南北戦争終了後、第二次メキシコ帝国が崩壊の混乱にある中、サスケハナは、後のメキシコ共和国大統領ベニート・フアレスとの外交関係を樹立するための米国外交使節団をベラクルスに送った。しかし、メキシコ皇帝マクシミリアンは、退位を拒否。サスケハナは母港に戻った。サスケハナはブラジルにも航海し、南アメリカの大西洋側で活動し、1866年6月30日に帰国、任務を解かれた。1866年11月2日に北大西洋艦隊旗艦としての任務につき、1868年1月14日に退役し、ニューヨーク海軍工廠のドックに入った。1883年9月27日に売却・スクラップにされた。
サスケハナは北軍の艦として大西洋封鎖艦隊に編入され行動、ハンプトン・ローズに向かった。8月後半、サスケハナは陸海共同作戦であるハッテラス入り江砲台の戦いに参加し2つの砦の占領に成功した。9月には英国のスクーナーを2隻、南軍のスクーナーも2隻拿捕した。これら4隻は禁制品を満載していた。10月後半、サスケハナはサミュエル・デュポン代将が指揮する、サウスカロライナ遠征作戦に参加した。11月7日にはポート・ロイヤル・サウンド、9日にはビューフォートを占領し、ブロード川河口の封鎖を完了した。こららの作戦は、後の南大西洋封鎖艦隊に重要な基地を提供することになる。サスケハナは次の春までこの重要な艦隊に留まり、主にチャールストンの封鎖に従事した。1862年4月3日には、バハマから封鎖をすり抜けようとした英国のスクーナーを拿捕している。4月29日、サスケハナは北大西洋封鎖艦隊を強化するため、ハンプトン・ローズに向かい、ジョージ・マクレラン陸軍少将のリッチモンド侵攻作戦のための可能な限りの支援を行うよう命令される。その地域の北軍艦艇は南部海軍の装甲艦バージニアの脅威を受けていた。サスケハナは僚艦4隻と共に、エイブラハム・リンカーン大統領の命令の下、5月8日にバージニア州セウェル岬の南軍の砲台を砲撃した。5月10日に北軍はノーフォークの占領に成功。これにより動きの取れなくなったバージニアは、捕獲を避けるべく1862年5月11日の朝に自沈し、ハンプトン・ローズ地域の北軍艦艇への脅威は取り除かれた。5月後半、サスケハナはメキシコ湾封鎖艦隊に編入され、司令官デヴィッド・ファラガット少将に命令を届けることとなった。途中6月11日、南部海軍のスクーナーを拿捕しフロリダ州キーウェストに送っている。6月29日、武器・弾薬を満載してモービル湾に進入しようとした英国の蒸気船を、僚艦とともに阻止。1863年春、ニューヨークに戻り修理を受けるよう命令されるまで、メキシコ湾での作戦に従事した。サスケハナは1864年7月20日に復帰、北大西洋封鎖艦隊に編入され、1864年のクリスマスにはノースカロライナの第一次フィッシャー砦の戦いに参加。続いて、1865年2月中旬には第二次フィッシャー砦の戦いに勝利し、南軍の最後の港であるウィルミントンに迫った。この間、サスケハナはシルバナス・ゴードン（Sylvanus Godon）少将の指揮下にあった。
仮に、小惑星や彗星の残骸や破片が原因だとした場合、KIC 8462852Aの周りで強い赤外線が観測されるはずだが、スピッツァー宇宙望遠鏡やWISEなどによる観測ではKIC 8462852Aの周りに赤外線は観測されなかった。この結果は、少なくとも減光が岩石質の天体の残骸によるものではないことを示唆する。そのため、冷たい彗星の残骸による可能性が高くなった。SETIの科学者がアレン・テレスコープ・アレイで1-10GHzの電波を調べたものの、人工的な信号を見出すことはできなかった。当初、最も有力と考えられていた説はKIC 8462852Aの周りを楕円軌道で公転している巨大な彗星とそれから分裂した残骸群が時折、KIC 8462852Aの周りを通過し、減光をもたらすというものである。この説が正しければ、2011年に観測された減光は残骸群の先頭にある巨大な彗星によるものであり、2013年頃に観測された減光はその彗星から分裂した残骸や破片によるものになる。現在は彗星と残骸群がKIC 8462852Aから遠ざかっているとされているため、赤外線が観測されない可能性もある。しかし、前述のようにKIC 8462852Aが過去にも長期の減光を起こしていたらしいことが判明し、彗星説は有力ではなくなった。この減光を発見したシェイファーによれば、彗星説を採用するなら直径200kmもの彗星が約64万8000個も列をなして通過しなければこの現象を説明できず、そんなことは極めて考えにくいことだという。彗星説以外のモデルとして、巨大な環を持った木星型惑星が、その前後60度（ラグランジュ点L₄とL₅）に大量のトロヤ小惑星を従えて公転しているという仮説が提唱された。ただし、このモデルで減光を説明するには、惑星や環が恒星に対して非常に大きなサイズを持つ必要があり、小惑星についても非現実的な量が存在しなければならないという問題がある。ジェット推進研究所を退職後にアマチュア天文家として活動しているブルース・ゲイリーは、KIC 8462852Aが、中央に大きな穴の開いた薄く不透明なダスト円盤に囲まれているというモデルを紹介している。KIC 8462852Aと円盤を斜めから観測していると仮定すると、円盤中央の穴が細長い楕円形に見え、その中央に恒星が位置しているように見えるはずである。傾きの大きさによっては、手前側の円盤の内縁が恒星をわずかに覆い隠すように見える、という状況が生じ得る。円盤の内縁が滑らかであれば、円盤が公転してもそれが恒星の光を遮る割合はほとんど一定に保たれ、これがKIC 8462852Aの平常時の光度と考えられる。この円盤の内縁には所々乱れて瘤のように膨らんだ部分があるかもしれない。その部分が恒星の手前を通過する間は、円盤が恒星を隠す面積が一時的に増加し、不規則な減光が生じ得る。ゲイリーは円盤の内縁がKIC 8462852Aから2.9天文単位の距離にあり、1512日周期で公転しているというモデルを例示している。