テル・ハリリ遺跡は1933年、シリアの東部のイラク国境付近で発見された。付近に住むベドウィンの人々が、死んだばかりの部族の一員のためによい墓石を探そうとして丘を掘っていたところ、頭のない像が見つかった。当時シリアを委任統治下に置いていたフランス当局はこのニュースに接して調査を開始し、1933年12月14日にルーヴル美術館から派遣された考古学者の指揮で遺跡発掘を開始した。発掘開始の翌月にはイシュタルの神殿が発見されている。ここから見つかった像に、エンリル神の代官であるマリ王ラムギ・マリがこの像をイシュタルに奉献したという碑文が見つかり、テル・ハリリが古代都市マリの遺跡であることが明らかになった。考古学界は、マリを「シュメール文化の最西端の前哨」と位置付けている。また1930年代のフランス調査隊による発掘開始から今日までに発見された、楔形文字でアッカド語の書かれた25,000枚におよぶ膨大な粘土板は「マリ文書」（Mari Tablets）と呼ばれ、マリ王国の習慣や当時の人々の名前など、多くの情報を現在につたえている。ハンムラビによってマリが占領・破壊された際に、王室の図書室が埋まってしまい、その結果2万5000以上の記録板が20世紀の考古調査まで長い間保存されていた。マリは1933年以来、大戦のあった1939年から1951年の期間を除き毎年発掘が続いている。マリ遺跡の1000m×600mの面積のうち、2005年段階で発掘されたのはまだ半分以下である。また考古学者たちが遺跡の地層はどの深さにまでさかのぼるか解明しようとしてきたが、なお不明な状態が続いている。ルーヴル美術館に在籍したフランスの考古学者アンドレ・パロ（André Parrot）は、「遺跡の歴史の古さを調べるため、未発掘の深さへ垂直方向の発掘を始めるたび、途中で重要な遺物が出土して水平方向の調査をしなければならなくなる」と述べている。
霧夜先生からの命令で試験を受けるために里帰りした飛鳥は、祖父の半蔵からの修業を終えて数か月ぶりに戻ってきた「国立半蔵学院」で、太巻きを手土産にクラス委員の斑鳩、先輩の葛城、後輩の柳生と雲雀との再会を喜ぶ。しかし、学院に帰って早々霧夜先生の厳しい修行（授業）の日々が続く中、唯一苦手としている秘伝忍法の修行で自分だけが召喚獣を召喚できないことに悩んでいた。数日後、飛鳥は半蔵に悩みを打ち明けるが、家系の都合で召喚できる生き物は彼女が最も苦手としている蛙だった。半蔵からこれも忍の試練だと言い渡された飛鳥は初めこそ拒絶するが、斑鳩が特訓に付き添うことで、ようやく蛙を克服する。そんなある日、斑鳩よりも高い戦闘力を持つ焔、詠、日影、未来、春花に襲撃される。その翌日、半蔵学院に対抗して設立された悪忍養成機関「秘立蛇女子学園」のことを霧夜先生から知らされた飛鳥たちは、学園の争いに巻き込まれていく。
2013年1月から3月まで第1期『閃乱カグラ』がAT-X、チバテレビ、サンテレビ、テレビ愛知、TOKYO MX、BS11にて放送された。全12話。ナレーションは藤本幸太郎。2015年3月29日に特別編『閃乱カグラ ESTIVAL VERSUS -水着だらけの前夜祭-』（せんらんカグラ エスティバル・バーサス -みずぎだらけのぜんやさい-）が放送された。2018年10月から12月にかけては第2期『閃乱カグラ SHINOVI MASTER -東京妖魔篇-』がAT-Xほかにて放送された。
水線部装甲は4インチ(102mm)で舷側に12度傾斜して貼る傾斜装甲方式を前型に引き続き採用している。この102mmという装甲厚は同世代の同クラス艦で10,000トン以内に収められた25mm（英）、30mm（仏）、64mm（米）、さらに条約排水長違反を承知で防御力強化をしたイタリアの70mmと比べて充分に重防御であった。更に弾火薬庫側面は127mm装甲がおごられた。水平防御は38mm装甲を貼られ、弾薬庫上面には47mmに増厚されていた。更に水線下装甲を内側に湾曲して艦底部まで伸ばし、二層式のバルジの水中防御隔壁として仕切り、内側に25mmから9mmの水線下装甲を貼るなど可能な限り防備が追求されているものの、その高さは機関部で3.5m弾薬庫部分で2mと余り高いものではなかった。公試状態では前述の重量増加により水線上1.3mまで沈んだと伝えられる。これらの装甲防御は性能諸元表で見ても判る通り、艦自体の防御には可能な限り重量が充てられており、対して砲塔防御には弾片防御に必要な1インチ（25mm）で済ましているところが日本大型巡洋艦の特色となっている。これは戦闘において行動力は可能な限り維持させるが、砲打撃力は失っても構わないという割り切りと同義になっており、大型巡洋艦では普通、命中弾の発生しやすい砲塔防御には戦艦副砲装甲と同等の5インチ以上（正面では8インチ以上の物もある）の装甲を充てるのが常識であるのと際立った違いである。これは、砲力に劣る日本が水雷戦隊に期待をしたため、その水雷戦隊に先んじて突撃する巡洋艦にも際立った速力（装甲重量の削減）を要求された事に起因する。そもそも水雷攻撃を志向する場合、米英の装甲厚といえども防御が成り立たないほど肉薄するため、むしろ被弾時の砲力維持を優先して設計されたのである（日本＝4回被弾しても砲塔1残存。米英＝3回の被弾で全喪）。これらの割り切りは、敵護衛艦を大口径砲で殲滅し、打撃力を失っても肉薄して敵戦艦に雷撃を敢行し、自らが倒れても後続の水雷戦隊に敵戦艦に雷撃させる盾となる、という一度戦闘を行えば勝敗にかかわらず大損害を受けやすいのを覚悟した戦術のためのベネフィットであり、極めて合目的な設計となっている（対して米巡洋艦は、極端な高速力は不要で、長距離砲戦でなら被弾を受けても損害は軽微で、準戦艦的に偵察索敵に強力な堅艦として合目的になっている）。