華やかなバスケット生活から一転、絶望的な状況に追いやられたストークスに手を差し伸べたのが、少年時代からの友人であるジャック・トゥィマンだった。病室の外で、未だ昏睡から目覚めない息子とこれからの生活を想って涙する母親を見て、トゥイマンはストークスの保護者となることを決意。彼は合法的にストークスの保護者になれるよう、知人の判事に依頼し、それまでのストークスの医療費もトゥィマンが支払った。トゥイマンがストークスとその家族に援助の手を差し伸べている間に、ようやくストークスが昏睡から目覚めたが、半身不随となっており、その後の検査で外傷後脳症であることが判明した。暫くは言葉を発することもできなかったが、トゥィマンとは瞬きによってコミュニケーションがとれていたという。その後ストークスは通常の生活を取り戻すために、熱心にリハビリに取り組み、周囲も驚くほどの回復を見せるようになった。一方その後のロイヤルズはストークスに対する仕打ち（飛行機をデトロイトに引き返させなかったことや、契約を解消したこと）に対し不信感を抱き、多くの中心選手がチームを去ってしまい、残ったのはトゥィマンだけとなった。そのトゥィマンはチームのエースとして活躍し、チーム1の年2万ドルのサラリーを得ていたが、それでもストークスの医療費を払うには足りなかったため、トゥィマンは昼夜を問わずに働き続けた。1958年からは寄付金を募るためのチャリティーゲームを1年ごとに開催し、ビル・ラッセルやウィルト・チェンバレン、ジェリー・ウェスト、カリーム・アブドゥル＝ジャバー、ジュリアス・アービングなどの大物選手も参加している。"モーリス・ストークス・ゲーム"と銘打たれたこの大会は現在まで続けられており、貧困に苦しむ元NBA選手のためのチャリティーゲームとなっている。黒人のストークスと白人のトゥィマンの関係は、人種の壁を越えた美談としてマスコミによって伝えられ、各地から寄付金が寄せられることもあった。
ストークスは1955年のNBAドラフトでロチェスター・ロイヤルズから全体2位指名を受けてNBA入りを果たした。彼にNBA入りを決意させたのは、高校時代の友人であるフレミングやトゥィマンも同じ年にロイヤルズから指名を受けたという偶然からだった。また貧しい少年時代を過ごし、バスケによって貧困から脱出することを夢見ていた彼にとってNBA入りは一つの到達点であり、彼はロイヤルズから2シーズン25,000ドルという契約を勝ち取った。ストークスのNBAデビューは32得点20リバウンド8アシストという衝撃的なものだった。彼はルーキーイヤーから前評判以上の活躍を見せるが、同時に黒人に対する差別との戦いも始まり、ストークスはデビュー戦で顔を蹴られるという仕打ちを受け、その後も試合中に不当なラフプレイを幾度となく受けた。しかしストークスは体を張ってプレイし続け、このシーズンは16.8得点（リーグ10位）16.3リバウンド（リーグ1位）4.9アシスト（リーグ4位）を記録し、見事に新人王とオールNBA2ndチームに輝いた。当時低迷期に入っていたロイヤルズもストークスにトゥイマン、フレミングの3人が脅威の新人として注目を集め、将来を嘱望されるチームとなった。2年目の1956-57シーズンには15.6得点17.4リバウンド（リーグ2位）4.6アシスト（リーグ3位）、通算1256リバウンドを記録し、リバウンド王に輝く（当時のスタッツリーダーは平均ではなく、通算で決められていた）。ロイヤルズがシンシナティに本拠地を移転した1957-58シーズンにはキャリアハイとなる16.9得点18.1リバウンド（リーグ2位）6.4アシスト（リーグ3位）を記録し、チームも3年ぶりのプレーオフ進出が決定するなど、ストークスは最高のシーズンを過ごしていた。しかしレギュラーシーズン最終戦、すでに消化試合の一つであったミネアポリス・レイカーズとの試合で、ストークスを悲劇が襲った。
コリンスの包囲戦で北軍が勝利した結果、メンフィスと南軍の東部とを繋ぐ鉄道が遮断され、メンフィス市の戦略的重要度は著しく下がった。そのため、6月初めにはメンフィスとその近くの砦を南軍は放棄した。守備隊の大半はビックスバーグなど他所の部隊に合流するために送られてしまい、わずかな後衛部隊だけが抵抗の印として残置された。川防衛戦隊もビックスバーグまで後退することになっていたが、メンフィスでは十分な石炭を得られなかった。6月6日に北軍の戦隊が現れたとき、モンゴメリーと船長達は逃げることもできず、戦うか船を沈めるかの決断を迫られた。彼らは戦うことを選び、早朝に出港して前進してくる戦隊とその背後に付いてくる衝角艦に向かった。戦闘は長射程の砲撃の応酬から開始され、北軍の砲艦は川を横切るように戦列を布き、船尾の大砲を向かってくる綿装甲艦に向けて発砲した。4隻の衝角艦のうち2隻は砲艦の戦列より前に出て敵船に衝角攻撃を行うか他の方法で進路を妨害した。他の衝角艦は命令を誤解しており、全く戦闘に加わらなかった。北軍の衝角艦と砲艦はその動きを協調させてはおらず、南軍の艦艇は独立して操船していたので、戦闘は間もなく乱戦になった。北軍衝角艦の旗艦クィーン・オブ・ザ・ウェストが真っ先に南軍カーネル・ラベルの衝角攻撃で損害を受けた。クィーン・オブ・ザ・ウェストはさらに1隻以上の綿装甲艦によって次々と衝角攻撃を受けた。エレト大佐がこの時拳銃で撃たれて膝を負傷し、これが北軍側では唯一の人的損失になった（病院に収容されたエレトは麻疹に感染した。この子どもの病気は戦争中に約5,000名の兵士の命を奪っていた。この病気と傷による衰弱が重なり、容態は深刻な状況になり、エレトは6月21日に死んだ）。この後の戦闘の経過は、硝煙のために曖昧である。目撃者の証言もあるが、通常よりかなり矛盾が多い。確かなことは、戦闘が終わった時に1隻を除いて全て綿装甲艦が破壊されるか捕獲されており、北軍はクィーン・オブ・ザ・ウェスト1隻だけが航行不能になっていた。南軍では、唯一ジェネラル・アール・ヴァン・ドーンだけが逃亡し、ビックスバーグの直ぐ北にあるヤズー川の防御地点まで逃げた。南軍の人的損失は信憑性のある推計ができていない。