マフィアは、以前の日本のヤクザのように事務所を公然と構えるのではなく、徹底した秘密組織・非公然組織である。これはマフィアには構成員に服従と沈黙を厳しく命じる血の掟（オメルタ）が存在するためである。掟を破った時には、他の構成員に対する見せしめの為、凄惨な制裁がなされる。行方不明になり、のちに拷問を受けた痕のある惨殺体で発見される例が最も多い。この掟と正式構成員が少人数であることが相まって、マフィアに対する犯罪捜査は困難である。近年はアメリカ当局もこれに対抗、FWPP（Federal Witness Protection Program 連邦証人保護プログラム）を適用して保護するなどの対策を採っている。
基本的には各都市に1ファミリーであるが、ニューヨークのみはメンバーの数が他の都市よりはるかに多いため、5つのファミリー（五大ファミリーと呼ばれる）に分かれている。シチリアを除くと全米に20以上のファミリーが存在しその他カナダ、ベネズエラ、オーストラリアにも存在している。全ファミリーを統括するものとしてボスの集まりであるコミッション（commission、全国委員会などとも訳される）と呼ばれる組織があるが、必ずしも全国のファミリーが一堂に集まるわけではなく、五大ファミリーのボスだけが集まるものもコミッションと称している。また、シチリア・マフィアにもアメリカのものとは別に「シチリア・コミッション」が存在している。
マフィアの各組織はファミリーと呼ばれ、首領（ボスあるいはドン、カポとも言う）、アンダーボス（underboss…暴力団の若頭に相当）をトップとして、複数のカポ・レジーム（capo régime、幹部、カポあるいはキャプテンとも言う）の率いる二次組織（英語では"crew"と呼ばれることが多い）に各ソルジャー（構成員）は属しており、ピラミッド型の構成となっている。その他に、コンシリエーレ（consigliere、顧問）と呼ばれる役職がおかれているが、これは組織の中では重要なポストで、通常、カポ・レジームを通してしかボスやアンダーボスと接触できないソルジャーがカポ・レジームと問題を抱えた時に直接相談できる役職として設けられた。また、それぞれのソルジャーの配下には何名かのアソシエーテ（Associate、準構成員）がおり、その民族構成についてはイタリア系アメリカ人あるいはイタリア人以外の人物も含まれている。（カポはマフィア（シチリア）の幹部の正式な呼び方である、また、ボスはギャング、ドンはカモッラ（ナポリ）の幹部の呼称。）ゴッドファーザーにおいては組織は古代ローマ帝国の軍団組織ケントゥリア（百人隊、歩兵小隊）がモデルにされたと説明されている。
3年目の1961-62シーズンに入ると、チェンバレンは最初の絶頂期を迎えた。チェンバレンはフランク・マクガイア新ヘッドコーチ（カンザス大時代にNCAA決勝でチェンバレンを破ったノースカロライナ大の元ヘッドコーチ）指揮のもと、その得点能力を思う存分に発揮し、非常識と言えるほどの数字を次々と叩き出した。このシーズンの成績は通算4,029得点2,052リバウンド、平均50.4得点25.7リバウンド（3年連続で得点王、リバウンド王の二冠達成）。平均50.4得点はチェンバレンの成績も含めてNBAの歴代の記録の中でも際立っており、1シーズン通算4,000得点を突破した史上唯一の例となった（1シーズン通算3,000得点を突破したのはチェンバレンとマイケル・ジョーダンの2人のみ）。またこのシーズンのチェンバレンは非常に多くのシュートを打っており、通算フィールドゴール試投数3,159本、成功数1,597本、フリースロー試投数1,363本は断トツの歴代1位（フリースロー成功数835本はジェリー・ウェストに次ぐ歴代2位。このシーズンのフリースロー成功率61.3%は、フリースローを苦手としていたチェンバレンにとっては非常に良い数字だった）。とにかくシュートを打ちまくったことが、平均50.4得点という異常な数字に繋がった。また無尽蔵なスタミナの持ち主として知られるチェンバレンは毎試合のようにフル出場しているが、このシーズンはNBAの1試合の規定時間48分を上回る平均出場時間48.5分という大変珍しい記録も残している（1試合を除く全試合にフル出場したのに加え、延長も計50分出場したため。1試合だけ試合残り8分を残して、2つのテクニカルファウルを受けて退場処分を受けている）。オールスターでは42得点（オールスター歴代2位）24リバウンドをあげた。チェンバレンのキャリアでも一際輝く1試合100得点という記録を残したのもこのシーズンだった。それは1962年3月2日のニューヨーク・ニックス戦で起きた。この日ニックスは先発センターのフィル・ジョーダンが欠場しインサイドが手薄だったため、チェンバレンは自由にプレイすることができ、第3Qが終了した時点で69得点をあげていた。3ヶ月前には自己最高となる78得点をあげており、チェンバレンが自身の記録を更新するのはもはや確実であった。そこでウォリアーズのチームメイトはチェンバレンに積極的にボールを回した。一方ニックスは目の前でチェンバレンが大記録を成し遂げることを阻止しようとし、チェンバレン以外の選手にボールが渡るたびにファウルを仕掛け、一方ウォリアーズ側も時計を止めるためにファウルを仕掛けたため、試合はファウルの応酬となった。そのため試合自体は決して美しいものではなかったが、チェンバレンは着々と点を積み重ね、観客もチェンバレンの大記録を期待した。そして残り時間46秒、チェンバレンのシュートが決まり、彼のこの日の得点はついに100に達した。その瞬間、興奮した観客がコートになだれ込んだため、試合は残り46秒を残したまま終了となった。試合はウォリアーズが169-147で勝利し、両チームあわせた316得点は当時のNBA記録となった。またこの日はチェンバレンのフリースローがよく決まり、32本のうち28本を決め、またフィールドゴールも63本のうち36本を決めた（フリースロー試投数以外は全てNBA記録）。なおこの試合の映像は残っておらず、ラジオの音声テープと試合直後に記者から渡された『100』の数字を書いた紙を手に撮った写真のみが、この偉業を今に伝えている。詳細はWilt Chamberlain's 100-point game（Wikipedia 英語版）を参照