本形式は北海道の他に、中国・九州地区などでも使用された。また、国鉄では運用の効率上、1950年代までは鉱石輸送用ホッパ車の私有を認めなかったため、特定の荷主・区間では石炭車の使用を認めた。このため、本形式は汎用ホッパ車の代用としても使われ、積荷も石炭だけでなく、石灰石、鉄鉱石、硫化鉄鉱、甜菜などの輸送にも使われた。国鉄分割民営化に際しては、日本貨物鉄道（JR貨物）にセキ3000形81両、セキ6000形536両が継承されたが、石炭産業の衰退で北海道からは撤退し、セキ3000形が1993年（平成5年）までに廃車され、形式消滅した。最後まで運用されていた美祢線美祢駅 - 宇部線宇部港駅間の石灰石輸送もトラック輸送に切り替えられ、セキ6000形も1998年（平成10年）までに全廃された。
北海道地区と九州地区で運用される車両は、架線電圧20kVの交流電化区間があり、感電事故防止のため、妻板上部にあるブレーキハンドルを妻面に移設した。
釜石地区において石灰石と鉄鉱石を輸送するために改造した35t積のホッパ車である。1963年（昭和38年）から1969年（昭和44年）にかけて41両（ホキ2100 - ホキ2140）が改造された。改造に際しては荷重増に対応するため、ブレーキを手動切り替えの積空ブレーキに変更したが、運用区間である釜石線は片勾配によるブレーキシューの磨耗が激しかったこともあり、1969年（昭和44年）にブレーキ装置を大幅に改良するとともに制輪子をレジンシュー変更した。台車もブレーキ梁を強化したため、台車形式はTR41C-2となる。1968年（昭和43年）10月1日国鉄ダイヤ改正以降は速度制限運用車に指定され、側面に最高速度65km/h以下を示す黄色の帯が入った。記号番号標記は特殊標記符号「ロ」（最高速度65km/h以下の貨車）を前置し「ロセキ」と標記する。釜石駅に常備され、上有住駅及び陸中大橋駅との間で運用されていたが、1980年（昭和55年）から廃車が始まり、1985年（昭和60年）に形式消滅した。
青函トンネル建設用セメント専用30t（後に20t）積ホッパ車で1972年（昭和47年）に3両（ロホキ1900 - ロホキ1902）が改造された。ホキ1900形（初代）とは別の車両である。速度制限運用車に指定され、側面に最高速度65km/h以下を示す黄色の帯が入った他、「道外禁止」の文字が入れられた。記号番号標記は特殊標記符号「ロ」（最高速度65km/h以下の貨車）を前置し「ロセキ」と標記する。改造に際しては車体を撤去し、台枠の上にタンク体を載せ、台車をコイルバネ式のTR41Dに改造した。ホッパ車に分類されているが、形態としてはタンク車に近い。上磯駅に常備されたが、使用実績は低く、1982年（昭和57年）に形式消滅した。
生石灰を輸送するために改造した25t積のホッパ車である。1971年（昭和46年）に9両（ホキ650 - ホキ658）がセキ3000形から改造された。改造に際してはホキ2800形と共通運用を行うため、車体高さを切り詰めて重心を下げたうえで台車をコイルバネ式のTR41Dに改造することで最高速度を75km/hに引き上げ、ホキ2800形に準じた屋根や積込口を追加した。1979年（昭和54年）10月より化成品分類番号「94」（有害性物質、禁水指定のもの）が標記された。美濃赤坂駅に常備され、ホキ2800形と共に西濃鉄道昼飯線昼飯駅 - 新湊線新湊駅あるいは信越本線妙高高原駅などへ運用されていたが、1985年（昭和60年）に形式消滅した。
バブル景気に、日本国内外で大規模なリゾート開発を行った建設不動産会社・カブトデコム（札幌市）の子会社「エイペックス（Apex）」（1985年設立、旧社名・甲観光）が計画、完成させた大規模リゾートホテルである。併設されていたゴルフ場「ロイヤルクラシック洞爺」や、スキー場「スノーパーク洞爺（洞爺スキーパーク）」などと併せた一帯は、「エイペックスリゾート洞爺」と称された。会員制の高級ホテルとして企画されていたが、1993年（平成5年）の開業時には既にバブル崩壊しており、会員権の販売は不調であった。およそ665億円といわれる総工費の多くを融資していた北海道拓殖銀行は、ホテル完成を待たずに、エイペックスを子会社化している。1997年（平成9年）には、ホテル運営会社「ザ・ウィンザー・ホテルズ インターナショナル」（東京都、社長・窪山哲雄）へと運営が委託され、ホテル名称が「ザ・ウィンザーホテル洞爺」に変更された。11月17日、親会社である北海道拓殖銀行が経営破綻し、翌1998年（平成10年）3月にはエイペックスも自己破産を申請、土地・建物等は破産管財人の管理下に置かれ、ホテルの営業は中止となった。2000年（平成12年）、破産管財人はセコム損害保険の子会社である不動産投資管理会社「十勝アーバンプロパティーズ」（東京都）に、土地建物を、総工費の10分の1である約60億円で売却した。2002年（平成14年）、廃業前と同様の運営会社「ザ・ウィンザー・ホテルズ インターナショナル」によるホテル「ザ・ウィンザーホテル洞爺リゾート&スパ」として営業を再開している。