野オリンピックを目前にした1997年10月1日、北陸新幹線の先行開業と同時に、長野から白馬・大町を結ぶ特急バスの運行を開始した。これは、白馬長野有料道路の開通や一般道路の改修などが行われたことを機に、1995年から季節運行が行われていたものである。それまで、東京から白馬・大町へは中央本線と大糸線を利用するのが常識であった。しかし、長野と白馬・大町が所要1時間程度で結ばれるようになると、乗り換え時間を含めなければ東京からわずか3時間以内で白馬・大町に到達できるようになり、大糸線沿線の交通流動を一変させるものとなった。長野オリンピックが終了する頃には、新幹線利用で長野を経由するルートが東京から白馬・大町地区へのメインルートとなりつつあった。長野オリンピックでの輸送は、川中島バスが中心となってあたることになった。期間中は延べ16000台にも及ぶ大規模な輸送が行われることになったが、グループ内や長野県内の同業他社からの支援、さらにジェイアールバス東北と西日本ジェイアールバスから乗務員の臨時派遣を受けることで、必要な輸送を完遂した。さらに、長野パラリンピックの選手輸送においては、東京都交通局から運行開始前のノンステップバスを借り受け、都営バス色のままで川中島バス・長野電鉄・松本電鉄の3社により運行した。2000年、アルピコグループでは貸切バス事業の効率化と営業力強化のため、アルピコハイランドバスを設立した。これにより、アルピコグループの貸切バス事業は、川中島バスに一部の貸切バスが残された以外は、全ての貸切バスが同社に集約されることになった。2001年1月には長野市周辺のバスにおいて、長野電鉄との業務提携を発表した。これはIC乗車カード導入などの将来的な事業において、共同歩調をとることを確認したものである。2011年4月1日付けで、諏訪バスとともに親会社の松本電気鉄道に合併され、アルピコ交通となっているが、長年にわたり地域に親しまれたことや地元感情を踏まえ、旧社名の「川中島バス」も通称として残されている。
1990年、松本電鉄グループは「アルピコグループ」として総合生活関連企業グループへの飛躍を目指し、グループアイデンティティの推進に取り組んだ。これにより車両のデザインが変更されることになったが、特に路線バスでは中古車による代替が進められていたこともあり、新デザインのバスは急速に拡大された。1990年代に入ると路線の整理はかなり進み、長野市を中心とする路線網へと変化していった。その長野市近辺では、路線バスの改善策が積極的に試みられた。1994年には善光寺への観光客向けの施策として、5月の大型連休の時期にパークアンドライドを導入したところ、渋滞緩和に一定の効果が認められたことから、その後も毎年のゴールデンウィークにはパークアンドライドの実施が行われている。善光寺への路線バス利用の観光客に対する改善策も行われた。まず、1998年には善光寺を経由する路線バスに善光寺の写真が入ったステッカーを貼付した。続いて、1999年8月1日からは善光寺シャトルバスとして「びんずる号」の運行を開始した。また、1997年には長野市への通勤客向けのサービスとして、営業前の高速バス車両の回送を客扱いした、座席定員制の「通勤ライナー」の運行を開始した他、1998年12月からは金曜夜に深夜バス「フライデー松代」の運行が開始された。2000年以降は市内循環バス「ぐるりん号」の運行を開始、同時期に長野市内の一部の運賃を100円とした。長野を拠点とする高速バスの運行も行われた。1992年には中央自動車道経由で新宿への高速バスの運行を開始したが、これは1951年に免許申請しながら実現しなかった急行バス計画以来、ようやく実現した東京直行バスでもあった。1993年には長野と松本を結ぶ高速バスの運行を開始したが、運賃を低廉に設定した上に、途中バスストップでも乗降を扱うことから人気路線となり、通勤利用者も増加した。その後、予約制を廃止し定員制とした上で増発し、利用者の多い時間帯には直行便の設定なども行われている。
スタンフォードは玄関口となる空港を有さないが、ニューヨークの3空港を利用することができる。3空港のうち、国際線はジョン・F・ケネディ国際空港とニューアーク国際空港に発着する。前者はニューヨーク・クイーンズ区に位置する全米有数の大空港で、米系のみならず欧州系・アジア系を含む航空主要各社の路線が数多く発着する。一方、後者はニュージャージー州に位置するためスタンフォードからの距離は遠いが、アムトラック1本でアクセスが可能である。同空港をハブ空港にしているコンチネンタル航空はアムトラックとのコードシェアで、スタンフォードのアムトラック駅にZTFというコードを割り当てている。このほか、国内線はニューヨークのマンハッタン島とスタンフォードの両方に最も近いラガーディア空港からも利用することができる。州間高速道路I-95は市の南側を通っている。I-95はニューヨークとボストンを結ぶ大動脈であるだけでなく、大西洋岸の主要都市を結んで南北に走る幹線である。スタンフォード市内には4ヶ所のランプがある。また、市の北側にはメリット・パークウェイ（Merritt Parkway）が走っている。I-95とは異なり古い道路で、同高速道路をまたぐ一般道路の陸橋の裄高も低いためトラックが通行できず商用には適さないが、I-95とあわせてニューヨークへの通勤道路としてよく利用されている。ダウンタウンの南にはアムトラックの駅がある。同駅には北東回廊の中距離列車のほか、アセラ・エクスプレスも停車する。また、同駅はニューヨークの通勤列車であるメトロノース鉄道ニューヘイブン線の主要駅のひとつであり、沿線中最多の乗降客数を誇る。メトロノース鉄道の急行列車はスタンフォードが最後の停車駅で、そこから先はニューヨークまでノンストップであるため、各駅停車と急行列車の乗換駅としてもよく利用される。同駅で分岐するニューカナーン支線とあわせると、スタンフォード市内にはメトロノース鉄道の駅は3駅存在する。コネチカット州交通局がCTトランジット（CT Transit）という路線バスを運営しており、スタンフォード市内およびグリニッジ、さらにはニューヨーク州ポートチェスター（Port Chester）など周辺を広くカバーしている。一方、スタンフォード公立学区は児童・生徒用のバスとしてレイドロー（Laidlaw）というバスを使用している。CTトランジットのバスとは異なり、レイドローは市外に出ることはない。またあくまで学校に通う児童・生徒用のバスであるため、レイドローは学校登校日にのみ運行される。