当該系列を使用したお召し列車は2014年3月、前年の伊勢神宮式年遷宮後の特別参拝のために運行された。天皇の伊勢行幸時には三種の神器の草薙剣と八尺瓊勾玉（璽）も御所より動座することから、御料車の隣りの車両を安置スペースとしてあてがった。日程は、往路が25日、復路が28日であった。2014年11月15日・16日および2016年4月2日・4日の橿原神宮など奈良県への行幸の際は京都駅から橿原神宮前駅まで運行された。2019年3月26日には橿原神宮参拝のために運行され、4月17日には天皇退位による一例の儀式としての伊勢神宮参拝のために運行された。
全車のデッキに消火器を設置したほか、全客室と個室、多目的型トイレ、カフェ車両と1Fカフェ室内に非常通報装置を設けた。また、カフェ車両の販売カウンター付近にはAED装置も設置され、万一の事態に備えている。緊急時の車外への脱出手段として、カフェ車両の出入台付近に避難はしごが収納された。そのほかに、運転台正面の非常用ドアからも脱出可能である。また、カフェ1階の販売カウンターと逆方向の壁に非常用階段が設置され、緊急時はドアを開けて脱出できる。
座席ヘッドレストの取っ手、乗降ドア付近、サロン通路部等に席番案内を印字すると共に点字も併設したほか、階段部付近の床にも点字を設けて視覚障害者に対して配慮した。そのほかに、車椅子対応設備をはじめ、出入台のステップや階段に黄色のラインが入るなど、ユニバーサルデザインを各所に採用した。車椅子対応車両は大阪難波・京都発着編成が2号車で、近鉄名古屋発着編成が5号車となる。
喫煙室はサロン席の隣に1か所設けられ、構造は22600系に準ずるが面積は狭めで、貫通路のすぐ隣に出入口がある。室内の窓は個室の通路側と同じサイズである。デッキは、乗客を迎える最初の空間となることからデザイン上の配慮がなされた。床には2色の天然御影石を敷きつめ、天井ライトもデザイン性あるものとされた。壁は志摩の海をイメージした色とされた。両先頭車はハイデッカー構造であることから、車内の荷棚スペースが狭いため、デッキに座席分のロッカーを設置した。当初は小サイズのロッカーも設けられたが、50103Fでは大サイズに統一のうえ大型荷物を置くために扉なしのスペースも設置され、これは既存の編成にも波及した。なお、ロッカー天井には防犯のためカメラが設置された。出入台付近には芳香器と音楽放送用のスピーカーを設け、乗客を香りとBGMで出迎える。
本系列は多目的型トイレを2か所に設置し、その基本的な機能、構造は21020系に準じて、弧を描き車椅子の利用者に対応する。室内にはベビーベッド、ベビーチェアのほか、着替えが可能となるようなチェンジングボードも設置した。男性用トイレ（小用）は3か所に設けた。そのほかに、男女共用トイレを1か所設けているが、室内に大型の洗面台を設けた。なお、洋式トイレは全て温水洗浄付とした。本系列の特徴のひとつにパウダールームの設定があり、編成中3か所、トイレ付近に設けた。丸椅子と大型鏡があり、カーテンによって仕切ることが出来る。これは女性客の要望によって設置された。
5月14日早朝、大久保は福島県令山吉盛典の帰県の挨拶を受けている。その話は2時間近くにおよび、山吉が辞去しようとしたときに大久保は三十年計画について述べている。これは明治元年から30年までを10年毎に3期に分け、最初の10年を創業の時期として戊辰戦争や士族反乱などの兵事に費やした時期、次の10年を内治整理・殖産興業の時期、最後の10年を後継者による守成の時期として、自らは第2期まで力を注ぎたいと抱負を述べるものであった。午前8時ごろ、大久保は麹町区三年町裏霞ヶ関の自邸を出発した。明治天皇に謁見するため、2頭立ての馬車で赤坂仮皇居へ向かった。同行していたのは御者の中村太郎と従者の芳松であった。ところが、午前8時30分ごろに紀尾井町清水谷（紀尾井坂付近。現在の参議院清水谷議員宿舎前）において暗殺犯6名が大久保の乗る馬車を襲撃した。まず芳松が襲われるが、なんとか逃亡し、近くの北白川宮邸に助けを求めた。日本刀で馬の足を切った後、馬車から飛び降りて立ち向かった丸腰の中村太郎を刺殺した。馬車の中で書類に目を通していた大久保は異変に気付き馬車から出ようとしたが、島田らは両方の扉を塞ぎ、大久保を馬車から引きずり降ろした。大久保は島田らに対して「無礼者」と一喝したが、護身のための武装をしていなかったことが仇敵となり、なす術もなく殺害された（享年49〈数え年〉、満47歳没）。介錯として首に突き刺された刀は地面にまで達していた。『贈右大臣正二位大久保利通葬送略記・乾』によると大久保は全身に16箇所の傷を受けており、そのうちの半数にあたる8箇所は頭部に対するものであった。事件直後に駆けつけて大久保の遺体を見た前島密が「肉飛び骨砕け、又頭蓋裂けて脳の猶微動するを見る」と表現している。島田らは刀を捨て大久保に一礼をして撤収し、同日、大久保の罪五事と他の政府高官（木戸孝允、岩倉具視、大隈重信、伊藤博文、黒田清隆、川路利良）の罪を挙げた斬奸状を手に自首した。