石炭の利用は他の燃料同様古く、古代には発見され、燃えるということは知られていた。時代が下って近世ヨーロッパで製鉄産業が盛んとなったころに、木材が不足したために大規模に利用されるようになった。また、蒸気機関の燃料としても用いられ、産業革命の成功の大きな要因となっている。本質的に炭素の塊である石炭は燃料としての利用が専らであった。このことは現在でも変わらないが、工業と化学の進化に伴い化学的にどのような物質であるかということが知られるようになった。また、石炭を乾留することで生じる石炭ガス、コールタール及びコークスの利用法も確立されていった。石炭ガスは1600年に発見されており、およそ200年後に照明用のガスとして実用化された。19世紀の霧のロンドンを照らしたのはこのガスである。コールタールは1655年に乾留によって生ずることが見出され、溶媒や防腐剤として用いられた。また、コールタールの蒸留によって各成分が単離されることにより、ベンゼンやトルエンが発見され、化学の進展に大きな役割を果たした。ベンゼン等の芳香族化合物は人工色素などの化学製品、初期の化学工業の主要な製品の原料となった。また、コークスは銑鉄を作る際など、鉱石の還元剤として利用されている。1910年ごろ、フリードリッヒ・ベルギウスによって石炭の液化法（ベルギウス法）が開発され、ドイツや日本など油田が確保できない先進国によって盛んに研究された。特に日本では南満州鉄道や帝国海軍での研究が知られている。20世紀前半に石油化学が誕生し、その後ベンゼンやトルエンが蒸留や精留によって得られるようになると、化学原料の主流はそちらに移っていった。しかし、石油の可採年数が有限であることが認識されるにつれ、石炭の液化が再び注目を浴びている。地球温暖化の懸念から石炭の利用は控えられる傾向にあるため燃料としての石炭の価値は不安定であるが、天然に存在する純度の高い炭素源として一定の価値を持ち続けるものと考えられる。
石炭はベンゼン環やピリジン環、シクロヘキサン環が縮合した多環化合物がアルキレン (−CH₂−) によって架橋されているという構造を持っている。このことは亜炭から無煙炭まで基本的に共通する。炭素の割合は縮合の程度によって決まり、一定量の窒素や酸素、硫黄を含んでいる。モル比では4割程度が水素であり、単純な炭素塊ではない。また、このような高分子の隙間には乾留などで揮発する低沸点の小さな分子があり、石炭を乾留するとこのような成分や弱い結合が切断されて石炭ガスやコールタールになるものと考えられている。乾留に必要な温度は 300 ℃ から 500 ℃ である。かつての石炭化学で合成されていた数多くの化学製品は、現在では石油から作られている（石油化学を参照）。しかしながら、コークス製造の過程で生じる石炭ガスやコールタールは現在でも利用され続けている。石炭の液化は石炭の炭素間の結合の切断や水素の付加によって行われる。これはベルギウス法として知られているが、代用ガソリンにするためにはオクタン価を高めるために異性化が行われ、これに用いられる触媒も開発されている。石炭は乾留することにより様々な化合物を生成するが、主成分は炭素と水素であるので、有機化学の知識をある程度必要とする。石炭の液化には触媒が必要であるので触媒化学が重要な要素としてある。また、化合物の分離精製などに化学工学も重要である。
平安時代、僧侶の堕落停滞による真言宗没落の危機が発生し、高野山金剛峯寺の高僧だった覚鑁が宗派建て直しの緊急策を敢行。しかし現状維持を望む保守派（本寺方・金剛峯寺方）と覚鑁派（大伝法院方）による決定的な対立が発生。その結果、覚鑁派は高野山を去り、大伝法院の荘園であった岩手荘の豊福寺に拠点を移す。根来での覚鑁の活動がここにはじまる。1143年（康治2年）の覚鑁入寂後、覚鑁派は再び大伝法院を高野山に戻したが確執は収拾せず、145年後の1288年（正応元年）、同派の実質的指導者であった頼瑜は門弟を連れて根来山に戻ると共に覚鑁の教義を発展させ、それまでの教義と一線を画した「新義」を打ち立て新義真言宗が確立する。中世後期の戦国時代に入り、根来寺は規模が拡大し僧兵集団「根来衆」による武力強化が著しく、不穏分子と判断した豊臣秀吉は1585年（天正13年）春、遂に大軍で根来山を攻撃、寺は多宝塔、大師堂以外は完全に破壊され多くの僧侶は処刑された。寺宝はおろか、かつて「教学の山・根来」とまで称された多くの新義文献も灰燼に帰し、新義真言宗は事実上壊滅状態となった。しかし混乱の中、一部の僧侶は奈良の長谷寺や高野山に避難し難を逃れた。関ヶ原の戦いのあと、高野山に逃れた一派は徳川家康から豊臣秀吉ゆかりの寺を与えられ、京都東山に智積院を再興することになる。結果、豊臣秀吉の宗教政策は総本山根来寺を智山派・豊山派に二分し、勢力を分散させ一大宗教都市根来を衰退させることとなった。江戸時代には復興が許されたものの分散させられた僧侶は根来に戻ることは少なかった。江戸時代前期、豊臣政権の清算の観点から、徳川家の恩赦を受けて新義真言宗は復興を果たし、根来寺の再興と共に覚鑁は東山天皇より「興教大師」の称号を追贈された。時の将軍徳川綱吉と大きく関わった隆光は長谷寺で修行している。江戸後期は法住 - 法恕 - 興雅 - 栄性 - 信海 - 真雄 - 児玉浄雄と続き、明治維新後、根来寺に座主称号が復活する。中興第一世座主は豊山派能化、守野秀善が就いたが、これまでの座主は醍醐寺または仁和寺の門跡が就任することが多く、そうした外部の座主とは別に根来寺では学頭を立てるのが慣例であった。明治政府の宗教政策により、他の真言宗宗派と1879年（明治12年）に合同する。1886年（明治19年）には根来寺を新義派の根本道場として選定した。1900年（明治33年）9月、新義真言宗智山派（智積院）・新義真言宗豊山派（長谷寺）が真言宗より独立し、新義真言宗智山派及び新義真言宗豊山派の能化が3年交代により大伝法院座主を勤めることとなった。智豊交互に勤める風習は、戦国時代、玄誉 - 日秀 - 頼玄 - 玄宥 - 専誉あたりから見られるものである。第二次大戦後、1953年（昭和28年）、宗教法人法の改正により根来寺を総本山とする新義真言宗が創設されるにいたり現在に至っている。