1996年秋にビッグマイナーチェンジを行い、後期型となる。フロントバンパー、スカイライン風の丸型リアコンビネーションランプ、大型リアスポイラー、リアブレーキの容量アップ、ABSの標準装備化、アルミホイールのデザイン変更、キーレスエントリーの採用（TYPE Xのみ）、一部内装の変更などの仕様変更がされる。また、SR20DE型2,000cc自然吸気(NA)エンジンを搭載したグレード（TYPE S）も設定された。ハンドルは3本スポークと4本スポーク、どちらもキューブに装着されていたもの。1997年には「TYPE S」を元に装備充実を図ったグレード（TYPE G）も追加され、ボディカラーにイエローが新設された（スーパーレッドは廃止）。生産移管後は受注生産扱いであったため、ハンドメイドに近い形態で細々と生産されていたが、1998年12月にシルビアに統合され生産終了となった。
中古市場では最も台数の多いモデルである。1991年のマイナー・チェンジにより、エンジンを従来のCA18DET型からSR20DET型2,000ccDOHCターボエンジン（205PS）に変更。なお、S13型シルビアも同時期にエンジンがCA18DET型からSR20DET型へ変更された。このときフロントバンパーのデザインが大きく変わり、ダミーのグリルが廃止されエンジンフードとバンパーの段差がなくなった。外見が違うため、初期のCA18エンジン搭載車を「RS13型」または初期型、SR20エンジン搭載車を「RPS13型」または中期型と区別することも多い。ただし、オプションのサイドデカールに関してはこれ以降も「RS13」と書かれている。タイヤサイズは205/60R15にワイド化されており、同時にアルミホイールのデザインも変更されている。また、四輪操舵システムはSUPER HICASに進化している。その他安全装備の強化として後席シートベルトの3点化、サイドドアビームの追加、燃料系へのロールオーバーバルブの追加、ヒーター付ドアミラーの設定（寒冷地仕様車）が実施されている。フロントシートは一般的なローバックシート（ヘッドレスト分割式）に変更されている。1992年に、標準装備が充実した新グレード「TYPE III」が追加される。新型のデジタル表示式オートエアコンは「TYPE III」のみに標準装備となっていた。1993年にシルビアがS14型にフルモデルチェンジを行ったが、180SXはS13型のまま販売が継続された。なお、欧州版200SXはS14型に切り替わっている。1994年にはグレード名が変更され、「TYPE III」は「TYPE X」に、「TYPE II」は「TYPE R」となり、「TYPE I」は廃止された。エンジンのロッカーカバーの塗色は赤色から黒色に変更となった。また、エアコンの冷媒がR134aに変更されている。同年4月以降は生産は高田工業に委託された。1995年5月には運転席SRSエアバッグが標準装備となったほか、アルミホイールのデザイン、ドアミラーとパワーウインドウのスイッチ形状が変更されている。また、それまでブラック一色であったドアミラーがボディ同色になった。オーディオは一新され、「TYPE X」用のオーディオはCD付きとなった。1996年1月に「TYPE R」をベースとした限定車「TYPE R スポーツ」が300台限定で発売された。主な装備は、専用ボディカラープラチナホワイトパール(QN0）、ストラットタワーバー、サイドシルプロテクター、ニスモスポーツマフラー、オーディオレス等である。
1922年（大正11年）12月、当時の家元五世延寿太夫と、三味線方の三世清元梅吉（後の二世清元寿兵衛）とが不和となり、梅吉は一門の弟子を伴って清元宗家から独立。清元流を創立した。現在は三世梅吉の孫である四世梅吉が家元を継承している。そのため、清元は現在も二流派が存在し、延寿太夫側を「清元宗家高輪会（あるいは単に「宗家」）」または「高輪派」、梅吉の清元流を『清元流』または「梅派」（以前は「赤坂派・築地派」という呼び名もあったが、現在ではあまり用いられない）と呼び区別している。不和となって以後、長唄や、同じ豊後節系の常磐津節などと違い、流派を超えた合同演奏は一部の例外を除いて行なわれることはなく、それぞれが独立した演奏組織となっていた。1964年（昭和39年）12月、高輪派と梅派が寄り合い、清元協会を設立、六世延寿太夫が会長に、二世寿兵衛が名誉会長に就任。1966年（昭和41年）7月3日歌舞伎座での第1回を皮切りとして定期的に清元協会演奏会を催していたが、その後梅吉からの合同演奏の呼びかけに高輪派が応じないことから梅派は協会から脱退し、それ以降長らく高輪派の演奏家のみが所属する団体となっていた。また、協会の設立を熱望し合同演奏会の開催を待ち望んでいた寿兵衛は第1回演奏会の1か月前に没し、出演は叶わなかった。現在松竹の歌舞伎公演に出演しているのは高輪派のみであり、梅派は舞踊の地方や素浄瑠璃の演奏会を主な活動の場としている。2010年（平成22年）8月24日、NHKエンタープライズの企画『芸の真髄シリーズ第4回 清元 清き流れひと元に』（於：国立劇場）で延寿太夫と梅吉が88年ぶりに同じ山台で演奏を行った。この公演を機に双方が歩み寄り、翌年の2011年（平成23年）8月9日には、宗家側のみとなっていた清元協会に梅派が再合流し、双方から役員を選出。宗家の延寿太夫が会長に、梅派の梅吉が副会長に就任し、新生清元協会が発足した。さらに翌年2012年（平成24年）8月29日には三越劇場において初の清元協会演奏会が開催された。2014年（平成26年）には清元節生誕から200年の記念の年となり、3月28日には清元延寿太夫主催により清元宗家高輪会と清元流の演奏家、また趣味で稽古を受けている愛好家、指導を受けている花柳界、所縁の役者衆が一堂に会し、歌舞伎座において『清元節生誕二百年記念演奏会』を催した。また常磐津節などに続いて、2014年10月、伝統芸能としての清元節が重要無形文化財に指定され、清元節保存会会員がその保持者として総合認定された。