インド、アグラの高等裁判所判事だった父親マーチンと母ハリエットの子として生まれる。4人の兄と1人の姉妹がいた。父マーチンは、ジョンが11歳のときに精神的な病から自殺した。ハーロー校卒業後、経済的理由から大学進学は諦め、外国領事館の日本語・中国語通訳者募集に応募し、19歳で在日英国公使館の通訳研修生に合格。アルジャーノン・ミットフォードの退職後、1871年（明治4年に英国公使館付き通訳生として来日した。その後、1875年（明治8年）4月に2等補佐官、1882年（明治15年）1等補佐官、1888年（明治21年）日本語書記官補と順調に昇進を続け、1889年（明治22年）6月1日に通訳としての最高位である日本語書記官に昇進した（アーネスト・サトウ、ウィリアム・アストンに続く三代目）。この間東京副領事代行や横浜代理領事なども務める。1886年（明治19年）5月から翌年にかけては、各国合同の条約改正会議に参加した。1894年（明治27年）2月から7月まで、英国外務省において駐英公使青木周蔵と、英国外相キンバレーの交渉を補佐し、7月16日に日英通商航海条約の調印に成功した。翌年7月の追加協約へ向けての関税委員会の英国代表となる。条約改正問題の解決に対する功労により1898年聖マイケル・聖ジョージ勲章に叙せられ、1902年（明治35年）駐日公使官（1905年大使館に昇格）書記官待遇を与えられる。1900年5月から翌年11月まで駐大韓帝国臨時代理公使。1909年外交官を引退。引退後は、かつての上司であるアーネスト・サトウと親交を結んだ。正規の大学教育を受けていなかったにも関わらず、日英関係に貢献した業績から、ガビンズはオックスフォード大学ベリオール・カレッジから名誉修士号を授与され、ベリオール・カレッジ (オックスフォード大学)で、1909年から1912年まで極東学と日本語の講義を行ったが、生徒不足から講座は3年で閉鎖された。
1864年に現在の鳥取県に生まれ、明治維新を経た後、郷土の産業開発に専念していたが、1890年に森永太一郎を含む友人たちとアメリカに渡る。8年間の洋菓子製造の修業中にカリフォルニア州のオークランドでキリスト教に触れてメソジスト教会で洗礼を受けた。そのことを契機に1891年にアドベント教会に転会し、製菓事業の夢を捨てて日本宣教を目指す。1893年から五年間にわたりアメリカで神学教育を受けて、1898年に按手礼を受けてアドベント教会の日本人最初のアメリカ・アドベント教会の宣教師として郷里の倉吉市に戻ってキリスト教の伝道に着手し、生涯一途に生きた。帰国したころは周囲は有望な洋行帰りと期待したが、事業の意思は全く示さず、日本が発展しつつ徐々に軍事大国化していく中で、落胆を交えた周囲の冷たい目に耐えながら、孤立独立して黙々と伝道活動を続け、素朴で天心爛漫な詩人のような説教で多くの人に影響を与えた。昭和初期、大阪地区に教会を設立する熱望に燃え、洗礼をほどこした羽根田薫牧師を説得して招き、西成区に教会を新設した。自身は生涯、郷里の倉吉で過ごし、戦争に反対し続けながら、第二次世界大戦が終わる2週間前に永眠した。戦後、アメリカにおいて岩越政蔵の一生に対する大きな再評価が巻き起こり、「偉大なる政蔵牧師キャンペーン」行われて、巨額な献金が捧げられ、鶴見橋教会（現在は日本キリスト教団に所属）が建立された。その後、複数の宣教師が遣わされて形成された日本アドベント・キリスト教団は日本国内に15ほどの教会、伝道所を有する教団に成長している。また、海外のアドベント教会（再臨派）との交流もある。
1932年1月28日、第一次上海事変が勃発すると、石はユンカース K47で1個小隊を率い南京防衛の任を受ける。残りの6機は部下の邢剷非に率いられ第4隊、第6隊、そして広東空軍とともに筧橋に派遣されていた。2月25日、石は銃手の呉華樑とともに雨の中筧橋に到着し、黄秉衡航空署長に蒋介石の書簡を届ける。書簡の内容は、公大飛行場から空母へと引き上げた日本軍航空隊による飛行場爆撃を危惧するものであった。石と黄は協議の結果、筧橋の全戦力を20キロ離れた蛙埠の喬司機場へと移動させる事にした。また、整備主任の曾堯には夜明け前に起きてエンジンを始動し温める事、邢剷非には日の出とともに上空警戒の任をそれぞれ命じた。翌日2月26日午前5時、加賀から小田原俊郎大尉率いる爆撃隊の13艦攻9機、援護隊として鳳翔から所茂八郎大尉率いる3式艦戦6機が飛び立ち、暁闇の空を杭州へと向かった。しかし、邢剷非が上空警戒の任を怠ったため、石の出撃は杭州到達直後の7時の事であった。石は第六隊分隊長・趙普明のV-92Cとともに飛び立ち、編隊の爆撃を妨害、続いて13艦攻第3小隊の2番機および第3小隊機それぞれ1機を撃墜。しかし弾数の残りが少なくなったうえ銃手・沈延世の後部機銃が故障。そこに渥美信一大尉率いる第5小隊3機の銃撃を受け、7.7ミリ機銃が石の左腕を貫通した。石の乗機は次々と被弾し、エンジンから火が噴出した。石は片手で消火装置を作動し鎮火させたのち地上に不時着し、日本軍が飛び去るまで翼下に隠れやりすごした後、田相国より止血処置を受け、趙とともに杭州広済医院（現浙江大学医学院附属第二医院）に搬送される。しかし3月4日、敗血症で石の容態は悪化、弟の石邦正から輸血され上海から医師を呼ぶなどの措置が取られたが、結局左腕は切断せざるを得なかった。回復後、傷跡を見た蔣介石はいたく感涙し、教官として空軍に留まるよう述べた。また、民衆の間でも石邦藩は一躍英雄となり、「邦藩牌」というタバコが上海で売られるほどだったという。なお、この戦闘当時第二隊隊長であったという文献が多くみられるが、国民政府令によれば当時副隊長であった。この記録が正しければ、腕を失った後も同職に留まり、同年8月20日、第二隊隊長に就任したことになる。1933年7月、飛行士を引退し筧橋中央航空学校の三期入伍生隊隊長を経て、1935年、南京総站長たる大校場機場站長。1936年10月30日、明故宮機場にてカーチス・ホークⅢ献納式の整理指揮をとる。