1999年に実施された総選挙は、UMNOの退潮を裏付ける結果となった。アンワルが治安維持法違反、後に、同性愛疑惑で逮捕され、政治の表舞台から去る中で、アンワルに代わる後継者として浮上したのが、1996年に、46年精神党からUMNOに復党したアブドラ・バダウィであった。2002年3月に、貿易通貨として金貨ディナール（gold dinar）を使用することを提唱。その後、マレーシア経済が回復基調となると、再び政治的に安定を迎え、2003年10月31日、22年間務めた首相の地位から退いた。同年、サイドシラジュディン国王から、最高位勲章「SMN勲章」及び「トゥン」(Tun) の称号を下賜された。これに先立って1997年にはキング・ファイサル国際賞イスラーム奉仕部門を受賞している。2004年には中華人民共和国の清華大学より名誉博士号が授与され、2008年には立命館大学より第36号名誉博士号が授与される。
一方、この時期、UMNO内部において、権力闘争が本格化する。マハティールの後継者と目されていた財務相アンワルを1998年9月に解任した。アンワルは、マハティールの強権発動に対して、マハティール批判を展開した。ペナン、マラッカ、クアラルンプールとマレーシア各地で開催された集会で動員された人数は、マハティール政権を動揺させるに十分であった。9月21日、治安維持法違反でアンワルは逮捕され、政治闘争には終止符が打たれたが、アンワル支持派は、アンワルの妻ワン・アジサを党首に立て、国民正義党の結党に動いた。
ジョージ1世の治世が始まると、ボリングブルック子爵はフランスに逃亡して老僭王ジェームズ・フランシス・エドワード・ステュアートの宮廷と合流、ウィンダムはイングランドにおけるジャコバイトの指導者の座についた。ジョージ1世を追い落とす反乱が1715年夏に計画され、ウィンダムは7月に老僭王にメッセージを送り、「1日でも無駄にしない」よう促した。しかし、計画は露見してしまい、ウィンダムの役割が内閣に示された。このときの閣議にはジョージ1世とウィンダムの義父である第6代サマセット公爵も出席しており、サマセット公爵はホイッグ党政府の一員でハノーヴァー朝を強く支持したが、同時にウィンダムを逮捕から守りたかったため、「彼の責任を持つ」ことを提案した。多くの閣僚はサマセット公爵のような身分の高い人物への攻撃を憚って同意しかけたが、北部担当国務大臣のタウンゼンド子爵のみは政府が決心を示すべきと考えて、ウィンダムの逮捕を動議した。閣僚たちは返事を逡巡して、10分間の沈黙が続いた。やがて2、3人が賛成に回り、ジョージ1世は逮捕を勅許した。ジョージ1世は私室に戻るとき、タウンゼンドの手を握って、「あなたは今日、余に大きく貢献した」と述べた。ジェームズ・スタンホープはジョージ1世からのメッセージを庶民院に届けた。ジョージ1世は庶民院議員6名を「王国への侵攻を支持する陰謀への加担」の疑いで逮捕することへの許可を所望したという。この議員6名とはウィンダム、第4代準男爵ジョン・パーキントン、エドワード・ハーヴィ、トマス・フォスター、ジョン・アンスティス、コーベット・キナストンの6名である。許可は与えられ、ロンドンに滞在していたハーヴィとアンティスは即座に逮捕された。ハーヴィは自身の胸を2、3か所刺したが、致命傷にはならなかった。フォスターは逃亡に成功、1715年ジャコバイト蜂起でジャコバイト軍の将軍を務めた。逮捕の決定に従い、コールドストリームガーズのジョン・ハスク大佐（当時は初代カドガン伯爵ウィリアム・カドガンのエー＝ド＝カン）がオーカード・ウィンダムの自宅に滞在していたウィンダムの逮捕に向かった。この時の出来事は同時代のコメンテーターのアベル・ボヤーが1716年に詳しく記述している。ウィンダムは午前5時に起こされ、ウィンダムの寝室を調べたハスク大佐は彼のベストのポケットから、イングランドに侵攻して老僭王を王位につかせることを計画した陰謀者のリストを見つけた。ハスク大佐には「礼儀を持って接する」との命令が下されていたため、ウィンダムが服を着替えて当時妊娠していた妻に告別の言葉を述べた後、午前7時に大佐の被逮捕者として出発、そのために大型馬車と馬6頭まで用意するという約束を信用した。しかしウィンダムは自室にある、警備されていない3つ目の門から逃走した。窓から飛び出して、外で待っていた馬に飛び乗ったともされる。これによりジョージ1世は1715年9月23日付で「サー・ウィリアム・ウィンダム準男爵の逮捕宣言」という回状を出し、ウィンダムの逮捕に1,000ポンドという莫大な賞金をかけた。一時は聖職者を扮して逮捕を逃れたウィンダムだったが、もはや望みがないと分かると、ロンドン近くのシオン・ハウスで義父のサマセット公爵を訪れた。続いてロンドンに向かい、公爵の息子でウィンダムの義兄、キングズ・ライフガーズ（King's Lifeguards）の大尉だったハートフォード伯爵のもとに出頭、逮捕された。ウィンダムはロンドン塔に投獄され、サマセット公は当局にウィンダムの保釈を求めたが拒否された。その直後、ジョージ1世はサマセット公を主馬頭から解任した。ジョージ1世の治世（1714年 - 1727年）からジョージ2世の治世（1727年 - 1760年）初期まで庶民院の野党であるトーリー党の指導者を務め、首相ロバート・ウォルポールに対し高教会派とトーリー党の原則を守るために戦った。海外逃亡していたボリングブルック子爵とは連絡を取り続けており、1723年以降はウォルポールを失脚させる計画にも加担したが失敗に終わった。