1991年2月28日、新経済計画（NEP）が終了するのに伴い、マレーシアを2020年までに先進国の仲間入りを達成させる野心的な長期開発構想プロジェクト「ワワサン2020（ヴィジョン2020）」が策定され、マレーシアの経済発展の新しい指針となった。9つの戦略的課題を提示することで、30年間でのマレーシアの国内総生産を8倍（1990年時点で1150億リンギから2030年時点で9200億リンギへ）に伸ばすことを目標に据え、内閣改造の目玉として、アンワルを教育相から蔵相に配置転換することでそのプロジェクトの実務を担当させた。長期政権になったマハティール政権内部では世代交代の声が高まったのもこの時期である。1993年のUMNO役員選挙において、アンワルがUMNO副総裁に選出される公算が大きくなるにしたがい、ガファール・ババ副総裁は、10月末には内閣のポスト全てを辞した。翌月、マハティール総裁-アンワル副総裁が無投票で決定したことで、世代交代の機運が明確となった。1994年には、再度の憲法改正が実施され、マレーシア憲法66条において、立法過程での最高元首の裁可権限が強化され、40条第1A項新設に伴う「最高元首が助言に基づく行動をとる」と定められたことにより、首相府の強化が実施された。
1986年7月に実施された総選挙において、国民戦線は、憲法改正問題、BMFのスキャンダル、UMNOの内部対立、これに加えて、1984年以降のマレーシア経済は不況の真っ只中であり、マハティール政権にとって不利な情勢であったが、8月には、第三次マハティール政権が発足する。マハティールは内務相を兼任する。アンワルが教育相に就任し、実質的にもマハティールの後継者としての地盤を固めていったと目されていった。1987年、マハティールとムサ・ヒタムの対立が明確となった。4月2日のムサ・ヒタムのマハティール批判（BMFのスキャンダル、新規資金不足にもかかわらず推進される大型プロジェクトの推進への批判、ルックイースト政策と民営化政策の批判）に対して、4月10日、マハティールはムサ・ヒタムへの批判を展開し、そのまま4月22日のUMNO役員選挙に突入した。UMNO役員選挙において、マハティール総裁-ガファール・ババ副総裁が僅差ながら勝利を収めた。この対立は翌年のムサ・ヒタム、ラザレイ・ハムザといった反マハティール派の46年精神党結党につながった。1989年、心臓バイパス手術を受けた後、4月には公務に復帰。5月半ばからはアメリカ合衆国、イギリスを訪問するなど、精力的な活動を続けた。
2004年6月13日にオリックスと近鉄の合併構想（＝近鉄の球団保有権をオリックスへ売却した上で統合）が表面化。これに対し両球団のオーナー・経営陣があまりの事の唐突さに労働組合日本プロ野球選手会と野球ファンの猛烈な反発を受けた事がこの問題の発端である。さらにこれを機に、経営難に陥っているパシフィック・リーグ各球団が人気のあるセントラル・リーグ球団からの救済を求めたことに加え、球界の独占的な支配を図っていると一般から見なされた読売ジャイアンツ（以下巨人。また肩書きも当時のもの）オーナー・渡邉恒雄を始めとした一部球団オーナーが球団数を大幅に削減しようと考えていたことにより、8 - 10球団の1リーグ制への流れが急速に進んでいったことも明らかになった。これを受け、選手会長の古田敦也はオーナー達との対話を求めようとするが、7月8日に渡邉が、スポーツ記者の「明日、選手会と代表レベルの意見交換会があるんですけれども、古田選手会長が代表レベルだと話にならないんで、できれば、オーナー陣といずれ会いたいと（言っている）」との問いかけに対し「無礼なこと言うな。分をわきまえなきゃいかんよ。たかが選手が」と発言、対話拒否の態度を示した。これにより選手会とファンはますます合併推進派に対する感情的な猛反発を強め、問題は野球界のみならず政界・経済界・労働界までも巻き込むこととなった。「第2の合併」こそ経緯のあやふやさもあって実現を見なかったものの、オリックスと近鉄との合併は周囲をほとんど無視する形で一方的に決定された。経営困難に陥った企業が同業他社との合併に救済を求めるのは特別な事ではないが、他社への身売りではなく合併を選んだことへの野球ファンの反発が大きかった。それに対して、周囲がいくら反発しても経営の悪化が解決するわけではなく企業努力として当然とする反論も出されたが、発表から1年も待たずに合併を推し進めようとしたことから球団存続の危機感にあるファンの動向を見守る期間が十分に与えられるとは言えない事もあり企業努力に対しても疑問を持たれ、ファンの反発を抑えることはできなかった。選手会は「2リーグ12球団維持」を求め、翌2005年からの新規球団参入を求めプロ野球機構（NPB）と数度の交渉を持ったものの確固たる約束を得ることができず、選手会はついに9月18日・19日の2日間にわたって日本プロ野球史上初のストライキを決行した。その後行われた両者の交渉によって、新規参入の確約をはじめとした合意を得ることとなった。新規参入にあっては、かねてから近鉄買収に名乗りを上げていたものの果たせなかったライブドアと、ライブドア同様のITベンチャーであり、ライブドアに続く二番手として名乗り出た楽天とが競う形となり、「IT戦争」と大きな話題となった。当時の世論は『この問題の突破口を開く形を作った』『近鉄の救世主』等の理由からライブドアを支持する意見がほとんどだったものの、実際には健全な経営が行われていると見なされた楽天が加入を認められた。楽天はプロ野球界では1954年の高橋ユニオンズ以来、50年ぶりの新球団・東北楽天ゴールデンイーグルスを設立。2004年はこれらの問題のみならず、日本プロ野球界の抱える数多くの問題点が一気に噴出した年だった。特に球団オーナーの内、自由獲得枠選手の獲得に関わる金銭不正授受問題（一場事件）で巨人・阪神・横浜3球団のオーナー（渡邉、阪神・久万俊二郎オーナー、横浜・砂原幸雄オーナー）及び阪神・野崎勝義球団社長が辞任、さらに西武鉄道グループの不正経理問題で西武ライオンズの堤義明オーナーが辞任と、ソフトバンクへ売却された福岡ダイエーホークスを含め翌年まで存続した11球団の内半数の6球団（巨人・阪神・横浜・西武・ダイエー→ソフトバンク）のオーナーが交替するという異常事態となった。その後、これらの諸問題は時の流れと共に一応の解決を見たものもあれば、形骸化したものもある（#再編時の問題と一連の諸問題などを参照）。