2013年9月3日に元WBA世界フライ級王者亀田大毅が元IBF世界スーパーフライ級王者のロドリゴ・ゲレロとのIBF世界スーパーフライ級王座決定戦で3-0の判定勝ちを収め2階級制覇を果たした。2013年11月14日、柴田直子がIBF女子世界ライトフライ級王座を獲得し、日本女子初のIBF世界王者となった2014年4月23日に元世界2階級制覇王者長谷川穂積がIBF世界スーパーバンタム級王者キコ・マルチネスに挑戦したが、7回1分20秒TKO負けを喫し3階級制覇に失敗した。2014年5月7日に元世界2階級制覇王者井岡一翔がIBF世界フライ級王者アムナット・ルエンロンに挑戦したが、1-2の判定負けを喫し、日本人選手最短のプロ15戦目での3階級制覇に失敗した。2014年7月18日にIBF世界スーパーフライ級王座決定戦で帝里木下がゾラニ・テテと対戦したが、0-3の判定負けを喫し王座獲得に失敗した。2014年12月31日にIBF・WBO世界ミニマム級王座決定戦で高山勝成が大平剛を破り、日本人初の主要4団体での世界戴冠を果たした。2015年12月29日、八重樫東がIBF世界ライトフライ級王者ハビエル・メンドーサを判定で下して三階級制覇を達成した。
日本人選手では、初代王座決定戦でIBF世界バンタム級王座を獲得した新垣諭が長い間唯一のIBF世界王者であったが、2013年3月30日に元WBC世界ミニマム級王者で元WBA世界ミニマム級暫定王者（JBCでは届出により引退扱い）の高山勝成が、マリオ・ロドリゲスを判定で破り、日本人選手として29年ぶりに二人目のIBF世界王者となっている。上述のJBC復帰により日本人初のJBC公認のIBF王者となった。WBA・WBC・IBFの3団体での世界王座戴冠も高山勝成が果たした日本人初の快挙である。その他では、1983年に春日井健がジュニアバンタム級初代王座決定戦で5回KO負け、1985年に川島志伸（川島郭志の実兄）が韓国でフライ級王者、権順天に挑戦して3回KO負け、1987年に川上正治が初代ミニマム級王座決定戦に出場し2回KO負け、同年ロンドンで元日本ウェルター級王者の亀田昭雄がジュニアウェルター級王者、テリー・マーシュに7回KO負け、などの記録が残っている。1987年にはマーシャルアーツ日本キックボクシング連盟のメインエベンターと国際式を兼業していた松田利彦（当時士道館）が、韓国にて国際式ボクシング経験わずか3戦（戦績2勝1敗）で崔漸煥の保持するIBF世界ジュニアフライ級王座に挑戦するも4RKO負け。また、前述の高山勝成は2011年1月にも、南アフリカにて当時のミニマム級王者ヌコシナチ・ジョイに挑戦しているが、偶然のバッティングで王座獲得はならなかった。なお、2013年4月1日以前のJBCライセンス受給者たるIBF世界タイトル挑戦者は前述の細野雄一のみであったが、IBFへJBCが正式に加盟した事により、2013年4月以降はJBCライセンス受給者が、IBFの世界タイトルにライセンスを保持したまま挑戦者として対戦する事が認められるようになった。
1999年に起こった贈収賄事件を機に、暫定王座の設置基準についてより厳格なものに定めており、（WBCのアルベルト・ダビラVSキコ・ヒメネス戦とほぼ同時期の）1983年創立以来暫定王者は2013年3月31日JBC非公認団体だった時代30年間で6人に過ぎない（うち2人は創立から16年後に起きた事件の前の出来事。ただし、しばし1・2位を空位にして2014年4月4日大場浩平VSランディ・カバジェロや2015年6月10日和氣慎吾VSマイク・タワッチャイ的な指名挑戦者決定戦を行っており、代替策と見る向きがある）。WBA・WBC・WBOとは異なり、暫定王座を極力作らない方針を採っている。1999年の贈収賄事件後にランキング見直しを施した際、より厳格な制度に改められ、以降は負傷など正当な理由のない暫定王座を設けていない（他3団体の暫定乱立はIBF事件以降特に激しくなった）。そのため、IBF暫定王者はロビー・リーガン、ザブ・ジュダー、シャンバ・ミッチェル、フリオ・ディアス、ロバート・アレン、ジョンリル・カシメロ、ビクトル・ラミレス、リー・ハスキンス、ミラン・メリンド、アンドレ・ディレル、ホセ・ウスカテギの11名と極めて少ない。このうちリーガンとジュダーについては捜査が入る以前の暫定王者である。
水兵11名、同人会病院の石井小兵衛、三井木行の石田倉之ら民間人数名らは殴打され監禁された。水兵は飲食店にいたところを襲われ、散々殴打されて拉致され、フランス租界外の総工会本部に監禁された。監禁中は足を縄で縛られ、青龍刀を突きつけられ愚弄された。また、当時の中国の新聞にはこれらの監禁された日本人を「捕虜」として報じた。4月4日朝、唐生智は軍を派遣して水兵を引き取った。唐生智は総工会に対して「日本側に有利な条件を容れさせるための人質なので、そのまま返したら承知せず」と言った。唐生智が人質を日本側に送ろうとしても糾察隊は衛戍司令部を監視して妨害した。総領事が協議した結果、7日夜にようやく取り戻した。石井小兵衛ら数名は4日夜12時に釈放された。国民政府外交部長の陳友仁は事件の夜に駆けつけ、高尾総領事に対して遺憾の意を表し、当方にて全責任をもって解決すると言った。武漢衛戍総司令の唐生智も来て遺憾の意を表し、租界は中国軍隊にて護衛するので陸戦隊の撤退を要求した。総領事は中国側の誠意を尊重して陸戦隊の撤退を希望し、また中国側は軍隊を租界の周囲に配し、糾察隊とともに群衆を遠ざけ、日本人に危害を加えるな、略奪するなといったポスターを貼るなど誠意があるように見えたので、陸戦隊は一時大正ホールに引き上げた。しかし軍隊の略奪が行われ、直ちに陸戦隊を配備した。本願寺に進入した唐生智の軍隊は木堂内の略奪容疑で、何健の軍隊に代えられ、それも陸戦隊の抗議により、本願寺から撤退した。総工会の代表は「中国人が十人死んだ。発砲は不法だ。衝突の原因を明らかにされたい。陸戦隊を即刻引きあげられたい」など勝手な注文を持ち出したが、総領事のために一蹴された。また総工会は食糧封鎖を強行しようとした。