ボローニャで生まれ、マントヴァのジュリオ・ロマーノの下で修行し、インノチェンツォ・ダ・イモラの弟子となってテ宮殿の装飾を行い、その後1532年にフランスのフランソワ1世の宮廷での地位を確保した。ロッソ・フィオレンティーノと共にフォンテーヌブロー宮殿の装飾を任され、人生の大半をそれに費やした。このため、初期フォンテーヌブロー派の1人とされる。ロッソが1540年に亡くなるとフォンテーヌブローの美術監督に就任し、ニコロ・デッラバーテなど新たな画家や彫刻家を手配した。彼はタペストリー職人のためのカートゥーンを用意したり、16世紀宮廷画家の常として仮面劇やパーティのための精巧な装飾のデザインも求められた。これらの作品はほとんど現存しておらず、一部の下絵や版画が残っているだけである。フランソワ1世は彼の審美眼を信用し、1540年と1545年の2回、イタリアへの美術品買い付け旅行に送り出した。ローマでは教皇のコレクションから古代ローマの彫刻の石膏型を取ってくることが任務の1つで、それを使ってブロンズ像が作られフォンテーヌブローの花壇庭園を飾ることになった。プリマティッチオはフランソワ1世の後もアンリ2世とフランソワ2世に宮廷画家として仕えた。彼の傑作とされるフォンテーヌブローの Salle d'Hercule は完成に1530年代から1559年までかかった。プリマティッチオのマニエリスム的な構図と脚を長めに描く技法は16世紀後半のフランス美術界に影響を与えた。その後プリマティッチオは建築に転向した。サン＝ドニ大聖堂のヴァロア礼拝堂が代表作とされるが、これが完成したのは彼の死後で、しかも1719年に破壊された。
ジェームス・カーティス・ヘボンは、公会主義について「この目的はよいことで、喜ばしい考えでありますが、わたしどもは哀れな弱い人間でありますから、キリスト再臨まではこれは全く妄想的な考えです。」と述べた。日本キリスト教会の指導者渡辺信夫は、公会主義の存在自体を否定している。「「公会主義」を担ぐ人は旧日基の時からいたが、資料を客観的に見て行けば蜃気楼のように消えてしまう幻想である。教団は長い間この夢物語を神話化して、その神話によって教団合同を正当化していた。」という。 また、日本基督公会は長老制を採用する改革派と長老派という、同質の教会であったことから、公会主義を強調するのは無理だとの指摘もある。ホーリネス系福音派の上中栄は、日本基督教団は教派の否定によって成立したが、偶像崇拝を行ったと指摘し、「教派性を規定するのは職制や信仰告白」であるので、教派を否定するなら、教会は教会でなくなるとしている。
日本基督教団は、2009年の日本伝道150年記念宣言で、「日本基督教団は神が働きたもう歴史の必然により生まれた公同教会であり、簡易信条、公会主義の伝統を受け継いでいます。」と宣言した。
サミュエル・ロビンス・ブラウンは、1872年9月28日の書簡で日本基督公会について述べていった。「神よ願わくは、日本におけるキリスト教の発達に関心を持つ者として、同一なる公会の精神と統一した目的とに結合されて、キリスト教国における教会の美をはばむ分派をば、できるかぎり、この国から排除せられんことを。そして、もし、ただ組合教会とか、長老教会とか、リフォームド教会とかの相違が、異教徒に見えないよう、かくされてしまって、教会のこれらの分派が、少しもあらわれずに・・すべてのものが、ひとりの共通の『主』と『かしら』につらなって、一つの教壇に立ちうるようになったならば、わたしたちの後から日本に来るものは、どんなに幸いでありましょう。」
「我輩の公会は宗派に属せず。ただ主イエス・キリストの名に依て建る所なれば、単に聖書を標準とし、是を信じ、是を勉むる者は、皆是キリストの僕（しもべ）、我等の兄弟なれば、各中の各員全世界の信者を同視して一家の親愛を尽くすべし。是故にこの会を日本基督公会と称す。」
宗義智から交渉決裂を聞いた秀吉は、天正19年（1591年）8月、「唐入り」を翌年春に決行することを全国に告げ、肥前の名護屋に前線基地としての城築造を九州の大名に命じた。秀吉は自分の地元那古野と同じナゴヤという地名を奇遇に感じ、城の立つ山の名前が勝男山と縁起がいいことにも気を良くしこの地への築城を決めたのだが、この地の領主であった波多親はこれに反対したため不興をかった。また甥の内大臣豊臣秀次に関白を譲って自らは太閤となった。9月、平戸城主松浦鎮信に命じて壱岐の風本に城を築かせた。その築城の担当は、松浦鎮信、日野江城主有馬晴信、大村城主大村喜前、五島城主五島純玄であった（宇久純玄はこの年、姓を五島に改める）。なお、城跡から出土した瓦に「天正十八年」の銘があるものが発見されたことから、築城開始時期が通説の天正19年より早かった可能性も考えられている。10月上旬、全国の諸大名が名護屋へ到着し、城普請に取りかかった。『松浦古事記』によれば、20万5,570あまりの兵が高麗へ渡り、名護屋在陣は10万2415兵で、総計30万7,985兵で陣立てされた。築城に際し、縄張りを黒田孝高、そして黒田長政、加藤清正、小西行長、寺沢広高らが普請奉行となり、九州の諸大名を中心に動員し、突貫工事で8か月後の文禄元年（1592年）3月に完成した。規模は当時の城郭では大坂城に次ぐ広壮なものであった。ルイス・フロイスが「あらゆる人手を欠いた荒れ地」と評した名護屋には、全国より大名衆が集結し、「野も山も空いたところがない」と水戸の平塚滝俊が書状に記している。唐入りの期間は、肥前名護屋は日本の政治経済の中心となった。