2011年の東日本大震災をきっかけに展開している大型キャンペーン企画・「NHK東日本大震災プロジェクト」協賛番組である。この番組では、子供も大人も心を動かし、深く考える番組として、プレゼンターや専門家が最新の知見や現場での取り組み、学校でのワークショップの様子を伝えるものである。本番組のベースとなった番組は2つある。1つは、2012年度に学校放送の特集企画として放送した『シンサイミライ学校』であり、もう1つは2012年度から定時放送としてスタートした「現場に出かけて現場で学ぶ」総合学習番組で主要テーマの1つが防災教育である『げんばるマン』である。日本南海トラフを震源とする巨大地震の発生が懸念されていることもあり、NHKは2013年度の学校放送番組の編成見直しにあたり、岩手県釜石市における“釜石の奇跡”の実例を踏まえ、内容を拡充して子どもたちにも自分たちでいのちを守る力を身に着けてもらおうと、防災教育番組の定時化を実施することとしたのである。この番組からは、慶大生が考案した「じしんだんごむし体操」の歌が生まれた。これは地震が発生したら身を守るためにダンゴムシのように丸くなった方がいいという主旨の歌と体操である。
なお、この騒動での復帰組への救済策として、全国の連盟でも当時あまり行われていなかった2校ずつの各部入れ替え戦制度を導入した。当初は、復帰組の早期1部昇格を目的として導入されたが、復帰組5大学中、元1部校が全校1部復帰した後も同制度が引き続き継続された。2011年からは、以前の1校ずつの入れ替え戦制度に戻っている。
復帰した5大学は全日本大学野球連盟側との交渉の際の"連盟内での再調整の指示"をよりどころに、引き続き愛知連盟内での再編案を主張しつづけたが、受け入れられないことから別途リーグ戦を組織する行動を起こした。連盟の分裂を回避したい連盟事務局は、再編派離脱復帰組5大学と非再編派グループとの調停に苦慮し、復帰組5大学のリーグ戦を全国大会への出場権がない臨時部と定義しリーグ戦を容認した。その後引き続き双方の調停・話し合いが継続する中でリーグ戦が推移していったが、最終的には全国大会への道が閉ざされた強硬派のモチベーションが低下し、2001年に再編派が矛を収める形で最下部所属として正式にリーグ戦に復帰することとなった。
各部のリーグ戦の終了後に上位リーグの最下位校と下位リーグの優勝校との間で対戦を組み、勝者チームを次シーズンの上位リーグの所属とする（敗者チームは次シーズンは下位リーグ所属となる）。対戦方法は2戦先勝方式。
春季は全日本大学野球選手権大会の愛知大学野球連盟代表としての出場権を獲得。秋季は優勝チームおよび準優勝チームの2チームが東海・北陸・愛知三連盟王座決定戦の愛知大学野球連盟代表となり、東海地区大学野球連盟、北陸大学野球連盟のそれぞれの優勝チーム・準優勝チームと対戦し、優勝した場合に明治神宮野球大会への出場権を獲得する。
同一の対戦校に対して先に2勝したチームがその相手校との対戦に勝利したとして対戦を終了する（1勝1敗の場合は第3戦を行い決着を付ける、引き分けの場合は再試合）。
加盟校数の関係から前シーズンの成績を基に1部～3部に分けたブロック運営を行なっている。最上位リーグを1部リーグ、下位リーグを2部以下と称する。
大学野球の歴史的な成り立ちの関係で他の地域では同一地区内で複数の大学野球連盟が乱立気味なのに対して、中京地区は愛知大学野球連盟のみが単一で存在している。そのため全国の他の連盟に比べて加盟校数が多く、現在ではその数において最大の27大学が加盟するに至っている。近年は1、2部リーグの実力差はなくなっており、有力校も降格を経験したり2部リーグ経験者からもプロ入りして活躍する選手が出ている。明治神宮大会へ繋がる秋季リーグ戦では指名打者制を採用していない。交流試合などにも積極的で、中京地区の社会人野球とも古くから交流試合を実施している。
しかしながら、この制度には欠点もある。1980年代から1990年代にかけて、青少年による暴力によって多くの人が亡くなる事態が増加したことを受けて、多くの州では少年法制の下で審理を受ける権利を消滅させる方向での、より厳格な法律が成立した。いくつかの州では、一定の犯罪を犯した者は、かつては裁判官に判断権が与えられていたのを改めて、未成年者であっても自動的に上位裁判所（日本の地方裁判所に相当する。）で審理が行われることになっている。例えば、マサチューセッツ州では、第1級又は第2級殺人、あらゆる類型の銃撃事件又はギャングによる暴力事件に関連するあらゆる犯罪を犯した14歳から17歳までの少年は、自動的に「青年被犯罪者」 (youthful offender) として審理される。これは、少年が現実に成人と同様に取り扱われることを意味している。有罪と判断されれば、少年は成人刑務所に送られ、刑に服することになる。いずれにせよ、青少年短期収容所も、想定されているような方法での運営ができない事態も生じている。成人刑務所と同様に、収容者同士で、あるいは職員が収容者に対して、暴力をふるう事態が生じ得る。ギャングの抗争事件や騒乱罪は珍しい事態ではない。所によっては、暴力が悪化して、授業を受けさせないで何か月も収容者を閉じこめておく事態にまで発展していることもある。職員の職権濫用があったとか、虐待があったとかいう主張も、よくあることである。