19世紀初頭に独立した共和国として誕生して以来、1998年に至るまでペルー、エクアドル両国はアマゾン川流域とアンデス山脈の国境線に領土問題を抱えていた。この問題は大コロンビア時代から継承され、3度（1941年、1981年と1995年）深刻な状態に達し、短い戦争を起こした。国境紛争は一世紀半の長きに渡り、ペルー・エクアドルの貿易関係強化を妨げる主要な要因でもあった。1995年、北東の国境地帯、コルディジェラ・デル・コンドル山脈でエクアドルとの武力衝突があった。その年の3月に、ブラジリアのイタマラチ大統領宮殿で休戦が調印されたものの、その後数年間ペルーとエクアドル関係は緊迫した状況が続き、その最中にはペルー軍兵士に日本人が殺されるペルー早稲田大学探検部員殺害事件も起きた。1998年8月ハミル・マワ大統領がペルーを訪れ、最終的な和解のための交渉が開始された。 1998年10月、エクアドルとペルーはリオデジャネイロ議定書の保証人の意見に基づき、フジモリ大統領は国境の定まっていない78キロメートルを画定するEl acto Brasilaに署名した。
1992年以来、フジモリ大統領は政府の腐敗隠蔽のため、テレビ局や新聞に介入を開始したとして非難されている。国の主要メディアの取締役のほとんどが賄賂を受け、ほとんど常に政権に有利なように報道された。この政策を担当していたのが、影の存在から政府の強力な人物になるペルー情報局顧問のブラディミロ・モンテシノスだった。ジャーナリストに対する脅迫が行なわれた。とりわけ、政府が批判に晒されているのが、ジャーナリスト、セザー・ヒルデブラント（スペイン語版）の解雇で、彼の殺害計画が「ベルムーダス計画（Plan Bermudas）」の名で報告された。 1997年5月には、フレクエンシア・ラティーナ（Frecuencia Latina）チャンネルの所有者だったイスラエル市民Baruch Ivcherがペルーの国籍を剥奪された。 さらに、Ivcherは憲法裁判所のメンバーの解雇に対する反対を主張したために、国を離れることを余儀なくされた。自ら発行する小規模の新聞の資金調達も批判された。その新聞は反フジモリ派で、表紙で彼らをからかったりしていた。
1996年12月17日にはトゥパク・アマル革命運動による日本大使公邸人質事件が発生した。この事件は1997年4月22日、ペルー軍コマンド部隊が公邸に突入して解決したが、フジモリ大統領の独裁的権力に対する批判は次第に高まっていった。詳細は日本大使公邸人質事件参照
1995年6月、フジモリ大統領は議会の賛成多数で恩赦法を公布した。この法律は進行中だった調査、「反＝反乱作戦」期間中に国家権力によって行なわれた人権侵害などの裁判を終わらせるものだった。また、エクアドル国境紛争に巻き込まれた国家捜査官や1992年に憲法秩序を回復しようと決起したジェイメ・サリナス・セド少将たちも含まれていた。 また、法の施行はペルー情報局員およびコリーナ部隊のメンバーの解放も許可した。この法律（法26479）は補完的な法26492とともに、中米人権裁判所の判決によって数年後に有効力を持たなくなった。
1995年、大統領の再選を許可する新憲法のもと、フジモリは大統領選挙に立候補し、ハビエル・ペレス・デ・クエヤル前国連事務総長を64.42％の得票で破り、再選された（Elecciones generales de Perú de 1995）。
フジモリは、大統領に就任すると大規模な経済改革を実行した。国際通貨基金 (IMF) による詳細な指導を基に、様々な国有財産の売却、国内法の改正、外国資本の石油、天然ガス、鉱物資源への投資を積極的に誘致した。これらの政策によってペルーのマクロ経済は安定を取り戻し、ガルシア政権下で落ち込んでいた外国との貿易額も劇的に改善した。のちに、この改革は「フジショック」と呼ばれた。これらの政策を円滑に進めるため、鉱物・石油資源の開発計画を指導する部局を政府内に設置した。それまでは環境法により一元的に決定されていた化学物質の排出規制、廃棄物の処理手続きなどは、この組織によって開発プロジェクトごとに決定された。同時に国立公園、アンデス山脈地域、アマゾン川流域など保護地区での開発規制を撤廃した。
平家の追討に成功した頼朝は、乱の中で他の源氏一門（源義広・佐竹秀義（常陸源氏）、新田義重（上野源氏）、武田信義（甲斐源氏）、多田行綱（多田源氏）、弟の源義経・源範頼）を滅亡や衰退させ、奥州藤原氏を討ち勢力基盤を固めた。武家政権の台頭を嫌いその勢威を抑制してきた後白河法皇が崩御すると、建久3年（1192年）に征夷大将軍に任ぜられ、今日でいう鎌倉幕府が成立した。これにより、清和源氏が武家の棟梁であると名実共に認められた。ただし源頼朝の系統は、頼朝の子・源実朝が兄源頼家の子・公暁に殺害される。その公暁も捕らえられて処刑、公暁の異母弟・禅暁も加担を問われ殺され、さらに禅暁の同母兄・栄実が泉親衡の乱に擁立されるが乱が失敗し自害、そして男系男子で最後まで残っていた頼朝庶子・貞暁が天福2年（1231年）に死去して断絶、また男系女子でも頼家の娘・竹御所が1234年死産により死去したことで、完全に断絶した。また、鎌倉幕府において源氏一門は、血統や功績などにより源姓を称することが許される「御門葉」と、源姓を称することが適わず、名字を称するものに区別された。御門葉には信濃平賀氏（信濃源氏）、大内氏（信濃源氏）、安田氏（甲斐源氏）、加賀美氏（甲斐源氏）などの新羅三郎義光の系統、足利氏、山名氏などの源義国の系統が名を連ねたが、平賀氏、大内氏は、承久3年（1221年）の承久の乱により得宗家に敗れ没落した。