南北戦争後、トーマスは自由宗教協会（FRA）での活動に参加し、1870年に『諸宗教の共感』と題した講演を行った。この講演録は後に出版、頒布された。その要旨は、本質的な真実を説くことと善行を勧めることは、あらゆる宗教の同じくするところであり、諸宗教の間の違いは実のところ表面的なものにすぎないというものである。「（それぞれの宗教は）進歩すればするほど、似通ったものになっていくのです。迷信と罪から抜け出るドアを私たちはキリスト教と呼んでいるのでしょうが、それは歴史的名称にすぎず、発祥の地が成した偶然なのです。他の国の人々は、他の出口を見出すでしょうし、彼ら自身のドアから抜け出すのです。」 彼は、「私たちは自分たちの主張することほど大したものでしょうか。福音主義者に対してとムスリムに対してとで同じくらい寛容になれるでしょうか」と問い、FRAが打ち出すリベラルの原則を受け入れない人々に対しても寛容であることを求めた。彼自身の福音主義的プロテスタントとの関係は緊張をはらんだものであったが、宗教的な主義主張を排除することを組織にとって根本的な危険と見ていた。 トーマスは1893年に開催された万国宗教会議において講演し、世界の諸宗教の相互理解において成し遂げられた偉大な進歩を賞賛、この会議がFRAの大望の絶頂であるとした。
南北戦争において、トーマスは1862年11月から1864年10月に前年8月に受けた戦傷がもとで退任するまで第51マサチューセッツ志願歩兵連隊の大尉を務めた。また、北軍で最初に認可され就役した解放奴隷によって編成された連隊であるサウスカロライナ第一志願連隊の大佐_(アメリカ合衆国)にも就任した。陸軍長官エドウィン・スタントンが、黒人の連隊であっても白人の士官が指揮するように命じたからである。トーマスは、自分の南北戦争での経験を『黒人連隊での軍人生活』（1870年）に記している。 彼は連隊のキャンプファイヤーで聞こえた黒人霊歌をその俗語での歌詞と曲を書き留めて保存に貢献もした。歴史家ジェームズ・M・マックファーソンは、著書『剣によって描かれたスケッチ』（Drawn by the Sword）において、北軍軍人としてのトーマスの勤務態度は、同時代の他の人々が持っていた「強烈な人種的偏見」を彼が持ち合わせなかったことをいくぶんか示すものだと論じている。
革命活動を再開したヨシフは、より多くのストライキと社会運動（扇動）を組織した。今度は、ムスリムのアゼルバイジャン人と、バクーに住むイラン人 (en:Iranian peoples) の労働者を重点的に取り扱った。ヨシフはイスラム社会民主党と呼ばれる、ムスリムのボリシェヴィキグループの設立を手伝った。さらに、人的資源と兵器によるイラン立憲革命を支持し、ペルシアを訪問した際にはパルチザンを組織している。ヨシフは、黒百人組（ツァーリを支持する右翼）の一員の殺害を命じ、バクーの石油王を誘拐して身代金をゆすり取った。ヨシフは贋金造りと強盗も行っていたが、メンシェヴィキ党員を妨害するために犯罪者一味の友になり、彼らを利用した。ヨシフと悪漢たちはボリシェヴィキの知識人たちをうろたえさせたが、ヨシフの影響力はあまりにも強かった。オフラーナの追跡を受けたヨシフは、1908年4月7日に逮捕された。彼は7か月間投獄されたのち、2年間のシベリアへの流刑を宣告された。彼は1909年3月の初期にソリヴィチェゴドスクの村に到着した。流刑となって7か月後、ヨシフは女装してサンクトペテルブルク行きの電車に乗って逃亡し、7月後半にバクーへと戻った。ボリシェヴィキは、帝国内の圧制や方々の知識人たちの間での内部抗争によって、崩壊寸前の状態にあった。自暴自棄になったヨシフは、メンシェヴィキとの和解を主張したが、レーニンはこれに反対した。ヨシフは帝国内部からロシア社会民主労働党のロシア・ビューローの創設を要求した。ヨシフはすぐに、ボリシェヴィキ内に帝政支持の間者がかなり潜入していることを悟った。ヨシフは、党内で多くの無秩序を引き起こした“「本物の裏切り者」の根絶やしに失敗した「裏切り者」”-オフラーナの記録によって明らかになった- を捜し始めた。1910年4月5日、ヨシフは再びオフラーナに逮捕された。以前のソリヴィチェゴドスクへの流刑を完了させるためにコーカサスからの5年間の追放を宣告された。同年9月、ヨシフは同地に追放された。1911年の早期に同地から一時的に逃げ出しているが、金をどうしても必要としていた別の追放された人物が逃げ出したことで、ヨシフは同地に戻らざるを得なかった（1937年、ヨシフはこの人物を銃殺している）。ヨシフは、流刑中にマリア・クザーコヴァという女主人と不倫をしており、隠し子のコンスタンティン・クザコフを儲けている。マリアがまだ妊娠中の1911年7月9日、ヨシフは流刑から解放された。同年の7月末期に、ヨシフは2か月間住むよう命ぜられたヴォログダに移住した。1912年1月のプラハ党協議 (en:Prague Party Conference) で、ロシア社会民主労働党からボリシェヴィキを指導してきたレーニンは、分離したボリシェヴィキ党（のちのソビエト連邦共産党）を創立した。中央委員は選ばれたが、その内の一部の党員がロシアに戻ったときにオフラーナに逮捕され、中央委員会の党員に扮したオフラーナのスパイであるロマン・マリノフスキーによって密かに裏切られた。レーニンとジノヴィエフは空白状態を埋めるため、中央委員にヨシフを選出した。ヨシフがこのことを知らされたのは、同年の2月末期にヴォログダを発ったときのことであった。1912年4月、ヨシフは、ボリシェヴィキによる機関紙の発刊を管理する新聞社のズヴェズダがあるサンクトペテルブルクに移住したが、機関紙の発行を月刊から日刊に変え、「ズヴェズダ」を「プラウダ」へ改名することを決めた。最初の機関紙は、同年5月5日に発刊された。その後ほどなくして、ヨシフは再びオフラーナに逮捕され、1912年7月にシベリアへ3年間追放されることになった。今度はナルイム (en:Narym) の小さな村だった。到着後のわずか38日後にヨシフは逃亡した。これはヨシフが経験した流刑生活の中で最も短い期間である。9月にはサンクトペテルブルクへ戻った。