2016-17シーズンよりBリーグに参加。これに合わせてリンクスポーツエンタ−テインメントは2016年7月1日付でリンクアンドモチベーションから株式会社栃木ブレックス（3月18日会社設立登記）に全株譲渡の上で吸収合併された。鎌田社長は留任する一方、矢板市に本社を置くユニフォームスポンサーのひとつである加工食品メーカー壮関の会長兼ファウンダー・関雅樹が筆頭株主および取締役会長に就任。なお、リンク社はオフィシャルスポンサーとして引き続きチームと関わり、正式なチーム名も「リンク栃木ブレックス」のままとする（呼称についてはリーグ規定により栃木ブレックスとする）。2016年9月24日の開幕戦では秋田ノーザンハピネッツ戦に敗れ、黒星スタートとなるも、主将である田臥勇太や古川孝敏、渡邉裕規、竹内公輔といった日本人選手に加え、ジェフリー・ギブス、ライアン・ロシターといった外国人選手などが活躍し、激戦区である東地区では首位を独走。2017年5月3日のアルバルク東京戦で勝利し、東地区優勝を決めた。Bリーグチャンピオンシップ・クォーターファイナルではワイルドカード上位（東地区3位）の千葉ジェッツに2連勝でセミファイナルに進出。特に第2戦では前半（第1クォーター・第2クォーター）では最大22点差に引き離されるも、後半（第3クォーター・第4クォーター）では栃木は驚異的な追い込みを見せ、第4クォーターの試合終了間際に点差をひっくり返す。77-70で逆転勝利を果たした。セミファイナルでは西地区優勝のシーホース三河とは1勝1敗とし、特別ルールである第3戦にもつれ込みながらも、見事勝利し、2勝1敗でファイナルに進出。Bリーグチャンピオンシップ・ファイナル（5月27日）ではシーズン1位である川崎ブレイブサンダース（中地区優勝）と対戦。第1Qは川崎とは21-21と同点。第2Qはリーグ最少失点の栃木の守備陣が機能し始め、厳しいマークからボールを奪う栃木の持ち味を発揮し、川崎に43-37と栃木が6点もリードする。しかし、第3Qは川崎の篠山竜青などの猛攻にあい、点差がひっくり返され、川崎に63-59で逆転される。それでも、第4Qは栃木はジェフリー・ギブズが大活躍し、再逆転に成功。田臥が中心となり、集中力を切らすことはなく、最後の2分間は無失点と守備陣が奮闘し、結果は85-79と川崎に勝利し、見事Bリーグ初代チャンピオンに輝いた。
2013-14シーズンよりJBLはNBLに改組され、引き続き同リーグに参加することになった。これに伴い、GM辞任後も代表取締役だった山谷はNBL専務理事COOに就任のため退任。オフには安齋竜三が引退、川村卓也がNBA挑戦のため退団（最終的には和歌山へ移籍）、伊藤俊亮、梁川禎浩、宮永雄太も移籍した。一方で休部となったパナソニックから渡邉裕規を獲得。9月10日、bjリーグの京都ハンナリーズとプレシーズンを行う。このシーズンはブレックスアリーナ宇都宮が大規模改修工事に入るため、ホーム開幕2試合のみの開催となり、主に宇都宮市清原体育館でホームゲームを行った。
2012-13シーズンは新GMに取締役の鎌田眞吾、新HCにアテネ五輪リトアニア代表HCを務めたアンタナス・シレイカが就任。オフには片岡大晴が移籍。田臥勇太も一度はリスト入りしたものの再契約。新戦力として東芝から移籍の宮永雄太、筑波大卒の田渡修人が加入した。
1952年、ブラジルへの日本人の移住が再開され、僻地を開拓する日本移民の数が増えるにつれ、巡回診療の需要は激増した。日本国総領事館へ巡回診療への助成金が申請された結果、1960年以降に日本海外協会連合会（略称：海協連）を通じて予算が出るようになった。これは海協連が推進していたブラジルへの日本人移住計画には移民を定着させるためのアフターケアが必要だったのと、海協連サンパウロ支部長の大沢大作の支援と協力によるところが大きい。以後、日本移民援護協会（略称：援協）が受託事業として協力するようになり、1965年からは全面委託を受けた援協が主体となって行うようになった。初期の戦後巡回診療には細江静男、武田義信、木原暢、今田求、古娘杏の5名の医師が従事し、ブラジル北部のマラニョン州から最南端の南大河州まで127地区を巡回し、合計4,000人以上を診察した。また、ブラジルとの国境付近にあったパラグアイの日本人移住地も訪問し、診療を行っている。当初は巡回専用車がなく、汽車やバスを乗り継いでの旅であった。巡回診療中、参加者は本業を休むため収入がなく、経済的な負担も少なくなかった。後に巡回診療専用車を使用して日本人移住地を巡るようになったが、60年代・70年代のブラジル奥地の日本人開拓地へ向かうには両脇に原始林が広がる舗装されてない道路を通る場合もあり、車には診療に使う医療機器や薬以外にも様々な道具（車が泥にはまった時の救出用の長柄の鍬と牽引用のロープ、道に倒木があった場合に使用する斧、山道を切り開く鉈、野営を想定した缶詰等の食料品、燃料補給ができない長距離用の予備のドラム缶入りガソリン等）を積んで出発した。アマゾン地域をはじめブラジル奥地の無医村地帯を開拓する移民は熱帯の病に侵される恐怖や思わぬ闘病生活を送らざる得ず、そんな異郷の地において日本語で診療を受けられる巡回診療の来訪は期待され、待ち焦がれられていた。巡回診療は開拓地の日本人会の会館もしくは有力者の家屋の一室を借りて実施された。診察は早朝から始まり、終了後は患者の病状報告と治療法の指導を行い、一般には予防医学と衛生知識を普及を目的とした講演会や座談会が開催された。さらに薬の入手が困難な僻地で安価もしくは無料で投薬を行っていた。また、営農相談や人生相談を受けることもあり、医療以外にも、持参した発電機を使用して映画を上映したり、日本や日系社会から寄贈された雑誌を配布し、娯楽の乏しい開拓地の人々の生活に潤いを与えていた。当初は戦前から活躍していた同仁会の医師達（細江静男、武田義信、木原暢、今田求）の熱意と献身で巡回診療は行なわれていたが、医師達の世代交代も進み、日本への医学研修を終えた日系の若手医師達も巡回診療に加わるようになった。また、聴診器1本で始まった巡回診療の装備、次第に強化され、臨床検査、心電図、眼科検査、超音波検査、胃カメラ等の医療機器を備えるようになった。