2009年度より眞鍋政義監督が公募によって就任し、2012年のロンドン五輪へ向けた新体制が発足した。iPadを使用してデータを駆使する「IDバレー」を掲げ、2010年に日本で行われた第16回世界選手権では1982年大会以来28年ぶりにベスト4進出を果たすと、準決勝でブラジルの前にフルセットの末敗れはしたものの3位決定戦でアメリカをフルセットの末に勝利し、32年ぶりのメダルとなる銅メダルを獲得した。2011年のワールドカップでは中国と同じ8勝3敗の成績ながらも勝ち点差2の4位でオリンピック出場権は翌年の世界最終予選へと持ち越されたが、初出場の岩坂名奈や新鍋理沙ら新戦力の活躍などで結果的にロンドンオリンピックで金メダルを獲得したブラジルと銀メダルを獲得したアメリカにストレート勝ちを収めた。しかし1位通過を目標として臨んだ2012年5月のロンドン五輪世界最終予選は序盤こそストレート勝ちによる開幕3連勝を飾るも韓国と対戦し敗れてからリズムに乗れず、出場権獲得はセルビアとの最終戦まで持ち越され最終的に4勝3敗の4位でアジア1位として出場権を獲得した。同年8月の本大会では予選リーグを3勝2敗の3位で通過すると、準々決勝で中国に全セットが2点差決着というフルセットの激闘を制しソウルオリンピック以来24年ぶりのベスト4進出を果たした。続く準決勝でブラジルと対戦しストレートで敗れたものの、3位決定戦で韓国にストレート勝ちで収めてロサンゼルスオリンピック以来28年ぶりのメダルとなる銅メダルを獲得した。これを受けて日本協会は公募で新監督を決める予定を撤回して眞鍋監督に続投を要請し、同年10月に2016年リオデジャネイロオリンピックまで続投することが発表された。2013年7月25日、休業していた正セッターの竹下が引退を発表、五輪でもう一人のセッターだった中道瞳は11月のグラチャンバレーから復帰した。江畑幸子が腰痛でほとんど出場できない状況ながら他メンバーの活躍もあり、ランク上位のブラジル・アメリカに敗れたものの、同大会における12年ぶりの銅メダルを獲得した。2014年のワールドグランプリでは、一人の選手が複数のポジションの役割を担う新戦術「ハイブリッド6」を採用し、決勝ラウンドで初戦から4連勝し最後はブラジルと対戦して敗れはしたが同大会では初のメダル（銀メダル)を獲得した。2016年リオデジャネイロオリンピックではアメリカと対戦して敗れ、2大会連続のメダルは獲得することが出来ず5位に終わった。
現役選手を引退後、盧山初雄の紹介で拳道会総帥・中村日出夫の知遇を得る。次いで、極真会館関西本部会長でコスモ・タイガー・コーポレーション中庸会（CTC）会長を務める許永中の紹介で、画商であり自由民主党のフィクサーである福本邦雄の門人となる。福本邦雄の下で、研究書の執筆に勤しむ助手として国会図書館や書店などを回り、福本の事務所に出入りする代議士や官僚、経営者をもてなす。1991年（平成3年）、極真会館に復帰し、浅草に本部直轄浅草道場を開く。指導員は神尾伸幸、村越一由。1993年（平成5年）、極真会館第二次新会館建設委員会委員長に就任。1994年（平成6年）4月26日に大山が肺癌で死去した。梅田嘉明、黒澤明、大西靖人、米津等史、米津稜威雄の5名が聖路加国際病院で作成した大山の『“危急時遺言”』によって、松井が後継者に指名された。しかし、大山の遺族は遺言に疑義を抱き、遺言状の有効性について訴えを起こし、東京地裁にて「遺言状は無効」との判決を得た。この騒動をきっかけに極真会館は分裂を始め、「極真カラテ」を標榜する団体が乱立する事態となった。また、松井は「国際空手道連盟極真会館」の名称を、財団法人を設置しその法人にするのではなく、文章圭本人名義で商標登録し、「株式会社国際空手道連盟極真会館」を設立した。しかし、この商標登録は分裂した他の極真諸派と裁判で争われた結果、2009-2010年に大山家の商標登録になった。1995年（平成7年）4月5日、三瓶啓二を筆頭とする支部長協議会派（現：新極真会）が全国支部長会議にて館長解任動議を出し、極真会館は分裂（→極真会館#分裂騒動）。新しい運営体制として、統括本部を設け本部長には山田雅稔が、副本部長には浜井識安が就任。最高顧問には郷田勇三が就任し、盧山初雄が補佐した。1996年（平成8年）、フジテレビの出馬迪男、正道会館の石井和義とK-1について協議。極真会館からフランシスコ・フィリォを参戦させることに合意した。1998年（平成10年）、大東流合気柔術に正式入門。入門のきっかけは木村達雄の著書である。2004年（平成16年）、大東流合気柔術二段を教授される。2005年（平成17年）10月、恵比寿に“Ichigeki PLAZA”〈一撃プラザ〉を開く。なお、2005年より、約10年間営業していた「一撃PLAZA」の営業を終了。2015年（平成27年）8月、新たに「フラックス コンディショニングス」を代官山にリニューアルオープンした。2011年（平成23年）11月10日、日本経済新聞が「人材派遣大手の旧グッドウィル・グループ（GWG）による会社買収に絡み、空手団体の「国際空手道連盟極真会館」（東京）の松井章圭館長が東京国税局から買収の成功報酬の申告区分の誤りを指摘され、過少申告加算税を含め約30億円を追徴課税されていたことが、分かった」と報道した。2015年（平成27年）4月16日、東京・江東区の日本空手道会館において、（公財）全日本空手道連盟と（一財）国際空手道連盟極真会館の間で、2020年東京オリンピックにおける空手道種目の正式採用に向けて覚書を取り交わし、友好団体関係が締結される。同年9月25日、極真会館は、フルコンタクト空手6団体と友好関係を結び、全日本空手道連盟が進める空手の東京オリンピックでの公式競技化活動を支持することを表明した。2016年（平成28年）1月15日、自らの誕生日にあたり、名前の一文字「圭」の字の上に大山総裁の「大」の文字をいただき「奎」とし、「松井章奎（まついしょうけい）」と改名した。