本殿祭が終わると、神輿に浅間神社と諏訪神社の分霊を移す御霊移しの儀式が始まる。御霊（みたま）とは祭神の御神体の分霊をのことであり、御霊代（みたましろ）とも呼ぶ。浅間神社と神輿が置かれた境内社である諏訪神社（摂社）とは、境内を介して約150メートルほど離れており、浅間神社から神輿のある諏訪神社へと御霊を持った宮司が移動するのが御霊移しの儀式である。御霊移しが始まる午後4時頃になると、境内一帯は大勢の参詣者や見学者らで埋め尽くされている。14名の世話人と12名の消防団員は両社を結ぶ境内中央部に一列に並んで、一般参詣者らを入れないようにして御霊の通り道を明ける。社殿内と境内の照明や電気はすべて消され、薄暗くなった浅間神社拝殿奥から神職による「オーッ」という警蹕（けいひつ）の低い声が響き渡ると、純白の布で覆われた御絹垣（おきぬがき）が拝殿内から現れる。御絹垣は6本の支柱の間に大きな白布を張り、御霊を持つ宮司を四方から囲んで隠した幕であり、6名の神職によって持ち抱えられている。神聖な御神体は人目にさらしてはならず、このように幕で隠しながら諏訪神社へ運ばれる。御絹垣の前には道楽・賛者の2名が先導を行い、後側には典儀・賛者と、護衛の御師団が続く。御絹垣の中には宮司と露払い役の行障（こうしょう）の2名のみがおり、宮司は袖の中に御神体（御霊）を抱えながら、神職らの発する警蹕の声に導かれながらゆっくりと進む。参詣者らは低頭して道を明け、光を浴びせたり写真を撮ることは禁忌とされる。御絹垣は諏訪神社に着くと拝殿上にのぼり、そのまま本殿内に納めて安置する。こうして御霊移しが済むと御絹垣は取り払われ、境内の電灯も再び灯され、間を空けずただちに諏訪神社祭が開始される。
鎮火祭の最初に行われる神事が、26日午後3時より浅間神社拝殿内で行われる本殿祭である（位置）。本殿祭は鎮火祭開始に際し、神輿への動座を浅間神社の祭神に願うための神事である。出席者は氏子総代、世話人、講社、御師団をはじめ、地元選出議員や主要企業関係者などの来賓を含め総勢100名にものぼる。出席者のうち氏子総代10名は、白衣・青袴姿、御師は白い斎服姿、消防団員らは印半纏（しるしはんてん）姿など、それぞれの正装で臨席する。「山梨県神道雅楽会」会員ら4名による三管三鼓の雅楽により越天楽などが奏でられる中、神事が執り行われる。本殿祭の神事は、開扉、献饌、斎主祝詞奉上、斎主玉串奉献、玉串奉献、来賓の玉串奉献、撤饌、太鼓奉仕者へのバチ授与、宮司にならい御一拝、この順序に従い約1時間をかけて粛々と執り行われる。
各地の富士講社は祭礼に参加するため、26日の昼頃までに富士吉田市内に入り、各講社の所属する御師坊へと入る。講員は御師坊に入ると、講社のマネキ（講社名を染め抜いた布旗）を、坊の玄関先やタツ道の入口に掲げるので、どの御師坊にどの講社が滞在しているのかが外からでも分る。講員らは行衣（ぎょい）に着替えて午後3時から始まる浅間神社本殿祭へ向かう。一般的な富士講員の服装は、白の宝冠、行衣、行袴を着て、手に白の手甲、脛にも白の脚絆をつけ、わらじもしくは足袋を履く。頭に被る宝冠は7尺2寸の布であるが、現在これをかぶるのは秩父大丸講、丸伊講、丸金講の講社だけである。また、講社が御師坊に滞在してる間、世話人が挨拶回りに各御師坊を回り、各講社、御師坊からご祝儀を渡される。御師坊では家族総出で講社の世話に追われる。どの御師坊でも部屋数に余裕がなく、複数の講社にまとめて部屋に入ってもらい、就寝時にはいわゆる雑魚寝状態になる。食事も講社ごと順番に食べてもらう。
南北戦争が始まる前、レキシントンは人口4,000人を超す農業町であり、ラファイエット郡の郡庁所在地でもあり、ミズーリ州西部から中央にあるミズーリ川沿岸でかなり需要な位置づけにあった。縄の材料として使われた麻、タバコ、石炭、牛が生産され、これらが全て町の繁栄に繋がり、川を使った交易も行われた。隣接する郡部と同様に、多くの住人が奴隷を所有しており、郡人口の31.7%が奴隷だった。南北戦争が始まったとき、白人の大半はアメリカ連合国支持を公言していた。北軍西部方面軍指揮官ジョン・C・フレモントは、ミズーリ川を支配し、地域の南部同調者を規制しようとした。そのために1861年7月、レキシントンを防衛拠点とし、チャールズ・スタイフェル大佐の下に、セントルイス出身のドイツ系兵士で構成されるアメリカ合衆国予備役第5連隊を駐屯させた。スタイフェルとその部隊は間もなく、フレデリック・W・ベッカー大尉（あるいは少佐）の指揮するラファイエット守備隊5個中隊に入れ替わった。その後ロバート・ホワイト中佐が指揮する第14祖国防衛連隊で補強され、ホワイトが全体指揮を執った。さらにその後、イリノイ第1騎兵隊を率いて到着したトマス・A・マーシャル大佐が指揮官に就いた。8月10日、ウィルソンズ・クリークの戦いで南軍を支持するミズーリ州軍が勝利した後、州の北部と中部でその勢力を固め、スターリング・プライス少将の指揮下にレキシントンに向けて行軍した。9月10日、ジェイムズ・A・マリガン大佐がイリノイ第23志願歩兵連隊と共に到着し、指揮権を引き継いだ。9月11日、ミズーリ第13歩兵連隊、バン・ホーンのアメリカ合衆国予備役大隊、ミズーリ第27騎馬歩兵連隊が到着した。これはプライス軍の執拗な前進に直面して、ミズーリ州ウォーレンズバーグの町を放棄した後のことだった。このときマリガンは3,500名を指揮しており、直ぐに町のマソニック・カレッジの周りを広範に要塞化し、樹木を切り倒して見通しを良くし、寮と教室のある校舎の周りに土盛りを行った。その上官がサミュエル・D・スタージスの指揮下に更なる援軍を送り、それでマリガンは拡大された陣地を守ることができると思ったが、その援軍が南軍支持部隊の待ち伏せを受け（電報を受け付けた南軍支持者からの通報があった）、退却を強いられた。