湾岸戦争で「一国平和主義」を脱し、司馬遼太郎の著作や渡米体験を通じて冷戦終結後の新しい日本近代史観確立の必要性を感じたとして、旧来の左右双方のどちらにも与しない「自由主義史観」の構築を提唱し、一部の民間教育団体で同様の飽き足りなさを感じていた教員とともに自由主義史観研究会を設立した。提唱は大きな反響を呼び、賛否両論の議論が活発化した。1997年1月に西尾幹二らとともに、新しい歴史教科書をつくる会を設立。産経新聞紙面で連載され反響を呼び「藤岡信勝／自由主義史観研究会著」で出版した『教科書が教えない歴史』は全4巻で120万部を超えるベストセラーとなったが、日本会議グループなど旧来右派からなる執筆メンバーの多くは、後のつくる会分裂に伴い去っていった。1996年、自由主義史観の是非をめぐる議論が交わされていた最中、内部の議論をしないまま研究会名義で「従軍慰安婦の記述を中学校教科書から削除せよ」との声明を突如発表し、注目を浴びた。これに反発した設立当時からのメンバーが離反し、一方で保守系論者が大挙して参入したため、研究会は保守系団体に性格が変容し、藤岡の交流範囲も限定されていった。保守イデオロギーを鮮明にした後の藤岡は、当初掲げていた歴史観の自由交流の提言を放棄し、既存の歴史教科書を「自虐史観」に毒されていると批判する一方、大東亜戦争（太平洋戦争）を肯定する主張を支持する立場に回った。司馬遼太郎の歴史観（司馬史観）に触れることもなくなった。「自由主義史観」が単に「大東亜戦争肯定論」の一類型にすぎないと見られるようになったのは、このような藤岡の振る舞いによるところが大きい。当初、渡部昇一や中村粲を大東亜戦争肯定論者だとして否定的に論じていたにもかかわらず後に接近したことについて、旧来保守には警戒感もある。2005年、フジサンケイグループ正論大賞受賞。2007年7月には日本文化チャンネル桜が中心となって在日アメリカ大使館に手渡した「米下院121号決議全面撤回を求める抗議書」に賛同者として名を連ねる。映画『南京の真実』の賛同者である。2015年4月には、和田政宗、田沼隆志と共に村山談話の作成実態を解明するための検証プロジェクトチームを立ち上げた。
主役のガロード・ランには高木渉が起用された。高木は当初フロスト兄弟のどちらかの役のオーディションを受けていたが、監督である高松信司が高木の声を聴いて主役のガロードの声にふさわしいと考え、改めてオーディションが実施され、最終的には高木の起用へとつながった。高木は2018年のインタビューの中で、「今までニュータイプだったり、ちょっと影のある主人公像が多かったところに、破天荒で無鉄砲な少年を放り込む。そんな未完成な少年には、良い声じゃない、がらっぱちな僕の声の方が良いと感じてくれたんでしょうか」と自分が起用された理由について振り返っている。演技をするにあたり、高木は真正面からぶつかるように、台本を読んで感じたことをそのまま演じることを意識した。収録時、高木は一生懸命な自分の姿を見て周りがついてくるのはないかと考えていたが、収録後には自分一人ではなく、周りのキャストがわきを固めることによって初めて良い作品ができるということを改め感じさせられたとインタビューの中で振り返っており、『ガンダムX』の後も自分が引っ張っていくという気持ちで現場入りしていると述べている。ヒロインであるティファ・アディール役のかないみかをはじめとする本作の出演者の多くは高木と同年代であり、サラ・タイレル役のかかずゆみとウィッツ・スー役の中井和哉は当時新人だった。その一方、ジャミル・ニート役は高木から見て先輩にあたる堀内賢雄が起用された。高木は堀内との関係をガロードとジャミルの関係に譬えており、いつも励まされていたとのちに振り返っている。ナレーションは当時青年座に所属していた光岡湧太郎が務めた。舞台俳優として活動していた光岡は、CM等の短いナレーションの経験はあったものの、テレビアニメのレギュラーや長編作品のナレーションは本作が初めてだったため、当初はアフレコ収録の段取りが理解できず、以前から知り合いだったかないに合図してもらったり様々なことを教えてもらった。高松や浦上から光岡に対する具体的な要望はなかった一方、光岡は青年座の先輩たちの作品をナレーションの参考にした。また、メインターゲットが子どもだったことから、光岡は情緒的というよりは元気なイメージで、自分なりのカラーを出すという方針を立てた。光岡はナレーションのほかにも、本作に登場するファーストニュータイプこと「D.O.M.E.」の声優も務めた。「D.O.M.E.」役には、当初『機動戦士ガンダム』でアムロ・レイ役を演じた古谷徹の起用案もあったが、高松の「古谷さんにお願いすると、自分の意図する『ニュータイプ』の意味が変わってしまう」という意見で没になり、最終的に自分達の最も言いたいことを表現するのには、物語の語り手に「私」としてしゃべってもらうことが効果的だと考えて、番組制作中盤に光岡に依頼した。これにより、本作品が三人称ではなく一人称で語られた作品であることが判明する作りになっているが、高松らは「演出的にもつじつまが合っていたし、うまい落としどころだったと思う」と、当初からそういう意図で考えていたわけではなかったこともコメントしている。浦上は、「D.O.M.E.」の具体的なキャラクター像を出す代わりに、自分で考えたうえで演技するよう指示した。光岡は考えた末に、「この作品は最初のニュータイプであるD.O.M.Eの目線で語られていて、その神様みたいな存在が最後に登場してガロードたちと会話をする」という展開であると理解したうえで、「D.O.M.E.」は普遍的な存在であると考え、メッセージを受け取る側の印象に残るようにするため自然体で語るという方針を立てた。光岡は「D.O.M.E.」の役について重要かつ大変な役であったとしつつも、光る球体だったため、口の動きを合わせる必要がなくて助かったと振り返っている。