朝廷の財政は逼迫し、権威も地に落ちかけていた。永禄11年（1568年）、織田信長は、正親町天皇を保護するという大義名分により、京都を制圧した。この上洛によって、皇室の危機的状況に変化が訪れていた。信長は、逼迫していた朝廷の財政を様々な政策や自身の援助により回復させた。一方で、天皇の権威を用い、信長の敵対勢力に対する度重なる講和の勅命を実現させた。元亀元年（1570年）の朝倉義景・浅井長政との戦い、天正元年（1573年）の足利義昭との戦い、天正8年（1580年）の石山本願寺との戦いにおける講和は、いずれも正親町天皇の勅命によるものである（ただし、本願寺との和議は本願寺側からの依頼という説もある）。その間の天正2年（1574年）には、信長に蘭奢待の切り取りを許可し、天正5年（1577年）には信長の生前の極官となる右大臣を宣下した。イエズス会の宣教師は、日本には正親町天皇と織田信長の2人の統治者がいると報告書に記述した。フランシスコ・ザビエルの後任である布教責任者のコスメ・デ・トーレスは、1570年（元亀元年）に、日本の権権分離を以下のように報告している。日本の世俗国家は、ふたつの権威、すなわちふたりの貴人首長によって分かたれている。ひとりは栄誉の授与にあたり、他は権威・行政・司法に関与する。どちらの貴人も〈みやこ〉に住んでいる。栄誉に関わる貴人は〈おう〉と呼ばれ、その職は世襲である。民びとは彼を偶像のひとつとしてあがめ、崇拝の対象としている。豊臣氏へ政権が移った後も、豊臣秀吉は御料地や黄金を献上し、正親町天皇を政権の後ろ楯とした。当時、秀吉は中国・朝鮮や東南アジアへの進出という壮大な野望を抱いていた（文禄の役）。明を征服した暁には「叡慮」を明に移し、その後の「日本帝位の儀」をはじめとした朝廷人事についても構想していたとされる。この計画は朝鮮出兵での失敗によって頓挫したものの、その後も皇室と織豊政権の相互関係は続き、結果的に皇室の権威は高まった。天正14年（1586年）、孫の和仁（かずひと）親王（後陽成天皇）に譲位して仙洞御所に隠退した。文禄2年（1593年）1月5日に崩御した。享年77。
1797年から1803年までが、「ポーランド軍団」の主な活動時期とみなされている。これ以降、フランス軍やナポリ軍にとどまりイタリアで戦った者も一部にはいたが、大部分の古参兵は1807年にワルシャワ公国軍に参加した。1807年2月、イタリアのフランス陣営に残っていたポーランド歩兵・騎兵はシュレージエンのヴロツワフ付近でポーランド・イタリア軍団 (PolaccoItalienne)に再編された。この軍団には、最近解放された旧ポーランド領,編成された2個歩兵連隊が新たに参加した。1808年2月21日、ポーランド・イタリア軍団はフランスへ呼び戻され、他のフランス部隊にいたポーランド人を吸収したうえでフランス軍に統合された。3月31日、この軍団は正式にヴィスワ軍団 (Légion de la Vistule, Legia Nadwiślańska)と名付けられた。1808年半ばまでに、ヴィスワ軍団は6000人規模になった。ヴァグラムの戦い (1809年7月5–6日)でオーストリアを屈服させたナポレオンは、捕虜としたポーランド人を用いて第2ヴィスワ軍団を創設しようとしたが、思うように志願者が増えず、結局フランス軍への参加を決めた者は1810年に本来のヴィスワ軍団に編入された。スペインでの半島戦争 (1809年–1814年)に参加したヴィスワ軍団は、サラゴサ包囲戦で勇名をはせた。フエンヒローラの戦いでは、わずか400人のポーランド部隊が10倍近くのイギリス・スペイン連合軍を破り、敵の指揮官アンドリュー・ブレイニーを捕虜とする大戦果を挙げた。他にも、皇帝近衛部隊やシェヴォー・レジ連隊のポーランド人部隊が1808年のソモシエラの戦いに参加している。ヴィスワ・ウーランとして知られるポーランド人槍軽騎兵隊もスペインで戦った。1811年のアルブエラの戦いでは、彼らはイギリス軍の歩兵旅団を壊滅させた。これに衝撃を受けたイギリスは、ポーランド人にならった軍服や装備をもった独自の槍騎兵隊を創設した。1812年、ナポレオンのロシア遠征の際に、ポーランド人やリトアニア人もポーランド・リトアニア共和国の復活を夢見て大陸軍に入り参加した。1812年初頭にスペインから撤収したヴィスワ軍団は1個師団（定数10,500人、ただし実際にこの数を満たすことはなかった）に再編され、ナポレオン軍に加わった。ポーランド人兵全体でみると、約60万人のフランス大陸軍のうち98,000人を占める彼らは、外国人部隊としては最大勢力となっていた。ヴィスワ軍団のウーランは、先鋒の近衛隊として大陸軍の中でも最初にネマン川を越えロシア領内に侵入し、最初にモスクワに入城した。ボロジノの戦いでは、ポニャトフスキが個人的にナポレオンの命を救う功を建て、ポーランド兵もフランス軍の勝利に貢献した。その後、フランス軍が撤退に転じると、ポーランド部隊は最後尾で殿を務めさせられた。それゆえ、後世ではポーランド部隊が「最初にロシアに入り、最後にロシアを離れた」と評されている。この戦役の間に、ポーランド部隊は壊滅的打撃を被った。ロシアに侵攻したときの9万8000人のうち、帰還できたのはわずか2万6000人だった。精鋭のヴィスワ軍団に限ると、当初の約7000人のうち、帰還したのはたった1500人だった。ナポレオンがロシアから逃げ帰ったのち、ワルシャワ公国はプロイセンとロシアに占領された。それでもなおポーランド軍団はナポレオンに従い続け、ライプツィヒの戦い (1813年15日–19日、ユゼフ・ポニャトフスキ戦死)やハーナウの戦い (1813年10月30日–31日)に参加して大損害を受けた。1814年初頭、スダンでポーランド軍団が再編され、ソワソンの戦い、ランスの戦い、アルシー＝シュール＝オーブの戦い、サン＝ディジエの戦いに投入された。しかしナポレオンはついに第六次対仏大同盟の前に屈して退位させられ、エルバ島へ追放された。この時、唯一近衛部隊としてナポレオンに同行が許されたのがポーランド・ウーラン部隊だった。大部分のポーランド兵は旧ポーランド領域に帰ったが、1815年にナポレオンがエルバ島を脱出してフランスに返り咲いた際、ゴラシェフスキ大佐率いる325人ほどのポーランド部隊がこの百日天下に従い、ワーテルローの戦いにも参加した。その一部は、ナポレオンが最後の敗北を喫してセントヘレナ島へ流される際にも、これに付き従ったと言われている。