1943年8月、それまでも実権を奪われていた保護領総督フォン・ノイラートは正式に罷免され、同時に、病を得ていたダリューゲも保護領副総督を含む全官位を辞した。新総督としては前内務大臣のヴィルヘルム・フリックが就任したものの、これは前内相というフリックの地位から見ると事実上の左遷人事であり、彼も保護領の実権を握ることはできなかった。同年8月20日、フランクはヒトラー内閣に新設されたベーメン・メーレン保護領担当国務相（大臣待遇）に就任し、同保護領の実権をほぼ一人で掌握するにいたった。10月28日にベーメン・メーレン保護領のドイツ赤十字指導者となる。1944年2月25日よりズデーテンラントの親衛隊及び警察高級指導者となる。大戦末期におこったプラハ暴動の際にもフランクは残虐な鎮圧を行い、ラジオでは「暴動を起こした者は血の海のなかでおぼれ死ぬこととなる」などと述べている。さらにそのあと連合軍が本格的に接近してきたのを知った人々が、それを歓迎しようと続々と通りに出てくるとフランクはドイツ軍と警察の部隊に発砲を命じ、多くのチェコ人を虐殺した。
1939年4月28日にドイツに併合されたチェコ（ベーメン・メーレン保護領）の親衛隊及び警察高級指導者となり、30日にベーメン・メーレン保護領総督付次官に任じられ、ユダヤ人や反体制分子の迫害にあたった。同地の総督ははじめコンスタンティン・フォン・ノイラート男爵であり、フランクは4月に代理となっている。だがノイラートはチェコ人に宥和的にすぎ、フランクはチェコ人から憎悪の対象となっていたため、1941年9月にラインハルト・ハイドリヒが副総督に任命され、同地の実権も彼に移された。フランクはハイドリヒのポジションを狙っていたため、はじめはハイドリヒと対立することがあったが、すぐにハイドリヒにすり寄るようになり、副官として常に傍らに控えるようになった。そんななかの1942年5月27日にハイドリヒが在英チェコ亡命政府の暗殺部隊に襲撃されて病院へ搬送される事件があった。フランクはハイドリヒの副総督職を臨時に代行し、ただちにチェコ全土に戒厳令を敷き、ハイドリヒが死亡するまでだけでチェコ人157人が銃殺されている。ハイドリヒが死ぬと再度この地の実権を狙ったが、ヒトラーとヒムラーは、ハイドリヒの後任としては秩序警察長官のクルト・ダリューゲを選んだ。新副総督のダリューゲとフランクは、総統命令に基づき、チェコ人に大々的な報復を開始。9月1日までに3188人のチェコ人が拘束され、うち1357人が即決裁判の末に処刑された。特にリディツェ村が徹底的に破壊された。
1938年10月にズデーテン地方がドイツに割譲されるとヒトラーからズデーテンの国家弁務官や大管区指導者に任じられたコンラート・ヘンラインの代理に任じられた。11月1日にはSdPから国家社会主義ドイツ労働者党（ナチ党）へ移籍し（党員番号6,600,002）、同日、ハインリヒ・ヒムラーに招かれて親衛隊（SS）に入隊し（隊員番号310,466）、親衛隊少将の階級が与えられた。1938年12月4日にはズデーテン選出のドイツ国会議員となった。
第一次世界大戦後、故郷カールスバートはチェコスロバキアの一部としてオーストリアから独立した。フランクは、1918年から1921年までWitkowitzで公務員として働いた後、本屋で働き、1932年からは独立してカールスバートで本屋を経営するようになった。様々なドイツ系右翼団体に所属して政治活動を行った。1933年10月1日にはコンラート・ヘンラインのズデーテン・ドイツ郷土戦線（Sudetendeutsche Heimatfront、略称SdH）の立ち上げに参加。カールスバートでSdHの準軍事組織の創設にあたった。1935年4月19日にズデーテン・ドイツ郷土戦線がズデーテン・ドイツ人党（Sudetendeutsche Partei、略称SdP）となり、フランクは初期メンバーとして入党（党員番号18）。同党の宣伝・プロパガンダ部門の部長となった。1935年5月19日に行われたチェコスロヴァキア議会議員の選挙ではカールスバートの選挙区からSdPの候補として出馬し当選を果たす。1935年12月にはSdP党首代理（党首はコンラート・ヘンライン）、党中央政治局局長に就任。当初ズデーテンのチェコスロヴァキア残留の立場にあった党首ヘンラインに対してズデーテンラントのドイツ編入の立場に変更させた。
空軍では1935年の創設時から事務員、電話交換手、炊事担当などの分野で女性補助員たちが勤務していた。大戦がはじまると女性補助員の数が急増し、対空監視、防空警報、高射砲など戦闘に関連する分野にも女性が進出していった。空軍女性補助員は黒いネクタイを付けたライトブルーのブラウスの上にブルーグレー色のウール製ブレザーを着用した。ブレザーの前ボタンは3つ、胸ポケットはないが、腰に切り込みポケットが二つ付いている。ブレザーの右胸には空軍鷲章が入っていた。夏には半袖の白ブラウスもよく着用された。スカートは上着と同じブルーグレー色でプリーツがはいっていた。スカートにも切り込みポケットが二つ付いている。帽子は男性軍人の空軍略帽と同じ物をかぶった。男性軍人の略帽と違う点は円形章が付いていない点のみである。1943年に男性軍人に規格帽が支給されるようになると空軍女性補助員にも同じものが支給されるようになった。男性軍人の規格帽は前部のボタンが1つの物と2つの物があるが、女性補助員に支給された規格帽は例外なくボタンが1つだけだった。円形章も無い場合が多かった。オーバーコートも支給された。男性軍人用のオーバーコートとほぼ同じだが、それより少しだけ丈が短く、膝下丈だった。作業用スモックも支給された。ブルーグレーかグレーブラウンの木綿製で、前ボタンが4つから6つあり、背中にはハーフベルトが付いていた。白の襟ライナーを取り付ける者が多かった。作業スモックには空軍鷲章は付けない規定だった。