しばしば、保健機関は水道水フッ化物添加についての2つの倫理的課題に直面する。これらの課題は、インフォームド・コンセントと低所得の人々の歯科治療の改善方法としての水道水フッ化物添加である。水道水フッ化物添加の推進派は、これを、治療の承諾についての人権侵害であるとは考えていない。推進派は、フッ化物は全ての水源に天然で含まれているのだから、水道水フッ化物添加は、集団投薬ではないと主張する。推奨者たちの視点では、水道水フッ化物添加は、水に天然で含まれる物質を、虫歯を減らすために、加減していることになる。彼らは水道水フッ化物添加を、しばしば、朝食のシリアル、離乳食にビタミンを添加するといった、他の食品の補強と比較する。またインフォームド・コンセントは臨床におけるステップであり、公衆衛生においてそれに対応するステップは、倫理的承認と計画の承認である。推進派は、フッ化物への広く易しいアクセスを妨げることこそ、非倫理的であると主張する。水道水フッ化物添加の恩恵を最も受ける人々は貧しい地域にいる小児と成人であるため、水道水フッ化物添加は社会経済的地位の違いによる健康格差を緩和すると考えられている。反水道水フッ化物添加主義者の与える影響は、健康の社会的な不平等を維持する方向に働く。水道水フッ化物添加は、比較的低コストである。カナダ予防医療対策委員会は水道水フッ化物添加は「歯冠う蝕と根面う蝕の予防における唯一の最も効果ある公平かつ効率的手段である」としている。水道水フッ化物添加は、アメリカでは、一人当たり年間31セント程度の費用である。いくつかの保健機関は、水道水フッ化物添加は倫理原則を侵害していないとしている。経済的、社会的及び文化的権利に関する国際規約（A規約）では、健康権は「達成できる最高水準の身体的精神的健康」であると説明されている。A規約で健康権を説明するとされる第十二条では、すべての者が到達可能な最高水準の身体及び精神の健康を享受する権利を有することを認めており、この権利の完全な実現を達成するためにとる措置には、伝染病、風土病、職業病その他の疾病の予防、治療及び抑圧に必要な措置を含む、としている。
水道水フッ化物添加の反対派には、フッ化物の健康上の恩恵は認めるものの、上水道へのフッ化物を添加することの社会的・政治的意味あいに、同意できないという派閥がある。水道水フッ化物添加が人々の歯の健康を向上するとしても、治療を受けるという個人の選択（自由）に価値を見いだしている。そして、適切な同意が無い、水道水フッ化物添加は「強制的な集団投薬」であると主張するものである。一方で、ある解説者は、フッ化物への暴露は少量でも健康に悪影響を与える可能性があるため、水道水フッ化物添加の命令は「倫理違反」かつ「人権侵害」であると主張する。フッ化物水道水添加における倫理的課題は科学的研究だけでは扱うことができないため、憲法と人権に関連のある課題として、主に裁判で扱われる。
多くの水道水フッ化物添加反対派は、フッ化物の危険性を正当化する、水道水フッ化物添加に反対する専門家を信頼している。そのような自然科学者やノーベル賞受賞者は、水道水フッ化物添加に精通した反対派の典型とされる。科学機関や保健機関による、水道水フッ化物添加反対派への批判の一つは、研究を「投票」にしようとする行為である。ノーベル賞受賞者や歯科専門家による反対派意見への合意は、大衆に対しては、より説得力があるように思われる。しかし、研究者は、投票や世論調査では、科学的進歩は築かれないと強調する。研究者は、投票ではなく、多数の研究の方法やデザインの徹底的な調べ直しの末に、結論を出している。水道水フッ化物添加反対派へのもう一つの批判は、彼らの視点を支持すると思われる研究の参考文献である。一般に、これらの研究は、利用されている方法といった基本部分で、科学研究者の大多数によって批判される。より解決の難しいことに、いくつかの反水道水フッ化物添加研究は「Fluoride Research（フッ化物研究）」といった、一見ピア・レビュー制度を備えていると思われる学術雑誌に発表されている。
社家の伝えによれば、伊勢族が隠岐島に来住した当初、毎夜に海上を照らしながらやって来る神火（怪しい火）があり、それが現鎮座地の南西5.5km隔たった字仮屋の地に留まるので、その地に小祠を建てて祖神である伊勢明神を勧請奉斎したところ神火の出現も止んだといい、その祠を後に現在地に遷座したものであるという。正倉院文書の天平4年（732年）『隠岐国正税帳』には役道（穏地）郡の少領として磯部直万得という名が見え、また島前ではあるが平城宮出土木簡に知夫利評（ちぶりのこおり）の石部（いそべ）真佐支という名が見えるので、隠岐国に磯部（石部）が置かれていたことがわかる。磯部は『古事記』応神天皇段に海部（あまべ）とともに設置されたと記す「伊勢部」の事と見られ、海部と同じく漁猟を職とする部民であったが、海部が西国を主に広く分布するのに対し、磯部（伊勢部）は伊勢を本拠地として東国を中心に広く分布したとされ、また伊勢の地名も「磯」に基づくものであるとされることから、磯部を介した伊勢との関係がうかがえ、特に当神社の鎮座する穏地郡の磯部氏が郡少領を務めるほどの有力者であったらしいことから、当神社の創祀には磯部氏を頂点とする海民の動きがあったものとも推定されている。早くから中央に知られた神社であり、『続日本後紀』嘉祥元年（848年）11月壬申（16日）条に、「しばしば霊験ある」によって「明神（ママ）の例に預かる」と載せ、六国史に名神大社列格の理由を明示する数少ない例ともなっており、延喜の制でも国幣大社（名神大社）とされた隠岐国4大社の1社であるが、『隠岐国神名帳』の穏地郡には見えない。中世以降は武家によって崇敬されて来たといい、寛正3年（1462年）の重栖（おもす）清重による会串田という名の田地の寄進、元亀元年（1570年）の隠岐国守護を称する佐々木為清による太刀1口の奉納、慶長12年（1607年）の松江藩主堀尾吉晴の山林の寄進などが知られる。近世の社領地は石高2石であった。明治5年（1872年）郷社に列し、戦後は神社本庁に参加している。