スカパ・フローを取り巻く島々をサウス・アイルズと呼ぶ。ホイ島はオークニー第2の面積を持つ島で、島北部にあるウォードの丘は諸島中最も標高が高い。オールド・マン・オブ・ホイは有名な海食柱である。またホイ島には規模の大きな石油ターミナルがある。バーレー島はスカパ・フローの東にあって、土手道でサウス・ロナルドセー島とつながっている。この島には新石器時代のタカの墓がある。グラムゼー島とフロッタ島はどちらもフェリーでメインランド島とホイ島と行き来ができる。サウス・ウォールズ島には19世紀に防衛用に作られた砦、マーテロー塔がある。サウス・ロナルドセー島、バーレー島、ラム・ホルム島はどれもチャーチル・バリアーズによって陸路でメインランド島とつながっている。
オークニー諸島北部の島々は、最も広範囲に及び、大半が中程度の大きさの島で構成される。フェリーや飛行機でメインランド島と往復が可能である。これらの島々では農業、漁業、観光業が経済の中心である。オークニー諸島最北であるノース・ロナルドセー島は、最も近いサンデー島と4kmしか離れていない。最西部であるウェストレー島には550人ほどが暮らし、パパ・ウェストレー島との間をフェリーと飛行機が行き来している。エディー島はノース・アイルズの中心にある。島の中心はムーアで、泥炭の切り出し、石灰岩採石が島の主産業である。ラウゼー島、エギルゼー島、ゲアゼー島は、エインハロウ・サウンドをはさんでメインランド島の西に浮かぶ。ラウゼー島にはチェンバード・ケアンを含む古代遺跡があり、エギルゼーには諸島唯一の円柱塔教会の遺構がある。ストロンゼー・ファースをはさんでさらに東側にはストロンゼー島とパパ・ストロンゼー島がある。オースケリー島はストロンゼーの南にあり、住民はたった5人である。
メインランド島はオークニー諸島最大の島で、オークニーに2つあるバラ（中世以来の自由都市）、カークウォールとストロムネスはこの島にある。諸島内外をつなぐ空の便、フェリー便を含む交通の要所である。オークニー諸島人口の約75%以上がこの島に集中している。島は肥沃な農業地帯である。島は大半がなだらかな低地であるが、北岸・西岸には切り立った崖が連なり、ロッホ・オブ・ハリーやロッホ・オブ・ステネスといった湖がある。島内には新石器時代、ピクト人、ヴァイキングが残した数多くの遺跡が点在する。主要な新石器時代遺跡4箇所は、UNESCO世界遺産オークニー諸島の新石器時代遺跡中心地として登録されている。メインランド島には、島の北と南にある小島も含まれる。
島名についた-aや-ayといった接尾辞は、古ノルド語で島を意味する-eyを表す。holmとは古ノルド語で『小さくて丸い島』を意味するholmrから派生した名称である。
オークニー諸島は野生動物の宝庫である。特にハイイロアザラシ、ゼニガタアザラシ、パフィンやミツユビカモメ、ハジロウミバト、オオトウゾクカモメといった海鳥である。クジラ、イルカ、ユーラシアカワウソも沿岸部周辺で見られる。内陸で暮らすオークニーハタネズミは、ハタネズミとは別の亜種で、固有種である。サンデー島、ウェストレー島、ラウゼー島、サウス・ロナルドセー島、メインランド島で見つかっており、5種類の別個の種類に分けられているが、この種がグレートブリテン島にはいないことはさらに注目に値する。海岸線は色彩豊かな花で知られる。ウラギク、シラー・ヴェルナ、ハマカンザシ、イソマツ、エリカ・キネレア、カルーナである。プリムラ・スコシカは、オークニーの海岸、近接するケイスネス、サザーランドにしかない。ヒツジのノース・ロナルドセー種は、飼いならされた動物としては珍しい種類である。彼らが餌として食べるのは大半が海藻であり、限りある内陸の牧草地を保存するために一年のほとんどを狭苦しい浜辺で過ごす。
オークニー諸島は約70個の島で構成されており、主な島はメインランド島のほか、サンデー島・ホイ島・ストロンゼー島・サウス・ロナルドセー島などがある。ノース・アイルズ（north isles）とサウス・アイルズ（south isles）に二分され、地質上は主に旧赤色砂岩から構成されている。スコットランド本土（グレートブリテン島）とオークニー諸島との間を隔てる海峡はペントランド・ファース（ペントランド海峡）と呼ばれ、サウス・ロナルドセー島から本土のダンカンズビー岬の間、幅約10kmである。オークニーの島々は、ホイ島の切り立った砂岩の丘、メインランド島、ラウゼー島西岸のごつごつした崖を除けば、全体的に起伏は少ない。ほぼ全ての島にロッホ（Loch、湖）があるが、大河川はなく、わずかに高地を浸す小川があるばかりである。海岸線は屈曲している。島々間の海峡は現地語で、サウンズ（sounds）やファース（firth）と呼ばれている。また、潮流は激しく、または地元民の一部が『止まり木』と呼ぶ流れは、頻繁に渦を引き起こして小島を速やかに取り巻く。オークニーは、強風が吹きやすく、一部を除き、自生した樹木を欠いている。
Eシリーズの外観は、ほぼ同様の意匠を持つ。形式によって異なるのは、前頭部の形状が傾斜しているか丸みを帯びているかということと、ヘッドライトの形状、そして側面である。EAとE1Aは、大きく傾斜した前頭部と、窪んだように見えるヘッドライトが特徴である。ロード・ナンバーを掲示するナンバー・ボードは小さく、EAはティア・ドロップ形を横倒しにした形状、E1Aは長方形である。E2Aは、傾斜を球状に変更し、ヘッドライトがその上に突き出たような形状。E3AからE6Aまではまた傾斜状に戻り、ただしヘッドライトは突き出たものとなった。E7AからE9Aまでは、傾斜の角度が垂直に近づき、Fシリーズに引き継がれる形状となった。このデザインの意匠は1937年に登録されている。側面の窓形状を見ると、EA/EBは両端が半円形の3連窓、E1は四角形、E2は円形の舷窓、E3からE7はほぼ四角形、そしてE8・E9ではまた円形の舷窓である。のちに経年により改造を施された車両もある。また、E8Aは車体側面上部に「ファー(Farr＝企業名)・エア・フィルター」と呼ばれるステンレスのグリルを配置している。シカゴ・バーリントン・アンド・クインシー鉄道(CB&Q)用に製造されたE5は、カリフォルニア・ゼファーに合わせてステンレス製の車体を採用した。