インフルエンザウイルスによる感染を細菌の感染と混同し、「インフルエンザ菌」という誤った呼称で用いられることがある。一方で、北里柴三郎らが1892年に重症のインフルエンザ患者から分離したヘモフィルス・インフルエンザエ (Haemophilus influenzae) という細菌を「インフルエンザ菌」と呼ぶ（グラム陰性桿菌であり「インフルエンザ桿菌」とも呼ばれている）。院内感染でない市中肺炎の原因菌は、肺炎球菌に次いでインフルエンザ菌であることが多い。当時はウイルスというものの存在は広く認知されておらず、ヘモフィルス・インフルエンザエという細菌がインフルエンザ感染症を引き起こしている病原体の候補であると考えられたが、コッホの原則に基づく証明ができなかった。1933年にインフルエンザウイルスこそが真の病原体であると証明されたことで、この細菌が病原体であるという仮説が否定された。ヘモフィルス・インフルエンザエはインフルエンザウイルスに感染し免疫力が低下した人に二次感染して症状を悪化させていたことが原因であったと考えられる。インフルエンザ桿菌B型 (Hib) の乳幼児感染症は致死率や後遺症発生率が高いが、予防接種（Hibワクチン）で感染を防ぐことができる。世界100か国以上でHibワクチンは定期接種プログラムに組み入れられ、公費負担による接種が行われている。日本では、2007年1月に厚生労働省の承認を取得し、2008年12月から発売されている。
2002年から国際的に問題となった重症急性呼吸器症候群 (SARS) と流行時期・初期症状が類似しているため、2003年冬以降はSARSとの鑑別診断が大きな問題となる。初期に確実な診断をするためにも、接種を受けることでインフルエンザを除外しやすくすることが強く求められている。SARSの原因はSARSコロナウイルスという全く別のウイルスである。
ウマに感染する呼吸器感染症。発見されると競馬の開催が不可能になることが多い。日本国内での馬インフルエンザは1971年12月に発見され、関東地区を中心に流行。それ以来競走馬へのワクチン接種が徹底されている。馬から人への感染はしない。
原因となるインフルエンザウイルスは人畜共通感染症 (zoonosis) であり、豚と鳥類に感染することが知られている。ヒトインフルエンザは、元は鳥インフルエンザウイルスが遺伝子変異して人間に感染するようになったと考えられている。これらの動物と人間が密接な生活をしている中国南部の山村などでウイルス遺伝子の混合が起こり次々と変種が登場するものと推測されている。鳥インフルエンザウイルスには20種ほどのタイプがあり、中でもH1, H2, H3, H5, H7, H9型が知られる。H1・H3型は人間に感染し、Aソ連型・A香港型として知られる。H5, H7, H9型は毒性が強いことで知られる。鳥から人への感染力は弱いと見られ、人への感染例は少ない。しかし感染者の死亡率は60–70%とSARSの10%を上回る。2003年末から2004年初めにかけ韓国・香港・ベトナムと東アジアで大きな被害を出した鳥インフルエンザはH5N1型である。日本でも2004年1月に山口県で感染ニワトリが見つかったのを皮切りに、各地で鳥類への感染が報告されている。日本で1925年に同様の被害を出したものはH7型といわれている。
主に動物に感染するインフルエンザウイルス感染症であるが、インフルエンザウイルスの変異によって動物→ヒト、ヒト→ヒトへ感染することも懸念されている。「ヒト→ヒト」への伝染が確認されると新型インフルエンザと呼ばれる。
ジュール・ラニョーは1851年にフランス・ロレーヌ地方の首府メスで、蝋燭屋の次男として生まれる。 母親はロレーヌのドイツ語圏育ちであった。ラニョーは幼いとき天然痘にかかりその影響で生涯病弱となった。1866年、ラニョーの才能を見込んだ地元の弁護士シャルル・フランソワ・ヴォワレイ（Charles François Woirhaye）が蝋燭職人の父親を説得し、地元メスのリセ(国立高等中学校)にラニョーを入学させた。ラニョーはヴォワレイの期待に応え優秀な成績で卒業した。69年、高等師範学校の受験準備のためラニョーはパリに上京した。翌1870年に普仏戦争が始まると、フランス北東部でプロシアと境界を接しているラニョーの生地メスは戦争の最前線となった。ラニョーはただちに故郷に戻り、弟と共に義勇軍に参加した。戦地となった故郷メスはプロシア軍に占領され(メス攻囲戦)フランス兵は全員捕虜となったがラニョーはそこから脱出し、リールで再び戦線に参加した。敵方にはニーチェも看護兵として参戦していたがチフスと赤痢に感染し、ラニョーも同様にチフスに罹患しているので、もしかすると同じ戦場で敵味方としてラニョーとニーチェが対峙していた可能性もある。この普仏戦争の間にフランスは第二帝政から第三共和政に政治体制が変わった(フランス第三共和政)。1871年、フランスの敗北で終戦すると、敗戦の混乱のさなかに父親が没する。この戦争の影響でラニョーはドイツ嫌いとなり、後年、あるドイツ人教師が彼の授業を聴きたいと望んだとき、その希望を受けなかったという。19歳のラニョーはドイツ帝国によって分割された生地ロアンヌを離れた。 パリに着いたラニョーはリセ・シャルルマーニュで受験準備を再開し、翌年バカロレア(大学を含む高等教育機関入学国家試験）に合格した。 1872年、エコール・ノルマル（高等師範学校)に入学し、19世紀後半フランスを代表する哲学者ジュール・ラシュリエの教えを受けた。74年、最初のアグレガシオン(哲学教授資格試験)には失敗したが翌年合格し、生涯を捧げる教職に就いた。最初の75-78年はブルゴーニュ地方サンスのリセ、78-80年に北フランス・ピカルディ地方サン・カンタンのリセ、80-84年は故郷ロレーヌ地方ナンシーのリセで哲学を教えた。85年、哲学級が新設されたパリのリセ、ヴァンヴ(現在はリセ・ミシュレ)に着任。同校でエミール＝オーギュスト・シャルティエ(後のアラン)がラニョーの生徒になったのは1886年である。1887年にラニョーは最愛の母を失った。1891年、ポール・デジャルダンとともに「倫理行動同盟（ユニオンプールラクシオンモラル " l'Union pour l'Action Morale ")」を設立した。2年後、運動にカトリックの援助を受けるか否かを巡り、共和主義者として拒否すべきだというラニョーは、可とするデジャルダンと考えが合わず脱退した。1893年秋からの学年をラニョーは病気によって休講した。翌年3月、弟のひとりが亡くなるとラニョーは痛々しい程の衝撃を受け、わずか一ヶ月後の1894年4月、弟のあとを追うように没した(42歳)。 「私の一生はなるようになるであろう。」（ラニョーが自分のことを語った時に言った言葉) -アラン-.