長妻昭厚生労働大臣は、相模原キャンパスの施設・設備を売却し、教職員及び学生を東京都小平市の東京校に移動させる方針を表明した。また、平成21年11月の行政刷新会議による事業仕分けの結果を受け、厚生労働省は、本校の売却について主務官庁として正式に検討することを発表した。
「雇用・能力開発機構の廃止について」（平成20年12月24日閣議決定）において、独立行政法人雇用・能力開発機構は廃止し、職業能力開発業務は、独立行政法人高齢・障害者雇用支援機構に移管、その他の業務は、廃止又は独立行政法人勤労者退職金共済機構等へ移管することが明記された。その中で、職業能力開発総合大学校については「職業訓練指導員養成の在り方、コストパフォーマンスを抜本的に見直した上で、ものづくりに関するセンターオブエクセレンスとして、企業の競争力の強化に資する取組を行う」とされた。
「独立行政法人整理合理化計画」（平成19年12月24日閣議決定）において、職業訓練指導員の養成の需要に応じて、訓練科の再編や学生定員の削減などの組織の抜本的見直しを行うことが、独立行政法人雇用・能力開発機構関係の計画に盛り込まれた。これを受けて、「職業能力開発促進法施行規則の一部を改正する省令」（平成20年厚生労働省令第61号、平成21年4月1日施行）により、長期課程については7科（定員200名）から4科（定員120名）に再編された。
総務省の政策評価・独立行政法人評価委員会は、2005年（平成17年）11月、「平成16年度における独立行政法人の業務実績評価に対する意見」を公表した。このなかで、職業能力開発総合大学校の卒業生における職業訓練指導員への就職実績が2004年度（平成16年度）は1割程度であることを指摘し、独立行政法人雇用・能力開発機構に対して、卒業生の職業訓練指導員への就職状況を把握・分析・評価し、今後の在り方の検討に資する評価を行うべきであるとの意見を示した。
「特殊法人等整理合理化計画」（平成13年12月19日閣議決定）により、特殊法人であった雇用・能力開発機構は独立行政法人となり、2003年度（平成15年度）から2006年度（平成18年度）までの第1期中期目標期間において、常勤職員数の600名削減を目標に掲げた。その結果、2003年度（平成15年度）には4名、2004年度（平成16年度）には155名、2005年度（平成17年度）には154名、2006年度（平成18年度）には137名、合計で450名が削減された。本大学校の長期課程は職業訓練指導員の養成が目的であるが、このような行政改革等の影響により同機構の職業訓練指導員の採用数が削減された結果、2001年度（平成13年度）から2006年度（平成18年度）までの間に、多くの卒業生が民間企業に就職している点に対して、各所から以下のような指摘を受けた。
東南アジア諸国との政府間協定により、長期課程では1992年10月から東南アジア諸国の国費留学生を毎年16名、研究課程では2001年4月から毎年2名受け入れている。帰国後は各国の職業訓練指導員として出身国の人材育成を行う。
「ヴァーペン・フォン・ハンブルク」は1669年から1683年にかけて合計11回の護衛任務に就いており、イベリア半島へ9回、イングランドと北極海へそれぞれ1回航海した。艦長には1669年、それまでにハンブルクで最大のトンネンボーヤーで護衛に従事して名を成し、新しい職務を購入できたマーティン・ホルステが任命されている。しかしホルステは、「ヴァーペン・フォン・ハンブルク」とともに護衛のため課された命令の一部に違反したり、それらを無視したりした後、不興を買う。例えば彼は船団の船の内、何隻かを護衛せず、その代わりに指定された、もしくは予定外の場所で指定された期間よりも長く停泊し、船団の出納係に過大な請求書を届けたのである。ホルステには艦長への命令を非常に厳しく守ることが求められていた他、何度も警告されてもその奔放な行動を止めなかったため、委員会は彼を規律に従わせるべく最終的に手段を手を打つことになった。その結果、ホルステは「ヴァーペン・フォン・ハンブルク」において責任ある地位を失ったが、影響力のある親戚を通じ、護衛艦において実際の指揮権を持たないとはいえ、艦長職に留まっている。1683年、姉妹艦の「レオポルドゥス・プリムス」は大規模な修理に入る。この時点で、本来の艦長であるホルステは提督府と対立に陥っていたため、海賊との数々の戦いを通じてハンブルクに非常に貢献していた提督、ベーレント・ヤーコプゼン・カープファンガーがすぐに「レオポルドゥス・プリムス」から「ヴァーペン・フォン・ハンブルク」に転任し、同艦の指揮を引き継いだ。続いてカープファンガーは1683年の秋、「ヴァーペン・フォン・ハンブルク」とともに初の航海に出発し、同年10月には少しの遅れをもってカディスに到着する。ここで彼はさらなる航海の準備を行うべく、沖合に投錨した。帰りはハンブルクへ戻る前に、イングランドのワイト島に寄港する予定であった。この時点で、艦の乗組員は船員と士官合わせて150名と兵員80名であった。さらに法務官とその部下並びに船医数名、説教者1名と召使い数名が居た。