2014年3月15日現在、下り列車（長万部駅方面行き）は1日8本、上り列車（木古内駅方面行き）は1日12本の高速貨物列車が当駅に停車し、コンテナ車の連結・解放を行う。また、上りの臨時列車も設定されている。列車の行き先は、下り列車は札幌貨物ターミナル駅のみだが、上り列車は隅田川駅、名古屋貨物ターミナル駅、大阪貨物ターミナル駅、百済貨物ターミナル駅、福岡貨物ターミナル駅などがある。なお、専用貨物列車の発着はない。道南いさりび鉄道線は北西側から函館方面へ南下して当駅へ進入する構造となっているため、全ての貨物列車は当駅にて進行方向が変わる。さらに当駅から東室蘭駅までの区間は非電化となっている事から、全ての貨物列車は当駅にて機関車交換を行う。当駅以北は営業運転の電気機関車が乗り入れない事から、東室蘭以北の電化区間上にある貨物駅は着発線部を含め全て非電化である。
コンテナ貨物と臨時の車扱貨物の取扱駅である。コンテナ貨物は、JR規格の12フィートコンテナ、20フィート・30フィートの大型コンテナ、ISO規格の20フィート・40フィート海上コンテナを取り扱う。取扱品は、発送貨物では野菜や紙、食料工業品、積合せ貨物（宅配便など）など、到着貨物では積合せ貨物、紙、薬品などが主なもの。駅における産業廃棄物の取扱許可を得ており、それらが入ったコンテナの取り扱いも可能である。
駅には3面6線のコンテナホームや、数本の留置線・仕分け線及び転車台を持つ。営業窓口であるJR貨物北海道支社函館営業所や、北海道ジェイアール物流函館支店・五稜郭事業所も構内にある。駅構内は、旅客駅にある一部の着発線を除き電化されていない。構内の入換作業は、本線での列車牽引も行うJR貨物DF200形ディーゼル機関車が間合い運用として担当している。甲種車両輸送によって本州方面から到着したJR北海道向けの鉄道車両は、当駅でJR貨物から引き渡されることが多い。
函館駅から数分と近い距離にあるため、函館駅始発で当駅停車の列車は、自動放送の場合、函館駅発車直後は当駅停車の案内だけを行い、車内案内などの長い時間を必要とする放送は、当駅を発車後に行う。他路線へ乗り入れる際、基本的に旅客列車は函館駅で、貨物列車は当駅でスイッチバックを行う。北海道新幹線開業前の海峡線定期旅客列車の最終運行日である2016年3月21日まで、特急「北斗」・「スーパー北斗」と特急「白鳥」・「スーパー白鳥」の乗り継ぎは函館駅で行うことを前提としてダイヤが編成されていたが、先発列車側のダイヤが乱れた場合、函館駅発の後続列車を当駅で待機させ、当駅のみでの連絡とすることがあった。この場合、車内放送で函館駅では連絡しない旨が案内されていた。北海道新幹線開業後の北海道 - 本州間の移動について、「青春18きっぷ」は、北海道新幹線オプション券を購入の上で、当駅で道南いさりび鉄道線との乗り換えが指定されている。なお、「北海道&東日本パス」や「フルムーンパス」など他のJR企画乗車券では転換後の道南いさりび鉄道線は利用できなくなったため、北海道新幹線の特急券を購入または指定席券の交付を受けて、新函館北斗駅で北海道新幹線に乗り換える必要がある。
当駅はJR北海道函館本線と道南いさりび鉄道線が乗り入れる。道南いさりび鉄道線の列車はすべてJR函館本線函館駅まで直通運転する。JR貨物は両路線における第二種鉄道事業（他者の線路を借り受けて運送）を行う。札幌方面の特急「スーパー北斗」、新函館北斗発着の新幹線アクセス列車「はこだてライナー」の全列車が停車する。かつては優等列車の停車は一部のみだったが、のちに津軽海峡線（かつての海峡線経由の在来線系統）の快速・特急列車がすべて停車するようになり、函館本線の特急列車も停車列車が増加した。2002年（平成14年）12月1日のダイヤ改正で津軽海峡線の列車がすべて特急となり、停車列車が大幅に削減された。2013年（平成25年）11月1日のダイヤ修正で函館本線の特急がすべて停車するようになった。2016年（平成28年）3月26日の北海道新幹線開業に伴い、津軽海峡線の定期旅客列車の運行は終了し、当駅から本州方面へ直通する旅客列車はなくなった。
制限速度は湾岸線が80km/h（名谷JCT-垂水JCTは50km/h）、北神戸線（一部除く）が70-80km/hの他は、ほとんどが40-60km/h制限となっている
自国領海での無害でない通航を防止するために国家が執りうる措置としては、国連海洋法条約は、自国領海での無害でない通航を防止するため必要な措置をとることができるとしている（国連海洋法条約第25条）。また、他国の公船、つまり海上警察の船舶・巡視船・軍艦に対しては、国家は自国領海の通航に係る自国法令の遵守を要請するとともに、要請が無視された場合、領海から直ちに退去することを要求できると定められている（国連海洋法条約第30条）。なお、国家が自国領海での無害でない通航を防止するために執りうる措置及び軍艦が領海からの退去要求に従わない場合に執りうる措置などの具体的内容は、国連海洋法条約には規定されておらず、国際慣習法によるものと理解されている。具体的には、領海内で無害でない活動を行う商船に対しては、質問、強制停船、臨検、拿捕及び強制退去等の措置を行うことができる。また、領海内で無害でない活動を行う軍艦に対しては、当該活動の中止要求、領海外への退去要求を実施できるが、商船に対するような逮捕、臨検及びその手段の選択を容認する第27条に準ずる条文は存在せず、警告射撃については困難と解されている。さらに外国軍艦による領海内における有害な行動が当該国に対する武力攻撃と認められる場合は、当初より自衛権行使としての武力行使をもって対処することができる。ただし、自衛権の行使は国連憲章第7章に基づく処置であるため、平時法である国連海洋法条約による対処とは明確に異なることに注意が必要である。