2006年（平成18年）に、実験線の設備を実用レベルの仕様に全面的に改修するとともに本来の計画である42.8kmに延伸することを決定し、これらの工事と実用化確認試験に専念するため、2007年（平成19年）4月20日、超電導リニア試乗会の中止が発表された
2007年（平成19年）1月23日、国土交通大臣により、山梨実験線の設備更新および延伸が承認される
2009年（平成21年）3月27日、JR東海が新型リニア試験車両のデザインを発表
先頭の形状が従来の円形から角形になり、車両の形状が大きく変更される
2015年（平成27年）4月16日L0系が590km/hで走行し、鉄道における世界最高速度を記録し、さらに4月21日には603km/hで走行し、鉄道における世界最高度記録を更新した

1972年、鉄道総合研究所内にML100などのための実験軌道480mを敷設した。1977年から1995年までは、宮崎県の日豊本線沿いに建設された宮崎実験線を使用。1997年からは山梨県の大月付近に建設された山梨実験線を使用している。
国土交通省『交通関係エネルギー要覧 (2000)』によれば、単位輸送量あたりの二酸化炭素排出量（g-Co2/人キロ）は、鉄道18.3、航空機110.0、乗用車165.0であるのに対して、山梨実験線での推定値で40以上80未満（乗車率80%、500km/h走行時）となっている。
超電導リニアでは定常磁界と走行中に生じる変動磁界が生じる。変動磁界は、運転速度にもよるが、その沿線では最高で50Hz程度が発生するといわれている。イギリスの国立放射線防護委員会 (NRPB) が100Hzで2mTをガイドラインにしている。宮崎実験線での測定では高さ8mの高架橋の下の地表で0.05mT程度の強さでほぼ地磁気と同程度であった。また定常磁界においては、車内ではMLU002の超電導電磁石直上の床で2mTで、このレベルでの生体への影響はないというのが定説である。現在のMLX01では客室と超電導電磁石の備わった台車は距離が有り、台車直上になる車両貫通部付近では磁気シールドを行うことで対処されているため、MLU002のさらに1/50程度まで低減されている。
超電導リニアでは150km/h以上の走行では、完全非接触の走行が可能であるため騒音の主原因は空力による音のみである。空力騒音のエネルギーは音源のエネルギーとマッハ数の2乗との積で表現され、車両速度のほぼ6乗に比例するといわれている。宮崎実験線で、防音壁のない区間でのMLU002の300km/hの浮上走行では、軌道から25m離れた場所で、地上から1.2mの位置でのピーク騒音が79ホン程度であった。
超電導リニアは浮上走行のため空力的安定は重要である。特に横風の影響は懸念されるが、軌道がU字型をしており、従来の軌道鉄道より強い。また風雨による運転基準は実用化時に、新幹線等の基準を参考に決定がなされると思われる。ちなみに、宮崎実験線では台風で空港が閉鎖されたときも走行実験を行い、特に問題は発生しなかった。降雪地帯へ軌道を敷設する場合は、東海道新幹線と同様の消雪装置を設置するか、もしくは軌道をシェルターで覆う必要が生じると思われる。
日本は比較的地震の多い地域であり、地震対策は重要な課題である。実用化時には新幹線と同様に地震を検知した場合、走行中の車両を停止させるシステムが採用される予定になっている。また常用の回生ブレーキで500km/hからの制動距離は約6kmであり、（比率としては）新幹線に比べ制動距離は短い。また地震で軌道に歪みが発生した場合でも、浮上が約80mmあり、軌道と車両が接触する可能性は極めて少ない。電力がロストした場合でも、側面からは反発力が働き壁に激突することはないが、軌道そのものが断層などでずれた場合、深刻な問題となる。
1991年10月、宮崎実験線でMLU002が焼失する事故が発生した。原因は、補助車輪のゴムタイヤのパンク状態を再現する機構が誤作動して空気が抜けてしまい、車輪がロックした状態で牽引車両で引き上げようとして、車輪と軌道との摩擦で発火したものであった。さらに、軽量化のためもあったのだが、燃焼特性の点で問題のあるマグネシウムを使用していたため一気に火が回った。この教訓を踏まえ、MLU002N以降では難燃性の素材化の徹底を図った。
超電導リニアは磁気浮上のため、軌道鉄道で起き得る蛇行運動現象は発生し得ない。しかし、走行中の車両が共振現象により、振動が大きくなって軌道と接触する危険性があるため、車両設計へそれを考慮する必要がある。
環境と開発に関する国際連合会議の成果として、持続可能な開発に向けた地球規模での新たなパートナーシップの構築に向けた「環境と開発に関するリオデジャネイロ宣言」（リオ宣言）と、この宣言の諸原則を実施するための行動計画である「アジェンダ21」、「森林原則声明」が合意された。また、別途協議が続けられていた「気候変動枠組条約」と「生物多様性条約」が提起され、この会議の場で署名が開始された。さらに、環境と開発に関する国際連合会議を受けて、国際連合の経済社会理事会の下に「持続可能な開発委員会」 (CSD) が設置された。ほか「環境的衰退や文化の衰退を引き起こす方法で先住民にいかなる危害も加えない」という合意もなされた。生物多様性に関しては自然のエコリージョン内での本質的ではない環境破壊の促進を「非経済的成長」と定義した。また国際連合砂漠化対策協定（UNCCD）も署名が開始された。環境と開発に関する国際連合会議の開催後、「生物多様性」「生物圏」といった用語が、各国の主要機関に認知され、一般にも知られるようになった。また、さまざまな地球環境問題や、生態系、絶滅危惧種等に対する一般の関心が高まる契機ともなった。この会議は次の京都議定書に向けての橋渡しとなった。ただし、この会議で採択された合意の中でも、貧困問題や自然環境保全などの問題は十分に解決されていない。国際緑十字はこのサミットをもとに活動を開始した。