2006年の暮れ、上海と北京の当局者はヒラメを調査していたところ、基準値を超えた違法な化学物質を含んでいるのを発見した。現在、中国の年間生産高は4万トンである。ある養殖業者はヒラメの免疫システムが弱くなってからは生産性を維持するために禁止された薬品を使い始めた。彼らはヒラメの病気を予防する十分な養殖技術を持っていないためである。上海市食品薬品監督管理局の当局者は魚のメタボロームに発癌性があるニトロフランが含まれているのを発見し、北京ではマラカイトグリーンを含む薬品を含んだ魚が見つかった。杭州市を含む他の都市ではヒラメの調査を開始し、山東省からのヒラメの仕入れを禁止した。上海や北京、香港の多くのレストランでは当局がヒラメに高濃度の違法な抗生物質が含まれているのを発見してからはヒラメを仕入れるのをやめた。
2005年、韓国に輸入された中国産ウナギから発癌性物質マラカイトグリーンが検出され、後に日本に輸入されたウナギからも同物質が検出された。マラカイトグリーンは主に抗菌剤、染料として使われている物質であり、日本では食品衛生法により、合成抗菌剤として食品中から検出されてはならないと規定している。
2004年、広東省広州市と湖南省鐘落潭で4人が毒入りの酒を飲んで死亡し、8人が広州市人民医院に搬送された。行政調査によりメチルアルコールの混合が発覚したため、地方当局は販売業者を摘発しbulk 社工場を閉鎖した。2012年11月には湖南省湘西トゥチャ族ミャオ族自治州吉首市の高粱（コウリャン）を原料とする白酒の銘酒「酒鬼酒」にフタル酸ジブチル(可塑剤)が混入していることが発覚した。12月には貴州産の茅台酒で基準値の139％にあたる1リットルあたり3.3ミリグラムのフタル酸ジ-2- エチルヘキシル（DEHP）が検出された。
2004年には韓国へ輸出された中国製蒸し米、揚げ菓子などからホルムアルデヒドスルホキシル酸ナトリウムが韓国食品医薬品局の調査で検出され、韓国政府は8月13日に輸入を停止した。
2003年、湖南省祁東県黄土鋪鎮大栄村の春雨工場でホルムアルデヒド系のホルムアルデヒドスルホキシル酸ナトリウム (Sodium formaldehyde sulfoxylate) が検出された。これは中国で「吊白塊（ディオバイカイ）」と呼ばれるが、日本では内装材接着剤としても使用が禁止されている。この工場では当初、ピロ亜硫酸ナトリウムが使用されていた。2006年の当局調査でも12社が吊白塊、工業用パラフィンなどを使用していた。2004年5月には山東省煙台市竜口市で生産された「龍口春雨」が鉛で汚染されていたことが行政検査でわかった。緑豆の代わりにコーンスターチを利用し、それを透明にするため鉛の入った漂白剤を使用したことが原因とされ、山東省政府は業者を摘発した。2006年12月には北京食品安全局調査で山東省煙台市産の春雨から工業用漂白剤 ホルムアルデヒドスルホキシル酸ナトリウムが検出され、発がん性であるとして煙台市当局は販売停止を命じた。この春雨は香港、アメリカ合衆国でも販売されていた。ホルムアルデヒドスルホキシル酸ナトリウムはロンガリットとも呼ばれる。2007年7月には上海市の調査で、広東省仏山市の春雨工場で無認可の着色料、工業パラフィン使用が発覚し、また鈴木譲仁の調査で吊白塊（ホルムアルデヒドスルホキシル酸ナトリウム）を使用していたことがわかった。また漂白剤の過酸化ベンゾイルが使用されている「白馬小麦粉」も使用されていた。
ランケスターの時代には自然史博物館はロンドン近郊のサウスケンジントンに建物をもっていた。しかし財政と運営の問題でそれは大英博物館に従属しており、自然史館の館長も大英博物館の首席司書の部下だった。司書は科学者ではなく、したがってトラブルはいつでも起きえた。この問題は伝統という力によって抑圧されていた科学を解放しようとした闘争の一側面であり、オーウェン、フッカー、ハクスリー、ティンダルらとは異なったやり方で、ランケスターは改革を行おうとしたのだと考えることができる。問題はすでに、前任のウィリアム・フラワー卿が死去の直前に館長を辞し、ランケスターが後任として立候補したときから起きていた。首席司書で古文書学者だったエドワード・マウンド・トムソン卿は博物館の理事の秘書でもあり、そのために思い通りに事を運べる立場にあった。有能で権力を持っていたトムソンが自然史館を含む博物館全体を支配しようとしていた事を示すたしかな証拠がある。30年以上にわたって科学の独立性のための戦いを主導してきたハクスリーはすでにおらず、この問題は若い世代に残されていた。ミッチェル、ポールトン、ウェルドンらはランケスターの主要な支持者で、彼らは共同して理事会や政府、報道機関に働きかけた。最終的にランケスターは対抗の候補であったラザルス・フレッチャーに代わって1898年に館長に任命された。対立は回避不可能だった。絶えず博物館に干渉し、改善の試みを妨害し続けるトムソンとランケスターの争いは8年間続いた。トムソンは60歳で職員に辞職を求めることができるという規約の条項を発見し、トムソンの指示によって1907年にランケスターは辞任した。代わってラザルス・フレッチャーが後任に任命された。新聞はこの問題を大きく取り上げ、ランケスターの処置に対する抗議は海外の動物学者からも行われた。ランケスターにも有力な友人がいたことは、カンタベリー大司教から多くの退職金が支払われ、翌年彼にナイトの地位が与えられたことからも分かる。この問題はそこで終わらなかった。最終的に自然史館は、まず運営の独立を得て、それから完全に大英博物館から分離された。今日、大英図書館、大英博物館と自然史博物館は異なる建物を持ち、財政と運営はそれぞれ完全に独立している。