8月17日、頼朝軍は伊豆国目代山木兼隆を襲撃して討ち取った。この襲撃は時政の館が拠点となり、山木館襲撃には時政自身も加わっていた。この襲撃の後頼朝は伊豆国国衙を掌握した。その後、頼朝は三浦氏との合流を図り、8月20日、伊豆を出て土肥実平の所領の相模国土肥郷（神奈川県湯河原町）まで進出した。北条時政父子もほかの伊豆国武士らと共に頼朝に従軍した。しかしその前に平氏方の大庭景親ら3000余騎が立ち塞がった。23日、景親は夜戦を仕掛け、頼朝軍は大敗して四散した（石橋山の戦い）。この時、時政の嫡男・宗時が大庭方の伊東祐親の軍勢に囲まれて討ち死にしている。頼朝、実平らは箱根権現社別当行実に匿われた後に箱根山から真鶴半島へ逃れ、28日、真鶴岬（神奈川県真鶴町）から出航して安房国に脱出した。時政はそこまでの途中経過は文献によって異なるが、頼朝とは一旦離れ、甲斐国に赴き同地で挙兵した武田信義ら甲斐源氏と合流することになった。10月13日、甲斐源氏は時政と共に駿河に進攻し(鉢田の戦い)、房総・武蔵を制圧して勢力を盛り返した頼朝軍も黄瀬川に到達した。頼朝と甲斐源氏の大軍を見た平氏軍からは脱落者が相次ぎ、目立った交戦もないまま平氏軍は敗走することとなった（富士川の戦い）。その後、佐竹氏征伐を経て鎌倉に戻った頼朝は、12月12日、新造の大倉亭に移徙の儀を行い、時政も他の御家人と共に列している。
平治の乱で敗死した源義朝の嫡男・頼朝が伊豆国へ配流された事によりその監視役となる。妻・牧の方の実家は平頼盛の家人として駿河国大岡牧を知行していた。やがて頼朝と娘の政子が恋仲となった。当初この交際に反対していた時政であったが、結局二人の婚姻を認めることとなり、その結果頼朝の後援者となる。治承4年（1180年）4月27日、平氏打倒を促す以仁王の令旨が伊豆の頼朝に届くが、頼朝は動かずしばらく事態を静観していた。しかし源頼政の敗死に伴い、伊豆の知行国主が平時忠に交代すると、伊豆国衙の実権は伊東氏が掌握して工藤氏や北条氏を圧迫した。さらに流刑者として伊豆に滞在していた時忠の元側近山木兼隆が伊豆国目代となり、また頼政の孫・有綱は伊豆にいたが、この追捕のために大庭景親が本領に下向するなど、平氏方の追及の手が東国にも伸びてきた。自身が危機の中にあることを悟った頼朝は挙兵を決意し、安達盛長を使者として義朝の時代から縁故のある坂東の各豪族に協力を呼びかけた。時政は頼朝と挙兵の計画を練り、山木兼隆を攻撃目標に定めた。挙兵を前に、頼朝は工藤茂光、土肥実平、岡崎義実、天野遠景、佐々木盛綱、加藤景廉らを一人ずつ私室に呼び、それぞれと密談を行い「未だ口外せざるといえども、ひとえに汝を頼むによって話す」と言い、彼らに自分だけが特に頼りにされていると思わせ奮起させたが、「真実の密事」については時政のみが知っていたという（『吾妻鏡』治承4年8月6日条）。
大化の改新以後、唐の影響を受けた様々な制度・行事・儀礼が行われるようになり、その際の様々な礼儀作法が定められるようになった。本来の儀式はこうした礼儀作法を指す。『続日本紀』によれば、文武天皇2年（698年）に朝儀の礼、天平20年（748年）に釋奠の礼を定めたことが記されている。その一方で新しい儀式の増加に対応するためにそれらの規定を集成・整備する動きも現れた。その結果、生み出された儀式の集大成が「儀式」である。「儀式」のモデルになったのは、唐における礼制の集大成である礼書であったと考えられているが、日本の「儀式」は律令格式と重複する部分を削り、法令で定めるのには不適切な純粋な礼儀作法の記述に特化している。逆に弘仁式や延喜式には序文において、儀礼については省略したことを明記している。一方、貞観式では序文（現在は『類聚国史』所収）に式とは別に儀式次第を作成することが明記されており、「貞観儀式」（もしくは単に「“儀式”」）がそれにあたると考えられている。その一方で、格式編纂時には同時に交替式と「儀式」が編纂されたと信じられ、古くは「弘仁儀式」・「貞観儀式」・「延喜儀式」からなる三代儀式が存在したと信じられていた。だが、弘仁年間に編纂されたのは、「内裏式」及び「内裏儀式」であり、「弘仁儀式」という題名の儀式は存在しなかったとされている。一方、「延喜儀式」についても逸文とされるものは残されているものの、それらが実際の宮中行事に活用されたという当時の記録は無く、未完成あるいは後世の仮託とする見解もある。従って確実に存在したと言えるのは「貞観儀式」のみであるが、その題名について単に「“儀式”」であるとする異説もあり、実際に「貞観儀式」という名称が用いられていたかは不明である。ただし、これらの指摘は三代格式と対となる三代儀式の編纂あるいは存在が否定されたに過ぎず、格式の編纂も「儀式」の編纂もともに律令法の補完を目的として行われた事業であることから、格式の編纂と単独事業として行われた内裏式や貞観儀式の編纂との間には、何らかの関連性があったと考えられている。実際に効力を持っていたと考えられている「儀式」としては、弘仁11年（820年）に嵯峨天皇に完成が上奏された「内裏式」とほぼ相前後して編纂された「内裏儀式」（前後関係については不明）があり、続いて貞観年間に編纂された「貞観儀式」（「“儀式”」）、村上天皇の頃に作成された「新儀式」が知られている。また、平安時代中期以後には『西宮記』・『北山抄』のような私撰の儀式も作成されるようになった。