1941年12月7日にシーンバックする。コルレオーネ一家はヴィトーの誕生日のために、サプライズ・パーティーを計画していた。ソニーはカルロ・リッツィ（前作で粛清されたコニーの夫）を兄弟や妹のコニーに紹介する。その席上で日本軍による真珠湾攻撃が話題になると、マイケルは大学を休学して海兵隊に入隊したと発表して皆にショックを与える。ソニーはマイケルの決断をあざける。トム・ヘイゲンは父ヴィトーがマイケルにどれほど大きな期待をかけていたかを語る。フレドだけが弟の決意を祝福し支持するが、それに対してソニーがフレドを非難する。その後マイケル以外全員で、偉大なドンであるヴィトーを玄関に迎えに行く。別の部屋で家族全員がヴィトーの誕生日を祝う中、マイケルはただ一人食堂に残り、静かに煙草を吸う。
1959年、ヴィトーの未亡人であり子供たちの母であるカルメラ・コルレオーネが亡くなった。彼女の葬儀にコルレオーネ・ファミリーの主だった面子が出席するが、ケイは葬儀には参加していない。マイケルと確執のあったコニーも飛んで帰ってきて、フレドやトム・ヘイゲンと旧交を温める。マイケルに面会を求めるフレドだが、トムは拒絶する。マイケルは未だにフレドを許しておらず、彼と顔を合わせるのも嫌がっていたのだ。一方面会を許されたコニーは、ボートハウスでマイケルと真摯に語り合う。コニーに兄と仲直りするように説得されたマイケルはフレドと面会し、互いに抱擁を交わす。マイケルはフレドと抱き合いながらも、背中越しにアル・ネリを見つめて頷く。組織の仕事から外されたフレドは、マイケルの息子アンソニーと親しくなる。二人が釣りに興じている間、マイケルは組織の幹部であるトム・ヘイゲンやロッコ・ランポーネと、マイケルとの抗争に敗れたハイマン・ロスの最終処理について話し合っていた。ロスは引退したビジネスマンとしてイスラエルに亡命保護を申請し、拒否されていたのである。これ以上の報復は必要ないとマイケルを諌めるトムだが、マイケルは冷酷に「敵」であるロス抹殺指令を下す。前作の映像構造を反映して、物語は暗殺と死のモンタージュの中クライマックスを迎える。マイケルの指示を受けたトムは、「証人保護プログラム」により暗殺の危険を避けるために基地内に抑留されたフランク・ペンタンジェリを訪ね、彼に遠まわしに自殺するよう提案する。レイク・タホのコルレオーネ邸では、アル・ネリが釣り用のボートを準備している。フレドはアンソニーに、アヴェ・マリアの祈りを捧げるという釣りの秘訣を教える。しかしボートに乗り込む直前にアンソニーは、コニーによってフレドから引き離される。結局アル・ネリとフレドの二人だけで湖に出る。空港に到着したハイマン・ロスが、記者たちからのインタビューに答えている。彼はジャーナリストを装ったロッコ・ランポーネに射殺されるが、ランポーネもFBIのエージェントに射殺される。基地内ではフランク・ペンタンジェリがバスタブで手首を切って自殺する。フレドは釣りボートの上でアヴェ・マリアの祈りをしている最中に、アル・ネリに撃たれ、ものも言わず倒れた。後には静寂だけが残った。
早稲田実業学校を経て、1983年に早稲田大学教育学部教育学科教育学専修を卒業、小学館に入社。資材部に所属。1985年7月、『てれびくん』編集部に異動。2年半在籍した後、『月刊コロコロコミック』編集部へ異動。『月刊コロコロコミック』では、小林よしのり『おぼっちゃまくん』の担当編集者を7年ほど務める。作中での愛称は「クボちゃん」。おぼっちゃまくんの付属コーナー「おこっちゃまくん」では読者に間違いを指摘され、小林とアシスタントたちにおしおきを食らうのがお約束であった。作中において茶魔が、バーコード頭、眼鏡、ヒゲと特徴ある顔の、クボちゃんのキャラクター商品を出した事もある(コミックス『おぼっちゃまくん』第8巻掲載)。『月刊コロコロコミック』における他担当作品は「ビックリマン」「人面犬」「Mr.マリックの超魔術」など。また『月刊コロコロコミック』で連載されていた「ゲームの鉄人」では久保をモデルとしたキャラクター「クポさん」がレギュラーとして登場しており、1995年4月号では久保本人が実写で出演している。1993年7月に『月刊コロコロコミック』デスク、1995年7月に副編集長に就任。その後、コミック誌『コミックGOTTA』編集長に就任。1993年以後、雑誌編集の傍らでミニ四駆などのキャラクタービジネスに携わるようになる。1995年には、『ポケットモンスター』（以下『ポケモン』）のメディアミックス展開に携わる。久保は『コロコロコミック』誌上での『ポケモン』の人気を受け、『ポケモン』のテレビアニメ化を任天堂に提案する。任天堂側は難色を示すが、久保の再三の説得によりテレビアニメ化を了承した。アニメ化決定後は、久保・小学館がアニメ企画・製作を主導する。アニメ映画『ポケモン』では、1998年公開の1作目から2011年公開の14作目までエグゼクティブプロデューサーを務める。1998年3月に小学館 キャラクター企画室室長に就任。2001年の『コミックGOTTA』休刊以降は雑誌編集から離れ、映像制作に完全に軸足を移す。現在まで、小学館の関わる多数のアニメ・実写作品でプロデューサーを務めている。2014年にテレビアニメが放映され大ヒットした『妖怪ウォッチ』でもメディアミックス展開に関わっている。小学館では、2011年7月にマルチメディア局 チーフプロデューサー、2015年5月に取締役（国際メディア事業局担当）に就任する。2003年-2007年には知的財産戦略本部コンテンツ・日本ブランド専門調査会委員。一般社団法人日本知財学会（理事・副会長）、NPO法人エンターテインメント・ロイヤーズ・ネットワーク理事、東京国際映画祭実行委員、東京国際アニメフェア実行委員、中国・北京電影学院 客員教授、東京工業大学非常勤講師などを務めている。また、過去に東京理科大学知的財産専門職大学院客員教授（～2017年）、津田塾大学講師などを務めた。2007年、第27回藤本賞を受賞。