2011年3月12日以降はすべて電車で運転されている。篠山口駅 - 福知山駅間の快速・普通列車は、すべての列車が転換クロスシート車両で運転されている。
かつて福知山線には大阪駅と京都府舞鶴市や山陰各都市とを結ぶ幹線として長距離の優等列車が多数運転されていたが、国鉄末期の1986年11月1日に山陰本線城崎駅（現在の城崎温泉駅）まで電化されたことにより、優等列車は電車化・特急化されて運転区間は城崎駅まで短縮され、山陰方面への直通列車は夜行をのぞいて廃止された。その後一時期気動車による直通列車も運転されたが、米子・出雲市方面へは伯備線経由が、鳥取方面へは後に開業した智頭急行経由がメインになり、長距離列車は姿を消した。2004年10月16日に急行「だいせん」が廃止されたことにより、福知山線経由での夜行列車は運転されなくなった。このほかに福知山線では、北近畿タンゴ鉄道（現在の京都丹後鉄道）へ乗り入れる「文殊」や「タンゴエクスプローラー」が運転されていたが、2011年3月12日のダイヤ改正によって福知山線経由の特急はすべて「北近畿」から改称された「こうのとり」に統一された。
沿線には中山寺など初詣の対象となる大きな社寺があるため、大晦日深夜から元旦にかけて、福知山線では尼崎駅 - 宝塚駅間（運転区間は学研都市線四条畷駅 - （JR東西線） - 宝塚駅間）において普通のみ約30〜60分間隔で終夜運転が実施されている。なお、かつては宝塚駅 - 新三田駅間でも終夜運転が行われたが、2011年度以降は宝塚発新三田ゆき臨時列車1本のみの運転となり、のち臨時列車の運転も取り止められた。
国鉄時代から、篠山の祭礼に合わせた臨時快速（「デカンショ祭り号」）などが多く設定されていたが、現在は定期列車の充実もあって臨時列車の設定はほぼなくなっている。現在は、毎年3月に行われている朝日放送主催の篠山ABCマラソン大会に合わせた大阪発篠山口行き臨時快速「篠山ABCマラソン号」が1本設定される程度となっている。「篠山ABCマラソン号」の停車駅は、新三田駅までは通常の快速と同一であるが、新三田駅 - 篠山口駅間の各駅は旧速達快速が停車していた相野駅も含めて通過としている。
国鉄からJRとなって以降は、冬のカニのシーズンを迎える11月から3月にかけて、臨時特急「味めぐり北近畿」（1998年以前）・「かにカニ北近畿」（1999年以降）が運転されていた。　（「こうのとり」の項目も参照）現在は臨時列車の運転はなく、定期列車における車両増結で対応している。
北近畿ビッグXネットワークの一角（「X」の左斜め下の部分が福知山線）としての機能があり、特急「こうのとり」がおおよそ1時間に1本で1日14往復運転されている。停車駅は、大阪駅・尼崎駅・宝塚駅・（西宮名塩駅）・三田駅・（新三田駅）・（相野駅）・篠山口駅・（谷川駅）・柏原駅・（黒井駅）・福知山駅で、（ ）内の駅には一部の列車が停車する。大阪から福知山市・豊岡市などの丹波・但馬地方の各市町や城崎温泉などの観光地への足として、城崎温泉駅発着列車などもある。現在は主に3両・4両編成で運転されるが、多客時には7両へ編成増強されることもある。平日朝晩の特急列車では大阪駅 - 篠山口駅間で通勤需要があるため、2往復は通年7両で運転されている。「こうのとり」のうち一部列車が多客期のみ京都丹後鉄道（2015年3月までは北近畿タンゴ鉄道）天橋立駅へ延長運転を実施している。
ガラス状炭素の構造は、長い間議論を呼んでいた。初期の構造モデルは、sp²-とsp³-の両方の炭素が存在すると仮定していたが、現在では、ガラス状炭素内の炭素は全てsp²-であることが知られている。しかし、より最近の研究では、ガラス状炭素はフラーレンのような構造を持つことが示唆されている。ガラス状炭素は無定形炭素と混同されやすいが、IUPACでは「ガラス状炭素は、二次元の構造から構成され、ダングリングボンドを持たないため、無定形炭素（アモルファス炭素）と記述することはできない。」と記している。貝殻状断口を持つ。
標準和名「イサキ」は磯に棲むことに因んだ「磯魚」（イソキ）、または幼魚の縞に因んだ「班魚」（イサキ）に由来すると云われ、これに「伊佐木」「伊佐幾」という漢字が当てられている。もう一つの漢字「鶏魚」は背鰭の棘条がニワトリの鶏冠に似るためという説があり、これは英名"Chicken grunt"も同じである。他に日本での地方名として、オクセイゴ（東北地方）、イサギ（東京）、クロブタ（神奈川）、コシタメ（静岡）、エサキ（北陸-山陰）、ウズムシ（近畿）、カジヤコロシ（和歌山県南紀）、イセギ（高知）、イッサキ（九州）、ハンサコ（大分-宮崎）、ハタザコ、ショフ、ジンキ（宮崎）、ソフ（鹿児島県内之浦）、クチグロマツ（奄美大島）などがある。南紀での呼称「カジヤゴロシ」（鍛冶屋殺し）は、イサキの骨が非常に硬く、骨が喉に刺さって死んだ鍛冶屋がいたことからその名が付いたと云われる。九州での呼称「イッサキ」は「一先」という字を当てられることが多い。幼魚は黄色の縦縞模様がイノシシの子に似ていることから、各地でウリボウ、ウリンボウ、イノコなどと呼ばれる。大分では幼魚をウドゴと呼ぶ。