今作のストーリーは多くの謎を残したまま完結する。ユウキドウ計画は、2名の首謀者のうち悟が記憶喪失になり榎本が死亡するため、詳細は語られずじまいである。沙也香の死がどう計画に関係しているのかも説明がない。中澤工は、「全ての情報を提示していない」と認め、未完の作品と評価をする人がいることは「甘んじて受けなければいけない」とし、その原因について「結果的にそうなってしまった」「最初はやむを得ず真相を隠していました」と語っている。また、33通りのエンディング（そのうち31はバッドエンド）全てをクリアしないと見られない重要情報がある。その結果として結末が消化不良に見えたり、後味が悪く思えるようになっているところは大きな反省点としている。このような「理不尽に近い難解さ」について、PSP版に真相に肉薄できる情報をInfinityシリーズの年表という形で盛り込み、PSP限定版添付の冊子に攻略チャートを掲載することで解決を図っている。中澤工は「PS2版も、あれで完成・完結した物語としてまとめた」としながらも、PSP版発売に伴い新規ユーザーがプレイすることと、PS2版で抱えた不満を解消したがっている人がいることを考慮し検討した結果、「年表」という形を採用することを決めたと言う。なお、各個人の考察とスタッフが用意した真相の食い違いについては、「頭を捻りながらも楽しんでいる人」の存在を挙げ、「種々の興味深い考察」の「興をそがないため」を理由にして、「PSP版で明瞭になった情報と食い違っても無視してくださって結構」「最も納得した（あなたにとって妥当性のある）真相こそが、あなたにとっての真実」「『今回のPSP版の情報は、別の真相への手引き』だと解釈くださっても結構」としている。
本作はココロ編とサトル編という2つのシナリオからなる。これら2編のシナリオは、各シナリオの主人公たちの意識が人格交換現象により入れ替わらされることにより、それぞれの舞台が絡み合いながら進行していく。初回プレイ時には自動的にココロ編をプレイすることになり、ココロ編のグッドエンドを迎えることで初めてサトル編をプレイできるようになる。サトル編がプレイできるようになった後は、一方での選択が他方に影響を与える場合もあり、一方でバッドエンドを迎えた場合、他方でも辻褄を合わせる形でバッドエンドとなる（基本的にはストーリー上の同じタイミングで同じ内容。一方の主人公が死亡した状態で人格交代が行なわれることでもう一方の主人公も死亡する、両シナリオの人物が合流するべき時点で一方の人物がいない、など）。サトル編を最後まで進めることでエピローグへと進み、そこでようやく物語は完結するが、多くの謎を残したままの結末となる。
大久保氏は古代孝昭天皇の子孫で、和邇部臣の流れにある。古くは西尾氏を称していた。相州小田原藩主大久保氏は同族。大久保家は代々式内社である県社淡海国玉神社（静岡県磐田市）祠官家で、父の大久保忠尚もやはり宮司であった。春野は忠尚の長男として生まれ、遠州報国隊として父と共に戊辰戦争に従軍する。維新後、明治3年（1870年）5月、大阪兵学校内幼年校生徒となる。同10月からフランスに留学し、1875年（明治8年）7月帰国。陸軍省七等出仕に命ぜられる。1877年（明治10年）4月、陸軍歩兵少佐に任官され陸軍省第2局第5課長、1879年（明治12年）1月、第2局第1課長に移り、同10月呼称変更となり人員局歩兵課長となる。1880年（明治13年）5月に熊本鎮台歩兵第14連隊大隊長となり、1882年（明治15年）12月、参謀本部管西局員に移る。1885年（明治18年）、中佐に進み7月24日から参謀本部編纂課長兼第2局第3課長に就任する。1886年（明治19年）3月19日、歩兵第12連隊長に移り、1889年（明治22年）、歩兵大佐に進級する。1890年（明治23年）6月13日、茨木惟昭の後を受け陸軍戸山学校長に就き、1891年（明治24年）6月15日、陸軍士官学校長に移る。翌年11月24日、第2師団参謀長に就任し、1894年（明治27年）には陸軍少将に任命され歩兵第7旅団長を補され、日清戦争に出征する。日清戦争では海城方面守備隊司令官、鳳凰城方面守備隊司令官を務め、続く台湾出兵に参加し1897年（明治30年）12月、近衛歩兵第1旅団長に就任する。1900年（明治33年）4月に陸軍中将に進級し教育総監部参謀長（後の教育総監部本部長）を経て1902年（明治35年）5月5日、第6師団長に親補され、第2軍隷下として日露戦争に従軍する。沙河会戦を経て第4軍隷下に移り奉天会戦に参加する。戦後、功により1906年（明治39年）4月1日、勲一等旭日大綬章及び功二級金鵄勲章を受章、同7月6日、第3師団長に移り、1907年（明治40年）9月21日、男爵を授けられ華族に列せられる。1908年（明治41年）8月7日、陸軍大将に進み同12月から韓国駐剳軍司令官に就任する。1910年（明治43年）10月、先の韓国併合に伴い呼称変更され朝鮮駐剳軍司令官。1911年（明治44年）8月18日、後備役。1915年（大正4年）1月26日薨去。特旨により従二位に叙される。