別の言い方をするならば、何らかの実際の現象や規則性に出会ったものの、その現象や規則性が出現する仕組みや機序が知られていないような場合に、それを説明するために、人が考え出した筋道や推論の前提のことである。何らかの現象（事実）を説明することが出来るように考えて作った命題は、命題それ自体は事実に合致していることがわかるまでは全く真偽不明なので、あくまで「仮の説」なのである。全称命題の形式で表された仮説は、実験・観察・調査などによって事実との合致を検証し続けられたり、その仮説によって別の新たな現象の予測にも成功するにつれて、しだいにより「正しい法則」（＝パラダイム）などと人々から認知されるようになってゆく。ただし、自然科学の領域においては、多くの検証を経て「真」として支持する人が多数派になった説が、後に反転して「偽」とされるようになってしまった事例（＝パラダイムシフト）も多々あるため、近年では「全ては仮説である」「科学の領域においては、あらゆる説明や法則を、あくまで仮説として扱うべきである」といった表現がされることがある。自然科学の場合、ある実際の現象について、あり得る説明が仮説である。まず仮説を立て、次に検証のための実験系を考え、その結果によって仮説の正否を検証することになる。あるいは実験ではなく観察あるいは調査によって検証を行う場合もある。実際にはひとつの方法で仮説が十分に検証できるとは限らないので、さまざまな実験や観察を繰り返して仮説の確かさを検証し、理論付けを行うことで科学は進んでいく。疑似科学追及を主題とした書籍などでは、ポパーが線引き問題の解決のために提案した反証可能性の概念をそのまま採用し、「反証可能な説明が"科学的仮説"であり、反証可能でないものは"疑似科学的仮説"あるいは"疑似科学的言説"である」といった主旨のことを述べているものもある。ただし、ポパーの提案の後には、実際には常に両者が簡単に区別できるというわけではない、といった指摘がしばしばなされている。自然科学においては、「法則」や「理論」と呼ばれているものも含めて、究極的にはすべて仮説である、とされる。たとえば物理学では電子の存在を証明できるかどうかは難しい問題である。物理学者はさまざまな実験を通じて電気現象の原因粒子として電子の存在を認め、さらにその利用技術をも発展させた。しかし、実は電子が存在せず、ただ今の物理学者が電子を使って説明している現象をまったく異なる様相で引き起こす別の何かが存在すると考えても、現象的には何も変わらない。したがって、明日にも誰かがその「別の何か」を発見し、それを支える理論を発表すれば、これまでの物理の教科書は過去の遺物になるであろう。実際、ニュートン力学は19世紀末までは揺るぎない存在であった。しかし相対性理論の登場によってその位置づけは変化し、相対性理論の枠組みの中での特殊な場合のひとつとなって納まっている。ひとつの現象に関してひとつの説明（仮説）で満足するのでなく、あえて意識的に複数の仮説あるいは対立仮説を持つようにすると、知らず知らずのうちに思い込みや固定観念に陥るような事態を防止することができるとか、思考の健全性を確保しやすい、といったことが指摘されることもある。
『古事記』によると、垂仁天皇の時、本牟智和気王（ほむちわけ の おおきみ）は母親の沙本毘売命の死のショックによるためか、成人しても長いこと言葉を発しなかった。ある時、船遊びをしている際に、空高く飛んでいる鵠（くぐい）の声を聞いて、顎を動かして片言を発した。父親である天皇は、山辺大鶙（やまのべ の おおたか）を遣して、紀伊国・播磨国・因幡国・丹波国・但馬国・近江国・美濃国・尾張国・信濃国まで鵠を追跡させ、越国の和那美之水門（わなみのみなと）に罠の網を張って捕獲させた。しかし、御子は物を言うことができなかった。その後、天皇の夢の中に出雲大神が出てきて、自分の神殿をつくるように促した。そこで、出雲大社に本牟智和気王を参拝させようということになり、隨行者として、占いで曙立王（あけたつ の おおきみ）に白羽の矢が当たった。曙立王は鷺・樫を再生させるといううけいを行い、天皇の夢が真実だということと分かった。天皇は曙立王と弟の菟上王（うなかみ の おおきみ）を御子に同伴させて出雲国まで派遣し、仮の神殿を建てさせた。出雲国造が青葉で飾った仮山を作り、肥河の川下で食事をしようとする際に、初めて御子は口を開き、仮山についての質問をした。このことがきっかけで、御子に因んで、鳥取部・鳥甘部・品遅部（ほむじべ)・大湯坐（おおゆえ）・若湯坐（わかゆえ）が定められた、とある。『日本書紀』によると、垂仁天皇の皇子、誉津別皇子（ほむつわけ の みこ）は成人して鬚が生えるまで何も言葉を発せず、児童のように泣いてばかりいた。ところがある時皇子は鵠を見初めて「これは何だ」という片言を発した。そこで天皇は、天湯河板挙（あめのゆかわたな）に出雲国（あるいは但馬国）まで追跡させてその鵠を捕獲した。その結果、誉津別皇子は言葉を話すことができるようになり、天湯河板挙は姓をいただいて「鳥取造」と名乗った。あわせて、鳥取部・鳥養部・誉津部（ほむつべ）が定められた、とある。「鳥養部」は「馬飼部」(うまかいべ)や「猪養部」(いかいべ)と同じく、顔に黥(めさき)（入れ墨）をされた賤民(せんみん)が担当し、差別を受けていたようである。雄略天皇の時、身狭村主青（むさ の すぐり あお）たちが献上した中国南朝舶来の鵞鳥を筑紫国まで運んだ際に、水間君（みぬま の きみ）、別伝では嶺県主泥麻呂（みね の あがたぬし ぬまろ）の犬により噛み殺され、犬の飼い主は慌てて「鴻」（白鳥）10羽と「養鳥人」（とりかいびと）を献上して免罪してもらった。天皇はその「養鳥人」を軽村・磐余村に安置させた、という。さらに、「鳥官」（とりつかさ）の捕獲・飼育してした禽（とり）が菟田の人のペットの犬に噛まれて死んだので、顔に入れ墨を入れて鳥養部にした。そのことを批判し、失言した宿直の信濃国・武蔵国から派遣された労役中の男子も同じ刑罰を受けて鳥養部にされた、とある。谷川健一は、金属精錬と鳥の伝承との間には深い関係があり、「誉津別命」という名前が火の中で生まれたことを意味しており、「湯坐」の語に「融解した金属の湯」の意味が隠されていると指摘した。天湯河板挙と少彦根命との関連性などもあげ、雷神である饒速日命（にぎはやひ の みこと）を祖神とする物部氏は鳥養部を管轄していたのではないか、と見ている。『日本書紀』には、用明天皇2年（587年）の物部守屋の乱の際に、物部氏の邸宅を防衛し、敗戦後に逃亡して、朝廷からの追手に抵抗した物部氏の資人（つかさびと）、捕鳥部万（ととりべ の よろず）のことが語られている。