本作には、ユダからビクリを通じて耶蘇に手渡された、という設定の暗号文が登場する。作中ではサウロが解読しているが、その解読結果は読者に示されないまま話が終わってしまう。松山俊太郎は、現代教養文庫版『小栗虫太郎傑作選』に本作を収録する際、暗号研究家の長田順行に解読を依頼した。長田は、暗号形式は単一文字換字法で、使用されている文字は23種類34文字であり、このことからアラム語、ヘブライ語、英語、ラテン語、日本語のローマ字表記である可能性はなく、日本語のカナ文字表記である可能性がある、と推定した。その上で、カナ書き日本語の単一換字式暗号では、理論上、文字列のみから解を一つに定めるには約55文字以上が必要であるが、この暗号文は文字数が少なすぎるため、通常の解読法では解を一つに定めることができない、とした。松山は、イエス・キリスト時代の話なのに日本語による暗号文が登場する、という不自然さをカバーするために、日本人による作中作という設定にしたのではないか、と推定している。1980年（昭和55年）、推理小説ファンの二瓶寛が解読に成功したと主張した。長田の推定通り日本語カナ文字の単一換字式暗号だと仮定した上で、「イエスキリスト」をキーワードとして解読したものである。また、小説の結末に、源内はひそかに「遠州の相良」に隠棲した、という記述があることから、末尾の「300×50×30。」は、 300=10×10×3、「トオ・トオ・ミ」すなわち「遠江」、 50 はゴジュウ＝ゴジョウ（御城）、 30=3・0、「サ・カラ」すなわち「相良」で、源内が自身の隠れ場所を示したもの、と解読した。さらに、この暗号文には裏の意味があるとして、「ヒラカケンナイ」（平賀源内）をキーワードにした解読も示した。これについて長田順行は、「イエスキリスト」をキーワードとした解読と「300×50×30。」の解読については「ほぼ間違いない」としつつも、「ヒラカケンナイ」をキーワードとした「ウラの暗号」については「確定された文字があまりにも少ない。あとは極端にいえば当てずっぽうでしょう」と評している。二瓶はその後、作中で未解明のままに終わっている「算勘書」（みつもりしょ）をキーワードとした、第三の解読も示している。これについて長田は、「「暗号文の字数が少ないので、いく通りにもとれるだろう」という、私の推測を実証してもらった」と評している。なお、本作に限らず小栗作品には暗号が頻出するが、長田順行は、その説明がしばしば不正確で非論理的になっていることを指摘しつつ、「超合理主義を目指した虫太郎にとって、暗号もまた装飾の一つであったと考えられる」と述べている。この点については、小栗自身もエッセイ「反暗号学（アンチクリプトグラフィー）」において、「未だ曽て、私は暗号で解決する小説を一篇すらも書いていない」と述べ、自作に登場する暗号が実際には装飾的に用いられていることを認めている。
2008年、3月23日の東北楽天ゴールデンイーグルス戦でパ・リーグ史上初のプロ初登板で無四球完封勝利を記録。4月5日の千葉ロッテマリーンズ戦では7者連続三振を含む球団新記録の16奪三振で2度目の無四球完封勝利を記録した。しかし徐々に成績を落とし、シーズン中盤には二軍へ落ち、3勝に終わった。13試合で14被本塁打といわゆる「一発病」に苦しみ、クイックや牽制などの技術面でも課題を残した。当時の二軍監督石渡茂は「彼は気持ちを表に出すタイプなので、序盤以降は精神的な部分に問題があった」と語っている。2009年、先発登板した7月31日の対オリックス・バファローズ戦では1回表に大引啓次の頭部に死球を与え、わずか8球で危険球により退場処分となった。先発として12試合に登板し0勝3敗、防御率5.86、WHIP1.52に終わるが、リリーフでは10試合の登板で1勝0敗、防御率2.36、WHIP1.10の成績を残した。2010年は一軍登板4試合に終わるも、ファームではウエスタン・リーグ規定投球回到達者中2位の防御率2.99と同1位のWHIP0.89をマーク。与四球率も1.49に抑え、課題であった制球難に改善の兆しが見えた。10月には台湾で開催された第17回IBAFインターコンチネンタルカップの日本代表に選ばれ、11月には岩嵜翔と共にプエルトリコのウィンターリーグに派遣され、クリオーヨス・デ・カグアスに所属。6試合に先発し34回を投げ4勝0敗、防御率2.65、WHIP1.35の成績を残し、ドミニカ共和国とのオールスターゲームにも選出された。監督のリノ・リベラからは「メジャーでも通用する才能とポテンシャルを持っている」と高く評価され、自身は投手コーチからツーシームを教わり「投球が楽になった」と語った。2011年はルーキーイヤー以来の開幕一軍を果たし、序盤は敗戦処理や大量リードの展開で安定した成績を残した。7月15日の対ロッテ戦で3回で降板した山田大樹の後を受け3回1/3を投げ1失点と好投し、2年ぶりの勝利を挙げた。19日の埼玉西武ライオンズ戦では抹消されたD.J.ホールトンの代役として初先発し、5回2/3を投げ2安打10奪三振で白星を挙げ、さらに8月4日の対オリックス戦でも先発予定だった大隣憲司の体調不良により代わって先発し、5回無失点の投球で3勝目を挙げた。このように代役やスクランブルで先発や長いイニングを投げることが多いことから『ミスター代役』、『お助けマン』などと呼ばれた。18日の対オリックス戦では3年ぶりの完封勝利を達成し、8月は5試合に先発し1完封を含む4勝1敗、防御率1.71、WHIP1.01の活躍で自身初の月間MVPを受賞した。先発した9月19日の対オリックス戦では、1回裏に打者二人目の大引啓次のヘルメットのつば付近に死球を当てたため、危険球によりわずか6球で自身二度目の危険球退場処分となる。なお、同試合は3回途中に降雨によりノーゲームとなったが、試合成立はしなくても退場は記録に残る。2012年はシーズン序盤に右肩痛で出遅れる。5月に入ってから一軍へ昇格、中継ぎで3試合に登板後、6月10日の対阪神タイガース戦に先発し、6回を投げ無失点9奪三振と好投しシーズン初勝利を上げる。その後連勝するが、次第に要所で打たれる場面が相次ぎ、完投負けを喫すなどの不運もあり5連敗。8月3日の対西武戦では初回先頭打者から3連打を浴び、さらに自らの暴投と四球を重ね1アウトしか取れずに2失点で降板。その後一軍登録を抹消され、シーズン後半は二軍生活を送り、この年は登板10で2勝5敗、防御率2.38の成績を残した。2013年は一軍の11試合に先発したが、打ちこまれる場面が多く、防御率が前年より大きく悪化。結果を残すことができなかった。2014年以降は選手層が厚くなったことと、二軍で目立った成績を残すことができなかったことから登板機会が激減。2015年には、プロ入り後初めて一軍公式戦への登板機会がなく、ウエスタン・リーグ公式戦ではリリーフで20試合の登板に終わった。