本作の世界設定は、前作までと比較すると、近代的な機械文明の影響が大きいものとなっている。例を挙げると、炭鉱都市ナルシェを暖める蒸気機関、独自の機械技術が防衛システムに取り込まれているフィガロ城、蒸気機関車らしき車両が走駆するドマ鉄道など。それら機械文明と一線を画すのが、魔法と機械を融合させた現代的な文明を創り出しているガストラ帝国である。魔法の力を科学技術に利用して復活させた力「魔導」を魔導アーマーといった軍事兵器や、魔導の力を有する兵士の育成に活用しており、魔導の力で増強された軍事力を侵略活動に向けている。しかし『FFVI』の世界では魔法は既に滅びた過去の遺物となっていて、作品内の時間軸ではプレイヤーがプレイを始める時点の1,000年前に滅びたとされている。この点でも、前作までとは大きく異なる。ガストラ帝国は、魔法の祖である「幻獣」が住む「幻獣界」に侵入し、そこから拉致して来た「幻獣」らを研究することによって「魔導」の力を得ることになる。魔法の存在が、機械文明に対して大きく影響を与えている。
キャラクターが「ひんし（瀕死）」状態（HPが少なくなり、キャラクターがしゃがんでいる状態。ただし、ステータス異常によりしゃがんでいる場合は除く）のときに「たたかう」コマンドを選択すると1/16の確率で「超必殺技」が発動する。これらの技は相手の防御・魔法防御力を無視する攻撃のため起死回生も狙える。ただし、ストラゴスとリルムのみダメージ技ではなく即死攻撃となっておりボスには通用しない。また、「たたかう」コマンドの無いガウと、常にバーサク状態のウーマロには無い。なお、瀕死でも透明や分身の状態では発動しない。本作では特に名前の付けられていない隠し要素のようなシステムだが、後の作品では『ファイナルファンタジーVII』のリミット、『ファイナルファンタジーVIII』の特殊技、『ファイナルファンタジーIX』のトランス、『ファイナルファンタジーX』のオーバードライブ、『ファイナルファンタジーXI』のSPアビリティ、『ファイナルファンタジーXII』のミストナックなど、使用条件が限られている代わりに多大な効果を発揮する「必殺技」のようなシステムが多数登場しており、アクティブタイムバトルやアビリティに並ぶFFシリーズにおける恒例システムとなっている。
本作では魔法の位置づけが大きく変わり、システムもそれに対応した物となっている。ストーリーの設定上、ティナとセリスは初期状態で魔法が使用可能だが、基本的にはストーリー中で手に入れた魔石を装備して戦闘を繰り返すことにより習得する。また、魔石を装備することで各キャラクターは戦闘中に1度だけ幻獣を召喚可能となる。一部の魔石は装備した状態でレベルを上げるとステータスが上がる効果（魔石ボーナス）を併せ持つ。そうした効果を持つ魔石を装備しない限り、HP・MP以外のキャラクター自身のステータスはレベルが上がっても変化しない。
通常の装備とは別枠でアクセサリが最大2個まで装備可能となった。それぞれのアクセサリには、ステータス値の上昇・特殊能力の付加・戦闘時の特定コマンド変化などの装備効果があり、『ファイナルファンタジーV』（以下『FFV』）のアビリティシステムに近い形でキャラクターのカスタマイズが行える。
行動を共にできるパーティの数は4人。本作では『ファイナルファンタジーII』（以下『FFII』）『ファイナルファンタジーIV』（以下『FFIV』）同様に4人以上のプレイヤーキャラクターが登場するが、過去のシリーズと違い本作は「特定の主人公を擁さない群像劇」として描かれている。前半では各登場人物ごとにそれぞれ並行してストーリーが展開され、後半ではその登場人物が一堂に会し、最大4人のパーティに誰を入れてゲームを進めるかを自由に選ぶことができるようになる。このようなプレイヤーが自由に仲間の入れ替えを可能とするシステムは後のシリーズ作品にも継承されていった。戦闘時に使用できるコマンドアビリティ、装備できるアイテムはキャラクターごとに固定されているが、後述する習得魔法・魔石ボーナスによってキャラクターを任意に成長させることが可能。メニュー画面のキャラクターアイコンは天野喜孝のイラストをドット化したもの。
アラビア語詩におけるアブー・ヌワースの卓越性は斬新な詩形によるものである。彼は古い時代の詩から多くを汲み取り、なおかつそれからの流れを断ち切った。バシャールに続いた「新しい時代の人々」（ムフダスーン）、特にアブー・ヌワースのような革新者が、自らのやろうとしていることに自覚的であったことは強調されねばならない。アブー・ヌワースは、先イスラーム時代の詩を再認識し、散文と韻文を切り分けた文法学派の研究に学んだ。その点を考慮すると、アブー・ヌワースが師匠のハラフ・アフマルに強いられたという、有名な忘却のアネクドートが、また異なった様相を持ち始める。アブー・ヌワースの詩には恋愛、特に少年愛を取り扱ったもの（ムジューニーヤ mujûniyya）だけでなく、権力者を讃えたり、風刺したりするものもある。讃える詩はカスィーダ、風刺する詩はヒジャーといい、アブー・ヌワースは自分に風刺の才能があることを自覚していた。アブー・ヌワースが特に好んだテーマは、飲酒と恋愛である。ムジューニヤート（mujûniyyât）或いはハムリヤート（khamriyyât）と呼ばれる飲酒詩はバシャールが導入したムフダスーンの流れに連なるものである一方、恋愛詩は古典形式にのっとったもの（保護や禄を与える者を讃える詩）である。これはアブー・ヌワースという詩人が登場した時代を反映している。当時、文学的創作は二つの対照的な要因により決定付けられていた。一つ目は文法学者が確立した古典詩の規範的価値であり、知識人もこれにのっとって詩を鑑賞した。二つ目は詩人の地位と社会的機能である。詩人の社会的地位の確保や上昇は、詩人に禄を与える者に委ねられていた。これら二つの要因により頌詩カスィーダが芸術の規範になり、カスィーダ古典詩の語彙、形式、主題を利用して詩作せざるをえない状況になった。