本丸曲輪は江戸時代中期の小谷城古絵図には「鐘丸共」と記載されているので、鐘丸として機能していたと思われている。規模は南北40m×東西25m規模があり、上下二段から成り立っている。また東西の裾には土塁があり、本丸下の千畳敷曲輪方向には石垣が築かれている。この本丸跡に『戦国大攻城戦』では二層天守が築かれていた可能性を指摘している。それ以外では小谷城の天守が長浜城に、そして彦根城の西の丸三重櫓として移築されたと伝承されていたが、1955年（昭和30年）の解体修理ではそのような形跡は発見されなかった。これは、1853年（嘉永6年）に8割近くが大修理されており、築城当時の建築物は発見出来ない可能性も指摘されている。また、この北側には深さ10m×幅15m×長さ40mからなる大規模な堀跡がある。ここから上部と下部を明確に分断している。『戦国の堅城』によると、上部の曲輪はこの堀切があることで、下部の曲輪で食い止め強固に守られる反面、上部から下部へ、下部から上部への戦力の柔軟な運用が難しくしている点を指摘している。
御茶屋敷曲輪は番所跡の上にある曲輪で、主郭部の最先端にある。曲輪は一郭で中央に低い土塁があり、名称は「御茶屋敷」と伝承されているが、歴とした軍事施設になっている。御馬屋敷曲輪は本丸を防備するために築かれ、三方を高い土塁で囲まれている。また御馬屋敷曲輪の清水谷の斜面側にはいくつかの竪堀が見受けられる。またこの近くには馬洗池跡があり、南北9m×東西6.6mの石組みの池で中央に仕切りがある。また黒金門跡の手前に首据石があり、今井秀信を神照寺で殺害し首をここにさらしたとの伝承がある。
城は多くの郭によって構成されており、本丸とその奥に続く中丸との間には深さ5〜10メートルほどの堀切があり主として南北2つの部分に分けることができる。これらの郭を守る形で武家屋敷跡が点在し、清水谷などの要所には重臣の屋敷が配置されていた。
小谷山一帯の尾根筋や谷筋をそのまま活用した南北に長い山城で、築城当時は現在の本丸跡よりさらに北に位置する大嶽城付近に本丸があったと考えられている。久政、長政によって代々拡張が重ねられ現在の城郭になった。落城後長浜城の建築資材とするため小谷城は解体されてしまったが、山王丸付近に現存する大石垣をみる限り当時としては先進的で大規模な城であったと推察される。
その後、浅井氏の旧領のうち伊香郡・浅井郡・坂田郡は羽柴秀吉に与えられるが、秀吉は琵琶湖から離れた小谷城を嫌い、1575年（天正3年）に北国街道と琵琶湖に面しており港もある今浜に新たに築城して居城とした（長浜城）。そのため小谷城は廃城となり、現代に至っている。1937年（昭和12年）4月17日、国の史跡に指定された。
エンジンは、職人の手作りのVR38DETT型 3.8L V6 ツインターボエンジンを搭載する。初期のモデルは最高出力480馬力、2008年12月の小改良以降のモデルは485馬力、2010年11月発売の2011年モデルは530馬力、2012年モデルから2015年モデルまでは550馬力、2017年モデルは570馬力、2014年2月末販売のNISMOモデルは600馬力を発生する。最大トルクはマイナーチェンジ前の2007年12月登場モデルが60.0kgf·m、2011年モデルが62.5kgf·m、2012年から2016年モデルまでが64.5kgf·m、NISMOモデルが66.5kgf·m、2017年モデルが65.0kgf·mである。2016年7月改良型では吸排気抵抗の低減により燃費向上も図られ、同時にシフトチェンジの制御、駆動トルク最適化により燃費を向上させる「SAVE」モードが追加された。2016年7月改良型からは高性能を表現するためにエンジンカバーが赤色に塗装される。2012年モデルでも燃費向上がなされ、2013年モデルでは改良が施され、中回転域のレスポンスおよび高回転域での加速の伸びが向上された。2017年モデルではNISMOモデルに採用されている気筒別点火時期制御の採用により、ノッキングの発生を抑え、燃費を損ねることなく最高出力・最大トルク共に向上した。トランスミッションは非プラネタリーギア式のGR6Z30A型（通称GR6型）6速デュアルクラッチトランスミッションが搭載され、過去のスカイラインGT-Rとは異なり3ペダル方式のMTは用意されていない。理由はリアトランスアクスルの構造ゆえに莫大なコストがかかることと、300km/hでクルージング中にクラッチを切ると横滑りを起こし危険であるためと考えられている。しかしこれはメーカー側の見解ではなくカー雑誌上での推測とされる。ボルグワーナーの6プレートデュアルクラッチシステムを採用し、1速、3速、5速用と2速、4速、6速用として2つの湿式多板クラッチを備え、最速0.2秒での自動変速が可能である。デュアルクラッチはボルグワーナー製のものが採用されているが、トランスミッション内部は愛知機械工業などの日産グループの企業が製造しており、組み立ては2007年（平成19年）10月より名古屋市の愛知機械工業永徳工場で行われる。センターコンソールに配されるセットアップスイッチではトランスミッションのセッティングを変更でき、素早い変速が可能な「R」モード、「ノーマル」モード、滑りやすい路面に合わせた「スノー」モードの3つが選択できる。横滑り防止装置については日産の従来の「VDC」ではなく、新たに「VDC-R」が採用された。一般車向けのVDCとは異なり「ノーマル」と「オフ」に加え、前後トルク配分を制御する「R」が追加された。このVDC-Rは200km/hを超えても制動ができる能力があり、従来の横滑り防止装置の規格を超越した能力を備えている。このVDCの特性変更はセンターコンソールのセットアップスイッチで行われる。