湖沼の水質は流入する河川水、地下水や雨水、あるいは地質、気候、生態系など様々な要因に影響される。水質を表す最も重要な指標の一つはその湖沼がどれだけ多くの生物を養うことができるかを表すものであり、湖沼型あるいは栄養型と呼ばれる。基本的には養いうる生物が少ない順に、貧栄養型、中栄養型、富栄養型に分類される。具体的には食物連鎖の底辺にある植物プランクトンの生育速度を規定する窒素およびリンの含有量を指標とすることが多い。多くの湖沼は形成時において貧栄養型であり、次第に中栄養型、富栄養型へと移り変わっていく。このような遷移は湖沼の富栄養化と呼ばれる。生物の活動が盛んになるとともに水底に有機物が堆積し湿地や陸地になって湖沼は消滅する。但し、実際の遷移過程は湖沼の深さや周辺環境などに大きく左右されるため実に多様である。湖沼周辺における人間の活動はしばしば湖沼の富栄養化を加速する。溶存酸素量も水質を表す重要な指標である。湖沼水中に溶解している酸素は主として植物の光合成によるものであり、湖沼型や水温によって変動する。
温帯にある深い湖沼は夏に3層の温度層を構成するものが多い。これは水の比重が4℃で最大となるためである（4℃よりも低くなると、逆に比重が低くなる）。最上層は表水層と呼ばれ、日光によって温められた水温の高い層である。最下層は深水層と呼ばれ、温度の低い層である。表水層と深水層との間には水温躍層（温度躍層）と呼ばれる温度変化の大きい層がある。秋または冬になり表水層が冷却されると層構造が乱され上下に攪拌混合される。年間を通して1回だけ混合される湖沼は一循環湖と呼ばれ、冬期に混合される。年間2回混合される湖沼は二循環湖と呼ばれ、秋と春に混合される。浅い湖沼は1日あるいは2-3日ごとに混合される多循環湖となり、一年を通して氷の下にある湖沼は混合されない無循環湖となる。一般的な湖沼は混合が湖底にまで及ぶが、特に深い湖沼や湖底付近の塩分濃度が高い湖沼の中には部分的にしか混合されないものもある。
何らかの要因で陸地内部に窪地が形成され、なおかつそこに水がたまることによって湖沼が形成される。要因として以下のような例を挙げることができるが、複数の要因が複合して形成されたものや形成要因がはっきりしない湖沼もある。陸水学者のエブリン・ハッチンソンは、湖沼の形成要因を地殻変動（構造湖）、火山活動（火山湖）、氷河活動（氷河湖）、その他の4種類に分類した。日本においては陸水学者の吉村信吉が要因を侵蝕盆地、堰塞盆地、爆裂盆地、構造盆地に分類している。また、同じく陸水学者の田中正明は侵蝕作用（水蝕湖、氷蝕湖、溶蝕湖）、堰止湖（火山、氷河、川、地すべりなど）、火口湖、構造湖（褶曲湖、断層湖、カルデラ湖）に分類している。
1876年（明治9年）の『地所名称区別細目』においては天然の広くて深いものが湖、浅くて泥を湛えたものが沼、人工的に造られたものが池とされている。日本の淡水生態学の開祖とも言える上野益三は小型で浅く全水面に沿岸植物が広がっているものを沼とし、人工施設によって全貯水量を管理できるものを池とした。しかしながら江戸時代以前は湖、池、沼などの定義は明確ではなく地域や時代によって用法が異なっており、呼び名が必ずしも湖沼の大きさを示すものではない。例えば湖山池、鰻池や大鳥池は一般的な定義に従えば湖である。また、これらの他にも潟、浦、淵、海、トー、淡海（あわうみ）などの呼称が用いられることもある。日本の法律の１つである河川法によって、ほとんどの湖沼は「河川」として名称と範囲が指定されている。だが、実際の「湖沼」がどのようなものかについて、法令による定義はない。
湖沼（こしょう）とは、まわりを陸に囲まれ、一部の例外を除き海と直接連絡していない、静止した水のかたまりである。湖沼のうち比較的大きなものは湖、同様に比較的小さなものは池あるいは沼、もしくは両者を合わせて池沼と呼ばれるが、それぞれに明確な定義はない（後述）。
1994年（平成6年）、南会津町として合併する前の旧田島町総合歴史民俗文化財保存施設条例の規定に基づき、奥会津地方歴史民俗資料館として開館した。2004年（平成16年）には博物館法第10条に規定する登録博物館となり、2009年（平成21年）に現在の名称に改称した。収蔵、展示品は、国の重要有形民俗文化財として指定されている奥会津の山村生産用具及び民家（馬宿）5,058点1棟を主体としている。これは、最初、1982年（昭和57年）4月21日に、奥会津の山村生産用具4,871点として指定され、さらに、かつて下野街道に所在し、歴史民俗資料館敷地内に移築復元された民家（馬宿）およびそれに関わる運搬用具187点が1990年（平成2年）3月29日に追加指定され、指定名称が変更されたものである。その文化財の収蔵、展示施設として開館したもので、これら国指定の重要有形民俗文化財を含む約23,000点の郷土の有形の民俗文化財を収蔵している。展示館では、うち約3,000点を奥会津地方の地域的特徴を考慮し、系統だてて、山仕事関係用具、農業・漁撈関係用具、運搬関係用具の「山・川・道」といったテーマごとに区分し、展示している。屋外では、国指定の文化財のほか、県・町指定文化財である移築復元民家などを展示している。