ロシア帝国の統治にダゲスタン人は失望した。重税、土地収用、マハチカラなどの要塞の建築といった圧政により、ダゲスタン人はコーカサス・イマーム国を支持して反乱を起こした。この反乱により勃発したコーカサス戦争はガジ・マホメド（1828年 - 1832年）、ガムザト＝ベク（1832年 - 1834年）、シャミール（1834年 - 1859年）といったイマームたちに支えられて、1859年にシャミールが降伏するまで続いた。その後、コーカサス戦争は1864年に終戦、アヴァル・ハン国が廃止された。ダゲスタンとチェチェンは1877年から1878年の露土戦争を利用して一斉に蜂起した。以降チェチェンは19世紀末と20世紀を通じて数度蜂起したが、ダゲスタンと一斉に蜂起したのは1878年で最後だった。1917年12月21日、イングーシ、チェチェン、ダゲスタンがロシアからの独立を宣言、北コーカサス山岳共和国を建国、列強から承認された。この共和国の首都はダゲスタンのテミル＝クハン＝シュラだった。初代首相にはチェチェンの政治家タパ・チェルモエフが選出された。しかし、最終的にはボリシェヴィキの進軍により1921年1月20日にダゲスタン自治ソビエト社会主義共和国の建国が宣言された。ヨシフ・スターリンの工業化の波はダゲスタンに及ばなかったため、ダゲスタンの経済は停滞し、ロシア国内で最も貧しい地域となった。1999年、シャミル・バサエフとイブン・アル＝ハッターブ率いるチェチェンからのイスラム主義組織は「独立ダゲスタン・イスラム国」を建国するためにダゲスタンに侵攻した。侵攻を撃退した後、ロシアはチェチェンに進攻した。また2010年初から2012年末までダゲスタン共和国内で暴力が頻発し、「内戦寸前」と報じられた。
16世紀初、サファヴィー朝ペルシアがダゲスタンの統治を再び確立、以降断続的ながらペルシア支配が19世紀初期まで続いた。16世紀と17世紀には法律における慣習が法典化され、ジャマートと呼ばれる集落の組織がある程度の自治権を得た。一方、クムイク人のシャムカルは1651年から1653年までのロシア・ペルシャ戦争がロシアの敗北に終わったにもかかわらず、ツァーリの保護を求めた。ロシアは18世紀にダゲスタンへの支配を強めようとし、ピョートル1世が1722年から1723年のロシア・ペルシャ戦争でダゲスタンの海岸部を併合したが、1735年のギャンジャ条約で返還している。また18世紀にはアヴァル・ハン国の中興も見られ、ナーディル・シャーのダゲスタン戦役では一時的に抵抗に成功し、シルヴァンとグルジア諸国に年貢を強いるほどであった。1747年以降、ペルシア領ダゲスタンはデルベント・ハン国を通じて治められるようになり、その中心地はデルベントであった。エカチェリーナ2世のペルシア遠征（1796年）はロシア帝国がデルベントを占領する結果に終わったが、今度はエカチェリーナ2世の死去など内政問題によりまたしても撤退を余儀なくされ、ダゲスタンはガージャール朝ペルシアに再占領された。1806年、デルベント・ハン国はロシアに占領され、1804年から1813年までのロシア・ペルシャ戦争の後に正式に確認された。1813年、ロシアが戦争に勝利したことでガージャール朝はゴレスターン条約でデルベントを含むダゲスタン南部などコーカサスの広大な領土を割譲せざるを得なかった。1826年から1828年までのロシア・ペルシャ戦争を終結させたトルコマーンチャーイ条約により、ロシアのダゲスタン支配はゆるぎないものになり、ペルシアは二度とダゲスタンに手を出せなくなった。
イヌイット達の間では、海の神や主と言うよりも祖霊として崇められているようである。それには、以下のような伝承がある。かつて地上には古い種族の人間たち（一説では巨人たち）が住んでいて、セドナもその娘の一人であった。セドナは美しく良くできた娘だったが、ある時「誰のもとへも嫁がない」と言ったという。（その理由については部族や伝聞によって異なり、一定しない）彼女の父親は彼女への罰として、彼女をイヌの妻として与えてしまった。彼らの間にはやがて何人もの子供が産まれた。ある時セドナの前に若い男が現れ、多くの毛皮や服や毛布を与えると言って彼女を誘い、連れ去った。しかし、実は彼はアホウドリ（あるいはカモメ、カラスとも）だった。しばらくして、父親が娘のセドナを連れ戻しに来た。父娘は逃げだし、海へこぎ出すことで男から逃げることに成功した。安心したのも束の間、父娘の乗る船を嵐が襲った。父親は先程の男が嵐を起こして娘を連れ戻そうとしていると気づいて恐れをなし、セドナを船から突き落とし、なお船べりにしがみつく彼女の手と左目を櫂でつぶして、娘を凍てつく海に沈めた。家に戻った父親に、セドナの夫であるイヌが彼女の消息を尋ねるが、後ろめたさのある父親は、そのイヌも水に沈めて殺してしまった。一説では、父親がセドナに最初に罰を与えたとき、父親に見捨てられた彼女にひそかに父親の元から食料を運んで彼女を守ったため、飼い主である父親の怒りに触れて殺されたとも言う。残されたセドナの子供達は、他の島へ去った。地上にいた頃のセドナが逃がしたとも、自ら船を造って去ったとも言う。彼らセドナの子供達が、今の人間の祖先となる。海底に沈んだセドナは、怒りのために死ななかった。セドナの足は魚のようになり、彼女は海底で海の女神となった。彼女は石や鯨の骨を使って海底に家を造った。彼女と同じように沈んできた夫のイヌは、彼女の新たな家の門番となった。セドナの父親はその後、波にさらわれてやはり海に沈んだ。セドナは父親を自分の海底の家に迎え入れた。一説ではセドナは父親を自分の家の中に閉じこめて、二度と出てこられないようにしたとも言い、あるいは父親が己の行いを恥じてわびたため、昔のように仲良く暮らしているとも言う。また彼女は、肉をむさぼり食う貪欲な性質を有して寝ている両親の手足をも食べようとした（あるいは食べた）ため、両親によって海に投げ込まれてしまった、との説もある。