落成時には路線図式（マップ式）とLED式の車内案内表示器がそれぞれドア上部に千鳥配置されていたが、1998年（平成10年）11月18日の京急空港線羽田空港駅開業に伴い設定された「エアポート快特」への対応が煩雑になることから、路線図式（マップ式）のものを撤去してLED式だけとした。その後、京成新3000形のように紙製の路線図が設置されている。2000年（平成12年）頃からC修繕工事により、座席モケット（優先席のみ交換した車両や一般席のみ交換した車両も存在している）やカーテンの交換のほか、一部のつり革高さを低くしたり、床敷物を水色1色+ラメ入りに交換するといった内装改善が実施されている。5317編成以降は貫通扉を編成で2両1か所（新製時は2・4号車の押上・京成成田・印旛日本医大側、および5・7号車の西馬込・浦賀側）設置であった連結面貫通扉を各車片側設置への増設（偶数号車の西馬込側）工事が実施されている。ほかに1・2次車を中心にLED式種別・行先表示器を新品に交換するなどの工事を行った2種類の更新車も登場している。また、C修繕実施時に再塗装を行っているが、塗料はフッ素樹脂系を使用している。なお、工事は京急久里浜工場→京急ファインテック久里浜事業所で実施されている。2003年（平成15年）頃からドアチャイムの使用を開始した。ドアチャイム自体は新造時より装備し、運用開始当時は浅草線内でのみ約1年間使用していた。また、4次車以降の更新車では120km/h対応の5327編成と同じ仕様にしている編成がある。さらに2005年（平成17年）11月に出場した更新車からは車内LED案内表示器の案内文が浅草線内駅停車中の駅ナンバリング表記のみ変更されている。2009年（平成21年）から2010年（平成22年）にかけて車内自動放送の改良が行われ、都営地下鉄の他線と同内容のものに更新された。2010年度から、5301編成を皮切りに2度目のC修繕が開始され、塗装修繕とバリアフリー化工事が開始された。ドアに黄色いテープ貼り付け、座席間にスタンションポール取り付け、先頭車への車椅子スペース設置（中間車のものは存置）、床材の張替え（中央がダークブルー系で床付近を黄色く着色した新タイプ）などを施工している。1・2次車全車で完了。その後2011年（平成23年）から、一部の編成の車内吊革の改良工事が行われている。後述する新型車両の構想が2010年代より持ち上がったため、本系列ではB修繕が施工されなかった。2018年11月頃よりイヤホンジャックが装備され、京急線内ではタブレットによる自動放送を、京成・北総線内ではICレコーダーによる案内を流すようになった。
2012年3月 - 6月、初のアジアツアーを開催。横浜アリーナでのコンサートで発表。2月22日、9作目のシングル「SUPER DELICATE」を発売。通算9作目のオリコン初登場1位を記録。5月26日・27日、初の海外公演（計4公演）を香港で行った。6月6日、2作目のアルバム『JUMP WORLD』を発売。7月8日 - 9月23日、コンサートツアー『Hey! Say! JUMP TOUR 2012』を開催。11月10日 - 翌年1月、舞台『JOHNNYS' World -ジャニーズ・ワールド-』で座長を務める。2013年4月13日 - 8月23日、コンサートツアー『Hey! Say! JUMP 全国へJUMPツアー2013』を開催。6月26日、10作目のシングル「Come On A My House」を発売、通算10作目のオリコン初登場1位を記録。12月25日、11作目のシングル「Ride With Me」を発売、通算11作目のオリコン初登場1位を記録。2014年2月5日、12作目のシングル「AinoArika/愛すればもっとハッピーライフ」を発売、通算12作目のオリコン初登場1位を記録。4月1日、八乙女と有岡が日本テレビ系『ヒルナンデス!』の火曜レギュラーに起用。6月18日、3作目のアルバム『smart』発売、オリコン初登場1位を記録。8月2日 - 10月13日、全国コンサートツアー『smart』を開催。同公演で観客動員数が100万人を突破した。通算69公演、動員総数103万5000人は現役アーティストで最多記録。9月3日、13作目のシングル「ウィークエンダー/明日へのYELL」を発売、通算13作目のオリコン初登場1位を記録。2015年4月29日、14作目のシングル「Chau＃/我 I Need You」を発売、通算14作目のオリコン初登場1位を記録。6月24日、4作目のアルバム『JUMPing CAR』を発売、オリコン初登場1位を記録。2014年12月29日に初めて単発バラエティーとして放送されたグループ初の単独冠番組『いただきハイジャンプ』が7月8日からレギュラー化。7月25日 - 10月12日、コンサートツアー『JUMPing CARnival』を開催。8月22・23日、『24時間テレビ38』のメインパーソナリティーをV6とともに務める。10月21日、15作目のシングル「キミアトラクション」を発売、通算15作目のオリコン初登場1位を記録。12月9日、Yahoo!検索大賞 2015・アイドル部門賞を受賞。12月30・31日：京セラドーム大阪にて、初の単独カウントダウンコンサートを開催。2016年5月11日、16作目のシングル「真剣SUNSHINE」を発売、通算16作目のオリコン初登場1位を記録。7月23日・24日、『FNS27時間フェスティバル』で、「全国高校ダンク選手権」のスペシャルサポーターに抜擢。7月27日、5枚目のアルバム『DEAR.』を発売、通算オリジナルアルバム5作目の1位を記録。7月28日 - 11月3日、コンサートツアー『Hey! Say! JUMP LIVE TOUR 2016 DEAR.』を開催。10月26日、17枚目のシングル「Fantastic Time」を発売、通算17作目のオリコン初登場1位を記録。12月14日、18枚目のシングル「Give Me Love」を発売、通算18作目のオリコン初登場1位を記録。12月31日 - 2017年1月1日、東京ドームで単独カウントダウンコンサート。