神戸市では2014年11月より市内の仕立弁当業者と契約を結び中学校で提供を開始したが、2015年10月に髪の毛やビニール片、虫などの異物が混入しているケースが86件も発生し、事態を重く見た神戸市はこの業者との契約を解除した。なお、この業者は給食提供による設備投資を行っていたが、契約解除のため償還ができなくなったこともあり同年12月29日に民事再生法を申請している。給食導入が遅れていた大阪市の中学校では2014年よりデリバリー方式による給食の提供を開始したが、残食率が重量比で30%、金額比で25%に達しており、年間5億円もの廃棄費用が発生している。2015年9月に小学校の給食施設で調理した給食を中学校へ提供する「親子方式」を試験的に行ったところ残食率が5%まで改善されたことから、順次親子方式（小中一貫校では自校方式）へ切り替えている。神奈川県大磯町では町内の中学校を対象に2016年1月より外部委託による給食を開始したが、2017年9月時点で食べ残し率が26%と全国平均の6.9%を大幅に上回っている。さらに84件もの異物混入が発覚し、全国のマスメディアや町議会を巻き込んだ騒動にまで発展している。
給食の過程で出る食べ残しや調理くずを給食残滓（ざんし）あるいは給食残渣（ざんさ）という。中学校において、3人に1人が美味しくないと思っている、というアンケート結果もあり、食べ残しによる残飯が問題になっている（アンケートは東京都小平市内8校を対象）。2013年度の環境省の調査では小中学校の給食における食品ロスは6.9%で、欠席者を考慮しない重量によれば1人あたり1年間で7.1kgにあたる。千葉県松戸市では小中学校7校で学校給食で出る食べ残しや調理くずなどを養豚の飼料にリサイクルする事業を実施している。岐阜県恵那市は学校給食残滓の「3R促進モデル事業」（環境省）の自治体に選定され、恵那市立長島小学校では給食の残りを肥料に大豆を育てようという試みが実践されている。
学校給食では、ある特定宗教の教徒には戒律で食べられないものが出ることがある。（食のタブー）1999年4月、三重県津市の白塚小学校のイスラム教徒であるバングラデシュ人児童のために提供していた代替食の提供を突然止めた問題があった。イスラム教徒は宗教上の理由で豚肉や豚由来の食品を食べることができない（不浄として禁じている）ため、白塚小学校では献立に豚肉が含まれる場合に鶏肉などを使った別メニューを提供していた。しかし、津市の教育委員会が「文部省（当時）の基準をもとにした市の衛生管理基準に反している」という理由でこの代替食の提供の打ち切りを小学校に指導し、小学校側は代替食の提供を止めた。この事が異文化や宗教の無理解、外国人差別、国際感覚の欠如として問題となった。文部省（現・文部科学省）学校健康教育課は、アレルギーなどの理由である食品が食べられない児童らに代替食を提供するなどの対応を認めた手引きを出しており、津市のいう「特別食」はダメとはしていない。逆に「宗教的理由でも弾力的な配慮があってもいい」としている。中日新聞2000年1月29日付によると、上記「特別食」は1999年9月中に再開された。2011年9月、文京区教育委員会が同区立中学校に通うインドネシア人生徒のために豚肉を除去した代替食を提供することを拒否している。文京区教育委員会によると「アレルギーの場合は生命の危険性があるために代替食を提供するが、宗教的なことに関しては個人的な理由として提供できない」と説明している。
同県内河北町のアマチュア天文家岡崎清美の影響を受け、2000年から主な捜索対象を超新星に切り替えた。超新星の観測に重点を移して以降の活躍は驚異的なものであり、2015年現在での個人での発見数は、世界歴代6位となる。また、これまで日本人が発見した超新星の半数以上が板垣によるものである。2006年に発見した超新星SN 2006jcは、自身が2004年に発見した増光天体と同じ星であることが明らかになり、同一天体が異なる二度の爆発を起こすという初めての実例で、恒星の進化に関するモデルの見直しに大きな影響を与えた。この発見は世界的に高く評価され、その功績をたたえて山形大学より名誉博士号を授与された。この発見による研究論文は、九州大学大学院の山岡均助教と共著の扱いで英国の学術誌「ネイチャー」に掲載された。2010年には広島大学宇宙科学センターと東京大学数物連携宇宙研究機構の研究チームにより、2005年に発見した超新星SN 2005czが、質量の小さい、いわゆる「軽い星」の爆発であったことが明らかになった。本来、質量が太陽の8-12倍の「軽い星」が超新星爆発を起こす恒星の中でも最も多いと考えられていたが、これらに由来するはずのスペクトル波を示す爆発は発見されてこなかった。理論上、最も多く存在するはずの爆発が全く観測されないことで、天文学理論そのものに影響を与えかねなかった。この研究によって、現在の理論が大筋で正しいことが検証された。これまでに同種の超新星が発見されていなかったのは、SN 2005czの観測で確認された、予想以上に暗いこと、急速に減光すること、が原因の一部だろうと考えられている。この研究論文は「ネイチャー」に掲載され、板垣も発見者として連名されている。2011年11月8日には、NHK BSプレミアムの宇宙番組「コズミックフロント」で、1時間にわたって板垣の超新星ハンティングを取り上げた内容が放送されている。タイトルは「超新星を見つけ出せ! Itagakiの挑戦」であった。2014年12月13日に、くじら座の銀河 NGC 309 に通算100個目となる超新星の候補天体を発見した。12月16日にはそのスペクトル線からIb型の超新星であることが確認された。このニュースを伝えるAstronomer's Telegramの末尾には、100個目の超新星発見を祝福するメッセージが添えられた。2015年12月7日には一晩で30分間程の間に、3個の超新星を発見した。これで同年の超新星発見数は14個となったが、総計で14個以上の超新星発見記録を持つ日本人は、板垣自身の他は串田麗樹のみである。