トフトイは、健康上の理由のため1960年に陸軍を退役したが、ノースロップ社とブラウン・エンジニアリング社のコンサルタントとして迎えられた。しかし、退役から7年後の1967年4月19日、4度の手術の甲斐なくワシントンD.C.のウォルター・リード陸軍医療センターで64歳でこの世を去った。トフトイはアーリントン国立墓地に葬られ、1969年にアメリカ陸軍武器科の栄誉の殿堂に名を連ねた。
1952年、トフトイはアラバマ州のレッドストーン兵器廠にある兵器ミサイル研究所 (Ordnance Missile Laboratories, OML) の所長に任命された。同研究所は陸軍誘導ミサイルとロケット開発の計画及び技術管理監督に対して責任を負っていた。その後2年間でレッドストーン兵器廠は陸軍の最も重要な技術センターのうちの1つと認められ、トフトイは、レッドストーン兵器廠を統率する初の将官として、今日の同工廠の土台を作った。トフトイが司令官であった1952年から1958年8月の期間に、レッドストーン兵器廠は陸軍のすべてのミサイルとロケットの研究開発、調達、生産、保管、維持及び支給に対して責任を負うようになった。1958年3月に、トフトイは、レッドストーン兵器廠の陸軍兵器ミサイル・コマンド (Army Ordnance Missile Command, AOMC) の副司令将官となり、メリーランド州アバディーンのアバディーン性能試験場司令官に就任する1958年8月までレッドストーン兵器廠に滞在していた。
1944年に、大佐であったトフトイは、陸軍兵器技術情報チームの本部長となる。陸軍兵器技術情報チームは、ヨーロッパで活動し、捕獲した敵の武器弾薬や装備を捜し出し、評価するために存在した。同チームは、第二次世界大戦におけるナチス・ドイツの最も優れた2つの兵器、V1飛行爆弾とV2ロケットに関する十分な報告書を作成し、現物の見本をアメリカ本国に送るよう命じられていた。これらの兵器は、ペーネミュンデでヴェルナー・フォン・ブラウン博士率いる科学者達によって開発されたものである。これらのロケットの捜索が進行中に、トフトイの副官であったジェームズ・P・ハミル少佐はハルツ山地へ逃亡したフォン・ブラウン博士とペーネミュンデ・チームのメンバーと連合軍に先んじてコンタクトをとることに成功した。アメリカ陸軍がその兵器計画に誘導ミサイルを加える予定であることを知っていたトフトイは、まず本国に外電を打ち、ドイツの科学者の尋問と雇用のために彼らをアメリカに連行するよう進言するために単身ワシントンに向かった。当初トフトイは、アメリカのミサイル開発に必要な人材として、300人のドイツの科学者と技術者の渡航を要請したが、国防総省はこれを聞き入れず、100人までしか受け入れないと回答してきた。トフトイは更に食い下がったが、結局127人で妥協せざるをえなかった。このドイツ人科学者移送計画こそがペーパークリップ作戦と呼ばれる軍事作戦であり、フォン・ブラウンを含む科学者達は、1945年9月までにアメリカに到着した。トフトイもワシントンへ戻され、陸軍の誘導ミサイル計画に対する責任を任されることになった。
1916年にはダブリンでイースター蜂起を行うが、兵力・弾薬不足と市民側の支援を得られなかったことが原因で、蜂起はわずか6日間で失敗する。イギリス総督府は、蜂起直後に蜂起の首謀者であるJIRAの幹部16名を即決の軍事裁判で処刑し、このことが蜂起に対しアイルランドの市民の同情的態度を呼んだ（ただし首謀者たちは武装したまま逮捕され、当人も容疑を認めていたこと、事実関係が明白だったこと、ドイツと連絡していたこと、彼らの反乱が多数のダブリン市民を巻き添えにしたことを考えれば、一方的な処刑だったとは言い切れない面がある）。蜂起に消極的だった穏健派のシン・フェイン党は、蜂起が市民の同情を得たところで上手く立ち回って人気を集め、1918年の選挙で議席を伸ばして躍進、1919年1月にはドイル・エアラン（アイルランド国民議会）の設立に着手し、マイケル・コリンズを軍事担当に任命する。臨時政府の国防大臣カサール・ブルッハーはIV（アイルランド義勇軍）をIRA（アイルランド共和軍）と改めた。一説によると、軍事部門に対するコリンズの影響力増大により、リーダーの私兵と化すことを恐れたシン・フェイン幹部らが、共和国の軍隊としての自覚を促すために改称したともいう。その後、コリンズの指導の下での対英闘争の結果、1921年、臨時政府首班のデ・ヴァレラとイギリス首相ロイド・ジョージとの首脳会談が実現し、和平が成立する（英愛条約）。この和平の結果、英連邦内で英国王を国家元首に頂く自治領「アイルランド自由国」が成立するが、あくまで完全に独立した共和国の設立を目指すデ・ヴァレラらは条約締結に反対し、アーサー・グリフィスやマイケル・コリンズら条約派と対立した。その結果IRAは、自由国軍に編入されるグループとデ・ヴァレラ派に分裂した。そして、条約の賛否を問う国民投票でデ・ヴァレラら反条約派が敗れると、IRAは武装蜂起し、内戦がダブリンを中心に広がり、コリンズも何者かによって殺害される。そして1921年に、内戦を格好の口実としてアルスター議会は自由国からの離脱を宣言、アイルランドは南北に分かれることとなった。内戦後の政府による弾圧のため、IRAは一時衰退した。第二次世界大戦においてアイルランドは公式には中立の立場を取ったが、IRAはこの時期にナチスの援助を求めて代表者がドイツに渡航するなどしており、北アイルランドに対する攻撃について対独協力していたとの指摘もある。ドイツと同じ枢軸国である日本がシンガポールを陥落させると（シンガポールの戦い）、IRA幹部で後に上院議長となったトム・マリンズらがダブリン駐在日本領事を囲んで祝賀会を開いた。このほかアイルランド政府も大戦中、日本の在欧外交拠点に対して送金に便宜を図るなど支援した。