1990年から1996年まで、谷口誠（外務省出身）が日本人として初めて事務次長を務め、1997年に事務総長特別顧問となった。その後、1997年から1999年までは重原久美春（日本銀行出身）が、1999年から2003年までは近藤誠一（外務省出身）が、2003年から2007年までは赤阪清隆（外務省出身）が、2007年から2011年までは天野万利（外務省出身）が、2011年から2017年までは玉木林太郎（財務省出身）が、2017年からは河野正道 （金融庁出身）が、それぞれ事務次長を務める。また、OECD事務局で最有力局といわれる経済総局では、重原久美春（日本銀行出身）が1970年代の初めから時を隔てて4回に亘って日銀から出向。全ての職階（エコノミスト、シニア・エコノミスト、金融調査課長、政策調査局次長、政策調査局長）を経て、日本人として初めて経済総局長（OECD加盟国経済官庁の次官ポストに相当）に抜擢され、長年にわたってOECDチーフ・エコノミストとして活躍した。主要国際機関のチーフ・エコノミストとして永らく国際舞台で活躍した日本人は重原のほかにはいない。更に、重原は1997年には事務次長に就任し、経済・金融・社会・開発などの諸問題に関するOECDの横断的な活動を統括したほか、中国やロシアなどOECD非加盟国の閣僚や次官クラスの政府幹部との交流を通じてOECDの協力関係を深めるために尽力した。OECD事務局の最有力専門職であるエコノミストの全ての職階を経て政治任命ポストである事務次長に就任した人物は日本人のみならず他のOECD加盟国出身者でも重原以外にはいない。なお、2008年と2009年には、城後倫子がエコノミスト、政策アナリスト、開発援助委員会開発協力ディレクターを務めている。
理事会は機構の最高機関であり、全ての加盟国が参加する閣僚理事会（年1回開催）と常任代表による通常理事会（頻繁に開催）を招集される。下部組織は、12分野（経済政策・貿易・金融・開発・環境・食料・科学技術・原子力・教育）に分かれ、35の委員会で構成されている。
上記の加盟申請国、関与強化国のほか、 香港、 中華民国（台湾）（「 チャイニーズタイペイ」として参加）、 シンガポールなど、多数の国や地域がオブザーバーとしてOECDの種々の機関の活動に参加している。
1990年代に入り、冷戦構造が崩壊すると、かつて「マーシャル・プラン」の復興支援の対象として外れていた東欧の元共産圏諸国や、その多くが第二次世界大戦後に独立した新興工業国が加盟するようになり現在に至る。
1961年にヨーロッパ経済の復興に伴い、ヨーロッパの西側諸国と北アメリカの2国が、自由主義経済や貿易で対等な関係として発展と協力を行うことを目的として発展的に改組され、現在の経済協力開発機構（OECD）が創立された。1964年以降、従来の枠である欧州（非共産圏）と北アメリカという地理的制限を取り払い、アジアやヨーロッパの共産圏にも加盟国を拡大した。戦前の「五大国」の1国で、戦後の復興が進んでいた日本は早くからOECD加盟に関心を示し、枠拡大直後の1964年4月28日に加盟した。原加盟国以外で初めての加盟であった。
1948年に、第二次世界大戦後の疲弊しきったヨーロッパ経済を活性化、救済させるために、アメリカ合衆国によるヨーロッパ復興支援計画を目的としている「マーシャル・プラン」の受け入れを整備する機関として、ヨーロッパ16か国が参加して欧州経済協力機構（OEEC）が設立された。1950年にOEECにアメリカ合衆国とカナダが準加盟国として参加した。
世界の海には300万隻の沈没船が沈んでいるといわれる。1960年代以降、スクーバ式潜水の普及とともに水中考古学が盛んになった 。同時に遺物の無秩序な引き揚げが問題となる。近年では水中探査技術の発展とともにトレジャーハンターが海洋サルベージを行って沈没船からの組織的な遺物の引き揚げ、オークションなどを利用した大規模な遺物売買が活発になった。トレジャーハンターは科学的調査は行わずに水中文化遺産を破壊して金銭的価値のあるものだけを収集していたため、こうした行為に対する国際的な非難が高まったが、これを規制する国際法は長らく存在しなかった。1982年に国連海洋法条約が採択され、1994年に発効し、水中文化遺産についても領海内での無断調査の禁止、領海外でも当該文化遺産の起源を有する国への配慮が盛り込まれた。しかし、規制が不十分であったためトレジャーハンターの活動は続けられた。日本では水中文化遺産については文化財保護法の埋蔵文化財に関する規定が適用されるとされるが、明確な規定はない。現行法は領海内でしか適用されず、排他的経済水域や大陸棚における水中文化遺産の保護については特別の定めは存在しない。こうした問題に対処するため、2001年の第31回ユネスコ総会で水中文化遺産保護条約が採択された。この条約では、少なくとも100年間水中にある文化遺産を水中文化遺産と定義して保護の対象とし、水中文化遺産の商業目的による利用の禁止、保護に関しては現状での保全を優先とすること、専門家による調査の徹底などを定めている。また、領海、排他的経済水域、深海底などの区域ごとに保護措置を規定している。水中文化遺産保護条約の発効には20か国以上の批准が条件となっており、2008年10月段階で批准国数が規定に達し、2009年1月にユネスコ文化遺産関連の5番目の条約として発効した。しかし、アメリカ合衆国、イギリス、日本などの主要国は批准には至っていない。この理由として、条約が排他的経済水域の管轄権に関して沿岸国に与えている権限が強すぎる点などがあげられている。