議長は投票終了確認後、投票箱の閉鎖を宣告し、参事に投票の計算及び投票の点検を命じる。開票作業は参事により行なわれるが、衆議院では閣僚席後側のテーブル（内閣総理大臣が座る箇所の後側で、事務次長などが座る箇所）にて、参議院では演壇にて行なわれたのち、事務次長に集計・記録を行なう。そして結果が記載された用紙を事務総長に最終確認し、議長に手渡される。白紙の票、国会議員以外の者を記載した票、被指名者の特定が困難な票（同姓の国会議員がいる場合で姓のみを記載した票は按分票とされず無効票とされるのが先例である）、投票者の氏名の記載を欠く票（投票者の記載が必要な衆議院のみ）などはすべて無効票となる（なお、後述の決選投票となったときは決選投票の際に対象となっている者以外の者を記載した票も無効票となる）。衆議院においては、投票結果の報告に先立って衆議院議長が投票総数及び本投票の過半数と無効票について報告し、それに引き続いて事務総長から開票結果が報告される。参議院においては参議院議長が開票結果を報告することになっている。
内閣総理大臣の指名は単記記名投票によって行う。議長選挙が無記名投票であるのに対して内閣総理大臣指名選挙は記名投票となっている。投票に際して、衆議院においては議席に配付の投票用紙に被選人の氏名を記載しなおかつ投票者本人の氏名も記載する。参議院では議席に配付された投票用紙には予め投票者本人の氏名が押印されており被選人の氏名を記載する。以前は木札の名刺札（白色）も添える必要があったが、参議院では1955年以降の内閣総理大臣指名選挙では廃止されており、また、衆議院でも2008年の内閣総理大臣指名選挙以降は投票用紙のみとなっている。議長は内閣総理大臣の指名を行うことを告げ、投票方法の説明ののち参事に点呼を命じる。点呼は議席番号順に行われ議員は壇上（衆議院は時計回り、参議院は反時計回り）に上がり票を投じる。投票終了後、議長が「投票漏れはありませんか」と投票漏れがないか確認し、投票漏れがなければ議長の「投票漏れなしと認めます。投票箱閉鎖・開票。」の宣告が入り開票作業に入る。なお、後述のように内閣総理大臣の指名など選挙手続における投票の場合においては表決における記名投票の場合とは異なり議場を閉鎖しない（表決の項目も参照）。慣例により参議院議長は投票しないこととなっている。衆議院議長及び両院の副議長は投票している。衆議院議長が記入した投票用紙は事務総長を通じて参事に渡され、参事が代理で票を投じる。
内閣は国会法第64条に基づき、衆議院と参議院の議長に内閣の総辞職又は内閣総理大臣の欠缺を通知する。通知を行うのは内閣総辞職の場合には内閣総理大臣、内閣総理大臣の欠缺の場合には内閣総理大臣臨時代理である。この通知は会期中でない場合でも法定の事実が発生したときには直ちに行われる（閉会中に通知されたときは開会後に指名選挙が行われる）。各院の本会議において、当該通知を受けた旨を議長が議員に報告し、その後直ちに内閣総理大臣の指名を行う（衆議院規則第18条第1項及び参議院規則第20条第1項）。内閣総理大臣の指名は他のすべての案件に先立って行う（日本国憲法第67条）。内閣総理大臣が指名されないままの状態にあることは国政上において重大な支障をきたすためである。ただし、条理上、院の構成など正常な議事運営を行い議院が有効に活動するための前提となる手続（議長選挙や副議長選挙など役員の選任、会期の決定、議席の指定など）については先決問題として内閣総理大臣指名選挙よりも前に行われることとなっており（昭和53年衆議院先例集69、昭和53年参議院先例録77）、これは憲法が予定するところあるいは憲法の許容するところと解されている。内閣総理大臣指名選挙は投票によって行われている（衆議院規則第18条第1項及び参議院規則第20条第1項）。衆議院規則（第18条第4項）及び参議院規則（第20条第4項）には、各院での指名について「投票によらず動議その他の方法で指名できる」旨の規定があるが、両院とも過去この方法で指名された例はない。
2010年（平成22年）6月28日、初級学校を運営する学校法人京都朝鮮学園は京都事件の主要参加者を相手取り3000万円の損害賠償を求める民事訴訟を起こした。荒巻はこの訴訟の共同被告の一人となった。同年8月10日には京都事件に関して威力業務妨害などの容疑で逮捕され、9月1日付で起訴された。さらに勾留中の9月8日には徳島事件に関して威力業務妨害などの容疑で逮捕され、9月29日付で起訴された。荒巻は正当な政治的表現行為であるなどとして無罪を主張したが、京都地裁は2011年（平成23年）4月21日、荒巻の行為は侮辱罪・威力業務妨害罪・住居侵入罪にあたるとして、懲役1年6月・執行猶予4年の有罪判決を言い渡した。荒巻は控訴せず、そのまま有罪が確定した。有罪確定後は再びチーム関西を率いて活発な活動を展開していったが、同年秋頃から主要メンバーの間で内紛が生じ、対立するメンバーの犯罪行為を示唆するような流言飛語まで飛び交う事態となった。翌2012年（平成24年）1月にメンバーの一人が詐欺容疑で逮捕されたことで内紛はますます激しくなり、在特会なども巻き込んで収拾のつかない状態に陥った。こうした状況を憂いた荒巻は同年2月12日、主要メンバーを集めての会合を大阪市で開催。会合の冒頭で「行儀の良い人間だけが世の中を変えてきたわけではない。仲間がやったことについてどうのこうの言うのは仲間として、人間として許されない」「何かあったらあげつらうような人間が仲間にいるようでは具合が悪い。こういうごたごたに嫌気が差したので、今日付で一度チーム関西をやめさせてもらう」と述べ、チーム関西としての活動の休止と自身の代表辞任を表明した。