開湯は2003年（平成15年）4月である。地下936mまでボーリングを実施して源泉を掘り当てた。源泉の供給は2003年11月から始まった。ただし、当地にある旅館「国民宿舎十和田湖温泉」はそれ以前から十和田ポニー温泉より源泉をタンクローリーにて運んでいたため、温泉宿の開業はそれ以前である。
2013年11月に不適切な会計処理をした疑いにより証券取引等監視委員会から任意調査を受け、12月16日に外部の専門家から構成される第三者委員会を設置。2014年2月10日に調査結果を公表した。要約すると同社は岩佐実次会長の売上至上主義が蔓延し、人事部が存在せず会長と幹部は売上への貢献度によって昇給、減給、昇格、降格を繰り返し行っていた。その結果、監理、監査部門が機能しなくなり、営業部門は競って不正な売上計上をするようになる。不正な売上計上として未消化コマ(授業料は支払われているが生徒が来なかった場合)で本来返金すべき授業料を当日欠席扱い(返金しなくてよい規定になっている)にして売上に計上したり社員授業(本来の講師ではなく社員が行う授業。講師に授業料の支払いが発生しない)、ご祝儀(志望校に合格した子に残存のコマがある場合、明示、暗示によって返還を放棄させる)等の方法で売上の水増をはかり、リソーグループ全体で83億にのぼる巨額なものになった。これは累計売上高から見れば6.8%の水増に過ぎないが、本来返還すべき利益を引当金として差し引くと、経常利益で－44.5%、当期純利益で－79.9%と巨大な粉飾決算となる。第三者委員会は岩佐実次会長の関与についても徹底的な調査を行ったが、岩佐実次会長は完全に関与を否定した。これに対して第三者委員会は、会長が監査法人等から不適切な会計を指摘されて数億円をかけて監理システムを導入している事、これだけ大規模な不正であるにもかかわらず痕跡が全く見当たらない事、などを理由に、会長の関与は認め難いとしている。これまで発覚が遅れた理由として、外部の監査法人の追求を巧みに誤魔化してきた「Ｍシステム」と呼ばれる未消化コマを正確に把握するシステムの存在がある。管理部門の責任者のみが特殊フラグを閲覧する事で、未消化コマの実態を把握するものだが、監査法人にすら知らせず社内秘とされていた。前の新日本監査法人は平成19年に改善の見込みが不明として監査契約を断続せず、新たに九段監査法人が引き継ぎ、より強力な改善提言を続けたが「利益率のぶれが無い」ため最後まで売上の不正計上を把握できなかった。14日に提出した訂正報告書によると2013年2月期の連結純利益は修正前の15億円から2億2100万円に減少し、純資産も56億円から7億9100万円に減少した。更に2013年3月から11月期までの修正後の連結決算は、売上高が138億円、最終損益が2億5600万円の赤字だった事が明らかになっている。これら不祥事から2013年9月に社長に昇格したAが、2014年2月14日付で辞任。岩佐実次会長が社長を兼務すると発表した。東京証券取引所は、内部管理体制等が不十分として、2014年3月11日にリソー教育株式を有価証券上場規程第501条第1項第2号a（上場会社が有価証券報告書等に虚偽記載を行った場合であって、当該上場会社の内部管理体制等について改善の必要性が高いと認められたため）により特設注意市場銘柄に指定し、同時に1000万円の上場契約違約金を納付するよう命じられた。同年4月21日に、証券取引等監視委員会の勧告に基づき、金融庁から4億1477万円の課徴金を納付するよう命じられた。同年5月23日には会計監査人を九段監査法人から誠栄監査法人へ変更した。リソー教育は2015年3月11日に東京証券取引所に1回目の内部管理体制確認書を提出した他、同年5月8日にAリソー教育元社長、Bリソー教育元常務取締役、およびC名門会元社長に対し、損害賠償を請求する訴訟を東京地方裁判所に提起した。東京証券取引所は、1回目の内部管理体制確認書を審査した結果、2015年9月8日にコーポレート・ガバナンスが不十分として特設注意市場銘柄指定を継続することを決定。指定継続決定は指定解除（上場維持）もしくは上場廃止のいずれかを決定する1回目の最終期限であるわずか3日前のことだった（同年9月11日までに、上場会社の内部管理体制等について改善がなされなかったと取引所が認める場合は上場廃止となる）。同年9月11日にコーポレート・ガバナンスなどの改善が見られない場合は上場廃止となる監理銘柄（審査中）に指定され、リソー教育は同日に2回目の内部管理体制確認書を提出。代表取締役会長兼社長であった岩佐実次も、同年10月1日付で取締役相談役に退き、後任の社長には代表取締役専務を務めていた天坊真彦が昇格した。東京証券取引所は同年10月31日に、コーポレート・ガバナンスなどが改善されたとして、特設注意市場銘柄並びに監理銘柄（審査中）の指定を解除し、東京証券取引所一部上場が維持されることになった。2016年3月頃、Aリソー教育元社長、Bリソー教育元常務取締役、およびC名門会元社長は、リソー教育からの損害賠償請求を認諾し，訴訟は終了した。。