現代人の視点からは、卑金属を金に変性しようとする錬金術師の試みは否定される。だが、歴史を通してみれば、錬金術は古代ギリシアの学問を応用したものであり、その時代においては正当な学問の一部であった。そして、他の学問同様、錬金術も実験を通して発展し各種の発明、発見が生み出され、旧説、旧原理が否定され、ついには科学である化学に生まれ変わった。これは歴代の錬金術師の貢献なくしてはありえなかったともいえる。文献からは、成立し始めた自然科学が錬金術を非科学的として一方的に排斥しているわけではなく、むしろ両者が共存していたことが見てとれる。様々な試行錯誤を行う錬金術による多様な分離精製の事例は、化学にとって格好の研究材料であった。錬金術師たちは、俗にイメージされるような、魔法使いやマッドサイエンティストのような身なり・研究一辺倒の生活をしていたのではなく、他の職業を持ちながら錬金術の研究も行うといった人物も多く存在していた。例えば、万有引力の発見で知られるアイザック・ニュートンも錬金術に深く関わり膨大な文献を残した一人である。最近ではこれらの文献を集めた研究書も刊行されるなど、いわば錬金術的世界観の再評価が行われていると言える。
すでに、アルベルトゥス・マグヌスは『鉱物書』において、自分で錬金術をおこなったが金、銀に似たものができるにすぎないと述べており、金を作ることに対して疑問がだされていた。後世に数々の検証から化学が成立していった。
中国では『抱朴子』などによると、金を作ることには「仙丹の原料にする」・「仙丹を作り仙人となるまでの間の収入にあてる」という二つの目的があったとされている。辰砂などから冶金術的に不老不死の薬・「仙丹（せんたん）」を創って服用し仙人となることが主目的となっている。これは「煉丹術（錬丹術、れんたんじゅつ）」と呼ばれている。厳密には、化学的手法を用いて物質的に内服薬の丹を得ようとする外丹術である。仙丹を得るという考え方は同一であるが、気を整える呼吸法や瞑想等の身体操作で、体内の丹田において仙丹を練ることにより仙人を目指す内丹術とは区別される。
インド錬金術の歴史は、紀元前1000年頃から紀元前500年頃にかけてインドで編纂された ヴェーダに端を発し、紀元前4世紀のカウティリヤの実利論も錬金術にふれている。インドの練金術者は27人の達人の名前が「ラサラトナ・サムッチャヤ」という本に記載され、その中に龍樹が含まれる。龍樹には「龍樹菩薩薬方」「龍樹菩薩養生方」「龍樹菩薩和香方」「龍樹眼論」などの著述がある。この「眼論」により、龍樹が眼科医の祖とされることもある。「ラサラトナーカラ」というベンガルで発見された錬金術のタントラ（密教）の写本は、大乗仏教のタントラである。これらと中国仏教の三蔵の中に見いだせるものと比較すると、他の金属を金に変えるハータカという薬液や石汁ともいわれる山水シャイローダカなどが共通しており、中国の錬金術との類似点となっている。これらはインドのものが中国に密教とともに伝わったのではないかとされている。これに次ぐ錬金術書としては、カルカッタのアジア協会の図書館に秘蔵されている「ラサールナヴァカルパ」がある。インド錬金術については、タントラ教やインド伝統医学も影響を与えたとされる。水銀は通常は液体であって人間の精神と同様に流動的であるが、固形化されると、人間の精神集中をもたらすという。
1144年にチェスターのロバート (Robert of Chester) が『Morienus（モリエヌス）』を『錬金術の構成の書』としてアラビア語からラテン語に翻訳したものが西欧における最初のラテン語による錬金術書である。また、バスのアデラードも錬金術を紹介した。それから錬金術が注目を集めるようになり、13世紀以降に大きく発展した。初期の有名錬金術研究者、スコラ学者のアルベルトゥス・マグヌス（ヒ素を発見したとされる）、トマス・アクイナスやロジャー・ベーコンは金属生成の実験に関心を持ったが、彼らの実践については定かではない。多くの偽書が彼らの名に帰されたことが大きい。ルネサンス期の有名な医師・錬金術師にパラケルススがいる。彼はアリストテレスの四大説を引き継ぎ、アラビアの三原質（硫黄、水銀、塩）の結合により、完全な物質であるアルカナが生成されるとした。なお、ここでいう塩、水銀、硫黄、金などの用語は、現在の元素や化合物ではなく象徴的な表現と解釈する必要がある。彼を祖とする不老長生薬の発見を目的とする一派はイアトロ化学(iatrochemistry)派と呼ばれた。またゲオルク・アグリコラが「キミア(chymia)」の語を広範に用いたことで、錬金術は秘教的な実践を指すようになり、薬剤や経験主義の長い伝統の「化学」と区別されるようになった。
『不死鳥狩り』で「全体」は、時空をも操る力を発揮して世界の界面に穴を穿ち、準備が出来ていない現世の人々に「刻」を見せてしまう可能性のあるネオ・ジオングを破壊するために行動していた。しかし、彼等は高次元に移行しているため、全身をサイコフレームで形づくられ肉体の代わりとなれるフェネクスという依代があっても向こう側の世界からこちらの世界に干渉はできず、聞こえる人に声を伝えることしか、見届けることしか出来なかった。ネオ・ジオングというこの世にあってはならないものの始末は、この世界で生きる者の手によって為されねばならない、命の起こした事は命でしか贖えないという制約があったからである。そこで、フェネクスに魂を乗せたリタは助けを求め、その声を聞いたリタの幼馴染であるヨナは、ニュータイプの素養をほんの少しばかり持っていたこと、リタのことを悔いる心が回線を開いてリタという形を通して「全体」と繋がった。結果、フェネクスに乗り込むと真の力を解放してネオ・ジオングを破壊した。『機動戦士ガンダムNT』でフェネクスは、「魂が集う世界からこの世に生じた特異点を消し去るために遣わされた者である」とミシェル・ルオは推測していたが、その推測は当たっていた。フェネクスはIIネオ・ジオングを破壊するために行動しており、こちらでもヨナがフェネクスに乗り込むことで真の力を発揮してIIネオ・ジオングを破壊している。