結党から政権掌握までのナチス党史において、突撃隊が大きな力になったことは明らかであったが、独裁体制が安定するにつれて必要性は薄れ、ヒトラーにとって持て余す存在となっていった。保守派との協力を重視するヒトラーは、クルップ・フォン・ボーレン＝テュッセン雇用者協会を復活させたり、大百貨店に敵対する小売業闘争同盟を解散させるなど、保守政策を次々と打ち出したが、こうした態度は労働者階級からなり、社会主義的であった突撃隊員の不満を助長した。資本家や地主との妥協を止め、社会主義的政策を打ち出すことを求める「第二革命」運動が突撃隊内で強まった。突撃隊員の声を代弁するレームも公然とこれを唱え、ヒトラーの革命終了宣言に抵抗した。レームは9月1日、バイエルンの突撃隊最高指導部特別委員制度を廃止し、かわりにバイエルン州政府に突撃隊特別全権官、郡政府に突撃隊特別委任官を置いた。彼らの任務は「国家社会主義革命による発展が続けられているかを、官庁と協力しながら監視する」ことであった。これによって地方行政機関を第二革命に動かそうとした。10月には、ゲーリングの支配するプロイセン州にも、突撃隊特別全権官の設置を認めさせた。彼は突撃隊政治部長ゲオルク・フォン・デッテンから国会議事堂放火事件の真相を暴露すると強請られ、渋々認めたという。各州もプロイセン州に倣って突撃隊特別全権官の設置を認めた。結果、突撃隊特別全権官による行政への横やりや命令無視が横行し、「ヒトラー政権は早晩崩壊するだろう」という噂が立つほどであった。ヒトラーは突撃隊特別全権官と行政府を少しでも一体化させるため、1933年12月1日に「党と国家の統一のための法律（Gesetz zur Sicherung der Einheit von Partei und Staat）を成立させ、同時にレームを無任所大臣に任じた。また、ゲーリングは12月15日、「プロイセン州市町村制度法」を導入して市町村の地方評議会員を25歳以上に限定すると定めることで、若者がほとんどを占める突撃隊員を、プロイセンの地方行政府から締め出した。
ナチスが有力政党として活動するようになると、保守勢力と協調する必要が生まれた。このため社会主義的な思想を持つ古参党員や党内左派の不満が増大した。特に突撃隊は労働者階級が多数を占めていたため、そういう者が多かった。1930年7月18日に国会が解散された後の8月1日、ザロモンは突撃隊指導者を国会議員選挙名簿に加えるよう要求したが、ヒトラーは「突撃隊員を国会議員にすれば本来の突撃隊の任務が疎かになる恐れがあるし、また政治組織と突撃隊の区別も曖昧になる」としてこれを拒否した。不服に思ったザロモンは8月12日に突撃隊司令官を辞職したため、9月1日にヒトラーが自ら突撃隊最高指導者に就任することになった。これが直接の引き金となり、各地の突撃隊員が党の政治組織から依頼された宣伝活動をボイコットするようになった。一番過激だったのはベルリンの突撃隊だった。1930年8月28日に突撃隊ベルリン東部指導者であったヴァルター・シュテンネスがミュンヘンの党本部に対してベルリン大管区指導者であったゲッベルスの解任を要求した。党本部がこれを拒否すると、8月30日にシュテンネス一派はベルリン大管区本部の襲撃を開始した。ゲッベルスはクルト・ダリューゲの親衛隊部隊を投入したが、突撃隊の方が数に勝り、鎮圧に失敗した。結局ゲッベルスは警察に介入してもらって鎮圧した。9月1日にはヒトラー自らがベルリンを訪れてシュテンネスを直接説得してひとまず収めた。ヒトラーは、突撃隊の監視を強化するため、1930年11月7日に親衛隊は突撃隊指揮官の命令に従う必要はないと定めた（ただし形式的には長いナイフの夜事件まで親衛隊は突撃隊の傘下にあった）。
1924年12月20日にヒトラーは仮釈放され、1925年2月27日にビュルガーブロイケラーでナチスの再結党を宣言した。フロントバン・ミュンヘン司令部の隊員達が真っ先に党に復帰して突撃隊の活動を再開した。それ以外の隊員達も1925年末までにほとんどが突撃隊へ戻った。フロントバンに残っていた最後の者たちは「人狼団」に吸収されて消滅した。一方でフロントバンの隊員の中にはルーデンドルフがフロントリンクを改組した「タンネンベルク同盟」に参加した者もいる。3月末から4月にかけてヒトラーとレームは突撃隊の再建にあたって、突撃隊をナチ党から独立した準軍事組織にするか党に従属する党の宣伝・集会防衛組織にするかで激論した。前者の立場がレーム、後者がヒトラーの立場である。結局二人は決裂し、4月30日にレームは突撃隊司令官職とフロントバン司令官職を辞し、政界を去った。ヒトラーは5月24日に突撃隊の再建命令を下したが、どこの党支部も組織の再建で手いっぱいであり、手が回らなかった。バイエルンでは比較的早期に突撃隊が再建されたが、それ以外の地区ではだいたい1926年春ごろ以降に再建されている。ベルリンではクルト・ダリューゲ、ルール地方ではヴィクトール・ルッツェが中心となり、突撃隊の再建が行われた。再建時から突撃隊の制服にはロスバッハ突撃隊指導者ゲアハルト・ロスバッハ中尉が1924年に安価に入手した褐色シャツ制服が使用されるようになった（詳細については後述）。
北海道帝国大学理学部教授であった中谷宇吉郎は、人工雪の製作に世界で初めて成功し、結晶が形成されるための気象条件を特定した。これが基となり、1941年（昭和16年）、北海道帝国大学に初めての附置研究所「低温科学研究所」が設立されることとなる。当時の情勢から軍事研究も目的に含まれ、 「航空機への着氷防除」「北海道、千島における霧」（飛行場の滑走路に発生する霧の除去）の研究がそれぞれ行われた。そのため、創設予算の不足分50万円については海軍の予算から廻されたという。軍は実用化を急いだが、中谷は「基礎的研究が解決への唯一の捷径」と基礎研究を重視する立場を崩さなかった。しかし、戦後中谷は戦争中の軍事研究への関与について批判を受けることとなり、さらに、人工雪結晶の記録映画を再撮影するに当たり、ゼネラル・エレクトリック (GE) 研究所から提供されたフィルムが、GE研究所とアメリカ空軍との間の契約研究費から支出されていたことが問題視されて、低温科学研究所を退職した。初代所長は小熊捍（理学部長を兼任）。理学部教授牧野佐二郎によると、小熊は「日本には教える場所があっても、研究者が自由に豊かに研究する場所がない」と言い、低温科学研究所だけでなく他の研究所も含め、「研究者が自由に豊かに研究する場所」を政治家に積極的に働きかけていることが窺える。1979年（昭和54年）、人工雪を作った低温実験室があった場所（"ファカルティハウス・エンレイソウ"の玄関前東側）に、角板型雪結晶をかたどった六角形の石碑が建てられた。その後、流氷、雪崩、植物凍害、寒冷圏の生物圏・地球環境変動の研究部門が設置され、現在では、水の循環（「水・物質循環」）、雪氷（「雪氷新領域」）、生物環境（「生物環境」）の3部門と附属環オホーツク観測研究センター（地球環境変動を研究）からなる。超低温保存室は、氷点下50度にすることができ、世界でも2施設しかない。ここでは、南極のドームふじ基地から持ち帰えられた氷床が長期保存されているという。