最初の大きな変化は寝殿造の「屋根を支える構造」にある「化粧屋根」と「野屋根」の分離である。下から見える垂木などは化粧垂木であって木舞、野地板が張られるが、その上に檜皮などが葺かれるのではなく、更に野垂木があってそれが外から見える屋根を支え、その上に張られる木舞、野地板の上に檜皮や瓦が葺かれる。画像230のように下から見える母屋の梁や、庇の繋梁、垂木、木舞や野地板は、綺麗に割れる直材からバランス良く綺麗に削り出し、表面の仕上げもしなければならないが、当時の工具では大変な労力である。つまりコストがかかる。ところが屋根は雨によって早く痛み、繰り返し修理される部分である。その点でも野屋根で化粧屋根を保護することはトータルコストのセーブにも繋がる。人目に触れない野垂木などは均等な角材である必要はあるが、少なくとも釿(ちょうな)までで、槍鉋(画像aa2)などでの仕上げはしないでも良い。そうした変化は10世紀末の法隆寺大講堂の頃から始まっていた。その野屋根と化粧屋根の間、野垂木と化粧垂木の間には、外から、あるいは下からは見えない屋根裏空間が出来る。鎌倉時代初期にはその屋根裏空間を利用した桔木（はねぎ）が発明される。簡単に云うと、見えない屋根裏空間にほとんど丸太のような太い木を入れ、側柱の上を支点として内側、母屋側に野屋根の加重をかけ、梃子の原理で外側、つまり軒先を跳ね上げる。具体的には下に柱の無い軒先が垂れ下がるのを防ぐ。化粧屋根裏の見えない部分に使う材なら多少曲がっていても良く、ほとんど皮を剥くだけでたいした成形もしないで済む。ただしこの段階では「母屋・庇の構造」には変化は無い。
建築技術では鎌倉時代に二つの大きな変化がある。ひとつは大仏様として中国からもたらされた「貫(ぬき)」(画像223)の技法であり、これで建物の構造が大幅に強化される。もうひとつは小屋組、つまり屋根の骨組み、組み立て方の進化である。それによって徐々に母屋と庇、あるいは建物を側柱と入側柱で支える構造からの脱却が始まる。それには天井の発達もある。
貞成親王が、まだ少年だった子の後花園天皇に読ませるために書いた『椿葉記』にはこうある。次の年六月に伏見へ還御なる、いまはもとの御所もなし、御座あるへき所なくて、故三位局〈杉殿と申〉里にて宝厳院と申比丘尼所になされたる所を、まつ御所になさる、狭少不思議なる草庵のかりそめなからいまに御所にであるなり。画像a30は応永24年(1417)段階の伏見殿・寝殿であるが、足利義教を迎えるまでは「寝殿」を名乗ることを憚っている。この伏見宮貞成親王の住まいは、元は親族の女性の隠居所であった。先に平面の変化で「伏見殿小御所」の平面図(画像a13)を上げたが、その頃の院御所は既に焼失している。『看聞日記』、応永23年(1416)11月14日条、18日条の仏事の室礼では「二ケ間」とか「四間」「二間」という言い方を用いている。「四間」とは二間×二間、「二間」とは二間×一間で、グリッドひとつを「間」と呼んでいる。それを「坪」と呼ぶこともあるので、一般用語ではないがとりあえず「間坪表記」としておく。しかし「母屋・庇の構造」(画像110)を用法としてかろうじて留め、仏寺道場とする場合は客殿と常御所の間の障子を撤去し八間としている。中門を二間×二間としている処、から柱間寸法は7～7.5尺程度、あるいは貞成親王自身が「狭少不思議なる草庵」と書いており、それ以下であった可能性もある。
建武元年（1334年）4月30日の源貞綱状に河村又次郎入道と並んで、戸賀出羽前司が見え、興国2年（1341年）閏4月20日の清顕状に薭貫出羽権守討取のことが見え、鎌倉時代末期には史上に現れている。南北朝期では南朝方として活躍した。しかしやがて北畠顕家の死後には北朝方として派遣された奥州探題の斯波氏に与したため、興国元年（1340年）に南朝方の南部政長に攻められて、興国2年（1341年）には壊滅的打撃を受けて衰退した。南北朝時代が終わっても南部氏との抗争はとどまらず、永享7年（1435年）和賀の大乱で和賀氏支族・須々孫氏方に味方し和賀惣領家の飯豊城を落したところ、惣領家方についた南部守行が子・義政に3万近い大軍で参戦させて稗貫郡で大合戦となった。翌永享8年（1436年）2月、南部軍は稗貫領寺林城、台城を落とし、つづいて当時の稗貫氏本城・十八ヶ城（さかりがじょう、瀬川城の説もあり）を包囲、ついに5月稗貫勢は南部氏配下になることで和議を結んだ。室町期に奥州探題大崎家の傘下に入り、伊達、葛西、南部、その次位の留守、白河、蘆名、岩城に次ぐ位置で処遇されている。天文24年（1555年）には、時の当主である稗貫輝時（てるとき、輝家（てるいえ）、輝忠（てるただ）とも）は、上洛して将軍の足利義輝と謁見、義輝に黄金10両を献上し、偏諱（「輝」の字）を授与されている。戦国期に関しての稗貫氏の動向は定かではないが、主家としての地位を確立することが出来ないまま、戦国大名として成長することはできず、稗貫郡を支配するだけの国人領主的存在だったようである。郡主稗貫氏としての歴代は諸書において錯綜を見せている。16世紀になると、南下政策の三戸南部氏へ対抗して衝突を繰り返した、紫波地方を領する高水寺斯波氏を、和賀氏と結束して支援した。天正14年（1586年）夏、斯波氏の女婿高田康実（南部一族・九戸政実の弟）が三戸南部氏当主・南部信直に降ったことにより斯波詮真が南部領へ攻め入ったが南部勢に逆襲され、斯波方は岩手郡見前、津志田、中野、飯岡の地（いずれも現在の盛岡市内）を失った。稗貫氏立ち会いの下で一旦は斯波氏と南部氏の和睦がなったが、天正16年（1588年）南部信直は再び斯波氏攻略の軍を起こし、斯波詮真は居城・高水寺城を捨てて逃れ、高水寺斯波氏は滅亡した。このように北奥で稗貫氏ら領主、大名が領土をめぐって戦いを繰り返していたころ、中央では羽柴秀吉が織田信長死後の一連の抗争を制して天下統一へと大きく前進をしていた。この時代の変転に、やがて奥羽の諸大名も否応なしに巻き込まれることとなる。