1981年8月7日、ローマのフィウミチーノ空港に到着したアルペは発作に襲われた。アルペは右半身が麻痺し、言葉が話し辛くなった。症状は後に重くなり、完全に話せなくなった。彼はローマ教皇庁内で療養し、眼差しや指を使い仲のよいイエズス会士とのみコミュニケーションがとれた。アルペは1983年にニカラグアで開かれた第33回イエズス会総会で総長の退任を余儀なくされた。アルペは生前に退任した最初の総長となった。総会は後に枢機卿となる教皇特使のパオロ・デッザにより開かれ、イエズス会士には教皇庁の干渉への反発もあった。9月3日アルペの退任は承認され、ペーター・ハンス・コルヴェンバッハが後任に選ばれた。総会の開会式にはアルペも参加し、自らの書いた祈りが読み上げられた。「私は何時にもまして神のみ手のうちにある。これは私が若い頃から望んでいたことだ。しかし今ここに違いがある。主導権は全て神にある。これは実際にこれまで私が全て神のみ手の内にあると霊的に経験してきたことだ」10年間の療養期間に会のために祈り、ヨハネ・パウロ2世からも厚意を受けた。1991年2月5日アルペは教皇庁内で84歳で帰天した。ペドロ・アルペの葬儀はジェズ教会で行われ、参列者で広場があふれた。彼の遺体は当初カンポ・ヴェラノのイエズス会博物館に収められ、のちジェズ教会の付属聖堂に収められた。
第2バチカン公会議の教令の実施について各地の司教会議で議論となった。ヨーロッパでは専門主義と科学的・物資主義的無神論の脅威、アジアでは宗教間の対話、ラテン・アメリカでは貧富の格差と社会正義が重要課題とされた。ラテン・アメリカではマルクス主義者に連帯を示し、革命闘争に身を投じる者も現れた。中南米の司祭は教会が受入れ、維持しようとさえしている不平等がこの問題の最前線であると気付いた。彼らの実践は解放の神学と呼ばれた。イエズス会士としてはヨン・ソブリノやオスカル・ロメロ、エルサルバドルの殉教者などがいる。これに対し1980年代に教理省長官であったヨーゼフ・ラッツィンガー枢機卿（後のベネディクト16世）から「解放の神学において来るべき王国と現在の世界における平等についての根本的な混乱がある」とする見解が示され、この見解は2008年の回勅『希望による救い』("Spe salvi")  において再度表明された。中米ではイエズス会士も実践を積んだ。エルサルバドルでは1977年3月12日にはルティリオ・グランデが殺され、アメリカ合衆国の支援を受けた白人戦士連合 (Unión de Guerreros Blancos) などの死の部隊により、6月20日には47人のイエズス会士が死の脅迫を受け、同国から逃れる者もあった。アルペは彼らと相談した上で「彼らは殉教者となろうとも、私の司祭たちはこの国を離れないだろう。人々と共にあるからだ」と語った。1980年3月にはロメロ司教が、1989年11月16日にはエルサルバドルのホセ・シメオン・カニャス中米大学で6人の会士らが殺害されて殉教した。
1965年第31回イエズス会総会 (GC XXXI) でアルペは第28代総長に選ばれた。アルペは1983年まで総長を務めた。友人であり相談相手であったヴィニー・オキーフはアルペを「第2バチカン公会議の光でイエズス会を再建した第二のロヨラ」と呼んだ。アルペの指導力が顕れたのは1975年の第32回総会であった。アルペの夢は文書に結晶化された。「我らの今日の使命: 信仰への奉仕と正義の促進」では信仰と並んで社会正義の促進を掲げた。社会正義の促進を掲げることに対し、政治と信仰の混合だとする批判が起り、議論が行われたが、最終的に圧倒的多数に受入れられた。この観点に対して以後イエズス会内外で対立が現れるようになった。これは第2バチカン公会議の影響と中南米の歴史と同時に進行した。
鎌倉時代に成立した日本の歴史書、『吾妻鏡』によると、亀の前は頼朝の伊豆国での流人暮らしの頃から仕えており、容貌すぐれて柔和な性格で気に入られ、頼朝は寿永元年（1182年）の春頃から密かに亀の前を鎌倉に呼び寄せて寵愛していた。頼朝の正室・北条政子が万寿（後の源頼家）を妊娠中の寿永元年（1182年）6月、日を追って寵愛が増した頼朝は亀の前を小坪（逗子市）の小忠太光家の宅に呼び寄せる。外聞を憚って居拠を遠くに構えたという。その後、頼朝は亀の前を飯島（逗子市）の伏見広綱の宅へ移して寵愛を続けた。8月12日に出産した後、この事を継母の牧の方から知らされた政子は激怒し、11月10日、牧の方の父・牧宗親に命じて広綱宅を破壊し、大いに恥辱を与えた。亀の前は広綱に連れられ、命からがら鐙摺（葉山町）の大多和義久の宅へ逃れた。11月12日、怒った頼朝は遊興にことよせて鐙摺に出向き、牧宗親を呼び出して叱責した。宗親は顔を地にこすりつけて平伏したが、怒りの収まらない頼朝は自ら宗親の髻を切って辱めた。宗親は泣いて逃亡した。これを知った政子の父・北条時政は舅の宗親への仕打ちに怒り、一族を率いて伊豆国へ立ち退いてしまう騒動に発展したが、この騒動の顛末がどうなったかは、『吾妻鏡』の寿永2年（1183年）が欠文のため追うことができない。12月10日、亀の前は小坪の小忠太光家の宅へ移された。亀の前は政子の嫉妬をひどく恐れたが、頼朝の寵愛は深まった。16日、政子の怒りが収まらず、伏見広綱は遠江国へ流罪となった。