ステーションで生成できるアイテムは、武器・防具・その他の装備品・道具の4種類がある。キャラクターは1人につき4つまでアイテムを所持できる。武器・防具・その他の装備品は、1人各1つずつのみ装備可能。バーコードバトラーで入力すると武器になるカード・防具になるカードは、本ソフトに入力してもそれぞれ武器・防具となるが、その性能は元のバーコードの強さとは無関係。つまり強力な武器を入力しても、本ソフトでは最弱の武器に変化することもありうる。BBIIでは魔法使いは武器と防具を装備できなかったが、本モードでは誰でもどんな装備品でも装備できる。道具は戦闘中に一度使うと失われるが、その恒星系での戦闘を終わらせれば復活する。なお同一のアイテムは2つ以上登録することはできない。
セーブデータを新規作成する際、まず「チーム名」を入力する（平仮名・片仮名から、4文字まで）。次に主人公となるキャラクターを2人分、BBIIを用いて入力する。次にそのキャラの名前を入力（8文字まで）し、グラフィックを4種類の中から選び、色を各8種類のカラーパターンから決める。このモードは20のワールド（面）からなっている。敵キャラが守る「恒星系」で戦闘を行い、勝利すると次の恒星系へと進める。出現する敵の種類と編成は、恒星系ごとに決まっている。こうしてそのステージの最後にある「ボス恒星系」まで進み、ボス敵を倒せばそのステージはクリアとなる。どのステージも（宇宙ステーション以外は）一本道であり、クリアする為には全ての恒星系の敵を倒さなくてはならない。ボスまでの道中のイベントはほとんどない。特定の面のボスを倒すと、デモが流れる。戦闘は基本的に対戦モードと同じだが、アイテムはあらかじめキャラに所持・装備させておく必要がある。また戦闘中のアイテムの使用、及び退却は可能である。宇宙ステーションでは、BBIIを用いての新たな仲間の登録、及びアイテムの生成が行える。仲間は最高で8人まで登録できるが、パーティには一度に3人までしか加えられない。アイテムは最終的には32種類まで登録できる。ワールド20のボス・帝王ゴッドを倒すとイベントが発生し、黒幕の存在が明らかになる。その後全てのステージのボスを倒せば(既に倒しているならその場で)黒幕の待つ隠しステージへ行く事ができる。
美しい自然と高度な文明が調和する宇宙の楽園「バーコード星雲」。住人達は平和に暮らしていた。しかしバーコード歴708年、星雲は突如出現した謎の侵略者「帝王ゴッド」率いる要塞戦艦軍に襲撃された。瞬く間に制圧され、力を全てとする「ネオ・ゴッド帝国」と化した星雲。悪夢はこうして始まりを告げた。…3年後のバーコード歴711年、帝国から逃げ延びた一握りの住人達は、帝国を打ち倒すべく反乱軍を結成した。彼等の名は「バーコードバトラー」。希望の戦士である。かくして死闘は始まった。果たして帝王ゴッドとは何者なのだろうか…。
カード30枚の内訳は、ホワイトカード（キャラ自作用のカード）6枚、キャラカード8枚、アイテムカード16枚となっている。キャラカードは、同社のゲームソフト『へべれけ』（1991年）のキャラクター4人と、かつて同社から出たファミコンソフト4作の主人公キャラをカード化したもの。シナリオモードで入力すると、グラフィック設定時に隠しグラフィックを選択できる。
「Silent Empire -沈黙の帝国-」というタイトルが付いている。物語の舞台の名称は「バーコード星雲」。これはBBII本体のシナリオモード「コンビニウォーズ」の舞台と同じ名称で、本ソフトのオープニングデモには「コンビニウォーズ エピソード IN FC」とクレジットされている。ただし設定やストーリー展開などはオリジナルのものとなっている。本モードの敵キャラは、BBII本体のシナリオモードの敵キャラの流用だが、一部名前が変更されているキャラが存在する。理由としては文字数の都合（ラーメン堕悪大帝→ラーメンダークキングなど）や商標権上の都合（ティモテ姫→テモテひめなど）がある。
BBIIのフリー対戦モードをそのままゲーム化したもので、ルールなども同じ。BBIIでは画面に数値でしか表示されなかったキャラクター達が、グラフィック付きで対戦を行うというのが売り文句であった。魔法を使用した時は、火の玉や光線が発射されるというアニメーションがあるが、キャラクターのグラフィック自体は一切アニメーションしない。1P側が入力したキャラクターは、シナリオモードに登場する味方側キャラクター8体のいずれかのグラフィックになる。2P側が入力したキャラクターは、敵キャラクターのグラフィックになる。「合体」を行った場合、前者側のキャラは必ず「本作オリジナルのキャラクター(名前不明)」に、後者側のキャラは必ず敵キャラの「ムーニー・リー」の姿に変化する。
丹羽家臣・大谷吉秀（弥兵衛）の子。丹羽家の伝承によれば、母は今川義元の妹であったという（『世臣伝』）。大谷氏は、二階堂氏の子流が尾張国丹羽郡大谷（大屋敷村）を領したことに由来すると伝わり、斯波氏、今川氏などに属したのち、父・吉秀の代に丹羽長秀に仕えた。元秀は永禄11年（1568年）の観音寺城の戦いで初陣。以来、父と共に多くの戦に従軍し、「鬼弥兵衛と呼ばれた父に劣らず」と武勇を称された。天正12年（1584年）10月20日に父・吉秀が没すると家督を継ぎ、越前藤枝で5千石を与えられたが、のちに丹羽家は減封され、越前を没収される。慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いでは、丹羽家は西軍に与し、東軍の前田利長と加賀国能美郡南浅井において激突する（浅井畷の戦い）。元秀は坂井直政と共に北浅井方面に出陣し、長連龍、太田長知ら前田軍の殿軍と交戦した。その後は、江口正吉、坂井直政、丹羽秀重と共に金沢城へ行き、和睦交渉を行った。関ヶ原の戦い後、丹羽家は改易されるが、元秀は以後も長重に付き従い、その身を守った。後に長重が常陸国古渡1万石で大名に復帰すると、元秀には千石を与えた。元和8年（1622年）5月19日、江戸藩邸で病没。享年69。家督は嫡男・秀成が継いだ。