枯死した切り株を菌床として直接種菌を接種する方法で、既に雑菌が取り付き変色した切り株は利用しない。長木栽培と同じく山間部での栽培に適し、発生させるキノコが生育する条件を満たした環境であることが必須条件となる。ほとんどの広葉樹が利用でき、栽培可能な菌種も幅広く、キノコ発生の成功率は約60%程度。条件が良ければナメコなどでは 3～7年程度の収穫も行える。直径30cm以上の切り株は長期間の発生が期待できる。「伏せ込み」作業を省くこともできる。
子実体は、原木に十分に菌糸が蔓延し適した温湿度条件が続くと発生する。通常は、種付けの翌年秋から発生するが、キノコ(菌種)と樹種を選ぶ事で翌年春の発生も可能で、菌が回りやすい柔らかいクルミなどを原木に使用すれば、翌年の春にキノコが発生し収穫可能になる。しかし、柔らかい木は分解も早く3年以上の継続発生は難しい。コナラ、クヌギなどを原木とした場合、3～7年程度継続し収穫できる。シイタケは刺激を与えることで年間 3～4回の発生をさせることができるが、ほとんどのキノコでは、1年に1回の収穫となる。キクラゲは樹種を選ばず栽培が容易。収穫量は発生初年度よりも2～5年後(種付け後3～5)位が一番多くなる。
種菌には、目的のキノコの菌糸体をオガクズや原木に蔓延させた物を使用する。オガクズを使用する物は「オガ菌」とも呼ばれ、ペースト状の物(オガ菌床)を切断面に塗りつける方法と、圧縮成形しペレット状(15φ*20mm程度)にした物などを利用する。原木に蔓延させた物は「駒木」とも呼ばれ、楔状に切断加工されている。「短木栽培」ではオガ菌床を塗りつけることが多い。「伐根栽培」「長木栽培」「普通原木栽培」では駒木を利用することが多く、ドリルで一定の間隔で木に穴を開け、穴が乾く前に駒打ち(駒木を穴に打ち込む)する。種菌の接種量を多くすると菌糸体の蔓延が早くなり、子実体発生までの期間を短くすることが出来る。
2015年、昨オフに捕手から一塁手に配置転換され、開幕から一塁手として出場したが、相川亮二が離脱したこともあり、急遽4月3日の阪神戦で捕手に復帰した。これを記念し4月15日に、「I'm back! Tシャツ」が発売された。4月18日、右太腿裏の肉離れで登録抹消された。7月1日の広島戦で通算350本塁打を達成した。自主トレからハイペースで猛練習した影響で、開幕前に疲労が蓄積した。幾度も離脱し、111試合の出場で打率.242、15本塁打、47打点の成績に終わった。CSのファイナルシリーズでは打率.688を記録。年俸は選手の減額制限である40%近くの36%（1億8400万円）ダウンを受け入れ、3億2600万円（推定）でサインした。巨人としては球団史上では金額面で過去2番目、12球団でも4番目となる下げ幅だった。2016年、高橋由伸監督の方針で再び捕手登録に戻ったが、オープン戦で肩に違和感を覚えて登録抹消され、開幕二軍で迎えた。5月31日のオリックス戦で一軍復帰し、本塁打を放った。さらに、7月8日のDeNA戦から8月10日のDeNA戦まで23試合連続安打を記録し、自己最長連続安打となった。最終的に91試合の出場で規定打席には到達できなかったが、打率.310、12本塁打、52打点を記録し、4番として随所で活躍を見せた。一塁手または指名打者としての出場となり、プロ入り後、初めて捕手での出場が0のシーズンとなった。年俸は6600万円ダウンの2億6000万円（推定）となった。2017年、再び内野手登録となった。3月31日の中日との開幕戦で大野雄大から本塁打を放ち、自身初のシーズン初打席での本塁打を記録し、4月1日の中日戦でも田島慎二から逆転サヨナラ3ランを放った。6月18日のロッテ戦で佐々木千隼から本塁打を放ち、通算382本塁打として元監督の原辰徳に並んだ。さらに第2打席で2打席連続本塁打を記録して通算383本塁打となり、原を抜いて球団歴代単独3位となった。8月13日の広島戦で今村猛から安打を放ち、NPB史上49人目の通算2000本安打を達成した。巨人の生え抜きでは1980年の柴田勲以来37年ぶり5人目、また21世紀以降のドラフト指名選手では初の快挙であった。巨人の背番号10を付けた選手では、2000本安打達成者が3人（阿部の前の達成者は、張本勲と駒田徳広）も輩出されることとなった。3年ぶり、内野手登録となってからは初めて規定打席に到達し、打率は.262と振るわなかったものの、17年連続2桁本塁打となる15本塁打・76打点を記録した。2018年、岡本和真の飛躍によりレギュラーを奪われ、怪我以外の理由では初めて開幕スタメンを外れた。その後は主に代打での出場が続いたが出場機会に恵まれず、初安打は4月29日と遅れた。それでも随所での活躍が光り、10月1日のヤクルト戦では10本塁打を放った。これで入団1年目から18年連続での2桁本塁打となり、清原和博、張本勲に次ぎ歴代3位となった。岡本の台頭でスタメン出場は少なかったものの、一年通して大きな怪我もなく、一度も登録抹消されずに終えた。