小沢側は事件に対する検察の捜査が国策捜査に当たると非難した。民主党の原口一博衆議院議員はこれを否定する一方で捜査当局でしか知り得ない情報がメディアから流布されることを問題とし、国家公務員による秘密漏えいの疑いを指摘している。上杉隆によれば、週刊朝日をはじめとした一部のマスコミが、小沢よりも検察側に疑義があるとキャンペーンを張ったことで、小沢への批判は弱まったとしている。公設第一秘書らの起訴の際、東京地検の次席検事は記者会見において「国会議員の政治団体が、特定の建設業者から長年にわたり多額の金銭提供を受けてきた事実を、国民の目から覆い隠したもの。規正法の趣旨に照らして見過ごせない重大で悪質な事案と判断したと説明し、記者から「なぜ悪質といえるのか」「被告の認識は」との質問がなされていたが、特捜部長は刑事訴訟法第47条において公判前の書類開示は禁止されていることから、公判において明らかにすると回答した。また、収支報告書上に記載された献金についての立件については「寄付者の名義を変えてしまうことをどう評価するか。みなさんにご判断いただきたい」と答えている。これについて、国民新党の亀井静香代表代行は、「自民党は国民政治協会を通じて、小沢氏や民主党の何十倍もゼネコンから献金を受けている。この協会は全くダミーだ。検察はお構いなしなのか」「捜査がこれだけで終わるのであれば、なぜ今やったのかを国民に説明しないといけない」と述べた。小沢と同様に西松建設から献金を受け取った議員のうち、二階を除く自民党議員（森、尾身など）に対し検察側が捜査の動きを見せていないことについて、『SAPIO』は、角福戦争以降歴史的に旧田中派と敵対して来た清和政策研究会の意向が検察の捜査に反映されていると指摘した（同誌は、小泉政権以降の自民党が検察に対して強い影響力を持つようになったことを指摘している）。また、陸山会が提出した政治資金収支報告書について、「公表義務の無い5万円以下の個人献金から西松の政治団体からの献金まで詳細に記載されており、透明性が高い」と指摘した上で、二階俊博による政治資金収支報告書では献金のほとんどが公表義務の無い5万円以下の個人献金であるかのように処理されている点を挙げて、検察による捜査の公平性について疑問を呈している。一方、「政治家側がダミー団体と認識していた明確な証拠がないだけ」とする報道もある。『産経新聞』がFNNと合同でおこなった世論調査では、半数近くが「検察側の捜査は政治的に不公平」と回答し、「公平」とする回答を上回った（次期衆院選が近づく時期に国政に影響する捜査が不適切かという件については、「思わない」が「思う」を上回った）。
公設第一秘書の起訴直後、各報道機関によって「秘書が起訴内容を大筋認める」との報道がなされたが、秘書の弁護人は「大筋を認めたとする報道と弁護人らの認識は全く異なっている」とするコメントを発表した。秘書の初公判において、「法律の網の目をくぐったダミー団体で、形式上あるだけ。政治活動の実体がない『トンネル（団体）』に過ぎないと思ったのです」、「西松建設からの献金は、金額が多く目立つので、あれこれ詮索されるのを避けたかった」と秘書は一端自白した後に否認に転じたことがわかった。なお、秘書は一端自白したのは「政治的な影響を最小限にとどめたかったから」としている。また、報道が検察や自民党の意を汲んだマスメディアによる情報操作であるとの主張もある。ニューヨーク・タイムズは、検察への取材申し込みについて「記者クラブに加盟していないこと」を理由に拒否されたとした。『東京新聞』は、西松から献金を受け取った自民党政治家（二階俊博）の件について記事にしたところ、望ましくない内容であるという理由で検察側から取材拒否および東京地方検察庁への3週間の出入り禁止措置を受けた。東京新聞の瀬口晴義新聞担当報道長は「検察官に逆らうことは最後のメディアタブーのうちの1つ」と述べている。この一件以後、記者クラブに加盟している報道機関は検察および自民党に有利な報道をおこなうようになったと主張する者もいる。
大工の長女として生まれる（下に妹と弟）。父親は小学校卒業後伊豆での見習修業を経て大工となり、久枝が4歳の時、家族で満州へ移住し、吉林市の満鉄社宅で暮らした。1945年、吉林で敗戦を迎え1年間の難民生活の後に日本に引き揚げ山口県立防府高等学校に編入した。1947年夏に東京に移り焼野原の原宿に建てた6畳のバラックで育つ。1949年、中央公論社に入社し同社経理部で働きながら旧制都立向丘高等女学校（現・東京都立向丘高等学校）の定時制に一年通い、早稲田大学第二文学部に学ぶ。「万葉集第十四巻東歌研究」を卒論として早大二文を卒業。卒業式には、小学校しか出てないことをコンプレックスにしていた母親を一緒に出席させた。卒業後、優れた能力を買われて『婦人公論』編集部へ移った。将来の編集長と目されていたが、既婚の身でありながら有馬頼義との恋愛事件を起こし、1963年に編集次長を最後に退社。このとき夫と離婚し、退職金をはたいて老母のためにアパートを建て、身一つで有馬と再婚するつもりだったが、この段階で有馬との仲が破綻。その後、五味川純平の資料助手として『戦争と人間』の脚注を担当。1972年の『妻たちの二・二六事件』以後、本格的に執筆を開始し、『密約』（原案は西山事件）、『烙印の女たち』、『あなたに似たひと』、『昭和・遠い日近いひと』、『わが人生の案内人』、『道づれは好奇心』などを執筆。『火はわが胸中にあり―忘れられた近衛兵士の叛乱・竹橋事件』で第5回（1978年度）日本ノンフィクション賞、『昭和史のおんな』で第41回（1979年）文藝春秋読者賞受賞。1985年には日本女性放送者懇談会賞を受賞。『滄海よ眠れ』『記録 ミッドウェー海戦』で第34回（1986年）菊池寛賞を受賞した。この2作品ではミッドウェー海戦の日米双方の全戦没者を特定するという前例のない作業に取り組み、完成させている。『雪はよごれていた』（1988年）では二・二六事件の軍法会議の裁判官であった匂坂春平の残した裁判記録をもとに、事件をめぐる陸軍内部の駆け引きを描き出している。『雪は汚れていた』においては、匂坂春平の子息である匂坂哲郎の談話をもとに「二・二六事件正式裁判記録は東京大空襲で焼失した」としたが、同書刊行後の1988年9月になって公判記録は戦後に連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）が押収したのち、返還されて東京地方検察庁に保管されていたことが判明した。「戦争へと至った昭和史の実相に迫るノンフィクションを著した業績」によって、2008年度朝日賞受賞。「九条の会」の呼び掛け人の一人。安倍内閣に対する批判に使われたキャッチフレーズ「アベ政治を許さない」の発案者。陶芸が趣味。1959年に最初の心臓手術、再発して1969年に二度目の心臓手術、1973年に子宮全摘手術、そして1994年に三度目の心臓手術をうけている。