ベルセリウスからエテリン説を否定されたデュマは自説の擁護のため、自身で研究していたハロゲン置換反応を応用することにした。 デュマはエタノールがエテリンと水の複合体であるなら、それぞれの水素の反応性が異なるはずであるからどちらかの水素が先に置換されるはずであると考えた。 デュマがエタノールを塩素と反応させたところ、得られてきたのはクロラールであった(1834年)。 この結果をデュマは、エタノール内の水の水素が塩素と反応して塩化水素として脱離し、エテリンの酸化物(デュマの説によれば酢酸エチル)が生成した後、エテリンの水素3つが塩素に置換された物質となったと解釈した。 この考え自身は酢酸エチルを塩素で処理してもクロラールが生成しないことから否定された。 しかし実験結果が示唆した、陽性であるはず炭素と水素の複合体に強い陰性元素である塩素が取り込まれるというのはベルセリウスには受け入れがたいものであった。また、デュマの弟子オーギュスト・ローランはナフタレンのハロゲン置換について研究を行なっていた。 ベルセリウス自身が原子量の決定に用いていた同形律から、これらのハロゲン置換体がナフタレンとほとんど同じ構造を持つことを推定した。 ローランは1836年に分子の骨格部分(核)にある水素がハロゲンに置換されても物質の性質に影響をほとんど及ぼさないとする核の説を発表した。さらにデュマは1839年に酢酸を塩素化してトリクロロ酢酸を得た。 酢酸とトリクロロ酢酸は同じようにカルボン酸としての性質を示したため、デュマもエテリン説とその母体となった電気化学的二元論を放棄した。 そしてデュマは一元論に基づく型の説を提唱した。 また1843年にはデュマの弟子がトリクロロ酢酸を還元して酢酸に戻すことに成功した。 これらの結果を受けてベルセリウスも自説を修正せざるを得なくなった。ベルセリウスの修正は根を化合物の性質への影響の異なる接合子に分割するというものであった。 例えば酢酸であればCH₃·1/2C₂O₃·1/2H₂Oという形である。 C₂O₃はシュウ酸に相当しカルボン酸の酸性の性質を示す部分で、一方CH₃はハロゲンで置換されても化合物の性質には大きな影響を及ぼさないとした。 このようにして陽性と陰性という単純な二元論の構造は崩壊し、また根の不変性についても放棄された。1848年にベルセリウスが死去するとベルセリウスの説はヘルマン・コルベに引き継がれた。 しかし根の性質に電気的な極性が考慮されることはもはやなくなった。
1820年代に入ると有機化合物の系統的な研究が行なわれるようになった。 アンドレ・デュマはエタノールから得られる化合物について研究していた。 デュマはアンモニアと酸の反応との類推から、エタノールやその誘導体はC₂H₄((現在のエチレンに相当する))のような電気的に陽性な塩基と水などの電気的に陰性な酸との複合体と考えると都合が良いことに気が付いた。 ベルセリウスがC₂H₄の塩基をエテリンと命名したことから、この説をエテリン説という。また、フリードリヒ・ヴェーラーとユストゥス・フォン・リービッヒは1832年に安息香酸誘導体の研究から、反応によって変化しないC₇H₅Oの部分が存在することに気がつき、これをベンゾイル根と命名した。 さらに翌年ロバート・ケインが、デュマが研究したのと同じエタノール誘導体にも反応によって変化しないC₂H₅の部分があることに気づき、これをリービッヒも翌年独立に発見しエチル根と命名した。 このように反応によって変化しない部分が有機化合物の内部に存在するという説を根の説という。 ベルセリウスは、炭素や水素が陽性の複合体を形成しているという自身の考えに基づき、根の説を支持した。 なおベンゾイル根については真の根はC₇H₅の部分でその酸化物がベンゾイル根と考えていた。
鳥類たとえば、鳥は爬虫類（恐竜）から進化したものだと考えられている。しかし、鳥は空を飛ぶことを可能にするために、体の多くの部分が爬虫類とは異なっている。前足の指は退化し、背骨は互いに融合し、尾は短い。胸骨は胸筋をつけるために竜骨突起を発達させ、首は長くなっている。また、全身は羽毛で覆われ、前足は羽が並んだ翼となっている。そのうえで、空を飛ぶための行動（跳躍や羽ばたきなど）を行わなければならない。このすべてが飛ぶために必ずしも必要とは思われないが、羽毛や羽ばたき、背骨の構造などは整っていなければ空を飛べないと思われる。総合学説によれば、新しい形質は突然変異によってのみもたらされるものである。突然変異には方向性がないことになっているので、鳥が空を飛べるには、あまりにもたくさんの偶然が積み重ならなければならない。したがって、爬虫類から鳥に進化する過程で、これらの条件が同時にそろったのだとすれば、それは奇跡に近いと言える。この困難を避けるために利用できるのが前適応という考えである。例えば、羽毛は実は地上性の恐竜が既に持っていたと見る訳である。この場合、羽毛は例えば体温保持の役割を担っていたと考えられる。そして、そのような羽毛恐竜の一部が樹上生活から滑空へと進めば、羽毛を整えて翼を形成することもさほど無理なく理解できる。より能動的に飛ぶための適応は、さらにその後に発達したと見ることもできる。また、このことはなぜその系統のものが鳥になったか、という答えにもなり得る。それは、その系統の動物が鳥になり得るいくつかの特徴を持っていたからだ、と言えるからである。言い換えれば、「翼と羽毛が偶然そろって進化した」のではなく、「羽根を持っていたからこそ翼を進化させ得た」というふうに考えるのである。この例では、現在は小型恐竜で羽毛を持っていたものがいることが分かってきているので、現実味を帯びている。その他のケース他に、哺乳類の胎生の仕組みを支えるのは、胎盤であるが、これは爬虫類の卵における尿のうに由来する。これも前適応の例と言えるだろう。あるいは陸上脊椎動物の耳もよく話題に上る例であるが、魚類においては頭蓋骨内に内耳があり、平衡胞の役割だけを持っていた。平衡胞は体の振動を受け取ることも可能であるから、これが陸上に出る際に音波の受容器に流用されたと考えられる。また、ヒトやほ乳類の眼の水晶体を作るのはクリスタリンというタンパク質である。これはより原始的な生物では他の機能を持つ。例えばホヤでは重力を感知する機能に関わっている。