神辺城落城の知らせを受け、大内氏は弘中隆包と青景隆著を派遣し、戦後処理に当たらせた。神辺城には城番として隆著が入ることとなり、備後外郡一帯の大内氏拠点となる。また、尼子氏は備後攻略の拠点を失うこととなった。再び尼子氏が本格的な備後攻略を試みるのは、天文20年（1551年）の大寧寺の変により大内義隆が討たれた後である。一方、出雲に逃げていた山名理興は、天文23年（1553年）に毛利氏が大内氏・陶氏と断交（防芸引分）すると、帰国して毛利に恭順。毛利氏の勢力下になっていた神辺城に、毛利氏配下の将として入ることとなった。その後、弘治2年（1556年）に理興が病死すると、吉川元春の推薦により、理興の家臣であった杉原盛重が神辺城を継承している。
同年11月、元就の三男徳寿丸（後の小早川隆景）が竹原小早川家の当主となり、小早川氏は毛利一門に組み込まれた。これに先立つ8月頃に大内氏より竹原小早川氏に対して、神辺城の南東にある五箇庄（大門・引野・能島・野々浜・津之下）を押さえて城を築くよう指示されている（小早川家文書之二）。これは、現在は埋め立てられているが、当時の大門湾にあった港が備中国の尼子方勢力との中継点であったため、水軍を持っていた小早川軍による海からの攻略が狙いであった。天文15年（1546年）ないし翌16年に、竹原小早川軍は大門湾周辺の手城島城や明智山城を落とし、大門湾周辺の占拠に成功する（この時、大内軍の本陣は沼隈郡鞆に置かれており、徳寿丸も在陣していたとも言われている）。重要な支城を失った山名軍は、神辺城と大門湾の中間に位置する坪生庄の竜王山（現・清水山）に出城（坪生要害）を築いて対抗したが、天文16年（1547年）4月28日には坪生要害も陥落。この戦いに関する感状の幾つかに「隆景」の署名があるため、この時期に徳寿丸は元服し、坪生要害攻めで初陣を飾ったとされる。同時に、大内・毛利の主力軍は陸路で神辺城を目指した。12月下旬には、国境まで近づいてきた尼子氏の救援軍を、大内家臣小原隆言が退ける。山名家家老の杉原盛重の奮戦もあって、神辺城の攻略にこそ至っていないものの、外郡に加えて内郡（うちごおり＝備後国北部の内陸地域）も大内軍の勢力下となり、神辺城は孤立した。
ヨシフは共産主義運動の奮闘と救済を願って、ボリシェヴィキとメンシェヴィキの調停のために努力した。発刊したプラウダの社説で両者の和解を主張し、密かにメンシェヴィキの指導者と何度も会った。これに激怒したレーニンは方策について議論するため、ヨシフを2度クラクフへ呼び出した。1912年の年末の2度目の訪問の際に、ヨシフはプラウダの編集者の職を解任されたが、ボリシェヴィキ党のロシア・ビューローの指導者となった。レーニンはヨシフに、少数派であるボリシェヴィキの立場について明らかにする論文を書くよう頼んだ。その後、ヨシフはレーニン、裕福なボリシェヴィキの夫婦とともに数週間過ごした。ヨシフはこの間に、将来のソ連政府の有力な政治家となるニコライ・ブハーリンと初めて出会う。2人は国籍（および民族）の問題について議論した。1913年3月、ヨシフは『マルクス主義と民族問題』という表題の論文を完成させた。この論文は「K.スターリン」という筆名で発表された。この「スターリン」という筆名をヨシフが使ったのはこのときが最初である。これより、ヨシフは「鋼鉄の人」を意味する筆名「スターリン」を名乗り始めた。1913年2月、スターリンはサンクトペテルブルクへ戻った。この間に、ボリシェヴィキの党員（中央委員のほぼ全員）が、上位のボリシェヴィキ党員として、そして工作員として長い間諜報活動をしていたマリノフスキーの内通によってオフラーナに逮捕されていた。同月、マリノフスキーが「スパイ」であると暴露された記事が発表されたが、ボリシェヴィキはこれをメンシェヴィキによる「名誉毀損」として退けた。皮肉なことに、レーニンとスターリンはマリノフスキーの最大の擁護者であった。3月8日、マリノフスキーはスターリンに対して、オフラーナの襲撃を受けることになるボリシェヴィキの資金調達パーティーに出席するよう説得した。スターリンは、遠く離れたシベリアのトゥルハンスク (en:Turukhansk) 州に追いやられた。彼は最終的に、レフ・カーメネフや追放されたほかのボリシェヴィキ党員たち数人と協力することになる。スターリンはエニセイ川のコスティノ (Kosutino) という小さな村落で半年間過ごした。スターリンが脱出計画を練っていること（彼は同志から金と食料を受け取っている）を知った当局は、彼を北極圏の端にあるKureikaという村落へ移させた。彼は同地で狩猟採集民のような生活を送り、釣りと狩猟を地元のシベリアの部族民から教わった。その間に、同地でリーディア・ペレプルイギナ (Lidia Pereprygina) という13歳の少女と2年間関係を持ち、2人の子供の父親にもなっているが、1人目は幼くして死亡。スターリンがシベリアを去ったあとの1917年4月、リーディアは2人目を産み、「アレクサンドル」と名付けた。1916年の後半、スターリンは軍隊に召集された。彼は1917年2月にクラスノヤルスクに赴いたが、検視官がスターリンの損傷した左腕（子供時代の負傷）を見つけ、兵役は務まらないと判断した。スターリンはアチンスクの村で流刑生活の最後の4か月を過ごした。