オズワルドの単独犯行説はローン・ガンマン・セオリー と呼ばれる。二つの公式調査が、ディーリー・プラザのテキサス教科書倉庫 従業員リー・ハーヴェイ・オズワルドが暗殺者だったと結論を下した。一つの調査（ウォーレン委員会）はオズワルドが単独で行動したと結論を下し、1976年に別の調査（下院暗殺調査委員会）が開始されて2年後に発表された調査結果ではオズワルドには少なくとも一人の協力者がいたと結論を下した。
14時前に、遺体をダラスで解剖しようとするダラス警察のアール・ローズ検視官と、首都ワシントンに遺体を一刻も早く搬送しようとするシークレット・サービスのロイ・ケラーマンらとの間で10〜15分間、一悶着があった。大統領が暗殺されてもテキサス州法が適用 されて遺体の解剖はテキサス州で行うと説明しても、シークレット・サービスにとっては何よりも遺体をワシントンに戻すことが優先されると考えていた。結局ローズ検視官 は引き下がった。そして後に彼は遺体解剖はやはりダラスで行うべきであった、遺体を州外に持ち出したことが陰謀説を生み出していると語っている。そしてこのことは皮肉にもワシントンに戻ってから司法解剖を行ったベセスダ海軍病院の病理医も後に同じ意見であった。14時05分にケネディ大統領の遺体はパークランド病院からエアフォース・ワンに搬送された。死去の発表から30分過ぎて全米が重苦しい雰囲気に包まれていた。パークランド病院から遺体が搬出された際は白い遺体袋で搬出され、灰色の金属製の棺に収納されたものが、エアフォースワンに搬入された際にはいつの間にか銅色の棺に変わっており、パークランド病院から空港まで搬送されている間にどのような形で棺が交換されたのか明らかにされていない。
事件後に、ケネディ専用のリンカーン・コンチネンタルのオープントップ・リムジンに、透明な防弾カバー「バブルトップ」をかぶせていなかったことが問題となった。前述の通り、当初ダラス市警察本部とシークレット・サービス(大統領付き護衛隊)は、狙撃や投石などに対する治安上の見地から、無防備なオープントップでのパレードではなく、透明な防弾カバーをオープントップにかぶせた上でパレードを行うよう主張した。防弾カバーは、これまでも利用されていた。実際に前月にダラス市を訪れたアドレー・スティーブンソン国連大使が暴漢に殴られたり、11月22日のダラス・モーニング・ニューズ紙上に、反ケネディ派による、ケネディ大統領を「お尋ね者」とする黒枠付きの全面広告が掲載されるなど、反ケネディ派による襲撃が懸念されたにもかかわらず、翌年に再選に向けた選挙を控え、国民に対して「親しみやすいイメージ」と「毅然としたイメージ」をアピールしたいケネディ大統領とその側近は、ダラス市警察本部とシークレットサービスによる防弾カバー使用の主張を退け、この日に「バブルトップ」を使用するのは、雨天の場合に限られることとなった。さらに当日ダラスの天気は雨の予報であったが、ケネディの到着に先立ってダラスに向かった専用車運搬専用機のフェアチャイルドC-123の到着時には雨が止み、大統領到着時には晴れていたので、「バブルトップ」が装着されることはなかった。これまでに何度も防弾カバーを使用しているにもかかわらず、国民に対するイメージを重視して、ケネディ大統領とその側近によるオープントップ・リムジンの防弾カバーの使用拒否が、結局ケネディ大統領の運命を決定することとなった。この時に防弾カバーを使用していたら、撃ち込まれた銃弾を跳ね返していただろうと誰もが思った。
暗殺を目撃した市民の1人であるジェームズ・ターグ（James Tague）は、ケネディが銃撃された位置から前方およそ80メートルの地点に立っていたが、発射弾の破片によると思われる傷を右の頬に受けた。ただし、これは発射された弾の破片ではなく、弾が近くの橋の支柱に当り、その支柱のコンクリートの破片が飛んできたものであった。彼はすぐに地元警察に報告したが、その後は警察からの尋問はなく、翌年のウォーレン委員会でもほとんど無視されている。
ジャクリーン夫人は後にウォーレン委員会での証言で「銃撃は2発しかなかったと記憶している」「1発目が当たった時、彼がちょっと訝しげな表情を顔に浮かべていて片手が上がっていた」「2発目で吹き飛ばされた彼の頭蓋骨を押さえようと彼の髪をしっかり押さえて、彼の頭を膝に載せて車内で伏せていた」と述べて、後方に這い出したことは「そのことは全く覚えていない」と説明している。
1919年の三・一運動時ソウルで韓龍雲から独立宣言書を受けて東莱梵魚寺で万歳運動を主導した。三・一運動が起きる直前梵魚寺の代表としてソウルに上京し、3月4日ソウルで万歳運動が起きると梵魚寺に戻り、万歳運動を計画した。そして3月18日に東莱邑市の日を期して万歳運動を起こした。万歳運動後には警察の警戒網を避けて1919年4月に上海市へ亡命した。この時、仏教学校佛敎中央學林内に設置された韓国民団本部の代表として派遣された。韓国民団本部は僧侶白初月を中心に中央學林出身僧侶数十人が結成した抗日秘密結社として機関紙「革新公報」を発行する一方軍資金収合活動を展開した。また民団本部では大韓民国臨時政府と満州等の地に部員を派遣して国外独立運動との連結を図った。このような任務を帯びて上海市に派遣され、大韓民国臨時政府に参加して、国内派遣員として1919年5月頃再び韓国に入って来た。1919年6月に大韓民国臨時政府の要請で1884年から1910年までの日本の侵略資料を収集、整理してこれをコピーして大韓民国臨時政府に伝達した。韓国で上海市の大韓民国臨時政府を含めて国外独立運動の消息を国内に伝達するために「華新公報」を発刊して地方まで配布しながら宣伝活動を展開した。また満州に移って革新公報を発行して国内に搬入した。丹東県六道溝に東光商店で偽装した独立運動根拠地を用意して上海市の申尚琓と白性郁、韓国の金尚憲などと連絡を取りながら僧侶の団結に努力した。