202X年に発生した大洪水を逃れた人々は、水没した東京に建てられたカテドラルで共同社会を築き、生活していた。やがてその場所は「TOKYOミレニアム」と呼ばれるようになり、メシア教徒で構成される統治組織・通称「センター」に管理されるようになった。センターの管理の下、直属エリートのテンプルナイト、センターに住むことを認められた一級市民、アームターミナルの所持を許可された二級市民と厳格な階級社会が作り上げられていた。センターの支配に反抗するガイア教徒は度重なる反乱を起こすも、弾圧で押さえ込まれていた。しかし、それももはや限界。一級市民の人々は、新たなる救世主の出現を望み始めるのだった。その頃、ヴァルハラ・エリアの貧乏ジム「岡本ジム」に所属する二級市民のホークはコロシアムの戦士として戦う日々を送っていた。
真・女神転生シリーズの第二作目。前作から数十年後の21世紀後半の未来の東京という設定。前作に引き続き今作でも、主人公の行動によって属性が変わり、ストーリーも大きく違ってくる。現代的な世紀末観を主に置いた前作のイメージを継承しながらも、荒廃した未来世界や先進科学を基にしたコロニーやバーチャルリアリティー等、90年代当時におけるサイバーパンク世界観を前面に出した作風となっている。終盤の魔界は生命の樹（セフィロト）になぞらえたシナリオになっているなどオカルト的な要素は本作でも健在。スーパーファミコン版とPlayStation版の初期版はフリーズなどの深刻なバグが多い（後に修正されたバージョンも発売されている）。特にスーパーファミコン版の初期ロットにはバグの回避方法が記載されたメモが同梱されるなどバグを前提視して発売されていた。漢字の導入、マーカーセットやワンボタンによるダンジョンマップ表示、オートリカバー、エネミー・アピアランスインジケーターの導入などゲームシステム的にも数々の改良・進化が見られる。後にPS、GBAでリメイクされた『真・女神転生』はこれら『真・女神転生II』の新システムが導入されている。2002年に『真・女神転生II』がPlayStationでリメイクされた際にキャラクターのイメージイラストやパッケージイラスト、一部の悪魔イラストが新たに金子一馬によって書き下ろされている。
ヴァシュロン・コンスタンタン（Vacheron Constantin ）は、スイスのジュネーヴを本拠地とする時計メーカー。バセロン・コンスタンチンとも表記されている。パテック・フィリップ、オーデマ・ピゲと共に世界三大高級時計メーカーの一つとされている。トゥールビヨンを始めとする複雑な機構を持つ機械式時計のほか、宝石を多用した宝飾時計で知られる。現在はスイスのリシュモングループの傘下となっている。
物語の舞台は、西欧の中世風世界のアルバレア王国。国を守る力を宿す「聖乙女」のマリアの力が弱まってきたため、後継者候補として、素質のある少女達が3人集められた。プレイヤーは候補の1人である主人公のアシャンティ＝リィスとして、5人の聖騎士の指導を受けながら次代の聖乙女を目指す。聖乙女になるか騎士達との恋を選ぶかは、プレイヤー次第。
堀尾氏は尾張国丹羽郡御供所の土豪であり、高階氏を称していた。泰晴は織田信長の一族「織田弾正忠家」の主筋清洲織田氏（織田大和守家）の嫡流である尾張半国守護代・岩倉織田氏（織田大和守家）当主織田信安に仕え、山内盛豊らとともに重臣の地位にあった。永禄2年（1559年）、岩倉城の戦いで主家が滅亡した後の動向は定かではない。嫡男吉晴が豊臣秀吉に仕えた後に引き取られたと思われる。慶長4年（1599年）、孫の忠氏の家督相続と同年に没している。
大井発電所など木曽川開発を手掛けた大正・昭和戦前期の大手電力会社大同電力は、王滝川における水力開発も計画し、1925年（大正14年）4月に王滝川にて3地点の水利権を獲得した。だが実際の開発は遅く、1930年代までの進展は、最下流部が木曽川本川の「寝覚」地点に組み入れられて1938年（昭和13年）に竣工したのに留まり、他は未着手であった。大同電力では王滝川の開発計画を見直し、1925年に水利権を得た「王滝川第二」「西野川」両地点を中心に、水利権出願中の付近水力地点を合同して「御岳（御嶽）」地点とし、出力6万4,100キロワットの発電所を建設する計画を立てていた。1939年（昭和14年）の電力国家管理実施によって国策電力会社日本発送電によって開発されることとなり、下流の常盤発電所が1941年（昭和16年）7月に完成した後、逓信大臣より日本発送電に対して1941年12年に御岳発電所建設準備命令、翌1942年（昭和17年）10月30日に同建設命令がそれぞれ発令された。その後同年11月24日付で水利権許可、翌1943年（昭和18年）1月12日付で工事実施認可が下りた。建設命令では第1期工事として最大出力4万4,000キロワットの設備を1944年（昭和19年）11月末までに竣工させるよう求められた。太平洋戦争中のため労力・資材の不足に悩まされたが、竣工期日半年後の1945年（昭和20年）6月30日より1号機のみ、出力2万2,200キロワットにて御岳発電所の運転を開始した。この段階で完成していた導水路は一部に留まり、完成部分も大部分がコンクリート巻立てを省いた状態であった。作家の野添憲治によると、戦時下の工事では請負業者鹿島組・間組・飛島組によって1,714人の中国人労働者が強制労働を強いられ、食糧不足や長時間労働から162人が死亡したという。そうした中で三岳村の鹿島組御岳作業所の中国人の一部は、1945年3月、食料倉庫を襲い、工事現場を破壊するなどの事件を起こす（いわゆる「木曽谷事件」）。長野県特別高等警察により15人が検挙され、うち11人には当時施行されていた治安維持法が適用された。