ゴッサム警察と犯罪者を傘下に入れたコブルポットに対抗するため、ゴードンは引退したカーマイン・ファルコンに助力を求める。娘のソフィアがゴードンを警部にし、父を暗殺し、コブルポットを陥れてゴッサムの犯罪者を自分の傘下に入れる。リーはゴッサムの下層地域ナローズで指導者となって、解凍されたニグマと協力するようになり、ソフィアを倒す。バーバラはラーズによって復活させられる。ブルースは試作品のスーツを着て犯罪を取り締まるが、ラーズを殺し、その罪の意識から放蕩にふける。ラーズは復活し再び殺される。アーカムから脱走したジェロームはゴッサムを狂気に陥れようとして死ぬが、双子のジェレマイアがその役割を引き継ぎ、ゴッサム中に爆弾を仕掛ける。ゴッサム市民は避難し、ゴードンら少数の警察、ブルース、そして犯罪者たちが残る。
市長となったコブルポットはニグマへの愛情がもつれて憎みあうようになり、それぞれヴィランを味方につけて抗争する。ムーニーとバーバラは死に、ニグマは冷凍される。人を凶暴化させるウイルスが出現し、ファルコンの息子である感染した婚約者をゴードンに殺されたリーは復讐を謀る。昔からゴッサムを支配してきた"梟の法廷"は、ゴッサムを一度崩壊させてから再生させようと、ウイルスを市中に放つ。ゴードンの尽力でウイルスの危機は去るが、リーはゴッサムを去る。ブルースは誘拐されてシャーマンに修業を受け洗脳される。シャーマンは"梟の法廷"を皆殺しにした後、アルフレッドに殺される。師を殺されたブルースはアルフレッドを刺して洗脳が解け、ゴッサムの犯罪と闘い始める。
一カ月後、テオ・ギャラバンが妹タビサ・ギャラバンと聖デュマ騎士団の力を借りてゴッサム・シティの市長となり、ウェイン家に復讐しようとする。テオは殺されるが、ゴッサム警察はヴィクター・フライスに手を焼く。アーカム・アサイラムとウェイン・エンタープライズがひそかに所有するインディアン・ヒルでは、ストレンジ教授が狂気の実験を行う。
新たにゴッサム市警察に加わったジェームズ・ゴードンはベテラン刑事のハービー・ブロックとペアを組み、トーマスおよびマーサ・ウェイン夫妻の殺人事件を捜査する。ゴードンはウェイン夫妻の息子のブルースとその世話をする執事のアルフレッドに会う。ギャングの手下のオズワルド・コブルポット、鑑識課員のエドワード・ニグマ、孤児のセリーナ・カイルとアイビー・ペッパー、地方検事代理のハービー・デント、医者のレスリー・トンプキンスなどが登場する。さらにゴードンは、ギャングのフィッシュ・ムーニー、カーマイン・ファルコン、サルヴァトーレ・マローニなどとも出会う。ゴードンはブルースの友人となり、やがてバットマンとなる少年に影響を与えることになる。
ゴッサム・シティ警察新入りのジェームズ・ゴードンはベテラン刑事のハービー・ブロックとペアを組み、トーマスとマーサ・ウェインの夫妻殺害事件解決を目指す。捜査中、ゴードンはウェイン家の執事のアルフレッド・ペニーワースに育てられる夫妻の息子ブルースと知り合い、殺人犯逮捕をより一層決意する。道半ばでゴードンはフィッシュ・ムーニー、ドン・カーマイン・ファルコン、サルヴァトーレ・マローニといったゴッサムのマフィアたちとかかわり合いになる。最終的にゴードンはブルースと友人となり、後にバットマンとなる少年の未来を形作る手助けとなる。本シリーズではペンギン、リドラー、キャットウーマン、ジョーカー、ポイズン・アイビー、スケアクロウ、ヒューゴ・ストレンジ、トゥーフェイス、ミスター・フリーズ、ミスター・ザーズといったバットマンの悪役達のバックストーリーも語られる。
第一次世界大戦後、イギリスとの同盟が解消された日本は、満州・中国問題などでイギリスやアメリカ合衆国と対立。イギリスからの独立運動を行っていたラース・ビハーリー・ボースやA.M.ナイルの亡命を受け入れ、その後「欧米帝国主義国の植民地からの解放」を掲げ、1941年12月に英米との間で開戦した（太平洋戦争）。日本軍は瞬く間に香港やマレー半島、ビルマなどの東南アジア一帯のイギリス植民地から、イギリス軍やオーストラリア軍を駆逐した。インド国民会議派元議長でインド国外でイギリスに対する独立闘争を続けていたスバス・チャンドラ・ボースやビハーリー・ボース、ナイルなどの独立運動家は、日本の支援を受けてインド国民軍を組織し、インドの外側から軍事的にイギリスに揺さぶりをかけようとした。しかしインド国内、つまりイギリスの植民地に留まっていたガンディーは、この様な動きに連携することはなかった。ただし、日本軍がイギリスやアメリカ、オランダをはじめとする連合国軍を撃破し続け、インド洋でイギリス海軍に打撃を与えてインドに迫った1942年初頭から1943年中盤の時期には、日本との連携を模索する姿勢を見せていたことが指摘されている。実際に1942年には、日本軍のインドへの接近に慌てたイギリスが「インドをイギリス連邦内自治領として認める」という条件でインド人の懐柔を図った。イギリスの魂胆を見抜いたガンディーはこれを拒否し、民衆は「クイット・インディア」（Quit India、つまり「インドから出ていけ」）を掲げ、その結果2年間投獄されることとなった。しかし、同時にガンディーは「すべての日本人に」と題された声明を発表し、「欧米帝国主義国の植民地からの解放」を掲げつつも、強権的かつ人種差別を明確に掲げるナチス・ドイツやファシスト政権下のイタリアと組み、覇権主義的な行動を見せつつある日本の姿勢に対する疑問を明らかにし、「もしもあなたがたの国に行くことを許されるならば、あなたがたの国へ行って、中国に対し、世界に対し、したがつてまたあなたがた自身に対して行っている暴行をやめるように懇願しましょう。そのために私の健康が、いや生命が損なわれても意に介しません」と日本に対して呼びかけている。なおガンジーはこれ以前から日中戦争に極めて批判的であり、1939年にハリジャン紙に掲載された日本の生活協同組合運動指導者である賀川豊彦との対談でも「あなたがた日本人はすばらしいこともなしとげたし、また日本人から、私たちは多くのことを学ばなければなりません。ところが、今日のように中国を併呑したり、そのほかぞっとするような恐ろしいことをやっていることを、どのように理解したらいいでしょうか」と批難している。