税務署長等が行った処分に不服があるときは、再調査の請求をせず、直接国税不服審判所長に対して不服の申立て（審査請求）をすることができる。原則として、処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内に、再調査の請求を経てから行う場合には再調査決定書謄本の送達を受けた日の翌日から1か月以内に行う。
税務署長等が行った処分に不服があるときは、原則として、処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内に、税務署長等に対して不服の申立て（再調査の請求）をすることができる。
税務調査の結果、調査対象者の納税者が、その作成した帳簿書類に、取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載し又は記録し、その他その記載又は記録をした事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由があると税務署長が認定した場合等には、追徴課税、附帯税の賦課決定に加え、申告所得税、法人税の申告について、青色申告の承認の取消処分を税務署長から受ける場合がある。その場合、取消処分以後、各種の租税特別措置（税額優遇）等の制度を受けられなくなる。
税務調査の結果、追徴本税額が生じた場合、追徴本税額に加え、ペナルティーとして加算税（過小申告加算税、無申告加算税、不納付加算税、重加算税のいずれか。）または過怠税（印紙税の場合）を追加納付する義務が生ずることがほとんどである。その場合、納税者宛てに「加算税賦課決定通知書」、「過怠税賦課決定通知書」が送付される。
納税者が修正申告書を提出しない場合に、税務署長が職権で納税者の申告内容を改め、正しい課税標準・税額等及び追徴本税額を通知する処分をいう。納税者宛てに「更正通知書」または「決定通知書」が送付される。納税者はこの処分に不服であれば、税務署長あての再調査の請求、或いは、国税不服審判所に審査請求をすることができる。。
当該職員より指摘を受け、納税者が自発的に申告を修正することをいう。税務調査において申告内容に誤りが認められた場合、納税者に申告の誤りの内容などについて、当該職員より説明される。この際には、申告内容の誤りを是正するための修正申告を勧められるのが一般的である。仮にその指摘に不服があったとしても、修正申告を出してしまった場合は、原則として後から不服の申し立てをすることはできない。
納税者の申告内容に間違いがなかったことをいう。特段の指導事項もなかった際には、納税者に対して「調査結果についてのお知らせ」という書面が送付される。申告誤りなどには至らないものの、今後の申告や帳簿書類の備付け、記録、保存に関して指導事項がある際には、その旨の説明や指導が行われた後に、税務調査の終了が明確に伝えられる。かつては納税者に対して「申告是認」の通知書を送っていた。
調査の結果、申告内容に間違いがあり、追加に納税をしなければならないとき、修正申告の場合には申告書を提出した日が、更正・決定の場合には更正通知書を発した日から1か月後の日が納期限となる。また、加算税（過少申告加算税、無申告加算税、不納付加算税、重加算税）の賦課決定処分を受ける場合がほとんどである。併せて延滞税の納付を要することに注意しなければならない。更に、青色申告の承認の取消処分を受ける場合もある。
管轄税務署の当該職員が行う一般的な任意調査の多くは、1名ないし2名で1週間にわたって行われる。一方、現金商売を営む事業者に対し、事前通知なしに調査を行う際には、4、5名で調査に当たるのが一般的である。国税局が直接管轄する調査では、調査範囲が大きいため、5名以上でチームが構成され、1週間以上かけて実施される。
厚生労働大臣が許可する特定細胞加工物製造施設（特定細胞加工物製造許可(施設番号:FA316000)）にて、脂肪組織からの脂肪幹細胞抽出・培養、血液からの成長因子等抽出といった加工を医療機関より受託している。また、医療機関が再生医療を提供する際に必要な、「再生医療等の安全性の確保等に関する法律」の対応のサポート事業もあわせて行う。行政機関の再生医療関連プロジェクトにも複数参画している。琉球大学等から成る共同体に参画し沖縄県より「再生医療産業活性化推進事業」の業務委託先として採択されているほか、大阪府が推進する「未来医療国際拠点基本計画（案）」における 「（仮称）未来医療推進機構設立準備組織」の構成員への選出も発表されている。既存事業に加え、他社との事業提携により新事業も展開。2018年3月には医療機器大手ジンマー・バイオメットと共同で再生医療の導入支援サービス開始が発表されている。さらに2018年9月、細胞が放出する小胞「エクソソーム」研究の第一人者である東京医科大学の落谷孝広教授らが設立したテオリアサイエンス株式会社との提携を発表。国内初となる、患者自身の細胞から抽出した自家エクソソームの臨床応用を目指すとし、共同研究と事業化を進める。落谷教授は「再生医療分野では細胞そのものをつかう細胞療法から、エクソソームを使う手法へ変化していく可能性がある」とコメントしている。また、2019年8月に大阪大学とのエクソソーム治療の確立に向けた共同研究契約締結も発表された。その他にも様々な機関や企業との共同研究も行っており、自治医科大学とのMuse様細胞に関する共同研究契約、ロート製薬と提携医療機関との共同研究契約を締結している。患者に新たなソリューションを提供したいとの思いから再生医療にたどり着いた。シーズではなく“マーケット発”ベンチャー。バイオベンチャーには珍しい黒字経営で、増収増益を続ける。資金調達ではなく利益を出して研究開発に投資するのもこだわりの一つとしている。