AFDLのローラン・カビラ議長が大統領に就任、国名をザイール共和国からコンゴ民主共和国に変更した。カビラ大統領は司法権を除く全権を自身に付与することを発表するなど、強権支配体制を敷いた。カビラ大統領はツチ系が政権を握るルワンダなどの影響力が強まることを恐れ、政権や軍部からツチ系の排除を始めたために1998年8月に東部を中心として第二次コンゴ戦争に発展していった（イトゥリ紛争の継続、キヴ紛争の開始）。国内のダイヤモンドやコバルトなどの豊富な鉱産資源に関する利権も絡み、反政府勢力コンゴ民主連合 (RCD) を主にウガンダとルワンダが、政府軍を主にジンバブエ、ナミビア、アンゴラが支援する事態となった。戦闘などで住民20万人以上が死亡し、紛争に伴う食糧・医薬品不足などでさらに150万人が死亡したとされている。1998年から2000年に東部州（現高ウエレ州）の金鉱山（ドゥルバ鉱山とワツァ鉱山）でマールブルグ熱の感染により128人が死亡した。政府と介入5か国は1999年7月、ザンビアのルサカでルサカ停戦協定に調印。しかしカビラ大統領は国連部隊の自由な展開を拒否し、停戦は事実上無効化した。2001年1月16日、ローラン・カビラ大統領が暗殺され（護衛兵に撃たれ死亡）、26日に後継者に第二次コンゴ戦争をコンゴ軍参謀総長として指揮していた長男のジョゼフ・カビラが選ばれ、当時世界最年少の大統領となった。和平協定に向け、2001年10月15日からエチオピアのアディスアベバで対話が実現。ルワンダが支援するコンゴ民主連合 (RCD)、ウガンダが支援するコンゴ解放運動 (MLC)、そしてRCDから分離したコンゴ民主連合解放運動 (RCD-ML) の主要反政府勢力3組織などが、協議継続などをうたった共同声明に調印した。2002年2月25日、戦争終結を目指す各派の対話がボツワナのクェット・マシーレ前大統領を調停役として南アフリカのサンシティで再開されたが決裂。対話は南アフリカのプレトリアで、セネガルのニアセ前首相の仲介で再開され、反政府勢力からRCDとMLCが参加した。2002年8月、ムベキ南アフリカ大統領の仲介により、12月にプレトリア包括和平合意が成立した。この第二次コンゴ戦争で起きた虐殺・病・飢えで死んだものは500~600万人とされる。2003年にはコンゴ共和国の感染爆発が飛火した北部地方でエボラ出血熱が流行。死亡者は100名以上に及んだ。また、同国を生息地とするゴリラへも感染が広がり、2005年までに全個体数の2/3にあたる約5,500匹が死亡したと発表されている。2003年7月、合意に基づき暫定政府（Transitional Government of the Democratic Republic of the Congo）が正式に発足。しかし暫定政権はその後も国内すべてを掌握できず、引き続き戦争状態が続いた。民族対立とも相まって東部（イトゥリ州、南キヴ州、北キヴ州）は虐殺・略奪・強姦の頻発する一種の無法地帯となった。
天保14年8月10日（1843年9月3日）に豊前国宇佐郡高並村（大分県宇佐市）に農民・高並彦郎とサノの三男として出生。幼名は彦六。幼少から漢学の手ほどきを受け、文久3年（1863年）に、長崎で蘭学・英学を学び、大井卜新との知遇を得て、義兄弟となり、大井の名字を名乗る。更に江戸に出て仏学・化学を学ぶ。江戸幕府の開成所舎密局に出仕する。戊辰戦争では幕軍砲兵隊に属し官軍と戦う。この頃、正教会の洗礼を受けており、大井は正教徒となっている。明治維新後は、明治2年（1869年）より箕作麟祥に学ぶ。その後、大学南校に入学。明治7年（1874年）、民撰議院設立を巡り加藤弘之と論争する。明治8年（1875年）、元老院少書記官となるが、翌年に免官される。官界を去ると愛国社創立に参画し、その後は弁護士（当時は代言人）として活動する傍らで自由民権運動急進派の指導者として活躍する。明治10年（1877年）に大井卜新の養子となる。明治14年（1881年）6月、仏教団体の誣告によって死体が発掘された正教徒のために弁護活動を行い、大審院で勝訴を得た。明治15年（1882年）、自由党に参加。明治17年（1884年）、秩父困民党を指導。明治18年（1885年）、朝鮮の内政改革を企図し、大阪事件を起こし逮捕される。大井は裁判所から禁固9年の判決を受ける。明治22年（1889年）、大赦により出獄を許される。中江兆民達と再び旧自由党勢力の糾合を目指し、明治23年（1890年）に立憲自由党を結成する。しかし、明治25年（1892年）11月に脱党し、東洋自由党を結成する。大井は普通選挙を主張すると共に、日本労働協会・小作条例調査会を設立、社会運動の先駆けをなした。明治26年（1893年）、東洋自由党を解党し、翌年の第3回衆議院議員総選挙に大阪より立候補し当選する。兵略商略を並行して富国をはかり日本人こそアジア革新の指導者となるべきという大井の主張に感銘した梅屋庄吉から明治27年（1894年）に南洋貿易と移民の計画が持ちかけられ、賛同した大井はシンガポールを視察し、明治31年（1898年）に東京で南洋貿易商会を営む。同年の自由・進歩両党合同による憲政党結成に尽力。憲政党総務を務める。明治32年（1899年）、片山潜らと普通選挙期成同盟会（のちの普通選挙同盟）を結成、普選運動に終始取り組む姿勢に変わりはなかった。晩年は南満州鉄道株式会社とつながりを持ち、対外強硬論者として活動した。大正11年（1922年）10月15日死去。埋葬式はニコライ堂で行われた。