1909年3月にアスキス首相は、国家特務機関を再編することを帝国防衛委員会に勧告した。首相の勧告に基づいて10月1日、委員会外国部に「秘密勤務局」（Foreign Section of the Secret Service Bureau） が創設された。設立時の責任者にはバーノン・ケル大佐とマンスフィールド・スミス=カミング海軍大佐が任命された。後に秘密勤務局外国課長も務めたスミス=カミングはサインとしてイニシャルのCのみを用いたため、これ以後のSISの長官はみな同じようにCのサインを利用するようになった第二次世界大戦下の1942年11月19日に、MI6部長スチュワート・ミンギス大佐の主導でフレッシュマン作戦を敢行し、ドイツの原子爆弾開発を阻止しようとするも失敗に終わった。第二次世界大戦中の1940年にMI6によって設立されたイギリス安全保障調整局 （British Security Coordination）は、対ドイツ諜報活動、イギリス連邦諸国におけるイギリス支援のための世論形成など、様々な工作を行ったとされる。長官はウィリアム・スティーヴンスン（William Stephenson）で、イアン・フレミングはその部下であった。1995年に本部がランベスから、現在のヴォクソールに移動。新庁舎は警備体制が強化されており、盗聴、爆発物に対する防御が施されている。テリー・ファレル設計による、古代メソポタミアのジッグラトを想起させる外観は「テムズ川のバビロン」とも呼ばれている。2000年9月20日に真のIRAが対戦車ロケット弾をビルの8階に撃ち込んだが、損害は軽微であった。2006年4月27日に国際テロの高まりを受けた人員増強の必要性から多様な人材を確保するため、1909年の創設以来初めて新聞広告で工作員の募集を開始した。また、独自のウェブサイトを立ち上げた。近年ではMI6、MI5などの諜報機関が公式ウェブサイトで新人採用まで行っている。2005年の応募資格は、父母どちらかがイギリス人であること、21歳以上で過去10年間に5年以上イギリスに住んでいた英国民である事が最低条件である。2013年、フランスがマリ共和国内で実施した軍事作戦（セルヴァル作戦）を支援。
国家の情報機関であるため詳細は不明な点が多いが、本部の下に「地域課」と「連絡課」が存在し、地域課で現地情報に通じた人材を育成保有して情報収集等を行い、連絡課が本部との連絡役となる。人員は2,500名で約3億ポンドの予算だとされる。組織としては外務・英連邦省の管轄であるが、外務大臣だけでなく首相と内閣府内の合同情報委員会（JIC）へも報告が行なわれ、これらの指揮を受ける関係にある。サワーズ元長官は公式見解として「任務は指導者に情報を提供することで、軍事工作はしない」「（007のような）殺しのライセンスはないし、欲しくもない」と語っている。
第一次世界大戦以前にはイギリスの諜報・情報収集活動は、複数の官庁が個別に組織を設け活動していた。第一次世界大戦が勃発すると全情報を一元的に管理することになり、戦争省情報部（Directorate of Military Intelligence, DMI）の元で各組織との連絡を担当する課の名称としてそれぞれのMilitary Intelligenceの種類に応じて組織名に番号が割り振られた。第一次世界大戦中のSISはMI（c）と呼称されていたが、1930年代後半にMI6の名称が割り当てられた。他の組織には、MI1（暗号、暗号解読。後に他の部署と統合され政府暗号学校を経て政府通信本部）、MI2（中東、極東、スカンジナビア、アメリカ州、ソ連）、MI3（東欧、バルト海沿岸諸国即ちリトアニア・ラトビア・エストニア）、MI4（地図作成）、MI5（防諜）などがある。第二次世界大戦中にMI5との連携が強化される過程でMI6の名称は広く用いられるようになった。SISでは既にMI6の名称を公式には利用していないが、一般に認知されているため公式サイト等では用いられている。SISやMI6の名は報道やノンフィクション書籍、「007シリーズ」のようなスパイ小説・映画で古くから知られていたが、イギリス政府は1994年までその存在を公式には認めていなかった。日本政府は、日本語の名称として秘密情報部を用いている。
2007年に出版されたグラフィックノベル『Crécy』で、イングランド人の作家ウォーレン・エリスは、「長弓の敬礼」が1346年のクレシーの戦いの際に、退却するフランス人騎士たちに対してイングランド軍の弓兵たちによって行なわれたという想像を盛り込んでいる。この物語の中では、イングランド軍の中でも身分の低い長弓兵たちが、1066年のノルマン征服以来イングランド人たちを臣従させてきた、上流階級のフランス人たちに対する怒りと挑発の象徴としてこのサインを用いたとされている。しかし、この作品はあくまでもフィクションである。広く繰り返し語られている伝説によれば、2本指の敬礼ないしVサインは、百年戦争中の1415年に起きたアジンコートの戦いにおいて、イングランドとウェールズの長弓兵たちが行なったジェスチャーに由来するものとされている。この説によると、フランス軍は、イングランドやウェールズの長弓兵たちを捕らえると、弓を引くために必要とされる指を切り落とす習慣があったとされ、このジェスチャーは、弓兵たちがまだ指があるぞと敵に誇示し、あるいは、駄洒落も込めて「pluck yew」（「イチイ（弓の材料）を引く」：yew を同音の you に置き換えると「お前からかっぱらってやる」の意）と挑発するものであったという。弓兵の話の起源は分かっていないが、「pluck yew」の駄洒落の方は1996年に書かれたある電子メールから広まったものと考えられている。この弓兵を起源とする説は、信頼できるものではなく、フランス軍なり、他のいずれかのヨーロッパ大陸の勢力の軍勢が、捕虜とした弓兵の指を切り落としたという証拠は何も存在しておらず、当時の一般的な習慣として、生かして捕らえれば大金の身代金が得られた貴族たちとは異なり、戦場で捕らえられた身分の低い敵兵（弓兵であれ、歩兵や、ほとんど武装していない砲兵であれ）は、捕虜としても身代金を得られる価値もなく、即決処刑されるのが普通であった。伝えられる話の内容にも関わらず、イングランドにおける侮辱としてのVサインの使用について、曖昧でない証拠といえる最古のものは、ロザラムのパークゲイト鉄工所 (Parkgate ironworks) の前で、撮影されるのは嫌だという意思表示でこのジェスチャーを行なった労働者の姿が映像に残された、1901年までしか遡れない。1950年代に子どもたちへの聞き取り調査を行ったピーター・オーピーは、著書『The Lore and Language of Schoolchildren』の中で、子どもたちの遊び場における侮辱のジェスチャーとしては、より古くからあった手を開いて親指を自分の鼻につける仕草 (cock-a-snook) が廃れ、Vサインに置き換わったのだ、と述べている。1975年から1977年にかけて、デズモンド・モリスら人類学者たちのグループが、ヨーロッパにおける様々なジェスチャーの歴史と普及の広がりを研究し、乱暴な含意をもつVサインが、基本的にはイギリス諸島の外では知られていないことを明らかにした。1979年に出版された『Gestures: Their Origins and Distribution』（日本語版： 多田道太郎・奥野卓司 訳 (『ジェスチュア―しぐさの西洋文化』）において、モリスはこのサインの起源として様々な可能性を議論したが、確定的な結論に至ることはできなかった。