中国電力が建設予定の山口県上関原子力発電所予定地の一部が四代八幡宮の境内地にかかっていたが、当時の宮司林春彦が神社地の原発用地への提供に反対した。このことについて、神社本庁の代表役員らが林の解任を画策したと林は2002年に主張した。2003年には原発推進派の氏子が宮司解任を要求するなどの騒動に発展した。神社本庁は同神社境内地の財産処分申請に対し「原子力発電は地球温暖化の原因となる温室効果ガスを排出しないため環境破壊に当たらない」として、四代八幡宮に対して境内地売却の財産処分を承認した。
1957年（昭和32年）8月21日に、生長の家や修養団などと合同で紀元節（西暦紀元前660年2月11日に初代・神武天皇が即位したとされる日を日本国誕生の日とする）を復活させる運動のための統一団体「紀元節奉祝会」を結成した。1967年（昭和42年）には「建国記念の日」の名称で紀元節を復活させるなど政治的な理念も有して活動している。
2005年（平成17年）6月9日、神社本庁は内閣総理大臣の参拝等で議論を呼んだ靖国神社の諸問題、いわゆる靖国神社問題に関して、神社本庁としては分祀は「神社祭祀（さいし）の本義からあり得ない」などとする基本見解を発表した。その中で、神社本庁としては、A級戦犯も含め、戦争裁判犠牲者を日本政府の一連の措置により昭和殉難者として合祀、慰霊してきた靖国神社を支持するとともに、多くの人が祭神の「分祀」の意味を誤解して神社祭祀の本義から外れた議論がなされていることを憂慮すると表明。見解の要旨は、靖国神社は日本の戦没者追悼の中心的施設である・祭神の分離という意味の「分祀」は神社祭祀の本義からありえない・首相は靖国神社参拝を継続するべきである・いわゆるA級戦犯は国会の決議とそれにかかる政府の対応により合祀されたというものである。なお、神社本庁は靖国神社崇敬奉賛会の法人会員でもある。
1516年にマルジュ・ダービクの戦いでオスマン帝国がマムルーク朝を破って以来、ダマスカスは1918年までオスマン帝国によって統治されることとなった。オスマン帝国による統治が始まった1516年当時の人口は、全市でおよそ5万5,000人（約8,000戸）ほどであったと推定されている。オスマン帝国時代には数度にわたる行政区画の改変があったが、ダマスカスは常に州都の地位を維持していた。これは、ダマスカスがアレッポと共に帝国のシリア地方支配の要となる都市であり、長くこの地域の政治・経済の中心地であったほか、ムスリムにとって重要なマッカ巡礼に向かうキャラバンの出発地であったため、その点においても帝国にとって重要な都市であったためである。18世紀以降帝国が衰退を始めると、各地でアーヤーン（名士）と呼ばれる半独立の大土地所有者が登場する。シリア地方も例外ではなく、ダマスカスとハマを治めたアズム家などが知られている。アズム家は州の総督の座を世襲し、中央の権力から半独立状態を保った。アズム家は19世紀に入ると中央政府によるタンズィマート（恩恵改革）によって独占的な地位を失ったものの、その後もダマスカスの名望家として地域社会に大きな影響力を与え続けた。ダマスカスの旧市街にはアズム家によって建てられた宮殿が残っており、現在では観光名所の一つとなっている。その後、二度のエジプト・トルコ戦争の結果、1832年から1840年にかけてシリア地方はエジプトのムハンマド・アリー朝の支配を受け、ムハンマド・アリーの息子であるイブラーヒーム・パシャがダマスカスを支配した。その後、1840年のロンドン条約によってダマスカスがオスマン帝国の支配下に戻ると、ダマスカスにはオスマン帝国軍の第5軍団の司令部が置かれた。1860年には大規模な暴動が発生している。背景にあったのは経済的な問題であったが、キリスト教徒とムスリムの宗教対立に転嫁したことで多数の犠牲者を生んだ。1870年代にはシリア州総督となったミドハト・パシャによってスーク（市場）の整備などが行われ、この時期に整備された二つの屋根付きのスークは現在でも使用されている。また、1908年には市電が開業している。19世紀後半から20世紀初頭のダマスカスは、徐々に近代的なインフラの整備も行われ、地域における政治・軍事の中心地としても重要な都市であった。しかし、以前とは異なり経済面では新興の港湾都市であるベイルートにその地位を脅かされるようになっていた。これはスエズ運河が開通したことで、ヒジャーズ方面への旅客・貨物が以前のようにダマスカスを通らずにベイルートから直接船で運ばれるようになったためである。このような状態に危機感を覚えたダマスカスの商人達は、対抗手段としての鉄道建設を強く要望し、中央政府への陳情を繰り返した。これは、1900年から始まったダマスカスを起点とするヒジャーズ鉄道の建設という形で一応の結実をみたが、それでもベイルートに奪われた地域経済の主導権を奪い返すまでには至らなかった。また、ダマスカスは近東におけるドイツの「世界政策」（3B政策）の舞台にもなった。1898年にはドイツ皇帝ヴィルヘルム2世自らダマスカスを訪れ、「ドイツ皇帝は世界3億の回教徒の友人である」という有名な演説を行ってドイツ帝国とオスマン帝国の関係の緊密さをアピールした。この際ヴィルヘルム2世はサラーフッディーンの廟に参詣し、石で出来た棺と金属製の花輪を寄贈している（なお、花輪は後にトーマス・エドワード・ロレンスがダマスカスに入城した際に持ち去ったといわれている。棺の方は現在でも廟に展示されている）。