子供達の誘拐事件を追っていた児童課の警察官裾野結とクローサーは、人体実験により頭部に器機を差し込まれた遺体を荒廃した都市の一角で発見する。動揺を抑えられない結を一人残し、クローサーは何者かに連れ去られて姿を消す。同僚が行方不明になった責任から上司に銃の使用を制限された結は、代用の武器を手に入れる為日頃取り締まっている武器商を訪れる。彼女はそこで見つけた「剣」に何故か心引かれ、サブマシンガンと共に購入する。再び現場を訪れた彼女の前に蛙に似た奇怪な覆面をかぶった小人が現れ、彼女の足元へクローサーの顔面の皮を投げつける。笑いながら走り去る小人を追う彼女が辿り着いたのは、巨大な円筒状の器機が並び轟音に包まれたフロア。そして、十字架に掲げられ機械が繋がれ、変わり果てた姿のクローサーだった。山羊の頭蓋骨型の仮面をかぶった司祭は器機のスイッチを押し、クローサーの身体を無機質で表情を持たない異形に変質させた。襲い掛かる元クローサーに対し結は銃器の引き金を引くが、命中した弾丸は全く傷を付けられなかった。絶体絶命の窮地の彼女が咄嗟に「剣」の柄のスイッチに触れた時、突如「剣の刀身」から輝きが溢れ出た。結が振りぬいた剣から迸った光は異形と化したクローサーだけでなく、フロア内の巨大器機の全て、それらを内包する建築物ごと両断、破壊した。「ネットのカオスの力を呼び出した」と言い放っていた司祭の属する教団。その壊滅を結は誓う。
標準テレビジョン放送（ひょうじゅんてれびじよんほうそう）は電波法の規定で、高精細度テレビジョン放送に含まれる、アナログハイビジョン(1035i)、1080i、720pより低い解像度の映像によるテレビ放送。さらに総務省令により放送方式が定められている。標準テレビジョン放送方式は、省令によりNTSC-Jとしていたが、アナログ放送終了後に2013年2月20日総務省令第7号によりこの省令が廃止された。クリアビジョン、ワイドクリアビジョンも含まれる。標準デジタルテレビジョン放送方式は、省令により、ISDB-S、ISDB-T、DVB-S準拠としている。デジタル放送における、標準テレビジョンは480i（480p）で行われる。現在、標準テレビジョンのチャンネルはスカパー!プレミアムサービス（一般衛星放送）、スカパー東経110度（基幹衛星放送）などに存在する。
音楽は宮川彬良が前作から続投しており、音響監督も吉田知弘が続投している。本作の劇伴 (BGM) も主に、旧作用に彬良の父の宮川泰が作・編曲したものを元にして彬良が改めて楽譜を起こした、再録音版である。『2199』と同じく旧作の譜面が現存していないため、宮川彬良は耳コピーで本作用の楽譜を新たに書き起こしたうえ、依頼されていない曲も作っている。1度目のレコーディングが開始されたのは2016年の11月下旬で、この時は計85曲が制作された。そのうち、『さらば』『ヤマト2』のBGMの再録曲は約50曲で、元がバリエーション違いも含めて200曲以上に上り、すべてを再録することが不可能なため、この曲数に絞り込まれた。その後、2017年8月にも収録が行われており、11月以降にももう1回収録が予定されている。なお、原曲の作曲者である宮川泰は、第一章ではクレジットされていなかった。音響面での特徴として、本作の音響は2chステレオ（テレビ放送などで最も一般的な左右のスピーカーから音声を流すもの）で制作されているが、第二章以降の劇場上映時は3ch（左右および中央の計3つのスピーカーから音声を流すもの）に再編集している。これは、第一章が『ガールズ&パンツァー 劇場版』とコラボ上映した際、吉田が同作の音響（ガールズ&パンツァー 劇場版#音響へのこだわりも参照）に触発され、本作の音響を劇場用に調整しようと思ったため行われた。3ch化作業は吉田が個人的に行っているもので、作業場所は彼の自宅であり、費用も自腹である。そのため、この3ch音響版は、ビデオソフトには収録されておらず、通常の2chステレオのみとなっている。
エルンストは、1974年からドイツ社会民主党（SPD）の党員となった。エルンストは労働組合員として、ゲルハルト・シュレーダー政権の改革計画や「リースター年金」、「アジェンダ2010」に痛烈な批判を表明した。「アジェンダ2010」について、エルンストは「反社会的」として反対の立場を取り、その代わりに2005年のドイツ連邦議会選挙では、「新しい生活の選挙による選択」を目指して、政治同盟の結成を主張した。2004年7月3日にエルンストはSPD党内派閥「労働と社会的公正のための選挙オルタナティブ（独語）Arbeit & soziale Gerechtigkeit – Die Wahlalternative、略称WASG」の領袖に選ばれた。2004年の夏に、SPD党幹部会は、エルンストの除名を決定した。エルンストは翌2005年1月以降、SPDから分裂して政党化し、民主社会党（PDS）との連合を強めていたWASGの執行部メンバーになった。 2005年の連邦議会の前哨戦では、一般的な左翼の原則に則って、PDS並びに元SPD議長（ドイツ社会民主党党首）オスカー・ラフォンテーヌと協力した。最初のWASGとPDSの非公式の選挙協定の後で、彼は、ドイツの選挙では、イタリアの L’Ulivo（オリーブの木運動のこと。L'UnioneルニオーネはL’Ulivoに参加した政党連合を言う。）のようなモデルの選択の余地のないことがわかった。PDSとWASGによって形成された新しい政党は、うまく作動しなかったので、エルンストは、PDSの検討中の構想を受け入れ、左翼党内を和解させた。PDSは、党名を左翼党・PDSに変更した。バイエルン州の第2回選挙で、左翼党は5％を初めて超えた。エルンストは、連邦議会選挙に引っ張られた。そこで、IGメタルの全権代表は、ドイツ連邦議会の議席を獲得した。エルンストは、2005年から2010年まで、左翼党の党首代理になった。2007年6月にWASGと左翼党・PDSは合併して、正式に「左翼党」になった。その創立党大会で、彼は、副党首に選ばれた。 2009年の連邦議会選挙で、エルンストは、左翼党のバイエルン州における立候補者の名簿順位1位に登録された。 彼の故郷のシュバインフルトでは、バイエルン州の得票率の中で最も高い10.4％に達した。彼は、ドイツ連邦議会では、合同委員会及び労働社会委員会の代理委員になった。ロタール・ビスキーとラフォンテーヌの二頭指導体制の後、エルンストはビスキーの後任（左翼党共同党首のWASG出身者枠）に選ばれた。このようにして、新しい役職のために、IGメタルで臨時の役割を与えられたエルンストは、監査委員会を辞職することとなった。