2005年1月5日の定期メンテナンス後、一部ユーザーのキャラクターデータに異常が発生した。具体的には所持ユニットの消滅、ステータスの初期化などが発生したのである。中にはキャラクターデータそのものが消滅してしまったケースもあり、それらの中には無料化以前から存在していた（つまりネクソンジャパンに対して課金の義務を果たしていた）データも含まれていた。具体的な被害者数は不明であるが、当時のファンサイトのBBSなどの状況を見る限り、その数は決して少なくはなかったものと見られる。これに対してロールバックなどの処置は一切行われず、多くのユーザーが不満を抱えたままゲームを去っていく事となり、過疎化に更なる拍車をかける事態を招くこととなった。なお、現在に至るまでこの件に関しての公式な発表は一切行われていない。またユーザーの送った質問メールに対し、一切の補填を行わないとする旨の返答が帰ってきた、という報告も見られた。
これは公式サイトで制定された正規のルールではなく、ユーザー達が独自に作り上げたルール群である。このようなものが作られるようになったのは二つの要因があり、一つはゲームシステムの不備と、もう一つはユーザー数の減少である。ユーザー数に対して広すぎるマップでは大規模な戦争を楽しむ事が出来ず、各地で散発する少人数戦に終始してしまうという状況を打破するための、言わば苦肉の策として考案されたものだった。このルールは主に戦争の方針を定めたものであり、大まかに分けると、二国間で戦略マップ半分の領域を使いつつ戦争を行う通常戦、二国間にて戦場を一カ所に限定して行う遭遇戦、四国が中央の戦術マップにて一斉に戦争するE4指定戦、従来通り戦略マップ全域を使って四国での戦争を行う乱戦の四つ。これらは当事国同士の外交役と呼ばれるプレイヤー同士で話し合われ、主にその時ログインしているプレイヤーの人数を考慮して決定される。これら以外にも細かく分けると更に幾つか細かい戦争方法があり、またこういったユーザー主導のスタイルが更に増長され、後に戦争以外のことに関しても幾つかの決め事が作られた。これにはゲーム内にプレイヤーがある程度の地位と権力を確立できる、政治制度を模したシステムが存在する事も一つの原因となっており、この事は後々新規プレイヤーと古参プレイヤーとの間に大きな確執を生む遠因、或いは直接の原因となった。特に無料化以後の新規プレイヤーの中にはこのローカルルールについて戸惑いを隠せない者も少なくなかった模様で、無料化後ユーザー数が一時的に増えた後、再び減少してしまったのはローカルルールのせいだ、と批判する者もいた。但しこれは無料化以後の一部プレイヤーがローカルルールを履き違えて推進してしまったためだ、という反論もなされている。
攻撃軍は制限時間内に全てのPOCを占領する事、守備軍はPOCを制限時間まで防衛する、もしくは攻撃軍を全滅させる事が各々の勝利条件である。こうした仕様のため、攻撃軍が数的に不利である場合、機動力の高いユニットを用いてひたすら逃げ回るという戦法が考案された。これはストールと呼ばれ、多くの敵を引き付けておく事で他の戦場を有利にしたり、援軍が到着するまでの時間を稼ぐなど、睨みと同様に重要な仕事である。
戦争中は基本的にPOCを巡った攻防戦が主となる。POCは戦術マップの拠点という設定で、戦術マップによって配置されている位置、数がそれぞれ異なっている。何らかのユニットをこのPOCの上に乗せ、そのまま一定時間が経過すると、POCはその軍によって占領される。但し占領条件として、それを行うユニットが地上タイプでなければならない。また地上ユニットであっても、透明化や浮遊などの一部MISCを発動しているとPOCの占領は行えない。また一度占領されたPOCでも、同じ条件を満たす事によって奪還が可能である。そのため、POC周辺は多くの場合激戦区となる。
1978年12月初め、2個師団から成るカンボジア人部隊は、ベトナムの攻撃に合わせて試験投入され、国境を越えてクラティエの町に向かった。一方で、他の補助師団はカンボジア軍部隊の補給路を断つために、地方の街道に沿って展開された。中国からの惜しみない支援を受けていたにもかかわらず、カンボジア軍はベトナムの攻撃に耐えられず、多大な犠牲を被ることになった。1978年12月25日、ついにベトナムは、推定15万の兵により構成された13個師団を投入しての大規模な侵攻を開始した。これらの兵員は、重火器および航空戦力により十分に支援されていた。初めのうちカンボジアは、ベトナムの軍勢に対して通常の戦闘方法で直接に挑んだが、しかしこの戦術の結果、2週間でカンボジア軍の半数を失うことになった。戦場における多大な敗北により、カンボジア指導部は国の西部に向けて撤退せざるを得なかった。1979年1月7日、ベトナム軍はKUFNSメンバーとともにプノンペン入りした。その翌日、ヘン・サムリンを国家元首とし、ペン・ソバンをカンプチア人民革命党書記長とする親越カンボジア国家、「カンプチア人民共和国」 (PRK) が樹立された。ベトナムの侵攻により粉砕された政府と軍部の人員、その多くと共にクメール・ルージュ指導部はタイに逃れることを余儀なくされ、タイ政府からは暖かく迎え入れられた。クメール・ルージュによりもたらされた、圧倒的な経済問題や付随する難民にもかかわらず、タイ政府はトラット県のカオラルンキャンプでクメール・ルージュを保護した。その間にプノンペンでは、新生カンボジア政府が、政治変動と繰り返された戦争の時代に大きく破壊された経済と社会を再生しようとしていた。しかし国家を再建しようとする新生カンボジア政府の努力は、教育を受けた有能な人材の深刻な欠乏という問題に直面した。これは過去4年間に教育を受けた人々のほとんどが亡命したり、クメール・ルージュ政府に殺されたためである。年末までに新政府の国家建設の試みは、さらに西部地区の数個の反ベトナム抵抗運動に阻まれた。