1999年7月、外宇宙から飛来したゴドム人工惑星の突然の地球周回軌道上への停止による天変地異と、ゴドム人の侵攻によって、地球は占領され人類は総人口の9割を失った。生き残った者達は地球救出組織「マルス」を結成。世界の9箇所に抵抗拠点「ポイント」を置く。日本・小笠原の海洋開発研究センター（ポイントN1）で密かに建造されていた戦略空母「ブルーノア」は、人類の危機に当たり完成率9割の状態で進水。ゴドムが太平洋各地に建設した基地を破壊し、ゴドムから地球を解放するために出撃する。その途上、大西洋・バミューダ沖海底の原子物理学研究センター・ポイントN9が無事である事が判明。そこで建造中の反重力エンジンを装備して、宇宙空母となって軌道上の人工惑星ゴドムを撃退するべく、ブルーノアはポイントN9を目指す。主人公・日下真は、廃墟で知り合った少女・土門慶（ケイ）や、友人の和泉洋らとともに、ゴドムの攻撃で壊滅した首都を脱出し、ポイントN1に辿り着く。密かにブルーノア建造に参加していた真の父が死ぬ間際に「そこに地球の未来がある」と言い残した。進水のきっかけ（艦橋の音声入力装置から船の名を呼ぶ事が起動キーになっていた）となった彼らは、小型潜水艦シイラの乗員となり、シイラの清水艦長、ケイの父でもあるブルーノアの土門艦長らの厳しい指導を受け、ドメニコ、飛鷹、カピラらの仲間達と共にゴドムと戦う。
本作の時代設定は、初期設定では1999年7月だった。これは「ミシェル・ノストラダムス師の予言集」（百詩篇）第10巻72番の詩にある「1999年第7の月、天空より恐怖の大王舞い降りる。その間、マルスは人類の幸福の名において支配を続けるだろう」から来ていると推測されるが、公式設定及び劇中では2052年となっている。ゴドム人工惑星が地球衛星軌道上に静止した事により、ポールシフトなどの天変地異が発生した結果、アジアとオーストラリアが地続きになったり、中央アメリカが水没して海峡（18話タイトルの「アメリカ海峡」）になってしまったりしている。なお、最終回でポールシフトは元に戻っている。地球連邦の首都は東京にあり、主人公たちはそこから脱出してイオノクラフトで小笠原諸島へ向かった。初期設定でブルーノアは「マルス」という組織に所属していた。宇宙戦艦ヤマト登場の架空艦船とその戦術は第二次世界大戦以前のそれをモチーフにしていたが、本作では現用艦船のハイテク戦争の色彩が濃い。無人偵察機「短距離ドローン」「長距離ドローン」、対空用バルカン砲、涙滴型の潜水艦などは、その典型といえる。なお、放映中に刊行された資料の人物設定ではゴドム宇宙艦隊の司令官として能力面、性格面で特色のある人物が幾人か紹介されており、本来予定された39話分の終盤で、宇宙に出たブルーノアとゴドム艦隊との熾烈な戦いが予定されていた事が伺えるが、その粗筋さえ非公開のままとなった。またヤマトとの差別化の為か、ヤマトでは登場人物同士を一部（森雪など）を除いて名字呼びする（主人公の古代進を「古代」と呼ぶ）のに対し、作中では主要人物は、一部や年長者を除いて名前呼びする（例：主人公の日下真の場合、「日下」ではなく、「真」と呼ぶ。）違いがある。
相対式ホーム2面2線を有する地上駅。分岐器や絶対信号機を持たないため、停留所に分類される。紀伊田辺方面行きホーム側に駅舎があり、反対側の御坊・和歌山方面行きホームへは跨線橋で連絡している。駅舎は古い木造で、自動券売機は設けられていない。ホームのかさ上げが行われ列車との段差が解消されている。御坊駅が管理する無人駅であり、利用客は少ない。毎年4月27日は道成寺で鐘供養会式が催されると以前は御坊駅から駅員が派遣され、切符の回収・発券作業などを行っていた（無人化後）。トイレは、現在は、使用できない。
1899年に共和党公認でウィリアム・S・テイラーがケンタッキー州知事に選ばれたことは予想を覆す出来事だった。この選挙は現在までのケンタッキー州の歴史の中でも最も接戦となった知事選である。民主党候補者ウィリアム・ゴーベルの支持者達が選挙結果について異論を唱えた。ケンタッキー州上院は民主党議員ばかりの特別査問委員会を設けた。この委員会がゴーベルに有利な結論を出すことが明らかになると、テイラーの支持者達が武装蜂起した。1900年1月19日、1,500名以上の武装市民がケンタッキー州議会議事堂を占領した。アメリカ合衆国は2週間以上、ケンタッキー州が内戦状態に移っていく様子を見守った。現職知事となっていたテイラーは戒厳令を宣言し、公式にケンタッキー州兵を始動させた。1900年1月30日、2人のボディガードを伴っていたゲーベルが議事堂に向かう途中で狙撃手に撃たれた。ゴーベルは致命傷を負っていたが、翌日ケンタッキー州知事として就任宣誓した。ゴーベルはその傷が故で2月3日に死んだ。ゴーベル知事の死後4ヶ月近くの間、ケンタッキー州には州の執政責任者として機能する2人の役職者がいた。知事であると主張するテイラーと、ゴーベル知事の副知事候補者でゴーベルが死んだときに就任宣誓を行ったJ・C・W・ベッカムだった。ベッカム知事はケンタッキー州の執政責任者を決定するために連邦政府の手助けを要請した。アメリカ合衆国最高裁判所は1900年5月26日に最終判決に至り、委員会の裁定を支持してゴーベルが事実上ケンタッキー州知事であるとした。副知事がケンタッキー州の継承順位にあるので、ベッカムがケンタッキー州知事となった。裁判所の判決が出て直ぐに、テイラーはインディアナ州に逃亡した。テイラーは後にゴーベル知事暗殺の共謀者の一人として告発された。テイラーを送還する試みが失敗し、テイラーは死ぬまでインディアナ州に留まった。