9月26日、立腹した忠実は摂関家の正邸・東三条殿や宝物の朱器台盤を接収し、氏長者の地位を剥奪して頼長に与え、忠通を義絶した。さらに翌仁平元年（1151年）正月3日、忠実は忠通に譲渡していた藤原師実・藤原師通の日記正本を没収し、これも頼長に与えた（『台記』久安7年正月3日条）。更に、忠実の宇治殿領の内、忠通に譲渡していた京極殿領も没収した上で、これも頼長に与えられたが、預所の補任などは引き続き忠実が行うなど、京極殿領の事実上の支配権は忠実の手中にあった。また忠通の同母姉・泰子（高陽院）までもが異母弟・頼長の後ろ盾となり、所有する摂関家の拠点の一つ土御門殿を頼長に譲った。しかし鳥羽法皇は先の入内問題と同じように曖昧な態度に終始し、忠通を関白に留めたまま頼長に内覧の宣旨を下す。ここに兄弟で関白と内覧が並立するという異常事態となった。ただし、この内覧宣下については近衛天皇の疎遠に悩まされた鳥羽法皇がその原因に天皇を補佐する忠通がいると疑って、頼長に忠通を牽制させる積極的動機があったとする説も出されている。忠通の子・慈円の著作『愚管抄』の記すところによると、かつて忠通に息子として育てられた恩を忘れられない頼長は、宮中で忠通に出会った際に丁重に会釈する等礼を尽くすことで関係改善の糸口を探ったが、頑なな態度の父と兄の前に（周囲の同情は集めたものの）失敗に終わっている。
白河上皇の院政下で逼塞していた摂関家は、鳥羽院政が開始されると頼長の異母姉・泰子が鳥羽上皇の皇后となり息を吹き返した。忠通は後継者に恵まれなかったため、天治2年（1125年）に頼長を養子に迎えた。しかし康治2年（1143年）に実子・基実が生まれると、忠通は摂関の地位を自らの子孫に継承させようと望み、忠実・頼長と対立することになる。久安6年（1150年）正月4日、近衛天皇は元服の式を挙げ、同月10日に頼長の養女・多子が入内、19日に女御となる。しかし2月になると忠通は藤原伊通の娘・呈子を養女に迎え、鳥羽法皇に「摂関以外の者の娘は立后できない」と奏上する（『台記』2月12日条）。呈子は美福門院の養女であり、忠通は美福門院との連携で摂関の地位の保持を図ったと考えられる。鳥羽法皇はこの問題への深入りを避け、多子を皇后、呈子を中宮とすることで事を収めようとしたが、忠実・頼長と忠通の対立はもはや修復不可能となった。
幼名は菖蒲若（あやわか）。大治5年（1130年）、藤原敦光が持参した複数の名字の中から中御門宗忠が「御堂（道長）宇治殿（頼通）御名字なり」という理由で選び、「頼長」と命名された（『中右記』正月3日条）。元服して正五位下に叙せられ侍従・近衛少将・伊予権守に任官。同年、右近衛権中将。天承元年（1131年）に従三位。翌年参議を経ずに権中納言に昇進。長承2年（1133年）には8歳年上の徳大寺実能の娘・幸子を娶った。長承3年（1134年）、権大納言となる。また、姉の泰子（高陽院）が鳥羽上皇の皇后に冊立されると皇后宮大夫を兼ねる。保延2年（1136年）には内大臣、右近衛大将を兼ねる。保延5年（1139年）、東宮傅となり左近衛大将を兼任する。久安5年（1149年）、左大臣に進む。
政兵、土橋政田屋と号す。江戸の京橋区土橋丸屋町で文久年間から明治初期にかけて地本問屋を営業している。豊原国周、3代歌川広重、月岡芳年、雲僊の錦絵を出版している。
皇居内の調査の結果、淡水性の貝類は13種、カタツムリの仲間である陸産貝類は40種確認された。淡水貝類の中には外来種も見られるが、ドブシジミ、マルタニシ、モノアラガイなど、かつては日本各地の水田などで見られた普通種であったものが、現在は激減して都市部ではほとんど見ることができなくなった種も確認された。ただし淡水貝類は魚や水草などの移動に伴って人為的に持ち込まれることが多く、皇居の場合ではホタルの繁殖のためにカワニナが持ち込まれていることが確認されているため、皇居内の現在の淡水貝類分布が自然分布であるかどうかははっきりとしない。陸産貝類は、宮内庁が管理する盆栽の下など、人工的な環境に生息する外来種や撹乱された環境を好む在来種と、樹林帯に生息する主に在来種の2グループに分けられた。人工的な環境に生息する種からは、新たに外国から移入してきたと考えられる2種の新種が発見された。また樹林帯に生息する種は、奥多摩や神奈川県内の丘陵地にある自然林などで見られるものの、都市部ではほとんど見られなくなった種が多く見出された。これは江戸城の建設以前からの生き残りである可能性もあるが、いったん宅地化され、その後も庭園やゴルフ場などが作られた後、昭和23年（1948年）以降、武蔵野の自然を蘇らせることを願った昭和天皇の希望により多くの植物が移植された経過を考えると、移植に伴い外部から持ち込まれた種である可能性も否定できない。皇居内で生息が確認された陸産貝類の中で最も興味深い種は新種と考えられるコオオベソマイマイ類の一種と、絶滅危惧種であるヒログチコギセルである。ヒログチコギセルは海岸付近に見られる環境の変化に脆弱な種であるとされている。前述のような理由から皇居内の分布は自然分布ではない可能性もあるが、現在の皇居がかつて海岸沿いにあった時代から生き残ってきた可能性もある。このような都市部ではほとんど見られなくなった陸産貝類が多産することからも、皇居の陸産貝類相が豊かであることを示している。