1947年（昭和22年）4月、日本国憲法第92条で予定された法律として地方自治法が公布された。この中で都道府県は、以前の「中央政府の下部機関」という立場ではなく、市町村と同様の「普通地方公共団体」に位置づけられ、議会議員のみならず知事も選挙によって選ばれることになった。ただし、1947年（昭和22年）4月に実施された最初の知事公選はまだ成立していなかった地方自治法ではなく、前述の府県制（道府県制）・東京都制改正で地方長官について公選制が導入されたことを根拠に行われた。この時点で、1都（東京都）1道（北海道）2府（京都府・大阪府）42県。その後、1972年（昭和47年）にアメリカから返還された沖縄に沖縄県が置かれ、再び43県となっている。都道府県知事が公選となる一方で、戦前に起源を持つ機関委任事務制度は2000年（平成12年）に廃止されるまで長く存続した。都道府県は、普通地方公共団体として市町村と対等であるが、都道府県は市町村を包括する広域の地方公共団体として、広域にわたるもの、市町村に関する連絡調整に関するもの及びその規模又は性質において一般の市町村が処理することが適当でないと認められるものを処理する（地方自治法（第2条第5項））。しかし、「都」・「道」・「府」・「県」という「単位」の定義が地方自治法には明記されておらず、現在の都道府県名は同法第3条第1項の「地方公共団体の名称は、従来の名称による」という規定に基づいて使われている。ただし、「都」については単なる名称ではなく、「道府県」とは異なる性格を有する。すなわち、地方自治法上、「都」の「区」は「特別区」とされており（地方自治法281条1項）、「道府県」とは異なる取扱いである。なお、道府県であっても大都市地域における特別区の設置に関する法律に基づき特別区を設置することは可能であり、特別区を包括する道府県は、地方自治法その他の法令の規定の適用については、原則として「都」とみなされる（同法10条）。
戦後、1946年（昭和21年）9月の府県制改正に伴って、北海道会法と北海道地方費法が廃止されて府県制に統合され、同法は道府県制と改称された。この改正法の附則の規定により従来北海道地方費と呼んできた自治体を「道」と呼ぶものとされた。1947年（昭和22年）5月3日の地方自治法施行とともに、北海道庁官制も廃止され、地方行政官庁であった北海道庁も、普通地方公共団体の一つである「北海道」となった。
第二次世界大戦中の1943年（昭和18年）7月1日、東京都制（昭和18年 法律第89号）の施行により、東京市は東京府と合併され「東京都」となり、市制と自治権を剥奪された。東京都官制（昭和18年 勅令第504号）により「東京都長官」が長官とされ、東京都を設置した内務官僚である大達茂雄が、その第1代に任命された。東京都制によって都議会が設置され、旧・東京市内の各区にも区会が置かれたが、特に区部に対する国の統制は強力だった。
江戸時代の幕藩体制の時代には、領国支配・分割統治が行われていたが、明治維新により、段階を経ながら中央集権体制が確立されていった。1871年（明治4年）の廃藩置県に前後して、順次設置された府・県・庁・都のいずれにおいても、内務省によって任命された官選知事が行政を司り、国の地方行政機関として位置付けられていた。一方、それぞれに民選議会が設置されており、ある程度の地方自治が存在した。
ダーク・ミート・シティ（Dark Meat City、DMC）はカラーギャングが抗争を繰り広げるL.A.のダウンタウン。そこでは乳児を抱えた若い女性が、Bruce Macchabe率いる黒服の男たちに追われている。女性とその乳児はある犬に救われ、 "裏切り者"と言われ吐き出される。乳児をゴミ捨て場に残して逃げるが、女性はBruceに捕まり殺されてしまった。数年後、アンジェリーノ（Angelino）という名の大人になったあの時の乳児は、ガイコツ頭の友人ヴィンス（Vinz）と彼らの「ペット」として行動するたくさんのゴキブリと一緒に、荒れ果てたアパートに住んでいる。配達の仕事をしているとき、アンジェリーノは美しい若い女性、ルナ（Lina）に一目ぼれするが、その直後交通事故に遭い失職した。翌日、コウモリのような友人ウィリー（Willy）とだらだらしていると、アンジェリーノは頭痛と幻覚を経験し始める。3人組は、黒服の男たちに追われていることに気付き、彼らを倒して追い払うことに成功した。その後、SWATチームがアンジェリーノとヴィンスのアパートを襲撃したことがきっかけで、アンジェリーノは隠された力を解き放ち、SWATを倒すことになった。ゴキブリはアンジェリーノを捜しに行き、一方Luchadorは、彼らが戦わなければならない潜在的な悪について語る。ウィリーはアンジェリーノとヴィンスに居場所となる家を与えたが、後に黒服の男たちによって発見された。地元のギャングを銃撃戦に巻き込む中、アンジェリーノとヴィンスはアイスクリームのトラックを盗んで逃げ出す。黒服の男たちの一人、エージェント・クロコ（Agent Crocodile）は復讐を誓った。アンジェリーノとヴィンスは彼らが頻繁に訪れるレストランにやってきたところ、彼らに共感するように見えるルナに出くわす。しかし、彼女は黒服の男たちと関わりがあり、捕らえられていることがわかった。アンジェリーノは、ルナの父親、ミスターKに会った。ミスターKは、彼がすでに地球に侵入し、権威ある役割を担っているマッチョと呼ばれる地球外種族の一員であることを明らかにした。彼らの計画は、マッチョは寒さに耐えることができないので、地球を台無しにして地球温暖化を起こすことだった。アンジェリーノは、人間の女性とマッチョの父親との間に生まれ、駆け落ちは反逆的とみなされていた。 ミスターKは、アンジェリーノにヴィンスを殺すことによってマッチョ側を受け入れるよう説得しようとするが、ルナは、母親の犠牲の幻覚を持ったアンジェリーノに同情し始める。アンジェリーノを見つけることに成功したゴキブリの後ろには、幻覚を信じ始めたLuchadoresが続く。アンジェリーノはヴィンスを殺そうとする敵に立ち向かい、逃げ出す。しかし、アンジェリーノは無意識のうちに意識を失ってしまう。彼とヴィンスは、ファゴール教授（Professor Fagor）という科学者も解放したLuchadoresによって助けられる。彼らは、アンジェリーノとヴィンスが逃げる間、Luchadoresとファゴールは砂漠の人里離れた小屋でロケットを作り始める。クロコはウィリーの家に到着し、人質にする。アンジェリーノとヴィンスは、友人に悪く感じて、罠に気づかずに、助けに行くことにした。ヘリコプターがクロコをやっつけている間にアンジェリーノはウィリーを救ける。 Luchadoresとファゴールはロケットを打ち上げたことで、国のいたるところで雪が降り始め、隠れていたマッチョをすべて凍らせてやっつけた。半分マッチョであるアンジェリーノは、凍り始めるが、ルナのキスによって救われる。Bruceはアンジェリーノを殺しに来たが、地元のギャングはBruceをやっつけた。アンジェリーノが来るように、ルナが消えたことに気づく。2ヵ月後、人々は事件について忘れることで、すべてが「通常」に戻る。アンジェリーノはそれが長続きしないと思っているが、ルナに手紙を書いている。彼女はどこに住んでいるか知らないが、DMCのどこかに住んでいる。ヴィンスはレストランにやっと職を見つけた。ミスターKは生き残っていて、地球に潜入するためのUFO基地を月につくった。