東京大学の西芳美の2002年の調査報告書では、GAMはインドネシアという国民国家が既に成立していると思われていた地域で発生した分離独立運動であること、スハルト政権が崩壊して民主化が進められた1998年以降に勢力を拡大したこと、インドネシア政府との対話が開始されたにもかかわらず事態が改善せず逆に泥沼化したこと、以上3点の特徴が国際社会の関心を集めたのだと推測されている。2015年、拓殖大学の井上治は、アチェの団体や個々人がGAMを支持したのは中央政府や国軍への不信感が理由であり、したがって和平合意後10年間でGAM内に亀裂が生じたのは当然の結果だと述べている。
GAMはアチェ州の分離独立の根拠としてアチェ王国の主権委譲の経緯をあげていた。アチェ王国のスルタンはかつてオランダに投降したが、彼らの主張ではこのときアチェの主権を委譲する手続きが行われておらず、アチェ王国はオランダ領東インドに組み込まれていないとされている。したがって、オランダ領東インドの主権がインドネシアに委譲された際にアチェ王国の主権も共に委譲されたのは無効だという。1999年1月末にアチェ学生団体が開催した全アチェ学生青年会議では、アチェの政治的地位はアチェ住民による直接投票で決定するのが最良だと結論が出され、アチェ住民投票情報センター (SIRA) が結成されて地域住民に向けて住民投票実施のキャンペーンを行った。これに対しGAMはアチェは既に独立しているので総選挙は不要だと主張した。だが、SIRAの主張が地域住民に浸透し、住民投票を支持する他の団体が現れ、GAMも民主的かつ平和的な方法として住民投票を支持するようになった。
和平合意によりGAMはアチェの政治に参加することが可能になったが、GAM指導部の中では政治参加について意見対立が発生した。古参幹部は地方政党を設立してそこからアチェ州首相選挙に候補者を出馬させようとしたのだが、彼らが擁立した候補者のハスビ・アブドゥラはスウェーデンに亡命していた古参幹部ザイニ・アブドゥラの弟だった。これに対し、アチェでの武力抗争を担っていた若手幹部は縁故による擁立だと批判し、GAMは2006年の首相選挙までに地方政党を結成することができなかった。結局、古参幹部は開発統一党のフマム・ハミドを州知事候補、前述のハスビ・アブドゥラを副知事候補として擁立し、若手幹部はGAM幹部のイルワンディ・ユスフを州知事候補、アチェ住民投票情報センター (SIRA) 代表のムハンマド・ナザルを副知事候補として擁立した。2006年12月11日、アチェ州首相選挙が実施されイルワンディ・ユスフが当選、翌年2月8日に就任した。2007年3月16日、アチェの地方政党に関する細則を定めた政府規則が発令され、6月4日にGAMは軍事司令官を務めていたムザキル・マナフを党首としてアチェ独立運動党 (Partai Gerakan Aceh Merdeka、Partai GAM) の結党を宣言した。だが、翌年2007年の12月10日の政府規則により分離独立運動に使用されている旗やロゴの使用が禁止された。GAMは2008年2月23日にアチェ自立運動党 (Partai Gerakan Aceh Mandiri、Partai GAM) の党名で党結成の申請を再提出したが、政府は党名の再検討を求めた。ここでインドネシア平和インスティチュートが両者の仲介に入り同年4月6、7日に会談が行われ、4月22日にGAMはアチェ党に党名を変更した。翌年2009年にアチェ州議会選挙が実施されると、アチェ党は得票率46.91パーセントで圧勝し全69議席中33議席を獲得した。
都心から成田国際空港への所要時間を短縮するために、北総線を経由する「成田新高速鉄道」構想が1985年の運輸政策審議会答申第7号において計画され、2006年に着工した。新設となる印旛日本医大駅から成田空港高速鉄道接続点までの区間は、新たに設立された成田高速鉄道アクセスが建設・保有を行うこととなった。新設区間は最高速度160km/hとなり、これに合わせ、既存の京成高砂駅 - 印旛日本医大駅間は最高速度130km/hで走行するための待避設備の設置と鉄道信号機に対する抑速現示の設定を含む設備改良工事が行われることが成田高速鉄道アクセスから発表されていた。ただし、現在の北総線区間では高速進行現示は設定されない。これに先立ち、東松戸・新鎌ヶ谷・小室の3駅で待避線建設に伴うホームの増設工事が行われた。このうち信号機の抑速現示は2009年夏より使用を開始した。2010年7月17日の開業以降は、印旛日本医大駅止りの北総線の列車は従来通り北総鉄道が運行し、成田空港駅まで直通する京成成田空港線の列車は京成電鉄が運行する。これにより、スカイライナーの所要時間は日暮里駅 - 空港第2ビル駅間で最速36分となった。それまでは、JRの成田エクスプレスや京成電鉄本線のスカイライナーを利用した場合、都心から空港第2ビル駅までは1時間程度を要していたため、大幅な所要時間短縮が実現した。また、千葉県北西部等の交通利便性の向上と、成田地域と千葉ニュータウン地域の機能連携の強化にも寄与することが期待されている。しかし、その一方で「運賃の高い北総線経由になることで、運賃が値上げされるのではないか」「スカイライナーと北総線の運賃が二重運賃にならないか」と問題視する声もあったが、最終的に値上げや二重運賃は適用されず、印旛日本医大駅をまたいだ乗車であっても、両社の乗車距離の合計を京成成田空港線の運賃基準に当てはめて計算されることとなった（「北総鉄道#運賃」も参照）。