1986年12月21日にポータダウンの監督に就任した。アレックス・ファーガソンがマンチェスター・ユナイテッドの監督に就任した6週間後の出来事だった。当時、低迷していたクラブを復活させ、1989-90シーズンのアイリッシュ・フットボールリーグで初優勝に導いた。1990-91シーズンにはリーグ戦2連覇と共にアイリッシュカップ初優勝を果たし、二冠を達成した。2007年、大英帝国勲章（MBE）を受章した。2011年12月、ポータダウンで監督在籍期間25年を迎えた。当時、現役監督としてアレックス・ファーガソンに次ぐ2番目に欧州で在籍期間の長い監督だった。2013年11月、北アイルランド・サッカーリーグで監督として指揮した試合数が1000試合に到達した。内訳はグレントランで137試合、ポータダウンで863試合である。同年5月にアレックス・ファーガソンがマンチェスター・ユナイテッド監督を退任したため、欧州で最も在籍期間の長い現役監督となった。2016年3月、約29年間務めたポータダウン監督を辞任した。
選手時代はディフェンダーとしてダンディー・ユナイテッドやグレントラン、アーズ、ポータダウンに所属し、1976-77シーズンにアイリッシュ・フットボールリーグ優勝を果たした。現役引退後は1979年から1984年までグレントランで監督を務め、1980-81シーズンのアイリッシュ・フットボールリーグと1982-83シーズンのアイリッシュカップで優勝した。
操舵分子動力学（Steered molecular dynamics; SMD）シミュレーションでは、望む自由度に沿ってタンパク質の構造を引っ張ることによってその構造を操作するためにタンパク質に力を印加する。これらの実験は原子レベルでのタンパク質における構造変化を明らかにするために用いることができる。SMDは機械的な折り畳み構造のほどけや伸長といった出来事をシミュレーションするためにしばしば用いられている。SMDには2種類の典型的手順がある。1つは引っ張る速度が一定に保たれるもので、もう1つは印加される力が一定のものである。典型的には、調べる系の部分（例えばタンパク質中の1原子）を調和ポテンシャルによって拘束する。次に特定の原子に一定の速度あるいは一定の力を印加する。シミュレーション中で操作される力、距離、角度を変化させることによって望む反応座標に沿って系を動かすために傘サンプリングが用いられる。傘サンプリングによって、系の配置の全て（高エネルギーと低エネルギーのどちらも）が十分にサンプリングされる。次に、それぞれの配置の自由エネルギー変化を平均力ポテンシャル（PMF）として計算することができる。PMFを計算する人気のある手法は一連の傘サンプリングシミュレーションを解析する重みつきヒストグラム解析法（weighted histogram analysis method; WHAM）である。
古典的分子動力学では、単一のポテンシャルエネルギー表面（通常は基底状態）は力場によって表わされる。これはボルン＝オッペンハイマー近似の結果である。励起状態では、化学反応あるいはより正確な表現が必要な時は、電子の振る舞いを密度汎関数法といった量子力学的手法を用いることによって第一原理から得ることができる。これはab initio分子動力学（AIMD）と呼ばれる。電子の自由度を扱うコストから、このシミュレーションの計算コストは古典的分子動力学よりもかなり高い。これはAIMDがより小さな系あるいはより短い時間に制限されることを意味する。Ab initio量子力学法は、トラジェクトリ中の配座について必要に応じてその場で系のポテンシャルエネルギーを計算するために使うことができる。この計算は反応座標の近傍で大抵行われる。様々な近似を使うことができるが、これらは経験的当て嵌めではなく理論的考察に基づいている。Ab-initio計算は、電子状態の密度やその他の電子的性質といった、経験的手法からは得ることのできない膨大な情報を与える。Ab-initio法を使用する大きな利点は、共有結合の切断あるいは形成を含む反応を調べる能力である。これらの現象は複数の電子状態に対応する。
ほとんどの古典的力場は分極率の効果を黙示的に含む（例えば量子化学計算から得られた部分電荷を拡大することによって）。これらの部分電荷は原子の質量に関して固定である。しかし、分子動力学シミュレーションはドルーデ粒子や変動電荷といった異なる手法を用いた誘導双極子の導入によって分極率を明示的にモデル化できる。これによって、局所的な化学的環境に応答する原子間の電荷の動的再分配が可能になる。長年、分極可能MDシミュレーションは次世代シミュレーションとしてもてはやされてきた。水といった均一な液体については、分極率を含めることによって正確性の向上が達成されてきた。タンパク質についても有望な結果が得られている。しかしながら、シミュレーションにおいて分極率をどのように近似するのが最適化についてはいまだ不確かである。
半経験的ポテンシャルは、量子力学からの行列表示を使用する。しかしながら、行列要素の値は特定の原子軌道の重なりの度合いを見積る経験式によって決定される。次に、この行列は異なる原子軌道の占有率を決定するために対角化され、軌道のエネルギー寄与を決定するために再び経験式が使われる。強結合ポテンシャルとして知られる半経験的ポテンシャルには様々な種類があり、これらはモデル化される原子によって異なる。
1916年6月、パーシングはパンチョ・ビリャがアフマダ郡西部の町カリサルに潜んでいるとの情報を得た。そこでボイドおよびモーレーの二人の大尉にカリサルの調査を命じ、彼らは第10騎兵連隊のCおよびK中隊からおよそ100名を選抜して出発した。進軍途中でおよそ400名の（ビリャの私兵集団ではなく）メキシコ正規軍部隊に遭遇した。メキシコ軍はアメリカ合衆国軍に対し、引き返せと警告した。だがボイドはこれを拒絶し部隊に進軍を命じたため戦闘になった。最終的にはアメリカ合衆国軍が退却して戦闘は終了した。伝説では、米軍およびメキシコ（正規）軍の双方から追われる身であったビリャはこの戦闘を傍観して喜んだというが、このときビリャは重傷を負っており、また、この戦闘が終わった後も両軍から追われ続けたことに変わりはないので、これが真実かどうかは疑わしい。アメリカ合衆国軍はチャールズ・ボイド (Charles T. Boyd) とヘンリー・アデア (Henry R. Adair) の2名の士官と、下士官計12名が死亡、24名が捕虜になった。メキシコ軍は指揮官であるゴメス将軍を含む27名が死亡した。パーシングは激怒し、当時の大統領ウィルソンに対してチワワに駐屯するメキシコ軍への攻撃許可を求めたが、ウィルソンは米墨間の全面戦争になることをおそれてこれを許可しなかった。この戦闘の結果、アメリカ合衆国陸軍はメキシコ領から引き上げることとなり、ビリャを捕らえることはおろかアメリカ合衆国への越境侵入をやめさせることもできずに終わった。