1984年に貢川サッカースポーツ少年団に入団。昭和町立押原中学校を経て山梨県立韮崎高等学校に入学してサッカー部に入部。在学中、1991年、1993年の2回全国高等学校サッカー選手権大会に出場した。卒業後は青山学院大学に入学し、サッカー部でプレーした。大学卒業後地元山梨県に戻り、当時旧JFL所属だったヴァンフォーレ甲府に入団。翌年甲府は新設されたJリーグ2部に参入した。堀井は2年間で49試合に出場して合計8得点を挙げた。2000年にモンテディオ山形に移籍。2001年9月、コンサドーレ札幌にレンタル移籍で加入した。同年9月16日に行われたJ1リーグセカンドステージ第5節 (対戦相手: 清水エスパルス) でJ1リーグに初出場。この試合で延長前半14分にVゴールを決めた。翌年より札幌に完全移。2002年度にはJ2リーグへの降格を経験したが、翌2003年度シーズンでは、41試合に出場して8得点を挙げ、チーム得点王となった。翌2004年度は33試合に出場して1得点の成績でシーズンを終えた。しかし天皇杯全日本サッカー選手権大会では準々決勝までの計4試合に出場して2得点を挙げた。2005年シーズンは第2節以降の10試合で全試合出場し2得点を決めていたものの、第11節山形戦で左頚骨骨折により序盤で離脱した。第42節の対甲府戦に出場したものの、結局2005年は通算11試合2得点でシーズンを終え、戦力外通告を受けてコンサドーレ札幌を退団した。2006年にJ1に昇格したヴァンフォーレ甲府に復帰し、同シーズン第2節 (対戦相手: ジェフユナイテッド市原・千葉) 67分に得点を挙げた が、この得点は甲府のJ1初ゴールであった。同年オフに現役引退が発表された。3年後の2009年4月14日、元コンサドーレ札幌の野々村芳和、黄川田賢司らとともに道央ブロックリーグ所属の小樽 F.C.での現役復帰が報じられた。現役引退後ヴァンフォーレ甲府普及育成部職員となり、サッカースクールでコーチとして指導した。その後強化部に移り、2008-2009の2年間、ヴァンフォーレ甲府のスカウト担当も務めた。また強化部勤務の傍ら、コンサドーレ札幌時代のチームメイトの野々村芳和が代表取締役を務める企業に所属し、サッカースクール「エスコーラ・ジ・クラッキ」のコーチとしてサッカースクールでの指導も行っている。2017年よりヴァンフォーレ甲府のアシスタントコーチに就任。
市域に旧石器時代の遺跡は見られないが、相川河床からは県内で二例目となるナウマンゾウの臼歯化石が発見されている。縄文時代の遺跡は荒川上流域にあたる市域北部の山間地域から中部の沖積低地にかけて散在し、同じく山間地である早川流域や芦川流域と共通した特徴を持つ。山梨県内においては縄文早期からの遺跡が盆地南部の曽根丘陵（旧中道町域）や八ヶ岳山麓など山麓、丘陵地域を中心に分布しており、丘陵地形の未発達な市域では縄文遺跡は少ないが、市域北部の山間部では早期からの遺跡や遺物が見られる。市域南部の低地への本格的な定住は弥生時代以降であると考えられている。弥生中期の高町遺跡は同時期に特徴的な集落遺跡で、祭祀遺構や遺物、墓域などが見られず、短期間に存続した小規模な集落遺跡が分布する特徴を持ち、市域南部の低地へ進出した勢力の拠点集落であると考えられている。市域南部の低地は長年の洪水による土砂の堆積や市街化により遺跡分布の把握が不十分であるが、微高地上に立地する上石田の上石田遺跡は安定した定住痕跡が見られ、内陸部の河川・湖沼における漁業に用いられた土錘なども出土している。弥生時代の遺跡では隣接する甲斐市大下条に弥生中期から後期の金の尾遺跡が所在し、山梨県内ではじめて発見された大規模弥生集落として知られる。甲府市域では把握が不十分であるものの弥生時代の遺構には乏しく、断片的に発見されている遺物が中心となっている。弥生後期では荒川扇状地の榎田遺跡が同時期の集落遺跡として知られ、住居跡や方形周溝墓などが検出されている。榎田遺跡の遺物は自然堤防や微高地上に分布し、東海系や北陸系などの様々な特色をもった土器が発見されていることから、複数経路で導入されたと考えられている。また、榎田遺跡からは水田跡などは検出されていないが、増坪遺跡から炭化米が発見されている。甲府盆地における古墳文化の流入は東海地方経由での波及が考えられており、弥生以来の方形周溝墓群などが分布する盆地南部の曽根丘陵において定着した。古墳の築造は4世紀にはじまり曽根丘陵では有力首長層の古墳が出現し、4世紀後半には畿内のヤマト王権の影響を受けた前方後円墳である甲斐銚子塚古墳を最大に古墳中期まで栄えた中道勢力が台頭する。5世紀代に中道勢力が衰退すると古墳の築造は盆地各地へ広まり被葬者層も拡大し、6世紀代には市域を含む盆地北部など各地で中小規模の古墳が築造され、横穴式石室も出現する。市域を含む盆地北部では出土遺物の特徴として、弥生以来の中央高地特有の土器と東海地方特有のS字かめの混在状態が見られ、市域東部の和田町・川田町では4世紀中半代の方形周溝墓が分布する桜井畑遺跡があるが、前期古墳は和戸町に所在していたという琵琶塚古墳が知られ、古墳時代は現存していないものの銅鏡の出土した前方後円墳である可能性が考えられてい。その他の前期古墳は乏しく、本格的な古墳の出現は古墳後期にはじまる。6世紀には湯村の万寿森古墳が笛吹市八代町の荘塚古墳とともに盆地最古の横穴式石室を持つ円墳として知られ、市域東部の里垣・甲運地区や西部の湯村・千塚など山麓地域を中心に中小規模の群集墳が分布している。この頃には盆地北西部において甲斐市竜王新町の赤坂台古墳群など盆地北西部勢力が台頭するが、千塚の加牟那塚古墳（かむなづかこふん）は盆地北西部勢力の盟主墳と考えられており、6世紀後半代の甲府盆地では盆地北西部勢力と笛吹市八代町の姥塚古墳を盟主墳とする八代勢力の対立構造が想定されている。また、盆地北縁において活動した渡来人に関連する遺跡が分布しているが、市域では横根町から桜井町にけての横根・桜井積石塚古墳群が渡来人が群集墳であると考えられている。