村上政清、村上政国父子は近隣の有力国人海野氏幸を討ち、小県郡から佐久郡へと勢力を拡大していった。政国の子である村上顕国の事跡は詳しく分かっていないが、佐久郡の有力豪族大井氏を服属させ、大井氏の後ろ盾として甲斐国から佐久郡に侵攻を始めた武田氏との抗争、北部では高梨氏を圧迫し勢力を広げていったとされる。明応4年（1495年）には高梨政盛と善光寺を巡って争いこれを焼失させ、この時高梨氏は本尊を本拠地に持ち帰ったとされている。また1505年配下の小川氏が背いたため香坂氏や大日方氏に命じて攻略させている。一説には政国は「頼清」と顕国から「頼平」（頼衡）とも名乗ったとされ、政国（頼清）、顕国（頼平）の時代の信濃村上氏が源氏の名門として再興するだけの実力を備えていたことを推測させる（ただしこの時期の村上氏の系図が混乱していることは前述した通りである）。その子村上義清の時代に佐久郡を武田信虎に奪われるが、武田氏・諏訪氏と手を組んだ海野平の戦いで海野氏や真田氏ら小県郡に残っていた滋野氏一党を駆逐することに成功した。また、甲斐国の武田信玄との抗争に際しては、それまで敵対していた高梨氏と手を結んで2度まで撃退した。しかし配下の屋代氏などの離反で敗れ、北信濃を追われることになる。その後の義清は越後国の上杉謙信の客将となって失地回復を図ったが成功することはなかった。
応永23年（1416年）「上杉禅秀の乱」が起こると、小笠原政康が中心になって一族・国人衆を率いて信濃国の防禦を固めた。この乱を契機として信濃国内の軍事指揮権を掌握した小笠原政康は幕府にその実力を認められ、12月に信濃守護職に任命されて力をつけていった。その結果、相対的に村上氏の勢力は弱まり始めた。満信以降、村上中務大輔という者が反守護の中心となる。系譜上で中務大輔という人物を特定できないが、村上持清の可能性がある。その村上中務大輔を中心とする反守護軍と永享5年（1433年）3月に守護小笠原政康軍と合戦におよび、村上氏は鎌倉公方足利持氏に加勢を求めた記録があり、持氏は出兵を決断するが関東管領上杉憲実の諫止（かんし）により沙汰止みとなった。そのためか、村上中務大輔はその後、史料にみえない。推測でしかないが、この戦いの結果、援軍を得られなかった村上中務大輔は滅亡もしくは衰退したのではないだろうか。また、援軍を求めるようになった背景には村上氏の衰退と小笠原氏の台頭があったことが推測される。
村上信貞の後は、その子村上師国、そして師国の子村上満信と系譜がつながり、師国・満信父子は、村上氏の勢力と権益を認めず守護職に補任しない室町幕府に対して不信感を持ち、幕府が補任した守護を排斥する動きを見せた。加えて室町幕府は村上氏の持つ「信州惣大将」の地位を軽視し続けたために、村上氏は反守護的な国人衆の代表格として認識されるようになる。幕府はそれに対して、幕府の重臣であり足利一門で実力者の斯波義将を信濃守護に補任して、村上氏らの動きを抑え込もうとした。至徳4年（1387年）、村上師国は斯波氏の守護代二宮氏の軍と信濃国北部の各所で戦い、斯波氏も村上氏の抵抗を抑え込むことはできずに終わった。師国の子・村上満信の代にも、信濃守護に補任された小笠原長秀が率いる守護軍と村上満信を始めとする国人勢力（大文字一揆）が篠ノ井で激突し、小笠原勢は撃滅され長秀は京都に逃亡し、守護を罷免されている（大塔合戦）。その後、幕府は代官として細川慈忠を派遣し、満信ら国人勢力の反乱は鎮圧されたが、村上氏は国人の盟主として一定の役割を果した。一族には入山氏や屋代氏、小野沢氏、山田氏、今里氏、栗田氏、千田氏、出浦氏、寄合氏の所領は更級郡、埴科郡と水内郡の一部でその間には配下の領地もあって一円支配とはなっていない。他には建武2年（1335年）の恩賞で得た塩田荘12郷で信濃守護の威令が及ばなくなると自領の拡大を図る活動が見られる。享徳3年（1454年）坂木郷は諏訪上社頭役を務めているが当主村上政清ではなく代官である。寛正5年（1464年）にも頭役が割り当てられ代官を謹仕させ同じ頃に政清は他で弓矢の争いをしている記録がある。
1947年（昭和22年）、磯部村立磯部小学校に改称、同年開校した磯部中学校に校舎の一部を貸与した。1949年（昭和24年）に磯部中学校は新校舎の落成に伴い移転するが、代わりに三重県志摩高等学校磯部校舎（後の三重県立志摩高等学校、当時は磯部村立）が磯部小学校の校舎を借用した。1951年（昭和26年）12月6日に校舎は返還された。1951年（昭和26年）、校舎を増築する。同年10月6日には昭和天皇が志摩地方に行幸した際、磯部小学校が奉迎場に指定され、多くの住民が天皇を迎えた。1955年（昭和30年）、合併による磯部町発足により磯部町立磯部小学校に改称する。1964年（昭和39年）には運動場を整地し、現在の校地が形成され、同年には磯部町立磯部幼稚園（現・志摩市立磯部幼保園）が併設された。同年9月26日には伊勢湾台風の被害を受け、本校を鉄筋コンクリート3階建に建て替え、分校の本校への統合を進める一因となった。1965年（昭和40年）から1967年（昭和42年）にかけて3期かけて本館（校舎）建設工事が行われ、1968年（昭和43年）5月15日に新校舎が完成、翌1969年（昭和44年）3月10日、体育館が完成した。建設予算は4300万円であった。1967年（昭和42年）12月4日には当時の志摩郡初となる歩道橋が磯部小学校前に設置された。同年には障害児学級を設置している。1972年（昭和47年）4月17日、磯部町学校給食センターが磯部小学校内に開設され、完全給食が始まった。環境整備は続き、1976年（昭和51年）9月4日に夜間照明が設置され、1980年（昭和55年）には1979年（昭和54年）に移転した磯部幼稚園跡地に図書館が新築された。1987年（昭和62年）から1989年（平成元年）に3期かけて校舎の大改造工事が実施された。