二本松領を占領した新政府軍では、次の攻撃目標に関して意見が分かれた。大村益次郎は仙台・米沢の攻撃を主張し、板垣退助と伊地知正治は、会津藩への攻撃を主張した。板垣・伊地知の意見が通り会津藩を攻撃することとなった。二本松から若松への進撃ルートは何通りか考えられたが、新政府軍は脇街道で手薄な母成峠を衝いた。慶応4年8月21日（1868年10月6日）、新政府軍は母成峠の戦いで旧幕府軍を破り、40キロメートル余りを急進して同年8月23日（1868年10月8日）朝に若松城下に突入した。新政府軍の電撃的な侵攻の前に、各方面に守備隊を送っていた会津藩は虚を衝かれ、予備兵力であった白虎隊までも投入するがあえなく敗れた。このとき、西郷頼母邸では篭城戦の足手まといとなるのを苦にした母や妻子など一族21人が自刃し、城下町で発生した火災を若松城の落城と誤認した白虎隊士中二番隊の隊士の一部が飯盛山で自刃するなどの悲話が後世に伝えられている。
慶応4年6月24日（1868年8月12日）に棚倉城が落城、7月16日（9月2日）に三春藩が奥羽越列藩同盟を脱退し、明治新政府軍はじりじりと北上した。7月29日（9月15日）、藩兵の大半が白河口に出向いている隙をつき新政府軍は二本松城を攻撃。城は落城し二本松藩主・丹羽長国は米沢へ逃れた。二本松藩は少年兵部隊を動員しており、彼らは後世、二本松少年隊と呼ばれた。特に木村銃太郎率いる20名は攻城戦の最中にそのほとんどが戦死し、会津戦争の悲劇のひとつとして語り継がれた。
白河藩は当時国替えにより藩主不在となり、幕府直轄領であった。旧幕府軍は会津藩家老の西郷頼母を総督として、慶応4年閏4月20日 (旧暦)（1868年6月10日）に白河城を占領。これに対し新政府軍は、薩摩藩参謀・伊地知正治の指揮のもと、閏4月25日 (旧暦)（6月15日）に白河への攻撃を開始し、5月1日（6月20日）に白河城を落城させる。旧幕府軍は7月までの約3か月間、白河奪回を試みて戦闘を繰り返したが、奪回はならなかった。
会津藩家老西郷頼母は戦況が圧倒的に不利と見て従来から主張していた和議恭順を藩主・松平容保に勧めるが、容保は徹底抗戦を主張し徴兵に乗り出した。また、藩側に逃げてきた農民や町人らも、武器を渡され戦うことを命じられることとなった。しかし他の藩と同様に、会津藩も領民に対して苛酷な租税を課していたため、重税さらには戦争にまで巻き込まれる形となった領民たちの士気は低く、逃走者が後を絶たなかった。意気揚々と鳥羽・伏見の雪辱に燃える会津藩士とは対照的であった。とくに（藩の軍資金確保を名目に）資産のほとんどを徴発された会津の町人たちに至っては、征服者である新政府軍を「官軍様」と呼び、会津藩士を「会賊」と呼び捨てにした。また、新政府軍の拠点確保を阻止するため、一部の村々を焼き払ったことも、領民たちの恨みを深くした。そのため、後に進軍してくる新政府軍が、会津藩領の村々から大量の人夫・馬・軍資金などを徴発しても、反発するどころか、歓迎してこれに応じる者までいる有様だった。
公園内には、米英戦争の直前、海岸から離れた小さな島に建てられたアメリカの砦であり、市長・デウィット・クリントンに因んで名付けられたクリントン城がある。バッテリー・パークが建設されたとき、その土地に島は取り囲まれ、公園の一部となった。アメリカ合衆国国立公園局のデータによれば、クリントン城は最も人気の国立公園となっている。自由の女神像とエリス島へのフェリーが出発する場所でもあるクリントン城は、2009年に408万人の観光客を記録した。砦は戦争後、市の名物となり、キャッスル・ガーデンに改名された。砦は市によって借りられ、人気のプロムナードとビアガーデンになった。その後、砦はアメリカ合衆国の最初の劇場の1つとなり、国の劇場の中心として、ニューヨーク市の発展に大きく貢献した。「ニューヨークのクリッパーが荷積みを終えた後、船はイースト川を下り、流行の行楽地、バッテリー・パーク沖に錨をおろすという習慣があった。船は、数時間、乗組員が乗船したり、5トンか10トンの火薬をのせるために停泊していた。クリッパー船が出発するのを見るため、バッテリー・パークに集まった人々は、水夫たちが舟歌を歌うのを聞くのが楽しみだった。これは、モービルやニューオーリンズの黒人荷役が不足したことにより、19世紀初めに始まった。船が成果を上げ、潮だるみの航路の情報を収集するとき、港湾労働者と機関手がホワイトホール・ボートの中へなだれ込む。バッテリー・パークの群衆は、3つに分けた喝采をあげ、旗が沈んで、クリッパー船はホーン岬への航路を進んでいった。」19世紀、多くのヨーロッパの中流階級の人々が移住するのと同時に、市の上流階級が山の手へと移っていった。移民がバッテリー地区に移住すると、その位置により観客が減り、キャッスル・ガーデンは閉鎖された。その後、建物は、1855年に始まる何百万人もの移民を受け入れ、世界初の移民収容所となった。約40年後、この後継にあたるエリス島がオープンした。この期間の移民の波は、アイルランドのジャガイモ飢饉（アイルランド飢饉とも呼ばれる）や、他のヨーロッパの出来事が原因である。これ以降、取り壊しの危機にあった建物は、1940年代までニューヨーク水族館を収容した。建物は現在、再びもともとの名前によって知られており、アメリカ合衆国国立公園局によって管理されるナショナル・モニュメントである。砦は、リバティ島とエリス島へのフェリーのチケット売り場となっており、ときどき歴史の展示やコンサートが行われる。