ボカ・ジュニアーズやCAリーベル・プレートなどのビッグクラブからのオファーもあったが 、2006年6月、プロサッカー選手としてのキャリアをスタートしたエストゥディアンテス・デ・ラ・プラタに復帰した。12月、優勝決定戦でボカ・ジュニアーズを破り、23年ぶりに国内リーグ優勝を果たした。2007年、ベネズエラで行われたコパ・アメリカで代表復帰し、3ボランチの一角として準優勝に貢献した。代表に復帰してしばらくは、ボールを持つたびにブーイングが浴びせられた。2008年のコパ・スダメリカーナでは決勝でSCインテルナシオナルに敗れたが、準優勝を果たした。2008年12月31日、フアン・ロマン・リケルメやサルバドール・カバニャスらを抑えて南米年間最優秀選手賞を獲得した。2009年のコパ・リベルタドーレス決勝はグループリーグでも対戦したクルゼイロECが相手だった。ホームでの第1戦を0-0で引き分け、優勝は難しいと思われたが、第2戦で0-1の劣勢から2-1と逆転し、自身初の優勝を果たした。クラブ史上39年ぶり4度目の優勝に導いたが、「（自分の給料を）下部組織のために使って欲しい」と40%減俸を受け入れ、契約延長に合意した。FIFAクラブワールドカップ2009では、決勝で欧州代表のFCバルセロナに敗れて準優勝だったが、この年には2年連続の南米年間最優秀選手賞に輝いた。大会後には世界中のクラブから獲得オファーの打診を受け、中でもインテル時代の恩師ロベルト・マンチーニが率いるマンチェスター・シティFCからは1年契約で700万ポンド（約10億円）（※1400万ユーロという説も）という破格のオファーを受けたが、ベロン本人はこの話を固辞し  、エストゥディアンテスへの愛情を示した。2011年10月7日に引退宣言をしたが、チームメートからの慰留を受け引退を半年遅らせることを決断した。2012年4月にプロのキャリアから引退し、クラブのスポーツディレクターに就任した。同年6月29日、アルゼンチン6部のアマチュアクラブ、アソシアシオン・コロネル・ブランドセンに加入し、2012年シーズンのクラブの優勝に貢献した。2013年からエストゥディアンテスに復帰し、2014年5月19日に2度目の現役引退を表明した。
2003年夏にチェルシーFCへ移籍した。チェルシーはこの年、ロシア人の大資産家ロマン・アブラモヴィッチがオーナーに就任し、金に物を言わせた補強政策をとっていた。クレスポもチェルシーに引き抜かれ、3度目のチームメイトとなった。このシーズンも怪我に悩まされた。2004年3月、ペレが選ぶFIFA 100（偉大なサッカー選手100人）に選出された。2004年夏にイタリア・セリエAのインテルへレンタル移籍した。クレスポはACミランへ移籍し、ベロンのライバルとなった。
2001年7月、イングランドのマンチェスター・ユナイテッドFCへ移籍。移籍金はイングランド史上最高の2810万ポンド（約50億円）であったといわれる。移籍当初は怪我や異国でのプレースタイルの違いもあったのか、これまでのような活躍ができなかった。2002年日韓ワールドカップにアルゼンチン代表のキャプテンとして臨んだが、グループリーグ敗退に終わり、批判を浴びた。2002-03シーズン、プレミアリーグで優勝したが、本来の実力は発揮できなかった。
1999年夏には、SSラツィオに移籍した。前年度のUEFAカップウィナーズカップ王者としてUEFAスーパーカップに出場し、タイトルを獲得した。1999-2000シーズンは大きな活躍を見せ、セリエAとコッパ・イタリア、スーペルコッパ・イタリアーナの3冠を飾った。2000年夏にはパルマ時代の同僚であるクレスポが加入した。この時期には、イタリア市民権を得るために偽造パスポートを使用したという疑惑が浮上したが、サッカー連盟は無実を認定した。
