時間軸は、前作ボーン・スプレマシー、ボーン・アルティメイタムに前後する。アーロン・クロスはアウトカム計画の「参加者」であり、アラスカにて日々過酷な訓練をしており、その訓練課程において薬の服用、血液採取、問診を義務付けられている。その頃CIA内部調査局のパメラ・ランディの告発などにより、暗殺者養成プログラムのトレッドストーン、ブラックブライアー、そしてアウトカム計画の存在が白日の下に曝されようとしている。国家調査研究所のリック・バイヤーはアウトカム計画の一時的な消去と蓄積されたデータの隠匿を命じる。この命令によりアウトカム計画の「参加者」たちは次々に無人攻撃機に爆撃されたり、毒殺される。一方、アーロンは自分の強化された能力を駆使してかろうじてその危機を逃れ、自分の死を偽装することに成功する。その頃、アーロンの体調を管理しているステリシン・モルランタ社で銃の乱射事件が発生する。その会社ではその部署で「プログラム可能な行動、神経学的なデザイン」の研究を行っているという。銃の乱射事件での唯一の生存者のマルタ・シェアリング博士はバイヤーの放った刺客たちによって再び命を狙われるがアーロンに救われる。マルタはアーロンの服用していた緑の錠剤が身体的な能力を増強させること、青の錠剤が知的能力を増強させ、痛覚を抑制することをアーロンに告げる。また、緑の錠剤の効果はすでにウイルスによってアーロンの遺伝子に組み込まれており、緑の錠剤の服用は必要ないことが分かる。しかし、青の錠剤がなければ、アーロンの優れた知的能力が崩壊し、アーロンとマルタはバイヤーの放った刺客によって命の危険にさらされると予想される。このように映画全体にジェイソン・ボーンらの一連の計画の「参加者」たちの卓越した能力と時折起こる心的異常状態の秘密が暗示されている。アーロンとマルタは青の錠剤の代わりになるウイルスを得るために、マルタの所属する関連会社があるフィリピンに飛ぶことになる。
1945年12月1日、第二復員省の開庁に伴い、横須賀地方復員局所管の特別輸送艦に定められる。1946年4月1日から12月10日にかけ、グアム、ラボール、サイゴン、バンコク、コロ島、沖縄、宮古島各方面の復員輸送任務に従事。12月15日、特別保管艦に指定される。1947年、本艦は戦時賠償艦として連合国へ引き渡されることとなった。米国、英国、ソ連、中国の四か国による賠償艦艇配分の会議に先立ち、残存する特別保管艦の視察点検が行わることとなったが、本艦は艦の状態が非常に良かった事から、駆逐艦雪風（陽炎型駆逐艦）と共に視察を受けるモデルシップ（最優秀艦）に指定された。同年7月6日、特別輸送艦の定めを解かれ、上海にて雪風など旧日本海軍艦艇8隻とともに中華民国海軍に引き渡された。このとき引き渡された旧日本艦艇には「接一号」から「接八号」という仮の艦名が与えられ、四阪は「接四号」と名付けられた。
1944年8月21日、日立造船株式会社桜島造船所で起工。9月1日、四阪と命名され御蔵型に分類されて同級の14番艦に定められる。10月31日進水。12月15日竣工し、本籍を横須賀鎮守府、役務を横須賀鎮守府警備海防艦にそれぞれ定められる。同日付で呉防備戦隊に編入。16日、大阪を出港し、18日に呉に到着。23日まで基礎術力練成教育にあたる。24日、佐伯に到着し、26日まで対潜訓練隊で実戦訓練を行った。1945年1月14日からは豊後水道で出動訓練を行い、26日に横須賀鎮守府部隊に編入され、呉に回航。31日、呉を出港し、2月2日に横須賀に到着。
改マル5計画の海防艦、第5251号艦型の7番艦、仮称艦名第5257号艦として計画されたが、日立造船に建造が割り当てられた本艦は、用兵側から要望のあった掃海具を装備した通称「日振型」として建造されることとなった。なお、改マル5計画により日立造船で建造された久米以下6隻はマル急計画艦とは異なり、全艦が掃海具を装備せずに九四式爆雷投射機と三型爆雷装填台を1基ずつ増備して竣工している。
誕生直後、同年生まれで右大臣藤原師輔の娘で中宮安子が生んだ異母弟で第二皇子の憲平親王と東宮の地位を争ったが、外戚の力関係で憲平親王が立太子し、後の冷泉天皇となる。外祖父元方は無念の思いで天暦7年（953年）に病死する。後ろ盾を失った広平親王は政界では蚊帳の外に置かれた。963年（応和3年）に元服し、三品に叙任され、のち兵部卿などを歴任したが、971年に22歳で没する。後代、元方と広平親王の恨みが冷泉天皇とその子である花山天皇の奇行や三条天皇の病となって現れたと噂された。
・マイナーチェンジ前LEDヘッドライト※hybrid以外にオプション設定。プレセンスパッケージ(プレセンスプラス／アダプティブクルーズコントロール/サイドアシスト/アクティブレーンアシスト)※2.0TFSI、2.8FSI quattroにオプション設定。アドバンスドパッケージ (サイドアシスト/アクティブレーンアシスト/リヤサイドエアバッグ/電動調整ステアリングコラム/リヤシートヒーター）※hybridにオプション設定。SEパッケージ(4ゾーンエアコンディショナー/電動調整ステアリングコラム/リヤシートヒーター)※2.0TFSI、2.8FSI quattroにオプション設定。レザーパッケージ(レザーシート / フロントシートヒーター) ※2.0TFSIにオプション設定。S-lineパッケージ(バルコナレザーシート、専用バンパー、サイドシル、S-lineエンブレム、専用フロントスポーツシート、サスペンション、ステアリング、19インチ５ダブルスポークデザイン アルミホイール（2.0TFSIは18インチ）マットアルミニウムパネル、ブラックヘッドライニング／２.0TFSIのみLEDインテリアアンビエントライト)※hybrid、allroad以外にオプション設定。コンフォートシートパッケージ(18ウェイ 電動フロントシート 運転席・助手席メモリー機能/ミラノレザー)※全車にオプション設定。・マイナーチェンジ後リヤコンフォートプラスパッケージ(4ゾーンデラックスオートマチックエアコンディショナー/フロアマット（フロント/リヤ）/電動調整ステアリングコラム/シートヒーター（フロント /リヤ）/リヤサンブラインド、ラゲッジキット(Avantのみ)※全車にオプション設定パークアシストパッケージ(パークアシスト/サラウンドビューカメラ)※全車にオプション設定アシスタンスパッケージ(サイドアシスト/アクティブレーンアシスト/アダプティブクルーズコントロール)※1.8TFSI、2.0TFSI quattroにオプション設定。コンフォートシートパッケージ(コンフォートシート（フロント）/シートベンチレーション（フロント）/バルコナレザー)全車にオプション設定。S-lineパッケージ(バルコナレザーシート、専用バンパー/サイドシル※2016年10月以降は全車標準装備、S-lineエンブレム、専用フロントスポーツシート、サスペンション、ステアリング、19インチ５ダブルスポークデザイン アルミホイール（1.8TFSIは18インチ）マットアルミニウムパネル、ブラックヘッドライニング)※allroadを除く全車にオプション設定