あおぞら銀行は、2000年10月3日付けで整理回収機構より2,600億円の公的資金を受け入れている。これは転換型優先株式として受け入れたものであり、資金が返済されない場合は2012年10月3日に普通株式に強制転換する条件であった。しかし普通株への強制転換は、金融庁とあおぞら銀行、双方にとってデメリットが大きく、両者で打開策が検討されていた。
普通銀行転換後もATMでの債券購入が可能であったが、2008年（平成20年）11月から2009年（平成21年）2月にかけて全店舗のATMの更新の実施及び、2009年（平成21年）2月9日より、テレホンバンキングでの債券取引を債券の満期払出、専用預金払出、中途換金、満期予約を除き全て停止した。また2011年（平成23年）9月27日の発売を以って、新規発行が停止された。これによって2015年12月7日時点で償還されていない売出債を保有している顧客については、同年9月30日までに申し入れをしなかった場合は、強制的に買入消却され、償還日までに保有した場合に入る利息を満額支払いすることで債券を消滅させる措置を行い、勘定系システムのリプレースにあわせて、債券勘定の閉鎖が実施された。
2012年9月、サーベラスが保有株を売却、約9年間のサーベラスの支配から脱却した。サーベラスから送り込まれた経営陣・取締役は2013年6月の株主総会までに順次退任し、日債銀からの生え抜きである馬場信輔らが舵を取る体制となった。
2010年（平成22年）10月に新生銀行との合併を目指していたが、新生側の2010年3月期の連結決算で最終赤字に陥ったことと、双方の経営方針をめぐる対立が解消できなかったことを理由に、予定していた合併を2010年（平成22年）5月14日付けで解消することを正式に発表した。
現行名へ変更されてから、短いサイクルでトップの交代が繰り返されている。社長は丸山博が1年、水上博和が3年3か月、フェデリコ・J・サカサが1年8か月で交代し、会長はエドワード・ハーシュフィールドが1年5か月、マイケル・ロッシが2年、能見公一が1年で交代している。経営トップの人事は大株主であるサーベラスの意向が強く反映されており、サーベラスの短期間で結果を追い求める姿勢が、安易な経営者の交代と無責任体質を生み出すと批判されている。2008年（平成20年）10月以降、会長ポストが空席ながら、代表権のない取締役副会長が在籍する状態となっていたが、翌年2月には、フェデリコ・J・サカサ社長兼CEOが辞任し社長不在となった。そして、ブライアン F. プリンス副社長執行役員が、代表権もなく取締役でもないまま、社長代行兼CEO代行執行役員に就任し、実務を行う形となっていたが、同年6月、代表取締役社長兼CEOに昇格した。併せて、馬場・徳岡両副社長に代表権を付与した。2012年9月、ブライアン F. プリンス社長が一身上の都合を理由に、CEO職を退任の上で代表権のある会長に就任し、後継には馬場副社長がCEO兼務で昇格した。
ウィルクスは、ウィスキー醸造業者イズライル・ウィルクスの6人の子供の次男として、ロンドンに生まれた。ライデン大学、ハートフォード・カレッジ、私立学校などに学んだ後、1747年にメアリー・ミードと結婚して家産を継ぎ、バッキンガムシャーに住居を落ち着けた。ウィルクスは一人娘のポリーを溺愛したが、妻とは1756年に別居し、そのまま婚姻関係を解消した。ウィルクスは再婚はしなかったが、放縦な女性関係で知られ、少なくとも他に2人の子があった。その例として、悪名高い地獄の火クラブの会員でもあったが、後にウィルクスはクラブの放蕩三昧を新聞紙上で糾弾し、クラブを解散に追い込んでいる。クラブの会員にはサンドウィッチ伯爵ジョン・モンタギュー、フランシス・ダッシュウッド、ウィリアム・ホガースら錚々たる名士が名を連ねていた。ウィルクスは当代一の悪相と囃され、ひどいやぶにらみと長いあごをしていたが、それを帳消しにする何とも言えない愛嬌があった。「俺と30分も過ごせば、女にはご面相のことなんざどうでもよくなるのさ」とウィルクスはよく嘯いたが、女性を振り向かせるまでの時間は、自慢話のたびに少し変わっていた。彼は「この顔のせいで恋敵にただでひと月ハンデをやるようなもんだ」とも言ったことがある。彼は機知に富み口がうまく、悪口に絶妙のお返しをすることでも知られていた。たとえば、かつては地獄の火クラブの仲間であったサンドウィッチ伯に「ウィルクス、お前なんか絞首台でも天然痘でもくたばるがいい」と罵られたウィルクスは、「閣下、そのどちらになるかは、閣下の裁きを受け入れるのが先か、閣下の恋人を抱擁するのが先か次第です」と切り返した（英語のembraceのダブルミーニングによる駄洒落である）。「あなたを選ぶくらいなら悪魔に一票投じますね」ある選挙人に冷たく言われたウィルクスは、「そうでしょうね」と頷いてから言った。「で、あなたのお友達が（悪魔なんでしょ？）もし選挙に立たないことになったら、私に票を回していただけるんですよね」。アメリカ独立戦争では、ウィルクスは政府の対アメリカ政策を糾弾した。その一方で、犯罪には厳罰で臨むことを熱心に主張し、年をとるにしたがって、保守的になった。急進主義者はそんなウィルクスに失望し、ウィルクスは1790年のミドルセックスでの統一選挙に敗北した。1790年代には政治活動から身を退き、急進主義運動にも加担していない。1797年12月29日に死去した。