物語は、ファイナル・ブレイクのラストシーンで、マイケルが亡くなった7年後から始まる。ある日、フォックスリバー刑務所からティーバッグが出所する。その際、看守から手渡された封筒には、マイケルの写真が入れられていた。リンカーンはティーバッグから写真を入手し、シーノートの協力を得て、マイケルがイエメンの『オギュギア刑務所』に収監されていることを知る。一方ティーバッグは謎の人物"オウティス"から筋電義手の手術を受ける。リンカーンは事実を確かめるため、シーノートと共にイエメンに向かう。そこは過激派組織によるテロが頻発する、内戦で崩壊寸前の国だった。中東を舞台に新たな脱獄が始まる。
ファイナル・シーズンのラストシーンでの空白の4年間を描く。スキュラ奪還計画が終了し、自由を得たマイケル達。そこでマイケルとサラが結婚式を挙げる。みんなで宴を楽しんでいる最中、突然警察によってサラがクリスティーナを殺害した容疑で拘束されてしまう。女子刑務所内でサラが命を狙われていると知ったマイケルは命がけでサラを救出する為の最後の脱獄計画を練るが、マイケルもまた病魔に侵されていた。
物語の前半では、ホームランドセキュリティのエージェント、ドンセルフの指示の下、マイケルらは、カンパニーから「スキュラ(Scylla)」と呼ばれるデータカードを奪うため、カンパニー幹部メンバーが持つデータカードをひとつずつ盗んでいく。スキュラの獲得成功後、ドンセルフが、スキュラを売るためにマイケル達を利用していたことが判明。スキュラを失ったカンパニーは、脳の病気を患っていたマイケルを治療する代わりに、リンカーン達にスキュラの奪還を命じた。スキュラを巡る争いには、以前カンパニーのメンバーだったマイケル達の母親がカンパニーの敵として登場。争いの中、スキュラは、再生可能なエネルギー技術のデータであることが分かる。最後にマイケル達は、スキュラの奪還に成功し、カンパニーや母親に渡すことなく、全員無罪放免となることとなる。4年後、死去したマイケルの墓を仲間たちが訪れたところで物語は幕を閉じる。
パナマのSONA刑務所に収監されたマイケル。そこには一年前の暴動以来看守が存在しておらず、軍がその周囲を包囲しているだけの荒廃した刑務所だった。極悪人のはびこるその刑務所から生きて出られたものは誰一人とて存在していない。入ったら最後、生きて出ることは不可能と言われていた。収監されたマイケルはカンパニーに「ジェームズ・ウィスラー」なる囚人を連れて脱獄するよう命令を受ける。期間は一週間。それまでに脱獄しなければ人質の身とされたLJとサラを殺すと脅されてしまう。
フォックスリバー刑務所から8人の囚人が脱獄した。「フォックスリバー8」と呼ばれる彼らはそれぞれ愛する者のため、また己の欲のため、逃亡を続ける。その一方ではFBIが動き出していた。アレクサンダー・マホーン捜査官はその天才的な頭脳を駆使し、着実に逃亡者たちを追い詰めていく。更に彼の裏でマイケルら兄弟を始末すべく、組織が暗躍する。
副大統領の弟を射殺した容疑で逮捕され、死刑判決を受けたリンカーン・バローズ。主人公マイケル・スコフィールドは兄リンカーンの無実を信じ、刑執行から救い出すために綿密な計画を備え、自身の体に刑務所の設計図を模したタトゥーをいれる。銀行強盗を犯し、目論見通り実刑が確定したマイケルは、リンカーンが収容され、また自身が改修工事の際に携わった重警備のフォックスリバー刑務所への収監を希望。兄弟での脱獄を企てる。
主系列星が核での水素を消費したとき、エネルギー生成の喪失によって重力崩壊が再び発生し、恒星は主系列から進化する。恒星がHR図上で描く経路は進化トラックと呼ばれる。0.23太陽質量よりも軽い恒星は、核での水素核融合によるエネルギー生成が止まると直接白色矮星になると予測されているが、この進化を起こすほど年老いた恒星は存在しない。0.23太陽質量よりも重い恒星では、ヘリウム核を取り巻く水素が核融合を起こすのに十分な温度と圧力になるため、ヘリウムの核周りでの水素燃焼殻が形成され、恒星の外層は膨張して低温になる。主系列から外れているこれらの恒星は準巨星分枝 (英: subgiant branch) として知られている。この段階は比較的短いため観測される恒星数が少なく、進化トラック上でヘルツシュプルングの間隙と呼ばれるギャップを作る。低質量星のヘリウム核が縮退すると、あるいは中質量星の外層が不透明になるほど低温になると、水素燃焼殻の温度は上昇し恒星はより明るくなり始める。この段階は赤色巨星分枝と呼ばれる。この段階は比較的寿命が長いため、HR図上でも明確に現れる。これらの恒星はいずれ白色矮星となって恒星としての生涯を終える。最も重い部類の恒星は赤色巨星にならず、核が急速にヘリウムやその他の重元素の核融合を起こす温度へと到達して超巨星へと進化する。これらの恒星はHR図の上部で主系列からほぼ水平な進化トラックを進む。超巨星は比較的希少であり、大部分のHR図上で目立った存在とはならない。超巨星の核はいずれ崩壊し、通常は超新星爆発を引き起こして中性子星かブラックホールを残す。O2型のスペクトルを持つような高温で大質量の恒星は、主系列を経ず、青色巨星や青色超巨星として誕生し、150万年以内にWN型のウォルフ・ライエ星へと進化するものと考えられている。例として、大マゼラン雲に存在するmelnick42が挙げられる。星団の恒星がおおむね同時期に形成されたとき、これらの恒星の主系列の寿命はそれぞれの恒星の質量に依存すると考えられる。最も重い恒星が最初に主系列を離れ、その後低質量の恒星がそれに続く。HR図上で星団内の恒星が主系列から離れる場所を転向点と呼ぶ。転向点に位置している恒星の主系列の寿命が分かれば、その星団の年令を推定することが出来る。