岐阜市のシンボル的存在で、市民のランドマークや憩いの場となっており、夜景が美しいことからデートスポットとして県外から訪れる客も多い。西側山麓には岐阜公園、岐阜県歴史資料館、岐阜市歴史博物館、名和昆虫博物館などの文化施設、伊奈波神社、岐阜護國神社、善光寺安乗院などの神社・寺院があり、山頂付近には模擬天守の岐阜城、隅櫓を模した岐阜城資料館の他、岐阜城の曲輪を利用した金華山リス村、売店や展望レストランなどがある。山頂へは金華山ロープウェーが通じ、南に連なる瑞龍寺山（通称:水道山）には金華山ドライブウェイも走り、南端には瑞龍寺がある。
オレゴン州ベルフルールに住む、高校生のカレン・スウェンソンが森の中に入っていく様子が目撃された。カレンが穴に落ちたとき、何者かが彼女に近づいた。その瞬間、2人は謎の光に包まれたのだった。後日、警察によってカレンの死体が発見された。奇妙なことに、彼女の背中には小さな2つの痣がついていた。FBIのダナ・スカリー特別捜査官はスコット・ブレヴィンス課長に呼び出された。その場には、政府の重鎮と思われる男性（シガレット・スモーキング・マン）が同席していた。ブレヴィンス課長はスカリーにX-ファイル課への移動を命じた。X-ファイル課はFBI内部でも存在が知られていない部署で、超常現象とされる事件の捜査に当たる部署であった。そこには、FBIで変人と噂されるフォックス・モルダー特別捜査官がいた。ブレヴィンス課長は科学の知識を豊富に持っているスカリーがX-ファイルを否定することを望んでいるようだったが、はっきりとその目的を口にすることはなかった。スカリーはモルダーに自己紹介した後、モルダーからスウェンソンの事件に関する見解を聞くことになった。モルダーが言うのは、カレンの高校では奇怪な状況下で3人の死者が出ており、カレンは4人目の犠牲者だという。また、スウェンソンの死体からは未知の化合物が検出されたという。これらを受けて、モルダーはスウェンソンの死が地球外生命体の活動によるものだと結論付けた。しかし、懐疑主義者であるスカリーはモルダーの主張に納得することができなかった。モルダーとスカリーはスウェンソンの事件を捜査するために、ベルフルールへと向かった。2人が乗った自動車が、町の近くの森の中を走っていると、カーラジオが原因不明の機能不全を起こした。モルダーはラジオに異常が起きた地点にスプレーで「X」とマーキングした。その後、町に到着したモルダーは、郡の検視官であるジェイ・ネンマン医師の反対を押し切って、3人目の犠牲者であるレイ・ソームズの死体を墓から出すことにした。ソームズの棺を開けると、中には腐乱死体が入っていた。スカリーはその死体がソームズのものではなく、オランウータンの死体だと判断した。また、死体の鼻腔からは金属製のインプラントが発見された。モルダーとスカリーはソームズが死ぬ前に治療を受けていた精神病院を訪れた。そこで2人はソームズの同級生と会った。ビリー・マイルズは昏睡状態にあり、もう一人のペギー・オデルは車いすを使用していた。突然、オデルは鼻から血を流した。オデルにもスウェンソンの同じ痣があった。病院の外で、モルダーはスカリーに「マイルズとオデル、そして他の犠牲者たちもエイリアンに誘拐されたんだ」と言った。その夜、2人は森に調査に向かった。そこでスカリーは地面に奇妙な焦げ跡を見つけ、それをカルト集団がつけたものではないかと考えた。そこへ地元の警察がやって来て、2人に森から立ち去るように言った。モーテルへ戻る最中、2人はラジオが異常を起こした地点で謎の発光体を見た。その瞬間、自動車はパワーを失った。一瞬の発光が消えた後、モルダーはすでに9分も経過していたことに気が付く。「時間の消失」はエイリアンに誘拐された人によって報告されている現象の一つであった。モーテルで、モルダーはスカリーに自分が12歳の時に妹のサマンサが失踪したことが、自分をX-ファイルの捜査に駆り立てていると明かした。その後、2人に謎の人物から電話がかかってきた。正体不明の人物は2人にオデルが車にはねられて死んだと伝えてきた。2人が現場に急行すると、オデルの死体はあったが、いつも使っていた車椅子は見当たらなかった。2人がモーテルへ戻ると、モーテルは炎に包まれていた。モーテルに置いていた事件の証拠は失われてしまった。そこへ、ネンマンの娘のテレサが2人に助けを求めてやってきた。テレサはふと気が付くと自分が森の中にいたということが何回もあったと訴えるが、やってきた父親とマイルズ刑事に連れていかれてしまった。モルダーとスカリーは他の犠牲者の遺体をも検証するために墓地にやってきたが、すでに何者かが掘り返し、死体を持ち去ったことに気が付いた。モルダーはビリー・マイルズが犠牲者を森に運んだのではないかと疑った。2人が森に引き返すと、そこにはマイルズ刑事がいた。悲鳴が聞こえたので、周囲を捜索すると、ビリーがテレサを腕で押さえつけていた。そこに謎の光が現われ、ビリーとテレサの傷が回復したのだった。数か月後、マイルズは催眠治療を受けていた。治療の中で、マイルズは森で卒業パーティーを開いていたときに、自分と同級生がエイリアンに誘拐されたことを思い出した。そこで、彼らはエイリアンの実験を受け、実験に耐えられなかった者が死んだのだった。事の次第をブレヴィンス課長に報告したスカリーは、スウェンソン事件の唯一の証拠であるインプラントを課長に渡した。しかし、後にスカリーは、スウェンソン事件の存在そのものがなかったことになったとモルダーから聞かされた。シガレット・スモーキング・マンはスカリーの持ち帰ったインプラントをペンタゴンの巨大な資料保管庫にしてしまう。