日本GPの週末は、富士F1初開催の1976年を思わせる大雨と濃霧にたたられた。土曜午前のフリー走行は濃霧のためドクターヘリが飛行できず、セッション開始が30分遅らされた（競技規約上、ヘリが飛べない場合はレースが行えない）。予選と日曜の決勝では、少し山を下った視界のいい場所にヘリを待機させた。レースは定刻通りにスタートしたが、総周回数の3割近くにあたる19周（40分間以上）に渡ってセーフティカー先導の低速走行が続いた。再開後も水煙により前方視界はほとんどない状態で、山本左近は「リスタートした瞬間のストレートは恐かった。前の車が見え始めるのは10m手前まで近づいてから」、トゥルーリは「レース中の視界は本当にゼロだった。自分の目で確認できるコーナー手前の表示や広告看板を頼りに走っていた」と語っている。レース中にはスピンや接触が続発したが、規定周回数の75%（50周）を超えてレースが成立しても赤旗打ち切りにはならなかった。優勝したハミルトンは「レース中、もう中断しなければならないのではないかという考えが、何度もドライバー全員の脳裏をよぎったと思う」とコメントした。次戦中国GPのドライバーズミーティングにおいて、ドライバー達からFIAのレースディレクターであるチャーリー・ホワイティングに対して「レース開始を遅らせることも、レースを短縮することも必要だった」というクレームが寄せられた。決勝スタート1時間前、レーススチュワードは深溝のエクストリーム・ウェット・タイヤの装着を義務付けることを、指示書ではなく電子メールにて各チームに通知していた。ところがフェラーリにはこの通達が伝わらず、スタンダード・ウェット・タイヤで出走してしまった。スタート7分後にこの指示を知ったフェラーリは失格を避けるため、2周目にライコネン、3周目にマッサをピットインさせてタイヤ交換を行い、優勝争いから脱落した。電子メールによる通達はピットレーン上の位置関係によって通達を受ける時間に差が出ることを避けるために2006年12月のF1競技作業部会で採用され、2007年の日本GPまでは問題なく利用されてきた。この事態を受けて、FIAは電子メールによる方法に旧来の文書による通達を併用することとなった。
金曜日のフリー走行はドライコンディションで行われたが、土曜日は朝から雨に見舞われ、濃い霧も発生した。午前のフリー走行3回目は開始が30分遅れた上に、4分ほどで赤旗が出て実質的なキャンセルとなった。午後2時からの予選もウェットコンディションで行われた。Q1では日本人選手の佐藤琢磨と山本左近が脱落。ラルフ・シューマッハはQ1で14番手タイムを出しながら、山本と接触してQ2を走行できなくなった。Q2ではルノーの2台が脱落する一方、セバスチャン・ベッテルがトロ・ロッソチーム初のQ3進出を決めた。Q3ではラストアタックでルイス・ハミルトンがフェルナンド・アロンソのトップタイムを上回り、今季5回目のポールポジションを獲得した。マクラーレン勢のフロントロー独占は今季6回目となり、2列目にフェラーリ勢が続いた。6番手タイムのニコ・ロズベルグはエンジン交換のため10グリッド降格ペナルティを受け、16番グリッドからのスタートとなる。
2005年8月頃まで450円前後で推移していた阪神電気鉄道の株式は9月頃から急激に上昇を始めた。同社においては、当時好調であった阪神タイガースの成績が上昇要因とみて特に対策を取っていなかった。しかしながら、9月27日の村上ファンドによる大量保有報告書により、阪神電気鉄道株式の26.67%、阪神百貨店株式の18.19%の保有が明らかになり、村上ファンドは阪神電気鉄道の筆頭株主であることが同社経営陣にも知られることとなった。その当時、株価は最高で1,200円を超えるまでに至った。翌2006年5月10日には、村上ファンドの保有株式は46.82％まで増え、阪神電気鉄道に対して一定の発言権を有するに至ったことから、経営に関する様々な提案を行った。阪神電気鉄道側は対抗策として、企業価値向上の取り組み発表、阪神甲子園球場のリニューアルや京阪電気鉄道との統合交渉（妥結には至らず）などを行ったが後手に回り、抜本的な解決策とはならなかった。その間も、村上ファンドから阪神タイガースを上場すべき等、各種の提案を受けた。その後、阪神電気鉄道は2006年3月中旬に阪急HDとの経営統合を阪急HD側に提案、4月に基本合意が得られ、阪急HDは阪神電気鉄道株式のTOBを行うことを発表した。村上ファンドは株主総会に向けた株主提案書を提出し、5月2日に開封された書簡で役員を派遣して経営に参入する意図があることが明らかとなった。しかしながら、TOBは予定どおり5月20日から6月19日までの1か月間行われた。その間、村上ファンドの証券取引法違反の疑いにより村上世彰代表が取り調べを受けるに至り、村上ファンドがTOBに応じることとなった。その後、村上代表の逮捕、代表辞任もあり、村上ファンドは阪神電気鉄道買収を断念、保有していた同社株式をすべてTOBにより売却した。こうして、阪急HDは阪神電気鉄道株式の64.76%を保有することになり、同社を連結子会社化することで経営統合へ大きく前進した。2006年6月29日には、阪急HD・阪神電気鉄道それぞれにおいて株主総会が開催され、2006年10月1日付で阪急HDと阪神電気鉄道の株式交換を行うことが承認された。これにより、同日、阪急HDは阪神電気鉄道を完全子会社化して、経営統合を果たした。また、阪急HDは商号（社名）変更して、阪急阪神ホールディングスとなった。阪急電鉄と阪神電気鉄道の経営統合は、戦後初の大手私鉄の再編である。