1964年に政権を獲得した労働党のハロルド・ウィルソンは、鉄道廃止の中止を政権公約に掲げていた。しかし、労働党は政権に就くとすぐにこの公約を撤回して、1960年代末以前の前政権時代よりさらに速いペースで廃止は続行された。1965年、バーバラ・キャッスル (Barbara Castle) が運輸大臣に指名された。彼女は将来予測で少なくとも11,000 マイル（17,700 キロメートル）の路線が必要と決定し、鉄道網はこの規模で安定すべきとした。1960年代末に向けて、鉄道の廃線は、当初期待していた支出削減や鉄道網の収支欠損の改善の効果は薄く、今後も見込めないことが一層明白になってきた。キャッスルはまた、その収支を償うことはできないが社会的に価値のある役割を果たす路線については、政府が補助すべきであると規定した。しかしながら、これを可能にする規定が1968年交通法（Transport Act 1968、第39章に3年間の補助金支給条項がある）に盛り込まれた時点で、この補助金の支給を受けたであろう多くの路線が既に廃止・撤去されており、この規定の効果を薄れさせた。結果的にはこの規定により多くの支線が廃止を免れた。
1964年、ビーチング博士は2番目のあまり知られていない報告、最初の報告書よりさらに踏み込んだ「主要幹線ルートの開発」(The Development of the Major Railway Trunk Routes) 、あるいはビーチング第2報告書と呼ばれる報告書を発表した。報告書では、大規模な投資を続行する価値があると考えられる路線を選定した。この報告では、都市間ルートや都市近郊の重要な通勤路線以外の路線を全廃すべきとしていた。右の地図はこの報告が実行された場合の結果を示しており、鉄道網は7,000 マイル（11,260 キロメートル）に削減され、イギリスには骸骨のような路線網しか残らないことになる。国土のうちのある部分、ウェールズの大半、北部スコットランド、ヨークシャー、イースト・アングリア、南西イングランドにはほとんど鉄道が残らないことになった。
対象線区の全てが廃止されたわけではなく、多くの路線が政治的な理由から存続した。例としてスコットランドのハイランド地方を通るファー・ノース線 (Far North Line) やウェスト・ハイランド線 (West Highland Line) などは、ハイランド地方の強力なロビーの圧力が存続理由の1つとなった。ハート・オブ・ウェールズ線 (Heart of Wales Line) は多数の与野党が伯仲する選挙区を通り、廃止実行の勇気が誰にもなく存続したといわれている。これに加えて、コーンウォールのタマー・バレー線 (Tamar Valley Line) など、並行道路の未整備を理由に存続した路線もある。ビーチングの斧と別の理由で後年廃止された路線もある。マンチェスターとシェフィールドを結ぶウッドヘッド線 (Woodhead Line) は、依存していた貨物輸送の衰退により1981年に廃止された。
執政の座についた頼長は意欲に燃え、学術の再興、弛緩した政治の刷新を目指した。その信条は聖徳太子の十七条憲法により天下を撥乱反正することにあった（『台記』康治2年10月22日条）。勢力を強めていた奥州藤原氏の藤原基衡にも、自身の荘園の年貢増徴を要求して、仁平3年（1153年）に妥結した。しかし律令や儒教の論理を重視して、実際の慣例を無視する頼長の政治は周囲の理解を得られず、院近臣である中・下級貴族の反発を招き孤立していった。また、近衛天皇も頼長をあからさまに嫌うようになった。その後、頼長は周囲と衝突を繰り返す問題児の態をなす。即ち、仁平元年（1151年）9月、家人に命じて鳥羽法皇の寵臣・藤原家成の邸宅を破壊するという事件、仁平2年（1152年）仁和寺境内に検非違使を送り込み僧侶と騒擾、仁平3年（1153年）5月、石清水八幡宮に逃げ込んだ罪人を強引に追捕しようとしての流血事件、同年6月に上賀茂神社境内で興福寺の僧を捕縄する騒ぎ、などである。これらの一連の出来事は、頼長自身の綱紀粛正の意味もあったが、かえって、寺社勢力とも対立を深め、仁平4年（1154年）4月、延暦寺の僧たちによる満山呪詛を生じせしめた。こうして、頼長は対立勢力を勢いづけ、ひいては徐々に法皇からの信頼を失っていくことになる。久寿2年（1155年）7月23日、近衛天皇が崩御した。後継天皇を決める王者議定に参加したのは久我雅定と三条公教で、いずれも美福門院と関係の深い公卿だった。候補としては重仁親王が最有力だったが、美福門院のもう一人の養子・守仁王（後の二条天皇）が即位するまでの中継ぎとして、その父の雅仁親王が立太子しないまま29歳で即位することになった（後白河天皇）。守仁王はまだ年少であり、存命する父の雅仁親王を飛び越えての即位は如何なものかとの声が上がったためだった。突然の雅仁親王擁立の背景には、雅仁親王の乳母の夫である信西の策動があったと推測される。この重要な時期に頼長は妻の服喪のため朝廷に出仕していなかったが、すでに世間には近衛天皇の死は忠実・頼長が呪詛したためという噂が流されており、内覧を停止されて事実上の失脚状態となっていた。口寄せによって現れた近衛天皇の霊は「何者かが自分を呪うために愛宕山の天公像の目に釘を打った。このため、自分は眼病を患い、ついに亡くなるに及んだ」と述べ、調べてみると確かに釘が打ちつけられていた。住僧に尋ねてみると「5〜6年前の夜中に誰かが打ち付けた」と答えたという。頼長はそもそもそんな像があるとは知らなかったからできるはずがないと記述している（『台記』久寿2年8月27日条）。歴史研究者は事件は忠通や信西による謀略であると見ている。忠実は頼長を謹慎させ連絡役である高陽院を通じて法皇の信頼を取り戻そうとしたが、12月に高陽院が薨去したことでその望みを絶たれた。