1876年(明治9年)に多聞通り5丁目に18名の信徒により講義所が設立される。1877年(明治10年)に摂津第一公会(現、日本基督教団神戸教会)を母体にして、日本組合基督教会の第9番目の教会として正式に設立された。最初は、横山円造が教務主任で、J・T・ギューリックやJ・L・アッキンソンなどのアメリカンボードの宣教師たちや村上俊吉らが助けた。1881年(明治14年)に初代牧師杉浦義一が初代牧師になる。第2代目の牧師長田時行時代の、1890年には受洗者282名、入会者55名の関西有数の教会になる。1914年(大正3年)の神戸電鉄敷設により、神戸市有馬道荒田町(神戸市兵庫区荒田町)に移転する。1915年(大正4年)新会堂の献堂式を行う。1945年(昭和20年)3月17日の神戸大空襲により会堂を焼失する。戦後、1950年(昭和25年)にアメリカ合衆国からの会堂復興基金により現会堂を新築する。
初期には第二次怪獣ブーム（変身ブーム）に因み、放送番組中に当時同系列局で放送されていた特撮ドラマのヒーローを登場させることもあった。中期にはボウリング大会を行い、その模様を放送していた。末期には、当時西ドイツで開催されていたミュンヘンオリンピックに因んだ企画も行っていた。
果樹栽培やワイン産業などの共通点から、2005年6月20日にスタンソープ市 (en:Shire of Stanthorpe) と岩手県紫波町が姉妹都市として締結された。2008年にスタンソープ市がウォリック市 (en:Shire of Warwick) との合併により、サウザンダウン郡となってからも姉妹都市関係は継続している。産業、文化、教育で交流が盛んで、中学生のホームステイや、グラニットベルトで行なわれる「アップル&グレープフェスティバル」や紫波町の「紫波産業まつり」にもお互いに訪問を繰り返し交流を深めている。
佐藤は1997年（平成9年）9月、当時16歳の次男を小児がんで失った。この次男は死去までに闘病記を記録しており、これが彼の没後、母の佐藤により手製の冊子としてまとめられ、大きな反響を呼んだ。このことで佐藤は、闘病生活を送るほかの子供や家族の応援のために、本書の出版を企画した。それまでほかに出版されていた闘病記には、成人のがんの体験記が多い一方、小児がんの体験記が少なかったことも出版理由の一つだった。企画当初は仲間も見つからず、出版社も7社に断られ、出版は難航した。子供を失った親たちに協力を依頼したものの、親たちから「辛い」との理由などで断られることが多かった。しかし佐藤の長女の全面的な協力により、同じ病気で闘病している子供たちを精神的に支えることを目指したウェブサイト「種まく子供たち」が立ち上げられた。それに加えて学会の会場で協力依頼のちらしを配るなどの活動の末、7人分の体験記が集まり、企画から約3年半を経て出版に至った。題名は、闘病している子供たちが世の中に多くの「種」を蒔き続けていると考え、「元気の種」「勇気の種」「思いやりの種」といった種がいつか芽ばえ、人々の心の中で育つことを願って名づけられた。小学生や子供への配慮として、漢字にはふりがながつけられている。本書に登場する子供たち7人のうち3人はそれぞれ病気を克服しているが、4人は故人である。その1人はテレビドラマ『命燃えて』の原案である闘病記『ではまた明日』(ISBN 978-4-7942-0594-0)の著者・西田英史（神経膠腫により18歳で死去）、1人は闘病記『私の運命』(ISBN 978-4-88293-192-8)を著した加藤祐子（急性骨髄性白血病により19歳で死去）、1人は佐藤自身の次男である。佐藤は次男の死の翌年から本書のために手記を書き始めたものの、まだ死から日の浅いうちに次男の録画を何度も確認しながら執筆するという、重い作業になったという。鳥取県鳥取市の鳥取県立図書館では、医療従事者30人が集う「健康情報棚プロジェクト」のもと、「病とどう向き合って生きるかという『生き方情報』」を提供するための図書のうちの1冊として紹介されている。2001年10月には、テレビドラマ『3年B組金八先生』第6シリーズで、主人公の坂本金八が重病の息子を励ますための書籍として登場したことで、本書は全国的な話題となった。2002年（平成14年）には、骨髄バンクのドナー登録の奨励のために上演されたミュージカル『サンキュー・命をありがとう』において、本書に登場する子供たちが劇中の役として登場し、本書から抜粋した日記や家族の手記を紹介し、小児がんなどの病気への理解や命の大切さを訴えた。2003年（平成15年）までに、35万部の売上を記録した。読者は大人だけでなく、中学生なども多い。当時のポプラ社の社長である坂井宏先によれば、一般書である本書がヒットすることによって、それまで児童書の老舗とのイメージの強かった同社のイメージを一新するきっかけの一つにもなったという。2006年（平成18年）には角川書店より文庫版（角川文庫）が出版された。病気を克服した子供たち3人のうち、2人は実体験をいかして福祉の道へと進んだこと、1人は小学生にも満たない若年だったために病名を告げられていなかったが、成長後に病名を告げられ、現実を受け入れて再発などの問題の付きまとう人生を生き始めていることなどが報告されている。なお、文庫版ではタイトルの「子供」の「供」が平仮名の「ども」に変更されている。