2008年3月28日、既存の京セラ製端末「W42K」の電池パックの不具合が原因となって電池パックが破裂・損傷する事故がこれまでに13件発生し、一部で電池パックの破裂や損傷する事故によって火傷などの怪我を負ったユーザーも存在すると発表した。KDDIは急遽、対象機種の約21万4000台分の電池パックを緊急回収すると発表。更に原因究明から発表までの2週間に2件の事故が新たに発覚しており、KDDI側とその大株主でもあるメーカーの京セラ側の対応の遅れぶりがそれぞれ目立っている。また同年4月12日には、また新たに2件の発煙および発熱する事故が発覚している。2011年9月30日には、W52CA、W53CA、Mobile Hi-Vision CAM Wooo（いずれもカシオ日立モバイルコミュニケーションズ（現・NECカシオ モバイルコミュニケーションズ）製）のバッテリーパックに、外部からバッテリー内セパレータに損傷を受ける力が加わった場合、使用中のバッテリーパック内部でショートが発生することで発熱・膨張して、発煙したり、溶解したりする恐れがあるとして、バッテリーパック約201万個の交換の実施を発表している。
2007年12月以降、プリペイド契約（CDMAぷりペイド）による契約者数の水増しとも取られかねない販売が行われている事が発覚し、「2008年3月末までに総契約数3000万以上の獲得および市場占有率30%以上の獲得」を目標に台数制限を行わずにプリペイド用携帯電話本体+充電器+通話料500円相当+契約手数料の全セットを無料で配布していたことから市場競争の健全性を阻害する危険性があるとして総務省が対応を検討していた。KDDIでは「ツーカープリペイドサービス(「プリティ」→「プリケー」)利用者へのお試し用」と説明しており、最大で純増数のおよそ50%を占めるほどの伸びを示していた。また、産経新聞によると、東京圏のみならず、地方を含む一部のキャリアショップ以外の一般店舗でも販売されていて、純増数が何の指針にもならなくなる危険性が指摘されている。その後、同年3月12日に行われたKDDIの定例社長会見で小野寺正社長兼会長は上記の通りこの事実を認めていた。
ツーカーのサービスは2008年（平成20年）3月31日をもって終了した。KDDIでは、同日のサービス終了を迎えるにあたり、ツーカーユーザー向けにauへの移行加入を促してきた。しかしながら、ツーカーユーザーにはプリペイド契約者が多く存在したため、予想をはるかに超えた契約者（約237,800件）を残したままのサービス終了となった。ツーカーのプリペイドでは、auのプリペイドとは違い、Eメールおよびスカイメールの送受信が可能だったのもこの原因の一つとされている。暫定特別措置としてau取扱店ならびにツーカーお客様センターにて、2008年9月30日までauへの移行加入受付を行っていた。
この結果、関東・中部地区と、関西などとの地区でシステムの互換性がなく、相互利用ができない事態となり、モトローラの本国アメリカの圧力もあり、政治問題に発展した。このアメリカの政治的圧力に押される形で、1991年10月に、IDOも東京23区からTACS方式の導入を始め (Tokyo Phone)、1992年12月にようやく両グループのTACS方式のローミングが開始され、相互利用が可能になった。なお、IDOのハイキャップは1997年12月31日に新規受付を中止し、1999年3月31日にサービスが廃止され、TACS方式はDDIセルラー・IDOともに1999年8月に新規受付を中止し、KDDI発足の前日である2000年9月30日にサービスが廃止された。1994年からはTACS方式と並行して第2世代方式であるデジタル (PDC) 方式を導入。PDC方式は2003年にサービスが廃止された。後述のcdmaOne方式は1998年に開始しているため、一定期間は3方式が併存していた形となる。ただし、2005年10月1日にツーカーグループを吸収合併したことに伴い、事実上、一時的であるがKDDIのPDC方式サービスが復活したものの、2008年3月31日をもってツーカーそのもののサービスが終了した。ツーカーのサービス終了時期が決まったことによりauへの乗換促進がこれまでよりも強化された。
その後、運転休止となっていた編成については南海線に転属し、2007年（平成19年）8月11日のダイヤ変更以後、南海本線・空港線の普通車に運用されるようになった。これにより老朽化の進行している7000系の一部を置き換えた。なお、両線に転用された車両は乗客の混乱防止のため、先頭車前面の助手側窓ガラスに2扉車の大型ステッカーが貼付されている他、各駅に案内設備や停車位置目標標識が設置された。現在に至るまで南海本線・空港線での優等種別運用は存在しない。また、空港線での定期運用はごく少ない本数である。なお、正月3が日や岸和田だんじり祭・春木だんじり祭が開催される日は、普通車（普通列車）も混雑することなどから運用から外れ、該当電車は全て4扉車が代走する。また、検査で2000系が不足する場合も4扉車による代走となる。2009年10月4日のダイヤ変更で土曜・休日ダイヤでは2000系で運用される普通車の本数が増加している。2017年8月26日の高野線ダイヤ変更で、橋本以北での区間急行・各駅停車運用からは撤退、急行・快速急行での運用も削減される。比較的新しい車体のうえ、カバー付きの室内灯（蛍光灯）があるなど落ち着いた車内が特徴であり、移動空間としては快適なものとなっている。扉が2つしかなく車体が短い（ほかの車両に比べて1両辺り3m短い）ため、通勤時間帯の4両編成の普通車では日によって使用車両が2000系と他の大型車となる列車がある。