織田信長、豊臣秀吉も天皇の存在や権威を否定せず、政治的に利用することによって自らの権威を高めていった。江戸幕府のもとでも天皇の権威は温存されたが、「天子諸芸能ノ事、第一御学問也」とする禁中並公家諸法度が定められ、朝廷の立場は大きく制約されることになった。紫衣事件などにみられるように、年号の勅定などを僅かな例外として政治権力はほとんどなかった。幕府が学問に儒学の朱子学を採用したことから、覇者である徳川家より「みかど」が正当な支配者であるという尊皇論が水戸徳川家（水戸藩）を中心として盛んになった。江戸時代末になると尊皇攘夷論が興り、天皇は討幕運動の中心にまつりあげられた。尊皇攘夷論は、天皇を中心とした政治体制を築き、対外的に独立を保とうという政治思想となり、幕末の政治状況を大きく揺るがせた。吉田松陰の唱えた一君万民思想は擬似的な平等思想であり、幕府の権威を否定するイデオロギーともなった。しかし、尊皇攘夷派の志士の一部は天皇を「玉」（ぎょく）と呼び、政権を取るために利用する手段だと認識していた。
鎌倉に武家政権が成立すると、天皇・上皇を中心とした朝廷と将軍を中心とした幕府とによる二重政権の様相を呈した。承久の乱では幕府側が勝利を収めた。だが、天皇側の勢力もまだ強く、鎌倉幕府が滅亡すると後醍醐天皇が天皇親政を復活させた。建武の新政参照。室町幕府が成立すると天皇は南朝・北朝に分裂した（南北朝時代）。長い戦乱が続いた末、室町幕府の3代将軍足利義満によって南北朝の合一が果たされた（1392年）。義満は幕府の権力を強化するとともに、「日本国王」として明皇帝に朝貢する形式で勘合貿易を行った。義満の死（1394年）に際して朝廷は「鹿苑院太上法皇」の称号を贈った（これらのことなどから、義満が皇位を簒奪する意図を持っていたと考える史家もいる）。8代将軍足利義政の時代に応仁の乱が起こり、やがて戦国時代に入り、幕府の勢力は衰えた。戦乱の世にあって、天皇・朝廷の勢力も衰えていったが、主に文化・伝統の継承者としての役割は存続していた。
皇室の出自については、弥生時代の邪馬台国の卑弥呼の系統を皇室の祖先とする説、皇室祖先の王朝は4世紀に成立したとする説などの多くの説が提出されており定まっていない。当初の大王は軍事的な側面だけではなく、祭祀的な側面も持っていたと考えられる。645年の大化の改新により、豪族中心から天皇中心の政治が始まり、「天皇」という称号も使用され始めた。7世紀後半から中国の政治体制に倣った律令制の導入が進められ、701年の大宝律令によって律令制が確立した。国号（日本）と元号（大宝）が正式に定められ、歴代天皇に漢風諡号が一括撰進された。こうして天皇を中心とした中央集権制が確立し、親政が行われた（古代の国体「建国ノ體」）。710年には平城京に遷都した。9世紀ごろから貴族層が実質的な政治意思決定権を次第に掌握するようになっていった。10世紀には貴族層の中でも天皇と強い姻戚関係を結んだ藤原氏（藤原北家）が政治意思決定の中心を占める摂関政治が成立した。11世紀末になると上皇が実質的な君主（治天の君）として君臨し、政務に当たる院政が始まった。天皇位にある間は制約が多かったものの、譲位して上皇となると自由な立場になり、実質的君主としての実権を得た。院政を支えたのは中級貴族層であり、藤原氏（摂関家）の地位は相対的に低下した。
スー族の「サンダンスの儀式」の最も苛烈なハイライトは、儀式の4日目の千秋楽に行われる「ピアッシングの苦行」である。これは、自らの肉体の痛みを引き換えとして大精霊に祈りを捧げるという苦行である。「ピアッシング」は「穴を開ける」というような意味だが、儀式の形態としては「ボディー・サスペンション」のほうがより近い。ピアッシングを行う踊り手は、儀式の前に聖なるパイプを手に、「フレッシュ・オファーリング」（肉体を捧げる）という「ピアッシングの誓い」を立てる。これを誓ったものは、4年間、必ずピアッシングの儀式を行わなくてはならない。踊り手は鷲の爪や串を胸の肉（女性は手首の肉）に刺し、バッファローの生皮で柱と繋ぐ。そして体重を後ろにかけ、再び日の出から日没まで太陽の踊りを踊る。この苦行は流血を伴い、踊り手の体力を極限まで奪う、非常に苛烈なものである。傷口には蠅がたかり、意識は朦朧となって、最後には肉が断ち切れたところで儀式は最高潮を迎え、一斉に女たちがビブラートでこれを讃える中、踊りは終わる。首尾よく肉が切れた場合は良いが、いつまでも切れなければ、友人たちが身体を引っ張るか、呪い師やクワ・キヤーピがナイフで肉を切って解放する。柱に繋ぐよりももっと痛みを伴うものは、バッファローの頭蓋骨を生皮で身体に繋いで走るピアッシングである。この場合、友人たちが頭蓋骨が割れるよう手伝ってやる。この苦行は白人たちに「若い戦士が勇気を誇示する通過儀礼である」と解釈され、これに基づく文献も多いが、これは誤りである。彼らはかけがえのないものとして自分の肉体と痛みを大精霊に捧げ、部族の安寧と発展をただ祈るのである。スー族の戦士チェイスト・バイ・ベアーズ（Chased-by-Bears、1843～1915）はこの苦行についてこう語っている。「身体は自分のものだから、誰かに自分の身体や肉を与えることは、自分の本当に唯一のものを与えるということだ」。シャイアン族やカイオワ族など、太陽の踊りを行う他の平原部族も、ピアッシングの苦行は行わない。マンダン族のオーキーパが弾圧され途絶えた今、インディアン部族では、ここまでの苦行はスー族独特のものとなっている。レッド・パワー運動やAIMによって、サンダンスの儀式は全米に広まった。現在では女性もこれを行うようになり、またスー族の「ピアッシングの苦行」には、スー族以外のインディアンや民族も参加している。また、近年スー族との交流を深めているナバホ族は、儀式にピアッシングを採り入れている。