1930年（昭和5年）秋、安斎庫治（27期生）は学内に共青団（中国共産党の青年組織）支部を組織、朝日新聞上海総局に勤務していた尾崎秀実と連携しつつ学生運動の中心的指導者となった。さらに彼は中共党員の王学文が指導していた「日支闘争同盟」にも参加し、日本海軍の艦艇乗組員に対する反戦宣伝活動に従事した。この組織には安斎のみならず西里龍夫（26期生）・中西功（29期生）など多くの現役書院生および出身者が参加していたが、同年末上海総領事館警察による弾圧で書院生8名が検挙され同盟は壊滅した。翌1931年春、出獄・復学した中西らにより共青団が再建、同年末には「対支非干渉同盟」が組織され、満州事変から第一次上海事変へと動く情勢のもとで、中共に入党した書院生を中心に反戦運動が進められた。しかし1932年（昭和7年）3月には総領事館警察によって書院生19名が再び検挙され、東亜同文書院における反戦運動は終焉した。
1902年（明治35年）、外務省から根津一院長に対し、中国西北地方におけるロシア勢力の浸透状況についての調査が要請され、根津は第2期卒業生の5人を現地調査に派遣した。彼らの報告書に対し外務省から支払われた謝礼金を基金として、5期生以後は卒業論文のための「支那調査旅行」いわゆる「大旅行」が制度化されることとなった。学生たちは数名から5・6名のチームを組んで各地へ3ヶ月から半年までの旅行をし、その範囲は中国本土にとどまらず東南アジアにも及んだ。彼らが収集した地域情報をもとに1915年から1921年にかけて『支那省別全誌』全18巻が刊行され、1918年に研究所として支那研究部が新設されると、大旅行はいっそう組織的に実施されるようになった。しかし末期には日本軍が学生に対し情報提供を依頼するケースもあり、これらの事情があいまって大旅行を「スパイ活動」と見なす中国側の疑惑を呼んだとする見方もある。支那調査旅行、中国調査旅行とも。
靖亜神社は1934年に近衛篤麿、荒尾精、根津一を主神とし、中国での活動の中で斃れた日清貿易研究所や南京同文書院を含めた関係者、同窓を合祀して虹橋路校舎内に建立された。1937年虹橋路校舎焼失後は、海格路校舎内に奉遷され、戦後は1949年埼玉県の東光書院内に再建された。
物産館は1932年に中国の民俗資料を収集、展示し一般に公開するために虹橋路校舎内に設置されたもので、収蔵資料は8千点に及んだ。中華学生部校舎を使用した。1937年焼失。
長崎仮校舎時に復興図書委員会を設置して復興資金を募り、満鉄図書館などの図書寄贈も受けて6,5000冊を蔵した。1945年中国に接収された。
1923年11月竣工。コンクリート煉瓦2階建て114坪。1階は支那研究部、教授研究室、2階に閲覧室、事務室が置かれた。別に3階建ての書庫があり、蔵書は10万冊余り。1937年焼失。
1923年11月虹橋路校舎内に竣工。コンクリート煉瓦2階建て、137坪。1階に診察室、調剤室、外科室、顕微鏡室、歯科室、患者控え室、2階に病室、看護婦控え室があった。1937年焼失。
岸田吟香の援助を受け漢口で活動していた荒尾精は、1890年（明治23年）に中国貿易実務者を養成するための日清貿易研究所を上海に設立した。しかし同所は1894年（明治27年）の日清戦争勃発のため閉鎖を余儀なくされ、荒尾は1896年（明治29年）に死去した。戦争終結後の1898年（明治31年）、東亜同文会が設立されると、その会長近衛篤麿は日清貿易研究所に範をとる南京同文書院を設立、荒尾の同志であった根津一を院長とした。しかし同校が義和団の乱により存続不能に陥ると、1901年（明治34年）、上海で新たに根津を院長とする東亜同文書院が設立され、南京同文書院はこれに統合された。
ソチカルコ（ショチカルコ）とはナワトル語で「花(xōchitl)の家(calli)のある場所(-co)」を意味し、ソチカルコを代表する建造物である羽毛の蛇の神殿が華やかに装飾されていることにちなむ。ソチカルコ遺跡はモレロス州都クエルナバカの南西の丘の頂上と斜面に位置している。丘は周辺から120メートルほど高くなっており、漆喰で造られた擁壁によって、遺跡全体が巨大なピラミッドのように見える。ソチカルコは古典期後期（Epiclassic, 650（700）年-900年ごろ）に中央メキシコの主要な都市のひとつとして栄えた。同時期に栄えたほかの都市にカカシュトラやテオテナンゴがある。当時はテオティワカンが衰え、中央メキシコに権力の空白が生じた不安定な時代だった。ソチカルコの立つ丘の周辺には外敵から自衛するために城壁や堀を築いていた。盛期には10000人から15000人の人口があった。900年ごろに外敵の侵入ないし反乱によってソチカルコの町は破壊され、放棄された。アステカ時代にすでに遺跡になっていたが、アステカではここを墓地として使用した形跡があるという。放棄されて以来、人がほとんど住まなかったこと、1922年に考古学地域として保護されたことによって、ソチカルコの遺跡はよく保存された。ソチカルコについては16世紀のベルナルディーノ・デ・サアグンがすでに記述しているが、1791年にホセ・アントニオ・アルサテ・イ・ラミレスが詳細に記述してから広く知られるようになった。1910年にはじめて羽毛の蛇の神殿の発掘が行われた。1992年からメキシコ国立考古学・歴史研究所による調査発掘と保存作業が行われた。