1993年には前年最下位ながら、アストロズから移籍したカート・シリング、1番打者のレニー・ダイクストラらの活躍で地区優勝。リーグ優勝決定戦ではアトランタ・ブレーブスを下すという番狂わせを演じ、5度目のリーグ優勝に輝いたが、ワールドシリーズでは前年王者のトロント・ブルージェイズに敗れた。ストライキが発生した翌1994年以降、チームは再び低迷。1994年から2000年まで7年連続で負け越してしまう。しかしこの間、スコット・ローレン、ボビー・アブレイユ、パット・バレルを初めとした若手選手が台頭。2001年には首位ブレーブスに2ゲーム差と迫る86勝76敗でシーズンを終える。2003年にはジム・トーミが加入し、47本塁打で本塁打王を獲得。チームも終盤までワイルドカード争いを繰り広げた。2004年、人工芝が固いベテランズ・スタジアムから天然芝のシチズンズ・バンク・パークに移転。
1980年代後半から1990年代前半にかけて、黄金時代を支えた選手がチームを去り、その勢いも衰える。1987年から1992年まで6年連続で負け越しのシーズンが続いた。
1971年、老朽化していたシャイブ・パークからベテランズ・スタジアムに本拠地を移し、同年にスティーブ・カールトンをセントルイス・カージナルスから獲得、1972年にはマイク・シュミットがメジャーデビューする。カールトンは移籍初年度、チームのあげた59勝のうち27勝を稼ぎ出し、シュミットは1974年から3年連続で本塁打王に輝く。彼ら二人を投打の軸として、チームは徐々に上昇気流に乗り出す。1976年、101勝61敗という圧倒的な成績で初の地区優勝に輝くと、1978年まで3年連続で地区優勝を果たす。しかし、プレーオフでは、1976年にシンシナティ・レッズ、1977年、1978年にはドジャースと対戦し、いずれも敗れてしまう。1979年、レッズからピート・ローズが加入し、1980年には4度目の地区優勝。リーグ優勝決定戦でヒューストン・アストロズを破り、30年ぶり3度目のリーグ優勝。ワールドシリーズではカンザスシティ・ロイヤルズを下し、初のワールドチャンピオンに輝いた。1970年代後半から1980年代のフィリーズはまさしく黄金時代だった。カールトン、シュミットの他、通算307本塁打のグレッグ・ルジンスキー、ゴールドグラブ賞8回のギャリー・マドックスや同じく7回のボブ・ブーン、俊足攻守の遊撃手で後にフィリーズの監督も務めたラリー・ボーワら名選手が数多く所属しており、1983年に4度目のリーグ優勝を果たした際には、ローズに加え、トニー・ペレス、ジョー・モーガンら「ビッグレッドマシン」として知られた元レッズの主力選手も加入していた。
1　　　　2　　3　　　5南部光行┬実光―時実┬宗経　　　　│　　　　  │4　　　　│　　　 　 ├政光┌時長　　　　│　　　　  │　　│4　　　　　7　　9　　　　│　　　 　 ├政行┼師行　　 ┌信光┬長経　　　　│　　　　  │　　│5　　6　 │8　  │10　　　　34　　　　│　　　 　 ├宗実└政長─信政┴政光└光経………行義（男爵）　　　　│　　　 　 │　　  　　　10　　　　│　　　 　 └義元┬義行┬茂時　　　　│　　　　　 　 　│7　 │11　 12　　13　　　　41　　　　│　　　　 　　 　├祐行├信長―政行―守行………利恭（伯爵）        │         　     │    └為重                 　　　　│　　　　 　　 　│6　　8　　　　│　　　　　  　　└宗行┬政連　　　　　　　 　　　　│　　　　　　　 　　　 │9　　　　│　　　　　 　　　　　 └祐政　　　　│1　　2　　　3　　　　└実長―実継―長継