上越新幹線開業にあたって整備されたのが「南口」である。新幹線ホーム下にあたる高架部の2階にある。改札口は東側連絡通路に通じる東口（新幹線東口・在来線東口）と、西側連絡通路に通じる西口（新幹線西口・在来線西口）の計4箇所。東口・西口それぞれに、みどりの窓口、券売機、軽食店等が設置されているほか、東口の在来線改札横にはコンビニエンスストア（NEWDAYSミニ）が設置されている。南口駅前広場から駅舎へは東側通路・西側通路と、駅舎正面の「新潟駅ビルCoCoLo中央」内2箇所の出入口（中央部は東改札口横（旧南中央口）、西側は西改札口横に接続。いずれもエスカレータ設置）、さらに駅舎正面に架設されたペデストリアンデッキ（新潟駅舎南側歩行者通路）の計5箇所から出入りすることができる。デッキ上の駅舎正面には東口側・西口側の2箇所の出入口と、東側連絡通路側には東側通路と「CoCoLo南館」への出入口があり、中央部には地平部とを階段・エレベーターで連絡する「コネクターキューブ」が2基、エスカレータが上下各1基設けられている。南口駅舎1階は、中央部から西側（タクシー・送迎車両用ロータリー側）にかけて前出の駅ビル「CoCoLo中央」が出店している。東側（バスターミナル側）には新潟市の運営による交通・観光情報発信施設「情報ポケット新潟」（あいぺこっと にいがた）があり、列車・バスの発車案内や市内の観光案内などを行っている。なお、南口周辺も万代口周辺同様、前述の「路上喫煙制限地区」に指定されている。駅舎に最も近い喫煙所は、東側連絡通路の階段下に設置されている。
元々のエントランスで、北側にある1番線に面しているのは「万代口（ばんだいぐち）」。南口開設に際して区別するため、万代橋（現表記は「萬代橋」）側にあることから、この愛称が付けられた。万代口1階には、みどりの窓口、券売機の他、コンビニエンスストア（NEWDAYSミニ）、待合室、旅行センター（びゅうプラザ）、飲食店、立食いそば店等がある。万代口駅舎には駅ビル「新潟駅ビルCoCoLo」のうち「CoCoLo万代」が、駅舎1階東側と地下1階にある。この地下1階にはかつて連絡地下道に直結する改札口が設置されていた（2018年4月閉鎖）。駅舎の外壁部はかつてクリーム色のタイルが張られていたが、経年劣化により損傷が激しくなったため、2004年にタイルを撤去して再塗装された。万代口待合室の愛称は「メディアステーションbanana」。室内は中央で区切られ、改札外の入り口からはレストバーベンチが設けられ総合カウンターはこちら側にある。改札内側の入り口からは椅子席とマルチビジョンが設置されている。また新潟日報の号外を製作・印刷する設備なども備わっており、号外は万代口・南口の両駅前広場などで配布される。なお、これらの機能の多くは万代口側の萬代橋東詰に2013年（平成25年）春オープンした「新潟日報メディアシップ」へ移されている。駅舎西側にはJR東日本新潟支社、JR貨物新潟支店があり、この支社ビル1階には内科医院が入居している。支社ビル西側（西側連絡通路下）には新幹線荷物輸送（レールゴーサービス）の受付窓口、及び手荷物一時預かり所とお忘れ物センター（遺失物取扱所）がある。さらに西側には新潟支社管内の運行管理を行う指令センター、電気系統の管理や保線業務などを行う部署が入居するJR新潟電気センターなどがある。万代口周辺から万代シテイにかけての地区は「新潟市ぽい捨て等及び路上喫煙の防止に関する条例」に基づいて「路上喫煙制限地区」に指定されている。駅舎に最も近い喫煙所は、万代口バスターミナル西側の歩道上（オセオ弁天前）に設置されている。
宮城県仙台市出身。仙台市立東華中学校、宮城県第二女子高等学校、東京女子大学文理学部史学科卒業。東京女子大学大学院博士後期課程在籍中。松下政経塾9期生。松下政経塾の同期には、秋葉賢也、市村浩一郎、本多平直、松野博一などがいる。1990年（平成2年）、東洋経済新報社入社、データ編集担当となる。その後「緒方あきの」のペンネームで経済ライターとして活動。その後、松下政経塾8期生の勝又恒一郎と結婚し神奈川県で暮らす。2002年3月に勝又と正式離婚。2003年（平成15年）4月13日、兵庫県議会議員選挙に芦屋市選挙区から無所属で出馬するも落選。2002年（平成14年）11月、現夫の井戸智樹と入籍し男児を出産するが、出産が前夫と離婚後265日だったことで民法772条の「300日規定」に抵触したため、芦屋市役所から「前夫を父とする出生届を提出するよう」要求され、これを拒否したため子が一時無戸籍状態となった。このため、現夫との親子関係を「強制認知」するよう求める裁判を2003年神戸地裁尼崎支部に提訴し、同年11月に勝訴する。2005年（平成17年）7月3日、兵庫県議会議員補欠選挙において東灘区選挙区から民主党公認で出馬し、当選。2007年（平成19年）4月8日執行の兵庫県議会議員選挙で2期目の当選。また、民法の不備を身をもって経験した経験から、2008年に「無戸籍児問題家族会」を結成、事務局長に就任。更に、NPO法人「親子法改正研究会」を立ち上げる。2009年（平成21年）7月31日、兵庫県議会議員を辞職し、8月30日、第45回衆議院議員総選挙に兵庫1区から出馬。初当選。2012年（平成24年）12月16日の第46回衆議院議員総選挙に兵庫1区から出馬するも落選。その後も民主党兵庫県第1区総支部長。2014年（平成26年）12月14日の第47回衆議院議員総選挙に民主党候補として宮城4区から出馬するも落選。2015年（平成27年）、藤田憲彦の後任として民主党東京都第4区総支部長に就任。2016年（平成28年）、民進党東京都第4区総支部長に就任。2017年（平成29年）10月2日、枝野幸男が立憲民主党の結成を宣言。同日、井戸は第48回衆議院議員総選挙に同党から出馬する意向を表明した。希望の党は第24回参院選の自民党候補者公募で最終選考まで残った難波美智代を擁立。東京4区は井戸、難波、共産党新人候補の3者で票が分散し、次点で落選。比例復活もかなわなかった。2018年（平成30年）4月、記事「サイボウズ青野社長の「別姓訴訟」、日本会議への接近に戸惑う人たち」が朝日新聞論壇委員が選ぶ今月の3点に選出（選者森千香子一橋大学大学院社会学研究科准教授）。