コミックボンボンで原作:下田淳、作画:タモリはタルによる漫画版も連載された。基本的なストーリーはゲーム版（1はサンバージョン）に準じているが、本作オリジナルの設定やエピソードも追加され、その他台詞や展開も一部変更されている。また、登場するロボポンのデザインに特徴的な独自のアレンジを加えている（同誌で限定発売された「ボンボンバージョン」で何体かのロボポンがタモリのタッチ風グラフィックにアレンジされた。また、GBA版の『2』でも一部、タモリがデザインしたものがある）。ストーリーの展開については、元のゲーム版の内容を広げるような王道的な少年漫画となっている。また、児童漫画雑誌連載であるにもかかわらず、登場する女性キャラクター（特にロル）がことごとく巨乳であり、連載が進行するにつれて乳房・乳首ともに現実では有り得ないほどのサイズに巨大化し、最終的には直径数十センチの巨大な球体が胸にぶら下がっているような姿へと化した（第1作目のボンボンバージョンの説明書のキャラクター紹介でのロルの場合は、コンシューマーゲームのため、控えめにされている）。連載時期の関係上「64版」については航海というテーマと一部の舞台が出る程度になっているが、後にタモリのTwitter上で64版のキャラが書き起こされている。『2』の連載後、時系列続きと思われる後年の世界を描いた、漫画オリジナルの「ロボットポンコッツ豪」が短期間連載された。2013年には単行本の復刊が決定し、グレイテスト編4巻分から描き下ろしを加えた新装版（上・下巻）が発売された。2015年には続編としてグレイテスト編の5巻+スペシャリスト編を収録した新装版が発売された。
本作におけるロボポンの入手方法。様々な種類のある電池を2つ組み合わせ、スパークさせることでロボポンを生み出す。『2』では野生のロボポンを捕獲する事が出来ないので、一部のイベントを除いて、ロボポンの入手手段はこの方法以外にない。電池は拾う、バトロボで勝利する、ガシャポンを使うといった方法で得ることができる。プレイヤー同士が持ち寄った4本の電池を使用する「通信スパーク」も存在し、この方法でしか入手できないロボポンもいる。
本作におけるロボポンの入手方法。植物のように、ロボポンやソフトの元となる「シード」を土に埋めて育てて手に入れる。植物と同様に環境に配慮を行わないと、何者かに実を食べられることがある。
本作では、ベッドで就寝するまで、同船しているロボポンたちに船内での活動を指示できる。魚釣りや食事、トレーニング、シャワーなど様々で、これによってアイテムの入手やステータスの強化が可能。また、ロボポンには体調が設定されており、この船内活動でリフレッシュすることで、戦闘中早く行動することができる。
カラーブラウン管では、各々光の三原色の赤(R)・緑(G)・青(B)に発光する3色の異なる蛍光物質を使い、方形や円状（シャドーマスク管）または直線状（アパーチャーグリル管やスロットマスク管）に密集して配置する。電子銃がRGB各色に対応して3本あり、各電子銃は対応するRGB各1色のドット（蛍光体）にのみ電子線を発するようにする。これらから逸れた電子線は発光面直前にあるシャドーマスクまたはスロットマスク、アパーチャーグリルによって他のドットに誤って入らないように吸収ないし遮蔽される。シャドーマスクは、円形、三角形ないし六角形状に穴が開いているが、アパーチャーグリルは垂直方向に細いスリット状（スリットマスク）になっている。スリットマスク同士が動いてしまわないように、水平方向に支えの線（ダンパーワイヤー）が入っている。アパーチャーグリルのブラウン管の画像をよく見ると、その線が観察できる（15インチトリニトロン管の例では画面の上半分と下半分の中間に1本、また17インチ以上のモニターでは、上下三分の一周辺に2本のダンパーワイヤーが見られる。アパーチャーグリルを使うブラウン管の代表的なものとしては、ソニーのトリニトロン管や三菱電機のダイヤモンドトロン管がある。なお、シャドーマスクは電子ビームが通過する穴を小さく、密集させる程に同一面積で電子ビームが遮られるマスク面が広くなりがちで、画面が暗くなる（技術的限界）ことから高解像度とし難いため、一般のテレビ受像用はともかくハイビジョンやパソコン用ディスプレイでは、アパーチャーグリルを採用した物が広く使われた。アパーチャーグリルは縦方向に区切ったマスクを吊す構造であり振動や加熱による変形によって色のにじみに弱い。これらを改善するためスロットマスク方式ではマスク開口を横方向にも区切っている。しかし、この区切りにより輝度が低下する点がある。スロットマスクを採用した物はNECのクロマクリア管がある。電子ビーム形状はそれぞれの方式に対応した形状となり、結果として表示面に映るドット形状もこの形となる。すなわち、シャドーマスクは円形や三角形、六角形となる。アパーチャーグリルはスリットマスクが縦長であり縦方向のドット間には仕切がないため、縦方向のみ自然なつながりとなる。スロットマスクは縦長の長方形となる。外回りはガラス製なので、蛍光体で発生した光はモニタ外から見えるが、特にカラーブラウン管において、高エネルギー電子線の衝突により発生する危険なX線を遮る必要がある。このため、ブラウン管用のガラスは鉛ガラスが用いられる。これ以外にも、遮蔽板やアノード電圧が上がり過ぎないような保護回路があるので、最近のブラウン管からのX線放射は安全基準値を十分下回る。ブラウン管は三極管の特性をもつため、電子ビームと発光強度の間に指数的な特性がある。この指数に数式ではγをよく使うことからガンマ値と呼ぶ。この曲線（ガンマカーブ）は、ヴェーバー‐フェヒナーの法則により人の視覚の特性とだいたい一致することから好都合であるが、デスクトップ・パブリッシングなど再現性が重要な分野では、ガンマ補正により、元データの意図にできるだけ一致するよう調整が必要である。