モデル人気絶頂期の頃に投資用にマンションを購入。バブル崩壊による不動産価値下落、自身の人気低下もあり、借金を抱えたことがあった。尊敬する俳優は大滝秀治で、「本当に会えて良かった」と話している。その大滝とは『最後の弁護人』で共演している。趣味はテニス、古武術。父親も兄弟も背は高くなく、家族の中で阿部寛だけが高身長である。焼き芋が大好物だと2018年頃から語っている。スーパーに行くたびに大量に買い占めてしまうため、阿部が来店したときは店員から焼き芋を隠されてしまうようになっているという。
40歳を越えてなお独身で、目立った恋愛報道も無いところに主演ドラマ『結婚できない男』での演技が評判となり、そうしたイメージがさらに定着していた中、2007年11月20日、15歳年下の元OL（当時28歳）の女性との結婚を記者会見で発表した。会見では、『結婚できない男』にちなみ、「『結婚できない男』が結婚することになりました」と述べて、会場の笑いを誘った。5年ほど前に友人の食事会で出会い、1年前に阿部がメールをしたことから交際に発展、結婚の理由については「僕にとってかわいい人。価値観が合って、年齢差を感じない」とのこと。2008年2月に入籍。2011年6月23日、47歳にして第1子（長女）が誕生。2012年11月1日、48歳に第2子（次女）が誕生。
2012年には、映画『テルマエ・ロマエ』にて、『古代ローマ帝国の浴場設計技師』を演じきり、第34回ヨコハマ映画祭 主演男優賞、第55回ブルーリボン賞 主演男優賞、第36回日本アカデミー賞 最優秀主演男優賞を受賞。2018年2月6日、電気製品発表会イベントのため台湾に滞在していた際、花蓮県沖を震源とするマグニチュード6.0の地震が発生、ホテルなどの建物が倒壊、死者も発生する惨事となったことを受け、1000万円を寄付することをイベント司会者を通じ発表し、3月1日に東京都港区の台北駐日経済文化代表処で1000万円を手渡しで寄付した。
脇役として一定の地位を確保した2000年、仲間由紀恵と共演したドラマ『TRICK』では、劇中で自身のモデル時代の写真を自虐ネタとして多用するなど、徹底して三枚目の役を演じた。また、2005年に出演した映画『姑獲鳥の夏』がきっかけで京極夏彦の著作である『百器徒然袋――雨』のあとがきを担当。映画に出演しての感想を書いている。テレビドラマ『結婚できない男』での演技が、「2006年上半期がんばった大賞」で、FNSがんばった大賞を受賞。バブル当時の人気を買われ、2007年公開の映画『バブルへGO!! タイムマシンはドラム式』に出演。同年大阪での舞台挨拶にて、「最近になり（バブル時代に作った数億円の）借金を返し終えた」と告白した。約20年かけての完済であった。2006年3月11日公開のアニメ映画『真救世主伝説 北斗の拳 〜ラオウ伝 殉愛の章〜』のケンシロウ役の声優を担当した。
1993年、つかこうへい作・演出の舞台『熱海殺人事件 モンテカルロ・イルージョン』でバイセクシュアルの部長刑事役で主演。1994年、『しのいだれ』（細野辰興監督作品）で、憧れだった役所広司と共演を果たし、『凶銃ルガーP08』と2本併せて日本映画プロフェッショナル大賞・特別賞を受賞。1995年のNHK大河ドラマ『八代将軍吉宗』で有能な老中松平乗邑役を演じたのを皮切りに、時代劇への出演も増え、特に大河ドラマにはその後『元禄繚乱』（1999年）、『武蔵 MUSASHI』（2003年）、『義経』（2005年）、『天地人』（2009年）などで重要な役どころとして立て続けに出演。
刈田嶺神社（かったみねじんじゃ）は、奥羽山脈・蔵王連峰の宮城県側、刈田岳（標高1,758m）山頂にある神社である。鎮座地は、かつて熊野岳の奥州と羽州の境塚の上に建立されていたが、噴火口に近くたびたび炎上するので、正保(1645－48)ごろに仙台藩主と山形の松平氏が相談の上、刈田岳のお室(米堂）へ遷座したと伝えられる。古来、蔵王連峰中最高峰の熊野岳（標高1,841m）には、蔵王、白山、熊野の三社が祀られており、その里宮は奥州羽州ともに現存している。参詣路表口（宮城県側）の鳥居は蔵王町円田中大鳥居囲に三の鳥居、疣石（いぼいし）に二の鳥居、不動瀧に一の鳥居が建てられていた。宝沢口三乗院文書によれば、三社拝礼の式法が正しい往昔の山法としている。明治40年(1907）に宮城県が行った『社寺　神社由緒調　仙台市刈田郡柴田郡　九冊の一』（宮城県公文書館所蔵）中の郷社刈田嶺神社自らが提出した「神社調査書」（明治39年7月4日　社司　藤本薫雄　　神社信徒総代人　刈田郡宮村字遠刈田百七拾五番地　千歳英之進(以下略　6人が宮村字遠刈田、6人が仙台市在住）においても、「刈田郡宮村字倉石岳鎮座」と明記しており、七ヶ宿町に所在するとした公文書は一切存在しない。