9001Fでは先頭車両のクハ9001・9101の車端部（貫通扉上部）のみに、日本の鉄道車両としては初となるLED式車内案内表示器が搭載された。赤とオレンジの2色表示で「次は○○（駅名）」と表示され、ドットはクハ9001が四角、クハ9101が丸形であったが、ともに2000年8月6日のダイヤ改正で多摩川園駅が多摩川駅に改称され、さらに同駅に急行が停車することになったため対応できなくなり、装置の使用を中止した。その後、この車端部LED表示器は冷房装置などの機器を更新する際に撤去し、他の車両と同様に広告掲示スペースとされた。その後、東横線用の車両（大井町線用の9007F以外）には2003年度からドア上部にLED式車内案内表示器を千鳥（左右交互）配置に、ドアチャイムを各ドアの上部にそれぞれ後付けで設置している。案内表示器は3000系などと同じく2段式である。このうち、先行して設置された9014F・9015Fでは案内表示器・ドアチャイム用スピーカーのカバーの色がベージュであったが、その後設置された編成ではアイボリーになっている。大井町線所属の9007Fについても2014年1月に車内案内表示器が設置されている。また、落成当初から東急の車両で初の音声合成式自動放送装置を搭載し、以後東急の車両における標準装備品となった。2003年に自動放送の放送内容と声優が変更され、同時に英語放送も追加された。
乗務員室は乗務員の運転操作性向上を主眼に設計され、線路方向に1,375mm確保された。室内はアイボリーの配色、運転台はワインレッド調の配色であり、8500系に準じているが、貫通扉が車掌台側に寄ったため配置に余裕がある。計器盤には左から圧力計・ブレーキ指示計、故障表示灯、速度計（中央）・保安表示灯・種別表示の順に並んでいる。表示灯はすべてLED化された。主幹制御器はデッドマン装置付のT字形ワンハンドル式である。運転台上部には故障時のガイダンス処置を表示するモニタディスプレイが設置された。前面ガラスの光線ヨケ（日差し除け）は、クハ9101号において従来のアルミ遮光板に代わり、巻き上げ式カーテンを採用した。これは西日などを遮ることで、運転士の前方視認を確実にするもので、安全面に配慮したものである。これは後の量産車以降にも採用されたほか、在来形式車にも取り付けが実施された。車掌用のマイクは乗務員室扉周りに各1個（両側で2個）、運転台の右に1台（これは送受話器形で、乗務員室間連絡用と車内放送用）の計3個が設置されている。東急では初めてウインドウオッシャ付きの電動式ワイパーを採用した。また、警笛は空気笛に加えて電子ホーン（電気笛）を採用した。運転室と客室の仕切り部は前面窓と同じ配置で、仕切り窓が3枚並んでおり、このうち左側2枚の窓には遮光幕が設置されているが、右端の窓にはない。なお、遮光幕はロールカーテン式ではなくアルミ製の下降式遮光板であり、窓下から引き上げて使用する。また、2007年7月ごろまでに全編成の車掌スイッチを機械式から5050系や横浜高速鉄道Y500系と同様のタイプである間接制御式（リレー式）に交換した。
クオトアは狂った邪神を崇拝する太古からのおぞましい水棲人である。彼らの属性は“中立にして悪”である彼らは水陸両用だが、地底湖や海中の洞窟に寺院を構えその周囲に居住地を築く。彼らの共同体は“鞭令”と呼ばれる指導者(高位のクレリックである)が統治している神権社会である。大規模な共同体では9人の鞭令による水底会議と呼ばれる宗教儀式に則った合議によって統治がなされる。鞭令の下には監督官と呼ばれる階級があり、共同体を守護する。また、内部でも神の教えに背く者がいないか審問官が目を光らせている。居住地には産卵と水遊びのための産卵池があり、生まれた稚魚は陸地に棲めるまでの1年ほどを池で過ごす。クオトアは先天的な狂気に侵された種族で、鞭令や監督官が彼らに精神修養を施し監視している。この狂気のために共同体が崩壊し、狂ったクオトアが他のモンスターと彷徨うのみとなった廃墟も点在する。第5版では、イリシッドに捕らえられ奴隷として精神支配を受けたのが彼らが狂気に陥った原因としている。自らを優れた種族だと自負し、太古からの悪の知識を蓄積したクオトアにとって他の種族は奴隷や生贄でしかない。しばし邪神への生贄を求めて奴隷狩りを行う。同じアンダーダークの有力種族であるドラウとは互いに憎しみあっているが、同時に交易を行う間柄でもある。当然ながら、互いに騙し合うので抗争も頻繁に発生する。クオトアの共同体の中には他の種族と手を結び傭兵に勤しむ者たちもいるが、信用とは無縁である。アンダーダークの住人では唯一、アボレスには常に忠実である。戦闘になれば、クオトアは鞭令や監督官の指揮のもと、合理的に戦う。武器は剣や銛、トライデントや投網の他に、鞭令の武器としてピンサー・スタッフ(ハサミ杖)と呼ばれる刺又に似た武器を用いる。また、彼らの盾には多粘性の分泌液と薬品を混ぜて作った接着剤が塗り込まれており、相手の武器を絡め取ることができる。彼らはこの盾や銛、投網、ピンサー・スタッフなどで相手の動きを封じてからの攻撃を得意とする。クオトアは身体からぬめぬめした分泌液を出し、罠や組み付きの他に蜘蛛の糸などの絡みつきからも容易に脱出する。この能力を活かすためか、鎧や胴衣をまとうことはなく、鞘などを止めるハーネスを着用している。他には拾った骨、貝殻、真珠、宝石、甲羅などで作った装飾品を好んで身につけている。だが、鞭令や監督官など指導者が倒れると統制が崩壊し、大抵のクオトアは逃げるか、狂気に侵され自決などの自棄的な行動を取る。