惑星エーテルのフェイゾン回収に派遣されたスペースパイレーツの戦艦コロッサスにて、フェイゾン貯蔵庫に積載されていた全フェイゾンを吸収して復活。乗組員の30％を抹殺した後、残りの兵士や拠点である惑星ウルトラガスのパイレーツ達を残らずフェイゾン汚染により自らの配下とする。『ダークエコーズ』では手足の爪や皮膚などにおいて生物としての容姿を強く残していたが、今回はよりサムスのパワードスーツに近い機械的な形態となっている。また復活後のダークサムスは、意思を込めたフェイゾンを送り込み相手を汚染してその精神を支配することが可能であり、体内に内包したフェイゾンエネルギー量も過去最大となっている。銀河連邦との戦いに向けて、多くの拠点惑星をスペースパイレーツを利用して制圧。更に精神感応能力を持つ有機コンピュータ・オーロラユニット313を奪い、全てのフェイゾンの原産地惑星フェイザの核と同調して自由に操る能力を得た。しかしそれは自身とオーロラユニット313の破壊により、惑星フェイザを含む全てのフェイゾンが連鎖爆発で消滅するようになったことも意味しており、単身潜入したサムスとの再戦に敗れたことで、生み出したすべてのフェイゾン諸共連鎖爆発により完全に消滅した。
惑星ターロンⅣのフェイゾン発生源が消滅した事で、新たなフェイゾン反応を求めて惑星エーテルに移動する。自身の強化のためあらゆる場所に出没してフェイゾンを吸収する事を目的としており、フェイゾン入手の邪魔をしなければスペースパイレーツに危害を加える事はなかった。一方で監禁状態のターロンメトロイドを解放したり、スペースパイレーツ基地のセキュリティをハッキングしてステルスフィールド発生装置を奪取する等、その行動には謎が多い。なお、ダークエーテルに生息するイング族から敵対される様子がないため、両者の関係は深いと推測される（ただし、ホレイトでの再戦時直前の部屋では、ダークパイレーツ数体を一掃している）。サムスとは合計3回戦う事になり、撃破した後わざわざサムスの目の前で復活して高笑いをあげる事から、人間並みの知能を持ち合わせていると推測される。なお戦闘能力は復活のたびに強化されていくが、最終決戦時にはフェイゾンの過剰摂取によりその身体が透け、内部の骨格や血管、臓器類などが浮き彫りとなった不安定な状態である。最後は自身が放つ拡散フェイゾンビームを逆利用して倒され、弱り切った動きでサムスに近づいた後、彼女へ手を伸ばした瞬間に消滅する。完全に消滅したと思われたが、事件解決後、サムスが去った惑星エーテルの軌道上にてエネルギー体の状態で復活する。
惑星ターロンⅣの最終決戦において、撃破されたメトロイドプライムが、サムスを道連れに自爆をしようと、1本の触手を突き刺したが、抵抗するサムスのパワードスーツから、フェイゾンスーツが剥がれ、同時にサムスは束縛から解放、そしてメトロイドプライムがフェイゾンコア諸共、消滅した事で任務完了となった。しかし、隠しエンディングのスペシャルムービーでは、インパクトクレーター爆破跡地のフェイゾン溜まりから、サムスのフェイゾンスーツに酷似した黒い腕が出現し、その左手の甲には1つの目玉が付いていた……と、全身こそ確認できないが、この時こそダークサムス誕生の瞬間と推測される。
2004年の参議院選挙後、参議院の森派（当時）幹部は、参議院議員会長に青木幹雄参院幹事長（当時）、参議院議長に中曽根を充てる人事を構想し、中曽根が所属する亀井派（当時）もこれに追随した。しかし、参議院議員会長に就任した青木は事前の約束を反故にし、扇千景を参議院議長に推した。森派会長の森喜朗は当初から扇を推しており、直前まで扇を国土交通大臣に起用していた首相の小泉純一郎も森に同調した。結局、青木の後押しにより扇が参議院議長に就任し、中曽根は参議院予算委員長、参議院亀井派会長になった。2005年の郵政国会では、参院亀井派会長である中曽根の動向が注目された。衆議院では綿貫民輔や亀井静香ら大物議員が造反し、参議院での可決が微妙な情勢の中で執行部・反執行部双方の説得が続いていた。参議院では郵政法案反対結集の中心人物になりうる大物議員が存在しない状況下で、中曽根が8月5日法案への反対票を投じることを明言し、法案否決への大きな流れを作った。これについて、父・康弘は「息子は私の言うことは聞かない人だから」と評した。首相秘書官の飯島勲は「与党側から18人の反対が出れば否決されるという事情も考慮し、極秘に解散を想定した選挙の準備作業をスタートさせた。解散総選挙を事実上覚悟したのは8月5日金曜日だった。委員会で採決を行った日のことだ。中曽根弘文参議院亀井派会長がはっきりと反対を表明した。」と明かしている。8月8日、郵政民営化法案の参議院本会議では、予告通り反対票を投じ、法案は否決された。しかし、その後の衆議院解散に伴う総選挙で自民党が圧勝したことを受けて、9月12日に法案に賛成する意向を表明し、反対票を投じた参議院旧亀井派の残り10人も賛成に回る、と会見で明らかにした。これを受けて、10月14日の参議院本会議において賛成票を投じ、郵政民営化法案は可決された。その後、国会参議院予算委員長を辞任した。年齢、実績、当選回数から次期参議院議長候補の筆頭に目されていたが、郵政採決での参議院の戦犯と党内で槍玉に挙げられたことから、党内での地位が大幅に低下した。一方、郵政法案に最後まで反対した平沼赳夫は「親子2代の風見鶏」と中曽根の変節ぶりを激しく批判した。2006年1月、参議院教育基本法に関する特別委員長に就任した。2007年9月、参議院懲罰委員長に就任した。2008年9月、麻生内閣で外務大臣に就任した。自民党には「参議院議員の入閣は一度きり」という慣例があるが、それを破り、重要閣僚の外務大臣に就任したことは極めて異例である。2009年8月の衆議院総選挙で自民党は惨敗を喫し、麻生内閣の退陣に伴って外務大臣を退任する。総選挙後、自民党党紀委員長に就任した。2010年4月には、自民党に離党届を提出し、それぞれたちあがれ日本・新党改革の結党に参加した与謝野馨元財務大臣、舛添要一元厚生労働大臣の除名処分を決定した。