2005年、フォーブス誌はロングアイランドの犯罪データを発表し、ナッソーとサフォークでは10万人当たり2042の犯罪があった。これは合衆国の平均犯罪率4338の約半分の数値であり全米有数の安全地域である。クリーンズとブルックリンはニューヨーク市警察（NYPD）の管轄。ナッソーとサフォークそれぞれには独立した郡警察がある。またナッソーにある複数の村と2つの市は市警もある。ニューヨーク州警察は州立公園や郡をまたいで走る高速道路などを管轄としている。他にもシェリフと呼ばれる郡保安署があり刑務所の運営や治安の維持などに努めている。ナッソーのシェリフは約1000人の保安官と100人の保安官代理（Sheriff Deputy）がいる。保安官代理は警察と同等の権限を有する上級役職であるが逮捕などは警察に委ねている場合が多い。サフォークのシェリフは約900人の保安官と260人の保安官代理を抱えており、同郡にある2つの刑務所も運営している。サフォークの保安官代理の権限は非常に幅広く警察犬の使用や航空パトロール、海上パトロール、事件捜査なども行いSWAT並みの機動性を持つ部隊も使用する。郡を越境するロングアイランド高速道路やサンライズ高速道路もニューヨーク州警と共に彼らの管轄にある。
2001年には民主党トーマス・スオッツィがナッソーの郡長に選出され、同郡の議会は民主党が実権を握っていた。同郡を完全に民主党政権下で治めたのはこれが初である。共和党もヘンプステッド地区の市議などで影響力を行使しており、同市では民主党は多数派ではなく約100年に渡り共和党が実権を握っている。2003年にはサフォークでも民主党のスティーヴ・リーヴィが郡長に選出された。2009年11月3日に行われたナッソー郡選挙で共和党エド・マンガノがスオッツィを下し当選。2010年1月1日に就任した。2005年の地方選挙ではナッソーが強力な民主党支持体制であることがわかり、30年余り地方司法長官を務めた共和党のデニス・ディロンが民主党のキャサリーン・ライスに敗退。また共和党の砦でもあったブルックヘヴン地域も民主党に奪われた。同地での共和党の腐敗やスキャンダルが原因とされ民主党のブライアン・フォーリィに負けた。サフォークでも郡保安官選挙で民主党が勝利した。
2000年、当時上院議員のヒラリー・クリントンはナッソー、サフォーク両郡で共和党リック・ラツィオに敗退。ラツィオは元サフォーク郡議。2004年の大統領選ではブッシュ率いる共和党が2郡でかなり好戦していたが、ニューヨーク州選出の上院議員で民主党のチャック・シューマーの選挙には共和党派の影響は見られなかった。彼は両郡で70％以上の票を集め当選した。共和党員で元ニューヨーク州知事のジョージ・パタキは出馬した3回全ての選挙でナッソー、サフォークを勝ち取っている。ただロングアイランドの民主党支持の傾向はアメリカ全体の風潮と相まって強いもので前州知事のエリオット・スピッツァーや上院議員のヒラリー・クリントンを輩出。民主党アラン・ヘヴィシはスキャンダルがあったのにもかかわらずロングアイランドでは勝利。アンドリュー・クオモはニューヨーク州司法長官選挙にて全4郡で勝利。ライバルのジェイニー・ピローはサフォークで惜敗を喫した。クイーンズとブルックリンでも民主党支持が多いが1980年以降クイーンズは政策によって非常に揺れやすい地域となってきており、これは同区の住人が中流の白人から様々な移民が集う地域になったことが理由とされている。
かつてナッソーとサフォークは共和党の支持者が多く、共和党選出の大統領候補は1900年から1988年まで同2郡で勝ち続けていた（1912年のウッドロウ・ウィルソンと1964年のリンドン・ジョンソンを除く）1972年には共和党候補のリチャード・ニクソンがナッソー、サフォーク、クイーンズを勝ち取り、ブルックリンではわずか14,000票差で民主党に負けた。1992年にはナッソーは民主党支持、サフォークは共和党支持と2郡が割れたこともあったが、現在では全4郡が民主党支持である。ただ両党の間で揺れる選挙もあり、2000年にアル・ゴア候補で大勝を収めた民主党だったが2004年の民主党候補ジョン・ケリーはサフォークを勝ち取ったがわずか14,000票差だった。これはテロの影響で保守派に回った人々が多いことが原因とされている。2008年には民主党バラク・オバマが2郡で大勝している。ニューヨーク州に全部で29ある選挙区のうち5区はロングアイランドにあり共和党はピーター・キングただ一人で第3区（西部ナッソーや南西部サフォークを含む）選出。残りの4区は全て民主党員。
ナッソーとサフォークは独立した地方自治政権を持っており County Executive （郡知事）と呼ばれる長の下動いている。両郡とも議会を有し議員は選挙によって選出される。一方、クイーンズとブルックリンはニューヨーク市に属している為独立した行政は行われていない。それぞれに区長は存在するが実権はニューヨーク市長が握っているのでさほど影響力のある職ではない。
ノースポートとモントークでは漁業が行われており同地域では重要な産業となっている。ロングアイランドは米国東海岸で最大規模の工業団地を持ちホッペイグ工業団地は大小1300の企業が入り約5万5千人の雇用を生み出している。アメリカ最大の保険会社のひとつである Gentiva Health Services社 もかつてはロングアイランドに本社を置いていた。現在はジョージア州アトランタにある。
9月より教団が開催する修行に参加していた在家男性信者が、静岡県富士宮市の富士山総本部道場で修行中に突如大声をあげて暴れだした。原因については「百日修行」と呼ばれる長時間に渡る厳しい修行で精神錯乱を起こしたとも、薬物中毒だったとも言われる。教祖の麻原彰晃は「頭を冷やしてこい」と弟子に命令し、岡崎一明、村井秀夫、新実智光、早川紀代秀らが、男性信者を風呂場に連れて行かせ、逆さに抱えて頭から浴槽の水につけるなどしたが、その過程で意識不明に陥った。その知らせを聞いた麻原はすぐに駆けつけ、男性信者にエネルギーを送る等し、他の信者が人工呼吸などの蘇生処置をおこなったが、そのまま死亡してしまった。当時、教団は東京都に宗教法人認可の手続きを行っており、この事件が発覚した場合、申請が取り消されることは確実であった。そのため、麻原は「教団内で焼いてしまえ。他に漏らせばその人間は地獄に落ちる」と述べて証拠隠滅を指示、死体は焼却して粉々に砕いた後、精進湖へ遺棄した。その後麻原は「いよいよこれはヴァジラヤーナに入れというシヴァ神の示唆だな」とつぶやいたという。翌1989年、一部始終を目撃していた男性信者が脱会を希望したことで発覚するのを恐れ、教団の事件で初めて殺人に至る男性信者殺害事件を起こすこととなる。