宮津初代藩主・京極高知の妻が慶長17年(1612年)に亡くなったあと、息子の京極高広が寛永2年（1625年）5月、母の追善供養のために当寺を開創。山号（松渓山）と寺号（智源寺）はその戒名「惣持院殿松渓智源大禅定尼」に由来している。寛文元年（1661年）大本山永平寺より僧録司に任ぜられ、中本山として丹後曹洞宗の諸寺を統率した。本堂は文化元年（1804年）3月に再建された。本尊は聖観世音菩薩。黄金の立像は飛鳥期末、元興寺の道昭の作。安永元年（1772年）4月、宮津吉原の畑より出土した後、40年間宮津城中に祭祀されていたが、文化8年（1811）2月、藩主・松平宗発より賜り、秘仏とされている。本堂の格天井に描かれている花草図は、江戸時代後期円山四條派・土佐派、20人の傑作で、京都府の文化財に指定されている。本堂再建時に作成された障壁画の一部が客殿に再現されている。
修復チームは実作業に入る前に、六カ月の期間をかけてフレスコ壁画の事前調査を実施している。ヴァチカン美術館が1930年代に修復作業を手がけたときの修復担当者への質疑応答をはじめ、洗浄に使用する最適な溶剤の選定、修復技法の決定などさまざまな事柄が検討されていった。修復実作業の第一段階は顔料層が乗っている厚さわずか 5 mm 程度の漆喰層へのポリ酢酸ビニル樹脂の注入による再固着だった。これは修復作業中に漆喰層が剥離してしまい、顔料層ごと破損することを防ぐためである。過去の修復で顔料層を固定するために使用され、画肌のひび割れの原因にもなっていた青銅のピンも取り除かれ、ピンの穴は埋め戻された。部分的に固着が弱まっていた顔料は、希釈したアクリル樹脂で確実に固定された。画肌の洗浄作業にはさまざまな溶剤が使用された。蒸留水は煤の除去と水溶性の汚れを分解するために広い範囲で使用されている。過去の修復作業で塗り重ねされた顔料や描き足された顔料は、十分に時間をあけた複数回の工程でゲル状の溶剤を用いて除去され、最後は蒸留水で洗浄された。塩分による白化はジメチルホルムアミド溶剤で処理されている。そして、薄いアクリルポリマー溶剤で画肌を硬化、保全し、最終の洗浄作業を経て全工程が終了する。修復加筆が必要な箇所には水性顔料が使用された。加筆されたのは独特な質感を生み出している縦方向の筆使いで描かれた箇所だった。遠くから鑑賞する分には目立たないが、修復後の鮮明になった状態で近くに寄れば明らかに認識できる状態だったのである。過去の修復作業の状態を保管するために敢えて修復されなかった箇所もある。僅かではあるが、後世に塗り重ねられた顔料、付着したロウ、水分侵食防止の油などが残されている部分が存在する。
修復チームが最初に行ったのは足場の製作だった。システィーナ礼拝堂の壁面、窓上部のスパンドレル（三角小間 (en:spandrel)）の下にあるルネットの真下にアルミニウム製の足場が組まれた。足場の腕木を通す穴は、天井画制作前にミケランジェロが足場の腕木を通す際に使用したのと同じ穴がそのまま使われている。天井がドーム状で場所によって高さが異なるため、ミケランジェロは足場の床板に片持ち梁、階段、斜面などを設けていた。今回の修復で製作された足場にも、ミケランジェロが設けたのとほぼ同様の仕組みが床板に設置されている。また、ミケランジェロの時代よりも使用できる素材の重量が軽いため車輪をつけることによって容易に移動が可能であり、ミケランジェロが天井画制作当時に行った足場の解体、移設の繰り返しといった作業は必要なかった。
鬼邑山城は、喜村山城とも、木村山城ともいい、市場の馬入堂山城と一連を成して八代の木村山にあった城で、元暦年中（1184年 - 1185年）には、播磨・美作・備前・備中・備後五ヶ国の守護土肥実平が居たともいわれているが、備中古城記ではこれを否定している。情報量の少ない当時としてはこれも致し方ないことかもしれないが、何れにしても、実際は、知られている以上に備中の主要な城であったようである。室町時代の永正6年（1509年）には、足利家の一門であり、後に足利第十三代将軍義輝の重臣で幕府奉行衆となる若かりし上野民部大輔信孝が、第十代将軍義稙の命により備中に遣わされ、この城に居たとされている。その後は、一族の上野四郎次郎高直、更にはその嫡子上野肥前守高徳が在城したとされているが、高徳が備前常山城に移ってからは、その一族の三宅左馬允徳久が居たともいわれている。天正3年（1575年）、上野肥前守隆徳（高徳）が備前常山城にて小早川隆景率いる毛利軍に滅ぼされてから後は、この城も再び利用されることは無く廃城となり、城址（木村山）は、嵯峨野村の管理となった。岡田藩古文書には、城址（木村山）について「元和九年（1623年）隣界山論の事起れり、時に平左衛門君（家老千石定盛）岡山侯の臣某と木村山の嶺上に會し給ふ。平左衛門君論辨して果断すさましき事をはかり、其勢ひゆゝしくふるまはれしかは、岡山の臣もまたともかふもいはと、今日天氣甚不定なり後日又會すへしとて引退しが、山論終にやみぬ。而して木村山は嵯峨野村の山にて八代より争論に及ばず。」とある。