第一次世界大戦直後の民間機のメーカーは、どの会社であってもエアコー DH.9Cのような、安価に民間機に転用できる非常に多量の放出軍用機と市場で競合せざるを得なかった。それに加え、ドイツのメーカーは、1921年から1922年の期間に、軍用機や、如何なる種類の航空機の製造も禁止したMilitary Inter-Allied Commission of Controlによる規制という難題も抱えていた。ユンカース社は1919年に、オーストリア、ポーランド、米国から注文を受け、さらに翌年にSCADTA（コロンビア）、アメリカ合衆国郵政省から注文を受けた。米国のジョン・ラーセン航空機（John Larsen Aircraft）は本機のライセンス生産権を購入し、同社の生産機にはJL-6という名称が与えられた。1922年には英国、フランス、日本へも販売された。ボリビアではLAB航空（LAB）の保有する最初の航空機として、ユンカース F.13が1925年9月23日にコチャバンバを離陸した。ユンカース社はF.13を購入するドイツの航空会社の呼び水とするため、1921年にユンカース航空（Junkers Luftverkehr AG）を自社設立し、1923年にはドイツ国内で飛行するF.13は60機にもなった。ユンカース社はイランにもユンカース航空の支店を設立した。その他の地域では安価なリース料と無利子ローンという条件でF.13を提供するマーケッティング手法を用い、これによりヨーロッパ域内で約16社の航空会社が同機を運航するようになった。1926年にユンカース航空が ルフトハンザ航空 と合併したときには、F.13は累計9,500万マイルを飛行していた。 ルフトハンザ航空 自体は55機のF.13を購入し、それらを国内の43路線に就航させていた。1937年になってもなお同社のF.13は、4つの路線で週に50回の飛行を行っていたが、1938年にようやく退役した。1932年に生産終了を迎えるまで生産されたF.13のほとんどは、ドイツのデッサウにあるユンカース社の拠点で生産されたが、1921年から1923年の製造困難な時期にあってはダンツィヒとレバルのユンカース工場に生産が移された。フーゴー・ユンカースは、ソビエト連邦との間で、F.13をモスクワ近郊のフィリにある「第22工場」として知られるソ連の工場で生産する契約を結んだ。ここで生産された機体の中にはソ連の航空会社と赤軍で使用されたものがあった。その他にもF.13が軍事運用された例があった。コロンビア空軍が1932年から1933年にかけて戦われたコロンビア・ペルー戦争で、F.13（とその系列のW 33、W 34とK 43）を爆撃機として使用した。中華民国は1932年の第一次上海事変において、日本軍に敗北して上海航空工廠（the Shanghai Aircraft Factory）が破壊されるまで、数機のF.13を偵察爆撃機に改装して使用した。トルコ空軍も数機を使用した。
スコットランド・ハイランド地方西部の警察に勤める中年の巡査部長ニール・ハウイー（ウッドワード）は、ヘブリディーズ諸島のサマーアイルという孤島で行方不明になった少女ローワン・モリソンを探してほしいという匿名の手紙を受け取る。ハウイーが飛行艇で向かった先で見たものは、島の領主サマーアイル卿（リー）のもとでキリスト教の普及以前のケルト的ペイガニズムが復活していた風景だった。島民は農業に励む普通の生活を送っているが、宗教生活や性生活だけは他のイギリス人と異なっていた。彼らは生まれ変わりを信じ、太陽を信仰し、子供たちに生殖と豊作を願うための性的なまじないを教え、大人たちは裸で性的な儀式に参加していた。ハウイーは非常に厳格なキリスト教を信仰しているため、これらの風習に衝撃と嫌悪を隠せなかった。宿では、あるじの娘のウィロー（エクランド）が艶かしい踊りと歌でハウイーを誘惑し、彼を困らせる。「五月祭」の近づく中、島民は準備や儀式に忙しく、彼の捜査は進まない。教師や役人も含め、島民は「ローワンという少女はここにはいない、最近死んだばかりだ」と口をそろえる。ハウイーは島の権力者であるサマーアイル卿のもとへゆくが、そこで彼はサマーアイル島の物語を聞かされる。サマーアイル卿の祖父の世代、凶作が続いたためにみんなでキリスト教を捨てて古代の宗教儀式に戻ったところ島は豊かになり、リンゴの名産地になれたという。ハウイーは次第に、少女は人身御供として殺されたか、あるいはこれから殺されるのでは、との疑念を抱くようになる。やがてローワンの墓を暴くと中には野兎しか入っていなかったこと、ローワンが昨年の感謝祭の主役であったこと、凶作の年の五月祭は生贄が供えられることを知り、今年のリンゴの凶作のために去年の感謝祭の主役だった少女が五月祭で殺されることを確信する。飛行艇の故障で応援の呼べないハウイーは、少女を救うべく、五月祭の主役である愚者パンチを演じる予定の宿のあるじを昏倒させ、自らがパンチの扮装をしてサマーアイル卿が先導する五月祭の行進に紛れ込む。ハウイーを含めた島民の行進は、町外れの海辺の丘に立つ、柳の枝で出来た巨大な「ウィッカーマン」の像へと向かう。祭りが始まり現れたローワンが生贄にされかけたところをハウイーは救うが島民に取り押さえられ扮装を暴かれる。そこでサマーアイル卿は予定している生贄はローワンではなくハウイーであり、今までの全ては彼をこの島へ招きよせて生贄にするための罠だったことを明かす。五月祭で燃やされる生贄は少女ではなく、愚者パンチのように童貞で、賢くかつ愚かな者でなければならず、しかも王の代理として自由意思で来なければならない。ハウイーは信仰のために童貞であり、政府の警官＝女王の代理として自ら島へやってきて罠にはまった、ということで生贄の条件を全て満たしたのである。サマーアイル卿は島民たちの信仰の主宰者としてハウイーをウィッカーマンの中に閉じ込め、火を投じた。死の恐怖に直面したハウイーが詩篇23章を絶叫するなか、サマーアイル卿やローワン、島民らは来年の豊作を祈って、燃えるウィッカーマンの周りで中英語の歌『夏は来たりぬ』(en)を歌い五月祭は最高潮を迎えるのであった。