地上駅で、総敷地面積は16万平方メートル。東海道本線・関西本線・中川運河に挟まれた立地に、4面8線のコンテナホームや2面3線の上屋付貨物ホーム、仕分線などが存在した。また、駅の南西側（国鉄名古屋工場の南側）にある日清製粉名古屋工場への専用線も敷設されていた。東海道本線の本線上にある駅という扱いながら、実際は稲沢駅 - 笹島駅 - 西名古屋港駅を結ぶ貨物線からでないと進入できない構造になっていた。
1000番台では基本番台の構造を踏襲しつつ、以下のような変更点がある。車体は基本番台の構造を踏襲するが、常時5両の固定編成で運用されることから中間車の簡易運転台はなく先頭車前頭部の貫通扉も廃止された。一方で新たに乗務員用の側扉を設け、灯火類の意匠もシャープな形状となった。客用扉は当初より片側2箇所とされた。前面の愛称表示器はフルカラー表示の、側面行先表示器は3色表示のLED式で、号車表示・設備表示は共通運用される785系電車と同様、ピクトグラム表示のステッカーを客用扉付近に貼付する。外部塗色も785系のカラースキームを継承したもので、客室窓直下に黒+濃淡バイオレット + 萌黄色の帯を配し、前頭部付近で下方に弧を描くデザインである。前頭部はシルバーメタリック塗装で、正面中央には黒色の帯を縦位置に配する。普通車のみの編成でありグリーン車は連結されないが、4号車のモハ789形はグレードアップ指定席「uシート」となっており、客室窓を座席と同間隔の小窓としている。化粧室はオストメイト対応の多目的トイレを新たに設ける。車内販売の準備室は設けられず、自動販売機が設置される。なお、自動販売機は2017年（平成29年）3月4日ダイヤ改正で使用停止となった。電動車の構成は基本番台と異なり、785系や西日本旅客鉄道（JR西日本）の681系電車などと同様の「MTユニット」構成を採用しており、付随車であるサハ788形（3号車）にシングルアーム型パンタグラフと主変圧器を装備し、両隣の電動車モハ789形（2・4号車）に電力を供給する構成となっている。制御方式・台車は基本番台と同一仕様であるが、歯車比と主回路構成を変更し走行性能を維持しつつ編成中の電動車数およびパンタグラフ数を削減している。編成のMT比は2M3Tの構成であるが、3M2T構成の785系と同等の走行性能を有する。
10月1日、中山競馬場の新馬戦でデビュー。八木沢勝美を背に、2着に4馬身差を付けて初戦勝利を挙げた。以後も中山開催で連勝を続け、5戦5勝で関東の3歳王者戦・朝日杯3歳ステークスを迎える。当日は圧倒的な1番人気に支持され、スタートが切られると激しい先行争い制し先頭でレースを進めた。しかし最後の直線から並び掛けたキタノオーとの競り合いに敗れ、3/4馬身差の2着。初の敗戦を喫してシーズンを終えた。以後、キタノオーとは長くライバル関係となる。休養の後、翌年3月末にオープン競走で2着となった後、4歳クラシック初戦・皐月賞を迎えた。当年は例年開催の中山競馬場が改装中のため、東京競馬場で開催された。当日は前哨戦のスプリングステークスを制していたキタノオーが1番人気、ハクチカラは2番人気となったが、レースでは全く見せ場のないまま、7番人気の穴馬ヘキラクの12着と大敗を喫した。競走後、担当厩務員がハクチカラの慢性的な下痢を改善しようと、尾形の許可なく整腸剤を投与していたことが判明、担当はベテランの中沢徳次に交代された。以後ダービーに向けて態勢立て直しが図られ、中沢は1日3時間睡眠でハクチカラの看護に当たった。1ヶ月後、騎手が保田隆芳に替わったオープン競走で勝利。6月3日に日本ダービーを迎えた。当日は降雨で重馬場となったなか、キタノオー、ヘキラクに次ぐ3番人気であった。レースは外枠に入ったヘキラクとキタノオーがスタート直後に内側に斜行し、煽りを受けたエンメイ、トサタケヒロの2頭が落馬という展開で始まった。好スタートを切っていたハクチカラはこの影響を受けることなく先団5番手を進むと、最後の直線でキタノオーを一気に交わして先頭に立ち、そのまま独走。同馬に3馬身差を付けて優勝した。騎乗した保田はデビュー20年目でダービージョッキーとなった。ハクチカラは第2コーナーで左前脚の蹄鉄を落としていたといい、尾形は「それでよく走り通したものだと感心した」と述懐している。なお、スタートの斜行で落馬した2頭のうち、エンメイは競走能力を喪失し、騎乗していた阿部正太郎も重傷を負ったことから、この競走をきっかけとして騎手や調教師も交えた事故調査委員会が組織され、競馬施行規定の改正、人馬の救護体制強化パトロールタワー（監視塔）の設置といった改革が行われた。競走中の斜行禁止、充分な間隔がない中での内側からの追い抜き禁止といった騎手の御法についての規制もこのとき定められている。夏の休養を経て、9月に復帰。緒戦のオープン戦を制した後、セントライト記念では勝ったキタノオーから1馬身余の4着。その後、クラシック最終戦の菊花賞に備えて京都競馬場に入り、オープン戦を勝って菊花賞に臨んだ。当日は圧倒的1番人気のキタノオーに次ぐ2番人気に支持されたが、後方待機策から最後の直線で鋭く伸びたキタノオーに対し、ハクチカラは中団から伸びを欠いて5着に終わった。菊花賞の後は関東に戻り、カブトヤマ記念、ハンデキャップ競走を連勝。年末には当年創設されたファン投票によるオールスター競走・中山グランプリに出走。出走12頭中の8頭が八大競走優勝馬という顔触れで、当日は5番人気であった。レースは1番人気のメイヂヒカリが2着キタノオーに3馬身半差を付けて圧勝。ハクチカラは中団からミッドファーム、ヒデホマレと馬体を接して入線し、両馬からハナ、ハナ差の5着でシーズンを終えた。