創価学会本部襲撃事件を引き起こしたことなどで1974年（昭和49年）に破門された妙信講は、その後、冨士大石寺顕正会と名称を変遷、1998年（平成10年）の大御本尊遷座に衝撃を受け、正本堂解体に賛意を示したが、会長の浅井は自派の寺院だった顕正寺の宗門への寄進、そしてその後の顕正会解散の約束を取り消して、「日顕上人の決定は一方的で独善的。未だに国立戒壇に対して怨嫉の心を持ち続けている」等と発言、国立戒壇への固執は改めず、暴力事件を伴う強引な勧誘で社会的批判を浴びる中、単立宗教法人として独自路線を歩んで現在に至る。
正本堂は、第66世日達が、「誰が見ても実に立派であり、日本の国はもちろん、世界各国からそれ相当に評価されておる次第でございます」（昭和47年10月28日、日達の寺族登山の砌の説法）と発言した通り、高度な建築技術が用いられた先進的な外見は、国内外の専門家や文化人から高い評価を受け、多くの賞を受賞した。一方、正本堂建立に際して、建物南側の照心庭の辺りに建てられていた経蔵（経蔵の前の広場では65世法主日淳以前の歴代法主の本葬が行われていた）が移転されてしまい、大町桂月が「大石寺を見ずして寺を語ることなかれ」とも好評のあった境内の美観が損なわれる格好になった。このため、正本堂を解体して奉安堂を建立する際には、和風建築にすると共に法祥園を整備するなど、境内全体を和風で調和させる様に意識している。
ニューヨークでタクシー運転手をするジェリー・フレッチャー（メル・ギブソン）。陽気だが変人の彼は、夜な夜な乗客たちに様々な都市伝説的な陰謀論を語り聞かせていた。だが彼は、タクシー運転手になる以前の記憶が無い。ただ一つの記憶は、司法省ニューヨーク局の連邦検事であるアリス・サットン（ジュリア・ロバーツ）をストーキングし、その安全を毎日確認しなければならないと言うこと。そして彼のもう一つの顔は、陰謀論に基づいた時事解説を載せる月刊ニュースレター「陰謀のセオリー」を個人で編集・発行しているということ。ある日、いつもようにアリスに会いに行き、彼女に陰謀論の話をするが、毎度の如く、体よく追い返されてしまう。その帰りに公用ナンバーの車を偶然見かけたジェリーは、その車を追尾する。だが、それが中央情報局（CIA）のものであることを突き止めた直後に拉致され、拷問を受ける。しかしそこで注射された自白剤により、彼の奥底に眠っていた暗殺術が目覚め、重傷を負いながらも脱出に成功する。しかし記憶は戻らない。彼はその足でアリスに会うため再び司法省ニューヨーク局に行くが、そこで錯乱してしまったため、逮捕され、病院に収容される。アリスはCIAの医師ジョナス（パトリック・スチュワート）に同行させられ、ジェリーを聴取するため病室に向かう。しかしアリスは、ジェリーが逮捕される前に言った拷問の加害者の特徴（ジェリーが抵抗して噛み付いた鼻の傷）がジョナスにあるのに気づき、ジョナスを警戒する。翌日、ジェリーの同室の患者（強盗殺人犯）がジェリーの代わりに毒殺されてしまう。ジェリーは機転を利かして病院から脱出。アリスの車に忍び込み、二人でジェリーのアパートに向かう。そこで秘めた想いを告白しようとするジェリーだが、そこもジョナス配下の工作員の襲撃を受ける。しかし襲撃に備えて部屋に仕掛けた発火装置と脱出口やトラップにより、二人は脱出する。そしてアリスは、ジェリーがただの変人ではないことを知る。だがその直後、アリスは彼のストーキング行為を知って激昂し、二人は別れてしまう。アリスはジェリーのニュースレターの読者を調べ始めるが、一人を除いて全員が不審な死を遂げていた。そして残る一人の住所に行ってみると、そこはジョナスのオフィスだった。そこで彼女はジョナスから驚くべき事実を聞かされる。「MKウルトラ計画」（CIAによる洗脳の研究）が実在し、ジェリーはその被験者として暗殺術の訓練を受けたこと、そして彼女が検事に任官して以来追い続けている、判事だった父の死の原因が彼であること。オフィスに戻ったアリスの元に、ジェリーからの誘い出しの手紙が来る。ジョナスはジェリーを確保するため、誘いに乗るよう要求する。アリスを連れ出したジェリーの車は、ジョナス配下の工作員の車とヘリコプターから執拗な追尾を受ける。しかしジェリーは、クイーンズボロ橋で巧みに車を乗り換えて追尾を切る。その目的は、失われた記憶を取り戻すため、最も古い記憶が残る場所、サットン判事が死んだ現場へ行くことだった。そこで彼の死の顛末を思い出そうとするジェリー。激昂するアリス。しかしジェリーは、サットン判事を守るためにここに来たこと、ジョナス配下の工作員が暗殺者であることを思い出す。そしてそこでサットン判事から刷り込まれた命令が、アリスを守ることであったのも。だが二人はジョナス配下の工作員に見つかり、ジェリーは拉致され、アリスは逃げる。生まれ育った土地で持ち前の俊足を生かし、土地鑑のない工作員たちを撒いてアリスは逃亡する。アリスはジェリーを救うことを決意し、同じくジョナスに協力させられていたFBI捜査官・ロウリー（キルク・カザート）の協力を仰ぐ。そしてジェリーが病院に監禁されていることを突き止める。病棟に突入するロウリー率いるFBI捜査官たち。ジョナス配下の工作員と銃撃戦になり、その場でジェリーはジョナスの凶弾に倒れる。アリスは父のみならずジェリーまでも自分から奪ったジョナスを、怒りを込めて拳銃の全弾を撃ち込み射殺する。しかしジェリーは生きていた。ジョナス配下の工作員グループが壊滅されアリスの安全が確保されるまで、FBIの計らいにより証人保護プログラムを使って死を偽装し隠れることになる。彼の願望「彼女を遠くから見守る守護天使になりたい」は、一連の事件前よりももっと完全な形で実現することになるのだった。