伝承によれば、行基がこの地を訪れた際、錫杖を地に突き立てると霊水がわき出し、その中から薬師如来像が出現した。そこで、薬師院を創建しその像を祀ったのがこの寺院の始まりとされる。現在は、ぼたん寺として知られているが、明治初期に当時の住職が根を薬用にするためボタンを植えたのが始まりとされる。境内には2千平方メートルのぼたん園が整備されている。開花時期には約50種、約2000株のボタンが咲く。
1989年に大阪国際空港（伊丹空港）に近いJR伊丹駅から伊丹空港までの路線を建設する構想として、福知山線分岐線構想が計画された。その後、1995年に発生した阪神・淡路大震災により、航空機での輸送の重要性が改めて認識され、空港へのアクセス整備が必要であることから、「阪神・淡路復興計画」の中に盛り込まれた。この計画はのちに「ひょうご21世紀交通ビジョン」の中に盛り込まれている。1995年に国・兵庫県・大阪府・JR西日本や伊丹市などから構成される「福知山線分岐線研究会」を設置し、事業予測・路線計画・整備手法や採算などについて詳細な調査を行い、2007年に兵庫県が空港とJR伊丹駅を結ぶライトレール (LRT) の導入を検討すると発表しており、2010年に事業を完成させるとしていたものの計画は進んでおらず、伊丹市では当面の対策として、市バスを活用した空港アクセスを行っている。
福知山線の発祥は、川辺馬車鉄道が1891年に開業させた尼ヶ崎駅（後の尼崎港駅） - 伊丹駅間の馬車鉄道である。のちに摂津鉄道と改称して1893年に馬車鉄道を蒸気動力の軽便鉄道に改築し尼ヶ崎駅 - 池田駅（現在の川西池田駅）間を開業させた。当時の池田駅は呉服橋西詰付近にあった。摂津鉄道の路線は、大阪から舞鶴までの鉄道を計画していた阪鶴鉄道に譲渡され、改軌した上で宝塚駅まで開業。以後順次延伸されて、1899年には福知山南口駅（内田町付近）まで開通した。1904年、軍部からの要請で対ロシア戦略の軍用鉄道として舞鶴鎮守府までの開通を急がされた福知山駅 - 綾部駅 - 新舞鶴駅（現在の東舞鶴駅）間が官設で開通。阪鶴鉄道も現在の福知山駅（天田）まで延伸し、福知山駅 - 新舞鶴駅間の貸与を受けて、大阪と舞鶴を結ぶ鉄道が完成した。
丹波市は、篠山口駅 - 福知山駅間の単線区間の複線化をJR西日本に要望している。また丹波市は団体利用への運賃補助を行い、兵庫県も特急列車の料金補助を行う社会実験を実施していた。そして兵庫県は「乗って 近づく 複線化」などと呼びかけている。だが、2003年度の1日の乗車人員はこの区間の丹波大山駅から丹波竹田駅までの8駅を合わせても約3,600人であり、篠山口駅以北では少子化に伴う通学利用の減少やモータリーゼーションの浸透もあって減少傾向にある。
2009年度1日平均の乗車人員は、宝塚駅が約4万人と福知山線で最も利用者が多く、次いで伊丹駅が約2万3千人、川西池田駅が約2万人である。アーバンネットワーク内でも新三田駅以北では利用者数が少なくなり、7駅合計で約1万人に留まる。JR西日本発足時に1日の運転本数が100本足らずだった福知山線は、JR東西線開業以降は1日360本を超えるダイヤの都市近郊路線へと変化していった。大阪駅・北新地駅 - 宝塚駅間の利用は特定区間運賃が適用されるが、電車特定区間に含まれないため、これ以外の区間と跨って利用すると幹線運賃が適用され、運賃が高くなるのが特徴である。
国鉄時代末期の1986年11月1日に全線電化開業したが、1981年4月1日の尼崎駅 - 宝塚駅間電化の際には、103系として新車の導入がなされたものの、逆に残る宝塚駅 - 福知山駅 - 山陰本線城崎駅（現・城崎温泉駅）間電化の際に新車は全く導入されず、既存の113系を寒冷地向けに改造した800番台の導入等で賄った。
奈良文化財研究所史料研究室にて赤外線による文字読み取り調査が始まると、今まで解読できなかった木簡も順次調査された。この木簡についても2016年8月に解読に成功し、清通の氏にあたる部分が「破斯」である事が判明した。「破斯」という文字は、ペルシャを意味する「波斯」と同音であり、同様の意味を持つと判断された。ペルシャ人を示す文字が出土品で確認されたのは、日本国内では初めてである。このことは2016年10月5日に奈良文化財研究所から発表された。名前は「破斯清通」、読みは「はしのきよみち」とされている。この発表を受け、各メディアは「平城京でペルシャ人の官吏が働いていた」といった趣旨の報道を行った。破斯清通は員外大属（いんがいだいさかん）という職であるが、「大属」は大学寮の四等事務官にあたる下級官吏であり（四等官#日本の四等官制参照）、「員外」とは定員外で任じられたこと（員外官）・特別職であることを意味する。これについて渡辺晃宏（奈良文化財研究所）は、外国人の学問的知識を生かすための特別枠で任命された可能性を指摘している。しかし、宿直も務めていることから、勤務形態は他の役人と同様であったと考えられている。