18時24分（離陸から12分後）、相模湾上空を巡航高度の24,000ft (7,200m) へ向け上昇中、23,900ftを通過したところで緊急事態が発生する。突然の衝撃音とともにJAL123便の垂直尾翼は垂直安定板の下半分のみを残して破壊され、補助動力装置も喪失、その際にハイドロプレッシャー（油圧操縦）システムの4系統全てに損傷が及んだ結果、操縦システムに必要な作動油が全て流れ出して、油圧を使用したエレベーター（昇降舵）やエルロン（補助翼）の操舵が不可能になってしまう。フゴイドやダッチロールを起こした機体は迷走しながら上昇と下降を繰り返すものの、クルーの操縦により17分間は20,000ft (6,000m) 以上で飛行を続ける。18時40分ごろ、空気抵抗を利用する降下手段としてランディング・ギア（車輪などの降着装置）を降ろしたあと、富士山東麓を北上し、山梨県大月市上空で急な右旋回をしながら、高度22,000ftから6,000ftへと一気に15,400ft (4,600m) も降下し、横田基地まで24kmの至近距離にいたる。その後、機体は羽田方面に向かうものの、埼玉県上空で左旋回し、群馬県南西部の山岳地帯へと向かい始める。JAL123便は衝撃音発生から墜落までの間、破片を落としながら飛行していたようで、相模湾と墜落現場だけではなく、東京都西多摩郡奥多摩町日原でも機体の破片が発見されている。その奥多摩町で一般人が撮影した写真によって、JAL123便が「垂直尾翼の大部分を失った状態」で飛行していたことが、後日初めて明らかとなった。
1978年（昭和53年）6月2日、羽田発伊丹行き115便として本機が伊丹空港に着陸しようとした際、機体尾部が滑走路と接触し中破する事故が発生した（日本航空115便しりもち事故）。この事故によって生じた損傷の修理を製造元のボーイング社が行った際、後部圧力隔壁を修理する中で発生した作業ミスが本事故の主な原因と結論づけられている。1985年2月から本事故までの間、本機では客室後部の化粧室ドアの不具合が28件発生している。事故調査報告書は、しりもち事故によって生じた機体の歪みによって化粧室ドアの不具合が発生した可能性は否定できないとしている。
123便に使用されたボーイング747SR-46型機（機体番号JA8119）は1974年（昭和49年）1月に製造され、1985年（昭和60年）8月19日付で登録抹消された。本機は日本の航空会社で運航していた同型機が墜落事故によって登録抹消された初のケースである。
運輸省航空事故調査委員会による事故調査報告書によると、乗員乗客524名のうち死亡者数は520名、生存者（負傷者）は4名であった。死者数は日本国内で発生した航空機事故では2019年8月の時点で最多であり、墜落事故および単独機の航空事故でも世界最多である。夕方のラッシュ時とお盆の帰省ラッシュが重なったことなどにより、著名人を含む多くの犠牲者を出し、社会全体に大きな衝撃を与えた。特にこの事故を指して『日航機墜落事故』『日航ジャンボ機墜落事故』と呼ばれることもある。1987年（昭和62年）6月19日に航空事故調査委員会が公表した報告書では、同機が1978年（昭和53年）6月2日に伊丹空港で起こしたしりもち着陸事故（後述）後の、ボーイング社の修理が不適切だったことによる圧力隔壁の破損が、事故原因と推定されている。
1147年、教皇エウゲニウス3世はカタリ派の増えていた地域へ説教師たちを派遣してカタリ派信徒を穏健にカトリック教会へ復帰させようとした。しかし、クレルヴォーのベルナルドゥスなどのわずかな成功例を除けば、ほとんどの人が耳を傾けずに失敗に終わった。その後、トゥール教会会議（1163年）や第3ラテラン公会議（1179年）においてカタリ派の禁止が正式に決定された。当初は教皇が南フランスへ特使を派遣してカタリ派信徒たちにカトリック教会への復帰を呼びかけるという方法がとられていたが、南フランスに割拠していた領主たちがフランス王権の及ばない範囲にいて教皇庁の影響力をおよぶことを嫌い、その後押しを受けた地元の司教たちも教皇使節の介入を拒否した。カタリ派の問題が政治問題化し始めたことを危惧した教皇庁は南フランスの司教たちの統治権を停止、カステルノーのペトルスを現地に派遣した。ペトルスはカタリ派を保護していた世俗君主たちを破門したが、ローマへ帰還する途中で暗殺された。確証はないものの、教皇使節暗殺の黒幕は同地の領主トゥールーズ伯であったとされている。ここにおいて教皇庁はフランス王フィリップ2世と協議。南フランスを自らの支配下におさめて全フランスを王権のもとにおきたいと願ったフランス王の思惑とカタリ派（アルビ派）の拡大に悩む教皇庁の思惑が一致して、フランス王の指導のもとに、1209年、カタリ派とカタリ派を保護する諸侯を撃破するための十字軍が編成された。これが「アルビジョア十字軍」である。十字軍は南フランスで抵抗する領主たちを撃破し、一部でカタリ派信徒を殺害した。最終的に1229年にパリで和平協定が結ばれ、トゥールーズ伯が王への服従とカトリック信仰への復帰を表明するという形でフランス南部がようやくフランス王の版図に組み込まれた。この十字軍は宗教的な理由によるものというより、フランス王と北部の諸侯たちが、王権に服従していなかった南部の諸侯たちを屈服させるために行った軍事行動であった。1229年、カタリ派への対抗策として異端審問制度が実施された。南フランスにおける異端審問は13世紀を通じて行われた。1244年、カタリ派の最後の砦であったモンセギュールが陥落し、立て篭っていた多くのカタリ派信者が改宗を拒んで火刑に処せられた。その後も捕らえられたカタリ派指導者たちが異端審問によって処刑を宣告された上、世俗領主に引き渡されて処刑されたことで徐々に南フランスにおけるカタリ派の影響力は低下していった。最後の「完徳者」ギョーム・ベリパストが捕らえられたのは1321年であった。1330年を過ぎると異端審問所の資料からカタリ派の名前は消えていき、信徒たちは山中や森に逃れ、各地へ離散していった。捕らえられた信徒の多くは処刑されたが、この際にカタリ派の信仰を捨てる事を誓った者は、衣服に黄色い十字架を縫い付け、他のキリスト教徒とは隔離された場所での生活を義務付けられる事で罪が赦される場合もあったという。カタリ派や（同様に異端とされた）ワルドー派はもともとはキリスト教を改革しようという民衆運動に端を発したものでフランシスコ会などの托鉢修道会と同じルーツにもとづいたものであった。カタリ派信徒の中には托鉢修道会に合流したものもあったという。アナバプテストのうちランドマーク・バプテストは、カタリ派がキリスト教であり、その信仰を継承しているとする。