大嶽城から見ると南に二本尾根が分かれている。うち東側の一本が小谷城の主郭部であるが、西側のもう一本にも小規模ながら城郭の遺構が残されている。これらは大嶽城と同じく元亀年間に援軍に来た朝倉軍が築いたものと考えられ、江戸時代の地誌などから「福寿丸」「山崎丸」と現在では呼んでいる。これらの遺構は、長方形に成形され、当時としてはとても高度なものである。一方、福寿丸や山崎丸に現在残る遺構は浅井・朝倉両氏滅亡後に羽柴秀吉によって築かれたものとする説が近年提示された。福寿丸と山崎丸の両方にある土塁挟みの虎口は、虎御前山城の（伝）木下秀吉陣に存在する虎口に類似しているが、朝倉氏の城にはみられない。また1575年（天正3年）の越前一向一揆の際、8月13日に織田信長は秀吉の守る小谷城に宿泊して軍の兵糧を調達し、翌14日に敦賀に着いたという記述が『信長公記』にあることによる。
山王丸から谷筋へ下り、さらに山道を登った所に大嶽城があり、小谷城の支城の一つとして機能していた。ここは小谷城の主郭部からは100メートル以上高く、小谷山の頂上もここにある（海抜495メートル）。現在は元亀年間に朝倉軍が駐留した際に築かれたと考えられる、曲輪・横堀群などが残されている。これらの遺構は直角に成型されており、小谷城の主郭部より高度な技術がうかがわれる。浅井亮政の築城当初は、小谷城はこの大嶽にあったとの説もある。考古学的に裏付けるものはないが、六角氏の天文年間の文書には、確かに「大嶽」の単語がいくつか見られる。
堀切より北側には、中丸、京極丸、小丸、山王丸と続いている。中丸は大堀切の北側にあり、三段からなる階段曲輪で、それぞれの段で横矢を築いている。京極丸は京極氏の屋敷があったと伝承されている。しかし 浅井久政、浅井長政時代には京極氏は河内城にいた。また、浅井亮政が旧主京極氏を幽閉していた場所だったので京極丸と名づけられたともいわれている（この曲輪は、『信長公記』によって同時代においてもこの名前で呼ばれていた）。城内では千畳敷曲輪に次ぐ二番目に広い曲輪跡である。京極丸の北側に小丸がある。この場所は浅井久政が切腹し果てた場所で、左右2段の曲輪からなる。主郭部の最も北側にあるのが山王丸である。山王丸は神社が祀っていたと考えられ、現在は名称が小谷神社にかわり小谷寺の一角へ移っている。4段から成り、詰めの曲輪でもある。また、山王丸の東側には高さ5mからなる大石垣があり、また各曲輪の虎口にも石垣が確認できる。『戦国の堅城』ではこれらの石垣は浅井氏の権力の象徴となっていた可能性を指摘している。石垣は鉄砲が伝来すると共に急速に広がっていくが、まだ戦国時代末期では国人の私的権力では構築が困難で、寺社に属する石工集団を動員する必要がある。近江国では六角氏のような守護に近い権力が必要であった。そこで浅井氏は自らの権力を配下の国人衆や、浅井氏の湖北での正当性や優位性を見せつける必要があり、石垣が築かれることによって浅井氏も国人から戦国大名になったのではないかと指摘している。
元々この作品は、アンディ・ナイマンとジェレミー・ダイソンが脚本を務めた、同名の舞台作品を原作にしている。作品は2010年2月からリヴァプール・プレイハウスで上演され、その後リリック・ハマースミスの興行収入記録を更新するなどロンドンの数劇場で成功を収め、更に世界ツアーとしてトロント・モスクワ・シドニーなどでも上演された。上演の際には、16歳以上向けの作品で神経質な観客には不向きだと明示され、『バラエティ』誌のレビューでは、「臆病な人は、観劇中ひっきりなしに恐怖の発作に襲われることになるだろう」とされたほどだった。ナイマンはこの舞台版でもグッドマン教授役を演じたが、これは共同監督を務めたショーン・ホームズの提案によるものだった。2016年2月には、マーティン・フリーマンとジョージ・マッケイがこの舞台の映画化作品に出演するようだと報じられた。2週間後には、ライオンズゲートがイギリス国内の配給権を獲得し、同年9月に主要撮影が始まる見込みだと発表された。2016年8月、ナイマンとダイソンはロンドン・フライトフェスト映画祭でティーザーを発表し、この席で同年10月に撮影が開始されることが分かった。ふたりは映画化に当たって「純然たるイギリスのDNA」を求めており、アメリカの映画会社からの誘いを断った上で、それを実現できる製作会社としてワープ・フィルムズを選んだという。ナイマンとダイソンは、映画と原作舞台にはいくつか差異があり、削られたシーンも追加されたシーンもあると語っている。舞台版では、グッドマンが自身の経験した未解決事件を語る講義形式だったが、これはグッドマンの憧れだった超常現象研究家のキャメロンから提示される形に変更された。これは、ナイマンがダイソンに言った、「もしもスタンリー・キューブリックから手紙が来て、世間に死んだと思われているが話したいことがある、と言われたらどうするだろう」というアイデアを基にしている。ふたりは舞台版を映画というフォーマットに沿うよう書き換えることを望み、18ヶ月かけて作業を行った。撮影はヨークシャーで5週間行われた。ダイソンの家の裏庭も使用されたが、彼によればこれは上演中リリック・ハマースミスの近所に住んでいたナイマンへの意趣返しだったという。撮影の際には、CGIの使用を避け、ポルターガイスト現象などは全て実写で撮影された。作中の3事件の発生時刻は3時45分に揃えられた。マイク・プリドル役には、ナイマンから直前に『アイヒマン・ショー/歴史を映した男たち』で共演したマーティン・フリーマンが推挙された。フリーマンは脚本を受け取った際に、ナイマンとダイソンから1972年の映画『探偵スルース』に似た要素があると聞かされたという。フリーマンは特殊メイクをしてキャメロン役も演じたが、アクセントや役名を変えて演じている際、自分が探されているのが面白かったと回想している。ナイマンは、フリーマンやトニー・マシューズ役のポール・ホワイトハウスなどコメディ作品の経験豊富な俳優を配置したことについて、笑いもありつつすぐに転換するような、繊細なバランス感覚が好みだったためと答えている。ロウザーとホワイトハウスの配役は、いずれも脚本陣の第1希望であった。キャストはそのほとんどが男性で構成されたが、ナイマンは男性の自殺という問題に触れたことが遠因だとしている。