農業の神として信仰されており、霧島神宮（鹿児島県霧島市）、高千穂神社（宮崎県西臼杵郡高千穂町）、新田神社（鹿児島県薩摩川内市）、築土神社（東京都千代田区）、射水神社（富山県高岡市）、子安神社（三重県南牟婁郡紀宝町）、常陸國總社宮（茨城県石岡市）、国見神社（奈良県御所市）などに祀られている。また、三重県鈴鹿市の椿大神社の境内に皇孫が天孫降臨の際に使用した御船が降り立ったという伝承地（御船磐座）が存在する。
1892年（明治25年）2月3日、京都府綾部市本宮町で極貧生活を送る無名の女性、出口なお（直）に、「艮の金神」と名乗る神の神懸かり現象が起きた。当初、周囲はなお（直）が発狂したと判断して大目にみていたが、放火犯と誤認逮捕したことがきっかけとなり、自宅の座敷牢に押し込める。この時、文盲のなお（直）が牢内で釘をつかって文字を刻んだのが「お筆先」のはじまりとされる。現存する最も古い筆先は明治26年旧7月12日付であるが、さらに古いものがあった可能性もある。当時、行政当局により宗教法人設立は厳しく監視され制限されていた。そこで金光教の傘下で活動したが、なお（直）はあくまで艮の金神を重要視し、同時に神の正体を見極めることを望んだ。現実社会における信仰を説く金光教と、現世を「けもの（獣類）の世」「われよし（利己主義）の世」と定義して終末論的な立替え立直しを訴えるなお（直）／艮の金神は、根本的な神学が異なったのである。1898年（明治31年）10月と翌年7月、古神道の知識に長けた上田喜三郎（出口王仁三郎）がなお（直）を訪問し、艮の金神を審神（さにわ）する。審神とは憑霊状態が高次の神霊で、かつ善神によるものなのか、神格はどの程度なのか、あるいは動物霊や低級霊が憑依しているのかなどを審理・判断する行為をいう。従来の神道や仏教、天理教や金光教といった新宗教ですら艮の金神の正体を判別できず、審神のエキスパートであった喜三郎の知識と能力が必要とされていたのである。喜三郎は「艮の金神」を「国武彦命（国常立尊）」と審神する。なお（直）の教団に加わった喜三郎は、なお（直）の末子で後継者と決められていた出口すみ（澄）と養子婿結婚して出口王仁三郎と改名した。なお（直）と王仁三郎の関係は複雑である。筆先によれば、なお（直）の守護神は「艮の金神」で厳霊（女性の肉体に男霊が宿った変性男子、天照大神）、王仁三郎の守護神は「坤の金神」で瑞霊（男性の肉体に女霊が宿った変性女子、スサノオ）であり、宗教上の夫婦関係は現実において養母・養子婿だった。非合法は覚悟で活動しようとするなお（直）と、公認宗教の下部組織として警察の干渉を避けようとする王仁三郎は対立する。これに従来幹部の権力争いが加わり、彼らは王仁三郎を厳しく攻撃した。王仁三郎は日露戦争終結後に一度教団を離れるが、教派神道の知識を身につけると再び綾部に戻り、教団の発展に尽力する。彼の守護神とされる「坤の金神」を公式に祭ったことでなお（直）との宗教的対立は終息した。1916年（大正5年）、なお（直）の筆先に「王仁三郎こそみろく大神」という啓示があり、初対面から18年後、なお（直）は王仁三郎の神格を認めた。これにより神聖とされた筆先を、王仁三郎の手で編集することが可能となった。以前より大本の実質的指導者は王仁三郎だったが、新たな啓示により、宗教的な主導権も王仁三郎に移った。1918年（大正7年）11月、開祖・なお（直）が死去。末子の出口すみ（澄）が二代教主、夫の王仁三郎が教主輔に就任する。大本は大正日日新聞を買収してメディア展開を開始。社会構造の変化や都市化を背景に、京都府綾部・丹波の地方民間宗教団体から全国規模の教団へと飛躍する。同時に、大本の中で王仁三郎と新幹部浅野和三郎の間で対立が生じた。浅野を中心とした派閥は大本神諭を重要視する。なかでも「大正十年立替え説」（明治五十五年の立替え）という終末論を強く主張する。第一次世界大戦やロシア革命といった歴史的転換点の中で終末観は多くの人々の心を捉え、秋山真之海軍少将も大本を訪れている。教団本拠地である綾部や亀岡には神諭の終末論を信じた人々が続々と移住したが、彼らの思想と見通しは太平洋戦争の展開と驚くほど合致する。大本が大日本帝国陸軍・大日本帝国海軍・華族への影響力を強めていたことに危機感を抱いた大日本帝国は、1921年（大正10年）2月に不敬罪と新聞紙法違反を罪状に王仁三郎や浅野を逮捕して弾圧を加えた（第一次大本事件）。保釈された王仁三郎は同年10月18日より、新たな教典『霊界物語』の口述筆記に着手する。なお（直）の「筆先/大本神諭」は強烈であるが具体性と論理性に乏しく、その内容を具体的に教義として確立させたものが王仁三郎の活動であり『霊界物語』とも言える。神諭が発禁となったため新教典が必要となったという切迫した事情があったとも言われている。王仁三郎の手法に失望した多くの幹部や信者が教団を去り、浅野は心霊科学研究会を、谷口雅春は生長の家を、友清歓真（友清の離脱は1919年）は神道天行居を設立した。第一次大本事件の後、王仁三郎は自らのカリスマと新教典『霊界物語』を中核に新たな展開を行なった。