1999年ベルギー総選挙において、既存政党がダイオキシン事件により大敗、8年間続いたジャン＝リュック・デハーネ内閣が倒れた。ヒー・フェルホフスタットが自由派、社会主義派、緑の党と大連立を組み、カトリック政党（当時はキリスト教民主フラームス）が1958年以来はじめて野党に転落した。1999年7月、フルンとフラームス自由民主がベルギーに7基あった原子炉（40年間稼働していた）を緩やかに停止させる計画を発表したが、次期政府でフルンが野党に転落して、この法律もすぐに廃止されると予想された。しかし、2003年ベルギー総選挙を経ても方針転換の兆しがなく、特に2002年にティアンジュ原子力発電所でおきた事件の後ではなおさらだった。2006年、キリスト教民主フラームスが廃炉の再考を提案した。2003年のイラク危機ではイラク戦争に強く反対した。ヒー・フェルホフスタット内閣は大量破壊兵器について外交的に解決することを提案し、軍事介入は国連の許可が必要であるとの考えを示した。2003年1月30日、ベルギーは同性結婚を法的に承認、オランダに次いで2国目になったが、同性結婚者による養子縁組は許可しなかった。2005年12月に社会党・別が法案を提出してこれを認めさせた。
ベルギーは利子の低い時期に巨大な国債を作り、最初の債務を償還するためにさらなる国債を発行した。その結果、1992年には国債が国内総生産の130%に上ったが、科学研究への大幅な支出減などが奏功して、2001年にベルギーがユーロ圏に加入するときには99%まで下がった。
1996年、政治と刑事裁判制度に対する信頼がマルク・デュトルー事件により大きく揺らいだ。マルク・デュトルーとその共犯が少女を誘拐、強姦、殺害した事件であった。議会による査問では警察が無能で官僚的とされ、刑事裁判制度も官僚的で被害者とのコミュニケーションと支援が弱く、また訴訟手続きが遅く、犯罪者に使われた抜け穴が多かったとされた。事件の余波として、1996年10月26日にベルギー人約30万人がブリュッセルでの白の行進に参加するに至った。
1960年代以降、それまでフランデレンとワロンの両地域で選挙に出馬した政党は言語問題で分裂した。キリスト教社会党は1968年に分裂、ベルギー社会主義者党も1978年にフランス語圏の社会党とオランダ語圏の社会党・別に分裂した。自由派の自由と進歩党も1992年に分裂した。1996年のマルク・デュトルー事件と1999年のダイオキシン事件により既存政党への支持が失墜、カトリック票が失われると、環境主義の政治がベルギーで成功した。
フランデレンの再起に伴い、政治でも権力が徐々に人口の約6割を有するフランデレン人に移された。1967年にはベルギー憲法のオランダ語公式翻訳がなされた。言語戦争は1968年に旧ルーヴェン・カトリック大学がルーヴェン・カトリック大学（オランダ語）とルーヴァン・カトリック大学（フランス語）に分裂したことで頂点に達し、パウル・ファンデン・ブイナンツ内閣も言語問題で同年に倒れた。
1964年4月1日から18日にかけて、アンドレ・ウィネン医師（André Wynen）率いる医者ストライキが起こった。公費負担医療システムの設立に反対するためのストライキだったが、治療が得られずに死亡した患者が数人いたため国際世論の支持を得られなかった。
1959年にコンゴで暴動がおきた後、元々計画された独立への緩やかな移行が大きく加速した。1960年6月、ベルギー領コンゴが短命なコンゴ第一共和国として独立、民主的に選出されたカリスマ性のあるコンゴ人で元政治犯であるパトリス・ルムンバが首相に就任した。ベルギー軍は撤退、公安軍はコンゴの支配下に置かれた。しかし、反乱した兵士がコンゴに残った白人を攻撃したことで治安が崩壊、ベルギー軍はベルギー国民を避難させるために短期間送り込まれた。1960年7月、コンゴ南部のカタンガ州が独立を宣言、カタンガ共和国を建国した。カタンガの独立は当地に多くの財産を有するベルギーの鉱業会社と兵士の支持を受けた。同月、国際連合の平和維持軍がコンゴに派遣された。ほぼ無政府状態に陥ったこの時期には南カサイ地域まで独立を宣言した。ソビエト連邦が共産主義に友好的な政権を樹立することを防ぐために、ベルギーなど西側諸国はジョゼフ・モブツを支持、モブツはコンゴの政権を掌握した。ルムンバは殺害され、コンゴは内戦に陥った。ベルギーの落下傘部隊は再びコンゴに派遣され、今度はドラゴン・ルージュ作戦でスタンリーヴィルに囚われた人質の平民を救出する任務についた。最終的にはモブツが内戦に勝利、彼は再統一したコンゴをザイールと名付けた。
東通村は、平成16年度時点で小学校16校、中学校6校があり、人口に対して学校数が極めて多かった。また、進学状況や各種学力調査においても、殆どの教科で満足出来る数値に達しておらず、恵まれた教育環境とは言えなかったことから、平成16年に学力の充実を目指した総合教育プラン「教育環境デザインひがしどおり21」を策定し、翌年3月に答申を受けた。答申では、「21世紀の国際的リーダーと村をリードする次世代の優秀な人材の輩出」と「子供を持つ世帯に魅力的かつ先進的な教育の村として確立し、定住志向を高め、県内外からの移住取り込みを図る」という2つの大きな目標のもとで、具体的な数値目標が掲げられ、保護者・住民・学校・教育行政が一体となって取り組んでいくことが必要であるとし、骨格デザイン8項目と詳細デザイン30項目で構成された。これらを基に、平成20年4月に中学校6校を1校に、平成21年4月には小学校16校を1校にした。さらに、平成24年4月には、現在10園ある乳幼児施設を認定こども園として1園に統合し、乳幼児施設・小学校・中学校を隣接設置し、幼小中一貫教育の展開をハード面からサポートしていく。ソフト面では、平成17年度に「わが村の先生制度」特区の認定を受け、村費負担教職員を全国公募で15名採用し、小学校で25人学級、中学校で29人学級の少人数学級体制を敷き、小学校段階から主要教科で習熟度別クラス・ティームティーチング・教科担任制を導入し、平成19年の「東通村英語教育特区」の認定により、小学校1年生から英語科を正規教科として採用した。平成17年10月、全国でも珍しい公営の学習塾「東通村学習塾」が開講した。