1998年のフランスワールドカップではアルゼンチンの中心選手としてプレーし、全5試合にフル出場してベスト8進出に貢献した。ワールドカップ後、パルマACへ移籍した。当時のパルマは1990年代後半より積極的な戦力補強を進め、イタリアの新勢力としての地位を固めつつあった。また、ベロンと同じアルゼンチン代表選手であり、同じクラブを渡り歩くことになるエルナン・クレスポが在籍していた。クレスポとは公私に渡る親友として知られている。1998-99シーズンにはチームの中心としてコッパ・イタリアとUEFAカップの2冠を達成に貢献した。
西ローマ帝国が衰退するとともに、ゲルマン人部族が軍事を牛耳るようになり、やがて王国を形成するに至った。メナピィ族の領地だったフランデレン海岸は「ザクセン海岸」の一部になり、ベルギー北部の内陸部でもライン河岸のローマ国境からのフランク人が4世紀にトクサンドリアへの移住を認められた。農地が貧しく、森林地帯の多いワロンではよりローマ化されたままだったが、それも5世紀にはフランク人の影響を受けるようになった。フランク人はローマの軍事において重要性を維持、やがてメロヴィング朝がフランス北部を占有するに至った。メロヴィング朝の初代国王クロヴィス1世ははじめて（それまでローマ化されていた）フランス北部を征服（後のネウストリア）、続いて北方のフランク人領地（後のアウストラシア。ベルギーの大部分を含む）に転じた。彼はカトリックに改宗、多くの人々もそれにならった。キリスト教の宣教師は市民に説教、大規模な改宗につながった（聖セルヴァティウス、聖レマクルス、聖ハデリンなど。前者は4世紀、後者2人は7世紀の人物）。メロヴィング朝の後をカロリング朝を続いたが、その国王の家族基盤は現ベルギー東部地域にあった。カール・マルテルが732年のトゥール・ポワティエ間の戦いでウマイヤ朝の進撃を食い止めた後、カール大帝（768年から814年まで在位）がヨーロッパの多くを支配下に置き、800年にアーヘンでローマ教皇レオ3世より「新しい神聖ローマ帝国の皇帝」として戴冠した。ヴァイキングによる襲撃はこの時期に広く行われたが、ベルギーで問題を起こしていた大規模なヴァイキング植民は891年にアルヌルフによってルーヴェンの戦いで撃破された。フランク王国はメロヴィング朝とカロリング朝の下、分裂と再統一を繰り返したが、やがてフランス王国と神聖ローマ帝国との間の分裂が定着した。フランドル伯領のうちスヘルデ川西部の地域は中世にはフランス領になっていたが、残りの部分とネーデルラントは神聖ローマ帝国領になり（具体的には下ロートリンゲンの部族大公）、独立した王国として存続した時期もあった。中世前期にわたって、現ベルギー北部がゲルマン語圏である一方、南部はローマ化されたままであり、俗ラテン語の一種を話した。11世紀と12世紀に神聖ローマ皇帝もフランス王も自国領への支配力を失う中、およそ現ベルギーにあたる地域にはいくつかの封建国家が自立した。これらの国家とはフランドル伯領、ナミュール伯領、ブラバント公領、エノー伯領、リンブルフ公領、ルクセンブルク伯領、リエージュ司教領であった。このうち、リエージュ司教領は司教が封建領主として支配した地域であり、リエージュ司教区よりは小さい。中世末期のヨーロッパではフランデレンの海岸部がイングランド王国、フランス、神聖ローマ帝国との貿易により最も豊かな地域の1つになり、文化的にも重きをなした。11世紀と12世紀の間、モザン美術が栄えたが、その中心はケルン、トリーアからリエージュ、マーストリヒト、アーヘンへと移動した。このロマネスク美術の代表作として、ケルン大聖堂の聖三賢者の聖箱、リエージュ聖バルテルミー教会の洗礼盤（レニエ・ド・ユイ作）、スタヴェロ三連祭壇画、スタヴェロの聖レマクルス聖堂、マーストリヒトの聖セルヴァティウス聖堂などがある。