学校側による事故報告書は、事故から21年目の2009年3月に完成し、事故報告書を遺族を訪ねて直接手渡した。この報告書は160ページで、修学旅行の計画や事故後の対応などが記述されている。3月15日には遺族に対する説明会が開催された。事故報告書の完成まで年数が掛かった（学校側は人事異動を理由としていた）ことや、作成に当たり遺族らの聞き取りは行われていないとの批判があった。また1990年に完成した同高敷地内にある慰霊碑への氏名の記入や慰霊祭への参列を、学校側の対応には納得できないとして拒否する遺族もいる。2016年7月には中国鉄道出版社にて刊行された鉄道事故再発防止用の資料には本事件についても記述され、先述したとおり新事実が判明しているが、再調査に至った経緯は不明である。
1988年3月21日夜、高知学芸高等学校1年生179名および引率の教師と同行する医師、そして大手旅行会社、日本交通公社（現:JTB）の添乗員ら14名の193名が、高知港を夜行フェリーで出発した。一行は、翌朝大阪南港に到着後、空路大阪国際空港から上海虹橋国際空港に向かい中国に入国した。一行は、当日中に上海駅から京滬線の急行で蘇州に向かい、翌日は同地を観光した。24日の午後1時20分（以下現地時間、日本時間は1時間早い）に蘇州駅を出発し杭州駅行きの311急行旅客列車に乗車し事故に巻き込まれた。午後6時52分に到着する予定だった。
中国当局の調査では、原因は修学旅行生を乗せた列車の機関士2名による信号の見落としとされている。そのため公式には鉄道信号無視による列車冒進による事故とされている。ただし事故直後には機関士がブレーキが利かなかったと証言している事や、真如駅で列車の方向転換のために機関車を付け替えた際にブレーキホースをきちんと接続していなかったうえに、ブレーキテストをしていなかったとの指摘を上海鉄路局の幹部が話している。この話が真実であれば、事故原因は駅構内の作業員の人為的ミスの割合が高くなる。しかしながら、詳細な調査報告は中国当局からなされていないため、不明である。なお2016年7月に中国鉄路総公司の傘下会社である中国鉄道出版社が刊行した鉄道事故再発防止用の資料には本事故の原因について、運転士の信号無視に加え、対向列車の第208急行列車が時刻表より2分早く出発するというミスが重なっていたと記述されていることが明らかになっている。いずれにせよ、当時の中国鉄道は日常的なダイヤ遅れや、列車区ごとの縄張り争いや、鉄道労働者のモラルの低下、鉄道設備の立ち遅れなど様々な支障が生じており、安全性を省みない人為的なミスが事故に繋がった可能性がある。なお、事故車両の機関士であるが、1988年9月22日に上海鉄道運輸中級裁判所で初公判から判決までを一日で行う集中裁判が行われた。被告人側弁護人はブレーキ故障説を主張したが、裁判の結果機関士の過失によって発生したとして日本の業務上過失致死傷罪に相当する「交通重罪」で有罪となり、機関士（当時45歳）は懲役6年半、機関助手（当時33歳）は懲役3年を言い渡されている。
当時の日本は円高だったことや外貨獲得を必要とする中国側の意向もあって修学旅行が盛んに行われていたが、この時期の中国の鉄道は急増する需要にインフラの整備が追いつかず事故が多発していた。同年1月には、鉄道事故が3件連続して発生し、合計で140名が犠牲になっていた。そのため、3月6日には中国鉄道省大臣が更迭されていた。また上海と蘇州の間の鉄道は中国有数の過密ダイヤで運行されていたにも関わらず、ATSが全く整備されていないなど安全性に問題があった。
23日、崇徳上皇は讃岐に配流された。天皇もしくは上皇の配流は、藤原仲麻呂の乱における淳仁天皇の淡路配流以来、およそ400年ぶりの出来事だった。崇徳は二度と京の地を踏むことはなく、8年後の長寛2年（1164年）にこの世を去った。重仁親王は寛暁（堀河天皇の皇子）の弟子として出家することを条件に不問とされた。27日、「太上天皇ならびに前左大臣に同意し、国家を危め奉らんと欲す」として、頼長の子息（兼長・師長・隆長・範長）や藤原教長らの貴族、源為義・平忠正・平家弘らの武士に罪名の宣旨が下った。忠実は高齢と忠通の奔走もあって罪名宣下を免れるが、洛北知足院に幽閉の身となった。武士に対する処罰は厳しく、薬子の変を最後に公的には行われていなかった死刑が復活し、28日に忠正が、30日に為義と家弘が一族もろとも斬首された。死刑の復活には疑問の声も上がったが（『愚管抄』）、『法曹類林』を著すほどの法知識を持った信西の裁断に反論できる者はいなかった。貴族は流罪となり、8月3日にそれぞれの配流先へ下っていった。ただ一人逃亡していた為朝も、8月26日、近江に潜伏していたところを源重貞に捕らえられる。『保元物語』によれば武勇を惜しまれて減刑され、伊豆大島に配流されたという。こうして天皇方は反対派の排除に成功したが、宮廷の対立が武力によって解決され、数百年ぶりに死刑が執行されたことは人々に衝撃を与え、実力で敵を倒す中世という時代の到来を示すものとなった。慈円は『愚管抄』においてこの乱が「武者の世」の始まりであり、歴史の転換点だったと論じている。