2015年出版。モンタナ州ミズーラで発生した複数のレイプ事件を例に、レイプ事件が大学と刑事司法制度にどのように扱われるかを探った作品。事例の多くはモンタナ大学に関連したもの。クラカワーは、なぜ多くの被害者が被害を警察に訴えたがらないのか明らかにしようとし、また「疑わしきは罰せず」によって被害者よりも犯人側に有利となっている法制度を批判した。クラカワーが、自身の女性の友人にレイプ被害を打ち明けたられたことが本書を書くきっかけとなったという。エミリー・バゼロンによるニューヨーク・タイムズの書評は「警察や司法とは別に、政府から義務によって大学が行っている独自調査のその公平性に関して、クラカワーは深く掘り下げることはなく、ただ『大学は速やかに犯人学生を確認し、再犯を防止させ、同時に被告としての権利も守る手続きを踏むべき』とありきたりな机上の空論に収まっている。」と大学側の対応の難しさや性犯罪防止策の取り組みに対する調査や理解がないことを批判し、微妙な評価を下した。
2011年出版の電子書籍。『スリー・カップス・オブ・ティー（原題：Three Cups of Tea）』を著し、パキスタンとアフガニスタンに学校を設立する人道支援を行っているグレッグ・モーテンソンおよびそのNPO法人「セントラル・アジア・インスティチュート」の不正管理と会計詐欺を糾弾したもの。
2009年出版。当時NFLの現役プロアメフト選手で、アメリカ陸軍レンジャー部隊に入隊したパット・ティルマンを彼の日記と手紙をもとに描いた伝記。ティルマンはアフガニスタンで戦死して英雄に祭り上げられたものの、死亡原因が友軍の誤射だったことを陸軍が隠蔽した疑いで論争が巻き起こった。ティルマンの日記と手紙の他、妻や友人へのインタビュー、同僚だった兵士との会話、クラカワーによるアフガニスタンでの調査などが基になっている。また、アフガニスタン紛争について一般的な歴史を伝える、歴史物語的な部分もある。デクスター・フィルキンスによるニューヨーク・タイムズの書評は「ティルマンの生涯について、陳腐で些末な出来事の描写が多すぎる」としながらも、死に関して「既に報道されたものがほとんどだが、それらを一つにまとめあげたこと、特に隠蔽に関してクラカワーが行った仕事は貴重だ。その詳細は5年が経過した今読んでもぞっとするほど嫌悪感を抱く。」と評した。ダン・ニールによるロサンゼルス・タイムズの書評は「見事なレポートの一例」「ティルマンの死にまつわる事件の決定版」と評した。
2003年出版。3作目のノンフィクション・ベストセラーで、過激派宗教団体、特にモルモン教原理主義について調査したものである。クラカワーはこれら過激派の一夫多妻制に着目し、モルモン教の歴史を通した文脈の中で精査している。内容の多くは原理主義信仰の名のもとに殺人を犯した、ラファティ兄弟に関するもの。2006年、本書にインスパイアされたドキュメンタリー「Damned to Heaven」が制作された。末日聖徒イエス・キリスト教会が運営するブリガムヤング大学で宗教理解を教えるロバート・ミレット教授は、本書を、紛らわしく、杜撰に構成され、誤解を招き、間違いが多く、偏見と中傷に満ちていると書評した。また、末日聖徒イエス・キリスト教会のメディア担当者マイク・オッターソンはAP通信に対し「この本は歴史書ではないし、クラカワーも歴史家ではない。彼は面白く見せるために都合よくストーリーを切り抜くウソつきだ。彼の根底には、宗教を信じる人々は非合理で、非合理な人々はおかしなことをするという考えがある。」と述べた。これに対しクラカワーは「本当の悲劇は、教会の指導者や教師や作家たちが信徒に対し、モルモン教の過去の問題について、自分たちの知っている真実を語ることなく、代わりに決り文句や半面の真実、省略、もっともらしい否認の入り混じったものを語ってきたことだ。」という1993年に破門された歴史家D・マイケル・クインの言葉を引用し、「図らずもクイン博士と同意見だ。」と再反論した。
1996年に出版され、ニューヨーク・タイムズのベストセラーリストを2年飾ったノンフィクション。東海岸の裕福な家の出身の青年クリストファー・マッカンドレスが、1990年にエモリー大学を卒業後、銀行口座の全額（2万4千ドル）を人道支援団体オックスファムに寄付、自身を「アレクサンダー・スーパートランプ」と名乗ってアメリカ西部の旅に出た話を時系列交錯的に綴っている。マッカンドレスは1992年8月にアラスカ州デナリ国立公園のWentitika湖の近くで餓死しているのを発見された。本書ではマッカンドレスの体験およびクラカワー自身の体験や、他の冒険談が並行して描かれる。2007年にはショーン・ペン監督による本書を原作にした映画『イントゥ・ザ・ワイルド』が公開された。
原発の取材中に事故に遭遇し真実を伝えようとする女性リポーター、ずさんな管理の実態に気づき事故を防ぐために命を懸ける原発管理者、不祥事を揉み消そうとする利益優先の経営者といった人物たちの対立を描いたサスペンス映画。タイトルの「チャイナ・シンドローム（英語版）」とは原発事故の状態のうち、核燃料が高熱によって融解（メルトダウン）して原子炉の外に漏れ出すメルトスルーと呼ばれる状態を意味するために1965年以降、過酷事故を研究していた原子力技術者の間で使われていた用語で、もしアメリカ合衆国の原子力発電所がメルトダウンを起こしたとしたら、融けた燃料が重力に引かれて地面を溶かしながら貫いていき、地球の中心を通り越して反対側の中国まで熔けていってしまうのではないか、というブラックジョークである。実際に原発事故でメルトダウンが起きたとしても、実際には核燃料が地球の裏側まで到達するようなことは起こらず、またアメリカ合衆国から見た地球の裏側（対蹠地）が中国というのも正しくないが、劇中に登場した「チャイナ・シンドローム」という用語は映画の公開を通じ、メルトスルーを意味する用語として一般にも広がることになった。この映画が公開されたのは1979年3月16日であるが、それからわずか12日後の3月28日にスリーマイル島原子力発電所事故が発生し、「この映画を観た輩が事故を起こしたのではないか」等といった陰謀説が流布されたりと、全米で大きな話題とはなった。また、本作をきっかけにそれまで医学用語としてしか使われていなかった「シンドローム」（症候群）という言葉を、他の言葉と組み合わせて「 - シンドローム」という造語にすることが流行し、社会現象などを表す言葉としてしばしば使われるようになった。