米軍海兵隊のグアム移転経費の日本側負担額について、アメリカは2006年に合意した28億ドルの1.5倍にあたる42億ドルを要求。また、アメリカが負担することで合意していた米軍関連施設の一部の建設費約820億円を日本が負担するよう要求している。移転経費について日本側は、移転する海兵隊が8千人から4千人に半減することから難色を示していたが、2012年4月に両政府は条件付きながら28億ドルとすることで合意した。
福田康夫総理大臣はアメリカ政府から、サブプライム住宅ローン危機による資金不足に対応するため、日本がアメリカのために100兆円規模の資金を拠出するように要求されていたが、理不尽な要求として拒否した。
ジャーナリストの手嶋龍一は麻生太郎元首相との対談の中で、ブッシュ政権が日本の常任理事国入りを可能にする案を提示しなかったため、事実上これによって日本の常任理事国入りは潰されたと述べた。一方で国際問題評論家の古森義久は、アメリカは日本一国だけの常任理事国入りを支持していたが日本に加えドイツ、ブラジル、インドも常任理事国入りするG4案は安保理全体の大幅拡大が前提となるため、これに否定的なアメリカが反対したのは明白だったはずで、この小泉内閣の誤算がアメリカの支援を失ったと指摘している。
冷戦が終結した現在も日米関係は国際政治や経済活動において米国の強い主導化のもとに、両国間の貿易や投資活動はその規模の大きさから両国経済だけでなく世界経済に大きな影響力を持つ。2006年10月に発生した北朝鮮の核実験における対応や、同国による日本人拉致事件でもある程度共同歩調をとっているが、アメリカの北朝鮮への援助が北朝鮮の核保有後も繰り返されている。2007年7月30日、アメリカ合衆国議会は、日本政府によって慰安婦にされたとする者への謝罪や歴史的責任などを要求するとしたアメリカ合衆国下院121号決議を出している。日本は韓国や中国に対する賠償問題は全て解決済みとの立場であり、応じていない。
19世紀半ば、清朝が衰退し、イギリスをはじめとする西洋諸国によって半植民地の状態におかれた中国では、安定した生活を求め海外に移住する者（華僑）が出始めた。ちょうどこの頃、1848年1月24日に当時はまだメキシコの一部であったカリフォルニア州で金鉱山が発見されゴールドラッシュに沸きかえっていた（カリフォルニア・ゴールドラッシュ）。ゴールドラッシュによる好景気の影響もあって西部開拓が推し進められ、大陸横断鉄道の敷設が進められた。金鉱の鉱夫や鉄道工事の工夫として多くの中国人労働者が受け入れられた（苦力）。1860年代よりカリフォルニアの白人労働者の間で反中国人苦力感情が高まっており、1869年には中国人を雇用する企業に対して「アングロサクソン保護委員会」と称する組織が脅迫状を送っている。低賃金労働を厭わずに白人労働者と競争していた中国人労働者への反発から、1882年に中国人排斥法が制定された。この1882年の中国人排斥法の成立はドイツとオーストリアの反ユダヤ主義者に思想的影響を与え、『新ドイツ民族新聞（Neue Deutsche Volkszeitung）』やオーストリアの政治家、カール・ボイルレはユダヤ人を「ヨーロッパの中国人」と呼んで攻撃する立場からこの法律に賛同する声明を発表している。同じ差別を受ける者として中国人に擁護的であったユダヤ人作家であるマーク・トゥエインですら、1905年には『黄色い恐怖の物語』を執筆している。少し遅れて19世紀後半に日本人がハワイに移住を始める。1898年にハワイが米国に併合され、また、カリフォルニア開発の進展などにより農場労働者が必要になると、日系移民のアメリカ合衆国本土への移転が増加する。祖国では困窮しきっていた彼らは新天地での仕事に低賃金でも文句を言わず良く働いた。そのためイタリア系やアイルランド系（いずれも熱心なカトリック教徒）などの白人社会では、下層を占めていた人々の雇用を中国人移民や日本人移民などの黄色人種が奪うようになった。それが社会問題化し、黄禍論が唱えられるようになった。1880年代より北アメリカ本土のカリフォルニアに移住した日本人移民は1900年代初頭に急増し、急増に伴って中国人が排斥されたのと同様の理由で現地社会から排斥されるようになり、1905年5月には日本人・韓国人排斥連盟が結成された。1906年4月のサンフランシスコ地震の後に悪化したカリフォルニアの対日感情のもつれは、1907年に日米当局による日本人移民の制限という形で政治決着した。この事件を契機に、アメリカ合衆国では「黄禍」は「日禍」として捉えられるようになった。その後もアメリカ合衆国の対日感情は強硬であり、第一次世界大戦後の1924年7月1日に排日移民法が制定された。1909年にはホーマー・リー（英語: Homer Lea）が『無智の勇気』（The Valor of Ignorance）を発表している。1980年代より日米貿易摩擦の激化に伴ってジャパンバッシングが起き、中国人移民であるビンセント・チンが白人に同じ黄色人種の日本人と間違えられて殺害され、加害者は懲役の執行猶予で服役することはなかった刑の軽さと（見当違いの）人種差別による殺人が大きな社会問題となってアジア系アメリカ人が権利を主張する契機となった。2019年に米中貿易戦争で米中の貿易摩擦の激化を受け、中長期的なアメリカの外交戦略を担うアメリカ国務省政策企画本部が米中の対立を東西冷戦と異なる白人（コーカサス人種、Caucasian）文明と中国文明の対立と位置付けることを表明した際は文明の衝突や人種の優位性を説いたことに対して中華人民共和国政府は反発した。