現生の哺乳類に関して、オーウェンの寄稿の重要な物を挙げると、単孔類、有袋類、類人猿に関係した物である。彼はまた、1848年にいくつかの化石を記載する際に有蹄類に2つの典型的なグループがあることを最初に認め、蹄が偶数のグループを「偶蹄類」、蹄が奇数のグループを「奇蹄類」と名付けた人物でもある。しかしながら、彼の哺乳類の論文のほとんどは絶滅した種を取り扱っており、これはダーウィンによって南米で採集された注目すべき化石によってその興味をかきたてられていたためのようだ。パンパスから出土したトクソドン (Toxodon) がその後記載され、広義の有蹄動物の絶滅した一種に関する最初の明白な証拠をもたらし、齧歯類、貧歯類、草食性鯨類と類似点を持つ厚皮動物であることがわかった。オーウェンの南米産絶滅哺乳類への興味は、他の重要な寄稿のみならず、自ら名付けたグリプトドン (Glyptodon) という巨大なアルマジロ(1839)や、巨大な地上性ナマケモノのミロドン (Mylodon :1842)やメガテリウム (Megatherium :1860)に関するすばらしい論文へと導かれていった。同じ頃にトーマス・ミッチェル卿がニューサウスウェールズで発見した化石骨を題材とした論文は、オーストラリアの絶滅哺乳類に関するオーウェンの長大な論文集の最初の物となり、最終的にその論文集は1877年に書籍の形で再刊された。彼は絶滅した巨大カンガルーや巨大ウォンバットに加えて、ティラコレオ (Thylacoleo ) やディプロトドン (Diprotodon ) をも発見している。海外からの大量の標本の対処に忙殺されているにもかかわらず、オーウェンはイギリス諸島産の同じような化石に関する徹底的な研究のための事実をも集めていた。そして1844年から1846年にかけて"History of British Fossil Mammals and Birds"を出版し、"Monograph of the Fossil Mammalia of the Mesozoic Formations"  (Palaeont. Soc., 1871)に代表される多くの論文がそれに続いた。彼の最後の出版物の1つは小文 "Antiquity of Man as deduced from the Discovery of a Human Skeleton during Excavations of the Docks at Tilbury" (London, 1884) だった。
彼の比較解剖学の知識の深さを示すエピソードがある。1839年、ジョン・ルールというニュージーランドの外科医が、何か大型の動物の骨を自分の甥が手に入れたのだが、と15cmほどの骨の欠片をオーウェンに見せた。その骨は両端が欠けてはいたが、何かの大腿骨であり、オーウェンはこれが鳥類の大腿骨であると断じた。ほかの研究者は、そのような頑丈で重厚な骨の持ち主が本当に鳥類なのか非常に怪しみ、欠片だけによってなされたその同定に疑問を持った。しかしオーウェンは、これが「ダチョウ様の飛べない大型地上生鳥類」の骨であるという自説を曲げなかった。はたして、すぐに別のニュージーランド人から木箱いっぱいの骨がやはり何の骨かわからず送ってこられ、そこには紛れもない大型鳥類の骨が詰まっていたのである。これこそがニュージーランドの絶滅鳥類モア (Dinornis ) であった。彼はこのモアについて長大な一連の論文を執筆している。他の鳥類に関する著作では、キーウィに関する古典となった論文、アプトルニス、タカヘ、ドードー、オオウミガラスなどの論文が有名である。このうちタカヘはオーウェンの命名・記載から程なくして絶滅したと考えられていたが、20世紀半ばになって生存しているのが確認された。また、バイエルン地方の石版石から出土した始祖鳥についてのモノグラフは一時代を築いた仕事であった。ちなみに、この始祖鳥標本は世界で初めて発見された骨格標本を700ポンドで購入したものであったが、頭骨は失われていた。よって、オーウェンが無視した始祖鳥の爬虫類的特徴として「歯を持っていた」ことを挙げるのは少々的はずれである。始祖鳥に歯があることが判明するのは、オーウェンの発表後、世界初の標本を英国に持って行かれてしまったドイツ本国が血眼になって探し当てた第2標本に頭骨も保存されていたのが発見されてからである。
室町時代には応永4年（1397年）10月に諏訪有継が大祝となるが、4年後に下位すると、文明16年（1484年）12月には頼満（碧雲斎）が大祝職となるまで惣領家が大祝職に就くことが途絶える。さらに文安6年（1449年）には諏訪氏と下社金刺氏との抗争も発生し、これは信濃守護・小笠原政康（府中小笠原氏）が介入する事態となった。政康は金刺氏を後援したため、諏訪惣領家は政康と小笠原家惣領職を争う松尾小笠原氏と結んで勢力を拡大し、これにより諏訪大祝家との内訌も激化する。康正2年（1456年）には諏訪惣領家の信満と諏訪大祝家の頼満（伊予守、前述の碧雲斎とは別人）兄弟が衝突する「芸州・予州大乱」が発生する。この乱はまもなく沈静化するが、信満は居館を上原に移転している。大祝家で頼満（伊予守）の子・継満が大祝職に就き、義兄にあたる高遠継宗や松尾小笠原氏と結び台頭した。継満は、文明11年（1479年）に府中小笠原氏が松尾小笠原氏を攻めると、一時的に大祝職を辞して松尾小笠原氏後援のために出陣し、帰還後に再び大祝となっている。これに対し、諏訪惣領家では信満の子・政満が府中小笠原氏と和睦してこれに対抗した。文明15年（1483年）正月8日には継満が政満とその子・若宮丸、政満弟の原田小太郎らを神殿に招いて酒宴を催し、その場で暗殺するクーデターが発生する。この事件により諏訪一族は反抗に出て、継満を干沢城（茅野市宮川）へ追い込み、さらに高遠へ追放する。また、継満父の頼満（伊予守）もこの時に討ち取られており、下社金刺氏も駆逐された。継満のクーデターから生き残った政満の次男・宮法師丸（頼満（碧雲斎））は文明16年（1484年）12月に諏訪惣領家を継承し、さらに大祝職についた。碧雲斎の時代に諏訪郡を統一し、大祝家を滅ぼし惣領家が大祝をも務め祭政一致の下、武力と権威を強めていった。