天正10年（1582年）3月に武田氏は滅亡し、同年6月の本能寺の変により発生した「天正壬午の乱」を経て、甲斐は三河国の徳川家康が領する。武川衆は武田遺臣を庇護する家康に仕えた。『寛永諸家系図伝』所収文書によれば、天正10年7月15日には折井市左衛門尉・米倉主計助（忠継・丹後守の子息）の両名が家康から感状を受けている。『寛永伝』によれば、これは両名が「天正壬午の乱」において武川衆を家康方に味方させるべく奔走した功績であるという。引き続き国境防衛を務め、天正壬午の乱においても活躍したという。天正10年10月29日には徳川・北条同盟が成立し、徳川・北条間では和睦の条件として、徳川氏は真田昌幸が領する上野・沼田両郡を後北条氏に引き渡すことが定められた。徳川家康は昌幸に対して両郡の引き渡しを求めるが昌幸はこれを拒否し、昌幸は越後国の上杉景勝に帰属し、天正13年（1585年）閏8月2日には上田城において徳川氏と真田氏の間で第一次上田合戦が行われる。『寛永伝』によれば、武川衆では米倉忠継が徳川方に従い戦っている。織田信長没後の織田政権において宿老・羽柴秀吉（豊臣秀吉）と織田信雄・徳川家康は敵対しており、その最中に同年11月13日に三河では徳川家臣・石川数正が出奔する事件が発生する。数正の出奔により甲斐・信濃の国衆の間では動揺が起こり、武川衆も家康に対して人質を提出している。天正14年（1586年）正月3日に米倉忠継は武川衆を代表して駿府に人質を差し出したという。天正18年（1590年）の小田原合戦後の徳川家康の関東移封にも随行している
一般職の在職者数は2018年7月1日現在、国土交通省全体で56,102人（うち、女性6,345人）である。うち本省が38,212人（うち、女性4,932人）、観光庁196人（うち、女性43人）、気象庁4,722人（うち、女性436人）、運輸安全委員会172人（うち、女性19人）、海上保安庁12,800人（うち、女性915人）となっている。行政機関職員定員令に定められた国土交通省の定員は特別職1人を含めて5万8,496人(2019年9月30日までは5万8,547人）。本省および各外局別の定員は省令の国土交通省定員規則が、本省3万8,880人(2019年9月30日までは3万8,931人）、観光庁219人、気象庁5,039人、運輸安全委員会180人、海上保安庁1万4178人と規定する。職員構成上の特色として、技術系職員（技官）の採用比率が高いことが挙げられる。国土交通省における国家総合職（旧「国家Ⅰ種」）試験合格者から採用される職員（いわゆるキャリア）の採用実績については、毎年7割前後を技術系が占めており、その大半が「工学」区分（旧「理工I」区分）と呼ばれる一般工学系試験合格者からの採用者となっている。また、特許庁や防衛装備庁と並んで、技官のトップ職である技監職が設けられているほか、事務方のトップである事務次官（国土交通事務次官）に技官が就任する比率も文部科学省と並んで高い。国土交通省の一般職職員は非現業の国家公務員なので、労働基本権のうち争議権と団体協約締結権は国家公務員法により認められていない。団結権は認められており、職員は労働組合として国公法の規定する「職員団体」を結成し、若しくは結成せず、又はこれに加入し、若しくは加入しないことができる（国公法第108条の2第3項）。ただし、海上保安庁職員は職務の性質から団結権も認められておらず、労働組合結成や加入してはならない（国公法第108条の2第5項）。2019年3月31日現在、人事院に登録された職員団体の数は単一体4、支部252の計256団体となっている。うち単一体1、支部9が管理職員がつくる職員団体である。なお、管理職員の職員団体が存在する府省は国土交通省のみである。組合員数は非管理職員が1万1861人、管理職員が402人で、組織率はそれぞれ33.9%、6.8%となっている。現存する主な職員団体には国土交通労働組合（国交労組）、全北海道開発局労働組合（全開発）、国土交通省職員組合（国交職組）、国土交通省管理職ユニオン、沖縄国家公務員労働組合気象支部および国総研横須賀職員組合がある。国交労組は2011年9月に国土交通省労働組合共闘会議が2011年9月に単一化して発足した。共闘会議は国土交通省全建設労働組合（全建労）、全運輸労働組合（全運輸）、全運輸省港湾建設労働組合（全港建）、全気象労働組合（全気象）、海員学校職員組合（全海員）および海技大学校職員組合（海技大労組）の6単組で構成されていた。結成当初の組織人員は公称約1万7000人と国交省内で最大である。加盟単産は国公労連（全労連系）。国交職組は前身を建設省職員組合（建職組）といい、建設省が国土交通省へ統合されたことに伴い現名に改称した。組合員数は約800人と少数派組合となっている。1960年代の建設省時代に全建労から分裂して結成された旧全官公・同盟系の第2組合を源流とし、現在も単産は国交労組とは異なり国公連合（連合系）に加盟している。ほかに全開発と沖縄国家公務員労働組合気象支部も国公連合に組織されている。