天王寺動物園は開園当初から、「動物の研究」と「種の保存」という動物園本来の目的から離れ、商業主義的なレクリエーション性を重視していた。この背景には、阪急の宝塚動植物園、阪神の浜甲子園阪神パーク、大軌の菖蒲池遊園地など、動物園を併設した遊園地が大阪周辺に相次いで開業したため、「動物を見せること」以外の付加価値をもって対抗する必要があった。その代表が1932年に来日したチンパンジーの「リタ」（愛称：リタ嬢）で、三輪車や竹馬に乗ったり、フォークとナイフを使って食事をするなどの芸を披露し、一躍人気者となった。しかし第二次世界大戦中には軍服やガスマスク姿などで戦意高揚の広告塔となり、同園でも空襲に備えた動物たちの殺処分（戦時猛獣処分）が行われた。これらの事をふまえ、現在同園では動物に芸を仕込むことは一切行っていない。開園翌年から、春は夜桜、夏は納涼のため、夜間開園を1937年まで実施していた。戦後も、珍獣の「ライガー」や「タイゴン」づくりなど、「レクリエーション施設」としての客寄せに取り組んでいた。このような商業路線は1970年代まで続いていたが、現在は、ニュージーランド以外では世界的にも珍しいキーウィやドリルの飼育展示を日本で唯一行っているほか、シシオザル、ドリル、アムールトラ、クロサイ、ツル類、ニホンコウノトリ、ホオアカトキ、ヨウスコウワニなどの希少動物の繁殖に力を入れるなど、動物園本来の姿に転換している。特にナベヅルについては、飼育繁殖実績があることから、国際血統登録を担当している。また、大阪ドームの建設候補地に挙げられたことに端を発する「ZOO21計画」が1990年代後半から推し進められ、以後、動物の生息地の環境を可能な限り再現した生態展示に切り替わった。これまでに、爬虫類生態館「アイファー」、日本初の水中観察プールを有するカバ舎やサバンナの環境を再現したサイ舎を含む「アフリカサバンナゾーン」、アジアゾウを飼育しているタイの国立公園を再現した「アジアの熱帯雨林ゾーン」を開設し、展示環境は一新された。2006年11月3日〜5日に行われた「絶滅の危機にある動物展」で、保存されている絶滅したニホンアシカの剥製が、初めて一般公開された。
毎回様々なテーマを決め、ダウンタウンの浜田雅功らMC陣とゲストのアスリートらがトークを展開する。また、様々な番組オリジナル競技でアスリートが対決するなどの企画もある。大相撲・プロ野球・Jリーグ・MLB・UEFAなどの知名度の高いスポーツの選手だけでなく普段マスコミではあまり取り上げられない知名度の低いスポーツ選手も恒常的にゲストに呼ぶのが特徴。また「アスリートの奥様」「スポーツマスコミ」「元アスリート芸能人」など、スポーツ関係者を広範に特集するなどとアスリート以外にもスポーツ業界の裏側が見られる事もしばしば。この番組がきっかけで浜田はフジテレビ・FNS系列のトリノオリンピックの特別キャスターに起用された。内田と当時ダウンタウンなどのマネージャーを務めていた吉本興業社員の木本公敏が2006年1月に結婚した（その後木本・内田夫妻は独立し個人事務所を設立）。2000年4月11日より、毎週火曜日 23:00 - 23:30（『バラパラ』枠、以下すべてJST）で深夜帯でレギュラー放送開始した。2004年1月11日より、毎週日曜日 19:58 - 20:54に移動して深夜帯からゴールデンタイム・プライムタイム帯へ昇格した。2006年春期に、6年間レギュラー出演した俳優の金子賢が格闘家へ転身するために降板した。4月23日から俳優の石垣佑磨がレギュラーに加入した。2006年9月24日は、本来のレギュラー枠はアニメスペシャル『ONE PIECE』となり、前枠の15:56 - 18:40で『ベルリンマラソン』 を予定していたが日本選手の欠場により中止となり、急遽16:00 - 18:00に『秋の大運動会 2時間スペシャル』として放送された。2002年のスペシャル以来となる、全国28局ネットで放送される。2007年2月4日の放送は、21:00からの『発掘!あるある大事典II』がデータ捏造問題で打ち切られたため、『ジャンクSPORTS』は19:58 - 21:50の枠で放送し、後半部分は過去の未公開VTRなどで補填した。2007年12月31日の18:30 - 21:00は『第58回NHK紅白歌合戦』の裏番組として『ジャンクSPORTS 2007大晦日スペシャル・浜田のハダカ祭り!!』が放送され、浅尾美和と西堀健実がビーチバレー対決第4戦を、「平成教育ジャンクSPORTS学院」と題して『熱血!平成教育学院』のセットを流用したパロディを浜田が学院長、内田が助手、石垣は生徒、長島一茂、古閑美保、土田晃之、本田朋子らが、内藤大助はボクシング対決、をそれぞれ行った。2008年11月16日に、MCの石垣が暴行容疑で逮捕されて芸能活動を自粛するため、既に収録済みの3週分は編集でカットして放送、その3ヶ月間は浜田・内田の2人体制となった。放送では浜田のバストショットの多用、内田はあまり映さず映す際には画面の両端に帯を入れる、合成で後ろのセットを石垣に被せるなどの編集が行われた。しかしながらわずかに肩や顔が見切れてしまっているシーンもあった。2009年3月22日は19:00 - 20:54に『WE LOVE SPORTSスペシャル』として、スポーツ大好き芸能人によるトークスペシャルと当日開催された「2009年東京マラソン」に参加した芸能人による振り返りトークが生放送された。また、当日の放送で新MCとして大東俊介（番組に先立ち東京マラソンに参加）が紹介されたことに伴い前任の石垣はそのまま降板となった。2006年10月15日放送分よりタイトルロゴは従来の『ジャンクSPORTS』のままだが、一部新聞ラ・テ欄の番組名表記がロゴに存在しない「!」を付けて「ジャンクスポーツ!」に変更された。2009年9月20日の2時間スペシャルは前半の時間が『熱血!平成教育学院』の枠であるため、2番組のコラボレーションで「平成教育ジャンクSPORTS学院」を放送した。2010年1月23日の一部スポーツ紙に同年3月でレギュラー放送を終了すると報じられる。同年3月21日の2時間スペシャル「ジャンクアワード マル秘映像大賞」放送を以って、深夜時代も含めた約10年間にわたるレギュラー放送は終了し、以後『土曜プレミアム』枠などで改編期などにおける不定期での特番として制作が続けられている。2018年1月28日から、毎週日曜日 19:00 - 19:57に2010年3月のレギュラー放送終了以来となる約8年ぶりにレギュラー放送が復活（再開後初回は19:00 - 21:54に3時間SP）。メインMCは、これまで通り浜田、女性MC（レギュラー3代目）には、永島優美（フジテレビアナウンサー）が務める。4代目のサブMCは不在になった。そして、発言テロップ等は同局の番組『VS嵐』と同じ演出になった。ナレーターは伊藤利尋（フジテレビアナウンサー）が務める。また、フジテレビ系列の日曜19時台がレギュラー放送のバラエティ番組枠になるのは『日本語探Qバラエティ クイズ!それマジ!?ニッポン』以来の約3年ぶりとなる。なお『それマジ!?』以来4年間続いた、直前番組『サザエさん』からのジャンクションは、当番組より廃止された。2018年10月からは20時台のフライングスタートが廃止されて、20:00終了となった。