1990年代後期から純文学の商品化が進み、多くの新鋭の小説家がポピュラー音楽や映画など大衆文化との接点を強調して売り出された。J-POPという音楽に応じて雑誌「文藝」が阿部和重、町田康、星野智幸、吉田修一ら1990年代に登場した作家を広くJ文学と名付けたが、大きな反響はなく、その名称は定着しなかった。1998年、津島佑子は自身の文学的主題の集大成として『火の山－山猿記』を完成させた。1999年『日蝕』で芥川賞を受賞した平野啓一郎は、現代ではあまり使われない漢語を多用した擬古文体を使用し、京都大学の現役学生であった事からマスコミに多く登場した。『蛇を踏む』で芥川賞を受賞した川上弘美は、2001年『センセイの鞄』を発表し、広く受け入れられた。同年、高橋源一郎の『日本文学盛衰史』、2002年に村上春樹の『海辺のカフカ』、2003年に阿部和重の『シンセミア』、2005年には村上龍の『半島を出よ』、町田康の『告白』といった大作が発表された。また、島田雅彦は、『無限カノン三部作』を発表した。2000年代に入ったあたりから文学賞の低年齢化が話題を呼び、2004年に最年少で第130回芥川賞を受賞した綿矢りさや金原ひとみなど、10代でデビューした若い作家の活躍がみられた。またこの時期には辻原登が19世紀のヨーロッパ小説の伝統を受け継いだ作品を、堀江敏幸は随筆と小説の境界を無効化するような作品を発表した。国際的に名を知られた大江健三郎は、『「おかしな二人組」三部作』と総称される、『取り替え子』（2000年）、『憂い顔の童子』（2002年）、『さようなら、私の本よ!』（2005年）を発表した。この時期には、海外で日本文学の翻訳が盛んになり､一部の作家は同時代の海外文学に強い影響を与えるようにもなった。翻訳された村上春樹の作品が多くの国でベストセラーとなり、村上は世界的に最も影響力のある小説家の一人となった。多和田葉子は日本語とドイツ語の両方で創作を続け、その作品は国境を越えて高く評価された。小川洋子も『博士の愛した数式』（2003年）などの作品で世界的に名を知られた。日本国内では、リービ英雄や楊逸のような、日本語を母語としない、日本語で創作する小説家が高い評価を得た。2007年には川上未映子、円城塔、磯崎憲一郎、諏訪哲史らが相次いでデビューした。
2008年6月15日の記者会見で「無断で持ち出すのは違法ではないのか」との指摘を受けたが、GPJの顧問弁護士は「形式的には窃盗かもしれないが、横領行為の証拠として提出するためで違法性はない」としていた。さらに弁護士たちは、5月20日付で、窃盗を成立されるための不法領得の意思を満たしていないという「法的見解」を発表した（#不法領得の意思に詳述）。不法領得の意思とは、簡単に言えば、「鯨肉」を自分のものにしてしまおうという意思、あるいは、「鯨肉」を経済利用しようという意思（食したり売却したりすること）があるか、単純に考えれば該当しないので、弁護士はそれを主張したのである。しかし、不法領得の意思があったとみなされるか否かは、この裁判の4大争点のひとつとなった(#裁判の争点参照)。2008年6月20日、GPJの星川淳事務局長は記者会見で、同団体幹部ら2人が逮捕されたことについて、「逃げもしないし証拠隠滅のおそれもない。不必要かつ不当な逮捕と強く抗議したい」「東京地検の捜査の結果をしっかりと見守り、判断が下されたときには潔く従うつもりである」と話した。同日午前9時すぎ、GPJ代理人の只野靖弁護士が急遽記者会見を開き、「こういう（鯨肉を持ち出す）方法を取らなければ鯨肉の横領を告発できなかった」と鯨肉入り段ボールを持ち去った行為の正当性を主張。さらに「持ち出しの経緯や詳細についていっさいを上申書で提出し、任意捜査に応じると言ってきたのに、こんな形で逮捕・家宅捜索されたのは非常に遺憾」と述べ、不当逮捕であると訴えた。さらに「鯨肉横領の告発の意義は変わらない。これとは別に（告発を受理した東京地検によって）捜査が進むと思う」と語った。また同日、オーマイニュースの取材で、GPJの代理人でもある日隅一雄弁護士は、前日来逮捕の見込みとの報道があったため、2人の容疑者については当初20日午前7時に事情聴取に応じるために、新宿警察署に出頭する予定であったことを明らかにした。さらに同氏は逮捕後の2容疑者とも接見しており、「2人は（今回の逮捕により）鯨肉の業務上横領の捜査がストップすることを一番気にしていた」と語った。翌21日、GPJの星川淳事務局長は記者会見を開き、鯨肉を持ち出した行為について「事前に相談はなかったが、（業務上横領の）証拠になると判断し、事後に承認した」と自らが計画に直接関わっていなかったことを主張しながらも、組織的な関与を認めた。また、「政府や大企業の犯罪行為を防ぐ緊急性がある場合、結果として法を犯すこともあるのは世界のNGO活動のスタンダード」「グレーゾーンには踏み込んだが、犯罪にはあたらない」と同団体メンバーによる行為の正当性を改めて主張した。東京地検が乗組員を不起訴処分とした件については、「理解に苦しむ。段ボール箱には鯨肉を隠すように作業着が覆いかぶせてあった。なぜそんなことをする必要があったのか十分に説明されていない」と批判した。 同団体はこれまで「違法性はない」と主張してきたが、ここで初めて「グレーゾーン」という違法の可能性を含む表現を使った。