バッハの器楽曲の中でもオルガン曲は歴史的に重要である。生前のバッハはオルガンの名手として著名で、その構造にも精通していた。また、聴覚に優れ、教会堂やホールの音響効果を精緻に判別できた。そのため、各地でオルガンが新造されたり改造された際にはたびたび楽器の鑑定に招かれ、的確なアドバイスと併せて即興演奏をはじめとした名技を披露し、聴衆に圧倒的な印象を与えたと伝えられている。『故人略伝』が伝える有名な逸話として、1717年、ドレスデンにおいてフランスの神童と謳われたルイ・マルシャンと対戦することになった際、マルシャンはバッハの余りに卓越した演奏に恐れをなして対戦当日に逃げ出し、バッハの不戦勝となったという。バッハのオルガン作品は、コラールに基づいた「コラール編曲」と、コラールに基づかない「自由作品」（前奏曲、トッカータやフーガなど）の2つに分類される。現存する主要作品は、30曲余りの自由作品と、コラール前奏曲の4つの集成（オルガン小曲集を含む）、いくつかのコラール変奏曲である。
室内楽曲作品はそれまで伴奏として扱われてきたチェンバロの右手パートを作曲することによって、旋律楽器と同等、もしくはそれを上回る重要性を与え、古典派の二重奏ソナタへの道を開いたヴァイオリンとチェンバロのためのソナタ、フルートとチェンバロのためのソナタ、ヴィオラ・ダ・ガンバとチェンバロのためのソナタなどは特に重要である。なお、バッハの場合の「ソナタ」とはいわゆるバロック・ソナタ（大部分が緩・急・緩・急の4楽章からなる教会ソナタのスタイルをとる）であり、古典派以後の「ソナタ」より簡潔な形である。
器楽だけによる合奏曲では、ブランデンブルク協奏曲、管弦楽組曲、複数のヴァイオリン協奏曲、チェンバロ協奏曲などがある。特にブランデンブルク協奏曲や管弦楽組曲には、G線上のアリアのもととなる楽章など、広く親しまれている作品が多い。なお、4台のチェンバロのための協奏曲BWV1065は、アントニオ・ヴィヴァルディの協奏曲（協奏曲集『調和の霊感』Op.3の10、4つのヴァイオリンとチェロのための協奏曲」の編曲である。
ヨハン・ゼバスティアン・バッハは、幅広いジャンルにわたって作曲を行い、オペラ以外のあらゆる曲種を手がけた。その様式は、通奏低音による和声の充填を基礎とした対位法的音楽という、バロック音楽に共通して見られるものであるが、特に対位法的要素を重んじる傾向は強く、当時までに存在した音楽語法を集大成し、さらにそれを極限まで洗練進化させたものである。したがって、バロック時代以前に主流であった対位法的なポリフォニー音楽と古典派時代以降主流となった和声的なホモフォニー音楽という2つの音楽スタイルにまたがり、結果的には音楽史上の大きな分水嶺のような存在となっている。バッハは、ドイツを離れたことこそなかったが、勉強熱心で幅広い音楽を吸収した。とりわけ、古典派のソナタにも比すべき論理性と音楽性を持つフーガの巨匠として名高い。現代においてもなお新鮮さを失うことなく、ポップスやジャズに至るまで、あらゆる分野の音楽に応用され、多くの人々に刺激を与え続けている。ヨハン・ゼバスティアン・バッハの作品はシュミーダー番号（BWV、「バッハ作品目録」 Bach Werke Verzeichnis の略）によって整理されている。「バッハ作品目録」は、1950年にヴォルフガング・シュミーダーによって編纂され、バッハの全ての作品が分野別に配列されている。また、1951年からドイツのヨハン・ゼバスティアン・バッハ研究所（ゲッティンゲン）で「新バッハ全集」の編纂が開始され、1953年にバッハアルヒーフ（ライプツィヒ）もこの編纂に参加するが、10年で終わると予想されていた編纂作業はドイツの東西分断などの事情で難航し、「新バッハ全集」103巻が完成したのは2007年のことであった。「新バッハ全集」には1100の作品が収められている。現在も作品の整理が継続中である。
常緑性の藤本。岩や樹木によじ登り、時には高さ15mにも達する。全株無毛。茎は褐色から紫褐色で、下面からは気根を多数生じる。古い茎は褐色から灰褐色になるが、皮目は生じない。太くなった茎は直径5cmに達する。葉は対生、葉柄は長さ1-3cm、紫褐色を帯びる。葉身は革質で倒披針形から倒卵状長楕円形、あるいは楕円形をしており、長さは6-10cm、時に15cmに達し、幅は2.5-6cmになる。葉先は丸まり、最先端が小さく突出する。基部はくさび形か丸く、縁は滑らかだが幼時にはまばらに低い鋸歯が出る。葉の表面は暗緑色で光沢があり、中脈は僅かにくぼむ。裏面は色が淡く、中脈ははっきりと隆起している。側脈は6-12対あって、それぞれその先端は葉の縁には届かず、その前に上に曲がって次の側脈に繋がる。ただし葉の大きさに変異が大きく、特に細く若い枝ではある節に長さ2cmの葉があっても、次の節には20cmにもなる葉が出ることがある。そんな大きな葉の付く節が続いても、また次の節には小さな葉が出たりもする。花期は8-9月。花序は円錐状で、枝の先に生じ、長6-15cm、幅10-20cmになる。花は全て両性花であり、装飾花はない。個々の花の柄は長さ3-8mm、微小な葉状の付属物が少数着いている。花筒は円錐形、長さ3-4mm、萼裂片は三角形で長さ1mmほどで、平らに開く。蕾はほぼ球形。花弁は卵形で白いが、先端で互いにくっつきあって帽子のような形になり、開花の際には全部がまとまって脱落する。従って開花時の花は花弁がない。雄蕊は12-15本あり、淡緑の花盤の縁に並ぶ。花糸は長さ4-5mm、波打つように曲がっており、先端の葯は淡黄色で卵形、長さ0.5mm。子房は半下位。果実は倒円錐形で長さ3-4mm、種子は1mmほど。和名については琉球の島嶼に生えるユキノシタ科（旧）の蔓植物の意味であろうとの声もある。