これまでのアトリエシリーズでは、主人公が次作で成長した様子が描かれては居るものの、それに繋がる後日談は作られていなかった。しかし本作では、2016年9月16日、無料のDLCとして「後日談エピソード」が配信された。本編終了後は消息不明になるメクレット、アトミナとの再会や、旅立つ経緯などが描かれる。
ゲームが進行するとプラフタが人形の体を持つようになる。プラフタの体に錬金術の材料を組み込むことで、プラフタをカスタマイズできる。能力値だけでなく見た目も変化する。
材料アイテムをいくつか組み合わせることで、アイテムを作り出すことができる。本作では錬金窯に材料を入れる時にパズルのような画面になる。マス目で仕切られた錬金窯パネルにブロックの様に材料を入れる。マス目を埋めれば埋めるほど品質が上がる。釜にはいくつか種類が有り、調合する事で選べる釜が増える他、光が配置されているマスを埋めた時のポイントも異なり、釜自体を錬金して強化することも可能。更に、中には「ラスボスを倒して初めて調合可能になる釜」も存在する。因みにマスを全て埋めるとソフィーの台詞・挙動が普段とは違った物になる。
本作は昼夜や天候の概念があり、時間帯や天候によっては採取できるアイテムが変化することがある。前作同様、期間制限の概念は無く、年数の経過で自動的にエンディングになることはない。曜日は双葉・蕾・開花・果実・種子の5曜日があり、果実・種子の日は日祝日に当たる。主人公の数は「アーシャのアトリエ」以来の一人になっており、複数人から選択は不可能。戦闘に於いてはこれまでは三人までしか同時に参加が出来なかったが、今回は四人まで参加可能となった。バトルの仕様も今作のみ、全員が行動を選択してから順番に行動するようになっている。また、サポートアタックとサポートガードは、コマンド実行前にL1ボタン・R1ボタンで「攻撃スタンス」か「防御スタンス」のどちらかを選ぶ事で、自動で発動するようになった。ストーリーが進みイベントが発生すると、以降は敵を攻撃した時に溜まるチェインのゲージが150％を超えていると自動で強力な攻撃・防御技が発動する他、ゲージが最高の300％になっていると、更に強力なスペシャルアタック・スペシャルガードが発動するようになり、リードを取るキャラのカットインが表示される演出も入る。攻撃スキル以外のスキルは会話イベントを進める事でそれぞれが習得可能。アイテムは、これまでの作品では主人公のみ使用可能であったが、今作は主人公以外の全キャラもアイテムを使用可能になった(但し、ソフィー以外は使用アイテムに制限がある)。個数も前作までと違い5つまでと決まっている。また前作、前々作とは違い使い切るとアトリエに帰っても回数補充は行われず、付け替えるしかないが、コルネリアのイベントを進めると、彼女の錬金術により自動補充が可能となる。
キルヘン・ベルという小さな街に、ソフィーという少女が住んでいた。彼女は今は亡き祖母から教わった「錬金術」を志していたが、独学では限界があり、失敗続きだった。ある時、ソフィーは不思議な「しゃべる本」を発見する。プラフタと名乗るその本は、失われた錬金術を記した本だった。プラフタは記憶を失っており、失われた錬金術のレシピを書き込むことで、人間に戻ることができるという。ソフィーは失われた錬金術を再生させ、プラフタを人間に戻すことを決心する。
リディア・ザメンホフは彼女が9歳の時にエスペラントを学び始めた。14歳の時にはすでにポーランド語からの書籍の翻訳を行うようになっていた。それから数年後には、はじめてのエスペラントによる書籍を出版している。1925年に大学での法学の勉強を終えると、彼女はエスペラントのための活動に全面的に身を捧げることを決めた。 同じ年にジュネーヴで行われた17回目のエスペラントの世界大会の期間中、彼女はバハーイー教のことを知った。 リディアはワルシャワにあったホモラニスモを重視した「エスペラント社会の調和」と呼ばれる会の秘書となり、しばしばエスペラント話者や講座のための計画を立てた。1924年のウィーン国際大会以降、彼女は生涯を通じてすべてのエスペラントの国際大会に参加した。 チェ法(Cseh-metodo)と呼ばれるエスペラント教授法のインストラクターとして、彼女はエスペラントを普及するため幾たびも旅に出かけ、さまざまな国で多くの講義を行った。 彼女はまた、国際学生連盟、世界エスペラント協会、チェ協会、そしてバハーイー教において積極的に自らの仕事と学生エスペラント運動を調和させた。加えて、リディア・ザメンホフは季刊誌「Literatura Mondo」（文学世界）にも寄稿していた。これは主としてポーランド文学を扱った文学誌であった。また同時に「Pola Esperantisto」（ポーランドのエスペランティスト）、「La Praktiko」（実践）、「Heroldo de Esperanto」（エスペラント・ヘラルド）、そして「Enciklopedio de Esperanto」（エスペラント百科事典）などにも寄稿していた。リディアによるヘンリク・シェンキェヴィチの小説「クォ・ヴァディス」の翻訳は1933年に出版され、現在でも名を知られている。1937年には彼女は長期滞在の目的でアメリカ合衆国に渡った。1938年12月に、エスペラントを教授したことは「有償労働」にあたり違法であるとして、アメリカ移民局がビザの延長を断ったため、彼女は合衆国を立ち去らねばならなくなった。ポーランドに帰国して後、彼女は国内をめぐりエスペラントとバハーイー教の普及に携わった。ドイツ占領下において、彼女は逮捕されワルシャワ・ゲットーに収容された。彼女はそこで収容者が食料と医薬品を手に入れられるよう尽力した。彼女は生徒のポーランド人エスペランティストから、何回か助力や脱走への協力を申し入れられたが、どれも拒否した。 最終的に彼女はトレブリンカの絶滅収容所に移送され、1942年の夏以降のいずれかの時期に殺害された。