交流棟は地域住民と訪問者の交流を目的として、総合案内コーナー、広々とした交流ロビー、体験学習室、イベント用のホールがある、木造平屋建ての建築物である。床面積は展示棟と全く同じ852.93m²。東西延長45.6mの交流ロビーには独特な形状をした椅子や机が配置されており、窓からは天狗倉山を望める。交流棟では飲食や談笑など自由に利用することができる。
展示棟は常設展示室と企画展示室、映像ホール、ロビーで構成される、木造平屋建ての建築物である。床面積は852.93m²。主に初めて東紀州・熊野古道を訪れた人に向けた情報を発信する博物館としての機能を担う。常設展示の設計監理は株式会社SPフォーラム、常設展示の工事は株式会社ムラヤマが担当した。建築設計者である建築研究所アーキヴィジョン側は展示設計にも関与を申し入れたが、「中がどのように変わろうと、建築は建築として変わらない存在であったほうがいい」という発想から三重県側より拒否されている。常設展示設計者は熊野のイメージを「厳かな雰囲気」と捉えていたものの、地域住民は太陽が燦燦（さんさん）と降り注ぐ明るいイメージを持っていることが判明したため、認識差を埋める必要があったという。常設展示室では熊野古道そのものの紹介のみならず、周辺の動植物や人々の暮らしについても展示している。世界遺産「紀伊山地の霊場と参詣道」の全景を俯瞰（ふかん）するタッチパネル式の地形模型や、道中日記や絵図などを基に作られた熊野古道を巡礼する様を再現した6つのジオラマなどがある。地形模型は映像をプロジェクターで投影する機能があり、通常は模型単独で成立するように作られているが、そばに解説者が付いて観覧者に説明する際にも使えるように工夫されている。地域の祭礼・民話・伝承を紹介する映像を見られるコーナーもある。室内の写真は地元カメラマンやプロのカメラマンに撮影依頼し、映像資料に引けを取らない高品質のものに仕上げた。企画展示室では、年6 - 7回の企画展を開催し、東紀州の自然・歴史・文化にまつわる展示を行う。また約80人収容の映像ホールではハイビジョン映像で熊野古道の風景を投影している。映像ホールで投影できる映像は3本ある。
敷地面積38,863m²の中に展示棟・交流棟・研究収蔵棟の3棟が建ち、展示棟・交流棟の前には弧状になった前庭の芝生広場がある。
熊野古道の中でも難所とされる八鬼山の東約1kmのところにあり、眼下に尾鷲湾と尾鷲市街地を望む。駐車場から続く石畳を模した階段を上った先に熊野古道センターがある。主要な施設は展示棟と交流棟であり、どちらも尾鷲桧を多用した木造建築物である。管理運営は熊野古道の保存などの活動を続けてきた人々で結成された特定非営利活動法人熊野古道自然・歴史・文化ネットワークが指定管理者として行っている。熊野古道センターの職員は7人である。敷地の南東には尾鷲市が設置し、指定管理者の株式会社熊野古道おわせが運営する夢古道おわせがある。展示棟での熊野古道に関する常設展・企画展のほか、交流棟ではほぼ毎週イベントを開催している。このため、地域住民の憩いの場となっている。
内舎人（うどねり）明治維新以降、旧江戸城の跡地に宮城（皇居）が置かれ、大日本帝国陸軍に近衛師団、次いで宮内省に皇宮警察が創設されたが、天皇・皇族の身辺警護は宮内省侍従職に所属する内舎人が担当した。終戦後の1948年（昭和23年）、皇宮警察の侍衛官が天皇・皇族の身辺警護を担当することになり、警護担当の内舎人には皇宮護衛官としての身分が付与された。近衛・近衛師団1872年（明治5年）2月に「近衛条例」を制定して、天皇に直隷する近衛都督の下、壮兵からなる近衛兵を創設した。1873年（明治6年）1月に制定された徴兵令に基づく徴兵は鎮台にのみ配備されることとなり、近衛の壮兵制は維持された。1878年（明治11年）に近衛砲兵の一部が騒動を起こす（竹橋事件）。近衛都督は、初代が山縣有朋、2代が西郷隆盛であった。1880年の「明治13年10月5日達乙第62号」による改正後の「近衛条例」によると、近衛兵は、専ら輦下を護衛し、特旨によらない限り、他の徴発に応じるものではない。上旨を奉戴し、千軍万馬の中といえども、整々独歩の勇を持ち、平常にあっては信義を本とし、先進を敬い、後進を教導し、全国諸兵の模範となることが求められた。（近衛参照）その後、1890年3月25日に近衛司令部条例（明治23年3月25日勅令第46号）が制定され、原則として、近衛都督の職務権限は師団長と同一となった。更に、1891年（明治24年）12月12日に近衛も師団制を採用して近衛師団となる。近衛師団に改編後の詳細は近衛師団参照。門部・皇宮警察竹橋事件により、近衛兵以外の宮城警備組織として宮内省に、古代の宮城門を守衛した伴部の称を復活し「門部」を設置した。1886年（明治19年）、門部は皇宮警察に改編された。皇宮警察は主に宮殿屋内の警衛と防火・消防を担当した。大正時代には天皇及びその他の皇族の警護を強化するため、全国の警察から文武両道に秀でた警部や警部補を集め特別警衛掛が設置された。やがて特別警衛掛は、来日した国賓の身辺警護も担当するようになった。