森田必勝から封書2通を託されていた田中健一は、三島のメモの指示通りに「11時」という時刻を厳守し、市ヶ谷会館の玄関受付のところで徳岡孝夫に封書を渡した。この日の例会に呼ばれていたのは、田中のほか、篠原裕（1期生）、鶴見友昭（3期生）、西尾俊一（4期生）、井上豊夫（4期生）、谷中俊男（4期生）、金子修一（5期生）、村田春樹（5期生）など約30名だった。市ヶ谷駐屯地内がパトカーのサイレンで騒がしくなる中、代表の者に取り次いでほしいと市ヶ谷会館にかかってきた電話で、三島らの行動を知った田中と西尾と鶴見は作業服に着替え、隣室にいた約30名の会員にも作業服に着替えるように指示した。2隊に分かれ突っ込もうかと西尾と田中らは相談し一旦部屋から出て、まもなく戻ると、「先生の指示があるまでしばらく待機せよ」と会員らに命じた。この時、市ヶ谷会館は警察に包囲されていた。部屋にあったラジオで、三島と必勝が割腹自決したニュースを詳しく知った11時45分頃、田中は全員を制服に着替えさせ、会館の玄関前に整列させた。田中はその時、あとの指揮を鶴見に任せ、特殊警棒を振り回しながら警官隊を突破しようとした。西尾と今井丈美（千葉経済大学、5期生）もそれに続き、3人は公務執行妨害で逮捕された。残った会員たちは任意同行を求められ、整列して「君が代」を斉唱した後、「天皇陛下万歳」を三唱して、四谷警察署、新宿警察署などにバスで連れて行かれた。各人の取調べは夜22時頃まで続き、夕食に丼物が出された。
5月から、目黒区内の旅館で山本舜勝1佐による祖国防衛隊の中核体要員への集中講義、訓練支援が開始され、対ゲリラ戦略のための基礎事項を学び、27日には北朝鮮工作員と思しき遺体が秋田県能代市の浜浅内に漂流した「能代事件」（1963年4月）も扱われた。山本1佐は、部下に命じて講義後の三島を尾行させ、喫茶店で学生らと講義の感想などを雑談する会話内容を盗聴し、次回の講義でそれを示して、三島らに常に警戒心を持つように指導した。地域研究、街頭訓練を重ね、6月1日には、市中で対ゲリラ戦略の総合演習として、変装、尾行、張り込み、潜入の実地訓練を、新宿東口を出発点としてチーム対抗で行なった。三島は労務者に成りすまして尾行任務をこなし、夜中に山谷の玉姫公園までたどり着いた。終了後、回向院隣りの養老乃滝で反省会を行なった。7月24日、第2回の体験入隊者の壮行会を兼ね、空手家の中山正敏らを招いて、市ヶ谷会館で1期生との合同の会合（昼食会）を開いた。これを機に毎月1回の例会が行われるようになった。7月25日から8月23日まで、第2回の体験入隊が陸上自衛隊富士学校滝ヶ原駐屯地で行われ、33名（うち1期生5名）が参加した。この時に生長の家関連の全国学生協議会の伊藤邦典の紹介で同会の小賀正義（神奈川大学工学部）と古賀浩靖（神奈川大学法学部）が参加し、2期生となった。他の2期生は、堀田典郷（皇學館大学卒）、小野寺彰（早稲田大学）、下山芳行（早稲田大学政経学部）などがいた。一方、桜田武（日経連）からの支援協力が結局は中途半端な形でバカにされ、最終的に桜田は、「君、私兵など作ってはいかんよ」と三島に300万円の投げ銭をした。三島のプライドはひどく傷つき、それ以降、民兵組織を全て自費で賄うことにした。
遂にG-ウイルスを完成させたが、アルバートと同様にアンブレラから離反し、独自にアメリカ合衆国政府と兵器売買交渉を行おうとしたためにハンク（HUNK）率いるU.S.S.アルファチームの襲撃を受け、その際の銃撃で瀕死の重傷を負う。そして死の間際、延命とG-ウイルス奪回のため自らに多量のG-ウイルスを注入してクリーチャー「G」へと変貌を遂げ、ハンク以外のアルファチーム隊員を全滅させる。この際にT-ウイルスのカプセルを破壊し、ラクーンシティ全域でのバイオハザードを引き起こす。その後、6日間に渡って警察署やその地下を徘徊し、生殖の為に宿主となる人間を探し続ける。同月29日、遂に宿主として最適なシェリーを発見し、警察署長アイアンズやベン・ベルトリッチを殺害しながら彼女を追い、その過程で何度もレオン・S・ケネディやクレア・レッドフィールドと戦うこととなるが、その度に敗れて異常進化を繰り返した挙句、列車の爆発で完全に死亡した（しかし、G-ウイルスを含んだ細胞片は後にエイダ・ウォンによって採取され、アルバートの手へ渡ることになる）。
動物個体の権利・福祉を目的とする団体と、生態系や生物群集・個体群の保全を目的とする自然保護や環境保全の活動は似て非なるところがあり、むしろ主張や方針が対立することもある。前者は個々の動物の生存・権利・福祉を最重要視するあまり、生態系全体を省みることがない場合である。生態系や生物群集・個体群の保全には、個体の生存・権利・福祉をある程度犠牲にしなければ成り立たないことがあり、生態系維持のためには、生態系を撹乱する外来種（ブラックバス等）や異常増加した野生鳥獣（シカ等）を防除せねばならないが、中にはこの外来種個体の保護を訴える団体も無くはない。例えば奄美大島にハブ駆除のために放されたフイリマングースはアマミノクロウサギをはじめとする固有種の個体群の脅威であり絶滅の縁に追いやっているため、駆除事業が展開されているが、動物愛護団体にはフイリマングースの個体の生存権を主張し、駆除事業の中止を求める団体もある。自然保護、環境保全の立場においては奄美大島の生態系に適合しないフイリマングースの存在がアマミノクロウサギなどの固有種の存続を脅かすことを回避すべき問題点とし、そのためにはフイリマングースの個体の命を断つことによる排除はやむをえないと判断することが多いのに対して、しばしば動物愛護の立場においては人間が恣意的直接行動によりフイリマングースという動物個体の生命を脅かす行為を止めるべき悪とみなす考えが存在するためである。同種の問題では野良猫の場合に於いて、ネコ固有の感染症の媒介者としての問題も指摘されるが、この過程で捕獲された野良猫の扱いを非難する団体も見られる（→野良猫・野猫）。ただ、これらでは一般には「動物愛護団体」と一括りにされてはいても、実際には上に述べたとおり動物の権利運動であったりするなど、他の運動と混同されている場合もあり、こと市民間の持ち寄りなどによる小規模な団体では活動家自身が自身の活動の種類を明確にできていない様子すら見られる。本来なら必ずしも自然保護と動物愛護は相反せず、例えば野良猫の例を取れば個体保護に捕獲と離れた地域での里親探しによってヤマネコから隔離することで、環境保護にも繋がると考えられる。