都市の歴史は、造船と艦隊の歴史に完全に従属していた。ほぼ100年にわたり、町には黒海艦隊の司令部が置かれていた。19世紀前半には、市長であったアレクセイ・グレイク海軍大将により町では最初の水道敷設の試みが実施された。同時に、都市の緑化のための歩道も整備された。都市の建設は、格別計画的に実施された。すなわち、通りは直線によって構成され、町は正方形の形状を持つことになっていた。この計画は、タヴリーダ宮殿などの建設で知られるロシアの建築家イヴァン・スタローフによって18世紀末に立案された。1862年には商業港が開港し、ニコラーエフが巨大な通商港として発展する契機となった。商業港としての発展の事実は、1883年に制定され1997年に復活された市の紋章に表れている。セナートの紋章部門の責任者の代理執行者は、「軍事・通商都市としてのニコラーエフの紋章についての報告書」において「ニコラーエフ市は南ロシアで最も重要な港のひとつであるから、ミトラ(高位の聖職者が儀式で用いる冠)と主教杖とともに、私はこの町の紋章にはこれに加えて船を描こうと思う」と指示した。19世紀末にはすでにニコラーエフ港はサンクトペテルブルク港、オデッサ港に次ぐロシア帝国第三の商業港に成長していた。特に海外との貿易が盛んに行われたが、その主要品目はウクライナの黒土地帯で豊富に収穫される穀物であった。穀類の収穫量は、この地方が国内最大であった。こうして、ニコラーエフは南ウクライナの一大商業中心地へ発展していった。
ニコラーエフは、1789年にロシア帝国のポチョムキン＝タヴリーチェスキイ公によってイングール川(インフール川)と南ブーク川(南ブーフ川)の合流地点の半島に艦隊と造船のための都市として建設された。ニコラーエフ半島への入植は、18世紀末の四半世紀の内に集中的に行われた。1790年の時点で、人口は早くも7万人を数えた。一方、この頃すでにロシア帝国は黒海北岸地方からトルコ勢力を駆逐し、黒海への出口を獲得していた。ニコラーエフは、正式な名称をもらうまではイングールの造船所(верфь на Ингуле)という実に控えめな名で呼ばれていた。町はイングール川がブーク湾に注ぐ河口に位置していた。1789年4月27日、造船所は「新しい造船所」という意味のノーヴァヤ・ヴェールフィ(Новая Верфь)という名称を与えられた。この日に出されたのが、ポチョムキン公がファレーエフに当てた命令書「イングールでの造船所の設立」である。数年後、ノーヴァヤ・ヴェールフィとその町は最終的な名称を得ることとなった。露土戦争中の1788年12月の聖ニコライの日、アレクサンドル・スヴォーロフ将軍に率いられたロシア軍はオスマン帝国軍の守るオチャーコフ要塞を陥落させた（オチャーコフ攻囲戦）。これを記念し、ノーヴァヤ・ヴェールフィはニコラーエフという正式な名称を与えられた。聖ニコライはまた、ウクライナやロシアで最も愛される聖人のひとりであった。1790年には最初の教会となる聖ニコライ教会が立てられ、同年8月には最初の船となるフリゲート「聖ニコライ」が進水した。
ニコラーエフという名称は、ファレーエフ大佐に対して出された1789年4月27日付けの第1065号命令書に見られる例が初出であるとされる。都市名は、オチャーコフ攻囲戦 (1788年)においてロシア帝国の軍隊がオスマン帝国の軍隊に対して勝利を収めオチャーコフ要塞を占拠した日が1788年の聖ニコライ(ウクライナ語名:聖ムィコライ)の日であったことを記念したものである。キリスト教の聖人である聖ニコライは船乗りたちの庇護者であり、その後都市は造船業の盛んな港湾都市として発達した。聖ニコライの名は、この都市で建造された最初の軍艦の名前にも採用された。現在市の紋章に描かれている46 砲門フリゲート「聖ニコライ」がそれである。この軍船は1790年にニコラーエフに開かれた新しい造船所で進水した。これがニコラーエフにおける軍艦建造史の始まりとなり、この都市は造船業の「プロフェッショナル」として歩みだすこととなった。1920年代、ニコラーエフ県議会では一時名称をヴェルノレーニンスク(Верноленинск)に改める決定をしたことがあった。しかし、新しい名前は政府によって承認されず、改名は実現しなかった。ところが、ドイツで発行された1927年と1932年版の百科事典では地図でヴェルノレーニンスクという名称を記載していた。
ブエノスアイレスの裕福な大農家に生まれる。祖先は成功したアイルランドからの移民パトリック・リンチ（1715-死没年不明）である。文学好きであった父の影響で早くから文学に親しみ、11歳のころから物語を試作、14歳のとき推理小説仕立ての短編「虚栄、もしくは恐怖の冒険」を書いた。18歳のとき、ビクトリア・オカンポの仲介でホルヘ・ルイス・ボルヘスと親交を深め、数年後より様々な仕事を共同で行うようになる。ボルヘスのほうが13歳年上であったが、ボルヘスによれば二人が協働をはじめる頃には事実上ビオイのほうが師になっていたという。1940年、ビクトリアの妹シルビーナ・オカンポと結婚。同年、孤島を舞台にしたSF風の長編『モレルの発明』を刊行、序文を寄せたボルヘスに「完璧な小説」と賞賛され評判となる。これにより幻想的な作風を確立し、これ以前の作品は自ら未熟な作と見なして生前再刊を許さなかった。以後の長編に『脱獄計画』（1945年）、『ヒーローたちの夢』（1954年）、『豚の戦記』（1969年）、『ある写真家のラ・プラタでの冒険』（1985年）など、短編集には『大空の陰謀』（1948年）、『驚異的な物語』（1956年）、『愛の物語集』（1972年）などがあり、ボルヘスやコルタサルと並ぶ短編の名手としても知られた。ボルヘスとの共同の仕事では、二人の曽祖父の名前を組み合わせた「オノリオ・ブストス＝ドメック」の筆名で推理小説『ドン・イシドロ・パロディ 六つの難事件』（1942年）や、幻想小説風の『ふたつの記憶に値する幻想』（1946年）、『ブストス＝ドメックのクロニクル』（1967年）、『ブストス＝ドメックの新しい短編』（1977年）など、また「ベニート・スアレス＝リンチ」の共同筆名で『死のモデル』（1946年）などの共作を発表しているほか、アンソロジー『怪奇譚集』（1955年）、『天国・地獄百科』（1960年）の編纂、映画シナリオの共作（1955年）など多岐におよんでいる。このほか妻シルビーナとの共作に『愛するものは憎しみを抱く』（1946年）があり、シルビーナ、ボルヘスと3人で文学選集の編纂などにも携わった。1981年にレジオンドヌール勲章を受章、1990年にスペイン語文学の最高権威であるセルバンテス賞を受賞。1999年、ブエノスアイレスにて死去、同市のレコレータ墓地に埋葬された。