従来、上衣腫は放射線治療や化学療法の反応が悪く、組織学的な悪性度は高くないが、局所再発しやすく再発した場合の腫瘍コントロールが困難で、臨床的には悪性度が高いと考えられてきた。しかし、現在、手術手技や技術が進歩し、全摘出できることが多くなり、また、放射線治療においても機械や技術が進歩したことにより、正常組織への影響を減らし、かつ高線量をあてることが可能となってきた。したがって、今までに報告されてきた治療成績や予後よりは、今後報告されてくる治療成績は、もう少し期待できるものになってくると予想される。しかし、他の小児脳腫瘍でもいえることであるが、上衣腫自体がまれな疾患であるため、多施設共同研究で計画的に臨床試験などを行い、今後もさらなる治療法の開発改良を図る必要がある。また、小児脳腫瘍の治療においては、手術、放射線、化学療法を併用した集学的治療が必要である。したがって、脳外科医、小児科医、放射線医、病理医が存在していることが最低限必要であり、かつそれぞれが高度のレベルを有していることが求められる。さらに、場合によっては、リハビリテーション科、眼科、耳鼻科、歯科が必要となることもある。しかも、各科の医師が存在するだけでは不十分であり、各科が真に連携していることが求められる。また、初期治療が終わって、かなり経ってから再発することもあり、長期間にわたる経過観察が必要で、継続的にフォローできる体制が必要である。それ以外にも、長期間の入院が必要となることから、院内学級、家族のための長期宿泊施設、ボランティアなどによる援助、心理的支援など、求められる条件は限りがない。
ほとんどの場合(約80%)、腫瘍がもともとあった部位に再発する。再発に対する治療としては、手術、放射線治療、化学療法などを、個々の状況にあわせて行うしかない。定位放射線治療や経口エトポシドなど、ある程度の効果があったという報告は散見されるが、再手術の場合は神経損傷などのリスクも高く、また、一度放射線治療や化学療法を行った腫瘍は、再発の際、それらに抵抗性をもつと言われている。現在のところ、上衣腫が再発した場合の腫瘍コントロールは難しいと言える。
上衣腫では、組織型が上衣腫の予後に関与するかどうかは、まだ結論は出ていない。しかし、多くの研究で、上衣腫の方が、退形成性上衣腫より予後が良いと報告されている。最近のCOGの研究では、上衣腫の方が、退形成性上衣腫より無増悪生存率は良かったが、生存率には有意差がなかったと報告されている。
「年齢」も重要な因子で、3歳未満で予後が悪い。 北米のChildren’s Oncology Group(COG)の報告では、3歳未満で全摘出できた場合の5年生存率は61%で、亜全摘では30%であった。そのうち月齢24～36ヶ月の患児で、放射線治療を1年待って行った場合の5年生存率は63%であり、一方、月齢0～23ヶ月の患児で放射線治療を2年待った場合の5年生存率は26%であった。この研究では、0～24ヶ月の患児ではテント下に発生している例が多くて「摘出度」が低く、また、放射線治療を遅らせたことが、生存率が低い原因であると考えられている。
手術によって腫瘍が摘出できているかどうかの「摘出度」が最も重要な予後決定因子である。過去の研究結果をまとめると、全摘出できた場合、5年生存率は60～80%で、5年無増悪生存率は51～75%。不完全摘出の場合、5年生存率は21～47%で、5年無増悪生存率は0～26%である。
化学療法の副作用では、骨髄抑制による貧血、白血球減少による免疫力の低下、血小板減少による出血傾向などに対して特に注意が必要である。その他にも、脱毛、嘔気、嘔吐などの消化管障害、粘膜障害など、使用する化学療法剤によって種々な副作用がある。 例えばシスプラチンは多量に用いると難聴の原因となったり、エトポシドも投与方法を誤ると二次性の白血病を誘発したりする。また、放射線とメソトレキセートを併用すると不可逆的な白質脳症が発生することがある。現在臨床試験などでは、上衣腫に対して、多剤併用化学療法が行なわれるようになってきており、小児の化学療法に深い知識と経験のある小児科医によって行われる必要がある。
従来はコンポーネント映像信号（SD信号専用は「Y/Cb/Cr」、HD信号にも対応した端子なら「Y/Pb/Pr」と表記される）を伝送するためにはコンポーネント端子を用いていたため、入力側・出力側それぞれ3つの端子の間を計3本のケーブルを使って接続する必要があった。これを1本のケーブルで接続できるように端子を1つにまとめたものが、D端子である。また、コンポーネント映像信号だけではなく走査線数・走査方式・アスペクト比を切り換えるための識別信号の伝送も可能になり、プラグ挿入の検知機能も付いた。コネクタは14のピンを7つずつ2段にまとめた構造をしており、そのうち輝度信号の伝送に2つ、色差信号の伝送に4つ、走査線数・走査方式・アスペクト比を切り換えるための識別信号の伝送に3つ、プラグの挿入を検知するために2つのピンを用い、残り3つのピンは予備ライン用である。なお、識別信号を伝送する場合は外被 (FG) の接続が必須となるため、実質的な端子数は15となる。また、ハンディカムなど機器の都合で物理スペースが十分に確保できない場合、特殊D端子が用いられることがある。コンポーネント端子と比べても値段はほとんど変わらず省スペースであるため、日本国内ではコンポーネント端子よりも普及しているが、コネクタの構造（接続部での整合が取れない・信号線のシールドが維持できないなど）に起因して画質が若干コンポーネント端子に比べて劣るという声もある。日本独自の規格であるため、諸外国の製品では特に日本向けとして生産されたものでない限り、採用されていない。映像信号のみの伝送に用いるので、音声の伝送は行わない。機器間で音声信号も受け渡したい場合には、音声についてさらに別線（RCA端子など）で接続する必要がある。なお、D3・D5がフルハイビジョン（フルHD）の解像度、D2・D4・D5がプログレッシブに対応している。