当時の陸上自衛隊は夜間装備が十分ではなく、山間部での救難活動は行っておらず、救難作業ができるヘリコプターもなかった。また事故発生直後、事故現場上空で捜索救難活動を行った航空自衛隊・百里救難隊所属の救難ヘリコプターKV-107「バートル」には現場周辺を明るく照らす照明弾が装備されていたものの「照明弾が地上に落下した後、燃焼熱で山火事を誘発する危険性がある」として、山火事の少ない夏山にもかかわらず使用できなかった。これを教訓として、航空自衛隊航空救難団救難隊に本格的な夜間の捜索救難が可能な赤外線暗視装置を装備したUH-60 ブラックホーク救難・救助ヘリコプターが1990年より順次調達・配備されている。なお、当時のKV-107救難ヘリでも山間部や洋上での夜間救難活動を行っており、機体側面の観測窓横には強力な救難用ライト4灯を装備していた。
本事故の犠牲者の遺族は、1985年（昭和60年）12月に遺族会「8.12連絡会」を結成した。連絡会は、事故原因の究明や航空安全の推進について、JALやボーイングなどの事故関係者や、社会全般に訴えることを活動目的の一つとしており、会の内部に技術部会を置いて、航空安全に関する独自の研究活動を行った。この技術部会は、後に「航空安全国際ラリー組織委員会」として独立し、航空安全シンポジウムの開催や、墜落時の衝撃を和らげる座席の開発提言などの活動を続け、2009年（平成21年）3月には、国際的な航空安全に貢献したとして、全米航空惨事被災者同盟 (NADA) の最高賞「航空安全賞」を受賞した。
2000年7月ごろには、事故機のコックピット・ボイスレコーダー(CVR)に収録された音声を再録したカセットテープがマスメディアに流出した。その一部音声が8月に入って相次いでテレビ放映され、墜落事故から15年を経て、一般人が墜落直前のコックピットの様子を初めて知ることとなったが、いまだに全ては公開されていない。2000年8月、運輸省航空事故調査委員会が保管期間の切れた一部の事故調査資料を、すでに廃棄していたことが毎日新聞により報道された。再調査を求める遺族や航空関係者からは、運輸省の対応を批判する声が上がった。
『蒼穹のファフナー』から1年前、人類軍とフェストゥムの両方から追われ身を隠してきた竜宮島は、フェストゥムに探知される危機を迎えていた。いまだ戦闘準備の整わない竜宮島は、ついに「L計画」という危機回避プランを実行に移すことを決定する。それは、島の一部・アルヴィス左翼部L区画を切り離して囮とし、本島へのフェストゥムによる探知をかわすという陽動作戦だった。将陵僚はずっと想いを寄せ、まだ島の真実を知らない幼なじみの生駒裕未と穏やかに暮らす中で計画参加を決めていた。そんなある日、祐未の父生駒正幸が病で動く事も喋ることも出来ないにも拘わらず庭に倒れていた。「アルヴィスへ…」と言い残す息を引き取る父を看取った祐未は葬儀の後、ある計画書を発見する。それはL計画の計画書であった。同時に祐未はメモリージングにより島の真実を知り、僚や総士もそれに関わっていたことを知らされる。そして、父が立案した計画への参加を決意する。僚もまた愛犬のプクを蔵前に預け、8人の少年少女達は、対フェストゥム兵器ファフナー「ティターン・モデル」のパイロットとして過酷な戦いに身を投じることとなる。僚達が厳しい戦いを強いられている頃、総士は一騎が付けた左目の傷が原因でファフナー搭乗が適わず、ジークフリード・システムの搭乗者を命じられる。仲間を前線に出す役割を負わせる父に反発し、L計画の承認も疑うが、公蔵は計画立案者でもある祐未の父が全員の生還を念頭に置いていたからこそ承認したと告げる。そして、僚達は敵との戦いよりも同化現象によるパイロットの死によって精神的にも追い詰められていく中、L計画最終日が訪れる。Lボート最終区画には参加者全員分の脱出を考慮した潜水艇が配置されていたのだった。同時にフェストゥムが現れ、僚と祐未が迎撃に出る。その間生き残った計画参加者達は潜水艇に搭乗し、アルヴィスも蔵前のマークツヴァイを発進させて潜水艇との合流を図る。そこで思いもよらない事態が発生する。海に適応できないはずのフェストゥムが海に現れたのだった。潜水艇の消滅を知った僚は島へ帰りたいと叫ぶ祐未を制止し、2人で海底へ降りる。同じ頃、公蔵は総士と蔵前に合流中止を言い渡すが、機体に残されたデータ回収の目的で、最悪の事態を考慮しつつマークツヴァイを向かわせた。海底に降りた僚は祐未にこれまで秘めていた想いを打ち明け、祐未もまたそれに応える。それから間もなく祐未は同化現象により命を落とし、僚もそれまでの戦いの音声記録を残し、機体のフェンリルを起動する。自爆直前に現れたフェストゥムを見た僚は、フェストゥムも命があると悟り、海へ消える。2機のティターン・モデルの消滅を確認した公蔵は、それが海にフェストゥムがいるという無言のメッセージと悟る。数か月後、ティターン・モデルの残骸が流れ着き、回収されたコクピットブロックにプクが駆け寄る。それを見た総士と蔵前はそれが僚の機体であると確信し、音声メッセージは大人達に告げられ、皆が涙を流す。それから間もなく、プクも遼の機体のコクピットで、もういない主人の側で寄り添い眠るように息を引き取る。そして、総士は一足先に帰る蔵前を見送り、共に戦えることを願い一時的な別れを告げる。こうして、一騎達がまだ何も知らない頃に起きた竜宮島の戦いは幕を下ろしたのだった。