徳川家康は、徳川氏における精鋭軍を率いる井伊氏を関ヶ原に近い彦根に入封させて西国の抑えとし、北部の大部分は彦根藩の領土となった。まとまった大藩は彦根藩のみであり、その他は膳所藩、水口藩、大溝藩、西大路藩、宮川藩、山上藩、三上藩といった小藩、交代寄合の最上家の大森陣屋、交代寄合の朽木家の朽木陣屋、さらに他国の諸藩領や天領なども入り交じり、江戸時代の近江国の領地区分は複雑な様相を呈していた。江戸時代初期には将軍上洛用御殿が水口城、永原御殿、伊庭御殿、柏原御殿とあったが、3代将軍家光以降は上洛も途切れ御殿も次第に老朽化して、廃れていった。文化面において特筆すべきは、江戸初期の人物で近江聖人とも称された儒教学者中江藤樹が活躍し、日本の陽明学を発展させた。松尾芭蕉（義仲寺に眠る）は近江を旧里と呼ぶほど好んで訪れ俳諧を高めたとともに、近江蕉門と呼ばれる数多くの門人を輩出した。また江戸時代には、鎌倉時代から続く商工業が飛躍的に発達し、犬上・愛知・神崎・蒲生・高島の各郡、特に八幡・日野・五個荘などから近江商人を多く輩出した。一部の商人は幕末から明治維新の混乱で没落したものの、近代以降も多くの近江商人が活躍し、今日に至る日本経済の発展に寄与した。
戦国時代に入ると、北部に浅井氏が台頭する。形の上で京極氏を奉じた浅井氏は南部を領する六角氏と抗争する。織田信長と結んだ浅井長政に至って六角氏を駆逐するが、後に将軍の信長包囲網に加わって信長に抵抗、小谷城の戦いによって1573年（天正元年）に滅んだ。近江国を支配圏に入れた信長は、根拠地として近江盆地に安土城を築城する。信長の死後は畿内を地盤とする羽柴秀吉と、越前国北の庄を地盤とする柴田勝家の係争地となり、北部で行われた賤ヶ岳の戦いにおける秀吉の勝利で決着が着けられた。秀吉は初めての領地が長浜であった関係もあり、多数の近江国住民を主に事務方として登用した。石田三成もその1人である。また秀吉の甥豊臣秀次は八幡山城及びその城下町を築き、琵琶湖につながる運河八幡堀を整備し、商業を振興させた。その他、近江からは蒲生氏郷・藤堂高虎・大谷吉継など数々の名武将を輩出した。戦国時代から江戸時代にかけての甲賀郡では甲賀流忍者が活動していた。
国造が分立した時代には、滋賀県は淡海国造と安国造の領域であった。都に近いために早い時期から開発が進められ、多くの渡来人が入植した。飛鳥時代には近江大津宮、奈良時代には紫香楽宮や保良宮が置かれた。壬申の乱や藤原仲麻呂の乱といった戦乱の舞台となることも度々あった。近江出身の僧最澄は比叡山に延暦寺を開創した。延暦寺は数々の名僧を輩出し、現代に続く日本の仏教文化を大きく発展させた。平安中期より佐々木氏が近江に起こった。佐々木氏は源頼朝が関東地方で勃興するとこれに積極的に加わり、近江一国の守護職を得た。以降、六角氏や京極氏に分かれながら、佐々木一族は戦国時代に至るまで近江国を支配した。南北朝期にはばさら大名で有名な佐々木道誉（高氏）が出て京極家の勢威を伸ばした。本願寺蓮如の大布教が始まると、大津付近は一向宗色が強くなった。このため、これを喜ばない比叡山が度々攻撃を仕掛けた。比叡山東麓の坂本は一向宗の堅田と経済的にも対立していたことから、両者の抗争は頻繁であった。この後に蓮如は大津に一向宗拠点を構えた。
滋賀県はその地理的特性から、奈良・京・大坂への物資や人材の供給源および中継地、あるいは畿内と東国・北国とを結ぶ要衝として発展し、日本の中央史に大きく関わってきた。白洲正子は随筆『近江山河抄』の中で「近江は日本の楽屋裏」と評した。また歴史学者の今谷明は著書『近江から日本史を読み直す』の中で「近江の歴史を書くことは、日本通史を著すのと同じこと」と語り、近江の歴史的価値と重要性を奈良・京と同等かそれ以上に高く評価している。
周囲を山脈・山地が取り囲み、中央部に琵琶湖と近江盆地が広がる。大半が琵琶湖であるかのように思われがちだが、最も面積を占めるのは山林（総面積の約半分）であり、琵琶湖が占める面積は総面積の6分の1程度である。面積は全国で10番目に狭い。その狭い面積の半分以上を山地と琵琶湖が占めており、可住地面積は大阪府よりも狭い。
1993年11月19日にデライノ・デシールズとの交換トレードでモントリオール・エクスポズに移籍。1994年からは先発に転向。4月13日のレッズ戦では7回までパーフェクトに抑えたものの、8回にレジー・サンダースに死球を与え、9回の先頭打者に安打を打たれて降板している。6月9日のニューヨーク・メッツ戦では被安打3でメジャー初完投・初完封を記録し、ドワイト・グッデンに投げ勝った。ストライキでシーズンが打ち切りとなったが、11勝5敗・防御率3.42を記録した。1995年6月3日のサンディエゴ・パドレス戦では9回までパーフェクトに抑えたが、打線の援護がなく0-0のまま延長戦に入り、10回の先頭打者に二塁打を打たれて完全試合を逃した。1996年はオールスターゲームに初めて選出され1イニングを投げた。8月29日の古巣ドジャース戦では兄ラモン・マルティネスと史上6人目の兄弟同士の先発登板で対戦。12奪三振で2失点完投するが、ラモンが8回を1失点に抑える好投で敗戦投手となった。13勝10敗・防御率3.70・222奪三振を記録し、初めて200の大台を上回った。1997年は開幕から8戦8勝を記録。17勝8敗・防御率1.90、カート・シリングに次いでリーグ2位の305奪三振、リーグトップの13完投を記録し、最優秀防御率のタイトルを獲得。18試合で2桁奪三振を記録し、奪三振・防御率は共に球団新記録となった。サイ・ヤング賞の投票では1位票を28票のうち25票獲得し初受賞した。また右投手が300奪三振と防御率1点台を同時に記録するのは1912年のウォルター・ジョンソン以来の快挙だった。