2014年3月改正時点では（北九州貨物ターミナル駅） - 小倉駅 - 南延岡駅間で貨物列車が運行されている。コンテナ車で編成された高速貨物列車が、北九州貨物ターミナル駅 - 延岡駅間に1往復、北九州貨物ターミナル駅 - 南延岡駅間に1往復運行されている。専用貨物列車は臨時便のみで定期での設定はない。牽引機関車は、ED76形電気機関車やEF81形電気機関車。線内の貨物列車の発着駅は、西大分駅、延岡駅、南延岡駅。2017年3月4日のダイヤ改正により、西大分駅-南延岡駅間は月・水・金曜日のみの運転となった。また日豊本線の高速貨物列車は本州方面への直行便がすべて非設定であるため、本州方面へのコンテナは北九州貨物ターミナルにおいて鹿児島・山陽本線系統の便へ積み替える。南延岡 - 鹿児島間では、貨物列車の運転がなく、2005年に「彗星」が廃止されてからは、ED76形を含む電気機関車は見られなくなった。また当線内を走る定期貨物列車は鹿児島本線系統より編成が短いうえ本数も少なく、貨物列車の走行時間帯は深夜から早朝中心である。
鹿児島都市圏近郊の国分駅 - 鹿児島中央駅間は1時間におおむね2本（20 - 80分間隔）程度、朝夕などの通勤通学時間帯は最大で1時間に4本程度運行されている。西都城駅 - 国分駅間は利用客が少なく、1日あたり9往復で日中は3時間以上開く時間帯がある。西都城駅 - 鹿児島駅間を運行する列車はすべて鹿児島中央駅まで運転されており、大半の列車が国分駅 - 鹿児島中央駅間で折り返し運転を行っている。宮崎駅・宮崎神宮駅・佐土原駅・延岡駅まで運転される列車もある。また、鹿児島中央駅を越えて鹿児島本線の川内駅まで運転される列車もある。竜ケ水駅では普通列車でも通過する列車がある。この区間では、主にワンマン運転対応の817系が使用されている。また、朝夕の通勤通学時間帯を中心に415系も使用される。また、肥薩線に直通する列車及び、肥薩線や吉都線で運用される車両を送り込むために、キハ40形・キハ47形気動車による列車も数本運転されている。2015年ダイヤ改正までは都城発鹿児島中央行きに817系の6両編成が設定されており、鹿児島支社の普通列車では最長編成であったが、同改正により、415系4両に変更された。
延岡駅 - 宮崎駅間は宮崎空港線（田吉駅 - 宮崎空港駅間）開業にあわせて分岐器・軌道改良を含めた高速化も行っている。これは延岡と宮崎空港を結ぶ旭化成のヘリコプター社内定期便が1990年（平成2年）9月27日に乗員・乗客10人全員が死亡する墜落事故を起こしたことから、宮崎県と旭化成が一部負担して延岡と宮崎空港を直結することが求められたためである（「宮崎空港線#歴史」も参照）。延岡駅 - 宮崎駅間 (84 km) は単線で路盤が最高速度85km/h仕様になっているうえ、急カーブも多いため、特急でも約75分かかっていた。JR九州は、最高速度110km/hに耐える路盤に改良し、分岐器を新設すれば、約60分間に短縮できると試算し、高速化改良工事を1991年11月に着工した。工事は、1994年（平成6年）11月に竣工し、工事費は24億6千万円で旭化成は2億9千万円を負担した。
この区間は主に宮崎駅・南宮崎駅で系統が分かれており、延岡駅 - 南宮崎駅 - 宮崎空港駅間と宮崎駅 - 西都城駅間の普通列車は1時間におおむね1本程度（特急も1時間に1本程度）運転されている。宮崎都市圏近郊の高鍋駅・佐土原駅 - 宮崎駅 - 田野駅間には区間運転があり、最大で1時間に3本程度運行されている。この区間ではワンマン運転対応の817系・713系・キハ47系で運転される。ほとんどの列車が延岡駅 - 南宮崎駅・宮崎空港駅間および宮崎駅 - 西都城駅間の系統で運転されているが、一部は延岡駅 - 都城駅・西都城駅間を直通運転する列車や鹿児島中央駅発着の列車も運転されている。また、宮崎駅 - 南宮崎駅間では宮崎空港線・日南線の列車も走行する。また、吉都線・肥薩線に乗り入れる列車（宮崎駅 - 吉松駅 - 隼人駅間1往復）も設定されている。2017年3月4日のダイヤ改正により、2両編成の列車はすべてワンマン化された。
1996年、トーマス・ウェイバー (Thomas Waber)によって設立され、ヨーロッパ市場向けにシンフォニー・エックスやシャドウ・ギャラリーなど新しいアメリカン・プログレッシブ・メタルのアルバムを再発するようになり、その後、スティーヴ・ハケットなどの重要なプログレッシブ・ロックのアーティストと契約を交わして音楽出版を開始した。インサイド・アウトは、ドイツの音楽会社であるSPVと世界規模の販売契約を締結し、ペンシルベニア州ピッツバーグに拠点を置く米国の「インサイドアウトUS」と提携した。2009年に、SPVが破産を申請しなければならなくなり、インサイド・アウトはセンチュリー・メディア・レコードと提携し、EMIとの世界規模の販売契約を締結した。リヴァ―サイド、ヘイケン、ペイン・オヴ・サルヴェイション、スポックス・ビアード、ザ・セーフティ・ファイヤー、ザ・フラワー・キングス、そしてエンチャントなど、プログレッシブ・ロックの新たな一派のいくつかの重要なバンドがインサイド・アウトと契約している。さらに、レーベルはプログ・シーンの他の関連バンドへのつながりを確立し、ドリーム・シアターのボーカリスト、ジェイムズ・ラブリエのソロ・アルバムや、マイク・ポートノイのサイド・プロジェクトといったセレクションを世に送り出した。しばらくして、インサイド・アウトは、クラウトロック時代の（例えばクラーンの）アルバムから再編集された作品を、再リリースするためのサブレーベル、リヴィジッテッド・レコード (Revisited Records)から公開した。レーベル本部の周辺地域は、アルバム・アートのインスピレーションを与える場としての役割を果たしてきた。たとえば、スポックス・ビアードのアルバム『Octane』のカバーに登場するガソリン計量機は、スレッショルドのアルバム『Suburface』カバーの湖と同じように、クレーヴェに実在する。レーベルのリリースにあたっての特徴的なところは、豪華なパッケージでの発売にある。いくつかのアルバムが、ボーナストラックや、特別なアートワーク、そして映像等のマルチメディア・セグメントなど、豊富なボーナス素材を含んだ特別版で登場している。レーベルの創設者であるトーマス・ウェイバーは、「2013 Progressive Music Awards」で「Guiding Light」賞を受賞した。このレーベルは、2017年12月にドリーム・シアターと契約を交わしたが、これはおそらくレーベル史上最大の契約である。