明治維新後、明治4年5月14日（1871年7月1日）には近代社格制度において官幣大社に列した。明治の神仏分離に際して、神宮寺の真言宗志宜山法案寺は生國魂神社から分離されている。この法案寺（または法安寺）は寺伝で聖徳太子の建立とする寺院であったが、10院（生玉十坊）あったという塔頭は神仏分離の際に分かれ、そのうち南坊が島之内において「法案寺」の寺名・法燈を継承したほか、医王院・遍照院は生玉寺町の青蓮寺に、観音院・新蔵院は上之宮町の正祐寺に、桜本坊は奈良県生駒市の円正寺に、覚園院は生玉前町の宗恵院になった。また曼荼羅院は生玉町の持明院と、地蔵院は生玉町の藤次寺と、持宝院は心斎橋筋の三津寺とそれぞれ併合されている。1912年（明治45年）1月には「南の大火」により社殿を焼失し、1913年（大正2年）11月に再建された。しかし1945年（昭和20年）3月の第1回大阪大空襲により再び焼失し、1949年（昭和24年）7月に再建されるも、1950年（昭和25年）9月のジェーン台風で倒壊した。その後、1956年（昭和31年）4月に鉄筋コンクリート造で再建され、現在に至っている。
天正11年（1583年）、豊臣秀吉が石山で大坂城の築城を始めると、生國魂神社および神宮寺の法案寺は現社地に遷座された。実際の遷座年について社伝では天正13年（1585年）の遷座とするが、『義演准后日記』の記述によれば慶長3年（1598年）のことであったと推測される。また、秀吉からは社領として300石が寄進されたという。慶長11年10月（1606年11月）には、豊臣秀頼が片桐且元らに命じて社殿を造営させたが、『鹿苑日録』ではその華麗さが記述されている。江戸時代には、豊臣秀頼により造営された社殿が元和元年（1615年）の大坂夏の陣による兵火で焼失したが、江戸幕府により社殿は再興され、社領300石も安堵された。寛永-正保期（1624-1648年）の「摂津国高帳」によれば、その社領地は下難波村（現在の浪速区）にあった。また5代将軍徳川綱吉の生母である桂昌院は、黄金若干を当社に寄進したという。『摂津名所図会』では、当時の境内の様子や走馬神事の様子などが描かれている。幕末の『浪花百景』にも絵馬堂、弁天池が選ばれている。弘化2年（1845年）には、社殿の造替がなされた。
中世頃の変遷は不詳。明応5年（1496年）には蓮如が石山御坊（のちの石山本願寺）を築くが、『天文日記』等によれば、この石山御坊は生玉社に隣接して建てられたとされる。『天文日記』によれば、天文12年（1543年）には普請として生玉の畑地に「土井」が、天文13年（1544年）には「生玉屋敷」の堀が築かれた。また、天文15年（1546年）には本願寺により大規模な遷宮祭が実施され、本願寺から神官吉田方には太刀500振が贈られている。当社は本願寺の鎮守のような位置づけにあったが、織田信長と本願寺との間で石山合戦が起こると、天正8年（1580年）の兵火で社殿は焼失した。
スローカムは目前の敵が騎兵隊だけであり南軍全軍ではないと確信した。このためにシャーマンには、ベントンビル近くで一通りの抵抗にあっただけで援軍の必要は無いと報せた。しかし、午後になって、ゴールズバラ道路に沿った森から南軍の歩兵隊が現れ、北軍の左側面を混乱の内に後退させた。D・H・ヒル少将の指揮する南軍が北軍の後退した空間を埋め、前線に残っていた北軍に対して縦射を始めた。激しい戦いの後で、北軍に援軍が到着しヒル隊の攻撃を止めた。戦闘は夜になっても続き、南軍は残っている北軍の前線を後退させようとしたができなかった。スローカムは午後の攻撃の間にシャーマンに援軍を要請した。ジョンストンはそのうちに勢力で負けてくることが分かっていたので、その左翼の部隊にミル・クリークを渡って後退できる唯一の道を守らせた。ハワードの翼が3月20日の午後遅くに戦場に到着し、スローカム隊の右手に展開した。この日は軽い小競り合いのみが起こった。3月21日、北軍ジョセフ・A・モーワー少将がミル・クリーク橋を守っている南軍左側面に対してまだ認められていなかった攻撃を始めた。モーワー隊は渡河地点から1マイル (1.6 km)以内まで辿り着いていたが、シャーマンが有無を言わせず後退を命じた。シャーマンの自叙伝では、これが誤りだったことを認め、おそらくはジョンストン軍全軍を捕捉して、このときこの場所でその作戦を終わらせる機会を逃していたと認めている。この時の南軍の損失の中には、ウィリアム・J・ハーディの16歳の息子ウィリーも含まれていた。ハーディはモーワーの攻撃がある数時間前に息子が第8テキサス騎兵隊に付くことを躊躇いながらも認めていた。夜の間に、ジョンストンは自軍にミル・クリークを越えて撤退させ、通った後の橋を焼いた。シャーマンは南軍にあまり注意を払わず追撃もしなかったが、ゴールズバラへの進軍は続けた。南軍はノースカロライナで北軍に決定的な勝利を掴む最後の機会に失敗した。この戦場跡はベントンビル戦場跡として保存されており、1996年に国立歴史史跡と宣言された。