パイロットたちは、JA8119機に発生した異常についてその直後に感知したが、垂直尾翼や機体後部の損傷状態については最後まで認識できなかった。同機に発生したフゴイド運動とダッチロールは、機首上げ角度20度 - 機首下げ15度、機体の傾き右60度 - 左50度の動きを周期的に繰り返すもので、大きな動揺にさらされた。パイロットたちは油圧が失われた状況のもと、エンジン推力を増減し、また、降着装置（ランディング・ギア）を降ろすことで空気抵抗を増大させ、機体の安定を図った。これらの操縦によってフゴイド運動の軽減と高度を下げることに成功した。しかし、ダッチロールの軽減や針路のコントロールはできなかった。異常発生の20分後には高度7,000ftまで降下したが、そのころ同機は進路を北西に変え、群馬県南西部の山岳地帯へと向かっていた。油圧不動作の代替手段として電動でフラップを展開したが、機体に大きな傾きが生じた。機首を下げて急降下し始めたため、パイロットたちはエンジン推力を増加させ機首を上げようとした。わずかに機首が上がり始めたが間に合わず墜落した。
JAL123便として飛行していたJA8119機の飛行記録装置 (DFDR) と音声記録装置 (CVR) は、墜落現場から回収された。これらのデータによって、異常事態発生後のJA8119型機の飛行の様子が明らかになった。
機内では衝撃音が響いた直後に、各座席に酸素マスクが落下し、プリレコーデッド・アナウンスが流れた。乗客は客室乗務員の指示に従って酸素マスクを着用したほか、シートベルトを着用し、タバコを消すなど非常時の対応を行う。一部座席では着水に備え、救命胴衣の着用なども行われた。チーフパーサーは全客室乗務員に対し、機内アナウンスで酸素ボトルの用意を指示している。生存者の証言によれば、機内は異常発生直後から墜落までさほど混乱に陥ることはなく、全員落ち着いて行動していたという。その後、乗客は墜落時の衝撃に備え、いわゆる「不時着時の姿勢（前席に両手を重ね合わせて頭部を抱え込むようにし、全身を緊張させる）」をとって、衝撃に備えた。乗客の中には最期を覚悟し、不安定な機体の中で懸命に家族への遺書を書き残した者が複数いた。これらの遺書は、のちに事故現場から発見され、犠牲者の悲痛な思いを伝えている。一般的に墜落事故では、異常の発生から数分の余裕もなく墜落にいたることが多いが、この事故では18時24分の異常発生から30分以上にわたって飛行を続けることができたため、遺書を書く時間があった稀な航空事故である。デッドヘッド乗務の生存者は「客室乗務員は終始乗客のサポートをしていた」と証言しており、機体後部に取りつけられていたコックピットボイスレコーダー (CVR)には幼児連れの親に子供の抱き方を指示する放送、身の回りを確認するよう求める放送、不時着を予想してか「予告無しで着陸する場合もある」との放送、「地上と交信できている」との放送が墜落直前まで記録されている。その他、一人の客室乗務員による不時着後に備えて乗客に出す指示を列挙したメモや、異常発生後の客室内を撮影したカメラが墜落現場から見つかり、マスメディアによって公開されている。
『甲斐国志』に拠れば、放光寺の前身は山岳仏教の盛んな平安時代に大菩薩山麓の一ノ瀬高橋に建立されていた天台宗寺院・高橋山多聞院法光寺であるという。平安後期には甲斐源氏の一族である安田義定（遠江守）が牧荘や八幡荘を本拠とし、寿永3年（1184年）に法光寺は義定の屋敷地に近い山梨郡藤木郷へと移転され、安田氏の菩提寺としたという。開山は賀賢上人。『吾妻鏡』に拠れば、義定は反逆の疑いで建久5年（1194年）8月19日に梟首されているが、『鎌倉大草紙』に拠れば義定は当寺で自害したとされる。『甲斐国志』によれば、放光寺が所蔵する義定位牌にも「法光大禅定門」と記載される。建久2年（1191年）に義定が寄進した梵鐘銘に拠ればこの頃には「法光寺」表記であり（『国志』）、「放光寺」表記の初見は戦国期の天文17年（1548年）の寺領証文において見られる。弘治元年（1555年）12月には、武田晴信（信玄）による藤木郷の棟別改めが行われ、この時に諸役免除の庇護を受けている。永禄11年（1568年）3月、武田氏が越後侵攻を行った際には放光寺のほか慈眼寺（笛吹市一宮町末木）、法善寺（南アルプス市加賀美）はじめ11か寺に戦勝祈願を行わせている。『甲斐国志』によれば、天正10年（1582年）3月の織田・徳川連合軍の武田領侵攻により武田氏は滅亡し、この時に放光寺本堂も焼失している。同年6月の甲斐・信濃を巡る天正壬午の乱を経て甲斐は三河国の徳川家康が領し、『甲斐国志』によれば放光寺は家康の庇護を受け、寺領として小曽郷を安堵されている。天正17年（1589年）には徳川家臣・伊奈忠次による検知が行われ（『放光寺文書』）、恵林寺郷にも寺領を与えられている。豊臣政権時代には、慶長3年（1598年）には浅野幸長から禁制を受けている。江戸時代初期の慶長8年（1603年）には御屋敷内への寺領寄進が行われており（『同前』）、寛文年間（1661年 – 1673年）には幕府作事奉行保田宗雪（若狭守）により本堂再建が行われ、寛文19年（1642年）に将軍徳川家光から朱印地として賜り安堵された。保田宗雪は中興開祖と位置づけられている。江戸期には甲斐国談林7か寺に数えられ、藤木村の龍光院のほか徳和村の吉祥寺（山梨市三富徳和）、下小和田村の福蔵院（甲州市塩山下小田原）、室伏村の円照寺（山梨市牧丘町室伏）などの7寺の門徒寺を抱えた。山内には12坊を擁していたが、文化年間（1804年 – 1818年）には廃絶している（『国志』）。『本末帳集成』に拠れば延宝年間（1673年 – 1681年）に山城国醍醐寺報恩院末となり、明治27年（1894年）に智山派に改めている。