1月25日の若潮賞でおよそ半年ぶりに復帰し勝利すると、鞍上に戸崎圭太を迎えたスピカステークスではスタートでの出遅れがあったもののメンバー最速の上り(33秒8)で差し切り勝利を挙げオープン入りを果たす。引き続き戸崎とのコンビで挑んだダービー卿チャレンジトロフィーでは前走同様スタートで出遅れ後方からのレースになるが、最後の直線で抜け出すと2着馬のクラリティシチーに3馬身半差をつけて勝利し、2005年にダイワメジャーが同レースで記録したタイム(1分32秒3)を0.1秒上回る1分32秒2のレースレコードで重賞初制覇を飾った。6月7日、キャリア初のG1レース出走となる安田記念では京都新聞杯以来となる川田将雅に乗り替わり単勝1番人気に支持される。スタートで後手を踏んでいた近走から一転、ほぼ互角のスタートでかかり気味ながら好位に付けると最後の直線でケイアイエレガントをかわして先頭に立ち迫るヴァンセンヌに並びかけられるもこれをクビ差しのぎ優勝。スクリーンヒーロー産駒初のG1制覇を達成した。秋初戦は10月11日の毎日王冠からの始動を予定していたが、2週前追い切り後の疲れが抜け切れなかったため回避し前哨戦を使わずマイルチャンピオンシップへ直行することになった。鞍上にライアン・ムーアを迎えるもローテーションを不安視され4番人気と評価を落としたが、レースでは中団で折り合いを付け外目を回り直線に向くと先頭に立ったアルビアーノや馬群から抜け出したフィエロ等を外からかわし2着に1.1/4馬身を付け優勝を飾り、2007年のダイワメジャー以来史上6頭目の安田記念との同一年マイルG1二冠を達成した。年内最終戦として、フィエロやダノンプラチナと共に、香港マイルに参戦。地元で絶大な人気を誇るエイブルフレンドとの対決に注目が集まりモーリスは同馬に次いで2番人気に支持される。レースは道中モーリスが中団7番目辺りに位置し、その直後でエイブルフレンドがマークする形となった。最後の直線で並びかけたエイブルフレンドがモーリスをかわすとさらにそれをモーリスが再び差し返し、2番手に上がってきたジャイアントトレジャーに3/4馬身をつけ勝利し、2005年のハットトリック以来、実に10年ぶり史上3頭目の同レース制覇を成し遂げ、6戦全勝でシーズンを終えた。この活躍が高く評価され、年度代表馬と最優秀短距離馬を受賞した。短距離馬の年度代表馬は1998年のタイキシャトル、2013年のロードカナロア以来3頭目となる。
2008年2月24日に別府競輪場で行われた東西王座戦の西日本王座戦決勝（9着）を最後に本業の競輪を休業し、以後は北京オリンピックまで、自転車競技大会しか出場しなかった。迎えた北京オリンピックでは、チームスプリント及びケイリンに出場することになった。8月15日に行われたチームスプリントでは、長塚智広（第一走）、渡邉一成（第二走）、永井（第三走）のトリオで挑み、予選タイムは44.545秒で同順位は6位。しかし、1回戦にあたる順位決定予備戦でドイツに敗れたことから、予選の6位という順位がそのまま確定順位となった。8月16日に行われた『ケイリン』。予選3組に登場した永井だが、最終1センター付近で、イタリアのロベルト・キアッパの強引な押圧が影響して4着入線（その後、キアッパが降着処分を受け、3着）に止まり、敗者復活戦回りとなった。しかし、1着選手だけしか勝ちあがれない敗者復活戦では堂々と1周半近くを逃げ切って勝ち、準決勝に進出。準決勝では、優勝候補の一角に目されていたオランダのテオ・ボスら2名が1周回目で落車するアクシデントが発生。ペーサー（誘導員）退避前の落車ということもあり、再発走レースとなったが、落車したボスら2名は再発走レースを棄権。そのため、永井を含めた4名での戦いとなった。結果は敗者復活戦同様、永井は1周半近く逃げ、最後はイギリスのロス・エドガーに交わされたものの2着に入り、オリンピックにおけるケイリン種目では、日本人選手初の決勝進出を果たした。迎えた決勝では当初最後方の6番手に位置していたが、ペーサーが退避した残りあと3周通過付近より一気に前団へと押し上げ、残りあと2周付近では先頭位置に立った。一方、この位置から改めて先頭位置に入ることになった、イギリスのクリス・ホイだけを前に入れ、残りあと1周付近ではいわゆる「番手勝負」となったが、その後、優勝することになるホイに道中千切れ、ゴール寸前では力尽きた格好となって銀メダルのエドガーにも交わされたが、3位に入り銅メダルを獲得した。なお、オリンピックでは、現役の競輪選手としては3回目（団体競技での獲得を含む）のメダル獲得となった。また1996年のアトランタオリンピックでの十文字貴信以来となる個人種目でのメダル獲得となったことから、KEIRINグランプリ出場選手選抜方法の2項にある夏季五輪の個人メダリストに優先出走権を与える規定により、12月30日には平塚競輪場で行われたKEIRINグランプリ08への出場（結果は8着）を果たし、この出場により2009年はS級S班格付けとなった。2009年は4月に佐世保競輪場で行われた共同通信社杯競輪春一番にS級S班枠で出場し、共同通信社杯が年度2回開催に移行してから初の優勝者となり、自身にとっても初のGII優勝となった。この年の終盤には同県の先輩である山口幸二と年間獲得賞金9位を争うことになったが、最終的には永井が滑り込む形でKEIRINグランプリ09の出場権を手に入れ、加藤慎平と『闘心會』ラインを組むことになったが、見せ場なく7着となった。