前述のとおり、本作はアイデアの取捨選択を前提として長いプロットが描かれており、各話脚本決定稿へ至るまでにもだいぶ内容が削られているが、一部の話は脚本決定稿以降にも大胆なシナリオの改変が行われている。羽原は『2199』に対して、要素を詰め込み過ぎてメカを見せる尺が短くなったいう反省をしており、本作はセリフを可能な限り削ってメカ描写を優先させている。その結果、脚本に存在していたキャラクター同士の掛け合いや戦況等の状況説明などをセリフで表現するシーンはかなり減らされており、さらに伏線や後の話に影響するセリフなどもいくつか無くなってしまっている。セリフを削って分かりにくくなった部分があることは羽原自身も認識しており、分からないところはBD特別限定版特典の脚本をぜひ読んでほしいとインタビューで述べている。戦闘シーンにおいては、副監督の小林による演出アイデアも多く、例えば第1話ではニードルスレイブ・ガミラス臣民の壁を装備したゼルグート級・岩塊から出てくるカラクルム級などの要素が、絵コンテ以降の段階で追加されており、結果的に元の脚本から大きく流れが変化している部分もある。
CG制作は前作までのSUNRISE D.I.D.から、『星巡る方舟』で3Dレイアウトを担当していたサブリメイションに代わっている。それに伴い、制作用ツールが3ds MaxからLightWaveに替わっており、前作までの3Dモデルデータは、30 - 40個程度をLightWaveに合うように落とし込んで引き継いでいる。エフェクト系は3ds Max独自の機能を使っているものも多く、単純なデータの流用がほぼできないため、データを一度分解して組み立て直すなど、前作までと同じ見た目のものを再現するのに苦労したという。上記の通り、演出や絵的な見栄えを優先しており、コスモタイガーIIに金田パースをオマージュした「バージョンK」と呼ばれる3Dモデルを用意したり、戦艦を大きく引き伸ばして巨大感を出すように映したりしている。また、爆発時の破片やパネルラインから漏れる光などには、After Effectsを用いた2D処理による補完を行っている。一方、前作まででメカ全般の表現・演出を担う「チーフメカニカルディレクター」を担当していた西井正典が本作には不参加となっており、彼が担当していたCGに手描きでディテールを描き足す「ディテールアップ作画」も、本作では規模を縮小している。代わりに、3Dモデルの段階でディテールを盛り込んでいく方針となっている。
人物の作画は『さらば』『ヤマト2』に寄せるためにも影のつけ方が変更され、『2199』とは異なるより硬派な印象を与えるものとなっている。それは戦闘シーンにも反映されており、カットバックなどを入れ込むことで人物の心情を浮き彫りにしている。また、艦船の見せ方については重量感を優先させることを徹底しているが、第1話で古代が乗っているゆうなぎだけは、彼が戦闘機乗りであることや、新政府へのわだかまりからやや捨て鉢になっていることを踏まえ、異質な描き方をしている。羽原が『復活篇』に参加していた当時、同作や『さらば』に参加していた湖川友謙と親交を持ったことから、彼が本作にも参加することとなり、第1話序盤でテレザート星の映像を煽り構図で眺めるズォーダーのカットの原画を担当した。湖川はその後の話でもガトランティス側の原画を担当しており、第七章の劇場公開前には第1話への参加について「私の原画を修正しないということなら描くよ（笑）」との理由や、「彗星帝国側のキャラは私が全部作画してもいいよ」と羽原に返事したことを、明かしている。
Bran Starkキャトリンとエダード・スタークの第四子で次男であり、視点人物である。 ウィンターフェル中の高いところに登って探検することを楽しむ。ブランは冒険好きで気が強く、7歳にして自分のことを“もうほとんど大人”だと信じている。エダードの兄の亡き伯父ブランドンにちなんで名づけられ、いつの日か偉大な騎士になることを夢見る。ブランは城の塔に登り、王妃サーセイと双子の弟ジェイミー・ラニスターの性交を見てしまう。ジェイミーは二人の秘密を守るために窓からブランを突き落とす。ブランは生き延びるが、背骨を折って昏睡状態となる。暗殺者がブランを襲うが、ブランの獰猛な大狼が暗殺者の喉を引き裂く。目覚めたブランは大狼をサマーと名付ける。落下する幻視を見て、彼とともに飛ぶ〈三つ目の鴉〉の夢を見る。腰から下が麻痺したままとなり、どこにいくにもホーダーに運ばれなければならない。落下の直前の出来事は覚えていない。サマーの意識に入り込む能力を得たことにやがて気付く。ウェスタロスではこのようなことをできる少数の者たちを〈狼潜り〉(ウォーグ)と呼ぶ。ロブが北の王として戴冠した後、ブランはロブの世継ぎとしてウィンターフェルのプリンスとなり、兄がラニスター家との〈五王の戦い〉を戦う間、城を治める。〈灰色沼の物見城〉(グレイウォーター監視所)からミーラ・リードとジョジェン・リードがウィンターフェルにやってきて彼を助ける。ジョジェン・リードはブランの〈狼潜り〉としての能力に気づき、その適切な使い方を教える。ジョジェンは、もしブランが壁の北側に行けば、〈三つ目の鴉〉を見つけることが出来ると教える。シオン・グレイジョイがスターク家を裏切りウィンターフェルを占拠した時、シオンは農民の子供を殺して、ブランは死んだと七王国中に告げる。だが、ブランは生き延び、リード姉弟と北に向かう。彼らは〈壁〉の放棄された城である〈夜の砦〉に着き、サムウェル・ターリーに出会う。サムウェルは謎の存在である〈冷たい手〉の命で、〈壁〉の底にある隠された扉である〈黒い扉〉をブランの一行に通り抜けさせる。〈壁〉の北側で、ついに〈三つ目の鴉〉に会うが、その正体はターガリエン家の私生児で、かつて〈王の手〉であり、また〈冥夜の守人〉の総帥でもあったブリンデン・リヴァーズである。ブランは緑視者となることを学ぶが、それは自然に対する支配力を持ち、予知夢を見て、人や動物に乗り移る能力である。ウィアウッドの樹を通じて過去を見ることもできるが、過去を変えることはできない。ブランはHBOドラマシリーズにおいてアイザック・ヘンプステッド＝ライトが演じている。