2010年時点で、座席のモケットは青系ながらも9300系と同じデザインに変更されている。また、転落防止幌は2006年に5501Fにも追加設置された。2009年の阪神なんば線開業による近畿日本鉄道（近鉄）との相互直通運転の開始に伴い、先頭車の連結器はバンドン式密着連結器から廻り子式密着連結器に換装され、正面貫通路の下部に切り欠きが付いた。2008年ごろから運転台にデッドマン装置が取り付けられた。車内案内表示装置は、西宮東口駅の廃止と香櫨園駅の駅名改称の際にシール貼付けによる目隠しが行われたが、阪神なんば線の開業を機にマップ式では対応が困難として5500系・9000系・9300系ともに改造が行われた。電光式路線図は撤去され、スクロール式の表示器のみとなっている。器具の上側にフリーボードの部分のみ窓を開けた化粧板を貼り重ね、空きスペースには広告枠が設置された。一部車両にて、照明カバーを取り外したり、LED照明や前照灯のLED化を実施している。
5501Fは1995年11月から、5503Fは翌1996年1月からそれぞれ営業運転に投入され、被災廃車の補充が完了した。1997年には、5505F・5507F・5509Fの4両編成3本が川崎重工業で製造された。貫通路が初期車2編成の狭幅から広幅となり、客用扉に複層ガラスが、車両間に転落防止幌が採用されるなどのの差異が見られる。この増備は1998年2月の直通特急運転開始に伴うダイヤ改正による普通車の運用増加と急行車の運用減少に対応するためで、5500系の増備により3000系3102F+3101Fおよび3103F+3104Fが廃車となった。1998年以降に武庫川車両工業で増備された編成（5511以降）は、川崎重工業製のグループとほぼ同一仕様である。1998年4月から1999年1月にかけて5511F・5513F・5515Fが製造され、1999年3月に5261形1次車の残存全車と5311形5311 - 5312、7801形7835-7935+7936-7836が代替廃車された。2000年2月には5517Fが落成し、5261形の新製冷房車（5271-5272+5273-5274）が運用終了となり、5261形は全廃となった。この時点で5001形（2代）を抜いて普通系車両の中で最大勢力となった。
南紀の地域区分を検討した小池洋一によれば、『南紀徳川史』に見られるように、「南紀」とは紀伊国全体を指す概念である。地理学者の山口恵一郎は、「南紀」を第二次大戦後の観光ブームの中で生じた造語と見なしているが、そうした見解には根拠が乏しい。というのも、紀伊国を「南国」「南海」と呼ぶという認識が『日本書紀』等の古代の記録にまでさかのぼることが確かめられており、南海道の範囲をめぐる地域認識や中世熊野詣の盛行においても、南紀は確かに認識されていた。それゆえ、紀伊国全体を指す概念としての南紀の根拠は古代にあり、史料的にも裏付けられることなのである。また、近世においても『紀伊続風土記』は「本国は上国にして南海道の首に居りて近国なり」（提綱第一・総論）と述べられており、畿内の南に位置する地方として、また、都から遠く隔たった辺境の地として認識されていたことが分かる。これに対し、隣接する三重県の地域区分には伊賀・北勢・南勢・志摩・南紀とあるが、ここでいう「南紀」とは、志摩の南島地方につづく南海道紀州地域ということが意識して使われるようになったものと考えられている。紀北・紀南の概念の初出は小池洋一によれば1916年（大正5年）に公刊された「紀南行幸記念碑」「紀北沿岸地形の変遷」の2本の論文であるという。1936年（昭和11年）に刊行された『日本地理風俗体系』は「紀伊北部」「紀伊中部」「紀伊南部」という三分法の初出と見られるが、3つの地域の範囲や境界を明確に定めようとする意識は欠けている。地域区分について初めて意識的な検討をおこなったのは松井武敏の『紀北の経済地誌』（1936年〈昭和11年〉）で、有田・日高両郡の境となる鹿ヶ背山脈を境界とし、同時に三分法よりも二分法を採るべきであると述べているが、その後の地域区分はむしろ三分法に従うものが多くなる。三分された各地域の中心都市（和歌山市・田辺市・新宮市）とその都市圏の範囲や産業構成、さらに戦後の和歌山県の政策においてこの地域区分が踏襲されていることいったことから見ても、この地域区分は妥当なものと考えられている。南紀と紀南との混同は、戦後の観光ブームの中で観光上の要請から広まったものと見られ、1965年（昭和40年）には新宮市から西牟婁郡の一帯を言い表す観光用語として「南紀」を用いることが勝浦温泉旅館組合から呼び掛けられさえした。和歌山県立図書館所蔵の郷土資料を基に、南紀と紀南の用法を検討した桑原康宏は、少なくとも大正期までは南紀と紀南が混同されることはなかったが、昭和40年代頃には南紀と紀南が互換的に使用され、さらには新宮にまで南紀が冠されるようになったとしており、前述のように地名の歴史的定義が不確かになっていることが判明する。