フーヴァーは退任後、スタンフォード大学に「フーヴァー研究所」を創設している。1932年の大統領選挙で自身に大勝し、後任として大統領に就任したルーズベルトが行ったニューディール政策を批判し、国家主義傾向に対する警告を発した。その懸念を『自由への挑戦』（The Challenge to Liberty）を著し、アメリカ従来持ってきた自由主義に敵対するファシズム、共産主義、社会主義について語っている。1938年にフーヴァーはヨーロッパ各地を訪れ、アドルフ・ヒトラーを始めとする多くの国家元首と会談した。1940年にフーヴァーはフィラデルフィアで行われた共和党大会で講演を行った。ドルー・ピアソンを含む多数のリポーターはフーヴァーが自身を大統領候補として考えていると報じた。フーヴァーは、ヒトラーのヨーロッパにおける勝利は確実で、アメリカが必要とする大統領はヒトラーと取引ができ、彼を疎外しない大統領であると語った。このことはチャールズ・ピーターズの『フィラデルフィアでの5日間』（Five Days in Philadelphia）で詳述される。フーヴァーはアメリカは自国の防衛に当たるべきだとイギリスへの軍事援助、レンド・リース・プログラムに強く反対した。真珠湾攻撃の際は参戦に賛成した。フーヴァーはチャーチルとルーズベルトがスターリンを連合軍側に引き入れたことは、スターリンが共産主義を広める手助けになったと批判、スターリンはヒットラーと同じろくでなしで、彼ら2人同士を戦わせておけばよかったという意味のことを著書 『裏切られた自由』(Freedom Betrayed) で述べている(本自体の発行は2011年)。フーヴァーは後に、GHQ司令官を解任されたダグラス・マッカーサーが、解任指令の後もアメリカへの帰国を渋った際、「アメリカで支持の声が冷めぬうちに帰国するように」とアドバイスしている。この時、結局マッカーサーは解任指令から5日後に日本を離れているが、マッカーサーはこのとき合衆国大統領になることを目指しており、それでフーヴァーのアドバイスに従ったと思われる。
前年の選挙で「どの鍋にも鶏1羽を、どのガレージにも車2台を！」というスローガンを掲げて圧勝したフーヴァーは、1929年3月4日に行われた就任式の大統領就任演説で「今日、われわれアメリカ人は、どの国の歴史にも見られなかったほど、貧困に対する最終的勝利日に近づいている……」と語った。しかし、その見通しは甘すぎた。既に陰りが見えていたアメリカ経済は、10月の世界恐慌で未曾有の大不況に突入、フーヴァーは振り回されることになってしまう。彼は、「不況はしばらくすれば元の景気に回復する」という古典派経済学の姿勢を貫き、国内においては、政府による経済介入を最小限に抑える政策を継続した。金本位制の維持に固執し、高金利政策と緊縮財政を断行した。もっとも、復興金融公社の創設など、古典派経済学の政策から逸脱した施策も実施した。その一方で、対外的にはスムート＝ホーリー法のもとで保護貿易政策をとった。このことは、世界恐慌を深刻にさせた一因とも指摘される。恐慌脱出に向けての道筋が見出せない中、フーヴァーが発表した政策として有名なものが、第一次世界大戦で英仏に融資した戦債の返済を1年間猶予する「フーヴァーモラトリアム」である。彼は、この政策を実行すれば、その1年間の間に景気は回復するだろうと考えており、次代の大統領フランクリン・ルーズベルトが公約を反故にしたニューディール政策で民間経済にも積極的に介入したのに対し、フーヴァーは政府や国家レベルでの対策しか講じなかった。これが、結果として景気をさらに悪化させることになってしまう。シカゴのギャング・アル・カポネの逮捕については、精力的であったものの、一方で、ボーナスアーミーと呼ばれた退役軍人の恩給支払い要求デモの鎮圧を、陸軍参謀総長ダグラス・マッカーサーに指示したが、越権され強力な弾圧を加えてしまい、大統領の管理能力を問われた。結局フーヴァーは、世界恐慌に対して有効な政策が取れず、赤十字頼みとなり、1932年の大統領選挙で対立候補の民主党フランクリン・ルーズベルト（第32代大統領）に40州以上で敗北する歴史的大敗を喫した。1933年の任期満了をもって大統領職を退き、政界から引退した。なお、在任期間中の1931年3月3日にフーヴァーは、『星条旗』をアメリカ合衆国の国歌として正式採用する法案に署名した。第28代大統領ウッドロウ・ウィルソンの下で食糧庁長官、第29代大統領ウォレン・ハーディングと第30代大統領カルビン・クーリッジの下で商務長官（1921年 - 1929年）を務めたフーヴァーは、主要閣僚でない閣僚を経験して大統領の座についた数少ない大統領である。
2007年、マネージャーのゲーリー･ハイドが手配した亡命業者の高速ボートでキューバからの脱出に成功するが、入港予定のメキシコカンクンに軍艦が停泊していたことで入港できず、十分な飲み水などが無い中で3日間沖で漂い続け死にかける。入港後にもハイドのミスで亡命業者を怒らせてしまい、ペレスが誘拐されることになるが、ハイドが20万ドルの身代金を支払うことでなんとか奪還に成功し、その後アレクセイ・アコスタ、ルイス・ガルシアと共にアイルランド共和国へ亡命した。2008年1月26日、アイルランドコーク州コークのネプチューン・コークでデビュー戦を行い、初回1分35秒TKO勝ちを収めデビュー戦を白星で飾った。2011年5月7日、アレクサンドラ・パレスで行われたプライズファイター 18: ヘビー級インターナショナル1の準々決勝でカートソン・マンスウェルに3-0（3者共30-25）の判定勝ちを収め準決勝進出を果たし、準決勝でグレゴリー・トニーと対戦し、初回54秒TKO勝ちを収め決勝進出を果たし、決勝でタイ・フィールズと対戦し、初回42秒TKO勝ちを収め3回戦で行われたトーナメントを制した。2013年11月2日、マディソン・スクエア・ガーデン・シアターでゲンナジー・ゴロフキン対カーティス・スティーブンスの前座でUSNBCヘビー級王者マゴメド・アブドゥサラモフと対戦し、10回3-0（2者が97-92、95-94）の判定勝ちを収め王座獲得に成功した。この試合はペレスのHBOデビュー戦となった。2014年1月8日、モントリオールのベル・センターでジャン・パスカル対ルシアン・ブーテの前座でカルロス・タカムと対戦し、10回0-1(94-96、2者が95-95)の判定で引き分けたが初防衛に成功した。2014年5月24日、ブライアント・ジェニングスとWBC世界ヘビー級挑戦者決定戦を行う予定だったが、ペレスが肩を負傷したことで試合延期となった。2014年7月26日、マディソン・スクエア・ガーデンでゲンナジー・ゴロフキン対ダニエル・ゲールの前座で延期となっていたブライアント・ジェニングスとWBC世界ヘビー級王者バーメイン・スタイバーンへの挑戦者決定戦を行い、プロ初黒星となる12回1-2（113-114、112-115、114-113）の判定負けを喫しスタイバーンへの挑戦権獲得に失敗した。2015年5月22日、モスクワのルジニキ・スタジアムでWBC世界ヘビー級王者デオンテイ・ワイルダーへの挑戦権を懸け元WBA世界ヘビー級王者でWBC世界ヘビー級シルバー王者のアレクサンデル・ポベトキンと対戦し、初回1分31秒TKO負けを喫しシルバー王座とワイルダーへの挑戦権獲得に失敗した。