遺族待機所・遺体安置所として、群馬県藤岡市内の小学校・中学校・高校の体育館と校舎が開放された。遺体の搬出には、陸上自衛隊・東京消防庁・近隣各県警・警視庁・海上保安庁のヘリコプターが投入された。ヘリコプター発着場所は、藤岡市立藤岡第一小学校・校庭、遺体検視兼安置所は旧藤岡市民体育館に設置された。8月14日午前9時ごろ、墜落現場から直線距離で約45km離れた群馬県藤岡市へ向けての遺体搬出作業が開始された。地元群馬県警察医師会所属の医師のほか、群馬県内外の医師、群馬大学医学部および東京歯科大学の教授陣・法医学者・法歯学者・歯科医師・看護婦、日本赤十字社関係者などが、身元確認作業に従事した。しかし、墜落時の猛烈な衝撃と火災によって、尾根およびその周辺で発見された犠牲者の遺体の大半は激しく損傷しており、また、盛夏であったこともあり、遺体の腐敗の進行も早かった。当時はDNA型鑑定の技術も確立されていなかったため、身元の特定は困難を極めた。一方、奇跡的に尾根への激突を免れ高天原山の斜面を滑落していった機体後部は衝撃も少なく火災にも巻き込まれなかったため、谷間で発見された犠牲者の遺体は骨折や出血こそあったものの、そのほとんどは生存（気絶）しているのか死亡しているのかが見た目では区別できないほどほぼ完全な状態で発見された。ここから4名の生存者が発見された事もあり、谷間に駆け付けた自衛隊員や上野村消防団員は慎重を期して1人1人の体を揺さぶったり脈を取るなどして生死を確認したが、4名の生存者以外はすでに全員が死亡していた。そして、着衣や所持品も損傷がほとんどなかったため遺体の識別・確認もスムーズに進み、8月14日までにほとんどの遺体が遺族によって引き取られた。最終的な身元確認作業の終了までには、約4カ月の時間と膨大な人員を要した。最終的に確認できなかった遺体片は、同年12月に群馬県前橋市の群馬県民会館で執り行われた合同慰霊祭で出棺式が行われ、火葬に付された後に、墜落現場に近い群馬県上野村の「慰霊の園」へ納骨埋葬された。検視に利用された1972年竣工の藤岡市市民体育館は、遺体の死臭が抜けず取り壊された。
明治に入ると積極的に探鉱が行われるようになり、1909年（明治42年）に岡山県出身の景山和民が今の宇陀市菟田野大沢で有望な露頭（鉱脈）を発見し、小規模ながら製錬所が建てられ、水銀の生産が始まった。小規模であるものの、当時の日本で数少ない水銀鉱山であった。大規模に採掘されるようになったのは昭和初期、1931年（昭和6年）に大和水銀鉱業（注・野村鉱業の前身であるヤマト鉱業とは別会社。後掲の宇部曹達工業の関連会社）が開業して以降。同年にはそれまでのレトルト炉に加えて、アメリカから輸入されたロータリーキルンが新設された。水銀に富む精鉱はレトルト炉で、貧弱な精鉱はロータリーキルンで処理された。しかし、成果が思わしくなく、後に山元での製錬は中止。終戦まで大阪市内にあった他社の水銀製錬所に売鉱していた。その後、戦時中に国策会社である帝国鉱業開発に経営が移譲され、戦後になり大和水銀鉱業に返還されたともいわれる。戦後、1951年（昭和26年）に宇部曹達工業も開業するが、1955年（昭和30年）以降は二社の鉱山が合併した上で野村鉱業に譲渡された。野村鉱業は、関連会社として大和金属鉱業を設立し、以降は同社の経営となる。古代から細々と採掘が続いていた事から、新鉱床の発見および製錬技術の改革による生産量の増加が必要とされた。大和水銀鉱業時代に一旦は挫折した、アメリカ製のロータリーキルンなど最新設備の導入。この製錬所は当時としてはオートメーションが行き渡った施設だった。また、近隣の旧鉱および全国各地の旧水銀鉱山を探鉱・試掘するなど増産に努めた。自前の水銀鉱石採掘量では足りず、隣の三重県にある丹生鉱山（1956年（昭和31年）以降は大和金属鉱業所有）で採掘される水銀鉱石や、1964年（昭和39年）からヨーロッパ産水銀鉱石の輸入を始め、当地で製錬し、水銀の生産を行なった。最盛期には国内最大の産出量のあったイトムカ鉱山（北海道・野村鉱業、のちに野村興産）に次ぐ規模となった（厳密な比較にはならないが、参考までに大和水銀鉱山の月産水銀生産量は最大4トン（戦後、最盛期）で、イトムカ鉱山は月産30トン（戦中、最盛期）であった）。しかし、ヨーロッパ産及び丹生産の鉱石は不純物が多く、製錬の過程でヒ素など有害物質を多く放出し環境問題となる。また、1970年（昭和45年）前後には水銀公害（水俣病）が社会問題化していた。鉱山側は公害対策を行なったものの水銀自体の需要低迷などが重なって、1971年（昭和46年）に大和水銀鉱山は閉山。大和金属鉱業は採掘・製錬事業から撤退した。その後、環境計量証明事業や産業廃棄物処理業、（乾電池や試薬に使用される）水銀化合物製造などに事業を転換している。なお、大和金属鉱業は閉山後の1974年（昭和49年）に野村鉱山（のちに野村興産）に買収され子会社となり、2001年（平成13年）に親会社の野村興産に吸収された。現在、鉱山跡は同社の環境センターとなっている。鉱山の設備はほぼ全て撤去されており、わずかに景山神社（発見者の景山和民を祀る山神社）などが残る。