芝田山襲名後、しばらくは放駒部屋の部屋付き親方として後進の指導に当たっていたが、引退8年後の1999年6月に独立して「芝田山部屋」を創設。横綱・大関経験者が引退・年寄名跡襲名後も部屋付き親方として長期間在籍した後、独立・部屋創設に至ったことは非常に珍しい。師匠の放駒親方同様、「社会に通用する人間であれ」を親方としての信条としている。地位に見合った人徳、品格がないと力士としては一人前とは言えないという考え方に基づき、新潟県十日町の後援者から田んぼを借り、一から米作りを体験させることで、体づくりとともに、食べ物を粗末にしない教育をしている。目的は、弟子たちに米が出来る過程にある大変さを知ってもらい、米一粒の大事さ、一粒一粒が重なって初めて、どんぶり一杯のごはんになることを学んでほしい、それが毎日の稽古の積み重ね、地味で地道な練習の積み重ねが力になることに通じるからという考えからである。自身が農業を営んでいた実家の酪農設備を新築するために両親が借り入れた約2000万円の借入金を代わりに返済し、実家の近所でも「孝行息子」と言われていたことから、農業に対する思いが強く、弟子の教育に取り入れた。また、部屋の弟子たちを連れて毎年夏に故郷・芽室町で合宿をするのに合わせて、老人ホームや障害者支援施設を慰問し、子供たちの心と身体の健全育成を目的に芽室神社前の土俵で、「芝田山杯子供相撲大会」を毎年８月に実施している。相撲取りとしての理想は、「穏やかで柔和な表情の下に闘志を隠して、ここぞというときに勝負をかける」と述べている。弟子には、「いろいろな事情があって、辛抱や努力をしたくても出来ない人だっている。相撲取りにしても、誰でもなれるわけではない。心底から相撲取りになりたいと思っても、なれない人はたくさんいる。だから、五体満足で相撲を取れる今の自分に感謝して、前向きに一生懸命努力しなさい。全力でぶつかっていけば、自分の体にも強くなる力が入ってくる。跳ね飛ばされても恐れず、立ち向かう姿勢が大事。」と、自分が若い頃の稽古を通じて学んだ話をするという。相撲協会の業務では監察委員や勝負審判などを歴任した後に、2014年に副理事に昇格、巡業部副部長、さらに広報部副部長となった。巡業でちゃんこが廃止されたことで巡業中における力士の食事がおざなりとなり、健康管理が憂慮されるようになったことから、巡業の食を管理する“食事係”の設置も検討したことがある。2015年8月3日から始まった夏巡業では、21年ぶりに巡業でのちゃんこ配給を復活させた。これは相撲人気の回復によって夏巡業開催日数も前年の9日から20日に倍増し、力士の体力負担を補うという目的もあった。この主導に当たって芝田山は「弁当だけじゃ飽きるしね。ちゃんこは栄養バランスもいいから」と説明している。2018年2月2日の日本相撲協会理事選挙に立候補し初当選、3月30日の職務分掌で広報部長に就任した。5月29日午前、大相撲の「女人禁制」に関する参議院文教科学委員会の参考人質疑に出席。「公益法人として説明責任がある。（協会は）女性差別をしていない」と説明した。
2001年10月、HMM-262（増強）は、人員および航空機の派遣隊をUSSハーパーズ・フェリー（LSD-49）に乗船させると、新たに独立した東チモールに対する人道支援作戦を実施した。2001年12月、部隊展開計画に基づく人事が凍結されると、飛行隊は、第31海兵機動展開隊（31st MEU）の航空戦闘部隊として存続するとともに、潜在的な不測事態に対処するための作戦への「準備を完了」することでその年を締めくくった。第31MEUの航空戦闘部隊として18ヵ月が経過した後、飛行隊は、再びMAG-36に配属され、2002年の米海軍作戦部長航空安全最優秀賞を受賞した。  2004年12月、HMM-262は、第535統合任務部隊（JTF-535）の一員としてフィリピンに展開し、人道援助／災害派遣任務を支援した。わずか9日間の飛行で、飛行隊は、連続した台風による洪水および土砂崩れに見舞われた孤立地域に204,800ポンド（92,900キログラム）の食料、水および補給品を空輸した。2005年の1月から3月にかけて、HMM-262は、第536統合任務部隊（JTF-536）の一員としてUSSフォート・マクヘンリー（LSD-43）およびUSSエセックス（LHD-2）上に展開し、2004年のスマトラ島沖地震の人道支援／災害救助活動のため、Operation Unified Assistance（統合援助作戦）を支援した。インドネシアのスマトラ島の北西岸沖で活動したHMM-262は、巨大な津波による被災者たちに対する救助および補給を行ってその活動を支援した。1月14日から2月9日にかけて、飛行隊は、493,755ポンド（223,964キログラム）の食料、水、およびその他の補給品を120マイル（193キロメートル）を超える海岸地域に空輸した。この活動の終わりにおいては、飛行隊は、2005年2月19日および20日にタイおよびインドネシアの津波被災地域を視察する元アメリカ大統領のビル・クリントンおよびジョージ・H・W・ブッシュのヘリ空輸を担当した。2006年2月、飛行隊は、第31海兵機動展開部隊（31st MEU）の一員として再びUSSエセックスに乗り込み、2006年のレイテ島地すべりにより被災した人々に対する人道支援を行った。2007年1月、HMM-262はイラクに展開し、イラクの自由作戦を支援した。これは、飛行隊にとって、ベトナム戦争以来の初めての戦闘展開となった。 飛行隊は、アル・タカダム空軍基地を拠点とし、アンバール県において第2海兵機動展開部隊（II MEF）の隷下部隊に対する強襲支援を行った。2007年2月から5月にかけて、飛行隊は、1,574ソーティー、総飛行時間2,532時間の飛行を行った。その間、飛行隊に所属する1名の海兵隊員が戦死した。2013年9月30日、HMM-262のCH-46Eシー・ナイトが海兵隊普天間航空基地からの最終フライトを実施し、ベル・ボーイングMV-22Bオスプレイへとバトンタッチした。HMM-262のCH-46Eは、沖縄および太平洋における最後の機体であった。飛行隊は、第262海兵中型ティルトローター飛行隊（VMM-262）と改称された。2015年5月、VMM-262は、2015年4月のネパール地震に伴う救援活動を支援するために派遣された。。