1998年（平成10年）6月28日、拓銀解散を決議する、事業会社としては最後の定時株主総会が真駒内アイスアリーナで開かれた。出席株主は過去最多の1,000人を超え、真駒内駅から30台以上の貸切バスがピストン運行された。鷲田秀光頭取代行は50分にわたって用意された原稿を読み上げ、株主からの批判の質疑にも想定問答を答えるだけだった。午後0時40分過ぎ、採決の動議が出される。反対の声を叫ぶ株主もいたが、拓銀はこの総会に備えて1か月余り、電話や戸別訪問・土下座による説得で株主からの委任状取り付けを行っており、結果は既に分かりきっていた。整理ポストに割り当てられていた拓銀株 (8312) は、1998年（平成10年）8月27日に上場廃止となった。株主総会での議決に基づき、同年11月13日をもって拓銀としての営業は終了し、1999年（平成11年）3月31日付で法人は解散し、清算法人となった。2006年（平成18年）1月31日の臨時株主総会をもって清算を終えたことから、2月6日付で登記簿の閉鎖（法人格抹消）がされ、これをもって法人「株式会社北海道拓殖銀行」は、名実ともに106年の歴史に幕を下ろした。
破綻後、1999年（平成11年）に発表された拓銀の1998年（平成10年）3月期決算では、米国基準での公表不良債権総額は貸出金残高5兆9,290億円の約4割に及ぶ2兆3,433億円にのぼった。破綻後、優良貸出先が減り貸出資産の劣化が進んだこともあるが、旧基準での1997年（平成9年）9月中間期実績に比べ倍増であった。さらに、預金も前年比で3兆2,922億円も流出した。この結果、経常損失は1兆4,743億円となり債務超過額は1兆1,725億円にのぼった。なお、拓銀の主幹事を務めていた山一證券も、拓銀の破綻後まもなく11月24日に自主廃業を決定。翌1998年（平成10年）には、拓銀が設立に協力し大株主でもあった日本長期信用銀行も連鎖倒産している。
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