2006年にはトーミに代わり、正一塁手に就いたライアン・ハワードが打率.313、58本塁打、149打点という驚異的な成績を残し（本塁打は球団記録）、本塁打王、打点王に加え、ナショナルリーグMVPを受賞。チームはこの年に連続地区優勝が止まったブレーブスを押さえ地区2位となったものの、首位メッツには12ゲーム差をつけられてしまった。翌2007年にはジミー・ロリンズが「20・20・20・20」を達成し、MVPを受賞。2年連続でフィリーズの選手がMVPを受賞することとなった。チームもロリンズ、ハワード、チェイス・アトリーを中心とした打撃陣の活躍により、2位メッツを1ゲーム差で抑え、7度目の地区優勝を果たす。しかし、地区シリーズではコロラド・ロッキーズに敗れた。2008年は、上記の強力な打撃陣に加え、エースに成長したコール・ハメルズ、46歳ながら16勝をあげたジェイミー・モイヤー、守護神のブラッド・リッジらを擁した投手陣も安定感を増し、2年連続で地区優勝を果たした。リーグチャンピオンシップシリーズでロサンゼルス・ドジャースを4勝1敗で下し、15年ぶり6回目のナショナルリーグチャンピオンとなった。アメリカンリーグを制したタンパベイ・レイズを破り、球団史上2度目となるワールドシリーズ制覇を達成した。2009年は、ハワード、アトリー、ジェイソン・ワース、ラウル・イバニェスの4人が30本塁打以上を記録し、シーズン途中には前年サイ・ヤング賞のクリフ・リーが加入。チームも3年連続で地区優勝を果たす。リーグチャンピオンシップシリーズでは前年同様ドジャースと対戦するが、3勝1敗でこれを下し、史上初の2年連続でナショナルチーグチャンピオンとなった。続くワールドシリーズではニューヨーク・ヤンキースと対戦。共に投打にリーグ屈指の戦力を誇るチーム同士の対戦となったが、2勝4敗でヤンキースに敗れ、2年連続のワールドチャンピオンはならなかった。2010年にはリーを含む三角トレードでロイ・ハラデイを獲得。また同7月29日には、ヒューストン・アストロズからJ・A・ハップら3選手とのトレードでロイ・オズワルトを獲得し、4年連続の地区優勝を果たしたが、リーグチャンピオンシップシリーズでサンフランシスコ・ジャイアンツに敗れ、リーグ3連覇を逃した。同年オフ、FAでクリフ・リーが復帰。2011年は、ハラデー、リー、ハメルズ、オズワルトなど、MLB屈指の投手陣を擁し、独走で地区5連覇を達成するも、地区シリーズでセントルイス・カージナルスに敗れ優勝を逃した。2012年はハワードがアキレス腱断裂でシーズン前半を戦えないため、ジム・トーミが復帰し、課題の救援陣にチャド・クオルズ、クローザーにジョナサン・パペルボンを獲得し、充実することができると同時に地区6連覇を目指すシーズンとなったが、主力の怪我での離脱などもあり3位に終わる。
とある広い屋敷。そこでペットとして飼われている1匹の猫・トムである。そして、茶色い鼠・ジェリーもいた。トムは本来餌であるジェリーを食べようとせず、遊び道具としてからかっていた。ジェリーはトムの手から抜けると、逃げ出そうとしていた。しかし、そこにはすでにトムが待ち構えており、指にインクをつけて、壁に穴を描いて本物と見せかける。ジェリーはそれが偽物と知らず、壁にぶつかり続け、そして結果はグッタリと気絶してしまう。それを見たトムは金魚鉢の水を手につけ、グッタリ顔のジェリーにかけた。目を覚ましたジェリーはようやく穴が偽物だと気づき、その場を離れようとしていたが、目の前にトムが現れて、大ピンチに。そこでジェリーはトムの目を思いっきり殴り飛ばすと、トムはその痛みに悲鳴をあげる。怒ったトムはジェリーを追いかけるも、うっかりして植木鉢を壊してしまう。それを聞いて駆け付けたのは、トムの飼い主・お手伝いさんだった。カンカンに怒ったお手伝いさんは「今度何か壊したら、お前を家から追い出すから!」と警告した。トムは警告を聞き終えその場を離れようとすると、誤って花瓶を落としてしまう。しかし、なんとかギリギリで受け止めた。先ほどの話を聞いたジェリーはそんなトムを見て大笑い。それをトムは黙って見過ごすわけがない。再びジェリーを捕まえようとすると、ジェリーがワイングラスを床へ落そうと待ち構えていた。先ほどのお手伝いさんの話を思い出してトムは後ずさりすることに。それと同時にジェリーも落とすのをやめた。チャンスと見たトムは後ずさりをやめて、ジェリーに襲い掛かるが、ジェリーは再びグラスを落とそうとして、トムを殴り飛ばす。そこでトムは再び後ずさりする。ジェリーは今度は落とすのをやめず、本当に落としてしまう。それを見たトムは慌ててグラスをキャッチ。さらにジェリーはグラスをお盆ごと落とし、それを受け止めるトム。一方、ジェリーは、ワイングラスを片手に見栄を張っていた。頭に来たトムはソファに置かれていた大量のクッションを見て何か思いついた。そして、ジェリーの前に現れるとジェリーは持っていたグラスを落とそうとした。しかし、トムは「落とせばいいだろ」と言わんばかりの表情。それを見たジェリーはお言葉に甘えて落とすことにした。ところが、落としたはずのグラスがなんの音さたもなく、静かだった。それもそのはず、トムが床にクッションを置いていたのだ。勝ち目がなくなったジェリーは命乞いをするが、既に手遅れだった。トムはジェリーを高く放り投げると、口を大きく開けてそのままジェリーを食べようとした。ところが、天井近くの棚からジェリーは棚の上に置いてあった皿をトムの頭の上に落とした。それを面白がったジェリーは次々と棚に置いてある皿やコップを落として、トムがそれをキャッチした。皿は山のようにどんどん高くなり、ついにはトムには持ちきれないほどの高さになっていた。ジェリーは最後の一枚を床へ放り投げてしまう。その音を聞いて2階からお手伝いさんが駆け込んできた。ジェリーは時間稼ぎとして、皿の山から飛び降りると、ミルクをトムの顔にかけたり、トムの尻尾で体をゴシゴシしたり、やりたい放題。そして、お手伝いさんの足音が近くなったところで、ジェリーはトムの尻を思いっきり蹴飛ばした。すると、その衝撃でトムの体は揺れ始め、トムが抱えていた食器が次々とトムの頭の上に落ちて、割れていった。結局、トムはお手伝いさんに怒られ、家から追放されてしまった。それを見たジェリーは大笑いし、穴の前に「我が家」と書かれた看板を立てると、中へ入っていった。