御殿場線が全線電化された1968年7月1日より、直通列車にはSE車を5両連接車に改造した上で運用することとなったため、キハ5000形・キハ5100形は同年6月30日で運用を終了した。気動車を停電時の救援用に残す案もあったが、保守や油類の貯蔵を考えるとメリットがないため、4両とも1968年7月1日付で廃車となり、関東鉄道に売却された。
内装は壁面がクリーム色の2.5mmデコラ板、天井が白色の1.2mm鋼板、櫛桁は5mm防火合板、床は1.6mmの鋼板に3mmの暗緑色の床材で構成され、座席はエンジ色のビニロン製モケットの座布団と背摺にビニール製の白色枕カバーが付き、カーテンはクリーム色、荷棚などの金物は真鍮にクロムメッキのものであった。座席は扉間に片側12組、合計24組の固定式クロスシート（ボックスシート）を配置したほか、御殿場側の乗務員室直後の運転席側は前向き座席を設置し、一方で車両中央部の排気管が通る場所にはボックスの片側の座席を設けておらず、定員は座席94名（予備席5名）であった。シートピッチは定員を確保するために1320mmに設定されたが、優等列車用のボックスシートとしては狭く、開業時の101・121形で1394mm、201形で1400mm、国鉄のキハ45000系（キハ10系）気動車で1430-1450mm、キハ44800系（キハ55系）準急型気動車で1470mmであった。94名という定員となった経緯は、「御殿場線直通列車は気動車単行による運行を基本とする」ことが固まりつつあった時期、営業部門から車両部門に対して気動車の定員について照会した際に、車両部門は、国鉄客車の標準的な定員が88名であったことから「両端のデッキを運転室とみなして扉と便所の分を差し引く」と説明したものの、営業部門が誤って100名から扉と便所の分を差し引いた定員94名で収支計算を行い、これが役員会でも承認されてしまったたためである。室内灯は40Wの白熱灯を15個・20Wの白熱灯を11個使用した。暖房装置は主機の排気暖房と軽油燃焼式温風暖房を併用しており、前者は室内左右の側壁面下部に暖房管が通されており、後者は室内中央の排気管部横に計2台が設置されていた。便所は新宿寄り乗務員室の運転席側後方に設置し、その上部天井裏には水タンクが設置されていた。
今作で廃止となった「フィギュア」に代わって搭載される、キャラクターイラストの収集要素。キーラが放った光によって、立ち向かったファイターを含めた「この世界」のキャラクターたちが「ボディ」と呼ばれる身体を失い「スピリット」と呼ばれる思念体になってしまったものである。ファイターに『X』の「シール」および『for』の「カスタマイズパーツ」のように、「アタッカースピリット」1スロットと「サポータースピリット」最大3スロットにスピリットを自由にセットして、能力の強化や特殊能力を付加させることが可能。「スピリッツバトル」モードや「手持ちのスピリッツ」モードでもセットすることができる。「ファイタースピリット」は観賞用のため装備することはできず、ファイターで「勝ちあがり乱闘」をクリアするか、ショップで購入することで入手できる。また、「ショップ」モードでは「最大各4種のサポートアイテム」があり「最大5種のスピリッツボード用のサポートアイテム」、「スピリット用の装備するサポートアイテム」を購入したり、「各2種のシールド破壊用のサポートアイテム」で手助けすることも可能である。アタッカースピリットには攻撃力と防御力が設定されており、最大は各10,000でマイナスは無い。また一部には「個性」や「超化スキル」が備わっており、更に攻撃力や移動速度を向上させたりすることができる。アタッカースピリットにあるサポーター枠に付けられるスピリットがサポータースピリットであり、バトル開始時に最初からアイテムを持っていたり、特定のわざの攻撃力を上げることができる。これらの要素を勘案して算出された値が「セットパワー」となる。スピリッツには「4種の各スピリッツランク」があり、標準的な強さ「ノービス・☆」、やや強い「ホープ・☆☆」、かなり強い「エース・☆☆☆」、桁外れな強さ「レジェンド・☆☆☆☆」に分類されている。各4色種の属性の台座があり、攻撃は投げに強い、投げは防御に強い、防御は攻撃に強い、無は属性の相性を受けないという特徴があり、良く効く属性を選ぶことが必要になる。スピリットを現実世界に帰還させることもできる。その後、最大各4色種の属性の台座が引き継がれ、指定される組み合わせで新たなスピリットを召還することも可能。さらに道場や訓練所で鍛えたり、探索場でお宝探しに向かわせることも出来る。アタッカースピリットはおやつを与えてレベルを上げることができ、特定のスピリットは一定のレベルに達すると「超化」が可能になり、超化することでビジュアルが変化し、スキルが追加される。「スピリッツボード」では、「ターゲットリスト」から、それぞれのスピリットをイメージした条件で相手と戦い、撃破後に「スピリッツガン」と呼ばれる特殊な武器で相手のシールドの隙間を狙い撃ち、倒したファイターに命中すれば憑依していたスピリットが入手できる。失敗しても相手のシールド破壊は引き継がれて、次回以降に狙い撃ちしやすくなる。期間限定で開催されるイベントで、テーマに沿ったスピリットが出現しやすくなる。アドベンチャー「灯火の星」では、キーラの光から唯一逃げ延びたカービィが、ファイター達とスピリットを解放する戦いに向かう。難昜度は4種類あり、「とてもかんたん」、「やさしい」、「ふつう」、「むずかしい」から選ぶことが出来る。広大なマップを探索し、敵対スピリットが憑依したファイターを味方ファイターで撃破することによってスピリットを入手できる。マップ各所には、スピリットを失いキーラの能力で洗脳されたファイターのボディが待ち構えており、勝利することで「味方ファイター」として元の姿に戻り操作キャラクターにすることが可能となる。