国賠判決は一審判決を、先に情況証拠（第一発見者やバス運転手の証言）によって遠藤を有罪と結論した後で、無罪を推定させる証拠を切り捨ててゆく手法を用いたがために、各証拠が孕む合理的な疑いや、真犯人特定のためのより合理的なアプローチを見逃した、と批判した。そしてそもそも、交通事件という開かれた場において、情況証拠に基づいて「遠藤車以外に轢過車両は存在しない」という悪魔の証明を求めたことに無理があった、と指摘した。国賠判決は控訴審判決についても、「控訴趣意書に凝縮された各争点について、合理的疑いをもって審理すれば、本件無罪判決の指摘する本件一審判決についての疑問に気づいてしかるべきであった」と批判し、対する上告審判決を「理想的なあるべき刑事裁判の姿を示している」と称賛した。しかし国賠判決は同時に、現状の裁判実務では、上告審の理想的なスタンスとは裏腹に「『真犯人を見逃してはならない』との命題に近い立場から」情況証拠・間接事実を総合的に判断して有罪を認定するスタンスも存在する、と指摘する。そして、一審・控訴審判決はともに、「普通の裁判官の少なくとも4分の3以上の裁判官が合理的な判断をすれば、当時の証拠資料・情況の下では到底そのような事実認定をしなかったであろうと考えられるほど著しい事実誤認」は犯していない、と結論した。
起訴検察官の行為の違法性については、一審・控訴審と審理が重ねられてなお有罪判決が下された事実を考慮すれば、公訴の提起・追行が違法であったとは言えない、とされた（検察官の責任については、その訴追裁量が極めて緩やかに設定されていることから、庭山も訴訟が成功するとは当初から考えていなかった）。
だが、1996年3月19日に東京地裁裁判長の村田鋭治が言渡した判決は、国家賠償の実情について「画餅と化している」とまで批判しながら、原告側の主張をすべて退けるものであった。
無罪判決が確定し、遠藤は442万5519円の刑事補償を受け取った。だが、遠藤と651人の代理人弁護士は、この補償を全額注ぎ込んでの国家賠償請求訴訟を、1991年1月7日に提起した。1100万円の賠償を求めて、遠藤と阿部を始めとする原告側が被告としたのは、国のみならず起訴検察官と一審・控訴審裁判官の計7個人であり、特に裁判官個人に対する提訴が行われた点では、極めて異色のものとなった。そして原告側が何よりも問題視したのは、かつて遠藤に有罪判決を下した裁判官の中に、その後栄転した者が複数いるということであった。
一審が始まってほどなく遠藤は職場を去り、裁判費用を捻出するために、高給を求めて職を渡り歩いた。それでも足りずに親兄弟や金融機関へ借金を重ね、阿部の弁護活動も手弁当で行われた。遠藤は公正判決を求める署名を集めるために全国を巡り、冤罪を訴える写真展も開かれた。自鑑定を再三に渡って否定された江守も、右後輪の付着物について、1984年7月に提出した意見書において「物理法則に従って『残らない』と言うのであって、単に本鑑定人が個人的に『残らない』と考えたというのではない」「全く物理的に不可能なことであって、このような非科学的な推論がまかり通ることは許されない」として、激しい反発を示している。仕事を休めば収入がなく、支援要請に出掛ければ金がかかり、経済的には毎日毎日苦しい日が続いたのです。〔中略〕死にたくなるほど何度も何度も悩み苦しんだのです。しかし、最高裁が残っている、信じてみようという気持ちが上告を決心し、また、この気持ちが現在まで裁判を闘ってきた最大の理由で、支えになっているのです。私も満三十一歳を過ぎ、人生の基礎ができていなければならない年代になりました。しかし、私には裁判しかないのです…… — 遠藤の最高裁宛上申書よりやがて弁護側にも支援の声が集まり始め、当初は阿部一人であった弁護人は総勢約140人の大弁護団となった。集まった署名の数も、1988年3月の時点で21万4122名に達した。同月には最高裁が口頭弁論の開始を通告し、マスメディアの間にも、有罪判決が破棄差戻しされるとの見方が強まった。
2004年12月8日、IBMとレノボはパーソナルコンピュータ事業のレノボによる買収を含む戦略的提携を発表した。この対象にはThinkPadやNetVistaなどの製品、ブランド、PC部門（IBM PC事業部、PCC）が含まれ、PCサーバのeServer xSeriesなどは含まれなかった。この結果、ThinkPad開発の主体を担っていた日本IBM大和事業所の技術者の大半もレノボ社に移籍した。(2015年現在では、x86サーバ・ワークステーション事業も、ThinkServer/ThinkStation としてレノボに移管されている。)日本IBMのPC事業部もLenovoへ転籍 〜大和研はThinkPadの開発拠点として存続 - PC Watch。特にThinkPadは市場で高いブランドを認知されていたため、買収後のブランドや品質・サポートの維持について多くの報道や議論が行われた。レノボ買収後の最初のThinkPadは、2005年7月のB5サイズタブレットPCであるThinkPad X41 Tabletである。これはIBM時代に開発が進められたモデルで、伝統的なThinkPadの延長線上に、タブレット機能や指紋認証を搭載した。実質的に最初のLenovo ThinkPadとなった製品は、2005年10月発売のThinkPad Zシリーズである。これは、従来のThinkPadの多くのモデルでは採用していなかった14〜15インチワイド液晶や、Windowsキー付きのキーボード、チタンコーティングを施したシャンパンカラーのトップカバーなどを採用し、従来のThinkPadと比較すると相違点も多かった。その後もレノボはThinkPad TシリーズやXシリーズの新製品を発表したが、大半のモデルではIBM ThinkPad時代の基本デザインが継承された。なお、レノボは2006年2月にThinkPadとは別に、比較的低価格なLenovo 3000シリーズ（ノートブックおよびデスクトップ,、現在のバリューラインシリーズ）の販売を開始し、その後継のGシリーズを販売した。これらはThinkPadの特徴であるトラックポイントや、つや消し黒の筐体を採用せずに、小さめのタッチパッドなどを持った。このためThinkPadシリーズの将来性が話題となったが、レノボはThinkPadは今後も世代進化を続け、Lenovo 3000は「ターゲット層が異なる」と説明した。2006年10月頃より、ThinkPad関連製品でIBMロゴからLenovoロゴへの移行が進められた。ThinkPad本体のモデルナンバーの横や、ThinkPad向け純正周辺機器などである。ただし型番の変更無しにも行われたため、同じ型番でも出荷時期などでロゴの有無や違いも存在した。レノボは2010年までIBMロゴの使用を許されていたが、2007年にはLenovoブランドが世界で順調に浸透しているとして、計画を繰り上げて2008年までにLenovoロゴへの移行を行った。