2012年（平成24年）6月4日、再度内閣改造を行い、野田第2次改造内閣が発足した。防衛相に拓殖大学大学院教授の森本敏を初めて民間から起用した。森本の前任の一川保夫と田中直紀はともに問責決議を受けていたため、防衛相人事は野田にとって鬼門だと評された。この人事には与野党から批判の声が上がったが、元朝日新聞論説委員の薬師寺克行は「形式論的な指摘でしかなく、本質を突いた批判になっていない」と述べている。同年6月15日、民主党・自由民主党・公明党の実務者間での協議（確約した解散時期以降に社会保障国民会議の設置をすることで、社会保障抜本改革を先送りして消費税増税を既成事実とすること）が合意に達し、社会保障・税一体改革関連法案の修正内容について合意が成立した（三党合意）。しかし、修正法案の内容に対して党内の反対派から「第45回衆議院議員総選挙のマニフェストでうたった社会保障改革が棚上げされた」と合意内容を批判する声が上がっている。これに対し、社会保障・税一体改革担当大臣でもある民主党の岡田克也副総理は、増税についてマニフェストに書いていない点は率直におわびしなければならないとした上で、東日本大震災と欧州経済危機の発生により「社会保障制度の持続可能性のためにも消費税を上げざるを得ない」と反論。また関連8法案のうち6法案は社会保障改革に関するものであり、棚上げは事実と異なると主張している。党内からは、党大会に次ぐ議決機関である両院議員総会の開催を求める声が高まり、開催を求める154名分の署名が執行部に提出されたが、社会保障・税一体改革関連法案を議論するための両院議員総会は開かれず、代わりに両院議員懇談会が開かれた。6月19日の党内協議では小沢グループによる三党合意の項目別合意や多数決採決の意見を押し切り、政調会長一任を決断し党内合意を得ることに成功した。6月26日の衆議院本会議での消費増税法案の採決では、民主党内から反対・棄権・欠席した議員が73名に達し、閣僚経験者ら大物議員を含め造反者が続出する事態となった。 採決に先立ち、加藤学から反対票を投じる方針を聞いた後援会長の中島衛は「加藤議員とは基本的に路線が一致していると思う」と話した。また田中秀征は「かつて日本の政治史に、これほどまで明確な重大公約違反があっただろうか」と話している。7月2日、消費増税法案に批判的な小沢一郎、東祥三・広野允士らが一斉に離党届を提出して「国民の生活が第一」を結成し、新党きづなとの統一会派「国民の生活が第一・きづな」を発足させた。党執行部は造反者や離党届提出者への処分案を取りまとめるが、7月4日に社会保障・税一体改革関連法案に批判的な加藤学が離党届を提出し、さらにその2日後に米長晴信が離党届を提出したことから、再び処分案を見直す事態となった。また、7月17日には、野田の原子力政策に批判的な舟山康江・行田邦子・谷岡郁子が離党届を提出し、新たな会派「みどりの風」を結成した。その翌日には、野田の外交政策や社会保障・税一体改革関連法案に批判的な中津川博郷が離党届を提出した。地方議会議員の離党も相次いでおり、岩手県では党所属の地方議会議員のうち7割以上が離党する事態となった。8月8日、衆院解散時期について民自公の三党で会談し、消費税増税を柱とする社会保障・税一体改革関連法案を成立させた上で、具体的な解散時期は明示せず、「近いうちに信を問う」ことで合意したが、10月24日、新党大地・真民主の鈴木宗男から「今は景気対策や復興対策に力を注ぐべきで、選挙をやるべきではない」と問われた野田は、「私もそう思います」と応じた。9月19日、差別や虐待などの人権侵害事案の解決にあたる救済機関「人権委員会」を法務省の外局として新設するための人権委員会設置法案を閣議決定した。
エアフルトではオルガン奏者・作曲家・教師として著しい成功を修めたパッヘルベルであったが、明らかに彼はより良い役職を求めていたようである。彼は上層部からエアフルトを離れる許可を請い、1690年8月15日に正式に自由の身となり、その努力と忠実さを称える推薦状を与えられた。彼は1690年の9月1日から2週間と経たないうちに、公爵夫人マグダレーナ・ジビュラの後援によってヴュルテンベルク公国（シュトゥットガルト）の宮廷音楽家・宮廷オルガン奏者に就任した。良い仕事ではあったが、大同盟戦争が勃発しフランス軍が攻めてきたため、そこでの生活はわずか2年で幕を閉じた。次の職場はゴータ市のオルガン奏者（在職2年）で、1692年11月8日に就任、アウグスティノ修道会のマルガレーテ教会に勤めた。この時期には彼の最初の、そして唯一のコラール前奏曲集 "Acht Choräle zum Praeambulieren "を出版している（1693年）。かつての教え子であったヨハン・クリストフ・バッハが1694年10月に結婚した際、バッハ家の人々は10月23日にオールドルフでそれを祝い、音楽を提供するためパッヘルベルら作曲家たちを招待した。パッヘルベルはおそらくそれに参加したと思われ、もしそうであれば、ヨハン・ゼバスティアン・バッハ（当時9歳）とパッヘルベルが出会った唯一の機会である。ゴータでの3年間で、パッヘルベルは二度の求人を受けている。一つはシュトゥットガルトで、もう一つはイングランドのオックスフォード大学であるが、彼は双方とも断っている。ニュルンベルクでは、聖ゼーバルドゥス教会のオルガン奏者であった（そして、彼の師であったかもしれない）ゲオルク・カスパール・ヴェッカーが1695年4月20日に亡くなり、市の権力者たちは、通常の採用試験を行ったり、小さな教会から著名なオルガン奏者を招いたりすることなく、（ニュルンベルク出身者として有名な）パッヘルベルを後継者として呼び戻すことを切望した。パッヘルベルはそれに応え、1695年にゴータの職を辞し、夏にニュルンベルクに戻った。市からは日ごとの経費が支給された。パッヘルベルは残りの人生をニュルンベルクで過ごし、室内楽曲集『音楽の喜び』"Musikalische Ergötzung" を出版、1699年には、鍵盤楽器のための6つの変奏曲『アポロンの六弦琴』（『アポロの六弦琴』、Hexachordum Apollinis）を出している。彼は主にイタリアや南ドイツの作曲家たちの影響を受けていたが、「アポロンの六弦琴」をディートリヒ・ブクステフーデに捧げたように、北ドイツ楽派の人々とも交際があった。晩年の作品としては他に、コンチェルタート様式によるイングレッススやマニフィカトといったイタリア風の宗教声楽曲や、グレゴリオ聖歌「マニフィカト」の旋法を用いた90曲以上の小フーガからなるオルガン曲集『マニフィカト・フーガ』がある。1706年、パッヘルベルは52歳で亡くなった。彼の正確な死亡日は分かっていないが、埋葬は3月9日に行われた。Matthesonは3月の3日か7日ではないかと見ているが、いずれにせよ、遺体が埋葬されないまま長らく置かれていたとは考えづらい。当時の慣習として3回か4回の検死日を経てから埋葬していたので、1706年3月6日あるいは3月7日と考えるほうがより自然である。墓は聖ロッフス墓地にある。