1980年代に新幹線の駅舎および線路が高架で建設されたものの、在来線は長きにわたり地上に駅舎および線路が位置していた。このため駅周辺は鉄道路線を境に南北の市街地が分断され、踏切や跨線橋など鉄道を横断する道路施設において渋滞や狭隘の問題が発生していたほか、南北市街地の発展に不均衡が生じていた。また、前述の通り駅舎や駅前広場は施設上の問題を多く抱えており、陸の玄関口として相応しい施設の整備も求められていた。これらの問題を解決するため新潟県・新潟市は、新潟駅周辺の再整備に関する調査を1992年度から開始。1994年からは在来線の連続立体交差化を目指し本格的な調査に移行した。また市は1997年、再整備構想の一環として南口側の国鉄清算事業団所有地（約3ha）を先行取得し、駐車場として仮供用を開始。同年には「新潟駅周辺整備検討委員会」が発足した。さらに市では1999年、市民有志とともに市民意見交換会「わいわいガヤガヤ駅サイト」を開催し、市民の意向を反映させた計画づくりにも着手。以降、県・市・JR新潟支社は本格的な計画の立案を進めた。そして新潟駅周辺の在来線約2.5kmを高架化する「新潟駅連続立体交差事業」と、それに伴う駅周辺の環境整備を目的とした「新潟駅周辺整備事業」の具体案が2003年に発表され、2006年1月に都市計画が決定、同年7月に国土交通省より各事業の事業認可が順次下り、2007年から各工程が順次着手されている。事業着手当初、市・JR新潟支社などは在来線高架部分について一部供用開始を2013年、全線供用を2015年、さらに全事業完了を2027年と目標を設定していたが、これは北陸新幹線の金沢駅開業が2014年度末の見込みであることから、それを見越した理想的な工程として設定したものだった上、実際の工程や用地買収が遅れたため、各工程の竣工は当初の見込みより大幅に遅延することが判明した。こうした事態を受けて市とJRが工程の見直し作業を進めた結果、在来線立体交差化の全線供用目標を当初より6年遅れの2021年度中とする旨を3月29日、篠田昭新潟市長が記者会見の中で明らかにした。両事業では、大きく分けて3段階の手順を経て都市施設を整備する予定である。事業主体は当初新潟県であったが、新潟市が2007年4月1日に政令指定都市へ移行したのに伴い、事業主体は市に継承されている。
2000年代後半から連続立体交差事業を含む駅周辺整備授業が始まり、2018年に駅舎および線路の一部が高架開業。2021年度には全面開業が予定されている。
パイシーズ Vは1973年に建造された深海有人潜水艇である。蓄電池から供給される電力を動力源とし、2,000m(6,280 ft)まで潜水可能である。本機は主としてハワイ諸島周辺の海域で使用される。またハワイ本島周辺の深海科学調査と同様、ハワイ島南東沖のロイヒ海山周辺にある熱水フィールドの調査にも使用される。通常、この潜水艇はビデオカメラや他の機材を搭載した状態に整備され、日中、母船から発進する。潜水艇には2本のアームが装備されており、研究対象をつかむ事ができる。アームには温度計が装備され、生物や地質学の資料をつかんで採取箱へ収納でき、潜水艇の機動に困難を伴う場所であっても潜航を補助する。パイシーズ Vの乗員は3名であり、通常の潜水時間は最大10時間である。しかし、緊急時には生命維持装置が140時間まで乗員の生存を維持する。ハワイ海底研究所(英語: Hawaiʻi Undersea Research Laboratory ,HURL)はこれらパイシーズ Vとパイシーズ IVの2機の潜水艇を所有している。 2機の保有は緊急時の対応に利点が有る。どちらか一方の潜水艇が潜水する際にはもう一方が船上で待機し、問題があった時にすぐに救助に向かう事ができる。このような非常事態には、魚網に絡まったり、海底の岩礁や廃棄物に挟まる事が含まれる。こうした事例において待機中の2機目が救助に向かう。同様に研究探査においても2機の使用は好ましいことである。2002年8月、パイシーズ Vと姉妹船のパイシーズ IVは、真珠湾の外で沈んでいた日本の特殊潜航艇、甲標的を発見した。発見から時間を遡ること61年、第二次世界大戦において、この特殊潜航艇はアメリカ合衆国海軍所属ウィックス級駆逐艦・ワード号が行った初めての発砲により沈められた。この事件は現代では「ワード号事件」として知られている。甲標的は真珠湾攻撃の開始前に、4インチ50口径砲の弾丸と爆雷が命中して沈没した。潜水艦は真珠湾の入り口から約5マイルの水深400mで見つかった。これは"大西洋でのタイタニック号の発見に次ぐ、太平洋で最も重要な、近代的な海洋考古学の発見"と評された。2003年、パイシーズ Vは1年前に発見した真珠湾の日本の小型潜水艦を訪れた。アメリカ合衆国国務省は小型潜水艦の扱いに関し、日本側の要望を決める為に日本の外務省と連携した。パイシーズ潜水艇はまた、HURLによって教材としても使用された。2008年、2名のTampa Bay Chapterの潜水士がHURLを訪れ、日本の潜水艦の史跡を訪ねた。一人の潜水士はパイシーズ Vに足をかけて"まるで自分がスペースシャトルの準備をするように感じた"と発言した。ハワイのヒロにあるモクパパパ調査センターには、パイシーズ Vの制御盤の模型が公開されている。2009年3月5日、科学者達は7つの竹珊瑚を発見した。その中の6種は新種であり、さらに幅広い属を発見した可能性がある。こうした新種のサンゴは、通常の潜水では到達できない深海で生息していた。そのような深度で発見できたのは、パイシーズ Vがそこまで到達でき得たからであった。また彼らは同様に、およそ3フィートの高さと3フィートの幅を持つ大型の海綿を発見した。この海綿の科学名は"cauldron sponge"である。