エックスのレプリロイドとしての本来の姿で、「十の光る武具」とされる武器のひとつエックスバスターを持つ。呼称はコピーエックスと対をなす。外見は『Xシリーズ』とほぼ同じだが、各所にディテールの違いが見られる。
レプリロイドとしての実体を捨て、サイバーエルフと同等の存在となった姿。正体が終盤まで明かされない1作目のみ「謎のサイバーエルフ」「UNKNOWN-X（アンノウンエックス）」の呼称も用いられる。初登場時には主人公のゼロへ主武装たる「ゼットセイバー」を託し、以降は必要な情報の提供や敵のトランスサーバーへのハッキングなどでゼロ達を影からサポートする。他のサイバーエルフと同じ小さく輝く姿の他、レプリロイドに近い像をとることもあり、その時はレプリロイド形態のボディの上に司祭が纏うようなローブを身につけ、頭上にサイバーエルフ特有の光の帯が天使のそれのように輪を形成した姿となる。
一人称は「ボク」となり、言葉遣いや顔立ちもより中性的になる。なお、本項で記述される呼称はすべてゲーム外の文書のものであり、作中での呼称は「エックス」で統一されている。
レプリロイドが誕生してから数年後。レプリロイドが突然狂いだし、破壊行為や犯罪などを行うイレギュラー化の事件が多発。これに対する治安維持組織として、イレギュラーハンターが発足する。この組織に入隊したエックスは第17精鋭部隊に配属されるが、同じレプリロイドをただ破壊するのみの任務に疑問と深い悲しみを抱いていた事により、VAVA（ヴァヴァ）を始め、周囲のハンター達からは軽蔑の眼差しを向けられる事になり、常にB級ハンターとしての立場に甘んじる事になる。しかし、同僚であり先輩であり親友でもあるゼロや上官であるシグマといった一部の特A級ハンターは、エックスの中に秘められた潜在能力の存在に気付いており、それは彼の可能性に対する興味、あるいは彼の中に眠る得体の知れない何かへの恐れを生み出すことになる。そしてその未知なる可能性は、シグマの人類に対する反乱を機として発揮される。その戦いの中でエックスは、レプリロイド達の破壊に疑問を抱きながらも、平和と愛する仲間を守る為、イレギュラー達に立ち向かい続ける決心をするのである。最初のシグマの反乱の鎮圧後、その功績が認められシグマの反乱によって空席となっていた第17精鋭部隊隊長へと昇格。以後は、彼の優しさに対する軽蔑を持つレプリロイドも減り、むしろ尊敬と人望を集めるようになった。『X7』では、イレギュラーハンターとしての役割や存在意義に疑問を抱く故に嫌気が差し、現役引退を宣言し戦線離脱してしまう。しかし、新たに入ってきたアクセルとゼロの活躍により、再びハンターベースに舞い戻り、戦いに赴く。ハンターランクについては、コマンドミッションではS級とされており、昇級している事が明らかにされているが正確な時期は不明。X5の時点でも部下に『隊長は誰からも認められる特A級』と言われている（ただし、明確に昇級したとされているのはコマンドミッションのみ）。
身長：160cm（『コマンドミッション』のみ165cm）・体重：57kg。一人称は「俺」で、外見年齢は14～15歳ほど。また、ライト博士の製作のロボットで唯一最初から戦闘用として作られている（初代ロックマンは元は家庭用お手伝いロボット）。内部機構及びその潜在能力については解析不能なものも多く、そのことについてメカニックが苦言を呈する場面もある。
最大甲長16.8センチメートル。メスよりもオスの方が大型になり、メスは最大甲長12.8センチメートル。背甲は扁平で、上から見ると幅広い卵型。甲板に筋状の盛り上がり（キール）がない。項甲板は小型。第1椎甲板が第2縁甲板に接する個体が多い。第2-4椎甲板は平坦だが、凹まない。縁甲板は鋸状に尖らず、第9-10縁甲板が最も大型（高い）。背甲の色彩は黄色や黄褐色、褐色で、甲板の継ぎ目（シーム）周辺は暗色。種小名flavescensは、「黄色がかった、黄色を帯びた」の意で、和名や英名（yellow）と同義。腋下甲板と鼠蹊甲板は接しない。背甲と腹甲の継ぎ目（橋）の長さは甲長の16-25%。腹甲は大型。左右の肛甲板の間にわずかに切れこみが入る。前部蝶番より前方の腹甲の縦幅（前葉長）が甲長の33%以上。喉甲板の縦幅（喉甲板長）、左右の肩甲板の継ぎ目の長さ（間肩甲板長）がそれぞれ前葉長の59%未満、8-25%。後部蝶番より後方の腹甲（後葉）の最大幅が甲長の36-53%（オス36-49%、メス38-53%）。腹甲の色彩は黄色や黄褐色、褐色で、不規則あるいは甲板の継ぎ目に沿って暗色斑が入る個体もいる。頭部はドロガメ属内では中型で、やや扁平。吻端は突出し、上顎の先端は鉤状に尖る。頭部の色彩は黄褐色や暗黄色、褐色、灰褐色、暗褐色で、頭部や頸部に暗色の斑点が入る個体もいる。指趾の間には水かきがやや発達する。四肢や尾の色彩は暗黄色や暗黄褐色。卵は長径2.3-3.2センチメートル、短径1-2センチメートルの楕円形。孵化直後の幼体は、椎甲板にわずかだが筋状の盛り上がり（キール）がある個体もいる。幼体は背甲の色彩が淡黄色や淡黄褐色。成長に伴いキールは消失し、背甲の色彩は暗くなる。オスの成体は腹甲が明瞭に凹み、左右の肛甲板の間の切れ込みがやや深い。また大腿部や脛には大型鱗が並び、尾の先端に鉤状の大型鱗がある。メスは腹甲が平坦で、左右の肛甲板の間の切れ込みが浅い。