アメリカ合衆国司法省は、2010年7月14日、陳一家が米ニューヨークのマンハッタンに所有している豪華マンションなどの不動産をマネーロンダリング（資金洗浄）関連として没収するため、ニューヨーク州の裁判所などに民事訴訟を起こした。米政府は、没収が認められれば、不動産を売却し、その売却益の一部を台湾政府に返還する予定という。
2013年6月3日、刑務所に収監中の陳がトイレでタオルを用いて自殺を図ったものの、すぐに看守が発見したため、未遂に終わった。2015年1月5日、うつ病や手足の震えなどで健康状態が悪化しているため、自宅療養が認められ釈放。高雄市にある自宅での療養を開始した。2016年4月には台北高等法院が陳の病気が回復するまで残る裁判の審理を停止すべきとの家族の訴えを認め、裁判は事実上終了した。釈放中の政治活動は認められていないが、同年6月には自ら設立した研修機関の記念パーティーに参加している。
2011年8月26日、台北高等法院で差戻審判決があり、機密費流用事件について逆転無罪判決を下した。機密費に関する文書偽造罪については控訴審判決よりも10ヶ月少ない懲役1年8ヶ月、マネーロンダリングについては懲役2年となり、総合すると、陳は懲役2年8ヶ月および300万元の罰金となった。他方、呉淑珍夫人は、懲役11年6ヶ月、2200万台湾元の罰金、5年間の公民権剥奪となった。台湾最高検は差戻審判決を不服として最高法院に上告した。
2010年11月11日、最高法院（最高裁）は、陳に対し、土地取引に絡む収賄事件で懲役11年、罰金1億5000万台湾元（控訴審判決を減刑）を言い渡した。人事に絡む収賄事件では懲役8年の控訴審判決を維持した。機密費流用とマネーロンダリングの事件については控訴審に差し戻した。収賄事件の判決確定により、同年12月2日、陳は収監された。
陳は一審判決を不服として控訴し、改めて全面無罪を主張した。控訴後まもない2009年9月22日、台湾最高検は、別件の外交機密費の横領の罪で陳を追起訴し、邱義仁元総統府秘書長も起訴した。2010年6月10日、台北高等法院は、陳に対し、一審判決の量刑を懲役20年、公民権剥奪10年に減刑する判決を下した。呉淑珍夫人に対しても懲役20年に減刑する判決が言い渡された。
第一審の初公判は2009年1月19日台北地方法院で開かれ、陳は「このような辱めは受け入れられないし、死んでも死にきれない」と無罪を主張、約1時間にわたって立ったまま自ら弁論を行った。陳の勾留延長をめぐる裁判も行われたが、3月3日、5月11日、7月13日の3度にわたり、いずれも勾留延長の決定がなされた。同年9月11日、台北地方法院は、陳に対し、総統府機密費の横領・収賄・マネーロンダリング（資金洗浄）などの罪で有罪認定し、無期懲役、罰金2億台湾元（約5億6000万円）、終身公民権剝奪の判決を言い渡した。また、事件を主導したとされる呉淑珍夫人にも無期懲役、罰金3億台湾元、終身公民権剝奪の判決を下した。長男・陳致中も懲役2年6月、側近の馬永成・前総統府副秘書長も懲役20年など、共犯として起訴された12人全員が有罪判決となった。
イギリスで建造された当時最新鋭の蒸気タービン船比羅夫丸型2隻を擁して、国鉄直営航路として1908年（明治41年）に開設されて以来、本州と北海道の鉄道を連絡する基幹ルートとして、客貨双方の輸送を担って来た。1925年（大正14年）には、日本初となる大型車載客船 翔鳳丸型4隻による 鉄道車両航送を開始し、貨物輸送効率の画期的な向上を達成した。しかし太平洋戦争末期の1945年（昭和20年）と、1954年（昭和29年）の洞爺丸台風では、多くの尊い人命と連絡船を失い、そこからの復興に努めながら、その後の日本の高度経済成長を支える大動脈として、当時の最先端技術を駆使した連絡船を多数就航させた。1972年（昭和47年）には、1日最大30往復もの運航をする最盛期を迎えたが、この頃から開設され始めた長距離フェリー航路の影響、国鉄運賃に対する航空運賃の相対的低下、1973年（昭和48年）秋の第1次オイルショックに続く景気低迷、更には、度重なる労働争議による「国鉄離れ」もあって、1970年代後半（昭和50年代）以降は、旅客、貨物とも急激に減少し、減船、減便を重ねながら、1988年（昭和63年）3月13日の青函トンネル開業まで、この基幹ルート維持の使命を全うした。運航区間は全期間を通して、青森と函館間であったが、1944年（昭和19年）から1984年（昭和59年）までは函館港内有川埠頭の貨物専用岸壁も使用された。また、青森側でも、1946年（昭和21年）から1948年（昭和23年）にかけての短期間、夏泊半島東側の小湊にLST改装貨車渡船用の桟橋を急造し、上記の有川埠頭との間にLST改装貨車渡船航路が開設されていたことがあった。また、夏期を中心とした連絡船による航路外の港への周遊運航は、1926年（大正15年）以来、 終航まで、1936年（昭和11年）から1947年（昭和22年）の輸送力不足と戦争、混乱の時代を除いて度々実施された。