入場前に手荷物検査が行われ、開場時間が大幅に繰り上げられた（理由は会場での犯行予告があったため。容疑者はのちに逮捕）。また、この年はRISING SUN ROCK FESTIVAL側が「RISING SUN出演者はROCK IN JAPAN FESに出演させない」という旨の事前交渉をアーティストに対し行ったことを、渋谷陽一が公式サイト上で批判、RISING SUN側に参加者からの批判が起こったが、同様に表立った批判行為を行った渋谷に対しても批判が殺到。後日、渋谷は謝罪文を掲載した。尚、両方のフェスに出演したアーティストもおり、曽我部恵一やBRAHMANは其々のフェスに別プロジェクトとして出演、ASPARAGUSの渡邊忍やエマーソン北村は他アーティストのサポート、BEAT CRUSADERSヒダカトオルはゲスト出演という形で両フェスに参加している。初日は3年ぶりの出演でGRASS STAGEトリという大抜擢を受けたストレイテナーをはじめ、初のGRASS STAGEでありながらマイペースなライヴを見せたthe band apart、往年の代表曲から久保田利伸のカヴァーまで繰り出したスピッツ。出演8年目にして遂にLAKE STAGEトリを担ったPOLYSICSなどが出演。2日目は、2005年以来のGRASS STAGE出演となったエレファントカシマシ、過去にWING TENTに出演したアーティストでGRASS STAGE一番乗りを果たしたチャットモンチー、フェス9年目にして初出演したBRAHMAN、そしてLAKE STAGEのPerfumeなど、若き女性アーティストから貫禄満ちた男性アーティストまでが顔を揃えた。最終日は、出演9年目にして初のトップバッターを務めたDragon Ashから、GRASS STAGE初登場の10-FEET、ピアノの演奏のみで勝負した鬼束ちひろ、ソロと真心ブラザーズの連続出演でSOUND OF FORESTを締めくくったYO-KING、活動休止を発表し代表曲を全力で演奏し大トリを務めたELLEGARDENなどが出演。トリ前のKREVAはフェス前に起こった上記2つの事件をMCで取り上げながらも、「世界で俺だけしか呼べないゲスト」とLITTLE、MCUを呼び込み、KICK THE CAN CREW時代の楽曲を2曲披露した。
初日は木村カエラに始まり、2004年にザ・ハイロウズで出演したヒロト&マーシーがザ・クロマニヨンズとして登場し、2004年以来の出演のケツメイシがトリ前に、トリにELLEGARDENが出演し、その裏では小山田圭吾率いるTHE CORNELIUS GROUPが出演、漏電トラブルにより40分以上の遅延が発生したものの映像と音がシンクロするというライヴを披露した。またSOUND OF FORESTにYUIが出演。2日目はBUMP OF CHICKEN、ASIAN KUNG-FU GENERATIONといった若者に人気の2バンドがトリおよびトリ前を担い、トップバッターにはThe Birthdayが出演し2000年の開催以来初めてチバユウスケの歌声が会場に響いた。また井上陽水、矢野顕子、遠藤賢司(2008年現在フェス史上最高齢)などといったベテランミュージシャンが顔を揃え、その貫禄をみせつけた。最終日は初年から全て出演しているDragon Ashがフェス初の2度目の大トリを務め、新旧の代表曲に加え武田真治やスケボーキングなど豪華なゲストを迎えるなどスペシャルなライヴを展開、会場の観客が携帯電話の液晶画面などの光を一斉に掲げた光景が見られた。その裏ではRADWIMPSがライヴを披露。またこの日の夜のライヴは雷雲が接近している中行われ、一方では雷が瞬く分厚い雲がもう一方では満天の星が広がるという異様な光景が広がった。他にもLAKE STAGEの絢香や、DJ BOOTHの中田ヤスタカなど初出演組が大活躍した年でもあった。
文久元年（1861年）には長州藩主・毛利慶親が議奏・正親町三条実愛を通じて「航海遠略策」を孝明天皇に献策した。朝廷主導の公武合体、現実的開国、将来的攘夷を唱えたこの書は天皇から高い評価を受け、天皇は長州藩にこの書を幕府にも伝え公武周旋にあたるよう命じた。幕府にとっても悪い策ではなかったので12月30日には徳川家茂からも慶親の江戸出府を待って長州藩に公武周旋役を任せる内定が下った。そして文久2年（1862年）4月7日には孝明天皇が諸臣に対して先に幕府老中が連署で提出した10年後の攘夷決行をおこなう誓書を公表し、もし約束の期日が来ても幕府が行動を起こさないなら朕みずからが公家と大名を率いて親征を実施し破約攘夷を行う、とまで宣言した。さらに4月10日には先の長州藩への公武周旋任命に危機感を募らせた薩摩藩の島津久光が和宮降嫁や安政の大獄の弾圧のせいで天朝が危機に瀕しているとして入京してきた。久光は天皇から京都の守護を命じられ、京都所司代は完全に有名無実化した。その後、天皇は安政の大獄で処分された人々の復帰を幕府に命じ、幕府はこれを受けて7月に徳川慶喜を将軍後見職、松平春嶽を政事総裁職として復帰させることを余儀なくされた。7月6日には長州藩京屋敷において毛利慶親が孝明天皇の悲願破約攘夷を実現させるために尽力・周旋をするという攘夷の立場を明確に藩論と定めると家臣たちに言い渡した。こうしためまぐるしい情勢の中、尊王攘夷運動は各地で高まりを見せるようになった。岩倉は一貫して朝廷権威の高揚に努めていたのだが、結果的には和宮降嫁に賛成し、さらに京都所司代の酒井忠義と親しくしていたことなどから尊王攘夷派の志士たちから佐幕派とみなされるようになっていった。そして尊攘派は岩倉を排斥しようと朝廷に圧力をかけるようになる。正親町三条実愛は、岩倉にまず孝明天皇の近習をやめるよう勧告し、岩倉はこれに従って7月24日に近習職を辞した。しかし岩倉排斥の動きはもはや止まらず、8月16日には三条実美、姉小路公知など13名の公卿が連名で岩倉具視・久我建通・千種有文・富小路敬直・今城重子・堀河紀子の6人を幕府にこびへつらう「四奸二嬪」として弾劾する文書を関白・近衛忠煕に提出するにいたる。いよいよ孝明天皇にまで親幕派と疑われ、8月20日に蟄居処分、さらに辞官と出家を申し出るよう命じられてしまう。岩倉は逆らわず辞官して出家。朝廷を去った。