現在事業中の第2期（2009年 - 2021年）においては、在来線の連続立体交差化を実施。在来線ホームは新幹線ホームと同じ3階に移設され、3面5線の高架ホームとなる。ホーム本数が減少するのに伴って、信越・白新線の新潟 - 上沼垂信号場間には留置線が1本増設される。越後線・新潟 - 白山間は信濃川橋梁の新潟方手前までが複線化され、西跨線橋の新潟方手前の高架上に留置線が4本新設される。また白山駅も改築され、ホーム下に駅舎を移設して南北間の自由通路を設け、ホームを1本増設して2面3線とするなど輸送力の増強が図られる。2011年10月から翌年11月にかけて複数回の線路切り替え工事が行われ、信越線・白新線の仮線化および1面2線の仮設ホーム（8・9番線）の設置が行われた（ホームの変遷については#のりばを参照）。また、越後線側では上所島・新上所島両跨道橋の複線桁への架け替えが行われ、2013年には白山駅の3線化が竣工した（詳細は白山駅 (新潟県)#白山駅周辺整備事業を参照）。仮線への切り替え後は従来の線路を一部撤去したうえで高架線の建設が本格的に進められ、2018年4月15日に信越線・白新線の高架線2本、越後線の高架複線および留置線、当駅の高架ホーム2面4線（2 - 5番線）が開業した。この開業は高架暫定開業または高架駅第一期開業と呼ばれる。今後は信越線・白新線の残る高架線2本および高架ホーム1番線の施工が進められ、2021年度までに全面高架化と高架ホームの全面竣工を目指す。また駅舎東西には都市計画道路「新潟駅東線」「新潟駅西線」、越後線の白山方には都市計画道路「新潟鳥屋野線」（新潟市道新潟鳥屋野線、現在の八千代橋と北越高校通りの各一部）など、駅南北を縦貫する幹線道路が新たに整備される。また既存の道路においても高架化完了後には、新潟市道明石紫竹山線（都市計画道路明石紫竹山線、東跨線橋通り）は跨線橋を撤去して在来線との交差部が平面化されるほか、現在進められている国道7号・栗ノ木バイパスの一部連続立体交差化事業（栗ノ木道路・紫竹山道路）の一環として、同バイパスでは在来線アンダーパス部の路盤嵩上げなどの改良工事が実施される（詳細は栗ノ木バイパス#栗ノ木道路・紫竹山道路を参照）。
1921年に第四詩集『おおばこ』を、翌1922年には『おおばこ』に革命以後の作品を加えた第五詩集『旧暦1921年』(Anno Domini MCMXXI)を発表。この二冊を最後に、アフマートヴァは長い沈黙期に入る。しかしこの沈黙はアフマートヴァが自ら筆を折ったためのものではなく、当局に強いられたものであった。『反革命的』詩人であるアフマートヴァの著書は発禁処分を受け、新しい作品を発表することもできなくなったのである。アフマートヴァの周辺でも、1925年にはエセーニンが、1930年にはマヤコフスキーがいずれも自ら命を絶ち、アフマートヴァの最もよき理解者であったマンデリシュタームもスターリンを揶揄した詩を書いたために逮捕され、ヴォロネジへ流刑に処されることとなった。そればかりか、マンデリシュタームの逮捕からほどなくして、今度はアフマートヴァの息子レフ・グミリョーフまでもがテロリスト容疑で逮捕されるという事件が起こったのである。さいわいこのときには二週間程度で釈放されたが、1938年に再逮捕され、シベリアへ流刑となった。1925年、アフマートヴァは美術史家のニコライ・プーニン（Nikolay Punin）と再婚した。ただしこれは正式な結婚ではなく、住宅難から新しい住居を見つけることができずにいたプーニンの前妻と子供との同居という奇妙な同棲生活であった。しかしこの生活も長くは続かず、プーニンもまたレフとほぼ同時期に逮捕され、生死も定かではなくなってしまった（1953年にヴォルクタのグラーグで獄死したことが後に判明した）。1920年代後半のアフマートヴァは、プーシキンを題材とした評論を十数篇書き残している。プーシキンもまた社会によって葬られた詩人であり、詩人と権力の関係をめぐるこれらの評論は後年専門家からも高い評価を受けている。他にも、収入の道をほぼ閉ざされていた沈黙期にはレオパルディの翻訳などを学術誌に発表することで糊口をしのいでいた。このころからアフマートヴァは批評家であり作家でもあるリージャ・チュコフスカヤ（Lydia Chukovskaya）と親しくなる。リージャは、かつて評論『アフマートヴァとマヤコフスキー』でアフマートヴァとマヤコフスキーを比較して論じた児童文学者コルネイ・チュコフスキーの娘である。リージャはまたアフマートヴァの熱烈な愛読者でもあり、秘書のような役割をも果たすこととなった。二人を結びつけたものは文学だけでなく、リージャの夫である物理学者マトヴェイ・ブロンシテインもまたレフと同じ時期に逮捕されていたため（ブロンシテインは間もなく処刑され、1940年になってリージャはようやく死の真相を知らされた）、当時のロシアに吹き荒れていた恐怖政治の犠牲者という運命を共有していたことなどがあげられる。リージャはその日記の中でアフマートヴァと交わした文学や日常生活にまつわるさまざまな会話を克明に記しており、これは沈黙期のアフマートヴァに関するほぼ唯一にして最も詳細な記録として後年『アンナ・アフマートヴァをめぐる覚書』の題で出版されることとなった。この記録の中でとりわけ重要なのは、当時のアフマートヴァがいかにして自分の作品を誰にも知られることなく書き綴ることができたかを記した部分である。アフマートヴァとリージャは、1930年代の詩篇のすべてを暗誦し、文字には書き残さずに発禁処分が解かれる日まで頭の中に保管していたのである。アフマートヴァ個人のみならず1930年代のソ連を代表する長詩『レクイエム』はこうして記憶によって書かれた。