1997年からはひざの手術の影響もあり、スピードが衰えためセイフティに転向、フリーエージェントでサンフランシスコ・フォーティナイナーズに移籍した。さらに翌1998年にはボルチモア・レイブンズに移籍する。1999年にはスポーティングニューズ誌が選出した「偉大なアメリカンフットボール選手100人」の87位に選ばれた。2000年には第35回スーパーボウルを制覇した一員となった。2002年にはオークランド・レイダーズに移籍、37歳となっていたが、デンバー・ブロンコス戦では98ヤードのインターセプトリターンTDをあげるなど、タンパベイ・バッカニアーズのブライアン・ケリーとともにNFLトップの8インターセプトをあげてチームに貢献し、第37回スーパーボウルに出場した。2003年は9月に左ひざを手術し10試合の出場にとどまる。翌2004年、チームの身体検査にパスできず、放出され引退した。彼に代わってセイフティのポジションに着いたのは、奇しくもパデュー大学での彼のインターセプト記録を更新した選手であった。ウッドソンが17年間の現役中に記録した1,483インターセプトリターンヤード、12インターセプトリターンTDはNFL歴代1位の記録である。他にも71インターセプト（NFL歴代3位）、32ファンブルリカバー、137ファンブルリターンヤード、2,362パントリターンヤード、プロボウル選出回数はディフェンシブバックとしてはNFL歴代1位である。コーナーバック、セイフティ、キックリターナーの異なる3ポジションでプロボウルに選出されたのも彼が最初であった。その後、NFLネットワークの「NFLトータルアクセス」に出演する一方、フォートウェインでBMWのオートバイのディラーを経営している。また、1994年以降、少年達へフットボールを教える活動もしている。2011年、ヒュー・ジャクソンオークランド・レイダーズヘッドコーチの下でディフェンシブバックコーチを務めた。2015年2月10日、ジャック・デルリオレイダーズヘッドコーチの下ディフェンシブバックコーチを務めることが発表された。
1987年にピッツバーグ・スティーラーズからNFLドラフト1巡全体10位で指名され入団、プロ入り後はCB、リターナーに専念し1996年まで在籍した。プロ初年度の1987年は先発無しの8試合出場であったが、45ヤードのインターセプトリターンTDを記録。2年目の1988年からはレギュラーに定着し、キックオフリターンTDも記録した。その後も1989年からは6年連続でプロボウル・オールプロに選出されるなどリーグを代表するCBとなった。ビル・カウアーがヘッドコーチに就任した1992年にはCBとしては異例の6サックを記録。11月15日のデトロイト・ライオンズ戦では、残り3分33秒に敵陣3ヤード地点でエリック・クレイマーにファンブルを誘発し、ターンオーバーを奪った。1993年は30パスディフェンス、2ファンブルフォース、2サックを記録し、最優秀守備選手に選ばれ、翌1994年にはNFL75周年記念チームに選出された。現役選手の選出は5人のみであった。1995年はシーズン開幕戦のデトロイト・ライオンズ戦で右足ACL断裂という重傷を負ってしまったが、驚異的な回復力をみせ19週後の翌1996年1月28日、第30回スーパーボウルには間に合った。相手チームのダラス・カウボーイズのマイケル・アービンは自分は同じ怪我をしたが復帰までに1年半かかったと語り、驚きを隠せないコメントをしている。1996年はリターナーをやめCBに専念し、7度目のプロボウル・オールプロに選出された。
