必ず各学年ごとに課程修了の認定がなされてから次学年の課程に進む方式である。年度末に各学校が個々の生徒に対して進級を認定し、認定されないと原級留置（留年）になる。最終学年の課程を修了し、各学校で全課程を修了したと認められれば卒業することができる。私立に関しては厳しく、留年は認められない場合もあり、退学・転学を求められることもある。単に「学年制」と呼ばれる場合もあるが、単位制も併用しているため、各学校の運営方法によっては高学年次での必履修科目の単位修得が可能となるなど単位制による教育と似た状況となることもある。
高等学校には、「学年制と単位制の併用による教育」と「単位制による教育」との2種類がある。以前の高等学校には、学年制と単位制の併用による教育しか存在しなかったが、1988年（昭和63年度）に、単位制のみによる教育が、「定時制の課程」と「通信制の課程」で認められ、さらに1994年（平成6年度）には「全日制の課程」にも認められた。
21世紀に入った現在、夜間の課程では志願倍率が0.1を切るところも少なくない。一方、二部制や三部制をとる学校の志願倍率は1.0倍前後で安定しているほか、一部では3倍以上の倍率がつくこともあるなど常に一定以上の志願者が存在する。卒業率は半数前後であり、全日制の課程に比べてかなり低い。昼間定時制課程は交代勤務の工場労働者の減少に伴い、二部制や三部制などに転換する学校が増加した。一方、夜間定時制課程については、中学校卒業時に就職する人が大幅に減少したため生徒数も同様に減少しており、学校の統廃合が進んでいる。しかし、統廃合は志願者にとって近隣校が減少してしまうという側面もあり、遠距離通学や勤労者の通学困難などの問題も多く生じるほか、東京都立立川高等学校や東京都立町田高等学校、東京都立農業高等学校のように近隣の夜間定時制の閉課や統合になどによって多数の生徒が集中し、生徒数300人から400人程度の比較的大規模となってしまった学校も存在する。
1日に4時間程度の授業を行う学校が多いが、中央大学高等学校や科学技術学園高等学校のように6時間の授業を行う例もある。学校教育法により、修業年限は各学校が定める3年以上の期間とされている。3年制と4年制の両方を選択することができる高等学校もある。多くの学校が単位制へと移行している。1988年の法改正以前は修業年限が4年に統一されていたため、2003年度は4年制の課程が756校と比較的多く見られるが、3年制（三修制ともいう）の課程も135校ある。3年制の場合、1日の授業時数を5校時程度（ゼロ時限授業や5時限授業の実施による）にまで増やしたり、通信制課程を併習したり、高等学校卒業程度認定試験の合格科目を卒業単位の一部として認定する場合も少なくない。多くが学年制による教育であるが、2003年度は3年制のうち52校、4年制のうち150校が単位制である。
おおよそ平日（月曜日～金曜日、場合によっては土曜日も含む）の朝8時過ぎから午後4時半程度までの日中に学習する課程。いわゆる全日制の課程（全日制課程）とは、通常の課程とされているものである。一般的に高等学校といえばこの課程を指すことが多い。1日に5時間から8時間程度の授業をする。学校教育法により、修業年限は3年と定められている。学年制が多いが、近年単位制に変更された学校も多く、2017年度（平成27年度）は全4907校のうち単位制が965校 (19%) ある。在学中に高等学校卒業程度認定試験を受験することも可能である。卒業率は95%前後。2017年度（平成29年度）の高等学校の中退者数は46,802人。中退理由は「学校生活・学業不適応」が34.9%で最も多く、次いで「進路変更」34.7%、「学業不振」7.6%の順となっている。中退者全体のうち、1年生が33.6%を占め、2年生22.9%、3年生は8.0%。一般的な傾向としては、現役入学者が多く過年度生が少ない（要するに殆どの生徒が15歳～18歳である）などの特徴がある。
ほかのアフリカ諸国と同じく、複数政党制採用を求める声が増えた。トラオレ政権は独立マスコミや独立政治団体の設立を許可したが、マリは民主制を採用する準備が整っていないと堅持した。1991年初、学生による反政府暴動が再び勃発したが、今度は公務員などにも支持された。4日間の反政府暴動ののち、1991年3月26日にアマドゥ・トゥマニ・トゥーレ率いる軍人17人がトラオレ大統領を逮捕、憲法を停止した（1991年マリ政変）。政変を起こした軍人は数日後には民主団体調整委員会とともに、主に文民で構成された25人の人民救済移行委員会（CTSP）を設立した。CTSPは続いて文民政府を任命した。1991年8月には国民会議で憲法が起草された（憲法は1992年1月12日の国民投票で99%の支持を得た）。国民会議は政党の憲章と選挙法も制定し、政党は自由に結成できるとした。1992年には大統領選挙と国民議会選挙が行われ、ADEMA候補のアルファ・ウマル・コナレが当選して6月8日に就任した。1997年4月マリ国民議会選挙では行政上の問題が生じ、裁判所が選挙無効を宣言した。この行動はコナレ率いるADEMAが依然として圧倒的な力を持っていることを示し、ほかの政党が続く再選挙をボイコットすることとなった。コナレは構わずに5月11日の大統領選挙で再選、7月21日と8月3日の2度にわたって行われた国民議会選挙で与党ADEMAが8割以上の議席を確保した。