1989年アイズナー賞では本作が最優秀グラフィックアルバム部門を、作者アラン・ムーアも最優秀作家賞を受賞した。ヒラリー・ゴールドスタインはIGNコミックスで『キリングジョーク』を称賛して「間違いなくジョーカー史上最高傑作」と呼び、「ムーアのリズミカルな会話文とボランドの有機的なアートは唯一無二の作品を生み出している。真似る者は多いが、追い付く者はいない」と評した。IGNはバットマンを主役としたグラフィックノベルのランキングで本作を『ダークナイト・リターンズ』と『イヤーワン』に次ぐ第3位に挙げた。ジェームズ・ドネリーはポップ・シンジケートで本作を「とにかく20世紀最高のコミックの1つ」と呼んだ。ヴァン・ジェンセンはComicMixへの寄稿で「[本作を再読すると]いつも、アラン・ムーアとブライアン・ボランドのコンビがページに込めた激しさ、残忍さ、人間性に改めて感嘆する」と書いた。コミック史家ロバート・グリーンバーガーとマシュー・K・マニングは「ジョーカーの物語としてオールタイムの決定版」と評した。マニングは「ゴッサム・シティの歴史でも最高に力強く、心をかき乱す物語」とも書いている。 セブ・パトリックはデン・オブ・ギークで本作にやや厳しい評価を下した。「これまでに書かれた「バットマン」の中でも特に礼賛されている影響力が強い作品であり、ジョーカーの物語の白眉といえる」と評する一方で、『ウォッチメン』『Vフォー・ヴェンデッタ』『リーグ・オブ・エクストラオーディナリー・ジェントルメン』のような真に優れたムーア作品の域には達していないという。
また大御所・栗島すみ子を1956年の『流れる』で18年ぶりに映画出演させたり、森、田中、川喜多長政と共に三船プロダクション設立に尽力、三船敏郎に命令し三船プロの第1回作品『五十万人の遺産』の監督をさせた
石原慎太郎を石原裕次郎より俳優に向いていると初主演（『日蝕の夏』）、初監督（『若い獣』）に抜擢した
当時は異業種の監督というのは在り得ない時代で、助監督の経験のない石原をいきなり監督に起用した事で揉めに揉めたが、結果として岡本喜八、恩地日出夫ら自社の新人監督の他、各社から新人監督が世に出た
なお石原裕次郎を最初に石原慎太郎から紹介されたのは藤本というが、タイプでないと断ったという
1958年の『裸の大将』は山下清の半生を初めて映像化、仲代達矢を主演に抜擢した1959年の『野獣死すべし』は大藪春彦が流行作家となる切っ掛けとなった
1961年の『みな殺しの歌より 拳銃よさらば!』は、まだ若い歌人だった寺山修司が初めて映画（脚本）に関わった作品、クレジットには無いが森岩雄が酷評した寺山脚本を藤本が強引に映画化した
監督では堀川弘通、松林宗恵、松山善三、須川栄三、岩内克己ら
プロデューサーでは金子正且ら
脚本家では井出俊郎、水木洋子、笠原良三、田波靖男、星川清司ら
渡辺晋が本格的に映画製作に乗り出すのは、藤本が晋と渡辺美佐のふたりを契約プロデューサーに招いたことが切っ掛け
1969年に手掛けた『御用金』は、日本初のテレビ局（フジテレビ）との共同製作で、近年隆盛を極めるテレビ局製作による劇場用映画の最初のもの
売り出しとは違うが、1961年の小津安二郎唯一の東宝（製作は宝塚映画）監督作品『小早川家の秋』は、小津の大ファンだった藤本が酒の席で小津を口説き、1979年の黒澤明監督『影武者』は藤本の企画で、黒澤と勝新太郎の橋渡しをしたのも藤本といわれる　勝の降板は、ビデオカメラの持ち込みといった些末な事ではなく、藤本の急逝によって黒沢と勝のパイプ役がいなくなってしまったのが原因という見方もある
1953年の五社協定では推進のリーダーであった
顔の広さからテレビの台頭による俳優の出演問題の対策や、五社の映画をテレビ局に提供する規定の確立、1954年の日本映画製作者協会（現・日本映画テレビプロデューサー協会）の発足、1958年の映倫の規定改正、同年の「映画の日」制度発足、新著作権法施行による原作者に関わる各団体との折衝などにも奔走
税制改変や補助金などの折衝では国会への陳情活動にも尽力した
1968年藍綬褒章受章、映画の日特別功労賞受賞
1968年に東宝専務、1971年11月に東宝映画社長、1974年には東宝副社長
1975年には東宝映画社長の座を田中友幸に譲りプロデューサー一本にかける事になる
立花隆と共に田中角栄を追及、失脚に追い込んだジャーナリスト児玉隆也を主人公にした映画を畢生の仕事にすると取り組んだが、社命により中止させられた
強い政治力の介入があったといわれる
1975年10月東宝副社長を辞し、自ら取締役に降格
1978年から始まった日本アカデミー賞の第1回総合プロデューサーを務めたのち、1979年逝去
死後正四位勲三等旭日中綬章が贈られた
全生涯を映画の製作に捧げた藤本の功績を讃え、東宝は藤本の死後藤本賞を設立
1981年より、毎年功績著しい活躍をした映画製作者に対して同賞を授与している
映画界において唯一プロデューサーを顕彰する賞である
生涯独身を通したが、寂しがり屋な性格で豪酒でもあり、藤本プロ以来の盟友でもある越路吹雪や前記のスタッフ・俳優の他、南海ホークスファンで鶴岡一人ら、気の合った仲間と毎晩飲み食い歩いていたという源氏鶏太の小説「東京一の淋しい男」は藤本がモデルといわれる（1964年『裸の重役』として映画化）