シューマンは『ゲノフェーファ』を作曲する以前の1844年に『海賊』(Der Korsar)と題する最初のオペラを作曲したが、途中で満足できなかったのかそのまま放棄され、現在は断片のみが現存するだけである。『ゲノフェーファ』はシューマンが唯一完成したオペラということになる。『海賊』の作曲を経て、一時期はオペラの作曲から離れるが、精神疾患に悩まされながらも、1847年の3月頃に再びオペラの創作を考え始める。同年の4月1日に、以前からすでに読み終えていたクリスティアン・フリードリヒ・ヘッベルの戯曲『ゲノフェーファ』の作曲を決意し、台本の作成を友人で詩人のロベルト・ライニック(Robert Reinick)に依頼する。しかしライニックのテキストに不満を示し、5月14日に原作者のヘッベル本人に助言を求めて直接訪問しているが、ヘッベルからは何も得ることは出来なかったようである。最終的にヘッベルの原作とルートヴィヒ・ティーク(Ludwig Tieck)の戯曲(または悲劇)『聖女ゲノフェーファの生と死』(1820年)を参考したうえ、ライニックの台本を基にシューマン自身が書き改めることになる。作曲は4月5日に序曲の構想及びスケッチを大まかに書き上げており、5月頃には本格的に序曲のスケッチに着手する。同年の12月26日に序曲が完成し、完成後間もなく1848年1月3日に第1幕のスケッチに着手、2月4日に第2幕のスケッチがほぼ終え、3月30日に総譜を完成。第3幕は4月24日に着手したうち5月3日に終わらせ、第4幕を6月27日に終了している。全体の完成は同年の8月4日に完了したが、翌年の1849年まで細部の手直しを行う。
雑賀衆の鈴木氏は、戦国時代に紀伊国十ヶ郷（現在の和歌山市西北部、紀ノ川河口付近北岸）の平井（和歌山市平井）あたりを本拠地としていた土豪。鈴木氏は紀ノ川対岸の雑賀荘（現在の和歌山市街周辺）を中心に周辺の荘園の土豪たちが結集してつくっていた雑賀衆の有力な家系のひとつで、十ヶ郷の指導者的な立場にあった。江戸時代の記録から、鈴木佐大夫（重意）という人物が雑賀城主として数万石を領していたという話がよく取り沙汰されるが、実際に鈴木氏が居住していた十ヶ郷は雑賀城のある雑賀荘からみて川の対岸であり、信ずるに足りない。雑賀党の鈴木氏が本格的に歴史にあらわれるのは、「雑賀孫市」の通称で知られる鈴木孫一が活躍した16世紀の中頃以降で、雑賀衆のほかの土豪たちと同様、鉄砲伝来から間もない早い時期に鉄砲を使った戦術を取り入れ、16世紀の半ばには鉄砲で武装した、ある程度の規模の傭兵的集団として活動していたようである。1570年（元亀元年）に織田信長が大坂の石山本願寺と開戦して石山戦争が起こると、鈴木孫一の率いる鈴木党は、他の雑賀衆の集団とともに本願寺の門主顕如の求めに応じて本願寺に入り、織田軍と戦った。鈴木孫一は浄光寺末の一道場の門徒代表に過ぎず、雑賀一向衆の指導者集団であった年寄衆よりも格下の存在であったが、石山本願寺に篭った雑賀衆の中では最有力の頭目のひとりで、孫一自身も本願寺の門徒でもあったので、本願寺にきわめて信頼された。1577年（天正5年）に本拠地の雑賀が織田軍の侵攻を受けると、紀ノ川北岸にあった鈴木氏の所領は真っ先に攻撃を受けて占領され、紀ノ川南岸での戦いも劣勢であったために、鈴木氏は他の有力者たちとともに織田氏への服属を誓って降伏した。翌年には織田氏への服属を反故にすると、再び本願寺に荷担した。1580年（天正8年）、顕如が最終的に抗戦を断念に、石山本願寺を退去して雑賀の鷺森に移ると、鈴木氏もこれに従い、織田氏に服属する。これ以降、力を失った本願寺に代わって織田氏に服属しようとする鈴木氏と、それに反対する反織田派との間で争いが起こり、鈴木孫一は1582年（天正10年）に土橋氏の当主を殺害、雑賀衆の主導権を握った。同年に本能寺の変が起こって信長が死んだため、後ろ盾を失った孫一は雑賀を逃亡の後、豊臣秀吉を頼る。小牧・長久手の戦いから文禄・慶長の役にいたる秀吉の一連の戦役に参加した豊臣家の鉄砲頭の中に、孫一を含め数人の鈴木姓の名が見える。この間、1585年（天正13年）に秀吉は紀伊征伐を行って雑賀衆を滅ぼした。先述した鈴木佐太夫はこのとき藤堂高虎によって殺されたということになっている。孫一が歴史から名を消した後、豊臣家の鉄砲頭として孫一の兄弟とも子ともいわれる鈴木孫三郎重朝の活躍が見られるようになる。重朝は1600年（慶長5年）に関ヶ原の戦いの前哨戦である伏見城の攻略戦に石田三成方として参戦。城将の鳥居元忠を討ち取る戦功を挙げた。関ヶ原で西軍が敗れたために所領を没収されて牢人したものの、1606年（慶長11年）になって元忠の主君である徳川家康に召抱えられている。重朝はのちに家康の末子頼房に附属されて水戸藩に移り、子の重次のとき後継ぎとして主君頼房の子を養子に迎えて重義と名乗らせ、鈴木家は水戸藩の重臣として続いた。のちに水戸藩鈴木家は名字を雑賀と改め、代々の当主は孫市を通称としたという。