四国との列車が走る岡山駅 - 茶屋町駅間は、2001年までに大元駅と妹尾駅付近が複線化されただけであり、しかも交換可能な駅の配線は茶屋町駅をのぞいてどこも2線しかないため岡山駅 - 児島駅間で列車を追い抜くことは事実上困難である（一線スルー配線になっている備前西市駅での追い抜きは可能であるが、臨時列車の運転時や列車の大幅な遅れが出た場合に限られている）。これらの理由によって運転本数増加や速度向上は大きく制限されている。それゆえ「マリンライナー」では香川県方面への乗客と近距離の通勤通学客を一緒に乗せざるを得ず、実質4両（5両中1両が座席指定席のため除外、ラッシュ時には増結あり）という編成の短さもあって混雑が酷くなっている。そのため、JR西日本と香川県・愛媛県などが出資して第三セクター会社の瀬戸大橋高速鉄道保有が2003年に設立され、一部区間の複線化工事が行われた。当初、岡山駅 - 茶屋町駅間の全区間を複線化する計画であったが、事業費が100億円以上もかかることから予算化・事業着手が見送られてきた。また、複線化に関しては香川県と岡山県で温度差があった。物理的にも備前西市駅 - 笹ヶ瀬川橋梁間、妹尾駅 - 備中箕島駅間には線路の両脇に建物が迫っている部分があり、備中箕島駅の岡山寄りには、複線化構想が持ち上がる以前に完成したため複線化を考慮した構造となっていない岡山県道21号岡山児島線の跨線橋があるため、全区間の複線化は現状では不可能となっている。しかし、駅の行き違い設備の整備が進み、早島駅付近を複線化するだけでも全線複線化とほぼ同じ効果が見込め、事業費が30億円までに削減されたためようやく事業が動き出した。国が8億円、JR西日本が11億円を負担し、残りの21億円を香川県 (39%)・岡山県 (28%)・愛媛県 (22%)・高知県 (7%)・徳島県 (4%) でそれぞれ負担した。2007年春までに完成させる予定であったが、環境アセスメントを盛り込まずに事業を計画したり、早島駅 - 久々原駅間にあるカーブ区間の一部で用地買収が難航したために完成が遅れ、2009年1月25日より早島駅 - 久々原駅間の複線区間の供用が開始され、一部列車で運転時刻の変更が実施された。複線化のメリットを生かしたダイヤは2009年3月14日のダイヤ改正で実施された。これによって、早島駅での交換待ち合わせがなくなることから特急列車や快速列車の所要時間が1 - 2分短縮された。なお、瀬戸大橋高速鉄道保有は、鉄道施設の改良・保有および貸付けを行うが、第三種鉄道事業者ではない。
気動車・電車に加え客車も使用されていた。宇高連絡船に接続する快速列車およびそれに連なる優等列車については、「マリンライナー#四国連絡列車沿革」「瀬戸_(列車)#東京対四国優等列車概略」も参照。
シエラレオネ、マリ、ガーナでも疑わしい患者が見つかったが、臨床サンプルはエボラウイルス陰性だった。5月には、ギニアの状態も改善に向かっており、ゲケドゥを除いて新たな感染者は報告されなかった。ところが5月23日から27日にかけて、ギニアのゲケドゥ、マセンタ、コクナリの3地区に加えて、新たにボッファ、テリメレ、ボケ、ドゥブレカの4地区、さらにはギニアの南にあるシエラレオネでも臨床例が報告された。6月5日にはギニアのクールーサでも感染が報告されている。6月17日、リベリアのモンロビアでもエボラにより7名が死亡したと報告された。6月23日、国境なき医師団は「制御できない状況だ」との声明を発表している。7月25日、ナイジェリアの最大都市・ラゴスにある西アフリカ地域最大のハブ空港にてリベリアから入国したアメリカ国籍を持つリベリア人、パトリック・ソーヤーの同市でのエボラ感染・同日中の死亡が発表された。7月27日、リベリアは、感染の拡大を防ぐために自ら国境封鎖を行った。7月31日、シエラレオネのアーネスト・バイ・コロマ大統領は非常事態宣言をおこなった。8月6日、リベリアのエレン・ジョンソン・サーリーフ大統領は非常事態宣言をおこなった。8月8日、世界保健機関 (WHO) は専門家による緊急の委員会を開いた上で、西アフリカにおけるエボラ拡大を、「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態」であることを宣言した。ナイジェリアのグッドラック・ジョナサン大統領は、国内でエボラ感染が続発している事態を受け、国家非常事態宣言をおこなった。8月13日、ギニアのアルファ・コンデ大統領は公衆衛生上の非常事態宣言をおこなった。8月15日、国境なき医師団は「（エボラ出血熱は）私たちが対応しきれないほどの速さで悪化し拡大している」と発表。その声明に先立って、WHOはエボラの流行規模がこれまで「大幅に」過小評価されてきており、拡大防止のためには「異例の措置」を講じる必要がある、との見解を表明していた。8月28日、WHOはエボラ出血熱流行の最終的な感染者数は2万人に拡大する恐れがあると警告した。8月29日、セネガルは同国内で初めてエボラ感染者を確認したと発表した。9月2日、国境なき医師団は「世界の指導者たちはエボラ出血熱への対応に失敗しつつある」との見解を緊急発表し、西アフリカ各地の緊急仮設病院の増床への資金提供と訓練された要員の派遣、さらにギニア、シエラレオネ、リベリア全域への移動検査所の展開に対する援助を求めた。9月18日、国際連合安全保障理事会は緊急会合を開き、異例の公衆衛生に関する決議を行った。9月22日、WHOはエボラ出血熱の流行を食い止める劇的な抑制策が行われない限り、11月までに感染が2万人に拡大すると警告した。9月23日、アメリカ疾病対策センターCDCは、適切な対処が取られなかった場合、2015年1月中旬には感染者数が55万人～140万人に拡大すると警告した。CDCは推計を9月26日に公表し、2015年1月20日までに55万～140万人の感染のおそれとしている。その中でCDCは、WHO統計は実数の約40%ではないかとの推定を示しており、9月26日ころの実数は約2万人としている。9月23日公表のWHOエボラ対策チームによる2014年11月2日までの予想感染者合計はギニア5,740、リベリア9,890、シエラレオネ5,000、合計約2万人である。2016年3月29日、「国際的に懸念される公衆の保健上の緊急事態（PHEIC）」解除。