併せて放送されたパイロット版及び第2話はアメリカ合衆国で1050万人の視聴者を獲得し、同週で7位のシリーズとなり、18-49歳層及び18-34歳層の両方で1位となった。イギリスでは2006年1月24日に放送され、91万人の視聴者を獲得し、チャンネル5の同週の番組で28位となった。フランスでは2006年に初回が放送され、視聴者550万人（25.8%）となった。ドイツでは2007年6月21日に初回が放送され、視聴率は13.5%となった。ポーランドでは2007年1月28日に放送されて約700万人の視聴者を獲得し、同国における海外シリーズのエピソードとしては最高の記録となった。ギリシャでは1月2日に放送されて76万9000人の視聴者を獲得した。
他の誰かを助けるために自らが投獄されるという『プリズン・ブレイク』のオリジナル・コンセプトはプロデューサーのドーン・パローズによってポール・シェアリングに提案された。シェアリングはそれが良いアイデアだと思ったが、誰がなぜそのようなミッションに乗り出し、またどのようにして実現可能なテレビ番組にするかをまず最初に悩んだ。彼は無実の罪に問われた兄弟の物語を思いつき、プロットのアウトラインに取り組んでキャラクターを考案し始めた。2003年に彼はフォックス放送に売り込んだが、シリーズの長期化の可能性を心配し、拒否された。また彼は他の放送局にもコンセプトを提示したが、テレビシリーズよりも映画向きであると考えられたために拒否された。その後『プリズン・ブレイク』は全14話のミニシリーズとして構想され、スティーヴン・スピルバーグが関心を寄せたが、彼は『宇宙戦争』へと移った。結局ミニシリーズは実現せず、『LOST』や『24 -TWENTY FOUR-』といったシリアライズのテレビシリーズが大成功を収めた後の2004年、フォックスは心変わりして製作を支持した。パイロット版はシェアリングが脚本を書いた1年後に撮影された。パイロット版の大半はシカゴとその周辺で撮影された。2002年に閉鎖されたジョリエット刑務所は2005年に『プリズン・ブレイク』のセットとなり、フォックスリバー州立刑務所として使われた。リンカーンの房、診療所、刑務所の庭は全て刑務所内でロケが行われた。リンカーンの房には連続殺人犯のジョン・ゲイシーのものが使われた。
イソギンポ科のニセクロスジギンポ Aspidontus taeniatus やミナミギンポ Plagiotremus rhinorhynchos のように、掃除魚に擬態することで利益を得る魚類も知られている。これら2種は掃除魚ではないが、その形態はホンソメワケベラによく似ており、クリニーングを受けようと近づいたホストの健康な皮膚や鱗を齧り取って逃走する。ただしこれは飼育下で観察された行動に基づく考えであり、野外調査によればニセクロスジギンポの主な餌は魚の鱗や皮膚ではなく魚卵やゴカイ類であることから、基本的には単に捕食を逃れるための擬態とみなすべきであるという意見もある。
掃除魚の存在が生態系に与える影響の程度は、個々の環境によって異なると考えられている。主に熱帯のサンゴ礁域において、掃除魚を一時的に環境から取り除く、あるいは新たに追加することで、魚類の行動や多様性に生じる変化を観察する実験が行われているが、その結果はさまざまである。カリブ海で実施された掃除魚の除去実験では、ホストとなる魚類の減少と寄生虫感染の増加が認められた。一方、ハワイでの同種の実験ではそのような変化はみられず、グレート・バリア・リーフでの6ヶ月にわたる実験でも、魚の数や種類に影響は観察されなかった。しかし、紅海およびオーストラリアの小規模なサンゴ礁においては、短期的な変動こそなかったが、18-20ヶ月後には魚類の多様性が著しく低下することが示されている。紅海とオーストラリアでの長期実験で最も強く影響を受けていたのは、サンゴ礁の多数の生物に影響を与えるであろう大型の遊泳性魚類であった。掃除魚はサンゴ礁に大型魚を呼び寄せ、それに伴う多様な生態系を維持するためのキーストーン種として機能し得ることをこの結果は示している。
海水魚と比較し、淡水魚には掃除魚が少ない。一例としては、ナマズの一種であるホワイトライン・トーキングキャット（ドラス科）が魚食性のカラシンの一種 Hoplias cf. malabaricus を掃除することが知られている。
掃除共生の興味深い例として、南アジアの汽水域にすむ2種の Etroplus 属のシクリッドが挙げられる。このうち小さいほうの E. maculatus が掃除魚であり、それよりずっと大きい E. suratensis がホストとして掃除される。
1994年12月9日、FOXは本エピソードを初めてアメリカで放映し、1610万人の視聴者（990万世帯）を獲得した。本エピソードは批評家から批判された。『エンターテインメント・ウィークリー』は本エピソードにB評価を下し、「もし、このエピソードの難解さが周到に練られたものであれば、創造的なのだが。」と述べている。『A.V.クラブ』のザック・ハンドルンは「「レッド・ミュージアム」は「モンスターズ・オブ・ザ・ウィーク」型のエピソードに見せかけつつ、実は「ミソロジー」に属するエピソードであった、というようなどんでん返しを試みている。興味をそそられる話ではあったが、全体を見れば試みが成功したとは言えない。」「いいエピソードではあったが、記憶には残らない一本だった。」と述べている。『クリティカル・ミス』のジョン・キーガンは本エピソードに10点満点で5点を与え、「『X-ファイル』は「レッド・ミュージアム」を放送したことで、「難解すぎてほとんどの人が内容を理解できないテレビドラマ」であるという印象を強めたのではないか。」「このエピソードの脚本がクリス・カーターによって書かれたものだということが唯一の評価点である。」と批判している。本エピソードは製作スタッフにとっても不満の残る一本となった。プロデューサーのグレン・モーガンはクルー・カット・マンの扱いに関して「僕としては、クルー・カット・マンをもう一度登場させたい。あのキャラクターをもっと掘り下げるべきだった。こいつは視聴者から愛されていたディープ・スロートを殺したやつで、投げ捨てられるべき類の人間だ。」と述べている。また、「「レッド・ミュージアム」は前半と後半で違うものを題材にしているように見える。カーターにしては変な手法をとったものだと思った。僕はエピソード全体でクルー・カット・マンとモルダーの駆け引きを見たかった。」とも述べている。ジェームズ・ウォンは「私が見てきたテレビドラマの中でも最もわかりにくいエピソードの一つだ。しっかりと伏線が張られているのに、最後まで回収されないんだ。」と述べている。