万代口・西口（新幹線改札あり）・東口（新幹線改札あり）の3つの改札口があり、いずれもみどりの窓口および指定席券売機が設置されている。なお、新幹線東口インフォメーションコーナーはジェイアール新潟ビジネスに業務が委託されている。全ての改札口にSuica対応の自動改札機が設置されている。在来線改札では全通路でSuica（相互利用可能なカード含む）が使用可能。新幹線改札ではモバイルSuica特急券と長岡 - 新潟間のSuica定期券が利用できる。
直営駅（駅長・助役配置）で、周辺駅を統括管理する地区管理駅を兼ねており、信越本線のさつき野駅 - 越後石山駅間、白新線の東新潟駅 - 西新発田駅間、越後線の越後曽根駅 - 白山駅間の各駅 が当駅の被管理駅である。
連続立体交差事業の当初段階の設計においては、在来線ホームは万代口側から相対式の1番線、島式の2・3番線、4・5番線となっていた。だが、上越新幹線と白新線・羽越本線方面の特急列車「いなほ」との乗換えの利便性を高めるため設計が変更され、万代口側から島式の1・2番線、3・4番線とし、さらに新幹線ホーム11番線の万代口側に島式ホームを設置して、それぞれ在来線側に5番線、新幹線側に10番線が設けられ、同じホームでの乗換の便がはかられることになった。この設計変更は、現在計画が進められている羽越本線高速化の一環として行われたものである。なお、検討段階では11番線を在来線用に転換する案もあったがシステム改修費などを理由に現案に落ち着いた。対面乗り換えは2018年4月15日の高架化第一期開業にあわせて開始され、当日はJR東日本の新潟支社長や米山隆一新潟県知事（当時）、篠田昭新潟市長（当時）らがテープカットを行い、多くの地元メディアが取材を行うなどし、新潟駅のリニューアルを広く報道した。
万代口駅前広場の整備事業は立体交差化完了後に予定されていたが、前述の2012年の工程見直しの際に前倒しでの着手が決定し、2015年のBRT萬代橋ライン運行開始時開始に合わせて部分的な整備が行われた。噴水、時計台などを撤去し、タクシープールおよび自家用車整理場を縮小したうえで歩道空間が広げられた。これに伴い、2015年7月からロータリー内への一般車の乗り入れが禁止された。
ヴィヴァルディより25年、大バッハやヘンデルより32年年長にあたる。合奏協奏曲、トリオソナタ、ヴァイオリンソナタで知られる。アルカンジェロ・コレッリはフジニャーノ（現在のラヴェンナ県内）で生まれた。彼の前半生については全く知られていない。コレッリの家系についてはあまり多くのことは知られていないが、善にもつよく悪にもつよい個性的な血族であったようである。コレッリが生まれる20年前、一族のルドルフは町の暴動の首謀者になったかどで処刑されたが、同じ一族から僧侶、法律家、医学者、詩人などが輩出している。彼は幼いうちに、当時イタリアの器楽の発展の最大の拠点であったボローニャに出て、ここでベンヴェヌーティにバイオリン奏法を学び、さらにブルノーニについて音楽家として大成した。彼のヴァイオリンの師はジョヴァンニ・バッティスタ・バッサーニという人物であったとされるが、これも伝聞情報の域を出るものではなく、いかなる教育で彼が育ったのかも不明である。有名な教皇の礼拝堂付き歌手であったマッテオ・シモネッリが彼に作曲を教えた。コレッリの初期の作品では、みずからフジニャーノ生まれでボローニャの人と呼ばれるアルカンジェロ・コレッリと名乗っているが、彼が確実にボローニャに滞在したのは1666年（13歳）から1670年（17歳）までの4年間のようである。コレッリ最初の大きな成功は19歳のときにパリで得たもので、これによって彼はヨーロッパでの評判を得た。22歳の歳、1675年に、彼はローマに出てサン・ルイジ・デイ・フランチェージ教会でバイオリン奏者の地位についた。1679年、26歳の時に、彼はローマのカプラニカ劇場で友人のパスクィーニの歌劇＜義務と愛と慈悲＞のオーケストラを指揮した。フランスのラゲネは、この時「私はローマでコレッリ、パスクィーニ、ガエターニの3人が同じオペラで共演するのを聞いたが、この人たちはそれぞれバイオリン、チェンバロ、テオルボにかけては世界の第一人者である。その上、この人たちは1ヶ月か1ヵ月半の間に300から400ピストーラも稼ぐ」と、最大限の賛辞で感想を記した。その後、コレッリはパリからドイツへ移った。1681年には彼はバイエルン選帝侯のもとで勤めていた。この前後1680年から1685年の間、彼は多くの時間を友人のクリスティアーノ・ファリネッリ宅で過ごしていた。この時期が最も脂がのり、作品番号を記した代表作を世に放つだけの実力があったようである。1685年にはコレッリはローマにおり、そこでスウェーデン女王クリスティーナのための祭典での音楽公演を指揮し、またピエトロ・オットボーニ枢機卿（後のローマ教皇アレクサンデル8世）の寵臣であった。1689年から1690年にかけてはモデナに滞在し、モデナ公はコレッリに対して寛大であった。1708年に彼はローマに戻り、オットボーニ枢機卿の邸宅で暮らした。同年には、国王の招きでナポリを訪れている。コレッリが59歳で亡くなったとき、彼は12万マルクもの大金とブリューゲルやプーサンなど貴重な絵画のコレクション（136枚）とチェンバロ１、バイオリン２、チェロ１、コントラバス１を有しており、楽しみといえば贅沢をすることのみであった。彼は自分の後援者と召使、友人に遺産を譲ったが、友人は寛大にもその財産をコレッリの親類に返還した。コレッリはローマのパンテオンに埋葬された。