事件後、直ちにベイルズの身柄はアフガニスタンを出国してクウェート経由でアメリカに送還された。3月16日、ベイルズはアメリカ合衆国カンザス州ミッドウェスト陸軍刑務所に収監された。軍の報道官は彼の身柄は陸軍刑務所内にある特別な住居に勾留されており、周辺への外出もある程度は許可され、宗教上の希望も受け入れられているという。また軍はベイルズの実名を報道するにあたって、家族に被害が及ぶ事を予想して家族をフォート・ルイス内の軍人居住区へと移動させた。3月16日時点ではまだベイルズに対する正式な処分は決定されていなかった。3月23日、アメリカ合衆国政府は17件の殺人罪、6件の殺人未遂罪などの容疑でベイルズを立件する方針を固めた。ベイルズの弁護にはジョン・ヘンリー・ブラウンが就任、主に状況証拠と自白に基いたベイルズの拘束は不当であると冤罪を主張した。彼はテッド・バンディ事件にも関わったベテランとして知られ、軍の弁護士の補佐役として参加する。ブラウンは「ベイルズ氏は温厚なごく一般的な人物」と評し、「大衆は彼を一人の人間として公平に裁く事を望んでいる」と述べた。またベイルズが事件前日にイスラム過激派の仕掛けた地雷によって片足を吹き飛ばされる様子を眼前で目撃したという事実を述べた上で、「それでいて彼はイスラム教徒に何の敵愾心も抱かなかった」と弁護した。しかし米軍側はこの一件は確認できていないと返答している。またブラウンは彼が結婚問題などの私生活でのストレスによって追い詰められていた可能性を強く否定し、「軍務によるストレス」を主張した。ベイルズ本人から聴取した内容として、彼がこれ以上紛争地帯で戦いたくないと考えていた事を明らかにした。そして「軍や政府は末端で戦う一人の軍人に、戦争が引き起こした悲劇の全てを押し付けようとしている」と批判した。心理学者ゲイリー・ソレスは戦争による後遺症が異常行動を導いた可能性は十分にあり得ると述べた。一般事件に比べて異常な状況下に置かれている前線兵士の突発的な異常行動に責任能力を問うには無理があり、「正式な裁判になるかどうかも不透明だろう」と指摘した。合衆国軍の軍法上は「兵士に対する死刑」が依然として存在するが、軍司令部だけでなく合衆国大統領による決裁を必要とする。現実問題として1961年以来、軍法上の死刑が執行された例はなく、僅かに6名の軍属死刑囚も全員が無期延期を継続している。
父の死後、しばらくコンモドゥスはドナウ川軍団の総司令官として前線に留まりつつ、際限のない蛮族との戦いを終わらせるための講和を模索した。半年近い交渉の末、蛮族とドナウ川沿いでの領土線を確定して戦争を終結させる。講和の内容は捕虜となっていた軍団兵の返還と年貢の支払い（これは途中で免除された）、及びマルコマンニ族と同盟を結んでいたクアディ族が合計1万3000名の同盟兵を提供することだった。また両部族はローマ帝国軍の監督下に置かれ、周辺部族との戦争も必ず皇帝の裁可を求めるものとした。同じくローマ軍に対する攻撃を狙っていたブリ族からは相手から講和が求められたが、コンモドゥス帝は攻撃準備を整えるための物であると見抜いて拒絶した。彼は幾つかの戦いでブリ族を攻撃し、人質を取ることを条件にした休戦を認めさせてブリ族を屈服させた。その後も周辺部族にローマへの帰順と捕虜返還を条件にした講和案を結んで戦線の安定化を図った。マルコマンニ族が疲弊していたことから、同時代では「瀕死の相手を助けた」「中立地域の農地を捨てた」と講和は感情的に評価されていた。実際にはドナウ川流域の軍事的平和に繋がり、テオドール・モムゼンは膨大化していた軍事費の抑制に成功したと評している。ドナウ川の情勢安定をもってローマ本国に帰還、180年10月22日に凱旋式を挙行した。182年、元老院はコンモドゥスに既に与えられている「ゲルマニクス」（Germanicus）の称号に加えて「ゲルマニクス・マクシムス」（Germanicus Maximus）の称号を与えた。183年、アウフィディウス・ウィクトリヌスを共同執政官に指名したコンモドゥスは属州ダキアで蛮族の反乱に対する遠征軍を派遣した。この戦争がいかなる内容と推移を持ったのかは今日記録が残っていないために不明であるが、五皇帝の年に関わるクロディウス・アルビヌスとペスケンニウス・ニゲルが戦功を挙げたことは分かっている。翌年、今度は属州ブリタンニアでハドリアヌスの長城を巡る蛮族との戦いが起き、立て続けに国境部隊が敗れ去る事件が起きた。コンモドゥスは新司令官としてウルピウス・マルケルスを派遣した。マルケルスは自らの業績を誇示するべく、厳しい軍規をもって無慈悲に蛮族を打ち倒したが、厳しすぎる軍規に嫌気が指した兵士たちが軍団幕僚（レガトゥス）を指導者にして暴動を起こしてしまい、最終的にマルケルスがガリアに追放される事態に発展した。だが反乱は幕僚たちがコンモドゥスに忠誠を誓っていた為、皇帝の命令に従って武装解除された。184年、元老院から「ブリタンニクス」（Britannicus）の称号を与えられた。コンモドゥスは兵士の罪を許す一方で属州ブリタンニアの全ての軍団幕僚を左遷したが、これはペレンニスによる讒言と伝えられる。軍は幼い頃から前線を共にした皇帝に敬意を抱いていたが、ペレンニスには激しい憎悪を募らせた。カッシウス・ディオによれば処罰がペレンニスの命によるものと知ったブリタンニア駐屯軍は1500名の有志でローマを訪れ、皇帝に窮状を直訴したという。コンモドゥスは任地を離れて直訴しに訪れた兵士達を叱責したが、訴えを受けてペレンニス処刑を命じ、マルケルスも皇帝への反逆罪という名目で投獄された。一方、ヘロディアヌスはペレンニスの内通者によって彼が反乱を計画していると知ったコンモドゥス自身の判断によって、ペレンニスが処刑されたと書き残している。ローマの出来事を伝え聞いていなかったペレンニスの息子もコンモドゥスにより呼び出され、その途中で暗殺されたとされる。コンモドゥスは権力の分散による帝位簒奪の阻止を考え、総督や高官職の兼任や長期在任を禁じることとした。