プレイにクレジットが必須でないため、ゲームオーバーがない。プレイを終了したい場合は、クエスト選択画面の左上にある、ログアウトボタンをタッチして、（はい）を選ぶ。クエスト中以外は画面右上に操作可能時間のカウントが表示されており、クエスト選択画面でこのカウントが0になった場合は強制的にログアウトが行われる。げんきが100を超過した分は切り捨てられ、超過20につきスペシャルスター1個と強制的に交換（小数点以下切り捨て）される。これは強制ログアウト時には行われない。
筐体は全部で3種類あり、RINGEDGE基板を流用する筐体として『セガネットワーク対戦麻雀MJ』や『ネットワーク対戦クイズ Answer×Answer』等の4:3筐体を16:9仕様に改造した筐体と、『シャイニング・フォース クロス』の筐体に準じたヘッドフォンジャック付きの筐体がある。RINGEDGE2基板を流用する筐体として『CODE OF JOKER』の筐体を丸ごと流用した筐体がある。セガ・インタラクティブは2015年6月2日と2016年3月4日に、Aimeとして認識できない問題が発生していたXperia Z3、Xperia Z5、Galaxy S5 ACTIVE、AQUOS ZETA SH-01Gの4機種に関して、Xperia Z3並びにXperia Z5対応筐体をヘッドフォンジャックがコントロールパネル上の左奥に設置されている筐体のみとすること、Galaxy S5 ACTIVEとAQUOS ZETA SH-01Gの2機種を3筐体とも完全非対応にする事を発表した。これにより、Galaxy S5 ACTIVEとAQUOS ZETA SH-01Gの2機種で『ぷよぷよ!!クエスト』との連動を行う場合ICカードへの移行が必要である。
スマートフォン版『ぷよぷよクエスト!!』側から、アーケード版『ぷよぷよ!!クエスト アーケード』をプレイ済みのAimeカードナンバーを登録すると双方のプレイ状況に応じて連動特典を得ることができ、連動ポイントを貯める事で専用の召喚(ガチャ)が出来る。アーケード版のサービス終了以降もアプリ版内で連動ポイントの入手機会を僅かながら残しており専用の召喚は継続されていたが、こちらの召喚も2019年6月4日をもって終了。しかし、これ以降も連動の召喚から出現していた専用キャラクターは各種チケットによる召喚に移行し、引き続き入手可能となっている。
スマートフォン版から一新されており、パズルモードでは画面上をなぞったぷよが消えるのではなく、ぷよを指で移動させながら、順次経路上にあるぷよと入れ替えて行くという形式（『パズドラ』により近い操作）に変えられている。パズルモード以外も、メニューやクエストのルール・カードの種類などもスマートフォン版とは大きく異なっている。共通点は「同一のキャラクターが登場する」だけであり、それらのキャラクターもスマートフォン版から能力値が大きく変更されている。
『ぷよぷよ』シリーズのアーケード向けタイトルがリリースされるのは2003年の『ぷよぷよフィーバー』以来、10年ぶりとなる。アーケードゲーム市場の活性化を目的に、アーケードゲームでは業界初となる「基本プレイ無料」のシステムを採用しているのが大きな特徴。ロケーションテストは2013年3月28日から4月7日にかけて行われた。ALL.Netにより、Aimeカード、相互サービス中のバンダイナムコエンターテインメントのバナパスポートカード、おサイフケータイにデータを保存・使用できる。稼働終了に伴い、スマートフォン版との連動プレイ並びにマイデータサービスも2017年4月1日の3時59分を以って終了し、アーケード版の公式サイトも同年4月4日の4時以降は一部ページが閲覧不可となった。
本作にはぷよクエBBSという、アプリ内限定のスレッドフロート型掲示板機能があり、ギルドメンバーの募集、攻略情報の交換が行える。掲示板カテゴリーには「雑談」もあり、本作に特に関連のない雑談で他のユーザーと交流することもできる。
小槻山君は近江国栗太郡（現滋賀県草津市・栗東市一帯）を拠点とする豪族。仁寿元年（851年）今雄は雄琴・苗鹿の地を拝領し所領とした。雄琴の地名は、今雄の邸宅から琴の音がよく聞こえたためとされる。貞観5年（863年）苗鹿の地に法光寺を創建した（一説には、それ以前に最澄の開基ともされる）。貞観15年（873年）正六位上・左少史・算博士である際、弟の有緒らと共に平安京左京四条三坊に居を移した。貞観17年（875年）有緒や従兄弟の良眞と共に阿保朝臣姓を賜与され改姓した。今雄らは算道を習得することにより太政官の史の官職を得て、中央への進出を果たしたものと考えられる。当時算道は9世紀初頭から衰退が進んで大学寮4道のうち最下位に位置し、地方教育機関・国学に入るべき地方豪族にも道が開かれていた。また、史は太政官事務部門の少納言局・左右弁官局のうち弁官局に属する職で、任じられる家は地下家であったが、太政官文書管理・諸国庶務を務めることで朝廷に仕えることができた。なお、この算博士・史の職は今雄の子阿保経覧・小槻当平・小槻糸平も歴任し、その後は当平の子孫に継承されて小槻氏は官務家として発展していく。こののち、元慶元年（877年）までに外従五位下・但馬介に叙任され、元慶3年（879年）には従五位下（この時の官職は勘解由次官・算博士・但馬介）に叙爵している。元慶8年（884年）7月7日に没する。死後法光寺裏山の円墳に葬られた。また、子の当平により雄琴神社に今雄宿禰命として祀られている。