2005-06シーズンからは、前述の確執により、半ば喧嘩別れに近い形でインテルへ移籍し、活躍の場をイタリアへ移した。レアル・マドリード時代は限界説が囁かれたが、セリエAでもUEFAチャンピオンズリーグでも中盤の右サイドで活躍した。2006年12月にサウジ・プレミアリーグの強豪アル・イテハドへのレンタル移籍が取り沙汰され、シーズン終了後の移籍が正式に発表されたが、クラブ側の契約内容不履行（具体的にどのようなことであったかは不明）を理由に移籍は消滅した。プレー続行を希望するインテル側の要望に応え、2007-08シーズンもインテルで戦うことを決定した。しかし、起用法などから徐々にロベルト・マンチーニ監督との確執が表面化し、「来シーズンもマンチーニが残るなら移籍する」という旨の発言をした。その後、2008-09シーズンからは同胞のジョゼ・モウリーニョがインテルの監督に就任、「経験を生かし、若手の指南役になってほしい」との意見を聞き、フィーゴはインテルに残ることとなった。同シーズン、2009年5月30日に、現役引退をインテルの公式サイトで発表した。そして、5月31日のアタランタ戦を最後に現役を引退した。
レアル・マドリードでは、伝統的なライバル間の移籍というプレッシャーの中、ラウル・ゴンサレス、ロベルト・カルロス、翌2001年に加入したジネディーヌ・ジダンらと共に攻撃陣を形成し、銀河系軍団と称されるレアル・マドリードの黄金期の中心選手となり、自身も2001年にはFIFA最優秀選手賞を受賞した。また、同クラブ在籍中にはリーガ通算100アシストという記録も達成した。2004-05シーズンは、レギュラーとして序盤は右サイドで、2005年1月にバランサーとしてトーマス・グラヴェセンが加入してからはスポルティングCP在籍時以来のトップ下でプレーし、まずまずのパフォーマンスを見せていたが、終盤にルシェンブルゴ監督との確執が生じ、それ以降は先発出場が激減した。
2000年7月、フィーゴはバルセロナのライバルチームであるレアル・マドリードに、6000万ユーロの金額で電撃移籍を果たした。この「禁断の移籍」は、激怒したバルセロナ・サポーターが、フィーゴ自身が経営するバルセロナ市内の日本料理店を破壊するという騒動にまで発展した。そのため引退した現在もなお、ペセテーロ（守銭奴）と呼び彼を許さないバルセロニスタも多い。しかし、後にフィーゴは「バルサを去ったのは、お金のためではなく、クラブから評価を受けられなかったからだ。」と、金のための移籍ではなかったことを明かした。2000年10月に行われたレアルへの移籍後初のカンプ・ノウでのバルセロナとの試合では、フィーゴがボールに触れれば即ブーイングが起き、「守銭奴」フィーゴの顔を印刷した100億ペセタ（移籍金）のニセ札が投げ込まれた。また、2002年11月の同スタジアムにおける試合では、フィーゴがコーナーキックを蹴ろうとした際はスタンドからビンやゴミやペットボトル、さらには子豚の頭まで投げ入れられるなどして、約10分間試合が中断された。また、EURO2004のギリシャとの決勝戦でも、試合中にFCバルセロナの旗を持ったバルセロナ・サポーターの男性がピッチに乱入する場面もあり、いまだに過去の確執が続いている。この移籍によるバルセロナとの遺恨は引退後も残っており、2015年にはチャンピオンズリーグ決勝の前日に決勝を戦う両クラブ（バルセロナとユヴェントスFC）の元所属選手が世界選抜と試合をするフレンドリーマッチにおいて、UEFAはバルセロナのレジェンドとしてフィーゴを招待したものの、バルセロナがこれを拒否しフィーゴは試合に参加しなかった。このような騒動があったにもかかわらず、フィーゴにとってバルセロナ時代は思い出深いものらしく、インタビューでは「バルセロナで過ごした時間は、最高に素晴らしい日々だった」と振り返っている。その一方で、「レアル・マドリードへの移籍という判断に後悔は無い」、「バルセロナでは自分が悪役であっても構わない」とも語っている。
グー ルドは遺伝子選択に批判的であった。彼は個体選択を中心に、自然選択は 遺伝子、細胞、個体、群れ、デーム、種、系統と階層構造を持っていると論じた。グールドはヘレナ・クローニンの『性選択と利他行動』の書評で「近年の性選択の再評価に社会生物学や遺伝子選択は何の関係もない」と述べた。しかしマーチン・デイリーは性選択を扱った論文を調べ、9割以上が社会生物学と遺伝子選択の用語と理論で書かれていることを明らかにした。グールドは最後の著書では遺伝子はどんな意味でも選択の単位ではあり得ないと主張した。またグールドはマルチレベル選択には好意的だった。しかしマルチレベル選択は情報としての遺伝子を想定する点で、遺伝子選択に近い概念である。このようなことから、ドーキンスやウィリアムズは、グールドは祖先から子に伝えられる情報＝論理的な単位としての遺伝子と、自然選択を受ける物理的な実体の区別が分からなかったのではないかと考えている。彼らによれば、物理的な実体としてはDNA分子から、個体、群れまでが選択の単位となりうる。メイナード＝スミスは「自然選択の単位であるには変異、複製、遺伝しなければならない。その条件を満たすのは遺伝子だ。個体は“複製されない”」と述べた。デネットやセーゲルストローレ、ルースのような批評家はドーキンスなどの遺伝子選択論者が自然選択の実体として個体以外を検討するようになったのはグールドの影響かもしれないと指摘している。グールドは遺伝子選択や社会生物学を還元主義だとして批判した。この場合、還元主義とは「個体はパーツや遺伝子の総体だと見なし、下位の構造だけを調べれば上位の構造を完全に理解できるという立場」である。ドーキンスやダニエル・デネットはこれを「どん欲な（極端な）還元主義」であり、そのような論者はいないと指摘し、適切な還元主義を擁護した。グールドが実際に「還元主義」をどのような意味で批判していたかは明らかではない。グールドはより還元主義的な分子生物学を批判してはいなかったし（中立説を自説に有利なものだと見なした）、彼の支持者には神経学者や集団遺伝学者など、還元主義的な分野の科学者が多かった。またグールドが用いている生命に対する説明は彼の反対者たちと同じように還元主義的である。セーゲルストローレは「おそらく遺伝子決定論と同じ意味で用いているのだろう」と述べている。