しかし、大阪高裁及び最高裁は、地裁の判決を破棄し、学校側による一連の措置は裁量権の逸脱であり違憲違法なものであったと認定し原告の主張を認めた。最高裁第2小法廷が1996年3月8日に全員一致で出した判決文の主旨によれば、『他の学校では同様な格闘技の授業を拒否する学生に対し代替措置が行われている』とし、『高等専門学校において剣道実技の履修が必須のものとまではいい難く、他の体育科目による代替的方法によってこれを行うことも性質上可能である』とした。一連の学校側の措置については、『信仰の自由や宗教的行為に対する制約を特に目的とするものではなかったが、学生の信仰の自由に対して配慮しない結果となり、原級留置処分の決定も退学処分の選択も社会観念上著しく妥当を欠き、裁量権の範囲を超えた違法なものといわざるを得ない』として、学校側の処分取り消しを決定した。なお学校側が主張した学生の行為を認めたら日本国憲法20条3項の政教分離に反するか否かであるが、『代替措置を講じることは特定の宗教に対する援助をするわけではない』として、特定宗教の援助にはあたらないとした。
1審の神戸地裁は学校側の主張を認め、原告の請求を棄却した。これは宗教的信条が「加持祈祷事件」（最高裁昭和38年5月15日）の判決で示された、「信教の自由の保障する限界を逸脱し」かつ「著しく反社会的なものである」であれば、法的保護を与えることが出来ないとした判例を基にしたものであった。
原告となった元学生は、1990年度の進級拒否、1991年度の進級拒否・退学についてそれぞれ執行停止の申し立て（仮処分申請を含む）を行い、また処分取り消し訴訟を提起するなどの法的措置をした。そのうち執行停止の申し立てはそれぞれ神戸地裁と大阪高裁で却下された。その後で、学校側の一連の学生に対する違法性の有無について争われることになった。なお下記が双方の主張であった。
秋田駅東口の周辺には、かつて国鉄清算事業団の所有する秋田機関区秋田支区の跡地や林野庁秋田営林局の所管する仁別森林鉄道ターミナル兼貯木場跡地などが約30ヘクタールほど広がっており、そのうち8.3ヘクタールが大規模空閑地となっていた。1993年度に秋田市による駅周辺を都市計画道路によって環状ネットワーク化し、駅東口に新しい交通結節点機能として駅前広場を設け、さらに賑わい創出の拠点とすべく複合施設を整備することを眼目とする「秋田駅周辺地区新都市拠点整備事業」が建設大臣に申請され認可を得た。認可に基づき1994年度から1996年度にかけ、秋田市が国鉄清算事業団から秋田駅東地区3.3ヘクタールを購入。1993年度から1995年度までに新都市拠点整備事業の基幹事業となる秋田駅東第三地区土地区画整理事業、秋田駅西北地区土地区画整理事業、秋田駅東拠点地区土地区画整理事業の3事業がそれぞれ着手された。秋田拠点センターアルヴェは、整備手法として事業コンペティション方式を取り入れ、1999年に大成建設を中心とする5企業による案を採択した。ビルは2002年10月に着工し、2004年7月16日オープンした。事業費は52億30百万円。オープン初日には午後4時までに約2万人が訪れた。住居表示は2006年1月31日まで「秋田市中通七丁目1番3号」であった。中通が駅西口の住所であったため、秋田市民の一部は違和感を抱いていたとの声も聞かれる。開業当時、水野晴郎プロデュースのシネコン「パンテオンシネマズAKiTA」が大きな話題を提供して出店したが、テナント料の問題等で民事訴訟に発展し、2005年11月16日、東京地裁は水野らに明け渡しとテナント料4200万円の支払いを命じる判決を下した。判決に先立って同年10月からパンテオンシネマズAKiTAも休館となり、後継会社が見当たらないことから看板店舗を一時失った。その後アルヴェの活気を取り戻そうと、2006年8月5日から同年9月15日までの期間限定で、既存のテナントで組織する組合が「駅の映画館 AKITAシアター」の名称で、映画館を一時再開した。この期間中は2つのスクリーンでの限定公開だったものの、採算ラインを上回ったため、同年9月16日以降も採算ラインを割るもしくは長期的に運営できるテナントが見つかるまでの間、運営が続行されることになった。その後2006年11月に入り、岩手県盛岡市で名劇、ルミエール、ピカデリーなど5館の映画館を展開する南部興行が運営の継承を正式に表明した。同社は「AKITAシアター」の名称を踏襲し、同年11月18日から営業を始めた。2007年4月25日、テナント契約更新を機に（当初の暫定半年契約から、10年契約に延長し、更新した）、ルミエール秋田と改称した。東横イン秋田駅東口（当該施設は、全国的に問題となった建築基準法違反にはなっていなかった）も入居しているほか、公共棟の1Fには秋田市の証明書等の発行窓口である、秋田市駅東サービスセンター（土日祝も窓口を開けている）も設置されている。2008年3月3日には、隣接地（秋田市東通仲町4番2号）に秋田市山王からNHK秋田放送局が新築移転しアルヴェと通路でつながった。建設地は市有地であったが秋田市がNHKと土地の等価交換を実施。旧NHK秋田放送局跡地は秋田市役所（先代本庁舎）の駐車場とされたのち、現庁舎が建設され、2016年5月6日から執務を開始した。かつて秋田テレビがミニショップ「Al◆Ve・AKT情報局」を出店させていたが、2005年7月28日に一時改装を理由として閉鎖、その後当地で再開することなく、2005年9月16日にイオン秋田ショッピングセンター（現：イオンモール秋田）・中三内に「AKT情報局-NAKASAN-」として移転、改称した。2008年10月の中三閉店に伴い、秋田市保戸野千代田町にある、秋田テレビ運営の住宅展示場であるAKTハウジングセンター内に再度移転している。また山形駅西口の霞城セントラル内にある山形県立霞城学園高等学校のように、落成当初は秋田経済法科大学附属高等学校（現：明桜高等学校）のあるコース専用の校舎としてフロア活用が検討されていたが、学校設置基準に見合わないことから入居を見合わせた。一部報道では、廊下の幅や天井の高さ、手洗いなどの設備面の問題があるとも指摘されていた。