ロジャー・コーンバーグらは2001年に X線構造解析の結果を発表した。RNAポリメラーゼⅡの結晶化は難しく、撮影に用いたのはRpb4とRpb7を欠いた酵母変異株のもの（polⅡ Δ4/7）だった。これは転写を開始できないが、伸長反応は問題なくできる。全体の構造は巨大な顎のようで、酸性のDNAをくわえる深い溝がある。このため残りの酵素表面は酸性であるのに対し、溝には塩基性残基が並ぶ。上顎はRpb1とRpb9、下顎はRpb5だ。底の触媒活性中心には2個のMg²⁺があり、コーンバーグらはメタルA metal A とメタルB metal B に区別した。メタルAはRpb1のD481、D483、D485といった3個のアスパラギン酸と強固に結合している。一方、メタルBはRpb1のD481、Rpb2のE836とD837に囲まれているものの、配位結合するには距離がある。触媒反応の過程でこれら酸性アミノ酸が近づくのだろう。メタルBは基質のリボヌクレオチド三リン酸と結合する。真正細菌同様、RNAポリメラーゼⅡにもポア1 pore 1 という、合成したRNAを出す出口が存在する。漏斗状のポア1外縁には、出てきたRNAを切断するTFⅡSと結合するアミノ酸が並ぶ。一方、入り口は14Åにも及ぶクランプモジュール clamp module が回転することによって開閉される。プロモーターは酵素表面でほどかれ、相補鎖を外に残して鋳型鎖が溝の中へ誘導される。
真核生物にはRNAポリメラーゼⅠ, Ⅱ, Ⅲといった3種類のRNAポリメラーゼがある。1969年にロバート・ローダー Robert Roeder とウィリアム・ラター William Rutter が発見した。3つは合成するRNAが異なり、RNAポリメラーゼⅠはrRNA前駆体を合成する。RNAポリメラーゼⅡは、タンパク質をコードするmRNAのほか、いまだ謎の多いヘテロ核内RNA heterogeneous nuclear RNA：hnRNA や大部分の核内低分子RNA small nuclear RNA：snRNA を合成する。hnRNAとsnRNAは成熟mRNAの合成に関わる。RNAポリメラーゼⅢはtRNAや5S rRNA、前述とは別のいくつかのsnRNAの前駆体を担う。また、細胞内の分布も別で、RNAポリメラーゼⅠは核小体にだけ、ⅡとⅢが核質にだけ存在する。細菌は開始因子が一つ(σ因子)だけだったが、真核生物では複数の基本転写因子 general transcription factor：GTF を必要とする。しかし、実際にはヌクレオソームがあるためさらにDNA結合調節タンパク、いわゆる介在複合体、ヌクレオソーム修飾酵素をはじめとしたいくつかのタンパク質を必要とする。
T. Aquaticus のRNAポリメラーゼコア酵素はカニのはさみのようだ。主に爪の一つはβサブユニット、もう一つはβ'サブユニットが占める。α1と2はヒンジにあり、それぞれβ、β'に結合している。小さなωサブユニットはβ'サブユニットのC末端に巻きついており、はさみでいう峰に存在する。触媒活性中心 catalytic center (活性部位)は、βとβ'サブユニットの内部である活性中心溝 channel における付け根にある。広さ約25Åの空間だ。ここにはマグネシウムイオン Mg²⁺がβサブユニット中の3つのアスパラギン酸にキレート結合している。この3つはアミノ酸配列NA DFDGD（Dがアスパラギン酸）に含まれており、全ての細菌で保存されている。
伸長段階を実行するDNAポリメラーゼを中心とした複合体の立体構造についての研究は、1999年にセス・ダースト Seth Darst がX線結晶構造解析で撮影したThermus aquaticus の画像に基づく。2008年現在、真正細菌のモデル生物である大腸菌をX線結晶構造解析できたものはいないためだ。とはいえ、二次元結晶の電子顕微鏡で観察した大腸菌コアポリメラーゼの全体の形状は酷似しているため、詳細な構造も似ていると考えられている。
パート1は、1999年（平成11年）5月発行。世間で広く流通している食品、日用品、家電製品など身近な商品を取り上げ、それに含まれる食品添加物その他の化学物質などの毒性や危険性、家電製品の構造・性能上の問題点などを誇張し、企業名と商品名を名指しし「買ってはいけない」としていたことで話題になり、約200万部を売り上げた。著者によれば、発刊に当たっては『暮しの手帖』の影響を受けたとしている。本書刊行後、『借りてはいけない』『乗ってはいけない』など多数の類似する本が刊行された。また、『買ってはいけない』著者の一人である船瀬俊介による『買ってもいい 食卓編』(光文社、1999年（平成11年）11月。ISBN 4-334-00663-9)という書籍も刊行された。『週刊金曜日』は、2000年（平成12年）、『買ってはいけない』の収益を元に「買ってはいけない基金」を設立。食品の安全性を高めるための調査・研究を行なう基金で、これまでにトウモロコシから日本で未承認の遺伝子組み換え体を検出する等している。2002年（平成14年）にパート2が出版され、その後「新・買ってはいけない」の連載がスタートし、2005年（平成17年）には「新・買ってはいけない2006」の連載が単行本化されているが、「買ってはいけない」の売り上げには及んでいない。『買ってはいけない』の収益で、週刊金曜日は当時の売れ行き不振を解消したとする声がある（発刊当初5万部、現在は3万部といわれている）が、実際には『週刊金曜日』本体の売り上げには結びつかず、書籍の売り上げは一時的な収益であるため利益の多くは基金に回された。