地上駅。駅構内は、北側から順に着発線群・留置線群、大井機関区の検修庫、コンテナホームの順に配置されている。コンテナホームは5面10線存在する。また、西端のホーム上にコンテナ検修庫が備えられている。駅西側に隣接して東海道新幹線の車両基地があり、そこに併設されている保線基地にレールを引き渡すクレーンがホームの西側に置かれている。構内の東側には、遊休地を活用した複合物流施設「エフ・プラザ東京」が、A棟からL棟までの合計11棟置かれている。A棟は佐川急便、B棟はヤマト運輸、C1棟はリリカラ、C2棟は日本交通、D棟は近鉄エクスプレス、E棟は東邦薬品、F棟は札幌通運、G棟は日本運輸倉庫、H棟とI棟はシンシア、J棟はDHL、L棟は日本通運が使用している。また、JR貨物グループの東京貨物開発のコンテナ複合施設（大井事業所）がコンテナホームの南側にあり、これらにも複数のテナントが入っている。2006年3月から改良工事が行われ、2007年3月ダイヤ改正から新ホームの使用を開始した。改良前は6面10線のホームがあったが、西側から2番目にあったホーム（コンテナ4番線、旧・17番線）の幅が15メートルと狭く、車両の回転が困難であったためホームは使用せず荷役線が留置線として使用されていた。改良工事は、最も東側にあるホームの幅（コンテナ6番・7番ホーム）を25メートルから35メートルに拡幅し、その東側に荷役線1線（6番線）を新設した。狭い上記のホームは撤去し、その跡地に留置線3線（コンテナ1番線 - 3番線）を設置した。新設された荷役線、留置線はそれぞれ延長560m、コンテナ列車26両編成（1300t）に対応。コンテナホーム拡幅面積は6500平方メートル。この工事により有効時間帯の列車増発、列車引き渡し時刻の繰り上げ、荷役線出線時刻の繰り下げが可能となり、ダイヤが乱れた際も駅構内での列車の発着調整が容易になり、ダイヤの乱れを従来より早く収束できると期待された。
若い頃から学問を好み、博覧強記で文章に優れていた。二十歳過ぎの頃から青州・徐州・并州・冀州を遊学した。上党郡に疎開していて彼と出会った常林や、東海郡の繆襲など、彼と交流のあった者の多くが彼を高く評価した。繆襲は常々「仲長統は、前漢の賈誼・董仲舒・劉向・揚雄の後を継ぐに足る才能である」と称えていた。并州の高幹は各地の士を招いており、彼に付き従う者も多かった。彼の元を訪れた仲長統も歓待を受け、高幹から当時の世の事を質問された。仲長統は「貴方は雄大な志は持っていても雄大な才能は持っておらず、士を好んでいますが人を選ぶ事ができません。このことを深く戒めることです」と言った。高幹が、自負心からその言葉を受け入れることが出来なかったため、仲長統は彼の下を去った。その後、高幹は反乱を起こして敗死した。これにより并州・冀州の人々は仲長統を知るようになった。仲長統は、物事にとらわれない性格で直言を厭わず、不意に沈黙したり語り出したりしたため、彼を狂生と呼ぶ者もいた。州や郡から登用の招きがあっても、病気と称して赴かなかった。荀彧が彼の事を知り、彼を高く評価して尚書郎に推挙した。その後、参丞相軍事となり曹操に仕えた。仲長統は古の事や当時の事を論じ始めると、常に発憤し嘆息した。そこで『昌言』という三十四篇に及ぶ十余万言の書を著した。延康元年（220年）、40歳で死去した。
仲長 統（ちゅうちょう とう、181年-220年）は、中国後漢末期の人物。字は公理。兗州山陽郡高平県の出身。
1966年（昭和41年）、中国の文化大革命や全共闘運動などが活発化していたこの年、間接侵略に対処できる民兵組織の必要性を考えていた三島由紀夫は自衛隊体験入隊希望し、10月頃から防衛庁に打診するが断られ、毎日新聞社常務の狩野近雄に仲介を依頼し、防衛庁事務次官・三輪良雄や元陸将・藤原岩市などと接触し口利きを求め続けていた。そんな三島の元に、民族派雑誌『論争ジャーナル』の創刊準備をしている青年の話を小沢開策から聞いた林房雄の紹介で、12月19日に同誌編集部の万代潔（平泉澄の門人で明治学院大学卒）が訪ねて来た。万代を気に入った三島は、同誌を中心とする民族派学生たちと親交を結ぶようになる。1967年（昭和42年）1月5日に、万代潔を副編集長、中辻和彦（平泉澄門人で明治学院大学卒）を編集長とする月刊雑誌『論争ジャーナル』が創刊され、三島は無償で同誌に寄稿することを約束し、2人は3日に1度の割で三島を訪ねた。『論争ジャーナル』というタイトルは、当時の左翼学生が必ず読んでいた『朝日ジャーナル』に対抗したものだった。1月27日には、同じく平泉澄の門人で『論争ジャーナル』のスタッフをしている持丸博（早稲田大学生）も三島宅を訪問し、自身の所属する「日本学生同盟」（日学同）が2月に創刊する機関紙『日本学生新聞』への寄稿を依頼し、三島は快諾した。やっと防衛庁から自衛隊体験入隊許可を得た三島は、「平岡公威」として4月12日から 5月27日、単身で46日間体験入隊した。久留米の陸上自衛隊幹部候補生学校、陸上自衛隊富士学校に赴き、山中踏破、山中湖露営などを体験後、富士学校幹部上級課程（AOC）に属し、レンジャー課程を終え、習志野第一空挺団に移動し、基礎訓練（降下訓練を除く）を体験した。論争ジャーナル組、日学同の学生たちも自衛隊体験入隊を希望する中、三島は民兵組織の立ち上げを本格的に企図し、持丸博を通じて日学同の付属組織「早稲田大学国防部」（4月に結成）からの選抜協力を要請した。こうして、論争ジャーナル組、日学同と三島の三者関係が出来上がっていった。