元々がピアノ練習曲集であるため、ほとんどが演奏時間1分弱から2分程度までのごく短い曲だけで構成されている。様々なキャラクターの短い曲が集合していることなども含め、ミクロコスモス（小宇宙）の名はこれにちなむものである。教本として使う際のアドバイスとしてのバルトークの指示が添えられている。それによれば、4巻までは初歩段階であり、特に3巻までは習いはじめてから1-2年のうちには修得するようにとある。最初は両手を移動させず、左右が同じ動きをなぞる練習から始まる。旋律と伴奏、といった決まり切った形を取る曲は少なく、対位法的な技術が多く含まれる曲が多い。また歌を伴った曲が含まれている。なお、音階練習等は含まれていない。作曲者自身が、これについては音楽教師が知っているはずだから、他の教本で学んで欲しいとの注釈をつけている。バルトークはピアノ教育にも関心が深く、子供用のピアノ曲集として他に「子どものために」などが、また、ピアノ教則本として「バルトーク＝レショフスキー・ピアノ教本」（レショフスキー・シャーンドルとの共著、1913年）がある。これらがやや初期の作品で民族音楽的な傾向が強いのに対して、『ミクロコスモス』はそれら民族的な曲以外にも、対位法を活用したバッハや性格的小品の大家であるシューマンを讃えるとして彼らの作風を模倣した曲や、複数の旋法を使ったものや調性が揺れ動く無調的な曲、複雑なリズム構造を導入した曲など、より広く現代音楽的な曲などの多様な作品を含む。そのため「ピアノを通しての現代音楽への入門書」との評がある。
声優は全員が青二プロダクションに所属。64版では6人の声優がそれぞれ複数のキャラクターを演じていたが、本作ではほぼ1人のキャラクターに1人の声優が専属で担当している。これにより、フォックス、ウルフ、ペパー将軍などの主要キャラクターの声優が64版から変更されている。中でも主人公キャラクターであるフォックスの声優が里内信夫から野島健児に変更されているが、これは「『アドベンチャー』の鼻がかかった声と64版の里内氏の声を混ぜたような感じで、様々な声優のサンプルを何度も聞いてその中から選ばせてもらった」と今村孝矢は答えている。なお、64版でフォックスの声を担当した里内信夫はレオン役として引き続き参加している。年齢については、インタビューで今村が「今回から資料設定は一切出さない」と発言している（これは外伝に近い『アドベンチャー』も公式設定に取り込んだことにより、キャラクターの老化など時間の流れに無理が生じてきたためである模様。実際ペッピーとペパー将軍以外は老化らしい描写がされていないなど、年齢設定をあまり意識していない）。
惑星サウリア（ダイナソープラネット）の事件から1年、スターウルフを追い出されたアンドリュー・オイッコニーは、亡き叔父、Dr.アンドルフの残党を率いてコーネリア軍に反旗を翻した。年齢の為に引退したペッピー・ヘアに代わり、サウリアの事件がきっかけでクリスタルがチームに加わった新生スターフォックスが出撃する。
本作では、戦闘機「アーウィン」を使用したシリーズ伝統の3D奥スクロールシューティング、64版より取り入れられたオールレンジシューティングに加え、武器を持った生身のキャラクターを操り、時にはアーウィンや戦車「ランドマスター」に乗り換えながら戦闘するサードパーソン・シューティングゲームパートが加わっており、このパートを使用した対戦モードの充実など、こちらを中心にしたゲーム内容となっている。開発は当時のナムコ社員が担当しプロデューサー小林毅、オールレンジモードディレクター中西俊之、バトルモードディレクター吉田豊となっている。ゲーム中に使用されるBGMはフルオーケストラで構成されており、スターウルフのテーマ曲など過去のシリーズで使用された曲をオーケストレーションして使用しているものも多い。キャラクターデザインは当時のナムコ社員で、現在は日本国外でアーティストとして活動している小牧英智が担当しており、64版の時点では顔以外の部分が判明していなかったスターウルフの面々も小牧により詳細なデザインが描き起こされている。時間軸としては前作『スターフォックスアドベンチャー』の後の出来事である。CMソングには布袋寅泰の「IDENTITY」が起用された。
独特な風貌をした謎の笛吹き男・ジャガージュン市とギタリスト志望の青年・酒留清彦を中心とした楽しい仲間達が繰り広げる青春不条理ギャグ漫画。序盤はうすたの前々作『セクシーコマンドー外伝 すごいよ!!マサルさん』のような非常にシュールな作風だったが、回を重ねるごとに人の嫌な部分や痛々しい部分を掘り出して笑いの題材にすることも多くなる。また、駄目な人間の脆さを屁理屈で繕う不合理さ（痛さ）を強調することで笑いにしており、主要人物のハマーのような「現実にいそうな駄目な人間」が頻出する。時々、ギャグの一つとして「カリスマ整体師 あおすじ吾郎」「見聞きする!マス太郎」「ちょいワルウルトラのじじい」など、本編と無関係な劇中作が突然に掲載される。絵柄や展開をわざと稚拙・不条理にし、スクリーントーンも貼らないことも多い。これが数話続くこともある。登場人物が、心理的な衝撃を受けたり、「ボケ」に対して「ツッコミ」をいれる際の効果音として、作者の過去作品である『セクシーコマンドー外伝 すごいよ!!マサルさん』『武士沢レシーブ』同様、「ガビーン」が頻繁に使われる。その他にも、シュールな効果音や擬音語が多用される。また『マサルさん』でも頻繁に登場した、作者独特のセンスによるポエムや歌詞も健在である。黙砂里（もっさり）市という架空の町が舞台となっているが、国立駅やふれあい橋（高幡不動駅近くの浅川に架かる橋）、また多摩川や多摩動物公園などをモデルとした場所も登場する。実在する都市名を当て字でアレンジした地名が劇中多々出てくる（例：凍狂（東京）、苦魔元（熊本）など）。これは前々作の『マサルさん』では実在の人物、団体、番組名、商品名が頻出していたのとは対照的である。