アフミチの虐殺は、ラシュヴァ渓谷での一連の民族浄化の中心的な事件であり、ラシュヴァ渓谷でのクロアチア人とボスニア・ヘルツェゴビナ政府軍との衝突が続いたこの期間における最大規模の虐殺であった。1993年4月16日5時30分、クロアチア防衛評議会はアフミチのボシュニャク人地区を砲撃し、女性や子ども、老人を含む多数のボシュニャク人の殺害へと続いた。クロアチア人勢力はボシュニャク人の家屋を次々に破壊し、村にあった2つのモスクも破壊した。死者数は120人にのぼるとみられ、うち最年少の者は生後3か月の嬰児でベビーベッドの中でマシンガンで殺害されており、また最年長の者は81歳の女性であった。
ゴルニ・ヴァクフはラシュヴァ渓谷の南側に位置する町であり、クロアチア人勢力の拠点であるヘルツェゴヴィナ地域と中央ボスニアを結ぶ戦略的に重要な地域にあった。ゴルニ・ヴァクフはノヴィ・トラヴニクから48キロメートル、ヴィテズから装甲車で1時間程度のところにあった。クロアチア人にとってゴルニ・ヴァクフは、ヘルツェグ＝ボスナ・クロアチア人共同体の領域とされたヘルツェゴヴィナとラシュヴァ渓谷とを結ぶ戦略的な意義の大きい場所であった。1993年1月10日、ゴルニ・ヴァクフで迫害が始まる直前の頃、クロアチア防衛評議会の司令官ルカ・シェケリヤ（Luka Šekerija）はブラシュキッチ大佐およびダリオ・コルディッチに対して「最高軍事機密」指定にて、ヴィテズの弾薬工場から大量の迫撃砲砲弾を可能な限り送るよう求めた。1993年1月11日、ボシュニャク人が運営し当時ボシュニャク人の司令部として使用されていたホテルに対してクロアチア人側が爆弾で攻撃して戦闘に発展した。戦闘は全面的な軍事衝突に発展し、その晩クロアチア人側は大砲による激しい包囲砲撃を実施した。ゴルニ・ヴァクフに置かれていたイギリス軍司令部で停戦交渉が行われ、クロアチア防衛評議会のアンドリッチ（Andrić）大佐はボシュニャク人が武器を放棄し、町をクロアチア防衛評議会の支配下とすることを求めた。そして、要求が認められない場合はゴルニ・ヴァクフをまっ平らに破壊すると脅迫した。ボスニア・ヘルツェゴビナ共和国軍がこの要求を受け入れなかったためクロアチア人による攻撃は続けられ、その後にビストリツァ（Bistrica）、ウズリチェ（Uzričje）、ドゥシャ（Duša）、ジュドリムツィ（Ždrimci）、フラスニツァ（Hrasnica）といった郊外の村々でボシュニャク人に対する虐殺が行われた。クロアチア人はゴルニ・ヴァクフ攻撃の理由としてムジャヒディーンの存在を挙げることがあるが、当地にいたイギリス軍の司令官はそうしたムジャヒディーンがゴルニ・ヴァクフにいたことを否定し、部下のイギリス軍兵士たちは1人としてムジャヒディーンを見かけたことはないとしている。
1988年、SSCナポリのユースに加入。1991年、下部組織からナポリのトップチームに昇格し、そのキャリアをスタートさせた。後にイタリアを代表する監督となり、カンナヴァーロと共にW杯を掲げることになる恩師、マルチェロ・リッピと出会ったのもナポリであった。しかし、ナポリは極度の財政難に陥り、主力選手の流出が避けられない状況となった。本人は｢たとえセリエBだろうがCだろうがナポリのためならプレーする｣と何度もクラブオーナーや幹部に訴えたが、財政難の中にあって、セリエの強豪チームから高額オファーが届いたため、ナポリからの放出が決まった。既にナポリでもかなりの完成度にあったが、ACパルマへの移籍後、さらに数段DFとして成長することになる。1対1の強さに加え、インターセプトの技術、先読みの能力を伸ばした。特にマンマークの技術においては、当時のセリエAはおろか、世界最高の評価を得た。また、このパルマではジャンルイジ・ブッフォンの的確な指示、リリアン・テュラムとのチェックとカバーリングのタイミングでリーグ最高といわれる守備陣を形成した。そして、スクデットを獲得するためカンナヴァーロはインテルへと移籍した。しかし、インテル時代は監督との確執により、本職でないサイドバックやボランチなどを務めたため、本来の能力を発揮することはなかった。一時、評価を落としたが、ユヴェントスFCに移籍して本来のプレーを取り戻した。2004-05シーズンには再びパルマ時代の同僚である、ブッフォン、テュラムなどと守備陣を形成し、セリエA最少失点およびスクデット獲得に貢献した。しかし、2006年のカルチョ・スキャンダルといわれた一連の八百長事件により、ユヴェントスは2004-05シーズンのスクデット剥奪、セリエB降格処分となった。カンナヴァーロ自身もブラジル代表MFエメルソンと共にレアル・マドリードへ移籍することが決まった。移籍金は発表されていないが、エメルソンと合わせて2300万ユーロといわれている。ワールドカップなどでの功績が認められ、2006年のバロンドールを受賞。これは基本的にDFを務める選手としてはフランツ・ベッケンバウアー（2回）、マティアス・ザマーに続く3人目、4回目の受賞である。しかし、彼らはリベロといわれるポジションであり、両者とも90分のほとんどをMFとしてプレーしていたことを考えると、純粋なDFとしては史上初の受賞である。また、イタリア人選手では1993年のロベルト・バッジョに続き5人目、更にイタリア人DFとしても、ドイツ人以外のDFとしても初の受賞でもある。しかし、その後は精彩を欠き、2009年夏に3年間過ごしたマドリーを離れ、古巣ユヴェントスと1年契約で復帰した。この古巣復帰に際しては、以前のようなパフォーマンスは期待されないだろうとの評価からユーヴェサポーターとの関係も修復されず、シーズン開幕を迎えた。2009-10シーズン終了後、UAEのアル・アハリ・ドバイと2年契約した。2011年6月にアル・アハリを退団。アル・アハリを退団した後、7月に膝の怪我のため現役引退。