オパヴァのマルティンの言うように、中世13世紀の教皇たちはサン・ジョバンニ・イン・ラテラノ大聖堂からサン・ピエトロの間の直線ルートを避けていたのは事実である。しかし、この習慣が13世紀より前から行なわれていたとか、ましてそれが9世紀の女教皇を意図的に拒絶するために始まったと言う証拠はない。この習慣の起源は不明であるが、これが女教皇伝説が広まったことから続けられ、女教皇時代まで遡る習慣と思われていたことはきわめてありそうなことである。
サン・ジョバンニ・イン・ラテラノ大聖堂の穴のある聖座は実際に存在し、バチカン美術館に今日もある。穴がある理由については諸説あるが、椅子とその穴は、女教皇ヨハンナの伝説より古いもので、さらにはカトリック教会成立よりも数世紀古いものであることから、教皇の性別判定とは全く関係ないことは明らかである。元はローマ時代のビデかローマ皇帝一家用の出産用の足のせ台であろうと仮説がたてられている。ローマ帝国あるいはローマ皇帝と関わりがあるものだとされていたため、ラテン語の称号、最高神祇官(Pontifex Maximus)と同様に、ローマ帝国の継承者としての立場を強調する意図をもって教皇たちが儀式に用いたのである。
1099年に女教皇が存在したとするジャン・ド・マイイの主張も、既知の歴史と噛み合っていない。確かにその頃教皇位には大きな混乱があった。1085年のグレゴリウス7世の死後、何人もの候補者が教皇位をめぐって争い、皇帝とローマの人々の支持を受けたものが教皇位を勝ち取る情勢であった。ウルバヌス2世が1088年に教皇となったが、ローマには対立教皇クレメンス3世が存在し、ウルバヌスは1097年までローマに居住できなかった。ウルバヌス2世が1099年7月29日に死ぬと、パスカリス2世、クレメンス3世、その他の対立教皇たちが教皇位を争った。この時期になら、女性が教皇あるいは対立教皇の一人となった可能性もあるが、ジャン・ド・マイイの言葉以外には証拠は何もない。現代に残る文書に教皇が出産を行なったという記述はないが、教皇の出産など当時の一大スキャンダルのはずだから、記録に残さないということはありえない。だからそのような出来事はなかったと言えるのである。
この言葉は日本で核家族化の進んだ1970年代に独居老人の死後、だいぶ経って久し振りに訪ねてきた親族に発見されたという事件の報道で登場、同種の事例がたびたび発生した1980年代ごろからマスメディアに繰り返し用いられた。ただし孤独死に相当する事件は具体的名称に欠くものの明治時代より報道されている。特に隣家との接触のない都市部などにおいて高齢者が死後数日から数か月（長いケースでは1年以上）経って発見されるケースが過去に相次いで報告される一方、都市部に限定されず過疎地域での発生も懸念される。当初は都会には人がたくさんいるにもかかわらずその誰にも気付かれず死んでいるという状況を指して「都会の中の孤独」という逆説的な死様として取り上げられていたが、次第に「病気で周囲に助けも呼べずに死んでいった」ことがわかるにつれ、このような事態の発生防止が求められるようになっていった。なおこの当時は一般的に都市部では人口が集中しているために孤独を感じる人は存在しないと考えられていた。現在では都市部で人的交流が疎遠になりがちであることが広く理解され、孤独死が身近にも発生しうることが理解されるようになってきている（孤独の項を参照）。遺品整理の第一人者横尾将臣は、孤独死の多くの現場を見た経験から、「孤独死のほとんどは、亡くならなくてもいい人が亡くなっている」と感じるようになり、苦痛を心身ともに抱えて追い込まれながら生きている人が眼前にいても、近隣でそのSOSを察知するコミュニティがないことに問題があると考え、孤独死や「ゴミ屋敷」で暮らす人々は、程度の差こそあれ自分自身の生活や行動を管理できない状態に陥った「セルフネグレクト（自己放任）」である点で共通しているとしている独居者の死因を調査した際に、倒れてから数時間以上（長いケースでは数日）にわたって生きていたと考えられる事例も少なからず見出され、福祉や災害援助の上では同種の死亡事件の予防が重要視されるようになった。このため1990年代より各所で様々な予防策が検討・施行または提供され、2005年現在では一定の効果を上げ始めている。その一方で阪神・淡路大震災といった大規模災害では被災者の仮設住宅による生活が長期に及び、慣れない住環境もあるが地域コミュニティが希薄なため隣人が異変に気付きにくく、疾病で身動きが取れないまま死亡する人が出るという事態を招いており、この教訓から災害復旧時の孤独死防止が求められ、関係各所で予防策が講じられるようになってきている（後述災害と孤独死参照）。こと2005年9月24日にNHKスペシャルで千葉県松戸市の常盤平団地における孤独死の問題が放映されたときは大きな反響を呼び、孤独死問題の社会的関心も高まってきている。なお一人暮らしで周辺社会との接点もなく、誰からも省みられることなく死後比較的長い間周囲に不在が気付かれないような状況にある場合に孤独死と呼ばれ得るが、後述する老老介護の問題などにも関連して、必ずしも一人暮らしであることだけが孤独死の要因とはいえない。2011年1月に大阪府豊中市で死亡が確認され報じられた元資産家姉妹のケース（→大阪元資産家姉妹孤独死事件）のように、一人暮らしではないが周囲の社会との連絡がなく孤立化、滞納し膨れ上がった相続税・固定資産税や終の棲家にと立てたマンションに入居者が集まらず逆に建設費の借金を負うなどして経済的に困窮、結果餓死に至った事例も「典型的な孤独死」と呼ばれている。ちなみに日本の行政機関はこれらの社会問題において「孤立死」という表現をしばしば使っており、例えば内閣府の高齢社会白書の平成22年度版では「誰にも看取られることなく息を引き取り、その後、相当期間放置されるような悲惨な孤立死（孤独死）」と表現している。これは社会的に孤立してしまった結果、住居内で死亡して死後しばらく周囲の社会に気付かれず放置されていた状況を指してのものである。