自衛隊の兵器を除き、登場する兵器は全てゼノ・パレス製である。ヒト型巨大ロボットのうち最上位機種は「ゼノンズ・ガーディアン」と呼ばれている。そのうち3体が、ゼノ・パレス強硬派からの防衛用に、専用母艦とともに江戸時代の地球に送り込まれた。それ以外の人型巨大ロボットは「メタ・アーマード」と呼ばれており、操縦者が優秀であればゼノンズ・ガーディアンと戦いうると劇中では描写されている。全機体がゼノ・パレスにより作られているが、合体後のトライゼノンのように自力では大気圏内や宇宙空間を飛行できない機体もある。
普通の女子高生であった宗像宇美と梨紅。しかし彼女らは、とある財閥の娘だった。ある時、二人は父親に呼び出され、自分たちが「遺産」を駆りゼノ・パレスと戦う事となる、という事実を知らされる。しかし彼女たちはゼノ・パレスと戦うために、残る一人の仲間を見つけねばならなかった。
兄一人妹一人の生活を送る牧ノ原刃と恵那。ゼノ・パレスとの戦いが勃発し、「遺産」を受け継いだ刃は恵那に上司と部下としての態度を強いる。それに従いつつも心の中では兄を慕う恵那は苦悩することになる。仲間の童夢や鞍馬を交え、心のすれ違ったまま二人は戦い続ける。
北海道夕張市に暮らす神威家は、赤貧のどん底にあった。父の権太郎は破天荒で、母の礼子は出て行く、長男の章は熱血バカ。そんな最悪な状況の中で次男の哀だけは清純だが、幼く生活を支えられない。破天荒な権太郎と章は折り合いが悪く、いつも喧嘩ばかりしていた。そんな中、貧乏脱却を願う章は、ふとした事から家に代々伝わる「お宝」の存在を知り、持ち前の熱血パワーで先祖伝来のボタ山を掘り起こす。ところが同時にゼノパレスの北海道への侵攻が始まった。ゼノ・パレスが自分の掘り出したお宝を横取りするために来たと再び勘違いした彼は、弟の哀や偶然その場に居合わせた幼馴染の華菜と共に、お宝＝トライゼノンに乗り込んで戦うこととなる。
遠き過去。とある惑星にて文明を築きし「ゼノ・パレス」は、その文明の発展ゆえに自らの母なる惑星を壊し、自分たちの生き残る道を宇宙へと求めた。彼らは自分たちの遺伝情報を巨大移民船「エストーリオ」に封印。一部の選ばれた軍人らが移民船の運航や移住先探査のために働き、他の民は彼らに希望を託して永い眠りにつく。エストーリオはやがて、移住先となるべき「約束の星・テーラ」すなわち地球を発見するが、そこには初期段階文明を持った人類をいることを知る。この事実にゼノ・パレスは二派に分かれた。テーラ先住民を抹殺もしくは支配して移住を急ぐべきだとする強硬派（マーズ）と、長い年月をかけた話し合いによって現地文明と歩み寄り解決を見出そうとする穏健派（オシリス）だった。両者の争いはエストーリオで内戦に発展するが、穏健派は争いに長けた強硬派に押されていく。穏健派は最後の手段として三体の「ゼノンズ・ガーディアン」と呼ばれる戦闘ロボットとそれを格納する戦艦をテーラに飛ばし、原住民に託して、いずれ地球に到達するであろう強硬派と戦わせる事にした。ゼノンズ・ガーディアンを載せた3隻の戦艦は地球に到達し、江戸時代の日本の蝦夷地（後の北海道）、江戸（後の東京）、薩摩国（後の鹿児島県）にそれぞれ落下した。各地の住民は、これら遺産兵器を地中深くへと封印し、そのことを古文書に記すなどして子孫に伝えた。そして時は流れて現代。エストーリオは地球軌道に到達し、ゼノ・パレスは遺産兵器が落下した日本列島を手始めに地球侵略を開始する。それに対して、北海道、東京、鹿児島に眠る遺産兵器が目覚め、戦いが始まる。
上記のように、特別永住者資格の法律では「戦前から日本に居住しているかつて日本国民だった旧植民地の人々で、サンフランシスコ講和条約により日本国籍を失った人々」であることが前提要件となっているが、実際には戦後、済州島四・三事件や朝鮮戦争の戦火から逃れるために、生活の糧を求めて出稼ぎのために、荒廃した朝鮮半島より学問の進んだ日本の学校で学ぶために、中には政治的目的のために、数多くの韓国・朝鮮人が日本へ密航し日本国内の混乱に乗じて永住権（のちの特別永住資格）を得た。戦後来日した特別永住者の例としては、元特別永住資格者（元在日韓国人）のマルハン韓昌祐会長は、戦後の1945年10月に出稼ぎのために密航で来日したと語っており、特別永住資格者（在日韓国人3世）の俳優チョウ・ソンハは、「韓国の済州島出身の祖父は、戦後、大学で学ぶために日本に来た在日1世でした」と語っている。また、1950年6月28日の産業経済新聞（当時　産経新聞の旧称）朝刊では「終戦後、我国に不法入国した朝鮮人の総延人員は約20万から40万と推定され、在日朝鮮人推定80万人の中の半分をしめているといわれる」とし、密航船の監視は海上保安庁が当たっているが、敗戦国の影響のため武装できず、一方で密航船は武装しており、2割ほどしか検挙できていないこと、そして入国した彼らは外国人登録証明を暴力と買収で得て、それがそのまま合法化となっている現状を伝えている。西岡力は70万人（2000年時）の在日韓国・朝鮮人のうち26パーセントにあたる18万人が戦後に日本に渡って特別永住資格を得た者であると述べている。少数ではあるが、台湾・中国からの戦後の密航者も存在した。