一方、メリーランドのプロテスタントは、この時までに植民地でかなりの多数派となっており、イングランドからの噂を流し、ローマ教皇の策謀を恐れて、領主政府に対する反乱を組織し始めていた。ジョセフ知事は議会招集を拒み、表向きは修理のためと言って不気味にも倉庫から武器を出させることで、事態をさらに悪くした。プロテスタントは新しい国王と女王への公式の支持が明らかにされていないことに怒り、ヘンリー・ダーナル大佐のようなカトリックが副総督となって権限を掴み武装を始めたことに不満だった。1689年夏、ジョン・クードが指揮する700名のピューリタンが、自らをプロテスタント協会と称し、ダーナル大佐が率いた領主軍を破った。ダーナルの軍は著しく小勢であり、後に「我々はこの状態でかくも怒れる人々を鎮め、流血沙汰を防止できる期待が無いので、降参した。」と記していた。メリーランドにおけるこの「プロテスタント革命」の後、勝者であるクードとそのプロテスタント同盟者は新しい政府を興し、カトリック信仰を違法とした。カトリック教徒はその後礼拝を行うためには自宅の秘密の礼拝所で行うことを強いられた。1704年、「この植民地でローマ・カトリック教会の成長を防止するための」法が成立し、カトリック教徒が政治的役職に就くことを禁じた。これより後、宗教的な寛容さが復活するのはアメリカ独立戦争を待つ必要があった。ダーナルの曾孫であり、メリーランドにおける裕福なカトリック教徒とされたチャールズ・キャロル・オヴ・カロルトン（1738年-1832年）が、1776年にフィラデルフィアで新しい国のためにアメリカ独立宣言に署名した。ジョン・クードは、新しい王室領政府でネーマイア・ブカキストンが1691年7月27日に指名されるまでは、権力の座にあった。チャールズ・カルバート自身がメリーランドに戻ることは無く、さらには一族に与えられた植民地に対する王室勅許が1689年に取り消された。
イングランドでは、カルバートとその政治的な利益に決定的に反する動きが始まっていた。1688年、イングランドでは後に名誉革命と呼ばれることになる動きが始まっており、国王ジェームズ2世が退位させられ、プロテスタントであるウィリアム3世とメアリー2世が王位に就いた。プロテスタント派の勝利はカトリックであるカルバートを政治的にかなり難しい立場にすることになった。カルバートはそれらを感じとり素早く新体制を支持する動きに出て、メリーランドには使者を派遣して新国王と女王の即位を宣言させた。しかしその使者が航海の間に死に、2人目の使者が到着することは無かった（2人目の使者が送られたとしての話ではある。カルバートが後にそう主張していた）。
1864年、チャールズ・カルバートはイングランドに旅した。これはペンとの論争について自己弁護するためと、植民地でカトリックに有利に動いているという告発に応えるという両方の目的があった。しかしその後メリーランドには二度と戻らなかった。カルバートは甥のジョージ・タルボットを総督代行に任命し、総督評議会の議長にしてから、植民地を離れた。しかし、タルボットはパタクセント川の船の上で王室指名税関職員を刺し殺したので、カルバートがロンドンに戻った時には直ぐにその問題に対応せねばならなくなった。カルバートがタルボットの次に指名したのはウィリアム・ジョセフであり、このジョセフも問題を起こすことになった。1688年、ジョセフはメリーランドの臣民に対して道徳、不倫および国王の神聖な権利を講義し、植民地を「不倫者で満ちた土地」とこき脅すことで地元世論への攻撃に取り掛かった。
カルバートは幾つかの問題に加えて、ウィリアム・ペン（1644年-1718年）が所有する北の植民地との深刻な境界紛争にも巻き込まれた。すなわちメリーランド植民地とペンシルベニア植民地の境界に関する論争だった。1681年国王チャールズ2世が、メリーランドの北にあるかなりの広さがあるが、その定義があいまいな領地を認めた。ペンはメリーランドの領域に入る北緯40度線より南でその首都の建設を始めた。ペンとカルバートは2回会見して交渉したが、合意には至らなかった。この論争はカルバートとペンの存命中には決着が付かず、1769年になってやっと解決されることになった。
1679年、チャールズとジェインの間に2番目の息子ベネディクトが生まれた。その2年後の1681年、元植民地総督のジョシアス・フェンドール（在任1657年-1660年）とジョン・クードが率いた反乱に再度直面した。クードは後の1689年に反乱を成功させた人物だった。フェンドールは裁判に掛けられて有罪となり、タバコで4万ポンドの科料となり、追放されたが、共同謀議者のクードはうまく懲罰を免れた。この頃までに植民地の政治的枠組みは綻び始めていた。バージニアの総督が「メリーランドは今苦悩の状態にある。粉々に砕ける大きな危険性にある」と報告していた。総督評議会と議会の間の関係は次第にお粗末なものになっていた。恨みの多くの底にあるのは、たばこ価格の低下が続いたことだった。1680年代には30年前の50%にまで下がっていた。1681年、カルバートは個人的な悲劇にも直面した。長男で承継者だったセシルが死に、次男のベネディクトが家の承継予定者になった。
統治面においては、その手腕を大いに発揮し、第3代国王の時代から進められてきた、国際社会参画と国内政治改革を一層推進した。内政に関しては、保守的な面と革新的な面を併せ持ち、国民総生産にかわる「国民総幸福量」 (GNH) という概念を提唱したことでも有名である。革新的な面としては、1998年以降の国王権限の縮小を挙げる事ができる。行政の実権の返上と国家元首への専念を基本とし、国民議会に国王不信任決議の権利を付与し、国王定年制を提案、閣僚任命権を放棄し国会議員による無記名信任投票とし、任期を5年に定め、内閣を刷新した。また、行政の実権を担う首相職を設立し、各閣僚が任期1年の輪番制で首相を担当するというシステムを導入した。また、急速な近代化を憂い、「急ぎ過ぎない開発」を主眼とした自然環境の保護を進めている。なお、国王の権限縮小は第3代国王の時代から徐々に実施されてきており（例えば1968年の国民議会議決拒否権の放棄、1969年の国民議会への国王不信任決議権付与）、形式上は絶対君主国家ではなくなった。一方、保守的な面としては、国家的アイデンティティの補強が挙げられる。1985年の公民権法改正以降、急速な西欧化に苦慮した政府は、1989年に「ブータン北部の伝統と文化に基づく国家統合政策」を施行し、チベット系の民族衣装着用の義務付け、ゾンカ語の国語化、伝統的礼儀作法（ディクラム・ナムザ）の遵守などを実施した。これに不満を持ったネパール系住民が1988年以降反王制運動や反政府運動を繰り広げ、後に国外流出を招き、「南部問題」としてブータン政府を苦悩させた。2003年には国内に潜伏していたアッサムゲリラの追放作戦を陣頭指揮しているが、その際にも「仏教徒としては、殺生が許されると思ってはならない」という訓示を行っている（オールクリア作戦）。