名古屋電力の合併により八百津発電所の建設工事を引き継いだが、着工当初から難工事が続いていた上、名古屋電灯移行後もトラブル続きで送電を開始したのは1911年12月のことであった。工事中の1911年4月、825万円の増資により資本金を1600万円とし、さらに社業の拡大に伴って常務の上に社長を置くこととして同年7月名古屋市長の加藤重三郎を迎えた。出力4,200kWの長良川発電所に出力7,500kWの八百津発電所が加わった名古屋電灯では、大口需要の開拓に努め、主として電力供給を拡大した。しかし両発電所の建設費負担は重く財務状態はかえって悪化し、配当補充金を取り崩して配当を維持するものの1912年（明治45年）には配当率を年率12パーセントから9パーセントに引き下げざるを得なくなった。こうした業績の悪化は株主の経営陣に対する批判を強め、豊橋電気の再建や九州での電気事業で好成績を挙げていた福澤桃介の再登板を期待する声を大きくした。批判の高まりを受けて常務の三浦恵民・兼松煕は1912年6月に辞任。次いで大正改元を機に経営を一新すべきという声に押されて同年12月取締役10名と監査役6名全員が一斉に辞任し、直後の株主総会で総改選することになった。この役員総改選に際しその指名は福澤に一任された。加藤重三郎（社長留任）や兼松煕らが再任されたほか、このとき下出民義も取締役に加わっている。翌1913年（大正2年）1月、福澤は常務に復帰した。こうして経営を握った福澤は九州電灯鉄道支配人の角田正喬を引き抜き名古屋電灯支配人に任命し、営業活動や集金方法の改善など経営改革に取り組んだ。こうした中の1913年秋、社長の加藤重三郎、取締役の兼松煕らが大須遊廓移転にからむ疑獄事件で起訴された。加藤らは12月の第1審で有罪となった後、翌1914年の第2審で結局無罪となったが、その間、名古屋電灯では社務を執れなくなった加藤に代わって1913年9月に福澤を社長代理に指名した。その後加藤が社長を辞任したため、1914年12月、福澤が後任社長となった。福澤の昇任とともに下出も常務代理から常務となっている（1918年2月からは副社長）。福澤は社長就任後も本拠地を東京に置いたため、以後、福澤が人事・金融を担当し、日常の業務のほとんどは下出が代行するという経営体制となった。
1889年（明治22年）、湖東線（現在のJR東海道本線）が開通すると輸送量が減少したため、草津駅と山田港の間に連絡用の馬車の運行を行ったが、のちに人力車組合と提携して連絡輸送を行った。なお、草津駅と山田を結ぶ鉄道路線の計画もあったが進展はなかった。1894年（明治27年）、大津町からの補助を得て大津と石山・坂本を結ぶ遊覧船の運航を開始したが、1903年（明治36年）に開催された大阪博覧会に乗じた旅客誘致（「近江八景めぐり」）など、遊覧船事業が徐々に活発となるとともに営業成績も向上していった。また、1911年（明治44年）春から神戸・大阪・京都と石山寺・南郷・坂本間で国鉄との船車連帯輸送を、1920年（大正9年）には京阪電気鉄道（京阪）との船車連帯輸送を開始している。このほか1925年（大正14年）、自ら設置した南郷遊園地の開業と翌年のモーターボートによる新造船就航など、観光事業者としてさらなる発展をみた。これら積極策も相まって、輸送人員の増加率は太湖汽船（初代）と比べてより大きくなっている。統計に残る1899年と、後述する両社の合併直前の1926年までの旅客輸送量を比較すると、太湖汽船の約1.5倍に対し湖南汽船は約2.5倍の増加である。一方、営業エリアの拡大を狙う京阪は、連帯輸送（前述）のほか1926年（大正15年）には船舶建造のための融資を行うなど、徐々に関係を深めていった。1920年（大正9年）、京阪が湖南汽船に出資し、のちに子会社となった。また、京阪の出資による大津-長命寺-竹生島航路の就航や、湖南汽船が湖東汽船を設立し彦根-竹生島航路を就航させるなど航路を拡げていった。一方、太湖汽船（初代）は東海道本線のほか江若鉄道の開通などで斜陽となったことから1927年（昭和2年）、大津電車軌道（現在の京阪石山坂本線）などと合併し、琵琶湖鉄道汽船と改称したが、鉄道事業の不振や湖南汽船社長の仲介などもあり1929年（昭和4年）、京阪と合併。同時に船舶部門は湖南汽船に現物出資され、同社は太湖汽船（2代目）に改称した。さらに1951年（昭和26年）、現在の社名である琵琶湖汽船に改称した。鉄道が未発達の頃は一般交通機関として利用されたが、のちに鉄道やバスなどの競合交通機関が現れると、その役割を遊覧船に移していった。ただし湖上遊覧目的ばかりではなく、湖北へ向かう往路夜行便の「スキー船」や「水泳船」などの運航が京阪との一貫輸送により行われていたほか、草津方面への生活航路（穴村航路・山田航路）が第二次世界大戦後も長らく運航していた。