ナチのプロパガンダの中心テーマは「除去的反セム主義 (eliminatorischer Antisemitismus)」（ダニエル・ゴールドハーゲン）であった。ナチの世界観は敵のイメージに占められていた。それがユダヤ人であった。陰謀説の形で現代の資本主義（金融資本の代表としての「彷徨えるユダヤ人」）だけではなく、共産主義ないしは「ボルシェヴィズム」もその仕業とされた。正真正銘の「悪のコングロマリット」として、「ボルシェヴィキのユダヤ人」と「ユダヤ＝ボルシェヴィキの陰謀」という二つの敵のイメージがつながっていると喧伝された。これらは特にナチスの「主席理論家」、アルフレート・ローゼンベルクがこしらえたものであった。このプロパガンダは、とりわけ後のバルバロッサ作戦にイデオロギー面での準備に役立った。ヨーロッパのユダヤ人に対するホロコーストをプロパガンダの面で手引きし、正当化するために利用されたものが、とりわけプロパガンダ劇映画であった。例えば『ユダヤ人ズュース』では、ユダヤ人は「腐敗した人種」とされ、似非ドキュメンタリー映画『永遠のユダヤ人』では、ラットや害虫に比された。プロパガンダで非人間化（人間と見なさない）するという戦略が功を奏し、ナチスの犯罪に（特に強制収容所や絶滅収容所で）直接加担した者、隣人などといった犯罪の目撃者の心理的ハードルを引き下げる結果となった。一方、対外的には常に、ヨーロッパのユダヤ人は幸せに暮らしている、と公表され、大量殺人が公にされることはなかった。映画『テレージエンシュタット―ユダヤ人入植地域のドキュメンタリー映画』という1945年の映画、婉曲的題名『総統はユダヤ人に街を贈る (Der Führer schenkt den Juden eine Stadt)』は、テレージエンシュタット収容所の待遇をナチスの「善行」であるとした。
ナチ・イデオロギーの重要な礎石は人種主義であったが、これは徹頭徹尾、疑似科学的であった。人種理論は科学的根拠を欠くものであったが、当時は非常によく知られたものであった。そこで試行されたのが「ドイツ人種」、「北方的アーリア人」のゲルマン民族（「金髪、碧眼」の典型は有名である）が、「異人種」（「スラヴ人種」などといった）「劣等人種」に比べ、優秀であることを示すことだった（→支配人種）。このドイツ民族の「天賦の優秀性」から社会ダーウィニズムの当然の帰結として導き出されたのが、異「民族」の「人種闘争」における征服、抑圧であった。イデオロギーがいうところの「ドイツ人種」は、生まれながらにして「指導」すべき運命にあるとされ、これにより社会での総統崇拝が対外関係にも適用された。似非科学的理論はこれを絶えず正当化した。第二次世界大戦はこの文脈においてドイツ民族の東方生存圏のための生物学的闘争とされた。この関連で重要な象徴となったのは、ハンス・グリム が作り出し、ナチが受け継いだ「土地なき民」のイメージであった。ロバート・N. プロクターは、この支配人種イデオロギーはナチスの健康のプロパガンダに密接につながっていると見ている。喫煙と肺がんとの間の因果関係を最初に確立したのがナチの科学者だった。そして第三帝国は現代の攻撃的反喫煙キャンペーンを展開した。ナチの食物プロパガンダのお定まりのテーマは、「自然な」食物摂取のあり方への回帰、すなわち肉、脂肪、甘いものを減らし、代わりに穀物、新鮮な果物や野菜をたくさん摂り、コーヒー、アルコールやタバコなどの人工添加物や刺激物を摂らないといったものであった。ナチスのプロパガンダは代替医療を推進し、「医薬品の無意味な大量服用」を攻撃した。
当時の『アジア動向年報』ではCOHAをメガワティ政権初の政治的成果と評価されたが、アチェ駐留軍は協定を無視してGAMの掃討作戦を継続、GAMも政府との対話路線を捨てて武力衝突が続いた。2003年3月には和平合意により治安維持を担当していた合同治安委員会 (JSC) の地方事務所が住民により襲撃された。GAMはこれを国軍主導によるものだと主張したが4月1日、ユドヨノ政治治安調整大臣はこれをCOHA違反だとみなし、COHAに基づき1カ月以内の合同協議開催を要求した。GAMは4月25日から2日間ジュネーブで合同協議を行うことに一旦は合意したものの、直前に2日間の延期を求め中央政府は合同協議参加を取りやめた。メガワティ大統領は5月12日までにアチェ特別自治法を受け入れ武装解除をするようGAMに最後通牒をしたが、GAMはCOHAでは対話の出発点として特別自治法を認めただけであり特別自治法そのものを受け入れたわけではないとして要求を拒んだ。5月6日、メガワティ大統領は合同協議開催に応じなければ統合軍事作戦へ移行する意向を固め、警察はJSCに加わっているGAMメンバー4人を州外に出る報告を怠ったとして逮捕した。だが、GAMは5月12日時点で合同協議開催に応じず、JSCはフィリピン軍、タイ軍のメンバーも撤退したことで事実上解体に至った。ここで国際連合事務総長が先進国に働きかけ、東京で交渉が行われることになった。日本と米国は17日、18日の東京での合同協議開催についてインドネシア政府とGAMの承認を取り付けた。16日には日本に出立しようとしていた協議参加予定のGAM幹部5人がアチェで逮捕されGAMが釈放を要求する事態となったが、インドネシア政府はそれを受け入れ、「アチェ復興に向けた国際支援国会議」が開催された。この会議にはスウェーデンのGAM、インドネシア政府の他、日米両政府、アンリ・デュナン・センター、EU、世界銀行が参加した。だが、交渉ではインドネシア政府がGAMに武器の6割を国家警察に提出することなどを要求し、この交渉は決裂した。5月19日、メガワティは6カ月の軍事非常事態を宣言し、人道支援、法執行確立、行政改善、治安維持の4分野にわたる統合軍事作戦を開始した。国内メディアにはGAMの発表を報道するのを自粛するよう軍管区司令官から要請が出され、6月16日、翌月の6月、メガワティは大統領令を発令して外国人、NGO、ジャーナリストのアチェ州への移動を規制し、NGOとジャーナリストの活動を制限した。軍事非常事態宣言は11月6日に6カ月間の延長が閣議決定され、アチェ軍事作戦本部の発表によれば12月までにGAM兵1000人が死亡し2000人が逮捕されたというが、他方で中央政府は計2兆7千億ルピアの予算をこの件に費やし国軍兵士3万5千人警官1万4千人を派遣したにも関わらず、GAM幹部を逮捕することはできなかった。軍事非常事態宣言は2004年5月に解除されたものの、大統領令により民間非常事態とされ武力抗争はさらに継続した。