2004年初め、 X.Orgとfreedesktop.orgの様々な人々が集まりX.Org Foundationが結成され、The Open Groupはx.orgというドメイン名の権利を譲渡した。これにより、Xの管理運営は大きく変化した。1988年以来（前のX.Orgも含めて）Xの開発運営は業界団体が行っていた。しかし、X.Org Foundationはソフトウェア開発者が主導し、バザールモデルに基づいたコミュニティによる開発であり、外部からの参加に依存している。個人参加も可能で、企業がスポンサーとして参加することも可能である。現在、ヒューレット・パッカードなどの企業がX.Org Foundationに援助している。FoundationはX開発における監督的役割を担う。技術的判断はコミュニティでの合意形成によってなされ、何らかの委員会で決定されるわけではない。これはGNOME Foundationの非干渉主義的開発モデルに非常に近い。Foundationは開発者を雇っていない。2004年4月、X.Org FoundationがXFree86 4.4RC2にX11R6.6の変更をマージしたX11R6.7をリリースした。GettysとPackardは、従来のライセンスのXFree86の最新版をベースとしてオープンな開発モデルを採用しGPLとの互換性を維持することで、かつてのXFree86開発者の多くを呼び戻した。2004年9月、X11R6.8がリリースされた。これには多くの新機能が追加された（透明なウィンドウサポート、その他の視覚効果のサポート、3次元表示サポートなど）。また、外部アプリケーションとして、コンポジット型ウィンドウマネージャと呼ばれるもので見た目のポリシーを提供できるようになった。2005年12月21日、X.Orgは従来からのユーザー向けにモノリシックなソースコードであるX11R6.9と、同じコードをモジュール化して分割したX11R7.0をリリースした。2006年5月22日、多数の機能強化を施したX11R7.1をリリースした。
1997年中ごろ、X Consortium, Inc.はXの管理運営をThe Open Groupに移管した。これは、Open Software FoundationとX/Openが1996年初めに合併して結成された業界団体である。The Open Groupは1998年初めにX11R6.4をリリースした。しかし、The Open GroupはXの開発資金を確かなものとするため、これまでのライセンス条件を変更し、これが議論を呼んだ。新たな条件では、多くのプロジェクト（XFree86など）やいくつかの商用ベンダーでの採用が困難であった。これを受けてXFree86が分裂しそうになると、The Open Groupは1998年9月にX11R6.4を改めて従来のライセンス条件でリリースした。The Open Groupの最後のリリースはX11R6.4 patch 3であった。
1987年、X11の成功が明らかになると、MITはXの運営責任を放棄したいと考えるようになった。しかし、1987年6月に9社の主なベンダーが集まった会議で、各社はMITに対してXをまとめていくには中立的な団体が管理する必要があることを訴えた。1988年1月、MIT X Consotiumが非営利の業界団体として設立された。責任者はScheiflerで、今後のX開発の方向性を業界と学界の動向を加味して決定することとなった。1988年1月にはJim Fulton、1988年3月にはキース・パッカードが参加し、Jim はXlib/フォント/ウィンドウマネージャ/ユーティリティの開発、キースはサーバの再実装を分担するようになった。Donna ConverseとChris D. Petersonが同年末までに参加し、ツールキットとウィジェットを分担し、Project AthenaのRalph Swickと連携して作業を行った。MIT X ConsortiumはX11のリビジョンをいくつかリリースしていった。最初のX11R2は1988年2月にリリースされた。1993年、MIT X Consortiumの後継としてX Consortium, Inc.（非営利組織）が設立された。そして、1994年5月16日にX11R6をリリース。1995年には、MotifツールキットとCommon Desktop Environmentの開発管理も行うようになった。X Consortium, Inc.は1996年末には解散し、X11R6.3を最後にリリースした。コンソーシアム参加各社による囲い込みのような状況になったことが解散の原因とされている。
2001年6月5日のMLBドラフトコロラド・ロッキーズから2巡目（全体44位）指名を受け、6月14日に契約成立。この年からルーキー級パイオニアリーグのキャスパー・ゴースツでプレーを始め、42試合で打率.294・出塁率.379の好成績を挙げる。2002年は、A級アッシュビル・ツーリスツで14本塁打・14盗塁。2003年は、A+バイセイリア・オークス級で21本塁打・24盗塁、更にはカリフォルニアリーグのベスト・ディフェンシブ・セカンドベースマンに選ばれるなど、一段ずつ着実にステップアップして行く。2007年は、AAA級コロラドスプリングス・スカイソックスで124試合・打率.292・11本塁打・58打点・出塁率.342・OPS.793・24盗塁。シーズン終了後の11月、台湾（台北市）で行われた第37回IBAFワールドカップでは打率.387（31打数12安打、内6本が長打）と活躍し、アメリカの金メダル獲得に貢献、大会MVPを受賞している。2008年はスプリングトレーニングで結果を出すと、チームがキャンプ最優秀選手に贈るアビー・グリアー賞を受賞。ヒューストン・アストロズに移籍した松井稼頭央の後釜として、開幕ロースター入りを果たす。4月1日の開幕戦（対セントルイス・カージナルス）において八番打者・二塁手としてスタメン起用され、メジャー・デビュー（2打数無安打1打点2四球）。翌2日、ラス・スプリンガー投手からセンター前に初安打を放った。4月25日まで打率.111・出塁率.216・OPS.349と不振に陥りマイナー降格になったが、AAA級コロラドスプリングスでは64試合・打率.300・出塁率.369・OPS.962・9盗塁と盛り返し、7月23日、最終24人目のメンバーとして北京オリンピックの野球アメリカ合衆国代表チームに選出。8月23日に行われた日本代表チームとの三位決定戦では、二番二塁手としてスタメン起用され（4打数1安打1四球2出塁1得点）、アメリカの銅メダル獲得に貢献した。10月15日にFAとなった。