もともと生命をどのように見るのかについては、古代からいくつかの見方があった。（なお、生命に限らず、そもそも、人間のものの考え方は様々である。）ギリシアでは、イオニアの自然学（自然哲学）に見られる世界観（自然観）では、自然の変化をプシュケーによるものとして説明した。それに対して、アナクサゴラスやデモクリトスは「atom アトム」という、「分割不可能な要素」を思い描いて、それに基づいた世界観を主張した（原子論）。その後、デモクリトスたちの世界観は顧みられることなく、思い出されたのは近代になってからである。近世になると、ヨーロッパでデカルトが、延長という概念を用いて、もっぱら要素的な物体の領域に着目する機械論的な世界観を主張した。同様に、ライプニッツは、モナド論を展開しつつ、だが、個体が有機的発展活動を営んでいることを説いた。カントは、有機的な自然には合目的性が働いている、とした。そして全体と部分とは相互に制約しあう統一体である、とした（『判断力批判』）。近現代では、ホワイトヘッド（1861-1947）は、有機体の創発性や過程性について考察し、環境とともに生成しつつ秩序を形成する組織体としてとらえた。そして『過程と実在』において、全宇宙の生命が有機体的に自己創造することを壮大なコスモロジーとして説いた。L.ベルタランフィー（Ludwig von Bertalanffy）が説いた有機体論では、Fliessgleichgewicht 流動平衡（内容的に動的平衡とほぼ同じもの）とhierarchy 階層構造の概念が中心的な役割を果たしている。有機体論は、今日の人間科学の基礎理論としても位置づけられている。例えば化学者プリゴジンの自己組織化理論、あるいは神経生理学者マトゥラーナや社会学者ルーマンのオートポイエーシス・システム理論などで、基礎理論として用いられているのである。
ゲームボーイアドバンス専用ソフト『ポケットモンスター ルビー・サファイア』の発売日にスタートし、それに合わせ登場人物などを一部変更してスタートしたシリーズである。無印最終回でサトシとピカチュウがホウエン地方に着く直前から物語が始まり、無印最終回の出来事はAG1話での出来事に繋がっている。この事から無印最終回はAG1話へのプロローグとなっている。一部の話では過去の事が語られている。舞台やキャラクターは『ルビー・サファイア』以降のものが中心に登場しており、前シリーズよりも原作寄りの要素が強くなっている。新キャラクターのハルカは『ルビー・サファイア』の女の子用主人公がモデルを基にしている。サブタイトルコールは最初、サトシのドット絵のような物が現れ、ホウエン地方のマップに現在位置を示す矢印が点滅して表示される（移動中は出発地から目的地までの矢印が点滅して表示）というゲームを意識したようなものだった。途中からサトシとハルカが手に入れたジムバッジとコンテストリボンのケースの中身が現れるという物、サトシたち一行が宇宙をバックにしている画像と変更されていった。2004年12月2日の放送からは、番組最後のミニコーナーが「オーキド博士のポケモン講座」から「ポケモントリビアクイズ」に変更された。2005年中旬からはポケモンの技などがCGを使って描かれるようになった。2005年7月21日の放送からは、カントー地方の「バトルフロンティア」を回ってバトルする「バトルフロンティア編」を開始した。『ファイアレッド・リーフグリーン』と『エメラルド』の要素を合わせたものとなっているが、一部のバトルフロンティアの施設のルールが異なる。また、ゲーム版『ダイヤモンド・パール』の発売に先駆け、当該作品で新登場するポケモンの一部がゲスト出演した他、『ポケモンレンジャー』発売に伴い、それに連動した話が作られている。『週刊ポケモン放送局』で放映されたサイドストーリーでは、1話がタケシがサトシたちと合流する前のプロローグ、3話がAG4話でロケット団が飛ばされてからの後日談の内容になっている。2005年10月からは、クイズの出題を本編終了直後に変更してアバンタイトルから本編を開始した。これと共に、最初の提供クレジットやCM枠は本編前半の終了後に移動された。なお、以上の形式は2014年現在の続編シリーズにまで継承されている。放送期間中の2004年10月23日に新潟県中越地震が発生し、その影響で同年11月4日に放送予定だった回は、全放送局で放送されず、次週の放送分が前倒しで放送された。これ以降、現在に至るまで「じしん」・「じわれ」・「マグニチュード」といった地面を揺らして攻撃する、いわゆる地震を連想させる技は使われていない。前シリーズではサブタイトルに漢字が使われていなかったが、このシリーズからはルビを付した上で使用されるようになった。なお、前シリーズの作中（特に初期）では手紙などの描写には日本語が多く使われていたが、今作からは架空の文字が使用されている（海外では英語に変更される場合もある）。また提供画面では前シリーズではオーキド博士役とナレーションを務める石塚運昇が担当していたが、本シリーズ以降はサトシ一行の声優が読み上げ、最後にパートナーポケモンの鳴き声が入る形式に変更された。番組最高視聴率は第1話放送時の11.0％、平均視聴率は7.1％。本編最終回でサトシ、ピカチュウ、エイパムがシンオウ地方行きの船に乗り、『ポケットモンスター ダイヤモンド&パール』の1話のラストでシンオウ地方に着く事に繋がっている。本作放送終了後は、引き続き全てのネット局で『ポケットモンスター ダイヤモンド&パール』が放送されている。2009年12月1日から2015年10月11日まではCS放送キッズステーションで放送された。その後、2017年4月1日に、CS放送キッズステーションにおける『アニメ放送20周年記念 ポケモンにきめた!スペシャル』で、『AG』の1話と最終回が放送された。