第二次世界大戦で大きな被害を受けたものの、終戦後1945年から一時アメリカ陸軍の管理下に置かれ、戦前の路線1,140kmのうち452kmが復旧した。1946年2月1日フィリピンの政府に返還され、1946年6月20日、共和国条例によりフィリピン国鉄(PNR)が設立された。1954年-1957年にかけて蒸気機関車からディーゼル機関車への転換が行われた。1973年の台風により北方線が一部休止、続いて1975年の大洪水により南方線のレガスピ付近で橋が流され、マニラからの列車はレガスピの手前12kmまでの折り返し運転となる。1979年7月23日にフェルディナンド・マルコス大統領が大統領令を発行し、運輸通信省(DOTC)の一組織となる。1970年代以降は道路網の整備にともない、所要時間に勝る路線バスやジプニーに乗客を奪われるようになる。その結果資金不足で路線や車両の整備がおろそかになりさらに乗客を奪われるという悪循環に陥り、政治に翻弄されるようになる。それでも1989年には、日本の政府開発支援により、国鉄南線活性化事業が実施され、ルセナ〜ナガまでの長距離南方線245キロが軌道整備された。その後、1991年には、同じく日本の政府開発支援により、トゥトゥバン（マニラ）〜エスパーニャまで56.6キロの都市通勤線が整備されている。
スペイン植民地時代の1875年6月25日、スペイン国王アルフォンソ12世の命令でルソン島に鉄道の計画が立てられた。1892年11月24日、Manila Railway Companyによってマニラ〜ダグパン(Dagupan)間195kmの営業が開始された。1916年にMRCが国有化されてから1940年までに北部サンフェルナンド(San Fernando)・南部レガスピ(Legaspi)まで延伸し現在の南北2路線の体制が整った。さらにサンホセ(San Jose)、カルメン(Carmen)、サンタクルーズ(Sta.Cruz)などへの支線が開通した。
県議選に落選した直後の同年11月23日、岡崎市長・小瀧喜七郎が突然辞任を表明。辞任の原因は、岡崎民政倶楽部と岡崎民政青年団の対立によるものだと言われている。12月23日、民政倶楽部のリーダーだった菅野が岡崎市長に選任された。4年後の1939年（昭和14年）、次期市長が決まらぬまま12月22日の任期満了を過ぎてしまう。当時の市長は市会議員による間接選挙で選ばれていたが、菅野支持派が多数を占められなかったためである。翌1940年（昭和15年）1月24日、前市長の小瀧を助役とすることを条件に、米騒動当時の岡崎警察署長で日本大学理事の双川喜一郎から市長就任の承諾が一旦は得られる。しかし結果として同年2月22日に菅野が再選した。同年9月19日、市役所を籠田町（現・康生通南3丁目）から十王町に移転新築する。1944年（昭和19年）、3選。1945年（昭和20年）7月20日の岡崎空襲に際しては、私邸の焼失も顧みず市役所に駆けつけて消火を指揮し、戦火から庁舎を守り抜いたという。1946年（昭和21年）10月21日、昭和天皇が戦災復興視察のため岡崎市へ行幸。郵便局庁舎の屋上から復興状況の説明を行う。同年11月1日、公職追放に先立ち自主的に退職するよう国から促され、市長を辞任。退職後も大樹寺保存会長として同寺の国宝修理に尽力するなど、公共事業に奉仕を続けた。1948年（昭和23年）2月10日に焼失した龍城神社社殿の再建にも関わった。1956年（昭和31年）7月1日、岡崎市名誉市民に推挙される。同年12月18日、市内亀井町の自宅で死去。享年79。
プレスティッジ・レーベルには、1959年から1961年にかけて6枚のリーダー・アルバムを残した。それらの中で共演したのはケニー・ドーハム、ジョニー・ハモンド・スミス、エリック・ドルフィー、ロイ・ヘインズ、キング・カーティス、ジミー・フォレストらである。その後の『ブルースの真実』の発表によりネルソンは大躍進を遂げ、作曲家・アレンジャーとしての地位が定着する。そして、『アフロ・アメリカン・スケッチ』や『フル・ネルソン』を含む相当な数のビッグ・バンド・アルバムを録音し続けた。ネルソンはアレンジャーとして、数々のミュージシャンの大人数編成アンサンブル・アルバムを手掛けた。キャノンボール・アダレイ、ソニー・ロリンズ、エディー・ロックジョー・デイヴィス、ジョニー・ホッジス、ウェス・モンゴメリー、バディ・リッチ、ジミー・スミス、ビリー・テイラー、スタンリー・タレンタイン、アイリーン・レイド、ジーン・アモンズはその一例である。1966年から1975年にかけて、いくつかのライヴ・パフォーマンスでオールスター・ビッグ・バンドを率いた。また、同時期にはソリストとしても活動し、ソプラノ・サクソフォーンを中心に演奏した。1967年にはロサンゼルスに移り、テレビや映画のBGMを手掛けるようになった。テレビ関連のプロジェクトを挙げると、『鬼警部アイアンサイド』、『四次元への招待』、『刑事コロンボ』、『600万ドルの男』や『復讐の鬼探偵ロングストリート』などがある。ネルソンが手掛けた映画音楽は、『ガンファイターの最後』(1969)、『Skullduggery』(1970)、『Zig Zag』(1970)などである。 彼はまた、ソニー・ロリンズの『アルフィー (1966年の映画)』(1966)やガトー・バルビエリの『ラストタンゴ・イン・パリ』(1972)といった映画音楽の編曲を手掛けた。この時期に、ナンシー・ウィルソン、ジェームス・ブラウン、テンプテーションズ、ダイアナ・ロスといったポップ・スター達のアルバムのプロデュースやアレンジを手掛けた。ビッグ・バンドでのライヴ出演(ベルリン、モントルー、ニューヨーク、ロサンゼルス)と並行して、少人数コンボで西アフリカ・ツアーを行った。あまり知られてはいないが、ネルソンはいくつかの交響曲を残している。また、ジャズ教育にも深く関与しており、母校のセントルイス・ワシントン大学に戻り、1969年夏には5週間のクリニックを行っている。そのクリニックにはフィル・ウッズ、メル・ルイス、サド・ジョーンズ、ローランド・ハナ、そしてロン・カーターがゲスト出演した。1966年にはエチュード集『Patterns for Improvisation』を出版し、現在でも高い評価を得ている。