2011年3月12日の爆発事故後、石丸も一時秋田の実家に避難していたが、一時帰宅を利用し資料とPCの回収に成功、福島県内（作業員の待機場所となっているいわき市）に戻って活動を再開する意向を表明しており、2011年9月より実際に転居し、活発に講演活動を実施しているという。事故については地震発生時より危惧しており屋内に放射性物質が侵入しないように目張りをし、すぐに家族を退避、石丸当人は1号機の爆発があった3月12日にその音を聞いた後、晩に退避している。事故については「四〇年間使ってきた原発の「実験炉」に社会常識から外れることをやってきて、今日の事故を迎えた」と電力自由化による維持費削減傾向や高経年化を批判し、「規制当局である原子力安全保安院が誘導して起きた事故」「国家的犯罪」としている。また、事故後は反原発運動が活発化し、「一般市民も参加する反原発運動が盛り上がりを見せ」た。これを過激派は「自派の勢力拡大・浸透の好機と捉え」、「宣伝活動」に取り組み、中核派中央派は、「反原発団体などが主催した様々な集会に活動家を動員」し、さらに「同派独自の集会・デモ」も実施、「8月には、『すべての原発いますぐなくそう！全国会議』（略称「NAZEN」）を立ち上げ」た。一部の右翼団体も、「『右から考える脱原発集会＆デモ』と称して集会・デモを行った」が、逆に、「活発化した反原発運動に対して」、「『左翼に政治利用されている』として抗議活動を実施」した右派もいた。なお、事故後2011年7月に福島県は脱原発を宣言し、2012年3月にはかつて自ら加盟した日本原子力産業協会から退会したことを明らかにしている。
2002年5月、折からの東京電力の新規電源開発凍結の発表と上述のプルサーマル受入及び核燃料税引き上げ問題が暗礁に乗り上げた際、佐藤栄佐久は県内に「エネルギー政策検討会」を設置、プルサーマルの必要性の他、委員として原子力発電に是々非々で対応していた桜井淳、佐藤隆光、批判的な吉岡斉などを招聘した。この段階で県政レベルでは、原子力反対派の意見が参考に供され、吉岡、佐藤隆光からは以前より国で実施していた円卓会議を見かけ上の民意聴取であるとして批判された。また、県職員によって「地域振興」の検証作業が実施され、もっぱら箱物にしか使用できない交付金のあり方や7・8号機増設計画のような「ポスト原発は原発」といった固定資産税目当ての地元町村のモノカルチャー化、原子力発電の産業振興効果の少なさなどが指摘されるようになった。このため経済産業省の担当者と県職員が折衝する際には「おたくの県はなんであんな人物を呼ぶのか」と詰られるのが通例だったという。
1999年4月の県議選では自民、共産が議席を伸ばし、特に共産党は県政史上初めて議会内交渉会派の条件となる5議席を獲得したため、県側は警戒感を抱くこととなった。同党が最初に突いてくるのは増設、プルサーマル、未来博と評されている。事実、共産党は度々原子力をテーマとして質問を繰り返した。この時とった方針は原子力発電そのものの是非ではなく、増設の是非であり、住民投票条例の制定・実施を目標とした。1998年7月にはプルサーマルに同意しないことを求める意見書を提出し、10月には東京電力、資源エネルギー庁を議会に呼んで、反対の立場で他党を交え議論した（当時社民党は「慎重」のスタンスだったという）。1999年3月22日には東京電力の新規電源着工凍結を受け自民党が意見書提出を行ったのに対して対抗意見書を提出し論戦した。
1999年には、7・8号機の増設に対して（同時期の巻原子力発電所計画で実施された）住民投票を実現するため「原発増設イエス？ノー？県民投票の会準備会」が発足し、林はその世話人を務めている。一方この時期、社民党はプルサーマルには反対していたものの、増設住民投票に対しては署名が10万人以上集まらなかった場合の打撃を考慮し、不参加を決定した。これに対して、東京電力は富岡に建設したエネルギー館を1999年2月にリニューアルオープンさせ、『エネルギー』は反対運動の活動と対比している。当時の副館長、渡辺正明によると、同館は年間7万名が来館し、その内県外からは約2万名であったが、リニューアルで10万名に来場者を増やすことを目標としていた。なお、佐藤栄佐久は2000年2月8日に副社長の種市健が設備投資の圧縮により、新規電源の開発計画を3〜5年凍結すると発表した際、（増設誘致と同時期に計画進行していた既設プラントでの）「プルサーマルを受け入れなければ福島県の他の発電所の建設もやめるよ」という脅しと解釈し、7・8号機の増設については「私は認めるつもりはなかった」と回顧している。
1988年より佐藤栄佐久が知事になると、原子力で不祥事が発生する度に県政自体が徐々に原子力発電推進に対して懐疑的になっていき、2000年代には反対派の意見を部分的に反映されることで、反対派は県政に影響を与えるようになった。この過程は佐藤栄佐久自身が『福島原発の真実』にて回顧を行っており、『政経東北』等でも県政における佐藤栄佐久のスタンスは度々取り上げられ、下記の出来事にも影響を与えていくこととなった。
琉球国王が北山巡視の途中に恩納間切の名勝万座毛に立ち寄ったときに即興で詠んだ琉歌が伝えられている。波の声もとまれ　風の声もとまれ　首里天がなし　美御機拝まなむんくいんとぅまり　かじぬくいんとぅまり　すいてぃんじゃなし　みおんきおぅがま（波の音も静まりなさい。風の音も静まりなさい。国王さまの芳しいお顔を拝みましょう。）また、大陸から清の副使節が北部巡察に訪れる際に、番所の松の木の前の景勝地で若者が毛遊びに興じるのを禁じる立札を琉球王府の役人が立てた時には、恩納松下に　禁止の碑たちゅす　恋しのぶまでの　禁止や無いさめうんなまちしちゃに　ちぢぬふえたちゅす　くいしぬぶまでぃん　ちぢやねさみ（恩納の松の木の下になにやら禁止の立て札が立っているというが、まさか男女の恋を忍ぶことまで禁ずるようなおふれではないでしょう。）と詠んだ。この歌は琉球舞踊古典の「恩納節」の歌詞となって首里の王府で舞われ、皮肉にも王府の役人によって歌い継がれることになった。恩納岳あがた　里が生まり島　森ん押し除きてぃ　此方なさなうんなだきあがた　さとぅがんまりじま　むるんうしぬきてぃ　くがたなさな（恩納岳の向こうは愛しいひとの生まれた村。あの山さえも押しのけてこちらに引き寄せよう。）という歌もあり、美しい自然を詠いあげながら同時に思い切った力強さで心情を投影した。