進化は、ときにラマルク説にあうように、始まるのかもしれない。エピジェネティックな変化により、遺伝子調節または表現型の変化が起こり、その後、遺伝子レベルでの変化によって統合される。エピジェネティックな変化には、可逆的メチル化によるDNAの改変を含み、発生の機構がもつ遺伝的な可塑性により、肉体的および他の環境効果によって、生物のプログラムされていない変化が含まれる。生物学者Stuart A. NewmanとGerd B. Mullerは、多細胞生物の歴史の初期の生物は、エピジェネティックな進化に対してより強く反応して、初期の大進化の基礎を提供したかもしれないと示唆している。
ツールキットのバリエーションは、動物の形態学的進化の大部分を生み出した可能性がある。ツールキットは2つの方法で進化を推進することができる。ツールキット遺伝子は全く違うパターンで発現されうる。例えば、ダーウィンフィンチの種によって異なるくちばしの大きさが、BMP遺伝子の発現量に関連することまたはdistal-less遺伝子の発現が減り、ヘビが脚を失ったことなどが、挙げられる。 、あるいは、ツールキット遺伝子は、新しい機能を獲得することができる。例えば、同じdistal-less遺伝子には、多くの機能があり、脊椎動物の下顎のような多様な構造を制御し、ショウジョウバエの足、触角を形成し、蝶の翅の目のような模様のパターンをつくる。
より驚くべき、そしておそらく（新ダーウィンの観点から）直観的ではない進化発生生物学における最近の研究の結果は、多くの門を越えた生物体の形態の多様性が、発生に関連する高度に保存された、ツールキット遺伝子やその他の遺伝子によっており、それらの遺伝子の塩基配列の多様性によっていないことである。 確かに、GerhartとKirschnerが指摘しているように、明らかな矛盾がある。「変化が最も期待される場所では、変化がなく、保存がされていることが確認されるだけである。」異なる動物の間で観察された形態学的な新規性が（変異などによる）遺伝子配列の変化に由来しない場合、いったい、何に由来するのだろうか？それは、新規性は、遺伝子調節が、突然変異によって変化することによって、生じ得る。
生物のゲノム中の少数の遺伝子が生物の発生を制御する。これらの遺伝子は、発生に関わるツールキット遺伝子と呼ばれている。それらは門の間で高度に保存されており、進化の初期で獲得されたことを意味している。ツールキット遺伝子は、発生において、ボディプランと、身体部分の数、同一性、パターンの違いに影響を及ぼす。ほとんどのツールキット遺伝子は、シグナル伝達経路の一部であり、転写因子、細胞接着タンパク質、細胞表面受容体タンパク質およびそれらに結合するシグナル伝達リガンド、ならびに胚を通って拡散する分泌されたモルフォゲンをコードする。これらのすべては、胚の未分化細胞の運命を決定するのに役立つ。それと同時に、ツールキット遺伝子は、胚を形作る、時間と空間のパターンを生成し、最終的に生物のボディプランを形成する。最も重要なツールキット遺伝子の中にHox遺伝子がある。これらの転写因子は、他のツールキット遺伝子にも見出されるホメオボックスタンパク質結合DNAモチーフを含み、その前後の軸に沿って身体の基本パターンを生成する。 Hox遺伝子は、ヘビの多くの脊椎のような反復部分が発育中の胚または幼虫でどのくらい成長するかを決定する。既に言及したPax-6は、古典的なツールキット遺伝子である。ホメオボックス遺伝子は、植物においても見出され、それらは全ての真核生物に共通であることを示唆している。
19世紀初頭から20世紀まで、発生学は謎と対峙していた。動物は、卵からしばしば同様の段階を経て、大きく異なる体制の成体になるように見えるが、動物学者は胚発生が分子レベルでどのように制御されているかについてほとんど何もわかっていなかった。チャールズ・ダーウィンは、共通の胚構造が共通の祖先を暗示していると主張した。その一例として、ダーウィンは、1859年の著作『種の起源』に、エビに似たフジツボの幼虫を引用し、その成虫が他の節足動物のようには見えないと、指摘した。 リンネとキュヴィエはそれらを軟体動物に分類した。19世紀の動物学は、発生学を進化科学に変え、胚の相同性を系統発生に結びつけた。フリッツ・ミューラーを含む動物学者は、分類群間の系統関係を発見するための発生学を提案した。しかし、次の100年の間、分子的証拠がなく、進展は止まった。
しかし、9月10日には米上院で、司法省と国務省が対日賠償訴訟に関して意見陳述を行うことを禁じる修正条項法案が可決した（提案者は共和党ボブ・スミス上院議員）。2001年9月11日、アメリカ同時多発テロ事件が発生。10月には元駐日大使のトーマス・フォーリー、ウォルター・モンデール、マイケル・アマコストが修正法案は「米国の安全保障に緊要な条約の破棄になりかねない法案」であり、「訴訟に根拠を与えるいかなる措置も平和条約の重要な条項に違反する」として、日本国との平和条約は米国の太平洋地域の安全保障の要石であり、またドイツは連合国と平和条約を締結しなかったが、日本はドイツと異なり明確に決着したこと、また元軍人には日本からの接収資産から一人3000ドル（2万3000ドル）の補償もすでに行われていると批判した。11月20日、米国議会は上下両院で可決した修正法案を最終審議の議会両院協議会で抹消した。2001年9月17日、米連邦裁ウォーカー判事は中国・韓国・フィリピン人による対日賠償請求訴訟について「フィリピンは平和条約を批准しており、賠償請求をできない」、中国・韓国人については「ヘイドン法が憲法違反であり、したがって訴訟も無効」と判決し、訴えを却下した。原告は控訴。2001年10月4日、ワシントン米連邦地裁は慰安婦訴訟について日本側の主張を認め請求棄却。原告側はD.C.巡回区控訴裁判所（高裁）へ控訴。