政府は、2006年（平成18年）4月28日、改正案を閣議決定し、第164回通常国会（2006年(平成18年)1月 - 2006年(平成18年)6月）に提出した。これを受けて文部科学省は、2006年(平成18年)5月2日、「教育基本法改正推進本部」（本部長・小坂憲次文科相）を設置すると発表し、初会合を8日に開催した。同本部には、プロジェクトチームも設置し、国会審議に関する調整のほか、国民に対する改正案の説明、教育振興基本計画の策定などに関する取り組みを進めていた。一方、民主党は、旧法の廃止によって新たに「日本国教育基本法」を制定することをめざし、2006年（平成18年）5月23日に法案を国会に提出した。現行法は、第1次安倍内閣（自公連立政権）の下、2006年（平成18年）12月15日午後には参議院の本会議で成立した。これにより、旧法は施行以来59年の初めての改正で全部改正されることとなった。採決では、政権与党の自民党、公明党が賛成し、民主党、日本共産党、社民党、国民新党などが反対した。
青森県で行われた、教育基本法改正も含む教育改革に関する政府のタウンミーティングで、改正賛成の質問をするよう参加者に依頼し、その方針に沿って発言者も指名されていた問題。2006年（平成18年）11月7日に内閣府はこの問題に関して関与を認め謝罪し、安倍首相をはじめ閣僚が給料を自主返納するなどの処分を行った。与党が教育基本法改正自体には問題がないとして衆院では単独採決を行ったことに対し、野党はこの問題を「やらせではないのか」と批判した。
野党第一党の民主党提出の「日本国教育基本法」案では、旧法を廃止することとしていた。愛国心教育については前文に「日本を愛する心を涵養し」と表現し、教育委員会制度は廃止した上で「教育オンブズパーソン制度」の設置を提言した。愛国心の明記を求めてきた人々は、よりはっきりと愛国心について法案に記載しているとして民主党案を評価する意見もあった。さらに、「学ぶ権利の保障」や高等教育の漸進的無償化の推進、教育予算の確保等を盛り込んでいる点が政府与党案と異なるとされる。2006年（平成18年）11月17日、民主党は、参議院において同法案のほか、「地方教育行政の適正な運営の確保に関する法律（案）」と「学校教育の環境の整備による教育の振興に関する法律（案）」の関連2法案を提出した。
連合国軍最高司令官総司令部（GHQ/SCAP）の占領統治の下、日本国憲法制定後の第92回帝国議会によって、学校教育法などとともに制定された。最初、大日本帝国憲法改正議論の中で、新憲法に教育規定を盛り込むべきとの意見が出されたが、当時文部大臣であった田中耕太郎により憲法とは別に法律で定めることが提案された。その後内閣総理大臣の管轄下に教育刷新委員会がおかれ旧法の内容が審議され、帝国議会で原案通り可決された。
現行法のもとで新たに規定された。国民一人一人が、自己の人格を磨き、豊かな人生を送ることができるよう、その生涯にわたって、あらゆる機会に、あらゆる場所において学習することができ、その成果を適切に生かすことのできる社会の実現が図られなければならない。
我々日本国民は、たゆまぬ努力によって築いてきた民主的で文化的な国家を更に発展させるとともに、世界の平和と人類の福祉の向上に貢献することを願うものである。我々は、この理想を実現するため、個人の尊厳を重んじ、真理と正義を希求し、公共の精神を尊び、豊かな人間性と創造性を備えた人間の育成を期するとともに、伝統を継承し、新しい文化の創造を目指す教育を推進する。ここに、我々は、日本国憲法 の精神にのっとり、我が国の未来を切り拓く教育の基本を確立し、その振興を図るため、この法律を制定する。
1965年、ハルシュタインは共通農業政策関連の予算について委員会の提案を推し進めていた。その提案とは、委員会が加盟国の影響を受けない独自の財源を開拓し、欧州議会に対して予算権限を強化させるというものであった。ところがこの案件は理事会で諮られたが、フランス政府は賛成しないと表明した。ハルシュタインはこの案件にはらむ不安要素を認識し、普段は行わない提案の起草を、通常は農業担当委員が行うものであるが、自ら行っている。当時の委員会における協議の論調もどのような結果をもたらすか察知しており、一部の委員、とりわけフランス出身の2人の委員はこの案に反対したが、同時にこの件は委員会の長期的な目標に欠かせないものであるとも判断していた。この法令により委員会の権限が強化されただけでなく、議会も加盟国の影響力を超えた構造を持ち、また各国政府の拒否権に左右されないような権限を得た。これによりハルシュタインはより権限を求めて行動してきた欧州議会の支持を取り付けた。その後ハルシュタインは理事会に対して主張する1週間前である3月24日に、議会において自身の政策を提唱した。これによりハルシュタインは欧州議会と自身の利害を一致させ、加盟国政府の反対を押し切るのに十分なヨーロッパ主義支持の波を起こそうとした上で、委員会がどのように行動するべきかを示した。しかしこれら一連の動きにおいて、過去に成功を重ねてきたもののハルシュタインは危険をはらんでいる自らの主張を過信していた。ハルシュタインは自らの主張を展開したものの理事会は難色を示し、フランス大統領シャルル・ド・ゴールは委員会が加盟国を越える権限を持つことを懸念し、ハルシュタインがあたかも1国の首脳であるかのような行動を非難した。フランスは共通農業政策について、フランス以外の加盟国が受け入れているだけに過ぎず、多数決で異論を唱えているようなものとみなしていたのである。