その後Aは、不法留置と拷問を行った八丈島署、それを見過ごして予審請求を行った検事と起訴決定をした予審判事、有罪判決を下した一審・控訴審裁判所の違法行為と過失を訴え、534万円余りの国家賠償を求めて国を提訴した。これに対し被告となった国側は、八丈島署による2人の検束は行政執行法に基づく正当なものである、と訴えた。また、2人は検事と予審判事に対しても自白を維持していたのであり、その予審請求や起訴決定にも過失は存在しない、と反論した。そして、公判に提出されていた各証拠や拷問を否定するEの証言を勘案すれば、一審・控訴審裁判所にも経験則に照らして有罪判決を下したことに違法・過失はない、とした。法律論として原告側は、八丈島署から控訴審裁判所に至るまでの一連の不法行為は不可分なものであり、その途中（1947年10月27日）に施行された国家賠償法も全体に渡って適用される、とした。また、仮に一連の不法行為を別個のものと解釈するにせよ、国は民法第715条の定める使用者責任を免れ得ない。また、損害賠償請求権は原告に対する侵害がなくなった上告審判決日から進行するため、時効も成立しない。何よりも、基本的人権の尊重を謳うポツダム宣言の受諾を1945年（昭和20年）9月2日に宣示した「降伏文書調印に関する詔書」以来、国家無問責の原則はもはや存在し得ない、と主張した。対する国側は、八丈島署から控訴審裁判所までの公務員の行為はそれぞれ別個であり、国賠法施行以前の警官・検事・予審判事の行為に対しては賠償義務はない。また、時効は原告が加害者を認識した1946年7月8日から3年後に成立している。ポツダム宣言についても、その受諾から直ちに国内法に変化をきたし、公務員の違法行為について民法第715条が適用されるということもない、と反論した。
最高裁での無罪判決が確定したAとBは、それぞれ16万円の刑事補償を受け取った。しかし、判決までの10年以上の歳月の間に、泣き暮らしたAの母は目の手術を3回受け、姉は離婚を余儀なくされ、弟は発狂していた。一方、元警視庁警視の成智英雄は当時の捜査員について、渡部については「高潔な人格者で、自白を強いるような激しい性格の持主ではない。静かにじっくり物事を考えて、合理的に片ずけて〔ママ〕ゆくという気の長い地味な人柄」、Eについては「親切で思いやりがあって、多くの凶悪犯人に、親のように慕われていて、大きな声も出さないような稀にみる温厚な捜査官」と評し、彼らによる拷問の可能性を完全に否定している。成智は2人の逆転無罪に異を唱えるのみならず、八丈島署による2人の不法留置についても、1か所しかない東京地裁に都内90の警察署から毎日何百本もの令状請求をすることは事実上不可能である、とした。そして、行政執行法第1条のみによる不法留置は数十年の間慣行として全国で認められていた、としてこれを正当化し、もし2人と同様に新刑訴法施行以前の囚人・前科者全員に補償金を支払えば国家は破産してしまう、とも述べている。なお、事件後に渡部は本庁公安一課一係長（警視）に、Eは捜査一課主任（警部補）に栄転している（峰岸はその後退職）。
18世紀より福建の閩南人と広東の客家人移民が台北地区に入植し開発を進めた。清代当初の台北は朝廷による開発自体よりも移民勢力を中心に開発が進められ、移民による台北開発の時代であった。文化的に優位にあった漢人の進出によりケタガラン族は漢化が急速に進行し、20世紀初には民族としての独自性を喪失していた。台北で初めて本格的な開墾事業を行ったのは18世紀初の陳頼章墾号事業である。陳賴章は泉州出身であり、陳天章、陳逢春、頼永和、陳憲伯、戴天枢と共に1709年に共同して台北地区を開発すべく組織を結成し、「陳頼章」とはこれら組織に参加した人物の姓を合わせた呼称である。陳賴章墾号は台湾北部の大加蚋地区の開墾を申請し、艋舺、錫口、大龍峒、大稲埕などの現在の台北市中心部を開発の対象としていた。この開発事業により台北の歴史は一般に艋舺が発祥の地とされ、艋舺龍山寺、清水巌などの関市的建築物は泉州墾号とともに台湾にもたらされたものである。陳頼章墾号は18世紀初の台湾における最大規模の漢人入植事業であったと同時に、以降台北地区の平埔族へ移転・同化を求め、結果的に絶滅させることにつながっている。1723年、朱一貴による叛乱が収束したが、叛乱は台湾北部の平埔族に相当な影響を与え、漢人は清朝官員に所属し平埔族との衝突を備える防衛方針を採用した。台湾御史呉達礼は清朝に上奏し淡水庁を新たに設置、大甲渓以北を統治させるとし、台湾北部地区に初めて漢人による行政機構が設置されることとなった。しかし当時の台北地区は平埔族が居住する「蕃境」であり、無用な衝突を回避するために清朝は大陸からの漢人移民を厳しく禁じた。それにもかかわらず台北地区の広大な平野部を開墾しようとする漢人の移入は続き、この禁令は早くも実効力を失っていた。1729年、広東客家人の簡岳一族が拳山（現在の中正区公館及び文山区）に進出し開墾に着手、現地の平埔族との紛争を引き起こし、漢人側に数百名の犠牲者を出した。この事件に拠り清朝は再度台北を蕃界とし入植を禁止すると共に平埔族と漢人との間に境界を設け、それを越えて開墾、狩猟、交易を行うことを禁止している。1731年には淡水庁は漢人入植者の管理のために八里に巡検司を設置した。その行政範囲は干豆門（現在の関渡）、北投、南港に相当する。1740年、泉州人の入植に続き福建漳州からの移民が退去して台湾に移住した。その代表的な人物が郭錫瑠であり、その指導の下、漳州人は松山一帯に進出、更に新店青潭渓より灌漑設備を整備し景美、公館から松山に至る用水路・瑠公圳の開鑿を進め、瑠公圳の完成により漳州人の開墾は急成長した。また1741年には何士蘭による内湖、士林開発、1742年から1749年にかけての泉州人による木柵、客家人的による拳山開発なども盛んに行われ、漢人勢力の成長とともに平埔族との衝突事件も減少し、また漢人と平埔族の間の通婚が進んだ。このような漢化が進行する状況下、1765年には理番同知が設置され。平埔族の漢化政策が推進され、漢化された熟蕃平埔族は93社、帰順した生番は二百数十社にも及んだ。