1932年に満洲国が成立すると、ソ連は満洲国を承認しなかったものの、東清鉄道は事実上の満洲国とソ連の合弁となり、1933年には満洲国交通部がその名称を北満鉄路に変更した。日本はソ連との衝突を避けるため鉄道の売却を提案したが両者の間で長らく価格で折り合いが付かず、ようやく1935年3月になってソ連は満州国と北満鉄道讓渡協定を結んで北満鉄路全線の利権を満洲国に売却し、満洲から撤退した。こうして旧・東清鉄道は満洲国有鉄道となり、経営は満鉄に委託された。また、軌間も1937年まではロシア建設時の広軌（1,520mm）であったが、満鉄に合わせて標準軌（1,435mm）に改軌された。
1917年ロシア革命後、ペテルブルクの理事会は機能を停止し、現地の最高責任者であるホルヴァート管理局長が実権を握った。彼が1920年に中国軍に放逐されると、奉天軍閥が影響力を強める。また1919年から1922年にかけては、日米などが参加した連合国鉄道管理委員会がその経営に干渉した。特に、ハルビンに駐在した委員会技術部長のスティーブンスは、革命後の混乱した経営の立て直しに辣腕をふるった。ソ連も、1919年の第一次カラハン宣言でいったんは東清鉄道を放棄することを表明したにもかかわらず、方針を転換させ、北京政府や奉天軍閥に経営への参入を粘り強く求めた。1924年5月、中ソ両国は国交回復のための協定に調印し、この中で東清鉄道の利権を確認した（北京協定）。また同協定に不満を持つ東三省の張作霖政権は北京政府とは別に、同年9月奉ソ協定を結んだ。1925年1月20日、日ソ基本条約が締結された。1925年4月9日、ソ連側が権限を超越して第九十四号命令を行ったため、中華民国側が反発した。1928年、張作霖爆殺事件。1929年7月、張学良はソ連側の協定違反を理由に鉄道権益を武力回収を試みるも、ソ連軍の攻撃に敗北した（中ソ紛争）。勝利したソ連は、1929年12月に結ばれたハバロフスク議定書（zh、ru）で、回収された利権の原状回復を認めさせ、鉄道の運行も翌年から平常化した。一方、国民政府は議定書を奉天軍閥の越権行為と見なし批准しなかった。そのため、中ソ両国の直接交渉がモスクワで始まり、中国側は鉄道の売却を迫ったが、1931年の満洲事変の勃発により交渉は打ち切られる。
最後の大興安嶺トンネルが完成し、シベリア鉄道と完全に連結したのは1904年2月、日露戦争勃発直前であった。その後日露戦争（1904年2月 - 1905年9月）が勃発し、日露戦争でロシアが敗北した後の1905年9月5日、ポーツマス条約により長春以南の南満洲支線は日本に譲渡され南満州鉄道（満鉄）となった。1911年、辛亥革命によって中華民国が成立しても、ロシアによる東清鉄道の利権は継承された。
水戸藩尊攘派の活動が再び活発となるのは文久2年（1862年）である。この年、長州藩等の尊攘派の主導する朝廷は、幕府に対し強硬に攘夷実行を要求し、幕府もこれに応じざるを得ない情勢となった。水戸藩においても、武田耕雲斎ら激派が執政となり、各地の藩校を拠点に尊攘派有志の結集が進んだ。翌文久3年（1863年）3月、将軍徳川家茂が朝廷の要求に応じて上洛することとなり、これに先立って将軍後見職に就任していた一橋慶喜が上洛することとなると、一橋徳川家当主で配下の家臣団が少ない慶喜のため、慶喜の実家である水戸藩に上洛への追従が命じられた。水戸藩主徳川慶篤には、武田耕雲斎、山国兵部、藤田小四郎など、後に乱を主導することになる面々が追従し、小四郎らは京都において、長州藩の桂小五郎、久坂玄瑞らと交流し、尊皇攘夷の志をますます堅固なものとした。文久3年5月、小四郎は一橋慶喜に追従して江戸に戻るが、八月十八日の政変により長州藩系の尊攘派が京都から一掃され、急進的な尊王攘夷運動は退潮に向かった。しかしなお天皇の攘夷の意思は変わらず、政変直前に幕府が表明していた横浜港の鎖港について、引き続き実行に移すよう要求した。9月、幕府はこれに応じて横浜鎖港交渉を開始するが、幕閣の多くはもとより交渉に熱心ではなく、あくまで横浜鎖港を推進しようとする一橋慶喜らとの間で深刻な対立が生じた。このころ諸藩の尊攘派は、長州藩に代わって水戸藩を頼みとするようになり、水戸に浪士らが群集することとなった。小四郎は長州藩と連携した挙兵計画を構想し、耕雲斎の強い慰留にも関わらず、遊説や金策に奔走した。この頃、小四郎は武蔵国榛沢郡血洗島村（埼玉県深谷市）の尊攘派豪農であった渋沢栄一とも、江戸で二度に渡り会見している。渋沢は自身も天狗党に参加しようとしたが、周囲に止められ果たせなかった。文久4年（1864年）1月、将軍家茂は老中らとともに前年3月に続く再度の上洛を果たし、参預会議を構成する諸侯と幕閣との間で横浜鎖港を巡る交渉が行われた。ここでも一橋慶喜は横浜鎖港に反対する他の参預諸侯と対立し、参預会議を解体に追い込んだ。朝廷から禁裏御守衛総督に任命された慶喜は、元治元年（文久4年2月改元、1864年）4月には水戸藩士の原市之進・梅沢孫太郎を家臣に登用し、武田耕雲斎に依頼して200～300名もの水戸藩士を上京させて自己の配下に組みこむなど、水戸藩勢力との提携を深めた。天狗党の挙兵はその最中に勃発したのである。