8月13日午前11時ごろ、上野村消防団が「スゲノ沢」で尾根を滑り落ちた機体後部の残骸を発見。その中に4名の生存者がいた。4人とも重傷を負っており、上野村消防団や長野県警機動隊は、ヘリで引き上げが可能な尾根まで急ごしらえの担架で生存者を引き上げた。陸上自衛隊のヘリコプターが上野村臨時ヘリポートまで搬送、4人のうち2人は東京消防庁のヘリに移し換えられて群馬県藤岡市内の病院に運ばれた。事故調査報告書によれば、4名の生存者以外は即死もしくは、それに近い状況だった。一方、救出された当時12歳の生存者は「墜落した直後は周囲から『がんばれ』という励ましや『早く助けに来ないのか』などという話し声が聴こえていたが、次第に静かになっていった」と語っている。そのため、救出が早ければ、さらに多くの人命が救えたのではないかという意見もある。
8月12日18時28分の墜落直後には米軍の輸送機・救難ヘリ、航空自衛隊の戦闘機・救難ヘリが墜落位置を確認していたが、夜間の救助は行われなかった。8月13日の早朝午前4時30分すぎになって航空自衛隊救難隊による墜落機体の再確認が行われ、続く5時10分の陸上自衛隊ヘリによる機体確認、5時37分の長野県警ヘリによる墜落現場の確認と、各自衛隊や警察のヘリによって、次々と墜落現場の状況が確認された。群馬県上野村の黒沢丈夫村長（当時）は、テレビ報道の映像を見て、現場が村内の「スゲノ沢」であると判断し、土地鑑のある消防団員に捜索隊の道案内をするよう要請した。現場までは熊笹の生い茂る、傾斜角30度の急斜面で、約2kmの道のりに1時間30分もかかる難路だった。墜落からおよそ14時間後の8月13日午前8時半、長野県警機動隊員2名がヘリコプターから現場付近にラペリング降下、地上からは午前9時に陸上自衛隊第13普通科連隊が現地に到着するとともに第1空挺団（指揮官:岡部俊哉(第35代陸上幕僚長)）員が現場に降下して救難活動を開始。陸路からは、上野村消防団、群馬県警機動隊、警視庁機動隊、陸上自衛隊、多野藤岡広域消防本部藤岡消防署の救助隊が現場に到着し、ようやく本格的な救難活動が開始された。
関ヶ原の戦いの後、現在の山形県の大半を領有した最上氏がお家騒動（最上騒動）を起こしたため元和8年（1622年）3代で改易となり、藩領が4分割された。信濃松代藩より酒井忠勝が3万8000石加増されて13万8000石で庄内に入部、庄内藩を立藩した。藩の領地は田川郡（現在の鶴岡市・庄内町・三川町）・飽海郡・村山郡の3郡から成っていた。庄内藩は、藩外に通じる出入口を吹浦口・念珠ヶ関口・小国口（関川口）・清川口・大網口の5か所と決め、それぞれに関所を置いた（庄内五口）。元和9年に総検地を行ったところ5万3000石を上回る増加が見込まれたため、幕府に20万石相当の御役目を望んだが叶わなかった。寛永9年（1632年）には肥後国熊本藩52万石を改易された加藤忠広の御預先（配流先）を申し出てこれを得ると、堪忍料として忠広1代に限り領内の丸岡1万石を分与した。その代価として幕府からは忠勝に弟直次の遺領である左沢藩1万2000石が与えられ、差し引き14万石の表高となる。以後酒井氏は最上氏旧領内に立てられた4藩の中でも中心的存在となった。しかし総検地で明らかになった5万3000石は農民にとって実質的な年貢増となった。特に遊佐郡ではこれによって従前5700石程だった年貢が1万石に増したことに農民が反発、同郡の百姓44軒400人前後が逃亡して由利仙北に流れるという騒ぎとなった。加えて寛永11年（1634年）には遊佐郡の大肝煎（大庄屋）高橋太郎左衛門が幕府に上訴するに及び庄内藩は動揺した。太郎左衛門は御禁制の上訴を行った罪で牢につながれたが、逃亡者が連れ戻された直後に幕府の目付から巡見使が送られて来ると情報が入ったため急遽牢から出された。江戸の情報に明るい酒田衆からの情報をもとに、太郎左衛門は弟の長四郎と共に江戸へ出て、幕閣の耳に確実に届くよう江戸目付に訴え出ている。ちょうどその頃酒井家では、藩主忠勝の弟忠重（長門守）による御家乗っ取りが画策されていた。忠重は直臣旗本として出羽国村山郡白岩に8000石を知行する交代寄合だったが、白岩領に1000人を超える餓死者を出す程の苛政を敷いたため百姓一揆が起こり、これで忠重は改易となり兄忠勝のもとで御預りの身となった。面白くない忠重はやがて長男忠広を忠勝の長女と娶せた上で、忠勝の嫡子忠当を廃嫡して忠広を世子に立てさせようとしたのである。まんまと忠勝を抱きこんだ忠重は、正保3年（1645年）には忠当の後ろ盾となっていた筆頭家老の高力喜兵衛を追放、これに連なる一派も処罰して藩政から一掃させた。しかし忠当の廃嫡を目前にして忠勝が病死したため、幕府への届出通り世子忠当が庄内藩主を相続。忠当は不逞の叔父忠重に2万両を与えてこれを義絶して混乱を収拾すると共に（酒井長門守一件）、次弟の忠恒に松山2万石を、三弟忠解には大山1万石を分知して、繰り返されかねない将来の禍根を絶った。