近代には村の合併により耕地が整理され農業が発達するが、一方で水不足や水利権の争いも発生した。また、地租改正により富士裾野の入会地が官有地に編入されると地元の林産物採取が制限され、官有地下戻し運動が発生する。明治期には江戸時代以来の郡内織が発展し、洋傘地や服裏地の生産を行った。1875年（明治8年）には毎月1・5日が市日に定められ、富士道沿いに市が開かれ、東京や横浜、大阪方面とも取引を行った。また、明治期には神仏分離により富士信仰も神道に改編され、上吉田の御師町では神仏分離の影響も受けた。明治20年代には交通機関が整備され、1889年（明治22年）には東海道本線（御殿場線）の御殿場駅が開設され、さらに1902年（明治35年）には中央線の大月駅（山梨県大月市大月）が開設し、大月駅から富士北麓に至る馬車鉄道が開通した。日中戦争から太平洋戦争に至る戦時下には織物・観光業が統制され、大戦末期には武蔵航空株式会社が工場疎開し、1945年（昭和20年）7月30日には吉田空襲による被害を受ける。戦後は1951年（昭和26年）3月20日に3町合併により市制に移行し、富士吉田市が誕生する。初代市長は堀内昇（下吉田町長）。市制移行すると富士吉田市は郡内東方の中核都市と位置付けらされ、官公庁や企業の出先機関が進出する。戦後には織物業が一時的に復活するが、やがて高度経済成長期に織物の慢性不況により衰退する。一方で1964年（昭和39年）の富士山有料道路（富士スバルライン）の開通や1967年（昭和42年）の新御坂トンネル、1969年（昭和44年）の中央自動車道富士吉田線の開通により県内国中地方や首都圏他地域と接続され、観光都市に変貌する一方で、工場や大学の誘致も行われた。一方で1913年（昭和13年）に富士北麓の旧入会地に設置された陸軍演習場は戦後に在日アメリカ軍演習所として拡大され、1973年（昭和48年）にアメリカから国に返還されると防衛庁所管の陸上自衛隊北富士演習場となり、山の権益を巡る北富士演習場問題が戦後山梨県政の課題となった。
中世には鎌倉新仏教の影響も受けて富士信仰が興隆し、身延（現在の山梨県南巨摩郡身延町）を拠点に活動した日蓮や、時宗の二世他阿真教が市域を遊化し、上吉田には時宗寺院の西念寺が創建された。古代官道の甲斐路は中世には「鎌倉街道」と呼称され、宗教者が往来した。戦国時代には富士北麓の年代記である『勝山記』に吉田の様子が記されている。甲斐守護・戦国大名の武田氏や郡内領の国衆である小山田氏が支配を及ぼし、甲斐・駿河間の国境であるため武田氏・小山田氏と駿河国の今川氏の係争地にもなった。戦国期に集落は上吉田と下吉田に分離する。吉田は東西を川に画され掘などの防御施設を持つ自治的集落で、吉田山城が築かれた。上吉田には富士参詣の門前集落として御師（おし）が集住し、参道の両側には計画的な短冊方地割の御師町が形成された。
市域を含む富士北麓は富士火山活動の影響を受ける地域であり、火山灰や溶岩流などの堆積物に厚く覆われ、考古遺跡は未解明の部分が多い。縄文時代の遺跡は市域では大明見の古屋敷遺跡、新倉の池之元遺跡をはじめ火山活動の静穏期であった富士黒土層に多い。寒冷な気候に加え農耕に不向きな火山性土壌であることから、弥生時代から古墳時代にかけての遺跡は少ない。古代には再び火山活動が活発になるが、この時期には定住していた集落遺跡が出現する。古代の律令制下では甲斐国都留郡に属する。
市街地が標高700m〜900mに位置する高原都市のため、気候は非常に寒冷であり、冬には最低気温がマイナス15度前後になることもあるなど北海道並みである。住宅なども寒冷地仕様で建てられている。夏季は冷涼で過ごしやすい。
以下、『公卿補任』、『尊卑分脈』の内容に従って記述する。宝治3年（1248年）2月8日叙爵。建長2年（1250年）5月20日、侍従に任ぜられる。建長3年（1251年）4月3日、従五位上に昇叙。建長4年（1252年）1月5日、正五位下に昇叙。同年12月4日、右少将に任ぜられる。建長5年（1253年）1月13日、遠江権介を兼ねる。建長6年（1254年）1月6日、従四位下に昇叙。同月7日、叙留。建長7年（1255年）4月12日、右中将に転任。建長8年（1256年）1月6日、従四位上に昇叙。同年7月2日、左中将に転任。同年11月22日、中宮権亮を兼ねる。康元2年（1257年）1月22日、美濃権介を兼ねる。正嘉2年（1258年）2月26日、禁色を許される。同年5月14日、正四位下に昇叙。正元元年（1259年）12月19日、中宮権亮を兼ねる。弘長元年（1261年）5月25日、従三位に叙される。同日、左中将は元の如し。弘長2年（1262年）1月19日、尾張権守を兼ねる。同年3月29日、正三位に昇叙。同年10月13日、皇后宮権大夫を兼ねる。文永元年（1264年）12月24日、皇后宮権大夫を止める。文永3年（1266年）10月24日、参議に任ぜられる。左中将は元の如し。同年11月2日、左兵衛督を兼ね検非違使別当に補される。文永4年（1267年）2月1日、備前権守を兼ねる。同月23日、権中納言に任ぜられる。同月27日、左兵衛督に改めて任ぜられ検非違使別当も元の如し。同年6月21日、左兵衛督と検非違使別当を辞す。文永5年（1268年）2月20日、従二位に昇叙。文永6年（1269年）6月7日、帯剣を許される。文永7年（1270年）1月5日、正二位に昇叙。文永9年（1272年）2月22日、出家。法名は顕覚。