先述の旧約聖書『創世記』による物語の要約は以下の通りである。神は地上に増えた人々の堕落（墜落）を見て、これを洪水で滅ぼすと「神と共に歩んだ正しい人」であったノア（当時500～600歳）に告げ、ノアに箱舟の建設を命じた。箱舟はゴフェルの木でつくられ、三階建てで内部に小部屋が多く設けられていた。箱舟の内と外は木のタールで塗られた。ノアは箱舟を完成させると、妻と、三人の息子とそれぞれの妻、そしてすべての動物のつがいを箱舟に乗せた。洪水は40日40夜続き、地上に生きていたものを滅ぼしつくした。水は150日の間、地上で勢いを失わなかった。その後、箱舟はアララト山の上にとまった。40日のあと、ノアは鴉を放ったが、とまるところがなく帰ってきた。さらに鳩を放したが、同じように戻ってきた。7日後、もう一度鳩を放すと、鳩はオリーブの葉をくわえて船に戻ってきた。さらに7日たって鳩を放すと、鳩はもう戻ってこなかった。ノアは水が引いたことを知り、家族と動物たちと共に箱舟を出た。そこに祭壇を築いて、焼き尽くす献げ物を神に捧げた。神はこれに対して、ノアとその息子たちを祝福し、ノアとその息子たちと後の子孫たち、そして地上の全ての肉なるものに対し、全ての生きとし生ける物を絶滅させてしまうような大洪水は、決して起こさない事を契約した。神はその契約の証として、空に虹をかけた。
アシの小屋よ、アシの小屋よ、壁よ、壁よ。アシの小屋よ聞け、壁よ察せよ。ウバルトゥトゥの子、シュルッパクの人よ。家をこわし、舟をつくれ。持物をあきらめ、おまえのいのちを求めよ。品物のことを忘れ、おまえのいのちを救え。すべての生きものの種を舟に運びこめ。おまえがつくるべき舟は、その寸法をきめられたとおりにせねばならぬ。その幅と長さとをひとしくせねばならぬ。（その（底面の）表面積は1イクー（60m×60m）、その4壁の高さは10ガル（60m）、その覆い板の幅はそれぞれ10ガル（60m）。つまり文字通りの箱舟（立方体）であった。舟は七階建てで、各階には九室あったようだ。）七日目に舟は完成した。洪水が起こると、彼は全財産、つまり銀や金、生きもの、家族、身よりの者、職人たちをすべて舟に乗せた。すると、六日と七夜、風と洪水がおしよせ、嵐が国土を吹きまくった。七日目になると、洪水をもたらした嵐は戦いに負けた。それは軍隊の攻撃のような戦いだった。海はしずまり、嵐はおさまり、大洪水はひいた。空模様を見ると、まったく静かだった。そしてすべての人間は粘土に変わっていた。見わたすかぎり屋根のように平らになっていた。天窓をあけると、光がわたしの顔にさした。わたしはうなだれ、坐って泣いた。涙がわたしの顔をつたって流れた。わたしは広々とした海を見回して岸を探した。十二の場所に陸地があらわれた。船はニシル山についた。山は船をとらえて動かさなかった。このようにして船は六日間ニシル山にとまっていた。七日目に、ウトナピシュティムはまず鳩をはなした。鳩は休み場所が見あたらずにもどってきた。つぎは燕をはなしたが同じ結果になった。そのつぎには大烏をはなしたところ、水がひいていたので餌をあさりまわって帰ってこなかった。そこで彼は山頂に神酒をそそぎ、神々に犠牲をささげた。
壁のかたわらで、わたしはおまえにひとこと話そう。わたしのいうことを聞きなさい。わたしの教えに耳をかたむけなさい。われわれの……により、大洪水が聖地を洗い流すだろう。人類の種をたやすために……。これが神々の集会の決定であり、宣言である。……あらゆる嵐、しかもはなはだ強大なのが、ひとたばになって襲ってきた。同時に、大洪水が聖域を洗い流した。七日と七夜、大洪水が国中を洗い流し、大舟は嵐のために大波の上でもてあそばれた。そののち、太陽神ウトゥがあらわれ、天と地を照らした。ジウスドラは大舟の窓をひらいた。英雄ウトゥは光を大舟のなかにさしこませた。王ジウスドラはウトゥの前にひれ伏した。
兵庫県明石郡大明石町（現在の明石市）出身。兄に画家の松村竹夫、キリスト教伝道者の松村介石がいる。同志社英和学校予備校を経て、1886年（明治19年）9月に明治学院英和予備校に入学。1888年（明治21年）1月に札幌農学校に入学し、1895年（明治28年）卒業。当初は工科で学ぶが昆虫学を志し農科に移る。昆虫学は橋本左五郎に師事し、在学中の校長は新渡戸稲造であった。翌1896年（明治29年）に札幌農学校助教授に就任。1899年（明治32年）5月からドイツ・ベルリン大学やブダペストに留学し、1902年（明治35年）10月に帰国。札幌農学校教授となる。1903年（明治36年）理学博士となる。1907年（明治40年）に札幌農学校の東北帝国大学移行に伴い東北帝国大学札幌農科大学教授に就任。1918年（大正7年）に札幌農科大学の北海道帝国大学独立に伴い北海道帝国大学農科大学教授となり1934年（昭和9年）に退官するまで昆虫学教室を主宰した。1919年（大正8年）農学博士となる。1947年（昭和22年）まで日本昆虫学会会長を務めた。1950年（昭和25年）に学士院会員、1954年（昭和29年）に文化功労者となる。1959年（昭和34年）に明石市名誉市民。1960年（昭和35年）勲一等瑞宝章を受章。日本の近代昆虫学を築いた人物であると評され、日本に生息する昆虫の命名法（和名）を創案した。学名に「Matsumura」とつく昆虫も数多い。1898年（明治31年）初版の『日本昆虫学』、1904年（明治37年）から始まる『日本千虫図解』シリーズは兄の松村竹夫の昆虫図とともに評価を得た。1926年（大正15年）に創刊した昆虫学雑誌『Insecta Matsumurana』は2016年現在においても刊行されている。北海道大学の教授を務めていた際に住んでいた札幌市北8条西5丁目の家は2012年現在九州料理店「ぶあいそ 別邸」として使われている。墓所は雑司ヶ谷霊園にあり、布袋の像の形をしており、布袋塚と刻まれている。天保十二年の銘がある。