1873年（明治6年）4月、古川の住民有志が出資して協和義塾が開校した。協和義塾は住民の出資という点で従来の寺子屋や私塾とは異なる教育機関であった。開校時点では壱之町の元収納組会所（旧本陣）を校舎に充てていたが、同年10月に本光寺へ、翌11月には三之町の真宗寺へ移転した。また児童数増のため真宗寺だけでは収容しきれなくなり、壱之町の中村善右衛門邸を分校として女子児童および裁縫生徒の通学先にすることで対応した。協和義塾は12月に「学校設立伺」を筑摩県令・永山盛輝に提出し、1874年（明治7年）1月15日に協和学校に改称、正式な「学校」となった。協和学校は引き続き、男子が真宗寺、女子が中村邸に通学するという状態だったため、真宗寺の方のみを「協和学校」、中村邸を「協和女学校」として呼び分けることもあったという。1874年（明治7年）7月頃に協和学校は児童数22人の上気多学校を統合した。1875年（明治8年）7月に協和学校から古川学校に改称した。1877年（明治10年）6月には文部大書記官の西村茂樹が古川学校の視察に訪れたが、「寺院を借用し甚不都合の校なり」と日記に書いている。1878年（明治11年）3月21日、地鎮祭を挙行して向町字堰の上で新校舎の建設を開始し、同年9月8日に上棟式を行い、9月11日に新校舎へ移転した。ただし開校式が行われたのは、1年以上経過した1879年（明治12年）11月2日のことである。この新校舎は当時の流行に合わせた擬洋風建築で、建設費1,240円は町民からの寄付で全額賄われた。校舎は2階建てで390人収容可能な設計であったため、当時の児童数155人に対しては余裕があった。1879年（明治12年）12月には上町学校を統合したことにより、当時の古川町域の学校は古川学校の1校に集約された。1885年（明治18年）になると児童数が463人になり収容定員を超えたため、突貫工事で既存校舎の隣に増築校舎を建設し、同年9月3日に落成・開校式を執り行った。増築校舎も擬洋風建築の2階建てで、荒城川を挟んだ対岸の高山警察署古川分署を含め、3棟の擬洋風建築が立ち並ぶことになった。擬洋風校舎は見栄え重視の建築物であったため、天井高が低い、窓が小さく数も少ないため採光が不十分、北向きに建てられたため冬季の北風にさらされる、など決して使い勝手は良くなかった。
増島城の城跡内に立地し、校舎の地中には遺構が保存されている。このため校舎は地中に杭を打ち込まない低層建築とする必要があるため、2階建てである。鉄筋コンクリート構造、木造、鉄骨構造を組み合わせた建築物である。敷地面積32,373.75m²、建築面積7,520.71m²、延床面積8,739.38m²である。設計は日建設計と小林建築設計事務所、施工は永山建設が担当した。校舎は学年別に分かれた櫛型の棟が並ぶ構造になっており、豪雪地帯という地域特性に配慮して棟間は除雪車が入れる幅をとっている。各棟は東西の「ふれ合いギャラリー」を軸に束ねられる。教室は自然光が差し込む高天井と木材の多用、床暖房を特徴とし、校舎外壁は（瀬戸川沿いの街並みを意識した）白壁と木格子を採用する。また玄関は積雪期に備えて軒下空間を設けている。グラウンドは隣接する岐阜県立飛騨吉城特別支援学校と共有しており、相互の交流も行われている。なおこのグラウンドは古川祭の際に臨時駐車場となる。
2018年3月2日、朝日新聞は、財務省が作成した土地取引に関わる決裁文書が契約当時の文書と国会議員らに開示した文書とで内容が異なることを一面トップで伝え、「学園側との交渉についての記載や、「特例」などの文言が複数箇所でなくなったり、変わったりしている」とし、文書が「（森友学園）問題発覚後に書き換えられた疑い」があると報じた。5日、田端浩国土交通審議官から杉田和博内閣官房副長官に対し、森友学園問題に関する公文書が改竄された疑いがあると報告がなされ、改竄前の文書の写しが財務省に提出された。これを受け、杉田官房副長官から矢野康治財務省官房長に対し、徹底的な調査を行うように指示がなされ、矢野官房長から理財局に指示が伝達された。9日、佐川宣寿国税庁長官に対し減給20%3ヶ月の懲戒処分がなされ、同日依願退官。矢野官房長の財務金融委における答弁によると、退職金額は約4999万円となるが、これから減給20%3ヶ月分の約66万円が減額される。12日まで財務省内で調査が行われ、同日国会に対し改竄の事実が報告された。また、麻生財相がメディアの取材において、「理財局の一部の職員が書き換えた」ものであり、最終責任者は当時の理財局長だった佐川前国税庁長官であるとの説明がなされた。2018年3月16日、自由民主党内に財務省公文書書き換え調査プロジェクトチーム（PT）が発足し、柴山昌彦、金田勝年、武見敬三、西田昌司、萩生田光一、青山繁晴ら11名がメンバーに就任。同日富山一成理財局次長から聴取を行った。予算委員会で太田充理財局長から、佐川前局長の改竄への関与が大きかった旨の答弁がなされたことなどを受け、20日、二階俊博自由民主党幹事長、森山裕自由民主党国会対策委員長、井上義久公明党幹事長、大口善徳公明党国会対策委員長の間で会談が持たれ、井上幹事長の提案に賛同が集まる形で佐川前局長の証人喚問を行うことや、迫田英典前々理財局長の招致を行わないこと等が決定された。安倍昭恵夫人、夫人付であった政府職員の証人喚問については「必要ない」（公明党・大口善徳）と拒否する姿勢を示した。また、この自公会談では野党が求める麻生財相の辞任については話題にもならなかったという。財務省による調査が行われていた最中、4月18日に福田淳一財務事務次官が麻生財務相に対し「職責を果たすのが困難になった」として辞意を表明し、矢野康治官房長が事務次官の代行となった。