幕末、動乱の時代。攘夷浪士の乱行など荒れる世情から闇の会が解散し、仕事人達は仕事を失う。さらに主水は浪士隊の長・清河八郎の内偵のため、表向き奉行所をクビになり浪士隊に入る。そこで清河は主水を気に入り、彼に極秘の仕事を与える。それは横浜の外国人商人の屋敷、通称モリソン館からペーパー（書類）を盗み出すというものであった。浪士隊は幕府が組織したにもかかわらず、やがて清河は外国と組む幕府に反旗を翻す。清河は幕府上層部が攘夷に傾くよう暗躍を始める。先の書類も幕府上層部が外国人商人と癒着し、暴利を得ている証拠であった。しかし、清河の上司であり、モリソンと手を組む松平主税介は全て見越しており、むしろ清河の反旗を利用してさらに利益を得る。一方、政は白銀屋の式子とモリソンの依頼を受けて何らかの機械部品を製作していた。その正体は大砲の部品であり、松平達は大砲の試し撃ちに、捕らえた浪士隊の関係者を的に使う。その中には主水と親しい平木や、主水の依頼を受けて書類を盗む盗賊を集めた加代もいた。平木は加代が主水の知り合いと知ると、金を渡し彼女を庇って死ぬ。加代を助けだした政は、自分が兵器を作ったという後悔から、モリソン館に侵入し、大砲を破壊しようとする。しかし、呉震の部下に見つかって危機に陥り、朝吉に助けられる。一方、平木の家を訪れた主水は加代から全てを聞かされ、平木の恨みを晴らすことを決意する。清河はモリソン館を襲撃する準備を整えた上で、松平と直談判する。しかし、松平はその間に浪士隊の屋敷を急襲させ、全滅させていた。呆然とする清河に、主水は清河がやったことの無意味さを指摘し、また清河をよく知る朝吉は自分の手で幕を下ろせと言い残す。主水達が平木の頼み料を分配している所に清河が現れ、自分も加えて欲しいと頼む。また、自分が式子を殺すことを条件に朝吉も加わる。屋敷に侵入した主水達は守衛や呉震の部下達を倒し、今回の悪党共を仕事する。仕事の後、清河は主水に斬りかかり、わざと返り討ちにされる。そして主水に感謝の言葉を残して息絶える。
本作は幕末を舞台としており、オープニングは同じ時代設定の『暗闇仕留人』をオマージュしている。また、内容も実在の人物である清河八郎と、彼が指揮した浪士組（劇中では「浪士隊」）を軸に構成されている。関連して語り手として上岡龍太郎が登場し、随所で史実的な解説を行っている。おおむね、清河や浪士隊の動きは史実と符合しているが、清河は佐々木只三郎（エンディングクレジットは「佐々木唯三郎」と表記）ではなく主水に殺害される。佐々木は殺しの目撃者に変更され、そのため鳥羽・伏見の戦いに紛れた主水に殺害される。村上弘明演じる政の本作以降の登場は、映画『必殺!5 黄金の血』のみである。また本作以降の必殺シリーズでは滝田栄や笑福亭鶴瓶が何らかの役で出演している。
事件が解決したことで、ラット・ゴーレインではようやく船の航行が可能となっていた。勇者はラット・ゴーレインで足止めを食い途方に暮れていた貿易商人メシフ (Meshif) の好意で、彼の船に乗って東の国クラストの港 (Kurast Docks) へ到着した。クラストはかつて緑豊かで、ザカラム教の聖地であるクラスト寺院への入り口であることもあり栄えていたという。しかしつい最近、ある放浪者が現れたのをきっかけに、大きな地殻変動が起こり街の大半は水没し、森の生物は攻撃的な体形に変異し人を襲うようになり、呪物が意思を持つようになり村を作って人を喰うなど、人間の住む場所ではなくなってしまった。魔法障壁によって護られた港を出た途端、黒装束の放浪者が勇者の前に現れた。ついに魔人に追いついたかに見えたが、放浪者は魔物を召喚して煙と消えてしまう。勇者は放浪者を追って魔物に満ちたジャングルを越えを始める。放浪者は一足先、市民たちが悪魔に魂を売り渡し、地獄の都市と成り下がったクラストの街に辿り着き、ついに寺院の奥底で復活の時を待ちわびた魔王の一人、メフィストを解放する。地獄の炉へ向かえと命じられたマリウスは、ソウルストーンを握りしめその光景をただ見つめていた。ついに三人の魔人兄弟は集結し、恐るべき地獄へのゲートが開かれたのだ。マリウスはそれまで共に旅を続けてきた放浪者のあまりの代わりざま…ディアブロの恐ろしい姿に意欲を喪失し、地獄への門をくぐること無くその場を後にしてしまった。一方の勇者はと言うと、クラスト寺院に乗り込むには、特殊な魔法の宝珠によってその入り口が堅く封印されているという話を聞かされていた。魔人メフィストがその身を潜めるダンジョンに挑むには、かつての賢者カリムが遺した「カリムの眼」「カリムの脳」「カリムの心臓」「カリムのフレイル」を探し出し、それを組み合わせて聖なる武器「カリムの意志」にて宝珠を砕く必要があるというのだ。長く、複雑に続くジャングルを縦横無尽に探し回り、とうとう聖なるフレイルを手にした勇者は、ザカラム教の中心地に足を踏み入れる。しかしかつては聖騎士の民であったザカラム教徒が邪悪信仰に走り、勇者の行く手を阻む。もはや怪物と化したザカラムの民をなぎ倒しながら勇者は最奥地にある寺院に突入し、フレイルを振るって邪悪な宝珠を砕き、地下洞窟の入り口は開かれた。寺院の奥深くまで到達した勇者であったが、ディアブロとバールの姿は既になく、寺院の地下で勇者を待ち受けていたのは三大魔王の一人、メフィスト。勇者はメフィストを打ち破り、彼奴の生命の源であるソウル・ストーンを回収して地獄へと繋がる魔法のゲートに侵入する。