2004年7月30日、当時エイベックス専務の松浦勝人は、会長であった依田巽と経営方針が決裂し別会社を設立することを表明した。その直後、浜崎自身もマスコミに対し「彼の存続と共に浜崎あゆみの行方も決めさせて頂きたいと思っております。」と歌手デビューの際に世話になり自身のプロデューサーである松浦に追従し移籍する考えを明らかにした。当時、エイベックスの売り上げの40％を稼いでいた浜崎の表明が決定的な打撃となり、株は暴落、株主からの抗議が殺到し、また、エイベックス社内は混乱に陥った。8月3日、浜崎の表明を大きく受け、経営陣は方向転換を余儀なくされ、松浦は執行役員として復帰（後に社長就任）し、移籍の懸念等は解消された。松浦と対立した依田は代表辞任に追い込まれた。このお家騒動を理由にこの年の日本レコード大賞など一連の賞レースを辞退し、以降賞レースからは距離を置くようになる。これについてはエイベックス・グループの内紛劇（クーデター騒動）も参照されたい。
2008年12月24日、過労による貧血で高所から落下。右手に全治3週間の重傷を負い、出演予定だった音楽番組の出演を急遽辞退。その後の自身のカウントダウンライブや初のトップバッターで登場するNHK紅白歌合戦の出演も危ぶまれたが、緊急手術後、医者の条件付出演を行った。2011年9月16日、滞在先の米国で急性咽頭炎を発症し、体調不良で帰国する航空機に搭乗できなかったため、生放送の音楽番組の出演を急遽取りやめた。出演については意欲的であり、手配の際の心情を自身のTwitter及びファンクラブ公式ブログに書き込みをしている。「出演に間に合うまで各地の航空会社搭乗券を探している」という内容の発言等、謝罪をしている。
2000年、初のコンサートツアーの第二幕直前に多忙なスケジュールの積み重ね等の理由によって、左耳の疾患（内耳性突発難聴）を患い、一部公演を延期した。医者からは「すぐ治療にとりかかるべきだ」と告げられていたが、ツアーを強行した。後に左耳の聴覚が弱くなる後遺症を負ったことを公表した。その後も定期健診は受けるが、治療のための休養をとらなかった。そのため、2008年1月4日、自身のファンクラブのブログにおいて、以前から抱えていた左耳の疾患（内耳性突発難聴）が悪化し、2007年末頃には医者から「治療の術はない」と、左耳の聴覚が完全に失われ治らなくなったことを告白した。
2011年1月1日、カウントダウンライブ終了直後、ツイッターおよび自身のファンクラブのブログにて、オーストリア出身のモデル・俳優のマニュエル・シュワルツ（50thシングル「L」収録のウェディングソング「Virgin Road」を含む3部作のミュージックビデオで共演していた男性）と結婚することを発表。同日、アメリカ合衆国ネバダ州ラスベガスにて挙式した。ただし、日本国内での婚姻手続きをしていなかったため、戸籍上は未婚のままであった。のち2012年1月16日、ファンクラブのブログにて彼との離婚の意向を発表し、翌日、離婚申請が受理された。2013年12月12日、自身のファンクラブのブログにてロサンゼルス在住の男性と婚約を発表。2014年3月3日、代理人として本人の母親が都内の区役所に婚姻届と米国の結婚証明書を提出した。しかし、2016年9月11日、公式ファンクラブサイトのブログにて離婚する意向を発表した。
2007年から初の日本国外での公演（台北、香港、上海）を含むライブツアーを本格的に行い、東アジア地域への進出も果たしている。歌手デビュー前にボイストレーニングのために渡米しているが、デビュー当時は英語は不得意とコメントしており、ほとんどの歌詞は日本語であった。しかし、2002年以降は英語詞を含めた楽曲も多く発表している。2006年にCNNの日本特集『Japan now』期間中に放送された対談番組『Talk Asia』では、短時間ではあったが英語を披露している。犬、特に小型犬が好きで、チワワやダックスフントなどを飼っている。仕事場に連れてきており、ライブツアーのMC中にステージに登場したり、ミュージックビデオに出演することもあった。
2019年8月1日、浜崎への取材を元にまとめた小松成美の小説『M 愛すべき人がいて』（幻冬舎）が発売され、初週3.8万部を売り上げた。同著を原作としたテレビドラマが2020年4月からテレビ朝日系で放送される予定。
1999年に韓進グループの航空ホテル免税事業部に入社。その後、アメリカの南カリフォルニア大学経営大学院にてMBAを取得。以後、大韓航空の機内食部門とホテル経営部門、客室事業部門の3つの事業を統括する。2013年3月、大韓航空の副社長に昇進したが後述する騒動を起こし2014年12月に辞任した。この事件で財閥支配の強い韓国で国民の非難を浴び、趙は「ナッツ姫」と呼ばれるようになっただけでなく、2014年12月30日に航空機安全阻害暴行罪と航空保安法違反などの罪で逮捕された。以後国内外で批判を浴び、2015年末には航空機での業務妨害などに対する処罰を大幅に強化したナッツリターン防止法が成立するに至った。2018年1月13日、平昌オリンピック聖火ランナーの伴走をしていたことが報道された。2018年3月29日、韓進グループの系列会社KALホテルは定期株主総会を開き、登記理事に選任する案件を議決。韓進グループの経営陣に復帰し、KALホテルネットワークの社長となることが決定した。2018年4月22日、趙顕娥の妹の不祥事などを受け、趙亮鎬会長は趙顕娥についてもグループ企業の役職から外すことを表明した。前日の21日には、家族が海外で購入した私物を国内に持ち込む際に関税を支払っていなかった容疑で、韓国関税庁が自宅などの家宅捜索を行っている。