ガラス張りで色とりどりの箱が突き出たような建物を設計したのはジャン・ヌーヴェルである。また、熱帯を思わせる美術館周囲の庭園はランドスケープ・アーキテクトのジル・クレモンの、建物外壁に植物が植えられた「生きた壁」は美術家・造園家のパトリック・ブラン（Patrick Blanc）の設計による。所蔵品はヨーロッパ以外の世界の、古代から現代に至る美術品・民具・衣服・装飾品などである。これらはパリの人類博物館にあった民族学資料30万点と、国立アフリカ・オセアニア美術館にあった民族美術コレクション3500点からなる。巨大な内部空間には壁はなく、展示品はアフリカ・アジア・オセアニア・アメリカ各地域にゾーン分けされている。また写真、映像、音楽、文章など様々なメディアで諸民族の文化を紹介している。また常設展示以外にも館内の一部や庭園を使った特別展も開催され、多彩な収蔵品からテーマごとに選ばれた美術品が展示される。
この美術館を構想したのは、「原始美術」（プリミティブ・アート）の研究者・コレクターで原始美術についての著書も出版していたジャック・ケルシャシュ（Jacques Kerchache）であった。彼がルーブル美術館に原始美術部門を開設させようと運動し新聞にもその必要を寄稿をしていた1990年、パリ市長のジャック・シラクと会い意気投合した。シラクが大統領となると、ルーブル美術館に原始美術部門を作る準備を始めさせ、同時に原始美術専門館の建設構想も開始した。シラクはジョルジュ・ポンピドゥ大統領がポンピドゥ・センターを作り、ミッテラン大統領がオペラ・バスティーユなどグラン・プロジェを推進したように、この計画を強力に推進し、自身の在任中の代表的な文化プロジェクトにしようとした。
スタジオアルタは、1982年10月4日から2014年3月31日まで『森田一義アワー 笑っていいとも!』の公開生放送が行われていた場所である。司会者である「タモリさんの所」とも言われる。番組が始まるとスタジオアルタ前の様子が番組タイトルのバックに映し出されるため、放送開始時間に集まる者もいた（時折アルタビジョンにも流れることがあり、最終回当日は全編同時放映も行われた）。1984年10月1日から1990年12月28日までは平日の12:00 - 13:30（JST）にフジテレビ系列の2番組（『笑っていいとも!』と『ライオンのいただきます』）を生放送していた関係で、『笑っていいとも!』終了後の提供クレジットが入っている際に『ライオンのいただきます』の番組スタジオセットに変わっていく様子を見ることができた。完成当初は、テレビ東京の番組も複数収録・生放送されており、生放送番組では『タモリの突撃ナマ放送』（1980年10月5日 - 1981年6月28日）、その後継番組である『ザ・買物ゲーム』（1981年10月4日 - 1983年3月27日、日曜日 12:00 - 13:00）や『レディス4』（1983年5月 - 2012年9月、月 - 金曜日 16:00 - 16:54、当時のアルタ使用は月曜のみ）などがあった。1990年4月24日放送、日本テレビ『ダウンタウンのガキの使いやあらへんで!!』で、しりとりを「す」で返す対決で敗れた松本人志が、SМ亀甲縛りをしながら番組宣伝する罰ゲームをアルタの大画面で公開され、それを見ようと集まったギャラリーで東口が大混乱に陥った（まだカラーではなく、セピア色の画面だった）。2005年6月25日から7月24日までの1か月間、スタジオ機器のデジタルハイビジョン化工事を行った。この間、『笑っていいとも!』はお台場のフジテレビV3スタジオから放送された。工事完了後の7月25日からは、屋上を含めビル内どこからでもハイビジョン収録・生中継が可能となっている（フジテレビとは常時映像回線が繋がっている。ただし、アルタの副調整室からは生番組で必須となる「CM送り出し」などのいわゆる「アンタイム制御」ができないため、フジテレビ本社側にも「受けサブ」を開く必要がある（テレビ東京が同所で生番組を放送していた際も同様）。またテロップの類もアルタではなく「受けサブ」から送出している。屋上はフジテレビが設置・管理する同社専用のお天気カメラが設置されており、これもハイビジョンカメラである。なお、『笑っていいとも!』などフジテレビが制作する番組は、フジテレビ本社（お台場）に光ファイバーでHD/SD転送されてローカルマスター経由で、2013年5月30日までは東京タワー、翌日以降は東京スカイツリー（いずれもフジテレビ親局）から送出して放送され、ネットマスターを経由して全国の系列局に送出されていた。『いいとも』終了後は周辺地域で「いいとも不況」が懸念され、『いいとも』に花を納品していた花屋では売上げの減少を危惧しているほどであり、その後もスタジオアルタ自体はイベントなどでの使用もあり、閑古鳥は鳴いていないにしても経営が赤字基調になっている。2014年9月23日、TOKYO MXの平日帯枠の生放送番組である『5時に夢中!』および『バラいろダンディ』の公開生放送が行われた。当スタジオからの公開生放送は『笑っていいとも!』最終回以来約半年ぶりとなった。その後、TOKYO MXでは『5時に夢中!』をはじめとした各種生放送番組の節目で随時公開生放送を行っており、スタジオアルタ休止前では最後の生放送番組も2016年3月31日放送の『出張！5時に夢中！in新宿スタジオアルタFinal〜内藤聡子卒業SP〜”』となった。その他Kawaiian TV主催のイベントも同所で開催されている。なお、2016年3月12日には、フジテレビの深夜番組『久保みねヒャダこじらせナイト』の番組イベント「久保みねヒャダこじらせライブin新宿アルタ」が開催された。アルタで収録されたフジテレビの番組も休止前では本番組が最後で、この模様は4月3日（4月2日深夜）の同番組の1時間スペシャル内で放送された。