中村元は『日本人の思惟方法』において、民族性からくる思惟傾向に応じた日本と中国の仏教の性質の相違について考察し、禅宗においても日本と中国とでは教義が同一でなく、中国人の思惟方法が非論理的かつ苛酷残忍であることを反映するかたちで、中国の禅宗も隠遁的・独善的であるのに対し、日本人の思惟方法が寛容と愛情を強調することを反映するかたちで、日本の禅宗も宥和的・慈悲的なものへと変化しているのだという。中村は日本人の思惟の特徴に寛容性があるとして、これを反映して日本の禅宗は宥和的・慈悲的なものへと変化しており、日本人は国内においてもそれはそれでゆゆしき宗派であるとして敬意を払いながらも、ただ自分は別の道を行くというだけであって、キリスト教でいうプロテスタントのように論理的に争おうとはしなかった、と主張した。日本の仏教は諸宗派がそれぞれの特徴を保持したまま今日まで維持発展しており、禅宗においてもこれは同様であるが、宗教法人制度が確立される明治初期頃までは禅宗内で臨済曹洞の宗を超えて他派の修行道場で指導者に師事する「遍参」という修行習慣が残っていた。一方、後の中国では禅宗（とりわけ臨済宗）を称するものが多数派、内容的には念仏禅が主流となり、文革の宗教弾圧後の復興を経た現在の中国大陸においては、清代の史跡を中心とするチベット仏教の寺院が都心部などで散見されるほかは、浄土教的要素が混淆した禅宗が一様化して残るのみとなった。結果として、二種類の中国禅や日本禅の古法の一部を継承する台湾や香港、華厳禅（曹渓宗）の韓国を除けば、今日の中国大陸では日本にあるようなセクト主義的な諸宗派の伝統はほぼ消失している。
禅宗（特には臨済宗）では肉体と精神とは同一のものと考え、区別をしない。肉体があるから精神もありうるのであり、精神があるというならばそこには発生原因として肉体がなければならない。そのような意味で、肉体がそのまま精神であり、精神は肉体である。もし死体を見て、肉体は滅んだが精神はどこかへ移動して不滅のまま残っていると考えるならば、これは大乗仏教ではない。霊魂の存在を認めると生と死に関する深い執着が発生するため、仏道成就を阻害するとされる。禅宗では、心というものは刻一刻と変化しており、これこそ我が心であるといえるような一定の形態を持たないと考える。したがってこの心は実は幻の心である。この点では肉体についても同様のことが言え、肉体だと思っているものは実は物質が縁によって和合して仮に人間のすがたが現れたものにすぎず、縁が滅ぶ時には元通りバラバラになるためまったく実体がない。したがって心身はもとより一つの幻である。幻だから、生きたり死んだりするものではない。生きたり死んだりしないから、常住不滅である。もし悟った禅僧が、心身は一如であり肉体も精神も不滅であるというならば、これは仏性を直指した奥の深い説法であるといえる（無常喝: 諸行無常　是生滅法　生滅滅已　寂滅為楽）。
1654年（江戸時代）に、明から招かれた中国臨済宗の隠元隆琦禅師により始まる。当初「臨済真宗」を標榜しようとしたが幕府の許可が得られず、臨済の師黄檗希運の名を取り臨済宗黄檗派と称した。明朝風の禅と念仏が一体化した禅浄混淆禅(分かり易く「念仏禅」とも称される。)を特徴とし、読経が楽器を伴う明風の梵唄であることで知られる。また、1663年に萬福寺に設けられた戒壇をはじめ、各地で授戒会を開いたことで、江戸時代の戒律復興運動に影響を与えた。江戸時代を通じて一宗として見做されることなく、臨済宗の一派で終始した。黄檗宗を名乗り、臨済宗から独立を果たしたのは、明治維新後の1876年のことであり、明治以後に禅宗中の一宗となった。
9世紀に臨済録に登場する普化に因み始まる。普化についての記録はほとんどない。虚托（尺八）を吹きながら旅をする虚無僧で有名。日本から中国に渡った法燈国師が、中国普化宗16代目張参に弟子入りし、1254年に帰国することで、日本に伝わった。本山は一月寺（現在の千葉県松戸市）に置かれていた。江戸時代に幕府により組織化されたが、江戸幕府との繋がりが強かったため、明治になって1871年に明治政府により解体された。宗派としては失われ、臨済宗に編入された（ちなみに一月寺は現在日蓮正宗に属する）。しかし、尺八や虚托の師匠としてその質を伝える流れが現在も伝わっている。
下院議員のネル・ハリントンは、妊娠中の娘フィービー・ライアンとその夫でアシスタントのチャーリーたちと、自身がスピーチを行うパーティ会場に来ていた。スピーチが終了し、フィービーがチャーリーと一緒に帰るのを見届ける。帰宅したネルが夫のサイモンと話しているとき、チャーリーの運転する車が交通事故を起こし、彼とフィービーが病院に搬送されたと連絡が来る。2人が急いで病院に駆けつけると、フィービーは命に別状はなかったが、チャーリーは重体だった。そこにいた警察のグロディ警部補から、チャーリーがコカインを常用していた疑いがあると知らされる。直後外科医からチャーリーの死亡が宣告され、ネルたちが病室に入ると、フィービーは彼の死を悟り取り乱す。記者会見でネルは、チャーリーがコカインを常用していたことを発表すると、記者からフィービーがコカインを常用していた可能性を問われ、検査結果を示してそれを否定する。会見終了後、病室でフィービーにチャーリーのコカイン常用について聞くと、彼女はチャーリーがいつもコカインを使っているのを見たと話し、何回も辞めさせようとしたという。フィービーの体調が回復したため退院することになるが、ネルとサイモンは彼女を1人にするわけにはいかないと、3人でしばらくの間田舎で暮らすことにした。しかし夫を失ったことがストレスとなり、フィービーもコカインを使うようになっていた。そして予定よりも1ヶ月も早く陣痛が始まり、赤ちゃんはとても小さかったが出産は無事に終わった。早産したことを疑問に思ったネルは、産婦人科医のマーゴット・シャボノー医師に原因を聞くと、麻薬の使用が疑われると言われる。そのことをフィービーに問い詰めると、前に使ってから3年は耐えていたが、チャーリーが亡くなったショックで再び使い始めたと告白される。翌日ネルが病院を訪れると、フィービーが赤ちゃんを置いてどこかに行ってしまったと知らされ、彼女の代わりに赤ちゃんを引き取ることを決め、サイモンと一緒にワシントンの自宅に連れて帰る。その後事務所のアシスタントのジョエルから、フィービーの目撃情報を受けてクラブに向かい、ごねる彼女を説得して家に連れ戻す。そしてネルは、フィービーに麻薬を断ち切らせるために、ドラッグ中毒の妊婦を引き受けるファミリーハウスに、彼女をしばらくの間入れることにした。