神祇院は占領軍の圧力を想定せず、神社非宗教の立場で現体制を維持出来るものと思っていたが、「神道指令」の発布と同日に廃止された。一方で、葦津珍彦は厳しい弾圧があると想定しており、皇典講究所の吉田茂、神宮奉斎会の宮川宗徳とともに打開策を探っていた。1945年（昭和20年）10月25日、葦津の「神社制度改革に対する私見」が、大日本神祇会、皇典講究所、神宮奉斎会の関係者に提示され、民間主導により、神社界の生き残りをかけた話し合いの場がもたれる。葦津案は、「正確な情報の伝達と統一ある処理を行う全国組織の構築」、「各神社の緩やかな連合体としての神社連盟」、「この神社連盟には教義についての採決権を与えない」とする内容であった。11月7-8日に、第2回の民間三団体の合同懇親会が開催され、「三団体は合同する」、「準備事務局を神祇会館に設ける」、「合同についての原案を作成して審議会を開催する」という3点が可決された。しかし、11月13日に、一つの宗教団体のように教義採決権や傘下神社の人事権をもつとする、大日本神祇会の「神社教（仮称）教規大綱案」が、設立準備審議会に提出される。これに対し、葦津は、「教義を固定化することは神社神道の本質に反し、占領下で強力な中央集権組織を造れば占領軍の干渉に有利に働く」と主張し、大日本神祇会案に強く異議を唱える。翌14日に、葦津案を基調とした折衷案が、宮川宗徳から提出され、改めて、検討されることとなった。こうして、審議会は、葦津案を中心に神社界の組織構想を練り上げ、1946年（昭和21年）1月23日、「全国神社の総意に基き、本宗と仰ぐ皇大神宮の許に、全国神社を含む新団体を結成し、協力一致神社本来の使命達成に邁進し、以て新日本の建設に寄与せんことを期す。」として神社本庁設立に関する声明が発せられて宗教法人である神社本庁が発足し、2月3日をもって設立する。神社本庁の発足に従い、宗教法人法（宗教法人令）のもと、神社も、他の宗教と同じく宗教団体として扱われることとなった。本庁の設立の際、神宮奉斎会から10万円が神社本庁に寄付され、奉斎会の地方本部奉斎所のうち「相当ノ設備ヲ有スル」（宮川による説明より）ものは神社として再発足した。たとえば東京の奉斎会本院は1946年（昭和21年）3月に神社本庁に神社設立を申請し、東京大神宮として再発足した。1956年（昭和31年）5月、神社信仰の基本となる指針として「敬神生活の綱領」を掲げ、氏子・崇敬者の教化・育成に努めている。また、1980年（昭和55年）7月から「神社本庁憲章」を施行し、神社本庁の精神的統合の基本的規範を確立した。
2013年10月に不適切な演出が発覚し終了となった『ほこ×たて』の後継番組であり、同番組からタカアンドトシが引き続き出演。開始前の2013年12月22日には、パイロット版『林先生の誰も教えてくれない日本語』を『日曜スペシャル』（15:50 - 17:25）枠で放送し、開始当日には日曜13:00の『日曜α』で、番組宣伝を兼ねて再放送した。番組では、日ごろの生活で日本人があまり知られていない誤った語法を使った日本語と、その正しい解釈の仕方、また地方の方言や新語・流行語にメスを入れ、タカアンドトシと林修の3人のMCが、ゲストを交えてクイズ形式で解説をする。また番組では、直前の18:30で放送中のアニメ『サザエさん』で使われた言葉の解説も行う。そして言葉の解説が行った後に解答者が「それマジ!?」と思った時は、解答席の「それマジ!?ボタン」を叩くと解答席モニターに映された番組マスコット「マジすか」の表情が変わるようになっている。当初は、開始前に『サザエさん』の次週予告の最後にするじゃんけんが終了してすぐにスタジオ内でMCがじゃんけん出し目を出している状態が映され、その後にサザエと、カツオかワカメのどちらかがアニメキャラで登場し、番組の告知をする演出（ジャンクション）が行われていた。。またフジテレビ19時番組の正式開始時刻は、アニメ時代から長きに渡って「19:01:00」だったが、当番組では前述のジャンクションがある関係上、30秒遅い「19:01:30」開始に変更された。2014年6月22日放送の2時間SPから番組が大幅にリニューアル。番組のタイトルから「日本語探Qバラエティ」が無くなり、単に『クイズ!それマジ!?ニッポン』となった。番組の内容が大幅に変更され、「日本のスゴい」を紹介するのが主流となり、従来の日本語に関する問題はほとんど出題されなくなった。「サザエさん言葉」が廃止され、ジャンクション自体は存続されるも磯野家キャラは登場しなくなった。8月31日から、『サザエさん』終了直後に番組タイトルが出され、30秒の内容紹介後、CMを挟んで、19:01:30からタイトルを出さずに再開するように変更された（変則フライングスタート）。11月30日放送分から番組が再びリニューアルされ、ロケ中心の紀行番組形式に変更された。これにより、スタジオでの収録が廃止された。2015年8月9日放送分からスタジオでの収録が復活。番組タイトルは「クイズ!それマジ!?ニッポン」のままだが、クイズが出題されなくなった。2015年8月16日の放送を最後に、『FIVBワールドカップバレーボール2015』中継などの特番で休止が続き、同年10月4日より、日曜19:00からの3時間枠をレギュラー番組として単発枠『日曜ファミリア』を新設することが決まったため、本番組は2015年8月16日をもって打ち切られた形となった。その後、2015年10月25日に後番組である『日曜ファミリア』枠で、本番組の出演者・スタッフを引き継ぎ、『格付けニッポン 今行くべき最新スポット 47都道府県対抗No.1決定戦』のタイトルで特別番組が放送された。2016年3月31日（木曜日）には第2弾として『FNS対抗! 格付けニッポン! 〜おいしいグルメ日本一決定戦〜』、2016年9月23日（金曜日）には第3弾として『格付けニッポン! 2016秋の最旬グルメNo.1決定戦』のタイトルで特別番組が放送された。