12月29日、難航の末、一行は紀州九鬼に到着する。協議の結果、落合は坂田三四郎、伊牟田尚平とともに陸路をとって京を目指すことになり、翌朝出発した。3人は苦心の後、慶応4年1月4日に京に入り、鳥羽・伏見の戦いの直後に西郷隆盛と面会。西郷は、「君等が江戸で尽力してくれたので、旧臘二十五日の焼討が起り、それがため、今日の戦争となり、愉快な時がいよいよ来た」と述べて、功をねぎらった。落合は、同志の権田直助とともに、征討大将軍仁和寺宮嘉彰親王の錦旗奉行・五条為栄に従って、新政府軍に属することになった。これより、落合は「水原二郎」の名を捨て、本名に復した。落合は関東に討ち入ることを望んでいたが、五条が四国・中国の鎮撫使となり、姫路に行き、次いで再び京都に引き上げてしまったので、失望して五条家を去った。なお関東に向かおうと奔走するうち、岩倉具視から関東探索の密命を受ける。落合は権田とともに関東を目指し、2月10日に京都を出発、2月15日に信州下諏訪に到着した。下諏訪には相楽総三率いる赤報隊の本部があり、そこへ岩倉からの伝言をもたらす任務を遂行した。到着時に相楽は出張していて不在で、3日経っても帰らなかったので、その部下たちに「京都での赤報隊の評判が悪いので、官軍の本隊が来るまで隊員をまとめ、恭順の意を示すように」との助言を与えた。3月3日に行われた赤報隊幹部8人の処刑に際し、京都に戻っていた落合は悲憤し、権田や斎藤謙助などとともに、岩倉具視の暗殺を画した。しかし、それを聞いた岩倉は自ら落合と斎藤を呼び出し、人払いをした上で丸腰で説得したので、暗殺を断念したという。
慶応3年（1867年）10月10日（3月とも）、落合は駒木野の家を出て、江戸三田の薩摩藩邸に投じた。当時、徳川幕府を挑発して開戦に導くという西郷隆盛らの計画が始まっていて、薩摩藩邸では伊牟田尚平や益満休之助、そして相楽総三らが、倒幕の同志を募っていた。落合は、門人の峰尾忠通、森田谷平、林行成を率いてこれに参加し、自身は相楽に次いで副総裁となった。これより落合は変名「水原二郎」とした（ただし、本項では一貫して本名を用いる）。同年11月29日、挑発行動の一環として、竹内啓らが下野国出流山に赴き、挙兵した（出流山挙兵）。落合はこれに乗じて金輪五郎らと上州に向かい、竹内らに呼応する計画を立てたが、頓挫する。薩摩藩邸の勢力は、出流山に続き甲州や相州でも兵を挙げ、関東地方の撹乱を試みたが、多くは失敗した。しかし12月25日、一連の挑発行動の結果として、江戸薩摩藩邸の焼討事件が起こる。落合は陣羽織を着用して、藩邸から脱出する浪士たちを指揮し、翔凰丸に乗って江戸を出港、幕府海軍の回天丸らと砲撃戦を繰り広げながらも逃げ切った。
1941年3月16日、棚橋は東亜連盟の南信支部発足に関与してその発会式では座長を務めた。この発会式において南信支部長には林虎雄が選出されたが、のちに棚橋が支部長に就任した。棚橋の東亜連盟参加は他の旧社会大衆党主流派の人物たちと行動を共にしたもので、南信支部から分かれる形で同年6月には北信支部が、11月に中信支部がそれぞれ発足した。各支部は1942年12月当時で北信支部が28人、中信支部が120人、南信支部が143人の会員を擁し、独自の選挙地盤として形成されていった。棚橋は1942年に入ると、次期総選挙出馬に向けた動きを活発化させていく。これは、衆議院議員任期延長ニ関スル法律によって総選挙の実施時期の特定が可能であったからであり、棚橋は上京して推薦制の見通しを探ると共に、大政翼賛会への「売り込み」と旧社会大衆党員への「顔つなぎ」を行った。更に東亜連盟本部に赴き、木村武雄から「立候補の場合は千円補助す」という約束の取り付けに成功し、また原玉重から「翼賛会事務総長横山助成の手に推薦してある」という連絡があるなど東亜連盟を通しても「売り込み」を展開していた。棚橋は東亜連盟ばかりでなく、右翼政党である大日本党や右翼系政治家として知られていた中原謹司が率いる東亜建設国民連盟長野県支部も通しながら総選挙に向けた動きを本格化させていったが、最終的に4月1日に翼賛政治体制協議会の推薦が受けられないことが決まったことを受けて第21回衆議院議員総選挙への出馬を断念した。総選挙への出馬断念を決めた直後の4月10日、棚橋は松本市会議員選挙への出馬を志した。市会選挙においても推薦制が採用されたが、組織された松本市会議員翼賛選挙協議会に棚橋と親しい丸山恒人（片倉製糸松本工場長）や、松本中学同窓の多田助一郎などが入ったこともあり、5月9日に棚橋は推薦候補者になった。5月24日、前日までに非推薦の立候補者が出なかったことから、棚橋は無投票で松本市会議員に当選し、以後松本市会を中心に政治活動を展開していく。松本市会議員として棚橋は、1944年に大政翼賛会松本支部常務委員筆頭となり、さらに翌1945年には5月に松本市国民義勇隊参与、翌月には松本市参事会員となった。