1997年4月以降、新薬の承認時には溶出試験規格の認定が義務付けられ、当該医薬品の後発品についても溶出試験規格が求められていたが、それ以前の医薬品には溶出試験規格がない製品もあった。そこで、溶出試験規格がない医薬品のうち、後発医薬品があり、かつ先発医薬品との同等性を設定する必要がある約550成分（約7000品目）を対象として、1997年2月から厚生省が品質の再評価を始めた。手順としては対象成分が選定されると先に標準製剤（通常は先発医薬品）に溶出試験の条件を設定し、次いで標準製剤と後発医薬品の溶出試験結果を比較、類似していることが確認されれば、後発医薬品にも溶出試験が設定される。先発医薬品と後発医薬品の溶出挙動が類似しているのであればバイオアベイラビリティーに著しい差が生じる可能性はなくなるという考え方に基づいたものである。その結果、現在では先発医薬品との溶出同等性が保証されている。
後発医薬品が先発医薬品と同等の薬効・作用を持つことを証明するために、後発医薬品の承認申請には、生物学的同等性試験のデータが必要とされる。生物学的同等性試験では原則として、ヒト（健常人）に先発医薬品・後発品を投与し、両者の血中濃度推移に統計学的な差がないことを確認する。より具体的には、先発医薬品・後発品を各10〜20名程度の健常人に投与し、一定時間ごとに採血を行い、薬物血中濃度の推移を比較し、両群の間に統計学的な差がないことを証明する手法がとられる。ただし、倫理的な面や、製剤特性等の理由から、ヒト以外の動物での試験が認められることもある。日本では現在、厚生労働省より通達されている「後発医薬品の生物学的同等性試験ガイドライン」に従って生物学的同等性試験が行われている。
先発医薬品の承認申請には、発見の経緯や外国での使用状況、物理的化学的性質や規格・試験方法、安全性、毒性・催奇性、薬理作用、吸収・分布・代謝・排泄、臨床試験など数多くの試験を行い、26の資料を提出する必要がある。これに対して後発医薬品では、「規格及び試験方法」、「安定性試験」、「生物学的同等性試験」の3つの資料と添付文書記載事項（添付文書案）の提出によってPMDAにより審査され、製造承認がおりる。先発医薬品と比較して後発医薬品の承認申請資料が少ないのは、有効成分に関する有効性・安全性はすでに先発医薬品において確認されている（毒性試験、薬理試験、臨床試験等）ため、同一の有効成分を使用する後発医薬品ではそれらの試験の必要がないためである。この考え方は、FDA（アメリカ食品医薬品局）、EMA（欧州医薬品庁）をはじめ諸外国でも同様に認められており、後発医薬品の実施試験が少ないからといって、先発医薬品と比べて有効性、安全性、品質が劣ることはない。
デ1000形は1990年代時点で登場から30年が経過し老朽化が進み、冷房化の対象外となり、5000系の増備に伴い1995年までに全車両が廃車となり、形式消滅している。デ1050形も冷房化の対象外となり、1051 - 1058が1996年から1997年にかけて廃車、1997年にはデ1300形の1301-1308が廃車となった。2000年、1100系の中間付随車1213が廃車となっている。2008年には6000系の投入に伴い1123と1212が4月17日付で廃車となり、800系からの改造車が消滅した。2007年3月のダイヤ改正による5連運用の減少により、残存する非冷房車は2008年4月17日付で1060が余剰廃車、2009年3月のダイヤ改正による5連運用の廃止で運用から外れた1064が同年4月1日付で廃車となった。最後まで残った1062も6000系第2編成建造の代替でデ1070形1071 - 1073とともに2010年4月1日付で廃車となった。デ1050形は形式消滅、同時に神鉄の冷房化率100％が達成されている。2009年3月のダイヤ改正では5両編成運用が廃止となりツーマン運用も消滅、最後までワンマン非対応編成として残った1100系1117編成が2011年3月31日付で廃車となった。4連運用の減少に伴い、1124・1126の2両が2013年3月26日付で廃車となった。2015年にはデ1350形1361編成の併結相手が1351編成に変更され、1310編成は1351編成と組んでいた1370形1371・1372とともに2015年3月に廃車となり、デ1300形は形式消滅した。1074と1111-1206-1112は、2016年3月10日付で廃車になった。6500系の投入に伴い、1100系トップナンバーの1101Fは2016年に運用を離脱し、2017年2月1日付で廃車となった。1101は鈴蘭台車庫の移動倉庫に改造され、入換車と同じ茶色塗装となり、車内は座席、吊り革、網棚も含めて撤去されている。2018年から2019年にかけて1121・1115・1119編成の3編成が運用離脱した。