ブルースの標本コレクションは、北極と南極の10年間以上の旅で集められたものであり、恒久的な保管所を必要とした。ブルース自身もスコティアの航海の詳細な科学的報告書の出版準備をするために、基地を必要としていた。エディンバラのニコルソン通りに建物を取得し、そこに研究所と博物館を作って、スコットランド海洋学研究所と名付け、将来的にスコットランド国立海洋学研究所とする大望があった。公式には1906年にアルバート大公によって開所された。ブルースはこの建物の中に、気象学と海洋学の装置類も収容し、将来の遠征に備えた。そこではナンセン、シャクルトン、ロアール・アムンセンなど、仲間の探検家とも会った。しかしその主要な任務は、スコットランド国営南極遠征の科学的報告書を準備する計画の推進だった。これには多額の費用がかかり、またかなり遅れたまま、1907年から1920年の間に出版されたが、1巻のみすなわちブルース自身の日誌は、再発見された後の1992年になって出版された。ブルースは、1839年から1843年にジェイムズ・クラーク・ロスと共に南極に旅していたジョセフ・ダルトン・フッカー卿など専門家との文通を幅広く維持していた。ブルースはその短い著作『極地探検』をフッカーに献呈した。1914年、さらに恒久的な収容施設を見つける方向で検討が始まった。これにはブルースの収集品と、その年に亡くなった海洋学者ジョン・マレー卿のチャレンジャー号の標本と図書が対象だった。ブルースは新しい会館をマレーの記念に創設すべきと提案した。その提案には全会一致の賛成があったが、そのプロジェクトは戦争の勃発によって妨げられ、復活されることはなかった。スコットランド海洋学研究所は1919年まで運営されたが、この年にブルースが健康を害し、閉鎖を余儀なくされた。その収集品はスコットランド博物館、王立スコットランド地理学会、およびエディンバラ大学に分散保管された。
1895年9月から1896年6月、ブルースはベン・ネビス山山頂の気象観測所で働き、科学的手続きや気象観測機器に関してさらに経験を深めた。1896年6月、再度ミルの推薦で、その地位を離れてジャクソン＝ハームズワース遠征に加わった。その遠征は北極海のフランツ・ジョゼフ・ランドで3年目に入っていた。フレデリック・ジョージ・ジャクソンが率いており、新聞界の大立者アルフレッド・ハームズワースが資金を出して、1894年にロンドンを出港していた。20年前にオーストリアの遠征隊が発見したが、まだ適切な地図ができていなかったフランツ・ジョゼフ多島海の詳細な測量を行っていた。ジャクソン隊は、多島海の諸島では最も南のノルトブルク島のケープ・フローラに基地を置いていた。遠征船ウィンドウォードが定期的に往復して物資を補給しており、ブルースもその船で1896年6月9日にロンドンを出港した。ウィンドウォードは7月25日にケープ・フローラに到着した。ブルースは、ジャクソンの遠征隊に加えて、思いがけずフリチョフ・ナンセンとその仲間であるイェルマー・ヨハンセンを見つけた。この2人のノルウェー人は、北極点に向けてその船であるフラム号を離れてから1年間以上、氷の上で生活してきていた。数千平方マイルある北極海で人が住んでいる地点に来るという、全くの偶然だった。ブルースはナンセンに会ったことをミル宛ての手紙に書いており、その著名なノルウェー人と知り合いになれたことは、将来的に多くの忠告や激励を得られることになった。ブルースは、ケープ・フローラにいた間に、大変な気象条件になることが多かった中で、約700種の動物学的標本を集めた。ジャクソンに拠れば、「温度計がセロ点以下に下がった中で、氷のように冷たい水に手を出すのは楽しい仕事ではなく、また夏に雪とぬかるみと泥の中を動物を探して何マイルもトボトボ歩くのは大変だったが、ブルース氏がそれをやっていた。」と記していた。ジャクソンはノルトブルク島の北端、座標で北緯80度55分にある岬をケープ・ブルースと名付けた。ジャクソンは、ブルースが自ら集めた標本について所有者としての態度をとることに不満だった。ブルースは遠征隊の他の発見物と共にそれらを大英博物館に預けることを拒否した。この「科学的うぬぼれに向かう傾向」と対人関係を良くする技術の欠如とが、ブルースの性格的欠陥であり、その後の人生でも災いすることがあった。
江戸時代後期の水戸藩には、第9代藩主・徳川斉昭に近い改革派と、反改革派の対立があり、藩政改革の一環として斉昭が設立した藩校・弘道館も両派の確執と無縁ではなかった。弘化元年（1844年）5月6日、斉昭が幕府から隠居・謹慎を命じられて致仕すると、弘道館においては、翌弘化2年（1845年）3月3日、斉昭に近い教授頭取・会沢正志斎も隠居を命じられた。次いで教授頭取となった青山延光は、登館を拒否することで、反改革派による弘道館の支配に抵抗する構えを見せた。しかし、反改革派が実権を握った藩庁では、同年6月、青山を罷免。同年7月16日、重寛が側用人に挙げられ、弘道館掛（学校掛）に任じられた。重寛の下で、新たな教授頭取として高根信敏が抜擢され、重寛が高根らを指図して学館運営の衝に当たることで、反改革派が弘道館を掌握することが企図された人事であり、重寛の登用は反改革派の結城朝道（寅寿）によるものであった。弘道館掛に着任した重寛は、厳密に弘道館諸生の出欠簿を調べた上、“学生は政事向きに容喙するものではない”、“学業を怠って政事を議論するなどもってのほか”などとして監督を厳しくした。さらに、重寛が属する反改革派への諸生の取り込みを強行したが、このことで弘道館内に混乱を来たし、文武の活動は停滞したと言われる。しかし反対に、天保の盛時には及ばないものの、重寛の弘道館掛就任によって挽回したとの評価もある。同年10月23日、遠山は、藩庁より弘道館掛としての功労に対し賞賜を与えられ、翌24日には、遠山の子・熊之介ら3名が弘道館の舎長に充てられた。一方で、徳川斉昭は、反改革派の粛清を企て、同年10月23日、老中・阿部正弘に対し、藩内内紛の罪状をもって国家老・鈴木重矩以下、結城寅寿や重寛などを含めた十数名の処罰を上申した。これによると、重寛については蟄居3年が希望されている。だが嘉永年間に至っても、依然として重寛が弘道館教授らを監督する体制が続き、反改革派による弘道館支配が続いた。もっとも、石河幹脩の日記「石河明善日記」嘉永5年（1852年）10月22日の条によれば、その頃には重寛は改革派に転向していたとされる。同年、重寛は弘道館掛を辞職。同年9月には高根信敏も教授頭取を免職となり、同人に代わって、青山延光が教授頭取に再任された。翌嘉永6年（1853年）4月21日には、前藩主の斉昭が側用人である重寛に書を与えて、会沢正志斎及び豊田天功を優遇すべきことを諭したとの記録が残るが、同年11月には会沢正志斎も再任されるなどし、弘道館の人事は改革派へと復した。安政4年（1857年）に至って致仕した。