川上峡合戦は龍造寺隆信の大勝に終わり、神代勝利に壊滅的な打撃を与え、山内を制圧したものの勝利・長良親子は取り逃がした。隆信は山内衆の仕置について山岳地帯でのゲリラ的な抵抗を忌避し強攻策を執らず、山内衆への誅伐の沙汰を一旦差し置いて代官を置くに留めた。一方で勝利は山内の維持すら不可能と見て、西肥前は松浦郡まで逃亡。そこから波佐見（現長崎県波佐見町）に入り、大村純忠の庇護を受けていたが、敗戦からわずか3ヶ月の同年12月中旬には山内衆の手引で密かに復帰を果たし、龍造寺の代官を殺して瞬く間に山内衆の頭領に返り咲いた。その後も隆信は謀略を用いて勝利の排除を目論んだが成功せず、永禄5年（1562年）についに勝利排斥を断念して隆信の方から和睦の使者を送り、勝利も川上峡合戦での打撃からもはや龍造寺に抗し得ないとしてこれを受け入れた。後日、神文の誓紙を交わして長良の娘と隆信の三男、鶴仁王丸（後の後藤家信）の将来の縁組と龍造寺胤久の妹を一旦隆信の義妹として勝利の内室とする事で和議が成立した。
隆信は永禄元年（1558年）にも勝利討伐の兵を山内に差し向けたことがあったが、逆に山内の地形を熟知した勝利に鉄布峠の戦いで小河信安、石井兼清ら重臣を討たれるほどの大敗を喫し、辛酸を嘗めた経験があった。その為、勝利を破るためには平野部に誘き出す必要があると考えた隆信は、勝利に使者を送って「合戦して家の安否を定めたい」と正面から挑戦状を突きつけると、勝利は「かねてより望むところ」と返答し、9月13日に川上辺（現川上峡近辺）にて兵を率いて見参し、雌雄を決する戦を行うことを約した。
第二ファウンデーションについてハリ・セルダンが言い残したヒントは、二つだけであった。いわく、それはファウンデーションの反対側の端に位置し、そして「星界の果て」にある、と…。第二ファウンデーション探索にあと一歩で失敗したミュールは、惑星カルガンに本拠地を置き覇道を目指す。が、自分と同じ異能の力が、それも組織的に臣下の精神に干渉して使える人材を潰し国力を削いでいることに気づく。ミュールは主敵を第二ファウンデーションと見定め、五回もの失敗にもめげずに最後の探索を命じた。将軍ハン・プリッチャーと、有能な若者ベイル・チャニスが探索行に出されたが、チャニスは独断で惑星タゼンタへと向かう。チャニスは、第二ファウンデーションの位置についてトランターの夜空から見える「星界の果て」がタゼンタと符合することをプリッチャーに説明し、納得させる。チャニスらはタゼンタの影響下にある惑星ロッセムに一旦着陸し、プリッチャーの精神が第二ファウンデーションの干渉を受けていることを話す。狼狽するプリッチャーだが、そこにミュール自らが現れ、第二ファウンデーション員であったチャニスと異能の力、精神制御能力同士の戦いになる。ミュールはチャニスをねじふせ、第二ファウンデーションの位置がこの惑星ロッセムであることを知り、止めを刺そうとする。しかしさらに第二ファウンデーションの長である第一発言者が現れ、ロッセムでさえも本当の位置ではないことを話した上にミュールが罠にかかったことを告げ、その隙にミュールの精神に手を加えることにより戦いを終結させる。後にチャニスは精神構造を元に戻され、真実を思い出す。ミュールの死後、再独立を果たしたファウンデーションは新しい時代を迎えていた。大衆は危機に際して第二ファウンデーションを頼りにした。さらに他者の精神を意のままに操る能力を持つ第二ファウンデーションが第二銀河帝国の支配層になるのではないかと危惧し、危機感と反抗心を持つ者も出てきた。一方、第二ファウンデーション側でも、ミュールへの対処によって存在の一端を現してしまったことで、セルダン計画が水泡に帰することが危惧されていた。その危惧をあらわにする「学生」に対し、第一発言者は、「ある計画が遂行中だ」と教え諭してなだめる。反第二ファウンデーション運動のリーダーにしてベイタの息子であるダレル博士は、第二ファウンデーションの資料を集めるため、惑星カルガンに図書館員のホマー・マンを送り出すが、興味を持ったダレル博士の娘アーカディが勝手について行ってしまった。ミュールの遺命で封印されたミュールの宮殿に入って資料を調べるため、アーカディはカルガンの支配者ステッティン卿の愛人カリアを説き伏せる。しかし話を聞いたステッティン卿は、自らの手で第二銀河帝国を復興させることを夢想し、さらにファウンデーションの英雄ベイタの孫娘であるアーカディを己のものにしようとする。カリアの手によって脱出したアーカディは宇宙空港で捕まりかけたが、惑星トランター農協の代表プリーム・パルヴァー夫妻に助けられ、一緒にトランターへ向かう。その後、ついにカルガンとファウンデーションの間に戦争が起きる。不利な位置にあるファウンデーション側は連敗を喫したが、ついに自らの力で重要な戦闘に勝利する。やがて戦争が終わった後、ダレル博士らはアーカディから「円には端がない」という伝言を受け、第二ファウンデーションがターミナスにあることをつきとめ、さらに彼らの力を封じる機械の開発にも成功し、構成員を捕らえることに成功した。ファウンデーションは自らの力で、第二ファウンデーションにも勝利したのであった。しかし、それもまた第二ファウンデーションの策であった。ファウンデーションが自助努力で、自分たちの力だけで、そう信じて危機を乗り越えて発展していくことこそが、セルダン計画の鍵であった。そのためには第二ファウンデーションはあくまでも姿を隠して裏方に徹し、見つけられ滅ぼされたふりをすること、そして捨て駒として構成員を切り捨てることさえ辞さなかった。そして最後に、第二ファウンデーションの第一発言者と「学生」の対談の中で、第二ファウンデーションの本当の位置が語られる。第一発言者が銀河を見上げながら、セルダンの残した「星界の果て」という言葉の意味に想いを寄せるところで、物語は一旦終了する。