鉄道の安全を維持するために、多くの会社で毎年事故復旧訓練や防災訓練が行われるが、電車が脱線した時の乗客救助は最重要課題である。しかし、実際に電車を脱線させるだけでも大掛かりになる上、救助訓練を行うと車両を破損することがある。こうなると、実際に営業中の車両を使用する訳にはいかないので、廃車になった車両を解体する前に使うことになる（JR東日本201系など）。その他、車両火災や衝突事故の防止、被害軽減のための実車試験に使用されることも多い（例：脱線試験に用いられた京急旧1000形電車、車両火災試験に用いられた営団400形電車）。これとは別に、会社によっては訓練所で専用の車両を使用している会社もあるが、本線に出ない場合、車籍を抹消した車両を使用している（例に車籍復活前のEF551号機など）。民間に譲渡された車両が、結果として何らかの教材として利用される例もある。千葉県いすみ市にある知的障害者訓練施設「いすみ学園」に譲渡された東急デハ3450形電車は、入所者の自立支援として社会に出たときに鉄道に乗る訓練の教材となっている。かつて東京都自由が丘に存在したトモエ学園では、廃車体を教室として利用していた（後に卒業生の黒柳徹子が著書『窓ぎわのトットちゃん』で述べたことで知られるようになった）。また、博物館や研修施設ではシミュレーター用に実物の先頭車のカットモデルが転用されることがあり、最前部から1枚目の乗降扉までが使われることが多い。
一旦廃車となり車籍が抹消された後、鉄道会社や各自治体、団体などで保存されていた車両が、車籍を戻し現役として復活する例も稀ながら存在する。その多くはイベント列車として走行する蒸気機関車である。これらは保存時も整備され状態が良かった車両が選ばれ、走行に問題が無いと判断され車両工場で全般検査を通した上で本線の営業走行に復帰する。また、民営化直後には国鉄清算事業団が所有していた廃車車両を、列車の増発等を目的にJR各社や私鉄各社が購入して整備の上で車籍復活した例もあった。
旧型車の置き換えの際に置き換え対象車の廃車の手続きを取らず、新規導入車を置き換え対象車両の改造名義で振り替えてしまう事例もあり、一部の私鉄ではかつては多く行われていた（東武鉄道の200系や6050系のほか、近年まで運行されていた5000系列および3000系列はこの手法を応用した形である）。こうした振り替えを繰り返していくと、実車はどう見ても新車であるが、書類上は100年以上も前の車両の改造車ということも起こりうる（いわゆる「おじいさんの古い斧」）。鋼体化改造や事故車の復旧名義による代替新造も広義にはこの範疇に含まれ、車体新造や部品流用だけでなく他事業者から購入した中古車体（台車や機器まで含めた一切合財）によることもある。こうした場合、名目上車籍は存続しているものの、旧車体が振り替えられて解体された時点で実質的に廃車になったと見るべきである。こうしたケースは、改造として当局に届け出られるべき事項であるが、まれに無届のまま現車の振り替えが行われてしまうことがある。振り替え事例は私鉄ばかりでなく国有鉄道においても見られる（60系客車や413系、717系、キハ38など）。ほか、名目上の最古の現役機関車である九州旅客鉄道の58654号機も新造時の部品がほとんど残っていないため、事実上の振り替えになる。
天正10年（1582年）3月には武田氏・小山田氏が滅亡し（織田信長らによる甲州征伐）、同年6月の本能寺の変による信長の横死を契機とする天正壬午の乱を経て、甲斐は徳川家康が確保する。郡内地方には徳川氏の家臣である鳥居氏が配置され、谷村（都留市谷村）が支配拠点となった。豊臣政権下での家康の関東転封後は豊臣系大名である加藤氏や浅野氏などが領し、市域でも豊臣系大名時代の発給文書が残されている。徳川家が天下を掌握した江戸時代初期の寛永10年（1633年）には秋元氏が谷村藩主となり、3代70年あまりにわたって支配する。秋元氏時代にも谷村が支配拠点となり、都留郡において治水などの普請事業や郡内織の奨励などを行っており、市域でも秋元氏時代の史料が見られる。宝永元年（1704年）には秋元氏が転封され、郡内領は谷村代官所支配下となる。享保9年（1724年）には甲府藩も廃藩となり甲斐一国は幕府直轄領化され、郡内は幕末に至るまで谷村代官支配となる。近世には現在の古吉田にあった上吉田が西方に移転し、新たな町割が行われて上吉田と下吉田は一体化する。江戸時代に流行した富士信仰のほか鎌倉往還や富士道の途上にあたる物流の拠点として、街道沿いの計画都市が形成される。市域には水利に乏しい溶岩台地が広がっていたが、秋元氏時代には河口湖（富士河口湖町）の水を市域に導いた新田開発を目的とした新倉掘抜が着工し、曲折を経てに元治2年（1865年）に完成する。近世には水掛麦など農業生産力を向上させる工夫が行われる一方で、住民は副業として大工職を行い、郡内織は農閑期の主要産業として発展した。また、富士北麓は薬草の産地としても知られており、市域にも薬園が設置されて山野利用されている。文化面では、村々で若者仲間など共同体組織を基盤に道祖神祭礼などの年中行事が行われ、御師家は江戸や京都から文人が往来する文化的拠点となった。近世後期には全国的に商品流通経済の展開とともに農村荒廃や飢饉の発生、身分制度の動揺が起こる。農業生産力が低く織物産業に依存する郡内地方においてもしばしば飢饉が発生し、天保の大飢饉においては市域でも多くの餓死者や没落する百姓を出し、無宿の増加や博徒の横行を招く。谷村代官所では取締や村役人との間に郡中惣代を置くなど対応策を講じるが、天保7年（1836年）には都留郡に発し、甲斐一国の大規模な打ちこわしとなった天保騒動となって暴発する。市域の村では参加者が出ておらず、鎮圧後には谷村代官として江川英龍（太郎左衛門）が旧弊改革を行い、市域でも英龍の改革を好意的に受け止めている。幕末には御師のなかで浪士組や新徴組に参加して幕府側に加わる有志がいる一方で、明治元年（1868年）には上吉田の御師団有志29名が討幕運動に加わり、官軍として公認され蒼龍隊を結成する。戊辰戦争では東征大総督有栖川宮熾仁親王の護衛に参加し、同年5月の上野戦争でも戦っている。