鑑別診断として、躁はなく、気分循環性障害も満たさない。抑うつは、慢性精神病(統合失調症や妄想性障害など)の症状ではない。また、医学的疾患や乱用薬物・処方薬が原因ではない。正常な持続的な悲しみは、慢性的にストレスがあるとか、失望的な生活を送る場合に起こりうる。正常な範囲で慢性的に悲観的な人も多く、診断には重症であることが必要である。また、経済的な重圧や、介護、他の病気に対処しているといった慢性的なストレスと関連する場合には、気分変調症ではない。特に人生後期の発症は、身体疾患が疑われる。貧血や甲状腺機能低下症は長く続く抑うつ症状を生じさせる。慢性的な薬物の使用もである。気分変調症は、症状の急性度を評価することによって、うつ病と鑑別できる。気分変調症の方がはるかに慢性的(長期間続く)であり、うつ病では症状の期間はわずか2週間の場合もある。気分変調症はしばしばうつ病より若年で現れる。早期の発症（21歳以前の診断）は、より頻繁な再発、精神科入院、およびより多くの併発症と関連する。より若年の成人での気分変調症では、パーソナリティ障害の併発がより多くなり、症状は慢性的になりやすい。一方でより高齢の気分変調症患者においては、心理学的症状が医学的状態、ないしはストレスの大きな出来事・喪失体験に関連する。
アメリカ精神医学会が発行する精神障害の診断と統計マニュアル第4版(DSM-IV)に気分変調性障害の特徴が記述されている。診断に必須の症状のひとつは、患者が大部分の日数、日々の一部に抑うつを感じる状態が最低2年間続くことである。元気のなさ、睡眠もしくは食欲の障害、および低い自己評価(自尊心)も典型的な症例では臨床像に寄与する。患者は多くの場合、診断される前に気分変調症を長年患っている。患者の周囲の人々は患者をしばしば「単なる気難し屋」のような言葉で表す。診断基準には以下のような特徴が含まれる。2年以上の大部分の日で、抑うつ気分を訴えているか、他者から見て抑うつ状態に見える。食欲の低下や亢進、不眠症や過眠症、疲労、自己評価の低下、集中力の低下または意思決定の困難、絶望感や厭世感があるといった症状が複数存在している。また症状がない期間が2か月以上続いていない。ここ2年間で、繰返しうつ病エピソードを経験することもある。社会的機能に支障があるほど重症である。児童や青少年では、気分は易怒性のことがあり2年以上ではなく1年以上となる。
二重うつ病は、既存の気分変調症を下地にうつ病エピソードを経験するときに起こる。患者はうつ病エピソードを自らの人格の自然な一部分、ないしは人生の一部分であり、かつコントロール不能であるとうけとめるため、治療は難しい。気分変調症患者は増悪する症状を不可避なものとみなすことがあり、そうすると治療介入が遅れうる。仮に彼らが治療を求めたとしても、うつ病の症状だけが語られ気分変調症の症状が語られないと、治療は十分効果的にならないことがある。二重うつ病の患者は健常者よりも有意に高度の絶望感を訴えるため、メンタルヘルス治療者が患者の治療に当たる際には着目すると有用である。それに加え、認知療法は二重うつ病患者に対処する際、ネガティブな思考パターンを変え、自身と自身の環境を見る新しい視点を提供するために有効である。二重うつ病の最もよい予防法が気分変調症の治療であることが示唆されている。抗うつ薬と認知療法の併用は抑うつ症状の発症を防ぐのに有効でありうる。それに加え、運動と良好な睡眠衛生(例えば睡眠パターンの改善など)は気分変調症状治療と増悪予防に相加的効果を有すると考えられる。
気分変調症患者の少なくとも4分の3が慢性の身体疾患もしくは不安障害、気分循環性障害、薬物依存、アルコール依存など他の精神障害を併発するとされる。一般的な併存症としてはうつ病(〜75%)、不安障害(〜50%)、パーソナリティ障害(〜40%)、身体表現性障害(〜45%)、薬物乱用(〜50%)がある。気分変調症の患者は、平均より高い確率でうつ病を発症する。10年間の経過観察研究においては、気分変調症の患者の95%がうつ病のエピソードを経験していた。気分変調症を下地として重症のうつ病エピソードが出現する場合、その状態を「二重うつ病」と呼ぶ。
プライスの軍隊は1861年9月11日にレキシントンに到着した。しかし、実際に攻撃を仕掛けたのは2日後であり、その時までに北軍の工作は手強いものに仕上がり、容易には落とせなくなっていた。9月13日、ミズーリ第13歩兵連隊の6個中隊が、イリノイ第1騎兵隊の2個中隊の支援を受けて、町の南にあるマチペラ墓地の墓石の間でプライスの前衛隊と戦った。これは時間を稼いでマリガンの兵士が防御工作を完成させるという期待もあった。プライスは北軍守備隊を一突きで圧倒したいという考えだったが、北軍が墓地で頑強に抵抗したので、兵士が弾薬を使い果たすことになった。この展開に北軍の要塞化の侮りがたい性格と組み合わされ、さらなる攻撃を難しくした。その後は、プライスの砲兵隊が北軍への砲撃を開始した。プライスは北軍守備隊をレキシントンに閉じ込めて、敵に攻撃を掛ける前に弾薬の荷車、その他の物資、さらに援軍が来るのを待つことにした。プライスは「ここで敵兵を殺すのは不要だ。辛抱すれば望むものを得られる」と言っていた。そのために、歩兵には郡の催事広場まで後退を命じた。9月18日、プライスは新たな攻撃を命じることにした。州軍は北軍の激しい砲火の下を前進し、敵軍を内部工作物の内側まで追い込んだ。プライス軍の大砲がマリガンの大砲に反撃して9時間の砲撃を行い、熱した砲弾を放ってマソニック・カレッジなど北軍の陣地に火を点けようとした。マリガンはカレッジの本館の屋根裏部屋に1人の若者を陣取らせ、飛び込んできた砲弾から建物に火が移る前に全てを除去させることができた。