1889年から1893年にかけて、明治期の日本を5回訪れ、通算約3年間滞在した。来日を決意させたのは大森貝塚を発見したエドワード・モースの日本についての講演だった。彼は日本において、小泉八雲、アーネスト・フェノロサ、ウィリアム・スタージス・ビゲロー、バシル・ホール・チェンバレンと交流があった。神道の研究等日本に関する著書も多い。彼が旅の途中で訪れた穴水町にローエル顕彰碑が置かれ、彼が訪問した5月9日にはローウェル祭を開き、天文観測会や講演会が行われている。日本語を話せないローウェルの日本人観は「没個性」であり、「個性のなさ、自我の弱さ、集団を重んじる、仏教的、子供と老人にふさわしい、独自の思想を持たず輸入と模倣に徹する」と自身の西洋的価値観から断罪する一方で、欧米化し英語を操る日本人エリートたちを「ほとんど西洋人である」という理由から高く評価するといった矛盾と偏見に満ちたものであったが、西洋の読者には広く受け入れられた。
社伝によれば、神功皇后が三韓征伐の帰途に当地で一泊し、霊験のあった爾保都比売神を鎮祭した。翌日出発する際に邪気祓いとして放った矢が現在地の山に当たったので、その矢を神体として仁保島（現在の黄金山）の鎮守としたのが神社の始まりであるという。仁和元年（885年）、宇佐八幡宮を勧請し、正八幡宮と称した。昭和20年（1945年）の原爆投下時、社殿は爆風により傾いたものの倒壊せずに残り、被爆者の救護にも利用されたという。平成8年（1996年）10月、本殿・拝殿・手水舎が広島市の被爆建物リストに登録された。平成19年（2007年）9月27日未明に出火、本殿や拝殿などを焼失した。焼失した社殿は、建築様式から享保年間に再建されたものとみられる。これにより被爆建物リストには手水舎のみの記載となった。平成20年（2008年）4月、復興造営事業奉賛会が結成された。平成22年（2010年）6月25日、拝殿の「工匠（こうしょう）の儀」（上棟式）が行われた。平成22年（2010年）11月30日、拝殿の完成により、ご神体を拝殿奥にある仮神殿に運び神殿とする遷座祭が行われた。
爾保都比売神（にほつひめのかみ）を主祭神とし、帯中津日子神（仲哀天皇）・息長帯日売神（神功皇后）・品陀和氣神（応神天皇）を配祀する。邇保都比売神は、神名から丹生都姫神と同神とされ、古代この地が朱砂の産地であったことを示すものである。
2代目の「千歳丸」の前身は、イギリス商船「ラウアリ」である。1865年にイギリスのアバディーンで建造された木造バーク型帆船で、要目は長さ23間・幅4間1尺・深さ2間2尺・トン数323トン。1865年9月25日（慶応2年）に、代金30000ドルで購入された。
国家社会主義ドイツ労働者党（ナチ党）はドイツ最大の準軍事組織である突撃隊を抱えており、また突撃隊幕僚長エルンスト・レームは突撃隊を新たな軍の母体にする構想を持っていた。このため軍首脳は突撃隊の存在が唯一の武装勢力としての軍の存在を脅かしかねないと考えていた。2月1日にヒトラーは軍が偉大なる過去の象徴であり、突撃隊や親衛隊と合併することは考えていないと説明した。また兵務局長宅の会談でも突撃隊や親衛隊は軍にならないと再度強調している。2月に国防相官房長となったヴァルター・フォン・ライヒェナウはナチ党に近く、突撃隊を国境防衛に動員する構想を立ち上げた。5月17日には軍・突撃隊の首脳とヒトラーが会談し、ヒトラーは突撃隊が軍の指揮の下国境防衛に就くよう命令した。この任務のため、突撃隊には小銃とピストルが支給されることとなったが、軍は唯一の武器保有者としての立場を示し、あくまで任務に必要な間だけ供給されるものであるとされた。7月1日のバート・ライヘンハルの突撃隊・親衛隊指導者会議でこの方針は正式に伝達され、6月前に結成された国境防衛組織に突撃隊と鉄兜団、前線兵士同盟が参加することとなった。ヒトラーは「SA（突撃隊）は決して軍に取って代わろうとしたり、軍と競争してはならない」と言明している。レームも表面的にはこれに応えていたが、突撃隊と軍の暗闘は続いた。レームは「ドイツ青年鍛練管理局」を突撃隊に編入させて「SA訓練機関」とし、民兵組織権を手に入れようとした。ライヒェナウは組織の監督権を掌握することでSA訓練機関を軍の影響下におくことに成功したが、レームら突撃隊はなおも不満であった。ヒトラーはアメリカ大統領フランクリン・ルーズベルトの攻撃的兵器全廃提案を賞賛し、5月17日には「大平和演説」と呼ばれる世界規模の軍縮を支持する演説を行ったが、これは外交的なポーズに過ぎなかった。そして10月14日には世界軍縮会議で突撃隊と親衛隊が軍人扱いされたことを口実として、ドイツは軍縮会議と国際連盟を脱退した。ヒトラーはこの頃から徴兵制再施行を構想していたが、これは軍事力の強化とともにレームの政治的影響力をそぐねらいがあった。しかしレームの強硬姿勢は変わらず、1934年2月には「国土防衛は突撃隊の管轄である」という覚え書きをブロンベルクに送付している。2月28日にはヒトラー・軍・突撃隊首脳の最終会議が行われた。この席で突撃隊は国境防衛に不適格であり、徴兵制施行までの過渡的措置として防衛任務に当たるに過ぎないと決定された。レームらはこの「新しいヴェルサイユ条約」の決定に不満であり、また国防省および陸軍もレームとの協力は不可能であると考えるようになり、結束してレーム排除に動き出すこととなる。レームは「第二革命」を唱え、各地で突撃隊と軍の衝突事件が頻発した。一方でゲーリングと親衛隊がレーム排除のための計画を立て、ライヒェナウら軍もこれを支援した。6月30日から7月2日、「長いナイフの夜」と呼ばれる突撃隊粛清が行われ、突撃隊問題は終結した。7月25日にはオーストリア・ナチスがオーストリア首相エンゲルベルト・ドルフースを殺害するクーデターを起こしているが、この実行犯にライヒェナウ、陸軍司令官ヴェルナー・フォン・フリッチュらが武器を供与し、この時期のナチ党と軍の「共犯関係」がかなり密接であったという見解も存在している。