その一方、同日に東京地検は「調査船乗組員が会社に無断で自分のものにしたわけではなく業務上横領は成立しない」とし、嫌疑なしで乗組員である共同船舶株式会社従業員12人全員を不起訴処分とした。その理由について「鯨肉の所有者である共同船舶は、乗組員が土産などの名目で鯨肉を持ち帰ることを承諾しており、同容疑にはあたらないと判断した。またこれらの鯨肉は、土産用や、商品加工できずに海上に投棄する分、乗船中の食料分だった」などの説明が報道されている。ただ、上はオフレコでのリークだったのか、グリーンピース側としては公式見解と受け止めてないらしく、「東京地検は船員に対する告発を「嫌疑なし」として「不起訴処分」に付した。東京地検はその理由を公にしていないが、共同船舶や鯨研に対して強制捜査をおこなったことはない」としている（グリーンピース報告書 パート2, 2009年3月）。だが検察がどういう調査結果を得、どういう理屈で土産という説明に信憑性があるという判断に至ったのかは、興味をそそる点であり、たとえば青森地裁も（少なくとも2009年の5月中旬では）、検察が鯨肉の持主やその人物に鯨肉を譲ったという人物らにたいして行った調査があるならば、その内容を法廷に提出せよとして検察側に情報の開示を要求したという。グリーンピース弁護団が検察資料の「全面開示」を求めると、地裁は開示を却下した（2009年年表参照）。グリーンピース・ジャパン側は不起訴処分を不服として検察審査会に審査を申し立たが、東京第一検察審査会は2010年4月22日、告発された鯨肉は日本鯨類研究所より「土産や食料用として正式に所有権を取得したもの」と認定し、「不起訴は相当」と議決した。
2008年6月20日、青森県警と警視庁公安部の合同捜査本部は、GPJ海洋生態系問題担当部長の佐藤潤一容疑者(当時31歳)と同団体海洋担当メンバーの鈴木徹容疑者(当時41歳)を窃盗および建造物侵入の容疑で逮捕、同2名の身柄を青森警察署に移送した。また、犯行が組織的に計画されたものと見て、捜査員約20人が同団体の事務所など関係先6カ所を家宅捜索。GPJの広報担当によると、経理情報や会員名簿などが入ったPC6台と鯨肉に関する調査資料、組織図などが押収されたという。
宅配便の配送会社である西濃運輸は、発表の翌16日青森県警に盗難被害届を提出。青森県警警備部と警視庁公安部の合同捜査本部が窃盗と建造物侵入の容疑でグリーンピース・ジャパンの幹部ら2人を逮捕。青森地検が青森地裁に起訴し、公判が行われている。2008年に青森地裁に起訴され、2010年に幹部ら2名に対して有罪判決が言い渡された。被告側は仙台高裁に控訴したが、2011年に棄却され、最高裁への上告は断念した。2011年7月27日、懲役1年・執行猶予3年の有罪判決が確定。
しかし、この水産庁回答とは食い違う内容で、鯨研、共同船舶は、水産庁資源管理部長（本村裕三）宛に「鯨肉をめぐる問題についての報告書」を提出した。このなかで共同船舶からは船員に対し塩蔵「..ウネス約8kgと赤肉小切約1.6kg」が「お土産」として支給されているとする。当報告書の中で、自分に支給された分の土産を他人に譲る者もいる、ととくに断っているのは、事件の 23.5 kg 分のウネスの説明を示唆するものであろう。じっさい、本事件の鯨肉は、共同船舶の調査によると他の乗組員3人がお土産から譲られた分も合わさっている、毎日新聞の報道にあった(2008年5月19日)。このほか、1人当たり3.2kgまでの購入が認められており、他の船員が購入しなかった販売分を希望者が購入することもできる報道されている。(\調査捕鯨の副産物として得た鯨肉はすべて共同船舶株式会社が買い取っている。ただし、鯨肉の買取価格については日本鯨類研究所が調査終了後に決定（例年6月）するため、お土産を配布する段階では価格は決定しておらず、前年度の価格で買い取っていた。)
グリーンピース・ジャパンは、日本の記者会見と同日(5月15日)、日本の調査捕鯨船乗組員による業務上横領の告発にふみきった。告発状に添えて、鯨肉の塩漬け入りの宅配便箱を物的証拠とし、独自の調査報告書(dossier)も加えて東京地検に提出し、この件の捜査を求めた。佐藤はインタビューで、そのときの検察が興味津々な態度を見せたので、脈があるものと期待した。しかし、結果的にこれは立件されず、横領嫌疑のかけられた船員は不起訴になった（#捕鯨員ら不起訴処分に詳述）。
ゴードンがフリーランスで活動していたピーター・ミーデンをザ・フーのパブリシストとして雇った事から、メジャー・デビューへの動きが加速する。フォンタナ・レコードと契約を取り付けたミーデンは、バンドを当時流行していたモッズ族として売り出すことを画策し、メンバーにモッズ系の服を着ることを命じ、さらにバンド名をハイ・ナンバーズと改めさせた（「ナンバー」とはモッズの間でストリートにたむろする者を表すスラングで、「ハイ」は彼らがドラッグで常にハイであったことにちなむ）。1964年7月3日、ミーデンが書いた「ズート・スーツ／アイム・ザ・フェイス」(2曲とも実際にはミーデンのオリジナル曲ではなく、既存曲の歌詞を書き替えただけのものである)で、ハイ・ナンバーズはレコード・デビューする。しかしレコードは1000枚しかプレスされず、ミーデンの懸命な宣伝活動の甲斐もなく、デビューシングルは不発に終わる。7月中旬頃、才能あるロックバンドを探してドキュメンタリー映画を撮ることを夢見ていたキット・ランバートの目に留まったことから、再びバンドの運命が変わる。ハイ・ナンバーズのステージに圧倒されたランバートは、さっそく相棒のクリス・スタンプと共にバンドに接触する。ランバート、スタンプ共に音楽ビジネスの経験はなく、バンド側もはじめは二人を警戒していたが、ミーデンの手法に不満感を抱いていたこともあり、ゴードンとの契約を破棄し、ランバートらと行動を共にする事を決めた。ミーデンも彼らを渡すまいと厳つい用心棒を引き連れて抵抗したものの、8月には250ポンドの手切れ金で追い出され、ディトゥアーズはランバートらと新たなマネージメント契約を結んだ。契約内容は取り分をランバートとスタンプがそれぞれ20％ずつ、残りの60％をメンバーで4等分することでまとまった。なお、ミーデンはこれ以降ザ・フーと一切かかわることはなく、ムーンの死の少し前の1978年7月30日に37才で死亡した。死因は断定されていないが、ムーン同様オーバードースと見られている。10月、EMIのオーディションを受けるも不合格となるが、プロデューサーのシェル・タルミーに見出され、プロデュース契約を結ぶ事に成功。11月にはブランズウィックとのレコード契約を交わし、バンドは再び“ザ・フー”と改名して再デビューすることとなった。彼らの大音量のライブ、特にギターやアンプ、ドラムを破壊する派手なパフォーマンスは、モッズの若者を中心に評判を呼んでいった。