1993年に Johnson Development Corporation (JDC) を設立、同社のCEOに就任。1994年以降、同社は全米5か所にシネマコンプレックス Magic Johnson Theater を展開。1998年、JDC はコーヒーショップ経営のスターバックスと共同出資で Urban Coffee Opportunities (UCO) を設立。UCOは全米70か所以上にスターバックスの店舗を展開している。JDC は2001年以降、Canyon-Johnson Realty Advisors と共同で Canyon Johnson Urban Fund を経営、全米の主要都市で不動産業・土地開発業を営んでいる。また Washington Mutual と共同で全米の主要都市で住宅ローンの事業に携わっている。このほか、ジョンソンは1998年に The Magic Hour という番組のホストを務めている。また1991年にマイケル・ジャクソンが発表したアルバム「デンジャラス」のセカンドシングル「リメンバー・ザ・タイム」で、エジプトが舞台となって撮影されたビデオクリップに、エディ・マーフィと共に出演している。2010年、ロサンゼルスへNFLチームを誘致することに強い関心を持っていることを明かし、NFLチームのオーナーになる障害となるロサンゼルス・レイカーズの株を売却していたことが明らかになった。2012年、ロサンゼルス・ドジャース買収の投資グループに参加し、共同オーナーの一人となる。
1992年バルセロナオリンピックにてアメリカ代表に参加。オリンピックのバスケットボールアメリカ代表決定を行うUSAバスケットボールは、まずジョンソンに参加の話を持ちかけ、了承したジョンソンが怪我をしていたラリー・バードを説得。その後マイケル・ジョーダンら当時最高のメンバーが選出されることとなり、ドリームチーム結成となった。ドリームチームは金メダルを獲得する。引退後の1992年から1994年にはスポーツニュース番組『NBC Sports』のコメンテーターに就任。1993-1994シーズンは短期間レイカーズの監督を務めるが、5勝11敗の成績に終わる。1994年以降はレイカーズの副社長に就任している。1995-96シーズンに現役復帰、シーズン終盤の32試合でパワーフォワードとしてプレーした。1試合あたり14.6得点、6.9リバウンド、5.7アシストを記録した。1990年代には、引退した選手などを集めて「マジック・ジョンソン・オールスターズ」を結成、世界中を巡業して各地のチームと試合をした。2005年、往年の名選手カリーム・アブドゥル＝ジャバーや現役NBA選手であるカーメロ・アンソニー、アマーレ・スタウダマイアーらを迎えて、バスケットボールの基礎を伝授する教則DVD「MAGIC JOHNSON presents. MAGIC FUNDAMENTALS – Comprehensive」に出演。2007/10/26、同DVD日本語字幕版（邦題：マジック・ジョンソン・プレゼンツ：「マジック・ファンダメンタルズ Vol.1」基礎編）を発売した。
1991-92シーズン開幕直前の1991年10月に、ジョンソンは生命保険の健康診断を受けた。その診断の結果、ジョンソンがHIVに感染していることが判明した。さらなる精密検査を受けたが結果は同様だった。同時に検査を受けたジョンソンの妻は感染していなかった。プロスポーツのスター選手がHIV感染者となるのは初めての事例であり、医師の勧めにより、ジョンソンは現役引退を決断。11月7日、ジョンソンは記者会見を開き自らのHIV感染とバスケットボールからの引退を発表した。発表会見の現場には、NBAのコミッショナーデビッド・スターンやレイカーズの選手・元選手、ゼネラルマネージャーのジェリー・ウェストやオーナーのジェリー・バスなども同席した。この記者会見は全米で放映されたのみならず、CNNなどを通じて全世界がジョンソンのHIV感染と引退をほぼ同時に知ることとなった。当時はまだエイズに関する大衆の意識が低かったこともあり、ジョンソンのような著名人のHIV感染の公表は世界に衝撃を与え、エイズに関する関心を高めることになった。その後ジョンソンは、ブッシュ大統領の招請によりエイズ問題を扱う委員会への参加や、機会があるごとにエイズに関する啓蒙活動に務めていくこととなった。ジョンソンは多数の女性と肉体関係を持ったことを認めた。また心当たりのある女性には自分がHIVに感染している事実を伝えたが、感染源が誰なのかは特定できないと述べた。またジョンソンが同性愛者なのではないかという疑いを完全に否定した。引退し、NBAの1991-92シーズンの試合には一切出場がなかったが、オールスター戦のファン投票のマークシート用紙にはジョンソンの名前が記載され、ジョンソンは全選手中で最多の票数を得る。西軍の先発として出場することとなったジョンソンは、25得点、9アシスト。東軍のマイケル・ジョーダンやアイザイア・トーマスと1対1で対戦する。試合は西軍が勝利し、ジョンソンはMVPとなる。
ダルエスサラーム発タンザニア中部のドドマ州行きの列車がイガンドゥ (Igandu) と呼ばれる丘を登るころには、ムサガリを通過しドドマの町に近づいていた。丘を登っている間、ブレーキに問題があったと思われる。運転士は丘の頂上付近で列車を停車させブレーキ装置の点検・調整を行い、運転席に向かって坂を登りはじめた。運転士が列車を再出発させた時、ブレーキがまったく効かないため列車が加速しながら逆走し、一直線に丘を下り2駅を通過した後、一見したところでは低速で走行中のダルエスサラーム行き貨物列車と衝突した。現地の人々はできるだけ多くの人々を助けようと救助活動に参加した。ドドマにある病院では医師が不足していたため、タンザニアの厚生大臣であるアンナ・アブダラーが重症を負った400人以上の人々を助けるほど厳しい状況であった。救助隊もまた残骸を切断・除去し負傷者を救助するために必要な巨大な切削工作機械や産業機器が不足していたため作業が難航しており、どの機材も事故当日の夕方まで届かなかった。事故から4日後、タンザニア政府は 281人が事故で死去し、あるいは後に病院で死亡したと思われるとしながら、重体の人の人数を考えればこれはさらに増えるだろういう旨の声明を発表した。88人の遺体は身元が判別されずにドドマの外のマイリ・ムビリ墓地 (Maili Mbili grave yard) に埋葬された。国営鉄道会社のタンザニア鉄道会社 (TRC) は後に犠牲者の遺族に100,000-500,000シリングの支払いを提示したが、これは事故を起こしたTRCを非難する一部の人々を怒らせた。事故が発生するまで、タンザニアは荒廃した国の鉄道システムの管理を任せる私企業 (private company) を探している最中であり、ヨーロッパや南アフリカの会社の代表と対談している最中であった。結果的に、タンザニア鉄道の運行権は2007年にインドのライツ・コンソーシアムに渡されたが、2011年に取り消されて政府が鉄道を取り戻した。鉄道会社も首相のフレデリック・スマエも完全に否定したことであるが、進行中のタンザニア鉄道売却計画に抗議するために、鉄道労働組合の組合員が実行した破壊工作による事故だとする思惑もある。これを証明する証拠はまったく提供されていない。