本作はトミーのテレビキャラクター第4弾にあたる『科学冒険隊タンサー5』の後継番組として企画された。トミーとサンライズが組んだ作品としては第2作になる。サンライズ企画室からの発注により、メカニカルデザインのサブマリンがイデオンのデザインをした。サンライズはイデオンのデザインでトミーにプレゼンテーションをし、企画が始動してから富野が作品に参加している（このようにサンライズの作品は基本的にマーチャンダイジング先行で、ロボットのデザインから作品がスタートする）。こうした経緯への反発から富野はイデオンのデザインを見るなり「これは第六文明人の遺跡です」と言った。富野によれば「でなければ、こんな酷いデザイン誰が使います？」。富野曰く、日常の延長といった性質を消すためにサイズを巨大にした（＝第6文明人を巨人に設定した）、と後に語っており、作品がハード路線になったのもイデオンのデザインに耐え得るだけのパンチ力のある展開を目指した結果であると証言している。アニメ監督としてはむしろ「イデオン自身が障害」であり、企画から間違っている物を売れるようにするため必死でやったとのこと。その結果、小説家の福井晴敏がBSアニメ夜話に出演した際「いや、あれは遺跡にしか見えない」と語ったようにある種特異な世界を生み出すことには成功している。もっともこのような反発を持ちながらも富野は仕事をしっかりとこなす姿勢も見せており、1980年1月13日付けの富野のメモにはイデオンの玩具の「エレクトロクニクス搭載で音と光が出る」「タンサー5の玩具と同じくボタン一つで変形する」などのギミックを作品に取り入れることや、旧作である恐竜シリーズの流れを取り入れることなどの記述がある。キャラクターデザインには『無敵鋼人ダイターン3』でコロスを描き、富野に賞賛された湖川友謙が採用された。富野は「湖川の“女”の部分がほしいと思った」と述べている。
1980年（昭和55年）5月8日から1981年（昭和56年）1月30日まで全39話が東京12チャンネル（現・テレビ東京）で放送された。第21話までは毎週木曜日午後6時45分から7時15分まで、第22話からは毎週金曜日午後7時30分から8時まで放映された。アニメ製作は日本サンライズ（現・サンライズ）。『恐竜探険隊ボーンフリー』から始まったトミー（現・タカラトミー）の企画によるテレビキャラクター・シリーズ第5弾であり発表試写会はトミー本社内のプレゼンテーション・ルームで行われたが、結果的にシリーズ最終作となった。本作は、宇宙に進出した2つの種族が不幸な出会いを果たし、無限のエネルギー「イデ」を巡って誤解を重ねて泥沼の戦いを続ける物語であり、精神科学的な理論とバイオレンスな感性を融合した作品である。『機動戦士ガンダム』テレビシリーズ終了直後の富野喜幸（現・由悠季）を総監督に迎え、『ガンダム』の劇場版シリーズと並行して製作が進められた。視聴率と玩具販売の不振で打ち切られるも、後にスタッフとファンの熱意により映画化されるという『ガンダム』と同様の経緯を辿った。さらに劇場版ではテレビ放送されなかった終盤部分も映像化され、登場人物全員が次々と壮絶な死を迎える。テレビ版では塩沢兼人が、劇場版では田中信夫がナレーターを担当している。あまりにも多くの登場人物が唐突に死んでしまう展開に塩沢は「でもナレーターは大丈夫だろう」と思っていたところ、第34話の最後に流れたナレーションは途中でイデの流星の効果音に遮られてしまい、「ナレーターも例外じゃないのか？」と本気で肝を冷やしたという。
中国の古代の歴史書である『三国志』などには、満州南部から朝鮮半島北部にかけて居住していた諸民族が近しい関係にあったとする記述がある。即ち『三国志』「高句麗伝」は高句麗が扶余（夫余）の別種であると記し、「濊伝」には高句麗と濊の言語・習慣が概ね同じであったと記されている。また東沃沮伝にも高句麗と東沃沮の言語が概ね同じであるという記述がある。この中国の記録から、夫余・高句麗・濊・東沃沮の言語を一つのグループとしてまとめることが可能となる。重要な点は「挹婁伝」には挹婁と扶余・高句麗の言語が異なると記されていることである。挹婁は粛慎の後裔であるとされており、後の靺鞨に繋がると史書上は記される。故に、後世の満州における言語分布を元に、靺鞨の言語をツングース語と想定するのであれば、高句麗や扶余のような古代の満州南部・朝鮮半島北部の言語はツングース語とは異なる独自の言語グループを形成していたと想定することが可能となる。また、より南の朝鮮半島南部の言語（韓系諸語）と高句麗以北の言語の関係についての言及は中国の史書にはない。こうして想定されたのが、ツングース語とも韓系諸語とも異なる扶余語族、扶余系諸語などと呼ばれる言語グループである。また韓国の言語学者李基文は、『周書』に百済では王が「於羅瑕」と号しており、民衆は王を「鞬吉支」と呼んでいた、という記述があることと、『梁書』に高句麗と百済の言語がほぼ同じである、という記述があること、一方で言語学的な分析において百済語の単語が新羅語と概ね一致することなどから、百済では支配層が扶余系言語を、民衆が韓系言語を話していたと想定した。この想定を取れば、扶余系言語には更に百済の支配層の言語が含まれることになる。ただし、これらの想定の前提となる夫余・高句麗・濊・東沃沮の言語は、高句麗語の極僅かな単語の朧げな形以外の情報が残されておらず、またこれをツングース語と異なる独自の語族とする根拠の一つである挹婁・靺鞨の言語に至っては漢字表記された人名以外の情報は皆無である。故にこの仮説は中国史料の言語類似に関する情報にほとんど完全に依存している。しかし、この中国史料の情報の信憑性については古くから疑問も呈されている。三上次男や金芳漢は高句麗と濊の言語が同種であるという情報の信憑性に疑義を唱えており、後者は沃沮の言語についての情報についても正確なものとして受け入れるのは問題があるとする。従って現在でも扶余語族の存在は仮説段階に留っている。