メジロライアンの種牡馬入りに際して、メジロ牧場はシンジケートの組織を計画したが、勝ちきれなかった競走馬時代の印象に加え、「内国産の二代目は種牡馬として成功しない」という通説、バブル崩壊の影響などから会員集めには困難が伴った。一株480万円を50口、総額2億4000万円という安価に設定されたにも関わらず、種牡馬としての繋養を引き受けたアロースタッドがある北海道静内町の生産者からはほとんど相手にされず、募集地域を拡大してようやく満口となった。その内訳もほとんどは小牧場で占められ、一流牝馬との交配は見込めないものであった。しかし、1996年に初年度産駒がデビューすると、12月にメジロドーベルが3歳女王戦・阪神3歳牝馬ステークスに優勝して早々に産駒のGI初勝利を挙げ、ほかメジロブライトがラジオたんぱ杯3歳ステークスに勝利、エアガッツも3勝を挙げるといった活躍を見せ、内国産馬として七冠馬シンボリルドルフ以来6年ぶりに新種牡馬ランキングの首位を獲得。3歳総合ランキングでもブライアンズタイムに次ぐ2位を記録した。同年春時点の種付け料は初年度の150万円から60万円まで下落していたが、翌1997年春に行われた種付け株の競り市では、交配権が当年の内国産種牡馬最高額の613万円で取引された。輸入種牡馬の産駒や外国産馬が大勢を占めていた中で、内国産二代目であるメジロライアンの活躍は大きな注目を集め、戦後内国産種牡馬の道筋を開いたとされている五冠馬シンザンの種牡馬時代を手掛けた谷川弘一郎は、「日本の牧場で草を食んだ馬が日本の競馬を支えるのが理想。その意味ではメジロライアンの子がマル外（外国産馬）を敵に回して勝つことを期待しています。きっとシンザンも草葉の陰で喜んでいると思います」と語った。メジロドーベルとメジロブライトは翌年以降も活躍を続け、最終的にドーベルは牝馬として当時最多のGI競走5勝を挙げ、ブライトは1998年にライアンが勝てなかった天皇賞（春）を制した。産駒からのGI優勝馬はこの2頭のみとなったが、重賞勝利馬は以降もコンスタントに輩出し、メジロライアンは内国産の有力種牡馬としての地位を確立した。メジロ牧場専務の岩崎伸道は、「どんな繁殖牝馬が相手でも、ライアンに似た子が生まれてくるんですね。アンバーシャダイは骨質が非常に丈夫でライアンもその長所を受け継いでタフに走りましたが、産駒は外見だけではなくそうした内面の長所もよく受け継いでいます」と、その特徴を語っている。2006年に交配相手の受胎率が5割を切るという授精能力の低下が見られ、同年9月にシンジケートが解散。メジロ牧場の個人所有で翌2007年も種牡馬生活を続行したものの、11頭に種付けをしてすべて不受胎であった。これが決定打となり、この年で種牡馬引退となった。なお、メジロブライトが後継種牡馬となっていたが、2004年に10歳で死亡。唯一の重賞勝利産駒がせん馬（去勢された馬）であるマキハタサイボーグで、サイアーラインの継続はできなかった。
日本語学者・松村明が監修した『デジタル大辞泉』では、「稲荷」の意味として「狐」（ミケツカミ）がある。日本語文化研究者・劉克華の報告では、日本全国に存在する三万社以上の稲荷社が狐像を備えており、「狐」自体を「稲荷神」として信仰する場所も少なくない。しかし、伏見稲荷大社は狐を稲荷神の神使とし、稲荷神そのものではないと述べていたり、また最上稲荷は白狐を稲荷神（最上位経王大菩薩）の御眷属（お使い）と述べていたりするように、一般的に寺社においては祭神と狐は区別されている。民間伝承においては、稲荷と狐はしばしば同一視されており、例えば『百家説林』（ひゃっかせつりん・ひゃっかぜいりん）に「稲荷といふも狐なり　狐といふも稲荷なり」という女童の歌が記されている。また、稲荷神が貴狐天皇（ダキニ天）、ミケツ（三狐・御食津）、野狐、狐、飯綱と呼ばれる場合もある。日本では弥生時代以来、蛇への信仰が根強く、稲荷山も古くは蛇神信仰の中心地であったが、平安時代になってから狐を神使とする信仰が広まった。稲荷神と習合した宇迦之御魂神の別名に御饌津神（みけつのかみ）があるが、狐の古名は「けつ」で、そこから「みけつのかみ」に「三狐神」と当て字したのが発端と考えられ、やがて狐は稲荷神の使い、あるいは眷属に収まった。なお、「三狐神」は「サグジ」とも読む。かつて「シャグジ（石神）」または「三狐神（シャグジ）」であった岩屋（神）が、後に稲荷神・ウカノミタマを祀る神社となった事例もある。時代が下ると、稲荷狐には朝廷に出入りすることができる「命婦」の格が授けられたことから、これが命婦神（みょうぶがみ）と呼ばれて上下社に祀られるようにもなった。上記されているように稲荷神は元々は農業神であるが、狐は穀物を食い荒らすネズミを捕食すること、狐の色や尻尾の形が実った稲穂に似ていることから、狐が稲荷神の使いに位置付けられたとも言われる。江戸時代に入って稲荷が商売の神と公認され、大衆の人気を集めるようになった。またこの頃から稲荷神社の数が急激に増え、流行神（はやりがみ）と呼ばれる時もあった。また仏教の荼枳尼天は、日本では狐に乗ると考えられ、稲荷神と習合されるようになった。今日稲荷神社に祀られている狐の多くは白狐（びゃっこ）である。江戸などの大都会や、屋敷稲荷を祀る東日本の農村では、狐憑きはしばしば稲荷との関連で発生しており、症状が良性である場合も多い。一方で、もともと狐信仰が弱かった山陰・南四国・東九州などの一部では、「憑き筋」と呼ばれる家系が想定され、村落の社会的緊張を生んだ。稲荷神社の前には、狛犬の代わりに、宝玉をくわえた狐の像が置かれることが多い。他の祭神とは違い、稲荷神には神酒・赤飯の他に稲荷寿司およびそれに使用される油揚げが供えられ、ここから油揚げを使った料理を「稲荷」とも呼ぶようになった。ただし狐は肉食であり、実際には油揚げが好物なわけではない。