キャラクターデザインは結城信輝と山岡信一が前作から続投しているが、デザイン原案も担当していた出渕は本作に不参加となっている。メカニカルデザイン・セットデザインに関しては、前作までに参加していた玉盛順一朗・石津泰志・山根公利・出渕・高倉武史・小林誠・渡部隆のうち、メインメカを担当していた玉盛と石津、艦内デザインを主に担当していた高倉は本作でも続投している。その一方、一部航空機や戦車、艦・機内デザインなどを担当していた山根は参加していない。小林は、デザイン関係ではクレジットされていないが、本作でも背景美術のイメージボートを描き起こしたり、コスモタイガーIやアンドロメダ級の空母型などのデザインを担当したり、さらにはメカのカラーリングデザインを行ったりしている。玉盛と石津は主に旧作メカのリファインを担当。『2199』と同様、玉盛が地球側、石津が異星人側を担っている。しかし、旧作メカがほぼ全て登場した『2199』とは異なり、本作では地球側の巡洋艦や駆逐艦、ガトランティス側の潜宙艦や各種航空機など旧作メカの半分近くがオミットされてしまっている。特にガトランティスは『星巡る方舟』でおおよそのメカが登場済みであったため、本作で新たに石津が描き起こしたデザインは『2199』と比較するとだいぶ少ない。一方で、本作新規のメカはほとんど小林がデザインを行っている。元々シナリオでは新規のメカをあまり登場させておらず、小林のメカは多くは絵コンテなどの段階で小林自身が演出とセットで提案したものである。そのため、後述の第1話や第13話・第17話など小林デザインのメカが初めて活躍する回は、（主に戦闘シーンにおいて）元のシナリオから大きく改変されていることが多い。新規メカでもノイ・デウスーラは石津のデザインであり（カラー設定は小林）、厳密には旧作メカ・新規メカといった区別というより、当初から登場が予定されていたメカ＝玉盛・石津、後付けで登場が決まったメカ＝小林という図式に近い。
脚本製作は、福井が書いた大筋のストーリーを基に岡がシナリオを書き、それに福井が修正を加えるという手順をとっている。まず最初に福井がプロットを1人で自由に書き、それをもとに他のスタッフと協議して脚本に仕上げていっている。具体的には、福井のプロットを基に岡がロングプロットを作り、福井と羽原の確認を経てから全体会議へ提出され、そこで出た意見を盛り込んで脚本化する。脚本化作業は、まず岡がたたき台となる「ゼロ稿」をロングプロットと同じ要領で書き、福井が「初稿」として仕上げている。なお、最初の土台となる福井のプロットは、内容の取捨選択を行うことを最初から前提として、アイデアを可能な限り多く入れて長めに作られている。内容は基本的には『さらば』をベースとしているが、随所に『ヤマト2』からのガジェットを引用し、『2199』で追加された設定（波動砲の使用禁止やガミラスの存続など）を矛盾なく生かすため、旧作の空気感を残しつつも新しい展開になることを福井は指摘している。第1話は『2199』からのつながりを意識した内容で、第2話以降を『さらば』のリメイクとして認識できる構成にしている。また、『さらば』を戦後復興からバブル期への10年間ほどのらん熟期に向き合った作品であると認識し、本作は東日本大震災などの社会情勢に向き合ったものとして描いている。福井は「真正面から、今の若い人たちの愛、ひいては国への愛につながるような構成にした」と述べている。作品タイトルは福井が考えており、地球の復興に1年は短すぎるという理由、および2作目であることの提示や2並びの覚えやすさなどから、タイトルおよび設定年代は『さらば』『ヤマト2』と同じ「2201」ではなく「2202」としている。「2202」最後の「2」を大きく強調して、副題に「愛の戦士たち」をつけることで、本作が『さらば』と『ヤマト2』のどちらの結末へも行くことができることを示している。また、「2202」の「0」をスラッシュを入れた「∅」にすることで、（『さらば』と『ヤマト2』の）どちらでもない」という意味を込めている。タイトルが提案されたのは初期のプロットの書き始め段階で、「2202」は単純に語音の良さや前作のタイトルとのつながりを考えてつけられたものだが、「愛の戦士たち」は作品の方向性を決めるものとして打ち出しており、「愛」をテーマとして本作を描いていることを福井は語っている。
は観測できないので、 が  から独立であるという仮定が満たされるかどうかはデータからは導かれず、かわりにモデルの構造、つまりデータの生成過程を決定しなくてはならない。因果のグラフはこの構造を表現していて、上で与えられているグラフの定義は変数  が共変数  が与えられた下で操作変数として機能するかどうかを手早く決めるために用いることが出来る。この点を見るために、以下の例を考えよう。ランダムに学生が寮に割り当てられるような大学において、大学のチュータープログラム（Tutoring Program）がGPAに与える影響を推定したいとしよう。チュータープログラムへの出席とGPAの間の関係は数多くの要因によって混同される。チュータープログラムに出席した学生は自分の成績に注意を払うかもしれないし、努力をするかもしれない（この混同は図.1-3における右側のチュータープログラムとGPAの間の双方向に伸びる弧を通して描写される）。学生が寮にランダムに割り当てられたとして、チュータープログラムが行われる場所からの学生の寮の近さは操作変数の自然な候補になる。しかしながら、チュータープログラムが大学の図書館で行われたらどうなるだろうか。チュータープログラムが行われる場所と寮の近さは学生がより図書館で時間を費やそうとする原因になりうるだろうし、今度はそれがGPAを改善するだろう（図1を参照）。図2において描写されている因果グラフを用いると、チュータープログラムの行われる場所の近さは、グラフ  において「場所の近さ（Proximity）  図書館の使用時間（Library Hours）  GPA」という経路を通してGPAと繋がっているため、操作変数としてはふさわしくない。しかしながら、共変数として図書館の使用時間を加えてコントロールすれば、 において図書館の使用時間が与えられた下で場所の近さはGPAから分離されるため、場所の近さは操作変数になる。今、図3のように学生"そのものが持つ能力"（Ability）が学生のGPAと同じくらい学生の図書館にいる時間に影響を与えるとしよう。因果グラフを用いれば、図書館の使用時間はコライダーとなり、図書館で条件付けることは「場所の近さ（Proximity）  図書館の使用時間（Library Hours）  GPA」という経路を作るだろう。結果として、場所の近さは操作変数として用いることは出来ない。最後に、図4で示されているように、図書館で勉強しない学生は単に他の場所で勉強するので、図書館の使用時間はGPAに何の影響も与えないとしよう。この場合、図書館の使用時間を制御することは場所の近さからGPAまでの信用できない経路を開く。しかしながら、図書館の使用時間をコントロールせず、共変数から除外すると、場所の近さは操作変数として用いることが出来る。