神学大学院卒業後の1847年、トーマスはメアリ・チャニングと結婚した。メアリは、産科・婦人科医学の草分けでハーバード大学でも教鞭を執っていたウォルター・チャニング医師の娘であり、ユニテリアン主義の聖職者ウィリアム・エラリー・チャニングの姪であり、ヘンリー・デイヴィッド・ソローの友人であった詩人ウィリアム・エラリー・チャニングの妹であった。メアリとの間には実子はいなかったが、エレン・フラーとエラリー・チャニングの長女マーガレット・フラー・チャニングを育てた。エレンは、先験主義者でありフェミニズム作家マーガレット・フラーの妹である。 メアリは1877年に亡くなるが、その2年後、トーマスはメアリ・ポッター・サッチャーと再婚した。彼女との間には2人の娘を授かり、そのうち1人が成人を迎えることができた。 トーマスは、ハリエット・ヒギンソンの縁者でもあるが、イリノイ州ウッドデイルにある彼女の邸宅は建築家バートランド・ゴールドバーグが1934年に請け負った最初の仕事として有名である。
トーマスは13歳でハーバード・カレッジに入学、16の時にファイ・ベータ・カッパのメンバーに選ばれた。 1841年に卒業後、2年間教師を勤め、その間の1842年にメアリ・エリザベス・チャニングと婚約した。ハーバード大学神学大学院では神学を学んだが、1年目が終わる頃には奴隷制廃止運動に注力するためとして出席しなくなっている。翌年には、勃発が予想されていたメキシコとの戦争に反対する運動をしていた先験主義的ユニテリアン主義の聖職者セオドア・パーカーの薫陶を受けた。戦争は奴隷制と奴隷労働を拡大する口実にしかならないと信じ、反戦詩を書いたり、戦争反対の請願署名を乞うて家々を回ったりした。1840年代に反奴隷制運動が分裂すると、トーマスは分離主義的奴隷制廃止運動に賛同した。これは、連邦に奴隷州が残る限り、奴隷制を支持している憲法が改正されることはないと考えることを前提とした運動である。
事故発生後、カナダのノヴァスコシア、ハリファックスのホワイト・スター・ライン代理店A・G・ジョーンズ・アンド・カンパニーは遭難者の捜索と遺体収容を目的として、ケーブル敷設船マッケイ＝ベネット号（en:CS Mackay-Bennett）を雇いあげた。捜索初日は風が強く海が荒れたが、それでも51体の遺体を収容することができた。4月26日にはもう1隻のケーブル敷設船ミニア号が現場に到着し、両船は共同で捜索を行った。マッケイ＝ベネット号は事故現場で190体の遺体を収容したが、その段階で収容能力が限界に達した。マッケイ＝ベネット号は収容した遺体の一部を水葬した後に、ハリファックスに帰港した。捜索初日に収容された遺体の中に、金髪の幼い男児1名がいた。この男児は、捜索開始から4番目に海中から引き揚げられた。収容当時の記録には、男児について次のように記載されている。NO.4 男性 推定年齢2歳 頭髪 金髪 服装 灰色の上着に毛皮の襟とカフス、茶色のサージ製フロック、ペチコート、フランネルの服、ピンクのウール製肌着、茶色の靴と靴下 これ以上の特記事項なし。恐らく3等乗客。男児を発見したマッケイ＝ベネット号の船員たちを始め、ハリファックスの人々もこの幼い犠牲者に深い同情を寄せた。男児が身元不明で引き取り手が現れないことが知れ渡ると、ハリファックスの住民たちから葬儀費用提供の申し出が何件もあった。最終的に男児の葬儀は、マッケイ＝ベネット号のＦ・H・ラードナー船長と船員たちによって執り行われた。ラードナー船長と船員たちは費用を出し合って、男児をハリファックスのフェアヴュー墓地（en:Fairview Cemetery, Halifax, Nova Scotia）に埋葬した。タイタニック号の事故で犠牲になった子供たちは、1人を除いてみな3等に乗船していた。イギリスの事故査問委員会の調査によれば、1等乗客の子供6人のうち5人、2等乗客の子供24人は全員が生き残ったのに対して、3等乗客の子供たち79人のうち生存者はわずかに27人のみであった。2002年以前には、（この2002年という年は、誤った身元鑑定結果が出ていた時期である）男児は「身元不明児」（The unknown child）と呼ばれていた。この子の身元については、事故で死亡した3等乗客の中で条件が一致する5名の子供（生後5か月から2歳までの金髪の男児）のうちの1人ではないかと推定されていた。フリーランス・ライターで古文書収集家のダニエル・アレン・バトラーはその著『不沈 タイタニック 悲劇までの全記録』（1998年）の中で、「身元不明児」についてスウェーデン生まれのゴスタ・レナード・ポールソン（Gösta Leonard Pålsson、1910年1月3日生、事故当時2歳3か月）ではないかと見なしていた。タイタニック号事故の犠牲者で遺体が収容された人々のうち、身元不明者の確認の試みは21世紀になっても続いていた。2002年になって、アメリカ合衆国の放送局PBSはテレビの連続番組『Secrets of the Dead』（en:Secrets of the Dead） において「身元不明児」を取り上げた。身元調査のために3本の歯と風化した骨片が使用された。DNA検査の結果、エイノの母親の姉妹の孫にあたる女性との血縁関係があるとされて「身元不明児」はエイノ・パヌラであると報道された。しかし、カナダのレイクヘッド大学（en:Lakehead University）の研究者たちが、ミトコンドリアDNAの分子配列での鑑定法を発見し、「身元不明児」とパヌラ一族のDNA分子配列が一致しないことが判明した。DNAは再度抽出され、シドニー・レスリー・グッドウィン（1910年9月9日生、事故当時生後19か月）の当時生存していた母方の縁者の協力を得て再鑑定された。そして、「身元不明児」はシドニー・レスリー・グッドウィンであると、2007年7月30日に結果が報道された。