3月6日、人民民主党政府のシャフナワーズ・タナイ国防相は、イスラム党のヘクマティヤールと協力し、政府打倒のためのクーデターを起こした。しかしタナイは軍の支持を完全に集めることは出来ず、クーデターは失敗した。この時、タナイ派の鎮圧に当たったのがラシッド・ドスタム将軍率いる第53歩兵師団であった。第53歩兵師団はドスタムの資金によって運営されたウズベク人中心の部隊であり、ドスタムは一個の武装勢力でもあった。1990年頃から人民民主党政府の主要援助国であるソ連の経済が悪化し、人民民主党政府の経済状態も悪化した。
ソ連軍の撤退後の1989年3月～7月、ムジャーヒディーン各派は人民民主党政府の拠点ジャラーラーバードに総攻撃を行った。作戦を後押ししたのはパキスタン首相ベーナズィール・ブットーと、アメリカの駐パキスタン大使ロバート・オークリー（en:Robert B. Oakley）であった。連日の猛攻にもかかわらずムジャーヒディーン側は敗北し1万人が戦死したといわれる。敗因はムジャーヒディーン各派の間で意思の疎通がとれておらず、統一した指揮系統ができていなかったことがあげられる。これに対しソ連流の訓練を受けた政府軍は善戦しムジャーヒディーン側を敗退させた。またソ連も空輸により政府軍を支援した。政権交代は時期尚早と考えた米国が、CIA工作員を撤収させ、援助を打ち切った説もある。ニューズウィーク誌は、この戦闘には後に米国同時多発テロに関与していたと思われるウサーマ・ビン＝ラーディンも参加しており、アメリカのこのような態度が後のテロを引き起こすきっかけになったと論じている。政府側は勝利したが、皮肉にも政府内部は不安定となり、ハルク派とパルチャム派の派閥争いが激化する結果となった。7月18日と12月2日には将校を含む人々のクーデター未遂事件が発生している。
アフガニスタンは1978年のアフガニスタン人民民主党政府の成立以来、各地でムジャーヒディーンと呼ばれる武装勢力の蜂起が発生し、1979年12月からソビエト連邦による軍事介入を受けた。その後の戦闘を経て、1985年に成立したソ連のゴルバチョフ政権による外交政策の転換の中で、ソ連軍は徐々に撤退を開始。1988年4月の米・ソ・アフガン・パキスタン四国和平協定によって和平が成立し、1989年2月までには全てのソ連軍が撤退した。しかし、ムハンマド・ナジーブッラー大統領が率いる人民民主党政府も健在であった。ソ連軍は撤退したものの、人民民主党政府への援助は行い続けた。
アフガニスタン紛争（1989年 - 2001年）では、アフガニスタンで断続的に発生している紛争のうち、1989年のソビエト連邦軍の撤退から、2001年のアメリカ合衆国と有志連合諸国によるターリバーン政府への攻撃が発生するまでの期間を扱う。
その後、2002年3月13日に雛形要松が指揮する東京高裁は、一審と同様の判断基準に基づき、遠藤による国賠請求につき控訴棄却の判決を下した。第一発見者の検面調書が偽造された、という原告側の主張についても、それを認めるに足る証拠はないとして退けられた。原告側はさらに上告したが、2003年7月11日に梶谷玄が指揮する最高裁第二小法廷も上告を棄却し、遠藤の敗訴が確定した。
東京帝国大学の医学教授である佐藤精は『斎藤与一郎伝』において、岡田の性格を「直情径行で、不義邪悪を憎むこと極度には激しく、判断は自らの尺度を以て狷介、一度それに接すると、火を吐くような毒舌で罵倒し、（略）相手に誰であることをも弁じない」と述べている。奉公時代には奉公先の店の主人が、客に対してわざと商品の値段を高く言い、客が値下げを要求したところへ本来の値段を言い、客に安く買ったと満足させる、といった方法を岡田に教えたところ、岡田はそれをペテンだといって店先の仕事を嫌い、店の奥の掃除になどに専念していた。この時代からすでに、不正を嫌う岡田の性格が現れていた。商人のもとに奉公しながら、自身は商人の道へ進むことはなかった理由も、この経験によるものである。戦中には憲兵隊が蔵書を押収しようとした際も、決して屈することなく1冊の蔵書も渡すことはなかった。同じく戦中に岡田の新聞への投書が特別高等警察の目に触れ、病床の岡田に召喚状が来たときも、最期まで出頭することはなかった。函館市会で、函館市長の坂本森一と対立した際、坂本に「図書館長たる貴男は、理事長の立場がだれよりもよく判る筈ではないか」と言われたところ、岡田は「市長、たわけたことをいうな、不肖岡田は図書館長である前に、市民の代表たる議員の立場で質問しているのですぞ、そのくらいのことが判らんで市長が勤まると思うか、このたわけ者めがッ」と返した。坂本は思わず苦笑し、論戦もそれで終わりとなった。元議長の高木直行は後に、「大市長といわれた自信満々のあの切れ者を“たわけ者”と極めつけたのは後にも先にも是空居士一人であったと思う」と語っている（『是空』は岡田の雅号の一つ）。一方では、こうした岡田の言動が市会で反感を呼んだことが、10年にもわたる図書館問題の膠着に繋がったとも見られている。また市立図書館が完成して岡田が館長に推された際も、市の理事者は岡田の性格を嫌って同意しなかった。そこへ宮崎郁雨らの依頼により齋藤與一郎が調停を務め、館長就任が実現した。しかし、その翌年の1931年（昭和6年）には、市会で図書館費の4分の1が削減された。これに対して図書館後援者たちが削減分を寄付しようと、「従事員復活経費寄附採納方」を請願したが、これも否決された。これらのことから、岡田の言動を快く思わない議員たちが当時もまだ存在していたものとも見られている。