事故調査報告書では、事故機の垂直尾翼の破壊過程については、尾翼の回収が部分的であるため、その詳細は特定できなかったとしている。損壊した垂直尾翼については、事故から2か月以上が過ぎた1985年11月に、海上保安庁の協力を得て相模湾周辺の海底探査が行われたが、何も発見できずに打ち切られており、垂直尾翼の大半は回収されなかった。1986年4月25日に行われた事故調査報告書の案を検討する聴聞会では、公述人として参加した技術関係者や学識経験者から、事故原因の究明に重要な要素である垂直尾翼の破壊過程が十分に解明されていないという意見が出た。また、尾翼の捜索も不十分であるという指摘もあった。
1985年（昭和60年）8月13日午後、護衛艦まつゆきが相模湾で公試中に、前日夕刻に起きた日本航空123便墜落事故で落下した垂直尾翼の一部を発見し回収した。護衛艦まつゆきは、石川島播磨重工業東京第1工場で1984年（昭和59年）10月25日進水し、1986年（昭和61年）3月19日の就役前であった。
運輸省航空事故調査委員会（委員長：事故発生時の八田桂三は任期途中で依願退任、後任は武田峻）は、事故発生後の8月14日に墜落現場に入り、本格的な調査を開始した。調査には事故機の製造国であるアメリカから、NTSB（アメリカ国家運輸安全委員会）の事故調査官ら（調査団代表：ロン・シュリード）が顧問として加わった。事故から約1ヵ月後の9月6日、事故機の製造者であるボーイング社が声明を発表し、しりもち事故の際に自らが行った圧力隔壁の修理にミスがあったことを認めた。刑事裁判にて、業務上過失致死傷罪での刑事責任追及を恐れた日米の関係者は、黙秘権を行使し、事故調査報告書も、墜落機のトラブルに至る詳しい経緯には踏み込めなかった。2016年（平成28年）8月11日、墜落事故から4年後の1989年（平成元年）に、アメリカ合衆国司法省がボーイング社に対し、日本の検察の捜査に協力するよう促していたことが分かった。アメリカ合衆国連邦政府が、中核産業のボーイング社を擁護したとの見方も根強いが、当時、主任検事を務めたリンダ・キャンドラー弁護士が、東京新聞の取材で初めて証言し、明確に否定した。
上海事変が勃発した1932年（昭和7年）9月17日、富山県下においては富山市及び高岡市合同にて初めて防空演習を催行し、高射砲による対空戦闘、夜間照射、防火・消毒訓練、燈火管制等の訓練を行った。その後、1934年（昭和9年）11月22日には民間の防空団体である防護団を結成し、1936年（昭和11年）6月12日からは第1回第9師団管下防空演習を富山、石川、福井、滋賀、岐阜県において行った。防護団は当初市町村長がその団長となって組織される民間団体であったが、1937年（昭和12年）10月1日に防空法が施行されると、富山県警察部においては警務課内に防空係を設けててこれを指揮指導することとなった。また富山県においても防空委員会を設置して1937年（昭和12年）11月1日にその初会合を開き、「富山県防空計画書」を作成して防空監視や通信、警報等の事項に関してこれを定め、年々改定を行って有事に備えていた。1937年（昭和12年）7月7日に日中戦争（支那事変）が勃発すると、富山県下においてもしばしば防空演習が行われるようになった。防空への関心も漸次高まりつつあり、たとえば1938年（昭和13年）4月22日には東京工業大学教授工学博士田辺平学を招聘し、電気ビルにおいて防空大講演会を開催している。こうした流れの中において、内務省は軍中心の防空体制から民間中心の防空体制へと移行するために、1939年（昭和14年）1月24日に昭和14年勅令第20号「警防団令」を公布して同年4月1日よりこれを施行した。これによって従来防空活動に挺身してきた防護団及び消防組は解散し、新たに警防団が結成されることになった。富山市においてはその結成式を1939年（昭和14年）4月8日に富山県護國神社境内において挙行している。これを期として同年7月には更に民間中心の防衛体制を確立するために家庭防護組合と、その下部組織たる家庭防護群が組織された。1940年（昭和15年）に入ると防空対策はますます広い範囲へと進展するにいたった。同年2月13日には園部和一郎中部防衛司令官が来県し、富山県下の防空監視哨を巡察したが、これに加えて同日より同月15日まで中部防衛司令部管下においては昭和15年度第一次防空訓練を実施している。同年10月1日から5日間にわたって実施された第三次訓練においては「富山県に関する限り防空陣は鉄壁である」との評価を軍より受けた。同年12月1日には大日本防空協会富山県支部の発会式を電気ビルにおいて挙行している。同協会は内務省によって防空思想を喚起させる目的を以て設立されたもので、中央の示す防空体制を機関紙や地方の指導者を通じて末端にまで浸透させることを目指していた。1941年（昭和16年）10月30日には富山県警防課が富山市牛島の神通川河川敷に木造家屋計6棟を建て、10瓩エレクトロン焼夷弾の防火消防訓練を行ったが、これは富山県下における焼夷弾を用いた実地訓練として最初のものであった。