ウェイン・ホーヴィッツ（異端のジャンルにおける異端者）は、ザ・プレジデント、ピッグペン、ゾニー・マッシュ、そして4+1アンサンブルといったグループを率いてきた。レコーディングやパフォーマンスを共にしてきたのは、ジョン・ゾーン、ビル・フリゼール、エリオット・シャープ、ダニー・バーンズ、タッカー・マーティン、ブッチ・モリス、フレッド・フリス、ジュリアン・プリスター、フィリップ・ウィルソン、マイケル・シュリーヴ、カーラ・ブレイ、ティモシー・ヤング、ボビー・プレヴァイト、スケーリック、ダグラス・セプテンバーほか。おそらくバンド、ネイキッド・シティのキーボード奏者としてよく知られている。また、ワールド・サキソフォン・カルテット、ヒューマン・フィール、マーティー・アーリック、フォンテラ・バス、ザ・リビング・デイライツ、ビル・フリゼール、エディ・パルミエリのレコードをプロデュースしている。作曲家として、ニューヨークの劇場であるザ・キッチン、クロノス・カルテット、ブルックリン音楽アカデミー、ニュー・ワールド・レコード、Seattle Chamber Playersとイアーショット・ジャズ（Earshot Jazz・シアトルのジャズ非営利団体）から委託を受けている。また、ホーヴィッツは、ミート・ザ・コンポーザー、国立芸術基金、ニューヨーク州芸術評議会、メリー・フラッグラー・キャリー・トラスト、シアトル芸術委員会、リラ・ウォーレス・リーダーズ・ダイジェスト・ファンド、米国アーティスト基金といった各団体から委託助成金を受けている。2002年には、シアトルで2004年10月に初演された室内楽オーケストラと声楽のための新しい作品「ジョー・ヒル（Joe Hill）」を創作するためにロックフェラーMAP助成金が授与された。2003年の作品で、弦楽四重奏団とソリストのためにつくられた「Whispers, Hymns and a Murmur」は、シアトルシティ・アーティスト助成金の一部を拠出して、2004年3月に初演された。この作品と以前の弦楽四重奏曲「Mountain Language」がまとめられて、『Whispers, Hymns and a Murmur』のタイトルでTzadikレーベルからリリースされた。最新の弦楽四重奏曲「この栄光の丘（These Hills of Glory）」は、4Culture（非課税公共開発局）と市長芸術文化局の支援を受けて委嘱された。タッカー・マーティンとのコラボレーション、Mylabは、「ザ・ニューヨーカー」誌とAmazon.comのジャズ部門で、2004年のトップ10 CDリストに載った。2005年2月には、イアーショット・ジャズから「コンサート・オブ・ザ・イヤー」のGolden Ear賞を受賞した。演劇と舞踊のための作品としては、シアトルのACT劇場で1998年に制作された『セールスマンの死』（ゴードン・エデルスタイン演出）のための音楽が含まれるほか、エズラ・パウンド『エレクトラ』のプロデュース、ハロルド・ピンター『山の言葉（Mountain Language）』のアメリカ初演（いずれもキャリー・パーロフ演出による）などがある。1992年に振付師のポール・テイラーは、ホワイト・オーク・ダンス・カンパニーと協力し、ウェイン・ホーヴィッツによる11のコンポジションで新作『OZ』を制作した。他の劇場や舞踊の作品には、ビル・アーウィンのブロードウェイ・ショー「Strictly NY」の音楽、そしてリズ・ラーマン・ダンス・エクスチェンジ、Ammi Legendre、Nikki Apino、House of Dames、Crispin Spaeth Dance Companyの制作が含まれる。ホーヴィッツは、様々なビデオ、映画、テレビ、その他のマルチメディア・プロジェクトのため音楽を作曲している。その中には、PBSの「Chihuly Over Venice」の全長スコア、シアトルにあるEMP博物館の作成に関する2つの映画という、ガス・ヴァン・サント監督の2つのプロジェクトが含まれている。2000年1月、ポルトガルのポルトで、2台のピアノ、2本のクラリネット、そしてバイオリンのためのチャーリー・チャップリンの映画『サーカス』に付けられた85分のスコアが初演された。2007年4月現在、ホーヴィッツはGravitas Quartet、Sweeter Than The Day、Varmintなどで活動している。2011年12月、ホーヴィッツはシアトル・コロンビアシティにあるライブ・ミュージック会場、ロイヤル・ルーム（Royal Room）をオープンした。