ネタ作りは主に堀内が担当しているが、堀内独自の擬音や歌のテイストが使用されているものが多い独特なもので、実際に堀内自身が演じて説明しないと、メンバーに伝わらないものがほとんどである。それをひとつのちゃんとしたコントに直すのは、名倉の役割であるという。コントでは、原田・堀内のボケ（2人で童謡やオリジナルのミュージカル風の歌を唄う事もある）に対し名倉が突っ込むも、更にボケ続けるという「ボケ倒し」「ツッコミすかし」のスタイル。名倉のツッコミは関西弁で声を張り上げるものの、頭を叩く・体を蹴るなどの強烈なものではなく、むしろ常識人から見た的確な指摘というスタイルである。時に名倉は、2人に巻き込まれる形でダチョウ倶楽部のようにギャグを繰り出したり、イジられ役に回る事もある。素の状態やフリートークの場面でも度々同様のやり取りを展開し、原田・堀内の天然性、名倉の常識人的バランスと面倒見の良い、ある意味お人好しな面などが垣間見られる。『タモリのボキャブラ天国』出演時代、ネプチューンは原田と堀内の強烈な個性で一際存在感を放っており、爆笑問題と並んで、番組内での人気も視聴率を大きく左右するほど絶大なものであった。その中において名倉の存在がやや薄く、共演者から「名倉はいらない」などと番組内でネタにされる事もあったが、名倉の的確なツッコミは2人のボケを纏めるためになくてはならない人物であり、また「タイ人」「鯔に似ている」「浅丘ルリ子似」等、あえて弄られ役として前に出ることで、次第に3人揃った形でキャラを定着させた。名倉は「笑う犬」ではウッチャンナンチャンらレギュラー陣と原田・堀内と共に故郷に帰省したが番組の企みで弄られ不当な扱いを受けまくり挙げ句に南原清隆や原田・堀内にもツッコみまくられ怒りだし最後は外人の初恋の人(タイ人ネタを踏まえたもの)と対面させられた時には自棄になり一緒に去っていった。
本シリーズでは主人公は船団・艦隊を率いることになるが、購入できる船舶には時代背景などのために差がある。初代と『III』では大航海時代の初期という状況もあって、当時ヨーロッパで使われていた帆船（ただし、大航海時代にはすでに旧式化していたものや戦列艦をモデルとした重ガレオン船のように当時としては規格外の隠し船舶もある）しか購入できないのに対して、『II』『外伝』『IV』ではインド洋で活躍したダウ船や中国のジャンクのように世界各地の帆船と和船・ガレー船を購入できる（ただし、『IV』の場合Windows版無印では和船とガレー船は入手できない）。特に後者では状況次第でフリゲートやシップなどのように近現代の帆船さえ登場する。このため、『III』『初代』の2作と『II』『外伝』『IV』の3作では後者のほうが購入できる船舶が多い。また、本シリーズでは一貫してナオとキャラックは別の船舶として扱われている。大体においてナオは中型船として、キャラックは大型船として登場している。
本シリーズの時系列は『III』→初代→『II』および『外伝』→『IV』となっている。『III』は15世紀末で、新大陸やインド航路も発見されていない。初代と『II』『外伝』は16世紀初頭で、新大陸とインド航路が発見済みだがポルトガルが徐々にイスパニアに押されていく時代、『IV』は16世紀末から17世紀初頭を舞台とし、オセアニア以外のほとんどの地域にヨーロッパ人が進出し始め、イベリアの2国をオランダ・イギリスが追い越しつつある状況が反映されている。
1985年（昭和60年）3月に株式会社ダックシティに、1998年（平成10年）2月に株式会社ダッグビブレに社名を変更した。ダッグシティ及びダッグビブレはニチイ傘下の『ビブレ』として、1994年（平成6年）3月1日にニチイより営業を譲渡されたニチイ山形店を山形ビブレとして開業、1999年（平成11年）3月に北海道小樽市のマイカル小樽に小樽ビブレを開業し、2000年（平成12年）3月に岩手県北上市本通りに北上ビブレを開業するなど出店を進めたほか、1993年（平成5年）10月1日にカネ長武田百貨店から引継いだ旧弘前店を閉店して城東北に弘前ビブレ、1996年（平成8年）3月に丸光から引継いだ旧石巻店を閉店してJR石巻駅前に石巻ビブレ、1998年（平成10年）3月に山田百貨店から引継いだ旧福島店を閉店して福島市曾根田町（現：曽根田町）に福島ビブレ、を各々開業するなど、既存店のスクラップアンドビルドも積極的に進めた。その一方で1996年（平成8年）にダックシティ小美屋（旧：小美屋）、1997年（平成9年）2月にダックシティ長岡店（旧：イチムラ百貨店）を閉店して、設立に参画した5社のうち2社の営業地域から撤退、1992年（平成4年）2月にダックシティ厚木をニチイへ、2001年（平成13年）2月に小樽ビブレをマイカルへ営業を譲渡して撤退、2000年（平成12年）1月10日に山形ビブレを閉店するなど不採算店の閉鎖も行った。2001年（平成13年）9月14日に株式の大半（直接保有が76.4%、間接保有と合せて83.4%）を保有する親会社のマイカルが民事再生法適用を申請したことに伴い、東京地方裁判所に民事再生法の適用申請をして事実上破綻した。民事再生法の適用申請をした際にはそのまま各店舗の営業を続けたが、破綻直後の2001年（平成13年）10月に集客力が低下して業績が低迷していた気仙沼ビブレの閉店を決定して2002年（平成14年）1月10日に閉店した。百貨店連合時代から経営破綻するまでの間も日本百貨店協会には加盟し続けており、営業されていた店舗はすべて百貨店業態として運営されていた。