西暦2300年。地球人類が外宇宙へ移民を開始して50年経過した遠い未来。地球人は2年前から移民を行っていたアンドロメダ星雲の植民星A-7・ソロ星で、異星人文明の遺跡を発掘。地球人類が外宇宙に進出して出会った6度目の異星人であることから、「第6文明人」と呼称された。一方その時、伝説の無限エネルギー「イデ」の探索のために、「ロゴ・ダウ」（＝ソロ星）を訪れた異星人バッフ・クランと、地球人の移民が接触。さらに、無思慮な行動で本隊より離れたバッフ・クランの貴人カララ・アジバを捜索に出た下級兵士の発砲と、両者の疑心暗鬼により武力衝突へと発展。第6文明人の遺跡は合体し、巨大人型メカ「イデオン」となった。主人公ユウキ・コスモらは戦いを終結するべく「戦意はない」ことを示すために白旗を上げるが、バッフ・クラン社会でのそれは「お前らを地上から抹殺する」という逆の意味だったため、事態はさらに悪化することとなる。地球人たちはイデオンで応戦しつつ、同じく発掘された宇宙船ソロ・シップに乗り込み宇宙へ逃れる。だが、その遺跡にこそバッフ・クランの探し求める無限力「イデ」が秘められており、カララを乗せたソロ・シップの脱出により、事態は局地紛争から星間戦争、そして最終的には人類対バッフ・クランの全面戦争へと突入してしまう。安住の地を求めソロ・シップは地球人側の移民星に逃げ込むが、無限エネルギー「イデ」を求めるバッフ・クラン側は執拗な追跡の手を休めない。劇中様々な人間模様が繰り広げられ、ソロ・シップは艦内に不和を抱えたまま宇宙を逃走し続けるが、次第に「イデ」の目覚めにより宇宙規模の異変が起こる。最後に「イデ」が発動し、人類とバッフ・クランの双方が滅亡する。
テレビアニメは第39話で打ち切られたものの、制作スタッフ達は本作の結末を、何らかの形で発表することを望み、番組終了後に劇場版の製作が決定した。当初は『機動戦士ガンダム』劇場版と同様に複数に分けての公開も考えられていたが、興行不振で最終作を製作できない事態になる恐れを考慮し、一本にまとめられた。新作の原画は作画監修の湖川友謙がほとんど1人でこなしているが、一部の新作の戦闘シーンの原画は板野一郎が担当している。また本作の制作スタッフは劇場版『ガンダム』の制作現場と同じスタジオで作業した。こうして1982年7月10日にテレビ版の総集編『THE IDEON 接触篇』と、新作映画『THE IDEON 発動篇』が同時公開、併映され、両篇合わせておよそ3時間にも及ぶ長大な上映時間となった。プロモーション上（劇場版ポスター等）はTV版と同じ『伝説巨神イデオン』のロゴが使用されており、公開後もそのタイトルで紹介される場合が少なくないが、実際には劇場版のタイトルは『THE IDEON』である。徳間書店ロマンアルバム(51)でのインタビュー記事にて富野監督本人が『伝説巨神イデオン』でなく『THE IDEON』に改題した明確な理由を説明しているため、これは単なる表記上の違いではない。内容は『接触篇』がテレビ版前半の総集編で、『発動篇』が最終回完全版となっている。富野は「起承転結の“承”の部分がないので、劇作としては0点」と評している。「皆殺しの富野」と呼ばれる監督の作品らしく、キッチン、ギジェほか、キャラクターは凄惨な死を迎え、老若男女問わず徹底した人体破壊描写が行われた。ラストについて富野は「『禁じ手』を使ってしまったのかもしれない」と語っている。
大正の末期に、東藻琴 - 藻琴間において蒸気機関による軌道敷設誘致を目的とした藻琴軌道が設立された。網走町の賛同も得て、衆議院議員の口添えで北海道拓殖計画に提出されたものの、この時は北見拓殖鉄道が採択され、こちらは同種計画として見送りとなった。昭和初期になり、奥地まで開拓が進展するに連れて物資流通量の増加や住民からの要望が一段と高まった。これを受け網走町を中心に再度誘致運動を展開。北海道庁や国の関係各所へ陳情を重ねた結果、1934年（昭和9年）にようやく認可となった。事業は北海道庁直営であったが、便宜上、沿線住民すべてを組合員とする北海道庁殖民軌道藻琴線運行組合を組織。事務所を網走町役場内に置き、地元での手配や北海道との連絡にあたった。敷地は沿線住民からの寄付で賄い、施設などは用途廃止となった路線のものをそのまま転用。当初は馬車鉄道で計画されたが、ガソリン機関車を他線から転用できる見込みがたったため計画変更し、同年のうちに着工した。工事は順調に進み、1935年（昭和10年）10月11日に第一期工事区間として藻琴 - 東藻琴間が竣工、同日より営業を開始した。当初の運営費として北海道拓殖銀行から借り入れを受けたが、安定した運賃収入があったため1年後には償還ができている。混合列車ではあったものの、当時は木材やテンサイなどの貨物輸送に重点が置かれ旅客は便乗の形であった。10人乗りの小型客車が連結されたがそれだけでは足りず、歩くよりは楽だと貨車や荷物の上にまで人が乗る状態で、乗車券には「乗車中に起きた事故は責任を持ちません」と書かれた。開拓がさらに奥へ進み、1936年（昭和11年）には第二期工事区間となる東藻琴 - 山園間の建設が正式に決定、翌1937年（昭和12年）に着工した。工事中に日中戦争が勃発し、物資不足が心配されたものの幸いにして影響は無く、同年中に末広まで、1938年（昭和13年）に山園までが竣工。藻琴線25.422kmが全通し、盛大に祝賀会が開催された。経営は順調に進み、施設の充実を図るため他線から機関庫、修理工場、倉庫を転用するなどされたものの、太平洋戦争が進むにつれてガソリンの入手が困難となり、職員が奔走して確保したもののそれも不可能となり、木炭を焚いたり蒸気機関車を転用するなどして、辛うじて運行を続ける状況となった。網走町は1940年（昭和15年）12月に藻琴 - 川湯間の鉄道敷設を請願した。山園まではすでに軌道が運行されていたが、殖民軌道であることによる輸送能力や速度といった不利不便の解消、藻琴山山麓までのさらなる開発促進、釧網本線より約30km短縮することによる国防上の重要性などを強力に訴え、1941年（昭和16年）3月25日には衆議院での採択にまでこぎつけたが、超非常時となったため実現できぬまま立ち消えとなった。