NEX-A（ネグザ）のAは、『機動戦士ガンダムAGE』のAである。同作の放送開始（10月9日）に合わせてネグザの発売（10月21日）も行われている。ネグザのCMもガンダムAGE内で行われた。ただし、第1弾のブースター発売においては、まだ放送されていないガンダムAGEの敵モビルスーツ（ゼダス）がネグザのホームページ上で先行公開された際にネタバレを含んだ記述があるというトラブルがあり、発売日直前に発売が1ヶ月延期された。その際にも公式ホームページ上で事情の説明は行われず、製品版ではそれらの記述は削除された。後に、『機動戦士ガンダムUC』BD第6巻の発売に合わせて、ネグザ初めての作品単エキスパンションが発売された。プロモーションカード、公式イベントに至るまでUCが中心となった。
カードの下部のカードナンバーに、A、Bなどの文字が存在する、それがサイクルコードである。サイクルコードを採用する公式・公認大会では、「最新弾のサイクルコードやサイクルコードを持たないカード以外、2種類までのサイクルコードのカードのみで使用可能」という追加制限が存在する。サイクルコード変更の週期について、ネグザ発売直前の初期公式情報では、半年週期（1弾分）で変更予定だったが、ネグザ発売の約1年後に1年週期（2弾分）で変更する。なお、他のサイクルの発売期間に過去のサイクルの追加カードの発売が行われる場合がある。
公式環境では、ネグザの新規カードプール不足の為の救済措置として、ガンダムウォーのカードも使用可能なフォーマット「GWフォーマット」が設立されたが、ガンダムウォーのカードに対する、非常に厳しい使用制限がある。既存のガンダムウォーのカードは、「Gのプレイ」以外の方式として運用する場合、必ずコストに応じた追加の手札コストを「使用不能カードとしてゲームから除外する」ゲームを根底から覆すデメリットがあり、旧カードを使用したプレイヤーは必ずデメリットを負うことになる。新カードと全く同じ能力のカードであっても旧カードは全てこのルールが適用される。また、手札コストを払ってでも有用な効果を発揮するカードは全て禁止カードとなり一切大会で使用することができない。これにより勝利を目指すゲームとしては旧カードは使用する意味が全くなくなりゲーム環境としては事実上の使用制限となった。なお、2013年以降の公式大会では、ネグザのカードのみが使用可能な公式・公認大会しか開催しないことから、ガンダムウォーのカードは事実上使用できない状態となっている。
旧GWから存在していた「高機動」「サイコミュ」「範囲兵器」など特殊能力やACEのルールの変更、リングエリアの廃止など、旧GWでは一部能力を弱体化（強化）という細部な調整が行える。
旧GWは、基本GカードなどのG（ジェネレーション）カードの枚数が、カードをプレイするためのプレーヤーの国力を表す。そのため、基本Gカードはデッキ構築に必須であった。しかし、ネグザは、クルセイドと同じく、カードを逆向きに配置することで全種類のカードをGとして扱うことが可能となった。そのため、プレーヤーはデッキの大部分を占めていたGカードの代わりに、ユニットカード等の別種のカードを用いてデッキを構成することが可能になったことで、デッキ構築においてより戦略性、個性を追及することができるようになった。
旧GWでは、機体・人物の出典作品はカードの色配分以外、ゲームの基本進行に影響しない。しかし、ネグザではクルセイドシステム（以下、クルセイド）とほぼ同様、シリーズ作品毎に、1つの属性で設定される。カードの属性は、様々なカードのテキストに影響する。デッキを属性において統一する構築（1作品のみを採用する構築）は、多属性構築よりも、強力なテキストの発動が容易である。
旧GWでは、国力さえ発生していれば、基本的にいくらでもカードのプレイ（カードの使用、配備等）が可能であった。そのため、戦況にあった目当てのカードを引けるかどうか、そのためのデッキ構築をしているかが勝敗のウェイトを占めていた。他方、ネグザではカードと能力をプレイする際にコストを支払わせることで、手札のカードを自由にプレイすることができなくなった。他のカードゲームにもよく見られるので目新しさは感じないが、ガンダムウォーは1ターンが複数のフェイズ・ステップに分かれており、それぞれのカードの使用可能領域がワンパターンではないので、戦況の見極めが非常に難しい。さらにはカード特有の効果も多いため、カードをプレイする順番やタイミングが非常に重要になる。ロールコストの導入は、ガンダムウォー独自の難しさと楽しさを生み出している。
ガンダムウォーネグザ（以下、「ネグザ」という）は、旧GWのシステムを変更し、2011年10月21日に発売が開始され、2017年1月31日にサポートを終了した。旧GWのカードも一定の条件の下で使用が可能であるが、実際はほとんど使用できない状態にあった（後述）。
NTDSのネットワークにおいて、艦隊内での情報共有に用いられるデータリンクとしては、コリンズ社の開発したAリンク（のちのリンク11）が採用された。これは主として、各艦の戦術情報処理装置の間でデータを交換し、共通戦術状況図（CTP）を生成するためのものであり、ネットワークを構成する各艦のうち1隻が通信ネット管制艦 (NCS: Net Control Station)となって、他の艦 (NPS: Net Picket Station)の通信を管制する。その使用周波数としては、当初はUHF帯が計画されていたが、核攻撃を考慮した艦隊陣形の変化を受けて、水平線越えの通信も可能なHF帯が追加された。高速回線網とされているが、1961年に実用化されたとあって、その伝送能力は、HF/UHF使用時で1364 bps、UHF使用時で2250 bpsにすぎない。ネットワークに参加できる艦も、通常は20程度、最大でも62である。また、NTDSを搭載していない艦にデータを送るためのリンク14も用意された。これは、NTDS艦の戦術情報をラジオテレタイプによって受信させるもので、使用周波数はHF、UHFまたはVHF帯である。その伝送方式は、HFではFSK伝送、UHFではトーン・キーイング伝送である。