チャド国内の反政府勢力のen:United Front for Democratic Change（FUC）は混乱に乗じて、2006年4月13日に首都ンジャメナを攻撃したものの（en:Battle of N'Djamena (2006)）、政府側に撃退された。2006年5月には野党がボイコットする中で総選挙を実施し、イドリス・デビ大統領が3選を決めたものの、相変わらず選挙の不正行為が横行していた。国際監視団ばかりか、国内の諸勢力の非難をも受けてデビの求心力は低下し、国内各地での反政府勢力が伸長する下地を造った。2007年10月にはリビアの斡旋により、チャド政府と反政府勢力4派間で和平合意が結ばれたものの、間をおかずに決裂した。2008年1月までに複数の都市が反政府勢力の支配下に入り、2月2日に再びFUCを含む反政府勢力en:Union of Forces for Democracy and Development（UFDD）は首都ンジャメナを攻撃した（en:Battle of N'Djamena (2008)）。
2003年から2004年にかけて隣国スーダンのダルフール紛争が激化し、20万人とも推定される難民と追撃する民兵組織がチャド国内に侵入し、政情を不安定なものにさせた。チャドとスーダンは互いに反政府勢力へ荷担していると非難したが解決策は見い出せず、チャド国内側の治安は、さらに悪化した。
1989年4月、ハブレ大統領の軍事顧問をしていたイドリス・デビの一派はスーダンに亡命した。そこで党派愛国救済運動（MPS）を結成し、ハブレ派の攻撃を始めた。1990年12月に、デビらの軍隊はチャドの首都ンジャメナに侵攻し、ハブレ大統領を国外追放した。そして1991年2月28日、デビは大統領に就任した。1992年から1993年にかけて、少なくとも2回のクーデターが計画されたと言われている。デビ大統領は、チャド湖周囲の南部の反政府勢力を弾圧する一方で、民主化に向けて野党や軍部、労働者の代表との対話集会を開いた。野党との対話は不成功に終わったものの、1996年にデビ大統領は選挙の実施を約束した。同年に実施された大統領選挙は、2回の投票を経て、デビ大統領が当選を果たした。翌1997年には議会選挙も実施された。与党のMPSは125議席中63議席を獲得し、単独過半数を得た。しかし、国際選挙監視団から、多数の不正を指摘された。さらに、2001年5月に行われた大統領選挙で、デビ大統領は再選を果たしたものの、やはりこの時も、選挙監視団からデビ大統領の不正が多数報告された。1990年代半ばから、デビ大統領は世界銀行とIMFの融資を受け入れ、経済の再生と政府機能の回復を目指した。2000年に世界銀行から融資を受けて、ドバ油田の原油を輸出するためのパイプラインの建設を開始した。2003年10月に、南部のドバ（ドバ油田）からカメルーンのクリビ港まで、全長1070 kmのパイプラインが完成し、日量10万バーレルの石油生産が始まった。
1981年11月にリビア軍がチャドから撤退し、カダフィのライバルでハブレを擁護するモブツ・セセ・セコのザイールのパラシュート部隊を先陣とするインター・アフリカ軍がアフリカ統一機構（OAU）の平和維持軍としてチャドに派遣された。1982年6月、ハブレが大統領に就任した。ハブレ大統領は、反対派を残忍なやり方で粛清した。グクーニはOAUはハブレに加担してると批判し、リビアの後ろ盾を得て、ハブレ派と度々衝突した。1983年、リビア軍が侵入するとフランスとザイールが政府軍を支援して、リビア軍を押し戻した。1984年9月にフランスとリビアの間で休戦と互いの撤退の合意がなされた。フランスとザイールは1984年末までに撤退を終えたのに対して、リビアはチャド北部の占領を続けた。しかし1987年のトヨタ戦争（英語: Toyota War）によって、チャドはリビア勢力の排除に成功した。アフリカ統一機構の調停で、リビアとの休戦協定が成立した。そして1988年にはリビアとの間で、国交が回復した。なお、問題となっていたアオゾウ地帯は、外交による解決を図ることになり、1994年の国際司法裁判所の決定で、チャドに帰属権が認められた。
2月4日に大阪城ホールで開催された日本・中華台北交流ジュニア室内兼日本ジュニア室内陸上競技大阪大会女子60mの予選で7秒40のタイムをマークし、北田敏恵と伊藤佳奈恵が持つ室内日本記録タイ（当時）を樹立し、決勝でも7秒47のタイムで優勝した。高校2年に進級後、初の大会となった4月29日の織田幹雄記念国際陸上競技大会（広島広域公園陸上競技場）グランプリ種目の女子100mに出場、予選で11秒53、A決勝で11秒50をマーク、高校の先輩でもある高橋萌木子が保持していた高校日本記録を続けて更新 すると、5月6日のゴールデングランプリ川崎（川崎市等々力陸上競技場）ではシニア国際大会初出場、女子100mではアリソン・フェリックス（ アメリカ合衆国）、福島千里と同走し、11秒67で6位に入った。5月13日には埼玉県高校総合体育大会陸上競技大会（熊谷スポーツ文化公園陸上競技場）女子100m準決勝で自らの記録を更新する11秒43の高校日本記録を更新した。6月9日、ロンドンオリンピック日本代表選考会となった第96回日本陸上競技選手権大会（長居陸上競技場）女子100mでは予選で11秒47のタイムで全体1位となって決勝進出、決勝で好スタートから70mまで首位を走り、ゴール前で福島千里に抜かれ優勝は逃したが11秒51で2位となった。同7月3日、女子4×100mリレー日本代表のロンドンオリンピック出場が決定したことを受け、日本陸上競技連盟により代表の一員に選出された。8月9日、ロンドンオリンピックにて女子4×100mリレー予選第1組に第1走者として出場し、日本陸上界で戦後最年少オリンピック出場選手となった。レースでは、土井と第2走者の市川華菜の間の詰まりを含め複数のバトンミスが起こり、44秒25の8位となり、予選通過を果たすことは出来なかった。