1817年6月24日、マッキーンはペンシルベニア州フィラデルフィアにおいて死去した。マッキーンはフィラデルフィア長老派教会墓地に埋葬された最初の人物となった。1843年、マッキーンの遺体はフィラデルフィアのローレルヒル墓地に移された。マッキーンの死後、その功績を称えて、フィラデルフィアのマッキーン通りや、ペンシルベニア州のマッキーン郡にその名が付けられた。マッキーンは6フィート（約183センチメートル）を超える長身であり、常に大きな三角帽子を被り、金の素敵なステッキを持ち歩いていた。また気は短く、活発な性格であった。顔のつくりはのっぺりとしており、鷹のような鼻と、情熱的な目をしていた。マッキーンは「気高く、要領が悪いために周りの人から反感を買っていた」人物として知られていたが、「冷静で、誇り高く、虚栄心が強かった」人物としても知られていた。ジョン・アダムズはマッキーンについて「大陸会議を最も上手に終結させるために私の前に現われた、3人のうちの1人」と評した。
マッキーンらはアメリカ独立の立場を継続していたが、保守的な第1回デラウェア邦議会は1776年10月の連合会議にマッキーンとシーザー・ロドニーの再選をしなかった。だがマッキーンは翌1777年10月の第2回デラウェア邦議会によって代議員に選任され、1783年2月1日まで代表を務めた。マッキーンは連合規約の起草を支援し、1781年3月1日に同案の採択に支持票を投じた。連合会議の初代議長サミュエル・ハンティントンが健康的理由により辞職すると、第2代連合会議議長にマッキーンが選出され、1781年7月10日から1781年11月4日まで議長を務めた。マッキーンは連合会議議長として一院制の連合会議を統括し、当時のアメリカにおける最高行政府を管理した。またマッキーンは公文書において「プレジデント・オブ・ザ・ユナイテッド・ステイツ」の肩書きが適用された最初の人物となった。だがこの役職には、後の合衆国憲法下の大統領職に匹敵する行政権は与えられていなかった。マッキーンの任期中、イギリス陸軍はヨークタウンで投降した。
1774年、マッキーンはフィラデルフィアに第2の家を建てたが、引き続きデラウェアでアメリカの独立を先導する指導者として活動した。マッキーンはジョージ・リード、シーザー・ロドニーとともにデラウェア植民地の代表として第1次大陸会議および第2次大陸会議に参加した。マッキーンはぶれることなく独立を主張し、独立宣言を支持するよう説得にまわった。ジョージ・リードが独立に反対したとき、その説得に当たったのはマッキーンであった。また不在だったシーザー・ロドニーをデラウェアのドーバーから1晩かけてフィラデルフィアに呼び戻し、独立への支持を取り付けた。マッキーンが独立を支持する票を投じてから数日後、マッキーンはニューヨークの防衛にあたっていたジョージ・ワシントンを支援するため大陸会議を離れ、フィラデルフィア第4大隊の大佐としてニュージャージ植民地のパースアンボイに向かった。その後1776年7月2日に独立宣言は採択され、同年8月2日までにほとんどの代表者が署名を行った。だが1777年1月17日に作成された複製にはマッキーンの署名がなかったため、マッキーンの署名はその後に書き加えられたものと推測されている。
1765年、ニューヨーク市で開催された印紙法会議において、マッキーンはシーザー・ロドニーとともにデラウェア植民地代表として出席した。マッキーンはその会議の投票手続きについて、各植民地がその大きさに関わらず等しく1票を投じる方法を提案し、採用された。この投票方法は、後の連合規約下の会議や、合衆国憲法下の上院議会でも各州平等の原則に基いて採用された。マッキーンは間もなく、印紙法会議において、最も有力な代表の1人となった。マッキーンはイギリス議会への陳情書を執筆する委員を任され、またジョン・ラトリッジ、フィリップ・リビングストンとともに議事録の改訂を担当した。印紙法会議は印紙法に反対する共同の決議を採択した。だが会議の最終日、すべての日程が完了したとき、議長のティモシー・ラグルズら数人の慎重派の代表は、陳情書への署名を拒否した。最初にラグルズが拒否の意思を示したとき、ラグルズは「主の良心に反する」と述べた。マッキーンはラグルズが「良心」という言葉を使ったことに対して怒号を交えて批判した。マッキーンはラグルズに対して会議の面前での決闘を申し込み、ラグルズはこれを受諾した。しかしながらラグルズは翌朝の夜明け前にニューヨークを立ち去り、決闘がなされることはなかった。
山梨県立博物館では、土器内部の植物圧痕を観察するレプリカ・セム法により栽培植物の起源を明らかにする研究を行っているが、2007年には山梨県埋蔵文化財センターとの共同研究において、酒呑場遺跡の181号土坑から出土した縄文中期の蛇体把手付土器の把手部分から栽培ダイズの圧痕が発見され、レプリカ・セム法による観察で栽培植物であると確認された。また、同様の手法で山梨県都留市の中谷遺跡から出土した縄文晩期前半の土器からは穀物害虫であるコクゾウムシが検出されている。さらに2009年には縄文中期前葉から中葉にかけての住居跡から出土した五領ヶ台式期から藤内式期の縄文片から複数のダイズ属のダイズ、ツルマメ、ササゲ属アズキ亜属の圧痕が確認され、同時に行われた北杜市大泉村の天神遺跡出土の縄文前期土器内部からもダイズ圧痕が確認されている。ダイズの栽培についてはこれまで弥生時代であるとされていたが近年は縄文時代後期の検出例があり、さらに縄文前期にまで遡る発見としてこれらの発見は縄文農耕の観点からも注目されている。また、2009年の報告においては縄文土器内部への意図的混入の可能性も指摘され、ダイズ圧痕の意義についても検討が行われている。