重武装のテロリストの一団を新宿歌舞伎町、TOHO新宿前で片付けたその翌日。獠の元に、モデル・進藤亜衣がボディーガードの依頼にやって来た。彼女は、自分が何者かに狙われていると訴える。一方、海坊主と美樹は傭兵が新宿に集結するという情報を入手。そこには、新宿を巻き込む巨大な陰謀があった。
『劇場版シティーハンター 〈新宿プライベート・アイズ〉』は2019年2月8日に約250スクリーン規模で公開された映画作品。配給はアニプレックス。上記劇場映画アニメ版から通算第4作目で初のデジタル制作となる。監督は『シティーハンター ザ・シークレット・サービス』以来23年ぶりにこだま兼嗣が再登板。主要声優については前述したとおりテレビアニメ版の面々が起用されており、制作スタッフについては新たな人物が大半を占める。製作には読売テレビが続投となったほかSP3で製作局となった日本テレビも参加となる。ゲスト声優として飯豊まりえとチュートリアルの徳井義実が出演することが決定し、飯豊が本作の応援団長、徳井が応援副団長として就任した。本作では「『キャッツ♥アイ』の来生三姉妹が喫茶キャッツアイのオーナーだった」という北条の提案による設定が採用されており、レオタード姿の彼女たち3人も登場する。なお、来生泪役の藤田淑子は出演を予定していたものの、アフレコ日の11月中に病状が悪化してスタジオ入りが出来なかった為に代役として来生瞳役の戸田恵子が一人二役で演じた。なお、その後藤田は亡くなりエンドロールで追悼コメントが載せられた。劇場公開に先駆け、2019年1月7日には新宿駅南口のNewDays中央店に作中の伝言板を描いた広告が掲出された。
『2』の本放送中である1989年6月17日に単発として公開された『シティーハンター 愛と宿命のマグナム』 (L&D) 、アニメ休止期間中の1990年8月25日に2本立てとして併映された『シティーハンター 百万ドルの陰謀』 (M$P) と『シティーハンター ベイシティウォーズ』 (BCW) の計3作品が製作されている。配給は松竹富士。
本放送後、2017年にはアニメ化30周年を記念してHDリマスター版が制作された。これは同年12月にアニマックスでのBS初放送を経て、2018年4月にはサンテレビでの地上波初放送にも用いられている。
6月17日、スティールヘッドは6回目の哨戒でハンマーヘッド (USS Hammerhead, SS-364) およびパーチー (USS Parche, SS-384) とウルフパックを構成しルソン海峡方面に向かった。7月8日夜、スティールヘッドは北緯18度05分 東経120度08分の地点で30トン級の小舟に対して機銃掃射を行った。7月30日から、ハンマーヘッドとパーチーが盛んに目標を探知し、翌7月31日未明、スティールヘッドはルソン島沿岸に向かうミ11船団を発見した。3時30分にパーチーの攻撃でタンカー光栄丸（日東汽船、10,238トン）を撃沈したあと、3時40分にスティールヘッドが北緯18度57分 東経120度50分の地点で、艦首と艦尾の発射管から魚雷を計10本発射。1隻の輸送船に1本が命中するのを確認したが、艦尾発射管からの魚雷は成果を挙げなかったとした。スティールヘッドはパーチーと連絡を取り合って新たな目標を探し出し、最初と二度目の攻撃から1時間経ってから三度目と四度目の攻撃で魚雷を4本ずつ発射し、爆発をいくつか確認する。パーチーからは「4隻の輸送船が沈んだ」との報告もあった。スティールヘッドの攻撃は以上で終わり、朝方には南の方角に逃げていくミ11船団を確認した。ミ11船団に対する攻撃で、スティールヘッドは最初の攻撃で1万トン級タンカーと7,500トン級輸送船各1隻撃破、二度目の攻撃は撃破した7,500トン級輸送船を攻撃も失敗、三度目の攻撃は1万トン級輸送船撃沈、最後の四度目の攻撃では5,500トン級輸送船の撃沈を報じた。のちに陸軍輸送船扶桑丸（大阪商船、8,196トン）を撃沈して陸軍輸送船だかあ丸（日本郵船。7,169トン）を撃破したと認定された。陸軍輸送船吉野丸（日本郵船、8,990トン）の撃沈は、パーチーも吉野丸に魚雷を命中させたと主張してきたため、吉野丸撃沈はスティールヘッドとパーチーの共同戦果となった。8月16日、スティールヘッドは60日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。スティールヘッドはサンフランシスコに回航され、ハンターズ・ポイント海軍造船所でオーバーホールに入ったが、オーバーホール中の10月1日に火災事故が発生し、焼けた司令塔を交換する大きな損傷を受けた。オーバーホールが終わったスティールヘッドは、1945年4月16日にサンフランシスコを出航し真珠湾に回航された。艦長がロバート・B・バイネス少佐（アナポリス1938年組）に代わった。5月13日、スティールヘッドは7回目の哨戒でトラック諸島方面に向かった。トラック方面でパイロット救助支援任務に費やした後、6月8日にグアムアプラ港に寄港して補給を行い、今度は日本近海でB-29クルーに対する支援任務を行った。この哨戒では、魚雷はついに発射しなかった。その代わり、7月1日に北緯33度23分 東経135度47分の潮岬近海で2隻の50トン級トロール船を浮上砲戦で撃沈し、1隻の50トン級ジャンクを破壊した。8月3日、スティールヘッドは74日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投。8月15日の終戦も同島で迎えた。