2009年5月31日、「RED STONE」と「眠らない大陸クロノス」などのプレイヤーのゲームデータの一部に対する不正アクセスが行われた可能性のある事をそれぞれの公式サイトから公表し、全てのプレイヤーのパスワードを変更する処置がなされた。2009年6月1日には、悪意ある第三者からの不正アクセスがゲームオンの管理するWebサーバほかに対して行われていたことを確認したと、同社から発表があった。プレイヤーへの対応としては、翌日の6月1日までにID登録時のメールアドレスに仮パスワード送信の措置（旧パスワードの強制凍結と新パスワードへの移行措置）が取られた。当時のメールアドレスを紛失したプレイヤーに対しては、2日後の6月2日に登録アドレス変更システム設置が行われた。6月18日には、2009年3月1日から同年5月31日までにゲームにログインしていたプレイヤーに「プチポータル・スフィアー」、上記期間中にログインし且つGEMを使用して便利アイテムを購入していたプレイヤーに対してはさらに「魔力解除キット[取引不可]」「400サービスポイント」が進呈された。ゲームオンは2009年6月1日、この不正アクセスに対し「個人情報の流出は確認されていない」と発表している。
2008年10月頃より、掲示板やブログ等のコミュニティ内で紹介されたサイトを介してキーロガーやウイルスがパソコンに侵入し、会員IDやパスワードが知られてしまい、「ゲーム内のGoldやアイテムを盗まれた」という報告が多くあった。ゲームオンは、被害にあった場合にはウイルスチェックを行い、パスワードを変更、連絡帳から報告、公的機関へ相談するよう指示している。また、ウイルスやスパイウェアにより会員IDやパスワードが知られた場合、対応や補填等を行わないとしている。
2008年6月頃より、運営チームを装ったキャラクターを使用し、会員IDやパスワード、生年月日を聞き出すといった悪質な行為が確認されていた。2009年10月1日、2008年6月から2009年8月の1年2ヵ月間に運営チームを装って他人のIDを奪い、返却と引き換えに電子マネーを奪い取ったとして、不正アクセス禁止法違反と恐喝などの疑いで中学2年の少年を書類送検したと愛知県警が発表した。少年は、約100人分のIDとパスワードを聞き出して自宅のパソコンから25回不正アクセスし、IDなどを勝手に変更したうえ、同級生の男子生徒と共謀して「電子マネーをくれればIDを返す」と電子マネー約35万円分を奪っていた。
2008年6月12日、他の会員IDとパスワードを使って不正にアクセスしたとして、不正アクセス禁止法違反の疑いで、山梨県警と小山署は3人を逮捕した。3人は、2008年3月3日午前7時34～42分、インターネットカフェから不正にアクセスした疑い。IDなどを使われた会員が同4日、「ゲーム内のアイテムが消失した」と県警に相談。この男性と大学時代の友人だった3人の犯行と特定し、逮捕した。
2008年6月頃より、販売を目的としたゲーム内通貨の不正取得が起きている。主にRMT業者を中心とした、中国系のアンダーグラウンド集団による不正アクセスで、ゲーム内のGoldやアイテムが盗難にあう事例が多発している。認証サーバーへのログインは、会員IDとパスワードにより可能である。ワンタイムキーを登録している場合、ワンタイムキーの入力が必要となる。また、公式サイトにおいてログイン後に生年月日を入力することで、ウェブブラウザ上で登録情報が変更できる。変更可能な情報はパスワード、メールアドレス、メールの受信・拒否であり、会員IDおよび生年月日は変更できない（生年月日はメールでの問い合わせによって変更可能）。登録情報変更のためにログインした場合、登録されているメールアドレスに会員IDおよびログイン日時が送付される。登録情報が変更された場合、変更後のメールアドレスに会員IDおよびパスワード、メールアドレスなどが送付される。
停車駅予報装置（ていしゃえきよほうそうち）と称し、停車駅が接近すると電子音が連続して鳴動する。都営浅草線でエアポート快特に充当される車両は、同装置が搭載されている車両が原則となっている。この他、京成の一部車両では特定の駅の接近時において電子音の鳴動とともに「お花茶屋、停車」などと音声を流して、都営地下鉄（5300形）・京急の対応車両（600形、10次車以降の1000形）では電子音の鳴動とともに運転台のモニタ装置に停車駅名を表示して通過防止を促すなど車種により異なる機能が付加されている。装置の設定方法も、独立した停車駅予報装置設定器を持つもの、モニタ装置にシステムが内包されているもの、行先・種別設定器の設定内容に連動して動作するものなどが存在し、仕様面については統一されていない。いずれの場合も相互直通運転を行っている京急線内、北総線内（京成成田空港線の列車として運行するアクセス特急は除く）では使用できない。また音声・表示で運転士に停車駅を知らせるのみで強制的にブレーキを動作させる機能は搭載されていないため、京成線内では万が一停車駅を誤通過した場合に備え、ATSと連動し未遮断の踏切道への進入を防ぐシステムが併用されている。これとは別に、一部駅には地上側にも停車駅予報装置の設定・動作とは無関係に動作する表示装置が設置されている。都営浅草線では、押上・泉岳寺を除くエアポート快特停車駅の手前とホームの先の2箇所に表示装置が設けられ、エアポート快特が接近した場合は縦に並んだ2灯の点滅で停車を示す。そのほかの種別の場合は消灯する。京成線では特定の駅の手前に表示装置が設けられ、停車する列車が差し掛かった際に「停車」と点滅させる。