警察関係者などが犯した犯罪や、警察の権力を失墜させる事案に対して、秘密裏に闇に葬り、表立った事件にならないよう処理する、現職警察官、警察官退職者を中心に結成された組織。三億円事件が発端となり結成される。
神奈川県警に所属する黒河内圭太は、とある男に女性を撲殺した状態の部屋に呼び出される。刑事のはずの黒河内は、余裕の表情でその男の証拠隠滅作業に取り掛かる。そして、「これだけのコトさせといて、タダってわけにはいかないでしょー」と。刑事とはいえ、自身の冨（ワイロ）あり、強請りあり、実力行使ありの、手段を選ばない極悪刑事であるクロコーチ（黒河内）。彼は、警察の闇の奥に存在する巨大なる「ある組織」の解明と追求のため、そして、日本中を震撼させた、昭和43年の「三億円事件」の真相にたどりつくため、極悪ながらも信念を背負って闇と対峙する。未解決事件で終了したこの事件の三億円の在り処はどこなのか。そして、クロコーチはなぜそれに執念を燃やすのか。「誰が善で、誰が悪か。」善と悪、罪と罰、正義と偽善。あらゆるしがらみが取り巻く闇への挑戦が始まった。
戦後間もなくできた秘密結社スサノオの桜に匿われることとなった鳥尾は、彼らの毒殺実験に関わり、不本意ながら大量虐殺に加担する日々を過ごしていた。一連の事件に鳥尾が関わっていることや、スサノオの桜の存在を掴んだ黒河内は、これが戦後間もない頃に起こった怪事件・照銀事件の再現だと気づく。清家は黒河内の介在もあり、公安でも特に警察内部を調査する通称「ピンク」に配属され、スサノオの桜や照銀事件について調べ始める。清家は内通者のボビー海部などを通し、スサノオの桜が憲法改正などを目論んで、某アジアの大国が国会を襲撃するというシナリオの大規模テロを計画しているとわかる。公安を中心に警察はテロの主犯と思わしき男・林伊健をマークするが、黒河内は林は囮で、真の計画は別にあると推測する。やがて黒河内は、スサノオが行おうとしていることが、特殊な飲料を使った国会議員の大量毒殺と新幹線テロだと気づく。黒河内は、緑川や中野を現場復帰させテロ防止を目論み、最小限の被害に押さえ込むものの、緑川が殉職してしまう。スサノオの桜の首領・桜木がイタリアへ高飛びし、事後を幹部の灰田に任せる。また、スサノオの桜の裏切り者と誤解され、彼らに命を狙われた鳥尾は、改めて自身の信条に向き合い、桜木や灰田の命を狙う。一方、黒河内はクレジットカードの不正引き出し事件の出し子の捜査を担当することになり、新しい部下・浅黄と共に行動する。出し子グループの中心核は実は桜木の孫であり、黒河内はそこから桜木に迫ろうとする。鳥尾は灰田を襲うものの、返り討ちに遭い致命傷を負うが、予め仕掛けていた爆弾で灰田を爆死させ、黒河内に情報を託して息を引き取る。灰田以外にもテロの主実行犯を謀殺し、帰国を果たした桜木であったが、黒河内は鳥尾が残した爆弾を再機動させ、桜木を爆死させる。
学説史的にはドイツの医師ヨハン・フリードリッヒ・ブルーメンバッハによる分類が人種理論の嚆矢（こうし）とされている。ブルーメンバッハは1775年にゲッティンゲン大学に提出した論文 De generis humani varietate nativa (ヒトの自然的変種）において頭蓋骨の比較研究などを基礎に、コーカシア（白色人種）、モンゴリカ（黄色人種）、エチオピカ（黒色人種）、アメリカナ（赤色人種）、マライカ（茶色人種）の5種に分類した。ブルーメンバッハの分類方法および定義の特徴は、ユダヤ＝キリスト教的文化および当時のヨーロッパ人の伝統に強く影響を受けていることにある。例えばコーカシアという定義は、旧約聖書でノアの箱舟が辿り着いたとされる中央アジアのコーカサス地方を命名の由来としており、実際のヨーロッパ人の居住地域や特徴とは関係のない定義である。また、モンゴリカという定義も単なる「モンゴル人」という意味であり、当時のヨーロッパ人に知られていたモンゴル帝国の人々を表しているにすぎない。初期の人類学が成立したこの時代のヨーロッパは、未だユダヤ＝キリスト教的文化の伝統に支配されていた時代であった。この時代、『創世記』のノアの箱舟が辿り着いたとされたアララト山がある中央アジアのコーカサス地方は、アルメニア教会などにとっては聖地とされており、かつ旧約聖書の創世記1-6章では、白い色は光・昼・人・善を表し、黒い色は闇・夜・獣・悪を表していた。このことから、当時の人類学を主導したヨーロッパ人は自分たちを「ノアの箱舟で、コーカサス地方に辿り着いた人々の子孫で、善である白い人」という趣旨で、自らをコーカソイドと定義した。実際ブルーメンバッハは、様々な人間集団のなかで「コーカサス出身」の「白い肌の人々」が最も美しくすべての人間集団の「基本形」で、他の4つの人類集団はそれから「退化」したものだと定義している。このような宗教的影響から、現在は同じコーカソイドに分類される、イタリアなど南欧圏に居住するキリスト教徒は白人、トルコ及びパレスチナ地方など中近東に居住する異教徒のイスラム教徒（ムスリム）は有色人種と規定するなど、現在の人類学的レベルで判断すると非合理的かつ恣意的な分類概念となっている。1813年にはブルーメンバッハの影響下でジェイムズ・C・プリチャードが『人類の自然史』(Researches into the Physical History of Man)を出版し、ウィリアム・ロレンスとウィリアム・ウェルズとともに人間の進化論を展開した。ただし、プリチャードらはあくまで自然科学者であり、たとえば「人類の原型は黒人種であることを示す多くのデータがある」とも述べている。ブルーメンバッハの影響を受けた他の学者にはトマス・ヘンリー・ハクスリーやウィリアム・H・フラワーなどがいる。