台湾最高検は2008年12月12日、陳を（1）総統府機密費の不正流用（2）海外口座を利用した資金洗浄（3）台北市郊外の土地開発をめぐる収賄（4）台北市内の公共工事の入札をめぐる収賄－の4つの事件について、マネーロンダリング（資金洗浄）防止法違反などの罪で起訴した。翌13日、台北地方法院はいったん保釈を認める決定を下した。しかし、検察当局の不服申立てを受けて台北高等法院が審理のやり直しを命じ、30日、台北地方法院は保釈を取消したため、結局、陳の身柄は一度も解放されることなく、再び台北看守所に移送された。第一審公判中の2009年5月5日、台湾最高検は、別の収賄事件で陳を追起訴した。
2008年5月20日に総統を退任し、憲法が保障する総統の不起訴特権がなくなったことから、検察当局が陳水扁による私的流用疑惑の本格的な捜査を開始すると発表し、陳に対し出国制限措置がとられた。さらに、台湾のマスコミによって、不明の資金をスイスなどに送金し蓄財しているという資金洗浄が新たに浮上し、同年8月15日陳は妻とともに民進党を離党した。8月18日には、陳の海外渡航禁止措置がとられた。同年11月11日、総統府機密費流用及び資金洗浄容疑などにより台湾最高検に逮捕され、台北地方法院に移送された。移送の際、陳は手錠を頭上に掲げ、拘束を馬英九政権による「政治的弾圧」だと訴えるとともに、連行時に暴行を受けたと主張したが、病院で診察の結果問題はないと判断され、台北地方法院は12日に勾留を決定、台北看守所（拘置所）に陳の身柄を移送した。陳は逮捕に抗議してハンガー・ストライキを決行し、16日、健康状態の悪化により病院に搬送された（その後も二度ハンストを決行している）。
前述のスキャンダルの影響もあり、陳水扁の支持率は低迷した。2008年1月12日の第7回立法院選挙では民進党主席として挑んだが、定数113議席のうち27議席しか得られず、81議席を得た国民党の大幅なリードを受けて「党創設以来、最大の惨敗」と述べ、民主進歩党の主席を引責辞任する。
陳水扁政権の二期目では、台湾正名政策を加速度的に進め、公的機関などで使用されている「中国、中華 (China) 」という呼称を「台湾 (Taiwan) 」へ置き換えるようになった。2007年2月12日、台湾の郵便事業を行う「中華郵政」の名称を「台湾郵政」に変更した（しかし馬英九政権になった2008年8月に「中華郵政」に戻すことが決定された）。同時に「中国造船」は「台湾国際造船」、「中国石油」は「台湾中油」と改称された。また「脱蒋介石化」も推進された。2006年9月6日に、蒋介石の名前である「中正」（介石は字）を冠した「中正国際空港」の名称を「台湾桃園国際空港」に変更した。さらに、2007年5月19日に「中正紀念堂」を「台湾民主紀念館」に改めたが、こちらは立法院に否決され、6月7日に元の名称にもどった。
1862年8月4日の衆議院予算委員会は軍制改革の予算について「財政における軍事偏重が過ぎる故に特別会計としても認められない」と決議した。しかし委員のうち進歩党のカール・トヴェステン、中央左派のフリードリヒ・シュターヴェンハーゲンとハインリヒ・フォン・ジイベルの三者はドイツ問題解決のため軍の強化自体は必要不可欠と考えており、また争議が激化してヴィルヘルムが強硬保守内閣を誕生させる恐れがあることから政府と妥協する必要があると考えていた。彼らは兵役2年と多少の軍事予算減額だけを条件とした妥協案を提出した。ヴィルヘルムに妥協の意思はなく、彼は衆議院を無視して無予算統治で軍制改革を強行する決意を固めたが、ハイトが無予算統治は憲法上の根拠がないとして反対した。さりとて解散しても良い選挙結果になる見通しはなかったので、陸相ローンは上記の妥協案で妥協する決意をし、9月17日の衆議院本会議でそれを発表した結果、衆議院も融和的な空気になった。しかし同日の国王臨席の閣議において閣僚たちが次々と妥協案に賛成する中、ヴィルヘルムは「3年兵役制が拒否されるのであれば退位する」旨を宣言した。この脅迫に閣議の空気はすっかり変わり、ハイトとベルンシュトルフをのぞく全閣僚がヴィルヘルムの無予算統治路線を無条件で支持する旨を表明した。ローンは翌18日に前日の妥協案を飲む旨の発言を撤回し、それに激怒した衆議院は再び政府と徹底抗戦の構えを見せ、妥協案を圧倒的多数で否決した。これに対して弟カール王子や侍従武官長グスタフ・フォン・アルヴェンスレーベン中将、軍事内局局長エドヴィン・フォン・マントイフェル中将らは衆議院に対する軍事クーデタを起こすべきことを上奏した。一方内閣指導者ハイトはなおも兵役2年で妥協するよう進言し続けた。ヴィルヘルムにはクーデタの意思も妥協の意思もなく退位の準備を開始した。しかし皇太子フリードリヒは父の退位を諌止していた。9月19日の閣議も内閣は分裂状態であったが「国王の退位は王権の継続的弱体化を招く」としてヴィルヘルムの退位を諌止することでは一致した。この閣議の後にハイトは無予算統治を行おうとする内閣には所属できないとして辞表を提出したのでヴィルヘルムは辞職を許可し、内閣は指導者を失って事実上崩壊した。