引き続き中口雅史が監督として指揮をとった。GKの定位置を争っていた真子秀徳がJリーグのチームへ移籍、ほか数名の選手の離脱はあったものの、攻撃陣を中心に前年の主力メンバーが残ってシーズンを迎えた。開幕3試合で2分1敗とやや低調なスタートを切るものの、前期第4節のニューウェーブ北九州戦で初勝利をあげると、MF中村や大沢など好調な選手を軸にパスをつないで、中盤からの飛び出しや両サイドバック旗手真也、榎本周平の積極的な攻撃参加でチャンスをつくる攻撃の形ができ、順位を上げ始めた。米倉、竹谷といったFWの主力をケガで欠くとMF高橋がFWとして入るようになり、いわゆる0トップの形に近い攻撃陣の構成となった。5月に入ると、当時無敗で首位を走っていたガイナーレ鳥取にアウェイで初黒星をつけるが、その後に2連敗。ここで新型インフルエンザの流行の影響で、自治体の要請を受けて5月23日に予定されていたホームゲームが中止・延期となったが、翌週の三菱水島FC戦から6連続完封を含む8連勝と調子を上げた。延期試合であった6月17日のV・ファーレン長崎戦での勝利で首位に立つとそのまま前期を1位で折り返し、天皇杯出場権（JFLシード）を獲得した。後期に入ると、鳥取やHonda FCなどとの上位対決をともに1点差で制するが、その後は勝ちきれずに引き分けが続いた。10月10日に行われた第89回天皇杯2回戦ではザスパ草津と対戦し、序盤は互角に戦ったものの前半終了間際に失点を重ね、1-3で敗れた。その後も勝ち点を伸ばせない時期が続いたが、2位チームとの差が詰まった状況で迎えた11月22日の後期第16節ジェフリザーブズ戦に大沢のゴールで1-0と勝利し、2年ぶりのJFL優勝を決めた。攻撃陣の中心として15得点をあげMVPに選ばれた中村の他、MF大沢、山根、DF冨山、旗手がベストイレブンに選ばれた。
室生の地は火山性地形のため、奇岩や洞穴が多い。洞穴は竜穴、すなわち竜神の住み家として信仰を集め、当地は祈雨や止雨の霊地とみなされた。室生寺の創建については、役小角（役行者）の草創、空海の再興とする伝えもあるが、これらは後世の付託である。史料によれば、この寺は奈良時代末期の宝亀年間（770 - 781年）、興福寺の僧・賢璟（けんきょう／けんけい、714 - 793年）によって開かれた。その後、平安時代を通じて室生寺は興福寺別院としての性格が強く、俗世を離れた山林修行の場、また、諸宗の学問道場としての性格ももっていた。中世以降の室生寺は密教色を強めるものの、なお興福寺の末寺であった。興福寺の傘下を離れ、真言宗寺院となるのは江戸時代のことである。真言宗の拠点である高野山がかつては女人禁制であったことから、室生寺には「女人高野」の別名があるが、この別名も江戸時代以降のものである。室生寺の創建にかかわる根本史料として、『宀一山年分度者奏状』（べんいちさん ねんぶんどしゃ そうじょう）という文書がある（年分度者とは、毎年人数を限って得度を許された、国家公認の僧のこと）。この文書は承平7年（937年）の作成であるが、現存するものは南北朝時代の写本で、神奈川県立金沢文庫が所蔵する。本文書は年分度者を賜ることを奏上するためのものであるが、その前文に室生寺の歴史について記している。それによると、宝亀年間、時の皇太子（山部親王、のちの桓武天皇）が病を得た際、浄行僧（行いの正しい僧）5名を室生山に派遣して延寿法を修させたところ効験があった。その後、賢璟は山部親王（または即位後の桓武天皇）の命で室生山に寺を建立したという。前述の「浄行僧5名」には賢璟も含まれていたと推定される。なお、宝亀年間に賢璟はすでに60歳代で、彼の在世中にどこまで寺観が整っていたかはわからず、室生寺の実質的な創建者は次代の修円（771 - 835年）であろうと言われている。修円は興福寺別当を務めるとともに、日本天台宗の宗祖である最澄とも交流があった。修円の在世中には、空海の高弟である真泰が室生に入山。承和10年（835年）頃には円修と堅慧（けんえ/けんね）が入山している。円修は修円と混同されたこともあったが別人の天台宗の学僧で、初代天台座主の義真の弟子である。堅慧は空海の弟子とされ、かつては真言僧と考えられていたが、園城寺（三井寺）に伝わる「大唐国日本国付法血脈図記」によれば、やはり義真の弟子とされている。室生寺は中世を通じ興福寺末であったが、江戸時代の元禄7年（1694年）に護持院隆光の拝領するところとなり、護国寺末の真言寺院となった。翌年、徳川綱吉生母の桂昌院は室生寺に2千両を寄進し、これをもとに堂塔の修理が行われた。元禄11年（1698年）、室生寺は真言宗豊山派の一本寺となって護国寺から独立し、現代に至る。1964年には真言宗豊山派から独立し、真言宗室生寺派の大本山となった。