幼い頃に自分を助けてくれた王子様に憧れ、自分も王子様になりたいと願うようになった少女・天上ウテナは、入学した鳳学園で「薔薇の花嫁」と呼ばれる少女・姫宮アンシーと出会う。エンゲージした者に「永遠」に至る「世界を革命する力」を与えるという「薔薇の花嫁」をかけて戦い続ける生徒会役員（デュエリスト）たちは、ウテナがかつて王子様から貰った指輪と同じ「薔薇の刻印」と呼ばれる指輪を持っていた。ウテナもまたこの決闘ゲームに巻き込まれ、その背後にある「世界の果て」へと迫っていく…。1〜13話が生徒会編、14〜24話が黒薔薇編、25〜33話が鳳暁生編、34〜39話が黙示録編。
テレビアニメ放送時にさまざまなメディアミックス展開が行われ、漫画、ゲームの他、ミュージカルや小説版（ノベライゼーション）なども発表された。劇場版公開時には、「月蝕歌劇団」による舞台が公開された。また、劇場版公開に合わせてテレビアニメ版12話までが1999年8月9日・16日にテレビ東京の深夜帯で再放送された。また、さいとうちほによる同名の漫画作品がテレビ放送に先んじて世に出ているが、テレビシリーズの制作が決定したことを受けての連載の為、原作ではなくコミカライズの一種と位置づけられており、「原作ビーパパス」と明記されている。テレビアニメ版、漫画版、小説版、劇場版ではそれぞれ、話の展開や設定が異なっている。2017年には『月刊フラワーズ』9月号に、さいとうちほ画業35周年企画として20年ぶりとなる新作読み切り漫画（60p）が掲載された。
作品には監督である幾原の作家性が色濃く出ているが、他のスタッフもまた自発的に様々なアイディアを投入している。例えば、影絵少女は幾原ではなく、シリーズ構成の榎戸洋司の発案である。生徒会室内で様々な演出が行なわれるようになったのは、第5話で錦織博が林檎をウサギに変えたことが機であるという。橋本カツヨはこれを、たった2枚の絵で、世界を革命するという行為の本質を暗示して見せる演出だと高く評価している。同じく第5話で桐生冬芽の胸をはだけさせたのも錦織である。この後、スタッフ個々によるキャラクターの露出合戦がエスカレートしていった。美術監督を務めた小林七郎は当時64歳（放送開始時）の大ベテランである。幾原監督は理詰めでなくイメージを重視した指示を出し、例えばアーチを描くにしてもその先にあるはずの建物などを描かせず、向こう側に真っ白な空を描かせたという。その衝撃はかつて小林が共に仕事をした出﨑統と似た感覚で、そのような発想の飛躍は自分にはないものであり、いい刺激になったと語っている。また建物の大半をデザインした長濱博史についても、その重力や力学を無視した自由な発想に小林はショックを受け、その良い部分を生かすようにしたとのことである。
日通は、法人向けの貨物輸送・物流業務を得意としており、特に国際航空貨物輸送（日通航空の名称で展開）は最も競争力を持っており、大きな収益源である。世界各地に、自社の輸送ネットワークを構築しているため「日通で貨物を運べない国や地域はない」とも言われることがあり、国際航空貨物取扱で日本で2位の近鉄エクスプレスを大きく引き離している。近年は、国際輸送での競争力と国内外に張り巡らされた輸送ネットワークを活かし、企業の生産活動における各種輸送業務（原材料調達や製品輸送等）から倉庫での製品管理や作業に至る一連の物流事業の一括請け負い、海外生産拠点を設ける企業間の国際輸送業務の拡大に力点を置いている。元来、通運業者として企業向け貨物の大口輸送を得意とし、それに付随して保管や荷役を請け負うと言った形で業務を展開して来た事もあり、企業間取引分野で日通は圧倒的な強さを発揮し、国際的に業務を展開する日本企業や、日本に進出している外資系企業を中心に、物流業務を全面的に請け負う事で、コスト削減や物流拠点の集約化によるリストラを成功させている例も数多く、長い歴史を持った大手製造業から、近年躍進の著しい新興インターネット通販業者に至るまで、顧客としている業種は幅広い。物流業界で「サード・パーティー・ロジスティクス」と呼ばれる物流事業の一括請負事業では、例えば製造業の工場や倉庫、流通業の物流センターなどの生産・出荷拠点に日通の事業所が設けられて輸送・保管を一括して行っている事例も数多く見られる。（一例として、メルセデス・ベンツが、日本国内における自動車部品の物流センターを日通の事業所に置いているものなどがある。）これらは、企業向けの物流事業で実力を発揮している事を示す一例と言える。また設立の経緯から、公的部門の輸送業務にも強く、官公庁移転の際の引越し業務、政府や自治体など、公的機関の輸送業務（海外・国内の見本市や展示会など）を一括受託する事も多い。なお、日本国政府や地方公共団体から、災害などの緊急事態の際に行われる救援物資緊急輸送業務に協力する、民間事業者の指定も受けている（有事法制）。ヤマト運輸と日本通運を比較し、「一般消費者向け物流に強いのがヤマト運輸」・「企業間物流や国際輸送に強いのが日本通運」であると分析する識者も多い。しかしながら、主要な荷主（キヤノン、エプソン等）の相次ぐ撤退が続きこの分野においても、川下物流の弱さのためか、苦戦を強いられていたが、キヤノン・エプソンの物流センター業務および製品輸送の共同化を担当するなど、巻き返しも見られる。なお、日通航空扱いで主に法人向け（個人でも利用自体は可能）の国内航空宅配（日通航空エクスプレスハイスピード）国際航空宅配（エクスプレスカーゴ・ジェットパック）を手がけており、こちらはJPエクスプレスへは譲渡せず、2009年4月以降も日通航空扱いで事業を残している。