10年ごとにシステムを全面的に刷新してきた銀行業界だが、第三次オンラインシステムの完成によって、オンラインシステムは一応の完成を見せ、バブル崩壊後の景気低迷もあって銀行業界は、大規模なシステム刷新に慎重となった。第三次オンラインシステムの設計想定寿命が10年前後であったにもかかわらず、銀行は大規模投資を控え、既存システムの保守と改良を続けるのみだった。しかし、第三次オンラインシステム構築時においても、都銀の間でさえ実装された機能には差異があり、顧客サービスに差がつきはじめていた。1980年代のシステム構築で、プラットフォームの転換を行った住友銀行（現 : 三井住友銀行）や、合併対応のために1990年代からシステム刷新を行ったあさひ銀行（現 : りそな銀行・埼玉りそな銀行）などが代表的で、運用コストの削減を目的に北海道拓殖銀行（破綻）や大和銀行（現 : りそな銀行）なども積極的なシステム投資を行った。また、実質的に本店機能を大阪から東京に移転していた三和銀行（現：三菱UFJ銀行）は、首都圏での営業基盤強化のために、ATM稼働時間を延長させるために大規模なシステム投資を継続し、富士銀行（現 : みずほ銀行）や三菱銀行（現 : 三菱UFJ銀行）も、他銀行との競争上システム投資を強化していった。一方で、合併対応のためにシステム更新が間に合わなかったさくら銀行（現 : 三井住友銀行）や、第一勧業銀行などの銀行では、ポスト三オン時代においてはシステムの改良が進まず、サービス面での競争力が低下していった。このように、ポスト三オン時代では、1980年代までほぼ横並びで構築されていたシステムが、銀行間において差が開く時代となり、システムの優劣が着実に銀行の経営に影響を与え始めていた。
名寄せや、世帯把握のために、顧客情報ファイル (CIF : Customers' Information Files) をベースとした顧客属性管理などが強化され、オンラインシステムの展開が、単なる業務の合理化・省力化の方向から、営業支援システムとしての側面が強くなった。また、現金自動支払機 (CD) の普及が始まり、通帳の磁気テープ貼付、キャッシュカードの発行、店頭自動機の展開など、オンラインシステムが商品サービスの内容や展開に不可欠な存在になった。尚、名寄せに伴う“家族カード”の一部顧客層への普及ならびに、各種提携機関からのオフライン（磁気テープでの受け渡しが主流であった）データによる引き落とし、ATMによる他行からの振込処理の増大（ATM稼働時間の延長）、度重なる銀行合併に伴う勘定元帳の統合・移行の必要性、あるいは給与の口座振込化の増大（現金払いで支給する企業も当時は多かった）などの社会的な背景もあり、“元帳DBに対する排他制御の確実性ないしは例外的な排他運用（オフライン引落しをどのタイミングで与信し、元帳反映させるかなど）”がクローズアップされた。中には一部行にて、システムテスト項目の不足に起因すると思われるバグにより、口座残高に関わる運用不備が社会問題化した。第三次オンラインシステムでは、それまでシステム化の進行が遅かった相互銀行（現在の第二地方銀行）や、信用金庫などの中小銀行にも波及した。都市銀行や地方銀行の多くは、独自にシステム開発を進めたが、中小銀行ではベンダーや他銀行との共同開発で展開したケースが多く、現在のアウトソーシング化への布石となった。
本店から支店に対してオンラインが展開される時期で、勘定処理の本格的なオンライン化が進行した。1965年5月には、三井銀行（現：三井住友銀行）で日本初（世界初）のオンライン・バンキング・システムが稼働した（1964年の東京オリンピックのオンライン化技術が転用された) 。採用されるシステムも外国製から国産のものが採用され、国産コンピュータの開発に多大な寄与があった。しかしながら、ジョブ管理や、オンライン処理などソフトウェア面の未熟さが手伝って、実際の構築ではOS開発に銀行側が直接参加するなど苦労が多く、トランザクションモニターを中心とする独自のOS開発を行った銀行も多い。全銀ネットなどの外部ネットワークとの接続の必要性や、勘定処理とは関係しない業務処理が多数発生したため、勘定系システムとは別に外部ネットワークとの接続制御を行う対外系システムや、情報系システムが勘定系とは別に構築された。また、業態別では都市銀行から地方銀行にオンラインシステムが展開され始めた時期にも当たる。運用面では、手狭な本店に設置されていたコンピュータが、郊外のデータセンターでの運用に切り替わり、銀行本体からシステム部門が分離され、現在の運用開発体制の基礎となった。災害対策や故障対策を兼ねて、バックアップ系の整備が図られはじめたのもこの時代で、バックアップ機の有効活用を兼ねて、システム子会社が一般企業のデータ処理業務やシステム開発にも進出していった。
黎明期におけるシステム開発で、主に銀行本店における勘定処理の合理化のために導入された。採用されたコンピュータは、端末も含め輸入に頼っており、利用実態も開発も手探りの状態が続いた。また、運用に際しても銀行の本店にコンピュータが設置される場合も多く、システム部門も厳密には銀行本体から分離されていなかった。
1次車が重要部検査を施行するために予備車の確保を目的として、1994年（平成6年）12月に6両編成1本（6両）が日本車輌で製造・搬入され、1995年（平成7年）2月に車両として入籍した（当時の光が丘 - 練馬間の最大運用本数は4本で、予備車は1本が確保されていた）。基本的な外観デザインや走行機器などは1次車に準拠したものとなっている。ただし、乗務員や検修員など現場からの意見を取り入れて仕様を一部変更している。外観ではスカートを130mm下げ、ロングスカート化した。連結器はカバーをやめ、露出状態が正規となった。なお、この時期に1次車の連結器もカバーを廃止した。制御装置をはじめとした電装機器関係は1次車のものを踏襲しているが、台車は1次車の使用結果を踏まえ、合わせて乗り心地等の性能や保守性の観点から以後、T-12D形に統一している。車内では連結面で幅広の幌をやめて狭幅幌にしたほか、併せて貫通路も狭くした。蛍光灯カバーは客用ドア上部6カ所以外はやめて照度を向上させた。また、当初より中吊り広告枠を設置、1次車も同時期に新設されている。英語による自動放送もこの編成から導入が開始され、後に全編成に導入されている。旅客案内表示器は各車3台の千鳥配置に変更し、表示器のないドア上部は路線図掲載スペースとした。運転台は1次車とは大きく変更されたレイアウトとなった。なお、2次車の運転台レイアウトは後の3・4次車とも異なる運転台で、2次車独自の運転台となっている。正面パネルはホーム監視用モニター画面とATIモニター画面をパネル中央と右側に配置し、左側に放送・無線操作器と圧力計とデジタル式速度計を配置した。テーブル面周囲は平面となり、左側から列車無線および連絡放送用の各送受話器とマイクを、中央にドア開閉ボタン、ATO出発ボタンなどを配置し、右端に右手操作形マスコンハンドル、レバーサなどを配置している。なお、視認性に難のあるバーグラフ式メーターは廃止し、圧力計と電流計・電圧計は指針式とされている。また、右側壁面には主回路電流計・架線電圧計・バッテリー電圧計および総括配電盤（1次車ではマスコンテーブル右下に配置していた）や保安表示灯などが配置された。