島式ホーム1面2線を有する地下駅。改札口は春日寄りに1か所があるのみだが、ホームと連絡するエスカレーター・階段は2か所設置されている。ホームと連絡するエレベーターは中間部に設置されている。駅舎と改札口は地下にあるが、地上への出口は数か所もあり複雑な上、地上までの距離もある。かつては、5番出口への通路の途中にお忘れ物センターが設置されていたが、春日駅前の交通局春日庁舎1階に移転した。
ワンマン運転開始に伴い、スイッチ制作の発車メロディが導入されている。曲は1番線が「素敵にハート」（串田亨作曲）、2番線が「サニーサイドステーション」（福嶋尚哉作曲）である。
相対式ホーム2面2線を有する地下駅。鉄骨造2階建ての駅舎で改札口は地上にある。改札口は1か所で、改札階と各ホームの中央付近とを連絡するエスカレーター、階段、エレベーターがそれぞれ設置されている。ホームまではさほど深くない。2006年にホームドアが設置された。駅舎の屋根は、たまねぎの皮のようなアーチ型トラスであり、2002年に改築された。エスカレーターとエレベーターが設置されたのもこの時期である。トイレは地上1階改札口内にあり、多機能トイレも設置されている。構内店舗の一覧・詳細情報については公式サイト「本郷三丁目駅のお店・施設」を参照。
東京メトロの丸ノ内線、都営地下鉄の大江戸線が乗り入れている。どちらも駅番号が制定されており、丸ノ内線がM 21、大江戸線がE 08である。両社局の駅は地下通路で接続されていないため、乗り換えの際は地上に出る必要がある。そのため両線を接続する通路の設置が検討されている。現段階で両線間を乗り換える場合は、隣の春日駅（後楽園駅）での乗り換えの方が多少便利である。
就役後、ウェーク・アイランドはアストリアで弾薬とガソリンを搭載し、11月27日に出港してピュージェット湾を航行し、翌日ブレマートンに到着した。残りの弾薬を搭載し、試運転でポート・タウンゼント、シンクレア湾およびシアトルに立ち寄った後、12月6日に外洋に出て南に向かい、12月10日にサンフランシスコに到着した。燃料を搭載した後、2日後にはサンディエゴに向けて出港し、12月14日に到着。同地で第69混成航空隊 (VC-69) の航空機と要員を乗せた。1944年1月11日、ウェーク・アイランドはサンディエゴを出港し、パナマ運河とハンプトン・ローズを経由して1月26日にノーフォークに到着。2月14日にミッション・ベイ (USS Mission Bay, CVE-59)、護衛駆逐艦スウェニング (USS Swenning, DE-394) およびヘイヴァーフィールド (USS Haverfield, DE-393) とともにニューヨークに向けて出港した。2月16日、ウェーク・アイランドは陸海軍の要人を乗せてレシフェおよびカラチに向かった。3月1日にレシフェに到着した後、ケープタウン、ディエゴ・スアレスに寄港。3月29日、ウェーク・アイランドはカラチに到着した。要人を送り終えたウェーク・アイランドは、4月3日にカラチを出港して5月16日にノーフォークに帰投した。5月末から6月はじめにかけて、ウェーク・アイランドは改修とオーバーホールを行った。6月15日、改修を終えたウェーク・アイランドは第58混成航空隊 (VC-58) を乗せ、対潜掃討部隊である第22.6任務群に加わってバミューダ諸島方面に向かった。7月2日、第22.6任務群がギニア湾方面から移動中、ウェーク・アイランドのTBM アヴェンジャーの一隊は、カナリア諸島とカーボベルデの間付近のアフリカ沿岸でUボート U-543 を発見する。フレデリック・L・ムーア少尉のアヴェンジャーが2度にわたって激しい対空砲火をものともせず U-543 を爆撃。しかし、ムーア機は U-543 の最後を確認していなかったので、第22.6任務群は二週間にわたって撃沈の証拠となる U-543 の残骸の捜索をする事となった。8月2日の正午の2分前、第22.6任務群は再びUボートと対決する事となった。護衛駆逐艦ダグラス・L・ハワード (USS Douglas L. Howard, DE-138) は8マイル（約13キロ）離れたところに司令塔を発見。ダグラス・L・ハワードは僚艦フィスク (USS Fiske, DE-143) は隊列を離れて司令塔の方に急行した。上空にいたウェーク・アイランドのアヴェンジャーは12時9分と12時35分に対潜爆弾で U-804 を攻撃。しかし、U-804 は反撃の魚雷を発射して、魚雷はフィスクに命中。フィスクは船体を両断されて沈没した。U-804 はさらに2本の魚雷を発射したが、これは命中しなかった。フィスクは4名の戦死者と26名の行方不明者、55名の重傷者を出し、生存者はファークハー (USS Farquhar, DE-139) に救助された。第22.6任務群は U-804 に対する再攻撃の準備を行ったが、濃霧と雨により準備は取り消された。第22.6任務群は2日後の8月4日に解隊し、ウェーク・アイランドは4日後に UC-32 船団と合流して西方に向かって8月11日にハンプトン・ローズに到着し、8月15日にノーフォークに帰投した。8月25日まで改修を行った後、8月29日にクォンセット・ポイントに移動し、ミッション・ベイとともに10月30日まで空母パイロットの着艦訓練に使用された。10月31日、ウェーク・アイランドは駆逐艦リー (USS Lea, DD-118) およびバビット (USS Babbitt, DD-128) に護衛されてノーフォークに向かい、11月1日に到着した。