1990年のMLBドラフト12巡目でシカゴ・ホワイトソックスに入団。1997年9月10日、デトロイト・タイガースからメジャーデビュー。その後は、マイナーリーグや独立リーグを経て、2003年に広島東洋カープに入団。独立リーグで三冠王を獲った実績や風貌から『カープのボブ・サップ』と期待された。豪快な打撃が魅力の選手であるが、コンパクトに球を打ち返す器用な一面もあり、開幕戦のヤクルトスワローズ戦では、チーム先制点となるセンター前ヒットを放った。芯で捉えた際の飛距離はケタ外れだったが、好不調の波が激しく打率が低い上にチャンスでの凡退も多かった。夏場の大阪ドームでの対阪神戦で、藤本敦士の放ったライトフライをダイビングキャッチしようとした際に首を故障してしまい、ベンチに下がる。それ以降は出番がなく、シーズン終了後に退団した。その後、2008年まで独立リーグやメキシカンリーグでプレーした。
引退後はNHK解説者・日刊スポーツ評論家（1991年 - 1994年）を経て、1995年から福岡ダイエーホークスの一軍投手コーチに就任。斉藤学・吉武真太郎を育てた。コーチ在籍中の1997年に心筋梗塞を患ったため、以後コーチ業には就いていない。現在は評論家としての活動の他に、全国各地（特に島嶼部）を回って少年野球の指導にあたる一方、プロ野球マスターズリーグの東京ドリームスにも参加している。1992年、小学5年生向けの道徳の教材に「逆境を克服した生き方」の教材として、村田が右肘手術からの復活した時の様子が取り上げられた。マスターズリーグなどにおいても、いまだに球速140km/hに届くストレートと落差20cmのフォークボールを披露し、ファンの度肝を抜いている。これについて村田は、子供たちに本物のプロのボールを見せて「プロって凄いんだ」と思ってほしいためだと語っている。テレビ番組「ナンだ!?」では、小学生と真剣勝負をしたり、古田敦也（当時ヤクルト選手兼任監督）を打席に立たせて勝負したり（その古田をして「うちのチームに欲しい」と言わしめた）と、その豪腕は衰えることを知らない。ただし記者から「今でも1イニングだけならプロでも通用するんじゃないですか?」と言われた時には「俺は先発しかやらねぇんだ!」と返答している。本人は「マスターズリーグで140km/hが出せなくなったら、もうボールを握るのは止める」と公言している。「村田の登板」はマスターズリーグ名物となっており、村田が降板すると観客も帰り支度を始める光景が見られた。2007年5月26日のセ・パ交流戦、ロッテ対横浜戦で始球式投手を務める。この時の球速は135km/hを記録したが、これはこの試合の先発を務めた渡辺俊介の全投球よりも速いものだった。2010年1月2日に東京ドームで行われた「プロ野球OBオールスター・アスリートカップ　セ・パ対抗戦」に登板。この日の約1か月前に60歳を迎えたばかりだったが、球速132km/hを記録した。現役を引退しておよそ20年、60歳を越えてなお、毎日スポーツジムに通っては「超人トレーニング」 と呼ばれる激しいトレーニングを行っている。内容は、腕立て伏せを500回、腹筋・背筋運動を1000回ずつ、マシンによるトレーニングの他、更にダンベルを右手人差し指と中指に挟むフォークボールの形に握って上下させるというもので、それをゆっくり時間をかけながらではなく、猛烈なスピードで一気に行う。マスターズリーグで一緒になった後輩の宮本和知らは、初めて村田のトレーニングを見て驚愕したと語っている。また非常に柔軟な体を保ち続けており、2009年のモルツ・ドリームマッチでピッチングを終えた後の宮本によるインタビューで「ピッチャーに大切なのは股関節（の柔らかさ）」と言い、開脚して前屈で胸を床につける姿を披露しており、筋肉トレーニングだけでなく柔軟体操も毎日行っている。2005年、野球殿堂入り。2005年3月、日本プロ野球OB13人と共に長崎県対馬市に「対馬まさかりドリームス」を設立し、投手兼監督に就任した。チーム名の「まさかり」はもちろん、現役時代に付いた異名に由来している。このチームを率いて全国（特に離島）の少年野球チームを回り、少年野球の指導をしている。指導では必ずチームに所属する小学生バッターと村田の一騎討ち対決を行っている（村田も本気でフォークボールなどを放っている）。引退後のライフワークとして、全国の離島を回って少年野球教室を開催している理由は、「日本にある有人離島の数が、自分の通算勝利数（215勝）と同じ数くらい存在するから」だと著作やインタビューなどで語っている。また2007年から開催されている全国離島交流中学生野球大会（通称「離島甲子園」）を提唱している。この大会も村田の活動がきっかけで生まれたものでもあった。2012年2月9日放送のクイズ☆タレント名鑑では、62歳現在での球速の限界に挑戦する企画に挑戦したところ、1球目は122km/hだったが徐々に記録を伸ばし最終的に129km/hまで記録した。2013年8月30日のロッテ対日本ハム戦で始球式に登板し、1球投げただけだが球速は63歳にして135km/hと表示された。2016年3月30日のロッテ対楽天戦で始球式に登板し、1球投げただけだが球速は66歳にして131km/hと表示された。それまでも村田の引退後の投球は日本国内では話題を呼んでいたが、この時の模様はアメリカ合衆国のFOXスポーツ電子版でも報じられ、同誌は1968年から1990年までの村田の経歴を挙げた上で、「冷戦時代に現役だった66歳の元選手が、未だこれ程の剛速球を投じる事は驚嘆に値する。」と記した。また、同誌の記者であるダン・カーソンは村田を評して「彼は英雄として死すであろう。どうか末永く始球式を続けて欲しい。」とツイートした。2018年8月21日、ロッテオリオンズ誕生50周年特別試合として行われたロッテ対西武戦で始球式に登板し、1球投げただけだが球速は68歳にして112km/hと表示された。この時はワイシャツの上にオリオンズユニフォームの上衣のみを羽織り、スパイクではなく運動靴を履くという、2年前よりも不利な条件での投球であった。村田は32年ぶりにオリオンズのユニフォームに袖を通した落合博満と共にセレモニーを盛り上げたが、投球内容に関しては「もう少しウォーミングアップをしておけば良かった」と不満げな感想を残した。