1991年（平成3年）に宗門は創価学会を破門したが、当初は正本堂や大講堂など、学会が寄進した建物は存置されていた。破門後は学会が主体となって運営されていた月例登山会を終了させ、学会員は寺院を通せば正本堂を内拝できるようにし（添書登山）、学会離脱・宗門への帰依を促していた。それを経た上で1997年（平成9年）に新聞広告などを通じて、宗門は学会員の信徒資格喪失＝正本堂参詣不許可を周知している。日蓮正宗は後に、阪神・淡路大震災を契機に改めてこれらの建物の耐震調査を行ったところ、強度不足に加え、鉄骨や大理石などの構造物の腐食も目立っており、耐震性に問題があることが判明した。しかし、仮に補強をするにしても多額の費用がかかり、創価学会を破門した後で寄付が見込めず、本堂の維持費は年間10億円かかったことに加えて、教義逸脱を理由として破門した池田が建立願主である建物を存置することへの宗門内の批判があったことにより解体の運びとなった、と主張している。これに対し、創価学会は、「正本堂は、長期間の老朽化にも対処出来る設計になっており、建設からたった数十年で腐食する筈がない」と指摘している。また、正本堂を設計した横山公男が、日蓮正宗に、「腐食箇所を調査させて欲しい」と依頼したところ、日蓮正宗はこれを断固として拒否した。よって正本堂解体の真の理由は、耐震性や構造物の安全上の理由などではなく、「日達上人の歴史的業績に対する日顕の嫉妬」と、寧ろ「池田会長が建立願主である事を日顕が嫌がった」からであると指摘し、正本堂解体を批判している。結局、正本堂解体は約45億円の費用をかけ、1998年（平成10年）5月に着手されたが、創価学会は聖教新聞紙上で正本堂解体を「ご供養をした信徒の誠意を踏みにじるもの」として激しく非難。正本堂の意義に対し宗門側に再三「質問状」を提出し、宗門側も反論文を発表した。更に複数の創価学会員（創価学会が原告ではない理由は諸説ある）が日蓮正宗側に「正本堂が解体されたことにより」精神的苦痛を被ったとして、慰謝料請求と護持御供養の返還を求めた、いわゆる「正本堂訴訟」を2000年（平成12年）全国で39件起こしたが、「総本山内の建物の所有・維持・管理の全ての権限は宗門にあり、創価学会にはない」としてその全てが学会員側の敗訴に終わっている（2006年（平成18年）10月現在 最高裁確定）。解体され更地となった正本堂跡には同等の収容人数を誇る奉安堂が2002年（平成14年）10月に完成し落慶法要が行われた。正本堂の基礎構造を解体することは相当な出費があるため断念され、奉安堂は正本堂の基礎をそのまま使って建設された。
阪神3歳ステークスを優勝したことで、テンポイントは名実ともに関西のクラシック候補として認識されるようになった調教師の小川は東京優駿（日本ダービー）に備え早めに東京競馬場のコースを経験させるためにテンポイントを東京競馬場で行われる東京4歳ステークスに出走させ、その後中山競馬場に滞在して皐月賞に臨む計画を立てた。テンポイントの管理や調教は主戦騎手の鹿戸明と厩務員の山田に任されることになった。1976年の初戦となった東京4歳ステークスでは直線の坂を登った地点で先頭に立ち優勝したが、それまでと異なり2着のクライムカイザーとは半馬身差の接戦となった。続く皐月賞トライアルのスプリングステークスでも優勝したが2着馬とはクビ差の接戦であった。この結果を受けて関東の競馬関係者からは「テンポイントは怪物ではない」という声も上がるようになった。鹿戸によるとスプリングステークスでのテンポイントは体重を十分に絞り切れておらず、鹿戸と山田は調教の様子を見に来た小川から叱責を受けた。関東では苦戦が続いたものの、5戦5勝という成績でクラシック一冠目の皐月賞に臨むことになった。しかし厩務員の労働組合による春闘の影響でテンポイントの調整に狂いが生じた。この年の春闘はベースアップを巡り労働組合側と日本調教師会とが激しく対立し、厩務員側のストライキによって皐月賞施行予定日である4月18日の競馬開催が中止となる可能性が出た。テンポイント陣営はストライキは行われないと予想しレース施行予定日の3日前に強い負荷をかける調教を行ったが、予想に反してストライキが行われ、皐月賞の施行は1週間後25日に順延された。その後組合と調教師会の団体交渉は長期化し、25日の開催も危ぶまれるようになった。陣営は今度は再度順延になると予想した上で24日に強い負荷をかける調教を行ったが、調教を行った数時間後にクラシックだけは開催することで合意が形成され、ふたたび予想が裏目に出る結果となった。これらの調整の狂いによってテンポイントには疲労が蓄積し、苛立ちを見せるようになった。その結果レースでは1番人気に支持されたものの、同じく無敗で臨んでいたトウショウボーイに5馬身差をつけられ2着に敗れた。次走は年初から目標としていた東京優駿となった。テンポイントは2番人気に支持されたものの、厩務員の山田によると競走生活においてもっとも体調が悪かった。山田は勝つことを「すっかり諦めて、かえって気楽でした」と当時を振り返っている。レースでは第3コーナーから思うように加速することができず、7着に敗れた。レース後に左前脚の剥離骨折が判明し、治療のため休養に入った。なお、5月9日に主戦騎手の鹿戸明が京都競馬場でのレース中に落馬して骨盤を骨折して騎乗が不可能となったため東京優駿では武邦彦が騎乗した。鹿戸がテンポイントに騎乗しなかったのはこのレースだけである。骨折は程度は軽く7月頃には治り、陣営はクラシック最終戦・菊花賞へ向けて調整を続けた。菊花賞のトライアルレースであった神戸新聞杯と京都新聞杯には間に合わず、復帰初戦には京都大賞典が選ばれた。テンポイントの調整は調教師の小川がレース前に「やっと出走にこぎつけた」とコメントしたように万全ではなく、人気は6番人気と低かったが優勝馬と0.1秒差の3着に健闘した。菊花賞では単枠指定されたトウショウボーイとクライムカイザーに次ぐ3番人気に支持された。このレースで鹿戸はトウショウボーイをマークする形でレースを進め、最後の直線でトウショウボーイを交わして先頭に立った。トウショウボーイにはそのまま先着したが内ラチ沿いを伸びてきた12番人気のグリーングラスに交わされ、2馬身半差の2着に終わった。なお、当時グリーングラスの勝利はフロック視されたが、のちに同馬はTTGの一角を形成する実力馬とみなされるようになった菊花賞の後、陣営は有馬記念への出走を決めた。レースでテンポイントは5、6番手を進んだが第3コーナーから第4コーナーにかけて馬群の中で前方へ進出するための進路を失い、一度加速を緩め外へ進路をとった後に再度加速したものの直線で先頭に立ったトウショウボーイとの差は詰まらず、1馬身半差の2着に敗れた。