京阪神地区で多く使用されていたが、後継形式の投入に伴い、廃車が進んでいる。また複雑な改造や転用も多い。2008年からは広島地区での運用も開始された。
クハ111-0'番台、2000番台は運転席、助手席部分の窓が小さく、客室からの前面展望および車掌乗務時の客室展望が良くなかった。このため1991年から1994年にかけて対象全車にこの工事が行われた。なお、Hゴム押さえだったガラス支持は拡大時に金属押さえに変更し、拡大時に支障となる機器は移設された。ATS-P取付車は設定器を助士席窓下部に取り付けたため、あわせて助士席の椅子が撤去された。なお、クモハ113は先頭車改造時に施行されている。窓面積はクハ111改造車より大きい。
1996年ごろから横須賀・総武快速線および東海道線で運用されているクハ111、サハ111のトイレ部分のみ方向幕が使用停止になった。これはトイレ部分の方向幕の盗難やいたずらが頻繁に起こったためである。施行後は幕部分は白、またはオレンジの紙が貼られ、機器裏蓋部分は残したものとステンレスの塞ぎ金物を詰めたものがあった。なお、対象車が房総ローカルに転用された場合は、方向幕は復元されている。
1999年より、幕張電車区（現幕張車両センター）配置の1000'番台後期車・1500番台を対象にリニューアル工事が行われた。内容は、コンプレッサーをレシプロ式からスクリュー式へ交換、座席の交換および車椅子スペースの設置、台車の軸箱の密封コロ軸受への改造、補助電源装置のMGからSIVへの交換などが挙げられる。編成番号は、4両編成はS221 - S225、6両編成はS61 - 71が与えられた。これらの編成では、後年に列車番号表示機がLED化されているのも特徴である。なお、モハ112-1252と1517はリニューアル工事は施工されていないが、補助電源装置やコンプレッサーが変更されている。幕張区の車両のみではクハ111が不足するため、以前から配置されていた0'番台先頭車 (-231, -249) もリニューアルが施行された。この他に、廃車対象ながら状態の良かった小山電車区所属（旧大船電車区所属）の-1138, -1455の2両を転属させた他、幕張区の1000'番台車両更新車と国府津電車区の未更新車 (-244, -552, -1602, -2146) との交換が行われた。-2146は2000番台として唯一リニューアル工事が施工された車両である。リニューアル工事は2001年まで実施された。
1992年に113系のクハ111-1038が成田線で踏切事故に遭い、乗務していた運転士が変形した運転台に挟まれて殉職した（成田線大菅踏切事故）。JR東日本はこの事故を受け、衝突からの乗務員保護のために先頭部にステンレス板（一部鉄板の例もあり）を追加する工事を積極的に進めた。この種の工事は国鉄時代から行われていたが、同事故以降はより耐性を高めるため、それ以前や他のJRよりも徹底した、独自のメニューに移行した。下部のアンチクライマー（板状の物体）は1枚から4枚（ジャンパ連結器収め部分は2枚）に増強され、窓下の手すりは撤去されて衝撃吸収板が設置された。本来、アンチクライマーは正面衝突時に噛み合うことで他車への乗り上げを防ぐものであるが、ここでは障害物に対するバンパー的意味合いが強い。年内にすべての非施行車を強化するため、工場だけでなく各電車区でも工事が行われた。このうち横須賀・総武快速線の大船電車区と幕張電車区（いずれも現在の鎌倉車両センターと幕張車両センター）の両区での施行車には、塗装を省略してステンレス地に帯テープを貼付されたのみで出場した車両も存在したが、次の工場入場時に塗装が行われ、短期間で消滅している。なお、前照灯が白熱電球であった車両は改造と同時にシールドビームへの交換が行われたため、工事の完了によって副次的に白熱電球装備車も消滅している。
IBM 3350直接アクセス記憶装置（IBM 3350 Direct Access Storage Facility）は別名マドリッドと呼ばれ、1975年にIBMのSystem/370用に発表された。その非リムーバブル・ディスク・パックはヘッドおよびアームアセンブリーを含め、密閉されていた。IBM 3350のディスク設計はトラック当たり555のシリンダー、30のヘッド、19,069バイトであり、ヘッド・ディスク・アセンブリ(HAD)では317,498,850バイトの記憶容量を実現した。ディスク・ユニットは、A2、A2F、B2、B2F、C2およびC2Fと識別された。それぞれのユニットは2つのHDAを含み、「ストリング」として導入された。A2またはA2Fは接続にIBM 3880などの「制御装置」が必要とされた。A2には最大3台のB2やC2が接続できた。C2ユニットはまた、ストリングで同時に2つのI/O操作の実行を可能にするように、制御装置と接続して同じ場所で使用することができた。「x2F」ユニットは、通常のx2ユニットだが、その2つのHDAはさらに「固定ヘッド」領域を最初、5のシリンダ上に持っていた。この固定ヘッドエリアはHASPかJES2のチェックポイントエリアに割り当てられるように意図され、装置上のヘッドの動作を劇的に削減した。この写真（IBM 3350）でのIBM 3350 A2/B2/B2ストリングの背景にあるのは370/165と370/168で使用されているIBM 3066コンソールである。