多くのタンパク質はいくつかのユニットから成り立っている。タンパク質ドメインはタンパク質全体の構造の要素の1つであり、それ自体で安定化され、他の部分とは独立にフォールディングもなされる。多くのドメインは1つの遺伝子や遺伝子ファミリーによって作られるタンパク質に特有のものではなく、多くの種類のタンパク質に共通して見られる。ドメインは多くの場合、例えばカルモジュリンにおけるカルシウム結合ドメインのように、タンパク質の生物学的な機能にとって重要である。ドメインは独自に安定化されているため、遺伝子工学によって別のタンパク質のドメインを移植し、キメラを作ることができる。一方モチーフと言うのはヘリックスターンヘリックスのようなある程度特異的な二次結合の組み合わせを指す。これらは超二次構造と呼ばれることもある。タンパク質フォールドはヘリックスバンドルやβバレルのような、配列の空間的なタイプを意味する。真核生物では10万程度の種類のタンパク質が発現しているが、ドメイン、モチーフ、フォールドの種類はそれよりずっと少ない。これは、遺伝子の一部がゲノムの中で重複したり位置が変わったりという進化の結果である。これは、あるタンパク質のドメインが別のタンパク質のドメインにも導入されて新しい機能が加わってきたことを意味する。このようなプロセスを経て、代謝や機能の発現には多数の様々なタンパク質が関与するようになった。
側鎖の原子には順番にα、β、γ、δ、εなどのギリシア文字の記号が付けられる。Cαはアミノ酸のカルボキシル基に最も近い炭素原子を表し、Cβは二番目に近い炭素原子を表す。Cαは通常は主鎖の一部であると考えられている。これらの原子の間の二面角はX1、X2、X3などと名付けられる。例えばリシンの1番目と2番目の炭素原子はαとβで、α-β間の二面角はX1である。側鎖はゴーシュ型、トランス型という異なった立体配座を取ることがある。また通常は水素原子の電子軌道の重なりを避けるために、X2の周りでは捩れ形配座をとる。
四次構造はペプチド結合のいくつかの鎖の相互作用である。それぞれの鎖はサブユニットと呼ばれる。それぞれのサブユニットは共有結合で結合している必要はなく、ジスルフィド結合などでも良い。全てのタンパク質が四次構造を持つわけではなく、単量体で機能を持つタンパク質もある。四次構造は三次構造と同じ要因によって安定化される。2つ以上のポリペプチドからなる複合体は多量体と呼ばれる。特にサブユニットが2つの場合は二量体（ダイマー）、3つの場合は三量体（トリマー）、4つの場合は四量体（テトラマー）と言われる。また同じサブユニットだけから構成されているものはホモ（ホモテトラマーなど）、別々のサブユニットから構成されているものはヘテロ（ヘテロダイマーなど）と呼ばれる。
二次構造の要素は、常にループやターンなどを介してコンパクトに折り畳まれている。三次構造の形成は、疎水性残基が水と反発してタンパク質の中に潜ろうとする力によって進み、水素結合、イオン結合、ジスルフィド結合などによっても構造が安定化される。三次構造には、二次構造に含まれなかった全ての非共有結合が含まれ、タンパク質全体の形を決定している。また通常タンパク質の機能
裕福な経営者のマイクは重要なプレゼン中に発生したネットの障害を見事に解決した一時雇用のITエンジニアの28歳のエドを気に入り、自宅のホームセキュリティーやネット環境のメンテナンスをして欲しいと依頼し、自宅に招き入れる。エドはマイクのハイテク高級自動車のハッキング技術を得意げに披露しながら高度なセキュリティーで守られたマイクの豪邸のメンテナンスを行い、その作業中にプールサイドにいたマイクの17歳の高校生のケイトリンに興味を抱く。エドはカフェで働くお気に入りのウェイトレスを盗撮するしかできないような女性の口説き方を知らないオタクで、ケイトリンにはSNSで友達申請しか出来なかった。ケイトリンはその友達申請を承認し、エドと少しチャットをして「父親が厳しい」「助けて欲しい」と訴える。舞い上がったエドはマイクの家出のパーティーに顔を出すが、マイクに家に入る事を拒絶されケイトリンには本気で来て欲しい気持ちが無かった事が判明し激怒する。この件でエドは会社を解雇される。怒り狂ったエドはケイトリンの周辺のハッキングを含むネットストーカーを開始し、ケイトリンが出場するホッケーの試合に出没する。そこでもマイクに「家族の時間に入ってくるな！」と拒絶される。更にエドは本格的にマイクの豪邸へのハッキングを進めてセキュリティや照明を狂わせたりシャワールームまでの覗きや妻ローズの診断結果に乳癌と書き込んだりマイクの会社に関係する省庁へのハッキングで営業停止させる事まで始める。会社や家庭を滅茶苦茶にされたマイクはエドの自宅に乗り込んで暴力的にハッキングを止めるように迫るが、エドに証拠が無いと白を切られる。エドの攻撃は緩むこと無く、今度はハッキングでシャワールームで盗撮したケイトリンのみだらな姿がネットの動画サイトにアップロードされ、高校で人気者だったケイトリンの地位は失墜し停学処分となる。怒り狂ったマイクは車を飛ばしてでエドの自宅へ急行するが、エドに察知されハッキングで車で大事故を起こされる。マイクはこの件を警察に相談しても相手にされなかった。追い詰められたマイクはITセキュリティーの専門家ヘンリックを雇う。車もハッキング対策として古いローテクな車を使い始める。ヘンリックによってハッキングの被害の修復とケイトリンの動画をネットから全て消去に成功する。ヘンリックの調査でエドが身分を偽っている事も判明する。マイクはヘンリックのサポートでエドの自宅に侵入し、ハッキング犯罪の証拠を盗みに入る。エドは片思い中のウェイトレスに呼び出されたが、これはヘンリックがハッキングで仕掛けた罠だった。マイクは侵入して何とか証拠が入ったUSBメモリーを発見し持ちだそうとするが罠に気づいたエドは隠していた拳銃を取り出して侵入者を追い詰めようとした。ヘンリックはすかざす警察のネットをハッキングして「警察官が撃たれた」と誤報を入れてマイクの脱出をサポートした。証拠が盗まれた事に気づいたエドは警察に狂言強盗の通報を入れてマイクが犯人として刑事たちに一時的に拘束されてしまう。だが、証拠のUSBメモリーは盗品として返還要求は刑事に聞き入れられなかった。マイクの容疑が晴れて帰宅した時には拘束された妻と娘と拳銃を構えたエドが待っていた。