セッション中に規定違反の行為（フライング、アンフェアなブロック行為、ピットレーンでの速度違反等）を犯したドライバーにはスチュワード（競技審査委員会）からペナルティが与えられる。決勝レース中の違反に対する一般的なペナルティは、5秒間および10秒間の「タイムペナルティ」、時速80kmの制限速度でピットレーンを通過しなければならない「ドライブスルーペナルティ」（約20秒～30秒程度のタイムロス）、ピットに戻り10秒間静止してからコースへ復帰することが義務付けられる「ストップ＆ゴーペナルティー」（約30秒～40秒程度のタイムロス）となり、先頭のペナルティからだんだんと重くなっていく形となる。もし、深刻な違反と判断された場合、レース中なら黒旗失格（レース旗#黒旗参照）の適用、レース後なら失格と同時にレース順位からの除外や次戦出場停止を含む厳罰が与えられることもある。そのうち、タイムペナルティだが、レース中にピットで静止して消化する例もあるが、それはストップ＆ゴーペナルティーと異なる意味であることを考慮しなくてはならない。まず、ストップ＆ゴーは「レース中にペナルティを消化してコースへ戻ることが義務付けられる罰則」なため、無視した場合は失格の対象となる。一方でタイムペナルティは「レース中の消化義務はない」ため、無視してレースを終えても失格にはならないが、未消化の場合は「レース後のタイムに加算される」ため、タイム次第では順位が下がる可能性が高い。そのため、レース中にタイムペナルティを消化すれば、順位変動を回避できるため、ストップ＆ゴー的な形で消化するケースもある。そのうえで、違反を犯したドライバーにはスチュワードの判断で「ペナルティ・ポイント」が与えられる場合もあり、累積12ポイントに達した場合には1戦の出場停止となる。しかし、ペナルティの運用に対しては一貫性がないという批判も少なくない。また、第1000回となった2019年中国グランプリでは、トロ・ロッソのダニール・クビアトとマクラーレンの2台が1周目で接触する事故が起きた際、他の類似例ではお咎めなし かタイムペナルティ が多いなか、クビアトに対しドライブスルー・ペナルティーが適用され、ペナルティポイントも加算 された。このようなペナルティ適用の審議対象になるのは避けられないにしても、他の事例より厳罰化されるケースもあり、スチュワードも反論はしているものの、一貫性がないと批判される原因を自ら生み出している面もある。
かねてから死刑制度に批判的な立場であり、鳩山内閣の法務大臣に就任する直前まで「死刑廃止を推進する議員連盟」に所属・活動していた。法務大臣就任後の記者会見で、法務大臣の権限である死刑執行の承認許可を出すかと問われた際、「慎重に検討したい」として明言を避けたが、2010年2月24日の法務委員会にて「死刑制度がなくなることが好ましい」と死刑制度には強い反対の姿勢を表明した。こうした姿勢に、在任中に13人の死刑囚の死刑執行を命令した元法務大臣の鳩山邦夫は「職務怠慢などという軽いものではなくて、違法状態の放置だ。法治国家の法務大臣としてありえない。憲法に照らし合わせても不適格だ。」「任命責任？菅さんも死刑反対なんでしょう」と批判した。『産経新聞』も社説「主張」にて、「死刑執行の署名など法相としてなすべきことをしない人物が適任者とはいえない」と批判した。しかし、その後、同議連を脱退をし、2010年7月28日に死刑囚2人の刑執行を行い（民主党政権下では初の死刑執行）、自ら死刑執行に立ち会った。かつて所属していた同議連は「死刑は国家による殺人行為」と強く抗議し、千葉との面会を求めたが拒否された。同議連の会長である亀井静香は「死刑をすべきではないという信念を持っていた（千葉）法相なので、考え方を変えるのなら、国民に説明しないと（いけない）」と主張の変遷を批判。社民党党首の福島瑞穂は、「政府内で大きな議論もなく、死刑が執行されたことは本当に残念だ。結局、自民党時代の政治と何も変わっていない」と、死刑制度に対する議論を行なっていないことに対する批判を展開させた。一方、当時野党だった自民党などは、議員在職中には死刑を執行せず、落選後の国民の支持を失った法相が死刑執行をしたことについて批判した。ただし、執行署名は参議院議員としての任期満了日の前日の7月24日だったとされる。千葉は大臣の就任当初から「執行しませんと言って終われるのか、それでいいのか」と思っており、また執行しないことが刑場公開など他の課題を進めることへの妨げになると考え、批判は覚悟の上で決断した。2010年1月頃から執行に向けて準備を進め、執行当日は「形式的には厳粛な形だが、ああいう非人間的で無機質な死に方、命の絶たれ方には非常に違和感を覚えた」とされる。なお、千葉はかつて杉浦正健が2005年に法務大臣に就任した際の「自分の信念として死刑執行命令書にサインしない」という発言を撤回したことについて「死刑制度に疑問をお持ちであれば、死刑制度廃止に向けた姿勢を貫くべきではなかったのでしょうか」と、国会で杉浦大臣の一貫性の欠如を批判していた（杉浦は法相在任中に死刑執行はしなかった）。そして、2010年8月27日には、初めて死刑執行をしている東京拘置所の刑場の一部を報道機関に部分的に公開した。公開を決断した理由の一つに裁判員裁判を挙げ「判決に関わる裁判員だけが悩むのではなく、国民的な議論が必要」と述べている。また、法務大臣として初めてとみられる死刑執行場面の立ち会いについては「執行についての明確な責任者、国家権力として少なくとも最終判断者が状況を知らないのは無責任であり違和感を覚えていた。そのため、執行を決断した場合には立ち会わねばならないと考えていた」ことを理由に挙げている。このことは海外のメディアなどでも取り上げられた。