2005年（平成17年）3月17日、神社本庁は、「皇室典範に関する有識者会議」が皇位継承のあり方を検討していることを受け、「皇室典範改正に関する神社本庁の基本的な姿勢」としてまとめ、各都道府県の神社庁に送付した。また同年11月24日に有識者会議が報告書を提出したことに対し、12月2日に「皇室典範改正問題に関する神社本庁の基本見解」を発表した。その中で皇位は「一つの例外もなく男系により継承されて」いるとして、「皇室典範改正に関する神社本庁の基本的な姿勢について」で政府や有識者会議に対して男系による皇位継承の尊重を呼びかけた。
神社本庁の関係団体に神道政治連盟がある。また、神社本庁総長の田中恆清は日本会議の副会長である。1953年（昭和28年）の第3回参議院議員通常選挙で神社本庁は宮川宗徳を擁立したが、宮川は落選した。1966年（昭和41年）に神社審議会は「神社本庁関係の全組織をあげて強力な推進団体を組織して、国会に代表を送る」べきだと答申した。1969年（昭和44年）の神道政治連盟結成後は、独自候補擁立ではなく既存政党の政治家の推薦が行われた。塚田穂高によれば神道政治連盟結成後、神社本庁と神道政治連盟は自由民主党の議員を主に支援しており、堀幸雄によれば「利益代表を出すのに熱心」だった。ジェフ・キングストンによれば、神社本庁は日本遺族会など他の右派団体と共に、靖国神社を参拝する見返りに政治家に票と金を提供するロビー活動をおこなった。上杉聰は、過去に実施された日本会議の行事の受付では、神社本庁を含む各種宗教団体別の受付窓口が設けられ、参加者を組織動員した旨を述べている。
週刊ダイヤモンドによれば、2014年の時点で、神社本庁の所有財産は、93億7644万円だった。このうち、神社本庁の建物は14億4079万円、境内地の評価額は10億8900万円とされる。また、所有する普通財産には、歴史教科書を出版している教科書会社の株式などが含まれる。
商談メインではあるが、一般客も60スイス・フランのパスを購入すれば見学できる。2007年以後は関係者・一般者を合わせて10万人以上が来場している。会場であるバーゼル・メッセ内部の飲食設備はお世辞にも立派とは言えず、ホットドッグをエスカレーター横のベンチで食べる人々の姿が風物詩となっていた（飲食設備は年々改善が図られてはいる）。会場の1階が高級ブランド、2階は普及ブランドという風に別れてはいるものの、会場中にホットドッグの匂いが充満しているという状況にカルティエを中心とする高級時計メーカーグループ（現在のリシュモングループ）が「ソーセージを食べながら高級品の商談が出来るか」と、1991年にバーゼル・フェアから独立、ジュネーヴで国際高級時計サロン（SIHH、通称ジュネーブサロン）を開催するという状態に至る。出展参加費用は2階にショーケース2つ設置で100万円程度、1階のメイン会場となれば数億円はかかるとみられる。なお、SIHHでショーケース2つ分ブースを借りると2000万円程度である。1990年代の時計業界再編の波で、結構な数の有名高級ブランドがジュネーブ・サロンへ移動し苦戦していると当時日本の時計ジャーナリズムでは伝えられたが、入場者数に目立った減少はなく、むしろ2007年に入場者10万人を突破してからは、入場者記録を更新し続けている。その原因としては、元来バーゼルを重視してこなかったSMH（現スウォッチ）グループがフェアに新製品発表の場所を移したこと、ジュネーブサロンでの非リシュモングループの会社（中小高級時計ブランド）へのお世辞にも良いとはいえなかった待遇、21世紀に入ってからの世界的な機械式時計市場の活況によるお祭りムードの盛り上がりなどが挙げられる（ただし、アラン・シルベスタインのように商業主義化を嫌って離脱したメーカーも一部にはある）。ただし、時計価格全体の高騰、有力な顧客だった中国マーケットの停滞などの事情からジュネーブ・サロンも近年は態度を軟化させており、ウルベルク、リシャール・ミルなどの新規高級時計メーカー・独立時計師の参加を認めたばかりか、2017年には最終日のみながら事前登録した一般客の有料での入場（70スイス・フラン）を認めるに至った。ソーウィンドグループは2013年度からバーゼルへと発表の場を移したものの、2017年にジラール・ペルゴがジュネーブに復帰している。ケリンググループからもユリス・ナルダンが同年ジュネーブへ復帰した。2018年にはエルメスがジュネーブへ移行した。2012年から2013年にかけて会場であるバーゼル・メッセの改装が行われ、ブースが拡張された。2013年の入場者は12万2000人に達した。しかし、出店料の高騰が響いて出店メーカーの減少、さらに入場者の減少が続き、2018年には出店メーカーは全盛期の半分以下の約650にまで激減した。同年、スウォッチグループは出店料の高騰、バーゼル・フェアの重要性が薄れたことなどを理由にバーゼル・フェアからの離脱を発表した。これにより、主催者のMHグループはCEOの解任、出店料の減額などの対策を打ち出しているが効果は未知数である。2020年のバーゼル・フェアは、SIHHと同時期開催になることが確定した。SIHHはジュネーブで4月26日から4月29日に開催され、バーゼル・フェアはその直後にバーゼルで4月30日から5月5日まで開催される。見本市としては別の形態となるが、1991年にSIHHがバーゼル・フェアから離脱して以来29年ぶりの同時期開催となる。