黄金色藻が産業的に利用される局面はあまりない。ウログレナやサヤツナギ、シヌラ藻の仲間はこれが水源で発生すると、水道水に特有のキュウリ臭を与えると言われている。これはある種のアルデヒドやケトンの生成による。ウログレナの一種 Uroglena volvox は大発生してブルームを形成すると、有毒な脂肪酸を産生して魚に害を与える。意識的に人の目に付くこと自体が少ない藻類であるが、千葉県富津市竹岡のヒカリモは黄金色藻が国の天然記念物に指定されている稀有な例である（右写真）。これは半日陰の祠にある池の水面に細胞が並び、名前どおり黄金色に輝いて見える景観が特徴的なものである。
淡水域に生息するものが多い。前述のディクチオカ藻やペラゴ藻、パルマ藻などのグループの分離に伴い、海産のものはオクロモナス属やパラフィソモナス属の一部、ほか少数の属のみとなった。淡水の止水域では1年を通して見られるが、シヌラやマロモナスなど珪酸質の鱗片を持つ黄金色藻は冬季に優占する傾向にある。葉緑体を持たない種はもちろん、サヤツナギやエピピクシスといった属は光合成と共に他生物の捕食も行い、淡水の消費者として機能している。従属栄養性の種は食作用によりバクテリアや他の藻類、原生生物などを捕食している。スプメラの一種では共食いも知られる。
一般的には無性的な2分裂で増殖する。サヤツナギの一種である Dinobryon cylindricum などでは同型配偶による有性生殖が知られている。この場合、雄性の配偶子となる細胞がロリカから出て遊泳し、雌性配偶子のロリカ中で接合、アメーバ態を経てスタトスポア（statospore、スタト胞子とも）とよばれる球形の接合子を形成する。この種を含め、黄金色藻のスタトスポアの細胞壁は珪酸質である。
黄金色藻は主に上図のオクロモナスのような鞭毛虫の形態である。オクロモナスやマロモナスなどは単細胞のまま遊泳するが、シヌラやウログレナ（Uroglena）のような球状群体（右写真）、サヤツナギのような樹状群体（冒頭写真）、サイクロネキシス（Cyclonexis）のような環状群体など、様々な形態の群体を形成して遊泳するものも多い。一方群体であっても、アンソファイサ（Anthophysa）ように固着性で不動のものもある。一部の黄金色藻は生活環の中で鞭毛中型の他にアメーバ型の細胞となり、分岐する仮足を持つようになる。クリソアメーバ（Chrysamoeba）やリゾクリシス（Rhizochrysis）がその代表例である。ミクソクリシス（Myxochrysis paradoxa）はより複雑な生活環を持っており、変形菌のような多核のステージを含む。かつてはこれらのアメーバ態の黄金色藻はクリソアメーバ目（Chrysamoebales）としてひとまとめにして扱われていた。以前はリゾクロムリナ（Rhizochromulina）もここに含められていたが、後に鞭毛細胞の形態に基づき別綱（ディクチオカ藻綱）に移されている。他に鞭毛を持たない（主に球形の）黄金色藻もある。粘液質のマトリックスに埋まっているクリソサッカス（Chrysosaccus）や、細胞壁を持つクリソスファエラ（Chrysosphaera）などである。糸状や塊状の群体を形成するファエオプラカ（Phaeoplaca）、寒天質の樹状群体を作るミズオ（Hydrurus）のような属もある。これらのような不動の細胞の属はさまざまな目に分散している。
ミトコンドリアのクリステは管状クリステである。眼点を持つ種もあり、後鞭毛の基部に近い部分の葉緑体内に色素顆粒が配列する。貯蔵物質はクリソラミナラン（β1,3-グルカン）である。他にはゴルジ体や収縮胞などが細胞内に含まれる。珪酸鱗片を付ける種では葉緑体の近傍に珪酸沈着小胞（silica deposition vesicle; SDV）を持つ。
『柳河藩享保八年藩士系図』では登場しないが『将士軍談』では兄・惟重がいたが、惟重は分家して大友氏に仕え、家督は惟明が継いだとする。父・由布家続は天正2年（1574年）に致仕。『将士軍談』によると永禄7年（1564年）3月25日に豊前国柳浦合戦において16歳で初陣して以降、大小38の合戦に従軍し、14枚の感状をもらったという。また筑前国嘉良山城代を勤め、宇美郷内75町を領するという。『柳河藩享保八年藩士系図』の立花八次郎系譜に掲載される高橋鎮種（主膳入道紹運）が天正9年（1581年）に立花宗茂が立花氏養子になる際に家臣に出した覚に「由布大炊介」の名が見える。また、『柳河藩享保八年藩士系図』の堀善右衛門系譜に掲載される天正14年（1586年）の知行打渡状の連署の中に「由布大炊介惟時」の名が見える。『将士軍談』によると天正15年（1587年）に柳川において700石を与えられたが、同年に起こった和仁城攻めにおいて、城主の弟である和仁親範（弾正）に討ち取られて39歳で戦死する。一說には､同じ和仁城攻めの際、先鋒となって一番乗りの功を立てたが、耳が不自由なために家来の声が届かず、和仁方の中村治部少輔の弓矢により討ち死にした。のち当地の村人達は彼を丁重に葬り、彼の墓石を「耳の神様」として代々供養された。