2000年1月3日、主に毎年1月2日に放送された『オールスター爆笑ものまね紅白歌合戦!!』を年末特番に切り替え、代わって視聴者の復活の要望が大きかった『平成教育委員会』が特番として3年ぶりに復活。2000年を記念して再び開講された。これが20%近い視聴率であったことから、以降毎年1月3日前後には特別番組が放送された。復活当初の何回かは考え中の音楽、CMアイキャッチ音、エンディング曲などは各時間ごとに「初期→中期→後期」と順番に再現する趣向が行われていたが、やがて全時間、初期のものに統一された。唯一オープニングのみ別のものとなっている。2003年からは夏休み期間中にあたる8月最終日曜日にも、2004年からは5月のゴールデンウィークと11月3日前後にも放送されるようになった。レギュラー番組の『予備校』『学院』とも連動する形での季節ごとの特番として放送されている。なお、助手役はレギュラー放送時代から引き続き小島が担当していたが、2003年8月の夏休みスペシャルからは高島彩（当時フジテレビアナウンサー、2011年1月のフリー転向後も出演を継続）が担当している。さらに小島とは異なり、高島の就任後は助手風の衣装での出演になっている。放送開始から長きに渡ってモノラル放送（モノステレオ放送）の状態であったが、2011年10月のスペシャルよりステレオ放送を実施している。
1996年10月に3チームの対抗戦（田代班・席は青、ラサール班・席は緑、寿美班・席は赤）になり、10月 - 12月は生徒が12人から9人に減らされた。これに伴い、中井美穂は司会兼業から解答者専任となった。この頃は、レギュラー放送でも「給食」が実施されるようになったが、パズルを解くのではなく、制限時間以内に指定されたテーマの言葉やしりとりを5つ答えていくクイズ形式になっていた（正解したらダッシュして、ベルトコンベアで流されていくプレートを取る。取ったプレートに書かれている人前分の料理が食べられる）。1997年1月に、新たに助手役として小島奈津子（当時フジテレビアナウンサー）が登場。授業も国語や算数といったものに戻され、初期に近い形となる。しかし、以前からのマンネリ化や、裏番組の『筋肉番付』が人気を上げていき、また『スーパースペシャル』にも負けて、視聴率は低迷していったため、1997年9月に終了することになった。1997年9月27日の最終回では、ラサール石井や清水圭などの優秀な生徒32人が総出演（この時の解答席は青・緑・赤に橙の4色であった）。これまで出題した難問を総復習し、優等生と成績最不良の生徒を決定した。最後に生徒代表として田代まさしとラサール石井が謝辞を読み上げ、出演生徒全員が一人ずつ北野に薔薇の花を渡した。北野もこの番組に対して想いが深かったこともあって、感極まり涙を見せた。と見せかけておどけて締めくくった。エンディングでは第1回放送の放課後の映像が流れ、北野と逸見が語り合い、お互いに肩を組んで教室を去っていくシーンで番組を締めくくった。こうして1997年9月にレギュラー放送は終了し、小学校の修了過程と同じ6年間でいったん幕を下ろすこととなる。なおこの当時は番組をスペシャル版で継続することまで視野に入れていなかった。
1923年（大正12年）9月1日の関東大震災によって老舗百貨店である白木屋は東京・日本橋の本店が壊滅し、その復興が震災後の東京市の復興計画の遅れに伴う区割整理未决定の状態が長期化し、本建築での本格的な復興が遅れることになった。そのため、白木屋は十分な規模での営業を行うことが出来ず、不足分を補うために分店と称する店舗網を展開するようになった。この分店開設の一環として、京浜電気鉄道（現在の京急線）の品川乗入に伴て出来る高架下に品川分店を開設する計画を立てた。しかし、日本百貨店協会が支店などの開設を自粛する自制協定を発表したことに伴い、それに抵触するとしてこの構想は実現できなくなった。そこで、この計画を継承する形で京浜電気鉄道と白木屋の取引問屋が出資して1933年（昭和8年）に資本金10万円で株式会社京浜デパートが設立し、京浜電気鉄道品川駅の地階と地上1階の計約1,000坪の品川店を開設したのが始まりである。白木屋は先に述べた自制協定があったため出資こそしなかったものの支援は惜しまなかったとされており、その運営方式の多くが白木屋のものを継承する形となっていた。1934年（昭和9年）9月に蒲田分店、1935年（昭和10年）3月に鶴見分店（現：鶴見西店）、同年5月5日に川崎分店を開店するなど母体企業である京浜電気鉄道の沿線での多店化を推し進めた。ところが、川崎分店の開設の際に旧京浜電気鉄道本社跡という駅前の一等地に進出することは地元商店街にとって死活問題であるとして、地元商店主達が京浜デパート排撃期成同盟会を結成するなどして激しく反対運動を繰り広げたため、川崎分店を1936年（昭和11年）1月末日で閉店し、店舗跡を地場資本の百貨店小美屋に売却して撤退に追い込まれた。また、京浜デパートは母体企業の京浜電気鉄道沿線のみではなく、菊屋デパートの名称で他の鉄道会社のターミナル駅への出店を行っており、池袋駅に木造2階建てで売り場面積2,347㎡の池袋分店を1935年（昭和10年）2月に開設したほか、同年12月に高田馬場分店を開設するなど開業当初から積極的な出店戦略を展開した。しかし、1940年（昭和15年）3月15日に菊屋デパート池袋分店を武蔵野鉄道（現在の西武鉄道）へ売却して武蔵野デパートとなり、他の店舗も戦災で焼失するなど第2次世界大戦終了時までに、品川と鶴見の2店舗にまで事業規模が縮小する形となった。なお、菊屋デバート池袋分店も武蔵野鉄道へ売却後の1945年（昭和20年）春に戦災で全焼し、戦後の1949年4月27日に西武百貨店へ商号を変更して同年末に営業を再開している。また、1943年（昭和18年）3月には商号を株式会社京浜デパートから株式会社京浜百貨店へ変更している。この商号変更は第2次世界大戦中の外来語規制に伴うものとされている。