1972年、アブドゥル・ラザクと和解、UMNO復帰を果たす。1973年、マレーシア食品工業公社会長に就任すると同時に、上院議員に任命された。1974年には、1974年総選挙に立候補するために、上院議員を辞職、その際の総選挙でクダ州から立候補し当選、下院議員復帰を果たした。9月5日の組閣人事で、新内閣の教育相に任命された。マハティールの教育相就任は、UMNO内の序列順位で首相兼外相のラザク、フセイン・オン副首相兼蔵相兼公社調整相に次ぐナンバー3になったことを示唆した。1976年1月、ラザクが病気療養先のロンドンで急死すると、副首相であるフセイン・オンが第3代首相に就任し、マハティールは副首相に就任した。副首相時代のマハティールは、PASとUMNOの対立の収拾に対処することとなる。クランタン州において発生したナシル（Mohamad Nasir）・クランタン州首相（UMNO）が、アスリ・イスラーム党党首とロフティ州連絡委員長がクランタン州首相であった時代（1964年-1974年）にシンガポール籍の企業を含む内外の企業に貸与していた土地を回収したことにより、両者の対立が激化した。最終的には、非常事態を宣言し、同州の連邦政府直轄化を行うことで事態の収拾にあたった。1978年6月に実施された総選挙において、UMNOとアライアンス関係を組む国民戦線は勝利し、7月27日に発表された組閣人事で、マハティールは副首相兼通産相に就任した。この頃、ラザク以来のブミプトラ政策がマレーシアに浸透する中で、ダーワと呼ばれるイスラーム復興運動が勃興した。その代表格がマレーシア・イスラーム青年運動 (ABIM) やダールル・アルカムである。
開業当時の線内最高速度は160 km/hで、これは新幹線を除く鉄道では京成電鉄 成田空港線（成田スカイアクセス線）の「スカイライナー」とともに日本では最速、狭軌では単独の国内最速であった。このため、後述のように各種設備はそれに対応して設計された。160 km/hに設定された背景には、国鉄時代に湖西線で行われた高速走行試験の目標が160 km/hであったことや、「新幹線の在来線の軌間の比率を考えると、200 km/hに対して160 km/hとなる」という考えもあったことが挙げられる。「140 km/hでも十分」という意見もあったが、関係者や技術者の多くは「絶対に在来線鉄道の将来に役立つ」と協力を惜しまなかったという。1947年に定められた鉄道運転規則に基づき、どんな場合でもブレーキ開始から走行600 m以内に停止できること（600m条項）が、在来線では必須とされてきた。2009年現在でも、新幹線以外の鉄道ではこの停止距離が標準的な要求となっている。ほくほく線の車両も600 m以内での停止要求は実現できていないが、ほくほく線は後述する原則踏切を排した完全立体の線路、ATS-P形式の自動列車停止装置、GG信号等が導入され、特例措置として160 km/h走行が認められた。しかし、1996年から開始された開業前の試運転の際には、高速走行時の車内で予想以上の気圧変動が発生しており、気密構造でなかった681系を使用した試運転で窓の接着部分には指が入るほどの隙間ができてしまったことすらあった。これらの現象は、ほくほく線のトンネルが単線断面であり、かつトンネル断面が複雑であることが要因であり、ほくほく線で高速運転を行う特急形車両については、客室扉が閉じた際に車体に圧着させるなどの対策を施した簡易気密構造の車両に限定されることになった。その後の半年にわたる試運転で安全性は立証されたものの、万全を期して、開業当初の最高速度は140 km/hとした。その2年後に行われた特急形車両の重要部検査時には、車両の構体に亀裂などがないかを微細に確認した上で、1998年12月8日から150 km/h運転を開始した。さらに2年後に行われた全般検査時にも構体に対して同様の確認を行い、2000年11月21日には160 km/h運転の試運転を行った上で問題がないことを確認、2002年3月23日から160 km/h運転が開始されている。ただし、通常ダイヤであれば155 km/h程度で定時運行が可能で、160 km/hは列車が遅延した際の余裕と考えられていた。また、最高速度である160 km/hで走行できる区間は、勾配などの影響から下り列車（犀潟方面行き）が赤倉・鍋立山・霧ヶ岳の各トンネル内とくびき駅から犀潟駅までの高架橋区間、上り列車（六日町方面行き）では薬師峠トンネル内となっている。さらに、気圧変動の緩和のため、ATS-Pによってトンネル進入時に130 km/hに速度を落とし、進入後のトンネル内で160 km/hまで加速させている。北陸新幹線開業後の2015年3月14日以降は特急列車の160km/h運転を終了し、国土交通省運輸局への申請最高運転速度を160km/hから引き下げている。なお、営業列車は基本的に110km/hで運転する普通列車のみとなったが、E491系検測車や485系などのJR車両を運転するため、申請最高運転速度は130km/hとしている。なお、160km/h運転に関わる技術は成田スカイアクセス線へ継承されており、日本鉄道運転協会から北越急行に対して、160 km/hによる運転の実績と京成電鉄への技術承継を評価する「東記念賞」が授与されている。