2008年は、エースだったアレクサンドル・ヴィノクロフをドーピング疑惑で失い、チームの建て直しが急務だったアスタナに監督として迎えられたヨハン・ブリュイネールから誘いを受けたこともあり、ライプハイマーら5名のチームメイトとともにアスタナへ移籍。しかし、この年はUCIとアモリ・スポル・オルガニザシオン(ASO)の対立のあおりで、前年度に大きなドーピング問題のあったアスタナをASOが主催するレースには招待しないという表明（詳しくは、パリ〜ニース2008#ASOがUCIを排斥を参照）がなされ、前年度の総合優勝者でありながらツール・ド・フランスの出場が不可能となってしまったほか、ジロ・デ・イタリアを主催するRCSがジロ・デ・イタリアについてもアスタナを招待しないことに決したことから、一時は当年のジロ出場も不可能となった。
しかし、ツール・ド・フランスが終了した翌7月30日に オペラシオン・プエルトに関連して、コンタドールの名前が書かれたリストをドイツ警察当局が入手したという話を契機として、ドーピング疑惑が浮上。これに対して本人は一貫して潔白を主張し、疑惑を証明するような事実も出てこなかったが、当年限りで所属チームのディスカバリーチャンネルが解散することを決定したことも重なり、シーズン終盤は、レース出場よりも、移籍先探しに奔走せざるを得なくなった。そのためツール・ド・フランス以降は、カテゴリーの低いレースに出場することはあっても、世界自転車選手権やUCIプロツアー対象レースに出場することはなかったものの、ツール・ド・フランスなどでの活躍が高く評価され、2007年度のヴェロ・ドールを受賞。大飛躍のシーズンを締めくくった。
この勝利が評価され、ツール・ド・フランスではリーダーゼッケンをつけるリーヴァイ・ライプハイマーに次ぐ2番手のポジションを与えられ、同年のジロ・デ・イタリアでエースを務めたヤロスラフ・ポポヴィッチをアシストに従えるという贅沢な布陣で挑むことになった。2つの超級山岳パイエル峠（標高2001m、平均勾配7.2%、長さ16.8km）とプラトー・ド・ベイユ（標高1780m、平均勾配7.9%、長さ19.7km）を登る第14ステージ山頂ゴールにおいて、初のステージ優勝を果たして総合でも2位に浮上。総合首位だったミカエル・ラスムッセンに第16ステージで競り負けて差を広げられたものの、次ステージ前にラスムッセンが棄権したことによりついに総合トップへ浮上。第17ステージ終了後に待望のマイヨ・ジョーヌを手中にした。この時点で総合2位のカデル・エヴァンスとの差は1分53秒、4位のライプハイマーとも2分49秒差にとどまり、両者が得意とする個人タイムトライアルが行われる第19ステージの結果次第では逆転の可能性があったが、懸命の走りで区間5位に食い込み、ステージ優勝したライプハイマーから2分18秒、エヴァンスからも1分27秒遅れにとどめて23秒差でエヴァンスを振り切り総合1位を死守。史上まれに見る接戦を制して、24歳の若さ、そしてグランツール2回目の出場にして総合優勝を達成。新人賞のマイヨ・ブランも同時に獲得し、ローラン・フィニョン（1983年）、ヤン・ウルリッヒ（1997年）に続く3人目のツール・ド・フランス総合優勝＆新人賞同時獲得者となった。
2007年1月にディスカバリー・チャンネル プロ・サイクリングチームへ移籍。パリ〜ニースでは頂上ゴールが設定された第4ステージでステージ優勝を遂げたほか、最終ステージで総合首位だったダヴィデ・レベッリンを逆転して総合優勝を果たし、初のメジャータイトルを獲得。続くブエルタ・ア・カスティーリャ・イ・レオンでも総合優勝を果たした。
この年はツール・ド・ロマンディステージ1勝をあげて総合でも2位。ツール・ド・スイスでもステージ勝利を上げる活躍を見せたが、ツール・ド・フランス開催の迫る5月末に行われたドーピング摘発作戦オペラシオン・プエルトで所属チーム監督が逮捕され、スポンサーが撤退。一時はチーム解散の危機に会う。その後新たなスポンサーがつき出場のめどこそついたが、直後にUCIからドーピングの疑いがあるとしてコンタドールに出場停止処分が下される憂き目にあった（その後無罪となり停止処分は解除されている。また今回の騒動と発端となったスペイン人医師もコンタドールは知らないと語ったとされる）。さらに追い討ちをかけるように、ブエルタ・ア・エスパーニャに向けた調整のために出場していたブルゴス一周の第4ステージ終了後、突然の失神。幸いすぐに意識を取り戻したものの、2年前の多孔性血管腫の後遺症と診断され、大事をとるためブエルタの出場はキャンセル。その後もレースに出ることのないままシーズンを終え、結局オペラシオン・プエルトのあおりでこの年いっぱいでチームも解散。新しい所属先を探すことになった。
先進国の定義には単一のものがあるわけではなく、曖昧である。明確な認定基準がないため、定義する国際機関によっても異なる。定義のひとつとしては、経済協力開発機構（OECD）加盟国を先進国として扱うというものがある。だが、OECDにはトルコやメキシコといった、先進国としては国際的に扱われることがない国家も加盟している。尚、トルコはOECD原加盟国だが、これはOECDの前身である、アメリカ合衆国によるヨーロッパ復興支援計画マーシャル・プランの受け入れ機関としての欧州経済協力機構（OEEC）に加盟していたことによる。別の定義は、国際通貨基金によるもので、2017年時点で、39カ国を経済先進国（Advanced Economies）としている。また、アメリカ・中央情報局（「The World Fact-Book」）も、経済先進国（Advanced Economies）として、独自の定義を掲げている。日本の内閣府が発表している「世界経済の潮流」では、先進国・地域を「IMFの分類による（OECDに加盟する35か国からチリ、ハンガリー、メキシコ、ポーランド、トルコの5か国を除いた30か国及びキプロス、香港、リトアニア、マルタ、マカオ、プエルトリコ、サンマリノ、シンガポール、台湾）。」としている。欧米のグローバルな株価指数算出企業では、先進国の定義にあたり、その国の株式市場の規模に加え、取引の透明性やガバナンスの確保等を規準としている。この規準に従い、透明性が一定期間担保された場合の先進国への昇格や、損なわれた場合の除外措置が行われており、韓国や台湾、ギリシャなどを先進国として扱わない場合がある。台湾など比較的高所得ながら政治的な問題（台湾問題）から国際機関への参加が難しいために一部統計に現れない国、地域が存在する。