執筆の締め切りが各年度の8月30日と決まっており、期間が5年に設定されている以外は各年度の9月1日以降ならいつでも依頼を受けて執筆できるなど、極めて自由度が高く制約は少ない。基本的にはなにをしていても（なにをしなくても）良く、本の執筆という主要目的ですら放棄することが出来る。新システムの「イメージ調合」は特定レシピの材料を入れ替えることで行うものだが、入れ替えられる素材は既に決まっている。最初から主人公二人を完全に別行動させられ、日単位で自動的に切り替わり、調合期間中は自動的にスキップされる。また評価の高さは一部イベントの発生条件だがエンディングとは無関係。2年目以降は新キャラのアニスと入れ替えることが出来るようになるが、すべての能力において著しく劣る彼女を育てる必要はない。上位エンディングを迎える為の条件アイテムも多めに設定されており、すべてのアイテムを調合しなくてもよい。また、調合に専念している期間中も冒険者たちは独自に行動しているため自動的にレベルアップし成長する。自由度が高い反面、MPや疲労度の回復は前作までと比べてシビア。疲労回復の主要な手段だったワインは店で売っておらず、採取による外出やキャラの入れ替えでも一切回復しない。このため自前で作成した回復アイテムを頻繁に利用することになる。前作でお馴染みの特定日のイベント（6月18日の日食と、8月15日の夏祭り）は健在だが、暮れの武闘大会は周辺諸国との関係上中止になっている。また、国王即位により1月1日に発生していた王子のお忍びイベントもない。前作に登場した人物でゲーム中未登場の者たちも随所で名前や存在が仄めかされており、とあるエンディングではリリーも登場する。
『エリーのアトリエ』のスピンオフ作品。ケントニスでマリーと出会ったエリーがザールブルグに帰ってくると、その間に泥棒に入られ何もかも盗まれてしまった。悲嘆に暮れるエリーにアカデミーから「原初の炎を3年以内に作ってくれるならお金その他を援助しよう」との提案を持ちかけられる。迷うエリーは一緒に工房をやろうというマリーからの申し出を受け、二人はひとつの工房でその幻のアイテム作りを行うこととなる。
ヘルミーナは人工生命体のホムンクルスとして主人公クルスを作り出した。しかし生まれたばかりのクルスは言葉や感情がなかった。クルスはザールブルグの街を歩き回って住人と会話をし、「言葉」を集めていく。そうして獲得したボキャブラリを使い、ヘルミーナと仲良くなってゆく。やがてヘルミーナの中にも何か重大な感情が芽生えてゆくのであった。
前2作が「アカデミーから卒業する」というのが基本的な目的なのに対し、本作は時代を遡り「アカデミーを建設する」というのが目的となる。前2作では教師であった二人が主人公の生徒（兼手伝い）として登場する。本作品ではゲームとしてのエンディングの他、男性キャラクターとリリーとの「恋愛エンディング」が特徴となっている。
護衛選択可能なキャラクタの紹介について、①恋愛対象、②強化後（レベル３５もしくは一部４０以上）、③友好的（友好度９０以上）、④通常時（その他）の４種類が用意されており、①②③④の優先度で表示される。
マルローネはシグザール王国の都市「ザールブルグ」にある王立魔術学校（通称「アカデミー」）の生徒。彼女はそこで錬金術士を目指して勉強をしているのだが、アカデミー過去最悪の成績を残してしまうほどの劣等生だった。世の中の全ての物は「元素」と呼ばれる目に見えないものがあり、錬金術はその「元素」を好きなようにこねくり回して新しい物を作り出す技術。繊細できめ細やかな神経と、器用さ、忍耐力のような事柄が多く、きめ細かい作業が必要でマルローネにとっては苦手な事だった。小さい時から泥だらけになって遊んでいた為、そそっかしく、がさつな性格で細かい作業はイライラする事の方が多い。その性格を治そうと試みた事はあっても中々改善せず、アカデミーを辞めてしまおうとさえ思いながらも錬金術自体は好きだった為、時だけが経っていた。このままでは卒業することができない彼女に、アカデミーの先生・イングリドはある試験を課した。それは、「5年間錬金術の店を経営しながら勉強をし、何か一つ高レベルのアイテムを作成できれば、卒業を認める」というものだった。こうして、マルローネは自分のために与えられたアトリエで店を経営することになった。
天平宝字2年1月4日（758年2月16日）に「民の苦しみを問う」ことを目的（孝謙天皇の詔）として、藤原仲麻呂の意向によって初めて派遣された。前年の橘奈良麻呂の乱で動揺する地方情勢の鎮静化と仲麻呂の儒教色の濃い政策の反映であるとされる。唐の観風俗使に採訪処置使など他の監察を掌る諸使の要素を加えた日本独自の性格をもったものであったとみられている。畿内には石川豊成、東海道・東山道には藤原浄弁、北陸道には紀広純、山陰道には大伴潔足、山陽道には藤原蔵下麻呂、南海道には阿倍広人、西海道には藤原楓麻呂が派遣された。彼らは藤原氏一族の若手貴族か藤原仲麻呂に近い議政官の子弟であった。これは単に彼らが清廉潔白などの評価があったのではなく、仲麻呂政権の将来を支える人材としての経験を積ませることを意図したものとみられている（なお、藤原浄弁と石川豊成はその後参議に任じられている）。属官として判官と録事が1名ずつ付けられていたが、東海道と東山道は1名が両道を兼ねていたため、特に録事が2名であった。この時の派遣は形式的なものではなく、実際に現地の状況を見て、百姓からの訴えを取り上げて報告・上申を行っており、実際の政策にも反映されたと言われている。例えば藤原浄弁の提言によって老丁・耆老の年齢を1歳引き下げさせ、毛野川の治水工事が行われたこと、藤原楓麻呂が指摘した29件の民の疾苦の処理を大宰府に命じたこと、など藤原仲麻呂政権の地方政治振興政策と問民苦使の報告は密接に関わっていたことが知られている。その後、延暦14年（795年）にも派遣され、東海道を担当した紀広浜が食料の乏しい夏に正倉の修繕などの徭役を行わせる場合には動員された百姓に対して公粮を支給すべきことを提言し、後に実現されている。時代が下り、寛平8年（896年）になって平季長が山城国問民苦使として平安京周辺の同国を状況を視察し、院宮王臣家の土地支配に対する規制が出されている。実際に派遣された時期や頻度、地域、回数など不明な点も多く、その成果についても詳しいことは判明していない。だが、『太平記』にも朝廷が治まっていた時代の象徴的な仕組みとして問民苦使があげられており、その活動は決して名目的なものではなかったとみられている。