ゲーム発売前に行われる『週刊ファミ通』のクロスレビューにて、40点満点中35点以上の点数が出ると選ばれる「プラチナ殿堂」入りの評価を得る。発売後は、2日間で29万本以上を販売し、週間ランキングで1位となる（ファミ通調べは291,211本、メディアクリエイト調べは295,000本、アスキー総合研究所調べは319,828本）。2009年の年間ソフト販売本数ランキングでは、ファミ通調べは522,260本で14位、メディアクリエイト調べは538,800本で19位、アスキー総合研究所調べは571,981本で12位に入る。本作は、日本国内外ともに販売が好調で、累計149万本(日本54万・北米75万・欧州20万)のヒットとなる。2012年時点での日本国内での累計実績はアスキー総合研究所調べで59.1万本である。
東京ゲームショウ2007において、シリーズ新プロジェクトの一つとして『キングダム ハーツ コーデッド』『キングダム ハーツ バース バイ スリープ』と同時発表された。雑誌表紙などで使用されたキャッチコピーは「もう思い出せない大事なこと」である。ゲームのパッケージに使われたイラストは、ロクサスの足元が白く、背景のない場所に立っていることがキャッチコピーを暗示するイメージだと野村は述べている。
主題歌は『KH2』と同じく宇多田ヒカルの『Passion』。BGMはシリーズ作品の楽曲を手がける下村陽子が担当する。本作の楽曲について下村は、『KH2』でのロクサスの運命を知っているため、「意識せずとも自然と悲しくやるせない曲調になった」という。また、本作が切ない結末の物語だったことから「せめて音楽だけでも救いを」という思いをこめて、楽曲「Vector to the Heavens」を作る。これはロクサスがシオンと戦う場面で流れる曲で、下村は希望をこめて最後にタイトル曲のフレーズを入れたと述べている。「Vector to the Heavens」は反響が良く、『キングダム ハーツ HD 1.5 リミックス』では再録音しており、注目してほしい1曲だとしている。
アクションRPGに分類される本作は、これまでのシリーズと同様、3D空間でキャラクターを操作して戦うというゲームスタイルをニンテンドーDS上で忠実に再現している。またそれだけではなく、シリーズ初となるマルチプレイ（多人数によるプレイ）、キャラクターの性能を全てパネルで制御する「パネルシステム」、HPが残り少ない時に発動可能となる切り札「リミットブレイク」など、様々な新要素を盛り込んでいる。本作の最大の特徴として、1人プレイ用のストーリーモードと、マルチプレイが可能のミッションモードの2つのゲームモードが存在することが挙げられる。ここではそれぞれの特徴について説明していく。
ディズニーとスクウェア・エニックスのコラボレーション作品であるキングダム ハーツ シリーズ（以下KHシリーズ）の一作。『COM』と『KH2』の二作品で主人公のソラと敵対していたXIII機関が本作ではプレイヤー側の立場となるのも特徴の一つである。DSの機能をフル活用するコンセプトだった『すばらしきこのせかい』とは反対に、本作はタッチスクリーンのようなDS特有の機能を使わず、なるべく従来のKHシリーズに似た操作性を追求するために操作はほとんどがボタン操作となっている。上画面にはキャラクターを操作する画面やイベントシーンが表示され、下画面にはマップや一部イベントシーン、パネルシステム、チャットリンゲージなど（後者2つについては後述する）が表示され、また下画面をスライドすることでカメラ操作が可能（カメラはボタンでも動かせる）。数字が並んだ暗号のようなサブタイトルはディレクターの野村哲也が以前からつけたかったもので、『すばらしきこのせかい』では新作がそのようなタイトルでは敬遠されやすいという懸念から採用が見送られたといい、大きなネームバリューを持つKHシリーズのサブタイトルであれば問題ないということで今回採用された。また野村はタイトルの意味について、クリアして初めてわかるという仕組みだが、その解釈は人によって異なると語っている。野村のデザインによる、オリジナル仕様のニンテンドーDSiを同梱したバージョンも同時発売された。また、2011年8月4日にはアルティメットヒッツとして廉価版が発売されている。2013年に発売した『キングダム ハーツ HD 1.5 リミックス』では、本作を映像作品としてHD画質でリメイクされたものが収録された。DS版で使用されていた映像を含め、総時間はおよそ2時間50分に及ぶ。
メインイベントに登場した大山峻護は、プロデビューしたばかりの吉田秀彦をセコンドに付けたが、ハイアン・グレイシーに腕ひしぎ十字固めで見込み一本負け。右腕肘関節脱臼骨折の重傷となった。大山を含め、出場した日本人選手5名が全員敗北した。メインイベント前に高田延彦がリングに上がり、次回大会PRIDE.23で引退試合を行うことを表明した。元UFC世界ヘビー級王者ケビン・ランデルマンがPRIDEデビュー。
前述の通りゲームを自作するのが目的であるが、一風変わった雰囲気を持っているのがこのゲームの特徴である。パッケージの変なジャケット（白人男性が巨大なPocketStation（画面にはソフトクリーム）を抱えて叫んでいる写真）や、謎のキャラクターが珍妙なノリのダンスを踊るオープニング画面からして異様なムードをかもし出している。付属されているリファレンスマニュアルにはゲーム内容と直接関係が無い用語集が載っている（引用例：『埋め草』→「ここのように、スペースが余ってしまったところを埋めるための記事や原稿のこと。新人記者は埋め草ばかり書くことになるが、後に名を残すと語り草になる。ちなみに春の七草は、せり、なずな、ごぎょう、はこべ、ほとけのざ、すずな、すずしろ。全部食べられる。」など）。ゲームを作る時も『RPGツクール』のように最初からプレイヤーに全権が委ねられているわけではなく、ゲーム自体をある程度やりこむことによって、プレイヤー自身の自由度が上昇するというシステムを採用している。例えばRPGを作ろうとした場合、主人公の職業をプレイヤーが設定できるようになっているが、初期状態では全部で9種類の職業のうち3種類からしか選べない。ゲームのやりこみ度によって徐々に選択できる職業が増えていくようになっている。その職業も西洋風の「戦士」から「侍」、果ては「エスパー」や「超人」といった特異なものまで登場する。また、30本を越える多数のサンプルゲームが収録されており、自分でゲームを作らずにそれらだけで楽しむこともできる。中にはネタ的なゲームも多く、最初の選択肢を誤っただけで即ゲームオーバーという刹那的なものも存在する。それらのゲームは真剣にプレイするのではなく、単なるギャグや一発ネタとして楽しむ方が賢明である。ネタの内容も非常にナンセンスだったり不条理であったりするので、そういったサンプルゲームはコンパクトなバカゲーであると言える。