スイスはかつてEU（当時はEC）と欧州経済領域 (EEA) 協定の協議に参加し、1992年5月2日に合意文書に調印、また同月20日にはEU加盟申請を行っていた。ところが国民投票が同年12月6日に実施され、EEA参加が拒否された。このためスイス政府はEU加盟協議の無期限停止を決定したが、加盟申請自体はなおも有効とされている。非政府組織 "Ano pro Evropu"（Yes for Europeの意）はEU加盟協議の速やかな再開を求めたが、2001年3月4日の国民投票で反対されている。このときEU加盟に賛成の意思を持つ当時連邦参事会は、協議再開の前提条件が整っていないとして国民に対し反対票を投じるよう呼びかけていた。欧州懐疑主義者の間ではスイスの中立性と独立性が失われるということが懸念されている。しかしながらEU加盟は政府の目標として掲げられ、また連邦参事会の長期的目標とされている。そのうえスイス国民もシェンゲン協定への参加については賛成しているため、スイスは2008年中にシェンゲン協定の履行を開始する見込みとなっている。スイス連邦政府の掲げる政策は近年大幅に転換されてはいるが、人、労働力の移動や租税回避につながる財産の移転に関するEUとの合意事項については、スイスの金融システムにおいて実行されている。これにより2004年5月にスイス・EUの首脳会議が行われ、9項目にわたる合意文書が署名された。欧州委員会委員長ロマーノ・プローディはこの合意について、スイスがヨーロッパに近づいたと表現している。連邦参事会参事ジョゼフ・ダイスもスイスとヨーロッパとの関係について、スイスはヨーロッパの "Centre" にはいないかもしれないが、"Heart" にいるのは間違いなく、両者の関係は新たな時代に突入した、と述べている。
マーストリヒト条約第49条では、EUの理念を尊重するヨーロッパの国は加盟を申請することができるとうたわれており、また1993年6月にはコペンハーゲン欧州理事会においてEU加盟要件であるコペンハーゲン基準が定められている。ある国がヨーロッパの国であるか否かについてはEUの機構における政治的判断によるとされているが、ヨーロッパとアジアの境界付近にある欧州評議会加盟国はすべてEUに加盟することができるとされており、この例として地理上はアジアの国であるが文化的にはヨーロッパとされているキプロスの加盟が挙げられる。EUの拡大は既存の領域の境界線周辺の諸国を統合する形で進められてきており、近年はバルカン諸国の統合に関心が集まっている。ロンドンのシンクタンク、「欧州改革センター」のヘザー・グラッブは東ヨーロッパ地域の諸国について、ベラルーシは独裁制、モルドヴァは貧困、ウクライナはその巨大さ、ロシアは驚異的な存在感のために、EUへの加盟が直ちに検討されることは考えにくいとしている。2004年のウクライナでのオレンジ革命、2003年のグルジアでのバラ革命をうけて両国では広範な改革が開始・実行され、また両国の展望は明るいとの見方がある。またアルメニアもEU加盟に興味を示している。
2002年に「神戸航空株式会社」として設立。2006年3月に北九州空港の移転と同時に東京国際空港（羽田空港）との間の路線運航を開始した。さらに、2007年9月14日から東京/羽田 - 大阪/関西線、2011年7月1日から東京/羽田 - 福岡線、2012年7月12日から北九州 - 釜山線、2013年10月1日から大阪/関西 - 福岡線、2014年3月30日から名古屋/中部 - 福岡線、2014年10月26日から東京/羽田 - 山口宇部線をそれぞれ運航開始した。北九州市を拠点とする航空会社として、TOTO・安川電機・九州電力など、福岡県・北九州市の地場企業からの出資を受けている。1990年代の規制緩和後に発足した日本の新規航空会社としては初めてエアバス社製旅客機を導入した。創業者で初代社長の堀高明は旧・東亜国内航空 (TDA)→日本エアシステム (JAS) のOBで、他の幹部も日本航空 (JAL) や全日本空輸 (ANA) の出身者で成り立っていた。全日本空輸 (ANA) では、北九州空港発着の路線はなく、同じエアバスA320を運航していることから、就航にあたり双方の強化を図るため業務提携しており、2007年6月1日からは東京/羽田 - 北九州線、2008年11月1日からは東京/羽田 - 大阪/関西線、2014年2月1日からは東京/羽田 - 福岡線でのコードシェアを開始した。2007年12月21日に行った第15次第三者割当増資ではANAも増資を引き受けており、資本関係に発展している。就航以来貨物の搭載は行っていなかったが、2008年3月21日に福山通運と包括的業務提携を結び、同年8月1日から航空貨物事業を開始した。2015年4月1日より全便でANAカーゴとのコードシェアを行っているが、北九州発着路線では郵便は対象外となっている。2011年12月21日、東京証券取引所第二部に株式上場。2012年に入って以降、格安航空会社 (LCC) 等の参入に伴って経営が悪化し、国際線の廃止や機材削減、ANAを株主とする増資などを含めた経営合理化策を推進している。また、航空券の座席予約システム（CRS）もANAのものを使用するように変更したため、搭乗券の控えなどもANAを利用した際と同じ様式のものが発券される。正式な航空会社コードは「7G」だが、国内線運航に際しては便宜上「MQ」を利用することがある(関西国際空港など)。