弁護側は遠藤車の付着物についても争点としたが、最も強く遠藤の無実の証明として主張したのは、遠藤には明白なアリバイが存在する、という点であった。遠藤は事件直後の取調べの段階から一貫して、自分のトラックは事件現場を通過した後にクランク手前、電飾看板付近で大型バスとすれ違ったと供述している（上記参照）。遠藤がすれ違ったそのバスは後に新潟交通の津川駅行き最終バスであると分かったが、バスの運転手は事件現場の状況を次のように語っている。津川警察署のバス停から約四〇メートル進んだところ、道路前方のセンターラインの付近に何かあるのが、その手前約二〇ないし三〇メートル位の地点で分かった。一〇メートル位に近寄って人と分かった〔中略〕その時は寝ていると思った。若し怪我をしたり死んでいるのが分かれば、現場を離れることはない。乗客もいなかったし、警察に連絡したと思う。ちょうどその人の横を通過する時、新潟市方向からタクシーがさしかかり、これも倒れている人を見て左に避けて徐行し、バスとは人をはさんですれ違う格好になったが、タクシーの運転手も窓を開けてその人の方を見ていた。このあと営業所に入構し、そこにいた車掌に、人が寝ていて危ないから警察に連絡してくれと頼んだ。 — バス運転手に対する尋問調書および員面調書よりバス運転手は、現場で目撃した被害者が「寝ていると思った。若し怪我をしたり死んでいるのが分かれば、現場を離れることはない」として、その時点では生存していたと語った。また、その供述に登場するタクシー運転手も異変に気付いた形跡が全くなく、公判での証言でもバス運転手は変わらずに、被害者は生きていたと述べている。すなわち、バスは現場を通過してきた遠藤車とすれ違い、その後に現場で被害者の生存を確認しているのであるから、これは遠藤に完璧なアリバイがあることを示している、というのが弁護側の主張であった（ただし、バス運転手の証言にすれ違い車両について触れた部分はない）。検察側はこの証言に対して、バス運転手はすでに死亡していた被害者を生きていると誤認した、と反論した。しかし弁護側は、徐行していたバスとタクシーの運転手が揃って異変に気付かず、現場に広がっていた大量の出血を見逃すこともあり得ない、とさらに反論した。
事件の詳細な状況についての鑑定は、検察側が金沢大学の井上剛、弁護側が獨協医科大学の上山滋太郎の両大学医学部法医学教室教授を鑑定人として申請している。1980年5月に提出された井上鑑定によると、被害者の顔面上部が圧平された反動で下顎部が持ち上がり、その部分からの血液がタイヤ外側面に付着することが「ないとはいえない」とされている。さらに、タイヤのシミが地上高19センチのリム付近まで達している点についても、「珍しいとは思われるが、周知のように交通事故の場合には、普通には一寸考え難いような事象が起こるものであるから」血痕付着の可能性は否定できない、とされた。井上は、被害者は半ば倒れるような姿勢で遠藤車の前に飛び出し、右前輪と後輪の両方に轢過されたと鑑定し、右前輪周辺からの皮膚片様の物 (3) が人肉ではないとしていた船尾鑑定も無視している。だが結局、井上鑑定は技巧的に過ぎるとして検察側にすら論告で無視された。一方、同年7月に提出された上山鑑定では、被害者はうつ伏せになっていたところを左から右方向に、右前輪で頭部を、右後輪ダブルタイヤの内側で再度頭部を、外側で背部を轢過されたとされている。上山は、被害者が前輪と後輪の両方で轢過されたとすれば、地上高15センチの部位に血痕が付着する可能性はある、と鑑定している。しかし、これについて弁護側は、被害者の出血は頭部顔面からのみであり、右後輪ダブルタイヤ外輪が背部を轢過したと鑑定された以上、外輪外側面に血液が付着することはあり得ない、と主張した。なお、遠藤の自白した異常走行体験は「車の後の方がバウンドした状態となり」という後輪のみによる轢過を示すものであり（上記参照）、前輪と後輪の両方による轢過とした井上鑑定、上山鑑定のいずれとも矛盾している。
終戦の際には公試の際に海軍が撮影した多くの公式写真や厳重に管理されていた図面が焼却されたが、福井と同じような事を考えた海軍関係者は多く、当時の海軍大臣であった米内光政が軍令部作戦部長の富岡定俊に命じて戦史の史料部を海軍省に設けた。しかし占領軍の進駐とともにダグラス・マッカーサーの命令により日本側単独での戦史作成は中止され占領軍の戦史作成の補助という形になる。こうした方針の元海軍省も改組され第二復員省となり、戦史調査を行なうこととなった。上層部が上記のような史料調査に動く中、福井の属していた艦政本部の部局長会議でも、完全なものにならなくてもよいから技術資料をできるだけ集積、調査、分析する調査事業を始めることを決定、臨時軍事費50万円を基金として第一段の技術関係史実調査をはじめた。ところが通貨の封鎖と新円への切り替え、海軍の解体、GHQへの資料提出などにより、当初計画通りの実行は不可能となった。そのため数百人の担当者を指名し、主として各自の記憶を中心とする原稿を1946年（昭和21年）6月末期限で集めることとなり、大半の原稿が期限までに集まった。また、調査事業の継続を当面の目的とする組織として1946年（昭和21年）3月9日生産技術協会を商工省の認可法人として発足させる（なお、生産技術協会は旧海軍関係者の高齢化により、1970年代には造機部の首魁であった渋谷隆太郎の手で解散に至ったらしく、造船を含む相当数の史料が行方不明となった）。しかし第二復員省は1946年（昭和21年）6月15日復員庁第二復員局に縮小され、1947年（昭和22年）1月には厚生省第二復員局残務処理部となる。更なる規模縮小で今度は公官庁の外へ出されることになり、史料調査会が文部省の財団法人という形で1947年（昭和22年）3月に設立された。戸高によれば史料の蒐集ははかどったものの、予算の裏づけが無い為死蔵状態の物が多かったのだという。史料調査会は1978年（昭和53年）、海軍文庫を開設する。こうした中福井は第二復員省（著書では第二復員局）の造修課および資材課で艦船造修と艦政本部残務（技術資料作成）に従事し、その後当時旧海軍の組織を唯一継承していた海上保安庁で運輸技官として4年奉職し、1952年（昭和27年） 退官し、史料調査会に関わる事になる。