光田派と真向から対立した小笠原は、奄美和光園に行った。馬場園長が説得したといわれる。彼が奄美に到着した時は大西基四夫園長であった。和光園における彼は特に新しい治療法には関心がなかったようで、漢方の研究をしていた。飄々としていた彼は、和光園の入所者の心の悩みを聞いたり、本土から奄美に流れ着いた日本画家田中一村と交わったりした。1965年6月25日、彼はらい事業功労者として表彰された。健康を害した彼は、荷物を置いたまま本土に旅だったが帰ってこなかった。
1941年2月22日、仏教系新聞『中外日報』が小笠原の学説を「らいは不治でない。伝染説は全信できぬ」という題で紹介した。彼はらい菌に遭遇して発病するが如き体質が問題とすべきである、とした体質論を主張した。この記事の登場は、当時らい医療の絶対的権威であった光田健輔ら療養所医師には黙認できないものであった。早田晧は同じ新聞に小笠原への批判の文章を書いた。小笠原はこれに対し2回反論したが、早田は4回にわたり隔離を正当化する文章を書いた。朝日新聞も小笠原の学説を紹介した。大阪帝国大学の桜井方策は小笠原の学説を朝日新聞で批判した。同年11月14日 - 15日、大阪帝大微生物学研究所で第15回日本らい学会が開かれた。初日小笠原は「らい患者の心臓」を発表、らいの発病条件は体質と栄養不良による虚弱不良にあると述べた。2日目、野島泰治はらいの誤解を解くという報告で小笠原を攻撃した。座長を務めた村田正太（まさたか）はらいを伝染病であるかと小笠原に質問した。らいは広義の伝染病ではあるが誤解は起こさねばならぬ、と述べた。村田はそれに満足せず、伝染病であるかと再び問い、それは伝染病であるという言葉を聞くやそれでいいと、終了した。その結果、小笠原が体質論を撤回したと受け止められ、朝日新聞と大阪毎日新聞は小笠原が論争に敗北したものとして報じた。
1953年（第35回大会）からNHKがテレビによる中継を始めた。基本的に総合テレビのみで18時まで中継するというスタイル（国会中継のため、NHK Eテレ（教育テレビ）に差し替えられたケースもある）であった。しかし、1974年（第56回大会）準々決勝の東海大相模対鹿児島実業戦が延長戦となり、テレビ中継の放送予定時間を大幅に超えたため、試合途中の18時55分で中継放送を打ち切った（鹿児島地区のみ18時59分まで延長）。その直後からNHKに対して視聴者から中継打ち切りに対する抗議が殺到し、天気予報とそれに続く「7時のニュース」終了後に中継を再開した。これを受けて、NHKでは翌1975年（第57回大会）から現在のように総合テレビと教育テレビのリレー中継方式で完全生中継を行うようになった。ただし、1998年（第80回大会）は編成の都合上、一部日程において午前中の教育テレビへのリレー時に15分間の中断が存在した（当該試合出場校の地元局では中継を続行）。地上デジタル放送開始以降は、イベントリレー機能を利用してリレー時の案内を実施している。現在は全試合アナウンサーと解説者1名で実況しているが、1980年代（遅くとも1984年）から1998年までは初戦のみ両校関係者をゲストとして招き、4人体制で中継を行っていた。初戦では学校紹介のVTRが放送され、おもに学校所在地の市区町村を中心に紹介している。BGMは2017年（第99回大会）までは「栄冠は君に輝く」、2018年（第100回大会）からは「甲子園」のインストゥルメンタルが流れる。高校野球関係者が入った年に行われる野球殿堂入り表彰式は、民放とは異なり映像を映さず、実況でもどういう表彰かは明言しなかったが、2019年に脇村春夫の表彰式が行われた際にはその映像が映され、野球殿堂入りの旨も説明された。2010年まではNHK衛星第2テレビジョンでも開会式、準々決勝、準決勝、決勝・閉会式のみ放送していた。なお、小笠原諸島、沖縄県大東島地方の地上波テレビの衛星再送信中継局ができるまでは、東東京・西東京・沖縄のそれぞれの代表出場校の試合も放送していた。2015年（第97回大会）から全試合でリアルタイム字幕放送、5.1サラウンドを実施。2017年（第99回大会）からは放送において、投手の投球数表示（球速表示と交互に）がされるようになった。2018年（第100回大会）は中継テーマソングとして福山雅治の「甲子園」が使われることになった。海外向けのNHKワールド・プレミアムでも準決勝、決勝・閉会式を放送している。録画での時差放送（ディレード）となる場合と生中継となる場合があるが、近年は編成の都合上、時差放送で行われることが少なくない。2011年以降は東日本大震災にともなう節電・省エネルギーや暑さ対策のため、第1試合は3試合以上行う場合（開会式日は除く。2013 - 2018年は4試合日のみ。2011年は準々決勝・準決勝も含む）は8時開始となった。このため、平日・土曜に総合テレビで中継される際は冒頭15分間の生中継は行わない。また通常は（選抜も含め）決勝戦は総合テレビでの完全中継であるが、2011年・2012年は決勝戦が午前中の開催となったため、試合が11時54分以後も続いている場合は総合テレビの定時枠（正午のNHKニュース、連続テレビ小説午後の再放送など）確保のため、通常日と同じくNHK Eテレへリレーされ、13時5分以後も試合が続いていれば再び総合テレビに戻る（国会中継が行われる場合はEテレで継続して放送する）。2012年はロンドンオリンピックの録画中継（8時15分）のため、大会前半はEテレで8時から放送された。