当館は長野県小県郡武石村の村制施行100周年を記念して建設され、1989年（平成元年）11月3日に開館した。武石村は2006年（平成18年）3月6日に丸子町、真田町とともに上田市へと合併（平成の大合併）。現在の担当は上田市教育委員会である。
近年の一説ではウォレン・カップは古代ローマ時代の遺物ではなく、アール・ヌーヴォー様式の技術を培った優秀な職人による19世紀から20世紀にかけての作品ではないかという主張がある。ウォレンと親交があり、また彼を顧客として興味を熟知していたディーラーの Fausto Benedetti (1874-1931) のような人物が制作に関わり、ローマの金細工職人として著名なアンティークのディーラー兼コレクターのカステラーニ兄弟の協力を得た可能性を指摘している。ヘレニズムアートや共和制末期から帝政初期にかけてのローマ時代の陶芸品に詳しい作家や考古学者は、カステラーニのコレクションの一部でギリシャ・ローマ時代の陶器に描かれた幾つかのシーンとカップとの酷似性を挙げて、これらを組み合わせたり修正した場面がカップのデザインになっていると論証している。この説では銀細工職人の Claudio Franchi が歴史的、図像的、様式的な面を解析した結果を引用している。
1950年代に、アメリカの税関がカップの持ち込みを却下し、カンタベリー大主教が議長を務める博物館の議会を説得できる可能性を低いと判断した博物館（大英博物館を含む）のいくつかが、購入を断っている。カップは海外への流失を防ぐために、大英博物館が1999年に180万ポンド（Heritage Lottery Fund、National Art Collections Fund、The British Museum Friends の寄付も含まれている）で購入している。1950年代から価格の交渉は続けられていたが、購入当時において大英博物館が単一の作品に対して支払った中で最も高い金額となった。カップは2006年5月から6月まで博物館の Room 3 で開催された "The Warren Cup: Sex and society in ancient Greece and Rome" で展示のハイライトとされた。 キュレーターの Dyfri Williams は展示について以下のように述べている。 「制作当時における性の描写がよく伝わってくるこの素晴らしい作品を展示できて嬉しく思っています。この作品は現代の私達にとっては奇妙なものに見えますが、当時は壁や浴場のモザイク、私邸などでは同じようなモチーフを描写した作品が多く存在していました。」カップは2006年12月から2007年1月までヨークシャー博物館にて展示された。2010年にはBBC Radio 4 の番組「A History of the World in 100 Objects」の36番目の作品としてこのカップは登場している。
最初に作られた2つのステージは、開けすぎていたうえにポリゴンの数が多すぎるため、製品版には搭載されなかった。1995年の夏、開発チームは機能的で楽しいステージを作ることに力を注ぎ、コルテックスの工場のステージをこの目標に近づけることにした。この機械的なステージを制作した結果、開発チームは複雑怪奇で自然豊かな森のデザインから離れることから出来、作品をより楽しくするために二軸的なゲームプレイを少しずつ設計していった。その後新たに作られたステージはそれぞれ"Heavy Machinery"と"Generator Room"として採用された。このステージは2.5次元で描かれており、蒸気孔や落下する床、トランポリン、前後にうろつく敵キャラクターなど、『スーパードンキーコング』にもみられる基本的な技術が使われており、これらすべてをうまく組み合わせるとゲームの進行に合わせて難易度が上がっていく仕組みが作られた。主人公がジャンプしたりスピンしたりぶつかったりする動作はこれら2つのレベルで改善されている。"Cortex Power"はプレイヤーが主人公を肩越しで見るという『ソニックの尻ゲー』の要素を盛り込んだ最初の試作ステージの要素を受け継いでいる。3つのステージが作り終わった後、ジャングルをテーマとしたステージが採用され、このステージはのちに"Jungle Rollers"と名付けられた。このステージは試作ステージを基にしており、森の中の細長い道を走っていくものである。これらのステージが作られた後、それぞれのテーマに沿ったステージが2〜3作られた。各ワールドの最初のステージはそのワールドの入門編に位置しており、後半のステージには動く床などの新たな障害物が追加された。<ルービンはテストプレイを中で、Playstationが一度にわらわらと敵を沸かすほどの処理能力を持っていないがゆえに、誰もいないエリアが多数あることと、テストプレイヤーがあまりにも早く仕掛けを解けてしまうことに気付いた。この対策として、ボーナスアイテムである"Wumpa Fruit"（リンゴ）が導入されたが、それだけでは面白くならなかった。1996年1月のある土曜日、ルービンが単純な箱の3DCGモデルと爆発するTNT箱のモデルを作り、さっとテクスチャを貼りつけ、ガビンがその箱のコードを書いた。その6時間後、ゲームの中に最初の箱が導入され、数日の間にステージ中に箱が配置された。ゲーム終盤のステージを作成する際、クロサキは難易度曲線を理解しないままステージを難しくすることを重視していた。その結果、ステージの制作に時間がかかり、完成させることができなかった。このステージは"Stormy Ascent"と呼ばれており、ワールド「てつの島」にある「あらしのこじょう」をさらに難しくした内容となっており、長さもほかのステージの4倍である。"Stormy Ascent"は正式には採用されなかったものの、ステージのデータを消去するとソフトに影響が出る可能性があるため、このステージのデータをディスク内に残したまま、本作は製品として欧米に向けて出荷された。2017年に本作のリマスター版である『クラッシュ・バンディクー ブッとび3段もり!』が発売された際、リマスター仕様の"Stormy Ascent"が日本国外向けの無料DLCコンテンツとして配信された。その後、日本でも「あらしのこじょう」というステージ名で8月3日から期間限定の無料DLCコンテンツとして配信された。