天正10年（1582年）に本能寺の変が起こると、藤孝は上役であり、親戚でもあった光秀の再三の要請を断り、剃髪して雅号を幽斎玄旨（ゆうさいげんし）とし、田辺城に隠居、忠興に家督を譲った。同じく光秀と関係の深い筒井順慶も参戦を断り、窮地に陥った光秀は山崎の戦いで敗死した。『老人雑話』には「明智(光秀)、始め(は)細川幽斎の臣なり」とあり、両者の上下関係は歴然としていることから、幽斎には光秀の支配下に入ることを潔しとしない風があったとされる｡その後も光秀を討った羽柴秀吉（豊臣秀吉）に重用され、天正14年（1586年）に在京料として山城西ヶ岡に3,000石を与えられた。天正13年（1585年）の紀州征伐、天正15年（1587年）の九州平定にも武将として参加した。また、梅北一揆の際には上使として薩摩国に赴き、島津家蔵入地の改革を行っている（薩摩御仕置）。この功により、文禄4年（1595年）には大隅国に3,000石を加増された（後に越前国府中に移封）。幽斎は千利休や木食応其らと共に秀吉側近の文化人として寵遇された。忠興（三斎）も茶道に造詣が深く、利休の高弟の一人となる。一方、徳川家康とも親交があり、慶長3年（1598年）に秀吉が死去すると家康に接近した。慶長5年（1600年）6月、忠興が家康の会津征伐に丹後から細川家の軍勢を引きつれて参加したため、幽斎は三男の細川幸隆と共に500に満たない手勢で丹後田辺城を守る。7月、石田三成らが家康討伐の兵を挙げ、大坂にあった忠興の夫人ガラシャは包囲された屋敷に火を放って自害した。田辺城は小野木重勝・前田茂勝らが率いる1万5,000人の大軍に包囲されたが、幽斎が指揮する籠城勢の抵抗は激しく、攻囲軍の中には幽斎の歌道の弟子も多く戦闘意欲に乏しかったこともあり、長期戦となった（田辺城の戦い）。幽斎の弟子の一人だった八条宮智仁親王は7月と8月の2度にわたって講和を働きかけたが、幽斎はこれを謝絶して籠城戦を継続。使者を通じて『古今集証明状』を八条宮に贈り、『源氏抄』と『二十一代和歌集』を朝廷に献上した。ついに八条宮が兄・後陽成天皇に奏請したことにより三条西実条・中院通勝・烏丸光広が勅使として田辺城に下され、関ヶ原の戦いの2日前の9月13日、勅命による講和が結ばれた。幽斎は2ヶ月に及ぶ籠城戦を終えて9月18日に城を明け渡し、敵将である前田茂勝の丹波亀山城に入った。忠興は関ヶ原の戦いにおいて前線で石田三成の軍と戦い、戦後豊前小倉藩39万9,000石の大封を得た。この後、長岡氏は細川氏に復し、以後長岡姓は細川別姓として一門・重臣に授けられた。その後の幽斎は京都吉田で悠々自適な晩年を送ったといわれている。慶長15年（1610年）8月20日、京都三条車屋町の自邸で死去。享年77。
大丸百貨店は、愛媛県出身の井門富士逸が1922年（大正11年）に東京・品川で興した大丸商会を起源とし、東京・大井町を本拠に、首都圏に15店舗を展開。最盛期、従業員数は2,000人を数えた。1954年（昭和29年）、東京駅八重洲口に大阪から大丸（下村大丸）が進出した際に「名前の競合」が問題になり、二社間で協議が持たれた。その結果、百貨店の（下村）大丸には百貨店をつけず「大丸」、月賦百貨店である（井門）大丸には百貨店をつけ「大丸百貨店」と呼称することが取り決められた。商標マークは、（下村）大丸と全く異り、二重丸に大の字で、「大」の字は丸みを帯びた書体で髭は無かった。広告宣伝においては「ライフアップ」（分割払いでの生活の向上）というキャッチフレーズを付し、一線を画していた。1968年（昭和43年）には、東京12チャンネル（現：テレビ東京）「おいろけ寄席」(平日：23:00～)の単独スポンサーとして、ケーシー高峰をCMに起用したことで話題になった。しかし、一般には（下村）大丸と混同されることが多く、「ニセモノの大丸」という負のイメージを払拭することができなかった。1970年代以降は、ダイエーなどのGMSの台頭により、主力である耐久消費財（家電品、家具）の低価格化が進み、売上が伸び悩んだ。同じ月賦百貨店の丸井では、ヤング、ニューファミリー層にターゲットを絞りファッションに注力、「げっぷ」を連想する月賦を「クレジット」という国際的な呼称に改め、顧客をカード会員化して行ったのに対し、同業他社のミドリヤ、丸興は遅れを取り、それぞれセゾングループ、ダイエーグループに飲み込まれ、再編により、リテールを廃止し、クレジット業務に専業化していくことになった。大丸百貨店は、専門店化により、リテール業態での生き残りの道を選択した。1972年（昭和47年）、渋谷店（道玄坂）を高級インテリアの専門店「インテリア井門渋谷」にリニューアル、別会社化した。1983年（昭和58年）1月19日、大丸百貨店は社名変更により「井門エンタープライズ」と改称の上、家電量販店のラオックスのフランチャイズチェーンとして、大井、武蔵小山、大山、川崎、伊勢佐木町店等を順次業態転換していった。当初は全店舗をラオックスに転換したうえで会社ごと合併する計画であったが、井門の店舗の多くが3,000m²前後と大きく、ラオックスだけでは建物全体を使えなかったため、家具の「インテリア井門」、宝飾の「ジュエリー井門」を併設する形をとることにした。後に井門とラオックス両社の相違から、それぞれ別会社として存続の道を歩むことになった。一方で同年には紳士服チェーンの坂善商事とも業務提携を行い、蒲田店を「坂善大丸」としてリニューアルした。このように、立地や店舗規模に併せ、異なる業種の専門店を展開を行ってきたが、2000年以降は、ビックカメラやユニクロ等の新興専門店チェーンが台頭し、売上も頭打ちになっていった。2013年の時点で、ラオックス井門は武蔵小山のみ、インテリア井門も武蔵小山の1フロアと小岩のみとなっていたが、2019年までにすべて閉店した。坂善との業務提携も終了し、蒲田店は坂善が直営化したうえで建物を賃貸する形とした。こういったビル活用ノウハウを活かし、現在では不動産業がグループの柱となっている。全国主要都市のビルを取得し、リニューアルした上、大手企業などに賃貸している例は枚挙に暇が無い。また、レストランやボウリング場などを運営している系列会社も存在する。しかし、リテールを完全撤退したわけではなく、小スペースで利益の大きいジュエリーに加え、富士逸の孫である義博とその弟の忠俊が趣味としている鉄道模型店およびメーカー「Models IMON」を立ち上げて、ニッチ市場に注目したチェーン展開しており、非常にユニークな存在になっている。