研究の積み上げが進んだ中から、現実的には種に分けてことが済まない場合が多々見つかる。たとえば同種内とは考えられるものの、はっきりと差のある群が発見され、種以下の分類を考える必要が生じ、亜種や変種、品種などの階級が作られた。例えば異なる地域に分布する集団からなる種では、種の内部で異なる形態的特徴を持つ地域集団が存在することがある。これを亜種と呼ぶ。日本列島に棲息する大型哺乳類の多くは、大陸産の同種とは異なる亜種として分類されている。ただし、亜種と認定される基準は必ずしも客観的でない場合がある。品種は作物や家畜などの人間が飼育した生物の中で、他の生物集団より区別できる生物集団を指す。ハイブリッド品種など、ある品種の子孫が親と同じ品種とされないことも多い。なお、人種は形態学的な特徴の中でも毛髪、目、皮膚の色、骨格など外部から容易に観察できる形質によってヒトという種を下位分類する概念である。現生する全ての人種を含む現生人類はヒト科ヒト亜科ヒト属のホモ・サピエンスただ一種である。ただし古人類学は化石人類にホモ・サピエンス以外の種をいくつか認めている。異人種間での生殖隔離が見られないこと、異人種間にみられる遺伝情報の多様性よりも人種内の遺伝情報の多様性の方が高いこと、また人種差別への懸念から、生物学的な文脈では人種の有効性は極めて限定的だとされている。
時間的種は種の誕生と終焉によって定義される。種の誕生は種分化あるいは単系統の漸進的な変遷であり、終焉とは絶滅あるいは漸進的な変遷である。この定義は形態的種や生物学的種が進化的時間を考慮していないことから提案されたが、種の分類には形態が用いられるという点で同様の欠点がある。特に親種からの漸進的な変遷、孫種への漸進的な変遷が起きた場合、どこで種の区別をするかが恣意的にならざるを得ない。
単系統に属し、他の系統と異なる特徴、進化的傾向を持つ生物群や系統を種とする。この場合、進化的傾向は恣意的であること、個体群と真の種の間の区別ができない事などが問題となる。
地理的に隔離されている物を別種と見なす。種の分化はどんな形であれ、最初に地理的隔離が起きたのだと考える説が有力であるが、それに基づけば、「地理的な種」は生物学的には未分化であっても、いくらかの遺伝子の差異が存在し、いずれは完全に異なる種になりうる。一般的にこの地理学的種の定義が用いられるのは生物の地域的変異（の保護など）に言及する場合が多い。しかしこの定義では（他の定義以上に）亜種と種の区別が困難であり、恣意的に用いることになる。上述のニホンザルとタイワンザルも厳密には地理学的種である。
生物をその生活している場またはニッチ（生態的地位）で分かれているかどうかを判断する立場。実験室内では交雑可能であっても、その生息域や行動から、交配の可能性がなく、別個体群としてふるまっていれば、別種とみなす。たとえば、ニホンザルとタイワンザルは交配可能であり、その子孫も繁殖力があるが、地域的に完全に隔離されており、その限りでは形態的差にも差があり、別種と見なして良いと判断する。また、イヌとオオカミはしばしば同じ地域に生息し交配も可能であるが、繁殖サイクル、行動、学習パターン、主な食料などの点で全く異なるニッチに属しているため生態学的には別種といえる。
1856年、清軍と太平天国軍の対峙はすでに3年に及んでいた。3年の間、双方とも相手の実力を探るのに費やし、軽率に戦端を開くことを避けたのである。太平天国軍は兵力50万人と称しながら農民など非職業軍人が多かったのに対し、清軍は10万人でありながら緑営や八旗など武芸に精通して良質の武器を揃えた正規軍であった。その3年の間に太平天国軍は西征を継続的に行い、戦いの中で兵は訓練されていった。翼王石達開が率いる西征軍は戦場を離脱し、数千隻の船で長江の支流を迅速に下って南営に至り、船を捨てて上陸し「電撃戦」を仕掛けた。緑営の騎馬兵を率いる欽差大臣トミンガ（托明阿）が南営の救援に向かったが苦戦を強いられた。向栄は江南提督和春（ホチュン）にトミンガを救出してともに北営を守るように命じ、蘇州・杭州付近の各州に防御を固めるように指示した。さらに向栄は総兵張国樑に北営の兵を割いて南営の救援を命じた。こうして清軍の司令部には数万の兵しか残っていない状況となった。6月18日、燕王秦日綱は6万の兵を部将の李秀成と陳玉成とで三分し、明孝陵にあった清軍の北営を包囲した。6月19日、石達開に敗北した和春とトミンガが北営に逃げ込んできた。追撃してきた石達開は秦日綱・李秀成・陳玉成と合流した。北営が陥落寸前となってはじめて向栄は悟った。石達開の目的は蘇州・杭州ではなく北営であったのだと。向栄は急いで張国樑に救援を求めた。6月20日、張国樑の援軍が到着したが、張国樑は太平天国軍との戦いで負傷し、あわや生け捕られるところであった。向栄は江南大営の放棄を決定し、江北大営に向かって逃れた。この時、東王楊秀清率いる数十万の大軍が天京を出撃し、掃討を始めた。生き残っていた清軍4万は壊滅し、完全に軍の形をなさなくなった。こうして4日の戦闘で江南大営は壊滅した。