この乱で最大の打撃を蒙ったのは摂関家だった。忠通は関白の地位こそ保持したものの、その代償はあまりにも大きかった。武士・悪僧の預所改易で荘園管理のための武力組織を解体され、頼長領の没官や氏長者の宣旨による任命など、所領や人事についても天皇に決定権を握られることになり、自立性を失った摂関家の勢力は大幅に後退する。忠通は保元3年（1158年）4月の藤原信頼との騒擾事件では一方的に責めを負わされ閉門処分となり、同年8月の後白河天皇から守仁親王（二条天皇）への譲位についても全く関与しないなど、周囲から軽んじられ政治の中枢から外れていった。乱後に主導権を握ったのは信西であり、保元新制を発布して国政改革に着手し、大内裏の再建を実現するなど政務に辣腕を振るった。信西の子息もそれぞれ弁官や大国の受領に抜擢されるが、信西一門の急速な台頭は旧来の院近臣や貴族の反感を買い、やがて広範な反信西派が形成されることになる。さらに院近臣も後白河上皇を支持するグループ（後白河院政派）と二条天皇を支持するグループ（二条親政派）に分裂し、朝廷内は三つ巴の対立の様相を呈するようになった。この対立は平治元年（1159年）に頂点に達し、再度の政変と武力衝突が勃発することになる（平治の乱）。
合戦の勝利を受けて朝廷は、その日のうちに忠通を藤氏長者とする宣旨を下し、戦功のあった武士に恩賞を与えた。清盛は播磨守、義朝は右馬権頭（後に左馬頭）に補任され、義朝と義康は内昇殿を認められた。藤氏長者の地位は藤原道長以降、摂関家の家長に決定権があり、天皇が任命することはなかった。忠通も外部から介入されることに不満を抱いたためか、吉日に受けると称して辞退している。13日、逃亡していた崇徳上皇が仁和寺に出頭し、同母弟の覚性法親王に取り成しを依頼する。しかし覚性が申し出を断ったため、崇徳は寛遍法務の旧房に移り、源重成の監視下に置かれた。頼長は合戦で首に矢が刺さる重傷を負いながらも、木津川をさかのぼって南都まで逃げ延びたが、忠実に対面を拒絶される。やむを得ず母方の叔父である千覚の房に担ぎ込まれたものの、手のほどこしようもなく、14日に死去した（『兵範記』7月21日条）。忠実にすれば乱と無関係であることを主張するためには、頼長を見捨てるしかなかった。崇徳の出頭に伴い、藤原教長や源為義など上皇方の貴族・武士は続々と投降した。上皇方の中心人物とみなされた教長は厳しい尋問を受け、「新院の御在所に於いて軍兵を整へ儲け、国家を危め奉らんと欲する子細、実により弁じ申せ」と自白を強要されたという（『兵範記』7月15日条）。
7月9日の夜中、崇徳上皇は少数の側近とともに鳥羽田中殿を脱出して、洛東白河にある統子内親王の御所に押し入った。『兵範記』同日条には「上下奇と成す、親疎知らず」とあり、重仁親王も同行しないなど、その行動は突発的で予想外のものだった。崇徳に対する直接的な攻撃はなかったが、すでに世間には「上皇左府同心」の噂が流れており、鳥羽にそのまま留まっていれば拘束される危険もあったため脱出を決行したと思われる。白河は洛中に近く軍事拠点には不向きな場所だったが、南には平氏の本拠地・六波羅があり、自らが新たな治天の君になることを宣言して、北面最大の兵力を持つ平清盛や、去就を明らかにしない貴族層の支持を期待したものと推測される。
マイクロチップインプラントはパッシブ型RFID装置である。内部電源がない場合は、スキャナーまたは他の電源から電力が供給されるまで動作しない。チップ自体は限られた周波数としか相互作用しないが、デバイスは、ある周波数に対して最適化されているが選択的ではないアンテナも持っているので、迷走電磁波を受信し、それを用いて電流を発生させ、再放射する可能性がある。 ほとんどのインプラントは3つの要素を含んでいる。「チップ」または集積回路 。場合によってはフェライトコアを有するコイルインダクタ 。そしてコンデンサー 。チップは、情報を符号化するための固有の識別データおよび電子回路を含む。コイルはトランスの二次巻線として機能し、スキャナーから誘導結合された電力を受け取る。コイルとコンデンサはともにスキャナーの振動磁場の周波数に同調した共振LC回路を形成し、チップに電力を供給する。その後、チップはデータをコイルを介してスキャナに送り返す。チップがスキャナーと通信する方法は、後方散乱と呼ばれる方法で、電磁界の一部となり、ID番号をスキャナに伝えるように変調する 。 これらの部品は、 生体適合性のソーダ石灰ガラスまたはホウケイ酸ガラスで覆われ、気密封入されている。有鉛ガラスはペットのマイクロチップには使用すべきではなく、消費者は信頼できる供給元からのマイクロチップのみを用いるべきである。ガラスはポリマーでコーティングされていることもある。一般的に、パリレンＣ（別名・塩素化ポリジメチルベンゼン）をコーティング剤に用いる。プラスチック製のペットマイクロチップは、Datamars製造業者コード981の下で2012年から国際登録簿に登録され 、ペットに埋め込まれている。特許によると、シリコン充填ポリエステルシースであることを示唆しているが、製造業者は正確な組成を開示していない。