創業は1934年（昭和9年）10月11日。太平洋戦争敗戦とGHQ占領によって業務を失い、社員の一部は岡村製作所を設立して離脱するが、1949年（昭和24年）5月2日に「日飛モータース株式会社」として再設立した。1953年（昭和28年）7月に「新日本飛行機株式会社」に改称。1956年（昭和31年）4月に「日本飛行機株式会社」に改称。1962年（昭和37年）1月に東京証券取引所に上場。2002年8月に当時25.7%の株を有する筆頭株主の川崎重工業が、2006年以降に開始されるC-X 次期輸送機、P-X 次期哨戒機の開発、製造の基盤を強化するために子会社化案を発表。2003年3月31日付けで日本飛行機株1株に対し川崎重工株1.4株を割り当てる株式交換の方式により100%子会社化された。買収時の大株主は川崎重工業の他、日本航空がいた。
1975年以降の一時期、ベトナム戦争の終結等の理由から航空機整備事業が低迷した。そこで、その他機械の製造開発を進め、無人駐車場の料金精算機等の駐車場管理関係の機械製造などを行っていた。製造会社の日飛電子精機株式会社は2005年にテクニカル電子株式会社に売却された。変わった製品では暴走族バイクの後輪に粘着シートを使ってロープを絡ませる装置なども製造していた。
旧日本軍向けには1934年から量産された九三式中間練習機（赤トンボ）の生産を担当。2733機を生産した。1937年に日飛12試水上初歩練習機（形式K8Ni1）を試作。海軍航空技術廠での評価試験結果は良好であったが採用はされなかった。1942年に水陸両用小型飛行艇である日飛13試小型輸送機（形式L7P1）を試作するが採用はされなかった。この他、九四式水上偵察機、特殊輸送機（兵員輸送用大型グライダー）、秋水局地戦闘機、彩雲艦上偵察機等を生産。九六式陸上攻撃機、零式小型水上偵察機の尾翼や燃料タンク、九九式艦上爆撃機、桜花の主翼など部分品を生産した。第二次世界大戦後は自衛隊向けの航空機の部分品の生産を行っている。1965年からボーイングCH-46シーナイトの胴体構造分を製造。1967年から輸送機C-1の分担生産に参加。1969年から川崎重工業がライセンス生産したP-2Jの外翼、ジェットポッド等の生産を担当した。後継機のP-3Cもエンジンナセルを生産した。1980年代からは川崎重工業を通じてF-2戦闘機の生産に加わっている。US-2救難飛行艇、C-2輸送機、P-1哨戒機でも共同開発や部品の生産に参加している。アメリカ空軍向けには、1990年代に早期警戒管制機E-767の機体部分品、2003年に空中給油機KC-767の100機分の機体部分品を受注したことがあるが、この際に、当時の日本政府の方針である武器輸出三原則に抵触しないかが問題となった。経済産業省の見解としては『基本的には民間機の改良と同じで、武器輸出三原則で禁じられている武器輸出には相当しない』ものとされた。
1997年ごろ、学生時代に所属していたサークル内で自己啓発セミナーが流行り、自己啓発セミナーに所属していないメンバーがセミナー所属メンバーを過度に排除するようになったことをきっかけに、自己啓発セミナーの問題に注目する。学内新聞を作るサークルにも所属していたことから、学内新聞でこの問題を取り上げ、在学中に院生と「自己啓発セミナーと精神世界」を共同運営。これを前身として、大学中退後に「自己啓発セミナー対策ガイド」を運営。2007年頃に宗教ネタも取り入れたブログを始め、2009年にGoogle運営のブログサービスBloggerを利用した「やや日刊カルト新聞」をスタートさせた。やや日刊カルト新聞はGoogleニュース掲載サイトとしても登録されており、一部の記事がGoogleニュースから配信されている。初期のサイトの頃はカルト問題を硬い調子で論じてたが、真面目なだけでは被害者やその周辺の人しか読みに来ないため、カルト問題の予防のためには幅広い人々に読んでもらいたいと思い、皮肉や風刺、面白おかしい調子をブログに取り入れていった。藤倉は、「予防線としては、弁護士や被害者団体が作る真面目な注意喚起サイトだけではなく、サブカル的なにおいのするネタ記事が果たす役割も絶大だと思うんですよ」と述べている。藤倉は、取材で見たカルトでは教団に尽くす信者がないがしろにされていることが多く、「カルト的」とは「大雑把にいえば、団体内でメンバーの人権を踏みにじったり、世の中にちょっかいを出して害をなしたりする集団」であり、教義のトンデモ度は関係ないとしている。強いクレームはサイトに全文掲載し、やり取りをガラス張りにするようにすることで、カルト団体側の圧力のストッパーにしている。藤倉は主筆・代表として活動したが2015年に退き、「創始者兼総裁」と名乗っていたが、後述の刑事事件による起訴により2018年に解任され、現在では「被告人兼総裁」と名乗っている。「やや日刊カルト新聞」の主な活動原資はブログの広告収入と寄付である。広告収入でカルト問題に取り組む人物や団体の社会的な貢献を讃える「やや日刊カルト新聞社賞」を主催、第1回目は信者の家族による団体「オウム真理教家族の会」が授賞した。目標はサイトを続けることで、本業に支障のない範囲で参加してもらい、自分が死んでも他の人に引き継いでもらいたいと考えている。サイト運営や取材・執筆は無報酬でいいが、取材費までメンバーが持ち出すと負担が大きいため、広告収入やカンパで経費すべて賄えるようにしたいと語っている。基本的には印刷媒体ではないが、コミックマーケットに出店する際には、新聞紙面の体裁に編集したものを「号外」として販売しているという。また、2013年春には「やや日刊カルト新聞 2013年新入生歓迎特別版」（A3両面またはA4両面）を印刷し、首都圏10大学付近の街頭などで4,000部以上を配布したという。