伝説の桜吹雪会を解明した黒河内と清家だったが、これをきっかけに公安の監視対象となる。新たに赴任した清家の美人上司・緑川もまた公安であった。その中で、黒河内は霊感商法、清家は白骨死体の捜査を行っていたが、やがてそれらは15年前に起こったカルト宗教団体・ピュア達磨教の大規模テロ事件や、迷宮入りした警察庁長官銃撃事件に繋がっていく。清家父の死も、実は警察庁長官銃撃事件の極秘捜査中のことであった。やがて事件には「囁く男」と呼ばれる赤軍テロリストであり同時に公安のSでもある人物が浮かび上がる。さらには、伝説のテロ組織「大人は判ってくれない」の参謀役が警察上層部に紛れこんでいることが明かされる。その謎の参謀役を捜査している公安の若王子は、彼を突き止めるために、赤軍テロ組織の内幕に詳しい桐谷（栗塚）の協力が欲しく、黒河内に協力を求める。黒河内の捜査と、栗塚に協力を求められ帰国を果たした露口によって参謀は青沼審議官と判明するが、その矢先に栗塚が殺されてしまう。復讐を誓う黒河内は「囁く男」こと鳥尾恭児を捕まるべく奔走するが、その途中で、これが彼らの罠であることに気づく。真の黒幕は目黒審議官であり、鳥尾と目黒は、カルト教団残党を操り原発テロを企てていた。さらにはそれすらも囮で、かつては失敗に終わった警察庁長官銃撃事件の再来を狙っていた。しかし、黒河内の機転で事件は未然に解決し、鳥尾は目黒を殺して逃亡する。その後、清家は緑川より父の死の真相を知らされ、目黒に唆されたとはいえ、知古の先輩・野中が犯人であった。鳥尾に唆された野中は清家と緑川を人質に黒河内を殺そうとするが、先手を打った黒河内に拘束される。目黒の件、野中の件は共に警察の威信に関わるため秘匿されることとなり、不信感を抱いた清家は辞職を考えるが、鳥尾の行方を追う黒河内の説得で公安への異動を決める。
沢渡を逮捕させることに成功した黒河内は、更に沢渡を確実に仕留めるべく担当検事の越後を脅す。越後は、12年前にIT界の寵児と呼ばれる綾瀬から彼の粉飾事件に絡んで5000万円の賄賂を受け取った過去があり、さらに黒河内は、綾瀬のために銀行強盗を行い出所した高宮に接触して、綾瀬の灰谷殺しを証明し、逮捕する。沢渡は越後に黒河内を始末する代わりに不起訴とする取引を持ちかけ、黒河内は赤刃組の組員に襲われ重傷を追う。黒河内と清家の捜査の結果、赤刃組の背後には警察の闇組織・桜吹雪会がいた。綾瀬を不起訴にさせた黒河内は桜吹雪会との停戦に成功したという。一方、清家は亡き父の友人でもあった遠藤から、3億円事件や桜吹雪会について教えられる。だが、その直後に遠藤は辻班に殺害されてしまう。だが、辻班も、桜吹雪会の功労者である遠藤殺害命令が下ったことに納得がいかず、城尾に掛け合うといった班長の辻は無残な死体で発見され、他の班員も次々と殺されていく。黒幕は桜吹雪会のボスである城尾と思われていたが、城尾と対面した黒河内は彼が既に実権を失っていることを見抜く。さらに桜吹雪会の設立経緯を追っていた2人は、3億事件の真犯人である桐谷英人が生きていること、消えた3億円を元手に当時のテロ対策の一環でマネー・ロンダリングされ300億円となり、桜吹雪会の原資になったことなどを突き止める。黒河内は沢渡を桜吹雪会に殺させようと策謀し、越後に不起訴にさせる。赤刃組組長・青松は釈放直後の沢渡の命を狙うが、黒河内の狙いに気づいた越後が持ち前の正義感で沢渡を庇い、殉職する。黒河内は自分の策で越後が死んでしまったことに強いショックを受けるが越後の妻より、彼の言葉と3億円事件の有力な情報を伝言される。やがて高橋がすべての黒幕で、金を独り占めにするために殺害指令を出していたことが判明する。高橋は城尾を殺し、すべての罪を加賀になすりつけて逃亡しようとするが、加賀と井出の逆襲にあって深手を置い、更に錯乱した綾瀬に刺されて力尽きる。桜吹雪会の上層部が壊滅した中、幹部の西郷と栗塚によって桜吹雪会は活動を停止することが決定する。後日、黒河内は、栗塚こそが桐谷本人だと気づき、3億円事件とそれに絡む公安の影の仕事、そして一連の事件の真相を知る。
熱帯や亜熱帯にある浅海に生息する。季節的な回遊は行わないが、数百キロメートルを移動することもある。シャーク湾やモートン湾では季節移動を行うとする報告例もある。単独もしくは母親と幼獣からなる数頭の群れを形成することが多い。生息数が減少した現在ではまれであるが、数百頭に達する大規模な群れを形成することもある。胸鰭を使って海底を徘徊し、速く泳ぐ際には尾鰭を使う。遊泳速度は時速3キロメートルで、危険を感じた時は時速22キロメートルで逃げることもあるが長続きはしない。野生下の潜水時間は平均1分12秒から1分30秒・平均1分23秒の報告例がそれぞれあり後者では最長6分40秒の報告例もある。空中観察から水深11 - 12メートルまで潜水できると考えられている。一方でオーストラリアのクイーンズランド州では水深33メートルで食跡が発見された例もある。飼育下での潜水時間は最長13分20秒の報告例がある。人間による狩猟などがない地域では聴覚を頼りにダイバーやボートに興味を持って接近することもある。食性は植物食で、ウミジグサ属Holodule、ウミヒルモ属Holophila、ベニアマモ属Cymodocea、リュウキュウスガモ属Thalassiaなどの海草を食べる。昼間に採食を行うが、人間がいる地域では夜間に採食を行う。1日あたり体重の10 - 16 %の量の食物を摂取していると推定されている。摂取した食物は144 - 168時間（6 - 7日）、体内に留まった後に排泄される。飼育下でアマモ（自然下では熱帯に分布する本種と温帯に自生するアマモは同所的に分布しないため摂取しない）を与えた実験から食物の消化率は80 %以上と推定され、植物食の陸棲哺乳類よりも高い。オーストラリアでは洪水やサイクロンにより海草が広範囲で死滅することがあり（例として1992 - 1993年にハーヴェー湾では洪水とサイクロンにより海草が約1,000平方キロメートルにわたり死滅した）、そのような場合は別の場所へ移動するか繁殖を遅らせる。繁殖様式は胎生。交尾は鳥羽水族館でオスが斜め後方からメスに接近し、前肢でメスを固定した後に陰茎を挿入した観察例がある。妊娠期間は13か月。1回に1頭の幼獣を産む。出産間隔はオーストラリア周辺では3 - 7年。授乳期間は18か月。幼獣は母親の胸鰭後方について泳ぎながら乳を飲み、母親は前肢で抱きかかえながら授乳はしない。低緯度地方では生後6年、高緯度地方では平均で生後17年で性成熟する。寿命はメスは歯の成長輪から最大73年と推定されている。