1819年初頭までに劣悪な経済状況による窮境は頂点に達し、南ランカシャーの綿織職人の間で政治的急進主義への支持が拡大した。これに答えるように北部イングランドで選挙権が欠如している状況と結びついて、「大集会」が議会改革要求団体であるマンチェスター愛国連合(the Manchester Patriotic Union)によって組織された。マンチェスター愛国連合はマンチェスター・オブザーヴァー(Manchester Observer)紙出身の急進主義者の手で設立された団体で、オブザーヴァー紙の創刊者でジャーナリストのジョゼフ・ジョンソン(Joseph Johnson)が連合の書記に、編集者のジェームズ・ロウ(James Wroe)が会計係に就いていた。ジョンソンはよく知られた急進主義者の演説家であるヘンリー・ハント(Henry Hunt)に手紙を書いて1819年8月2日にマンチェスターで計画されていた大集会の司会を務めるよう依頼した。手紙の中でジョンソンは次のように書いている。この地区の状況は実に恐ろしく、最大限努力しなければ暴動を防ぐことはできないと私は考えています。ああ、ロンドンのあなたが覚悟を決めてくれれば。ジョンソンにもハントにも知られていなかったが、この手紙は実は政府のスパイに押さえられてハントのもとに届く前に中身を写し取られていた。手紙の内容は暴動が計画されていることを意味するものと解され、政府は第15騎兵連隊(the 15th Hussars)をマンチェスターに急派することで対応にあたった。8月2日に計画されていた大衆集会は8月9日まで延期された。延期を告知するなかで、マンチェスター・オブザーヴァーは集会の目的は「議会下院における急進的改革を達成するための最も迅速かつ有効な方策を考えること」であり「『マンチェスターの議会に代表されない住民たち』が議会で彼らを代表する議員を選出することが妥当であるか考えること」であると報じた。地元の治安判事たちはウィリアム・フルトン(William Hulton)の指揮のもとで、内務大臣臨時代理のヘンリー・ホブハウス(Henry Hobhouse)から「国王の詔書無しに議員を選ぶこと」は立派な犯罪であると助言を受けており、ホブハウスからはまた集会が違法であることを宣言するよう促されていた。政府は8月9日に延期された集会を禁止することで急進主義者たちが完全に意気阻喪することを企図していたが、ハントとその支持者たちは集会の実施を決めた。新たな集会は8月16日に計画されていたが、それは内務大臣シドマス卿(Lord Sidmouth)が治安判事たちに、議員を選出する意志が違法なのではなく、そうした意志を実行に移すことが違法なのであると教示する手紙を書き送った後のことだった。 新聞は、以前から労働者による集会をみすぼらしく薄汚れた姿や無秩序な行動のためにたびたび嘲笑していた。そのため集会の運営者側はセント・ピーターズ・フィールドの集会に出席する者はきちんと身だしなみを整え、秩序だって集会まで行進してくるよう取り決めた。ミドルトンからの一団を集会に率いてきた地元の急進主義者であるサミュエル・バムフォード(Samuel Bamford)は次のように記している。「この集会ができうる限り道徳的に強い印象を与え、イングランドでおよそ目撃されたことのないような光景を見せることは好都合だったと考えられた」。「清潔に、素面で、秩序だって、平和的に」という指示は各地の参加者をとりまとめたあらゆる委員会に通達されており、「攻守を問わず全ての武器の禁止」はデモの最中を通じて徹底されていた。当局の関心をよそに、各地の参加者たちはマンチェスター周辺の野原で練習と予行演習をさせられていた。あるスパイは「タングル・ヒルで700人が連隊の教練のように練習していた」と報告している。練習を禁じる国王の布告は8月3日にマンチェスターで公示された。
ソーンは、妻の叔父の遺産を相続した後、リンカーンズ・イン・フィールズ北側にあった三軒続きの家屋を購入した（当時、ソーンが関係していたロイヤル・アカデミー・オブ・アーツがここから徒歩圏内にあったため、この場所を選んだとされる。）。そして、美術品のコレクションを始め、家屋を取り壊しては、彼自身のデザインで建て直していった。まず最初に1792年から1794年にかけて、ソーンは当時特有の質素なレンガ家屋だった"No. 12"の再築に取りかかった。1806年、ロイヤル・アカデミー・オブ・アーツの建築教授に就任したのち、ソーンは隣屋の"No. 13"を購入。この家屋が1808年から1909年にかけて、および1812年の二段階に分けて再築され、今日の美術館となった。1808年から1809年にかけてソーンは、建物の裏手の馬小屋だった場所に、主に最上部の照明を利用する形で、製図室と「博物館」を建築した。1812年にはその前面部分を改築し、ポートランドストーン製のファサードを、地下と一階、二階、そして、三階の中央張り出しに続く形で設けた。ここは元来、3層のロッジアを備えていたが、この箇所のアーチにソーンは生涯、ガラス窓を設置し続けた。ソーンが"No. 13"に移り住むと、彼はそれまで住んでいた"No.12"を賃貸に出した。この"No.12"は彼の死に際して、"No. 13"と共に国家に寄贈された。これは、賃貸収入が博物館の運営資金となることをソーンが意図したためである。"No.13"の再築が完了した後、ソーンはこの建物を建築研究所とみなし、絶えず内部を改造していった。1823年、彼が70歳を越した時、3番目の建物である "No. 14"を購入し、翌年にかけて再築した。これにより"No. 14"の馬小屋だった部分が、"No.13"に連続した絵画ギャラリーとなった。3番目の建物の玄関は他の建物の玄関とは別個のままとされ、内部でも他の建物には繋げられなかった。また、この建物自体も投資のために貸し出された。美術館はソーン存命中の1833年、個別法律により創設され、1837年のソーンの死をもって正式に運営が開始された。この個別法律により"No. 13"は、「できるかぎり」ソーンが死去した当時の状態を保持することが求められ、ソーンの死後、建物が改築されたことも、コレクションが増加したこともない。ソーンには直接の遺産相続人である息子ジョージがいたが、ジョージはソーンの仕事を継ぐことを拒絶し、ソーンに認められない結婚をしたため、父子の間には「生涯の確執」を抱えていた。ジョージの方でも父を批判するために、「日曜新聞のための、不正者・ペテン師・模倣者と呼ぶべきジョン卿に関する匿名の批判記事」という文章を発表している。ジョージは法律上、ソーンの遺産の所有権を主張できた。ソーンは息子の相続権を奪うために、「譜代相伝の基本法を逆にしよう」と試み、長期の議会運動を続け、美術館のための個別法律を成立させたのだった。19世紀の終わりまでに"No. 12"の後方の部屋と"No. 13"の美術館を繋げる作業が終わり、1969年からは"No. 12"も学術図書館およびオフィスとして美術館のトラストより運営されることになった。また、1995年以降は特別展会場「ソーン・ギャラリー」として運営されている。トラストはソーンの遺産により独立運営されていたが、1947年、サー・ジョン・ソーンズ美術館は国家の建築研究センターとなり、文化・メディア・スポーツ省を通して、英国政府から補助金を受け取ることになった。1997年には、文化遺産宝くじ基金の援助を受け、トラストは"No. 14"の残り大部分を購入した。2006年には教育的活動を拡大するために、建物の修復作業が行われた。