江戸時代に京・大坂・江戸を手本に町人文化が繁栄し、現在でも小京都などと呼ばれる。特に、代官・郡代により掛屋に指定された商人は大名貸の金利などにより利益を得ており、その利益や蓄えを俗に日田金（ひたがね）といった。日田金は一例として、広瀬淡窓の弟である6世広瀬久兵衛（ひろせきゅうべい、1790年 - 1872年）による治水工事（小ヶ瀬井路）や通船用への川の整備、干潟の干拓（呉崎新田・久兵衛新田（宇佐）など）工事などの事業、大名の財政再建などに投じられている。幕末に広瀬淡窓の開いた私塾咸宜園には日本中から塾生が集まった。塾生には蘭学者の高野長英や近代軍隊の基礎を築いた大村益次郎などがいる。
1593年、豊後国を治めていた大友義統が文禄・慶長の役において敵前逃亡の責めを負って改易され、領国内であった日田郡は蔵入地（豊臣家直轄地）となり、宮部継潤らによる検地（太閤検地）が行われた。宮木豊盛が代官として入領して日隈城（隈城）を築き、のち毛利高政が日隈城に入城して日田郡2万石および玖珠郡を治めた。1600年の関ヶ原の戦いで毛利高政は西軍につき、日隈城は豊後国内の攻略を行っていた黒田孝高勢と講和して開城。毛利氏は豊後国佐伯への転封となり、日田は黒田孝高家臣の栗山善助預かりとなって日隈城に詰めた。1601年、小川光氏が日田郡に入領し日田盆地北部にある丸山（月隈山）に丸山城を築城。日田郡の内、丸山城を中心とする北部を小川氏、日隈城を中心とする南部を栗山氏に代わって毛利氏預地として治めるところとなった。1616年、小川氏に代わり石川忠総が丸山城に入城。城を改修して永山城と改名し、城下町も移転して豆田町と改める。1633年、石川氏が下総国佐倉藩に移封となり、中津藩・杵築藩の預地となる。1639年、江戸幕府直轄領となり、初代代官の小川藤左衛門、小川九左衛門は城を廃して麓に陣屋を置いた。その後、幕府の直轄領である支配所（天領）や他藩の預地、松平直矩などいくつかの大名支配を経て、1686年以降は大名が入封することなく明治まで幕府の支配所となり、幕府が任じた代官が赴任するところとなった。江戸中期の1767年、日田代官の揖斐政俊が西国郡代に格上げされ、それ以降は九州の支配所を治める郡代支配の拠点となった。最後の郡代は窪田鎮勝。享保19年（1734年）当時には、豊前・豊後・日向・筑前の直轄地合わせて12万石を支配し、江戸末期には16万石にもなった。
朝廷と諸侯王国の呉との関係は、文帝の存在もあって一応の安定を得たものの、紀元前157年に文帝が崩御すると、事態は急変する。文帝の後を継いだ景帝はかつて世子の劉賢を殺害した相手であり、さらに景帝の側近である前述の鼂錯は文帝時代から積極的な諸侯王削減策を唱えていた。銅と塩の利益を独占して、犯罪者を庇護する制度を保った劉濞は、これに危機感を覚え、中大夫の応高を派遣して、朝廷の政策に反感を持っている同族の膠西王劉卬や楚王劉戊や趙王劉遂らと手を組み、紀元前154年、「私は62歳で軍を率い、私の末子は14歳で従軍している。これより62歳以下、14歳以上の男子には兵役に就く義務を課す」と号令して、二十余万の軍勢を率いて挙兵した。これが呉楚七国の乱である。中央集権に反感を覚えていた諸王はおろか、南越の兵まで加わったことで、反乱軍の総数は七十万を越えたという。また、呉の豊富な経済力もあって、当初の情勢は反乱軍が優勢であり、長安では討伐軍への従軍を命じられた諸侯がその費用を金貸しに借りようと申し込んだ際に、長安中の金貸しから断られたという逸話が残るほどであった。また、劉濞の亡弟の劉広（徳哀侯）の子である劉通（徳頃侯）と、かつて諸侯王の勢力を弱めることを反対した以前の呉の宰相を務めていた袁盎が勅使として、呉王劉濞の陣営に向かったが、劉濞自身は自ら漢の東帝を自称して、甥のみ謁見に応じて、袁盎には会わずにそのまま抑留を命じた。しかし、劉濞は有利な情勢に気をよくし、数を頼む以外、殆ど無策であった。これ対して、朝廷は対策を打ち始めていた。朝廷は諸王の反感を買っていた鼂錯を処刑し、反乱軍の政治的結束にほころびを生じさせた。さらに、新たに先帝の信頼の厚い周亜夫を大尉に任じた。周亜夫は正面の防衛を他の官軍に任せ、反乱軍の糧道を破壊する作戦を取った。正面の梁を守る景帝の実弟の梁王劉武により足止めを余儀なくされ、兵質を数と勢いで補っていた反乱軍は、補給と結束に問題を抱え始め、勢いは次第に失われつつあった。上下問わず逃亡が相次いだ事に危機を覚えた劉濞はようやく正面攻撃を中止し、周亜夫の拠点に直接攻撃をかける策に出たが、手の内を読まれ大敗北を被り、呉軍は壊滅した。劉濞はわずかな側近たちを引き連れて、かねてから親交のあった東甌王の下へ逃走した。しかし、ここで東甌王の裏切りに遭い、刺客に殺害された。また、首謀者の劉濞の死を知り、反乱を共謀した各国の王やその太子らも自害し、もしくは朝廷軍に討ち取られ、呉楚七国の乱は3ヶ月で鎮圧された。強大な呉の富と、広大な地域を占める諸王の国力を連合してすら、成長した中央政府の人材と制度の高い力量の前には、あっけなく敗れ去る事が明らかになった。これ以降、漢王朝は諸侯王の勢力削減策をさらに強化し、中央集権制への移行を進めることになった。