ロシア遠征は、ベルティエにとっても、ナポレオンにとっても転機となった。ボロジノの戦いにおける作戦会議で、両者の意見は食い違い衝突した。これ以降、ナポレオンは彼を遠ざけるようになった。それでもナポレオンに従い続け、帝国が崩壊していく中でも参謀総長としての義務を果たし続けた。ナポレオンが退位すると、ベルティエは彼の元を辞した。その後、ルイ18世の下へ向かい、王制を支持して、パリ入城にも従った。ナポレオンがエルバ島に囚われの身となっている間、ベルティエの下に脱出計画を知らせる手紙が届き、旧主に対する忠誠と現在の立場の板ばさみとなって大いに悩んだ。エルバ島からナポレオンが脱出すると、ベルティエは窓から身を投げて自殺した。ただし、事故死という説や暗殺されたという説もある。
1796年、イタリア方面軍に派遣され、ナポレオン・ボナパルトの参謀長となった。彼は正確かつ迅速に軍務をこなした。また、指揮官の命令を深く理解し、それをより良い形で各部隊に伝達し、指導する能力に長けていた。ナポレオンは彼を理想的な参謀長として高く評価した。イタリア遠征に従事し、ロディの戦いなどで功績を上げた。1797年にカンポ・フォルミオ条約が締結されると、総裁政府に条約を承認させるためにパリに派遣された。1798年、イタリアに戻ってローマ共和国の建国を指導し、続いてエジプト遠征に従事した。1799年、ナポレオンとともにフランスに帰国。同年11月9日のブリュメールのクーデタに関与し、陸軍大臣となった。1800年、ナポレオンは再びイタリアに遠征、6月14日、マレンゴの戦いで勝利した。この戦いにおいては予備軍の指揮を任されたが、実際にはナポレオンの参謀長として立ち働いた。その後、和平条約締結の責任者となった。ナポレオンが皇帝に即位すると直ちに帝国元帥に列せられた。その後の諸戦争にも参加し、1806年にヴァランジャン公爵、ヌーシャテル大公爵に叙せられ、1807年には帝国顕官副国民軍総司令官、元老院議員に任じられた。半島戦争および対オーストリア戦争にも従事し、ヴァグラム大公爵に叙せられた。1808年にはバイエルン王マクシミリアン1世の姪マリー・エリザベート・ド・バヴィエール（1784年 - 1849年）と結婚し、3人の子供をもうけた。
知識に関して寛容である土地柄であったことにより、ネーデルラント共和国は、ヨーロッパ全土の科学者や思想家を引付けた。特に、有名なライデン大学（ライデンの八十年戦争中のスペインに対する勇敢な抵抗への感謝の証としてオランダ総督のウィレム1世によって1575年に設立された）は、知的活動の集積地となった。チェコの教育者で作家であるコメニウスは、教育理論で有名であるだけでなく、17世紀のチェコのプロテスタント思想のパイオニアとして有名である。対抗宗教改革から逃れるために、彼はネーデルラント共和国に移民として入り、北ホラントのナールデンに埋葬された。コメニウスはLaurens de Geerの招待を受け入れ、アムステルダムを訪問し、人生最後の14年間（1656年 - 1670年）をそこで過ごした。彼は　彼の出版物のおよそ半分にあたる合計43巻の最も重要な著作物をそこで出版した。フランス人の哲学者で数学者のルネ・デカルト（1596年 - 1650年）は、1628年から1649年までオランダに住んでいた。 彼も最も重要な著作物をアムステルダムとライデンで出版している。フランス生まれの哲学者ピエール・ベールは、1681年フランスを離れ、ネーデルラント共和国にやってきて、ロッテルダムの著名な学校で、歴史と哲学の教授となった。彼は1706年に亡くなるまでロッテルダムに住んでいた。バートランド・ラッセルが「西洋哲学の歴史（1945年）で述べたように、「デカルトは、ビジネスでフランスに数回、イングランドに一度行った以外は、オランダに20年間(1629-49)住んだ。17世紀における思索の自由のあった国としてのオランダの重要性は、強調しても強調しすぎることはない。トマス・ホッブズは、彼の著作物をここで印刷する必要があり、ジョン・ロックは、1688年以前のイングランドにおける最悪の5年間の反動期間、ここに避難していた。ピエール・ベールは、そこに住むことが必要であると感じ、バールーフ・デ・スピノザはオランダ以外の国では、彼の活動をすることはほぼ許されなかっただろう。」 オランダの法律家は、国際的な海事法と商法の知識で有名であった。フーゴー・グローティウス（1583年 – 1645年）は、国際法の基礎の確立に主導的な役割を果たした。彼は「Free seas」または「Mare liberum」の概念を考案した。世界の貿易の支配に関してオランダの主要なライバルであったイングランドにより猛烈な抗議を受けた。彼は彼の著作物「De iure belli ac pacis(戦争と平和の法)」の中で国家間の紛争に関する法律も策定した。クリスティアーン・ホイヘンス（1629年 – 1695年）は、有名な天文学者、物理学者、数学者である。彼は振り子時計を発明し、正確な時間管理に重要なステップとなった。天文学への貢献としては、土星の環を説明したことである。彼は、光学分野にも貢献した。光学分野において最も有名なオランダの科学者といえば、おそらくアントニ・ファン・レーウェンフックであり、彼は初めて微視的な生命を系統的に調査した。彼はバクテリアの存在を記述した最初の人物であり、微生物学分野の基礎を築いた。「顕微鏡」は簡素な拡大鏡である、複合的な顕微鏡ではなかった。 彼のレンズ研磨のスキル(some as small as 1mm in diameter)により、拡大率は245倍までになった。オランダの有名な水力工学者のJan Leeghwater（1575年 – 1650年）は、オランダの半永久的な海との闘いに重要な功績を残した。 Leeghwaterは、大きな湖の多くをポルダーに変え、風車を使って水をかき出すことで、相当多くの土地を共和国にもたらした。再び、オランダの寛容な風土により、書籍の出版社も栄えた。国外では論争の的になるような宗教、哲学、科学に関する多くの本がオランダで出版され、秘かに他国へ輸出されていた。このような理由で、17世紀のネーデルラント共和国は、ヨーロッパの出版社のようになった。