名家スタージョン家の6人兄弟の末っ子サムナ・スタージョンは、無気力な日々を送っていた。親の反対を押し切って軍を抜け、空港公団という自分の道を進んだ尊敬する兄トリノとは逆に、やりたいことを見つけられず、ただ流されるままの人生に嫌気が差していた。そんなある日、街で不良に絡まれ逃げ込んだ先のリフの競技場で、見事なカットバックドロップターンを決める青い服の少年を目撃する。空を自由に駆ける彼の姿に感動したサムナは、なにかがこの時動き出したことを感じていた。そしてサムナを変えるキッカケを作った、青い服の少年“BB”にも悩みがあった。それは自分が女性であるということ。彼女の名は、ルリ。リフの大会には男性しか参加できないルールが決められていたが、スラムダウンタウンに済む彼女は生活のため、なにより好きなリフを続けるため、性別を偽って大会に参加していた。リフをする度に感じるこの街の狭さに鬱屈しながらも、自分が弱くなるのではと考えて元プロボーダーのフレイムからの誘いも断っていた。そんな二人が出会った時、物語が動き出した。
アニメ『交響詩篇エウレカセブン』やゲーム『エウレカセブン TR:1 NEW WAVE』『エウレカセブン NEW VISION』と同じ世界観を共有する漫画作品。『NEW WAVE』の4年前（アニメの9年前）という時系列としては一番古い時代を描いており、プロジェクトエウレカの作品の中では最初の世界の話である。主人公は、ゲームと同じくサムナとルリ。彼らが14歳の頃からNW（ニューウェーブ）で出会うまでの4年間の物語であり、シリーズ構成の佐藤大からは『Xスポ根青春マンガ版エウレカセブン』と銘打たれている。ストーリーは1話毎にサムナ視点、ルリ視点が交互に描かれている。ゲーム版の過去編という扱いである為、一部の登場人物はゲーム本編においても再登場を果たしている。また、アニメ本編に登場する人物もおり、こちらは1話だけのゲストキャラクターとして当時の姿で登場する。
宝暦14年（1764年）元旦、乗組員たちは2ヶ月半ぶりに陸地を発見する。孫太郎たちは当初、その陸地が薩摩か琉球であると思っていたが、海岸にマングローブの林があることや聞いたことのない鳥の声がすることから、日本から遠く離れた地であることがわかった。それでも一行は上陸すべく、伝馬船（ボート）に荷物を移し、人家を探して南に15里ほど移動し、浜辺で休憩をとった。一行が浜辺で休憩をとっていると、頭が赤く、変わった笠を着て、腰に毛布をまとい、槍や鉄砲で武装した先住民300名 がやってきた。先住民たちは孫太郎たちの所持品をすべて掠奪したが、孫太郎たちがジェスチャーで空腹を訴えると芋の中に唐米を炊いて混ぜたものを与えた。先住民たちは孫太郎たちをそのままカラガンという近隣の村に連行し、酋長と面会させたが、面会後20人は村はずれの家に罪人扱いとして監禁された。一行は故郷の事を思い出して、成すすべなく日々を泣いて過ごしていた。監禁から2週間程で新七を含む4人は病死し、仁兵衛、甚次郎、彦五郎の3人はどこかに連れて行かれてそのまま帰ってこなかった。それから数日で船頭の十右衛門が病死し、さらに数日後には藤蔵がどこかへ連れて行かれ、藤蔵の失踪からの10日間でさらに5人が病死した。孫太郎はこの監禁生活のことを、「生洲(いけす)に圍(かこ)ふ魚のごとく、料理に成かと恐しし。殘る面々けふ死すか、あすはいづくに連て行かと、死出の知死期(ちしご)をまち居ける」 【現代語訳＝まるで生簀に入れられた魚のようで、料理にされるのではないかと恐ろしかった。残った面々も今日死ぬのではないか、明日どこかへ連れて行かれるのではないかと、いつ死ぬのか待っていた。】 — 『華夷九年録』と後に述べている。このカラガン村があった島について、『漂流天竺物語』や『華夷九年録』では「南天竺の内ボロネヲ」と記され、現在のボルネオ島であると記されているが、『南海紀聞』では「マキンダラヲ」、『漂夫譚』では「マギンタロウ」と記され、『南海紀聞』の編者である青木興勝は漂着場所をフィリピン南部のミンダナオ島であるとしている。現在では『南海紀聞』の説の方が正しいとされ、伊勢丸はミンダナオ島南岸に漂着したとするのが定説となっている。3月頃、残された7人は家から出されて船に乗せられた。7人は日本に帰れるかもしれないと淡い期待を抱くが、カラガンを出た船は西に向かい、20日ほどでソウロクという場所に着いた。ソウロクは現在のスールー諸島の事であり、7人は奴隷商人の家でしばらく暮らしたが、4月末に金兵衛、市三郎、貞五郎、弥吉、長太の5人は海賊の頭のもとに連行されることになり、孫太郎と幸五郎の2人だけが残されることになった。2人は6月中旬に別の島に連れて行かれ、ゴロウという海賊の持ち物となった。ここで2人は、結婚式の宴席で太鼓を持たされ日本の歌を披露させられたりしたが、その後も他の者に転売され続け、2人はスールー諸島中を連れまわされることになった。やがて2人はボルネオ島南部のバンジャルマシンに連れて行かれることになったが、この航海中に孫太郎が兄と慕っていた幸五郎が病死した。幸五郎の亡骸は海に捨てられそうになったが、孫太郎はせめて海岸に土葬させてくれと懇願し、幸五郎の亡骸は孫太郎の手によって海岸近くの小高い丘に埋葬された。