本作はフーヴァーとトルソンの間にあったとされる同性愛関係が描かれるのかという点において注目を呼んだ。『ウォールストリート・ジャーナル』のインタビューで「フーヴァーが異性装者で、そしておそらくクローゼット・ホモセクシュアルであったとする元FBI職員の報告を取り上げるのか」を訊かれたイーストウッドは、脚本は「そういう方向ではなかった」と否定めいた回答をした。これに対し、脚本を執筆したブラックはLGBT関連サイトAfterElton.comで脚本が「ゲイ色を排除した」とする見解を全面的に否定した。「J・エドガーのような人物を映画に描くとき、その人物の衷心にあるものを読み取ろうとしないなどということは、私の脚本にはありえない」。またブラックは、イーストウッドが異性装に関してのみ映画で描くことを否定したのを、インタビュアーが同性愛についても同様であると勘違いした可能性を示唆した。2011年7月に公開された『Libertas Film Magazine』の脚本の論評によると、2人の関係は簡素に描かれているという。事実、劇中の二人の関係は痴話喧嘩のような口論、キスシーン、フーヴァーの詩のほかは、非常に親密な上司と部下のように描かれており、全体に示唆されるにとどまっている。なお、異性装のシーンも１シーンある。一方で、フーヴァーがのちに個人秘書になる女性に性急なプロポーズをするシーンや、交際のあった女優との結婚を考えていたことも描写されている。
2010年3月、クリント・イーストウッドがジョン・エドガー・フーヴァーの伝記映画を企画中であり、ダスティン・ランス・ブラックが脚本を執筆することが報じられた。当初、イーストウッドがクライド・トルソン役にはホアキン・フェニックスを希望していると報じられたが、後に本人によって否定された。また2010年10月、レオナルド・ディカプリオがフーヴァー役を熱望し、実現する可能性が高いことをイーストウッドが明かした。イーストウッドは「彼にとって素晴らしい役だと思う」と前向きな姿勢を見せた。さらにヘレン・ギャンディ役として、シャーリーズ・セロンが噂されていたが後に否定され、ナオミ・ワッツが同役に決まった。
1960年代。黒人公民権運動の盛り上がりを苦々しく思っていたFBI長官のジョン・エドガー・フーヴァーは、キング牧師宅の盗聴を命じると共に、自身の伝記をスミス捜査官に口述タイプさせる。1919年。アメリカ合衆国では、ソビエト連邦の建国を受け、共産主義者や労働運動家の過激派によるテロが活発化しており、ついにはパーマー司法長官自宅が爆破される事態となった。これを受けて司法省は、過激派を逮捕し、国外追放する特別捜査チームを編成、24歳のフーヴァーがその責任者となる。無力な父親と支配的な母親のもとに育ち、吃音の内気な青年であるフーヴァーは、司法省の新人秘書ヘレン・ギャンディを国会図書館のデートに誘い、プロポーズするが断られてしまう。しかし、彼女を個人的な秘書にすることには成功した。国会図書館の蔵書をインデックス化し、検索時間を飛躍的に向上させた経験から、フーヴァーは全国民の指紋などの個人データを集約し、犯罪捜査に利用する構想を持っていた。ただし、彼にとっては、彼の考える国家の道徳秩序を破壊し、破壊しようとする者もまた犯罪者であった。わずか数人のフーヴァーのチームは、過激派のアジトを急襲、大勢の過激派を逮捕することに成功する。しかし、大量の過激派を逮捕し、共産主義勢力が後退したことで、彼の提唱する捜査チームの必要性は逆に支持を得られなくなっていった。失意のフーヴァーは新任捜査官のクライド・トルソンを副長官に任命し、友情以上の交際を深めるようになっていく。1932年、リンドバーグ愛児誘拐事件が発生すると、フーヴァーは誘拐を連邦犯罪と認めさせ、FBIの権限を大幅に強化させる法律を議会に認めさせた。独自の基準で捜査官を厳選して綱紀を粛正し、科学捜査を導入してFBIを作り変えると共に、政治家のスキャンダルも極秘ファイルとして収集し、権限を縮小しようとする歴代大統領を黙らせる隠然たる力を得ていった。しかし、キング牧師に不倫の証拠テープを送りつけ、ノーベル平和賞を辞退させようとして果たせず、操縦できない新しいタイプの大統領ニクソンが登場するに及んで、フーヴァーも自らの力の陰りを自覚せざるを得なくなっていた。
台車は1000系に続いて住友金属工業（現・日本製鉄）が開発した軸箱支持装置がモノリンク式のボルスタ付き自己操舵機能台車SC101形を採用した。これは走行安定性の向上のために採用されたものである。1つの台車にある2軸のうち、片側の台車枠と軸箱を繋いで輪軸を支える軸箱支持装置は、モノリンク式支持の非操舵軸（固定軸）だが、もう一方の片側は、モノリンク式に操舵リンク機構を取り付けた操舵軸となっている。これは、台車枠と軸箱を繋いで輪軸を支えるモノリンク式のリンクが、リンク機構を介してボルスタ（枕ばり）と台車枠に繋がっているもので、曲線走行時にボルスタと台車の間で発生する相対的なボギー変位がてこの原理を使用したリンク機構を介して輪軸に伝達されるようになっている。これによって輪軸をレールの外軌側（カーブでの外側のレール）に移動させるとともに、曲線内外の軸距を調節して車輪をレール方向に沿わせることができるため、曲線通過時にレールにかかる横圧が約20％低減され、曲線通過がスムーズになるだけでなく、振動・騒音が低減される。主電動機は荻窪寄りの先頭車（2000形）以外の端側の全ての非操舵軸（固定軸）に搭載されており、車体中心側の操舵軸は全て付随軸となっている。これは、曲線での出入部分での軸重が変動しやすい車端側を非操舵軸とすることで、軸重を増して輪軸抜けを防止するためである。この関係で編成としては5M1Tだが、電動車は4軸のうち各連結面寄りの1軸（1両2軸）が動力軸となっており、動力軸の数という面で見ると2.5M3.5Tとなる。また、基礎ブレーキについては非操舵軸（固定軸）は一般的な踏面ブレーキ方式（ユニットブレーキ）だが、操舵軸はディスクブレーキ方式とされ、合わせて踏面清掃装置が設けられている。このほか、車両留置時における手歯止め取り付け作業を軽減させるため、先頭車の前位寄り台車の操舵軸（ディスクブレーキ）には駐車ブレーキを設置している。