1950年の第5期本因坊戦の挑戦者となり、岩本薫和本因坊に4連勝で勝って本因坊位に返り咲く。しかしこの後、これまで1期2年で行って来た本因坊戦を当の本因坊である橋本の了承もなく1期1年とする改定が行われた。この問題で関西棋院と日本棋院の対立がさらに紛糾し、関西棋院はこれまで事実上日本棋院の下部組織だった実態から、完全に独立した組織となることを宣言した。これにより日本棋院の最高位であった本因坊位が関西棋院に奪われた形となった。本因坊家が本因坊位を日本棋院に託した経緯もあり日本棋院には「本因坊位を剥奪しろ」という強硬な意見もあったが「実力で取り返すべき」という意見が大勢をしめ翌期以降の本因坊戦は、日本棋院と関西棋院の両方の棋士の参加で行われることとなった。翌年の第6期本因坊戦の挑戦者は日本棋院の坂田栄男七段となり、挑戦手合7番勝負は東西の緊張の中で行われた。橋本は一時は1勝3敗と追い詰められたが、第5局の行われる昇仙峡に向かう途中で身延山に参詣し、対戦場に着くと「首を洗って来ました」と記者にコメントを残し、心機一転その後3連勝して防衛し、本因坊位を関西棋院に保持した。続く第7期は挑戦者の高川格七段に敗れ、本因坊位は日本棋院に奪還されたが、第6期の防衛により「棋戦への本因坊不参加」という切り札を手にした関西棋院は各種棋戦への関西棋院の参加を認めさせ、これにより日本棋院に対抗する勢力としての存続の基盤が固まったとされている。ただこの結果、関西囲碁界は関西棋院と日本棋院関西総本部とに分裂し、「弱体の関西がさらに弱くなった。分裂は、関西のために大きな損失だった」と橋本は後年回顧している。
1943年第2期本因坊戦では、予選トーナメント決勝でかつての師久保松勝喜代に敗れたが、その久保松が急死したために、欠員補充で橋本が4名の最終リーグ入りし、3戦全勝で関山利仙本因坊への挑戦者となった。挑戦手合5番勝負の第1局勝利の後、第2局半ばで関山病気により打ちかけ、棄権となり、本因坊位に就く。この後、挑戦者決定戦2位の木谷實から挑戦が申し込まれたが、条件が合わず実現されなかった。同年11月に東京を離れて郷里の宝塚に疎開し、対局時ごとに上京するようになる。1945年第3期は岩本薫の挑戦を受け、6番勝負を3勝3敗の後、翌年の再決戦3番勝負で2連敗して敗れる。1946年、戦後最初の春期大手合で八段昇段。1950年2月に、日本棋院と、1948年に法人として独立していた関西棋院の間で東西対抗戦が行われ、橋本は西軍の主将として出場し、東軍の山部俊郎五段に勝つ。この碁では黒番山部が第1着を天元に打ち、白は2手目でその石にケイマにカカるという破格の序盤で話題になった。次いで行われた勝ち抜き戦では最終局に登場し梶原武雄六段に敗れた。
戦後、GHQの占領政策によりチャンバラ映画の製作が規制されたため、他の時代劇スターと同様、現代劇にも出演するようになった。1949年（昭和24年）秋、大映を退社し、東横映画に移籍する。翌1950年（昭和25年）、『旗本退屈男捕物控 毒殺魔殿』で、『旗本退屈男』シリーズが復活する。1951年（昭和26年）、本格的な時代劇製作解禁の時代となり、東横が改組して東映が設立される。右太衛門は東映創立に参加し、片岡千恵蔵と共に重役（千恵蔵＝植木取締役、右太衛門＝浅井取締役）兼任のスターとなり、興行価値の高い主演映画を多数製作した。右太衛門は北大路に住んでいたことから「北大路の御大」と呼ばれた（一方の千恵蔵は山の手（嵯峨野、『旗本退屈男まかり通る』では「太秦の高台」と表現されている）に住んでいたことから「山の御大」と呼ばれていた）。東映の2本立て興行体制もあって、東映入社以来1963年（昭和38年）までの12年間、年平均9作のペースで右太衛門主演の時代劇が作られた。東映でも『旗本退屈男』シリーズが18本製作され、主演300本記念映画も『旗本退屈男』だった。ほか、『大名』シリーズ、『赤穂浪士』（1956年）の大石内蔵助役などでも活躍した。この頃、同時代に活躍した時代劇スター達は、脇役に転身していったが、右太衛門はあくまでも主役にこだわり続けていた。時代劇映画が斜陽化していった1960年代、東映も任侠映画路線に変更を図る中、右太衛門の映画出演も1964年（昭和39年）の『忍び大名』（『大名』シリーズの一作）を最後に途絶え、東映歌舞伎等の舞台に活路を見出すようになる。同年、『徳川家康』（NET製作）でテレビドラマに初主演。ほか、1973年（昭和48年）の『旗本退屈男』で早乙女主水之介を演じたり、次男・北大路欣也主演の時代劇に特別出演したが、テレビドラマは「せわしない」とあまり好んでいなかったため、数本しか出演していない。1966年（昭和41年）、東映から「取締役から相談役に退いて欲しい」という打診を受け、「時代も変わった。これ以上ここにいれば（北大路）欣也を縛り付ける事にもなりかねない」と考え、東映を退社。退社後は京都を引き払い、東京一番町のマンションに居を移し、舞台を中心に活躍。齢80を過ぎてもなお主役を張り続けた。