1993年、政府は南部の非ムスリムの裁判官を北部へ転任させ、全てムスリムに置換えた。治安警察の導入で、北部に住む南部人や非ムスリムへのシャリーアによる逮捕、取り調べが推し進められた。1995年3月に、米国のカーター元大統領の仲介で一時停戦が実現したが、1996年に、SPLAとエリトリアに拠点を置いた多党派連合国民民主同盟 (NDA) が、政府に対する共闘を開始し、内戦が拡大した。
ディンカとヌエル族の戦争も平行して起こっていた。1991年11月15日、スーダン（現南スーダン）南部のジョングレイ州ボルで、ヌエル族のリエック・マチャルによるディンカ虐殺が起こった。
1991年5月にエチオピアでメレス・ゼナウィによる政変があり、SPLAは後ろ盾を失い三分裂した。1991年には、切断と石打ちを含む残酷な刑を全国的に導入する新刑法が施行された。南部の州は、これらのイスラームの禁令や罰から公式には除外されたが、1991年の法は、南部でのシャリーアの将来的な適用の可能性をもたらした。
憲法議会は1989年9月に仮計画された。しかし6月30日オマル・アル＝バシール大佐らが NIF の扇動と支持の元、救国革命指導評議会を政権に置換えた。15人の将校（1991年に12人に減員）からなる軍事政権で、文民内閣がこれを支えた。アル＝バシール将軍は大統領と首相、最高司令官を兼任した。バシール政権は労働組合や政党その他「非宗教」組織を禁止し、78,000人の軍人、警察官、文民行政官が体制変革のために追放された。1989年後半から SPLA と、アラブ系イスラム主義者のオマル・アル＝バシール政権、双方の衝突が南部で激化した。
5月、マフディー＆ウンマ党政権は SPLA と和平交渉を始めた。その年、SPLA と他の政党のメンバーはエチオピアで会合し、シャリーアの廃止を求めるコカダム宣言に合意していた。1988年 SPLA と DUP は、エジプトとリビアとの軍の協定の廃止、シャリーアの凍結、非常事態の終了、停戦を求める和平案に合意した。憲法議会の招集も予定された。この期間中、内戦の死者が増加し、経済は悪化し続けた。必需品が1988年に値上げされ暴動が起こり、値上げが取消された。マフディーは11月 SPLA と DUP の和平案を拒否し、DUP は政権を離脱した。新政権はウンマ党とイスラム原理主義の NIF で構成された。1989年2月に、軍はサーディクに最後通告を示した。彼は和平を進めるか、追い出されることになった。彼は DUP と新政府をつくり、SPLA/DUP合意を承認した。
1806年の帝国代表者会議主要決議によって帝国騎士の身分が消滅し、ビショフスハイムはバーデン大公領となり、この都市は「ネッカービショフスハイム」に改名された。大公領にはビショフスハイムという名前の都市が他に2つあったためである。タウバービショフスハイムとラインビショフスハイム（現在はライナウの市区）がそれである。ネッカービショフスハイムは、ネッカー川からほぼ15kmも離れているにもかかわらず、その名を市名に取り込んだ形になっている。バーデンでのネッカービショフスハイムは、まず1806年にオーバーアムト・ヴァイプシュタットに属すこととなり、1813年にベツィルクスアムト（地方行政局）の所在地となった。この都市は人気の移住先として発展し、1860年までに人口約2000人となったが、同じ時期に約260人が、主にアメリカに転出していった。19世紀前半には、ベツィルクスアムトの庁舎（1825年）、営林署官舎、ノイエス・シュロス（新城、1829年）、マルクト広場の学校が建設された。1846年と1847年の2度の凶作の後、ネッカービショフスハイムを皮切りにバーデン一揆が起こり、これが1848年革命の始まりとなった。1848年3月3日とその翌日に、ちょうどこの頃シナゴーグを建設したバーデンビショフスハイムの裕福なユダヤ人に対して、激昂した農民達の暴行が繰り返された。1859年11月2日から3日にかけての夜に起こったバーデンビショフスハイムの大火で都市の2/3（46軒の住居と42棟の付属建築）が焼失した。この火事で、300人以上の市民がホームレスとなったが、再建は急速に進み、その後おそらく1年間で建設されたと考えられる。1846年にベツィルクスアムト・ネッカービショフスハイムが廃止され、ネッカービショフスハイムは拡大したベツィルクスアムト・ジンスハイムに編入され、1939年からジンスハイム郡に昇格した。ネッカービショフスハイムの集中的な工業化は、1862年に開通したバーデン・オーデンヴァルト鉄道と関連づけられる。1879年に印刷所が開業し、鍛冶屋のツック家は鉄道車輌製造の会社を興した。後には、石膏生産、タバコ工場、金工場が創業した。1870年から1880年の耕地整理は、農業生産のより良い条件を生み出した。すなわち、約29,000面に細分化された耕地がなくなり、約9,000面に整理統合された。1900年から1902年に支線のネッカービショフスハイム - ヒュッフェンハルト線が開通し、病院が建設された。1906年、ネッカービショフスハイム救護隊が創設された。この救護隊は、現在ドイツ赤十字の支部となっている。この都市は旺盛な経済発展を遂げ、多く中規模の企業が創業した。そして、モータリゼーションが伝統的な職種を急速に淘汰していった。