L4宙域において、他のコロニーと共にC.E.30年に建造が開始された。完成後は「禁断の聖域」、「遺伝子研究のメッカ」と呼ばれ、コーディネイター作成を一大産業とする遺伝子企業G.A.R.M. R&D（Genetic Advanced Reproductive Medical Research Development：高度遺伝生殖医療研究所） 所有の研究所施設も所在した。同研究所ではより先進的なコーディネイターを生み出す研究も行われていた。ヤキン・ドゥーエ戦役開戦以前のC.E.68年に発生したバイオハザードにより、多数の死者を出し放棄された。X線照射により全域が消毒されたためコロニー内環境は無害となったが、G.A.R.M. R&Dは倒産した。事故による緊急事態で施設が放棄されたため、内部には様々な情報が手付かずで残っており、また、キラ・ヤマトの実父であるユーレン・ヒビキはこの研究所の主任研究員だった。キラとムウ・ラ・フラガは、ラウ・ル・クルーゼによってもたらされた資料の一部を持ち帰っている。C.E.55年頃にギルバート・デュランダルが研究員として勤務しており、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』後半でマーチン・ダコスタが調査に入ったが、その時には研究所内は破壊され資料もかなりの量が抹消されていた。しかし、そこでダコスタはデスティニープランについて書かれた本を発見した。人工子宮研究のほかにクローン研究も行われており、キラ・ヤマト、ラウ・ル・クルーゼ、レイ・ザ・バレルはこの研究所で生み出された。C.E.46年にアル・ダ・フラガがメンデルに赴き、アルのクローンであるクルーゼが誕生し、C.E.55年5月18日にキラ、カガリ・ユラ・アスハ姉弟が誕生している。また、その数日後にブルーコスモスのテロによりヒビキ夫妻が死亡した。サーペントテールのリーダー叢雲劾、ザフト軍の英雄と呼ばれたグゥド・ヴェイア、ヴェイアを元にしたソキウス達もメンデルで誕生したとされている。
ターミナルと繋がりのある、小惑星帯の岩塊の中に隠された秘密工場。インフィニットジャスティス、ストライクフリーダム、ドムトルーパーはここで製造され、クライン派によって奪取されたガイアもここに運び込まれて調整を受けた。
D.S.S.Dが所有する宇宙ステーション。プロパルジョンビーム砲と太陽発電パネルを持つレーザー発振ステーション「アポロンA」が付随している。『STARGAZER』第二話ではここでスターゲイザーの起動実験が行われ、第三話ではスターゲイザーのAIユニットを狙ってファントムペインが襲撃してきたが、セレーネたちの活躍によってファントムペインを撃退し、トロヤステーションは半壊程度の損害で済んだ。
C.E.11年に完成した世界初の宇宙都市。L1宙域に建設されたため、戦争初期では地球連合軍の地球・月を結ぶ補給基地として利用されていた。そのため、ザフトの攻撃目標となりC.E.70年2月22日に起きた世界樹攻防戦で崩壊、宇宙の塵となる。
L4に存在するアジア共和国管理下の資源衛星。新星攻防戦を経てザフトがL5まで移送。その後、改装されて軍事要塞「ボアズ」となった。また、新星攻防戦では近隣のL4コロニーが多数の被害を受けたとされている。
月面の嵐の大洋に位置する直径93kmの月面クレーター内に建設された大規模な都市国家。C.E.10年から建設が始まり、12年に完成した。劇中C.E.70年代では自由中立都市として地球連合・プラントのどちらにも属していない。C.E.70年2月5日、コペルニクスの悲劇と呼ばれる爆弾テロ事件が起きた。劇中のセリフにある「月の幼年学校」はここに所在している。現実世界の小学校に相当する初等教育機関であり、キラ・ヤマトとアスラン・ザラはC.E.61年（6歳）からC.E.68年（13歳）まで共に通っていた。『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』では、コペルニクスの宇宙港にオーブ軍第二宇宙艦隊のイズモ級宇宙戦艦クサナギ、スサノヲ、ツクヨミの三隻が係留されていた。アークエンジェルがその三隻と合流した後に、ミーア・キャンベルの手引きによる二度目のラクス・クラインを狙った暗殺未遂事件が起こり、その結果ミーアは死亡した。そして、デスティニープランを阻止するためにアークエンジェル・クサナギ・スサノヲ・ツクヨミの四隻は宇宙港を出港した。
地球を取り巻くデブリ帯に存在する廃棄コロニー。かつては技術者集団が移住したコロニーであったが、『ASTRAY』の時代には技術者集団の末裔である蘊・奥と、その飼い犬の伝八だけが住んでいた。蘊・奧が死亡した後は伝八がその墓を守っていたが、『VS ASTRAY』のエピローグでカーボンヒューマンとして再生された蘊・奥がグレイブヤードを訪れ、伝八と再会した。
西手にあった小字は、流寄、汐入、上床、餅田、下餅田、上餅田、淵ノ上、仁礼木、瀬白木、尾賀原、後原、石間伏、古寺、尾賀ノ上、後牟田、湯尻、平尾賀、梅ケ町、池田、青木、尾賀、久木元、池尻、尾崎、藤次原、野首、中津町、餅ケ丸、菱川、仮屋崎、小路、西之口、丸尾、岩崎、池頭、湯木、城、城ノ下、先崎、柿木、湯ノ谷、川原田、荒蒔、山本、木練、永野、霧島、上原、松迫、西平、一町ケ丸、畑江、橋口、坂元、成岡、石原、川添、立石、集、菖蒲毛、下木場、寺茂、二瀬川、笹川、馬渡、仏木、船田、島田、下島田、兎田、山仁田、原田、六田、堀切、浦田、松本、薗田、薗内、郷庵、大山、堀内、中川、杉安、上新田、蕨野、小北平、久見原、井出平、穴鹿倉、床並、河路、下之段、岡峯、焼居、木場谷、文亀庵、荷落、荒峯、宇重野、小峯、柳迫、中段、滑、上段、岩瀬戸、滝下、内梨子、白石、高貫、平野原、麦、灰原、門前、屋敷田南、京手、中塚、都原、本領、椎木、山口、田浦、霜月田、道床、尾見鳥、二月田、吉長ヶ野、永田、中山、青山、樋口、大谷、芹場、柿田、野平、蕨ヶ迫、瀬戸山、木場、木場原、西迫、前田、小吹、竹中、杉島、別府、東町、寺田、杭木、榎田、王ノ前、中塚、橋下、馬場、四反畑、田畑、迫畑、江袋、谷口、前原、芦谷、鳥越がある